JP6321622B2 - 微生物の自動化された選択およびmaldiを使用した同定 - Google Patents
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Description
− 第1の採取ツールを用意し、採取ツールを保持する採取ツールホルダを備える位置決めデバイスを用意するステップであり、前記位置決めデバイスは、それぞれ、前記培養皿上の微生物の前記選択されたコロニーの前記得られた位置の上方の開始位置に採取ツールを配置し、採取ツールを前記培養皿に向かって自動的に下げ、採取ツールを自動的に上げて前記培養皿から離し、採取ツールを移送位置に配置するように構成されているステップと、
− 前記位置決めデバイスの前記採取ツールホルダ内に前記第1の採取ツールを配置するステップと、
− 前記位置決めデバイスによって、前記第1の採取ツールを、前記培養皿上の微生物の前記選択されたコロニーの前記得られた位置の上方の前記開始位置に配置し、前記第1の採取ツールを前記培養皿に向かって自動的に下げ、前記微生物と接触させて、前記微生物の試料を採取し、前記微生物の前記試料を有する前記第1の採取ツールを自動的に上げて、前記培養皿から離し、前記移送位置に置くステップと、
− 懸濁液管を保持する懸濁液管ホルダを用意するステップと、
− 前記懸濁液管ホルダ内に懸濁液管を配置するステップと、
− 前記懸濁液管ホルダ内に保持された懸濁液管内に懸濁液媒質を自動的に分与する自動懸濁液媒質分与器を用意するステップと、
− 前記自動分与器によって、前記懸濁液管ホルダ内に保持された前記懸濁液管内に、懸濁液媒質の初期量を自動的に供給するステップと、
− それぞれ、前記位置決めデバイスの前記移送位置から、前記懸濁液管ホルダ内に保持された懸濁液管の上方の位置へ、採取ツールを自動的に移送し、採取ツールを下げて懸濁液管内に含まれる懸濁液媒質の中に入れ、採取ツールを上げて懸濁液管内に含まれる懸濁液媒質から離し、前記懸濁液管ホルダ内に保持された懸濁液管の上方の待機位置に採取ツールを配置する移送デバイスを用意するステップと、
− 前記移送デバイスによって、前記微生物の前記試料を有する前記第1の採取ツールを、前記位置決めデバイスの前記移送位置から、前記懸濁液管ホルダ内に保持された前記懸濁液管の上方の位置へ自動的に移送し、前記微生物の前記試料を有する前記第1の採取ツールを下げて、前記懸濁液管内に含まれる前記懸濁液媒質の中に入れ、前記微生物の前記試料を有する前記第1の採取ツールが前記懸濁液媒質の中に浸されている間に、前記移送デバイスによって、前記第1の採取ツールを、ある期間、直線垂直運動するように振動させ、前記期間が経過した後に、前記第1の採取ツールを上げて、前記懸濁液管内に含まれる前記懸濁液媒質から離し、前記待機位置に置くステップと、
− 前記懸濁液管ホルダ内に保持された懸濁液管内に含まれる懸濁液媒質の濁度の測定を実行する濁度計を用意するステップと、
− 少なくとも前記採取ツールが振動している前記期間が経過した後に、前記懸濁液管ホルダ内に保持された前記懸濁液管内に含まれる前記懸濁液媒質の濁度を前記濁度計によって測定し、測定された濁度を示す最終的な測定値(以後、最終測定値)を提供するステップと、
− 前記位置決めデバイス、前記移送デバイス、前記自動懸濁液媒質分与器および前記濁度計に通信可能に接続されて、それぞれ、前記位置決めデバイスの移動、前記移送デバイスの移動、前記自動懸濁液媒質分与器の動作および前記濁度計の動作を自動的に制御するコントローラを用意するステップと、
− 前記コントローラによって、
a)前記最終測定値が、前記コントローラの記憶装置に予め記憶された第1のしきい値よりも大きいかどうかを判定し、そうである場合にはステップb)を実行し、または前記最終測定値が、前記第1のしきい値と同一であるかもしくは前記第1のしきい値よりも小さく、かつ前記コントローラの前記記憶装置に予め記憶された第2のしきい値と同一であるかもしくは前記第2のしきい値よりも大きいかどうか(ただし前記第1のしきい値は、前記第2のしきい値に等しいかもしくは前記第2のしきい値よりも大きい)を判定し、そうである場合にはステップc)を実行し、または前記最終測定値が前記第2のしきい値よりも小さいかどうかを判定し、そうである場合にはステップd)を実行し、
b)前記自動懸濁液媒質分与器を制御して、前記懸濁液管内に、懸濁液媒質の追加の量を供給し、
c)さらなる処理のために前記懸濁液を含む前記懸濁液管を前記懸濁液管ホルダから取り外すことができることを知らせる信号を提供し、または
