JP6382260B2 - Ｓｔ２抗原結合タンパク質 - Google Patents

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Description

関連出願の相互参照
本出願は、２０１３年３月１５日に出願された米国仮特許出願第６１／７９２，６１９号、および２０１２年５月１８日に出願された米国仮特許出願第６１／６４９，１４７号に対する優先権を主張するものであり、参照により、それらの全体が本明細書に組み込まれる。
配列表の参照
本出願は、ＥＦＳ−Ｗｅｂを介して電子形式で配列表とともに出願される。配列表は、２０１３年５月１７日に作成されたＡ１７１２ＷＯＰＣＴ＿ＳＴ２５．ｔｘｔという標題の１８９，８０４バイトサイズのテキストファイルとして提供される。電子形式の配列表に含まれる情報は、参照により、その全体が本明細書に組み込まれる。
ＳＴ２は、ＩＬ−１およびＩＬ−１８に関連するサイトカインであり、ＮＦ−ＨＥＶまたはＩＬ−１Ｆ１１としても知られるインターロイキン−３３（ＩＬ−３３）の結合受容体である。ＳＴ２は、可溶性の非シグナル伝達多様体（可溶性ＳＴ２またはＳＴ２）、およびＩＬ−３３への細胞応答を媒介する完全長膜貫通型（ＦＬ ＳＴ２、ＳＴ２、またはＳＴ２Ｌ）の両方として発現される。後者の形態は、多数の疾患状況において病的炎症に関与する幅広い細胞型において発現される。これらは、リンパ球、特に、ＩＬ−５およびＩＬ−１３を発現するＴヘルパー細胞、ナチュラルキラー（ＮＫ）およびナチュラルキラーＴ（ＮＫＴ）細胞、ならびに多くのいわゆる自然免疫細胞、例えば、マスト細胞、好塩基球、好酸球、マクロファージ、および自然ヘルパー細胞（ｎｕｏｃｙｔｅとしても知られるＮｅｉｌｌ，Ｗｏｎｇ ｅｔ ａｌ．２０１０））を含む。ＩＬ−３３がこれらの細胞上でＳＴ２に結合すると、ＩＬ−１Ｒアクセサリータンパク質（ＡｃＰ）として知られる広範囲に発現する共受容体の動員、ならびにＩＬ−１およびＩＬ−１８に類似する炎症誘発性シグナル伝達の活性化を引き起こす。ＩＬ−３３は、このように、ＳＴ２を発現する細胞を直接活性化することができるか、または、他の活性化刺激の存在下において、それらの活性化を増強することができる。ＩＬ−３３によって誘導される細胞応答の例は、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−１３、ＴＮＦ、ＩＦＮ−γ、およびＧＭ−ＣＳＦ等の炎症性サイトカインの産生、ならびにＣＸＣＬ８、ＣＣＬ１７、およびＣＣＬ２４等のケモカインの産生を含む。また、ＩＬ−３３は、ＩｇＥ受容体シグナル伝達または他のマスト細胞および好塩基球活性化因子によって引き起こされるマスト細胞および好塩基球の活性化を増大させることによって、急性アレルギー反応を増強することも示されている。ＩＬ−３３はまた、ＳＴ２を発現する免疫細胞の動員、生存、および接着性を増強するので、局部組織において細胞性炎症を誘発および持続させる上で重要である。
自然免疫細胞および獲得免疫細胞に対するＩＬ−３３の炎症誘発作用は、結果的に多くの病理学的プロセスを促進する。肺において、これらは、気道炎症、粘液産生、気道過敏性、および線維リモデリングの増加を含む。ＩＬ−３３はまた、炎症誘発性サイトカインの産生を促進することによって、関節の局所炎症、ならびに皮膚および関節の痛覚過敏（ｈｙｐｅｒｎｏｃｉｃｅｐｔｉｏｎ）にも寄与し得る（Ｖｅｒｒｉ，Ｇｕｅｒｒｅｒｏ ｅｔ ａｌ．２００８；Ｘｕ，Ｊｉａｎｇ ｅｔ ａｌ．２００８）。過剰なＩＬ−３３は、病的なコラーゲン沈着および線維症と関連付けられており、炎症性腸疾患の状況における上皮損傷にも寄与する。好塩基球およびＩｇＥで感作されたマスト細胞に対するその強力な作用を通じて、ＩＬ−３３は、アナフィラキシーショックを引き起こす可能性もあり（Ｐｕｓｈｐａｒａｊ，Ｔａｙ ｅｔ ａｌ．２００９）、アレルギー性疾患における原因となる役割を果たす場合がある。これらの疾患の多くは、本質的に慢性および進行性であり、治療することが困難であるため、より効果的な治療の必要性が存在する。
確認されている生物学的作用と一致して、ＩＬ−３３／ＳＴ２経路がヒト疾患に寄与するという一連の証拠がいくつか存在する。例えば、粘膜組織の炎症および関節の炎症に関与する疾患には、ＩＬ−３３の異常に高い発現が認められる。これらは、喘息（Ｐｒｅｆｏｎｔａｉｎｅ，Ｌａｊｏｉｅ−Ｋａｄｏｃｈ ｅｔ ａｌ．２００９；Ｐｒｅｆｏｎｔａｉｎｅ，Ｎａｄｉｇｅｌ ｅｔ ａｌ．２０１０）、炎症性腸疾患（Ｂｅｌｔｒａｎ，Ｎｕｎｅｚ ｅｔ ａｌ．２０１０；Ｐａｓｔｏｒｅｌｌｉ，Ｇａｒｇ ｅｔ ａｌ．２０１０；Ｓｐｏｎｈｅｉｍ，Ｐｏｌｌｈｅｉｍｅｒ ｅｔ ａｌ．２０１０）、および関節リウマチ（Ｐａｌｍｅｒ，Ｔａｌａｂｏｔ−Ａｙｅｒ ｅｔ ａｌ．２００９；Ｍａｔｓｕｙａｍａ，Ｏｋａｚａｋｉ ｅｔ ａｌ．２０１０）を含む。ＩＬ−３３の発現は、乾癬性皮膚（Ｔｈｅｏｈａｒｉｄｅｓ，Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．２０１０）およびアトピー性皮膚炎患者の皮膚（Ｐｕｓｈｐａｒａｊ，Ｔａｙ ｅｔ ａｌ．２００９）において上昇し、また、全身性硬化症（Ｙａｎａｂａ，Ｙｏｓｈｉｚａｋｉ ｅｔ ａｌ．２０１１）（Ｍａｎｅｔｔｉ，Ｉｂｂａ−Ｍａｎｎｅｓｃｈｉ ｅｔ ａｌ．２００９）および肝線維症（Ｍａｒｖｉｅ，Ｌｉｓｂｏｎｎｅ ｅｔ ａｌ．２００９）等の線維症の病的状態においても増加する。多数の病状においても循環する可溶性ＳＴ２の濃度が上昇しており、このサイトカイン経路とこれらの疾患との関連性がさらに示唆される。例として、喘息（Ｋｕｒｏｉｗａ，Ａｒａｉ ｅｔ ａｌ．２００１；Ｏｓｈｉｋａｗａ，Ｋｕｒｏｉｗａ ｅｔ ａｌ．２００１；Ａｌｉ，Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．２００９）、慢性閉塞性肺疾患（Ｈａｃｋｅｒ，Ｌａｍｂｅｒｓ ｅｔ ａｌ．２００９）、肺線維症（Ｔａｊｉｍａ，Ｏｓｈｉｋａｗａ ｅｔ ａｌ．２００３）、敗血症および外傷（Ｂｒｕｎｎｅｒ，Ｋｒｅｎｎ ｅｔ ａｌ．２００４）、ＨＩＶ感染（Ｍｉｙａｇａｋｉ，Ｓｕｇａｙａ ｅｔ ａｌ．２０１１）、全身性エリテマトーデス（Ｍｏｋ，Ｈｕａｎｇ ｅｔ ａｌ．２０１０）、炎症性腸疾患（Ｂｅｌｔｒａｎ，Ｎｕｎｅｚ ｅｔ ａｌ．２０１０）、ならびに関節リウマチ、硬化症、ウェゲナー肉芽腫症およびベーチェット病（Ｋｕｒｏｉｗａ，Ａｒａｉ ｅｔ ａｌ．２００１）、そして循環器疾患（Ｓｈａｈ ａｎｄ Ｊａｎｕｚｚｉ ２０１０）が挙げられる。ＩＬ−３３は、好酸球性炎症を増強し、この経路が鼻副鼻腔炎および鼻ポリープ症（Ｐｌａｇｅｒ，Ｋａｈｌ ｅｔ ａｌ．２０１０）、ならびに好酸球性気管支炎（Ｏｓｈｉｋａｗａ，Ｋｕｒｏｉｗａ ｅｔ ａｌ．２００１）等の好酸球関連疾患に関与するという証拠がある。
ＩＬ−３３／ＳＴ２経路をヒト疾患に関連付けるさらなる証拠が遺伝学的研究によって提供されており、疾患のリスク増加または疾患重症度のパラメータと著しく関連する、一般集団におけるＩＬ−３３および／またはＳＴ２の遺伝子多型性が同定されている。いくつかの大規模なゲノムワイド関連解析が、ＳＴ２（ＩＬ１ＲＬ１）またはＩＬ−３３における遺伝的多様性を喘息のリスク増加と関連付けており（Ｇｕｄｂｊａｒｔｓｓｏｎ，Ｂｊｏｒｎｓｄｏｔｔｉｒ ｅｔ ａｌ．２００９；Ｍｏｆｆａｔｔ，Ｇｕｔ ｅｔ ａｌ．２０１０；Ｗｕ，Ｒｏｍｉｅｕ ｅｔ ａｌ．２０１０）、他の研究は、この経路を喘息の重症度の増加（Ａｌｉ，Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．２００９）および気管支過敏性（Ｒｅｉｊｍｅｒｉｎｋ，Ｐｏｓｔｍａ ｅｔ ａｌ．２００８）と遺伝的に関連付けている。同様の知見が、アトピー性皮膚炎（Ｓｈｉｍｉｚｕ，Ｍａｔｓｕｄａ ｅｔ ａｌ．２００５）、鼻副鼻腔炎（Ｓａｋａｓｈｉｔａ，Ｙｏｓｈｉｍｏｔｏ ｅｔ ａｌ．２００８；Ｃａｓｔａｎｏ Ｒ ２００９）、および鼻ポリープ症（Ｂｕｙｓｓｃｈａｅｒｔ，Ｇｒｕｌｏｉｓ ｅｔ ａｌ．２０１０）等のアレルギー疾患にこの経路を関係付けている。
総合すると、いくつかのヒト疾患との関連性、およびこのサイトカイン系が多くの形態の有害な炎症を促進する能力は、これが治療的介入に有用な標的であることを意味している。
Ｎｅｉｌｌ， Ｄ． Ｒ．， Ｓ． Ｈ． Ｗｏｎｇ， ｅｔ ａｌ． （２０１０）． 「Ｎｕｏｃｙｔｅｓ ｒｅｐｒｅｓｅｎｔ ａ ｎｅｗ ｉｎｎａｔｅ ｅｆｆｅｃｔｏｒ ｌｅｕｋｏｃｙｔｅ ｔｈａｔ ｍｅｄｉａｔｅｓ ｔｙｐｅ−２ ｉｍｍｕｎｉｔｙ．」 Ｎａｔｕｒｅ ４６４（７２９３）： １３６７−１３７０ Ｖｅｒｒｉ， Ｗ． Ａ．， Ｊｒ．， Ａ． Ｔ． Ｇｕｅｒｒｅｒｏ， ｅｔ ａｌ． （２００８）． 「ＩＬ−３３ ｍｅｄｉａｔｅｓ ａｎｔｉｇｅｎ−ｉｎｄｕｃｅｄ ｃｕｔａｎｅｏｕｓ ａｎｄ ａｒｔｉｃｕｌａｒ ｈｙｐｅｒｎｏｃｉｃｅｐｔｉｏｎ ｉｎ ｍｉｃｅ．」 Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ １０５（７）： ２７２３−２７２８
本発明は、商業生産およびヒトにおける治療用途に適した特性を有する抗ＳＴ２抗原結合タンパク質、例えば、抗体およびその機能的断片を提供する。抗ＳＴ２抗原結合タンパク質は、ＩＬ−３３／ＳＴ２系に関連する疾患および障害を治療する方法において特に有用である。高い親和性でＳＴ２に結合してＩＬ−３３の結合を効果的にブロックし、それによって細胞内でＩＬ−３３によって媒介されるシグナル伝達を低下させるＳＴ２結合抗体を、本明細書に提供する。
第１の態様において、ＳＴ２抗原結合タンパク質は、ａ）配列番号９５、配列番号９６、配列番号９７、配列番号９８、配列番号９９、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０２、配列番号１０３、配列番号１０４、配列番号１０５、配列番号１６３、配列番号１６４、もしくは配列番号１６５に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、もしくは同一である軽鎖可変ドメイン；ｂ）配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９、配列番号１４５、配列番号１４６、もしくは配列番号１４７に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、もしくは同一である重鎖可変ドメイン、またはｃ）ａ）の軽鎖可変ドメインおよびｂ）の重鎖可変ドメインを含む。
第１の態様の好ましい抗原結合タンパク質は、配列番号９５に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である軽鎖可変ドメインおよび配列番号２９に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である重鎖可変ドメインを含むもの；配列番号９６に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である軽鎖可変ドメインおよび配列番号３０に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である重鎖可変ドメインを含むもの；配列番号９７に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である軽鎖可変ドメインおよび配列番号３１に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である重鎖可変ドメインを含むもの；配列番号９８に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である軽鎖可変ドメインおよび配列番号３２に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である重鎖可変ドメインを含むもの；配列番号９９に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である軽鎖可変ドメインおよび配列番号３３に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である重鎖可変ドメインを含むもの；配列番号１００に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である軽鎖可変ドメインおよび配列番号３４に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である重鎖可変ドメインを含むもの；配列番号１０１に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である軽鎖可変ドメインおよび配列番号３５に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である重鎖可変ドメインを含むもの；配列番号１０２に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である軽鎖可変ドメインおよび配列番号３６に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である重鎖可変ドメインを含むもの；配列番号１０３に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である軽鎖可変ドメインおよび配列番号３７に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である重鎖可変ドメインを含むもの；配列番号１０４に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である軽鎖可変ドメインおよび配列番号３８に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である重鎖可変ドメインを含むもの；配列番号１０５に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である軽鎖可変ドメインおよび配列番号３９に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である重鎖可変ドメインを含むもの；配列番号１６３に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である軽鎖可変ドメインおよび配列番号１４５に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である重鎖可変ドメインを含むもの；配列番号１６４に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である軽鎖可変ドメインおよび配列番号１４６に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である重鎖可変ドメインを含むもの；ならびに配列番号１６５に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である軽鎖可変ドメインおよび配列番号１４７に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である重鎖可変ドメインを含むものを含む。
第２の態様において、ＳＴ２抗原結合タンパク質は、ａ）配列番号９５、配列番号９６、配列番号９７、配列番号９８、配列番号９９、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０２、配列番号１０３、配列番号１０４、配列番号１０５、配列番号１６３、配列番号１６４、もしくは配列番号１６５に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のもしくは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有する軽鎖可変ドメイン；ｂ）配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９、配列番号１４５、配列番号１４６、もしくは配列番号１４７に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のもしくは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有する重鎖可変ドメイン；またはｃ）ａ）の軽鎖可変ドメインおよびｂ）の重鎖可変ドメインを含む。
第２の態様の好ましい抗原結合タンパク質は、配列番号９５に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する軽鎖可変ドメインおよび配列番号２９に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する重鎖可変ドメインを含むもの；配列番号９６に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する軽鎖可変ドメインおよび配列番号３０に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する重鎖可変ドメインを含むもの；配列番号９７に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する軽鎖可変ドメインおよび配列番号３１に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する重鎖可変ドメインを含むもの；配列番号９８に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する軽鎖可変ドメインおよび配列番号３２に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する重鎖可変ドメインを含むもの；配列番号９９に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する軽鎖可変ドメインおよび配列番号３３に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する重鎖可変ドメインを含むもの；配列番号１００に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する軽鎖可変ドメインおよび配列番号３４に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する軽鎖可変ドメインおよび重鎖可変ドメインを含むもの；配列番号１０１に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する軽鎖可変ドメインおよび配列番号３５に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する軽鎖可変ドメインおよび重鎖可変ドメインを含むもの；配列番号１０２に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する軽鎖可変ドメインおよび配列番号３６に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する軽鎖可変ドメインおよび重鎖可変ドメインを含むもの；配列番号１０３に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する軽鎖可変ドメインおよび配列番号３７に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する重鎖可変ドメインを含むもの；配列番号１０４に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する軽鎖可変ドメインおよび配列番号３８に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する重鎖可変ドメインを含むもの；配列番号１０５に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する軽鎖可変ドメインおよび配列番号３９に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する重鎖可変ドメインを含むもの；配列番号１６３に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する軽鎖可変ドメインおよび配列番号１４５に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する重鎖可変ドメインを含むもの；配列番号１６４に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する軽鎖可変ドメインおよび配列番号１４６に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する重鎖可変ドメインを含むもの；ならびに配列番号１６５に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する軽鎖可変ドメインおよび配列番号１４７に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する重鎖可変ドメインを含むものを含む。
第３の態様において、ＳＴ２抗原結合タンパク質は、ａ）配列番号１０６に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１１７に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１２８に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；ｂ）配列番号１０７に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１１８に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１２９に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；ｃ）配列番号１０８に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１１９に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１３０に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；ｄ）配列番号１０９に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１２０に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１３１に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；ｅ）配列番号１１０に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１２１に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１３２に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；ｆ）配列番号１１１に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１２２に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１３３に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；ｇ）配列番号１１２に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１２３に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１３４に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；ｈ）配列番号１１３に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１２４に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１３５に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；ｉ）配列番号１１４に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１２５に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１３６に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；ｊ）配列番号１１５に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１２６に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１３７に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；ｋ）配列番号１１６に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１２７に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１３８に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；ｌ）配列番号１６６に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１６９に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１７２に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；ｍ）配列番号１６７に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１７０に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１７３に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；または、ｎ）配列番号１６８に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１７１に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１７４に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３、を含む軽鎖可変ドメイン、ならびにｏ）配列番号４０に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５１に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号６２に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；ｐ）配列番号４１に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５２に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号６３に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；ｑ）配列番号４２に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５３に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号６４に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；ｒ）配列番号４３に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５４に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号６５に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；ｓ）配列番号４４に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５５に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号６６に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；ｔ）配列番号４５に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５６に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号６７に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；ｕ）配列番号４６に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５７に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号６８に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；ｖ）配列番号４７に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５８に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号６９に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；ｗ）配列番号４８に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５９に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号７０に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；ｘ）配列番号４９に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号６０に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号７１に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；ｙ）配列番号５０に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号６１に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号７２に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；ｚ）配列番号１４８に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号１５１に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号１５４に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；ａａ）配列番号１４９に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号１５２に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号１５５に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；またはｂｂ）配列番号１５０に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号１５３に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号１５６に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３を含む重鎖可変ドメインを含有する。
第３の態様の好ましいＳＴ２抗原結合タンパク質は、ａ）の軽鎖可変ドメインおよびｏ）の重鎖可変ドメインを含むもの；ｂ）の軽鎖可変ドメインおよびｐ）の重鎖可変ドメインを含むもの；ｃ）の軽鎖可変ドメインおよびｑ）の重鎖可変ドメインを含むもの；ｄ）の軽鎖可変ドメインおよびｒ）の重鎖可変ドメインを含むもの；ｅ）の軽鎖可変ドメインおよびｓ）の重鎖可変ドメインを含むもの；ｆ）の軽鎖可変ドメインおよびｔ）の重鎖可変ドメインを含むもの；ｇ）の軽鎖可変ドメインおよびｕ）の重鎖可変ドメインを含むもの；ｈ）の軽鎖可変ドメインおよびｖ）の重鎖可変ドメインを含むもの；ｉ）の軽鎖可変ドメインおよびｗ）の重鎖可変ドメインを含むもの；ｊ）の軽鎖可変ドメインおよびｘ）の重鎖可変ドメインを含むもの；ｋ）の軽鎖可変ドメインおよびｙ）の重鎖可変ドメインを含むもの；ｌ）の軽鎖可変ドメインおよびｚ）の重鎖可変ドメインを含むもの；ｍ）の軽鎖可変ドメインおよびａａ）の重鎖可変ドメインを含むもの；ならびにｎ）の軽鎖可変ドメインおよびｂｂ）の重鎖可変ドメインを含むものを含む。
本発明の第４の態様において、第１、第２、または第３の態様のＳＴ２抗原結合タンパク質は、１×１０−１０Ｍ以下の親和性でヒトＳＴ２に結合する。
本発明の第５の態様において、第１、第２、第３、または第４の態様のＳＴ２抗原結合タンパク質は、ヒトＳＴ２のヒトＩＬ−３３への結合を阻害する。
本発明の第６の態様において、第１、第２、第３、第４、または第５の態様のＳＴ２抗原結合タンパク質は、ヒトＳＴ２を発現する細胞においてヒトＩＬ−３３によって媒介されるＳＴ２シグナル伝達を低下させる。
本発明の第７の態様において、第６の態様のＳＴ２抗原結合タンパク質は、カニクイザルＳＴ２を発現する細胞においてＩＬ−３３によって媒介されるカニクイザルＳＴ２シグナル伝達を低下させる。
本発明の第８の態様において、第１、第２、第３、第４、第５、第６、または第７の態様のＳＴ２抗原結合タンパク質は、ヒト抗体等の抗体である。好ましい抗体は、配列番号８４に記載のアミノ酸配列を有する軽鎖および配列番号１８に記載のアミノ酸配列を有する重鎖を含む抗体、配列番号８５に記載のアミノ酸配列を有する軽鎖および配列番号１９に記載のアミノ酸配列を有する重鎖を含む抗体、配列番号８６に記載のアミノ酸配列を有する軽鎖および配列番号２０に記載のアミノ酸配列を有する重鎖を含む抗体；配列番号８７に記載のアミノ酸配列を有する軽鎖および配列番号２１に記載のアミノ酸配列を有する重鎖を含む抗体；配列番号８８に記載のアミノ酸配列を有する軽鎖および配列番号２２に記載のアミノ酸配列を有する重鎖を含む抗体；配列番号８９に記載のアミノ酸配列を有する軽鎖および配列番号２３に記載のアミノ酸配列を有する重鎖を含む抗体、配列番号９０に記載のアミノ酸配列を有する軽鎖および配列番号２４に記載のアミノ酸配列を有する重鎖を含む抗体、配列番号９１に記載のアミノ酸配列を有する軽鎖および配列番号２５に記載のアミノ酸配列を有する重鎖を含む抗体、配列番号９２に記載のアミノ酸配列を有する軽鎖および配列番号２６に記載のアミノ酸配列を有する重鎖を含む抗体、配列番号９３に記載のアミノ酸配列を有する軽鎖および配列番号２７に記載のアミノ酸配列を有する重鎖を含む抗体、配列番号９４に記載のアミノ酸配列を有する軽鎖および配列番号２８に記載のアミノ酸配列を有する重鎖を含む抗体、配列番号１６０に記載のアミノ酸配列を有する軽鎖および配列番号１４２に記載のアミノ酸配列を有する重鎖を含む抗体、配列番号１６１に記載のアミノ酸配列を有する軽鎖および配列番号１４３に記載のアミノ酸配列を有する重鎖を含む抗体、ならびに配列番号１６２に記載のアミノ酸配列を有する軽鎖および配列番号１４４に記載のアミノ酸配列を有する重鎖を含む抗体を含む。
第９の態様において、本発明は、ＳＴ２抗原結合タンパク質の１つ以上のポリペプチド成分、例えば、抗体軽鎖または抗体重鎖をコードする単離された核酸を提供する。好ましい実施形態において、核酸は、
ａ） 配列番号９５、配列番号９６、配列番号９７、配列番号９８、配列番号９９、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０２、配列番号１０３、配列番号１０４、配列番号１０５、配列番号１６３、配列番号１６４、もしくは配列番号１６５に記載のアミノ酸配列と少なくとも９５％の同一性を有する軽鎖可変ドメイン、
ｂ）配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９、配列番号１４５、配列番号１４６、もしくは配列番号１４７に記載のアミノ酸配列と少なくとも９５％の同一性を有する重鎖可変ドメイン、
ｃ）配列番号９５、配列番号９６、配列番号９７、配列番号９８、配列番号９９、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０２、配列番号１０３、配列番号１０４、配列番号１０５、配列番号１６３、配列番号１６４、もしくは配列番号１６５に記載のアミノ酸配列からの５個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有する軽鎖可変ドメイン、
ｄ）配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９、配列番号１４５、配列番号１４６、もしくは配列番号１４７に記載のアミノ酸配列からの５個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有する重鎖可変ドメイン、
ｅ）軽鎖可変ドメインであって；
ｉ） 配列番号１０６に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１１７に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１２８に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；
ｉｉ） 配列番号１０７に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１１８に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１２９に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；
ｉｉｉ） 配列番号１０８に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１１９に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１３０に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；
ｉｖ） 配列番号１０９に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１２０に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１３１に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；
ｖ） 配列番号１１０に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１２１に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１３２に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；
ｖｉ） 配列番号１１１に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置を有するＬＣＤＲ１；配列番号１２２に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１３３に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；
ｖｉｉ） 配列番号１１２に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１２３に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１３４に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；
ｖｉｉｉ） 配列番号１１３に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１２４に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１３５に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；
ｉｘ） 配列番号１１４に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１２５に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１３６に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；
ｘ） 配列番号１１５に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１２６に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１３７に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；
ｘｉ） 配列番号１１６に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１２７に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１３８に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；
ｘｉｉ） 配列番号１６６に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１６９に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１７２に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；
ｘｉｉｉ） 配列番号１６７に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１７０に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１７３に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；または
ｘｉｖ） 配列番号１６８に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１７１に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１７４に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３を含む、軽鎖可変ドメイン、あるいは
ｆ）重鎖可変ドメインであって、
ｉ） 配列番号４０に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５１に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号６２に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；
ｉｉ） 配列番号４１に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５２に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号６３に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；
ｉｉｉ） 配列番号４２に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５３に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号６４に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；
ｉｖ） 配列番号４３に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５４に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号６５に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；
ｖ） 配列番号４４に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５５に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号６６に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；
ｖｉ） 配列番号４５に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５６に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号６７に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；
ｖｉｉ） 配列番号４６に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５７に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号６８に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；
ｖｉｉｉ） 配列番号４７に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５８に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号６９に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；
ｉｘ） 配列番号４８に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５９に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号７０に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；
ｘ） 配列番号４９に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号６０に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号７１に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；
ｘｉ） 配列番号５０に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号６１に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号７２に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；
ｘｉｉ） 配列番号１４８に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号１５１に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号１５４に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；
ｘｉｉｉ） 配列番号１４９に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号１５２に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号１５５に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；または
ｘｉｖ） 配列番号１５０に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号１５３に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号１５６に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３を含む重鎖可変ドメイン、を含むポリペプチドをコードする。
第９の態様のある特定の実施形態において、ポリペプチドは、抗体軽鎖をコードし、配列番号７３、配列番号７４、配列番号７５、配列番号７６、配列番号７７、配列番号７８、配列番号７９、配列番号８０、配列番号８１、配列番号８２、配列番号８３、配列番号１５７、配列番号１５８、または配列番号１５９に記載のヌクレオチド配列と、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または１００％同一である。第９の態様の他の実施形態において、ポリペプチドは、抗体重鎖をコードし、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１３９、配列番号１４０、または配列番号１４１に記載のヌクレオチド配列と、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または１００％同一である。
第１０の態様において、本発明は、第８の態様の１つ以上の単離された核酸を含む発現ベクターを提供する。特定の実施形態において、発現ベクターは、抗体軽鎖、抗体重鎖、または抗体軽鎖および抗体重鎖の両方をコードする。
第１１の態様において、本発明は、本発明の第１０の態様の１つ以上の発現ベクターを含む組換え宿主細胞を含む、プロモーターに作動可能に連結された第９の態様の１つ以上の単離された核酸を含む組換え宿主細胞を提供する。好ましい実施形態において、組換え宿主細胞は、ＳＴ２に結合する抗体を分泌する。好ましい宿主細胞は、ＣＨＯ細胞系を含む哺乳動物宿主細胞である。
第１２の態様において、本発明は、自己免疫疾患または炎症性疾患を治療する方法を提供し、当該方法は、第１、第２、第３、第４、第５、第６、第７、または第８の態様のいずれか１つの治療有効量のＳＴ２抗原結合タンパク質を、それを必要とする患者に投与することを含む。好ましい実施形態において、ＳＴ２抗原結合タンパク質は、配列番号９５に記載の軽鎖可変ドメインのアミノ酸配列および配列番号２９に記載の重鎖可変ドメインのアミノ酸配列を含む抗体（例えば、Ａｂ１）、配列番号９６に記載の軽鎖可変ドメインのアミノ酸配列および配列番号３０に記載の重鎖可変ドメインのアミノ酸配列を含む抗体（例えば、Ａｂ２）、配列番号９７に記載の軽鎖可変ドメインのアミノ酸配列および配列番号３１に記載の重鎖可変ドメインのアミノ酸配列を含む抗体（例えば、Ａｂ３）、配列番号９８に記載の軽鎖可変ドメインのアミノ酸配列および配列番号３２に記載の重鎖可変ドメインのアミノ酸配列を含む抗体（例えば、Ａｂ４）、配列番号９９に記載の軽鎖可変ドメインのアミノ酸配列および配列番号３３に記載の重鎖可変ドメインのアミノ酸配列を含む抗体（例えば、Ａｂ５）、配列番号１００に記載の軽鎖可変ドメインのアミノ酸配列および配列番号３４に記載の重鎖可変ドメインのアミノ酸配列を含む抗体（例えば、Ａｂ６）、配列番号１０１に記載の軽鎖可変ドメインのアミノ酸配列および配列番号３５に記載の重鎖可変ドメインのアミノ酸配列を含む抗体（例えば、Ａｂ７）、配列番号１０２に記載の軽鎖可変ドメインのアミノ酸配列および配列番号３６に記載の重鎖可変ドメインのアミノ酸配列を含む抗体（例えば、Ａｂ８）、配列番号１０３に記載の軽鎖可変ドメインのアミノ酸配列および配列番号３７に記載の重鎖可変ドメインのアミノ酸配列を含む抗体（例えば、Ａｂ９）、配列番号１０４に記載の軽鎖可変ドメインのアミノ酸配列および配列番号３８に記載の重鎖可変ドメインのアミノ酸配列を含む抗体（例えば、Ａｂ１０）、配列番号１０５に記載の軽鎖可変ドメインのアミノ酸配列および配列番号３９に記載の重鎖可変ドメインのアミノ酸配列を含む抗体（例えば、Ａｂ１１）；配列番号１６３に記載の軽鎖可変ドメインのアミノ酸配列および配列番号１４５に記載の重鎖可変ドメインのアミノ酸配列を含む抗体（例えば、Ａｂ３０）；配列番号１６４に記載の軽鎖可変ドメインのアミノ酸配列および配列番号１４６に記載の重鎖可変ドメインのアミノ酸配列を含む抗体（例えば、Ａｂ３２）；または配列番号１６５に記載の軽鎖可変ドメインのアミノ酸配列および配列番号１４７に記載の重鎖可変ドメインのアミノ酸配列を含む抗体（例えば、Ａｂ３３）である。好ましい実施形態において、ＳＴ２抗原結合タンパク質は、ＩＬ−３３のＳＴ２への結合を阻害する。特に好ましい実施形態において、自己免疫疾患または炎症性疾患は、喘息、炎症性腸疾患、関節リウマチ、乾癬、アトピー性皮膚炎、線維症、慢性閉塞性肺疾患、全身性エリテマトーデス、硬化症、ウェゲナー肉芽腫症、ベーチェット病、副鼻腔炎、鼻ポリープ症、好酸球性気管支炎、および循環器疾患である。
第１３の態様において、本発明は、第１１の態様の組換え宿主細胞を培養して、当該培養物からＳＴ２抗原結合タンパク質を単離することにより、第１、第２、第３、第４、第５、第６、第６、第７、または第８の態様のいずれか１つのＳＴ２抗原結合タンパク質を作製する方法を提供する。
第１４の態様において、本発明は、以下からなる群から選択される抗体と交差競合する、第１、第２、第３、第４、第５、第６、第６、第７、または第８の態様のいずれか１つのＳＴ２抗原結合タンパク質を提供する：
ａ）配列番号８４に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖および配列番号１８に記載のアミノ酸配列を含む重鎖を含む抗体；
ｂ）配列番号８５に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖および配列番号１９に記載のアミノ酸配列を含む重鎖を含む抗体；
ｃ）配列番号８６に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖および配列番号２０に記載のアミノ酸配列を含む重鎖を含む抗体；
ｄ）配列番号８７に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖および配列番号２１に記載のアミノ酸配列を含む重鎖を含む抗体；
ｅ）配列番号８８に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖および配列番号２２に記載のアミノ酸配列を含む重鎖を含む抗体；
ｆ）配列番号８９に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖および配列番号２３に記載のアミノ酸配列を含む重鎖を含む抗体；
ｇ）配列番号９０に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖および配列番号２４に記載のアミノ酸配列を含む重鎖を含む抗体；
ｈ）配列番号９１に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖および配列番号２５に記載のアミノ酸配列を含む重鎖を含む抗体；
ｉ）配列番号９２に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖および配列番号２６に記載のアミノ酸配列を含む重鎖を含む抗体；
ｊ）配列番号９３に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖および配列番号２７に記載のアミノ酸配列を含む重鎖を含む抗体；
ｋ）配列番号９４に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖および配列番号２８に記載のアミノ酸配列を含む重鎖を含む抗体；
ｌ） 配列番号１６０に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖および配列番号１４２に記載のアミノ酸配列を含む重鎖を含む抗体；
ｍ） 配列番号１６１に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖および配列番号１４３に記載のアミノ酸配列を含む重鎖を含む抗体；ならびに
ｎ）配列番号１６２に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖および配列番号１４４に記載のアミノ酸配列を含む重鎖を含む抗体。
第１５の態様において、本発明は、ヒトＳＴ２ドメイン１およびドメイン２を含むポリペプチド（配列番号１７５）に結合する単離されたＳＴ２抗原結合タンパク質、好ましくは、抗体またはその抗原結合断片を提供し、ポリペプチドのヒトＳＴ２ドメイン１またはドメイン２に単一変異が導入されると、結合は有意に阻害され、単一変異は、Ｌ１４Ｒ、Ｉ１５Ｒ、Ｓ３３Ｒ、Ｅ４３Ｒ、Ｖ４７Ｒ、Ａ６２Ｒ、Ｇ６５Ｒ、Ｔ７９Ｒ、Ｄ９２Ｒ、Ｄ９７Ｒ、Ｖ１０４Ｒ、Ｇ１３８Ｒ、Ｎ１５２Ｒ、およびＶ１７６Ｒからなる群から選択される。「有意に阻害される」とは、結合において測定される差が、統計的に有意であることを意味する。好ましい実施形態において、群の全てのメンバーを含む群の２つ以上のメンバーのために結合が有意に阻害される。第１５の態様のある特定の実施形態において、ポリペプチドのヒトＳＴ２ドメイン１またはドメイン２に単一変異が導入されると、結合はまた有意に活性化もされ、単一変異は、Ｌ５３Ｒ、Ｒ７２Ａ、およびＳ７３Ｒからなる群から選択される。「有意に活性化される」とは、結合において測定される差が、統計的に有意であることを意味する。好ましい実施形態において、群の全てのメンバーのために結合が有意に活性化される。第１５の態様のある特定の実施形態において、ＳＴ２結合タンパク質は、ヒトＳＴ２への結合について配列番号８５に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖および配列番号１９に記載のアミノ酸配列を含む重鎖を含む抗体と交差競合する。特に好ましい実施形態において、抗原結合タンパク質は、第１、第２、第３、第４、第５、第６、第７、または第８の態様の抗原結合タンパク質である。
第１６の態様において、本発明は、第１、第２、第３、第４、第５、第６、第７、第８、第１４、または第１５の態様の抗原結合タンパク質を提供し、当該ＳＴ２結合タンパク質、好ましくは、抗体またはその抗原結合断片は、水素／重水素交換分析によって決定して、配列番号１のアミノ酸３３〜４４および／または８８〜９４を含むＳＴ２の一部に結合する。
第１７の態様において、本発明は、ＳＴ２に結合して界面を形成する、第１、第２、第３、第４、第５、第６、第７、第８、第１４、第１５、または第１６の態様の抗原結合タンパク質、好ましくは、抗体またはその抗原結合断片を提供し、当該結合によって形成される界面は、Ｋ１、Ｆ２、Ｐ１９、Ｒ２０、Ｑ２１、Ｇ２２、Ｋ２３、Ｙ２６、Ｉ７０、Ｖ７１、Ｒ７２、Ｓ７３、Ｐ７４、Ｔ７５、Ｆ７６、Ｎ７７、Ｒ７８、Ｔ７９、およびＹ８１からなる群から選択されるＳＴ２残基を含む。第１７の態様の好ましい実施形態において、当該結合によって形成される界面は、ＳＴ２残基Ｐ１９、Ｒ２０、Ｑ２１、Ｇ２２、Ｋ２３、および／もしくはＹ２６、ＳＴ２残基Ｉ７０、Ｖ７１、Ｒ７２、Ｓ７３、Ｐ７４、Ｔ７５、Ｆ７６、Ｎ７７、Ｒ７８、Ｔ７９、および／もしくはＹ８１、またはＳＴ２残基Ｐ１９、Ｒ２０、Ｑ２１、Ｇ２２、Ｋ２３、Ｙ２６、Ｉ７０、Ｖ７１、Ｒ７２、Ｓ７３、Ｐ７４、Ｔ７５、Ｆ７６、Ｎ７７、Ｒ７８、Ｔ７９、およびＹ８１を含む。界面は、結合ＳＴ２と非結合ＳＴ２との間の溶媒露出の差によって決定されてもよく、界面残基は、１０％を超える差を有するアミノ酸、および当該抗体と水を介した水素結合を形成するアミノ酸として定義されるか、または、抗体の５Å以内に少なくとも１つの原子を有するアミノ酸によって決定される。
第１８の態様において、本発明は、ａ）配列番号９６に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％もしくは少なくとも９５％の同一性を有する軽鎖可変ドメイン、ｂ）配列番号３０に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％もしくは少なくとも９５％の同一性を有する重鎖可変ドメイン；ｃ）ａ）の軽鎖可変ドメインおよびｂ）の重鎖可変ドメイン、ｄ）配列番号９６に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のもしくは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有する軽鎖可変ドメイン；ｅ）配列番号３０に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のもしくは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有する重鎖可変ドメイン；ｆ）ｄ）の軽鎖可変ドメインおよびｅ）の重鎖可変ドメイン、ｇ）配列番号１０７に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１１８に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１２９に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変ドメイン、ｈ）配列番号４１に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５２に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号６３に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３を含む重鎖可変ドメイン、またはｉ）ｇ）の軽鎖可変ドメインおよびｈ）の重鎖可変ドメインを含む、単離されたＳＴ２抗原結合タンパク質、好ましくは、抗体もしくはその抗原結合断片を提供する。
第１８の態様の好ましい実施形態において、軽鎖可変領域は、Ｄ２８もしくはその保存的置換、Ｉ２９もしくはその保存的置換、Ｓ３０もしくはその保存的置換、Ｎ３１もしくはその保存的置換、Ｙ３２もしくはその保存的置換、Ｙ４９もしくはその保存的置換、Ｄ５０もしくはその保存的置換、Ｎ５３もしくはその保存的置換、Ｅ５５もしくはその保存的置換、Ｔ５６もしくはその保存的置換、Ｄ９１もしくはその保存的置換、Ｄ９２もしくはその保存的置換、Ｎ９３もしくはその保存的置換、Ｆ９４もしくはその保存的置換、またはＬ９６もしくはその保存的置換を含む。他の好ましい実施形態において、軽鎖可変領域は、Ｄ２８またはその保存的置換、Ｎ３１またはその保存的置換、Ｄ５０またはその保存的置換、Ｎ５３またはその保存的置換、Ｅ５５またはその保存的置換、Ｄ９１またはその保存的置換、およびＤ９２またはその保存的置換を含む。さらに他の好ましい実施形態において、軽鎖可変領域は、Ｄ２８、Ｎ３１、Ｄ５０、Ｎ５３、Ｅ５５、Ｄ９１、およびＤ９２を含む。
第１８の態様はまた、ＳＴ２結合タンパク質、好ましくは、抗体またはその抗原結合断片を含み、重鎖可変領域は、Ｗ３３もしくはその保存的置換、Ｉ５０もしくはその保存的置換、Ｄ５７もしくはその保存的置換、Ｒ５９もしくはその保存的置換、Ｈ９９もしくはその保存的置換、Ｇ１００もしくはその保存的置換、Ｔ１０１もしくはその保存的置換、Ｓ１０２もしくはその保存的置換、Ｓ１０３もしくはその保存的置換、Ｄ１０４もしくはその保存的置換、Ｙ１０５もしくはその保存的置換、またはＹ１０６もしくはその保存的置換を含み；重鎖可変領域は、Ｓ１０２またはその保存的置換、Ｓ１０３またはその保存的置換、Ｄ１０４またはその保存的置換、およびＹ１０５またはその保存的置換を含み；重鎖可変領域は、Ｓ１０２、Ｓ１０３、Ｄ１０４、およびＹ１０５を含む。
第１８の態様のある特定の実施形態において、ＳＴ２抗原結合タンパク質は、１×１０−１０Ｍ以下の親和性でヒトＳＴ２に特異的に結合し、ヒトＳＴ２のヒトＩＬ−３３への結合を阻害し、ヒトＳＴ２を発現する細胞においてヒトＩＬ−３３によって媒介されるＳＴ２シグナル伝達を低下させ、カニクイザルＳＴ２のカニクイザルＩＬ−３３への結合を阻害し、カニクイザルＳＴ２を発現する細胞においてＩＬ−３３によって媒介されるカニクイザルＳＴ２シグナル伝達を低下させ、かつ／または、ヒト抗体等の抗体である。
本発明の好ましい実施形態において、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
ａ）配列番号９５、配列番号９６、配列番号９７、配列番号９８、配列番号９９、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０２、配列番号１０３、配列番号１０４、配列番号１０５、配列番号１６３、配列番号１６４、もしくは配列番号１６５に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性を有する軽鎖可変ドメイン；
ｂ）配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９、配列番号１４５、配列番号１４６、もしくは配列番号１４７に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性を有する重鎖可変ドメイン；または
ｃ）ａ）の軽鎖可変ドメインおよびｂ）の重鎖可変ドメインを含む、単離されたＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目２）
前記軽鎖可変ドメインは、配列番号９５、配列番号９６、配列番号９７、配列番号９８、配列番号９９、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０２、配列番号１０３、配列番号１０４、配列番号１０５、配列番号１６３、配列番号１６４、または配列番号１６５に記載のアミノ酸配列と少なくとも９５％の同一性を有する、項目１に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目３）
前記重鎖可変ドメインは、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９、配列番号１４５、配列番号１４６、または配列番号１４７に記載のアミノ酸配列と少なくとも９５％の同一性を有する、項目１または２に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目４）
ａ）配列番号９５、配列番号９６、配列番号９７、配列番号９８、配列番号９９、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０２、配列番号１０３、配列番号１０４、配列番号１０５、配列番号１６３、配列番号１６４、もしくは配列番号１６５に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有する軽鎖可変ドメイン；
ｂ）配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９、配列番号１４５、配列番号１４６、もしくは配列番号１４７に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有する重鎖可変ドメイン；または
ｃ）ａ）の軽鎖可変ドメインおよびｂ）の重鎖可変ドメインを含む、単離されたＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目５）
前記軽鎖可変ドメインは、配列番号９５、配列番号９６、配列番号９７、配列番号９８、配列番号９９、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０２、配列番号１０３、配列番号１０４、配列番号１０５、配列番号１６３、配列番号１６４、または配列番号１６５に記載のアミノ酸配列からの５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する、項目４に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目６）
前記重鎖可変ドメインは、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９、配列番号１４５、配列番号１４６、または配列番号１４７に記載のアミノ酸配列からの５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する、項目４または５に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目７）
前記軽鎖可変ドメインは、配列番号９５、配列番号９６、配列番号９７、配列番号９８、配列番号９９、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０２、配列番号１０３、配列番号１０４、配列番号１０５、配列番号１６３、配列番号１６４、または配列番号１６５に記載のアミノ酸配列を含む、項目１〜６に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目８）
前記重鎖可変ドメインは、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９、配列番号１４５、配列番号１４６、または配列番号１４７に記載のアミノ酸配列を含む、項目１〜７に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目９）
ａ）配列番号１０６に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１１７に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１２８に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；
ｂ） 配列番号１０７に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１１８に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１２９に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；
ｃ） 配列番号１０８に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１１９に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１３０に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；
ｄ） 配列番号１０９に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１２０に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１３１に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；
ｅ） 配列番号１１０に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１２１に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１３２に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；
ｆ） 配列番号１１１に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１２２に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１３３に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；
ｇ） 配列番号１１２に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１２３に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１３４に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；
ｈ） 配列番号１１３に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１２４に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１３５に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；
ｉ） 配列番号１１４に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１２５に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１３６に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；
ｊ） 配列番号１１５に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１２６に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１３７に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；
ｋ） 配列番号１１６に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１２７に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１３８に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；
ｌ） 配列番号１６６に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１６９に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１７２に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；
ｍ）配列番号１６７に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１７０に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１７３に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；または
ｎ） 配列番号１６８に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１７１に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１７４に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３、を含む軽鎖可変ドメイン；
ならびに
ｏ）配列番号４０に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５１に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号６２に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；
ｐ）配列番号４１に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５２に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号６３に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；
ｑ）配列番号４２に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５３に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号６４に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；
ｒ）配列番号４３に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５４に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号６５に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；
ｓ）配列番号４４に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５５に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号６６に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；
ｔ）配列番号４５に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５６に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号６７に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；
ｕ）配列番号４６に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５７に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号６８に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；
ｖ）配列番号４７に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５８に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号６９に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；
ｗ）配列番号４８に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５９に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号７０に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；
ｘ）配列番号４９に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号６０に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号７１に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；または
ｙ）配列番号５０に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号６１に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号７２に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；
ｚ）配列番号１４８に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号１５１に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号１５４に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；
ａａ）配列番号１４９に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号１５２に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号１５５に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；または
ｂｂ）配列番号１５０に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号１５３に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号１５６に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３、を含む重鎖可変ドメイン、を含む、単離されたＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１０）
前記ａ）の軽鎖可変ドメインおよび前記ｏ）の重鎖可変ドメインを含む、項目９に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１１）
前記軽鎖可変ドメインは、配列番号１０６に記載のＬＣＤＲ１；配列番号１１７に記載のＬＣＤＲ２配列；および配列番号１２８に記載のＬＣＤＲ３配列を含み；前記重鎖可変ドメインは、配列番号４０に記載のＨＣＤＲ１；配列番号５１に記載のＨＣＤＲ２配列；および配列番号６２に記載のＨＣＤＲ３配列を含む、項目１０に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１２）
前記ｂ）の軽鎖可変ドメインおよび前記ｐ）の重鎖可変ドメインを含む、項目９に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１３）
前記軽鎖可変ドメインは、配列番号１０７に記載のＬＣＤＲ１；配列番号１１８に記載のＬＣＤＲ２配列；および配列番号１２９に記載のＬＣＤＲ３配列を含み；前記重鎖可変ドメインは、配列番号４１に記載のＨＣＤＲ１；配列番号５２に記載のＨＣＤＲ２配列；および配列番号６３に記載のＨＣＤＲ３配列を含む、項目１２に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１４）
前記ｃ）の軽鎖可変ドメインおよび前記ｑ）の重鎖可変ドメインを含む、項目９に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１５）
前記軽鎖可変ドメインは、配列番号１０８に記載のＬＣＤＲ１；配列番号１１９に記載のＬＣＤＲ２配列；および配列番号１３０に記載のＬＣＤＲ３配列を含み；前記重鎖可変ドメインは、配列番号４２に記載のＨＣＤＲ１；配列番号５３に記載のＨＣＤＲ２配列；および配列番号６４に記載のＨＣＤＲ３配列を含む、項目１４に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１６）
前記ｄ）の軽鎖可変ドメインおよび前記ｒ）の重鎖可変ドメインを含む、項目９に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１７）
前記軽鎖可変ドメインは、配列番号１０９に記載のＬＣＤＲ１；配列番号１２０に記載のＬＣＤＲ２配列；および配列番号１３１に記載のＬＣＤＲ３配列を含み；前記重鎖可変ドメインは、配列番号４３に記載のＨＣＤＲ１；配列番号５４に記載のＨＣＤＲ２配列；および配列番号６５に記載のＨＣＤＲ３配列を含む、項目１６に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１８）
前記ｅ）に記載の軽鎖可変ドメインおよび前記ｓ）に記載の重鎖可変ドメインを含む、項目９に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１９）
前記軽鎖可変ドメインは、配列番号１１０に記載のＬＣＤＲ１；配列番号１２１に記載のＬＣＤＲ２配列；および配列番号１３２に記載のＬＣＤＲ３配列を含み；前記重鎖可変ドメインは、配列番号４４に記載のＨＣＤＲ１；配列番号５５に記載のＨＣＤＲ２配列；および配列番号６６に記載のＨＣＤＲ３配列を含む、項目１８に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目２０）
前記ｆ）の軽鎖可変ドメインおよび前記ｔ）の重鎖可変ドメインを含む、項目９に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目２１）
前記軽鎖可変ドメインは、配列番号１１１に記載のＬＣＤＲ１；配列番号１２２に記載のＬＣＤＲ２配列；および配列番号１３３に記載のＬＣＤＲ３配列を含み；前記重鎖可変ドメインは、配列番号４５に記載のＨＣＤＲ１；配列番号５６に記載のＨＣＤＲ２配列；および配列番号６７に記載のＨＣＤＲ３配列を含む、項目２０に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目２２）
前記ｇ）の軽鎖可変ドメインおよび前記ｕ）の重鎖可変ドメインを含む、項目９に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目２３）
前記軽鎖可変ドメインは、配列番号１１２に記載のＬＣＤＲ１；配列番号１２３に記載のＬＣＤＲ２配列；および配列番号１３４に記載のＬＣＤＲ３配列を含み；前記重鎖可変ドメインは、配列番号４６に記載のＨＣＤＲ１；配列番号５７に記載のＨＣＤＲ２配列；および配列番号６８に記載のＨＣＤＲ３配列を含む、項目２２に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目２４）
前記ｈ）の軽鎖可変ドメインおよび前記ｖ）の重鎖可変ドメインを含む、項目９に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目２５）
前記軽鎖可変ドメインは、配列番号１１３に記載のＬＣＤＲ１；配列番号１２４に記載のＬＣＤＲ２配列；および配列番号１３５に記載のＬＣＤＲ３配列を含み；前記重鎖可変ドメインは、配列番号４７に記載のＨＣＤＲ１；配列番号５８に記載のＨＣＤＲ２配列；および配列番号６９に記載のＨＣＤＲ３配列を含む、項目２４に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目２６）
前記ｉ）の軽鎖可変ドメインおよび前記ｗ）の重鎖可変ドメインを含む、項目９に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目２７）
前記軽鎖可変ドメインは、配列番号１１４に記載のＬＣＤＲ１；配列番号１２５に記載のＬＣＤＲ２配列；および配列番号１３６に記載のＬＣＤＲ３配列を含み；前記重鎖可変ドメインは、配列番号４８に記載のＨＣＤＲ１；配列番号５９に記載のＨＣＤＲ２配列；および配列番号７０に記載のＨＣＤＲ３配列を含む、項目２６に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目２８）
前記ｊ）の軽鎖可変ドメインおよび前記ｘ）の重鎖可変ドメインを含む、項目９に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目２９）
前記軽鎖可変ドメインは、配列番号１１５に記載のＬＣＤＲ１；配列番号１２６に記載のＬＣＤＲ２配列；および配列番号１３７に記載のＬＣＤＲ３配列を含み；前記重鎖可変ドメインは、配列番号４９に記載のＨＣＤＲ１；配列番号６０に記載のＨＣＤＲ２配列；および配列番号７１に記載のＨＣＤＲ３配列を含む、項目２８に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目３０）
前記ｋ）の軽鎖可変ドメインおよび前記ｙ）の重鎖可変ドメインを含む、項目９に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目３１）
前記軽鎖可変ドメインは、配列番号１１６に記載のＬＣＤＲ１；配列番号１２７に記載のＬＣＤＲ２配列；および配列番号１３８に記載のＬＣＤＲ３配列を含み；前記重鎖可変ドメインは、配列番号５０に記載のＨＣＤＲ１；配列番号６１に記載のＨＣＤＲ２配列；および配列番号７２に記載のＨＣＤＲ３配列を含む、項目３０に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目３２）
前記ｌ）の軽鎖可変ドメインおよび前記ｚ）の重鎖可変ドメインを含む、項目９に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目３３）
前記軽鎖可変ドメインは、配列番号１６６に記載のＬＣＤＲ１；配列番号１６９に記載のＬＣＤＲ２配列；および配列番号１７２に記載のＬＣＤＲ３配列を含み；前記重鎖可変ドメインは、配列番号１４８に記載のＨＣＤＲ１；配列番号１５１に記載のＨＣＤＲ２配列；および配列番号１５４に記載のＨＣＤＲ３配列を含む、項目３２に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目３４）
前記ｍ）の軽鎖可変ドメインおよび前記ａａ）の重鎖可変ドメインを含む、項目９に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目３５）
前記軽鎖可変ドメインは、配列番号１６７に記載のＬＣＤＲ１；配列番号１７０に記載のＬＣＤＲ２配列；および配列番号１７３に記載のＬＣＤＲ３配列を含み；前記重鎖可変ドメインは、配列番号１４９に記載のＨＣＤＲ１；配列番号１５２に記載のＨＣＤＲ２配列；および配列番号１５５に記載のＨＣＤＲ３配列を含む、項目３４に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目３６）
前記ｎ）の軽鎖可変ドメインおよび前記ｂｂ）の重鎖可変ドメインを含む、項目９に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目３７）
前記軽鎖可変ドメインは、配列番号１６８に記載のＬＣＤＲ１；配列番号１７１に記載のＬＣＤＲ２配列；および配列番号１７４に記載のＬＣＤＲ３配列を含み；前記重鎖可変ドメインは、配列番号１５０に記載のＨＣＤＲ１；配列番号１５３に記載のＨＣＤＲ２配列；および配列番号１５６に記載のＨＣＤＲ３配列を含む、項目３６に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目３８）
前記抗原結合タンパク質は、１×１０−１０Ｍ以下の親和性でヒトＳＴ２に特異的に結合する、項目１〜３７のいずれかに記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目３９）
前記抗原結合タンパク質は、ヒトＳＴ２のヒトＩＬ−３３への結合を阻害する、項目１〜３８のいずれかに記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目４０）
前記抗原結合タンパク質は、ヒトＳＴ２を発現する細胞においてヒトＩＬ−３３によって媒介されるＳＴ２シグナル伝達を低下させる、項目１〜３９のいずれかに記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目４１）
前記抗原結合タンパク質は、カニクイザルＳＴ２のカニクイザルＩＬ−３３への結合を阻害する、項目３９に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目４２）
前記抗原結合タンパク質は、カニクイザルＳＴ２を発現する細胞においてＩＬ−３３によって媒介されるカニクイザルＳＴ２シグナル伝達を低下させる、項目４１に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目４３）
前記抗原結合タンパク質は、抗体である、項目１〜４２のいずれかに記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目４４）
前記抗体は、ヒト抗体である、項目４３に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目４５）
軽鎖および重鎖を含み、前記軽鎖は、配列番号８４に記載のアミノ酸配列を含み、前記重鎖は、配列番号１８に記載のアミノ酸配列を含む、項目４４に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目４６）
軽鎖および重鎖を含み、前記軽鎖は、配列番号８５に記載のアミノ酸配列を含み、前記重鎖は、配列番号１９に記載のアミノ酸配列を含む、項目４４に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目４７）
軽鎖および重鎖を含み、前記軽鎖は、配列番号８６に記載のアミノ酸配列を含み、前記重鎖は、配列番号２０に記載のアミノ酸配列を含む、項目４４に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目４８）
軽鎖および重鎖を含み、前記軽鎖は、配列番号８７に記載のアミノ酸配列を含み、前記重鎖は、配列番号２１に記載のアミノ酸配列を含む、項目４４に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目４９）
軽鎖および重鎖を含み、前記軽鎖は、配列番号８８に記載のアミノ酸配列を含み、前記重鎖は、配列番号２２に記載のアミノ酸配列を含む、項目４４に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目５０）
軽鎖および重鎖を含み、前記軽鎖は、配列番号８９に記載のアミノ酸配列を含み、前記重鎖は、配列番号２３に記載のアミノ酸配列を含む、項目４４に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目５１）
軽鎖および重鎖を含み、前記軽鎖は、配列番号９０に記載のアミノ酸配列を含み、前記重鎖は、配列番号２４に記載のアミノ酸配列を含む、項目４４に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目５２）
軽鎖および重鎖を含み、前記軽鎖は、配列番号９１に記載のアミノ酸配列を含み、前記重鎖は、配列番号２５に記載のアミノ酸配列を含む、項目４４に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目５３）
軽鎖および重鎖を含み、前記軽鎖は、配列番号９２に記載のアミノ酸配列を含み、前記重鎖は、配列番号２６に記載のアミノ酸配列を含む、項目４４に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目５４）
軽鎖および重鎖を含み、前記軽鎖は、配列番号９３に記載のアミノ酸配列を含み、前記重鎖は、配列番号２７に記載のアミノ酸配列を含む、項目４４に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目５５）
軽鎖および重鎖を含み、前記軽鎖は、配列番号９４に記載のアミノ酸配列を含み、前記重鎖は、配列番号２８に記載のアミノ酸配列を含む、項目４４に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目５６）
軽鎖および重鎖を含み、前記軽鎖は、配列番号１６０に記載のアミノ酸配列を含み、前記重鎖は、配列番号１４２に記載のアミノ酸配列を含む、項目４４に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目５７）
軽鎖および重鎖を含み、前記軽鎖は、配列番号１６１に記載のアミノ酸配列を含み、前記重鎖は、配列番号１４３に記載のアミノ酸配列を含む、項目４４に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目５８）
軽鎖および重鎖を含み、前記軽鎖は、配列番号１６２に記載のアミノ酸配列を含み、前記重鎖は、配列番号１４４に記載のアミノ酸配列を含む、項目４４に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目５９）
ポリペプチドをコードする単離された核酸であって、前記ポリペプチドは、
ａ）配列番号９５、配列番号９６、配列番号９７、配列番号９８、配列番号９９、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０２、配列番号１０３、配列番号１０４、配列番号１０５、配列番号１６３、配列番号１６４、もしくは配列番号１６５に記載のアミノ酸配列と少なくとも９５％の同一性を有する軽鎖可変ドメイン；
ｂ）配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９、配列番号１４５、配列番号１４６、もしくは配列番号１４７に記載のアミノ酸配列と少なくとも９５％の同一性を有する重鎖可変ドメイン；
ｃ）配列番号９５、配列番号９６、配列番号９７、配列番号９８、配列番号９９、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０２、配列番号１０３、配列番号１０４、配列番号１０５、配列番号１６３、配列番号１６４、もしくは配列番号１６５に記載のアミノ酸配列からの５個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有する軽鎖可変ドメイン；
ｄ）配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９、配列番号１４５、配列番号１４６、もしくは配列番号１４７に記載のアミノ酸配列からの５個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有する重鎖可変ドメイン；
ｅ）軽鎖可変ドメインであって、
ｉ）配列番号１０６に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１１７に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１２８に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；
ｉｉ）配列番号１０７に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１１８に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１２９に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；
ｉｉｉ）配列番号１０８に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１１９に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１３０に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；
ｉｖ）配列番号１０９に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１２０に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１３１に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；
ｖ）配列番号１１０に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１２１に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１３２に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；
ｖｉ）配列番号１１１に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置を有するＬＣＤＲ１；配列番号１２２に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１３３に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；
ｖｉｉ）配列番号１１２に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１２３に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１３４に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；
ｖｉｉｉ）配列番号１１３に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１２４に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１３５に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；
ｉｘ）配列番号１１４に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１２５に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１３６に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；
ｘ）配列番号１１５に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１２６に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１３７に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；
ｘｉ）配列番号１１６に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１２７に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１３８に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；
ｘｉｉ）配列番号１６６に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１６９に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１７２に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；
ｘｉｉｉ）配列番号１６７に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１７０に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１７３に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；または
ｘｉｖ）配列番号１６８に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１７１に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１７４に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３を含む、軽鎖可変ドメイン、あるいは
ｆ）重鎖可変ドメインであって、
ｉ）配列番号４０に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５１に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号６２に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；
ｉｉ）配列番号４１に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５２に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号６３に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；
ｉｉｉ）配列番号４２に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５３に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号６４に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；
ｉｖ）配列番号４３に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５４に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号６５に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；
ｖ）配列番号４４に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５５に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号６６に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；
ｖｉ）配列番号４５に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５６に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号６７に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；
ｖｉｉ）配列番号４６に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５７に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号６８に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；
ｖｉｉｉ）配列番号４７に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５８に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号６９に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；
ｉｘ）配列番号４８に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５９に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号７０に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；
ｘ）配列番号４９に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号６０に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号７１に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；
ｘｉ）配列番号５０に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号６１に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号７２に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；
ｘｉｉ）配列番号１４８に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号１５１に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号１５４に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；
ｘｉｉｉ）配列番号１４９に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号１５２に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号１５５に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；または
ｘｉｖ）配列番号１５０に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号１５３に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号１５６に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３を含む、重鎖可変ドメイン、を含む、単離された核酸。
（項目６０）
前記ポリペプチドは、抗体軽鎖を含む、項目５９に記載の単離された核酸。
（項目６１）
前記軽鎖は、配列番号７３、配列番号７４、配列番号７５、配列番号７６、配列番号７７、配列番号７８、配列番号７９、配列番号８０、配列番号８１、配列番号８２、配列番号８３、配列番号１５７、配列番号１５８、または配列番号１５９に記載のヌクレオチド配列と少なくとも８０％同一なヌクレオチド配列を含む核酸によってコードされる、項目６０に記載の単離された核酸。
（項目６２）
前記軽鎖は、配列番号７３、配列番号７４、配列番号７５、配列番号７６、配列番号７７、配列番号７８、配列番号７９、配列番号８０、配列番号８１、配列番号８２、配列番号８３、配列番号１５７、配列番号１５８、または配列番号１５９に記載のヌクレオチド配列と少なくとも９０％同一なヌクレオチド配列を含む核酸によってコードされる、項目６１に記載の単離された核酸。
（項目６３）
前記軽鎖は、配列番号７３、配列番号７４、配列番号７５、配列番号７６、配列番号７７、配列番号７８、配列番号７９、配列番号８０、配列番号８１、配列番号８２、配列番号８３、配列番号１５７、配列番号１５８、または配列番号１５９に記載のヌクレオチド配列と少なくとも９５％同一なヌクレオチド配列を含む核酸によってコードされる、項目６２に記載の単離された核酸。
（項目６４）
前記軽鎖は、配列番号７３、配列番号７４、配列番号７５、配列番号７６、配列番号７７、配列番号７８、配列番号７９、配列番号８０、配列番号８１、配列番号８２、配列番号８３、配列番号１５７、配列番号１５８、または配列番号１５９に記載のヌクレオチド配列を含む核酸によってコードされる、項目６３に記載の単離された核酸。
（項目６５）
前記ポリペプチドは、抗体重鎖を含む、項目５９に記載の単離された核酸。
（項目６６）
前記重鎖は、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１３９、配列番号１４０、または配列番号１４１に記載のヌクレオチド配列と少なくとも８０％同一なヌクレオチド配列を含む核酸によってコードされる、項目６５に記載の単離された核酸。
（項目６７）
前記重鎖は、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１３９、配列番号１４０、または配列番号１４１に記載のヌクレオチド配列と少なくとも９０％同一なヌクレオチド配列を含む核酸によってコードされる、項目６６に記載の単離された核酸。
（項目６８）
前記重鎖は、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１３９、配列番号１４０、または配列番号１４１に記載のヌクレオチド配列と少なくとも９５％同一なヌクレオチド配列を含む核酸によってコードされる、項目６７に記載の単離された核酸。
（項目６９）
前記重鎖は、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１３９、配列番号１４０、または配列番号１４１に記載のヌクレオチド配列を含む核酸によってコードされる、項目６８に記載の単離された核酸。
（項目７０）
項目５９〜６９のいずれかに記載の単離された核酸を含む、発現ベクター。
（項目７１）
前記単離された核酸は、抗体軽鎖をコードする、項目７０に記載の発現ベクター。
（項目７２）
前記単離された核酸は、抗体重鎖をコードする、項目７０に記載の発現ベクター。
（項目７３）
抗体重鎖をコードする単離された核酸をさらに含む、項目７１に記載の発現ベクター。
（項目７４）
プロモーターに作動可能に連結された項目５９〜６９のいずれかに記載の単離された核酸を含む、組換え宿主細胞。
（項目７５）
項目７０〜７３のいずれかに記載の発現ベクターを含む、組換え宿主細胞。
（項目７６）
前記宿主細胞は、項目７１および７２に記載の発現ベクターを含む、項目７５に記載の組換え宿主細胞。
（項目７７）
前記宿主細胞は、ＳＴ２に結合する抗体を分泌する、項目７６に記載の組換え宿主細胞。
（項目７８）
前記細胞は、哺乳動物起源の細胞である、項目７４〜７７のいずれかに記載の組換え宿主細胞。
（項目７９）
前記細胞は、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞系である、項目７８に記載の組換え宿主細胞。
（項目８０）
自己免疫疾患または炎症性疾患を治療する方法であって、治療有効量の項目１〜５８のいずれか１項に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質を、それを必要とする患者に投与することを含む、方法。
（項目８１）
前記ＳＴ２抗原結合タンパク質は、抗体である、項目８０に記載の方法。
（項目８２）
前記抗体は、配列番号９５に記載の軽鎖可変ドメインのアミノ酸配列および配列番号２９に記載の重鎖可変ドメインのアミノ酸配列を含む、項目８１に記載の方法。
（項目８３）
前記抗体は、配列番号８４に記載の軽鎖アミノ酸配列および配列番号１８に記載の重鎖アミノ酸配列を含む、項目８２に記載の方法。
（項目８４）
前記抗体は、配列番号９６に記載の軽鎖可変ドメインのアミノ酸配列および配列番号３０に記載の重鎖可変ドメインのアミノ酸配列を含む、項目８１に記載の方法。
（項目８５）
前記抗体は、配列番号８５に記載の軽鎖アミノ酸配列および配列番号１９に記載の重鎖アミノ酸配列を含む、項目８４に記載の方法。
（項目８６）
前記抗体は、配列番号９７に記載の軽鎖可変ドメインのアミノ酸配列および配列番号３１に記載の重鎖可変ドメインのアミノ酸配列を含む、項目８１に記載の方法。
（項目８７）
前記抗体は、配列番号８６に記載の軽鎖アミノ酸配列および配列番号２０に記載の重鎖アミノ酸配列を含む、項目８６に記載の方法。
（項目８８）
前記抗体は、配列番号９８に記載の軽鎖可変ドメインのアミノ酸配列および配列番号３２に記載の重鎖可変ドメインのアミノ酸配列を含む、項目８１に記載の方法。
（項目８９）
前記抗体は、配列番号８７に記載の軽鎖アミノ酸配列および配列番号２１に記載の重鎖アミノ酸配列を含む、項目８８に記載の方法。
（項目９０）
前記抗体は、配列番号９９に記載の軽鎖可変ドメインのアミノ酸配列および配列番号３３に記載の重鎖可変ドメインのアミノ酸配列を含む、項目８１に記載の方法。
（項目９１）
前記抗体は、配列番号８８に記載の軽鎖アミノ酸配列および配列番号２２に記載の重鎖アミノ酸配列を含む、項目９０に記載の方法。
（項目９２）
前記抗体は、配列番号１００に記載の軽鎖可変ドメインのアミノ酸配列および配列番号３４に記載の重鎖可変ドメインのアミノ酸配列を含む、項目８１に記載の方法。
（項目９３）
前記抗体は、配列番号８９に記載の軽鎖アミノ酸配列および配列番号２３に記載の重鎖アミノ酸配列を含む、項目９２に記載の方法。
（項目９４）
前記抗体は、配列番号１０１に記載の軽鎖可変ドメインのアミノ酸配列および配列番号３５に記載の重鎖可変ドメインのアミノ酸配列を含む、項目８１に記載の方法。
（項目９５）
前記抗体は、配列番号９０に記載の軽鎖アミノ酸配列および配列番号２４に記載の重鎖アミノ酸配列を含む、項目９４に記載の方法。
（項目９６）
前記抗体は、配列番号１０２に記載の軽鎖可変ドメインのアミノ酸配列および配列番号３６に記載の重鎖可変ドメインのアミノ酸配列を含む、項目８１に記載の方法。
（項目９７）
前記抗体は、配列番号９１に記載の軽鎖アミノ酸配列および配列番号２５に記載の重鎖アミノ酸配列を含む、項目９６に記載の方法。
（項目９８）
前記抗体は、配列番号１０３に記載の軽鎖可変ドメインのアミノ酸配列および配列番号３７に記載の重鎖可変ドメインのアミノ酸配列を含む、項目８１に記載の方法。
（項目９９）
前記抗体は、配列番号９２に記載の軽鎖アミノ酸配列および配列番号２６に記載の重鎖アミノ酸配列を含む、項目９８に記載の方法。
（項目１００）
前記抗体は、配列番号１０４に記載の軽鎖可変ドメインのアミノ酸配列および配列番号３８に記載の重鎖可変ドメインのアミノ酸配列を含む、項目８１に記載の方法。
（項目１０１）
前記抗体は、配列番号９３に記載の軽鎖アミノ酸配列および配列番号２７に記載の重鎖アミノ酸配列を含む、項目１００に記載の方法。
（項目１０２）
前記抗体は、配列番号１０５に記載の軽鎖可変ドメインのアミノ酸配列および配列番号３９に記載の重鎖可変ドメインのアミノ酸配列を含む、項目８１に記載の方法。
（項目１０３）
前記抗体は、配列番号９４に記載の軽鎖アミノ酸配列および配列番号２８に記載の重鎖アミノ酸配列を含む、項目１０２に記載の方法。
（項目１０４）
前記抗体は、配列番号１６３に記載の軽鎖可変ドメインのアミノ酸配列および配列番号１４５に記載の重鎖可変ドメインのアミノ酸配列を含む、項目８１に記載の方法。
（項目１０５）
前記抗体は、配列番号１６０に記載の軽鎖アミノ酸配列および配列番号１４２に記載の重鎖アミノ酸配列を含む、項目１０４に記載の方法。
（項目１０６）
前記抗体は、配列番号１６４に記載の軽鎖可変ドメインのアミノ酸配列および配列番号１４６に記載の重鎖可変ドメインのアミノ酸配列を含む、項目８１に記載の方法。
（項目１０７）
前記抗体は、配列番号１６１に記載の軽鎖アミノ酸配列および配列番号１４３に記載の重鎖アミノ酸配列を含む、項目１０６に記載の方法。
（項目１０８）
前記抗体は、配列番号１６５に記載の軽鎖可変ドメインのアミノ酸配列および配列番号１４７に記載の重鎖可変ドメインのアミノ酸配列を含む、項目８１に記載の方法。
（項目１０９）
前記抗体は、配列番号１６２に記載の軽鎖アミノ酸配列および配列番号１４４に記載の重鎖アミノ酸配列を含む、項目１０８に記載の方法。
（項目１１０）
前記抗原結合タンパク質は、ＩＬ−３３のＳＴ２への結合を阻害する、項目８０〜１０９のいずれかに記載の方法。
（項目１１１）
前記自己免疫疾患または炎症性疾患は、喘息、アトピー性皮膚炎、慢性閉塞性肺疾患、肺線維症、敗血症および外傷、ＨＩＶ感染、全身性エリテマトーデス、炎症性腸疾患、関節リウマチ、硬化症、ウェゲナー肉芽腫症、ベーチェット病、循環器疾患、副鼻腔炎、鼻ポリープ症、または好酸球性気管支炎である、項目１１０に記載の方法。
（項目１１２）
ＳＴ２抗原結合タンパク質を作製する方法であって、
ａ）項目７４〜７９のいずれか１項に記載の組換え宿主細胞を培養することと、
ｂ）前記培養物から該ＳＴ２抗原結合タンパク質を単離することとを含む、方法。
（項目１１３）
ａ）配列番号８５に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖および配列番号１９に記載のアミノ酸配列を含む重鎖を含む、抗体、または
ｂ）配列番号９３に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖および配列番号２７に記載のアミノ酸配列を含む重鎖を含む、抗体と交差競合する、単離されたＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１１４）
前記ＳＴ２結合タンパク質は、項目１〜５８のいずれかに記載のＳＴ２結合タンパク質である、項目１１３に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１１５）
前記ＳＴ２抗原結合タンパク質は、配列番号８５に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖および配列番号１９に記載のアミノ酸配列を含む重鎖を含む抗体と交差競合する、項目１１３または項目１１４に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１１６）
ヒトＳＴ２ドメイン１およびドメイン２を含むポリペプチド（配列番号１７５）に結合する単離されたＳＴ２抗原結合タンパク質であって、前記ポリペプチドのヒトＳＴ２ドメイン１またはドメイン２に単一変異が導入されると結合が有意に阻害され、ここで、前記単一変異は、Ｌ１４Ｒ、Ｉ１５Ｒ、Ｓ３３Ｒ、Ｅ４３Ｒ、Ｖ４７Ｒ、Ａ６２Ｒ、Ｇ６５Ｒ、Ｔ７９Ｒ、Ｄ９２Ｒ、Ｄ９７Ｒ、Ｖ１０４Ｒ、Ｇ１３８Ｒ、Ｎ１５２Ｒ、またはＶ１７６Ｒである、単離されたＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１１７）
前記単一変異のうちの２つ以上のために結合が有意に阻害される、項目１１６に記載の単離されたＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１１８）
前記単一変異の全てのために結合が有意に阻害される、項目１１７に記載の単離されたＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１１９）
前記ポリペプチドのヒトＳＴ２ドメイン１またはドメイン２に単一変異が導入されると結合が有意に活性化され、ここで、前記単一変異は、Ｌ５３Ｒ、Ｒ７２Ａ、またはＳ７３Ｒである、項目１１６に記載の単離されたＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１２０）
前記群の全てのメンバーのために結合が有意に活性化される、項目１１９に記載の単離されたＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１２１）
前記ＳＴ２結合タンパク質は、ヒトＳＴ２への結合について配列番号８５に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖および配列番号１９に記載のアミノ酸配列を含む重鎖を含む抗体と交差競合する、項目１１６に記載の単離されたＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１２２）
前記ＳＴ２結合タンパク質は、項目１〜５８のいずれかに記載のＳＴ２結合タンパク質である、項目１１６〜１２１のいずれかに記載の単離されたＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１２３）
水素／重水素交換分析によって決定されるように、配列番号１のアミノ酸１９〜３２２を含むＳＴ２を配列番号１のアミノ酸３３〜４４または８８〜９４内で結合する、単離されたＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１２４）
水素／重水素交換分析によって決定されるように、前記ＳＴ２結合タンパク質は、配列番号１のアミノ酸３３〜４４および８８〜９４内で結合する、項目１２３に記載の単離されたＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１２５）
前記ＳＴ２結合タンパク質は、項目１〜５８のいずれかに記載のＳＴ２結合タンパク質である、項目１２４に記載の単離されたＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１２６）
ＳＴ２に結合して界面を形成する単離されたＳＴ２抗原結合タンパク質であって、前記結合することによって形成される前記界面は、ＳＴ２残基Ｋ１、Ｆ２、Ｐ１９、Ｒ２０、Ｑ２１、Ｇ２２、Ｋ２３、Ｙ２６、Ｉ７０、Ｖ７１、Ｒ７２、Ｓ７３、Ｐ７４、Ｔ７５、Ｆ７６、Ｎ７７、Ｒ７８、Ｔ７９、またはＹ８１を含む、単離されたＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１２７）
前記結合することによって形成される前記界面は、ＳＴ２残基Ｐ１９、Ｒ２０、Ｑ２１、Ｇ２２、Ｋ２３、またはＹ２６を含む、項目１２６に記載の単離されたＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１２８）
前記結合することによって形成される前記界面は、ＳＴ２残基Ｐ１９、Ｒ２０、Ｑ２１、Ｇ２２、Ｋ２３、およびＹ２６を含む、項目１２７に記載の単離されたＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１２９）
前記結合することによって形成される前記界面は、ＳＴ２残基Ｉ７０、Ｖ７１、Ｒ７２、Ｓ７３、Ｐ７４、Ｔ７５、Ｆ７６、Ｎ７７、Ｒ７８、Ｔ７９、またはＹ８１を含む、項目１２６に記載の単離されたＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１３０）
前記結合することによって形成される前記界面は、ＳＴ２残基Ｉ７０、Ｖ７１、Ｒ７２、Ｓ７３、Ｐ７４、Ｔ７５、Ｆ７６、Ｎ７７、Ｒ７８、Ｔ７９、およびＹ８１を含む、項目１２９に記載の単離されたＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１３１）
前記結合することによって形成される前記界面は、ＳＴ２残基Ｐ１９、Ｒ２０、Ｑ２１、Ｇ２２、Ｋ２３、Ｙ２６、Ｉ７０、Ｖ７１、Ｒ７２、Ｓ７３、Ｐ７４、Ｔ７５、Ｆ７６、Ｎ７７、Ｒ７８、Ｔ７９、およびＹ８１を含む、項目１２６に記載の単離されたＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１３２）
前記結合することによって形成される前記界面は、ＳＴ２残基Ｋ１、Ｆ２、Ｐ１９、Ｒ２０、Ｑ２１、Ｇ２２、Ｋ２３、Ｙ２６、Ｉ７０、Ｖ７１、Ｒ７２、Ｓ７３、Ｐ７４、Ｔ７５、Ｆ７６、Ｎ７７、Ｒ７８、Ｔ７９、およびＹ８１を含む、項目１３１に記載の単離されたＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１３３）
前記界面は、結合ＳＴ２と非結合ＳＴ２との間の溶媒露出の差によって決定され、界面残基は、１０％を超える差を有するアミノ酸であって、かつ前記抗体と水を介した水素結合を形成するアミノ酸として定義される、項目１２６〜１３１のいずれかに記載の単離されたＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１３４）
前記界面残基は、前記抗体の５Å以内に少なくとも１つの原子を有するアミノ酸として定義される、項目１２６〜１３１のいずれかに記載の単離されたＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１３５）
ａ）配列番号９６に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性を有する軽鎖可変ドメイン；
ｂ）配列番号３０に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性を有する重鎖可変ドメイン；または
ｃ）ａ）の軽鎖可変ドメインおよびｂ）の重鎖可変ドメイン、を含む、単離されたＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１３６）
前記軽鎖可変ドメインは、配列番号９６に記載のアミノ酸配列と少なくとも９５％の同一性を有する、項目１３５に記載の単離されたＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１３７）
前記重鎖可変ドメインは、配列番号３０に記載のアミノ酸配列と少なくとも９５％の同一性を有する、項目１３５または１３６に記載の単離されたＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１３８）
ａ）配列番号９６に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有する軽鎖可変ドメイン；
ｂ）配列番号３０に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有する重鎖可変ドメイン；または
ｃ）ａ）の軽鎖可変ドメインおよびｂ）の重鎖可変ドメイン、を含む、単離されたＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１３９）
前記軽鎖可変ドメインは、配列番号９６に記載のアミノ酸配列からの５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する、項目１３８に記載の単離されたＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１４０）
前記重鎖可変ドメインは、配列番号３０に記載のアミノ酸配列からの５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する、項目１３８または１３９に記載の単離されたＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１４１）
ａ）配列番号１０７に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１１８に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１２９に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３を含む、軽鎖可変ドメイン；
ｂ）配列番号４１に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５２に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号６３に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３を含む、重鎖可変ドメイン；または
ｃ）ａ）の軽鎖可変ドメインおよびｂ）の重鎖可変ドメインを含む、単離されたＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１４２）
前記軽鎖可変領域は、Ｄ２８もしくはその保存的置換、Ｉ２９もしくはその保存的置換、Ｓ３０もしくはその保存的置換、Ｎ３１もしくはその保存的置換、Ｙ３２もしくはその保存的置換、Ｙ４９もしくはその保存的置換、Ｄ５０もしくはその保存的置換、Ｎ５３もしくはその保存的置換、Ｅ５５もしくはその保存的置換、Ｔ５６もしくはその保存的置換、Ｄ９１もしくはその保存的置換、Ｄ９２もしくはその保存的置換、Ｎ９３もしくはその保存的置換、Ｆ９４もしくはその保存的置換、またはＬ９６もしくはその保存的置換を含む、項目１３５〜１４１のいずれかに記載の単離されたＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１４３）
前記軽鎖可変領域は、Ｄ２８またはその保存的置換、Ｎ３１またはその保存的置換、Ｄ５０またはその保存的置換、Ｎ５３またはその保存的置換、Ｅ５５またはその保存的置換、Ｄ９１またはその保存的置換、およびＤ９２またはその保存的置換を含む、項目１４２に記載の単離されたＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１４４）
前記軽鎖可変領域は、Ｄ２８、Ｎ３１、Ｄ５０、Ｎ５３、Ｅ５５、Ｄ９１、およびＤ９２を含む、項目１４３に記載の単離されたＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１４５）
前記重鎖可変領域は、Ｗ３３もしくはその保存的置換、Ｉ５０もしくはその保存的置換、Ｄ５７もしくはその保存的置換、Ｒ５９もしくはその保存的置換、Ｈ９９もしくはその保存的置換、Ｇ１００もしくはその保存的置換、Ｔ１０１もしくはその保存的置換、Ｓ１０２もしくはその保存的置換、Ｓ１０３もしくはその保存的置換、Ｄ１０４もしくはその保存的置換、Ｙ１０５もしくはその保存的置換、またはＹ１０６もしくはその保存的置換を含む、項目１３５〜１４４のいずれかに記載の単離されたＳＴ２抗原結合タンパク質。（項目１４６）
前記重鎖可変領域は、Ｓ１０２またはその保存的置換、Ｓ１０３またはその保存的置換、Ｄ１０４またはその保存的置換、およびＹ１０５またはその保存的置換を含む、項目１４５に記載の単離されたＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１４７）
前記重鎖可変領域は、Ｓ１０２、Ｓ１０３、Ｄ１０４、およびＹ１０５を含む、項目１４６に記載の単離されたＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１４８）
前記抗原結合タンパク質は、１×１０−１０Ｍ以下の親和性でヒトＳＴ２に特異的に結合する、項目１１３〜１４７のいずれかに記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１４９）
前記抗原結合タンパク質は、ヒトＳＴ２のヒトＩＬ−３３への結合を阻害する、項目１１３〜１４８のいずれかに記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１５０）
前記抗原結合タンパク質は、ヒトＳＴ２を発現する細胞においてヒトＩＬ−３３によって媒介されるＳＴ２シグナル伝達を低下させる、項目１１３〜１４９のいずれかに記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１５１）
前記抗原結合タンパク質は、カニクイザルＳＴ２のカニクイザルＩＬ−３３への結合を阻害する、項目１４９に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１５２）
前記抗原結合タンパク質は、カニクイザルＳＴ２を発現する細胞においてＩＬ−３３によって媒介されるカニクイザルＳＴ２シグナル伝達を低下させる、項目１５１に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１５３）
前記抗原結合タンパク質は、抗体である、項目１１３〜１５２のいずれかに記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
（項目１５４）
前記抗体は、ヒト抗体である、項目１５３に記載のＳＴ２抗原結合タンパク質。
ＳＴ２ ｍＡｂによる処理は、Ｂａｌｂ／ｃおよびＣ５７Ｂｌ／６マウスの気管支肺胞洗浄液（ＢＡＬＦ）中でＩＬ−３３によって誘導されるＩＬ−５を有意に阻害した。 ＳＴ２ ｍＡｂによる処理は、喘息のゴキブリアレルゲン（ＣＲＡ）誘発モデルにおいて有効である。ＳＴ２抗体で処置したマウスは、アイソタイプ対照Ｉｇで処置したマウスよりも有意に少ないＢＡＬＦ好酸球を有していた。 種々のドナーからのＣＤ４＋Ｔ細胞からヒトＩＬ−３３によって誘導されたＩＬ−５の産生の阻害におけるＳＴ２ ｍＡｂ。 線は、阻害なしで、ヒトＩＬ−２と組み合わせたヒトＩＬ−３３の陽性対照値を示す。
は、ヒトＩＬ−２の陽性対照値を示す。
線は、培地対照値を示す。
ヒトＮＫ細胞アッセイにおけるヒトＩＬ−３３の用量反応。 ヒトＮＫ細胞アッセイにおいて、市販のＳＴ２抗体と比較した、Ａｂ２によって引き起こされるＩＬ−３３活性の減少。クローンＨＢ１２、ＦＢ９、および２Ａ５は、ＭＢＬ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎから入手した。クローンＢ４Ｅ６は、ＭＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓから入手した。クローン９７２０３は、Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓから入手した。 ＨＤＸによって特定されたＡｂ２が結合するＳＴ２の領域の位置（実施例１２を参照）。ＳＴ２の細胞外ドメインのアミノ酸１５〜２６に相当する領域を赤色で強調し、ＳＴ２の細胞外ドメインのアミノ酸７０〜７６に相当する領域を赤紫色で強調している。 ＳＴ２／Ａｂ２ ｓｃ−ｄｓＦｖ複合体の全体的な構造。２つのＡｂ２ ｓｃ−ｄｓＦｖ分子がカートゥーンで示され、軽鎖（ＬＣ）／重鎖（ＨＣ）対は、それぞれシアン／青色または淡黄色／金色で着色されている。２つのＳＴ２分子を、赤紫色および緑色のカートゥーンで示す。 結合界面。ＳＴ２は、黄色のカートゥーンで示される。Ａｂ２の重鎖および軽鎖は、グレーおよび小麦色のカートゥーンで示される。重鎖および軽鎖のＣＤＲループは、次の順序で着色されている：ＣＤＲ１：赤色（ＨＣ）または淡赤色（ＬＣ）；ＣＤＲ２：緑色（ＨＣ）または薄緑色（ＬＣ）；およびＣＤＲ３：青色（ＨＣ）または薄青色（ＬＣ）。 ＳＴ２およびＡｂ２ ｓｃ−ｄｓＦｖの静電表面電位マップ。図９Ａ）ＳＴ２およびＡｂ２ ｓｃ−ｄｓＦｖの電荷および表面相補性。結合界面が丸で囲まれている。図９Ｂ）左：Ａｂ２（グレイ／小麦色のカートゥーン）は、ＳＴ２（表面）上の正電荷を帯びたパッチに結合する；右：ＳＴ２（黄色のカートゥーン）は、Ａｂ２ ｓｃ−ｄｓＦｖ（表面）の酸性パッチに結合する。静電表面電位マップについては、赤色の表面は負電荷を表し、青色の表面は正電荷を表す。 ＳＴ２およびＡｂ２ ｓｃ−ｄｓＦｖの静電表面電位マップ。図９Ａ）ＳＴ２およびＡｂ２ ｓｃ−ｄｓＦｖの電荷および表面相補性。結合界面が丸で囲まれている。図９Ｂ）左：Ａｂ２（グレイ／小麦色のカートゥーン）は、ＳＴ２（表面）上の正電荷を帯びたパッチに結合する；右：ＳＴ２（黄色のカートゥーン）は、Ａｂ２ ｓｃ−ｄｓＦｖ（表面）の酸性パッチに結合する。静電表面電位マップについては、赤色の表面は負電荷を表し、青色の表面は正電荷を表す。 抗原に結合した時にＳＴ２と界面を形成するＡｂ２可変ドメイン内の残基。ＣＤＲ領域は四角で囲まれている。界面内の残基を太字で示す。ＳＴ２内のアミノ酸と水素結合または塩架橋を形成する残基は、イタリック体で示される。
本明細書において用いられる見出しは、構成上の目的のためであるに過ぎず、記載される主題を限定すると見なされるべきではない。本明細書の本文に引用される全ての参考文献は、その全体が参照により本明細書に明示的に組み込まれる。
標準的な技術が、組換えＤＮＡ、オリゴヌクレオチド合成、組織培養および形質転換、タンパク質精製等に用いられてもよい。酵素反応および精製技術は、製造者の規格に従って、または当該技術分野において一般的に達成されるように、または本明細書に記載されるように行われてもよい。以下の手順および技術は、当該技術分野で周知の従来方法に従って、また本明細書を通して引用されるおよび論じられる種々の一般的なおよびより具体的な参考文献に記載されるように、一般的に行われてもよい。例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ
ｅｔ ａｌ．，２００１，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕｅｌ，３ｒｄ ｅｄ．，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．（任意の目的のために参照により本明細書に組み込まれる）を参照されたい。具体的な定義が提供されない限り、本明細書に記載される分析化学、有機化学、ならびに医薬品および製薬化学に関連して用いられる命名法、それらの実験手順および技術は、当該技術分野において周知であり、一般的に使用されるものである。標準的な技術が、化学合成、化学分析、薬剤の調製、処方、および送達、ならびに患者の治療に用いられてもよい。
ＳＴ２
本明細書に記載される抗原結合タンパク質は、ＳＴ２に結合する。ＳＴ２は、可溶性の非シグナル伝達多様体（可溶性ＳＴ２またはｓＳＴ２）および完全長膜貫通型（ＦＬ ＳＴ２、ＳＴ２、またはＳＴ２Ｌ）の両方として発現される。本明細書では、例示的なヒトＳＴ２Ｌアミノ酸配列を表１に提供する。このタンパク質は、いくつかのドメインから構成される：哺乳動物細胞におけるタンパク質のプロセシング中に切断され得るリーダー配列に対応するアミノ酸１〜１８；細胞外ドメインに対応するアミノ酸１９〜３３１；膜貫通ドメインに対応するアミノ酸３３２〜３５０；および細胞内ドメインに対応するアミノ酸３５１〜５５６。好ましい実施形態において、抗原結合タンパク質は、ＳＴ２Ｌの細胞外ドメインに結合し、ＳＴ２のＩＬ−３３との相互作用を妨げる。例示的なヒトＩＬ−３３アミノ酸配列を表１に提供する。
ＩＬ−３３は、ＳＴ２ＬおよびＡｃＰを含むヘテロ二量体受容体を通してシグナルを伝達する。例示的なヒトＡｃＰアミノ酸配列を表１に提供する。このタンパク質も、いくつかのドメインから構成される：哺乳動物細胞におけるタンパク質のプロセシング中に切断され得るリーダー配列に対応するアミノ酸１〜２０；細胞外ドメインに対応するアミノ酸２１〜３６７；膜貫通ドメインに対応するアミノ酸３６８〜３８８；および細胞内ドメインに対応するアミノ酸３８９〜５７０。例示的な実施形態において、ＳＴ２抗原結合タンパク質は、ＳＴ２Ｌに結合し、ＳＴ２ＬおよびＡｃＰを発現する細胞においてＩＬ−３３によって媒介されるシグナル伝達を妨げる。
表１
本発明の例示的な実施形態は、ヒトおよびカニクイザルの両方のＳＴ２に高い親和性で結合する（高い親和性で結合してカニクイザルＩＬ−３３とカニクイザルＳＴ２との相互作用をブロックするものを含む）。これらの特徴により、非ヒト霊長類における有益な毒性試験が可能となる。
カニクイザルＳＴ２Ｌの例示的なアミノ酸配列を、表２に提供する。このタンパク質は、いくつかのドメインから構成される：哺乳動物細胞におけるタンパク質のプロセシング中に切断され得るリーダー配列に対応するアミノ酸１〜１８；細胞外ドメインに対応するアミノ酸１９〜３３１；膜貫通ドメインに対応するアミノ酸３３２〜３５０；および細胞内ドメインに対応するアミノ酸３５１〜５５６。
カニクイザルＡｃＰの例示的なアミノ酸配列を、表２に提供する。このタンパク質は、いくつかのドメインから構成される：哺乳動物細胞におけるタンパク質のプロセシング中に切断され得るリーダー配列に対応するアミノ酸１〜２０；細胞外ドメインに対応するアミノ酸２１〜３６７；膜貫通ドメインに対応するアミノ酸３６８〜３８８；および細胞内ドメインに対応するアミノ酸３８９〜５７０。
カニクイザルＩＬ−３３の例示的なアミノ酸配列を、表２に提供する。
表２
ＳＴ２抗原結合タンパク質
本発明は、ＳＴ２に特異的に結合する抗原結合タンパク質を提供する。抗原結合タンパク質の実施形態は、ＳＴ２に特異的に結合するペプチドおよび／またはポリペプチドを含む。そのようなペプチドまたはポリペプチドは、任意選択的に、１つ以上の翻訳後修飾を含む。抗原結合タンパク質の実施形態は、本明細書において様々に定義されるように、ＳＴ２に特異的に結合する抗体およびその断片を含む。これらは、ＩＬ−３３がＳＴ２に結合するおよび／またはＳＴ２を活性化するのを阻害するものを含む、ヒトＳＴ２に特異的に結合する抗体を含む。
本発明の抗原結合タンパク質は、ＳＴ２に特異的に結合する。本明細書で使用される「特異的に結合する」とは、抗原結合タンパク質が、他のタンパク質よりも優先的にＳＴ２に結合することを意味する。いくつかの実施形態において、「特異的に結合する」とは、ＳＴ２抗原結合タンパク質が、他のタンパク質に対するよりも高い親和性をＳＴ２に対して有することを意味する。ＳＴ２に特異的に結合するＳＴ２抗原結合タンパク質は、１×１０−７Ｍ以下、２×１０−７Ｍ以下、３×１０−７Ｍ以下、４×１０−７Ｍ以下、５×１０−７Ｍ以下、６×１０−７Ｍ以下、７×１０−７Ｍ以下、８×１０−７Ｍ以下、９×１０−７Ｍ以下、１×１０−８Ｍ以下、２×１０−８Ｍ以下、３×１０−８Ｍ以下、４×１０−８Ｍ以下、５×１０−８Ｍ以下、６×１０−８Ｍ以下、７×１０−８Ｍ以下、８×１０−８Ｍ以下、９×１０−８Ｍ以下、１×１０−９Ｍ以下、２×１０−９Ｍ以下、３×１０−９Ｍ以下、４×１０−９Ｍ以下、５×１０−９Ｍ以下、６×１０−９Ｍ以下、７×１０−９Ｍ以下、８×１０−９Ｍ以下、９×１０−９Ｍ以下、１×１０−１０Ｍ以下、２×１０−１０Ｍ以下、３×１０−１０Ｍ以下、４×１０−１０Ｍ以下、５×１０−１０Ｍ以下、６×１０−１０Ｍ以下、７×１０−１０Ｍ以下、８×１０−１０Ｍ以下、９×１０−１０Ｍ以下、１×１０−１１Ｍ以下、２×１０−１１Ｍ以下、３×１０−１１Ｍ以下、４×１０−１１Ｍ以下、５×１０−１１Ｍ以下、６×１０−１１Ｍ以下、７×１０−１１Ｍ以下、８×１０−１１Ｍ以下、９×１０−１１Ｍ以下、１×１０−１２Ｍ以下、２×１０−１２Ｍ以下、３×１０−１２Ｍ以下、４×１０−１２Ｍ以下、５×１０−１２Ｍ以下、６×１０−１２Ｍ以下、７×１０−１２Ｍ以下、８×１０−１２Ｍ以下、または９×１０−１２Ｍ以下のヒトＳＴ２に対する結合親和性を有し得る。
抗原結合タンパク質の結合親和性を測定する方法は、当該技術分野において周知である。親和性を決定するために一般的に用いられる方法は、表面プラズモン共鳴法（ＳＰＲ）（Ｍｏｒｔｏｎ ａｎｄ Ｍｙｓｚｋａ “Ｋｉｎｅｔｉｃ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ ｕｓｉｎｇ ｓｕｒｆａｃｅ ｐｌａｓｍｏｎ ｒｅｓｏｎａｎｃｅ ｂｉｏｓｅｎｓｏｒｓ”Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ（１９９８）２９５，２６８−２９４）、バイオレイヤー干渉法（Ａｂｄｉｃｈｅ ｅｔ ａｌ“Ｄｅｔｅｒｍｉｎｉｎｇ Ｋｉｎｅｔｉｃｓ ａｎｄ Ａｆｆｉｎｉｔｉｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ Ｕｓｉｎｇ ａ Ｐａｒａｌｌｅｌ Ｒｅａｌ−ｔｉｍｅ Ｌａｂｅｌ−ｆｒｅｅ Ｂｉｏｓｅｎｓｏｒ，ｔｈｅ Ｏｃｔｅｔ”Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（２００８）３７７，２０９−２１７）、結合平衡除外アッセイ（ＫｉｎＥｘＡ）（Ｄａｒｌｉｎｇ ａｎｄ Ｂｒａｕｌｔ“Ｋｉｎｅｔｉｃ ｅｘｃｌｕｓｉｏｎ ａｓｓａｙ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ”Ａｓｓａｙ ａｎｄ Ｄｒｕｇ Ｄｅｖ Ｔｅｃｈ（２００４）２，６４７−６５７）、等温熱量測定（Ｐｉｅｒｃｅ ｅｔ ａｌ“Ｉｓｏｔｈｅｒｍａｌ Ｔｉｔｒａｔｉｏｎ Ｃａｌｏｒｉｍｅｔｒｙ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎ−Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ”Ｍｅｔｈｏｄｓ（１９９９）１９，２１３−２２１）、および分析用超遠心分離法（Ｌｅｂｏｗｉｔｚ ｅｔ ａｌ“Ｍｏｄｅｒｎ ａｎａｌｙｔｉｃａｌ ｕｌｔｒａｃｅｎｔｒｉｆｕｇａｔｉｏｎ ｉｎ ｐｒｏｔｅｉｎ ｓｃｉｅｎｃｅ：Ａ ｔｕｔｏｒｉａｌ ｒｅｖｉｅｗ”Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｃｉｅｎｃｅ（２００２），１１：２０６７-２０７９）を含む。実施例３は、例示的な方法を提供する
。
本明細書に記載されるＳＴ２結合抗体の種々の実施形態に言及がなされる場合、そのＳＴ２結合断片も包含されることを理解されたい。ＳＴ２−結合断片は、ＳＴ２に特異的に結合する能力を保持する本明細書に記載される抗体断片またはドメインのうちのいずれをも含む。ＳＴ２−結合断片は、本明細書に記載される足場のうちのいずれであってもよい。
ある特定の治療的実施形態において、ＳＴ２抗原結合タンパク質は、ＳＴ２のＩＬ−３３への結合を阻害し、かつ／または、例えば、ＩＬ−３３によって媒介されるシグナル伝達等の、ＳＴ２のＩＬ−３３への結合に関連する１つ以上の生物学的活性を阻害する。そのような抗原結合タンパク質は「中和」と言われている。ある特定の実施形態において、中和ＳＴ２抗原結合タンパク質は、ＳＴ２に特異的に結合し、ＳＴ２のＩＬ−３３への結合を１０％〜１００％の範囲、例えば、少なくとも約２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９％、またはそれ以上阻害する。例えば、ＳＴ２抗原結合タンパク質は、該抗原結合タンパク質が、ＩＬ−３３のＳＴ２への、またはＩＬ−３３の共受容体ＳＴ２およびＡｃＰへの結合をブロックする能力を特定することにより、中和能について検査することができる（例えば、実施例６のＩＬ−３３ブロッキングアッセイを参照のこと）。代替として、ＳＴ２抗原結合タンパク質は、ＩＬ−３３によって媒介される生物学的機能を測定するアッセイにおいてＳＴ２抗原結合タンパク質の存在の影響を測定するアッセイにおける中和能について検査することができる。例えば、ＩＬ−３３が、細胞内シグナル伝達、または、好酸球、好塩基球、Ｔ細胞、マスト細胞、ＮＫ細胞、ＮＫＴ細胞、好中球、もしくは自然ヘルパー細胞等の細胞からのサイトカインおよびケモカイン等のメディエーターのｍＲＮＡ発現もしくはメディエーターの分泌の増加等の生物学的応答を誘導する能力である。代替として、ＩＬ−３３が、好酸球、好塩基球、Ｔ細胞、マスト細胞、ＮＫ細胞、ＮＫＴ細胞、好中球、または自然ヘルパー細胞等の細胞の分化、増殖、生存、走化性、形状変化、または接着性を促進する能力である。代替として、ＩＬ−３３が、好酸球、好塩基球、Ｔ細胞、マスト細胞、ＮＫ細胞、ＮＫＴ細胞、好中球、または自然ヘルパー細胞等の細胞上で、ＣＤ１１ｂ等の細胞活性化の特定のマーカーの細胞表面発現を誘導する能力である。例示的な方法を、実施例７〜１０に提供する。
本明細書において様々に定義されるように、抗原結合タンパク質の実施形態は、１つ以上の相補性決定領域（ＣＤＲ）とともに、足場構造を含む。実施形態は、重鎖または軽鎖のいずれかの１つ以上の抗体可変ドメインを有する足場構造を含む抗原結合タンパク質をさらに含む。実施形態は、Ａｂ１軽鎖可変ドメイン（ＬＣｖ）、Ａｂ２ ＬＣｖ、Ａｂ３
ＬＣｖ、Ａｂ４ ＬＣｖ、Ａｂ５ ＬＣｖ、Ａｂ６ ＬＣｖ、Ａｂ７ ＬＣｖ、Ａｂ８
ＬＣｖ、Ａｂ９ ＬＣｖ、Ａｂ１０ＬＣｖ、Ａｂ１１ ＬＣｖ、Ａｂ３０ ＬＣｖ、Ａｂ３２ ＬＣｖ、およびＡｂ３３ ＬＣｖ（それぞれ、配列番号９５〜１０５、１６３−１６５）からなる群から選択される軽鎖可変ドメイン、ならびに／または、Ａｂ１重鎖可変ドメイン（ＨＣｖ）、Ａｂ２ ＨＣｖ、Ａｂ３ ＨＣｖ、Ａｂ４ ＨＣｖ、Ａｂ５ ＨＣｖ、Ａｂ６ ＨＣｖ、Ａｂ７ ＨＣｖ、Ａｂ８ ＨＣｖ、Ａｂ９ ＨＣｖ、Ａｂ１０ ＨＣｖ、Ａｂ１１ＨＣｖ、Ａｂ３０ＨＣｖ、Ａｂ３２ＨＣｖ、およびＡｂ３３ＨＣｖ（それぞれ、配列番号２９〜３９、１４５〜１４７）からなる群から選択される重鎖可変ドメイン、ならびにその断片、誘導体、ムテイン、および多様体を含む抗体を含む。
Ａｂ１ ＬＣｖを含む例示的な軽鎖は、配列番号８４に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖である。
Ａｂ２ ＬＣｖを含む例示的な軽鎖は、配列番号８５に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖である。
Ａｂ３ ＬＣｖを含む例示的な軽鎖は、配列番号８６に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖である。
Ａｂ４ ＬＣｖを含む例示的な軽鎖は、配列番号８７に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖である。
Ａｂ５ ＬＣｖを含む例示的な軽鎖は、配列番号８８に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖である。
Ａｂ６ ＬＣｖを含む例示的な軽鎖は、配列番号８９に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖である。
Ａｂ７ ＬＣｖを含む例示的な軽鎖は、配列番号９０に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖である。
Ａｂ８ ＬＣｖを含む例示的な軽鎖は、配列番号９１に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖である。
Ａｂ９ ＬＣｖを含む例示的な軽鎖は、配列番号９２に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖である。
Ａｂ１０ ＬＣｖを含む例示的な軽鎖は、配列番号９３に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖である。
Ａｂ１１ ＬＣｖを含む例示的な軽鎖は、配列番号９４に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖である。
Ａｂ３０ ＬＣｖを含む例示的な軽鎖は、配列番号１６０に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖である。
Ａｂ３２ ＬＣｖを含む例示的な軽鎖は、配列番号１６１に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖である。
Ａｂ３３ ＬＣｖを含む例示的な軽鎖は、配列番号１６２に記載のアミノ酸配列を含む軽鎖である。
Ａｂ１ ＨＣｖを含む例示的な重鎖は、配列番号１８に記載のアミノ酸配列を含む重鎖である。
Ａｂ２ ＨＣｖを含む例示的な重鎖は、配列番号１９に記載のアミノ酸配列を含む重鎖である。
Ａｂ３ ＨＣｖを含む例示的な重鎖は、配列番号２０に記載のアミノ酸配列を含む重鎖である。
Ａｂ４ ＨＣｖを含む例示的な重鎖は、配列番号２１に記載のアミノ酸配列を含む重鎖である。
Ａｂ５ ＨＣｖを含む例示的な重鎖は、配列番号２２に記載のアミノ酸配列を含む重鎖である。
Ａｂ６ ＨＣｖを含む例示的な重鎖は、配列番号２３に記載のアミノ酸配列を含む重鎖である。
Ａｂ７ ＨＣｖを含む例示的な重鎖は、配列番号２４に記載のアミノ酸配列を含む重鎖である。
Ａｂ８ ＨＣｖを含む例示的な重鎖は、配列番号２５に記載のアミノ酸配列を含む重鎖である。
Ａｂ９ ＨＣｖを含む例示的な重鎖は、配列番号２６に記載のアミノ酸配列を含む重鎖である。
Ａｂ１０ ＨＣｖを含む例示的な重鎖は、配列番号２７に記載のアミノ酸配列を含む重鎖である。
Ａｂ１１ ＨＣｖを含む例示的な重鎖は、配列番号２８に記載のアミノ酸配列を含む重鎖である。
Ａｂ３０ ＨＣｖを含む例示的な重鎖は、配列番号１４２に記載のアミノ酸配列を含む重鎖である。
Ａｂ３２ ＨＣｖを含む例示的な重鎖は、配列番号１４３に記載のアミノ酸配列を含む重鎖である。
Ａｂ３３ ＨＣｖを含む例示的な重鎖は、配列番号１４４に記載のアミノ酸配列を含む重鎖である。
想定される足場のさらなる例として、フィブロネクチン、ネオカルチノスタチンＣＢＭ４−２、リポカリン、Ｔ細胞受容体、プロテインＡドメイン（プロテインＺ）、Ｉｍ９、ＴＰＲタンパク質、ジンクフィンガードメイン、ｐＶＩＩＩ、トリ膵臓ポリペプチド、ＧＣＮ４、ＷＷドメイン、Ｓｒｃ相同ドメイン３、ＰＤＺドメイン、ＴＥＭ−１βラクタマーゼ、チオレドキシン、ブドウ球菌ヌクレアーゼ、ＰＨＤフィンガードメイン、ＣＬ−２、ＢＰＴＩ、ＡＰＰＩ、ＨＰＳＴＩ、エコチン、ＬＡＣＩ−Ｄ１、ＬＤＴＩ、ＭＴＩ−ＩＩ、サソリ毒素、昆虫デフェンシン−Ａペプチド、ＥＥＴＩ−ＩＩ、Ｍｉｎ−２３、ＣＢＤ、ＰＢＰ、チトクロムｂ−５６２、Ｌｄｌ受容体ドメイン、ガンマ−クリスタリン、ユビキチン、トランスフェリン、およびまたはＣ型レクチン様ドメインが挙げられる。非抗体足場およびそれらの治療薬としての使用法は、Ｇｅｂａｕｅｒ ａｎｄ Ｓｋｅｒｒａ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．，１３：２４５−２５５（２００９）およびＢｉｎｚ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．，２３（１０）：１２５７−１２６８（２００５）（参照により、その全体が本明細書に組み込まれる）に概説されている。
本発明の態様は、以下の可変ドメインを含む抗体を含む：Ａｂ１ ＬＣｖ／Ａｂ１ ＨＣｖ（配列番号９５／配列番号２９）、Ａｂ２ ＬＣｖ／Ａｂ２ ＨＣｖ（配列番号９６／配列番号３０）、Ａｂ３ ＬＣｖ／Ａｂ３ ＨＣｖ（配列番号９７／配列番号３１）、Ａｂ４ ＬＣｖ／Ａｂ４ ＨＣｖ（配列番号９８／配列番号３２）、Ａｂ５ ＬＣｖ／Ａｂ５ ＨＣｖ（配列番号９９／配列番号３３）、Ａｂ６ ＬＣｖ／Ａｂ６ ＨＣｖ（配列番号１００／配列番号３４）、Ａｂ７ ＬＣｖ／Ａｂ７ ＨＣｖ（配列番号１０１／配列番号３５）、Ａｂ８ ＬＣｖ／Ａｂ８ ＨＣｖ（配列番号１０２／配列番号３６）、Ａｂ９ ＬＣｖ／Ａｂ９ ＨＣｖ（配列番号１０３／配列番号３７）、Ａｂ１０ ＬＣｖ／Ａｂ１０ ＨＣｖ（配列番号１０４／配列番号３８）、Ａｂ１１ ＬＣｖ／Ａｂ１１ ＨＣｖ（配列番号１０５／配列番号３９）、Ａｂ３０ ＬＣｖ／Ａｂ３０ ＨＣｖ（配列番号１６３／配列番号１４５）、Ａｂ３２ ＬＣｖ／Ａｂ３２ ＨＣｖ（配列番号１６４／配列番号１４６）、Ａｂ３３ ＬＣｖ／Ａｂ３３ ＨＣｖ（配列番号１６５／配列番号１４７）、およびこれらの組み合わせ、ならびにその断片、誘導体、ムテイン、および多様体。
本発明の例示的な抗体は、Ａｂ１（配列番号８４／配列番号１８）、Ａｂ２（配列番号８５／配列番号１９）、Ａｂ３（配列番号８６／配列番号２０）、Ａｂ４（配列番号８７／配列番号２１）、Ａｂ５（配列番号８８／配列番号２２）、Ａｂ６（配列番号８９／配列番号２３）、Ａｂ７（配列番号９０／配列番号２４）、Ａｂ８（配列番号９１／配列番号２５）、Ａｂ９（配列番号９２／配列番号２６）、Ａｂ１０（配列番号９３／配列番号２７）、Ａｂ１１（配列番号９４／配列番号２８）、Ａｂ３０（配列番号１６０／配列番号１４２）、Ａｂ３２（配列番号１６１／配列番号１４３）、およびＡｂ３３（配列番号１６２／配列番号１４４）を含む。
典型的には、抗体の軽鎖または重鎖の各可変ドメインは、３つのＣＤＲを含む。重鎖可変ドメインは、重鎖ＣＤＲ１（ＨＣＤＲ１）、重鎖ＣＤＲ２（ＨＣＤＲ２）、および重鎖ＣＤＲ３（ＨＣＤＲ３）を含む。軽鎖可変ドメインは、軽鎖ＣＤＲ１（ＬＣＤＲ１）、軽鎖ＣＤＲ２（ＬＣＤＲ２）、および軽鎖ＣＤＲ３（ＬＣＤＲ３）を含む。ある特定の実施形態において、抗原結合タンパク質は、本明細書に記載される好ましい可変ドメイン内に含有される１つ以上のＣＤＲを含む。
そのようなＣＤＲの例は、以下のＣＤＲが挙げられるが、これらに限定されない：
Ａｂ１ ＬＣｖのＣＤＲ：ＬＣＤＲ１（配列番号１０６）、ＬＣＤＲ２（配列番号１１７）、およびＬＣＤＲ３（配列番号１２８）；
Ａｂ２ ＬＣｖのＣＤＲ：ＬＣＤＲ１（配列番号１０７）、ＬＣＤＲ２（配列番号１１８）、およびＬＣＤＲ３（配列番号１２９）；
Ａｂ３ ＬＣｖのＣＤＲ：ＬＣＤＲ１（配列番号１０８）、ＬＣＤＲ２（配列番号１１９）、およびＬＣＤＲ３（配列番号１３０）；
Ａｂ４ ＬＣｖのＣＤＲ：ＬＣＤＲ１（配列番号１０９）、ＬＣＤＲ２（配列番号１２０）、およびＬＣＤＲ３ （配列番号１３１）；
Ａｂ５ ＬＣｖのＣＤＲ：ＬＣＤＲ１（配列番号１１０）、ＬＣＤＲ２（配列番号１２１）、およびＬＣＤＲ３ （配列番号１３２）；
Ａｂ６ ＬＣｖのＣＤＲ：ＬＣＤＲ１（配列番号１１１）、ＬＣＤＲ２（配列番号１２２）、およびＬＣＤＲ３ （配列番号１３３）；
Ａｂ７ ＬＣｖのＣＤＲ：ＬＣＤＲ１（配列番号１１２）、ＬＣＤＲ２（配列番号１２３）、およびＬＣＤＲ３ （配列番号１３４）；
Ａｂ８ ＬＣｖのＣＤＲ：ＬＣＤＲ１（配列番号１１３）、ＬＣＤＲ２（配列番号１２４）、およびＬＣＤＲ３ （配列番号１３５）；
Ａｂ９ ＬＣｖのＣＤＲ：ＬＣＤＲ１（配列番号１１４）、ＬＣＤＲ２（配列番号１２５）、およびＬＣＤＲ３ （配列番号１３６）；
Ａｂ１０ ＬＣｖのＣＤＲ：ＬＣＤＲ１（配列番号１１５）、ＬＣＤＲ２（配列番号１２６）、およびＬＣＤＲ３ （配列番号１３７）；
Ａｂ１１ ＬＣｖのＣＤＲ：ＬＣＤＲ１（配列番号１１６）、ＬＣＤＲ２（配列番号１２７）、およびＬＣＤＲ３ （配列番号１３８）；
Ａｂ３０ ＬＣｖのＣＤＲ：ＬＣＤＲ１（配列番号１６６）、ＬＣＤＲ２（配列番号１６９）、およびＬＣＤＲ３ （配列番号１７２）；
Ａｂ３２ ＬＣｖのＣＤＲ：ＬＣＤＲ１（配列番号１６７）、ＬＣＤＲ２（配列番号１７０）、およびＬＣＤＲ３ （配列番号１７３）；
Ａｂ３３ ＬＣｖのＣＤＲ：ＬＣＤＲ１（配列番号１６８）、ＬＣＤＲ２（配列番号１７１）、およびＬＣＤＲ３ （配列番号１７４）；
Ａｂ１ ＨＣｖのＣＤＲ：ＨＣＤＲ１（配列番号４０）、ＨＣＤＲ２（配列番号５１）、およびＨＣＤＲ３ （配列番号６２）；
Ａｂ２ ＨＣｖのＣＤＲ：ＨＣＤＲ１（配列番号４１）、ＨＣＤＲ２（配列番号５２）、およびＨＣＤＲ３ （配列番号６３）；
Ａｂ３ ＨＣｖのＣＤＲ：ＨＣＤＲ１（配列番号４２）、ＨＣＤＲ２（配列番号５３）、およびＨＣＤＲ３ （配列番号６４）；
Ａｂ４ ＨＣｖのＣＤＲ：ＨＣＤＲ１（配列番号４３）、ＨＣＤＲ２（配列番号５４）、およびＨＣＤＲ３ （配列番号６５）；
Ａｂ５ ＨＣｖのＣＤＲ：ＨＣＤＲ１（配列番号４４）、ＨＣＤＲ２（配列番号５５）、およびＨＣＤＲ３ （配列番号６６）；
Ａｂ６ ＨＣｖのＣＤＲ：ＨＣＤＲ１（配列番号４５）、ＨＣＤＲ２（配列番号５６）、およびＨＣＤＲ３ （配列番号６７）；
Ａｂ７ ＨＣｖのＣＤＲ：ＨＣＤＲ１（配列番号４６）、ＨＣＤＲ２（配列番号５７）、およびＨＣＤＲ３ （配列番号６８）；
Ａｂ８ ＨＣｖのＣＤＲ：ＨＣＤＲ１（配列番号４７）、ＨＣＤＲ２（配列番号５８）、およびＨＣＤＲ３ （配列番号６９）；
Ａｂ９ ＨＣｖのＣＤＲ：ＨＣＤＲ１（配列番号４８）、ＨＣＤＲ２（配列番号５９）、およびＨＣＤＲ３ （配列番号７０）；
Ａｂ１０ ＨＣｖのＣＤＲ：ＨＣＤＲ１（配列番号４９）、ＨＣＤＲ２（配列番号６０）、およびＨＣＤＲ３ （配列番号７１）；
Ａｂ１１ ＨＣｖのＣＤＲ：ＨＣＤＲ１（配列番号５０）、ＨＣＤＲ２（配列番号６１）、およびＨＣＤＲ３ （配列番号７２）；
Ａｂ３０ ＨＣｖのＣＤＲ：ＨＣＤＲ１（配列番号１４８）、ＨＣＤＲ２（配列番号１５１）、およびＨＣＤＲ３ （配列番号１５４）；
Ａｂ３２ ＨＣｖのＣＤＲ：ＨＣＤＲ１（配列番号１４９）、ＨＣＤＲ２（配列番号１５２）、およびＨＣＤＲ３ （配列番号１５５）；ならびに
Ａｂ３３ ＨＣｖのＣＤＲ：ＨＣＤＲ１（配列番号１５０）、ＨＣＤＲ２（配列番号１５３）、およびＨＣＤＲ３ （配列番号１５６）。
いくつかの実施形態において、抗原結合タンパク質は、Ａ）ポリペプチド、例えば、配列番号１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１６６、１６７、および１６８からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＬＣＤＲ１：配列番号１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６、１２７、１６９、１７０、および１７１からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＬＣＤＲ２；ならびに／もしくは配列番号１２８、１２９、１３０、１３１、１３２、１３３、１３４、１３５、１３６、１３７、１３８、１７２、１７３、および１７４からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＬＣＤＲ３を含む軽鎖、ならびに／またはＢ）ポリペプチド、例えば、配列番号４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、１４８、１４９、および１５０からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＨＣＤＲ１；配列番号５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、１５１、１５２、および１５３からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＨＣＤＲ２；ならびに／もしくは配列番号６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、１５４、１５５、および１５６からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＨＣＤＲ３を含む重鎖を含む。
さらなる実施形態において、抗原結合タンパク質は、Ａ）Ａｂ１ ＬＣｖ、Ａｂ２ ＬＣｖ、Ａｂ３ ＬＣｖ、Ａｂ４ ＬＣｖ、Ａｂ５ ＬＣｖ、Ａｂ６ ＬＣｖ、Ａｂ７ ＬＣｖ、Ａｂ８ ＬＣｖ、Ａｂ９ ＬＣｖ、Ａｂ１０ ＬＣｖ、Ａｂ１１ ＬＣｖ、Ａｂ３０ ＬＣｖ、Ａｂ３２ ＬＣｖ、およびＡｂ３３ ＬＣｖのうちのいずれかのＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、およびＬＣＤＲ３を含む軽鎖アミノ酸配列、ならびにＢ）Ａｂ１ ＨＣｖ、Ａｂ２ ＨＣｖ、Ａｂ３ ＨＣｖ、Ａｂ４ ＨＣｖ、Ａｂ５ ＨＣｖ、Ａｂ６ ＨＣｖ、Ａｂ７ ＨＣｖ、Ａｂ８ ＨＣｖ、Ａｂ９ ＨＣｖ、Ａｂ１０ ＨＣｖ、Ａｂ１１ ＨＣｖ、Ａｂ３０ ＨＣｖ、Ａｂ３２ ＨＣｖ、およびＡｂ３３ ＨＣｖのうちのいずれかのＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、およびＨＣＤＲ３を含む重鎖アミノ酸配列を含む。
ある特定の実施形態において、ＣＤＲは、本明細書に記載される例示的なＣＤＲからの１つ以下の、２つ以下の、３つ以下の、４つ以下の、５つ以下の、または６つ以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を含む。
本発明の態様は、配列番号９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１６３、１６４、および１６５からなる群から選択される軽鎖可変ドメインを含む抗体を含む。本発明の態様は、配列番号２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、１４５、１４６、および１４７からなる群から選択される重鎖可変ドメインを含む抗体を含む。本発明のさらなる態様は、Ａ）配列番号９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１６３、１６４、および１６５からなる群から選択される軽鎖可変ドメイン、ならびにＢ）配列番号２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、１４５、１４６、および１４７からなる群から選択される重鎖可変ドメインを含む抗体を含む。
本発明の抗体は、当該技術分野で既知の任意の定常領域を含むことができる。軽鎖定常領域は、例えば、κ型またはλ型軽鎖定常領域、例えば、ヒトκ型またはλ型軽鎖定常領域であり得る。重鎖定常領域は、例えば、α型、δ型、ε型、γ型、またはμ型重鎖定常領域、例えば、ヒトα型、δ型、ε型、γ型、またはμ型重鎖定常領域であり得る。一実施形態において、軽鎖または重鎖定常領域は、天然に存在する定常領域の断片、誘導体、多様体、またはムテインである。
本発明の態様は、１つ以下の、２つ以下の、３つ以下の、４つ以下の、５つ以下の、６つ以下の、７つ以下の、８つ以下の、９つ以下の、または１０個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する配列番号９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１６３、１６４、および１６５からなる群から選択される軽鎖可変領域を含む抗体を含む。本発明の態様は、１つ以下の、２つ以下の、３つ以下の、４つ以下の、５つ以下の、６つ以下の、７つ以下の、８つ以下の、９つ以下の、または１０個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する配列番号２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、１４５、１４６、および１４７からなる群から選択される重鎖可変領域を含む抗体を含む。本発明のさらなる態様は、Ａ）１つ以下の、２つ以下の、３つ以下の、４つ以下の、５つ以下の、６つ以下の、７つ以下の、８つ以下の、９つ以下の、または１０個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する配列番号９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１６３、１６４、および１６５からなる群から選択される軽鎖可変領域、ならびにＢ）１つ以下の、２つ以下の、３つ以下の、４つ以下の、５つ以下の、６つ以下の、７つ以下の、８つ以下の、９つ以下の、または１０個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する配列番号２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、１４５、１４６、および１４７からなる群から選択される重鎖可変領域を含む抗体を含む。
一変形例において、抗原結合タンパク質は、配列番号９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１６３、１６４、および１６５からなる群から選択される軽鎖可変領域のアミノ酸配列と、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一であるアミノ酸配列を含む。別の変形例において、抗原結合タンパク質は、配列番号２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、１４５、１４６、および１４７からなる群から選択される重鎖可変領域のアミノ酸配列と、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一であるアミノ酸配列を含む。さらなる実施形態において、抗原結合タンパク質は、Ａ）配列番号９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０４、１０５、１６３、１６４、および１６５からなる群から選択される軽鎖可変領域のアミノ酸配列と、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一であるアミノ酸配列、およびＢ）配列番号２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、１４５、１４６、および１４７からなる群から選択される重鎖可変領域のアミノ酸配列と、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一であるアミノ酸配列を含む。
ある特定の実施形態において、抗原結合タンパク質は、軽鎖および／または重鎖ＣＤＲ３を含む。いくつかの実施形態において、抗原結合タンパク質は、配列番号１２８、１２９、１３０、１３１、１３２、１３３、１３４、１３５、１３６、１３７、１３８、１７２、１７３、１７４、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、１５４、１５５、および１５６に記載される配列の群から選択されるアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態において、アミノ酸配列は、配列番号１２８、１２９、１３０、１３１、１３２、１３３、１３４、１３５、１３６、１３７、１３８、１７２、１７３、１７４、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、１５４、１５５、および１５６に記載される例示的な配列からの１つ以下の、２つ以下の、３つ以下の、４つ以下の、５つ以下の、または６つ以下ののアミノ酸の付加、欠失、または置換を含む。よって、本発明の実施形態は、配列番号１２８、１２９、１３０、１３１、１３２、１３３、１３４、１３５、１３６、１３７、１３８、１７２、１７３、１７４、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、１５４、１５５、および１５６に記載される配列の群から選択されるアミノ酸配列と、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一であるアミノ酸配列を含む抗原結合タンパク質を含む。
ある特定の実施形態において、抗原結合タンパク質は、軽鎖および／または重鎖ＣＤＲ２を含む。いくつかの実施形態において、抗原結合タンパク質は、配列番号１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６、１２７、１６９、１７０、１７１、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、１５１、１５２、および１５３に記載される配列の群から選択されるアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態において、アミノ酸配列は、配列番号１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６、１２７、１６９、１７０、１７１、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、１５１、１５２、および１５３に記載される例示的な配列からの１つ以下の、２つ以下の、３つ以下の、４つ以下の、５つ以下の、または６つ以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を含む。よって、本発明の実施形態は、配列番号１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６、１２７、１６９、１７０、１７１、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、１５１、１５２、および１５３に記載される配列の群から選択されるアミノ酸配列と、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一であるアミノ酸配列を含む抗原結合タンパク質を含む。
ある特定の実施形態において、抗原結合タンパク質は、軽鎖および／または重鎖ＣＤＲ１を含む。いくつかの実施形態において、抗原結合タンパク質は、配列番号１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１６６、１６７、１６８、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、１４８、１４９、および１５０に記載される配列の群から選択されるアミノ酸配列を含む。ある特定の実施形態において、アミノ酸配列は、配列番号１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１６６、１６７、１６８、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、１４８、１４９、および１５０に記載される例示的な配列からの１つ以下の、２つ以下の、３つ以下の、４つ以下の、５つ以下の、または６つ以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を含む。よって、本発明の実施形態は、配列番号１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、１１１、１１２、１１３、１１４、１１５、１１６、１６６、１６７、１６８、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、１４８、１４９、および１５０に記載される配列の群から選択されるアミノ酸配列と、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一であるアミノ酸配列を含む抗原結合タンパク質を含む。
本発明の抗原結合タンパク質は、ヒトおよびモノクローナル抗体、二重特異性抗体、ダイアボディ、ミニボディ、ドメイン抗体、合成抗体（本明細書において「抗体模倣体」と称されることがある）、キメラ抗体、抗体融合体（「抗体コンジュゲート」と称されることがある）を含む従来の抗体の足場、および各々の断片をそれぞれ含む。ＣＤＲの種々の組み合わせを含む上述のＣＤＲは、それに続く足場のいずれにも移植されてもよい。
本明細書において使用される場合、「抗体」という用語は、本明細書において様々に記載されるように、抗原に特異的に結合する、１つ以上のポリペプチド鎖を含む単量体または多量体タンパク質の種々の形態を指す。ある特定の実施形態において、抗体は、組換えＤＮＡ技術によって産生される。さらなる実施形態において、抗体は、天然に存在する抗体の酵素切断または化学切断によって産生される。別の態様において、抗体は、ａ）ヒト抗体；ｂ）ヒト化抗体；ｃ）キメラ抗体；ｄ）モノクローナル抗体；ｅ）ポリクローナル抗体；ｆ）組換え抗体；ｇ）抗原−結合断片；ｈ）単鎖抗体；ｉ）ダイアボディ；ｊ）トリアボディ、ｋ）テトラボディ、ｌ）Ｆａｂ断片；ｍ）Ｆ（ａｂ’）２断片、ｎ）ＩｇＡ抗体、ｏ）ＩｇＤ抗体、ｐ）ＩｇＥ抗体、ｑ）ＩｇＧ１抗体、ｒ）ＩｇＧ２抗体、ｓ）ＩｇＧ３抗体、ｔ）ＩｇＧ４抗体、およびｕ）ＩｇＭ抗体からなる群から選択される。
可変領域またはドメインは、フレームワーク領域（ＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３、およびＦＲ４フレームワーク領域と称される）に取り囲まれた少なくとも３つの重鎖または軽鎖ＣＤＲを含む。Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．，１９９１，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ Ｎ．Ｉ．Ｈ．，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，ＭＤ。従来の抗体の構造単位は、典型的には四量体を含む。各四量体は、典型的には、それぞれの対が１つの「軽」鎖および１つの「重」鎖を有するポリペプチド鎖の２つの同一の対からなる。各鎖のアミノ末端部分は、主に抗原認識を担う約１００〜１１０またはそれ以上のアミノ酸の可変領域を含む。各鎖のカルボキシ末端部分は、主にエフェクター機能を担う定常領域を定義する。ヒト軽鎖は、κ軽鎖またはλ軽鎖として分類される。重鎖は、μ、δ、γ、α、またはεとして分類され、抗体のアイソタイプをそれぞれＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＧ、ＩｇＡ、およびＩｇＥとして定義する。ＩｇＧは、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、およびＩｇＧ４を含むがこれらに限定されないいくつかのサブクラスを有する。ＩｇＭは、ＩｇＭ１およびＩｇＭ２を含むがこれらに限定されないサブクラスを有する。本発明の実施形態は、本明細書に記載されるように、抗原結合タンパク質の可変ドメインまたはＣＤＲを組み込む抗体の全てのそのようなクラスおよびサブクラスを含む。
ラクダおよびラマに見出される抗体等のいくつかの天然に存在する抗体は、２つの重鎖からなり、軽鎖を含まない二量体である。本発明は、ＳＴ２に結合することができる２つの重鎖またはその断片の二量体抗体を包含する。
重鎖および軽鎖の可変領域は、典型的には、３つの超可変領域、すなわち、相補性決定領域またはＣＤＲによって結合された比較的保存されたフレームワーク領域（ＦＲ）の同じ全体構造を示す。ＣＤＲは、主に抗原認識および結合を担う。各対の２つの鎖からのＣＤＲは、フレームワーク領域によって整列させられ、特異的エピトープへの結合を可能にする。Ｎ末端からＣ末端に向けての、軽鎖および重鎖の両方が、ドメインＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３、およびＦＲ４を含む。各ドメインへのアミノ酸の割り当ては、Ｋａｂａｔの定義に従う。
ＣＤＲは、抗原結合のための主要な表面接触点を構成する。ＣＤＲ３または軽鎖、および特に重鎖のＣＤＲ３は、軽鎖および重鎖可変領域内の抗原結合における最も重要な決定基を構成し得る。いくつかの抗体において、重鎖ＣＤＲ３は、抗原と抗体との間の主要な接触領域を構成すると考えられる。抗体の結合特性を変化させるために、またはどの残基が抗原の結合に寄与するかを決定するために、ＣＤＲ３のみを変化させたｉｎ ｖｉｔｒｏ選択スキームを用いることができる。
天然に存在する抗体は、典型的には、タンパク質分泌のための細胞経路内に抗体を誘導し、かつ典型的には成熟抗体には存在しない、シグナル配列を含む。本発明の抗体をコードするポリヌクレオチドは、後述のように、天然に存在するシグナル配列、または異種のシグナル配列をコードしてもよい。
一実施形態において、抗原結合タンパク質は、本明細書に記載される例示的なＣＤＲのうちの１〜６つを含む抗体である。本発明の抗体は、ＩｇＭ、ＩｇＧ（ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４を含む）、ＩｇＤ、ＩｇＡ、またはＩｇＥ抗体を含むいずれの種類の抗体であってもよい。具体的な実施形態において、抗原結合タンパク質は、ＩｇＧ型抗体、例えば、ＩｇＧ１抗体である。
いくつかの実施形態において、例えば、抗原結合タンパク質が完全な重鎖および軽鎖を有する抗体である場合、ＣＤＲは全て同じ種、例えば、ヒトに由来する。代替として、例えば、抗原結合タンパク質が、上で概説した配列からの６個未満のＣＤＲを含有する実施形態では、さらなるＣＤＲは、他の種に由来してもよいか、または例示的な配列に示されるものとは異なるヒトＣＤＲであってもよい。例えば、本明細書で特定される適切な配列からのＨＣＤＲ３およびＬＣＤＲ３領域が、代替の種、または異なるヒト抗体配列、またはそれらの組み合わせから任意選択的に選択されるＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＬＣＤＲ１、およびＬＣＤＲ２とともに用いられてもよい。例えば、本発明のＣＤＲは、商業用キメラ抗体またはヒト化抗体のＣＤＲ領域に取って代わることができる。
具体的な実施形態は、ヒト成分である抗原結合タンパク質の足場成分を利用する。いくつかの実施形態において、しかしながら、足場成分は、異なる種からの混合物であってもよい。そのため、抗原結合タンパク質が抗体である場合、そのような抗体は、キメラ抗体および／またはヒト化抗体であり得る。一般的に、「キメラ抗体」および「ヒト化抗体」は両方とも、１つより多くの種に由来する領域を組み合わせた抗体を指す。例えば、「キメラ抗体」は、従来、マウス（または場合によってはラット）の可変領域（複数可）とヒトの定常領域（複数可）を含む。
「ヒト化抗体」は、通常、可変ドメインフレームワーク領域をヒト抗体に見出される配列と交換した非ヒト抗体を指す。通常、ヒト化抗体において、１つ以上のＣＤＲを除く抗体全体がヒト起源のポリヌクレオチドによってコードされるか、または１つ以上のＣＤＲ内を除いてそのような抗体と同一である。一部または全部が非ヒト生物を起源とする核酸によってコードされるＣＤＲは、ヒト抗体可変領域のβシートフレームワークに移植され、移植したＣＤＲによって特異性が決定される抗体を作製する。そのような抗体の作製については、例えば、国際公開第ＷＯ９２／１１０１８号、Ｊｏｎｅｓ １９８６，Ｎａｔｕｒｅ ３２１：５２２−５２５，Ｖｅｒｈｏｅｙｅｎ ｅｔ ａｌ．，１９８８，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３９：１５３４−１５３６に記載されている。ヒト化抗体はまた、遺伝子操作された免疫系を有するマウスを用いて作製することもできる。Ｒｏｑｕｅ ｅｔ ａｌ．，２００４，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．Ｐｒｏｇ．２０：６３９−６５４。本明細書に記載される例示的な実施形態において、特定されたＣＤＲはヒトであり、よって、この文脈においてヒト化抗体およびキメラ抗体の両方がいくつかの非ヒトＣＤＲを含む：例えば、ＨＣＤＲ３およびＬＣＤＲ３領域を含むヒト化抗体が作製されてもよく、他のＣＤＲ領域のうちの１つ以上は異なる種起源である。
一実施形態において、ＳＴ２抗原結合タンパク質は、多重特異性抗体、特に、二重特異性抗体であり、時には「ダイアボディ」とも称される。これらは、２つ以上の異なる抗原、または単一抗原上の異なるエピトープに結合する抗体である。ある特定の実施形態において、二重特異性抗体は、ＳＴ２およびヒトエフェクター細胞（例えば、Ｔ細胞）上の抗原に結合する。そのような抗体は、エフェクター細胞応答に、ＳＴ２を発現する腫瘍細胞等のＳＴ２発現細胞を標的とさせる上で有用である。好ましい実施形態において、ヒトエフェクター細胞の抗原は、ＣＤ３である。米国特許第７，２３５，６４１号。二重特異性抗体を作製する方法は、当該技術分野において既知である。１つのそのような方法は、細胞内で共発現された時に重鎖のヘテロ二量体形成を促進する「ノブ」および「ホール」を形成するように重鎖のＦｃ部分を遺伝子操作することを含む。米国特許第７，６９５，９６３号。他の方法も、重鎖のＦｃ部分を遺伝子操作することを含むが、細胞内で共発現された時に重鎖のヘテロ二量体形成を阻止しながらヘテロ二量体形成を促進するために静電ステアリングを用いる。国際公開第ＷＯ０９／０８９，００４号（参照により、その全体が本明細書に組み込まれる）。
一実施形態において、ＳＴ２抗原結合タンパク質は、ミニボディである。ミニボディは、ＣＨ３ドメインに結合されたｓｃＦｖを含む、縮小化された抗体様タンパク質である。Ｈｕ ｅｔ ａｌ．，１９９６，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５６：３０５５−３０６１。
一実施形態において、ＳＴ２抗原結合タンパク質は、ドメイン抗体である：例えば米国特許第６，２４８，５１６号を参照のこと。ドメイン抗体（ｄＡｂ）は、ヒト抗体の重鎖（ＶＨ）または軽鎖（ＶＬ）のいずれかの可変領域に対応する抗体の機能的結合ドメインである。ｄＡＢは、約１３ｋＤａの分子量を有するか、または完全抗体の１０分の１未満のサイズである。ｄＡＢは、細菌、酵母、および哺乳動物細胞系を含む様々な宿主において良好に発現される。さらに、ｄＡｂは高度に安定であり、たとえ凍結乾燥または熱変性等の過酷な条件に供された後であっても活性を保持する。例えば、米国特許第６，２９１，１５８号；６，５８２，９１５号；６，５９３，０８１号；６，１７２，１９７号；米国特許出願第２００４／０１１０９４１号；欧州特許第０３６８６８４号；米国特許第６，６９６，２４５号、国際公開第ＷＯ０４／０５８８２１号、同第ＷＯ０４／００３０１９号および同第ＷＯ０３／００２６０９を参照のこと。
一実施形態において、ＳＴ２抗原結合タンパク質は、抗体断片、すなわち、ＳＴ２への結合特異性を保持する本明細書に概説される抗体のうちのいずれかの断片である。種々の実施形態において、抗体結合タンパク質は、限定されないが、Ｆ（ａｂ）、Ｆ（ａｂ’）、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、または単鎖Ｆｖ断片を含む。最低でも、本明細書において意味される抗体は、軽鎖または重鎖可変領域、例えば１つ以上のＣＤＲの全部または一部を含むＳＴ２に特異的に結合することができるポリペプチドを含む。
ＳＴ２に結合する抗体断片のさらなる例として、限定されないが、（ｉ）ＶＬ、ＶＨ、ＣＬ、およびＣＨ１ドメインをからなるＦａｂ断片、（ｉｉ）ＶＨおよびＣＨ１ドメインからなるＦｄ断片、（ｉｉｉ）単一抗体のＶＬおよびＶＨドメインからなるＦｖ断片；（ｉｖ）単一可変部分からなるｄＡｂ断片（Ｗａｒｄ ｅｔ ａｌ．，１９８９，Ｎａｔｕｒｅ ３４１：５４４−５４６）、（ｖ）単離されたＣＤＲ領域、（ｖｉ）２つの連結したＦａｂ断片を含む二価断片である、Ｆ（ａｂ’）２断片、（ｖｉｉ）ＶＨドメインとＶＬドメインが、２つのドメインを関連させて抗原結合部位を形成することができるペプチドリンカーによって連結された単鎖Ｆｖ分子（ｓｃＦｖ）（Ｂｉｒｄ ｅｔ ａｌ．，１９８８，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４２：４２３−４２６，Ｈｕｓｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，１９８８，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８５：５８７９−５８８３）、（ｖｉｉｉ）二重特異性単鎖Ｆｖ二量体（ＰＣＴ／ＵＳ９２／０９９６５）、および（ｉｘ）遺伝子融合によって構築される多価または多重特異性断片である、「ダイアボディ」または「トリアボディ」（Ｔｏｍｌｉｎｓｏｎ ｅｔ．ａｌ．，２０００，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ．３２６：４６１−４７９；国際公開第ＷＯ９４／１３８０４号；Ｈｏｌｌｉｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，１９９３，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９０：６４４４−６４４８）が挙げられる。抗体断片は、修飾されてもよい。例えば、ＶＨドメインとＶＬドメインを連結するジスルフィド架橋の組込みによって、分子を安定させてもよい（Ｒｅｉｔｅｒ ｅｔ ａｌ．，１９９６，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ．１４：１２３９−１２４５）。本発明の態様は、これらの断片の非ＣＤＲ成分がヒト配列である実施形態を含む。
一実施形態において、ＳＴ２抗原結合タンパク質は、完全にヒト抗体である。この実施形態において、上で概説したように、特定の構造は、ＣＤＲ領域を含む図示された完全な重鎖および軽鎖を含む。さらなる実施形態は、本発明のＣＤＲのうちの１つ以上を利用し、他のＣＤＲ、フレームワーク領域、ＪおよびＤ領域、定常領域等は、他のヒト抗体に由来する。例えば、本発明のＣＤＲは、任意の数のヒト抗体、特に、商業用抗体のＣＤＲに取って代わることができる。
単鎖抗体は、重鎖および軽鎖可変ドメイン（Ｆｖ領域）の断片を、アミノ酸架橋（短いペプチドリンカー）を介して連結させ、単一ポリペプチド鎖を生じさせることによって形成されてもよい。そのような単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）は、２つの可変ドメインポリペプチド（ＶＬおよびＶＨ）をコードするＤＮＡ間に、ペプチドリンカーをコードするＤＮＡを融合することによって調製されている。得られたポリペプチドは、２つの可変ドメインの間の柔軟なリンカーの長さに応じて、それ自体の上で折り畳んで、抗原に結合する単量体を形成することができるか、またはそれらは多量体（例えば、二量体、三量体、もしくは四量体）を形成することができる（Ｋｏｒｔｔ ｅｔ ａｌ．，１９９７，Ｐｒｏｔ．Ｅｎｇ．１０：４２３；Ｋｏｒｔｔ ｅｔ ａｌ．，２００１，Ｂｉｏｍｏｌ．Ｅｎｇ．１８：９５−１０８）。異なるＶＬおよびＶＨを含むポリペプチドを組み合わせることにより、異なるエピトープに結合する多量体ｓｃＦｖを形成することができる（Ｋｒｉａｎｇｋｕｍ ｅｔ ａｌ．，２００１，Ｂｉｏｍｏｌ．Ｅｎｇ．１８：３１−４０）。単鎖抗体の産生のために開発された技術は、米国特許第４，９４６，７７８号；Ｂｉｒｄ，１９８８，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４２：４２３；Ｈｕｓｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，１９８８，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８５：５８７９；Ｗａｒｄ ｅｔ ａｌ．，１９８９，Ｎａｔｕｒｅ ３３４：５４４，ｄｅ Ｇｒａａｆ ｅｔ ａｌ．，２００２，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ．１７８：３７９−８７に記載されるものを含む。本明細書に提供される抗体（限定されないが、Ａｂ１ ＬＣｖ／Ａｂ１ ＨＣｖ（配列番号９５／配列番号２９）、Ａｂ２ ＬＣｖ／Ａｂ２ ＨＣｖ（配列番号９６／配列番号３０）、Ａｂ３ ＬＣｖ／Ａｂ３ ＨＣｖ（配列番号９７／配列番号３１）、Ａｂ４ ＬＣｖ／Ａｂ４ ＨＣｖ（配列番号９８／配列番号３２）、Ａｂ５ ＬＣｖ／Ａｂ５ ＨＣｖ（配列番号９９／配列番号３３）、Ａｂ６ ＬＣｖ／Ａｂ６ ＨＣｖ（配列番号１００／配列番号３４）、Ａｂ７ ＬＣｖ／Ａｂ７ ＨＣｖ（配列番号１０１／配列番号３５）、Ａｂ８ ＬＣｖ／Ａｂ８ ＨＣｖ（配列番号１０２／配列番号３６）、Ａｂ９ ＬＣｖ／Ａｂ９ ＨＣｖ（配列番号１０３／配列番号３７）、Ａｂ１０ ＬＣｖ／Ａｂ１０ ＨＣｖ（配列番号１０４／配列番号３８）、およびＡｂ１１ ＬＣｖ／Ａｂ１１ ＨＣｖ（配列番号１０５／配列番号３９）、Ａｂ３０ ＬＣｖ／Ａｂ３０ ＨＣｖ（配列番号１６３／配列番号１４５）、Ａｂ３２ ＬＣｖ／Ａｂ３２ ＨＣｖ（配列番号１６４／配列番号１４６）、Ａｂ３３ ＬＣｖ／Ａｂ３３ ＨＣｖ（配列番号１６５／配列番号１４７の可変ドメインの組み合わせを含むｓｃＦｖを含む）およびそれらの組み合わせに由来する単鎖抗体が、本発明に包含される。
一実施形態において、ＳＴ２抗原結合タンパク質は、抗体融合タンパク質（本明細書において「抗体コンジュゲート」と称されることもある）である。コンジュゲートパートナーは、タンパク質性または非タンパク質性であってもよい：後者は、通常、抗原結合タンパク質上およびコンジュゲートパートナー上の官能基を用いて産生される。ある特定の実施形態において、抗体は、非タンパク質性化学物質（薬物）にコンジュゲートされ、抗体薬物コンジュゲートを形成する。
一実施形態において、ＳＴ２抗原結合タンパク質は、抗体類似体であり、「合成抗体」と称されることもある。例えば、様々な研究が、代替のタンパク質足場またはＣＤＲを移植した人工足場のいずれかを利用している。そのような足場は、限定されないが、結合タンパク質の３次元構造を安定させるために導入された変異、および、例えば生体適合性ポリマーからなる完全合成足場を含む。例えば、Ｋｏｒｎｄｏｒｆｅｒ ｅｔ ａｌ．，２００３，Ｐｒｏｔｅｉｎｓ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，Ｆｕｎｃｔｉｏｎ，ａｎｄ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ，Ｖｏｌｕｍｅ ５３，Ｉｓｓｕｅ １：１２１−１２９、Ｒｏｑｕｅ ｅｔ ａｌ．，２００４，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．Ｐｒｏｇ．２０：６３９−６５４を参照のこと。さらに、ペプチド抗体模倣体（「ＰＡＭ」）、および足場としてフィブロネクチン成分を利用する抗体模倣体に基づく研究を用いることができる。
「タンパク質」とは、本明細書で使用される場合、タンパク質、ポリペプチド、オリゴペプチド、およびペプチドを含む、少なくとも２つの共有結合的に結合したアミノ酸を意味する。いくつかの実施形態において、２つ以上の共有結合的に結合したアミノ酸は、ペプチド結合によって結合する。タンパク質は、天然に存在するアミノ酸およびペプチド結合から構成されてもよい（例えば、後に概説するように、発現系および宿主細胞を用いて組換えによってタンパク質が作製される場合）。代替として、タンパク質は、プロテアーゼまたは他の生理学的条件および／もしくは保存条件に耐性を示すことができる、合成アミノ酸（例えば、ホモフェニルアラニン、シトルリン、オルニチン、およびノルロイシン）またはペプチド模倣構造、すなわち、ペプトイド等の「ペプチドまたはタンパク質類似体」を含んでもよい（Ｓｉｍｏｎ ｅｔ ａｌ．，１９９２，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ． ８９：９３６７（参照により本明細書中に組み込まれる）を参照）。そのような合成アミノ酸は、抗原結合タンパク質が当該技術分野で周知の従来の方法によってｉｎ ｖｉｔｒｏで合成される場合に、特に組み込むことができる。さらに、いずれの組み合わせのペプチド模倣体、合成および天然に存在する残基／構造が用いられてもよい。「アミノ酸」はまた、プロリンおよびヒドロキシプロリン等のイミノ酸残基も含む。アミノ酸の「Ｒ基」または「側鎖」は、（Ｌ）または（Ｓ）配置のいずれかであり得る。具体的な実施形態において、アミノ酸は、（Ｌ）または（Ｓ）配置であってもよい。
ある特定の態様において、本発明は、ＳＴ２に結合する組換え抗原結合タンパク質を提供し、いくつかの実施形態において、組換えヒトＳＴ２またはその部分を提供する。この文脈において、「組換えタンパク質」は、組換え技術を用いて、当該技術分野で既知の任意の技術および方法を用いて、すなわち、本明細書に記載されるような組換え核酸の発現によって、作製されるタンパク質である。組換えタンパク質の産生のための方法および技術は、当該技術分野において周知である。本発明の実施形態は、野生型ＳＴ２およびその多様体に結合する組換え抗原結合タンパク質を含む。
「本質的に〜からなる」とは、本明細書に記載されるように、アミノ酸配列が、列挙される配列番号の配列に対して約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、または１５％変化し得るが、なおも生物学的活性を保持できることを意味する。
いくつかの実施形態において、本発明の抗原結合タンパク質は、単離されたタンパク質または事実上純粋なタンパク質である。「単離された」タンパク質は、その天然の状態において通常関連している物質のうちの少なくともいくつかを伴わなず、例えば、所与の試料中の全タンパク質の少なくとも約５重量％、または少なくとも約５０重量％を構成する。単離されたタンパク質は、状況に応じて、全タンパク質含有量の５〜９９．９重量％を構成してもよいことを理解されたい。例えば、タンパク質が高い濃度レベルで作製されるように、タンパク質は、誘導性プロモーターまたは高発現プロモーターを使用することによって、有意により高い濃度で作製されてもよい。この定義は、当該技術分野で既知の多種多様な生物および／または宿主細胞における抗原結合タンパク質の産生を含む。
アミノ酸配列に関して、配列同一性および／または配列類似性は、Ｓｍｉｔｈ ａｎｄ Ｗａｔｅｒｍａｎ，１９８１，Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．２：４８２の局所的配列同一性アルゴリズム、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ ａｎｄ Ｗｕｎｓｃｈ，１９７０，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４３の配列同一性アラインメントアルゴリズム、Ｐｅａｒｓｏｎ ａｎｄ Ｌｉｐｍａｎ，１９８８，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８５：２４４４の類似性検索法、これらのアルゴリズムのコンピュータによる実施（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｐａｃｋａｇｅ内のＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡ、およびＴＦＡＳＴＡ、Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ、５７５ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｄｒｉｖｅ，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ）、Ｄｅｖｅｒｅｕｘ ｅｔ ａｌ．，１９８４，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄ Ｒｅｓ．１２：３８７−３９５によって記載されるＢｅｓｔ Ｆｉｔ配列プログラムを含むが、これらに限定されない当該技術分野で既知の標準的な技術を用いて、好ましくはデフォルト設定を用いて、または検査によって決定される。好ましくは、同一性パーセントは、以下のパラメータに基づいてＦａｓｔＤＢによって算出される：ミスマッチペナルティ＝１；ギャップペナルティ＝１；ギャップサイズペナルティ＝０．３３；および結合ペナルティ＝３０（「Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ ａｎｄ Ａｎａｌｙｓｉｓ」Ｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ａｎｄ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，Ｓｅｌｅｃｔｅｄ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，ｐｐ１２７−１４９（１９８８）、Ａｌａｎ Ｒ．Ｌｉｓｓ，Ｉｎｃ．）
有用なアルゴリズムの一例は、ＰＩＬＥＵＰである。ＰＩＬＥＵＰは、累進ペアワイズアラインメントを用いて、関連配列の群から多重配列アラインメントを作成する。また、これは、アラインメントを作成するために使用したクラスター化関係を示すツリーを描画することもできる。ＰＩＬＥＵＰは、Ｆｅｎｇ＆Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅ，１９８７，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｅｖｏｌ．３５：３５１−３６０の累進アラインメントを単純化したものを使用する：この方法は、Ｈｉｇｇｉｎｓ ａｎｄ Ｓｈａｒｐ，１９８９，ＣＡＢＩＯＳ５：１５１−１５３によって記載された方法に類似する。有用なＰＩＬＥＵＰパラメータは、デフォルトギャップ重み付け＝３．００、デフォルトギャップ長さ重み付け＝０．１０、および重み付き末端ギャップを含む。
有用なアルゴリズムの別の例は、Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，１９９０，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３−４１０；Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，１９９７，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：３３８９−３４０２およびＫａｒｉｎ ｅｔ ａｌ．，１９９３，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９０：５８７３−５７８７に記載されるＢＬＡＳＴアルゴリズムである。特に有用なＢＬＡＳＴプログラムは、Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，１９９６，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ２６６：４６０−４８０から得たＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２プログラムである。ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２は、いくつかの検索パラメータを使用し、そのほとんどはデフォルト値に設定される。調整可能なパラメータは、以下の値で設定される：重複スパン＝１、重複断片＝０．１２５、ワード閾値（Ｔ）＝ＩＩ。ＨＳＰ ＳおよびＨＳＰ Ｓ２パラメータは、動的な値であり、特定の配列の組成物およびそれに対して対象配列が検索される特定のデータベースの組成物に応じてプログラム自体によって確立されるが、値は感度を高めるように調整されてもよい。
さらなる有用なアルゴリズムは、Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，１９９３，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：３３８９−３４０２によって報告されたＧａｐｐｅｄ ＢＬＡＳＴである。Ｇａｐｐｅｄ ＢＬＡＳＴは、ＢＬＯＳＵＭ−６２置換スコア；９に設定された閾値Ｔパラメータ；ギャップなしの伸長を開始させるための２ヒット法、ギャップ長ｋにコスト１０＋ｋを負荷；１６に設定されたＸｕ、ならびに、アルゴリズムのデータベース検索段階で４０に、およびアルゴリズムの出力段階で６７設定されたＸｇを用いる。ギャップ付アラインメントは、約２２ビットに対応するスコアによって開始される。
通常、本明細書に示される配列に対する個々の多様体ＣＤＲ間のアミノ酸の相同性、類似性、または同一性は、少なくとも８０％であり、より典型的には、少なくとも８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、およびほぼ１００％の増加する相同性または同一性が好ましい。同じように、本明細書で特定される結合タンパク質の核酸配列に関する「核酸配列同一性パーセント（％）」は、抗原結合タンパク質のコード配列のヌクレオチド残基と同一な候補配列のヌクレオチド残基のパーセンテージとして定義される。特定の方法は、それぞれ、１および０．１２５に設定された重複スパンおよび重複断片を用いて、デフォルトパラメータに設定されたＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２のＢＬＡＳＴＮモジュールを利用する。
通常、個々の多様体ＣＤＲをコードするヌクレオチド配列と、本明細書に示されるヌクレオチドとの間の核酸配列の相同性、類似性、または同一性は、少なくとも８０％であり、より典型的には、少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％、およびほぼ１００％の増加する相同性または同一性が好ましい。
よって、「多様体ＣＤＲ」は、本発明の親ＣＤＲに対する指定された相同性、類似性、または同一性を有し、かつ、限定されないが、親ＣＤＲの特異性および／または活性の少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％を含む生物学的機能を共有するものである。
アミノ酸配列多様性を導入するための部位または領域は予め決められているが、変異自体は必ずしも予め決められてなくてもよい。例えば、所与の部位における変異の性能を最適化するために、標的コドンまたは領域でランダム変異誘発を行って、発現された抗原結合タンパク質のＣＤＲ多様体を所望の活性の最適な組み合わせについてスクリーニングしてもよい。既知の配列を有するＤＮＡの所定の部位で置換変異を作成するための技術、例えば、Ｍ１３プライマー変異誘発およびＰＣＲ変異誘発等が周知である。変異体のスクリーニングは、ＳＴ２の結合等の抗原結合タンパク質活性のアッセイを用いて行われる。
アミノ酸置換は、典型的には単一残基の置換である：挿入は、通常、およそ約１〜約２０アミノ酸残基の程度であるが、それよりもかなり大きな挿入が許容され得る。欠失は、約１〜約２０アミノ酸残基の範囲であるが、場合によっては、欠質はそれよりもはるかに大きくてもよい。
置換、欠失、挿入、またはそれらの任意の組み合わせが、最終的な誘導体または多様体に到達するために用いられ得る。通常、これらの変更は、分子の変化、特に、抗原結合タンパク質の免疫原性および特異性の変化を最小限に抑えるために数個のアミノ酸に対して行われる。しかしながら、より大きな変更が特定の状況において許容され得る。保存的置換は、表３に示される以下のチャートに従って一般的に行われる。
表３
機能または免疫学的同一性における実質的な変更は、表３に示されるものよりも保存性が低い置換を選択することによって行われる。例えば、変化の領域にあるポリペプチド骨格の構造、例えば、αへリックスまたはβシート構造；標的部位における分子の電荷もしくは疎水性；または側鎖の嵩高さに、より著しく影響を及ぼす置換が行われてもよい。一般にポリペプチドの特性に最も大きな変化をもたらすことが予測される置換は、（ａ）親水性残基、例えば、セリルもしくはスレオニルが、疎水性残基、例えば、ロイシル、イソロイシル、フェニルアラニル、バリル、もしくはアラニルに代えて（または、それによって）置換される；（ｂ）システインもしくはプロリンが、任意の他の残基に代えて（または、それによって）置換される；（ｃ）電気陽性側鎖を有する残基、例えば、リジル、アルギニル、もしくはヒスチジルが、電気陰性残基、例えば、グルタミルもしくはアスパルチルに代えて（または、それによって）置換される；あるいは（ｄ）嵩高い側鎖を有する残基、例えばフェニルアラニンが、側鎖を有しない残基、例えばグリシンに代えて（または、それによって）置換される、置換である。
多様体は、典型的には、天然に存在する類似体と同じ質的な生物学的活性を示し、同じ免疫応答を誘発するが、多様体は、必要に応じて抗原結合タンパク質の特徴を修飾するためにも選択される。代替として、多様体は、抗原結合タンパク質の生物学的活性が変化するように設計されてもよい。例えば、グリコシル化部位は、本明細書に記載されるように変化されてもまたは除去されてもよい。
本発明の範囲内のＳＴ２抗体の他の誘導体は、ＳＴ２抗体ポリペプチドのＮ末端またはＣ末端に融合した異種ポリペプチドを含む組換え融合タンパク質の発現等による、他のタンパク質またはポリペプチドとのＳＴ２抗体またはその断片の共有結合コンジュゲートまたは凝集コンジュゲートを含む。例えば、コンジュゲートされるペプチドは、異種シグナル（またはリーダー）ポリペプチド、例えば酵母α因子リーダー、またはエピトープタグ等のペプチドであってもよい。ＳＴ２抗体を含有する融合タンパク質は、ＳＴ２抗体の精製または特定を促進するために付加されるペプチド（例えばポリ−Ｈｉｓ）を含むことができる。また、ＳＴ２抗体ポリペプチドは、Ｈｏｐｐ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ６：１２０４，１９８８、および米国特許第５，０１１，９１２号に記載されるようなＦＬＡＧペプチドに連結することもできる。ＦＬＡＧペプチドは、高度に抗原性であり、特異的なモノクローナル抗体（ｍＡｂ）によって可逆的に結合されるエピトープを提供し、発現される組換えタンパク質の迅速なアッセイおよび容易な精製を可能にする。ＦＬＡＧペプチドが所与のポリペプチドに融合された融合タンパク質を調製するために有用な試薬は、市販されている（Ｓｉｇｍａ、Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ）。
一実施形態において、オリゴマーは、免疫グロブリン由来のポリペプチドを用いて調製される。抗体に由来するポリペプチドの種々の部分（Ｆｃドメインを含む）に融合した特定の異種ポリペプチドを含む融合タンパク質の調製は、例えば、Ａｓｈｋｅｎａｚｉ ｅｔ ａｌ．，１９９１，ＰＮＡＳ ＵＳＡ ８８：１０５３５；Ｂｙｒｎ ｅｔ ａｌ．，１９９０，Ｎａｔｕｒｅ ３４４：６７７；およびＨｏｌｌｅｎｂａｕｇｈ ｅｔ ａｌ．，１９９２“Ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎ ｏｆＩｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ Ｆｕｓｉｏｎ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ”，ｉｎ Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｓｕｐｐｌ．４，ｐａｇｅｓ １０．１９．１〜１０．１９．１１に記載されている。
本発明の一実施形態は、ＳＴ２抗体のＳＴ２結合断片を抗体のＦｃ領域に融合することによって作製される２つの融合タンパク質を含む二量体を対象とする。二量体は、例えば、融合タンパク質をコードする遺伝子融合体を適切な発現ベクターに挿入し、組換え発現ベクターで形質転換した宿主細胞において遺伝子融合体を発現させ、発現された融合タンパク質を抗体分子に酷似するように組み立てることによって作製することができ、そうすることで、Ｆｃ部分間に鎖間ジスルフィド結合が形成して二量体を生じる。
本明細書で使用される「Ｆｃポリペプチド」という用語は、抗体のＦｃ領域由来のポリペプチドの天然型およびムテイン型を含む。二量体化を促進するヒンジ領域を含有する、そのようなポリペプチドの切断型もまた含まれる。Ｆｃ部分を含む融合タンパク質（およびそこから形成されるオリゴマー）は、プロテインＡまたはプロテインＧカラム上のアフィニティークロマトグラフィーによる容易な精製という利点を提供する。
ＰＣＴ出願第ＷＯ９３／１０１５１号（参照によって本明細書に組み込まれる）に記載される１つの好適なＦｃポリペプチドは、ヒトＩｇＧ抗体のＦｃ領域のＮ末端ヒンジ領域から天然Ｃ末端に広がる単鎖ポリペプチドである。別の有用なＦｃポリペプチドは、米国特許第５，４５７，０３５号およびＢａｕｍ ｅｔ ａｌ．，１９９４，ＥＭＢＯ Ｊ．１３：３９９２−４００１に記載されるＦｃムテインである。このムテインのアミノ酸配列は、アミノ酸１９がＬｅｕからＡｌａに変更され、アミノ酸２０がＬｅｕからＧｌｕに変更され、アミノ酸２２がＧｌｙからＡｌａに変更されていることを除いて、国際公開第ＷＯ９３／１０１５１号に提示される天然Ｆｃ配列のものと同一である。ムテインは、Ｆｃ受容体に対して低い親和性を示す。
他の実施形態において、ＳＴ２抗体の重鎖および／または軽鎖の可変部分は、抗体重鎖および／または軽鎖の可変部分に代えて置換されてもよい。
オリゴマーＳＴ２抗体誘導体を調製するための別の方法は、ロイシンジッパーの使用を伴う。ロイシンジッパードメインは、それらが見出されるタンパク質のオリゴマー形成を促進するペプチドである。ロイシンジッパーは、元々は、いくつかのＤＮＡ結合タンパク質において同定され（Ｌａｎｄｓｃｈｕｌｚ ｅｔ ａｌ．，１９８８，Ｓｃｉｅｎｃｅ
２４０：１７５９）、それ以来、様々な異なるタンパク質において発見されている。既知のロイシンジッパーの中には、二量体化または三量体化する、天然に存在するペプチドおよび誘導体がある。可溶性オリゴマータンパク質を産生するのに適したロイシンジッパードメインの例は、ＰＣＴ出願第ＷＯ９４／１０３０８号に記載され、肺界面活性タンパク質Ｄ（ＳＰＤ）に由来するロイシンジッパーは、Ｈｏｐｐｅ ｅｔ ａｌ．，１９９４，ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔｅｒｓ ３４４：１９１に記載されている（参照により本明細書に組み込まれる）。それに融合された異種タンパク質の安定な三量体化を可能にする修飾されたロイシンジッパーの使用は、Ｆａｎｓｌｏｗ ｅｔ ａｌ．，１９９４，Ｓｅｍｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．６：２６７−７８に記載されている。１つのアプローチにおいて、ロイシンジッパーペプチドに融合したＳＴ２抗体断片または誘導体を含む組換え融合タンパク質が、好適な宿主細胞において発現され、形成する可溶性オリゴマーＳＴ２抗体断片または誘導体が、培養上清から回収される。
抗原結合タンパク質の共有結合修飾は、本発明の範囲内に含まれ、必ずではないが一般的には、翻訳後に行われる。例えば、いくつかの種類の抗原結合タンパク質の共有結合修飾が、抗原結合タンパク質の特異的アミノ酸残基を、選択した側鎖またはＮもしくはＣ末端残基と反応することができる有機誘導体化剤と反応させることによって、分子に導入される。
カルボキシメチルまたはカルボキシアミドメチル誘導体を得るために、システイニル残基を、最も一般的には、クロロ酢酸またはクロロアセトアミド等のαハロアセテート（および対応するアミン）と反応させる。システイニル残基はまた、ブロモトリフルオロアセトン、α−ブロモ−β−（５−イミドゾイル）プロピオン酸、クロロアセチルリン酸、Ｎ−アルキルマレイミド、３−ニトロ−２−ピリジルジスルフィド、メチル２−ピリジルジスルフィド、ｐ−クロロメルクリ安息香酸、２−クロロ水銀−４−ニトロフェノール、またはクロロ−７−ニトロベンゾ−２−オキサ−１，３−ジアゾールとの反応によっても誘導体化される。
ヒスチジル残基は、ｐＨ５．５〜７．０でジエチルピロカーボネートとの反応によって誘導化される（この薬剤は、ヒスチジル側鎖に比較的特異的であるため）。パラ−ブロモフェナシルブロミドもまた有用であり、反応は、ｐＨ６．０の０．１Ｍカコジル酸ナトリウム中で行われることが好ましい。
リジニルおよびアミノ末端残基は、コハク酸無水物または他のカルボン酸無水物と反応させる。これらの薬剤との誘導体化は、リジニル残基の電荷を反転させる効果を有する。αアミノ含有残基を誘導体化するための他の好適な試薬は、メチルピコリンイミダート等のイミドエステル；ピリドキサルリン酸；ピリドキサル；クロロボロヒドリド；トリニトロベンゼンスルホン酸；Ｏ−メチルイソ尿素；２，４−ペンダンジオン、およびグリオキシル酸とのトランスアミナーゼ触媒反応を含む。
アルギニル残基は、１つまたはいくつかの従来の試薬、とりわけ、フェニルグリオキサール、２，３−ブタンジオン、１，２−シクロヘキサンジオン、およびニンヒドリンとの反応によって修飾される。グアニジン官能基のｐＫａが高いため、アルギニン残基の誘導体化は、アルカリ性条件において行う必要がある。さらに、これらの試薬は、リジン基ならびにアルギニンεアミノ基と反応させてもよい。
チロシル残基の特異的修飾は、チロシル残基にスペクトル標識を導入させることに特に関心を払って、芳香族ジアゾニウム化合物またはテトラニトロメタンとの反応によって行うことができる。最も一般的には、Ｎ−アセチルイミジゾールおよびテトラニトロメタンを用いて、Ｏ−アセチルチロシル種および３−ニトロ誘導体をそれぞれ形成する。チロシル残基は、１２５Ｉまたは１３１Ｉを用いてヨウ素化し、放射免疫測定法において使用するための標識タンパク質を調製し、上述のクロラミンＴ法が好適である、
カルボキシル側基（アスパルチルまたはグルタミン）は、カルボジイミド（Ｒ’-Ｎ＝
Ｃ＝Ｎ−−Ｒ’）との反応によって選択的に修飾され、式中、ＲおよびＲ’は、１−シクロヘキシル−３−（２−モルホリニル−４−エチル）カルボジイミドまたは１−エチル−３−（４−アゾニア−４，４−ジメチルペンチル）カルボジイミド等の任意に異なるアルキル基である。さらに、アスパルチル残基およびグルタミン残基は、アンモニウムイオンとの反応によってアスパラギニル残基およびグルタミニル残基に変換される。
二官能性物質を用いた誘導体化は、抗原結合タンパク質を、さまざまな方法に用いられる不水溶性支持マトリックスまたは表面に架橋するのに有用である。一般的に使用される架橋剤は、１，１−ビス（ジアゾアセチル）−２−フェニルエタン、グルタルアルデヒド、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステル、例えば、４−アジドサリチル酸とのエステル、ホモ二官能性イミドエステル（３，３’−ジチオビス（スクシンイミジルプロピオナート）等のジスクシンイミジルエステルを含む）、およびビス−Ｎ−マレイミド−１，８−オクタン等の二官能性マレイミドを含む。メチル−３−［（ｐ−アジドフェニル）ジチオ］プロピオイミダート等の誘導体化剤は、光の存在下で架橋を形成することが可能な光活性化可能な中間体をもたらす。代替として、米国特許第３，９６９，２８７号、第３，６９１，０１６号、第４，１９５，１２８号、第４，２４７，６４２号、第４，２２９，５３７号、および第４，３３０，４４０号に記載される、臭化シアン活性化炭水化物および反応基質等の反応性の不水溶性マトリックスが、タンパク質の固定に利用される。
グルタミニル残基およびアスパラギニル残基は、それぞれ対応するグルタミル残基およびアスパルチル残基に頻繁に脱アミド化される。代替として、これらの残基は、弱酸性条件下で脱アミド化される。これらの残基のいずれかの形状は、本発明の範囲内である。
他の修飾は、プロリンおよびリジンの水酸化、セリルまたはスレオニル残基のヒドロキシル基のリン酸化、リジン、アルギニン、およびヒスチジン側鎖のαアミノ基のメチル化（Ｔ．Ｅ．Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ，Ｐｒｏｔｅｉｎｓ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ，Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ＆Ｃｏ．，Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，１９８３，ｐｐ．７９−８６）、Ｎ末端アミンのアセチル化、ならびにいずれかのＣ末端カルボキシル基のアミド化を含む。
本発明の範囲内に含まれる抗原結合タンパク質の別の種類の共有結合修飾は、タンパク質のグリコシル化パターンを変化させることを含む。当該技術分野で既知のように、グリコシル化パターンは、タンパク質の配列（例えば、後に記載する特定のグリコシル化アミノ酸残基の有無）、またはタンパク質が産生される宿主細胞もしくは生物の両方に依存し得る。具体的な発現系は後に記載する。
ポリペプチドのグリコシル化は、典型的には、Ｎ連結またはＯ連結のいずれかである。Ｎ連結は、アスパラギン残基の側鎖への炭水化物部分の結合を指す。トリ−ペプチド配列アスパラギン−Ｘ−セリン、およびアスパラギン−Ｘ−スレオニン（Ｘは、プロリンを除く任意のアミノ酸である）は、アスパラギン側鎖への炭水化物部分の酵素結合の認識配列である。よって、ポリペプチドのこれらのトリ−ペプチド配列のいずれかの存在が、潜在的なグリコシル化部位を形成する。Ｏ連結グリコシル化は、糖類であるＮ−アセチルガラクトサミン、ガラクトース、またはキシロースのうちの１つの、ヒドロキシアミノ酸、最も一般的にはセリンまたはスレオニンへの結合を指すが、５−ヒドロキシプロリンまたは５−ヒドロキシリジンが使用されてもよい。
抗原結合タンパク質へのグリコシル化部位の付加は、上述のトリ−ペプチド配列（Ｎ連結グリコシル化部位の）のうちの１つ以上を含むようにアミノ酸配列を変化させることによって、都合よく達成される。変更はまた、（Ｏ連結グリコシル化部位の）開始配列への１つ以上のセリンまたはスレオニン残基の追加または置換によって行われてもよい。容易にするために、抗原結合タンパク質のアミノ酸配列は、好ましくは、ＤＮＡレベルでの変化によって変更され、具体的には、所望のアミノ酸へと翻訳されるコドンが形成されるように、予め選択した塩基で標的ポリペプチドをコードするＤＮＡを変異させることによって変更される。
抗原結合タンパク質の炭水化物部分の数を増加させる別の手段は、タンパク質へのグリコシドの化学的または酵素的カップリングによるものである。これらの手順は、Ｎ−およびＯ連結グリコシル化のためのグリコシル化能を有する宿主細胞においてタンパク質の産生を必要としないという点において有利である。使用されるカップリング様式に応じて、糖（複数可）は、（ａ）アルギニンおよびヒスチジン、（ｂ）遊離カルボキシル基、（ｃ）システインのもの等の遊離スルフヒドリル基、（ｄ）セリン、スレオニン、もしくはヒドロキシプロリンのもの等の遊離ヒドロキシル基、（ｅ）フェニルアラニン、チロシン、またはトリプトファンのもの等の芳香族残基、または（ｆ）グルタミンのアミド基に結合してもよい。これらの方法は、１９８７年９月１１日に公開された国際公開第ＷＯ８７／０５３３０号、およびＡｐｌｉｎ ａｎｄ Ｗｒｉｓｔｏｎ，１９８１，ＣＲＣ Ｃｒｉｔ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．，ｐｐ．２５９−３０６に記載される。
出発抗原結合タンパク質上に存在する炭水化物部分の除去は、化学的にまたは酵素的に達成されてもよい。化学的脱グリコシル化は、化合物トリフルオロメタンスルホン酸または同等の化合物へのタンパク質の曝露を必要とする。この処理によって、ポリペプチドが無傷な状態のままで、連結した糖（Ｎ−アセチルグルコサミンまたはＮ−アセチルガラクトサミン）を除くほとんどのまたはすべての糖類の切断がもたらされる。化学的脱グリコシル化は、Ｈａｋｉｍｕｄｄｉｎ ｅｔ ａｌ．，１９８７，Ａｒｃｈ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．２５９：５２によって、およびＥｄｇｅ ｅｔ ａｌ．，１９８１，Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．１１８：１３１によっている記載されている。ポリペプチド上の炭水化物部分の酵素的切断は、Ｔｈｏｔａｋｕｒａ ｅｔ ａｌ．，１９８７，Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．１３８：３５０によって記載されるような様々なエンド−およびエキソ−グルコシダーゼの使用によって達成することができる。潜在的なグリコシル化部位におけるグリコシル化は、Ｄｕｓｋｉｎ ｅｔ ａｌ．，１９８２，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２５７：３１０５によって記載されるように、化合物ツニカマイシンの使用によって防止され得る。ツニカマイシンは、タンパク質−Ｎ−グリコシド連結の形成を阻止する。
抗原結合タンパク質の共有結合修飾の別の種類は、米国特許第４，６４０，８３５号；第４，４９６，６８９号；第４，３０１，１４４号；第４，６７０，４１７号；第４，７９１，１９２号；または第４，１７９，３３７号に記載される様式で、抗原結合タンパク質を、種々のポリオール、例えば、ポリエチレングリコール、ポリプロピレングリコール、またはポリオキシアルキレン等を含むがこれらに限定されない、種々の非タンパク質性ポリマーに連結させることを含む。さらに、当該技術分野で既知のように、ＰＥＧ等のポリマーの付加を容易にするように、アミノ酸置換は、抗原結合タンパク質内の種々の位置で行われてもよい。
いくつかの実施形態において、本発明の抗原結合タンパク質の共有結合修飾は、１つ以上の標識の付加を含む。
「標識基」という用語は、任意の検出可能な標識を意味する。好適な標識基の例として、限定されないが、以下が挙げられる：放射性同位体または放射性核種（例えば、３Ｈ、１４Ｃ、１５Ｎ、３５Ｓ、９０Ｙ、９９Ｔｃ、１１１Ｉｎ、１２５Ｉ、１３１Ｉ）、蛍光基（例えば、ＦＩＴＣ、ローダミン、ランタニド蛍光体）、酵素基（例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ、β−ガラクトシダーゼ、ルシフェラーゼ、アルカリホスファターゼ）、化学発光基、ビオチニル基、または二次レポーターによって認識される予め決定されたポリペプチドエピトープ（例えば、ロイシンジッパー対配列、二次抗体の結合部位、金属結合ドメイン、エピトープタグ）。いくつかの実施形態において、標識基は、潜在的な立体障害を減少するために、種々の長さのスペーサーアームを介して抗原結合タンパク質に結合される。タンパク質を標識するための種々の方法が、当該技術分野で既知であり、本発明を実施する際に使用され得る。
一般に、標識は、それらが検出されるアッセイに応じて様々なクラスに分類される：ａ）放射性同位体または重同位体であってもよい同位体標識；ｂ）磁気標識（例えば、磁気粒子）；ｃ）レドックス活性部分；ｄ）光学色素；酵素基（例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ、β−ガラクトシダーゼ、ルシフェラーゼ、アルカリホスファターゼ）；ｅ）ビオチン化基；およびｆ）二次レポーター（例えば、ロイシンジッパー対の配列、二次抗体の結合部位、金属結合ドメイン、エピトープタグ等）によって認識される所定のポリペプチドエピトープ。いくつかの実施形態において、標識基は、潜在的な立体障害を減少するために、種々の長さのスペーサーアームを介して抗原結合タンパク質に結合される。タンパク質を標識するための種々の方法が、当該技術分野で既知であり、本発明を実施する際に使用され得る。
特異的標識は、発色団、蛍光体、およびフルオロフォアを含むがこれらに限定されない光学色素を含み、後者は多くの場合において特異的である。フルオロフォアは、「小分子」蛍光または、タンパク質性蛍光のいずれかであり得る。
「蛍光標識」とは、その固有の蛍光特性によって検出され得る任意の分子を意味する。好適な蛍光標識として、限定されないが、フルオレセイン、ローダミン、テトラメチルローダミン、エオシン、エリスロシン、クマリン、メチル−クマリン、ピレン、マラカイトグリーン、スチルベン、ルシファーイエロー、カスケードブルーＪ、テキサスレッド、ＩＡＥＤＡＮＳ、ＥＤＡＮＳ、ＢＯＤＩＰＹ ＦＬ、ＬＣＲｅｄ６４０、Ｃｙ５、Ｃｙ５．５、ＬＣレッド７０５、オレゴングリーン、Ａｌｅｘａ−Ｆｌｕｏｒ色素（Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ ３５０、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ ４３０、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ ４８８、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ ５４６、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ ５６８、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ ５９４、 Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ ６３３、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ ６６０、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ ６８０）、カスケードブルー、カスケードイエロー、およびＲ−フィコエリトリン（ＰＥ） （Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｂｅｓ、Ｅｕｇｅｎｅ，ＯＲ）、ＦＩＴＣ、ローダミン、およびテキサスレッド（Ｐｉｅｒｃｅ、Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，ＩＬ）、Ｃｙ５、Ｃｙ５．５、Ｃｙ７（Ａｍｅｒｓｈａｍ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ、Ｐｉｔｔｓｂｕｒｇｈ，ＰＡ）が挙げられる。フルオロフォアを含む好適な光学色素は、参照により本明細書に明示的に組み込まれるＭｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｂｅｓ Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｂｙ Ｒｉｃｈａｒｄ Ｐ．Ｈａｕｇｌａｎｄに記載されている。
好適なタンパク質性蛍光標識は、限定されないが、ＧＦＰのウミシイタケ、ウミエラ、またはオワンクラゲ種を含む緑色蛍光タンパク質（Ｃｈａｌｆｉｅ ｅｔ ａｌ．，１９９４，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２６３：８０２−８０５）、ＥＧＦＰ（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、Ｉｎｃ．，Ｇｅｎｂａｎｋ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ｎｕｍｂｅｒ Ｕ５５７６２）、青色蛍光タンパク質（ＢＦＰ、Ｑｕａｎｔｕｍ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｉｎｃ．１８０１ ｄｅ Ｍａｉｓｏｎｎｅｕｖｅ Ｂｌｖｄ．Ｗｅｓｔ，８ｔｈ Ｆｌｏｏｒ，Ｍｏｎｔｒｅａｌ，Ｑｕｅｂｅｃ，Ｃａｎａｄａ Ｈ３Ｈ １Ｊ９；Ｓｔａｕｂｅｒ，１９９８，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ２４：４６２−４７１；Ｈｅｉｍ ｅｔ ａｌ．，１９９６，Ｃｕｒｒ．Ｂｉｏｌ．６：１７８−１８２）、強化黄色蛍光タンパク質（ＥＹＦＰ、Ｃｌｏｎｔｅｃｈ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｉｎｃ．）、ルシフェラーゼ（Ｉｃｈｉｋｉ ｅｔ ａｌ．，１９９３，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５０：５４０８−５４１７）、βガラクトシダーゼ（Ｎｏｌａｎ ｅｔ ａｌ．，１９８８，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８５：２６０３−２６０７）およびウミシイタケ（国際公開第ＷＯ９２／１５６７３号、同第ＷＯ９５／０７４６３号、同第ＷＯ９８／１４６０５号、同第ＷＯ９８／２６２７７号、同第ＷＯ９９／４９０１９号、米国特許第５２９２６５８号、同第５４１８１５５号、同第５６８３８８８号、同第５７４１６６８号、同第５７７７０７９号、同第５８０４３８７号、同第５８７４３０４号、同第５８７６９９５号、同第５９２５５５８号）を含む。上記引用参考文献は全て、参照により、明示的に本明細書に組み込まれる。
本明細書に記載される例示的な抗原結合タンパク質は、抗原結合タンパク質が結合するＳＴ２上の異なるエピトープに基づく特性を有する。「エピトープ」という用語は、抗原結合タンパク質が標的分子に結合した時に、抗原結合タンパク質、例えば、抗体によって接触される、標的分子のアミノ酸を意味する。エピトープは、連続または不連続であり得る（例えば、（ｉ）一本鎖ポリペプチドにおいて、ポリペプチド配列中では互いに連続していないが、標的分子との関連において抗原結合タンパク質によって結合されるアミノ酸残基、または（ｉｉ）２つ以上の個々の成分、例えば、ＳＴ２およびＡｃＰを含む多量体受容体において、個々の成分のうちの１つ以上に存在するが、抗原結合タンパク質によってなおも結合される、アミノ酸残基。エピトープ決定基は、アミノ酸、糖側鎖、ホスホリルまたはスルホニル基等の分子の化学的に活性な表面基を含んでもよく、かつ、特異的な３次元構造特性、および／または特異的な電荷特性を有し得る。通常、特定の標的分子に特異的な抗原結合タンパク質は、タンパク質および／または巨大分子の複雑な混合物中で、標的分子上のエピトープを選択的に認識する。
抗原結合タンパク質によって結合されるエピトープを特徴付ける方法は、当該技術分野において周知であり、限定されないが、ビニング（交差競合）（Ｍｉｌｌｅｒ ｅｔ ａｌ“Ｅｐｉｔｏｐｅ ｂｉｎｎｉｎｇ ｏｆ ｍｕｒｉｎｅ ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｂｙ ａ ｍｕｌｔｉｐｌｅｘｅｄ ｐａｉｒｉｎｇ ａｓｓａｙ” Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ（２０１１）３６５，１１８−２５）、ペプチドマッピング（例えば、ＰＥＰＳＰＯＴ（商標））（Ａｌｂｅｒｔ ｅｔ ａｌ“Ｔｈｅ Ｂ−ｃｅｌｌ Ｅｐｉｔｏｐｅ ｏｆ ｔｈｅ Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉ−Ｆａｃｔｏｒ ＶＩＩＩ Ａｎｔｉｂｏｄｙ ＥＳＨ８ Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚｅｄ ｂｙ Ｐｅｐｔｉｄｅ Ａｒｒａｙ Ａｎａｌｙｓｉｓ”２００８ Ｔｈｒｏｍｂ Ｈａｅｍｏｓｔ ９９，６３４−７）、変異誘発法、例えば、キメラ（Ｓｏｎｇ ｅｔ ａｌ“Ｅｐｉｔｏｐｅ Ｍａｐｐｉｎｇ ｏｆ Ｉｂａｌｉｚｕｍａｂ， ａ Ｈｕｍａｎｉｚｅｄ Ａｎｔｉ−ＣＤ４ Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｙ ｗｉｔｈ Ａｎｔｉ−ＨＩＶ−１ Ａｃｔｉｖｉｔｙ ｉｎ Ｉｎｆｅｃｔｅｄ Ｐａｔｉｅｎｔｓ”Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．（２０１０）８４，６９３５−６９４２）、アラニンスキャニング（Ｃｕｎｎｉｎｇｈａｍ ａｎｄ Ｗｅｌｌｓ“Ｈｉｇｈ−ｒｅｓｏｌｕｔｉｏｎ ｅｐｉｔｏｐｅ ｍａｐｐｉｎｇ ｏｆ ＨＧＨ−ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ ｂｙ ａｌａｎｉｎｅ−ｓｃａｎｎｉｎｇ ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ”Ｓｃｉｅｎｃｅ（１９８９）２４４，１０８１-１０８５）、アルギニンスキャニング（Ｌｉｍ ｅｔ ａｌ “Ａ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｅｐｉｔｏｐｅｓ ｃａｎ ｉｎｄｕｃｅ ｓｉｇｎａｌｉｎｇ ｔｈｒｏｕｇｈ ｔｈｅ ｅｒｙｔｈｒｏｐｏｉｅｔｉｎ ｒｅｃｅｐｔｏｒ”Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（２０１０）４９，３７９７-３８０４）、ＨＤ交換法（Ｃｏａｔｅｓ ｅｔ ａｌ “Ｅｐｉｔｏｐｅ ｍａｐｐｉｎｇ ｂｙ ａｍｉｄｅ ｈｙｄｒｏｇｅｎ／ｄｅｕｔｅｒｉｕｍ ｅｘｃｈａｎｇｅ ｃｏｕｐｌｅｄ ｗｉｔｈ ｉｍｍｏｂｉｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ａｎｔｉｂｏｄｙ， ｏｎ−ｌｉｎｅ ｐｒｏｔｅｏｌｙｓｉｓ，ｌｉｑｕｉｄ ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒａｐｈｙ ａｎｄ ｍａｓｓ ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ”Ｒａｐｉｄ Ｃｏｍｍｕｎ． Ｍａｓｓ Ｓｐｅｃｔｒｏｍ．（２００９）２３ ６３９-６４７）、ＮＭＲ交差飽和法（Ｍｏｒｇａｎ ｅｔ ａｌ “Ｐｒｅｃｉｓｅ ｅｐｉｔｏｐｅ ｍａｐｐｉｎｇ ｏｆ ｍａｌａｒｉａ ｐａｒａｓｉｔｅ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｙ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ ｂｙ ＴＲＯＳＹ ＮＭＲ ｃｒｏｓｓ−ｓａｔｕｒａｔｉｏｎ”Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（２００５）４４，５１８−２３）、および結晶学（Ｇｅｒｈａｒｄｔ ｅｔ ａｌ “Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｏｆ ＩＬ−１７Ａ ｉｎ ｃｏｍｐｌｅｘ ｗｉｔｈ ａ ｐｏｔｅｎｔ，ｆｕｌｌｙ ｈｕｍａｎ ｎｅｕｔｒａｌｉｚｉｎｇ ａｎｔｉｂｏｄｙ”Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ（２００９）３９４，９０５−２１）を含む。エピトープを含むアミノ酸に関して、方法が提供する詳細なレベルが異なる。
本発明の抗原結合タンパク質は、本明細書に記載される例示的な抗原結合タンパク質、例えば、Ａｂ１、Ａｂ２、Ａｂ３、Ａｂ４、Ａｂ５、Ａｂ６、Ａｂ７、Ａｂ８、Ａｂ９、Ａｂ１０、Ａｂ１１、Ａｂ３０、Ａｂ３２、またはＡｂ３３と重複するエピトープを有するものを含む。ある特定の実施形態において、抗原結合タンパク質は、例示的な抗原結合タンパク質と同一のエピトープを有する。他の実施形態において、抗原結合タンパク質は、例示的な抗原結合タンパク質と同じアミノ酸のサブセットにのみ結合する。
ある特定の実施形態において、ＳＴ２抗原結合タンパク質は、Ａｂ１、Ａｂ２、Ａｂ３、Ａｂ４、Ａｂ５、Ａｂ６、Ａｂ７、Ａｂ８、Ａｂ９、Ａｂ１０、Ａｂ１１、Ａｂ３０、Ａｂ３２、またはＡｂ３３と同一のまたは重複するエピトープを有し、ａ）配列番号９５、配列番号９６、配列番号９７、配列番号９８、配列番号９９、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０２、配列番号１０３、配列番号１０４、配列番号１０５、配列番号１６３、配列番号１６４、または配列番号１６５に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、もしくは同一である軽鎖可変ドメイン；ｂ）配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９、配列番号１４５、配列番号１４６、または配列番号１４７に記載のアミノ酸配列とと少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、もしくは同一である重鎖可変ドメイン；またはｃ）ａ）の軽鎖可変ドメインおよびｂ）の重鎖可変ドメインを含む。
ある特定の実施形態において、ＳＴ２抗原結合タンパク質は、Ａｂ１、Ａｂ２、Ａｂ３、Ａｂ４、Ａｂ５、Ａｂ６、Ａｂ７、Ａｂ８、Ａｂ９、Ａｂ１０、Ａｂ１１，Ａｂ３０、Ａｂ３２、またはＡｂ３３と同一のまたは重複するエピトープを有し、配列番号９５に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である軽鎖可変ドメインおよび配列番号２９に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である重鎖可変ドメイン；配列番号９６に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である軽鎖可変ドメインおよび配列番号３０に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である重鎖可変ドメインを含むもの；配列番号９７に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である軽鎖可変ドメインおよび配列番号３１に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である重鎖可変ドメインを含むもの；配列番号９８に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である軽鎖可変ドメインおよび配列番号３２に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である重鎖可変ドメインを含むもの；配列番号９９に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である軽鎖可変ドメインおよび配列番号３３に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である重鎖可変ドメインを含むもの；配列番号１００に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である軽鎖可変ドメインおよび配列番号３４に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である重鎖可変ドメインを含むもの；配列番号１０１に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である軽鎖可変ドメインおよび配列番号３５に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である重鎖可変ドメインを含むもの；配列番号１０２に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である軽鎖可変ドメインおよび配列番号３６に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である重鎖可変ドメインを含むもの；配列番号１０３に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である軽鎖可変ドメインおよび配列番号３７に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である重鎖可変ドメインを含むもの；配列番号１０４に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である軽鎖可変ドメインおよび配列番号３８に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である重鎖可変ドメインを含むもの；配列番号１０５に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である軽鎖可変ドメインおよび配列番号３９に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である重鎖可変ドメインを含むもの；配列番号１６３に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である軽鎖可変ドメインおよび配列番号１４５に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である重鎖可変ドメインを含むもの；配列番号１６４に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である軽鎖可変ドメインおよび配列番号１４６に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である重鎖可変ドメインを含むもの；ならびに配列番号１６５に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である軽鎖可変ドメインおよび配列番号１４７に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性、少なくとも９５％の同一性を有するか、または同一である重鎖可変ドメインを含むものを含む。
ある特定の実施形態において、ＳＴ２抗原結合タンパク質は、Ａｂ１、Ａｂ２、Ａｂ３、Ａｂ４、Ａｂ５、Ａｂ６、Ａｂ７、Ａｂ８、Ａｂ９、Ａｂ１０、Ａｂ１１、Ａｂ３０、Ａｂ３２、またはＡｂ３３と同一のもしくは重複するエピトープを有し、ａ）配列番号９５、配列番号９６、配列番号９７、配列番号９８、配列番号９９、配列番号１００、配列番号１０１、配列番号１０２、配列番号１０３、配列番号１０４、配列番号１０５、配列番号１６３、配列番号１６４、もしくは配列番号１６５に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のもしくは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有する軽鎖可変ドメイン；ｂ）配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９、配列番号１４５、配列番号１４６、もしくは配列番号１４７に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のもしくは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有する重鎖可変ドメイン；またはｃ）ａ）の軽鎖可変ドメインおよびｂ）の重鎖可変ドメインを含む。
ある特定の実施形態において、ＳＴ２抗原結合タンパク質は、Ａｂ１、Ａｂ２、Ａｂ３、Ａｂ４、Ａｂ５、Ａｂ６、Ａｂ７、Ａｂ８、Ａｂ９、Ａｂ１０、Ａｂ１１、Ａｂ３０、Ａｂ３２、またはＡｂ３３と同一のまたは重複するエピトープを有し、配列番号９５に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する軽鎖可変ドメインおよび配列番号２９に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する重鎖可変ドメイン；配列番号９６に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する軽鎖可変ドメインおよび配列番号３０に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する重鎖可変ドメインを含むもの；配列番号９７に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する軽鎖可変ドメインおよび配列番号３１に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する重鎖可変ドメインを含むもの；配列番号９８に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する軽鎖可変ドメインおよび配列番号３２に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する重鎖可変ドメインを含むもの；配列番号９９に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する軽鎖可変ドメインおよび配列番号３３に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する重鎖可変ドメインを含むもの；配列番号１００に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する軽鎖可変ドメインおよび配列番号３４に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する軽鎖可変ドメインおよび重鎖可変ドメインを含むもの；配列番号１０１に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する軽鎖可変ドメインおよび配列番号３５に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する軽鎖可変ドメインおよび重鎖可変ドメインを含むもの；配列番号１０２に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する軽鎖可変ドメインおよび配列番号３６に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する軽鎖可変ドメインおよび重鎖可変ドメインを含むもの；配列番号１０３に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する軽鎖可変ドメインおよび配列番号３７に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する重鎖可変ドメインを含むもの；配列番号１０４に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する軽鎖可変ドメインおよび配列番号３８に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する重鎖可変ドメインを含むもの；配列番号１０５に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する軽鎖可変ドメインおよび配列番号３９に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する重鎖可変ドメインを含むもの；配列番号１６３に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する軽鎖可変ドメインおよび配列番号１４５に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する重鎖可変ドメインを含むもの；配列番号１６４に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する軽鎖可変ドメインおよび配列番号１４６に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する重鎖可変ドメインを含むもの；ならびに配列番号１６５に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する軽鎖可変ドメインおよび配列番号１４７に記載のアミノ酸配列からの１０個以下のまたは５個以下のアミノ酸の付加、欠失、または置換を有する重鎖可変ドメインを含むものを含む。
ある特定の実施形態において、ＳＴ２抗原結合タンパク質は、Ａｂ１、Ａｂ２、Ａｂ３、Ａｂ４、Ａｂ５、Ａｂ６、Ａｂ７、Ａｂ８、Ａｂ９、Ａｂ１０、Ａｂ１１、Ａｂ３０、Ａｂ３２、またはＡｂ３３と同一のまたは重複するエピトープを有し、ａ）配列番号１０６に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１１７に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１２８に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；ｂ）配列番号１０７に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１１８に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１２９に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；ｃ）配列番号１０８に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１１９に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１３０に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；ｄ）配列番号１０９に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１２０に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１３１に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；ｅ）配列番号１１０に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１２１に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１３２に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；ｆ）配列番号１１１に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１２２に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１３３に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；ｇ）配列番号１１２に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１２３に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１３４に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；ｈ）配列番号１１３に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１２４に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１３５に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；ｉ）配列番号１１４に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１２５に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１３６に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；ｊ）配列番号１１５に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１２６に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１３７に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；ｋ）配列番号１１６に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１２７に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１３８に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；ｌ）配列番号１６６に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１６９に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１７２に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；ｍ）配列番号１６７に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１７０に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１７３に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３；または、ｎ）配列番号１６８に記載のＬＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ１；配列番号１７１に記載のＬＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ２；および配列番号１７４に記載のＬＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変ドメイン、ならびにｏ）配列番号４０に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５１に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号６２に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；ｐ）配列番号４１に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５２に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号６３に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；ｑ）配列番号４２に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５３に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号６４に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；ｒ）配列番号４３に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５４に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号６５に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；ｓ）配列番号４４に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５５に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号６６に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；ｔ）配列番号４５に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５６に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号６７に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；ｕ）配列番号４６に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５７に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号６８に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；ｖ）配列番号４７に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５８に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号６９に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；ｗ）配列番号４８に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号５９に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号７０に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；ｘ）配列番号４９に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号６０に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号７１に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；ｙ）配列番号５０に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号６１に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号７２に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；ｚ）配列番号１４８に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号１５１に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号１５４に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；ａａ）配列番号１４９に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号１５２に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号１５５に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３；またはｂｂ）配列番号１５０に記載のＨＣＤＲ１配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ１；配列番号１５３に記載のＨＣＤＲ２配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ２；および配列番号１５６に記載のＨＣＤＲ３配列からの３個以下のアミノ酸の付加、欠失、もしくは置換を有するＨＣＤＲ３を含む重鎖可変ドメインを含む。
すぐ上に記載される好ましいＳＴ２抗原結合タンパク質は、ａ）の軽鎖可変ドメインおよびｏ）の重鎖可変ドメインを含むもの；ｂ）の軽鎖可変ドメインおよびｐ）の重鎖可変ドメインを含むもの；ｃ）の軽鎖可変ドメインおよびｑ）の重鎖可変ドメインを含むもの；ｄ）の軽鎖可変ドメインおよびｒ）の重鎖可変ドメインを含むもの；ｅ）の軽鎖可変ドメインおよびｓ）の重鎖可変ドメインを含むもの；ｆ）の軽鎖可変ドメインおよびｔ）の重鎖可変ドメインを含むもの；ｇ）の軽鎖可変ドメインおよびｕ）の重鎖可変ドメインを含むもの；ｈ）の軽鎖可変ドメインおよびｖ）の重鎖可変ドメインを含むもの；ｉ）の軽鎖可変ドメインおよびｗ）の重鎖可変ドメインを含むもの；ｊ）の軽鎖可変ドメインおよびｘ）の重鎖可変ドメインを含むもの；ｋ）の軽鎖可変ドメインおよびｙ）の重鎖可変ドメインを含むもの；ｌ）の軽鎖可変ドメインおよびｚ）の重鎖可変ドメインを含むもの；ｍ）の軽鎖可変ドメインおよびａａ）の重鎖可変ドメインを含むもの；ならびにｎ）の軽鎖可変ドメインおよびｂｂ）の重鎖可変ドメインを含むものを含む。
同一のエピトープまたは重複するエピトープを有する抗原結合タンパク質は、抗原への結合について交差競合することが多い。よって、ある特定の実施形態において、本発明の抗原結合タンパク質は、Ａｂ１、Ａｂ２、Ａｂ３、Ａｂ４、Ａｂ５、Ａｂ６、Ａｂ７、Ａｂ８、Ａｂ９、Ａｂ１０、Ａｂ１１、Ａｂ３０、Ａｂ３２、またはＡｂ３３と交差競合する。「交差競合する」または「交差競合」とは、抗原結合タンパク質が標的上の同じエピトープまたは結合部位について競合することを意味する。そのような競合は、基準抗原結合タンパク質（例えば、抗体またはその抗原結合部分）が、試験抗原結合タンパク質の特異的な結合を防止または阻害する（およびその逆の）アッセイによって決定することができる。多数の種類の競合結合アッセイを用いて、試験分子が結合について基準分子と競合するかどうかを決定することができる。利用することができるアッセイの例として、固相直接または間接放射免疫アッセイ（ＲＩＡ）、固相直接または間接酵素免疫アッセイ（ＥＩＡ）、サンドイッチ競合アッセイ（例えば、Ｓｔａｈｌｉ ｅｔ ａｌ．（１９８３）Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ９：２４２−２５３を参照のこと）、固相直接ビオチン−アビジンＥＩＡ（例えば、Ｋｉｒｋｌａｎｄ ｅｔ ａｌ．，（１９８６）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３７：３６１４−３６１９を参照のこと）、固相直接標識アッセイ、固相直接標識サンドイッチアッセイ、Ｌｕｍｉｎｅｘ（Ｊｉａ ｅｔ ａｌ“Ａ ｎｏｖｅｌ ｍｅｔｈｏｄ ｏｆ Ｍｕｌｔｉｐｌｅｘｅｄ Ｃｏｍｐｅｔｉｔｉｖｅ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｂｉｎｎｉｎｇ ｆｏｒ ｔｈｅ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ”Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ（２００４）２８８，９１-９８）、および表面プラズモン共鳴法（（Ｓｏｎｇ ｅｔ ａｌ“Ｅｐｉｔｏｐｅ Ｍａｐｐｉｎｇ ｏｆ Ｉｂａｌｉｚｕｍａｂ，ａ Ｈｕｍａｎｉｚｅｄ Ａｎｔｉ−ＣＤ４ Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｙ ｗｉｔｈ Ａｎｔｉ−ＨＩＶ−１ Ａｃｔｉｖｉｔｙ ｉｎ Ｉｎｆｅｃｔｅｄ Ｐａｔｉｅｎｔｓ” Ｊ． Ｖｉｒｏｌ．（２０１０）８４，６９３５−６９４２）が挙げられる。交差競合を決定する例示的な方法を実施例５に記載する。通常、競合する抗原結合タンパク質が過剰に存在する場合、それは、一般的な抗原に対する基準抗原結合タンパク質の結合を、少なくとも５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、または７５％阻害する。ある場合において、結合は、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれ以上阻害される。
Ａｂ２は、ヒトおよびカニクイザルのＳＴ２に高い親和性で結合し、ＩＬ−３３のＳＴ２への結合をブロックし、よって、ＩＬ−３３によって媒介されるＳＴ２シグナル伝達をブロックする。Ａｂ２の場合と同一か、類似するか、または重複するエピトープに対する抗体は、これらの特有の特徴を共有し得る。好ましい実施形態において、ＳＴ２抗原結合タンパク質は、ＳＴ２への結合についてＡｂ２と交差競合する。Ａｂ２と交差競合する例示的なＳＴ２抗原結合タンパク質は、Ａｂ１、Ａｂ３、Ａｂ５、Ａｂ７、Ａｂ８、およびＡｂ３０を含む（実施例５を参照のこと）。Ａｂ２の場合と重複するか、類似するか、または同一であるエピトープに結合する抗体を見つけようとする場合、１つ以上の抗体をＡｂ２との交差競合についてスクリーニングしてもよい。さらに、Ａｂ２と交差反応する抗体に対する多様体を作成する場合、多様化後に交差競合が維持され、多様体のエピトープが、親分子から著しく変更されていないことが示唆されるかどうかを決定するためにそのような抗体をスクリーニングしてもよい。よって、ある特定の実施形態において、本発明は、ＳＴ２への結合についてＡｂ２と交差競合する抗体多様体を提供する。
互いに交差競合する以外にも、重複するか、類似するか、または同一であるエピトープを有する抗体は、ＳＴ２の変異誘発によって同様に影響を受け得る。ある特定の変異は、抗体の結合を阻害し得、他の変異は、結合を強化または活性化し得る。実施例１１において、ＳＴ２の細胞外ドメインの一部に対するアルギニン／アラニンの変異誘発のスキャニングを行って、例示的な抗体への影響を決定した。変異誘発に対して例示的な抗体と類似する様式で影響を受けるような特徴を有するＳＴ２結合タンパク質が、本発明の範囲内に含まれる。
ある特定の実施形態において、ＳＴ２抗原結合タンパク質の結合は、ＳＴ２における単一変異によって阻害され、単一変異は、Ｌ１４Ｒ、Ｉ１５Ｒ、Ｓ３３Ｒ、Ｅ４３Ｒ、Ｖ４７Ｒ、Ａ６２Ｒ、Ｇ６５Ｒ、Ｔ７９Ｒ、Ｄ９２Ｒ、Ｄ９７Ｒ、Ｖ１０４Ｒ、Ｇ１３８Ｒ、Ｎ１５２Ｒ、およびＶ１７６Ｒからなる群から選択される。好ましい実施形態において、該群の単一変異の２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０個以上のいずれか、または全てが、ＳＴ２結合タンパク質の結合を個別に阻害する。他の実施形態において、ＳＴ２抗原結合タンパク質の結合は、ＳＴ２における単一変異によって活性化され、単一変異は、Ｌ５３Ｒ、Ｒ７２Ａ、およびＳ７３Ｒからなる群から選択される。好ましい実施形態において、該群の単一変異の全てが、ＳＴ２結合タンパク質の結合を個別に活性化する。好ましい実施形態において、ＳＴ２抗原結合タンパク質は、Ａｂ２の属性を共有し、Ｌ１４Ｒ、Ｉ１５Ｒ、Ｓ３３Ｒ、Ｅ４３Ｒ、Ｖ４７Ｒ、Ａ６２Ｒ、Ｇ６５Ｒ、Ｔ７９Ｒ、Ｄ９２Ｒ、Ｄ９７Ｒ、Ｖ１０４Ｒ、Ｇ１３８Ｒ、Ｎ１５２Ｒ、およびＶ１７６Ｒのいずれかによって阻害され、Ｌ５３Ｒ、Ｒ７２Ａ、Ｓ７３Ｒのいずれかによって活性化される。
抗体をそのエピトープに基づいて特徴付ける別の方法は、アミド水素／重水素交換（ＨＤＸ）である。ＨＤＸは、タンパク質の高次構造および動態、タンパク質−リガンド相互作用、およびタンパク質−タンパク質相互作用を研究するために広く使用されている（Ｚｈａｎｇ ａｎｄ Ｓｍｉｔｈ １９９３，Ｅｎｇｅｎ ａｎｄ Ｓｍｉｔｈ ２００１）。１つの水素を重水素に置き換えることにより、各交換ごとに１Ｄａの質量増加がもたらされるため、質量分析による検出は、交換の程度を決定するための強力なツールを提供する。ＨＤＸの程度は、制御条件下でタンデム質量分析と液体クロマトグラフィを組み合わせることによるタンパク質のタンパク分解の分析によって、ペプチドレベルで容易に測定することができる（Ｅｎｇｅｎ ａｎｄ Ｓｍｉｔｈ ２００１，Ｂａｅｒｇａ−Ｏｒｔｉｚ，Ｈｕｇｈｅｓ ｅｔ ａｌ．２００２，Ｃｏｄｒｅａｎｕ，Ｌａｄｎｅｒ ｅｔ ａｌ．２００２，Ｈａｍｕｒｏ，Ｃｏａｌｅｓ ｅｔ ａｌ．２００６，Ｃｏａｌｅｓ，Ｔｕｓｋｅ ｅｔ ａｌ．２００９，Ｚｈａｎｇ，Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．２０１２）。
抗体の非存在下および存在下（遊離状態対結合状態）でのＳＴ２のタンパク分解間の抗原ＨＤＸプロファイルの比較により、相互作用の部位を明らかにすることができる。具体的には、抗体がＳＴ２に結合すると、遊離ＳＴ２中の溶媒露出アミド水素が保護され得るようになり、その結果として、より緩徐な交換速度が観察される。したがって、抗体の存在下においてその不在下よりも少ない重水素を獲得した領域は、潜在的な結合性エピトープである。エピトープが決定されると、遊離状態での交換速度、抗原タンパク質構造の知識、および他のエピトープマッピングの取り組みの結果等の他の要因が考慮される。
実施例１２に記載されるように、Ａｂ２のＳＴ２への結合をＨＤＸによって分析した。分析により、Ａｂ２が、配列番号１のアミノ酸１９〜３２２のアミノ酸３３〜４４および８８〜９４（それぞれ、成熟したＳＴ２のアミノ酸１５〜２６および７０〜７６）を含むＳＴ２構造の一部に結合して、その交換速度を変化させることが示された。Ａｂ２の場合と重複するエピトープ、類似または同一のエピトープに対する抗体もまた、配列番号１の３３〜４４および８８〜９４内のアミノ酸に結合して、その交換速度を変化させる。ある特定の実施形態において、ＳＴ２結合タンパク質、例えば、抗体は、ＳＴ２に結合し、ＨＤＸによって分析した場合、配列番号１のアミノ酸３３〜４４のいずれかを保護する。他の実施形態において、アミノ酸８８〜９４のいずれかが保護される。両方とも、Ａｂ２との結合性エピトープと部分的に重複することを示す。好ましい実施形態において、３３〜４４のいずれかおよび８８〜９４のいずれかの両方が保護される。ある特定の実施形態において、ＳＴ２結合タンパク質、例えば、抗体は、ＳＴ２に結合し、ＨＤＸによって分析した場合、配列番号１のアミノ酸３３〜４４の全てを保護する。他の実施形態において、アミノ酸８８〜９４の全てが保護される。両方とも、類似した、Ａｂ２との結合性エピトープを示す。好ましい実施形態において、３３〜４４の全ておよび８８〜９４の全ての両方が保護され、Ａｂ２の場合と同一であるかまたはほぼ同一のエピトープを示す。
Ａｂ２のＳＴ２への結合を、Ｘ線結晶構造解析を用いてさらに分析した。Ｘ線結晶構造解析は、ＨＤＸ分析と一致していた。Ａｂと抗原との間の界面は、いくつかの方法で決定／定義することができる。実施例１３では、溶媒露出の差を用いて、および距離によって界面を決定した。溶媒露出の差または５Å未満の距離によって決定されるＡｂ２との界面内のＳＴ２残基は、（成熟ＳＴ２（リーダー配列を欠く）の位置に対応する）Ｋ１、Ｆ２、Ｐ１９、Ｒ２０、Ｑ２１、Ｇ２２、Ｋ２３、Ｙ２６、Ｉ７０、Ｖ７１、Ｒ７２、Ｓ７３、Ｐ７４、Ｔ７５、Ｆ７６、Ｎ７７、Ｒ７８、Ｔ７９、およびＹ８１である。ある特定の実施形態において、ＳＴ２結合タンパク質は、Ｋ１、Ｆ２、Ｐ１９、Ｒ２０、Ｑ２１、Ｇ２２、Ｋ２３、Ｙ２６、Ｉ７０、Ｖ７１、Ｒ７２、Ｓ７３、Ｐ７４、Ｔ７５、Ｆ７６、Ｎ７７、Ｒ７８、Ｔ７９、またはＹ８１のいずれかが界面内に存在するものを含む、Ａｂ２の界面と重複するＳＴ２との界面を形成する。いくつかの実施形態において、ＳＴ２結合タンパク質は、ＳＴ２と界面を形成し、Ｐ１９、Ｒ２０、Ｑ２１、Ｇ２２、Ｋ２３、および／またはＹ２６が、界面内に存在する。他の実施形態において、Ｉ７０、Ｖ７１、Ｒ７２、Ｓ７３、Ｐ７４、Ｔ７５、Ｆ７６、Ｎ７７、Ｒ７８、Ｔ７９、および／またはＹ８１が、界面内に存在する。好ましい実施形態において、Ｋ１、Ｆ２、Ｐ１９、Ｒ２０、Ｑ２１、Ｇ２２、Ｋ２３、Ｙ２６、Ｉ７０、Ｖ７１、Ｒ７２、Ｓ７３、Ｐ７４、Ｔ７５、Ｆ７６、Ｎ７７、Ｒ７８、Ｔ７９、およびＹ８１が、界面内に存在する。
結晶構造は、特定のアミノ酸残基が、Ａｂ２とのアミノ酸と水素結合または塩架橋を形成したことを示した。これらの残基は、Ｋ１、Ｒ２０、Ｋ２３、Ｙ２６、Ｔ７５、Ｎ７７、Ｒ７８、およびＴ７９を含む。ある特定の実施形態において、ＳＴ２抗原結合タンパク質は、Ｋ１、Ｒ２０、Ｋ２３、Ｙ２６、Ｔ７５、Ｎ７７、Ｒ７８、およびＴ７９のうちの１つ以上と水素結合または塩架橋を形成する。
結晶構造はさらに、Ａｂ２のどの残基がＳＴ２と界面を形成するかの情報を提供する。図１０は、ＳＴ２と界面を形成する軽鎖可変領域および重鎖可変領域内の残基を示す。また、ＳＴ２内のアミノ酸と水素結合または塩架橋を形成する残基も示される。この情報を用いて、９０％の同一性、９５％の同一性、ならびにＡｂ２の軽鎖または重鎖可変ドメイン内に１０個以下の挿入、欠失、および／または置換を有する可変ドメインを含有するものを含む、Ａｂ２の多様体を設計することができる。非界面残基を変更する一方で、界面内にアミノ酸を維持することを所望する場合がある。よって、Ａｂ２の１つ以上のＣＤＲ内に１つ以上のアミノ酸の付加、置換、および／または欠失を有する、ＳＴ２への結合を維持するＡｂ２の多様体を設計および作製することができる。
いくつかの実施形態において、ＳＴ２結合タンパク質は、Ｄ２８、Ｉ２９、Ｓ３０、Ｎ３１、Ｙ３２、Ｙ４９、Ｄ５０、Ｎ５３、Ｅ５５、Ｔ５６、Ｄ９１、Ｄ９２、Ｎ９３、Ｆ９４、および／もしくはＬ９６が、変化しないままであるか、またはその保存的置換を含む、Ａｂ２軽鎖可変領域（配列番号９６）の多様体、ならびに／あるいはＷ３３、Ｉ５０、Ｄ５７、Ｒ５９、Ｈ９９、Ｇ１００、Ｔ１０１、Ｓ１０２、Ｓ１０３、Ｄ１０４、Ｙ１０５、および／もしくはＹ１０６が、変化しないままであるか、または保存的変異を含む、Ａｂ２重鎖可変領域（配列番号３０）の多様体を含む。好ましい実施形態において、軽鎖可変領域のＤ２８、Ｎ３１、Ｄ５０、Ｎ５３、Ｅ５５、Ｄ９１、およびＤ９２は、変化しないままであり、重鎖のＳ１０２、Ｓ１０３、Ｄ１０４、およびＹ１０５は、変化しないままである。
ＳＴ２抗原結合タンパク質をコードするポリヌクレオチド
本明細書に定義されるような抗体を含むＳＴ２抗原結合タンパク質をコードする核酸が、本発明に包含される。好ましい核酸は、本明細書に記載される例示的な軽鎖および重鎖をコードするものを含む。
Ａｂ１ ＬＣをコードする例示的な核酸は、配列番号７３に記載の配列を含む核酸である。
Ａｂ２ ＬＣをコードする例示的な核酸は、配列番号７４に記載の配列を含む核酸である。
Ａｂ３ ＬＣをコードする例示的な核酸は、配列番号７５に記載の配列を含む核酸である。
Ａｂ４ ＬＣをコードする例示的な核酸は、配列番号７６に記載の配列を含む核酸である。
Ａｂ５ ＬＣをコードする例示的な核酸は、配列番号７７に記載の配列を含む核酸である。
Ａｂ６ ＬＣをコードする例示的な核酸は、配列番号７８に記載の配列を含む核酸である。
Ａｂ７ ＬＣをコードする例示的な核酸は、配列番号７９に記載の配列を含む核酸である。
Ａｂ８ ＬＣをコードする例示的な核酸は、配列番号８０に記載の配列を含む核酸である。
Ａｂ９ ＬＣをコードする例示的な核酸は、配列番号８１に記載の配列を含む核酸である。
Ａｂ１０ ＬＣをコードする例示的な核酸は、配列番号８２に記載の配列を含む核酸である。
Ａｂ１１ ＬＣをコードする例示的な核酸は、配列番号８３に記載の配列を含む核酸である。
Ａｂ３０ ＬＣをコードする例示的な核酸は、配列番号１５７に記載の配列を含む核酸である。
Ａｂ３２ ＬＣをコードする例示的な核酸は、配列番号１５８に記載の配列を含む核酸である。
Ａｂ３３ ＬＣをコードする例示的な核酸は、配列番号１５９に記載の配列を含む核酸である。
Ａｂ１ ＨＣをコードする例示的な核酸は、配列番号７に記載の配列を含む核酸である。
Ａｂ２ ＨＣをコードする例示的な核酸は、配列番号８に記載の配列を含む核酸である。
Ａｂ３ ＨＣをコードする例示的な核酸は、配列番号９に記載の配列を含む核酸である。
Ａｂ４ ＨＣをコードする例示的な核酸は、配列番号１０に記載の配列を含む核酸である。
Ａｂ５ ＨＣをコードする例示的な核酸は、配列番号１１に記載の配列を含む核酸である。
Ａｂ６ ＨＣをコードする例示的な核酸は、配列番号１２に記載の配列を含む核酸である。
Ａｂ７ ＨＣをコードする例示的な核酸は、配列番号１３に記載の配列を含む核酸である。
Ａｂ８ ＨＣをコードする例示的な核酸は、配列番号１４に記載の配列を含む核酸である。
Ａｂ９ ＨＣをコードする例示的な核酸は、配列番号１５に記載の配列を含む核酸である。
Ａｂ１０ ＨＣをコードする例示的な核酸は、配列番号１６に記載の配列を含む核酸である。
Ａｂ１１ ＨＣをコードする例示的な核酸は、配列番号１７に記載の配列を含む核酸である。
Ａｂ３０ ＨＣをコードする例示的な核酸は、配列番号１３９に記載の配列を含む核酸である。
Ａｂ３２ ＨＣをコードする例示的な核酸は、配列番号１４０に記載の配列を含む核酸である。
Ａｂ３３ ＨＣをコードする例示的な核酸は、配列番号１４１に記載の配列を含む核酸である。
本発明の態様は、本明細書に記載されるアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチド多様体（例えば、縮重のため）を含む。
本発明の態様は、限定されないが、以下の例示的な実施形態を含む様々な実施形態を含む。
単離されたポリヌクレオチドであって、当該ポリヌクレオチドは、以下からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む１つ以上のポリペプチドをコードする：
Ａ．１．配列番号９５〜１０５、１６３〜１６５に記載の軽鎖可変ドメイン配列と少なくとも９０％同一である軽鎖可変ドメイン配列；
２．配列番号２９〜３９、１４５〜１４７に記載の重鎖可変ドメイン配列と少なくとも９０％同一である重鎖可変ドメイン配列；
３．（１）の軽鎖可変ドメインおよび（２）の重鎖可変ドメイン；ならびに
Ｂ．同じか、または以下の配列からの各ＣＤＲにおいて全部で３つ以下のアミノ酸の付加、置換、および／もしくは欠失だけ異なる、ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、ＣＤＲ３を含む軽鎖可変ドメインおよび／またはＣＤＲ１、ＣＤＲ２、ＣＤＲ３を含む重鎖可変ドメイン：
１．Ａｂ１の軽鎖ＣＤＲ１（配列番号１０６）、ＣＤＲ２（配列番号１１７）、ＣＤＲ３（配列番号１２８）、または重鎖ＣＤＲ１（配列番号４０）、ＣＤＲ２（配列番号５１）、ＣＤＲ３（配列番号６２）；
２．Ａｂ２の軽鎖ＣＤＲ１（配列番号１０７）、ＣＤＲ２（配列番号１１８）、ＣＤＲ３（配列番号１２９）、または重鎖ＣＤＲ１（配列番号４１）、ＣＤＲ２（配列番号５２）、ＣＤＲ３（配列番号６３）；
３．Ａｂ３の軽鎖ＣＤＲ１（配列番号１０８）、ＣＤＲ２（配列番号１１９）、ＣＤＲ３（配列番号１３０）、または重鎖ＣＤＲ１（配列番号４２）、ＣＤＲ２（配列番号５３）、ＣＤＲ３（配列番号６４）；
４．Ａｂ４の軽鎖ＣＤＲ１（配列番号１０９）、ＣＤＲ２（配列番号１２０）、ＣＤＲ３（配列番号１３１）、または重鎖ＣＤＲ１（配列番号４３）、ＣＤＲ２（配列番号５４）、ＣＤＲ３（配列番号６５）；
５． Ａｂ５の軽鎖ＣＤＲ１（配列番号１１０）、ＣＤＲ２（配列番号１２１）、ＣＤＲ３（配列番号１３２）、または重鎖ＣＤＲ１（配列番号４４）、ＣＤＲ２（配列番号５５）、ＣＤＲ３（配列番号６６）；
６．Ａｂ６の軽鎖ＣＤＲ１（配列番号１１１）、ＣＤＲ２（配列番号１２２）、ＣＤＲ３（配列番号１３３）、または重鎖ＣＤＲ１（配列番号４５）、ＣＤＲ２（配列番号５６）、ＣＤＲ３（配列番号６７）；
７．Ａｂ７の軽鎖ＣＤＲ１（配列番号１１２）、ＣＤＲ２（配列番号１２３）、ＣＤＲ３（配列番号１３４）、または重鎖ＣＤＲ１（配列番号４６）、ＣＤＲ２（配列番号５７）、ＣＤＲ３（配列番号６８）；
８．Ａｂ８の軽鎖ＣＤＲ１（配列番号１１３）、ＣＤＲ２（配列番号１２４）、ＣＤＲ３（配列番号１３５）、または重鎖ＣＤＲ１（配列番号４７）、ＣＤＲ２（配列番号５８）、ＣＤＲ３（配列番号６９）；
９．Ａｂ９の軽鎖ＣＤＲ１（配列番号１１４）、ＣＤＲ２（配列番号１２５）、ＣＤＲ３（配列番号１３６）、または重鎖ＣＤＲ１（配列番号４８）、ＣＤＲ２（配列番号５９）、ＣＤＲ３（配列番号７０）；
１０．Ａｂ１０の軽鎖ＣＤＲ１（配列番号１１５）、ＣＤＲ２（配列番号１２６）、ＣＤＲ３（配列番号１３７）、または重鎖ＣＤＲ１（配列番号４９）、ＣＤＲ２（配列番号６０）、ＣＤＲ３（配列番号７１）；
１１．Ａｂ１１の軽鎖ＣＤＲ１（配列番号１１６）、ＣＤＲ２（配列番号１２７）、ＣＤＲ３（配列番号１３８）、または重鎖ＣＤＲ１（配列番号５０）、ＣＤＲ２（配列番号６１）、ＣＤＲ３（配列番号７２）；
１２．Ａｂ３０の軽鎖ＣＤＲ１（配列番号１６６）、ＣＤＲ２（配列番号１６９）、ＣＤＲ３（配列番号１７２）、または重鎖ＣＤＲ１（配列番号１４８）、ＣＤＲ２（配列番号１５１）、ＣＤＲ３（配列番号１５４）；
１３．Ａｂ３２の軽鎖ＣＤＲ１（配列番号１６７）、ＣＤＲ２（配列番号１７０）、ＣＤＲ３（配列番号１７３）、または重鎖ＣＤＲ１（配列番号１４９）、ＣＤＲ２（配列番号１５２）、ＣＤＲ３（配列番号１５５）；および
１４．Ａｂ３３の軽鎖ＣＤＲ１（配列番号１６８）、ＣＤＲ２（配列番号１７１）、ＣＤＲ３（配列番号１７４）、または重鎖ＣＤＲ１（配列番号１５０）、ＣＤＲ２（配列番号１５３）、ＣＤＲ３（配列番号１５６）。
好ましい実施形態において、単離された核酸によってコードされるポリペプチドは、ＳＴ２に結合する抗原結合タンパク質の構成成分である。
核酸の単離のためのプローブもしくはプライマーとして、またはデータベース検索のためのクエリ配列として使用される、本明細書に記載されるアミノ酸配列に対応するヌクレオチド配列は、アミノ酸配列からの「逆翻訳」によって、またはコードするＤＮＡ配列が特定されているポリペプチドとのアミノ酸素性の領域の特定によって得ることができる。周知のポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）手順を利用して、ＳＴ２抗原結合タンパク質をコードするＤＮＡ配列、または所望の組み合わせのＳＴ２抗原結合タンパク質ポリペプチド断片を単離および増幅することができる。ＤＮＡ断片の組み合わせの所望の終端を画定するオリゴヌクレオチドが、５’および３’プライマーとして用いられる。オリゴヌクレオチドは、増幅したＤＮＡ断片の組み合わせの発現ベクターへの挿入を促進するために、制限エンドヌクレアーゼの認識部位を付加的に含有することができる。ＰＣＲ技術は、Ｓａｉｋｉ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３９：４８７（１９８８）；Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ ＤＮＡ Ｍｅｔｈｏｄｏｌｏｇｙ，Ｗｕ ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ（１９８９），ｐｐ．１８９−１９６；およびＰＣＲ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ：Ａ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｉｎｎｉｓ ｅｔ．ａｌ．，ｅｄｓ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．（１９９０）に記載されている。
本発明の核酸分子は、一本鎖および二本鎖の両方の形態のＤＮＡおよびＲＮＡ、ならびに対応する相補性配列を含む。ＤＮＡは、例えば、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ、化学合成ＤＮＡ、ＰＣＲによって増幅したＤＮＡ、およびそれらの組み合わせを含む。本発明の核酸分子は、完全長遺伝子またはｃＤＮＡ分子、ならびにそれらの断片の組み合わせを含む。本発明の核酸は、ヒト源から選択的に誘導されるが、本発明は、非ヒト種に由来するものも含む。
天然に存在する源から単離された核酸の場合、「単離された核酸」は、核酸が単離された生物のゲノムに存在する隣接する遺伝子配列から分離された核酸である。例えば、ＰＣＲ産物、ｃＤＮＡ分子、またはオリゴヌクレオチド等、鋳型から酵素的に合成された核酸または化学合成された核酸の場合、そのようなプロセスから得られた核酸は、単離された核酸であることを理解されたい。単離された核酸分子は、分離断片の形態の、またはより大きな核酸構築物の構成成分としての、核酸分子を指す。１つの好ましい実施形態において、核酸は、内因性汚染物質を実質的に含まない。核酸分子は、実質的に純粋な形態で、かつ、その構成成分であるヌクレオチド配列の標準的な生化学的方法（Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，２ｎｄ ｅｄ．，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ（１９８９）に概説されるもの等）による特定、操作、および回収を可能にする量または濃度で、少なくとも１回単離されたＤＮＡまたはＲＮＡから誘導されていることが好ましい。そのような配列は、真核細胞の遺伝子中に典型的に存在する内部非翻訳配列またはイントロンによって中断されないオープンリーディングフレームの形態で提供されるおよび／または構築されることが望ましい。非翻訳ＤＮＡの配列は、オープンリーディングフレームの５’または３’に存在してもよく、この場合、該配列は、コード領域の操作または発現に干渉しない。
本発明はまた、中程度にストリンジェントな条件下で、またより好ましくは高度にストリンジェントな条件下で、本明細書に記載されるようなＳＴ２抗原結合タンパク質をコードする核酸にハイブリダイズする核酸を含む。ハイブリダイゼーション条件の選択に影響を及ぼす基本パラメータ、および好適な条件を案出するための指針は、Ｓａｍｂｒｏｏｋ，，Ｆｒｉｔｓｃｈ，ａｎｄ Ｍａｎｉａｔｉｓ（１９８９，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．，ｃｈａｐｔｅｒｓ ９ａｎｄ１１；およびＣｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，１９９５，Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．，ｓｅｃｔｉｏｎｓ ２．１０ａｎｄ６．３−６．４）によって記述されており、例えば、ＤＮＡの長さおよび／または塩基組成に基づいて、当業者が容易に決定することができる。中程度にストリンジェントな条件を達成する１つの方法は、５×ＳＳＣ、０．５％ＳＤＳ、１．０ｍＭ ＥＤＴＡ（ｐＨ８．０）を含有する前洗浄溶液、約５０％ホルムアミド、６×ＳＳＣのハイブリダイゼーション緩衝液、および約５５℃のハイブリダイゼーション温度（またはハイブリダイゼーション温度約４２℃の、約５０％ホルムアミドを含有するもの等の他の類似するハイブリダイゼーション溶液）、ならびに０．５×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ中、約６０℃の洗浄条件の使用を伴う。一般に、高度なストリンジェント条件は、上記のようなハイブリダイゼーション条件として定義されるが、約６８℃で、０．２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳの洗浄を伴う。ハイブリダイゼーション緩衝液および洗浄緩衝液中のＳＳＰＥ（１×ＳＳＰＥは、０．１５Ｍ ＮａＣｌ、１０ｍＭ ＮａＨ２ＰＯ４、および１．２５ｍＭ ＥＤＴＡ、ｐＨ７．４である）は、ＳＳＣ（１×ＳＳＣは、０．１５Ｍ ＮａＣｌおよび１５ｍＭクエン酸ナトリウムである）に代えて用いてもよく、洗浄は、ハイブリダイゼーションが終了した後１５分間行われる。当業者に既知であるように、また後に詳述するように、洗浄温度および洗浄塩濃度は、ハイブリダイゼーション反応および二本鎖安定性を支配する基本原理を適用することによって、所望の程度のストリンジェンシーを達成するように必要に応じて調整できることを理解されたい（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，１９８９を参照のこと）。ある核酸を既知の配列の標的核酸にハイブリダイズさせる場合、ハイブリッドの長さは、ハイブリダイズする核酸の長さであると想定される。既知の配列の核酸をハイブリダイズさせる場合、ハイブリッドの長さは、核酸の配列を整列させて、最適な配列相補性の領域（単数または複数）を特定することによって決定することができる。５０塩基対未満の長さであると予測されるハイブリッドのためのハイブリダイゼーション温度は、ハイブリッドの溶融温度（Ｔｍ）よりも５〜１０℃低くあるべきであり、Ｔｍは、次の方程式に従って決定される。１８塩基対未満のハイブリッドの場合、Ｔｍ（℃）＝２（Ａ＋Ｔ塩基の数）＋４（Ｇ＋Ｃ塩基の数）。１８塩基対を超えるハイブリッドの場合、Ｔｍ（℃）＝８１．５＋１６．６（ｌｏｇ１０［Ｎａ＋］）＋０．４１（％Ｇ＋Ｃ）−（６００／Ｎ）、式中、Ｎは、ハイブリッド中の塩基の数であり、［Ｎａ＋］は、ハイブリダイゼーション緩衝液中のナトリウムイオンの濃度である（１×ＳＳＣの［Ｎａ＋］＝０．１６５Ｍ）。好ましくは、それぞれのそのようなハイブリダイズする核酸は、それがハイブリダイズする本発明の核酸の長さの少なくとも１５ヌクレオチド（もしくは、より好ましくは少なくとも１８ヌクレオチド、もしくは少なくとも２０ヌクレオチド、もしくは少なくとも２５ヌクレオチド、もしくは少なくとも３０ヌクレオチド、もしくは少なくとも４０ヌクレオチド、もしくは最も好ましくは少なくとも５０ヌクレオチド）、または少なくとも２５％（より好ましくは少なくとも５０％、もしくは少なくとも６０％、もしくは少なくとも７０％、最も好ましくは少なくとも８０％）である長さを有し、かつ、それがハイブリダイズする本発明の核酸と少なくとも６０％（より好ましくは少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％、および最も好ましくは少なくとも９９．５％）の配列同一性を有し、上により詳しく記載されたように、配列同一性は、配列ギャップを最小限に抑えながら重複および同一性を最大化するように整列させた時にハイブリダイズする核酸の配列を比較することによって決定される。
本発明による多様体は、通常、カセットもしくはＰＣＲ変異誘発、または当該技術分野で周知の他の技術を用いて、抗原結合タンパク質をコードするＤＮＡ内のヌクレオチドの部位特異的変異誘発によって多様体をコードするＤＮＡを産生させ、その後、本明細書に概説されるように、細胞培養物中で組換えＤＮＡを発現させることによって調製される。しかしながら、最大約１００〜１５０個の残基を有する多様体ＣＤＲを含む抗原結合タンパク質断片は、確立された技術を用いてｉｎ ｖｉｔｒｏ合成によって調製されてもよい。多様体は、典型的には、天然に存在する類似体と同じ定性的な生物学的活性、例えば、ＳＴ２への結合を示すが、後により詳細に概説するように、修飾された特徴を有する多様体を選択することもできる。
当業者には理解されるように、遺伝子コードの縮重に起因して極めて多数の核酸が作製され得、それらは全て、本発明のＣＤＲ（ならびに重鎖および軽鎖または抗原結合タンパク質の他の構成成分）をコードする。よって、特定のアミノ酸配列を特定すると、当業者は、コードされるタンパク質のアミノ酸配列を変化させない様式で単純に１つ以上のコドンの配列を修飾することによって、任意の数の異なる核酸を作成することができる。
本発明はまた、上述のような少なくとも１つのポリヌクレオチドを含むプラスミド、発現ベクター、転写または発現カセットの形態の発現系および構築物も提供する。さらに、本発明は、そのような発現系または構築物を含む宿主細胞を提供する。
典型的には、宿主細胞のうちのいずれかにおいて用いられる発現ベクターは、プラスミド維持のための配列、ならびに外因性ヌクレオチド配列のクローニングおよび発現のための配列を含有する。ある特定の実施形態において集合的に「フランキング配列」と称されるそのような配列は、典型的には、次のヌクレオチド配列のうちの１つ以上を含む：プロモーター、１つ以上のエンハンサー配列、複製起点、転写終結配列、ドナーおよびアクセプタースプライシング部位を含有する完全イントロン配列、ポリペプチド分泌のためのリーダー配列をコードする配列、リボソーム結合部位、ポリアでニル化配列、発現されるべきポリペプチドをコードする核酸を挿入するためのポリリンカー領域、ならびに選択可能マーカー要素。これらの配列の各々については、後に記載する。
任意選択的に、ベクターは、「タグ」コード配列、すなわち、ＳＴ２抗原結合タンパク質コード配列の５’または３’末端に位置するオリゴヌクレオチド分子を含有してもよく、オリゴヌクレオチド配列は、市販の抗体が存在するポリＨｉｓ（ヘキサＨｉｓ等）、または別の「タグ」、例えば、ＦＬＡＧ、ＨＡ（インフルエンザウイルス血球凝集素）、もしくはｍｙｃをコードする。このタグは、典型的には、ポリペプチドの発現の際にポリペプチドに融合され、宿主細胞からのＳＴ２抗原結合タンパク質の親和性精製または検出のための手段としての役割を果たすことができる。親和性精製は、例えば、タグに対する抗体を親和性マトリックスとして用いたカラムクロマトグラフィーによって達成されてもよい。任意選択的に、切断のための特定のペプチダーゼを用いる等の種々の手段によって、精製したＳＴ２抗原結合タンパク質から次にタグを取り除いてもよい。
フランキング配列は、同種（すなわち、宿主細胞と同じ種および／または株に由来する）、異種（すなわち、宿主細胞種または株以外の種に由来する）、ハイブリッド（すなわち、１つより多くの源からのフランキング配列の組み合わせ）、合成、または天然であり得る。そのため、フランキング配列が宿主細胞機構において機能的であり、該機構によって活性化され得る限り、フランキング配列の源は、任意の原核もしくは真核生物、任意の脊椎もしくは無脊椎生物、または任意の植物であり得る。
本発明のベクターにおいて有用なフランキング配列は、当該技術分野で周知のいくつかの方法のいずれによって得られ得る。典型的には、本明細書において有用なフランキング配列は、マッピングによって、および／または制限エンドヌクレアーゼ消化によって以前に特定されており、したがって、適切な制限エンドヌクレアーゼを用いて適当な組織源から単離することができる。場合によっては、フランキング配列の完全長ヌクレオチド配列が既知であるかもしれない。本明細書では、フランキング配列は、核酸の合成またはクローニングのために本明細書に記載される方法を用いて合成されてもよい。
フランキング配列の全てまたは一部のみが既知であるかどうかにかかわらず、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を用いて、ならびに／または、同じ種もしくは別の種に由来するオリゴヌクレオチドおよび／もしくはフランキング配列断片等の好適なプローブでゲノムライブラリーをスクリーニングすることによって、フランキング配列を得ることができる。フランキング配列が未知である場合、フランキング配列を含有するＤＮＡの断片は、例えば、コード配列またはさらには別の遺伝子（単数もしくは複数）も含有し得るＤＮＡのより大きな一片から単離されてもよい。制限エンドヌクレアーゼ消化により適当なＤＮＡ断片を産生させ、その後、アガロースゲル精製、Ｑｉａｇｅｎ（登録商標）カラムクロマトグラフィー（Ｃｈａｔｓｗｏｒｔｈ，ＣＡ）、または当業者に既知の他の方法を用いて単離することによって、単離が達成されてもよい。この目的を達成するのに好適な酵素の選択は、当業者には容易に明らかになるであろう。
複製起点は、典型的には、市販品を購入した原核生物発現ベクターの一部であり、起点は、宿主細胞におけるベクターの増幅に役立つ。選択したベクターが複製起点部位を含有しない場合、既知の配列に基づいて化学的に合成し、ベクター内に連結してもよい。例えば、プラスミドｐＢＲ３２２（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ、Ｂｅｖｅｒｌｙ，ＭＡ）由来の複製起点は、ほとんどのグラム陰性細菌に好適であり、種々のウイルス起点（例えば、ＳＶ４０、ポリオーマ、アデノウイルス、水疱性口内炎ウイルス（ＶＳＶ）、またはＨＰＶもしくはＢＰＶ等のパピローマウイルス）は、哺乳動物細胞におけるクローニングベクターに有用である。通常、複製起点成分は、哺乳動物発現ベクターには必要ない（例えば、ＳＶ４０起点が用いられることが多いが、それは、単に該起点がウイルス初期プロモーターも含有するためである）。
転写終結配列は、典型的には、ポリペプチドコード領域の末端の３’側に位置し、転写を終結させる役割を果たす。通常、原核細胞の転写終結配列は、その後にポリＴ配列が続くＧ−Ｃリッチな断片である。この配列は、ライブラリーから容易にクローニングされるか、またはさらにはベクターの一部として市販品が購入されるが、本明細書に記載されるもの等の核酸合成のための方法を用いて容易に合成することもできる。
選択可能マーカー遺伝子は、選択的な培養培地で成長させる宿主細胞の生存および増殖に必要なタンパク質をコードする。典型的な選択マーカー遺伝子は（ａ）抗生物質または他の毒素、例えば、原核宿主細胞の場合はアンピシリン、テトラサイクリン、もしくはカナマイシンに対する耐性を付与するタンパク質；（ｂ）細胞の栄養要求不全を補完するするタンパク質；あるいは（ｃ）複合培地または定義された培地から利用できない決定的に重要な栄養素を供給するタンパク質をコードする。特定の選択可能マーカーは、カナマイシン耐性遺伝子、アンピシリン耐性遺伝子、およびテトラサイクリン耐性遺伝子である。有利には、ネオマイシン耐性遺伝子も、原核宿主細胞および真核宿主細胞の両方における選択に用いられ得る。
他の選択可能遺伝子を用いて、発現される遺伝子を増幅してもよい。増幅は、増殖または細胞生存のために決定的に重要なタンパク質の産生に必要な遺伝子が、組換え細胞の継続的世代の染色体内でタンデムに反復するプロセスである。哺乳動物細胞に好適な選択可能マーカーの例として、ジヒドロ葉酸レダクターゼ（ＤＨＦＲ）およびプロモーターレスのチミジンキナーゼ遺伝子が挙げられる。哺乳動物細胞の形質転換体は、ベクター中に存在する選択可能遺伝子によって形質転換体のみが生存するように一意的に適応させた選択圧下に置かれる。培地中の選択剤の濃度が連続的に増加される条件下で形質転換細胞を培養することにより選択圧を課し、それによって、選択可能遺伝子および別の遺伝子、例えば、ＳＴ２ポリペプチドに結合する抗原結合タンパク質抗体等をコードするＤＮＡの両方の増幅がもたらされる。その結果として、増幅されたＤＮＡから、増加した量のポリペプチド、例えば、ＳＴ２抗原結合タンパク質等が合成される。
リボソーム結合部位は、通常、ｍＲＮＡの翻訳開始に必要であり、シャイン・ダルガノ配列（原核生物）またはコザック配列（真核生物）によって特徴付けられる。この要素は、典型的には、発現されるべきポリペプチドのプロモーターの３’側、およびコード配列の５’側に位置する。ある特定の実施形態において、１つ以上のコード領域が内部リボソーム結合部位（ＩＲＥＳ）に作動可能に連結されてもよく、単一のＲＮＡ転写物から２つのオープンリーディングフレームの翻訳が可能となる。
場合によっては、例えば、真核宿主細胞発現系においてグリコシル化が望ましい場合、グリコシル化または収率を改善するために、種々のプレ配列またはプロ配列を操作することができる。例えば、特定のシグナルペプチドのペプチダーゼ切断部位を変化させてもよいか、または同様にグリコシル化に影響を及ぼし得るプロ配列を付加してもよい。最終タンパク質産物は、−１位（成熟タンパク質の最初のアミノ酸と比較して）に、完全に除去されていない場合もある、発現に伴う１つ以上のさらなるアミノ酸を有し得る。例えば、最終タンパク質産物は、アミノ末端に結合した、ペプチダーゼ切断部位に見出される１つまたは２つのアミノ酸残基を有し得る。代替として、いくつかの酵素切断部位の使用により、酵素が成熟ポリペプチド内のそのような領域を切断する場合、若干トランケート型の形態の所望のポリペプチドを生じ得る。
本発明の発現ベクターおよびクローニングベクターは、典型的には、宿主生物に認識され、かつＳＴ２抗原結合タンパク質をコードする分子に作動可能に連結されるプロモーターを含有する。プロモーターは、慣習的に、構造遺伝子の転写を制御する、構造遺伝子の開始コドンの上流（すなわち、５’）（通常、約１００〜１０００ｂｐ以内）に位置する非転写配列である。プロモーターは、誘導性プロモーターおよび構成性プロモーターの２つのクラスのうちの１つに分類される。誘導性プロモーターは、培養条件における何らかの変化、例えば、栄養素の有無または温度の変化等に応じて、それらの制御下にあるＤＮＡから増加レベルの転写を開始する。一方、構成性プロモーターは、それらが作動可能に連結した遺伝子を、均一に、すなわち、遺伝子発現をほとんどまたはまったく制御せずに、転写する。様々な潜在的宿主細胞によって認識される多数のプロモーターが周知である。好適なプロモーターは、制限酵素消化によってソースＤＮＡからプロモーターを除去し、ベクター内に所望のプロモーター配列を挿入することによって、本発明のＳＴ２抗原結合タンパク質を含む重鎖または軽鎖をコードするＤＮＡに作動可能に連結される。
酵母宿主とともに用いるのに好適なプロモーターもまた、当該技術分野において周知である。酵母エンハンサーは、酵母プロモーターとともに有利に用いられる。哺乳動物宿主細胞とともに用いるのに好適なプロモーターが周知であり、それらは、限定されないが、ポリオーマウイルス、鶏痘ウイルス、アデノウイルス（アデノウイルス２等）、ウシパピローマウイルス、鳥肉腫ウイルス、サイトメガロウイルス、レトロウイルス、Ｂ型肝炎ウイルス、そして最も好ましくはサルウイルス４０（ＳＶ４０）等のウイルスのゲノムから得られるものを含む。他の好適な哺乳動物プロモーターは、異種哺乳動物プロモーター、例えば、熱ショックプロモーターおよびアクチンプロモーターを含む。
対象となり得るさらなるプロモーターは、限定されないが、ＳＶ４０初期プロモーター（Ｂｅｎｏｉｓｔ ａｎｄ Ｃｈａｍｂｏｎ，１９８１，Ｎａｔｕｒｅ ２９０：３０４−３１０）；ＣＭＶプロモーター（Ｔｈｏｒｎｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，１９８４，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８１：６５９−６６３）；ラウス肉腫ウイルスの３’末端長反復配列に含有されるプロモーター（Ｙａｍａｍｏｔｏ ｅｔ ａｌ．，１９８０，Ｃｅｌｌ ２２：７８７−７９７）；ヘルペスチミジンキナーゼプロモーター（Ｗａｇｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，１９８１，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．７８：１４４４−１４４５）；メタロチオネイン遺伝子由来のプロモーターおよび制御配列（Ｐｒｉｎｓｔｅｒ ｅｔ ａｌ．，１９８２，Ｎａｔｕｒｅ ２９６：３９−４２）；およびβラクタマーゼプロモーター等の原核生物プロモーター（Ｖｉｌｌａ−Ｋａｍａｒｏｆｆ ｅｔ ａｌ．，１９７８，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．７５：３７２７−３７３１）；またはｔａｃプロモーター（ＤｅＢｏｅｒ ｅｔ ａｌ．，１９８３，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８０：２１−２５）を含む。同じく対象となるのは、組織特異性を示し、トランスジェニック動物において利用されてきた以下の動物転写制御領域である：膵臓腺房細胞において活性なエラスターゼＩ遺伝子制御領域（Ｓｗｉｆｔ ｅｔ ａｌ．，１９８４，Ｃｅｌｌ ３８：６３９−６４６；Ｏｒｎｉｔｚ ｅｔ ａｌ．，１９８６，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｓｙｍｐ．Ｑｕａｎｔ．Ｂｉｏｌ．５０：３９９−４０９；ＭａｃＤｏｎａｌｄ，１９８７，Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ ７：４２５−５１５）；膵臓β細胞において活性なインスリン遺伝子制御領域（Ｈａｎａｈａｎ，１９８５，Ｎａｔｕｒｅ ３１５：１１５−１２２）；リンパ系細胞において活性な免疫グロブリン遺伝子制御領域（Ｇｒｏｓｓｃｈｅｄｌ ｅｔ ａｌ．，１９８４，Ｃｅｌｌ ３８：６４７−６５８；Ａｄａｍｅｓ ｅｔ ａｌ．，１９８５，Ｎａｔｕｒｅ ３１８：５３３−５３８；Ａｌｅｘａｎｄｅｒ ｅｔ ａｌ．，１９８７，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．７：１４３６−１４４４）；精巣細胞、乳房細胞、リンパ系細胞、およびマスト細胞において活性なマウス乳腺腫瘍ウイルス制御領域（Ｌｅｄｅｒ ｅｔ ａｌ．，１９８６，Ｃｅｌｌ ４５：４８５−４９５）；肝臓において活性なアルブミン遺伝子制御領域（Ｐｉｎｋｅｒｔ ｅｔ ａｌ．，１９８７，Ｇｅｎｅｓ ａｎｄ Ｄｅｖｅｌ．１：２６８−２７６）；肝臓において活性なαフェトプロテイン遺伝子制御領域（Ｋｒｕｍｌａｕｆ ｅｔ ａｌ．，１９８５，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．５：１６３９−１６４８；Ｈａｍｍｅｒ ｅｔ ａｌ．，１９８７，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５３：５３−５８）；肝臓において活性なα１アンチトリプシン遺伝子制御領域（Ｋｅｌｓｅｙ ｅｔ ａｌ．，１９８７，Ｇｅｎｅｓ ａｎｄ Ｄｅｖｅｌ．１：１６１−１７１）；骨髄性細胞において活性なβグロビン遺伝子制御領域（Ｍｏｇｒａｍ ｅｔ ａｌ．，１９８５，Ｎａｔｕｒｅ ３１５：３３８−３４０；Ｋｏｌｌｉａｓ ｅｔ ａｌ．，１９８６，Ｃｅｌｌ ４６：８９−９４）；脳内のオリゴデンドロサイト細胞において活性なミエリン塩基性タンパク質遺伝子制御領域（Ｒｅａｄｈｅａｄ ｅｔ ａｌ．，１９８７，Ｃｅｌｌ ４８：７０３−７１２）；骨格筋において活性なミオシン軽鎖−２遺伝子制御領域（Ｓａｎｉ，１９８５，Ｎａｔｕｒｅ ３１４：２８３−２８６）；および視床下部において活性な性腺刺激ホルモン放出ホルモン遺伝子制御領域（Ｍａｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，１９８６，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３４：１３７２−１３７８）。
より高次の真核生物による、本発明のＳＴ２抗原結合タンパク質を構成する軽鎖または重鎖をコードするＤＮＡの転写を増加させるために、エンハンサー配列がベクターへと挿入されてもよい。エンハンサーは、通常、約１０〜３００ｂｐの長さの、ＤＮＡのシス作用性要素であり、プロモーターに作用して転写を増加させる。エンハンサーは、比較的、配向および位置独立性であり、転写単位の５’および３’側の両方の位置で見出されている。哺乳動物遺伝子から入手可能ないくつかのエンハンサー配列が既知である（例えば、グロビン、エラスターゼ、アルブミン、αフェトプロテイン、およびインスリン）。しかしながら、典型的には、ウイルス由来のエンハンサーが用いられる。当該技術分野で既知のＳＶ４０エンハンサー、サイトメガロウイルス初期プロモーター・エンハンサー、ポリオーマエンハンサー、およびアデノウイルスエンハンサーは、真核生物プロモーター活性化のための例示的な促進要素である。エンハンサーは、コード配列の５’または３’のいずれかでベクター中に配置されてもよいが、典型的には、プロモーターの５’部位に位置する。抗体の細胞外分泌を促進するために、適切な天然または異種シグナル配列（リーダー配列またはシグナルペプチド）をコードする配列を発現ベクター内に取り込むことができる。シグナルペプチドまたはリーダーの選択は、抗体が産生される宿主細胞の種類に依存し、異種シグナル配列が天然シグナル配列に取って代わることができる。哺乳動物宿主細胞において機能的であるシグナルペプチドの例として、以下が挙げられる：米国特許第４，９６５，１９５号に記載されるインターロイキン７（ＩＬ−７）のシグナル配列；Ｃｏｓｍａｎ ｅｔ ａｌ．，１９８４，Ｎａｔｕｒｅ ３１２：７６８に記載されるインターロイキン２受容体のシグナル配列；欧州特許第０３６７ ５６６号に記載されるインターロイキン４受容体シグナルペプチド；米国特許第４，９６８，６０７号に記載されるＩ型インターロイキン１受容体シグナルペプチド；欧州特許第０ ４６０ ８４６号に記載されるＩＩ型インターロイキン１受容体シグナルペプチド。
ベクターは、ベクターが宿主細胞ゲノムに組み込まれた時に発現を促進する１つ以上の要素を含有してもよい。例として、ＥＡＳＥ要素（Ａｌｄｒｉｃｈ ｅｔ ａｌ．２００３ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ Ｐｒｏｇ．１９：１４３３−３８）およびマトリックス付着領域（ＭＡＲ）が挙げられる。ＭＡＲは、クロマチン構造の組織化を媒介し、統合されたベクターを「位置」効果から遮蔽し得る。よって、ＭＡＲは、安定した形質転換体を作製するためにベクターが使用される場合に特に有用である。多数の天然および合成ＭＡＲ含有核酸が当該技術分野において既知である（例えば、米国特許第６，２３９，３２８号、同第７，３２６，５６７号、同第６，１７７，６１２号、同第６，３８８，０６６号、同第６，２４５，９７４号、同第７，２５９，０１０号、同第６，０３７，５２５号、同第７，４２２，８７４号、同第７，１２９，０６２号）。
本発明の発現ベクターは、市販のベクター等の開始ベクターから構築されてもよい。そのようなベクターは、所望のフランキング配列の全てを含有してもまたは含有しなくてもよい。本明細書に記載されるフランキング配列のうちの１つ以上がまだベクターに存在しない場合、それらを個別に得て、ベクターに結合させてもよい。フランキング配列の各々を得るために使用される方法は、当業者に周知である。
ベクターが構築されて、ＳＴ２抗原に結合する配列を構成する軽鎖、重鎖、または軽鎖および重鎖をコードする核酸分子がベクターの適当な部位に挿入された後、増幅および／またはポリペプチド発現のために、完成したベクターが好適な宿主細胞に挿入されてもよい。ＳＴ２抗原結合タンパク質の発現ベクターの選択された宿主細胞への形質転換は、トランスフェクション、感染、リン酸カルシウム共沈、エレクトロポレーション、マイクロインジェクション、リポフェクション、ＤＥＡＥ−デキストラン仲介トランスフェクション、または他の既知の技術を含む周知の方法によって達成することができる。選択される方法は、一部、用いられる宿主細胞の種類に依存するであろう。これらの方法および他の好適な方法は、当業者に周知であり、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，２００１（上記参照）に記載される。
宿主細胞は、適切な条件下で培養するとＳＴ２抗原結合タンパク質を合成するが、それは、後に培地から回収することができるか（宿主細胞が該タンパク質を培地内に分泌する場合）、またはそれを産生している宿主細胞から直接回収することができる（該タンパク質が分泌されない場合）。適切な宿主細胞の選択は、所望の発現レベル、活性に望ましいかまたは必要なポリペプチド修飾（グリコシル化またはリン酸化等）、および生物学的に活性な分子への折り畳みやすさ等の種々の要因に依存する。宿主細胞は、真核生物または原核生物であり得る。
発現のための宿主として利用可能な哺乳動物細胞系は、当該技術分野において周知であり、限定されないが、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ）から入手可能な不死化細胞系、および本発明の組換えポリペプチドを作製するために用いることができる当該技術分野で既知の発現系において使用される任意の細胞系を含む。一般的に、宿主細胞は、所望の抗ＳＴ２抗体ポリペプチドをコードするＤＮＡを含む組換え発現ベクターで形質転換させる。中でも、原核細胞、酵母細胞、またはより高次の真核細胞が、利用され得る宿主細胞である。原核生物は、グラム陰性細菌またはグラム陽性細菌、例えば、大腸菌または桿菌を含む。より高次の真核細胞は、昆虫細胞および哺乳動物起源の樹立された細胞系を含む。好適な哺乳動物宿主細胞の例として、サル腎細胞のＣＯＳ−７株（ＡＴＣＣ ＣＲＬ １６５１）（Ｇｌｕｚｍａｎ ｅｔ ａｌ．，１９８１， Ｃｅｌｌ ２３：１７５）、Ｌ細胞、２９３細胞、Ｃ１２７細胞、３Ｔ３細胞（ＡＴＣＣ ＣＣＬ １６３）、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、またはそれらの誘導体、例えば、無血清培地で増殖するＶｅｇｇｉｅ ＣＨＯおよび関連細胞系（Ｒａｓｍｕｓｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，１９９８，Ｃｙｔｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ２８：３１）、ＨｅＬａ細胞、ＢＨＫ（ＡＴＣＣ ＣＲＬ １０）細胞系、ＭｃＭａｈａｎ ｅｔ ａｌ．，１９９１，ＥＭＢＯ Ｊ．１０：２８２１に記載されるようなアフリカミドリザル腎細胞系ＣＶＩに由来するＣＶＩ／ＥＢＮＡ 細胞系（ＡＴＣＣ ＣＣＬ ７０）、ヒト胎児腎細胞、例えば、２９３、２９３ ＥＢＮＡ、またはＭＳＲ ２９３、ヒト表皮Ａ４３１細胞、ヒトＣｏｌｏ２０５細胞、他の形質転換された霊長類細胞系、正常２倍体細胞、一時組織のｉｎ ｖｉｔｒｏ培養に由来する細胞株、一次外移植片、ＨＬ−６０、Ｕ９３７、ＨａＫもしくはＪｕｒｋａＴ細胞が挙げられる。任意選択的に、様々なシグナル伝達またはレポーターアッセイにおいてポリペプチドを使用することが望ましい場合、例えば、ＨｅｐＧ２／３Ｂ、ＫＢ、ＮＩＨ ３Ｔ３、またはＳ４９等の哺乳動物細胞系を、ポリペプチドの発現に用いることができる。代替として、酵母等の低次真核生物または細菌等の原核生物においてポリペプチドを産生することが可能である。好適な酵母は、サッカロミセス・セレビシエ、シゾサッカロミセス・ポンベ、クリベロミセス株、カンジダ、または異種ポリペプチドを発現することができるあらゆる酵母株を含む。好適な細菌株は、大腸菌、枯草菌、ネズミチフス菌、または異種ポリペプチドを発現することができるあらゆる細菌株を含む。ポリペプチドが酵母または細菌中で作製される場合、機能的なポリペプチドを得るために、例えば、適切な部位のリン酸化またはグリコシル化によって、そこで産生されるポリペプチドを修飾することが望ましいかもしれない。そのような共有結合的な結合は、既知の化学的または酵素的方法を用いて達成することができる。また、ポリペプチドは、本発明の単離された核酸を、１つ以上の昆虫発現ベクターの好適な制御配列に作動可能に連結し、昆虫発現系を利用することによって産生させることもできる。バキュロウイルス／昆虫細胞発現系の材料および方法は、例えば、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆ．，Ｕ．Ｓ．Ａ．からキットの形態で市販されており（ＭａｘＢａｃ（登録商標）キット）、そのような方法は、Ｓｕｍｍｅｒｓ ａｎｄ Ｓｍｉｔｈ， Ｔｅｘａｓ Ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔ Ｓｔａｔｉｏｎ Ｂｕｌｌｅｔｉｎ Ｎｏ． １５５５ （１９８７）およびＬｕｃｋｏｗ ａｎｄ Ｓｕｍｍｅｒｓ，Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ６：４７（１９８８）によって記載されるように、当該技術分野において周知である。本明細書に開示される核酸構築物に由来するＲＮＡを用いてポリペプチドを産生するために、無細胞翻訳系も利用することができる。細菌、真菌、酵母、および哺乳動物細胞宿主とともに使用するための適切なクローニングおよび発現ベクターは、Ｐｏｕｗｅｌｓ ｅｔ ａｌ．（Ｃｌｏｎｉｎｇ Ｖｅｃｔｏｒｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｅｌｓｅｖｉｅｒ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９８５）に記載されている。好ましくは、少なくとも１つの発現制御配列に作動可能に連結された、本発明の単離された核酸を含む宿主細胞は、「組換え宿主細胞」である。
ある特定の実施形態において、どの細胞系が高い発現レベルを有し、ＳＴ２結合特性を有する抗原結合タンパク質を構成的に産生するかを決定することにより、細胞系が選択され得る。別の実施形態において、それ自体の抗体は作製しないが、異種抗体を作製および分泌する能力を有するＢ細胞系列由来の細胞系が選択されてもよい。
細胞を枯渇させるＳＴ２抗原結合タンパク質
好ましい実施形態において、ＳＴ２抗原結合タンパク質は、ＳＴ２に結合してＩＬ−３３の結合を阻害し、それによってＳＴ２を発現する細胞においてＩＬ−３３によって媒介されるシグナル伝達を低下させる。しかしながら、ある特定の実施形態において、ＳＴ２抗原結合タンパク質は、枯渇のために、ＳＴ２に結合し、ＳＴ２を発現する細胞を標的とする。当然、ＳＴ２抗原結合タンパク質は、枯渇のために、ＩＬ−３３の結合を阻害し、ＳＴ２細胞を標的としてもよい。
細胞を枯渇させるＳＴ２抗原結合タンパク質は、ＳＴ２の過剰発現と関連する疾患、例えば、炎症性疾患またはＳＴ２を発現する腫瘍を治療するのに特に有用である。抗原結合タンパク質、例えば、抗体を用いて細胞を標的とする方法は、当該技術分野において周知である。例示的な実施形態は、後に記載する。
抗体薬物コンジュゲート
本発明の実施形態は、抗体薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）を含む。通常、ＡＤＣは、化学療法剤、例えば、細胞傷害性剤、細胞増殖抑制剤、毒素、または放射性薬剤にコンジュゲートした抗体を含む。薬物を抗体にコンジュゲートするためにリンカー分子を用いることができる。ＡＤＣ技術において有用な多様なリンカーおよび薬物が、当該技術分野で既知であり、本発明の実施形態において使用され得る。（米国特許出願公開第２００９００２８８５６号；同第２００９／０２７４７１３号；同第２００７／００３１４０２号；国際公開第ＷＯ２００５／０８４３９０号；同第ＷＯ２００９／０９９７２８号；米国特許第５２０８０２０号；同第５４１６０６４号；同第５４７５０９２号；５５８５４９９号；６４３６９３１号；６３７２７３８号；および６３４０７０１号（参照により、全て本明細書に組み込まれる）を参照のこと）。
リンカー
ある特定の実施形態において、ＡＤＣは、１つ以上のリンカー成分から構成されるリンカーを含む。例示的なリンカー成分は、６−マレイミドカプロイル、マレイミドプロパノイル、バリン−シトルリン、アラニン−フェニルアラニン、ｐ−アミノベンジルオキシカルボニル、ならびに、限定されないが、Ｎ−スクシンイミジル４−（２−ピリジルチオ）ペンタノエート（「ＳＰＰ」）、Ｎ−スクシンイミジル４−（Ｎ−マレイミドメチル）シクロヘキサン−１カルボキシレート（「ＳＭＣＣ」、本明細書において「ＭＣＣ」とも称される）、およびＮ−スクシンイミジル（４−ヨード−アセチル）アミノ安息香酸（「ＳＩＡＢ」）を含むリンカー試薬とのコンジュゲーションから生じるものを含む。
リンカーは、「切断可能な」リンカーまたは「切断不可能な」リンカーであり得る（Ｄｕｃｒｙ ａｎｄ Ｓｔｕｍｐ，Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ Ｃｈｅｍ．２０１０，２１，５−１３：参照により、その全体が本明細書に組み込まれる）。切断可能なリンカーは、特定の環境因子に供された時、例えば、標的細胞に内部移行された時に、薬物を放出するように設計される。切断可能なリンカーは、酸に不安定なリンカー、プロテアーゼ感受性リンカー、光解離性リンカー、ジメチルリンカー、またはジスルフィド含有リンカーを含む。切断不可能なリンカーは、標的細胞による内部移行および標的細胞内の分解の際に、抗体の少なくとも１つのアミノ酸および薬物と共有結合的に会合した状態に留まる傾向がある。例示的な切断不可能なリンカーは、ＭＣＣである。
薬物
ある特定の実施形態において、抗体は、化学療法剤とコンジュゲートする。化学療法剤の例として、アルキル化剤、例えば、チオテパおよびシクロホスファミド（ＣＹＴＯＸＡＮ．ＴＭ．）；スルホン酸アルキル、例えば、ブスルファン、インプロスルファン、およびピポスルファン；アジリジン、例えば、ベンゾドーパ、カルボコン、メツレドーパ、およびウレドーパ；アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホルアミド、トリエチレンチオホスホルアミド、およびトリメチロールメラミンを含む、エチレンイミンおよびメチルアメラミン；アセトゲニン（特にブラタシンおよびブラタシノン）；カンプトテシン（合成類似体トポテカンを含む）；ブリオスタチン；カリスタチン；ＣＣ−１０６５（そのアドゼレシン、カルゼレシン、およびビゼレシン合成類似体を含む）；クリプトフィシン（特に、クリプトフィシン１およびクリプトフィシン８）；ドラスタチン；デュオカルマイシン（合成類似体、ＫＷ−２１８９およびＣＢＩ−ＴＭＩを含む）；エリュテロビン；パンクラチスタチン；サルコディクチン；スポンジスタチン；ナイトロジェンマスタード、例えば、クロラムブシル、クロルナファジン、チョロホスファミド（ｃｈｏｌｏｐｈｏｓｐｈａｍｉｄｅ）、エストラムスチン；イホスファミド、メクロレタミン、メクロレタミンオキシド塩酸塩、メルファラン、ノベムビシン；フェネステリン、プレドニムスチン、トロホスファミド、ウラシルマスタード；ニトロソウレア、例えば、カルムスチン、クロロゾトシン、ホテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、およびラニムスチン；抗生物質、例えば、エンジイン系抗生物質（例えば、カリケアマイシン、特に、カリケアマイシンγ１、およびカリケアマイシンθＩ（例えば、Ａｎｇｅｗ Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔｌ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．３３：１８３−１８６（１９９４）を参照）；ダイネマイシンＡを含むダイネマイシン；エスペラマイシン；ならびにネオカルチノスタチンクロモフォアおよび関連するクロモプロテイン系エンジイン抗生物質クロモフォア）、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、アントラマイシン、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン、カルミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６−ジアゾ−５−オキソ−Ｌ−ノルロイシン、ドキソルビシン（モルホリノ−ドキソルビシン，シアノモルホリノ−ドキソルビシン、２−ピロリノ−ドキソルビシン、およびデオキシドキソルビシンを含む）、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシン、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン、ピューロマイシン、クエラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、ゾルビシン；代謝拮抗物質、例えば、メトトレキサートおよび５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）；葉酸類似体、例えば、デノプテリン、メトトレキサート、プテロプテリン、トリメトレキサート；プリン類似体、例えば、フルダラビン、６−メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニン；ピリミジン類似体、例えば、アンシタビン、アザシチジン、６−アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロクスウリジン、５−ＦＵ；アンドロゲン、例えば、カルステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトン；抗副腎剤、例えば、アミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタン；葉酸補充剤、例えば、フロリン酸；アセグラトン；アルドホスファミドグリコシド；アミノレブリン酸；アムサクリン；ベストラブシル；ビスアントレン；エダトレキサート；デフォファミン；デメコルシン；ジアジクオン；エルフォルニチン（ｅｌｆｏｍｉｔｈｉｎｅ）；酢酸エリプチニウム；エポチロン；エトグルシド；硝酸ガリウム；ヒドロキシウレア；レンチナン；ロニダミン；マイタンシノイド、例えば、メイタンシンおよびアンサマイトシン；ミトグアゾン；ミトキサントロン；モピダモール；ニトラクリン；ペントスタチン；フェナメット；ピラルビシン；ポドフィリン酸；２−エチルヒドラジド；プロカルバジン；ＰＳＫ．ＲＴＭ．；ラゾキサン；リゾキシン；シゾフラン；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリアジクオン；２，２’，２’’−トリクロロトリエチルアミン；トリコテセン（特に、Ｔ−２毒素、ベラクリンＡ、ロリジンＡ、およびアングイジン）；ウレタン；ビンデシン；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン；アラビノシド（「Ａｒａ−Ｃ」）；シクロホスファミド；チオテパ；タキソイド、例えば、パクリタキセル（ＴＡＸＯＬ．ＴＭ．、Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ、Ｐｒｉｎｃｅｔｏｎ，Ｎ．Ｊ．）およびドセタキセル（ＴＡＸＯＴＥＲＥ．ＲＴＭ．，Ｒｈｏｎｅ−Ｐｏｕｌｅｎｃ Ｒｏｒｅｒ、Ａｎｔｏｎｙ，Ｆｒａｎｃｅ）；クロラムブシル；ゲムシタビン；６−チオグアニン；メルカプトプリン；メトトレキサート；白金類似体、例えば、シスプラチンおよびカルボプラチン；ビンブラスチン；白金；エトポシド（ＶＰ−１６）；イホスファミド；マイトマイシンＣ；ミトキサントロン；ビンクリスチン；ビノレルビン；ナベルビン；ノバントロン；テニポシド；ダウノマイシン；アミノプテリン；ゼローダ；イバンドロネート；ＣＰＴ−１１；トポイソメラーゼ阻害剤ＲＦＳ２０００；ジフルオロメチルオルニチン（ｄｉｆｌｕｏｒｏｍｅｔｈｙｌｏｍｉｔｈｉｎｅ）（ＤＭＦＯ）；レチノイン酸；カペシタビン；ならびに上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸、または誘導体が挙げられる。また、腫瘍に対するホルモンの作用を調節または阻害するように作用する抗ホルモン剤、例えば、抗エストロゲン薬（例えば、タモキシフェン、ラロキシフェン、アロマターゼ阻害４（５）−イミダゾール、４−ヒドロキシタモキシフェン、トリオキシフェン、ケオキシフェン、ＬＹ１１７０１８、オナプリストン、およびトレミフェン（フェアストン）を含む）；ならびに抗アンドロゲン薬、例えば、フルタミド、ニルタミド、ビカルタミド、リュープロリド、およびゴセレリン；ｓｉＲＮＡ、および上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸、または誘導体も、この定義に含まれる。本発明とともに用いることができる他の化学療法剤は、米国特許出願公開第２００８０１７１０４０号または同第２００８０３０５０４４号に開示され、参照により、それらの全体が本明細書に組み込まれる。
抗体が２つ以上の異なる化学療法剤にコンジュゲートされ得ること、または薬学的組成物が抗体の混合物を含んでもよいことが企図され、その場合、抗体成分は、異なる化学療法剤にコンジュゲートしていることを除いて同一である。そのような実施形態は、標的細胞を有する複数の生物学的経路を標的とするために有用であり得る。
好ましい実施形態において、ＡＤＣは、チューブリン重合を阻害することによって作用する有糸分裂阻害剤である１つ以上のマイタンシノイド分子にコンジュゲートした抗体を含む。種々の変更例を含むマイタンシノイドは、米国特許第３８９６１１１号；同第４１５１０４２号；同第４１３７２３０号；同第４２４８８７０号；同第４２５６７４６号；同第４２６０６０８号；同第４２６５８１４号；同第４２９４７５７号；同第４３０７０１６号；同第４３０８２６８号；同第４３０９４２８号；同第４３１３９４６号；同第４３１５９２９号；同第４３１７８２１号；同第４３２２３４８号；同第４３３１５９８号；同第４３６１６５０号；同第４３６４８６６号；同第４４２４２１９号；同第４４５０２５４号；同第４３６２６６３号；同第４３７１５３３号、および国際公開第ＷＯ２００９／０９９７２８号に記載される。マイタンシノイド薬物部分は、天然の源から単離することができるか、組換え技術を用いて産生させることができるか、または合成的に調製することができる。例示的なマイタンシノイドは、Ｃ−１９−デクロロ（米国特許第４２５６７４６号）、Ｃ−２０−ヒドロキシ（またはＣ−２０−デメチル）＋／−Ｃ−１９−デクロロ（米国特許第４３０７０１６号および４３６１６５０号）、Ｃ−２０−デメトキシ（またはＣ−２０−アシルオキシ（−ＯＣＯＲ）、＋／−デクロロ（米国特許第４２９４７５７号）、Ｃ−９−ＳＨ（米国特許第４，４２４，２１９号）、Ｃ−１４−アルコキシメチル（デメトキシ／ＣＨ２ＯＲ）（米国特許第４，３３１，５９８号）、Ｃ−１４−ヒドロキシメチルまたはアシルオキシメチル（ＣＨ２ＯＨまたはＣＨ２ＯＡｃ）（米国特許第４，４５０，２５４号）、Ｃ−１５−ヒドロキシ／アシルオキシ（米国特許第４，３６４，８６６号）、Ｃ−１５−メトキシ（米国特許第４，３１３，９４６号および４，３１５，９２９号）、Ｃ−１８−Ｎ−デメチル（米国特許第４，３６２，６６３号および４，３２２，３４８号）、ならびに４，５−デオキシ（米国特許第４，３７１，５３３号）を含む。
所望される結合の種類に応じて、マイタンシノイド化合物上の種々の位置が結合位置として用いられ得る。例えば、エステル結合を形成する場合、ヒドロキシル基を有するＣ−３位、ヒドロキシメチル（ｈｙｄｒｏｚｙｍｅｔｈｙｌ）で修飾されたＣ−１４位、ヒドロキシル基で修飾されたＣ−１５位、およびヒドロキシル基を有するＣ−２０位が、全て好適である（米国特許第５２０８０２０号、ＲＥ３９１５１、および６９１３７４８号；米国特許出願公開第２００６０１６７２４５号および同第２００７００３７９７２号、ならびに国際公開第ＷＯ２００９０９９７２８号）。
好ましいマイタンシノイドは、当該技術分野においてＤＭ１、ＤＭ３、およびＤＭ４として知られるものを含む（米国特許出願公開第２００９０３０９２４号および同第２００５０２７６８１２号、参照により組み込まれる）。
マイタンシノイドを含有するＡＤＣ、そのようなＡＤＣを作製する方法、およびそれらの治療上の用途は、米国特許第５２０８０２０号および同第５４１６０６４号、米国特許出願公開第２００５０２７６８１２号、ならびに国際公開第ＷＯ２００９０９９７２８号（全て参照により本明細書に組み込まれる）に開示されている。マイタンシノイドＡＤＣを作製するために有用なリンカーは、当該技術分野で既知である（米国特許第５２０８０２０号および米国特許出願公開第２００５０１６９９３号および同第２００９０２７４７１３号、全て参照により本明細書に組み込まれる）。ＳＭＣＣリンカーを含むマイタンシノイドＡＤＣは、米国特許公開第２００５／０２７６８１２号に開示されるように調製されてもよい。
エフェクター機能増強抗体
抗体のＦｃ部分の機能の１つは、抗体がその標的に結合した時に免疫系に連絡することである。これは、「エフェクター機能」と見なされる。連絡は、抗体依存性細胞傷害（ＡＤＣＣ）、抗体依存性細胞食作用（ＡＤＣＰ）、および／または補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）を引き起こす。ＡＤＣＣおよびＡＤＣＰは、免疫系の細胞の表面上にあるＦｃ受容体にＦｃが結合することによって媒介される。ＣＤＣは、Ｆｃと、補体系のタンパク質、例えばＣ１ｑとの結合によって媒介される。
ＩｇＧサブクラスは、それらの間でエフェクター機能を媒介する能力が異なる。例えば、ＩｇＧ１は、ＡＤＣＣおよびＣＤＣの媒介においてＩｇＧ２およびＩｇＧ４よりもはるかに優れている。したがって、ＳＴ２を発現する細胞が破壊の標的とされる実施形態では、抗ＳＴ２ ＩｇＧ１抗体が好ましいであろう。
抗体のエフェクター機能は、Ｆｃに１つ以上の変異を導入することによって増加または低下させることができる。本発明の実施形態は、エフェクター機能を増加させるように遺伝子操作されたＦｃを有する抗原結合タンパク質、例えば、抗体を含む（米国特許第７，３１７，０９１号およびＳｔｒｏｈｌ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．，２０：６８５−６９１，２００９；両方とも、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）。エフェクター機能を増加させる例示的なＩｇＧ１ Ｆｃ分子は以下の置換を有するものを含む（Ｋａｂａｔ付番スキームに基づく）： Ｓ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ
Ｓ２３９Ｄ／Ａ３３０Ｓ／Ｉ３３２Ｅ
Ｓ２３９Ｄ／Ａ３３０Ｌ／Ｉ３３２Ｅ
Ｓ２９８Ａ／Ｄ３３３Ａ／Ｋ３３４Ａ
Ｐ２４７Ｉ／Ａ３３９Ｄ
Ｐ２４７Ｉ／Ａ３３９Ｑ
Ｄ２８０Ｈ／Ｋ２９０Ｓ
Ｄ２８０Ｈ／Ｋ２９０Ｓ／Ｓ２９８Ｄ
Ｄ２８０Ｈ／Ｋ２９０Ｓ／Ｓ２９８Ｖ
Ｆ２４３Ｌ／Ｒ２９２Ｐ／Ｙ３００Ｌ
Ｆ２４３Ｌ／Ｒ２９２Ｐ／Ｙ３００Ｌ／Ｐ３９６Ｌ
Ｆ２４３Ｌ／Ｒ２９２Ｐ／Ｙ３００Ｌ／Ｖ３０５Ｉ／Ｐ３９６Ｌ
Ｇ２３６Ａ／Ｓ２３９Ｄ／Ｉ３３２Ｅ
Ｋ３２６Ａ／Ｅ３３３Ａ
Ｋ３２６Ｗ／Ｅ３３３Ｓ
Ｋ２９０Ｅ／Ｓ２９８Ｇ／Ｔ２９９Ａ
Ｋ２９０Ｎ／Ｓ２９８Ｇ／Ｔ２９９Ａ
Ｋ２９０Ｅ／Ｓ２９８Ｇ／Ｔ２９９Ａ／Ｋ３２６Ｅ
Ｋ２９０Ｎ／Ｓ２９８Ｇ／Ｔ２９９Ａ／Ｋ３２６Ｅ
本発明のさらなる実施形態は、エフェクター機能を低下させるように遺伝子操作されたＦｃを有する抗原結合タンパク質、例えば、抗体を含む。エフェクター機能を低下させる例示的なＦｃ分子は、以下の置換を有するものを含む（Ｋａｂａｔ付番スキームに基づく）：
Ｎ２９７Ａ （ＩｇＧ１）
Ｌ２３４Ａ／Ｌ２３５Ａ （ＩｇＧ１）
Ｖ２３４Ａ／Ｇ２３７Ａ （ＩｇＧ２）
Ｌ２３５Ａ／Ｇ２３７Ａ／Ｅ３１８Ａ （ＩｇＧ４）
Ｈ２６８Ｑ／Ｖ３０９Ｌ／Ａ３３０Ｓ／Ａ３３１Ｓ （ＩｇＧ２）
Ｃ２２０Ｓ／Ｃ２２６Ｓ／Ｃ２２９Ｓ／Ｐ２３８Ｓ （ＩｇＧ１）
Ｃ２２６Ｓ／Ｃ２２９Ｓ／Ｅ２３３Ｐ／Ｌ２３４Ｖ／Ｌ２３５Ａ （ＩｇＧ１）
Ｌ２３４Ｆ／Ｌ２３５Ｅ／Ｐ３３１Ｓ （ＩｇＧ１）
Ｓ２６７Ｅ／Ｌ３２８Ｆ （ＩｇＧ１）
ＩｇＧ Ｆｃ含有タンパク質のエフェクター機能を増加させる別の方法は、Ｆｃのフコシル化を減少させることによるものである。Ｆｃに結合した二分岐複合型オリゴ糖からコアフコースを除去することにより、抗原結合またはＣＤＣのエフェクター機能を変化させることなく、ＡＤＣＣのエフェクター機能を大きく増加させた。Ｆｃ含有分子、例えば抗体のフコシル化を減少させるかまたは無効にするためのいくつかの方法が知られている。これらは、ＦＵＴ８ノックアウト細胞系、多様体ＣＨＯ系Ｌｅｃ１３、ラットハイブリドーマ細胞系ＹＢ２／０、ＦＵＴ８遺伝子を特異的に標的とする低分子干渉ＲＮＡを含む細胞系、およびβ−１，４−Ｎ−アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼＩＩＩおよびゴルジαマンノシダーゼＩＩを共発現する細胞系を含む、特定の哺乳動物細胞系における組換え発現を含む。代替として、Ｆｃ含有分子は、植物細胞、酵母、または原核細胞等（例えば、大腸菌）などの非哺乳動物細胞において発現させてもよい。したがって、本発明のある特定の実施形態において、組成物は、フコシル化が減少しているかまたはフコシル化が完全に欠損した抗体、例えば、Ａｂ１、Ａｂ２、Ａｂ３、Ａｂ４、Ａｂ５、Ａｂ６、Ａｂ７、Ａｂ８、Ａｂ９、Ａｂ１０、またはＡｂ１１を含む。
薬学的組成物
いくつかの実施形態において、本発明は、治療有効量の１つまたは複数の本発明の抗原結合タンパク質を、薬学的に有効な希釈剤、担体、可溶化剤、乳化剤、防腐剤、および／またはアジュバントと一緒に含む薬学的組成物を提供する。ある特定の実施形態において、抗原結合タンパク質は抗体である。本発明の薬学的組成物は、限定されないが、液体、凍結、および凍結乾燥組成物を含む。
好ましくは、製剤材料は、用いられる投与量および濃度ではレシピエントに無毒である。具体的な実施形態において、治療有効量のＳＴ２抗原結合タンパク質、例えばＳＴ２結合抗体を含む薬学的組成物が提供される。
ある特定の実施形態において、薬学的組成物は、例えば、組成物のｐＨ、容量オスモル濃度、粘性、透明性、色、等張性、匂い、無菌性、安定性、該組成物の溶解もしくは放出、吸着もしくは浸透の速度を変更、維持、または保存するための製剤材料を含有してもよい。そのような実施形態において、好適な製剤材料は、限定されないが、アミノ酸（グリシン、グルタミン、アスパラギン、アルギニン、プロリン、もしくはリジン等）；抗菌剤；酸化防止剤（アスコルビン酸、亜硫酸ナトリウムもしくは亜硫酸水素ナトリウム等）；バッファ（ボレート、ビカーボネート、トリス−ＨＣｌ、シトレート、ホスフェート、もしくは他の有機酸等）；増量剤（マンニトールもしくはグリシン等）；キレート化剤（エチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）等）；錯化剤（カフェイン、ポリビニルピロリドン、βシクロデキストリンもしくはヒドロキシプロピル−βシクロデキストリン等）；充填剤；単糖類；二糖類；および他の炭水化物（グルコース、マンノース、もしくはデキストリン等）；タンパク質（血清アルブミン、ゼラチン、もしくは免疫グロブリン等）；着色剤、香味剤、および希釈剤；乳化剤；親水性ポリマー（ポリビニルピロリドン等）；低分子量ポリペプチド；塩形成対イオン（ナトリウム等）；防腐剤（塩化ベンザルコニウム、安息香酸、サリチル酸、チメロサール、フェネチルアルコール、メチルパラベン、プロピルパラベン、クロルヘキシジン、ソルビン酸、もしくは過酸化水素等）；溶媒（グリセリン、プロピレングリコール、もしくはポリエチレングリコール等）；糖アルコール（マンニトールもしくはソルビトール等）；懸濁化剤；界面活性剤もしくは湿潤剤（プルロニック、ＰＥＧ、ソルビタンエステル、ポリソルベート、例えば、ポリソルベート２０、ポリソルベート、トリトン、トロメタミン、レシチン、コレステロール、チロキサポール等）；安定性促進剤（スクロースまたはソルビトール等）；張度増強剤（アルカリ金属ハロゲン化物、好ましくは、塩化ナトリウムもしくは塩化カリウム、マンニトール、ソルビトール等）；送達ビヒクル；希釈剤；賦形剤および／または薬学的アジュバントが挙げられる。ＲＥＭＩＮＧＴＯＮ’Ｓ ＰＨＡＲＭＡＣＥＵＴＩＣＡＬ ＳＣＩＥＮＣＥＳ，１８“Ｅｄｉｔｉｏｎ，（Ａ．Ｒ．Ｇｅｎｒｍｏ，ｅｄ．），１９９０，Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏｍｐａｎｙを参照のこと。
ある特定の実施形態において、最適な薬学的組成物は、例えば、意図する投与経路、送達形態、および所望の投与量に応じて、当業者によって決定される。例えば、ＲＥＭＩＮＧＴＯＮ’Ｓ ＰＨＡＲＭＡＣＥＵＴＩＣＡＬ ＳＣＩＥＮＣＥＳ（上記参照）を参照のこと。ある特定の実施形態において、そのような組成物は、本発明の抗原結合タンパク質の物理的状態、安定性、ｉｎ ｖｉｖｏ放出の速度、およびｉｎ ｖｉｖｏクリアランスの速度に影響を及ぼし得る。ある特定の実施形態において、薬学的組成物中の一次ビヒクルまたは担体は、本質的に水性または非水性のいずれかであってもよい。例えば、好適切なビヒクルまたは担体は、非経口投与用の組成物に一般的な他の材料が場合によって補充された、注射用水、生理食塩水、または人工脳脊髄液であってもよい。中性緩衝食塩水または血清アルブミンと混合した食塩水は、さらなる例示的なビヒクルである。具体的な実施形態において、薬学的組成物は、約ｐＨ７．０〜８．５のトリス緩衝液または約ｐＨ４．０〜５．５の酢酸緩衝液を含み、さらにソルビトールまたはその好適な代替物を含み得る。本発明のある特定の実施形態において、ＳＴ２抗原結合タンパク質組成物は、所望の純度を有する選択された組成物と、任意選択的な配合剤（ＲＥＭＩＮＧＴＯＮ’Ｓ ＰＨＡＲＭＡＣＥＵＴＩＣＡＬ ＳＣＩＥＮＣＥＳ、上記参照）とを混合することによって、凍結乾燥ケーキまたは水溶液の形態で保存するために調製することができる。さらに、ある特定の実施形態において、ＳＴ２抗原結合タンパク質産物は、スクロース等の適切な賦形剤を用いて凍結乾燥物として製剤化されてもよい。
本発明の薬学的組成物は、非経口送達のために選択することができる。代替として、組成物は、吸入のため、または消化管を通した送達、例えば経口送達のために選択されてもよい。そのような薬学的に許容される組成物の調製は、当該技術分野の範囲内である。製剤成分は、投与の部位に許容される濃度で存在することが好ましい。ある特定の実施形態において、組成物を生理的ｐＨまたはやや低いｐＨに、典型的には約５〜約８のｐＨ範囲内に維持するために、バッファが用いられる。
非経口投与が企図される場合、本発明に使用される治療組成物は、薬学的に許容されるビヒクル中に所望のＳＴ２抗原結合タンパク質を含む、発熱物質を含まない非経口的に許容される水溶液の形態で提供されてもよい。非経口注射に特に好適なビヒクルは滅菌蒸留水であり、その中で、ＳＴ２抗原結合タンパク質が、無菌の等張液として製剤化され、適切に保存される。ある特定の実施形態において、調製は、所望の分子と、ある剤との、例えば、デポー注射によって送達され得る生成物の制御放出または徐放性放出を提供し得る注射用ミクロスフェア、生体内分解性粒子、ポリマー化合物（ポリ乳酸もしくはポリグリコール酸等）、ビーズまたはリポソームとの製剤化を含むことができる。ある特定の実施形態において、循環中の徐放期間を促進する効果を有するヒアルロン酸も用いられ得る。ある特定の実施形態において、移植可能な薬物送達デバイスを用いて所望の抗原結合タンパク質を導入してもよい。
本発明の薬学的組成物は、吸入用に製剤化することができる。これらの実施形態では、ＳＴ２抗原結合タンパク質は、乾燥した吸入可能な粉末として有利に製剤化される。具体的な実施形態において、ＳＴ２抗原結合タンパク質の吸入溶液も、エアロゾル送達のための噴霧剤とともに製剤化され得る。ある特定の実施形態において、溶液は噴霧されてもよい。したがって、肺投与および製剤化の方法は、参照によって組み込まれ、化学的に修飾されたタンパク質の肺送達について記載する、国際特許出願番号ＰＣＴ／ＵＳ９４／００１８７５号にさらに記載される。
製剤は、経口投与され得ることも企図される。この様式で投与されるＳＴ２抗原結合タンパク質は、錠剤およびカプセル等の固体剤形の調合に慣習的に使用される担体を用いてまたは用いずに製剤化することができる。ある特定の実施形態において、カプセルは、消化管内において、バイオアベイラビリティが最大となり、かつ全身前分解が最低となる時点で製剤の活性部分を放出するように設計することができる。ＳＴ２抗原結合タンパク質の吸収を促進するために、さらなる剤が含まれてもよい。希釈剤、香味剤、低融点ワックス、植物油、滑沢剤、懸濁化剤、錠剤崩壊剤、および結合剤も利用され得る。
徐放または制御送達製剤中にＳＴ２抗原結合タンパク質を含む製剤を含む、さらなる薬学的組成物が当業者に明白である。様々な他の徐放または制御送達手段、例えば、リポソーム担体、生体内分解性微小粒子または多孔性ビーズ、およびデポ−注射剤等を製剤化するための技術も当業者に既知である。例えば、参照によって組み込まれ、薬学的組成物の送達のための多孔性ポリマー微小粒子の制御放出について記載する、国際特許出願番号ＰＣＴ／ＵＳ９３／００８２９を参照のこと。徐放性調製物は、成形された物品、例えば、フィルムまたはマイクロカプセルの形態の、半透性のポリマーマトリックスを含んでもよい。徐放性のマトリックスは、ポリエステル、ヒドロゲル、ポリラクチド（各々が参照により組み込まれる米国特許第３，７７３，９１９号および欧州特許出願公開番号ＥＰ０５８４８１に開示されるような）、Ｌグルタミン酸およびγエチル−Ｌ−グルタミン酸塩のコポリマー（Ｓｉｄｍａｎ ｅｔ ａｌ．，１９８３，Ｂｉｏｐｏｌｙｍｅｒｓ ２：５４７−５５６）、ポリ（２−ヒドロキシエチル−メタクリレート）（Ｌａｎｇｅｒ ｅｔ
ａｌ．，１９８１，Ｊ．Ｂｉｏｍｅｄ．Ｍａｔｅｒ．Ｒｅｓ．１５：１６７−２７７、およびＬａｎｇｅｒ，１９８２，Ｃｈｅｍ．Ｔｅｃｈ．１２：９８−１０５）、エチレン酢酸ビニル（Ｌａｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，１９８１、上記参照）、またはポリ−Ｄ（−）−３−ヒドロキシ酪酸（欧州特許出願公開番号ＥＰ１３３，９８８）を含んでもよい。徐放性組成物はまた、当該技術分野で既知の任意のいくつかの方法のうちのいずれかによって調製され得るリポソームを含んでもよい。例えば、Ｅｐｐｓｔｅｉｎ ｅｔ ａｌ．，１９８５，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．８２：３６８８−３６９２；欧州特許出願公開番号ＥＰ０３６，６７６；同第ＥＰ０８８，０４６および同第ＥＰ１４３，９４９（参照により組み込まれる）を参照のこと。
ｉｎ ｖｉｖｏ投与のために使用される薬学的組成物は、典型的には滅菌調製物として提供される。滅菌は、滅菌濾過膜を通した濾過によって達成することができる。組成物が凍結乾燥される場合、この方法を用いた滅菌は、凍結乾燥および再構成の前または後のいずれかに行なわれ得る。非経口投与のための組成物は、凍結乾燥形態でまたは溶液で保存することができる。非経口組成物は、通常、無菌アクセスポートを有する容器、例えば、皮下注射針によって穿刺可能な栓を有する静脈注射用溶液用のバッグまたはバイアル中に入れられる。
本発明の態様は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる国際特許出願第ＷＯ０６１３８１８１Ａ２ （ＰＣＴ／ＵＳ２００６／０２２５９９）号に記載されるような、薬学的組成物として使用することができる自己緩衝ＳＴ２抗原結合タンパク質製剤を含む。
上述のように、ある特定の実施形態は、ＳＴ２抗原結合タンパク質のタンパク質組成物、具体的には、ＳＴ２抗原結合タンパク質に加えて、本項および本明細書の他の箇所で例示的に記載されるもの等の１つ以上の賦形剤を含む薬学的なＳＴ２抗原結合タンパク質組成物を提供する。この点において、賦形剤は、製剤の物理的、化学的、もしくは生物学的特性の調節（粘性の調節等）、および／または有効性を向上させるための本発明のプロセス、ならびに／または、例えば、製造中、出荷中、保存中、使用前調製中、投与中、およびその後に生じるストレスによる分解および損傷に対して、そのような製剤およびプロセスを安定させること等の、多様な目的のために本発明において使用することができる。
具体的には、特に、獣医学および／またはヒト医学的用途のためのタンパク質医薬品およびプロセスに関して、賦形剤および本発明による自己緩衝タンパク質製剤のための賦形剤のプロセスに関する部分において、Ａｒａｋａｗａ ｅｔ ａｌ．，“Ｓｏｌｖｅｎｔ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ ｉｎ ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ ｆｏｒｍｕｌａｔｉｏｎｓ，”Ｐｈａｒｍ Ｒｅｓ．８（３）：２８５−９１（１９９１）；Ｋｅｎｄｒｉｃｋ ｅｔ ａｌ．，“Ｐｈｙｓｉｃａｌ ｓｔａｂｉｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｉｎ ａｑｕｅｏｕｓ ｓｏｌｕｔｉｏｎ，”ｉｎ：ＲＡＴＩＯＮＡＬ ＤＥＳＩＧＮ ＯＦ ＳＴＡＢＬＥ ＰＲＯＴＥＩＮ ＦＯＲＭＭＵＬＡＴＩＯＮＳ：ＴＨＥＯＲＹ ＡＮＤ ＰＲＡＣＴＩＣＥ， Ｃａｒｐｅｎｔｅｒ ａｎｄ Ｍａｎｎｉｎｇ，ｅｄｓ．Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ．１３：６１−８４（２００２）、およびＲａｎｄｏｌｐｈ ｅｔ ａｌ．，“Ｓｕｒｆａｃｔａｎｔ−ｐｒｏｔｅｉｎ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ，”Ｐｈａｒｍ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１３：１５９−７５（２００２）（これらの各々は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）等の、タンパク質の安定化、ならびにこの点において有用な製剤材料および方法に関する様々な解説が入手可能である。
例えば、製剤のイオン強度および／もしくは等張性を調節するため、ならびに／または本発明による組成物のタンパク質もしくは他の成分の溶解性および／もしくは物理的安定性を向上させるために、本発明のある特定の実施形態に従って塩が用いられてもよい。
周知のように、イオンは、タンパク質の表面上で荷電残基に結合することによって、ならびにタンパク質中の荷電基および極性基を遮蔽して、それらの静電相互作用、引力、および反発相互作用の強度を減少させることによって、タンパク質の天然状態を安定させることができる。イオンはまた、特に、タンパク質の変性ペプチド結合（−−ＣＯＮＨ）に結合することによって、タンパク質の変性状態を安定させることもできる。さらに、タンパク質中の荷電基および極性基とのイオン相互作用によっても、分子間静電相互作用を減少させ、それにより、タンパク質の凝集および不溶性を防止するかまたは低下させることができる。
イオン種は、タンパク質に対するそれらの効果が互いに有意に異なる。本発明による薬学的組成物を製剤化する際に使用することができる、タンパク質に対するイオンおよびそれらの効果のカテゴリー別の順位付け法が多数開発されている。一例として、イオン性溶質および極性非イオン溶質を、溶液中のタンパク質の立体配座安定性に対するそれらの効果別に順位付けするホフマイスターシリーズが挙げられる。安定化溶質は、「コスモトロピック」と称される。不安定化溶質は、「カオトロピック」と称される。コスモトロープは、一般的に、溶液からタンパク質を沈殿させる（「塩析する」）ために高濃度（例えば、１モル超の硫酸アンモニウム）で用いられる。カオトロープは、一般的に、タンパク質を変性させる、および／または可溶化する（「塩溶する」）ために使用される。「塩溶」および「塩析」するためのイオンの相対的有効性が、ホフマイスターシリーズにおけるそれらの位置を画定する。
遊離アミノ酸は、増量剤、安定剤、および酸化防止剤、ならびに他の標準的な用途として、本発明の種々の実施形態によるＳＴ２抗原結合タンパク質製剤に使用することができる。製剤中のタンパク質を安定させるために、リジン、プロリン、セリン、およびアラニンを使用することができる。グリシンは、正確なケーキの構造および特性を確保するために、凍結乾燥において有用である。アルギニンは、液体製剤および凍結乾燥製剤の両方において、タンパク質の凝集を阻害するために有用であり得る。メチオニンは、酸化防止剤として有用である。
ポリオールは、糖類、例えば、マンニトール、スクロース、ならびにソルビトール、および多価アルコール、例えば、グリセロールおよびプロピレングリコール等、そして本明細書における考察の目的のために、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）および関連物質を含む。ポリオールは、コスモトロピックである。それらは、物理的および化学的な分解過程からタンパク質を保護するために、液体製剤および凍結乾燥製剤の両方において有用な安定化剤である。また、ポリオールは、製剤の等張性を調節するためにも有用である。
本発明の選択実施形態において有用なポリオールの中には、凍結乾燥調合物におけるケーキの構造的安定性を確保するために一般的に使用されるマンニトールがある。それは、ケーキに対する構造的安定性を確実にする。それは、通常、冷凍保護剤、例えば、スクロースとともに使用される。ソルビトールおよびスクロースは、等張性を調節するための好ましい剤のうちの一つであり、輸送または製造工程中のバルクの調製中の凍結融解ストレスから保護する安定剤として存在する。グルコースおよびラクトース等の還元糖（遊離アルデヒド基またはケトン基を含有する）は、表面のリジン残基およびアルギニン残基を糖化することができる。したがって、それらは、通常、本発明による使用に好ましいポリオールの中には入らない。さらに、酸性条件下でフルクトースおよびグルコースに加水分解され、その結果として糖化を引き起こす、スクロース等のそのような反応種を形成する糖類も、この点において本発明の好ましいポリオールの中には入らない。ＰＥＧは、タンパク質を安定させるために、および抗凍結剤として有用であり、この点において本発明において使用することができる。
ＳＴ２抗原結合タンパク質製剤の実施形態は、界面活性剤をさらに含む。タンパク質分子は、表面上での吸着、ならびに空気−液体、固体−液体、および液体−液体界面における変性およびその結果としての凝集の影響を受けやすい可能性がある。これらの効果は、通常、タンパク質濃度と逆比例する。これらの有害な相互作用は、通常、タンパク質濃度と逆比例し、典型的には、製品の出荷および取扱い中に生じるもの等の物理的撹拌によって悪化する。
界面活性剤は、表面吸着を防止する、最小限に抑える、または低減させるために、日常的に使用される。この点において本発明において有用な界面活性剤は、ポリソルベート２０、ポリソルベート８０、ソルビタンポリエトキシレートの他の脂肪酸エステル、およびポロキサマー１８８を含む。
また、界面活性剤は、タンパク質の立体配座安定性を制御するためにも一般的に使用される。任意の所与の界面活性剤は、典型的には、あるタンパク質を安定させ、他のタンパク質を不安定にするため、この点において界面活性剤の使用はタンパク質に特異的である。
ポリソルベートは、酸化分解の影響を受けやすく、しばしば、供給された時にタンパク質残基の側鎖、特に、メチオニンの酸化を引き起こすのに十分な量の過酸化物を含有する。そのため、ポリソルベートは、慎重に使用されるべきであり、使用される時は、それらの最低有効濃度で用いられるべきである。この点において、ポリソルベートは、賦形剤はそれらの最低有効濃度で使用されるべきであるという一般的な規則を例示する。
ＳＴ２抗原結合タンパク質製剤の実施形態は、１つ以上の酸化防止剤をさらに含む。適当なレベルの周囲酸素および温度を維持することによって、ならびに光への曝露を回避することによって、医薬品におけるタンパク質の有害な酸化をある程度防止することができる。タンパク質の酸化分解を防止するために、酸化防止賦形剤も使用することができる。この点において有用な酸化防止剤の中には、還元剤、酸素／フリーラジカル捕捉剤、およびキレート化剤がある。本発明による治療用タンパク質製剤において使用される酸化防止剤は、好ましくは、水溶性であり、製品の有効期間全体を通してそれらの活性を維持する。この点において、ＥＤＴＡは、本発明による好ましい酸化防止剤である。
酸化防止剤は、タンパク質を損傷し得る。例えば、特にグルタチオン等の還元剤は、分子内ジスルフィド結合を破壊する可能性がある。したがって、本発明で使用される酸化防止剤は、とりわけ、それら自体が製剤中のタンパク質を損傷する可能性を排除するかまたは十分に低下させるように選択される。
本発明による製剤は、タンパク質補因子であり、かつ特定のインスリン懸濁液を形成するために必要な亜鉛等のタンパク質配位複合体を形成するために必要な、金属イオンを含んでもよい。金属イオンは、タンパク質を分解するいくつかのプロセスを阻害することもできる。しかしながら、金属イオンはまた、タンパク質を分解する物理的および化学的プロセスを触媒する。
アスパラギン酸のイソアスパラギン酸への異性化を阻害するために、マグネシウムイオン（１０〜１２０ｍＭ）を用いることができる。Ｃａ＋２イオン（最大１００ｍＭ）は、ヒトデオキシリボヌクレアーゼの安定性を増加させることができる。しかしながら、Ｍｇ＋２、Ｍｎ＋２、およびＺｎ＋２は、ｒｈＤＮａｓｅを不安定にさせ得る。同様に、Ｃａ＋２およびＳｒ＋２は、因子ＶＩＩＩを安定させることができ、それは、Ｍｇ＋２、Ｍｎ＋２およびＺｎ＋２、Ｃｕ＋２およびＦｅ＋２によって不安定にされ得、またその凝集は、Ａｌ＋３イオンによって増加され得る。
ＳＴ２抗原結合タンパク質製剤の実施形態は、１つ以上の防腐剤をさらに含む。防腐剤は、同じ容器から１回よりも多く取り出すことを伴う、複数回投与用の非経口製剤を開発するときに必要である。それらの主要な機能は、微生物の増殖を阻害し、薬剤製品の有効期間または使用期間全体を通して製品の無菌性を確保することである。一般的に使用される防腐剤は、ベンジルアルコール、フェノール、およびｍ−クレゾールを含む。防腐剤は、低分子非経口剤と一緒に使用されるという長い歴史を有するが、防腐剤を含むタンパク質製剤の開発は困難であり得る。防腐剤は、ほぼ必ずタンパク質に対する不安定化効果（凝集）を有し、これは、複数回投与用のタンパク質製剤におけるそれらの使用を制限する主な要因になっている。現在まで、ほとんどのタンパク質薬剤は、単回使用のみのために製剤化されている。しかしながら、複数回投与用の製剤が可能な場合、それらは、患者の利便性および市場性の増加を可能にするという付加的な利点を有する。適例は、保存製剤の開発が、より利便性の高い複数回使用注射ペン形態の商品化につながった、ヒト成長ホルモン（ｈＧＨ）の例である。ｈＧＨの保存製剤を含有する少なくとも４つのそのようなペンデバイスが、現在市場で入手可能である。Ｎｏｒｄｉｔｒｏｐｉｎ（液体、Ｎｏｖｏ Ｎｏｒｄｉｓｋ）、Ｎｕｔｒｏｐｉｎ ＡＱ（液体、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）、およびＧｅｎｏｔｒｏｐｉｎ（凍結乾燥、二重チャンバカートリッジ、Ｐｈａｒｍａｃｉａ＆Ｕｐｊｏｈｎ）が、フェノールを含有する一方で、Ｓｏｍａｔｒｏｐｅ（Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）は、ｍ−クレゾールを用いて製剤化される。
保存剤形の製剤化および開発中に、いくつかの側面が考慮される必要がある。薬剤製品中の有効防腐剤濃度は最適化されなければならない。これは、タンパク質の安定性を犠牲にすることなく、抗菌有効性を付与する濃度範囲の剤形において所与の防腐剤を検査することを必要とする。
予想され得るように、防腐剤を含有する液体製剤の開発は、凍結乾燥製剤よりも困難である。凍結乾燥製品は、防腐剤なしで凍結乾燥し、使用時に防腐剤を含有する希釈剤を用いて再構成することができる。これは、防腐剤がタンパク質と接触している時間を短縮し、付随する安定性リスクを極めて最小限に抑える。液体製剤では、防腐剤の有効性および安定性が、製品の保存期間（約１８〜２４ヶ月）全体にわたって維持されるべきである。留意するべき重要な点は、活性薬剤および全ての賦形剤成分を含有する最終製剤において、防腐剤の有効性が証明されるべきであるということである。
ＳＴ２抗原結合タンパク質製剤は、通常、とりわけ、バイオアベイラビリティおよび持続性の範囲をそなえた、特定の投与経路および投与方法のため、特定の投与量および投与頻度のため、特定の疾患の特定の治療のために設計される。したがって、製剤は、限定されないが、経口的、経耳的、経眼的、経直腸的、および経膣的を含む任意の好適な経路による送達、ならびに静脈内および動脈内注射、筋肉内注射、および皮下注射を含む非経口経路による送達のために、本発明に従って設計されてもよい。
一旦、薬学的組成物が製剤化されると、それは、溶液、懸濁液、ゲル、乳剤、固体、結晶として、または脱水粉末もしくは凍結乾燥粉末として、無菌バイアル中に保存することができる。そのような製剤は、すぐに使用できる形態、または投与前に再構成される形態（例えば、凍結乾燥）のいずれかで保存され得る。本発明はまた、単回用量投与単位を生成するためのキットも提供する。本発明のキットは、各々、乾燥タンパク質を有する第１の容器、および水性製剤を有する第２の容器の両方を含んでもよい。本発明のある特定の実施形態において、単一チャンバおよび複数チャンバ付きのプレフィルドシリンジ（例えば、液体シリンジおよび凍結乾燥シリンジ）を含むキットが提供される。
用いられるＳＴ２抗原結合タンパク質含有薬学的組成物の治療有効量は、例えば、治療の状況および目的に依存する。当業者は、治療のための適切な投与量レベルは、送達される分子、ＳＴ２抗原結合タンパク質が使用される適応症、投与経路、ならびに患者のサイズ（体重、体表面、もしくは臓器サイズ）および／または状態（年齢および全般的健康）に一部依存することを理解する。ある特定の実施形態において、臨床医は、最適な治療効果を得るように、投与量を滴定してもよく、また投与経路を変更してもよい。典型的な投与量は、上述の要因に応じて、約０．１μｇ／ｋｇ〜最大約３０ｍｇ／ｋｇの範囲かまたはそれ以上であってもよい。具体的な実施形態において、投与量は、１．０μｇ／ｋｇ〜最大約２０ｍｇ／ｋｇ、任意選択的に、１０μｇ／ｋｇ〜最大約１０ｍｇ／ｋｇ、または１００μｇ／ｋｇ〜最大約５ｍｇ／ｋｇの範囲であってもよい。
治療有効量のＳＴ２抗原結合タンパク質は、疾患症状の重症度の軽減、疾患の無症状期間の頻度もしくは期間の増加、または病気に罹患していることによる損傷または障害の防止をもたらすことが好ましい。
薬学的組成物は、医療デバイスを使用して投与されてもよい。薬学的組成物を投与するための医療デバイスの例は、米国特許第４，４７５，１９６号、同第４，４３９，１９６号、同第４，４４７，２２４号、同第４，４４７， ２３３号、同第４，４８６，１９４号、同第４，４８７，６０３号、同第４，５９６，５５６号、同第４，７９０，８２４号、同第４，９４１，８８０号、同第５，０６４，４１３号、同第５，３１２，３３５号、同第５，３１２，３３５号、同第５，３８３，８５１号、および同第５，３９９，１６３号（全て参照により本明細書に組み込まれる）に記載されている。
ＳＴ２関連疾患または障害の診断方法または治療方法
本発明のＳＴ２抗原結合タンパク質は、生物試料中のＳＴ２を検出するために特に有用である。ある特定の実施形態において、患者から得られた生物試料を、ＳＴ２抗原結合タンパク質と接触させる。次いで、ＳＴ２抗原結合タンパク質のＳＴ２への結合を検出し、試料中のＳＴ２の存在または相対量を決定する。そのような方法は、ＳＴ２抗原結合タンパク質を用いた治療に適した患者を診断または決定する際に有用であり得る。
ある特定の実施形態において、本発明のＳＴ２抗原結合タンパク質は、自己免疫疾患または炎症性疾患を診断、検出、または治療するために使用される。自己免疫疾患または炎症性疾患の治療において、ＳＴ２抗原結合タンパク質は、免疫系のＳＴ２を発現する細胞を破壊の標的とすることができ、かつ／またはＳＴ２とＩＬ−３３との相互作用をブロックすることができる。
ＩＬ−３３によって媒介されるシグナル伝達と関連する障害は、本明細書に開示される１つ以上のＳＴ２抗原結合タンパク質を用いた治療に特に適している。そのような障害は、限定されないが、炎症、自己免疫性疾患、腫瘍随伴性自己免疫疾患、軟骨の炎症、線維性疾患および／または骨分解、関節炎、関節リウマチ、若年性関節炎、若年性関節リウマチ、少関節型若年性関節リウマチ、多関節型若年性関節リウマチ、全身型若年性関節リウマチ、若年性強直性脊椎炎、若年性腸炎性関節炎、若年性反応性関節炎、若年性ライター症候群、ＳＥＡ症候群（血清陰性、腱付着部症、関節症症候群）、若年性皮膚筋炎、若年性乾癬性関節炎、若年性強皮症、若年性全身性エリテマトーデス、若年性血管炎、少関節型関節リウマチ、多関節型関節リウマチ、全身型関節リウマチ、強直性脊椎炎、腸炎性関節炎、反応性関節炎、ライター症候群、ＳＥＡ症候群（血清陰性、腱付着部症、関節症症候群）、皮膚筋炎、乾癬性関節炎、強皮症、全身性エリテマトーデス、血管炎、脊髄炎（ｍｙｏｌｉｔｉｓ）、多発性筋炎、皮膚筋炎、結節性多発動脈炎、ウェゲナー肉芽腫症、動脈炎、リウマチ性多発筋痛症、サルコイドーシス、強皮症、硬化症、原発性胆汁性硬化症、硬化性胆管炎、シェーグレン症候群、乾癬、プラーク乾癬、滴状乾癬、逆性乾癬、膿疱性乾癬、乾癬性紅皮症、皮膚炎、アトピー性皮膚炎、粥状動脈硬化、狼瘡、スティル病、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、重症筋無力症、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、クローン病、潰瘍性大腸炎、セリアック病、多発性硬化症（ＭＳ）、喘息、ＣＯＰＤ、副鼻腔炎、ポリープを伴う副鼻腔炎、好酸球性食道炎、好酸球性気管支炎、ギラン‐バレー疾患、Ｉ型糖尿病、甲状腺炎（たとえばグレーブス病）、アジソン病、レイノー現象、自己免疫性肝炎、ＧＶＨＤ、移植拒絶反応、腎障害等を含む。
好ましい実施形態において、自己免疫疾患または炎症性疾患は、喘息、アトピー性皮膚炎、慢性閉塞性肺疾患、肺線維症、敗血症および外傷、ＨＩＶ感染、全身性エリテマトーデス、炎症性腸疾患、関節リウマチ、硬化症、ウェゲナー肉芽腫症、ベーチェット病、循環器疾患、副鼻腔炎、鼻ポリープ症、および好酸球性気管支炎である。
ある特定の実施形態において、本発明のＳＴ２抗原結合タンパク質は、癌または腫瘍形成障害を診断、検出、または治療するために使用される。癌または腫瘍形成障害の治療において、ＳＴ２抗原結合タンパク質は、ＳＴ２を発現する細胞を破壊の標的とすることができ、かつ／またはＳＴ２とＩＬ−３３との相互作用をブロックすることができ、それによってＩＬ−３３によって媒介されるシグナル伝達を低下させる。例えば、可溶性の高いＳＴ２の発現は、乳癌患者の生存率の向上と関連している（Ｐｒｅｃｈｔｅｌ ｅｔ ａｌ，Ｌａｂ Ｉｎｖｅｓｔ（２００１）８１：１５９−１６５）。可溶性ＳＴ２は、ＩＬ−３３によって媒介されるシグナル伝達に結合してブロックするため、ＩＬ−３３によって媒介されるシグナル伝達をブロックするＳＴ２抗原結合タンパク質は、乳癌患者の生存率の向上を促進するのに有用であると考えられる。ＳＴ２抗原結合タンパク質を用いて診断、検出、または治療され得る癌または腫瘍形成障害は、限定されないが、固形腫瘍全般、肺癌、卵巣癌、乳癌、前立腺癌、子宮内膜癌、腎癌、食道癌、膵癌、扁平上皮癌、ぶどう膜黒色腫、子宮頸癌、結腸直腸癌、膀胱、脳、膵臓、頭、首、肝臓、白血病、リンパ腫、およびホジキン病、多発性骨髄腫、メラノーマ、胃癌、星細胞腫（ａｓｔｒｏｃｙｔｉｃ ｃａｎｃｅｒ）、胃、および肺腺癌を含む。
抗原結合タンパク質は、腫瘍の増殖、進行、および／または転移を抑制するために使用されてもよい。そのような抑制は、種々の方法を用いて監視することができる。例えば、抑制は、腫瘍サイズの縮小および／または腫瘍内の代謝活性の低下をもたらし得る。これらのパラメータはどちらも、例えば、ＭＲＩまたはＰＥＴスキャンによって測定することができる。抑制はまた、腫瘍内の壊死レベル、腫瘍細胞死、および血管増生レベルを確認するための生検によっても監視することができる。転移の程度は、既知の方法を用いて監視することができる。
実際的および予測的の両方である以下の実施例は、本発明の具体的な実施形態または特徴を例示する目的で提供されるのであって、その範囲を限定することを意図するものではない。
実施例１：ＳＴ２抗体は、喘息の動物モデルにおいて有効である
この実施例は、ＳＴ２に結合し、かつＩＬ−３３によって媒介されるシグナル伝達を阻害する抗体の投与が、炎症性疾患、すなわち喘息の動物モデルにおいて有効であることを実証する。中和マウスＳＴ２ ｍＡｂ（ＳＴ２代替ｍＡｂ）は、ｉｎ ｖｉｖｏで外因的に投与したＩＬ−３３の活性を阻害した。１００ｕｇの抗ＳＴ２ ｍＡｂの静脈内注射から２時間後、２００ｎｇの組換えマウスＩＬ−３３をマウスに鼻腔内投与した。翌日、気管支肺胞洗浄液（ＢＡＬＦ）ＩＬ−５の濃度をＥＬＩＳＡにより測定した。生理食塩水を接種する前に生理食塩水で処置したマウスのＢＡＬＦからベースラインＩＬ−５濃度を得た。ＩＬ−３３を接種した、アイソタイプ対照Ｉｇで処置したマウスから最大ＢＡＬＦ ＩＬ−５濃度を得た。ＳＴ２ ｍＡｂによる処置は、アイソタイプ対照Ｉｇによる処置と比較して、ＢＡＬＢ／ｃマウス系統およびＣ５７ＢＬ／６マウス系統の両方のＢＡＬＦにおいて、ＩＬ−３３によって誘導されたＩＬ−５を有意に阻害した（図１）。
ＳＴ２代替ｍＡｂは、喘息のゴキブリアレルゲン（ＣＲＡ）誘発モデルにおいて有効であり、ＳＴ２抗体で処置したマウスは、アイソタイプ対照Ｉｇで処置したマウスよりも有意に少ないＢＡＬＦ好酸球を有していた。１、３、６、８、１０、および１３日目に、１００μｇのＣＲＡをＢＡＬＢ／ｃマウスに接種した。０、７、および１３日目に、抗ＳＴ２ ｍＡｂまたはアイソタイプ対照Ｉｇのいずれかを２５０μｇマウスに注射し、１３日目の抗体注射は、最終的な鼻腔内ＣＲＡ接種の前に行った。１４日目に、マウスを安楽死させ、肺洗浄に供した。ＢＡＬＦ細胞集団を数えたところ、抗ＳＴ２ ｍＡｂによる処置は有意に少ない全ＢＡＬＦ細胞の存在をもたらし、好酸球は有意に強い影響を受けた（ｉｍｐａｃｔｅｄ）細胞集団を含んでいた（図２）。
実施例２：Ｘｅｎｏｍｏｕｓｅ（登録商標）プラットフォームを使用した抗ＳＴ２抗体の産生
ＸＥＮＯＭＯＵＳＥ（登録商標）技術を用いて、ヒトＳＴ２に対して指向する完全ヒト抗体の産生を行った（米国特許第６，１１４，５９８号；６，１６２，９６３号；６，８３３，２６８号；７，０４９，４２６号；７，０６４，２４４号（参照により、その全体が本明細書に組み込まれる）；Ｇｒｅｅｎ ｅｔ ａｌ．，１９９４，Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ ７：１３−２１；Ｍｅｎｄｅｚ ｅｔ ａｌ．，１９９７，Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ １５：１４６−１５６；Ｇｒｅｅｎ ａｎｄ Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｉｓ，１９９８，Ｊ．Ｅｘ．Ｍｅｄ．１８８：４８３−４９５，Ｋｅｌｌｅｒｍａｎｎ ａｎｄ Ｇｒｅｅｎ，２００２，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，１３：５９３-５９７）。
ヒト抗体Ｆｃドメインに融合したヒトＳＴ２の細胞外ドメインを含むポリペプチド、またはヒトＩＬ−３３と複合体を形成したヒトＳＴ２−Ｆｃ融合タンパク質のいずれかを用いて、ＸＭＧ２Ｋ、ＸＭＧ４Ｋ、およびＸＭＧ４ＫＬ ＸＥＮＯＭＯＵＳＥ（登録商標）動物の免疫を行った。１９９６年１２月３日に出願された米国特許出願第０８／７５９，６２０号、ならびに１９９８年６月１１日に公開された国際特許出願第ＷＯ９８／２４８９３号、および２０００年１２月２１日に公開された国際公開第ＷＯ００／７６３１０号（参照により、これらの開示は本明細書に組み込まれる）に開示される方法に従って、適量の免疫原（すなわち、１０μｇ／マウスの可溶性ＳＴ２）をＸＥＮＯＭＯＵＳＥ（登録商標）動物の初期免疫に用いた。初期免疫後、それに続く追加免疫の免疫原（５μｇ／マウスの可溶性ＳＴ２またはＳＴ２／ＩＬ３３複合体のいずれか）を、予定通り、マウスにおいて抗ＳＴ２抗体の好適な力価を誘導するのに必要な期間投与した。好適な方法、例えば、ＥＬＩＳＡまたは蛍光標識細胞分取（ＦＡＣ）によって力価を決定した。
好適な力価を示す動物を同定し、流入領域リンパ節からリンパ球を得、必要があれば各コホートについてプールした。組織から細胞を遊離させるための好適な培地（例えば、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡから入手したダルベッコ変法イーグル培地：ＤＭＥＭ）中で粉砕することによりリンパ組織からリンパ球を解離して、ＤＭＥＭ中に懸濁した。好適な方法を用いてＢ細胞を選択および／または増殖させ、当該技術分野で既知の技術を用いて好適な融合パートナー、例えば、非分泌型骨髄腫Ｐ３Ｘ６３Ａｇ８．６５３細胞（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ ＣＲＬ １５８０；Ｋｅａｒｎｅｙ ｅｔ ａｌ，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１２３，１９７９，１５４８−１５５０）と融合させた。
ある融合方法において、リンパ球を１：４の比率で融合パートナー細胞と混合した。４００×ｇで４分間遠心分離することにより細胞混合物を緩やかにペレット化し、上清をデカントし、（例えば、１ｍＬピペットを使用することにより）細胞混合物を緩やかに混合した。ＰＥＧ／ＤＭＳＯ（ポリエチレングリコール／ジメチルスルホキシド：Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ、Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ ＭＯから入手可能、リンパ球１００万個当たり１ｍＬ）で融合を誘導した。緩やかに撹拌しながらＰＥＧ／ＤＭＳＯを１分間かけて徐々に加え、続いて１分間混合した。次いで、緩やかに撹拌しながらＩＤＭＥＭ（グルタミンを含まないＤＭＥＭ、Ｂ細胞１００万個当たり２ｍＬ）を２分間かけて加え、続いてさらにＩＤＭＥＭ（Ｂ細胞１００万個当たり８ｍＬ）を３分間かけて加えた。
融合細胞を緩やかにペレット化し（４００×ｇで６分）、Ｂ細胞１００万個当たり２０ｍＬの選択培地（必要に応じてアザセリンおよびヒポキサンチン［ＨＡ］ならびに他の補助的材料を含有するＤＭＥＭ）中に再懸濁した。３７℃で２０〜３０分間細胞をインキュベートし、次いで２００ｍＬの選択培地に再懸濁し、Ｔ１７５フラスコ内で３〜４日培養した後、９６ウェルにプレーティングした。
得られるコロニーのクローン性を最大化するために、標準技術を用いて９６ウェルプレートに細胞を分配した。数日間の培養後、上清を回収してスクリーニングアッセイに供した。ＳＴ２−Ｆｃ／ＩＬ３３複合体で免疫したマウスから作製したハイブリドーマ上清を、ヒトＩＬ−３３と複合体を形成した０．５ｕｇ／ｍＬのＳＴ２−Ｆｌａｇ／ｈｉｓを用いて４℃で一晩受動的にコーティングした９６ウェルポリスチレンＥＬＩＳＡプレートを使用して実施したＥＬＩＳＡに基づくアッセイでスクリーニングした。ＳＴ−２特異的結合を決定するために、１０ｕｇ／ｍＬのニュートラアビジン（ｎｅｕｔｒａｖｉｄｉｎ）を用いて４℃で一晩受動的にコーティングした９６ウェルポリスチレンプレートを使用して２回目のＥＬＩＳＡスクリーニングを行った。次いで、プレートを洗浄し、０．５ｕｇ／ｍＬのビオチン化ヒトＩＬ３３をロードした。このＥＬＩＳＡスクリーニングにより、１２００個を超える抗ＳＴ２特異的結合剤を同定した。
可溶性ＳＴ２−Ｆｃで免疫したマウスから作製したハイブリドーマ上清を、完全長ヒトＳＴ２で一過性にトランスフェクトした組換えＨＥＫ２９３Ｔ細胞に対してスクリーニングし、模擬トランスフェクトしたＨＥＫ２９３Ｔ細胞に対してカウンタースクリーニングすることにより、蛍光微量測定技術（ＦＭＡＴ）を用いてＳＴ２抗原特異的抗体についてスクリーニングした。端的に述べると、４０ｕｌ／ウェルの体積の３８４ウェルＦＭＡＴプレートに、６，０００個のＳＴ２陽性細胞／ウェルおよび１４，０００個の模擬トランスフェクトしたＳＴ２陰性細胞／ウェルの密度で細胞を播種した。次いで、ハイブリドーマ上清を加え、室温で１時間結合させた後、洗浄し、抗ヒトＦｃ−Ｃｙ５二次抗体を用いて二次検出を行った。このＦＭＡＴスクリーニングにより、ＳＴ２の細胞外ドメインで免疫したマウスから作製したハイブリドーマから、２２００個を超える抗ＳＴ２特異的結合剤を同定した。
この３４００個の抗ＳＴ２特異的ハイブリドーマ上清を組み合わせたパネルを、次いで、インターフェロン−γサイトカイン放出アッセイを用いて、ＳＴ２シグナル伝達を機能的に拮抗する能力についてさらに特徴付けた。端的に述べると、精製したヒト末梢血単核球（ＰＢＭＮＣ）または精製したヒトＮＫ細胞のいずれかを、９６ウェル組織培養プレートに播種し、ヒトＩＬ−３３およびＩＬ−１２で刺激してインターフェロン−γの上清中への放出を誘導した。上清中のインターフェロン−γレベルを定量化したところ、Ｉｌ−３３／ＳＴ２依存性シグナル伝達（ｄｅｐｅｎｄａｎｔ ｓｉｇｎａｌｌｉｎｇ）と直接相関していた。このバイオアッセイを用いて、ハイブリドーマ試料を、ＳＴ２シグナル伝達経路の遮断によってインターフェロン−γの放出をブロックする能力について検査した。このスクリーニングにより、インターフェロン−γの放出を８０％超阻害した、ＳＴ２−Ｆｃによる免疫から作製した５７８個のハイブリドーマ上清を同定した。さらに、インターフェロン−γの放出を７０％超阻害した、ＳＴ２Ｆｃ／ＩＬ−３３複合体による免疫から作製した５０５個のハイブリドーマ上清を同定した。
次いで、この１０８３個のハイブリドーマ上清のパネルを、マウスおよびカニクイザルのＳＴ２との交差反応結合、制限抗原ＥＬＩＳＡによる相対的親和性ランキング、ＥＬＩＳＡによる生化学的受容体／リガンドのブロッキング、および細胞系を用いたＦＡＣｓによる内因性結合についてさらに特徴付けた。これらの二次アッセイで作製されたデータを用いて、大きなパネルを２セットの４０個のハイブリドーマ系に多様化し、サブクローニング、スケールアップ、および精製へと進めた。
実施例３：Ｋ Ｄ の決定
この実施例では、ＳＴ２結合抗体の親和性を決定した。ＧＬＣセンサチップ（Ｂｉｏ−Ｒａｄ）を搭載したＰｒｏｔｅｏｎ ＸＰＲ−３６光バイオセンサを使用して、表面プラズモン共鳴法による評価を行った。バイオセンサ分析は、ＨＢＳ−ＥＰ＋（１Ｘ）緩衝系（１０ｍＭ ＨＥＰＥＳ（ｐＨ７．４）、１５０ｍＭ ＮａＣｌ、３．０ｍＭ ＥＤＴＡ、０．０５％ Ｓｕｒｆａｃｔａｎｔ Ｐ２０、ＧＥ Ｈｅａｔｈｃａｒｅ）において２５℃で行った。注入前は、全ての試薬を８℃に維持した。
１〜６レーン（約４０００ＲＵ）への標準的なアミンカップリングにより、ヤギ抗ヒトＩｇＧ（Ｆｃ断片特異的、Ｊａｃｋｓｏｎ ＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅａｒｃｈ）をセンサ表面に垂直方向に固定し、次いでエタノールアミンでブロックした。１〜５レーンで垂直方向に抗体を捕捉した（約４０〜１００ＲＵ）。垂直方向レーン６をブランクとし、参照目的に使用した。１５個の抗体の群でデータを収集した（５個を３セット）。
ＳＴ２試薬（ヒトまたはカニクイザル）をランニング緩衝液中で２５ｎＭの濃度に調製し、次いで、３０９ｐＭに３倍段階希釈した。緩衝液を用いて、水平方向に沿った単回注入により各ＳＴ２分子の完全な濃度系列を送達し、一列の６つの試料を完成させ、反応データの二重参照のための１列に並んだ（ｉｎ−ｌｉｎｅ）ブランクを提供した。１００ｕＬ／分の流速で会合（３分）および解離（３０分）の速度を監視した。
１０ｍＭグリシン（ｐＨ１．５、３０ｕＬ）を用いて１００ｕＬ／分の流速で表面を再生した。
データを、ベースライン補正し、クロップし、アラインし、参照値を差し引いて（スポット間）、次いで、ＰｒｏｔｅＯｎ Ｍａｎａｇｅｒ（バージョン２．１．２．０５）を用いて１：１結合モデルに適合させた。その結果を表４に示す。
表４
若干変更したプラズモン共鳴プロトコルを用いて、さらなる抗体の親和性を決定した。ＣＭ５センサチップを搭載したＢｉａｃｏｒｅ ３０００機器（Ｂｉａｃｏｒｅ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ ＡＢ、Ｕｐｐｓａｌａ，Ｓｗｅｄｅｎ）を使用して、２５℃で抗体Ａｂ１、Ａｂ２、Ａｂ３、およびＡｂ４の表面プラズモン共鳴法による評価を行った。ＨＢＳ−ＥＰ（（１０ｍＭ ＨＥＰＥＳ（ｐＨ７．４）、１５０ｍＭ ＮａＣｌ、３ｍＭ ＥＤＴＡ、０．００５％ Ｓｕｒｆａｃｔａｎｔ Ｐ２０、ＧＥ Ｈｅａｔｈｃａｒｅ）をランニング緩衝液として用いる標準的なアミンカップリング化学を使用して、抗Ｆｃγ特異的捕捉抗体をＣＭ４チップ上の２つのフローセルに共有結合的に固定した。端的に述べると、各フローセルを、０．１Ｍ ＮＨＳおよび０．４Ｍ ＥＤＣの１：１（ｖ／ｖ）混合物を用いて活性化した。１０ｍＭ酢酸ナトリウム中３０ｕｇ／ｍｌ（ｐＨ５．０）のＡｆｆｉｎｉＰｕｒｅヤギ抗ヒトＩｇＧ、Ｆｃγ断片特異的抗体（Ｊａｃｋｓｏｎ ＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅａｒｃｈ Ｉｎｃ．Ｗｅｓｔ Ｇｒｏｖｅ，ＰＡ）を標的レベルの３，０００ＲＵで２つのフローセルに固定した。１Ｍエタノールアミンの注入により残りの反応表面を非活性化した。次いで、残りの全てのステップのためにランニング緩衝液をＨＢＳ−ＥＰ＋０．１ｍｇ／ｍｌのＢＳＡに交換した。
試験フローセル上に１０μｌ／分で３分間注入することにより試験フローセル表面上に捕捉された抗体の約７５〜９０反応ユニットが得られるように、全ての抗体をランニング緩衝液中で３通り調製し、３倍に希釈して注入した。対照フローセルの表面上には抗体は捕捉されなかった。次いで、種々の濃度（２００ｎＭ〜０．０９１４ｎＭ）のヒトまたはカニクイザルのＳＴ２を緩衝液ブランクとともに２つのフローセル上に流した。５０ｕｌ／分の流速を用いて、２分間の会合相の後に４分間の解離相とした。各サイクルの後、５０ｕＬの１０ｍＭグリシン（ｐＨ１．５）を注入して表面を再生した。次いで、試験フローセル上で新しい抗体を捕捉して、次のサイクルの準備をした。２００ｎＭの濃度で、別の長期解離実験（６０分）を３通り行った。
バルク屈折率の変化を排除するために対照の表面反応を差し引き、次いで、実験フローセルから系統的アーチファクトを排除するために平均緩衝液ブランク反応を差し引くことにより、データを二重参照した。ＳＴ２データを処理し、ＢＩＡ Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ
Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｖ４．１．（Ｂｉａｃｏｒｅ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ ＡＢ、Ｕｐｐｓａｌａ，Ｓｗｅｄｅｎ）のローカルＲｍａｘを用いて、１：１相互作用モデルに全体的に適合させた。会合（ｋａ）および解離（ｋｄ）速度定数を決定し、平衡解離定数（ＫＤ）を算出するために用いた。Ａｂ１、Ａｂ２、Ａｂ３、およびＡｂ４の解離速度定数および平衡解離定数を表５に要約する。
表５
実施例４：抗体のｐＨ感受性結合
低ｐＨでそれらの標的に低い親和性で結合する治療抗体は、より低い頻度でまたはより低い用量で送達されることを可能にする強化されたＰＫ特性を有し得る（Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２０１０ ２８（１１）：１２０３−７ Ｔ．Ｉｇａｗａ ｅｔ ａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｙ ｒｅｃｙｃｌｉｎｇ ｂｙ ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ ｐＨ−ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ａｎｔｉｇｅｎ ｂｉｎｄｉｎｇ ｉｍｐｒｏｖｅｓ ｔｈｅ ｄｕｒａｔｉｏｎ ｏｆ ａｎｔｉｇｅｎ ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ）。これは、低ｐＨのリソソーム（ｌｙｚｏｓｏｍｅ）における抗体による標的放出、その後の標的分解および抗体リサイクルによるものである。
Ｂｉａｃｏｒｅ ４０００上で、抗体Ａｂ１、Ａｂ２、Ａｂ３、およびＡｂ４のｐＨ感受性結合のバイオセンサ分析を行った。設定は、これらの抗体のＫＤ測定を行った実施例３に類似していたが、単一濃度２．４６ｎＭのα−ＳＴ２抗体の２つ組の注入にデータを適合させた。３０ｕＬ／分の流速で、ｐＨ７．４での会合（５分）速度ならびにｐＨ５．５および７．４での解離（１０分）速度を監視した。参照値を差し引いたデータをＳｃｒｕｂｂｅｒで１：１モデルに適合させた。表６に示すように、抗体のうちのいくつかは、より低いｐＨで劇的に迅速なオフ速度を示した。
表６
実施例５：抗体の交差競合
エピトープを特徴付けるための一般的な方法は、競合実験によるものである。互いに競合する抗体は、標的上の同じ部位に結合するものと考えられ得る。本実施例は、ＳＴ２への結合のための競合を決定する方法、および本明細書に記載される多数の抗体に適用した場合の該方法の結果について記載する。
ビニング実験は多数の方法で行うことができ、用いられる方法は、アッセイの結果に影響を及ぼし得る。これらの方法に一般的なのが、ＳＴ２は、典型的には、１つの参照抗体によって結合され、別の抗体によってプローブされるということである。参照抗体がプローブ抗体の結合を妨げる場合、その抗体は同じビンに属すると言われる。抗体が用いられる順番が重要である。抗体Ａが参照抗体として用いられ、抗体Ｂの結合をブロックする場合、その逆は必ずしも真ではない：参照抗体として使用される抗体Ｂは、必ずしもＡをブロックするわけではない。この場合、影響を及ぼす多くの要因が存在する：抗体の結合は、標的において第２の抗体の結合を妨げる立体構造変化を引き起こし得るか、または、重複しているが完全には互いを妨げないエピトープは、第２の抗体が、結合できるほど十分に高い親和性で標的との相互作用を有することを可能にし得る。一般に、抗体が共にビン（ｂｉｎ）といわれるいずれかの順序で競合が観察される場合、および両方の抗体が互いをブロックすることができる場合、そのエピトープはより完全に重複する可能性が高い。
この実施例では、Ｊｉａ， ｅｔ ａｌ（Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ，２８８（２００４）９１−９８）によって記載される多重化ビニング法の変更例を使用した。可溶性ＳＴ２−ＦＬＡＧ Ｈｉｓを用いた。ストレプトアビジンでコーティングしたＬｕｍｉｎｅｘビーズの各ビーズコード（Ｌｕｍｉｎｅｘ、番号Ｌ１００−Ｌ１ＸＸ−０１（ＸＸはビーズコードを特定する））を６ｐｇ／ビーズのビオチン化一価マウス抗ヒトＩｇＧ捕捉抗体（ＢＤ Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ、番号５５５７８５）１００ｕｌで１時間、暗所にて室温でインキュベートし、次いで、ＰＢＳＡ、リン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）＋１％ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）で３回洗浄した。各ビーズコードを別個に１００ｕｌの１：１０希釈抗ＳＴ２抗体（コーティング抗体（Ｃｏａｔｉｎｇ Ａｎｔｉｂｏｄｙ））で１時間インキュベートし、次いで洗浄した。ビーズをプールし、次いで９６ウェルフィルタプレート（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ、番号ＭＳＢＶＮ１２５０）に分注した。１００ｕｌの２ｕｇ／ｍｌ ＳＴ２を半分のウェルに、残りの半分のウェルには緩衝液を加えて１時間インキュベートし、次いで洗浄した。１００ｕｌの１：１０希釈抗ＳＴ２抗体（検出Ａｂ）を、ＳＴ２を含む１つのウェルおよびＳＴ２を含まない１つのウェルに加え、１時間インキュベートし、次いで洗浄した。無関係なヒトＩｇＧ（Ｊａｃｋｓｏｎ、番号００９−０００−００３）および抗体を含まない条件（ブランク）を陰性対照として処理した。２０ｕｌのＰＥコンジュゲート一価マウス抗ヒトＩｇＧ（ＢＤ Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ、番号５５５７８７）を各ウェルに加え、１時間インキュベートし、次いで洗浄した。７５ｕｌのＰＢＳＡにビーズを再懸濁し、ＢｉｏＰｌｅｘ機器（ＢｉｏＲａｄ）上で少なくとも１００イベント／ビーズコードを回収した。
ＳＴ２を含まない抗体対の蛍光強度中央値（ＭＦＩ）を、ＳＴ２を含有する対応する反応のシグナルから差し引いた。同時に結合し、従って異なるビンに属すると考えられる抗体対の場合、反応の値は、以下の２つの基準を満たさなければならなかった：１）値は、それ自体、無関係な抗体、またはブランク（いずれか最も高いもの）と対を形成するコーティング抗体よりも２倍高くなければならなかった、かつ、２）値は、無関係な抗体またはブランクでコーティングしたビーズとともに存在する検出抗体のシグナルよりも高くなければならなかった。下の表７に示すように、最低３つのビンが見つかった。
表７
実施例６：ＩＬ−３３ブロッキングアッセイ
２つのΑｌｐｈａＳｃｒｅｅｎを使用してＳＴ２抗体の作用機序を調査した。総合すると、このアッセイを用いて、抗体がＩＬ−３３とＳＴ２との会合を阻害することができるか、または対照的に、ＩＬ−３３がＳＴ２と会合することを可能にする一方で、抗体が共受容体ＳＴ２とＡｃＰの会合を特異的にブロックすることができるかどうかを決定した。ΑｌｐｈａＳｃｒｅｅｎは、Ａｍｐｌｉｆｉｅｄ Ｌｕｍｉｎｅｓｃｅｎｔ Ｐｒｏｘｉｍｉｔｙ Ｈｏｍｏｇｅｎｏｕｓ Ａｓｓａｙ Ｓｃｒｅｅｎの頭字語である。
第１のスクリーンにおいて、ＩＬ−３３とＳＴ２との間の会合をブロックする能力について抗体を評価した。このアッセイでは、抗ＳＴ２抗体が、ビオチン化ヒトＩＬ−３３（ストレプトアビジンドナービーズに結合）と６ｘヒスチジンタグ付ヒトＳＴ２（Ｎｉキレートアクセプタービーズに結合）との会合をブロックする能力を測定した。９６ウェルハーフエリアプレート（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ）中の４０ｕｌ反応物を用いてＩＬ−３３／ＳＴ２のΑｌｐｈａＳｃｒｅｅｎを実行した。両方のΑｌｐｈａＳｃｒｅｅｎに使用したアッセイ緩衝液は、４０ｍＭ ＨＥＰＥＳ（ｐＨ＝７．４）、１ｍＭ ＣａＣｌ２、０．１％ ＢＳＡ、０．０５％ Ｔｗｅｅｎ−２０、および１００ｍＭ ＮａＣｌを含有していた。各アッセイウェルは、０．３ｎＭビオチン化ヒトＩＬ−３３、０．３ｎＭヒトＳＴ２−ＦＨ（ＦＨは、ＦＬＡＧおよび６ｘヒスチジンタグを表す）、１０ｕｇ／ｍｌストレプトアビジンでコーティングしたドナービーズ（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ、Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）、１０ｕｇ／ｍｌのＮｉキレートでコーティングしたアクセプタービーズ（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ）、および１２．５ｕｇ／ｍｌの抗ＳＴ２ Ａｂを含有した。全てのアッセイ成分を加えた後、暗所にて室温でプレートを一晩インキュベートした。翌日、２１０３ Ｅｎｖｉｓｉｏｎマルチラベルリーダー（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ）でプレートを読み取った。ドナービーズの６８０ｎｍにおけるレーザ励起を使用して反応性酸素を生成し、該酸素は、ビーズに結合させたタンパク質の相互作用に起因して近接したアクセプタービーズにおいて発光／蛍光カスケードを開始させることができ、その結果、５７０ｎｍで検出される光の放出をもたらした。
第２のアッセイでは、ＩＬ−３３によって媒介されるＳＴ２と共受容体ＡｃＰとの会合を阻害する能力について抗体を評価した。このアッセイでは、抗ＳＴ２抗体が、ＩＬ−３３によって媒介されるビオチン化ヒトＳＴ２−Ｆｃ（ストレプトアビジンドナービーズに結合）と６ｘヒスチジンタグ付ヒトＡｃＰ（Ｎｉキレートアクセプタービーズに結合）との会合をブロックする能力を測定した。３８４ウェルＯｐｔｉＰｌａｔｅ（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ）中の８ｕｌ反応物を用いてＳＴ２／ＡｃＰのΑｌｐｈａＳｃｒｅｅｎを実行した。各アッセイウェルは、５ｎＭヒトＩＬ−３３、５ｎＭビオチン化ヒトＳＴ２−Ｆｃ、５ｎＭヒトＡｃＰ−ＦＨ、１０ｕｇ／ｍｌストレプトアビジンでコーティングしたドナービーズ、１０ｕｇ／ｍｌのＮｉキレートでコーティングしたアクセプタービーズ、および１２．５ｕｇ／ｍｌの抗ＳＴ２ Ａｂを含有した。全てのアッセイ成分を加えた後、暗所にて室温でプレートを一晩インキュベートした。翌日、第１のアッセイについて上記と同じパラメータを用いて、２１０３ Ｅｎｖｉｓｉｏｎマルチラベルリーダー（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ）でプレートを読み取った。
２つのΑｌｐｈａＳｃｒｅｅｎの結果を下の表８に提示する。各抗体の阻害は、濃度１２．５ｕｇ／ｍｌの所与の抗体を用いて、アッセイウェルに抗体が含まれない場合のアッセイにおけるシグナルと比較した、ΑｌｐｈａＳｃｒｅｅｎにおけるシグナル阻害のパーセンテージとして表される。ある抗体は、ＳＴ２およびＩＬ−３３の相互作用をそれらがＳＴ２／ＩＬ−３３／ＡｃＰの相互作用を阻害したよりも完全に阻害し、またある抗体は、ＳＴ２／ＩＬ−３３／ＡｃＰの相互作用をＳＴ２およびＩＬ−３３の相互作用よりも完全に阻害した。全ての抗体が、ＩＬ−３３とＳＴ２との相互作用を少なくとも５０％阻害した。
表８
実施例７：ｉｎ ｖｉｔｒｏヒトＩＬ−３３バイオアッセイ
例示的なＳＴ２ ヒトｍＡｂを、ヒトＩＬ−３３およびヒトＩＬ−２で刺激した種々のドナーから得た精製ＣＤ４＋Ｔ細胞を用いて、ヒトバイオアッセイにおいて検査した。アッセイの手順は次の通りである。９６ウェル丸底プレートに１ウェル当たり２５０，０００細胞で体積６０ｕｌの細胞を播種する。プレインキュベーション後、ｈｕＩＬ−２＋ｈｕＩＬ−３３の４×混合物３０ｕｌを各ウェルに加える。９６ウェル丸底プレートの総体積は１２０ｕｌである。２０ｕｇ／ｍｌの抗体で開始し、１：３希釈を行って１０点曲線を作成する。３０ｕｌ中に４ｘを作成。Ａｂを細胞とプレインキュベーションした後、ｈｕＩＬ−２＋ｈｕＩＬ−３３の４×混合物３０ｕｌを各ウェルに加える。３７℃、５％ ＣＯ２で４８時間。上清を回収する。ｈｕＩＬ−５ ＥＬＩＳＡによりＩＬ−５の阻害を分析する。
図３は、種々のドナーからのＣＤ４＋Ｔ細胞からヒトＩＬ−３３によって誘導されたＩＬ−５の産生の阻害におけるＳＴ２ ｍＡｂを示す。
線は、阻害なしで、ヒトＩＬ−２と組み合わせたヒトＩＬ−３３の陽性対照値を示す。
は、ヒトＩＬ−２の陽性対照値を示す。
線は、培地対照値を示す。ヒトＣＤ４＋Ｔ細胞を抗ＳＴ２ ｍＡｂと３０分間プレインキュベートし、次いで、ヒトＩＬ−３３（４ｎｇ／ｍｌ）およびヒトＩＬ−２（１０ｎｇ／ｍｌ）で４８時間刺激した。図３は、ＣＤ４＋Ｔ細胞からのＩＬ−５の産生によって決定されるように、ＳＴ２抗体がヒトＩＬ−３３によって誘導されるＳＴ２の活性化を阻害することができることを示す。ＳＴ２抗体は、ＩＬ−３３によって誘導されるＣＤ４＋Ｔ細胞からのＩＬ−５の産生を約＜１００ｎＭのＩＣ５０で拮抗することができた。表９は、代表的なＩＣ５０値を示す。
表９
実施例８：カニクイザルＣＤ４＋Ｔ細胞ＩＦＮγ放出アッセイ
ＩＳＯＬＹＭＰＨ（Ｇａｌｌａｒｄ−Ｓｃｈｌｅｓｉｎｇｅｒ Ｉｎｄｕｓｔｒｉｅｓ、Ｐｌａｉｎｖｉｅｗ，ＮＹ）勾配遠心分離により、クエン酸デキストロース（ＡＣＤ）で処理した正常ドナー末梢血からカニクイザル末梢血単核球（ＰＢＭＣ）を濃縮した。その後のカニクイザルＣＤ４＋Ｔ細胞の単離は、Ｍｉｌｔｅｎｙｉ ＢｉｏｔｅｃのカニクイザルＣＤ４＋Ｔ細胞単離キットを使用して行った。単離されたカニクイザルＣＤ４＋Ｔ細胞（９６ウェルプレート中２ｘ１０５細胞／ウェル）を、種々の濃度の精製モノクローナル抗体とともに３０分間室温でインキュベートし、次いで、ＩＬ−３３（１０ｎｇ／ｍＬ）、ＩＬ−２（１０ｎｇ／ｍＬ）、およびＩＬ−１２ｐ７０（５０ｎｇ／ｍＬ）で８４時間刺激した。次いで、得られた細胞を含まないカニクイザルＣＤ４＋Ｔ細胞培養上清をカニクイザルＩＦＮγの存在についてＥＬＩＳＡにより分析した（例示データを表１０に提供する）。３匹の別々のドナーからのカニクイザルＣＤ４＋Ｔ細胞ＩＦＮγ放出アッセイにおいて精製モノクローナル抗体の効力を決定した。
表１０
実施例９：ヒト好酸球ＩＬ−８放出アッセイ
ＩＳＯＬＹＭＰＨ（Ｇａｌｌａｒｄ−Ｓｃｈｌｅｓｉｎｇｅｒ Ｉｎｄｕｓｔｒｉｅｓ、Ｐｌａｉｎｖｉｅｗ，ＮＹ）勾配遠心分離により、ヘパリン処理した正常ドナー末梢血からヒト赤血球および顆粒球を濃縮した。ＡＣＫ溶解緩衝液（Ｇｉｂｃｏ、Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）を使用して赤血球を除去した。その後の好酸球の単離は、Ｍｉｌｔｅｎｙｉ
Ｂｉｏｔｅｃの好酸球単離キットを使用して行った。単離された好酸球（９６ウェルプレート中２ｘ１０５細胞／ウェル）を、数回希釈した非クローンおよびクローン上清、または種々の濃度の精製モノクローナル抗体とともに３０分室温でインキュベートし、次いでＩＬ−３３（２ｎｇ／ｍＬ）およびＩＬ−３（１００ｎｇ／ｍＬ）で３日間刺激した。次いで、得られた細胞を含まない好酸球培養上清をＩＬ−８の存在についてＥＬＩＳＡにより分析した。例示データを表１１に示す。３匹の別々のドナーからの好酸球ＩＬ−８放出アッセイにおいて精製モノクローナル抗体の効力を決定した。
表１１
実施例１０：市販の抗体と比較した抗ＳＴ２抗体の効力
ヒトＮＫ細胞アッセイにおけるヒトＩＬ−３３の用量反応
図４に示すように、一次ＣＤ５６陽性ヒトＮＫ細胞（５ｘ１０ｅ４細胞）を、ヒトＩＬ−１２（１ｎｇ／ｍＬ）および量を増加させたヒトＩＬ−３３で処理した。２２時間後、細胞を含まない上清を回収し、市販のアッセイ（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ）を用いてＩＦＮ−γ濃度を測定した。１０ｎｇ／ｍＬのＩＬ−３３をＳＴ２抗体阻害のための刺激用量として用いた。
ＩＬ−３３活性の抗体阻害
ヒトＮＫ細胞を上記の通り刺激した。ＩＬ−３３およびＩＬ−１２を加える３０分前に、ＳＴ２抗体を表５に示す濃度で細胞に加えた。ＩＬ−３３処理から２２時間後、細胞を含まない上清を回収し、市販のアッセイ（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ）を用いてＩＦＮ−γ濃度を測定した。市販の抗体についてはクローンの名称が示されている。Ａｂ２のみがＩＬ−３３依存性ＩＦＮ−γ反応を完全に阻害し、いずれの市販のｈｕＳＴ２抗体よりも著しく強力であった。各抗体に対応するＩＣ５０値を表１２に示す。
表１２
実施例１１：ＳＴ２のアラニン／アルギニンスキャニング変異誘発
本実施例は、ＳＴ２の変異誘発がそれらの標的に結合する能力に与える影響に基づいてＳＴ２抗体を特徴付ける。以前の結合データにより、ＳＴ２ドメイン１および２は、本実施例においてＳＴ２スキャニング変異誘発によって分析される抗体パネルの抗体結合に主に関与することが示された。そのため、変異部位の設計において、ＳＴ２のドメイン１および２（Ｄ１Ｄ２）のみを完全長ＳＴ２に照らして構造的に考慮した。
ＳＴ２およびＩＬ−３３複合体モデル座標は、Ｌｉｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ （Ｌｏｎｄｏｎ，Ｅｎｇｌａｎｄ：１９９３）Ｅｌｓｅｖｉｅｒ Ｌｔｄ １７，１３９８-４１０から得た。Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ（ＭＯＥ），２０１１．１０；Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏｍｐｕｔｉｎｇ Ｇｒｏｕｐ Ｉｎｃ．，１０１０ Ｓｈｅｒｂｏｏｋｅ Ｓｔ．Ｗｅｓｔ，Ｓｕｉｔｅ ＃９１０，Ｍｏｎｔｒｅａｌ，ＱＣ，Ｃａｎａｄａ，Ｈ３Ａ ２Ｒ７，２０１１）においてＳＴ２の残基当たりの側鎖溶媒露出度を算出した。次いで、これらの溶媒露出度の値を、最初に、少なくとも１０Å２の側鎖露出度を有する全てのＤ１Ｄ２残基、または少なくとも１０Å２の総露出度を有するグリシン残基を選択することによって、変異誘発のためのＤ１Ｄ２表面残基の選択に用いた。正のφ角を有するグリシン残基、およびプロリン残基は排除した（そのような位置の変異は、局所的なタンパク質構造を歪めるより高い可能性を有するため）。ジスルフィド結合を維持するために、システイン残基も選択から排除した。残基Ａ８２は、目視後に排除された。この方法により、変異誘発のための１４０個の残基のリストを作成した。アラニンに変異させたアルギニンおよびリジン残基以外、全ての残基をアルギニンに変異させた。
ｐＴＴ５ベクター内の親Ｈｉｓ−Ａｖｉタグ付ＳＴ２細胞外ドメイン（ＥＣＤ）の全ての変異体構築物を、２４ウェルプレート内の一過性にトランスフェクトした２９３−６Ｅ懸濁細胞（ＮＲＣＣ）に発現させた。ｐＴＴ５ベクター内でのＢｉＲ Ａの共トランスフェクションによりｉｎ ｖｉｖｏビオチン化を達成した。上清をＰＢＳで透析して過剰なビオチンを除去した。
ＢｉｏＰｌｅｘ結合アッセイを用いて、抗ＳＴ２抗体のＳＴ２の点変異への結合を測定する。ビオチン化変異体を、ストレプトアビジンでコーティングしたビーズの８０個のビーズコード上に結合させた（Ｌｕｍｉｎｅｘ、番号Ｌ１００−Ｌ１ＸＸ−０１（ＸＸはビーズコードを特定する））。８０個のビーズコードにより、７０個が２セットの全部で１４０個の変異体の多重化が可能となった。各セットは、６つの親対照、３つの無関係タンパク質対照、および１つのブランクを含んでいた。変異体タンパク質への抗体結合を、親タンパク質への抗体結合と比較した。
ビーズに前結合させた１：７希釈のＳＴ２変異体、親タンパク質、および対照または非タンパク質１００ｕｌをＰＢＳ＋１％ＢＳＡで５回洗浄し、プールし、９６ウェルフィルタプレート（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）にアリコートし、次いで再び洗浄した。３倍段階希釈した１００ｕｌの抗ＳＴ２抗体を３つ組のウェルに加え、室温で１時間インキュベートして洗浄した。１：５００希釈の１００ｕｌのＰＥコンジュゲート抗ヒトＩｇＧ Ｆｃ（Ｊａｃｋｓｏｎ、番号１０９−１１６−１７０）を各ウェルに加え、０．５時間インキュベートして洗浄した。ビーズを７５ｕＬに再懸濁し、少なくとも３分間振盪し、ＢｉｏＰｌｅｘ上で読み取った。
結合アッセイを実行する前に、「ビーズ領域」と「ビーズ領域」の間（Ｂ−Ｂ間）の変動性を評価するための確認試験を行った。確認試験では、全てのビーズを同じ野生型対照タンパク質にコンジュゲートさせた。したがって、ビーズ領域間の差は、純粋にＢ−Ｂ間の分散によるものであり、野生型と変異体タンパク質との間の差によって交絡されなかった。抗体の滴定は、異なるウェルにおいて１２個の複製を用いて行った。
この統計分析の目的は、結合曲線からの推定ＥＣ５０のＢ−Ｂ間の変動性を推定することであった。次いで、推定Ｂ−Ｂ間の標準偏差（ＳＤ）を用いて、曲線比較実験の間に野生型および変異体タンパク質のＥＣ５０信頼区間を構築した。
４パラメータロジスティックモデルを各ビーズ領域の結合データに適合させた。曲線品質管理（ＱＣ）の結果、ならびに曲線の上部（最大）、下部（最小）、Ｈｉｌｌｓｌｏｐｅ（勾配）、およびＥＣ５０の自然対数（ｘｍｉｄ）のパラメータ推定値を含む、得られた「ｓｕｍｏｕｔ．ｘｌｓ」ファイルを、分析のための原データとして用いた。ＳＡＳ ＰＲＯＣ ＭＩＸＥＤ手順を用いて混合効果モデルを適合させることにより、各パラメータごとのＢ−Ｂ間の変動性を推定した。「良好な」ＱＣ状態の曲線のみを分析に含めた。最終混合効果モデルは、残差のみ（すなわち、個々のビーズ領域）をランダム効果として含んでいた。各パラメータの最小二乗平均（ＬＳ平均）も、混合効果モデルによって推定した。Ｂ−Ｂ間の分散の平方根をとることによりＢ−ＢのＳＤを算出した。集団の９７．５パーセンタイルのおよその上限値および下限値を表すＬＳ平均＋２ＳＤとＬＳ平均−２ＳＤとの間の倍率変化も算出した。
各抗体についてＷＴ対照と比較してあまり反応を生じなかった変異体を同定するためには、最大値（ＭＦＩ）がＷＴ対照の最大値（ＭＦＩ）の３０％未満である変異体を同定し、Ｈｉｔｍａｘとしてフラグを立てる。
変異体の結合曲線と野生型の結合曲線からのＥＣ５０を比較した。統計的に有意な差を、さらなる検討のためにヒットとして同定した。「ｎｏｆｉｔ」または「ｂａｄｆｉｔ」フラグを有する曲線は、この分析から排除した。
ＥＣ５０推定値の比較において、曲線フィットからの変動およびビーズ−ビーズ間の変動の２つの変動の源を検討した。野生型および変異体を異なるビーズに連結したため、それらの差は、ビーズ−ビーズ間の差によって交絡される。曲線フィットの変動は、対数ＥＣ５０推定値の標準誤差から推定される。ビーズ−ビーズ間の変動は、野生型対照がそれぞれの一方のビーズに連結された実験を用いて実験的に決定される。この実験の野生型結合曲線のＥＣ５０推定値におけるビーズ変動は、実際のマッピング実験においてビーズ−ビーズ間の変動を推定するために用いられる。
スチューデントのｔ検定を用いて２つのＥＣ５０の比較（対数スケール）を行う。ｔ統計量をδ（ＥＣ５０推定値間の絶対差）とδの標準偏差の比として算出する。非線形回帰における変異体および野生型の曲線に関するＥＣ５０の分散推定値、ならびに別の実験から推定されるビーズ−ビーズ間の分散の２倍といった、３つの成分の和によってδの分散を推定する。ビーズ−ビーズ間の分散の２の倍数は、変異体および野生型ビーズの両方が同じ分散を有するという仮定によるものである。
サタースウェイト（１９４６）の近似法を用いてδの標準偏差の自由度を算出した。
各比較ごとにスチューデントのｔ分布に基づいて個々のｐ値および信頼区間（９５％および９９％）を誘導した。
複数の野生型対照の場合、変異体に最も類似した野生型対照を選択すること、すなわち、最も高いｐ値を有するものを選択することにより、保守的なアプローチをとった。
多数のテストを同時に行いながら偽陽性を制御するために多重性の調整が重要である。ファミリーワイズエラー率（ＦＷＥ）制御および偽発見率（ＦＤＲ）制御の２つの形式の多重性調整をこのアッセイのために実行した。ＦＷＥアプローチは、１つ以上のヒットが真ではない確率を制御し、ＦＤＲアプローチは、選択されたヒットの間で予測される偽陽性の割合を制御する。前者のアプローチは、後者のアプローチよりも保守的であり、かつ弱い。両方のアプローチのために多くの方法が利用可能であるが、この分析のために、本発明者らはＦＷＥ分析にはＨｏｃｈｂｅｒｇ（１９８８）の方法、そしてＦＤＲ分析にはＢｅｎｊａｍｉｎｉ−Ｈｏｃｈｂｅｒｇ（１９９５）のＦＤＲ方法を選択した。両方のアプローチについて調整されたｐ値は、各抗体ごとにまたはアッセイ全体としてのいずれかで算出する。
変異体は、以下の基準によって効果を有すると選択した：１）ｂａｄ ｆｉｔまたはｎｏ ｆｉｔの結果が、その変異体に返された、２）変異体が、ｈｉｔｍａｘ基準で選択された、３）ファミリーワイズエラーのｐ値が０．０１未満であった、または４）Ｂｍａｘ値が親の２００％を超えていた。効果がＢｍａｘを減少させるかまたはＥＣ５０値を増加させた場合、ヒットは阻害剤であると指定され、Ｂｍａｘを増加させるかまたはＥＣ５０値を減少させた場合、ヒットは活性化因子であると指定された。検査した抗体の９０％超に効果を有するために、ヒットリストから８つの変異が除外された：それらは、Ｋ３７Ａ、Ｒ４６Ａ、Ｄ６３Ｒ、Ｖ７１Ｒ、Ｇ１０６Ｒ、Ｋ１１２Ａ、Ｎ１３２Ｒ、Ｑ１３７Ｒ、およびＹ１４１Ｒである。
分析の結果を表１３および１４に提供する。
表１３
表１４
実施例１２：水素／重水素交換（ＨＤＸ）分析
本実施例では、Ａｂ２をＳＴ２に結合させ、結合がＨＤＸに与える影響を決定した。
Ｃ末端にＦＬＡＧタグおよびＨｉｓタグの両方を有する可溶性ＳＴ２タンパク質（配列番号１のアミノ酸１９〜３２２を含有するドメイン１〜３）を哺乳動物２９３−６Ｅ細胞中で一過性に発現させ、ＩＭＡＣ（固定化金属イオンアフィニティークロマトグラフィー）で精製し、分取ＳＥＣ（サイズ排除クロマトグラフィー）によりさらに精製した。次いで、限外濾過を用いてタンパク質を３．５ｍｇ／ｍＬに濃縮した。ＳＴ２抗体Ａｂ２を遺伝子操作したＣＨＯ−ＣＳ９細胞に発現させ、プロテインＡアフィニティークロマトグラフィー、続いて分取ＳＥＣにより精製した。分析ＳＥＣを用いて、ＳＴ２タンパク質が抗体に完全に結合することを確実にするためには、モル比０．７５：１．００の抗体：抗原が最適であることが分かった。遊離ＳＴ２タンパク質および抗原−抗体複合体の両方を、ＰＢＳ緩衝液（ｐＨ７．２）中に保存した。
自動ＨＤＸシステム（Ｚｈａｎｇ，Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ．２０１２）上でＨＤＸ実験を行った。端的に述べると、Ｈ／Ｄ交換プロセスは、５ｕＬの遊離ＳＴ２タンパク質溶液（３．５ｍｇ／ｍＬ）またはＳＴ２−抗体複合体（ｊＳＴ２濃度３．５ｍｇ／ｍＬ、抗原：抗体比率１：０．７５）のいずれかを、２５℃のＤ２Ｏ水にＰＢＳ錠剤を溶解することによって調製した１００ｍＭ ＰＢＳ（ｐＨ７．２）中のＤ２Ｏ緩衝液２５ｕＬに希釈することにより開始する。交換反応により各ＨＤＸ実験ごとに種々の標識期間（３０秒、２、８、３０分、および２、８時間）インキュベートし（ｉｎｓｕｂａｔｅ）、２０μＬの標識溶液を、８０μＬの反応停止／変性／還元緩衝液（７．２５Ｍ尿素および６２５ｍＭ ｔｒｉｓ（２−カルボキシエチル）ホスフィン（ＴＣＥＰ）、０．４５Ｍグリシン、ｐＨ２．７）と１℃で混合することにより標識反応を停止した。
反応停止溶液の４０μＬアリコートを、１２０μＬの０．４ｍｇ／ｍＬブタペプシン（Ｓｉｇｍａ、Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ）溶液中に移した。１℃の試料ループに消化溶液を迅速に注入し、完全に消化するために６分間そのままにした。さらに、Ｃ１８カラム（直列した３本のカラム、ＢＥＨ Ｃ１８、２．１ｍｍ×５ｍｍ、Ｗａｔｅｒｓ Ｃｏｒｐ．、Ｍｉｌｆｏｒｄ，ＭＡ）により消化を分離した。５分間で１〜４０％のＡＣＮ勾配を用いて、１℃でＨＰＬＣ分離を行った。データ依存性ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ実験においてＯｒｂｉｔｒａｐ Ｅｌｉｔｅ質量分析計（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ， Ｓａｎ Ｊｏｓｅ， ＣＡ）によりＬＣ溶離液を分析した。
ＬＥＡＰ Ｓｈｅｌｌｓ （ＬＥＡＰ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｃａｒｒｂｏｒｏ，ＮＣ）により制御されたＬＥＡＰ ＨＤ−Ｘ ＰＡＬシステム上で重水素標識、反応停止、タンパク質分解消化、および注入を行った。
この実験を３回繰り返し、各実験において各時点を２回繰り返した。標準的なペプチド混合物を試料に加え、逆交換の変動性を追跡して補正した。混合物は、これらの３つのペプチドを含有する：ブラジキニン、アンジオテンシンＩ、およびロイシンエンケファリン。特別に設計したテトラペプチドＰＰＰＩ（ＡｎａＳｐｅｃ、Ｆｒｅｍｏｎｔ，ＣＡにより合成）を、実験間の変動性を最小限に抑えるための第２の内部標準として用いた。Ｈ／Ｄ交換なしのＳＴ２タンパク質の消化も、対照として分析した。
得られたデータファイルをＭａｓｓＡｎａｌｙｚｅｒプログラム（Ｚｈａｎｇ， Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ． ２０１２）を用いて処理した。このソフトウェアは、抗原消化からのペプチドを同定し、各ペプチドの交換速度を算出し、内部標準から得た逆交換情報を補正し、各残基に保護因子を与えるモデルにデータを適合させる。
遊離ＳＴ２と抗体結合ＳＴ２タンパク質との交換プロファイルの比較により、対象となる、潜在的なエピトープとなり得る２つの領域が明らかとなった。ＳＴ２配列の２つの領域を、多重重複ペプチドによりＩＶＲＣＰＲＱＧＫＰＳＹ（成熟ＳＴ２のアミノ酸１５〜２６に対応する配列番号１のアミノ酸３３〜４４）およびＩＶＲＳＰＴＦ（成熟ＳＴ２のアミノ酸７０〜７６に対応する配列番号１のアミノ酸８８〜９４）に精密化した。これらの領域は、ＳＴ２が遊離状態にある時はあまり保護されておらず、ＳＴ２および抗体が結合すると交換速度が劇的に減少する。さらに、図６に示されるＳＴ２相同性構造モデルに基づくと、これら２つの配列ストレッチは、タンパク質の外表面上で類似する空間的位置を占める。これらの結果から、２つのペプチドがＡｂ２とＳＴ２タンパク質との間の結合に関与しているという結論を導き出す。
実施例１３：Ｘ線結晶構造解析
本実施例において、Ａｂ２およびＳＴ２のｓｃ−ｄｓＦｖ断片の複合体の結晶構造が、相互作用界面に特異的アミノ酸残基を提供する。
Ａｂ２ ｓｃ−ｄｓＦｖをＢＬ２１（ＤＥ３） Ｓｔａｒ細胞に発現させた。端的に述べると、Ａｂ２ ｓｃ−ｄｓＦｖは、リンカー（Ｇ４Ｓ）３によって軽鎖可変ドメインに接続された重鎖可変ドメインを含有する。分子をさらに安定させるために、重鎖可変領域の４４位および軽鎖可変領域の１０１位をシステインに変異させることにより分子内でジスルフィド結合を操作した。タンパク質を封入体として発現させた。封入体を可溶化させ、再び折り畳んだ。タンパク質をサイズ排除カラム（ＳＥＣ）、およびイオン交換ＭｏｎｏＱカラムでさらに精製し、次いでＳＥＣで仕上げを実施（ｐｏｌｉｓｈ）した。
ＳＴ２を２９３Ｓ細胞に発現させた。タンパク質をＮｉアフィニティーカラムにより精製し、ＥｎｄｏＨで脱グリコシル化した。ＳＥＣでタンパク質をさらに精製した。
Ａｂ２ ｓｃ−ｄｓＦｖおよび過剰なＳＴ２を混合することにより、Ａｂ２ ｓｃ−ｄｓＦｖとＳＴ２の複合体を形成した。複合体をＳＥＣ上で精製し、結晶化のために１２ｍｇ／ｍｌに濃縮した。シッティングドロップ蒸気拡散法により、１６℃の３２〜３６％ ＰＥＧ４００および０．１Ｍ Ｈｅｐｅｓ（ｐＨ７．５−８．５）中でタンパク質複合体を結晶化した。
Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｌｉｇｈｔ Ｓｏｕｒｃｅ，Ｌａｗｒｅｎｃｅ Ｂｅｒｋｅｌｅｙ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｌａｂ（Ｂｅｒｋｅｌｅｙ，ＣＡ）で、解像度１．９Åのデータセットを収集した。データをＭＯＳＦＬＭ（Ｌｅｓｌｉｅ，１９９２）で処理し、ＣＣＰ４プログラムスイート（Ｃｏｌｌａｂｏｒａｔｉｖｅ Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ Ｐｒｏｊｅｃｔ，Ｎｏ４．（１９９４））中のＳＣＡＬＡによりスケーリングした。公開された構造であるＩＬ−１ＲＩＩ（ｐｄｂコード：３Ｏ４Ｏ）のＤ１Ｄ２ドメイン、およびＡｂ２のＦａｂ構造の可変ドメインを検索モデルとして使用して、ＰＨＡＳＥＲプログラムを用いた分子置換法（ＭｃＣｏｙ ｅｔ ａｌ．，２００７）により構造を解析した。ＲＥＦＭＡＣ５（Ｍｕｒｓｈｕｄｏｖ ｅｔ ａｌ．，１９９７）およびＣＯＯＴ（Ｅｍｓｌｅｙ ａｎｄ Ｃｏｗｔａｎ，２００４）を用いて反復性構造精密化およびモデル構築を行った。
ＣＣＰ４パッケージ中のＰＩＳＡ、ＡＲＥＡＭＯＬ、およびＮＣＯＮＴＡＣＴプログラムを用いて界面分析を行った。Ｐｙｍｏｌ（Ｔｈｅ ＰｙＭＯＬ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｇｒａｐｈｉｃｓ Ｓｙｓｔｅｍ．Ｓｃｈｒｏｅｄｉｎｇｅｒ）を用いて図を調製した。
ＳＴ２／Ａｂ２ ｓｃ−ｄｓＦｖ複合体の結晶構造を解像度１．９Åまで解析した。非対称ユニットには２つの独立したＳＴ２／Ａｂ２ ｓｃ−ｄｓＦｖ複合体の対があった（図７）。各複合体は、１つのＳＴ２分子および１つのＡｂ２ ｓｃ−ｄｓＦｖ断片からなる。ＳＴ２分子は、２つのＩｇＧ様ドメイン（Ｄ１およびＤ２ドメイン）でできている。Ａｂ２ Ｆｖドメインは、重鎖および軽鎖の６つ全てのＣＤＲループを利用してＳＴ２分子と相互作用する（図８）。ＳＴ２の場合、２つのループ（ループＢＣおよびループＦＧ）とＳＴ２のＮ末端が、抗体と直接相互作用する。ＳＴ２とＡｂ２ ｓｃ−ｄｓＦｖとの間の総埋没溶媒接触表面積は、１８０３Å２である。
ＳＴ２とＡｂ２との界面は、高度に荷電している。ＳＴ２は、Ｄ１ドメインに塩基性残基（ＬｙｓおよびＡｒｇ）のクラスターを有する。この正電荷を帯びた表面パッチは、ＣＤＲ領域の酸性残基（ＡｓｐおよびＧｌｕ）のクラスターによって形成されるＡｂ２上の負に帯電したパッチを補正する（図９）。
界面残基を定義するために２つの異なる方法を用いた。第１の方法では、溶媒露出の差を用いて界面残基を定義した。複合体中のＳＴ２（またはＡｂ２ ｓｃ−ｄｓＦｖ）の各残基の溶媒接触表面積を算出し、複合体から除去したＳＴ２（またはＡｂ２ ｓｃ−ｄｓＦｖ）中の対応する残基の溶媒接触表面積と比較した。１０％超の差を有する全てのアミノ酸をＳＴ２およびＡｂ２に関して表１５および表１６にそれぞれ列挙する。ＳＴ２のＡｒｇ７２およびＴｙｒ８１の表面露出の違いは、１０％未満であった。しかしながら、複合体構造の検査により、両方の残基がＡｂ２重鎖残基と水を介した水素結合を形成することが明らかになり、したがって、それらはリストに含まれる。
表１５
溶媒露出の差によって定義されるエピトープ残基：ＳＴ２。
残基数は、成熟ＳＴ２中のアミノ酸の位置に対応する、すなわち、アミノ酸１は、配列番号１のアミノ酸１９に対応する。
表１６ 溶媒露出の差によって定義されるパラトープ残基：Ａｂ２
第２の方法では、そのパートナータンパク質までの所定の距離内に少なくとも１つの原子を有する界面残基を選択した。異なる距離のカットオフに基づいて２つのシェルを定義した。
コアシェルは、最大距離５．０Åの全ての残基を含む。
境界シェルは、５．０Åよりも長いが８．０Åよりも短い距離の全ての残基を含む。
ＳＴ２、Ａｂ２の重鎖および軽鎖の各シェル内のアミノ酸残基の完全なリストを、それぞれ、表１７、１８、および１９に示す。そのパートナータンパク質と水素結合または塩架橋を形成する残基について、特異的相互作用の種類を、残基の後のカッコ内に記す（水素結合はＨＢ、塩架橋はＳＢ）。
表１７ 距離のカットオフによって定義されるエピトープ残基：ＳＴ２。
残基数は、成熟ＳＴ２中のアミノ酸の位置に対応する、すなわち、アミノ酸１は、配列番号１のアミノ酸１９に対応する。
表１８ 距離のカットオフによって定義されるパラトープ残基：Ａｂ２重鎖。
表１９ 距離のカットオフによって定義されるパラトープ残基：Ａｂ２軽鎖。
溶媒露出の差によって定義されるエピトープ残基は、距離のカットオフによって定義されるコア相互作用基の残基と一致する。界面内の全ての水素結合および塩架橋対を表２０に列挙する。
表２０ 界面内の相互作用対
実施例１２のＨＤＸ−ＭＳ分析から得られたＳＴ２エピトープ領域を結晶構造解析データにより確認する。ＨＤＸからの２つのエピトープ（１５〜２６および７０〜７６）を、より高い解像度の結晶構造解析データにおいてエピトープして同定した。具体的には、Ａｒｇ２０、Ｇｌｙ２２、Ｌｙｓ２３、およびＴｙｒ２６、ならびにＴｈｒ７５が、３．４Å未満の距離を有し、抗体に近いと同定された。抗体までの距離３．４〜５Åを有すると同定されたさらなる残基（Ｐｒｏ１９、Ｇｌｎ２１、Ｉｌｅ７０、Ｖａｌ７１、Ａｒｇ７２、Ｓｅｒ７３、Ｐｒｏ７４、およびＰｈｅ７６）もまた、ＨＤＸエピトープに包含された。
全体として、この結果から、ＨＤＸ−ＭＳおよび結晶構造解析の両方から得られたＳＴ２エピトープ領域が一定であることが確認された。ドメイン１のＢＣループおよびＦＧループ（結晶構造解析データを参照）は、主な相互作用部位である。
参考文献

Claims (16)

  1. ヒトＩＬ−３３によって媒介されるＳＴ２シグナル伝達と関連する自己免疫疾患または炎症性疾患を治療するための組成物であって、該組成物は、
    配列番号１０７に記載のＬＣＤＲ１配列；配列番号１１８に記載のＬＣＤＲ２配列；および配列番号１２９に記載のＬＤＲ３配列を含む軽鎖可変ドメインと、
    配列番号４１に記載のＨＣＤＲ１配列；配列番号５２に記載のＨＣＤＲ２配列；および配列番号６３に記載のＨＣＤＲ３配列を含む重鎖可変ドメインと
    を含むＳＴ２抗体を含む、組成物。
  2. 前記抗体が、
    ａ）配列番号９６に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性を有する軽鎖可変ドメイン；
    ｂ）配列番号３０に記載のアミノ酸配列と少なくとも９０％の同一性を有する重鎖可変ドメイン；または
    ｃ）ａ）の軽鎖可変ドメインとｂ）の重鎖可変ドメイン
    を含む、請求項１に記載の組成物。
  3. 前記軽鎖可変ドメインが、配列番号９６に記載のアミノ酸配列と少なくとも９５％の同一性を有する、請求項２に記載の組成物。
  4. 前記重鎖可変ドメインが、配列番号３０に記載のアミノ酸配列と少なくとも９５％の同一性を有する、請求項２または３に記載の組成物。
  5. 前記軽鎖可変ドメインが、配列番号９６に記載のアミノ酸配列を含む、請求項２〜４のいずれか一項に記載の組成物。
  6. 前記重鎖可変ドメインが、配列番号３０に記載のアミノ酸配列を含む、請求項２〜５のいずれか一項に記載の組成物。
  7. 前記軽鎖可変ドメインが、配列番号９６に記載のアミノ酸配列を含み、前記重鎖可変ドメインが、配列番号３０に記載のアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の組成物。
  8. 前記抗体が、１×１０ −１０ 以下の親和性でヒトＳＴ２に特異的に結合する、請求項１〜７のいずれか一項に記載の組成物。
  9. 前記抗体が、ヒトＳＴ２のヒトＩＬ−３３への結合を阻害する、請求項１〜８のいずれか一項に記載の組成物。
  10. 前記抗体が、ヒトＳＴ２を発現する細胞においてヒトＩＬ−３３によって媒介されるＳＴ２シグナル伝達を低下させる、請求項１〜９のいずれか一項に記載の組成物。
  11. 前記抗体が、カニクイザルＳＴ２のカニクイザルＩＬ−３３への結合を阻害する、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の組成物。
  12. 前記抗体が、カニクイザルＳＴ２を発現する細胞においてＩＬ−３３によって媒介されるカニクイザルＳＴ２シグナル伝達を低下させる、請求項１１に記載の組成物。
  13. 前記抗体がヒト抗体である、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の組成物。
  14. 前記抗体が軽鎖と重鎖とを含み、該軽鎖が、配列番号８５に記載のアミノ酸配列を含み、該重鎖が、配列番号１９に記載のアミノ酸配列を含む、請求項１３に記載の組成物。
  15. 前記自己免疫疾患または炎症性疾患が、喘息、アトピー性皮膚炎、慢性閉塞性肺疾患、肺線維症、敗血症および外傷、ＨＩＶ感染、全身性エリテマトーデス、炎症性腸疾患、関節リウマチ、硬化症、ウェゲナー肉芽腫症、ベーチェット病、循環器疾患、副鼻腔炎、鼻ポリープ症、または好酸球性気管支炎である、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の組成物。
  16. 前記自己免疫疾患または炎症性疾患が、喘息、慢性閉塞性肺疾患、または好酸球性気管支炎である、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の組成物。
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