JP7334199B2 - MREJタイプXXIのメチシリン耐性Staphylococcus aureus(MRSA)を検出および同定するための配列 - Google Patents
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Description
本願は、電子形式での配列表とともに出願されている。配列表は、サイズが85.6KBである、2013年3月14日に最後に保存したGENOM.114A.txtという表題のファイルとして提供されている。この情報は、その全体が参照により本明細書に組み込まれている。
本明細書に開示のいくつかの実施形態によれば、オリゴヌクレオチド、例えば、増幅プライマーおよび/または配列特異的プローブが提供される。本明細書において、用語「プライマー」および「プローブ」は、それだけに限らないが、オリゴヌクレオチドを含む。好ましくは、本明細書に開示のオリゴヌクレオチドプライマーおよび/またはプローブは、長さが8~45ヌクレオチドの間であり得る。例えば、プライマーおよび/またはプローブは、長さが少なくとも8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、またはそれ以上のヌクレオチドであり得る。プライマーおよび/またはプローブは、例えば、固体支持体に結合したもの、液体、および凍結乾燥したものを含めた、任意の適当な形態で提供され得る。本明細書に開示のプライマーおよびプローブ配列は、5’もしくは3’末端、または両方で追加のヌクレオチドを含有するように修飾することができる。しかし、増幅プライマー(必ずしもプローブではない)の3’末端への追加の塩基は、一般に、鋳型配列と相補的であることを、当業者は理解するであろう。本明細書に開示のプライマーおよびプローブ配列は、5’または3’末端でヌクレオチドを除去するように修飾することもできる。増幅のために機能するために、プライマーまたはプローブは、本明細書に開示される最小限の長さおよびアニーリング温度のものとなることを、当業者は理解するであろう。
いくつかの実施形態では、配列特異的プローブが提供される。プローブには、それだけに限らないが、本明細書に記載のオリゴヌクレオチドが含まれる。いくつかの実施形態では、本明細書に開示の配列特異的プローブは、MREJタイプxxi領域核酸配列などの標的配列に特異的にハイブリダイズする。例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に開示の配列特異的プローブは、配列番号1、またはその相補体、またはその部分配列(例えば、配列番号1内の領域のアンプリコン)に特異的にハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、配列特異的プローブは、本明細書に開示の順方向プライマーおよび逆方向プライマーの結合部位が隣接したヌクレオチド配列に特異的にハイブリダイズし、それと完全または実質的に相補的である。いくつかの実施形態では、配列特異的プローブは、配列番号2または3の少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、または25のヌクレオチドを含み、その結果、配列特異的プローブは、本明細書に開示の増幅プライマーの結合部位と重複する。
キットも、本明細書に提供されている。本明細書に開示のキット、プライマー、およびプローブは、in vitroおよび/またはin situ用途の両方において、MREJタイプxxiのMRSAを検出および/または同定するのに(いくつかの実施形態では、MREJタイプi~xxの1種または複数のMRSAをさらに検出および/または同定するのに)使用することができる。例えば、キットは、MREJタイプi~xxのMRSAを検出するための任意の以前に記載されたプライマー/プローブと組み合わせて使用することができることが企図されている。本明細書に開示の診断キット、プライマー、およびプローブは、単独で、またはそれだけに限らないが、核酸検出に基づく任意のアッセイ、任意のイムノアッセイ、任意の酵素アッセイ、任意の生化学アッセイ、任意のリソティピック(lysotypic)アッセイ、任意の血清学的アッセイ、任意の鑑別培地、任意の強化培地、任意の選択培地、任意の特異的アッセイ培地、任意の確認培地、任意の計数培地、任意の細胞染色剤、特定の細胞株に対する任意の培養液、および動物に対する任意の感染力アッセイを含めた、微生物を検出および/または同定するのに適した任意の他のアッセイと組み合わせて使用することができることも企図されている。
