JP6605238B2 - ザイールエボラウイルス検出用プライマーセット、アッセイキットおよび増幅方法 - Google Patents
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- C12Q2563/00—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties
- C12Q2563/107—Nucleic acid detection characterized by the use of physical, structural and functional properties fluorescence
Description
(1)配列番号17、配列番号18、配列番号13および配列番号19の組み合わせ;
(2)配列番号22、配列番号21、配列番号15および配列番号10の組み合わせ;
(3)配列番号20、配列番号21、配列番号23および配列番号10の組み合わせ;
(4)配列番号22、配列番号21、配列番号24および配列番号10の組み合わせ;
(5)配列番号22、配列番号21、配列番号25および配列番号10の組み合わせ;
(6)配列番号22、配列番号21、配列番号26および配列番号10の組み合わせ;
(7)配列番号22、配列番号21、配列番号27おおび配列番号10の組み合わせ;
(8)配列番号20、配列番号12、配列番号23および配列番号10の組み合わせ;
(9)配列番号20、配列番号12、配列番号24および配列番号10の組み合わせ;
(10)配列番号20、配列番号12、配列番号25および配列番号10の組み合わせ;
(11)配列番号20、配列番号12、配列番号26および配列番号10の組み合わせ;
(12)配列番号20、配列番号12、配列番号27および配列番号10の組み合わせ;
(13)配列番号20、配列番号12、配列番号13および配列番号10の組み合わせ;
(14)配列番号20、配列番号12、配列番号13および配列番号19の組み合わせ;
(15)配列番号22、配列番号12、配列番号13および配列番号10の組み合わせ;
(16)配列番号22、配列番号12、配列番号13および配列番号19の組み合わせ;
(17)配列番号39、配列番号12、配列番号13および配列番号10の組み合わせ;
(18)配列番号2、配列番号12、配列番号13および配列番号10の組み合わせ;
(19)前記(1)〜(18)の何れかの組み合わせに含まれる4つの配列のそれぞれの相補配列の組み合わせ。
(20)配列番号39、配列番号12、配列番号13および配列番号10、並びに配列番号11の組み合わせ、またはこのプライマーセットに含まれる5つの配列のそれぞれの相補配列の組み合わせ;
であってもよく、またはプライマーセットに含まれるF3プライマー、FIPプライマー、BIPプライマー、B3プライマーおよびLBcループプライマーのための配列の組み合わせが、
(21)配列番号39、配列番号12、配列番号13および配列番号10、並びに配列番号28の組み合わせ、またはこのプライマーセットに含まれる5つの配列のそれぞれの相補配列の組み合わせ;
であってもよく、或いは、プライマーセットに含まれるF3プライマー、FIPプライマー、BIPプライマー、B3プライマー、LFcループプライマーおよびLBcループプライマーのための配列の組み合わせが、
(22)配列番号39、配列番号12、配列番号13および配列番号10、並びに配列番号11および配列番号28の組み合わせ、またはこのプライマーセットに含まれる6つの配列のそれぞれの相補配列の組み合わせ
であってもよく、
(23)配列番号2、配列番号12、配列番号13および配列番号10、並びに配列番号11の組み合わせ、またはこのプライマーセットに含まれる5つの配列のそれぞれの相補配列の組み合わせ;
であってもよく、またはプライマーセットに含まれるF3プライマー、FIPプライマー、BIPプライマー、B3プライマーおよびLBcループプライマーのための配列の組み合わせが、
(24)配列番号2、配列番号12、配列番号13および配列番号10、並びに配列番号28の組み合わせ、またはこのプライマーセットに含まれる5つの配列のそれぞれの相補配列の組み合わせ;
であってもよく、或いは、プライマーセットに含まれるF3プライマー、FIPプライマー、BIPプライマー、B3プライマー、LFcループプライマーおよびLBcループプライマーのための配列の組み合わせが、
(25)配列番号2、配列番号12、配列番号13および配列番号10、並びに配列番号11および配列番号28の組み合わせ、またはこのプライマーセットに含まれる6つの配列のそれぞれの相補配列の組み合わせ
であってもよい。
ZEBOVのギニア株を検出する方法に供される試料は、核酸を含む、または核酸を含む可能性のある試料であればよい。試料は、生体または生体外の何れかの環境などから得られたものであってもよい。それらは、増幅反応を妨害しない状態であることが好ましく、採取された後にそれ自身公知の何れかの手段により前処理が行われてもよい。試料は、例えば、血液、血漿、血清、尿、便、精液、唾液、口腔内粘膜、それ以外の体腔粘膜、咽頭拭い液および喀痰などであり得る。
実施形態のプライマーセットを用いて、ZEBOVを検出する試験を行った。
実験には、ザイール76株およびザイール95株のZEBOVを使用した。ザイール76株、ザイール95株のウイルスRNAは、カナダ公衆衛生局国立微生物研究所(National Microbiological Laboratory, Public Health Agency of Canada)から譲り受けた。RT−PCRにてプライマー設計領域を含むウイルスcDNAの一部を増幅し、精製した。ギニア14株は、プライマー設計領域を含むウイルスcDNAの一部(300塩基)を合成した(北海道システムサイエンス、日本、札幌)。cDNAはpGEM3Zf(+)ベクター(プロメガ)にてクローニングし、T7RNAポリメラーゼを用いてプライマー設計領域を含む部分的ウイルスRNAを合成し、精製した。ウイルスRNAは分光光度法にて定量した。
上記(1)に示したそれぞれのプライマーセットを用いてLAMP増幅を以下の方法で行った。LAMP法による核酸の増幅を行うためのLAMP反応液の組成は以下の通りである。
FIP 40pmol
BIP 40pmol
F3 5pmol
B3 5pmol
LF 20pmol
LB 20pmol
2×Reaction Mixture 12.5μL
Enzyme Mix(Bst DNA polymerase、avian myeloblastosis virus逆転写酵素) 1.0μL
RNAサンプル 2.0μL。
上記(1)に示したプライマーセットのうち、プライマーセット番号1、2、5、20および22と、配列番号11または28の何れかのループプライマーを用いて上記(2)に記載のプロトコルと同様に試験を行った。
LAMP反応に持ち込んだ合成RNAの量がザイール76株6.4x105であることを除いて上記(2)と同様にRT−LAMP反応を行った。プライマーセットは上述のプライマーセット番号20〜23を使用した。結果を図6に示す。
LAMP反応に持ち込んだ合成RNAがギニア14株6.1x105コピーから6.1x101コピーであることを除いて上記(2)と同様にRT−LAMP反応を行った。使用したプライマーセットは、セットID21およびセットID26であり、これらのプライマーセットは、F3プライマーのみが互いに異なるプライマーセットである。具体的には、セットID21およびセットID26のF3プライマーはそれぞれ、配列番号39および配列番号2でそれぞれ示されるヌクレオチド配列からなり、それ以外のプライマーについては互いに同じ配列からなるプライマーを用いた。使用されたこれらのプライマーセットの具体的な構成は、表4−6および表6に示す通りである。
更に、同様にギニアにおいて採取されたサンプル中のZEBOVのギニア14株の検出能について、実施形態に従うプライマーセットを用いたRT−LAMP法と、定量的RT−PCR(qRT−PCR)とを比較するための試験を行った。
RT−LAMP法は、等温核酸増幅およびリアルタイム蛍光検出装置、Genie(登録商標)III(Optigene、ウェスト・サセックス、U.K.)を用いて行った。DEPC処理水と、ザイール76株の合成RNAとをそれぞれネガティブコントロールとポジティブコントロールとして使用した。
FIP 20pmol
BIP 20pmol
F3 5pmol
B3 5pmol
LF 10pmol
Isothermal Master Mix 15.0μL
AMV逆転写酵素(0.15U) 1.0μL
RNAサンプル 5.0μL。
RT−PCR法は、QuantitectRT−PCRキット(キアゲン)とZaireEBOV2014プライマーおよびプローブキット(TIM MOLBIOL、ハンブルク、ドイツ)を用いて比較試験を行った。TIBキットは、米国食品医薬品局からEBOV診断のための緊急使用権限(EUS)を受けたものである。
上記試験において使用されたサンプルは、ZEBOVのギニア14株への感染の疑いのある対象から採取されたサンプルである。
以下に、本願出願の当初の特許請求の範囲に記載された発明を付記する。
[1]
ザイールエボラウイルスを特異的に増幅するためのLAMP増幅用核酸プライマーセットであって、
それにより増幅されるべき鋳型配列は、3’側から5’側に向けてF3c配列、F2c配列、F1c配列、B1配列、B2配列およびB3配列をこの順番で含み、
当該プライマーセットは、FIPプライマー、F3プライマー、BIPプライマーおよびB3プライマーを含み、FIPプライマーは、5’側から3’側に向けてF1c配列とF2配列とをこの順番で含み、F3プライマーはF3配列を含み、BIPプライマーは、5’側から3’側に向けてB1c配列とB2配列とをこの順番で含み、B3プライマーはB3配列を含み、
ここで、F1配列とF1c配列、F2配列とF2c配列、F3配列とF3c配列、B1配列とB1c配列、B2配列とB2c配列、B3配列とB3c配列は互いに相補的であり、
前記F1配列は、配列番号31若しくは配列番号64に含まれる連続する少なくとも13塩基またはその相補配列を含み、
前記F2配列は、配列番号62若しくは配列番号63に含まれる連続する少なくとも13塩基またはその相補配列を含み、
前記F3配列は、配列番号29、配列番号36、配列番号38、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号58、配列番号59、配列番号60若しくは配列番号61に含まれる連続する少なくとも13塩基またはその相補配列を含み、
前記B1c配列は、配列番号68、配列番号69、配列番号70、配列番号71、配列番号72、配列番号73、配列番号74若しくは配列番号75に含まれる連続する少なくとも13塩基またはその相補配列を含み、
前記B2c配列は、配列番号65若しくは配列番号66に含まれる連続する少なくとも13塩基またはその相補配列を含み、および
前記B3c配列は、配列番号34、配列番号67、配列番号82若しくは配列番号83に含まれる連続する少なくとも13塩基またはその相補配列を含む
ことを特徴とするプライマーセット。
[2]
前記F3プライマーが配列番号29、55、60若しくは61に含まれる5’端から第1位〜第5位の何れかの塩基から続く塩基を含むように連続する少なくとも13塩基またはその相補配列であり、
前記FIPプライマーが配列番号4、44若しくは45の何れかで示される配列またはその相補配列と、配列番号3若しくは42の何れかで示される配列またはその相補配列とを含み、
前記BIPプライマーにおいて、当該B1c配列が、配列番号75に含まれる5’端から第1位〜第5位の何れかの塩基を含むように連続する少なくとも13塩基若しくはその相補配列、または3’端から第1位〜第6位の何れかの塩基を含むように連続する少なくとも13塩基若しくはその相補配列であり、当該B2c配列が、配列番号65若しくは66に含まれる5’端から第1位〜第7位の何れかの塩基を含むように連続する少なくとも13塩基またはその相補配列であり、
前記B3プライマーが、配列番号82に含まれる5’端から第1位〜第5位の何れかの塩基を含むように連続する少なくとも13塩基若しくはその相補配列、または配列番号34に含まれる3’端から第1〜第7位の何れかの塩基を含むように連続する少なくとも13塩基若しくはその相補配列である、
前記LFcプライマーが、配列番号11で示される配列を含む、
ことを特徴とする[1]に記載のプライマーセット。
[3]
前記F3プライマーが、配列番号2、配列番号17、配列番号20、配列番号22または配列番号39の何れかで示される配列またはその相補配列を含み、
前記FIPプライマーが、配列番号12、配列番号18または配列番号21の何れかで示される配列またはその相補配列を含み、
前記BIPプライマーが、配列番号13、配列番号23、配列番号24、配列番号25、配列番号26または配列番号27の何れかで示される配列またはその相補配列を含み、
前記B3プライマーが、配列番号10または配列番号19の何れかで示される配列またはその相補配列を含む、
ことを特徴とする[1]または[2]に記載のプライマーセット。
[4]
前記F3プライマーが、配列番号2、配列番号17、配列番号20、配列番号22または配列番号39の何れかで示される配列またはその相補配列に含まれる連続する少なくとも13塩基を含み、
前記FIPプライマーが、配列番号12、配列番号18または配列番号21の何れかで示される配列またはその相補配列に含まれる連続する少なくとも13塩基を含み、
前記BIPプライマーが、配列番号13、配列番号23、配列番号24、配列番号25、配列番号26または配列番号27の何れかで示される配列またはその相補配列に含まれる連続する少なくとも13塩基を含み、
前記B3プライマーが、配列番号10または配列番号19の何れかで示される配列またはその相補配列に含まれる連続する少なくとも13塩基を含む、
ことを特徴とする[1]または[2]に記載のプライマーセット。
[5]
前記プライマーセットに含まれるF3プライマー、FIPプライマー、BIPプライマーおよびB3プライマーのためのそれぞれの当該認識配列の組み合わせが以下からなる群より選択される[1]〜[3]の何れか1つに記載のプライマーセット:
(1)配列番号17、配列番号18、配列番号13および配列番号19の組み合わせ;
(2)配列番号22、配列番号21、配列番号15および配列番号10の組み合わせ;
(3)配列番号20、配列番号21、配列番号23および配列番号10の組み合わせ;
(4)配列番号22、配列番号21、配列番号24および配列番号10の組み合わせ;
(5)配列番号22、配列番号21、配列番号25および配列番号10の組み合わせ;
(6)配列番号22、配列番号21、配列番号26および配列番号10の組み合わせ;
(7)配列番号22、配列番号21、配列番号27おおび配列番号10の組み合わせ;
(8)配列番号20、配列番号12、配列番号23および配列番号10の組み合わせ;
(9)配列番号20、配列番号12、配列番号24および配列番号10の組み合わせ;
(10)配列番号20、配列番号12、配列番号25および配列番号10の組み合わせ;
(11)配列番号20、配列番号12、配列番号26および配列番号10の組み合わせ;
(12)配列番号20、配列番号12、配列番号27および配列番号9の組み合わせ;
(13)配列番号20、配列番号12、配列番号13および配列番号9の組み合わせ;
(14)配列番号20、配列番号12、配列番号13および配列番号19の組み合わせ;
(15)配列番号22、配列番号12、配列番号13および配列番号10の組み合わせ;
(16)配列番号22、配列番号12、配列番号13および配列番号19の組み合わせ;
(17)配列番号39、配列番号12、配列番号13および配列番号10の組み合わせ;
(18)配列番号2、配列番号12、配列番号13および配列番号10の組み合わせ;並びに
(19)前記(1)〜(18)の何れかの組み合わせに含まれる4つの配列のそれぞれの相補配列の組み合わせ。
[6]
前記ザイールエボラウイルスが、ギニア14株であることを特徴とする[1]〜[5]の何れか1つに記載のプライマーセット。
[7]前記ザイールエボラウイルスが、ギニア14株、ザイール76株およびザイール95株であることを特徴とする[1]〜[5]の何れか1つに記載のプライマーセット。
[8]
前記FIPプライマーが、更に前記F1c配列と前記F2配列との間にリンカーを含み、および/または前記BIPプライマーが、更に前記B1配列と前記B2c配列との間にリンカーを含むことを特徴とする[1]〜[7]の何れか1つに記載のプライマーセット。
[9]
前記リンカーが、1〜50塩基長を有する任意の塩基配列からなることを特徴とする[8]に記載のプライマーセット。
[10]
更に、配列番号11またはその相補配列を含むLFcプライマーを含むことを特徴とする[1]〜[9]の何れか1つに記載のプライマーセット。
[11]
[1]〜[5]の何れか1つに記載の何れかのプライマーセットと、前記プライマーセットを収容する容器とを含むザイールエボラウイルスを検出するためのアッセイキット。
[12]
前記ザイールエボラウイルスが、ギニア14株であることを特徴とする[11]に記載のアッセイキット。
[13]
前記ザイールエボラウイルスが、ザイール76株、ザイール95株およびギニア14株であることを特徴とする[11]に記載のアッセイキット。
[14]
3’側から5’側に向けて、F1配列、F2c配列およびF1c配列をこの順番で含み、且つ前記F1配列と前記F1c配列とが互いに結合し二本鎖を形成している第1のステム・ループ構造体、
3’側から5’側に向けて、B1配列、B2配列およびB1c配列をこの順番で含み、前記B1配列と前記B1c配列とが互いに結合し二本鎖を形成している第2のステム・ループ構造体、
5’側から3’側に向けて、F1c配列、F2配列およびF1配列をこの順番で含み、前記F1c配列と前記F1配列とが互いに結合し二本鎖を形成している第3のステム・ループ構造体、
5’側から3’側に向けて、B1c配列、B2c配列およびB1配列をこの順番で含み、前記B1c配列と前記B1配列とが互いに結合し二本鎖を形成している第4のステム・ループ構造体、
3’側から5’側に向けて、F1配列、F2c配列、F1c配列、B1配列、B2配列およびB1c配列をこの順番で含み、且つ前記F1配列と前記F1c配列とが互いに結合し二本鎖を形成し、前記B1配列と前記B1c配列とが互いに結合し二本鎖を形成している第1のダンベル構造体、および/または
5’側から3’側に向けて、F1c配列、F2配列、F1配列、B1c配列、B2c配列およびB1配列をこの順番で含み、且つ前記F1c配列と前記F1配列とが互いに結合し二本鎖を形成し、前記B1c配列と前記B1配列とが互いに結合し二本鎖を形成している第2のダンベル構造体
を含む核酸構造体であって、
ここで、F1配列とF1c配列、F2配列とF2c配列、F3配列とF3c配列、B1配列とB1c配列、B2配列とB2c配列、B3配列とB3c配列は互いに相補的であり、
前記F1配列は、配列番号31若しくは配列番号64に含まれる連続する少なくとも13塩基またはその相補配列を含み、
前記F2配列は、配列番号62若しくは配列番号63に含まれる連続する少なくとも13塩基またはその相補配列を含み、
前記F3配列は、配列番号29、配列番号36、配列番号38、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号58、配列番号59、配列番号60若しくは配列番号61に含まれる連続する少なくとも13塩基またはその相補配列を含み、
前記B1c配列は、配列番号68、配列番号69、配列番号70、配列番号71、配列番号72、配列番号73、配列番号74若しくは配列番号75に含まれる連続する少なくとも13塩基またはその相補配列を含み、
前記B2c配列は、配列番号65若しくは配列番号66に含まれる連続する少なくとも13塩基またはその相補配列を含み、および
前記B3c配列は、配列番号34、配列番号67、配列番号82若しくは配列番号83に含まれる連続する少なくとも13塩基またはその相補配列を含む
ことを特徴とする核酸構造体。
[15]
前記ザイールエボラウイルスが、ギニア14株であることを特徴とする[14]に記載の核酸構造体。
[16]
前記ザイールエボラウイルスが、ギニア14株、ザイール76株およびザイール95株であることを特徴とする[14]に記載の核酸構造体。
[17]
ザイールエボラウイルスを検出するための方法であって、[1]〜[5]に記載の何れかのプライマーセットを用いて検体に含まれる核酸を増幅し、濁度または蛍光を指標に前記検体にザイールエボラウイルスが含まれているか否かを判定する方法。
[18]
前記ザイールエボラウイルスが、ギニア14株であることを特徴とする[17]に記載の方法。
[19]
前記ザイールエボラウイルスが、ギニア14株、ザイール76株およびザイール95株であることを特徴とする[17]に記載の方法。
Claims (16)
- ザイールエボラウイルスのギニア14株を検出するためのLAMP増幅用核酸プライマーセットであって、
それにより増幅されるべき鋳型配列は、3’側から5’側に向けてF3c配列、F2c配列、F1c配列、B1配列、B2配列およびB3配列をこの順番で含み、
当該プライマーセットは、FIPプライマー、F3プライマー、BIPプライマーおよびB3プライマーを含み、FIPプライマーは、5’側から3’側に向けてF1c配列とF2配列とをこの順番で含み、F3プライマーはF3配列を含み、BIPプライマーは、5’側から3’側に向けてB1c配列とB2配列とをこの順番で含み、B3プライマーはB3配列を含み、
ここで、F1配列とF1c配列、F2配列とF2c配列、F3配列とF3c配列、B1配列とB1c配列、B2配列とB2c配列、B3配列とB3c配列は互いに相補的であり、
前記F3プライマー、前記FIPプライマー、前記BIPプライマーおよび前記B3プライマーのためのそれぞれの当該認識配列の組み合わせは、
(1)配列番号17、配列番号18、配列番号13および配列番号19の組み合わせ;
(2)配列番号22、配列番号21、配列番号15および配列番号10の組み合わせ;
(3)配列番号20、配列番号21、配列番号23および配列番号10の組み合わせ;
(4)配列番号22、配列番号21、配列番号24および配列番号10の組み合わせ;
(5)配列番号22、配列番号21、配列番号25および配列番号10の組み合わせ;
(6)配列番号22、配列番号21、配列番号26および配列番号10の組み合わせ;
(7)配列番号22、配列番号21、配列番号27おおび配列番号10の組み合わせ;
(8)配列番号20、配列番号12、配列番号23および配列番号10の組み合わせ;
(9)配列番号20、配列番号12、配列番号24および配列番号10の組み合わせ;
(10)配列番号20、配列番号12、配列番号25および配列番号10の組み合わせ;
(11)配列番号20、配列番号12、配列番号26および配列番号10の組み合わせ;
(12)配列番号20、配列番号12、配列番号27および配列番号9の組み合わせ;
(13)配列番号20、配列番号12、配列番号13および配列番号9の組み合わせ;
(14)配列番号20、配列番号12、配列番号13および配列番号19の組み合わせ;
(15)配列番号22、配列番号12、配列番号13および配列番号10の組み合わせ;
(16)配列番号22、配列番号12、配列番号13および配列番号19の組み合わせ;並びに
(17)配列番号39、配列番号12、配列番号13および配列番号10の組み合わせ
からなる群より選択される
ことを特徴とするプライマーセット。 - 前記組み合わせが(1)又は(17)であり、ザイールエボラウイルスのザイール76株を更に検出するためのものであることを特徴とする請求項1に記載のプライマーセット。
- 前記組み合わせが(1)、(10)〜(16)の何れか1つであり、ザイールエボラウイルスのザイール95株を更に検出するためのものであることを特徴とする請求項1に記載のプライマーセット。
- 前記FIPプライマーが、更に前記F1c配列と前記F2配列との間にリンカーを含み、および/または前記BIPプライマーが、更に前記B1配列と前記B2c配列との間にリンカーを含むことを特徴とする請求項1〜3の何れか1項に記載のプライマーセット。
- 前記リンカーが、1〜50塩基長を有する任意の塩基配列からなることを特徴とする請求項4に記載のプライマーセット。
- 前記組み合わせが(17)であり、更に、配列番号11またはその相補配列を含むLFcプライマー及び/又は配列番号28またはその相補配列を含むLBcプライマーを含むことを特徴とする請求項1、2、4又は6に記載のプライマーセット。
- ザイールエボラウイルスのギニア14株を検出するためのLAMP増幅用核酸プライマーセットであって、
当該プライマーセットは、FIPプライマー、F3プライマー、BIPプライマー、B3プライマーおよびLFcプライマーを含み、
前記F3プライマー、前記FIPプライマー、前記BIPプライマー、前記B3プライマーおよび前記LFcプライマーのそれぞれの配列の組み合わせは、
(18)配列番号2、配列番号12、配列番号13、配列番号10及び配列番号11の組み合わせ
であることを特徴とするプライマーセット。 - 請求項1又は7に記載の何れかのプライマーセットと、前記プライマーセットを収容する容器とを含むザイールエボラウイルスのギニア14株を検出するためのアッセイキット。
- 前記組み合わせが(1)又は(17)であり、ザイールエボラウイルスのザイール76株を更に検出するためのものであることを特徴とする請求項8に記載のアッセイキット。
- 前記組み合わせが(1)、(10)〜(16)の何れか1つであり、ザイールエボラウイルスのザイール95株を更に検出するためのものであることを特徴とする請求項8に記載のアッセイキット。
- 3’側から5’側に向けて、F1配列、F2c配列およびF1c配列をこの順番で含み、且つ前記F1配列と前記F1c配列とが互いに結合し二本鎖を形成している第1のステム・ループ構造体、
3’側から5’側に向けて、B1配列、B2配列およびB1c配列をこの順番で含み、前記B1配列と前記B1c配列とが互いに結合し二本鎖を形成している第2のステム・ループ構造体、
5’側から3’側に向けて、F1c配列、F2配列およびF1配列をこの順番で含み、前記F1c配列と前記F1配列とが互いに結合し二本鎖を形成している第3のステム・ループ構造体、
5’側から3’側に向けて、B1c配列、B2c配列およびB1配列をこの順番で含み、前記B1c配列と前記B1配列とが互いに結合し二本鎖を形成している第4のステム・ループ構造体、
3’側から5’側に向けて、F1配列、F2c配列、F1c配列、B1配列、B2配列およびB1c配列をこの順番で含み、且つ前記F1配列と前記F1c配列とが互いに結合し二本鎖を形成し、前記B1配列と前記B1c配列とが互いに結合し二本鎖を形成している第1のダンベル構造体、および/または
5’側から3’側に向けて、F1c配列、F2配列、F1配列、B1c配列、B2c配列およびB1配列をこの順番で含み、且つ前記F1c配列と前記F1配列とが互いに結合し二本鎖を形成し、前記B1c配列と前記B1配列とが互いに結合し二本鎖を形成している第2のダンベル構造体
を含む核酸構造体であって、
ここで、F1配列とF1c配列、F2配列とF2c配列、F3配列とF3c配列、B1配列とB1c配列、B2配列とB2c配列、B3配列とB3c配列は互いに相補的であり、
F3配列、F1c配列、F2配列、B1c配列、B2配列及びB3配列のそれぞれの組み合わせは、
(1)配列番号17、配列番号85、配列番号43、配列番号6、配列番号8及び配列番号19の組み合わせ;
(2)配列番号22、配列番号84、配列番号42、配列番号49、配列番号90及び配列番号10の組み合わせ;
(3)配列番号20、配列番号84、配列番号42、配列番号48、配列番号89及び配列番号10の組み合わせ;
(4)配列番号22、配列番号84、配列番号42、配列番号48、配列番号86及び配列番号10の組み合わせ;
(5)配列番号22、配列番号84、配列番号42、配列番号47、配列番号88及び配列番号10の組み合わせ;
(6)配列番号22、配列番号84、配列番号42、配列番号46、配列番号87及び配列番号10の組み合わせ;
(7)配列番号22、配列番号84、配列番号42、配列番号46、配列番号86及び配列番号10の組み合わせ;
(8)配列番号20、配列番号5、配列番号3、配列番号48、配列番号89及び配列番号10の組み合わせ;
(9)配列番号20、配列番号5、配列番号3、配列番号48、配列番号86及び配列番号10の組み合わせ;
(10)配列番号20、配列番号5、配列番号3、配列番号47、配列番号88及び配列番号10の組み合わせ;
(11)配列番号20、配列番号5、配列番号3、配列番号46、配列番号87及び配列番号10の組み合わせ;
(12)配列番号20、配列番号5、配列番号3、配列番号46、配列番号86及び配列番号10の組み合わせ;
(13)配列番号20、配列番号5、配列番号3、配列番号6、配列番号8及び配列番号10の組み合わせ;
(14)配列番号20、配列番号5、配列番号3、配列番号6、配列番号8及び配列番号19の組み合わせ;
(15)配列番号22、配列番号5、配列番号3、配列番号6、配列番号8及び配列番号10の組み合わせ;
(16)配列番号22、配列番号5、配列番号3、配列番号6、配列番号8及び配列番号19の組み合わせ;並びに
(17)配列番号39、配列番号5、配列番号3、配列番号6、配列番号8及び配列番号10の組み合わせ
からなる群から選択される
ことを特徴とする、ザイールエボラウイルスのギニア14株を検出するための核酸構造体。 - 前記組み合わせが(1)又は(17)であり、ザイールエボラウイルスのザイール76株を更に検出するためのものであることを特徴とする請求項11に記載の核酸構造体。
- 前記組み合わせが(1)、(10)〜(16)の何れか1つであり、ザイールエボラウイルスのザイール95株を更に検出するためのものであることを特徴とする請求項11に記載の核酸構造体。
- ザイールエボラウイルスのギニア14株を検出するための方法であって、請求項1又は7に記載の何れかのプライマーセットを用いて検体に含まれる核酸を増幅し、濁度または蛍光を指標に前記検体にザイールエボラウイルスのギニア14株が含まれているか否かを判定する方法。
- 前記組み合わせが(1)又は(17)であり、ザイールエボラウイルスのザイール76株を更に検出することを特徴とする請求項14に記載の方法。
- 前記組み合わせが(1)、(10)〜(16)の何れか1つであり、ザイールエボラウイルスのザイール95株を更に検出するためのものであることを特徴とする請求項14に記載の方法。
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