JP6964000B2 - 電子移動特性が改変されたグルコースデヒドロゲナーゼ及びグルコース測定法 - Google Patents
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Description
[1] 少なくとも1つのアミノ酸置換を有し、酵素から電極へ直接電子移動が可能な、シトクロムドメインを有しないグルコースデヒドロゲナーゼ変異体、又は
配列番号1の457位〜477位若しくは461〜477位からなる領域若しくはこれに対応する領域に少なくとも1つのアミノ酸置換を有し、かつ、電子移動特性が改変された、シトクロムドメインを有しないグルコースデヒドロゲナーゼ変異体。
[2] 酵素から電極へ直接電子移動が可能なグルコースデヒドロゲナーゼ変異体が、配列番号1の457位〜477位若しくは461〜477位からなる領域に少なくとも1つのアミノ酸置換を有する、1に記載の変異体。
[3] 配列番号1に示すアミノ酸配列における464位、470位及び472位に対応する位置の1以上にアミノ酸置換を有する、1又は2に記載のグルコースデヒドロゲナーゼ変異体。
[4] 前記のグルコースデヒドロゲナーゼにおいて、当該グルコースデヒドロゲナーゼの全長アミノ酸配列が配列番号1のアミノ酸配列と70%以上のアミノ酸配列同一性を有し、配列番号1の32〜34位、58〜62位、106〜109位、111〜116位、119〜126位、132〜134位、136〜144位、150〜153位、167〜171位、222〜225位、253〜262位、277〜281位、301〜303位、305〜312位、314〜319位、324〜326位、332〜337位、339〜346位、388〜390位、415〜417位、454〜456位、486〜491位、508〜511位、564〜567位、570〜574位、584〜586位、592〜594位、597〜599位、601〜604位、607〜609位、611〜617位、及び625〜630位のアミノ酸配列からなる相同性領域におけるアミノ酸配列と当該グルコースデヒドロゲナーゼの対応する位置の相同性領域におけるアミノ酸配列とが90%以上のアミノ酸配列同一性を有し、かつ酵素から電極への直接電子移動が可能なグルコースデヒドロゲナーゼ活性を有する、1〜3のいずれか1項に記載のグルコースデヒドロゲナーゼ変異体。
[5] 配列番号1に示すアミノ酸配列における464位に対応する位置のアミノ酸が極性アミノ酸又はアラニンに置換されている、
配列番号1に示すアミノ酸配列における470位に対応する位置のアミノ酸が極性アミノ酸又はアラニンに置換されている、及び/又は
配列番号1に示すアミノ酸配列における472位に対応する位置のアミノ酸が極性アミノ酸又はアラニンに置換されている、3または4に記載のグルコースデヒドロゲナーゼ変異体。
[6] 配列番号1に示すアミノ酸配列における464位に対応する位置のアミノ酸がシステイン、アスパラギン酸、ヒスチジン、セリン、アラニン、トレオニンからなる群より選択されるアミノ酸に置換されている、
配列番号1に示すアミノ酸配列における470位に対応する位置のアミノ酸がシステイン、アスパラギン酸、ヒスチジン、セリン、アラニン、トレオニン、アルギニンからなる群より選択されるアミノ酸に置換されている、及び/又は
配列番号1に示すアミノ酸配列における472位に対応する位置のアミノ酸がシステイン、アスパラギン酸、ヒスチジン、セリンからなる群より選択されるアミノ酸に置換されている、3〜5のいずれか1項に記載のグルコースデヒドロゲナーゼ変異体。
[7] 配列番号1に示すアミノ酸配列における464位、470位又は472位に対応する位置の2つまたは3つのアミノ酸がシステインに置換されている、
配列番号1に示すアミノ酸配列における464位、470位又は472位に対応する位置の2つまたは3つのアミノ酸がアスパラギン酸に置換されている、或いは
配列番号1に示すアミノ酸配列における464位、470位又は472位に対応する位置の2つまたは3つのアミノ酸がヒスチジンに置換されている、
5又は6に記載のグルコースデヒドロゲナーゼ変異体。
[8] (i) グルコースデヒドロゲナーゼのアミノ酸配列を、配列番号1記載のアミノ酸配列とアライメントしたときに、配列番号1の457位〜477位若しくは461〜477位からなる領域若しくはこれに対応する領域中に少なくとも1、2又は3つの極性アミノ酸若しくはアラニン置換を有するか又はシステイン、アスパラギン酸、ヒスチジン、セリン、アラニン、トレオニン及びアルギニンからなる群より選択されるアミノ酸置換を有するか、配列番号1の461位〜476位の領域若しくはこれに対応する領域中にCys−Xaa−Xaa−Xaa−Xaa−Xaa−Cys−Xaa−Cysからなるモチーフ配列を有するか、又は配列番号1に示すアミノ酸配列における464位、470位及び472位に対応する位置の少なくとも1、2又は3つに極性アミノ酸若しくはアラニン置換を有するか又はシステイン、アスパラギン酸、ヒスチジン、セリン、アラニン、トレオニン及びアルギニンからなる群より選択されるアミノ酸置換を有し、かつ、酵素から電極への直接電子移動が可能なグルコースデヒドロゲナーゼ活性を有するグルコースデヒドロゲナーゼ、
(ii) 前記(i)のグルコースデヒドロゲナーゼにおいて、前記のアミノ酸置換が導入された位置以外の位置における1又は数個のアミノ酸が置換、欠失又は付加されたアミノ酸配列を有し、かつ酵素から電極への直接電子移動が可能なグルコースデヒドロゲナーゼ活性を有するグルコースデヒドロゲナーゼ、
