JP6027542B2 - 非コード免疫調節性dna構築物 - Google Patents

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本発明は、免疫系の調節のための核酸分子およびこの使用に関する。
癌、感染症、アレルギーおよび喘息などの複合疾患と戦うための新たな戦略は、患者の免疫系を利用することである。免疫系またはこの活性は、特定のDNA配列により調節できることが知られている。最も知られている免疫を改変する短いDNA配列は、Kriegら(Nature 1995 374:6522 546〜549頁)により記載されている非メチル化シトシングアニンモチーフ(CGモチーフ)を含有する。非メチル化CGモチーフの発生は、原核生物またはウイルスと比べて、真核生物のゲノムにおいて実質的に抑制されている。したがって、このようなモチーフを含有するDNA分子は天然の「危険なシグナル」として進化し、原核生物病原体またはウイルス病原体に対する戦いでは免疫系を誘発する。これは、感染症および非感染症を治療または予防するのに治療的または予防的に利用することができる。
非メチル化CGモチーフを含むDNA構築物は、樹状細胞、マクロファージ、ナチュラルキラー(NK)およびNKT細胞を含む先天性免疫系のエフェクター細胞を強く刺激して、かなりの生理学的効果を誘発することができる。非メチル化CGモチーフは、先天性免疫パターン認識受容体Toll様受容体(TLR)9により検出される。正確な認識機構はまだ十分に理解されていないが、根本的な経路の解明において大幅な進歩がなされた(A.Krieg、Nat.Rev.Drug Disc.、5:471〜484頁、2006)。非メチル化CGを含有するDNA構築物が受容体に結合すると、複数のシグナルカスケードが応答細胞で活性化されると考えられている。特徴的な表面分子の上方制御およびサイトカインの分泌により、Th1パターンが優勢な適応免疫が誘導される。このような構築物は、例えば、抗体、化学療法または放射線療法、ワクチンまたはサイトカインとの併用で使用することができる。アレルギー性疾患および喘息は、ほとんどがTh2媒介性である。Thl/Th2の比を増加することにより、Th2媒介応答が減弱され、これによりこれらのタイプの疾患を治療または予防することができる。
表面分子には、分析される特定の細胞タイプにより、例えば、CD40、CD69、CD80またはCD86が含まれる。サイトカインの分泌も、樹状細胞タイプによって特徴があり、サイトカインには、例えば、マクロファージ炎症性タンパク質(MIP)−1アルファ、MIP−1ベータ、インターロイキン(IL)−6、IL−8、インターフェロン(IFN)−アルファ、腫瘍壊死因子(TNF)−アルファ、IFN−ガンマ、単球走化性タンパク質(MCP)−1または10kDaのIFN−ガンマ誘導タンパク質(IP−10)が含まれる。
疾患を予防または治療するのに、ワクチン接種は極めて有効なアプローチであることが証明されている。強力および持続的な免疫応答を確保するために、樹状細胞などの抗原提示細胞を刺激することができるアジュバントが該抗原と一緒に通常は投与され、この目的のためTLR9アゴニストは強力な免疫刺激剤となることが示されている。
非メチル化CGモチーフが免疫応答に影響を及ぼすまたは免疫応答を調節する根本的機構のいずれの説明とも無関係に、多くのアプローチが、このようなモチーフを用いて免疫系を調節するために開発された。WO 1998/018810は、非メチル化CGモチーフを含有する免疫刺激性配列は、一本鎖の一部であるときさらにより効果があることを開示している。しかし、開鎖一本鎖DNA分子の投与は、一本鎖核酸の迅速な分解のため実用的でない。その結果、非メチル化CGモチーフを含む一本鎖または二本鎖DNA構築物を保護するための種々の方法が開発された。
DNAヌクレアーゼによる分解に対する抵抗性を得るために、多くの場合、核酸ポリマーの骨格におけるホスホジエステル結合がホスホロチオエートに修飾される。このようなホスホロチオエート保護(phosphorothioate-protected)核酸の幾分低い刺激活性に加えて、ここ数年内の臨床試験は、ホスホロチオエート保護の毒性が、医薬組成物または医薬品におけるこのような核酸のいかなる使用も除外または大幅に制限することを示した。
CGモチーフを含むDNA配列を保護するための別のアプローチは、例えばEP 1 196 178に開示されている。この文献は、CGモチーフを含むヌクレオチド残基の、部分的に一本鎖のダンベル型共有結合閉鎖配列(dumbbell−shaped,covalently closed sequence)(「dSLIM」)を含む、短いデオキシリボ核酸分子を開示している。EP 1 196 178の開示によれば、CGモチーフは、開示された分子の二本鎖ステムの両末端における一本鎖ループ内または二本鎖ステム内に位置する。一本鎖ヘアピンループは、細胞内または細胞の外側でのDNAヌクレアーゼによる分解から二本鎖ステムを保護する。
文献WO 2010/039137は、免疫刺激性モチーフに隣接する配列において、および/または修飾がなければ免疫刺激性となるオリゴヌクレオチドモチーフにおいて1つまたは複数の化学修飾を有する、TLR媒介疾患に対するアンタゴニストとしての免疫制御性オリゴヌクレオチドを開示している。故に、WO 2010/039137の開示されたオリゴヌクレオチドの意図は、TLRに起因する免疫応答を抑制することである。
WO 2005/042018は、cクラスオリゴヌクレオチドが、該分子の5’末端もしくは3’末端またはこの近くに概ね位置するCpG配列、および該分子の他方の末端またはこの近くに概ね位置するGCに富むパリンドロームモチーフを特徴とする、新たないわゆるCクラスCpGオリゴヌクレオチドを記載している。該文献は、cクラスDNAのパリンドローム配列のバリエーションを開示している。
技術水準に関して、真核生物細胞への移入後に安定であり、有害な副作用を回避する代替の免疫調節DNA構築物を提供することが本開示の目的である。
