JP6099820B2 - 排他的分子軌道分布を有する分子軌道ライブラリおよびこれを用いた分子軌道分布領域評価方法およびこれを用いたシステム - Google Patents
排他的分子軌道分布を有する分子軌道ライブラリおよびこれを用いた分子軌道分布領域評価方法およびこれを用いたシステム Download PDFInfo
- Publication number
- JP6099820B2 JP6099820B2 JP2016521231A JP2016521231A JP6099820B2 JP 6099820 B2 JP6099820 B2 JP 6099820B2 JP 2016521231 A JP2016521231 A JP 2016521231A JP 2016521231 A JP2016521231 A JP 2016521231A JP 6099820 B2 JP6099820 B2 JP 6099820B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- molecular orbital
- library
- extended
- molecular
- distribution
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
- 238000004776 molecular orbital Methods 0.000 title claims description 473
- 238000009826 distribution Methods 0.000 title claims description 203
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 title claims description 26
- 239000000126 substance Substances 0.000 claims description 148
- 239000000470 constituent Substances 0.000 claims description 81
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 54
- 239000000463 material Substances 0.000 claims description 51
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 claims description 47
- 238000010276 construction Methods 0.000 claims description 17
- 238000012790 confirmation Methods 0.000 claims description 10
- 230000005610 quantum mechanics Effects 0.000 claims description 10
- 239000013076 target substance Substances 0.000 claims description 8
- 230000005428 wave function Effects 0.000 claims description 4
- 238000005457 optimization Methods 0.000 claims description 3
- 230000007935 neutral effect Effects 0.000 description 12
- 238000004770 highest occupied molecular orbital Methods 0.000 description 11
- UHOVQNZJYSORNB-UHFFFAOYSA-N Benzene Chemical compound C1=CC=CC=C1 UHOVQNZJYSORNB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- 238000011161 development Methods 0.000 description 4
- 238000004768 lowest unoccupied molecular orbital Methods 0.000 description 4
- 238000003775 Density Functional Theory Methods 0.000 description 3
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 3
- 238000012512 characterization method Methods 0.000 description 3
- ZPHQFGUXWQWWAA-UHFFFAOYSA-N 9-(2-phenylphenyl)carbazole Chemical group C1=CC=CC=C1C1=CC=CC=C1N1C2=CC=CC=C2C2=CC=CC=C21 ZPHQFGUXWQWWAA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 150000001450 anions Chemical class 0.000 description 2
- 239000004305 biphenyl Substances 0.000 description 2
- 238000004422 calculation algorithm Methods 0.000 description 2
- 125000001637 1-naphthyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C2C(*)=C([H])C([H])=C([H])C2=C1[H] 0.000 description 1
