JP7209464B2 - ヒトインターロイキン-2に対する免疫刺激性モノクローナル抗体 - Google Patents

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Description

本発明はヒトインターロイキン-2(hIL-2)へ結合する抗体に関する。より具体的には、本発明はhIL-2の特定のエピトープに結合し、エピトープへの結合時に、hIL-2のCD25への結合を阻害することができる抗体に関する。さらに、本発明は、該抗体のインビトロ及びインビボでの治療用途に関する。
悪性黒色腫は男性及び女性で頻発する癌型である。一度黒色腫が転移性になり、離れた部分まで広がると、5年生存率は極めて低く、15%であると算出されている。転移性黒色腫に対する現在可能な治療戦略では、この生存率をほとんど改善しない。
インターロイキン-2は転移性黒色腫に対する細胞傷害性リンパ球を強力に刺激することができるサイトカインである。しかし、IL-2はまた自己免疫疾患の予防に重要な、いわゆるCD25CD4制御性T細胞(Treg細胞)をも刺激することができる。重要なことに、Treg細胞は細胞傷害性リンパ球による抗腫瘍応答を著しく衰退させることができ、それ故にIL-2の有益な抗腫瘍効果と多少なりとも拮抗する。さらに臨床の抗腫瘍応答を達成するのに必要な用量では、IL-2は有害な副作用を発揮するかもしれない。
基本的なIL-2免疫療法は1980年代前半から転移性黒色腫と転移性腎細胞癌の免疫療法のために使われてきており、それらの効能は、それぞれ1996年と19992年にFDAからの承認に至っている。高用量での投与されたIL-2は、これらの致命的な転移性癌を罹患している患者の約17%において他覚症状率が、及び約6-9%において完全な退行が示された一方で、それらの用量で投与されたIL-2は、しばしば低血圧症、肺水腫、肝細胞の損傷、胃腸毒性及び全身性浮腫といった毒性の副作用に至った。さらに、前述のようにIL-2はTreg細胞を活性化し、それは順次抗腫瘍CD8T細胞及びNK細胞の活性を衰退させる。
IL-2と特定の抗IL-2モノクローナル抗体(mAb)の組み合わせは、
(1)IL-2をTreg細胞ではなく優先的に細胞傷害性リンパ球へ指向させ、かつ
(2)IL-2をより強力ではあるがより有毒でなくすること
によって実験的な癌免疫療法のマウスモデルにおいてIL-2療法の改善が示された(Boyman O、Kovar M、Rubinstein MP、Surh CD、及びSprent J. Selective stimulation of T cell subsets with antibody-cytokine immune complexes. Science (2006) 311:1924-1927; Krieg C、Letourneau S、Pantaleo G、及びBoyman O. Improved IL-2 immunotherapy by selective stimulation of IL-2 receptors on lymphocytes and endothelial cells. Proceedings of the National Academy of Sciences USA (2010) 107:11906-11911)。
このアプローチは、非変異で天然のIL-2が抗IL-2抗体(mAb)を介してCD8T細胞及びNK細胞へ運ばれ、続いて強力な抗腫瘍特性を発揮し、一方で、この種の抗IL-2mAbと複合化したIL-2はTreg細胞をほとんど活性化しないという利点がある。さらにこの種の抗IL-2mAbと複合化したIL-2は、マウスにおいては基本的なIL-2免疫療法よりさらに毒性が低い。しかし、この治療は適切な抗ヒトIL-2mAbの欠如により、今日まで患者に使用可能ではなかった。
Boyman O、Kovar M、Rubinstein MP、Surh CD、及びSprent J. Selective stimulation of T cell subsets with antibody-cytokine immune complexes. Science (2006) 311:1924-1927 Krieg C、Letourneau S、Pantaleo G、及びBoyman O. Improved IL-2 immunotherapy by selective stimulation of IL-2 receptors on lymphocytes and endothelial cells. Proceedings of the National Academy of Sciences USA (2010) 107:11906-11911)
本発明によって解決する課題は、インビトロ及びインビボで治療用途に使用するための、ヒトIL-2の特定のエピトープを認識して結合でき、それによってTreg細胞と比較して細胞傷害性T細胞及びNK細胞を優先して刺激する抗ヒトIL-2モノクローナル抗体を提供することである。この課題は独立請求項の主題によって解決される。
本発明の第一の側面によれば、ヒトインターロイキン-2(hIL-2)特異的モノクローナル抗体(mAb)又はその抗原結合フラグメントが提供され、ここで、該抗体はhIL-2の特定のエピトープに結合でき、それによってCD25への結合を阻害し、故にhIL-2/IL-2Rとの相互作用の免疫学的効果を制御する。本発明の抗体は、
a)該mAbの可変鎖は、配列番号005又は配列番号006に対して≧85%、≧90%、≧95%、又は≧99%の同一性を有するアミノ酸配列を含むこと、
b)hIL-2へ結合する該抗体は、いわゆる、mAb+hIL-2⇔mAb*hIL-2の反応を示し、式中、mAb*hIL-2は抗体とインターロイキンの結合複合体を記号で示したものであり、解離定数(K)≦7.5nmol/L、≦5nmol/L、≦3nmol/L、≦2nmol/L、又は≦1.5nmol/Lによって特徴付けられること、
c)hIL-2へ結合する抗体は解離速度(Koff)≦1x10-4-1、≦8x10-5-1、≦6x10-5-1、≦4x10-5-1、≦3x10-5-1、又は≦2.1x10-5-1によって特徴付けられること、
d)hIL-2へmAbが結合することで、結果としてmAb*hIL-2複合体は効率よくヒトIL-2受容体α(CD25としても知られる)へ結合できず、そして表面プラズモン共鳴で測定する際は、遊離の(非複合体)IL-2へのヒトCD25への結合と比較して、mAb*hIL-2複合体へのヒトCD25の結合は効果的にバックグランドレベルであること、及び/又は
e)該抗体はマウスIL-2への測定可能な交差反応性を示さないこと、
というパラメータの少なくとも一つによってさらに特徴付けられる。
マウスIL-2との交差反応性の欠如は、通常マウスモデルを必要とする前臨床試験、例えば交差反応する抗IL-2mAbが結合して内在性マウスTreg細胞から内在性マウスIL-2を隔離させ、それによって内在性抗腫瘍応答する可能性があるマウス腫瘍モデルの治療でmAb*hIL-2複合体を使用するような場合に有利である。
マウスIL-2との交差反応性の欠如は、ヒトの患者において候補mAbを開発する前に行う前臨床の安全性及び有効性試験に対しても有利である。
特定の実施態様では、hIL-2mAbは、配列番号019又は配列番号020に対して≧80%、≧85%、≧90%、≧92%、≧93%、≧94%、≧95%、≧96%、≧97%又は≧98%の同一性を有するV及び/又はV配列を少なくとも一つ含む。