(iii) 前記(i)のグルコースデヒドロゲナーゼにおいて、当該グルコースデヒドロゲナーゼの全長アミノ酸配列が配列番号1のアミノ酸配列と70%以上のアミノ酸配列同一性を有し、配列番号1の32〜34位、58〜62位、106〜109位、111〜116位、119〜126位、132〜134位、136〜144位、150〜153位、167〜171位、222〜225位、253〜262位、277〜281位、301〜303位、305〜312位、314〜319位、324〜326位、332〜337位、339〜346位、388〜390位、415〜417位、454〜456位、486〜491位、508〜511位、564〜567位、570〜574位、584〜586位、592〜594位、597〜599位、601〜604位、607〜609位、611〜617位、及び625〜630位のアミノ酸配列からなる相同性領域におけるアミノ酸配列と当該グルコースデヒドロゲナーゼの対応する位置の相同性領域におけるアミノ酸配列とが90%以上のアミノ酸配列同一性を有し、かつ酵素から電極への直接電子移動が可能なグルコースデヒドロゲナーゼ活性を有する、
(iv) 配列番号1のアミノ酸配列の464位、470位及び472位に対応する位置のアミノ酸残基がシステインである、
(v) 配列番号1のアミノ酸配列の464位、470位及び472位に対応する位置のアミノ酸残基がアスパラギン酸である、或いは
(vi) 配列番号1のアミノ酸配列の464位、470位及び472位に対応する位置のアミノ酸残基がヒスチジンである、
1〜4のいずれか1項に記載のグルコースデヒドロゲナーゼ。
[9] 前記グルコースデヒドロゲナーゼが、ムコール(Mucor)属、アブシジア(Absidia)属、アクチノムコール(Actinomucor)属、カラクサケカビ(Circinella)属、ムコール・プライニ(Mucor prainii)、ムコール・シルシネロイデス(Mucor circinelloides)、ムコール・ヒエマリス(Mucor hiemalis)、ムコール・サブチリスマス(Mucor subtilissimus)、ムコール・ギリエルモンディ(Mucor guilliermondii)、ムコール・ジャバニカス(Mucor javanicus)、ムコール・ダイモルフォスポラス(Mucor dimorphosporus)、アブシジア・シリンドロスポラ(Absidia cylindrospora)、アブシジア・ヒアロスポラ(Absidia hyalospora)、アクチノムコール・エレガンス(Actinomucor elegans)、シルシネラ・シンプレックス(Circinella simplex)、シルシネラ属種(Circinella sp.)、シルシネラ・アンガレンシス(Circinella angarensis)、シルシネラ・シネンシス(Circinella chinensis)、シルシネラ・ラクリミスポラ(Circinella lacrymispora)、シルシネラ・マイナー(Circinella minor)、シルシネラ・ムコロイデス(Circinella mucoroides)、シルシネラ・リジダ(Circinella rigida)、シルシネラ・アンベラータ(Circinella umbellata)又はシルシネラ・ムスカエ(Circinella muscae)由来である、1〜8のいずれか1項に記載のグルコースデヒドロゲナーゼ。
[11] 以下の特性、
作用:グルコース脱水素酵素活性を示し、メディエーターの不在下で酵素から電極への直接的な電子移動が可能である、
分子量:タンパク質のポリペプチド鎖部分の一次配列に基づく推定分子量が約70kDaであるか又はSDS−ポリアクリルアミド電気泳動で測定したときの分子量が約80kDaである、
基質特異性:D−グルコースに対する反応性と比較して、マルトース及びD−キシロースに対する反応性が低い、
補因子特性:フラビン結合型であり、かつ、分子内に少なくとも1つのアミノ酸置換を有する、
を備える、1〜10のいずれか1項に記載のグルコースデヒドロゲナーゼ。
[12] (a)1〜11のいずれか1項に記載のグルコースデヒドロゲナーゼをコードするDNA、
(b) 配列番号12に示すアミノ酸配列をコードするDNA、
(c) 配列番号13に示す塩基配列を有するDNA、或いは
(d) 配列番号13に示す塩基配列と65%以上の配列同一性(相同性)を有する塩基配列を有し、かつ、メディエーターの不在下で直接電子移動が可能なグルコースデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質をコードするDNA、
からなる電子移動特性が改変されたグルコースデヒドロゲナーゼをコードする遺伝子。
[13] 12に記載の遺伝子を含む、ベクター。
[14] 13記載のベクターを含む、宿主細胞。
[15] 以下の工程:
14に記載の宿主細胞を培養する工程、
前記宿主細胞中に含まれるグルコースデヒドロゲナーゼ遺伝子を発現させる工程、及び
前記培養物からグルコースデヒドロゲナーゼを回収する工程
を含む、グルコースデヒドロゲナーゼを製造する方法。
[16] 1〜11のいずれかに記載のグルコースデヒドロゲナーゼを用いることを特徴とする、グルコース測定方法。
[17] 1〜11のいずれか1項に記載のグルコースデヒドロゲナーゼを含む、グルコース測定キット。
[18] 1〜11のいずれか1項に記載のグルコースデヒドロゲナーゼを含む、グルコースセンサー。