- FGUUSXIOTUKUDN-IBGZPJMESA-N C1(=CC=CC=C1)N1C2=C(NC([C@H](C1)NC=1OC(=NN=1)C1=CC=CC=C1)=O)C=CC=C2 Chemical compound C1(=CC=CC=C1)N1C2=C(NC([C@H](C1)NC=1OC(=NN=1)C1=CC=CC=C1)=O)C=CC=C2 FGUUSXIOTUKUDN-IBGZPJMESA-N 0.000 description 1
- 150000004945 aromatic hydrocarbons Chemical class 0.000 description 1
- 125000003118 aryl group Chemical group 0.000 description 1
- 235000010290 biphenyl Nutrition 0.000 description 1
- 230000000052 comparative effect Effects 0.000 description 1
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 1
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 1
- 150000004985 diamines Chemical class 0.000 description 1
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 1
- 238000004773 frontier orbital Methods 0.000 description 1
- 238000007620 mathematical function Methods 0.000 description 1
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 1
- ZUOUZKKEUPVFJK-UHFFFAOYSA-N phenylbenzene Natural products C1=CC=CC=C1C1=CC=CC=C1 ZUOUZKKEUPVFJK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000000704 physical effect Effects 0.000 description 1
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 1
- 238000004445 quantitative analysis Methods 0.000 description 1
- 238000011158 quantitative evaluation Methods 0.000 description 1
- 238000004869 quantum mechanical method Methods 0.000 description 1
- 230000009257 reactivity Effects 0.000 description 1
- 230000027756 respiratory electron transport chain Effects 0.000 description 1
- 239000010409 thin film Substances 0.000 description 1
- 238000012800 visualization Methods 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07B—GENERAL METHODS OF ORGANIC CHEMISTRY; APPARATUS THEREFOR
- C07B61/00—Other general methods
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16C—COMPUTATIONAL CHEMISTRY; CHEMOINFORMATICS; COMPUTATIONAL MATERIALS SCIENCE
- G16C10/00—Computational theoretical chemistry, i.e. ICT specially adapted for theoretical aspects of quantum chemistry, molecular mechanics, molecular dynamics or the like
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
- G06F—ELECTRIC DIGITAL DATA PROCESSING
- G06F17/00—Digital computing or data processing equipment or methods, specially adapted for specific functions
- G06F17/10—Complex mathematical operations
Landscapes
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Theoretical Computer Science (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Computing Systems (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Data Mining & Analysis (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Mathematical Physics (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
- Mathematical Analysis (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Software Systems (AREA)