特定の実施態様では、hIL-2mAbの可変鎖は配列番号003、004、005又は006に対して≧85%、≧90%、≧95%、又は≧99%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、かつ該hIL-2mAbは解離定数≦7.5nmol/L、≦5nmol/L、≦3nmol/L、≦2nmol/L、又は≦1.5nmol/Lによって特徴付けられる。
特定の実施態様では、該hIL-2mAbの可変鎖は配列番号005又は006に対して≧85%、≧90%、≧92%、≧93%、≧94%、≧95%、≧96%、≧97%、≧98%、又は≧99%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、かつ該IL-2mAbは解離速度≦1x10-4-1、≦8x10-5-1、≦6x10-5-1、≦4x10-5-1、≦3x10-5-1、又は≦2.1x10-5-1によって特徴付けられる。
特定の実施態様では、該hIL-2mAbの可変鎖は配列番号005又は006に対して≧85%、≧90%、≧92%、≧93%、≧94%、≧95%、≧96%、≧97%、≧98%、又は≧99%の同一性を有するアミノ酸配列を含み、かつ該hIL-2mAbはマウスIL-2への測定可能な交差反応性を示さない。
特定の実施態様では、有害な反応を避けてヒトの患者へ投与するために該hIL-2mAbの配列はヒト化している。
特定の実施態様では、該hIL-2mAbは抗原結合フラグメント(Fab)又は1本鎖可変フラグメント(scFv)として与えられる。
特定の実施態様では、該hIL-2mAbは、配列番号007、008、009、010、011又は012に対して≧80%、≧85%、≧90%、≧92%、≧93%、≧94%、≧95%、≧96%、≧97%、又は≧98%の同一性を有する相補性決定領域(CDR)の配列を少なくとも一つ含む。
本発明の第二の側面によれば、本発明の第一の側面に記載のヒトインターロイキン-2へ結合可能なモノクローナル抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする核酸分子が提供される。
特定の実施態様では、本発明の第二の側面に記載の核酸分子は配列番号003から004に対して≧60%、≧70%、≧80%、≧90%、≧95%、又は≧99%の配列同一性を含む。
本発明の第三の側面によれば、本発明に記載の核酸分子を含むベクターが提供される。
本発明の第四の側面によれば、本発明に記載の核酸分子を含む又は発現する細胞が提供される。
本発明の第五の側面によれば、本発明の第一の側面に記載の抗体を産生することができる細胞が提供される。
本発明の第六の側面によれば、該産生された抗体が本発明の第一の側面の抗体であることに特徴付けられるモノクローナル産生ハイブリドーマ細胞株が提供される。
本発明の第七の側面によれば、癌の、又はウイルス感染症のような免疫刺激性治療の効果がある他の疾病の、治療に使用するための治療製剤であり、
i.本発明の第一の側面に記載のモノクローナル抗体及び/又は
ii.ヒトインターロイキン-2又はヒトIL-2変異体をその対象に同時に若しくは異なる時間に与えること、を含む。
本発明の第八の側面によれば、融合タンパク質が提供される。該融合タンパク質は、
a.hIL-2結合ポリペプチドフラグメントであって、ここで前記ポリペプチドは、
i.該hIL-2結合ポリペプチドフラグメントは配列番号021又は配列番号022に対して≧85%、≧90%、≧92%、≧93%、≧94%、≧95%、≧96%、≧97%、又は≧98%同一性を有するアミノ酸配列を含むこと、
ii.前記ポリペプチドフラグメントのhIL-2へのhIL-2結合は解離定数≦7.5nmol/L、≦5nmol/L、≦3nmol/L、≦2nmol/L又は≦1.5nmol/Lによって特徴付けられること、
iii.前記hIL-2結合ポリペプチドフラグメントのhIL-2への結合が解離速度(Koff)≦1x10-4-1、≦8x10-5-1、≦6x10-5-1、≦4x10-5-1、≦3x10-5-1、又は≦2.1x10-5-1によって特徴付けられること、及び/又は
iv.該hIL-2結合ポリペプチドフラグメントがマウスIL-2と測定可能な交差反応性を示さないこと、
というパラメータのいずれか一つによって特徴付けられ、
b.配列番号001に対して≧85%、≧90%、≧92%、≧93%、≧94%、≧95%、≧96%、≧97%、又は≧98%の同一性を有するヒトIL-2ポリペプチドフラグメント、かつ任意に
c.一つの単一ポリペプチド鎖となるようにhIL-2結合ポリペプチドフラグメントをヒトIL-2ポリペプチドフラグメントへ結合させる、1~50、特に5~40、より特に10~30、さらに特に約15~25のアミノ酸のアミノ酸リンカー、
を含む。
言い換えれば、融合タンパク質は、ヒトインターロイキン-2に結合し、CD8T細胞及びNK細胞のような選択された免疫細胞を刺激するように指示する該抗体の能力を保持している。
そのような融合タンパク質を使用する利点は、ヒトIL-2が該抗体から解離することができないこと、そして治療が二つの製品ではなく単一の製品で構成されている、つまり製造、投与、法令順守の様々な面が容易になることである。
本発明の第九の側面によれば、特異的なエピトープへ結合する単離された抗体又はその抗原結合フラグメントが提供される。前記エピトープは、本発明の他の側面に記載の単離された抗体又はその抗原結合フラグメントが結合するエピトープであってもよい。ある実施態様では、単離した抗体又は分子は、アミノ酸K52、P54、K55、T57、R58、T61、F62、K63、Q94及びK96を含むヒトインターロイキン-2エピトープへ結合する。他の実施態様では、該単離された抗体又は分子は、アミノ酸N50、N53、N91、L92、A93及びN97の少なくとも一つ以上をさらに含むエピトープへ結合する。他の側面に記載の抗体又はその抗原結合フラグメントと同等のエピトープ認識特性を有する抗原認識表面を有する単離された抗体又は分子もまた提供される。
例えばコード配列又は結合エピトープのような単一の分離可能な形態の選択肢が「実施態様」として示されている場合はどこでも、そのような選択肢は自由に組み合わせて、ここで開示する本発明の各々の実施態様を形成すると理解される。
本発明は以下の例及び図からさらに例示され、そこからさらなる実施態様と利点を引き出すことができる。これらの例は発明を例示することを意図し、その範囲を限定するものではない。
図1は、抗ヒトIL-2結合を示す。B細胞ハイブリドーマ融合後に得られるB細胞クローンの上清を、予めヒトIL-2で被覆したプレートへ添加した。該抗ヒトIL-2mAbはビオチン化抗マウスIgG抗体を用いて検出した。 図2は、推定される特異的ヒトIL-2エピトープへ結合する抗ヒトIL-2mAbのスクリーニングを示す。プレートは5344(ここで標的とした超作用薬(superagonistic)挙動がないhIL-2mAb)で被覆してブロックし、続いてヒトIL-2を添加して、5344へ該サイトカインを結合させ、IL-2の特異的エピトープで覆った。次いで第一スクリーニング(図1)で陽性シグナルを与える該上清を加えた。上清中のmAbをIL-2-5344複合体へ結合させた後、試験した上清のmAbが、同じ領域(いわゆる「競合」)又はMAB602とは異なる領域に結合するかどうかを評価するためにビオチン化MAB602抗体をプレートに添加した。該競合mAbはMAB602単独で得られる吸光度より2倍低い吸光度(OD450)を示した(H11に示すように、この場合OD=1.1) 図3は、B細胞ハイブリドーマの濃度依存的競合を示す。第一スクリーニングの8つの競合B細胞ハイブリドーマクローンの上清(図2参照)を本検定で使用する前に増殖させ、濃縮した。