JP6799076B2 - インターフェロンベータ抗体およびその使用 - Google Patents

インターフェロンベータ抗体およびその使用 Download PDF

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Description

配列表
本出願は、ＡＳＣＩＩフォーマットで電子的に提出された、その全体が参照によって本明細書に組み込まれる配列表を含む。２０１７年４月２０日に作成された当該ＡＳＣＩＩコピーは、ＰＣＦＣ−１０００−ＷＯ１＿ＳＬ．ｔｘｔと命名され、サイズは１０２，６７９バイトである。
共同研究声明の関係者
本明細書で特許請求される発明は、共同研究契約の以下に列挙した関係者によって、またはその意向を受けてなされた。本共同研究契約は、特許請求された発明がなされた日またはその前に有効であり、特許請求される発明は、本共同研究契約の範囲内で行われた活動の結果としてなされた。本共同研究契約の関係者は、ＰＡＲＴＮＥＲＳ ＨＥＡＬＴＨＣＡＲＥおよびＰＦＩＺＥＲ ＩＮＣである。
インターフェロン（ＩＦＮ）ファミリーのサイトカインは、ウイルス感染から細胞を保護するそれらの能力によって当初発見されたが、現在、このファミリーの進化的に保存されたサイトカインは、広い範囲の応答を惹起できることが理解されている。このファミリーは、Ｉ型、ＩＩ型およびＩＩＩ型ＩＦＮサブファミリーから構成され、Ｉ型ＩＦＮは、全てのサイトカインファミリーのうちで最も多様である。ヒトＩ型ＩＦＮは、ＩＦＮαサブタイプについての１３の遺伝子＋ＩＦＮβ、ＩＦＮω、ＩＦＮκおよびＩＦＮεの各々についての単一の遺伝子によってコードされる。ＩＦＮβおよびいくつかのＩＦＮαアイソフォームは、Ｉ型ＩＦＮの中で最も研究されている。ほとんどのＩＦＮαタンパク質は、コンセンサスＩＦＮα配列と７８〜９８％の同一性を共有し、ＩＦＮβは、約３５％の同一性を共有する。ＩＦＮβは天然にグリコシル化されるが、ＩＦＮαアイソフォームは、典型的には弱くしかグリコシル化されない。全てのＩ型ＩＦＮは、細胞表面クラスＩＩサイトカイン受容体ＩＦＮＡＲ（２つの鎖ＩＦＮＡＲ１およびＩＦＮＡＲ２から構成される）に結合する。ＩＦＮαは、２〜３時間の血清中半減期を有するが、ＩＦＮβは疎水性であり、血清中でまれに検出され、これらの特徴は、ＩＦＮαが全身的に有効であるが、ＩＦＮβがオートクライン／パラクライン様式で局所的部位において作用するという観念と一致する。
ＩＦＮ産生は、微生物の核酸、脂質、タンパク質およびリポタンパク質を含む、微生物由来病原体関連分子パターンへの曝露によって刺激され得る。しかし、ＩＦＮ産生は、疾患プロセスの間に放出される内因性自己成分によっても刺激され得、これは、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）および他のリウマチ性疾患、例えば皮膚筋炎（ＤＭ）と特に関連するという証拠が増加しつつある。Ｉ型ＩＦＮ発現の病理学的過剰産生は、ＳＬＥを特徴付ける場合が多く、ＩＦＮαは、限定数のＳＬＥ患者由来の血清において検出可能である。
増加しつつある証拠は、抗ＩＦＮＡＲ抗体アニフロルマブを用いた臨床結果によって明らかなように、ＳＬＥ疾患の活性／重症度の所見におけるインターフェロン調節性遺伝子（ＩＲＧ）発現の重要性もまた指摘している。プラセボ対照第２相研究において、アニフロルマブは、複数の臨床エンドポイントにわたって疾患重症度を低減させたが、同時に、その研究において試験された両方の用量において、ＩＲＧシグネチャーをおよそ９０％阻害した。
抗ＩＦＮ受容体抗体アニフロルマブ（抗ＩＦＮＡＲ）に加えて、シファリムマブ、ロンタリズマブおよびＡＧＳ−００９などのいくつかの抗ＩＦＮα抗体が臨床開発中である。たくさんの証拠（遺伝学的、免疫学的、血清学的および臨床的研究を含む）がＩＦＮαを自己免疫障害と関連付けているので、ＩＦＮαは、これらの試みの中でも焦点であった。しかし、今日までの科学的証拠に基づくと、ＩＦＮβは、自己免疫障害においてＩＦＮαと類似の役割を果たすと予測される。今日まで、ＩＦＮβ（ＩＦＮαではなく）を特異的に標的化する治療抗体は報告されていない。従って、種々の治療または診断目的における使用のための、ＩＦＮβと特異的に結合する抗体に対する満たされていない要求が存在する。
本発明は、インターフェロンベータ（ＩＦＮβ）を結合する抗体およびその抗原結合性断片、ならびにその使用、および関連する方法を提供する。
本明細書で提供される開示に基づいて、当業者は、本明細書に記載される発明の具体的実施形態の多くの均等物を、認識するまたは慣用に過ぎない実験を使用して確認できる。かかる均等物は、以下の実施形態（Ｅ）によって包含されることが意図されている。
Ｅ１．ヒトインターフェロンβ（ＩＦＮβ）を特異的に結合する、単離された抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ２．ヒトＩＦＮαを実質的に結合しない、実施形態１に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ３．ヒトＩＦＮαに対するその結合親和性（ＫＤ）値の１００分の１以下、２００分の１以下、３００分の１以下、４００分の１以下、５００分の１以下、６００分の１以下、７００分の１以下、８００分の１以下、９００分の１以下または１０００分の１以下のＫＤ値でヒトＩＦＮβと結合する、実施形態１に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ４．ヒトＩＦＮβ中のエピトープを特異的に結合する単離された抗体またはその抗原結合性断片であって、前記エピトープが、配列番号４１のナンバリングに従って、アミノ酸残基８５〜１００由来の１つまたは複数の残基を含む、単離された抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ５．前記エピトープが、配列番号４１のナンバリングに従って、Ａｌａ８９、Ｔｙｒ９２、Ｈｉｓ９３およびＨｉｓ９７からなる群から選択される１つまたは複数の残基を含む、実施形態４に記載の単離された抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ６．前記エピトープが、配列番号４１のナンバリングに従って、残基Ａｌａ８９、Ｔｙｒ９２、Ｈｉｓ９３およびＨｉｓ９７を含む、実施形態４または５に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ７．前記エピトープが、配列番号４１のナンバリングに従って、Ｐｈｅ８、Ｌｅｕ９、Ｓｅｒ１２、Ｇｌｎ１６、Ａｓｎ８６、Ａｓｎ９０、Ａｓｐ９６およびＴｈｒ１００からなる群から選択される１つまたは複数の残基をさらに含む、実施形態４〜６のいずれか１つに記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ８．前記エピトープが、配列番号４１のナンバリングに従って、残基Ｐｈｅ８、Ｌｅｕ９、Ｓｅｒ１２、Ｇｌｎ１６、Ａｓｎ８６、Ａｓｎ９０、Ａｓｐ９６およびＴｈｒ１００をさらに含む、実施形態４〜７のいずれか１つに記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ９．前記エピトープが、配列番号４１のナンバリングに従って、Ｌｅｕ５、Ｌｅｕ６、Ｓｅｒ１３、Ｐｈｅ１５およびＴｈｒ８２からなる群から選択される１つまたは複数の残基をさらに含む、実施形態４〜８のいずれか１つに記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ１０．マウスＩＦＮβと実質的に結合しない、実施形態１〜９のいずれか１つに記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ１１．マウスＩＦＮβに対するその結合親和性（ＫＤ）値の１００分の１以下、２００分の１以下、３００分の１以下、４００分の１以下、５００分の１以下、６００分の１以下、７００分の１以下、８００分の１以下、９００分の１以下または１０００分の１以下のＫＤ値でヒトＩＦＮβと結合する、実施形態１〜９のいずれか１つに記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ１２．ラットＩＦＮβと実質的に結合しない、実施形態１〜１１のいずれか１つに記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ１３．ラットＩＦＮβに対するその結合親和性（ＫＤ）値の１００分の１以下、２００分の１以下、３００分の１以下、４００分の１以下、５００分の１以下、６００分の１以下、７００分の１以下、８００分の１以下、９００分の１以下または１０００分の１以下のＫＤ値でヒトＩＦＮβと結合する、実施形態１〜１１のいずれか１つに記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ１４．ウサギＩＦＮβに対するその結合親和性（ＫＤ）値の５０分の１以下、１００分の１以下、１５０分の１以下または２００分の１以下のＫＤ値でヒトＩＦＮβと結合する、実施形態１〜１３のいずれか１つに記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ１５．カニクイザルＩＦＮβにも特異的に結合する、実施形態１〜１４のいずれか１つに記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ１６．前記ＫＤ値が、Ｂｉａｃｏｒｅ Ｔ２００機器を任意選択により使用して、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）によって測定される、実施形態３、１１、１３および１４のいずれか１つに記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ１７．
（ａ）配列番号３７のアミノ酸配列を含むＶＨ相補性決定領域１（ＣＤＲ−Ｈ１）、
（ｂ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＶＨ相補性決定領域２（ＣＤＲ−Ｈ２）；および
（ｃ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＶＨ相補性決定領域３（ＣＤＲ−Ｈ３）
を含む重鎖可変領域（ＶＨ）を含む、実施形態１〜１６のいずれか１つに記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ１８．配列番号２８のＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２およびＣＤＲ−Ｈ３配列を含む、実施形態１〜１７のいずれか１つに記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ１９．ヒトＩＦＮβと特異的に結合する単離された抗体またはその抗原結合性断片であって、
（ａ）配列番号３７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、
（ｂ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；および
（ｃ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３
を含むＶＨを含む、単離された抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ２０．ヒトＩＦＮβと特異的に結合する単離された抗体またはその抗原結合性断片であって、Ｋａｂａｔナンバリングに従って、ＣＤＲ−Ｈ１中のＴｒｐ３３、ＣＤＲ−Ｈ２中のＴｙｒ５６、ＣＤＲ−Ｈ２中のＴｙｒ５８およびＣＤＲ−Ｈ３中のＴｙｒ９７からなる群から選択される１つまたは複数のパラトープ残基を含むＨＶを含む、単離された抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ２１．前記ＶＨが、Ｋａｂａｔナンバリングに従って、ＣＤＲ−Ｈ２中のＡｓｐ５４、ＣＤＲ−Ｈ２中のＧｌｎ６１、ＣＤＲ−Ｈ３中のＧｌｙ９８およびＣＤＲ−Ｈ３中のＬｅｕ１００からなる群から選択される１つまたは複数のパラトープ残基をさらに含む、実施形態２０に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ２２．ヒト生殖系列ＶＨ３、ＶＨ１またはＶＨ５フレームワーク配列に由来するＶＨフレームワークを含む、実施形態１〜２１のいずれか１つに記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ２３．ヒト生殖系列ＩＧＨＶ３−７、ＩＧＨＶ３−２３またはＩＧＨＶ１−６９フレームワーク配列に由来するＶＨフレームワーク配列を含む、実施形態１〜２１のいずれか１つに記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ２４．ヒト生殖系列ＤＰ１０、ＤＰ−８８、ＤＰ−２５、ＤＰ−７３、ＩＧＨＶ５−１０−１＊０１、ＩＧＨＶ５−１０−１＊０４、ＤＰ−１４、ＤＰ−７５、ＤＰ１５、ＤＰ−８、ＤＰ−７またはＩＧＨＶ７−４−１＊０２フレームワーク配列、好ましくはＤＰ−８８、ＤＰ−２５、ＤＰ−７３、ＩＧＨＶ５−１０−１＊０１またはＩＧＦＶ−１０−１＊０４フレームワーク配列に由来するＶＨフレームワーク配列を含む、実施形態１〜２１のいずれか１つに記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ２５．
（ａ）配列番号３７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１；配列番号３８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；および配列番号３９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３；ならびに
（ｂ）ヒト生殖系列ＤＰ１０のフレームワーク配列と少なくとも７３％、少なくとも７５％、少なくとも７９％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９３％または少なくとも９９％同一である配列を含むＶＨフレームワーク
を含むＶＨを含む、実施形態１〜２４のいずれか１つに記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ２６．前記ＶＨフレームワークが、（Ｋａｂａｔナンバリングに従って）（Ａ）Ｈ２、Ｈ４７、Ｈ４８、Ｈ４９、Ｈ６７、Ｈ６９、Ｈ７１、Ｈ７３、Ｈ９３およびＨ９４；（Ｂ）Ｈ３７、Ｈ３９、Ｈ４５、Ｈ４７、Ｈ９１およびＨ９３；ならびに（Ｃ）Ｈ２４、Ｈ７１およびＨ９４の位置において、ヒト生殖系列ＤＰ１０のフレームワーク配列と比較して、４つもしくはそれよりも少ない、３つもしくはそれよりも少ない、または２つもしくはそれよりも少ないアミノ酸差異をさらに含む、実施形態２５に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ２７．ヒト生殖系列ＤＰ１０に由来するＶＨフレームワーク配列を含む、実施形態１〜２６のいずれか１つに記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ２８．ヒトＶＨ生殖系列コンセンサスフレームワーク配列を含む、実施形態１〜２１のいずれか１つに記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ２９．配列番号２８と少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一であるＶＨ配列を含む、実施形態１〜２８のいずれか１つに記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ３０．
（ａ）配列番号３４のアミノ酸配列を含むＶＬ相補性決定領域１（ＣＤＲ−Ｌ１）、
（ｂ）配列番号３５のアミノ酸配列を含むＶＬ相補性決定領域２（ＣＤＲ−Ｌ２）；および
（ｃ）配列番号３６のアミノ酸配列を含むＶＬ相補性決定領域３（ＣＤＲ−Ｌ３）
を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む、実施形態１〜２９のいずれか１つに記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ３１．配列番号１のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列を含む、実施形態１〜３０のいずれか１つに記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ３２．Ｋａｂａｔナンバリングに従って、ＣＤＲ−Ｌ１中のＴｙｒ３２、ＣＤＲ−Ｌ３中のＩｌｅ９２およびＣＤＲ−Ｌ３中のＬｅｕ９４からなる群から選択される１つまたは複数のパラトープ残基を含むＶＬを含む、実施形態１〜２９のいずれか１つに記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ３３．前記ＶＬが、Ｋａｂａｔナンバリングに従って、ＣＤＲ−Ｌ１中のＧｌｎ２７、ＣＤＲ−Ｌ１中のＡｓｐ２８、ＣＤＲ−Ｌ１中のＩｌｅ２９、ＣＤＲ−Ｌ１中のＧｌｙ３０およびＣＤＲ−Ｌ３中のＩｌｅ９３からなる群から選択される１つまたは複数のパラトープ残基をさらに含む、実施形態３２に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ３４．ヒトＩＦＮβと特異的に結合する単離された抗体またはその抗原結合性断片であって、配列番号２８のＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２およびＣＤＲ−Ｈ３配列ならびに配列番号１のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列を含む、単離された抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ３５．ヒトＩＦＮβと特異的に結合する単離された抗体またはその抗原結合性断片であって、
（ｉ）
（ａ）配列番号３７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、
（ｂ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２；および
（ｃ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３
を含むＶＨ；ならびに
（ｉｉ）
（ａ）配列番号３４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１、
（ｂ）配列番号３５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および
（ｃ）配列番号３６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３
を含むＶＬ
を含む、単離された抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ３６．ヒトＩＦＮβと特異的に結合する単離された抗体またはその抗原結合性断片であって、Ｋａｂａｔナンバリングに従って、ＣＤＲ−Ｌ１中のＴｙｒ３２、ＣＤＲ−Ｌ３中のＩｌｅ９２およびＣＤＲ−Ｌ３中のＬｅｕ９４からなる群から選択される１つまたは複数のパラトープ残基を含むＶＬを含む、単離された抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ３７．前記ＶＬが、Ｋａｂａｔナンバリングに従って、ＣＤＲ−Ｌ１中のＧｌｎ２７、ＣＤＲ−Ｌ１中のＡｓｐ２８、ＣＤＲ−Ｌ１中のＩｌｅ２９、ＣＤＲ−Ｌ１中のＧｌｙ３０およびＣＤＲ−Ｌ３中のＩｌｅ９３からなる群から選択される１つまたは複数のパラトープ残基をさらに含む、実施形態３６に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ３８．ヒトＩＦＮβと特異的に結合する単離された抗体またはその抗原結合性断片であって、（Ｋａｂａｔに従ってナンバリングして）
（ｉ）
（ａ）Ｔｒｐ３３、および配列番号３７と比較して３つまたはそれよりも少ないアミノ酸差異を含むＣＤＲ−Ｈ１、
（ｂ）Ａｓｐ５４、Ｔｙｒ５６、Ｔｙｒ５８およびＧｌｎ６１、ならびに配列番号３８と比較して３つまたはそれよりも少ないアミノ酸差異を含むＣＤＲ−Ｈ２；ならびに
（ｃ）Ｔｙｒ９７、Ｇｌｙ９８およびＬｅｕ１００、ならびに配列番号３９と比較して３つまたはそれよりも少ないアミノ酸差異を含む、ＣＤＲ−Ｈ３
を含むＶＨ；ならびに
（ｉｉ）
（ａ）Ｇｌｎ２７、Ａｓｐ２８、Ｉｌｅ２９、Ｇｌｙ３０、Ｔｙｒ３２、および配列番号３４と比較して３つまたはそれよりも少ないアミノ酸差異を含む、ＣＤＲ−Ｌ１、
（ｂ）配列番号３５と比較して３つまたはそれよりも少ないアミノ酸差異を含む配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；ならびに
（ｃ）Ｉｌｅ９２、Ｉｌｅ９３およびＬｅｕ９４、ならびに配列番号３６と比較して３つまたはそれよりも少ないアミノ酸差異を含むＣＤＲ−Ｌ３
を含むＶＬ
を含む、単離された抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ３９．ＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２、ＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３中の前記アミノ酸差異が、対応するヒト生殖系列残基で非ヒトＣＤＲ残基が置き換えられるヒト生殖系列置換である、実施形態３８に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ４０．ヒト生殖系列ＶκまたはＶλフレームワーク配列に由来するＶＬフレームワークを含む、実施形態１〜３９のいずれか１つに記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ４１．ヒト生殖系列ＩＧＫＶ１−３９またはＩＧＫＶ３−２０フレームワーク配列に由来するＶＬフレームワークを含む、実施形態１〜３９のいずれか１つに記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ４２．ヒト生殖系列ＤＰＫ９、ＤＰＫ５、ＤＰＫ４、ＤＰＫ１、ＩＧＫＶ１−５＊０１、ＤＰＫ２４、ＤＰＫ２１、ＤＰＫ１５、ＩＧＫＶ１−１３＊０２、ＩＧＫＶ１−１７＊０１、ＤＰＫ８、ＩＧＫＶ３−１１＊０１またはＤＰＫ２２フレームワーク配列、好ましくはＤＰＫ５、ＤＰＫ４、ＤＰＫ１、ＩＧＫＶ１−５＊０１、ＤＰＫ２４、ＤＰＫ２１またはＤＰＫ１５フレームワーク配列に由来するＶＬフレームワークを含む、実施形態１〜３９のいずれか１つに記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ４３．
（ａ）配列番号３４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１；配列番号３５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；および配列番号３６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３；ならびに
（ｂ）ヒト生殖系列ＤＰＫ９のフレームワーク配列と少なくとも６６％、少なくとも７４％、少なくとも７６％、少なくとも８０％、少なくとも９６％、少なくとも９７％または少なくとも９９％同一である配列を含むＶＬフレームワーク
を含むＶＬを含む、実施形態１〜４２のいずれか１つに記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ４４．前記ＶＬフレームワークが、（Ｋａｂａｔナンバリングに従って）（Ａ）Ｌ２、Ｌ４、Ｌ３５、Ｌ３６、Ｌ４６、Ｌ４７、Ｌ４８、Ｌ４９、Ｌ６４、Ｌ６６、Ｌ６８、Ｌ６９およびＬ７１；（Ｂ）Ｌ３６、Ｌ３８、Ｌ４４、Ｌ４６およびＬ８７；ならびに（Ｃ）Ｌ２、Ｌ４８、Ｌ６４およびＬ７１の位置において、ヒト生殖系列ＤＰＫ９のフレームワーク配列と比較して、１つのアミノ酸差異をさらに含むまたはアミノ酸差異を含まない、実施形態４３に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ４５．ヒト生殖系列ＤＰＫ９に由来するＶＨフレームワーク配列を含む、実施形態１〜４４のいずれか１つに記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ４６．ヒトＶＬ生殖系列コンセンサスフレームワーク配列を含む、実施形態１〜３９のいずれか１つに記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ４７．配列番号１と少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一であるＶＬ配列を含む、実施形態１〜４６のいずれか１つに記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ４８．配列番号２９と少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一である重鎖定常領域（ＣＨ）配列を含む、実施形態１〜４７のいずれか１つに記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ４９．配列番号３０と少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一である軽鎖定常領域（ＣＬ）配列を含む、実施形態１〜４８のいずれか１つに記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ５０．Ｆｃドメインを含む、実施形態１〜４９のいずれか１つに記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ５１．前記Ｆｃドメインが、ＩｇＡ、例えば、ＩｇＡ１またはＩｇＡ２由来である、実施形態５０に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ５２．前記ＦｃドメインがＩｇＤ由来である、実施形態５０に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ５３．前記ＦｃドメインがＩｇＥ由来である、実施形態５０に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ５４．前記ＦｃドメインがＩｇＭ由来である、実施形態５０に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ５５．前記ＦｃドメインがＩｇＧ由来である、実施形態５０に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ５６．前記ＩｇＧが、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３またはＩｇＧ４である、実施形態５５に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ５７．配列番号３３と少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一であるアミノ酸配列を含む重鎖を含む、実施形態１〜５６のいずれか１つに記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ５８．配列番号３２と少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖を含む、実施形態１〜５７のいずれか１つに記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ５９．ＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴＡ−１２２７２７を有するプラスミド中の挿入物によってコードされるＶＨ配列を含む、実施形態１〜５８のいずれか１つに記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ６０．ＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴＡ−１２２７２６を有するプラスミド中の挿入物によってコードされるＶＬ配列を含む、実施形態１〜５９のいずれか１つに記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ６１．ヒトＩＦＮβと特異的に結合する単離された抗体またはその抗原結合性断片であって、（ａ）配列番号２８のＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２およびＣＤＲ−Ｈ３配列、ならびに（ｂ）
