JP6978608B1 - 低シュウ酸含量のホウレンソウ属植物 - Google Patents
低シュウ酸含量のホウレンソウ属植物 Download PDFInfo
- Publication number
- JP6978608B1 JP6978608B1 JP2020545376A JP2020545376A JP6978608B1 JP 6978608 B1 JP6978608 B1 JP 6978608B1 JP 2020545376 A JP2020545376 A JP 2020545376A JP 2020545376 A JP2020545376 A JP 2020545376A JP 6978608 B1 JP6978608 B1 JP 6978608B1
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- base
- seq
- polynucleotide
- base sequence
- sequence
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
- MUBZPKHOEPUJKR-UHFFFAOYSA-N Oxalic acid Chemical compound OC(=O)C(O)=O MUBZPKHOEPUJKR-UHFFFAOYSA-N 0.000 title claims abstract description 803
- 235000006408 oxalic acid Nutrition 0.000 title claims abstract description 265
- 244000300264 Spinacia oleracea Species 0.000 title description 3
- 241000219315 Spinacia Species 0.000 claims abstract description 176
- 235000009337 Spinacia oleracea Nutrition 0.000 claims abstract description 101
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 claims abstract description 83
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 37
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 claims abstract description 20
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims abstract description 19
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 claims description 227
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 claims description 227
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 claims description 227
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 57
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 55
- 239000003550 marker Substances 0.000 claims description 42
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 claims description 24
- 230000008569 process Effects 0.000 claims description 6
- 239000000126 substance Substances 0.000 claims description 5
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 3
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 claims description 3
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 claims description 3
- 239000002253 acid Substances 0.000 claims 1
- 238000012216 screening Methods 0.000 abstract description 18
- 239000000523 sample Substances 0.000 abstract description 15
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 abstract description 4
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 abstract description 3
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 9
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 8
- 238000007894 restriction fragment length polymorphism technique Methods 0.000 description 8
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 7
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 7
- 238000009395 breeding Methods 0.000 description 6
- 230000001488 breeding effect Effects 0.000 description 6
- 238000003306 harvesting Methods 0.000 description 6
- 238000009331 sowing Methods 0.000 description 6
- 238000011282 treatment Methods 0.000 description 6
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 5
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 5
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 4
- 230000002759 chromosomal effect Effects 0.000 description 4
- 235000013305 food Nutrition 0.000 description 4
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 4
- 238000004128 high performance liquid chromatography Methods 0.000 description 4
- 230000000052 comparative effect Effects 0.000 description 3
- 102000054765 polymorphisms of proteins Human genes 0.000 description 3
- 239000002689 soil Substances 0.000 description 3
- IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N Atomic nitrogen Chemical compound N#N IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- OYPRJOBELJOOCE-UHFFFAOYSA-N Calcium Chemical compound [Ca] OYPRJOBELJOOCE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 206010007027 Calculus urinary Diseases 0.000 description 2
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 2
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 2
- 229910002651 NO3 Inorganic materials 0.000 description 2
- NHNBFGGVMKEFGY-UHFFFAOYSA-N Nitrate Chemical compound [O-][N+]([O-])=O NHNBFGGVMKEFGY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 2
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 2
- 229910052791 calcium Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000011575 calcium Substances 0.000 description 2
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 2
- 238000012790 confirmation Methods 0.000 description 2
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 2
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 2
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 2
- 239000012153 distilled water Substances 0.000 description 2
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 description 2
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 2
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 2
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 2
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 2
- 230000001932 seasonal effect Effects 0.000 description 2
- 208000008281 urolithiasis Diseases 0.000 description 2
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Chemical compound O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- BZTDTCNHAFUJOG-UHFFFAOYSA-N 6-carboxyfluorescein Chemical compound C12=CC=C(O)C=C2OC2=CC(O)=CC=C2C11OC(=O)C2=CC=C(C(=O)O)C=C21 BZTDTCNHAFUJOG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000007469 Actins Human genes 0.000 description 1
- 108010085238 Actins Proteins 0.000 description 1
- 241000219317 Amaranthaceae Species 0.000 description 1
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 1
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 1
- 108700039887 Essential Genes Proteins 0.000 description 1
- 102100021699 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B Human genes 0.000 description 1
- 108060002716 Exonuclease Proteins 0.000 description 1
- 102100031181 Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase Human genes 0.000 description 1
- 101000896557 Homo sapiens Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B Proteins 0.000 description 1
- 101000988834 Homo sapiens Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase Proteins 0.000 description 1
- 102100034343 Integrase Human genes 0.000 description 1
- 101710203526 Integrase Proteins 0.000 description 1
- 238000007397 LAMP assay Methods 0.000 description 1
- 102000003960 Ligases Human genes 0.000 description 1
- 108090000364 Ligases Proteins 0.000 description 1
- 108060004795 Methyltransferase Proteins 0.000 description 1
- 108091092878 Microsatellite Proteins 0.000 description 1
- 108010091086 Recombinases Proteins 0.000 description 1
- 102000018120 Recombinases Human genes 0.000 description 1
- 108091081062 Repeated sequence (DNA) Proteins 0.000 description 1
- 238000010521 absorption reaction Methods 0.000 description 1
- 238000007792 addition Methods 0.000 description 1
- XKMRRTOUMJRJIA-UHFFFAOYSA-N ammonia nh3 Chemical compound N.N XKMRRTOUMJRJIA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 1
- LFYJSSARVMHQJB-QIXNEVBVSA-N bakuchiol Chemical compound CC(C)=CCC[C@@](C)(C=C)\C=C\C1=CC=C(O)C=C1 LFYJSSARVMHQJB-QIXNEVBVSA-N 0.000 description 1