- Databases & Information Systems (AREA)
- Pure & Applied Mathematics (AREA)
- Mathematical Optimization (AREA)
- Computational Mathematics (AREA)
- Algebra (AREA)
- Management, Administration, Business Operations System, And Electronic Commerce (AREA)
Description
a)特定形態の分子軌道を有する複数の物質のうちのいずれか1つであるA(1)を選択した後、前記A(1)に対して、下記のi)〜iii)ステップによって求めたMOD‐Dscore値がp以下のA(2)を選択するステップ:
i)分子軌道(molecular orbital)分布を比較する2個の分子軌道を選択した後、量子力学計算法を利用してこれらの分子軌道(molecular orbital)分布を計算するステップ、
ii)各分子軌道に対するRDM(radially discrete mesh,動径離散メッシュ)計算方法によって構造特性を計算した後、前記i)ステップで計算された分子軌道(molecular orbital)分布とマッチングさせて、構造特性に応じた分子軌道分布を求めるステップ、および
iii)前記ii)ステップで求めた構造特性に応じた分子軌道(molecular orbital)分布を利用して、下記の式2のMOD‐Dscore(Molecular Orbital Distribution‐Deviation Score,分子軌道分布差スコア)値を求めるステップ、
b)前記a)ステップで得たA(1)とA(2)を、R‐分子軌道ライブラリ(Region specific−Molecular Orbital Library,領域特有分子軌道ライブラリ)に構成物質として含ませるステップと、
c)前記複数の物質のうちの他の1つであるA(3)を選択し、すでにR‐分子軌道ライブラリ(Region specific−Molecular Orbital Library)に含まれた複数の物質とのMOD‐Dscore値をそれぞれ求めて、最大値がq以下で、かつ最小値がr以下であれば、A(3)を、R‐分子軌道ライブラリ(Region specific‐Molecular Orbital Library)の構成物質A(m)として含ませるステップと、
d)前記c)ステップを繰り返して、複数の物質の全部に対してR‐分子軌道ライブラリに含まれるかを確認して、R‐分子軌道ライブラリの構成物質A(m)を求めるステップと、
e)前記複数の物質のうち、R‐分子軌道ライブラリの構成物質に含まれていない候補物質AX(k)のうちのいずれか1つであるAX(1)を選択した後、前記d)ステップで求められたR‐分子軌道ライブラリのすべての構成物質A(m)とAX(1)との間のMOD‐Dscore値をそれぞれ求めて、その最大値がp’以上であれば、最大値を有する構成物質A(m)の拡張R‐分子軌道ライブラリ(Extended‐Region specific‐Molecular Orbital Library)に拡張物質Am(k’)として含ませるステップと、
f)前記e)ステップを繰り返して、前記候補物質AX(k)の全部に対して拡張R‐分子軌道ライブラリに拡張物質として含まれるかを確認するステップとを含み、
前記pは0.7≦p≦0.8で、qは0.85≦q≦0.95で、rは0.65≦r≦0.75で、前記p’は0.90≦p’<1.0である、拡張R‐分子軌道ライブラリ(Extended‐Region specific‐Molecular Orbital Library)の構築方法を提供する。
(式2)
MOD‐Dscore=1.0 − TPD
(式中、TPDは、下記の式3の通りである。)
i)分子軌道(molecular orbital)分布を比較する2個の分子軌道を選択した後、量子力学計算法を利用してこれらの分子軌道(molecular orbital)分布を計算するステップ、
ii)各分子軌道に対するRDM(radially discrete mesh)計算方法によって構造特性を計算した後、前記i)ステップで計算された分子軌道(molecular orbital)分布とマッチングさせて、構造特性に応じた分子軌道分布を求めるステップ、および
iii)前記ii)ステップで求めた構造特性に応じた分子軌道(molecular orbital)分布を利用して、下記の式2のMOD‐Dscore(Molecular Orbital Distribution‐Deviation Score)値を求めるステップ、
b)前記複数の物質のうちの他の1つであるA(3)を選択し、すでにR‐分子軌道ライブラリ(Region specific‐Molecular Orbital Library)に含まれた複数の物質とのMOD‐Dscore値をそれぞれ求めて、最大値がq以下で、かつ最小値がr以下であれば、A(3)を、R‐分子軌道ライブラリ(Region specific‐Molecular Orbital Library)の構成物質A(m)として含ませた後、複数の物質の全部に対してR‐分子軌道ライブラリに含まれるかを確認して、R‐分子軌道ライブラリの構成物質A(m)を求める構成物質確認モジュールと、
c)前記複数の物質のうち、R‐分子軌道ライブラリの構成物質A(m)に含まれていない候補物質AX(k)のうちのいずれか1つであるAX(1)を選択した後、前記構成物質確認モジュールで求められたR‐分子軌道ライブラリのすべての構成物質A(m)とAX(1)との間のMOD‐Dscore値をそれぞれ求めて、その最大値がp’以上であれば、最大値を有する構成物質A(m)の拡張R‐分子軌道ライブラリ(Extended‐Region specific‐Molecular Orbital Library)に拡張物質Am(k’)として含ませた後、前記候補物質AX(k)の全部に対して拡張R‐分子軌道ライブラリに拡張物質として含まれるかを確認して、拡張R‐分子軌道ライブラリの拡張物質を求める拡張物質確認モジュールとを含み、