第一の実施形態において本発明はグルコースデヒドロゲナーゼ変異体を提供する。ある実施形態において本発明は、アミノ酸置換を有し電子移動特性が改変されたグルコースデヒドロゲナーゼを提供する。ある実施形態において、前記アミノ酸置換は、配列番号1の457位〜477位若しくは461〜477位又はこれに対応する領域への置換であり得る。本明細書において、「電子移動特性が改変された」とは、酵素から電極への電子移動が、未改変の酵素と比較して、促進されていることをいう。電子移動の促進の程度は、未改変酵素と改変酵素とについて、電圧を印加したとき(例えば+300mV(vs. Ag/AgCl)又は+500mV(vs. Ag/AgCl))の応答電流(nA)の比により評価することができる。したがって、あるGDH変異体について「電子移動特性が改変された」とは、未改変の酵素と比較して、電圧を印加したときの応答電流が、例えば20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、200%、300%、400%、500%、1000%、又は1500%以上増大していることをいう。また、あるGDH変異体について「電子移動特性が改変された」とは、未改変の酵素と比較して、電圧を印加したときの応答電流が、例えば1.2倍、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍、15倍、20倍、25倍、又は30倍以上増大していることをいう。
本発明のグルコースデヒドロゲナーゼ変異体は、グルコースデヒドロゲナーゼの特定領域にアミノ酸置換を導入することにより得ることができる。ある実施形態において前記特定領域は、配列番号1の457〜477位、461〜476位若しくは461〜477位の領域、又はこれに対応する領域である。
配列番号1に示すアミノ酸配列における461位〜477位の領域に対応する領域とは、配列番号1のアミノ酸配列とアライメントさせたときに配列番号1のアミノ酸配列の461位〜477位の領域に対応する他の生物種由来のGDHのアミノ酸配列における領域をいう。配列番号1のアミノ酸配列における457位〜477位の領域に対応する領域とは、配列番号1のアミノ酸配列とアライメントさせたときに配列番号1のアミノ酸配列の457位〜477位の領域に対応する他の生物種由来のGDHのアミノ酸配列における領域をいう。
配列番号3に示すアミノ酸配列における458位〜474位、
配列番号4に示すアミノ酸配列における458位〜474位、
配列番号5に示すアミノ酸配列における461位〜477位、
配列番号6に示すアミノ酸配列における456位〜472位、
配列番号7に示すアミノ酸配列における460位〜476位、
配列番号8に示すアミノ酸配列における460位〜476位、及び
配列番号9に示すアミノ酸配列における462位〜478位、が挙げられるが、これに限定されない。その他のGDHについても、例えば、Satakeら(J. Biosci. Bioeng., (2015), Vol. 120, Issue 5, Nov 2015, 498−503)に記載のアライメントを行うことにより、配列番号1に示すアミノ酸配列における461位〜477位の領域に対応する領域を明らかにすることができる。
配列番号3に示すアミノ酸配列における454位〜474位、
配列番号4に示すアミノ酸配列における454位〜474位、
配列番号5に示すアミノ酸配列における457位〜477位、
配列番号6に示すアミノ酸配列における452位〜472位、
配列番号7に示すアミノ酸配列における456位〜476位、
配列番号8に示すアミノ酸配列における456位〜476位、及び
配列番号9に示すアミノ酸配列における458位〜478位、が挙げられるが、これに限定されない。その他のGDHについても、例えば、Satakeら(J. Biosci. Bioeng., (2015), Vol. 120, Issue 5, Nov 2015, 498−503)に記載のアライメントを行うことにより、配列番号1に示すアミノ酸配列における461位〜477位若しくは457位〜477位の領域に対応する領域を明らかにすることができる。
ある実施形態において本発明の電子移動特性が改変されたGDHは、配列番号1に示すアミノ酸配列における464位、470位及び472位に対応する位置に1、2、または3つのアミノ酸置換、例えばシステイン、セリン、アラニン、アスパラギン酸、トレオニン又はヒスチジンへのアミノ酸置換を有する。配列番号1に示すアミノ酸配列におけるこれらの位置に対応する位置は、上記の対応する領域を特定する方法と同様に特定することができる。
Mucor hiemalis由来GDH(MhGDH、配列番号3)では461位、
Mucor RD056860由来GDH(MrdGDH、配列番号4)では461位、
Mucor subtilissimus由来GDH(MsGDH、配列番号5)では464位、
Mucor guilliermondii由来GDH(MgGDH、配列番号6)では459位、
Circinella simplex由来GDH(CsGDH、配列番号7)では463位、
Circinella属由来GDH(CrGDH、配列番号8)では463位、
Mucor circinelloides由来GDH(McGDH、配列番号9)では465位である。
Mucor hiemalis由来GDH(MhGDH、配列番号3)では467位、
Mucor RD056860由来GDH(MrdGDH、配列番号4)では467位、
Mucor subtilissimus由来GDH(MsGDH、配列番号5)では470位、
Mucor guilliermondii由来GDH(MgGDH、配列番号6)では465位、
Circinella simplex由来GDH(CsGDH、配列番号7)では469位、
Circinella属由来GDH(CrGDH、配列番号8)では469位、
Mucor circinelloides由来GDH(McGDH、配列番号9)では471位である。
Mucor hiemalis由来GDH(MhGDH、配列番号3)では469位、
Mucor RD056860由来GDH(MrdGDH、配列番号4)では469位、