本開示は、少なくとも1つの配列モチーフNCGN(ここで、NおよびNがC、G、A、およびTの任意の組み合わせであり、Cがデオキシシチジンであり、Gがデオキシグアノシンであり、Aがデオキシアデノシンであり、Tがデオキシチミジンである)を含む免疫刺激のためのDNA構築物であって、L−立体配座にある少なくとも1つのヌクレオチドを含む線状一本鎖または二本鎖DNA配列である、構築物を教示する。Nは、GT、GG、GA、ATまたはAAからなる群から選択されるエレメントであってもよく、NはCTまたはTTからなる群から選択されるエレメントである。
本開示のさらなる実施形態として、L−立体配座にある少なくとも1つのヌクレオチドが、DNA一本鎖の5’および/もしくは3’末端またはこの近くに位置する末端の5つのヌクレオチド内に含まれる構築物が提供される。
本発明は、少なくとも3つの連続するデオキシグアノシンの少なくとも1つのGストレッチが、5’および/または3’末端の近くに位置し、Gストレッチが、請求項1または2に記載の2つの配列モチーフの間に位置することができるDNA構築物をさらに提供する。
請求項1または2に記載の2つの配列モチーフの間の間隔は、特にデオキシグアノシンが配列のエレメントにない場合、少なくとも5つの塩基であってもよい。
DNA配列は、一本鎖もしくは二本鎖DNAを含む線状開鎖DNA構築物である、または一本鎖ループを有する少なくとも1つの末端を含む線状DNA構築物であることがさらに意図される。
上に定義された配列モチーフNCGNは、DNA配列の一本鎖および/または二本鎖領域内に位置するものとする。
さらなる実施形態として、構築物は、分子間および/または分子内塩基対ならびに少なくとも1つの不対合一本鎖領域を含む。
さらに、分子間および/または分子内塩基対ならびに少なくとも1つの不対合一本鎖領域を含む少なくとも2つの構築物が、互いにライゲーションする多量体構築物が提供される。
さらに、構築物は、カルボキシル、アミン、アミド、アルジミン、ケタール、アセタール、エステル、エーテル、ジスルフィド、チオールおよびアルデヒド基からなる群から選択される官能基で修飾される、L−またはD−立体配座にある少なくとも1つのヌクレオチドを含んでもよい。
修飾されたヌクレオチドは、ペプチド、タンパク質、炭水化物、抗体、合成分子、ポリマー、マイクロプロジェクタイル(micro projectile)、金属粒子、ナノ粒子、ミセル、脂質担体、または固相からなる群から選択される化合物に連結されてもよい。
本開示は、5’末端における1番目のGストレッチと、デオキシグアノシンを除いて少なくとも5つの塩基が1番目と2番目のモチーフの間に位置する請求項1または2に記載の3つの配列モチーフと、2番目と3番目の配列モチーフの間に位置するGストレッチとを有し、3つの3’末端デオキシヌクレオチドのうち2つがL−立体配座にあるDNA構築物を提供する。
本開示による構築物は、癌もしくは自己免疫疾患の治療、または免疫系の調節のために使用することができる。
本開示のさらなる実施形態として、上記のDNA構築物を含む医薬組成物が提供される。医薬組成物はまた、化学療法薬を含んでもよい。
さらに、上記のDNA構築物を含むワクチンが提供される。その際、DNA構築物はアジュバントとして含まれてもよい。
本開示の意味において、線状開鎖DNA配列がDNA構築物として指定される。前記DNA配列は、一本鎖または部分的にもしくは完全に二本鎖であってもよい。用語DNA構築物は、対応するDNA配列の長さの限定を示すものではない。DNA構築物の単量体単位はヌクレオチドである。
DNA構築物は、合成的に作製されてもよく、または部分的にもしくは完全に生物学的起源であってもよく、生物学的起源には、DNA配列の作製の遺伝子ベースの方法が含まれる。
L−DNAまたはL−立体配座にあるヌクレオチドは、自然発生のD−デオキシリボースの代わりに、糖残基としてL−デオキシリボースを含むヌクレオチドを指す。L−デオキシリボースは、D−デオキシリボースの光学異性体(鏡像)である。L−立体配座にあるヌクレオチドから部分的にまたは完全に成るDNA構築物は、部分的にまたは完全に一本鎖または二本鎖であってもよいが、L−立体配座にあるヌクレオチドは、D−立体配座にあるヌクレオチドにハイブリダイズすることができない(Hauserら、Nucleic Acid Res.2006 34:5101〜11頁)。L−DNAは、D−DNAと同様に可溶性であり選択的である。しかし、L−DNAは、自然発生の酵素、特にエキソヌクレアーゼによる分解に対して抵抗性であり、そのためL−DNAは生物分解に対して保護される(Urataら、Nucleic Acids Res.1992 20:3325〜32頁)。したがって、L−DNAは極めて広く適用可能である。
本開示による「ステム」は、同一DNA分子(この後、部分的に自己相補的となる)または異なるDNA分子(部分的にまたは完全に相補的である)内のどちらかの塩基対合により形成されるDNA二本鎖と理解されるものとする。分子内(intramolecular)塩基対合は、同一分子内の塩基対合を指定し、異なるDNA分子間の塩基対合は、分子間(intermolecular)塩基対合と呼ばれる。
本開示の意味において「ループ」は、ステム構造内またはステム構造の末端のどちらかの、不対合一本鎖領域と理解されるものとする。「ヘアピン」は、ステムおよびループの特徴的な組み合わせであり、同一DNA分子の2つの自己相補的領域がハイブリダイズして不対合ループを有するステムを形成する場合に生じる。ダンベル型は、ステム領域に隣接する両方の末端にヘアピンを有する線状DNA構築物を示す。故に、本開示の関連において「線状DNA構築物」は、一本鎖もしくは二本鎖DNAを含む線状開鎖DNA構築物、または二本鎖DNAステムの両方の末端の一本鎖ループを含む線状ダンベル型DNA構築物のどちらかを示す。
DNA一本鎖の5’末端または3’末端を意味するかにかかわらず、用語「DNA末端」は、末端ヌクレオチドを指すだけでなく、末端の5つのヌクレオチド、またはさらには、それぞれのDNA末端に関して最後の3つのヌクレオチドも含む。DNA末端の修飾は、それぞれのヌクレオチドの少なくとも1つに関する。
「Gストレッチ」は、本開示の意味において少なくとも3つの連続するデオキシグアノシンの配列と理解されるものとする。
