JP6787398B2 - 一本鎖核酸分子用モノマーの製造方法 - Google Patents

一本鎖核酸分子用モノマーの製造方法 Download PDF

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Description

本発明は、標的遺伝子の発現を抑制可能な一本鎖核酸分子の製造に用いるモノマーの製造方法に関する。
ＵＳ２０１２／００３５２４６には標的遺伝子の発現を抑制可能な一本鎖核酸分子の製造方法が記載されており、その製造に使用するモノマーとして、実施例Ａ３には式（３）
Figure 0006787398
で示される化合物（以下、化合物（３）と記す）及びその鏡像異性体の製造が記載されている。
しかし、ＵＳ２０１２／００３５２４６に記載の方法で得られる化合物（３）を使用した場合の一本鎖核酸分子の収量は必ずしも充分なものではなかった。
本発明は、高い収量で一本鎖核酸分子を製造することのできる化合物（３）の製造方法を提供する。
本発明は以下の通りである。
〔１〕 式（１）
Figure 0006787398
で示される化合物（以下、化合物（１）と記す）又はその鏡像異性体を溶媒中、１−ヒドロキシベンゾトリアゾール、１−ヒドロキシ−７−アザベンゾトリアゾール、Ｎ−ヒドロキシコハク酸イミド、エチル（ヒドロキシイミノ）シアノアセタート、炭酸Ｎ，Ｎ’−ジスクシンイミジル、Ｎ−ヒドロキシフタルイミド、Ｎ−ヒドロキシピペリジン、３−ヒドロキシ−４−オキソ−３，４−ジヒドロ−１，２，３−ベンゾトリアジン及びＮ−ヒドロキシ−５−ノルボルネン−２，３−ジカルボン酸イミドからなる群より選ばれる添加剤並びに縮合剤の存在下、６−ヒドロキシヘキサン酸と反応させた後、得られた反応混合物と、水と、アルカリ金属水酸化物、アルカリ金属炭酸塩、二環式アミジン化合物、アルカリ金属アルコキシド及び第４級アンモニウム水酸化物からなる群より選ばれる塩基とを混合して式（２）
Figure 0006787398
で示される化合物（以下、化合物（２）と記す）又はその鏡像異性体を製造する工程及び
前記工程で得られた式（２）で示される化合物又はその鏡像異性体と２−シアノエチル−Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−テトライソプロピルホスホロジアミダイトとを、カップリングアクチベーターの存在下、溶媒中で反応させて、化合物（３）又はその鏡像異性体を得る工程
を含む化合物（３）又はその鏡像異性体の製造方法。
〔２〕 塩基がアルカリ金属水酸化物である、〔１〕に記載の製造方法。
〔３〕 縮合剤が１−エチル−３−（３−ジメチルアミノプロピル）カルボジイミド塩酸塩、１−エチル−３−（３−ジメチルアミノプロピル）カルボジイミド、Ｎ，Ｎ’−ジシクロヘキシルカルボジイミド、Ｎ，Ｎ’−ジイソプロピルカルボジイミド、１，１−カルボニルジイミダゾール、１−プロピルホスホン酸無水物環状三量体又は２−クロロ−４，６−ジメトキシ−１，３，５−トリアジンである〔１〕又は〔２〕に記載の製造方法。
〔４〕 添加剤が１−ヒドロキシベンゾトリアゾール、１−ヒドロキシ−７−アザベンゾトリアゾール、Ｎ−ヒドロキシコハク酸イミド、エチル（ヒドロキシイミノ）シアノアセタート又は炭酸Ｎ，Ｎ’−ジスクシンイミジルである〔１〕〜〔３〕のいずれかに記載の製造方法。
〔５〕 カップリングアクチベーターがジイソプロピルアミンテトラゾール塩、１Ｈ−テトラゾール、５−（エチルチオ）−１Ｈ−テトラゾール、５−（ベンジルチオ）−１Ｈ−テトラゾール又は４，５−ジシアノイミダゾールである〔１〕〜〔４〕のいずれかに記載の製造方法。
本発明の製造方法に用いられる化合物（１）は、ＵＳ２０１２／００３５２４６に記載の方法により得ることができる。より具体的には、後述の参考例４により得ることができる。
化合物（１）を溶媒中、１−ヒドロキシベンゾトリアゾール、１−ヒドロキシ−７−アザベンゾトリアゾール、Ｎ−ヒドロキシコハク酸イミド、エチル（ヒドロキシイミノ）シアノアセタート、炭酸Ｎ，Ｎ’−ジスクシンイミジル、Ｎ−ヒドロキシフタルイミド、Ｎ−ヒドロキシピペリジン、３−ヒドロキシ−４−オキソ−３，４−ジヒドロ−１，２，３−ベンゾトリアジン及びＮ−ヒドロキシ−５−ノルボルネン−２，３−ジカルボン酸イミドからなる群より選ばれる添加剤並びに縮合剤の存在下、６−ヒドロキシヘキサン酸と反応させた後、得られた反応混合物と、水と、アルカリ金属水酸化物、アルカリ金属炭酸塩、二環式アミジン化合物、アルカリ金属アルコキシド及び第４級アンモニウム水酸化物からなる群より選ばれる塩基とを混合して化合物（２）を製造する工程について記載する。
溶媒としては、脱水縮合反応に不活性な溶媒、例えば、ジクロロメタン、クロロホルム等のハロゲン化炭化水素類、トルエン、キシレン等の芳香族炭化水素類、テトラヒドロフラン、２−メチルテトラヒドロフラン、メチルｔｅｒｔ−ブチルエーテル、シクロペンチルメチルエーテル、１，４−ジオキサン、ジエチルエーテル等のエーテル類、アセトン、２−ブタノン、メチルイソブチルケトン等のケトン類、酢酸メチル、酢酸エチル等のエステル類、ジメチルホルムアミド、ジメチルアセトアミド、Ｎ−メチルピロリドン等のアミド類、１，３−ジメチル−２−イミダゾリジノン、Ｎ，Ｎ’−ジメチルプロピレン尿素等のウレア類、アセトニトリル、プロピオニトリル等のニトリル類、及びジメチルスルホキシド、スルホラン等の含硫黄化合物類が挙げられる。溶媒の使用量は、一般に化合物（１）の０．５〜１００重量倍である。
縮合剤としては、１−エチル−３−（３−ジメチルアミノプロピル）カルボジイミド塩酸塩、１−エチル−３−（３−ジメチルアミノプロピル）カルボジイミド、Ｎ，Ｎ’−ジシクロヘキシルカルボジイミド、Ｎ，Ｎ’−ジイソプロピルカルボジイミド、１，１−カルボニルジイミダゾール、１−プロピルホスホン酸無水物環状三量体又は２−クロロ−４，６−ジメトキシ−１，３，５−トリアジン等の脱水縮合反応に用いられる縮合剤が挙げられる。
反応には、化合物（１）１モルに対して、添加剤が一般に０．１モル〜２０モルの割合、縮合剤が一般に１モル〜１０モルの割合で使用される。
反応には３級アミンを添加してもよい。３級アミンとしては、例えばトリエチルアミン及びジイソプロピルエチルアミンが挙げられる。３級アミンの添加量は、化合物（１）１モルに対して一般に０．１〜３０モルの割合である。
反応温度は、沸点が７０℃以上の溶媒を用いる際は、通常１０℃〜７０℃の範囲内であり、沸点が７０℃未満の溶媒を用いる際は、通常１０℃〜溶媒の還流温度の範囲内である。
反応時間は通常、０．５時間〜１５０時間である。
反応後、水及び塩基と混合するに際し、通常、溶媒を留去して濃縮する。また、溶媒を留去して得た残渣に他の溶媒を加えた後、水及び塩基と混合してもよい。
エーテル類、アミド類、ウレア類又はニトリル類を溶媒として用いる場合は、得られた反応混合物をそのまま又は溶媒を留去することにより濃縮して、水並びにアルカリ金属水酸化物、アルカリ金属炭酸塩、二環式アミジン化合物、アルカリ金属アルコキシド及び第４級アンモニウム水酸化物からなる群より選ばれる塩基と混合する。また、ハロゲン化炭化水素類、芳香族炭化水素類、エステル類、ケトン類又は含硫黄化合物類を溶媒として用いる場合は、得られた反応混合物の溶媒を留去することにより濃縮した残渣をエーテル類、アミド類、ウレア類又はニトリル類で希釈した後、水並びにアルカリ金属水酸化物、アルカリ金属炭酸塩、二環式アミジン化合物、アルカリ金属アルコキシド及び第４級アンモニウム水酸化物からなる群より選ばれる塩基と混合する。
アルカリ金属水酸化物としては、例えば水酸化リチウム、水酸化ナトリウム及び水酸化カリウムが挙げられる。
アルカリ金属炭酸塩としては、例えば炭酸ナトリウム、炭酸カリウム及び炭酸セシウムが挙げられる。
二環式アミジン化合物としては、例えばジアザビシウクロウンデセン、ジアザビシクロノネンが挙げられる
アルカリ金属アルコキシドとしては、例えばナトリウムメトキシド及びカリウムｔｅｒｔ−ブトキシドが挙げられる。
第４級アンモニウム水酸化物としては、例えば水酸化ベンジルトリメチルアンモニウム、水酸化トリエチルメチルアンモニウム及び水酸化トリブチルメチルアンモニウムが挙げられる。
塩基の使用量は、化合物（１）１モルに対して一般に０．１モル〜１０モルの割合である。
水の使用量は、一般に化合物（１）の０．１〜１０重量倍である。
化合物（１）、水及び塩基の混合順序は限定されず、塩基と水とを混合した後、化合物（１）と混合してもよい。
混合物は通常、０．５〜１５０時間保持される。
沸点が７０℃以上の溶媒を用いる場合は、通常１０℃〜７０℃の範囲内に混合物が保持され、沸点が７０℃未満の溶媒を用いる場合は、通常１０℃〜溶媒の還流温度の範囲内で混合物が保持される。
その後、有機溶媒で抽出し、濃縮することにより、化合物（２）を単離することができる。
次に、得られた化合物（２）と２−シアノエチル−Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−テトライソプロピルホスホロジアミダイトとを、カップリングアクチベーターの存在下、不活性な溶媒中で反応させて化合物（３）を得る工程について記載する。
溶媒としては、例えば、ジクロロメタン、クロロホルム等のハロゲン化炭化水素類、トルエン、キシレン等の芳香族炭化水素類、テトラヒドロフラン、２−メチルテトラヒドロフラン、メチルｔｅｒｔ−ブチルエーテル、シクロペンチルメチルエーテル、１，４−ジオキサン、ジエチルエーテル等のエーテル類、アセトン、２−ブタノン、メチルイソブチルケトン等のケトン類、酢酸メチル、酢酸エチル等のエステル類、ジメチルホルムアミド、ジメチルアセトアミド、Ｎ−メチルピロリドン等のアミド類、１，３−ジメチル−２−イミダゾリジノン、Ｎ，Ｎ’−ジメチルプロピレン尿素等のウレア類、アセトニトリル、プロピオニトリル等のニトリル類、及びジメチルスルホキシド、スルホラン等の含硫黄化合物類が挙げられる。溶媒の使用量は、一般に化合物（２）の０．５〜１００重量倍である。
カップリングアクチベーターとは、ホスホロアミダイト法によるオリゴヌクレオチド合成に用いられるカップリングアクチベーターを意味し、例えばTetrahedron, 69, 2013, 3615-3637に記載がある。カップリングアクチベーターの具体例は以下の（ｉ）、（ｉｉ）及び（ｉｉｉ）である。
（ｉ）アゾールカップリングアクチベーター
１Ｈ−テトラゾール；
５−（４−ニトロフェニル）−１Ｈ−テトラゾール、５−（ビス−３，５−トリフルオロメチルフェニル）−１Ｈ−テトラゾール、５−エチルチオ−１Ｈ−テトラゾール、５−ベンジルチオ−１Ｈ−テトラゾール、５−メチルチオ−１Ｈ−テトラゾール、５−メルカプト−１Ｈ−テトラゾール等の修飾テトラゾールカップリングアクチベーター；
４，５−ジシアノイミダゾール、２−ブロモ−４，５−ジシアノイミダゾール、２−ベンジル−４，５−ジシアノイミダゾール、２−ブロモ−４，５−ジエチル−カルボキシルイミダゾール等のイミダゾールカップリングアクチベーター；
１−ヒドロキシ−ベンゾトリアゾール、６−トリフルオロメチル−１−ヒドロキシ−ベンゾトリアゾール、４−ニトロ−１−ヒドロキシ−ベンゾトリアゾール等の１−ヒドロキシベンゾトリアゾールカップリングアクチベーター；
３−ニトロトリアゾール等の３−ニトロトリアゾールカップリングアクチベーター；
（ｉｉ）塩錯体カップリングアクチベーター
ピリジン塩酸塩、トリフルオロ酢酸ピリジン塩等のピリジニウム塩錯体カップリングアクチベーター；
ベンズイミダゾールトリフルオロ酢酸塩、Ｎ−フェニルイミダゾールトリフルオロ酢酸塩等のアゾリウム塩錯体カップリングアクチベーター；
サッカリン−１−メチルイミダゾール塩等のサッカリン塩錯体カップリングアクチベーター；
ジアルキル（シアノメチル）アンモニウムテトラフルオロボレート、ジイソプロピルアミンテトラゾール塩等のアンモニウム塩錯体カップリングアクチベーター；
（ｉｉｉ）ホスホロアミダイト法によるオリゴ核酸合成に用いられるその他のカップリングアクチベーター
トリクロロ酢酸、トリフルオロ酢酸、ジクロロ酢酸、２，４−ジニトロ安息香酸等のカルボン酸カップリングアクチベーター；
塩化鉄（ＩＩＩ）、塩化アルミニウム（ＩＩＩ）、三フッ化ホウ素ジエチルエーテル錯体、塩化ジルコニウム（ＩＶ）、塩化ビスマス（ＩＩＩ）等のルイス酸カップリングアクチベーター；
トリメチルクロロシラン；
２，４−ジニトロフェノール；
反応には、化合物（２）１モルに対して２−シアノエチル−Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−テトライソプロピルホスホロジアミダイトが一般に１モル〜１０モルの割合、カップリングアクチベーターが一般に０．１モル〜１０モルの割合で使用される。
反応温度は沸点が７０℃以上の溶媒を用いる際は、通常１０℃〜７０℃の範囲内であり、沸点が７０℃未満の溶媒を用いる際は、通常１０℃〜溶媒の還流温度の範囲内である。反応時間は通常０．５時間〜１５０時間である。
反応終了後は、飽和重曹水等で洗浄した後、有機層を濃縮することにより、化合物（３）を単離することができる。
また、得られた化合物（３）は、クロマトグラフィー等により精製することができる。
一本鎖核酸分子は、ホスホロアミダイト法に基づき、化合物（３）を用いて製造することができる。
上記の化合物（３）の製造方法は化合物（３）の鏡像異性体に適用することができる。原料となる化合物（１）の鏡像異性体は化合物（１）と同様に市販の原料より容易に調製することができる。ＵＳ２０１２／００３５２４６に記載されているように、化合物（３）の鏡像異性体もまた有用である。
実施例１
化合物（１）１６．９４ｍｍｏｌ（８．２８ｇ）、１−エチル−３−（３−ジメチルアミノプロピル）カルボジイミド塩酸塩２０．３３ｍｍｏｌ（３．９０ｇ）、１−ヒドロキシベンゾトリアゾール４０．６２ｍｍｏｌ（６．２２ｇ）、トリエチルアミン６１．００ｍｍｏｌ（８．５０ｍｌ）及び無水ジクロロメタン（１６０ｍＬ）を混合した。この混合液に、さらに、窒素雰囲気下室温で６−ヒドロキシヘキサン酸２０．０ｍｍｏｌ（２．６４ｇ）を加え、その後、窒素雰囲気下室温で３時間撹拌した。得られた混合液をジクロロメタン８００ｍＬで希釈し、飽和食塩水１０００ｍＬで３回洗浄した。得られた有機層を硫酸ナトリウムで乾燥した後、溶媒を減圧下で留去して１０．４０ｇの残渣を得た。
得られた残渣５．２０ｇ、テトラヒドロフラン１０．４ｍＬ及び水５．２ｍｌを混合し、そこに水酸化リチウム一水和物１７．２５ｍｍｏｌ（０．７２ｇ）を加え、４０℃〜５０℃で６時間撹拌した。得られた混合物を室温まで放冷した後、トルエン２６ｍＬ及び水５２ｍＬを加え、室温で１５分撹拌した。分取した有機層を重曹水（炭酸水素ナトリウム２．７６ｇと水５２ｍＬとを混合）で２回洗浄し、減圧下で溶媒を留去した。残渣をアセトニトリル３１．２ｍＬに溶解した後、減圧下で溶媒を留去して化合物（２）を得た（純度９３％、収率８５％）。
得られた化合物（２）７．１３ｍｍｏｌ（４．３０ｇ）を無水アセトニトリルと混合し、室温で３回共沸脱水を行った。得られた残渣にジイソプロピルアミンテトラゾール塩８．５３ｍｍｏｌ（１．４６ｇ）を加え、減圧下で脱気した後窒素ガスを充填した。得られた混合物に無水アセトニトリル５ｍＬを加え、さらに、２−シアノエチル−Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−テトライソプロピルホスホロジアミダイト８．５６ｍｍｏｌ（２．５８ｇ）の無水アセトニトリル溶液３．５ｍＬを加えた。この混合物を、窒素雰囲気下室温で２時間撹拌した。得られた混合物をジクロロメタン５０ｍＬで希釈し、飽和重曹水１００ｍＬで洗浄を３回行った後、飽和食塩水１００ｍＬで洗浄した。得られた有機層を硫酸ナトリウムで乾燥した後、溶媒を減圧下で留去した。得られた残渣を、充填剤としてアミノシリカゲルを用いたカラムクロマトグラフィー（展開溶媒 ヘキサン：酢酸エチル＝１：３、０．０５％ピリジン含有）に供し、化合物（３）を得た（収率８２．４％）。
実施例２
参考例４に記載の方法で得られた化合物（１）６．００ｇ及びクロロホルム１２０ｍＬの混合物に、１−エチル−３−（３−ジメチルアミノプロピル）カルボジイミド塩酸塩２．８３ｇ、１−ヒドロキシベンゾトリアゾール４．５１ｇ及びトリエチルアミン４．４７ｇを加えた。得られた混合物に６−ヒドロキシヘキサン酸１．９５ｇを加え、窒素雰囲気下、室温で３時間撹拌した。得られた混合物をクロロホルムで希釈し、５％塩化ナトリウム水溶液で洗浄を３回行った。有機層の溶媒を減圧下で留去した。この残渣にテトラヒドロフラン１５ｍＬを加えた後、水酸化リチウム０．５９ｇと水７．４ｍＬとの混合物を加えた。得られた混合物を室温で２２時間撹拌した後、トルエンを加え、水で洗浄して得られた有機層を、５％炭酸水素ナトリウム水溶液で洗浄を３回行った後、溶媒を減圧下で留去した。残渣をアセトニトリルと混合し、再び減圧下で溶媒を留去することにより、化合物（２）を２５．８０ｇ得た。
得られた化合物（２）２０．６４ｇにアセトニトリル３０ｍＬを加えた後、ジイソプロピルアミンテトラゾール塩２．０２ｇ及び２−シアノエチル−Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−テトライソプロピルホスホロジアミダイト３．５５ｇを加え、窒素雰囲気下、室温で１時間撹拌した。反応終了後、得られた混合物をトルエンで希釈し、５％炭酸水素ナトリウム水溶液で洗浄を３回行った。得られた有機層を硫酸マグネシウムで乾燥した後、溶媒を減圧下で留去した。得られた残渣の一部をトリエチルアミンで処理したシリカゲルを用いてカラムクロマトグラフィー（展開溶媒 ヘプタン：酢酸エチル＝５０：５０）を行い、化合物（３）を得た。
実施例３
化合物（１）２０．００ｇ及びクロロホルム２００ｍＬの混合物に、１−エチル−３−（３−ジメチルアミノプロピル）カルボジイミド塩酸塩９．４２ｇ、１−ヒドロキシベンゾトリアゾール１５．０４ｇ及びトリエチルアミン１４．９１ｇを加えた。得られた混合物に６−ヒドロキシヘキサン酸６．４９ｇを加え、窒素雰囲気下室温で３時間撹拌した。得られた混合物をクロロホルムで希釈し、５％塩化ナトリウム水溶液で洗浄を３回行った。有機層の溶媒を減圧下で留去し、残渣２９．８７ｇを得た。残渣４．９８ｇにアセトニトリル１０ｍＬを加えた後、水酸化ナトリウム０．５５ｇと水５．０ｍＬとの混合物を加えた。得られた混合物を３０℃で１８時間撹拌した後、トルエンを加え、水で洗浄して得られた有機層を、５％炭酸水素ナトリウム水溶液で２回洗浄した後、溶媒を減圧下で留去した。残渣をアセトニトリルと混合し、再び減圧下で溶媒を留去することにより、化合物（２）を５．０３ｇ得た。
得られた化合物（２）５．０３ｇにアセトニトリル２１ｍＬを加えた後、ジイソプロピルアミンテトラゾール塩１．４０ｇ及び２−シアノエチル−Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−テトライソプロピルホスホロジアミダイト２．４７ｇを加え、窒素雰囲気下室温で１．５時間撹拌した。得られた混合物をトルエンで希釈し、５％炭酸水素ナトリウム水溶液で洗浄を３回行った。有機層を硫酸マグネシウムで乾燥した後、溶媒を減圧下で留去した。得られた残渣の一部をトリエチルアミンで処理したシリカゲルを用いてカラムクロマトグラフィー（展開溶媒 ヘプタン：酢酸エチル：トリエチルアミン＝４０：６０：１０）を行い、化合物（３）を得た。
実施例４
化合物（１）２０．００ｇ及びクロロホルム２００ｍＬの混合物に、１−エチル−３−（３−ジメチルアミノプロピル）カルボジイミド塩酸塩９．４２ｇ、１−ヒドロキシベンゾトリアゾール１５．０４ｇ及びトリエチルアミン１４．９１ｇを加えた。得られた混合物に６−ヒドロキシヘキサン酸６．４９ｇを加え、窒素雰囲気下室温で３時間撹拌した。得られた混合物をクロロホルムで希釈し、５％塩化ナトリウム水溶液で洗浄を３回行った。有機層の溶媒を減圧下で留去し、残渣２９．８７ｇを得た。残渣４．９８ｇにテトラヒドロフラン１０ｍＬを加えた後、ジアザビシウクロウンデセン２．０８ｇと水１．０ｍＬとの混合物を加えた。得られた混合物を５０℃で１８７２時間撹拌した後、トルエンを加え、水で洗浄して得られた有機層を、５％炭酸水素ナトリウム水溶液で２回洗浄した後、溶媒を減圧下で留去した。残渣をアセトニトリルと混合し、再び減圧下で溶媒を留去することにより、化合物（２）を８．７８ｇ得た。
得られた化合物（２）５．０３ｇにアセトニトリル２１ｍＬを加えた後、ジイソプロピルアミンテトラゾール塩１．４０ｇ及び２−シアノエチル−Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−テトライソプロピルホスホロジアミダイト２．４７ｇを加え、窒素雰囲気下室温で１．５時間撹拌した。得られた混合物をトルエンで希釈し、５％炭酸水素ナトリウム水溶液で洗浄を３回行った。有機層を硫酸マグネシウムで乾燥した後、溶媒を減圧下で留去した。得られた残渣の一部をトリエチルアミンで処理したシリカゲルを用いてカラムクロマトグラフィー（展開溶媒 ヘプタン：酢酸エチル：トリエチルアミン＝４０：６０：１０）を行い、化合物（３）を得た。
実施例５
化合物（１）２０．００ｇ及びクロロホルム２００ｍＬの混合物に、１−エチル−３−（３−ジメチルアミノプロピル）カルボジイミド塩酸塩９．４２ｇ、１−ヒドロキシベンゾトリアゾール１５．０４ｇ及びトリエチルアミン１４．９１ｇを加えた。得られた混合物に６−ヒドロキシヘキサン酸６．４９ｇを加え、窒素雰囲気下室温で３時間撹拌した。得られた混合物をクロロホルムで希釈し、５％塩化ナトリウム水溶液で洗浄を３回行った。有機層の溶媒を減圧下で留去し、残渣２９．８７ｇを得た。残渣４．９８ｇにテトラヒドロフラン１０ｍＬを加えた後、カリウムｔｅｒｔ−ブトキシド１．５３ｇと水５．０ｍＬとの混合物を加えた。得られた混合物を３０℃で２２時間撹拌した後、トルエンを加え、水で洗浄して得られた有機層を、５％炭酸水素ナトリウム水溶液で２回洗浄した後、溶媒を減圧下で留去した。残渣をアセトニトリルと混合し、再び減圧下で溶媒を留去することにより、化合物（２）を４．７８ｇ得た。
得られた化合物（２）４．７８ｇにアセトニトリル２１ｍＬを加えた後、ジイソプロピルアミンテトラゾール塩１．４０ｇ及び２−シアノエチル−Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−テトライソプロピルホスホロジアミダイト２．４７ｇを加え、窒素雰囲気下室温で１．５時間撹拌した。反応終了後、得られた混合物をトルエンで希釈し、５％炭酸水素ナトリウム水溶液で３回洗浄した。得られた有機層を硫酸マグネシウムで乾燥した後、溶媒を減圧下で留去した。得られた残渣の一部をトリエチルアミンで処理したシリカゲルを用いてカラムクロマトグラフィー（展開溶媒 ヘプタン：酢酸エチル：トリエチルアミン＝４０：６０：１０）を行い、化合物（３）を得た。
実施例６
化合物（１）２０．００ｇ及びクロロホルム２００ｍＬの混合物に、１−エチル−３−（３−ジメチルアミノプロピル）カルボジイミド塩酸塩９．４２ｇ、１−ヒドロキシベンゾトリアゾール１５．０４ｇ及びトリエチルアミン１４．９１ｇを加えた。得られた混合物に６−ヒドロキシヘキサン酸６．４９ｇを加え、窒素雰囲気下、室温で３時間撹拌した。得られた混合物をクロロホルムで希釈し、５％塩化ナトリウム水溶液で洗浄を３回行った。得られた有機層の溶媒を減圧下で留去し、残渣２９．８７ｇを得た。残渣４．９８ｇにテトラヒドロフラン１０ｍＬを加えた後、水酸化ベンジルトリメチルアンモニウム水溶液（４０ｗｔ％）５．７０ｇと水１．６ｍＬとの混合物を加えた。得られた混合物を３０℃で６時間撹拌した後、トルエンを加え、水で洗浄して得られた有機層を、５％炭酸水素ナトリウム水溶液で２回洗浄した後、溶媒を減圧下で留去した。残渣をアセトニトリルと混合し、再び減圧下で溶媒を留去することにより、化合物（２）を１０．２１ｇ得た。
得られた化合物（２）１０．２１ｇにアセトニトリル２１ｍＬを加えた後、ジイソプロピルアミンテトラゾール塩１．４０ｇ及び２−シアノエチル−Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−テトライソプロピルホスホロジアミダイト２．４７ｇを加え、窒素雰囲気下室温で１．５時間撹拌した。得られた混合物をトルエンで希釈し、５％炭酸水素ナトリウム水溶液で洗浄を３回行った。有機層を硫酸マグネシウムで乾燥した後、溶媒を減圧下で留去した。得られた残渣の一部をトリエチルアミンで処理したシリカゲルを用いてカラムクロマトグラフィー（展開溶媒 ヘプタン：酢酸エチル：トリエチルアミン＝４０：６０：１０）を行い、化合物（３）を得た。
参考例１
実施例１で製造した化合物（３）を用いて、ＵＳ２０１２／００３５２４６の実施例（Ｂ１）に記載の一本鎖核酸分子（式（Ａ）
Figure 0006787398
（式中、Cはシチジンモノリン酸ナトリウム塩を意味し、Aはアデノシンモノリン酸ナトリウム塩を意味し、Uはウリジンモノリン酸ナトリウム塩を意味し、Gはグアノシンモノリン酸ナトリウム塩を意味する）
で示される核酸分子。以下、化合物（Ａ）と記す。）を製造した。
核酸合成機としてＮＴＳ Ｍ−４ＭＸ−Ｅ（日本テクノサービス株式会社製）を用いて３’側から５’側に向かって合成した。合成には、ＵＳ２０１２／００３５２４６の実施例２に記載のウリジンＥＭＭアミダイト、実施例３に記載のシチジンＥＭＭアミダイト、実施例４に記載のアデノシンＥＭＭアミダイト及び実施例５に記載のグアノシンＥＭＭアミダイトを使用し、固相担体として多孔質ガラスを使用し、デブロッキング溶液として高純度トリクロロ酢酸トルエン溶液を使用し、縮合剤として５−ベンジルメルカプト−１Ｈ−テトラゾールを使用し、酸化剤としてヨウ素溶液を使用し、キャッピング溶液としてフェノキシ酢酸溶液とＮ−メチルイミダゾール溶液を使用して行った。
化合物（Ａ）を２回合成した結果、２回の平均ＯＤ260は２７．７ＯＤであり、２回の平均純度は９４．０％であった。ＯＤ260とは１ｍＬ溶液（ｐＨ＝７．５）における１０ｍｍ光路長あたりのＵＶ２６０ｎｍの吸光度を表す。一般的にＲＮＡでは１ＯＤ＝４０μｇであることが知られていることから、２回の平均収量は１１０８μｇとなる。
参考例２
ＵＳ２０１２／００３５２４６の実施例（Ａ３）の（３）及び（４）の記載にしたがって化合物（３）を製造した（収率８５．５％）。得られた化合物（３）を、上記参考例１の記載にしたがって化合物（Ａ）を得た。
化合物（Ａ）を２回合成した結果、２回の平均ＯＤ260は１７．８ＯＤであり、２回の平均純度は９３．０％であった。一般的にＲＮＡでは１ＯＤ＝４０μｇであることが知られていることから、２回の平均収量は７１２μｇとなる。
参考例１及び参考例２の結果に見られるように、本発明の製造方法で得られる化合物（３）を使用することにより、従来の製造方法で得られる化合物（３）を使用する場合に比べて化合物（Ａ）が高い収量で得られる。
参考例３
上記参考例２に記載の化合物（３）、実施例３〜６で製造した化合物（３）を用い、上記参考例１の記載に準じて化合物（Ａ）を得た。結果を下記表１に示す。参考例３の結果に見られるように、本発明の製造方法で得られる化合物（３）を使用することにより、従来の製造方法で得られる化合物（３）を使用する場合に比べて化合物（Ａ）が高い収量で得られる。
Figure 0006787398
 ＊ＵＳ２０１２／００３５２４６の実施例（Ａ３）の（３）及び（４）
参考例４
窒素置換した反応容器にＮ−［（９Ｈ−フルオレン−９−イルメトキシ）カルボニル］−Ｌ−プロリン３０．００ｇとアセトニトリル４２０ｍＬとを混合し、１−ヒドロキシベンゾトリアゾール３２．６８ｇを加えた。得られた混合物に４−アミノ−１−ブタノール９．５１ｇを加え、さらにジシクロヘキシルカルボジイミド２２．０２ｇのアセトニトリル溶液２１０ｍＬを室温で滴下した後、室温で１時間撹拌した。反応終了後、生成した沈殿を濾過により除去し、得られた濾液の溶媒を減圧下で留去した。残渣にトルエンを加え、１０％炭酸水素ナトリウム水溶液で洗浄した。得られた有機層の溶媒を減圧下で留去することにより、式（ａ）
Figure 0006787398
〔式中、Ｆｍｏｃは９−フルオレニルメチルオキシカルボニル基を表す。〕
で示される化合物を得た。
得られた式（ａ）で示される化合物全量にトルエン９０ｍＬを加えて共沸脱水操作を行った。得られた式（ａ）で示される化合物のトルエン溶液７１．７２ｇ、Ｎ，Ｎ−ジメチル−４−アミノピリジン９１ｍｇ及びピリジン５０ｍＬを混合し、４，４’−ジメトキシトリチルクロリド３２．６４ｇを０〜５℃で加えた後、窒素雰囲気下、室温で３０分間撹拌した。反応終了後、メタノールを加えて２０分間撹拌した。得られた混合物をトルエンで希釈し、５％炭酸水素ナトリウム水溶液で洗浄した。得られた有機層の溶媒を減圧下で留去することにより、式（ｂ）
Figure 0006787398
〔式中、Ｆｍｏｃは９−フルオレニルメチルオキシカルボニル基を表す。〕
で示される化合物を得た。
得られた式（ｂ）で示される化合物にトルエン５０ｍＬを加えた後、ピペリジン５９．８９ｇを０〜５℃で滴下した後、窒素雰囲気下、室温で３０分間撹拌した。反応終了後、減圧下で溶媒を留去した。残渣にトルエンを加え、共沸脱水操作を行った。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（展開溶媒 酢酸エチル：メタノール＝８０：２０）に供し、化合物（１）を得た。
本発明方法により、高い収量で標的遺伝子の発現を抑制可能な一本鎖核酸分子を製造することのできる化合物（３）又はその鏡像異性体を製造することができる。

Claims (5)

  1. 式（１）
    Figure 0006787398
    で示される化合物又はその鏡像異性体を溶媒中、１−ヒドロキシベンゾトリアゾール、１−ヒドロキシ−７−アザベンゾトリアゾール、Ｎ−ヒドロキシコハク酸イミド、エチル（ヒドロキシイミノ）シアノアセタート、炭酸Ｎ，Ｎ’−ジスクシンイミジル、Ｎ−ヒドロキシフタルイミド、Ｎ−ヒドロキシピペリジン、３−ヒドロキシ−４−オキソ−３，４−ジヒドロ−１，２，３−ベンゾトリアジン、及びＮ−ヒドロキシ−５−ノルボルネン−２，３−ジカルボン酸イミドからなる群より選ばれる添加剤並びに縮合剤の存在下、６−ヒドロキシヘキサン酸と反応させた後、得られた反応混合物と、水と、アルカリ金属水酸化物、アルカリ金属炭酸塩、二環式アミジン化合物、アルカリ金属アルコキシド及び第４級アンモニウム水酸化物からなる群より選ばれる塩基とを混合して式（２）
    Figure 0006787398
    で示される化合物又はその鏡像異性体を製造する工程、及び
    前記工程で得られた式（２）で示される化合物又はその鏡像異性体と２−シアノエチル−Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−テトライソプロピルホスホロジアミダイトとを、カップリングアクチベーターの存在下、溶媒中で反応させて、式（３）
    Figure 0006787398
    で示される化合物又はその鏡像異性体を得る工程
    を含む、式（３）で示される化合物又はその鏡像異性体の製造方法。
  2. 塩基がアルカリ金属水酸化物である請求項１に記載の製造方法。
  3. 縮合剤が１−エチル−３−（３−ジメチルアミノプロピル）カルボジイミド塩酸塩、１−エチル−３−（３−ジメチルアミノプロピル）カルボジイミド、Ｎ，Ｎ’−ジシクロヘキシルカルボジイミド、Ｎ，Ｎ’−ジイソプロピルカルボジイミド、１，１−カルボニルジイミダゾール、１−プロピルホスホン酸無水物環状三量体又は２−クロロ−４，６−ジメトキシ−１，３，５−トリアジンである請求項１又は２に記載の製造方法。
  4. 添加剤が１−ヒドロキシベンゾトリアゾール、１−ヒドロキシ−７−アザベンゾトリアゾール、Ｎ−ヒドロキシコハク酸イミド、エチル（ヒドロキシイミノ）シアノアセタート又は炭酸Ｎ，Ｎ’−ジスクシンイミジルである請求項１又は２に記載の製造方法。
  5. カップリングアクチベーターがジイソプロピルアミンテトラゾール塩、１Ｈ−テトラゾール、５−（エチルチオ）−１Ｈ−テトラゾール、５−（ベンジルチオ）−１Ｈ−テトラゾール又は４，５−ジシアノイミダゾールである請求項１又は２に記載の製造方法。
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