JP7474240B2 - 抗薬物抗体を検出するための方法 - Google Patents

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Description

関連出願への参照
この出願は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる2018年8月3日に出願された米国仮出願第62/714,183号の優先権を主張する。
生物学的治療薬は外来抗原であり、抗薬物抗体(ADA)の形成をもたらす免疫応答を潜在的に誘導でき、これは次に幅広い副作用を引き起こす可能性がある。中和抗体(NAb)は、治療薬の薬理学的活性領域に結合してその臨床効果を阻害または完全に中和することができるADAのサブセットに属する。細胞ベースの機能的NAbアッセイは、その中和活性を特徴付けるために好ましい。しかしながら、細胞ベースのNAbアッセイは、しばしば、薬物干渉、並びに成長因子および疾患関連サイトカインを含むがこれらに限定されない多数の血清因子からの干渉に対して脆弱である。酸解離によるビーズ抽出(Bead Extraction with Acid Dissociation)(BEAD)は、循環薬物および/または他の干渉因子をヒト血清試料から除去し、それによりADA/NAbを濃縮するためにうまく適用されている。しかしながら、抽出手順において使用される過酷な(harsh)酸は、NAbの不可逆的な変性を引き起こし、過小評価されたNAb測定値をもたらす可能性がある。したがって、中和抗薬物抗体を検出するための新規な方法を開発する必要がある。
特定の実施形態において、本発明は、試料における抗薬物抗体(ADA)を検出する方法を提供する。かかる方法は、a)高温で試料を前処理し、試料中のADA:薬物免疫複合体を解離させること;b)マトリックスにより試料からADAを単離すること;c)バッファーを使用してマトリックスからADAを回収すること;およびd)細胞ベースのアッセイまたはインビトロアッセイにおいてADAを検出することを含む。所望により、高温は60℃から68℃の間である(例えば、約60℃、約61℃、約62℃、約63℃、約64℃、約65℃、約66℃、約67℃、または約68℃である)。所望により、試料は、約30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、105、110、115、または120分などの約30分から約2時間(例えば、約30-60分)の期間、高温で前処理される。
特定の特異的な実施形態において、ADAは酸処理に感受性である。特定の特異的な実施形態において、薬物はADAより低い熱安定性を有する。
所望により、薬物は、抗体またはそのフラグメント、核酸、ペプチド、ポリペプチド、ペプチド模倣物、炭水化物、脂質、または小分子化合物から選択される。所望により、試料は、体液、粘液分泌物、唾液、血液、全血、血漿、および血清から選択される生物学的試料である。所望により、試料は、薬物で処理された対象からのものである。
特定の特異的な実施形態において、ADAは、ビオチン化薬物、続いてストレプトアビジンでコーティングされたマトリックスと接触することにより試料から単離される。あるいは、ADAは、薬物と結合したマトリックスにより試料から単離される。例えば、マトリックスは磁気ビーズである。
特定の特異的な実施形態において、回収されたADAは、細胞ベースのアッセイにおいて検出される。例えば、かかるアッセイは、i)薬物の存在下で、回収されたADAを細胞に加えること;およびii)細胞に対する薬物の活性の低下を測定することによりADAを検出することを含む。
特定の特異的な実施形態において、回収されたADAは、インビトロアッセイにおいて検出される。例えば、かかるアッセイは、i)回収されたADAを、検出可能な標識で標識された薬物と接触させること;およびii)検出可能な標識を測定することによりADAを検出することを含む。説明のために、検出可能な標識は、放射性同位体、酵素、蛍光標識、化学発光標識、および電気化学発光標識から選択される標識、並びに酵素検出反応のための基質である。
特定の特異的な実施形態において、薬物は、ドメイン抗体などの抗体フラグメントである。特定の特異的な実施形態において、薬物は、ペグ化されている。
特定の特異的な実施形態において、薬物はルリズマブ(すなわち、ペグ化された抗CD28ドメイン抗体)である。例えば、この薬物は約62℃の高温で前処理される。例えば、ADAは血清試料において検出される。
図1.ルリズマブは、連続培養からの細胞または解凍したばかりの細胞のいずれかを用いたJurkat.CAおよびRajiデュアル細胞バイオアッセイにおいて、T細胞活性化およびIL-2駆動ルシフェラーゼレポーター製造を用量依存的に阻害した。A).連続培養からの細胞。異なる色の線は、ウェルごとの異なる細胞数を示す(単位:×103)。B).解凍した凍結細胞(fz)は、連続培養からの新鮮な細胞(fs)と比較して優れた性能を示した。曲線は、デュプリケートウェルからSoftmaxを用いて生成された。 図2.A).NAb PCは、ルリズマブにより阻害されたIL-2製造をレスキューした。赤:2.22のEC50を有するウサギポリクローナルAb;青:1.45のEC50を有するマウスmAbクローン13H4。B).異なる量のルリズマブの存在下でのNAb PC曲線(マウスmAbクローン13H4)。(青、赤および緑の線は、それぞれ0.53、0.96および1.09のEC50を有する0.2、0.25および0.3μg/mLのルリズマブを表す)。 図3.10の個々のSLE血清は、アッセイ培地において10倍に希釈され、次いで細胞アッセイに加えられた。エラーバーは、重複(duplication)ウェルからの標準偏差を表す。 図4.ルリズマブおよび抗ルリズマブNAb PCの熱安定性。A).異なるタンパク質の融解温度を比較するために、UNcleプラットフォームで測定された示差走査蛍光測定(DSF)。オレンジ色の縦棒は62℃を示す。B).ルリズマブ;C).抗ルリズマブNAb PCは、異なる温度で30分間加熱され、冷却され、次いで細胞ベースのアッセイに加えられた。NAb活性は、0.25μg/mL薬物の存在下でテストされた。生の値は、0μg/mL群に正規化され、相対活性が示された。本明細書ではウサギpAbのみが示されるが、mAbクローン13H4は同様の結果を有した。D).NAb PCのpH安定性。ウサギpAbまたはマウスmAbクローン13H4 NAb PCは、異なるpHで60分間処理され、中和され、次いで細胞アッセイに加えられた。生の値は、pH7.0群に正規化され、相対活性が示された。 図5.アッセイ感度の決定。NAb PCは、プールされた正常なヒト血清中にスパイクされ、BEHD抽出され、細胞ベースのアッセイにおいて分析された。エラーバーは、6セットのデータからの標準偏差を示す。