- 102000015736 beta 2-Microglobulin Human genes 0.000 description 1
- 108010081355 beta 2-Microglobulin Proteins 0.000 description 1
- 230000008859 change Effects 0.000 description 1
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 1
- 239000005515 coenzyme Substances 0.000 description 1
- 244000038559 crop plants Species 0.000 description 1
- 230000001351 cycling effect Effects 0.000 description 1
- 235000005911 diet Nutrition 0.000 description 1
- 230000000378 dietary effect Effects 0.000 description 1
- 238000001839 endoscopy Methods 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 1
- 102000013165 exonuclease Human genes 0.000 description 1
- 230000035784 germination Effects 0.000 description 1
- 108020004445 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase Proteins 0.000 description 1
- 125000005842 heteroatom Chemical group 0.000 description 1
- 239000003501 hydroponics Substances 0.000 description 1
- 230000005764 inhibitory process Effects 0.000 description 1
- 238000011835 investigation Methods 0.000 description 1
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 1
- 238000002493 microarray Methods 0.000 description 1
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 1
- 238000002703 mutagenesis Methods 0.000 description 1
- 231100000350 mutagenesis Toxicity 0.000 description 1
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 1
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 1
- 229910052757 nitrogen Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000000618 nitrogen fertilizer Substances 0.000 description 1
- 235000016709 nutrition Nutrition 0.000 description 1
- 230000035764 nutrition Effects 0.000 description 1
- 230000008520 organization Effects 0.000 description 1
- 230000035479 physiological effects, processes and functions Effects 0.000 description 1
- 239000013641 positive control Substances 0.000 description 1
- 238000004382 potting Methods 0.000 description 1
- 238000012175 pyrosequencing Methods 0.000 description 1
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 238000005204 segregation Methods 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 1
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 1
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 1
- 230000008961 swelling Effects 0.000 description 1
- 235000013311 vegetables Nutrition 0.000 description 1
Classifications
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A01—AGRICULTURE; FORESTRY; ANIMAL HUSBANDRY; HUNTING; TRAPPING; FISHING
- A01H—NEW PLANTS OR NON-TRANSGENIC PROCESSES FOR OBTAINING THEM; PLANT REPRODUCTION BY TISSUE CULTURE TECHNIQUES
- A01H6/00—Angiosperms, i.e. flowering plants, characterised by their botanic taxonomy
- A01H6/02—Amaranthaceae or Chenopodiaceae, e.g. beet or spinach
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A01—AGRICULTURE; FORESTRY; ANIMAL HUSBANDRY; HUNTING; TRAPPING; FISHING
- A01H—NEW PLANTS OR NON-TRANSGENIC PROCESSES FOR OBTAINING THEM; PLANT REPRODUCTION BY TISSUE CULTURE TECHNIQUES
- A01H6/00—Angiosperms, i.e. flowering plants, characterised by their botanic taxonomy
- A01H6/02—Amaranthaceae or Chenopodiaceae, e.g. beet or spinach
- A01H6/028—Spinacia oleracea [spinach]
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A01—AGRICULTURE; FORESTRY; ANIMAL HUSBANDRY; HUNTING; TRAPPING; FISHING
- A01H—NEW PLANTS OR NON-TRANSGENIC PROCESSES FOR OBTAINING THEM; PLANT REPRODUCTION BY TISSUE CULTURE TECHNIQUES
- A01H5/00—Angiosperms, i.e. flowering plants, characterised by their plant parts; Angiosperms characterised otherwise than by their botanic taxonomy
- A01H5/02—Flowers
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A01—AGRICULTURE; FORESTRY; ANIMAL HUSBANDRY; HUNTING; TRAPPING; FISHING
- A01H—NEW PLANTS OR NON-TRANSGENIC PROCESSES FOR OBTAINING THEM; PLANT REPRODUCTION BY TISSUE CULTURE TECHNIQUES
- A01H5/00—Angiosperms, i.e. flowering plants, characterised by their plant parts; Angiosperms characterised otherwise than by their botanic taxonomy
- A01H5/12—Leaves
Landscapes
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Physiology (AREA)
- Botany (AREA)
- Developmental Biology & Embryology (AREA)
- Environmental Sciences (AREA)
- Natural Medicines & Medicinal Plants (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
- Fertilizers (AREA)
- Agricultural Chemicals And Associated Chemicals (AREA)
Abstract
Description
〔1〕第4染色体領域に存在する少なくとも1つの低シュウ酸遺伝子座を有する、低シュウ酸含量のホウレンソウ属植物。
〔2〕低シュウ酸遺伝子座が、第4染色体領域の、Scaffold番号LZYP01000033.1に相当する部分、LZYP01001417.1であるゲノムDNA断片に相当する部分及び両部分の間に存在する低シュウ酸遺伝子座である、〔1〕に記載の低シュウ酸含量のホウレンソウ属植物。
〔3〕前記低シュウ酸遺伝子座が、低シュウ酸SNPマーカーで特定される、〔1〕又は〔2〕に記載の低シュウ酸含量のホウレンソウ属植物。
〔4〕前記低シュウ酸遺伝子座が、下記(1)〜(22)からなる群から選択される少なくとも1つのSNPマーカーで特定される、〔1〕〜〔3〕のいずれか1項に記載の低シュウ酸含量のホウレンソウ属植物。
(1)SL01:Scaffold番号LZYP01000033.1の28543番目の塩基AがTである多型
(2)SL208545:Scaffold番号LZYP01000033.1の208545番目の塩基CがTである多型
(3)SL220275:Scaffold番号LZYP01000033.1の220275番目の塩基CがGである多型
(4)SL241754:Scaffold番号LZYP01000033.1の241754番目の塩基CがAである多型
(5)SL293265:Scaffold番号LZYP01000033.1の293265番目の塩基AがTである多型
(6)SL293658:Scaffold番号LZYP01000033.1の293658番目の塩基GがAである多型
(7)SL293902:Scaffold番号LZYP01000033.1の293902番目の塩基GがAである多型
(8)SL294081:Scaffold番号LZYP01000033.1の294081番目の塩基AがGである多型
(9)SL430237:Scaffold番号LZYP01000033.1の430237番目の塩基GがAである多型
(10)SL747231:Scaffold番号LZYP01000033.1の747231番目の塩基GがAである多型
(11)SL759008:Scaffold番号LZYP01000033.1の759008番目の塩基TがGである多型
(12)SL812367:Scaffold番号LZYP01000033.1の812367番目の塩基GがCである多型
(13)SL812384:Scaffold番号LZYP01000033.1の812384番目の塩基TがCである多型
(14)SL812514:Scaffold番号LZYP01000033.1の812514番目の塩基CがTである多型
(15)SL812601:Scaffold番号LZYP01000033.1の812601番目の塩基AがGである多型
(16)SL1252234:Scaffold番号LZYP01000033.1の1252234番目の塩基AがCである多型
(17)SL02:Scaffold番号LZYP01000033.1の1847918番目のCがTである多型
(18)SL2167344:Scaffold番号LZYP01000033.1の2167344番目の塩基CがTである多型
(19)SL78812:Scaffold番号LZYP01001417.1)の78812番目の塩基CがTである多型
(20)SL03:Scaffold番号LZYP01001417.1の90490番目の塩基GがAである多型
(21)SL97243:Scaffold番号LZYP01001417.1の97243番目の塩基GがAである多型
(22)SL323336:Scaffold番号LZYP01001417.1の323336番目の塩基TがAである多型
〔5〕前記低シュウ酸遺伝子座が前記(1)、(17)及び(20)からなる群から選択される少なくとも1つのSNPマーカーで特定される、〔4〕に記載の低シュウ酸含量のホウレンソウ属植物。
〔6〕前記低シュウ酸遺伝子座が、下記(1−1)〜(22−2)からなる群から選択される少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定される、〔1〕〜〔5〕のいずれか1項に記載の低シュウ酸含量のホウレンソウ属植物。