前記pは0.7≦p≦0.8で、qは0.85≦q≦0.95で、rは0.65≦r≦0.75で、前記p’は0.90≦p’<1.0である、拡張R‐分子軌道ライブラリ(Extended‐Region specific‐Molecular Orbital Library)の構築システムを提供する。
(式2)
MOD‐Dscore=1.0 − TPD
(式中、TPDは、下記の式3の通りである。)
i)分子軌道(molecular orbital)分布を比較する2個の分子軌道を選択した後、量子力学計算法を利用してこれらの分子軌道(molecular orbital)分布を計算するステップ、
ii)各分子軌道に対するRDM(radially discrete mesh,動径離散メッシュ)計算方法によって構造特性を計算した後、前記i)ステップで計算された分子軌道(molecular orbital)分布とマッチングさせて、構造特性に応じた分子軌道分布を求めるステップ、および
iii)前記ii)ステップで求めた構造特性に応じた分子軌道(molecular orbital)分布を利用して、下記の式2のMOD‐Dscore(Molecular Orbital Distribution‐Deviation Score,分子軌道分布差スコア)値を求めるステップ、
b)前記a)ステップで得たA(1)とA(2)を、R‐分子軌道ライブラリ(Region specific‐Molecular Orbital Library)に構成物質A(m)として含ませるステップと、
c)前記複数の物質のうちの他の1つであるA(3)を選択し、すでにR‐分子軌道ライブラリ(Region specific‐Molecular Orbital Library)に含まれた複数の物質とのMOD‐Dscore値をそれぞれ求めて、最大値がq以下で、かつ最小値がr以下であれば、A(3)を、R‐分子軌道ライブラリ(Region specific‐Molecular Orbital Library)の構成物質A(m)として含ませるステップと、
d)前記c)ステップを繰り返して、複数の物質の全部に対してR‐分子軌道ライブラリに含まれるかを確認して、R‐分子軌道ライブラリの構成物質A(m)を求めるステップと、
e)前記複数の物質のうち、R‐分子軌道ライブラリの構成物質A(m)に含まれていない候補物質AX(k)のうちのいずれか1つであるAX(1)を選択した後、前記d)ステップで求められたR‐分子軌道ライブラリのすべての構成物質A(m)とAX(1)との間のMOD‐Dscore値をそれぞれ求めて、その最大値がp’以上であれば、最大値を有する構成物質A(m)の拡張R‐分子軌道ライブラリ(Extended‐Region specific‐Molecular Orbital Library)に拡張物質Am(k’)として含ませるステップと、
f)前記e)ステップを繰り返して、前記候補物質AX(k)の全部に対して拡張R‐分子軌道ライブラリに拡張物質として含まれるかを確認するステップとを含み、
前記pは0.7≦p≦0.8で、qは0.85≦q≦0.95で、rは0.65≦r≦0.75で、前記p’は0.90≦p’<1.0であることを特徴とする。
(式2)
MOD‐Dscore=1.0 − TPD
(式中、TPDは、下記の式3の通りである。)
(式2)
MOD‐Dscore=1.0 − TPD
ある形態の分子軌道を有する物質を、初期物質(k=1)のA(1)に定める。例えば、前記説明したClass1〜3のうちのいずれもがA(1)になっていてよい。
他の分子軌道を有する物質のA(k)を選択する(k=k+1)。この時、kが2より小さいか等しければ、A(1)とA(k)との間の分子軌道の差を定量的に計算するMOD‐Dscoreを計算する。この時のMOD‐Dscore値が0.76より小さければ、A(k)を、R‐分子軌道ライブラリに含ませ、そうでなければ、さらに他のA(k)を選択し、MOD‐Dscore値が0.76より小さい場合を見つけるまで繰り返す。これにより、R‐分子軌道ライブラリには互いに排他的な分子軌道を有するA(1)とA(2)が存在する。
R‐分子軌道ライブラリに含まれた物質が2つの場合、他の分子軌道特性を有する物質のA(k)を選択する(k=k+1)。新たに選択されたA(k)に対して、既存の含まれている物質とのMOD‐Dscoreをそれぞれ計算する。計算されたMOD‐Dscoreのうち、最大値(MAX)と最小値(MIN)を計算する。この時、MAX<0.90で、かつMIN<0.70であれば、新たに選択されたA(k)は、R‐分子軌道ライブラリに含まれた既存の物質に対してすべて互いに排他的な分子軌道特性を有すると判断され、R‐分子軌道ライブラリに含ませる。
kがカットオフ(cutoff)より小さい場合は、新たにA(k)を選択し、ステップ3を繰り返す。kがカットオフ(cutoff)より大きい場合は、R‐分子軌道ライブラリを構成する互いに排他的な分子軌道を有する物質をすべて選択したため、R‐分子軌道ライブラリの構築を完了する。R‐分子軌道ライブラリにおいて、カットオフ(cutoff)の最小値は3である。すなわち、R‐分子軌道ライブラリには、少なくとも3個以上の互いに排他的な分子軌道を有する物質が含まれなければならないことを意味する。
(1)A{1}:3つの細部領域に対して分子軌道がよく分布する。
(2)A{2}:3つの細部領域のうち、中央の領域にのみ分子軌道が分布する。
(3)A{3}:3つの細部領域のうち、両端にのみ分子軌道が分布する。
ステップ1−1)
候補物質AX{k}に対して分子軌道を計算する。量子力学に根拠をおいたいずれの方法でも分子軌道の計算に用いることができる。
選択したAX{k}とR分子軌道ライブラリの構成物質(A{m}、m=1〜N)との間の定量的な分子軌道分布の差を、MOD‐Dscore(Mkm)を用いて計算する。Nは、R分子軌道ライブラリに含まれた構成物質の全体個数である。
