JP6996451B2 - 分析支援装置および分析支援方法 - Google Patents

Description

本発明は、ペプチドの分析を支援する分析支援装置および分析支援方法に関する。

生体における多くの疾患の要因として、タンパク質の分解機構に関わる遺伝子の異常が報告されている。また、疾患等の細胞または組織の状態変化がタンパク質の分解機構の活動にも影響を与えることがある。そのため、タンパク質の分解機構の変動を把握することにより、疾患の要因を解明すること、または罹患の有無、程度もしくは種類等を診断することが可能になることが期待される。

生体内でタンパク質が分解されることにより産生されるペプチド（内在性ペプチド）を分析することにより、タンパク質の分解機構の変動を把握することが可能である。ペプチドの一部は、血液または尿等の体液とともに体外に排出されるので、このようなペプチドを分析することにより、低侵襲的または非侵襲的に罹患の有無、罹患部位またはサブタイプを診断することができる可能性がある。

試料に含まれるペプチドを分析するために質量分析を用いることができる。例えば、非特許文献１には、タンデム質量分析（ＭＳ／ＭＳ）を用いてペプチドを分析する方法が記載されている。この方法においては、ペプチドのフラグメントイオンに対応するピークを含むＭＳ／ＭＳスペクトルが取得される。デノボ・シーケンシングを用いた「ＰＥＡＫＳ」と呼ばれるソフトウエアにより、ＭＳ／ＭＳスペクトルにおけるピークを最も適切に解釈することができるフラグメントイオンのペプチドの配列が分析される。

Bin Ma, et al., "PEAKS: powerful software for peptide de novo sequencing by tandem mass spectrometry," Rapid Commun. Mass Spectrom., 2003, 17, 2337-2342

共通のタンパク質から産生された配列が異なる複数のペプチド（ペプチド・バリアント）は、疾患等の状態変化に対して異なる挙動を示すことがある。また、配列が類似するペプチドは、粗製性時に同一画分に溶出されて、高い精度で相対定量することも可能となる。したがって、共通のタンパク質から産生されたペプチド・バリアントの定量結果を組み合わせることにより、特定の疾患または特定のタンパク質の分解機構の変動に対して高い特異性を示すバイオマーカを開発することができる可能性がある。そのようなバイオマーカ候補を探索するために、体液などの生体試料から得られた質量スペクトル上に検出されるイオンピークから可能な限り多くのペプチド・バリアントを同定することが望ましい。

イオンピークの同定には、当該ピークに対してＭＳ／ＭＳ分析が行われる。ここで、ピークのＭＳ／ＭＳ分析前に、当該ピークが分析の目的に鑑みて有用であると考えられるピークであるか否かを把握可能であることが好ましい。この場合、不要なピークの分析を行うことが回避され、所望のピークを効率よく分析することが可能になる。しかしながら、非特許文献１に記載された方法では、使用者は、ピークの分析前に当該ピークが所望のピークであるか否かを把握することができない。

本発明の目的は、質量スペクトルにおける所望のピークの効率的な分析を可能にする分析支援装置および分析支援方法を提供することである。

（１）第１の発明に係る分析支援装置は、既知のペプチド・バリアントの同定結果を示すデータベースおよび表示装置を用いた試料の分析支援装置であって、未知のペプチド・バリアントを含む試料の質量スペクトルを取得し、取得された質量スペクトルを表示装置に表示させるスペクトル取得部と、質量スペクトルにおけるいずれかのピークの指定を受け付ける第１の指定受付部と、指定されたピークである指定ピークについての質量電荷比に対応する１以上のペプチド・バリアントをデータベースから探索する探索部と、探索部により探索された１以上のペプチド・バリアントを表示装置に表示させる探索結果表示部と、表示装置に表示された１以上のペプチド・バリアントのうち、いずれかのペプチド・バリアントの指定を受け付ける第２の指定受付部と、質量スペクトルにおけるピークのうち、指定されたペプチド・バリアントである指定ペプチド・バリアントと共通の構造を有する関連ペプチド・バリアントに対応する関連ピークを、指定ピークと当該関連ピークとの質量電荷比の差に基づいて推定する推定部と、質量スペクトルにおいて関連ピークを識別可能に表示装置に表示させる識別表示部とを備える。

この分析支援装置においては、未知のペプチド・バリアントを含む試料の質量スペクトルが取得され、取得された質量スペクトルが表示装置に表示される。ここで、質量スペクトルにおけるいずれかのピークの指定が受け付けられ、指定されたピークである指定ピークについての質量電荷比に対応する１以上のペプチド・バリアントがデータベースから探索される。探索された１以上のペプチド・バリアントが表示装置に表示される。

また、表示装置に表示された１以上のペプチド・バリアントのうち、いずれかのペプチド・バリアントの指定が受け付けられる。質量スペクトルにおけるピークのうち、指定されたペプチド・バリアントである指定ペプチド・バリアントと共通の構造を有する関連ペプチド・バリアントに対応する関連ピークが、指定ピークと当該関連ピークとの質量電荷比の差に基づいて推定される。質量スペクトルにおいて関連ピークが識別可能に表示装置に表示される。

この構成によれば、使用者は、表示装置に識別可能に表示された関連ピークを視認することにより、所望の指定ペプチド・バリアントと共通の構造を有する関連ペプチド・バリアントが試料に含まれている可能性があるか否かを容易に確認することができる。関連ペプチド・バリアントが試料に含まれていることが確認された場合には、指定ピークおよび関連ピークについて、優先的にかつ詳細に分析を進めることができる。一方、関連ペプチド・バリアントが試料に含まれていることが確認されない場合には、当該試料についての不要な分析を行うことを回避することができる。これらの結果、質量スペクトルにおける所望のピークの効率的な分析を行うことができる。

（２）識別表示部は、関連ピークに対応する所定の指標を表示装置に表示させてもよい。この場合、関連ピークを容易に識別可能に表示することができる。

（３）分析支援装置は、質量スペクトルにおいて、指定ペプチド・バリアントと関連ペプチド・バリアントとの構造の差異を識別可能に表示装置に表示させる差異表示部をさらに備えてもよい。この場合、使用者は、指定ペプチド・バリアントと関連ペプチド・バリアントとの構造の差異を容易に認識することができる。

（４）差異表示部は、指定ペプチド・バリアントに対して異なる関連ペプチド・バリアントのアミノ酸残基を関連ピークに対応するように表示装置に表示させてもよい。この場合、使用者は、指定ペプチド・バリアントに対して異なる関連ペプチド・バリアントのアミノ酸残基の差異を容易に認識することができる。

（５）差異表示部は、指定ペプチド・バリアントと関連ペプチド・バリアントとの構造の差異をＣ末端とＮ末端とで区別可能に表示装置に表示させてもよい。この場合、使用者は、指定ペプチド・バリアントと関連ペプチド・バリアントとの構造の差異が、Ｃ末端とＮ末端とのいずれにあるのか、あるいはＣ末端とＮ末端との両方にあるのかを容易に認識することができる。

（６）第２の発明に係る分析支援方法は、既知のペプチド・バリアントの同定結果を示すデータベースおよび表示装置を用いた試料の分析支援方法であって、未知のペプチド・バリアントを含む試料の質量スペクトルを取得し、取得された質量スペクトルを表示装置に表示させるステップと、質量スペクトルにおけるいずれかのピークの指定を受け付けるステップと、指定されたピークである指定ピークについての質量電荷比に対応する１以上のペプチド・バリアントをデータベースから探索するステップと、探索された１以上のペプチド・バリアントを表示装置に表示させるステップと、表示装置に表示された１以上のペプチド・バリアントのうち、いずれかのペプチド・バリアントの指定を受け付けるステップと、質量スペクトルにおけるピークのうち、指定されたペプチド・バリアントである指定ペプチド・バリアントと共通の構造を有する関連ペプチド・バリアントに対応する関連ピークを、指定ピークと当該関連ピークとの質量電荷比の差に基づいて推定するステップと、質量スペクトルにおいて関連ピークを識別可能に表示装置に表示させるステップとを含む。

この分析支援方法によれば、使用者は、表示装置に識別可能に表示された関連ピークを視認することにより、所望の指定ペプチド・バリアントと共通の構造を有する関連ペプチド・バリアントが試料に含まれている可能性があるか否かを容易に確認することができる。関連ペプチド・バリアントが試料に含まれていることが確認された場合には、指定ピークおよび関連ピークについて、優先的にかつ詳細に分析を進めることができる。一方、関連ペプチド・バリアントが試料に含まれていることが確認されない場合には、当該試料についての不要な分析を行うことを回避することができる。これらの結果、質量スペクトルにおける所望のピークの効率的な分析を行うことができる。

本発明によれば、質量スペクトルにおける所望のピークの効率的な分析を行うことができる。

本発明の一実施の形態に係る分析支援装置を含む分析システムの構成を示す図である。 図１の分析支援装置の構成を示す図である。 分析支援装置の動作の一例を説明するための図である。 分析支援装置の動作の一例を説明するための図である。 分析支援装置の動作の一例を説明するための図である。 分析支援装置の動作の一例を説明するための図である。 分析支援装置の動作の他の例を説明するための図である。 分析支援プログラムにより行われる分析支援処理のアルゴリズムを示すフローチャートである。

（１）分析支援装置
以下、本発明の実施の形態に係る分析支援装置および分析支援方法について図面を参照しながら詳細に説明する。図１は、本発明の一実施の形態に係る分析支援装置を含む分析システムの構成を示す図である。図１に示すように、分析システム１００は、処理装置１０、質量分析装置３０およびデータベース記憶装置４０を含む。

処理装置１０は、ＣＰＵ（中央演算処理装置）１１、ＲＡＭ（ランダムアクセスメモリ）１２、ＲＯＭ（リードオンリメモリ）１３、記憶部１４、操作部１５、表示装置１６および入出力Ｉ／Ｆ（インターフェイス）１７およびバス１８により構成される。ＣＰＵ１１、ＲＡＭ１２、ＲＯＭ１３、記憶部１４、操作部１５、表示装置１６および入出力Ｉ／Ｆ１７はバス１８に接続される。ＣＰＵ１１、ＲＡＭ１２およびＲＯＭ１３が分析支援装置２０を構成する。

ＲＡＭ１２は、ＣＰＵ１１の作業領域として用いられる。ＲＯＭ１３にはシステムプログラムが記憶される。記憶部１４は、ハードディスクまたは半導体メモリ等の記憶媒体を含み、分析支援プログラムを記憶する。ＣＰＵ１１が記憶部１４に記憶された分析支援プログラムをＲＡＭ１２上で実行することにより、後述する分析支援処理が行われる。

操作部１５は、キーボード、マウスまたはタッチパネル等の入力デバイスである。表示装置１６は、液晶表示装置等の表示デバイスである。使用者は、操作部１５を用いて分析支援装置２０に各種指示を行うことができる。表示装置１６は、質量分析装置３０により生成された質量スペクトルおよび分析支援装置２０による処理結果等を表示可能である。入出力Ｉ／Ｆ１７は、質量分析装置３０およびデータベース記憶装置４０に接続される。

質量分析装置３０は、例えばマトリックス支援レーザ脱離イオン化（ＭＡＬＤＩ）法によるイオン源を用いたイオントラップ質量分析装置である。質量分析装置３０は、生体内でタンパク質が分解されることにより産生された配列が異なる複数の内在性ペプチド（ペプチド・バリアント）を含む試料の質量分析を行うことにより質量スペクトルを生成する。質量スペクトルは、予め定められた質量電荷比の範囲において、質量電荷比と試料から生成されたイオンの検出強度との関係を示すスペクトルである。

データベース記憶装置４０は、サーバ等の大容量の記憶装置を含み、所定の質量電荷比を有するペプチド・バリアントの同定結果データベースを予め記憶している。同定結果データベースは、例えばタンパク質のアミノ酸配列データベースである「ＵｎｉＰｒｏｔ」を含む。

分析支援装置２０は、データベース記憶装置４０に記憶された同定結果データベースに基づいて、質量スペクトルにおける使用者に所望のピークの質量電荷比に対応する１以上のペプチド・バリアントの配列を提示する。また、分析支援装置２０は、提示された１以上のペプチド・バリアントのうち、使用者に所望のペプチド・バリアントと共通の配列を有するペプチド・バリアントに対応するピーク、およびペプチド・バリアント間の配列の差異を識別可能に提示する。以下、分析支援装置２０の構成について説明する。

（２）分析支援装置の構成
図２は、図１の分析支援装置２０の構成を示す図である。図２に示すように、分析支援装置２０は、機能部として、スペクトル取得部２１、指定受付部２２、探索部２３、注釈表示部２４、指定受付部２５、推定部２６、識別表示部２７および差異表示部２８を含む。図１のＣＰＵ１１が記憶部１４に記憶された分析支援プログラムを実行することにより、分析支援装置２０の機能部が実現される。分析支援装置２０の機能部の一部または全てが電子回路等のハードウエアにより実現されてもよい。

スペクトル取得部２１は、質量分析装置３０により生成された質量スペクトルを取得し、取得された質量スペクトルを表示装置１６に表示させる。指定受付部２２は、表示装置１６に表示された質量スペクトルにおける検出強度のピークのうち、いずれかのピークの指定を受け付ける。使用者は、操作部１５を操作することにより、表示装置１６に表示された質量スペクトルにおける所望のピークを指定することができる。以下、指定受付部２２により指定が受け付けられたピークを指定ピークと呼ぶ。

探索部２３は、指定ピークに対応する質量電荷比に対応する１以上のペプチド・バリアントを記憶部１４に記憶された同定結果データベースから探索する。本実施の形態においては、指定ピークに対応する質量電荷比に所定の範囲内（例えば３００ｐｐｍ～４００ｐｐｍ以内）で合致する１以上のペプチド・バリアントが探索される。注釈表示部２４は、探索部２３により探索された１以上のペプチド・バリアントを表示装置１６に表示させる。

指定受付部２５は、表示装置１６に表示された１以上のペプチド・バリアントのうち、いずれかのペプチド・バリアントの指定を受け付ける。使用者は、操作部１５を操作することにより、表示装置１６に表示された１以上のペプチド・バリアントのうち、所望のペプチド・バリアントを指定することができる。指定受付部２５により指定が受け付けられたペプチド・バリアントを指定ペプチド・バリアントと呼ぶ。

推定部２６は、表示装置１６に表示された質量スペクトルにおけるピークのうち、指定ペプチド・バリアントと共通の配列を有するペプチド・バリアントに対応するピークを推定する。以下、指定ペプチド・バリアントと共通の配列を有するペプチド・バリアントを関連ペプチド・バリアントと呼び、関連ペプチド・バリアントに対応する関連ピークと呼ぶ。上記の関連ピークの推定は、指定ピークとの当該関連ピークとの質量電荷比の差に基づいて行われる。

識別表示部２７は、表示装置１６に表示された質量スペクトルにおいて関連ピークを識別可能に表示させる。差異表示部２８は、表示装置１６に表示された質量スペクトルにおいて、指定ペプチド・バリアントおよび関連ペプチド・バリアントの配列の差異を表示させる。

（３）分析支援装置の動作例
図３～図６は、分析支援装置２０の動作の一例を説明するための図である。図３に示すように、スペクトル取得部２１により取得された質量スペクトルが表示装置１６に表示される。図３においては、質量電荷比が約「１５０５」から約「１８９０」の範囲におけるピーク強度が縦軸方向に５倍に拡大されて表示されている。図４～図６においても同様である。使用者は、操作部１５を操作してカーソルＣを質量スペクトルにおける所望のピークに重ねることにより、当該ピークを指定ピークとして指定することができる。

図４の例では、質量電荷比「１９１２．４８」におけるピークが指定され、当該指定が指定受付部２２により受け付けられる。この場合、指定ピークＰ０に対応する質量電荷比「１９１２．４８」に所定の質量電荷比の範囲内で合致する１以上のペプチド・バリアントが記憶部１４に記憶された同定結果データベース（本例ではタンパク質のアミノ酸配列データベース「ＵｎｉＰｒｏｔ」）から探索部２３により探索される。探索部２３により探索された１以上のペプチド・バリアントを示す一覧表Ｌが注釈表示部２４により表示装置１６に表示される。

図４の一覧表Ｌには、探索された１以上のペプチド・バリアントの各々に対応する複数の情報として「ｍ／ｚ」、「Ｐｒｏｔｅｉｎ」、「ｓｔａｒｔ」、「ｅｎｄ」、「ｓｅｑｕｅｎｃｅ」および「ｄｉｓｔａｎｃｅ」が記載されている。「ｍ／ｚ」は、登録された質量電荷比である。「Ｐｒｏｔｅｉｎ」は、登録されたタンパク質アクセッションＩＤ（識別子）である。「ｓｔａｒｔ」および「ｅｎｄ」は、それぞれ登録されたタンパク質のアミノ酸配列におけるペプチドの開始残基の位置および終了残基の位置である。「ｓｅｑｕｅｎｃｅ」は、登録されたタンパク質のアミノ酸配列である。「ｄｉｓｔａｎｃｅ」は、指定ペプチド・バリアントの配列を示す文字列と登録されたペプチド・バリアントの配列を示す文字列とのレーベンシュタイン距離（編集距離）である。

使用者は、操作部１５を操作してカーソルＣを一覧表Ｌの１以上のペプチド・バリアントにおける所望のペプチド・バリアントに重ねることにより、当該ペプチド・バリアントを指定ペプチド・バリアントとして指定することができる。図５の例では、タンパク質アクセッションＩＤが「Ｐ０７９１１」のペプチド・バリアントが指定され、当該指定が指定受付部２５により受け付けられる。なお、当該ペプチド・バリアントは、ヒト・ウロモジュリン由来のペプチド・バリアントである。

この場合、表示装置１６に表示された質量スペクトルにおけるピークのうち、指定ペプチド・バリアントと共通の配列を有する１以上の関連ペプチド・バリアントにそれぞれ対応する１以上の関連ピークが推定部２６により推定される。また、推定された１以上の関連ピークが識別表示部２７により識別可能に表示装置１６に表示される。

図５の例では、質量電荷比「１７５５．４５」、「１６５４．２１」、「１７６７．４０」および「１５８１．６２」におけるピークがそれぞれ関連ピークＰ１～Ｐ４であると推定される。また、各関連ピークＰ１～Ｐ４の上方に指標「★」が表示されることにより、各関連ピークＰ１～Ｐ４が識別可能に表示される。また、図５の例では、関連ピークＰ１～Ｐ４のみでなく指定ピークＰ０の上方にも指標「★」が表示されることにより、指定ピークＰ０が識別可能に表示される。

使用者は、一覧表Ｌの所望の指定ペプチド・バリアントにカーソルＣを重ねた状態で所定の操作（例えば操作部１５のクリック操作）を行う。当該操作が指定受付部２５により受け付けられた場合、指定ペプチド・バリアントに対して異なる関連ペプチド・バリアントのアミノ酸残基が、関連ピークに対応するように差異表示部２８により表示装置１６に表示される。本実施の形態においては、指定ペプチド・バリアントおよび関連ペプチド・バリアントの配列の差異がＣ末端とＮ末端とで区別可能に表示される。

図６の例では、指定ペプチド・バリアントおよび複数の関連ペプチド・バリアントの配列が、指定ピークＰおよび複数の関連ピークＰ１～Ｐ４の上方にそれぞれ表示される。また、Ｃ末端の配列の差異が、左の角括弧「［」、アミノ酸残基および矢印により表示される。Ｃ末端の配列の差異は、指標「†」によっても表示される。Ｎ末端の配列の差異が、右の角括弧「］」、アミノ酸残基および矢印により表示される。Ｎ末端の配列の差異は、指標「＊」によっても表示される。

具体的には、指定ピークＰ０から関連ピークＰ１に向かう矢印Ａ１が表示されるとともに、矢印Ａ１に対応するように文字「－［Ｒ」が表示される。この表記は、関連ピークＰ１に対応する関連ペプチド・バリアントが、指定ペプチド・バリアントに対してＣ末端のアルギニンが欠落した配列を有することを示す。また、関連ピークＰ１から関連ピークＰ２に向かう矢印Ａ２が表示されるとともに、矢印Ａ２に対応するように「－［Ｔ」が表示される。この表記は、関連ピークＰ２に対応する関連ペプチド・バリアントが、関連ピークＰ２に対応する関連ペプチド・バリアントに対してＣ末端のトレオニンが欠落した配列を有することを示す。

同様に、指定ピークＰ０から関連ピークＰ３に向かう矢印Ａ３が表示されるとともに、矢印Ａ３に対応するように文字「－ＳＧ］」が表示される。この表記は、関連ピークＰ３に対応する関連ペプチド・バリアントが、指定ペプチド・バリアントに対してＮ末端のセリンおよびグリシンが欠落した配列を有することを示す。また、関連ピークＰ４から関連ピークＰ３に向かう矢印Ａ４が表示されるとともに、矢印Ａ４に対応するように「－ＳＶ］」が表示される。この表記は、関連ピークＰ４に対応する関連ペプチド・バリアントが、関連ピークＰ３に対応する関連ペプチド・バリアントに対してＮ末端のセリンおよびバリンが欠落した配列を有することを示す。

さらに、指定ピークＰ０、関連ピークＰ１および関連ピークＰ２にそれぞれ対応するように指標「†」が表示される。この表記は、指定ペプチド・バリアントおよび関連ピークＰ１，Ｐ２にそれぞれ対応する関連ペプチド・バリアントが、Ｃ末端の構造が異なるペプチド・バリアント群であることを示す。指定ピークＰ０、関連ピークＰ３および関連ピークＰ４にそれぞれ対応するように指標「＊」が表示される。この表記は、指定ペプチド・バリアントおよび関連ピークＰ３，Ｐ４にそれぞれ対応する関連ペプチド・バリアントが、Ｎ末端の構造が異なるペプチド・バリアント群であることを示す。

図７は、分析支援装置２０の動作の他の例を説明するための図である。図７の例においては、質量電荷比「１６５４．２１」におけるピークが指定ピークＰ０として指定される。また、質量電荷比「１５８１．６２」におけるピークが関連ピークＰ１であると推定される。

この例においては、指定ピークＰ０から関連ピークＰ１に向かう矢印Ａ１が表示されるとともに、矢印Ａ１に対応するように文字「－ＳＧＳＶ］＋［ＴＲ」が表示される。この表記は、関連ピークＰ１に対応する関連ペプチド・バリアントが、指定ペプチド・バリアントに対してＣ末端にトレオニンおよびアルギニンが挿入されかつＮ末端のセリン、グリシン、セリンおよびバリンが欠落した配列を有することを示す。

さらに、指定ピークＰ０に対応するように指標「†」が表示され、関連ピークＰ１に対応するように指標「＊」が表示される。この表記は、指定ペプチド・バリアントおよび関連ピークＰ１に対応する関連ペプチド・バリアントが、互いに対してＣ末端およびＮ末端の構造が異なるペプチド・バリアント群であることを示す。

（４）分析支援処理
図８は、分析支援プログラムにより行われる分析支援処理のアルゴリズムを示すフローチャートである。まず、スペクトル取得部２１は、質量スペクトルが取得されたか否かを判定する（ステップＳ１）。質量スペクトルが取得されない場合、スペクトル取得部２１は、質量スペクトルが取得されるまで待機する。質量スペクトルが取得された場合、スペクトル取得部２１は、取得された質量スペクトルを表示装置１６に表示させる（ステップＳ２）。

次に、指定受付部２２は、いずれかのピークの指定が受け付けられたか否かを判定する（ステップＳ３）。使用者は、操作部１５を操作することにより、ステップＳ２で表示された質量スペクトルにおいて、所望のピークを指定することができる。ピークの指定が受け付けられない場合、指定受付部２２は、ピークの指定が受け付けられるまで待機する。

ピークの指定が受け付けられた場合、探索部２３は、指定ピークに対応する質量電荷比に合致する１以上のペプチド・バリアントを記憶部１４に記憶された同定結果データベースから探索する（ステップＳ４）。また、注釈表示部２４は、ステップＳ４で探索された１以上のペプチド・バリアントを示す一覧表Ｌを表示装置１６に表示させる（ステップＳ５）。

続いて、指定受付部２５は、いずれかのペプチド・バリアントの指定が受け付けられたか否かを判定する（ステップＳ６）。使用者は、操作部１５を操作することにより、ステップＳ５で表示された一覧表Ｌにおいて、所望のペプチド・バリアントを指定することができる。ペプチド・バリアントの指定が受け付けられない場合、指定受付部２５はステップＳ３に戻る。ペプチド・バリアントの指定が受け付けられるまで、ステップＳ３～Ｓ６が繰り返される。

ペプチド・バリアントの指定が受け付けられた場合、推定部２６は、１以上の関連ピークを推定する（ステップＳ７）。識別表示部２７は、ステップＳ７で推定された１以上の関連ピークを識別可能に表示装置１６に表示させる（ステップＳ８）。

その後、差異表示部２８は、指定ペプチド・バリアントおよび関連ペプチド・バリアントの配列の差異の表示が指示されたか否かを判定する（ステップＳ９）。使用者は、操作部１５を操作することにより、差異の表示を指示することができる。配列の差異の表示が指示されない場合、差異表示部２８はステップＳ３に戻る。配列の差異の表示が指示されるまで、ステップＳ３～Ｓ９が繰り返される。配列の差異の表示が指示された場合、差異表示部２８は、配列の差異を表示装置１６に表示させる（ステップＳ１０）。

次に、差異表示部２８は、分析支援処理の終了が指示されたか否かを判定する（ステップＳ１１）。使用者は、操作部１５を操作することにより、分析支援処理の終了を指示することができる。終了が指示されない場合、差異表示部２８はステップＳ３に戻る。終了が指示されるまで、ステップＳ３～Ｓ１１が繰り返される。終了が指示された場合、差異表示部２８は、分析支援処理を終了する。

（５）効果
本実施の形態に係る分析支援装置２０において、使用者は、表示装置１６に識別可能に表示された関連ピークを視認することにより、所望の指定ペプチド・バリアントと共通の構造を有する関連ペプチド・バリアントが試料に含まれている可能性があるか否かを容易に確認することができる。関連ペプチド・バリアントが試料に含まれていることが確認された場合には、指定ピークおよび関連ピークについて、優先的にかつ詳細に分析を進めることができる。一方、関連ペプチド・バリアントが試料に含まれていることが確認されない場合には、当該試料についての不要な分析を行うことを回避することができる。これらの結果、質量スペクトルにおける所望のピークの効率的な分析を行うことができる。

また、指定ペプチド・バリアントと関連ペプチド・バリアントとの構造の差異として、指定ペプチド・バリアントに対して異なる関連ペプチド・バリアントのアミノ酸残基が関連ピークに対応するように表示装置１６に表示される。ここで、構造の差異は、Ｃ末端とＮ末端とで区別可能に表示される。したがって、使用者は、指定ペプチド・バリアントと関連ペプチド・バリアントとの構造の差異が、Ｃ末端とＮ末端とのいずれにあるのか、あるいはＣ末端とＮ末端との両方にあるのかを容易に認識することができる。

（６）他の実施の形態
（ａ）上記実施の形態において、質量分析装置３０はＭＡＬＤＩ法によるイオン源を用いたイオントラップ質量分析装置であるが、本発明はこれに限定されない。質量分析装置３０は、液体クロマトグラフィ質量分析装置（ＬＣ／ＭＳ）等の他の方式による質量分析装置であってもよい。

（ｂ）上記実施の形態において、分析支援装置２０は差異表示部２８を含むが、本発明はこれに限定されない。指定ペプチド・バリアントおよび関連ペプチド・バリアントの配列の差異が表示されなくてもよい場合には、分析支援装置２０は差異表示部２８を含まなくてもよい。

（ｃ）上記実施の形態において、カーソルＣが質量スペクトルにおけるいずれかのピークに重ねられることにより当該ピークが指定ピークとして指定されるが、本発明はこれに限定されない。カーソルＣがいずれかのピークに重ねられた状態で操作部１５のクリック操作等が行われることにより、当該ピークが指定ピークとして指定されてもよい。

（ｄ）上記実施の形態において、カーソルＣが一覧表Ｌにおけるいずれかのペプチド・バリアントに重ねられることにより当該ペプチド・バリアントが指定ペプチド・バリアントとして指定されるが、本発明はこれに限定されない。カーソルＣがいずれかのペプチド・バリアントに重ねられた状態で操作部１５のクリック操作等が行われることにより、当該ペプチド・バリアントが指定ペプチド・バリアントとして指定されてもよい。この場合、図８の分析支援処理のステップＳ９の処理が省略される。

あるいは、一覧表Ｌには、１以上のペプチド・バリアントにそれぞれ対応するチェックボックスが表示され、いずれかチェックボックスがチェックされることにより当該チェックボックスに対応するペプチド・バリアントが指定ペプチド・バリアントとして指定されてもよい。この場合においても、図８の分析支援処理のステップＳ９の処理が省略される。

（ｅ）上記実施の形態において、関連ピークの上方に指標が表示されることにより関連ピークが識別可能に表示されるが、本発明はこれに限定されない。関連ピークが他のピークとは異なる色または異なる線種等で表示されることにより関連ピークが識別可能に表示されてもよい。

（ｆ）上記実施の形態において、指定ペプチド・バリアントおよび関連ペプチド・バリアントの配列が指定ピークおよび関連ピークの上方にそれぞれ表示されるが、本発明はこれに限定されない。指定ペプチド・バリアントおよび関連ペプチド・バリアントの配列は、表示装置１６に表示されなくてもよい。あるいは、指定ペプチド・バリアントおよび関連ペプチド・バリアントの配列は、使用者の表示の要求に応答して表示されてもよい。

一方で、指定ペプチド・バリアントおよび関連ペプチド・バリアントの配列が表示される場合には、指定ペプチド・バリアントと関連ペプチド・バリアントとの構造の差異を識別することが可能である。そのため、指定ペプチド・バリアントと関連ペプチド・バリアントとの構造の差異を示す角括弧、アミノ酸残基、矢印および指標等が表示されなくてもよい。

（ｇ）上記実施の形態において、Ｃ末端またはＮ末端の配列が異なるペプチド・バリアント群に対応するピークに指標「†」または「＊」が表示されるが、本発明はこれに限定されない。Ｃ末端またはＮ末端の配列の差異は、角括弧、アミノ酸残基および矢印により区別可能である。そのため、Ｃ末端またはＮ末端の配列が異なるペプチド・バリアント群に対応するピークに「†」または「＊」等の指標が表示されなくてもよい。

１０…処理装置，１１…ＣＰＵ，１２…ＲＡＭ，１３…ＲＯＭ，１４…記憶部，１５…操作部，１６…表示装置，１７…入出力Ｉ／Ｆ，１８…バス，２０…分析支援装置，２１…スペクトル取得部，２２…指定受付部，２３…探索部，２４…注釈表示部，２５…指定受付部，２６…推定部，２７…識別表示部，２８…差異表示部，３０…質量分析装置，４０…データベース記憶装置，１００…分析システム，Ａ１～Ａ４…矢印，Ｃ…カーソル，Ｌ…一覧表，Ｐ０…指定ピーク，Ｐ１～Ｐ４…関連ピーク

Claims (6)

1. 既知のペプチド・バリアントの同定結果を示すデータベースおよび表示装置を用いた試料の分析支援装置であって、
   未知のペプチド・バリアントを含む試料の質量スペクトルを取得し、取得された前記質量スペクトルを前記表示装置に表示させるスペクトル取得部と、
   前記質量スペクトルにおけるいずれかのピークの指定を受け付ける第１の指定受付部と、
   指定されたピークである指定ピークについての質量電荷比に対応する１以上のペプチド・バリアントを前記データベースから探索する探索部と、
   前記探索部により探索された１以上のペプチド・バリアントを前記表示装置に表示させる探索結果表示部と、
   前記表示装置に表示された１以上のペプチド・バリアントのうち、いずれかのペプチド・バリアントの指定を受け付ける第２の指定受付部と、
   前記質量スペクトルにおけるピークのうち、指定されたペプチド・バリアントである指定ペプチド・バリアントと共通の構造を有する関連ペプチド・バリアントに対応する関連ピークを、前記指定ピークと当該関連ピークとの質量電荷比の差に基づいて推定する推定部と、
   前記質量スペクトルにおいて前記関連ピークを識別可能に前記表示装置に表示させる識別表示部とを備える、分析支援装置。
2. 前記識別表示部は、前記関連ピークに対応する所定の指標を前記表示装置に表示させる、請求項１記載の分析支援装置。
3. 前記質量スペクトルにおいて、前記指定ペプチド・バリアントと前記関連ペプチド・バリアントとの構造の差異を識別可能に前記表示装置に表示させる差異表示部をさらに備える、請求項１または２記載の分析支援装置。
4. 前記差異表示部は、前記指定ペプチド・バリアントに対して異なる前記関連ペプチド・バリアントのアミノ酸残基を前記関連ピークに対応するように前記表示装置に表示させる、請求項３記載の分析支援装置。
5. 前記差異表示部は、前記指定ペプチド・バリアントと前記関連ペプチド・バリアントとの構造の差異をＣ末端とＮ末端とで区別可能に前記表示装置に表示させる、請求項３または４記載の分析支援装置。
6. 既知のペプチド・バリアントの同定結果を示すデータベースおよび表示装置を用いた試料の分析支援方法であって、
   未知のペプチド・バリアントを含む試料の質量スペクトルを取得し、取得された前記質量スペクトルを前記表示装置に表示させるステップと、
   前記質量スペクトルにおけるいずれかのピークの指定を受け付けるステップと、
   指定されたピークである指定ピークについての質量電荷比に対応する１以上のペプチド・バリアントを前記データベースから探索するステップと、
   探索された１以上のペプチド・バリアントを前記表示装置に表示させるステップと、
   前記表示装置に表示された１以上のペプチド・バリアントのうち、いずれかのペプチド・バリアントの指定を受け付けるステップと、
   前記質量スペクトルにおけるピークのうち、指定されたペプチド・バリアントである指定ペプチド・バリアントと共通の構造を有する関連ペプチド・バリアントに対応する関連ピークを、前記指定ピークと当該関連ピークとの質量電荷比の差に基づいて推定するステップと、
   前記質量スペクトルにおいて前記関連ピークを識別可能に前記表示装置に表示させるステップとを含む、分析支援方法。

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