ヌクレオチドが、共有結合または非共有結合される「固相」は、カラム、マトリックス、ビーズ、修飾ガラスまたは官能化ガラスを含むガラス、シリコンおよび修飾シリコンを含むシリカまたはシリカベースの材料、プラスチック(ポリプロピレン、ポリエチレン、ポリスチレンならびにスチレンおよび他の材料のコポリマー、アクリル、ポリブチレン、ポリウレタン等を含む)、ナイロンまたはニトロセルロース、樹脂、多糖類、炭素ならびに無機ガラス、金属、ナノ粒子、およびプラスチックを指すが、これらに限定されない。故に、マイクロタイタープレートも、本開示による固相の範囲内である。
本開示による免疫調節は、免疫刺激および免疫抑制を指す。免疫刺激は、免疫系のエフェクター細胞が増殖、移動、分化するまたはいずれか他の形態で活性になるように刺激されることを優先的に意味する。例えば、通常はヘルパーT細胞からの共刺激シグナルを必要とするB細胞増殖は、免疫刺激性DNA分子により共刺激シグナルなしで誘導され得る。
一方、免疫抑制は、免疫系の活性化または有効性の減少と理解されるものとする。免疫抑制は一般に、例えば移植された臓器の拒絶を予防するため、骨髄移植後の移植片対宿主病を治療するため、または例えば、関節リウマチもしくはクローン病などの自己免疫疾患の治療のために意図的に誘導される。
この関連において、免疫調節はまた、まだ発達中または成熟中の免疫反応に影響を与えること、または確立された免疫反応の特徴を調節することによる、免疫反応の性質または特徴の影響も指す。
本開示において使用される用語「ワクチン接種」は、疾患に対する免疫を生じさせるための抗原物質(ワクチン)の投与を指す。ワクチンは、ウイルス、真菌、寄生原虫、細菌などの多くの病原体による感染の影響を予防または改善することができるが、アレルギー性疾患および喘息、ならびに腫瘍の影響も予防または改善することができる。ワクチンは、典型的には、免疫応答をブーストするのに使用される1つまたは複数のアジュバント、例えば免疫刺激性核酸を含有する。ワクチン接種は、感染症および他の疾患を予防する最も有効なおよび最も費用効果の高い方法であると一般に考えられている。
投与される物質、例えば、病原体(細菌またはウイルス)の生きているが弱毒化された形態、これらの病原体の死滅または不活化形態、精製物質(抗原をコードするタンパク質、核酸など)、または腫瘍細胞もしくは樹状細胞などの細胞であってもよい。特に、DNAワクチン接種は最近開発された。DNAワクチン接種は、抗原をコードするDNAの、ヒトまたは動物細胞への挿入(および発現、免疫系認識の誘発)により効き目がある。発現されたタンパク質を認識する免疫系の幾つかの細胞は、これらのタンパク質および該タンパク質を発現する細胞に対する攻撃を開始する。DNAワクチンの1つの利点は、これらが極めて製造および貯蔵しやすいことである。さらに、DNAワクチンは、より広範囲の免疫応答型を誘導する能力を含む、従来のワクチンに対する幾つかの利点を有する。
ワクチン接種は、抗原に曝露した際、ワクチン接種された健康な個体において抗原に対する免疫をもたらす、予防的アプローチとして使用することができる。あるいは、治療的ワクチン接種は、個体の免疫系を抗原に導くことにより、ワクチン接種された罹患個体の免疫系の応答の改善をもたらすことができる。予防的および治療的ワクチン接種は両方とも、ヒトおよび動物に適用することができる。
本開示において使用される用語「遺伝子治療」は、腫瘍または自己免疫疾患などの疾患を治療するための、個体の細胞および/または生物組織の一過的または永続的な遺伝的修飾(例えば遺伝子の挿入、変更、または除去)を指す。遺伝子治療の最も一般的な形態は、変異遺伝子を置換するための不特定な遺伝子位置への機能遺伝子の挿入を伴うが、他の形態は、変異の直接的修正、またはウイルス感染を可能にする正常遺伝子の修飾、またはさらには遺伝子もしくは遺伝子断片の、転写のための細胞への移入を伴う。
「自家遺伝子治療(autologous gene therapy)」は、同一個体の組織または細胞の使用を指す。単離された細胞または組織は、遺伝子治療により修飾され、ドナーに再導入される。対照的に、「同種異系遺伝子治療(allogenic gene therapy)」は、受け入れ側(acceptor)個体以外の個体由来の遺伝子治療用細胞の使用を指す。遺伝的修飾後、同種異系細胞は受け入れ側に導入される。
用語「生体外遺伝子治療」は、個体由来の細胞、例えば造血幹細胞または造血前駆細胞が、生体外で遺伝子修飾され、この後、治療される個体に導入される治療アプローチを指す。用語「生体内遺伝子治療」は、個体由来の細胞、例えば造血幹細胞または造血前駆細胞が、例えばウイルスベクターまたは他の発現構築物を用いて、生体内で遺伝子修飾される治療アプローチを指す。
遺伝子治療はまた、「生殖細胞系遺伝子治療」および「体細胞系遺伝子治療」に分類することもできる。「生殖細胞系遺伝子治療」の場合、生殖細胞、すなわち、精子または卵子が遺伝子修飾される。遺伝子変化は通常、それらのゲノムに組み込まれる。したがって、治療による変化は遺伝性となり、後の世代に受け継がれることになる。このアプローチは、遺伝的障害および遺伝性疾患の治療に有用である。「体細胞系遺伝子治療」の場合、治療的遺伝子は個体の体細胞系細胞に移入される。いずれの修飾および影響も個体のみに限定され、個体の子孫または後の世代に受け継がれない。
用語「癌」は、癌性疾患、または乳癌、黒色腫、皮膚新生物、リンパ腫、白血病、胃腸腫瘍(結腸癌(colon carcinoma)、胃癌、膵臓癌、結腸癌(colon cancer)、小腸癌を含む)、卵巣癌、子宮頸癌、肺癌、前立腺癌、腎細胞癌および/もしくは肝転移を含むがこれらに限定されない群から選択される治療または予防される腫瘍を含む。
本開示による自己免疫疾患は、関節リウマチ、クローン病、全身性ループス(SLE)、自己免疫性甲状腺炎、橋本甲状腺炎、多発性硬化、バセドウ病、重症筋無力症、セリアック病およびアジソン病を含む。
本開示は、L−立体配座にある少なくとも1つのCGモチーフおよび少なくとも1つのヌクレオチドを含む線状開鎖DNA配列を提供する。部分的/完全L−立体配座により、DNAは、自然発生のD−立体配座特異的DNA分解酵素に対する基質として作用することができない。これにより、本発明のDNA構築物は、毒性であることが示されているホスホロチオエート骨格を使用する必要なく酵素分解に対して保護される。さらに、DNA構築物は、最小数のヌクレオチドからのみ成り、これが該構築物を小さくし、これにより患者の細胞によるそれらの取り込みを著しく改善する。
CG含有DNA構築物の効果はTLR9とのそれらの相互作用に依存し、DNA−タンパク質相互作用は、DNAおよびタンパク質の両方の立体配座に依存する。単一分子のキラリティーは、得られたポリマーの立体配座に対し決定的であることから、部分的または完全なL−立体配座にあるDNA分子が、TLR9に結合しTLR9を活性化することができるかどうかは知られていなかった。実験データは、このような保護されたDNA分子が、驚くべきことに免疫応答の誘導に適していることを示す。例および図に示されているように、単一ヌクレオチドのキラリティーにおける少なくとも部分的な変化は、TLR9への結合およびTLR9の活性化を明らかに依然として可能にする。したがって、CGモチーフを有するDNA分子およびL−立体配座にあるヌクレオチドは、免疫調節に使用することができる。
驚くべきことに、誘導される刺激パターンは、同一のヌクレオチド配列を使用する場合ですら、図に見ることができるように、EP 1 196 178に開示された分子により誘導される刺激パターンとは異なる。EP 1 196 178は、分子の両方の末端における一本鎖ループまたは二本鎖ステム(「dSLIM」)にCGモチーフを含むダンベル型分子を開示している。
DNA構築物は、一本鎖または部分的にもしくは完全に二本鎖であってもよい。これは、同一分子内(分子内)もしくは異なる分子内(分子間)の、またはこの任意の組み合わせの塩基対合を含む。構築物が少なくとも1つの不対合一本鎖領域を含むことも可能である。さらなる実施形態として、ヘアピン構造が含まれる。L−立体配座にあるヌクレオチドは分解の対象にならないため、部分的または完全なL−立体配座により、構築物のより長い半減期が確保される。
一本鎖または部分的にもしくは完全に二本鎖である少なくとも2つの分子が、多量体構築物を形成するように互いにライゲーションできることも意図される。これらの多量体構築物は故に、1つの分子内に隙間なく詰め込まれた、ライゲーションパターンと少なくとも同数のCGモチーフを組み込み、したがって、かなりの免疫応答を誘発することが予測される。得られた一本鎖または部分的にもしくは完全に二本鎖多量体構築物は、酵素分解に対する保護のための、分子内にL−立体配座でのヌクレオチドを含む共有結合閉鎖多量体構築物、あるいは5’および/もしくは3’末端またはこの近くにL−立体配座でのヌクレオチドを含む開鎖多量体構築物のどちらかであってもよい。
本開示により、CGモチーフ(複数可)は、構築物の一本鎖および/または二本鎖領域内に位置する。EP 1 196 178に開示されているように、CGモチーフは、これが分子の一本鎖領域内または二本鎖領域内に含まれるかにかかわらず、免疫応答を誘発することができる。
本開示は、カルボキシル、アミン、アミド、アルジミン、ケタール、アセタール、エステル、エーテル、ジスルフィド、チオールおよびアルデヒド基からなる群から選択される官能基を有する、L−またはD−立体配座にある少なくとも1つのヌクレオチドの化学修飾をさらに含む。これは、例えば吸着、共有結合またはイオン結合による、ペプチド、タンパク質、脂質、ベシクル、ミセル、炭水化物、抗体、合成分子、ポリマー、マイクロプロジェクタイル、金属粒子、ナノ粒子または固相からなる群から選択される化合物へのDNA構築物の結合を可能にする。修飾は、それぞれの目的に特異的に選択することができる。構築物は、これにより、組み込まれたCGモチーフ(複数可)に応答する特定の細胞へ他の分子を往復させるのに例えば使用されてもよい。さらに、このような修飾により、マイクロプロジェクタイル(構築物を細胞に移入するのに使用することができる)に構築物を結合させることが可能である。構築物は、固相、例えばマイクロタイタープレートに結合させることもできる。
Th1偏向活性化は、NK細胞および細胞傷害性T細胞の活性化を伴い、これらの免疫応答は、癌治療に利用することができる。非メチル化CGモチーフを含有するDNA構築物は、好ましくはTh1活性化をもたらすことから、本開示の構築物は、癌を治療するのに使用することができる。癌の治療のためのTLR9アゴニストにかかわる多くの臨床試験が進行中である。このような分子は、単独で、または例えば、放射線療法、外科手術、化学療法および凍結療法と併用して、効果的に投与されている(Krieg、J.Clin.Invest.2007 117:1184〜94頁)。それらの強力な免疫調節、小さいサイズ、および安定性により、本開示の構築物は、この点で非常に有利になると予測される。さらに、該構築物の特徴的な免疫学的プロフィールは、該構築物と他のあまり有利でないTLR9リガンドを区別し、このプロフィールは癌特異的治療に利用することができる。
一方、TLR9アゴニストは、制御性T細胞の生成にも関与し、故に自己免疫疾患の治療に使用することができる。投与の経路は、CGモチーフを含有するDNA構築物の生体内での影響を判定する1つの変数になると思われる(Krieg、J.Clin.Invest.2007 117:1184〜94頁)。
CGモチーフを含有するこのようなDNA分子の免疫刺激効果は、癌治療において化学療法などの標準的治療アプローチの有効性を改善することが示されている。したがって、本開示の構築物を含む医薬組成物も提供される。この場合もやはり、最先端のTLR9アゴニストと比較して本開示の構築物の有利な特徴は、本開示の構築物を癌、感染症、アレルギーおよび喘息などの疾患の治療に有望なツールにする。これによりアレルギーおよび喘息(ほとんどがTh2媒介)の治療は、Th1活性化の優先から効果を得る。
TLR9アゴニストは、ワクチンにおける強力なアジュバントであることが示されていることから、本開示のDNA構築物を含むワクチンも提供される。本開示の構築物はTLR9刺激に関連する配列のみを含み、およびL−ヌクレオチド修飾により安定である。したがって、関連しない配列による副作用は避けることができる。該分子のより長い半減期は、効果的な刺激を確保するため強力な免疫応答が予測される。