計算されたMkmのうち、最大値(Max{k,m})を探す。最大値を示す時のmをm_maxとする。Max{k,m}が0.900より大きい場合には、AX{k}を、A{m_max}に対する拡張物質(E‐A{m_max,k})として選択する。Max{k,m}が0.900より小さければ、新たなAX{k}を選択し、ステップ2と3を繰り返して、0.900より大きい値を有するAX{k}を探索する。kがカットオフ(cutoff)より小さければ、k=k+1に増加させて新たなAX{k}を選択し、ステップ2−1と3−1を繰り返し、そうでなければ終了する。
a’)対象物質Tと、前記R‐分子軌道ライブラリの構成物質A(m)のうちのいずれか1つ、および前記構成物質A(m)に対応する拡張物質Am(k’)の間のMOD‐Dscore値をそれぞれ求めて、そのうちの最小値MIN(m)を得た後、前記拡張R‐分子軌道ライブラリの構成物質A(m)の全部に対して前記最小値MIN(m)を求めるステップと、
b’)前記a’)ステップで求められた最小値MIN(m)のうち、最も大きい値をM_MAXとして選択し、前記M_MAXがp”より大きければ、前記対象物質Tが、前記最小値MIN(m)がM_MAXの構成物質A(m)と類似すると評価するステップとを含み、前記p”は0.84≦p”<1.0であることを特徴とする。
ステップ1−2)
分子軌道分布領域を評価したい対象物質TGTに対して分子軌道を計算する。分子軌道の計算は、量子力学に根拠をおいた方法であればいずれの計算方法でも利用可能である。
分子軌道分布領域を評価するために、拡張R‐分子軌道ライブラリを用いる。拡張R‐分子軌道ライブラリには、N_all個の構成物質(A{k}、k=1〜N_all)とそれによる拡張物質(E‐A{k,m}、m=1〜N{k}、N{k}は、k番目構成物質に対する拡張物質の全体個数)が含まれている。MOD‐Dscoreを用いて、(1)TGTと構成物質(A{k})に対する分子軌道の差(M{0})と、(2)TGTと拡張物質(E‐A{k,m})に対する分子軌道の差(M{m}、m=1、N{k})を計算する。このように計算されたN{k}+1個のM{m}のうち、最小値(MIN{k})を計算する。MIN{k}は、TGTがA{k}の代表する分子軌道分布領域特性に対して最も類似しない場合を示す。
前記ステップ2−2で最終計算されたN_all個のMIN{k}のうち、最も大きい値である最大値(M‐MAX)を計算し、この時のkをk_maxとして示す。M‐MAXが0.84より大きい場合は、TGTの分子軌道分布領域がA{k}の代表する分子軌道分布領域特性と類似すると評価し、M‐MAXが0.84より小さい場合は、TGTの分子軌道分布領域は、拡張R‐分子軌道ライブラリを用いて評価することができないと判断する。
本発明の拡張R‐分子軌道ライブラリ(Extended‐Region specific‐Molecular Orbital Library)を、次のように実際に構築した。図10は、3種の細部領域に分けられた場合に対して拡張R‐分子軌道ライブラリを構築した場合である。拡張物質の下端に記載された値は、R‐分子軌道ライブラリの構成物質と拡張物質との間に計算されたMOD‐Dscore値を示す。前記計算では、ACCELRYS社開発のMATERIAL STUDIOのDMol3を用いて分子軌道の分布を計算し、RDMの計算のためのN値は200に設定した。
拡張R‐分子軌道ライブラリは、R‐分子軌道ライブラリの構成物質と構成物質が示す固有の分子軌道分布領域特性をより多様なパターンで示すことのできる拡張物質で構成されている。図10は、3つの細部領域に対して示すことのできる互いに排他的な分子軌道分布領域特性を有するR‐分子軌道ライブラリの構成物質に対して選択された拡張物質を含む拡張R‐分子軌道ライブラリを示す。
本発明のMODREMを用いた分子軌道分布領域特性評価能力を確認するために、実施例1で示していた3つの細部領域に対して互いに排他的な分子軌道分布特性を示す構成物質と拡張物質で構成された拡張R‐分子軌道ライブラリを用いたMODREM方法を、図11のように、分子軌道分布領域特性を評価しようとする物質であるTGTに対して適用した。
Claims (14)
- a)特定形態の分子軌道を有する複数の物質のうちのいずれか1つであるA(1)を選択し、前記A(1)に対して、
i)分子軌道分布を比較する2個の分子軌道を選択し、量子力学計算法を利用して該2個の分子軌道の分子軌道分布を計算するステップ、
ii)各分子軌道に対するRDM計算方法によって構造特性を計算し、前記i)ステップで計算された分子軌道分布とマッチングさせて、構造特性に応じた分子軌道分布を求めるステップ、および
iii)前記ii)ステップで求めた構造特性に応じた分子軌道分布を利用して、下記の(式2)のMOD‐Dscore値を求めるステップ
によって求めたMOD‐Dscore値がp以下のA(2)を選択するステップと、
b)前記a)ステップで得たA(1)とA(2)を、R‐分子軌道ライブラリに構成物質として含ませるステップと、
c)前記複数の物質のうちの他の1つであるA(3)を選択し、すでにR‐分子軌道ライブラリに含まれた複数の物質とのMOD‐Dscore値をそれぞれ求めて、最大値がq以下で、かつ最小値がr以下であれば、A(3)を、R‐分子軌道ライブラリの構成物質として含ませるステップと、
d)前記c)ステップを繰り返して、複数の物質の全部に対してR‐分子軌道ライブラリに含まれるかを確認して、R‐分子軌道ライブラリの構成物質A(m)を求めるステップと、
e)前記複数の物質のうち、R‐分子軌道ライブラリの構成物質に含まれていない候補物質AX(k)のうちのいずれか1つであるAX(1)を選択し、前記d)ステップで求められたR‐分子軌道ライブラリのすべての構成物質A(m)とAX(1)との間のMOD‐Dscore値をそれぞれ求めて、その最大値がp’以上であれば、最大値を有する構成物質A(m)の拡張R‐分子軌道ライブラリに拡張物質Am(k’)として含ませるステップと、
f)前記e)ステップを繰り返して、前記候補物質AX(k)の全部に対して拡張R‐分子軌道ライブラリに拡張物質として含まれるかを確認するステップとを含み、
前記pは0.7≦p≦0.8であり、前記qは0.85≦q≦0.95であり、前記rは0.65≦r≦0.75であり、前記p’は0.90≦p’<1.0であり、
(式2)