発明の詳細な説明
本発明は、試料からADAを定性的および/または定量的に検出するための新規なアプローチに関する。
特定の実施形態において、本発明は、試料における抗薬物抗体(ADA)を検出する方法を提供する。かかる方法は、a)高温で試料を前処理し、試料中のADA:薬物免疫複合体を解離させること;b)マトリックスにより試料からADAを単離すること;c)バッファーを使用してマトリックスからADAを回収すること;およびd)細胞ベースのアッセイまたはインビトロアッセイにおいてADAを検出することを含む。所望により、高温は60℃から68℃の間である(例えば、約60℃、約61℃、約62℃、約63℃、約64℃、約65℃、約66℃、約67℃、または約68℃)。所望により、試料は、約30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、105、110、115、または120分などの約30分から約2時間(例えば、約30-60分)の期間、高温で前処理される。
特定の特異的な実施形態において、ADAは、酸処理に感受性である。特定の特異的な実施形態において、薬物は、ADAより低い熱安定性を有する。所望により、薬物は、抗体またはそのフラグメント、核酸、ペプチド、ポリペプチド、ペプチド模倣物、炭水化物、脂質、または小分子化合物から選択される。所望により、試料は、体液、粘液分泌物、唾液、血液、全血、血漿、および血清から選択される生物学的試料である。所望により、試料は、薬物で処理された対象からのものである。
特定の特異的な実施形態において、ADAは、ビオチン化薬物、続いてストレプトアビジンでコーティングされたマトリックスと接触することにより試料から単離される。あるいは、ADAは、薬物と結合したマトリックスにより試料から単離される。例えば、マトリックスは磁気ビーズである。
特定の特異的な実施形態において、回収されたADAは、細胞ベースのアッセイにおいて検出される。例えば、かかるアッセイは、i)薬物の存在下で、回収されたADAを細胞に加えること;およびii)細胞に対する薬物の活性の低下を測定することによりADAを検出することを含む。
特定の特異的な実施形態において、回収されたADAは、インビトロアッセイにおいて検出される。例えば、かかるアッセイは、i)回収されたADAを、検出可能な標識で標識された薬物と接触させること;およびii)検出可能な標識を測定することによりADAを検出することを含む。説明のために、検出可能な標識は、放射性同位体、酵素、蛍光標識、化学発光標識、および電気化学発光標識から選択される標識、並びに酵素検出反応のための基質である。
特定の特異的な実施形態において、薬物は、ドメイン抗体などの抗体フラグメントである。特定の特異的な実施形態において、薬物は、ペグ化されている。
特定の特異的な実施形態において、薬物はルリズマブ(すなわち、ペグ化抗CD28ドメイン抗体;BMS-931699とも呼ばれる)である。例えば、この薬物は、約62℃の高温で前処理される。例えば、ADAは、血清試料において検出される。
本発明がより容易に理解されてもよいように、特定の語は最初に定義される。追加の定義は、詳細な説明を通して記載される。
「抗薬物抗体」または「ADA」は、薬物の任意の領域に特異的に結合する抗体である。例えば、抗薬物抗体は、薬物抗体の任意の領域、例えば、抗体の可変ドメイン、定常ドメイン、または糖構造に対して向けられてもよい抗体またはそのフラグメントであってもよい。かかる抗薬物抗体は、患者の免疫原性反応として薬物療法中に発生してもよい。ADAは、任意のヒト免疫グロブリンアイソタイプ(例えば、IgM、IgE、IgA、IgG、IgD)またはIgGサブクラス(IgG1、2、3、および4)の1つであってもよい。ADAは、例えばヒトまたは非ヒト動物(例えば、獣(veterinary))供給源を含む、任意の動物供給源からのADAを含む。
本明細書の目的のために、「Nab」または「中和抗体」なる語は、治療薬物の薬理学的活性領域に結合してその臨床効果を阻害または完全に中和することができるADAのサブセットを指す。
本発明の文脈において、「患者」なる語は、疾患を有するかまたは疾患を有する疑いのある任意の対象、好ましくは哺乳動物、およびより好ましくはヒトを指す。本明細書で使用される場合、「対象」なる語は、任意の動物(例えば、ヒトまたは非ヒト動物対象)を指す。場合により、対象は哺乳動物である。場合により、本明細書で使用される場合、「対象」なる語は、ヒト(例えば、男性、女性、または子供)を指す。場合により、本明細書で使用される場合、「対象」なる語は、動物モデル研究の実験動物を指す。
本明細書で使用される場合、「生物学的試料」または「試料」なる語は、患者由来の免疫グロブリンを含み、したがって免疫グロブリン試料と呼ばれてもよい患者から得られたかまたは患者に由来する試料を指す。一例として、生物学的試料は、体液、血液、全血、血漿、血清、粘液分泌物、唾液、脳脊髄液(CSF)、気管支肺胞洗浄液(BALF)、眼液(例えば、硝子体液、房水)、リンパ液、リンパ節組織、脾臓組織、骨髄、およびこれらの組織の1つまたは複数に由来する免疫グロブリンに富む画分からなる群から選択される材料を含む。いくつかの実施形態において、試料は、血清であるか、または血清を含むか、または血清または血液に由来する免疫グロブリンに富む画分である。試料は、体液または体組織であるか、またはそれらに由来する(それらから得られる)ことができる。いくつかの実施形態において、試料は、同じ薬物に繰り返し曝露されるなど、薬物に曝露されている対象から得られる。他の実施形態において、試料は、最近薬物に曝露されていない対象から得られるか、または薬物の計画された投与の前に対象から得られる。