d)追加的な採取ツールを用意し、前記追加的な採取ツールを、前記位置決めデバイスの前記採取ツールホルダ内に配置し、前記位置決めデバイスによって、前記追加的な採取ツールを、前記培養皿の上方の前記開始位置に配置し、前記追加的な採取ツールを前記培養皿に向かって自動的に下げ、前記微生物と接触させて、前記微生物の追加の試料を採取し、前記微生物の前記試料を有する前記追加的な採取ツールを自動的に上げて、前記培養皿から離し、前記移送位置に置き、前記移送デバイスによって、前記微生物の前記追加の試料を有する前記追加的な採取ツールを、前記位置決めデバイスの前記移送位置から、前記懸濁液管ホルダ内に保持された前記懸濁液管の上方の位置へ自動的に移送し、前記微生物の前記追加の試料を有する前記追加的な採取ツールを下げて、前記懸濁液管内に含まれる前記懸濁液媒質の中に入れ、前記微生物の前記追加の試料を有する前記追加的な採取ツールが前記懸濁液媒質の中に浸されている間に、前記移送デバイスによって、前記追加的な採取ツールを、ある期間、直線垂直運動するように振動させ、前記期間が経過した後に、前記追加的な採取ツールを上げて、前記懸濁液管内に含まれる前記懸濁液媒質から離し、前記待機位置に置き、少なくとも前記追加的な採取ツールが振動している前記期間が経過した後に、前記懸濁液管ホルダ内に保持された前記懸濁液管内に含まれる前記懸濁液媒質の濁度を前記濁度計によって測定し、測定された濁度を示す追加の最終測定値を提供し、ステップa)を実行するステップとを含む。このようにすると、先進の自動方式で、微生物の試料の懸濁液を調製することが可能であり、前記コントローラおよび前記濁度計によって、前記微生物の適切な分析を実行するのに常に十分な(および再現可能な)量の微生物を含んだ懸濁液媒質を含む懸濁液管を提供することが可能である。
− 前記微生物を含む培養皿用のステージを用意するステップと、
− 前記微生物を含む培養皿を前記ステージ上に配置するステップと、
− 第1の採取ツールを用意し、採取ツールを保持する採取ツールホルダを備える位置決めデバイスを用意するステップであり、前記位置決めデバイスは、それぞれ、前記培養皿の上方の開始位置に採取ツールを配置し、採取ツールを前記培養皿に向かって自動的に下げ、採取ツールを自動的に上げて前記培養皿から離し、採取ツールを移送位置に配置するように構成されているステップと、
− 前記位置決めデバイスの前記採取ツールホルダ内に前記第1の採取ツールを配置するステップと、
− 前記位置決めデバイスによって、前記第1の採取ツールを、前記培養皿の上方の前記開始位置に配置し、前記第1の採取ツールを前記培養皿に向かって自動的に下げ、前記微生物と接触させて、前記微生物の試料を採取し、前記微生物の前記試料を有する前記第1の採取ツールを自動的に上げて、前記培養皿から離し、前記移送位置に置くステップと、
− 懸濁液管を保持する懸濁液管ホルダを用意するステップと、
− 前記懸濁液管ホルダ内に懸濁液管を配置するステップと、
− 前記懸濁液管ホルダ内に保持された懸濁液管内に懸濁液媒質を自動的に分与する自動懸濁液媒質分与器を用意するステップと、
− 前記自動分与器によって、前記懸濁液管ホルダ内に保持された前記懸濁液管内に、懸濁液媒質の初期量を自動的に供給するステップと、
− それぞれ、前記位置決めデバイスの前記移送位置から、前記懸濁液管ホルダ内に保持された懸濁液管の上方の位置へ、採取ツールを自動的に移送し、採取ツールを下げて懸濁液管内に含まれる懸濁液媒質の中に入れ、採取ツールを上げて懸濁液管内に含まれる懸濁液媒質から離し、前記懸濁液管ホルダ内に保持された懸濁液管の上方の待機位置に採取ツールを配置する移送デバイスを用意するステップと、
− 前記移送デバイスによって、前記微生物の前記試料を有する前記第1の採取ツールを、前記位置決めデバイスの前記移送位置から、前記懸濁液管ホルダ内に保持された前記懸濁液管の上方の位置へ自動的に移送し、前記微生物の前記試料を有する前記第1の採取ツールを下げて、前記懸濁液管内に含まれる前記懸濁液媒質の中に入れ、前記微生物の前記試料を有する前記第1の採取ツールが前記懸濁液媒質の中に浸されている間に、前記移送デバイスによって、前記第1の採取ツールを、ある期間、直線垂直運動するように振動させ、前記期間が経過した後に、前記第1の採取ツールを上げて、前記懸濁液管内に含まれる前記懸濁液媒質から離し、前記待機位置に置くステップと、
− 前記懸濁液管ホルダ内に保持された懸濁液管内に含まれる懸濁液媒質の濁度の測定を実行する濁度計を用意するステップと、
− 少なくとも前記採取ツールが振動している前記期間が経過した後に、前記懸濁液管ホルダ内に保持された前記懸濁液管内に含まれる前記懸濁液媒質の濁度を前記濁度計によって測定し、測定された濁度を示す最終測定値を提供するステップと、
− 前記位置決めデバイス、前記移送デバイス、前記自動懸濁液媒質分与器および前記濁度計に通信可能に接続されて、それぞれ、前記位置決めデバイスの移動、前記移送デバイスの移動、前記自動懸濁液媒質分与器の動作および前記濁度計の動作を自動的に制御するコントローラを用意するステップと、