MOD‐Dscore=1.0 − TPD
であり、
前記(式2)中、TPDは、下記の(式3)
前記(式3)中、Prof(Ak)とProf(Bk)はそれぞれ、RDM(k)に属する分子軌道の値を示し、Nは、RDMの総数であることを特徴とする、拡張R‐分子軌道ライブラリの構築方法。 - 前記i)ステップの量子力学計算法は、物質の分子構造で計算される各点における軌道波動関数(ψ)の二乗である電子密度(ψ2)の分布によって計算されることを特徴とする、請求項1に記載の拡張R‐分子軌道ライブラリの構築方法。
- 前記i)ステップの量子力学計算法は、単一点エネルギー計算、または構造最適化計算を利用することを特徴とする、請求項1に記載の拡張R‐分子軌道ライブラリの構築方法。
- 前記ii)ステップの構造特性の計算は、(x,y,z)の原子座標を用いて計算されることを特徴とする、請求項1に記載の拡張R‐分子軌道ライブラリの構築方法。
- 前記ii)ステップのRDM計算方法は、分子の中心から出発して動径方向に一定の間隔をもって増加するメッシュを生成して計算されることを特徴とする、請求項1に記載の拡張R‐分子軌道ライブラリの構築方法。
- 前記ii)ステップのRDM計算方法のRDMの総数(N)は、50以上300以下の整数であることを特徴とする、請求項5に記載の拡張R‐分子軌道ライブラリの構築方法。
- R‐分子軌道ライブラリの構成物質A(m)と、請求項1に記載の構築方法を用いて構築された拡張R‐分子軌道ライブラリの拡張物質Am(k’)とを用いた分子軌道分布特性の定量的比較方法であって、
a’)対象物質Tと、前記R‐分子軌道ライブラリの構成物質A(m)のうちのいずれか1つ、および前記構成物質A(m)に対応する拡張物質Am(k’)との間のMOD‐Dscore値をそれぞれ求めて、そのうちの最小値MIN(m)を得て、前記拡張R‐分子軌道ライブラリの構成物質A(m)の全部に対して前記最小値MIN(m)を求めるステップと、
b’)前記a’)ステップで求められた最小値MIN(m)のうち、最も大きい値をM_MAXとして選択し、前記M_MAXがp”より大きければ、前記対象物質Tが、前記最小値MIN(m)がM_MAXの構成物質A(m)と類似すると評価するステップとを含み、
前記p”は0.84≦p”<1.0であることを特徴とする、分子軌道分布特性の定量的比較方法。 - a)特定形態の分子軌道を有する複数の物質のうちのいずれか1つであるA(1)を選択し、前記A(1)に対して、
i)分子軌道分布を比較する2個の分子軌道を選択し、量子力学計算法を利用して該2個の分子軌道の分子軌道分布を計算するステップ、
ii)各分子軌道に対するRDM計算方法によって構造特性を計算し、前記i)ステップで計算された分子軌道分布とマッチングさせて、構造特性に応じた分子軌道分布を求めるステップ、および
iii)前記ii)ステップで求めた構造特性に応じた分子軌道分布を利用して、下記の式2のMOD‐Dscore値を求めるステップ
によって求めたMOD‐Dscore値がp以下のA(2)を選択し、前記A(1)と前記A(2)を、R‐分子軌道ライブラリに構成物質として含ませる初期設定モジュールと、
b)前記複数の物質のうちの他の1つであるA(3)を選択し、すでにR‐分子軌道ライブラリに含まれた複数の物質とのMOD‐Dscore値をそれぞれ求めて、最大値がq以下で、かつ最小値がr以下であれば、A(3)を、R‐分子軌道ライブラリの構成物質として含ませ、複数の物質の全部に対してR‐分子軌道ライブラリに含まれるかを確認して、R‐分子軌道ライブラリの構成物質A(m)を求める構成物質確認モジュールと、
c)前記複数の物質のうち、R‐分子軌道ライブラリの構成物質に含まれていない候補物質AX(k)のうちのいずれか1つであるAX(1)を選択し、前記構成物質確認モジュールで求められたR‐分子軌道ライブラリのすべての構成物質A(m)とAX(1)との間のMOD‐Dscore値をそれぞれ求めて、その最大値がp’以上であれば、最大値を有する構成物質A(m)の拡張R‐分子軌道ライブラリに拡張物質Am(k’)として含ませ、前記候補物質AX(k)の全部に対して拡張R‐分子軌道ライブラリに拡張物質として含まれるかを確認して、拡張R‐分子軌道ライブラリの拡張物質を求める拡張物質確認モジュールとを含み、
前記pは0.7≦p≦0.8であり、前記qは0.85≦q≦0.95であり、前記rは0.65≦r≦0.75であり、前記p’は0.90≦p’<1.0であり、
(式2)
MOD‐Dscore=1.0 − TPD
であり、
前記(式2)中、TPDは、下記の(式3)
前記(式3)中、Prof(Ak)とProf(Bk)はそれぞれ、RDM(k)に属する分子軌道の値を示し、Nは、RDMの総数であることを特徴とする、拡張R‐分子軌道ライブラリの構築システム。 - 前記量子力学計算法は、物質の分子構造で計算される各点における軌道波動関数(ψ)の二乗である電子密度(ψ2)の分布によって計算されることを特徴とする、請求項8に記載の拡張R‐分子軌道ライブラリの構築システム。
- 前記量子力学計算法は、単一点エネルギー計算、または構造最適化計算を利用することを特徴とする、請求項8に記載の拡張R‐分子軌道ライブラリの構築システム。
- 前記構造特性の計算は、(x,y,z)の原子座標を用いて計算されることを特徴とする、請求項8に記載の拡張R‐分子軌道ライブラリの構築システム。
- 前記RDM計算方法は、分子の中心から出発して動径方向に一定の間隔をもって増加するメッシュを生成して計算されることを特徴とする、請求項8に記載の拡張R‐分子軌道ライブラリの構築システム。
- 前記RDM計算方法のRDMの総数(N)は、50以上300以下の整数であることを特徴とする、請求項12に記載の拡張R‐分子軌道ライブラリの構築システム。
- R‐分子軌道ライブラリの構成物質A(m)と、請求項1に記載の構築方法を用いて構築された拡張R‐分子軌道ライブラリの拡張物質Am(k’)とを用いた分子軌道分布特性の定量的比較システムであって、
