JP2004519247A - 発現プロファイルおよび使用法 - Google Patents

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ワン・ジャクソン
ワン・イキシン
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オーソ・クリニカル・ダイアグノスティックス・インコーポレーテッド
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Abstract

本発明は遺伝子発現プロファイル、各遺伝子発現プロファイルを生成するためのアルゴリズム、各遺伝子発現プロファイルを表現する核酸シーケンスを含むマイクロアレイ、各遺伝子発現プロファイルおよびマイクロアレイを使用する方法、および各遺伝子発現プロファイル、マイクロアレイ、およびアルゴリズムの使用に関する商業的方法に関係している。本発明はさらにタンパク質発現プロファイル、各タンパク質発現プロファイルを生成するためのアルゴリズム、各タンパク質発現プロファイルを含むタンパク質に結合する各タンパク質捕捉物質を含むマイクロアレイ、各タンパク質発現プロファイルおよびマイクロアレイを使用する方法、および各タンパク質発現プロファイル、マイクロアレイ、およびアルゴリズムの使用に関する商業的方法に関係している。

Description

関連出願に対するクロスリファレンス
本特許出願は本明細書に参考文献として含まれる２００１年３月２０日に出願されている米国仮特許出願第６０／２７６，９４７号に関連しており、米国特許法第１１９（ｅ）条（３５Ｕ．Ｓ．Ｃ．§１１９（ｅ））に基づいて、当該仮特許出願の恩典を主張する。
【０００１】
発明の分野
本発明は遺伝子発現プロファイル、遺伝子発現プロファイルを生成するためのアルゴリズム、遺伝子発現プロファイルを表現している核酸シーケンスを含むマイクロアレイ、遺伝子発現プロファイルおよびマイクロアレイを使用する方法、および遺伝子発現プロファイル、マイクロアレイ、およびアルゴリズムを使用するための商業的方法に関する。
【０００２】
本発明はさらにタンパク質発現プロファイル、タンパク質発現プロファイルを生成するためのアルゴリズム、タンパク質発現プロファイルを有するタンパク質に結合するタンパク質捕捉物質を含むマイクロアレイ、タンパク質発現プロファイルおよびマイクロアレイを使用する方法、およびタンパク質発現プロファイル、マイクロアレイ、およびアルゴリズムの使用のための商業的方法に関する。
【０００３】
発明の背景
特定の遺伝子またはタンパク質の同定および分析は一般にその遺伝子またはタンパク質に特定的に対応する各実験により達成されてきた。しかしながら、最近の進歩に伴って、ヒト・ゲノムのシーケンス化において、数千の遺伝子の発現、機能、および調節を解読することが試みられているが、このことは一度に１個の遺伝子またはタンパク質を分析することにより現実的に達成することは不可能である。この状況に対処するために、ＤＮＡマイクロアレイ技法が価値ある手段であることが立証されている。ＤＮＡの各マイクロアレイから得られるシーケンス情報を利用することにより、数千の遺伝子の発現および機能的関係が解明可能になる。
【０００４】
数千の遺伝子の発現プロファイルは、ひとまとめに、ｃＤＮＡおよびオリゴヌクレオチドの各マイクロアッセイにより調査されてきた。例えば、ロックハート（Ｌｏｃｋｈａｒｔ）他，ヌクレイック・アシッド・シンプ・セル（ＮＵＣＬＥＩＣ ＡＣＩＤＳ ＳＹＭＰ． ＳＥＲ．），１１頁乃至１２頁，（１９９８年）、シャロン（Ｓｈａｌｏｎ）他，４６パソール・バイオル（４６ ＰＡＴＨＯＬ． ＢＩＯＬ．），１０７頁乃至１０９頁，（１９９８年）、スキナ（Ｓｃｈｅｎａ）他，１６トレンズ・バイオテクノル（１６ ＴＲＥＮＤＳ ＢＩＯＴＥＣＨＮＯＬ．），３０１頁乃至３０６頁，（１９９８年）を参照されたい。幾つかの調査により、酵母、哺乳類動物の細胞系、および病気組織における各遺伝子発現プロファイルが分析されている。例えば、ウェルフォード（Ｗｅｌｆｏｒｄ）他，２６ヌクレイック・アシッド・リサーチ（２６ ＮＵＣＬＥＩＣ ＡＣＩＤＳ ＲＥＳ．），３０５９頁乃至３０６５頁，（１９９８年）、チョー（Ｃｈｏ）他，２モレキュラー・セル（２ ＭＯＬ． ＣＥＬＬ），６５頁乃至７３頁（１９７７年）、ヘラー（Ｈｅｌｌｅｒ）他，９４巻，プロック・ナチュラル・アカデミック・ソサイエティ米国（ＰＲＯＣ． ＮＡＴＬ． ＳＣＩ． ＵＳＡ），２１５０頁乃至２１５５頁，（１９７７年），スキナ（Ｓｃｈｅｎａ）他，９３巻，プロック・ナチュラル・アカデミック・ソサイエティ米国（ＰＲＯＣ． ＮＡＴＬ． ＳＣＩ． ＵＳＡ），１０６１４頁乃至１０６１９頁（１９９６年）を参照されたい。
【０００５】
マイクロアレイ技法は特定の遺伝子の発現プロファイルおよびその発現量における変化に基づいてその遺伝子の機能を解読するための手段を提供する。加えて、この技法は各細胞経路における各成分ならびにこれら細胞成分の調節を定めるために使用できる。高密度オリゴヌクレオチド・マイクロアレイは数千の遺伝子または可能な限り全体の各ゲノム（例えば、ビール酵母菌（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ））を同時にモニターするために使用できる。
【０００６】
また、マイクロアレイ技法は各ゲノムの遺伝的および物理的なマッピング、ＤＮＡシーケンス化、遺伝的診断、および各生物の遺伝子型決定のためにも使用できる。さらに、マイクロアレイ技法は医療的診断を決定するために使用できる。例えば、病原性の微生物の同定が多くの種類の既知の病原性のＤＮＡからの各遺伝子を含むマイクロアレイに対して親サンプルをハイブリッド形成することにより明確に確立できる。また、同様の技法も一定の生物の遺伝子型決定において使用可能である。遺伝的診断において、マイクロアレイは一定の変異状態の遺伝子または特定の病気に伴う多数の遺伝子の多数の形態を含むことができる。このマイクロアレイはその後ＤＮＡまたはＲＮＡによりプローブ処理されて、親サンプル（例えば、血液サンプル）から単離することが可能であり、この単離物は上記変異状態または病気の遺伝子の一つに対してハイブリッド形成できる。
【０００７】
さらに、分子発現標識用または予測用の各遺伝子を含むマイクロアレイは組織または細胞の同定を確認するために使用できる。加えて、病気の進行が病気の組織内の上記予測遺伝子の各発現パタンを分析することによりモニターできる。遺伝子発現における一定の変化が特定の病気の状態およびその病気の段階を定めるために使用できる。また、特定の薬物治療のプログラムにおける効力のモニターも上記予測遺伝子の各発現パタンを分析することにより達成できる。例えば、遺伝子発現における増減が特定の薬物の効力を示す可能性がある。
【０００８】
一般に、オリゴヌクレオチド・プローブは特定の組織または細胞の種類における相補的な核酸シーケンスを検出するために使用される。これらのオリゴヌクレオチド・プローブは一定の基体に対して共役的に結合することができ、各固体の基体におけるこれらオリゴヌクレオチド・プローブの各アレイが特定の核酸シーケンスを検出するために使用される。任意の組織または細胞のサンプルにおける遺伝子発現を評価するために、ＤＮＡまたはＲＮＡがその組織または細胞から単離され、蛍光色素により標識化された後に、そのＤＮＡマイクロアレイに対してハイブリッド形成される。このマイクロアレイはｃＤＮＡライブラリー、ゲノムＤＮＡ、または発現シーケンス・タグ（ＥＳＴｓ）から選択される数百乃至数千のＤＮＡシーケンスを含むことができる。これらのＤＮＡシーケンスはその基体上において点滴または合成された後に、紫外線によりその基体に架橋できる。ハイブリッド形成に続いて、上記マイクロアレイの蛍光発光の強度が分析され、これらの測定値が上記サンプル内の特定の遺伝子の存在または相対的な量を決定するために用いられる。このハイブリッド形成パタンは標的の組織または細胞の種類における一定の遺伝子発現プロファイルを生成するために使用される。
【０００９】
従って、各遺伝子発現プロファイルにおける差は遺伝子発現の各変化を含む多くの病気の原因を認識するために使用できる。各遺伝子の種類およびこれらの各発現量は正常な組織と病気の組織とを区別することができる。例えば、癌細胞は正常な細胞から高度に侵襲性で、転移性の悪性疾患に進展し、これらは癌遺伝子の活性化、または腫瘍サプレッサ遺伝子の不活性化により誘発される場合が多い。異なる発現を示す各シーケンスは形質転換している状態の標識手段または予測手段として作用することができるので、腫瘍の診断および分類において有望な有用性を有する。従って、各発現プロファイルの評価は腫瘍の種類および段階、各治療方法、および予後についての有意義な情報を提供することができる。
【００１０】
発明の概要
本発明は遺伝子発現プロファイル、遺伝子発現プロファイルを生成するためのアルゴリズム、遺伝子発現プロファイルを表現している核酸シーケンスを含むマイクロアレイ、遺伝子発現プロファイルおよびマイクロアレイを使用する方法、および遺伝子発現プロファイル、マイクロアレイ、およびアルゴリズムの使用に関する商業的方法に関する。
【００１１】
本発明の特定の実施形態において、上記遺伝子発現プロファイルは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９４および ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４４から成る群から選択される核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスに対して実質的に相同性である１種類以上の核酸シーケンスを含む内皮細胞遺伝子発現プロファイルとすることができる。この遺伝子発現プロファイルに関連して、本発明は当該遺伝子発現プロファイルを含む各遺伝子によりコード化される１種類以上のタンパク質の全体または一部分に対して特異的に結合する１種類以上のタンパク質捕捉物質を含むマイクロアレイを提供する。
【００１２】
本発明の別の実施形態において、上記遺伝子発現プロファイルは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５５およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６９から成る群から選択される核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスに対して実質的に相同性である１種類以上の核酸シーケンスを含む筋肉細胞遺伝子発現プロファイルとすることができる。この遺伝子発現プロファイルに関連して、本発明は当該遺伝子発現プロファイルを含む各遺伝子によりコード化される１種類以上のタンパク質の全体または一部分に対して特異的に結合する１種類以上のタンパク質捕捉物質を含むマイクロアレイを提供する。
【００１３】
本発明の別の実施形態において、上記遺伝子発現プロファイルは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １００； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８５およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８６から成る群から選択される１種類以上の核酸シーケンスまたはその相補的シーケンス、または上記核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスの各部分を含む一次細胞遺伝子発現プロファイルとすることができる。この遺伝子発現プロファイルに関連して、本発明は当該遺伝子発現プロファイルを含む各遺伝子によりコード化される１種類以上のタンパク質の全体または一部分に対して特異的に結合する１種類以上のタンパク質捕捉物質を含むマイクロアレイを提供する。
【００１４】
本発明のさらに別の実施形態において、上記遺伝子発現プロファイルは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８５およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８６から成る群から選択される１種類以上の核酸シーケンスまたはその相補的シーケンス、または上記核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスの各部分を含む上皮細胞遺伝子発現プロファイルとすることができる。この遺伝子発現プロファイルに関連して、本発明は当該遺伝子発現プロファイルを含む各遺伝子によりコード化される１種類以上のタンパク質の全体または一部分に対して特異的に結合する１種類以上のタンパク質捕捉物質を含むマイクロアレイを提供する。
【００１５】
さらに別の実施形態において、一定のケラチノサイト上皮細胞遺伝子発現プロファイルは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２００； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１０および ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１１から成る群から選択される１種類以上の核酸シーケンスまたはその相補的シーケンス、または上記核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスの各部分を含むことができる。この遺伝子発現プロファイルに関連して、本発明は当該遺伝子発現プロファイルを含む各遺伝子によりコード化される１種類以上のタンパク質の全体または一部分に対して特異的に結合する１種類以上のタンパク質捕捉物質を含むマイクロアレイを提供する。
【００１６】
さらに、本発明は以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８５およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８９から成る群から選択される１種類以上の核酸シーケンスまたはその相補的シーケンス、または上記核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスの各部分を含む乳房上皮細胞遺伝子発現プロファイルを提供する。この遺伝子発現プロファイルに関連して、本発明は当該遺伝子発現プロファイルを含む各遺伝子によりコード化される１種類以上のタンパク質の全体または一部分に対して特異的に結合する１種類以上のタンパク質捕捉物質を含むマイクロアレイを提供する。
【００１７】
さらに別の実施形態において、気管支上皮細胞遺伝子発現プロファイルは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６１およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１４から成る群から選択される１種類以上の核酸シーケンスまたはその相補的シーケンス、または上記核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスの各部分を含むことができる。この遺伝子発現プロファイルに関連して、本発明は当該遺伝子発現プロファイルを含む各遺伝子によりコード化される１種類以上のタンパク質の全体または一部分に対して特異的に結合する１種類以上のタンパク質捕捉物質を含むマイクロアレイを提供する。
【００１８】
また、本発明は一定の前立腺上皮細胞遺伝子発現プロファイルを提供し、この遺伝子発現プロファイルは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０２およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２０から成る群から選択される１種類以上の核酸シーケンスまたはその相補的シーケンス、または上記核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスの各部分を含むことができる。この遺伝子発現プロファイルに関連して、本発明は当該遺伝子発現プロファイルを含む各遺伝子によりコード化される１種類以上のタンパク質の全体または一部分に対して特異的に結合する１種類以上のタンパク質捕捉物質を含むマイクロアレイを提供する。
【００１９】
さらに別の実施形態において、一定の腎皮質上皮細胞遺伝子発現プロファイルは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２６およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２７から成る群から選択される１種類以上の核酸シーケンスまたはその相補的シーケンス、または上記核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスの各部分を含むことができる。この遺伝子発現プロファイルに関連して、本発明は当該遺伝子発現プロファイルを含む各遺伝子によりコード化される１種類以上のタンパク質の全体または一部分に対して特異的に結合する１種類以上のタンパク質捕捉物質を含むマイクロアレイを提供する。
【００２０】
本発明はさらに以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３００； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２８およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２９から成る群から選択される１種類以上の核酸シーケンスまたはその相補的シーケンス、または上記核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスの各部分を含む腎近位細管上皮細胞遺伝子発現プロファイルを提供する。この遺伝子発現プロファイルに関連して、本発明は当該遺伝子発現プロファイルを含む各遺伝子によりコード化される１種類以上のタンパク質の全体または一部分に対して特異的に結合する１種類以上のタンパク質捕捉物質を含むマイクロアレイを提供する。
【００２１】
特定の実施形態において、小気道上皮細胞遺伝子発現プロファイルは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１７およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１９から成る群から選択される１種類以上の核酸シーケンスまたはその相補的シーケンス、または上記核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスの各部分を含むことができる。この遺伝子発現プロファイルに関連して、本発明は当該遺伝子発現プロファイルを含む各遺伝子によりコード化される１種類以上のタンパク質の全体または一部分に対して特異的に結合する１種類以上のタンパク質捕捉物質を含むマイクロアレイを提供する。
【００２２】
本発明はさらに以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２３およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２４から成る群から選択される１種類以上の核酸シーケンスまたはその相補的シーケンス、または上記核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスの各部分を含む腎上皮細胞遺伝子発現プロファイルを提供する。この遺伝子発現プロファイルに関連して、本発明は当該遺伝子発現プロファイルを含む各遺伝子によりコード化される１種類以上のタンパク質の全体または一部分に対して特異的に結合する１種類以上のタンパク質捕捉物質を含むマイクロアレイも提供する。
【００２３】
本発明のさらに別の実施形態において、上記遺伝子発現プロファイルは１種類以上の遺伝子を含むことができ、この場合の遺伝子発現プロファイルは冠状動脈内皮、臍帯動脈内皮、臍帯静脈内皮、大動脈内皮、皮膚微小血管内皮、肺動脈内皮、子宮筋層微小血管内皮、ケラチノサイト上皮、気管支上皮、乳房上皮、前立腺上皮、腎皮質上皮、腎近位細管上皮、小気道上皮、腎上皮、臍帯動脈平滑筋、新生児皮膚線維芽細胞、肺動脈平滑筋、皮膚線維芽細胞、神経先祖細胞、骨格筋、星状細胞、大動脈平滑筋、血管間膜細胞、冠状動脈平滑筋、気管支平滑筋、子宮平滑筋、肺線維芽細胞、骨芽細胞および前立腺間質細胞から成る群から選択される細胞型から生成される。
【００２４】
本発明の別の実施形態において、上記マイクロアレイは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９４およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４４から成る群から選択される核酸シーケンスまたはその相補的シーケンス、または上記核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスの各部分に対して実質的に相同性である１種類以上の核酸シーケンスを含む内皮細胞遺伝子発現プロファイルを含むマイクロアレイとすることができる。
【００２５】
さらに、本発明のマイクロアレイは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５５およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６９から成る群から選択される核酸シーケンスまたはその相補的シーケンス、または上記核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスの各部分に対して実質的に相同性である１種類以上の核酸シーケンスを含む筋細胞遺伝子発現プロファイルを含むマイクロアレイも含むことができる。
【００２６】
さらに、本発明の範囲の中には、以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １００； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８５およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８６から成る群から選択される核酸シーケンスまたはその相補的シーケンス、または上記核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスの各部分に対して実質的に相同性である１種類以上の核酸シーケンスを含む一次細胞遺伝子発現プロファイルを含むマイクロアレイが含まれる。
【００２７】
さらに別の実施形態において、上記マイクロアレイは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８５およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８６から成る群から選択される核酸シーケンスまたはその相補的シーケンス、または上記核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスの各部分に対して実質的に相同性である１種類以上の核酸シーケンスを含む一定の上皮細胞遺伝子発現プロファイルを含むマイクロアレイとすることができる。
【００２８】
さらに別の実施形態において、上記マイクロアレイは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２００； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１０およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１１から成る群から選択される核酸シーケンスまたはその相補的シーケンス、または上記核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスの各部分に対して実質的に相同性である１種類以上の核酸シーケンスを含む一定のケラチノサイト上皮細胞遺伝子発現プロファイルを含むことができる。
【００２９】
さらに、本発明は以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８５およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８９から成る群から選択される核酸シーケンスまたはその相補的シーケンス、または上記核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスの各部分に対して実質的に相同性である１種類以上の核酸シーケンスを含む一定の乳房上皮細胞遺伝子発現プロファイルを含むマイクロアレイも提供する。
【００３０】
別の実施形態において、上記マイクロアレイは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６１およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１４から成る群から選択される核酸シーケンスまたはその相補的シーケンス、または上記核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスの各部分に対して実質的に相同性である１種類以上の核酸シーケンスを含む一定の気管支上皮細胞遺伝子発現プロファイルを含むことができる。
【００３１】
さらに、本発明は以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０２およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２０から成る群から選択される核酸シーケンスまたはその相補的シーケンス、または上記核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスの各部分に対して実質的に相同性である１種類以上の核酸シーケンスを含む一定の前立腺上皮細胞遺伝子発現プロファイルを含むマイクロアレイも提供する。
【００３２】
さらに別の実施形態において、上記マイクロアレイは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２６および ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２７から成る群から選択される核酸シーケンスまたはその相補的シーケンス、または上記核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスの各部分に対して実質的に相同性である１種類以上の核酸シーケンスを含む一定の腎皮質上皮細胞遺伝子発現プロファイルを含む。
【００３３】
さらに、本発明は以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３００； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２８およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２９から成る群から選択される核酸シーケンスまたはその相補的シーケンス、または上記核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスの各部分に対して実質的に相同性である１種類以上の核酸シーケンスを含む一定の腎近位細管上皮細胞遺伝子発現プロファイルを含むマイクロアレイを提供する。
【００３４】
特定の実施形態において、上記マイクロアレイは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１７およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１９から成る群から選択される核酸シーケンスまたはその相補的シーケンス、または上記核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスの各部分に対して実質的に相同性である１種類以上の核酸シーケンスを含む一定の小気道上皮細胞遺伝子発現プロファイルを含むことができる。
【００３５】
さらに、本発明は以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２３およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２４から成る群から選択される核酸シーケンスまたはその相補的シーケンス、または上記核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスの各部分に対して実質的に相同性である１種類以上の核酸シーケンスを含む一定の腎上皮細胞遺伝子発現プロファイルを含むマイクロアレイも提供する。
【００３６】
さらに別の実施形態において、上記マイクロアレイは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２００； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３００； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２８およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２９から成る群から選択される核酸シーケンスまたはその相補的シーケンス、または上記核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスの各部分に対して実質的に相同性である１種類以上の核酸シーケンスを含むことができる。
【００３７】
また、別の実施形態において、本発明は１種類以上の遺伝子またはこれらから得られるオリゴヌクレオチド・プローブを含む遺伝子発現プロファイルを含むマイクロアレイを提供しており、上記遺伝子発現プロファイルは冠状動脈内皮、臍帯動脈内皮、臍帯静脈内皮、大動脈内皮、皮膚微小血管内皮、肺動脈内皮、子宮筋層微小血管内皮、ケラチノサイト上皮、気管支上皮、乳房上皮、前立腺上皮、腎皮質上皮、腎近位細管上皮、小気道上皮、腎上皮、臍帯動脈平滑筋、新生児皮膚線維芽細胞、肺動脈平滑筋、皮膚線維芽細胞、神経先祖細胞、骨格筋、星状細胞、大動脈平滑筋、血管間膜細胞、冠状動脈平滑筋、気管支平滑筋、子宮平滑筋、肺線維芽細胞、骨芽細胞および前立腺間質細胞から成る群から選択される細胞型から生成される。
【００３８】
さらに、本発明は一定のＲＮＡサンプルにおけるＲＮＡ発現の量を決定する工程を含み、この場合に、上記ＲＮＡサンプルは増幅され、蛍光により標識されて、複数の核酸シーケンスを含む一定のマイクロアレイに対してハイブリッド形成され、この場合に、上記マイクロアレイは蛍光について走査され、さらに、一定のアルゴリズムにより上記発現量を正規化する工程と、上記ＲＮＡサンプルを一定の遺伝子発現プロファイルのデータベースに対して記録する工程を含む商業的方法に関係している。実施形態の一例において、上記ＲＮＡサンプルは一定の患者から入手され、この患者のサンプルは血液、羊膜液、血漿、精液、骨髄、および組織生検材料を含むがこれらに限らない。
【００３９】
本発明の別の態様において、上記アルゴリズムはマックスコール（ＭａｘＣｏｒ）アルゴリズムまたはミーン・ログ・レイシオ（Ｍｅａｎ Ｌｏｇ Ｒａｔｉｏ）アルゴリズムのいずれかである。本明細書において記載されている本発明はさらに各遺伝子発現プロファイルを生成するために有用なアルゴリズムを提供する。特に、本発明は一定の遺伝子発現プロファイルを生成するためのマックスコール（ＭａｘＣｏｒ）アルゴリズムまたはミーン・ログ・レイシオ（Ｍｅａｎ Ｌｏｇ Ｒａｔｉｏ）アルゴリズムのいずれかを提供する。
【００４０】
さらに、本発明は特定の生物の遺伝子を表現している複数の既知の核酸シーケンスを含むマイクロアレイに対して調製したＲＮＡサンプルをハイブリッド形成する工程と、一定のマイクロアレイにおける各遺伝子に対応する発現量を取得する工程と、当該マイクロアレイにおける各遺伝子に対応する発現量を各対照基準に対して正規化する工程を含む遺伝子発現プロファイルの構成方法に関する。
【００４１】
さらに別の態様において、上記遺伝子発現プロファイルの構成方法は上記正規化した遺伝子の発現量のそれぞれに対して一定のアルゴリズムを適用する工程と、一群のサンプル内における全ての正規化した遺伝子発現用の各マイクロアレイに対して一定の相関分析を行なう工程と、一定の特徴抽出アルゴリズムにより一定の遺伝子発現プロファイルを設定する工程と、当該遺伝子発現プロファイルを確認する工程を含む。
【００４２】
実施形態の一例において、上記プロファイルの構成方法におけるアルゴリズムはマックスコール（ＭａｘＣｏｒ）アルゴリズムである。特に、このマックスコール・アルゴリズムは上記マイクロアレイにおいて含まれている各発現量に基づいて各遺伝子に対して指定される一定の数値を発生するために用いられている。実施形態の一例において、この数値は（−１，＋１）の範囲内である。特に、負の数値は比較的に低い発現を伴う遺伝子を表現しており、ゼロの数値は相対的な遺伝子発現の差が無いことを示しており、正の数値は比較的に高い発現を伴う遺伝子を表現している。
【００４３】
実施形態の一例において、上記数値は（−２，＋２）の範囲内である。特に、負の数値は比較的に低い発現を伴う遺伝子を表現しており、ゼロの数値は相対的な遺伝子発現の差が無いことを示しており、正の数値は比較的に高い発現を伴う遺伝子を表現している。
【００４４】
また、別の実施形態において、上記プロファイルの構成方法におけるアルゴリズムはミーン・ログ・レイシオ（Ｍｅａｎ Ｌｏｇ Ｒａｔｉｏ）アルゴリズムである。特に、このミーン・ログ・レイシオ・アルゴリズムは上記マイクロアレイにおいて含まれている各発現量に基づいて各遺伝子に対して指定される一定の数値を発生するために用いられている。実施形態の一例において、この数値は（−１，＋１）の範囲内である。特に、負の数値は比較的に低い発現を伴う遺伝子を表現しており、ゼロの数値は相対的な遺伝子発現の差が無いことを示しており、正の数値は比較的に高い発現を伴う遺伝子を表現している。
【００４５】
実施形態の一例において、上記数値は（−２，＋２）の範囲内である。特に、負の数値は比較的に低い発現を伴う遺伝子を表現しており、ゼロの数値は相対的な遺伝子発現の差が無いことを示しており、正の数値は比較的に高い発現を伴う遺伝子を表現している。
【００４６】
本発明はさらに複数の遺伝子のそれぞれについての遺伝子発現データを入力する工程と、上記データを各対数比率値（ｌｏｇ ｒａｔｉｏ）値に変換することにより発現データを正規化する工程と、弱い識別値をフィルター処理により除く工程と、上記正規化した遺伝子発現の各値に対して一定のアルゴリズムを適用する工程と、全ての正規化した遺伝子発現値に対して分級分析を行なう工程と、一定の遺伝子発現プロファイルを設定する工程と、この遺伝子発現プロファイルを確認する工程を含む一定の遺伝子発現プロファイルを構成および分析するための、一定のコンピューター・システム内における、方法を提供する。上記アルゴリズムは上記マックスコール・アルゴリズムまたはミーン・ログ・レイシオ・アルゴリズムのいずれかとすることができる。
【００４７】
本発明はまた一定の遺伝子発現の特徴を構成および分析するためのコンピューター・プログラムに関する。これらのコンピューター・プログラムは複数の遺伝子に対応する遺伝子発現データを入力として受け取るコンピューター・コード、上記発現データを各対数比率値に変換することによりこれらのデータを正規化するコンピューター・コード、上記正規化した遺伝子発現値のそれぞれに対して一定のアルゴリズムを適用するコンピューター・コード、上記正規化した各遺伝子発現値に対して一定の相関分析を行なうコンピューター・コード、遺伝子発現プロファイルを設定および確認するコンピューター・コード、および各コンピューター・コードを記憶するコンピューター読取可能な媒体を含むことができる。このコンピューター・プログラムは遺伝子発現プロファイル分析のための上記マックスコール・アルゴリズムまたはミーン・ログ・レイシオ・アルゴリズムを利用できる。
【００４８】
本発明は未知の細胞の表現型を確認するための方法も提供する。この方法は一定のアルゴリズムを適用して細胞から生成される遺伝子発現データから遺伝子発現プロファイルを抽出する工程、およびこの遺伝子発現プロファイルを既知の表現型の細胞から生じた一定の遺伝子発現プロファイルに対して比較する工程を含む。実施形態の一例において、上記アルゴリズムは上記マックスコール・アルゴリズムである。また、別の実施形態において、上記アルゴリズムは上記ミーン・ログ・レイシオ・アルゴリズムである。
【００４９】
特定の実施形態において、上記一定のアルゴリズムを適用して遺伝子発現プロファイルを抽出する工程は正規化した各値に対して発現における一定のカットオフ値を設定する処理を含み、この場合のカットオフ値は少なくとも上記正規化した各値よりも少なくとも約２倍の誘発性を有する。さらに、上記比較工程は既知の発現型の各細胞から生成される１個以上の遺伝子発現プロファイルを含むデータベースを用いて行なうことができる。
【００５０】
本発明はさらに一定のアルゴリズムを使用して一定の生物学的サンプルから一定の遺伝子発現プロファイルを生成する工程、および特定の細胞型における一定の遺伝子発現プロファイルに対して上記生成した遺伝子発現プロファイルを比較する工程を含む細胞型を識別するための方法を提供する。実施形態の一例において、上記アルゴリズムは上記マックスコール・アルゴリズムである。また、別の実施形態において、上記アルゴリズムは上記ミーン・ログ・レイシオ・アルゴリズムである。
【００５１】
さらに別の実施形態において、上記特定の細胞型は冠状動脈内皮、臍帯動脈内皮、臍帯静脈内皮、大動脈内皮、皮膚微小血管内皮、肺動脈内皮、子宮筋層微小血管内皮、ケラチノサイト上皮、気管支上皮、乳房上皮、前立腺上皮、腎皮質上皮、腎近位細管上皮、小気道上皮、腎上皮、臍帯動脈平滑筋、新生児皮膚線維芽細胞、肺動脈平滑筋、皮膚線維芽細胞、神経先祖細胞、骨格筋、星状細胞、大動脈平滑筋、血管間膜細胞、冠状動脈平滑筋、気管支平滑筋、子宮平滑筋、肺線維芽細胞、骨芽細胞および前立腺間質細胞から成る群から選択される。
【００５２】
特定の実施形態において、本発明は一定のアルゴリズムを適用して細胞から生成されるタンパク質発現データから一定のタンパク質発現プロファイルを抽出する工程、およびこのタンパク質発現プロファイルを既知の細胞から生成される一定のタンパク質発現プロファイルに対して比較する工程を含む一定の細胞の表現型を決定するための方法を提供する。
【００５３】
実施形態の一例において、上記アルゴリズムは上記マックスコール・アルゴリズムである。また、別の実施形態において、上記アルゴリズムはミーン・ログ・レイシオ・アルゴリズムである。さらに別の実施形態において、上記適用工程は正規化した各値に対して発現における一定のカットオフ値を設定する処理を含み、この場合のカットオフ値は少なくとも上記正規化した各値よりも少なくとも約２倍の誘発性を有する。さらに別の実施形態において、上記比較工程は既知の発現型の各細胞から生成される１個以上のタンパク質発現プロファイルを含むデータベースを用いて行なうことができる。
【００５４】
また、本発明は特定の細胞型における既知のタンパク質発現プロファイルに対して一定のアルゴリズムを使用して一定の生物学的サンプルから生成される一定のタンパク質発現プロファイルを比較する工程を含む細胞型を識別するための方法を提供する。実施形態の一例において、上記アルゴリズムは上記マックスコール・アルゴリズムである。また、別の実施形態において、上記アルゴリズムは上記ミーン・ログ・レイシオ・アルゴリズムである。
【００５５】
さらに別の実施形態において、上記特定の細胞型は冠状動脈内皮、臍帯動脈内皮、臍帯静脈内皮、大動脈内皮、皮膚微小血管内皮、肺動脈内皮、子宮筋層微小血管内皮、ケラチノサイト上皮、気管支上皮、乳房上皮、前立腺上皮、腎皮質上皮、腎近位細管上皮、小気道上皮、腎上皮、臍帯動脈平滑筋、新生児皮膚線維芽細胞、肺動脈平滑筋、皮膚線維芽細胞、神経先祖細胞、骨格筋、星状細胞、大動脈平滑筋、血管間膜細胞、冠状動脈平滑筋、気管支平滑筋、子宮平滑筋、肺線維芽細胞、骨芽細胞および前立腺間質細胞から成る群から選択される。
【００５６】
本発明が記載されている特定の方法、プロトコル、細胞系、動物の種または属、構成、または試薬に限定されないこと、従って変更可能であることが理解されるべきである。また、本明細書において使用されている用語が特定の各実施形態のみを説明することを目的としていて、本明細書に記載されている特許請求の範囲のみにより限定される本発明の範囲を限定しないと考えられることも理解されるべきである。
【００５７】
また、単一の形態の「１の個または一定の（ａ ｏｒ ａｎ）」および「そのまたはこの（ｔｈｅ）」は、その説明内容が特別に明示しない限り、複数の表示も含む場合がある。従って、例えば、「蛋白質（ａ ｐｒｏｔｅｉｎ）」という表示は１種類以上のタンパク質についての表示であり、当該技術分野における熟練者において知られているこれらの等価物等も含む。
【００５８】
特別に定めない限りにおいて、本明細書において用いられている全ての技術的および科学的な用語は本発明が属する当該技術分野における通常の熟練者において一般的に理解されている意味と同一の意味を有する。本明細書において説明されている方法、装置、および材料と同一または等価であるあらゆる方法、装置、および材料が本発明の実施または試験において使用可能であるが、好ましい方法、装置および材料を以下において説明する。
【００５９】
本明細書において記載されている全ての刊行物または公報および特許は、例えば、本明細書において説明されている本発明に関連して使用可能であると考えられるこれら刊行物または特許において記載されている各種の構成および方法を説明および開示する目的のために本明細書に参考文献として含まれている。上記および本明細書の内容全体を通して記載されている各刊行物または公報は本特許出願の出願日よりも前におけるそれぞれの開示について引用されているのみであり、（この引用を）、本発明が先の発明の効力により当該公告よりも先行する権利がないという承認として何ら解釈する必要はない。
【００６０】
便宜上、本明細書、実施例、および特許請求の範囲において用いられている特定の用語および語句の意味を以下に説明する。これらの定義は本質的な限定を意味しておらず、本発明の特定の各態様をさらに明瞭に理解するために役立つ。
【００６１】
用語の「ゲノム（ｇｅｎｏｍｅ）」は核ＤＮＡ成分、染色体または染色体外のＤＮＡ、ならびに、細胞質ドメイン（例えば、ミトコンドリアのＤＮＡ）を含む一定の生物におけるＤＮＡ補体の全体を意味する。
【００６２】
用語の「遺伝子（ｇｅｎｅ）」は一定のポリペプチドまたは前駆体を生成するために必要な対照用およびコード化用の各種シーケンスを含む一定の核酸シーケンスを言う。このポリペプチドは完全長のコード化シーケンスまたは当該コード化シーケンスの任意部分によりコード化できる。この遺伝子は一定の植物、真菌、動物、細菌のゲノムまたはエピソーム、真核細胞、核またはプラスミドのＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ウイルスのＤＮＡ、または化学合成したＤＮＡを含む当該技術分野において知られているあらゆる供給源から全体的にまたは部分的に誘導できる。また、一定の遺伝子は発現生成物の生物活性または化学的構造、発現の速度、あるいは、発現調節の様式に影響を及ぼすと考えられるコード領域または未翻訳領域のいずれかにおける１種類以上の修飾を含むことができる。これらの修飾は１種類以上のヌクレオチドの（突然）変異、挿入、欠失、および置換を含むがこれらに限らない。また、上記遺伝子は一定の未中断状のコード化シーケンスを構成することができ、あるいは、適当なスプライシング結合部分が結合している１個以上のイントロン領域を含むことができる。
【００６３】
用語の「遺伝子発現（ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ）」は検出可能な量のヌクレオチド・シーケンスが発現されるような有効な転写および翻訳を一定のヌクレオチド・シーケンスが受ける一定のプロセスを言う。
【００６４】
用語の「遺伝子発現プロファイル（ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｐｒｏｆｉｌｅ）」または「遺伝子発現の特徴（ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｓｉｇｎａｔｕｒｅ）」は特定の細胞型または組織型（例えば、神経単位、冠状動脈内皮、または病気の組織）を表現する一群の遺伝子を言う。
【００６５】
用語の「核酸（ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ）」は、本明細書において使用されているように、１種類以上のヌクレオチド、すなわち、リボヌクレオチド、デオキシリボヌクレオチド、またはこれらの両方により構成されている一定の分子を言う。この用語はリボヌクレオチドおよびデオキシリボヌクレオチドの各種モノマーおよびポリマーを含み、５’から３’への結合によるポリマーの場合には、これらのリボヌクレオチドおよび／またはデオキシリボヌクレオチドは一体に結合している。また、これらのリボヌクレオチドおよびデオキシリボヌクレオチドのポリマーは一本鎖または二本鎖のいずれでもよい。しかしながら、各結合部分は、例えば、５’から３’への結合を含む各種核酸を含む当該技術分野において知られている結合のいずれかを含むことができる。また、これらのヌクレオチドは自然に存在しているものでもよく、あるいは、自然に存在している塩基対に対して塩基対の関係を形成し得る合成により生成される各種類似体であってもよい。このような塩基対の関係を形成し得る自然に存在していない塩基の例はアザおよびデアザ型のピリミジン類自体、およびその他のヘテロ環式塩基類似体を含むがこれらに限らず、この場合に、そのピリミジン環における炭素原子および窒素原子の１個以上が、例えば、酸素、イオウ、セレン、リン等のヘテロ原子により置換されている。さらに、用語の「核酸シーケンス（ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ）」は相補的シーケンスも含み、特に、一定の核酸シーケンスおよびその補体の両方に対して実質的に相同性であるあらゆる核酸シーケンスを含む。
【００６６】
用語の「相同性（ｈｏｍｏｌｏｇｙ）」は、本明細書において用いられているように、一定の相補性の程度を意味する。すなわち、部分的な相同性または完全な相同性（すなわち、同一性）が存在し得る。部分的に相補的なシーケンスは一定の同一性のシーケンスが一定の標的の核酸に対してハイブリッド形成することを少なくとも部分的に阻害するシーケンスであり、この部分的に相補的なシーケンスは「実質的に相同性の（ｓｕｂｓｔａｎｔｉａｌｌｙ ｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓ）」という機能的用語の使用を意味する。この完全に相補的なシーケンスの標的シーケンスに対するハイブリッド形成における阻害は低緊縮性（ｌｏｗ ｓｔｒｉｎｇｅｎｃｙ）の条件下における一定のハイブリッド形成アッセイ（サザン（Ｓｏｕｔｈｅｒｎ）またはノーザン・ブロット（ｎｏｒｔｈｅｒｎ ｂｌｏｔ）、溶液ハイブリッド形成等）により調べることができる。実質的に相同性のシーケンスまたはプローブは低緊縮性の条件下において完全に相同性のシーケンスまたはプローブの標的シーケンスに対する結合（すなわち、ハイブリッド形成）に対して競合してこれを阻害する。この低緊縮性の条件は非特異的な結合が許される程度の条件を言うのではなく、このような低緊縮性の条件は２種類のシーケンスの互いに対する結合が一定の特異的な（すなわち、選択的な）相互作用であることを必要とする。なお、上記の非特異的な結合は部分的な程度の相補性さえも有していない（例えば、約３０％以下の同一性の）第２の標的シーケンスの使用により試験することができ、非特異的結合が存在していない場合には、上記プローブはこの第２の非相補的な標的シーケンスに対してハイブリッド形成しない。
【００６７】
用語の「オリゴヌクレオチド（ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ）」は、本明細書において使用されているように、例えば、約１０個乃至約１０００個のヌクレオチドを含む一定の核酸分子を言う。本発明において使用するためのオリゴヌクレオチドは好ましくは約１５個乃至約１５０個のヌクレオチド、さらに好ましくは約１５０個乃至約１０００個の長さである。このオリゴヌクレオチドは自然のオリゴヌクレオチドでもよく合成のオリゴヌクレオチドでもよい。また、これらのオリゴヌクレオチドはホスホラミダイト（ｐｈｏｓｐｈｏｒａｍｉｄｉｔｅ）法（ボーケージ（Ｂｅａｕｃａｇｅ）およびカルーテルズ（Ｃａｒｒｕｔｈｅｒｓ），２２巻，テトラへドロン・レター（ＴＥＴＲＡＨＥＤＲＯＮ ＬＥＴＴ．），１８５９頁乃至１８６２頁，（１９８１年））、またはトリエステル法（マテウッシ（Ｍａｔｔｅｕｃｃｉ）他，１０３巻，ジャーナル・アメリカン・ケミカル・ソサイエティー（Ｊ． ＡＭ． ＣＨＥＭ． Ｓｏｃ．），３１８５頁，（１９８１年））、またはその他の当該技術分野において知られている化学的方法により調製できる。
【００６８】
用語の「修飾オリゴヌクレオチド（ｍｏｄｉｆｉｅｄ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ）」および「修飾ポリヌクレオチド（ｍｏｄｉｆｉｅｄ ｐｏｌｙｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ）」は、本明細書において使用されているように、各塩基、糖部分、インターヌクレオシド・ホスフェート結合（ｉｎｔｅｒｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅ ｐｈｏｓｐｈａｔｅ ｌｉｎｋａｇｅｓ）の全部または一部の自然な各分子構造の分子レベルにおける１個以上の化学的修飾部分を伴うオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチド、ならびに、上記各部位において置換または一定の組み合わせの修飾を加えられている各分子を言う。上記インターヌクレオシド・ホスフェート結合はホスホジエステル、ホスホトリエステル、ホスホラミデート、シロキサン、カーボネート、カルボキシメチルエステル、アセトアミデート、カルバメート、チオエーテル、架橋ホスホラミデート、架橋メチレン・ホスホネート、ホスホロチオエート、メチルホスホネート、ホスホロジチオエート、架橋ホスホロチオエートまたはスルホン・インターヌクレオチド結合、または３’−３’、５’−３’、または５’−５’結合、およびこれらの類似の結合の組み合わせとすることができる。さらに、上記ホスホジエステル結合はホスホロチオエート、メチルアミノ、メチルホスホネート、ホスホラミデート、およびグアニン等の一定の置換結合により置換可能であり、これらの核酸のリボース・サブユニットもまた置換可能である（例えば、ヘキソース・ホスホジエステル、ペプチド核酸等）。また、上記の修飾はそのオリゴヌクレオチド分子の内部（単一または反復状）または各端部において可能であり、対向する各分子鎖または付随の酵素またはその他のタンパク質に対して開裂または架橋するデオキシリボースおよびホスフェートの各修飾部分等のインターヌクレオシド・ホスフェート結合の分子に対する付加を含むことができる。さらに、上記用語の「修飾オリゴヌクレオチド」および「修飾ポリヌクレオチド」はその各糖部分に対する修飾（例えば、３’−置換リボヌクレオチドまたはデオキシリボヌクレオチド・モノマー）を含むオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドも含み、これらの一部は５’から３’の結合を介して一体に結合している。
【００６９】
「生体分子シーケンス（Ｂｉｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｓｅｑｕｅｎｃｅ）」は、本明細書において使用されているように、一定の遺伝子または核酸シーケンスの全部または一部分を意味する用語である。また、この生体分子シーケンスは一定のアミノ酸シーケンスの全部または一部分にも言及できる。
【００７０】
用語の「アレイ（ａｒｒａｙ）」および「マイクロアレイ（ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ）」は各種オリゴヌクレオチドまたはタンパク質捕捉物質により一定のアレイにおいて表現される遺伝子またはタンパク質の種類を言い、この場合に、上記アレイにおいて表現される遺伝子またはタンパク質の種類はそのアレイの目的用途（例えば、ヒトの遺伝子またはタンパク質の発現をモニターすること）に応じてきまる。任意のアレイにおける上記オリゴヌクレオチドまたはタンパク質捕捉物質は同一の種類、カテゴリー、または群の遺伝子またはタンパク質に対して対応できる。各遺伝子またはタンパク質はこれらが起源の種（例えば、ヒト、マウス、ラット等）、病状（例えば、癌等）、機能（例えば、タンパク質キナーゼ、腫瘍抑制因子等）、同一の生物学的過程（例えば、アポトーシス、シグナル・トランスダクション、細胞周期調節、増殖、分化等）のような一部の共通の特徴を共に有する場合に同一種であると見なすことができる。例えば、アレイの種類の一例を「癌アレイ（ｃａｎｃｅｒ ａｒｒａｙ）」とすることができ、この場合に、オリゴヌクレオチドまたはタンパク質捕捉物質の各アレイは癌に付随する一定の遺伝子またはタンパク質に対応する。また、「上皮アレイ（ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ ａｒｒａｙ）」は特異的な上皮遺伝子またはタンパク質に対応するオリゴヌクレオチドまたはタンパク質捕捉物質の一定のアレイとすることができる。同様に、「細胞周期アレイ（ｃｅｌｌ ｃｙｃｌｅ ａｒｒａｙ）」はそのオリゴヌクレオチドまたは蛋白質捕捉物質が細胞周期に付随する特異的な遺伝子またはタンパク質に対応する一定のアレイの種類とすることができる。
【００７１】
上記用語の「細胞型（ｃｅｌｌ ｔｙｐｅ）」は任意の供給源（例えば、一定の組織、器官等）からの一定の細胞、または分化の任意の状況における一定の細胞、または任意の病理学的または遺伝的な性質に付随する一定の細胞を言う。
【００７２】
用語の「活性化（ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ）」は、本明細書において使用されているように、例えば、各基底レベルを超える増加、一定の阻害された状態から基底レベルへの回復、各基低レベルを超える経路の刺激等を含む一定のシグナル供給経路または生物学的応答におけるあらゆる変化を言う。
【００７３】
用語の「示差的発現」は一定の遺伝子またはタンパク質の一時的および組織の各発現パタンにおける定量的ならびに定性的な差の両方を言う。例えば、一定の示差的に発現される遺伝子はそれぞれの病気の状況に対する正常な状況においてその活性化されたまたは完全に不活性化された発現を有することができる。このように定性的に調節された遺伝子は対照のまたは病気の各状況のいずれかにおいて検出可能であるがこれら両方においては検出されない一定の組織または細胞の型における一定の発現パタンを示すことができる。また、示差的に発現される遺伝子は「高情報密度遺伝子（ｈｉｇｈ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｄｅｎｓｉｔｙ ｇｅｎｅｓ）」、「プロファイル遺伝子（ｐｒｏｆｉｌｅ ｇｅｎｅｓ）」、または「標的遺伝子（ｔａｒｇｅｔ ｇｅｎｅｓ）」を表現できる。
【００７４】
同様に、示差的に発現されるタンパク質はそれぞれの病気の状況に対する正常な状況においてその活性化されたまたは完全に不活性化された発現を有することができる。このように定性的に調節されたタンパク質は対照のまたは病気の各状況のいずれかにおいて検出可能であるがこれら両方においては検出されない一定の組織または細胞の型における一定の発現パタンを示すことができる。さらに、示差的に発現される遺伝子は「高情報密度タンパク質（ｈｉｇｈ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｄｅｎｓｉｔｙ ｐｒｏｔｅｉｎｓ）」、「プロファイルタンパク質（ｐｒｏｆｉｌｅ ｐｒｏｔｅｉｎｓ）」、または「標的遺伝子（ｔａｒｇｅｔ ｐｒｏｔｅｉｎｓ）」を表現できる。
【００７５】
用語の「検出可能な（ｄｅｔｅｃｔａｂｌｅ）」はポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、逆転写酵素−（ＲＴ）ＰＣＲ、示差的表示、およびノーザン（Ｎｏｒｔｈｅｒｎ）分析等の標準的な技法により検出可能な一定のＲＮＡ発現パタンを意味し、これらの技法は当該技術分野における熟練者において周知である。同様に、各タンパク質パタンはウエスタン・ブロット（Ｗｅｓｔｅｒｎ ｂｌｏｔｓ）等の標準的な技法により「検出（ｄｅｔｅｃｔｅｄ）」可能である。
【００７６】