本開示のDNA分子は、合成カラムおよびそれぞれのヌクレオチド(べータ−L−デオキシ「NT」(n−bz)CEDホスホラミダイト;「NT」はアデノシン、シチジン、グアノシンまたはチミジンを表す)を用いて作製された。DNA分子は、この後HPLCにより精製された。
D−リボースの代わりにL−リボースを有するDNAの使用の影響を明らかにするため、以下のDNA分子が本明細書に記載された最初の実験に使用された(表1)。
Figure 0006027542
表1の配列を用いた実験は、CGモチーフを含有するL−リボース保護線状配列は、免疫系を刺激することができること、および誘導された免疫応答は、EP 1 196 178に開示されているようなdSLIMにより誘導された免疫応答とは明らかに異なることを示した。故に、ODN2216(GGGGGACGATCGTCGGGGGG;配列番号6)と呼ばれる修飾配列およびこの修飾がGストレッチの影響(それらの存在、長さおよび位置に関する)、CGモチーフ間の間隔、ならびにL−リボースヌクレオチドとCGモチーフ各々のGストレッチの間の距離のような構造差の影響を調べるのに使用された。
表2は、ホスホロチオエートで修飾された最初の2つおよび最後の6つのヌクレオチドを有するODN2216と比較した、使用された配列ならびにIFN−アルファおよびIP−10分泌に対するこの影響をまとめたものである。太字はl−リボースを含むヌクレオチドを表し、イタリック体はGストレッチを指し、および下線が引かれた文字はCGモチーフを指す。ダッシュは、CKm508との比較のため、それぞれの配列を所定の位置に置くものとするが、配列の構造修飾または機能修飾のいずれも示すものではない。
Figure 0006027542
良好な結果は、少なくとも1つのGストレッチを、特に3’末端またはこの近くに有する配列で得られた。刺激はさらに、CGモチーフの存在に依存性であり(CKm477)、この場合もやはり、刺激がl−リボースではなくCGモチーフの影響であることを示している。
正の構造成分を同定するODN2216の修飾配列で得られた結果は、CKm374のDNA配列に移行された。表3は、EP 1 196 178に開示されているようなダンベル型dSLIMと比較した、修飾配列を使用する結果を示す。この場合もやはり、太字はl−リボースを含むヌクレオチドを表し、イタリック体はGストレッチを指し、二重下線が引かれた文字はホスホロチオエート修飾ヌクレオチドを表し、および下線が引かれた文字はGCモチーフを指す。
表3の結果からわかるように、5’末端に直に位置するGストレッチが有利であると考えられる(CKm532およびCKm499を比較せよ)。さらに、5’末端に3つの代わりに4つのデオキシグアノシンを使用することは、IFN−アルファおよびIP−10の刺激をさらに増加させる(CKm501およびCKm532を比較せよ)。
CGモチーフ間に追加のGストレッチを付加することは、同様に有益であると考えられる(CKm532およびCKm520を比較せよ)。1番目と2番目のGストレッチの間の距離は、DNA分子の有効性にさらに影響を及ぼす。さらに、3’またはこの近くのみにおけるl−リボースを含むデオキシヌクレオチドの使用は、DNA分子の十分な程度の安定化をもたらすと考えられる。IFN−アルファおよびIP−10の所望される良好な刺激を観察することができる(以下参照)。IL−8は、血管新生の誘導に関与することが示されているため、IL−8分泌は少量でのみ誘導されることが有益であると考えられる。
明らかに、l−リボースを含有するデオキシヌクレオチドの安定効果と組み合わせた、Gストレッチの存在および注意深く選択された位置は、dSLIM分子の刺激効率を上回るDNA分子の作製を可能にする。
Figure 0006027542

本開示は、開示された実施形態に限定されることなく例および図により以下にさらに例証される。
酵素消化後のDNA構築物のアガロースゲル電気泳動を示す図である。 マウスマクロファージ細胞系の刺激後のGFP強度を示す図である。 形質細胞様樹状細胞(PDC)を刺激後のMIP−1アルファ濃度を示す図である。 PDCを刺激後のMIP−1ベータ濃度を示す図である。 PDCを刺激後のIL−8濃度を示す図である。 PDCを刺激後のIL−6濃度を示す図である。 PDCを刺激後のIFN−アルファ濃度を示す図である。 PDCを刺激後のTNF−アルファ濃度を示す図である。 抹消血単核細胞(PBMC)を刺激後のMCP−1およびIL−8濃度を示す図である。 PBMCを刺激後の活性化T細胞の頻度を示す図である。 PBMCのIFN−アルファ、IP−10およびIL−8分泌を示す図である。 PBMCのIFN−アルファ、IP−10およびIL−8分泌を示す図である。 ELAM9細胞の刺激に対するl−リボース修飾末端デオキシヌクレオチドの影響を示す図である。 非刺激状態と比較した、CKm532およびdSLIMによるB細胞およびPDCの免疫刺激を示す図である。
図面の詳細な説明
図1は、T7バクテリオファージ由来のT7ポリメラーゼによる消化に供される全てのDNA構築物のゲルを示す。6μgの各DNA構築物を、10単位のT7ポリメラーゼと共にインキュベートした(合計反応容量:20μl)。0、1、2、5、30、および1500分後、インキュベーション混合物の3μlのアリコートを試料から除去し、および5μlのホルムアミド含有サンガー色素で希釈した。全てのアリコートを3%アガロースゲルに添加し、40分間100ボルトで流した。
非修飾DNA分子lin−30L2(レーン2)は、T7ポリメラーゼとの5分のインキュベーション後、完全に消化されることが見出されたのに対し、本発明による構築物(CKm337;レーン3)、ならびにdSLIM(レーン1)およびホスホロチオエート修飾構築物CKm338(レーン4)およびCKm339(レーン5)は、1500分のインキュベーション後でさえ著しい存在を保持した。事実、CKm337は、テストされた全て分子のうち最も高い安定性を示した。この不十分な安定性により、Lin 30L2をさらなる試験から除外した。
図2は、種々の刺激性DNA構築物によるELAM9細胞の刺激を示す。ELAM9細胞は、幾つかのNFκB応答エレメントを含有するヒトエラスチンプロモーター(hELAM)の制御下でdl−eGFPを安定にトランスフェクトされたTLR9陽性マウスマクロファージ細胞(RAW264)である。細胞を播種した翌日、細胞を、示されたDNA構築物(3μΜ)で7時間刺激した。GFP強度の幾何平均をフローサイトメトリーにより測定した。
最後のTを除いて全てのヌクレオチドをL−立体配座で有するDNA構築物(CKm336)は、刺激能力を有さなかった。しかし、両方の末端にL−立体配座でのヌクレオチドを有するDNA構築物(CKm337)は、GFP発現を刺激した。これはむしろ予想外であった。その理由は、L−立体配座でのヌクレオチドを有する、CGモチーフを含有するDNA構築物が、TLR9に結合しTLR9を活性化することができるかどうかは知られていなかったためである。さらに、CKm337は、dSLIM(EP 1 196 178に開示されている分子)より容易に細胞により取り込まれること、およびホスホロチオエート修飾構築物(CKm338およびCKm339)より毒性が少ないことが予期される。
図3〜図8は、分泌されるケモカインおよびサイトカインに関するpDCに対するDNA構築物の影響を示す。pDCは、Miltenyi社、ダイアモンドPDCキットからの複合分類手順を用いてフィコール精製PBMCから濃縮した。最初に、PBMCを、Miltenyi社のキットからのpDCビオチン抗体カクテルを用いてpDC以外から枯渇し、次いで細胞を、PDCダイアモンドキットからのCD304(BDCA−4)ダイアモンドマイクロビーズを用いて、pDCについて陽性分類した。PDCを、培地(RPMI1640、10%ウシ胎仔血清、100単位/mlペニシリン、100単位/mlストレプトマイシン2mMグルタミン、37℃、5%C0)に10ng/ml IL−3と共に2.5×10/mlで播種し、3μΜで適用された個々の構築物により2日間刺激した。
細胞を刺激した際に分泌される化合物の量の判定には、刺激された細胞の清澄な上清を回収し、マルチプレックスシステム(eBioscience社製FlowCytomix/Bender MedSystems)またはELISAを用いて分析した。
驚くべきことに、CKm337で刺激されたpDCは、dSLIMによる刺激と比べてMIP−1アルファ、MIP−1ベータおよびIL−8分泌に対する同様の影響を示した。lin CKm338およびCKm339で刺激した際のMIP−1アルファ、MIP−1ベータおよびIL−8分泌は、若干高かった(図3、4および5)。しかし、全てのホスホロチオエート修飾構築物は、上述されたような幾つかの欠点を受け継ぐ。
IL−6分泌に関して、dSLIM、CKm337およびCKm338はpDCに対し同様の影響を与えた。CKm339は若干より有効であった(図6)。
重要なのは、CKm337は驚くべきことに、全ての他の線状構築物と比較してpDCのIFN−アルファ分泌に対しより強い影響を与えた。(図7)。
dSLIM、CKm337、CKm338およびCKm339は全て、pDCのTNF−アルファ分泌に対し同様の影響を与えた(図8)。
PBMCは、フィコール密度勾配によりヒトバフィーコートから単離された。機能分析には、培地(RPMI1640、10%ウシ胎仔血清、100単位/mlペニシリン、100単位/mlストレプトマイシン、2mMグルタミン、37℃、5%C0)中10細胞/mlが、示された濃度(2〜3μΜ)で適用された個々の化合物により2日間刺激された。
図9(AおよびB)は、MCP−1およびIL−8の分泌に関するPBMCに対する示されたDNA構築物(各3μΜ)の影響を示す。pDCでの実験から予期される通り、全てのヌクレオチドをL−立体配座で有するDNA構築物(CKm336)は、PBMCに適用された場合、刺激能力を有さなかった。しかし、CKm337は、MCP−1およびIL−8分泌の両方の誘発に有効であった。驚くべきことに、IL−8分泌に関するこの影響は、dSLIMと比較してより強く、MCP−1分泌に関しては強さが低かった。
細胞亜集団およびこの活性化状態の判定には、特徴的な表面マーカーが選択的フルオロフォア結合抗体で標識された。抗体染色は、10細胞/染色セットで実施された。各セットは、フルオロフォア基に結合された最大4つの異なる抗体と共にインキュベートされ、最後に400μl FACS緩衝液に再懸濁され、少なくとも100,000生細胞についてフローサイトメトリーにより分析された。T細胞およびこの活性化細胞を判定するためのゲート戦略は、活性化マーカーCD69によるCD3+/CD56−であった。
図10は、PBMCの集団内の活性化T細胞の頻度に対する、示されたDNA構築物(各2μΜ)の影響を示す。全ての5つの構築物は同等の刺激能力を有した。T細胞はTLR9を発現しない。したがって、DNA構築物で刺激するとPBMC集団内の細胞が活性化され、今度はT細胞を活性化することができる。
配列の最適化は、Gストレッチの導入がトランスフェクション後のオリゴヌクレオチドの有効性を増加させることを明らかにした。有効性は、さらに、CGモチーフ間の距離に依存する。線状DNA配列は、オリゴヌクレオチドの3’末端でのL−リボースを含むデオキシヌクレオチドの使用により、分解に対し十分に保護され得る(表2および3を比較せよ)。オリゴCKm501(配列番号33)、CKm527(配列番号32)、CK532(配列番号31)およびCKm534(配列番号34)は、表3からわかるように予想外の良好な結果を示した。図11および12は、PBMCにおけるサイトカインIFN−アルファ(上)、IP−10(中)およびIL−8(下)の分泌に対する、示されたDNA構築物の影響を示す。実験は、既に上述されたように行われた。
図11は、ダンベル型dSLIMと比較して、CKm501およびCKm527がIFN−アルファ分泌のレベルの上昇をもたらすこと、ならびにCKm527はIP−10分泌も増加させることを示す。IL−8の分泌は、dSLIMに関しては同等に低いが、ホスホロチオエート修飾デオキシヌクレオチドにより両方の末端で保護されたダンベル型dSLIMの一本鎖ループの配列であるCKm339との比較ではより低い。
図12からわかるように、CKm532は、IFN−アルファおよびIP−10分泌の著しい、および予想外に高い誘導を示すが、IL−8分泌の同等に低い誘導を示す。故に、CKm532は、5’末端に直に位置するGストレッチ、および2つのCGモチーフ(2番目と3番目のGCモチーフ)の間に位置するさらなるGストレッチの構造エレメントが有利であると考えられることを確認するものである。表3におけるCKm520およびCKm532の比較は、CKm532における2番目と3番目のGCモチーフの間のGストレッチの位置が、IFN−アルファおよびIP−10分泌の所望される増加に関与するのに対し、CKm520はIL−8分泌を主に増加させることを示している。さらに、3’末端における2つのL−リボースを含むデオキシヌクレオチドでのみオリゴを保護することは十分であると考えられる。
5’末端でのGストレッチの短縮は、図12におけるCKm532およびCKm534の比較からわかるように有効性の低下をもたらす。この場合もやはり、CKm532は、増加したIFN−アルファおよびIP−10分泌ならびに低いIL−8分泌に関して、同定された構造成分の利点を示している。
図13は、L−リボース修飾の程度が異なるデオキシヌクレオチドを含む示されたDNA構築物によるELAM9細胞刺激の結果を上部に示す。L−リボースを含むヌクレオチドは、太字で図13の下部の配列に表されている。実験は2連で行われた(L−dSLIM032およびL−dSLIM030)。
L−リボースを含むデオキシヌクレオチドの程度および位置は、ELAM9細胞の刺激に影響を及ぼす。L−立体配座での完全な配列(CKm336;配列番号2)は刺激効果を全く有さず、これはWO 2010/039137の開示と一致している。良好な効果が、3’および5’末端のL−リボースを含むデオキシヌクレオチドにより保護されたCGモチーフを含むオリゴを用いて得られるのに対し、5’末端でのL−リボースを含むデオキシヌクレオチドの長い伸長は逆効果である(CKm489およびCKm490を比較せよ)。さらに、L−リボースを含むデオキシヌクレオチドによるCGモチーフの修飾は、効果の喪失をもたらす。故に、良好な刺激効果を達成するために、CGモチーフはL−リオボース(L−riobose)を含むべきではなく、両方の末端でのL−リボース修飾デオキシヌクレオチドの伸長は制限(すなわち、5’末端の末端デオキシヌクレオチドが8つを超えず、最後のCGモチーフの後の3’末端デオキシヌクレオチドが最大に)されるべきである。
図14は、非刺激状態と比較したCKm532およびdSLIMによる免疫刺激を示す。FACS実験は、図10に記載された実験に使用され、ならびにB細胞(ゲート戦略:CD19陽性、活性化マーカーとしてのCD86)およびPDC(ゲート戦略:系統陰性、HLA−DR陽性、CD123陽性細胞、CD40および活性化マーカーとしてのHLA−DR)にそれぞれ適合されたプロトコルに従って実施された。示されたデータは、3つの異なるバフィーコート調製物の測定に基づく。
図14の上部は、マーカーCD86により証明されたB細胞の刺激を示す。dSLIMおよび非刺激状態と比較した場合、明らかに、CKm532はB細胞の刺激の増加をもたらす。これは、抗体産生細胞などのB細胞の成熟の増加を示すものであり、免疫刺激の重要な特徴である。
図14の下部は、マーカーHLA−DRを用いて検出されたPDCの刺激を示す。HLA−DRは、MHC分子の一部であり、故に免疫系の抗原提示プロセスの一部である。この場合もやはり、CKm532は、この免疫刺激特性の、dSLIMまたは非刺激細胞より強い増加を示す。
結論として、CKm337(両方の末端にL−立体配座でのヌクレオチドを有するD−DNA構築物)は驚くべきことに、PBMCおよび単離されたpDCの両方に対する刺激効果を有したのに対し、全てのヌクレオチドをL−立体配座で有するDNA構築物(CKm336)は効果がなかった。明らかに、CKm337の立体配座は、TLR9への結合を依然として可能にし、CKm336は、TLR9に結合することまたはTLR9を刺激することが立体的にできない。
予想外なことに、ダンベル型dSLIMおよびホスホロチオエート修飾オリゴと比較した、CKm337により誘導された刺激パターンは、全ての他の構築物と比べて独特であった。CKm337は、pDCによる最高量の分泌IFN−アルファを誘導した。PBMCによるIL−8分泌は、ホスホロチオエート修飾分子と比べてより弱かったが、dSLIMと比べてより強かった。対照的に、dSLIMは、PBMCによるより多い量の分泌MCP−1を誘導したが、Ckm337はホスホロチオエート修飾分子と同等であった。
いわゆるGストレッチを線状DNA分子の5’末端に直に導入することにより、CKm337で観察された効果を増加させることが可能であった。さらに、3’末端のL−リボースを含むデオキシヌクレオチドによる、分解に対する単なる保護が、オリゴの安定化には十分であることが判明した。Gストレッチ、CGモチーフ、CGモチーフの間隔の同定された構造的特徴、ならびにL−リボース修飾デオキシヌクレオチドの種々の程度および位置を用いた保護は、L−リボースを含むオリゴヌクレオチドの免疫刺激効果の調節を可能にする。本開示が、細胞または免疫系を標的刺激するための免疫刺激性DNA構築物を構築する新たなツールを明らかにすることは、極めて明白であると考えられる。
IFN−アルファは、長年にわたり抗ウイルスサイトカインとして知られてきた。IFN−アルファはTh1細胞発生を刺激し、したがってCG含有DNA分子の影響を促進する。IFN−アルファはまた、マウスおよびヒト悪性腫瘍において抗腫瘍活性も示し、一部には細胞傷害性T細胞の活性化およびこれによる腫瘍細胞溶解の可能性の増加により、移植された腫瘍細胞の腫瘍原性を減少させることができる。NK細胞およびマクロファージ活性の両方も抗腫瘍細胞傷害性に重要であり、同様にIFN−アルファにより増加される(Brassardら、J.Leukoc.Biol.2002 71:565〜81頁)。したがって、本開示のDNA構築物で刺激した際のIFN−アルファの量の増加は、癌の治療に有益であることが予期される。
IP−10は、生体内での強力な血管新生抑制タンパク質であることが最近示された。故に、特に腫瘍疾患の治療におけるIP−10の誘導もまた有利であると考えられる。
IL−8は、好中球の活性化および抹消血から組織への遊走を媒介することが知られている炎症誘発性サイトカインである。結果として生じる好中球浸潤は、卵巣癌について示されているように(Leeら、J.Immunol.2000 164:2769〜75頁)、腫瘍増殖の阻害に部分的に関与し得る。さらに、IL−8はまた、T細胞および好塩基球に対して走化性でもある。したがって、少なくとも幾つかの腫瘍タイプの治療または予防には、CG含有DNA構築物に応じてIL−8を選択的に上方制御することが有利である。一方、IL−8は血管新生を誘発するため、IL−8分泌の誘導が逆効果になる可能性があることが確立されている。故に、本発明の種々のDNA分子による種々の程度のIL−8誘導は、該分子を所望の治療効果に適合できるようにする可能性がある。
MCP−1は、損傷および感染の部位への単球/マクロファージの動員に役割を果たすことが知られており、これにより宿主抗腫瘍応答の刺激に関与する可能性がある。MCP−1は、インビトロでヒト腫瘍細胞の幾つかのタイプに対してより細胞増殖抑制性に単球を活性化できることが示されている(Zachariaeら、J.Exp.Med.1990 171:2177〜82頁)。したがって、IL−8と同様に、特定の腫瘍背景に応じてMCP−1発現を調節することが有益である。
故に、誘導される特異的サイトカインパターンは、特徴的な腫瘍タイプの治療および予防に有益である。明らかに、非メチル化CGモチーフがTLR9に提示される特異的背景は、応答細胞において誘導される個々のそれぞれの刺激パターンを決定するものである。

Claims (19)

  1. 少なくともつの配列モチーフNCGN(ここで、NおよびNがA、C、T、およびGの任意の組み合わせであり、Cがデオキシシチジンであり、Gがデオキシグアノシンであり、Aがデオキシアデノシンであり、Tがデオキシチミジンである)を含む免疫調節のためのDNA構築物であって、該DNA構築物の3’末端または5’および3’末端に位置する末端の5つのヌクレオチド内のみにL−立体配座にある少なくともつのヌクレオチドを含み該DNA構築物のその他のヌクレオチドはD−立体配座にある、構築物。
  2. がGT、GG、GA、ATまたはAAからなる群から選択されるエレメントであり、NがCTまたはTTからなる群から選択されるエレメントである、請求項1に記載の構築物。
  3. 少なくとも3つの連続するデオキシグアノシンから構成される少なくとも1つのGストレッチを、5’および/または3’末端に直に備えてなる、請求項1または2に記載の構築物。
  4. つの連続するデオキシグアノシンから構成されるGストレッチが、2つの配列モチーフNCGNのヌクレオチドCGの間に位置する、請求項1から3のいずれか1項に記載の構築物。
  5. C、T及びAからなる群より選ばれる少なくとも5つのヌクレオチドが、2つの配列モチーフNCGNのヌクレオチドCGの間に位置する請求項1から4のいずれか1項に記載の構築物。
  6. DNAが、一本鎖もしくは二本鎖DNAを含む線状開鎖DNA構築物、または、一本鎖ループを有する少なくとも1つの末端を含む線状DNA構築物である、請求項1から5のいずれか1項に記載の構築物。
  7. 前記配列モチーフNCGNが、DNA配列の一本鎖および/または二本鎖領域内に位置する、請求項1から6のいずれか1項に記載の構築物。
  8. 分子間および/または分子内塩基対ならびに少なくとも1つの不対合一本鎖領域を含む、請求項1から7のいずれか1項に記載の構築物。
  9. 互いにライゲーションされた少なくとも2つの請求項に記載の構築物を含む、免疫調節のためのDNA構築物。
  10. L−またはD−立体配座にある少なくとも1つのヌクレオチドが、カルボキシル、アミン、アミド、アルジミン、ケタール、アセタール、エステル、エーテル、ジスルフィド、チオールおよびアルデヒド基からなる群から選択される官能基で修飾されている、請求項1から9のいずれか1項に記載の構築物。
  11. 修飾されたヌクレオチドが、ペプチド、タンパク質、炭水化物、抗体、脂質、ミセル、ベシクル、合成分子、ポリマー、マイクロプロジェクタイル、金属粒子、ナノ粒子、または固相からなる群から選択される化合物に連結されている、請求項10に記載の構築物。
  12. 5’末端における1番目のGストレッチと、3つの配列モチーフNCGN(ここで、NおよびNがA、C、T、およびGの任意の組み合わせであり、Cがデオキシシチジンであり、Gがデオキシグアノシンであり、Aがデオキシアデノシンであり、Tがデオキシチミジンである)とを含む免疫調節のためのDNA構築物であって、C、T及びAからなる群より選ばれる少なくとも5つのヌクレオチドが、前記配列モチーフNCGNのうちの1番目と2番目の配列モチーフのヌクレオチドCGの間に位置し、前記配列モチーフNCGNのうちの2番目と3番目の配列モチーフのヌクレオチドCGの間に位置するGストレッチを含み、3つの3’末端デオキシヌクレオチドのうち2つがL−立体配座にある、構築物。
  13. 少なくとも1つのさらなるGストレッチを含む、請求項12に記載の構築物。
  14. 請求項1から13のいずれか1項に記載のDNA構築物を含む医薬組成物。
  15. さらに化学療法薬を含む、請求項14に記載の医薬組成物。
  16. 請求項1から13のいずれか1項に記載のDNA構築物を含むワクチン。
  17. DNA構築物がアジュバントとして含まれる、請求項16に記載のワクチン。
  18. 癌または自己免疫疾患の治療薬を製造するための、請求項1から13のいずれか1項に記載のDNA構築物、請求項14もしくは15に記載の医薬組成物、または請求項16もしくは17に記載のワクチンの使用。
  19. 免疫系の調節のための治療薬を製造するための、請求項1から13のいずれか1項に記載のDNA構築物、請求項14もしくは15に記載の医薬組成物、または請求項16もしくは17に記載のワクチンの使用。
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