試料からMREJタイプxxi核酸を有するMRSAを検出、同定、および/または定量化するための方法が、本明細書に提供されている。いくつかの実施形態では、本方法は、分析される試料を、標準的な核酸増幅条件、および/またはストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、SCCmec MREJタイプxxi領域の多型右端配列に特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドと接触させるステップを含む。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、本明細書の他で記載するように、検出可能部分を含み、SCCmec MREJタイプxxi領域の多型右端配列へのオリゴヌクレオチドの特異的ハイブリダイゼーションを、例えば、直接的または間接的手段によって検出することができる。したがって、MREJタイプxxi核酸を含むメチシリン耐性Staphylococcus aureus (MRSA)を検出および/または同定するためのいくつかの実施形態は、検査試料を準備するステップと、試料を、標準的な核酸増幅条件、および/またはストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、SCCmec MREJタイプxxi領域の多型右端配列に特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプローブと接触させるステップとを含み、オリゴヌクレオチドプローブは、長さが10~45ヌクレオチドの間であり、検出可能部分を含み、接触ステップは、MREJタイプxxi配列を含むS.aureusが試料中に存在する場合、MREJタイプxxi配列のmec右端接合部へのプライマーの特異的ハイブリダイゼーションを可能にする条件下で実施される。MREJタイプxxi配列(試験される試料中に存在する場合)のmec右端接合部に特異的に結合しているプローブの存在および/または量を判定することができ、結合したプローブは、試料中にSCCmec MREJタイプxxi配列を有するMRSAの存在を示す。いくつかの実施形態では、結合しているプローブの量は、試料中にSCCmec MREJタイプxxi配列を有するMRSAの量を判定するのに使用される。
いくつかの実施形態では、MREJタイプxxi核酸を含むメチシリン耐性Staphylococcus aureus(MRSA)を検出および/または同定するための方法は、検査試料を準備するステップと、試料を、標準的な核酸増幅条件、および/またはストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、SCCmec MREJタイプxxi領域の多型右端配列に特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドプローブと接触させるステップとを含み、オリゴヌクレオチドプローブは、長さが10~45ヌクレオチドの間である。
本明細書に開示のアッセイは、対照を任意選択により含み得る。本明細書に開示のPCRまたはqPCR反応は、様々な対照を含有し得る。このような対照は、プライマー、緩衝液、酵素(複数可)、および他の必要な試薬(例えば、MgCl2、ヌクレオチドなど)が、添加される検査試料の非存在下でサイクルされる「鋳型なし」陰性対照を含むことができる。これは、試薬が、プライマーと反応性であり、疑わしい増幅産物を生成するポリヌクレオチドで汚染されていないことを保証する。「鋳型なし」対照に加えて、陰性対照は、反応物中に含まれる非特異的標的核酸との増幅反応物も含むことができ、または検査試料を添加することなく、試料調製の任意もしくはすべてのステップ(核酸抽出から増幅調製まで)(例えば、各ステップは、検査試料をまったく使用しないか、もしくはカルバペネム耐性微生物を含まないことが分かっている試料を使用する)を使用して調製される試料とすることができる。
MREJタイプxxi核酸を有するMRSAを検出および同定するためのqPCR反応を実施する。臨床試料は、Amies液体スワブ(Copan Diagnostics、Inc)を使用して患者から収集する。
MREJタイプi~vii、ix、xiii、xiv、およびxxiのいずれかを有するMRSAの存在を検出するために、マルチプレックス増幅反応を実施する。臨床試料は、Amies液体スワブ(Copan Diagnostics、Inc)を使用して患者から収集する。
MREJタイプxxi領域およびmecC遺伝子のPCR増幅を、ウシまたはヒト宿主から単離したMRSAの51単離体について実施した。
Claims (15)
- 配列番号1に示される配列の核酸又は該配列の相補体。
- MREJタイプxxi核酸を含むメチシリン耐性Staphylococcus aureus(MRSA)を検出するための組成物であって、該S.aureusは、mecAホモログ(mecALGA251)を含むブドウ球菌カセット染色体mec(SCCmec)エレメントを含み、該SCCmecカセットは、S.aureus染色体DNA内に挿入されており、それによって多型右端接合部(MREJ)タイプxxi配列を生じ、