a’)対象物質Tと、前記R‐分子軌道ライブラリの構成物質A(m)のうちのいずれか1つ、および前記構成物質A(m)に対応する拡張物質Am(k’)との間のMOD‐Dscore値をそれぞれ求めて、そのうちの最小値MIN(m)を得て、前記拡張R‐分子軌道ライブラリの構成物質A(m)の全部に対して前記最小値MIN(m)を求める最小値設定モジュールと、
b’)前記最小値設定モジュールで求められた最小値MIN(m)のうち、最も大きい値をM_MAXとして選択し、前記M_MAXがp”より大きければ、前記対象物質Tが、前記最小値MIN(m)がM_MAXの構成物質A(m)と類似すると評価する類似性評価モジュールとを含み、
前記p”は0.84≦p”<1.0であることを特徴とする、分子軌道分布特性の定量的比較システム。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
KR10-2013-0084624 | 2013-07-18 | ||
KR1020130084624A KR101586386B1 (ko) | 2013-07-18 | 2013-07-18 | 배타적 분자 오비탈 분포를 갖는 분자 오비탈 라이브러리 및 이를 이용한 분자 오비탈 분포 영역 평가 방법 및 이를 이용한 시스템 |
PCT/KR2014/006423 WO2015009046A1 (ko) | 2013-07-18 | 2014-07-16 | 배타적 분자 오비탈 분포를 갖는 분자 오비탈 라이브러리 및 이를 이용한 분자 오비탈 분포 영역 평가 방법 및 이를 이용한 시스템 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2016529591A JP2016529591A (ja) | 2016-09-23 |
JP6099820B2 true JP6099820B2 (ja) | 2017-03-22 |
Family
ID=52346427
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2016521231A Active JP6099820B2 (ja) | 2013-07-18 | 2014-07-16 | 排他的分子軌道分布を有する分子軌道ライブラリおよびこれを用いた分子軌道分布領域評価方法およびこれを用いたシステム |
Country Status (4)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US10133851B2 (ja) |
JP (1) | JP6099820B2 (ja) |
KR (1) | KR101586386B1 (ja) |
WO (1) | WO2015009046A1 (ja) |
Families Citing this family (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
KR101586382B1 (ko) * | 2013-07-15 | 2016-01-18 | 주식회사 엘지화학 | 분자 오비탈 유사성 편차 평가 방법 및 이를 이용한 시스템 |
US20160378910A1 (en) * | 2015-06-25 | 2016-12-29 | Florida Institute of Technology, Inc. | Molecular active center identification using tunneling barriers and/or associated measurements for sub-molecular qsar |
US20200294630A1 (en) * | 2019-03-12 | 2020-09-17 | California Institute Of Technology | Systems and Methods for Determining Molecular Structures with Molecular-Orbital-Based Features |
Family Cites Families (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP3990130B2 (ja) | 2001-09-25 | 2007-10-10 | 独立行政法人科学技術振興機構 | 並列計算方法 |
WO2005029385A1 (ja) * | 2003-09-22 | 2005-03-31 | Nec Corporation | 分子シミュレーション方法及び装置 |
US8386193B2 (en) | 2004-09-27 | 2013-02-26 | Japan Science And Technology Agency | Molecular orbital computing device for elongation method |
GB2456080A (en) | 2006-09-29 | 2009-07-08 | Fujitsu Ltd | Method of assigning molecular force field,apparatus for assigning molecular force field and program for assigning molecular force field |
JP2011173821A (ja) | 2010-02-24 | 2011-09-08 | Sumitomo Chemical Co Ltd | 化学物質の活性度の予測方法 |
-
2013
- 2013-07-18 KR KR1020130084624A patent/KR101586386B1/ko active IP Right Grant
-
2014
- 2014-07-16 WO PCT/KR2014/006423 patent/WO2015009046A1/ko active Application Filing
- 2014-07-16 JP JP2016521231A patent/JP6099820B2/ja active Active
- 2014-07-16 US US14/899,704 patent/US10133851B2/en active Active