用語の「高情報密度（ｈｉｇｈ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｄｅｎｓｉｔｙ）」は発現パタンが一定の予報因子または診断因子として使用できる一定の遺伝子またはタンパク質を意味し、各種治化合物、薬物または毒性のスクリーニングの確認、または細胞の信号経路または同時調節されている各遺伝子の確認のための方法において使用できる。高情報密度の遺伝子またはタンパク質の確認は１種類以上の遺伝子またはタンパク質の発現プロファイルを含む１種類以上の遺伝子またはタンパク質の情報内容を評価することにより達成できる。すなわち、最も高い量の情報内容を提供する各遺伝子またはタンパク質が高情報密度の遺伝子またはタンパク質を含む。また、高情報密度遺伝子は「予報因子遺伝子（ｐｒｅｄｉｃｔｏｒ ｇｅｎｅｓ）」と言うこともできる。同様に、高情報密度タンパク質は「予報因子タンパク質（ｐｒｅｄｉｃｔｏｒ ｐｒｏｔｅｉｎｓ）」と言うこともできる。
【００７７】
用語の「情報内容（ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｃｏｎｔｅｎｔ）」は選択された諸条件下における定量的および定性的な発現に基づいて特定の遺伝子またはタンパク質に割り当てられる値を言う。この情報内容は上記遺伝子またはタンパク質が発現される細胞型、経時的な応答の大きさ、および化学的または物理的な各刺激に対する応答を含むがこれらに限らない。さらに、特定の遺伝子またはタンパク質により得られる情報内容の評価において一定のアルゴリズムが使用できる。
【００７８】
「標的の遺伝子（ｔａｒｇｅｔ ｇｅｎｅ）」は一定の核酸を言い、多くの場合に一定の生物学的サンプルから誘導され、この遺伝子に対して一定のオリゴヌクレオチド・プローブが特定的にハイブリッド形成するように設計される。この標的の核酸の存在の有無を検出するか、当該標的の核酸の量を定量するかのいずれかである。この標的の核酸は当該標的に関係する対応するプローブの核酸シーケンスに対して相補的な一定のシーケンスを有している。さらに、この標的の核酸は上記プローブが関係する一定の比較的に大きな核酸の特定のシーケンスにも言及することができ、あるいは、発現量の検出が望まれる全体のシーケンス（例えば、遺伝子またはｍＲＮＡ）に言及し得る。
【００７９】
「標的のタンパク質（ｔａｒｇｅｔ ｐｒｏｔｅｉｎ）」は一定のアミノ酸またはタンパク質を言い、多くの場合に一定の生物学的サンプルから誘導され、この標的のタンパク質に対して一定のタンパク質捕捉物質が特異的にハイブリッド形成または結合する。この標的の核酸の存在の有無を検出するか、当該標的の核酸の量を定量するかのいずれかである。この標的のタンパク質は当該標的に関係する対応するタンパク質捕捉物質により認識される一定の構造を有している。さらに、この標的のタンパク質は上記タンパク質捕捉物質が関係する一定の比較的に大きなタンパク質の特定の基礎構造にも言及することができ、あるいは、発現量の検出が望まれる全体の構造（例えば、遺伝子またはｍＲＮＡ）に言及し得る。
【００８０】
用語の「相補的（ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔａｒｙ）」は一定のプローブ分子およびその標的において相互作用している各表面部分の位相的相容性または一体的適合性を言う。上記の標的およびそのプローブは相補的であるとして説明することができ、さらに、各接触表面の特徴も互いに相補的である。さらに、例えば、二本鎖ＤＮＡ分子における二本の分子鎖と間または一定のオリゴヌクレオチド・プローブと一定の標的との間におけるような、ヌクレオチド同士または核酸同士の間におけるハイブリッド形成または塩基対形成は相補的である。
【００８１】
用語の「ハイブリッド形成（ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ）」は緊縮条件下（ｕｎｄｅｒ ｓｔｒｉｎｇｅｎｔ ｃｏｎｄｉｔｉｏｎｓ）における一定の核酸分子の特定の核酸シーケンスに対する結合、二重鎖化、またはハイブリッド形成を言う。このハイブリッド形成はまた標準的な生理学的諸条件等の特定の条件下における一定のタンパク質捕捉物質の一定の標的のタンパク質に対する結合も言うことができる。
【００８２】
用語の「緊縮条件（ｓｔｒｉｎｇｅｎｔ ｃｏｎｄｉｔｉｏｎｓ）」は一定のプローブがその標的の核酸シーケンスに対してハイブリッド形成するが、その他のシーケンスに対してはハイブリッド形成しない諸条件を言う。このような緊縮条件はシーケンス依存性である（例えば、比較的に長いシーケンスは比較的に高い温度で特異的にハイブリッド形成する）。一般的に、緊縮条件は一定のイオン強度およびｐＨ値において特定のシーケンスに対応する熱溶融点（Ｔｍ ）よりも約５℃だけ低くなるように選択される。このＴｍ は（一定のイオン強度、ｐＨ値、および核酸濃度において）平衡状態で標的のシーケンスに対して当該標的シーケンスに対する相補的なプローブの５０％がハイブリッド形成する温度である。一般的に、上記緊縮条件は約７．０乃至約８．３のｐＨ値においてその塩濃度が少なくとも約０．０１Ｍ乃至約１．０Ｍのナトリウム・イオン濃度（またはその他の塩）である条件であり、その温度は短いプローブ（例えば、１０個乃至５０個のヌクレオチド）の場合に少なくとも約３０℃である。また、上記緊縮条件はホルムアミド等の不安定化剤の転化により達成することもできる。
【００８３】
用語の「標識（ｌａｂｅｌ）」は直接的にまたは一定のシグナル生成システムにおける１種類以上の付加的な要素に対する相互作用のいずれかにより一定の検出可能なシグナルを形成できる物質を言う。直接的に検出可能であって本発明において有用であると考えられる標識は蛍光標識を含み、この場合に、その蛍光体により吸収される光の波長は一般的に約３００ｎｍ乃至約９００ｎｍ、通常的に約４００ｎｍ乃至約８００ｎｍの範囲にすることができ、この場合の最大吸収は一般的に約５００ｎｍ乃至約８００ｎｍの範囲内の一定波長において生じる可能性がある。単独に標識化される各プライマーにおいて使用するための特定の蛍光体はフルオレセイン、ローダミン、ボデイピー（ＢＯＤＩＰＹ）、シアニン色素等を含む。３５Ｓ，３２Ｐ， ３Ｈ等の放射性同位元素もまた標識として利用できる。一定のシグナル生成システムにおける１種類以上の付加的な要素に対する相互作用により一定の検出可能なシグナルを形成するラベルの例は相補的な各結合対要素に特異的に結合する各捕捉部分を含み、この場合の相補的な各結合対要素は上述のような一定の蛍光性の部分等のような一定の直接的に検出可能な標識部分を含む。この標識は可変のシグナルを形成するのではなく、一定時間にわたり一定の再現性のあるシグナルを形成するような標識である必要がある。関連する捕捉部分は各種リガンド（例えば、ビオチン）を含み、この場合に、上記シグナル生成システムにおける他の要素は蛍光により標識されるストレプタビジン（ｓｔｒｅｐｔａｖｉｄｉｎ）等であると考えられる。上記標的の各分子は端部標識化が可能であり、その標識部分は標識に対して少なくとも基端側の一定領域に、好ましくはその標識の５’末端部分に存在している。
【００８４】
用語の「オリゴヌクレオチド・プローブ（ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｐｒｏｂｅ）」は特定の標的により認識可能な一定の表面固定化したオリゴヌクレオチドを言う。また、内容に応じて、この用語の「オリゴヌクレオチド・プローブ」は個別のオリゴヌクレオチド分子を意味し、さらに異なる位置に固定されている各オリゴヌクレオチド分子の集合体も意味する。一般に、このプローブは１種類以上の化学的結合により、通常的に水素結合形成による相補的塩基対の形成により、相補的シーケンスの一定の標的核酸に結合できる。本明細書において使用されているように、一定のオリゴヌクレオチド・プローブは自然の塩基（例えば、Ａ，Ｇ，ＣまたはＴ）または修飾塩基（例えば、７−デアザグアノシン、イノシン）等を含むことができる。加えて、一定のオリゴヌクレオチド・プローブ内の各塩基は、ハイブリッド形成に影響しない限りにおいて、ホスホジエステル結合とは異なる、一定の結合により互いに結合できる。従って、これらのオリゴヌクレオチド・プローブはペプチド核酸とすることができ、この場合の構成要素の各塩基はホスホジエステル結合とは異なるペプチド結合により結合している。
【００８５】
用語の「保護基（ｐｒｏｔｅｃｔｉｎｇ ｇｒｏｕｐ）」は、本明細書において使用されているように、一定分子内における１個の反応性の部位をブロックすると共に一定の化学的反応が別の反応性の部位において行なわれるように設計されている基のいずれかを言う。特定の合成における保護基の適当な選択はその合成において採用される全体の方法により決めることができる。例えば、以下において述べられているような、ホトリソグラフィ（写真平板）式合成において、上記保護基はＮＶＯＣおよびＭｅＮＰＯＣ等の光不安定性の保護基である。また、別の方法において、上記保護基は化学的方法により除去可能であり、ＦＭＯＣ，ＤＭＴおよび当該技術分野における熟練者において知られている別の保護基等の基を含む。
【００８６】
用語の「支持体（ｓｕｐｐｏｒｔ）」または「基体（ｓｕｂｓｔｒａｔｅ）」は一定の硬質または半硬質の表面を有する材料を言う。これらの材料はプレートまたはスライドの形態、小ビーズ、ペレット、ディスクまたはその他の便宜的な形態を採ることができるが、これら以外の形態も使用可能である。一部の各実施形態において、この基体の少なくとも１個の表面は実質的に平坦である。また、別の各実施形態においては、概ね球形の形状が好ましいと考えられる場合がある。本発明のマクロアレイにおいて、上記オリゴヌクレオチド・プローブまたはタンパク質捕捉物質（以下において定められている）は一定の硬質の基体の表面に安定に結合させることができ、これらのプローブはハイブリッド形成および洗浄の諸条件下においてその硬質の基体に対してそれぞれの位置を維持する。従って、これらオリゴヌクレオチド・プローブまたはタンパク質捕捉物質は上記基体の表面に対して非共役的または共役的に結合できる。このような非共役的結合の例は非特異的吸収、上記基体表面に共役的に結合している特異的結合対要素による特異的結合、およびハイブリッド形成が生じるために十分な様式で上記オリゴヌクレオチド・プローブまたはタンパク質捕捉物質を提供する一定の支持材料（例えば、水和処理または乾燥処理した分離媒体）内における捕捉を含む。また、共役結合の例は上記オリゴヌクレオチド・プローブまたはタンパク質捕捉物質と上記硬質の基体の表面上に存在している一定の官能基（例えば、−ＯＨ）との間に形成される共役結合を含み、この場合の官能基は自然に存在している基でもよく、あるいは、一定の導入された結合基における一定の要素として存在していてもよい。
【００８７】
上述のように、上記マイクロアレイは一定の硬質の基体上に存在できる。この硬質とは、上記基体が固体であり、好ましくは容易に屈曲しないことを意味する。従って、各マイクロアレイの硬質の基体はそのマイクロアレイが利用されるアッセイ条件下、特に高処理量の取り扱い条件下において、当該基体上において存在している上記オリゴヌクレオチド・プローブまたはタンパク質捕捉物質に対して物理的な支持および構造を与えるために十分な基体である。
【００８８】
用語の「空間配向型オリゴヌクレオチド合成（ｓｐａｔｉａｌｌｙ ｄｉｒｅｃｔｅｄ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ）」は一定のオリゴヌクレオチドの合成を基体上の特異的な場所に割り当てる任意の方法を意味する。
【００８９】
用語の「バックグラウンド（ｂａｃｋｇｒｏｕｎｄ）」は標識化した標的の各核酸と上記オリゴヌクレオチド・マイクロアレイにおける各構成要素（例えば、オリゴヌクレオチド・プローブ、対照プローブ、アレイ基体）との間、あるいは、標的の各タンパク質と一定のタンパク質マイクロアレイにおけるタンパク質捕捉物質との間の非特異的結合またはその他の相互作用により生じるハイブリッド形成信号を言う。さらに、バックグラウンド・シグナルは上記マイクロアレイの各構成要素自体における固有の蛍光発光により生じる可能性もある。単一のバックグラウンド・シグナルが上記アレイ全体について計算可能であり、一定の異なるバックグラウンド・シグナルを各標的の核酸または標的のタンパク質について計算することもできる。このバックグラウンドは平均のハイブリッド形成シグナル強度として計算可能であり、この場合に、一定の異なるバックグラウンド・シグナルが各標的の遺伝子または標的のタンパク質について計算される。あるいは、このバックグラウンドはサンプル中において見出されるあらゆるシーケンスに対して相補的でない各プローブ（例えば、反対の意味の核酸またはサンプルが哺乳類動物の核酸である場合における細菌遺伝子のようにそのサンプルにおいて見られない各遺伝子に関連している各プローブ）に対するハイブリッド形成により生成される平均のハイブリッド形成シグナルの強度として計算することもできる。さらに、上記バックグラウンドはあらゆるプローブまたはタンパク質捕捉物質を全く含まないアレイの各領域により生成される平均の信号強度として計算することも可能である。
【００９０】
用語の「クラスター（ｃｌｕｓｔｅｒ）」はシーケンスの相同性により互いに関連している一群の核酸シーケンスおうびアミノ酸シーケンスを言う。実施例の一例において、これらのクラスターは一定の程度の相同性および／または重なり（例えば、緊縮性）に基づいて形成される。「クラスター化（ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ）」は核酸またはアミノ酸のシーケンス・データにより行なうことができる。例えば、一定の組織内における特定の分子的なまたは生物学的な機能に付随していると考えられる一定のシーケンスを別のシーケンスのライブラリーまたはデータベースに比較することができる。この種の探索は別の組織またはサンプル内の相同性を有する、おそらく機能的に関連性のあるシーケンスを探すために有用であり、本発明の各方法を行なう前に生体分子の各シーケンスを各群にまとめるためにクラスター化が１種類以上のデータベースの中において使用可能である点において、本発明の各方法を簡素化するために使用できる。一定の代表的なシーケンスに対して十分な相同性を示している各シーケンスは一定の「クラスター」の一部と見なされる。この「十分な（ｓｕｆｆｉｃｉｅｎｔ）」相同性は当該技術分野における熟練者の必要性に応じて変更可能である。
【００９１】
用語の「リンカー（ｌｉｎｋｅｒ）」は一定の固体の基体に結合して、一定のオリゴヌクレオチドまたはその他の核酸フラグメントを上記固体の基体から離している一定の部分、分子、または各分子の群を意味する。
【００９２】
用語の「ビーズ（ｂｅａｄ）」は本発明と共に使用するための固体の基体を言う。これらのビーズは微粒子、ビーズ、および膜、スライド材、プレート、微小加工チップ等を含む多様な形態を有することができる。同様に、本発明の固体の基体はガラス、プラスチック、シリコン（ケイ素）、アルカンチオレート誘導した金、セルロース、低架橋度および高架橋度ポリスチレン、シリカ・ゲル、ポリアミド等を含む多様な組成物を含むことができる。さらに、ペレット、ディスク、毛細管、中空繊維、針、固体繊維、セルロース・ビーズ、気孔質ガラス・ビーズ、シリカ・ゲル、ジビニルベンゼンにより随意的に架橋されているポリスチレン・ビーズ、グラフト化コ−ポリ・ビーズ、ポリ−アクリルアミド・ビーズ、ラテックス・ビーズ、Ｎ，Ｎ−ビス−アクリロイル・エチレン・ジアミンにより随意的に架橋されているジメチルアクリルアミド・ビーズ、および疎水性ポリマーにより被覆されているガラス粒子を含む別の材料および形状も使用可能である。
【００９３】
用語の「生物学的サンプル（ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ ｓａｍｐｌｅ）」は一定の生体（例えば、患者）から得られる一定のサンプル、あるいは、一定の生体の各構成要素（例えば、細胞）から得られる一定のサンプルを言う。このサンプルは任意の生体の組織または流体とすることができる。また、このサンプルは一定の患者から誘導した一定のサンプルである「臨床的サンプル（ｃｌｉｎｉｃａｌ ｓａｍｐｌｅ）」とすることができる。これらのサンプルは痰、血液、血液細胞（例えば、白血球）、羊膜液、血漿、精液、骨髄液、および組織または微細針生検の各サンプル、尿、腹膜液、および胸膜液、またはこれらからの各種細胞を含むがこれらに限らない。また、生物学的サンプルは組織学的用途のために採取した凍結部分等の組織の各部分も含むことができる。さらに、一定の生物学的サンプルを「患者のサンプル（ｐａｔｉｅｎｔ ｓａｍｐｌｅ）」と言う場合も有り得る。
【００９４】
「プロテオミクス（ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ）」はプロテオーム（ｐｒｏｔｅｏｍｅ）または当該プロテオームのソーム（ｓｏｍｅ）フラクションの調査または特徴付けである。この「プロテオーム」は一定の細胞または細胞の母集団における細胞内タンパク質および当該細胞または細胞の母集団により選択されるタンパク質の全体の集合である。この特徴付けは一定の細胞により表現される各種タンパク質の存在および通常的に量の測定を含む。これらタンパク質の細胞内における機能、構造的特徴（翻訳後修飾等）、および位置もまた調査できる。「機能的プロテオミクス（ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ）」は一定の細胞または細胞の母集団におけるタンパク質発現生成物の機能的特徴、活性レベル、および構造的特徴の調査を言う。
【００９５】
「タンパク質（ｐｒｏｔｅｉｎ）」はペプチド結合により一体に結合しているアミノ酸残基の一定のポリマーを意味する。この用語は、本明細書において使用されているように、各種のタンパク質、ポリペプチド、および任意の大きさ、構造、または機能のペプチドを言う。しかしながら、一般的に、一定のタンパク質は少なくとも６個のアミノ酸の長さである。このタンパク質が一定の短いペプチドである場合に、このタンパク質は少なくとも約１０個のアミノ酸残基の長さである。一定のタンパク質は自然に存在しているもの、遺伝子組換え、または合成によるもの、あるいは、これらの組み合わせ物とすることができる。また、一定のタンパク質は自然に存在しているタンパク質またはペプチドの一定のフラグメントも含む。さらに、一定のタンパク質は単一分子であってもよく、あるいは、多数個の分子の複合体であってもよい。この用語のタンパク質はまた各種アミノ酸ポリマーに適用することも可能であり、この場合に、１個以上のアミノ酸残基は一定の対応する自然に存在しているアミノ酸の一定の人工的な化学的類似体である。
【００９６】
「一定のタンパク質のフラグメント（ｆｒａｇｍｅｎｔ ｏｆ ａ ｐｒｏｔｅｉｎ）」は、本明細書において使用されているように、一定のタンパク質の一部分である別のタンパク質を言う。例えば、各種タンパク質の各フラグメントは培養した各細胞から単離される全長のタンパク質を消化することにより得られる各種ポリペプチドを含む可能性がある。実施形態の一例において、一定のタンパク質フラグメントは少なくとも約６個のアミノ酸を含む。また、別の実施形態において、このフラグメントは少なくとも約１０個のアミノ酸を含む。さらに別の実施形態においては、このタンパク質フラグメントは少なくとも約１６個のアミノ酸を含む。
【００９７】
本明細書において使用されているように、「発現生成物（ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｐｒｏｄｕｃｔｓ）」は、一定のタンパク質等の、一定の生体分子であり、この生体分子は一定の生体内の一定の遺伝子が発現される際に生成される。一定の発現生成物は各種翻訳後修飾を含む可能性がある。
【００９８】
用語の「タンパク質発現（ｐｒｏｔｅｉｎ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ）」は検出可能な量のアミノ酸シーケンスまたはタンパク質が発現されるような有効な転写および翻訳を一定の核酸シーケンスが受ける一定の過程またはプロセスを言う。
【００９９】
用語の「タンパク質発現プロファイル（ｐｒｏｔｅｉｎ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｐｒｏｆｉｌｅ）」または「タンパク質発現特徴（ｐｒｏｔｅｉｎ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｓｉｇｎａｔｕｒｅ）」は特定の細胞または組織の型（例えば、神経単位、冠状動脈内皮、または病気の組織）を表現する一定のタンパク質の群を言う。
【０１００】
用語の「タンパク質捕捉物質（ｐｒｏｔｅｉｎ−ｃａｐｔｕｒｅ ａｇｅｎｔ）」は、本明細書において使用されているように、一定のタンパク質をそれ自体に結合させることのできる一定の分子または一定の多数個の分子の複合体を言う。実施形態の一例において、タンパク質捕捉物質は一定の実質的に特異的な様式でそれぞれの結合する相手と結合する。実施形態の一例において、これらのタンパク質捕捉物質は約１０−６以下の一定の解離定数（ＫＤ ）を示すことができる。このタンパク質捕捉物質は一定のタンパク質またはポリヌクレオチドのような生体分子を含むことができる。この生体分子はさらに自然に存在している、遺伝子組換え、または合成による生体分子を含むことができる。このようなタンパク質捕捉物質の例は抗体、抗原、受容体、またはその他のタンパク質、またはこれらの各部分または各フラグメントを含む。さらに、上記タンパク質捕捉物質は非共役的な相互作用によりそれぞれの結合する相手に対して相互作用するだけである物質に限定されないことが理解されると考える。むしろ、上記のタンパク質捕捉物質はこれらが結合する各タンパク質に対して共役的に結合することもできる。例えば、このようなタンパク質捕捉物質は結合に続いてその結合相手に対して光架橋することが可能である。
【０１０１】
「タンパク質捕捉物質の領域（ｒｅｇｉｏｎ ｏｆ ｐｒｏｔｅｉｎ−ｃａｐｔｕｒｅ ａｇｅｎｔｓ）」は一定の基体の表面上に固定されている各タンパク質捕捉物質の一定の異なる領域を意味する用語である。これらの領域は任意の形状を有することができ、不規則な形状であってもよい。
【０１０２】
本明細書において使用されているように、用語の「結合相手（ｂｉｎｄｉｎｇ ｐａｒｔｎｅｒ）」は特定のタンパク質捕捉物質に対して結合できる一定のタンパク質を言う。実施形態の一例において、この結合相手は一定の実質的に特異的な様式で一定のタンパク質捕捉物質に結合する。一部の場合において、このタンパク質捕捉物質は一定の細胞性タンパク質または細胞外タンパク質であり、その結合相手を生体内において通常的に結合する単位とすることができる。しかしながら、別の実施形態において、上記結合相手を上記タンパク質捕捉物質が（生体外または生体内における選択により）選択されるか（抗体の場合における等のように）培養される一定のタンパク質またはペプチドとすることができる。一定の結合相手は２種類以上のタンパク質捕捉物質に分け与えられることができる。例えば、種々のポリクローナル抗体により結合される一定の結合相手が多数の異なるエピトープを支持することができる。また、例えば、各結合相手が同一のエピトープを分け持つ場合に、１種類のタンパク質捕捉物質が多数の結合相手に結合な場合もある。
【０１０３】
「一定の生体内における細胞の母集団（ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｏｆ ｃｅｌｌｓ ｉｎ ａｎ ｏｒｇａｎｉｓｍ）」は単一の生体内における２種類以上の細胞の集合または単一の生体から初めに誘導した２種類以上の細胞を意味する。この集合内の各細胞は好ましくは全て同一の細胞型である。これらは、例えば、一定の生体内における同一組織からのものとすることができる。最も好ましくは、上記母集団内の全ての細胞における遺伝子発現が同一またはほとんど同一である。
【０１０４】
「タンパク質結合に適している諸条件（ｃｏｎｄｉｔｉｏｎｓ ｓｕｉｔａｂｌｅ ｆｏｒ ｐｒｏｔｅｉｎ ｂｉｎｄｉｎｇ）」は溶液中における一定の固定したタンパク質捕捉物質とその結合相手の間に結合が生じることを可能にする（塩濃度、ｐＨ値、洗浄剤（界面活性剤）、タンパク質濃度、温度等に関する）諸条件を意味する。好ましくは、これらの条件は一定の有意義な量の非特異的なタンパク質の結合が生じるほどにはゆるくない。
【０１０５】
「小分子（ｓｍａｌｌ ｍｏｌｅｃｕｌｅ）」は炭素、水素、酸素、および窒素を含む合成、天然由来、または部分的合成の一定の化合物または分子複合体を含み、さらに別の構成要素を含む場合もあり、約５，０００以下の一定の分子量を有することができ、特定の実施形態においては、約１００乃至約１，５００の分子量を有することができる。
【０１０６】
用語の「抗体（ａｎｔｉｂｏｄｙ）」は一定の免疫グロブリンを意味し、自然に生成されているか、部分的または完全に合成により生成されている。特異的な結合性を保有しているこれらの全ての誘導体もこの用語の意味に含まれる。さらに、この用語は一定の免疫グロブリン結合性のドメインに対して相同性またはかなり相同性である一定の結合性ドメインを有するあらゆるタンパク質も含む。一定の抗体はモノクローナルまたはポリクローナルのいずれでもよい。この抗体はヒトのクラス、すなわち、ＩｇＧ，ＩｇＭ，ＩｇＡ，ＩｇＤおよびＩｇＥのいずれかを含む、任意の免疫グロブリンのクラスのうちの一定要素とすることができる。
【０１０７】
用語の「抗体フラグメント（ａｎｔｉｂｏｄｙ ｆｒａｇｍｅｎｔ）」は完全長よりも短い一定の抗体のあらゆる誘導体を言う。態様の一例において、この抗体フラグメントは完全長の抗体の特異的結合性、特に、結合相手としての一定の重要部分を少なくとも保有している。このような抗体フラグメントの例はＦａｂ，Ｆａｂ’，Ｆ（ａｂ’）２ ，ｓｃＦｖ，Ｆｖ，ｄｓＦｖジアボディ（ｄｓＦｖ ｄｉａｂｏｄｙ）およびＦｄの各フラグメントを含むがこれらに限らない。この抗体フラグメントは任意の手段により生成可能である。例えば、この抗体フラグメントは一定の無傷の（ｉｎｔａｃｔ）抗体のフラグメント化により酵素によりまたは化学的に生成することができ、あるいは、部分的な抗体シーケンスをコード化する一定の遺伝子による遺伝子組換えにより生成できる。あるいは、この抗体フラグメントは完全にまたは部分的に合成により生成可能である。また、この抗体フラグメントは単一鎖の抗体フラグメントを含むことができる。また、別の実施形態において、このフラグメントは、例えば、スルフィド結合等により一体に結合している多数の分子鎖を含むこともできる。さらに、このフラグメントは一定の多数個の分子の複合体でもよい。一定の機能的な抗体フラグメントは一般的に少なくとも約５０個のアミノ酸を含みことができ、さらに一般的には、少なくとも約２００個のアミノ酸を含む。
【０１０８】
本明細書において使用されているように、単一鎖のＦｖｓ（ｓｃＦｖｓ）は一定のポリペプチド・リンカーにより互いに共役的に結合している可変の軽鎖（ＶＬ ）および可変の重鎖（ＶＨ ）から成る組換え抗体フラグメントを言う。これらのＶＬ またはＶＨ のいずれかをＮＨ２ 末端のドメインとすることができる。上記ポリペプチド・リンカーは２種類の可変のドメインが深刻な立体的干渉を伴わずに架橋される場合に可変の長さおよび組成にすることができる。一般的に、これらのリンカーは溶解性のためのグルタミン酸およびリジンの各残基によるグリシンおよびセリンの各残基の伸長部分を主に含む。
【０１０９】
「ジアボティ（ズ）（ｄｉａｂｏｄｉｅｓ）」は二量体のｓｃＦｖｓを言う。これらジアボディの各構成要素は一般に大抵のｓｃＦｖｓよりも短いペプチド・リンカーを有しており、二量体として結合するための一定の選択性を示す。
【０１１０】
「Ｆｖ」フラグメントは非共役的な相互作用により一体に保持されている１個のＶＨ ドメインおおび１個のＶＬ ドメインにより構成されている。また、用語の「ｄｓＦｖ」は上記ＶＨ −ＶＬ 対を安定化するために一定の工作した分子内ジスルフィド結合を有する一定のＦｖを言うために本明細書において使用されている。
【０１１１】
用語の「Ｆ（ａｂ’）２ 」フラグメントはｐＨ４．０乃至４．５において一定の酵素のペプシンによる消化により免疫グロブリンから得られるフラグメントと実質的に等価である一定の抗体フラグメントを言う。このフラグメントは遺伝子組換えにより生成できる。
【０１１２】
「Ｆａｂ」フラグメントは上記Ｆ（ａｂ’）２ フラグメント内の２個の重鎖部分を結合している１個以上のジスルフィド架橋部分の還元により得られるフラグメントと実質的に等価な一定の抗体フラグメントである。このＦａｂ’フラグメントは遺伝子組換えにより生成できる。
【０１１３】
「Ｆａｂ」フラグメントは酵素のパパインによる免疫グロブリンの消化により得られるフラグメントと等価な一定の抗体フラグメントである。このＦａｂフラグメントは遺伝子組換えにより生成できる。また、このＦａｂフラグメントの重鎖セグメントは上記Ｆｄ部分である。
【０１１４】
用語の「被膜（ｃｏａｔｉｎｇ）」は一定の基体の表面に自然にまたは合成により形成または供給される一定の層を意味する。例えば、シリコン（ケイ素）等の一定の基体の空気に対する曝露は当該曝露した表面の酸化を生じる。シリコンにより作成した一定の基体の場合に、空気に対して曝露した時にその表面に酸化ケイ素の被膜が形成される。また、他の場合に、この被膜は基体から誘導されるのではなく、機械的、物理的、電気的、または化学的な手段によりその表面上に配置することができる。この種の被膜の例はシリコンまたは高分子の基体に供給される一定の金属被膜またはシリコンの基体に供給される一定の窒化ケイ素被膜であると考えられる。この被膜は任意の厚さにできるが、一般的に、この被膜はその基体よりも薄い一定の厚さを有している。
【０１１５】
「内部層（ｉｎｔｅｒｌａｙｅｒ）」または「接着層（ａｄｈｅｓｉｏｎ ｌａｙｅｒ）」は上記第１の被膜と上記基体との間に配置される一定の付加的な被膜または層を言う。多数個の内部層を一体に使用することができる。一般的な内部層の主な目的は上記第１の被膜と基体との間の接着を容易にすることである。このような実施例の一例は一定の金の被膜を一定のシリコンまたはガラスの表面に接着するために役立つチタンまたはクロムの内部層の使用である。しかしながら、別の可能な内部層の機能も考えられる。例えば、一部の内部層は、非導電性の基体と非導電性の被膜との間における一定の半導体または金属の層のような、上記マイクロアレイにおける検出システムにおいて一定の役割を果たすことができる。
【０１１６】
「有機薄膜（ｏｒｇａｎｉｃ ｔｈｉｎｆｉｌｍ）」は、存在する場合に、一定の基体または一定の被膜に供給されている有機分子の一定の薄層である。この有機薄膜は約２０ｎｍ以下の厚さにすることができる。あるいは、この有機薄膜は約１０ｎｍ以下の厚さにすることもできる。さらに、この有機薄膜は定序的（ｏｒｄｅｒｅｄ）または非定序的（ｄｉｓｏｒｄｅｒｅｄ）のいずれでもよい。例えば、この有機薄膜は非晶質（化学吸着またはスピン塗布したポリマー等）あるいは高度に組織化した状態（ラングミュア−ブロジェット（Ｌａｎｇｍｕｉｒ−Ｂｌｏｄｇｅｔｔ）膜または自己集成型単分子層等）にすることができる。また、この有機薄膜は異種起源性または同種起源性のいずれでもよい。実施形態の一例において、この有機薄膜は単分子層である。また、別の実施形態において、この有機薄膜は脂質の二分子層により構成されている。さらに、別の実施形態においては、この有機薄膜は２種類以上の形態の有機薄膜の組み合わせにより構成できる。例えば、一定の有機薄膜が一定の自己集成型の単分子層の上部における一定の脂質の二分子層により構成できる。また、ヒドロゲルも一定の有機薄膜を構成できる。この有機薄膜は一定の基体または基体上の被膜の表面条件を多数の様式のいずれかにおいて高めるように作用する各種の官能性をその表面上において示すことができる。例えば、この有機薄膜により示される官能性は上記タンパク質捕捉物質のタンパク質マイクロアレイにおける各領域に対する結合または共役的固定において有用であると考えられる。あるいは、上記有機薄膜は、ポリエチレン・グリコール（ＰＥＧ）等の、各種官能基を保有することができ、これらの官能基は各分子の表面に対する非特異的な結合を減少する。その他の示される官能性は上記薄膜を上記基質の表面または被膜につなぎ留めるように作用する。また、上記有機薄膜の特定の官能性は上記表面に対して使用される特定の検出技法を可能にするように設計することもできる。あるいは、この有機薄膜は一定の基体の表面または一定の基体の表面上の被膜に接触する際に生じる一定のタンパク質捕捉物質または一定のタンパク質捕捉物質により結合されるタンパク質の結合相手の不活性化を防ぐために作用できる。
【０１１７】
「単分子層（ｍｏｎｏｌａｙｅｒ）」は単一分子の厚さの有機薄膜である。この単分子層は定序的または非定序的のいずれでもよい。この単分子層はポリイオン性ポリマー（ｐｏｌｙｎｏｎｉｏｎｉｃ ｐｏｌｙｍｅｒ）、ポリイオン性ポリマー（ｐｏｌｙｉｏｎｉｃ ｐｏｌｙｍｅｒ）、またはブロック−コポリマー等の一定の高分子化合物とすることができる。例えば、この単分子層はポリリジン等のポリアミノ酸により構成できる。また、別の実施形態において、上記単分子層は自己集成型の単分子層とすることができる。この自己集成型の単分子層の一面はその各有機分子の末端部に化学的官能性を有することができ、各有機分子は、存在している場合に、基体または基体上の被膜の上に化学吸着または物理吸着されている。上記単分子層の適当な官能性の部分の例は負に荷電した表面において使用するためのポリ−Ｌ−リジンにおける正に荷電したアミノ基および金の表面において使用するためのチオールを含む。一般に、上記自己集成型の単分子層の別の面は露出していて、任意数の化学的官能基または末端基を保有できる。
【０１１８】
「自己集成型単分子層（ｓｅｌｆ−ａｓｓｅｍｂｌｅｄ ｍｏｎｏｌａｙｅｒ）」は自発性の分子の集合体により形成されている単分子層である。この自己集成型の単分子層は定序的または非定序的のいずれでもよく、あるいは、短域乃至長域の定序領域を示すことができる。
【０１１９】
「アフィニティ・タグ（ａｆｆｉｎｉｔｙ ｔａｇ）」は一定のタンパク質捕捉物質を一定の基体表面または当該基体表面を被覆している一定の有機薄膜における一定の露出した官能部分の上に直接的または間接的に固定化できる一定の官能性の部分である。実施形態の一例において、このアフィニティ・タグは上記部位特異的な固定化を可能にし、それゆえ、上記タンパク質捕捉物質の有機薄膜に対する配向性を高める。一部の場合において、上記アフィニティ・タグは単純な化学的官能基とすることができる。その他の可能性として、アミノ酸、ポリ・アミノ酸のタグ、または完全長の各種タンパク質が含まれる。さらに別の可能性としては、各種の炭化水素および核酸が含まれる。例えば、このアフィニティ・タグはポリヌクレオチドとすることができ、当該ポリヌクレオチドは上記有機薄膜上において一定の官能基として作用する別のポリヌクレオチドまたは一定のアダプター（接着体）として作用する別のポリヌクレオチドに対してハイブリッド形成する。さらに、このアフィニティ・タグは一定の合成の化学的部分とすることもできる。上記タンパク質捕捉物質の各領域における有機薄膜が一定の二分子層または単分子層を含む場合に、一定の膜固定物質が適当なアフィニティ・タグとなる。このようなアフィニティ・タグは上記タンパク質捕捉物質に対して共役的または非共役的に結合できる。例えば、このアフィニティ・タグが上記タンパク質捕捉物質に対して共役的に結合する場合に、このタグは化学的な共役作用により、あるいは、一定の融合タンパク質として結合できる。さらに、このアフィニティ・タグは一定の開裂可能な結合により上記タンパク質捕捉物質に対して結合することもできる。あるいは、このアフィニティ・タグは上記タンパク質捕捉物質に対して直接的に接触していなくてもよい。むしろ、このアフィニティ・タグは一定のアダプターを介して上記タンパク質捕捉物質から分離することができる。このアフィニティ・タグは非共役的相互作用または一定の共役的結合のいずれかにより上記タンパク質捕捉物質を上記有機薄膜に固定化できる。
【０１２０】
本発明の目的のための「アダプター（ａｄａｐｔｏｒ）」は一定のアフィニティ・タグを上記タンパク質捕捉物質に連結する一定の単位である。このアダプターは上記アフィニティ・タグおよびタンパク質捕捉物質の両方に非共役的に結合する一定の別個の分子とすることができるがこれに限らない。さらに、このアダプターは上記アフィニティ・タグまたはタンパク質捕捉物質またはこれらの両方に対して、化学的な共役作用により、あるいは、一定の融合タンパク質として、共役的に結合することもできる。完全長のタンパク質、ポリペプチド、または各種ペプチドがこのようなアダプターとして使用可能である。さらに別のアダプターとして、各種の炭水化物または核酸が含まれる。
【０１２１】
用語の「融合タンパク質（ｆｕｓｉｏｎ ｐｒｏｔｅｉｎ）」は２種類以上のポリペプチドにより構成されている一定のタンパク質を意味し、これらのポリペプチドは、それぞれの未変性の状態において一般的に結合していないが、一定のペプチド結合を介してそれぞれのアミノおよびカルボキシの各末端部分により結合して単一の連続的なポリペプチドを形成する。なお、これら２種類以上のポリペプチドの構成要素は直接的に結合することもでき、あるいは、一定のペプチド・リンカー／スペーサーを介して間接的に結合することもできることが理解されると考える。
【０１２２】
用語の「正常な生理学的状況（ｎｏｒｍａｌ ｐｈｙｓｉｏｌｏｇｉｃａｌ ｃｏｎｄｉｔｉｏｎｓ）」は一定の生活している生体または細胞の典型的な内部の状況である。一部の器官または生体は極端な状況を示すが、生体内および細胞内の環境は通常的にｐＨ７（すなわち、ｐＨ６．５乃至ｐＨ７．５）の近辺で変化しており、支配的な溶媒として水を含み、０℃以上５０℃以下の一定温度において存在している。種々の塩類の濃度はこの器官、生体、細胞、または一定基準として用いられる細胞画分により決まる。
【０１２３】
Ｉ．核酸マイクロアレイ
マイクロアレイ技法は多数の核酸シーケンスを分析する一定の機会を提供する。また、この技法は比較遺伝子発現分析、薬物の発見、および分子相互作用の特徴付けのためにも利用できる。発現分析においては、特定の遺伝子の発現パタンがその遺伝子の機能を特徴付けるために使用できる。加えて、マクロアレイは一定の遺伝子の静的な発現（例えば、特定の組織内の発現）ならびに特定の遺伝子の動的な発現（例えば、１個の遺伝子の別の遺伝子における発現に対する発現）の両方を分析するために利用できる（ダッガン（Ｄｕｇｇａｎ）他，２１巻，ネーチャー・ジェネット（ＮＡＴＵＲＥ ＧＥＮＥＴ．），１０頁乃至１４頁，（１９９９年））。
【０１２４】
上記マイクロアレイ技法の利点は従来的なブロッティング法（例えば、ノーザン式およびサザン式の分析）において使用する多孔質膜に対して一定の非透過性の硬質の支持体を使用することである。この結果、ハイブリッド形成用の緩衝液はこの支持体を透過せず、これにより、オリゴヌクレオチド・プローブに対して比較的に多く接触して、ハイブリッド形成の速度が高まり、再現性が改善される。加えて、上記マイクロアレイ技法は比較的に良好な画像取得および画像処理が行なえる（サザン（Ｓｏｕｔｈｅｒｎ）他，２１巻，ネーチャー・ジェネット（ＮＡＴＵＲＥ ＧＥＮＥＴ．），５頁乃至９頁，（１９９９年））。マイクロアレイ分析の場合に、核酸（例えば、ＲＮＡ）が一定の生物学的サンプルから単離できる。これらの核酸サンプルは１種類以上の遺伝子のｍＲＮＡ転写体、当該ｍＲＮＡから逆転写したｃＤＮＡ、当該ｃＤＮＡから転写したｃＲＮＡ、各遺伝子から増殖されたＤＮＡ、当該増殖ＤＮＡあら転写したＲＮＡ等を含むがこれらに限らない。
【０１２５】
Ａ．核酸マイクロアレイを製造するための方法
各マイクロアレイは空間配向型のオリゴヌクレオチド合成により製造できる。このような空間配向型のオリゴヌクレオチド合成のための方法は光配向型オリゴヌクレオチド合成、マイクロリソグラフィ、インク・ジェットによる供給、特定の場所に対する微小導管式付着、および物理的バリヤーによる隔離を含むがこれらに限らない。一般に、これらの方法は、通常的に各保護基を除去することにより各活性部位を発生する工程、および一定のヌクレオチドをこの活性部位に結合する工程を含み、このヌクレオチドはそれ自体でさらにヌクレオチド結合処理が望まれる場合に随意的に一定の保護されている活性部位を有している。
【０１２６】
一定のマイクロアレイが、例えば、一定の支持体の上における合成したオリゴヌクレオチド・プローブの原位置的（イン・シッツ）合成または直接的な付着（「点滴（ｓｐｏｔｔｉｎｇ）または印刷（ｐｒｉｎｔｉｎｇ）」により構成できる。これらのオリゴヌクレオチド・プローブは関連する標的のサンプル内における相補的な各核酸シーケンスを検出するために使用される。原位置的合成は、比較的に高い収率、一貫性、効率、費用、および組み合わせの試験用途の可能性（サザン（Ｓｏｕｔｈｅｒｎ）他，（１９９９年））等の直接的配置に優る幾つかの利点を有している。しかしながら、各種ＰＣＲ生成物等の比較的に長い核酸シーケンスの場合には、付着様式が好ましい方法と考えられる場合がある。原位置的合成によるマイクロアレイの生成は光化学的脱保護、インク−ジェット式配給、およびフラッディング用導管（ｆｌｏｏｄｉｎｇ ｃｈａｎｎｅｌｓ）を含む多数の方法により達成できる（ライプシュッツ（Ｌｉｐｓｈｕｔｚ）他，２１巻，ネーチャー・ジェネット（ＮＡＴＵＲＥ ＧＥＮＥＴ），２０頁乃至２４頁，（１９９９年）、ブランチャード（Ｂｌａｎｃｈａｒｄ）他，１１巻，バイオセンサーズ・アンド・バイオエレクトロニクス（ＢＩＯＳＥＮＳＯＲＳ ＡＮＤ ＢＩＯＥＬＥＣＴＲＯＮＩＣＳ），６８７頁乃至６９０頁，（１９９６年）、マスコス（Ｍａｓｋｏｓ）他，２１巻，ヌクレイック・アシッド・リサーチ（ＮＵＣＬＥＩＣ ＡＣＩＤＳ ＲＥＳ．），４６６３頁乃至４６６９頁，（１９９３年））。
【０１２７】
本発明は固相ＤＮＡ合成およびホトリソグラフィ（ライプシュッツ（Ｌｉｐｓｈｕｔｚ）他，（１９９９年））を伴う原位置的合成法による各種マイクロアレイの構成に関係している。光不安定性の保護基を伴うリンカーが一定の支持体（例えば、ガラス）に共役的または非共役的に結合できる。その後、光を一定のホトリソグラフ用のスクリーンを通して上記支持体における特定の各領域に当てることにより、局在化した光脱保護が生じてその照射した各領域内に反応性の水酸基が得られる。その後、３’−Ｏ−ホスホラミダイト活性化したデオキシリボヌクレオシド（一定の光不安定性の基により５’−ヒドロキシル基において保護されている）を上記支持体と共にインキュベートすることにより、露光されて脱保護処理された各部位において結合が生じる。未反応の各活性部位における随意的なキャップ形成処理および酸化に続いて、上記の基体（支持体）をすすぎ洗いし、その表面に第２のスクリーンを通して光照射することにより、上記リンカーに対して結合するためのさらに別の水酸基を露出させる。次に、第２の５’−保護されている、３’−Ｏ−ホスホラミダイト活性化したデオキシリボヌクレオシドを上記支持体に供給した。この選択的な光脱保護処理および結合処理の各工程を所望の生成物が得られるまで繰り返す。その後、光不安定性の基を除去してそのシーケンスをキャップ形成可能にする。さらに、側鎖の保護基も除去可能になる。ホトリソグラフィ法を使用しているので、この方法はオリゴヌクレオチド・プローブの高密度マイクロアレイを生成するために小型化が可能である。従って、この技法により一定の単一のマイクロアレイ支持体上に数百万乃至数十万の任意のオリゴヌクレオチド・プローブが生成できる。
【０１２８】
上記点滴法によりマイクロアレイを製造するためには、一般にＰＣＲ法により、マイクロアレイ支持体上に印刷するためのオリゴヌクレオチド・プローブが調整される。上記原位置的技法において説明したように、各プローブはゲンバンク（ＧｅｎＢａｎｋ）、ユニゲン（Ｕｎｉｇｅｎ）、ホモロジーン（ＨｏｍｏｌｏＧｅｎｅ）、レフセック（ＲｅｆＳｅｑ）、ｄｂＥＳＴ（ｄｂＥＳＴ）、およびｄｂＳＮＰ（ｄｂＳＮＰ）（ウイーラー（Ｗｈｅｅｌｅｒ）他，２９巻，ヌクレイック・アシッド・リサーチ（Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．），１１頁乃至１６頁，（２００１年））等の核酸データベースを含む多数の供給源から選択できる。加えて、各オリゴヌクレオチド・プローブは、例えば、一定の組織型（例えば、心臓または神経単位の組織）を反映しているｃＤＮＡライブラリー、または一定の関連の種（例えば、ドロソフィリア・メラノガスター（Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌｉａ ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒ））を表現している一定のゲノム・ライブラリーあら無作為的に選択できる。また、各プローブを生成するためにＰＣＲ法を採用する場合には、例えば、約１００ｐｇ乃至５００ｐｇの精製したＰＣＲ生成物（約０．６ｋｂ乃至２．４ｋｂ）を一定の支持体上に点滴できる（ダッガン（Ｄｕｇｇａｎ）他，１９９９年）。この点滴処理（または印刷処理）はロボット・アレイ装置（ｒｏｂｏｔｉｃ ａｒｒａｙｅｒ）により行なうことができる（例えば、米国特許第６，１５０，１４７号、同第５，９６８，７４０号、同第５，８５６，１０１号、同第５，４７４，７９６号、および同第５，４４５，９３４号を参照されたい）。
【０１２９】
各種マイクロアレイの製造における多数の異なるマイクロアレイの構成および方法が当該技術分野における熟練者において知られていて、米国特許第６，１５６，５０１号、同第６，０７７，６７４号、同第６，０２２，９６３号、同第５，９１９，５２３号、同第５，８８５，８３７号、同第５，８７４，２１９号、同第５，８５６，１０１号、同第５，８３７，８３２号、同第５，７７０，７２２号、同第５，７７０，４５６号、同第５，７４４，３０５号、同第５，７００，６３７号、同第５，６２４，７１１号、同第５，５９３，８３９号、同第５，５７１，６３９号、同第５，５５６，７５２号、同第５，５６１，０７１号、同第５，５５４，５０１号、同第５，５４５，５３１号、同第５，５２９，７５６号、同第５，５２７，６８１号、同第５，４７２，６７２号、同第５，４４５，９３４号、同第５，４３６，３２７号、同第５，４２９，８０７号、同第５，４２４，１８６号、同第５，４１２，０８７号、同第５，４０５，７８３号、同第５，３８４，２６１号、同第５，２４２，９７４号において開示されており、これらの開示は本明細書に参考文献として含まれる。また、種々の用途において各アレイを使用する方法を記載している特許は米国特許第５，８７４，２１９号、同第５，８４８，６５９号、同第５，６６１，０２８号、同第５，５８０，７３２号、同第５，５４７，８３９号、同第５，５２５，４６４号、同第５，５１０，２７０号、同第５，５０３，９８０号、同第５，４９２，８０６号、同第５，４７０，７１０号、同第５，４３２，０４９号、同第５，３２４，６３３号、同第５，２８８，６４４号、同第５，１４３，８５４号を含み、これらの開示は本明細書に参考文献として含まれる。
【０１３０】
Ｂ．マイクロアレイの支持体
マイクロアレイの支持体は一定の柔軟な硬質の基体により構成できる。この柔軟な基体は破壊することなく屈曲、折り重ね、または類似の操作を行なうことができる。本発明に関連する柔軟な固体の支持体である固体材料の例はナイロンおよび柔軟性の各種プラスチック・フィルム等の膜を含む。これらマイクロアレイの硬質の支持体は適当なアッセイ条件下において付随のオリゴヌクレオチドに対して物理的な支持および構造を与えるために十分に作用する。
【０１３１】
上記支持体は生物的、非生物的、有機的、無機的、またはこれらの状態の任意の組み合わせの状態にすることができ、ストランド、沈殿物、ゲル、シート、チューブ、球体、コンテナ、毛細管、パッド、薄片、フィルム、プレート、またはスライド材として存在している。加えて、この支持体はディスク状、正方形、球形、または円形等の任意の好都合な形状を有することができる。実施形態の一例において、この支持体は平坦であるが種々の別の表面形態を採ることができる。例えば、この支持体は合成が行なわれる隆起状または凹状の各領域を含むことができる。また、この支持体およびその表面は本明細書において説明されている各種反応を行なうことのできる一定の硬質の支持構造を形成できる。さらに、この支持体およびその表面は適当な光吸収特性を示すように選択することも可能である。例えば、この支持体は一定の重合化したラングミュア−ブロジェット（Ｌａｎｇｍｕｉｒ−Ｂｌｏｄｇｅｔｔ）膜、官能性化したガラス、Ｓｉ，Ｇｅ，ＧａＡｓ，ＧａＰ，ＳｉＯ２ ，ＳｉＮ４ 、変性シリコン（ケイ素）、または多様なゲルまたは（ポリ）テトラフルオロエチレン、（ポリ）弗化ビニリデン、ポリスチレン、ポリカーボネート、またはこれらの組み合わせ物等の各種ポリマーの任意の一つとすることができる。さらに、上記支持体の表面はカルボキシル、アミノ、ヒドロキシル、およびチオールの各基等の反応性の基を含むこともできる。さらに、この表面は透明にすることも可能であり、シリカの表面において見られるようなＳｉＯＨの官能基を含むこともできる。
【０１３２】
上記支持体はガラスを含む多数の材料により構成できる。一定のマイクロアレイの構成においてガラスの支持体を利用することには幾つかの利点が存在する。例えば、一定のガラス支持体により調製した各マイクロアレイは低い固有の蛍光発光のために一般に顕微鏡スライドを利用しており、これにより、バックグラウンドのノイズが最少になる。さらに、数百乃至数千のオリゴヌクレオチド・プローブをこのスライドに固定することができる。これらのガラス・スライドはポリリジン、アミノ・シラン、またはアミノ反応性シランにより被覆可能であり、これらの被膜はそのスライドの疎水性を高めると共に各種オリゴヌクレオチドの付着性を改善する（ダッガン（Ｄｕｇｇａｎ）他，（１９９９年））。さらに、紫外線照射が上記オリゴヌクレオチド・プローブのガラス支持体に対する架橋のために使用される。この照射に続いて、上記支持体をコハク酸無水物により処理して各アミンにおける正電荷を還元できる。二本鎖オリゴヌクレオチドの場合に、上記支持体は熱処理（例えば、９５℃）またはアルカリ処理を受けて一本鎖の各種プローブを生成できる。ガラスを利用することに対するさらに別の利点はその非多孔質の性質であり、これにより、必要なハイブリッド形成用の緩衝液の量が最少になり、標的サンプルの各プローブに対する結合性が高まる。
【０１３３】
別の実施形態において、上記支持体は約１０オングストローム以下の表面浮き出し部分を伴う平坦なガラスまたは単結晶シリコンとすることができる。この支持体の表面は周知の技法によりエッチング処理して所望の表面部分を形成することができる。例えば、溝、ｖ字溝、またはメサ状の構造部分により、光が照射する集光点内に各合成領域をさらに近接して配置できるようになる。
【０１３４】
本発明はビーズにより構成されている核酸マイクロアレイの支持体にも関係している。これらのビーズは多様な形状を有することができ、多数の材料により構成可能である。一般に、支持体として使用されるビーズは約１ミクロン乃至約１００ミクロンの均一な寸法を有することができ、制御多孔質ガラス（ＣＰＧ）、高度架橋ポリスチレン、アクリル・コポリマー、セルロース、ナイロン、デキストラン、ラテックス、およびポリアクロレインにより作成した微小粒子を含むことができる。例えば、米国特許第６，０６０，２４０号、同第４，６７８，８１４号および同第４，４１３，０７０号を参照されたい。
【０１３５】
上記支持体のためのビーズを選択する場合に材料、多孔度、寸法、形状、および結合部分を含む幾つかのファクターが考えられる。さらに、適当な支持体を選択する場合に考慮すべき別の重要なファクターは均一性、合成支持体としての効率、表面積、および光学特性（例えば、自己蛍光発光）を含む。一般的に、均一なオリゴヌクレオチドまたは核酸フラグメントの母集団が採用可能である。しかしながら、それぞれが均一のオリゴヌクレオチドまたは核酸フラグメント（且つ、これ以外を含まない）母集団を含む空間的に分離している各領域を有するビーズもまた採用可能である。実施形態の一例において、これらの領域は空間的に分離しているので、隣接している各領域における蛍光発光により生じる各シグナルが使用している一定の検出システムにより解明できる。
【０１３６】
一般に、上記支持体のビーズはガラス（シリカ）、プラスチック（合成の有機ポリマー）、または炭化水素（糖ポリマー）により構成できる。さらに、ビーズ、ペレット、ディスク、毛細管、セルロース・ビーズ、気孔質ガラス・ビーズ、シリカ・ゲル、ジビニルベンゼンにより随意的に架橋されているポリスチレン・ビーズ、グラフト化コ−ポリ・ビーズ、ポリ−アクリルアミド・ビーズ、ラテックス・ビーズ、Ｎ，Ｎ−ビス−アクリロイル・エチレン・ジアミンにより随意的に架橋されているジメチルアクリルアミド・ビーズ、および疎水性ポリマー（例えば、硬質または半硬質の表面を有する一定の材料）により被覆されているガラス粒子を含む種々の材料および形状が使用できる。さらに、上記ビーズはその表面上におけるヌクレオチドの初期的な結合および延長を支持するように化学的に誘導することもできる。
【０１３７】
オリゴヌクレオチド・プローブは上記ビーズ上に直接的に合成可能であり、上記プローブは別に合成してそのビーズに結合することができる。例えば、アルブレットセン（Ａｌｂｒｅｔｓｅｎ）他，１８９巻，アナル・バイオケム（ＡＮＡＬ． ＢＩＯＣＨＥＭ．），４０頁乃至５０頁（１９９０年）、ルンド（Ｌｕｎｄ）他、１６巻，ヌクレイック・アシッド・リサーチ（ＮＵＣＬＥＩＣ ＡＣＩＤＳ ＲＥＳ．），１０８６１頁乃至１０８８０頁（１９８８年）、ゴーシュ（Ｇｈｏｓｈ）他，１５巻，ヌクレイック・アシッド・リサーチ（ＮＵＣＬＥＩＣ ＡＣＩＤＳ ＲＥＳ．），５３５３頁乃至５３７２頁，（１９８７年）、ウォルフ（Ｗｏｌｆ）他，１５巻，ヌクレイック・アシッド・リサーチ（ＮＵＣＬＥＩＣ ＡＣＩＤＳ ＲＥＳ．），２９１１頁乃至２９２６頁，（１９８７年）を参照されたい。上記ビーズに対する結合は永久的にすることもでき、あるいは、当該ビーズと上記プローブとの間に一定の開裂可能なリンカーを使用することもできる。なお、この連結はスクリーニング中におけるプローブと標的物との結合に対して何ら干渉しないことが必要である。さらに、微小粒子の表面上における結合用および合成用の各タグに対応する結合部分が米国特許第４，５６９，７７４号、ビーティー（Ｂｅａｔｔｉｅ）他，３９巻，クリン・ケム（ＣＬＩＮ． ＣＨＥＭ．），７１９頁乃至７２２頁，（１９９３年）、マスコス（Ｍａｓｋｏｓ）およびサザン（Ｓｏｕｔｈｅｒｎ），２０巻，ヌクレイック・アシッド・リサーチ（ＮＵＣＬＥＩＣ ＡＣＩＤＳ ＲＥＳ．），１６７９頁乃至１６８４頁（１９９２年）、ダンバ（Ｄａｍｂａ）他，１８巻，ヌクレイック・アシッド・リサーチ（ＮＵＣＬＥＩＣ ＡＣＩＤＳ ＲＥＳ．），３８１３頁乃至３８２１頁，（１９９０年）、およびポン（Ｐｏｎ）他，６巻，バイオテクニクス（ＢＩＯＴＥＣＨＮＩＱＵＥＳ），７６８頁乃至７７５頁，（１９８８年）において開示されている。種々の結合部分はポリエチレンオキシ、サッカリド、ポリオール、エステル、アミド、飽和または不飽和のアルキル、アリール、およびこれらの組み合わせ物を含むことができる。
【０１３８】
上記オリゴヌクレオチド・プローブが上記ビーズ上において化学的に合成される場合に、そのビーズ−オリゴ結合はホトリソグラフィ法における脱保護工程中において安定であることができる。オリゴヌクレオチドの標準的なホスホラミダイトによる化学的合成中に、一定のスクシニル・エステル（ｓｕｃｃｉｎｙｌ ｅｓｔｅｒ）結合がその３’ヌクレオチドを樹脂に架橋するために使用できる。この結合は各塩基の脱保護の前およびその処理中にＮＨ３ により容易に加水分解できる。さらに、このようにして完成されたオリゴヌクレオチドは脱保護のプロセス中にその樹脂から放出可能になる。一方、上記プローブはガラス・ビーズの表面上のＳｉ（ケイ素）原子に対するシロキサンの結合、またはビーズ表面上におけるヒドロキシル（一般的に一定のアルコール）による求核攻撃による３’末端のヌクレオチドにおけるホスフェート（リン酸エステル）に対するホスホジエステル結合、または上記３’末端のヌクレオチドとビーズ表面に対して共役的に接合している一定の第一級アミンとの間のホスホラミダイト結合により、上記ビーズに連結可能である。
【０１３９】
上記オリゴヌクレオチド・プローブを分離するために多数の官能基および反応物が使用できる。例えば、上記ビーズ上に存在している官能基はヒドロキシ、カルボキシ、イミノハライド、アミノ、チオ、活性ハロゲン（ＣｌまたはＢｒ）またはプソイドハロゲン（例えば、ＣＦ３ ，ＣＮ）、カルボニル、シリル、トシル、メシレート、ブロシレート（ｂｒｏｓｙｌａｔｅｓ）、およびトリフレート（ｔｒｉｆｌａｔｅｓ）を含むことができる。一部の例において、上記ビーズは保護されている官能基を有することができ、これらの官能基は部分的または完全に脱保護が可能である。
【０１４０】
１．マイクロアレイの支持体表面