該配列は、該右端からの多型配列および該多型右端に隣接する染色体DNAを含む配列を含み、
該組成物は、
長さが10~45ヌクレオチドの間であり、標準的なPCR条件下で前記配列番号1のヌクレオチド位置149-774を含むMREJタイプxxi核酸の多型右端配列に特異的にハイブリダイズし、該MREJタイプxxi核酸の該多型右端配列に完全に相補的である、第1増幅プライマー、及び
長さが10~45ヌクレオチドの間であり、標準的なPCR条件下で、S.aureusのorfX遺伝子に特異的にハイブリダイズする、第2増幅プライマーを含み、
該第1および第2増幅プライマーが一緒に、MREJタイプxxi核酸を含むMRSAの存在下で、該標準的なPCR条件下で、MREJタイプxxi核酸の該右端接合部のアンプリコンを生成し、該アンプリコンが、MREJタイプxxi特異的配列を含む、組成物。 - 前記標準的なPCR条件下で前記MREJタイプxxi核酸の前記アンプリコンに特異的にハイブリダイズするプローブをさらに含む、請求項2に記載の組成物。
- 配列番号156、配列番号157、又は、配列番号158内で特異的にハイブリダイズし、配列番号156内のmecA配列、配列番号157内のmecC配列、又は、配列番号158内のnuc配列を増幅することができるプライマー対をさらに含む、請求項2に記載の組成物。
- 長さが10~45ヌクレオチドの間であり、MREJタイプi~xix MRSAに由来する1種または複数の多型SCCmec右端配列に特異的にハイブリダイズする1種または複数の追加の増幅プライマーをさらに含む、請求項2に記載の組成物。
- 前記1種または複数の多型SCCmec右端配列が、配列番号5~28からなる群から選択される、請求項5に記載の組成物。
- 前記第1増幅プライマーが、配列番号2と少なくとも80%同一である、請求項2に記載の組成物。
- 前記第2増幅プライマーが、配列番号3と少なくとも80%同一である、請求項7に記載の組成物。
- 配列番号4または82と少なくとも80%同一であるプローブをさらに含む、請求項8に記載の組成物。
- MREJタイプxxi核酸を含むメチシリン耐性Staphylococcus aureus(MRSA)を検出するための方法であって、該S.aureusは、mecAホモログ(mecALGA251)を含むブドウ球菌カセット染色体mec(SCCmec)エレメントを含み、該SCCmecカセットは、S.aureus染色体DNA内に挿入されており、それによって多型右端接合部(MREJ)タイプxxi配列を生じ、該配列は、該右端からの多型配列および該多型右端に隣接する染色体DNAを含み、
該方法は、
検査試料を、長さが10~45ヌクレオチドの間であり、標準的なPCR条件下で前記配列番号1のヌクレオチド位置149-774を含むMREJタイプxxi配列の多型右端配列に特異的にハイブリダイズする第1増幅プライマーと接触させるステップと、
該試料を、長さが10~45ヌクレオチドの間であり、該標準的なPCR条件下でS.aureusのorfX遺伝子にハイブリダイズする第2増幅プライマーと接触させるステップであって、該第1および第2増幅プライマーは一緒に、MREJタイプxxi核酸を含むMRSAの存在下で、該標準的なPCR条件下で、該SCCmec右端接合部(MREJ)xxi核酸のアンプリコンを生成し、該アンプリコンが、MREJタイプxxi特異的配列を含む、ステップと、
該MREJタイプxxi特異的核酸のアンプリコンが、該接触ステップの後に生成されるか否かを判定するステップと
を含む、方法。 - 前記接触ステップが、前記試料を、長さが10~45ヌクレオチドの間であり、MREJタイプi~xix MRSAに由来する1種または複数の多型SCCmec右端配列に特異的にハイブリダイズする1種または複数の追加の増幅プライマーと接触させることをさらに含む、請求項10に記載の方法。
- 前記接触ステップが、前記試料を、前記標準的なPCR条件下でnuc配列に特異的にハイブリダイズし、nuc配列のアンプリコンを生成することができる1種または複数の追加の増幅プライマー対と接触させることをさらに含む、請求項10に記載の方法。
- 前記接触ステップが、前記試料を、前記標準的なPCR条件下でmecAおよび/またはmecC配列に特異的にハイブリダイズし、これらの配列のアンプリコンを生成することができる1種または複数の追加の増幅プライマー対と接触させることをさらに含む、請求項10に記載の方法。
- 前記MREJタイプxxi特異的核酸のアンプリコンが生成されるか否かを判定するステップが、増幅後の試料中に存在する異なるアンプリコンの一部またはすべてを判別しない、請求項10に記載の方法。
- 前記MREJタイプxxi特異的核酸のアンプリコンが生成されるか否かを判定するステップが、MREJタイプxxi特異的配列の同定を含む、請求項10に記載の方法。
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