ｉ）配列番号２のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
ｉｉ）配列番号３のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
ｉｉｉ）配列番号４のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
ｉｖ）配列番号５のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
ｖ）配列番号６のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
ｖｉ）配列番号７のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
ｖｉｉ）配列番号８のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
ｖｉｉｉ）配列番号９のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
ｉｘ）配列番号１０のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
ｘ）配列番号１１のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
ｘｉ）配列番号１２のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
ｘｉｉ）配列番号１３のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
ｘｉｉｉ）配列番号１４のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
ｘｉｖ）配列番号１５のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
ｘｖ）配列番号１６のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
ｘｖｉ）配列番号１７のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
ｘｖｉｉ）配列番号１８のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
ｘｖｉｉｉ）配列番号１９のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
ｘｉｘ）配列番号２０のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
ｘｘ）配列番号２１のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
ｘｘｉ）配列番号２２のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
ｘｘｉｉ）配列番号２３のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
ｘｘｉｉｉ）配列番号２４のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
ｘｘｉｖ）配列番号２５のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
ｘｘｖ）配列番号２６のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；または
ｘｘｖｉ）配列番号２７のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列
を含む、単離された抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ６２．ヒトＩＦＮβと特異的に結合する単離された抗体またはその抗原結合性断片であって、配列番号２８のアミノ酸配列を含むＶＨおよび配列番号２〜２７のうちいずれか１つのアミノ酸配列を含むＶＬを含む、単離された抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ６３．Ｆｃドメインを含む、実施形態６１または６２に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ６４．前記Ｆｃドメインが、ＩｇＡ（例えば、ＩｇＡ１またはＩｇＡ２）、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＭまたはＩｇＧ（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３またはＩｇＧ４）由来である、実施形態６３に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ６５．配列番号２９のアミノ酸配列を含むＣＨを含む、実施形態６１〜６４のいずれか１つに記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ６６．配列番号３０のアミノ酸配列を含むＣＬを含む、実施形態６１〜６５のいずれか１つに記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ６７．実施形態１〜６６のいずれか１つに記載の抗体またはその抗原結合性断片と、ヒトＩＦＮβへの特異的結合について競合する、抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ６８．ＣＴＩ−ＡＦ１またはＣＴＩ−ＡＦ１の抗原結合性断片と、ヒトＩＦＮβへの特異的結合について競合する、抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ６９．ＣＴＩ−ＡＦ２、ＣＴＩ−ＡＦ３、ＣＴＩ−ＡＦ４、ＣＴＩ−ＡＦ５、ＣＴＩ−ＡＦ６、ＣＴＩ−ＡＦ７、ＣＴＩ−ＡＦ８、ＣＴＩ−ＡＦ９、ＣＴＩ−ＡＦ１０、ＣＴＩ−ＡＦ１１、ＣＴＩ−ＡＦ１２、ＣＴＩ−ＡＦ１３、ＣＴＩ−ＡＦ１４、ＣＴＩ−ＡＦ１５、ＣＴＩ−ＡＦ１６、ＣＴＩ−ＡＦ１７、ＣＴＩ−ＡＦ１８、ＣＴＩ−ＡＦ１９、ＣＴＩ−ＡＦ２０、ＣＴＩ−ＡＦ２１、ＣＴＩ−ＡＦ２２、ＣＴＩ−ＡＦ２３、ＣＴＩ−ＡＦ２４、ＣＴＩ−ＡＦ２５、ＣＴＩ−ＡＦ２６、ＣＴＩ−ＡＦ２７からなる群から選択される１つまたは複数の抗体およびその抗原結合性断片と、ヒトＩＦＮβへの特異的結合について競合する、抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ７０．ヒトＩＦＮβと特異的に結合する抗体またはその抗原結合性断片であって、ＣＴＩ−ＡＦ１またはＣＴＩ−ＡＦ１の抗原結合性断片と実質的に同じエピトープを結合する、抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ７１．ヒトＩＦＮβと特異的に結合する抗体またはその抗原結合性断片であって、ＣＴＩ−ＡＦ２、ＣＴＩ−ＡＦ３、ＣＴＩ−ＡＦ４、ＣＴＩ−ＡＦ５、ＣＴＩ−ＡＦ６、ＣＴＩ−ＡＦ７、ＣＴＩ−ＡＦ８、ＣＴＩ−ＡＦ９、ＣＴＩ−ＡＦ１０、ＣＴＩ−ＡＦ１１、ＣＴＩ−ＡＦ１２、ＣＴＩ−ＡＦ１３、ＣＴＩ−ＡＦ１４、ＣＴＩ−ＡＦ１５、ＣＴＩ−ＡＦ１６、ＣＴＩ−ＡＦ１７、ＣＴＩ−ＡＦ１８、ＣＴＩ−ＡＦ１９、ＣＴＩ−ＡＦ２０、ＣＴＩ−ＡＦ２１、ＣＴＩ−ＡＦ２２、ＣＴＩ−ＡＦ２３、ＣＴＩ−ＡＦ２４、ＣＴＩ−ＡＦ２５、ＣＴＩ−ＡＦ２６およびＣＴＩ−ＡＦ２７からなる群から選択される１つまたは複数の抗体またはその抗原結合性断片と実質的に同じエピトープを結合する、抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ７２．Ｆｃ融合タンパク質、モノボディ（monobody）、マキシボディ（maxibody）、二機能性抗体、ｓｃＦａｂ、ｓｃＦｖ、ペプチボディ、または上述のいずれかの抗原結合性断片である、実施形態１〜７１のいずれか１つに記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ７３．約５×１０−９Ｍ以下の結合親和性（ＫＤ）値でヒトＩＦＮβと結合する、実施形態１〜７２のいずれか１つに記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ７４．約１×１０−９Ｍ以下の結合親和性（ＫＤ）値でヒトＩＦＮβと結合する、実施形態１〜７３のいずれか１つに記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ７５．約１×１０−９Ｍ〜約１×１０−１４Ｍの結合親和性（ＫＤ）値でヒトＩＦＮβと結合する、実施形態１〜７４のいずれか１つに記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ７６．（ａ）ＩＦＮβとＩＦＮＡＲとの結合を阻害する；（ｂ）ＩＦＮβ依存的遺伝子の発現レベルを低減させる；および／または（ｃ）ＩＦＮβ誘導性ＳＴＡＴ１もしくはＳＴＡＴ２リン酸化を阻害する、実施形態１〜７５のいずれか１つに記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ７７．約５×１０−９Ｍ以下のＩＣ５０値でＩＦＮβとＩＦＮＡＲとの結合を阻害する、実施形態７６に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ７８．約１×１０−９Ｍ〜約１×１０−１４ＭのＩＣ５０値でＩＦＮβとＩＦＮＡＲとの結合を阻害する、実施形態７６に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ７９．実施形態１〜７８のいずれか１つに記載の抗体またはその抗原結合性断片をコードする、単離された核酸分子。
Ｅ８０．配列番号１６６のヌクレオチド配列を含む、単離された核酸。
Ｅ８１．配列番号１６７のヌクレオチド配列を含む、単離された核酸。
Ｅ８２．ＡＴＣＣに寄託され、アクセッション番号ＰＴＡ−１２２７２７を有するプラスミドの挿入物のヌクレオチド配列を含む、単離された核酸。
Ｅ８３．ＡＴＣＣに寄託され、アクセッション番号ＰＴＡ−１２２７２６を有するプラスミドの挿入物のヌクレオチド配列を含む、単離された核酸。
Ｅ８４．実施形態７９〜８３のいずれか１つに記載の核酸分子を含む、ベクター。
Ｅ８５．実施形態７９〜８３のいずれか１つに記載の核酸分子または実施形態８４に記載のベクターを含む、宿主細胞。
Ｅ８６．哺乳動物細胞である、実施形態８５に記載の宿主細胞。
Ｅ８７．ＣＨＯ細胞、ＨＥＫ−２９３細胞またはＳｐ２．０細胞である、実施形態８５または８６に記載の宿主細胞。
Ｅ８８．抗体またはその抗原結合性断片を産生する方法であって、抗体またはその抗原結合性断片が実施形態８５〜８７のいずれか１つに記載の宿主細胞によって産生される条件下で、この宿主細胞を培養するステップを含む、方法。
Ｅ８９．抗体またはその抗原結合性断片を単離するステップをさらに含む、実施形態８８に記載の方法。
Ｅ９０．実施形態８８または８９に記載の方法によって取得される、抗体またはその抗原結合性断片。
Ｅ９１．実施形態１〜７８および９０のいずれか１つに記載の抗体またはその抗原結合性断片ならびに薬学的に許容できる担体を含む、医薬組成物。
Ｅ９２．ＩＦＮβの活性を低減させる方法であって、治療有効量の実施形態１〜７８および９０のいずれか１つに記載の抗体もしくはその抗原結合性断片または実施形態９１に記載の医薬組成物を、それを必要とする対象に投与するステップを含む、方法。
Ｅ９３．リウマチ性疾患を処置する方法であって、治療有効量の実施形態１〜７８および９０のいずれか１つに記載の抗体もしくはその抗原結合性断片または実施形態９１に記載の医薬組成物を、それを必要とする対象に投与するステップを含む、方法。
Ｅ９４．全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）を処置する方法であって、治療有効量の実施形態１〜７８および９０のいずれか１つに記載の抗体もしくはその抗原結合性断片または実施形態９１に記載の医薬組成物を、それを必要とする対象に投与するステップを含む、方法。
Ｅ９５．皮膚筋炎（ＤＭ）を処置する方法であって、治療有効量の実施形態１〜７８および９０のいずれか１つに記載の抗体もしくはその抗原結合性断片または実施形態９１に記載の医薬組成物を、それを必要とする対象に投与するステップを含む、方法。
Ｅ９６．インターフェロン症を処置する方法であって、治療有効量の実施形態１〜７８および９０のいずれか１つに記載の抗体もしくはその抗原結合性断片または実施形態９１に記載の医薬組成物を、それを必要とする対象に投与するステップを含む、方法。
Ｅ９７．前記対象がヒトである、実施形態９２〜９６のいずれか１つに記載の方法。
Ｅ９８．前記抗体もしくはその抗原結合性断片または医薬組成物を静脈内投与するステップを含む、実施形態９２〜９７のいずれか１つに記載の方法。
Ｅ９９．前記抗体もしくはその抗原結合性断片または医薬組成物を皮下投与するステップを含む、実施形態９２〜９８のいずれか１つに記載の方法。
Ｅ１００．前記抗体もしくはその抗原結合性断片または医薬組成物が、１週間に２回、１週間に１回、２週間毎に１回、３週間毎に１回、４週間毎に１回、５週間毎に１回、６週間毎に１回、７週間毎に１回、８週間毎に１回、９週間毎に１回、１０週間毎に１回、１カ月に２回、１カ月に１回、２カ月毎に１回または３カ月毎に１回投与される、実施形態９２〜９９のいずれか１つに記載の方法。
Ｅ１０１．医薬としての使用のための、実施形態１〜７８および９０のいずれか１つに記載の抗体もしくはその抗原結合性断片または実施形態９１に記載の医薬組成物。
Ｅ１０２．対象においてＩＦＮβの活性を低減させることにおける使用のための、実施形態１〜７８および９０のいずれか１つに記載の抗体もしくはその抗原結合性断片または実施形態９１に記載の医薬組成物。
Ｅ１０３．対象においてリウマチ性疾患を処置することにおける使用のための、実施形態１〜７８および９０のいずれか１つに記載の抗体もしくはその抗原結合性断片または実施形態９１に記載の医薬組成物。
Ｅ１０４．対象においてＳＬＥを処置することにおける使用のための、実施形態１〜７８および９０のいずれか１つに記載の抗体もしくはその抗原結合性断片または実施形態９１に記載の医薬組成物。
Ｅ１０５．対象においてＤＭを処置することにおける使用のための、実施形態１〜７８および９０のいずれか１つに記載の抗体もしくはその抗原結合性断片または実施形態９１に記載の医薬組成物。
Ｅ１０６．対象においてインターフェロン症を処置することにおける使用のための、実施形態１〜７８および９０のいずれか１つに記載の抗体もしくはその抗原結合性断片または実施形態９１に記載の医薬組成物。
Ｅ１０７．前記対象がヒトである、実施形態１０１〜１０６のいずれか１つに記載の抗体もしくは抗原結合性断片または医薬組成物。
Ｅ１０８．対象においてＩＦＮβの活性を低減させるための、実施形態１〜７８および９０のいずれか１つに記載の抗体もしくはその抗原結合性断片または実施形態９１に記載の医薬組成物の使用。
Ｅ１０９．対象においてＩＦＮβの活性を低減させるための医薬の製造における、実施形態１〜７８および９０のいずれか１つに記載の抗体もしくはその抗原結合性断片または実施形態９１に記載の医薬組成物の使用。
Ｅ１１０．対象においてリウマチ性疾患を処置するための、実施形態１〜７８および９０のいずれか１つに記載の抗体もしくはその抗原結合性断片または実施形態９１に記載の医薬組成物の使用。
Ｅ１１１．対象においてリウマチ性疾患を処置するための医薬の製造における、実施形態１〜７８および９０のいずれか１つに記載の抗体もしくはその抗原結合性断片または実施形態９１に記載の医薬組成物の使用。
Ｅ１１２．対象においてＳＬＥを処置するための、実施形態１〜７８および９０のいずれか１つに記載の抗体もしくはその抗原結合性断片または実施形態９１に記載の医薬組成物の使用。
Ｅ１１３．対象においてＳＬＥを処置するための医薬の製造における、実施形態１〜７８および９０のいずれか１つに記載の抗体もしくはその抗原結合性断片または実施形態９１に記載の医薬組成物の使用。
Ｅ１１４．対象においてＤＭを処置するための、実施形態１〜７８および９０のいずれか１つに記載の抗体もしくはその抗原結合性断片または実施形態９１に記載の医薬組成物の使用。
Ｅ１１５．対象においてＤＭを処置するための医薬の製造における、実施形態１〜７８および９０のいずれか１つに記載の抗体もしくはその抗原結合性断片または実施形態９１に記載の医薬組成物の使用。
Ｅ１１６．対象においてインターフェロン症を処置するための、実施形態１〜７８および９０のいずれか１つに記載の抗体もしくはその抗原結合性断片または実施形態９１に記載の医薬組成物の使用。
Ｅ１１７．対象においてインターフェロン症を処置するための医薬の製造における、実施形態１〜７８および９０のいずれか１つに記載の抗体もしくはその抗原結合性断片または実施形態９１に記載の医薬組成物の使用。
Ｅ１１８．前記対象がヒトである、実施形態１０８〜１１７のいずれか１つに記載の使用。
図１は、ＭＯＤ１緩衝液中でのＩＦＮβ抗体の粘度を示す図である。 図２は、抗体ＣＴＩ−ＡＦ１の示差走査熱量測定（ＤＳＣ）グラフを示す図である。 図３は、低ｐＨ維持の結果としてのＣＴＩ−ＡＦ１凝集のサイズ排除ＨＰＬＣ（ＳＥ−ＨＰＬＣ）分析を示す図である。 図４Ａ〜４Ｄは、安定性研究からの時点のＳＥ−ＨＰＬＣ分析を示す図である。 図５Ａ〜５Ｄは、ＣＴＩ−ＡＦ１が４０℃で貯蔵した場合に経時的に安定であり、ＩＦＮβと中和する能力を喪失しないことを実証するグラフを示す図である。ＣＴＩ−ＡＦ１を、種々の温度および期間で貯蔵し、次いで、抗体がＩＦＮβと中和する能力を、ＩＦＮ依存的ルシフェラーゼレポーターアッセイで評価した。４０℃で１週間貯蔵した材料（図５Ａ、Ｔ０は、４０℃におけるゼロ時間と同等である）は、中和活性の喪失を有さなかった；２または３週間にわたる４０℃での貯蔵は、活性に対する影響を有さなかった（図５Ｃ）。ＨＥＫ２９３細胞の代わりのＣＨＯ細胞のトランスフェクション後に産生された材料、またはフェニルアラニンからプロリンへのアミノ酸４４の変異を含む材料は、中和に対する影響を有さなかった（図５Ｂ）。最後に、４０℃で４週間または室温で５週間貯蔵した材料（図５Ｄ）は、ＣＴＩ−ＡＦ１がＩＦＮβ誘導性活性を中和する能力に対する影響を有さなかった。 図６は、分子相互作用を測定するためのＦｏｒｔｅＢｉｏ Ｏｃｔｅｔを使用するバイオレイヤーインターフェロメトリー（bio-layer interferometry）（ＢＬＩ）による、ＩＦＮＡＲ２へのＩＦＮβの結合を遮断できるマウス抗ヒトＩＦＮβハイブリドーマの同定を示すデータを示す図である。最初に、マウス抗ヒトＩＦＮβ Ａｂを、順化培養培地からプロテインＧセンサー上に捕捉した；次に、ヒトＩＦＮβと結合させ（＋ｈＩＦＮ−βの矢印によって示される）、次いで、Ａｂ：ＩＦＮβ複合体を、ヒト受容体の高親和性鎖ＩＦＮＡＲ２に曝露させた（＋ＩＦＮＡＲ２の矢印によって示される）。非遮断抗体は、さらなる結合を示す曲線中の上方向の隆起を示すが（非中和剤の矢印によって示される、下）、中和抗体は、比較的平坦な曲線を実証した（中和剤の矢印によって示される、上）。いくつかのマウスハイブリドーマは、ＩＦＮβへのＩＦＮＡＲ２の結合を中和する能力を実証し、それらをさらなる特徴付けおよび最終的なヒト化のために選択した。 図７は、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）によるヒトＩＦＮβに対するＣＴＩ−ＡＦ１のＫＤの決定を示すデータを示す図である。ＣＴＩ−ＡＦ１を、ＣＭ５センサーチップ上に捕捉し、次いで、２．５ｎＭのＩＦＮβで開始して、６ポイントの２倍滴定シリーズの組換えヒトＩＦＮβと、ＣＴＩ−ＡＦ１上に流した。サンプルを二連で流した。ＩＦＮβの濃度をグラフの右側に示す。各濃度のＩＦＮβについて、細い灰色の線は、各複製サンプル中のＩＦＮβの結合を示す。太い方の灰色の線は、分析プログラムによって計算した平均近似曲線を示す。ヒトＩＦＮβに対するＣＴＩ−ＡＦ１のＫＤは、約３６ｐＭと決定された。 図８Ａ〜８Ｂは、ＣＴＩ−ＡＦ１が、複数のアッセイにおいてＩＦＮβ誘導性シグナル伝達の強力な中和剤であることを実証する図である。図８Ａは、ＩＦＮ刺激性応答エレメント（IFN stimulated response element）（ＩＳＲＥ）ルシフェラーゼレポーター構築物で安定に形質導入されたＨＥＫ２９３細胞を、ＩＦＮβおよび滴定量のＣＴＩ−ＡＦ１の存在下で刺激したことを示している。ＩＦＮβが中和されたことを示す、発光の用量依存的阻害が見られる。インターフェロン受容体（ＩＦＮＡＲ）へのＩＦＮβの結合は、Ｕ９３７細胞においてＳＴＡＴ１タンパク質のリン酸化を誘導することが公知である。図８Ｂは、ＳＴＡＴ１リン酸化分析を示す。Ｕ９３７細胞を、滴定量のＣＴＩ−ＡＦ１と共に１５分間事前インキュベートしたＩＦＮβに曝露させ、次いで、ＳＴＡＴ１リン酸化のレベルを評価した。データは、ＳＴＡＴ１リン酸化の用量依存的阻害が存在することを示しており、これは、ＩＦＮβ依存的シグナルがＣＴＩ−ＡＦ１によって中和されたことを示している。 図９は、ＣＴＩ−ＡＦ１が、初代ヒト皮膚線維芽細胞（ＨＤＦ）においてＩＦＮ刺激性遺伝子Ｍｘ１（ＭｘＡ）の発現を中和したことを実証する図である。ＩＦＮによる刺激に応答して発現されることが公知のいくつかの遺伝子、ＩＦＮ刺激性遺伝子（ＩＳＧ）が存在する。Ｍｘ１（ＭｘＡ）は、Ｉ型ＩＦＮ ＩＳＧとして十分に特徴付けられている。組換えＩＦＮβによる刺激後のＭｘ１（ＭｘＡ）遺伝子発現を、示された量のＣＴＩ−ＡＦ１の存在下または非存在下で初代ＨＤＦにおいて評価した。細胞を５時間刺激し、次いでＲＮＡを単離した。ＲＮＡをｃＤＮＡに変換し、定量的ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）を実施して、Ｍｘ１（ＭｘＡ）発現のレベルを決定し、Ｂ２Ｍを対照として使用した。データは、誘導倍率として示される；ＩＦＮβシグナル伝達の中和を示す、Ｍｘ１（ＭｘＡ）遺伝子発現の用量依存的阻害が見られた。 図１０Ａ〜１０Ｂは、ＣＴＩ−ＡＦ１がＩＦＮβと特異的に中和したことを実証する図である。Ｕ９３７細胞を、ＩＦＮβに対する中和抗体（ＣＴＩ−ＡＦ１）またはＩＦＮαに対する中和抗体（シファリムマブ、ＳＩＦ）の存在下で、ＩＦＮβ（図１０Ａ）またはＩＦＮα（図１０Ｂ）のいずれかで１５分間刺激した。ＣＴＩ−ＡＦ１は、ＩＦＮβ依存的ＳＴＡＴ１リン酸化を阻害したが（パネルＡ）、ＩＦＮα誘導性ＳＴＡＴ１リン酸化に対しては影響を有さなかった（パネルＢ）。対照として、中和抗ＩＦＮα（ＳＩＦ）をＩＦＮα刺激と併せて使用して、ＩＦＮα依存的ＳＴＡＴ１リン酸化が阻害され得ることを実証した。 図１１は、ＣＴＩ−ＡＦ１が、初代ヒト皮膚線維芽細胞（ＨＤＦ）によって分泌される内因性ＩＦＮβの強力な阻害剤であったことを実証する図である。ＨＤＦを、ポリイノシン：ポリシチジン酸（ポリＩ：Ｃ）で２４時間刺激して、滴定量のＣＴＩ−ＡＦ１の存在下でＩＦＮβの発現を誘導し、次いで、Ｍｘ１（ＭｘＡ）遺伝子発現を、図９に記載したように評価した。Ｍｘ１（ＭｘＡ）遺伝子発現の用量依存的阻害が、漸増量のＣＴＩ−ＡＦ１で見られ、これは、この抗体が、内因的に産生されたＩＦＮβを中和したことを実証している。 図１２Ａ〜１２Ｄは、２ｍｇ／ｋｇ ＩＶ Ｑ４ＷにおけるヒトでのＣＴＩ−ＡＦ１血清ＰＫおよびＩＦＮβ皮膚カバレージプロファイルを示す図である。１０（図１２Ａおよび１２Ｃ）および１００（図１２Ｂおよび１２Ｄ）のＩＦＮβ皮膚：血漿比についてのプロファイルが示される。ＣＴＩ−ＡＦ１血清ＰＫは、ＩＦＮβ皮膚：血漿比およびＩＦＮβターンオーバー半減期によって影響されないことに留意されたい。パネルＣおよびＤ中の破線は、皮膚における９５％ＩＦＮβカバレージを示す。 図１３Ａ〜１３Ｄは、１０（図１３Ａおよび１３Ｃ）および１００（図１３Ｂおよび１３Ｄ）のＩＦＮβ皮膚：血漿比についてのプロファイルを示す図である。血清ＰＫは、ＩＦＮβ皮膚：血漿比およびＩＦＮβターンオーバー半減期によって影響されないことに留意されたい。パネルＣおよびＤ中の破線は、皮膚における９５％ＩＦＮβカバレージを示す。 図１４は、毒性研究からのカニクイザルにおけるＣＴＩ−ＡＦ１の平均血清濃度を示す図である。 図１５Ａは、ヒトＩＦＮβ（配列番号４１）の配列および二次構造を示す図である。図１５Ｂは、ヒト（配列番号４１）、カニクイザル（配列番号４４）、マウス（配列番号４２）、ラット（配列番号４３）およびウサギ（配列番号４５）のＩＦＮβ配列の配列アラインメントを示す図である。 図１６Ａは、皮膚筋炎疾患面積および重症度指数（cutaneousdermatomyositis disease area and severity index）（ＣＤＡＳＩ）活性と血液１０遺伝子シグネチャースコアとの間の関係を示す図である。ＣＤＡＳＩ活性スコア≧１２は、上昇した１０遺伝子血液ＩＲＧ「シグネチャー」と相関する（スピアマンの順位相関係数ｒ＝０．６１；ｐ＜０．０００１）。図１６Ｂは、３倍のＩＲＧシグネチャーカットオフと関連する１２のＣＤＡＳＩカットオフで観察された強い閾値効果を示す図である（ｐ＝０．０００４、マン・ホイットニー検定）。 図１７は、高感度ＥＬＩＳＡキット（ＰＢＬ Ａｓｓａｙ Ｓｃｉｅｎｃｅ）を使用してＩＦＮβタンパク質の存在について分析した、２５人の正常（影響なし）ドナー、＜１２のＣＤＡＳＩを有する１９人のＤＭドナー、および≧１２のＣＤＡＳＩを有する３８人のＤＭドナー由来の血清サンプルを示す図である（ウィルコクソン検定「影響なし対ＣＤＡＳＩ＜１２」ｐ＝０．３９；ウィルコクソン検定「影響なし対ＣＤＡＳＩ≧１２」ｐ＜０．０００１）。 図１８Ａ〜１８Ｂは、５人のＤＭ患者から収集し、カスタムＩ型ＩＦＮ ＴａｑＭａｎ Ｌｏｗ Ｄｅｎｓｉｔｙ Ａｒｒａｙ（ＴＬＤＡ）（９６アッセイアレイ）によって評価した対になった皮膚生検（即ち、影響なしおよび影響ありの組織）におけるＩＦＮαもしくはＩＦＮβ ｍＲＮＡのレベル（図１８Ａ）または影響なし対影響ありの皮膚サンプルにおけるＩＲＧシグネチャー（図１８Ｂ）を示す図である。各データポイントは、１サンプル当たり２回の独立したｑＰＣＲ反応の平均を示す；平均±ＳＥＭ。パネルＡ：符号順位検定ｐ値「影響なしＩＦＮβ対影響ありＩＦＮβ」＝０．０６；符号順位検定ｐ値「影響なしＩＦＮα対影響ありＩＦＮα」＝１．０。パネルＢ：符号順位検定ｐ値「影響なし対影響あり」＝０．００２。 図１９は、ハイブリッドＩＦＮα／βタンパク質の用量依存的ＣＴＩ−ＡＦ１阻害を示すグラフを示す図である。ＩＦＮ誘導性ＳＴＡＴ１リン酸化の非存在（ＣＩＤ１２８１）または減少した（ＣＩＤ１２８０）阻害は、ＩＦＮα配列の挿入が、ＣＴＩ−ＡＦ１によって認識されるＩＦＮβ内のエピトープを破壊したことを示している。 図２０Ａ〜２０Ｂは、カニクイザル−ＩＦＮβとＣＴＩ−ＡＦ１のＦａｂとの共結晶構造を示す図である。結合エピトープ残基は、図２０Ａにおいて灰色で示され、結合パラトープ残基は、図２０Ｂにおいて灰色で示される。