− 前記コントローラによって、
a)前記最終測定値が、前記コントローラの記憶装置に予め記憶された第1のしきい値よりも大きいかどうかを判定し、そうである場合にはステップb)を実行し、または前記最終測定値が、前記第1のしきい値と同一であるかもしくは前記第1のしきい値よりも小さく、かつ前記コントローラの前記記憶装置に予め記憶された第2のしきい値と同一であるかもしくは前記第2のしきい値よりも大きいかどうか(ただし、前記第1のしきい値は、前記第2のしきい値に等しいかもしくは前記第2のしきい値よりも大きい)を判定し、そうである場合にはステップc)を実行し、または前記最終測定値が前記第2のしきい値よりも小さいかどうかを判定し、そうである場合にはステップd)を実行し、
b)前記自動懸濁液媒質分与器を制御して、前記懸濁液管内に、懸濁液媒質の追加の量を供給し、
c)さらなる処理のために前記懸濁液を含む前記懸濁液管を前記懸濁液管ホルダから取り外すことができることを知らせる信号を提供し、または
d)追加的な採取ツールを用意し、前記追加的な採取ツールを、前記位置決めデバイスの前記採取ツールホルダ内に配置し、前記位置決めデバイスによって、前記追加的な採取ツールを、前記培養皿の上方の前記開始位置に配置し、前記追加的な採取ツールを前記培養皿に向かって自動的に下げ、前記微生物と接触させて、前記微生物の追加の試料を採取し、前記微生物の前記試料を有する前記追加的な採取ツールを自動的に上げて、前記培養皿から離し、前記移送位置に置き、前記移送デバイスによって、前記微生物の前記追加の試料を有する前記追加的な採取ツールを、前記位置決めデバイスの前記移送位置から、前記懸濁液管ホルダ内に保持された前記懸濁液管の上方の位置へ自動的に移送し、前記微生物の前記追加の試料を有する前記追加的な採取ツールを下げて、前記懸濁液管内に含まれる前記懸濁液媒質の中に入れ、前記微生物の前記追加の試料を有する前記追加的な採取ツールが前記懸濁液媒質の中に浸されている間に、前記移送デバイスによって、前記追加的な採取ツールを、ある期間、直線垂直運動するように振動させ、前記期間が経過した後に、前記追加的な採取ツールを上げて、前記懸濁液管内に含まれる前記懸濁液媒質から離し、前記待機位置に置き、少なくとも前記追加的な採取ツールが振動している前記期間が経過した後に、前記懸濁液管ホルダ内に保持された前記懸濁液管内に含まれる前記懸濁液媒質の濁度を前記濁度計によって測定し、測定された濁度を示す追加の最終測定値を提供し、ステップa)を実行するステップとを含む方法に関する。このようにすると、先進の自動方式で、微生物の試料の懸濁液を調製することが可能であり、前記コントローラおよび前記濁度計によって、前記微生物の適切な分析を実行するのに常に十分な(および再現可能な)量の微生物を含んだ懸濁液媒質を含む懸濁液管を提供することが可能である。
− 前記微生物を含む培養皿用のステージと、
− 第1の採取ツールおよび追加的な採取ツール、ならびに採取ツールを保持する採取ツールホルダを備える位置決めデバイスであり、前記位置決めデバイスは、それぞれ、前記培養皿の上方の開始位置に採取ツールを配置し、採取ツールを前記培養皿に向かって自動的に下げ、採取ツールを自動的に上げて前記培養皿から離し、採取ツールを移送位置に配置するように構成されている第1の採取ツールおよび追加的な採取ツールならびに位置決めデバイスと、
− 懸濁液管を保持する懸濁液管ホルダと、
− 前記懸濁液管ホルダ内に保持された懸濁液管内に懸濁液媒質を自動的に分与する自動懸濁液媒質分与器と、
− それぞれ、前記位置決めデバイスの前記移送位置から、前記懸濁液管ホルダ内に保持された懸濁液管の上方の位置へ、採取ツールを自動的に移送し、採取ツールを下げて懸濁液管内に含まれる懸濁液媒質の中に入れ、採取ツールを上げて懸濁液管内に含まれる懸濁液媒質から離し、前記懸濁液管ホルダ内に保持された懸濁液管の上方の待機位置に採取ツールを配置する移送デバイスであり、採取ツールを、ある期間、直線垂直運動するように振動させるように構成された移送デバイスと、
− 前記懸濁液管ホルダ内に保持された懸濁液管内に含まれる懸濁液媒質の濁度の測定を実行し、測定された濁度を示す最終測定値を提供する濁度計と、
− 前記位置決めデバイス、前記移送デバイス、前記自動懸濁液媒質分与器および前記濁度計に通信可能に接続されて、それぞれ、前記位置決めデバイスの移動、前記移送デバイスの移動、前記自動懸濁液媒質分与器の動作および前記濁度計の動作を自動的に制御するコントローラとを備え、
− 前記コントローラは、