本明細書で使用される場合、ルリズマブは、自己免疫および炎症性疾患(例えば、全身性ループス紅斑症)の皮下(SC)処置のために開発されている、40kDa分岐ポリエチレングリコール(PEG)でフォーマットされた抗ヒトCD28受容体アンタゴニストVkドメイン抗体(dAb)である。例えば、ルリズマブは、米国特許第8,168,759号、第8,454,959号、および第9,085,629号において参照されている。
本明細書で使用される場合、「CD28活性」は、CD80、CD86および/または別のリガンドのCD28への結合に関わるかまたはその結果として生じる活性であり、CD28媒介細胞シグナル伝達の活性化を含むが、これに限定されない。CD28活性は、T細胞増殖の誘導およびT細胞によるサイトカイン分泌、例えばインターロイキン2(IL-2)の誘導も含む。
「ドメイン抗体」は、抗体の重鎖(VH)または軽鎖(VL)いずれかの免疫グロブリン可変ドメインに特徴的な配列を含み、抗原に特異的に結合する折りたたまれたポリペプチドドメインを意味する。したがって、「ドメイン抗体」は、完全な抗体可変ドメイン、並びに、例えば1つまたは複数のループが抗体可変ドメインに特徴的でない配列により置き換えられている改変可変ドメイン、または短縮されているかまたはNまたはC末端伸長を含む抗体可変ドメイン、並びに可変ドメインの折りたたまれたフラグメントおよび完全長ドメインの標的抗原特異性を含む。「dAb」は、本明細書では「ドメイン抗体」と互換的に使用される。
本明細書で使用される場合、「標識された」なる語により修飾される物質(entity)(例えば、抗体、抗薬物抗体、薬物、タンパク質、酵素、抗体、抗体フラグメント、複数ドメイン生物治療薬(例えば、抗体薬物コンジュゲート)、または関連種)は、実験的に検出可能な別の分子または化学物質(例えば、「検出可能な標識」)とコンジュゲートしている任意の物質を含む。標識された物質についての標識として適切な化学種は、酵素、蛍光色素;量子ドット;光学色素;発光色素;および放射性核種を含むが、これらに限定されない。
本発明は、さらなる限定として解釈されるべきではない以下の実施例によりさらに説明される。この出願を通して引用された全ての図および全ての参考文献、特許および公開された特許出願の内容は、参照により本明細書に明示的に組み込まれる。
実施例1
1.導入
生物学的治療薬、または生物治療薬は、多くの病状の処置に承認されている。従来の小分子に勝る多くの利点にも関わらず、生物治療薬は、典型的に免疫原性と呼ばれるそれ自体に対する免疫応答を誘導する可能性を有する(1)。免疫原性は人体の自然な防御機構であり、通常は保護的である。適応免疫応答の一部として、宿主が感染性病原体、腫瘍抗原またはワクチンなどの外因性タンパク質または変化した自己抗原に遭遇すると、体はこれらの外来/変化した自己タンパク質に対する抗体を開発してもよい。しかしながら、生物治療薬の場合、一般に抗薬物抗体(ADA)と呼ばれるこれらの薬物特異的抗体は、局所的なインフュージョンリアクションから生命を脅かす過敏症および赤芽球癆、PRCAなどのより深刻な有害事象に至るまで幅広い安全関連の事象を誘導することができる(2、3)。さらに、ADAは、低下した薬効をもたらすことができる(4-6)。
ADAにより誘導される低下した薬効は、加速した薬物クリアランス、またはADA、中和ADAまたはNAbの特別な亜集団いずれかによるものであり、これは、立体障害により薬物が標的に結合するのを防ぐかまたは結合時に下流のシグナル伝達を阻害するかのいずれかにより、治療効果を低下させる。現在、ADAの中和能の特徴付けのために可能な限り機能的な細胞ベースのNAbアッセイを実施することが、保健当局により推奨される(7)。従来の細胞ベースの機能的NAbアッセイにおいて、システム薬物として指定された一定量の薬物が対照として細胞に加えられ;NAbの存在による統計的に有意な任意のシグナル変化は、試料中の中和活性の存在を意味する。処理からの循環薬物の存在下で、試料中の薬物に対するNAbのモル比によっては、NAbは、薬物と複合体を形成し、バイオアッセイにおいてシステム薬物に結合するためにもはや入手可能でなくてもよく;このことは、低下したまたは偽陰性のNAb検出をもたらす。患者試料中の高レベルのmAb治療薬は、機能的な細胞ベースのNAbバイオアッセイにとって特に問題がある(8)。
さらに、臨床血清試料は、しばしば細胞に直接影響し、NAbの存在に関わらず機能アッセイの読み取りに影響を与えてもよいマトリックス成分(成長因子、サイトカインなど)を含有してもよい。機能的バイオアッセイの読み出しにおける干渉因子からの小さな摂動(perturbation)は許容可能であってもよいが、対象ごとの時間的変動は、NAbの存在について試料を正確に特徴付けることを不可能にしてもよい。
酸解離によるビーズ抽出(BEAD)試料前処理手順は、酸を使用して薬物/ADA免疫複合体を解離し、続いて過剰なビオチン化薬物を加えてADA結合について競合することにより、薬物およびマトリックス干渉の両方を処理するように変更および最適化されている。次いで、ビオチン化薬物/ADA複合体は、ストレプトアビジンでコーティングされた磁気ビーズにより捕捉され、一方で血清因子および薬物は洗浄により除去される(9)。複数のプロジェクトにうまく適用されている(10)が、ポリエチレングリコール(PEG)とコンジュゲートされた生物治療薬は、ルリズマブの場合のように、この酸解離ベースの抽出と互換性がなくてもよい。ルリズマブは、40キロダルトン(kDa)分岐PEGでフォーマットされた分化28(CD28)受容体アンタゴニスト免疫グロブリン軽鎖可変領域(Vκ)ドメイン抗体(dAb)の抗ヒトクラスターである。あるいは、薬物/ADA免疫複合体を破壊しただけでなく、ドメインAb薬物を選択的に変性させた試料を62℃で加熱することにより、ドメインAbのより低い熱安定性を利用した。薬物/ADA複合体を破壊するための最初の工程として、BEAD方法において酸が使用され;中和時に、過剰な循環薬物は、ADA結合についてビオチン薬物と競合し、このことは該薬物を打ち負かすためにはるかに高い量のビオチン薬物を必要とする。したがって、62℃でのドメインAb薬物の不可逆的変性は、はるかに少ないビオチン薬物が必要とされるため、酸ベースのBEAD方法より優れている。さらに、酸処理の最初の工程を排除するための過酷な酸の代わりの熱の使用は、酸に感受性なNAb種を保存してもよい。
2.材料および方法
2.1.試薬
RPMI-1640、熱不活化ウシ胎児血清(FBS)、G418、HEPESおよびピルビン酸ナトリウムを、Gibco/Life Technology(グランドアイランド、NY)から購入した。NeoLite Luciferase Reporter Gene Assay Systemを、PerkinElmer(ウォルサム、MA)から購入し、Hi-Sur Mag Streptavidin Beadを、OceanNanotech(サンディエゴ、CA)から購入した。プールされたヒト血清、個々の正常なヒト血清、および個々の罹患ループスヒト血清を、Bioreclamation(ヒクスビル、NY)から購入した。Jurkat T細胞およびRaji B細胞株をATCCから元は得て、Jurkat T細胞をさらに改変し、IL-2駆動ルシフェラーゼを安定して発現するJurkat.CA細胞を生成した。中和陽性対照は、医薬品に対する独自のモノクローナルマウスアフィニティー精製抗体である。
2.2.細胞培養
IL-2駆動ルシフェラーゼを発現する安定的にトランスフェクトされたJurkat細胞(Jurkat.CA)およびRaji細胞を、ベントキャップ細胞培養フラスコ(BD Falcon、フランクリンレイクス、NJ)中で37℃、5%CO2および95%相対湿度(RH)で増殖させた。増殖培地は、両方の細胞について10%熱不活化FBSを有するRPMI 1640であった。Jurkat.CA細胞株増殖培地は、400μg/mLのG418、HEPESおよびピルビン酸ナトリウムも含有した。両方の細胞株についての低温培地は、10%DMSOを補足した純粋なFBSであった。解凍時、細胞を1回洗浄し、バイオアッセイ培地(10%FBSを補足したRPMI-1640培地)中に再懸濁し、バイオアッセイにおいて直接使用した。
2.3ビーズ抽出および酸解離(BEAD)手順のためのテスト対照の調製
異なる濃度のNAb PCを、5μg/mlの医薬品ありまたはなしで、プールされたまたは個々の健康なヒト血清中にスパイクし、室温で4時間回転させてインキュベートし、免疫複合体を形成させた。異なる濃度の医薬品も、同じ方法でヒト血清中にスパイクし、調製した。次いで、試料を分注し、使用するまで-70℃で凍結した。
2.4.ビーズ抽出および酸解離(BEAD)およびビーズ抽出および加熱解離(BEHD)手順
以前に公開された酸解離による固相またはビーズ抽出(BEAD)手順を採用して、わずかに変更してADAを抽出した(9)。簡単に説明すると、上記で調製した100μLのヒト血清試料および対照試料を、最初に等量の400mMグリシン-HCl、pH2.0と混合し、室温(RT)で60分間、シェーカー(Labnet Orbit P4、ウッドブリッジ、NJ)で1200rpmでインキュベートした。次いで、各試料を、50μg/mLビオチン化薬物を含有する28μLの1.8M Trizma Base(pH8.8)で中和し、シェーカーで90分間1200rpmでインキュベートした。あるいは、100μLの対照および試料を、KingFisher Deepウェル96ウェルポリプロピレンプレートに加え、プレートシーラーで覆い、62℃に設定され400rpmで振とうするEppendorf Thermomixer R中で40-60分間インキュベートした。ディープウェルプレートを~15分間冷却した後、28μLのビオチン化薬物(DPBS中の1%BSAで希釈した50μg/mL)を加え、次いで試料プレートを、1000rpmで振とうしながら2-8℃で一晩インキュベートした。次いで、医薬品から解離され、酸または加熱処理のいずれかからのビオチン薬物に結合したADAを、250μgのストレプトアビジンでコーティングされた磁気ビーズ(10mg/mLで加え、1000-1200rpmで振とうしながらRTで60分間インキュベートした25μL)上に固定した。次いで、ビーズ複合体を、磁気プレートにより捕捉し、600μLのPBSTで2回洗浄し、KingFisher Flex Magnetic Particle Processor(Thermo Scientific、ウォルサム、MA)を使用して60μLの2xRPMI-1640、pH2.3で溶出した。50μLの最終溶出溶液を、22μLの100mM HEPES、pH8.2を含有する新しい96ウェルポリプロピレンプレートに移した。
2.5.中和活性を検出するためのバイオアッセイ
IL-2-ルシフェラーゼバイオアッセイを使用して、試料中の抗治療タンパク質中和抗体の不在、存在、または相対レベルを評価した。簡単に説明すると、セクション2.4からの30μLの中和されたBEAD溶出液を、15μLの250ng/mLのシステム薬物とともに、96ウェルハーフエリア白色プレート中でRTで20-40分間インキュベートした。Jurkat.CA細胞を解凍、洗浄し、バイオアッセイ培地(RPMI 1640中の10%FBS)中で最終濃度3.0x10細胞/mLに再懸濁し、15μLをプレートに加え、RTでさらに20分間インキュベートした。最後の工程で、Raji細胞を解凍、洗浄し、2.5μg/mLの抗ヒトCD3Abを含有するバイオアッセイ培地中で最終濃度1.5x10細胞/mLに再懸濁し、これの15μLをプレートに加え、混合し、次いで37℃、5%CO、95%湿度に設定されたインキュベーターに4時間移した。インキュベーション後、75μLのNeolite Luciferase溶液を各ウェルに加え、混合し、500rpmで振とうしながら暗所RTインキュベーター中に入れ、遠心分離し、次いでデフォルト96ウェル発光プロトコルを有するEnSpire(PerkinElmer、ウォルサム、MA)プレートリーダーを使用して読み取った。
2.6.タンパク質熱安定性についてのDSF
同時静的光散乱による示差走査蛍光測定を、UNcleプラットフォーム(Unchained Labs Inc.)で実行した。簡単に説明すると、精製タンパク質試料をDPBSバッファー、pH7.2(Thermofisher)中で1mg/mLに希釈し、それぞれの9μLをマイクロキュベットアレイ中に3重にロードした。試料凝集の程度を、分析開始前にオンライン動的光散乱により決定した。温度により誘導されるタンパク質アンフォールディングを、各工程で30秒の温度安定化を伴う1℃の工程勾配を使用して、20℃から85℃までの加熱による固有蛍光の変化を測定することにより決定した。Tm(融解温度に対応するアンフォールディング曲線の中点)を、摂氏温度の関数として、ナノメートルの重心蛍光を使用して、UNcle Softwareにおいて計算した。実験の過程の間、凝集体形成について検出および制御するために、266nmおよび473nmでの同時静的光散乱を記録した。
2.7統計的方法
2.7.1対照精度評価
分散分析(ANOVA)モデルの文脈における分散成分法を使用して、対照試料について精度の推定値を計算した(11)。ANOVAモデルは、日内に(within day)分析者、アッセイ日およびアッセイプレートについての要素を含んだ。分析者間、日間、プレート間およびプレート内の分散の推定値を、ANOVAモデルにおいて算出し、それぞれを標準偏差(SD)として表し、次いで変動係数(CV[%]=100SD/平均)として表した。総標準偏差(Total SD)を、これらの分散推定値の合計の平方根として算出した。総CV(%)(100Total SD/平均)を使用してプレート許容(acceptance)を設定した。
2.7.2カットポイント評価
各ループス患者試料を、3人の分析者により2回、6つの異なる機会にアッセイした。NAbアッセイカットポイントを、公開された方法を使用して計算した(12)。日に渡るRLUのプレート間の変動を補正するために、患者試料RLUとプレートNegative Control(NegC)RLU(それぞれについての平均デュプリケート)の比を算出した。カットポイント評価のために比を使用したため、同じプレートからの患者試料RLUとNegC RLUの間の相関を計算し、データをプロットした。正の相関は、比計算方法の使用を支持する。
NAbアッセイカットポイントを計算するために、試料比の分布の正規性を評価した。外れ値を、各患者試料についての個々の比に基づいて評価した。値が分布の25パーセンタイルから四分位範囲の3倍を引いた値を下回った場合、または分布の75パーセンタイルに四分位範囲の3倍を加えた値を超えた場合、値を外れ値と見なした。
外れ値の除外および正規性への対数変換の後、NAbアッセイカットポイントを、比についての片側パラメトリック99%間隔の下限として計算した。使用した方程式の形式は次のとおりである。
該式において、「MeanRatio」は、外れ値の除外の後の対数比の平均であり;「z」は、正規曲線下の下1%テール領域に対応する正規分布からの「zスコア」の値であり(2.33);「TotalSDRatio」は、外れ値の除外の後の比の対数についての総標準偏差の推定値である。「EXP」は式の真数である。
3.結果
3.1.細胞アッセイにおけるIL-2製造の治療誘導阻害
ルリズマブは、40kDaの分岐PEGでフォーマットされた抗ヒトCD28拮抗免疫グロブリン軽鎖可変領域(Vκ)dAbである。それは、T細胞活性化の強力な阻害剤であり、インビトロアゴニスト、共刺激、および架橋実験により決定される純粋なアンタゴニストである(13-15)。図1Aに示すように、連続培養からのJurkat.CA細胞は、アゴニスト抗CD3AbおよびRaji B細胞(CD80/CD86を提供してJurkat.CA細胞上のCD28に関与させる)により活性化されると、高レベルのIL-2プロモーター駆動ルシフェラーゼレポーターを製造した。ルリズマブは、T細胞活性化およびルシフェラーゼレポーター製造を用量依存的に阻害した(図1A)。
下流の試料テストを容易にするために、凍結細胞を解凍し、すぐにアッセイにおいて使用して、凍結細胞をすぐに播種できる試薬として使用できるかどうかを見、このことは、凍結細胞が回復して継続的な細胞培養の維持を開始するためのおよそ3-7日の待ち時間についての必要性を排除した。連続培養からの細胞と比較して、解凍したばかりの細胞においてはるかに高い生シグナルを見出した(図1B)。異なる数および比のJurkat.CA細胞およびRaji細胞は、各曲線のEC50により示されるように、異なる生シグナル、応答ウィンドウ、並びに感受性を示した。必要とされる生シグナルおよび総細胞数のバランスのためのさらなるアッセイ開発および最適化のために、ウェルあたり45,000個のJurkat.CA細胞および22,500個のRaji細胞を選択した(図1Bおよび表1)。
3.2.ルリズマブに対する中和AbはIL-2製造をレスキューした
潜在的なNAb陽性対照(PC)のパネルを細胞アッセイにおいてスクリーニングし、最も強力なクローンを選択した。図2Aに示すように、ウサギポリクローナル抗体(pAb)PCおよびマウスモノクローナル抗体(mAb)PC両方が、0.4μg/mLのルリズマブ(すなわち、細胞アッセイにおける薬物の最終濃度であるシステム薬物)の存在下で用量依存的にルシフェラーゼレポーターの発現をレスキューした。最も感度の高いNAbアッセイを行うには、良好なシグナル対ノイズ比(S/N)および低い変動係数(CV)をなお維持しながら、システムの薬物レベルを可能な限り低くする必要がある。予想通り、薬物濃度が高いほど、NAb PCの不在下でのルシフェラーゼレポーターのシグナルは低くなる(図2Bおよび表9)。0.3μg/mLのシステム薬物はNAb曲線全体で最高のS/Nを示したが、NAbアッセイの感度が決定されたNAb曲線の下端に注意を払う必要がある。したがって、0.25μg/mLのシステム薬物を、さらなるアッセイの最適化のために選択し;このシステム薬物レベルでは、0.125、0.25および0.5μg/mLのNAbは一貫して他の2つの薬物濃度より高いS/Nを有した(表2)。
3.3BEAD処理によるルリズマブの存在下でのNAbの低い回収
ルリズマブは、自己免疫疾患および炎症性疾患の処置のために開発されており、患者は循環中に高い量の炎症性サイトカインをしばしば発現する(14)。図3に示すように、10の個々の全身性エリテマトーデス(SLE)血清を、アッセイ培地中に10倍に希釈し、細胞ベースのアッセイに加えると、1つの試料(S8)は50%を超える増加を有し、4つの試料(S2、S3、S5&S9)は、培地のみの対照試料と比較して、ルシフェラーゼ生シグナルの50%を超える阻害を有した。このことは、10倍希釈はSLE血清中の全ての干渉因子を希釈するのに十分ではないことを示唆する。しかしながら、試料中のNAbも希釈されるため、さらなる希釈はNAbアッセイの低下した感度をもたらす。例えば、アッセイが20倍希釈を必要とし、かつアッセイが希釈後に0.5μg/mL NAbしか検出できない場合、NAbアッセイの感度は純粋なテスト血清において10μg/mLと高くなる可能性が潜在的にある。臨床試料において予想されるルリズマブレベルは5μg/mLと高く、これは試料を希釈して抽出せずにアッセイに加えた場合、15μg/mL未満のNAbは検出されなくてもよいことを意味する(ルリズマブの分子量は約50KDaであり、15μg/mLのNAbは全て、5μg/mLのルリズマブと1:1のモル比で免疫複合体を形成し、アッセイにおいてシステム薬物に結合できなくなる)。酸解離によるビーズ抽出(BEAD)を最初にテストして、NAb PCが酸処理、続いてビオチン化薬物/ビーズ複合体に結合させること、およびストレプトアビジンでコーティングされた磁気ビーズから溶出されることにより試料中の薬物から解離できるかどうかを見た。この抽出は、試料中の過剰な量の薬物だけでなく、アッセイに干渉する可能性のあるマトリックス因子も除去する。BEADは複数の細胞ベースの機能的NAbアッセイにうまく適用されているが、BEAD処理後のNAb活性は、ルリズマブNAbアッセイについて不十分であった。相対NAb活性の任意カットポイントを1.3に設定すると、5μg/mLの薬物の存在下でのNAb検出の感度は8μg/mLあたりになる(表2およびデータは示さず)。クローン13H4が酸安定性であること、およびビオチン薬物の増加した量、ストレプトアビジン磁性ビーズの増加した量、並びにさまざまなpHでの酸処理の可変の長さなど抽出の各重要な工程の最適化を確認した後、何も改善を達成しなかった(データは示さず)。ルリズマブは小さな12kDaのタンパク質骨格を有するが、それは500kDaのタンパク質のものと同等の巨大なスペースを占める40kDaの分岐PEG部分を有する。低pH下で分岐PEG部分が、NAbおよびビオチン化ルリズマブタンパク質の相互作用を(例えば立体障害により)防ぎ、最終的にNAbの低い回収をもたらしてもよいとの仮説を立てた。
3.4ルリズマブおよび陽性対照の熱安定性
非ペグ化ルリズマブは、150kDaのNAb PCと比較してわずか12kDaと非常に小さい。このことにより、加熱時にルリズマブが選択的かつ不可逆的に変性され、ビオチン化非ペグ化薬物により抽出されるべきインタクトなNAbが残ってもよいかどうかを調べた。最初に、ペグ化または非ペグ化いずれかのルリズマブ、並びにUNcleプラットフォームで示差走査蛍光測定(DSF)を使用してPBSで調製された抗ルリズマブNAb PCのパネルの熱安定性を比較した。図4A&表3に示すように、PEG部分を有するまたは有しないルリズマブははるかに低い融解温度を有し、そのためそれらのほとんどは62℃ですでに変性した一方、pAbおよびmAb両方を含む全てのNAb PCはこの温度下で変性し始めているのみであった。
ルリズマブおよびNAb PCの異なる熱安定性をさらに確認するために、ウサギpAb#1およびクローン13H4を異なる温度で50-60分間加熱し、次いで細胞ベースのアッセイに加えて残りの活性をテストした。62℃下で加熱された薬物について、特に薬物濃度が低い場合(0.5μg/mLあたり以下)に有意な活性が失われたが、テストされた全てのNAb PCは、テストされた全ての温度下でその活性を維持した(図4Bおよび4C)。これらの結果は、62℃下で、テストした全てのNAb PCが活性なままである一方でほとんどの薬物が不可逆的に変性したことを示唆する。興味深いことに、NAb PCのpH安定性をテストした場合、マウスmAbクローン13H4は、BEADの最初の酸処理に使用されたのと同じpHであるpH2.1に対する耐性を示した一方、ウサギpAbは、pH2.1処理後にほぼ60%の活性を失った(図4D)。他のプロジェクトにおいて、ポリクローナルNAb PCについての同様の不十分なpH安定性を観察した(データは示さず)。同じウサギpAbが62℃で加熱された場合にほとんど全ての活性を維持したという事実は、加熱がpH感受性ADA/NAb解離についての潜在的な代替手段である可能性があることを示唆した。
3.5.酸処理の代わりの加熱が抗ルリズマブNAb回収を増加させた
薬物とNAb PCの間の有意差を示す有望な熱安定性データを用いて、BEAD抽出における酸解離の効果のない最初の工程の代わりとして62℃での加熱を評価した。血清中の異なる濃度のウサギpAbまたはマウスmAbクローン13H4を、5μg/mLルリズマブありまたはなしでRTで少なくとも4時間インキュベートして、免疫複合体の形成を確実にした。次いで、試料を予熱した62℃のヒートブロック中でインキュベートし、30分間カバーし;または400mMグリシン、pH2.0で60分間処理した。次いで、pH8.8である1%BSAを含むPBSまたは1.8M Trisのいずれかで調製したルリズマブのビオチン化タンパク質骨格(50μg/mL)28μLを、それぞれ冷却プレートまたは酸処理プレートに加えた。4℃で一晩インキュベートした後、ストレプトアビジンでコーティングされた磁気ビーズを加えて、ビオチン-薬物/NAb複合体をプルダウンした。ビーズ洗浄後、NAbをビーズから酸溶出し、中和し、最後に細胞ベースのアッセイに加えた。表4に示すように、薬物/NAb免疫複合体を解離するための加熱は、酸解離よりはるかに優れたNAb回収を有し、この新しい手順を、ビーズ抽出および加熱解離(ead xtraction and eating issociation)(BEHD)と呼ぶ。ウサギpAb PCについて、加熱は、薬物群ありまたはなしの両方において、4μg/mL NAbで1.5を超える相対NAb活性を達成したが;酸処理群において、16μg/mLのNAbのみが1.5を超える相対NAb活性を達成した。同様に、4μg/mLのクローン13H4は、加熱により処理した場合に1.6を超える相対NAb活性を達成したが、同じレベルの1.6を超える相対NAb活性は、酸処理群において8-16μg/mLでのみ発生した。
3.6.アッセイ検証
最適化された細胞アッセイおよびBEHD抽出を用いて、アッセイを次のパラメーターを用いて検証した:カットポイント、精度、感度、薬物干渉、選択性および安定性。
3.6.1カットポイント
カットポイントを、50の研究中の処置歴のないSLE患者の血清試料を使用して評価した。各試料を、2日間にわたって3人の分析者により2つのプレート上でデュプリケートで分析した。SLE患者試料に加えて、各プレートは対照試料を含有した。陽性対照クローン13H4(PC)を、抗ルリズマブNAbを健康なドナーからのプールされた血清中にスパイクすることにより調製した。LPCは、血清中の3μg/mL(LPC-1)または2.5μg/mL(LPC-2)の低陽性対照中和抗体であった。該方法はBEHD抽出の前処理を有するため、LPC-1およびLPC-2も、LPC抽出対照(LPC-EXC)として5μg/mLルリズマブの存在下で調製し、各分析においてBEHD抽出をモニターした。HPCは、10μg/mLの高陽性対照中和抗体であった。NegCは、PCを有さない健康なドナーからの同じプール血清である。PCおよびNegC試料を、各プレート上でそれぞれ2および3セットのデュプリケートとして分析した。各プレートについての許容基準は、変動係数、各PCの30.0%以下のCV(%)として設定された。さらに、NegCの平均生相対発光単位(RLU)値は、LPC、LPC-EXC、およびHPCの値より低い必要がある。6個のPC(HPC、LPC、およびLPC-EXC)の少なくとも4個および各レベルで少なくとも1個は、プレート許容を満たす必要がある。3個のNegCデュプリケートの少なくとも2個は、%CV基準を満たす必要がある。
NegCを、対照および患者試料と同じように処理した。プレートに渡るRLUの可能性のある変動を説明するために、SLE患者試料カットポイントを、試料RLUとプレートNegC RLUの比(比=RLU/NegC RLU)を使用して計算した。プレートに渡るSLE試料RLU対NegC RLUの間の強い相関関係を観察し(ピアソン「r」=0.96)、これはプレート間のRLUの変動を補正するためのNegC RLUの使用を支持する。
正規性仮定を、シャピロ-ウィルク検定により確認した。外れ値の除去の後、試料RLU/NegC RLUの比に基づくNAbアッセイカットポイントを、1.61と決定した(99%信頼レベル、表5)。1.61以上の平均RLU/NegC RLU値を生成する試料を、中和性であると見なす。
3.6.2.精度
精度評価(CV[%])を、PC比(PC/NegC RLU比)についての全ての12回の分析に渡って実行した。表6を参照のこと。分析を、セクション2.7.1で説明されるように、各対象試料およびドナー試料について別々に実行した。総精度を含む全ての精度の推定値は、全ての対照試料に渡って18.4%(%CV)以内であった。HPC/NegCのみがカットポイント1.61より高い片側99%予測区間の下限を有するため、HPC/NegCについての許容基準は1.94以上であるが、他の全てのPCはカットポイント(cup point)1.61以上である。
3.6.3選択性
選択性を、20の個々のSLEヒト血清研究試料を用いて評価した。試料を、スパイクせずにおよびLPCレベルの抗ルリズマブ(3μg/mL)でスパイクして分析した。スパイクされていない試料の75%が陰性で、LPCでスパイクされた試料の100%が陽性であった(表7)。
3.6.4選択性
アッセイ感度を、アフィニティー精製されたマウス抗ルリズマブNAb PCがカットポイント1.61以上で一貫して結果を製造する最低濃度として定義する。PC抗体を、プールされた正常なヒト血清中に40、20、10、4、2、1および0.5μg/mLでスパイクした。カットポイント評価中に、3人の分析者が2日間で合計6個の曲線を分析した。これら全ての分析において陽性と確実にテストされたPCの最低濃度は、2.0μg/mLであることが見出された。全ての6つの曲線を4パラメーターロジスティック(4PL)関数を用いて分析し、GraphPad Prismaソフトウェアを使用して1.61で補間した。中央値(media value)は1.31であるため、アッセイの推定感度は1.31μg/mLに設定される(図5)。
3.6.5薬物干渉
3μg/mLのLPC-1およびNegCを、10、5、2.5および1μg/mLのルリズマブでスパイクして、アッセイの薬物耐性を推定した。ルリズマブでスパイクしたLPCは、テストした最高濃度(10μg/mL)で陽性反応を製造することができ、ルリズマブでスパイクした全てのNegC試料は陰性(非中和)結果を製造したため、アッセイはLPC-1レベルの10μg/mLを超える薬物に耐えることができる(表8)。
3.6.6NAb PCの安定性
ヒト血清中の抗ルリズマブNAb PCの室温および凍結融解安定性を、HPC、LPC-1およびLPC-1-EXCレベルを使用して評価した。各対照レベルの3つのアリコートを、周囲室温に24時間さらすかまたは10回の凍結融解サイクルにかけた。試料をアッセイし、カットポイントに関して分類した。全ての試料は、NAb PCが周囲室温で24時間、または最大10回の凍結融解サイクルで安定していることを確認する各条件でスクリーニング基準を満たした(表9)。
4.ディスカッション
細胞ベースの機能的NAbアッセイについて、特にmAb生物療法についての主な課題の1つは、細胞ベースのアッセイにおいてNAbの検出にしばしば干渉する、患者のテスト試料中に存在する高い量の薬物である(16、17)。
典型的なADAアッセイにおいて、ビオチンコンジュゲート薬物およびHRPまたはルテニウム標識薬物をテスト試料に加えて、試料中のADAについての循環薬物と競合させる。十分なADAが標識薬物と複合体を形成できる限り、試料は架橋アッセイにおいてADA陽性としてテストされる。言い換えれば、過剰な標識薬物の存在下で、平衡をシフトして、ADA循環薬物複合体よりADA標識薬物複合体形成を優先することが可能である(18)。しかしながら、細胞ベースのNAbアッセイにおいて、細胞は、試料中の薬物対ビオチン化薬物などの加えられた薬物を区別できない:存在する全ての薬物が、細胞に直接または間接的に影響を与えることができる。したがって、薬物レベルがNAbに対して1:1のモル比を超える場合、細胞ベースのアッセイに加える前に過剰な薬物を除去しない限り、NAbは検出されない。免疫原性テストのための高い量の薬物を除去するための最初の成功した方法は、SPEAD、酸解離による固相抽出(Solid Phase Extraction with Acid Dissociation)である:薬物/ADA免疫複合体を含有する試料を、最初にビオチン化薬物と一晩インキュベートして、ビオチン-薬物/ADA複合体を形成させ;次いで、これらの複合体を、高結合のストレプトアビジンでコーティングされたプレートにより捕捉する。洗浄後、ADAを、酸を使用してビオチン薬物から溶出する(19)。この元のSPEAD方法に対する2つの制限がある:1)一部のADA/NAb PCは非常に低いオフレートとともに高い親和性を有し、そのため一晩のインキュベーションはビオチン-薬物/ADA複合体に有利な新しい平衡を形成するのに十分でない。2)さらに、高結合のプレートは制限された結合能力を有し、これは加えるべきビオチン化薬物の量を制限し;テスト試料中の薬物が高すぎる場合、加えられたビオチン化薬物の限られた量が、小さいパーセンテージのADA/NAbを回収することしかできず、このことは低い薬物耐性および低いNAb検出をもたらす。これらの理由から、BEADは、SPEADから進化した。酸解離工程を加えて酸を用いない一晩のインキュベーションを置き換え、より多くのビオチン薬物を加えられるようにストレプトアビジンでコーティングされた結合表面がはるかに多い磁気ビーズを使用してプレートを置き換え、このことはADA/NAb結合についてのより効率的な競合をもたらした(10)。
BEAD方法は複数のNAbアッセイにうまく適用されているが、最近、テストした15個のNAb PCのパネルの40%もが酸に不安定であり、過酷な酸処理に耐えることができず、このことが低いNAb回収をもたらすことを見出した(データは準備中)。このことは、実際のテスト試料中のNAb種の少なくとも一部も酸に感受性である可能性があり、BEAD抽出後に検出されなくてもよいことを意味する。
本原稿において、PEG化ドメインAbなどの生物治療薬の新しい様式がBEAD抽出と互換性がなくてもよいことを、さらに実証する。本ケーススタディにおいて、完全な150kDaのNAbと比較して、ルリズマブの低い融解温度を利用した。62℃の加熱工程は、NAb/薬物複合体を解離してBEADの過酷な酸処理に置き換わるだけでなく、テスト試料中の薬物の大部分を不可逆的に変性させ、このことは非ペグ化ビオチン-ルリズマブにより抽出されるべきインタクトなNAbを残す。試料中の低下した量の機能性薬物は、ADA/ビオチン化薬物複合体への平衡を促進し、このことは抽出されたADAの増加した収量をもたらすため、薬物の不可逆的な変性が望まれる。特に、不十分な低いpH安定性を有するウサギpAb NAb PCは、62℃での加熱に耐え、このことは加熱がpH感受性ADA/NAb解離の潜在的な代替手段である可能性があることを示唆する。
優れた正確さ、精度および感度によりアッセイを検証することができた。BEHDと名付けた加熱解離方法による同じビーズ抽出は、完全なヒトAbより十分に低い融解温度を有する任意の他の生物治療薬に適用される可能性がある。知る限り、これは、免疫原性テストにおいてADA/NAbの抽出を容易にするために熱を使用した最初の報告である。
5.参照

等価物
当業者は、日常的な実験のみを使用して、本明細書に記載の発明の特定の実施形態の多くの等価物を認識するかまたは確認することができる。かかる等価物は、以下の特許請求の範囲に包含されることが意図される。

Claims (21)

  1. 抗薬物抗体(ADA):薬物免疫複合体試料における抗薬物抗体(ADA)を検出する方法であって、方法は、
    a)60℃から68℃の間である高温で試料を前処理し、試料中のADA:薬物免疫複合体を解離させ、そして薬物を選択的に変性させること
    b)マトリックスにより試料から解離されたADAを単離すること;
    c)バッファーを使用してマトリックスから解離されたADAを回収すること;および
    d)細胞ベースのアッセイまたはインビトロアッセイにおいてADAを検出すること
    を含
    薬物は、ADAより低い熱安定性を有する、
    方法。
  2. 高温が、60℃、61℃、62℃、63℃、64℃、65℃、66℃、67℃、または68℃である、請求項1に記載の方法。
  3. 試料が、30分から2時間の期間、高温で前処理される、請求項1に記載の方法。
  4. ADAが、酸処理に感受性である、請求項1に記載の方法。
  5. 薬物が、ADAより低い熱安定性を有する、請求項1に記載の方法。
  6. 薬物が、抗体またはそのフラグメント、核酸、ペプチド、ポリペプチド、ペプチド模倣物、炭水化物、または質から選択される、請求項1に記載の方法。
  7. 試料が、体液、粘液分泌物、唾液、血液、全血、血漿、および血清から選択される生物学的試料である、請求項1に記載の方法。
  8. ADAが、ビオチン化薬物、続いてストレプトアビジンでコーティングされたマトリックスと接触することにより試料から単離される、請求項1に記載の方法。
  9. ADAが、薬物と結合したマトリックスにより試料から単離される、請求項1に記載の方法。
  10. マトリックスが、磁気ビーズである、請求項8-9のいずれか一項に記載の方法。
  11. 回収されたADAが、細胞ベースのアッセイにおいて検出される、請求項1に記載の方法。
  12. i)薬物の存在下で、回収されたADAを細胞に加えること;およびii)細胞に対する薬物の活性の低下を測定することによりADAを検出することを含む、請求項11に記載の方法。
  13. 回収されたADAが、インビトロアッセイにおいて検出される、請求項1に記載の方法。
  14. i)回収されたADAを、検出可能な標識で標識された薬物と接触させること;およびii)検出可能な標識を測定することによりADAを検出することを含む、請求項13に記載の方法。
  15. 検出可能な標識が、放射性同位体、酵素、蛍光標識、化学発光標識、電気化学発光標識、または酵素検出反応のための基質である、請求項14に記載の方法。
  16. 薬物が、ドメイン抗体である、請求項1に記載の方法。
  17. 薬物が、ペグ化されている、請求項1に記載の方法。
  18. 薬物が、ルリズマブである、請求項1に記載の方法。
  19. 高温が、62℃である、請求項1に記載の方法。
  20. 試料が、血清である、請求項1に記載の方法。
  21. 試料が、薬物で処理された対象からのものである、請求項1に記載の方法。
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