JP6153434B2 - 細胞観察情報処理システム、細胞観察情報処理方法、細胞観察情報処理プログラム、細胞観察情報処理システムに備わる記録部、細胞観察情報処理システムに備わる装置 - Google Patents

細胞観察情報処理システム、細胞観察情報処理方法、細胞観察情報処理プログラム、細胞観察情報処理システムに備わる記録部、細胞観察情報処理システムに備わる装置 Download PDF

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Description

本発明は、生体研究に用いる細胞の状態管理を、顕微鏡等の観察情報取得装置により取得された細胞の観察情報を用いて行うための細胞観察情報処理システム、細胞観察情報処理方法、細胞観察情報処理プログラム、細胞観察情報処理システムに備わる記録部、細胞観察情報処理システムに備わる装置に関する。
細胞を用いて実験・研究を行う分野においては、ユーザは日々細胞の培養を続けており、顕微鏡等による細胞画像の観察を通じて、実験・研究に用いる細胞の状態管理を行なっている 。
通常、実験・研究に用いる細胞は、生体から分離し、所定の培養容器内の培地に植え付けて培養し増殖させる。培養を行う細胞を親株という。親株の細胞が増殖して所定の細胞密度や細胞数に到達したとき、親株の培養容器内の細胞の一部を他の培養容器内の培地に植え付け替えて、培養し増殖させる。これを継代培養という。また、親株から分離して小分けした実験・研究用の細胞を子株という。
細胞を用いた実験・研究では、ユーザは、親株の細胞容器内で細胞を増殖維持させながら、継代培養を繰り返し、継代培養された親株から分離して小分けした子株の細胞を実験・研究に用いる。
しかるに、実験・研究の精度を高めるためには、実験・研究毎に用いる夫々の細胞が良好な培養状態を保持していることが望まれる。
ところで、細胞を培養していく過程においては、細胞の状態に変化が生じうる。
細胞の状態の変化には、例えば、コンタミネーション等、一瞥して明らかな異常のような短期的な変化と、例えば、数週間単位の長期的な変化があるが、長期的な変化に関しては、一時点において取得した細胞画像のみから捉えることは困難である。
従来、細胞の状態は、培養容器内の細胞をユーザが顕微鏡を介して肉眼で観察することにより行われてきた。そして、細胞の状態の変化は、ユーザの記憶や感覚に委ねられていた。しかし、ユーザの記憶や感覚に委ねるのでは、細胞の状態の長期的な変化を正確に把握することが出来ず、実験・研究の精度を高めることが出来ない。細胞の状態の長期的な変化を正確に把握するには、各時点での細胞の観察情報をデータベース化して検索できるようにすることが必要である。
ところで、従来、観察データを保存、検索することが出来る画像データベースを保持する画像処理装置が、例えば、次の特許文献1において提案されている。
特許文献1に記載の装置は、生体標本の像を含む観察画像に対し、観察画像を撮像した際の取得条件に関する撮影条件や撮影日時等の情報を付与して、所定のリレーショナルデータベースに保持し、その取得条件に関する情報を検索条件として指定し、その検索条件に合致した画像を選択、表示することが出来るようになっている。
US2006/0206482号公報
ところで、細胞の状態の長期的な変化を把握するには、対象とする細胞に関する過去から現在にわたる、複数時点の観察データを抽出し、抽出した観察データを時系列に相対比較することが望まれる。
そして、時系列に相対比較するための観察データとしては、画像情報に加えて、細胞数・細胞密度・形状・生存率などの細胞の活性度を示す活性度データが最も有効と考えられる。個々の時点で取得した活性度データを時系列にグラフ化すると、細胞の状態の長期的な変化をユーザが確認しやすくなる。
しかし、特許文献1には、単に、画像と取得条件とを関連付けてデータベースに保持する構成が開示されているにすぎず、特許文献1に記載のものには、データベースを細胞培養や継代培養へ活用することについての着想がない。このため、特許文献1に記載されている装置を、実験に用いる細胞の管理に適用した場合、細胞を用いた実験・研究の分野における特有の事情により、次に示すような課題が存在する。
特許文献1に記載されている装置の、画像情報(観察画像)に対して、撮影条件や撮影日時等の情報をタグとして付与して、所定のリレーショナルデータベースに保持し、タグを適宜組み合わせて所望の画像を検索・抽出する技術を用いて、対象とする細胞に関する過去から現在にわたる、複数時点の観察データを抽出し、抽出した観察データから活性度データを時系列にグラフ化するためには、次の図14(a)〜図14(d)に示すような作業手順が必要となる。
まず、例えば、図14(a)に示すようなタグ設定画面において、データベースファイルにおいて画像情報に対応して付与されているタグ(撮影条件や撮影日時等の情報)をタグ入力項目(図14(a)の例では、タグ1〜タグ4)に個々に設定する。
次いで、設定したタグ(の組み合わせ)を用いて、データベースに保存されている画像群を検索・抽出する。図14(b)は抽出された画像群の一例を模式的に示す図である。
次いで、抽出された画像群の個々の画像に対し画像処理及び解析を行い、細胞数や細胞密度などの活性度データを算出する。図14(c)は活性度データの一例を示す図である。
次いで、図14(d)に示すように、算出された活性度データを時系列に並べ直してグラフ化する。
しかし、図14(a)〜図14(d)に示すような作業手順では、各段階における作業が煩雑化し、活性度データを時系列に並べ直してグラフ化するまでに手間と時間が多くかかってしまう。
特に、継代作業の途中で、ユーザが、時系列にグラフ化された細胞の活性度データを確認したい場合には、細胞に与えるストレス等の悪影響を極力排除するために、活性度データの時系列グラフを表示するまでに長い時間をかけることができない。
しかも、図14(a)に示すようなタグ設定画面において、ユーザが画像情報に対応して付与されている複数のタグ(撮影条件や撮影日時等の情報)を個々に設定操作するようにすると、操作が煩雑化するだけでなく、タグの設定自体を誤りやすい。
また、個々に複数のタグ(撮影条件や撮影日時等の情報)を設定して、データベースから画像を検索・抽出するようにした場合、図14(a)に示すようなタグ設定画面においてユーザがタグを設定しようとする時点では、タグ設定画面上では細胞画像を関連付けて表示することができない。このため、ユーザは検索・抽出を所望する観察情報としての画像を直感的に把握しながらタグを設定できない。
本発明の幾つかの態様によれば、上記従来の課題を解決するために提案されたものであり、操作の手間を極力省いて、培養されている細胞に関する活性度データの時系列グラフ化するまでの時間を短縮化可能な、細胞観察情報処理システム、細胞観察情報処理方法、細胞観察情報処理プログラム、細胞観察情報処理システムに備わる記録部、細胞観察情報処理システムに備わる装置を提供することを目的としている。
または、本発明の幾つかの態様によれば、培養されている細胞に関する活性度データを時系列グラフ化するための操作の誤りも防止して直感的に操作可能な、細胞観察情報処理システム、細胞観察情報処理方法、細胞観察情報処理プログラム、細胞観察情報処理システムに備わる記録部、細胞観察情報処理システムに備わる装置を提供することを目的としている。
上記目的を達成するため、本発明の一態様による細胞観察情報処理システムは、各時点での取得指示に対応して観察情報取得部を介して取得された、細胞画像、細胞数・細胞密度・形状・生存率などの細胞の活性度を示す活性度データ、観察名などの細胞の観察結果を示す夫々の観察情報に対して、該観察情報を検索するための検索用タグとして、主タグをなす前記細胞画像を示すための画像タグと、前記画像タグに従属して関連付けられた従属タグをなす、細胞観察を行うユーザを識別するためのユーザ識別情報、観察対象となっている細胞を識別するための細胞識別情報、前記観察情報を取得した日時を識別するための日時情報、前記ユーザによる細胞のメンテナンスのための作業に関する情報、前記観察情報を取得するために用いた装置を識別するための装置識別情報、前記活性度データの変化情報のうちの少なくとも一つ以上からなる情報とを付与し、該検索用タグを付与した検索用タグ付き観察情報を記録部に保存する保存部と、ユーザに所望の画像タグを選択させる画像選択部と、前記画像選択部を介して選択された前記画像タグを用いて前記記録部を検索し、該画像タグに合致する前記検索用タグが付与されている前記検索用タグ付き観察情報を抽出し、抽出した該検索用タグ付き観察情報に付与されている前記検用タグのうち、前記従属タグに基づき検索条件を自動的に生成する検索条件生成部と、前記検索条件生成部により生成された前記検索条件を用いて前記記録部を検索し、該検索条件に合致する前記検用タグが付与されている前記検索用タグ付き観察情報に備わる前記活性度データを含むデータを、該記録部から抽出する抽出部とを備える。
また、本発明の他の態様による細胞観察情報処理方法は、コンピュータを用いて構築されたシステムにおいて、前記コンピュータが、各時点での取得指示に対応して観察情報取得部を介して取得された、細胞画像、細胞数・細胞密度・形状・生存率などの細胞の活性度を示す活性度データ、観察名などの細胞の観察結果を示す夫々の観察情報に対して、該観察情報を検索するための検索用タグとして、主タグをなす前記細胞画像を示すための画像タグと、前記画像タグに従属して関連付けられた従属タグをなす、細胞観察を行うユーザを識別するためのユーザ識別情報、観察対象となっている細胞を識別するための細胞識別情報、観察情報を取得した日時を識別するための日時情報、前記ユーザによる細胞のメンテナンスのための作業に関する情報、前記観察情報を取得するために用いた装置を識別するための装置識別情報、前記活性度データの変化情報のうちの少なくとも一つ以上からなる情報とを付与し、該検索用タグを付与した検索用タグ付き観察情報を記録部に保存する保存段階と、前記コンピュータが、ユーザに所望の画像タグを選択させ、選択された前記画像タグを用いて前記記録部を検索し、該画像タグに合致する前記検索用タグが付与されている前記検索用タグ付き観察情報を抽出し、抽出した該検索用タグ付き観察情報に付与されている前記検用タグのうち、前記従属タグに基づき検索条件を自動的に生成する検索条件生成段階と、前記コンピュータが、前記検索条件生成段階において生成された前記検索条件を用いて前記記録部を検索し、該検索条件に合致する前記検用タグが付与されている前記検索用タグ付き観察情報に備わる前記活性度データを含むデータを、該記録部から抽出する抽出段階と、を備える。
また、本発明のさらに他の態様による細胞観察情報処理プログラムは、コンピュータを、各時点での取得指示に対応して観察情報取得部を介して取得された、細胞画像、細胞数・細胞密度・形状・生存率などの細胞の活性度を示す活性度データ、観察名などの細胞の観察結果を示す夫々の観察情報に対して、該観察情報を検索するための検索用タグとして、主タグをなす前記細胞画像を示すための画像タグと、前記画像タグに従属して関連付けられた従属タグをなす、細胞観察を行うユーザを識別するためのユーザ識別情報、観察対象となっている細胞を識別するための細胞識別情報、観察情報を取得した日時を識別するための日時情報、前記ユーザによる細胞のメンテナンスのための作業に関する情報、前記観察情報を取得するために用いた装置を識別するための装置識別情報、前記活性度データの変化情報のうちの少なくとも一つ以上からなる情報とを付与し、該検索用タグを付与した検索用タグ付き観察情報を記録部に保存する保存手段、ユーザに所望の画像タグを選択させ、選択された前記画像タグを用いて前記記録部を検索し、該画像タグに合致する前記検索用タグが付与されている前記検索用タグ付き観察情報を抽出し、抽出した該検索用タグ付き観察情報に付与されている前記検用タグのうち、前記従属タグに基づき検索条件を自動的に生成する検索条件生成手段、前記検索条件生成手段が生成した前記検索条件を用いて前記記録部を検索し、該検索条件に合致する前記検用タグが付与されている前記検索用タグ付き観察情報に備わる前記活性度データを含むデータを、該記録部から抽出する抽出手段、として機能させる。
本発明の細胞画像情報処理システムの基本構成を概念的に示すブロック図である。 本発明の第1実施形態にかかる細胞画像情報処理システムの構成を示す説明図である。 図2の細胞画像情報処理システムにおいて保存部が記録部に保存する検索用タグ付き観察情報のデータ構造の一例を示す説明図である。 図2の細胞画像情報処理システムにおける記録部に記録されている観察情報のレコードにおける要部のデータ構造の一例であって、活性度データと画像タグ及びその他の情報との関係を概念的に示す説明図である。 図2の細胞画像情報処理システムにおいて画像タグをユーザに選択させるための画像選択部をなす画像選択画面の一構成例を示す説明図である。 図2の細胞画像情報処理システムにおいて観察情報取得部が取得する観察情報と取得時点との関係を示す説明図である。 図2の細胞画像情報処理システムを用いた、ユーザによる画像タグの選択から活性度データの時系列表示までの処理手順の一例を示すブロック図である。 図2の細胞画像情報処理システムを用いた、ユーザによる画像タグの選択から活性度データの時系列表示までの処理の流れを模式的に示す説明図である。 図2の細胞画像情報処理システムを用いた、ユーザによる画像タグの選択から活性度データを含むデータの抽出までの処理手順の一例を示すフローチャートである。 図2の細胞画像情報処理システムを用いて抽出された活性度データを含むデータを表示画面に時系列表示する表示態様を夫々示すグラフで、(a)〜(g)は夫々の例を夫々示す図、(h)は(a)のグラフにおいて、観察情報を取得した日時における活性度データとその他の観察情報を取得した日時における活性度データとを区別して表示する表示態様の一例を示す図である。 図2の一変形例にかかる細胞画像情報処理システムの構成を示す説明図である。 図2の他の変形例にかかる細胞画像情報処理システムの構成を示す説明図である。 図2のさらに他の変形例にかかる細胞画像情報処理システムの構成を示す説明図である。 特許文献1に記載されている装置の、画像を検索・抽出する技術を用いて、対象とする細胞に関する過去から現在にわたる、複数時点の観察データを抽出し、抽出した観察データから活性度データを時系列にグラフ化するために必要な作業手順の流れを模式的に示す説明図で、(a)はタグの設定段階における、タグ設定画面の一例を模式的に示す図、(b)は設定したタグを用いて画像群を検索・抽出する段階における、抽出された画像群の一例を模式的に示す図、(c)は抽出された個々の画像から活性度データを算出する段階における、活性度データの一例を示す図、(d)は活性度データを時系列にグラフ化する段階における、活性度データの時系列グラフの一例を模式的に示す図である。
以下、本発明の実施形態について、説明する。なお、以下に説明する実施の形態は特許請求の範囲に記載された本発明の内容を不当に限定するものではない。また、以下の実施形態で説明する構成の全てが、本発明における必須の構成要件であるとは限らない。
本発明の実施形態の細胞観察情報処理システムは、各時点での取得指示に対応して観察情報取得部を介して取得された、細胞画像、細胞数・細胞密度・形状・生存率などの細胞の活性度を示す活性度データ、観察名などの細胞の観察結果を示す夫々の観察情報に対して、該観察情報を検索するための検索用タグとして、主タグをなす前記細胞画像を示すための画像タグと、前記画像タグに従属して関連付けられた従属タグをなす、細胞観察を行うユーザを識別するためのユーザ識別情報、観察対象となっている細胞を識別するための細胞識別情報、前記観察情報を取得した日時を識別するための日時情報、前記ユーザによる細胞のメンテナンスのための作業に関する情報、前記観察情報を取得するために用いた装置を識別するための装置識別情報、前記活性度データの変化情報のうちの少なくとも一つ以上からなる情報とを付与し、該検索用タグを付与した検索用タグ付き観察情報を記録部に保存する保存部と、ユーザに所望の画像タグを選択させる画像選択部と、前記画像選択部を介して選択された画像タグを用いて記録部を検索し、該画像タグに合致する前記検索用タグが付与されている前記検索用タグ付き観察情報を抽出し、抽出した該検索用タグ付き観察情報に付与されている前記検用タグのうち、前記従属タグに基づき検索条件を自動的に生成する検索条件生成部と、前記検索条件生成部により生成された前記検索条件を用いて前記記録部を検索し、該検索条件に合致する前記検用タグが付与されている前記検索用タグ付き観察情報に備わる前記活性度データを含むデータを、該記録部から抽出する抽出部とを備える。
画像タグは、細胞画像を示すためのタグで、より詳しくは、例えば、選択入力画面において、小さなサイズで表示されうる画像や、画像と画像に対応した名称とが一体化した情報である。
本発明の実施形態の細胞観察情報処理システムのように、検索条件生成部が、ユーザにより画像選択部を介して選択された画像タグを用いて記録部を検索し、画像タグに合致する検索用タグが付与されている検索用タグ付き観察情報を抽出し、抽出した検索用タグ付き観察情報に付与されている検用タグのうち、画像タグに従属して関連付けられた従属タグに基づき検索条件を自動的に生成し、抽出部が、検索条件生成部により生成された検索条件を用いて記録部を検索し、検索条件に合致する検用タグが付与されている検索用タグ付き観察情報に備わる活性度データを含むデータを、記録部から抽出するようにすれば、ユーザは、画像選択部から画像タグを選択する操作を行うだけで、検索用タグとして設定すべき複数の情報を画像タグに従属して関連付けられた従属タグとして一括設定することが出来、特許文献1に記載の構成を応用する場合のような複数のタグを個々に設定する必要がなくなる。そして、従属タグに基づき、記録部に保存されている観察情報に備わる活性度データを抽出できるので、特許文献1に記載の構成を応用する場合のような、画像を抽出する都度、活性度データを算出する手間が省ける。なお、抽出した活性度データは、観察情報を取得した日時順に並べ替えて表示画面等にグラフ化して表示できる。そして、表示画面に活性度データを時系列表示させることにより、ユーザは、画像選択部から選択した画像タグで示される細胞画像と対応付けて活性度データの経時的な変化の状況を即時に把握することができる。
このため、本発明の実施形態の細胞観察情報処理システムによれば、操作の手間を極力省いて、培養されている細胞に関する活性度データの時系列グラフ化するまでの時間を短縮化でき、さらには操作の誤りも防止して直感的に操作できる。
なお、検索条件生成部が自動的に生成する検索条件を構成する、画像タグに従属して関連付けられる従属タグとしては、例えば、ユーザ識別情報、観察情報を取得した日時を識別するための日時情報、観察対象となっている細胞を識別するための細胞識別情報(細胞名、継代数)などを適宜組み合わせたものが好適である。
また、本発明の実施形態では、検索条件生成部は、観察情報を取得した日時を識別するための日時情報に基づき検索条件を自動的に作成する場合には、当該日時情報を基準として前後する所定の時間幅を持つ日時の範囲を検索条件として作成するものとする。
その他、本発明の実施形態では上記効果の他にも、検索条件生成部が自動的に生成する検索条件に応じて、次のような付随的な効果を奏する。
(1)ユーザ識別情報(本人や代表作業者)のタグを用いて検索する構成による作用効果
本発明の実施形態の細胞観察情報処理システムは、上記のように、ユーザ識別情報を検索条件として自動的に生成できるように構成されている。
ユーザ識別情報は、細胞観察を行うユーザを識別するための識別情報であって、より詳しくは、細胞の観察結果の入力を行う本人又は本人に代わり細胞観察や細胞の観察結果の入力を行なう代行者を識別するための識別情報である。
本発明の実施形態の細胞観察情報処理システムのように、ユーザ識別情報を検索条件として自動的に生成できるように構成すれば、ユーザは、自己の管理下の細胞のみの観察データを抽出でき、参照する必要のない他人の管理下の観察データを検索結果から排除できる。その結果、抽出の効率が向上し、細胞の状態チェックの時間を短縮化できる。
特に、細胞をインキュベータの外部に持ち出した状態で細胞の状態変化をチェックする場合、細胞の状態チェックの時間が短縮されることによって、細胞に与えるダメージを低減できる。
ユーザ識別情報を検索条件として自動的に生成する構成は、例えば、ユーザが装置本体にログインした後、その日の細胞の状態のチェック作業を行う前に、自己の管理下の細胞の過去の観察データの再確認など、自己の管理下の細胞のみの異なる複数時点で夫々取得した観察データを一括して確認する用途に有用である。
(2)観察対象の細胞を識別する情報(細胞名、細胞種、細胞レベル情報(親株/子株のいずれか)、継代数)のタグを用いて検索する構成による作用効果
また、本発明の実施形態の細胞観察情報処理システムは、上記のように、細胞識別情報を検索条件として自動的に生成できるように構成されている。
細胞識別情報は、観察対象となっている細胞を識別するための識別情報であって、より詳しくは、細胞名、細胞種、培養を行う細胞であることを示す親株又はその親株から小分けした細胞であることを示す子株を識別するための細胞レベル情報、及び細胞の継代数のうちの少なくとも一つ以上を含む識別情報である。
また、細胞名は、ユーザが実験・研究に用いる細胞に対して付ける任意の名称であり、細胞種は、分類される細胞固有の種類である。
そして、本発明の実施形態の細胞観察情報処理システムは、好ましくは、前記検索条件生成部は、前記細胞識別情報を少なくとも含む情報を検索条件として自動的に生成するように構成されている。
(2−1)細胞名で検索する構成による作用効果
細胞名は、実験・研究に用いる親株および子株の細胞に対し、各ユーザが夫々任意に付与する名称である。
本発明の実施形態の細胞観察情報処理システムのように、細胞名を検索条件として自動的に生成できるように構成すれば、親株および子株の細胞に関する観察データを一括して抽出できる。その結果、培養中の細胞についての長期的な状態の変化を確認できるようになる。
細胞名を検索条件として自動的に生成する構成は、例えば、培養のみを行い継代しない細胞を扱う場合に、培養中の細胞の長期的な状態の変化を確認する用途に有用である。
(2−2)細胞名および細胞レベル情報(親株又は子株)で検索する構成による作用効果
また、本発明の実施形態の細胞観察情報処理システムのように、細胞名および細胞レベル情報(親株又は子株)を検索条件として自動的に生成できるように構成すれば、ある細胞名における所望の細胞レベル(親株又は子株)に絞った細胞に関する観察データを一括して抽出できる。その結果、親株又は子株のいずれかの細胞レベルの細胞についての長期的な状態の変化を確認しつつ、抽出効率の向上を図ることができる。
細胞名および細胞レベル情報(親株又は子株)を検索条件として自動的に生成する構成は、小分けした種類の細胞(子株)と取り出し元の細胞(親株)を区別して、親株又は子株のいずれかの細胞レベルの細胞の長期的な状態の変化を確認する用途に特に有用である。
ところで、細胞の長期的な状態の変化は一般的にゆっくりと推移する。このため、実験の本番直前に少量しか記録されていない子株細胞の観察データよりも、最初の培養から継続的かつ大量に記録し続けられている親株細胞の観察データの方が、観察データを比較するには便利である。
しかるに、本発明の実施形態の細胞観察情報処理システムによれば、細胞レベル情報(親株又は子株)を検索条件として自動的に生成することで細胞の状態のチェックに特に有用な観察データを効率よく抽出できるようになり、その結果、ユーザによる細胞の状態のチェックの時間を短縮できる。
(2−3)細胞名、細胞レベル情報(親株又は子株)および継代数で検索する構成による作用効果
また、本発明の実施形態の細胞観察情報処理システムのように、細胞名、細胞レベル情報(親株又は子株)および継代数(例えば、3世代というような直接的な世代の他、2世代以上や5世代以下というような世代の範囲)を検索条件として自動的に生成できるように構成すれば、継代培養されている細胞の観察データについて、所定の細胞かつ所定の細胞レベル(親株又は子株)かつ一部の世代に絞ることで、細胞の長期的な状態の変化を確認しつつ、抽出効率の向上を図ることができる。
細胞名、細胞レベル情報(親株又は子株)および継代数を検索条件として自動的に生成する構成は、継代培養作業が行われる細胞において、世代(継代数)を超えた細胞の長期的な状態の変化を確認する用途に特に有用である。
(2−4)ユーザ識別情報および細胞名で検索する構成による作用効果
ところで、細胞名の付与・管理はユーザ単位で個別に行われる。このため、複数のユーザ同士で、付与した細胞名が重複する場合が起こりうる。
このように複数のユーザ同士で細胞名が重複している細胞の管理状況下においては、ユーザ識別情報を検索条件として自動的に生成しないと、同一細胞名で他のユーザの観察データが抽出結果に混在することになる。
しかるに、本発明の実施形態の細胞観察情報処理システムのように、ユーザ識別情報および細胞名を検索条件として自動的に生成できるように構成すれば、複数のユーザ同士で同一の細胞名が付与されていても、各ユーザは自己の意図した観察データのみを抽出できる。
ユーザ識別情報および細胞名を検索条件として自動的に生成する構成は、複数のユーザが観察データを付与・管理する状況下で、例えば、培養のみを行い継代しない細胞を扱う場合に、培養中の細胞の長期的な状態の変化を確認する用途に有用である。
その他、本発明の実施形態の細胞観察情報処理システムにおいては、「ユーザ識別情報、細胞名および細胞レベル情報(親株又は子株)」、「ユーザ識別情報、細胞名、細胞レベル情報(親株又は子株)および継代数」、「ユーザ識別情報、細胞名、細胞レベル情報(親株又は子株)および活性度データの変化」、「ユーザ識別情報、細胞名および継代数」を夫々検索条件として自動的に生成し、検索することも可能である。
(3)活性度データの変化情報を用いて検索する構成による作用効果
また、本発明の実施形態の細胞観察情報処理システムは、上記のように、活性度データの変化情報を検索条件として自動的に生成できるように構成されている。
活性度データの変化情報は、例えば、複数時点での活性度データ(例えば、細胞密度、細胞数、生存率)の変化量(即ち、変化率)であり、例えば、グラフの傾き等で示すことができる。
例えば、細胞数の変化情報を示すグラフにおいて、細胞数の変化率が大きく(グラフの傾きが大きく)なっている部分に対応する観察情報取得期間の細胞は、変化率が小さく(グラフの傾きが小さく)なっている部分に対応する観察情報取得期間の細胞よりも、元気に増殖している可能性が高い。
しかるに、本発明の実施形態の細胞観察情報処理システムのように、活性度データの変化情報を検索条件として自動的に生成できるように構成すれば、元気に増殖している細胞に関する観察データのみを抽出できるようになる。その結果、その観察データにより特定される元気に増殖している観察情報取得期間の細胞を選別して、その観察情報取得期間の細胞のみを本番実験に使用することができ、本番実験の成功率が高まる。
その他、本発明の実施形態の細胞観察情報処理システムにおいては、好ましくは、次のように構成する。
前記観察情報は、好ましくは、前記細胞を含む試料上の複数の観察位置に対する同一時点での撮像に対応した、複数の観察結果を示す情報から構成される。
前記複数の観察結果を示す情報は、好ましくは、複数の細胞画像を含む。
または、前記複数の観察結果を示す情報は、好ましくは、複数の細胞画像に基づいて算出される値を含む。
または、前記複数の観察結果を示す情報は、好ましくは、複数の細胞画像と、前記複数の細胞画像に基づいて算出される値を含む。
または、前記複数の観察結果を示す情報は、好ましくは、複数の細胞画像を含み、前記検索用タグは、前記複数の細胞画像に基づいて算出される値を含む。
または、前記複数の観察結果を示す情報は、好ましくは、複数の細胞画像を含み、前記検索用タグは、前記複数の細胞画像を示すための画像タグを含む。
または、前記複数の観察結果を示す情報は、好ましくは、複数の細胞画像を含み、前記検索用タグは、前記複数の細胞画像に基づいて算出される値を含む。
または、前記複数の観察結果を示す情報は、好ましくは、複数の細胞画像を含み、前記検索用タグは、前記複数の細胞画像を示すための画像タグ及び前記複数の細胞画像に基づいて算出される値を含む。
このように構成すれば、細胞が培養容器に偏在している場合であっても、細胞の状態をより正確に把握することができる。
なお、複数の細胞画像に基づいて算出される値としては、例えば、細胞の活性度データである細胞密度や細胞数、生存率等の平均値が、適用可能である。
また、本発明の実施形態の細胞観察情報処理システムにおいては、好ましくは、前記抽出部により抽出された前記検索用タグ付き観察情報に備わる前記活性度データを含むデータを、前記観察情報を取得した日時に基づき時系列に並び替えてユーザに提示する提示部をさらに備える。
このように提示部を備えれば、画像タグを選択するだけで、手間をかけずに短時間で、培養されている細胞に関する活性度データの時系列グラフが表示されるので、ユーザは選択した細胞画像と時系列グラフの活性度データとを直接的に対応付けて視認することで、活性度データの経時的な変化の状況を即時に把握することができる。
また、本発明の実施形態の細胞観察情報処理システムにおいて、前記提示部は、好ましくは、提示した複数の活性度データのうち、選択された前記画像タグに対応する、前記観察情報を取得した日時における活性度データとその他の前記観察情報を取得した日時における活性度データとを、例えば、強調表示やマーカー表示等の異なる表示態様で表示する区別表示処理部を備える。
このように区分表示処理部を備えれば、例えば、時系列表示される複数時点の活性度データのグラフにおける、ユーザが選択した画像タグに対応する観察情報取得日時における活性度データの位置が明確化する。このため、提示部に活性度データの時系列グラフとともに画像タグに対応する細胞画像を併せて表示した場合、ユーザが細胞画像と活性度データとを関連付けて確認し易くなる。
以下、本発明の実施形態について、図面を参照して説明する。
第1実施形態
図1は本発明の細胞画像情報処理システムの基本構成を概念的に示すブロック図である。図2は本発明の第1実施形態にかかる細胞観察情報処理システムの構成を示す説明図である。
第1実施形態の細胞観察情報処理システム10は、図1、図2に示すように、保存部12と、画像選択部16と、検索条件生成部17と、抽出部15を備えている。なお、図2中、1は細胞観察情報処理装置本体、13は記録部、20は観察情報取得部である。なお、図2では、細胞観察情報処理システム10は、保存部12と、記録部13と、画像選択部16と、検索条件生成部17と、抽出部15とが、記録部13、観察情報取得部20とともに、一つの装置本体1に備えられたスタンドアロン型の構成となっている。細胞観察情報処理装置本体1は、例えば、撮像装置とデータベースを備えたコンピュータを備えた顕微鏡装置で構成されている。
保存部12は、各時点での取得指示に対応して観察情報取得部20を介して取得された夫々の観察情報に対して、観察情報を検索するための検索用タグとして、主タグをなす細胞画像を示すための画像タグと、画像タグに従属して関連付けられた従属タグをなす、ユーザ識別情報、細胞識別情報、観察情報を取得した日時を識別するための日時情報、ユーザによる細胞のメンテナンスのための作業に関する情報、装置識別情報、活性度データの変化情報のうちの少なくとも一つ以上からなる情報とを付与し、検索用タグを付与した検索用タグ付き観察情報を記録部13に保存するように構成されている。
なお、観察情報、画像タグ、ユーザ識別情報、細胞識別情報、ユーザによる細胞のメンテナンスのための作業に関する情報、装置識別情報は、上述したとおりである。
記録部13は、図3に示すように、1以上の検索用タグ付き観察情報のレコードを有している。夫々のレコードは、各時点での細胞画像の撮像に対応して作成され、1時点での細胞画像の撮像に対応する1つの観察情報と、観察情報を検索するための検索用タグとが互いに関連付けられている。
図4は図2の細胞画像情報処理システムにおける記録部13に記録されている観察情報のレコードにおける要部のデータ構造の一例であって、観察情報の検索対象となっている活性度データと画像タグ及びその他のタグとの関係を概念的に示す説明図である。
図4の例では、画像タグは、観察情報における活性度データに対応付けられている。また、ユーザ識別情報としてのユーザID、日時情報、細胞名、継代数などからなる一群の情報が、画像タグに従属する従属タグとして関連付けられている。そして、後述の検索条件生成部17において画像タグを主タグとして記録部13を検索したときに画像タグに従属するユーザID、日時情報、細胞名、継代数などからなる一群の情報が、従属タグとして一括で、抽出されるように構成されている。
なお、本実施形態では、便宜上、ユーザ識別情報としてユーザIDを用いることとするが、ユーザ識別情報は、ユーザIDに限定されるものではなく、例えば、ユーザの氏名やニックネーム等、ユーザを他のユーザと識別できる文字や記号等であればどのようなものでもよい。
また、図4の例の記録部に記録されている観察情報のレコードにおけるデータ構造には、画像タグに従属する従属タグとして、細胞識別情報としての細胞種が示されていないが、細胞種を従属タグの一つとして関連付けるように構成しても勿論よい。さらに、図4のデータ構造は、便宜上あくまでも一例を示したものに過ぎず、検索条件生成部17が検索する画像タグに従属する従属タグとして、ユーザ識別情報、細胞識別情報、観察情報を取得した日時を識別するための日時情報、ユーザによる細胞のメンテナンスのための作業に関する情報、装置識別情報、活性度データの変化情報における、所望の下位概念の項目(例えば、細胞識別情報における細胞名、細胞種、子株/親株、継代数など)を任意に組み合わせたものを画像タグに関連付けて構成しても勿論よい。
画像選択部16は、例えば、図5に示すような画像タグ選択画面においてユーザに所望の画像タグを選択させるように構成されている。
なお、図5中、34−1〜34−n(図7では便宜上、n=3)は、画像タグである。画像タグ34−1〜34−nは、夫々、細胞画像及び画像名とが一体化した態様で構成され、画面上に選択入力可能に表示されている。
検索条件生成部17は、画像選択部16を介して選択された画像タグを用いて記録部13を検索し、画像タグに合致する検索用タグが付与されている検索用タグ付き観察情報を抽出し、抽出した検索用タグ付き観察情報に付与されている検用タグのうち、画像タグに従属して関連付けられた従属タグに基づき検索条件を自動的に生成するように構成されている。
検索条件生成部17は、例えば、図5に示す画像タグ選択画面における画像タグ34−1〜34−nのうち、ユーザにより選択された画像タグを主タグとして記録部13を検索し、画像タグに合致する検索用タグが付与されている検索用タグ付き観察情報を抽出する。次いで、検索条件生成部17は、抽出した検索用タグ付き観察情報に付与されている検用タグのうち、画像タグに従属して関連付けられた従属タグ(例えば、図4の例ではユーザID、日時情報、細胞名、継代数などからなる一群の情報)に基づき、検索条件を自動的に生成する。
抽出部15は、検索条件取得部14により取得された検索条件を用いて記録部13を検索し、検索条件に合致する検索用タグが付与されている検索用タグ付き観察情報に備わる前記活性度データを含むデータを、記録部13から抽出するように構成されている。
観察情報取得部20は、1時点での取得指示に対応して観察情報を取得するように構成されている。より詳しくは、観察情報取得部20は、装置本体1に備わる、図示しない画像撮像指示画面からユーザが観察名を入力するとともに観察情報取得の指示ボタンを押下したときに作動し、装置本体1に備わる、図示しない撮像装置に観察位置に位置する細胞を含む試料を撮像させ、撮像された細胞画像に対し、例えば、図示しない画像処理部及び画像解析部を介した画像処理及び解析処理を施すことによって、細胞密度・形状・生存率などの細胞の活性度を示す活性度データを検出し、例えば、図6に示すように、細胞画像と活性度データと観察名を一つの観察情報として、装置本体1内の図示しない記憶領域に一時的に記憶する。図6の例の場合、例えば番号1〜3のレコード群(1)は、時点T1での取得指示に対応して観察情報取得部20が取得した一つの観察情報である。また同様に、番号4〜6のレコード群(2)、番号7、8のレコード群(3)、番号9のレコード(4)、番号10〜13のレコード群(5)は、異なる夫々の時点T2〜T5での取得指示に対応して観察情報取得部20が取得した夫々一つの観察情報である。
また、細胞観察情報処理装置本体1は、例えば、図示しないシステムのログイン画面を備えている。そして、ユーザがシステムのログイン画面において、システムのログインIDやパスワードを入力すると、図示しないユーザID入力画面が表示される。また、ユーザID入力画面において、ユーザがユーザ識別情報として自己のユーザIDを選択入力すると、ユーザIDが装置本体1内の図示しない記憶領域に一時的に記憶されるとともに、図示しない画像撮像指示画面が表示され、ユーザが画像撮像指示操作を行うことができるように構成されている。なお、図示しないユーザID入力画面において、ユーザがユーザID選択入力とともに、システムのログインIDやパスワードを入力するように、システムのログイン画面としての機能を兼ね備えた構成としてもよい。
また、細胞観察情報処理装置本体1は、例えば、図示しないタグ取得部を備えてもよい。
詳しくは、タグ取得部は、例えば、細胞観察情報処理装置本体1に備わる、図示しないユーザID入力画面において、ユーザが選択入力したユーザIDや、例えば、細胞観察情報処理装置本体1に備わる、図示しない検索用タグ入力画面において、ユーザが入力した細胞レベル情報(親株又は子株)、細胞名、継代数、を検索用タグとして取得するように構成されている。なお、タグ取得部は、図示しない検索用タグ入力画面におけるユーザの入力を経ることなく、細胞レベル情報(親株又は子株)、細胞名、継代数等の情報の規定値を自動的に取得するように構成してもよい。
また、タグ取得部は、観察情報取得部20を介して取得された夫々の観察情報における細胞画像にログとして記録されている撮像日時を、観察情報を取得した日時を識別するための日時情報として取得する。さらに、タグ取得部は、観察情報取得部20を介して取得された夫々の観察情報における細胞画像から画像タグを取得する。
なお、保存部12が、これらのタグ取得部の機能を備えるように構成してもよい。
さらに、細胞観察情報処理システム10は、好ましくは、抽出部15が抽出した検索用タグ付き観察情報を含むデータをユーザに提示するための提示部として図示しない表示画面を備えている。
このように構成された第1実施形態の細胞観察情報処理システムを用いた、ユーザによる画像タグの選択から活性度データの時系列表示までの処理手順を説明する。
ユーザが培養している細胞の状態を管理する段階には、培養している細胞の観察情報を記録部13に保存する段階と、記録部13から所望の細胞の観察情報を検索・抽出して細胞の状態をチェックする段階とがある。ユーザによる画像タグの選択から活性度データの時系列表示までの処理は、記録部13から所望の細胞の観察情報を検索・抽出して細胞の状態をチェックする段階において行われる。
まず、培養している細胞の観察情報を記録部に保存する段階での処理手順について、簡単に説明する。
ユーザは、図示しないシステムのログイン画面において、システムのログインIDやパスワードを入力する。すると、図示しないユーザID入力画面が表示される。次いで、ユーザは、自己のユーザIDを選択入力する。すると、ユーザIDが装置本体1内の記憶領域に一時的に記憶されるとともに、図示しない画像撮像指示画面が表示され、ユーザが画像撮像指示操作を行うことができるようになる。
次いで、ユーザは、図示しない画像撮像指示画面において観察名を入力し、観察情報取得を指示する指示ボタンを押下する。すると、観察情報取得部20は、観察位置に位置する細胞を含む試料を図示しない撮像装置に撮像させ、撮像された細胞画像に対し、例えば、図示しない画像処理部及び画像解析部を介した画像処理及び解析を施すことによって、細胞数・細胞密度・形状・生存率などの細胞の活性度を示す活性度データを検出する。そして、細胞画像と活性度データと観察名を一つの観察情報として、装置本体1内の図示しない一時記憶領域に記憶する。これにより1時点における観察情報が取得される。なお、観察情報の取得は、取得時点を異ならせて複数回繰り返すことができる。
ユーザによる画像撮像指示画面からの入力・観察画像取得指示、観察情報取得部20による観察情報の取得が終了後、ユーザは、図示しない検索用タグ入力画面において、親株又は子株、細胞名、継代数を入力する。入力が完了すると、図示しないタグ取得部は、タグ入力画面においてユーザが入力した親株又は子株、細胞名、継代数や、ユーザID選択画面においてユーザが選択入力したユーザIDを検索用タグとして取得する。なお、上記の例では、観察情報取得部20による観察情報の取得を複数回繰り返した後に、図示しない検索用タグ入力画面におけるタグ入力、図示しないタグ取得部による検索用タグの取得を行うように提示部を切り換える構成としたが、観察情報取得部20による観察情報の取得の都度、図示しない検索用タグ入力画面におけるタグ入力、図示しないタグ取得部による検索用タグの取得を行うように提示部を切り換えるように構成してもよい。また、検索用タグの付与タイミングに関し、観察情報取得部20による観察情報の取得後に、リアルタイムで図示しない検索用タグ入力画面におけるタグ入力、図示しないタグ取得部による検索用タグの取得を行うように提示部を切り換えるように構成してもよいし、観察情報取得部20による観察情報の取得後より一定期間経過後に、図示しない検索用タグ入力画面におけるタグ入力、図示しないタグ取得部による検索用タグの取得を行うように提示部を切り換えるように構成してもよい。
次いで、保存部12が、各時点での取得指示に対応して取得された夫々の観察情報に対して、例えば、タグ取得部により取得されたタグを含めて、検索用タグとして、主タグをなす画像タグと、画像タグに従属して関連付けられた従属タグをなす、ユーザ識別情報、細胞識別情報、日時情報、ユーザによる細胞のメンテナンスのための作業に関する情報、装置識別情報、活性度データの変化情報のうちの少なくとも一つ以上からなる情報とを付与し、検索用タグを付与した検索用タグ付き観察情報を記録部13に保存する。なお、保存部12による検索用タグの付与は、観察情報取得部20による観察情報の取得の後、タグ取得部を介在させることなく、予め定めておいた従属タグを画像タグに関連付けることによって行っても勿論よい。この場合の検索用タグの付与タイミングに関し、観察情報取得部20による観察情報の取得後に、リアルタイムで保存部12が予め定めておいた従属タグを画像タグに関連付けるように構成してもよいし、観察情報取得部20による観察情報の取得後より一定期間経過後に、保存部12が予め定めておいた従属タグを画像タグに関連付けるように構成してもよい。
全ての時点の観察情報に対する検索用タグの付与及び検索用タグ付き観察情報の記録部13への保存が完了したとき、培養している細胞の観察情報を記録部に保存する段階での処理が終了する。
次に、記録部13から所望の細胞の観察情報を検索・抽出して細胞の状態をチェックする段階での処理手順について、図7〜図9を用いて説明する。
図7は図2の細胞画像情報処理システムを用いた、ユーザによる画像タグの選択から活性度データの時系列表示までの処理手順の一例を示すブロック図、図8は図2の細胞画像情報処理システムを用いた、ユーザによる画像タグの選択から活性度データの時系列表示までの処理の流れを模式的に示す説明図、図9は図2の細胞画像情報処理システムを用いた、ユーザによる画像タグの選択から活性度データを含むデータの抽出までの処理手順の一例を示すフローチャートである。
ユーザは、図5に示すような画像タグ選択画面において、所望の画像タグを選択する(ステップS1)。
次いで、検索条件生成部17は、例えば、図5に示す画像タグ選択画面における画像タグ34−1〜34−nのうち、ユーザにより選択された画像タグを主タグとして記録部13を検索し、画像タグに合致する検索用タグが付与されている検索用タグ付き観察情報を抽出する(ステップS2)。次いで、検索条件生成部17は、抽出した検索用タグ付き観察情報に付与されている検用タグのうち、画像タグに従属して関連付けられた従属タグ(図5の例ではユーザID、日時情報、細胞名、継代数などからなる一群の情報)に基づき、検索条件を自動的に生成する(ステップS3)。
次いで、抽出部15は、検索条件生成部17により自動的に生成された検索条件を用いて記録部13を検索し、検索条件に合致する検索用タグが付与されている検索用タグ付き観察情報に備わる活性度データを含むデータを含むデータを、記録部13から抽出する(ステップS4)。これにより、ユーザによる画像タグの選択から活性度データの時系列表示までの処理が終了する。
抽出部15が抽出した検索用タグ付き観察情報に備わる活性度データを含むデータは、検索条件生成部17により生成された検索条件に応じた表示態様で図示しない表示画面に表示される。ユーザは、表示画面に表示された例えば図10(a)〜図10(g)に示すような表示態様のデータを観察することで、細胞の状態をチェックする。これにより、記録部から所望の細胞の観察情報を検索・抽出して細胞の状態をチェックする段階での処理が終了する。
図10(a)〜図10(g)は抽出された観察情報に備わる活性度データを含むデータをユーザに提示するための表示画面における表示態様の例として、抽出された各時点の観察情報に備わる活性度データを含むデータのうち、活性度データとしての細胞密度(図における棒グラフ)及び/又は各時点で計測された細胞数の情報を基に算出した累積細胞分裂回数(図における曲線のグラフ)を、数世代にまたがり観察情報を取得した日時の順に一括で夫々示したグラフである。なお、図10(a)〜図10(g)に示す表示画面は、ユーザの操作により所望の表示態様の画面に切り換えて表示することができるように構成してもよい。また、図10(a)〜図10(g)に示す表示画面は、抽出された観察情報を含むデータをユーザに提示するための表示画面における表示態様の例示に過ぎず、これらの表示態様に限定されるものでは勿論ない。
第1実施形態の細胞観察情報処理システム10によれば、検索条件生成部17が、ユーザにより画像選択部16を介して選択された画像タグを用いて記録部13を検索し、画像タグに合致する検索用タグが付与されている検索用タグ付き観察情報を抽出し、抽出した検索用タグ付き観察情報に付与されている検用タグのうち、画像タグに従属して関連付けられた従属タグに基づき検索条件を自動的に生成し、抽出部15が、検索条件生成部17により生成された検索条件を用いて記録部13を検索し、検索条件に合致する検用タグが付与されている検索用タグ付き観察情報に備わる活性度データを含むデータを、記録部から抽出するようにしたので、ユーザは、画像選択部16から画像タグを選択する操作を行うだけで、検索用タグとして設定すべき複数の情報を画像タグに従属して関連付けられた従属タグとして一括設定することが出来、特許文献1に記載の構成を応用する場合のような複数のタグを個々に設定する必要がなくなる。そして、従属タグに基づき観察情報に備わる活性度データを抽出できるので、特許文献1に記載の構成を応用する場合のような、画像を抽出する都度、活性度データを算出する手間が省ける。なお、抽出した活性度データは、観察情報を取得した日時順に並べ替えて表示画面等にグラフ化して表示できる。そして、表示画面に活性度データを時系列表示させることにより、ユーザは、画像選択部から選択した画像タグで示される細胞画像と対応付けて活性度データの経時的な変化の状況を即時に把握することができる。
このため、第1実施形態の細胞観察情報処理システム10によれば、操作の手間を極力省いて、培養されている細胞に関する活性度データの時系列グラフ化するまでの時間を短縮化でき、さらには操作の誤りも防止して直感的に操作できる。
以上、本発明の実施形態の細胞情報処理システムの実施形態を説明したが、細胞情報処理システムは、例えば、装置本体1に設けられたコンピュータを、各時点での取得指示に対応して観察情報取得部を介して取得された、細胞画像、細胞数・細胞密度・形状・生存率などの細胞の活性度を示す活性度データ、観察名などの細胞の観察結果を示す夫々の観察情報に対して、該観察情報を検索するための検索用タグとして、主タグをなす前記細胞画像を示すための画像タグと、前記画像タグに従属して関連付けられた従属タグをなす、細胞観察を行うユーザを識別するためのユーザ識別情報、観察対象となっている細胞を識別するための細胞識別情報、観察情報を取得した日時を識別するための日時情報、前記ユーザによる細胞のメンテナンスのための作業に関する情報、前記観察情報を取得するために用いた装置を識別するための装置識別情報、前記活性度データの変化情報のうちの少なくとも一つ以上からなる情報とを付与し、該検索用タグを付与した検索用タグ付き観察情報を記録部に保存する保存手段、ユーザに所望の画像タグを選択させ、選択された前記画像タグを用いて前記記録部を検索し、該画像タグに合致する前記検索用タグが付与されている前記検索用タグ付き観察情報を抽出し、抽出した該検索用タグ付き観察情報に付与されている前記検用タグのうち、前記従属タグに基づき検索条件を自動的に生成する検索条件生成手段、前記検索条件生成手段が生成した前記検索条件を用いて前記記録部を検索し、該検索条件に合致する前記検用タグが付与されている前記検索用タグ付き観察情報に備わる前記活性度データを含むデータを、該記録部から抽出する抽出手段、として機能させるための細胞観察情報処理プログラムで構成してもよい。
また、本発明の実施形態の細胞情報処理システムは、細胞観察情報処理プログラムを装置本体1に設けられたコンピュータに備える構成の他にも、例えば、装置本体1に設けられたコンピュータで読み取り可能な記録媒体に記録した構成であってもよい。
また、本発明の実施形態の細胞観察情報処理システムは、図2に示したように、保存部12と、画像選択部16と、検索条件生成部17と、抽出部15とを、一つの装置本体1に備える構成に限定されるものではなく、例えば、図11、図12に変形例として示すように、保存部12、画像選択部16、検索条件生成部17および抽出部15を、複数の装置に分散して設ける構成としてもよい。また、本発明の他の実施形態の細胞観察情報処理システムは、記録部13を、保存部12、画像選択部16、検索条件生成部17および抽出部15とともに備えて構成してもよい。
図11は図2の一変形例にかかる細胞画像情報処理システムの構成を示す説明図である。
本変形例の細胞画像情報処理システム10は、保存部12が観察処理装置1aに、記録部13が記録処理装置1bに、画像選択部16と検索条件生成部17と抽出部15が検索処理装置1cに、夫々備えられている。観察情報取得部20は観察処理装置1aに備えられている。
観察処理装置1aは、例えば、撮像装置とコンピュータを備えた顕微鏡装置で構成されている。
記録処理装置1bは、例えば、データベースファイルを格納した記憶装置で構成されている。
検索処理装置1cは、例えば、データベースソフトウェアを備えたコンピュータで構成されている。
観察処理装置1aと記録処理装置1b、記録処理装置1bと検索処理装置1cは、互いにネットワーク接続されている。
保存部12、記録部13、画像選択部16、検索条件生成部17、抽出部15、観察情報取得部20の構成は、図4に示した第1実施形態における構成と略同じである。
このように構成された図11の細胞画像情報処理システム10は、培養している細胞の観察情報を記録部13に保存する段階では、観察処理装置1aに備わる観察情報取得部20がユーザによる1時点での取得指示に対応して観察情報を取得する。次いで、図示しないタグ取得部が、観察情報取得部20を介して取得された観察情報を検索するための検索用タグを取得する。次いで、保存部12が図示しないタグ取得部により取得されたタグを含め、検用タグとして、主タグをなす画像タグと、画像タグに従属して関連付けられた従属タグをなす、ユーザ識別情報、細胞識別情報、日時情報、ユーザによる細胞のメンテナンスのための作業に関する情報、装置識別情報、活性度データの変化情報のうちの少なくとも一つ以上からなる情報とを観察情報に付与し、ネットワーク回線を経由して記録装置1bの記録部13に検用タグ付き観察情報を保存する。
また、記録部13から所望の細胞の観察情報を検索・抽出して細胞の状態をチェックする段階では、検索処理装置1cの画像選択部16が、図5に示すような画像タグ選択画面において、ユーザに所望のタグを選択させ、次いで、検索条件生成部17が、画像タグ選択画面においてユーザにより選択された画像タグを用いて、ネットワーク回線を経由して記録部13を検索し、画像タグに合致する検索用タグが付与されている検索用タグ付き観察情報を抽出し、抽出した検索用タグ付き観察情報に付与されている検用タグのうち、画像タグに従属して関連付けられた従属タグに基づき検索条件を自動的に生成する。次いで、抽出部15が、検索条件生成部17により自動的に生成された検索条件を用いて、ネットワーク回線を経由して記録装置1bを検索し、検索条件に合致する検索用タグが付与されている検索用タグ付き観察情報に備わる活性度データを含むデータを抽出する。抽出された検索用タグ付き観察情報を含むデータは、図示しない表示装置に表示される。
図11の細胞観察情報処理システム10によれば、細胞観察情報処理システム10を構成する保存部12、画像選択部16、検索条件生成部17、抽出部15を、複数の装置1a、1b、1cに分散して備えたので、個々の装置を小型・簡素化することができる。
また、保存部12と、画像選択部16、検索条件生成部17及び抽出部15とを、別々の装置1a、1cに備えたので、培養している細胞の観察情報を記録部に保存する段階と、記録部から所望の細胞の観察情報を検索・抽出して細胞の状態をチェックする段階とで、ユーザが操作場所を異ならせることができ、利便性が向上する。例えば、検索処理装置1cにモバイル機器を用いることで、ユーザは、観察情報取得装置1aの配置場所に拘束されることなく、ネット通信を介して容易に所望の観察情報を含むデータ記録部13から検索抽出して、細胞の状態を確認することができる。
なお、保存部12は、観察情報取得部20とは別の装置に備えるようにしてもよい。
保存部12を観察情報取得部20とは別装置に備えれば、観察情報取得段階と、タグ取得段階とで、ユーザが操作場所を異ならせることができ、利便性がより一層向上する。例えば、タグ取得部及び保存部12を備える装置にモバイル機器を用いることで、ユーザは、観察情報取得装置1aの配置場所に拘束されることなく、モバイル機器に図示しない検索用タグ入力画面を表示させ、所望の検索用タグを入力することで、ネット通信を介して容易に、所望の検索用タグを、観察情報取得部20により取得された観察情報に付与して記録部13に記録することができる。
なお、画像選択部16、検索条件生成部17や抽出部15は、観察処理装置1aと一体に備えられていてもよい。
図12は図2の他の変形例にかかる細胞画像情報処理システムの構成を示す説明図である。
本変形例の細胞画像情報処理システム10は、複数の観察処理装置1a−1、1a−n(図12では便宜上、n=2)によって観察情報が取得され、夫々の観察処理装置1a−1、1a−nにより取得された観察データを一括して管理する構成となっている。
詳しくは、図12の細胞画像情報処理システム10では、複数の観察処理装置1a−1、1a−nの夫々が、観察情報取得部20と、保存部12を備えている。
その他の構成は、図11の細胞情報処理システム10と略同じである。
このように構成された図12の細胞画像情報処理システム10は、培養している細胞の観察情報を記録部に保存する段階では、複数の観察処理装置1a−1、1a−2の夫々において、観察情報取得部20がユーザによる1時点での取得指示に対応して観察情報を取得し、タグ取得部が、観察情報取得部20を介して取得された観察情報を検索するための検索用タグを取得し、保存部12がタグ取得部により取得された検用タグを観察情報に付与し、夫々のネットワーク回線を経由して記録装置1bの記録部13に検用タグ付き観察情報を保存する。
記録部13から所望の細胞の観察情報を検索・抽出して細胞の状態をチェックする段階の処理手順は、図11の細胞情報処理システム10と略同じである。
図12の細胞観察情報処理システム10によれば、複数の観察処理装置1a−1、1a−n(図12では便宜上、n=2)によって観察情報が取得され、夫々の観察処理装置1a−1、1a−nにより取得された観察データを一括して管理する構成としたので、ユーザが一つの観察処理装置1a−nの配置に拘束されることなく、所望の場所に設けられた観察処理装置を介して観察情報を取得し、それぞれの観察処理装置を介して取得した検用タグ付き観察情報を、同一の記録部13に集中して記録することができ、利便性がより一層向上する。
また、複数の観察処理装置1a−1、1a−nにより取得された観察データを一括して管理する構成としたので、各々の観察処理装置を小型軽量化し、夫々のユーザごとに専用の観察処理装置を携帯可能に構成することで、各ユーザは、細胞の観察情報を任意の場所で取得することができ、利便性がより一層向上する。
その他の構成及び作用効果は、図11の変形例と略同じである。
図13は図2のさらに他の変形例にかかる細胞画像情報処理システムの構成を示す説明図である。
本変形例の細胞画像情報処理システム10は、図2の細胞画像情報処理システムに、さらに提示部18を備えて構成されている。
提示部18は、抽出部により抽出された検索用タグ付き観察情報に備わる活性度データを含むデータを、例えば、図10(h)に示すような観察情報を取得した日時に基づき時系列に並び替えたグラフを作成してモニタ等の表示画面に表示する。
その他の構成は、図2に示した第1実施形態における構成と略同じである。
図13の細胞画像情報処理システム10によれば、画像タグを選択するだけで、手間をかけずに短時間で、培養されている細胞に関する活性度データの時系列グラフが表示されるので、ユーザは活性度データの経時的な変化の状況を即時に把握することができる。
なお、提示部18は、好ましくは、提示した複数の活性度データのうち、選択された画像タグに対応する、観察情報を取得した日時における活性度データとその他の観察情報を取得した日時における活性度データとを、異なる表示態様で表示する区別表示処理部を備える。区別表示処理部による表示態様としては、例えば、図10(h)に示すような強調表示やマーカー表示等にするのがよい。なお、図10(b)〜(g)に示す夫々の表示態様において、図10(h)に示すのと同様の強調表示やマーカー表示等を行うように、提示部18に区別処理表示部を備えても勿論よい。
区分表示処理部を備えれば、例えば、時系列表示される複数時点の活性度データのグラフにおける、ユーザが選択した画像タグに対応する観察情報取得日時における活性度データの位置が明確化する。このため、提示部18に活性度データの時系列グラフとともに画像タグに対応する細胞画像を併せて表示した場合、ユーザが細胞画像と活性度データとを関連付けて確認し易くなる。
また、上記実施形態では、細胞を含む試料上の1地点(観察位置)の領域を撮像した画像を取得しているが、変形例として、複数のカメラをシステムに具備し、それら複数のカメラを用いて複数の観察位置の領域を同一時点で撮像することで複数の画像を取得し、それら取得された同一時点における複数の画像をまとめて1つの画像群としてもよい。この場合、個々の画像ごとではなく、1つの画像群に対して1つの画像タグ及び画像タグに従属して関連付けられた従属タグ(ユーザIDや細胞名等)が付与される。
また、上記実施形態では、ユーザの手操作により画像タグを選択する構成となっているが、画像タグを選択する構成は、次に挙げる変形例のような構成であってもよい。
変形例1:ユーザのその他の入力態様による画像タグの選択を行う構成
画像選択部は、ユーザによる音声入力、視線入力やジェスチャー入力などによって画像タグを選択するように構成してもよい。
例えば、音声入力の場合、画像選択部は、特開2012−252181号公報に開示されているような音声解析技術を用いて、ユーザにより音声入力されたタグの音声情報をタグの文字列情報に変換し、そのタグの文字列情報に基づいて画像タグを選択するように構成してもよい。
また、例えば、視線入力の場合、ユーザの視線が動く方向とその方向に対する文字とを対応付けた対応付け情報を装置内に記憶しておき、画像選択部は、ユーザの視線の方向を視線検出センサなどの視線検出部で検出し、その検出したユーザの視線の方向と対応付け情報とをもとに、その方向に対応付けられた文字に基づいて画像タグを選択するように構成してもよい。
さらに、例えば、ジェスチャー入力の場合、ユーザの手、足や体幹等の体の部位が動く方向とその方向に対する文字とを対応付けた対応付け情報を装置内に記憶しておき、画像選択部は、ユーザの体の部位の動作方向をジェスチャー検出センサなどのジェスチャー検出部で検出し、その検出したユーザの体の部位の動作方向と対応付け情報とをもとに、その方向に対応付けられた文字に基づいて画像タグを選択するように構成してもよい。
なお、本変形例では、ユーザのその他の入力態様として、音声入力や視線入力等のユーザ入力態様を挙げたが、ユーザの入力態様は、これらに限られるものではなく、例えば、脳波による入力等によって画像タグを選択するように構成することも可能である。
このように、本発明の幾つかの実施形態によれば、操作の手間を極力省いて、培養されている細胞に関する活性度データの時系列グラフ化するまでの時間を短縮化可能な、細胞観察情報処理システム、細胞観察情報処理方法、細胞観察情報処理プログラム、細胞観察情報処理システムに備わる記録部、細胞観察情報処理システムに備わる装置が得られる。
または、本発明の幾つかの実施形態によれば、培養されている細胞に関する活性度データを時系列グラフ化するための操作の誤りも防止して直感的に操作可能な、細胞観察情報処理システム、細胞観察情報処理方法、細胞観察情報処理プログラム、細胞観察情報処理システムに備わる記録部、細胞観察情報処理システムに備わる装置が得られる。
以上、本発明の実施形態およびその変形例について説明したが、本発明は、各実施形態およびその変形例に記載のとおりの構成に限定されるものではなく、実施段階では、発明の要旨を変更しない範囲内で構成要素を変形して具体化することができる。また、各実施形態やその変形例に記載した複数の構成要素を適宜組み合わせることによって、種々の発明を導出することができる。例えば、各実施形態やその変形例に記載した全ての構成要素から幾つかの構成要素を削除してもよいし、異なる実施形態やその変形例に記載した構成要素を適宜組み合わせてもよい。このように、発明の要旨を変更しない範囲で、種々の変形や応用が可能である。
本発明の細胞観察情報処理システム、細胞観察情報処理方法、細胞観察情報処理プログラム、細胞観察情報処理システムに備わる記録部、細胞観察情報処理システムに備わる装置は、生体研究に用いる細胞の状態管理を、顕微鏡等の観察情報取得装置により取得された細胞の観察情報を用いて行うことが求められる分野の他、時系列に変化する生体の状態管理を行うことが求められる分野に有用である。
1 細胞観察情報装置本体
1a、1a−1、1a−2 観察処理装置
1b 記録処理装置
1c 検索処理装置
10 細胞観察情報処理システム
12 保存部
13 記録部
15 抽出部
16 画像選択部
17 検索条件生成部
18 提示部
20 観察情報取得部
34−1〜34−3 画像タグ

Claims (25)

  1. 各時点での取得指示に対応して観察情報取得部を介して取得された、細胞画像、細胞数・細胞密度・形状・生存率などの細胞の活性度を示す活性度データ、観察名などの細胞の観察結果を示す夫々の観察情報に対して、該観察情報を検索するための検索用タグとして、主タグをなす前記細胞画像を示すための画像タグと、前記画像タグに従属して関連付けられた従属タグをなす、細胞観察を行うユーザを識別するためのユーザ識別情報、観察対象となっている細胞を識別するための細胞識別情報、前記観察情報を取得した日時を識別するための日時情報、前記ユーザによる細胞のメンテナンスのための作業に関する情報、前記観察情報を取得するために用いた装置を識別するための装置識別情報、前記活性度データの変化情報のうちの少なくとも一つ以上からなる情報とを付与し、該検索用タグを付与した検索用タグ付き観察情報を記録部に保存する保存部と、
    ユーザに所望の画像タグを選択させる画像選択部と、
    前記画像選択部を介して選択された前記画像タグを用いて前記記録部を検索し、該画像タグに合致する前記検索用タグが付与されている前記検索用タグ付き観察情報を抽出し、抽出した該検索用タグ付き観察情報に付与されている前記検用タグのうち、前記従属タグに基づき検索条件を自動的に生成する検索条件生成部と、
    前記検索条件生成部により生成された前記検索条件を用いて前記記録部を検索し、該検索条件に合致する前記検用タグが付与されている前記検索用タグ付き観察情報に備わる前記活性度データを含むデータを、該記録部から抽出する抽出部と
    を備えることを特徴とする細胞観察情報処理システム。
  2. 請求項1に記載の細胞観察情報処理システムにおいて、
    前記検索条件生成部は、前記細胞識別情報を少なくとも含む情報を検索条件として自動的に生成することを特徴とする細胞観察情報処理システム。
  3. 請求項2に記載の細胞観察情報処理システムにおいて、
    前記検索条件生成部は、さらに、前記ユーザ識別情報を含む情報を検索条件として自動的に生成することを特徴とする細胞観察情報処理システム。
  4. 請求項3に記載の細胞観察情報処理システムにおいて、
    前記細胞識別情報は、細胞名、細胞種、培養を行う細胞であることを示す親株又はその親株から小分けした細胞であることを示す子株を識別するための細胞レベル情報、及び細胞の継代数のうちの少なくとも一つ以上を含み、
    前記検索条件生成部は、前記ユーザ識別情報と、前記細胞名、前記細胞種、前記細胞レベル情報及び前記継代数のうちの少なくとも一つ以上のものとを含む情報を前記検索条件として自動的に生成することを特徴とする細胞観察情報処理システム。
  5. 請求項4に記載の細胞観察情報処理システムにおいて、
    前記検索条件生成部は、前記ユーザ識別情報と、前記細胞名及び前記細胞種のうちの少なくともいずれかとを含む情報を前記検索条件として自動的に生成することを特徴とする細胞観察情報処理システム。
  6. 請求項5に記載の細胞観察情報処理システムにおいて、
    前記検索条件生成部は、
    前記ユーザ識別情報と、前記細胞名及び前記細胞種のうちの少なくともいずれかと、前記細胞レベル情報とを含む情報を前記検索条件として自動的に生成することを特徴とする細胞観察情報処理システム。
  7. 請求項6に記載の細胞観察情報処理システムにおいて、
    前記検索条件生成部は、
    前記ユーザ識別情報と、前記細胞名及び前記細胞種のうちの少なくともいずれかと、前記細胞レベル情報と、前記継代数とを含む情報を前記検索条件として自動的に生成することを特徴とする細胞観察情報処理システム。
  8. 請求項3に記載の細胞観察情報処理システムにおいて、
    前記検索条件生成部は、前記ユーザ識別情報と、前記細胞識別情報と、前記活性度データの変化情報とを含む情報を前記検索条件として自動的に生成することを特徴とする細胞観察情報処理システム。
  9. 請求項1に記載の細胞観察情報処理システムにおいて、
    前記記録部は、複数の細胞を観察対象とした細胞観察に対応した、夫々の前記検索用タグ付き観察情報を記録可能であり、
    前記検索条件生成部は、前記細胞識別情報と、前記活性度データの変化情報とを含む情報を前記検索条件として自動的に生成することを特徴とする細胞観察情報処理システム。
  10. 請求項1に記載の細胞観察情報処理システムにおいて、
    前記細胞識別情報は、細胞名、細胞種、培養を行う細胞であることを示す親株又はその親株から小分けした細胞であることを示す子株を識別するための細胞レベル情報、及び細胞の継代数のうちの少なくとも一つ以上を含むことを特徴とする細胞観察情報処理システム。
  11. 請求項10に記載の細胞観察情報処理システムにおいて、
    前記検索条件生成部は、
    前記細胞名及び前記細胞種のうちの少なくともいずれかと、前記細胞レベル情報及び前記継代数のうちの少なくともいずれかとを前記検索条件に含ませることを特徴とする細胞観察情報処理システム。
  12. 請求項1に記載の細胞観察情報処理システムにおいて、
    前記観察情報は、前記細胞を含む試料上の複数の観察位置に対する同一時点での撮像に対応した、複数の観察結果を示す情報から構成されることを特徴とする細胞観察情報処理システム。
  13. 請求項12に記載の細胞観察情報処理システムにおいて、
    前記複数の観察結果を示す情報は、複数の細胞画像を含むことを特徴とする細胞観察情報処理システム。
  14. 請求項12に記載の細胞観察情報処理システムにおいて、
    前記複数の観察結果を示す情報は、複数の細胞画像に基づいて算出される値を含むことを特徴とする細胞観察情報処理システム。
  15. 請求項12に記載の細胞観察情報処理システムにおいて、
    前記複数の観察結果を示す情報は、複数の細胞画像と、前記複数の細胞画像に基づいて算出される値を含むことを特徴とする細胞観察情報処理システム。
  16. 請求項12に記載の細胞観察情報処理システムにおいて、
    前記複数の観察結果を示す情報は、複数の細胞画像を含み、
    前記検索用タグは、前記複数の細胞画像に基づいて算出される値を含むことを特徴とする細胞観察情報処理システム。
  17. 請求項12に記載の細胞観察情報処理システムにおいて、
    前記複数の観察結果を示す情報は、複数の細胞画像を含み、
    前記検索用タグは、前記複数の細胞画像を示すための画像タグを含むことを特徴とする細胞観察情報処理システム。
  18. 請求項12に記載の細胞観察情報処理システムにおいて、
    前記複数の観察結果を示す情報は、複数の細胞画像に基づいて算出される値を含み、
    前記検索用タグは、前記複数の細胞画像に基づいて算出される値を含むことを特徴とする細胞観察情報処理システム。
  19. 請求項12に記載の細胞観察情報処理システムにおいて、
    前記複数の観察結果を示す情報は、複数の細胞画像を含み、
    前記検索用タグは、前記複数の細胞画像を示すための画像タグ及び前記複数の細胞画像に基づいて算出される値を含むことを特徴とする細胞観察情報処理システム。
  20. コンピュータを用いて構築されたシステムにおいて、前記コンピュータが、各時点での取得指示に対応して観察情報取得部を介して取得された、細胞画像、細胞数・細胞密度・形状・生存率などの細胞の活性度を示す活性度データ、観察名などの細胞の観察結果を示す夫々の観察情報に対して、該観察情報を検索するための検索用タグとして、主タグをなす前記細胞画像を示すための画像タグと、前記画像タグに従属して関連付けられた従属タグをなす、細胞観察を行うユーザを識別するためのユーザ識別情報、観察対象となっている細胞を識別するための細胞識別情報、観察情報を取得した日時を識別するための日時情報、前記ユーザによる細胞のメンテナンスのための作業に関する情報、前記観察情報を取得するために用いた装置を識別するための装置識別情報、前記活性度データの変化情報のうちの少なくとも一つ以上からなる情報とを付与し、該検索用タグを付与した検索用タグ付き観察情報を記録部に保存する保存段階と、
    前記コンピュータが、ユーザに所望の画像タグを選択させ、選択された前記画像タグを用いて前記記録部を検索し、該画像タグに合致する前記検索用タグが付与されている前記検索用タグ付き観察情報を抽出し、抽出した該検索用タグ付き観察情報に付与されている前記検用タグのうち、前記従属タグに基づき検索条件を自動的に生成する検索条件生成段階と、
    前記コンピュータが、前記検索条件生成段階において生成された前記検索条件を用いて前記記録部を検索し、該検索条件に合致する前記検用タグが付与されている前記検索用タグ付き観察情報に備わる前記活性度データを含むデータを、該記録部から抽出する抽出段階と、
    を備えることを特徴とする細胞観察情報処理方法。
  21. コンピュータを、
    各時点での取得指示に対応して観察情報取得部を介して取得された、細胞画像、細胞数・細胞密度・形状・生存率などの細胞の活性度を示す活性度データ、観察名などの細胞の観察結果を示す夫々の観察情報に対して、該観察情報を検索するための検索用タグとして、主タグをなす前記細胞画像を示すための画像タグと、前記画像タグに従属して関連付けられた従属タグをなす、細胞観察を行うユーザを識別するためのユーザ識別情報、観察対象となっている細胞を識別するための細胞識別情報、観察情報を取得した日時を識別するための日時情報、前記ユーザによる細胞のメンテナンスのための作業に関する情報、前記観察情報を取得するために用いた装置を識別するための装置識別情報、前記活性度データの変化情報のうちの少なくとも一つ以上からなる情報とを付与し、該検索用タグを付与した検索用タグ付き観察情報を記録部に保存する保存手段、
    ユーザに所望の画像タグを選択させ、選択された前記画像タグを用いて前記記録部を検索し、該画像タグに合致する前記検索用タグが付与されている前記検索用タグ付き観察情報を抽出し、抽出した該検索用タグ付き観察情報に付与されている前記検用タグのうち、
    前記従属タグに基づき検索条件を自動的に生成する検索条件生成手段、
    前記検索条件生成手段が生成した前記検索条件を用いて前記記録部を検索し、該検索条件に合致する前記検用タグが付与されている前記検索用タグ付き観察情報に備わる前記活性度データを含むデータを、該記録部から抽出する抽出手段、
    として機能させるための細胞観察情報処理プログラム。
  22. 請求項1に記載の細胞観察情報処理システムに備わる記録部であって、
    1以上の前記検索用タグ付き観察情報のレコードを有し、
    夫々の前記レコードは、各時点での細胞画像の撮像に対応して作成され、
    1時点での細胞画像の撮像に対応する1つの観察情報と、前記観察情報を検索するための前記検索用タグとが互いに関連付けられていることを特徴とする記録部。
  23. 請求項1に記載の細胞観察情報処理システムに備わる複数の装置であって、
    前記複数の装置が、前記保存部、前記画像選択部、前記検索条件生成部および前記抽出部を、分散して設けていることを特徴とする細胞観察情報処理システムに備わる装置。
  24. 請求項1に記載の細胞観察情報処理システムにおいて、
    前記抽出部により抽出された前記検索用タグ付き観察情報に備わる前記活性度データを含むデータを、前記観察情報を取得した日時に基づき時系列に並び替えてユーザに提示す提示部をさらに備えることを特徴とする細胞観察情報処理システム。
  25. 請求項24に記載の細胞観察情報処理システムにおいて、
    前記提示部は、提示した複数の活性度データのうち、選択された前記画像タグに対応する、前記観察情報を取得した日時における活性度データとその他の前記観察情報を取得した日時における活性度データとを、異なる表示態様で表示する区別表示処理部を備えることを特徴とする細胞観察情報処理システム。
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