a)前記最終測定値が、前記コントローラの記憶装置に予め記憶された第1のしきい値よりも大きいかどうかを判定するように構成されており、そうである場合には前記コントローラはステップb)を実行するように構成されており、または、前記最終測定値が、前記第1のしきい値と同一であるかもしくは前記第1のしきい値よりも小さく、かつ前記コントローラの前記記憶装置に予め記憶された第2のしきい値と同一であるかもしくは前記第2のしきい値よりも大きいかどうか(ただし、前記第1のしきい値は、前記第2のしきい値に等しいかもしくは前記第2のしきい値よりも大きい)を判定するように構成されており、そうである場合には前記コントローラはステップc)を実行するように構成されており、または前記最終測定値が前記第2のしきい値よりも小さいかどうかを判定するように構成されており、そうである場合には前記コントローラはステップd)を実行するように構成されており、
b)前記自動懸濁液媒質分与器を制御して、前記懸濁液管内に、懸濁液媒質の追加の量を供給するように構成されており、
c)さらなる処理のために前記懸濁液を含む前記懸濁液管を前記懸濁液管ホルダから取り外すことができることを知らせる信号を提供するように構成されており、または
d)前記追加的な採取ツールを、前記位置決めデバイスの前記採取ツールホルダ内に配置し、前記位置決めデバイスによって、前記追加的な採取ツールを、前記培養皿の上方の前記開始位置に配置し、前記追加的な採取ツールを前記培養皿に向かって自動的に下げ、前記微生物と接触させて、前記微生物の追加の試料を採取し、前記微生物の前記試料を有する前記追加的な採取ツールを自動的に上げて、前記培養皿から離し、前記移送位置に置き、前記移送デバイスによって、前記微生物の前記追加の試料を有する前記追加的な採取ツールを、前記位置決めデバイスの前記移送位置から、前記懸濁液管ホルダ内に保持された前記懸濁液管の上方の位置へ自動的に移送し、前記微生物の前記追加の試料を有する前記追加的な採取ツールを下げて、前記懸濁液管内に含まれる前記懸濁液媒質の中に入れ、前記微生物の前記追加の試料を有する前記追加的な採取ツールが前記懸濁液媒質の中に浸されている間に、前記移送デバイスによって、前記追加的な採取ツールを、ある期間、直線垂直運動するように振動させ、前記期間が経過した後に、前記追加的な採取ツールを上げて、前記懸濁液管内に含まれる前記懸濁液媒質から離し、前記待機位置に置き、少なくとも前記追加的な採取ツールが振動している前記期間が経過した後に、前記懸濁液管ホルダ内に保持された前記懸濁液管内に含まれる前記懸濁液媒質の濁度を前記濁度計によって測定し、測定された濁度を示す追加の最終測定値を提供し、ステップa)を実行するように構成されている自動調製装置に関する。
− 採取ツールデバイス内にピペッティングツールを提供し、前記ピペッティングツールを保持するピペッティングツールホルダを備える位置決めデバイスを用意する自動化されたステップであり、前記位置決めデバイスは、それぞれ、微生物のコロニーの試料を含む前記懸濁液を保持する懸濁液管の上方の開始位置に前記ピペッティングツールを配置し、前記ピペッティングツールを自動的に下げて前記懸濁液の中に入れ、前記ピペッティングツールを自動的に上げて前記懸濁液の外に出し、前記ピペッティングツールを移送位置に配置するように構成されている自動化されたステップ、
− 前記位置決めデバイスの前記ピペッティングツールホルダ内に前記ピペッティングツールを配置する自動化されたステップ、
− 前記位置決めデバイスによって、前記懸濁液管の上方の前記開始位置に前記ピペッティングツールを配置し、前記ピペッティングツールを下げて前記懸濁液管内の前記懸濁液の中に入れ、前記ピペッティングツールを操作してある量の懸濁液を採取し、前記ある量の懸濁液を含む前記ピペッティングツールを前記移送位置まで上げる自動化されたステップであり、前記ピペッティングツールは、制御された弁によって閉じられて前記ある量の懸濁液媒質を収容する加圧可能なチャンバを備える自動化されたステップ、
− ターゲットプレートを保持するターゲットプレートホルダを用意する自動化されたステップであり、前記ターゲットプレートは複数の付着スポットを有する自動化されたステップ、
− 前記ターゲットプレートホルダ内に前記ターゲットプレートを配置する自動化されたステップ、
− 前記位置決めデバイスの前記移送位置から、前記ターゲットプレートの前記付着スポットのうちの1つの付着スポットの上方の位置へ、前記ピペッティングツールを自動的に移送し、前記ピペッティングツールを、前記ターゲットプレートの上方の決められた距離まで下げ、前記チャンバを、約0.5バールから1.1バールの範囲の圧力に加圧し、前記弁を、約0.5から3.0μlの範囲の体積を有する懸濁液の滴が前記付着スポットのうちの前記1つの付着スポット上に付着するような時間、開く移送デバイスを用意する自動化されたステップ、および、
− 前記ピペッティングツールを前記ターゲットプレートから上げる自動化されたステップ。前記ピペッティングツールの形状は、懸濁液の前記滴の前記ターゲットプレートへの付着が、液はねを生じることなく行われるような形状であることが好ましい。特に、この方法は、前記チャンバを、約0.5バールから1.1バールの範囲の圧力に加圧し、前記弁を、約0.5から3.0μlの範囲の体積を有する懸濁液の滴が前記付着スポットのうちの前記1つの付着スポットの最大で半分の上に付着するような時間、開くステップを含む。前記ターゲットプレートの前記付着スポットのうちの前記1つの付着スポットの最大でほぼ半分を前記試料が覆うとき、MALDI機器から得られる、前記付着スポットの初めは前記試料で覆われていなかった部分の分析結果は、MALDI機器から得られる、前記付着スポットの最初から前記試料で覆われていた部分の分析結果よりも驚くほど極めて正確であることが見出された。前記付着スポットの部分を覆う試料の上にマトリックス材料の滴が置かれた後に起こる結晶化は、前記付着スポットの覆われなかった部分も、ある量の試料物質を含むこと、および、この量が、優れた分析結果を提供するのに極めて適していることを保証すると考えられる。この効果の原因である物理的または化学的過程は、現時点において明らかではないが、おそらくは、MALDIの基礎をなす基本的過程が判明したときに、より明白になるであろう。
− 第1の採取ツールを用意し、採取ツールを保持する採取ツールホルダを備える位置決めデバイスを用意する自動化されたステップであり、位置決めデバイスは、それぞれ、培養皿上の微生物の選択されたコロニーの得られた位置の上方の開始位置に採取ツールを配置し、採取ツールを培養皿に向かって自動的に下げ、採取ツールを自動的に上げて培養皿から離し、採取ツールを移送位置に配置するように構成されている自動化されたステップ、
− 位置決めデバイスの採取ツールホルダ内に第1の採取ツールを配置する自動化されたステップ、
− 位置決めデバイスによって、第1の採取ツールを、培養皿上の微生物の選択されたコロニーの得られた位置の上方の開始位置に配置し、第1の採取ツールを培養皿に向かって自動的に下げ、微生物と接触させて、微生物の試料を採取し、微生物の試料を有する第1の採取ツールを自動的に上げて、培養皿から離し、移送位置に置く自動化されたステップ、
− ターゲットプレートを保持するターゲットプレートホルダを用意する自動化されたステップであり、ターゲットプレートは複数の付着スポットを有する自動化されたステップ、
− ターゲットプレートホルダ内にターゲットプレートを配置する自動化されたステップ、
− 位置決めデバイスの移送位置から、ターゲットプレートの付着スポットのうちの1つの付着スポットの上方の位置へ、採取ツールを自動的に移送し、採取ツールを、採取ツール上に存在する微生物のコロニーの試料がターゲットプレートと接触するような態様で下げ、採取ツールを、微生物のコロニーの試料が付着スポット上に付着するような態様で、特に、ターゲットプレートの付着スポットのうちの1つの付着スポットの最大でほぼ半分を覆うような態様で、ターゲットプレートの平面に平行な平面内で移動させる移送デバイスを用意する自動化されたステップ、および採取ツールをターゲットプレートから上げる自動化されたステップ。次いで、ターゲットプレート上に付着させたある量の試料の上に、MALDIマトリックス溶液の滴が自動的に置かれる。
Claims (16)
- 培養皿上の微生物のコロニーの位置を決定し、前記コロニーを選択し、前記選択されたコロニー内の微生物をMALDIを使用して同定する方法であって、該方法は、
− 培養皿上の微生物のコロニーの位置を決定し、前記コロニーを選択する自動化されたステップと、
− 微生物の前記選択されたコロニーの試料を得る自動化されたステップであって、
− 採取ツールを保持する採取ツールホルダを備える位置決めデバイスを用意する自動化されたステップであって、前記位置決めデバイスは、それぞれ、前記培養皿上の微生物の前記選択されたコロニーの前記位置の上方の開始位置に採取ツールを配置し、採取ツールを前記培養皿に向かって自動的に下げ、採取ツールを自動的に上げて前記培養皿から離し、採取ツールを移送位置に配置するように構成されているステップと、
− 前記位置決めデバイスの前記採取ツールホルダ内に前記採取ツールを配置する自動化されたステップと、
− 前記位置決めデバイスによって、前記採取ツールを、前記培養皿上の微生物の前記選択されたコロニーの前記位置の上方の前記開始位置に配置し、前記採取ツールを前記培養皿に向かって自動的に下げ、前記微生物の前記コロニーと接触させて、前記微生物の前記コロニーの試料を採取し、前記微生物の前記コロニーの前記採取された試料を有する前記採取ツールを自動的に上げて、前記培養皿から離す自動化されたステップ、によって実行される、前記微生物の前記選択されたコロニーの試料を得る自動化されたステップと、
− 微生物の前記選択されたコロニーの前記採取された試料の少なくとも一部をターゲットプレート上に付着させる自動化されたステップであって、該ステップは、
− 懸濁液管内に懸濁液媒質を自動的に分与する自動懸濁液媒質分与器を用意する自動化されたステップであって、前記自動懸濁液媒質分与器は、前記懸濁液管内に、懸濁液媒質の初期量を自動的に供給するステップと、
− 前記得られた試料の少なくとも一部分を前記懸濁液媒質中へ移すことによって試料懸濁液を調製する自動化されたステップと、
− 懸濁液管内に含まれる懸濁液媒質の濁度の測定を実行する濁度計を用意する自動化されたステップと、
− 前記濁度計によって前記懸濁液媒質の濁度を測定し、測定された濁度を示す最終測定値を提供する自動化されたステップと、
− 前記位置決めデバイス、前記自動懸濁液媒質分与器および前記濁度計に通信可能に接続されて、それぞれ、前記位置決めデバイスの移動、前記自動懸濁液媒質分与器の動作および前記濁度計の動作を自動的に制御するコントローラを用意する自動化されたステップ、
によって実行され、
前記コントローラは、
a)前記最終測定値が、前記コントローラの記憶装置に予め記憶された第1のしきい値よりも大きいかどうかを判定し、そうである場合にはステップb)を実行し、または、前記コントローラの前記記憶装置に予め記憶された第2のしきい値であって、前記第1のしきい値は、前記第2のしきい値に等しいかもしくは前記第2のしきい値よりも大きい、前記第2のしきい値と同一であるかもしくは前記第2のしきい値よりも大きいかどうかを判定し、そうである場合にはステップc)を実行し、
前記ステップb)は、前記自動懸濁液媒質分与器を制御して、前記懸濁液管内に、懸濁液媒質の追加の量を供給し、
前記ステップc)は、前記試料懸濁液を有する前記懸濁液管が、さらに処理され得るとの信号を提供する、前記微生物の前記選択されたコロニーの前記採取された試料の少なくとも一部をターゲットプレート上に付着させる自動化されたステップ、を含み、
前記方法は、さらに、
− 前記試料懸濁液の滴を得る自動化されたステップと、
− 試料懸濁液の前記滴をターゲットプレート上に移す自動化されたステップと、
− 微生物の前記選択されたコロニーの前記試料の同定のために、前記試料を有する前記ターゲットプレートを、MALDIを実行する装置内に移送する自動化されたステップ、
を含むことを特徴とする方法。 - 培養皿上の微生物のコロニーの位置を決定し、前記コロニーを選択し、前記選択されたコロニー内の微生物をMALDIを使用して同定する方法であって、該方法は、
− 培養皿上の微生物のコロニーの位置を決定し、前記コロニーを選択する自動化されたステップと、
− 微生物の前記選択されたコロニーの試料を得る自動化されたステップと、
− 微生物の前記選択されたコロニーの前記試料の少なくとも一部をターゲットプレート上に付着させる自動化されたステップであって、該ステップは、
− 第1の採取ツールを用意し、採取ツールを保持する採取ツールホルダを備える位置決めデバイスを用意する自動化されたステップであって、前記位置決めデバイスは、それぞれ、前記培養皿上の微生物の前記選択されたコロニーの前記得られた位置の上方の開始位置に採取ツールを配置し、採取ツールを前記培養皿に向かって自動的に下げ、採取ツールを自動的に上げて前記培養皿から離し、採取ツールを移送位置に配置するように構成されているステップと、
− 前記位置決めデバイスの前記採取ツールホルダ内に前記第1の採取ツールを配置する自動化されたステップと、
− 前記位置決めデバイスによって、前記第1の採取ツールを、前記培養皿上の微生物の前記選択されたコロニーの前記得られた位置の上方の前記開始位置に配置し、前記第1の採取ツールを前記培養皿に向かって自動的に下げ、前記微生物と接触させて、前記微生物の試料を採取し、前記微生物の前記試料を有する前記第1の採取ツールを自動的に上げて、前記培養皿から離し、前記移送位置に置く自動化されたステップと、
− ターゲットプレートを保持するターゲットプレートホルダを用意する自動化されたステップであって、前記ターゲットプレートは複数の付着スポットを有するステップと、
− 前記ターゲットプレートホルダ内にターゲットプレートを配置する自動化されたステップと、
− 前記位置決めデバイスの前記移送位置から、前記ターゲットプレートの前記付着スポットのうちの1つの付着スポットの上方の位置へ、前記採取ツールを自動的に移送し、前記採取ツールを、前記採取ツール上に存在する微生物の前記コロニーの前記試料が前記ターゲットプレートと接触するような態様で下げ、前記採取ツールを、微生物の前記コロニーの前記試料が前記付着スポット上に付着するような態様で、特に、前記ターゲットプレートの前記付着スポットのうちの前記1つの付着スポットの最大でほぼ半分を覆うような態様で、前記ターゲットプレートの平面に平行な平面内で移動させる移送デバイスを用意する自動化されたステップと、
