JP6742918B2 - ラムノ脂質の製造方法 - Google Patents
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Description
市場では、石油化学原料から得られる現在入手可能な界面活性剤に対する適切な代替物の一つとして、再生可能な原料から製造される生分解性界面活性剤に対する幅広い需要が存在する。こうした需要は特に、石油化学原料の予見可能な不足や界面活性剤に対する需要の増大に伴って高まっている。こうした界面活性剤の少なくとも一例が、ラムノ脂質である。ラムノ脂質は、石油やその製品から製造される従来の界面活性剤に潜在的に取って代わることができ、これによって結果として生じる配合物の環境性能が必ず向上されうることから、ラムノ脂質は経済的に重要なクラスの代表例の一つとなっている。
一態様によれば、本発明は、従来技術において存在する問題を解決しうる方法に関する。特に本発明は、少なくとも1つの炭素源の存在で組換え細胞を培養することによる少なくとも1つのラムノ脂質を製造する方法に関し、その際、該炭素源は、ちょうど4個の炭素原子を有する少なくとも1つのC4分子である。組換え細胞は、該細胞の野生型と比較して、酵素、すなわちα/βヒドロラーゼ、ラムノシルトランスフェラーゼIまたはラムノシルトランスフェラーゼIIのうちの少なくとも1つの増大された活性を含む。本方法によって製造される望ましくない副生成物および中間体の量の減少を伴うモノラムノシル脂質および/またはジラムノシル脂質の高選択的な製造が可能となるため、本方法は特に有利でありうる。例えば、本発明の任意の態様により形成される中間体、例えばβ−ヒドロキシ脂肪酸の二量体(脂肪酸二量体)が、少なくとも現在利用可能な方法と比較してより少量で存在することができる。
− 組換え細胞と、炭素源を含む培地とを接触させること;および
− 該細胞により該炭素源からラムノ脂質を製造するのに適した条件下で該細胞を培養すること
を含む、少なくとも1つのラムノ脂質を製造する少なくとも1つの方法であって、
該組換え細胞には、該細胞の野生型と比較して該細胞が酵素E1、E2およびE3のうちの少なくとも1つの増大された活性を示すような遺伝子改変がなされており、ここで、該酵素E1はα/βヒドロラーゼであり、該酵素E2はラムノシルトランスフェラーゼIであり、かつ該酵素E3はラムノシルトランスフェラーゼIIであり、かつ該炭素源はC4分子である該方法が提供される。
配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6およびそれらの断片からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、少なくとも1つの酵素E1;
配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11およびそれらの断片からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、少なくとも1つの酵素E2;および
配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15およびそれらの断片からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、少なくとも1つの酵素E3;
からなる群から選択されることができる。酵素E1、E2およびE3のうちのいずれか1つに関する断片は、各酵素の配列と比較してアミノ酸残基の25%までが欠失、挿入、置換またはそれらの組み合わせにより改変されているポリペプチド配列を含むことができ、かつ該断片は各酵素の酵素活性の少なくとも10%を含む。
配列番号2のポリペプチド配列を含むか、または、配列番号2の参照配列と比較してアミノ酸残基の25%まで、20%まで、15%までが、特に10%まで、9%まで、8%まで、7%まで、6%まで、5%まで、4%まで、3%まで、2%まで、1%までが欠失、挿入、置換もしくはそれらの組み合わせにより改変されているが、それでもなお、配列番号2の参照配列を有する酵素の酵素活性の少なくとも10%、少なくとも50%、少なくとも80%、特に90%超を示すポリペプチド配列を有する、酵素E1a、ここで、酵素E1aに関する酵素活性とは、3−ヒドロキシデカノイル−ACPを3−ヒドロキシデカノイル−3−ヒドロキシデカン酸−ACPを経由してヒドロキシデカノイル−3−ヒドロキシデカン酸へと転化させる能力を意味するものと理解されることができる、
配列番号3のポリペプチド配列を含むか、または、配列番号3の参照配列と比較してアミノ酸残基の25%まで、20%まで、15%までが、特に10%まで、9%まで、8%まで、7%まで、6%まで、5%まで、4%まで、3%まで、2%まで、1%までが欠失、挿入、置換もしくはそれらの組み合わせにより改変されているが、それでもなお、配列番号3の参照配列を有する酵素の酵素活性の少なくとも10%、少なくとも50%、少なくとも80%、特に90%超を示すポリペプチド配列を有する、酵素E1b、ここで、酵素E1bに関する酵素活性とは、3−ヒドロキシデカノイル−ACPを3−ヒドロキシデカノイル−3−ヒドロキシデカン酸−ACPを経由してヒドロキシデカノイル−3−ヒドロキシデカン酸へと転化させる能力を意味するものと理解されることができる、
配列番号4のポリペプチド配列を含むか、または、配列番号4の参照配列と比較してアミノ酸残基の25%まで、20%まで、15%までが、特に10%まで、9%まで、8%まで、7%まで、6%まで、5%まで、4%まで、3%まで、2%まで、1%までが欠失、挿入、置換もしくはそれらの組み合わせにより改変されているが、それでもなお、配列番号4の参照配列を有する酵素の酵素活性の少なくとも10%、少なくとも50%、少なくとも80%、特に90%超を示すポリペプチド配列を有する、酵素E1c、ここで、酵素E1cに関する酵素活性とは、3−ヒドロキシデカノイル−ACPを3−ヒドロキシデカノイル−3−ヒドロキシデカン酸−ACPを経由してヒドロキシデカノイル−3−ヒドロキシデカン酸へと転化させる能力を意味するものと理解されることができる、
配列番号5のポリペプチド配列を含むか、または、配列番号5の参照配列と比較してアミノ酸残基の25%まで、20%まで、15%までが、特に10%まで、9%まで、8%まで、7%まで、6%まで、5%まで、4%まで、3%まで、2%まで、1%までが欠失、挿入、置換もしくはそれらの組み合わせにより改変されているが、それでもなお、配列番号5の参照配列を有する酵素の酵素活性の少なくとも10%、少なくとも50%、少なくとも80%、特に90%超を示すポリペプチド配列を有する、酵素E1d、ここで、酵素E1dに関する酵素活性とは、3−ヒドロキシデカノイル−ACPを3−ヒドロキシデカノイル−3−ヒドロキシデカン酸−ACPを経由してヒドロキシデカノイル−3−ヒドロキシデカン酸へと転化させる能力を意味するものと理解されることができる、および
配列番号6のポリペプチド配列を含むか、または、配列番号6の参照配列と比較してアミノ酸残基の25%まで、20%まで、15%までが、特に10%まで、9%まで、8%まで、7%まで、6%まで、5%まで、4%まで、3%まで、2%まで、1%までが欠失、挿入、置換もしくはそれらの組み合わせにより改変されているが、それでもなお、配列番号6の参照配列を有する酵素の酵素活性の少なくとも10%、少なくとも50%、少なくとも80%、特に90%超を示すポリペプチド配列を有する、酵素E1e、ここで、酵素E1eに関する酵素活性とは、3−ヒドロキシデカノイル−ACPを3−ヒドロキシデカノイル−3−ヒドロキシデカン酸−ACPを経由してヒドロキシデカノイル−3−ヒドロキシデカン酸へと転化させる能力を意味するものと理解されることができる、
からなる群から選択されることができる。
配列番号7のポリペプチド配列を有するか、または、配列番号7の参照配列と比較してアミノ酸残基の25%まで、20%まで、15%までが、特に10%まで、9%まで、8%まで、7%まで、6%まで、5%まで、4%まで、3%まで、2%まで、1%までが欠失、挿入、置換もしくはそれらの組み合わせにより改変されているが、それでもなお、配列番号7の参照配列を有する酵素の酵素活性の少なくとも10%、少なくとも50%、少なくとも80%、特に90%超を示すポリペプチド配列を有する、酵素E2a、ここで、酵素E2aに関する酵素活性とは、好ましくはdTDP−ラムノースおよび3−ヒドロキシデカノイル−3−ヒドロキシデカン酸をα−L−ラムノピラノシル−3−ヒドロキシデカノイル−3−ヒドロキシデカン酸へと転化させる能力を意味するものと理解されることができる、
配列番号8のポリペプチド配列を有するか、または、配列番号8の参照配列と比較してアミノ酸残基の25%まで、20%まで、15%までが、特に10%まで、9%まで、8%まで、7%まで、6%まで、5%まで、4%まで、3%まで、2%まで、1%までが欠失、挿入、置換もしくはそれらの組み合わせにより改変されているが、それでもなお、配列番号8の参照配列を有する酵素の酵素活性の少なくとも10%、少なくとも50%、少なくとも80%、特に90%超を示すポリペプチド配列を有する、酵素E2b、ここで、酵素E2bに関する酵素活性とは、好ましくはdTDP−ラムノースおよび3−ヒドロキシデカノイル−3−ヒドロキシデカン酸をα−L−ラムノピラノシル−3−ヒドロキシデカノイル−3−ヒドロキシデカン酸へと転化させる能力を意味するものと理解されることができる、
配列番号9のポリペプチド配列を有するか、または、配列番号9の参照配列と比較してアミノ酸残基の25%まで、20%まで、15%までが、特に10%まで、9%まで、8%まで、7%まで、6%まで、5%まで、4%まで、3%まで、2%まで、1%までが欠失、挿入、置換もしくはそれらの組み合わせにより改変されているが、それでもなお、配列番号9の参照配列を有する酵素の酵素活性の少なくとも10%、少なくとも50%、少なくとも80%、特に90%超を示すポリペプチド配列を有する、酵素E2c、ここで、酵素E2cに関する酵素活性とは、好ましくはdTDP−ラムノースおよび3−ヒドロキシデカノイル−3−ヒドロキシデカン酸をα−L−ラムノピラノシル−3−ヒドロキシデカノイル−3−ヒドロキシデカン酸へと転化させる能力を意味するものと理解されることができる、
配列番号10のポリペプチド配列を有するか、または、配列番号10の参照配列と比較してアミノ酸残基の25%まで、20%まで、15%までが、特に10%まで、9%まで、8%まで、7%まで、6%まで、5%まで、4%まで、3%まで、2%まで、1%までが欠失、挿入、置換もしくはそれらの組み合わせにより改変されているが、それでもなお、配列番号10の参照配列を有する酵素の酵素活性の少なくとも10%、少なくとも50%、少なくとも80%、特に90%超を示すポリペプチド配列を有する、酵素E2d、ここで、酵素E2dに関する酵素活性とは、好ましくはdTDP−ラムノースおよび3−ヒドロキシデカノイル−3−ヒドロキシデカン酸をα−L−ラムノピラノシル−3−ヒドロキシデカノイル−3−ヒドロキシデカン酸へと転化させる能力を意味するものと理解されることができる、および
配列番号11のポリペプチド配列を有するか、または、配列番号11の参照配列と比較してアミノ酸残基の25%まで、20%まで、15%までが、特に10%まで、9%まで、8%まで、7%まで、6%まで、5%まで、4%まで、3%まで、2%まで、1%までが欠失、挿入、置換もしくはそれらの組み合わせにより改変されているが、それでもなお、配列番号11の参照配列を有する酵素の酵素活性の少なくとも10%、少なくとも50%、少なくとも80%、特に90%超を示すポリペプチド配列を有する、酵素E2e、ここで、酵素E2eに関する酵素活性とは、好ましくはdTDP−ラムノースおよび3−ヒドロキシデカノイル−3−ヒドロキシデカン酸をα−L−ラムノピラノシル−3−ヒドロキシデカノイル−3−ヒドロキシデカン酸へと転化させる能力を意味するものと理解されることができる、
からなる群から選択されることができる。
配列番号12のポリペプチド配列を有するか、または、配列番号12の参照配列と比較してアミノ酸残基の25%まで、20%まで、15%までが、特に10%まで、9%まで、8%まで、7%まで、6%まで、5%まで、4%まで、3%まで、2%まで、1%までが欠失、挿入、置換もしくはそれらの組み合わせにより改変されているが、それでもなお、配列番号12の参照配列を有する酵素の酵素活性の少なくとも10%、少なくとも50%、少なくとも80%、特に90%超を示すポリペプチド配列を有する、酵素E3a、ここで、酵素E3aに関する酵素活性とは、好ましくはdTDP−ラムノースおよびα−L−ラムノピラノシル−3−ヒドロキシデカノイル−3−ヒドロキシデカン酸をα−L−ラムノピラノシル−(1−2)−α−L−ラムノピラノシル−3−ヒドロキシデカノイル−3−ヒドロキシデカン酸へと転化させる能力を意味するものと理解されることができる、
配列番号13のポリペプチド配列を有するか、または、配列番号13の参照配列と比較してアミノ酸残基の25%まで、20%まで、15%までが、特に10%まで、9%まで、8%まで、7%まで、6%まで、5%まで、4%まで、3%まで、2%まで、1%までが欠失、挿入、置換もしくはそれらの組み合わせにより改変されているが、それでもなお、配列番号13の参照配列を有する酵素の酵素活性の少なくとも10%、少なくとも50%、少なくとも80%、特に90%超を示すポリペプチド配列を有する、酵素E3b、ここで、酵素E3bに関する酵素活性とは、好ましくはdTDP−ラムノースおよびα−L−ラムノピラノシル−3−ヒドロキシデカノイル−3−ヒドロキシデカン酸をα−L−ラムノピラノシル−(1−2)−α−L−ラムノピラノシル−3−ヒドロキシデカノイル−3−ヒドロキシデカン酸へと転化させる能力を意味するものと理解されることができる、
配列番号14のポリペプチド配列を有するか、または、配列番号14の参照配列と比較してアミノ酸残基の25%まで、20%まで、15%までが、特に10%まで、9%まで、8%まで、7%まで、6%まで、5%まで、4%まで、3%まで、2%まで、1%までが欠失、挿入、置換もしくはそれらの組み合わせにより改変されているが、それでもなお、配列番号14の参照配列を有する酵素の酵素活性の少なくとも10%、少なくとも50%、少なくとも80%、特に90%超を示すポリペプチド配列を有する、酵素E3c、ここで、酵素E3cに関する酵素活性とは、好ましくはdTDP−ラムノースおよびα−L−ラムノピラノシル−3−ヒドロキシデカノイル−3−ヒドロキシデカン酸をα−L−ラムノピラノシル−(1−2)−α−L−ラムノピラノシル−3−ヒドロキシデカノイル−3−ヒドロキシデカン酸へと転化させる能力を意味するものと理解されることができる、および
配列番号15のポリペプチド配列を有するか、または、配列番号15の参照配列と比較してアミノ酸残基の25%まで、20%まで、15%までが、特に10%まで、9%まで、8%まで、7%まで、6%まで、5%まで、4%まで、3%まで、2%まで、1%までが欠失、挿入、置換もしくはそれらの組み合わせにより改変されているが、それでもなお、配列番号15の参照配列を有する酵素の酵素活性の少なくとも10%、少なくとも50%、少なくとも80%、特に90%超を示すポリペプチド配列を有する、酵素E3d、ここで、酵素E3dに関する酵素活性とは、好ましくはdTDP−ラムノースおよびα−L−ラムノピラノシル−3−ヒドロキシデカノイル−3−ヒドロキシデカン酸をα−L−ラムノピラノシル−(1−2)−α−L−ラムノピラノシル−3−ヒドロキシデカノイル−3−ヒドロキシデカン酸へと転化させる能力を意味するものと理解されることができる、
からなる群から選択されることができる。
− http://www.dsmz.de/species/bacteria.htm
に挙げられた属に属しており、本発明により適した酵母は、以下:
− http://www.dsmz.de/species/yeasts.htm
に挙げられた属に属しており、本発明により適した真菌は、以下:
− http://www.dsmz.de/species/fungi.htm
に挙げられたものである。
mは、2、1または0であり、特に1または0であり、
nは、1または0であり、特に1であり、
R1およびR2は、互いに独立して、2個から24個までの、好ましくは5個から13個までの炭素原子を有する同一のまたは異なる有機基であり、特に、場合により分岐鎖状の、場合により置換された、特にヒドロキシ置換された、場合により不飽和の、特に場合によりモノ不飽和、ジ不飽和またはトリ不飽和のアルキル基であって、ペンテニル、ヘプテニル、ノネニル、ウンデセニルおよびトリデセニル、ならびに(CH2)o−CH3〔ここで、oは、1から23までであり、好ましくは4から12までである〕からなる群から選択されることができるアルキル基である]
のものであるかまたはその塩であることができる。
配列番号16(E8a)、配列番号17(E8b)、配列番号18(E8c)もしくは配列番号19(E8d)のポリペプチド配列を有するか、または、配列番号16(E8a)、配列番号17(E8b)、配列番号18(E8c)もしくは配列番号19(E8d)の各参照配列と比較してアミノ酸残基の25%まで、20%まで、特に15%までが、特に10%まで、9%まで、8%まで、7%まで、6%まで、5%まで、4%まで、3%まで、2%まで、1%までが欠失、挿入、置換もしくはそれらの組み合わせにより改変されているが、それでもなお、配列番号16(E8a)、配列番号17(E8b)、配列番号18(E8c)もしくは配列番号19(E8d)の各参照配列を有する酵素の酵素活性の少なくとも50%、少なくとも65%、特に少なくとも80%、特に90%超を示すポリペプチド配列を有する、酵素E8、ここで、酵素E8(E8a、E8b、E8cおよびE8d)に関する酵素活性とは、一般式(I)のラムノ脂質を細胞から周囲の培地へと排出する能力を意味するものと理解される
からなる群から選択される。
上記は好ましい実施形態を記載したものであり、当業者によって理解されるであろう通り、これに、特許請求の範囲から逸脱することなく設計、構成または操作の点で変更または修正を加えることができる。例えばこれらの変更は、特許請求の範囲に含まれることが意図される。
BS−PP−001を用いたグルコースからのラムノ脂質の製造
50mg/l カナマイシンを含むLB寒天プレート上で、株シュードモナス・プチダ(Pseudomonas putida)KT2440 pBBR1MCS−2::ABC(BS−PP−001)のグリセロール凍結培養物の白金耳を画線した。ベクターpBBR1MCS−2::ABCの製造方法は、独国特許出願公開第102010032484号明細書(DE 102010032484 A1)の実施例2に提供されている。その後、シュードモナス・プチダ(Pseudomonas putida)をこのベクターを用いて形質転換し、かつ貯蔵する。この寒天プレートを30℃で24時間インキュベートした。カナマイシンを含有するLB培地25mlを含むバッフル付きの100mlフラスコに過成長寒天プレートの単一培養物を接種し、振とうインキュベーター中で30℃で200rpmで24時間インキュベートすることにより、予備培養物を生成した。この予備培養物を、5500gで室温で10分間遠心分離した。次いで、上清を廃棄した。このペレットを、M9培地(組成:6.8g/l Na2PO4・2H2O、2.4g/l KH2PO4、0.4g/l NaCl、1.6g/l NH4Cl、0.5g/l MgSO4・7H2O、微量元素溶液US3 1ml、これは、36.5g/l 濃度37%の塩酸、1.91g/l MnCl2・4H2O、1.87g/l ZnSO4・7H2O、0.84g/l Na−EDTA・2H2O、0.3g/l H3BO3、0.25g/l Na2MoO4・2H2O、4.7g/l CaCl2・2H2O、17.3g/l FeSO4・7H2O、0.15g/l CuCl2・2H2Oからなる)25ml中に再懸濁させた。その後、この洗浄ステップを繰り返した。
BS−PP−001を用いた酪酸からのラムノ脂質の製造
予備培養物を、グルコースを用いて例1と同様に作製した。
BS−PP−001+alkBを用いたn−ブタンからのラムノ脂質の製造
50mg/l カナマイシンを含むLB寒天プレート上で、株P.プチダ(P.putida)pBBR1MCS−2::ABC pBT10のグリセロール凍結培養物を満たした白金耳を画線した(BS−PP001+alkB)。この株は、国際公開第2009/077461号(WO 2009/077461 A1)の第36頁および第37頁に記載された遺伝子構築物pBT10(配列番号31)を例1の株に添加することにより製造したものである。この寒天プレートを、30℃で24時間インキュベートした。
BS−PP−001+alkBを用いた1−ブタノールからのラムノ脂質の製造
100mlのバッフル付きフラスコ3つに、カナマイシンおよびテトラサイクリンを含むLB培地25mlを充填し、それぞれに株P.プチダ(P.putida)pBBR1MCS−2::ABC pBT10(BS−PP001 +alkB)のグリセロール凍結培養物100μlを接種した。この株は、国際公開第2009/077461号(WO 2009/077461 A1)の第36頁および第37頁に記載された遺伝子構築物pBT10(配列番号31)を例1の株に添加することにより製造したものである。これらのフラスコを、振とうインキュベーター中で30℃で200rpmで24時間インキュベートした。
Claims (12)
- 以下:
− 組換え細胞と、炭素源を含む培地とを接触させること;および
− 前記細胞により前記炭素源からラムノ脂質を製造するのに適した条件下で前記細胞を培養すること
を含む、少なくとも1つのラムノ脂質を製造する方法であって、
前記組換え細胞には、前記細胞の野生型と比較して前記細胞が酵素E1、E2およびE3の増大された活性を示すような遺伝子改変がなされており、ここで、前記酵素E1はα/βヒドロラーゼであり、前記酵素E2はラムノシルトランスフェラーゼIであり、かつ前記酵素E3はラムノシルトランスフェラーゼIIであり、かつ、前記炭素源はブタン、1−ブタノール、2−ブタノール、1−ブタナール、ブタノン、酪酸およびそれらの組み合わせからなる群から選択されるC4分子である、前記方法。 - 前記細胞には、前記細胞の野生型と比較して前記細胞が酵素オキシドレダクターゼの増大された活性を示すような遺伝子改変がなされている、請求項1に記載の方法。
- 前記オキシドレダクターゼが、alkB型オキシドレダクターゼ、モノオキシゲナーゼおよびNAD(P)H依存性アルコールデヒドロゲナーゼ(ADH)からなる群から選択される、請求項2に記載の方法。
- 前記組換え細胞が、前記細胞の野生型と比較して酵素E1、E2、E3およびオキシドレダクターゼの増大された活性を示し、かつ前記C4分子がブタンである、請求項1から3までのいずれか1項に記載の方法。
- 前記培地が、C4分子の培地中の全炭素含分の少なくとも40質量%を含む、請求項1から4までのいずれか1項に記載の方法。
- − 前記酵素E1が、3−ヒドロキシアルカノイル−ACPから3−ヒドロキシアルカノイル−3−ヒドロキシアルカン酸−ACPを経由してヒドロキシアルカノイル−3−ヒドロキシアルカン酸への転化を触媒することができ、
− 前記酵素E2が、dTDP−ラムノースおよび3−ヒドロキシアルカノイル−3−ヒドロキシアルカノエートからα−L−ラムノピラノシル−3−ヒドロキシアルカノイル−3−ヒドロキシアルカノエートへの転化を触媒することができ、かつ
− 前記酵素E3が、dTDP−ラムノースおよびα−L−ラムノピラノシル−3−ヒドロキシアルカノイル−3−ヒドロキシアルカノエートからα−L−ラムノピラノシル−(1−2)−α−L−ラムノピラノシル−3−ヒドロキシアルカノイル−3−ヒドロキシアルカノエートへの転化を触媒することができる、請求項1から5までのいずれか1項に記載の方法。 - − 前記酵素E1が、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6およびそれらの断片からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、
− 前記酵素E2が、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11およびそれらの断片からなる群から選択され、かつ
− 前記酵素E3が、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15およびそれらの断片からなる群から選択され、
前記断片は、各酵素の配列と比較してアミノ酸残基の10%までが欠失、挿入、置換またはそれらの組み合わせにより改変されているポリペプチド配列を含み、かつ、前記断片は各酵素の酵素活性の少なくとも10%を含む、請求項1から6までのいずれか1項に記載の方法。 - 前記細胞が、アスペルギルス(Aspergillus)、コリネバクテリウム(Corynebacterium)、ブレビバクテリウム(Brevibacterium)、バチルス(Bacillus)、アシネトバクター(Acinetobacter)、アルカリゲネス(Alcaligenes)、ラクトバチルス(Lactobacillus)、パラコッカス(Paracoccus)、ラクトコッカス(Lactococcus)、カンジダ(Candida)、ピチア(Pichia)、ハンセヌラ(Hansenula)、クルイウェロマイセス(Kluyveromyces)、サッカロマイセス(Saccharomyces)、エシェリキア(Escherichia)、ザイモモナス(Zymomonas)、ヤロウィア(Yarrowia)、メチロバクテリウム(Methylobacterium)、ラルストニア(Ralstonia)、シュードモナス(Pseudomonas)、ロドスピリルム(Rhodospirillum)、ロドバクター(Rhodobacter)、バークホルデリア(Burkholderia)、クロストリジウム(Clostridium)およびカプリアビダス(Cupriavidus)からなる群の属から選択される、請求項1から7までのいずれか1項に記載の方法。
- 前記細胞が、P.プチダ(P.putida)GPp121、P.プチダ(P.putida)GPp122、P.プチダ(P.putida)GPp123、P.プチダ(P.putida)GPp124およびP.プチダ(P.putida)GPp104、P.プチダ(P.putida)KT42C1、P.プチダ(P.putida)KTOY01またはP.プチダ(P.putida)KTOY02からなる群から選択される、請求項1から8までのいずれか1項に記載の方法。
- ブタン、1−ブタノール、2−ブタノール、1−ブタナール、ブタノン、酪酸およびそれらの組み合わせからなる群から選択されるC4分子から少なくとも1つのラムノ脂質を形成しうる細胞であって、前記細胞には、前記細胞の野生型と比較して前記細胞が酵素オキシドレダクターゼならびに酵素E1、E2およびE3の増大された活性を示すような遺伝子改変がなされており、ここで、前記酵素E1はα/βヒドロラーゼであり、前記酵素E2はラムノシルトランスフェラーゼIであり、かつ前記酵素E3はラムノシルトランスフェラーゼIIであり、かつ
− 前記オキシドレダクターゼが、alkB型オキシドレダクターゼ、モノオキシゲナーゼおよびNAD(P)H依存性アルコールデヒドロゲナーゼ(ADH)からなる群から選択され、
− 前記酵素E 1 が、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6およびそれらの断片からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、
− 前記酵素E 2 が、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11およびそれらの断片からなる群から選択され、かつ
− 酵素E 3 が、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15からなる群から選択され、
前記断片は、各酵素の配列と比較してアミノ酸残基の10%までが欠失、挿入、置換またはそれらの組み合わせにより改変されているポリペプチド配列を含み、かつ、前記断片は各酵素の酵素活性の少なくとも10%を含む、前記細胞。 - 請求項11に記載の細胞であって、前記細胞が、アスペルギルス(Aspergillus)、コリネバクテリウム(Corynebacterium)、ブレビバクテリウム(Brevibacterium)、バチルス(Bacillus)、アシネトバクター(Acinetobacter)、アルカリゲネス(Alcaligenes)、ラクトバチルス(Lactobacillus)、パラコッカス(Paracoccus)、ラクトコッカス(Lactococcus)、カンジダ(Candida)、ピチア(Pichia)、ハンセヌラ(Hansenula)、クルイウェロマイセス(Kluyveromyces)、サッカロマイセス(Saccharomyces)、エシェリキア(Escherichia)、ザイモモナス(Zymomonas)、ヤロウィア(Yarrowia)、メチロバクテリウム(Methylobacterium)、ラルストニア(Ralstonia)、シュードモナス(Pseudomonas)、ロドスピリルム(Rhodospirillum)、ロドバクター(Rhodobacter)、バークホルデリア(Burkholderia)、クロストリジウム(Clostridium)およびカプリアビダス(Cupriavidus)からなる群の属から選択される、前記細胞。
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