(1−1)配列番号1の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(1−2)配列番号1の塩基配列の57番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号1の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号1の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(2−1)配列番号2の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(2−2)配列番号2の塩基配列の51番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号2の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号2の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(3−1)配列番号3の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(3−2)配列番号3の塩基配列の135番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号3の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号3の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(4−1)配列番号4の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(4−2)配列番号4の塩基配列の51番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号4の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号4の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(5−1)配列番号5の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(5−2)配列番号5の塩基配列の51番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号5の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号5の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(6−1)配列番号6の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(6−2)配列番号6の塩基配列の37番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号6の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号6の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(7−1)配列番号7の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(7−2)配列番号7の塩基配列の244番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号7の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号7の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(8−1)配列番号8の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(8−2)配列番号8の塩基配列の36番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号8の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号8の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(9−1)配列番号9の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(9−2)配列番号9の塩基配列の81番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号9の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号9の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(10−1)配列番号10の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(10−2)配列番号10の塩基配列の180番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号10の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号10の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(11−1)配列番号11の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(11−2)配列番号11の塩基配列の51番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号11の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号11の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(12−1)配列番号12の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(12−2)配列番号12の塩基配列の51番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号12の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号12の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(13−1)配列番号13の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(13−2)配列番号13の塩基配列の9番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号13の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号13の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(14−1)配列番号14の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(14−2)配列番号14の塩基配列の51番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号14の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号14の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(15−1)配列番号15の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(15−2)配列番号15の塩基配列の5番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号15の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号15の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(16−1)配列番号16の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(16−2)配列番号16の塩基配列の154番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号16の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号16の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(17−1)配列番号17の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(17−2)配列番号17の塩基配列の12番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号17の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号17の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(18−1)配列番号18の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(18−2)配列番号18の塩基配列の144番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号18の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号18の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(19−1)配列番号19の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(19−2)配列番号19の塩基配列の91番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号19の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号19の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(20−1)配列番号20の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(20−2)配列番号20の塩基配列の51番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号20の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号20の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(21−1)配列番号21の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(21−2)配列番号21の塩基配列の51番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号21の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号21の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(22−1)配列番号22の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(22−2)配列番号22の塩基配列の236番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号22の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号22の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
〔7〕前記低シュウ酸遺伝子座が、前記(1−1)、(1−2)、(17−1)、(17−2)、(20−1)及び(20−2)からなる群から選択される少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定される、〔6〕に記載の低シュウ酸含量のホウレンソウ属植物。
〔8〕前記低シュウ酸遺伝子座が、ホウレンソウ(受託番号:FERM BP−22384)が有する低シュウ酸遺伝子座である、〔1〕〜〔7〕のいずれか1項に記載の低シュウ酸含量のホウレンソウ属植物。
〔9〕ホウレンソウ(受託番号:FERM BP−22384)またはその後代である、〔1〕〜〔8〕のいずれか1項に記載の低シュウ酸含量のホウレンソウ属植物。
〔10〕植物体またはその一部である、〔1〕〜〔9〕のいずれか1項に記載の低シュウ酸含量のホウレンソウ属植物。
〔11〕種子である、〔1〕〜〔10〕のいずれか1項に記載の低シュウ酸含量のホウレンソウ属植物。
〔12〕植物細胞、組織及び器官から選ばれる少なくとも1つである、〔1〕〜〔11〕のいずれか1項に記載の低シュウ酸含量のホウレンソウ属植物。
〔13〕葉身の先端のシュウ酸含量が600mg/100gFW以下であること、及び
可食部のシュウ酸含量が400mg/100gFW以下であること、
の少なくともいずれかを満たす、〔1〕〜〔12〕のいずれか1項に記載の低シュウ酸含量のホウレンソウ属植物。
〔14〕〔1〕〜〔13〕のいずれか1項に記載の低シュウ酸含量のホウレンソウ属植物と、他のホウレンソウ属植物とを交雑する交雑工程を少なくとも含む、低シュウ酸含量のホウレンソウ属植物の製造方法。
〔15〕交雑工程において得られたホウレンソウ属植物またはその後代系統から、第4染色体領域に存在する少なくとも1つの低シュウ酸遺伝子座を有する植物を選抜する選抜工程を更に含む、〔14〕に記載の製造方法。
〔16〕前記(1)〜(22)からなる群から選択される少なくとも1つのSNPマーカーにより、低シュウ酸遺伝子座を有する植物を選抜する、〔15〕に記載の製造方法。
〔17〕選抜工程において、前記(1−1)〜(22−2)からなる群から選択される少なくとも1つのポリヌクレオチドの有無により、低シュウ酸遺伝子座を有する植物を選抜する、〔15〕又は〔16〕に記載の製造方法。
〔18〕第4染色体領域に存在する少なくとも1つの低シュウ酸遺伝子座を有するホウレンソウ属植物を選抜する、低シュウ酸含量のホウレンソウ属植物のスクリーニング方法。
〔19〕前記(1)〜(22)からなる群から選択される少なくとも1つのSNPマーカーにより、低シュウ酸遺伝子座を有する植物を選抜する、〔18〕に記載のスクリーニング方法。
〔20〕前記(1−1)〜(22−2)からなる群から選択される少なくとも1つのポリヌクレオチドの有無により、低シュウ酸遺伝子座を有する植物を選抜する、〔18〕又は〔19〕に記載のスクリーニング方法。
〔21〕Scaffold番号LZYP01000033.1及びLZYP01001417.1であるゲノムDNA断片に相当する部分に存在する少なくとも1つの低シュウ酸遺伝子座の少なくとも一部に特異的に結合する、低シュウ酸含量のホウレンソウ属植物スクリーニング用プライマー又はプローブを少なくとも含む、低シュウ酸含量のホウレンソウ属植物スクリーニング用キット。
本発明において、低シュウ酸含量のホウレンソウ属植物は、低シュウ酸遺伝子座を有する。
本明細書において、ホウレンソウ属植物とは、ヒユ科アカザ亜科に属する植物であるホウレンソウ属(Spinacea)に属する植物全般を意味し、例えば、ホウレンソウ(Spinacia oleracea)が挙げられる。原産地、品種、播種時期(秋播き、春播き)は特に限定されない。ホウレンソウ属植物は、その植物体またはその一部であればよい。植物体の一部としては、例えば、葉、茎、花、根、種子及びこれらから選ばれる2以上の組み合わせが挙げられ、可食部(例、葉、茎及びこれらの組み合わせ)を少なくとも含むか、又は種子であることが好ましい。ホウレンソウ属植物の細胞、組織、器官でもよく、これらの由来は特に限定されず、例えば、ホウレンソウ属植物から直接抽出したものでもよく、それを培養したものでもよい。
本明細書において、低シュウ酸含量である、低シュウ酸であるとは、ホウレンソウ属植物のシュウ酸含量が、通常のホウレンソウ属植物よりも低いことを意味する。好ましくは、葉身の先端のシュウ酸含量が600mg/100gFW以下であるか、可食部(葉身と葉柄を含む株全体)のシュウ酸含量が400mg/100gFW以下であるか、またはこれらの両方を満たすことである。シュウ酸含量は、HPLC法により測定できる。測定の時期は特に限定されず、葉身の先端のシュウ酸含量の場合、1枚の本葉の葉身から300mgのサンプルを採取できる段階であれば特に限定されない。また、可食部のシュウ酸含量の場合、可食部を収穫できる段階であれば特に限定されない。本明細書において、高シュウ酸含量である、又は高シュウ酸であるとは、ホウレンソウ属植物のシュウ酸含量が、通常のホウレンソウ属植物と同等以上である(低シュウ酸含量ではない)ことを意味する。
本発明において低シュウ酸含量のホウレンソウ属植物が有する低シュウ酸遺伝子座の少なくとも1つは、第4染色体領域に存在する低シュウ酸遺伝子座である。好ましくは、第4染色体領域の、Scaffold番号LZYP01000033.1であるゲノムDNA断片に相当する部分、LZYP01001417.1であるゲノムDNA断片に相当する部分、及び両部分の間に存在し、より好ましくは、Scaffold番号LZYP01000033.1であるゲノムDNA断片に相当する部分、LZYP01001417.1であるゲノムDNA断片に相当する部分に存在する。Scaffold番号LZYP01000033.1及びLZYP01001417.1であるゲノムDNA断片の配列を含む情報は、NCBIのデータベース(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/LZYP01000033.1?report=fasta;https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/LZYP01001417.1?report=fasta;https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/wgs/LZYP01?display=contigs)に記載されている。ホウレンソウ属植物の第4染色体の対応する位置を確認する方法としては、例えば、ホウレンソウ属植物のゲノムの公開データベースと照会(例えば、SpinachBaseのBLAST検索ページを利用:http://www.spinachbase.org/?q=blast)する方法が挙げられる。
(2)SL208545:Scaffold番号LZYP01000033.1の208545番目の塩基CがTである多型
(3)SL220275:Scaffold番号LZYP01000033.1の220275番目の塩基CがGである多型
(4)SL241754:Scaffold番号LZYP01000033.1の241754番目の塩基CがAである多型
(5)SL293265:Scaffold番号LZYP01000033.1の293265番目の塩基AがTである多型
(6)SL293658:Scaffold番号LZYP01000033.1の293658番目の塩基GがAである多型
(7)SL293902:Scaffold番号LZYP01000033.1の293902番目の塩基GがAである多型
(8)SL294081:Scaffold番号LZYP01000033.1の294081番目の塩基AがGである多型
(9)SL430237:Scaffold番号LZYP01000033.1の430237番目の塩基GがAである多型
(10)SL747231:Scaffold番号LZYP01000033.1の747231番目の塩基GがAである多型
(11)SL759008:Scaffold番号LZYP01000033.1の759008番目の塩基TがGである多型
(12)SL812367:Scaffold番号LZYP01000033.1の812367番目の塩基GがCである多型
(13)SL812384:Scaffold番号LZYP01000033.1の812384番目の塩基TがCである多型
(14)SL812514:Scaffold番号LZYP01000033.1の812514番目の塩基CがTである多型
(15)SL812601:Scaffold番号LZYP01000033.1の812601番目の塩基AがGである多型
(16)SL1252234:Scaffold番号LZYP01000033.1の1252234番目の塩基AがCである多型
(17)SL02:Scaffold番号LZYP01000033.1の1847918番目のCがTである多型
(18)SL2167344:Scaffold番号LZYP01000033.1の2167344番目の塩基CがTである多型
(19)SL78812:Scaffold番号LZYP01001417.1)の78812番目の塩基CがTである多型
(20)SL03:Scaffold番号LZYP01001417.1の90490番目の塩基GがAである多型
(21)SL97243:Scaffold番号LZYP01001417.1の97243番目の塩基GがAである多型
(22)SL323336:Scaffold番号LZYP01001417.1の323336番目の塩基TがAである多型
(1−2)配列番号1の塩基配列の57番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号1の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号1の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
配列番号1の塩基配列の57番目の塩基Tは、前記(1)のSNPマーカーに相当する。配列番号1の塩基配列の57番目の塩基がTの場合、ホウレンソウ属植物は低シュウ酸含量であり、T以外でありかつ他の低シュウ酸遺伝子座を有しない場合、ホウレンソウ属植物は高シュウ酸含量である。
(2−2)配列番号2の塩基配列の51番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号2の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号2の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
配列番号2の塩基配列の51番目の塩基Tは、前記(2)のSNPマーカーに相当する。配列番号2の塩基配列の51番目の塩基がTの場合、ホウレンソウ属植物は低シュウ酸含量であり、T以外でありかつ他の低シュウ酸遺伝子座を有しない場合、ホウレンソウ属植物は高シュウ酸含量である。
(3−2)配列番号3の塩基配列の135番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号3の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号3の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
配列番号3の塩基配列の135番目の塩基Gは、前記(3)のSNPマーカーに相当する。配列番号3の塩基配列の135番目の塩基がGの場合、ホウレンソウ属植物は低シュウ酸含量であり、G以外でありかつ他の低シュウ酸遺伝子座を有しない場合、ホウレンソウ属植物は高シュウ酸含量である。
(4−2)配列番号4の塩基配列の51番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号4の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号4の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
配列番号4の塩基配列の51番目の塩基Aは、前記(4)のSNPマーカーに相当する。配列番号4の塩基配列の51番目の塩基がAの場合、ホウレンソウ属植物は低シュウ酸含量であり、A以外でありかつ他の低シュウ酸遺伝子座を有しない場合、ホウレンソウ属植物は高シュウ酸含量である。
(5−2)配列番号5の塩基配列の51番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号5の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号5の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
配列番号5の塩基配列の51番目の塩基Tは、前記(5)のSNPマーカーに相当する。配列番号5の塩基配列の51番目の塩基がTの場合、ホウレンソウ属植物は低シュウ酸含量であり、T以外でありかつ他の低シュウ酸遺伝子座を有しない場合、ホウレンソウ属植物は高シュウ酸含量である。
(6−2)配列番号6の塩基配列の37番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号6の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号6の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
配列番号6の塩基配列の37番目の塩基Aは、前記(6)のSNPマーカーに相当する。配列番号6の塩基配列の37番目の塩基がAの場合、ホウレンソウ属植物は低シュウ酸含量であり、A以外でありかつ他の低シュウ酸遺伝子座を有しない場合、ホウレンソウ属植物は高シュウ酸含量である。
(7−2)配列番号7の塩基配列の244番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号7の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号7の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
配列番号7の塩基配列の244番目の塩基Aは、前記(7)のSNPマーカーに相当する。配列番号7の塩基配列の244番目の塩基がAの場合、ホウレンソウ属植物は低シュウ酸含量であり、A以外でありかつ他の低シュウ酸遺伝子座を有しない場合、ホウレンソウ属植物は高シュウ酸含量である。
(8−2)配列番号8の塩基配列の36番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号8の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号8の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
配列番号8の塩基配列の36番目の塩基Gは、前記(8)のSNPマーカーに相当する。配列番号8の塩基配列の36番目の塩基がGの場合、ホウレンソウ属植物は低シュウ酸含量であり、G以外でありかつ他の低シュウ酸遺伝子座を有しない場合、ホウレンソウ属植物は高シュウ酸含量である。
(9−2)配列番号9の塩基配列の81番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号9の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号9の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
配列番号9の塩基配列の81番目の塩基Aは、前記(9)のSNPマーカーに相当する。配列番号9の塩基配列の81番目の塩基がAの場合、ホウレンソウ属植物は低シュウ酸含量であり、A以外でありかつ他の低シュウ酸遺伝子座を有しない場合、ホウレンソウ属植物は高シュウ酸含量である。
(10−2)配列番号10の塩基配列の180番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号10の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号10の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
配列番号10の塩基配列の180番目の塩基Aは、前記(10)のSNPマーカーに相当する。配列番号10の塩基配列の180番目の塩基がAの場合、ホウレンソウ属植物は低シュウ酸含量であり、A以外でありかつ他の低シュウ酸遺伝子座を有しない場合、ホウレンソウ属植物は高シュウ酸含量である。
(11−2)配列番号11の塩基配列の51番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号11の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号11の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
配列番号11の塩基配列の51番目の塩基Gは、前記(11)のSNPマーカーに相当する。配列番号11の塩基配列の51番目の塩基がGの場合、ホウレンソウ属植物は低シュウ酸含量であり、G以外でありかつ他の低シュウ酸遺伝子座を有しない場合、ホウレンソウ属植物は高シュウ酸含量である。
(12−2)配列番号12の塩基配列の51番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号12の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号12の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
配列番号12の塩基配列の51番目の塩基Cは、前記(12)のSNPマーカーに相当する。配列番号12の塩基配列の51番目の塩基がCの場合、ホウレンソウ属植物は低シュウ酸含量であり、C以外でありかつ他の低シュウ酸遺伝子座を有しない場合、ホウレンソウ属植物は高シュウ酸含量である。
(13−2)配列番号13の塩基配列の9番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号13の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号13の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
配列番号13の塩基配列の9番目の塩基Cは、前記(13)のSNPマーカーに相当する。配列番号13の塩基配列の9番目の塩基がCの場合、ホウレンソウ属植物は低シュウ酸含量であり、C以外でありかつ他の低シュウ酸遺伝子座を有しない場合、ホウレンソウ属植物は高シュウ酸含量である。
(14−2)配列番号14の塩基配列の51番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号14の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号14の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
配列番号14の塩基配列の51番目の塩基Tは、前記(14)のSNPマーカーに相当する。配列番号14の塩基配列の51番目の塩基がTの場合、ホウレンソウ属植物は低シュウ酸含量であり、T以外でありかつ他の低シュウ酸遺伝子座を有しない場合、ホウレンソウ属植物は高シュウ酸含量である。
(15−2)配列番号15の塩基配列の5番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号15の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号15の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
配列番号15の塩基配列の5番目の塩基Gは、前記(15)のSNPマーカーに相当する。配列番号15の塩基配列の5番目の塩基がGの場合、ホウレンソウ属植物は低シュウ酸含量であり、G以外でありかつ他の低シュウ酸遺伝子座を有しない場合、ホウレンソウ属植物は高シュウ酸含量である。
(16−2)配列番号16の塩基配列の154番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号16の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号16の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
配列番号16の塩基配列の154番目の塩基Cは、前記(16)のSNPマーカーに相当する。配列番号16の塩基配列の154番目の塩基がCの場合、ホウレンソウ属植物は低シュウ酸含量であり、C以外でありかつ他の低シュウ酸遺伝子座を有しない場合、ホウレンソウ属植物は高シュウ酸含量である。
(17−2)配列番号17の塩基配列の12番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号17の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号17の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
配列番号17の塩基配列の12番目の塩基Tは、前記(17)のSNPマーカーに相当する。配列番号17の塩基配列の12番目の塩基がTの場合、ホウレンソウ属植物は低シュウ酸含量であり、T以外でありかつ他の低シュウ酸遺伝子座を有しない場合、ホウレンソウ属植物は高シュウ酸含量である。
(18−2)配列番号18の塩基配列の144番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号18の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号18の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
配列番号18の塩基配列の144番目の塩基Tは、前記(18)のSNPマーカーに相当する。配列番号18の塩基配列の144番目の塩基がTの場合、ホウレンソウ属植物は低シュウ酸含量であり、T以外でありかつ他の低シュウ酸遺伝子座を有しない場合、ホウレンソウ属植物は高シュウ酸含量である。
(19−2)配列番号19の塩基配列の91番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号19の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号19の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
配列番号19の塩基配列の91番目の塩基Tは、前記(19)のSNPマーカーに相当する。配列番号19の塩基配列の91番目の塩基がTの場合、ホウレンソウ属植物は低シュウ酸含量であり、T以外でありかつ他の低シュウ酸遺伝子座を有しない場合、ホウレンソウ属植物は高シュウ酸含量である。
(20−2)配列番号20の塩基配列の51番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号20の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号20の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
配列番号20の塩基配列の51番目の塩基Aは、前記(20)のSNPマーカーに相当する。配列番号20の塩基配列の51番目の塩基がAの場合、ホウレンソウ属植物は低シュウ酸含量であり、A以外でありかつ他の低シュウ酸遺伝子座を有しない場合、ホウレンソウ属植物は高シュウ酸含量である。
(21−2)配列番号21の塩基配列の51番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号21の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号21の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
配列番号21の塩基配列の51番目の塩基Aは、前記(21)のSNPマーカーに相当する。配列番号21の塩基配列の51番目の塩基がAの場合、ホウレンソウ属植物は低シュウ酸含量であり、A以外でありかつ他の低シュウ酸遺伝子座を有しない場合、ホウレンソウ属植物は高シュウ酸含量である。
(22−2)配列番号22の塩基配列の236番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号22の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号22の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
配列番号22の塩基配列の236番目の塩基Aは、前記(22)のSNPマーカーに相当する。配列番号22の塩基配列の236番目の塩基がAの場合、ホウレンソウ属植物は低シュウ酸含量であり、A以外でありかつ他の低シュウ酸遺伝子座を有しない場合、ホウレンソウ属植物は高シュウ酸含量である。
本発明によれば、第2に、低シュウ酸含量のホウレンソウ属植物の製造方法が提供される。製造方法は、交雑工程を少なくとも含み、さらに、選抜工程を更に含んでもよい。各工程について以下説明する。
交雑工程は、低シュウ酸含量のホウレンソウ属植物と、他のホウレンソウ属植物とを交雑する工程である。低シュウ酸含量のホウレンソウ属植物は、前段で説明したとおりである。他のホウレンソウ属植物は、前述の低シュウ酸含量のホウレンソウ属植物であってもよく、そうでなくてもよく、特に限定されない。植物交雑の方法は、常法に従って行えばよい。
選抜工程は、交雑工程において得られたホウレンソウ属植物またはその後代系統から、第4染色体領域に存在する少なくとも1つの低シュウ酸遺伝子座を有する植物を選抜する工程である。低シュウ酸遺伝子座については、前段で説明したとおりである。
本発明によれば、第3に、低シュウ酸含量のホウレンソウ属植物のスクリーニング方法が提供される。スクリーニング方法では、第4染色体領域に存在する少なくとも1つの低シュウ酸遺伝子座を有するホウレンソウ属植物を選抜する。選抜の条件については、製造方法の選抜工程において説明したのと同様である。
本発明によれば、第4に、低シュウ酸含量のホウレンソウ属植物選抜用キットが提供される。斯かるキットは、第4染色体に存在する少なくとも1つの低シュウ酸マーカーを含む塩基部分に特異的に結合するプライマー又はプローブを少なくとも含む。プライマー、プローブは、製造方法の選抜工程において説明したのと同様である。キットは、プライマー及びプローブ以外の構成要素、例えば、増幅反応で用いられる酵素(例えば、DNAポリメラーゼ、制限酵素、リボヌクレアーゼH、ライゲース、ヘリカーゼ、リコンビナーゼ)、蛍光試薬、基質(dNTPsなど)、補酵素(例えば、ATP)をさらに含んでいてもよい。また、選抜基準としての、ポジティブコントロール(例えば、GAPDH、β−アクチン、β2−マイクログロブリン、HPRT1等のハウスキーピング遺伝子)及び/又はネガティブコントロール、コントロールに対する2以上のプライマーをさらに含んでいてもよい。キットは、個々の容器(例えば、チューブ)に隔離された形態で各成分を含んでいてもよいが、2種以上の成分が同一容器中で予め混合されていてもよい。
低シュウ酸ホウレンソウ植物を開発するため、(株)トーホク清原育種農場(栃木県宇都宮市)で継代育種により採取された大量のホウレンソウ系統の種子について育種を行い、シュウ酸含量を測定した。その結果、シュウ酸含量が著しく低い新規の低シュウ酸系統(FERM BP−22384)を得た。
調査は、9月に播種し約40日栽培、草丈20〜30cmほどに生育した時点で一斉に行った。各試験区の5個体から最大葉の先端を採取し、HPLC法によりシュウ酸含量の分析・定量を行った。
USDA:United State Department of Agriculture
寄託系統と既存のホウレンソウ品種を市販の培養土で栽培し、シュウ酸含量を測定した(表2)。
寄託系統、突然変異系統(非特許文献10)及び対照品種としての既存のホウレンソウ品種(表3)を(株)トーホク清原育種農場(栃木県宇都宮市)で2017年4月15日に播種し、露地栽培した。栽培密度は株間5cm、条間18cm、4条とした。
寄託系統と通常のシュウ酸含量を示すホウレンソウ系統(トーホク育成系統D)を交配し、F1集団を作出した。F1集団の個体を確認したところ、すべてシュウ酸含量は通常の高い値(1718〜2015mg/100gFW、平均1903mg/100gFW)を示した。続いて、F1個体を自殖してF2後代を作出した。F2個体218株について最大葉の先端をサンプリングしHPLC法によりシュウ酸含量を測定した。
以下の(I)〜(II)の処理を行い、低シュウ酸特異的SNPマーカーの特定を行った。
実施例4のF2集団のシュウ酸含量分離比より、低シュウ酸系統は劣性1因子で決定されることが明らかとなっている。座乗領域を推定するため、実施例4で作出したF2集団を供試し、QTLseqを実施した。次世代シークエンサーより取得した配列データをホウレンソウのゲノム配列(NCBIより入手、LZYP01000001−LZYP01078262、78262本のScaffolds)にマッピングし、SNPs候補を得た。得られたSNPsをマーカー化し、更に強連鎖領域を絞り込んだところScaffold番号LZYP01000033とLZYP01001417が抽出された。これら2本のScaffoldsの配列を「SpinachBase」http://spinachbase.orgでBLAST検索したところ、第4染色体末端に隣接して座乗していることが示唆された。
前記QTLseqで得られたSNPsから更に低シュウ酸系統特異的なSNPsを選択するため、GBS(Genotyping by Sequencing)を実施した。既存のホウレンソウ品種4品種(トーホク育成系統D(n=6)、サプライズ7、日本、次郎丸(以上3品種各n=10))および低シュウ酸系統1品種(寄託系統(n=10))間で多型となる、Scaffold番号LZYP01000033とLZYP01001417内のSNPsを選択した。(表4〜6)
A:低シュウ酸ホモ
B:高シュウ酸ホモ
PCR−RFLP(CAPS(cleaved amplified polymorphic sequence)ともいう)マーカー化可能なSNPsを選択し、マーカー化した。PCR−RFLPプロトコルは以下のとおりである。
・反応液(20μL反応系)
2×Ampdirect(登録商標)Plus 10μL
BIOTAQTM HS DNA Polymerase 0.1μL
Primer1 0.1μL
Primer2 0.1μL
DNA sample 1.0μL
Distilled Water 8.7μL
(95℃,10min)‐(95℃,30sec)‐(61℃,30sec)、を35cycles行った後、(72℃,1min)、(72℃,5min)
各SNPマーカーに適した制限酵素を選択し、制限酵素処理を行った。例えば、LZYP01000033.1の241754番目の塩基でのSNPの場合、Mbo I(Takara)を選択し、制限酵素処理を行った結果、遺伝子型が低シュウ酸型の場合多型部位で切断され、低シュウ酸型以外の場合には切断されなかった。
Mbo I 0.6μL
10×K Buffer 2.0μL
PCR産物 5.0μL
Distilled Water 12.4μL
37℃,overnight
A:低シュウ酸ホモ
B:高シュウ酸ホモ
H:ヘテロ
実施例6で作成したPCR−RFLPマーカーの特異性を確認した(各品種n=5)。(表8)
A:低シュウ酸ホモ
B:高シュウ酸ホモ
表8より、作成したPCR−RFLPマーカーは低シュウ酸含量ホウレンソウ属植物を判別する特異性の高いマーカーであることが明らかとなった。
(配列番号1)SL01
5’−CACGAAATAAGTCAAACTTATTTATTTTTCTTTTTAGTAGAAATTATCTTTTCTAA[T]TAACTAATAATGTATATAAAAATTATCCATAAAAAATTACGGAG−3’
(配列番号2)SL208545
5’−AAGTTTTGATTGTTCGACATATTTTTTAAAGCGTAAAGAATTTAATGAAA[T]AGATGTATTATGTGTTAGATATCGAAGTTGTATATGACCAAGAAGAAAAT−3’
(配列番号3)SL220275
5’−GTTAAGGACCTCTTGCTCCTTAATCAAGGTCCCGGGTTCGAGCCTTGGAAATGAAAAAAATCTCAACTGGGAGGATGCTGCCCATCGAAATACCCATGCAAACTCCCGCGGAAGATTAGTCCACTCGCCGAAGG[G]CGTGGGAACTCCTCGTAGTAGAACAAAAAAAAACAATTTGAAGAAATACTGACTATAAAAATTTGCTGCTATTAATAAAATGTCCAATAAGTCGGTAACTATCCTTCTTACTCCCTCCTTAAATTTGGATTGGG−3’
(配列番号4)SL241754
5’−GTCTCCCTTGAAGAGAACATAGCCAACCTCGACGAGGCCGCGACCGAGGG[A]TCCAATAGGAGGAGTGGGTTGGTTGTTGTCTCAGCTAACTTCTGTTTTTG−3’
(配列番号5)SL293265
5’−TGCTTATTGCAGACCGTCAATGATGTGCTTTTGGGGGTCATATCGCATGG[T]CTATCCAAGTACGTAGGTGCCAAATCACACAAGGGTAATCAATTCAACAA−3’
(配列番号6)SL293658
5’−AGGAAGATCAAATATGAAAGACATTTATAGAAACAG[A]AAGATAAAAAAGGAATGGAGGGAGTAATTACTGCATAGCTGGTTGTTACGGAGTAGTTTTCTTTTTATGCGTCAATGCCCTAATAATTGTCCTTTCTTTTTCCTTTTCTAGCTCTGCAGCAAAGCCCTCAAGTCACTGCTATTCTGGTTGTCAATCTACGCGGAGTCTCTTGCTTACAGGTTGGTTGCTTATCGTTAGGTGAACACAAATTCACCGAAAAGGCTACATATACCCCATGGGTAT−3’
(配列番号7)SL293902
5’−AAGATAAAAAAGGAATGGAGGGAGTAATTACTGCATAGCTGGTTGTTACGGAGTAGTTTTCTTTTTATGCGTCAATGCCCTAATAATTGTCCTTTCTTTTTCCTTTTCTAGCTCTGCAGCAAAGCCCTCAAGTCACTGCTATTCTGGTTGTCAATCTACGCGGAGTCTCTTGCTTACAGGTTGGTTGCTTATCGTTAGGTGAACACAAATTCACCGAAAAGGCTACATATACCCCATGGGTAT[A]GAATAGTGTCATACCCTGGGCTGTGATTGGTTTAGATTTATAAATTCCATGTGGGGTTG−3’
(配列番号8)SL294081
5’−TACTCATTGAGTATATGTATCAGCTTCCCAAATTC[G]CTGCTATTATGGTTGTCAATATTCCATATTTTCATAGTATAAAACAAGTGTGGTATTGTAACAGG−3’
(配列番号9)SL430237
5’−TGAAAGTGAACCCTCCGAAATGGCATCATATTCCACCATTGAAGGAGCTTGAGTGTTCTTCGAGGATGCGCGAGTAATAG[A]CTTAGTAAGAGCATCCTTATTCTTATTCGGTTGTTTTCCAGAAGATTT−3’
(配列番号10) SL747231
5’−CCGTCCCTTAATACTCGACCCGTTTTGACTTTTTGCACTATTCACATAATTCACTTTGACCCTATTTTATTTATAGTGTATGAAAACGAATGTTAGTATATAATATATTGTTGGCTTCATCTTAATATATATTTTCAAAATATTAATATTTTTATAAGTTTTTATAATATGTACTTAAA[A]AAATTAGTGATCAAAGTTATGCATTAACAAACGTGTCCGATCAAAACAGATCAAGTATTAAGGGACAGAGGGAGTACTACACGTCTACTCCAAAGTCTCAACTAGAAGCAAAAATGGCCAACCTTAGTAGTGAAATCACGTGGAT−3’
(配列番号11)SL759008
5’−TCCTATTTTCAAAATCACACATGAAAAATGATGATGAGAAAAATCTCACT[G]CACTTAGTGTTTGAGGACGCTAAGACCTCATATTACCTTATTTTAAATTA−3’
(配列番号12)SL812367
5’−TTTTCAGGAAATTGTCGATTGGAAAATTAATTTACGTCCCATTTACTCTG[C]CAGTATCA−3’
(配列番号13)SL812384
5’−TGAACTAA[C]ATTTTATACATCTACGTGATCTACCATTATGTGTATGAATGTGGACCTAGGGAAGAACCTATCGGTTTTCAGTATGGCT−3’
(配列番号14)SL812514
5’−TATGTTTGTGATGTCATTTGAAGTGTACAAGGTCATATTTGCTTCTTTTT[T]AATATGTGGCACTGCACTAGATTCAATTTGTTATGAAACGAAATTGGTCG−3’
(配列番号15)SL812601
5’−GTTT[G]GCATTTTGATTGCCAAATTGCATTTGATCAAGTGGTATACTGGTATCTGATGTTTACCCCCGCATTGGCTATCTGATTTTATTAGTTCCCTAATGC−3’
(配列番号16)SL1252234
5’−GAAAAATAAGATTCCAAAATTATTTTTGAATTAAAAAAGTAGGGTGCCACATAGATAAATAATTAGGTGTCAGATAGATATTTTATTAATTAATTACTAATATTATGCATATACAACTTCATCAAAAAACAAGCACTCTAATAATTAATAATT[C]AATCTAAAATAAAATTCAATCCAAAATCAAAAATCAATCTAATATAATATATAAAATATAGCAGTTGGTATATCTAGAAGTTTTATTTTAACTTAACAATTTAATTAAATACGTGTATTGCACGGGCTAAAATCTAGTACATTATA−3’
(配列番号17)SL02
5’−AAATTGACTTT[T]AAAATCAAAGAAATGAAAACTGAATATAATACAAAACAAGTTGTAAGTGGATGTCTACTAACTTAGTTGGTAAGGTATTCAGGGATATT−3’
(配列番号18)SL2167344
5’−CCGTCCAACCCTCCGCCGGCGTCGCGTTTGAGAGAGGTAAGTTTTTCAAAAAAAAAAATTAATTTCATTGTTGTGCCGCCCAGAAATGGCGGGTGAAGCCATGGTTGTGCCGCCTTGGATAAGCGGTGGCGGCCATGGTTCTG[T]CGCAGATCTTGGGTGGGTGGACCATGGCTGCCGCCGCTTATCTAGGGCGGCACAACCATGGCTTTACACGCCATTTTTGGGCGTCAGTCAGCCA−3’
(配列番号19)SL78812
5’−TCAATCTTCACCATCTTCTCCTATTTTCCTTTAAGTTACCACACAAAGGAAAACTAGTTTATAATTGTGTTTTCCCTTAAAAACTGTTTT[T]CATGAAAAAT−3’
(配列番号20)SL03
5’−AGTTAGCCGCCAAGTCGATGACCTTGTCATAATATTTGTACTGGATATTA[A]GTTTCTCAGATCTGGAGCAGTAACTAACATGGCATCCAAATGCTTCCACT−3’
(配列番号21)SL97243
5’−AGTCGAGCTTTGACCGACTTGTGTCGAACCGGACATCGAATAATTCGCGA[A]CAGACTCGACTCCTTAACAACCCTTAAGTACTGATATACTCTTTGTTGGT−3’
(配列番号22)SL323336
5’−ATCAACGTTAATTATCATTAGTAAAATTATTAAACTAGTTAACCAAGGCAACTAACAAGATGCAAAATGTACAATTGAGAAGGAGAATTCAAACATGCAACCTATCTTACATAGATTTTAGTCTTATTTCCTCCATATTTTAAAAAATACGCTTTAATTAACACGTAATTTTAAAAAAATGAGTTAAATTTATTAAAATAATATAAAAATTGGGTAAAGGGTGAATTATTTATTA[A]−3’
Claims (16)
- ホウレンソウ(受託番号:FERM BP−22384)、または、
第4染色体領域に低シュウ酸遺伝子座を有する前記ホウレンソウ(受託番号:FERM BP−22384)の後代であって、
前記低シュウ酸遺伝子座が、下記(1)及び(20)のSNPマーカーのホモ接合、又は下記(1)、(17)及び(20)のSNPマーカーのホモ接合を少なくとも含む、
低シュウ酸含量のホウレンソウ。
(1)SL01:Scaffold番号LZYP01000033.1の28543番目の塩基AがTである多型、及び
(17)SL02:Scaffold番号LZYP01000033.1の1847918番目のCがTである多型
(20)SL03:Scaffold番号LZYP01001417.1の90490番目の塩基GがAである多型 - 前記(1)の多型を含む低シュウ酸遺伝子座が、下記(1−1)又は(1−2)から選択される少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定される、請求項1に記載の低シュウ酸含量のホウレンソウ。
(1−1)配列番号1の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(1−2)配列番号1の塩基配列の57番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号1の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号1の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド - 前記(20)の多型を含む低シュウ酸遺伝子座が、下記(20−1)又は(20−2)から選択される少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定される、請求項1又は2に記載の低シュウ酸含量のホウレンソウ。
(20−1)配列番号20の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(20−2)配列番号20の塩基配列の51番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号20の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号20の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド - 前記(17)の多型を含む低シュウ酸遺伝子座が、下記(17−1)又は(17−2)から選択される少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定される、請求項1〜3のいずれか1項に記載の低シュウ酸含量のホウレンソウ。
(17−1)配列番号17の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(17−2)配列番号17の塩基配列の12番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号17の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号17の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド - 前記低シュウ酸遺伝子座が、下記(2)〜(16)、(18)〜(19)及び(21)〜(22)からなる群から選択される少なくとも1つのSNPマーカーをさらに含む、請求項1〜4のいずれか1項に記載の低シュウ酸含量のホウレンソウ。
(2)SL208545:Scaffold番号LZYP01000033.1の208545番目の塩基CがTである多型
(3)SL220275:Scaffold番号LZYP01000033.1の220275番目の塩基CがGである多型
(4)SL241754:Scaffold番号LZYP01000033.1の241754番目の塩基CがAである多型
(5)SL293265:Scaffold番号LZYP01000033.1の293265番目の塩基AがTである多型
(6)SL293658:Scaffold番号LZYP01000033.1の293658番目の塩基GがAである多型
(7)SL293902:Scaffold番号LZYP01000033.1の293902番目の塩基GがAである多型
(8)SL294081:Scaffold番号LZYP01000033.1の294081番目の塩基AがGである多型
(9)SL430237:Scaffold番号LZYP01000033.1の430237番目の塩基GがAである多型
(10)SL747231:Scaffold番号LZYP01000033.1の747231番目の塩基GがAである多型
(11)SL759008:Scaffold番号LZYP01000033.1の759008番目の塩基TがGである多型
(12)SL812367:Scaffold番号LZYP01000033.1の812367番目の塩基GがCである多型
(13)SL812384:Scaffold番号LZYP01000033.1の812384番目の塩基TがCである多型
(14)SL812514:Scaffold番号LZYP01000033.1の812514番目の塩基CがTである多型
(15)SL812601:Scaffold番号LZYP01000033.1の812601番目の塩基AがGである多型
(16)SL1252234:Scaffold番号LZYP01000033.1の1252234番目の塩基AがCである多型
(18)SL2167344:Scaffold番号LZYP01000033.1の2167344番目の塩基CがTである多型
(19)SL78812:Scaffold番号LZYP01001417.1の78812番目の塩基CがTである多型
(21)SL97243:Scaffold番号LZYP01001417.1の97243番目の塩基GがAである多型
(22)SL323336:Scaffold番号LZYP01001417.1の323336番目の塩基TがAである多型 - 前記低シュウ酸遺伝子座が、下記(2−1)〜(16−2)、(18−1)〜(19−2)及び(21−1)〜(22−2)からなる群から選択される少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定される多型をさらに含む、請求項1〜5のいずれか1項に記載の低シュウ酸含量のホウレンソウ。
(2−1)配列番号2の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(2−2)配列番号2の塩基配列の51番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号2の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号2の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(3−1)配列番号3の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(3−2)配列番号3の塩基配列の135番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号3の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号3の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(4−1)配列番号4の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(4−2)配列番号4の塩基配列の51番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号4の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号4の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(5−1)配列番号5の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(5−2)配列番号5の塩基配列の51番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号5の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号5の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(6−1)配列番号6の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(6−2)配列番号6の塩基配列の37番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号6の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号6の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(7−1)配列番号7の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(7−2)配列番号7の塩基配列の244番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号7の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号7の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(8−1)配列番号8の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(8−2)配列番号8の塩基配列の36番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号8の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号8の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(9−1)配列番号9の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(9−2)配列番号9の塩基配列の81番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号9の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号9の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(10−1)配列番号10の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(10−2)配列番号10の塩基配列の180番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号10の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号10の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(11−1)配列番号11の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(11−2)配列番号11の塩基配列の51番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号11の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号11の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(12−1)配列番号12の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(12−2)配列番号12の塩基配列の51番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号12の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号12の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(13−1)配列番号13の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(13−2)配列番号13の塩基配列の9番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号13の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号13の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(14−1)配列番号14の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(14−2)配列番号14の塩基配列の51番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号14の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号14の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(15−1)配列番号15の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(15−2)配列番号15の塩基配列の5番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号15の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号15の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(16−1)配列番号16の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(16−2)配列番号16の塩基配列の154番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号16の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号16の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(18−1)配列番号18の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(18−2)配列番号18の塩基配列の144番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号18の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号18の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(19−1)配列番号19の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(19−2)配列番号19の塩基配列の91番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号19の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号19の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(21−1)配列番号21の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(21−2)配列番号21の塩基配列の51番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号21の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号21の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(22−1)配列番号22の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(22−2)配列番号22の塩基配列の236番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号22の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号22の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド - 植物体またはその一部である、請求項1〜6のいずれか1項に記載の低シュウ酸含量のホウレンソウ。
- 種子である、請求項1〜7のいずれか1項に記載の低シュウ酸含量のホウレンソウ。
- 植物細胞、組織及び器官から選ばれる少なくとも1つである、請求項1〜8のいずれか1項に記載の低シュウ酸含量のホウレンソウ。
- 葉身の先端のシュウ酸含量が600mg/100gFW以下であること、及び
可食部のシュウ酸含量が400mg/100gFW以下であること、
の少なくともいずれかを満たす、請求項1〜7のいずれか1項に記載の低シュウ酸含量のホウレンソウ。 - 請求項1〜10のいずれか1項に記載の低シュウ酸含量のホウレンソウと、他のホウレンソウとを交雑する交雑工程、および、
交雑工程において得られたホウレンソウまたはその後代系統から、第4染色体領域に存在する少なくとも1つの低シュウ酸遺伝子座を有する植物を選抜する選抜工程を少なくとも含み、
前記低シュウ酸遺伝子座が、下記(1)及び(20)のSNPマーカーのホモ接合、又は下記(1)、(17)及び(20)のSNPマーカーのホモ接合を少なくとも含む、
低シュウ酸含量のホウレンソウの製造方法。
(1)SL01:Scaffold番号LZYP01000033.1の28543番目の塩基AがTである多型、及び
(17)SL02:Scaffold番号LZYP01000033.1の1847918番目のCがTである多型
(20)SL03:Scaffold番号LZYP01001417.1の90490番目の塩基GがAである多型 - 前記(1)の多型を含む低シュウ酸遺伝子座が、下記(1−1)又は(1−2)から選択される少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定される、請求項11に記載の製造方法。
(1−1)配列番号1の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(1−2)配列番号1の塩基配列の57番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号1の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号1の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド - 前記(20)の多型を含む低シュウ酸遺伝子座が、下記(20−1)又は(20−2)から選択される少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定される、請求項11又は12に記載の製造方法。
(20−1)配列番号20の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(20−2)配列番号20の塩基配列の51番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号20の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号20の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド - 前記(17)の多型を含む低シュウ酸遺伝子座が、下記(17−1)又は(17−2)から選択される少なくとも1つのポリヌクレオチドで特定される、請求項11〜13のいずれか1項に記載の製造方法。
(17−1)配列番号17の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(17−2)配列番号17の塩基配列の12番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号17の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号17の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド - 前記低シュウ酸遺伝子座が、下記(2)〜(16)、(18)〜(19)及び(21)〜(22)からなる群から選択される少なくとも1つのSNPマーカーをさらに含む、請求項11〜14のいずれか1項に記載の製造方法。
(2)SL208545:Scaffold番号LZYP01000033.1の208545番目の塩基CがTである多型
(3)SL220275:Scaffold番号LZYP01000033.1の220275番目の塩基CがGである多型
(4)SL241754:Scaffold番号LZYP01000033.1の241754番目の塩基CがAである多型
(5)SL293265:Scaffold番号LZYP01000033.1の293265番目の塩基AがTである多型
(6)SL293658:Scaffold番号LZYP01000033.1の293658番目の塩基GがAである多型
(7)SL293902:Scaffold番号LZYP01000033.1の293902番目の塩基GがAである多型
(8)SL294081:Scaffold番号LZYP01000033.1の294081番目の塩基AがGである多型
(9)SL430237:Scaffold番号LZYP01000033.1の430237番目の塩基GがAである多型
(10)SL747231:Scaffold番号LZYP01000033.1の747231番目の塩基GがAである多型
(11)SL759008:Scaffold番号LZYP01000033.1の759008番目の塩基TがGである多型
(12)SL812367:Scaffold番号LZYP01000033.1の812367番目の塩基GがCである多型
(13)SL812384:Scaffold番号LZYP01000033.1の812384番目の塩基TがCである多型
(14)SL812514:Scaffold番号LZYP01000033.1の812514番目の塩基CがTである多型
(15)SL812601:Scaffold番号LZYP01000033.1の812601番目の塩基AがGである多型
(16)SL1252234:Scaffold番号LZYP01000033.1の1252234番目の塩基AがCである多型
(18)SL2167344:Scaffold番号LZYP01000033.1の2167344番目の塩基CがTである多型
(19)SL78812:Scaffold番号LZYP01001417.1の78812番目の塩基CがTである多型
(21)SL97243:Scaffold番号LZYP01001417.1の97243番目の塩基GがAである多型
(22)SL323336:Scaffold番号LZYP01001417.1の323336番目の塩基TがAである多型 - 前記低シュウ酸遺伝子座が、下記(2−1)〜(16−2)、(18−1)〜(19−2)及び(21−1)〜(22−2)からなる群から選択される少なくとも1つで特定される多型をさらに含む、請求項11〜15のいずれか1項に記載の製造方法。
(2−1)配列番号2の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(2−2)配列番号2の塩基配列の51番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号2の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号2の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(3−1)配列番号3の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(3−2)配列番号3の塩基配列の135番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号3の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号3の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(4−1)配列番号4の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(4−2)配列番号4の塩基配列の51番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号4の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号4の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(5−1)配列番号5の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(5−2)配列番号5の塩基配列の51番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号5の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号5の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(6−1)配列番号6の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(6−2)配列番号6の塩基配列の37番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号6の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号6の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(7−1)配列番号7の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(7−2)配列番号7の塩基配列の244番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号7の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号7の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(8−1)配列番号8の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(8−2)配列番号8の塩基配列の36番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号8の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号8の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(9−1)配列番号9の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(9−2)配列番号9の塩基配列の81番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号9の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号9の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(10−1)配列番号10の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(10−2)配列番号10の塩基配列の180番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号10の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号10の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(11−1)配列番号11の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(11−2)配列番号11の塩基配列の51番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号11の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号11の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(12−1)配列番号12の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(12−2)配列番号12の塩基配列の51番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号12の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号12の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(13−1)配列番号13の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(13−2)配列番号13の塩基配列の9番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号13の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号13の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(14−1)配列番号14の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(14−2)配列番号14の塩基配列の51番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号14の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号14の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(15−1)配列番号15の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(15−2)配列番号15の塩基配列の5番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号15の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号15の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(16−1)配列番号16の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(16−2)配列番号16の塩基配列の154番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号16の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号16の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(18−1)配列番号18の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(18−2)配列番号18の塩基配列の144番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号18の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号18の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(19−1)配列番号19の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(19−2)配列番号19の塩基配列の91番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号19の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号19の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(21−1)配列番号21の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(21−2)配列番号21の塩基配列の51番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号21の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号21の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
(22−1)配列番号22の塩基配列を有するポリヌクレオチド
(22−2)配列番号22の塩基配列の236番目の塩基以外の少なくとも1つの塩基が変異しているが、配列番号22の塩基配列と95%以上の同一性を有し、かつ配列番号22の塩基配列を有するポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
PCT/JP2020/014904 WO2021199326A1 (ja) | 2020-03-31 | 2020-03-31 | 低シュウ酸含量のホウレンソウ属植物 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JPWO2021199326A1 JPWO2021199326A1 (ja) | 2021-10-07 |
JP6978608B1 true JP6978608B1 (ja) | 2021-12-08 |
Family
ID=77928263
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2020545376A Active JP6978608B1 (ja) | 2020-03-31 | 2020-03-31 | 低シュウ酸含量のホウレンソウ属植物 |
Country Status (4)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US20230073688A1 (ja) |
JP (1) | JP6978608B1 (ja) |
AU (1) | AU2020439553B2 (ja) |
WO (1) | WO2021199326A1 (ja) |
Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2014150763A (ja) * | 2013-02-08 | 2014-08-25 | Japan Atomic Energy Agency | シュウ酸濃度が低減された植物体の製造法 |
-
2020
- 2020-03-31 AU AU2020439553A patent/AU2020439553B2/en active Active
- 2020-03-31 US US17/760,270 patent/US20230073688A1/en active Pending
- 2020-03-31 WO PCT/JP2020/014904 patent/WO2021199326A1/ja active Application Filing
- 2020-03-31 JP JP2020545376A patent/JP6978608B1/ja active Active
Patent Citations (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2014150763A (ja) * | 2013-02-08 | 2014-08-25 | Japan Atomic Energy Agency | シュウ酸濃度が低減された植物体の製造法 |
Non-Patent Citations (3)
Title |
---|
EUPHYTICA, vol. 212, JPN6020021099, 2016, pages 17 - 28, ISSN: 0004505839 * |
MOLECULES, vol. Vol. 23, 1286, JPN7020001656, 2018, ISSN: 0004426487 * |
NAT. COMMUN., vol. 8:15275, JPN6020021102, 2017, ISSN: 0004426488 * |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
WO2021199326A1 (ja) | 2021-10-07 |
JPWO2021199326A1 (ja) | 2021-10-07 |
AU2020439553A1 (en) | 2022-09-01 |
AU2020439553B2 (en) | 2022-12-08 |
US20230073688A1 (en) | 2023-03-09 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
AU2020223625B2 (en) | Methods and compositions for peronospora resistance in spinach | |
JP7279004B2 (ja) | ホウレンソウにおけるペロノスポラ耐性のための組成物及び方法 | |
Salam et al. | Marker assisted foreground selection for identification of aromatic rice genotype to develop a modern aromatic line | |
CN114134247B (zh) | 与谷子株高性状紧密连锁的分子标记及其引物序列和应用 | |
CN110578015A (zh) | 甘蓝型油菜高矮性状紧密连锁的snp标记及其应用 | |
AU2017321184A1 (en) | Melon plants with improved traits | |
CN109609687B (zh) | 用于检测西瓜枯萎病抗性的kasp标记引物组合及其应用 | |
JP6978608B1 (ja) | 低シュウ酸含量のホウレンソウ属植物 | |
US20160135415A1 (en) | Sorghum hybrids with delayed flowering times | |
EP2740350B1 (en) | Methods and compositions for watermelon sex expression | |
CN109593879A (zh) | 稻米中等直链淀粉含量基因Wxg1的SNP功能分子标记及其应用 | |
JPWO2004066719A1 (ja) | 改良植物品種の迅速な育種方法 | |
US11319554B2 (en) | Cucumber mosaic virus resistant pepper plants | |
WO2023176983A1 (ja) | コムギ植物における子実タンパク質含有率の程度及び穂数の程度の少なくとも一方に関する分子マーカー、及びその利用 | |
EP4338585A1 (en) | Spinach plant having novel downy mildew-resistant gene | |
RU2740404C1 (ru) | ДНК-маркер для селекции сортов ярового ячменя, устойчивых к темно-бурой пятнистости | |
US20240065219A1 (en) | Novel loci in grapes | |
KR102526682B1 (ko) | 고추 착과 방향성 예측용 분자마커 및 이의 용도 | |
CN111057785B (zh) | 一种与甜瓜蔓枯病抗性相关的分子标记及其应用 | |
WO2023157671A1 (ja) | チップバーン抵抗性レタス植物、チップバーン抵抗性レタス植物の製造方法、及びレタス植物へのチップバーン抵抗性の付与方法 | |
EP4428235A1 (en) | Spinach plant having novel downy mildew resistance gene | |
JP2024066514A (ja) | ナス科植物における果実中の糖含量の程度に関する分子マーカー及びその利用 | |
JP2024019017A (ja) | タマネギ種植物における球重の程度を判定する方法、大玉性のタマネギ種植物を製造する製造方法、タマネギ種植物における球重に関する分子マーカー、及び大玉性のタマネギ種植物を判定するための判定キット | |
CN118127206A (zh) | 小麦籽粒粒重相关基因TaRBL14a分子标记及应用 | |
CN117778409A (zh) | 一株水稻OsNramp5突变体M41、基因型及其应用 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20200828 |
|
A871 | Explanation of circumstances concerning accelerated examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A871 Effective date: 20200828 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821 Effective date: 20200831 |
|
A975 | Report on accelerated examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A971005 Effective date: 20200925 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20201006 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20201118 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20210119 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20210317 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20210518 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20210802 |
|
C60 | Trial request (containing other claim documents, opposition documents) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: C60 Effective date: 20210802 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A821 Effective date: 20210802 |
|
A911 | Transfer to examiner for re-examination before appeal (zenchi) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A911 Effective date: 20210906 |
|
C21 | Notice of transfer of a case for reconsideration by examiners before appeal proceedings |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: C21 Effective date: 20210907 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20211026 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20211111 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 6978608 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |