JP6964000B2 - 電子移動特性が改変されたグルコースデヒドロゲナーゼ及びグルコース測定法 - Google Patents

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Description

本発明は、グルコースデヒドロゲナーゼ及びグルコース測定法に関する。より詳細には、本発明は電子移動特性が改変されたグルコースデヒドロゲナーゼ及びこれを用いたグルコース測定法に関する。また本発明は、糖尿病の診断用酵素として、グルコースセンサーとして、また、グルコース測定キットに有利に利用され得る電子移動特性が改変されたグルコースデヒドロゲナーゼに関する。
グルコース測定は、糖尿病患者の血糖値モニタリングなどに用いられる。グルコースの定量には通常、グルコースオキシダーゼ(以下、GODともいう)やグルコースデヒドロゲナーゼ(以下、GDHともいう)が用いられる。これらは家庭で使用できる血中グルコースの自己測定(SMBG)装置や、体内に埋め込み型の連続グルコース測定(以下、CGMともいう)装置、読み取り部をセンサーにかざした瞬間の血中グルコース濃度を測定可能な装置 (以下、FGM装置ともいう)に用いられている。
グルコースオキシダーゼはβ−D−グルコースをD−グルコノ−1,5−ラクトン(グルコノラクトン)へ酸化する反応を触媒する酸化還元酵素である。グルコースオキシダーゼは酸素を電子受容体とし、また補因子としてフラビンアデニンジヌクレオチド(FAD)を用いる。
グルコースデヒドロゲナーゼは酸化還元酵素に分類され、グルコース及び電子アクセプターを基質とし、グルコノラクトン及び還元型アクセプターを生成する反応を触媒する。グルコースデヒドロゲナーゼとしてはニコチンアミドジヌクレオチド依存性GDH、ニコチンアミドジヌクレオチドリン酸依存性GDH、ピロロキノリンキノン(PQQ)依存性GDH、FAD依存性GDH(フラビン結合型GDH)等が挙げられる。
グルコース測定にGODを用いる際、過酸化水素電極を使用することができる。この方法では、過酸化水素電極に+0.6V(vs. Ag/AgCl)〜+0.9V(vs. Ag/AgCl)の電圧を印加して、グルコースからグルコノラクトンが生じる際に生成する過酸化水素を測定する。この方法は主としてSMBGやCGMに用いられている。しかしながらこの方法は比較的高い電圧を印加するため、測定溶液に含まれるアスコルビン酸などの夾雑物質の影響を受けるという問題があった。
そこで過酸化水素に代えて人工電子メディエーター(以下、単にメディエーターともいう)を用いる方法が開発された。この方法では、酵素的にグルコースがグルコノラクトンへと変換される際に、酸化型メディエーターが還元型となる。そして還元型メディエーターが電極に電子を受け渡し、酸化型に戻る。メディエーターを用いる方法の利点として印加電圧を過酸化水素電極の場合と比較して低くすることができる。メディエーターは典型的にはフェリシアン化カリウム等の金属錯体であるが、これはヒトの体内に入ると有害の恐れがある。
GODやGDHは、補因子FADが酵素分子の内部に埋没していることが多いため、これらをグルコース測定に用いる場合には通常、メディエーターが存在しないと電極へと電子を受け渡すことができない。ところがメディエーターは高価であり、また、電極表面に固定化するのが困難である。例えば糖尿病患者のグルコース測定において、メディエーターを電極に固定化せずに体内埋め込み型の連続グルコース測定用(CGM)機器やFGM機器に用いようとすると測定溶液中に存在するメディエーターが体内へ流入する可能性があるが、メディエーターは多くの場合、生体適合性を有しない又は毒性であり、これが体内へ流入することは望ましくない。そのため、メディエーターを用いるグルコース測定法はCGMやFGMの機器には向いていない。またGODとGDHとを比較すると、GODは系に存在する溶存酸素の影響を受ける可能性があるため、GODよりはGDHが望まれている。そこで低い印加電位でも測定可能な化合物に用いることのできるGDHが望まれている。またメディエーターを必要とすることなく、電極へと電子を直接受け渡すことができるGDHが望まれている。
非特許文献1では、メディエーターを電極に固定化するアプローチとは別に、メディエーターをGODに修飾する手法も報告されている。しかしながら化学修飾による酵素活性の低下や、メディエーターの体内への流入の可能性がないとは言えない点から、実用化には至っていない。
一方で酸化還元反応に関与する物質として鉄硫黄クラスターが知られている。鉄硫黄クラスター(FeSクラスターとも記載する)は鉄原子および硫黄原子により構成される。鉄硫黄クラスターを有するタンパク質は種々知られており、主としてポリペプチド中のシステイン残基が鉄硫黄クラスターの鉄原子に配位する。タンパク質に含まれる鉄硫黄クラスターとしては代表的には[2Fe−2S]型、[3Fe−4S]型、[4Fe−4S]型等が存在する。アミノ酸配列としては、鉄硫黄クラスター配位に特徴的なモチーフが知られている。例えば非特許文献2にはC−X2−5−C−XX−Cというモチーフが記載されている(Xは他の任意のアミノ酸)。また非特許文献3は光化学系I反応中心に存在する鉄硫黄クラスターを記載しており、クラスターに配位するアミノ酸配列がC−XX−C−XX−C−XXX−CPというクラスター配位に特徴的なモチーフである、と記載している。
特許文献1はバークホルデリア セパシア(Burkholderia cepacia)由来のGDHを記載している。記載されているGDHはαサブユニットとβサブユニットとからなる複合体タンパク質であり、αサブユニットにはFADとFeSクラスターが含有されている。βサブユニットはシトクロムcであり、FADから電極への電子伝達の役割を担う。特許文献2はバークホルデリア セパシア由来のGDHを用いたグルコース測定及びグルコースセンサーを記載している。また電子伝達に与るβサブユニットが存在しない場合、GDHから電極への直接電子移動活性が著しく低下することが記載されている。
既知の直接電子移動型GDHは、グルコース以外の糖にも作用する可能性があり、グルコースセンサーに用いるには基質特異性が必ずしも十分とはいえなかった。また既知の直接電子移動型GDHは、メディエーターに類似する役割を果たす電子伝達ドメインを必要とし、それ故酵素の分子量が大きく酵素の安定性や生産性等の問題があった。さらに、該酵素はバークホルデリア セパシア由来の膜結合性酵素のため、該酵素のサブユニット又は該酵素を得るためには、可溶化の処理等、煩雑な処理が必要とされる。その上、可溶化処理をした物は不安定であり、乾燥させる等の取扱いを行うと該酵素又はそのサブユニット構造を維持することは難しい。
タンパク質に鉄硫黄クラスターを導入した例としては非特許文献4が挙げられる。非特許文献4では、ストレプトコッカス由来プロテインGの免疫グロブリン結合B1ドメイン中の4つのアミノ酸残基をそれぞれシステイン残基に置換することで鉄硫黄クラスターを導入したことを記載している。非特許文献4によると設計された鉄硫黄クラスター含有タンパク質は不安定であると記載されている。
特許第4107386号明細書(国際公開第2002/036779号) 特許第4359595号明細書(国際公開第2005/023111号)
The Journal of Physical Chemistry, 91(6), 1285−9 , 1987 日本結晶学会誌,52,174−183,2010 低温科学,67, 245−247, 2009 Protein Science, 7, 1939−1946, 1998
本発明は、上記の問題を解消しうる、電子移動特性が改変されたグルコースデヒドロゲナーゼを提供することを課題とする。
本発明者らは、上記の課題を解決するために鋭意努力した結果、電極表面にメディエーターを固定化するのではなく、グルコースデヒドロゲナーゼにアミノ酸置換を導入しようと考えた。シトクロムドメインを有しない種類のグルコースデヒドロゲナーゼにアミノ酸置換を行ったところ、驚くべきことに、電子移動特性が改変されたグルコースデヒドロゲナーゼを取得し、これを一実施形態として包含する本発明を完成させた。
すなわち本発明は以下の実施形態を包含する。
[1] 少なくとも1つのアミノ酸置換を有し、酵素から電極へ直接電子移動が可能な、シトクロムドメインを有しないグルコースデヒドロゲナーゼ変異体、又は
配列番号1の457位〜477位若しくは461〜477位からなる領域若しくはこれに対応する領域に少なくとも1つのアミノ酸置換を有し、かつ、電子移動特性が改変された、シトクロムドメインを有しないグルコースデヒドロゲナーゼ変異体。
[2] 酵素から電極へ直接電子移動が可能なグルコースデヒドロゲナーゼ変異体が、配列番号1の457位〜477位若しくは461〜477位からなる領域に少なくとも1つのアミノ酸置換を有する、1に記載の変異体。
[3] 配列番号1に示すアミノ酸配列における464位、470位及び472位に対応する位置の1以上にアミノ酸置換を有する、1又は2に記載のグルコースデヒドロゲナーゼ変異体。
[4] 前記のグルコースデヒドロゲナーゼにおいて、当該グルコースデヒドロゲナーゼの全長アミノ酸配列が配列番号1のアミノ酸配列と70%以上のアミノ酸配列同一性を有し、配列番号1の32〜34位、58〜62位、106〜109位、111〜116位、119〜126位、132〜134位、136〜144位、150〜153位、167〜171位、222〜225位、253〜262位、277〜281位、301〜303位、305〜312位、314〜319位、324〜326位、332〜337位、339〜346位、388〜390位、415〜417位、454〜456位、486〜491位、508〜511位、564〜567位、570〜574位、584〜586位、592〜594位、597〜599位、601〜604位、607〜609位、611〜617位、及び625〜630位のアミノ酸配列からなる相同性領域におけるアミノ酸配列と当該グルコースデヒドロゲナーゼの対応する位置の相同性領域におけるアミノ酸配列とが90%以上のアミノ酸配列同一性を有し、かつ酵素から電極への直接電子移動が可能なグルコースデヒドロゲナーゼ活性を有する、1〜3のいずれか1項に記載のグルコースデヒドロゲナーゼ変異体。
[5] 配列番号1に示すアミノ酸配列における464位に対応する位置のアミノ酸が極性アミノ酸又はアラニンに置換されている、
配列番号1に示すアミノ酸配列における470位に対応する位置のアミノ酸が極性アミノ酸又はアラニンに置換されている、及び/又は
配列番号1に示すアミノ酸配列における472位に対応する位置のアミノ酸が極性アミノ酸又はアラニンに置換されている、3または4に記載のグルコースデヒドロゲナーゼ変異体。
[6] 配列番号1に示すアミノ酸配列における464位に対応する位置のアミノ酸がシステイン、アスパラギン酸、ヒスチジン、セリン、アラニン、トレオニンからなる群より選択されるアミノ酸に置換されている、
配列番号1に示すアミノ酸配列における470位に対応する位置のアミノ酸がシステイン、アスパラギン酸、ヒスチジン、セリン、アラニン、トレオニン、アルギニンからなる群より選択されるアミノ酸に置換されている、及び/又は
配列番号1に示すアミノ酸配列における472位に対応する位置のアミノ酸がシステイン、アスパラギン酸、ヒスチジン、セリンからなる群より選択されるアミノ酸に置換されている、3〜5のいずれか1項に記載のグルコースデヒドロゲナーゼ変異体。
[7] 配列番号1に示すアミノ酸配列における464位、470位又は472位に対応する位置の2つまたは3つのアミノ酸がシステインに置換されている、
配列番号1に示すアミノ酸配列における464位、470位又は472位に対応する位置の2つまたは3つのアミノ酸がアスパラギン酸に置換されている、或いは
配列番号1に示すアミノ酸配列における464位、470位又は472位に対応する位置の2つまたは3つのアミノ酸がヒスチジンに置換されている、
5又は6に記載のグルコースデヒドロゲナーゼ変異体。
[8] (i) グルコースデヒドロゲナーゼのアミノ酸配列を、配列番号1記載のアミノ酸配列とアライメントしたときに、配列番号1の457位〜477位若しくは461〜477位からなる領域若しくはこれに対応する領域中に少なくとも1、2又は3つの極性アミノ酸若しくはアラニン置換を有するか又はシステイン、アスパラギン酸、ヒスチジン、セリン、アラニン、トレオニン及びアルギニンからなる群より選択されるアミノ酸置換を有するか、配列番号1の461位〜476位の領域若しくはこれに対応する領域中にCys−Xaa−Xaa−Xaa−Xaa−Xaa−Cys−Xaa−Cysからなるモチーフ配列を有するか、又は配列番号1に示すアミノ酸配列における464位、470位及び472位に対応する位置の少なくとも1、2又は3つに極性アミノ酸若しくはアラニン置換を有するか又はシステイン、アスパラギン酸、ヒスチジン、セリン、アラニン、トレオニン及びアルギニンからなる群より選択されるアミノ酸置換を有し、かつ、酵素から電極への直接電子移動が可能なグルコースデヒドロゲナーゼ活性を有するグルコースデヒドロゲナーゼ、
(ii) 前記(i)のグルコースデヒドロゲナーゼにおいて、前記のアミノ酸置換が導入された位置以外の位置における1又は数個のアミノ酸が置換、欠失又は付加されたアミノ酸配列を有し、かつ酵素から電極への直接電子移動が可能なグルコースデヒドロゲナーゼ活性を有するグルコースデヒドロゲナーゼ、
(iii) 前記(i)のグルコースデヒドロゲナーゼにおいて、当該グルコースデヒドロゲナーゼの全長アミノ酸配列が配列番号1のアミノ酸配列と70%以上のアミノ酸配列同一性を有し、配列番号1の32〜34位、58〜62位、106〜109位、111〜116位、119〜126位、132〜134位、136〜144位、150〜153位、167〜171位、222〜225位、253〜262位、277〜281位、301〜303位、305〜312位、314〜319位、324〜326位、332〜337位、339〜346位、388〜390位、415〜417位、454〜456位、486〜491位、508〜511位、564〜567位、570〜574位、584〜586位、592〜594位、597〜599位、601〜604位、607〜609位、611〜617位、及び625〜630位のアミノ酸配列からなる相同性領域におけるアミノ酸配列と当該グルコースデヒドロゲナーゼの対応する位置の相同性領域におけるアミノ酸配列とが90%以上のアミノ酸配列同一性を有し、かつ酵素から電極への直接電子移動が可能なグルコースデヒドロゲナーゼ活性を有する、
(iv) 配列番号1のアミノ酸配列の464位、470位及び472位に対応する位置のアミノ酸残基がシステインである、
(v) 配列番号1のアミノ酸配列の464位、470位及び472位に対応する位置のアミノ酸残基がアスパラギン酸である、或いは
(vi) 配列番号1のアミノ酸配列の464位、470位及び472位に対応する位置のアミノ酸残基がヒスチジンである、
1〜4のいずれか1項に記載のグルコースデヒドロゲナーゼ。
[9] 前記グルコースデヒドロゲナーゼが、ムコール(Mucor)属、アブシジア(Absidia)属、アクチノムコール(Actinomucor)属、カラクサケカビ(Circinella)属、ムコール・プライニ(Mucor prainii)、ムコール・シルシネロイデス(Mucor circinelloides)、ムコール・ヒエマリス(Mucor hiemalis)、ムコール・サブチリスマス(Mucor subtilissimus)、ムコール・ギリエルモンディ(Mucor guilliermondii)、ムコール・ジャバニカス(Mucor javanicus)、ムコール・ダイモルフォスポラス(Mucor dimorphosporus)、アブシジア・シリンドロスポラ(Absidia cylindrospora)、アブシジア・ヒアロスポラ(Absidia hyalospora)、アクチノムコール・エレガンス(Actinomucor elegans)、シルシネラ・シンプレックス(Circinella simplex)、シルシネラ属種(Circinella sp.)、シルシネラ・アンガレンシス(Circinella angarensis)、シルシネラ・シネンシス(Circinella chinensis)、シルシネラ・ラクリミスポラ(Circinella lacrymispora)、シルシネラ・マイナー(Circinella minor)、シルシネラ・ムコロイデス(Circinella mucoroides)、シルシネラ・リジダ(Circinella rigida)、シルシネラ・アンベラータ(Circinella umbellata)又はシルシネラ・ムスカエ(Circinella muscae)由来である、1〜8のいずれか1項に記載のグルコースデヒドロゲナーゼ。
[10] 酵素から電極へ直接電子移動が可能な、1〜9のいずれか1項に記載のグルコースデヒドロゲナーゼ。
[11] 以下の特性、
作用:グルコース脱水素酵素活性を示し、メディエーターの不在下で酵素から電極への直接的な電子移動が可能である、
分子量:タンパク質のポリペプチド鎖部分の一次配列に基づく推定分子量が約70kDaであるか又はSDS−ポリアクリルアミド電気泳動で測定したときの分子量が約80kDaである、
基質特異性:D−グルコースに対する反応性と比較して、マルトース及びD−キシロースに対する反応性が低い、
補因子特性:フラビン結合型であり、かつ、分子内に少なくとも1つのアミノ酸置換を有する、
を備える、1〜10のいずれか1項に記載のグルコースデヒドロゲナーゼ。
[12] (a)1〜11のいずれか1項に記載のグルコースデヒドロゲナーゼをコードするDNA、
(b) 配列番号12に示すアミノ酸配列をコードするDNA、
(c) 配列番号13に示す塩基配列を有するDNA、或いは
(d) 配列番号13に示す塩基配列と65%以上の配列同一性(相同性)を有する塩基配列を有し、かつ、メディエーターの不在下で直接電子移動が可能なグルコースデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質をコードするDNA、
からなる電子移動特性が改変されたグルコースデヒドロゲナーゼをコードする遺伝子。
[13] 12に記載の遺伝子を含む、ベクター。
[14] 13記載のベクターを含む、宿主細胞。
[15] 以下の工程:
14に記載の宿主細胞を培養する工程、
前記宿主細胞中に含まれるグルコースデヒドロゲナーゼ遺伝子を発現させる工程、及び
前記培養物からグルコースデヒドロゲナーゼを回収する工程
を含む、グルコースデヒドロゲナーゼを製造する方法。
[16] 1〜11のいずれかに記載のグルコースデヒドロゲナーゼを用いることを特徴とする、グルコース測定方法。
[17] 1〜11のいずれか1項に記載のグルコースデヒドロゲナーゼを含む、グルコース測定キット。
[18] 1〜11のいずれか1項に記載のグルコースデヒドロゲナーゼを含む、グルコースセンサー。
本明細書は本願の優先権の基礎となる日本国特許出願番号2015−214400号の開示内容を包含する。
本発明の効果として、より低濃度のメディエーター存在下で、又はメディエーターを用いることなく、グルコース測定が可能となる。メディエーターは糖尿病患者等に毒性でありうるが、グルコース測定にメディエーターが不要となることから本発明に係るグルコースデヒドロゲナーゼは、体内埋め込み型の連続グルコース測定に用いることができる。また本発明に係るグルコース測定方法は、高価なメディエーター分子を必要としないかその使用量を軽減できるため、低コストである。また本発明に係るグルコースデヒドロゲナーゼは、従来のものよりも使用できる電子受容化合物の種類が広がり、より多くの選択肢を提供することができる。また本発明に係るグルコースデヒドロゲナーゼは、グルコースオキシダーゼと比較して溶存酸素の影響を受けにくいため、より正確にグルコース測定を行うことができる。
各種由来のGDHのマルチプルアライメントを示す。MpGDHはMucor prainii由来GDH(配列番号1)であり、MhGDHはMucor hiemalis由来GDH(配列番号3)であり、MrdGDHはMucor RD056860由来GDH(配列番号4)であり、MsGDHはMucor subtilissimus由来GDH(配列番号5)であり、MgGDHはMucor guilliermondii由来GDH(配列番号6)であり、CsGDHはCircinella simplex由来GDH(配列番号7)であり、CrGDHはCircinella属由来GDH(配列番号8)であり、McGDHはMucor circinelloides由来GDH(配列番号9)である。 図1−1のつづきである。 図1−1のつづきである。 図1−1のつづきである。 MpGDH−M1のクロノアンペロメトリーの測定結果である。 MpGDH−M1/Y464C/V470C/L472C三重変異体のクロノアンペロメトリーの測定結果である。
(本発明に係るグルコースデヒドロゲナーゼ)
第一の実施形態において本発明はグルコースデヒドロゲナーゼ変異体を提供する。ある実施形態において本発明は、アミノ酸置換を有し電子移動特性が改変されたグルコースデヒドロゲナーゼを提供する。ある実施形態において、前記アミノ酸置換は、配列番号1の457位〜477位若しくは461〜477位又はこれに対応する領域への置換であり得る。本明細書において、「電子移動特性が改変された」とは、酵素から電極への電子移動が、未改変の酵素と比較して、促進されていることをいう。電子移動の促進の程度は、未改変酵素と改変酵素とについて、電圧を印加したとき(例えば+300mV(vs. Ag/AgCl)又は+500mV(vs. Ag/AgCl))の応答電流(nA)の比により評価することができる。したがって、あるGDH変異体について「電子移動特性が改変された」とは、未改変の酵素と比較して、電圧を印加したときの応答電流が、例えば20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%、200%、300%、400%、500%、1000%、又は1500%以上増大していることをいう。また、あるGDH変異体について「電子移動特性が改変された」とは、未改変の酵素と比較して、電圧を印加したときの応答電流が、例えば1.2倍、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍、15倍、20倍、25倍、又は30倍以上増大していることをいう。
さらなる実施形態において本発明は、アミノ酸置換を有し、酵素から電極への直接的な電子移動が可能なグルコースデヒドロゲナーゼを提供する。このようなグルコースデヒドロゲナーゼを本明細書において、直接電子移動型グルコースデヒドロゲナーゼということがある。ある実施形態において、前記アミノ酸置換は、配列番号1の457〜477位又はこれに対応する領域への置換であり得る。
直接電子移動型グルコースデヒドロゲナーゼは、フェリシアン化カリウムのようなメディエーターを必要とせず、電子を酵素から直接固相電極へと受け渡し得る。すなわち「直接的な電子移動が可能」とは、電圧を印加したときにメディエーターが存在せずとも、酵素から電極へ電子が受け渡され応答電流が観察されることをいう。特定の理論に拘束されることを望むものではないが、このとき電子は酵素に含まれるFADのような補因子から、または酵素に含まれる置換アミノ酸から、固相電極へと受け渡されると考えられる。このような化学種と固相電極との間の電子移動を異種電子移動(heterogeneous electron transfer)という。電子移動は電子の移動が起こる素反応の一種であり、内圏型(inner sphere)、外圏型(outer sphere)、異種電子移動があるが、本発明における直接電子移動は、酵素から固相電極へと電子が移動すれば、その種類は問わない。なお、ここでいう酵素とは、GDHが人工的な遺伝子操作により別のタンパク質と融合体を形成している場合や、人工的な遺伝子操作を受けたGDHが金属(イオン)若しくは低分子化合物と複合体を形成している場合には、当該融合体又は複合体全体を指す。ある実施形態において本発明のグルコースデヒドロゲナーゼはフラビン結合型GDHである。
ある実施形態において、本発明のグルコースデヒドロゲナーゼは、配列番号1、配列番号10又は配列番号12に示すアミノ酸配列を有するMucor属由来のグルコースデヒドロゲナーゼに基づき作製された、グルコースデヒドロゲナーゼの変異体である。このような変異体の例としては、配列番号1と高い配列同一性(例えば、70%以上、71%以上、72%以上、73%以上、74%以上、75%以上、76%以上、77%以上、78%以上、79%以上、80%以上、81%以上、82%以上、83%以上、84%以上、85%以上、86%以上、87%以上、88%以上、89%以上、90%以上、91%以上、92%以上、93%以上、94%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、例えば99%以上)を有するアミノ酸配列を有するグルコースデヒドロゲナーゼおよび配列番号1のアミノ酸配列において、1から数個のアミノ酸が改変もしくは変異、または、欠失、置換、付加および/または挿入されたアミノ酸配列を有するグルコースデヒドロゲナーゼを挙げることができる。
グルコースデヒドロゲナーゼは天然に広く存在し、微生物や動植物起源の酵素を探索することにより得ることができる。微生物においては、例えば、糸状菌、酵母または細菌等から得ることができる。本発明のグルコースデヒドロゲナーゼは例えば、ケカビ亜門、ケカビ綱、ケカビ目、ケカビ科に分類される微生物、例えばムコール(Mucor)属、アブシジア(Absidia)属、アクチノムコール(Actinomucor)属、カラクサケカビ(Circinella)属などの生物種に由来するGDHに基づき作製されたものでもよい。
ムコール(Mucor)属の微生物としては、ムコール・プライニ(Mucor prainii)、ムコール・シルシネロイデス(Mucor circinelloides)、ムコール・ヒエマリス(Mucor hiemalis)、ムコール・サブチリスマス(Mucor subtilissimus)、ムコール・ギリエルモンディ(Mucor guilliermondii)、ムコール・ジャバニカス(Mucor javanicus)、ムコール・ダイモルフォスポラス(Mucor dimorphosporus)が挙げられる。Absidia属の微生物としては、アブシジア・シリンドロスポラ(Absidia cylindrospora)、アブシジア・ヒアロスポラ(Absidia hyalospora)を挙げることができる。Actinomucor属微生物としては、アクチノムコール・エレガンス(Actinomucor elegans)を挙げることができる。カラクサケカビ(Circinella)属の微生物としては、シルシネラ・シンプレックス(Circinella simplex)、シルシネラ属種(Circinella sp.)、シルシネラ・アンガレンシス(Circinella angarensis)、シルシネラ・シネンシス(Circinella chinensis)、シルシネラ・ラクリミスポラ(Circinella lacrymispora)、シルシネラ・マイナー(Circinella minor)、シルシネラ・ムコロイデス(Circinella mucoroides)、シルシネラ・リジダ(Circinella rigida)、シルシネラ・アンベラータ(Circinella umbellata)及びシルシネラ・ムスカエ(Circinella muscae)を挙げることができる。
本発明のGDH変異体が由来するGDHは、天然においてシトクロムドメインを有しない種類のものである。したがって天然においてシトクロムドメインを有するGDHは、本発明から除かれる。また、本発明のGDHは水溶性であり、膜結合性GDHは除かれる。
(アミノ酸置換を導入する領域)
本発明のグルコースデヒドロゲナーゼ変異体は、グルコースデヒドロゲナーゼの特定領域にアミノ酸置換を導入することにより得ることができる。ある実施形態において前記特定領域は、配列番号1の457〜477位、461〜476位若しくは461〜477位の領域、又はこれに対応する領域である。
ある実施形態では、グルコースデヒドロゲナーゼの特定領域のアミノ酸配列に関し、少なくとも1、2又は3つのアミノ酸残基を極性アミノ酸又はアラニン、例えばシステイン、アスパラギン酸、ヒスチジン、セリン、トレオニン、又はアラニンに置換することができる。ある実施形態において、本発明のグルコースデヒドロゲナーゼ変異体は、配列番号1に示すアミノ酸配列における457〜477位若しくは461位〜477位の領域又はこれらに対応する領域中に少なくとも1、2、又は3つのアミノ酸置換、例えばシステイン、セリン、アラニン、アスパラギン酸、トレオニン、アルギニン又はヒスチジンへのアミノ酸置換を有するものであり得る。別の実施形態において、本発明のグルコースデヒドロゲナーゼ変異体は、配列番号1に示すアミノ酸配列における461位〜476位の領域中にCys−Xaa−Xaa−Xaa−Xaa−Xaa−Cys−Xaa−Cysからなるモチーフ配列(配列番号14、配列中、Xaaは任意のアミノ酸残基を表す)を有するか、又は配列番号1に示すアミノ酸配列における464位、470位及び472位に対応する位置のアミノ酸がいずれもシステインであるか、いずれもアスパラギン酸であるか、いずれもヒスチジンである。
本発明のグルコースデヒドロゲナーゼ変異体は、配列番号1に示すアミノ酸配列において、上記の特定領域へのアミノ酸置換を有し得る。さらに、本発明のグルコースデヒドロゲナーゼ変異体は、それらの置換アミノ酸以外の位置で、さらに1または数個(例えば1〜15個、1〜10個、1〜5個、例えば1〜3個)のアミノ酸が欠失、挿入、付加および/または置換されていてもよい。さらに本発明は、上記の特定領域へのアミノ酸置換のほかに、基質特異性や熱安定性等の性質を向上するアミノ酸の置換変異を有してもよく、配列番号1に示すアミノ酸配列における前記置換したアミノ酸以外のアミノ酸を除いた部分のアミノ酸配列に対して、70%以上、71%以上、72%以上、73%以上、74%以上、75%以上、76%以上、77%以上、78%以上、79%以上、80%以上、81%以上、82%以上、83%以上、84%以上、85%以上、86%以上、87%以上、88%以上、89%以上、90%以上、91%以上、92%以上、93%以上、94%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、例えば99%以上のアミノ酸配列同一性を有し、グルコースデヒドロゲナーゼ活性を有し、電子移動特性が改変されたGDHを包含する。該電子移動特性が改変されたGDHは直接電子移動型GDHを包含する。
ある実施形態において本発明の電子移動特性が改変されたGDHは、配列番号1で示されるアミノ酸配列、または該アミノ酸配列と例えば70%以上、71%以上、72%以上、73%以上、74%以上、75%以上、76%以上、77%以上、78%以上、79%以上、80%以上、81%以上、82%以上、83%以上、84%以上、85%以上、86%以上、87%以上、88%以上、89%以上、90%以上、91%以上、92%以上、93%以上、94%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、例えば99%以上の同一性を有するアミノ酸配列、または該アミノ酸配列において1もしくは数個のアミノ酸が欠失、置換もしくは付加されたアミノ酸配列を有し、グルコースデヒドロゲナーゼ活性を有し、かつ、配列番号1のアミノ酸配列における457〜477位若しくは461位〜477位又はこれに対応する領域中に少なくとも1、2、又は3つのアミノ酸置換、例えば極性アミノ酸若しくはアラニンへの置換、又は、システイン、セリン、アラニン、アスパラギン酸、トレオニン若しくはヒスチジンへのアミノ酸置換を有するか、配列番号1のアミノ酸配列における461位〜476位若しくはこれに対応する領域中にCys−Xaa−Xaa−Xaa−Xaa−Xaa−Cys−Xaa−Cysからなるモチーフ配列を有するか、又は配列番号1に示すアミノ酸配列における464位、470位及び472位に対応する位置にシステイン、アスパラギン酸若しくはヒスチジン残基を有する。
(対応する領域)
配列番号1に示すアミノ酸配列における461位〜477位の領域に対応する領域とは、配列番号1のアミノ酸配列とアライメントさせたときに配列番号1のアミノ酸配列の461位〜477位の領域に対応する他の生物種由来のGDHのアミノ酸配列における領域をいう。配列番号1のアミノ酸配列における457位〜477位の領域に対応する領域とは、配列番号1のアミノ酸配列とアライメントさせたときに配列番号1のアミノ酸配列の457位〜477位の領域に対応する他の生物種由来のGDHのアミノ酸配列における領域をいう。
「対応する領域」を特定する方法としては、例えば、まずリップマン−パーソン法等の公知のアルゴリズムを用いてアミノ酸配列を比較し、各GDHのアミノ酸配列中に存在する保存アミノ酸残基に最大の同一性を与えるマルチプルアライメントを行う。GDHのアミノ酸配列をこのような方法で整列させることにより、アミノ酸配列中にある挿入、欠失にかかわらず、相同アミノ酸残基の各GDH配列における配列中の位置を決めることができる。ついで場合により、公知の二次構造予測アルゴルズム等を用いてαヘリックスやβシート、コイルなどの二次構造を予測することができる。
例えば配列番号1に示すアミノ酸配列または適当なGDHのアミノ酸配列について、二次構造予測アルゴリズムを用いることにより、その二次構造を予測することができる。二次構造予測ツールとしては、JNetアルゴリズムを実装したJpred 3(Cole CらThe Jpred 3 secondary structure prediction server. Nucleic Acids Res. 2008,:W197−201)やJpred4(Drozdetskiy Aら(2015) JPred4: a protein secondary structure prediction server, Nucleic Acids Res., doi:10.1093/nar/gkv332)が挙げられる。Jpred 3を用いてMpGDH(配列番号1)について二次構造予測を行うと、配列番号1に示すアミノ酸配列における456位〜460位及び477位〜483位はβストランド構造と予測されるが(Satakeら、J. Biosci. Bioeng., (2015), Vol. 120, Issue 5, Nov 2015, 498−503)、461位〜476位の領域はβストランド構造やαヘリックス構造が存在するとは予測されない。同様にJpred 4では配列番号1の461位〜477位の領域はβストランド構造やαヘリックス構造が存在するとは予測されない。Jpred 3とJpred 4とで予測が異なる場合はJpred 4の予測を優先するものとする。
配列番号1に示すアミノ酸配列における461位〜477位の領域に対応する領域としては、
配列番号3に示すアミノ酸配列における458位〜474位、
配列番号4に示すアミノ酸配列における458位〜474位、
配列番号5に示すアミノ酸配列における461位〜477位、
配列番号6に示すアミノ酸配列における456位〜472位、
配列番号7に示すアミノ酸配列における460位〜476位、
配列番号8に示すアミノ酸配列における460位〜476位、及び
配列番号9に示すアミノ酸配列における462位〜478位、が挙げられるが、これに限定されない。その他のGDHについても、例えば、Satakeら(J. Biosci. Bioeng., (2015), Vol. 120, Issue 5, Nov 2015, 498−503)に記載のアライメントを行うことにより、配列番号1に示すアミノ酸配列における461位〜477位の領域に対応する領域を明らかにすることができる。
対応する領域は、三次元構造中で同一または類似する領域を占めると考えられ、対象となるGDHにおいて同様の領域を形成しうると合理的に推定される。
配列番号1に示すアミノ酸配列における457位〜477位の領域に対応する領域としては、
配列番号3に示すアミノ酸配列における454位〜474位、
配列番号4に示すアミノ酸配列における454位〜474位、
配列番号5に示すアミノ酸配列における457位〜477位、
配列番号6に示すアミノ酸配列における452位〜472位、
配列番号7に示すアミノ酸配列における456位〜476位、
配列番号8に示すアミノ酸配列における456位〜476位、及び
配列番号9に示すアミノ酸配列における458位〜478位、が挙げられるが、これに限定されない。その他のGDHについても、例えば、Satakeら(J. Biosci. Bioeng., (2015), Vol. 120, Issue 5, Nov 2015, 498−503)に記載のアライメントを行うことにより、配列番号1に示すアミノ酸配列における461位〜477位若しくは457位〜477位の領域に対応する領域を明らかにすることができる。
図1に種々の公知の生物種由来のGDHのアミノ酸配列とそのアライメントを示す。最上段は配列番号1のアミノ酸配列である。これを公知のアルゴリズムを用いて各種由来のGDHと整列させた。配列番号1のアミノ酸配列を有するMucor属由来のGDHの457〜477位若しくは461位〜477位に対応する領域、並びに464位、470位及び472位にそれぞれ対応する位置を特定することができる。
ある実施形態において本発明の電子移動特性が改変されたGDHは、配列番号1のアミノ酸配列における461位〜476位、461位〜477位、若しくは457位〜477位に対応する領域に少なくとも3つのシステイン残基を有する。このとき、配列番号1のアミノ酸配列における461位〜476位の領域に対応する領域はCys−Xaa−Xaa−Xaa−Xaa−Xaa−Cys−Xaa−Cysからなるモチーフ配列(配列番号14)を有しうる。配列中、Xaaは任意のアミノ酸でありうる。
(対応する位置)
ある実施形態において本発明の電子移動特性が改変されたGDHは、配列番号1に示すアミノ酸配列における464位、470位及び472位に対応する位置に1、2、または3つのアミノ酸置換、例えばシステイン、セリン、アラニン、アスパラギン酸、トレオニン又はヒスチジンへのアミノ酸置換を有する。配列番号1に示すアミノ酸配列におけるこれらの位置に対応する位置は、上記の対応する領域を特定する方法と同様に特定することができる。
配列番号1に示すアミノ酸配列における464位、470位、及び472位に対応する位置は、対象のGDHのアミノ酸配列を配列番号1のGDHのアミノ酸配列と比較した場合に、配列番号1の464位、470位、及び472位にそれぞれ対応する位置を意味する。ムコール(Mucor)属やカラクサケカビ(Circinella)属の所定のGDHであれば図1などからこれらを特定することができる。配列番号1のGDHと相同性(同一性)を有するGDHであれば同様の手法によりそれぞれの対応する位置を特定することができる。
(a)配列番号1のアミノ酸配列における464位に対応する位置は、
Mucor hiemalis由来GDH(MhGDH、配列番号3)では461位、
Mucor RD056860由来GDH(MrdGDH、配列番号4)では461位、
Mucor subtilissimus由来GDH(MsGDH、配列番号5)では464位、
Mucor guilliermondii由来GDH(MgGDH、配列番号6)では459位、
Circinella simplex由来GDH(CsGDH、配列番号7)では463位、
Circinella属由来GDH(CrGDH、配列番号8)では463位、
Mucor circinelloides由来GDH(McGDH、配列番号9)では465位である。
(b)配列番号1のアミノ酸配列における470位に対応する位置は、
Mucor hiemalis由来GDH(MhGDH、配列番号3)では467位、
Mucor RD056860由来GDH(MrdGDH、配列番号4)では467位、
Mucor subtilissimus由来GDH(MsGDH、配列番号5)では470位、
Mucor guilliermondii由来GDH(MgGDH、配列番号6)では465位、
Circinella simplex由来GDH(CsGDH、配列番号7)では469位、
Circinella属由来GDH(CrGDH、配列番号8)では469位、
Mucor circinelloides由来GDH(McGDH、配列番号9)では471位である。
(c)配列番号1のアミノ酸配列における472位に対応する位置は、
Mucor hiemalis由来GDH(MhGDH、配列番号3)では469位、
Mucor RD056860由来GDH(MrdGDH、配列番号4)では469位、
Mucor subtilissimus由来GDH(MsGDH、配列番号5)では472位、
Mucor guilliermondii由来GDH(MgGDH、配列番号6)では467位、
Circinella simplex由来GDH(CsGDH、配列番号7)では471位、
Circinella属由来GDH(CrGDH、配列番号8)では471位、
Mucor circinelloides由来GDH(McGDH、配列番号9)では473位である。
(a)場合により配列番号1のアミノ酸配列における464位に対応する位置のアミノ酸は、極性アミノ酸又はアラニンへと置換されてもよい。本明細書において極性アミノ酸とはシステイン、セリン、トレオニン、アスパラギン、グルタミン、アスパラギン酸、グルタミン酸、ヒスチジン、アルギニン、リシン、グリシン及びチロシンをいう。
(b)場合により配列番号1のアミノ酸配列における470位に対応する位置のアミノ酸は、極性アミノ酸又はアラニンへと置換されてもよい。
(c)場合により配列番号1のアミノ酸配列における472位に対応する位置は、極性アミノ酸又はアラニンへと置換されてもよい。
(a−1)場合により配列番号1のアミノ酸配列における464位に対応する位置のアミノ酸は、システイン、セリン、アラニン、アスパラギン酸、トレオニン、又はヒスチジンへと置換されてもよい。
(b−1)場合により配列番号1のアミノ酸配列における470位に対応する位置のアミノ酸は、システイン、アラニン、セリン、トレオニン、アスパラギン酸、アルギニン、又はヒスチジンへと置換されてもよい。
(c−1)場合により配列番号1のアミノ酸配列における472位に対応する位置は、システイン、セリン、アスパラギン酸、又はヒスチジンへと置換されてもよい。
上記の(a)、(b)、(c)、(a−1)、(b−1)、及び(c−1)は任意に組み合わせてもよい。例えば変異体は(a)及び(b)の置換を有してもよく、(b)及び(c)の置換を有してもよく、(c)及び(a)の置換を有してもよく、(a)、(b)、及び(c)置換を有してもよい。便宜上、位置xxxのアミノ酸Aをアミノ酸Aへと置換する変異をAxxxAと記載する。例えば464位のチロシンをシステインへと置換する変異をY464Cと記載する。また二重変異体については、第1の変異と第2の変異を「/」記号で示す。例えば本発明のGDHは、配列番号1のアミノ酸配列について、Y464C/V470C、Y464C/L472C、又はV470C/L472C変異を有し得る。同様に本発明は以下の変異体を提供するが、変異体はこれに限らない:
Y464C/V470C、Y464C/L472C、V470C/L472C、Y464S/V470S、Y464S/L472S、V470S/L472S、Y464H/V470H、Y464H/L472H、V470H/L472H、Y464A/V470A、Y464A/L472A、V470A/L472A、Y464T/V470T、Y464T/L472T、V470T/L472T、Y464R/V470R、Y464R/L472R、V470R/L472R、Y464D/V470D、Y464D/L472D、V470D/L472D、Y464C/V470C/L472C、Y464C/V470C/L472S、Y464C/V470S/L472C、Y464S/V470C/L472C、Y464C/V470S/L472S、Y464S/V470C/L472S、Y464S/V470S/L472C、Y464S/V470S/L472S、
Y464C/V470C/L472D、Y464C/V470D/L472C、Y464D/V470C/L472C、Y464C/V470D/L472D、Y464D/V470C/L472D、Y464D/V470D/L472C、Y464D/V470D/L472D、Y464D/V470D/L472S、Y464D/V470S/L472D、Y464S/V470D/L472D、Y464D/V470S/L472S、Y464S/V470D/L472S、Y464S/V470S/L472D、
Y464C/V470C/L472H、Y464C/V470H/L472C、Y464H/V470C/L472C、Y464C/V470H/L472H、Y464H/V470C/L472H、Y464H/V470H/L472C、Y464S/V470S/L472H、Y464S/V470H/L472S、Y464H/V470S/L472S、Y464S/V470H/L472H、Y464H/V470S/L472H、Y464H/V470H/L472S、
Y464D/V470D/L472H、Y464D/V470H/L472D、Y464H/V470D/L472D、Y464D/V470H/L472H、Y464H/V470D/L472H、Y464H/V470H/L472D、
Y464D/V470R/L472H、Y464D/V470S/L472H、Y464H/V470H/L472H、Y464T/V470T/L472T、Y464A/V470A/L472A。
本明細書において、グルコースデヒドロゲナーゼ中の、配列番号1に示すアミノ酸配列における464位、470位及び472位に対応する位置に関し、「アミノ酸が置換されている」とは、当該グルコースデヒドロゲナーゼのその位置における野生型アミノ酸は除かれ、野生型アミノ酸以外のアミノ酸に置換されていることをいう。例えば一部のGDHにおいて、配列番号1の470位に対応する位置のアミノ酸はアラニンである(例えばMrdGDH、配列番号4)。このようなGDHについては、配列番号1のアミノ酸配列における470位に対応する位置のアミノ酸置換からアラニンは除かれ、当該位置のアミノ酸はアラニン以外のアミノ酸、例えば極性アミノ酸へと置換されてもよい。例えば一部のGDHにおいて、配列番号1の472位に対応する位置のアミノ酸はリシンである(例えばMgGDH、配列番号6)。このようなGDHについては、配列番号1のアミノ酸配列における472位に対応する位置のアミノ酸置換からリシンは除かれ、当該位置のアミノ酸はリシン以外の極性アミノ酸又はアラニンへと置換されてもよい。例えば一部のGDHにおいて、配列番号1の464位に対応する位置のアミノ酸はチロシンである(例えば図1−3参照)。このようなGDHについては、配列番号1のアミノ酸配列における464位に対応する位置のアミノ酸置換からチロシンは除かれ、当該位置のアミノ酸はチロシン以外の極性アミノ酸又はアラニンへと置換されてもよい。配列番号1の464位に対応する位置のアミノ酸がチロシンではないGDH(例えばSatakeら、J. Biosci. Bioeng., (2015), Vol. 120, Issue 5, Nov 2015, 498-503参照)については、当該位置のアミノ酸は、チロシンへと置換されてもよい。
(相同性領域について)
アミノ酸配列の同一性又は類似性は、GENETYX Ver.11(ゼネティックス社製)のマキシマムマッチングやサーチホモロジー等のプログラムまたはDNASIS Pro(日立ソリューションズ社製)のマキシマムマッチングやマルチプルアライメント等のプログラムにより計算することができる。アミノ酸配列同一性を計算するために、2以上のGDHをアライメントしたときに、該2以上のGDHにおいて同一であるアミノ酸の位置を調べることができる。こうした情報を基に、アミノ酸配列中の同一領域を決定できる。
また、2以上のGDHにおいて類似であるアミノ酸の位置を調べることもできる。例えばCLUSTALWを用いて複数のアミノ酸配列をアライメントすることができ、この場合、アルゴリズムとしてBlosum62を使用し、複数のアミノ酸配列をアライメントしたときに類似と判断されるアミノ酸を類似アミノ酸と呼ぶことがある。本発明の変異体において、アミノ酸置換はこのような類似アミノ酸の間の置換によるものであり得る。こうしたアライメントにより、複数のアミノ酸配列について、アミノ酸配列が同一である領域及び類似アミノ酸によって占められる位置を調べることができる。こうした情報を基に、アミノ酸配列中の相同性領域(保存領域)を決定できる。
本明細書において「相同性領域」とは、2以上のGDHをアライメントしたときに、ある基準となるGDHと比較対象のGDHの対応する位置におけるアミノ酸が同一であるか又は類似アミノ酸からなる領域であって、連続する3以上、4以上、5以上、6以上、7以上、8以上、9以上又は10以上のアミノ酸からなる領域をいう。例えば、図1では全長アミノ酸配列の配列同一性が70%以上であるGDHをアライメントした。このうち、配列番号1で示されるMucor属GDHを基準として第31位〜41位は同一又アミノ酸からなり、よって相同性領域に該当する。同様に、配列番号1で示されるMucor属GDHを基準として58〜62位、71〜85位、106〜116位、119〜127位、132〜134位、136〜144位、150〜157位、167〜171位、219〜225位、253〜262位、277〜281位、301〜303位、305〜312位、314〜319位、324〜326位、332〜337位、339〜346位、348〜354位、388〜394位、415〜417位、454〜456位、478〜484位、486〜491位、508〜511位、564〜579位、584〜586位、592〜605位、607〜617位、及び625〜630位は相同性領域に該当しうる。
ある実施形態において、GDHの相同性領域は、配列番号1で示されるMucor属GDHを基準として、32〜38位、58〜62位、76〜82位、106〜109位、111〜116位、119〜126位、132〜134位、136〜144位、150〜153位、167〜171位、222〜225位、253〜262位、277〜281位、301〜303位、305〜312位、314〜319位、324〜326位、332〜337位、339〜346位、348〜354位、388〜390位、415〜417位、454〜456位、478〜482位、486〜491位、508〜511位、564〜〜567位、570〜579位、584〜586位、592〜595位、597〜599位、601〜604位、607〜609位、611〜617位、及び625〜630位のアミノ酸配列からなる領域である。
ある実施形態において、GDHの相同性領域は、配列番号1で示されるMucor属GDHを基準として、32〜34位、58〜62位、106〜109位、111〜116位、119〜126位、132〜134位、136〜144位、150〜153位、167〜171位、222〜225位、253〜262位、277〜281位、301〜303位、305〜312位、314〜319位、324〜326位、332〜337位、339〜346位、388〜390位、415〜417位、454〜456位、486〜491位、508〜511位、564〜567位、570〜574位、584〜586位、592〜594位、597〜599位、601〜604位、607〜609位、611〜617位、及び625〜630位のアミノ酸配列からなる領域である。
本発明のGDHは、配列番号1に示されるアミノ酸配列を有するGDHとアライメントしたときに50%以上、55%以上、60%以上、65%以上、70%以上、71%以上、72%以上、73%以上、74%以上、75%以上、76%以上、77%以上、78%以上、79%以上、80%以上、81%以上、82%以上、83%以上、84%以上、85%以上、86%以上、87%以上、88%以上、89%以上、90%以上、91%以上、92%以上、93%以上、94%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、例えば99%以上の全長アミノ酸配列同一性を有し、グルコースデヒドロゲナーゼ活性を有する。さらに、本発明のGDH変異体の相同性領域におけるアミノ酸配列は、配列番号1における相同性領域のアミノ酸配列と80%以上、81%以上、82%以上、83%以上、84%以上、85%以上、86%以上、87%以上、88%以上、89%以上、90%以上、91%以上、92%以上、93%以上、94%以上、95%以上、96%以上、97%以上、98%以上、例えば99%以上の配列同一性を有する。
(さらなる置換)
(GDHの熱安定性を向上させるアミノ酸置換について)
本発明者らは、GDHのアミノ酸残基を置換することによりその熱安定性を向上させることができることを以前に報告した(例えば国際公開2012/169512号を参照のこと。参照によりその全内容を本明細書に組み入れる)。本発明のGDHは、場合により、さらにこのようなアミノ酸置換を有してもよい。
GDHの基質特異性を変化させる又は熱安定性を向上させるアミノ酸の置換として、配列番号1に示すアミノ酸配列における以下の位置に対応する位置へのアミノ酸の置換が挙げられる。
(a)232位
(b)387位
(c)545位
場合により(a)232位に対応する位置のアミノ酸は、アラニン、メチオニン、システイン、グルタミン又はグルタミン酸へと置換されてもよい。
場合により(b)387位のグルタミンに対応する位置のアミノ酸はアラニン、バリン、グリシン、セリン又はシステインへと置換されてもよい。
場合により(c)545位のアラニンに対応する位置のアミノ酸はバリン、トレオニン、セリン、プロリン、アラニン、チロシン、リシン、ヒスチジン、フェニルアラニン又はグルタミン酸へと置換されてもよい。
また、GDHのアミノ酸残基を置換することによりその熱安定性が向上することができることを以前に報告した(例えば国際公開2015/099112号を参照のこと。参照によりその全内容を本明細書に組み入れる)。本発明のGDHは、場合により、さらにこのようなアミノ酸置換を有してもよい。
GDHの熱安定性を向上させるアミノ酸置換として、配列番号1に示すアミノ酸配列における以下の位置に対応する位置へのアミノ酸の置換が挙げられる。
(d)66位
(e)68位
(f)88位
(g)158位
(h)233位
(i)385位
(j)391位
(k)557位
(l)559位
場合により(d)66位に対応する位置のアミノ酸は、チロシンへと置換されてもよい。場合により(e)68位に対応する位置のアミノ酸は、グリシンへと置換されてもよい。場合により(f)88位に対応する位置のアミノ酸は、アラニンへと置換されてもよい。場合により(g)158位に対応する位置のアミノ酸は、ヒスチジンへと置換されてもよい。
場合により(h)233位に対応する位置のアミノ酸は、アルギニンへと置換されてもよい。
場合により(i)385位に対応する位置のアミノ酸は、トレオニンへと置換されてもよい。
場合により(j)391位に対応する位置のアミノ酸は、イソロイシンへと置換されてもよい。
場合により(k)557位に対応する位置のアミノ酸は、バリンへと置換されてもよい。場合により(l)559位に対応する位置のアミノ酸は、リシンへと置換されてもよい。
(GDHの比活性を向上させるアミノ酸置換について)
本発明者らは、GDHのアミノ酸残基を置換することによりその比活性を向上させることができることを以前に報告した(例えば国際公開2015/129475号を参照のこと。参照によりその全内容を本明細書に組み入れる)。本発明のGDHは、場合により、さらにこのようなアミノ酸置換を有してもよい。
GDHの比活性を向上させるアミノ酸の置換として、配列番号1に示すアミノ酸配列における以下の位置に対応する位置へのアミノ酸の置換が挙げられる。
(m)88位
(n)554位
場合により(m)88位に対応する位置のアミノ酸は、アラニンへと置換されてもよい。場合により(n)554位に対応する位置のアミノ酸は、アスパラギン酸へと置換されてもよい。
(本発明のフラビン結合型GDHの酵素化学的特徴)
ある実施形態において、本発明のGDHは以下の性質を有する。
作用:グルコース脱水素酵素活性を示し、メディエーターの不在下で酵素から電極への直接電子移動が可能である、
分子量:タンパク質のポリペプチド鎖部分の一次配列に基づく推定分子量が約70kDaであるか又はSDS−ポリアクリルアミド電気泳動で測定したときの分子量が約80kDaである、
基質特異性:D−グルコースに対する反応性と比較して、マルトース、及びD−キシロースに対する反応性が低い、
補因子特性:フラビン結合型であり、かつ、分子内に、例えば分子内の特定領域に、少なくとも1つのアミノ酸置換を有する。
ある実施形態では、本発明のGDHはさらに、D−グルコースに対する反応性と比較して、D−ガラクトースに対する反応性が低い。本明細書においてD−グルコースに対する反応性と比較して、ある糖に対する反応性が低いとは、D−グルコースに対する活性を100%とした場合に、当該糖に対する活性が5%未満、例えば4%未満、3%未満、2%未満、例えば1.5%未満であることをいう。
分子量は、例えば、GENETYX Ver.11(ゼネティックス社製)やExPASy(http://web.expasy.org/compute_pi/)等のプログラムを用いて、一次配列情報から算出する、あるいはSDS−ポリアクリルアミド電気泳動で測定することができる。例えば、GENETYX Ver.11を用いて算出する場合、配列番号1で示されるアミノ酸配列を有するフラビン結合型GDHの一次配列に基づく推定分子量は、70kDaである。また、例えば、SDS−ポリアクリルアミド電気泳動で測定する場合、配列番号1で示されるアミノ酸配列を有するフラビン結合型GDHの分子量は、約80kDaである。
ある実施形態において本発明は、グルコースデヒドロゲナーゼをコードするDNAを提供する。ある実施形態において本発明は配列番号12に示すアミノ酸配列をコードするDNA、又は配列番号13に示す塩基配列を有するDNAを提供する。ある実施形態において本発明は、配列番号13に示す塩基配列と60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、90%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%又は99%以上の配列同一性(相同性)を有する塩基配列を有し、かつ、メディエーターの不在下で直接電子移動が可能なグルコースデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質をコードするDNAを提供する。
(GDH遺伝子)
GDHをコードする遺伝子を得るには、通常一般的に用いられている遺伝子のクローニング方法が用いられる。例えば、GDH生産能を有する微生物菌体や種々の細胞から常法、例えば、Current Protocols in Molecular Biology(WILEY Interscience,1989)記載の方法により、染色体DNAまたはmRNAを抽出することができる。さらにmRNAを鋳型としてcDNAを合成することができる。このようにして得られた染色体DNAまたはcDNAを用いて、染色体DNAまたはcDNAのライブラリーを作製することができる。
次いで、上記GDHのアミノ酸配列に基づき、適当なプローブDNAを合成し、これを用いて染色体DNAまたはcDNAのライブラリーからGDH遺伝子を選抜する方法、あるいは、上記アミノ酸配列に基づき、適当なプライマーDNAを作製して、5’RACE法や3’RACE法などの適当なポリメラーゼ連鎖反応(PCR法)により、GDHをコードする目的の遺伝子断片を含むDNAを増幅させ、これらのDNA断片を連結させて、目的のGDH遺伝子の全長を含むDNAを得ることができる。
このようにして得られたGDHをコードする遺伝子の例として、Mucor属由来のGDH遺伝子(特許第4648993号に記載のもの)が挙げられる。この遺伝子を改変したものを用いてもよく、例えば国際公開第2012/169512号及び国際公開第2015/099112号に記載の改変遺伝子などが挙げられる。
これらのGDH遺伝子は、各種ベクターに連結または挿入してもよく、染色体やゲノムに組み入れてもよい。ベクターを用いる場合、ベクターへのクローニングには、TA Cloning Kit(インビトロジェン社)やIn−Fusion HD Cloning Kit(クロンテック社)などの市販のキット;pUC119(タカラバイオ社)、pUC18(タカラバイオ社)、pBR322(タカラバイオ社)、pBluescript SK+(ストラタジーン社)、pYES2/CT(インビトロジェン社)などの市販のプラスミドベクターDNA;λEMBL3(ストラタジーン社)などの市販のバクテリオファージベクターDNAが使用できる。該組換え体DNAを用いて、宿主生物、例えば、大腸菌(Escherichia coli)、好ましくは大腸菌 JM109株(タカラバイオ社)や大腸菌 DH5α株(タカラバイオ社)を形質転換する。得られた形質転換体に含まれる組換え体DNAを、QIAGEN Plasmid Mini Kit(キアゲン社)などを用いて精製する。
(GDH遺伝子の変異処理)
公知のGDHから出発し、本発明のGDHを取得する方法として、出発GDH遺伝子に変異を導入し、各種の変異遺伝子から発現されるGDHについて、酵素科学的性質を指標に選択又はスクリーニングを行うことができる。
出発GDH遺伝子の変異処理は、企図する変異形態に応じた、公知の任意の方法で行うことができる。すなわち、GDH遺伝子あるいは当該遺伝子の組み込まれた組換え体DNAと変異原となる薬剤とを接触・作用させる方法;紫外線照射法;遺伝子工学的手法;タンパク質工学的手法;またはこれらの組み合わせ等を広く用いることができる。
上記変異処理に用いられる変異原となる薬剤としては、例えば、ヒドロキシルアミン、N−メチル−N’−ニトロ−N−ニトロソグアニジン、亜硝酸、亜硫酸、ヒドラジン、蟻酸、若しくは5−ブロモウラシル等を挙げることができる。
上記接触・作用の諸条件は、用いる薬剤の種類等に応じた条件をとることが可能であり、現実に所望の変異をGDH遺伝子において惹起することができる限り特に限定されない。通常、好ましくは0.5〜12Mの上記薬剤濃度において、20〜80℃の反応温度下で10分間以上、好ましくは10〜180分間接触・作用させることで、所望の変異を惹起可能である。紫外線照射を行う場合においても、上記の通り常法に従い行うことができる(現代化学、p24〜30、1989年6月号)。
タンパク質工学的手法を駆使する方法としては、一般的に、Site−Specific Mutagenesisとして知られる手法を用いることができる。例えば、Kramer法(Nucleic Acids Res.,12,9441(1984): Methods Enzymol.,154,350(1987): Gene,37,73(1985))、Eckstein法(Nucleic Acids Res.,13,8749(1985): Nucleic Acids Res.,13,8765(1985): Nucleic Acids Res,14,9679(1986))、Kunkel法(Proc. Natl. Acid. Sci. U.S.A.,82,488(1985): Methods Enzymol.,154,367(1987))等が挙げられる。DNA中の塩基配列を変換する具体的な方法としては、例えば市販のキット(Transformer Mutagenesis Kit; Clonetech社,EXOIII/Mung Bean Deletion Kit; Stratagene製, Quick Change Site Directed Mutagenesis Kit; Stratagene製など)の利用が挙げられる。
また、一般的なPCR法(ポリメラーゼチェインリアクション、Polymerase Chain Reaction)として知られる手法を用いることもできる(Technique,1,11(1989))。なお、上記遺伝子改変法の他に、有機合成法または酵素合成法により、直接所望の改変GDH遺伝子を合成することもできる。
上記方法により得られるGDH遺伝子のDNA塩基配列の決定もしくは確認を行う場合には、例えば、マルチキャピラリーDNA解析システムCEQ2000(ベックマン・コールター社製)等を用いることにより行うことができる。
(本発明のGDH遺伝子が挿入されたベクターおよび宿主細胞)
上述のように得られた本発明のGDH遺伝子を、常法により、バクテリオファージ、コスミド、又は原核細胞若しくは真核細胞の形質転換に用いられるプラスミド等のベクターに組み込み、各々のベクターに対応する宿主細胞を常法により、形質転換又は形質導入をすることができる。
原核宿主細胞の一例としては、エッシェリシア属に属する微生物、例えば大腸菌K−12株、エシェリヒア・コリーBL21(DE3)、エシェリヒア・コリーJM109、エシェリヒア・コリーDH5α、エシェリヒア・コリーW3110、エシェリヒア・コリーC600等(いずれもタカラバイオ社製)が利用でき、それらを形質転換し、または、それらに形質導入して、DNAが導入された宿主細胞(形質転換体)を得る。宿主細胞に組み換えベクターを移入する方法としては、例えば宿主細胞がエシェリヒア・コリーに属する微生物の場合には、カルシウムイオンの存在下で組み換えDNAの移入を行う方法などを採用することができる、更にエレクトロポレーション法を用いても良い。更には市販のコンピテントセル(例えばECOS Competent エシェリヒア・コリーBL21(DE3);ニッポンジーン製)を用いても良い。
なお本発明者らは、天然GDHのN末端シグナルペプチドを欠失させることにより、大腸菌等の微生物を宿主とした際に、その生産性を向上させうることを確認している(例えば国際公開2012/169512号を参照)。大腸菌等の微生物を宿主とする場合には、本発明のGDHは場合によりさらにN末端シグナルペプチドを欠失させることができる。
配列番号1で示されるMucor属GDHのN末端シグナルペプチドは、配列番号1における1〜20位のペプチドである。20位のアラニンと21位のグルタミンの間で切断が生じる。このポリペプチドからN末端シグナルペプチドを欠失させるには、20位のアラニンをコードするコドンまたは21位のグルタミンをコードするコドンを開始コドンに置換してもよい。配列番号1と配列同一性を有する他のGDHの、配列番号1の20位または21位に対応する位置についても同様である。
また、例えば、真核宿主細胞の一例としては、酵母が挙げられる。酵母に分類される微生物としては、例えば、チゴサッカロマイセス(Zygosaccharomyces)属、サッカロマイセス(Saccharomyces)属、ピキア(Pichia)属、カンジダ(Candida)属などに属する酵母が挙げられる。挿入遺伝子には、形質転換された細胞を選択することを可能にするためのマーカー遺伝子が含まれていてもよい。マーカー遺伝子としては、例えば、URA3、TRP1のような、宿主の栄養要求性を相補する遺伝子等が挙げられる。また、挿入遺伝子は、宿主細胞中で本発明の遺伝子を発現することのできるプロモーター又はその他の制御配列(例えば、分泌シグナル配列、エンハンサー配列、ターミネーター配列、ポリアデニル化配列等)を含むことが望ましい。プロモーターとしては、具体的には、例えば、GAL1プロモーター、ADH1プロモーター等が挙げられる。酵母への形質転換方法としては、公知の方法、例えば、酢酸リチウムを用いる方法(MethodsMol. Cell. Biol., 5, 255−269(1995))やエレクトロポレーション(J Microbiol Methods 55 (2003)481−484)等を好適に用いることができるが、これに限定されず、スフェロプラスト法やガラスビーズ法等を含む各種任意の手法を用いて形質転換を行えば良い。
また、例えば、真核宿主細胞の他の例としては、アスペルギルス(Aspergillus)属やトリコデルマ(Tricoderma)属のような糸状菌が挙げられる。糸状菌の形質転換体の作製方法は特に限定されず、例えば、常法に従って、GDHをコードする遺伝子が発現する態様で宿主糸状菌に挿入する方法が挙げられる。具体的には、GDHをコードする遺伝子を発現誘導プロモーター及びターミネーターの間に挿入したDNAコンストラクトを作製し、次いでGDHをコードする遺伝子を含むDNAコンストラクトで宿主糸状菌を形質転換することにより、GDHをコードする遺伝子を過剰発現する形質転換体が得られる。本明細書では、宿主糸状菌を形質転換するために作製された、発現誘導プロモーター−GDHをコードする遺伝子−ターミネーターからなるDNA断片及び該DNA断片を含む組換えベクターをDNAコンストラクトと総称してよぶ。
GDHをコードする遺伝子が発現する態様で宿主糸状菌に挿入する方法は特に限定されないが、例えば、相同組換えを利用することにより宿主生物の染色体上に直接的に挿入する手法;プラスミドベクター上に連結することにより宿主糸状菌内に導入する手法などが挙げられる。
相同組換えを利用する方法では、染色体上の組換え部位の上流領域及び下流領域と相同な配列の間に、DNAコンストラクトを連結し、宿主糸状菌のゲノム中に挿入することができる。自身の高発現プロモーター制御下で宿主糸状菌内で過剰発現することにより、セルフクローニングによる形質転換体を得ることができる。高発現プロモーターは特に限定されないが、例えば、翻訳伸長因子であるTEF1遺伝子(tef1)のプロモーター領域、α−アミラーゼ遺伝子(amy)のプロモーター領域、アルカリプロテアーゼ遺伝子(alp)プロモーター領域などが挙げられる。
ベクターを利用する方法では、DNAコンストラクトを、常法により、糸状菌の形質転換に用いられるプラスミドベクターに組み込み、対応する宿主糸状菌を常法により形質転換することができる。
そのような、好適なベクター−宿主系としては、宿主糸状菌中でGDHを生産させ得る系であれば特に限定されず、例えば、pUC19及び糸状菌の系、pSTA14(Mol. Gen. Genet. 218, 99−104, 1989)及び糸状菌の系などが挙げられる。
DNAコンストラクトは宿主糸状菌の染色体に導入して用いることが好ましいが、この他の方法として、自律複製型のベクター(Ozeki et al. Biosci. Biotechnol. Biochem. 59, 1133 (1995))にDNAコンストラクトを組み込むことにより、染色体に導入しない形で用いることもできる。
DNAコンストラクトには、形質転換された細胞を選択することを可能にするためのマーカー遺伝子が含まれていてもよい。マーカー遺伝子は特に限定されず、例えば、pyrG、niaD、adeAのような、宿主の栄養要求性を相補する遺伝子;ピリチアミン、ハイグロマイシンB、オリゴマイシンなどの薬剤に対する薬剤耐性遺伝子などが挙げられる。また、DNAコンストラクトは、宿主細胞中でGDHをコードする遺伝子を過剰発現することを可能にするプロモーター、ターミネーターその他の制御配列(例えば、エンハンサー、ポリアデニル化配列など)を含むことが好ましい。プロモーターは特に限定されないが、適当な発現誘導プロモーターや構成的プロモーターが挙げられ、例えば、tef1プロモーター、alpプロモーター、amyプロモーターなどが挙げられる。ターミネーターもまた特に限定されないが、例えば、alpターミネーター、amyターミネーター、tef1ターミネーターなどが挙げられる。
DNAコンストラクトにおいて、GDHをコードする遺伝子の発現制御配列は、挿入するGDHをコードする遺伝子を含むDNA断片が、発現制御機能を有している配列を含む場合は必ずしも必要ではない。また、共形質転換法により形質転換を行う場合には、DNAコンストラクトはマーカー遺伝子を有しなくてもよい場合がある。
DNAコンストラクトの一実施態様は、例えば、pUC19のマルチクローニングサイトにあるIn−Fusion Cloning Siteに、tef1遺伝子プロモーター、GDHをコードする遺伝子、alp遺伝子ターミネーター及びpyrGマーカー遺伝子を連結させたDNAコンストラクトである。
糸状菌への形質転換方法としては、当業者に知られる方法を適宜選択することができ、例えば、宿主糸状菌のプロトプラストを調製した後に、ポリエチレングリコール及び塩化カルシウムを用いるプロトプラストPEG法(例えば、Mol. Gen. Genet. 218, 99−104, 1989、特開2007−222055号公報などを参照)を用いることができる。形質転換糸状菌を再生させるための培地は、用いる宿主糸状菌と形質転換マーカー遺伝子とに応じて適切なものを用いる。例えば、宿主糸状菌としてアスペルギルス・ソーヤを用い、形質転換マーカー遺伝子としてpyrG遺伝子を用いた場合は、形質転換糸状菌の再生は、例えば、0.5%寒天及び1.2Mソルビトールを含むCzapek−Dox最少培地(ディフコ社)で行うことができる。
また、例えば、本発明の形質転換糸状菌を得るために、相同組換えを利用して、宿主糸状菌が本来染色体上に有するGDHをコードする遺伝子のプロモーターをtef1などの高発現プロモーターへ置換してもよい。この際も、高発現プロモーターに加えて、pyrGなどの形質転換マーカー遺伝子を挿入することが好ましい。例えば、この目的のために、特開2011−239681に記載の実施例1や図1を参照して、GDHをコードする遺伝子の上流領域−形質転換マーカー遺伝子−高発現プロモーター−GDHをコードする遺伝子の全部又は部分からなる形質転換用カセットなどが利用できる。この場合、GDHをコードする遺伝子の上流領域及びGDHをコードする遺伝子の全部又は部分が相同組換えのために利用される。GDHをコードする遺伝子の全部又は部分は、開始コドンから途中の領域を含むものが使用できる。相同組換えに適した領域の長さは0.5kb以上あることが好ましい。
本発明の形質転換糸状菌が作製されたことの確認は、GDHの酵素活性が認められる条件下で本発明の形質転換糸状菌を培養し、次いで培養後に得られた培養物におけるGDHの活性を確認することにより行うことができる。
また、本発明の形質転換糸状菌が作製されたことの確認は、形質転換糸状菌から染色体DNAを抽出し、これを鋳型としてPCRを行い、形質転換が起きた場合に増幅が可能なPCR産物が生じることを確認することにより行ってもよい。
例えば、用いたプロモーターの塩基配列に対するフォワードプライマーと、形質転換マーカー遺伝子の塩基配列に対するリバースプライマーとの組み合わせでPCRを行い、想定の長さの産物が生じることを確認する。
(本発明のGDHを生産する宿主細胞の選抜)
本発明のGDHを生産する形質転換糸状菌を効率よく選抜するためには、例えば、次のような方法を用いてもよい。得られた宿主細胞(形質転換体)がコロニーを形成した0.5%寒天を含む最少培地からコロニーをDPY液体培地(1%(w/v)ポリペプトン、2%(w/v)デキストリン、0.5%(w/v)酵母エキス、0.5%(w/v)KHPO、0.05%(w/v)MgSO・7H0)に植菌し、3日間で振とう培養を行う。得られた培養上清液を、GDHが作用すれば発色または変色する組成とした反応液(グルコース、DCIPまたはシトクロムcを含む10mM リン酸緩衝液(pH7.0))と混合し、DCIP由来紫色またはシトクロムc由来赤褐色の変色の度合を観察する。電子移動にPMS等のメディエーターを必要とするGDHの場合、メディエーターの存在しない反応液では変色する度合が少ないが、電子移動特性が改変された本発明のGDH、例えば直接電子移動が可能なGDHの場合は、反応液の変色する度合が多くなる。これを利用し、野生型GDH生産株が混合された反応液の変色度合との比較により、電子移動特性が改変されたGDH、例えば直接電子移動が可能なGDHを生産する形質転換体を選抜しうる。
また、本発明のGDHを生産する形質転換大腸菌を効率よく選抜するためには、例えば、次のような方法を用いてもよい。得られた宿主細胞(形質転換体)がコロニーを形成したLB寒天培地から、滅菌したビロード生地等で新しい寒天培地にレプリカを数枚とり、培養する。レプリカをとった寒天培地のコロニーが十分な大きさになったら、リゾチーム等の溶菌剤に浸した膜を培地に重ねて、室温で1時間ほど静置し、溶菌させる。このとき、溶菌した粗酵素液が膜に吸着する。
次いで、粗酵素液を吸着させた前記の膜を、35℃、1分〜1時間静置した後、GDHが作用すれば変色する組成とした反応液(グルコース、DCIPまたはシトクロムcを含む10mM リン酸緩衝液(pH7.0))に浸した膜と重ね合わせ、DCIP由来紫色またはシトクロムc由来赤褐色の変色の度合を観察する。電子移動にPMS等のメディエーターを必要とするGDHの場合、メディエーターの存在しない反応液ではコロニーが変色する度合が少ないが、電子移動特性が改変された本発明のGDH、例えば直接電子移動が可能なGDHの場合は、コロニーが変色する度合が多くなる。これを利用し、野生型GDH生産株のコロニーの変色度合との比較により、電子移動特性が改変されたGDH、例えば直接電子移動が可能なGDHを生産する形質転換体を選抜しうる。
必要に応じ、このように見出した電子移動特性が改変されたGDHをコードする遺伝子に対して、さらに変異導入を繰り返し行うことにより、一層優れた改変GDH及びその生産能を有する形質転換体を得ることもできる。
(ハイスループットスクリーニング)
GDHはさらに、機能性GDH変異体を取得するためにハイスループットスクリーニングに供することができる。例えば変異導入したGDH遺伝子を有する形質転換又は形質導入株のライブラリーを作製し、これをマイクロタイタープレートに基づくハイスループットスクリーニングに供してもよく、または液滴型マイクロ流体に基づく超ハイスループットスクリーニングに供してもよい。例としてはバリアントをコードする変異遺伝子のコンビナトリアルライブラリーを構築し、次いでファージディスプレイ(例えばChem. Rev. 105 (11): 4056−72, 2005)、イーストディスプレイ(例えばComb Chem High Throughput Screen. 2008;11(2): 127−34)、バクテリアルディスプレイ(例えばCurr Opin Struct Biol 17: 474−80, 2007)等を用いて、変異GDHの大きな集団をスクリーニングする方法が挙げられる。またAgresti et al, “Ultrahigh−throughput screening in drop−based microfluidics for directed evolution” Proceedings of the National Academy of Sciences 107 (9): 4004−4009 (Mar, 2010)を参照のこと。GDHバリアントのスクリーニングに使用しうる超ハイスループットスクリーニング手法についての同文献の記載を参照により本明細書に組み入れる。例えばエラープローンPCR法によりライブラリーを構築することができる。また飽和突然変異誘発を用いて、本明細書に記載の領域や位置又はそれらに対応する領域や位置を標的として変異導入しライブラリーを構築してもよい。ライブラリーを用いて電気コンピテントEBY−100細胞等の適当な細胞を形質転換し、約10の7乗の変異体を取得しうる。該ライブラリーで形質転換した酵母細胞を次いでセルソーティングに供しうる。標準ソフトリトグラフィー法を用いて作製したポリジメトキシルシロキサン(PDMS)マイクロ流体デバイスを用いてもよい。フローフォーカスデバイスを用いて単分散の液滴を形成することができる。個別の変異体を含有する形成された液滴を適当なソーティングデバイスに供しうる。細胞を選別する際にはGDH活性の有無を利用しうる。これには例えば上記のGDHが作用すれば発色または変色する組成とした反応液を用いてもよい。例えばシトクロムcを用いる場合は、96ウェルプレート、192ウェルプレート、384ウェルプレート、9600ウェルプレート等及びプレートリーダーを用いて550nmの吸光度を測定してもよい。変異導入と選別は複数回反復してもよい。
(本発明のGDHの製造)
本発明のGDHは、上述のように取得した本発明のGDHを生産する宿主細胞を培養し、前記宿主細胞中に含まれるGDH遺伝子を発現させ、次いで、前記培養物からGDHタンパク質を単離することにより製造すればよい。
微生物宿主細胞を培養する際は、10〜42℃の培養温度、好ましくは25℃前後の培養温度で数時間〜数日間、さらに好ましくは25℃前後の培養温度で好ましくは1〜7日間、通気攪拌深部培養、振盪培養、静置培養等により実施すればよい。糸状菌を培養する通常の培地、すなわち炭素源、窒素源、無機物、その他の栄養素を適切な割合で含有するものであれば、合成培地及び天然培地のいずれでも使用できる。また、上記微生物宿主細胞を培養する培地としては、例えば、酵母エキス、トリプトン、ペプトン、肉エキス、コーンスティープリカーあるいは大豆若しくは小麦ふすまの浸出液等の1種以上の窒素源に、塩化ナトリウム、リン酸第1カリウム、リン酸第2カリウム、硫酸マグネシウム、塩化マグネシウム、塩化第2鉄、硫酸第2鉄あるいは硫酸マンガン等の無機塩類の1種以上を添加し、さらに必要により糖質原料、ビタミン等を適宜添加したものが用いられる。
培養条件は、当業者により通常知られる糸状菌の培養条件を採用すればよく、例えば、培地の初発pHは5〜10に調整し、培養温度は20〜40℃、培養時間は数時間〜数日間、好ましくは1〜7日間、より好ましくは2〜5日間など、適宜設定することができる。培養手段は特に限定されず、通気撹拌深部培養、振盪培養、静地培養などを採用することができるが、溶存酸素が十分になるような条件で培養することが好ましい。例えば、アスペルギルス属微生物を培養する場合の培地及び培養条件の一例として、後述する実施例に記載があるDPY培地を用いた、30℃、160rpmでの3〜5日間の振盪培養が挙げられる。
培養終了後、該培養物より本発明のGDHを採取する。これには、通常の公知の酵素採取手段を用いればよい。例えば、培地上清画分を回収するか、または、常法により菌体を、超音波破壊処理、磨砕処理等するか、又はリゾチームやヤタラーゼ等の溶菌酵素を用いて本酵素を抽出するか、又はトルエン等の存在下で振盪若しくは放置して溶菌を行わせ、本酵素を菌体外に排出させることができる。そして、この溶液を濾過、遠心分離等して固形部分を除去し、必要によりストレプトマイシン硫酸塩、プロタミン硫酸塩、若しくは硫酸マンガン等により核酸を除去したのち、これに硫安、アルコール、アセトン等を添加して分画し、沈澱物を採取し、本発明のGDHの粗酵素を得る。
本発明のGDHの粗酵素を、公知の任意の手段を用いてさらに精製することもできる。精製された酵素標品を得るには、例えば、セファデックス、ウルトロゲル若しくはバイオゲル等を用いるゲルろ過法;イオン交換体を用いる吸着溶出法;ポリアクリルアミドゲル等を用いる電気泳動法;ヒドロキシアパタイトを用いる吸着溶出法;蔗糖密度勾配遠心法等の沈降法;アフィニティクロマトグラフィー法;分子ふるい膜若しくは中空糸膜等を用いる分画法等を適宜選択し、又はこれらを組み合わせて実施することにより、精製された本発明のGDH酵素標品を得ることができる。
(本発明のGDHの活性測定)
本発明のGDHは、グルコースの水酸基を酸化してグルコノ−δ−ラクトンを生成する反応を触媒する。
本発明のGDHの活性は、この作用原理を利用し、例えば、電子受容体としてフェナジンメトサルフェート(PMS)及び2,6−ジクロロインドフェノール(DCIP)を用いた以下の測定系を用いて測定することができる。
(反応1) D−グルコ−ス + PMS(酸化型)
→ D−グルコノ−δ−ラクトン + PMS(還元型)
(反応2) PMS(還元型) + DCIP(酸化型)
→ PMS(酸化型) + DCIP(還元型)
具体的には、まず、(反応1)において、D−グルコースの酸化に伴い、PMS(還元型)が生成する。続いて進行する(反応2)により、PMS(還元型)が酸化されるのに伴ってDCIPが還元される。この「DCIP(酸化型)」の消失度合を波長600nmにおける吸光度の変化量として検知し、この変化量に基づいて酵素活性を求めることができる。
具体的には、GDHの活性は、以下の手順に従って測定することができる。100mM リン酸緩衝液(pH7.0) 2.05mL、1M D−グルコース溶液 0.6mLおよび2mM DCIP溶液 0.15mLを混合し、37℃で5分間保温する。次いで、15mM PMS溶液 0.1mL及び酵素サンプル溶液0.1mLを添加し、反応を開始する。反応開始時、および、経時的な吸光度を測定し、酵素反応の進行に伴う600nmにおける吸光度の1分間あたりの減少量(ΔA600)を求め、次式に従いGDH活性を算出する。この際、GDH活性は、37℃において濃度200mMのD−グルコース存在下で1分間に1μmolのDCIPを還元する酵素量を1Uと定義する。
Figure 0006964000
なお、式中の3.0は反応試薬+酵素試薬の液量(mL)、16.3は本活性測定条件におけるミリモル分子吸光係数(cm2/μmol)、0.1は酵素溶液の液量(mL)、1.0はセルの光路長(cm)、ΔA600blankは100mM リン酸緩衝液(pH7.0)を酵素サンプル溶液の代わりに添加して反応開始した場合の600nmにおける吸光度の1分間あたりの減少量、dfは希釈倍数を表す。
(本発明のGDHを用いたグルコース測定方法)
ある実施形態において本発明は、本発明のGDHを含むグルコースアッセイキットを提供する。このキットを用いることにより、本発明のGDHを用いて血中のグルコース(血糖値)を測定することができる。測定は連続的に行ってもよい。
本発明のグルコースアッセイキットは、少なくとも1回のアッセイに十分な量の本発明のGDHを含む。典型的には、本発明のグルコースアッセイキットは、本発明のGDHに加えて、アッセイに必要な緩衝液、キャリブレーションカーブ作製のためのグルコース標準溶液、ならびに指針を含む。ある実施形態において、本発明のグルコースアッセイキット、例えばSMBG用、CGM用、またはFGM用のグルコースアッセイキットはメディエーターを含む。ある実施形態において、本発明のグルコースアッセイキット、例えばSMBG用、CGM用、またはFGM用のグルコースアッセイキットはメディエーターを含まなくともよい。本発明のGDHは種々の形態で、例えば、凍結乾燥された試薬として、ビーズや電極表面に固定化された試薬として、または適切な保存溶液中の溶液として提供することができる。
グルコース濃度の測定は、比色式グルコースアッセイキットの場合は、例えば、以下のよう行うことができる。グルコースアッセイキットの反応層にはGDH、そして反応促進剤としてN−(2−アセトアミド)イミド2酢酸(ADA)、ビス(2−ヒドロキシエチル)イミノトリス(ヒドロキシメチル)メタン(Bis−Tris)、炭酸ナトリウムおよびイミダゾールからなる群より選ばれる1以上の物質を含む液状もしくは固体状の組成物を保持させておく。ここで、必要に応じてpH緩衝剤、発色試薬(変色試薬)を添加する。ここにグルコースを含む試料を加え、一定時間反応させる。この間、GDHより電子を直接受け取ることによって重合し生成する色素もしくは還元された色素の最大吸収波長に相当する吸光度をモニタリングする。レート法であれば、吸光度の時間あたりの変化率から、エンドポイント法であれば、試料中のグルコースがすべて酸化された時点までの吸光度変化から、予め標準濃度のグルコース溶液を用いて作製したキャリブレーションカーブを元にして、試料中のグルコース濃度を算出することができる。
この方法において使用できる発色試薬(変色試薬)としては、たとえば2,6−ジクロロインドフェノール(DCIP)を電子受容体として添加し、600nmにおける吸光度の減少をモニタリングすることでグルコースの定量が可能である。また、発色試薬としてニトロテトラゾリウムブルー(NTB)を加え、570nm吸光度を測定することにより生成するジホルマザンの量を決定し、グルコース濃度を算出することが可能である。なお、いうまでもなく、使用する発色試薬(変色試薬)はこれらに限定されない。
(本発明のGDHを含むグルコースセンサー)
ある実施形態において本発明は、本発明のGDHを用いるグルコースセンサーを提供する。電極としては、カーボン電極、金電極、白金電極などを用い、この電極上に本発明のGDH酵素を塗布または固定化することができる。固定化方法としては、架橋試薬を用いる方法、高分子マトリックス中に封入する方法、透析膜で被覆する方法、光架橋性ポリマー、導電性ポリマー、酸化還元ポリマーなどがあり、ポリマー中に固定あるいは電極上に吸着固定してもよく、またこれらを組み合わせて用いてもよい。典型的には、グルタルアルデヒドを用いて本発明のGDHをカーボン電極上に固定化した後、アミン基を有する試薬で処理してグルタルアルデヒドをブロッキングする。
本発明のGDHは、ポテンショスタットやガルバノスタットなどを用いることにより、種々の電気化学的な測定手法に適用することができる。電気化学的測定法としては、アンペロメトリー、ボルタンメトリー、ポテンショメトリー、クーロメトリーなどの様々な手法が挙げられる。例えばアンペロメトリー法により、グルコースが還元される際の電流を測定することで、試料中のグルコース濃度を算出することができる。印加電圧は条件や装置の設定にもよるが、例えば―1000mV〜+1000mV(vs. Ag/AgCl)などとすることができる。
グルコース濃度の測定は、以下のようにして行うことができる。恒温セルに緩衝液を入れ、一定温度に維持する。作用電極として本発明のGDHを固定化した電極を用い、対極(例えば白金電極)および参照電極(例えばAg/AgCl電極)を用いる。カーボン電極に一定の電圧を印加して、電流が定常になった後、グルコースを含む試料を加えて電流の増加を測定する。標準濃度のグルコース溶液により作製したキャリブレーションカーブに従い、試料中のグルコース濃度を計算することができる。
具体的な例としては、グラッシーカーボン(GC)電極に本発明の0.2U〜150Uより好ましくは、0.5U〜100UのGDHを固定化し、グルコース濃度に対する応答電流値を測定する。電解セル中に、100mM リン酸カリウム緩衝液(pH6.0)10.0mlを添加する。GC電極をポテンショスタットBAS100B/W(BAS製)に接続し、37℃で溶液を撹拌し、銀塩化銀参照電極に対して+500mVを印加する。これらの系に1M D−グルコース溶液を終濃度が5、10、20、30、40、50mMになるよう添加し、添加ごとに定常状態の電流値を測定する。この電流値を既知のグルコース濃度(5、10、20、30、40、50mM)に対してプロットし、検量線が作成する。これより本発明のグルコース脱水素酵素を使用した酵素固定化電極でグルコースの定量が可能となる。
さらに電気化学測定のために印刷電極を用いることもできる。これにより測定に必要な溶液量を低減することができる。この場合、電極は絶縁基板上に形成されてなることが好ましい。具体的には、フォトリゾグラフィ技術や、スクリーン印刷、グラビア印刷、フレキソ印刷などの印刷技術により、電極を基板上に形成させることが望ましい。また、絶縁基板の素材としては、シリコン、ガラス、セラミック、ポリ塩化ビニル、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリエステルなどが挙げられるが、各種の溶媒や薬品に対する耐性の強いものを用いるのがより好ましい。
メディエーターについて
本発明の測定方法、キット、装置及びセンサーには、メディエーター(人工電子メディエーター、人工電子アクセプター、電子メディエーターともいう)を用いることもできる。メディエーターは、本発明のGDHから電子を受け取ることができるものであれば特に限定されない。メディエーターとしてはキノン類、フェナジン類、ビオロゲン類、シトクロム類(例えば、シトクロムb、シトクロムc)、フェノキサジン類、フェノチアジン類、フェリシアン化物、例えばフェリシアン化カリウム、フェレドキシン類、フェロセン、オスミウム錯体、およびその誘導体等などが挙げられ、フェナジン化合物としては例えばPMS、メトキシPMSが挙げられるがこれに限定されない。
ある実施形態において、本発明のGDHは、アミノ酸置換を有し、電子移動特性が改変されている。特定の理論に拘束されることを望むものではないが、ある実施形態では、本発明のGDHは導入された置換アミノ酸を介して、GDH酵素から別の電子受容物質への電子移動が容易となっていると考えられる。特定の理論に拘束されることを望むものではないが、ある実施形態では、本発明のGDHに導入されたヒスチジンは金属イオンと相互作用し、GDH酵素から別の電子受容物質又は電極への電子移動を促進している可能性があると考えられる。また、カーボン電極の表面電荷は中性〜塩基性において、負電荷を帯びていることが知られている(特開平8−5600号参照)。したがって、特定の理論に拘束されることを望むものではないが、酵素の活性部位付近に正電荷であるアルギニンやリジン、ヒスチジンが存在すると、静電的相互作用により電極とこれらのアミノ酸の距離が近づきうる。その結果、電極と酵素の活性部位の距離も短くなり、酵素から電極への電子移動が促進される可能性が考えられる。特定の理論に拘束されることを望むものではないが、ある実施形態では、本発明のGDHに導入されたアスパラギン酸は当該アスパラギン酸付近の領域の電子密度を高め、GDH酵素から別の電子受容物質又は電極への電子移動を促進している可能性があると考えられる。同様の効果はグルタミン酸についても期待される。ある実施形態において、本発明のGDH酵素から別の電子受容物質への電子移動は、改変前の酵素の場合と比較して、より低濃度のメディエーターの存在下でも可能である。ある実施形態において、本発明のGDH酵素から別の電子受容物質への電子移動は、メディエーターの不在下でも可能である。ある実施形態において、本発明のGDH酵素は酵素から電極への直接電子移動が可能である。
ある実施形態において、本発明のGDH酵素から別の電子受容物質への電子移動は、改変前の酵素の場合に困難であった種類のメディエーターでも可能である。例えばルテニウム化合物は、mPMS等の第2のメディエーターとの共存下でなければ従来のグルコースデヒドロゲナーゼを用いたグルコース測定においてグルコース濃度依存的な応答電流が生じない(特開2013−083634参照)。本発明の電子移動特性が改変されたGDHは、mPMS等の第2のメディエーターを用いることなく、ルテニウム化合物と組み合わせてグルコース測定に使用することができる。別の例としては、本発明の電子移動特性が改変されたGDHは、mPMS等の第2のメディエーターを用いることなく、シトクロムcと組み合わせてグルコース測定に使用することができる。
本発明の電子移動特性が改変されたGDHは、従来のGDHと同じ用途に使用することができる。また、本発明のGDHは、試料中のグルコース濃度測定に使用することができ、これは例えば糖尿病の診断や血糖値の自己モニタリングに役立てることができる。また、本発明のGDHは酵素電極として使用することができ、これは種々の電気化学的測定に用いることができる。また、本発明のGDHは酵素センサーとして使用することができる。また、本発明のGDHはグルコース測定キットやグルコースセンサーに利用することができる。これは例示であり、本発明の改変GDHの用途はこれに限られない。
以下の実施例により、本発明をさらに例証する。ただし、本発明の技術的範囲は、それらの例により何ら限定されるものではない。
[実施例1]
1.Mucor属由来GDH遺伝子の宿主への導入とGDH活性の確認
大まかに説明すると、まずMucor属由来GDH(MpGDH、配列番号1)にN66Y/N68G/C88A/Q233R/T387C/E554D/L557V/S559Kの各変異を導入した改変GDH(以下、本明細書においてMpGDH−M1ということがある)をコードする遺伝子を取得した。MpGDH−M1のアミノ酸配列は配列番号10に示し、その遺伝子の塩基配列は配列番号11に示す。プラスミドpUC19のマルチクローニングサイトに対象遺伝子であるMpGDH−M1遺伝子を常法により挿入させたDNAコンストラクトを作製した。具体的には、pUC19は、In−Fusion HD Cloning Kit(クロンテック社)に付属されているpUC19 linearized Vectorを用いた。pUC19のマルチクローニングサイトにあるIn−Fusion Cloning Siteにて、MpGDH−M1遺伝子を、上記したIn−Fusion HD Cloning Kitを使用して、キットに添付されたプロトコールに従って連結して、コンストラクト用プラスミド(pUC19−MpGDH−M1)を得た。
得られた組換え体プラスミドpUC19−MpGDH−M1を鋳型として、配列番号15、16の合成オリゴヌクレオチド、KOD−Plus−(東洋紡社製)を用い、以下の条件でPCR反応を行った。
すなわち、10×KOD−Plus−緩衝液を5μl、dNTPが各2mMになるよう調製されたdNTPs混合溶液を5μl、25mMのMgSO4溶液を2μl、鋳型となるMpGDH−M1遺伝子を連結させたDNAコンストラクトを50ng、上記合成オリゴヌクレオチドをそれぞれ15pmol、KOD−Plus−を1Unit加えて、滅菌水により全量を50μlとした。調製した反応液をサーマルサイクラー(エッペンドルフ社製)を用いて、94℃で2分間インキュベートし、続いて、「94℃、15秒」−「50℃、30秒」−「68℃、8分」のサイクルを30回繰り返した。
反応液の一部を1.0%アガロースゲルで電気泳動し、約8,000bpのDNAが特異的に増幅されていることを確認した。こうして得られたDNAを制限酵素DpnI(NEW ENGLAND BIOLABS社製)で処理し、残存している鋳型DNAを切断した後、大腸菌JM109を形質転換し、LB−amp寒天培地に展開した。生育したコロニーをLB−amp培地[1%(W/V) バクトトリプトン、0.5%(W/V) ペプトン、0.5%(W/V) NaCl、50μg/ml Ampicilin]2.5mlに接種して、37℃で20時間振とう培養し、培養物を得た。この培養物を7,000rpmで、5分間遠心分離することにより集菌して菌体を得た。次いで、この菌体よりQIAGEN tip−100(キアゲン社製)を用いて組換え体プラスミドを抽出して精製し、DNA2.5μgを得た。該プラスミド中のMpGDH−M1をコードするDNAの塩基配列を、マルチキャピラリーDNA解析システムApplied Biosystems 3130xlジェネティックアナライザ(Life Technologies社製)を用いて決定し、その結果、配列番号1記載のアミノ酸配列の464位のチロシン、470位のバリン、及び472位のロイシンを全てシステインに置換した三重変異体であるMpGDH−M1/Y464C/V470C/L472C(配列番号12)をコードするDNAコンストラクトを得た(配列番号13)。
この遺伝子をコウジカビ(Aspergillus sojae; アスペルギルス・ソーヤ)で発現させ、そのGDH活性を評価した。
具体的には、Mucor属由来GDH遺伝子を出発物質とし、これを改変して本発明のGDHを取得することを目的として、コウジカビ(Aspergillus sojae; アスペルギルス・ソーヤ)での組換え発現に適したGDH遺伝子を設計した。具体的には、配列番号1のGDHの遺伝子配列を元に、そのコドン使用頻度を宿主に適合させた遺伝子配列を設計し、該遺伝子を全合成した。この全合成したDNAの配列を配列番号2に示す。
Double−joint PCR(Fungal Genetics and Biology,2004年,第41巻,p973−981)を行い、5’アーム領域〜PyrG遺伝子(ウラシル栄養要求性マーカー)〜TEF1プロモーター遺伝子〜フラビン結合型GDH遺伝子〜3’アーム領域から成るカセットを構築し、下記の手順でアスペルギルス・ソーヤNBRC4239株由来pyrG破壊株(pyrG遺伝子の上流48bp、コード領域896bp、下流240bp欠損株)の形質転換に用いた。500ml容三角フラスコ中の20mMウリジンを含むポリペプトンデキストリン液体培地100mlに、アスペルギルス・ソーヤNBRC4239株由来pyrG破壊株の分生子を接種し、30℃で約20時間振とう培養を行った後、菌体を回収した。回収した菌体からプロトプラストを調製した。得られたプロトプラスト及び20μgの対象遺伝子挿入DNAコンストラクトを用いて、プロトプラストPEG法により形質転換を行い、次いで0.5%(w/v)寒天及び1.2Mソルビトールを含むCzapek−Dox最少培地(ディフコ社;pH6)を用いて、30℃、5日間以上インキュベートし、コロニー形成能があるものとして形質転換アスペルギルス・ソーヤを得た。
得られた形質転換アスペルギルス・ソーヤは、ウリジン要求性を相補する遺伝子であるpyrGが導入されることにより、ウリジン無添加培地に生育できるようになることで、目的の遺伝子が導入された株として選択できた。得られた菌株の中から目的の形質転換体を、PCRで確認して選抜した。
MpGDH−M1もしくはMpGDH−M1/Y464C/V470C/L472Cの遺伝子により形質転換した形質転換アスペルギルス・ソーヤを用いて、それぞれのGDH生産を行った。
200ml容三角フラスコ中のDPY液体培地(1%(w/v)ポリペプトン、2%(w/v)デキストリン、0.5%(w/v)酵母エキス、0.5%(w/v)KHPO、0.05%(w/v)MgSO・7H0;pH未調整)40mlに、各菌株の分生子を接種し、30℃で4日間、160rpmで振とう培養を行った。次いで、培養後の培養物から菌体をろ過し、得られた培地上清画分をAmicon Ultra−15, 30K NMWL(ミリポア社製)で10mLまで濃縮し、150mM NaClを含む20mM リン酸カリウム緩衝液(pH6.5)で平衡化したHiLoad 26/60 Superdex 200pg(GEヘルスケア社製)にアプライし、同緩衝液で溶出させ、GDH活性を示す画分を回収し、MpGDH−M1もしくはMpGDH−M1/Y464C/V470C/L472Cの精製標品を得た。
クロノアンペロメトリー
MpGDH−M1もしくはMpGDH−M1/Y464C/V470C/L472Cの精製酵素を用いて、印刷電極測定によるクロノアンペロメトリーを行った。具体的には、グラッシーカーボンの作用電極、銀塩化銀の参照電極が印刷されてなる、DEP Chip電極(丸形・カーボン・ダムリング付き;バイオデバイステクノロジー社製)上に、終濃度約100mMのリン酸緩衝液(pH7.0)及び135Uの精製酵素MpGDH−M1液または128Uの精製酵素MpGDH−M1/Y464C/V470C/L472C液を15μLに溶解した液を載せた。その後、DEP Chip専用コネクターを用いて、ALS 電気化学アナライザー 814D(BAS社製)に接続した。そして、+300mVもしくは+500mV(vs. Ag/AgCl)の電圧を印加して、100mMグルコース溶液5μLを電極上に載せて反応を行い、120秒間の電流値を測定した。
結果を図2及び3に示す。図2はシステイン残基を導入していないMpGDH−M1酵素のクロノアンペロメトリー測定結果である。300mV及び500mVのいずれの場合についてもグルコースの有無により応答電流に有意の差は見られなかった。図3はシステイン残基を導入した三重変異体MpGDH−M1/Y464C/V470C/L472C酵素のクロノアンペロメトリー測定結果である。+300mV及び+500mV(vs. Ag/AgCl)のいずれの場合についてもグルコースを添加した場合に有意に高い応答電流が見られた。+300mV(vs. Ag/AgCl)の印加電圧でも測定開始から120秒後において応答電流が31nAと高い値が示された。
基質特異性が維持されていることの確認試験
MpGDH−M1酵素は基質特異性が高く、D−グルコースに対する反応性と比較して、マルトース及びD−キシロースに対する反応性が低い。MpGDH−M1酵素に三重変異Y464C/V470C/L472Cを導入しても、このような高い基質特異性が維持されているか確認した。MpGDH−M1/Y464C/V470C/L472Cは、D−グルコースに対する活性を100%とした場合に、マルトース、D−キシロースに対する活性は、それぞれ1.1%、1.0%であった。したがって、MpGDH−M1に三重変異Y464C/V470C/L472Cを導入した本発明のGDHは高い基質特異性を示し、D−グルコースに対する高い反応性を示す一方で、マルトース及びD−キシロースに対してほとんど反応性を示さないといえる。
以上より、メディエーターの不在下でも応答電流が観察されたことから、本発明のGDHはグルコースをグルコノラクトンへ酸化するときに、酵素から電極へと直接電子を受け渡していると考えられる。このようにシトクロムドメインを有しないGDHにアミノ酸置換を導入することのみで、酵素から電極への直接電子移動を可能としたGDHやGODはこれまで報告されていない。
[実施例2]
Mucor属由来GDHに各種の変異を導入した場合の応答電流測定
実施例1と同様に、組換え体プラスミドpUC19−MpGDH−M1を鋳型として、配列番号17、18の合成オリゴヌクレオチドを用いてPCR反応を行い、KOD−Plus− Mutagenesis Kit(Code No. SMK−101、東洋紡社製)に記載の方法により、配列番号1記載のアミノ酸配列の464位のチロシンをシステインに置換した変異体であるMpGDH−M1/Y464CをコードするDNAコンストラクトを得た。続いて、実施例1と同様に、この遺伝子をA. sojaeで発現させ、精製標品を得た。
MpGDH−M1もしくはMpGDH−M1/Y464Cの精製酵素を用いて、印刷電極測定によるクロノアンペロメトリーを行った。DEP Chip電極の作用極上に、80μgの精製酵素MpGDH−M1を含む溶液または80μgの精製酵素MpGDH−M1/Y464Cを含む溶液を添加した後に、室温で風乾させた。続いて、終濃度20mMのリン酸緩衝液(pH7.5)/1.5Mの塩化カリウム/20mMグルコース溶液10μLを電極上に載せて反応を行い、+300mV (vs. Ag/AgCl)の電圧を印加して、60秒間の電流値を測定した。対照として、グルコースを含まない溶液でも同様に測定を行い、グルコースを含んだ溶液で測定により得られた応答電流からグルコースを含まない溶液で測定により得られた応答電流を差し引いた値で比較した。
その結果、MpGDH−M1酵素の場合、グルコースを含んだ溶液で測定により得られた応答電流からグルコースを含まない溶液で測定により得られた応答電流を差し引いた値は2nAであり、ほとんど差異がみられなかった。一方で、MpGDH−M1/Y464C酵素の測定結果は、14nAと高い値が示された。
続いて、上記と同様に、組換え体プラスミドpUC19−MpGDH−M1を鋳型として、以下の表中の配列番号の合成オリゴヌクレオチドを用いてPCR反応を行い、以下の変異体をコードするDNAコンストラクトを得た。
配列番号21、22:MpGDH−M1/Y464C/L472C
配列番号23、24:MpGDH−M1/V470C
配列番号25、26:MpGDH−M1/L472C
配列番号27、28:MpGDH−M1/V470C/L472C
配列番号29、30:MpGDH−M1/Y464S
配列番号31、32:MpGDH−M1/Y464A
配列番号33、34:MpGDH−M1/Y464D
配列番号35、36:MpGDH−M1/Y464T
配列番号37、38:MpGDH−M1/V470A
配列番号39、40:MpGDH−M1/V470S
配列番号41、42:MpGDH−M1/V470T
配列番号43、44:MpGDH−M1/Y464S/V470S/L472S
配列番号45、46:MpGDH−M1/Y464D/V470D/L472D
配列番号51、52:MpGDH−M1/Y464H/V470H/L472H。
続いて、配列番号47、48の合成オリゴヌクレオチドを用いて、pUC19−MpGDH−M1/Y464Dを鋳型にPCR反応を行い、MpGDH−M1/Y464D/V470R/L472HをコードするDNAコンストラクトを得た。また配列番号49、50の合成オリゴヌクレオチドを用いて、pUC19−MpGDH−M1/Y464Dを鋳型にPCR反応を行い、MpGDH−M1/Y464D/V470S/L472HをコードするDNAコンストラクトを得た。続いて、実施例1と同様に、この遺伝子をA. sojaeで発現させ、精製標品を得た。
上記と同様に、MpGDH−M1/Y464C/L472C、MpGDH−M1/V470C、MpGDH−M1/L472C、MpGDH−M1/V470C/L472C、MpGDH−M1/Y464D/V470D/L472D、もしくはMpGDH−M1/Y464H/V470H/L472Hの精製酵素を用いて、印刷電極測定によるクロノアンペロメトリーを行った。DEP Chip電極の作用極上に、80μgの各精製酵素を含む溶液を添加した後に、室温で風乾させた。続いて、終濃度20mMのリン酸緩衝液(pH7.5)/1.5Mの塩化カリウム/20mMグルコース溶液10μLを電極上に載せて反応を行い、+300mV (vs. Ag/AgCl)の電圧を印加して、60秒間の電流値を測定した。対照として、グルコースを含まない溶液でも同様に測定を行い、グルコースを含んだ溶液で測定により得られた応答電流からグルコースを含まない溶液で測定により得られた応答電流を差し引いた値で比較した。MpGDH−M1/Y464C/L472C酵素の測定結果は10nA、MpGDH−M1/V470C酵素の測定結果は12nA、MpGDH−M1/L472C酵素の測定結果は10nA、MpGDH−M1/V470C/L472C酵素の測定結果は20nA、MpGDH−M1/Y464D/V470D/L472D酵素の測定結果は63nA、MpGDH−M1/Y464H/V470H/L472H酵素の測定結果は31nAと高い値が示された。
また上記と同様に、MpGDH−M1、MpGDH−M1/Y464C/L472C、MpGDH−M1/Y464A、MpGDH−M1/Y464S、MpGDH−M1/Y464D、MpGDH−M1/Y464T、MpGDH−M1/V470A、MpGDH−M1/V470S、MpGDH−M1/V470T、MpGDH−M1/Y464S/V470S/L472S 、MpGDH−M1/Y464D/V470R/L472H、MpGDH−M1/Y464D/V470S/L472Hの精製酵素を用いて、印刷電極測定によるクロノアンペロメトリーを行った。ただし、印加電圧を+500mV (vs. Ag/AgCl)とした。
MpGDH−M1酵素の測定結果は5nAであったが、MpGDH−M1/Y464C/L472C酵素の測定結果は27nA、MpGDH−M1/Y464A酵素の測定結果は13nA、MpGDH−M1/Y464S酵素の測定結果は16nA、MpGDH−M1/Y464D酵素の測定結果は12nA、MpGDH−M1/Y464T酵素の測定結果は22nA、MpGDH−M1/V470A酵素の測定結果は28nA、MpGDH−M1/V470S酵素の測定結果は15nA、MpGDH−M1/V470T酵素の測定結果は9nA、MpGDH−M1/Y464S/V470S/L472S酵素の測定結果は22nA、MpGDH−M1/Y464D/V470R/L472H酵素の測定結果は19nA、MpGDH−M1/Y464D/V470S/L472H酵素の測定結果は144nAと高い値であった。
[実施例3]
MrdGDHへの変異導入と応答電流測定
Mucor RD056860由来GDH(MrdGDH)をコードする遺伝子を取得した(国際公開第2013/118798号参照)。MrdGDHのアミノ酸配列は配列番号4に示し、その遺伝子の塩基配列は配列番号53に示す。実施例2と同様に、配列番号54、55の合成オリゴヌクレオチドを用いてPCR反応を行い、配列番号4記載のアミノ酸配列の461位のチロシンをシステインに、467位のアラニンをシステインに、469位のロイシンをシステインに置換した変異体であるMrdGDH/Y461C/A467C/L469CをコードするDNAコンストラクトを得た。続いて、実施例1と同様に、MrdGDH及びMrdGDH/Y461C/A467C/L469Cをコードする遺伝子をA. sojaeで発現させ、精製標品を得、応答電流測定を行った。
実施例1と同様に精製酵素MrdGDH及びMrdGDH/Y461C/A467C/L469Cを用いて、印刷電極測定によるクロノアンペロメトリーを行った。ただし、130μgの精製酵素を作用極上に風乾させ、印加電圧は+500mV (vs. Ag/AgCl)とし、測定時間は40秒間とした。
MrdGDH酵素の測定結果は16nAであったが、MrdGDH/Y461C/A467C/L469C酵素の測定結果は24nAと高い応答電流が観察された。
本発明のグルコースデヒドロゲナーゼを用いることにより、メディエーターを従来よりも低濃度で使用して、またはメディエーターを使用することなく、グルコース測定を行うことができる。また本発明のグルコースデヒドロゲナーゼはグルコースセンサーに用いることができ、連続グルコース測定に用いることができる。
配列の簡単な説明
配列番号1 Mucor prainii由来GDH(MpGDH)のアミノ酸配列
配列番号2 MpGDH遺伝子の塩基配列
配列番号3 Mucor hiemalis由来GDH(MhGDH)のアミノ酸配列
配列番号4 Mucor RD056860由来GDH(MrdGDH)のアミノ酸配列
配列番号5 Mucor subtilissimus由来GDH(MsGDH)のアミノ酸配列
配列番号6 Mucor guilliermondii由来GDH(MgGDH)のアミノ酸配列
配列番号7 Circinella simplex由来GDH(CsGDH)のアミノ酸配列
配列番号8 Circinella属由来GDH(CrGDH)のアミノ酸配列
配列番号9 Mucor circinelloides由来GDH(McGDH)のアミノ酸配列
配列番号10 MpGDH−M1グルコースデヒドロゲナーゼのアミノ酸配列
配列番号11 MpGDH−M1遺伝子の塩基配列
配列番号12 MpGDH−M1/Y464C/V470C/L472C三重変異体のアミノ酸配列
配列番号13 配列番号12のポリペプチドをコードする遺伝子の塩基配列
配列番号14 Cys−Xaa−Xaa−Xaa−Xaa−Xaa−Cys−Xaa−Cysモチーフ配列
配列番号15〜52 プライマー
配列番号53 Mucor RD056860由来GDH(MrdGDH)
配列番号54〜55 プライマー
本明細書で引用した全ての刊行物、特許および特許出願をそのまま参考として本明細書にとり入れるものとする。

Claims (18)

  1. (a)少なくとも1つのアミノ酸置換を有し、酵素から電極へ直接電子移動が可能な、フラビン結合型グルコースデヒドロゲナーゼ変異体、又は
    (b)少なくとも1つのアミノ酸置換を有し、かつ、電子移動特性が改変された、フラビン結合型グルコースデヒドロゲナーゼ変異体であって、
    アミノ酸置換前のグルコースデヒドロゲナーゼと比較して、
    配列番号1に示すアミノ酸配列における464位に対応する位置のアミノ酸が、極性アミノ酸又はアラニンに置換されている、
    配列番号1に示すアミノ酸配列における470位に対応する位置のアミノ酸が、極性アミノ酸又はアラニンに置換されている、又は
    配列番号1に示すアミノ酸配列における472位に対応する位置のアミノ酸が、極性アミノ酸又はアラニンに置換されている、前記(a)又は(b)のグルコースデヒドロゲナーゼ変異体。
  2. 前記グルコースデヒドロゲナーゼが、ムコール(Mucor)属、又はシルシネラ属種(Circinella sp.)由来である、請求項1に記載のグルコースデヒドロゲナーゼ変異体。
  3. 前記のグルコースデヒドロゲナーゼにおいて、当該グルコースデヒドロゲナーゼの全長アミノ酸配列が配列番号1、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8又は配列番号9のアミノ酸配列と90%以上のアミノ酸配列同一性を有し、かつ酵素から電極への直接電子移動が可能なグルコースデヒドロゲナーゼ活性を有する、請求項1に記載のグルコースデヒドロゲナーゼ変異体。
  4. 配列番号1に示すアミノ酸配列における464位に対応する位置のアミノ酸がシステイン、アスパラギン酸、ヒスチジン、セリン、アラニン、トレオニンからなる群より選択されるアミノ酸に置換されている、
    配列番号1に示すアミノ酸配列における470位に対応する位置のアミノ酸がシステイン、アスパラギン酸、ヒスチジン、セリン、アラニン、トレオニン、アルギニンからなる群より選択されるアミノ酸に置換されている、及び/又は
    配列番号1に示すアミノ酸配列における472位に対応する位置のアミノ酸がシステイン、アスパラギン酸、ヒスチジン、セリンからなる群より選択されるアミノ酸に置換されている、請求項1〜のいずれか1項に記載のグルコースデヒドロゲナーゼ変異体。
  5. 配列番号1に示すアミノ酸配列における464位、470位又は472位に対応する位置の2つまたは3つのアミノ酸がシステインに置換されている、
    配列番号1に示すアミノ酸配列における464位、470位又は472位に対応する位置の2つまたは3つのアミノ酸がアスパラギン酸に置換されている、或いは
    配列番号1に示すアミノ酸配列における464位、470位又は472位に対応する位置の2つまたは3つのアミノ酸がヒスチジンに置換されている、
    請求項1〜のいずれか1項に記載のグルコースデヒドロゲナーゼ変異体。
  6. (i) グルコースデヒドロゲナーゼのアミノ酸配列を、配列番号1記載のアミノ酸配列とアライメントしたときに、配列番号1に示すアミノ酸配列における464位、470位及び472位に対応する位置の少なくとも1、2又は3つに極性アミノ酸若しくはアラニン置換を有するか又はシステイン、アスパラギン酸、ヒスチジン、セリン、アラニン、トレオニン及びアルギニンからなる群より選択されるアミノ酸置換を有し、かつ、酵素から電極への直接電子移動が可能なグルコースデヒドロゲナーゼ活性を有するグルコースデヒドロゲナーゼ、
    (ii) 前記(i)のグルコースデヒドロゲナーゼにおいて、前記のアミノ酸置換が導入された位置以外の位置における1又は数個のアミノ酸が置換、欠失又は付加されたアミノ酸配列を有し、かつ酵素から電極への直接電子移動が可能なグルコースデヒドロゲナーゼ活性を有するグルコースデヒドロゲナーゼ、
    (iii) 前記(i)のグルコースデヒドロゲナーゼにおいて、当該グルコースデヒドロゲナーゼの全長アミノ酸配列が配列番号1又は配列番号4のアミノ酸配列と90%以上のアミノ酸配列同一性を有し、かつ酵素から電極への直接電子移動が可能なグルコースデヒドロゲナーゼ活性を有する、
    (iv) 配列番号1のアミノ酸配列の464位、470位及び472位に対応する位置のアミノ酸残基がシステインである、
    (v) 配列番号1のアミノ酸配列の464位、470位及び472位に対応する位置のアミノ酸残基がアスパラギン酸である、或いは
    (vi) 配列番号1のアミノ酸配列の464位、470位及び472位に対応する位置のアミノ酸残基がヒスチジンである、
    請求項1〜のいずれか1項に記載のグルコースデヒドロゲナーゼ変異体。
  7. 酵素から電極へ直接電子移動が可能な、請求項1〜のいずれか1項に記載のグルコースデヒドロゲナーゼ変異体。
  8. 以下の特性、
    作用:グルコース脱水素酵素活性を示し、メディエーターの不在下で酵素から電極への直接的な電子移動が可能である、
    分子量:タンパク質のポリペプチド鎖部分の一次配列に基づく推定分子量が約70kDaであるか又はSDS−ポリアクリルアミド電気泳動で測定したときの分子量が約80kDaである、
    基質特異性:D−グルコースに対する反応性と比較して、マルトース及びD−キシロースに対する反応性が低い、
    補因子特性:フラビン結合型であり、かつ、分子内に少なくとも1つのアミノ酸置換を有する、
    を備える、請求項1〜のいずれか1項に記載のグルコースデヒドロゲナーゼ変異体。
  9. (a) 請求項1〜のいずれか1項に記載のグルコースデヒドロゲナーゼ変異体をコードするDNA、
    (b) 配列番号12に示すアミノ酸配列をコードするDNA、
    (c) 配列番号13に示す塩基配列を有するDNA、或いは
    (d) 配列番号13に示す塩基配列と90%以上の配列相同性を有する塩基配列を有し、かつ、メディエーターの不在下で直接電子移動が可能なグルコースデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質をコードするDNA、
    からなる電子移動特性が改変されたグルコースデヒドロゲナーゼをコードする遺伝子。
  10. 請求項に記載の遺伝子を含む、ベクター。
  11. 請求項10記載のベクターを含む、宿主細胞。
  12. 以下の工程:
    請求項11に記載の宿主細胞を培養する工程、
    前記宿主細胞中に含まれるグルコースデヒドロゲナーゼ遺伝子を発現させる工程、及び
    前記培養物からグルコースデヒドロゲナーゼを回収する工程
    を含む、グルコースデヒドロゲナーゼを製造する方法。
  13. 請求項1〜のいずれか1項に記載のグルコースデヒドロゲナーゼを用いることを特徴とする、グルコース測定方法。
  14. 請求項1〜のいずれか1項に記載のグルコースデヒドロゲナーゼを含む、グルコース測定キット。
  15. 請求項1〜のいずれか1項に記載のグルコースデヒドロゲナーゼを含む、グルコースセンサー。
  16. アミノ酸置換を導入する前のグルコースデヒドロゲナーゼと比較して電子移動特性が改変されているグルコースデヒドロゲナーゼの製造方法であって、前記アミノ酸置換を導入する前のグルコースデヒドロゲナーゼの配列番号1の457位〜477位若しくは461〜477位からなる領域若しくはこれに対応する領域に少なくとも1つのアミノ酸置換を導入し、当該アミノ酸置換を導入した後のグルコースデヒドロゲナーゼの電子移動特性が、当該アミノ酸置換を導入する前のグルコースデヒドロゲナーゼと比較して改変されているか否か電気化学的測定により確認することを含む、前記製造方法。
  17. 電極への直接電子移動が可能であるグルコースデヒドロゲナーゼの製造方法であって、グルコースデヒドロゲナーゼの配列番号1の457位〜477位若しくは461〜477位からなる領域若しくはこれに対応する領域に少なくとも1つのアミノ酸置換を導入し、当該アミノ酸置換を導入した後のグルコースデヒドロゲナーゼについて、電極への直接電子移動が可能であるか否か電気化学測定により確認することを含む、前記製造方法。
  18. 導入されるアミノ酸置換が、極性アミノ酸又はアラニンへのアミノ酸置換である、請求項16又は17に記載の製造方法。
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