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
KR101586386B1 (ko) | 2016-01-18 |
US20160140325A1 (en) | 2016-05-19 |
US10133851B2 (en) | 2018-11-20 |
KR20150010106A (ko) | 2015-01-28 |
WO2015009046A1 (ko) | 2015-01-22 |
JP2016529591A (ja) | 2016-09-23 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
Rovinelli et al. | Assessing reliability of fatigue indicator parameters for small crack growth via a probabilistic framework | |
JP6113358B2 (ja) | 分子軌道分布に対する定量的比較分析方法及びこれを利用したシステム | |
JP6099820B2 (ja) | 排他的分子軌道分布を有する分子軌道ライブラリおよびこれを用いた分子軌道分布領域評価方法およびこれを用いたシステム | |
Ma et al. | DreamAI: algorithm for the imputation of proteomics data | |
KR101655912B1 (ko) | 전하 상태에 따른 분자 오비탈 분포 특성의 정량적 비교 분석 방법 및 이를 이용한 시스템 | |
Lui et al. | A comparison of molecular representations for lipophilicity quantitative structure–property relationships with results from the SAMPL6 logP Prediction Challenge | |
Agliari et al. | Hitting and trapping times on branched structures | |
JP5951901B2 (ja) | 順次ブロック構成による分子オービタル特性解析方法及びこれを利用したシステム | |
Györffy et al. | " Pull moves" for rectangular lattice polymer models are not fully reversible | |
de Oliveira et al. | Enriching networks with edge insertion to improve community detection | |
JP5933130B2 (ja) | 分子オービタルの類似性偏差評価方法およびこれを用いたシステム | |
KR101692322B1 (ko) | 배타적 분자 오비탈 분포를 갖는 분자 오비탈 라이브러리 구축 방법 및 이를 이용한 시스템 | |
Rosenthal et al. | Impact of population size, selection and multi-parent recombination within a customized NSGA-II and a landscape analysis for biochemical optimization | |
KR101614430B1 (ko) | 특정 영역에 대한 분자 오비탈 분포의 정량적 비교 분석 방법 및 이를 이용한 시스템 | |
Manavi et al. | Simulation and analysis of antibody aggregation on cell surfaces using motion planning and graph analysis | |
KR20150010102A (ko) | Homo-lumo 간의 분자 오비탈 분포의 정량적 비교 분석 방법 및 이를 이용한 시스템 | |
KR101554362B1 (ko) | 세분화된 핵심 영역을 이용한 분자 오비탈의 정량적 평가 방법 및 이를 이용한 시스템 | |
KR101566993B1 (ko) | 복합적 미세 탐색을 통한 분자 오비탈 분포 경향 평가 방법 및 이를 이용한 분자 오비탈 분포 경향 평가 시스템 | |
KR101578815B1 (ko) | 분자 오비탈의 핵심 영역 결정 방법, 이를 이용한 정량적 평가 방법 및 이를 이용한 시스템 | |
KR101655909B1 (ko) | 분자 오비탈 유사성에 대한 정성적 판단의 타당성 평가 방법 및 이를 이용한 시스템 | |
KR101566991B1 (ko) | 부분 블록 집합을 이용한 분자 오비탈의 세부 특성 평가 방법 및 이를 이용한 시스템 | |
Cichy et al. | Application of Contractor Renormalization Group (CORE) to the Heisenberg zig-zag and the Hubbard chain | |
KR20150006710A (ko) | 블록 서열 비교를 통한 정량적인 분자 오비탈 유사성 비교방법 및 이를 이용한 시스템 | |
KR20150014643A (ko) | 정량적 검색이 가능한 분자 오비탈 데이터베이스 구축 방법 및 이를 이용하는 시스템 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20170123 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20170221 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 6099820 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |