JP7082574B2 - 免疫療法用改変細胞 - Google Patents

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Description

本発明は、概して、抗原レセプターおよびPD-L1遮断抗体を発現する改変細胞、ならびに癌および他の障害の治療のためのその使用方法に関する。
T細胞、NK細胞、またはNKT細胞などの抗原特異性免疫細胞による免疫療法は、様々な種類の疾患、例えば癌の治療のための有望なアプローチを与える。
1つの治療戦略は、腫瘍細胞を特異的に標的とし、細胞外抗原認識ドメイン、膜貫通ドメイン、およびT細胞レセプターCD3-ゼータ鎖などに由来する細胞内シグナル伝達ドメインを通常含むキメラ抗原レセプター(CAR)を発現するように免疫細胞を改変することによるものである。シグナル伝達ドメインは、1つ以上の共刺激分子エンドドメインに連結されていてもよい。
さらなる別のアプローチは、規定の特異性を有する抗原特異性T細胞レセプター(TCR)を免疫細胞へ導入することである。
細胞ベースの免疫療法は、このような遺伝子改変された免疫細胞が疾患の部位へ往来し、単回投与後でさえも増殖し、持続する可能性があるため、モノクローナル抗体をベースとする現在利用可能な免疫療法より大きな利点を有する。
癌細胞は、免疫系を逃れるために多数の経路を利用する。PD-L1は、しばしば腫瘍細胞上で発現され、PD-1に結合することによってT細胞媒介性破壊から腫瘍細胞を保護する。PD-L1レベルのアップレギュレートは、腫瘍の攻撃性の増加および死亡リスクの増加と相関する。
動物研究は、モノクローナル抗体によるPD-L1:PD-1相互作用の遮断が、T細胞活性化を改善し、腫瘍の進行を低減することを実証した。臨床設定において、PD-1またはPD-L1のいずれかを遮断するモノクローナル抗体は、疾患の進行期および転移期であっても広範な癌サブタイプにわたって優れた活性を示している(Maute et al (2015), PNAS, 24; 112(47): E6506-E6514)。
したがって、抗PD-L1抗体との併用で抗原特異性免疫細胞を使用する治療アプローチが有望である。免疫細胞の作用部位における抗体の分泌は、抗体を不活性化から保護するので、TCRおよび/またはCARなどの抗原レセプターならびにPD-L1に対する抗体の両方を発現する免疫細胞の作製が特に魅力的である。さらに、このような局所的抗体送達治療アプローチは、投与される薬剤の量および副作用の可能性に関して、全身的アプローチに比べて利点がある。
国際公開第2014134165号は、マウスT細胞におけるキメラ抗原レセプター(CAR)および抗マウスPD-1 scFvの共発現を記載している。scFvは、米国第7,858,746号に記載されているアルメニアハムスター抗PD-1抗体クローンJ43由来であった。scFvコンストラクトは、ヒトCD19またはヒトMUC-CDを標的とするCARを発現するレトロウイルス骨格にクローニングされた。一次マウスT細胞に、それぞれのコンストラクトが導入された。
Suarez E. et al, Oncotarget.2016 Jun 7; 7(23): 34341-34355および国際公開第2016100985号は両方とも、ヒト抗炭酸脱水酵素IX(CAIX)を標的とし、ヒト抗PD-L1抗体を分泌する装甲(armored)CAR T細胞を記載している。腫瘍部位での局所抗体送達は、免疫チェックポイント経路の顕著な阻害をもたらした。マウスモデルにおいて、抗CAIX CAR T細胞単独と比較した場合、腫瘍増殖は5倍減少し、腫瘍重量は50~80%減少した。抗体はIgG1アイソタイプであり、そのためADCCを媒介することができ、インビボモデルにおいて腫瘍部位へのヒトNK細胞動員をもたらした。
しかしながら、治療薬がまだ商業化されていないので、抗原レセプターと免疫チェックポイントインヒビターに対する抗体の両方を発現する免疫細胞を含む効果的な併用療法薬を提供することには、依然として重要な満たされていない医学的必要性が存在する。
したがって、一態様において、本発明は、
i)抗原レセプター、および
ii)PD-L1に結合し、遮断する抗体
を発現する改変細胞を与える。
このような抗体は、ヒト化抗体または完全ヒト抗体であり得る。いくつかの実施形態において、抗体は、配列番号:3、4、5、6、7、および8に示されるCDR配列、またはそれらの変異体のうち1つ以上を含み得る。
前記抗体は、好ましくは、CD80およびPD-1の両方とのPD-L1相互作用が阻害されるように、PD-L1上のエピトープに結合する。PD-1に加えて、PD-L1は、T細胞およびB細胞上に発現される膜レセプターであるCD80に結合するが、PD-L1のCD80に対する結合親和性は、PD-1に対してよりもはるかに低い。PD-1またはCD80のいずれかへのPD-L1結合は、Tリンパ球への阻害シグナルを伝達し、T細胞遊走、増殖、および細胞傷害性メディエーターの分泌を抑制し、腫瘍細胞の殺滅を減少させる。しかし、PD-1/PD-L1相互作用はT細胞疲弊を誘発するが、PD-L1/CD80相互作用はT細胞アネルギーを誘発する。疲弊は、数週間または数ヶ月の期間にわたって進行性であり、慢性的な抗原刺激に依存し、一方、アネルギーは、適当な共刺激の非存在下で抗原刺激後に迅速に誘発されるので、これらは別個のプロセスである。
細胞は好ましくは治療用細胞である。好適な細胞は、例えば、T細胞、ナチュラルキラーT(NKT)細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、ヒト胚性幹細胞、または造血幹細胞(HSC)、または誘導多能性幹細胞(iPS)であり得る。本明細書において、抗原レセプターおよび抗体を発現する改変免疫細胞が与えられる。
一実施形態において、細胞はT細胞である。当該T細胞は、細胞傷害性Tリンパ球(CTL)、調節性Tリンパ球、炎症性Tリンパ球、ヘルパーTリンパ球、またはガンマ-デルタT細胞であり得る。
一実施形態において、細胞はNKT細胞である。
一実施形態において、細胞はヒト起源である。一実施形態において、細胞は自己由来であり、一実施形態では、細胞は同種異系である。
一実施形態において、抗原レセプターは、癌抗原、例えば、癌細胞上でのみ発現されるか、または癌細胞上でアップレギュレートされる抗原に特異的である。
一実施形態において、抗原レセプターは、T細胞レセプター、例えば(例えば、刺激されて抗原に特異的となった、抗原に対するその特異性のために選択された)天然T細胞レセプター、または改変T細胞レセプターである。
一実施形態において、抗原レセプターは、キメラ抗原レセプター(CAR)である。
一実施形態において、抗原レセプターは膜に固定されている。
一実施形態において、本開示に係る免疫細胞は、TCRおよびCAR、例えば天然TCRおよびCAR(具体的には癌抗原に特異的)を含み得る。あるいは、本開示の免疫細胞(例えば、NK細胞)は、改変TCRおよびCARを含み得る。
本明細書に記載の例示的な改変免疫細胞は、抗原レセプターのみを発現する改変免疫細胞と比較して、腫瘍殺滅活性の増強を示す。例えば、抗原レセプターと抗PD-L1抗体の両方をコードする免疫細胞は、抗原レセプターのみをコードする対応する細胞よりも長い期間、癌細胞を殺滅するのに有効であり得る。したがって、本開示に係る細胞は、特に腫瘍内微小環境において、疲弊の影響を受けにくい。
さらに、本明細書に記載の抗原レセプターおよび抗体をコードする核酸、ならびに当該核酸を含むベクターが与えられる。
本明細書に記載の免疫細胞を作製する方法であって、
(a)免疫細胞を与えるステップと、
(b)前記抗原レセプターをコードする1つ以上の核酸および前記抗体をコードする1つ以上の核酸を前記細胞に導入するステップと、
(c)前記細胞により前記核酸を発現させるステップと、
を含む前記方法も与えられる。
i)有効量の本明細書に記載の改変免疫細胞、または発現ベクター、および
ii)薬剤的に許容できる賦形剤。
を含む医薬組成物もさらに与えられる。
療法に使用するための本明細書に記載の改変免疫細胞、発現ベクター、または医薬組成物も与えられる。治療を必要とする対象を治療する方法であって、
(a)本明細書に記載の組み換え免疫細胞を与えること、
(b)前記対象に前記免疫細胞を投与すること
を含む前記方法がさらに与えられる。
本発明は、改変免疫細胞と精製チェックポイントインヒビター抗体との併用などの代替物よりも実質的な利点を与える。チェックポイントインヒビター抗体と組み合わせて改変免疫細胞を使用しようと試みる場合、当業者は、抗体送達のタイミングが重大な要素であることを認識するであろう。さらに、抗体の局所濃度もまた重要である。保護機能を与える抗体は、抗原レセプター発現細胞(エフェクター細胞)とそれらの標的細胞、例えば腫瘍部位との間で細胞接触が確立されるときに存在しなければならない。医師にとって、必須の癌部位に抗体を与えるように、従来の抗体製剤における全身的な抗体投与、例えば注入の正確なタイミングを決定することは事実上不可能である。さらに、全長抗体は通常血液脳関門を通過することができない。したがって、従来の(すなわち全長の)抗体製剤の全身送達は、通常、脳の癌に到達しないであろう。したがって、抗体は、高用量で全身投与され、そのため副作用の可能性が増大する。対照的に、本治療アプローチは、作用部位での抗体の放出制御を与え、それによって抗腫瘍効果療法を改善し、対象に対する副作用の可能性を減少させる。
本発明の療法または治療方法は、抗体療法、化学療法、サイトカイン療法、樹状細胞療法、遺伝子療法、ホルモン療法、レーザー光療法、および放射線療法の群から選択される1つ以上の療法との併用であり得る。
本明細書に記載の改変免疫細胞または発現ベクターおよび使用説明書を含む癌、病原体感染、および/または自己免疫障害の治療のためのキットがさらに与えられる。
8510bpを有するscFv抗PD-L1レトロウイルスコンストラクトSFG.scFv.抗PD-L1(I)eGFPの設計を示す。5’末端のNcoI制限部位、3’末端のSphI制限部位、およびTGA終止コドンを、scFv抗PD-L1 DNAにPCRによって付加した。PCR産物をレトロウイルスベクターSFG(I)eGFPにクローニングして、最終ベクターSFG.scFv.抗PD-L1(I)eGFPを得た。IRESで発現されるレポーター遺伝子eGFPを用いて、導入効率を評価する。LTR:長い末端反復;SD:スプライシングドナー;PS:パッケージングシグナル;TGG:切断gagpol;SA:スプライシングアクセプター;SP:シグナルペプチド;VL:scFvの可変軽鎖;L:リンカー;VH:scFvの可変重鎖;IRES:内部リボソーム導入部位;eGFP:増強緑色蛍光タンパク質。
CD4およびCD8T細胞に、CD4/CD8比の変化なしにscFv抗PD-L1レトロウイルスコンストラクトを導入できたことを示す。SFG.scFv.抗PD-L1(I)eGFPベクターの導入効率は、eGFPを発現するCD4(図2A)またはCD8(図2B)T細胞のパーセンテージとして示されている。図2C:T細胞のCD4/CD8比。平均およびs.dが示されている(n=4の独立した実験)対応のあるt検定により*P<0.1。NT:非導入T細胞-PD-L1:SFG.scFv.抗PD-L1(I)eGFPベクターのみが導入されたT細胞;CAR.28 PD-L1:SFG.scFv.抗PD-L1(I)eGFPベクターおよびCD28エンドドメインをコードするGD2.CARが同時導入されたT細胞;CAR.BB PD-L1:SFG.scFv.抗PD-L1(I)eGFPベクターおよび4-1BBエンドドメインをコードするGD2.CARが同時導入されたT細胞。 同上。
二重レトロウイルス導入時にT細胞がGD2.CARおよびeGFP抗PD-L1を同時発現したことを示す。図3A:SFG.scFv.抗PD-L1(I)eGFPベクターの導入効率。示されているのは、eGFP陽性T細胞のパーセンテージである。図3B:CD28エンドドメインまたは4-1BBエンドドメインのいずれかをコードするGD2.CARの導入効率。図3C:RFI(相対蛍光強度)として示されるGD2.CARの発現。図3D:GD2.CARおよびscFv抗PD-L1レトロウイルスベクターが同時導入されたT細胞のパーセンテージ。図3E:T細胞の開始後10日目のT細胞の代表的プロット。平均およびs.dが示されている(n=6の独立した実験)対応のあるt検定により*P<0.1、**P<0.01。NT:非導入T細胞、CAR.28:CD28エンドドメインをコードするGD2.CARのみが導入されたT細胞;CAR.BB:4-1BBエンドドメインをコードするGD2.CARのみが導入されたT細胞;-PD-L1:SFG.scFv.抗PD-L1(I)eGFPベクターのみが導入されたT細胞;CAR.28 PD-L1:SFG.scFv.抗PD-L1(I)eGFPベクターおよびCD28エンドドメインをコードするGD2.CARが同時導入されたT細胞;CAR.BB PD-L1:SFG.scFv.抗PD-L1(I)eGFPベクターおよび4-1BBエンドドメインをコードするGD2.CARが同時導入されたT細胞。まとめると、これらの結果は、T細胞に、SFG.scFv.抗PD-L1(I)eGFPベクターおよびGD2.CARベクターを同時導入することができることと、SFG.scFv.抗PD-L1(I)eGFPベクターの導入はGD2.CARの発現レベルを変えないこととを示す。 同上。 同上。
scFv抗PD-L1の導入がT細胞増殖に影響を与えなかったことを示す。T細胞が何倍の増加かは、導入の2日前のT細胞数で割った活性化後6日目(図4A)および12日目(図4B)のT細胞数として計算した。平均およびs.dが示されている(n=6の独立した実験)。NT:非導入T細胞、CAR.28:CD28エンドドメインをコードするGD2.CARのみが導入されたT細胞;CAR.BB:4-1BBエンドドメインをコードするGD2.CARのみが導入されたT細胞;-PD-L1:SFG.scFv.抗PD-L1(I)eGFPベクターのみが導入されたT細胞;CAR.28 PD-L1:SFG.scFv.抗PD-L1(I)eGFPベクターおよびCD28エンドドメインをコードするGD2.CARが同時導入されたT細胞;CAR.BB PD-L1:SFG.scFv.抗PD-L1(I)eGFPベクターおよび4-1BBエンドドメインをコードするGD2.CARが同時導入されたT細胞。
抗PD-L1 scFvの発現がT細胞サブセット組成に影響を与えなかったことを示す。図5A:CD62L、CD45RA、およびCD95の発現によって決定されるTリンパ球亜集団のスキーム[ナイーブ(TN)CD62L+CD45RA+CD95-、幹細胞メモリー(TSCM)CD62L+CD45RA+CD95+、セントラルメモリー(TCM)CD62L+CD45RA-、エフェクターメモリー(TEM)CD62L-CD45RA-、エフェクターT細胞(TEFF)CD62L-CD45RA+]。固定化抗CD3/CD28による刺激後10日目のT細胞サブセット組成(図5B)、CD27(図5C)、CD28(図5D)、およびPD-1(図5E)陽性細胞のパーセンテージ。平均およびs.d.が示されている(n=4の独立した実験)。 同上。