これらの8つの競合B細胞ハイブリドーマクローン(1~8とラベルした)の上清を添加して増量した。コンピテント競合B細胞ハイブリドーマクローンは、クローン1及び2で明らかであるように、MAB602と同等かそれ以上にOD450を減少させた。異なる濃度のMAB602(緑のオープンサークル)はコントロールとして供給した。 図4は、CD8T細胞のインビボ増殖を示す。CD45.1コンジェニックIL-7トランスジェニックマウスのカルボキシフルオレセインコハク酸エステル(CFSE)標識CD8T細胞を、CD45.2コンジェニックWTレシピエントマウスへ移植し、次いで、リン酸緩衝生理食塩水、IL-2、IL-2とMAB602(IL-2/MAB602)、IL-2と5344(IL-2/5344)、IL-2とハイブリドーマ1(IL-2/Hyb#1)、又はIL-2とハイブリドーマ2(IL-2/Hyb#2)を4日間毎日注射投与した。5日目にリンパ節及び脾臓のドナーCD45.1CD8T細胞のCFSEの性質ついて分析した。リンパ節で得られた結果を示している。同様の結果が脾臓でも得られた。 図5は、IL-2とハイブリドーマ1及び2を用いてインビボ処置後の内在性CD8T細胞及びNK細胞の表現型特性を示す。マウスは図4に示す様に処置し、次いでリンパ節及び脾臓の内在性CD8部分集合体及びNK細胞をフローサイトメトリーで評価した。(A)全リンパ球のCD8対CD3のプロファイル(左のグラフ)及びCD3CD8リンパ節細胞のCD44(活性化又は記憶T細胞)対CD122(活性化又は記憶T細胞上に存在するIL-2受容体βサブユニット)のプロファイル、又は(B)示された処置を受けたマウスのNK1.1対CD3のプロファイルを示す。活性化/記憶CD8T細胞はCD44については高く、かつCD122については中から高である。NK細胞はCD3が陰性であり、NK1.1は陽性である。脾臓細胞を用いても類似の結果が得られた。 図6は、リンパ節及び脾臓の活性化/記憶CD8T細胞及びNK細胞の全細胞数を示す。実験で用いた動物は図5に示す様に処置し、分析した。リンパ節(上のパネル)と脾臓(下のパネル)のCD44高CD8T細胞(いわゆる記憶表現型MP CD8)及びCD3陰性NK1.1NK細胞の絶対細胞数を示す。 図7は、購入可能なモノクローナル抗体(MAB602)(左のグラフ)及び本発明の主題であるモノクローナル抗体NARA1(右のグラフ)のヒトIL-2に対する表面プラズモン共鳴結合曲線を示す。この実験には、アミン結合GLMチップを用いた。該チップのカルボン酸基の活性化は、1-エチル-3-3-ジメチルアミノプロピルカルボジイミド塩酸塩(0.2M EDC)とスルホN-ヒドロキシスルホスクシンイミド(0.05M s_NHS)の混合物を30mL/分、420秒間使用して行った。該抗体NARA1及びMAB602を、酢酸ナトリウム緩衝液(10mM pH4.5)の100mg/mL溶液でチップに被覆した。次いでエタノールアミン塩酸を30mL/分で300秒間添加して不活性化した。最後にヒトIL-2を異なる濃度(100nMで開始し、続いて三倍希釈)で100mL/分で添加し、600秒会合し、そして240秒解離させた。 図8は、モノクローナル抗体NARA1へ結合したIL-2と、IL-2受容体サブユニットCD25(ここではCD25-FcのFc融合体として使用した)、CD122、モノクローナル抗体MAB602、又はNARA1及びMAB602と異なるヒトIL-2エピトープへ結合する抗IL-2抗体との、表面プラズモン共鳴結合曲線を示す。NARA1及びMAB602で被覆した図7に記載した該チップを再利用した。該チップの再生は10mMグリシンを用いて、pH2.5、30mL/分、60秒で行った。ヒトIL-2は飽和濃度(1mM)で100mL/分で添加し、120秒会合し、0秒解離した。抗体へのIL-2の会合後直ちに第2の分析物を100mL/分で添加し、120秒会合し及び240秒解離した。交差結合に使用した濃度は、MAB602:50nM;NARA1:50nM;陽性参照:50nM;CD25-Fc:500nM;CD122:138nMであった。hIL-2をNARA1へ結合するとき、異なるhIL-2エピトープ(ここでは「陽性参照」と称する)を認識する抗hIL-2抗体は期待通りにhIL-2/NARA1複合体へ強力に結合する(図8の緑の線)が、しかし、IL-2Rβ(CD122)はhIL-2がNARA1へ既に結合しているとき、hIL-2へ結合しない(図8のオレンジの線)。 図9は、モノクローナル抗体MAB602(上のグラフ)及びNARA1のマウスIL-2への表面プラズモン共鳴結合曲線を示す。図7及び8のデータ作成に使用した同一のチップを再使用した。該チップの再生は10mMグリシン、pH2.5、30mL/分、60秒で行った。測定はマウスIL-2(mIL-2)又はヒトIL-2(hIL-2)の濃度を10nMから開始して、そして3倍希釈し、その溶液を100mL/分で注入し、120秒間会合し、5と240秒解離した。上のグラフにMAB602のマウスIL-2への結合による交差反応性を示した。特に、マウスインターロイキン-2の濃度を高くすると(>1nM)、10を上回る応答単位10(RU)で、該結合曲線はバックグランドレベルから著しく異なる。一方、NARA1(下のグラフ)は試験した全濃度でマウスIL-2への交差反応性を示さない。 図10は、実施例1で得られたプロロイキン/Fab-NARA1複合体の三次元構造の概要を示す。 図11は、エピトープ残基のさらなる分析を示す。X軸は配列番号1に記載のアミノ酸配列とその番号を列挙している。Y軸の上部はプロロイキン由来に対応する残基から4Å以内にあるNARA1-Fabの原子の総数を示しており、Y軸の下部はNARA1-Fabへの結合の結果としてプロロイキン由来に対応する残基の溶媒接近可能領域(Å)の減少を示す。 図12は、NARA1-Fabによって認識される最も重要なエピトープ残基を示す。 図13は、プロロイキン/NARA1-Fab複合体とIL-2/CD25/CD122/CD132四次複合体の重ね合わせを示す。 図14は、IL-2_C145A(PDB:3INK)、スーパーカイン(PDB:3QB1)、IL-2/CD25/CD122/CD132(PDB:2B5I)及びプロロイキン/NARA1-Fab由来のCへリックスの重ね合わせを示す。
定義
「ヒトインターロイキン-2」又は「hIL-2」はUniProt ID P60568で示されたタンパク質を意味し、配列番号1として再現される。
本明細書の文脈中の同一性とは、位置ごとの配列比較位置の結果を示している単一の定量的パラメータである。配列比較の方法は当該分野で公知であり、公に利用可能なBLASTアルゴリズムが例として挙げられる。そのような核酸配列の比較の一つの例として、デフォルト設定を使用したBLASTNアルゴリズムがある:期待閾値:10;文字サイズ:28;クエリ範囲中の最大一致:0;マッチ/ミスマッチスコア:1,-2;ギャップコスト:リニア。他の測定変数がない場合、同一性は上記仕様に従って測定される。
本明細書の文脈において、抗体という用語は細胞生物学及び免疫学の分野で知られているその意味で使用される;それは全抗体、任意の抗原結合フラグメント又はそれの1本鎖及び関連又は由来する構造物を指す。全抗体はジスルフィド結合によって相互結合する少なくとも2つの重(H)鎖とふたつの軽(L)鎖を含む糖タンパク質である。それぞれの重鎖は重鎖可変領域(V)と重鎖定常領域(C)を含む。該重鎖定常領域はC1、C2、C3の3つのドメインを有する。それぞれの軽鎖は軽鎖可変領域(ここではVと略す)と軽鎖定常領域(C)を含む。該軽鎖定常領域は一つのドメイン、Cを含む。該V及びV領域は、相補性決定領域20(CDR)とよばれる超可変領域にさらに細分され、フレームワーク領域(FR)と呼ばれるより保存された領域が散在する。それぞれのVとVはアミノ末端からカルボキシ末端へFR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3、FR4の順で配置された3つのCDRと4つのFRを有する。重鎖と軽鎖の可変領域には抗原と相互作用する結合領域が含まれる。抗体の定常領域は、免疫系の様々な細胞(例えばエフェクター細胞)及び古典的な補体系の第一成分を含む、宿主組織又は因子への免疫グロブリンの結合を仲介し得る。
本明細書の文脈中において、抗原結合タンパク質又は抗原結合フラグメントという用語は細胞生物学及び免疫学の分野において知られているその意味で使用される;所与の抗原(例えばインターロイキン-2)へ特異的に結合する能力を保持する無処置の抗体の一つ以上の断片を指す。抗体の抗原結合機能は無処置の抗体のフラグメントによって行うことができる。抗原結合部分又は抗体の抗原結合フラグメントという用語に包含される結合フラグメントの例として、V、V、C及びCドメインから成る一価のフラグメントであるFabフラグメント;ヒンジ部分をジスルフィド架橋によって連結した2つのFabフラグメントを有する二価のフラグメントであるF(ab)フラグメント;V及びCドメインから成るFdフラグメント;抗体の単一アームのV及びVドメインからなるFvフラグメント;Vドメイン又はVドメインから構成される単一ドメイン抗体(dAb)フラグメント;並びに単離された相補性決定領域(CDR)が挙げられる。HCDRは重鎖のCDRを意味し、LCDRは軽鎖のCDRを意味する。
本明細書の文脈中において、キメラ抗体という用語は細胞生物学及び免疫学の分野において知られているその意味で使用される;それは、定常領域又はその一部を改変、置換又は交換した抗体分子であり、抗原結合部位(可変領域)を、異なる若しくは改変されたクラス、エフェクター機能及び/又は種の定常領域、又はキメラ抗体に新しい特性を与える全く異なる分子、例えば酵素、サイトカイン、毒、ホルモン、成長因子、薬物などと結合した抗体を指す。例えば抗体は定常領域をサイトカインに置換して改変してもよい。サイトカインと置換することで、該キメラ分子は抗原認識における特異性も保持することができ、一方で元のサイトカイン分子の機能又はその一部もまた有する。
本明細書の文脈中において、ハイブリドーマという用語は細胞生物学及び免疫学の分野において知られているその意味で使用される;それは特定の抗体を産生するB細胞と骨髄腫(B細胞癌)との融合によって作製した混成細胞を指す。ハイブリドーマ細胞は組織培養で育ち、単一特異性の抗体(モノクローナル抗体)を産生することができる。
本明細書の文脈中において、単一鎖可変フラグメント(scFv)という用語は細胞生物学及び免疫学の分野において知られているその意味で使用される;それは10から約25アミノ酸の短リンカーペプチドで連結している、免疫グロブリンの重鎖可変領域(V)及び軽鎖可変領域(V)の融合タンパク質を指す。該scFvは定常領域の除去及びリンカーの導入にもかかわらず、元の免疫グロブリンの特異性を保持する。
本明細書の文脈中において、抗原結合フラグメント(Fab)という用語は細胞生物学及び免疫学の分野において知られているその意味で使用される;それは抗原へ結合する抗体上の領域を指す。それは免疫グロブリンの重鎖(V)と軽鎖(V)のそれぞれの一つの定常ドメイン及び一つの可変ドメインを有する。これらのドメインはそのモノマーのアミノ末端で抗原結合部位を形成する。
本明細書の文脈中において、解離定数(K)という用語は化学及び物理学の分野において知られているその意味で使用される。それは、複合体がその構成成分へ分解する時のように、大きな物体がより小さな構成成分へ可逆的に分解する傾向を測定する平衡定数を指す。Kはモル単位[M]で表され、[Ag]の結合部位の半分を占める[Ab]の濃度に応答する。言い換えれば、非結合[Ab]の濃度と[AbAg]複合体の濃度は等しい。その解離定数は以下の式に従って算出される。
Figure 0007209464000001
[Ab]:抗体の濃度;[Ag]:抗原の濃度;[AbAg]: 抗原抗体複合体の濃度
本明細書の文脈中において、解離速度(Koff;[1/sec]) 及び結合速度(Kon;[1/sec*M])という用語は化学及び物理学の分野において知られているその意味で使用される。それらは抗体とその標的の抗原との解離(Koff)又は結合(Kon)を測定する速度定数を指す。Koff及びKonは当該分野で十分に確立された方法を用いて実験的に決定される。抗体のKoff及びKonの決定方法は表面プラズモン共鳴を用いる。これはBiacore(商標登録)又は ProteOn(商標登録)システムのようなバイオセンサーの基本となる原理である。それらはまた以下の式を用いて解離定数Kを決定することができる。
Figure 0007209464000002
本明細書の文脈において、ヒト化抗体という用語は細胞生物学及び生化学の分野において知られているその意味で使用される。それは、非ヒト種の免疫細胞によって産生される抗体であり、そのタンパク質配列はヒトの中で自然に産生される抗体変異体との類似性を高めるように改変されている。
本明細書の文脈において、測定可能な交差反応性がないという用語は、他の種からのオルソログタンパク質を認識し、結合する抗体の能力が欠如していることを指す。例えば、適切な条件下で、抗体のマウスインターロイキン-2への結合が、表面プラズモン共鳴の様な感受性の高い測定方法で検出できない場合、ヒトインターロイキン-2に対する該抗体はマウスインターロイキン-2に対する測定可能な交差反応性を有さない。測定可能な交差反応性がない一つの例として図9中の下のパネルの抗体に示す(NARA1)。
ここで使用される「hIL-2hへ特異的に結合」する抗体又はタンパク質とは、100nM以下、10nM以下、1nM以下、100pM以下又は10pM以下のKでヒトIL-2ポリペプチドへ結合する抗体又はタンパク質を指す。「ヒトIL-2以外の抗原と交差反応する」抗体とは10nM以下、1nM以下又は100pM以下のKでその抗原へ結合する抗体を指す。「特定の抗原と交差反応しない」抗体とは100nM以上、1μM以上、10μM以上のKでその抗原に結合する抗体を指す。特定の実施態様では、抗原と交差反応しないそのような抗体は標準的な結合検定においてこれらのタンパク質に対して本質的に結合は検出されない。
「エピトープ」という用語は抗体へ特異的に結合できるタンパク質決定基を意味する。エピトープは通常、アミノ酸や糖側鎖といった分子の化学的活性表面群から構成され、かつ通常は特異的な電荷特性だけでなく、特異的な三次元構造特性を有する。立体配座及び非立体配座エピトープは、変性溶媒存在下で後者ではなく前者への結合が失われることで区別される。
「エピトープ結合ドメイン」又は「EBD」という用語は、結合分子の部分(例えば抗体若しくはエピトープ結合フラグメント又はその誘導体)を指し、それは特異的に標的エピトープの結合部位へ(例えば結合、立体障害、安定化/不安定化、空間分布によって)相互作用する。EBDはまた、IL-2エピトープへ特異的に(例えば結合、立体障害、安定化/不安定化、空間分布によって)相互作用し、シグナル伝達を阻害することができる能力を保持する抗体の一つ以上のフラグメントを指す。抗体フラグメントの例として、V、V、C及びC1で構成される一価フラグメントであるFabフラグメント、scFv;ヒンジ部分をジスルフィド架橋で連結した2つのFabフラグメントを有する二価フラグメントであるF(ab)フラグメント;V及びC1ドメインで構成されるFdフラグメント;抗体の単一アームのV及びVで構成されるFvフラグメント;Vドメインで構成されるdAbフラグメント(Wardら、(1989) Nature 341:544-546);並びに単離された相補性決定領域(CDR)が含まれるがこれに限定されない。
EBDはまた、当該分野で公知の単一ドメイン抗体、マキシボディ(maxibodies)、ユニボディ(unibodies)、ミニボディ(minibodies)、トリアボディ(triabodies)、テトラボディ(tetrabodies)、v-NAR及びビス-scFv(Hollinger、及びHudson、(2005) Nature Biotechnology 23: 1126-1136 参照)、二重特性単一鎖ジアボディ又は二つの異なるエピトープに結合するように設計された単一鎖ジアボディが含まれる。EBDはまた抗体様分子又は抗体擬態物も含まれ、これに限定されないが、ミニボディ、マキシボディ(maxybodies)、Fn3に基づくタンパク質足場、アンクリンリピート(Ankrin repeat)(DARpinとして知られる)、VASPポリペプチド、鳥類膵ポリペプチド(aPP)、テトラネクチン、アフィリリン、ノッチン、SH3ドメイン、PDZドメイン、テンダミスタット、ネオカージノイステイン、タンパク質Aドメイン、リポカリン、トランスフェリン及びエピトープに特異的に結合するクニッツドメインが含まれ、それらは本発明の範囲内にある。抗体フラグメントはフィブロネクチン3型(Fn3)のようなポリペプチドに基づく足場へ移植することができる。(U.S.Pat.No.6,703,199、which describes fibronectin polypeptide monobodies参照)
本発明はまた単離された抗体であるヒトIL-2への抗体も含む。
ここでいう「単離された抗体」という語句は、異なる抗原特異性を有する他の抗体を実質的に含まない(例えば、hIL-2へ特異的に結合する単離された抗体は、hIL-2以外の抗原へ特異的に結合する抗体を実質的に含まない)。しかし、hIL-2へ特異的に結合する単離された抗体は、他の種由来のIL-2分子といった他の抗原への交差反応性を有するかもしれない。さらに単離された抗体は実質的に他の細胞物質及び/又は化学物質を実質的に含まなくてもよい。
「核酸」及び「ポリヌクレオチド」又は「配列をコードするヌクレオチド」という用語は、相互交換可能に使用され、デオキシリボヌクレオチド又はリボヌクレオチド、又はそれらの誘導体のいずれかの、任意の長さのヌクレオチドのポリマー形態を指す。ポリヌクレオチドは任意の三次元構造を有し、任意の機能を実行することができる。以下にポリヌクレオチドの例を示すがこれに限定されない:遺伝子又は遺伝子フラグメント(例えばプローブ、プライマー、EST又はSAGEタグ)、エキソン、イントロン、メッセンジャーRNA(mRNA)、トランスファーRNA、リボソーマルRNA、リボザイム、cDNA、組み換えポリヌクレオチド、ブランチポリヌクレオチド、プラスミド、ベクター、任意の配列の単離されたDNA、任意の配列の単離されたRNA、核酸プローブ、siRNAs、shRNAs、RNAi試薬及びプライマー。ポリヌクレオチドは、一つ以上の塩基、糖及び/又はリン酸を、ここで記載する又は当該分野で知られる様々な修飾又は置換のいずれかで修飾又は置換してもよい。ポリヌクレオチドはメチル化ヌクレオチド及びヌクレオチド誘導体のような修飾したヌクレオチドを含んでもよい。ヌクレオチド構造への修飾はポリマーの構築前又は後にしてもよい。ヌクレオチドの配列は非ヌクレオチド成分によって中断してもよい。ポリヌクレオチドは重合の後、さらにラベル化成分を結合するような修飾をしてもよい。該用語は二本鎖及び一本鎖分子の両方を指す。指定するか必要でない限り、本発明のどの実施態様も、ポリヌクレオチドは、二本鎖形態及び、二本鎖形態を形成すると知られる又は予想されるそれぞれの二本の相補的一本鎖形態を有する。
ポリペプチドという用語は「タンパク質」という用語と相互交換可能に使用され、その最も広い意味で、2つ以上のサブユニットアミノ酸、アミノ酸誘導体、ペプチド模倣体の化合物を指す。該サブユニットはペプチド結合によって連結してもよい。他の実施態様では、該サブユニットは他の結合、例えばエステル、エーテルなどによって連結してもよい。
ここで使用されるいずれかの疾患又は障害(例えば癌)の「治療する」又は「治療」という用語は一つの実施態様では、疾病又は障害を改善すること(例えば、疾患の進行若しくは少なくとも臨床症状の一つを遅延若しくは停止又は縮小すること)を指す。別の実施態様では、「治療する」又は「治療」という用語は、患者によって認識できないものをも含む少なくとも一つの物理パラメータを緩和又は改善することを指す。さらに別の実施態様では、「治療する」又は「治療」という用語は、物理的に(例えば、認識可能な症状の安定化)、生理学的に(例えば、物理パラメータの安定化)のいずれか又は両方で)疾患又は障害を調節することを指す。以下に特に記載しない限り、疾病の治療及び/又は予防の評価方法は当該分野において一般的に知られている方法である。
発明の詳細な説明
これまでは、開示した発明に適したモノクローナル抗体は入手出来なかった。本発明者らは臨床応用におけるこの技術の使用と商業化に向けて以下の重要な工程を許容するそれらの抗ヒトIL-2抗体mAbを開示する:
・抗ヒトIL-2mAbのさらなる配列と詳細な特徴付け
・患者の免疫原性を回避する(又は最小にする)ために必要不可欠な、抗ヒトIL-2mAbのヒト化
・IgG、IgG1、IgG4、Fab、及び単一鎖Fv(scFv)のようなヒトIL-2mAbの異なる構成の作製
・ヒトIL-2及び抗ヒトIL-2mAb(又は抗ヒトIL-2mAbのフラグメント)で構成される融合タンパク質の作製:そのような構成物は、IL-2が抗ヒトIL-2mAbへ結合する際に、二つではなく一つの成分だけで構成されるという利点を有する。
本発明者は、ヒトIL-2へ結合でき、マウスにおけるテストの際に、CD8T細胞及びナチュラルキラー(NK)細胞を含む細胞傷害性リンパ球へ特異的で強力に刺激することができる特異的な抗ヒトIL-2mAbを産生し、特徴付けた。これらの目的のために、様々な困難を克服しなくはならなかった。
・ヒトIL-2はマウス及びラットIL-2と高い類似性を示す。ゆえにヒトIL-2はインビトロ及びインビボでマウスのリンパ球を刺激することができる。さらにIL-2は、原発性免疫器官(例えば骨髄)において高濃度で存在し、それは、IL-2が多少なりとも「禁じられた」抗原である理由であり、IL-2に対して中和する抗体に応答するB細胞を産生するのが非常に困難であることを意味する。それにもかかわらず、本発明者らは精製組み換えヒトIL-2抗体と補助剤を用いてC57BL/6マウスを免疫化後、ポリクローナル抗ヒトIL-2抗体応答を誘発することができた。
・産生した抗体応答で、いくつかのmAbのみが効率的に結合し(いわゆる「結合剤」)、そしてそれらの約0.35%のみが推定するIL-2の活性部位と相互作用した。
・最後に、これらの抗ヒトIL-2mAbのうちのいくつかは、インビトロ実験には置き換えることができないマウスの特殊なインビボアッセイの評価で必要な特異的かつ強力なインビボ活性を示した。
本発明者は、免疫化した動物の血清中及びB細胞ハイブリドーマ融合後に得られるB細胞クローンの上清中で特異的抗ヒトIL-2抗体(いわゆる「結合剤」)を検出できる特異的スクリーニングアッセイを開発した。第二の工程では、標準の結合剤とヒトIL-2分子の推定される特異的エピトープを標的とするものとを区別した。異なるB細胞クローンを用いて行ったそのようなインビトロ酵素結合免疫吸着法(ELISA)の一例を図1~3に示す。
抗ヒトIL-2mAbのインビトロスクリーニング後、これらのmAbをインビボで特性を決定した。この目的のため及び十分なmAbの量を得るために、mAbをハイブリドーマの上清から濃縮し、該量はELISAを用いて推測し、最後に抗ヒトIL-2mAbをマウス中で試験した。CD8T細胞及びNK細胞の増殖および拡大における結果を図4~6に示す。
抗ヒトIL-2mAbの結合特性を特徴付けるために、ヒトインターロイキン-2への結合を表面プラズモン共鳴結合アッセイによって試験した。商業的に利用可能なヒトIL-2mAb MAB602を比較対象として測定した。図7に様々な濃度におけるヒトインターロイキン-2へのMAB602(左のグラフ)及びNARA1(本発明に記載の抗体;右のグラフ)の結合曲線を示す。MAB602及びNARA1について測定したKon及びKoff並びに解離定数(K)を表1に示す。
Figure 0007209464000003
表1 ヒトIL-2への抗ヒトIL-2mAbの結合特性
本発明の抗体は、配列番号5に記載の全長重鎖及び配列番号6に記載の全長軽鎖アミノ酸配列によって得られ、単離され、構造的に特徴付けられた抗体NARA1を含む。
対応する可変領域であるNARA1のVH及びVLアミノ酸配列は、配列番号19(可変重鎖)及び配列番号0(可変軽鎖)である。
NARA1の全長軽鎖及び重鎖をコードするヌクレオチド配列は配列番号3(リーダー配列を含む重鎖コード配列)及び配列番号4(リーダー配列を含む軽鎖コード配列)。
NARA1の可変軽鎖及び可変重鎖をコードするヌクレオチド配列は配列番号21(可変重鎖コード配列)及び配列番号22(可変軽鎖コード配列)である。
NARA1のCDR領域はKabatシステムを用いて描写している(Kabat、E. A.ら 1991、Sequences of Proteins of Immunological Interest、Fifth Edition、U.S. Department of Health and Human Services、NIH Publication No. 91-3242、see also Zhao&Lu 2009、Molecular Immunology 47:694-700)。分かり易くするために、CDR領域がKabat定義に従って描写されているとき、以後それらは個々にHCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2、LCDR3と呼ぶ。NARA1のCDR領域は:配列番号7に記載のHCDR1、配列番号8に記載のHCDR2、配列番号9に記載のHCDR3、配列番号10に記載のLCDR1、配列番号11に記載のLCDR2、配列番号12に記載のLCDR3である。
NARA1のCDR領域をコードするヌクレオチド配列は:配列番号13に記載のHCDR1コード配列、配列番号14に記載のHCDR2コード配列、配列番号15に記載のHCDR3コード配列、配列番号16に記載のLCDR1コード配列、配列番号17に記載のLCDR2コード配列、配列番号18に記載のLCDR3コード配列である。
融合タンパク質もまた配列番号23及び配列番号24に従って提供される。配列番号23は、GxSリンカーを介してhIL-2のC末端へ、N末端を融合させたNARA1の可変重鎖を含む融合タンパク質である。配列番号24はGxSリンカーを介してhIL-2のC末端へ、N末端を結合させたNARA1の可変軽鎖を含む融合タンパク質である。
(a)実施例1.NARA1の結晶構造
(i)材料及び方法
抗体「NARA1」のFabフラグメント(配列番号5及び6)へ結合したヒトインターロイキン2変異体(配列番号2)(「プロロイキン(Proleukin)」と呼ぶ)の複合体の構造を決定した。結果として得られたプロロイキンの残基の番号付けはwt IL-2の番号付けに従って与えられる。
以下に詳細を記述する、プロロイキンとwt IL-2との間の配列の相違は無関係であり、プロロイキンはhIL-2の構造解析のための妥当性のあるモデルである。
エピトープを決定するために、X線結晶学を使用して前述の複合体の原子分解構造を解析した。X線結晶学は、抗体及びそれらと抗原との複合体を含む生体分子の構造データを作製するのに日常的に広く使用されている技術である(Admsら、(2013) Annual Review Biophysics 42:265-287; Garman、(2014) Science 343:1102-1108; Joachimiak、(2009) Current Opinio Structural Biology 19:573-584.)。
抗原、プロロイキンは賦形剤(プロロイキン1mgごとに約50mgのマンニトール、0.18mgのドデシル硫酸ナトリウム、0.173mgリン酸二水素ナトリウム、及び0.89mgリン酸水素二ナトリウムと混合されている)と一緒に凍結乾燥粉末として販売されている。その複合体形成で使用する前に、プロロイキンを逆相HPLCで精製し、該賦形剤を除去した。
NARA1のFabフラグメント(NARA1-Fab)は全長抗体をパパイン切断し、プロテインAクロマトグラフィによって作製した。簡潔には6.5mLの全長NARA1(90mMの塩酸を含むpH7.0の50mM クエン酸緩衝液中9mg/mL)を5mM DTT及び590μgパパイン(ロッシュ)と混合した。切断反応は室温で16時間維持し、56mM E64溶液(ロッシュ)を15μL添加して反応を停止した。該切断溶液を、25mM トリス、25mM NaCl、pH8.0の溶液で10倍希釈し、そして25mM トリス、25mM NaCl、pH8.0の溶液によって5カラム容積で平衡化した5mLプロテインAカラム(GEヘルスケア)へ、その溶液をロードした。そしてFabフラグメントはローディングスルー分画で得られ、FcフラグメントはプロテインAカラムに結合させて得た。
複合体を形成するために、HPLC後のプロロイキン粉末は5.5mg/mLの濃度でHOに溶解した。過剰量である6.6mgのプロロイキンを11.5mgのNARA1 Fabフラグメント溶液に滴下した。遠心分離法を用いて現行の条件下で沈殿している過剰のプロロイキンを除去した。該複合体は、25mM トリス、25mM NaCl、pH7.4のランニングバッファーで、セファデックス200 10x300(GEヘルスケア)を用いたゲル濾過によって精製した。
ゲル濾過後のプロロイキン/NARA1-Fab複合体は14mg/mLに濃縮し、シッティングドロップとして、蒸気拡散法によってスクリーニングした。該タンパク質溶液は1:1でリザーバ緩衝液と混合し、総容量0.4μLとした。該実験はPhoenix robotic system (Art Robbins Instruments)で行い、19℃でロックイメージャーホテル(RockImager hotel) (Formulatrix)に保存し、自動で画像化した。20%w/vポリエチレングリコール3350及び0.2M 硝酸ナトリウムの条件下でスクリーニングの4日後に結晶を収集した。結晶は10%グリセロールを含むリザーバ緩衝液で低温保護し、データ収集の前に液体窒素で急速凍結した。Pilatus画素検出器がついたビームラインPX-IIでSwiss光源(ビリゲン、スイス)の0.99998ÅのX線放射波長を用いて、回折データを収集した。
データセットはXDS及びXSCALE(2010年12月6日版)で処理し、構造は、IL-2の検索モデルとしてタンパク質データバンクエントリ「3INK」を用いて及びFabフラグメントの検索モデルとしてタンパク質データバンクエントリ「3TTI」を用いて、プログラムPHASERを用いた分子置換法で解析した。反復モデルの構築及び改良は、プログラムCoot(Crystallographic Object-Oriented Toolkit)及びAUTOBUSTER (Bricogneら、2011)で行った。全ての図はプログラムPyMOL(Molecular Graphics System; DeLano Scientific: Palo Alto, CA;http://www.pymol.org)で作製した。
エピトープ残基は、NARA1のFabの任意の原子から4Å以内のプロロイキン由来の残基として決定し、CCP4プログラムCONTACT及びAREAIMOL (Collaborative Computational Project、Number 4、version 6.4.0)で確認した。類似のパラトープ残基はプロロイキンの任意の原子から4Å以内のNARA1のFabフラグメント残基として決定した。
(ii)結果
プロロイキン/NARA1-Fab複合体は、単位格子容積a=201.8Å、b=36.2Å、c=88.7Å、アルファ=90°、ベータ=102.9°、ガンマ=90°で、空間グループC121中の1.95 Åで解析した。詳細な構造統計は表2を参照する。各非対称単位には一つの複合体分子が存在する。
Figure 0007209464000004
1)エピトープ及びパラトープ分析
図10は、実験1で得られたプロロイキン/Fab-NARA1複合体の三次元構造の概要を示す。NARA1のFabフラグメントの軽鎖をA、NARA1のFabフラグメントの重鎖をB、NARA1-Fabによって認識されるエピトープ残基をD、及びプロロイキンをCと指定し、かつ変位C145Sをハイライトで表示した。
図11は、エピトープ残基のさらなる分析を示す。X軸は配列番号1に記載のアミノ酸配列及び番号付けを列挙する。Y軸の上部側はプロロイキン由来の対応する残基から4Å以内のNARA1-Fbの原子の総数を示し、Y軸の下部側はNARA1-Fabへ結合後の減少した溶媒接近可能領域(Å)を示す。
実験1で使用したプロロイキンはC145Sの変異を有する。図10に示す様にC145Sはエピトープ領域から離れている。加えて、実施例1のプロロイキンと、CD25、CD122及びCD132(PDB:2B5I)と複合体中のwt hIL-2のCα原子との間の、Cα原子の重ね合わせは0.447Åのr.m.s.dを示し、それは変異が全ての構造を妨げないことを示唆する。したがって、C145S変異を有すプロロイキンはwt hIL-2の構造分析をするのに妥当なモデルである。
hIL-2は4-へリックスバンドルタンパク質であり、そして4へリックスはN末端側からC末端側にかけてそれぞれにA、B、C及びDと名付けられている。図10に示されるNARA1-Fabによって認識される該エピトープは立体配座エピトープであり、図11に示すように2つの領域にわたる。一つの領域(N50-K63)はループ及びショートへリックスを含み、へリックスAとBを連結させ、他方の領域(N91-N97)はループを含み、へリックスBとCを連結させる。
エピトープ残基はNARA1-Fab由来の相互作用するパラトープと共に表3に要約されている。全てのエピトープの中で、図11中に示されるArg58が、NARA1-Fabとの結合に最も重要なエピトープ残基であり、この残基単独でNARA1-Fab由来の42の相互作用する原子を有し、NARA1-Fabへの結合の結果として、減少させる溶媒接触可能な表面領域の17.7%を占める。さらに、Arg58は図12に示す様に、HCDR1のGlu35、及びLCDR3のAsp100とそれぞれ強い塩架橋を形成する。Arg58は、またLCDR3のTry100の芳香族環とπ作用相互作用を形成する。K52、P54、K55、T57、T61、F62、K63、Q94及びK96の残基もNARA1-Fabへの結合に重要であると考えられる。それは、それら全てが、NARA1-Fab由来の5原子かそれ以上と相互作用し、図11に示すように溶媒接触可能領域を32Å以上減少させるからである。
Figure 0007209464000005
図12にNARA1-Fabを認識する最も重要なエピトープとしてArg58を示す。Aはプロロイキンを表し、Bは重鎖を表し、かつCは軽鎖を表す。関係する残基は棒で表している。
2)NARA1-Fab結合特性
図13にIL-2/CD25/CD122/CD132の4つの複合体とプロロイキン/NARA1-Fsb複合体との重ね合わせ示す。4つの複合体の構造はPDBエントリ「2B5I」から得られ、その淡いシアン色のイラストDはwt hIL-2を表し、赤色のイラストBはCD122を表し、青色のイラストCはCD132を表し、そして緑色の表面AはCD25を表す。プロロイキン/NARA1-Fab複合体の構造において、wt hIL-2で重ね合わされたシアン色のイラストDはプロロイキンを表し、マゼンタ色のイラストEは重鎖、黄色のイラストFは軽鎖を表す。
図13に示される2つの複合体の構造の重ね合わせは、NARA1-FabはCD25に対して直接競合を形成するが、CD122/CD123に対しては直接競合を形成しないことを明らかに示しており、それは、IL-2/NARA1複合体が、pro-Treg細胞の活性よりもむしろpro-Tエフェクター細胞の活性を主に示すという観測と一致する。
3)4つの複合体中のそれと類似した立体構造をとる、NARA1-Fabと複合体を形成しているプロロイキンのCへリックス
図14は、IL-2C145A(ODB:3INK)、スーパーカイン(PDB:3QB1)、IL-2/CD25/CD122/CD132(PDB:2B5I)及びプロロイキン/NARA1-Fab由来のCへリックスの重ね合わせを示している。
IL-2及びCD122のへリックスC間の極性界面は、2つの部分の間の結合において重要な役割を果たす(Wangら(2005) Science 310:1159-1163)。2012年レビンらは、IL-2変異体であるスーパーカイン単独で、4つの複合体のそれと似た立体構造をとるヘリックスCを有し、スーパーカインはwt IL-2よりCD122に対する結合親和性が215倍以上高いことを示した(Levinら、(2012) Nature 484:529-533)。へリックスCにおける立体配座の変化は、立体配座の安定化に関連し、そしてCD122への結合のエネルギー損失を減少させることが観測された。図14に示すとおり、NARA1-Fabとの複合体中のプロロイキンのへリックスCの立体配座もまた、L-2/CD25/CD122/CD132の4つの複合体中と同様にスーパーカイン中に観測されるものと類似しており、それゆえプロロイキン/NARA1-Fab複合体はwt hIL-2よりCD122に対して高い結合親和性を示す可能性がある。
(b)実施例2 NARA1及びMAB602の直鎖ペプチドマッピング
NARA1及びMAB602抗体のエピトープをマッピングするためにヒトIL-2の配列に基づいて15残基ペプチドの第一ライブラリーを作製した。選択された15残基ペプチドの第二のライブラリーも3つの特異的残基F(62)、Y(65)、L(92)の変異に基づいて作製した。後者の変異はWO2012/107417A1の開示されている、これら3つの変異を有するRoche/Glycart IL2変異タンパク質に基づいて行った。研究所ボイマンで行われた以前の研究では(未発表)、A1と類似の機能を有する市販のマウス抗ヒトIL-2mAB602はIL-2のF42A変異体(CD25へのIL2結合部位の一つ)への結合を強く減少させることが示された。
(ii)材料と方法
従って、第一のライブラリー中の各ペプチドは15コのアミノ酸を有し、そして配列はN末端から出発して3残基進めて目的の配列(表4参照、参照ペプチド1から41)を走査することによって該配列を得られる。したがってラダーが作製され、ラダー中、各ペプチドは前ペプチドと重複する12残基を含み、次のペプチドと重複する12残基を含む。合計で、発現されたヒトIL-2の配列から41のペプチドを作製した。
ペプチドの第二のライブラリーは、上記の第一ライブラリーの対応する全ペプチド中のF(62)、Y(65)及び L(92)をアラニンへ変異することによって作製した(表4参照、参照ペプチド42から60)。
両方のライブラリーについて、非特異的結合を避けるために、元のシステインをセリンに置き換えている(下線部の残基)。
Figure 0007209464000006
Figure 0007209464000007
両方のペプチドセットをマイクロアレイスライド上に3重でプリントし、目的の抗体(MAB602及びNARA1)及びコントロール抗体をインキュベートした。同じアイソタイプ(マウス対照IgG2a/λ及びマウス対照IgG2a/κ)由来の無関係の抗体及び二次抗体(抗マウスIgG(Thermo 84545、DL650ラベル)又は抗マウスIgG(JIR 115-175-072、Cy5ラベル))を追加でインキュベートした。実験は基本的にMaksimov Pら 2012、PLoS One 7:e34212.doi:10.1371/journal.pone.0034212に記載のとおりに行った。
ペプチドマイクロアレイ(3重)を一次抗体とインキュベートした後、一次抗体のFc部分に結合する蛍光標識した二次抗体でインキュベートし、レプリトープ(RepliTope)分析によってペプチド-抗体結合の測定を行った。全ての工程は、高い信頼性と再現性のある洗浄およびインキュベーション工程が可能であるTECANマイクロアレイ処理ステーション上で実施された。インキュベーション工程を行い、次いで最後の洗浄工程(未結合の二次抗体を除去するための)後、該マイクロアレイを窒素流で乾燥させ、適切な波長設定のある高分解能マイクロアレイスキャニングシステムでスキャンした。対照のインキュベーションは偽陽性シグナルを排除するために同じアイソタイプを有する無関係の抗体を用いて行った。
得られた画像をスポット認識ソフトウエアジェネピクス(GenePix)(モレキュラーデバイス)を用いて分析し、定量した。各スポットについて、平均シグナル強度を抽出した(0~65535間の任意の単位)。さらなるデータの解析について、MMC2の値を決定した。MMC2はマイクロアレイ上の3つの全ての実測値の平均値に等しい。変動係数(CV)(標準偏差を平均値で割ったもの)が0.5より大きいものを除外し、この場合2つの最も近い値(MC2)の平均値がMMC2に割り当てられる。
(ii)結果
データを表5に要約する。
抗IL-2抗体(NARA1)は、固定化ペプチドに対して優位な反応性を示さなかった。ペプチド10のみが弱い応答を示したが、しかしこのペプチドはマウスの対照抗体によっても弱く認識された。市販の抗体MAB602(mlgG2a)はペプチド22~26にいくらかの弱いシグナルを示し、ペプチド10~13にはいくらか強いシグナルを示した。
Figure 0007209464000008
両方のペプチドセット内の重複配列は、標的抗体に対する結合アミノ酸を含有すると考えられる(表5)。一方の伸長はMAB602に対する強力な結合剤であり、他方はMAB602に対する弱い結合剤である:
強い: (57) TRMLTF (62)
弱い: (96) KNF (98)
特定の残基F42(62)、Y45(65)、L72(92)に対するAlaの変異は、残基F42(62)が抗体MAB602(表6)への結合にとって明らかに重要な残基であることを示した。
Figure 0007209464000009
配列リスト
本発明を実施するための有用なアミノ酸およびヌクレオチド配列を表7に示す。
Figure 0007209464000010
Figure 0007209464000011
Figure 0007209464000012
Figure 0007209464000013

Claims (11)

  1. ヒトインターロイキン-2(hIL-2)特異的モノクローナル抗体(mAb)又はその抗原結合フラグメントであり、該抗体又はその抗原結合フラグメントのhIL-2への結合は、hIL-2のCD25への結合を阻害し、該hIL-2への結合は、表面プラズモン共鳴結合アッセイにて測定される解離定数(K)≦7.5nmol/Lよって特徴付けられ、該抗体又はその抗原結合フラグメントは、配列番号7のアミノ酸配列からなるHCDR1、配列番号8のアミノ酸配列からなるHCDR2、配列番号9のアミノ酸配列からなるHCDR3、配列番号10のアミノ酸配列からなるLCDR1、配列番号11のアミノ酸配列からなるLCDR2及び配列番号12のアミノ酸配列からなるLCDR3を含むことによって特徴付けられ、そして配列番号1のhIL-2のアミノ酸配列におけるアミノ酸K52、P54、K55、T57、R58、T61、F62、K63、Q94、及びK96を含むhIL-2エピトープへ結合する、前記ヒトインターロイキン-2(hIL-2)特異的モノクローナル抗体(mAb)又はその抗原結合フラグメント。
  2. 前記hIL-2への結合は、解離速度(Koff)≦1x10-4-1 よって特徴付けられる、請求項1に記載のヒトインターロイキン-2(hIL-2)特異的モノクローナル抗体又はその抗原結合フラグメント。
  3. 前記抗体又はその抗原結合フラグメントがマウスIL-2への測定可能な交差反応性を示さない、請求項1又は2に記載のヒトインターロイキン-2(hIL-2)特異的モノクローナル抗体又はその抗原結合フラグメント。
  4. 配列番号19対して≧80%同一性を有する重鎖可変領域のVH配列及び/又は配列番号20に対して≧80%の同一性を有する軽鎖可変領域のVL配列含む、請求項1~3のいずれか1項に記載のヒトインターロイキン-2(hIL-2)特異的モノクローナル抗体又はその抗原結合フラグメント。
  5. 前記エピトープは、配列番号1のhIL-2のアミノ酸配列におけるアミノ酸N50、N53、N91、L92、A93、及びN97の一つ以上をさらに含む、請求項1~4のいずれか1項に記載のヒトインターロイキン-2(hIL-2)特異的モノクローナル抗体又はその抗原結合フラグメント。
  6. 請求項1~4のいずれか1項に記載のヒトインターロイキン-2(hIL-2)特異的モノクローナル抗体又はその抗原結合フラグメントをコードする核酸分子。
  7. 請求項6に記載の核酸分子を含むベクター。
  8. 請求項6に記載の核酸分子を含む細胞、又は請求項6に記載の核酸分子を発現する細胞。
  9. 請求項1~4のいずれか1項に記載のヒトインターロイキン-2(hIL-2)特異的モノクローナル抗体(mAb)又はその抗原結合フラグメントが産生可能である細胞。
  10. 癌又はウイルス感染症の治療に使用するための、
    a.請求項1~4のいずれか1項に記載のhIL-2特異的モノクローナル抗体(mAb)又はその抗原結合フラグメント、及び
    b.ヒトインターロイキン-2
    を含む、治療製剤。
  11. 癌又はウイルス感染症の治療で使用するための、hIL-2と同時に投与される、請求項1~4のいずれか1項に記載のヒトインタートイキン-2(hIL-2)特異的モノクローナル抗体又はその抗原結合フラグメント。
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