− 前記採取ツールを前記ターゲットプレートから上げる自動化されたステップ、
によって実行される、前記微生物の前記選択されたコロニーの前記試料の少なくとも一部をターゲットプレート上に付着させるステップ、
を含むことを特徴とする方法。 - − 微生物の前記選択されたコロニーの第2の試料を得る自動化されたステップと、
− 微生物の前記選択されたコロニーの前記第2の試料を移送し、微生物の前記選択されたコロニーの前記第2の試料の少なくとも一部を試験培養皿上に付着させる自動化されたステップと、
− 前記試験培養皿を、感受性試験を実行する装置へ移送する自動化されたステップと
をさらに含むことを特徴とする請求項2に記載の方法。 - − 試料懸濁液の第2の滴を得る自動化されたステップと、
− 試料懸濁液の前記第2の滴を試験培養皿上に付着させる自動化されたステップと、
− 前記試験培養皿を、感受性試験を実行する装置へ移送する自動化されたステップと
をさらに含むことを特徴とする請求項1に記載の方法。 - 前記ターゲットプレート上に付着させた前記試料の部分の上に、MALDIマトリックス溶液の滴を置く自動化されたステップをさらに含むことを特徴とする請求項2に記載の方法。
- 前記ターゲットプレート上に付着させた試料懸濁液の前記滴の上に、MALDIマトリックス溶液の滴を置く自動化されたステップをさらに含むことを特徴とする請求項1に記載の方法。
- MALDIマトリックス溶液の前記滴がその上に置かれる前に、前記ターゲットプレート上に付着させた試料懸濁液の前記滴を乾燥させることを特徴とする請求項6に記載の方法。
- 方法は、さらに、
− それぞれ、前記位置決めデバイスの前記移送位置から、懸濁液管の上方の位置へ、採取ツールを自動的に移送し、採取ツールを下げて懸濁液管内に含まれる懸濁液媒質の中に入れ、採取ツールを上げて懸濁液管内に含まれる懸濁液媒質から離し、懸濁液管の上方の待機位置に採取ツールを配置する移送デバイスを用意する自動化されたステップを含むことを特徴とする請求項1に記載の方法。 - 前記微生物のコロニーを含む培養皿をステージ上に自動的に配置し、前記ステージから自動的に除去する自動培養皿配置/除去デバイスを用意するステップと、前記自動培養皿配置/除去デバイスにコントローラが通信可能に接続されて前記自動培養皿配置/除去デバイスの動作を制御するように前記コントローラを構成するステップとを含み、前記微生物のコロニーを含む培養皿を前記ステージ上に配置する前記ステップは、前記コントローラの制御下で自動的に実行されることを特徴とする請求項1または2に記載の方法。
- 前記コントローラは、さらなる処理のために前記試料懸濁液を含む懸濁液管を取り外すことができることを知らせる信号が提供された後にのみ、前記自動培養皿配置/除去デバイスによって培養皿が前記ステージから自動的に除去されることが許されるように構成されていることを特徴とする請求項9に記載の方法。
- 懸濁液管を懸濁液管ホルダ内に自動的に配置し、前記懸濁液管ホルダから自動的に取り外す自動懸濁液管配置/取外しデバイスを用意するステップと、前記自動懸濁液管配置/取外しデバイスに前記コントローラが通信可能に接続されて前記自動懸濁液管配置/取外しデバイスの動作を制御するように前記コントローラを構成するステップとを含み、懸濁液管を前記懸濁液管ホルダ内に配置する前記ステップは、前記コントローラの制御下で自動的に実行されることを特徴とする請求項1に記載の方法。
- コントローラは、さらなる処理のために懸濁液を含む懸濁液管を懸濁液管ホルダから取り外すことができることを知らせる信号が提供された後にのみ、自動懸濁液管配置/取外しデバイスによって懸濁液管が前記懸濁液管ホルダから自動的に取り外されるように構成されていることを特徴とする請求項11に記載の方法。
- 前記懸濁液管上に識別マークを提供するステップと、前記懸濁液管の前記識別マークを、微生物の前記選択されたコロニーがそれから得られた前記培養皿のアイデンティティへのリンクを有する前記試料懸濁液の特性とともに、中央制御コンピュータの前記記憶装置に記憶するステップとを含むことを特徴とする請求項1に記載の方法。
- 前記ターゲットプレート上に識別マークを提供し、任意選択で、前記ターゲットプレートの前記付着スポット上に識別マークを提供するステップと、前記ターゲットプレートおよび前記付着スポットの前記識別マークを、微生物の前記選択されたコロニーがそれから得られた前記培養皿のアイデンティティへのリンクを有する懸濁液の特性とともに、中央制御コンピュータの記憶装置に記憶するステップとを備えることを特徴とする請求項2に記載の方法。
- 微生物の試料の懸濁液を自動調製する請求項8に記載の方法または方法のステップを実行する、微生物の試料の懸濁液を自動調製する装置であって、
− 前記微生物を含む培養皿用のステージと、
− 第1の採取ツールおよび追加的な採取ツール、ならびに採取ツールを保持する採取ツールホルダを備える位置決めデバイスであって、前記位置決めデバイスは、それぞれ、前記培養皿の上方の開始位置に採取ツールを配置し、採取ツールを前記培養皿に向かって自動的に下げ、採取ツールを自動的に上げて前記培養皿から離し、採取ツールを移送位置に配置するように構成されている第1の採取ツールおよび追加的な採取ツールならびに位置決めデバイスと、
− 懸濁液管を保持する懸濁液管ホルダと、
− 前記懸濁液管ホルダ内に保持された懸濁液管内に懸濁液媒質を自動的に分与する自動懸濁液媒質分与器と、
− それぞれ、前記位置決めデバイスの前記移送位置から、前記懸濁液管ホルダ内に保持された懸濁液管の上方の位置へ、採取ツールを自動的に移送し、採取ツールを下げて懸濁液管内に含まれる懸濁液媒質の中に入れ、採取ツールを上げて懸濁液管内に含まれる懸濁液媒質から離し、前記懸濁液管ホルダ内に保持された懸濁液管の上方の待機位置に採取ツールを配置する移送デバイスと、
− 前記懸濁液管ホルダ内に保持された懸濁液管内に含まれる懸濁液媒質の濁度の測定を実行し、測定された濁度を示す最終測定値を提供する濁度計と、
− 前記位置決めデバイス、前記移送デバイス、前記自動懸濁液媒質分与器および前記濁度計に通信可能に接続されて、それぞれ、前記位置決めデバイスの移動、前記移送デバイスの移動、前記自動懸濁液媒質分与器の動作および前記濁度計の動作を自動的に制御するコントローラとを備え、
− 前記コントローラは、
a)前記最終測定値が、前記コントローラの記憶装置に予め記憶された第1のしきい値よりも大きいかどうかを判定し、そうである場合にはステップb)を実行するように前記コントローラは構成されており、または、前記最終測定値が、前記第1のしきい値と同一であるかもしくは前記第1のしきい値よりも小さく、かつ前記コントローラの前記記憶装置に予め記憶された第2のしきい値であって、前記第1のしきい値は、前記第2のしきい値に等しいかもしくは前記第2のしきい値よりも大きい、前記第2のしきい値と同一であるかもしくは前記第2のしきい値よりも大きいかどうかを判定し、そうである場合にはステップc)を実行するように前記コントローラは構成されており、または前記最終測定値が前記第2のしきい値よりも小さいかどうかを判定し、そうである場合にはステップd)を実行するように前記コントローラは構成されており、
b)前記自動懸濁液媒質分与器を制御して、前記懸濁液管内に、懸濁液媒質の追加の量を供給し、
c)さらなる処理のために前記懸濁液を含む前記懸濁液管を前記懸濁液管ホルダから取り外すことができることを知らせる信号を提供し、または
d)前記追加的な採取ツールを、前記位置決めデバイスの前記採取ツールホルダ内に配置し、前記位置決めデバイスによって、前記追加的な採取ツールを、前記培養皿の上方の前記開始位置に配置し、前記追加的な採取ツールを前記培養皿に向かって自動的に下げ、前記微生物と接触させて、前記微生物の追加の試料を採取し、前記微生物の前記試料を有する前記追加的な採取ツールを自動的に上げて、前記培養皿から離し、前記移送位置に置き、前記移送デバイスによって、前記微生物の前記追加の試料を有する前記追加的な採取ツールを、前記位置決めデバイスの前記移送位置から、前記懸濁液管ホルダ内に保持された前記懸濁液管の上方の位置へ自動的に移送し、前記微生物の前記追加の試料を有する前記追加的な採取ツールを下げて、前記懸濁液管内に含まれる前記懸濁液媒質の中に入れ、それによって、その中に前記試料を浸し、ある期間が経過した後に、前記追加的な採取ツールを上げて、前記懸濁液管内に含まれる前記懸濁液媒質から離し、前記待機位置に置き、前記懸濁液管ホルダ内に保持された前記懸濁液管内に含まれる前記懸濁液媒質の濁度を前記濁度計によって測定し、測定された濁度を示す追加の最終測定値を提供し、ステップa)を実行するように構成されている
ことを特徴とする装置。 - 請求項15に記載の微生物の試料の懸濁液を自動調製する装置であって、前記コントローラは、前記懸濁液管ホルダ内に保持された前記懸濁液管内に含まれる前記懸濁液媒質の濁度を前記濁度計によって測定するステップが、前記懸濁液管内に含まれる前記懸濁液媒質の中に前記採取ツールが浸される前に開始されるような態様で前記濁度計を制御するように構成されていることを特徴とする装置。
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