抗PD-L1 scFvが導入T細胞によって放出されることを示す。図6A:10%FBSを含むT細胞培地中の非導入(NT)および抗PD-L1 scFv導入T細胞(scFv PD-L1)から放出された抗PD-L1 scFvの定量。T細胞を播種し、固定化抗CD3/CD28抗体で活性化した。上清を18時間後に収集し、抗PD-L1 scFvを特異的サンドイッチELISAによって定量した。図6B:導入T細胞によって分泌された抗PD-L1 scFvは、PD-L1に結合する。非導入(NT)および抗PD-L1導入T細胞(scFv PD-L1)の細胞培養上清を、組み換えヒトPD-L1へのそれらの結合について試験した。大腸菌で産生された抗PD-L1 scFvを基準対照(scFv対照)として用いた。
抗PD-L1 scFvが導入された4-1BBエンドドメインを有するGD2.CAR T細胞が、scFV抗PD-L1を分泌していない4-1BBエンドドメインを有するGD2.CAR T細胞と比較して、共培養の第2サイクルにおいて腫瘍細胞のより良好な殺滅を示すことを示す。図7Aは、抗原刺激の第1サイクル(7日間)において、4-1BBをコードするGD2.CAR-Tが効率的に腫瘍細胞を除去し、分泌された抗PD-L1 scFvの存在はGD2.CAR-T細胞傷害性機能障害を全く示さないことを示す。第2サイクル(14日間)中、抗PD-L1 scFvが導入された4-1BBエンドドメインを有するGD2.CAR T細胞は、抗PD-L1 scFvを有しないGD2.CAR T細胞よりも腫瘍細胞の殺滅の増強を示した。共培養の第1サイクル(培養7日目;図7B)および共培養の第2サイクル(培養14日目;図7C)の終わりでのT細胞の代表的プロット(それぞれ、T細胞はCD3+として同定し、腫瘍細胞CHLA-255はGD2+細胞として同定した)。E:T比 1:5。CHLA:腫瘍細胞、T細胞:腫瘍細胞なしでT細胞単独、Tc NT:非導入T細胞、Tc PD-L1:SFG.scFv.抗PD-L1(I)eGFPベクターのみが導入されたT細胞;Tc CAR-41BB:4-1BBエンドドメインをコードするGD2.CARのみが導入されたT細胞;Tc CAR-41BB PD-L1:SFG.scFv.抗PD-L1(I)eGFPベクターおよび4-1BBエンドドメインをコードするGD2.CARが同時導入されたT細胞。 同上。
抗原刺激の第1サイクル(7日間)において、4-1BBをコードするGD2.CAR-Tが効率的にIFNガンマを放出し、分泌された抗PD-L1 scFvの存在はGD2.CAR-T機能(IFNガンマ放出)障害を全く示さないことを示す。第2サイクル(14日間)中、抗PD-L1 scFvが導入された4-1BBエンドドメインを有するGD2.CAR T細胞は、抗PD-L1 scFvを有しないGD2.CAR T細胞と比較して、IFNガンマの放出の増強を示した。第1(培養7日目;図8A)および第2(培養14日目;図8B)の腫瘍特異的刺激後最初の24時間に産生されたIFNガンマを定量するためのIFNガンマELISAアッセイ。
図面全体を通して使用されているように、「CAR.BB」は「CAR.41BB」および「CAR.4-1BB」を指す。
詳細な説明
別段の定義がない限り、説明、図、および特許請求の範囲で使用される全ての他の科学用語および技術用語は、当業者によって一般的に理解されるような通常の意味を有する。本明細書で開示される改変細胞、抗体、抗原レセプター、核酸、ベクター、組成物、方法、および用途の実施または試験において、本明細書に記載された方法および材料と類似または均等の方法および材料を使用することができるが、好適な方法および材料を以下に記載する。本明細書で言及される全ての刊行物、特許出願、特許、および他の参考文献は、その全体で参照により援用される。矛盾する場合、定義を含む本明細書が優先する。材料、方法、および実施例は、例示的なものに過ぎず、限定するものではない。
本明細書で使用される用語「改変免疫細胞」は、本明細書に記載のタンパク質を発現するように遺伝子改変された免疫細胞を指す。
本明細書で使用される場合、用語「抗原レセプター」は、抗原結合に応答して免疫細胞を活性化することができるレセプターを指す。例示的な抗原レセプターは、内因性(すなわち、天然)もしくは組み換えT細胞レセプター(TCR)またはキメラ抗原レセプター(CAR)であり得る。TCRは、免疫細胞上に発現される膜固定型ヘテロ二量体タンパク質である。抗原提示細胞によって提示される抗原分子に結合すると、免疫細胞が活性化される。いくつかのTCRは可変アルファおよびベータ鎖を含むが、他のTCRはガンマおよびデルタ鎖を含み、鎖は不変CD3鎖分子との複合体の一部として発現される。アルファ鎖およびベータ鎖の各々は、両方とも細胞外に位置する可変領域および定常領域を含み得、各可変ドメインは、ペプチド/MHC複合体へのTCRの結合を可能にする3つの相補性決定領域(CDR)を有する。ベータ鎖の可変領域は、通常抗原に接触しないため、CDRとはみなされない別の超可変領域HV4を有する(例えば、Richman, S.A. et al, Mol Immunol.2009; 46(5): 902-916を参照されたい)。
CARは、典型的には、細胞外ドメイン(外部ドメイン)、膜貫通ドメイン、および細胞質ドメイン(エンドドメイン)を含む。外部ドメインは抗原認識を与え、最も一般的にはscFvであるが、他の抗体フォーマットも使用され得る。scFvは、スペーサーを介して膜貫通ドメインに連結され、次いで膜貫通ドメインがエンドドメインに連結される。第一世代CARは、CD3-ゼータを含む単純構造のエンドドメインを有していた。抗原結合に際して、レセプターがクラスター化し、活性化シグナルが細胞に伝達される。活性化シグナルを増加させるために、第2世代CARは、CD28、OX40、および/または4-1BBなどの共刺激ドメインをさらに含み、第3世代CARは、2つ以上の共刺激ドメインを含む(Maus MV et al (2014) Blood, 123: 2625-2635)。CD3-ゼータの他に、IgE-γドメインとしてFcレセプターを含む他のITAM含有ドメインが探索されている。
いくつかの実施形態において、抗原の抗原レセプターへの結合は、シグナル伝達の誘導または免疫細胞におけるタンパク質発現の変化によって免疫細胞を活性化し、免疫応答の開始をもたらす。
用語「内因性」は、組み換え技術なく、細胞または組織で通常発現される核酸またはポリペプチドに関する。
本明細書で使用される場合、「PD-L1」は、「プログラム細胞死リガンド1」、「表面抗原分類274(すなわちCD274)」、または「B7ホモログ1(すなわちB7-H1)」としても知られているタンパク質を指す。天然タンパク質は、2つの細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、および細胞質ドメインを含む。当該用語は、全長および/またはプロセシングされていないPD-L1、ならびに細胞内でのプロセシングから生じる中間体を包含する。PD-L1は、膜貫通タンパク質または可溶性タンパク質として存在し得る。したがって、本明細書で使用される当該用語は、当該タンパク質の全長または細胞外ドメインを指し得る。当該用語は、PD-L1の天然に存在する変異体、例えばスプライス変異体または対立遺伝子変異体も包含する。当該タンパク質は、hisタグまたはFcタグなどのタグをさらに含み得る。例示的なヒト全長PD-L1タンパク質のアミノ酸配列は、例えば、NCBIタンパク質データベース受入れ番号NP_054862で見ることができる。用語「hPD-L1」は、ヒトPD-L1を指し、天然hPD-L1および組み換えヒトrhPD-L1を含む。「rPD-L1」は組み換えPD-L1を指す。組み換えPD-L1は、調製される方法に依存して、アミノ末端メチオニン残基を有すること、または有しないことがあり得る。「rhPD-L1」は組み換えヒトPD-L1を指す。同様に、PD-L1は、ヒトまたはヒト以外の起源の生体試料から単離することによっても得ることができる。rhPD-L1は、例えば、米国のRnD Systemsよりカタログ番号156-B7で、または米国のPeprotechによりカタログ番号310-35で入手し得る。「サルPD-L1」はアカゲザルのPD-L1を指す。例示的なサルPD-L1タンパク質のアミノ酸配列は、例えば、NCBIタンパク質データベース受入れ番号NP_001077358で見ることができる。サルPD-L1は、例えば、中国のSino Biologicalよりカタログ番号90251-C02Hで入手し得る。「ラットPD-L1」は、ドブネズミ(ノルウェーラット)のPD-L1を指す。例示的なラットPD-L1タンパク質のアミノ酸配列は、例えば、NCBIタンパク質データベース受入れ番号NP_001178883で見ることができる。ラットPD-L1は、例えば、中国のSino Biologicalよりカタログ番号80450-R02Hで入手し得る。「マウスPD-L1」は、ハツカネズミのPD-L1を指す。例示的なマウスPD-L1タンパク質のアミノ酸配列は、例えば、NCBIタンパク質データベース受入れ番号NP_068693で見ることができる。マウスPD-L1は、例えば、中国のSino Biologicalよりカタログ番号50010-M03Hで、または米国のRnD Systemsよりカタログ番号1019-B7-100で入手し得る。
「PD-1」はプログラム細胞死タンパク質1であり、PD-L1の細胞表面レセプターであるCD279としても知られている。PD-1は、2つのリガンド、PD-L1およびPD-L2に結合する。PD-1は、細胞外ドメインとそれに続く膜貫通領域および細胞内ドメインを含む膜貫通タンパク質である。当該用語は、全長および/またはプロセシングされていないPD-1、ならびに細胞内でのプロセシングから生じる中間体を包含する。PD-1は、膜貫通タンパク質または可溶性タンパク質として存在し得る。したがって、本明細書で使用される当該用語は、当該タンパク質の全長または細胞外ドメインを指し得る。当該用語は、PD-1の天然に存在する変異体、例えばスプライス変異体または対立遺伝子変異体も包含する。当該タンパク質は、hisタグまたはFcタグなどのタグをさらに含み得る。例示的なヒトPD-1タンパク質のアミノ酸配列は、例えば、NCBIタンパク質データベース受入れ番号NP_005009で見ることができる。用語「hPD-1」は、ヒトPD-1を指し、その天然型(hPD-1)および組み換えヒト型(rhPD-1)を含む。「rPD-1」は組み換えPD-1を指す。
「CD80」は、B7-1、B7.1、BB1、CD28LG、CD28LG1、LAB7としても知られている表面抗原分類80を指す。CD80は、CD28およびCTLA-4ならびにPD-L1に対する膜レセプターであり、細胞外ドメインとそれに続く膜貫通領域および細胞内ドメインを含む。当該用語は、全長および/またはプロセシングされていないCD80、ならびに細胞内でのプロセシングから生じる中間体を包含する。CD80は、膜貫通タンパク質または可溶性タンパク質として存在し得る。したがって、本明細書で使用される当該用語は、当該タンパク質の全長または細胞外ドメインを指し得る。当該用語は、CD80の天然に存在する変異体、例えばスプライス変異体または対立遺伝子変異体も包含する。当該タンパク質は、hisタグまたはFcタグなどのタグをさらに含み得る。例示的なヒトCD80タンパク質のアミノ酸配列は、例えば、NCBIタンパク質データベース受入れ番号NP_005182で見ることができる。CD80は、例えば、米国のRnD Systemsよりカタログ番号9050-B1-100で入手し得る。用語「hCD80」は、ヒトCD80を指し、その天然型(hCD80)および組み換えヒト型(rhCD80)を含む。「rCD80」は組み換えCD80を指す。
「PD-L2」は、「プログラム細胞死1リガンド2」、「B7-DC」、または「CD273」(表面抗原分類273)としても知られているタンパク質を指す。本明細書で使用される当該用語は、全長および/またはプロセシングされていないPD-L2、ならびに細胞内でのプロセシングから生じる中間体を包含する。PD-L2は、膜貫通タンパク質または可溶性タンパク質として存在し得る。したがって、本明細書で使用される当該用語は、当該タンパク質の全長または細胞外ドメインを指し得る。当該用語は、PD-L2の天然に存在する変異体、例えばスプライス変異体または対立遺伝子変異体も包含する。当該タンパク質は、hisタグまたはFcタグなどのタグをさらに含み得る。例示的なヒト全長PD-L2タンパク質のアミノ酸配列は、例えば、NCBIタンパク質データベース受入れ番号NP_079515で見ることができる。PD-L2は、例えば、米国のRnD Systemsよりカタログ番号1224-PLで入手し得る。用語「rhPD-L2」は組み換えヒトPD-L2を指す。「B7-H3」は、CD276(表面抗原分類276)としても知られているタンパク質を指す。本明細書で使用される当該用語は、全長および/またはプロセシングされていないB7-H3、ならびに細胞内でのプロセシングから生じる中間体を包含する。B7-H3は、膜貫通タンパク質または可溶性タンパク質として存在し得る。したがって、本明細書で使用される当該用語は、当該タンパク質の全長または細胞外ドメインを指し得る。当該用語は、B7-H3の天然に存在する変異体、例えばスプライス変異体または対立遺伝子変異体も包含する。当該タンパク質は、hisタグまたはFcタグなどのタグをさらに含み得る。例示的なヒト全長B7-H3タンパク質のアミノ酸配列は、例えば、NCBIタンパク質データベース受入れ番号NP_079516で見ることができる。B7-H3は、例えば、米国のRnD Systemsよりカタログ番号1027-B3で入手し得る。用語「rhB7-H3」は組み換えヒトB7-H3を指す。