Mucor subtilissimus由来GDH(MsGDH、配列番号5)では472位、
Mucor guilliermondii由来GDH(MgGDH、配列番号6)では467位、
Circinella simplex由来GDH(CsGDH、配列番号7)では471位、
Circinella属由来GDH(CrGDH、配列番号8)では471位、
Mucor circinelloides由来GDH(McGDH、配列番号9)では473位である。
Y464C/V470C、Y464C/L472C、V470C/L472C、Y464S/V470S、Y464S/L472S、V470S/L472S、Y464H/V470H、Y464H/L472H、V470H/L472H、Y464A/V470A、Y464A/L472A、V470A/L472A、Y464T/V470T、Y464T/L472T、V470T/L472T、Y464R/V470R、Y464R/L472R、V470R/L472R、Y464D/V470D、Y464D/L472D、V470D/L472D、Y464C/V470C/L472C、Y464C/V470C/L472S、Y464C/V470S/L472C、Y464S/V470C/L472C、Y464C/V470S/L472S、Y464S/V470C/L472S、Y464S/V470S/L472C、Y464S/V470S/L472S、
Y464C/V470C/L472D、Y464C/V470D/L472C、Y464D/V470C/L472C、Y464C/V470D/L472D、Y464D/V470C/L472D、Y464D/V470D/L472C、Y464D/V470D/L472D、Y464D/V470D/L472S、Y464D/V470S/L472D、Y464S/V470D/L472D、Y464D/V470S/L472S、Y464S/V470D/L472S、Y464S/V470S/L472D、
Y464C/V470C/L472H、Y464C/V470H/L472C、Y464H/V470C/L472C、Y464C/V470H/L472H、Y464H/V470C/L472H、Y464H/V470H/L472C、Y464S/V470S/L472H、Y464S/V470H/L472S、Y464H/V470S/L472S、Y464S/V470H/L472H、Y464H/V470S/L472H、Y464H/V470H/L472S、
Y464D/V470D/L472H、Y464D/V470H/L472D、Y464H/V470D/L472D、Y464D/V470H/L472H、Y464H/V470D/L472H、Y464H/V470H/L472D、
Y464D/V470R/L472H、Y464D/V470S/L472H、Y464H/V470H/L472H、Y464T/V470T/L472T、Y464A/V470A/L472A。
アミノ酸配列の同一性又は類似性は、GENETYX Ver.11(ゼネティックス社製)のマキシマムマッチングやサーチホモロジー等のプログラムまたはDNASIS Pro(日立ソリューションズ社製)のマキシマムマッチングやマルチプルアライメント等のプログラムにより計算することができる。アミノ酸配列同一性を計算するために、2以上のGDHをアライメントしたときに、該2以上のGDHにおいて同一であるアミノ酸の位置を調べることができる。こうした情報を基に、アミノ酸配列中の同一領域を決定できる。
(GDHの熱安定性を向上させるアミノ酸置換について)
本発明者らは、GDHのアミノ酸残基を置換することによりその熱安定性を向上させることができることを以前に報告した(例えば国際公開2012/169512号を参照のこと。参照によりその全内容を本明細書に組み入れる)。本発明のGDHは、場合により、さらにこのようなアミノ酸置換を有してもよい。
(a)232位
(b)387位
(c)545位
場合により(a)232位に対応する位置のアミノ酸は、アラニン、メチオニン、システイン、グルタミン又はグルタミン酸へと置換されてもよい。
場合により(b)387位のグルタミンに対応する位置のアミノ酸はアラニン、バリン、グリシン、セリン又はシステインへと置換されてもよい。
場合により(c)545位のアラニンに対応する位置のアミノ酸はバリン、トレオニン、セリン、プロリン、アラニン、チロシン、リシン、ヒスチジン、フェニルアラニン又はグルタミン酸へと置換されてもよい。
(d)66位
(e)68位
(f)88位
(g)158位
(h)233位
(i)385位
(j)391位
(k)557位
(l)559位
場合により(d)66位に対応する位置のアミノ酸は、チロシンへと置換されてもよい。場合により(e)68位に対応する位置のアミノ酸は、グリシンへと置換されてもよい。場合により(f)88位に対応する位置のアミノ酸は、アラニンへと置換されてもよい。場合により(g)158位に対応する位置のアミノ酸は、ヒスチジンへと置換されてもよい。
場合により(h)233位に対応する位置のアミノ酸は、アルギニンへと置換されてもよい。
場合により(i)385位に対応する位置のアミノ酸は、トレオニンへと置換されてもよい。
場合により(j)391位に対応する位置のアミノ酸は、イソロイシンへと置換されてもよい。
場合により(k)557位に対応する位置のアミノ酸は、バリンへと置換されてもよい。場合により(l)559位に対応する位置のアミノ酸は、リシンへと置換されてもよい。
本発明者らは、GDHのアミノ酸残基を置換することによりその比活性を向上させることができることを以前に報告した(例えば国際公開2015/129475号を参照のこと。参照によりその全内容を本明細書に組み入れる)。本発明のGDHは、場合により、さらにこのようなアミノ酸置換を有してもよい。
(m)88位
(n)554位
場合により(m)88位に対応する位置のアミノ酸は、アラニンへと置換されてもよい。場合により(n)554位に対応する位置のアミノ酸は、アスパラギン酸へと置換されてもよい。
ある実施形態において、本発明のGDHは以下の性質を有する。
作用:グルコース脱水素酵素活性を示し、メディエーターの不在下で酵素から電極への直接電子移動が可能である、
分子量:タンパク質のポリペプチド鎖部分の一次配列に基づく推定分子量が約70kDaであるか又はSDS−ポリアクリルアミド電気泳動で測定したときの分子量が約80kDaである、
基質特異性:D−グルコースに対する反応性と比較して、マルトース、及びD−キシロースに対する反応性が低い、
補因子特性:フラビン結合型であり、かつ、分子内に、例えば分子内の特定領域に、少なくとも1つのアミノ酸置換を有する。
GDHをコードする遺伝子を得るには、通常一般的に用いられている遺伝子のクローニング方法が用いられる。例えば、GDH生産能を有する微生物菌体や種々の細胞から常法、例えば、Current Protocols in Molecular Biology(WILEY Interscience,1989)記載の方法により、染色体DNAまたはmRNAを抽出することができる。さらにmRNAを鋳型としてcDNAを合成することができる。このようにして得られた染色体DNAまたはcDNAを用いて、染色体DNAまたはcDNAのライブラリーを作製することができる。
公知のGDHから出発し、本発明のGDHを取得する方法として、出発GDH遺伝子に変異を導入し、各種の変異遺伝子から発現されるGDHについて、酵素科学的性質を指標に選択又はスクリーニングを行うことができる。
上述のように得られた本発明のGDH遺伝子を、常法により、バクテリオファージ、コスミド、又は原核細胞若しくは真核細胞の形質転換に用いられるプラスミド等のベクターに組み込み、各々のベクターに対応する宿主細胞を常法により、形質転換又は形質導入をすることができる。
本発明のGDHを生産する形質転換糸状菌を効率よく選抜するためには、例えば、次のような方法を用いてもよい。得られた宿主細胞(形質転換体)がコロニーを形成した0.5%寒天を含む最少培地からコロニーをDPY液体培地(1%(w/v)ポリペプトン、2%(w/v)デキストリン、0.5%(w/v)酵母エキス、0.5%(w/v)KH2PO4、0.05%(w/v)MgSO4・7H20)に植菌し、3日間で振とう培養を行う。得られた培養上清液を、GDHが作用すれば発色または変色する組成とした反応液(グルコース、DCIPまたはシトクロムcを含む10mM リン酸緩衝液(pH7.0))と混合し、DCIP由来紫色またはシトクロムc由来赤褐色の変色の度合を観察する。電子移動にPMS等のメディエーターを必要とするGDHの場合、メディエーターの存在しない反応液では変色する度合が少ないが、電子移動特性が改変された本発明のGDH、例えば直接電子移動が可能なGDHの場合は、反応液の変色する度合が多くなる。これを利用し、野生型GDH生産株が混合された反応液の変色度合との比較により、電子移動特性が改変されたGDH、例えば直接電子移動が可能なGDHを生産する形質転換体を選抜しうる。
GDHはさらに、機能性GDH変異体を取得するためにハイスループットスクリーニングに供することができる。例えば変異導入したGDH遺伝子を有する形質転換又は形質導入株のライブラリーを作製し、これをマイクロタイタープレートに基づくハイスループットスクリーニングに供してもよく、または液滴型マイクロ流体に基づく超ハイスループットスクリーニングに供してもよい。例としてはバリアントをコードする変異遺伝子のコンビナトリアルライブラリーを構築し、次いでファージディスプレイ(例えばChem. Rev. 105 (11): 4056−72, 2005)、イーストディスプレイ(例えばComb Chem High Throughput Screen. 2008;11(2): 127−34)、バクテリアルディスプレイ(例えばCurr Opin Struct Biol 17: 474−80, 2007)等を用いて、変異GDHの大きな集団をスクリーニングする方法が挙げられる。またAgresti et al, “Ultrahigh−throughput screening in drop−based microfluidics for directed evolution” Proceedings of the National Academy of Sciences 107 (9): 4004−4009 (Mar, 2010)を参照のこと。GDHバリアントのスクリーニングに使用しうる超ハイスループットスクリーニング手法についての同文献の記載を参照により本明細書に組み入れる。例えばエラープローンPCR法によりライブラリーを構築することができる。また飽和突然変異誘発を用いて、本明細書に記載の領域や位置又はそれらに対応する領域や位置を標的として変異導入しライブラリーを構築してもよい。ライブラリーを用いて電気コンピテントEBY−100細胞等の適当な細胞を形質転換し、約10の7乗の変異体を取得しうる。該ライブラリーで形質転換した酵母細胞を次いでセルソーティングに供しうる。標準ソフトリトグラフィー法を用いて作製したポリジメトキシルシロキサン(PDMS)マイクロ流体デバイスを用いてもよい。フローフォーカスデバイスを用いて単分散の液滴を形成することができる。個別の変異体を含有する形成された液滴を適当なソーティングデバイスに供しうる。細胞を選別する際にはGDH活性の有無を利用しうる。これには例えば上記のGDHが作用すれば発色または変色する組成とした反応液を用いてもよい。例えばシトクロムcを用いる場合は、96ウェルプレート、192ウェルプレート、384ウェルプレート、9600ウェルプレート等及びプレートリーダーを用いて550nmの吸光度を測定してもよい。変異導入と選別は複数回反復してもよい。