上記マイクロアレイの支持体は一定パタンのオリゴヌクレオチド・プローブが存在している少なくとも１個の表面を有することができ、この場合の表面は平滑または実質的に平面状にすることができ、あるいは、凹部または隆起部等の不規則部分を有していてもよい。上記プローブが存在している表面は当該表面の諸特性を調整するように作用する各化合物の１種類以上の異なる層により変性することができる。これらの変性層は一般に約１ｍｍの単分子層の厚さ、好ましくは約０．１ｍｍの単分子層の厚さ、最も好ましくは約０．００１ｍｍの単分子層の厚さの範囲にすることができる。さらに、上記変性層は、例えば、金属、金属酸化物、ポリマー、小有機分子等のような無機質または有機質の層を含む。また、高分子の層はペプチド、タンパク質、ポリ核酸またはこれらの擬態（例えば、ペプチド核酸）、多糖類、リン脂質、ポリウレタン、ポリエステル、ポリカーボネート、ポリウレア、ポリアミド、ポリエチレンアミン、ポリアリーレン・スルフィド、ポリシロキサン、ポリイミド、およびポリアセテートを含む。これらのポリマーはヘテロ高分子またはホモ高分子とすることができ、これに結合している別の官能性の部分を有していてもいなくてもよい。
【０１４１】
上記マイクロアレイにおけるオリゴヌクレオチド・プローブは上記支持体の表面上に一定の量に基づいて構成できる。この一定の量に従う構成に関連して、各プローブは一定の連続的または不連続な形式で構成できる。一定の連続的な量の形式において、上記マイクロアレイにおける各連続的な位置、例えば、一連のプローブ内における一定の連続的な位置は同一分子量の各オリゴヌクレオチド・プローブを有している。また、不連続的な量の形式においては、そのパタン（例えば、一連の帯域）内の各位置は元の供給源から誘導される標的分子の小部分を示しており、この場合の各小部分内のプローブは所定範囲内の一定の分子量を有する。
【０１４２】
上記プローブ・パタンは、上記マイクロアレイが連続的または不連続的な形式のいずれを有しているかにより、このマイクロアレイ内の各位置が一定の特異的な量（例えば、分子量または各分子量の範囲）を示す限りにおいて、種々の構成を採ることができる。このマイクロアレイは上記支持体の表面上における単一のレーン（つながり部分）または複数のレーンを有することができる。複数のレーンが存在する場合に、これら多数のレーンは通常的に少なくとも約２個で約２００個よりも少ないレーン、さらに好ましくは約５個以上で約１００個よりも少ないレーン、最も好ましくは約８個以上で約８０個よりも少ないレーンである。
【０１４３】
各マイクロアレイは同一の供給源（例えば、同一の組織）から単離した各オリゴヌクレオチド・プローブを含むことができ、あるいは、異なる供給源（例えば、異なる組織、異なる種、病気および正常な各組織）からの各プローブも含むことができる。従って、同一供給源から単離した各プローブは１個以上のレーンにより表現することが可能であるが、異なる供給源からの各プローブはマイクロアレイ上の各個別のパタンにより表現することができ、この場合に、同一供給源からの各プローブも同様に配置される。それゆえ、上記支持体の表面は異なる供給源（例えば、各組織）から誘導した各オリゴヌクレオチド・プローブの複数のパタンを示すことが可能であり、各レーン内の各プローブは、連続的または不連続的に、一定の量に従って構成される。
【０１４４】
上記支持体の各表面は、必ずではないが、通常的に、その支持体と同一の材料により構成されている。あるいは、この表面は、例えば、ポリマー、プラスチック、樹脂、多糖類、シリカまたはシリカ基材の材料、炭素、金属、無機質ガラス、膜、または上記基材の材料のいずれかを含む多様な材料のいずれかにより構成することもできる。また、この表面はカルボキシル、アミノ、またはヒドロキシの各基等の反応性の各基を含むことができる。さらに、この表面は随意的に透明にすることができ、シリカの各表面において見られるような表面におけるＳｉＯＨの官能性を有することもできる。
【０１４５】
２．オリゴヌクレオチド・プローブの結合
上記支持体の表面は一定のリンカー分子（またはスペーサ−）の層を有することができる。このリンカー分子は上記支持体上の各オリゴヌクレオチド・プローブが核酸分子に対してハイブリッド形成すること、および上記支持体に対して露出している各分子に対して自由に相互作用することを可能にするための十分な長さにすることができる。また、このリンカー分子は十分な露出を行なうために約６個乃至５０個の分子の長さにすることができる。さらに、このリンカー分子は、例えば、アリール・アセチレン、約２個乃至１０個のモノマー単位を含むエチレン・グリコール・オリゴマー、ジアミン、二酸、アミノ酸、またはこれらの組み合わせ物であってもよい。
【０１４６】
上記リンカー分子は、例えば、（ポリ）トリフルオロクロロエチレンの各表面による炭素−炭素結合により、あるいは、好ましくは（例えば、ガラスまたは酸化ケイ素の各表面による）シロキサン結合により上記支持体に結合できる。これらのシロキサン結合はトリクロロシリルまたはトリアルコキシシリルの各基を含む各リンカー分子の反応により形成できる。これらのリンカー分子はまた一定の比較的に長い分子鎖の部分の結合用の部位も有することができる。例えば、一定の比較的に長い分子鎖の部分に結合するために適している基はアミン、ヒドロキシル、チオール、およびカルボキシルの各基を含むことができる。さらに、上記表面結合用の部分はアミノアルキルシラン、ヒドロキシアルキルシラン、ビス（２−ヒドロキシエチル）−アミノプロピルトリエトキシシラン、２−ヒドロキシエチルアミノプロピルトリエトキシシラン、アミノプロピルトリエトキシシラン、およびヒドロキシプロピルトリエトキシシランを含むことができる。これらのリンカー分子は一定の定序的アレイ内に（例えば、重合化したラングミュア−ブロジェット膜内におけるヘッド基の部分として）結合可能である。あるいは、これらのリンカー分子は上記支持体の表面に吸着できる。
【０１４７】
上記リンカーは、例えば、少なくとも２個乃至４個のヌクレオチド・モノマーにわたる長さである一定の長さにすることができる。この連結基は一定のアルキレン基（約６個乃至約２４個の炭素の長さ）、一定のポリエチレングリコール基（線形の形態において約２個乃至約２４個のモノマー）、一定のポリアルコール基、一定のポリアミン基（例えば、スペルミン、スペルミジン、またはこれらの高分子誘導体）、一定のポリエステル基（例えば、線形の形態において３個乃至１５個のエチル・アクリレート・モノマーのポリ（エチルアクリレート））、一定のポリホスホジエステル基、または一定のポリヌクレオチド（約２個乃至約１２個の核酸）とすることができる。原位置的合成において、上記連結基は適当に保護または活性化できる官能基を備えることができる。この連結基はエーテル、エステル、カルバメート、ホスフェート・エステル、またはアミンの結合により上記オリゴヌクレオチド・プローブに対して共役的に結合できる。実施形態の一例において、上記結合はホスフェート・エステル結合であり、この結合はオリゴヌクレオチド結合と同様に形成できる。例えば、ヘキサエチレングリコールをその１個の末端部分において一定の光不安定性の保護基（例えば、ＮＶＯＣまたはＭｅＮＰＯＣ）により保護し、さらに、別の末端部分において２−シアノエチル−Ｎ，Ｎ−ジイソプロピルアミノ−クロロホスファイトにより活性化可能にすることにより、一定のホスホラミダイトが形成できる。その後、この連結器は光不安定性の保護を有するホスホラミダイト活性化型のヌクレオチドと同一の様式でオリゴヌクレオチド・プローブの構成のために使用できる。
【０１４８】
さらに、上記リンカー分子およびオリゴヌクレオチド・プローブは一定の結合した保護基を伴う一定の官能基を含むことができる。実施形態の一例において、この保護基は上記支持体に対向しているリンカー分子の先端部または末端部に存在している。また、この保護基は一定の陰性保護基（例えば、この保護基は上記リンカー分子の反応性を一定のモノマーに対する曝露時に低下する）または一定の陽性保護基（例えば、この保護基は上記シンカー分子の反応性を一定のモノマーに対する曝露時に高める）のいずれにすることもできる。陰性保護基の場合に、例えば、加熱による等の、さらに別の再活性化工程が必要になると考えられる。このような上記リンカー分子における保護基は、好ましくは、ｏ−ニトロベンジル誘導体またはベンジルスルホニル等のニトロ芳香族化合物を含む多様な陽性で光反応性の基から選択できる。さらに別の基として、６−ニトロベラトリルオキシカルボニル（ＮＶＯＣ）、２−ニトロベンジルオキシカルボニル（ＮＢＯＣ）またはα，α−ジメチル−ジメトキシベンジルオキシカルボニル（ＤＤＺ）等が含まれる。また、光除去可能な保護基が、例えば、パトコルニク（Ｐａｔｃｈｏｒｎｉｋ），９２巻，ジャーナル・アメリカン・ケミカル・ソサイエティ（Ｊ． ＡＭ． ＣＨＥＭ． ＳＯＣ．），６３３３頁（１９７０年）およびアミット（Ａｍｉｔ）他，３９巻，ジャーナル・オーガニック・ケミストリー（Ｊ． ＯＲＧ． ＣＨＥＭ．），１９２巻，（１９７４年）において記載されている。
【０１４９】
Ｃ．オリゴヌクレオチド・プローブ
一定のマイクロアレイは任意数の異なるオリゴヌクレオチド・プローブを含むことができる。このマイクロアレイは約２個乃至約１００個のプローブ、さらに約１００個乃至約１０，０００個のプローブ、あるいは約１０，０００個乃至約１，０００，０００個のプローブを有することができる。加えて、上記マイクロアレイは１ｃｍ２ あたりの既知の各場所において１００個以上のオリゴヌクレオチド・プローブ、さらに１ｃｍ２ あたり１，０００個以上のプローブ、あるいは１０，０００個以上の一定密度を有することができる。
【０１５０】
遺伝子発現を検出するために、各オリゴヌクレオチド・プローブは既知のシーケンス情報に基づいて設計および合成できる。例えば、既知の各ｃＤＮＡまたはＥＳＴシーケンスから誘導できる２０個乃至３０個のモノマー（２０− ｔｏ ３０−ｍｅｒ）のオリゴヌクレオチドが発現をモニターするために選択可能である（ライプシュッツ（Ｌｉｐｓｈｕｔｚ）他，（１９９９年））。これらのオリゴヌクレオチド・プローブはゲンバンク（ＧｅｎＢａｎｋ）、ユニゲン（Ｕｎｉｇｅｎ）、ホモロジーン（ＨｏｍｏｌｏＧｅｎｅ）、レフセック（ＲｅｆＳｅｑ）、ｄｂＥＳＴ（ｄｂＥＳＴ）、およびｄｂＳＮＰ（ｄｂＳＮＰ）（ウイーラー（Ｗｈｅｅｌｅｒ）他，２９巻，ヌクレイック・アシッド・リサーチ（Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．），１１頁乃至１６頁，（２００１年））等の核酸データベースを含む多数の供給源から選択できる。一般に、上記プローブは一定の基準シーケンスに対して相補的であり、好ましくは関連の一定の組織または細胞の型（例えば、骨格筋、神経単位組織）に対して特異的であり、好ましくは高いアフィニティおよび特異性を伴ってハイブリッド形成する（ロックハート（Ｌｏｃｋｈａｒｔ）他，１４巻，ネーチャー・バイオテクノロジー（ＮＡＴＵＲＥ ＢＩＯＴＥＣＨＮＯＬ），１６７５頁乃至１６８０頁，（１９９６年））。加えて、上記オリゴヌクレオチド・プローブは基準シーケンスにおける非重合的シーケンスを表現することができ、このことにより、プローブの冗長性が改善でき、不正な陽性の割合を減少して、標的の定量化における精度を高めることができる（ライプシュッツ（Ｌｉｐｓｈｕｔｚ）他，（１９９９年））。
【０１５１】
本発明の実施形態の一例において、上記オリゴヌクレオチド・プローブは比較的に特異的であり、例えば、これらプローブの少なくとも約６０％乃至８０％を特異的なオリゴヌクレオチドにより構成できる。別の実施形態において、約８０個乃至３００個のヌクレオチドの長さ、または約１００個乃至２００個のヌクレオチドの長さの修飾したオリゴヌクレオチドを上記マイクロアレイにおいて使用することができる。これらは、修飾したオリゴヌクレオチドがその基体表面への結合の前における速やかな合成および精製および分析という利点を有しているので、一定のサンプル中におけるｍＲＮＡの存在を決定するためにｃＤＮＡに代わって特に有用である。特に、２’修飾した糖の基を有するオリゴヌクレオチドはＲＮＡに対して向上した結合親和性を示し、これらのオリゴヌクレオチドは一定のマイクロアレイに対して曝されたサンプル内のｍＲＮＡの同定において特に有利である。
【０１５２】
一般に、上記オリゴヌクレオチド・プローブはホスホラミダイトによる化学的手法等の標準的な合成の化学的手法により生成される（米国特許第４，９８０，４６０号、同第４，９７３，６７９号、同第４，７２５，６７７号、同第４，４５８，０６６号、および同第４，４１５，７３２号、ボーケージ（Ｂｅａｕｃａｇｅ）およびアイアー（Ｉｙｅｒ），４８巻，テトラへドロン（ＴＥＴＲＡＨＥＤＲＯＮ），２２２３頁乃至２３１１頁，（１９９２年））。さらに、ホスホロチオネートおよびホスホロアミデート等の非自然的な中軸の各基を形成する別の化学的手法も採用できる。
【０１５３】
「フロー・チャネル（流通導管）」法を採用することにより、各オリゴヌクレオチド・プローブは上記支持体の表面に流通導管を形成することによりその支持体上の選択された各領域において合成され、これらの導管を通して適当な試薬が流れ、あるいは、これらの導管の中に適当な試薬が配置される。例えば、一定のモノマーを一定の選択された領域内において上記支持体に結合する場合に、その選択された領域の全部または一部を、上記導管の全部または一部を通して適当な試薬を流すことにより、あるいは、支持体全体を適当な試薬により洗浄することにより、結合のために活性化できる。上記支持体の表面上に一定のチャネル・ブロックを配置した後に、上記モノマーを含有している試薬をその導管の全部または一部の中に流すことができ、あるいは、当該導管の中に配置できる。これらの導管は上記第１の選択された領域に流体を接触させて、上記モノマーを当該第１の選択された領域内の支持体に直接的または間接的（スペーサーを介して）に結合できる。
【０１５４】
さらに、第２のモノマーを第２の選択された領域に結合し、且つ、これら第２の領域の一部が上記第１の選択された領域の中に含まれている場合には、この第２の選択された領域は上記支持体の表面上のチャネル・ブロックの移動、回転、または再配置により、または一定の選択された弁を開閉することにより、または付着により、第２の流通導管に液体を介して接触できる。これに続いて、上記第２の領域が活性化できる。その後、上記第２のモノマーを上記第２の導管の中に長すことができ、あるいは、当該導管の中に配置可能になり、この第２のモノマーを上記第２の選択された領域に結合することができる。この結果、上記支持体に結合して得られる各ヌクレオチドは、例えば、Ａ，ＢおよびＡＢの状態である。さらに、この処理を繰り返すことにより、上記支持体上の既知の各場所において所望の長さのオリゴヌクレオチド・プローブの一定のマイクロアレイが形成できる。
【０１５５】
上記マイクロアレイは、例えば、一定のリンカー分子を伴って、あるいは、伴わずに上記支持体の表面に共役的に結合している等のように、当該表面に安定に結合している複数の修飾したオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドを有することができる。このアレイ上の各オリゴヌクレオチドは既知の認識情報および通常的に既知のシーケンスを有する一定の修飾したオリゴヌクレオチドの組成を含む。このような安定な結合により、これら結合している修飾した各オリゴヌクレオチドはハイブリッド形成および洗浄の諸条件下に上記支持体に対してそれぞれの位置を維持する。
【０１５６】
上記オリゴヌクレオチドは上記支持体表面に対して非共役的または共役的に結合できる。非共役的な結合の例は非特異的吸着、静電的相互作用（例えば、イオン対の相互作用）に基づく結合、疎水的相互作用、水素結合の相互作用、および上記支持体表面に共役的に結合している特異的結合対要素を介する特異的結合を含む。一方、共役的結合の例は各オリゴヌクレオチドと上記硬質の支持体の表面に存在している一定の官能基（例えば、−ＯＨ）との間に形成される共役的な結合を含み、この場合の官能基は自然に存在していてもよく、または、一定の導入される連結基における一定の構成要素として存在していてもよい。
【０１５７】
ＩＩ．タンパク質マイクロアレイ
遺伝子活性の評価および各生物学的過程の解読を行なう試みがこれまでにゲノムに集中して行なわれているが、上記プロテオミクスは一定の細胞における生物学的な諸機能に対する有望な見方を提供している。このプロテオミクスはメッセンジャーＲＮＡの水準ではなく、タンパク質の水準における発現の検出および定量化による遺伝子活性の定性的および定量的な測定を含む。このプロテオミクスはまたタンパク質の翻訳後修飾、各タンパク質間の相互作用、および細胞内の各タンパク質の位置を含む非ゲノム的なコード化の結果物の調査も含む。
【０１５８】
上記タンパク質の水準における遺伝子発現の調査は、最も重要な細胞の過程の多くが、遺伝子発現の状態によるのではなく、その細胞のタンパク質の状態により調節されるので、重要である。加えて、多くの薬物がタンパク質の各標的物に対して活性になるように設計されるので、一定の細胞におけるタンパク質含有量は薬物発見の努力に対して大きく関連している。
【０１５９】
プロテオームの分析のための現行の各技法は種々のタンパク質の分離技法およびこれに続く分離した各タンパク質の同定に基づいている。最も一般的な方法は２Ｄゲル電気泳動法およびこれに続く「ゲル内（ｉｎ−ｇｅｌ）」タンパク質分解消化および質量分析に基づいている。この２Ｄゲル技法は大きなサンプル量を必要とし、時間がかかり、一定のヒト細胞により発現される各タンパク質における一定の重要部分を再現性良く解読するための能力において現状では制限がある。また、一部の大形の２Ｄゲルを含む技法は従来の２Ｄゲル技法よりも多数のタンパク質を分離するゲルを製造可能にしているが、その再現性は依然として低く、各スポットの９５％以上がその利用可能なシーケンス化技法の感度に関する制限のためにシーケンス化できない。さらに、このような電気泳動による技法は多量のタンパク質を必要とするという制約によっても不都合である。
【０１６０】
各種診断のために一般的に用いられているアッセイのような、一定溶液中における一定の分析物の存在についての標準的なアッセイは、例えば、標的とされる抗原に対して培養した一定の抗体の使用を含む。また、当該技術分野において知られている多数分析式のアッセイは多数の抗体の使用を含み、多数の分析物についてのアッセイを目的としている。しかしながら、これらの多数分析式アッセイは一定の細胞または細胞母集団における全体のまたは部分的なタンパク質含有量のアッセイを目的としていない。さらに、一定のヒト細胞における推定されている１００，０００種以上の異なるタンパク質およびそれらの種々の修飾した各状態の小部分の分析に対して上記のような標準的な抗体アッセイの手法を適合するために必要とされるサンプルの量は極端に多い。従って、多数のタンパク質を同時にアッセイするためには、抗体アッセイの自動化および／または小型化が必要とされる。さらに、巨視的な免疫アッセイおよびアフィニティによる精製のために用いられる材料、表面被覆、および検出方法は小型化したタンパク質アッセイの形成または作成に容易に移すことができない。
【０１６１】
小型化したＤＮＡチップ技法がこれまでに開発されており、現在ではｍＲＮＡの水準における遺伝子発現のスクリーニングのために利用されている。例えば、米国特許第５，７４４，３０５号、同第５，４１２，０８７号、および同第５，４４５，９３４号を参照されたい。これらのチップはどの遺伝子が異なる型の細胞により異なる条件に応答して発現されているかを決定するために使用できる。しかしながら、このＤＮＡ生体チップ技法は当該ＤＮＡ生体チップにおいて使用されている各化学的手法および材料がタンパク質と共に使用することに容易に移すことができないために抗体アッセイのようなタンパク質結合のアッセイに移すことができない。また、ＤＮＡ等の核酸は１００℃程度までの温度に耐え、活性を損失することなく乾燥および再水和化が可能であり、それぞれの活性を維持しながらガラス等の材料により支持されている有機接着層に対して物理的または化学的に直接的に結合できる。これに対して、各種抗体のようなタンパク質は水和状態および周囲温度に維持されることが好ましく、その支持体材料の物理的または化学的な諸特性に対して敏感である。それゆえ、液体−固体の境界相においてタンパク質の活性を維持することは核酸の場合に使用される手法とは完全に異なる固定化の手法を必要とする。さらに、上記境界相における抗体またはその他のタンパク質捕捉物質の適正な配向がそれぞれの活性部位の相互作用性の各分子に対する接触性を確保するために望まれる。従って、上記チップの小型化および形状寸法の減少に伴って、非接触可能性に対する接触可能性の比率および不活性な抗体またはタンパク質に対する活性な抗体またはタンパク質の比率の関連性および重要性が高まる。
【０１６２】
従って、一定の生体内の一定の細胞または各細胞の一定の母集団により発現される多数のタンパク質、さらにこれらの細胞により発現されるタンパク質の全体の組も含んで、これらを平行してアッセイするための能力が要望されている。
【０１６３】
Ａ．マイクロアレイの支持体
上記マイクロアレイの基体または支持体は有機質または無機質、生物的または非生物的な材料のいずれでもよく、あるいは、これらの材料の任意の組み合わせ物とすることができる。加えて、この基体は透明または半透明のいずれでもよい。実施形態の一例において、上記タンパク質捕捉物質の各領域が存在しているこの基材表面の部分は平坦で硬質である。また、別の実施形態において、上記タンパク質捕捉物質の各領域が存在しているこの基材表面の部分は半硬質状である。もちろん、本発明のタンパク質マイクロアレイは必ずしも平坦であり全体的に二次元的である必要はない。実際に、上記の各領域の周囲、各領域間、または当該領域の下方における上記基体表面に有意義な位相的特徴部分が存在できる。例えば、壁部またはその他の障壁が上記マイクロアレイにおける各領域を分離していてもよい。
【０１６４】
多数の材料が本発明のマイクロアレイの実施形態における一定の基体または支持体としての使用に適する。本発明のマイクロアレイの基体はシリコン（ケイ素）、シリカ、石英、ガラス、制御多孔質ガラス、炭素、アルミナ、チタニア、酸化タンタル、ゲルマニウム、窒化ケイ素、ゼオライト、およびガリウム−ヒ素から成る群から選択される一定の材料により構成できる。また、金、プラチナ、アルミニウム、銅、チタン、およびこれらの合金等の多くの金属も上記マイクロアレイの基体として有用になり得る。あるいは、多くのセラミックまたはポリマーもまた上記基体として使用可能である。上記基体として使用可能なポリマーはポリスチレン、ポリ（テトラ）フルオロエチレン（ＰＴＦＥ）、ポリ弗化ビニリデン、ポリカーボネート、ポリメチルメタクリレート、ポリビニルエチレン、ポリエチレンイミン、ポリ（エーテルエーテル）ケトン、ポリオキシメチレン（ＰＯＭ）、ポリビニルフェノール、ポリラクチド、ポリメタクリルイミド（ＰＭＩ）、ポリアルケンスルホン（ＰＡＳ）、ポリプロピルエチレン、ポリエチレン、ポリヒドロキシエチルメタクリレート（ＨＥＭＡ）、ポリジメチルシロキサン、ポリアクリルアミド、ポリイミド、およびブロック−コポリマーを含むがこれらに限らない。さらに、上記タンパク質捕捉物質の各領域が存在する基体もまた上述の各基体材料のいずれかの一定の組み合わせ物とすることができる。
【０１６５】
１．マイクロアレイの支持表面
上記支持表面は上記タンパク質捕捉物質がそれぞれ固定化される各表面を含む。これらの支持表面は上記基体表面、一定の変更された基体表面、上記基体表面上に供給または形成されている一定の被膜、または上記基体表面またはその被膜表面上に供給または形成されている一定の有機薄膜を含むことができる。さらに、これらの支持表面は上記タンパク質捕捉物質を上記マイクロアレイに固定化するために適している材料により構成されている。適当な支持表面はニトロセルロース膜、ポリ弗化ビニリデン（ＰＶＤＦ）膜等の膜を含む。また、別の実施形態において、上記支持表面はデキストラン等のヒドロゲルを含むことができる。あるいは、上記支持表面は脂質、荷電ペプチド（例えば、ポリリジンまたはポリアルギニン）、または中性アミノ酸（例えば、ポリグリシン）を含む一定の有機薄膜を含むこともできる。
【０１６６】
さらに、上記支持表面は上記基体およびタンパク質捕捉物質の両方に対して相互作用する能力を有する一定の化合物も含むことができる。例えば、上記基体に対する相互作用が可能な官能性の部分は種々の官能基（例えば、−ＣＯＮＨ−，ＣＯＮＨＣＯ−，−ＮＨ−，−ＣＯ−，−Ｓ−，−ＳＯ−）を有する炭化水素を含むことができ、これらは上記基体における各官能基に対して相互作用できる。一方、上記タンパク質捕捉物質に対する相互作用が可能な官能性の部分は各抗体、抗原、受容体、およびアフィニティ・タグに対応する結合部位を有する化合物等を含む。
【０１６７】
また、別の実施形態において、上記支持表面は一定の被膜を有することができる。この被膜は上記支持表面上に形成するか、当該表面に塗布できる。また、上記基材は、例えば、物理的蒸着（ＰＶＤ）、プラズマ促進式化学蒸着（ＰＥＣＶＤ）、または熱処理に基づく薄膜技法の使用により一定の被膜により改質できる。
【０１６８】
あるいは、プラズマ曝露により上記基体を直接的に活性化するか変化して一定の被膜を形成することもできる。例えば、一定の高分子（例えば、ヒドロキシル、カルボン酸、アルデヒド等の極性の官能性物質に曝露するためのポリスチレンまたはポリエチレン）の表面を酸化するために、プラズマ・エッチング処理を用いることができ、この表面がその後に一定の被膜として作用する。
【０１６９】
さらに、上記被膜は非特異的な結合を減少するための一定の成分を含むことができる。例えば、一定のポリプロピレン基体は非特異的な結合を減少するためにウシ血清アルブミン等の一定の化合物により被覆できる。次に、Ｍ１３エピトープを認識する一定の受容体に官能的に連結しているデキストランを含む一定の支持表面が上記被膜において分離している各場所に加えられて、組換えタンパク質を表現するファージが結合できるようにする。
【０１７０】
また、別の実施形態において、上記被膜は一定の抗体を含むことができる。特に、各組換えタンパク質内に工作されている各エピトープ・タグを認識する抗体が採用できる。あるいは、各組換えタンパク質が一定のポリ−ヒスチジン・アフィニティ・タグを含むことができる。この場合に、上記基体に化学的に連結されている一定の抗ヒスチジン抗体が上記タンパク質捕捉物質の固定化のための一定の支持表面を形成する。
【０１７１】
さらに別の実施形態において、上記被膜は一定の金属膜により構成できる。この金属膜は約５０ｎｍ乃至約５００ｎｍの厚さの範囲にできる。あるいは、この金属膜は約１ｎｍ乃至約１μｍの厚さの範囲にすることも可能である。
【０１７２】
上記基体の被膜として使用できる金属膜の例はアルミニウム、クロム、チタン、タンタル、ニッケル、ステンレス・スチール、亜鉛、鉛、鉄、銅、マグネシウム、マンガン、カドミウム、タングステン、コバルト、およびこれらの合金または酸化物を含む。実施形態の一例において、上記金属膜は一定の貴金属膜である。さらに、一定の被膜として使用可能な貴金属は金、プラチナ、銀、および銅を含むがこれらに限らない。また、別の実施形態において、上記被膜は金または一定の金の合金により構成されている。なお、上記基体の表面上に金の薄膜を形成するために電子ビーム・エバポレーションが使用できる。加えて、タロン（ＴＡＬＯＮ）金属親和性樹脂等のような市販の金属類似物質も使用可能である。
【０１７３】
また、別の実施形態において、上記被膜はシリコン（ケイ素）、酸化ケイ素、チタニア、酸化タンタル、窒化ケイ素、水素化ケイ素、インジウム−酸化スズ、酸化マグネシウム、アルミナ、ガラス、ヒドロキシル化した各表面、および各種ポリマーから成る群から選択される一定の組成物を含む。
【０１７４】
上記マイクロアレイの被膜は当該被膜と基体との間の少なくとも１個の接着層または内部層の付加を必要とする可能性があると考えられる。この接着層は少なくとも約６オングストロームの厚さにできるが、これよりも大幅に厚くすることも可能である。例えば、チタンまたはクロムの層がシリコン・ウエハと金の被膜との間において望ましいと考えられる。また、別の実施形態において、エポ−テック３７７（Ｅｐｏ−ｔｅｋ ３７７）（登録商標）またはエポテック３０１−２（登録商標）（エポキシ・テクノロジー社（Ｅｐｏｘｙ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｃ．），ビレリカ，マサチューセッツ州）等のエポキシ接着剤が上記被膜の基体への接着の補助に使用できる。なお、上記基体および被膜の両方について材料を選択した後において、どの材料を上記接着層に対して使用すべきかについての決定は当該技術分野における熟練者において明らかであると考えられる。また、別の実施形態において、付加的な接着媒体または内部層が、例えば、検出の目的のための波長のような、上記マイクロアレイにおける光学特性を改善するために必要と考えられる場合がある。
【０１７５】
本発明の実施形態の一例において、上記被膜の表面は原子の水準で平坦である。この被膜表面の平均の荒さは少なくとも約２５μｍ２ の面積に対して約５オングストロームよりも小さくできる。特定の実施形態において、この被膜表面の平均の荒さは少なくとも約２５μｍ２ の面積に対して約３オングストロームよりも小さい。また、実施形態の一例において、上記被膜は一定の型剥がし面とすることができる。例えば、ヘグナー（Ｈｅｇｎｅｒ）他，２９１巻，サーフェイス・サイエンス（ＳＵＲＦＡＣＥ ＳＣＩＥＮＣＥ），３９頁乃至４６頁（１９９３年）、ワグナー（Ｗａｇｎｅｒ）他，１１巻，ラングミュア（ＬＡＮＧＭＵＩＲ），３８６７頁乃至３８７５頁（１９９５年）を参照されたい。
【０１７６】
幾つかの異なる種類の被膜を上記表面上において組み合わせることができる。このような被膜は上記基体の全表面またはその各部分のみを被覆できる。実施形態の一例において、この被膜はタンパク質捕捉物質の各領域の部位のみにおいて上記基体を被覆している。このような基体表面において被覆されている各領域の形成に有用な技法は当該技術分野における通常の熟練者において周知である。例えば、この基体上の各皮膜の領域はホトリソグラフィ（写真平板）法、マイクロモールディング法（ＰＣＴ国際公開第ＷＯ ９６／２９６２９号）、湿式化学エッチングまたは乾式エッチング、あるいはこれらの組み合わせにより製造できる。
【０１７７】
ａ．有機薄膜
特定の実施形態において、上記支持表面は一定の有機薄膜の層を有している。この有機薄膜はその上に上記タンパク質捕捉物質の各領域が存在しており、上記基体自体の上か、当該基体を被覆している一定の被膜の上に一定の層を形成している。実施形態の一例において、この有機被膜はその上に各領域における各種タンパク質捕捉物質が固定されていて、約２０ｎｍの厚さよりも薄い。また、別の実施形態において、上記各領域における有機薄膜は約１０ｎｍの厚さよりも薄い。
【０１７８】
種々の異なる有機薄膜が本発明における使用に適している。例えば、デキストラン等の一定の材料により構成されているヒドロゲルは上記マイクロアレイの各領域における一定の適当な有機薄膜として作用できる。また、別の実施形態において、この有機薄膜は脂質の二分子層である。
【０１７９】
さらに別の実施形態において、上記マイクロアレイの各領域における有機薄膜は単分子層である。一定の負に荷電した基体上に吸着されたポリアルギニンまたはポリリジンの単分子層は上記有機薄膜を構成できる。また、つなぎ留められた状態のポリマー鎖を含む非定序的な単分子層も選択できる。特定の実施形態において、上記有機薄膜は自己集成型の単分子層である。特に、この自己集成型の単分子層はＸ−Ｒ−Ｙの式の分子により構成可能であり、この形式におけるＲは一定のスペーサーであり、ＸはＲを表面に結合する一定の官能基であり、Ｙは上記単分子層の上にタンパク質捕捉物質を結合するための一定の官能基である。また、別の実施形態において、上記自己集成型の単分子層は式（Ｘ）ａ Ｒ（Ｙ）ｂ の分子により構成されており、この場合のａおよびｂは、それぞれ独立して、１よりも大きいかこれに等しい整数であり、Ｘ，ＲおよびＹは上記の定義と同一である。
【０１８０】
また、別の実施形態において、上記有機薄膜は上記式Ｘ−Ｒ−Ｙの分子から成る自己集成型の単分子層の上部に固定された一定の脂質の二分子層という組み合わせのような各種有機薄膜の一定の組み合わせにより構成されている。また、別の実施形態はポリリジンの単分子層を上記式Ｘ−Ｒ−Ｙの分子から成る自己集成型の単分子層と組み合わせることができる。例えば、米国特許第５，６２９，２１３号を参照されたい。
【０１８１】
全ての場合において、上記被膜、または当該被膜が存在しない場合の上記基体自体はその表面上における上記有機薄膜の化学的または物理的な吸着に対して相容性であることが必要である。例えば、上記マイクロアレイが上記基体と上記式Ｘ−Ｒ−Ｙの分子から成る一定の単分子層との間に一定の被膜を有している場合に、この被膜は一定の適当な官能基Ｘが利用可能である一定の材料により構成されている必要があることが理解できる。また、このような被膜が存在していない場合は、上記基体が一定の適当な官能基Ｘの利用が可能である一定材料により構成されている必要があることが理解できる。
【０１８２】
本発明の実施形態の一例において、上記タンパク質捕捉物質の各領域から分離している上記基体表面または被膜表面の領域には上記有機薄膜が存在していない。また、別の実施形態において、この有機薄膜は上記タンパク質捕捉物質の各領域により被覆されている上記基体表面、または存在する場合の被膜表面の領域を越えて延在できる。例えば、上記マイクロアレイの表面全体が一定の有機薄膜により被覆されていて、この有機薄膜の上に複数の空間的に分離しているタンパク質捕捉物質の領域が存在できる。上記マイクロアレイの表面全体を被覆する一定の有機薄膜は同質にすることができ、あるいは、異なるタンパク質捕捉物質の各領域の固定に有用である異なって露出している各官能性の部分の領域を含むこともできる。
【０１８３】
さらに別の実施形態において、上記タンパク質捕捉物質の各領域の間の基体表面または被膜表面の領域は一定の有機薄膜により被覆されているが、上記タンパク質捕捉物質の各領域における有機薄膜とは異なる種類の有機薄膜である。例えば、上記タンパク質捕捉物質の各領域間の表面をタンパク質またはその他の分析物に対して低い非特異的な結合特性を特徴とする一定の有機薄膜により被覆することができる。
【０１８４】
種々の技法が上記基体表面上または当該基体における被膜の表面上に上記有機薄膜の各領域を形成するために使用できる。これらの技法は当該技術分野における熟練者において周知であり、上記有機薄膜、基体、および存在する場合の被膜の性質により変化する。さらに、これらの技法は下層の基体および当該基体上に存在している任意の被膜のパタンの構造により変化することもある。例えば、一定の有機薄膜に対して高度に反応性を有する一定の被膜の領域を上記基体表面の上に予め作成することができる。このような有機薄膜の各領域は微小流体印刷（ｍｉｃｒｏｆｌｕｉｄｉｃｓ ｐｒｉｎｔｉｎｇ）、マイクロスタンプ処理（ｍｉｃｒｏｓｔａｍｐｉｎｇ）（米国特許第５，７３１，１５２号および同第５，５１２，１３１号）、またはマイクロコンタクト印刷（ｍｉｃｒｏｃｏｎｔａｃｔ ｐｒｉｎｔｉｎｇ）（ＰＣＴ国際公開第ＷＯ ９６／２９６２９号）により形成できる。これに続いて、上記反応性の単分子層の各領域に上記タンパク質捕捉物質を固定化することにより、各物質の二次元的なアレイが形成できる。インクジェット式のプリンター・ヘッドは上記単分子層Ｘ−Ｒ−Ｙ、またはその各構成要素、またはその他の有機薄膜の構成要素を上記基体または被膜の表面上にナノメートルまたはマイクロメートルの尺度の部位にパタン化するための別の選択肢を提供する。例えば、レモ（Ｌｅｍｍｏ）他，６９巻，アナル・ケム（ＡＮＡＬ． ＣＨＥＭ．），５４３頁乃至５５１頁（１９９７年）、米国特許第５，８４３，７６７号および同第５，８３７，８６０号を参照されたい。さらに、一部の場合において、毛細管分配処理に基づく市販のアレイ形成装置（ａｒｒａｙｅｒｓ）も上記マイクロアレイの空間的に分離している各領域に上記有機薄膜の各構成要素を配向することに有用である場合がある（カリホルニア州サンカルロスのジーンマシンズ社（Ｇｅｎｅｍａｃｈｉｎｅｓ， Ｉｎｃ．）からのオムニグリッド（ＯｍｎｉＧｒｉｄ）（登録商標）およびマサチューセッツ州ケンブリッジのインテリジェント・バイオ−インストルメンツ社（Ｉｎｔｅｌｌｉｇｅｎｔ Ｂｉｏ−Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ）からのハイ−スループット・マイクロアレイヤー（Ｈｉｇｈ−Ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｅｒ）。さらに、上記有機薄膜形成のための別の方法として、上記表面からの原位置増殖、物理吸着による付着、スピン塗布、化学吸着、自己集成、または気相からのプラズマ開始型重合等が含まれる。
【０１８５】
自己集成型単分子層等の有機薄膜上に固定化したタンパク質捕捉物質の各領域間の拡散の境界部分は各種地形学的パタン（物理的障壁）として、あるいは、直交方向の湿潤作用に対する表面の機能的部分（化学的障壁）として一体化できる。例えば、基体材料の各壁部はタンパク質捕捉物質の領域の一部とその他の領域の一部または当該領域の全部とを互いに分離するために使用できる。あるいは、異なる濡れ性を有する単分子層等の非生体反応性の各有機薄膜がタンパク質捕捉物質の各領域を互いに分離するために使用できる。
【０１８６】
Ｂ．タンパク質捕捉物質
本発明によるタンパク質マイクロアレイは任意数の異なるタンパク質、アミノ酸シーケンス、核酸シーケンス、または小分子を含むことができる。実施形態の一例において、上記マイクロアレイは機能的な誘導体、変異体、類似体およびこれらの各部分を含む一定の遺伝子の全体またはその一部分を含むことができる。さらに、本発明は各種タンパク質、リガンド、および／または結合相手に結合する１種類以上の抗体または機能的な等価物を含むマイクロアレイにも及ぶ。
【０１８７】
例えば、上記マイクロアレイに固定されている各種タンパク質捕捉物質により発現されるタンパク質はそれぞれ同一の系統群における要素と考えられる。これらの系統群は増殖因子受容体、ホルモン・受容体、神経伝達物質受容体、カテコールアミン・受容体、アミノ酸誘導体受容体、サイトカイン受容体、細胞外基質受容体、抗体、レクチン、サイトカイン、セルピン、プロテイナーゼ、キナーゼ、ホスファターゼ、ラス様ＧＴＰアーゼ、ヒドロラーゼ、ステロイド・ホルモン受容体、転写因子、ＤＮＡ結合タンパク質、亜鉛フィンガー・タンパク質、ロイシン−ジッパー・タンパク質、ホメオドメイン・タンパク質、細胞内シグナル・トランスダクション・モジュレーターおよびエフェクター、アポトーシス関連因子、ＤＮＡ合成因子、ＤＮＡ修復因子、ＤＮＡ組換え因子、細胞表面抗原、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）プロテアーゼ、ＨＩＣプロテアーゼ、ウイルス・インテグラーゼ、および病原性細菌からの各種タンパク質を含むがこれらに限らない。
【０１８８】
上記マイクロアレイにおけるタンパク質捕捉物質は当該マイクロアレイにおけるタンパク質捕捉物質の部位に一定のタンパク質を結合して固定する能力を有する任意の分子または当該分子の複合体とすることができる。態様の一例において、上記タンパク質捕捉物質は一定の実質的に特異的な様式でその結合相手に結合する。例えば、このタンパク質捕捉物質は一定の細胞内におけるその自然な機能が一定の抗体または受容体等の別のタンパク質を特異的に結合することである一定のタンパク質とすることができる。あるいは、このタンパク質捕捉物質は一定のタンパク質を特異的に結合する部分的または完全に合成のまたは組換えのタンパク質とすることができる。
【０１８９】
さらに、上記タンパク質捕捉物質は一定の特異的なタンパク質またはペプチドの標的に対するその結合親和性により一定の変異原化した（ｍｕｔａｇｅｎｉｚｅｄ）、無作為化した、または完全に無作為の人増のライブラリーから生体外において選択される一定のタンパク質とすることができる。この選択方法はリボソーム表示またはファージ表示等の一定の表示方法であると考えられる。あるいは、上記生体外における選択により得られるタンパク質捕捉物質は一定のタンパク質標的物を特異的に結合する一定のＤＮＡまたはＲＮＡアプタマー（ａｐｔａｍｅｒ）とすることができる。例えば、ポチレイロ（Ｐｏｔｙｒａｉｌｏ）他，７０巻，アナル・ケム（ＡＮＡＬ． ＣＨＥＭ．），３４１９頁乃至３４２５頁，（１９９８年）、コーエン（Ｃｏｈｅｎ）他，９４巻，プロック・ナチュラル・アカデミック・ソサイエティ米国（ＰＲＯＣ． ＮＡＴＬ． ＡＣＡＤ． ＳＣＩ． ＵＳＡ），１４２７２頁乃至１４２７７頁，（１９９８年）、フクダ（Ｆｕｋｕｄａ）他，３７巻，ヌクレイック・アシッド・シンプ・セル（ＮＵＣＬＥＩＣ ＡＣＩＤＳ ＳＹＭＰ． ＳＥＲ．），２３７頁乃至２３８頁，（１９９７年））を参照されたい。あるいは、上記生体外において選択されるタンパク質捕捉物質は一定のポリペプチドとすることができる。例えば、ロバーツ（Ｒｏｖｅｒｔｓ）およびスゾスタック（Ｓｚｏｓｔａｋ），９４巻，プロック・ナチュラル・アカデミック・ソサイエティ米国（ＰＲＯＣ． ＮＡＴＬ． ＡＣＡＤ． ＳＣＩ． ＵＳＡ），１２２９７頁乃至１２３０２頁，（１９９７年）を参照されたい。さらに別の実施形態において、上記タンパク質捕捉物質は一定の組み合わせの化学ライブラリーから選択されるか一定の生体から単離される小分子とすることができる。
【０１９０】
しかしながら、特定の実施形態において、上記タンパク質捕捉物質はタンパク質である。これらのタンパク質捕捉物質は抗体または抗体の各フラグメントとすることができる。これら抗体の各部分が本明細書において例示されているが、本発明のアレイおよび方法が別のタンパク質捕捉物質と共に好都合に採用できることも理解されると考える。
【０１９１】
上記マイクロアレイの各抗体または抗体フラグメントは単一鎖Ｆｖｓ，Ｆａｂフラグメント，Ｆａｂ’フラグメント，Ｆ（ａｂ’）２ フラグメント，Ｆｖフラグメント、ｄｓＦｖｓジアボデイ、Ｆｄフラグメント、完全長で抗原特異性のポリクローナル抗体、または完全長のモノクローナル抗体とすることができる。特定の実施形態において、上記マイクロアレイのタンパク質捕捉物質はモノクローナル抗体、Ｆａｂフラグメントまたは単一鎖Ｆｖｓである。
【０１９２】
上記の各抗体または抗体フラグメントは、既知の十分に特徴付けられている各タンパク質に対する、モノクローナル抗体、および同等の市販の抗体とすることができる。あるいは、上記抗体フラグメントは一定のファージ表示法を使用している一定のライブラリーからの選択により誘導することもできる。また、これらの抗体フラグメントが既知の各タンパク質に対する結合親和性に基づく選択により個別に誘導される場合は、これらの抗体フラグメントの各結合相手も既知のものである。本発明の実施形態において、上記抗体フラグメントは一定の細胞抽出物または生物学的サンプルにおける各タンパク質（一般的に、固定化されている）に対する結合親和性に基づく選択を含む一定のファージ表示法により誘導される。このような実施形態においては、上記マイクロアレイの一部または多くの抗体フラグメントが未知の同定および／または機能の各タンパク質に結合すると考えられる。
【０１９３】
１．タンパク質捕捉物質の結合
しかしながら、上記タンパク質捕捉物質はこれらの折たたまれた立体配座を維持する様式でこれらを一定の固体の支持体に固定化することが必要である。サンプルを保存するために微細製造したポリアクリルアミド・ゲル・パッドにより機能的に活性な各タンパク質のアレイを形成する方法および拡散を加速するための微量電気泳動法がこれまでに説明されている。例えば、アレンコフ（Ａｒｅｎｋｏｖ）他，２７８巻，アナル・バイオケム（ＡＮＡＬ． ＢＩＯＣＨＥＭ．），１２３頁乃至１３１頁，（２０００年）を参照されたい。
【０１９４】
上記結合方法は選択される基材およびタンパク質捕捉物質により変わる。例えば、一定のファージ表示ライブラリーの場合に、上記結合方法は、例えば、抗Ｍ１３抗体による、または、例えば、組換えシーケンス内に含まれる一定のエピトープ−タグに対する抗体による等の組換えタンパク質を介する結合による、または組換えシーケンス内に含まれる一定のヒスチジン−タグ（ヒス−タグ）の支持表面における一定の金属被膜に対する結合による等のファージの直接的な結合のいずれかを含むことができる。
【０１９５】
実施形態の一例において、上記マイクロアレイにおける各タンパク質固定領域は上記タンパク質捕捉物質の上記有機薄膜上への固定化を助長する一定のアフィニティ・タグを含む。上記マイクロアレイのタンパク質捕捉物質における一定のアフィニティ・タグの使用は幾つかの利点を提供している。このアフィニティ・タグは上記有機薄膜が上記において説明したように一定のＸ−Ｒ−Ｙの単分子層である場合のＹのような上記有機フィルムにおける官能性の部分に対する上記タンパク質捕捉物質の結合性または反応性を高めることができる。この向上作用は動力学的または熱力学的な作用のいずれと考えることもできる。上記マイクロアレイ上に存在しているタンパク質捕捉物質の各領域内において使用されるこのようなアフィニティ・タグ／有機薄膜の組み合わせはタンパク質の安定性または機能に対して悪影響を及ぼす過酷な反応条件を必要としない様式で上記タンパク質捕捉物質の固定化を可能にする。たいていの実施形態において、上記タンパク質捕捉物質は水性の生物学的緩衝液中において上記有機薄膜に固定化される。
【０１９６】
さらに、一定のアフィニティ・タグは上記タンパク質捕捉物質における指定された部位または位置に対して特異的な上記有機薄膜における固定化（部位特異的固定化）を提供する。このことを行なうために、上記アフィニティ・タグのタンパク質捕捉物質に対する結合は部位特異的である必要がある。このような部位特異的な固定化は抗体部分における抗原結合部位等の上記物質におけるタンパク質結合部位が溶液中の各リガンドに対して確実に接触可能に維持することを補助する。上記アフィニティ・タグによる固定化の別の利点はこの固定化が一般的な固定化の手法を多数の異なるタンパク質捕捉物質と共に使用することを可能にする。
【０１９７】
上記アフィニティ・タグは上記タンパク質捕捉物質に対して、共役的または非共役的に、直接的に結合できる。しかしながら、別の実施形態においては、このアフィニティ・タグは一定のアダプターに共役的または非共役的に結合し、このアダプターが上記タンパク質捕捉物質に共役的または非共役的に結合する。
【０１９８】
実施形態の一例において、上記アフィニティ・タグは少なくとも１個のアミノ酸を含む。このアフィニティ・タグは上記有機薄膜における官能性部分に対して反応性を有する少なくとも２個のアミノ酸を含む一定のペプチドとすることができる。あるいは、このアフィニティ・タグは上記有機薄膜に対して反応性を有する単一のアミノ酸とすることもできる。一定の有機薄膜に対して反応性を示すことができる可能なアミノ酸の例はシステイン、リジン、ヒスチジン、アルギニン、チロシン、アスパラギン酸、グルタミン酸、トリプトファン、セリン、トレオニン、およびグルタミンを含む。また、一定のポリペプチドまたはアミノ酸のアフィニティ・タグは、上記タンパク質捕捉物質が一定の抗体または抗体フラグメント等の一定のタンパク質である場合に、このタンパク質捕捉物質に対する一定の融合タンパク質として発現できる。また、アミノ酸のアフィニティ・タグは、上記自己集成型単分子層の各分子におけるＹ官能基のような、上記有機薄膜における官能性部分に対して相互作用できる単一のアミノ酸または一連のアミノ酸のいずれかを提供する。このようなアミノ酸アフィニティ・タグは各組換えタンパク質に容易に導入されて、一定の単分子層におけるＹ官能基に対する、または、その他の有機薄膜における一定の官能基に対する共役結合により配向状態の固定化を容易に行なうことができる。
【０１９９】
上記アフィニティ・タグは一定のポリ・アミノ酸タグを含むことができる。このポリ・アミノ酸タグは、随意的に別のアミノ酸残基により中断されている、約２個乃至１００個の単一アミノ酸の残基を含む一定のポリペプチドである。例えば、このアフィニティ・タブは一定のポリ・システイン、ポリ・リジン、ポリ・アルギニン、またはポリ・ヒスチジンを含むことができる。また、これらのアミノ酸タグは、例えば、ヒスチジン、リジン、アルギニン、システイン、グルタミン、チロシン、またはこれらの任意の組み合わせ物等の約２個乃至約２０個の単一アミノ酸の残基を含むことができる。例えば、１個乃至２０個のアミノ酸から成る一定のアミノ酸タグはチオエーテル結合に対応する少なくとも１個乃至１０個のシステム、またはアミド結合に対応する１個乃至１０個のリジン、または近接のジカルボニル基に対して連結するための１個乃至１０個のアルギニンを含む。当該技術分野における通常の熟練者であれば、一定の有機薄膜における任意の官能性部分に対して適当なアフィニティ・タグを容易に対応させることができる。
【０２００】
上記アミノ酸タグの位置は一定のタンパク質である上記タンパク質捕捉物質のアミノ−またはカルボキシ−の末端部分に存在でき、あるいは、当該タンパク質捕捉物質におけるタンパク質結合領域が、一定の固定化した抗体部分における抗原結合領域等のように、タンパク質の結合に対して接触可能な一定の位置を維持している限りにおいて、その中間のいずれかの位置に存在できる。また、タンパク質精製の場合に導入されるアフィニティ・タグは完全長のタンパク質のみをタンパク質精製中に確実に単離するために一定の組換えタンパク質におけるＣ末端部分において存在できる。例えば、無傷の抗体を上記マイクロアレイにおいて使用する場合に、その抗体における一定のアフィニティ・タグの結合位置はその抗体のエフェクター（Ｆｃ）領域におけるＣ末端部分に存在できる。また、ｓｃＦｖｓを上記アレイにおいて使用する場合には、そのアフィニティ・タグの結合位置もこの分子のＣ末端部分に配置できる。
【０２０１】
さらに、上記アフィニティ・タグは１種類以上の自然に存在しないアミノ酸も含むことができる。このような自然に存在しないアミノ酸は終止コドン（すなわち、アンバー）を認識するサプレッサーｔＲＮＡにより導入できる。例えば、クロード（Ｃｌｏａｄ）他，３巻，ケム・バイオル（ＣＨＥＭ． ＢＩＯＬ），１０３３頁乃至１０３８頁，（１９９６年）、エルマン（Ｅｌｌｍａｎ）他，２０２巻，メソッヅ・エンザイム（ＭＥＴＨＯＤＳ ＥＮＺＹＭ．），３０１頁乃至３３６頁，（１９９１年），およびノーレン（Ｎｏｒｅｎ）他，２４４巻，サイエンス（ＳＣＩＥＮＣＥ），１８２頁乃至１８８頁，（１９８９年）を参照されたい。このｔＲＮＡは特異的な連結用の化学物質（すなわち、各ケトン変性体、光反応性の各基）と共に使用するための化学的に変化している（「自然に存在しない（ｕｎｎａｔｕｒａｌ）」アミノ酸を含むように化学的にアミノ−アシル化されている。
【０２０２】
別の実施形態において、上記アフィニティ・タグは、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ、一定の抗体、アビジン、またはストレプトアビジンを含むがこれらに限らない、一定の無傷のタンパク質を含む。
【０２０３】
上記タンパク質捕捉物質が一定のタンパク質であり、上記アフィニティ・タグが、一定のポリ・アミノ酸タグまたは単一アミノ酸のタグ等の、一定のタンパク質である場合の各実施形態において、このアフィニティ・タグは一定の融合タンパク質を生成することにより上記タンパク質捕捉物質に対して結合できる。あるいは、当該技術分野における熟練者において知られているタンパク質合成またはタンパク質連結反応の各技法も使用できる。例えば、インテイン（ｉｎｔｅｉｎ）仲介式のタンパク質連結反応技法を用いて上記アフィニティ・タグをタンパク質捕捉物質に結合できる。例えば、マシス（Ｍａｔｈｙｓ）他，２３１巻，ジーン（ＧＥＮＥ），１頁乃至１３頁，（１９９９年）、エバンス（Ｅｖａｎｓ）他，７巻，プロテイン・サイエンス（ＰＲＯＴＥＩＮ ＳＣＩＥＮＣＥ），２２５６頁乃至２２６４頁，（１９９８年）を参照されたい。
【０２０４】
さらに、当該技術分野において知られている別のタンパク質の共役および固定化の技法も上記アフィニティ・タグを上記タンパク質捕捉物質に結合する目的に対して適合可能である。例えば、このアフィニティ・タグは関連のタンパク質捕捉物質に対して化学的に結合する一定の有機生体共役物質とすることができる。ビオチンまたはその他の抗原が上記タンパク質に対して化学的に架橋できる。あるいは、上記マイクロアレイにおいて一定のタンパク質捕捉物質として作用する一定のタンパク質の表面に対して一定のチオールまたはアミン等の単純な官能性部分を結合する一定の化学的架橋剤を使用することができる。
【０２０５】
本発明の実施形態の一例において、上記各領域における有機薄膜は、少なくとも部分的に、一定の脂質の単分子層または二分子層を含み、上記アフィニティ・タグは一定の膜固定物質を含む。
【０２０６】
また、別の実施形態において、上記タンパク質捕捉物質を上記有機薄膜上に固定するためにアフィニティ・タグが全く使用されない。その代わりに、上記タンパク質捕捉物質自体に固有の一定のアミノ酸またはその他の部分（一定の炭化水素部分）がそのタンパク質捕捉物質を上記有機薄膜における一定の反応性の基につなぎ留めるために使用できる。実施形態の一例において、この固定化は上記タンパク質捕捉物質における固定化の部位の位置に対して部位特異的である。例えば、一定の抗体のペプシン消化、およびその後の一価の各Ｆａｂ’フラグメント間におけるジスルフィドの選択的還元、により生じる各Ｆａｂ’フラグメントの重鎖部分におけるＣ末端領域のスルフィドリル基が上記アフィニティ・タグとして使用できる。あるいは、一定の無傷の抗体におけるＦｃ部分の一定の炭化水素部分を穏やかな条件下で酸化して一定の単分子層においてヒドラジド活性化したＹ基に対する反応を介してその単分子層に上記抗体を固定するために適している一定のアルデヒド基にすることができる。例えば、米国特許第６，３２９，２０９号、ダマー（Ｄａｍｍｅｒ）他，７０巻，バイオフィジクス・ジャーナル（ＢＩＯＰＨＹＳ Ｊ．），２４３７頁乃至２４４１頁，（１９９６年）を参照されたい。
【０２０７】
上記マイクロアレイにおける少なくとも一部の異なる領域のタンパク質捕捉物質が互いに異なっているので、異なるタンパク質捕捉物質をそれぞれ含有している異なる溶液をそれぞれの領域に配給する必要がある。これらのタンパク質捕捉物質の溶液は当業界において周知であり一様に市場において入手可能であるアレイ形成装置により適当な各領域に移すことができる。例えば、微小毛細管に基づく分配システムが使用できる。これらの分配システムは自動化およびコンピュータ補助が可能である。一定の自動化した毛細管システムを備えているマイクロアレイ形成装置の一例についての記述および構成の説明がｈｔｔｐ：ｃｍｇｍ．ｓｔａｎｆｏｒｄ．ｅｄｕ／ｐｂｒｏｗｎ／ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ．ｈｔｍｌおよびｈｔｔｐ：ｃｍｇｍ．ｓｔａｎｆｏｒｄ．ｅｄｕ／ｐｂｒｏｗｎ／ｍｇｕｉｄｅ／ｉｎｄｅｘ．ｈｔｍｌにおいて参照できる。さらに、上記タンパク質捕捉物質を含有している溶液を上記物質反応性の各領域に移すための上記以外の微細印刷技法の使用も可能である。インクジェット式プリンター・ヘッドもまた上記タンパク質捕捉物質の上記各物質反応性領域への正確な配給のために使用できる。このようなタンパク質捕捉物質を上記基体の適当な各領域に付着するために有用な代表的で非限定的な技法の開示が、例えば、米国特許第５，８４３，７６７号（インクジェット式印刷技法、ハミルトン２２００ロボット・ピペット式配給システム）、第５，８３７，８６０号（インクジェット式印刷技法、ハミルトン２２００ロボット・ピペット式配給システム）、第５，８０７，５２２号（毛細管式配給装置）、および第５，７３１，１５２号（スタンプ式装置）において参照できる。さらに別の機能的に活性なタンパク質のアレイを形成する方法として、化学的に誘導した顕微鏡スライドの表面にタンパク質を結合する方法が含まれる。例えば、マクベス（ＭａｃＢｅａｔｈ）およびシュライバー（Ｓｃｈｒｅｉｂｅｒ），サイエンス（ＳＣＩＥＮＣＥ），１７６０頁乃至１７６３頁，（２０００年）を参照されたい。
【０２０８】
アダプター
本発明のタンパク質マイクロアレイの別の実施形態は上記アフィニティ・タグを上記マイクロアレイの各領域におけるタンパク質捕捉物質に連結するアダプターを含む。この一定のアダプターの使用により提供される上記基体（または被膜）からの上記タンパク質捕捉物質の付加的な離間作用は、タンパク質が表面不活性化を生じやすいために、上記タンパク質捕捉物質が一定のタンパク質である場合に特に有利である。このアダプターはさらに一部の付加的な利点も提供することができる。例えば、このアダプターは上記タンパク質捕捉物質の上記アフィニティ・タグへの結合を容易にすることを補助できる。また、別の実施形態において、このアダプターは上記マイクロアレイによる特定の検出技法の使用を容易にすることを補助できる。なお、当該技術分野における通常の熟練者であれば、任意のアフィニティ・タグに対して適当である一定のアダプターが自然に選択できる。例えば、そのアフィニティ・タグがストレプタビジンである場合に、そのアダプターを固定化した一定のタンパク質捕捉物質に対して化学的に共役結合するビオチンとすることができる。
【０２０９】
実施形態の一例において、上記アダプターは一定のタンパク質を含む。また、別の実施形態において、上記のアフィニティ・タグ、アダプター、およびタンパク質捕捉物質は一体になって一定の融合タンパク質を構成している。このような融合タンパク質は標準的な組換えＤＮＡ技法により容易に発現できる。タンパク質アダプターは関連のタンパク質捕捉物質の溶解度を高めるために、および上記基体または被膜の表面と上記タンパク質捕捉物質との間の距離を増大するために特に有用である。さらに、タンパク質アダプターは上記マイクロアレイ上における固定化の前における親和結合によるタンパク質精製の各調製工程を容易化することにおいても極めて有用であると言える。可能なアダプター・タンパク質の例はグルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、マルトース結合タンパク質、キチン結合タンパク質、チオレドキシン、および緑色蛍光たんぱく質（ＧＦＰ）を含む。さらに、ＧＦＰは表面結合の定量化において使用することもできる。上記タンパク質捕捉物質がＦｃ領域を含む一定の抗体部分である実施形態において、上記アダプターはプロテインＧ、プロテインＡ、または組換えプロテインＡ／Ｇ（プロテインＡおよび２種類がプロテインＧによる４種類のＦｃ結合ドメインを含むバシラス属からの一定の非病原形態から分泌される一定の遺伝子融合生成物）等の一定のポリペプチドとすることができる。
【０２１０】
２．マイクロアレイのタンパク質捕捉物質の調製
上記マイクロアレイにおいて使用される各タンパク質捕捉物質は当該技術分野における通常の熟練者において知られている種々の手段のいずれかにより生成できる。これらのタンパク質捕捉物質はタンパク質、特に、各種抗体またはそのフラグメント、リガンド、受容体タンパク質、および小分子を含むことができる。
【０２１１】
本発明の各アレイに対する固定化のための調製において、上記抗体部分、または一定のタンパク質またはペプチドである任意のその他のタンパク質捕捉物質は生体内または生体外のいずれかにおいて組換えＤＮＡにより発現できる。この抗体または抗体フラグメントまたはその他のタンパク質捕捉物質をコード化するｃＤＮＡは一定の発現ベクター（これらの多くの例が市販されている）にクローン化することができ、発現のために適当な生体の細胞内に導入できる。広範囲な宿主細胞およびタンパク質捕捉物質が上記の各抗体および抗体フラグメント、または上記マイクロアレイにおいてタンパク質捕捉物質として作用するその他のタンパク質を生成するために使用できる。生体内における発現は細菌（例えば、大腸菌）、植物（例えば、ニコチアナ・タバカム（Ｎｉｃｏｔｉａｎａ ｔａｂａｃｕｍ））、下等真核生物（例えば、ビール酵母菌（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）、酒酵母菌（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｐｏｍｂｅ）、ピチア・パストリス（Ｐｉｃｈｉａ ｐａｓｔｏｒｉｓ））、または高等真核生物（例えば、バキュロウイルス（ｂａｃｃｕｌｏｖｉｒｕｓ）感染昆虫細胞、昆虫細胞、哺乳類細胞）において達成できる。一方、生体外における発現の場合には、ＰＣＲ増殖したＤＮＡシーケンスを関連の生体外転写／翻訳システム（例えば、Ｔ７ポリメラーゼ発現による大腸菌Ｓ３０溶解産物、好ましくはプロテアーゼ欠損菌株、コムギ胚芽溶解産物、網状赤血球溶解産物）において直接的に使用できる。最適な発現のための生体の選択は所望の翻訳後修飾（すなわち、グリコシル化、脂質変性）の程度に応じて決まる。さらに、タンパク質捕捉物質の選択も、ジスルフィド結合の形成が宿主細胞の選択に影響を受けるために、一定の無傷の抗体を生成するべきか、あるいは、一定の抗体のフラグメントのみ（およびどのフラグメント）とするべきか等の別の問題点によりきまる。なお、当該技術分野における通常の熟練者であれば、どの宿主細胞種が所望のタンパク質捕捉物質および用途に最も適しているかを容易に選択することができる。
【０２１２】
ＤＮＡシーケンス・コード化用のアフィニティ・タグおよびアダプターを工作して、当該ＤＮＡシーケンス・コード化用のアフィニティ・タグおよびアダプターのタンパク質における５’または３’のいずれかのフレーム内において関連のタンパク質捕捉物質の遺伝子がクローン化できるような発現ベクターにすることができる。たいていの態様において、発現されるタンパク質捕捉物質は市販の樹脂によるアフィニティ・クロマトグラフィにより精製できる。
【０２１３】
複数のタンパク質捕捉物質の生成はクローニングからタンパク質発現およびタンパク質精製までの平行な処理を含むことができる。関連のタンパク質捕捉物質をコード化するｃＤＮＡは各種ｃＤＮＡライブラリーまたは発現シーケンスタグ（ＥＳＴ）の各クローンをテンプレートとして用いるＰＣＲにより増殖できる。各タンパク質の生体内発現において、ｃＤＮＡは商業用の発現ベクターにクローン化でき、発現のために一定の適当な生体内に導入できる。一方、生体外発現の場合には、ＰＣＲ増殖したＤＮＡシーケンスを関連の各転写／翻訳システムにおいて直接的に使用できる。
【０２１４】
大腸菌に基づくタンパク質発現は一般に活性のための大がかりな翻訳後修飾を必要としない可溶性のタンパク質の選択方法である。膜タンパク質の細胞外または細胞内の各ドメインは発現および精製のためのタンパク質アダプターに対して融合できる。
【０２１５】
上記アプローチの全体は９６個ウェル型のアッセイ・プレートにより行なうことができる。また、ＰＣＲの各反応は標準的な条件下において行なうことができる。各オリゴヌクレオチド・プライマーは各発現ベクターへの容易なクローン化のための特異的な制限部位を含むことができる。あるいは、ＴＡクローン化システムを使用することもできる。さらに、各発現ベクターは各アフィニティ・タグおよびタンパク質アダプターに対応する各シーケンスを含むことができる。各ＰＣＲ生成物はそれぞれの発現ベクター内に（誘導プロモーターの存在下に）結合可能であり、カルシウム依存性の形質転換により適当な受容能を有する大腸菌株の中に導入できる（菌株はＸＬ−１ブルー，ＢＬ２１，ＳＧ１３００９（ｌｏｎ−）を含む）。形質転換した大腸菌細胞はプレート上に塗布されて、個々のコロニーが９６個型マイクロアレイ・ブロックの中に移される。各培養物は中間対数期まで増殖されて、発現のために誘導され、各細胞が遠心分離により収集される。各細胞はリゾチームと共に再懸濁されて、それぞれの膜が高速凍結融解の各工程、または音波処理により破壊される。これらの細胞破片が遠心分離により除去され、その上澄み液が９６個チューブ型アレイに移される。次に、適当なアフィニティ基質が加えられて、関連のタンパク質捕捉物質が結合して、非特異的に結合している各タンパク質が反復洗浄処理および遠心分離装置によるその他の工程により除去される。あるいは、磁気アフィニティ・ビーズおよび濾過装置を使用することもできる。その後、各タンパク質を溶出して新しい９６個ウェル型のマイクロアレイに移す。それぞれのタンパク質濃度が決定され、各タンパク質捕捉物質の一定分量が一定のニトロセルロース・フィルター上に点滴されて、各タンパク質捕捉物質におけるアフィニティ・タグに関連する一定の抗体によるウェスタン（Ｗｅｓｔｅｒｎ）分析により確認が行なわれる。各サンプルの純度はＳＤＳ−ＰＡＧＥおよびシルバー（Ｓｉｌｖｅｒ）染色または質量分析により評価される。その後、上記タンパク質捕捉物質がスナップ凍結（ｓｎａｐ−ｆｒｏｚｅｎ）されて−８０℃において保管される。
【０２１６】
ビール酵母菌（Ｓ． ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）は抗体または抗体フラグメント等のグリコシル化タンパク質捕捉物質の生成を可能にする。このビール酵母菌における生成において、上記大腸菌について説明した手法が形質転換および細胞溶解についての若干の変更を伴って使用できる。ビール酵母菌の形質転換は酢酸リチウムにより達成され、細胞溶解は各細胞壁のリチカーゼ（ｌｙｔｉｃａｓｅ）消化およびこれに続く凍結融解、音波処理またはガラス−ビーズ抽出により達成できる。なお、翻訳後修飾の各種変異体は異なる酵母菌株（すなわち、酒酵母菌（Ｓ． ｐｏｍｂｅ）、ピチア・パストリス（Ｐ． ｐａｓｔｏｒｉｓ））の使用により得られる。
【０２１７】
上記バキュロウイルス（ｂａｃｃｕｌｏｖｉｒｕｓ）システムの態様の一例は入手可能な翻訳後修飾のアレイであるが、このバキュロウイルスにおいて生成される各抗体およびその他のタンパク質は哺乳類動物の各細胞により生成される構造とは極めて異なる炭化水素の各構造を含む。このバキュロウイルス感染昆虫細胞システムは各ウイルスのクローン化、高タイター価原料の入手、および昆虫細胞懸濁液（ＳＦ９，ＳＦ２１等の細胞）の感染を必要とする。
【０２１８】
哺乳類細胞に基づく発現は各細胞系の形質転換およびクローン化を必要とする。リンパ系または非リンパ系のいずれの細胞も各抗体および抗体フラグメントの調製に使用できる。抗体等の可溶性タンパク質は各培地から収集されるが、細胞内または膜結合のタンパク質は細胞溶解（洗浄剤（界面活性剤）による可溶化または凍結融解のいずれか）を必要とする。その後、各タンパク質捕捉物質が上記大腸菌について説明した手順と類似の手順により精製できる。
【０２１９】
生体外における翻訳の場合に、選択されるシステムはプロテアーゼ欠損でＴ７ＲＮＡポリメラーゼ過剰発現の菌株から得られる大腸菌溶解産物である。これらの大腸菌溶解産物は効率的なタンパク質発現（３０μｇ／ｍｌ乃至５０μｇ／ｍｌ溶解産物）を示す。この処理の全体は９６個ウェル型のアレイにおいて行なうことができる。各抗体遺伝子またはその他関連のタンパク質捕捉物質の遺伝子はＴ７ＲＮＡポリメラーゼ・プロモーターおよび結合部位および一定のアフィニティ・タグをコード化する一定のシーケンスを含む遺伝子特異性の各シーケンスを含む各オリゴヌクレオチドを使用するＰＣＲにより増幅できる。あるいは、一定のアダプタータンパク質をＰＣＲにより関連の遺伝子に対して融合できる。増幅した各ＤＮＡは速やかな分析のために予めクローン化することなく大腸菌溶解産物内において直接的に転写および翻訳することが可能である。その後、各抗体フラグメントまたはその他のタンパク質を一定のアフィニティ基質に対する結合により単離して上記のように処理できる。
【０２２０】
さらに、使用可能な別の生体外翻訳システムはコムギ胚芽抽出物および網状赤血球抽出物を含む。膜タンパク質または翻訳後修飾タンパク質の生体外合成はミクロソームとの組み合わせにおける網状赤血球溶解産物を必要とする。
【０２２１】
本発明の実施形態の一例において、上記マイクロアレイにおけるタンパク質捕捉物質はモノクローナル抗体を含む。これらのモノクローナル抗体の特異的なタンパク質標的物に対する生成は標準的なバイブリドーマ技法により日常的に行なえる。実際に、多数のモノクローナル抗体が市場において入手可能である。
【０２２２】
細胞融合または連続的な細胞系による各抗体または抗体フラグメントの入手の代わりに、これらの抗体部分はバクテリオファージ中において発現できる。このような抗体ファージ表示技法は当該技術分野における熟練者において周知である。これらのバクテリオファージ・タンパク質捕捉物質は重鎖および軽鎖の各シーケンスの不規則な組換えを可能にすることにより、所望の抗原に対して選択できる各抗体シーケンスの一定のライブラリーが形成できる。このタンパク質捕捉物質はバクテリオファージ・ラムダまたは繊維状ファージに基づいていると考えられる。このようなバクテリオファージ・タンパク質捕捉物質は各Ｆａｂフラグメント、上記ＶＨ −ＶＬ 対（ｄｓＦｖ’ｓ）を安定化するための工作された分子内時スルフィド結合を有するＦｖ’ｓ、ｓｃＦｖｓ、または各ジアボディ・フラグメントを発現するために使用できる。
【０２２３】
上記各ファージ表示ライブラリーにおける抗体遺伝子は免疫処理済みのドナーから誘導できる。例えば、このファージ表示ライブラリーはヒトＴ細胞の溶解産物のような一定のタンパク質混合物により予め免疫処理したマウスの脾臓から調製される一定の表示ライブラリーとすることが考えられる。この免疫処理はヒトＴ細胞内において見られるタンパク質のような特異的な組のタンパク質に対して反応性を有する大多数の組換え抗体を含むように上記ライブラリーを調整するために使用できる。あるいは、上記ライブラリーの各抗体は天然または合成の各ライブラリーから誘導できる。このような天然のライブラリーは外部抗原に接触していないマウスのスプレーンにより構成できる。一方、合成のライブラリーにおいては、上記抗体シーケンスの各部分、一般的に各相補的決定領域（ＣＤＲ）ループに対応するこれらの領域が予め免疫処理されているか無作為化されている。
【０２２４】
ＩＩＩ．標的サンプル
生物学的サンプルは一定の患者または一定の細胞系を含むがこれらに限らない幾つかの供給源から単離できる。患者サンプルは血液、尿、羊膜液、血漿、精液、骨髄、および各種組織を含むことができる。単離が終わると、全体のＲＮＡまたはタンパク質が当業界において周知の方法により抽出できる。例えば、標的サンプルはｄＴ開始型の逆転写生成用ｃＤＮＡにより全ＲＮＡから生成できる（例えば、サムブルック（ＳＡＭＢＲＯＯＫ）他，モレキュラー・クローニング：ア・ラボラトリー・マニュアル（ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ ＣＬＯＮＩＮＧ： Ａ ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ ＭＡＮＵＡＬ），コールド・スプリング・ハーバー・プレス（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ），ニューヨーク，（１９８９年）、アウスベル（ＡＵＳＵＢＥＬ）他，カレント・プロトコルズ・イン・モレキュラー・バイオロジー（ＣＵＲＲＥＮＴ ＰＲＯＴＣＯＬＳ ＩＮ ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ ＢＩＯＬＯＧＹ），ジョン・ワイリー・アンド・サンズ社（Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ， Ｉｎｃ．），（１９９５年）を参照されたい。）その後、このｃＤＮＡは生体外転写によりｃＲＮＡに転写されて、そのＲＮＡの線形増幅体が得られる。各標的サンプルは、例えば、一定の蛍光色素（例えば、Ｃｙ３−ｄＵＴＰ）またはビオチンにより標識できる。さらに、この標識化した標的物は上記マイクロアレイに対してハイブリッド形成できる。これら標的サンプルのレーザーによる励起により蛍光発光が生じて、これらが一定の検出器により捕捉される。その後、この情報を用いてハイブリッド形成した各標的物の定量的な二次元蛍光画像が生成できる。
【０２２５】
特定の組織または細胞型の遺伝子発現プロファイルはＲＮＡ（すなわち、全体のＲＮＡまたはｍＲＮＡ）から生成できる。一定のオリゴ−ｄＴプライマーによる逆転写を用いて細胞ＲＮＡからｍＲＮＡを単離および生成できる。サンプルまたは信号量を最大にするために、標識化した全ＲＮＡを使用することもできる。このＲＮＡは蛍光により標識化するか、放射性同位元素により標識できる。放射性検出の場合に、３３Ｐ−ｄＣＴＰ等の一定の低エネルギー・エミッターが支持体上のオリゴヌクレオチド・プローブに対する近接作用により選択される。また、蛍光体のＣｙ３−ｄＵＴＰまたはＣｙ５−ｄＵＴＰが蛍光標識化に使用できる。これらの蛍光体は逆転写酵素に対して効率的に組み込まれて比較的に良好な収率を示す。さらに、これらの蛍光体は識別可能な励起状態および発光スペクトルを有する。従って、それぞれが一定の異なる蛍光体により標識されている２種類のサンプルが一定のマイクロアレイに対して同時にハイブリッド形成することができる。
【０２２６】
上記核酸サンプルはハイブリッド形成の前に増殖できる。この増殖方法はＰＣＲ法（イニス（ＩＮＮＩＳ）他，ＰＣＲプロトコルズ（ＰＣＲ ＰＲＯＴＯＣＯＬＳ），ア・ガイド・トゥ・メソッヅ・アンド・アプリケーション（Ａ ＧＵＩＤＥ ＴＯ ＭＥＴＨＯＤＳ ＡＮＤ ＡＰＰＬＩＣＡＴＩＯＮ），アカデミック・プレス社（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ， Ｉｎｃ．），サン・ディエゴ，（１９９０年））、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）（バーリンガー（Ｂａｒｒｉｎｇｅｒ）他、８９巻，ジーン（ＧＥＮＥ），１１７頁，（１９９０年）、ウー（Ｗｕ）およびウォレス（Ｗａｌｌａｃｅ），４巻，ゲノムズ（ＧＥＮＯＭＥＳ），５６０頁，（１９８９年）、およびランデグレン（Ｌａｎｄｅｇｒｅｎ）他，２４１巻，サイエンス（ＳＣＩＥＮＣＥ），１０７７頁，（１９８８年））、転写増幅法（クー（Ｋｗｏｈ）他，８６巻，プロック・ナチュラル・アカデミック・ソサイエティ米国（ＰＲＯＣ． ＮＡＴＬ． ＡＣＡＤ． ＳＣＩ． ＵＳＡ），１１７３頁，（１９８９年））、および自己持続型シーケンス複製（グアテリ（Ｇｕａｔｅｌｌｉ）他，８７巻，プロック・ナチュラル・アカデミック・ソサイエティ米国（ＰＲＯＣ． ＮＡＴＬ． ＡＣＡＤ． ＳＣＩ． ＵＳＡ），１８７４頁，（１９９０年））を含むがこれらに限らない。
【０２２７】
上記標的核酸は増幅中または増幅後にその１個以上のヌクレオチドにおいて標識できる。このようなマイクロアレイ技法を伴う使用に適している標識は顕微鏡、光化学的、生物化学的、免疫化学的、電気的、光学的、または化学的な各手段により検出可能である。実施形態の一例において、上記検出可能な標識は蛍光標識、化学発光標識、生物発行標識、および比色定量式標識等の一定の発光性の標識である。特定の実施形態において、この標識はフルオレセイン、ローダミン、リサミン、フィコエリスリン、ポリメチン染料誘導体、蛍光体、またはＣｙ２，Ｃｙ３，Ｃｙ３．５，Ｃｙ５，Ｃｙ５．５，Ｃｙ７等の一定の蛍光標識である。市販の蛍光標識はフルオレプライム（ファーマシア（Ｐｈａｒｍａｃｉａ），ピスカタウエイ，ニュージャージー州）、フルオレダイト（ミリポア（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ），ベッドフォード，マサチューセッツ州）、およびＦＡＭ（ＡＢＩ，フォスター・シティ，カリホルニア州）等のフルオレセイン・ホスホラミダイトを含む。さらに、別の標識として、標識化ストレプタビジン共役体による染色のためのビオチン、磁気ビーズ（例えば、ダイナビーズ（Ｄｙｎａｂｅａｄｓ））、蛍光染料（例えば、テキサス・レッド、ローダミン、緑色蛍光タンパク質）、放射性標識（例えば、 ３Ｈ， １２５Ｉ，３５Ｓ，１４Ｃまたは３２Ｐ）、酵素（例えば、ホースラデイッシュ・ペルオキシダーゼ、アルカリ・ホスファターゼ）、およびコロイド状金または着色ガラスまたはプラスチック（例えば、ポリスチレン、ポリプロピレン、ラテックス）ビーズ等の比色定量式標識が含まれる（例えば、米国特許第４，３６６，２４１号、同第４，２７７，４３７号、同第４，２７５，１４９号、同第３，９９６，３４５号、同第３，９３９，３５０号、同第３，８５０，７５２号、および同第３，８１７，８３７号を参照されたい）。
【０２２８】
上記の標識化したＲＮＡ標的物はその後に上記マイクロアレイに対してハイブリッド形成される。多数の緩衝剤がこのハイブリッド・アッセイにおいて使用できる。例えば、上記緩衝剤は以下の組み合わせ物、すなわち、５Ｍベタイン，１ＭＮａＣｌ，ｐＨ７．５、４．５Ｍベタイン，０．５ＭＬｉＣｌ，ｐＨ８．０、３ＭＴＭＡＣｌ，５０ｍＭトリス塩酸，１ｍＭＥＤＴＡ，０．１％Ｎ−ラウロイル−サルコシン（ＮＬＳ）、２．４ＭＴＥＡＣｌ，５０ｍＭトリス塩酸，ｐＨ８．０，０．１％ＮＬＳ、１ＭＬｉＣｌ，１０ｍＭトリス塩酸，ｐＨ８．０，１０％ホルムアミド、２ＭＧｕＳＣＮ，３０ｍＭクエン酸ナトリウム，ｐＨ７．５、１ｍＬｉＣｌ，１０ｍＭトリス塩酸，ｐＨ８．０，１ｍＭＣＴＡＢ、０．３ｍＭスペルミン，１０ｍＭトリス塩酸，ｐＨ７．５、または２容量の無水アルコールを伴う２ＭＮＨ４ ＯＡｃのいずれかとすることができるがこれらに限らない。さらに、付加的な容量のイオン性洗浄剤（Ｎ−ラウロイル−サルコシン）を上記緩衝剤に添加できる。ハイブリッド形成は約２０℃乃至６５℃において行なうことができる（例えば、米国特許第６，０４５，９９６号を参照されたい）。このハイブリッド形成の条件のさらに別の例がサムブルック（ＳＡＭＢＲＯＯＫ）他，（１９８９年）、バーガー（Ｂｅｒｇｅｒ）およびキンメル（Ｋｉｍｍｅｌ），ガイド・トゥ・モレキュラー・クローニング・テクニクス，メソッズ・イン・エンザイモロジー（ＧＵＩＤＥ ＴＯ ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ ＣＬＯＮＩＮＧ ＴＥＣＨＮＩＱＵＥＳ， ＭＥＴＨＯＤＳ ＩＮ ＥＮＺＹＭＯＬＯＧＹ），（１９８７年），１５２巻，アカデミック・プレス社（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ， Ｉｎｃ．），サン・ディエゴ，カリホルニア州、ヤング（Ｙｏｕｎｇ）およびデービス（Ｄａｖｉｓ），８０巻，プロック・ナチュラル・アカデミック・ソサイエティ（ＰＲＯＣ． ＮＡＴＬ． ＳＣＩ． ＵＳＡ），１１９４頁，（１９８３年）を参照されたい）。
【０２２９】
上記ハイブリッド形成用の緩衝剤は一定のホルムアミド基剤緩衝剤または硫酸デキストランまたはポリエチレン・グリコールを含有している一定の緩衝剤とすることもできる（例えば、チェン（Ｃｈｅｕｎｇ）他，２１巻，ネーチャー・ジェネット（ＮＡＴＵＲＥ ＧＥＮＥＴ．），１５頁乃至１９頁，（１９９９年）、サムブルック（ＳＡＭＢＲＯＯＫ），（１９８９年）を参照されたい）。加えて、このハイブリッド形成用緩衝剤は非特異性結合またはバックグラウンド・ノイズを最少にするためにシャード・サーモン（ｓｈｅａｒｅｄ ｓａｌｍｏｎ）精子ＤＮＡまたはデンハルト試薬（Ｄｅｎｈａｒｄｔ’ｓ ｒｅａｇｅｎｔ）等の遮断剤を含有できる。１回のハイブリッド形成あたりに約５０μｇ乃至２００μｇの標識化した全ＲＮＡまたは２μｇ乃至５μｇの標識化したｍＲＮＡが十分な蛍光シグナルおよび検出のために必要とされる。一般的に、上記支持体に結合するオリゴヌクレオチド・プローブの量は標識化した標的ＲＮＡよりも過剰である。
【０２３０】
上記ハイブリッド形成に続いて、上記核酸は上記標的核酸に結合している１種類以上の標識を検出することにより分析できる。これらの標識は当業界において周知の任意数の方法により組み込むことができる。実施形態の一例において、この標識は上記標的核酸の調製における増幅工程中に同時に組み込むことができる。例えば、一定の標識化した増殖生成物を標識化したプライマーまたは標識化したヌクレオチドを用いるＰＣＲにより生成できる。また、一定の標識化したヌクレオチド（例えば、フルオレセイン標識化したＵＴＰまたはＣＴＰ）を用いる転写増殖により一定の標識をその転写される核酸内に組み込むことができる。あるいは、一定のラベルを元の核酸サンプルに直接的に添加すること、または、その増殖後の増殖生成物に添加することも可能である。これら核酸を標識化するための方法は当業界にいて周知であり、例えば、ニック・トランスレーションまたは末端標識化等を含む。
【０２３１】
その後、ハイブリッド形成したアレイはレーザー励起処理にかけられて、一定の特異的なスペクトルを伴う発光が生じる。このスペクトルを、例えば、走査型共焦レーザー顕微鏡により走査することにより上記マイクロアレイにおける各単色画像が生成される。これらの画像はデジタル処理されて、数学的アルゴリズムにより一定の閾値（例えば、バックグラウンド）に基づいて正規化される。例えば、蛍光の水準に全く変化が見られない場合に０の閾値を割り当てることができ、この蛍光における一定の増加に＋１の値を割り当て、この蛍光における一定の減少に−１の値を割り当てることができる。この正規化は一定の遺伝子のサブグループ（小群）に基づいて行なうことができ、このサブグループ内の各変化が完全な遺伝子マイクロアレイの評価に適用できる統計結果を生成するために利用される。例えば、チェン（Ｃｈｅｎ）他，２巻，ジャーナル・バイオメド・オプティクス（Ｊ． ＢＩＯＭＥＤ． ＯＰＴＩＣＳ），３６４頁乃至３６７頁（１９９７年）を参照されたい。
【０２３２】
本発明のタンパク質マイクロアレイの一例の使用方法は２５ｍｍ２ の全表面積あたりに約１μｌ乃至１０μｌの流体容量を有する一定のフローチャンバー内に上記の二次元的なマイクロアレイを配置する工程を含む。このフローチャンバー内のマイクロアレイの上方のカバーは好ましくは透明または半透明である。実施形態の一例において、このカバーはパイレックス（Ｒ）（Ｐｙｒｅｘ（Ｒ））または石英ガラスにより構成できる。また、別の実施形態において、このカバーは一定の検出システムの一部とすることができ、このシステムは上記マイクロアレイに固定されている各タンパク質捕捉物質と一定の生物学的サンプルからの一定の細胞抽出物等の溶液中のたんぱく質との間の相互作用をモニターする。上記フローチャンバーはタンパク質の活性を維持するために適当な水性溶液により充たされた状態に保つ必要がある。塩類、温度、およびその他の条件は好ましくは正常な生理学的諸条件と同様に維持されている。一定の流体溶液内の各タンパク質は要望に応じて上記フローチャンバー内に一度に流し込むことができ、これらの上記固定化した各タンパク質捕捉物質に対する相互作用が決定される。各タンパク質捕捉物質とその結合相手との間の結合が生じることを可能にするために十分な時間をかける必要がある。このために必要な時間量は各タンパク質捕捉物質のその結合相手に対する親和力の特性およびその強さに応じて異なる。上記マイクロアレイに対する流体配給には特別製の微量流体ポンプ、弁、または混合技法は全く必要とされない。
【０２３３】
あるいは、上記タンパク質を含有している流体は上記タンパク質捕捉物質の各領域に個別に配給することもできる。例えば、実施形態の一例において、各タンパク質捕捉物質が存在している基材表面の各領域は、マイクロアレイ表面に対して垂直に配向されている多数の流体配給導管を伴うマイクロアレイの一体化を可能にすると共に、これら配給導管のそれぞれが個々のタンパク質捕捉物質の被覆領域の部位に到達しているような一定の様式で、微小製造が可能である。
【０２３４】
上記マイクロアレイに配給されるサンプルは一般的に一定の流体である。実施形態の一例において、このサンプルは一定の細胞抽出物または一定の生物学的サンプルである。この評価されるサンプルは上記マイクロアレイにおける各タンパク質捕捉物質の結合相手に対して結合しない多数のタンパク質を含むタンパク質の複合混合物を含むと考えられる。このサンプル中の分析される各タンパク質が膜タンパク質である場合には、これらのタンパク質は一般的に当該サンプルを上記マイクロアレイに投入する前に可溶化する必要がある。また、上記サンプル中の分析されるタンパク質が一定の生体における一定の細胞母集団により分泌されるタンパク質である場合には、このサンプルは一定の生物学的サンプルと考えることができる。さらに、上記サンプル中の分析されるタンパク質が細胞内物質である場合には、このサンプルは一定の細胞抽出物であると言える。また、別の実施形態において、上記マイクロアレイは一定の生体内の一定の細胞または細胞母集団の各発現生成物のフラグメントに結合するタンパク質捕捉物質を含むことができる。このような場合に、そのサンプル中の分析される各タンパク質は一定の細胞抽出物または一定の生物学的サンプル中のタンパク質の消化を行なうことにより調製可能にされてきた。また別の適用例において、一定の細胞における特定の各フラクションのみからのタンパク質がそのサンプルにおける分析に収集される。
【０２３５】
一般に、上記マイクロアレイにおける各タンパク質捕捉物質により結合される各タンパク質を含有している各溶液の配給が先に行なわれて、その後に、一定の遮断用溶液の配給がこれに続くまたは伴う。この遮断用溶液は上記マイクロアレイにおける非特異的結合の各部位に接着するタンパク質またはその他の部分を含有している。例えば、ウシ血清アルブミンまたは牛乳の溶液がこのような遮断用溶液として用いることができる。
【０２３６】
上記マイクロアレイにおける複数のタンパク質捕捉物質の結合相手は単一生体における一定の細胞または細胞母集団の全ての発現生成物またはこれらの各フラグメントである各タンパク質である。これらの発現生成物は任意の大きさまたは機能を有するペプチドを含むタンパク質であると言える。また、これらは細部内タンパク質または細胞外タンパク質でもある。また、これらの発現生成物は単一細胞系または多細胞系の生体からのいずれでもよい。この生体は一定の植物または一定の動物のいずれでもよい。本発明の特定の実施形態において、上記結合相手は各種ヒト発現生成物またはこれらの各フラグメントである。
【０２３７】
本発明の別の実施形態において、上記マイクロアレイにおける各タンパク質捕捉物質の結合相手は各種ペプチドを含む全てのタンパク質における一定の無作為に選択した部分集合であると考えられ、これらは任意の生体内の一定の細胞または細胞母集団により発現されるか、上記タンパク質の全てのフラグメントにおける一定の部分集合である。従って、上記マイクロアレイにおける各タンパク質捕捉物質の結合相手は単一生体からの異なるタンパク質の広範囲な分布を表現できる。
【０２３８】
上記マイクロアレイにおける各タンパク質捕捉物質の一部または全部の結合相手を必ずしも知る必要はない。実際に、上記マイクロアレイにおける一定のタンパク質捕捉物質の結合相手は未知の機能の一定のタンパク質またはペプチドと考えられる。例えば、上記マイクロアレイにおける異なるタンパク質捕捉物質は単一細胞型からの広範囲な細胞系タンパク質と一体に結合可能であり、これらの多くは同定および／または機能が知られていない。
【０２３９】
本発明の別の実施形態において、上記マイクロアレイにおける各タンパク質捕捉物質の結合相手は関連の各タンパク質である。これらのタンパク質捕捉物質により結合される異なるタンパク質は同一のタンパク質系統群における要素と考えられる。上記マイクロアレイにおける各タンパク質捕捉物質のこれらの異なる結合相手は機能的に関連することが可能であるか、単に機能的に関連すると思われる。また、上記マイクロアレイにおける各タンパク質捕捉物質のこのような異なる結合相手は構造またはシーケンスにおいて一定の類似性を分かっている、あるいは、単に構造またはシーケンスにおいて一定の類似性を分かっていると思われるタンパク質であるとも言える。例えば、上記マイクロアレイにおける各タンパク質捕捉物質のこれら結合相手は増殖因子受容体、ホルモン受容体、神経伝達物質受容体、カテコールアミン受容体、アミノ酸誘導体受容体、サイトカイン受容体、細胞外基質受容体、抗体、レクチン、サイトカイン、セルピン、プロテアーゼ、キナーゼ、ホスファターゼ、ラス様ＧＴＰアーゼ、ヒドロラーゼ、ステロイド・ホルモン受容体、転写因子、熱ショック転写因子、ＤＮＡ結合タンパク質、亜鉛フィンガー・タンパク質、ロイシン−ジッパー・タンパク質、ホメオドメイン・タンパク質、細胞内シグナル・トランスダクション・モジュレーターおよびエフェクター、アポトーシス関連因子、ＤＮＡ合成因子、ＤＮＡ修復因子、ＤＮＡ組換え因子、細胞表面抗原、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）プロテアーゼまたはＨＩＣプロテアーゼとすることができ、本発明の各遺伝子発現プロファイルにおける遺伝子によりコード化されるタンパク質の全てまたは一部に相当すると考えられる。
【０２４０】
ＩＶ．対照オリゴヌクレオチドおよびタンパク質捕捉物質
ゲノムＤＮＡ、ハウスキーピング遺伝子、または陰性および陽性の対照遺伝子にそれぞれ対応する対照オリゴヌクレオチドもまた上記マイクロアレイにおいて存在できる。同様に、ハウスキーピング・タンパク質、または、ベータ・アクチン・タンパク質のような、陰性および陽性の対照タンパク質に結合するタンパク質捕捉分子もまた上記マイクロアレイにおいて存在できる。これらの対照基準は発現のバックグラウンドまたは基本的水準を較正するために、および別の有用な情報を提供するために使用される。
【０２４１】
各正規化対照基準は一定の核酸サンプルに対して加えられる標識化した基準の各オリゴヌクレオチドに対して完全に相補的であるオリゴヌクレオチド・プローブであると考えられる。また、これらの正規化対照基準は一定のタンパク質サンプルに対して加えられる一定の標識化した基準タンパク質に対して特異的および一貫して結合するタンパク質捕捉物質であると考えられる。例えば、一定のタンパク質捕捉物質／正規化対照基準の対はアビジン／ストレプタビジンまたは一定の既知の結合計数を有する一定の周知の抗体／抗原の組み合わせを含むことができる。ハイブリッド形成後の上記の各正規化対照基準から得られるシグナルはハイブリッド形成条件、標識強度、効率、およびその他の各マイクロアレイ間において当該ハイブリッド形成シグナルを変化させる要因についての一定の対照基準を提供する。例えば、蛍光強度の測定値を正規化するために、上記マイクロアレイにおける全てのプローブからのシグナルを一定の対照プローブからのシグナルで割ることができる。
【０２４２】
発現量の各対照基準は一定の生物学的サンプル内において本質的に発現される各遺伝子に対して特異的にハイブリッド形態および／または結合して、一定の細胞における全体の代謝活性を照合するように設計されているプローブまたはタンパク質捕捉物質である。この標的核酸または標的タンパク質の発現量に比較した場合の発現対照基準の量における各変化の分析は一定の遺伝子またはタンパク質の発現量における変化がその遺伝子の転写速度における変化に対して特異的であるか、あるいは、一定の細胞の健康状態における一般的な変化に対して特異的であるかのいずれかを示す。従って、上記発現対照基準および標的遺伝子の両方の発現量が減少または増加すると、これらの変化は当該標的の遺伝子またはタンパク質の示差的な発現ではなく、全体としてのその細胞の代謝活性における変化に起因すると考えられる。しかしながら、上記標的の遺伝子またはタンパク質の発現のみが変化する場合には、その発現における変化はその細胞の代謝活性における全体的な変化ではなく当該遺伝子またはタンパク質の調節における差に起因すると考えられる。ハウスキーピング遺伝子のような本質的に発現される遺伝子（例えば、β−アクチン遺伝子、トランスフェリン受容体遺伝子、ＧＡＰＤＨ遺伝子）は発現量対照基準として作用できる。
【０２４３】
さらに、不適正な対照基準もまた発現量対照基準または正規化対照基準として使用できる。これらのプローブおよびタンパク質捕捉物質は当該プローブが関連する標的以外のサンプル内における一定の核酸に対する非特異的な結合または交差ハイブリッド形成に対する一定の対照基準を提供する。上記不適正な対照基準は１種類以上の不適正な塩基の存在を除いて対応する試験プローブまたは対照プローブに対して同一の各オリゴヌクレオチド・プローブである。１種類以上の不適正な因子（例えば、アデニンの代わりにグアニン、シチジン、またはチミンを用いる）は適当なハイブリッド形成条件下（例えば、緊縮条件下）において試験プローブまたは対照プローブはその標的シーケンスに対してハイブリッド形成すると予想できるが、不適正なプローブはハイブリッド形成しないか、あるいは優位差をもって低い程度でハイブリッド形成すると考えられるように選択される。同様に、一定の抗体が一定の不適正な対照タンパク質捕捉物質として使用できる。例えば、正常な抗体に比較した場合に結合に影響を及ぼす結合ドメイン内において不適正な一定の塩基対を有する一定の抗体が使用できる。
【０２４４】
Ｖ．検出方法およびハイブリッド形成結果の分析
各マイクロアレイ・プローブに対してハイブリッド形成した標識化標的核酸のシグナル検出のための方法は当業界において周知である。例えば、一定の放射性標識化したプローブが写真フィルムまたは一定のガンマ線計数器を用いる放射線発光により検出できる。また、蛍光により標識化した標的核酸の場合には、上記プローブ・マイクロアレイにおけるその標識の位置確認が蛍光顕微鏡により達成できる。このハイブリッド形成したマイクロアレイはその特定の蛍光標識の励起波長において一定の光源により励起され、これにより発生した蛍光が検出される。この励起光源は上記蛍光標識の励起に適している一定のレーザーとすることができる。
【０２４５】
さらに、共焦顕微鏡を一定のコンピューター制御ステージにより自動化して上記マイクロアレイの全体を自動的に走査可能にできる。同様に、一定の顕微鏡に一定の自動化データ取得システムに取り付けた一定の光トランスデユーサー（例えば、ホトマルチプライアー）を備えることにより、各オリゴヌクレオチド・プローブに対するハイブリッド形成により生成される蛍光シグナルを自動的に記録できるようになる。例えば、米国特許第５，１４３，８５４号を参照されたい。
【０２４６】
本発明はまた上記ハイブリッド形成の各結果を評価するための方法にも関係している。これらの方法は使用される特定の各オリゴヌクレオチド・プローブまたはタンパク質捕捉物質ならびに供給される各対照基準の性質により変更可能である。例えば、各プローブに対応する蛍光強度の定量化は上記マイクロアレイ上の（一定の異なるプローブを示す）各位置におけるプローブ・シグナル強度を測定すること（例えば、上記アレイ上の各位置における一定の励起照明により生じる蛍光強度の大きさの検出）により達成できる。また、各タンパク質捕捉物質およびその結合対に対応する蛍光強度の定量化も同様の方法により達成できる。その後、上記マイクロアレイに対してハイブリッド形成する標的の核酸またはタンパク質の各絶対強度を各対照基準により生成された強度に比較することにより、上記各プローブまたはタンパク質捕捉物質に対してハイブリッド形成する核酸またはタンパク質の相対的な発現の一定の測定値が得られる。
【０２４７】
上記標的核酸から誘導されるシグナルの各正規化対照基準に対する正規化は各ハイブリッド形成条件における変化に対する一定の対照基準を提供できる。一般的に、正規化は上記アレイにおける別のプローブまたはタンパク質捕捉物質から測定したシグナルを各正規化対照基準により生成される平均のシグナルで割ることにより達成できる。また、正規化はサンプルの調製および増幅による変化の補正も含むことができる。このような正規化は測定したシグナルをサンプル調整／増幅における対照のプローブまたはタンパク質捕捉物質からの平均のシグナルにより割ることにより達成できる。この結果として得られた各値に一定の値を掛けることにより各結果の等級付けが行なえる。さらに、連成二元クラスター分析、クラスター・アルゴリズム（階級的クラスター分割、自己組織化マップ）、および支援ベクター装置を含むさらに別のマイクロアレイ・データを分析するための方法が当業界において周知である。例えば、ブラウン（Ｂｒｏｗｎ）他，９７巻，プロック・ナチュラル・アカデミック・ソサイエティ米国（ＰＲＯＣ． ＮＡＴＬ． ＳＣＩ． ＵＳＡ），２６２頁乃至２６７頁，（２０００年）、ゲッツ（Ｇｅｔｚ）他，プロック・ナチュラル・アカデミック・ソサイエティ米国（ＰＲＯＣ． ＮＡＴＬ． ＳＣＩ． ＵＳＡ），１２０７９頁乃至１２０８４頁，（２０００年）、ホルター（Ｈｏｌｔｅｒ）他，９７巻，プロック・ナチュラル・アカデミック・ソサイエティ米国（ＰＲＯＣ． ＮＡＴＬ． ＳＣＩ． ＵＳＡ），８４０９頁乃至８４１４頁，（２０００年）、タマヨ（Ｔａｍａｙｏ）他、９６巻，プロック・ナチュラル・アカデミック・ソサイエティ米国（ＰＲＯＣ． ＮＡＴＬ． ＳＣＩ． ＵＳＡ），２９０７頁乃至２９１２頁，（１９９９年）、アイゼン（Ｅｉｓｅｎ）他，９５巻，プロック・ナチュラル・アカデミック・ソサイエティ米国（ＰＲＯＣ． ＮＡＴＬ． ＳＣＩ． ＵＳＡ），１４８６３頁乃至１４８６８頁，（１９９８年）、およびエルモラエバ（Ｅｒｍｏｌａｅｖａ）他，２０巻，ネーチャー・ジェネット（ＮＡＴＵＲＥ ＧＥＮＥＴ．），１９頁乃至２３頁，（１９９８年）を参照されたい。
【０２４８】
実際に、各遺伝子発現プロファイルおよび遺伝子発現データの分析において有用な方法はタンパク質発現の調査内容においても同等に適用できる。一般に、プロテオミクスおよび診断を含む種々の用途において、本発明の方法は分析する各種タンパク質を含有しているサンプルの上記マイクロアレイに対する配給を含む。上記サンプルの各タンパク質を適当な生物学的特異性を有する各タンパク質捕捉物質を含む各量域に対して相互作用して固定化可能にした後に、各領域において結合したタンパク質の存在おまた量が決定される。上記核酸マイクロアレイについて説明した各検出方法、分析器具、およびアルゴリズムはこのタンパク質マイクロアレイの内容においても同等に適用可能である。
【０２４９】
上記の各方法に加えて、広範囲の検出方法がタンパク質マイクロアレイの各実験結果を分析するために利用できる。この検出は定量的および／または定性的にすることができる。上記タンパク質アレイは可視または赤外の範囲内の吸収、化学的蛍光および蛍光（寿命、分極化、蛍光相関分光分析（ＦＣＳ）を含む）、および蛍光共鳴エネルギー転移（ＦＲＥＴ））等の光学的検出方法によるインターフェイスを伴うことができる。さらに、光学導波管（ＰＣＴ国際公開第ＷＯ９６／２６４３２号および米国特許第５，６７７，１９６号）、表面プラズモン共鳴、表面電荷センサー、および表面力センサーに基づくような別の検出方法が本発明の多くの実施形態に対して相容性を有している。あるいは、ブリュースター・アングル（Ｂｒｅｗｓｔｅｒ Ａｎｇｌｅ）顕微鏡（ＢＡＭ）（シャーフ（Ｓｃｈａａｆ）他，３巻，ラングミュア（ＬＡＮＧＭＵＩＲ），１１３１頁乃至１１３５頁，（１９８７年））および偏光解析法（米国特許第５，１４１，３１１号および同第５，１１６，１２１号、キム（Ｋｉｍ），２２巻，マクロモレキュールズ（ＭＡＣＲＯＭＯＬＥＣＵＬＥＳ），２６８２頁乃至２６８５頁，（１９８４年））が利用可能である。石英結晶微量天秤および付着処理は本発明のマイクロアレイにおける少なくとも一部の実施形態に適しているさらに別の検出手段を提供している。例えば、米国特許第５，７１９，０６０号を参照されたい。本発明の一部のアレイおよび表面プラズモン共鳴、内部全反射蛍光（ＴＩＲＦ）、ブリュースター・アングル顕微鏡、光学導波管光モード分光分析（ＯＷＬＳ）、表面電荷測定、および偏光解析法の両方に対して相容性を有する光学的バイオセンサー・システムの例が米国特許第５，３１３，２６４号において述べられている。
【０２５０】
本発明のタンパク質発現アレイをアッセイするために適している別の異なる種類の検出システムは蛍光、一定の化合物または分析物に対する曝露における電子的作用の測定、発光、紫外光、レーザ誘導蛍光（ＬＩＦ）検出法、衝突誘導解離（ＣＩＤ）、質量分光分析法（ＭＳ）、ＣＣＤカメラ、電子および三次元顕微鏡を含むがこれらに限らない。さらに、別の技法が当該技術分野における熟練者において知られている。例えば、アレイおよびバイオチップの組み合わせ形式の分析が比較的に感度の高いＬＩＦ技法を用いて行なわれている。例えば、イデュー（Ｉｄｅｕｅ）他，３３７巻，ケム・フィジクス・レターズ（ＣＨＥＭ． ＰＨＹＳＩＣＳ ＬＥＴＴＥＲＳ），７９頁乃至８４頁，（２０００年）を参照されたい。
【０２５１】
特に関連のある検出システムの一例は飛行時間質量分析（ＴＯＦＭＳ）である。平行サンプリング技法により、上記飛行時間質量分析は上記マイクロアレイ内の各個別の位置における一定のサンプル混合物内における数百種の分子の詳細な特徴付けのために使用可能になる。この飛行時間質量分析に基づくシステムは極めて迅速な分析（操作型ＭＳ装置における数秒の代わりに数マイクロ秒乃至数ミリ秒の）、および良好な感度を有する別の技法に比して高水準の感度（走査型ＭＳにおける１万分の１部に対して１００万分の１部よりも良好）を可能にする。さらに、質量分光分析と同様に、この飛行時間質量分析は未知のサンプルの同定のための分子量および構造の情報を提供する。
【０２５２】
上記飛行時間質量分析を組み合わせることにより別の付加的な量の感度が別のシステムに加えられる。従って、実施形態の一例において、本発明は上記マイクロアレイの分析において飛行時間質量分析との組み合わせにおけるイオン移動度の使用を含む。このイオン移動度と飛行時間質量分析との組み合わせは多次元的分光分析（ＭＤＳ）と呼ばれる。各イオンはエレクトロスプレー処理（ｅｌｅｃｔｒｏｓｐｌａｙｅｄ）により上記ＭＤＳ装置の前方部分の中に供給される。このエレクトロスプレー処理は比較的に大きな分子をイオン化してこれらを一定の気相にするための方法である。サンプルを含有している溶液が高電圧において噴霧されて帯電した液滴が形成される。これらのイオンはイオン移動度チャンバーの中に送られて、このチャンバー内において各イオンは一定の干渉剤ガスの中を均一な電場の影響を受けながら移動する。このイオン移動度分離技法に基づく原理は小型の各イオンが拡張した形状を有する各イオンよりも衝突が少ないために、その移動度が高められる。分離した各要素（異なる移動度の各イオン／各分子を含む）が上記ドリフト・チューブに存在していると、これらは一定の飛行時間質量分析装置内においてパルス状になる。
【０２５３】
非標識検出法が一般に好まれるが、標識の使用を必要とする従来的な免疫アッセイにおいて一般的に使用されている一部の種類の検出方法が本発明のアレイに適用できる。これらの技法は非競合的免疫アッセイ、競合的免疫アッセイ、および二重標識の放射分析式免疫アッセイを含む。これらの技法は異なる特異性を有する異なるタンパク質捕捉物質の数が小さい（約１００以下）の場合のタンパク質捕捉物質のアレイと共に使用することに主に適している。上記競合的方法において、結合部位の占有性が間接的に決定される。この方法において、上記マイクロアレイのタンパク質捕捉物質は一定の標識化した現像物質に対して曝露され、この物質は一般的に分析物または一定の分析物類似体のラベル化した形態である。この現像物質は上記タンパク質捕捉物質における各結合部位において上記分析物に対して競合する。この異なる領域におけるタンパク質捕捉物質の分画的な占有が個々の領域における各タンパク質捕捉物質に対する上記現像物質の結合により決定できる。
【０２５４】
一方、非競合的方法においては、上記結合部位の占有性は直接的に決定される。この方法において、上記マイクロアレイにおける各領域はタンパク質捕捉物質における結合した分析物または占有されている結合部位のいずれかに結合できる一定のラベル化した現像物質に曝露される。例えば、この現像物質は占有されている各部位に関係する一定の標識化した抗体とすることができる（すなわち、「サンドイッチ・アッセイ（ｓａｎｄｗｉｃｈ ａｓｓａｙ）」）。あるいは、上記タンパク質捕捉物質が第１の標識により標識化されていて、第２の現像物質が第２の標識により標識化されている二重標識の放射計測式手法が採用できる。例えば、エキンス（Ｅｋｉｎｓ）他，１９４巻，クリニカ・キミカ・アクタ（ＣＬＩＮＩＣＡ ＣＨＩＭＩＣＡ ＡＣＴＡ．），９１頁乃至１１４頁，（１９９０年）を参照されたい。さらに、放射同位元素式、酵素式、化学発光式、および蛍光発光式の各方法を含む多くの異なる標識化技法が上述の技法において使用できる。
【０２５５】
ＶＩ．マイクロアレイの種類
本発明のマイクロアレイは特定の生体、または細胞型から誘導可能であり、これらを表現し、ヒト・マイクロアレイ、癌・マイクロアレイ、アポトーシス・マイクロアレイ、オンコジーンおよび腫瘍サプレッサー・マイクロアレイ、細胞−細胞相互作用マイクロアレイ、サイトカインおよびサイトカイン受容体マイクロアレイ、血液マイクロアレイ、細胞周期マイクロアレイ、神経アレイ、マウス・マイクロアレイ、およびラット・マイクロアレイ、またはこれらの組み合わせを含む。
【０２５６】
さらに別の実施形態において、上記マイクロアレイは心臓血管病、神経学的病気、免疫学的病気、種々の癌、感染病、内分泌疾患、および遺伝病を含む病気を表現できる。
【０２５７】
あるいは、本発明のマイクロアレイは心臓、肝臓、前立腺、肺、神経、筋肉、または接合組織、好ましくは冠状動脈内皮、臍帯動脈内皮、臍帯静脈内皮、大動脈内皮、皮膚微小血管内皮、肺動脈内皮、子宮筋層微小血管内皮、ケラチノサイト上皮、気管支上皮、乳房上皮、前立腺上皮、腎皮質上皮、腎近位細管上皮、小気道上皮、腎上皮、臍帯動脈平滑筋、新生児皮膚線維芽細胞、肺動脈平滑筋、皮膚線維芽細胞、神経先祖細胞、骨格筋、星状細胞、大動脈平滑筋、血管間膜細胞、冠状動脈平滑筋、気管支平滑筋、子宮平滑筋、肺線維芽細胞、骨芽細胞および前立腺間質細胞、またはこれらの組み合わせ等の特定の組織型を表現できる。
【０２５８】
本発明は相補的で相同性の各シーケンスを含む１種類以上の核酸シーケンスを含む一定の遺伝子発現プロファイルをにより構成されているマイクロアレイを含み、上記遺伝子発現プロファイルは冠状動脈内皮、臍帯動脈内皮、臍帯静脈内皮、大動脈内皮、皮膚微小血管内皮、肺動脈内皮、子宮筋層微小血管内皮、ケラチノサイト上皮、気管支上皮、乳房上皮、前立腺上皮、腎皮質上皮、腎近位細管上皮、小気道上皮、腎上皮、臍帯動脈平滑筋、新生児皮膚線維芽細胞、肺動脈平滑筋、皮膚線維芽細胞、神経先祖細胞、骨格筋、星状細胞、大動脈平滑筋、血管間膜細胞、冠状動脈平滑筋、気管支平滑筋、子宮平滑筋、肺線維芽細胞、骨芽細胞および前立腺間質細胞から成る群から選択される一定の細胞型から生成される。
【０２５９】
本発明は１種類以上のタンパク質捕捉物質を含むマイクロアレイを含み、この場合のタンパク質発現プロファイルは冠状動脈内皮、臍帯動脈内皮、臍帯静脈内皮、大動脈内皮、皮膚微小血管内皮、肺動脈内皮、子宮筋層微小血管内皮、ケラチノサイト上皮、気管支上皮、乳房上皮、前立腺上皮、腎皮質上皮、腎近位細管上皮、小気道上皮、腎上皮、臍帯動脈平滑筋、新生児皮膚線維芽細胞、肺動脈平滑筋、皮膚線維芽細胞、神経先祖細胞、骨格筋、星状細胞、大動脈平滑筋、血管間膜細胞、冠状動脈平滑筋、気管支平滑筋、子宮平滑筋、肺線維芽細胞、骨芽細胞および前立腺間質細胞から成る群から選択される一定の細胞型から生成される。
【０２６０】
特定の実施形態において、本発明は以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９４および ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４４から成る群から選択される一定の核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスに対して実質的に相同性である１種類以上の核酸シーケンス、または上記核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスの各部分を含む一定の内皮細胞遺伝子発現プロファイルを含む一定のマイクロアレイを提供する。
【０２６１】
別の実施形態において、本発明のマイクロアレイは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５５およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６９から成る群から選択される一定の核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスに対して実質的に相同性である１種類以上の核酸シーケンス、または上記核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスの各部分を含む一定の筋細胞遺伝子発現プロファイルを含むことができる。
【０２６２】
別の実施形態において、上記マイクロアレイは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １００； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８５およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８６から成る群から選択される一定の核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスに対して実質的に相同性である１種類以上の核酸シーケンス、または上記核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスの各部分を含む一定の一次細胞遺伝子発現プロファイルを含む。
【０２６３】
本発明はまた以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８５およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８６から成る群から選択される一定の核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスに対して実質的に相同性である１種類以上の核酸シーケンス、または上記核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスの各部分を含む一定の上皮細胞遺伝子発現プロファイルを提供する。
【０２６４】
さらに別の実施形態において、上記マイクロアレイは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２００； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１０およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１１から成る群から選択される一定の核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスに対して実質的に相同性である１種類以上の核酸シーケンス、または上記核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスの各部分を含む一定のケラチノサイト上皮細胞遺伝子発現プロファイルを含むことができる。
【０２６５】
本発明はまた以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８５およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８９から成る群から選択される一定の核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスに対して実質的に相同性である１種類以上の核酸シーケンス、または上記核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスの各部分を含む一定の乳房上皮細胞遺伝子発現プロファイルを含むマイクロアレイを提供する。
【０２６６】
別の実施形態において、上記マイクロアレイは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６１およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１４から成る群から選択される一定の核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスに対して実質的に相同性である１種類以上の核酸シーケンス、または上記核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスの各部分を含む一定の気管支上皮細胞遺伝子発現プロファイルを含むことができる。
【０２６７】
本発明はまた以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０２およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２０から成る群から選択される一定の核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスに対して実質的に相同性である１種類以上の核酸シーケンス、または上記核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスの各部分を含む一定の前立腺上皮細胞遺伝子発現プロファイルを含むマイクロアレイを提供する。
【０２６８】
さらに別の実施形態において、上記マイクロアレイは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２６およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２７から成る群から選択される一定の核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスに対して実質的に相同性である１種類以上の核酸シーケンス、または上記核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスの各部分を含む一定の腎皮質上皮細胞遺伝子発現プロファイルを含むことができる。
【０２６９】
本発明はさらに以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３００； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２８およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２９から成る群から選択される一定の核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスに対して実質的に相同性である１種類以上の核酸シーケンス、または上記核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスの各部分を含むマイクロアレイを提供する。
【０２７０】
特定の実施形態において、上記マイクロアレイは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１７およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１９から成る群から選択される一定の核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスに対して実質的に相同性である１種類以上の核酸シーケンス、または上記核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスの各部分を含む小気道上皮細胞遺伝子発現プロファイルを含むことができる。
【０２７１】
本発明はまた以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２３およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２４から成る群から選択される一定の核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスに対して実質的に相同性である１種類以上の核酸シーケンス、または上記核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスの各部分を含むマイクロアレイを提供する。
【０２７２】
さらに別の実施形態において、上記マイクロアレイは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２００； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３００； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２８およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２９から成る群から選択される一定の核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスに対して実質的に相同性である１種類以上の核酸シーケンス、または上記核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスの各部分を含むことができる。
【０２７３】
特定の実施形態において、本発明は以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９４およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４４から成る群から選択される１種類以上の核酸シーケンスの全体またはその一部分によりコード化される１種類以上のアミノ酸シーケンスに結合する１種類以上のタンパク質捕捉物質を含むマイクロアレイを提供する。
【０２７４】
別の実施形態において、上記マイクロアレイは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５５およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６９から成る群から選択される１種類以上の核酸シーケンスの全体またはその一部分によりコード化される１種類以上のアミノ酸シーケンスに結合する１種類以上のタンパク質捕捉物質を含むことができる。
【０２７５】
別の実施形態において、上記マイクロアレイは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １００； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８５およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８６から成る群から選択される１種類以上の核酸シーケンスの全体またはその一部分によりコード化される１種類以上のアミノ酸シーケンスに結合する１種類以上のタンパク質捕捉物質を含む。
【０２７６】
本発明はまた以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８５およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８６から成る群から選択される１種類以上の核酸シーケンスの全体またはその一部分によりコード化される１種類以上のアミノ酸シーケンスに結合する１種類以上のタンパク質捕捉物質を含むマイクロアレイを提供する。
【０２７７】
さらに別の実施形態において、上記マイクロアレイは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２００； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１０およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１１から成る群から選択される１種類以上の核酸シーケンスの全体またはその一部分によりコード化される１種類以上のアミノ酸シーケンスに結合する１種類以上のタンパク質捕捉物質を含むことができる。
【０２７８】
本発明はまた以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８５およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８９から成る群から選択される１種類以上の核酸シーケンスの全体またはその一部分によりコード化される１種類以上のアミノ酸シーケンスに結合する１種類以上のタンパク質捕捉物質を含むマイクロアレイを提供する。
【０２７９】
別の実施形態において、上記マイクロアレイは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６１およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１４から成る群から選択される１種類以上の核酸シーケンスの全体またはその一部分によりコード化される１種類以上のアミノ酸シーケンスに結合する１種類以上のタンパク質捕捉物質を含むことができる。
【０２８０】
本発明はまた以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０２およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２０から成る群から選択される１種類以上の核酸シーケンスの全体またはその一部分によりコード化される１種類以上のアミノ酸シーケンスに結合する１種類以上のタンパク質捕捉物質を含むマイクロアレイを提供する。
【０２８１】
さらに別の実施形態において、上記マイクロアレイは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２６およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２７から成る群から選択される１種類以上の核酸シーケンスの全体またはその一部分によりコード化される１種類以上のアミノ酸シーケンスに結合する１種類以上のタンパク質捕捉物質を含む。
【０２８２】
本発明はさらに以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３００； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２８およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２９から成る群から選択される１種類以上の核酸シーケンスの全体またはその一部分によりコード化される１種類以上のアミノ酸シーケンスに結合する１種類以上のタンパク質捕捉物質を含むマイクロアレイを提供する。
【０２８３】
特定の実施形態において、上記マイクロアレイは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１７およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１９から成る群から選択される１種類以上の核酸シーケンスの全体またはその一部分によりコード化される１種類以上のアミノ酸シーケンスに結合する１種類以上のタンパク質捕捉物質を含むことができる。
【０２８４】
本発明はまた以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２３およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２４から成る群から選択される１種類以上の核酸シーケンスの全体またはその一部分によりコード化される１種類以上のアミノ酸シーケンスに結合する１種類以上のタンパク質捕捉物質を含むマイクロアレイを提供する。
【０２８５】
さらに別の実施形態において、上記マイクロアレイは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２００； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３００； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２８； ａｎｄ ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２９から成る群から選択される１種類以上の核酸シーケンスの全体またはその一部分によりコード化される１種類以上のアミノ酸シーケンスに実質的に結合する１種類以上のタンパク質捕捉物質を含むことができる。
【０２８６】
ＶＩＩ．発現プロファイルおよびマイクロアレイの使用方法
態様の一例において、本発明は特定の組の細胞内における特定のｍＲＮＡまたはタンパク質の発現の再現性ある測定および評価のための方法を提供する。この方法の一例はレーザー捕捉顕微解剖、Ｔ７に基づくＲＮＡ増幅、増幅したＲＮＡからのｃＤＮＡ生成、および極めて少数の特定の細胞に対応する一定の遺伝子発現分析のプロファイルを生成するために多様なな特定の遺伝子に対応する固定化したＤＮＡ分子を含むＤＮＡマイクロアレイの各技法を組み合わせて利用している。所望の各細胞が個別に同定されて上記レーザー捕捉技法により一定の基材に結合され、これら捕捉された細胞がその後に残りの細胞から分離される。次に、ＲＮＡがこの捕捉された各細胞から抽出されてＴ７に基づく増幅技法により約百万倍に増幅され、ｃＤＡＮがこの増幅されたＲＮＡから調製できる。多様な特定のＤＮＡ分子が上記マイクロアレイにおける特定の核酸とハイブリッド形成するように調製され、これらのＤＮＡ分子が一定の適当な基材に固定化される。上記捕捉された各細胞により作成されたｃＤＮＡが当該ｃＤＮＡの上記アレイにおいて固定化されたＤＮＡに対するハイブリッド形成を可能にする条件下において当該マイクロアレイに供給される。この結果、上記増幅されたＲＮＡまたは上記捕捉された各細胞の増幅されたＲＮＡから作成されるｃＤＮＡ、および上記マイクロアレイにおいて固定された特定のＤＮＡ分子による上記ハイブリッド形成の各結果の分析から当該捕捉された各細胞の発現プロファイルが得られる。これらのハイブリッド形成の結果は、例えば、プローブとして上記マイクロアレイにおいて表現された遺伝子の内のどの遺伝子が上記捕捉された各細胞のｃＤＮＡに対してハイブリッド形成するか、および／またはその特定の遺伝子発現の量を示す。これらハイブリッド形成の各結果は上記捕捉された各細胞の遺伝子発現プロファイルを示す。この捕捉された各細胞の遺伝子発現プロファイルは一定の異なる組の捕捉された細胞の遺伝子発現プロファイルを比較するために使用できる。これらの類似性および差異は異なる細胞型の間の遺伝子発現における差および異なる条件下での同一細胞型の間における差を決定するために有用な情報を提供する。
【０２８７】
上記遺伝子発現分析のために使用する各技法はタンパク質発現プロファイルの内容においても同様に適用できる。全タンパク質が一定の細胞サンプルから単離可能であり、複数のタンパク質捕捉物質を含む一定のマイクロアレイに対してハイブリッド形成することができ、これらは各種の抗体、受容体タンパク質、小分子等を含む。当業界において知られている数種のアッセイのいずれかにより、ハイブリッド形成が上述したように検出および分析できる。蛍光検出の場合に、特定の細胞型を代表する一定のタンパク質発現プロファイルを抽出するために各種のアルゴリズムが使用可能である。
【０２８８】
本発明はさらに特定の細胞または組織、あるいは、特定の細胞または組織の状態、例えば、正常なまたは病気の状態を定める遺伝子発現プロファイルおよびタンパク質発現プロファイルに関する。このような「細胞型特異性の遺伝子発現プロファイル（ｃｅｌｌ ｔｙｐｅ ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｐｒｏｆｉｌｅｓ）」は特定の細胞内にのみ発現される、すなわち、各細胞間において異なって発現される遺伝子を含む。同様に、細胞型特異性のタンパク質発現プロファイルは特定の細胞内にのみ発現される、すなわち、各細胞間において異なって発現されるタンパク質を含む。一定の細胞型特異性の発現プロファイルは身体および細胞の状態内においてその起源を含む特定の細胞型を定めることができる。例えば、一定の細胞型の遺伝子またはタンパク質の発現プロファイルは一定の上皮細胞、特に、特定の組織内に存在する一定の上皮細胞、細胞周期の特定の段階における一定の上皮細胞、分化の特定の段階における一定の上皮細胞、一定の活性化段階における一定の上皮細胞、および／または、特定の病状における一定の上皮細胞を定めることができる。従って、本発明の各方法、マイクロアレイ、およびアルゴリズムは未知の細胞サンプルの表現型を決定するために使用できる。
【０２８９】
さらに、細胞型特異性の遺伝子および／またはタンパク質の発現プロファイルの全ては種々の用途のために使用される一定のデータベースの中に一緒に適応できる。例えば、各プロファイルおよびデータベースは一定の混合母集団の細胞における細胞型および細胞数を推定または概算するための方法において使用できる。このような細胞型特異性の遺伝子および／またはタンパク質の発現プロファイルのデータベースを備えることにより、一定の混合母集団の細胞により構成される一定の遺伝子またはタンパク質の発現プロファイルが当該プロファールのデータベースに対して比較できる。さらに、本発明の各アルゴリズムを使用することにより、使用者は上記混合母集団を構成している各細胞の数および細胞型を確認できる。
【０２９０】
加えて、上記のプロファイルおよびデータベースは細胞型特異性の遺伝子またはタンパク質のマイクロアレイの形成に使用できる。このマイクロアレイは、例えば、正常な結腸細胞および病気の進行の異なる段階における癌性の結腸細胞のような、全ての細胞型または特定の組の細胞型を表現する遺伝子またはタンパク質捕捉物質を含むように生成できる。
【０２９１】
本発明の各遺伝子発現プロファイル、タンパク質発現プロファイル、マイクロアレイ、およびアルゴリズムは異なる細胞型（例えば、神経単位と筋細胞等）に対しても使用可能である。例えば、２種類の異なる細胞から単離されるｍＲＮＡが一定のマイクロアレイに対してハイブリッド形成できる。これら２種類の細胞型のそれぞれから誘導されるｍＲＮＡは異なる蛍光体により標識化してこれらを識別可能にすることができる。例えば、ハシア（Ｈａｃｉａ）他，２６巻，ヌクレイック・アシッド・リサーチ（ＮＵＣＬＥＩＣ ＡＣＩＤＳ ＲＥＳ．），３８６５頁乃至３８６６頁，（１９９８年）、シェナ（Ｓｃｈｅｎａ）他，２７０巻，サイエンス（ＳＣＩＥＮＣＥ），４６７頁乃至４７０頁，（１９９５年）を参照されたい。例えば、骨格筋細胞からのｍＲＮＡは一定のフルオレセイン−１２−ＵＴＰにより合成可能であり、神経単位細胞からのｍＲＮＡはビオチン−１６−ＵＴＰにより合成できる。その後、これら２種類のｍＲＮＡを混合してマイクロアレイに対してハイブリッド形成する。上記骨格筋細胞からのｍＲＮＡは、例えば、その蛍光体が刺激されると緑色に発光し、神経単位細胞からのｍＲＮＡは、例えば、赤色に発光する。その後、各ｍＲＮＡからの相対的なシグナル強度が決定され、各ｍＲＮＡに対応する一定の発現プロファイルが生成されてその細胞型の同定に用いられる。このような２種類の異なる蛍光体により標識化したｍＲＮＡの使用における利点は２種類の細胞型でそれぞれアレイ処理される遺伝子に相当するｍＲＮＡの量の直接的且つ内部的に照合された比較が可能であり、実験条件における二次的な差異（例えば、ハイブリッド形成の諸条件）による変化がその後の分析に影響しないことである。
【０２９２】
態様の一例において、本発明は特定の細胞型の同定のために有用な遺伝子およびタンパク質の各発現プロファイルを提供する。例えば、本発明は冠状動脈内皮、臍帯動脈内皮、臍帯静脈内皮、大動脈内皮、皮膚微小血管内皮、肺動脈内皮、子宮筋層微小血管内皮、ケラチノサイト上皮、気管支上皮、乳房上皮、前立腺上皮、腎皮質上皮、腎近位細管上皮、小気道上皮、腎上皮、臍帯動脈平滑筋、新生児皮膚線維芽細胞、肺動脈平滑筋、皮膚線維芽細胞、神経先祖細胞、骨格筋、星状細胞、大動脈平滑筋、血管間膜細胞、冠状動脈平滑筋、気管支平滑筋、子宮平滑筋、肺線維芽細胞、骨芽細胞および前立腺間質細胞を含むがこれらに限らない多数の細胞型から生成される遺伝子およびタンパク質の各発現プロファイルを含む。
【０２９３】
さらに、本発明の各発現プロファイルおよびマイクロアレイは正常組織と病気組織との識別、特に、正常組織と腫瘍原性の組織との識別のために使用できる。加えて、本発明は患者の診断のためにも使用できる。特に、一定の患者のサンプルは正常および病気の各組織を表現する一定のマイクロアレイに対してハイブリッド形成できる。その後、この患者のサンプルから結果として得られた発現パタンを一定の正常な組織サンプルの発現プロファイルに対して比較することにより、その病気の進行状況が決定できる。例えば、前立腺特異性抗原（ＰＳＡ）の発現量における変化は前立腺癌の状況を示すことができ、癌胎児抗原（ＣＥＡ）は結腸癌の状況を示すことができる。
【０２９４】
本発明はさらに上記の発現プロファイルおよびマイクロアレイの使用方法にも関係している。例えば、上記の遺伝子発現プロファイルおよびタンパク質発現プロファイルおよびマイクロアレイは薬物および毒性のスクリーニングにおいて使用できる。薬物は、部分的に、その標的特異性の欠損による副作用を有する場合が多い。生体外アッセイは一定の化合物の特異性に関して制限されている情報しか提供できない。これに対して、一定のマイクロアレイは特定の薬物化合物により影響を受ける遺伝子またはタンパク質の範囲を示すことができる。共に一定の標的タンパク質（例えば、受容体）に対して特異性を示す２種類の異なる化合物について考える場合に、その第１の化合物が１０種類の遺伝子またはタンパク質の発現に影響を及ぼして第２の化合物が５０種類の遺伝子またはタンパク質の発現に影響を及ぼすとすれば、この第１の化合物は比較的に少ない副作用を有すると考えられる。これらの遺伝子またはタンパク質の同定は既知または決定可能であるので、その他の影響を受けている各遺伝子の情報は上記副作用の性質に関して情報を与える。さらに、一群の遺伝子またはタンパク質を用いて一定の開始化合物の各誘導体を試験することにより、どの誘導体が上記第１の化合物よりも特異性が高いかが決定できる。
【０２９５】
従って、上記マイクロアレイ技法は遺伝子および／またはタンパク質の発現を調節し、あるいは、類似の作用機構を有する薬物化合物を同定または確認するために使用できる。この技法はまた種々の病気をモデル化し、さらに、新奇な薬物化合物が有望な治療手段として分析できるようなマイクロアレイの形成のためにも使用できる。加えて、これらのマイクロアレイは特定の病原体（例えば、細菌、ウイルス、真菌類）の１種類以上の遺伝子またはタンパク質を含むように生成できる。さらに、その後に、これらのマイクロアレイは有望な各抗体、抗ウイルス剤、または抗真菌剤の同定に利用できる。
【０２９６】
本発明の別の実施形態において、選択した組織または各細胞の一定候補の薬物に対する曝露により生じる遺伝子転写またはタンパク質発現における変化を検出するために、特定の組織型または細胞型から単離される一定の遺伝子またはタンパク質の母集団に対応する一定のマイクロアレイが用いられる。この実施形態において、一定の生体から誘導した組織または各細胞、または一定の確立された細胞系が生体内または生体外において上記薬物候補に対して曝露できる。その後、上記組織または細胞における各遺伝子転写物、主にｍＲＮＡ、が当業界において周知の方法により単離される。例えば、サムブルック（ＳＡＭＢＲＯＯＫ）他，（１９８９年）を参照されたい。その後、上記の単離された転写物または上記ｍＲＮＡに対して相補的な各ｃＤＮＡが一定のマイクロアレイに対して接触して、これらの転写物が対応する一定のプローブに対してハイブリッド形成してハイブリッド形成の各対を形成するような条件下において、各マイクロアレイ・プローブが一定の異なる転写物に対して特異的になる。同様に、タンパク質も当業界において周知の方法により単離される。その後、この単離されたタンパク質のサンプルは複数のタンパク質捕捉物質を含む一定のマイクロアレイに対してハイブリッド形成される。これらのマイクロアレイは、全体として、一定の薬物候補の転写および／または翻訳に関する応答性をモデル化するために十分な組織型または細胞型の一組の遺伝子またはタンパク質を提供する。その後、一定のハイブリッド形成シグナルを各ハイブリッド形成対において検出することにより、一定の発現プロファイルを得ることができる。さらに、このような各薬物刺激細胞のプロファイルを各対照細胞の一定の発現プロファイルに対して比較することにより、特定の薬物応答プロファイルが得られる。
【０２９７】
同様に、毒性スクリーニングにおいて、一定の細胞系または動物（例えば、ラット）を一定の毒素（例えば、発現物質、免疫毒素、細胞毒素、催奇形物質、農薬）により処理して遺伝子発現におけるその作用を決定できる。上述したように、ＲＮＡまたはタンパク質は一定処理した細胞系または一定処理した動物からの組織（例えば、肝臓）から単離して、オリゴヌクレオチド・プローブまたはタンパク質捕捉物質を含む一定のマイクロアレイに対してハイブリッド形成できる。このようにして得られた各発現プロファイルは未処理の動物または細胞系から生成された各プロファイルに対して比較できる。これらの処理したサンプルの発現パタンの分析は遺伝子発現における特定の毒素の作用、および可能な予測的生理作用に反映できる。
【０２９８】
上記の各データは各遺伝子応答ファイルの確認のために使用できる。個々の遺伝子またはタンパク質の応答は特定の刺激に対する各遺伝子またはタンパク質の特異性を決定するために分類できる。一定の発現プロファイルはそのシグナル・パタンを応答の特異性に対して比例的に重み付けするように設定できる。一定の未知の刺激（例えば、新奇の薬品、未知の化合物）に対する各応答プロファイルは既知の薬品の刺激に対する各応答プロファイルに対して新しい刺激の応答プロファイルを比較することにより分析できる。一定の遺伝子またはタンパク質が一致すれば、その応答プロファイルは当該応答プロファイルのデータベースが基礎としている既知の各化合物の１個と同一の標的による一定の刺激として同定する。薬物スクリーニングの場合に、上記応答プロファイルが一定の既知の化合物により刺激される支持体内の各細胞の部分集合であれば、新しい化合物はその基準化合物よりも特異性の高い一定分子に対応する候補になり得る。
【０２９９】
遺伝子および／またはタンパク質の各発現プロファイルおよびマイクロアレイは活性化性または不活性化性の各化合物を同定するためにも使用できる。一定のタンパク質の転写速度またはその活性を刺激する各化合物は活性化性であると考えられ、一定のタンパク質の転写速度を低下してその活性を阻害する化合物は不活性化性であると考えられる。一定の化合物の生物学的な作用は一定の細胞の生物学的な状態に反映できる。さらに、この状態は各細胞成分により特徴付けられる。一定細胞の生物学的状態の態様の一例はその転写状態である。さらに、一定細胞の転写状態は任意の組の条件下における細胞内の成分ＲＮＡ種、特に各種ｍＲＮＡの同一性および量を含む。従って、本発明の遺伝子発現プロファイル、マイクロアレイ、およびアルゴリズムは一定の活性化性または不活性化性の化合物に対する曝露の後の任意の細胞または組織の転写状態を分析および特徴付けするために使用できる。
【０３００】
本発明の遺伝子発現プロファイル、マイクロアレイ、およびアルゴリズムは細胞の各シグナル生成経路の構成要素を同定するために使用することもできる。このシグナル生成経路は一般に各細胞成分（例えば、ＤＮＡ，ＲＮＡ，受容体、第二メッセンジャー・タンパク質、酵素）の一定集合と考えられる。特定のシグナル生成経路の各細胞成分は、例えば、転写速度または翻訳速度における変化により認識できる。これらの細胞成分はそれぞれ一般的に少なくとも１個の別の細胞成分により影響を受ける。従って、一定の細胞が一定の特異的な細胞成分に対して相互作用する一定の化合物に対して曝露される可能性がある。例えば、この細胞が異なる濃度の一定の特異的受容体アゴニストに対して曝露される場合がある。一方、一定の無曝露状態の細胞に比較した場合の遺伝子および／またはタンパク質の発現における変化の分析により、特定の受容体シグナル生成経路の構成要素が分かる場合がある。従って、薬物濃度が増加する時に一定の関連性を有するパタンで変化する各細胞成分はその薬物において開始する経路の一定の構成要素として同定できる。
【０３０１】
本発明はさらに同時調節される各遺伝子を同定するために使用することもできる。特定群の遺伝子の転写速度における同様の変化はこれら遺伝子が同様に調節されるということを反映し得る。従って、これら遺伝子の転写速度の分析は各マイクロアレイに対するハイブリッド形成により達成できる。このマイクロアレイに対するハイブリッド形成の量はその遺伝子内のｍＲＮＡ転写の広がりを反映し、特定の各遺伝子が同時調節されるか否かを決定するために使用できる。
【０３０２】
別の実施形態において、本発明の遺伝子発現プロファイルおよびマイクロアレイは一定の種類の病気を同定するために使用することもできる。例えば、各種腫瘍型（例えば、リンパ腫）を識別するために、各遺伝子発現プロファイルまたはタンパク質発現プロファイルが使用できる。すなわち、遺伝子またはタンパク質の発現をモニターすることにより、例えば、ホジキンリンパ腫（Ｈｏｄｇｋｉｎ ｌｙｍｐｈｏｍａ）と非ホジキンリンパ腫とを識別することができる。このようなリンパ腫型を同定することにより、適当な臨床過程が実施できる。
【０３０３】
加えて、新しい腫瘍付随型の遺伝子またはタンパク質が腫瘍試料内の遺伝子発現と対照組織内の遺伝子発現とを組織全体にわたって比較することにより同定できる。例えば、各正常細胞に対して各腫瘍細胞内において増加している量の各遺伝子は増殖促進生成物をコード化する遺伝子（例えば、オンコジーン）の候補である。これに対して、各腫瘍細胞内において減少している発現量の各遺伝子は増殖阻害生成物をコード化する遺伝子（例えば、腫瘍サプレッサー遺伝子、またはアポトーシス誘導性生成物をコード化する遺伝子）の候補である。従って、各発現プロファイルは生体内における遺伝子生成物の生理学的な機能または機能不全を指摘して可能な治療に光を当てることができる。
【０３０４】
特定の実施形態において、本発明は以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９４および ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４４から成る群から選択される核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスに対して実質的に相同性である１種類以上の核酸シーケンスを含む内皮細胞遺伝子発現プロファイルを提供する。
【０３０５】
別の実施形態において、一定の筋細胞遺伝子発現プロファイルは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５５およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６９から成る群から選択される核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスに対して実質的に相同性である１種類以上の核酸シーケンスを含むことができる。
【０３０６】
別の実施形態において、一定の一次細胞遺伝子発現プロファイルは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １００； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８５およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８６から成る群から選択される核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスに対して実質的に相同性である１種類以上の核酸シーケンスを含むことができる。
【０３０７】
本発明はまた以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８５およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８６から成る群から選択される核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスに対して実質的に相同性である１種類以上の核酸シーケンスを含む上皮細胞遺伝子発現プロファイルを提供する。
【０３０８】
さらに別の実施形態において、一定のケラチノサイト上皮細胞遺伝子発現プロファイルは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２００； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１０および ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１１から成る群から選択される核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスに対して実質的に相同性である１種類以上の核酸シーケンスを含むことができる。
【０３０９】
本発明はまた以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８５およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８９から成る群から選択される核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスに対して実質的に相同性である１種類以上の核酸シーケンスを含む乳房上皮細胞遺伝子発現プロファイルを提供する。
【０３１０】
別の実施形態において、一定の気管支上皮細胞遺伝子発現プロファイルは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６１およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１４から成る群から選択される核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスに対して実質的に相同性である１種類以上の核酸シーケンスを含むことができる。
【０３１１】
本発明はまた以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０２およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２０から成る群から選択される核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスに対して実質的に相同性である１種類以上の核酸シーケンスを含むことのできる前立腺上皮細胞遺伝子発現プロファイルを提供する。
【０３１２】
さらに別の実施形態において、一定の腎皮質上皮細胞遺伝子発現プロファイルは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２６およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２７から成る群から選択される核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスに対して実質的に相同性である１種類以上の核酸シーケンスを含むことができる。
【０３１３】
本発明はさらに以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３００； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２８およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２９から成る群から選択される核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスに対して実質的に相同性である１種類以上の核酸シーケンスを含むことのできる腎近位細管上皮細胞遺伝子発現プロファイルを提供する。
【０３１４】
特定の実施形態において、一定の小気道上皮細胞遺伝子発現プロファイルは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１７およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１９から成る群から選択される核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスに対して実質的に相同性である１種類以上の核酸シーケンスを含むことができる。
【０３１５】
本発明はまた以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２３およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２４から成る群から選択される核酸シーケンスまたはその相補的シーケンスに対して実質的に相同性である１種類以上の核酸シーケンスを含むことのできる腎上皮細胞遺伝子発現プロファイルを提供する。
【０３１６】
特定の実施形態において、本発明は以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９４および ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４４から成る群から選択される１種類以上の核酸シーケンスの全体または一部分によりコード化される１種類以上のアミノ酸シーケンスを含む一定の内皮細胞タンパク質発現プロファイルを提供する。
【０３１７】
本発明はまた以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５５およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６９から成る群から選択される１種類以上の核酸シーケンスの全体または一部分によりコード化される１種類以上のアミノ酸シーケンスを含む筋細胞タンパク質発現プロファイルを提供する。
【０３１８】
別の実施形態において、一定の一次細胞タンパク質発現プロファイルは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １００； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８５およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８６から成る群から選択される１種類以上の核酸シーケンスの全体または一部分によりコード化される１種類以上のアミノ酸シーケンスを含むことができる。
【０３１９】
さらに別の実施形態において、一定の上皮細胞タンパク質発現プロファイルは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８５およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８６から成る群から選択される１種類以上の核酸シーケンスの全体または一部分によりコード化される１種類以上のアミノ酸シーケンスを含むことができる。
【０３２０】
本発明はさらに以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２００； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１０および ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１１から成る群から選択される１種類以上の核酸シーケンスの全体または一部分によりコード化される１種類以上のアミノ酸シーケンスを含むケラチノサイト上皮細胞タンパク質発現プロファイルを提供する。
【０３２１】
別の実施形態において、一定の乳房上皮細胞タンパク質発現プロファイルは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８５およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８９から成る群から選択される１種類以上の核酸シーケンスの全体または一部分によりコード化される１種類以上のアミノ酸シーケンスを含むことができる。
【０３２２】
さらに、本発明は以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６１およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１４から成る群から選択される１種類以上の核酸シーケンスの全体または一部分によりコード化される１種類以上のアミノ酸シーケンスを含む気管支上皮細胞タンパク質発現プロファイルを提供する。
【０３２３】
さらに別の実施形態において、一定の前立腺上皮細胞タンパク質発現プロファイルは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０２およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２０から成る群から選択される１種類以上の核酸シーケンスの全体または一部分によりコード化される１種類以上のアミノ酸シーケンスを含むことができる。
【０３２４】
本発明はまた以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２６およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２７から成る群から選択される１種類以上の核酸シーケンスの全体または一部分によりコード化される１種類以上のアミノ酸シーケンスを含む腎皮質上皮細胞タンパク質発現プロファイルを提供する。
【０３２５】
さらに別の実施形態において、一定の腎近位細管上皮細胞タンパク質発現プロファイルは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３００； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２８およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２９から成る群から選択される１種類以上の核酸シーケンスの全体または一部分によりコード化される１種類以上のアミノ酸シーケンスを含むことができる。
【０３２６】
本発明はまた以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１７およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１９から成る群から選択される１種類以上の核酸シーケンスの全体または一部分によりコード化される１種類以上のアミノ酸シーケンスを含む小気道上皮細胞タンパク質発現プロファイルを提供する。
【０３２７】
さらに別の実施形態において、一定の腎上皮細胞タンパク質発現プロファイルは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２３およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２４から成る群から選択される１種類以上の核酸シーケンスの全体または一部分によりコード化される１種類以上のアミノ酸シーケンスを含む。
【０３２８】
加えて、上記タンパク質発現プロファイルは一定のデータベースを形成するためおよび特定のタンパク質マイクロアレイを形成するために使用できる。さらに、上記タンパク質マイクロアレイ、タンパク質発現プロファイル、およびタンパク質発現プロファイル・データベースはエピトープ・マッピング、タンパク質−タンパク質相互作用の調査、薬物候補の複数のタンパク質に対する結合、薬物−薬物の相互作用（例えば、２種類の薬物候補の競合結合の調査）、複数の薬物候補の単一または数種のタンパク質に対する結合、診断、または抗原マッピングにおいて有用であると考えられる。
【０３２９】
ＶＩＩＩ．高情報密度の遺伝子およびタンパク質
一定の細胞内において発現される全ての遺伝子の発現を分析することが可能であるが、一定の有意義な数の遺伝子が遺伝子発現プロファイルの生成においてかなり低い頻度において制限された値で発現される。一方、多数の遺伝子が、これらを遺伝子発現データの分析において有用にするために、一定の細胞内において十分に発現されるか、各細胞間において異なって発現される。従って、本発明はさらに遺伝子およびタンパク質の発現の分析において最高の有用性を提供する遺伝子またはタンパク質の部分集合を同定または認識するための方法を提供する。この部分集合は「高情報密度遺伝子（ｈｉｇｈ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｄｅｎｓｉｔｙ ｇｅｎｅｓ）」および「高情報密度タンパク質（ｈｉｇｈ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｄｅｎｓｉｔｙ ｐｒｏｔｅｉｎｓ）」と呼ばれ、遺伝子およびタンパク質の発現を分析して遺伝子発現プロファイルおよびタンパク質発現プロファイルを生成するために有用なマイクロアレイを構築するために使用できる。
【０３３０】
実際に、上記高情報密度の遺伝子またはタンパク質を発現する核酸シーケンスまたはタンパク質捕捉物質を含む各マイクロアレイの構成は遺伝子またはタンパク質の発現を効率的に分析するための一定の手段を提供する。例えば、このようなマイクロアレイは１種類または多数の病気の診断において一般的に有用であると考えられる。本発明の高情報密度の遺伝子またはタンパク質の各マイクロアレイは研究者および健康管理提供者に対して最も有用である最小数の遺伝子またはタンパク質捕捉物質を含むことができる。また、このマイクロアレイは最高の精度、特異性、および感度を伴う最も特異的な結果を生じる最小数の遺伝子またはタンパク質捕捉物質を含むことができる。
【０３３１】
特に、高情報密度の遺伝子またはタンパク質が１種類以上の遺伝子発現プロファイルを含む１種類以上の遺伝子または１種類以上のタンパク質発現プロファイルを含む１種類以上のタンパク質の情報内容を評価することにより同定または認識できる。最大量の情報内容を提供する遺伝子またはタンパク質は高情報密度の遺伝子またはタンパク質を含む。高情報密度の遺伝子またはタンパク質は、低い頻度で発現され、それゆえ、発現分析において制限された値である一定の遺伝子またはタンパク質に対して、特定の組織型および／または組織状態に関する比較的に多くの「情報（ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ）」を提供する。
【０３３２】
情報内容は一定の基準状態または一定の別の基準の遺伝子またはタンパク質に対する一定の遺伝子またはタンパク質の応答の大きさに基づくがこれらに限定されない。例えば、この基準状態は処理前等の一定の時間点における基線の発現とすることができ、あるいは、処理前の健康または状態であるような、一定の生理学的な状態とすることができる。また、情報内容を評価するための別の基準は無刺激状態または無感染状態の患者等の一定の基準カテゴリーに対して比較した場合の組織、病気、または患者のカテゴリーの全域において検出される発現の頻度である。情報内容は細胞、組織、器官、または患者のカテゴリーに対する発現量の変化を言うこともできる。
【０３３３】
各遺伝子またはタンパク質を表現する核酸またはタンパク質捕捉物質を含むマイクロアレイの使用により、高情報密度発現プロファイルを生成するために使用できる高情報密度の遺伝子またはタンパク質を同定するための方法は高情報密度発現プロファイルを生成する各アルゴリズムを含む。これらのアルゴリズム、遺伝子またはタンパク質の使用は分析する各遺伝子またはタンパク質の相対的な情報内容を決定するために互いに準位付けできる。例えば、情報内容に対応する各遺伝子の準位付けのための基準は遺伝子またはタンパク質が全てのカテゴリーおよび時間点において発現される回数を足し合わせた後に、この数をサンプルの集合の大きさで割る一定のアルゴリズムとすることができる。さらに、この情報内容は遺伝子またはタンパク質が発現の平均回数で発現される全ての場合における発現量の平均の変化を準位付けする一定のアルゴリズムを用いて二次的なカテゴリーに分類できる。
【０３３４】
高情報密度の遺伝子またはタンパク質は各集合内において大幅に増加または減少する可能性のある発現に対して比較的に大きな重み付けを伴う全ての組織、刺激および時間の全域において発現量を準位付けする一定のアルゴリズムにより選択できる。例えば、高情報密度の遺伝子またはタンパク質は全ての細胞系または組織内における約９０％の遺伝子またはタンパク質の発現を全ての刺激による処理時または処理後に生じる発現における約５０％の増加または減少に関連付けする一定のアルゴリズムにより選択できる。
【０３３５】
高情報密度の遺伝子またはタンパク質は単一の細胞系または組織の中に見られる一定の特異的な発現プロファイルを診断における特定の病状に関連付けるか、あるいは、陽性または陰性の結果が予測できる一定の治療様式に関連付ける一定のアルゴリズムにより選択することもできる。また、単一の細胞系または組織内の上記発現プロファイルにおける一定の変化を診断における特定の病状または陽性または陰性の結果が予測できる一定の治療様式に関連付ける一定のアルゴリズムも使用できる。さらに、単一の細胞系または組織内の各発現プロファイルの組み合わせにおける一定の変化を診断における特定の病状、または陽性または陰性の結果が予測できる一定の治療様式に関連付ける一定のアルゴリズムも高情報密度遺伝子またはタンパク質を選択するために使用できる。
【０３３６】
上記の高情報密度遺伝子またはタンパク質は、例えば、性別、年齢、病状、および治療プログラムを含む患者の特徴に基づく各カテゴリーから選択できる。高情報密度遺伝子またはタンパク質を選択するための別の基準は遺伝子発現の時間である。このことは、例えば、一定の病気の過程における異なる時間、刺激に対する曝露後の異なる時間、生物体の発育における異なる時間、または細胞周期内の異なる時間を含むことができる。さらに、別の選択基準は一定の刺激に対する応答における遺伝子またはタンパク質の増加または減少とすることができる。例えば、上記刺激は環境的な変化、ウイルスまたは細菌の感染、薬物の曝露、タンパク質の活性化、タンパク質の不活性化、化学的な曝露、および細胞単離処理を含むことができる。
【０３３７】
種々の刺激の中で、環境的な変化は温度、ガス圧、ガス濃度、浸透性、湿度、およびｐＨ値における変化のような変化を含む。また、ウイルスによる刺激は、例えば、乳頭腫ウイルス、レンチウイルス、レトロウイルス、ヘパドナウイルス、アルファウイルス、フラビウイルス、ラブドウイルス、ヘルペスウイルス、アデノウイルス、ピコナウイルス、レオウイルス、コロナウイルス、ポックス・ウイルス、パラミクソウイルス、トガウイルス、およびアレナウイルス等の異なるウイルスによる感染を含む。細菌による刺激はリポ多糖類、ホルミルメチオニン、細菌熱ショック・タンパク質およびリポテイコ酸を含むがこれらに限らない。
【０３３８】
薬物曝露による刺激は、例えば、代謝調節因子、カルシウム・イオノホア、Ｇタンパク質調節因子、翻訳調節因子、および転写調節因子を含むことができる。また、タンパク質による刺激はサイトカイン、基質タンパク質、細胞表面リガンド、急性期タンパク質、凝血因子、血管作用性タンパク質、およびとりわけ不適正な主要組織適合抗原のようなタンパク質を含むことができる。また、化学的な刺激の例は有機化合物、無機化合物、金属、およびその他の化学的要素を含む。細胞単離処理による刺激の例は密度勾配精製、化学的消化、機械的離解、および遠心分離を含む。
【０３３９】
同定が行なわれると、上記高情報密度遺伝子は高情報密度遺伝子マイクロアレイを形成するために使用できる。同様に、高情報密度タンパク質は高情報密度タンパク質マイクロアレイを形成するために使用できる。この高情報密度マイクロアレイは、心臓、肝臓、前立腺、肺、神経、筋肉、または接合組織、冠状動脈内皮、臍帯動脈内皮、臍帯静脈内皮、大動脈内皮、皮膚微小血管内皮、肺動脈内皮、子宮筋層微小血管内皮、ケラチノサイト上皮、気管支上皮、乳房上皮、前立腺上皮、腎皮質上皮、腎近位細管上皮、小気道上皮、腎上皮、臍帯動脈平滑筋、新生児皮膚線維芽細胞、肺動脈平滑筋、皮膚線維芽細胞、神経先祖細胞、骨格筋、星状細胞、大動脈平滑筋、血管間膜細胞、冠状動脈平滑筋、気管支平滑筋、子宮平滑筋、肺線維芽細胞、骨芽細胞および前立腺間質細胞等の特定の組織型を表現できる。
【０３４０】
この高情報密度マイクロアレイは本特許出願において記載されている種々の用途において使用できる。例えば、この高情報密度マイクロアレイは患者の診断および治療の作用効果を予測するために使用できる。このマイクロアレイは一定の陽性の結果に関連付ける最も正確で再現性のある特定の結果を製造するために必要な最少の遺伝子またはタンパク質捕捉物質を含むことができる。一定の処理経過が開始すると、上記マイクロアレイは特定の結果に関連付ける一定の遺伝子発現プロファイルまたは一定のタンパク質発現プロファイルを生成するために使用できる。その後、臨床医はこの情報を用いて追随的に治療を調整または変えることができる。上記マイクロアレイ自体は少なくとも１種であるが可能な限り全ての病気に対する少なくとも１種であるが可能な限り全ての治療に関する最大量の情報を提供する遺伝子またはタンパク質捕捉物質を含むことができる。
【０３４１】
診断の各用途において使用される場合に、上記高情報密度マイクロアレイは標準的な診断病理学に対比できる。特に、このマイクロアレイの感度、精度、予測値、および標準誤差、ならびに標準的技法による一定母集団内における一定の病気の信頼区間および有症率が評価できる。このような診断マイクロアレイは以下記載するような各パラメーターまたはこれらの組み合わせの少なくとも１個に基づいて確認可能であり、この場合に「ａ」は真の正の数を示し、「ｂ」は偽の正の数を示し、「ｃ」は偽の負の数を示し、および「ｄ」は真の負数を示している。
【０３４２】
例えば、感度はａ／ａ＋ｃ×１００として定めることができ、正の試験結果を有する病気に対する個々のパーセント値を示している。また、特異性はｄ／ｂ＋ｄとして定めることができ、特定の病気を有しておらず陰性の試験結果を有する個々のパーセント値を示している。さらに、精度（効率）はａ＋ｄ／ａ＋ｂ＋ｃ＋ｄ×１００として定めることができ、試験により正しく認識されている真の正の試験結果および真の負の試験結果のパーセント値とすることができる。また、有症率はａ＋ｃ／ａ＋ｂ＋ｃ＋ｄ×１００として定めることができ、１００，０００人あたりの１年間の病気の発生率に基づく一定の時間における母集団内の病気の頻度とすることができる。
【０３４３】
正の予測値はａ／ａ＋ｂ×１００として定めることができ、上記母集団内の病気の有症性に基づく真の正の試験結果のパーセント値とすることができる。また、陰性の予測値はｄ／ｃ＋ｄ×１００として定めることができ、上記母集団内の病気の有症性に基づく真の負の試験結果のパーセント値とすることができる。
【０３４４】
また、上記診断マイクロアレイの標準誤差（ＳＥ）は以下の式により計算できる。ＳＥ＝（（ｐ）×（１−ｐ）／ｎ））１／２ 、この場合に、ｐ＝試験の感度、およびｎ＝サンプルの大きさである。また、上記９５％信頼区間は以下の式により計算できる。ｐ−（１．９６×ＳＥ）乃至ｐ＋（１．９６×ＳＥ）、この場合に、ｐ＝試験の感度、および「１．９６」は統計数表から誘導できる。上記高情報密度マイクロアレイは各標準の最大範囲の標準において、最高の感度、特異性および精度が得られ、最多の用途において最高の正および負の予測値も示す一定の遺伝子または各遺伝子の組み合わせ、あるいは、一定のタンパク質捕捉物質または各タンパク質捕捉物質の組み合わせを有することができる。
【０３４５】
別の実施形態において、一定の高情報密度マイクロアレイは最高の精度で最多の患者における白血病を最良に診断する遺伝子またはタンパク質捕捉物質を含むことができる。このような診断遺伝子は１００％の感度、１００％の特異性および１００％の精度であると考えられる。一定のマイクロアレイはまた、集合状態である時に、個々の状態よりも、高い感度、特異性、および精度を示し、それゆえ、１００％の感度、特異性および精度で白血病を診断する一定の組み合わせの遺伝子またはタンパク質捕捉物質も含むことができる。例えば、任意の２種類の別々の遺伝子またはタンパク質捕捉物質はそれぞれ個別に白血病の診断において５０％以下の感度、特異性、または精度を示すだけであるが、同一のマイクロアレイ上に組み合わされた場合に、その感度は１００％に到達可能であり、この理由は、患者が白血病を有している場合にこれらの遺伝子またはタンパク質が一緒にのみ見られるからである。それゆえ、白血病の診断において最高の情報内容を提供する一定の遺伝子または各遺伝子の組み合わせ、あるいは、一定のタンパク質または各タンパク質の組み合わせが上記マイクロアレイにおいて含まれると考えられる。
【０３４６】
治療効率を予測する場合に、上記マイクロアレイは各患者における白血病についての治療結果を最良に予測する各遺伝子またはタンパク質捕捉物質を含むことができる。陽性または陰性の治療結果のいずれかに対して特異的な一定の発現プロファイルは１００％の感度、１００％の特異性、および１００％の精度であると考えられる。さらに、一定のマイクロアレイは、集合状態である時に、個々の状態とは異なり、１００％の感度、特異性、および精度による治療の結果を予測する一定の組み合わせの遺伝子またはタンパク質捕捉物質も含むことができる。例えば、任意の２種類の別々の遺伝子またはタンパク質捕捉物質はそれぞれ個別に白血病についての種々の治療様式における結果において５０％以下の感度、特異性、または精度を提供できるだけであるが、これらが組み合わされると、そのマイクロアレイは十分な、好ましくは１００％の精度で特定の患者の治療結果を示すことが可能になる。従って、白血病の治療様式に関して最高の情報内容を提供する各組み合わせも上記マイクロアレイに含むことができる。
【０３４７】
上記高情報密度マイクロアレイは、例えば、エリスロポイエチン（ＥＰＯ）が一定の患者に対して、または治療中の薬物作用のモニターにおいて適当と考えられる場合を示すために使用できる。上記マイクロアレイにおいて使用する各発現プロファイルは上記ＥＰＯが一定の治療手段としてまたは当該ＥＰＯの治療効果を決定するために供給可能である場合を示すために１００％の特異性、１００％の感度、および１００％の精度であると考えられる一定の遺伝子またはタンパク質捕捉物質、あるいは、上記と同一の精度を提供する各遺伝子またはタンパク質捕捉物質の一定の組み合わせとすることができる。従って、上記マイクロアレイは上記ＥＰＯが一定の治療過程として適当である時、および当該ＥＰＯがその治療において有効である時に関する有益な情報を提供することができる。同様の様式で、一定のマイクロアレイはインターロイキン５、顆粒球刺激因子、インターロイキン２、およびインターロイキン１２等のサイトカイン治療が化学療法または放射線療法の際中またはその後に一定の患者に対して、あるいは、当該治療中における薬物の作用効果をモニターするために適当であると考えられる場合を示すために使用できる。
【０３４８】
癌治療は重要な分野であり、この分野において、上記の種類の各マイクロアレイは一定の患者が癌を有している場合、その患者が有している癌の種類、ならびに、最良の治療様式およびその患者の予後を示すために効率的に使用できる。さらに、このマイクロアレイは癌の有無およびその程度を測定することにより癌の治療中に薬物の作用効果をモニターするために使用することもできる。実施例の一例として、限定を伴うことなく、上記マイクロアレイはヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）を有している場合、その患者に対する最良の治療様式、およびその患者の予後を示すために使用できる。このＨＩＶの有無およびその程度を測定することにより、その宿主または病原体のいずれかからの各発現プロファイルを含む一定のマイクロアレイが使用可能になると共に、そのＨＩＶ治療中における薬物の作用効果をモニターすることができる。
【０３４９】
本発明の核酸およびタンパク質の各マイクロアレイは相対的な遺伝子およびタンパク質の発現についての一定化合物による治療効果の評価における診断器具として有用であると考えられる。本発明の実施形態の一例において、本明細書において記載されている各方法は以下の各増殖因子、タンパク質、サイトカインまたはペプチドの１種類以上の薬理学的作用を評価するために使用できる。本発明の各遺伝子およびタンパク質捕捉物質は上記の各増殖因子、タンパク質、サイトカイン、およびペプチドに対して特異的であり、これらの各発現量に関連できる。
【０３５０】
つまり、各増殖因子は細胞の増殖および／または分化の活性化の主たる結果と共に、細胞表面における各受容体に結合するホルモンまたはサイトカインの各タンパク質である。多くの増殖因子は多数の異なる細胞型に分かれている極めて変化しやすい刺激性の細胞の種類であり、これら以外の増殖因子は特定の細胞型に対して特異的である。以下の表１は幾つかの因子を示しているが、包括的または完全であるという意味ではなく、一部の比較的に一般的に知られている各因子およびそれらの主な活性を紹介している。
【表１】
Figure 2004519247
【０３５１】
本発明の方法において利用できる別の増殖因子はインスリンおよびプロインスリン（米国特許第４，４３１，７４０号）、アクチビン（ベール（Ｖａｌｅ）他，３２１巻，ネーチャー（ＮＡＴＵＲＥ），７７６頁，（１９８６年）、リング（Ｌｉｎｇ）他，３２１巻，ネーチャー（ＮＡＴＵＲＥ），７７９頁，（１９８６年））、インヒビン（米国特許第４，７４０，５８７号、同第４，７３７，５７８号）、および骨形態発生タンパク質（ＢＭＰｓ）（米国特許第５，８４６，９３１号、ウォズニー（ＷＯＺＮＥＹ），セルラー・アンド・モレキュラー・バイオロジー・オブ・ボーン（ＣＥＬＬＵＬＡＲ ＆ ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ ＢＩＯＬＯＧＹ ＯＦ ＢＯＮＥ），１３１頁乃至１６７頁，（１９９３年））を含む。
【０３５２】
さらに、本発明の方法において利用できる別の増殖因子はアクチビン（ベール（Ｖａｌｅ）他，３２１巻，ネーチャー（ＮＡＴＵＲＥ），７７６頁，（１９８６年）、リング（Ｌｉｎｇ）他，３２１巻，ネーチャー（ＮＡＴＵＲＥ），７７９頁，（１９８６年））、インヒビン（米国特許第４，７４０，５８７号、同第４，７３７，５７８号）、および骨形態発生タンパク質（ＢＭＰｓ）（米国特許第５，８４６，９３１号、ウォズニー（ＷＯＺＮＥＹ），セルラー・アンド・モレキュラー・バイオロジー・オブ・ボーン（ＣＥＬＬＵＬＡＲ ＆ ＭＯＬＥＣＵＬＡＲ ＢＩＯＬＯＧＹ ＯＦ ＢＯＮＥ），１３１頁乃至１６７頁，（１９９３年））を含む。
【０３５３】
別の実施形態において、本発明の方法は一定の患者または細胞系における一定のサイトカインまたはサイトカイン受容体の薬理学的作用を評価するために使用できる。白血球から主に分泌されて、サイトカインは体液性および細胞性の両方の免疫応答、ならびに、食作用細胞の活性化を刺激する。これらの白血球から分泌されるサイトカインはリンフォカインと呼ばれるが、単核細胞またはマクロファージにより分泌されるサイトカインはモノカインと呼ばれる。これらサイトカインの大系統群は身体における種々の細胞により生成される。多くのリンフォカインはインターロイキン（ＩＬｓ）としても知られており、これらは白血球細胞により分泌されるだけでなく、白血球の細胞応答にも影響を及ぼし得る。特に、これらのインターロイキンは造血の起源細胞を標的とする増殖因子である。一連の同定された各インターロイキンは継続的に増殖する。例えば、米国特許第６，１７４，９９５号、米国特許第６，１４３，２８９号、サルスト（Ｓａｌｌｕｓｔｏ）他，１８巻，アニュ・レブ・イムノル・（ＡＮＮＵ． ＲＥＶ． ＩＭＭＵＮＯＬ．），５９３巻，（２０００年）、クンケル（Ｋｕｎｋｅｌ）他，５９巻，ジャーナル・ロイコサイト・バイオル（Ｊ． ＬＥＵＫＯＣＹＴＥ ＢＩＯＬ），８１巻，（１９９６年）を参照されたい。
【０３５４】
本発明の方法に含まれる別の成長因子／サイトカインはＣＥＡ、ＦＳＨ、ＦＳＨα、ＦＳＨβ、ヒト絨毛性ゴナドトロピン（ＨＣＧ）、ＨＣＧα、ＨＣＧβ、ｕＦＳＨ（尿性卵胞性刺激ホルモン）、ＧＨ、ＬＨ、ＬＨα、ＬＨβ、ＰＲＬ、ＴＳＨ、ＴＳＨα、ＴＳＨβ、およびＣＡ、副甲状腺ホルモン、卵胞刺激ホルモン、エストロゲン、プロゲステロン、テストステロン、またはこれらの構造的または機能的な各類似体を含む。これらのタンパク質およびペプチドは全て当業界において知られている。また、多くのものが、例えば、リサーチ・ダイアグノスティクス社（Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ， Ｉｎｃ．）（フランダース、ニュージャージー州）から市場において入手できる。
【０３５５】
上記サイトカイン系統群は腫瘍壊死因子、コロニー刺激因子、およびインターフェロンも含む。例えば、コスマン（Ｃｏｓｍａｎ），７巻，ブラッド・セル（ＢＬＯＯＤ ＣＥＬＬ），（１９９６年）、グラス（Ｇｒｕｓｓ）他，８５巻，ブラッド（ＢＬＯＯＤ），３３７８頁，（１９９５年）、ボートラー（Ｂｅｕｔｌｅｒ）他，７巻，アニュ・レブ・イムノル（ＡＮＮＵ． ＲＥＶ． ＩＭＭＵＮＯＬ．），６２５頁，（１９８９年）、アガーウォール（Ａｇｇａｒｗａｌ）他，２６０巻，ジャーナル・バイオル・ケム（Ｊ． ＢＩＯＬ． ＣＨＥＭ．），２３４５頁，（１９８５年）、ペニカ（Ｐｅｎｎｉｃａ）他，３１２巻，ネーチャー（ＮＡＴＵＲＥ），７２４巻，（１９８４年）、Ｒ＆Ｄシステムズ（Ｒ ＆ Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ），サイトカイン・ミニ−レビューズ（ＣＹＴＯＫＩＮＥ ＭＩＮＩ−ＲＥＶＩＥＷＳ），ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｒｎｄｓｙｓｔｅｍｓ．ｃｏｍを参照されたい。
【０３５６】
幾つかのサイトカインを以下の表２にまとめて紹介する。
【表２】
Figure 2004519247
Figure 2004519247
【０３５７】
本明細書において記載されている本発明により特徴付けることのできる関連の別のサイトカインは接着分子（Ｒ＆Ｄシステムズ（Ｒ ＆ Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ），アドヒジョン・モレキュールズＩ（ＡＤＨＥＳＩＯＮ ＭＯＬＥＣＵＬＥＳ Ｉ），ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｒｎｄｓｙｓｔｅｍｓ．ｃｏｍにおいて入手可能）、アンジオジェニン（米国特許第４，７２１，６７２号、メーナー（Ｍｏｅｎｅｒ）他，２２６巻，ヨーロピアン・ジャーナル・バイオケム（ＥＵＲ． Ｊ． ＢＩＯＣＨＥＭ．），４８３頁，（１９９４年））、アネキシンＶ（クックソン（Ｃｏｏｋｓｏｎ）他，２０巻，ゲノミクス（ＧＥＮＯＭＩＣＳ），４６３頁，（１９９４年））、グランドマン（Ｇｒｕｎｄｍａｎｎ）他，８５巻，プロック・ナチュラル・アカデミック・ソサイエティ米国（ＰＲＯＣ． ＮＡＴＬ． ＳＣＩ． ＵＳＡ），３７０８頁，（１９８８年）、米国特許第５，７６７，２４７号）、カスパセス（ｃａｓｐａｓｅｓ）（米国特許第６，２１４，８５８号、ソーンベリー（Ｔｈｏｒｎｂｅｒｒｙ）他，２８１巻，サイエンス（ＳＣＩＥＮＣＥ），１３１２頁，（１９９８年））、ケモカイン（米国特許第６，１７４，９９５号、サルスト（Ｓａｌｌｕｓｔｏ）他，１８巻，アニュ・レブ・イムノル（ＡＮＮＵ． ＲＥＶ． ＩＭＭＵＮＯＬ．），５９３頁，（２０００年）、クンケル（Ｋｕｎｋｅｌ）他，５９巻，ジャーナル・ロイコサイト・バイオル（Ｊ． ＬＥＵＫＯＣＹＴＥ ＢＩＯＬ．），８１頁，（１９９６年））、エンドセリン（米国特許第６，２４２，４８５号、同第５，２９４，５６９号、同第５，２３１，１６６号）、エオタキシン（米国特許第６，２７１，３４７号、ポナス（Ｐｏｎａｔｈ）他，９７（３）巻，ジャーナル・クリニカル・インベスト（Ｊ． ＣＬＩＮ． ＩＮＶＥＳＴ．），６０４頁乃至６１２頁，（１９９６年））、Ｆｌｔ−３（米国特許第６，１９０，６５５号）、ヘレグリン（ｈｒｅｇｕｌｉｎｓ）（米国特許第６，２８４，５３５号、同第６，１４３，７４０号、同第６，１３６，５５８号、同第５，８５９，２０６号、同第５，８４０，５２５号）、レプチン（Ｌｅｐｔｉｎ）（リロイ（Ｌｅｒｏｙ）他，２７１（５）巻，ジャーナル・バイオル・ケム（Ｊ． ＢＩＯＬ． ＣＨＥＭ．），２３６５頁，（１９９６年）、マッフェイ（Ｍａｆｆｅｉ）他，９２巻，ＰＮＡＳ，６９５７頁，（１９９５年）、ツァング（Ｚｈａｎｇ）他，（１９９４年），ネーチャー，３７２巻，４２５頁乃至４３２頁）、マクロファージ刺激タンパク質（ＭＳＰ）（米国特許第６，２４８，５６０号、同第６，０３０，９４９号、同第５，３１５，０００号）、神経栄養因子（米国特許第６，００５，０８１号、同第５，２８８，６２２号）、プレイオトロフィン／ミッドカイン（ＰＴＮ／ＭＫ）（ペドラザ（Ｐｅｄｒａｚａ）他，１１７巻，ジャーナル・バイオケム（Ｊ． ＢＩＯＣＨＥＭ．），８４５頁，（１９９５年）、タムラ（Ｔａｍｕｒａ）他，３巻，エンドクライン（ＥＮＤＯＣＲＩＮＥ），２１頁，（１９９５年）、米国特許第５，２１０，０２６号、カドマツ（Ｋａｄｏｍａｔｓｕ）他，１５１巻，バイオケム・バイオフィジクス・レス・コミュン（ＢＩＯＣＨＥＭ． ＢＩＯＰＨＹＳ． ＲＥＳ． ＣＯＭＭＵＮ．），１３１２頁，（１９８８年））、ＳＴＡＴタンパク質（米国特許第６，０３０，８０８号、同第６，０３０，７８０号、ダーネル（Ｄａｒｎｅｌｌ）他，２７７巻，サイエンス（ＳＣＩＥＮＣＥ），１６３０頁乃至１６３５頁，（１９７７年））、腫瘍壊死因子系統群（コスマン（Ｃｏｓｍａｎ），７巻，ブラッド・セル（ＢＬＯＯＤ ＣＥＬＬ），（１９９６年）、グラス（Ｇｒｕｓｓ）他，８５巻，ブラッド（ＢＬＯＯＤ），３３７８頁，（１９９５年）、ボートラー（Ｂｅｕｔｌｅｒ）他，７巻，アニュ・レブ・イムノル（ＡＮＮＵ． ＲＥＶ． ＩＭＭＵＮＯＬ．），６２５頁，（１９８９年）、アガーウォール（Ａｇｇａｒｗａｌ）他，２６０巻，ジャーナル・バイオル・ケム（Ｊ． ＢＩＯＬ． ＣＨＥＭ．），２３４５頁，（１９８５年）、ペニカ（Ｐｅｎｎｉｃａ）他，３１２巻，ネーチャー（ＮＡＴＵＲＥ），７２４巻，（１９８４年）を含む。
【０３５８】
さらに、関連のサイトカインはマトリクス・メタロプロテイナーゼ（ＭＭＰｓ）（米国特許第６，３０７，０８９号、ナガセ（ＮＡＧＡＳＥ），マトリクス・メタロプロテイナーゼズ・イン・ジンク・メタロプロテアーゼズ・イン・ヘルス・アンド・ディズィーズ（ＭＡＴＲＩＸ ＭＥＴＡＬＬＯＰＲＯＴＥＩＮＡＳＥＳ ＩＮ ＺＩＮＣ ＭＥＴＡＬＬＯＰＲＯＴＥＡＳＥＳ ＩＮ ＨＥＡＬＴＨ ＡＮＤ ＤＩＳＥＡＳＥ），（１９９６年））、および一酸化窒素合成酵素（ＮＯＳ）（フクト（ＦＵＫＵＴＯ），３４巻，アドバンス・ファーム（ＡＤＶ． ＰＨＡＲＭ），１頁，（１９９５年）、米国特許第５，２６８，４６５号）等のサイトカインと相互作用するタンパク質または化学的部分である。
【０３５９】
本発明のさらに別の実施形態は本明細書において記載されている各方法を血液タンパク質の薬理学的作用の特徴付けに適用している。用語の「血液タンパク質（ｂｌｏｏｄ ｐｒｏｔｅｉｎ）」は血液の血漿中に一般に循環している広範囲な群のタンパク質に対する包括的な用語であり、凝固および凝塊の溶解の調節において重要である。例えば、ｗｗｗ．ｈａｅｍｔｅｃｈ．ｃｏｍにおいて入手可能なヘマトロジック・テクノロジー社（Ｈａｅｍａｔｏｌｏｇｉｃ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ， Ｉｎｃ．）のＨＴＩカタログ（ＨＴＩ ＣＡＴＡＬＯＧ）を参照されたい。表３は本発明に含まれる血液タンパク質の一部を、非限定的な様式で、紹介している。
【表３】
Figure 2004519247
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【０３６０】
本発明に含まれるさらに別の血液タンパク質は以下のヒト血清タンパク質、すなわち、アクチン、アクチニン、アミロイド血清Ｐ、アポリポタンパク質Ｅ、Ｂ２−ミクログロブリン、Ｃ−反応性タンパク質（ＣＲＰ）、コレステリルエステル・トランスファー・タンパク質（ＣＥＴＰ）、補体Ｃ３Ｂ、セルロプラスミン、クレアチン・キナーゼ、システイン、細胞ケラチン８、細胞ケラチン１４、細胞ケラチン１８、細胞ケラチン１９、細胞ケラチン２０、デスミン、デスモコリン３、ＦＡＳ（ＣＤ９５）、脂肪酸結合タンパク質、フェリチン、フィラミン、グリア・フィラメント酸性タンパク質、グリコーゲン・ホスホリラーゼ・イソエンザイムＢＢ（ＧＰＢＢ）、ハプトグロブリン、ヒト・ミオグロビン、ミエリン塩基性タンパク質、神経フィラメント、胎盤ラクトゲン、ヒトＳＨＢＧ、ヒト甲状腺ペルオキシダーゼ、受容体付随タンパク質、ヒト心臓トロポニンＣ、ヒト心臓トロポニンＩ、ヒト心臓トロポニンＴ、ヒト骨格トロポニンＩ、ヒト骨格トロポニンＴ、ビメンチン、ビンクリン、トランスフェリン受容体、プレアルブミン、アルブミン、アルファ−１−酸糖タンパク質、アルファ−１−アンチキモトリプシン、アルファ−アンチトリプシン、アルファ−フェトプロテイン、アルファ−１−ミクログロブリン、ベータ−２−ミクログロブリン、Ｃ−反応性タンパク質、ハプトグロブリン、ミオグロブリン、プレアルブミン、ＰＳＡ、前立腺酸ホスファターゼ、レチノール結合タンパク質、サイログロブリン、甲状腺ミクロソーム抗原、チロキシン結合グロブリン、トランスフェリン、トロポニンＩ、トロポニンＴ、前立腺酸ホスファターゼ、レチノール結合グロブリン（ＲＢＰ）を含み、これらはタンパク質の別のカテゴリー（ホルモンまたは抗原等）に置くこともできる。これらのタンパク質の全て、およびこれらの供給源は当業界において知られている。また、これらのタンパク質の多くは、例えば、リサーチ・ダイアグノスティクス社（Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ， Ｉｎｃ．）（フランダース、ニュージャージー州）から市場において入手可能である。
【０３６１】
別の実施形態は本発明の各方法を一定の患者または細胞サンプルにおける一定の神経伝達物質または当該神経伝達物質の受容体の分析に適用している。神経伝達物質は化学物質であり、これらのタンパク質様の一部は神経単位により作られていて、各シグナルを別の神経単位または神経を分布している非神経単位の細胞（例えば、骨格筋、心筋層、松果体の各細胞）に伝達するために用いられている。神経伝達物質はそれらの始点の神経単位が起動（すなわち、分極化）する時に各シナプス内に放出されてシナプス後の細胞膜内の受容体に結合することによりそれぞれの作用を示す。このことにより、特定のイオンがその膜を通して流れて、上記神経伝達物質が励起するか、抑制から開放される傾向にある場合に、各細胞がさらに分極化しやすくなる。神経伝達物質はまたシナプス後の各細胞内の別のシグナル変換分子（「第２メッセンジャー（ｓｅｃｏｎｄ ｍｅｓｓｅｎｇｅｒｓ）」）の生成を調整することによりそれぞれの作用を示すこともできる。概略として、クーパー（ＣＯＯＰＥＲ），ブルーム（ＢＲＯＯＭ）およびロス（ＲＯＴＨ），ザ・バイオケム・ベーシス・オブ・ニューロファーマコロジー（ＴＨＥ ＢＩＯＣＨＥＭ． ＢＡＳＩＳ ＯＦ ＮＥＵＲＯＰＨＡＲＭＡＣＯＬＯＧＹ）（第７版，オックスフォード・ユニバーシテイ・プレス（Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖ． Ｐｒｅｓｓ），ＮＹＣ，１９９６年）、ｈｔｔｐ：／／ｗｅｂ．ｉｎｄｓｔａｔｅ．ｅｄｕ／ｔｈｃｍｅ／ｍｗｋｉｎｇ／ｎｅｒｖｅｓを参照されたい。本発明に含まれる神経伝達物質はアセチルコリン、セロトニン、γ−アミノブチレート（ＧＡＢＡ）、グルタメート、アスパルテート、グリシン、ヒスタミン、エピネフリン、ノルエピネフリン、ドパミン、アデノシン、ＡＴＰ、酸化窒素、およびプレオピオメラノコルチン（ＰＯＭＣ）から誘導される物質、ならびに、上記のいずれかのアンタゴニストおおびアゴニスト等のペプチド神経伝達物質のいずれかを含むがこれらに限らない。
【０３６２】
表４は本発明に含まれる各方法の中に組み込むことのできる一部の薬理学的に活性なペプチドの非限定的なリストおよび説明を示している。
【表４】
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【０３６３】
ＩＸ．データベース形成、データベース・アクセス、および商業的方法
本特許出願の商業的方法は本発明の方法の市場的およびその他の使用方法に関する。態様の一例において、この商業的方法は本発明の方法の消費者、すなわち、各患者、医療の実施者、医療サービスの提供者、および薬剤の配給業者および製造者に対する本発明により提供される遺伝子発現プロファイル、高情報密度遺伝子発現プロファイル、および／または、タンパク質発現プロファイルの提供の内容におけるマーケティング、販売、または使用許可を含む。
【０３６４】
さらに、本発明は各遺伝子発現プロファイル、高情報密度遺伝子発現プロファイル、および／または、タンパク質発現プロファイルが各試験サンプル（例えば、各患者サンプル）を分析するために使用される商業的方法にも関する。特定の実施形態において、この方法は本発明の遺伝子発現プロファイルの各マイクロアレイにより達成できる。例えば、使用者（例えば、医者等の健康に関する開業者）は一定の患者からのサンプル（例えば、血液、組織の生検体）を得ることができる。このサンプルは、例えば、病院の各設備の利用により家庭内において調製することができ、あるいは、このサンプルを市場の実験設備に送ることもできる。つまり、ＲＮＡは当業界において周知の方法により患者サンプルから抽出できる。たとえば、サムブルック（ＳＡＭＢＲＯＯＫ）他，（１９８９年）を参照されたい。その後、このＲＮＡは、例えば、ＰＣＲにより増幅され、一定の蛍光体により標識化されて、特定の遺伝子発現プロファイルを表現する一定の支持体に対してハイブリッド形成される。この支持体は蛍光発光に対して走査処理されて、この走査処理の結果を分析用の一定の中央遺伝子発現プロファイル・データベースに送ることができる。また、別の実施形態において、このサンプル自体が走査分析に対応する一定の中央実験設備に送られる。この走査処理の各結果は一定のコンピューター端末によりインターネットまたはその他の手段を介して分析用の中央実験設備に送ることができる。この使用者とコンピューター・システムとの間の接続は好ましくは固定的である。
【０３６５】
実施において、上記使用者は、例えば、上記支持体の蛍光走査結果に関連する情報ならびに患者の病状、臨床化学的情報（例えば、赤血球の計数値、電解質）、および患者の病状に関連するその他のファクター等の患者に関連する付加的な情報を入力できる。その後、上記中央コンピューター・システムは固有の各コンピューター・プログラムの使用によりその患者サンプルの分析を行なって当該患者の遺伝子プロファイルを反映する一定の遺伝子発現プロファイルを生成する。
【０３６６】
当該技術分野における熟練者であれば、本発明の方法および装置が、コンピューター・システムの複雑な多数使用者用計算システムまたはパーソナル・コンピューターまたはワークステーション等の単一の使用者装置の如何にかかわらず、あらゆるコンピューター・システムに対して適応することが認識できる。一定のコンピューター・システムは一定のプロセッサー、メイン・メモリー、メモリー・コントローラー、補助記憶インターフェイス、および端末インターフェイスを適宜に備えており、これらの全てが内部接続されている。なお、カシェ（ｃａｃｈｅ）・メモリーまたはその他の各周辺装置等の種々の変更、付加、置換、または削除を本発明の範囲内において上記コンピューター・システムに対して行なうことができる。
【０３６７】
上記プロセッサーは計算を実行してそのコンピューター・システムの各機能を制御し、適当な中央処理装置（ＣＰＵ）を備えている。このプロセッサーはマイクロプロセッサー等の単一の集積回路を備えることができ、一定のプロセッサーの諸機能を共同で達成するように作用する任意の適当数の集積回路装置および／または回路板を備えることもできる。また、上記プロセッサーはそのメイン・メモリー内における本発明の各アルゴリズム（例えば、上記マックスコール、ミーン・ログ・レイシオ等）を適宜に実行する。
【０３６８】
本発明のコンピューター・システムのメイン・メモリーは各遺伝子発現プロファイルおよび一定の演算システムを生成するために使用される各アルゴリズムに関連する１個以上のコンピューター・プログラムを適宜に含む。この用語の「コンピューター・プログラム（ｃｏｍｐｕｔｅｒ ｐｒｏｇｒａｍ）」は最も広い意味において用いられており、原始コード、中間コード、機械コード、および一定のコンピューター・プログラムにおける任意のその他の表現を含む各コンピューター・プログラムの任意および全ての形態を含む。用語の「メモリー（ｍｅｍｏｒｙ）」は、本明細書において用いられているように、上記システムの事実上の記憶位置内の任意の保管位置を意味する。なお、上記コンピューター・プログラムおよび演算システムが実行のために上記メイン・プロセッサーに対応する一定の命令カシェの中に搭載可能であると共に、その他のファイルも磁気または光学的なディスク記憶装置に保管できることが当然に理解されると考える。加えて、上記メイン・メモリーが異なる記憶位置を含み得ることも当然に理解されると考える。
【０３６９】
本発明のコンピューター・システムは、一定の別のプロセッサーを介して、一定のメモリー・コントローラーを備えることもでき、このプロセッサーはメイン・メモリーから、さらに／または、補助記憶インターフェイスを介して、必要とされる情報を上記メイン・プロセッサーに移動するように作用する。説明のために、上記メモリー・コントローラーは別の実体として説明されているが、当該技術分野における熟練者であれば、実用上において、このメモリー・コントローラーにより提供される機能の各部分が上記メイン・プロセッサー、メイン・メモリー、および／またはその補助的な記憶インターフェイスに付随する回路内に存在できることが理解できる。
【０３７０】
好ましい実施形態において、上記補助記憶インターフェイスは上記コンピューター・システムが磁気ディスク（例えば、ハード・ディスクまたはフロッピー（Ｒ）・ディスク）または光記憶装置（例えば、ＣＤ−ＲＯＭ）等の補助記憶装置に対して情報を保管および取り出すことを可能にする。適当な記憶装置の一例は直接アクセス記憶装置（ＤＡＳＤ）である。このＤＡＳＤは一定のフロッピー（Ｒ）・ディスク装置とすることができ、この装置は一定のフロッピー（Ｒ）・ディスクから各プログラムおよびデータを読み出すことができる。なお、本発明は一定の完全に機能的なコンピューター・システムの内容においてこれまで説明されており、これからも説明されるが、当該技術分野における熟練者であれば、本発明の各機構が種々の形態のプログラム製品として分配可能であること、および本発明がこの分配を実行するための特定種のシグナル保持媒体の如何によらず同等に適応することが認識できる。このようなシグナル保持媒体の例はフロッピー（Ｒ）・ディスクおよびＣＤ−ＲＯＭ等の記憶可能型媒体、および無線通信リンクを含むデジタルおよびアナログ式の各通信リンク等の伝送型媒体を含む。
【０３７１】
さらに、本発明のコンピューター・システムは一定の端末インターフェイスを備えることができ、このインターフェイスはシステム管理責任者およびコンピューター・プログラマーによる、通常的にプログラム可能な各ワークステーションを介する、コンピューター・システムに対する通信を可能にする。なお、本発明が多数のプロセッサーおよび多数のシステム・バスを有するコンピューター・システムに対して同等に適応することが当然に理解されると考える。同様に、好ましい実施形態におけるシステム・バスは一般的なハードワイヤー型の分岐バスであるが、一定のコンピューター関連型環境内における二方向通信を支援する任意の接続手段が使用できる。
【０３７２】
上記の遺伝子発現プロファイル・データベース、高情報密度遺伝子発現プロファイル・データベース、および／またはタンパク質発現プロファイルは本発明の方法および別の供給源および方法を介して生成される各発現プロファイルについての注釈情報を含むように設計されている一定の内部データベースとすることができる。これらの情報は、例えば、任意の核酸またはタンパク質アミノ酸の各シーケンスが見られる各データベース、年齢、癌または腫瘍の進行型を含む発現プロファイルを伴う患者の情報、シーケンスを伴う関連ｃＤＮＡについての説明的情報、組織または細胞の供給源、各外部供給源から得られるシーケンス・データ、治療情報、診断および予後の情報、種々の刺激に対応する遺伝子発現および／またはタンパク質発現に関する情報、一定遺伝子の発現プロファイル、高情報密度遺伝子および／またはタンパク質、および、例えば、上記各発現プロファイルが癌性または予備癌性の状況に関連または示唆するか否かについての、関連の病状または病気の経過、および調製方法を含むことができる。これらの発現プロファイルは公的に入手可能なまたは専売的な供給源から入手されるタンパク質および／または核酸のマイクロアレイ・データに基づくことができる。さらに、上記データベースは２個の部分、すなわち、各シーケンスおよび関連の各発現プロファイルの保管に対応する部分、および付随情報の保管に対応する部分に分けることができる。また、このデータベースは中央コンピューター設備内に一定のファイアーウォール（ｆｉｒｅｗａｌｌ）を備えている一定の個人用データベースとして維持できる。しかしながら、本発明はこのように限定されることはなく、その発現プロファイル・データベースは公的に利用可能にすることができる。
【０３７３】
上記データベースはネットワーク・サーバーを各顧客に対して接続している一定のネットワーク・システムとすることができる。このネットワークは、当業界において知られているような（例えば、エターネット（Ｅｔｈｅｒｎｅｔ（Ｒ）））、局域ネットワーク（ＬＡＮ）または広域ネットワーク（ＷＡＮ）を含む、多数の従来的なネットワーク・システムのいずれか一つとすることができる。上記サーバーは使用者の各要求を処理するためのデータベース情報にアクセスするため、および各顧客の機械に情報を与える一定のインターフェイスを提供するためのソフトウェアを備えることができる。また、このサーバーはワールド・ワイド・ウエブ（Ｗｏｒｌｄ Ｗｉｄｅ Ｗｅｂ）を支援して、顧客の使用に対応する一定のウエブサイトおよびウエブ・ブロウサー（Ｗｅｂ ｂｒｏｗｓｅｒ）を維持できる。これら顧客／サーバーの環境、データベース・サーバー、およびネットワークは技術的、取引的、および患者の用語によりそれぞれ十分に文書化されている。
【０３７４】
一定のウエブ・ブロウサーを通して、各顧客は一定のマイクロアレイ・データベース、遺伝子発現データベース、および／または、タンパク質発現データベースからデータを取り出すためのサーチ・リクエストを構成できる。例えば、使用者はボタン、プルダウン・メニュー、およびスクロール・バー等の各ユーザー・インターフェイス要素に対して「ポイント・アンド・クリック（ｐｏｉｎｔ ａｎｄ ｃｌｉｃｋ）」操作を行なうことができる。これら使用者のリクエスト（各要求）は一定のウエブ・アプリケーションに送られ、このウエブ・アプリケーションが上記リクエスト情報を形式化して、例えば、顧客により入手されるマイクロアレイまたは発現データに基づくシステム・データベースからの情報、および／または、その他の表現型および遺伝子型の情報を収集可能にする一定の質問情報を生成する。例えば、顧客は一定の患者から得たマイクロアレイの各発現プロファイルに基づく発現データを寄託して、そのデータベース内に含まれている発現データに対する顧客の発現データによる比較に基づいて一定の診断を得るために本発明のシステムを使用できる。例えば、上記システムは上記顧客により寄託された各発現プロファイルをそのデータベース内に含まれている各発現プロファイルに対して比較して、当該データベースのプロファイルに対して最良に適合する顧客の発現プロファイルに基づく診断情報をその顧客に提供する。加えて、上記ウエブサイトはゲンバンク（ＧｅｎＢａｎｋ）等の公共のデータベース、およびナショナル・ライブラリー・オブ・メディシン（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｌｉｂｒａｒｙ ｏｆ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ）の一部であるナショナル・センター・フォー・バイオテクノロジー・インフォメーション（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ）（ＮＣＢＩ）により維持されている付属のデータベース、ならびに、遺伝子発現分析、タンパク質発現分析、遺伝子障害、科学的文献等についての関連情報を提供するあらゆるリンクに対してハイパーテキスト・リンクを提供できる。同定因子（ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｒ）、同定因子型、生体分子シーケンス、共通クラスター同定因子（ゲンバンク（ＧｅｎＢａｎｋ）、ユニゲン（Ｕｎｉｇｅｎｅ）、インサイト・テンプレート同定因子等）および各遺伝子に付随する物質名を含むがこれらに限らない情報が含まれる。
【０３７５】
本発明はまた各遺伝子発現プロファイル、高情報密度遺伝子発現プロファイル、タンパク質発現プロファイル、および注釈情報を含む各種生体情報を評価するためのシステムも提供しており、この注釈情報は本発明の各方法の内容において有用である。また、本発明は、その実施形態の一例において、一定のデータベース内に保管されている遺伝子発現プロファイル情報の評価用の一定のグラフィカル・ユーザー・インターフェイス（「ＧＵＴ」）の使用を含む。好ましい実施形態において、このＧＵＩは２個のフレームにより構成できる。第１のフレームは使用者によりアクセス可能な各データベースの選択可能なリストを含むことができる。一定のデータベースがこの第１のフレーム内において選択される場合に、第２のフレームはその発現プロファイル・データベースと上述のような顧客供給の発現プロファイルとの対比的な比較から得られる情報を任意のその他の表現型または遺伝子型の情報と共に表示できる。
【０３７６】
上記ＧＵＩの第２のフレームは上記選択されたデータベース内に含まれている生体分子シーケンスの発現情報および各プロファイルのリスト作成を含むことができる。さらに、この第２のフレームは使用者が上記生体分子シーケンスの全てを含む一定の部分集合を選択すること、および当該生体分子シーケンスのリストに対して一定の操作を行なうことを可能にする。好ましい実施形態において、使用者は各生体分子シーケンスに付随する選択ボックスを選択することにより上記生体分子シーケンスの部分集合を選択できる。好ましい実施形態において、上記実行可能な操作は全てのリスト化した生体分子シーケンスを分類情報と共に一定のデータベース・スプレッドシートにダウンロードすること、上記生体分子シーケンスの選択した部分集合を一定のユーザー・ファイルにセーブすること、全てのリスト化した生体分子シーケンスを分類情報を伴わずに一定のデータベース・スプレッドシートにダウンロードすること、および一定の生体分子シーケンスの選択された部分集合に関する分類情報を表示することを含むがこれらに限らない。
【０３７７】
使用者が一定の生体分子シーケンスの選択された部分集合に関する分類情報の表示を選択すると、第２のＧＵＩが使用者に提供可能になる。実施形態の一例において、この第２のＧＵＩは上述のような高情報密度遺伝子発現プロファイル・データベースを形成するために使用される１種類以上の外部データベースのリスト化を含むことができる。さらに、各外部データベースに対して、上記ＧＵＩは当該各外部データベースに付随する１種類以上の場のリストを表示できる。また、別の実施形態において、このＧＵＩは当該第２のＧＵＩにおいて表示される上記１種類以上の場のそれぞれを使用者が選択または除外することを可能にする。さらに別の実施形態において、このＧＵＩは使用者が１種類以上の外部データベースのそれぞれを選択または除外することを可能にする。
【０３７８】
別の実施形態において、上記本発明の商業的方法は販売のために本発明の診断情報を配給するための配給システムの設定を含み、随意的にこれらの診断情報をマーケティングするための一定の販売グループの設定を含むことができる。本発明のさらに別の態様は一定の標的発見の業務を行なう方法を提供し、この方法は一定の遺伝子の発現量、一定の高情報密度遺伝子、遺伝子生成物の活性、または高情報密度遺伝子生成物の活性を調節する上述したような一定の試験化合物を、１種類以上の上記の薬物発見方法により、同定する工程、および随意的に各動物体における効果および毒性について上記同定した各化合物およびこれらの類似体の治療的プロファイル作成を行なう工程、および随意的に上記同定した各化合物のさらなる薬物開発における各権利の使用許可および販売を行なう工程を含む。
【０３７９】
本発明の別の実施形態は組織および細胞の各サンプルにおける薬物および毒性の各作用をスクリーニングするための方法を含む種々の商業的方法を含む。また、本発明の別の態様は正常および病気の各組織における遺伝子発現プロファイル、高情報密度遺伝子発現プロファイル、および／または、タンパク質発現プロファイルを提供するための商業的方法を含む。さらに、各患者サンプルについて診断および予測または予報を提供する商業的方法も本発明の範囲に含まれる。
【０３８０】
本発明のさらに別の態様は各遺伝子マイクロアレイ、高情報密度遺伝子マイクロアレイ、およびタンパク質マイクロアレイの製造および使用のための各商業的方法を含む。これらの商業的方法はさらに各遺伝子マイクロアレイ、遺伝子発現プロファイル、高情報密度遺伝子、高情報密度遺伝子マイクロアレイ、高情報密度遺伝子発現プロファイル、タンパク質マイクロアレイおよびタンパク質発現マイクロアレイの使用により生成される各種情報に関係している。
【０３８１】
また、本発明は一定の患者が遺伝子の過剰発現および／またはアップレギュレーションに付随する一定の病気または障害、あるいは、このような病気または障害の素因を有しているか否かを決定するための商業的方法も提供する。この方法は一定の遺伝子またはタンパク質に関する情報（例えば、シーケンス情報および／またはこれに関連する情報）を受け取る工程、患者に付随する表現型および／または遺伝子型の情報を受け取る工程、および上記遺伝子またはタンパク質に関連している、および／または、癌、特に結腸癌等の一定の遺伝子またはタンパク質に付随する病気または障害に関連している、本発明の各データベースから情報を取得する工程を含む。上記の表現型および／または遺伝子型の情報、遺伝子またはタンパク質の情報、および取得した情報の１種類以上に基づいて、上記方法はさらに一定の遺伝子またはタンパク質、特に本発明の一定の遺伝子またはタンパク質に付随する一定の病気または障害、あるいは、これら一定の遺伝子またはタンパク質に付随する病気または障害の素因を患者が有しているか否かを決定するための工程を含むことができる。また、上記方法はその病気、障害、または病気前の状況に対する特定の治療を推奨する工程も含むことができる。同様に、本発明は、例えば、各高情報密度遺伝子またはタンパク質を使用する上述したような各商業的方法を含む。
【０３８２】
実施形態の一例において、本発明は一定細胞の増殖、成長、分化、および／または移動の障害または一定細胞の増殖、成長、分化、および／または移動の障害の素因、特に癌性または前癌性の状態を患者が有しているか否かを決定するための商業的方法を含む。この方法は、例えば、本発明の一定の遺伝子またはタンパク質のシーケンス情報および／またはこれらの関連情報に関連している情報を受け取る工程、患者に付随する表現型情報を受け取る工程、例えば、一定の遺伝子またはタンパク質のシーケンス情報および／またはこれらの関連情報、および／または一定細胞の増殖、成長、分化、および／または移動の障害、特に癌性または前癌性の状態に関連する情報に関連するネットワークから情報を取得する工程を含む。上記の表現型および／または遺伝子型の情報、シーケンス情報および／またはその関連情報、および取得情報の１種類以上に基づいて、本発明はさらに一定細胞の増殖、成長、分化、および／または移動の障害または一定細胞の増殖、成長、分化、および／または移動の障害の素因、特に癌性または前癌性の状態を患者が有しているか否かを決定する工程を含む。また、上記方法はその病気、障害、または病気前の状況に対する特定の治療を推奨する工程も含むことができる。同様に、本発明は、例えば、各高情報密度遺伝子またはタンパク質を使用する上述したような各商業的方法を含む。
【０３８３】
さらに詳細な説明を伴わずに、当該技術分野における熟練者であれば、上記の説明により、本発明をその完全な範囲にわたり利用できると考えられる。以下の各実施例は例示のみを目的としており、この開示の残りの部分を何ら限定していない。
【０３８４】
実施例
実施例１：細胞特異性遺伝子発現分析
レーザー捕捉顕微解剖、ＲＮＡ増幅、およびｃＤＮＡマイクロアレイ技法を統合することにより、原位置において入手される多様な細胞型を効果的にスクリーニングして示差的な遺伝子発現により同定することができる。これらの技法の統合を示すために、脊髄神経節（ＤＲＧ）内の大形および小形の各神経単位における示差的な遺伝子発現を調べた。一般に、大形のＤＲＧは機械的感知情報伝達するミエリン化した高速刺激性の各神経単位であり、小形のＤＲＧはミエリン化されておらず、低速刺激性であり、侵害受容情報を伝達する。
【０３８５】
図１において示されているように、大形（直径＞４０μｍ）および小形（直径＜２５μｍ）の各神経単位がニッスル染色したラットの各ＤＲＧにおける１０μｍの断片からＬＣＭにより明瞭に個別に捕捉されている。この調査の場合に、ｃＤＮＡマイクロアレイ分析において２組の１０００個の大形神経単位および３組の１０００個の小形神経単位が捕捉された。
【０３８６】
ＲＮＡを各組の神経単位から抽出して、Ｔ７ＲＮＡポリメラーゼにより推定で１０６ 倍に線形に増幅した。増幅処理後に、それぞれ個別に増幅したＲＮＡ（ａＲＮＡ）により３種類の蛍光により標識したプローブを合成して、各植物遺伝子（非特異的核酸のハイブリッド形成の決定用）をコード化する４７７種のｃＤＮＡおよび３０種のｃＤＮＡを含む一定のマイクロアレイ（または「チップ（ｃｈｉｐ）」）に対して３重にハイブリッド形成した。各神経単位の組における発現（各小形ＤＲＧ神経単位におけるＳ１，Ｓ２およびＳ３および各大形ＤＲＧ神経単位におけるＬ１およびＬ２として示されている）を３重にモニターし、全体で１５個のマイクロアレイを必要とした。各マイクロアレイ・データの品質が図２ａにおいて示されており、この図は擬似色の各アレイを示しており、一つは神経単位の組Ｓ１から由来した各プローブに対するハイブリッド形成により得られたものであり、他の一つは神経単位の組Ｌ２から得られたものである。チップにおける各表示の拡大された部分は特定のｃＤＮＡにおける蛍光強度（すなわち、発現量）における差を示しており、これらの異なるｃＤＮＡを含む各領域がその大きさにおいて比較的に均一であること、およびこれらの領域の間のバックグラウンド（の強度）が比較的に低いことを示している。
【０３８７】
各神経単位の組において、特定のｃＤＮＡに対応する一定のシグナルが異なるチップ間において再現性があることを示すために、変化計数（ＣＶ）を計算した。これらの値から、１個の神経単位の組あたりの全４７７種のｃＤＮＡについての全体の平均ＣＶ値はそれぞれＳ１＝１５．８１％、Ｓ２＝１６．９３％、Ｓ３＝１７．７５％、Ｌ１＝２０．１７％、およびＬ２＝１９．５５％と計算された。
【０３８８】
同一神経単位の亜類型の異なる組における独立した増幅（〜１０６ 倍）により、極めて類似している発現パタンが得られた。例えば、Ｓ１対Ｓ２の間の各シグナル強度における相関はＲ２ ＝０．９６８８であり、Ｓ１対Ｓ３の間ではＲ２ ＝０．９３９９（図２ｂ）であった。同様の結果が２組の大形の各神経単位の間においても得られ、Ｌ１対Ｌ２においてＲ２ ＝０．９２９（図２ｂ）であった。逆に、３個の小形神経単位の組（Ｓ１，Ｓ２およびＳ３）と２個の大形の組（Ｌ１およびＬ２）の間の比較により、はるかに低い相関（Ｒ２ ＝０．６７８９）が得られ、予想した通りに、２種類の神経単位の亜類型（図２ｂ）のそれぞれにおいて一定の遺伝子の部分群が示差的に発現することが分かった。
【０３８９】
上記小形および大形の各ＤＲＧ神経単位において示差的に発現される各ｍＲＮＡを同定するために、上記４７７種のｃＤＮＡを調べて、１．５倍またはそれ以上の差を（ｐ＜０．０５において）有する各ｃＤＮＡをシーケンス化した。２７種のｍＲＮＡが小形ＤＲＧ神経単位において選択的に発現されると考えられ、１４種のｍＲＮＡが大形ＤＲＧにおいて選択的に発現された（図３および図４）。上記の観察された示差的な遺伝子発現を確認するために、原位置におけるハイブリッド形成を上記の各ｃＤＮＡの部分群を用いて行なった。
【０３９０】
上記小形の神経単位について、以下の、脂肪酸結合タンパク質、ナトリウム電位型チャネル（ＮａＮ）、ホスホリパーゼＣデルタ−４、ＣＧＲＰ、およびアネキシンＶの、５種類のｍＲＮＡを調べた。一方、大形ＤＲＧ神経単位については、神経フィラメントＮＦ−Ｌ、神経フィラメントＮＦ−Ｈ、および電位型ナトリウムチャネルのベータ−１サブユニットの、３種類のｍＲＮＡを調べた。各大小の神経単位における全体的なシグナル強度の比較する定量的な測定および小形または大形の神経単位のいずれかの全体的な母集団内における標識化した細胞のパーセント値に基づいて、上記各ｍＲＮＡの選択的な発現が大形および小形の各ＤＲＧ神経単位内において示された（図５および図６）。
【０３９１】
上記の調査は小形および大形の各ＤＲＧ神経単位内において選択的に発現される各ｍＲＮＡを同定したが、単純に小形および大形を超える各ＤＲＧ神経単位内のさらに大きな不均一性が存在する。例えば、小形のＤＲＧ神経単位はミエリン化されておらず、低速刺激性であり、侵害受容情報を伝達するが、大形のＤＲＧはミエリン化されていて、機械的感知情報を伝達する高速刺激性の神経単位である。これらの構造的および機能的な差異は一定の不均質な遺伝子発現に反映されていると考えられる。このような比較的に大きな複雑化した遺伝的不均質性に対処するために、免疫細胞化学を上記大小の各ＤＲＧ内の細胞型をさらに分化するための手段として上記ＬＣＭおよびその後のＲＮＡ増幅およびｃＤＮＡチップ分析に組み合わせることができる。加えて、大小の各神経単位の間の示差的な遺伝子発現をさらに正確に同定するためにさらに多数のｃＤＮＡ（すなわち、＞１０，０００種）を含む各チップを構成できる。
【０３９２】
本明細書において示されている各結果は上記の各方法により生成される各発現プロファイルが各ｃＤＮＡをスクリーニングするために有用なだけでなく、さらに重要なことは、細胞型特異性の遺伝子発現プロファイルを含むデータベースを生成できることである。一定のデータベース内における細胞型特異性は一定の調査員に特定の正常または病気の状態に対する個々の細胞型の寄与の理解にはるかに大きな効力を与え、続いて発生する状態に対するはるかに繊細な仮定を可能にする。さらに、上記データベースが種々の細胞型（または神経単位の亜類型）からの多数の遺伝子発現プロファイルを含むまでに成長すれば、一定の細胞型内において統合的に発現される各遺伝子が同定できるようになる。さらに、統合的な遺伝子発現はコード化される各タンパク質間の機能的な関連を示唆することができ、それゆえ、現状においてクローン化されている各ｃＤＮＡの大多数についての機能の決定に役立つ。
【０３９３】
レーザー捕捉顕微解剖（ＬＣＭ）
２頭の成育したメスのスプラグ・ドーリー（Ｓｐｒａｇｕｅ Ｄａｗｌｅｙ）・ラットをこの調査に用いた。各動物体にメトファン（Ｍｅｔｏｆａｎｅ）（メトキシフルラン、カタログ番号５５６８５０、マリンクロッド・ベテリナリー社（Ｍａｌｌｉｎｃｋｒｏｄｔ Ｖｅｔｅｒｉｎａｒｙ Ｉｎｃ．）、マンデレイン、イリノイ州）により麻酔をかけて、断頭により殺した。無ＲＮアーゼ条件により、頸部脊髄神経節（ＤＲＧ）を速やかに切開して、クリオモールド（ｃｒｙｏｍｏｌｄｓ）内に配置し、凍結組織包埋媒体ＯＣＴ（テイシュ−テク（Ｔｉｓｓｕｅ−Ｔｅｋ）、ＧＢＩ社（ＧＢＩ， Ｉｎｃ．）、クリアウォーター、ミネソタ州）により被覆して、ドライアイス冷却状態の２メチルブタノン（〜６０℃）中で凍結した。その後、これらのＤＲＧを低温槽内で７μｍ乃至１０μｍに切断し、平坦（無被覆状態）で透明な顕微鏡スライド上に取り付けて、ドライアイスの塊の上で速やかに凍結した。これらの断片をその後に使用するまで−７０℃で保管した。
【０３９４】
各ＤＲＧ神経単位を同定するために速やかなニッスル（Ｎｉｓｓｌ）（クレシル・バイオレット・アセテート）染色を採用した。各ＤＲＧ切片を入れた各スライドを一定のスライド・ホルダー上に装填し、１分間にわたり１００％エタノールにより速やかに固定した後に、無ＲＮアーゼの脱イオン水で希釈した９５％、７０％、および５０％のアルコール中に続けて浸漬する（それぞれ５秒間）ことにより再水和処理した。次に、上記の各スライドを１分間にわたり０．５％ニッスル／０．１Ｍ酢酸ナトリウム緩衝液により染色して、勾配状態のエタノール中で再水和処理（それぞれ５秒間）してから、キシレン中に開けた（１分間）。空気乾燥した後に、各スライドをＬＣＭに対して準備した。
【０３９５】
アクチュラス・エンジニアリング社（Ａｃｔｕｒｕｓ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ Ｉｎｃ．）（マウンテン・ビュー、カリホルニア州）からのピックスセルＩＩ型ＬＣＭ（ＰｉｘＣｅｌｌ ＩＩ ＬＣＭ）（商標）システムをレーザー捕捉処理に用いた。製造者の各プロトコルに従って、２組の大形および３組の小形の各ＤＲＧ神経単位（一組あたり１０００個の細胞）をレーザー捕捉処理した。これら大小のＤＲＧ神経単位の基準は以下のようである。すなわち、各ＤＲＧ神経単位は一定の直径（＜２５μｍ）および一定の確認可能な核を有している場合に小形として分類され、一定の直径（＞４０μｍ）および確認可能な核を有しているＤＲＧ神経単位は大形として分類される。
【０３９６】
ＬＣＭサンプルのＲＮＡ抽出物
一部の変更を伴ってマイクロ・ＲＮＡ・アイソレーション・キット（Ｍｉｃｒｏ ＲＮＡ Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ Ｋｉｔ）（ストラタジーン（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ）、サン・ディエゴ、カリホルニア州）により上記の各ＬＣＭサンプルから全ＲＮＡを抽出した。つまり、５分間にわたり室温で２００μｌの変性緩衝液および１．６μｌのβ−メルカプトエタノール中で各ＬＣＭサンプルをインキュベーションした後に、これらのＬＣＭサンプルを２０μｌの２Ｍ酢酸ナトリウム、２２０μｌのフェノール、および４０μｌのクロロホルム：イソアミル・アルコールにより抽出した。この水性の層を集めて、１μｌの１０ｍｇ／ｍｌキャリヤー・グリコーゲンを混合した後に、２００μｌのイソプロパノールにより沈殿させた。７０％エタノールによる洗浄および空気乾燥の後に、各ペレットを１６μｌの無ＲＮアーゼ水、２μｌの１０倍ＤＮアーゼＩ反応緩衝液、１μｌのＲナシン（Ｒｎａｓｉｎ）、および１μｌのＤＮアーゼＩ中に再懸濁してから、３０分間にわたり３７℃でインキュベーションしてあらゆるゲノムＤＮＡ汚染物を除去した。さらに、フェノール−クロロホルム抽出を繰り返した。その後、各ペレットを１１μｌの無ＲＮアーゼ水中で再懸濁してＲＴ−ＰＣＲおよびＲＮＡ増幅に用いた。
【０３９７】
ＲＮＡの逆転写（ＲＴ）
第１の鎖の合成は各ＬＣＭサンプルから単離した１０μＭのＲＮＡおよび１μｌの０．５ｍｇ／ｍｌのＴ７オリゴｄＴダイマー（５’ＴＣＴＡＧＴＣＧＡＣＧＧＣＣＡＧＴＧＡＡＴＴＧＴＡＡＴＡＣＧＡＣＴＣＡＣＴＡＴＡＧＧＧＣＧＴ２１−３’）を加えて完了した。このプライマー／ＲＮＡの混合物を７０℃において１０分間にわたりインキュベーションした後に、４２℃において５分間のインキュベーションを行なった。次に、４μｌの５倍の第１鎖反応緩衝液、２μｌの０．１ＭのＤＴＴ、１μｌの１０ｍＭのｄＮＴＰｓ、１μｌのＲＮａｓｉｎ、および１μｌのスーパースクリプト（Ｓｕｐｅｒｓｃｒｉｐｔ）ＩＩ（インビトロゲン（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）、カールスバッド、カリホルニア州）を上記混合物に加えて１時間にわたり４２℃でインキュベーションした。このインキュベーションに続いて、３０μｌの第２鎖合成緩衝液、３μｌの１０ｍＭのｄＮＴＰｓ、４μｌのＤＮＡポリメラーゼ、１μｌの大腸菌ＲＮアーゼＨ、１μｌの大腸菌ＤＮＡリガーゼ、および９２μｌの無ＲＮアーゼ水を加えて、各サンプルを２時間にわたり１６℃でインキュベーションした。その後、Ｔ４ＤＮＡポリメラーゼ（２μｌ）を各サンプルに加えて、これらのサンプルを１６℃で１０分間にわたりインキュベーションした。その後、ｃＤＮＡをフェノール−クロロホルム法により抽出して、ミクロコン（Ｍｉｃｒｏｃｏｎ）１００カラム（ミリポア社（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ Ｃｏｒｐ．）、ベッドフォード、マサチューセッツ州）中において５００μｌの水により３回洗浄した。上記カラムから収集した後に、上記ｃＤＮＡを乾燥して生体外転写用の８μｌの最終容量にした。
【０３９８】
ＲＮＡ増殖
アンプリスクライブ・Ｔ７・トランスクリプション・キット（Ａｍｐｌｉｓｃｒｉｂｅ Ｔ７ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ Ｋｉｔ）（エピセントレ・テクノロジーズ（Ｅｐｉｃｅｎｔｒｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を用いてＲＮＡを増殖した。マイクロフュージ（ｍｉｃｒｏｆｕｇｅ）管内に、８μｌの二本鎖ｃＤＮＡ、２μｌの１０倍のアンプリスクライブＴ７緩衝液、１．５μｌの各１００ｍＭのＡＴＰ，ＣＴＰ，ＧＴＰおよびＵＴＰ、２μｌの０．１ＭのＤＴＴ、および２μｌのＴ７ＲＮＡポリメラーゼを加えてから、３時間にわたり４２℃でインキュベーションした。その後、増殖したＲＮＡ（ａＲＮＡ）をミクロコン１００カラム中において３回洗浄し、収集して１０μｌの最終容量まで乾燥した。
【０３９９】
上記第１回の増殖により増殖したＲＮＡ（１０μｌ）を１μｌのランダム・ヘキサマー（１ｍｇ／ｍｌ、ファーマシア社（Ｐｈａｒｍａｃｉａ Ｃｏｒｐ．）、ピスカタウエイ、ニュージャージー州）と混合して、７０℃で１０分間にわたりインキュベーションし、氷上で冷却してから、１０分間にわたり室温で平衡状態にした。最終反応において、４μｌの５倍の第１鎖緩衝液、２μｌの０．１ＭＤＴＴ、１μｌの１０ｍＭｄＮＴＰｓ、１μｌのＲＮａｓｉｎ、および１μｌのスーパースクリプトＲＴＩＩを上記ａＲＮＡ混合物に加えてから、５分間にわたり室温でインキュベーションした後に３７℃において１時間のインキュベーションを行なった。この１時間のインキュベーションに続いて、１μｌのＲＮアーゼＨを加え、このサンプルを２０分間にわたり３７℃でインキュベーションした。さらに、第２の鎖のｃＤＮＡ合成において、１μｌのＴ７オリゴｄＴプライマー（０．５ｍｇ／ｍｌ）をａＲＮＡ反応混合物に加え、このサンプルを５分間にわたり７０℃でインキュベーションした後に、４２℃で１０分間にわたりインキュベーションした。このインキュベーションに続いて、３０μｌの第２鎖合成緩衝液、３μｌの１０ｍＭのｄＮＴＰｓ、４μｌのＤＮＡポリメラーゼＩ、１μｌの大腸菌ＲＮアーゼＨ、１μｌの大腸菌ＤＮＡリガーゼ、および９０μｌの無ＲＮアーゼ水を上記サンプル混合物に加えて、このサンプルを２時間にわたり３７℃でインキュベーションした。その後、Ｔ４ＤＮＡポリメラーゼ（２μｌ）を加え、このサンプルを１６℃で１０分間にわたりインキュベーションした。この二本鎖ｃＤＮＡを１５０μｌのフェノール／クロロホルムにより抽出して外来タンパク質を除去し、ミクロコン１００カラムにより精製して取り込まれない各ヌクレオチドおよび塩類を除去した。このｃＤＮＡはＴ７生体外転写およびａＲＮＡ増幅に使用できる。
【０４００】
生体内ハイブリッド形成
つまり、各ｃＤＮＡをｐブルースクリプト（ｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔ）ＩＩＳＫ（ストラタジーン（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ））にサブクローン化（ｓｕｂｃｌｏｎｅｄ）した。その後、これらのｃＤＮＡベクターを線形化して、Ｔ７またはＴ３のＲＮＡポリメラーゼによる生体外転写を介して３５Ｓ−ＵＴＰにより放射線標識した。その後、これらのプローブをクイック・スピン（Ｑｕｉｃｋ Ｓｐｉｎ）（商標）カラム（ボーエリンガー・マンハイム（Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ Ｍａｎｎｈｅｉｍ）、インディアナポリス、インディアナ州）により精製した。これらの放射線標識したプローブ（１０７ ｃｐｍ／プローブ）をそれぞれスーパーフロスト・プラス（Ｓｕｐｅｒｆｒｏｓｔ Ｐｌｕｓ）スライド（ＶＷＲ）上に取り付けたラットの各ＤＲＧ切片（１０μｍ、４％パラホルムアルデヒド固定物）に対してハイブリッド形成した。５８℃における一晩にわたるハイブリッド形成に続いて、各スライドを膜に曝した。その後、各スライドをコダック（Ｋｏｄａｋ）液体エマルジョンＮＴＢ２により被覆して、４℃において１週間乃至２週間にわたり光線遮断ボックスの中に曝した。これらのスライドをコダック・デベロッパー（Ｋｏｄａｋ Ｄｅｖｅｌｏｐｅｒ）Ｄ−１９中でそれぞれ現像し、コダック・フィクサー（Ｋｏｄａｋ Ｆｉｘｅｒ）中で固定して、発現分析のためにニッスル染色した。
【０４０１】
光照射野顕微鏡の下で、特定の各ｃＤＮＡのｍＲＮＡ発現量を半定量的に分析した。この分析は以下のようにして達成した。すなわち、無発現状態（−、各グレイン（ｇｒａｉｎｓ）はバックグラウンドの５倍以下）、弱い発現（±、各グレインはバックグラウンドの５倍乃至１０倍）、低い発現（＋、各グレインはバックグラウンドの１０倍乃至２０倍）、中程度の発現（＋＋、各グレインはバックグラウンドの２０倍乃至３０倍）、強い発現（＋＋＋、各グレインはバックグラウンドの３０倍以上）（図６）。特定のｍＲＮＡを発現する小形または大形の各神経単位のパーセント値を４個の切片（少なくとも２００個を計数した）から標識された細胞（バックグランドに対して）および未標識の細胞の数を計数することにより得た。
【０４０２】
マイクロアレイ設計
上記２種類の異なる示差的な表示実験から得た４７７個のｃＤＮＡクローン体をシリル化した各スライド上に印刷した。これらの印刷点は直径が約１２５μｍであり、中心から中心までが３００μｍ離れていた。各植物遺伝子もこれらのスライド上に印刷して、非特異的ハイブリッド形成用の対照として用いた。
【０４０３】
マイクロアレイ・プローブ合成
Ｃｙ３標識した各ｃＤＮＡプローブをｃＤＮＡ合成用のスーパースクリプト・チョイス・システム（インビトロゲン社（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ Ｃｏｒｐ．）、カールスバッド、カリホルニア州）により各ＬＣＭ・ＤＲＧから単離したａＲＮＡにより合成した。つまり、５μｇのａＲＮＡおよび３μｇのランダム・ヘキサマーを２６μｌの全体容量（無ＲＮアーゼ水を含む）中で混合して、１０分間にわたり７０℃で加熱した後に、氷上で冷却した。標識反応において、１０μｌの第１鎖緩衝液、５μｌの０．１ＭのＤＴＴ、１．５μｌのＲＮａｓｉｎ、１μｌの２５ｍＭのｄ（ＧＡＴ）ＴＰ、２μｌの１ｍＭのｄＣＴＰ、２μｌのＣｙ３−ｄＣＴＰ、および２．５μｌのスーパースクリプトＲＴＩＩを上記ａＲＮＡ混合物に加えて１０分間にわたり室温でインキュベーションした後に、３７℃で２時間にわたりインキュベーションした。このａＲＮＡテンプレートを分解するために、６μｌの３規定の水酸化ナトリウムを加え、このサンプルを３０分間にわたり６５℃でインキュベーションした。このインキュベーションに続いて、２０μｌの１Ｍのトリス塩酸（ｐＨ７．４）、１２μｌの１規定の塩酸、および１２μｌの水を加えた。その後、各プローブをミクロコン３０カラム（ミリポア社（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ Ｃｏｒｐ）、ベッドフォード、マサチューセッツ州）およびキアゲン・ヌクレオチド・リムーバル（Ｑｉａｇｅｎ Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｒｅｍｏｖａｌ）カラム（キアゲン社（Ｑｉａｇｅｎ Ｃｏｒｐ．）、バレンシア、カリホルニア州）により精製した。さらに、これらのプローブを真空乾燥して、マウスＣｏｔ１・ＤＮＡを含有している２０μｌのハイブリッド形成緩衝液（５倍ＳＳＣ、０．２％ＳＤＳ）中に再懸濁した。
【０４０４】
マイクロアレイ・ハイブリッド形成
印刷した各ガラス・スライドを水素化ホウ素ナトリウム溶液（０．０６６ＭのＮａＢＨ４ 、０．０６ＭのＮａＣｌ）により処理して、各スライドに対するｃＤＮＡのアミノ結合を確実に形成した。その後、これらのスライドを２分間にわたり水中で煮沸してｃＤＮＡを分解した。Ｃｙ３標識した各プローブを５分間にわたり９９℃に加熱し、５分間にわたり室温に冷却してから、各スライドに供給した。その後、これらのスライドを各ガラス・カバー・スリップにより被覆し、ＤＰＸ（フルカ（Ｆｌｕｋａ））によりシールして、４時間乃至６時間にわたり６０℃でハイブリッド形成した。このハイブリッド形成の終了時に、各スライドを室温まで冷却した。これらのスライドを５分間にわたり５５℃で１倍ＳＳＣおよび０．２％ＳＤＳ中において先ず洗浄し、さらに５５℃において５分間にわたり０．１倍ＳＳＣおよび０．２％ＳＤＳ中において洗浄した。０．１倍ＳＳＣおよび０．２％ＳＤＳ中において速やかにすすいだ後に、上記各スライドを空気乾燥して走査処理の準備をした。
【０４０５】
マイクロアレイ定量
各ｃＤＮＡマイクロアレイをスキャンアレイ（ＳｃａｎＡｒｒａｙ）３０００（ジェネラル・スキャンニング社（Ｇｅｎｅｒａｌ Ｓｃａｎｎｉｎｇ， Ｉｎｃ．）、ウォータータウン、マサチューセッツ州）によりＣｙ３蛍光発光について走査した。その後、イマジーン・ソフトウェア（ＩｍａＧｅｎｅ Ｓｏｆｔｗａｒｅ）（バイオディスカバリー社（Ｂｉｏｄｉｓｃｏｖｅｒｙ， Ｉｎｃ．）、マリナ・デル・レイ（Ｍａｒｉｎａ Ｄｅｌ Ｒａｙ）、カリホルニア州）を定量のために用いた。つまり、各スポット（すなわち、ｃＤＮＡ）の強度をすぐ周囲のバックグラウンドを差し引くことにより集めた。次に、これらの集合した強度を以下の式により各ｃＤＮＡについて正規化した。
［強度（集合したバックグラウンド）／チップ全体の強度の７５百分位数の値］×１０００
【０４０６】
「非特異的な（ｎｏｎ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ）」核酸のハイブリッド形成を決定するために７５百分位数の値を各植物ｃＤＮＡ（合計で３０種の異なるｃＤＮＡについて）のそれぞれの平均値から計算した。この結果、上記Ｓ１，Ｓ２およびＳ３についての全体の７５百分位数の値は４８．６８であり、Ｌ１およびＬ２については４０．９４であった。
【０４０７】
統計的分析
神経単位の個別の各組（すなわち、Ｓ１対Ｓ２）の間または２種類の神経単位の亜類型（すなわち、小形ＤＲＧ対大形ＤＲＧ）の間の各ｃＤＮＡについての強度値の相関を評価するために、各散乱スポットを用いて、各線形関係を測定した。決定の計数（Ｒ２ ）を計算して、１個の群対別の群における各強度値の変異性をしめした。
【０４０８】
マイクロアレイ定量により測定した各強度値が真のシグナルであるか否かを統計的に決定するために、各チップ上に存在している３０種の植物ｃＤＮＡ（非特異的核酸ハイブリッド形成を表現している）の７５百分位数値に対して、１個サンプル式ｔ検定により、各強度を比較した。この７５百分位数値から優位差をもって異なっていない各値が図３および図４において示されており、そのように記されている。大形および小形の神経単位の間においてどのｃＤＮＡがそれぞれの示差的遺伝子発現において統計的に優位差があるかを決定するために、各大形の神経単位（Ｌ１およびＬ２）および小形の神経単位（Ｓ１，Ｓ２およびＳ３）に対応する各神経単位の組から各ｃＤＮＡについての強度をそれぞれ群別して、各強度値をそれぞれに対応しているｃＤＮＡについて平均化した。上記小形および大形の各神経単位の間の遺伝子発現の差を検出するために１個尾型の仮定に対応する２個サンプル式ｔ検定を採用した。
【０４０９】
実施例２：遺伝子またはタンパク質の各発現プロファイルを生成するためのアルゴリズム
任意の状態または年齢における各細胞型または腫瘍型は別の組織または細胞とは異なる特異的な遺伝子発現パタンを有している。各プロファイル抽出アルゴリズムを用いることにより、多くの異なる細胞型からの各遺伝子発現プロファイルが一定のデータベースを形成するために使用可能になる。従って、最も広い意味において、未知の各サンプルはそのプロファイルをこのようなデータベースに対して比較することにより同定できる。
【０４１０】
上記のようなデータベースを形成するために、組織または細胞の各サンプルが各類別群（すなわち、腫瘍対正常、内皮対筋肉等）に分割可能である。このことは手動または、各群が未知の場合に、ｋ−手段等のような一定のクラスター化アルゴリズムにより行なうことができる。各遺伝子発現データは一定の対数比率値に変換され、弱い示差的な値を有する各遺伝子はこれらデータから選別される。その後、この遺伝子発現プロファイルは本発明のマックスコール（ＭａｘＣｏｒ）またはミーン・ログ・レイシオ（Ｍｅａｎ Ｌｏｇ Ｒａｔｉｏ）の各アルゴリズムにより抽出される。
【０４１１】
未知のサンプルについては、各発現プロファイルに対して評点付けする前にそのサンプルの遺伝子発現データを変換する必要があると考えられる。このデータ変換の型は使用するプロファイル抽出アルゴリズム（すなわち、マックスコールまたはミーン・ログ・レイシオ）に依存すると考えられる。その後、このサンプル発現データはそのプロファイル・データベースに対して評点付けされる。一定の高い評点はその未知のサンプルが上記プロファイルの由来しているサンプルを含むかこれに関連していることを示す。しかしながら、最も正確な評点付け機能はその遺伝子発現データを抽出するために使用するプロファイル抽出アルゴリズムに依存する。
【０４１２】
プロファイル抽出用データの調製
最初に、一定の基準遺伝子発現ベクターが構成され、この場合に、Ａ，Ｂ，．．．Ｚは分化する予定の各サンプルの群（例えば、腫瘍組織または平滑筋細胞）、およびａ，ｂ，．．．ｚは各群内における各サンプル数をそれぞれ示す。一例として、表記Ａ２１は群Ａのサンプル１における第２の遺伝子からの発現強度を示している。各サンプルがｎ個の遺伝子の大きさを有する一定のＤＮＡチップに対してハイブリッド形成する場合に、以下の行列が全ての群Ａ，Ｂ，．．．Ｚからの発現データをそれぞれ示している。
【数１】
Figure 2004519247
【０４１３】
一定の幾何学的平均の発現値が各行列内の各遺伝子について計算される。これにより、Ａ１（ｇｅｏｍｅａｎ）は集合（Ａ１１，Ａ１２，．．．Ａ１ａ）の幾何学的平均値であり、この場合に、Ａ１ は群Ａ内の遺伝子１を示す。
【数２】
Figure 2004519247
【０４１４】
上記基準遺伝子発現ベクターは単に上記各ベクターの幾何学的平均値である。
【数３】
Figure 2004519247
【０４１５】
【数４】
Figure 2004519247
【０４１６】
弱い分化能力を有する各遺伝子は上記の行列から除外される。別々の群Ａ，Ｂ，．．．Ｚにおける最高の分化能力を有する各遺伝子を準位付けするためにクラスカル−ウォリス（Ｋｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓ）ランク・テストを用いた。すなわち、このランク・テストによる一定の低いｐ値は一定の高い分化能力を示す。また、０．００２５のｐ値はカットオフ値として使用した。
【０４１７】
さらに、得られた各行列｛Ａ”，Ｂ”，．．．Ｚ”｝について、一定のプロファイル抽出アルゴリズムを適用して各群を表現している一定のプロファイルを形成した。
【０４１８】
マックコール・アルゴリズムによるプロファイル抽出
マックスコール・アルゴリズムを各群｛Ａ”，Ｂ”，．．．Ｚ”｝に対して別々に適用する。この行列内の各対の列について、一定の平均値（以下において定義されている）に対して高い、平均の、または低い各量で同等に発現される各遺伝子は一定の値（それぞれ、１，０または−１）が与えられて、その対を表現する一定の重み付けベクターが生成される。これにより、行列Ａ”については、
Figure 2004519247
の、一対の様式の計算がその行列対を表現する一定の重み付けベクターを生成するために行なわれる。その後、群Ａに対応するプロファイルとなる最終的な平均の重み付けベクターが上記行列Ａ”について計算した各重み付けベクターを平均化することにより算出される。このプロファイルは上記Ａ”と同数の遺伝子を含み、その値は必然的に［−１乃至１］になる。これらの値、すなわち、−１および１は全ての群の平均値に対してそれぞれ低い量または高い量で一貫して発現される各遺伝子を示している。上記マックスコール・アルゴリズムは各群に対応する一定のプロファイルを生成するために各群に対して個別に適用される。
【０４１９】
同等に発現される遺伝子に対する値の割当て
一対の列（ｃ１およびｃ２）について、各値が正規化されてｃ１’およびｃ２’が形成される。これにより、ｃ１ｉ は
Figure 2004519247
となり、この場合に、
Figure 2004519247
は列ｃ１の平均値であり、Ｓｃ１は標準偏差である。上記列ｃ１’およびｃ２’内の各遺伝子について、上記各正規化した値がベクターｐ１２として保管された後に、このｐ１２の各値がその最低から最高まで保管される。０．５等のような、一定のカットオフ値が設定されて、全ての遺伝子がこのカットオフ値よりも大きな正規化された値を有する全ての遺伝子が上記ｐ１２の中に集められる。さらに、上記列ｃ１’およびｃ２’内の各値を用いてこの遺伝子の集合についてピアソン（Ｐｅａｒｓｏｎ）相関係数が計算される。その後、この相関係数が０．８等のような一定の設定値よりも大きくなるまで上記カットオフ値が継続的に増加される。このことが完了すると、この基準を充たす各遺伝子の集合に対して上記列ｃ１’およびｃ２’内の両方の遺伝子の各値が正であれば１の値が割当てられ、これら両方の遺伝子の各値が負であれば−１が割当てられる。また、上記列ｃ１’およびｃ２’内のその他の全ての遺伝子はゼロの値が割当てられる。このようにして得られるベクターは上記の対を表現する一定の重み付けベクターである。
【０４２０】
マックスコール・アルゴリズムによるサンプルの評点付け
新しいサンプルの評点付けの前に、弱い分化の値を有するサンプルＳ内の各遺伝子を除外し、残りの各行が上記各プロファイル・ベクター内の値と同一になるようにして、サンプル・ベクターＳ”が形成される。上記評価点はこのＳ”内の各遺伝子について正規化された各値およびそのプロファイル・ベクター内の重み付けの合計である。例えば、上記サンプル・ベクターＳ”とプロファイル・ベクターＡｓ との間の評価点は
Figure 2004519247
である。
【０４２１】
上記の正規化された評価点は（評価点−無作為化した評価点の平均値）／無作為化した評価点の標準偏差）であり、この場合に、上記無作為化した評価点は上記Ｓ”とプロファイル・ベクターとの間の評価点であり、この値はその遺伝子の位置を無作為化する。一般的に、１００個の無作為化した評価点が上記の平均値および標準偏差を計算するために生成される。
【０４２２】
ミーン・ログ・レイシオ手法によるプロファイル抽出
このアルゴリズムもまた各群または行列｛Ａ”，Ｂ”，．．．Ｚ”｝に対して適用できる。各行列について、そのプロファイル・ベクターは当該行列の行平均値である。従って、各群｛Ａ”，Ｂ”，．．．Ｚ”｝に対応するプロファイル・ベクターは以下の式である。
【数５】
Figure 2004519247
【０４２３】
ミーン・ログ・レイシオ発現プロファイルによるサンプルの評点付け
新しいサンプルの評点付けの前に、サンプルの遺伝子発現ベクターが各遺伝子についての基準遺伝子発現ベクターに対する対数比率値を採ることにより変換される。例えば、サンプルＳの変換は以下のように行なわれる。
【数６】
Figure 2004519247
【０４２４】
弱い分化の値を有する各遺伝子を除外し、残りの各行が上記各プロファイル・ベクター内の値と同一になるようにして、サンプル・ベクターＳ”が形成される。その後、各プロファイルに対する評価点がこのＳ”と上記プロファイル・ベクターとの間のユークリッド距離を採ることにより計算される。上記の正規化された評価点は（評価点−無作為化した評価点の平均値）／無作為化した評価点の標準偏差）であり、この場合に、上記無作為化した評価点は上記Ｓ”とプロファイル・ベクターとの間のユークリッド距離であり、この値はその遺伝子の位置を無作為化する。一般的に、１００個の無作為化した評価点が上記の平均値および標準偏差を計算するために生成される。
【０４２５】
実施例３：ヒト一次細胞についての遺伝子発現プロファイル
ＤＮＡマイクロアレイ技法により一定集合のヒト一次細胞から各遺伝子発現プロファイルを集めた。これらの遺伝子発現プロファイルは未知の細胞または組織の各サンプルを分類するために使用できる。
【０４２６】
３０種のヒト一次細胞のサンプルをクロネテイクス・コーポレーション（Ｃｌｏｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）（サンディエゴ、カリホルニア州）から購入した。これらの一次細胞を以下のカテゴリー、すなわち、内皮、上皮、および筋肉に分離して、組織の起源に基づくカテゴリーにも分類した（図７）。その後、全ＲＮＡを抽出し、増幅して、実施例１において説明したようにＣｙ５−ｄＣＴＰにより標識した。結果として得られた標識化した各ｃＤＮＡをそれぞれ２回スポットした３６４３個の特異的遺伝子を表現する７２８６個のＤＮＡ分子を含む各マイクロアレイ・チップに対してハイブリッド形成した。各標識化したｃＤＮＡプローブを２個の一定分量に分けて、それぞれの分量を同一のマイクロアレイ・チップに対してそれぞれハイブリッド形成した。一定の洗浄処理に続いて、各ＤＮＡチップを走査処理し、各スポットの強度を記録して一定の数値に変換した。これらのデータを正規化するために、各チップにおけるスポット強度をそのチップの７５百分位数の強度値で割った後に、これらを値に１００を掛けた。各一次細胞について、各遺伝子に対応する４個の強度値（各チップあたり２個のスポット×２個のチップ）を平均化することにより一定の最終的な遺伝子強度ベクターが生成される。各対照、すなわち、低品質サンプル、および紛失したデータ値を除外して、３９４０個の遺伝子を最終的な分析に用いた。
【０４２７】
上記一次細胞の各サンプルにおける遺伝子発現ベクターのクラスター分析により、これらのサンプルが３種類の群、すなわち、内皮、上皮、および筋肉の細胞に分類できることが確認された（図８）。一定の基準ベクターが生成され、各強度が一定の対数比率値に変換された。上記クラスカル−ウォリス・ランク・テストによるｐ値が０．００２５よりも大きい場合にその遺伝子を上記行列から除去した。
【０４２８】
その後、３０種の一次細胞型からの４５９個の遺伝子により構成されている、上記により得られた変換行列を用いて上述したようにミーン・ログ・レイシオ・アルゴリズムによりプロファイル抽出を行なった（図９）。さらに、一次、内皮、上皮、および筋肉（図９，１０，１１および図１２）の４種類の発現プロファイルを生成した。この一次プロファイルは各一次細胞を分類するために使用できる１８６個の遺伝子を表現する。また、内皮プロファイルは各内皮細胞を分類するために使用できる５５個の遺伝子を表現する。また、上皮プロファイルは各上皮細胞を分類するために使用できる５２個の遺伝子を表現する。さらに、筋プロファイルは各筋細胞を分類するために使用できる４０個の遺伝子を表現する。シーケンス供給源（Ｓｅｑ． Ｓｏｕｒｃｅ）は遺伝子データベース（ＧＢ：ゲンバンク（ＧｅｎＢａｎｋ）、およびＩＮＣＹＴＥ：インサイト・ゲノムズ（Ｉｎｃｙｔｅ Ｇｅｎｏｍｅｓ））であり、このデータベースから各シーケンスが選択され、シーケンス認識（Ｓｅｑ ＩＤ）は特定の遺伝子シーケンスの受入れ番号である。上記内皮、上皮、および筋プロファイルの各値はその特定プロファイルの数値的表現である。また、ｐ値は上記クラスカル−ウォリス・ランク・テストに基づいており、この場合に、小さなｐ値ほど各サンプルを分類するための高い識別能力を有するクローンを示している。また、供給源の内容説明は特定の遺伝子を同定または確認している。
【０４２９】
上記の各発現プロファイルはまた得られた各数値に対する色の割当てにより図式的に示されている（図１３）。その後、これらの発現プロファイルは各変換処理した一次細胞遺伝子発現ベクターを取りあげて上記ミーン・ログ・レイシオ評点付けアルゴリズムにより別々に上記３種類の発現プロファイルに対してこのベクターを評点付けすることにより上記３０種類の一次細胞を分類するために使用される。これらの結果は上記内皮、上皮、および筋肉の各細胞型がそれぞれ独自の発現プロファイルに対して高く評点付するが、別の２種類のプロファイルに対しては低く評点付けすることを示した（図１４）。
【０４３０】
さらに別の実験において、一定の異なる一次細胞サンプルを上記発現生成工程から除去した後に結果として得られたプロファイルに対して評点付けした。この分析から得られた結果は図５における結果に類似しており、これらの発現プロファイルが各独立したサンプルに対する評点付けのために使用できることを示している（図１５）。
【０４３１】
上記の分析を上述したマックスコール・アルゴリズムを用いて繰り返した。この自己確認結果が図１６において示されており、そのオミット・ワン（ｏｍｉｔ ｏｎｅ）分析の結果が図１７において示されている。これらの結果は上記ミーン・ログ・レイシオ分析による結果と実質的に同一である。
【０４３２】
図９は各一次細胞に対応する遺伝子発現プロファイルを示している。特に、この一次細胞遺伝子発現プロファイルは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １００； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８５およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８６の１種類以上の核酸を含むことができる。従って、これらのシーケンスは一定の一次細胞遺伝子発現プロファイルを同定または確認するために使用することができ、これらはさらに未知の細胞または組織の各サンプルを分類するために使用できる。
【０４３３】
一次細胞遺伝子発現プロファイルはさらに以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３４６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３８８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４０３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４１０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４１５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４２８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４３２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４３３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４４０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４４３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４４４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４４７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４５１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４５２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４５５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４６２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４８４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４９０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４９２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４９３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４９５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５０２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５０５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５１４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５１５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５１８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５２８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５３０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５３２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５３６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５３９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５４１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５４５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５５１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５８５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５８８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５９０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５９２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５９４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５９５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６０１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６０５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６０７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６０８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６１３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６５２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６６１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６７１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６７２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６８１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６８４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６８５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６８６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６８７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６８８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６８９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６９０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６９１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６９２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６９４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６９５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６９７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７００； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７０１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７０２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７０５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７０７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７０８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７０９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７１０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７１１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７１３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７１４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７１５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７１６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７１７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７１８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７１９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７２８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７２９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７３０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７３２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７３３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７３４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７３５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７３６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７３８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７３９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７４０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７４１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７４２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７４３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７４４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７４５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７４６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７４７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７４８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７５１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７５２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７５３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７５５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７５６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７５９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７６１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７６２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７６８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７７１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７７２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７７９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７８１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７８４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７８５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７８６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７８７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７８８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７８９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７９０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７９１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７９２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７９３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７９４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７９５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７９７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８００； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８０１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８０２およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８０３の１種類以上の核酸シーケンスをさらに含むことができる。
【０４３４】
さらに、例を示せば、一次細胞遺伝子発現プロファイルは、例えば、以下の受け入れ番号、すなわち、ＩＮＣＹＴＥ ２９９７２８４Ｈ１； ＩＮＣＹＴＥ １７２６８２８Ｆ６； ＩＮＣＹＴＥ １６９０２９５Ｆ６； ＩＮＣＹＴＥ ５３０６９５Ｔ６； ＩＮＣＹＴＥ ２３１３６７７Ｈ１； ＩＮＣＹＴＥ ２５１０７５７Ｆ６； ＩＮＣＹＴＥ １６９６１２２Ｔ６； ＧＢ Ｍ２０５６６； ＩＮＣＹＴＥ １７４２４５６Ｒ６； ＩＮＣＹＴＥ ３５８４７０２Ｈ１； ＩＮＣＹＴＥ ２２２２０５４Ｈ１； ＩＮＣＹＴＥ ９２８０１９Ｒ６； ＩＮＣＹＴＥ １７１６００１Ｔ６； ＩＮＣＹＴＥ ２２１１５２６Ｔ６； ＩＮＣＹＴＥ ２６０４３０９Ｆ６； ＩＮＣＹＴＥ ３２６９８５７Ｆ６； ＩＮＣＹＴＥ １７５１２９４Ｆ６； ＩＮＣＹＴＥ ３１１８５３０Ｈ１； ＩＮＣＹＴＥ １５１９８２４Ｈ１； ＩＮＣＹＴＥ １４２９３０３Ｈ１； ＩＮＣＹＴＥ ４４９９３７Ｈ１； ＩＮＣＹＴＥ １５０２２４Ｔ６； ＩＮＣＹＴＥ １６５２４５６Ｈ１； ＩＮＣＹＴＥ ２１１６７１６Ｔ６； ＩＮＣＹＴＥ ６３７４７１ＣＡ２； ＩＮＣＹＴＥ ３１０５０６６Ｈ１； ＩＮＣＹＴＥ １９４６７０４Ｈ１； ＩＮＣＹＴＥ ５５４７２７３Ｈ１； ＩＮＣＹＴＥ ２１９４９０１Ｈ１； ＩＮＣＹＴＥ ３０９７０６３Ｈ１； ＩＮＣＹＴＥ ３９９９９８Ｈ１； ＩＮＣＹＴＥ ３３２０１５４Ｈ１； ＧＢ Ｘ８７３４４； ＩＮＣＹＴＥ ２１６９６３５Ｔ６および ＩＮＣＹＴＥ ７６７２９５Ｈ１の核酸シーケンスも含むことができる。
【０４３５】
図１０は一定の内皮遺伝子発現プロファイルを含む遺伝子を示している。特に、この内皮遺伝子発現プロファイルは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９４およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４４を含むがこれらに限らない１種類以上の核酸シーケンスを含むことができる。従って、これらのシーケンスは一定の内皮遺伝子発現プロファイルを同定または確認するために使用することができ、これらはさらに未知の細胞または組織の各サンプルを分類するために使用できる。
【０４３６】
一定の内皮遺伝子発現プロファイルは以下のシーケンス番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４８４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５９０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６７２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７４１およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７５４を含むがこれらに限らない１種類以上の核酸シーケンスをさらに含むことができる。
【０４３７】
さらに、例を示せば、一次細胞遺伝子発現プロファイルは、例えば、以下の受け入れ番号、すなわち、ＩＮＣＹＴＥ ５３０６９５Ｔ６およびＩＮＣＹＴＥ １７１６００１Ｔ６を有する核酸シーケンスも含むことができる。
【０４３８】
図１１において示されている遺伝子発現プロファイルは上皮細胞を同定または確認するために使用できる。特に、一定の上皮遺伝子発現プロファイルは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８５およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８６を含むがこれらに限らない１種類以上の核酸シーケンスを含むことができる。
【０４３９】
図１２は筋細胞から生成した遺伝子発現プロファイルを示している。実施形態の一例において、一定の筋細胞遺伝子発現プロファイルは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５５およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６９を含むがこれらに限らない１種類以上の核酸シーケンスを含むことができる。従って、これらのシーケンスは一定の筋遺伝子発現プロファイルを同定または確認するために使用することができ、これらはさらに未知の細胞または組織の各サンプルを分類するために使用できる。
【０４４０】
一定の筋遺伝子発現プロファイルは以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６５２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６８１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６８４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６８５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６８６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６８７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６８８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６８９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６９０およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６９１を含むがこれらに限らない１種類以上の核酸シーケンスをさらに含むことができる。
【０４４１】
実施例４：上皮細胞亜類型に対応する遺伝子発現プロファイル
上皮細胞の特定の型を定める遺伝子発現プロファイルを本発明の各方法、マイクロアレイおよびアルゴリズムにより発生した。この細胞型特異的遺伝子発現プロファイルを生成するために各上皮細胞系を使用した。この実施例において使用したこれらの上皮細胞系はケラチノサイト上皮、乳房上皮、気管支上皮、前立腺上皮、腎皮質上皮、腎近位細管上皮、小気道上皮、および腎上皮を含む種々の組織から誘導した。
【０４４２】
上記８種類の細胞系のそれぞれから作成した補体ＤＮＡを用いて上記マイクロアレイをプローブ処理した。つまり、上記の各実施例において説明されているように、全ＲＮＡを抽出し、増幅して、標識化した。その後、得られた標識化した各ｃＤＮＡを各マイクロアレイ・チップに対してハイブリッド形成した。その後、１種類以上の洗浄工程に続いて、各マイクロアレイを走査してその各スポットの強度を記録し、一定の数値に変換して正規化した。次に、本発明の各アルゴリズムを適用して各上皮細胞の亜類型を定める一定の遺伝子発現プロファイルを抽出した。
【０４４３】
この実施例において用いた各マイクロアレイは以下の核酸シーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２００； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３００； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６６およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２９を含む。
【０４４４】
図１８は上記８種類のハイブリッド形成の全ての結果を示している。この場合のカットオフ値は２．０を超える発現、すなわち、基線を超える２倍の誘発に対して設定されている。このデータの特定の記述はケラチノサイト上皮細胞について分類した相対的な各発現値を示している。幾つかの遺伝子、特に、以下の核酸シーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２００； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１０およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１１は、上記アルゴリズムの内容におけるカットオフ値である、２．０を超える相対的発現値を示している。これらの遺伝子は特徴遺伝子、すなわち、ケラチノサイト上皮細胞の一定の遺伝子発現プロファイルを示しており、これらは未知の各サンプルを同定および分類するために使用できる。
【０４４５】
さらに、別の段において、各データを分類して特定の細胞型の遺伝子発現プロファイルを示す各遺伝子を同定することができる。例えば、図１８において、各相対的発現値に基づくデータを分類して上記アルゴリズムの内容における一定のカットオフ値として２．０の値を用いることにより、以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８５およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８９の各遺伝子は一定の乳房上皮細胞遺伝子発現プロファイルを示している。
【０４４６】
同様に、図１８において、各相対的発現値に基づくデータを分類して上記アルゴリズムの内容における一定のカットオフ値として２．０の値を用いることにより、以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６１およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１４の各遺伝子は一定の気管支上皮細胞遺伝子発現プロファイルを示している。
【０４４７】
また、図１８において、各相対的発現値に基づくデータを分類して上記アルゴリズムの内容における一定のカットオフ値として２．０の値を用いることにより、以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０２およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２０の各遺伝子は一定の前立腺上皮細胞遺伝子発現プロファイルを示している。
【０４４８】
同様に、図１８において、各相対的発現値に基づくデータを分類して上記アルゴリズムの内容における一定のカットオフ値として２．０の値を用いることにより、以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３００； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６５およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６６の各遺伝子は一定の腎皮質上皮細胞遺伝子発現プロファイルを示している。
【０４４９】
また、図１８において、各相対的発現値に基づくデータを分類して上記アルゴリズムの内容における一定のカットオフ値として２．０の値を用いることにより、以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３００； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２８およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２９の各遺伝子は一定の腎近位細管上皮細胞遺伝子発現プロファイルを示している。
【０４５０】
さらに、図１８において、各相対的発現値に基づくデータを分類して上記アルゴリズムの内容における一定のカットオフ値として２．０の値を用いることにより、以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１７およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１９の各遺伝子は一定の小気道上皮細胞遺伝子発現プロファイルを示している。
【０４５１】
さらに、図１８において、各相対的発現値に基づくデータを分類して上記アルゴリズムの内容における一定のカットオフ値として２．０の値を用いることにより、以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２３およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２４の各遺伝子は一定の腎上皮細胞遺伝子発現プロファイルを示している。
【０４５２】
実施例５：ラット毒物学的基準データベース
遺伝子および／またはタンパク質の発現に関する既知の化合物の毒性を評価するために、一定のラットの発現データベースを構成する。このデータベースは２回の投薬および１回の投薬あたりに２個の時間点における１００種の異なる化合物による、各遺伝子発現プロファイルおよびタンパク質発現プロファイル、ならびに、血清化学物質、血液学的測定、組織病理学、および一般的臨床観察により構成されている。上記の化合物は肝臓および腎臓の毒性における少なくとも１０種類の機構を含む。
【０４５３】
腹腔内投与により各スプラグ・ドーリー（Ｓｐｒａｇｕｅ Ｄａｗｌｅｙ）・ラットを化合物により処理する。各投薬群は２４時間の曝露における少量投薬および多量投薬、および７２時間の曝露における少量投薬および多量投薬を含む。１個の投薬群あたりに３対の動物を処理し、１回の時間点あたりに２頭の対照動物を処理した。この処理に続いて、肝臓、腎臓、白血球、肺、心臓、腸、精巣、および脾臓を含む組織を遺伝子発現および／またはタンパク質発現の分析のために収集した。その他の毒物学的評価は血清化学的評価、血液学的評価、各器官重量、各動物体重、および臨床観察を含む。
【０４５４】
投薬量の選択は文献の各報告に基づいており、少量投薬は一定の端点を誘出する最少の経験的な投薬量として定義されており、多量投薬は有意義数の動物体が特徴的な毒性を示す結果を生じると報告されている投薬量として定義されている。
【０４５５】
上記各化合物の遺伝子発現およびタンパク質発現に関する毒性作用は一定の毒性マイクロアレイにより分析する。各化合物について、１５頭のラットをその化合物により処理して、各ラットからの組織サンプルを収集して分析する。肝臓、腎臓、心臓、脳、腸、精巣、脾臓、および白血球における各発現パタンを一定の毒性化合物の処理に続いて分析した。標的の各核酸を生成するために、ＲＮＡまたはタンパク質を各組織サンプルから単離して、上述したようにマイクロアレイに対するハイブリッド形成のために調製する。発現量において変化を示す各遺伝子および／またはタンパク質を上記ラット毒性マイクロアレイにおいて含むように選択する。加えて、特定の文献の調査に基づいて毒物学的に関連していると確認された約６００種の遺伝子および／または当該遺伝子から誘導されるタンパク質捕捉物質も上記マイクロアレイに含まれる。合計で、約４，０００種のｃＤＮＡまたはタンパク質捕捉物質が上記各化合物の毒性を受けやすいことが反映される。
【０４５６】
上記の組織および毒性の各遺伝子発現プロファイルを反映するデータが投薬量および臨床観察を記載している一定の注釈を含むデータベースの中に置かれる。このデータベースは各作用機構ならびに既に報告されている上記各化合物の投与に続いて観察される遺伝子発現の変化を記載している情報を提供する。また、このデータベースは潜在的に毒性の化合物の排除を可能にする情報を提供することにより薬物発見の過程においても使用される。
【０４５７】
実施例６：病気に対する診断手段としての発現プロファイル
上記マイクロアレイ技法は特定の病気（例えば、癌）を同定して、一定の患者の診断を提供するためにも使用できる。最初に、基準の遺伝子および／またはタンパク質が正常および癌の細胞型の両方について生成される。単離される各細胞型は当業界において知られている多数の方法（例えば、ＦＡＣＳ分類、マグノフェリック（ｍａｇｎｏｆｅｒｒｉｃ）溶液、細胞特異性抗体との組み合わせにおける磁気ビーズ等）により誘導される。各組織からの細胞が一定の細胞特異性抗体による染色により単離された後に、レーザー捕捉顕微鏡または静電的方法により処理される。ＲＮＡはこれらの細胞から単離され、各プローブが上述した各方法により各マイクロアレイの生成のために形成される。同様に、タンパク質が各細胞から単離されて、上述した各方法により各タンパク質捕捉物質を含む一定のマイクロアレイをプローブ処理するために用いることができる。
【０４５８】
その後、各細胞型に対応する各マイクロアレイからのデータが細胞型および位置を説明する一定の注釈情報と共に一定のデータベースの中に置かれる。その後、各クラスター分析および各アルゴリズムを用いて、各細胞型に対応する遺伝子および／またはタンパク質の各発現プロファイルが決定される。
【０４５９】
ホジキンリンパ腫または非ホジキンリンパ腫の診断について、各患者から生物学的サンプルが収集され、ＲＮＡまたはタンパク質が上述したようにこれらのサンプルから単離される。その後、ｃＤＮＡまたはタンパク質が正常、ホジキンリンパ腫、および非ホジキンリンパ腫の各サンプルを表現する各遺伝子またはタンパク質捕捉物質を含むマイクロアレイに対してハイブリッド形成される。この結果、上記の各遺伝子発現プロファイルおよび／またはタンパク質発現プロファイルに基づいて、各患者はホジキンリンパ腫または非ホジキンリンパ腫のいずれかについて診断される。
【０４６０】
その後、上記各患者サンプルによる発現データは上記データベースに加えられる。さらに、その患者に関する臨床的情報および治療過程ならびに臨床結果もこのデータベースに含まれ、これにより、病気、病状、および結果に対応する各発現プロファイルが提供できる。
【０４６１】
マイクロアレイ技法はまた一定の治療過程を確認するためおよび一定の薬物発見方法としても使用される。正常および腫瘍形成性の各細胞を一定の既知の癌薬（例えば、タモキシフェン）または一定の新奇な薬理学的物質により処理する。上述したように、ＲＮＡまたはタンパク質を単離して、これらを正常および癌の各細胞遺伝子またはタンパク質捕捉物質を含む一定のマイクロアレイに対してハイブリッド形成する。この処理に続く各発現量の比較により、薬物によりどの遺伝子またはタンパク質が活性化または不活性化されるかを示す特定の薬物の一定の発現プロファイルが提供される。また、この情報は一定のデータベースに加えられる。従って、このデータベースは正常および癌の各細胞の各遺伝子発現プロファイルおよび／またはタンパク質発現プロファイル、各患者サンプルの遺伝子発現プロファイルおよび／またはタンパク質発現プロファイル、治療を受けている患者の遺伝子発現プロファイルおよび／またはタンパク質発現プロファイル、および生体外細胞調査の遺伝子発現プロファイルおよび／またはタンパク質発現プロファイルを記載している情報を含む。この情報は一定の病気の診断および分類のため、一定の治療過程を選択およびモニターするため、および一定の予後の指示手段を確認するために使用される。
【０４６２】
上記の本発明の各方法および各システムの種々の変更および変形は本発明の範囲および趣旨から逸脱することなく当該技術分野における熟練者において自然に明らかになる。以上において、本発明をその特定の各実施形態に基づいて説明したが、本発明は、本明細書における特許請求の範囲より定められているように、これら特定の実施形態に必要以上に限定されるべきではない。実際に、分子生物学またはこれに関連の各分野における熟練者において明らかである本発明を実施するための上記の各態様における種々の変更は本明細書において記載されている特許請求の範囲の中に含まれると考えられる。
【０４６３】
【配列表】
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【図面の簡単な説明】
【図１】
成育したラットにおける大および小の各脊髄神経節（ＤＲＧ）神経単位における１０μｍの各ニッスル（Ｎｉｓｓｌ）染色部分のレーザー捕捉顕微解剖（ＬＣＭ）。各矢印は捕捉される各ＤＲＧ神経単位を示している（上部パネル）。中央および下部の各パネルはそれぞれ連続的な捕捉および薄膜転位を示している。
【図２】
小（Ｓ）および大（Ｌ）の神経単位の各ｃＤＮＡ発現パタンのマイクロアレイ。図２ａは入手されるｃＤＮＡマイクロアレイ・データの一例である。白枠で囲われた部分はそれぞれＬ１およびＳ１の各サンプルに対応するマイクロアレイの同定領域であり、拡大されている（真下に示されている）。図２ｂにおいて、Ｓ１対Ｓ２、Ｓ１対Ｓ３、Ｌ１対Ｌ２、およびＬ（Ｌ１およびＬ２）対Ｓ（Ｓ１，Ｓ２およびＳ３）の独立した各増幅の間の相関関係を示している各散乱プロットが示されている。
【図３】
各小ＤＲＧ神経単位において同定した選択的に表現された各ｍＲＮＡ。各比率値は各大ＤＲＧ神経単位に対して比較した場合の各小ＤＲＧ神経単位の平均蛍光強度比率を示している。
【図４】
各大ＤＲＧ神経単位において同定した選択的に表現された各ｍＲＮＡ。各比率値は各小ＤＲＧ神経単位に対して比較した場合の各大ＤＲＧ神経単位の平均蛍光強度比率を示している。
【図５】
選択された各ｃＤＮＡを伴うラットＤＲＧの原位置ハイブリッド形成の代表的な場。各部分はニッスル対比染色処理されている。左側のパネルは神経フィラメント−高分子量（ＮＦ−Ｈ）、神経フィラメント−低分子量（ＮＦ−Ｌ）および電位型チャネルのβ−１サブユニット（ＳＣＮβ−１）をそれぞれコード化する放射性同位元素標識された各プローブによる結果を示している。左側のパネルにおける各矢印はそれぞれ確認可能な小神経単位を示している。右側のパネルはカルシトニン遺伝子関連生成物（ＣＧＲＰ）、電位型ナトリウム・チャネル（ＮａＮ）、およびホスホリパーゼＣデルタ−４（ＰＬＣ）をそれぞれコード化する放射性同位元素標識された各プローブによる代表的な場を示している。この右側パネルにおける各矢印はそれぞれ確認可能な大神経単位を示している。さらに、大きな矢じり状の記号は同様に標識されている大神経単位を示している。
【図６】
各小ＤＲＧ神経単位および各大ＤＲＧ神経単位において確認した選択された各ｃＤＮＡの原位置ハイブリッド形成。各小神経単位および大神経単位内のシグナルの全体的な強度と各小神経単位または大神経単位の全体の母集団内における標識された細胞の割合との比較による定量的な測定に基づいて、これらｍＲＮＡの選択的な表現が表示されている。
【図７】
幾つかの一次細胞型のプロファイル抽出分析。各細胞型が３種類の群、すなわち、内皮細胞、上皮細胞、および筋細胞に分類できることが確認されている各一次細胞サンプルの遺伝子発現プロファイルのクラスター分析。
【図８】
Ｓ−プラス統計パッケージ（Ｓ−ｐｌｕｓ ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ ｐａｃｋａｇｅ）内のｈｃｌｕｓｔ（ｈｃｌｕｓｔ）アルゴリズム（マサチューセッツ州ケンブリッジのマスソフト社（ＭａｔｈＳｏｆｔ， Ｉｎｃ．）による３０種類の遺伝子発現ベクターのクラスター分析。このｈｃｌｕｓｔアルゴリズムは類似の遺伝子発現パタンを伴う各一次細胞を一緒の群に分ける。３種類のサンプル群（内皮細胞、上皮細胞、および筋細胞）が容易に分離された。
【図９ａ】
ヒト一次細胞の遺伝子発現プロファイル。このプロファイルは３０種類の一次細胞型から確認された４５９種類の遺伝子を表現している。このシーケンス供給源（Ｓｅｑ． Ｓｏｕｒｃｅ）は遺伝子データベース（ＧＢ：ゲンバンク（ＧｅｎＢａｎｋ）、ＩＮＣＹＴＥ：インサイト・ゲノムズ（Ｉｎｃｙｔｅ Ｇｅｎｏｍｅｓ））であり、このデータベースから各シーケンスが選択されている。各内皮、上皮、および筋のプロファイル値はその特定のプロファイルの数値表現である。また、各ｐ値はクラスカル−ウォリス（Ｋｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓ）ランク・テストに基づいており、この場合に、小さなｐ値ほどサンプルの分類において高い識別力を有するクローンを示している。さらに、供給源の内容説明は特定の遺伝子を識別している。
【図９ｂ】
ヒト一次細胞の遺伝子発現プロファイル。このプロファイルは３０種類の一次細胞型から確認された４５９種類の遺伝子を表現している。このシーケンス供給源（Ｓｅｑ． Ｓｏｕｒｃｅ）は遺伝子データベース（ＧＢ：ゲンバンク（ＧｅｎＢａｎｋ）、ＩＮＣＹＴＥ：インサイト・ゲノムズ（Ｉｎｃｙｔｅ Ｇｅｎｏｍｅｓ））であり、このデータベースから各シーケンスが選択されている。各内皮、上皮、および筋のプロファイル値はその特定のプロファイルの数値表現である。また、各ｐ値はクラスカル−ウォリス（Ｋｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓ）ランク・テストに基づいており、この場合に、小さなｐ値ほどサンプルの分類において高い識別力を有するクローンを示している。さらに、供給源の内容説明は特定の遺伝子を識別している。
【図９ｃ】
ヒト一次細胞の遺伝子発現プロファイル。このプロファイルは３０種類の一次細胞型から確認された４５９種類の遺伝子を表現している。このシーケンス供給源（Ｓｅｑ． Ｓｏｕｒｃｅ）は遺伝子データベース（ＧＢ：ゲンバンク（ＧｅｎＢａｎｋ）、ＩＮＣＹＴＥ：インサイト・ゲノムズ（Ｉｎｃｙｔｅ Ｇｅｎｏｍｅｓ））であり、このデータベースから各シーケンスが選択されている。各内皮、上皮、および筋のプロファイル値はその特定のプロファイルの数値表現である。また、各ｐ値はクラスカル−ウォリス（Ｋｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓ）ランク・テストに基づいており、この場合に、小さなｐ値ほどサンプルの分類において高い識別力を有するクローンを示している。さらに、供給源の内容説明は特定の遺伝子を識別している。
【図９ｄ】
ヒト一次細胞の遺伝子発現プロファイル。このプロファイルは３０種類の一次細胞型から確認された４５９種類の遺伝子を表現している。このシーケンス供給源（Ｓｅｑ． Ｓｏｕｒｃｅ）は遺伝子データベース（ＧＢ：ゲンバンク（ＧｅｎＢａｎｋ）、ＩＮＣＹＴＥ：インサイト・ゲノムズ（Ｉｎｃｙｔｅ Ｇｅｎｏｍｅｓ））であり、このデータベースから各シーケンスが選択されている。各内皮、上皮、および筋のプロファイル値はその特定のプロファイルの数値表現である。また、各ｐ値はクラスカル−ウォリス（Ｋｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓ）ランク・テストに基づいており、この場合に、小さなｐ値ほどサンプルの分類において高い識別力を有するクローンを示している。さらに、供給源の内容説明は特定の遺伝子を識別している。
【図９ｅ】
ヒト一次細胞の遺伝子発現プロファイル。このプロファイルは３０種類の一次細胞型から確認された４５９種類の遺伝子を表現している。このシーケンス供給源（Ｓｅｑ． Ｓｏｕｒｃｅ）は遺伝子データベース（ＧＢ：ゲンバンク（ＧｅｎＢａｎｋ）、ＩＮＣＹＴＥ：インサイト・ゲノムズ（Ｉｎｃｙｔｅ Ｇｅｎｏｍｅｓ））であり、このデータベースから各シーケンスが選択されている。各内皮、上皮、および筋のプロファイル値はその特定のプロファイルの数値表現である。また、各ｐ値はクラスカル−ウォリス（Ｋｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓ）ランク・テストに基づいており、この場合に、小さなｐ値ほどサンプルの分類において高い識別力を有するクローンを示している。さらに、供給源の内容説明は特定の遺伝子を識別している。
【図９ｆ】
ヒト一次細胞の遺伝子発現プロファイル。このプロファイルは３０種類の一次細胞型から確認された４５９種類の遺伝子を表現している。このシーケンス供給源（Ｓｅｑ． Ｓｏｕｒｃｅ）は遺伝子データベース（ＧＢ：ゲンバンク（ＧｅｎＢａｎｋ）、ＩＮＣＹＴＥ：インサイト・ゲノムズ（Ｉｎｃｙｔｅ Ｇｅｎｏｍｅｓ））であり、このデータベースから各シーケンスが選択されている。各内皮、上皮、および筋のプロファイル値はその特定のプロファイルの数値表現である。また、各ｐ値はクラスカル−ウォリス（Ｋｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓ）ランク・テストに基づいており、この場合に、小さなｐ値ほどサンプルの分類において高い識別力を有するクローンを示している。さらに、供給源の内容説明は特定の遺伝子を識別している。
【図９ｇ】
ヒト一次細胞の遺伝子発現プロファイル。このプロファイルは３０種類の一次細胞型から確認された４５９種類の遺伝子を表現している。このシーケンス供給源（Ｓｅｑ． Ｓｏｕｒｃｅ）は遺伝子データベース（ＧＢ：ゲンバンク（ＧｅｎＢａｎｋ）、ＩＮＣＹＴＥ：インサイト・ゲノムズ（Ｉｎｃｙｔｅ Ｇｅｎｏｍｅｓ））であり、このデータベースから各シーケンスが選択されている。各内皮、上皮、および筋のプロファイル値はその特定のプロファイルの数値表現である。また、各ｐ値はクラスカル−ウォリス（Ｋｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓ）ランク・テストに基づいており、この場合に、小さなｐ値ほどサンプルの分類において高い識別力を有するクローンを示している。さらに、供給源の内容説明は特定の遺伝子を識別している。
【図９ｈ】
ヒト一次細胞の遺伝子発現プロファイル。このプロファイルは３０種類の一次細胞型から確認された４５９種類の遺伝子を表現している。このシーケンス供給源（Ｓｅｑ． Ｓｏｕｒｃｅ）は遺伝子データベース（ＧＢ：ゲンバンク（ＧｅｎＢａｎｋ）、ＩＮＣＹＴＥ：インサイト・ゲノムズ（Ｉｎｃｙｔｅ Ｇｅｎｏｍｅｓ））であり、このデータベースから各シーケンスが選択されている。各内皮、上皮、および筋のプロファイル値はその特定のプロファイルの数値表現である。また、各ｐ値はクラスカル−ウォリス（Ｋｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓ）ランク・テストに基づいており、この場合に、小さなｐ値ほどサンプルの分類において高い識別力を有するクローンを示している。さらに、供給源の内容説明は特定の遺伝子を識別している。
【図９ｉ】
ヒト一次細胞の遺伝子発現プロファイル。このプロファイルは３０種類の一次細胞型から確認された４５９種類の遺伝子を表現している。このシーケンス供給源（Ｓｅｑ． Ｓｏｕｒｃｅ）は遺伝子データベース（ＧＢ：ゲンバンク（ＧｅｎＢａｎｋ）、ＩＮＣＹＴＥ：インサイト・ゲノムズ（Ｉｎｃｙｔｅ Ｇｅｎｏｍｅｓ））であり、このデータベースから各シーケンスが選択されている。各内皮、上皮、および筋のプロファイル値はその特定のプロファイルの数値表現である。また、各ｐ値はクラスカル−ウォリス（Ｋｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓ）ランク・テストに基づいており、この場合に、小さなｐ値ほどサンプルの分類において高い識別力を有するクローンを示している。さらに、供給源の内容説明は特定の遺伝子を識別している。
【図９ｊ】
ヒト一次細胞の遺伝子発現プロファイル。このプロファイルは３０種類の一次細胞型から確認された４５９種類の遺伝子を表現している。このシーケンス供給源（Ｓｅｑ． Ｓｏｕｒｃｅ）は遺伝子データベース（ＧＢ：ゲンバンク（ＧｅｎＢａｎｋ）、ＩＮＣＹＴＥ：インサイト・ゲノムズ（Ｉｎｃｙｔｅ Ｇｅｎｏｍｅｓ））であり、このデータベースから各シーケンスが選択されている。各内皮、上皮、および筋のプロファイル値はその特定のプロファイルの数値表現である。また、各ｐ値はクラスカル−ウォリス（Ｋｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓ）ランク・テストに基づいており、この場合に、小さなｐ値ほどサンプルの分類において高い識別力を有するクローンを示している。さらに、供給源の内容説明は特定の遺伝子を識別している。
【図９ｋ】
ヒト一次細胞の遺伝子発現プロファイル。このプロファイルは３０種類の一次細胞型から確認された４５９種類の遺伝子を表現している。このシーケンス供給源（Ｓｅｑ． Ｓｏｕｒｃｅ）は遺伝子データベース（ＧＢ：ゲンバンク（ＧｅｎＢａｎｋ）、ＩＮＣＹＴＥ：インサイト・ゲノムズ（Ｉｎｃｙｔｅ Ｇｅｎｏｍｅｓ））であり、このデータベースから各シーケンスが選択されている。各内皮、上皮、および筋のプロファイル値はその特定のプロファイルの数値表現である。また、各ｐ値はクラスカル−ウォリス（Ｋｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓ）ランク・テストに基づいており、この場合に、小さなｐ値ほどサンプルの分類において高い識別力を有するクローンを示している。さらに、供給源の内容説明は特定の遺伝子を識別している。
【図９ｌ】
ヒト一次細胞の遺伝子発現プロファイル。このプロファイルは３０種類の一次細胞型から確認された４５９種類の遺伝子を表現している。このシーケンス供給源（Ｓｅｑ． Ｓｏｕｒｃｅ）は遺伝子データベース（ＧＢ：ゲンバンク（ＧｅｎＢａｎｋ）、ＩＮＣＹＴＥ：インサイト・ゲノムズ（Ｉｎｃｙｔｅ Ｇｅｎｏｍｅｓ））であり、このデータベースから各シーケンスが選択されている。各内皮、上皮、および筋のプロファイル値はその特定のプロファイルの数値表現である。また、各ｐ値はクラスカル−ウォリス（Ｋｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓ）ランク・テストに基づいており、この場合に、小さなｐ値ほどサンプルの分類において高い識別力を有するクローンを示している。さらに、供給源の内容説明は特定の遺伝子を識別している。
【図９ｍ】
ヒト一次細胞の遺伝子発現プロファイル。このプロファイルは３０種類の一次細胞型から確認された４５９種類の遺伝子を表現している。このシーケンス供給源（Ｓｅｑ． Ｓｏｕｒｃｅ）は遺伝子データベース（ＧＢ：ゲンバンク（ＧｅｎＢａｎｋ）、ＩＮＣＹＴＥ：インサイト・ゲノムズ（Ｉｎｃｙｔｅ Ｇｅｎｏｍｅｓ））であり、このデータベースから各シーケンスが選択されている。各内皮、上皮、および筋のプロファイル値はその特定のプロファイルの数値表現である。また、各ｐ値はクラスカル−ウォリス（Ｋｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓ）ランク・テストに基づいており、この場合に、小さなｐ値ほどサンプルの分類において高い識別力を有するクローンを示している。さらに、供給源の内容説明は特定の遺伝子を識別している。
【図９ｎ】
ヒト一次細胞の遺伝子発現プロファイル。このプロファイルは３０種類の一次細胞型から確認された４５９種類の遺伝子を表現している。このシーケンス供給源（Ｓｅｑ． Ｓｏｕｒｃｅ）は遺伝子データベース（ＧＢ：ゲンバンク（ＧｅｎＢａｎｋ）、ＩＮＣＹＴＥ：インサイト・ゲノムズ（Ｉｎｃｙｔｅ Ｇｅｎｏｍｅｓ））であり、このデータベースから各シーケンスが選択されている。各内皮、上皮、および筋のプロファイル値はその特定のプロファイルの数値表現である。また、各ｐ値はクラスカル−ウォリス（Ｋｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓ）ランク・テストに基づいており、この場合に、小さなｐ値ほどサンプルの分類において高い識別力を有するクローンを示している。さらに、供給源の内容説明は特定の遺伝子を識別している。
【図９ｏ】
ヒト一次細胞の遺伝子発現プロファイル。このプロファイルは３０種類の一次細胞型から確認された４５９種類の遺伝子を表現している。このシーケンス供給源（Ｓｅｑ． Ｓｏｕｒｃｅ）は遺伝子データベース（ＧＢ：ゲンバンク（ＧｅｎＢａｎｋ）、ＩＮＣＹＴＥ：インサイト・ゲノムズ（Ｉｎｃｙｔｅ Ｇｅｎｏｍｅｓ））であり、このデータベースから各シーケンスが選択されている。各内皮、上皮、および筋のプロファイル値はその特定のプロファイルの数値表現である。また、各ｐ値はクラスカル−ウォリス（Ｋｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓ）ランク・テストに基づいており、この場合に、小さなｐ値ほどサンプルの分類において高い識別力を有するクローンを示している。さらに、供給源の内容説明は特定の遺伝子を識別している。
【図９ｐ】
ヒト一次細胞の遺伝子発現プロファイル。このプロファイルは３０種類の一次細胞型から確認された４５９種類の遺伝子を表現している。このシーケンス供給源（Ｓｅｑ． Ｓｏｕｒｃｅ）は遺伝子データベース（ＧＢ：ゲンバンク（ＧｅｎＢａｎｋ）、ＩＮＣＹＴＥ：インサイト・ゲノムズ（Ｉｎｃｙｔｅ Ｇｅｎｏｍｅｓ））であり、このデータベースから各シーケンスが選択されている。各内皮、上皮、および筋のプロファイル値はその特定のプロファイルの数値表現である。また、各ｐ値はクラスカル−ウォリス（Ｋｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓ）ランク・テストに基づいており、この場合に、小さなｐ値ほどサンプルの分類において高い識別力を有するクローンを示している。さらに、供給源の内容説明は特定の遺伝子を識別している。
【図９ｑ】
ヒト一次細胞の遺伝子発現プロファイル。このプロファイルは３０種類の一次細胞型から確認された４５９種類の遺伝子を表現している。このシーケンス供給源（Ｓｅｑ． Ｓｏｕｒｃｅ）は遺伝子データベース（ＧＢ：ゲンバンク（ＧｅｎＢａｎｋ）、ＩＮＣＹＴＥ：インサイト・ゲノムズ（Ｉｎｃｙｔｅ Ｇｅｎｏｍｅｓ））であり、このデータベースから各シーケンスが選択されている。各内皮、上皮、および筋のプロファイル値はその特定のプロファイルの数値表現である。また、各ｐ値はクラスカル−ウォリス（Ｋｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓ）ランク・テストに基づいており、この場合に、小さなｐ値ほどサンプルの分類において高い識別力を有するクローンを示している。さらに、供給源の内容説明は特定の遺伝子を識別している。
【図９ｒ】
ヒト一次細胞の遺伝子発現プロファイル。このプロファイルは３０種類の一次細胞型から確認された４５９種類の遺伝子を表現している。このシーケンス供給源（Ｓｅｑ． Ｓｏｕｒｃｅ）は遺伝子データベース（ＧＢ：ゲンバンク（ＧｅｎＢａｎｋ）、ＩＮＣＹＴＥ：インサイト・ゲノムズ（Ｉｎｃｙｔｅ Ｇｅｎｏｍｅｓ））であり、このデータベースから各シーケンスが選択されている。各内皮、上皮、および筋のプロファイル値はその特定のプロファイルの数値表現である。また、各ｐ値はクラスカル−ウォリス（Ｋｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓ）ランク・テストに基づいており、この場合に、小さなｐ値ほどサンプルの分類において高い識別力を有するクローンを示している。さらに、供給源の内容説明は特定の遺伝子を識別している。
【図９ｓ】
ヒト一次細胞の遺伝子発現プロファイル。このプロファイルは３０種類の一次細胞型から確認された４５９種類の遺伝子を表現している。このシーケンス供給源（Ｓｅｑ． Ｓｏｕｒｃｅ）は遺伝子データベース（ＧＢ：ゲンバンク（ＧｅｎＢａｎｋ）、ＩＮＣＹＴＥ：インサイト・ゲノムズ（Ｉｎｃｙｔｅ Ｇｅｎｏｍｅｓ））であり、このデータベースから各シーケンスが選択されている。各内皮、上皮、および筋のプロファイル値はその特定のプロファイルの数値表現である。また、各ｐ値はクラスカル−ウォリス（Ｋｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓ）ランク・テストに基づいており、この場合に、小さなｐ値ほどサンプルの分類において高い識別力を有するクローンを示している。さらに、供給源の内容説明は特定の遺伝子を識別している。
【図９ｔ】
ヒト一次細胞の遺伝子発現プロファイル。このプロファイルは３０種類の一次細胞型から確認された４５９種類の遺伝子を表現している。このシーケンス供給源（Ｓｅｑ． Ｓｏｕｒｃｅ）は遺伝子データベース（ＧＢ：ゲンバンク（ＧｅｎＢａｎｋ）、ＩＮＣＹＴＥ：インサイト・ゲノムズ（Ｉｎｃｙｔｅ Ｇｅｎｏｍｅｓ））であり、このデータベースから各シーケンスが選択されている。各内皮、上皮、および筋のプロファイル値はその特定のプロファイルの数値表現である。また、各ｐ値はクラスカル−ウォリス（Ｋｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓ）ランク・テストに基づいており、この場合に、小さなｐ値ほどサンプルの分類において高い識別力を有するクローンを示している。さらに、供給源の内容説明は特定の遺伝子を識別している。
【図１０ａ】
内皮細胞の遺伝子発現プロファイル。このシーケンス供給源（Ｓｅｑ． Ｓｏｕｒｃｅ）は遺伝子データベース（ＧＢ：ゲンバンク（ＧｅｎＢａｎｋ）、ＩＮＣＹＴＥ：インサイト・ゲノムズ（Ｉｎｃｙｔｅ Ｇｅｎｏｍｅｓ））であり、このデータベースから各シーケンスが選択されている。各内皮、上皮、および筋のプロファイル値はその特定のプロファイルの数値表現である。また、各ｐ値はクラスカル−ウォリス（Ｋｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓ）ランク・テストに基づいており、この場合に、小さなｐ値ほどサンプルの分類において高い識別力を有するクローンを示している。さらに、供給源の内容説明は特定の遺伝子を識別している。
【図１０ｂ】
内皮細胞の遺伝子発現プロファイル。このシーケンス供給源（Ｓｅｑ． Ｓｏｕｒｃｅ）は遺伝子データベース（ＧＢ：ゲンバンク（ＧｅｎＢａｎｋ）、ＩＮＣＹＴＥ：インサイト・ゲノムズ（Ｉｎｃｙｔｅ Ｇｅｎｏｍｅｓ））であり、このデータベースから各シーケンスが選択されている。各内皮、上皮、および筋のプロファイル値はその特定のプロファイルの数値表現である。また、各ｐ値はクラスカル−ウォリス（Ｋｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓ）ランク・テストに基づいており、この場合に、小さなｐ値ほどサンプルの分類において高い識別力を有するクローンを示している。さらに、供給源の内容説明は特定の遺伝子を識別している。
【図１０ｃ】
内皮細胞の遺伝子発現プロファイル。このシーケンス供給源（Ｓｅｑ． Ｓｏｕｒｃｅ）は遺伝子データベース（ＧＢ：ゲンバンク（ＧｅｎＢａｎｋ）、ＩＮＣＹＴＥ：インサイト・ゲノムズ（Ｉｎｃｙｔｅ Ｇｅｎｏｍｅｓ））であり、このデータベースから各シーケンスが選択されている。各内皮、上皮、および筋のプロファイル値はその特定のプロファイルの数値表現である。また、各ｐ値はクラスカル−ウォリス（Ｋｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓ）ランク・テストに基づいており、この場合に、小さなｐ値ほどサンプルの分類において高い識別力を有するクローンを示している。さらに、供給源の内容説明は特定の遺伝子を識別している。
【図１１ａ】
上皮細胞の遺伝子発現プロファイル。このシーケンス供給源（Ｓｅｑ． Ｓｏｕｒｃｅ）は遺伝子データベース（ＧＢ：ゲンバンク（ＧｅｎＢａｎｋ）、ＩＮＣＹＴＥ：インサイト・ゲノムズ（Ｉｎｃｙｔｅ Ｇｅｎｏｍｅｓ））であり、このデータベースから各シーケンスが選択されている。各内皮、上皮、および筋のプロファイル値はその特定のプロファイルの数値表現である。また、各ｐ値はクラスカル−ウォリス（Ｋｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓ）ランク・テストに基づいており、この場合に、小さなｐ値ほどサンプルの分類において高い識別力を有するクローンを示している。さらに、供給源の内容説明は特定の遺伝子を識別している。
【図１１ｂ】
上皮細胞の遺伝子発現プロファイル。このシーケンス供給源（Ｓｅｑ． Ｓｏｕｒｃｅ）は遺伝子データベース（ＧＢ：ゲンバンク（ＧｅｎＢａｎｋ）、ＩＮＣＹＴＥ：インサイト・ゲノムズ（Ｉｎｃｙｔｅ Ｇｅｎｏｍｅｓ））であり、このデータベースから各シーケンスが選択されている。各内皮、上皮、および筋のプロファイル値はその特定のプロファイルの数値表現である。また、各ｐ値はクラスカル−ウォリス（Ｋｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓ）ランク・テストに基づいており、この場合に、小さなｐ値ほどサンプルの分類において高い識別力を有するクローンを示している。さらに、供給源の内容説明は特定の遺伝子を識別している。
【図１１ｃ】
上皮細胞の遺伝子発現プロファイル。このシーケンス供給源（Ｓｅｑ． Ｓｏｕｒｃｅ）は遺伝子データベース（ＧＢ：ゲンバンク（ＧｅｎＢａｎｋ）、ＩＮＣＹＴＥ：インサイト・ゲノムズ（Ｉｎｃｙｔｅ Ｇｅｎｏｍｅｓ））であり、このデータベースから各シーケンスが選択されている。各内皮、上皮、および筋のプロファイル値はその特定のプロファイルの数値表現である。また、各ｐ値はクラスカル−ウォリス（Ｋｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓ）ランク・テストに基づいており、この場合に、小さなｐ値ほどサンプルの分類において高い識別力を有するクローンを示している。さらに、供給源の内容説明は特定の遺伝子を識別している。
【図１２ａ】
筋細胞の遺伝子発現プロファイル。このシーケンス供給源（Ｓｅｑ． Ｓｏｕｒｃｅ）は遺伝子データベース（ＧＢ：ゲンバンク（ＧｅｎＢａｎｋ）、ＩＮＣＹＴＥ：インサイト・ゲノムズ（Ｉｎｃｙｔｅ Ｇｅｎｏｍｅｓ））であり、このデータベースから各シーケンスが選択されている。各内皮、上皮、および筋のプロファイル値はその特定のプロファイルの数値表現である。また、各ｐ値はクラスカル−ウォリス（Ｋｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓ）ランク・テストに基づいており、この場合に、小さなｐ値ほどサンプルの分類において高い識別力を有するクローンを示している。さらに、供給源の内容説明は特定の遺伝子を識別している。
【図１２ｂ】
筋細胞の遺伝子発現プロファイル。このシーケンス供給源（Ｓｅｑ． Ｓｏｕｒｃｅ）は遺伝子データベース（ＧＢ：ゲンバンク（ＧｅｎＢａｎｋ）、ＩＮＣＹＴＥ：インサイト・ゲノムズ（Ｉｎｃｙｔｅ Ｇｅｎｏｍｅｓ））であり、このデータベースから各シーケンスが選択されている。各内皮、上皮、および筋のプロファイル値はその特定のプロファイルの数値表現である。また、各ｐ値はクラスカル−ウォリス（Ｋｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓ）ランク・テストに基づいており、この場合に、小さなｐ値ほどサンプルの分類において高い識別力を有するクローンを示している。さらに、供給源の内容説明は特定の遺伝子を識別している。
【図１３】
ミーン・ログ・レイシオ（Ｍｅａｎ Ｌｏｇ Ｒａｔｉｏ）アルゴリズムおよびマックスコール（ＭａｘＣｏｒ）アルゴリズムにより生成される各プロファイル・ベクター（内皮細胞、上皮細胞、および筋細胞）が図式的にプロットされている。各数値が色の棒グラフによりプロットされている。中間の数字は図示されているように各色により中間にプロットされている。
【図１４】
ミーン・ログ・レイシオ・アルゴリズムによる自己確認分析。３０個のサンプルのそれぞれがこれら３０個のサンプル全てにより生成された３種類の発現プロファイルに対してそれぞれ点数付けされている。各点数は棒グラフのチャートでプロットされている（白色：内皮細胞、黒色：上皮細胞、斜線：筋細胞）。一次細胞の順番が図７において示されている。
【図１５】
上記ミーン・ログ・レイシオ・アルゴリズムによるオミット−ワン（ｏｍｉｔ−ｏｎｅ）分析。３０個のサンプルのそれぞれがそのサンプルを省く全てのサンプルにより生成された３種類の発現プロファイルに対してそれぞれ点数付けされている。各点数は棒グラフのチャートでプロットされている（白色：内皮細胞、黒色：上皮細胞、斜線：筋細胞）。一次細胞の順番が図７において示されている。
【図１６】
マックスコール・アルゴリズムによる自己確認分析。３０個のサンプルのそれぞれがこれら３０個のサンプル全てにより生成された３種類の発現プロファイルに対してそれぞれ点数付けされている。各点数は棒グラフのチャートでプロットされている（白色：内皮細胞、黒色：上皮細胞、斜線：筋細胞）。一次細胞の順番が図７において示されている。
【図１７】
上記マックスコール・アルゴリズムによるオミット−ワン（ｏｍｉｔ−ｏｎｅ）分析。３０個のサンプルのそれぞれがそのサンプルを省く全てのサンプルにより生成された３種類の発現プロファイルに対してそれぞれ点数付けされている。各点数は棒グラフのチャートでプロットされている（白色：内皮細胞、黒色：上皮細胞、斜線：筋細胞）。一次細胞の順番が図７において示されている。
【図１８ａ】
ケラチノサイト上皮、乳房上皮、気管支上皮、前立腺上皮、腎皮質上皮、腎近位細管上皮、小気道上皮、および腎上皮から誘導した上皮細胞系の各遺伝子発現プロファイル。各データはケラチノサイト上皮細胞に対する最高の相対的発現から最低の相対的発現まで分類されている。
【図１８ｂ】
ケラチノサイト上皮、乳房上皮、気管支上皮、前立腺上皮、腎皮質上皮、腎近位細管上皮、小気道上皮、および腎上皮から誘導した上皮細胞系の各遺伝子発現プロファイル。各データはケラチノサイト上皮細胞に対する最高の相対的発現から最低の相対的発現まで分類されている。
【図１８ｃ】
ケラチノサイト上皮、乳房上皮、気管支上皮、前立腺上皮、腎皮質上皮、腎近位細管上皮、小気道上皮、および腎上皮から誘導した上皮細胞系の各遺伝子発現プロファイル。各データはケラチノサイト上皮細胞に対する最高の相対的発現から最低の相対的発現まで分類されている。
【図１８ｄ】
ケラチノサイト上皮、乳房上皮、気管支上皮、前立腺上皮、腎皮質上皮、腎近位細管上皮、小気道上皮、および腎上皮から誘導した上皮細胞系の各遺伝子発現プロファイル。各データはケラチノサイト上皮細胞に対する最高の相対的発現から最低の相対的発現まで分類されている。
【図１８ｅ】
ケラチノサイト上皮、乳房上皮、気管支上皮、前立腺上皮、腎皮質上皮、腎近位細管上皮、小気道上皮、および腎上皮から誘導した上皮細胞系の各遺伝子発現プロファイル。各データはケラチノサイト上皮細胞に対する最高の相対的発現から最低の相対的発現まで分類されている。
【図１８ｆ】
ケラチノサイト上皮、乳房上皮、気管支上皮、前立腺上皮、腎皮質上皮、腎近位細管上皮、小気道上皮、および腎上皮から誘導した上皮細胞系の各遺伝子発現プロファイル。各データはケラチノサイト上皮細胞に対する最高の相対的発現から最低の相対的発現まで分類されている。

Claims (90)

  1. 以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９４およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４４から成る群から選択される群から選択される一定の核酸シーケンスまたはその相補的なシーケンスに対して実質的に相同性の１種類以上の核酸シーケンスを含む内皮細胞遺伝子発現プロファイル。
  2. 以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５５およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６９から成る群から選択される群から選択される一定の核酸シーケンスまたはその相補的なシーケンスに対して実質的に相同性の１種類以上の核酸シーケンスを含む筋細胞遺伝子発現プロファイル。
  3. 以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １００； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８５およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８６から成る群から選択される群から選択される一定の核酸シーケンスまたはその相補的なシーケンスに対して実質的に相同性の１種類以上の核酸シーケンスを含む一次細胞遺伝子発現プロファイル。
  4. 以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８５およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８６から成る群から選択される群から選択される一定の核酸シーケンスまたはその相補的なシーケンスに対して実質的に相同性の１種類以上の核酸シーケンスを含む上皮細胞遺伝子発現プロファイル。
  5. 以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２００； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１０およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１１から成る群から選択される群から選択される一定の核酸シーケンスまたはその相補的なシーケンスに対して実質的に相同性の１種類以上の核酸シーケンスを含むケラチノサイト上皮細胞遺伝子発現プロファイル。
  6. 以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８５およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８９から成る群から選択される群から選択される一定の核酸シーケンスまたはその相補的なシーケンスに対して実質的に相同性の１種類以上の核酸シーケンスを含む乳房上皮細胞遺伝子発現プロファイル。
  7. 以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６１およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１４から成る群から選択される群から選択される一定の核酸シーケンスまたはその相補的なシーケンスに対して実質的に相同性の１種類以上の核酸シーケンスを含む気管支上皮細胞遺伝子発現プロファイル。
  8. 以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０２およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２０から成る群から選択される群から選択される一定の核酸シーケンスまたはその相補的なシーケンスに対して実質的に相同性の１種類以上の核酸シーケンスを含む前立腺上皮細胞遺伝子発現プロファイル。
  9. 以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２６およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２７から成る群から選択される群から選択される一定の核酸シーケンスまたはその相補的なシーケンスに対して実質的に相同性の１種類以上の核酸シーケンスを含む腎皮質上皮細胞遺伝子発現プロファイル。
  10. 以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３００； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２８およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２９から成る群から選択される群から選択される一定の核酸シーケンスまたはその相補的なシーケンスに対して実質的に相同性の１種類以上の核酸シーケンスを含む腎近位細管上皮細胞遺伝子発現プロファイル。
  11. 以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１７およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１９から成る群から選択される群から選択される一定の核酸シーケンスまたはその相補的なシーケンスに対して実質的に相同性の１種類以上の核酸シーケンスを含む小気道上皮細胞遺伝子発現プロファイル。
  12. 以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２３およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２４から成る群から選択される群から選択される一定の核酸シーケンスまたはその相補的なシーケンスに対して実質的に相同性の１種類以上の核酸シーケンスを含む腎上皮細胞遺伝子発現プロファイル。
  13. １種類以上の遺伝子を含む遺伝子発現プロファイルにおいて、当該遺伝子発現プロファイルが以下の細胞型、すなわち、冠状動脈内皮、臍帯動脈内皮、臍帯静脈内皮、大動脈内皮、皮膚微小血管内皮、肺動脈内皮、子宮筋層微小血管内皮、ケラチノサイト上皮、気管支上皮、乳房上皮、前立腺上皮、腎皮質上皮、腎近位細管上皮、小気道上皮、腎上皮、臍帯動脈平滑筋、新生児皮膚線維芽細胞、肺動脈平滑筋、皮膚線維芽細胞、神経先祖細胞、骨格筋、星状細胞、大動脈平滑筋、血管間膜細胞、冠状動脈平滑筋、気管支平滑筋、子宮平滑筋、肺線維芽細胞、骨芽細胞および前立腺間質細胞から成る群から選択される細胞型から生成されている遺伝子発現プロファイル。
  14. 以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９４およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４４から成る群から選択される一定の核酸シーケンスまたはその相補的なシーケンス、または当該核酸シーケンスまたはその相補的なシーケンスの各部分に対して実質的に相同性の１種類以上の核酸シーケンスを含む一定の内皮細胞遺伝子発現プロファイルを含むマイクロアレイ。
  15. 以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５５およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６９から成る群から選択される一定の核酸シーケンスまたはその相補的なシーケンス、または当該核酸シーケンスまたはその相補的なシーケンスの各部分に対して実質的に相同性の１種類以上の核酸シーケンスを含む一定の筋細胞遺伝子発現プロファイルを含むマイクロアレイ。
  16. 以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １００； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８５およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８６から成る群から選択される一定の核酸シーケンスまたはその相補的なシーケンス、または当該核酸シーケンスまたはその相補的なシーケンスの各部分に対して実質的に相同性の１種類以上の核酸シーケンスを含む一定の一次細胞遺伝子発現プロファイルを含むマイクロアレイ。
  17. 以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８５およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８６から成る群から選択される一定の核酸シーケンスまたはその相補的なシーケンス、または当該核酸シーケンスまたはその相補的なシーケンスの各部分に対して実質的に相同性の１種類以上の核酸シーケンスを含む一定の上皮細胞遺伝子発現プロファイルを含むマイクロアレイ。
  18. 以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２００； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１０およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１１から成る群から選択される一定の核酸シーケンスまたはその相補的なシーケンス、または当該核酸シーケンスまたはその相補的なシーケンスの各部分に対して実質的に相同性の１種類以上の核酸シーケンスを含む一定のケラチノサイト上皮細胞遺伝子発現プロファイルを含むマイクロアレイ。
  19. 以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８５およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８９から成る群から選択される一定の核酸シーケンスまたはその相補的なシーケンス、または当該核酸シーケンスまたはその相補的なシーケンスの各部分に対して実質的に相同性の１種類以上の核酸シーケンスを含む一定の乳房上皮細胞遺伝子発現プロファイルを含むマイクロアレイ。
  20. 以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６１およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１４から成る群から選択される一定の核酸シーケンスまたはその相補的なシーケンス、または当該核酸シーケンスまたはその相補的なシーケンスの各部分に対して実質的に相同性の１種類以上の核酸シーケンスを含む一定の気管支上皮細胞遺伝子発現プロファイルを含むマイクロアレイ。
  21. 以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０２およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２０から成る群から選択される一定の核酸シーケンスまたはその相補的なシーケンス、または当該核酸シーケンスまたはその相補的なシーケンスの各部分に対して実質的に相同性の１種類以上の核酸シーケンスを含む一定の前立腺上皮細胞遺伝子発現プロファイルを含むマイクロアレイ。
  22. 以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２６およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２７から成る群から選択される一定の核酸シーケンスまたはその相補的なシーケンス、または当該核酸シーケンスまたはその相補的なシーケンスの各部分に対して実質的に相同性の１種類以上の核酸シーケンスを含む一定の腎皮質上皮細胞遺伝子発現プロファイルを含むマイクロアレイ。
  23. 以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３００； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２８およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２９から成る群から選択される一定の核酸シーケンスまたはその相補的なシーケンス、または当該核酸シーケンスまたはその相補的なシーケンスの各部分に対して実質的に相同性の１種類以上の核酸シーケンスを含む一定の腎近位細管上皮細胞遺伝子発現プロファイルを含むマイクロアレイ。
  24. 以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１７およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１９から成る群から選択される一定の核酸シーケンスまたはその相補的なシーケンス、または当該核酸シーケンスまたはその相補的なシーケンスの各部分に対して実質的に相同性の１種類以上の核酸シーケンスを含む一定の小気道上皮細胞遺伝子発現プロファイルを含むマイクロアレイ。
  25. 以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２３およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２４から成る群から選択される一定の核酸シーケンスまたはその相補的なシーケンス、または当該核酸シーケンスまたはその相補的なシーケンスの各部分に対して実質的に相同性の１種類以上の核酸シーケンスを含む一定の腎上皮細胞遺伝子発現プロファイルを含むマイクロアレイ。
  26. 以下のシーケンス認識番号、すなわち、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １３８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １８９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： １９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２００； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２０９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２１９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２２９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２３９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２４９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２５９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２６９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２７９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２８９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ２９９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３００； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３０９； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３１８； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２０； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２１； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２２； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２３； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２４； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２５； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２６； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２７； ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２８およびＳＥＱ ＩＤ ＮＯ： ３２９から成る群から選択される一定の核酸シーケンスまたはその相補的なシーケンス、または当該核酸シーケンスまたはその相補的なシーケンスの各部分に対して実質的に相同性の１種類以上の核酸シーケンスを含むマイクロアレイ。
  27. １種類以上の遺伝子またはこれらから得られる各オリゴヌクレオチド・プローブを含む一定の遺伝子発現プロファイルを含むマイクロアレイにおいて、前記遺伝子発現プロファイルが以下の細胞型、すなわち、冠状動脈内皮、臍帯動脈内皮、臍帯静脈内皮、大動脈内皮、皮膚微小血管内皮、肺動脈内皮、子宮筋層微小血管内皮、ケラチノサイト上皮、気管支上皮、乳房上皮、前立腺上皮、腎皮質上皮、腎近位細管上皮、小気道上皮、腎上皮、臍帯動脈平滑筋、新生児皮膚線維芽細胞、肺動脈平滑筋、皮膚線維芽細胞、神経先祖細胞、骨格筋、星状細胞、大動脈平滑筋、血管間膜細胞、冠状動脈平滑筋、気管支平滑筋、子宮平滑筋、肺線維芽細胞、骨芽細胞および前立腺間質細胞から成る群から選択される細胞型から生成されているマイクロアレイ。
  28. 一定のサンプルにおけるＲＮＡ発現の量を決定する方法において、
    一定のＲＮＡサンプルにおけるＲＮＡ発現の量を決定する工程を含み、当該ＲＮＡサンプルが増殖され、蛍光により標識化されて、複数の核酸シーケンスを含む一定のマイクロアレイに対してハイブリッド形成され、当該マイクロアレイが蛍光発光について走査され、さらに、
    一定のアルゴリズムを用いて前記発現量を正規化する工程と、
    前記ＲＮＡサンプルを一定の遺伝子発現プロファイルのデータベースに対して評点付けする工程を含む方法。
  29. 前記ＲＮＡサンプルが一定の患者から得られる請求項２８に記載の方法。
  30. 前記ＲＮＡサンプルが血液、尿、羊膜液、血漿、精液、骨髄、および組織生検材料から成る群から選択される請求項２９に記載の方法。
  31. 前記アルゴリズムがマックスコール（ＭａｘＣｏｒ）・アルゴリズムである請求項２８に記載の方法。
  32. 前記アルゴリズムがミーン・ログ・レイシオ（Ｍｅａｎ Ｌｏｇ Ｒａｔｉｏ）・アルゴリズムである請求項２８に記載の方法。
  33. 一定の遺伝子発現プロファイルを構成するための方法において、
    ヒト遺伝子を表現する複数の核酸シーケンスを含む少なくとも１個のマイクロアレイに対して調製したＲＮＡサンプルをハイブリッド形成する工程と、
    前記少なくとも１個のマイクロアレイのそれぞれにおいてヒト遺伝子を表現する前記複数の核酸シーケンスのそれぞれにおける発現量を得る工程と、
    前記少なくとも１個のマイクロアレイのそれぞれにおいてヒト遺伝子を表現する前記複数の核酸シーケンスのそれぞれにおける発現量を各対照の標準に対して正規化する工程を含む方法。
  34. さらに、一定のアルゴリズムを前記正規化した遺伝子発現の各量に対して適用する工程と、
    一定のサンプル群の中の前記正規化した遺伝子発現マイクロアレイの全てに対して相関分析を行なう工程と、
    一定の遺伝子発現プロファイルを設定する工程と、
    前記遺伝子発現プロファイルを確認する工程を含む請求項３３に記載の方法。
  35. 前記アルゴリズムがマックスコール・アルゴリズムである請求項３４に記載の方法。
  36. 前記マックスコール・アルゴリズムを前記正規化した遺伝子発現量のそれぞれに対して適用する工程が各発現量に基づいて前記少なくとも１個のマイクロアレイにおいて表現されている各遺伝子に対して一定の数値を割当てる請求項３５に記載の方法。
  37. 前記数値が（−１，＋１）の範囲内の数である請求項３６に記載の方法。
  38. 前記数値における負の値が比較的に低い発現を有する遺伝子を示す請求項３７に記載の方法。
  39. 前記数値におけるゼロの値が相対的な遺伝子発現の差が無いことを示す請求項３７に記載の方法。
  40. 前記数値における正の値が比較的に高い発現を有する遺伝子を示す請求項３７に記載の方法。
  41. 前記数値が（−２，＋２）の範囲内の数である請求項３６に記載の方法。
  42. 前記数値における負の値が比較的に低い発現を有する遺伝子を示す請求項４１に記載の方法。
  43. 前記数値におけるゼロの値が相対的な遺伝子発現の差が無いことを示す請求項４１に記載の方法。
  44. 前記数値における正の値が比較的に高い発現を有する遺伝子を示す請求項４１に記載の方法。
  45. 前記アルゴリズムがミーン・ログ・レイシオ・アルゴリズムである請求項３４に記載の方法。
  46. 前記ミーン・ログ・レイシオ・アルゴリズムを前記遺伝子発現マイクロアレイのそれぞれに対して適用する工程が各発現量に基づいて前記マイクロアレイに含まれている各遺伝子に対して一定の数値を割当てる請求項４５に記載の方法。
  47. 前記数値が（−１，＋１）の範囲内の数である請求項４６に記載の方法。
  48. 前記数値における負の値が比較的に低い発現を有する遺伝子を示す請求項４７に記載の方法。
  49. 前記数値におけるゼロの値が相対的な遺伝子発現の差が無いことを示す請求項４７に記載の方法。
  50. 前記数値における正の値が比較的に高い発現を有する遺伝子を示す請求項４７に記載の方法。
  51. 前記数値が（−２，＋２）の範囲内の数である請求項４６に記載の方法。
  52. 前記数値における負の値が比較的に低い発現を有する遺伝子を示す請求項５１に記載の方法。
  53. 前記数値におけるゼロの値が相対的な遺伝子発現の差が無いことを示す請求項５１に記載の方法。
  54. 前記数値における正の値が比較的に高い発現を有する遺伝子を示す請求項５１に記載の方法。
  55. 一定の遺伝子発現プロファイルを構成して分析するための、一定のコンピューター・システム内における、方法において、
    複数の遺伝子のそれぞれについての遺伝子発現データを入力する工程と、
    前記データを各対数比率値に変換することによりこれらの発現データを正規化する工程と、
    弱い示差的な各値をフィルター処理する工程と、
    一定のアルゴリズムを前記正規化した遺伝子発現値のそれぞれに対して適用する工程と、
    前記正規化した遺伝子発現値の全てについて一定の分類分析を行なう工程と、
    一定の遺伝子発現プロファイルを設定する工程と、
    前記遺伝子発現プロファイルを確認する工程を含む方法。
  56. 前記アルゴリズムがマックスコール・アルゴリズムである請求項５５に記載の方法。
  57. 前記アルゴリズムがミーン・ログ・レイシオ・アルゴリズムである請求項５５に記載の方法。
  58. 一定の遺伝子発現プロファイルを構成して分析するためのコンピューター・プログラムにおいて、
    複数の遺伝子についての遺伝子発現データを入力として受け取るコンピューター・コードと、
    前記データを各対数比率値に変換することによりこれらの発現データを正規化するコンピューター・コードと、
    前記正規化した遺伝子発現値のそれぞれに対して一定のアルゴリズムを適用するコンピューター・コードと、
    前記正規化した遺伝子発現値の全てについて一定の相関分析を行なうコンピューター・コードと、
    前記遺伝子発現プロファイルを設定して確認するコンピューター・コードと、
    前記各コンピューター・コードを保管するコンピューター読取可能媒体を含むコンピューター・プログラム。
  59. 前記アルゴリズムがマックスコール・アルゴリズムである請求項５８に記載のコンピューター・プログラム。
  60. 前記アルゴリズムがミーン・ログ・レイシオ・アルゴリズムである請求項５８に記載のコンピューター・プログラム。
  61. 一定の細胞の表現型を決定するための方法において、
    前記細胞から生成される遺伝子発現データから一定の遺伝子発現プロファイルを抽出するために一定のアルゴリズムを適用する工程と、
    前記遺伝子発現プロファイルを既知の表現型の一定の細胞から生成した一定の遺伝子発現プロファイルに適合する工程を含む方法。
  62. 前記アルゴリズムがマックスコール・アルゴリズムである請求項６１に記載の方法。
  63. 前記アルゴリズムがミーン・ログ・レイシオ・アルゴリズムである請求項６１に記載の方法。
  64. 前記適用工程が正規化した各値に対する表現についての一定のカットオフ値を設定する工程を含み、当該カットオフ値が前記正規化した各値よりも少なくとも約２倍だけ高い誘発率である請求項６１に記載の方法。
  65. 前記適合工程が既知の表現型の各細胞から生成した１種類以上の遺伝子発現プロファイルを含む一定のデータベースを用いて行なわれる請求項６１に記載の方法。
  66. 一定の生物学的サンプルから生成される一定の遺伝子発現プロファイルを特定の細胞型の既知の遺伝子発現プロファイルに対して一定のアルゴリズムを用いて適合する工程を含む細胞型を識別するための方法。
  67. 前記アルゴリズムがマックスコール・アルゴリズムである請求項６６に記載の方法。
  68. 前記アルゴリズムがミーン・ログ・レイシオ・アルゴリズムである請求項６６に記載の方法。
  69. 前記特定の細胞型が冠状動脈内皮、臍帯動脈内皮、臍帯静脈内皮、大動脈内皮、皮膚微小血管内皮、肺動脈内皮、子宮筋層微小血管内皮、ケラチノサイト上皮、気管支上皮、乳房上皮、前立腺上皮、腎皮質上皮、腎近位細管上皮、小気道上皮、腎上皮、臍帯動脈平滑筋、新生児皮膚線維芽細胞、肺動脈平滑筋、皮膚線維芽細胞、神経先祖細胞、骨格筋、星状細胞、大動脈平滑筋、血管間膜細胞、冠状動脈平滑筋、気管支平滑筋、子宮平滑筋、肺線維芽細胞、骨芽細胞および前立腺間質細胞から成る群から選択される請求項６６に記載の方法。
  70. 請求項１の遺伝子発現プロファイルを含む各遺伝子によりコード化される１種類以上のタンパク質の全体または一部分に対して特異的に結合する１種類以上のタンパク質捕捉物質を含むマイクロアレイ。
  71. 請求項２の遺伝子発現プロファイルを含む各遺伝子によりコード化される１種類以上のタンパク質の全体または一部分に対して特異的に結合する１種類以上のタンパク質捕捉物質を含むマイクロアレイ。
  72. 請求項３の遺伝子発現プロファイルを含む各遺伝子によりコード化される１種類以上のタンパク質の全体または一部分に対して特異的に結合する１種類以上のタンパク質捕捉物質を含むマイクロアレイ。
  73. 請求項４の遺伝子発現プロファイルを含む各遺伝子によりコード化される１種類以上のタンパク質の全体または一部分に対して特異的に結合する１種類以上のタンパク質捕捉物質を含むマイクロアレイ。
  74. 請求項５の遺伝子発現プロファイルを含む各遺伝子によりコード化される１種類以上のタンパク質の全体または一部分に対して特異的に結合する１種類以上のタンパク質捕捉物質を含むマイクロアレイ。
  75. 請求項６の遺伝子発現プロファイルを含む各遺伝子によりコード化される１種類以上のタンパク質の全体または一部分に対して特異的に結合する１種類以上のタンパク質捕捉物質を含むマイクロアレイ。
  76. 請求項７の遺伝子発現プロファイルを含む各遺伝子によりコード化される１種類以上のタンパク質の全体または一部分に対して特異的に結合する１種類以上のタンパク質捕捉物質を含むマイクロアレイ。
  77. 請求項８の遺伝子発現プロファイルを含む各遺伝子によりコード化される１種類以上のタンパク質の全体または一部分に対して特異的に結合する１種類以上のタンパク質捕捉物質を含むマイクロアレイ。
  78. 請求項９の遺伝子発現プロファイルを含む各遺伝子によりコード化される１種類以上のタンパク質の全体または一部分に対して特異的に結合する１種類以上のタンパク質捕捉物質を含むマイクロアレイ。
  79. 請求項１０の遺伝子発現プロファイルを含む各遺伝子によりコード化される１種類以上のタンパク質の全体または一部分に対して特異的に結合する１種類以上のタンパク質捕捉物質を含むマイクロアレイ。
  80. 請求項１１の遺伝子発現プロファイルを含む各遺伝子によりコード化される１種類以上のタンパク質の全体または一部分に対して特異的に結合する１種類以上のタンパク質捕捉物質を含むマイクロアレイ。
  81. 請求項１２の遺伝子発現プロファイルを含む各遺伝子によりコード化される１種類以上のタンパク質の全体または一部分に対して特異的に結合する１種類以上のタンパク質捕捉物質を含むマイクロアレイ。
  82. 一定の細胞の表現型を決定するための方法において、
    前記細胞から生成されるタンパク質発現データから一定のタンパク質発現プロファイルを抽出するために一定のアルゴリズムを適用する工程と、
    前記タンパク質発現プロファイルを既知の表現型の細胞から生成した一定のタンパク質発現プロファイルに対して適合する工程を含む方法。
  83. 前記アルゴリズムがマックスコール・アルゴリズムである請求項８２に記載の方法。
  84. 前記アルゴリズムがミーン・ログ・レイシオ・アルゴリズムである請求項８２に記載の方法。
  85. 前記適用工程が正規化した各値に対する表現についての一定のカットオフ値を設定する工程を含み、当該カットオフ値が前記正規化した各値よりも少なくとも約２倍だけ高い誘発率である請求項８２に記載の方法。
  86. 前記適合工程が既知の表現型の各細胞から生成した１種類以上のタンパク質発現プロファイルを含む一定のデータベースを用いて行なわれる請求項８２に記載の方法。
  87. 一定の生物学的サンプルから生成される一定のタンパク質発現プロファイルを特定の細胞型の既知のタンパク質発現プロファイルに対して一定のアルゴリズムを用いて適合する工程を含む細胞型を識別するための方法。
  88. 前記アルゴリズムがマックスコール・アルゴリズムである請求項８７に記載の方法。
  89. 前記アルゴリズムがミーン・ログ・レイシオ・アルゴリズムである請求項８７に記載の方法。
  90. 前記特定の細胞型が冠状動脈内皮、臍帯動脈内皮、臍帯静脈内皮、大動脈内皮、皮膚微小血管内皮、肺動脈内皮、子宮筋層微小血管内皮、ケラチノサイト上皮、気管支上皮、乳房上皮、前立腺上皮、腎皮質上皮、腎近位細管上皮、小気道上皮、腎上皮、臍帯動脈平滑筋、新生児皮膚線維芽細胞、肺動脈平滑筋、皮膚線維芽細胞、神経先祖細胞、骨格筋、星状細胞、大動脈平滑筋、血管間膜細胞、冠状動脈平滑筋、気管支平滑筋、子宮平滑筋、肺線維芽細胞、骨芽細胞および前立腺間質細胞から成る群から選択される請求項８７に記載の方法。
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