本明細書で用いられるT細胞疲弊は、多くの慢性ウイルス感染、自己免疫、および癌の間に生じるT細胞機能不全の状態である。T細胞疲弊は、エフェクター機能の低下、阻害性レセプターの持続的発現、および機能的エフェクターまたはメモリーT細胞の転写状態とは異なる転写状態を特徴とする。疲弊は、感染状態および腫瘍の、すなわち特に慢性的な環境における最適な制御を妨げる。抗腫瘍T細胞は、腫瘍微小環境において抗原に持続的に曝露されるので、疲弊の影響を特に受けやすい。疲弊は、癌患者のT細胞機能不全に寄与する可能性が高い機構である。したがって、T細胞の疲弊は、メラノーマ患者ならびに卵巣癌および肝細胞癌を有する患者について報告されている。疲弊したT細胞は、PD-1およびLAG-3を含む複数の阻害性レセプターを発現し、細胞傷害性および増殖能を徐々に失う。最終的に、疲弊したT細胞は、アポトーシスに及び得る。高レベルの阻害性レセプターの発現には、プログラム細胞死タンパク質1(PD-1)、リンパ球活性化遺伝子3タンパク質(LAG-3)、T細胞免疫グロブリンドメイン、およびムチンドメインタンパク質3(TIM-3)、細胞傷害性Tリンパ球抗原-4(CTLA-4)、バンドTリンパ球アテニュエーター(BTLA)、およびT細胞免疫グロブリン、および免疫レセプターチロシン系阻害性モチーフドメイン(TIGIT)が含まれる。疲弊したT細胞の他の主な特徴は、エフェクターサイトカインを発現する能力の進行性喪失である。典型的には、インターロイキン-2(IL-2)産生および生体外殺滅能力が、疲弊の初期段階で失われる。中間段階では、腫瘍壊死因子-アルファ(TNF-α)産生が失われる。最後に、疲弊の進行段階では、インターフェロン-ガンマ(IFN-ガンマ)およびグランザイムB(GzmB)産生が失われる。疲弊したT細胞を腫瘍微小環境と結びつける最初の証拠は、プログラム細胞死リガンド1が過剰発現されたことであった。例えば、the review T-cell exhaustion in the tumor microenvironment, Jiang et al, Cell Death and Disease (2015) 6, el 792を参照されたい。
T細胞疲弊は慢性過剰刺激の結果であるが、T細胞アネルギーは、(i)CD28を介する適切な随伴性共刺激なしに、または(ii)高い共阻害分子シグナル伝達の存在下で、TCRを誘発することによって誘導される低応答性状態を通常指す。その結果、IL-2は効果的に転写されないが、代わりにネガティブフィードバックを介してTCRシグナル伝達障害に寄与する、GRAILなどのアネルギー関連遺伝子が発現される。
用語「単離」は、ペプチド、核酸分子、もしくは細胞などの物質が、その正常な生理環境、例えば天然源から取り出されたこと、またはペプチドもしくは核酸が合成されることを示す。用語「単離」の使用は、天然に存在する配列がその正常細胞(例えば、染色体または細胞)環境から取り出されたことを示す。したがって、配列は、無細胞溶液中に存在してもよく、または異なる細胞環境に置かれてもよい。ポリペプチドまたは核酸分子に関して「単離」とは、天然源から単離されるか、または合成されるポリペプチドまたは核酸分子を含む、互いに結合したアミノ酸(2つ以上のアミノ酸)またはヌクレオチドのポリマーを意味する。用語「単離」は、配列が、存在するアミノ酸鎖またはヌクレオチド鎖だけであることを意味するのではなく、配列が、それぞれ配列と自然に関連する非アミノ酸物質および/または非核酸物質などを実質的に含まないことを意味する。「単離細胞」は、細胞に自然に付随する分子および/または細胞成分から分離される細胞を指す。
「変異体」は、本明細書で開示される親配列の1つ以上の所望の活性を保持しながら、1つ以上のアミノ酸残基または核酸塩基の付加(挿入を含む)、欠失、修飾、および/または置換により親配列と異なるアミノ酸または塩基配列を指す。抗体の場合、このような所望の活性には特異的抗原結合が含まれ得る。同様に、変異体塩基配列は、1つ以上の核酸塩基の付加、欠失、および/または置換により親配列と比較して改変されていることがあり得るが、コードされる抗体は上記の所望の活性を保持する。変異体は、対立遺伝子またはスプライス変異体などの天然に存在するものであってもよく、または人工的に構築されるものであってもよい。
本明細書で使用される用語「同一性」は、2つのタンパク質または核酸間の配列の一致を指す。比較するタンパク質または塩基配列を、例えば、EMBOSS Needle(ペアワイズアラインメント;www.ebi.ac.ukで利用可能)などのバイオインフォマティクスツールを使用するか、またはマニュアルアラインメントおよび目視検査により、比較ウィンドウにわたって一致が最大となるようにアラインメントする。比較する配列中の同じ位置が同じ核酸塩基またはアミノ酸残基によって占められている場合、それぞれの分子はちょうどその位置で同一である。したがって、「同一性パーセント」は、一致位置の数を比較した位置の数で割って100%を掛けた関数である。例えば、10個の配列位置のうち6個が同一である場合、同一性は60%である。一致が最大となるように配列をアラインメントするには、ギャップを導入する必要があり得る。2つのタンパク質配列間の同一性パーセントは、例えば、EMBOSS Needleに組み込まれているNeedleman-Wunschアルゴリズム(Needlemann S.B. and Wunsch CD.A general method applicable to the search for similarities in the amino acid sequence of two proteins.J. Mol.Biol.1970, vol. 48, p.443)を使用して、BLOSUM62マトリックス、「ギャップオープンペナルティ」10、「ギャップ伸長ペナルティ」0.5、偽「エンドギャップペナルティ」、「エンドギャップオープンペナルティ」10、および「エンドギャップ伸長ペナルティ」0.5を用いて、または同一性を最大にする方法でギャップを手動で導入する配列整列方法によって決定することができる。同一の一次アミノ酸または塩基配列を有する2つの分子は、化学的および/または生物学的修飾にかかわらず同一である。例えば、同じ一次アミノ酸配列を有するが異なるグリコシル化パターンを有する2つの抗体は、この定義では同一である。核酸の場合、例えば、同じ配列を有するがリン酸の代わりにチオリン酸などの異なる結合成分を有する2つの分子は、この定義では同一である。同様に、環外修飾のためにのみ異なる核酸塩基、例えばシトシンおよび5-メチル-シトシンは、この定義では同一である。
いくつかの可変ドメインまたは1つ以上の定常ドメインを含むことなどにより本明細書で与えられるいずれの配列よりも長い配列は、比較ウィンドウにわたる配列同一性が示されている場合、本明細書に開示される基準配列となおも同一であるものとする。本明細書で使用される比較ウィンドウは、請求項に係る配列全体を含む。
用語「CDR」は、抗原結合に主に寄与する抗体の超可変領域を指す。通常、抗原結合部位は、フレームワークスキャフォールドに埋め込まれた6つのCDRを含む。ここで、VLのCDRはCDR-L1、CDR-L2、およびCDR-L3と呼ばれ、VHのCDRはCDR-H1、CDR-H2、およびCDR-H3と呼ばれる。これらは、KABAT, E.A., et al. Sequences of Proteins of Immunological Interest.5th edition.Edited by U.S. DEPARTMENT OF HEALTH AND HUMAN SERVICES.NIH Publications, 1991. p. 91-3242に記載されているように同定することができる。しかしながら、本明細書中で使用されるCDR-H1は、位置27で開始し、位置36より前で終わる点でKabatの定義とは異なる(AHo位置28~42を含む)。
本明細書で使用される場合、抗体のVHおよびVLにおけるアミノ酸残基位置を同定するためのナンバリングシステムは、Honegger A.およびPliickthun A.によって記載された「AHo」システムに対応する。免疫グロブリン可変ドメインのさらに別のナンバリングスキームはAn automatic modelling and analysis tool.J. Mol.Biol.2001, vol. 309, p.657である。この刊行物はさらに、AHoシステムとKabatシステムとの間の変換テーブルを与える(Kabat E.A. et al, Sequences of Proteins of Immunological Interest.5th edition.Edited by U.S. Department of Health and Human Services.NIH Publications, 1991.No. 91-3242)。
用語「フレームワーク」(FR)は、可変抗体ドメインのスキャフォールドである、それぞれのCDRを含む可変軽鎖(VL)または可変重鎖(VH)を指す。VLおよび/またはVHフレームワークは、CDR領域に隣接する4つのフレームワークセクション、FR1、FR2、FR3、およびFR4を通常含む。したがって、当技術分野で知られているように、VLは一般構造:(FR-L1)-(CDR-L1)-(FR-L2)-(CDR-L2)-(FR-L3)-(CDR-L3)-(FR-L4)を有し、一方、VHは一般構造:(FR-H1)-(CDR-H1)-(FR-H2)-(CDR-H2)-(FR-H3)-(CDR-H3)-(FR-H4)を有する。本開示の様々な態様を、以下のサブセクションでさらに詳細に説明する。様々な実施形態、選好、および範囲は自由に組み合わせ得ることが了解される。さらに、特定の実施形態に応じて、選択された定義、実施形態、または範囲が適用されないこともある。
第1の態様において、本発明は、
i)抗原レセプター、および
ii)PD-L1を遮断する抗体
を発現する改変免疫細胞を与える。
当該免疫細胞は、例えば、T細胞、ナチュラルキラーT(NKT)細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、ヒト胚性幹細胞、または造血幹細胞(HSC)、または誘導多能性幹細胞(iPS)であり得る。
前記T細胞は、細胞傷害性Tリンパ球(CTL)、調節性Tリンパ球、炎症性Tリンパ球、またはヘルパーTリンパ球、またはガンマ-デルタT細胞であり得る。追加的または代替的に、前記T細胞はCD4+またはCD8+またはCD4+およびCD8+細胞の混合集団である。
いくつかの実施形態において、抗原レセプターは、キメラ抗原レセプター(CAR)である。上述のように、CARは、細胞内シグナル伝達ドメインとして作用する細胞質ドメイン、膜貫通ドメイン、および抗原認識に役立つ細胞外ドメインを含む。細胞外ドメインは、ドメインの輸送を細胞表面に向けるために、シグナルペプチドに連結されていてもよい。前記シグナルペプチドは切断可能であってもよい。
通常、膜貫通ドメインと細胞外ドメインとの間にスペーサーまたはヒンジ領域が存在する。当該ヒンジ領域は、例えば、CD8aヒンジ、IgG1ヒンジ、またはFcyRllヒンジからなる群から選択され得る。
いくつかの実施形態において、CARは、CD3ゼータ、CD4、CD28、CD8アルファ、または4-1BB膜貫通ドメインを含む。
さらに、CARは、例えばCD28,4-1BB(CD137)、ICOS、またはOX40(CD134)共刺激ドメインからなる群から選択される1つ以上の共刺激ドメイン、またはそれらの機能的フラグメントを含み得る。好ましい実施形態において、CARは、4-1BB共刺激ドメインまたはその機能的フラグメントを含む。CD28および4-1BB共刺激ドメインの例示的な配列は、それぞれ配列番号49および47に示されている。
通常、細胞質ドメインはCD3ゼータシグナル伝達ドメインを含む。CD3ゼータシグナル伝達ドメインの例示的な配列は、配列番号48に示されている。
対応する配列は周知であり、当技術分野で利用可能である。シグナルペプチド、ヒンジ領域、膜貫通ドメインの例示的な配列は、参照により本明細書に援用される、国際公開第2016/034666号の図1に与えられている。前記配列の変異体もまた使用し得る。他のシグナルペプチド、ヒンジ領域、膜貫通ドメイン、共刺激ドメイン、および/またはシグナル伝達ドメインも、本発明の範囲内で用いることができる。
いくつかの実施形態では、CARの構造は、参照により本明細書に援用される、Heczey A. et al, Blood.2014 Oct 30; 124(18):2824-33の図1に示されるとおりである。
いくつかの実施形態において、CARは、GD2、例えば14g2a scFv、もしくは14g2a可変ドメインを含む抗体、もしくは14g2a scFvのCDRを含む抗体、またはそれらの変異体を標的とする細胞外ドメイン、CD3ゼータシグナル伝達ドメイン、およびCD28共刺激ドメインを含む。いくつかの実施形態において、CARは、GD2、例えば14g2a scFv、14g2a可変ドメインを含む抗体、もしくは14g2a scFvのCDRを含む抗体、またはそれらの変異体を標的とする細胞外ドメイン、CD3ゼータシグナル伝達ドメイン、および4-1BB共刺激ドメインを含む。14g2a scFvのVHおよびVL配列は、例えば、PDBデータベースで受入れ番号4TUO_Aおよび4TUO_Bの下で見ることができる(配列番号13および14も参照)。14g2a由来配列の変異体、特にフレームワーク変異、例えば可変軽鎖および/または重鎖に1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10個の変異を有する変異体の使用も企図されている。好ましいのは、配列番号13および14に示されるCDR配列の少なくとも1つ、好ましくは全て、すなわち配列番号16~21の少なくとも1つ、好ましくは全てのCDR配列を含む抗GD2-CARである。例示的なGD2特異的CARコンストラクトは、Heczey A. et al, Blood.2014 Oct 30; 124(18):2824-33, in Pule、M A. et al, Mol Ther, 12(5), November 2005, 933-941(異なるレセプターの膜貫通ドメインおよびエンドドメインのアミノ酸配列については図1を参照)、および国際公開第WO2012033885号に記載されており、これら3つは全て参照により本明細書に援用される。
いくつかの実施形態において、CARは、CSPG4を標的とする細胞外ドメインを含む。好ましいのは、当該CARが、配列番号22~27の少なくとも1つ、好ましくは全てのCDRを含むことである。いくつかの実施形態において、当該CARは、配列番号28のVL配列、および/または配列番号29のVH配列を含む。例示的なCSPG4特異的CARコンストラクトは、参照により本明細書に援用される国際公開第2015/080981号に記載されている。
いくつかの実施形態において、CARは、GPC3を標的とする細胞外ドメインを含む。好ましいのは、当該CARが、配列番号30~35の少なくとも1つ、好ましくは全てのCDRを含むことである。いくつかの実施形態において、当該CARは、配列番号36のVL配列、ならびに/または配列番号37および配列番号38からなる群から選択されるVH配列を含む。例示的なGPC3特異的CARコンストラクトは、参照により本明細書に援用される国際公開第2016/049459号に記載されている。
いくつかの実施形態において、CARは、5T4を標的とする細胞外ドメインを含む。好ましいのは、当該CARが、配列番号39~44の少なくとも1つ、好ましくは全てのCDRを含むことである。いくつかの実施形態において、当該CARは、配列番号45のVL配列、および/または配列番号46のVH配列を含む。例示的な5T4特異的CARコンストラクトは、参照により本明細書に援用される国際公開第2016/034666号に記載されている。
追加的または代替的に、抗原レセプターはT細胞レセプター(TCR)である。TCRは、内因性(もしくは天然)TCRまたは改変TCRであり得る。内因性TCRは、例えば抗原に対するその特異性のために選択され得る。
一実施形態において、改変TCRは、その配列が免疫細胞において組み換えにより発現される天然のTCRである。いくつかの実施形態において、改変TCRは、天然のTCRに由来するが、点変異を含む。一実施形態において、改変TCRは、例えば参照により本明細書に援用される国際公開第2006/000830に開示されているように、定常領域にジスルフィド結合を含む。特に、定常領域に所定位置のジスルフィド結合が組み込まれる。
一実施形態において、改変TCRは、例えば参照により本明細書に援用される国際公開第2006/170320に記載されているように、表面発現が増加するように改変されている。例えば、TCRは以下のアミノ酸残基:アルファ鎖のL96;ベータ鎖のR9;ベータ鎖のY10;アルファ鎖のT24;アルファ鎖のV19;アルファ鎖のT20;アルファ鎖のM50;アルファ鎖のT5;アルファ鎖のQ8;アルファ鎖のS86;アルファ鎖のF39;アルファ鎖のD55;ベータ鎖のR43;アルファ鎖のA66;ベータ鎖のV1 9;ベータ鎖のL21;ベータ鎖のL103;アルファ鎖のT3;アルファ鎖のS7;アルファ鎖のP9;アルファ鎖のM11;アルファ鎖のA16;アルファ鎖のT18;アルファ鎖のL21;アルファ鎖のS22;アルファ鎖のD26;アルファ鎖のF40;アルファ鎖のS47;アルファ鎖のR48;アルファ鎖のQ49;アルファ鎖のI51;アルファ鎖のL52;アルファ鎖のV53;アルファ鎖のT67;アルファ鎖のE68;アルファ鎖のN74;アルファ鎖のF76;アルファ鎖のN79;アルファ鎖のQ81;アルファ鎖のA83;アルファ鎖のK90;アルファ鎖のS92;アルファ鎖のD93;およびアルファ鎖のM101のうち1つ以上を含む。好ましくは、前記1つ以上のアミノ酸残基は、対応する生殖細胞フレームワークTCRアミノ酸配列に存在しない。
一実施形態において、改変TCRは、非ヒト定常領域、例えばマウス定常領域を含む。
一実施形態において、NKT細胞の内因性TCRなどのTCRは、腫瘍関連マクロファージに結合することができる。
一実施形態において、TCRはサバイビンに特異的である。サバイビン腫瘍抗原に特異的であるが、「標的外の腫瘍」毒性を有しない例示的なTCRは、国際公開第2016/070119号に開示されている。当該サバイビン特異的TCRは、好ましくは、配列番号50および51のCDRを含む。好ましくは、TCRは、配列番号50のベータ鎖および/または配列番号51のアルファ鎖を含む。
一実施形態において、TCRはWT-1に特異的である。WT-1に特異的な例示的なTCRは、国際公開第2005056595号に開示されている。WT-1特異的TCRは、好ましくは、配列番号52、53、54、55、56、57、58、および59からなる群からの1つ以上のCDRを含む。一実施形態において、アルファ鎖は、配列番号52、53、および54を含む。一実施形態において、アルファ鎖は、配列番号52、53、および55を含む。一実施形態において、ベータ鎖は、配列番号56、57、および58を含む。一実施形態において、ベータ鎖は、配列番号56、57、および59を含む。当該TCRは、配列番号60または62のアルファ鎖を含み得る。追加的または代替的に、当該TCRは、配列番号61または63のベータ鎖を含み得る。したがって、一実施形態において、TCRは、配列番号60および61を含む。一実施形態において、TCRは、配列番号60および63を含む。一実施形態において、TCRは、配列番号62および61を含む。一実施形態において、TCRは、配列番号62および63を含む。
好ましい実施形態では、前記抗原レセプターは組み換え発現される。したがって、免疫細胞に前記抗原レセプターをコードするベクターを導入または移入する。
抗原レセプターが結合する抗原は、好ましくは、腫瘍もしくは病原体によって発現されるか、または腫瘍もしくは病原体に由来する。いくつかの実施形態において、特にCARを使用する場合、抗原レセプターは2つ以上の標的に結合し得る。また、2つ以上、例えば3、4、または5つの異なる組み換え抗原レセプターを発現する免疫細胞も企図される。抗原レセプターが結合する例示的な抗原には、限定はされないが、GD2、WT-1、5T4、GPC3、CSPG4、MUC16、MUC1、CA1X、CEA、CDS、CD7、CD 10、CD19、CD20、CD22、CD23、CD30、CD33、CD34、CD38、CD41、CD44、CD49f、CD56、CD70、CD74、CD133、CD138、CD123、pp65またはIE-1などのサイトメガロウイルス(CMV)タンパク質、E6またはE7などのヒトパピローマウイルス(HPV)タンパク質、EBNA-1、LMP-1、LMP-2、またはBARF-1などのエプスタイン・バー・ウイルス(EBV)タンパク質、ヘキソンなどのADVタンパク質、EGP-2、EGP-40、EpCAM、erb-B2、erb-B3、erb-B4、FBP、胎児性アセチルコリンレセプター、葉酸レセプター-a、GD3、Her-1、HER-2、組み合わせでのHER2-HER3、または組み合わせでのHER1-HER2、hTERT、IL-13R~a2、K-軽鎖、DR、LeY、LI細胞接着分子、MAGE-A1、MAGE-A4、MAGE-A10、メソテリン、NKG2Dリガンド、NY-ESO-1、PSCA、PSMA、ROR1、TAG-72、VEGF-R2、EGFR、EGFRvIII、変異p53、変異ras、変異raf、変異RAC1、bcr/abl融合体、c-Met、アルファフェトプロテイン、CA-125、MUC-1、上皮腫瘍抗原、前立腺特異抗原、メラノーマ関連抗原、葉酸結合タンパク質、HIV-1エンベロープ糖タンパク質gpl20、HIV-1エンベロープ糖タンパク質gp41、メソテリン、HERV-K、またはERBB2が含まれ得る。
抗体は、全長免疫グロブリンまたは抗体誘導体であり得る。過去数十年にわたり、全長免疫グロブリンが分析され、モジュールが、一価、二価、または多価誘導体および単一特異性、二重特異性、または多重特異性誘導体を作製するために使用されてきた。最初は、より小さな抗原結合フラグメントがタンパク質分解によって製造され、その後、遺伝子工学によって人工コンストラクトが製造されてきた。したがって、抗体誘導体は、場合によっては複数のコピーで全長免疫グロブリンの機能的部分または全体を含む組み換え分子である。例示的な抗体誘導体には、限定はされないが、Fab、Fab’、scFab、scFv、Fvフラグメント、ナノボディ、VHH、最小認識ユニット、ダイアボディ、単鎖ダイアボディ(scDb)、タンデムscDb(Tandab)、線状二量体scDb(LD-scDb)、環状二量体scDb(CD-scDb)、BiTE(またはタンデムジ-scFvもしくはタンデムscFv)、DART、タンデムトリ-scFv、トリ(ア)ボディ、二重特異性Fab2、ジミニ抗体、テトラボディ、scFv-Fc-scFv融合体、scFv-Fc融合体、ジ-ダイアボディ、DVD-Ig、CrossMab、DuoBody、scFab-Fc、scFab-Fc-scFab、IgG-scFab、scFab-dsscFv、Fv2-Fc、IgG-scFv融合体(例えばbsAb、Bs1Ab、Bs2Ab、Bs3Ab、Ts1Ab、Ts2A)b、Knob-into-Holes(KiHs)、DuoBodyが含まれる(例えばHolliger P and Hudson J. Engineered antibody fragments and the rise of single domains.Nature Biotechnol.2005, vol. 23, 9, p.1126; Dimasi N. et al (2009), JMB 393, 672-692)を参照されたい)。
抗体誘導体のサブグループは抗体フラグメントである。本明細書で使用される場合、用語「抗体フラグメント」は、(i)抗体の可変重鎖および/または軽鎖または機能的フラグメントを含み、Fc部分を欠く一価かつ単一特異性抗体誘導体と、(ii)BiTE(タンデムscFv)、DART、ダイアボディ、および単鎖ダイアボディ(scDB)とを指す。したがって、抗体フラグメントは、例えば、Fab、Fab’、scFab、scFv、Fvフラグメント、ナノボディ、VHH、dAb、最小認識ユニット、単鎖ダイアボディ(scDb)、BiTE、およびDARTからなる群から選択される。列挙された抗体フラグメントは、60kDa未満の分子量を有する。一実施形態において、抗体誘導体は抗体フラグメント、好ましくはヒト化抗体フラグメントである。
一実施形態において、抗体は、細胞傷害性免疫応答を媒介することができるFcドメインを含む。Fcドメインを含む抗体の非限定的な例は、全長免疫グロブリン、DVD-Ig、scFv-Fc、およびscFv-Fc.scFv融合体、IgG-scFab、scFab-Fc、scFab-Fc-scFab、Fv2-Fc、IgG-scFv融合体(例えば、bsAb、Bs1Ab、Bs2Ab、Bs3Ab、Ts1Ab、Ts2Ab)、DuoBody、およびCrossMabである。
一実施形態において、抗体は、細胞傷害性免疫応答を誘発しない、かつ/または補体を活性化しないように改変されているFcドメインを含む。一実施形態において、抗体誘導体はFcドメインを欠いている。Fcドメインを欠く例示的な抗体誘導体は、Fab、Fab’、scFab、scFv、Fvフラグメント、ナノボディ、VHH、最小認識ユニット、ダイアボディ、単鎖ダイアボディ(scDb)、タンデムscDb(Tandab)、線状二量体scDb(LD-scDb)、環状二量体scDb(CD-scDb)、BiTE(タンデムジ-scFvもしくはタンデムscFvとも呼ばれる)、タンデムトリ-scFv、トリ(ア)ボディ、二重特異性Fab2、ジミニ抗体、ジ-ダイアボディ、scFab-dsscFv、またはDARTである。一実施形態において、抗体は、Knob into Holes(KiHs)技術を用いて改変されたFcドメインを含む。
Fc部分は、ADCC、ADCP、および/またはCDCなどの細胞傷害性免疫応答を媒介するが、PD-1:PD-L1軸を標的とする場合、両方のタンパク質が抗腫瘍細胞傷害性T細胞の表面上に発現されるので、このようなFc媒介効果は必要とされないか、または望ましくない。したがって、機能的Fc部分を有する全長モノクローナル抗体を投与すると、活性化しようとするリンパ球そのものが枯渇する可能性がある。抗PD-1抗体による治療は、患者における循環T細胞数の低下と相関することが分かった。PD-L1は非腫瘍細胞上にも発現され、これらの細胞を標的とし、ADCC、ADCP、および/またはCDCを媒介することは望ましくないことである。
いくつかの実施形態において、抗体誘導体は、約55kDa、50kDa、45kDa、40kDa、35kDa、30kDa、もしくは27kDa、またはそれ以下などの約60kDa以下の分子量を有する。固形腫瘍は、しばしば全長免疫グロブリンが中心に浸透するのを妨げ、治療効果を低下させる、実質的な物理的障壁を有する(Christiansen, I, and Rajasekaran, A.K.(2004), Mol.Cancer Ther.3, 1493-1501)。対照的に、より小さい抗体誘導体は、腫瘍のより深くに浸透し得る。約60kDa以下の分子量を有する例示的な抗体誘導体は、限定はされないが、Fab、Fab’、scFab、scFv、Fvフラグメント、ナノボディ、VHH、dAb、最小認識ユニット、単鎖ダイアボディ(scDb)、またはDARTを含む抗体フラグメントである。
抗体のサイズおよび/または構造は、その半減期に関係がある。治療的設定において副作用を減少させるために、短い半減期を有する抗体を使用することが有利であり得る。これは、例えば、Fc部分を欠く抗体誘導体、より好ましくは例えば約60kDa以下、例えば約55kDa、50kDa、45kDa、40kDa、35kDa、30kDa、もしくは27kDa、またはそれ以下の低分子量を有する抗体誘導体を使用することによって達成され得る。
これらの特徴を有する好ましい抗体誘導体は、例えばFab、Fab’、scFab、scFv、Fvフラグメント、ナノボディ、VHH、dAb、最小認識ユニット、単鎖ダイアボディ(scDb)、BiTE、またはDARTである。
したがって、抗体は、一価または多価であること、すなわち1つ以上の抗原結合部位を有することができる。一価抗体、特に抗体誘導体の非限定的な例には、scFv、Fvフラグメント、Fab、scFab、dAb、VHH、ナノボディ、または最小認識ユニットが含まれるが、これらに限定されない。多価抗体は、2、3、4、またはそれ以上の抗原結合部位を有することができる。全長免疫グロブリン、F(ab’)2フラグメント、単鎖ダイアボディ(scDb)、タンデムscDb(Tandab)、線状二量体scDb(LD-scDb)、環状二量体scDb(CD-scDb)、BiTE(またはタンデムジ-scFvもしくはタンデムscFv)、DART、タンデムトリ-scFv、トリ(ア)ボディ、二重特異性Fab2、ジミニ抗体、テトラボディ、scFv-Fc-scFv融合体、scFv-Fc融合体、ジ-ダイアボディ、DVD-Ig、CrossMab、DuoBody、scFab-Fc、scFab-Fc-scFab、IgG-scFab、scFab-dsscFv、Fv2-Fc、IgG-scFv融合体、ダイアボディ、トリアボディ、およびテトラボディは、多価抗体の非限定的な例であり、例示的な多価抗体は2つの結合部位を含み、すなわち抗体は2価である。
いくつかの実施形態において、抗体、特に抗体誘導体は二重特異性であり、すなわち、抗体誘導体は2つの異なる標的または1つの標的分子上の2つの異なるエピトープに対するものである。いくつかの実施形態において、抗体誘導体は多価であり、3つ以上の異なる結合部位、例えば3つまたは4つの異なる抗原それぞれに対しての3つまたは4つの異なる結合部位を含む。このような抗体は、それぞれ多価かつ多特異性、具体的には三重特異性または四重特異性である。
好ましくは、上記の抗体誘導体は、scFv(「単鎖可変フラグメント」または「単鎖抗体」)である。scFvは、リンカーによって連結された抗体のVHおよびVLドメインを含む融合タンパク質である。従って、scFvは、全長抗体に存在する定常Fc領域が欠けている。VHおよびVLドメインは、可動性リンカーによって、VL-リンカー-VHまたはVH-リンカー-VLのいずれかの配向で連結されることができる。好ましい実施形態では、配向はVL-リンカー-VHであり、すなわち軽鎖可変領域はN末端にあり、重鎖可変領域はポリペプチドのC末端にある。リンカーは配列番号10の配列を有し得るが、より短いまたはより長いリンカーまたは配列番号10の変異体もまた使用され得る。