本発明のGDHは、上述のように取得した本発明のGDHを生産する宿主細胞を培養し、前記宿主細胞中に含まれるGDH遺伝子を発現させ、次いで、前記培養物からGDHタンパク質を単離することにより製造すればよい。
本発明のGDHは、グルコースの水酸基を酸化してグルコノ−δ−ラクトンを生成する反応を触媒する。
(反応1) D−グルコ−ス + PMS(酸化型)
→ D−グルコノ−δ−ラクトン + PMS(還元型)
(反応2) PMS(還元型) + DCIP(酸化型)
→ PMS(酸化型) + DCIP(還元型)
ある実施形態において本発明は、本発明のGDHを含むグルコースアッセイキットを提供する。このキットを用いることにより、本発明のGDHを用いて血中のグルコース(血糖値)を測定することができる。測定は連続的に行ってもよい。
ある実施形態において本発明は、本発明のGDHを用いるグルコースセンサーを提供する。電極としては、カーボン電極、金電極、白金電極などを用い、この電極上に本発明のGDH酵素を塗布または固定化することができる。固定化方法としては、架橋試薬を用いる方法、高分子マトリックス中に封入する方法、透析膜で被覆する方法、光架橋性ポリマー、導電性ポリマー、酸化還元ポリマーなどがあり、ポリマー中に固定あるいは電極上に吸着固定してもよく、またこれらを組み合わせて用いてもよい。典型的には、グルタルアルデヒドを用いて本発明のGDHをカーボン電極上に固定化した後、アミン基を有する試薬で処理してグルタルアルデヒドをブロッキングする。
本発明の測定方法、キット、装置及びセンサーには、メディエーター(人工電子メディエーター、人工電子アクセプター、電子メディエーターともいう)を用いることもできる。メディエーターは、本発明のGDHから電子を受け取ることができるものであれば特に限定されない。メディエーターとしてはキノン類、フェナジン類、ビオロゲン類、シトクロム類(例えば、シトクロムb、シトクロムc)、フェノキサジン類、フェノチアジン類、フェリシアン化物、例えばフェリシアン化カリウム、フェレドキシン類、フェロセン、オスミウム錯体、およびその誘導体等などが挙げられ、フェナジン化合物としては例えばPMS、メトキシPMSが挙げられるがこれに限定されない。
1.Mucor属由来GDH遺伝子の宿主への導入とGDH活性の確認
大まかに説明すると、まずMucor属由来GDH(MpGDH、配列番号1)にN66Y/N68G/C88A/Q233R/T387C/E554D/L557V/S559Kの各変異を導入した改変GDH(以下、本明細書においてMpGDH−M1ということがある)をコードする遺伝子を取得した。MpGDH−M1のアミノ酸配列は配列番号10に示し、その遺伝子の塩基配列は配列番号11に示す。プラスミドpUC19のマルチクローニングサイトに対象遺伝子であるMpGDH−M1遺伝子を常法により挿入させたDNAコンストラクトを作製した。具体的には、pUC19は、In−Fusion HD Cloning Kit(クロンテック社)に付属されているpUC19 linearized Vectorを用いた。pUC19のマルチクローニングサイトにあるIn−Fusion Cloning Siteにて、MpGDH−M1遺伝子を、上記したIn−Fusion HD Cloning Kitを使用して、キットに添付されたプロトコールに従って連結して、コンストラクト用プラスミド(pUC19−MpGDH−M1)を得た。
MpGDH−M1もしくはMpGDH−M1/Y464C/V470C/L472Cの精製酵素を用いて、印刷電極測定によるクロノアンペロメトリーを行った。具体的には、グラッシーカーボンの作用電極、銀塩化銀の参照電極が印刷されてなる、DEP Chip電極(丸形・カーボン・ダムリング付き;バイオデバイステクノロジー社製)上に、終濃度約100mMのリン酸緩衝液(pH7.0)及び135Uの精製酵素MpGDH−M1液または128Uの精製酵素MpGDH−M1/Y464C/V470C/L472C液を15μLに溶解した液を載せた。その後、DEP Chip専用コネクターを用いて、ALS 電気化学アナライザー 814D(BAS社製)に接続した。そして、+300mVもしくは+500mV(vs. Ag/AgCl)の電圧を印加して、100mMグルコース溶液5μLを電極上に載せて反応を行い、120秒間の電流値を測定した。
MpGDH−M1酵素は基質特異性が高く、D−グルコースに対する反応性と比較して、マルトース及びD−キシロースに対する反応性が低い。MpGDH−M1酵素に三重変異Y464C/V470C/L472Cを導入しても、このような高い基質特異性が維持されているか確認した。MpGDH−M1/Y464C/V470C/L472Cは、D−グルコースに対する活性を100%とした場合に、マルトース、D−キシロースに対する活性は、それぞれ1.1%、1.0%であった。したがって、MpGDH−M1に三重変異Y464C/V470C/L472Cを導入した本発明のGDHは高い基質特異性を示し、D−グルコースに対する高い反応性を示す一方で、マルトース及びD−キシロースに対してほとんど反応性を示さないといえる。
Mucor属由来GDHに各種の変異を導入した場合の応答電流測定
実施例1と同様に、組換え体プラスミドpUC19−MpGDH−M1を鋳型として、配列番号17、18の合成オリゴヌクレオチドを用いてPCR反応を行い、KOD−Plus− Mutagenesis Kit(Code No. SMK−101、東洋紡社製)に記載の方法により、配列番号1記載のアミノ酸配列の464位のチロシンをシステインに置換した変異体であるMpGDH−M1/Y464CをコードするDNAコンストラクトを得た。続いて、実施例1と同様に、この遺伝子をA. sojaeで発現させ、精製標品を得た。
配列番号21、22:MpGDH−M1/Y464C/L472C
配列番号23、24:MpGDH−M1/V470C
配列番号25、26:MpGDH−M1/L472C
配列番号27、28:MpGDH−M1/V470C/L472C
配列番号29、30:MpGDH−M1/Y464S
配列番号31、32:MpGDH−M1/Y464A
配列番号33、34:MpGDH−M1/Y464D
配列番号35、36:MpGDH−M1/Y464T
配列番号37、38:MpGDH−M1/V470A
配列番号39、40:MpGDH−M1/V470S
配列番号41、42:MpGDH−M1/V470T
配列番号43、44:MpGDH−M1/Y464S/V470S/L472S
配列番号45、46:MpGDH−M1/Y464D/V470D/L472D
配列番号51、52:MpGDH−M1/Y464H/V470H/L472H。
MrdGDHへの変異導入と応答電流測定
Mucor RD056860由来GDH(MrdGDH)をコードする遺伝子を取得した(国際公開第2013/118798号参照)。MrdGDHのアミノ酸配列は配列番号4に示し、その遺伝子の塩基配列は配列番号53に示す。実施例2と同様に、配列番号54、55の合成オリゴヌクレオチドを用いてPCR反応を行い、配列番号4記載のアミノ酸配列の461位のチロシンをシステインに、467位のアラニンをシステインに、469位のロイシンをシステインに置換した変異体であるMrdGDH/Y461C/A467C/L469CをコードするDNAコンストラクトを得た。続いて、実施例1と同様に、MrdGDH及びMrdGDH/Y461C/A467C/L469Cをコードする遺伝子をA. sojaeで発現させ、精製標品を得、応答電流測定を行った。
配列番号1 Mucor prainii由来GDH(MpGDH)のアミノ酸配列
配列番号2 MpGDH遺伝子の塩基配列
配列番号3 Mucor hiemalis由来GDH(MhGDH)のアミノ酸配列
配列番号4 Mucor RD056860由来GDH(MrdGDH)のアミノ酸配列
配列番号5 Mucor subtilissimus由来GDH(MsGDH)のアミノ酸配列
配列番号6 Mucor guilliermondii由来GDH(MgGDH)のアミノ酸配列
配列番号7 Circinella simplex由来GDH(CsGDH)のアミノ酸配列
配列番号8 Circinella属由来GDH(CrGDH)のアミノ酸配列
配列番号9 Mucor circinelloides由来GDH(McGDH)のアミノ酸配列
配列番号10 MpGDH−M1グルコースデヒドロゲナーゼのアミノ酸配列
配列番号11 MpGDH−M1遺伝子の塩基配列
配列番号12 MpGDH−M1/Y464C/V470C/L472C三重変異体のアミノ酸配列
配列番号13 配列番号12のポリペプチドをコードする遺伝子の塩基配列
配列番号14 Cys−Xaa−Xaa−Xaa−Xaa−Xaa−Cys−Xaa−Cysモチーフ配列
配列番号15〜52 プライマー
配列番号53 Mucor RD056860由来GDH(MrdGDH)
配列番号54〜55 プライマー
Claims (18)
- (a)少なくとも1つのアミノ酸置換を有し、酵素から電極へ直接電子移動が可能な、フラビン結合型グルコースデヒドロゲナーゼ変異体、又は
(b)少なくとも1つのアミノ酸置換を有し、かつ、電子移動特性が改変された、フラビン結合型グルコースデヒドロゲナーゼ変異体であって、
アミノ酸置換前のグルコースデヒドロゲナーゼと比較して、
配列番号1に示すアミノ酸配列における464位に対応する位置のアミノ酸が、極性アミノ酸又はアラニンに置換されている、
配列番号1に示すアミノ酸配列における470位に対応する位置のアミノ酸が、極性アミノ酸又はアラニンに置換されている、又は
配列番号1に示すアミノ酸配列における472位に対応する位置のアミノ酸が、極性アミノ酸又はアラニンに置換されている、前記(a)又は(b)のグルコースデヒドロゲナーゼ変異体。 - 前記グルコースデヒドロゲナーゼが、ムコール(Mucor)属、又はシルシネラ属種(Circinella sp.)由来である、請求項1に記載のグルコースデヒドロゲナーゼ変異体。
- 前記のグルコースデヒドロゲナーゼにおいて、当該グルコースデヒドロゲナーゼの全長アミノ酸配列が配列番号1、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8又は配列番号9のアミノ酸配列と90%以上のアミノ酸配列同一性を有し、かつ酵素から電極への直接電子移動が可能なグルコースデヒドロゲナーゼ活性を有する、請求項1に記載のグルコースデヒドロゲナーゼ変異体。
- 配列番号1に示すアミノ酸配列における464位に対応する位置のアミノ酸がシステイン、アスパラギン酸、ヒスチジン、セリン、アラニン、トレオニンからなる群より選択されるアミノ酸に置換されている、
配列番号1に示すアミノ酸配列における470位に対応する位置のアミノ酸がシステイン、アスパラギン酸、ヒスチジン、セリン、アラニン、トレオニン、アルギニンからなる群より選択されるアミノ酸に置換されている、及び/又は
配列番号1に示すアミノ酸配列における472位に対応する位置のアミノ酸がシステイン、アスパラギン酸、ヒスチジン、セリンからなる群より選択されるアミノ酸に置換されている、請求項1〜3のいずれか1項に記載のグルコースデヒドロゲナーゼ変異体。 - 配列番号1に示すアミノ酸配列における464位、470位又は472位に対応する位置の2つまたは3つのアミノ酸がシステインに置換されている、
配列番号1に示すアミノ酸配列における464位、470位又は472位に対応する位置の2つまたは3つのアミノ酸がアスパラギン酸に置換されている、或いは
配列番号1に示すアミノ酸配列における464位、470位又は472位に対応する位置の2つまたは3つのアミノ酸がヒスチジンに置換されている、
請求項1〜3のいずれか1項に記載のグルコースデヒドロゲナーゼ変異体。 - (i) グルコースデヒドロゲナーゼのアミノ酸配列を、配列番号1記載のアミノ酸配列とアライメントしたときに、配列番号1に示すアミノ酸配列における464位、470位及び472位に対応する位置の少なくとも1、2又は3つに極性アミノ酸若しくはアラニン置換を有するか又はシステイン、アスパラギン酸、ヒスチジン、セリン、アラニン、トレオニン及びアルギニンからなる群より選択されるアミノ酸置換を有し、かつ、酵素から電極への直接電子移動が可能なグルコースデヒドロゲナーゼ活性を有するグルコースデヒドロゲナーゼ、
(ii) 前記(i)のグルコースデヒドロゲナーゼにおいて、前記のアミノ酸置換が導入された位置以外の位置における1又は数個のアミノ酸が置換、欠失又は付加されたアミノ酸配列を有し、かつ酵素から電極への直接電子移動が可能なグルコースデヒドロゲナーゼ活性を有するグルコースデヒドロゲナーゼ、
(iii) 前記(i)のグルコースデヒドロゲナーゼにおいて、当該グルコースデヒドロゲナーゼの全長アミノ酸配列が配列番号1又は配列番号4のアミノ酸配列と90%以上のアミノ酸配列同一性を有し、かつ酵素から電極への直接電子移動が可能なグルコースデヒドロゲナーゼ活性を有する、
(iv) 配列番号1のアミノ酸配列の464位、470位及び472位に対応する位置のアミノ酸残基がシステインである、
(v) 配列番号1のアミノ酸配列の464位、470位及び472位に対応する位置のアミノ酸残基がアスパラギン酸である、或いは
(vi) 配列番号1のアミノ酸配列の464位、470位及び472位に対応する位置のアミノ酸残基がヒスチジンである、
請求項1〜3のいずれか1項に記載のグルコースデヒドロゲナーゼ変異体。 - 酵素から電極へ直接電子移動が可能な、請求項1〜6のいずれか1項に記載のグルコースデヒドロゲナーゼ変異体。
- 以下の特性、
作用:グルコース脱水素酵素活性を示し、メディエーターの不在下で酵素から電極への直接的な電子移動が可能である、
分子量:タンパク質のポリペプチド鎖部分の一次配列に基づく推定分子量が約70kDaであるか又はSDS−ポリアクリルアミド電気泳動で測定したときの分子量が約80kDaである、
基質特異性:D−グルコースに対する反応性と比較して、マルトース及びD−キシロースに対する反応性が低い、
補因子特性:フラビン結合型であり、かつ、分子内に少なくとも1つのアミノ酸置換を有する、
を備える、請求項1〜7のいずれか1項に記載のグルコースデヒドロゲナーゼ変異体。 - (a) 請求項1〜8のいずれか1項に記載のグルコースデヒドロゲナーゼ変異体をコードするDNA、
(b) 配列番号12に示すアミノ酸配列をコードするDNA、
(c) 配列番号13に示す塩基配列を有するDNA、或いは
(d) 配列番号13に示す塩基配列と90%以上の配列相同性を有する塩基配列を有し、かつ、メディエーターの不在下で直接電子移動が可能なグルコースデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質をコードするDNA、
からなる電子移動特性が改変されたグルコースデヒドロゲナーゼをコードする遺伝子。 - 請求項9に記載の遺伝子を含む、ベクター。
- 請求項10記載のベクターを含む、宿主細胞。
- 以下の工程:
請求項11に記載の宿主細胞を培養する工程、
前記宿主細胞中に含まれるグルコースデヒドロゲナーゼ遺伝子を発現させる工程、及び
前記培養物からグルコースデヒドロゲナーゼを回収する工程
を含む、グルコースデヒドロゲナーゼを製造する方法。 - 請求項1〜8のいずれか1項に記載のグルコースデヒドロゲナーゼを用いることを特徴とする、グルコース測定方法。
- 請求項1〜8のいずれか1項に記載のグルコースデヒドロゲナーゼを含む、グルコース測定キット。
- 請求項1〜8のいずれか1項に記載のグルコースデヒドロゲナーゼを含む、グルコースセンサー。
- アミノ酸置換を導入する前のグルコースデヒドロゲナーゼと比較して電子移動特性が改変されているグルコースデヒドロゲナーゼの製造方法であって、前記アミノ酸置換を導入する前のグルコースデヒドロゲナーゼの配列番号1の457位〜477位若しくは461〜477位からなる領域若しくはこれに対応する領域に少なくとも1つのアミノ酸置換を導入し、当該アミノ酸置換を導入した後のグルコースデヒドロゲナーゼの電子移動特性が、当該アミノ酸置換を導入する前のグルコースデヒドロゲナーゼと比較して改変されているか否か電気化学的測定により確認することを含む、前記製造方法。
- 電極への直接電子移動が可能であるグルコースデヒドロゲナーゼの製造方法であって、グルコースデヒドロゲナーゼの配列番号1の457位〜477位若しくは461〜477位からなる領域若しくはこれに対応する領域に少なくとも1つのアミノ酸置換を導入し、当該アミノ酸置換を導入した後のグルコースデヒドロゲナーゼについて、電極への直接電子移動が可能であるか否か電気化学測定により確認することを含む、前記製造方法。
- 導入されるアミノ酸置換が、極性アミノ酸又はアラニンへのアミノ酸置換である、請求項16又は17に記載の製造方法。
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