１．抗ＩＦＮβ抗体
Ａ．インターフェロンベータ（ＩＦＮβ）
線維芽細胞ＩＦＮとしても公知のインターフェロンベータ（ＩＦＮβ）は、グリコシル化され、分泌された、Ｉ型インターフェロンファミリーの分子の、およそ２２ｋＤａのメンバーである。ヒトＩＦＮβ前駆体の配列を、配列番号４０として示す。前駆体のシグナルペプチド（配列番号４０の残基１〜２１）は、マウスおよびラットのタンパク質とそれぞれ４７％および４６％のアミノ酸配列同一性を共有する成熟ＩＦＮβ（配列番号４１）を産生するために切断される。種々の種由来のＩＦＮβのアラインメントを、図１５Ｂに示す。シグナルペプチドには、以下の配列中で下線を付す。
ＭＴＮＫＣＬＬＱＩＡ ＬＬＬＣＦＳＴＴＡＬ ＳＭＳＹＮＬＬＧＦＬ ＱＲＳＳＮＦＱＣＱＫ ＬＬＷＱＬＮＧＲＬＥ ＹＣＬＫＤＲＭＮＦＤ ＩＰＥＥＩＫＱＬＱＱ ＦＱＫＥＤＡＡＬＴＩ ＹＥＭＬＱＮＩＦＡＩ ＦＲＱＤＳＳＳＴＧＷ ＮＥＴＩＶＥＮＬＬＡ ＮＶＹＨＱＩＮＨＬＫ ＴＶＬＥＥＫＬＥＫＥ ＤＦＴＲＧＫＬＭＳＳ ＬＨＬＫＲＹＹＧＲＩ ＬＨＹＬＫＡＫＥＹＳ ＨＣＡＷＴＩＶＲＶＥ ＩＬＲＮＦＹＦＩＮＲ ＬＴＧＹＬＲＮ（ヒトＩＦＮβ前駆体、配列番号４０）
ＩＦＮβの構造は、Ａ（ＹＮＬＬＧＦＬＱＲＳＳＮＦＱＣＱＫＬＬ；配列番号１５３、または配列番号４１の残基３〜２１）、Ｂ（ＫＥＤＡＡＬＴＩＹＥＭＬＱＮＩＦＡＩＦ；配列番号１５４、または配列番号４１の残基５２〜７０）、Ｃ（ＥＴＩＶＥＮＬＬＡＮＶＹＨＱＩＮＨＬＫＴＶＬＥＥＫＬ；配列番号１５５、または配列番号４１の残基８１〜１０６）、Ｄ（ＳＬＨＬＫＲＹＹＧＲＩＬＨＹＬＫＡ；配列番号１５６、または配列番号４１の残基１１９〜１３５）およびＥ（ＨＣＡＷＴＩＶＲＶＥＩＬＲＮＦＹＦＩＮＲＬＴ；配列番号１５７、または配列番号４１の残基１４０〜１６１）と称される５つのα−ヘリックスを含む。これら５つのα−ヘリックスは、ＡＢ、ＢＣ、ＣＤおよびＤＥループと称される２〜２８残基のループによって相互接続される（図１５Ａ）。Ａヘリックス、ＡＢループおよびＥヘリックスは、その受容体ＩＦＮＡＲへのＩＦＮβの結合に関与することが報告されている。
Ｂ．抗ＩＦＮβ抗体
抗ＩＦＮＡＲ抗体（例えば、アニフロルマブ）の１つの潜在的な欠点は、ＩＦＮαおよびＩＦＮβサイトカインの両方がＩＦＮＡＲに結合することである。これら２つの型のＩＦＮサイトカインは、類似の生物学的活性を類似の程度まで惹起するが、これら２つの型のＩＦＮ間には、効能および細胞型特異的活性において顕著な差異が存在する。例えば、ＩＦＮβは、胚性癌腫、黒色腫およびメラニン細胞などの一部の細胞型において、ＩＦＮαよりも顕著に高い抗増殖応答を惹起する。多発性硬化症および特定の癌の処置におけるＩＦＮβのより高い効能もまた観察されている。しかし、ＩＦＮＡＲの活性を遮断することは、ＩＦＮβの活性を選択的にモジュレートするわけではない。重要なことに、ＩＦＮαは、ウイルス感染に応答する重要なサイトカインであり、その結果、その活性を遮断することは、望まれない影響を有し得る。従って、ＩＦＮαではなくＩＦＮβと特に結合する抗体は、ＩＦＮβによって主に駆動される疾患の処置についての、満たされていない重要な要求を満たす。
一態様では、本発明は、ヒトＩＦＮβと特異的に結合する単離された抗体またはその抗原結合性断片を提供する。本発明の例示的な抗体の配列を、表１１に示す。
実施例に示されるように、ある特定の実施形態では、本発明の抗体は、その受容体へのＩＦＮβの結合を阻害し、従って、「中和」抗体と呼ばれる。任意の特定の理論に束縛されることは望まないが、データは、抗体またはその抗原結合性断片が、ＩＦＮＡＲ由来の同じもしくは重複する残基について競合すること、または立体障害を創出することのいずれかによって、ＩＦＮβの受容体結合部位を遮断するまたは部分的に遮断することを示している。
例えば、ＩＦＮβのヘリックスＡ、ＡＢループおよびヘリックスＥ由来の残基は、その受容体へのＩＦＮβの結合に関与すると考えられている。従って、ある特定の実施形態では、本発明の抗体またはその抗原結合性断片は、配列番号４１のナンバリングに従って、残基３〜２１（ヘリックスＡ）、２２〜５１（ＡＢループ）および１４０〜１６１（ヘリックスＥ）からなる群から選択される１つまたは複数の残基を含むエピトープを結合する。
ある特定の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、実質的に同じアッセイ条件下で、ヒトＩＦＮαに対するその結合親和性（ＫＤ）値の１００分の１以下のＫＤ値で、ヒトＩＦＮβに結合する。例えば、ＩＦＮβについてのＫＤ対ＩＦＮαについてのＫＤの比率は、１：１００以下、１：２５０以下、１：５００以下、１：１０００以下、１：２５００以下、１：５０００以下または１：１０，０００以下であり得る。
変異誘発研究および結晶構造研究もまた、本明細書に開示される抗ＩＦＮβ抗体によって認識されるヒトＩＦＮβ中のエピトープ残基を同定した。特に、抗体の重原子から３．８Å以内にある全てのＩＦＮβ残基（「潜在的」エピトープ残基）の間で、３つの異なる型が同定されている：（ｉ）抗体−抗原界面において高度埋没残基として特徴付けられ、この位置において任意の他のアミノ酸置換に対してゼロ〜低い配列寛容として特徴付けられる、「一次」エピトープ残基；（ｉｉ）界面において中間埋没表面積を有し、これらの位置においてアミノ酸置換に対する中間の配列寛容を有する残基として特徴付けられる、「二次」エピトープ残基；ならびに（ｉｉｉ）界面において低埋没表面積を有し、これらの位置においてアミノ酸置換に対する高い配列寛容を有する残基として特徴付けられる、「任意選択の」エピトープ残基。
従って、ある特定の実施形態では、本発明の抗体またはその抗原結合性断片は、ヒトＩＦＮβ中のエピトープを特異的に結合し、前記エピトープは、配列番号４１のナンバリングに従って、Ａｌａ８９、Ｔｙｒ９２、Ｈｉｓ９３およびＨｉｓ９７（「一次」エピトープ残基）からなる群から選択される１つまたは複数の残基を含む。ある特定の実施形態では、エピトープは、配列番号４１のナンバリングに従って、Ｐｈｅ８、Ｌｅｕ９、Ｓｅｒ１２、Ｇｌｎ１６、Ａｓｎ８６、Ａｓｎ９０、Ａｓｐ９６およびＴｈｒ１００（「二次」エピトープ残基）からなる群から選択される１つまたは複数の残基をさらに含む。ある特定の実施形態では、エピトープは、配列番号４１のナンバリングに従って、Ｌｅｕ５、Ｌｅｕ６、Ｓｅｒ１３、Ｐｈｅ１５およびＴｈｒ８２（「任意選択の」エピトープ残基）からなる群から選択される１つまたは複数の残基をさらに含む。
ある特定の実施形態では、本発明の抗体またはその抗原結合性断片は、ヒトＩＦＮβに加えて、カニクイザルＩＦＮβもまた特異的に結合する。ある特定の実施形態では、本発明の抗体またはその抗原結合性断片は、カニクイザルＩＦＮβ中のエピトープを特異的に結合し、前記エピトープは、配列番号４４のナンバリングに従って、Ａｌａ８９、Ｔｙｒ９２、Ｈｉｓ９３およびＨｉｓ９７（「一次」エピトープ残基）からなる群から選択される１つまたは複数の残基を含む。ある特定の実施形態では、エピトープは、配列番号４４のナンバリングに従って、Ｐｈｅ８、Ｌｅｕ９、Ｓｅｒ１２、Ｇｌｎ１６、Ａｓｎ８６、Ａｓｎ９０、Ａｓｐ９６、Ｔｈｒ１００およびＴｙｒ６７（「二次」エピトープ残基）からなる群から選択される１つまたは複数の残基をさらに含む。ある特定の実施形態では、エピトープは、配列番号４４のナンバリングに従って、Ｌｅｕ５、Ｌｅｕ６、Ｓｅｒ１３、Ｐｈｅ１５およびＴｈｒ８２（「任意選択の」エピトープ残基）からなる群から選択される１つまたは複数の残基をさらに含む。
抗体ＣＴＩ−ＡＦ１およびそのバリアントが、本明細書で提供される。従って、ある特定の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、以下の重鎖ＣＤＲ配列：（ｉ）配列番号３７を含むＣＤＲ−Ｈ１、配列番号３８を含むＣＤＲ−Ｈ２および配列番号３９を含むＣＤＲ−Ｈ３；ならびに／または（ｉｉ）以下の軽鎖ＣＤＲ配列：配列番号３４を含むＣＤＲ−Ｌ１、配列番号３５を含むＣＤＲ−Ｌ２および配列番号３６を含むＣＤＲ−Ｌ３、を含む。
結晶構造研究から実証されるように、ＣＤＲ中の全ての残基が抗体−抗原結合に寄与するわけではない。実施例７および表１４に示すように、限定数のＣＤＲ残基のみが、抗原の重原子から３．８Å以内にあり、潜在的パラトープ残基とみなされる。これらの潜在的パラトープ残基のうち、（ｉ）「一次」パラトープ残基は、抗体−抗原界面において高度埋没残基として特徴付けられ、この位置において任意の他のアミノ酸置換に対して低い配列寛容として特徴付けられる残基である；および（ｉｉ）「二次」パラトープ残基は、界面においてより低い埋没表面積を有し、これらの位置においてアミノ酸置換に対してより高い配列寛容を有する残基として特徴付けられる。
従って、ある特定の実施形態では、本発明の抗体またはその抗原結合性断片は、Ｋａｂａｔナンバリングに従って、ＣＤＲ−Ｈ１中のＴｒｐ３３、ＣＤＲ−Ｈ２中のＴｙｒ５６、ＣＤＲ−Ｈ２中のＴｙｒ５８およびＣＤＲ−Ｈ３中のＴｙｒ９７からなる群から選択される１つまたは複数のパラトープ残基（「一次」パラトープ残基）を含むＶＨ鎖を含む。ある特定の実施形態では、ＶＨは、Ｋａｂａｔナンバリングに従って、ＣＤＲ−Ｈ２中のＡｓｐ５４、ＣＤＲ−Ｈ２中のＧｌｎ６１、ＣＤＲ−Ｈ３中のＧｌｙ９８およびＣＤＲ−Ｈ３中のＬｅｕ１００からなる群から選択される１つまたは複数のパラトープ残基（「二次」パラトープ残基）をさらに含む。ある特定の実施形態では、本発明の抗体またはその抗原結合性断片は、Ｋａｂａｔナンバリングに従って、ＣＤＲ−Ｌ１中のＴｙｒ３２、ＣＤＲ−Ｌ３中のＩｌｅ９２およびＣＤＲ−Ｌ３中のＬｅｕ９４からなる群から選択される１つまたは複数のパラトープ残基（「一次」パラトープ残基）を含むＶＬを含む。ある特定の実施形態では、ＶＨは、Ｋａｂａｔナンバリングに従って、ＣＤＲ−Ｌ１中のＧｌｎ２７、ＣＤＲ−Ｌ１中のＡｓｐ２８、ＣＤＲ−Ｌ１中のＩｌｅ２９、ＣＤＲ−Ｌ１中のＧｌｙ３０およびＣＤＲ−Ｌ３中のＩｌｅ９３からなる群から選択される１つまたは複数のパラトープ残基（「二次」パラトープ残基）をさらに含む。本発明の抗体またはその抗原結合性断片は、本明細書に開示されるパラトープ残基の任意の組み合わせもまた含み得る。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される抗体またはその抗原結合性断片は、以下の重鎖ＣＤＲ配列：（ｉ）配列番号３７と少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％もしくは少なくとも９５％の同一性を共有するＣＤＲ−Ｈ１、配列番号３８と少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％もしくは少なくとも９５％の同一性を共有するＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号３９と少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％もしくは少なくとも９５％の同一性を共有するＣＤＲ−Ｈ３；ならびに／または（ｉｉ）以下の軽鎖ＣＤＲ配列：配列番号３４と少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％もしくは少なくとも９５％の同一性を共有するＣＤＲ−Ｌ１、配列番号３５と少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％もしくは少なくとも９５％の同一性を共有するＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号３６と少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％もしくは少なくとも９５％の同一性を共有するＣＤＲ−Ｌ３、を含む。ある特定の実施形態では、アミノ酸差異は、それぞれ配列番号３７、３８、３９、３４、３５および３６と比較して、表１４に示される一次または二次パラトープ残基の１つではない。
ある特定の実施形態では、１０以下、９以下、８以下、７以下、６以下、５以下、４以下、３以下、２以下または１以下の置換が、配列番号３４と比較して、ＣＤＲ−Ｌ１の配列において行われる。ある特定の実施形態では、６以下、５以下、４以下、３以下、２以下または１以下の置換が、配列番号３５と比較して、ＣＤＲ−Ｌ２の配列において行われる。ある特定の実施形態では、８以下、７以下、６以下、５以下、４以下、３以下、２以下または１以下の置換が、配列番号３６と比較して、ＣＤＲ−Ｌ３の配列において行われる。ある特定の実施形態では、９以下、８以下、７以下、６以下、５以下、４以下、３以下、２以下または１以下の置換が、配列番号３７と比較して、ＣＤＲ−Ｈ１の配列において行われる。ある特定の実施形態では、１６以下、１５以下、１４以下、１３以下、１２以下、１１以下、１０以下、９以下、８以下、７以下、６以下、５以下、４以下、３以下、２以下または１以下の置換が、配列番号３８と比較して、ＣＤＲ−Ｈ２の配列において行われる。ある特定の実施形態では、９以下、８以下、７以下、６以下、５以下、４以下、３以下、２以下または１以下の置換が、配列番号３９と比較して、ＣＤＲ−Ｈ３の配列において行われる。ある特定の実施形態では、置換は、置換なしの抗体またはその抗原結合性断片の結合親和性（ＫＤ）と比較して、３桁よりも大きく、２桁よりも大きく、または１桁、ＫＤ値を変化させることはない。ある特定の実施形態では、置換は、表１４に示される一次または二次パラトープ残基の１つではない。
ある特定の実施形態では、置換は、表１に提示する保存的置換である。
Figure 0006799076
ある特定の実施形態では、マウスＣＤＲがヒトフレームワークにグラフトされたヒト化抗体など、抗体が非ヒト種に由来する場合、置換は、対応するヒト生殖系列残基で非ヒトＣＤＲ残基が置き換えられるヒト生殖系列置換である。かかる置換の１つの利点は、ヒトアミノ酸含量を増加させること、および非ヒト種に由来する抗体の潜在的免疫原性を低減させることである。例えば、ヒト生殖系列ＤＰＫ９フレームワークおよび例示的な抗体ＣＴＩ−ＡＦ１が使用される場合、ＣＴＩ−ＡＦ１抗体およびヒト生殖系列ＤＰＫ９のＣＤＲ−Ｌ１のアラインメントは、以下のとおりである：
Figure 0006799076
２４位、２６位、２７位、２９位、３２位、３３位および３４位について、ヒト生殖系列残基および対応するＣＴＩ−ＡＦ１残基は同じであり、これらの位置では置換は必要ない。２５位、２８位、３０位および３１位（太字）について、ヒト生殖系列残基と、対応するＣＴＩ−ＡＦ１マウス残基とは異なる。これらの位置におけるＣＴＩ−ＡＦ１のマウス残基は、ヒトアミノ酸残基含量をさらに増加させるために、対応するヒト生殖系列ＤＰＫ９残基で置き換えられ得る。
抗体ＣＤＲ中にヒト生殖系列残基を導入するための方法およびライブラリーは、Ｔｏｗｎｓｅｎｄら、Ａｕｇｍｅｎｔｅｄ Ｂｉｎａｒｙ Ｓｕｂｓｔｉｔｕｔｉｏｎ：Ｓｉｎｇｌｅ−ｐａｓｓ ＣＤＲ ｇｅｒｍｌｉｎｉｎｇ ａｎｄ ｓｔａｂｉｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ、ＰＮＡＳ、第１１２巻、１５３５４〜１５３５９（２０１５）および米国特許出願番号２０１７−００７３３９５Ａ１（２０１７年３月１６日公開）に詳細に記載されており、それらの全体が参照によって本明細書に組み込まれる。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される抗体またはその抗原結合性断片は、ヒトフレームワーク配列を含む。例えば、重鎖フレームワーク配列は、ヒトＶＨ３生殖系列、ＶＨ１生殖系列、ＶＨ５生殖系列またはＶＨ４生殖系列配列に由来し得る。好ましいヒト生殖系列重鎖フレームワークは、ＶＨ１、ＶＨ３またはＶＨ５生殖系列配列に由来するフレームワークである。例えば、以下の周知の生殖系列配列：ＩＧＨＶ３−２３、ＩＧＨＶ３−７またはＩＧＨＶ１−６９由来のＶＨフレームワークが使用され得、ここで、生殖系列名は、ＩＭＧＴ生殖系列定義に基づく。好ましいヒト生殖系列軽鎖フレームワークは、ＶκまたはＶλ生殖系列配列に由来するフレームワークである。例えば、以下の生殖系列：ＩＧＫＶ１−３９またはＩＧＫＶ３−２０由来のＶＬフレームワークが使用され得、ここで、生殖系列名は、ＩＭＧＴ生殖系列定義に基づく。あるいはまたはさらに、フレームワーク配列は、ヒト生殖系列コンセンサスフレームワーク配列、例えば、ヒトＶλ１コンセンサス配列、Ｖκ１コンセンサス配列、Ｖκ２コンセンサス配列、Ｖκ３コンセンサス配列、ＶＨ３生殖系列コンセンサス配列、ＶＨ１生殖系列コンセンサス配列、ＶＨ５生殖系列コンセンサス配列またはＶＨ４生殖系列コンセンサス配列のフレームワークであり得る。
ヒト生殖系列フレームワークの配列は、Ｖ−ｂａｓｅ、ＩＭＧＴ、ＮＣＢＩまたはＡｂｙｓｉｓなどの種々の公的データベースから入手可能である。
ある特定の実施形態では、ヒト生殖系列ＶＬフレームワークは、ＤＰＫ９（ＩＭＧＴ名：ＩＧＫＶ１−３９）のフレームワークであり、本発明の抗体またはその抗原結合性断片のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３中の１つまたは複数の残基は、表３に示す対応するＤＰＫ９生殖系列残基（配列番号４６、４７、４８）で置換され得る。
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ある特定の実施形態では、ヒト生殖系列ＶＬフレームワークは、ＤＰＫ１２（ＩＭＧＴ名：ＩＧＫＶ２Ｄ−２９）のフレームワークであり、本発明の抗体またはその抗原結合性断片のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３中の１つまたは複数の残基は、表３に示す対応するＤＰＫ１２生殖系列残基（配列番号４９、５０、５１）で置換され得る。
ある特定の実施形態では、ヒト生殖系列ＶＬフレームワークは、ＤＰＫ１８（ＩＭＧＴ名：ＩＧＫＶ２−３０）のフレームワークであり、本発明の抗体またはその抗原結合性断片のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３中の１つまたは複数の残基は、表３に示す対応するＤＰＫ１８生殖系列残基（配列番号５２、５３、５４）で置換され得る。
ある特定の実施形態では、ヒト生殖系列ＶＬフレームワークは、ＤＰＫ２４（ＩＭＧＴ名：ＩＧＫＶ４−１）のフレームワークであり、本発明の抗体またはその抗原結合性断片のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３中の１つまたは複数の残基は、表３に示す対応するＤＰＫ２４生殖系列残基（配列番号５５、５６、５７）で置換され得る。
ある特定の実施形態では、ヒト生殖系列ＶＬフレームワークは、ＨＫ１０２＿Ｖ１（ＩＭＧＴ名：ＩＧＫＶ１−５）のフレームワークであり、本発明の抗体またはその抗原結合性断片のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３中の１つまたは複数の残基は、表３に示す対応するＨＫ１０２＿Ｖ１生殖系列残基（配列番号５８、５９、６０）で置換され得る。
ある特定の実施形態では、ヒト生殖系列ＶＬフレームワークは、ＤＰＫ１（ＩＭＧＴ名：ＩＧＫＶ１−３３）のフレームワークであり、本発明の抗体またはその抗原結合性断片のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３中の１つまたは複数の残基は、表３に示す対応するＤＰＫ１生殖系列残基（配列番号６１、６２、６３）で置換され得る。
ある特定の実施形態では、ヒト生殖系列ＶＬフレームワークは、ＤＰＫ８（ＩＭＧＴ名：ＩＧＫＶ１−９）のフレームワークであり、本発明の抗体またはその抗原結合性断片のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３中の１つまたは複数の残基は、表３に示す対応するＤＰＫ８生殖系列残基（配列番号６４、６５、６６）で置換され得る。
ある特定の実施形態では、ヒト生殖系列ＶＬフレームワークは、ＤＰＫ２１（ＩＭＧＴ名：ＩＧＫＶ３−１５）のフレームワークであり、本発明の抗体またはその抗原結合性断片のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３中の１つまたは複数の残基は、表３に示す対応するＤＰＫ２１生殖系列残基（配列番号６７、６８、６９）で置換され得る。
ある特定の実施形態では、ヒト生殖系列ＶＬフレームワークは、Ｖｇ＿３８Ｋ（ＩＭＧＴ名：ＩＧＫＶ３−１１）のフレームワークであり、本発明の抗体またはその抗原結合性断片のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３中の１つまたは複数の残基は、表３に示す対応するＶｇ＿３８Ｋ生殖系列残基（配列番号７０、７１、７２）で置換され得る。
ある特定の実施形態では、ヒト生殖系列ＶＬフレームワークは、ＤＰＫ２２（ＩＭＧＴ名：ＩＧＫＶ３−２０）のフレームワークであり、本発明の抗体またはその抗原結合性断片のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３中の１つまたは複数の残基は、表３に示す対応するＤＰＫ２２生殖系列残基（配列番号７３、７４、７５）で置換され得る。
ある特定の実施形態では、ヒト生殖系列ＶＬフレームワークは、ＤＰＫ１５（ＩＭＧＴ名：ＩＧＫＶ２−２８）のフレームワークであり、本発明の抗体またはその抗原結合性断片のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３中の１つまたは複数の残基は、表３に示す対応するＤＰＫ１５生殖系列残基（配列番号７６、７７、７８）で置換され得る。
ある特定の実施形態では、ヒト生殖系列ＶＬフレームワークは、ＤＰＬ１６（ＩＭＧＴ名：ＩＧＬＶ３−１９）のフレームワークであり、本発明の抗体またはその抗原結合性断片のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３中の１つまたは複数の残基は、表３に示す対応するＤＰＬ１６生殖系列残基（配列番号７９、８０、８１）で置換され得る。
ある特定の実施形態では、ヒト生殖系列ＶＬフレームワークは、ＤＰＬ８（ＩＭＧＴ名：ＩＧＬＶ１−４０）のフレームワークであり、本発明の抗体またはその抗原結合性断片のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３中の１つまたは複数の残基は、表３に示す対応するＤＰＬ８生殖系列残基（配列番号８２、８３、８４）で置換され得る。
ある特定の実施形態では、ヒト生殖系列ＶＬフレームワークは、Ｖ１−２２（ＩＭＧＴ名：ＩＧＬＶ６−５７）のフレームワークであり、本発明の抗体またはその抗原結合性断片のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３中の１つまたは複数の残基は、表３に示す対応するＶ１−２２生殖系列残基（配列番号８５、８６、８７）で置換され得る。
ある特定の実施形態では、ヒト生殖系列ＶＬフレームワークは、ヒトＶλコンセンサス配列のフレームワークであり、本発明の抗体またはその抗原結合性断片のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３中の１つまたは複数の残基は、表３に示す対応するＶλ生殖系列コンセンサス残基（配列番号８８、８９、９０、９１、９２、９３）で置換され得る。ギャップを伴うおよび伴わない、コンセンサス配列の代替的配列が提供される。コンセンサスが存在しない位置では、括弧（）内の残基は、ヒト抗体中に存在する最も頻繁な残基と同等な残基である。
ある特定の実施形態では、ヒト生殖系列ＶＬフレームワークは、ヒトＶλ１コンセンサス配列のフレームワークであり、本発明の抗体またはその抗原結合性断片のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３中の１つまたは複数の残基は、表３に示す対応するＶλ１生殖系列コンセンサス残基（配列番号９４、９５、９６、９７）で置換され得る。ギャップを伴うおよび伴わない、コンセンサス配列の代替的配列が提供される。コンセンサスが存在しない位置では、括弧（）内の残基は、ヒト抗体中に存在する最も頻繁な残基と同等な残基である。
ある特定の実施形態では、ヒト生殖系列ＶＬフレームワークは、ヒトＶλ３コンセンサス配列のフレームワークであり、本発明の抗体またはその抗原結合性断片のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３中の１つまたは複数の残基は、表３に示す対応するＶλ３生殖系列コンセンサス残基（配列番号９８、９９、１００、１０１）で置換され得る。ギャップを伴うおよび伴わない、コンセンサス配列の代替的配列が提供される。コンセンサスが存在しない位置では、括弧（）内の残基は、ヒト抗体中に存在する最も頻繁な残基と同等な残基である。
ある特定の実施形態では、ヒト生殖系列ＶＬフレームワークは、ヒトＶκコンセンサス配列のフレームワークであり、本発明の抗体またはその抗原結合性断片のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３中の１つまたは複数の残基は、表３に示す対応するＶκ生殖系列コンセンサス残基（配列番号１０２、１０３、１０４、１０５）で置換され得る。ギャップを伴うおよび伴わない、コンセンサス配列の代替的配列が提供される。
ある特定の実施形態では、ヒト生殖系列ＶＬフレームワークは、ヒトＶκ１コンセンサス配列のフレームワークであり、本発明の抗体またはその抗原結合性断片のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３中の１つまたは複数の残基は、表３に示す対応するＶκ１生殖系列コンセンサス残基（配列番号１０６、１０７、１０８）で置換され得る。コンセンサスが存在しない位置では、括弧（）内の残基は、ヒト抗体中に存在する最も頻繁な残基と同等な残基である。
ある特定の実施形態では、ヒト生殖系列ＶＬフレームワークは、ヒトＶκ２コンセンサス配列のフレームワークであり、本発明の抗体またはその抗原結合性断片のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３中の１つまたは複数の残基は、表３に示す対応するＶκ２生殖系列コンセンサス残基（配列番号１０９、１１０、１１１、１１２）で置換され得る。ギャップを伴うおよび伴わない、コンセンサス配列の代替的配列が提供される。コンセンサスが存在しない位置では、括弧（）内の残基は、ヒト抗体中に存在する最も頻繁な残基と同等な残基である。
ある特定の実施形態では、ヒト生殖系列ＶＬフレームワークは、ヒトＶκ３コンセンサス配列のフレームワークであり、本発明の抗体（および断片）のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３中の１つまたは複数の残基は、表３に示す対応する生殖系列残基（配列番号１１３、１１４、１１５）で置換され得る。コンセンサスが存在しない位置では、括弧（）内の残基は、ヒト抗体中に存在する最も頻繁な残基と同等な残基である。
ある特定の実施形態では、ヒト生殖系列ＶＨフレームワークは、ＤＰ５４（ＩＭＧＴ名：ＩＧＨＶ３−７）のフレームワークであり、本発明の抗体またはその抗原結合性断片のＣＤＲ−Ｈ１およびＣＤＲ−Ｈ２中の１つまたは複数の残基は、表４に示す対応する生殖系列残基（配列番号１１６、１１７）で置換され得る。
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ある特定の実施形態では、ヒト生殖系列ＶＨフレームワークは、ＤＰ４７（ＩＭＧＴ名：ＩＧＨＶ３−２３）のフレームワークであり、本発明の抗体またはその抗原結合性断片のＣＤＲ−Ｈ１およびＣＤＲ−Ｈ２中の１つまたは複数の残基は、表４に示す対応するＤＰ４７生殖系列残基（配列番号１１８、１１９）で置換され得る。
ある特定の実施形態では、ヒト生殖系列ＶＨフレームワークは、ＤＰ７１（ＩＭＧＴ名：ＩＧＨＶ４−５９）のフレームワークであり、本発明の抗体またはその抗原結合性断片のＣＤＲ−Ｈ１およびＣＤＲ−Ｈ２中の１つまたは複数の残基は、表４に示す対応するＤＰ７１生殖系列残基（配列番号１２０、１２１）で置換され得る。
ある特定の実施形態では、ヒト生殖系列ＶＨフレームワークは、ＤＰ７５（ＩＭＧＴ名：ＩＧＨＶ１−２＿０２）のフレームワークであり、本発明の抗体またはその抗原結合性断片のＣＤＲ−Ｈ１およびＣＤＲ−Ｈ２中の１つまたは複数の残基は、表４に示す対応するＤＰ７５生殖系列残基（配列番号１２２、１２３）で置換され得る。
ある特定の実施形態では、ヒト生殖系列ＶＨフレームワークは、ＤＰ１０（ＩＭＧＴ名：ＩＧＨＶ１−６９）のフレームワークであり、本発明の抗体またはその抗原結合性断片のＣＤＲ−Ｈ１およびＣＤＲ−Ｈ２中の１つまたは複数の残基は、表４に示す対応するＤＰ１０生殖系列残基（配列番号１２４、１２５）で置換され得る。
ある特定の実施形態では、ヒト生殖系列ＶＨフレームワークは、ＤＰ７（ＩＭＧＴ名：ＩＧＨＶ１−４６）のフレームワークであり、本発明の抗体またはその抗原結合性断片のＣＤＲ−Ｈ１およびＣＤＲ−Ｈ２中の１つまたは複数の残基は、表４に示す対応するＤＰ７生殖系列残基（配列番号１２６、１２７）で置換され得る。
ある特定の実施形態では、ヒト生殖系列ＶＨフレームワークは、ＤＰ４９（ＩＭＧＴ名：ＩＧＨＶ３−３０）のフレームワークであり、本発明の抗体またはその抗原結合性断片のＣＤＲ−Ｈ１およびＣＤＲ−Ｈ２中の１つまたは複数の残基は、表４に示す対応するＤＰ４９生殖系列残基（配列番号１２８、１２９）で置換され得る。
ある特定の実施形態では、ヒト生殖系列ＶＨフレームワークは、ＤＰ５１（ＩＭＧＴ名：ＩＧＨＶ３−４８）のフレームワークであり、本発明の抗体またはその抗原結合性断片のＣＤＲ−Ｈ１およびＣＤＲ−Ｈ２中の１つまたは複数の残基は、表４に示す対応するＤＰ５１生殖系列残基（配列番号１３０、１３１）で置換され得る。
ある特定の実施形態では、ヒト生殖系列ＶＨフレームワークは、ＤＰ３８（ＩＭＧＴ名：ＩＧＨＶ３−１５）のフレームワークであり、本発明の抗体またはその抗原結合性断片のＣＤＲ−Ｈ１およびＣＤＲ−Ｈ２中の１つまたは複数の残基は、表４に示す対応するＤＰ３８生殖系列残基（配列番号１３２、１３３）で置換され得る。
ある特定の実施形態では、ヒト生殖系列ＶＨフレームワークは、ＤＰ７９（ＩＭＧＴ名：ＩＧＨＶ４−３９）のフレームワークであり、本発明の抗体またはその抗原結合性断片のＣＤＲ−Ｈ１およびＣＤＲ−Ｈ２中の１つまたは複数の残基は、表４に示す対応するＤＰ７９生殖系列残基（配列番号１３４、１３５）で置換され得る。
ある特定の実施形態では、ヒト生殖系列ＶＨフレームワークは、ＤＰ７８（ＩＭＧＴ名：ＩＧＨＶ４−３０−４）のフレームワークであり、本発明の抗体またはその抗原結合性断片のＣＤＲ−Ｈ１およびＣＤＲ−Ｈ２中の１つまたは複数の残基は、表４に示す対応するＤＰ７８生殖系列残基（配列番号１３６、１３７）で置換され得る。
ある特定の実施形態では、ヒト生殖系列ＶＨフレームワークは、ＤＰ７３（ＩＭＧＴ名：ＩＧＨＶ５−５１）のフレームワークであり、本発明の抗体またはその抗原結合性断片のＣＤＲ−Ｈ１およびＣＤＲ−Ｈ２中の１つまたは複数の残基は、表４に示す対応するＤＰ７３生殖系列残基（配列番号１３８、１３９）で置換され得る。
ある特定の実施形態では、ヒト生殖系列ＶＨフレームワークは、ヒトＶＨ生殖系列コンセンサス配列のフレームワークであり、本発明の抗体またはその抗原結合性断片のＣＤＲ−Ｈ１およびＣＤＲ−Ｈ２中の１つまたは複数の残基は、表４に示す対応するＶＨ生殖系列コンセンサス残基（配列番号１４０、１４１、１４２、１４３）で置換され得る。ギャップを伴うおよび伴わない、コンセンサス配列の代替的配列が提供される。コンセンサスが存在しない位置では、括弧（）内の残基は、ヒト抗体中に存在する最も頻繁な残基と同等な残基である。
ある特定の実施形態では、ヒト生殖系列ＶＨフレームワークは、ヒトＶＨ３生殖系列コンセンサス配列のフレームワークであり、本発明の抗体またはその抗原結合性断片のＣＤＲ−Ｈ１およびＣＤＲ−Ｈ２中の１つまたは複数の残基は、表４に示す対応するＶＨ３生殖系列コンセンサス残基（配列番号１４４、１４５、１４６）で置換され得る。ギャップを伴うおよび伴わない、コンセンサス配列の代替的配列が提供される。コンセンサスが存在しない位置では、括弧（）内の残基は、ヒト抗体中に存在する最も頻繁な残基と同等な残基である。
ある特定の実施形態では、ヒト生殖系列ＶＨフレームワークは、ヒトＶＨ５生殖系列コンセンサス配列のフレームワークであり、本発明の抗体またはその抗原結合性断片のＣＤＲ−Ｈ１およびＣＤＲ−Ｈ２中の１つまたは複数の残基は、表４に示す対応するＶＨ５生殖系列コンセンサス残基（配列番号１４７、１４８）で置換され得る。コンセンサスが存在しない位置では、括弧（）内の残基は、ヒト抗体中に存在する最も頻繁な残基と同等な残基である。
ある特定の実施形態では、ヒト生殖系列ＶＨフレームワークは、ヒトＶＨ１生殖系列コンセンサス配列のフレームワークであり、本発明の抗体またはその抗原結合性断片のＣＤＲ−Ｈ１およびＣＤＲ−Ｈ２中の１つまたは複数の残基は、表４に示す対応するＶＨ１生殖系列コンセンサス残基（配列番号１４９、１５０）で置換され得る。コンセンサスが存在しない位置では、括弧（）内の残基は、ヒト抗体中に存在する最も頻繁な残基と同等な残基である。
ある特定の実施形態では、ヒト生殖系列ＶＨフレームワークは、ヒトＶＨ４生殖系列コンセンサス配列のフレームワークであり、本発明の抗体またはその抗原結合性断片のＣＤＲ−Ｈ１およびＣＤＲ−Ｈ２中の１つまたは複数の残基は、表４に示す対応するＶＨ４生殖系列コンセンサス残基（配列番号１５１、１５２）で置換され得る。コンセンサスが存在しない位置では、括弧（）内の残基は、ヒト抗体中に存在する最も頻繁な残基と同等な残基である。
ある特定の実施形態では、本発明の抗体またはその抗原結合性断片は、（Ｋａｂａｔに従うナンバリングで）：
（ｉ）（ａ）Ｔｒｐ３３、および配列番号３７と比較して３つまたはそれよりも少ないアミノ酸差異を含むＣＤＲ−Ｈ１、（ｂ）Ａｓｐ５４、Ｔｙｒ５６、Ｔｙｒ５８およびＧｌｎ６１、ならびに配列番号３８と比較して３つまたはそれよりも少ないアミノ酸差異を含むＣＤＲ−Ｈ２；ならびに（ｃ）Ｔｙｒ９７、Ｇｌｙ９８およびＬｅｕ１００、ならびに配列番号３９と比較して３つまたはそれよりも少ないアミノ酸差異を含むＣＤＲ−Ｈ３
を含むＶＨ；ならびに
（ｉｉ）（ａ）Ｇｌｎ２７、Ａｓｐ２８、Ｉｌｅ２９、Ｇｌｙ３０、Ｔｙｒ３２、および配列番号３４と比較して３つまたはそれよりも少ないアミノ酸差異を含むＣＤＲ−Ｌ１、（ｂ）配列番号３５と比較して３つまたはそれよりも少ないアミノ酸差異を含む配列を含むＣＤＲ−Ｌ２；ならびに（ｃ）Ｉｌｅ９２、Ｉｌｅ９３およびＬｅｕ９４、ならびに配列番号３６と比較して３つまたはそれよりも少ないアミノ酸差異を含むＣＤＲ−Ｌ３
を含むＶＬ
を含む。
ある特定の実施形態では、ＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２、ＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３中のアミノ酸差異は、対応するヒト生殖系列残基（例えば、表３および４に示すヒト生殖系列残基）で非ヒトＣＤＲ残基が置き換えられるヒト生殖系列置換である。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される抗体またはその抗原結合性断片は、（ｉ）配列番号２８と少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％もしくは１００％同一であるアミノ酸配列を含むＶＨ、および／または（ｉｉ）配列番号１と少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％もしくは１００％同一であるアミノ酸配列を含むＶＬ、を含む。これらのＶＬ配列およびＶＨ配列の任意の組み合わせもまた、本発明によって包含される。
ある特定の実施形態では、ＶＨフレームワークは、ＤＰ１０である。他の類似のフレームワーク領域もまた、配列番号３７、３８および３９のＣＤＲを含む本発明の有利な抗体または抗体断片を届けると予測され、それには、ＤＰ１０のＦＷ領域とそれぞれ９９％、９３％、７５％、７３％、７３％、９２％、９０％、９０％、８９％、９３％および７９％の配列同一性を共有し、共通の構造的特色：（Ａ）ＣＤＲ直下の残基（ベルニエゾーン（Vernier Zone））、Ｈ２、Ｈ４７、Ｈ４８およびＨ４９、Ｈ６７、Ｈ６９、Ｈ７１、Ｈ７３、Ｈ９３、Ｈ９４；（Ｂ）ＶＨ／ＶＬ鎖パッキング残基（packing residue）：Ｈ３７、Ｈ３９、Ｈ４５、Ｈ４７、Ｈ９１、Ｈ９３；ならびに（Ｃ）カノニカルＣＤＲ構造的支持残基Ｈ２４、Ｈ７１、Ｈ９４（全てＫａｂａｔナンバリング）中に４つまたはそれよりも少ないアミノ酸差異を含む、ＤＰ−８８、ＤＰ−２５、ＤＰ−７３、ＩＧＨＶ５−１０−１＊０１、ＩＧＨＶ５−１０−１＊０４、ＤＰ−１４、ＤＰ−７５、ＤＰ１５、ＤＰ−８、ＤＰ−７およびＩＧＨＶ７−４−１＊０２が含まれる。ＤＰ１０とそれぞれ９９％、９３％、７５％、７３％および７３％の配列同一性を共有し、これらの共通の構造的特色中に２つまたはそれよりも少ないアミノ酸差異を有する、ＤＰ−８８、ＤＰ−２５、ＤＰ−７３、ＩＧＨＶ５−１０−１＊０１およびＩＧＦＶ−１０−１＊０４のフレームワーク領域が、特に好ましい。
ある特定の実施形態では、ＶＬフレームワークは、ＤＰＫ９である。他の類似のフレームワーク領域もまた、配列番号３４、３５および３６のＣＤＲを含む本発明の有利な抗体を届けると予測され、それには、ＤＰＫ−９のＦＷ領域とそれぞれ９９％、９７％、９７％、９６％、８０％、７６％、６６％、９７％、９７％、９６％、７６％および７４％の配列同一性を共有し、共通の構造的特色：（Ａ）ＣＤＲ直下の残基（ベルニエゾーン）、Ｌ２、Ｌ４、Ｌ３５、Ｌ３６、Ｌ４６、Ｌ４７、Ｌ４８、Ｌ４９、Ｌ６４、Ｌ６６、Ｌ６８、Ｌ６９、Ｌ７１；（Ｂ）ＶＨ／ＶＬ鎖パッキング残基：Ｌ３６、Ｌ３８、Ｌ４４、Ｌ４６、Ｌ８７；ならびに（Ｃ）カノニカルＣＤＲ構造的支持残基Ｌ２、Ｌ４８、Ｌ６４、Ｌ７１（全てＫａｂａｔナンバリング）中に１つまたはそれよりも少ないアミノ酸差異を含む、ＤＰＫ５、ＤＰＫ４、ＤＰＫ１、ＩＧＫＶ１−５＊０１、ＤＰＫ２４、ＤＰＫ２１、ＤＰＫ１５、ＩＧＫＶ１−１３＊０２、ＩＧＫＶ１−１７＊０１、ＤＰＫ８、ＩＧＫＶ３−１１＊０１およびＤＰＫ２２が含まれる。ＤＰＫ９とそれぞれ９９％、９７％、９７％、９６％、８０％、７６％および６６％の配列同一性を共有し、これらの共通の構造的特色中にアミノ酸差異を有さない、ＤＰＫ５、ＤＰＫ４、ＤＰＫ１、ＩＧＫＶ１−５＊０１、ＤＰＫ２４、ＤＰＫ２１およびＤＰＫ１５のフレームワーク領域が、特に好ましい。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される抗体またはその抗原結合性断片は、（ｉ）配列番号３７を含むＣＤＲ−Ｈ１、配列番号３８を含むＣＤＲ−Ｈ２、配列番号３９を含むＣＤＲ−Ｈ３、配列番号３４を含むＣＤＲ−Ｌ１、配列番号３５を含むＣＤＲ−Ｌ２および配列番号３６を含むＣＤＲ−Ｌ３；ならびに（ｉｉ）ヒト生殖系列ＤＰＫ９のフレームワーク配列と少なくとも６６％、少なくとも７４％、少なくとも７６％、少なくとも８０％、少なくとも９６％、少なくとも９７％または少なくとも９９％同一である配列を含むＶＬフレームワーク、およびヒト生殖系列ＤＰ１０のフレームワーク配列と少なくとも７３％、少なくとも７５％、少なくとも７９％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９２％、少なくとも９３％または少なくとも９９％同一である配列を含むＶＨフレームワーク、を含む。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される抗体またはその抗原結合性断片は、（ｉ）配列番号２９と少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％もしくは１００％同一であるアミノ酸配列を含むＣＨ；および／または（ｉｉ）配列番号３０と少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％もしくは１００％同一であるアミノ酸配列を含むＣＬ、を含む。これらのＣＨ配列およびＣＬ配列の任意の組み合わせもまた、本発明によって包含される。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される抗体またはその抗原結合性断片は、Ｆｃドメインを含む。Ｆｃドメインは、ＩｇＡ（例えば、ＩｇＡ１またはＩｇＡ２）、ＩｇＧ、ＩｇＥまたはＩｇＧ（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３またはＩｇＧ４）に由来し得る。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される抗体またはその抗原結合性断片は、（ｉ）配列番号３３と少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％もしくは１００％同一であるアミノ酸配列を含む重鎖、および／または（ｉｉ）配列番号３２と少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％もしくは１００％同一であるアミノ酸配列を含む軽鎖、を含む。これらの重鎖配列および軽鎖配列の任意の組み合わせもまた、本発明によって包含される。
さらなる抗体（例えば、ＣＴＩ−ＡＦ２〜ＣＴＩ−ＡＦ２７）、その抗原結合性断片およびその抗原結合性バリアントもまた、本発明によって提供される。ＣＴＩ−ＡＦ２〜ＣＴＩ−ＡＦ２７は、同じＶＨ配列を共有するが、異なるＶＬ配列を有する。従って、ある特定の実施形態では、本発明の抗体またはその抗原結合性断片は、（ｉ）配列番号２８と少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％もしくは１００％同一であるアミノ酸配列を含むＶＨ、および／または（ｉｉ）配列番号２〜２７のいずれかと少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％もしくは１００％同一であるアミノ酸配列を含むＶＬ、を含む。これらのＶＬ配列およびＶＨ配列の任意の組み合わせもまた、本発明によって包含される。
本明細書に記載される抗体またはその抗原結合性断片のいずれか、例えば、表１１に列挙された抗体のいずれか１つまたはその抗原結合性断片と、ヒトＩＦＮβへの結合について競合する抗体またはその抗原結合性断片もまた、本発明によって提供される。例えば、ヒトＩＦＮβへの抗体またはその抗原結合性部分の結合が、ＣＴＩ−ＡＦ１によるヒトＩＦＮβへの引き続く結合を低減させる場合、この抗体またはその抗原結合性部分は、ヒトＩＦＮβ結合についてＣＴＩ−ＡＦ１と競合するとみなされる。
本明細書に記載される任意の抗体またはその抗原結合性断片、例えば、表１１に列挙される任意の抗体またはその抗原結合性断片と、ヒトＩＦＮβの同じエピトープを結合する抗体またはその抗原結合性断片もまた、本発明によって提供される。例えば、抗体競合アッセイ（および重複エピトープ分析）は、本明細書に詳細に記載されるＳＰＲ、または当該分野で認識された任意の競合的結合アッセイを使用して評価され得る。本明細書に記載されるＳＰＲ結合アッセイは、本発明の抗体および任意の他の試験抗体の結合を評価するための、好ましいが排他的ではない方法である。
本発明の抗体およびその抗原結合性断片には、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、抗体断片（例えば、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、Ｆｃなど）、キメラ抗体、二重特異性抗体、ヘテロコンジュゲート抗体、単鎖（ＳｃＦｖ）、それらの変異体、抗体部分を含む融合タンパク質、ドメイン抗体（ｄＡｂ）、ヒト化抗体、ならびに抗体のグリコシル化バリアント、抗体のアミノ酸配列バリアントおよび共有結合的に改変された抗体を含む、必要とされる特異性の抗原認識部位を含む免疫グロブリン分子の任意の他の立体配置が含まれる。抗体および抗原結合性断片は、マウス、ラット、ヒトまたは任意の他の起源（キメラまたはヒト化抗体を含む）であり得る。一部の実施形態では、抗体はモノクローナル抗体である。一部の実施形態では、抗体は、キメラ、ヒト化またはヒト抗体である。ある特定の実施形態では、抗体は完全ヒト抗体である。ある特定の実施形態では、抗体はヒト化抗体である。
抗体の結合親和性は、特定の抗原−抗体相互作用の解離速度を指すＫＤ値として表され得る。ＫＤは、「オフレート（off-rate）（ｋｏｆｆ）」とも呼ばれる解離の速度と会合速度または「オンレート（on-rate）（ｋｏｎ）」との比率である。従って、ＫＤは、ｋｏｆｆ／ｋｏｎ（解離／会合）と等しく、モル濃度（Ｍ）として表され、ＫＤが小さくなるほど、結合の親和性は強くなる。抗体についてのＫＤ値は、当該分野で十分に確立された方法を使用して決定され得る。特記しない限り、「結合親和性」とは、一価相互作用（固有の活性；例えば、一価相互作用を介した抗原への抗体の結合）を指す。
ある特定の実施形態では、本発明の抗体またはその抗原結合性断片は、約１×１０−７Ｍ以下、例えば、約１×１０−７Ｍ以下、約９×１０−８Ｍ以下、約８×１０−８Ｍ以下、約７×１０−８Ｍ以下、約６×１０−８Ｍ以下、約５×１０−８Ｍ以下、約４×１０−８Ｍ以下、約３×１０−８Ｍ以下、約２×１０−８Ｍ以下、約１×１０−８Ｍ以下、約９×１０−９Ｍ以下、約８×１０−９Ｍ以下、約７×１０−９Ｍ以下、約６×１０−９Ｍ以下、約５×１０−９Ｍ以下、約４×１０−９Ｍ以下、約３×１０−９Ｍ以下、約２×１０−９Ｍ以下、約１×１０−９Ｍ以下、約９×１０−１０Ｍ以下、約８×１０−１０Ｍ以下、約７×１０−１０Ｍ以下、約６×１０−１０Ｍ以下、約５×１０−１０Ｍ以下、約４×１０−１０Ｍ以下、約３×１０−１０Ｍ以下、約２×１０−１０Ｍ以下、約１×１０−１０Ｍ以下、約９×１０−１１Ｍ以下、約８×１０−１１Ｍ以下、約７×１０−１１Ｍ以下、約６×１０−１１Ｍ以下、約５×１０−１１Ｍ以下、約４×１０−１１Ｍ以下、約３×１０−１１Ｍ以下、約２×１０−１１Ｍ以下、約１×１０−１１Ｍ以下、約９×１０−１２Ｍ以下、約８×１０−１２Ｍ以下、約７×１０−１２Ｍ以下、約６×１０−１２Ｍ以下、約５×１０−１２Ｍ以下、約４×１０−１２Ｍ以下、約３×１０−１２Ｍ以下、約２×１０−１２Ｍ以下、約１×１０−１２Ｍ以下、約９×１０−１３Ｍ以下、約８×１０−１３Ｍ以下、約７×１０−１３Ｍ以下、約６×１０−１３Ｍ以下、約５×１０−１３Ｍ以下、約４×１０−１３Ｍ以下、約３×１０−１３Ｍ以下、約２×１０−１３Ｍ以下、約１×１０−１３Ｍ以下、約１×１０−７Ｍ〜約１×１０−１４Ｍ、約９×１０−８Ｍ〜約１×１０−１４Ｍ、約８×１０−８Ｍ〜約１×１０−１４Ｍ、約７×１０−８Ｍ〜約１×１０−１４Ｍ、約６×１０−８Ｍ〜約１×１０−１４Ｍ、約５×１０−８Ｍ〜約１×１０−１４Ｍ、約４×１０−８Ｍ〜約１×１０−１４Ｍ、約３×１０−８Ｍ〜約１×１０−１４Ｍ、約２×１０−８Ｍ〜約１×１０−１４Ｍ、約１×１０−８Ｍ〜約１×１０−１４Ｍ、約９×１０−９Ｍ〜約１×１０−１４Ｍ、約８×１０−９Ｍ〜約１×１０−１４Ｍ、約７×１０−９Ｍ〜約１×１０−１４Ｍ、約６×１０−９Ｍ〜約１×１０−１４Ｍ、約５×１０−９Ｍ〜約１×１０−１４Ｍ、約４×１０−９Ｍ〜約１×１０−１４Ｍ、約３×１０−９Ｍ〜約１×１０−１４Ｍ、約２×１０−９Ｍ〜約１×１０−１４Ｍ、約１×１０−９Ｍ〜約１×１０−１４Ｍ、約１×１０−７Ｍ〜約１×１０−１３Ｍ、約９×１０−８Ｍ〜約１×１０−１３Ｍ、約８×１０−８Ｍ〜約１×１０−１３Ｍ、約７×１０−８Ｍ〜約１×１０−１３Ｍ、約６×１０−８Ｍ〜約１×１０−１３Ｍ、約５×１０−８Ｍ〜約１×１０−１３Ｍ、約４×１０−８Ｍ〜約１×１０−１３Ｍ、約３×１０−８Ｍ〜約１×１０−１３Ｍ、約２×１０−８Ｍ〜約１×１０−１３Ｍ、約１×１０−８Ｍ〜約１×１０−１３Ｍ、約９×１０−９Ｍ〜約１×１０−１３Ｍ、約８×１０−９Ｍ〜約１×１０−１３Ｍ、約７×１０−９Ｍ〜約１×１０−１３Ｍ、約６×１０−９Ｍ〜約１×１０−１３Ｍ、約５×１０−９Ｍ〜約１×１０−１３Ｍ、約４×１０−９Ｍ〜約１×１０−１３Ｍ、約３×１０−９Ｍ〜約１×１０−１３Ｍ、約２×１０−９Ｍ〜約１×１０−１３Ｍまたは約１×１０−９Ｍ〜約１×１０−１３Ｍの親和性（ＫＤ）値を有する。
ＫＤの値は、周知の方法によって直接決定され得、例えば、Ｃａｃｅｃｉら（１９８４、Ｂｙｔｅ ９：３４０〜３６２）に示されるものなどの方法によって、複雑な混合物についてさえも計算され得る。例えば、ＫＤは、ＷｏｎｇおよびＬｏｈｍａｎ（１９９３、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９０：５４２８〜５４３２）によって開示されるものなどの二重フィルターニトロセルロースフィルター結合アッセイを使用して確立され得る。例えば、ＥＬＩＳＡ、ウエスタンブロット、ＲＩＡおよびフローサイトメトリー分析、ならびに本明細書の他の箇所に例示される他のアッセイを含む、標的抗原に対する抗体などのリガンドの結合能力を評価するための他の標準的なアッセイが、当該分野で公知である。
結合親和性（ＫＤ）値を測定するための１つの例示的な方法は、ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）システムなどのバイオセンサーシステムを典型的には使用する、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）である。ＳＰＲとは、例えばＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）システムを使用した、バイオセンサーマトリックス内のタンパク質濃度における変更の検出によって、リアルタイム生体特異的相互作用の分析を可能にする、光学現象を指す。ＢＩＡｃｏｒｅ動態分析は、それらの表面上の固定化された分子（例えば、抗原結合性ドメインを含む分子）を有するチップからの抗原の結合および解離；または固定化された抗原を有するチップからの抗体もしくはその抗原結合性断片の解離を分析することを含む。
ある特定の実施形態では、ＳＰＲ測定は、ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）Ｔ１００またはＴ２００機器を使用して実施される。例えば、表面プラズモン共鳴のための標準的なアッセイ条件は、ＳＰＲチップ上のおよそ１００〜５００応答単位（ＲＵ）のＩｇＧの抗体固定化に基づき得る。精製された標的タンパク質は、Ｋａの計算を可能にするために、一定範囲の最終濃度になるように緩衝液中で希釈され、必要な流速（例えば、１０〜１００μｌ／分）で注入される。オフレートを確立するために解離が進められ、その後、３ＭのＭｇＣｌ２（または２０ｍＭのＮａＯＨ）によってチップ表面が再生される。次いで、センサーグラムが、動態評価ソフトウェアパッケージを使用して分析される。例示的な実施形態では、ＳＰＲアッセイは、実施例１に示される条件に従う。
ある特定の実施形態では、結合親和性（ＫＤ）値は、溶液ベースの動態学的排除（kinetic exclusion）アッセイ（ＫｉｎＥｘＡ（商標））を使用して測定される。特定の実施形態では、ＫｉｎＥｘＡ測定は、ＫｉｎＥｘＡ（商標）３２００機器（Ｓａｐｉｄｙｎｅ）を使用して実施される。動態学的排除アッセイ（ＫｉｎＥｘＡ（商標））は、抗原／抗体相互作用について平衡解離定数ならびに会合および解離速度定数を測定することが可能な汎用イムノアッセイプラットホーム（基本的にはフロースペクトロフルオリメーター（flow spectrofluorimeter））である。ＫｉｎＥｘＡ（商標）は、平衡が得られた後に実施されるので、これは、相互作用のオフレートが非常に低い場合がある高い親和性の相互作用のＫＤを測定するために使用される有利な技術である。ＫｉｎＥｘＡ（商標）方法論は、Ｄｒａｋｅら（２００４）Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ３２８、３５〜４３に記載されるように、一般に実施され得る。
抗体のＫＤを決定するための別の方法は、ＯＣＴＥＴ（登録商標）テクノロジー（Ｏｃｔｅｔ ＱＫｅ ｓｙｓｔｅｍ、ＦｏｒｔｅＢｉｏ）を典型的には使用して、バイオレイヤーインターフェロメトリーを使用することによる。
一般に、抗ＩＦＮβ抗体は、ＩＦＮβの活性を効果的に遮断するために、高い親和性でＩＦＮβに結合すべきである。ＩＦＮβは、約５０ｎＭのＫＤでＩＦＮＡＲ１を結合し、約１００ｐＭのＫＤでＩＦＮＡＲ２に結合する。従って、ＩＦＮβ抗体は、ナノモルおよびピコモルの範囲内、例えば、約１×１０−９Ｍ以下の結合親和性（ＫＤ）を有することが望ましい。
活性アッセイ
ある特定の実施形態では、本発明の抗体またはその抗原結合性断片は、ＩＦＮβの少なくとも１つの活性を低減させる中和抗体である。ＩＦＮβのかかる活性には、当該分野で公知の他のＩＦＮβ活性のうち、ＩＦＮＡＲへの結合、ＩＦＮβ依存的遺伝子の発現を増加させること、ならびに／または例えばＳＴＡＴ１および／もしくはＳＴＡＴ２のリン酸化を誘導することが含まれるがこれらに限定されない。抗体またはその抗原結合性断片がＩＦＮβの活性を低減させるかどうかは、いくつかのアッセイによって評価され得る。例えば、アッセイは、抗体またはその抗原結合性断片が、（ａ）ＩＦＮＡＲへのＩＦＮβの結合を阻害するかどうか；（ｂ）ＩＦＮβ依存的遺伝子の発現レベルを低減させるかどうか；ならびに／または（ｃ）ＩＦＮβ誘導性リン酸化、例えばＳＴＡＴ１および／もしくはＳＴＡＴ２のリン酸化を阻害するかどうかを決定するために使用され得る。
ある特定の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、ＩＦＮＡＲへのＩＦＮβの結合を阻害する（例えば、ＩＦＮβへの競合的結合によって評価され得る）。例えば、アッセイは、（ｉ）抗体またはその抗原結合性断片の存在下での、ＩＦＮＡＲへのＩＦＮβの結合を、（ｉｉ）抗体またはその抗原結合性断片の非存在下での、ＩＦＮＡＲへのＩＦＮβの結合と比較し得る。ＩＦＮＡＲへのＩＦＮβの結合における低減は、抗ＩＦＮβ抗体またはその抗原結合性断片の存在下で、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％または少なくとも約９９％であり得る。抗体またはその抗原結合性断片の非存在下での、ＩＦＮＡＲへのＩＦＮβの予測された結合が、１００％と設定され得る。
ある特定の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、約１×１０−７Ｍ以下、約１×１０−８Ｍ以下、約１×１０−９Ｍ以下、約１×１０−１０Ｍ以下、約１×１０−１１Ｍ以下、約１×１０−１２Ｍ以下、約１×１０−１３Ｍ以下、約１×１０−１４Ｍ以下、約１×１０−１５Ｍ以下、約１×１０−７Ｍ〜約５×１０−１４Ｍ、約１×１０−７Ｍ〜約１×１０−１４Ｍ、約１×１０−７Ｍ〜約５×１０−１３Ｍ、約１×１０−７Ｍ〜約１×１０−１３Ｍ、約１×１０−７Ｍ〜約５×１０−１２Ｍまたは約１×１０−７Ｍ〜約１×１０−１２Ｍの５０％阻害濃度（ＩＣ５０）で、ＩＦＮＡＲへのＩＦＮβの結合を阻害する。
本発明の抗体またはその抗原結合性断片の活性は、ＩＦＮβ依存的遺伝子の発現レベルを測定することによっても評価され得る。例えば、遺伝子は、ＩＦＮβ媒介性シグナル経路中の下流の成分（例えば、ＣＭＰＫ２、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩ２７、ＩＦＩＨ１、ＩＦＩ４４、ＩＦＩ４４Ｌ、ＩＦＩ６、ＩＳＧ１５、ＬＹ６Ｅ、ＨＥＲＣ５、ＭＸ１、ＯＡＳ１、ＯＡＳ２、ＯＡＳ３、ＲＳＡＤ２、ＸＡＦ１、ＣＸＣＬ１０、またはそれらの任意の組み合わせ）であり得る。あるいは、遺伝子は、レポーター遺伝子（例えば、実施例で使用されるルシフェラーゼレポーター遺伝子）であり得、ここで、レポーター遺伝子の発現レベルは、ＩＦＮβ活性と相関する（例えば、レポーター遺伝子は、ＩＦＮβ依存的応答エレメントに作動可能に連結される）。下流の遺伝子またはレポーター遺伝子の発現レベルは、ＲＮＡレベル、タンパク質レベル、またはタンパク質の活性レベルを測定するなどの種々の方法によって評価され得る。アッセイは、（ｉ）抗体またはその抗原結合性断片の存在下での、ＩＦＮβ依存的遺伝子の発現レベルを、（ｉｉ）抗体またはその抗原結合性断片の非存在下での、ＩＦＮβ依存的遺伝子の発現レベルと比較し得る。下流の遺伝子またはレポーター遺伝子の発現レベルにおける低減は、抗ＩＦＮβ抗体またはその抗原結合性断片の存在下で、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％または少なくとも約９９％であり得る。抗体またはその抗原結合性断片の非存在下でのベースライン発現レベルが、１００％と設定され得る。
ある特定の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、約１×１０−７Ｍ以下、約１×１０−８Ｍ以下、約１×１０−９Ｍ以下、約１×１０−１０Ｍ以下、約１×１０−１１Ｍ以下、約１×１０−１２Ｍ以下、約１×１０−１３Ｍ以下、約１×１０−１４Ｍ以下、約１×１０−１５Ｍ以下、約１×１０−７Ｍ〜約５×１０−１４Ｍ、約１×１０−７Ｍ〜約１×１０−１４Ｍ、約１×１０−７Ｍ〜約５×１０−１３Ｍ、約１×１０−７Ｍ〜約１×１０−１３Ｍ、約１×１０−７Ｍ〜約５×１０−１２Ｍまたは約１×１０−７Ｍ〜約１×１０−１２Ｍの５０％阻害濃度（ＩＣ５０）で、ＩＦＮβ依存的遺伝子の発現を阻害する。ある特定の実施形態では、約１×１０−１０Ｍ〜約１×１０−１３ＭのＩＣ５０が好ましい。ある特定の実施形態では、約５×１０−１１Ｍ〜約５×１０−１２ＭのＩＣ５０が好ましい。
抗体またはその抗原結合性断片の阻害活性は、ＩＦＮβ誘導性リン酸化のレベル、例えば、ＳＴＡＴ１リン酸化および／またはＳＴＡＴ２リン酸化レベルを測定することによっても評価され得る。アッセイは、（ｉ）抗体またはその抗原結合性断片の存在下での、ＳＴＡＴ１および／またはＳＴＡＴ２のリン酸化レベルを、（ｉｉ）抗体またはその抗原結合性断片の非存在下での、ＳＴＡＴ１および／またはＳＴＡＴ２のリン酸化レベルと比較し得る。リン酸化レベルにおける低減は、抗ＩＦＮβ抗体またはその抗原結合性断片の存在下で、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％または少なくとも約９９％であり得る。抗体またはその抗原結合性断片の非存在下でのベースラインＳＴＡＴ１リン酸化および／またはＳＴＡＴ２リン酸化レベルが、１００％と設定され得る。
ある特定の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、約１×１０−７Ｍ以下、約１×１０−８Ｍ以下、約１×１０−９Ｍ以下、約１×１０−１０Ｍ以下、約１×１０−１１Ｍ以下、約１×１０−１２Ｍ以下、約１×１０−１３Ｍ以下、約１×１０−１４Ｍ以下、約１×１０−１５Ｍ以下、約１×１０−７Ｍ〜約５×１０−１４Ｍ、約１×１０−７Ｍ〜約１×１０−１４Ｍ、約１×１０−７Ｍ〜約５×１０−１３Ｍ、約１×１０−７Ｍ〜約１×１０−１３Ｍ、約１×１０−７Ｍ〜約５×１０−１２Ｍまたは約１×１０−７Ｍ〜約１×１０−１２Ｍの５０％阻害濃度（ＩＣ５０）で、ＩＦＮβ誘導性リン酸化（例えば、ＳＴＡＴ１リン酸化および／またはＳＴＡＴ２リン酸化）を阻害する。ある特定の実施形態では、約１×１０−１０Ｍ〜約１×１０−１３ＭのＩＣ５０が好ましい。ある特定の実施形態では、約５×１０−１１Ｍ〜約５×１０−１２ＭのＩＣ５０が好ましい。
ある特定の実施形態では、本発明の抗体またはその抗原結合性断片の特徴は、例えば、治療剤としてのその効能、薬理学的活性および潜在的効力を評価するために、他の生物学的活性アッセイを使用してさらに評価される。かかるアッセイは、当該分野で公知であり、抗体についての意図した使用に依存する。例には、例えば、毒性アッセイ、免疫原性アッセイ、安定性アッセイおよび／またはＰＫ／ＰＤプロファイリングが含まれる。
Ｃ．抗ＩＦＮβ抗体を産生するための核酸および方法
本発明は、本明細書に記載される抗体部分および改変された抗体を含む抗体のいずれかをコードするポリヌクレオチドもまた提供する。本発明は、本明細書に記載されるポリヌクレオチドのいずれかを作製する方法もまた提供する。ポリヌクレオチドは、当該分野で公知の手順によって作製および発現され得る。
所望の抗体またはその抗原結合性断片およびかかる抗体またはその抗原結合性断片をコードする核酸の配列は、標準的な配列決定技術を使用して決定され得る。所望の抗体またはその抗原結合性断片をコードする核酸配列は、組換え産生および特徴付けのために、種々のベクター（例えば、クローニングベクターおよび発現ベクター）中に挿入され得る。重鎖または重鎖の抗原結合性断片をコードする核酸、および軽鎖または軽鎖の抗原結合性断片をコードする核酸は、同じベクターまたは異なるベクター中にクローニングされ得る。
一態様では、本発明は、以下の抗ＩＦＮβ抗体およびその抗原結合性部分：ＣＴＩ−ＡＦ１、ＣＴＩ−ＡＦ２、ＣＴＩ−ＡＦ３、ＣＴＩ−ＡＦ４、ＣＴＩ−ＡＦ５、ＣＴＩ−ＡＦ６、ＣＴＩ−ＡＦ７、ＣＴＩ−ＡＦ８、ＣＴＩ−ＡＦ９、ＣＴＩ−ＡＦ１０、ＣＴＩ−ＡＦ１１、ＣＴＩ−ＡＦ１２、ＣＴＩ−ＡＦ１３、ＣＴＩ−ＡＦ１４、ＣＴＩ−ＡＦ１５、ＣＴＩ−ＡＦ１６、ＣＴＩ−ＡＦ１７、ＣＴＩ−ＡＦ１８、ＣＴＩ−ＡＦ１９、ＣＴＩ−ＡＦ２０、ＣＴＩ−ＡＦ２１、ＣＴＩ−ＡＦ２２、ＣＴＩ−ＡＦ２３、ＣＴＩ−ＡＦ２４、ＣＴＩ−ＡＦ２５、ＣＴＩ−ＡＦ２６およびＣＴＩ−ＡＦ２７、のいずれかのアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドを提供する。
本発明は、ＣＴＩ−ＡＦ１、ＣＴＩ−ＡＦ２、ＣＴＩ−ＡＦ３、ＣＴＩ−ＡＦ４、ＣＴＩ−ＡＦ５、ＣＴＩ−ＡＦ６、ＣＴＩ−ＡＦ７、ＣＴＩ−ＡＦ８、ＣＴＩ−ＡＦ９、ＣＴＩ−ＡＦ１０、ＣＴＩ−ＡＦ１１、ＣＴＩ−ＡＦ１２、ＣＴＩ−ＡＦ１３、ＣＴＩ−ＡＦ１４、ＣＴＩ−ＡＦ１５、ＣＴＩ−ＡＦ１６、ＣＴＩ−ＡＦ１７、ＣＴＩ−ＡＦ１８、ＣＴＩ−ＡＦ１９、ＣＴＩ−ＡＦ２０、ＣＴＩ−ＡＦ２１、ＣＴＩ−ＡＦ２２、ＣＴＩ−ＡＦ２３、ＣＴＩ−ＡＦ２４、ＣＴＩ−ＡＦ２５、ＣＴＩ−ＡＦ２６およびＣＴＩ−ＡＦ２７からなる群から選択される抗体と実質的に同じエピトープを結合する抗体またはその抗原結合性断片をコードするポリヌクレオチドもまた提供する。
本発明は、ＣＴＩ−ＡＦ１、ＣＴＩ−ＡＦ２、ＣＴＩ−ＡＦ３、ＣＴＩ−ＡＦ４、ＣＴＩ−ＡＦ５、ＣＴＩ−ＡＦ６、ＣＴＩ−ＡＦ７、ＣＴＩ−ＡＦ８、ＣＴＩ−ＡＦ９、ＣＴＩ−ＡＦ１０、ＣＴＩ−ＡＦ１１、ＣＴＩ−ＡＦ１２、ＣＴＩ−ＡＦ１３、ＣＴＩ−ＡＦ１４、ＣＴＩ−ＡＦ１５、ＣＴＩ−ＡＦ１６、ＣＴＩ−ＡＦ１７、ＣＴＩ−ＡＦ１８、ＣＴＩ−ＡＦ１９、ＣＴＩ−ＡＦ２０、ＣＴＩ−ＡＦ２１、ＣＴＩ−ＡＦ２２、ＣＴＩ−ＡＦ２３、ＣＴＩ−ＡＦ２４、ＣＴＩ−ＡＦ２５、ＣＴＩ−ＡＦ２６およびＣＴＩ−ＡＦ２７からなる群から選択される抗体と、ＩＦＮβへの結合について競合する抗体またはその抗原結合性断片をコードするポリヌクレオチドもまた提供する。
本発明は、（ｉ）配列番号１〜２７、（ｉｉ）配列番号２８、および（ｉｉｉ）それらの任意の組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする配列を含むポリヌクレオチドもまた提供する。
本発明は、配列番号１６６または１６７として示される核酸配列を含むポリヌクレオチドもまた提供する。
本発明は、ＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴＡ−１２２７２７を有するプラスミドのＤＮＡ挿入物、またはＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴＡ−１２２７２６を有するプラスミドのＤＮＡ挿入物の核酸配列を含むポリヌクレオチドもまた提供する。
別の態様では、本発明は、抗ＩＦＮβ抗体をコードするポリヌクレオチドおよびそのバリアントを提供し、かかるバリアントポリヌクレオチドは、本明細書に開示される特定の核酸配列のいずれかと、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも８７％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％または少なくとも９９％の配列同一性を共有する。これらの量は、限定を意味せず、列挙された百分率間での増分は、本開示の一部として具体的に想定される。
一実施形態では、ＶＨおよびＶＬドメインもしくはそれらの抗原結合性部分、または全長ＨＣもしくはＬＣは、別々のポリヌクレオチドによってコードされる。あるいは、ＶＨおよびＶＬの両方もしくはそれらの抗原結合性部分、またはＨＣおよびＬＣは、単一のポリヌクレオチドによってコードされる。
任意のかかる配列と相補的なポリヌクレオチドもまた、本開示によって包含される。ポリヌクレオチドは、一本鎖（コード鎖またはアンチセンス）または二本鎖であり得、ＤＮＡ（ゲノム、ｃＤＮＡまたは合成）またはＲＮＡ分子であり得る。ＲＮＡ分子には、イントロンを含み、一対一の様式でＤＮＡ分子に対応するＨｎＲＮＡ分子、およびイントロンを含まないｍＲＮＡ分子が含まれる。さらなるコードまたは非コード配列が、本開示のポリヌクレオチド内に存在してもよいが、存在しなくてもよく、ポリヌクレオチドは、他の分子および／または支持体材料に連結されてもよいが、連結されなくてもよい。
ポリヌクレオチドは、ネイティブ配列（即ち、抗体またはその一部分をコードする内因性配列）を含み得、またはかかる配列のバリアントを含み得る。ポリヌクレオチドバリアントは、１つまたは複数の置換、付加、欠失および／または挿入を含み、その結果、コードされるポリペプチドの免疫反応性は、ネイティブ免疫反応性分子と比較して減退されない。コードされるポリペプチドの免疫反応性に対する影響は一般に、本明細書に記載されるように評価され得る。一部の実施形態では、バリアントは、ネイティブ抗体またはその一部分をコードするポリヌクレオチド配列と、少なくとも約７０％の同一性、一部の実施形態では少なくとも約８０％の同一性、一部の実施形態では少なくとも約９０％の同一性、一部の実施形態では少なくとも約９５％の同一性を示す。これらの量は、限定を意味せず、列挙された百分率間の増分は、本開示の一部として具体的に想定される。
２つのポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列は、２つの配列中のヌクレオチドまたはアミノ酸の配列が、以下に記載されるように最大の対応のためにアラインされた場合に同じである場合、「同一」であると言われる。２つの配列間の比較は、典型的には、配列類似性の局所的領域を同定および比較するために、比較ウインドウにわたって配列を比較することによって実施される。「比較ウインドウ」とは、本明細書で使用する場合、少なくとも約２０隣接する位置、通常は３０〜約７５または４０〜約５０の隣接する位置のセグメントを指し、ここで、配列は、２つの配列を最適にアラインさせた後に、同じ数の隣接する位置の参照配列と比較され得る。
比較のための配列の最適なアラインメントは、デフォルトパラメーターを使用して、Ｌａｓｅｒｇｅｎｅ（登録商標）スイートのバイオインフォマティクスソフトウェア（ＤＮＡＳＴＡＲ（登録商標），Ｉｎｃ．、Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ）中のＭｅｇＡｌｉｇｎ（登録商標）プログラムを使用して実施され得る。このプログラムは、以下の参考文献に記載されるいくつかのアラインメントスキームを具体化する：Ｄａｙｈｏｆｆ，Ｍ．Ｏ．、１９７８、Ａ ｍｏｄｅｌ ｏｆ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙ ｃｈａｎｇｅ ｉｎ ｐｒｏｔｅｉｎｓ−Ｍａｔｒｉｃｅｓ ｆｏｒ ｄｅｔｅｃｔｉｎｇ ｄｉｓｔａｎｔ ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓ．、Ｄａｙｈｏｆｆ，Ｍ．Ｏ．（編）Ａｔｌａｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ ａｎｄ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ、Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ ＤＣ 第５版、補遺３、３４５〜３５８頁；Ｈｅｉｎ Ｊ．、１９９０、Ｕｎｉｆｉｅｄ Ａｐｐｒｏａｃｈ ｔｏ Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ ａｎｄ Ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｓ ６２６〜６４５頁 Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ 第１８３巻、Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ；Ｈｉｇｇｉｎｓ，Ｄ．Ｇ．およびＳｈａｒｐ，Ｐ．Ｍ．、１９８９、ＣＡＢＩＯＳ ５：１５１〜１５３；Ｍｙｅｒｓ，Ｅ．Ｗ．およびＭｕｌｌｅｒ Ｗ．、１９８８、ＣＡＢＩＯＳ ４：１１〜１７；Ｒｏｂｉｎｓｏｎ，Ｅ．Ｄ．、１９７１、Ｃｏｍｂ．Ｔｈｅｏｒ．１１：１０５；Ｓａｎｔｏｕ，Ｎ．、Ｎｅｓ，Ｍ．、１９８７、Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．Ｅｖｏｌ．４：４０６〜４２５；Ｓｎｅａｔｈ，Ｐ．Ｈ．Ａ．およびＳｏｋａｌ，Ｒ．Ｒ．、１９７３、Ｎｕｍｅｒｉｃａｌ Ｔａｘｏｎｏｍｙ ｔｈｅ Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｎｕｍｅｒｉｃａｌ Ｔａｘｏｎｏｍｙ、Ｆｒｅｅｍａｎ Ｐｒｅｓｓ、Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ、ＣＡ；Ｗｉｌｂｕｒ，Ｗ．Ｊ．およびＬｉｐｍａｎ，Ｄ．Ｊ．、１９８３、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８０：７２６〜７３０。
一部の実施形態では、「配列同一性の百分率」は、少なくとも２０個の位置の比較のウインドウにわたって、２つの最適にアラインされた配列を比較することによって決定され、ここで、比較ウインドウ中のポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列の部分は、２つの配列の最適なアラインメントのために、参照配列（これは、付加も欠失も含まない）と比較して、２０パーセント以下、通常は５〜１５パーセントまたは１０〜１２パーセントの付加または欠失（即ち、ギャップ）を含み得る。百分率は、同一の核酸塩基またはアミノ酸残基が両方の配列中に存在する位置の数を決定して、一致した位置の数を得、一致した位置の数を、参照配列中の位置の総数（即ち、ウインドウサイズ）によって除算し、結果に１００を乗算して配列同一性の百分率を得ることによって計算される。
バリアントはまた、またはあるいは、ネイティブ遺伝子またはその一部分もしくは相補体に対して実質的に相同であり得る。かかるポリヌクレオチドバリアントは、ネイティブ抗体をコードする天然に存在するＤＮＡ配列（または相補的配列）に対して、中程度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることが可能である。
適切な「中程度にストリンジェントな条件」は、５×ＳＳＣ、０．５％ＳＤＳ、１．０ｍＭ ＥＤＴＡ（ｐＨ８．０）の溶液中で事前洗浄すること；５０℃〜６５℃、５×ＳＳＣで一晩ハイブリダイズさせること；その後、０．１％ＳＤＳを含む２×、０．５×および０．２×ＳＳＣの各々で、２０分間にわたって６５℃で２回洗浄することを含む。
本明細書で使用する場合、「高度にストリンジェントな条件」または「高いストリンジェンシーの条件」は、（１）洗浄のために、低いイオン強度および高い温度、例えば、５０℃で０．０１５Ｍ塩化ナトリウム／０．００１５Ｍクエン酸ナトリウム／０．１％ドデシル硫酸ナトリウムを使用する条件；（２）ハイブリダイゼーションの間に、４２℃で７５０ｍＭ塩化ナトリウム、７５ｍＭクエン酸ナトリウムを含むｐＨ６．５の０．１％ウシ血清アルブミン／０．１％Ｆｉｃｏｌｌ／０．１％ポリビニルピロリドン／５０ｍＭリン酸ナトリウム緩衝液と共に、変性剤、例えばホルムアミド、例えば５０％（ｖ／ｖ）ホルムアミドを使用する条件；または（３）４２℃にて０．２×ＳＳＣ（塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム）中および５５℃の５０％ホルムアミド中での洗浄、その後の５５℃でのＥＤＴＡを含む０．１×ＳＳＣからなる高いストリンジェンシーの洗浄と共に、４２℃で５０％ホルムアミド、５×ＳＳＣ（０．７５Ｍ ＮａＣｌ、０．０７５Ｍクエン酸ナトリウム）、５０ｍＭリン酸ナトリウム（ｐＨ６．８）、０．１％ピロリン酸ナトリウム、５×デンハルト溶液、超音波処理したサケ精子ＤＮＡ（５０μｇ／ｍＬ）、０．１％ＳＤＳおよび１０％デキストラン硫酸を使用する条件である。当業者は、プローブ長などの因子に対応するために、必要に応じて、温度、イオン強度などを調整する方法を認識する。
遺伝コードの縮重の結果として、本明細書に記載されるポリペプチドをコードする多くのヌクレオチド配列が存在することが、当業者によって理解される。これらのポリヌクレオチドの一部は、任意のネイティブ遺伝子のヌクレオチド配列に対して最小の相同性を有する。それにもかかわらず、コドン用法における差異に起因して変動するポリヌクレオチドは、本開示によって具体的に企図される。さらに、本明細書で提供されるポリヌクレオチド配列を含む遺伝子の対立遺伝子は、本開示の範囲内である。対立遺伝子は、ヌクレオチドの１つまたは複数の変異、例えば、欠失、付加および／または置換の結果として変更された内因性遺伝子である。得られたｍＲＮＡおよびタンパク質は、変更された構造または機能を有してもよいが、有さなくてもよい。対立遺伝子は、標準的な技術（例えば、ハイブリダイゼーション、増幅および／またはデータベース配列比較）を使用して同定され得る。
本開示のポリヌクレオチドは、化学的合成、組換え法またはＰＣＲを使用して取得され得る。化学的ポリヌクレオチド合成の方法は、当該分野で周知であり、本明細書中で詳細に記載する必要はない。当業者は、所望のＤＮＡ配列を産生するために、本明細書で提供される配列および市販のＤＮＡ合成機を使用できる。
組換え法を使用してポリヌクレオチドを調製するために、所望の配列を含むポリヌクレオチドが、本明細書でさらに議論されるように、適切なベクター中に挿入され得、次にこのベクターが、複製および増幅のために適切な宿主細胞中に導入され得る。ポリヌクレオチドは、当該分野で公知の任意の手段によって宿主細胞中に挿入され得る。細胞は、直接的取込み、エンドサイトーシス、トランスフェクション、Ｆ−接合またはエレクトロポレーションによって外因性ポリヌクレオチドを導入することによって形質転換される。導入されると、外因性ポリヌクレオチドは、非組み込みベクター（例えば、プラスミド）として細胞内に維持され得、または宿主細胞ゲノム中に組み込まれ得る。そうして増幅されたポリヌクレオチドは、当該分野で周知の方法によって宿主細胞から単離され得る。例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、１９８９を参照のこと。
あるいは、ＰＣＲは、ＤＮＡ配列の再生産を可能にする。ＰＣＲテクノロジーは、当該分野で周知であり、米国特許第４，６８３，１９５号、同第４，８００，１５９号、同第４，７５４，０６５号および同第４，６８３，２０２号、ならびにＰＣＲ：Ｔｈｅ Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ Ｃｈａｉｎ Ｒｅａｃｔｉｏｎ、Ｍｕｌｌｉｓら編、Ｂｉｒｋａｕｓｗｅｒ Ｐｒｅｓｓ、Ｂｏｓｔｏｎ、１９９４に記載されている。
ＲＮＡは、適切なベクター中の単離されたＤＮＡを使用し、それを適切な宿主細胞中に挿入することによって取得され得る。細胞が複製し、ＤＮＡがＲＮＡへと転写される場合、ＲＮＡは、例えばＳａｍｂｒｏｏｋら、１９８９に示されるような、当業者に周知の方法を使用して単離され得る。
適切なクローニングベクターおよび発現ベクターは、種々の成分、例えば、プロモーター、エンハンサーおよび他の転写調節配列を含み得る。ベクターは、異なるベクター中への抗体可変ドメインの引き続くクローニングを可能にするためにも構築され得る。
適切なクローニングベクターは、標準的な技術に従って構築され得、または当該分野で入手可能な多数のクローニングベクターから選択され得る。選択されるクローニングベクターは、使用が意図される宿主細胞に従って変動し得るが、有用なクローニングベクターは一般に、自己複製する能力を有し、特定の制限エンドヌクレアーゼの単一の標的を保有し得、および／またはそのベクターを含むクローンを選択する際に使用され得るマーカーの遺伝子を保有し得る。適切な例には、プラスミドならびに細菌ウイルス、例えば、ｐＵＣ１８、ｐＵＣ１９、Ｂｌｕｅｓｃｒｉｐｔ（例えば、ｐＢＳＳＫ＋）およびその誘導体、ｍｐ１８、ｍｐ１９、ｐＢＲ３２２、ｐＭＢ９、ＣｏｌＥ１、ｐＣＲ１、ＲＰ４、ファージＤＮＡ、ならびにシャトルベクター、例えば、ｐＳＡ３およびｐＡＴ２８が含まれる。これらおよび多くの他のクローニングベクターが、ＢｉｏＲａｄ、ＳｔｒａｔｅｇｅｎｅおよびＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎなどの供給業者から入手可能である。
発現ベクターがさらに提供される。発現ベクターは一般に、本開示に従うポリヌクレオチドを含む、複製可能なポリヌクレオチド構築物である。発現ベクターは、エピソームとして、または染色体ＤＮＡの不可分な一部として、宿主細胞中で複製可能でなければならないことが暗示される。適切な発現ベクターには、プラスミド、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、レトロウイルス、コスミドを含むウイルスベクター、およびＰＣＴ公開番号ＷＯ８７／０４４６２に開示される発現ベクター（複数可）が含まれるがこれらに限定されない。ベクター成分には一般に、以下のうち１つまたは複数が含まれ得るがこれらに限定されない：シグナル配列；複製起点；１つまたは複数のマーカー遺伝子；適切な転写制御エレメント（例えば、プロモーター、エンハンサーおよびターミネーター）。発現（即ち、翻訳）のために、１つまたは複数の翻訳制御エレメント、例えば、リボソーム結合部位、翻訳開始部位および終止コドンもまた、通常必要とされる。
目的のポリヌクレオチドを含むベクターおよび／またはポリヌクレオチド自体は、エレクトロポレーション、塩化カルシウム、塩化ルビジウム、リン酸カルシウム、ＤＥＡＥ−デキストランまたは他の物質を使用するトランスフェクション；微粒子銃；リポフェクション；ならびに感染（例えば、ベクターは、感染性因子、例えば、ワクシニアウイルスである）を含むいくつかの適切な手段のいずれかによって、宿主細胞中に導入され得る。ベクターまたはポリヌクレオチドを導入する選択は、宿主細胞の特色に依存する場合が多い。
抗体またはその抗原結合性断片は、適切な宿主細胞を使用して組換え作製され得る。抗体またはその抗原結合性断片をコードする核酸は、発現ベクター中にクローニングされ得、これは次いで、組換え宿主細胞における抗体の合成を得るために、宿主細胞、例えば、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）細胞、酵母細胞、昆虫細胞、サルＣＯＳ細胞、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、またはさもなければ免疫グロブリンタンパク質を産生しない骨髄腫細胞中に導入され得る。好ましい宿主細胞には、当該分野で周知の多くの細胞のうち、ＣＨＯ細胞、ヒト胎児由来腎臓（ＨＥＫ）２９３細胞またはＳｐ２．０細胞が含まれる。
抗体断片は、全長抗体のタンパク質分解性もしくは他の分解によって、組換え法によって、または化学的合成によって産生され得る。抗体のポリペプチド断片、特に、最大で約５０アミノ酸のより短いポリペプチドは、化学的合成によって簡便に作製され得る。タンパク質およびペプチドの化学的合成の方法は、当該分野で公知であり、商業的に入手可能である。
本発明の抗体またはその抗原結合性断片は、親和性成熟され得る。例えば、親和性成熟された抗体は、当該分野で公知の手順によって産生され得る（Ｍａｒｋｓら、１９９２、Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、１０：７７９〜７８３；Ｂａｒｂａｓら、１９９４、Ｐｒｏｃ Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ、ＵＳＡ ９１：３８０９〜３８１３；Ｓｃｈｉｅｒら、１９９５、Ｇｅｎｅ、１６９：１４７〜１５５；Ｙｅｌｔｏｎら、１９９５、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．、１５５：１９９４〜２００４；Ｊａｃｋｓｏｎら、１９９５、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．、１５４（７）：３３１０〜９；Ｈａｗｋｉｎｓら、１９９２、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．、２２６：８８９〜８９６；およびＷＯ２００４／０５８１８４）。
２．製剤および使用
本発明の抗体またはその抗原結合性断片は、医薬組成物として製剤化され得る。医薬組成物は、凍結乾燥された製剤または水溶液の形態で、薬学的に許容できる担体、賦形剤および／または安定剤（Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ 第２０版、２０００、Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ Ｗｉｌｌｉａｍｓ ａｎｄ Ｗｉｌｋｉｎｓ、Ｋ．Ｅ．Ｈｏｏｖｅｒ編）をさらに含み得る。許容できる担体、賦形剤または安定剤は、投薬量および濃度でレシピエントにとって非毒性であり、緩衝液、例えば、リン酸塩、クエン酸塩および他の有機酸；アスコルビン酸およびメチオニンを含む抗酸化剤；防腐剤（例えば、オクタデシルジメチルベンジルアンモニウムクロリド；塩化ヘキサメトニウム；塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム；フェノール、ブチルアルコールもしくはベンジルアルコール；アルキルパラベン、例えば、メチルパラベンもしくはプロピルパラベン；カテコール；レゾルシノール；シクロヘキサノール；３−ペンタノール；およびｍ−クレゾール）；低分子量（約１０残基未満）ポリペプチド；タンパク質、例えば、血清アルブミン、ゼラチンもしくは免疫グロブリン；親水性ポリマー、例えば、ポリビニルピロリドン；アミノ酸、例えば、グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニンもしくはリジン；グルコース、マンノースもしくはデキストランを含む、単糖、二糖および他の炭水化物；キレート剤、例えば、ＥＤＴＡ；糖、例えば、スクロース、マンニトール、トレハロースもしくはソルビトール；塩形成性対イオン、例えば、ナトリウム；金属錯体（例えば、Ｚｎ−タンパク質錯体）；ならびに／または非イオン性界面活性剤、例えば、ＴＷＥＥＮ（商標）、ＰＬＵＲＯＮＩＣＳ（商標）もしくはポリエチレングリコール（ＰＥＧ）を含み得る。薬学的に許容できる賦形剤は、本明細書にさらに記載される。
本発明の抗体またはその抗原結合性断片は、種々の治療または診断目的のために使用され得る。例えば、本発明の抗体またはその抗原結合性断片は、親和性精製剤として（例えば、ＩＦＮβのｉｎ ｖｉｔｒｏ精製のため）、診断剤として（例えば、特定の細胞、組織または血清におけるＩＦＮβの発現を検出するため）使用され得る。
本発明の抗体またはその抗原結合性断片の例示的な治療的使用には、リウマチ性疾患（例えば、ＳＬＥまたはＤＭ）またはインターフェロン症を処置することが含まれる。本発明の抗体またはその抗原結合性断片は、予防的処置においても使用され得る（例えば、疾患症状を示していないが、リウマチ性疾患またはインターフェロン症に対して感受性である対象に投与する）。
治療適用のために、本発明の抗体またはその抗原結合性断片は、通常の技術によって、哺乳動物、特にヒトに、例えば、静脈内（ボーラスとして、または一定期間にわたる持続注入によって）、筋肉内、腹腔内、脳脊髄内（intra-cerebrospinally）、皮下、関節内、滑液嚢内、髄腔内、経口、局所で、または吸入によって、投与され得る。本発明の抗体またはその抗原結合性断片は、腫瘍内、腫瘍周囲、病変内または病変周囲経路によっても適切に投与される。
従って、一態様では、本発明は、ＩＦＮβの活性を低減させる方法であって、治療有効量の本発明の抗体またはその抗原結合性断片を、それを必要とする対象（例えば、ヒト）に投与するステップを含む方法を提供する。
ある特定の実施形態では、対象は、リウマチ性疾患に罹患しているまたはリウマチ性疾患に対して感受性である。ある特定の実施形態では、リウマチ性疾患はＳＬＥである。ある特定の実施形態では、リウマチ性疾患はＤＭである。
ある特定の実施形態では、対象は、インターフェロン症に罹患しているまたはインターフェロン症に対して感受性である。
ある特定の実施形態では、本発明の抗体またはその抗原結合性断片は、皮下投与される。ある特定の実施形態では、本発明の抗体またはその抗原結合性断片は、静脈内投与される。
医薬組成物は、リウマチ性疾患またはインターフェロン症の重症度によって変動し得る頻度で、それを必要とする対象に投与され得る。予防的治療の場合、頻度は、リウマチ性疾患またはインターフェロン症に対する対象の感受性または素因に依存して変動し得る。
組成物は、ボーラスとして、または持続注入によって、必要とする患者に投与され得る。例えば、Ｆａｂ断片として存在する抗体のボーラス投与は、０．００２５〜１００ｍｇ／ｋｇ体重、０．０２５〜０．２５ｍｇ／ｋｇ、０．０１０〜０．１０ｍｇ／ｋｇまたは０．１０〜０．５０ｍｇ／ｋｇの量であり得る。持続注入について、Ｆａｂ断片として存在する抗体は、１〜２４時間、１〜１２時間、２〜１２時間、６〜１２時間、２〜８時間または１〜２時間の期間にわたって、０．００１〜１００ｍｇ／ｋｇ体重／分、０．０１２５〜１．２５ｍｇ／ｋｇ／分、０．０１０〜０．７５ｍｇ／ｋｇ／分、０．０１０〜１．０ｍｇ／ｋｇ／分または０．１０〜０．５０ｍｇ／ｋｇ／分で投与され得る。
全長抗体（完全な定常領域を有する）として存在する抗体の投与について、投薬量は、約１ｍｇ／ｋｇ〜約１０ｍｇ／ｋｇ、約２ｍｇ／ｋｇ〜約１０ｍｇ／ｋｇ、約３ｍｇ／ｋｇ〜約１０ｍｇ／ｋｇ、約４ｍｇ／ｋｇ〜約１０ｍｇ／ｋｇ、約５ｍｇ／ｋｇ〜約１０ｍｇ／ｋｇ、約１ｍｇ／ｋｇ〜約２０ｍｇ／ｋｇ、約２ｍｇ／ｋｇ〜約２０ｍｇ／ｋｇ、約３ｍｇ／ｋｇ〜約２０ｍｇ／ｋｇ、約４ｍｇ／ｋｇ〜約２０ｍｇ／ｋｇ、約５ｍｇ／ｋｇ〜約２０ｍｇ／ｋｇ、約１ｍｇ／ｋｇ以上、約２ｍｇ／ｋｇ以上、約３ｍｇ／ｋｇ以上、約４ｍｇ／ｋｇ以上、約５ｍｇ／ｋｇ以上、約６ｍｇ／ｋｇ以上、約７ｍｇ／ｋｇ以上、約８ｍｇ／ｋｇ以上、約９ｍｇ／ｋｇ以上、約１０ｍｇ／ｋｇ以上、約１１ｍｇ／ｋｇ以上、約１２ｍｇ／ｋｇ以上、約１３ｍｇ／ｋｇ以上、約１４ｍｇ／ｋｇ以上、約１５ｍｇ／ｋｇ以上、約１６ｍｇ／ｋｇ以上、約１７ｍｇ／ｋｇ以上、約１９ｍｇ／ｋｇ以上または約２０ｍｇ／ｋｇ以上であり得る。投与の頻度は、状態の重症度に依存する。頻度は、１週間に３回から２または３週間毎に１回までの範囲であり得る。
さらに、組成物は、皮下注射を介して患者に投与され得る。例えば、１〜１００ｍｇの用量の抗ＩＦＮβ抗体は、１週間に２回、１週間に１回、２週間毎に１回、３週間毎に１回、４週間毎に１回、５週間毎に１回、６週間毎に１回、７週間毎に１回、８週間毎に１回、９週間毎に１回、１０週間毎に１回、１カ月に２回、１カ月に１回、２カ月毎に１回または３カ月毎に１回投与される皮下または静脈内注射を介して、患者に投与され得る。例えば、抗体ＣＴＩ−ＡＦ１は、約１９日間の推定半減期を有する。この半減期は、２〜６週間毎の、例えば、２週間毎に１回または４週間毎に１回の皮下または静脈内注射を支持する。
ある特定の実施形態では、ヒトにおける抗ＩＦＮβ抗体の半減期は、約５日間、約６日間、約７日間、約８日間、約９日間、約１０日間、約１１日間、約１２日間、約１３日間、約１４日間、約１５日間、約１６日間、約１７日間、約１８日間、約１９日間、約２０日間、約２１日間、約２２日間、約２３日間、約２４日間、約２５日間、約２６日間、約２７日間、約２８日間、約２９日間、約３０日間、約５日間〜約４０日間、約５日間〜約３５日間、約５日間〜約３０日間、約５日間〜約２５日間、約１０日間〜約４０日間、約１０日間〜約３５日間、約１０日間〜約３０日間、約１０日間〜約２５日間、約１５日間〜約４０日間、約１５日間〜約３５日間、約１５日間〜約３０日間または約１５日間〜約２５日間である。
ある特定の実施形態では、医薬組成物は、２〜６週間毎に、約０．１ｍｇ／ｋｇ〜約１０ｍｇ／ｋｇ、約０．５ｍｇ／ｋｇ〜約１０ｍｇ／ｋｇ、約１ｍｇ／ｋｇ〜約１０ｍｇ／ｋｇ、約１．５ｍｇ／ｋｇ〜約１０ｍｇ／ｋｇ、約２ｍｇ／ｋｇ〜約１０ｍｇ／ｋｇ、約０．１ｍｇ／ｋｇ〜約８ｍｇ／ｋｇ、約０．５ｍｇ／ｋｇ〜約８ｍｇ／ｋｇ、約１ｍｇ／ｋｇ〜約８ｍｇ／ｋｇ、約１．５ｍｇ／ｋｇ〜約８ｍｇ／ｋｇ、約２ｍｇ／ｋｇ〜約８ｍｇ／ｋｇ、約０．１ｍｇ／ｋｇ〜約５ｍｇ／ｋｇ、約０．５ｍｇ／ｋｇ〜約５ｍｇ／ｋｇ、約１ｍｇ／ｋｇ〜約５ｍｇ／ｋｇ、約１．５ｍｇ／ｋｇ〜約５ｍｇ／ｋｇ、約２ｍｇ／ｋｇ〜約５ｍｇ／ｋｇ、約０．５ｍｇ／ｋｇ、約１．０ｍｇ／ｋｇ、約１．５ｍｇ／ｋｇ、約２．０ｍｇ／ｋｇ、約２．５ｍｇ／ｋｇ、約３．０ｍｇ／ｋｇ、約３．５ｍｇ／ｋｇ、約４．０ｍｇ／ｋｇ、約４．５ｍｇ／ｋｇ、約５．０ｍｇ／ｋｇ、約５．５ｍｇ／ｋｇ、約６．０ｍｇ／ｋｇ、約６．５ｍｇ／ｋｇ、約７．０ｍｇ／ｋｇ、約７．５ｍｇ／ｋｇ、約８．０ｍｇ／ｋｇ、約８．５ｍｇ／ｋｇ、約９．０ｍｇ／ｋｇ、約９．５ｍｇ／ｋｇまたは約１０．０ｍｇ／ｋｇの用量で皮下または静脈内投与される。
ある特定の実施形態では、医薬組成物は、約２．０ｍｇ／ｋｇの用量で、２〜６週間毎に皮下または静脈内投与される。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、約２．０ｍｇ／ｋｇ〜約１０．０ｍｇ／ｋｇの用量で、２〜６週間毎に皮下または静脈内投与される。
例示的な一実施形態では、医薬組成物は、２週間毎に皮下投与される。
本発明の抗体またはその抗原結合性断片は、リウマチ性疾患を処置するために、単剤治療として、または他の治療薬と組み合わせて使用され得る。
３．定義
本明細書で特に定義しない限り、本発明と併せて使用される科学用語および技術用語は、当業者によって一般に理解される意味を有するものとする。さらに、文脈が他を要求しない限り、単数形の用語は複数を含み、複数形の用語は単数形を含むものとする。一般に、本明細書に記載される細胞および組織培養、分子生物学、免疫学、微生物学、遺伝学ならびにタンパク質および核酸化学ならびにハイブリダイゼーションと併せて使用される術語体系、ならびにそれらの技術は、当該分野で周知であり一般に使用されるものである。
抗体の「抗原結合性断片」とは、抗原に（好ましくは、実質的に同じ結合親和性で）特異的に結合する能力を保持する全長抗体の断片を指す。抗原結合性断片の例には、（ｉ）ＶＬ、ＶＨ、ＣＬおよびＣＨ１ドメインからなる一価断片であるＦａｂ断片；（ｉｉ）ヒンジ領域においてジスルフィド架橋によって連結された２つのＦａｂ断片を含む二価断片であるＦ（ａｂ’）２断片；（ｉｉｉ）ＶＨドメインおよびＣＨ１ドメインからなるＦｄ断片；（ｉｖ）抗体の単一のアームのＶＬドメインおよびＶＨドメインからなるＦｖ断片、（ｖ）ＶＨドメインからなるｄＡｂ断片（Ｗａｒｄら、（１９８９）Ｎａｔｕｒｅ ３４１：５４４〜５４６）；ならびに（ｖｉ）単離された相補性決定領域（ＣＤＲ）、ジスルフィド連結されたＦｖ（ｄｓＦｖ）、ならびに抗イディオタイプ（抗Ｉｄ）抗体およびイントラボディ（intrabody）が含まれる。さらに、Ｆｖ断片の２つのドメインであるＶＬおよびＶＨは、別々の遺伝子によってコードされるが、これらは、組換え法を使用して、ＶＬ領域およびＶＨ領域が対になって一価分子（単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）として公知）を形成する単一のタンパク質鎖としてそれらが作製されることを可能にする合成リンカーによって結合され得る；例えば、Ｂｉｒｄら Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４２：４２３〜４２６（１９８８）およびＨｕｓｔｏｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８５：５８７９〜５８８３ （１９８８）を参照のこと。他の形態の単鎖抗体、例えば、ディアボディ（diabody）もまた包含される。ディアボディは、ＶＨドメインおよびＶＬドメインが単一のポリペプチド鎖上で発現される二価の二重特異性抗体であるが、同じ鎖上の２つのドメイン間で対になるのを可能にするには短すぎるリンカーを使用することによって、ドメインを別の鎖の相補的ドメインと対にし、２つの抗原−結合部位を創出する（例えば、Ｈｏｌｌｉｇｅｒら Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９０：６４４４〜６４４８（１９９３）；Ｐｏｌｊａｋら、１９９４、Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ２：１１２１〜１１２３を参照のこと）。
抗体「可変ドメイン」とは、単独または組み合わせのいずれかでの、抗体軽鎖の可変領域（ＶＬ）または抗体重鎖の可変領域（ＶＨ）を指す。当該分野で公知のように、重鎖および軽鎖の可変領域は各々、４つのフレームワーク領域（ＦＲ）によって接続された３つの相補性決定領域（ＣＤＲ）からなり、抗体の抗原−結合部位の形成に寄与する。
可変ドメイン中の残基は、抗体の集積の重鎖可変ドメインまたは軽鎖可変ドメインに使用されるナンバリングシステムであるＫａｂａｔに従ってナンバリングされる。Ｋａｂａｔら、Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ、第５版 Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ、Ｂｅｔｈｅｓｄａ、ＭＤ．（１９９１）を参照のこと。このナンバリングシステムを使用して、実際の線状アミノ酸配列は、可変ドメインのＦＲもしくはＣＤＲの短縮化またはその中への挿入に対応する、より少ないまたはさらなるアミノ酸を含み得る。例えば、重鎖可変ドメインは、ＣＤＲ−Ｈ２の残基５２の後の単一のアミノ酸挿入（Ｋａｂａｔに従って残基５２ａ）、および重鎖ＦＲ残基８２の後の挿入された残基（例えば、Ｋａｂａｔに従って残基８２ａ、８２ｂおよび８２ｃ）を含み得る。残基のＫａｂａｔナンバリングは、「標準的な」Ｋａｂａｔナンバリングした配列との、抗体の配列の相同性の領域におけるアラインメントによって、所定の抗体について決定され得る。Ｋａｂａｔナンバリングを割り当てるための種々のアルゴリズムが利用可能である。Ａｂｙｓｉｓ（ｗｗｗ．ａｂｙｓｉｓ．ｏｒｇ）の２０１２リリースに実装されたアルゴリズムが、特記しない限り、可変領域にＫａｂａｔナンバリングを割り当てるために本明細書で使用される。
抗体中の特定のアミノ酸残基位置（例えば、パラトープ残基）もまた、Ｋａｂａｔに従ってナンバリングされる。
「相補性決定領域」（ＣＤＲ）は、Ｋａｂａｔ、Ｃｈｏｔｈｉａ、ＫａｂａｔおよびＣｈｏｔｈｉａの両方の集積、ＡｂＭ、接触および／もしくはコンフォメーション定義、または当該分野で周知のＣＤＲ決定の任意の方法の定義に従って同定され得る。例えば、Ｋａｂａｔら、１９９１、Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ、第５版（超可変領域）；Ｃｈｏｔｈｉａら、１９８９、Ｎａｔｕｒｅ ３４２：８７７〜８８３（構造的ループ構造）を参照のこと。ＣＤＲのＡｂＭ定義は、ＫａｂａｔとＣｈｏｔｈｉａとの間の妥協であり、Ｏｘｆｏｒｄ ＭｏｌｅｃｕｌａｒのＡｂＭ抗体モデリングソフトウェア（Ａｃｃｅｌｒｙｓ（登録商標））を使用する。ＣＤＲの「接触」定義は、ＭａｃＣａｌｌｕｍら、１９９６、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．、２６２：７３２〜７４５に示される観察された抗原接触に基づく。ＣＤＲの「コンフォメーション」定義は、抗原結合にエンタルピー的に寄与する残基に基づく（例えば、Ｍａｋａｂｅら、２００８、Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、２８３：１１５６〜１１６６を参照のこと）。なお他のＣＤＲ境界定義は、上記アプローチのうち１つに厳格に従わなくてもよいが、それにもかかわらずＫａｂａｔ ＣＤＲの少なくとも一部分と重複するが、これらは、特定の残基もしくは残基の群、またはＣＤＲ全体さえもが抗原結合に顕著には影響しないという予測または実験的知見の観点から、短縮または延長され得る。本明細書で使用する場合、ＣＤＲは、アプローチの組み合わせを含む、当該分野で公知の任意のアプローチによって定義されるＣＤＲを指し得る。
実施例（表１１を参照のこと）では、ＣＤＲは、以下のように定義される（Ｋａｂａｔに従うナンバリング；Ｈ：重鎖；Ｌ：軽鎖）：
ＣＤＲ−Ｈ１：Ｈ２６〜Ｈ３５Ｂ；ＣＤＲ−Ｈ２：Ｈ５０〜Ｈ６５；ＣＤＲ−Ｈ３：Ｈ９５〜Ｈ１０２
ＣＤＲ−Ｌ１：Ｌ２４〜Ｌ３４；ＣＤＲ−Ｌ２：Ｌ５０〜Ｌ５６；ＣＤＲ−Ｌ３：Ｌ８９〜Ｌ９７
「フレームワーク」（ＦＲ）残基は、ＣＤＲ残基以外の抗体可変ドメイン残基である。ＶＨまたはＶＬドメインフレームワークは、以下の構造：ＦＲ１−ＣＤＲ１−ＦＲ２−ＣＤＲ２−ＦＲ３−ＣＤＲ３−ＦＲ４で、ＣＤＲが組み入れられた４つのフレームワークサブ領域、ＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３およびＦＲ４を含む。実施例（表１１を参照のこと）では、ＦＲ残基は、以下を含む（Ｋａｂａｔに従うナンバリング；Ｈ：重鎖；Ｌ：軽鎖）：
Figure 0006799076
「エピトープ」とは、抗体が特異的に結合する抗原（Ａｇ）のエリアまたは領域、例えば、抗体（Ａｂ）と相互作用するアミノ酸残基を含むエリアまたは領域を指す。エピトープは、線状または非線状（例えば、コンフォメーション）であり得る。
抗体またはその抗原結合性断片は、対応する抗体またはその抗原結合性断片の結合が相互に排他的である場合、別の抗体またはその抗原結合性断片と実質的に同じエピトープを結合する。即ち、１つの抗体またはその抗原結合性断片の結合は、他の抗体またはその抗原結合性断片の同時または連続的結合を排除する。抗原が、両方の対応する抗体またはその抗原結合性断片の結合に同時に対応することができる場合、エピトープは、独自である、または実質的に同じでないと言われる。
用語「パラトープ」は、見方を逆転させることによって「エピトープ」の上記定義から導出され、抗原の結合に関与する抗体分子のエリアまたは領域、例えば、抗原と相互作用する残基を含むエリアまたは領域を指す。パラトープは、線状またはコンフォメーション（例えば、ＣＤＲ中の非連続的残基）であり得る。
所与の抗体／抗原結合対についてのエピトープ／パラトープは、種々の実験方法および計算的エピトープマッピング法を使用して、異なるレベルの詳細さで定義および特徴付けされ得る。実験方法には、変異誘発、Ｘ線結晶解析、核磁気共鳴（ＮＭＲ）分光法、水素重水素交換質量分析法（ＨＸ−ＭＳ）および種々の競合結合法が含まれる。各方法は独自の原理に依存するので、エピトープの説明は、それが決定された方法に密接に関連する。従って、所与の抗体／抗原対についてのエピトープ／パラトープは、使用されるマッピング法に依存して異なって定義される。
その最も詳細なレベルで、抗体（Ａｂ）と抗原（Ａｇ）との間の相互作用についてのエピトープ／パラトープは、Ａｇ−Ａｂ相互作用中に存在する原子接触を定義する空間座標、ならびに結合熱力学へのそれらの相対的寄与に関する情報によって定義され得る。１つのレベルでは、エピトープ／パラトープ残基は、ＡｇとＡｂとの間の原子接触を定義する空間座標によって特徴付けられ得る。一態様では、エピトープ／パラトープ残基は、具体的な判断基準、例えば、Ａｂ中の原子とＡｇ中の原子との間の距離（例えば、同族抗体の重原子および抗原の重原子から、約４Åと等しいまたはそれ未満の距離（例えば、本明細書の実施例で使用される３．８Å））によって定義され得る。別の態様では、エピトープ／パラトープ残基は、同族抗体／抗原との水素結合相互作用、または同族抗体／抗原にこれもまた水素結合した水分子との水素結合相互作用（水媒介性水素結合）に関与すると特徴付けられ得る。別の態様では、エピトープ／パラトープ残基は、同族抗体／抗原の残基と塩橋を形成すると特徴付けられ得る。なお別の態様では、エピトープ／パラトープ残基は、同族抗体／抗原との相互作用に起因して、埋没表面積（ＢＳＡ）中に非ゼロ変化を有する残基として特徴付けられ得る。あまり詳細でないレベルでは、エピトープ／パラトープは、機能を介して、例えば、他のＡｂとの競合結合によって、特徴付けられ得る。エピトープ／パラトープはより一般的に、別のアミノ酸による置換がＡｂとＡｇとの間の相互作用の特徴を変更させる（例えば、アラニンスキャニング）アミノ酸残基を含むとも定義され得る。
抗体、例えば、１つのＦａｂ断片または２つのＦａｂ断片とその抗原との間の複合体の空間座標によって定義されるＸ線導出された結晶構造に関して、特記しない限り、エピトープ残基とは、（ｉ）同族抗体の重原子から約４Å以内の距離（例えば、３．８Å）にある重原子（即ち、非水素原子）を有する；（ｉｉ）同族抗体の残基との水素結合、もしくは同族抗体にこれもまた水素結合した水分子との水素結合（水媒介性水素結合）に関与する、（ｉｉｉ）同族抗体の残基との塩橋に関与する、および／または（ｉｖ）同族抗体との相互作用に起因して、埋没表面積（ＢＳＡ）中に非ゼロ変化を有する、ＩＦＮβ残基を指す。一般に、カットオフが、最小の相互作用を有する残基を含まないように、ＢＳＡに対して課せられる。従って、特記しない限り、カテゴリー（ｉｖ）の下にあるエピトープ残基は、抗体がＩＦＮβに結合するとき、２０Å２以上のＢＳＡを有する場合または静電相互作用に関与する場合に、選択される。同様に、Ｘ線導出された結晶構造に関して、特記されることも文脈と矛盾することもない限り、パラトープ残基とは、（ｉ）ＩＦＮβの重原子から約４Å以内の距離にある重原子（即ち、非水素原子）を有する、（ｉｉ）ＩＦＮβ残基との水素結合、もしくはＩＦＮβにこれもまた水素結合した水分子との水素結合（水媒介性水素結合）に関与する、（ｉｉｉ）ＩＦＮβの残基との塩橋に関与する、および／または（ｉｖ）ＩＦＮβとの相互作用に起因して、埋没表面積中に非ゼロ変化を有する、抗体残基を指す。また、特記しない限り、カテゴリー（ｉｖ）の下にあるパラトープ残基は、抗体がＩＦＮβに結合するとき、２０Å２以上のＢＳＡを有する場合または静電相互作用に関与する場合に、選択される。（ｉ）距離または（ｉｖ）ＢＳＡによって同定される残基は、「接触」残基と呼ばれる場合が多い。
エピトープの記載および定義が、使用されるエピトープマッピング法に依存的であり、異なるレベルの詳細さで得られるという事実から、異なるＡｂに対する同じＡｇ上のエピトープの比較は、異なるレベルの詳細さで同様に実施できるということになる。例えば、例えばＸ線構造から決定される、アミノ酸レベルで記載されるエピトープは、それらが同じセットのアミノ酸残基を含む場合、同一であると言われる。競合結合によって特徴付けられるエピトープは、対応する抗体の結合が相互に排他的である場合、即ち、１つの抗体の結合が、他の抗体の同時または連続的結合を排除する場合、重複していると言われる；抗原が、両方の対応する抗体の結合に同時に対応することができる場合、エピトープは、別々（独自）であると言われる。
所与の抗体／抗原対についてのエピトープおよびパラトープは、慣用的な方法によって同定され得る。例えば、エピトープの一般的な位置は、本明細書の他の箇所で以前により完全に記載したように、異なる断片またはバリアントＩＦＮβポリペプチドに抗体が結合する能力を評価することによって決定され得る。抗体内の特異的残基と接触するＩＦＮβ内の特異的残基は、慣用的な方法、例えば、実施例に記載される方法を使用しても決定され得る。例えば、抗体／抗原複合体は、結晶化され得る。結晶構造は、抗体と抗原との間の相互作用の特異的部位を同定するために、決定および使用され得る。
用語「特異的に結合する」および「特異的結合」は、当該分野で十分理解された用語であり、かかる特異的結合を決定するための方法もまた、当該分野で周知である。分子は、それが代替的細胞または物質と反応または会合する場合よりも、より頻繁により迅速に、特定の細胞または物質とより長い持続時間および／またはより高い親和性で反応または会合する場合、「特異的結合」を示すと言われる。抗体またはその抗原結合性断片は、それが他の物質を結合する場合よりも、より高い親和性、結合力で、より容易に、および／またはより長い持続時間で結合する場合、標的（例えば、ＩＦＮβ）に「特異的に結合する」。
例えば、ＩＦＮβと特異的に結合する抗体またはその抗原結合性断片は、それが他の抗原、例えば、ＩＦＮスーパーファミリーの他のメンバー（例えば、ＩＮＦα、ＩＦＮγ、ＩＦＮω）、または他の無関係の分子を結合する場合よりも、より高い親和性、結合力で、より容易に、および／またはより長い持続時間でその同族抗原（ＩＦＮβ）を結合する抗体である。例えば、抗ＩＦＮβ抗体は、標準的な結合アッセイ条件下で、サンプル中のヒトＩＦＮβと特異的に結合できるが、サンプル中の他の分子を実質的に認識も結合もしない。第一の標的を特異的に結合する抗体またはその抗原結合性断片は、第２の標的に特異的に結合してもしなくてもよいこともまた理解される。このように、「特異的結合」は、排他的な結合を必ずしも必要としない（排他的な結合を含み得るが）。必ずではないが一般に、「結合」に対する言及は、特異的結合を意味する。
種々のアッセイ形式が、目的の分子を特異的に結合する抗体またはその抗原結合性断片を選択するために使用され得る。抗原を特異的に結合する抗体またはその抗原結合性断片を同定するために使用され得る多くのアッセイには、例えば、固相ＥＬＩＳＡイムノアッセイ、免疫沈降、Ｂｉａｃｏｒｅ（商標）（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）、ＫｉｎＥｘＡ、蛍光活性化細胞分取（ＦＡＣＳ）、Ｏｃｔｅｔ（商標）（ＦｏｒｔｅＢｉｏ，Ｉｎｃ．）およびウエスタンブロット分析がある。典型的には、特異的結合は、バックグラウンドシグナルまたはノイズの少なくとも２倍、より典型的には、バックグラウンドの少なくとも１０倍、バックグラウンドの少なくとも５０倍、バックグラウンドの少なくとも１００倍、バックグラウンドの少なくとも５００倍、バックグラウンドの少なくとも１０００倍またはバックグラウンドの少なくとも１０，０００倍である。
抗体結合の特異性は、抗体とＩＦＮβとの間の特異的結合のＫＤ値を決定し、それを、ＩＦＮβに結合しないことが既知である対照抗体のＫＤ値と比較することによって評価され得る。一般に、抗体は、ＫＤが約×１０−５Ｍ以下である場合、抗原を「特異的に結合する」と言われる。
抗体またはその抗原結合性断片は、それが他の抗原を結合する場合よりも、より高い親和性、結合力で、より容易に、および／またはより長い持続時間で抗原に結合しない場合、前記抗原に「実質的に結合しない」。典型的には、結合は、バックグラウンドシグナルまたはノイズの２倍以下である。一般に、これは、１×１０−４Ｍ以上、１×１０−３Ｍ以上、１×１０−２Ｍ以上または１×１０−１Ｍ以上のＫＤで抗原を結合する。
用語「競合する」とは、抗体に関連して本明細書で使用する場合、抗原への第１の抗体またはその抗原結合性部分の結合が、第２の抗体またはその抗原結合性部分による同じ抗原の引き続く結合を低減させることを意味する。一般に、第１の抗体の結合は、立体障害、コンフォメーション変化、または共通のエピトープ（またはその部分）への結合を創出し、その結果、同じ抗原への第２の抗体の結合は、低減される。標準的な競合的結合アッセイは、２つの抗体が互いに競合するかどうかを決定するために使用され得る。
抗体競合についての１つの適切なアッセイには、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）テクノロジーを使用し、典型的には、バイオセンサーシステム（例えば、ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）システム）を使用して相互作用の程度を測定できる、Ｂｉａｃｏｒｅテクノロジーの使用が関与する。例えば、ＳＰＲは、１つの抗体が第２の抗体の結合を阻害する能力を決定するために、ｉｎ ｖｉｔｒｏ競合的結合阻害アッセイにおいて使用され得る。抗体競合を測定するための別のアッセイは、ＥＬＩＳＡベースのアプローチを使用する。さらに、それらの競合に基づいて抗体を「ビニング」するためのハイスループットプロセスが、ＷＯ２００３／４８７３１に記載されている。１つの抗体またはその抗原結合性断片が、ＩＦＮβへの別の抗体またはその抗原結合性断片の結合を低減させる場合、競合が存在する。例えば、異なる抗体が逐次的に添加される逐次結合競合アッセイが使用され得る。第１の抗体は、飽和に近い結合が達成されるまで添加され得る。次いで、第２の抗体が添加される。ＩＦＮβへの第２の抗体の結合が検出されない場合、または第１の抗体の非存在下での並行アッセイ（その値は１００％と設定され得る）と比較して、有意に低減される（例えば、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％または少なくとも約９０％の低減）場合、これら２つの抗体は、互いに競合しているとみなされる。ＳＰＲによる例示的な抗体競合アッセイ（および重複エピトープ分析）は、実施例１に提供される。
抗原への抗体の結合が、その標的の別の結合パートナー、例えば、その標的を他の方法で結合する別の抗体または可溶性受容体による標的の結合と比較される競合的結合アッセイもまた、実施され得る。５０％阻害が生じる濃度は、Ｋｉとして公知である。理想的な条件下では、ＫｉはＫＤと等価である。従って、一般に、Ｋｉの測定は、ＫＤについての上限を提供するために、簡便に代替され得る。異なる分子相互作用と関連する結合親和性、例えば、所与の抗原に対する異なる抗体の結合親和性の比較は、個々の抗体／抗原複合体についてのＫＤ値の比較によって比較され得る。抗体または他の結合パートナーについてのＫＤ値は、当該分野で十分確立された方法を使用して決定され得る。
「Ｆｃ融合」タンパク質は、１つまたは複数のポリペプチドがＦｃポリペプチドに作動可能に連結したタンパク質である。Ｆｃ融合は、免疫グロブリンのＦｃ領域を融合パートナーと組み合わせる。「Ｆｃ領域」は、ネイティブ配列Ｆｃ領域またはバリアントＦｃ領域であり得る。免疫グロブリン重鎖のＦｃ領域の境界は変動し得るが、ヒトＩｇＧ重鎖Ｆｃ領域は通常、Ｃｙｓ２２６位のアミノ酸残基からまたはＰｒｏ２３０位からそのカルボキシル末端に及ぶと定義される。Ｆｃ領域中の残基のナンバリングは、Ｋａｂａｔら、Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ、第５版 Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ、Ｂｅｔｈｅｓｄａ、Ｍｄ．、１９９１に記載されるＥＵインデックスのものである。免疫グロブリンのＦｃ領域は一般に、２つの定常ドメインＣＨ２およびＣＨ３を含む。当該分野で公知のように、Ｆｃ領域は、ダイマーまたはモノマー形態で存在し得る。
用語「治療有効量」とは、意図した目的、例えば、ＩＦＮＡＲへのＩＦＮβの減少した結合、ＳＴＡＴ１および／もしくはＳＴＡＴ２の減少したリン酸化、ＩＦＮβ依存的遺伝子の減少した発現、またはそれを必要とする対象にとっての測定可能なｉｎ ｖｉｖｏの利益を他の方法で引き起こすこと、を達成するために十分な量の、抗ＩＦＮβ抗体もしくはその抗原結合性断片、またはかかる抗体もしくはその抗原結合性断片を含む組み合わせの量を意味する。正確な量は、治療組成物の成分および物理的特徴、意図した患者集団、個々の患者の考慮事項などが含まれるがこれらに限定されない多数の因子に依存し、当業者によって決定され得る。
用語「処置」には、予防的処置および／または治療的処置が含まれる。疾患、障害または状態の臨床所見の前に投与される場合、処置は、予防的とみなされる。治療的処置には、例えば、疾患、障害もしくは状態の重症度を寛解もしくは低減させること、または疾患、障害もしくは状態の長さを短縮することが含まれる。好ましくは、疾患、障害または状態は、ＩＦＮＡＲへのＩＦＮβ結合によって媒介される、またはそれと関連する。
用語「約」とは、本明細書で使用する場合、ある値の＋／−１０％を指す。
生物学的寄託
本発明の代表的な材料は、２０１５年１２月１８日にＡｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ、１０８０１ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｂｏｕｌｅｖａｒｄ、Ｍａｎａｓｓａｓ、Ｖａ．２０１１０−２２０９、ＵＳＡに寄託した。ＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴＡ−１２２７２７を有するベクターＣＴＩ−ＡＦ１−ＶＨは、抗体ＣＴＩ−ＡＦ１の重鎖可変領域をコードするＤＮＡ挿入物を含み、ＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴＡ−１２２７２６を有するベクターＣＴＩ−ＡＦ１−ＶＬは、抗体ＣＴＩ−ＡＦ１の軽鎖可変領域をコードするＤＮＡ挿入物を含む。これらの寄託は、特許手続き上の微生物の寄託の国際承認に関するブダペスト条約の条項およびその規則（ブダペスト条約）の規定の下で行われた。これは、寄託の日から３０年間にわたって寄託物の生存可能な培養物の維持を保証する。寄託物は、Ｐｆｉｚｅｒ Ｉｎｃ．とＡＴＣＣとの間での同意を条件として、ブダペスト条約の条項の下でＡＴＣＣによって入手可能にされ、ＡＣＴＴは、関連する米国特許の発行の際、または任意の米国もしくは外国の特許出願の公衆への公開の際のいずれか早い方の時点における、公衆への寄託物の培養物の子孫の恒久的かつ無制限の入手可能性を保証し、米国特許商標庁長官が米国特許法１２２条およびそれに従う長官規則（特に８８６ ＯＧ ６３８に関連して米国特許規則１．１４を含む）に従って資格ありと決定した者への子孫の入手可能性を保証する。
本出願の所有者は、寄託にかかる材料の培養物が、適切な条件下で培養された場合に万一死んだり失われたり破壊されたりしたときには、通知があり次第それらの材料が同一物の別のもので速やかに置き換えられることに同意している。寄託された材料の入手可能性は、その特許法に従って任意の政府の権限の下で与えられた権利に違反して本発明を実施することの許諾として解釈すべきではない。
本発明はさらに、以下の実験例を参照して詳細に記載される。これらの実施例は、例示のみを目的として提供され、特記しない限り限定と意図しない。従って、本発明は、以下の実施例に限定されると決して解釈すべきではなく、むしろ、本明細書で提供される教示の結果として明らかになる任意のおよび全てのバリエーションを包含すると解釈すべきである。
（実施例１）
抗ＩＦＮβ抗体の生成
抗体ＣＴＩ−ＡＦ１は、可溶性サイトカインインターフェロンベータ（ＩＦＮβ）に対するヒト化ＩｇＧ１抗体である。ヒトＩＦＮβに対するマウスモノクローナル抗体（マウスｍＡｂ）を、ヒトＩＦＮβによる雌性ＢＡＬＢ／ｃマウスの標準的な免疫化および引き続くハイブリドーマスクリーニングによって生成した。
２つのハイブリドーマクローンを、動態学的結合プロファイルに基づいてヒト化のために選択した。これらのクローンは、約２０ｎＭのＫＤ値および約２０ｎＭのＩＣ５０を示した。ハイブリドーマクローンを、ＩＧＫＶ１−３９（ＤＰＫ９軽鎖可変ドメイン；Ｇｅｎｅ Ｂａｎｋアクセッション番号Ｘ５９３１５）およびＩＧＨＶ１−６９（ＤＰ１０重鎖可変ドメイン；Ｇｅｎｅ Ｂａｎｋアクセッション番号Ｌ２２５８２）由来のヒト生殖系列フレームワーク配列を使用することによってヒト化した。
複数ラウンドの親和性成熟を使用して、抗体の親和性を増加させた。これらの抗体のＶＬ領域の配列を、表１１に示す。表１１中の全ての抗体は、同じＶＨ配列を有する。特に、ＣＴＩ−ＡＦ１は、軽鎖可変ドメイン中に以下の変異を導入することによって、２５ｎＭから２９ｐＭへの、ＫＤ値における減少を示した：３０位におけるＳからＧへの変異、それぞれ９２位および９３位における、ＨからＩへおよびＴからＩへの変異、ならびに９６位におけるＬからＩへの変異。重鎖可変ドメイン中には変異は導入しなかった。
ヒトインターフェロンベータ（ＩＦＮβ）に対するＣＴＩ−ＡＦ抗体の親和性を、Ｂｉａｃｏｒｅ Ｔ２００機器を使用して、以下のようにＳＰＲによって決定した。抗体を、標準的なアミンカップリング技術を使用して、室温でＣＭ５センサーチップの表面上に直接固定化した。固定化レベルは、４９から３７５までの範囲のレゾナンスユニット（ＲＵ）をカバーした。次いで、分析物である組換えヒトＩＦＮβを、１０ｎＭから下がって０．０７８ｎＭまでの範囲の一連の希釈（２倍希釈）で、６５から３００秒間までの範囲の会合時間にわたって１分当たり３０〜５０μＬの流速で注入し、その後に１０分間の解離期が続いた。各濃度を二連で評価した。分析物を、ｐＨ３．０の３Ｍ ＭｇＣｌ２またはｐＨ１．５の１０ｍＭグリシン−ＨＣｌを使用する各サイクルの間のＣＭ５センサーチップ表面の再生と、その後の緩衝液リンスによって除去した。この再生ステップは、結合した分析物を除去し、応答シグナルをベースラインに戻した。参照フローセル（分析物なし）からのデータを抗原結合応答から減算して、システマティックなアーチファクトを除去した。見かけの結合親和性を、Ｂｉａｃｏｒｅ Ｔ２００評価ソフトウェアバージョン２．０を使用し、１：１相互作用モデルを用いて決定した。平衡定数ＫＤを、動態学的速度定数の比率ｋｄ／ｋａとして決定した。結合を、２つの別々の機器、およびＣＭ５センサーチップ上の異なるフローセルを使用して、複数日にわたって結合実験を反復することによって検証した。結果を表６に示す。
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（実施例２）
抗ＩＦＮβ抗体の生物物理学的特性
ＣＴＩ−ＡＦ１を、１０Ｋ ＭＷＣＯ再生セルロースメンブレンを用いて透析し、ＭＯＤ１緩衝液中１５０ｍｇ／ｍＬに濃縮した。カニクイザルＥＴＳ材料を、産物の最小の喪失を伴って、超音波処理／同じ緩衝液中にダイアフィルトレートして、７２ｍｇ／ｍＬの最終濃度にした。約５０ｍｇ／ｍＬで、ＰＢＳ、ｐＨ７．２中で製剤化した場合、ＣＴＩ−ＡＦ１は、２〜８℃で相分離し、安定な乳白色のエマルションを形成した。室温まで温めると、溶液は再度透明になる。ＭＯＤ１緩衝液中では、相分離は起こらなかった。
粘度を、ｍＶＲＯＣ粘度計を使用して２２℃で測定した。注入を、１００μＬ Ｈａｍｉｌｔｏｎシリンジを使用して１００μＬ／分で実施した。濃度に対する粘度の依存性を、図１に示す。最大濃度でさえ、粘度はなおも１０ｃＰを下回る。
熱安定性を、ＭｉｃｒｏＣａｌ ＶＰ−ＤＳＣ（Ｍａｌｖｅｒｎ）を使用して評価した。ＣＴＩ−ＡＦ１を、１度／分で、ＭＯＤ１緩衝液中１ｍｇ／ｍＬのタンパク質でスキャンした。図２に示すように、この分子の最初の融解転移は、６９．４℃で起こり、これは、商業規模での製造可能性のための、公知の要求される安定性閾値を十分に上回っている。
低ｐＨ安定性を、プロテインＡプールをクエン酸でｐＨ２．８、３．０および３．４まで下げて滴定し、室温で５時間インキュベートし、その後ｐＨ７．０に中和することによって評価した。図３に示すように、ＨＭＭＳの形成は、ｐＨ２．８のみにおいて生じ、より高いｐＨレベルでは、産物は安定である。この安定性は、商業的製造に必要とされる、低ｐＨでのエンベロープウイルスの不活性化を可能にする。
凍結／解凍安定性を、１ｍＬの産物を含むエッペンドルフチューブを−８０℃で１０分間置き、その後室温で解凍することによって、ＭＯＤ１緩衝液中７２ｍｇ／ｍＬで実施した。３サイクルの凍結−解凍の後、顕著な凝集は観察されなかった。
安定性研究を、２〜８℃（図４Ａ）および周囲温度（２２℃、図４Ｃ）で６週間にわたってＭＯＤ１緩衝液中１００ｍｇ／ｍＬで；４０℃で４週間にわたってＭＯＤ１緩衝液中５ｍｇ／ｍＬで（図４Ｂ）；３７℃で５または１１日間にわたって２０ｍＭ緩衝液（グルタミン酸 ｐＨ４．０、ヒスチジン ｐＨ５．８、トリス ｐＨ８．０）中４ｍｇ／ｍＬで（図４Ｄ）実施した。時点の試験を、ＳＥ−ＨＰＬＣによって実施した。ＨＭＷにおける顕著な増加は、これらの研究のいずれにおいても検出されなかった。同様に、ＣＧＥによる分析は、これらの時点間で顕著な差異を全く示さなかった。電荷不均一性をｉＣＥによってアッセイしたところ（表７）、３７℃（特にｐＨ８．０で）および４０℃で酸性種における増加が示され、これは、ある程度の脱アミドおよび／または酸化を示している。しかし、液体クロマトグラフィー（ＬＳ）／質量分析（ＭＳ）調査をもたらす重要な変化は検出されなかった。他の安定性シリーズ（２〜８℃および周囲温度）は、ｉＣＥにより、％酸性種および％塩基性種における顕著な変化を示さなかった。
４０℃シリーズからの安定性時点を、ＩＦＮβ活性の中和を測定する細胞ベースのアッセイにおいて試験した（図５Ａ〜Ｄ）。１日目に、２０，０００のＨＥＫ２９３ ＩＳＲＥ−Ｌｕｃ（ＩＦＮβ応答性ルシフェラーゼレポーター）細胞を、組織培養物処理した９６ウェルプレート中に、１ウェル当たり１０％胎仔ウシ血清（ＦＢＳ）を含む１００μＬのＤＭＥＭ中にプレートした。抗体溶液を、ＤＭＥＭ／１０％ＦＢＳ中１μＭの最上濃度で開始する２×ストックとして調製し、次いで、１１ポイントの１０倍希釈シリーズを培地で作製した。２０×ストックのＩＦＮβ（０．６２５ｎｇ／ｍＬ）を、培地中で調製し、抗体滴定ストックに添加して、最終２×濃度にした。抗体：ＩＦＮβ溶液を、３７℃で２時間インキュベートし、次いで、１ウェル当たり１００μＬの溶液を添加し、プレートを３７℃で一晩培養した。３日目に、ビートルルシフェリン、カリウム塩の１５０μｇ／ｍＬ溶液を調製し、２０μＬ／ウェルを添加し、プレートを３７℃で１５分間インキュベートした。発光を、ＥｎＶｉｓｉｏｎマルチラベルプレートリーダーで読み取った。中和活性における変化は検出されなかった。
ＣＴＩ−ＡＦ１は、製剤化緩衝液（２０ｍＭ Ｈｉｓ、８．５％スクロース、０．０５ｍｇ／ｍＬ ＥＤＴＡ、ｐＨ５．８）と適合性であり、許容できる粘度で最大で１５０ｍｇ／ｍＬの溶解度を維持する。
Figure 0006799076
（実施例３）
薬理学
簡潔な概要
ＣＴＩ−ＡＦ１は、可溶性サイトカインインターフェロンベータ（ＩＦＮβ）に対する、強力で高度に選択的なヒト化ＩｇＧ１抗体である。ｉｎ ｖｉｔｒｏで、ＣＴＩ−ＡＦ１は、ヒトＩＦＮβに対して高い親和性（３６．７±１２．４ｐＭのＫＤ）を示す。この抗体は、ヒトおよびカニクイザルのＩＦＮβに対して、類似のＥＣ５０の結合を示した（それぞれ、１５．２８±２．１１ｐＭおよび２５．０４±５．１１ｐＭ）。ヒト細胞ベースの機能的アッセイでは、ＣＴＩ−ＡＦ１は、ＩＦＮβ誘導性ＳＴＡＴ１リン酸化の強力な中和（７．７±５．０〜２９．８±６．９ｐＭのＩＣ５０）および培養ヒト細胞におけるＩ型インターフェロン刺激性ルシフェラーゼレポーターの発現（ＩＳＲＥアッセイ；２８．８±７．６ｐＭのＩＣ５０）を示した。ＣＴＩ−ＡＦ１はまた、遺伝子発現アッセイにおいてＭｘＡ（Ｍｘ１）のＩＦＮβ駆動性の発現を阻害し（２９．４±２３．５ｐＭのＩＣ５０）、ポリイノシン：ポリシチジン酸（ポリＩ：Ｃ）刺激後に疾患関連細胞型であるヒト皮膚線維芽細胞によって内因的に発現されるＩＦＮβを阻害できた。
一次薬理学、ｉｎ ｖｉｔｒｏ
最初のハイブリドーマスクリーニングの間に、抗体を、Ｉ型ＩＦＮ受容体の高親和性成分であるＩＦＮＡＲ２へのＩＦＮβの結合を遮断するそれらの能力に基づいて選択した（図６）。ヒト化および親和性成熟後の引き続くスクリーニングでは、抗体選択は、細胞ベースのアッセイにおけるＩＦＮβの機能的中和に基づいた。
ＳＰＲを使用して、ヒトＩＦＮβに対するＣＴＩ−ＡＦ１のＫＤを決定した；結合実験を、研究グレードのＣＭ５センサーチップを備えたＢｉａｃｏｒｅ Ｔ２００光学バイオセンサーおよびヒトＩＦＮβ（Ｐｅｐｒｏｔｅｃｈ）を使用して実施した。チップの再生を、ストリッピング緩衝液（ｐＨ３．０の３Ｍ ＭｇＣｌ２またはｐＨ１．５の１０ｍＭグリシン）を使用して実施し、その後緩衝液リンスした。ＣＴＩ−ＡＦ１を、室温でＣＭ５センサーチップの表面上に固定化した。捕捉レベルは、５０から３７５の範囲のレゾナンスユニット（ＲＵ）をカバーした。次いで、分析物であるヒトＩＦＮβを、６５〜３００秒間の範囲の会合時間にわたって１分当たり３０〜５０μＬの流速で注入し、その後に１０分間の解離期が続いた。相互作用の動態学的特徴付けを、一連の２倍希釈で、１０ｎＭから下がって０．０７８１２５ｎＭまでの一連のヒトＩＦＮβ濃度を使用して、伝統的なマルチサイクル法を使用して実施した。各濃度を二連で評価した。分析物を、ｐＨ３．０の３Ｍ ＭｇＣｌ２またはｐＨ１．５の１０ｍＭグリシンを使用する各サイクルの間のアレイ表面の再生と、その後の緩衝液リンスによって除去した。この再生ステップは、結合した分析物を除去し、応答シグナルをベースラインに戻した。参照フローセル（分析物なし）からのデータを抗原結合応答から減算して、システマティックなアーチファクトを除去した。見かけの結合親和性を、単純な１：１相互作用モデルを使用して決定し、平衡定数ＫＤを、動態学的速度定数の比率として決定した。ヒトＩＦＮβに対するＣＴＩ−ＡＦ１の見かけの結合親和性は、３６．７±１２．４ｐＭと決定された（図７）。
カニクイザル、ウサギ、ラットおよびマウスオルソログ、ならびに３つの最も近縁のＩ型ヒトホモログおよびＩＦＮγ（ＩＩ型）と一緒に、ヒトＩＦＮβへのＣＴＩ−ＡＦ１の結合を、プレートベースのＥＬＩＳＡで評価した。ＥＬＩＳＡプレートを、４℃で一晩、５μｇ／ｍＬの以下のサイトカインのうち１つによってコーティングした：ヒトＩＦＮβ、カニクイザルＩＦＮβ、ラットＩＦＮβ、ヒトＩＦＮα２、ＩＦＮγ、ヒトＩＦＮω；１μｇ／ｍＬのマウスＩＦＮβまたはヒトＩＦＮα１４（Ｈ２）でコーティングし、１０ｎｇ／ｍＬのウサギＩＦＮβでコーティングした。全てのタンパク質を、カルシウムおよびマグネシウムフリーのリン酸緩衝溶液中に希釈した。コーティングしたプレートを、０．０５％Ｔｗｅｅｎ−２０を含むリン酸緩衝溶液（ＰＢＳＴ）で洗浄し、ブロッキング緩衝液（ＰＢＳＴ＋０．５％ＢＳＡ）で室温で１時間ブロッキングした。プレートを、ＰＢＳＴで再度洗浄し、一次抗体を、３０ｎＭの出発濃度で、その後ブロッキング緩衝液中に１：３希釈してプレートに添加した。抗ウサギＩＦＮβについては、１：１０希釈を実施した。プレートを、室温で１時間インキュベートし、次いで、ＰＢＳＴで洗浄した。結合を、種特異的ペルオキシダーゼ連結した二次抗体およびテトラメチルベンジジン（ＴＭＢ１）基質を用いて検出した。反応を、０．１８Ｍ硫酸（Ｈ２ＳＯ４）で停止させ、吸光度を、ＥｎＶｉｓｉｏｎマルチラベルリーダー（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ）中で４５０ｎｍで読み取った。表８は、ヒトおよびカニクイザルのＩＦＮβについて類似の反応性を示すが、ウサギＩＦＮβに対する反応性は２００分の１であった。ラットもしくはマウスのＩＦＮβ、または３つの最も近縁のヒトホモログもしくはＩＦＮγ（ＩＩ型）への検出可能な結合は存在しなかった。
Figure 0006799076
２つのｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイを使用して、ＩＦＮβ誘導性シグナルのＣＴＩ−ＡＦ１依存的阻害を実証した。最初に、ヒトＩＳＲＥルシフェラーゼレポーターで安定に形質導入されたＨＥＫ２９３細胞を、ＩＦＮβ依存的遺伝子発現の尺度として使用した；１日目に、２０，０００のＨＥＫ２９３ ＩＳＲＥ−Ｌｕｃ（ＩＦＮβ応答性ルシフェラーゼレポーター）細胞を、組織培養物処理した９６ウェルプレート中に、１ウェル当たり１０％胎仔ウシ血清（ＦＢＳ）を含む１００μＬのＤＭＥＭ中にプレートした。抗体溶液を、ＤＭＥＭ／１０％ＦＢＳ中１μＭの最上濃度で開始する２×ストックとして調製した。１１ポイントの１０倍希釈シリーズを培地で作製した。２０×ストックのＩＦＮβ（２８ｎＭ、最終アッセイ濃度は１．４ｎＭ、ＥＣ５０であった）を、培地中で調製し、抗体滴定ストックに添加して、最終２×濃度にした。抗体：ＩＦＮβ溶液を、３７℃で２時間インキュベートし、次いで、１ウェル当たり１００μＬを添加し、プレートを３７℃で一晩培養した。３日目に、ビートルルシフェリン、カリウム塩の１５０μｇ／ｍＬ溶液を調製し、２０μＬ／ウェルを添加し、プレートを３７℃で１５分間インキュベートした。発光を、ＥｎＶｉｓｉｏｎマルチラベルプレートリーダーで読み取った。図８Ａは、２８．８±７．６ｐＭのＩＣ５０での、ＩＦＮβ誘導性ルシフェラーゼ活性のＣＴＩ−ＡＦ１用量依存的阻害を示す。
第２に、ＩＦＮβ誘導性ＳＴＡＴ１リン酸化のＣＴＩ−ＡＦ１媒介性阻害を、ｐｈｏｓｆｌｏｗによって評価した。ヒト単核球細胞株であるＵ９３７細胞を、１０％ＦＢＳおよび２ｍＭ Ｇｌｕｔａｍａｘを含むＲＰＭＩ １６４０（ｃＲＰＭＩ）中で増殖させた。抗体ストックを、４μＭの最上濃度で４×で作製し（最終最上濃度は１μＭであった）、１２ポイントの１０倍希釈シリーズを、ｃＲＰＭＩで作製した；２５μＬ／ウェルを、ｕ底９６ウェル組織培養プレート中に添加した。等容積の４×ＩＦＮβ（２００ｐＭ、最終濃度は５０ｐＭ、ＥＣ９０であった）を、抗体ストックに添加し、３７℃で２時間インキュベートした。対照ウェルは、培地単独（刺激なしのバックグラウンドｐＳＴＡＴ１発現）および５０ｐＭ ＩＦＮβのみ（最大ｐＳＴＡＴ１シグナル）を含んだ。Ｕ９３７細胞を収集し、１５００ｒｐｍ、室温で５分間遠心分離し、次いで、３７℃に温めたｃＲＰＭＩ中２×１０６／ｍＬの濃度で再懸濁した；１ウェル当たり５０μＬの細胞懸濁物を添加し、プレートを３７℃で１５分間置いた。次に、事前に温めたｃｙｔｏｆｉｘ緩衝液１００μＬを添加し、プレートを３７℃に戻して１５分間置いた。プレートを取り出し、上記のように遠心分離した。培地をプレートから除去し、細胞を２００μＬのＰＢＳ中に再懸濁して洗浄し、再度遠心分離した。培地を再度除去し、次いで、細胞を、１００μＬの透過処理緩衝液ＩＶ中に再懸濁し、室温で１５分間インキュベートした。インキュベーションの最後に、細胞を上記のように遠心分離し、洗浄した。ＰＢＳ洗浄の後、細胞を、１００μＬのＰＢＳ／５％ＦＢＳ中に再懸濁した；１ウェル当たり５μＬのＴｒｕＳｔａｉｎ ＦｃＸを添加し、プレートを４℃で１０分間インキュベートした。１ウェル当たり１０マイクロリットルのＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ ６７４（ＡＦ６４７）コンジュゲート抗ホスホＳＴＡＴ１抗体を添加し、４℃で２０分間インキュベートした。インキュベーション後、１ウェル当たり１２０μＬのＦＡＣＳ緩衝液を添加し、プレートを上記のように遠心分離した。洗浄を、２２０μＬのＦＡＣＳ緩衝液で反復し、細胞を、１２０ｕＬのＦＡＣＳ緩衝液中に再懸濁した。Ｆｏｒｔｅｓｓａサイトメーターを使用してデータを獲得し、ＦｌｏｗＪｏソフトウェアを使用して分析を実施した。ＡＦ６４７チャネルにおける幾何平均蛍光強度（Ｇｅｏ ＭＦＩ）を計算し、ｐｒｉｓｍソフトウェアを使用してＩＣ５０を計算した。ＣＴＩ−ＡＦ１は、２９．８±６．９ｐＭのＩＣ５０を有する、ヒトＩＦＮβの強力な中和剤である（図８Ｂ）。
ＣＴＩ−ＡＦ１が組換えＩＦＮβ誘導性ＭｘＡ（Ｍｘ１）遺伝子発現を中和する能力を評価するために、正常ヒト皮膚線維芽細胞（ＨＤＦ）を、Ｔ−１５０フラスコ中で線維芽細胞培養培地中にプレートした。アッセイを設定するために、細胞を、トリプシン／ＥＤＴＡ溶液を使用してフラスコから取り外し、４８ウェルプレート中にプレートし、３つのウェルを１つの実験条件当たりに割り当てた。３日目に、細胞を、１０ｎＭから０．０１６ｎＭまでの範囲のＣＴＩ−ＡＦ１の希釈物と共に２時間事前インキュベートしたまたは事前インキュベートしなかった０．１５ｐＭ ＩＦＮβでスパイクした培養培地で５時間刺激した。０．１５ｐＭ ＩＦＮβと５０ｎＭのアイソタイプ対照抗体との組み合わせを、実験のための陰性対照として使用した。５時間後、細胞を収集し、ＲＮＡを、ＲＮｅａｓｙ ｍｉｃｒｏキットを使用して単離し、ｃＤＮＡを、大容量ｃＤＮＡ逆転写キットを使用して合成した。ＴａｑｍａｎリアルタイムＰＣＲ分析を、Ｍｘ１およびＢ２Ｍに対するヒト遺伝子特異的プライマープローブを使用してＶｉｉ Ａ７システム（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）で実施した。相対的定量化（変化倍率）を、以下のように、ΔΔＣｔ法を使用して、得られたＣｔ値から計算した：各条件について、内因性対照遺伝子（Ｂ２Ｍ）のＣｔ値を、標的遺伝子（Ｍｘ１）についてのそれぞれのＣｔ値から減算した。この後、未処理のサンプルに対する標準化を行って、ΔΔＣｔ値を計算し、これを引き続いて使用して、変化倍率（２−ΔΔＣｔ）を計算した。アイソタイプ陰性対照抗体は、ＭｘＡ（Ｍｘ１）発現に対して影響を有さなかった；しかし、ＣＴＩ−ＡＦ１の存在下では、遺伝子転写の用量依存的阻害が、２９．４±２３．５ｐＭのＩＣ５０で見られた（図９）。
ＣＴＩ−ＡＦ１中和の特異性を、図８Ｂについて以前に記載したのと同じｐＳＴＡＴアッセイを使用することによって評価したが、Ｕ９３７細胞を、２０ｐＭ ＩＦＮβまたは５０ｐＭ ＩＦＮαのいずれかの最終濃度で刺激した。ＩＦＮαは、ＩＦＮＡＲシグナル伝達のあまり強力でない活性化因子であるので、異なる濃度のＩ型ＩＦＮを選択して、類似のレベルのＳＴＡＴ１リン酸化を提供した。類似の１２ポイントの１０倍希釈シリーズを、ＩＦＮα中和についての陽性対照としてシファリムマブ（ＳＩＦ）を用いて作製した。明らかなように、ＣＴＩ−ＡＦ１は、ＩＦＮβ誘導性ＳＴＡＴ１リン酸化を特異的に阻害したが、ＩＦＮαによって誘導されるリン酸化は阻害しなかった（それぞれ、図１０ＡおよびＢ）。単一の実験を、ＩＦＮω（１００ｐＭ）またはＩＦＮα１４（４ｐＭ）のいずれかを使用して実施したところ、ＣＴＩ−ＡＦ１は、ＩＦＮωまたはＩＦＮα１４誘導性のＳＴＡＴ１リン酸化に対して影響を有さなかった。
ＣＴＩ−ＡＦ１が、内因的に発現されたＩＦＮβを中和したことを確実にするために、正常ヒト皮膚線維芽細胞を、４８ウェルプレート中に播種し、３つのウェルを１つの実験条件当たりに割り当てた。３日目に、細胞を、１μｇ／ｍＬポリＩ：ＣとＣＴＩ−ＡＦ１の希釈物（用量範囲：５０ｐＭ〜１００ｎＭ）または１００ｎＭシファリムマブとの組み合わせで刺激したまたは刺激しなかった。２．５および２４時間後、細胞を収集し、ＲＮＡを、ＲＮｅａｓｙ ｍｉｃｒｏキットを使用して単離し、ｃＤＮＡを、大容量ｃＤＮＡ逆転写キットを使用して合成した。ＴａｑｍａｎリアルタイムＰＣＲおよび変化倍率計算を、上記（図９）のように実施した。ポリＩ：Ｃ刺激によって誘導されるＩＦＮβの量は未知であったが、ＭｘＡ（Ｍｘ１）発現の用量依存的阻害が、ＣＴＩ−ＡＦ１の存在下で見られた（図１１）。
（実施例４）
トランスレーショナル薬理学
皮膚筋炎（ＤＭ）におけるＩＦＮβについてのＰＫ／ＰＤ関係は、定義されていない。ＤＭに対して利用可能な適切な解釈可能な前臨床モデルは存在せず、前臨床有効濃度（Ｃｅｆｆ）は理解されていない。１型インターフェロン遺伝子シグネチャーは、薬理学モジュレーションの機構的バイオマーカーとして臨床的に使用される。１型インターフェロン遺伝子は、典型的には、ＤＭおよびＳＬＥ患者において上昇し、１型インターフェロン遺伝子シグネチャーの平均変化倍率は、抗ＩＦＮα（シファリムマブおよびロンタリズマブ）および抗ＩＦＮＡＲ（アニフロルマブ）ｍＡｂについての臨床研究において以前に使用されている。しかし、遺伝子シグネチャーモジュレーションの定量的理解は確立されておらず、経時的なｉｎ ｖｉｖｏ曝露、標的係合、下流の薬理学および効力間の関係は理解されていない。ヒト有効用量実現可能性見積もりは、ＣＴＩ−ＡＦ１が皮膚においてＩＦＮβの＞９５％を中和する能力に基づく。
ＬＣ／ＭＳ／ＭＳアッセイは、臨床的血清および組織生検中の総ＩＦＮβを測定するために使用され、ＣＴＩ−ＡＦ１の臨床的ＰＫおよびＫＤと組み合わせて、標的係合を評価および確認するために使用される。血液および皮膚中の１型ＩＦＮ遺伝子シグネチャー、ならびにＩＰ−１０（ＣＸＣＬ１０）が、機構的バイオマーカーとして評価される。ＤＭ患者における引き続く機作証明（Proof of Mechanism）（ＰｏＭ）／効力の早期シグナル（Early
Signal of Efficacy）（ＥＳｏＥ）研究において、皮膚筋炎疾患面積および重症度指数（ＣＤＡＳＩ）が、任意の関連する機構的バイオマーカーに加えて、一次エンドポイント（転帰バイオマーカー）として使用される。
薬物動態−薬力学関係およびヒト用量
ＣＴＩ−ＡＦ１についての抗体薬物曝露とＩＦＮβとの間の薬物動態学的および薬力学的（ＰＫ／ＰＤ）関係は、典型的なＩｇＧ１治療剤についての報告されたＰＫパラメーター、ＩＦＮβ−ＣＴＩ−ＡＦ１平衡結合定数、皮膚および血清中のＩＦＮβ濃度、ならびにＩＦＮβターンオーバー半減期を使用してシミュレートされてきた。
「作用部位」ＰＫ／ＰＤモデルを使用して、ＤＭ患者におけるＩＦＮβのカバレージを予測した。底値において＞９５％のＩＦＮβカバレージが、効力を達成するのに必要であるとみなした。ＣＴＩ−ＡＦ１の皮膚組織内濃度は、血清濃度の３０％であると仮定した。ＳＰＲによって決定したＩＦＮβに対するＣＴＩ−ＡＦ１の結合親和性（Ｂｉａｃｏｒｅ ＫＤ＝３６．７ｐＭ）を、ＰＫ／ＰＤモデリングに使用した。これと一致して、細胞ベースの機能的アッセイにおいて、ＣＴＩ−ＡＦ１は、ＩＦＮβ誘導性ＳＴＡＴ１リン酸化の強力な中和を示した（ＩＣ５０ ２９．８ｐＭ）。
ＤＭ患者血清中の中央値ＩＦＮβ濃度は、３ｐｇ／ｍＬであった（Ｎ＝２６）；しかし、ＤＭ患者皮膚中でのＩＦＮβ濃度は未知である。従って、このモデルでは、ＩＦＮβ皮膚：血漿比の影響を、１０および１００の比率で調査した。これは、このモデルのための高感度パラメーターであるので、これらの比率を、提唱された境界条件として使用して、標的カバー度に対する皮膚：血漿比の影響を実証した。
ＩＦＮβターンオーバーのｉｎ ｖｉｖｏ半減期を、３回のＩＶ用量を含むＩＦＮβ１ａについてのヒトＰＫデータに３−コンパートメントモデルを当てはめることによって推定した。この当てはめにより、検討した相およびコンパートメントに依存して、３分間（初期相に基づく）から１２６分間（有効半減期に基づく）までの範囲の、最適とみなされるＩＦＮβターンオーバーについての２つの異なる半減期が得られた。このモデルパラメーターにおける信頼度を増加させるために、カニクイザル血清についてのＩＦＮβアッセイを、カニクイザルにおける使用のために開発した。
ＩＦＮβ皮膚：血漿比およびＩＦＮβターンオーバー速度は、ＰＫ／ＰＤモデルのための高感度パラメーターである。従って、ヒト有効用量実現可能性評価を、ＩＦＮβ皮膚：血漿比およびＩＦＮβターンオーバー速度の両方について、上記範囲を使用して実施した。２つの期待できる臨床的ＥＳｏＥ用量レジメンについての評価例を、図１２Ａ〜Ｄ（ＩＶ Ｑ４Ｗ）および図１３Ａ〜Ｄ（ＳＣ Ｑ１Ｗ）に示す。１ｍＬ注射ペンを介して送達できるので、１５０ｍｇ／ｍＬのＣＴＩ−ＡＦ１溶解度は、２ｍｇ／ｋｇの臨床的用量を可能にする。従って、２ｍｇ／ｋｇの用量を、以下の用量実現可能性評価に使用した。
図１２Ａ〜Ｄは、２ｍｇ／ｋｇ ＩＶ Ｑ４Ｗの用量で、ＩＦＮβ皮膚：血漿比にかかわらず、ＩＦＮβについての１２６分の半減期のみが、皮膚における＞９５％のＩＦＮβカバレージを予測することを示している。ＩＦＮβの半減期を３分とした場合、皮膚における＞９５％のＩＦＮβカバレージは、２ｍｇ／ｋｇよりも高い用量を必要とすると予測される。図１３Ａ〜Ｄは、２ｍｇ／ｋｇ ＳＣ Ｑ１Ｗの用量で、ＩＦＮβ皮膚：血漿比にかかわらず、ＩＦＮβについての１２６分の半減期が、皮膚における＞９５％のＩＦＮβカバレージを予測することを示している。ＩＦＮβの半減期を３分とした場合、１００のＩＦＮβ皮膚：血漿比のみが、２ｍｇ／ｋｇで皮膚における＞９５％のＩＦＮβカバレージを生じる。対照的に、ＩＦＮβ皮膚：血漿比が１０である場合、＞９５％のカバレージを達成することは、２ｍｇ／ｋｇよりも高い用量を必要とする。
ヒトＰＫ／曝露
カニクイザルにおけるＣＴＩ−ＡＦ１の薬物動態学的プロファイルに基づいて、ヒトにおけるＣＴＩ−ＡＦ１の薬物動態は、典型的なＩｇＧ１治療剤について報告された値と類似であると予測される。２−コンパートメント薬物動態学的パラメーター値を、表９にまとめる。見積もられた有効用量レベルにおけるＣＴＩ−ＡＦ１のシミュレートされた濃度−時間プロファイルを、図１２Ａ〜Ｄおよび１３Ａ〜Ｄの上のパネルに示す。
Figure 0006799076
非臨床的薬物動態
ＣＴＩ−ＡＦ１のＩＶおよびＳＣ薬物動態は、単一用量探索毒性研究（single-dose
exploratory toxicity study）からのデータを使用して、カニクイザルにおいて評価されている。カニクイザルについての平均血清薬物動態学的パラメーター値を表１０にまとめ、ＣＴＩ−ＡＦ１の平均血清濃度を図１４に示す。
Figure 0006799076
（実施例５）
ＳＬＥおよびＤＭについての標的としてのＩＦＮβ
ＩＦＮ産生が、ＳＬＥおよび他のリウマチ性疾患、例えばＤＭに関連付けられるという証拠が増加しつつある。さらに、ＳＬＥ疾患プロセスの永続化は、Ｉ型ＩＦＮのさらなる産生および病原性悪循環に関与する可能性が高い。
ＤＭは、骨格筋および皮膚の炎症、ならびに付随して骨格筋脱力および皮膚発疹を特徴とする、まれな自己免疫疾患（米国には約２０，０００人の患者）である。ＤＭは、典型的には、自己抗体と関連し、この疾患の病理発生には、補体活性化および血管炎症を誘発し、最終的には筋束周辺萎縮（perifascicular atrophy）をもたらす、内皮自己抗原へのこれらの自己抗体の逐次的結合が関与し得る。
図１６Ａ〜Ｂに示すように、データは、皮膚筋炎疾患面積および重症度指数（cutaneous
dermatomyositis disease area and severity index）（ＣＤＡＳＩ）によって測定した、ＤＭ血液中のＩ型インターフェロン調節性遺伝子（ＩＲＧ）転写物「シグネチャー」の、皮膚発疹活性との関連を示した。高度にＩＦＮβ誘導性の遺伝子ＭｘＡ（Ｍｘ１）は、ＤＭの筋束周辺筋線維および毛細管において発現され、ＩＦＮαまたはＩＦＮωではなく血清ＩＦＮβが、他の炎症性筋疾患または正常血清とではなく、ＤＭと関連する。これらのデータは、ＤＭにおける毛細管、筋線維および皮膚への傷害が、ＩＦＮβメッセージおよびタンパク質の病原性過剰産生から生じるという観念を支持している。データは、ＣＤＡＳＩスコアとＩＦＮβタンパク質の血清レベルとの間の関連もまた実証している（図１７）。対になった皮膚生検の分析は、影響あり組織のみにおいて、ＩＦＮβ ｍＲＮＡ、およびＩＲＧシグネチャーの上方調節の両方の存在を示している（図１８Ａ〜Ｂ）。合わせると、これらのデータは、ＤＭがＩＦＮβ駆動性疾患であることを強く示唆している。
多くの組織の状況で、ＩＦＮβ産生がＩＦＮα産生に先行し得、ＩＲＧシグネチャー発現の病原性上昇を開始させ得るということを、ＤＭがほぼＩＦＮβ駆動性疾患であり得るという観念と共に考慮すると、ＤＭおよびＳＬＥは、多くの病原性特色および属性を共有すると考えられる。実際、ＤＭの皮膚病変は、ＳＬＥの皮膚病変から組織学的に識別することが不可能ではないにしても困難であり、ＤＭ皮膚病変の診断は、典型的には、増加したＣＤ４＋およびＣＸＣＲ３＋細胞型、ならびにＭｘ１の内皮発現の臨床的決定を必要とする。さらに、ＤＭおよびＳＬＥは共に、Ｂ細胞活性化ならびに自己抗体媒介性の炎症および組織破壊を特徴とする。
Figure 0006799076
Figure 0006799076
Figure 0006799076
Figure 0006799076
（実施例６）
エピトープマッピング
ＣＴＩ−ＡＦ１によって認識されるエピトープを解明するために、ＩＦＮβ配列の選択された部分をＩＦＮα配列で置き換えたハイブリッドＩＦＮβタンパク質を作製した。ＣＴＩ−ＡＦ１は、ＩＦＮαではなくＩＦＮβと特異的に中和し、従って、ＣＴＩ−ＡＦ１が所与のハイブリッドタンパク質を中和できないことは、エピトープの喪失を示す。ハイブリッドタンパク質を産生し、精製し、ＳＴＡＴ１リン酸化を誘導する能力を確認した（表１２）。
Figure 0006799076
全ての精製されたハイブリッドタンパク質は、ＳＴＡＴ１リン酸化を誘導できたが、生物学的活性には差異がなかった。各ハイブリッドタンパク質を、以下のホスホ−ＳＴＡＴ１アッセイ（ｐＳＴＡＴ１）においてＥＣ８０濃度で使用した。ヒト単核球細胞株Ｕ９３７細胞を、１０％ＦＢＳを含むＲＰＭＩ １６４０（ｃＲＰＭＩ）中で増殖させた。抗体ストックを、４〜４００μＭの最上濃度で４×で作製し（最終最上濃度は１〜１００μＭであった）、１１ポイントの１０倍希釈シリーズを、ｃＲＰＭＩで作製した；２５μｌ／ウェルを、ｕ底９６ウェル組織培養プレート中に添加した。等容積の４×ハイブリッドまたは対照ＩＦＮβを、適切なＥＣ８０濃度で抗体ストックに添加し、３７℃で２時間インキュベートした。対照ウェルは、培地単独（刺激なしのバックグラウンドｐＳＴＡＴ１発現）または抗体添加なし（最大ｐＳＴＡＴ１シグナル）を含んだ。Ｕ９３７細胞を収集し、室温で１５００ｒｐｍで５分間遠心分離し、次いで、３７℃に温めたｃＲＰＭＩ中２×１０６／ｍＬの濃度で再懸濁した；１ウェル当たり５０μｌの細胞懸濁物を添加し、プレートを３７℃で１５分間置いた。次に、事前に温めたｃｙｔｏｆｉｘ緩衝液（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、カタログ番号５５４６５５）１００μｌを添加し、プレートを３７℃に戻して１５分間置いた。プレートを取り出し、上記のように遠心分離した。培地をプレートから除去し、細胞を２００μｌのＰＢＳ中に再懸濁して洗浄し、再度遠心分離した。培地を再度除去し、細胞を、１００μｌの透過処理緩衝液ＩＶ（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）中に再懸濁し、室温で１５分間インキュベートした。インキュベーションの最後に、細胞を上記のように遠心分離し、洗浄した。ＰＢＳ洗浄の後、細胞を、１００μｌのＰＢＳ／５％ＦＢＳ（ＦＡＣＳ緩衝液）中に再懸濁した；１ウェル当たり５μｌのＴｒｕＳｔａｉｎ ＦｃＸ（ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）を添加し、プレートを４℃で１０分間インキュベートした。１ウェル当たり１０マイクロリットルのＡｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ ６７４（ＡＦ６４７）コンジュゲート抗ホスホＳＴＡＴ１ Ａｂ（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を添加し、４℃で２０分間インキュベートした。インキュベーション後、１ウェル当たり１２０μｌのＦＡＣＳ緩衝液を添加し、プレートを上記のように遠心分離した。洗浄を、２２０μｌのＦＡＣＳ緩衝液で反復し、細胞を、１２０ｕｌのＦＡＣＳ緩衝液中に再懸濁した；Ｆｏｒｔｅｓｓａサイトメーター（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を使用してデータを獲得し、ＦｌｏｗＪｏソフトウェア（ＴｒｅｅＳｔａｒ）を使用して分析を実施した。ＡＦ６４７チャネルにおける幾何平均蛍光強度（Ｇｅｏ ＭＦＩ）を計算し、ｐｒｉｓｍソフトウェアを使用してＩＣ５０を計算した。データを、抗体濃度／ＩＦＮ濃度の比率として標準化し、最大シグナルの百分率を、バックグラウンドから減算した後に決定した。
Ｕ９３７細胞を、ＣＴＩ−ＡＦ１の存在下でＩＦＮα／ＩＦＮβハイブリッドタンパク質で１５分間刺激し、その後、リン酸化されたＳＴＡＴ１の存在を、細胞内フローサイトメトリーによって評価した。ＣＴＩ−ＡＦ１は、ＣＩＤ１２８０依存的ＳＴＡＴ１リン酸化を阻害せず、ＣＩＤ１２８１誘導性ＳＴＡＴ１リン酸化中和に対する効能は、大きく低減された。ＣＴＩ−ＡＦ１は、ヒトＩＦＮβと比較して等しい効能で、全ての他のハイブリッドＩＦＮタンパク質のＳＴＡＴ１リン酸化を中和した。図１９および表１３を参照のこと。これらのデータを組み合わせると、ＣＴＩ−ＡＦ１によって認識されるエピトープ残基が、ＩＦＮα配列置換がそれぞれアミノ酸８５〜８９および９０〜１００にわたる構築物ＣＩＤ１２８０およびＣＩＤ１２８１内に含まれることが示される（表１２を参照のこと）。
Figure 0006799076
（実施例７）
抗ＩＦＮβ抗体の結晶構造
カニクイザルＩＦＮβとＣＴＩ−ＡＦ１ Ｆａｂとの間の複合体の共結晶を、沈殿剤として以下の溶液を使用して成長させた：１９％ＰＥＧ ３３５０、２５０ｍＭクエン酸ナトリウム、１００ｍＭビス−トリスプロパンｐＨ８．５。結晶は、空間群Ｐ２１（単位格子パラメーターａ＝４９．５８Å；ｂ＝９１．７６Å；ｃ＝１６２．５２Å；ｂ＝９４．８６°）に属し、結晶非対称単位１つ当たり２コピーの複合体を含む。構造は、分子置換法を使用して３．２Åの解像度で決定されており、ａｕｔｏＢＵＳＴＥＲを使用して精緻化を実施した。
ＣＴＩ−ＡＦ１ Ｆａｂは、ＣＴＩ−ＡＦ１の結合エピトープを規定する２つのα−ヘリックス、ＡおよびＣによって形成される側で、ＩＦＮβに結合する（表１４）。
Figure 0006799076
ＣＴＩ−ＡＦ１から３．８Å以内にある全てのアミノ酸を、「潜在的」エピトープ残基として選択した。「一次」エピトープ残基は、ＣＴＩ−ＡＦ１−ＩＦＮβ界面において高度埋没残基として特徴付けられ、この位置において任意の他のアミノ酸置換に対してゼロ〜低い配列寛容として特徴付けられる。「二次」エピトープ残基は、界面において中間埋没表面積を有し、これらの位置においてアミノ酸置換に対する中間の配列寛容を有する残基として特徴付けられる。「任意選択の」エピトープ残基は、界面において低埋没表面積を有し、これらの位置においてアミノ酸置換に対する高い配列寛容を有する残基として特徴付けられる。
結合パラトープは、５つのＣＤＲ−可変領域：ＣＤＲ−Ｈ１、−Ｈ２、−Ｈ３およびＣＤＲ−Ｌ１、−Ｌ３によって構成される（表１５）。結合界面下に埋没した総表面積は、１，９２０Å２である。ＣＴＩ−ＡＦ１−ＩＦＮβ結合様式の分析により、ＣＴＩ−ＡＦ１の中和効果が、ＩＦＮＡＲ１結合部位に対する直接的遮断を介して達成されることが明らかである。
Figure 0006799076
ＩＦＮβから３．８Å以内にある全てのアミノ酸を、「潜在的」結合パラトープとして選択した。「一次」パラトープ残基は、ＣＴＩ−ＡＦ１−ＩＦＮβ界面において高度埋没残基として特徴付けられ、この位置において任意の他のアミノ酸置換に対して低い配列寛容として特徴付けられる。「二次」パラトープ残基は、界面においてより低い埋没表面積を有し、これらの位置においてアミノ酸置換に対してより高い配列寛容を有する残基として特徴付けられる。
表１６は、エピトープ−パラトープ相互作用対をまとめる。表１７は、ＢＳＡに基づくエピトープおよびパラトープ分析をまとめる。
Figure 0006799076
Figure 0006799076
（実施例８）
Ｉ型インターフェロン発現プロファイル
この実施例では、本発明者らは、ｔｏｌｌ様受容体リガンド刺激に応答する、４つの疾患関連細胞株のＩ型ＩＦＮ発現プロファイルを研究した。４つの型の細胞を使用し：ＰＢＭＣ、皮膚線維芽細胞細胞株、筋肉細胞株および腎臓細胞株、これらを、抗ＩＦＮβ抗体の存在下および非存在下で、ＴＬＲ３、ＴＬＲ４、ＴＬＲ７／８およびＴＬＲ９アゴニストで刺激した。
異なる初代ヒト細胞型におけるＩ型ＩＦＮおよびＭｘ１の遺伝子発現レベルを、定量的ＰＣＲを使用して測定した。初代細胞を、以下のように適切な培地中で培養した：ＦＧＭ−２ ｂｕｌｌｅｔｋｉｔ培地中で正常ヒト皮膚線維芽細胞、ＭｓＧＭ ｂｕｌｌｅｔｋｉｔ培地中正常ヒトメサンギウム、およびＭｙｏｔｏｎｉｃ増殖培地中で初代ヒト骨格筋由来細胞。末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を、Ｆｉｃｏｌｌ−Ｐａｑｕｅ Ｐｌｕｓでの遠心分離によって単離した。単核細胞を、１０％ＦＢＳおよびペニシリン−ストレプトマイシンを補充したＲＰＭＩ１６４０中で培養した。Ｉ型ＩＦＮ遺伝子発現を測定するために、細胞を播種し、次いで、適切なＴＬＲリガンドで１、２．５、５、８および２４時間刺激した。培養後、細胞を収集し、ＲＮＡを単離し、ｃＤＮＡを合成した。以下の遺伝子の発現を、Ｔａｑｍａｎ ＰＣＲによって評価した：ＩＦＮβ、Ｍｘ１、ＩＦＮα１、ＩＦＮα２、ＩＦＮα４、ＩＦＮα５、ＩＦＮα６、ＩＦＮα７、ＩＦＮα８、ＩＦＮα１４、ＩＦＮα１６、ＩＦＮα１７およびＢ２ｍ。ＴａｑｍａｎリアルタイムＰＣＲおよび変化倍率計算を、上記（図９）のように実施した。
表１８Ａは、ＩＦＮβが、Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）リガンド刺激の際に種々の組織常在性初代ヒト細胞型によって産生される優勢なＩ型ＩＦＮであることを示している。正常ヒトドナー由来の皮膚線維芽細胞、骨格筋細胞、糸球体メサンギウム細胞およびＰＢＭＣを、時間および用量依存的様式で、ポリＩ：Ｃ（ＴＬＲ３リガンド）、ＬＰＳ（ＴＬＲ４リガンド）、Ｒ８４８（ＴＬＲ７／８リガンド）およびＯＤＮ２２１６（ＴＬＲ９リガンド）で刺激した。ＩＦＮβ、Ｍｘ１、ＩＦＮα（１、２、４、５、６、７、８、１４、１６および１７）の相対的発現レベルを、対照としてＢ２Ｍを使用して定量的ＰＣＲを介して測定した。各遺伝子の相対的発現は、強い（＋）、弱い（＋／−）または発現なし（−）として示す。
ＣＴＩ−ＡＦ１は、ＴＬＲリガンド（ポリＩ：Ｃ、ＬＰＳ、Ｒ８４８またはＯＤＮ２２１６）で刺激した初代ヒト細胞から内因的に産生されるＩＦＮβの強力な中和剤であることが示された。細胞を、滴定量のＣＴＩ−ＡＦ１の非存在下または存在下で、種々のＴＬＲリガンドで刺激した。Ｍｘ１の発現を、６時間後に測定したＬＰＳで刺激したＰＢＭＣを除き、刺激の２４時間後に測定した。ＲＮＡ単離、ｃＤＮＡ合成および定量的ＰＣＲを、上記（図９）のように実施した。ＴＬＲ刺激の際に任意の細胞型によって誘導されるＩＦＮβの量は未知であったが、Ｍｘ１発現の用量依存的阻害が、ＣＴＩ−ＡＦ１の存在下で見られた。
表１８Ｂは、ＣＴＩ−ＡＦ１が、ポリＩ：ＣおよびＬＰＳ刺激後に初代ヒト細胞によって分泌される内因性ＩＦＮβの強力な阻害剤であることを示している。細胞を、示されたＴＬＲリガンドで刺激し、定量的ＰＣＲを実施して、対照としてＢ２Ｍを使用してＭｘ１発現のレベルを決定した。ＣＴＩ−ＡＦ１によるＭｘ１遺伝子発現の用量依存的阻害は、「＋」によって示し、ＣＴＩ−ＡＦ１依存的Ｍｘ１発現阻害の非存在は、「−」によって示す。Ｉ型ＩＦＮ発現が、ＣＴＩ−ＡＦ１によって潜在的に中和され得るＭｘ１発現における任意の有意義な増加を駆動するのに不十分であった条件は、ＮＡとして示す。
Figure 0006799076
Figure 0006799076
Figure 0006799076
上記個々のセクションにおいて言及される本発明の種々の特色および実施形態は、必要に応じて、変更すべきところは変更して、他のセクションに適用される。結果として、１つのセクションで特定された特色は、必要に応じて、他のセクションで特定された特色と組み合わされ得る。特許、特許出願、論文、教科書、および引用された配列アクセッション番号、ならびにそれらの中で引用された参考文献を含む、本明細書で引用された全ての参考文献は、それらの全体が参照によって本明細書に組み込まれる。定義された用語、用語の用法、記載された技術などが含まれるがこれらに限定されない、組み込まれた文献および類似の資料のうち１つまたは複数が本出願とは異なるまたは本出願と矛盾する場合には、本出願が支配する。
ＡＴＣＣ ＰＴＡ−１２２７２７
ＡＴＣＣ ＰＴＡ−１２２７２６

Claims (11)

  1. ヒトＩＦＮβと特異的に結合する単離された抗体またはその抗原結合性断片であって、ヒトＩＦＮαに対する前記抗体の結合親和性（Ｋ Ｄ ）値の１０００分の１以下のＫ Ｄ 値でヒトインターフェロンβ（ＩＦＮβ）と特異的に結合し、該抗体またはその抗原結合性断片が、
    （ｉ）
    （ａ）配列番号３７のアミノ酸配列を含むＶＨ相補性決定領域１（ＣＤＲ−Ｈ１）、
    （ｂ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＶＨ ＣＤＲ−Ｈ２；および
    （ｃ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＶＨ ＣＤＲ−Ｈ３
    を含む重鎖可変領域（ＶＨ）；ならびに
    （ｉｉ）
    （ａ）配列番号３４のアミノ酸配列を含むＶＬ相補性決定領域１（ＣＤＲ−Ｌ１）、
    （ｂ）配列番号３５のアミノ酸配列を含むＶＬ ＣＤＲ−Ｌ２；および
    （ｃ）配列番号３６のアミノ酸配列を含むＶＬ ＣＤＲ−Ｌ３
    を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）
    を含む、単離された抗体またはその抗原結合性断片。
  2. ヒトＩＦＮβと特異的に結合する単離された抗体またはその抗原結合性断片であって、（ａ）配列番号２８のＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２およびＣＤＲ−Ｈ３配列、ならびに（ｂ）
    ｉ）配列番号２のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
    ｉｉ）配列番号３のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
    ｉｉｉ）配列番号４のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
    ｉｖ）配列番号５のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
    ｖ）配列番号６のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
    ｖｉ）配列番号７のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
    ｖｉｉ）配列番号８のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
    ｖｉｉｉ）配列番号９のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
    ｉｘ）配列番号１０のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
    ｘ）配列番号１１のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
    ｘｉ）配列番号１２のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
    ｘｉｉ）配列番号１３のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
    ｘｉｉｉ）配列番号１４のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
    ｘｉｖ）配列番号１５のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
    ｘｖ）配列番号１６のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
    ｘｖｉ）配列番号１７のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
    ｘｖｉｉ）配列番号１８のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
    ｘｖｉｉｉ）配列番号１９のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
    ｘｉｘ）配列番号２０のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
    ｘｘ）配列番号２１のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
    ｘｘｉ）配列番号２２のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
    ｘｘｉｉ）配列番号２３のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
    ｘｘｉｉｉ）配列番号２４のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
    ｘｘｉｖ）配列番号２５のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；
    ｘｘｖ）配列番号２６のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列；または
    ｘｘｖｉ）配列番号２７のＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３配列
    を含む、単離された抗体またはその抗原結合性断片。
  3. ａ．ＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴＡ−１２２７２７を有するプラスミド中のＤＮＡ挿入物；または
    ｂ．配列番号１６６の配列を含む核酸；
    によってコードされるＶＨ配列を含み、
    ａ．ＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴＡ−１２２７２６を有するプラスミド中のＤＮＡ挿入物；または
    ｂ．配列番号１６７の配列を含む核酸
    によってコードされるＶＬ配列をさらに含む、
    請求項１に記載の抗体またはその抗原結合性断片。
  4. ヒトＩＦＮβと特異的に結合する単離された抗体またはその抗原結合性断片であって、
    （ｉ）
    （ａ）配列番号３７のアミノ酸配列を含むＶＨ相補性決定領域１（ＣＤＲ−Ｈ１）、
    （ｂ）配列番号３８のアミノ酸配列を含むＶＨ ＣＤＲ−Ｈ２；および
    （ｃ）配列番号３９のアミノ酸配列を含むＶＨ ＣＤＲ−Ｈ３
    を含む重鎖可変領域（ＶＨ）；ならびに
    （ｉｉ）
    （ａ）配列番号３４のアミノ酸配列を含むＶＬ相補性決定領域１（ＣＤＲ−Ｌ１）、
    （ｂ）配列番号３５のアミノ酸配列を含むＶＬ ＣＤＲ−Ｌ２；および
    （ｃ）配列番号３６のアミノ酸配列を含むＶＬ ＣＤＲ−Ｌ３
    を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）
    を含む、単離された抗体またはその抗原結合性断片。
  5. ヒトＩＦＮβと特異的に結合する単離された抗体またはその抗原結合性断片であって、配列番号２８のアミノ酸配列を含むＶＨを含み、かつ配列番号１のアミノ酸配列を含むＶＬを含む、抗体またはその抗原結合性断片。
  6. ヒトＩＦＮβと特異的に結合する単離された抗体またはその抗原結合性断片であって、配列番号３３のアミノ酸配列を含む重鎖を含み、かつ配列番号３２のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む、抗体またはその抗原結合性断片。
  7. 請求項４に記載の抗体であって、ヒトＩＦＮαに対する前記抗体の結合親和性（Ｋ Ｄ ）値の１０００分の１以下のＫ Ｄ 値でヒトインターフェロンβ（ＩＦＮβ）と特異的に結合する抗体。
  8. ヒトＩＦＮβ中のエピトープと特異的に結合する、請求項１に記載の単離された抗体またはその抗原結合性断片であって、前記エピトープが、配列番号４１のナンバリングに従って、アミノ酸残基８５〜１００由来の１つまたは複数の残基を含む、抗体またはその抗原結合性断片。
  9. ヒトＩＦＮβと特異的に結合する単離された抗体またはその抗原結合性断片であって、ＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴＡ−１２２７２７を有するプラスミド中のＤＮＡ挿入物によってコードされるＶＨ配列を含み、かつ、ＡＴＣＣに寄託され、ＡＴＣＣアクセッション番号ＰＴＡ−１２２７２６を有するプラスミド中のＤＮＡ挿入物によってコードされるＶＬ配列を含む、抗体またはその抗原結合性断片。
  10. ヒトＩＦＮβと特異的に結合する単離された抗体またはその抗原結合性断片であって、配列番号１６６の配列を含む核酸によってコードされるＶＨ配列を含み、かつ、配列番号１６７の配列を含む核酸によってコードされるＶＬ配列を含む、抗体またはその抗原結合性断片。
  11. 請求項１から１０のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合性断片ならびに薬学的に許容できる賦形剤を含む医薬組成物。
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