したがって、一実施形態では、本明細書で与えられる細胞は、本開示に係るPD-L1遮断scFvおよび1つ以上のCARを発現するT細胞である。一実施形態では、本明細書で与えられる細胞は、本開示に係るPD-L1遮断scFvおよび1つ以上のTCRを発現するT細胞である。一実施形態では、本明細書で与えられる細胞は、本開示に係るPD-L1遮断scFvおよび1つ以上のCARならびに1つ以上のTCRを発現するT細胞である。
したがって、一実施形態では、本明細書で与えられる細胞は、本開示に係るPD-L1遮断scFvおよび1つ以上のCARを発現するナチュラルキラーT(NKT)細胞である。一実施形態では、本明細書で与えられる細胞は、本開示に係るPD-L1遮断scFvおよび1つ以上のTCRを発現するNKT細胞である。一実施形態では、本明細書で与えられる細胞は、本開示に係るPD-L1遮断scFvおよび1つ以上のCARならびに1つ以上のTCRを発現するNKT細胞である。
したがって、一実施形態では、本明細書で与えられる細胞は、本開示に係るPD-L1遮断scFvおよび1つ以上のCARを発現するナチュラルキラー(NK)細胞である。一実施形態では、本明細書で与えられる細胞は、本開示に係るPD-L1遮断scFvおよび1つ以上のTCRを発現するNK細胞である。一実施形態では、本明細書で与えられる細胞は、本開示に係るPD-L1遮断scFvおよび1つ以上のCARならびに1つ以上のTCRを発現するNK細胞である。
したがって、一実施形態では、本明細書で与えられる細胞は、本開示に係るPD-L1遮断scFvおよび1つ以上のCARを発現するヒト胚性幹細胞である。一実施形態では、本明細書で与えられる細胞は、本開示に係るPD-L1遮断scFvおよび1つ以上のTCRを発現するヒト胚性幹細胞である。一実施形態では、本明細書で与えられる細胞は、本開示に係るPD-L1遮断scFvおよび1つ以上のCARならびに1つ以上のTCRを発現するヒト胚性幹細胞である。
したがって、一実施形態では、本明細書で与えられる細胞は、本開示に係るPD-L1遮断scFvおよび1つ以上のCARを発現する造血幹細胞(HSC)である。一実施形態では、本明細書で与えられる細胞は、本開示に係るPD-L1遮断scFvおよび1つ以上のTCRを発現する造血幹細胞である。一実施形態では、本明細書で与えられる細胞は、本開示に係るPD-L1遮断scFvおよび1つ以上のCARならびに1つ以上のTCRを発現する造血幹細胞である。
したがって、一実施形態では、本明細書で与えられる細胞は、本開示に係るPD-L1遮断scFvおよび1つ以上のCARを発現する誘導多能性幹細胞(iPS)である。
一実施形態では、本明細書で与えられる細胞は、本開示に係るPD-L1遮断scFvおよび1つ以上のTCRを発現する誘導多能性幹細胞である。一実施形態では、本明細書で与えられる細胞は、本開示に係るPD-L1遮断scFvおよび1つ以上のCARならびに1つ以上のTCRを発現する誘導多能性幹細胞である。
本明細書で使用されるフレームワークを有する抗体は、scFvフォーマットにおいて驚くほど安定であると記載されている(例えば、国際公開第/2009/155726号またはBorras et al, JBC, Vol. 285, no. 12, 9 March 2010, pages 9054-9066を参照)。したがって、抗体は、好ましくは、配列番号1および/または2に含まれるフレームワーク配列またはそれらの変異体を含む。変異体は、例えば、国際公開第2014/206561号に記載の改変、具体的に挙げると、国際公開第2014/206561号の配列番号15~22のVLフレームワーク配列を含み得る。
抗体は、タンパク質に対する免疫応答を回避するために、ヒト化されていることが、好ましい。「ヒト化」抗体は、非ヒト親抗体の1つ以上、典型的には全6つのCDR領域もしくはそれらの変異体、または合成CDRを含み、そのフレームワークが、例えば(i)非ヒト親抗体の1つ以上のフレームワーク残基を含む可能性があるヒトフレームワーク、または(ii)天然に産生されるヒトフレームワークとの類似性を増加させるように改変された非ヒト抗体由来のフレームワークである抗体を指す。抗体をヒト化する方法は、当技術分野で公知であり、例えば、Leger O., and Saldanha J. Antibody Drug Discovery.Edited by Wood C. London: Imperial College Press, 2011.ISBN 1848166281. p.1-23を参照されたい。
いくつかの実施形態において、抗体は完全にヒト化されている。
好ましい実施形態において、抗体は、CD80およびPD-1の両方とのPD-L1相互作用が遮断されるように、PD-L1上のエピトープに結合する。PD-1へのPD-L1の結合はT細胞疲弊を誘発し、CD80へのPD-L1の結合はT細胞アネルギーを誘発するので、PD-L1のCD80およびPD-1への結合を同時に遮断することは、アネルギーを防ぎ、疲弊を回復させる。
好ましい実施形態において、抗体は、
i)それぞれ配列番号6、7、および8に示される可変重鎖(VH)CDR配列CDR-H1、CDR-H2、もしくはCDR-H3、またはそれらの変異体のうちの1つ以上、
ii)それぞれ配列番号3、4、および5に示される可変軽鎖(VL)CDR配列CDR-L1、CDR-L2、もしくはCDR-L3、またはそれらの変異体のうちの1つ以上、
を含む。
好ましくは、抗体は、
i)配列番号2の1つ以上のVH配列、および/もしくは
ii)配列番号1の1つ以上のVL配列
またはそれぞれの変異体
を含む。
いくつかの実施形態において、前記抗体は、配列番号9を含むscFVまたはその変異体である。
変異体は、いくつかの実施形態では、そのアミノ酸配列の1、2、3、4、5、またはそれ以上の位置において、所与の抗体と異なる抗体であり得る。このような違いは、例えば、置換、付加、修飾、または欠失であり得る。一実施形態において、変異体は、本明細書で開示される配列、特に配列番号1、2、または9と少なくとも85%、より好ましくは90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、最も好ましくは100%の配列同一性を有する。
本明細書に与えられる抗体の変異体は、抗体をコードする塩基配列に適当な改変を導入することによって作製し得る。得られる抗体が適当な方法を用いてスクリーニングすることができる所望の特性を有するならば、フレームワークまたはCDRに、欠失、置換、付加、修飾、および挿入の任意の組み合わせをなすことができる。特に対象となるのは、置換であり、好ましくは保存的置換である。
本明細書で使用される場合、「保存的置換」は、対応する基準に関して物理的、生物学的、化学的、および/または機能的に特性を維持する修飾および置換を指す。例えば、保存的置換を有する配列を含む分子は、類似のサイズ、形状、電荷、化学的特性、例えば共有結合もしくは水素結合を形成する同等の能力、および/または同等の極性を有し得る。このような保存的改変には、1つ以上の核酸塩基およびアミノ酸の置換、付加、および欠失が含まれるが、これらに限定されない。
例えば、保存的アミノ酸置換には、アミノ酸残基が類似の側鎖を有するアミノ酸残基で置換されるものが含まれる。例えば、抗原への結合に関して必須ではないアミノ酸残基を、同じ側鎖ファミリー由来の別のアミノ酸残基で置換することができ、例えば、スレオニンをセリンで置換し得る。アミノ酸残基は、通常、以下のように、共通、類似の側鎖特性に基づいてファミリーに分けられる。
1.非極性側鎖(例えば、グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、メチオニン)
2.非荷電極性側鎖(例えば、アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、チロシン、プロリン、システイン、トリプトファン)
3.塩基性側鎖(例えば、リシン、アルギニン、ヒスチジン、プロリン)
4.酸性側鎖(例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸)
5.ベータ-分枝側鎖(例えば、スレオニン、バリン、イソロイシン)、および
6.芳香族側鎖(例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン)
保存的置換は、上記の6つのグループのうちの1つに含まれる第1のアミノ酸を、6つのグループのうちの同じグループ内の他のアミノ酸により置換することとみなすことができる。好ましい保存的置換には、以下が含まれる。
1.アラニン(A)をバリン(V)により置換すること
2.アルギニン(R)をリシン(K)により置換すること
3.アスパラギン(N)をグルタミン(Q)により置換すること
4.アスパラギン酸(D)をグルタミン酸(E)により置換すること
5.システイン(C)をセリン(S)により置換すること
6.グルタミン酸(E)をアスパラギン酸(D)により置換すること
7.グリシン(G)をアラニン(A)により置換すること
8.ヒスチジン(H)をアルギニン(R)またはリシン(K)により置換すること
9.イソロイシン(I)をロイシン(L)により置換すること
10.メチオニン(M)をロイシン(L)により置換すること
11.フェニルアラニン(F)をチロシン(Y)により置換すること
12.セリン(S)をスレオニン(T)により置換すること
13.トリプトファン(W)をチロシン(Y)により置換すること
14.フェニルアラニン(F)をトリプトファン(W)により置換すること
および/または
15.バリン(V)をロイシン(L)により置換すること
ならびにそれらの逆。プロリン(P)をアラニン(A)により置換するなどの他の置換も許容され、経験的に、または他の公知の保存的置換もしくは非保存的置換を踏まえて決定することができる。保存的置換はまた、非天然アミノ酸の使用を伴い得る。
本明細書に記載の抗体は、このような保存的置換を1つ以上、例えば2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、またはそれ以上含み得る。
別の実施形態では、非保存的置換が本明細書に開示されるいずれかの配列に導入されて変異体を生じる。一実施形態において、抗体は、このような非保存的置換を1つ以上、例えば2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、またはそれ以上含む。
特に好ましいタイプの変異体は、1つ以上のCDR全体が置換されているものである。通常、CDR-H3およびCDR-L3は、抗原結合に最も顕著に寄与する。例えば、CDR-L1、CDR-L2、CDR-H1、および/またはCDR-H2全体を、天然または人工起源の異なるCDRにより置き換え得る。いくつかの実施形態において、1つ以上のCDRがアラニンカセットにより置き換えられている。
いくつかの実施形態では、変異体は、親抗体に対して改善を示さない。いくつかの実施形態において、本明細書に記載の変異体抗体は、
(i)PD-L1、特にhPD-L1に対する特異的結合を保持し、好ましくはPD-L1とPD-1との間の相互作用を遮断し;かつ/または
(ii)KinExA(登録商標)により測定して500pM未満、好ましくは250pM未満、100pM未満、75pM未満、50pM未満、40pM未満、30pM未満、20pM未満、より好ましくは10pM未満のヒトPD-L1に対するKDを有し;かつ/または
(iv)PD-L1への結合に関して本明細書に開示される抗体と競合し;かつ/または
(v)本明細書に開示される配列と少なくとも80%、好ましくは少なくとも85%、90%、95%、もしくは97%の配列同一性を有する。
いくつかの実施形態において、抗体は、PD-L1に対して高い親和性を有し、100pM未満、例えば約75pM未満、50pM未満、25pM未満、または10pM未満のKDでhPD-L1に結合する。例えば、抗体は2価であり、KinExA(登録商標)により測定して10pM未満、好ましくは5pM未満、より好ましくは約3pM、例えば2.9pM、2.8pM、または2.7pMのKDでPD-L1に結合する。いくつかの実施形態において、このような二価抗体は全長免疫グロブリンである。
いくつかの実施形態において、本明細書で与えられる抗体は一価であり、KinExA(登録商標)により測定して50pM未満のKDでヒトPD-L1に結合する。前記KDは、好ましくは、約10pM未満、例えば約9pM未満、例えば9.0pM、8.9pM、8.8pM、または8.7pMである。いくつかの実施形態において、前記一価抗体はscFvである。
いくつかの実施形態において、本明細書で与えられる抗体は一価であり、KinExA(登録商標)により測定して50pM未満のKDでサルPD-L1に結合する。前記KDは、KinExA(登録商標)により測定して、好ましくは約10pM未満、より好ましくは約5pM未満、例えば約3.4pM、3.3pM、または3.2pMである。
このようなKinExA(登録商標)測定は、好ましくは室温で、より好ましくは実施例1に記載の条件下で行う。
高親和性抗体は、少量の改変免疫細胞がその標的部位に存在し、それに応じて限られた量の抗体を発現する場合でさえ、保護効果を与えるために有利であり得る。
また、ヒトPD-L1およびサルPD-L1に結合する抗体を発現する上記の改変免疫細胞も与えられる。好ましくは、サルPD-L1に対する親和性は、ヒトPD-L1に対する親和性より2倍以上強い。いくつかの実施形態において、サルPD-L1に対する一価抗体、好ましくはscFvの親和性KDは、例えば室温で、好ましくは実施例1に示した条件下で測定して、KinExA(登録商標)により測定して約3.3pMである。
PD-L2およびB7-H3などのB7ファミリーの他の構成要素と交差反応性を持たない抗体がさらに与えられる。
PD-L1への結合について本明細書に開示される抗体と競合する抗体を発現する、上記の改変免疫細胞がさらに企図される。
本明細書に記載の改変免疫細胞は、抗体を分泌し、かつ/またはその表面に抗体を発現し得る。好ましい実施形態において、抗体が分泌される。
いくつかの実施形態において、細胞は、第2の抗体またはサイトカインなどの1つ以上の他のタンパク質化合物をさらに組み換え発現し得る。サイトカインは、例えば、IL-2、IL-4、IL-7、IL-12、IL-15、IL-21、またはMIP-1アルファからなる群から選択され、好ましくはヒト起源のもの、すなわちhIL-2、hIL-4、hIL-7、hIL-15、hIL-21、またはhMIP-1アルファである。いくつかの実施形態において、当該細胞はhIL-15を発現する。IL-15は、CAR NKT細胞のインビボ持続性および抗腫瘍活性を改善すると記載されている(国際公開第2013/040371号参照)。当該第2の抗体は、例えば、トランスフォーミング増殖因子-ベータ(TGF-β)、IL-10、Fas、CD47、CTLA-4、Tim-3、LAG-3、またはそれらのリガンドなどの免疫抑制分子を標的とし得る。
いくつかの実施形態において、改変免疫細胞は、4-1BB共刺激ドメインを含むCARである抗原レセプターと、本明細書に記載の抗体と、さらにIL-15とを発現する。いくつかの実施形態において、改変免疫細胞は、CD28共刺激ドメインを含むCARである抗原レセプターと、本明細書に記載の抗体と、さらにIL-15とを発現する。
したがって、天然のTCR、(特に腫瘍抗原に特異的な)キメラ抗原レセプター、および本開示に係るPD-L1に対する抗体、特にscFvを有するNKT細胞が与えられる。NKT細胞は、IL-15などのサイトカインをさらにコードする。
さらに企図されるのは、本明細書に記載の抗原レセプターおよび/または抗体をコードする核酸である。タンパク質は、複数の塩基配列によってコードされていてもよい。いくつかの実施形態において、タンパク質は単一の塩基配列によってコードされる。典型的には、核酸は単離核酸である。
抗体および/または抗原レセプターの配列が分かると、それぞれのポリペプチド配列をコードするcDNAは、当技術分野で周知の方法、例えば、遺伝子合成により作製できる。これらのcDNAは、標準的なクローニングおよび突然変異誘発技術によって、発現ベクターまたはクローニングベクターなどの適切なベクターにクローニングすることができる。したがって、さらに企図されるのは、本明細書に記載の抗原レセプターおよび/または抗体をコードするcDNAである。
選択されたクローニング法に基づいて、遺伝子コンストラクトは、N末端またはC末端に1つ以上の追加の残基を有する抗体および/または抗原レセプターを生じ得る。したがって、本明細書中に開示される抗体は、開示される配列からなるのではなく、むしろ開示される配列を含むことが理解されるべきである。
標準的なクローニング、突然変異誘発、および分子生物学的手法の基本的なプロトコールは、例えば、Molecular Cloning, A Laboratory Manual(Green M. and Sambrook, J. Molecular Cloning: a Laboratory Manual.4th edition.Cold Spring Harbor Laboratory, 2012.ISBN 1936113422.)に記載されている。
本明細書に記載の核酸とストリンジェントな条件下でハイブリダイズする単離核酸がさらに企図される。
また、発現ベクターまたはクローニングベクターなどの本明細書で与えられる核酸を含むベクターも与えられる。本明細書に記載の抗原レセプターおよび抗体をコードする1つ、2つ、またはそれ以上の核酸は、ベクターに含まれ得、当該ベクターは、同じベクター(バイシストロン性もしくはマルチシストロン性)または別個のベクターであり得る。発現ベクターは、例えば、内部リボソーム導入部位(IRES)、2A様配列、または二重プロモーターを使用するバイシストロン性ベクターなどのマルチシストロン性ベクターであり得る。
発現ベクターは、例えば、レンチウイルス、レトロウイルス、アデノウイルス、または、アデノ随伴ウイルス(AAV)ベクターであり得る。発現ベクターは、プラスミド、トランスポゾン、挿入配列、または人工染色体を含む非ウイルスベクターでもあり得る。核酸分子は、いくつかの実施形態において、発現カセットを規定し得る。発現カセットは、適当な宿主細胞中の特定の塩基配列の発現を指示することができる核酸分子である。発現カセットは、1つ以上の終結シグナルに作動可能に連結されている目的の塩基配列に作動可能に連結されたプロモーターを含む。発現カセットはまた、塩基配列の適切な翻訳に必要とされる配列も含み得る。コード領域は、目的のポリペプチドをコードすることができる。発現カセット中の塩基配列の発現は、構成的プロモーター、または宿主細胞がいくつかの特定の外部刺激に曝された場合にのみ転写を開始する誘導性プロモーターの制御下にあり得る。いくつかの実施形態において、抗体はレトロウイルスの5”末端LTRの制御下にある。抗原レセプターをコードする核酸および/または抗体をコードする核酸は、それぞれ、同じプロモーターまたは異なるプロモーターであり得るプロモーターに作動可能に連結され得る。
核酸および/またはベクターは、シグナルペプチドをさらに含み得る。典型的には、シグナルペプチドは、分泌されるタンパク質のN末端に結合される5~30アミノ酸のペプチドであり、タンパク質分泌を増加させるために結合される。好ましい実施形態において、シグナルペプチドはヒトのシグナルペプチドである。いくつかの実施形態において、シグナルペプチドはhIgG1である。いくつかの実施形態において、シグナルペプチドは、配列番号15を含む。
追加的または代替的に、抗体は膜に固定されている。当該膜固定型抗体は、膜貫通ドメインを含み得る。いくつかの実施形態において、膜固定型抗体はシグナル伝達ドメインを含まない。一実施形態において、抗体が分泌され、膜固定型としても与えられる。
遺伝子改変免疫細胞は、自殺スイッチなどの安全スイッチを含み得る。当該スイッチは、重大な副作用が現れた場合に細胞の活性を抑制するか、または健常組織を攻撃する場合に細胞を自己破壊させる。典型的には、当該スイッチは制御可能であり、そのため細胞上に追加のレセプターまたは他の標的を必要とする。当該安全スイッチは、対象に第2の薬剤を投与することによって制御される。したがって、いくつかの実施形態では、ベクターは、安全スイッチ、好ましくは自殺スイッチをコードする塩基配列を含む。
本発明は、本明細書に記載の免疫細胞を作製する方法であって、
(a)免疫細胞を与えるステップと、
(b)前記抗原レセプターをコードする1つ以上の核酸および前記抗体をコードする1つ以上の核酸を前記細胞に導入するステップと、
(c)前記細胞により前記核酸を発現させるステップと、
を含む前記方法も与える。
いくつかの実施形態において、ステップ(b)は、上記のような発現ベクターを前記細胞に導入することを含む。
方法は、
(i)ステップ(b)に記載の抗原レセプターとは異なる抗原特異性を有する1つ以上の他の抗原レセプターを前記細胞に導入し;かつ/またはステップ(b)に記載の抗体とは異なる抗原特異性を有する1つ以上の他の抗体を前記細胞に導入する追加のステップ、
を含み得る。
本発明は、
i)有効量の本明細書に記載の改変免疫細胞、または本明細書に記載の発現ベクター、および
ii)薬剤的に許容できる賦形剤
を含む医薬組成物にも関する。
好適な「賦形剤」には、限定はされないが、(i)緩衝剤、例えばリン酸、クエン酸、または他の有機酸;(ii)酸化防止剤、例えばアスコルビン酸およびトコフェロール;(iii)防腐剤、例えば3-ペンタノール、塩化ヘキサメトニウム、塩化ベンザルコニウム、ベンジルアルコール、アルキルパラベン、カテコール、またはシクロヘキサノール;(iv)アミノ酸、例えばヒスチジン、アルギニン;(v)ペプチド、好ましくは最大10残基、例えばポリリシン;(vi)タンパク質、例えばウシまたはヒト血清アルブミン;(vii)親水性ポリマー、例えばポリビニルピロリドン;(viii)単糖類、二糖類、多糖類、および/または他の炭水化物、例えばグルコース、マンノース、スクロース、マンニトール、トレハロース、ソルビトール、アミノデキストラン、またはポリアミドアミン;(ix)キレート剤、例えばEDTA;(x)塩形成イオン、例えばナトリウム、カリウム、および/または塩化物;(xi)金属錯体(例えば、Zn-タンパク質錯体);(xii)イオン性および非イオン性界面活性剤、例えばTWEENTM、PLURONICSTM、またはポリエチレングリコール(PEG)、(xiii)凍結保存剤、例えばジメチルスルホキシド(DMSO)が含まれる。
本明細書に記載の改変免疫細胞、本明細書に記載の発現ベクター、および/または本明細書に記載の医薬組成物は、治療に有用である。したがって、治療に有用な、本明細書に記載の改変免疫細胞、本明細書に記載の発現ベクター、および/または本明細書に記載の医薬組成物が、さらに与えられる。
また、治療を必要とする対象を治療する方法であって、
(a)本明細書に記載の改変免疫細胞を与えること、および
(b)前記対象に前記免疫細胞を投与すること
を含む前記方法も与えられる。
追加的または代替的に、治療方法は、本明細書に記載の発現ベクターおよび/または本明細書に記載の医薬組成物の製造および投与を含む。
本明細書で使用される用語「治療」および「治療する」は、治療効果を有し、かつ/または対象の生物における病的状態を含む異常な状態を予防、減速(緩和)、もしくは少なくとも部分的に緩和もしくは抑制する、予防的または防止的手段を含む。本開示に係る治療は、薬剤的に有効な量の本明細書中に記載の分子、核酸、ベクター、医薬組成物、および/または改変免疫細胞、すなわちとりわけ、本明細書に開示される細胞、ベクター、または組成物を、治療を必要とする対象に投与して、治療される状態の1つ以上の症状を予防、治癒、発症および/または進行の遅延、重症度の軽減、安定化、調節、治癒、または寛解することを含む。治療を必要とする者には、すでに障害を有する者および障害を有しやすい者、または障害を防止(予防)すべき者が含まれる。一般に、治療は、疾患または病的状態の存在および/または進行に関連する症状の進行を軽減、安定化、または阻害する。
治療を必要とする対象は、ヒトまたは非ヒト動物であり得る。典型的には、対象は、哺乳動物、例えば、マウス、ラット、ウサギ、ハムスター、イヌ、ネコ、サル(monkey)、サル(ape)、ヤギ、ヒツジ、ウマ、ニワトリ、モルモット、またはブタである。典型的な実施形態では、対象は、癌および/またはPD-L1関連障害と診断されるか、またはこのような障害を獲得し得る。動物モデルの場合、このような障害を発症するように動物を遺伝子改変し得る。
典型的には、有効量の本明細書に開示される細胞、ベクター、または組成物を対象に投与する。「有効量」は、単回用量としてまたは一連の用量の一部として、適用される投薬計画で所望の治療効果をもたらす、すなわち特定の治療目標に達する量である。治療有効量は、通常、関連する病的状態の治療もしくは管理において治療上の利益を与えるのに、または当該状態の存在に関連する1つ以上の症状を遅延もしくは最小限にするのに十分な量である。投与量は、患者および臨床学的因子(例えば、患者の年齢、体重、性別、病歴、障害の重症度、および/または治療に対する応答)、治療される障害の性質、投与される具体的な組成物、投与経路、ならびに他の因子に依存する。
本明細書で使用される用語「投与」は、本明細書に記載の細胞、ベクター、または組成物などの物質を対象に移入、送達、導入、または輸送する任意の様式を指す。投与は、局所的または全身的投与であり得る。投与の好ましい様式には、非経口的、例えば、静脈内または全身的投与が含まれるが、これらに限定されない。1つ以上の治療薬などの他の物質との「併用」での投与には、同時(simultaneous)(同時(concurrent))および任意の順序での連続投与が含まれる。
細胞、ベクター、または組成物は、1回以上前記対象に投与される。
細胞、ベクター、または組成物は、抗体療法、化学療法、サイトカイン療法、樹状細胞療法、遺伝子療法、ホルモン療法、レーザー光療法、および放射線療法の群から選択される1つ以上の療法との併用で投与され得る。本発明の療法は、数分から数週間の範囲の間隔で、他の薬剤治療に先行または後行し得る。
細胞は、対象由来または同じ種の別の個体由来であり得る、すなわち細胞は自己由来または同種異系である。自己由来の養子移入は、患者の細胞の抽出と、例えば上記のように、前記細胞を遺伝子改変することと、同じ患者に前記細胞を戻す前にインビトロで前記細胞を培養することとを必要とする。各新規患者のためにこのように個々に調製することは、癌の治療における細胞免疫療法の適用を制限する。しかしながら、既製品として、健康なドナー由来の同種異系T細胞は、異物として患者の身体を認識するリスクがあり、移植片対宿主病(GvHD)と呼ばれる重篤な副作用を引き起こす可能性がある。健康なドナーから大量に得られるCAR改変NKT細胞をベースとする既製治療薬は、大きな期待感を抱かせるものである。従来のT細胞のような強力な癌殺滅特性が付与されているが、インバリアントNKT細胞は、GvHDに関連しない特殊なT細胞レセプターを発現する。したがって、同種異系NKT細胞を使用して、最小限のGvHDのリスクで、複数の癌患者を治療することができる。
治療を必要とする対象は、状態、前悪性または悪性の癌状態、例えば、NSCLC(非小細胞肺癌)、尿路上皮癌、メラノーマ、腎細胞癌、ホジキンリンパ腫、頭頸部扁平上皮癌、卵巣癌、胃腸癌、肝細胞癌、神経膠腫、乳癌、リンパ腫、小細胞肺癌、骨髄異形成症候群、前立腺癌、膀胱癌、子宮頸癌、非淡明細胞腎癌、結腸直腸癌、肉腫、結腸癌、腎臓癌、肺癌、膵臓癌または胃癌、皮膚癌、子宮癌、神経膠芽細胞腫、神経芽細胞腫、肉腫、頭頸部癌、白血病、癌腫、メルケル細胞癌または腎細胞癌(RCC)、多発性骨髄腫、リンパ芽球性白血病(ALL)、B細胞白血病、慢性リンパ球性白血病、非ホジキンリンパ腫;病原体感染、自己免疫障害を有し得るが、これらに限定はされない。
本発明は、本明細書に記載の改変免疫細胞、本明細書に記載の発現ベクター、または本明細書に記載の医薬組成物、および使用説明書を含む、癌、病原体感染、自己免疫疾患の治療のためのキットをさらに与える。
いくつかの実施形態において、キットは、安全スイッチの誘導因子をさらに含み得る。
配列
本明細書で開示される配列は以下である。
配列番号1-scFVのVL
EIVMTQSPSTLSASVGDRVIITCQASEDIYSLLAWYQQKPGKAPKLLIYDASDLASGVPSRFSGSGSGAEFTLTISSLQPDDFATYYCQGNYGSSSSSSYGAVFGQGTKLTVLG
配列番号2-scFVのVH
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCTVSGIDLSSYTMGWVRQAPGKGLEWVGIISSGGRTYYASWAKGRFTISRDTSKNTVYLQMNSLRAEDTAVYYCARGRYTGYPYYFALWGQGTLVTVSS
配列番号3-scFVのCDR-L1
QASEDIYSLLA
配列番号4-scFVのCDR-L2
DASDLAS
配列番号5-scFVのCDR-L3
QGNYGSSSSSSYGAV
配列番号6-scFVのCDR-H1
IDLSSYTMG
配列番号7-scFVのCDR-H2
IISSGGRTYYASWAKG
配列番号8-scFVのCDR-H3
GRYTGYPYYFAL
配列番号9-scFV
EIVMTQSPSTLSASVGDRVIITCQASEDIYSLLAWYQQKPGKAPKLLIYDASDLASGVPSRFSGSGSGAEFTLTISSLQPDDFATYYCQGNYGSSSSSSYGAVFGQGTKLTVLGGGGGSGGGGSGGGGSGGGGSEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCTVSGIDLSSYTMGWVRQAPGKGLEWVGIISSGGRTYYASWAKGRFTISRDTSKNTVYLQMNSLRAEDTAVYYCARGRYTGYPYYFALWGQGTLVTVSS
配列番号10-リンカー
GGGGSGGGGSGGGGSGGGGS
配列番号11-フォーワードプライマー
TAACCATGGAGTTTGGGCTGAG
配列番号12-リバースプライマー
GACGCATGCTCAGCTCGACACGGTGACC
配列番号13-14g2a scFvのVL配列
Figure 0007082574000001
(太字で強調されたCDR配列)
配列番号14-14g2a scFvのVH配列
Figure 0007082574000002
(太字で強調されたCDR配列)
配列番号15-hIgG1シグナルペプチド
MEFGLSWLFLVAILKGVQ
配列番号16-抗GD2-CARのCDR-L1
RSSQSLVHRNGNTYLH
配列番号17-抗GD2-CARのCDR-L2
KVSNRFS
配列番号18-抗GD2-CARのCDR-L3
SQSTHVPPLT
配列番号19-抗GD2-CARのCDR-H1
SSFTGYNMN
配列番号20-抗GD2-CARのCDR-H2
AIDPYYGGTSYNQKFKG
配列番号21-抗GD2-CARのCDR-H3
GMEY
配列番号22-抗CSPG4 CARのCDR-L1
RASQTIYKNLH
配列番号23-抗CSPG4 CARのCDR-L2
YGSDSIS
配列番号24-抗CSPG4 CARのCDR-L3
LQGYSTPWT
配列番号25-抗CSPG4 CARのCDR-H1
YTFTDYSMH
配列番号26-抗CSPG4 CARのCDR-H2
WINTATGEPTYADDFKG
配列番号27-抗CSPG4 CARのCDR-H3
YYDY
配列番号28-抗CSPG4 CARのVL配列
LDIKLTQSPSILSVTPGETVSLSCRASQTIYKNLHWYQQKSHRSPRLLIKYGSDSISGIPSRFTGSGSGTDYTLNINSVKPEDEGIYYCLQGYSTPWTFGGGTKLEIKR
配列番号29-抗CSPG4 CARのVH配列
QVKLKESGPELKKPGETVKISCKASGYTFTDYSMHWVKKTPGKGLKWLGWINTATGEPTYADDFKGRFAISLETSARTVYLQINNLRNEDTATYFCFSYYDYWGQGTTVTVSS
配列番号30-抗GPC3 CARのCDR-L1
RSSQSLVHSNRNTYLH
配列番号31-抗GPC3 CARのCDR-L2
KVSNRFS
配列番号32-抗GPC3 CARのCDR-L3
SQNTHVPPT
配列番号33-抗GPC3 CARのCDR-H1
YTFTDYEMH
配列番号34-抗GPC3 CARのCDR-H2
ALDPKTGDTAYSQKFKG
配列番号35-抗GPC3 CARのCDR-H3
FYSYTY
配列番号36-抗GPC3 CARのVL
DVVMTQSPLSLPVTPGEPASISCRSSQSLVHSNRNTYLHWYLQKPGQSPQLLIYKVSNRFSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDVGVYYCSQNTHVPPTFGQGTKLEIKR
配列番号37-抗GPC3 CARのVH
QVQLVQSGAEVKKPGASVKVSCKASGYTFTDYEMHWVRQAPGQGLEWMGALDPKTGDTAYSQKFKGRVTLTADKSTSTAYMELSSLTSEDTAVYYCTRFYSYTYWGQGTLVTVSS
配列番号38-抗GPC3 CARのVH
QVQLQQSGAELVRPGASVKLSCKASGYTFTDYEMHWVKQTPVHGLKWIGALDPKTGDTAYSQKFKGKATLTADKSSSTAYMELRSLTSEDSAVYYCTRFYSYTYWGQGTLVTVSA
配列番号39-抗5T4 CARのCDR-L1
YSFTGYYMH
配列番号40-抗5T4 CARのCDR-L2
RINPNNGVTLYNQKFKD
配列番号41-抗5T4 CARのCDR-L3
STMITNYVMDY
配列番号42-抗5T4 CARのCDR-H1
KASQSVSNDVA
配列番号43-抗5T4 CARのCDR-H2
YTSSRYA
配列番号44-抗5T4 CARのCDR-H3
QQDYNSPPT
配列番号45-抗5T4 CARのVL
SIVMTQTPTFLLVSAGDRVTITCKASQSVSNDVAWYQQKPGQSPTLLISYTSSRYAGVPDRFIGSGYGTDFTFTISTLQAEDLAVYFCQQDYNSPPTFGGGTKLEIKR
配列番号46-抗5T4 CARのVH
EVQLQQSGPDLVKPGASVKISCKASGYSFTGYYMHWVKQSHGKSLEWIGRINPNNGVTLYNQKFKDKAILTVDKSSTTAYMELRSLTSEDSAVYYCARSTMITNYVMDYWGQVTSVTVSS
配列番号47-41BB共刺激ドメイン
KRGRKKLLYIFKQPFMRPVQTTQEEDGCSCRFPEEEEGGCEL
配列番号48-CD3ゼータ細胞内ドメイン
RVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPR
配列番号49-CD28共刺激ドメイン
RSKRSRLLHSDYMNMTPRRPGPTRKHYQPYAPPRDFAAYRS
配列番号50-サバイビン特異的TCR、ベータ鎖
DAMVIQNPRYQVTQFGKPVTLSCSQTLNHNVMYWYQQKSSQAPKLLFHYYDKDFNNEADTPDNFQSRRPNTSFCFLDIRSPGLGDAAMYLCATSRGDSTAEPQHFGDGTRLSIL
配列番号51-サバイビン特異的TCR、アルファ鎖
GESVGLHLPTLSVQEGDNSIINCAYSNSASDYFIWYKQESGKGPQFIIDIRSNMDKRQGQRVTVLLNKTVKHLSLQIAATQPGDSAVYFCAETVTDSWGKLQFGAGTQVVVTPD
配列番号52-WT-1特異的TCR、CDR1アルファ
SSYSPS
配列番号53-WT-1特異的TCR、CDR2アルファ
YTSAATL
配列番号54-WT-1特異的TCR、CDR3アルファ
WSPFSGGGADGLT
配列番号55-WT-1特異的TCR、CDR3アルファ
SPFSGGGADGLT
配列番号56-WT-1特異的TCR、CDR1ベータ
DFQATT
配列番号57-WT-1特異的TCR、CDR2ベータ
SNEGSKA
配列番号58-WT-1特異的TCR、CDR3ベータ
SARDGGEG
配列番号59-WT-1特異的TCR、CDR3ベータ
RDGGEGSETQY
配列番号60-WT-1特異的TCR、アルファ鎖
MLLLLVPVLEVIFTLGGTRAQSVTQLDSHVSVSEGTPVLLRCNYSSSYSPSLFWYVQHPNKGLQLLLKYTSAATLVKGINGFEAEFKKSETSFHLTKPSAHMSDAAEYFCVVSPFSGGGADGLT
配列番号61-WT-1特異的TCR、ベータ鎖
MLLLLLLLGPGSGLGAVVSQHPSWVICKSGTXVKIECRSLDFQATTMFWYRQFPKQSLMLMATSNEGSKATYEQGVEKDKFLINHASLTLSTLTVTSAHPEDSSFYICSARDGGEG
配列番号62-WT-1特異的TCR、アルファ鎖
MLLLLVPVLEVIFTLGGTRAQSVTQLDSHVSVSEGTPVLLRCNYSSSYSPSLFWYVQHPNKGLQLLLKYTSAATLVKGINGFEAEFKKSETSFHLTKPSAHMSDAAEYFCVVSPFSGGGADGLT
配列番号63-WT-1特異的TCR、ベータ鎖
MLLLLLLLGPGSGLGAVVSQHPSWVICKSGTSVKIECRSLDFQATTMFWYRQFPKQSLMLMATSNEGSKATYEQGVEKDKFLINHASLTLSTLTVTSAHPEDSSFYICSARDGGEGSETQY
以下は、本明細書に開示される方法および組成物を例示する実施例である。上述の一般的な説明を考慮すると、様々な他の実施形態が実施され得ることが了解される。
細胞株
293T細胞はATCCから入手し、神経芽腫腫瘍細胞株CHLA-255はDr Leonid Metelitsa Baylor College of Medicine(テキサス州ヒューストン)から親切にも提供された。細胞を、10%FBS(Corning)、1%GlutaMAX、および1%ペニシリン/ストレプトアビジン(Gibco)を含有し、293TについてはIMDM(Gibco)を含み、CHLA-255についてはRPMI 1640(Gibco)を含む培地で、37℃で5%COを含む加湿雰囲気中で維持した。
実施例1-scFvのキャラクタリゼーション
ヒトPD-L1の中和
抗PD-L1 scFv(配列番号9参照)は、ウサギCDRを含むヒト化タンパク質である。PD-L1のPD-1への結合を阻害するその能力を競合ELISAによって試験した。簡潔に述べると、rhPD-L1 Fc融合体を96ウェルマイクロプレート上にコーティングした。ブロッキング後、scFvの段階希釈物をプレートに加え、室温で1時間インキュベートした。scFv希釈液の半分をビオチン化PD-1 Fc融合体で置き換え、結合したPD-1をストレプトアビジン-HRPで検出した。
同様に、PD-L1のCD80への結合を阻害する能力を競合ELISAによってrhCD80-Hisを用いて試験した。ブロッキング後、50nMの一定濃度のrhPD-L1 Fc融合体を用いてscFvの段階希釈液を調製した。この混合物をCD80でコーティングしたプレートで室温で2時間インキュベートした。PD-L1のCD80への結合がないことに対応するバックグラウンドレベルは、PD-L1-Fcが存在しないscFv1の希釈系列を含めることによって測定した。結合したPD-L1 Fc融合体をヤギ抗ヒトIgG Fc-HRPで検出した。このアッセイにおいて、PD-L1がCD80と相互作用する能力は、scFvによってバックグラウンドレベルまで効果的に中和される吸光シグナルを生じる。まとめると、これらの結果は、scFvがPD-L1とPD-1およびCD80の両方との相互作用を遮断することを示している。
安定性
scFvの安定性に影響し得る2つの異なるプロセスを観察することができる。第一に、scFvは二量体化されやすく、その後オリゴマー化され、さらに凝集および沈殿することもよくある。第二に、より小さいフラグメントをもたらすscFvの分解は、時間が経つにつれて起こり得る。
PBS pH7.2中で10mg/mLの濃度で調製したscFvの様々な温度条件(4℃、22℃、37℃、および-20℃)で保存した時の安定性を調べた。4℃、22℃、および37℃で2週間保存すると、scFvの二量体化または高分子量分子の形成は、わずかにしか観察されなかった。scFvは、37℃で1または2週間保存した後、それぞれ最大1.8%および2.7%の二量体を形成した。
熱安定性は、リアルタイムPCR装置(Corbett, Rotor-Gene)で示差走査型蛍光定量法(DSF)によって評価した。Rotor-Gene 6000 Series Software 1.7.を用いて計算したscFvの中点融解温度(Tra)は、81.5℃であった。
タンパク質性生物製剤は、凝集および分解を引き起こし得る、製造、保存、および輸送中の凍結/融解ストレスにさらされることになり得る。凍結/融解サイクル中の抗PD-L1 scFvの安定性を評価するために、1.5mLのポリプロピレンチューブ中で10mg/mLのPBS pH 7.2で製剤化した。バイアルを液体窒素に浸し、続いて室温の水浴中でインキュベートした。遠心分離後、上清をSE-HPLCで分析した。scFvの実質的に100%は、10回の凍結/融解サイクル後に単量体のままであり、タンパク質の損失または沈殿は観察されなかった。
ヒト血清(Sigma- Aldrich、カタログ番号H4522)中の抗PD-L1 scFvの安定性をELISAによって評価した。37℃でヒト血清での20時間までのインキュベーション後にscFvの結合活性の喪失はなかった。
scFvおよび全長抗体の結合平衡除外法(Kinetic Exclusion Assay)
PD-L1に対する一価抗体および二価抗体の親和性を、KinExA 3200(Sapidyne Instruments、米国、カタログ番号5001)を用いた結合平衡除外法(Kinetic Exclusion Assay)(KinExA(登録商標))によって測定した。KinExA(登録商標)は、溶液中の未改変分子間の平衡結合親和性および動態を測定する。測定は、溶液中の対応する結合パートナーの濃度を測定するためのプローブとしてのみ作用するように、固相上に1つの相互作用パートナーを固定化することを必要とする。
a)一価抗体
PD-L1-Fc融合体に対するscFvの親和性を、0.02%アジ化ナトリウムを含むpH7.4のPBS中で、室温で測定した。2つの曲線を測定したが、一方は20pM scFv1を5時間のインキュベーション時間で使用し、もう一方は10pM scFv1で9時間のインキュベーション時間で行った。scFvのKD値は8.8pMであり、KinExA(登録商標)Proソフトウェアバージョン4.1.9または4.2.10.の「n曲線解析」を用いて計算した。
b)二価抗体
scFvをIgGフォーマットに再フォーマットし、最初ATCCから得、懸濁培養で無血清増殖に適合させた懸濁液適合CHO K1細胞で発現させた。IgG抗体をプロテインAクロマトグラフィー、続いてサイズ排除クロマトグラフィーにより精製した。PD-L1-Hisへの結合についてのKDを、0.02%アジ化ナトリウムを含むpH7.4のPBS中で、室温で2つの曲線を用いて計算した。一方の曲線は100pMのIgGを5時間のインキュベーション時間で使用し、もう一方は10pMのIgGを10時間のインキュベーション時間で使用した。ヒトPD-L1へのIgGの結合について計算されたKD値は2.77pMであった。結果は、IgGが、PD-L1に対するscFvの親和性よりも約3倍強い親和性でPD-L1に結合することを実証する。
選択性
他の種からのPD-L1に対するscFvの交差反応性を、ヒト(RnD Systems、米国、カタログ番号156-B7)、ラット(Sino Biological、中国、カタログ番号80450-R02H)、またはサル(Sino Biological、中国、カタログ番号90251-C02H)由来のPD-L1 Fc融合体を用いてELISAにより測定した。結果は、scFvがヒトおよびサルPD-L1に特異的に結合するが、ラットPD-L1には特異的に結合しないことを示した。サルPD-L1に対する抗PD-L1 scFvの交差反応性を、KinExA(登録商標)を用いてさらに調べた。KD値を、0.02%アジ化ナトリウムを含むpH7.4のPBS中で、室温で2つの曲線を用いて計算した。一方の曲線は50pMのscFvを6時間のインキュベーション時間で使用し、もう一方は10pMのscFvを16時間のインキュベーション時間で使用した。scFvについて計算されたKD値は3.3pMであった。結果は、scFvが、ヒトPD-L1に対する結合よりも約2.7倍強い親和性でサルPD-L1に結合することを実証する。
PD-L1と配列類似性を共有する組み換えヒトタンパク質に対するscFvの交差反応性を、rhPD-L1 Fc融合体(RnD Systems、米国、カタログ番号156-B7)、rhPD-L2 Fc融合体(RnD Systems、米国、カタログ番号1224-PL)、またはrhB7-H3 Fc融合体(RnD Systems、米国、カタログ番号1027-B3)を使用してELISAにより測定した。結果は、scFvがヒトPD-L1に特異的に結合し、ヒトPD-L2またはB7-H3に対しては交差反応性がないことを示した。
細胞表面PD-L1への結合
細胞表面上のPD-L1に結合するscFvの能力を、ES-2細胞(ATCC、米国、カタログ番号CRL-1978)の細胞外FACS染色によって測定した。結果は、scFvが、細胞の表面上に発現された天然型のPD-L1を特異的に認識することができることを実証する。
細胞表面PD-L1へのscFvの結合を、室温で0.02%アジ化ナトリウムを含むpH7.4のPBS中で、KinExA(登録商標)を用いてさらに調べた。50pM scFvおよび5時間のインキュベーション時間を使用して1つの曲線を構築した。ES-2細胞上の細胞表面に発現されたPD-L1へのscFv結合の計算KD値は、12.8pMである。
実施例2-抗PD-L1 scFvをコードするレトロウイルスコンストラクトの作製およびレトロウイルス産生
抗PD-L1 scFvをコードするDNAを、5’末端にNcoI制限部位を(フォーワードプライマー)、3’末端に終止コドンTGAおよび制限部位SphIを(リバースプライマー)付加するために、以下のプライマー:フォーワード:5'-TAACCATGG AGTTTGGGCTGAG-3'(配列番号11)およびリバース:5'-GACGCATGCTCAGCTCGACACGGTGACC-3’(配列番号号12)を用いて、PCRによって増幅した。PCR産物およびレトロウイルス骨格SFG(I)eGFPをNcoIおよびSphIで消化し、連結した。挿入物を配列決定して、クローニング中に変異が生じなかったことを確認した。最終ベクターをSFG.scFv.抗PD-L1(I)eGFPと命名した(図1参照)。IRESで発現されるレポーター遺伝子GFPを用いて、導入効率を評価する。293T細胞にレトロウイルスベクターおよびgag-polとRDFエンベロープをそれぞれコードする2つのプラスミドを移入することによって、一過性レトロウイルス上清を調製した。48時間で収集した上清を使用して、健康なドナーから単離された活性化T細胞に導入した。CD28(CAR.CD28もしくはCAR.28)または4-1BB(CAR.41BBもしくはCAR.BB)エンドドメインのいずれかを含むGD2抗原を標的とするCAR(GD2.CAR)をコードするレトロウイルスベクターは、以前に記載されている(Heczey A. et al, Blood.2014 Oct 30; 124(18):2824-33)。前記CARは、配列番号16~21のCDR配列を含む。
実施例3-抗PD-L1 scFvを産生するCAR T細胞の生成および増殖
健康なヒトドナー由来の末梢血単核細胞(PBMC)を、Lymphoprep(Fresenius)密度勾配遠心分離によって単離した。一次T細胞を、44%Click's培地(Irvine Scientific)、44%RPMI 1640(Hyclone)、10%FBS(Hyclone)、1%Glutamax、および1%ペニシリン/ストレプトアビジンを含有する完全T細胞培地中でIL-7(10ng/mL)およびIL-15(5ng/mL)(PeproTech製)の存在下で培養した。T細胞を、24ウェルプレートで固定化抗CD3(1mcg/mL)(Miltenyi、カタログ番号:130-093-387)および抗CD28(1mcg/mL)(BD Biociences、カタログ番号:555725)を用い、サイトカインを含まないT細胞培地中0.5×10細胞/mLの濃度で活性化した。刺激の24時間後に、IL-7およびIL-15を培地に添加した。2日目までに、T細胞に、レトロウイルス上清SFG.scFv.抗PD-L1(I)eGFPおよび/またはGD2.CAR(レトロネクチンでコーティングした24ウェルプレート中1mL/ウェルのレトロウイルス上清)を導入した。GD2.CARを発現し、抗PD-L1 scFvを放出するT細胞を作製するために、両方のレトロウイルスコンストラクトによる同時導入を行った(1mL/ウェルのGD2.CAR上清プラス1mL/ウェルの抗PD-1 scFv)。非導入(NT)T細胞を、レトロネクチンでコーティングした非組織培養プレートに同じ濃度(0.25×10細胞/mL)で播種した。導入の72時間後、T細胞を洗浄し、計数し、IL-7/IL-15を含む完全T細胞培地に1×10細胞/mLで懸濁した。T細胞をインビトロで5日間増殖させ、次いで導入効率およびT細胞組成を評価するためにフローサイトメトリーによって分析した。開始の11~12日後、T細胞を機能分析で試験した。
実施例4-GD2.CARおよびSFG.scFv.抗PD-L1ベクターを同時導入されたT細胞は、GD2.CARおよび抗PD-L1 scFvの両方を発現する
T細胞の表現型を、CD3、CD4、CD8、CD60L、CD45RA、CD95、CD27、CD2、PD-L1のmAb(BD BioscienceまたはBiolegend)を用いて評価した。GD2.CAR発現は、抗イディオタイプ1A7 mAbを用いて検出し、続いて二次ラット抗マウスIgG1-PE mAb(BD Bioscience)で染色した。SFG.scFv.抗PD-L1(I)eGFPベクターの導入効率を、GFP発現を測定することによって評価した。GD2.CAR相対蛍光強度(RFI)を、CAR T細胞の平均蛍光強度(MFI)を非導入T細胞のMFIで割って算出した。図2に示すように、CD4およびCD8T細胞に、CD4/CD8比の変化なしに実施例2の抗PD-L1 scFvレトロウイルスコンストラクトを成功裏に導入できた。二重レトロウイルス導入時に、T細胞は、GD2.CARおよびeGFP抗PD-L1を同時発現した(図3)。抗PD-L1 scFvの導入は、T細胞増殖に影響を与えなかった(図4)。さらに、抗PD-L1 scFvの発現は、T細胞サブセット組成に影響を与えなかった(図5)。本実施例は、抗GD2 CARおよび抗PD-L1 scFvを同時発現するCAR T細胞の生成を実証する。
実施例5-SFG.scFv.抗PD-L1ベクターが導入されたT細胞は、内因性TCR/CD3複合体により活性化されると、機能的に活性な抗PD-L1 scFvを放出する
T細胞が抗PD-L1 scFvsを分泌することができるかどうかを試験するために、内因性TCRにより細胞を刺激した。非導入T細胞または抗PD-L1 scFv導入T細胞を、固定化抗CD3(1μg/ml、Miltenyi)および抗CD28(1μg/ml、BD Bioscences)抗CD3/CD28抗CD3/CD28抗体でコーティングされていない、またはコーティングされている組織培養処理24ウェルプレートに、2mL/ウェルの10%FBSを含むT細胞培地で0.5×10細胞/mLの濃度で播種した。18時間後、特異的サンドイッチELISAアッセイを用いてT細胞によって放出された抗PD-L1 scFvを定量するために、1mLの上清を収集した。マウス由来の抗scFvモノクローナル抗体の対応対をこのサンドイッチELISAに使用した。図6Aに示すように、抗PD-L1 scFvは、固定化抗CD3/抗CD28抗体での刺激後に導入T細胞によって放出された。これらのT細胞は、それらの天然の内因性TCR/CD3複合体を発現する。この結果は、内因性TCR/CD3複合体を介した導入T細胞の活性化が、抗PD-L1 scFvの合成および細胞外分泌を誘発するのに十分であることを示唆している。定量的ELISAは、抗PD-L1 scFvが大量に分泌されたことを示した(図6A)。非導入細胞はscFvを分泌しなかった。抗PD-L1 scFvはレトロウイルスベクターの構成的に活性な5’LTRの制御下にあるので、コーティングされていないウェル上に播種した導入T細胞は、基礎レベルの抗PD-L1 scFvを放出したが、T細胞活性化時に有意に増加した。
活性化T細胞によって産生された抗PD-L1 scFvは、固定化PD-L1に結合することができる(図6B)。簡潔に述べると、組み換えヒトPD-L1-Fc(R&D Systems)をPBS中のマイクロプレート上に2μg/mLの濃度で固定化した。その後、5%脱脂粉乳でブロッキングし、濃度を増加させたscFvを加え、Protein L-HRP(Sigma-Aldrich)によって検出した。図6Bは、T細胞によって産生された抗PD-L1 scFvが、基準対照である、大腸菌で産生された抗PD-L1 scFvと同様にPD-L1に結合することを示す。これらのデータは、導入T細胞が、内因性TCRを介して活性化されると、機能的に活性な抗PD-L1 scFvを多量に放出することを実証する。これらのデータはまた、導入T細胞が、遺伝子改変TCRおよびCARを介して活性化されると、抗PD-L1 scFvを直ちに分泌することを示唆する。
実施例6-GD2.CAR-4-1BBおよびSFG.scFv.抗PD-L1ベクターが同時導入されたT細胞は、腫瘍殺滅活性を増強した
導入および非導入T細胞(0.5×10細胞/ウェル)を、24ウェルプレートで、外因性サイトカインの非存在下で、1:5のエフェクター:標的(E:T)比で、腫瘍細胞株CHLA-255(2.5×10細胞/ウェル)と共培養した。共培養の7日後、T細胞を採取し、計数した。残留腫瘍細胞のパーセンテージが(フローサイトメトリーによって評価して)<5%であった場合、共培養の第2サイクルのために、同じ1:5のE:T比で新鮮な腫瘍細胞とT細胞を再播種した。さらに7~8日後、細胞を回収し、フローサイトメトリーで分析して、T細胞および残留腫瘍細胞を計数した。具体的には、CD3およびGD2抗体を用いて、T細胞および腫瘍細胞をそれぞれ染色した。フローサイトメトリーによる細胞計数には、CountBrightビーズ(Invitrogen)を使用した。培養の24時間後に上清も採取し、ELISA(R&D System)により製造業者の指示に従ってIFNガンマの放出を測定した。
抗PD-L1 scFvが導入された4-1BBエンドドメインを有するGD2.CAR T細胞は、共培養の第2サイクル(14日間の培養)において腫瘍細胞のより良好な殺滅を示し(図7)、腫瘍細胞との共培養の第2サイクル(14日間の培養)において(図8)抗PD-L1 svFvを有しないGD2.CAR T細胞よりもより高いレベルのIFNガンマを産生した。したがって、繰り返し腫瘍細胞と結合するGD2.CAR T細胞の疲弊は、4-1BB共刺激で起こるが、抗PD-L1 scFvの存在は、CAR T細胞を疲弊から保護し、インビボで抗腫瘍活性を持続させ、腫瘍再発を予防し得る。
本発明の現時点で好適な実施形態が示され記載されているが、本発明はこれらに限定されるものではなく、以下の特許請求の範囲内で様々に具体化され、実施され得ることが理解されるべきである。本発明の多くの修正および代替の実施形態が当業者には容易に明らかとなるので、この説明は、単に例示的なものとして解釈されるべきであり、当業者に本発明を実施するための最良の形態を教示することを目的とするものである。したがって、全ての好適な修正および均等物は、以下の特許請求の範囲に含まれるとみなされ得る。

Claims (9)

  1. i)抗原レセプター、及び
    ii)PD-L1を結合する抗体
    を発現する、ナチュラルキラーT(NKT)細胞である改変免疫細胞であって、
    前記抗体が、
    i)アミノ酸配列が配列番号6、7、及び8にそれぞれに示される可変重鎖(VH)CDR配列CDR-H1、CDR-H2、及びCDR-H3、
    ii)アミノ酸配列が配列番号3、4、及び5にそれぞれ示される可変軽鎖(VL)CDR配列CDR-L1、CDR-L2、及びCDR-L3、
    を含む、
    前記改変免疫細胞。
  2. 前記抗体が、CD80及びPD-1の両方とのPD-L1相互作用を阻害する、請求項1に記載の改変免疫細胞。
  3. 前記抗原レセプターがキメラ抗原レセプター(CAR)であり、前記CARが、1つ以上の共刺激ドメインを含み、該共刺激ドメインがCD28,4-1BB(CD137)、ICOS、もしくはOX40(CD134)、又はそれらの機能的フラグメントである、請求項1又は2に記載の改変免疫細胞。
  4. 前記抗原レセプターがT細胞レセプター(TCR)であり、該TCRが内因性TCR又は改変TCRである、請求項1又は2に記載の改変免疫細胞。
  5. 前記抗体が、Fcドメインを含まない、Fab、Fab’、scFab、scFv、Fvフラグメント、ダイアボディ、単鎖ダイアボディ(scDb)、BiTE、及びDARTからなる群から選択される抗体フラグメントである、請求項1~4のいずれか1項に記載の改変免疫細胞。
  6. 前記抗体が、100pM未満のKDでヒトPD-L1に結合する、請求項1~5のいずれか一項に記載の改変免疫細胞。
  7. 前記抗体が、
    i)配列番号2で表されるVH配列、及び
    ii)配列番号1で表されるVL配列
    を含む、請求項1~6のいずれか一項に記載の改変免疫細胞。
  8. 前記抗体が、配列番号9で表されるアミノ酸配列を含む、請求項1~7のいずれか一項に記載の改変免疫細胞。
  9. 前記細胞が、
    i)1つ以上のサイトカインをさらに発現し、該サイトカインがIL-2、IL-4、IL-7、IL-12、IL-15、IL-21、若しくはMIP-1アルファであり、
    ii)免疫抑制分子を標的とする1つ以上の抗体をさらに発現し、該免疫抑制分子がトランスフォーミング増殖因子-ベータ(TGF-β)、IL-10、Fas、CD47、CTLA-4、Tim-3、LAG-3、若しくはそれらのリガンドであり、又は
    iii) 上記i)及びii)の両方である、請求項1~8のいずれか一項に記載の改変免疫細胞。
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