JP5802674B2 - 蛍光共鳴エネルギー移動の原理に基づく一分子型fretバイオセンサーのリンカー - Google Patents
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Description
しかし、このバイオセンサー作成のためには、少なくとも3つ、多くの場合4つ以上のタンパク質ドメインを結合する必要があり、それらを単に結合しただけでは通常、十分な感度を有する一分子型FRETバイオセンサーを作成することはできない。すなわち、このような一分子型FRETバイオセンサーを作成するためには、i)ドナー蛍光タンパク質の発光スペクトラムとアクセプター蛍光タンパク質の吸光スペクトラムとの重なり、ii)ドナー蛍光タンパク質とアクセプター蛍光タンパク質間の距離、iii)ドナー蛍光タンパク質の発光モーメントとアクセプター蛍光タンパク質の吸光モーメントの配向の3因子を考慮しなければならない。また、蛍光タンパク質を他のタンパク質と融合する場合、他のタンパク質と融合することがストレスとなって蛍光タンパク質のミスフォールディングが生じ、その結果、発色団形成の効率が低下し、無蛍光となる可能性をも考慮しなければならない。このように、ドナー蛍光タンパク質とアクセプター蛍光タンパク質を利用して両者間にFRETの良好な発現を生じさせるには厳格な条件が存在し、両者間の配置等に一定の規則も見出されていないため、作成する一分子型FRETバイオセンサーごとに、それぞれのタンパク質ドメインの長さや、ドメイン間のリンカー配列などをさまざまに変更させて、至適なものを作成することが行われているが、これには、多くの試行錯誤や複雑高度の実験等を要し、十分な感度を有する一分子型FRETバイオセンサーの開発は非常な困難を伴うものであった。
すなわち、本発明は、一定以上の長さを有するリンカーを用いることで、一分子型FRETバイオセンサーのゲインを低くする要因である基底状態のFRETを、著しく低減させることができるという知見に基づくものであり、一分子型FRETバイオセンサー作成に汎用的に用いることが出来るものである。本発明のリンカーは、前記一分子型FRETバイオセンサーのゲインを増大させるために開発されたものであり、その技術的価値は非常に大きい。
<1> 蛍光共鳴エネルギー移動の原理に基づく一分子型FRETバイオセンサーのリンカーであって、52アミノ酸残基以上400アミノ酸残基以下を含むポリペプチドであって、全アミノ酸残基数の少なくとも45%がグリシン及びアラニンの少なくともいずれかであり、アラニンを全アミノ酸残基数の少なくとも10%含むことを特徴とするリンカーである。
<2> 84アミノ酸残基以上を含むポリペプチドである前記<1>に記載のリンカーである。
<3> セリン及びスレオニンの少なくともいずれかを全アミノ酸残基数の少なくとも10%含む前記<1>又は<2>に記載のリンカーである。
<4> 全アミノ酸残基数の少なくとも95%がグリシン、セリン、スレオニン及びアラニンからなり、グリシンを35から65%、セリン及びスレオニンの少なくともいずれかを10から40%、アラニンを10から40%含む前記<3>に記載のリンカーである。
<5> 全アミノ酸配列の少なくとも95%がSAGG及びGGASのいずれかのアミノ酸配列の繰り返しからなり、SAGG及びGGASのいずれかのアミノ酸配列の繰り返し単位を13個以上100個以下含むことを特徴とする前記<4>に記載のリンカーである。
<6> アルギニン及びグルタミン酸の少なくともいずれかを全アミノ酸残基数の少なくとも10%含む前記<1>又は<2>に記載のリンカーである。
<7> 全アミノ酸残基数の少なくとも95%がグリシン、アルギニン、グルタミン酸及びアラニンからなり、グリシンを4から30%、アルギニンを5から30%、グルタミン酸を5から30%、及びアラニンを30から60%含む前記<6>に記載のリンカーである。
<8> 前記<1>から<7>のいずれかに記載のリンカーをコードすることを特徴とする遺伝子である。
<9> 前記<1>から<7>のいずれかに記載のリンカーをコードする遺伝子を含むことを特徴とする発現ベクターである。
<10> 前記<9>に記載の発現ベクターを保持してなることを特徴とする形質転換された細胞である。
<11> 前記<9>に記載の発現ベクターを保持してなることを特徴とするトランスジェニック非ヒト動物である。
<12> 蛍光共鳴エネルギー移動の原理に基づく一分子型FRETバイオセンサーであって、センサー領域、リガンド領域、アクセプター蛍光タンパク質領域、ドナー蛍光タンパク質領域、及び、該センサー領域と該リガンド領域とを連結するリンカー領域を有する融合タンパク質であり、該リンカー領域が、前記<1>から<7>のいずれかに記載のリンカーからなることを特徴とする一分子型FRETバイオセンサーである。
<13> 該ドナー蛍光タンパク質がYPetである前記<12>に記載の一分子型FRETバイオセンサーである。
<14> 前記<12>及び<13>のいずれかに記載の一分子型FRETバイオセンサーをコードすることを特徴とする遺伝子である。
<15> 前記<14>に記載の一分子型FRETバイオセンサーをコードする遺伝子を含むことを特徴とする発現ベクターである。
<16> 前記<15>に記載の発現ベクターを保持してなることを特徴とする形質転換された細胞である。
<17> 前記<15>に記載の発現ベクターを保持してなることを特徴とするトランスジェニック非ヒト動物である。
<18> 前記<12>に記載の一分子型FRETバイオセンサーを用いてFRETを検出する工程を含み、セリンスレオニンリン酸化酵素活性、チロシンリン酸化酵素活性、及び、低分子量GTP結合タンパク質活性のいずれかを測定することを特徴とする測定方法である。
<19> 前記<16>に記載の形質転換された細胞または前記<13に記載のトランスジェニック非ヒト動物を用いてFRETを検出する工程を含み、セリンスレオニンリン酸化酵素活性、チロシンリン酸化酵素活性、及び、低分子量GTP結合タンパク質活性のいずれかを測定することを特徴とする測定方法である。
<20> (a)前記<16>に記載の形質転換された細胞と被検物質とを接触させる工程、および
(b)FRETを検出することによりセリンスレオニンリン酸化酵素活性、チロシンリン酸化酵素活性、及び、低分子量GTP結合タンパク質活性のいずれかの変化を検出する工程、
を含む、セリンスレオニンリン酸化酵素活性、チロシンリン酸化酵素活性、及び、低分子量GTP結合タンパク質活性のいずれかの調節物質のスクリーニング方法である。
本発明のリンカー(EVリンカーと称する)は、蛍光共鳴エネルギー移動(FRET)の原理に基づく一分子型FRETバイオセンサーのリンカーであって、52アミノ酸残基以上400アミノ酸残基以下を含むポリペプチドであって、全アミノ酸残基数の少なくとも45%がグリシン及びアラニンの少なくともいずれかであり、アラニンを全アミノ酸残基数の少なくとも10%含むことを特徴とするリンカーである。
ここで、FRET効率とは、ドナー蛍光タンパク質を励起して得られる蛍光強度の、アクセプター蛍光タンパク質存在下における減少割合を指すが、本明細書においては、一分子型FRETバイオセンサーをドナー蛍光タンパク質の励起波長で照射した場合の、ドナー蛍光タンパク質の蛍光強度とアクセプター蛍光タンパク質の蛍光強度との比(蛍光強度比)を便宜的に用いる(非特許文献1及び3参照)。以下、本明細書において記載する参照文献は参照により、その全教示が本明細書中に取り込まれる。
例えば、アラニン及びグリシンに加えて、セリン及びスレオニンの少なくともいずれかを全アミノ酸残基数の少なくとも10%含むポリペプチドが好ましい。このようなポリペプチドとしては、全アミノ酸残基の数の少なくとも95%がGly、Ser、Thr、及び、Alaからなり、Glyを35から65%、Ser及びThrの少なくともいずれかを10から40%、Alaを10から40%含むポリペプチドが挙げられる。これらのアミノ酸残基は、全長にわたって均一に分布させることが好ましく、中でも、Ser−Ala−Gly−Gly、その逆配列であるGly−Gly−Ala−Ser、または、Gly−Ala−Gly−Serを繰り返し含む配列が好ましい。このような配列としては、例えば、Ser−Ala―Gly−Gly、Gly−Gly−Ala−Ser、または、Gly−Ala−Gly−Serの繰り返し単位を全アミノ酸残基の数の95%以上含み、前記基本配列の他にGly、Ser、Ala、Thr等が全体の5%未満の範囲で配列中に挿入されているような配列も好ましい。さらに、上記配列において、Serと性質の非常に近いアミノ酸であるThrをSerと置換した配列もまた好ましい。前記、アミノ酸配列の繰り返し単位を13個以上100個以下含むことが好ましい。このようなリンカーの具体例としては次のものが挙げられる。
EV52リンカー(配列番号:12)
SAGGSAGGSAGGSAGGSAGGSGSAGGSAGGSTSAGGSAGGSAGGSAGGSAGG
EV84リンカー(配列番号:15)
SAGGSAGGSAGGSAGGSAGGSGSAGGSAGGSTSAGGSAGGSAGGSAGGSAGGSGSAGGSAGGSTSAGGSAGGSAGGSAGGSAGG
EV116リンカー(配列番号:18)
SAGGSAGGSAGGSAGGSAGGSGSAGGSAGGSTSAGGSAGGSAGGSAGGSAGGSGSAGGSAGGSTSAGGSAGGSAGGSAGGSAGGSGSAGGSAGGSTSAGGSAGGSAGGSAGGSAGG
EV180リンカー(配列番号:23)
SAGGSAGGSAGGSAGGSAGGSGSAGGSAGGSTSAGGSAGGSAGGSAGGSAGGSGSAGGSAGGSTSAGGSAGGSAGGSAGGSAGGSGSAGGSAGGSTSAGGSAGGSAGGSAGGSAGGSGSAGGSAGGSTSAGGSAGGSAGGSAGGSAGGSGSAGGSAGGSTSAGGSAGGSAGGSAGGSAGG
EV244リンカー(配列番号:26)
SAGGSAGGSAGGSAGGSAGGSGSAGGSAGGSTSAGGSAGGSAGGSAGGSAGGSGSAGGSAGGSTSAGGSAGGSAGGSAGGSAGGSGSAGGSAGGSTSAGGSAGGSAGGSAGGSAGGSGSAGGSAGGSTSAGGSAGGSAGGSAGGSAGGSGSAGGSAGGSTSAGGSAGGSAGGSAGGSAGGSGSAGGSAGGSTSAGGSAGGSAGGSAGGSAGGSGSAGGSAGGSTSAGGSAGGSAGGSAGGSAGG
また、アラニン及びグリシンに加えて、アルギニン及びグルタミン酸の少なくともいずれかを全アミノ酸残基数の少なくとも10%含むポリペプチドも好ましい。このようなポリペプチドとしては、全アミノ酸残基数の少なくとも95%がグリシン、アルギニン、グルタミン酸及びアラニンからなり、グリシンを4から30%、アルギニンを5から30%、グルタミン酸を5から30%、及びアラニンを30から60%含むポリペプチドが挙げられる。これらのアミノ酸残基は、全長にわたって均一に分布させることが好ましく、例えば下記のような配列が挙げられる。
EV3x8リンカー(配列番号:45)
EAAAREAAAREAAARGGEAAAREAAAREAAARGGEAAAREAAAREAAARGGEAAAREAAAREAAARGGEAAAREAAAREAAARGGEAAAREAAAREAAARGGEAAAREAAAREAAARGGEAAAREAAAREAAAR
EV6x4リンカー(配列番号:46)
EAAAREAAAREAAAREAAAREAAAREAAARGGEAAAREAAAREAAAREAAAREAAAREAAARGGEAAAREAAAREAAAREAAAREAAAREAAARGGEAAAREAAAREAAARAAREAAAREAAAR
EV3x8リンカーは、EAAARの配列を3回繰り返した15アミノ酸残基の配列単位を8個、GG配列で繋げた134アミノ酸残基のポリペプチドである。全アミノ酸残基数134個のうちのアラニンが72個(53.7%)、グリシンが14個(10.4%)、グルタミン酸が24個(17,9%)、アルギニンが24個(17.9%)である。アラニン及びグリシンを合わせると64.1%である。また、EV6x4リンカーは、124アミノ酸残基のポリペプチドであり、全アミノ酸残基数124個のうちのアラニンが71個(57,3%)、グリシンが6個(4,8%)、グルタミン酸が23個(18,5%)、アルギニンが24個(19,4%)であり、アラニン及びグリシンを合わせると62,1%である。
本発明に係る一分子型FRETバイオセンサーを発現した本発明の形質転換細胞またはトランスジェニック非ヒト動物を蛍光顕微鏡で観察し、センサー領域の構造変化前後に生ずるFRET効率の変化を直接的に検出する。この測定法については、(非特許文献1)に準じて行うことができる。トランスジェニック非ヒト動物の場合には、例えば外耳など固定しやすい部位を観察対象とすることが好ましい。
用いる蛍光顕微鏡には特に制限はないが、公知のキセノン光源を有する倒立型蛍光顕微鏡(IX81、オリンパス社製)に回転式蛍光励起フィルターおよび回転式蛍光発光フィルターを備え、高感度冷却CCDカメラを備えたものが好ましい。さらにフィルターおよびカメラ画像は、モレキュラーデバイス社製MetaMorph画像解析ソフトにて制御ならびに解析できるシステムが望ましい。
Eevee−PKAによるセリンスレオニンリン酸化酵素Aキナーゼ(PKA)の酵素活性の測定
(1)PKAの酵素活性を測定するための、EVリンカーを含む一分子型FRETバイオセンサーをコードする遺伝子の作成
(i)EVリンカー遺伝子を挿入するためのプラットフォームEevee−PKA−G72(3520NES)遺伝子の作成
一分子型FRETバイオセンサーEevee−PKA−G72(3520NES)遺伝子は、PCR等の公知の方法を用いて作成した(図3)。すなわち、一分子型FRETバイオセンサーは、アミノ末端よりYFP、リンカー、リガンドドメイン(ここではリン酸化スレオニンに特異的に結合するFHA1ドメイン)、リンカー、PKAによりリン酸化される基質配列、リンカー、CFPドナー蛍光タンパク質を有する。この塩基配列(配列番号:1)および予測されるアミノ酸配列(配列番号:2)を説明する:
nt 1 − 714 :オワンクラゲ(Aequorea)のYFP(YPet)
nt 715 − 720 :リンカー(Leu−Glu)
nt 721 − 1143 :酵母のRad53遺伝子のFHA1ドメイン
nt 1144 − 1149 :リンカー(Gly−Thr)
nt 1150 − 1392 :グリシンリンカー
nt 1393 − 1437 :PKAの基質配列
nt 1438 − 1446 :リンカー(Gly−Gly−Arg)
nt 1447 − 2163 :オワンクラゲのCFP(ECFP)
nt 2164 − 2169 :リンカー(Ser−Arg)
nt 2170 − 2205 :核外移行シグナル(NES)
nt 2206 − 2208 :終止コドン
センスプライマーF_20a.a_linker(配列番号:3)およびアンチセンスプライマーR_20a.a_linker (配列番号:4)をアニーリングし、3520NESのAsp718IとAor13HIの制限酵素切断部位に挿入した。この挿入されたヌクレオチドがコードする20アミノ酸のリンカーをEV20リンカーと呼ぶ(配列番号:5)。さらに、YPetはVenusに置換した。作成された一分子型FRETバイオセンサーをEevee−PKA−20(3532NES)と命名した。かかる塩基配列(配列番号:6)および予測されるアミノ酸配列(配列番号:7)を説明する:
nt 1 − 714 :オワンクラゲ(Aequorea)のYFP(Venus)
nt 715 − 720 :リンカー(Leu−Glu)
nt 721 − 1143 :酵母のRad53遺伝子のFHA1ドメイン
nt 1143 − 1149 :リンカー(Gly−Thr)
nt 1150 − 1209 :EV20リンカー(配列番号:5)
nt 1210 − 1215 :リンカー(Ser−Gly)
nt 1216 − 1239 :PKAの基質配列
nt 1239 − 1248 :リンカー(Gly−Gly−Arg)
nt 1249 − 1965 :オワンクラゲのCFP(ECFP)
nt 1966 − 1971 :リンカー(Ser−Arg)
nt 1972 − 2007 :核外移行シグナル(NES)
nt 2008 − 2010 :終止コドン
Eevee−PKA−20の哺乳細胞発現ベクターpEevee−PKA−20を制限酵素EcoRIとAsp718Iで切断し、サイズの大きいほうの断片をベクターとして調整した。このpEevee−PKA−20断片をEcoRIとAor13HIで切断したリンカーを含む部分および、センスプライマーF_10a.a_linker(配列番号:8)およびアンチセンスプライマーR_10a.a_linker(配列番号:9)をアニーリングしたDNAの3者をライゲーションし、pEevee−PKA−52を作成した。かかる塩基配列(配列番号:10)および予測されるアミノ酸配列(配列番号:11)を説明する:
nt 1 − 714 :オワンクラゲ(Aequorea)のYFP(Venus)
nt 715 - 720 :リンカー(Leu−Glu)
nt 721 − 1143 :酵母のRad53遺伝子のFHA1ドメイン
nt 1144 − 1149 :リンカー(Gly−Thr)
nt 1150 − 1305 :EV52リンカー(配列番号:12)
nt 1306 − 1311 :リンカー(Ser−Gly)
nt 1312 − 1335 :PKAの基質配列
nt 1336 − 1344 :リンカー(Gly−Gly−Arg)
nt 1345 − 2061 :オワンクラゲのCFP(ECFP)
nt 2062 − 2067 :リンカー(Ser−Arg)
nt 2068 − 2103 :核外移行シグナル(NES)
nt 2104 − 2106 :終止コドン
Eevee−PKA−20の哺乳細胞発現ベクターpEevee−PKA−20を制限酵素EcoRIとAsp718Iで切断し、サイズの大きいほうの断片をベクターとして調整した。このpEevee−PKA−20断片をEcoRIとAor13HIで切断したリンカーを含む部分および、センスプライマーF_10a.a_linker(配列番号:8)およびアンチセンスプライマーR_10a.a_linker(配列番号:9)をアニーリングしたDNAの3者をライゲーションし、Eevee−PKA−84を作成した。かかる塩基配列(配列番号:13)および予測されるアミノ酸配列(配列番号:14)を説明する。:
nt 1 − 714 :オワンクラゲ(Aequorea)のYFP(YPet)
nt 715 − 720 :リンカー(Leu−Glu)
nt 721 − 1143 :酵母のRad53遺伝子のFHA1ドメイン
nt 1144 − 1149 :リンカー(Gly−Thr)
nt 1150 − 1401 :EV84リンカー(配列番号:15)
nt 1402 − 1407 :リンカー(Ser−Gly)
nt 1408 − 1431 :PKAの基質配列
nt 1432 − 1440 :リンカー(Gly−Gly−Arg)
nt 1441 − 2157 :オワンクラゲのCFP(ECFP)
nt 2158 − 2163 :リンカー(Ser−Arg)
nt 2164 − 2199 :核外移行シグナル(NES)
nt 2200 − 2202 :終止コドン
Eevee−PKA−52の哺乳細胞発現ベクターpEevee−PKA−20を制限酵素EcoRIとAsp718Iで切断し、サイズの大きいほうの断片をベクターとして調整した。このpEevee−PKA−52断片をEcoRIとAor13HIで切断したリンカーを含む部分および、センスプライマーF_10a.a_linker(配列番号:8)およびアンチセンスプライマーR_10a.a_linker(配列番号:9)をアニーリングしたDNAの3者をライゲーションし、Eevee−PKA−116を作成した。かかる塩基配列(配列番号:16)および予測されるアミノ酸配列(配列番号:17)を説明する。
nt 1 − 714 :オワンクラゲ(Aequorea)のYFP(YPet)
nt 715 − 720 :リンカー(Leu−Glu)
nt 721 − 1143 :酵母のRad53遺伝子のFHA1ドメイン
nt 1144 − 1149 :リンカー(Gly−Thr)
nt 1150 − 1497 :EV116リンカー(配列番号:18)
nt 1498 − 1503 :リンカー(Ser−Gly)
nt 1504 − 1527 :PKAの基質配列
nt 1528 − 1536 :リンカー(Gly−Gly−Arg)
nt 1537 − 2247 :オワンクラゲのCFP(ECFP)
nt 2248 − 2253 :リンカー(Ser−Arg)
nt 2254 − 2289 :核外移行シグナル(NES)
nt 2290 − 2292 :終止コドン
一分子型FRETバイオセンサーpEevee−PKA−5は、PCR等の公知の方法を用いて作成した。かかる塩基配列(配列番号:19)および予測されるアミノ酸配列(配列番号:20)を説明する。
nt 1 − 714 :オワンクラゲ(Aequorea)のYFP(Venus)
nt 715 − 720 :リンカー(Leu−Glu)
nt 721 − 1143 :酵母のRad53遺伝子のFHA1ドメイン
nt 1144 − 1170 :リンカー(Gly−Thr−Gly−Gly−Ser−Gly−Gly−Ser−Gly )
nt 1171 − 1194 :PKAの基質配列
nt 1195 − 1203 :リンカー(Gly−Gly−Arg)
nt 1204 − 1920 :オワンクラゲのCFP(ECFP)
nt 1921 − 1926 :リンカー(Ser−Arg)
nt 1927 − 1962 :核外移行シグナル(NES)
nt 1963 − 1965 :終止コドン
pEevee−PKA−116を制限酵素EcoRIとAsp718Iで切断し、サイズの大きいほうの断片をベクターとして調整した。このpEevee−PKA−116断片をEcoRIとAor13HIで切断したリンカーを含む部分および、センスプライマーF_10a.a_linker(配列番号:8)およびアンチセンスプライマーR_10a.a_linker(配列番号:9)をアニーリングしたDNAの3者をライゲーションし、Eevee−PKA−180を作成した。さらにVenusはYPetに置換した。かかる塩基配列(配列番号:21)および予測されるアミノ酸配列(配列番号:22)を説明する。
nt 1 − 714 :オワンクラゲ(Aequorea)のYFP(YPet)
nt 715 − 720 :リンカー(Leu−Glu)
nt 721 − 1143 :酵母のRad53遺伝子のFHA1ドメイン
nt 1144 − 1149 :リンカー(Gly−Thr)
nt 1150 − 1689 :EV180リンカー(配列番号:23)
nt 1690 − 1695 :リンカー(Ser−Gly)
nt 1696 − 1719 :PKAの基質配列
nt 1720 − 1728 :リンカー(Gly−Gly−Arg)
nt 1729 − 2439 :オワンクラゲのCFP(ECFP)
nt 2440 − 2445 :リンカー(Ser−Arg)
nt 2446 − 2481 :核外移行シグナル(NES)
nt 2482 − 2484 :終止コドン
pEevee−PKA−116を制限酵素EcoRIとAsp718Iで切断し、サイズの大きいほうの断片をベクターとして調整した。このpEevee−PKA−116断片をEcoRIとAor13HIで切断したリンカーを含む部分および、センスプライマーF_10a.a_linker(配列番号:8)およびアンチセンスプライマーR_10a.a_linker(配列番号:9)をアニーリングしたDNAの3者をライゲーションし、Eevee−PKA−244を作成した。かかる塩基配列(配列番号:24)および予測されるアミノ酸配列(配列番号:25)を説明する。
nt 1 − 714 :オワンクラゲ(Aequorea)のYFP(YPet)
nt 715 − 720 :リンカー(Leu−Glu)
nt 721 − 1143 :酵母のRad53遺伝子のFHA1ドメイン
nt 1144 − 1149 :リンカー(Gly−Thr)
nt 1150 − 1881 :EV244リンカー(配列番号:26)
nt 1882 − 1887 :リンカー(Ser−Gly)
nt 1888 − 1911 :PKAの基質配列
nt 1912 − 1920 :リンカー(Gly−Gly−Arg)
nt 1921 − 2631 :オワンクラゲのCFP(ECFP)
nt 2632 − 2637 :リンカー(Ser−Arg)
nt 2638 − 2673 :核外移行シグナル(NES)
nt 2674 − 2676 :終止コドン
ここでは、様々な長さのEVリンカーを有するPKAのバイオセンサーをEevee−PKA、その哺乳細胞発現ベクターをpEevee−PKAと総称する。哺乳細胞発現ベクターとしては、pCAGGS 〔Niwa, H., K. Yamamura, and J. Miyazaki. 1991. Efficient selection for high-expression transfectants with a novel eukaryotic vector. Gene 108:193-200. 〕を至適に用いることが出来る。子宮頸癌由来HeLa細胞は10%ウシ胎仔血清を含むDMEM培地(INVITROGEN社製)で培養した。該HeLa細胞に前記(1)で得られたpEevee−PKAを293fectin(INVITROGEN社製)を用いて、該試薬に添付のプロトコールに従いトランスフェクトした。トランスフェクト後のHeLa細胞を10%ウシ胎仔血清を含むDMEM培地(INVITROGEN社製)で培養し、Eevee−PKAタンパク質を発現させた。トランスフェクションの24時間後に、培養細胞をタイムラプス蛍光顕微鏡による観察に供した。
PKAの活性化剤である1mMのヂブチリルcAMPを添加し、刺激前のFRET効率と比較することでEevee−PKAのゲインを知ることができる。図4に示すように、PKAの活性化によって変化するゲインは、52アミノ酸以上の長さのEVリンカーを用いることにより顕著に増加することがわかる。
さらに、YFPドナータンパク質を、FRETに最適化したもの、例えばYPetにすることで、その効果はさらに顕著となる(図6)。しかし、その効果は116アミノ酸でほぼ飽和しており、それ以上長くしても顕著な効果はない。
前記と同様に、Eevee−PKAをHeLa細胞に発現させ、24時間後に、1mMのヂブチリルcAMPおよび50nMカリクリンで処理したのちに、公知の方法で細胞を可溶化し、SDS−PAGEにより分離した。なお、PhosTag(PhosTagコンソーシアム)50μMを含むポリアクリルアミド6%ゲルをタンパク質の分離に用いた。PVDFメンブレン(ミリポア社製)に転写後、anti−GFP抗体(自家製)と反応させ、引き続き、IRDye800CW標識抗ウサギ抗体(LI−COR社製)でEevee−PKAタンパク質を検出した。結合した蛍光標識抗体はオデッセイ蛍光アナライザー(LI−COR社製)にて定量した。図8Aおよび図8Bに示すように、EVリンカーは、基底状態におけるリン酸化レベルを著しく低減させていることがわかる。すなわち、リガンドドメインは一般に、センサードメインに結合することにより、活性化状態のセンサードメインが基底状態に戻るのを阻害する効果があるが、EVリンカーはこの効果を低下させ、それによって基底状態のFRETを低下させ、このことがゲインの増大をもたらしていることが明らかとなった。
Eevee−Aktによるセリンスレオニンリン酸化酵素Aktの酵素活性の測定
(1)セリンスレオニンリン酸化酵素Aktの酵素活性を測定するための、EVリンカーを含む一分子型FRETバイオセンサーをコードする遺伝子の作成
Eevee−Akt−84(3547NES)およびEevee−Akt−116(3548NES)のPKA基質配列部位を、Aktのリン酸化に適したアミノ酸配列に置換した遺伝子を、合成プライマー等を利用して作成した。前記Eevee−PKAにこの配列を挿入し、かつ、アミノ末端にAktのPHドメインを挿入することにより作成した遺伝子Eevee−Akt−84およびEevee−Akt−116の塩基配列(配列番号:27,29)および予測されるアミノ酸配列(配列番号:28,30)を提示する。また、その構造を図9A及びBに示す。
nt 1 − 453 :Aktタンパク質のAHドメイン
nt 454 − 462 :リンカー(Glu−Phe−Gly)
nt 463 − 1176 :オワンクラゲ(Aequorea)のYFP(YPet)
nt 1177 − 1182 :リンカー(Leu−Glu)
nt 1183 − 1605 :酵母のRad53遺伝子のFHA1ドメイン
nt 1606 − 1611 :リンカー(Gly−Thr)
nt 1612 − 1863 :EV84リンカー
nt 1864 − 1869 :リンカー(Ser−Gly)
nt 1870 − 1902 :PKAの基質配列
nt 1903 − 1911 :リンカー(Gly−Gly−Arg)
nt 1912 − 2622 :オワンクラゲのCFP(ECFP)
nt 2623 − 2628 :リンカー(Ser−Arg)
nt 2629 − 2664 :核外移行シグナル(NES)
nt 2665 − 2667 :終止コドン
nt 1 − 453 :Aktタンパク質のAHドメイン
nt 454 − 462 :リンカー(Glu−Phe−Gly)
nt 463 − 1176 :オワンクラゲ(Aequorea)のYFP(YPet)
nt 1177 − 1182 :リンカー(Leu−Glu)
nt 1183 − 1605 :酵母のRad53遺伝子のFHA1ドメイン
nt 1606 − 1611 :リンカー(Gly−Thr)
nt 1612 − 1959 :EV116リンカー
nt 1864 − 1965 :リンカー(Ser−Gly)
nt 1870 − 1998 :PKAの基質配列
nt 1903 − 2007 :リンカー(Gly−Gly−Arg)
nt 1912 − 2718 :オワンクラゲのCFP(ECFP)
nt 2623 − 2724 :リンカー(Ser−Arg)
nt 2629 − 2760 :核外移行シグナル(NES)
nt 2665 − 2763 :終止コドン
実施例1―(2)に記載の方法により、解析した。ただし、細胞はCOS7細胞を用いた。図10に示すように、116アミノ酸のEVリンカーは顕著に基底状態の顕著な低下をもたらす。
Eevee−ERKによるERKの酵素活性の測定
(1)ERKの酵素活性を測定するための、EVリンカーを含む一分子型FRETバイオセンサーEevee−ERK(3550NES)をコードする遺伝子の作成
(i) Eevee−PKA−116の基質配列部位およびリン酸化ペプチド認識配列をERKの基質配列に置換したプラスミドを、PCRおよび合成プライマーを利用して作成した。作成したプラスミドをEevee−ERKと命名した。かかる塩基配列(配列番号:31)および予測されるアミノ酸配列(配列番号:32)を説明する:
nt 1 − 714 :オワンクラゲ(Aequorea)のYFP(YPet)
nt 715 − 720 :リンカー(Leu−Glu)
nt 721 − 882 :Pin1遺伝子のWWドメイン
nt 1144 − 888 :リンカー(Gly−Thr)
nt 1150 − 1236 :EV116リンカー
nt 1498 − 1242 :リンカー(Ser−Gly)
nt 1504 − 1272 :ERKの基質配列
nt 1528 − 1281 :リンカー(Gly−Gly−Arg)
nt 1537 − 1992 :オワンクラゲのCFP(ECFP)
nt 2248 − 2004 :リンカー(Gly-Arg-Ser−Arg)
nt 2254 − 2040 :核外移行シグナル(NES)
nt 2290 − 2043 :終止コドン
nt 1 − 714 :オワンクラゲ(Aequorea)のYFP(YPet)
nt 715 − 720 :リンカー(Leu−Glu)
nt 721 − 882 :Pin1遺伝子のWWドメイン
nt 883 − 888 :リンカー(Gly−Thr)
nt 889 − 1236 :EV116リンカー
nt 1237 − 1242 :リンカー(Ser−Gly)
nt 1243 − 1272 :ERKの基質配列
nt 1273 − 1284 :リンカー(Ala−Lys−Leu−Ser)
nt 1285 − 1296 :ドッキング配列(Phe−Gln−Phe−Pro)
nt 1297 − 1305 :リンカー(Gly−Gly−Arg)
nt 1306 − 2016 :オワンクラゲのCFP(ECFP)
nt 2017 − 2028 :リンカー(Gly−Arg−Ser−Arg)
nt 2029 − 2064 :核外移行シグナル(NES)
nt 2065 − 2067 :終止コドン
実施例1(2)に記載の方法により、解析した。すなわち、HeLa細胞にEvee−ERKを発現させ、EGFで刺激した。図11A、B、C及びDに示すように、EVリンカーを有するバイオセンサー(3560NES)は、Glyリンカーを含むバイオセンサー(EKAR−1667nes)より広いゲインを有する。この効果の一つは、基底状態におけるFRETの低さに起因している。
EVリンカーを含む一分子型FRETバイオセンサーPicchu−734によるチロシンキナーゼ活性の測定
(1)チロシンキナーゼ活性を測定するための、EVリンカーを含む一分子型FRETバイオセンサーPicchu−734の作成
(i) Eevee−PKA−116(3536NES)のXhoIおよびAsp718Iで切断したものにCrkIIタンパク質のSH2ドメインを含む領域をPCRにて増幅して挿入した。さらに、基質配列部位を置換し、Picchu−734の遺伝子を作成した。かかる塩基配列(配列番号:35)および予測されるアミノ酸配列(配列番号:36)を説明する:
nt 1 − 714 :オワンクラゲ(Aequorea)のYFP(YPet)
nt 715 − 720 :リンカー(Leu−Glu)
nt 721 − 1332 :CRKII遺伝子のSH2ドメイン
nt 883 − 1338 :リンカー(Gly−Thr)
nt 889 − 1686 :EV116リンカー
nt 1237 − 1692 :リンカー(Ser−Gly)
nt 1243 − 1719 :CRKIIのチロシンリン酸化基質配列
nt 1273 − 1728 :リンカー(Ala−Lys−Leu−Ser)
nt 1306 − 2439 :オワンクラゲのCFP(ECFP)
nt 2017 − 2451 :リンカー(Gly−Arg−Ser−Arg)
nt 2029 − 2487 :核外移行シグナル(NES)
nt 2065 − 2490 :終止コドン
実施例3−(2)に記載の方法により、解析した。図12に示すように、EVリンカーを含むPicchuバイオセンサー(Picchu−734)はこれを含まないPicchuバイオセンサー(Picchu−730)〔Kurokawa, K., N. Mochizuki, Y. Ohba, H. Mizuno, A. Miyawaki, and M. Matsuda. 2001. A pair of FRET-based probes for tyrosine phosphorylation of the CrkII adaptor protein in vivo. J.Biol.Chem. 276:31305-31310.〕より広いゲインを有することがわかった。
Raichu−Rac1によるRac1活性の測定
(1)Rac1活性を測定するための、EVリンカーを含む一分子型FRETバイオセンサーRaichu−Rac1(2246X)の作成
(i) Rac1活性を測定する一分子型FRETバイオセンサーRaichu−Rac1(2241X)は、PCR等を用いて、既知のRaichu−Rac1(1011X)〔非特許文献5〕をもとに作成した。かかる塩基配列(配列番号:37)および予測されるアミノ酸配列(配列番号:38)を説明する:
nt 1 − 714 :オワンクラゲ(Aequorea)のYFP(YPet)
nt 715 − 720 :リンカー(Leu−Glu)
nt 721 − 969 :Pakタンパク質のCRIBドメイン
nt 883 − 996 :グリシンリンカー
nt 1237 − 1527 :Rac1
nt 1273 − 1536 :リンカー(Arg−Gly−Arg)
nt 1306 − 2247 :オワンクラゲのCFP(Turquoise)
nt 1273 − 2253 :リンカー(Ser−Arg)
nt 2017 − 2313 :KRasタンパク質のC末端ドメイン
nt 2065 − 2316 :終止コドン
nt 1 − 714 :オワンクラゲ(Aequorea)のYFP(YPet)
nt 715 − 720 :リンカー(Leu−Glu)
nt 721 − 969 :Pakタンパク質のCRIBドメイン
nt 970 − 1332 :EV116リンカー
nt 1333 − 1860 :Rac1
nt 1861 − 1869 :リンカー(Arg−Gly−Arg)
nt 1870 − 2580 :オワンクラゲのCFP(Turquoise)
nt 2581 − 2586 :リンカー(Ser−Arg)
nt 2587 − 2646 :KRasタンパク質のC末端ドメイン
nt 2647 − 2649 :終止コドン
実施例3−(2)に記載の方法により、解析した。図13Aおよび図13Bに示すように、EVリンカーを有するRaichuバイオセンサー(Raichu−2246X)は通常のリンカーを有するRaichuバイオセンサー(Raichu−2241X)よりも基底状態におけるFRETが低く、EGF刺激下に観察される上昇、すなわち感度が大きく上昇している。
Raichu−Rac1(2246X)の遺伝子をpPBプラスミドに挿入した。このプラスミドと、トランスポゼース発現ベクター(pCMV−mPBase)〔Yusa, K., R. Rad, J. Takeda, and A. Bradley. 2009. Generation of transgene-free induced pluripotent mouse stem cells by the piggyBac transposon. Nat.Methods 6:363-369. 〕と同時にC6細胞にトランスフェクトし、2日後にBlasticidineを10μg/mlの濃度に添加し、2週間培養を続けた。その後、96ウェル培養皿でクローニングを行った。その結果、バイオセンサーを安定に発現する培養細胞株の樹立に成功した。この細胞株を用いることにより、長期間にわたってRac1の活性をモニターすることができた。(図14A、B、C及びD)。
Raichu−Cdc42(2253X)によるCdc42活性の測定
(1)Cdc42活性を測定するための、EVリンカーを含む一分子型FRETバイオセンサーRaichu−Cdc42(2253X)の作成
(i) Cdc42活性を測定する一分子型FRETバイオセンサーRaichu−Cdc42(2253X)は、PCR等を用いて、既知のRaichu−Cdc42(1054X)をもとに作成した。作成した遺伝子Raichu−Cdc42(2253X)の塩基配列(配列番号:41)および予測されるアミノ酸配列(配列番号:42)を提示する。
nt 1 − 714 :オワンクラゲ(Aequorea)のYFP(YPet)
nt 715 − 720 :リンカー(Leu−Glu)
nt 721 − 969 :Pakタンパク質のCRIBドメイン
nt 970 − 1332 :EV116リンカー
nt 1333 − 1857 :Cdc42
nt 1858 − 1866 :リンカー(Arg−Gly−Arg)
nt 1867 − 2577 :オワンクラゲのCFP(Turquoise)
nt 2578 − 2583 :リンカー(Ser−Arg)
nt 2584 − 2643 :KRasタンパク質のC末端ドメイン
nt 2644 − 2646 :終止コドン
実施例3−(2)に記載の方法により、解析した。図15Aから図15Cに示すように、このバイオセンサーも基底状態における低いFRETが観察され、これまで困難であったEGF刺激依存性のCdc42の活性化を高感度に検出することが出来るようになった。
Raichu−HRas(3705X)によるHRas活性の測定
(1)HRas活性を測定するための、EVリンカーを含む一分子型FRETバイオセンサーRaichu−HRas(3705X)の作成
(i) HRas活性を測定する一分子型FRETバイオセンサーRaichu−HRas(3705X)は、PCR等を用いて、既知のRaichu−HRas〔Mochizuki, N., S. Yamashita, K. Kurokawa, Y. Ohba, T. Nagai, A. Miyawaki, and M. Matsuda. 2001. Spacio-temporal images of growth factor-induced activation of Ras and Rap1. Nature 411:1065-1068.〕をもとに作成した。作成した遺伝子Raichu−HRas(3705X)の塩基配列(配列番号:43)および予測されるアミノ酸配列(配列番号:44)を提示する。
nt 1 − 714 :オワンクラゲ(Aequorea)のYFP(YPet)
nt 715 − 720 :リンカー(Leu−Glu)
nt 721 − 1236 :HRasタンパク質
nt 1237 − 1602 :EV116リンカー
nt 1603 − 1845 :Rafタンパク質のRBDドメイン
nt 1846 − 1854 :リンカー(Gly−Gly−Arg)
nt 1855 − 2565 :オワンクラゲのCFP(Turquoise)
nt 2566 − 2571 :リンカー(Ser−Arg)
nt 2584 − 2631 :KRasタンパク質のC末端ドメイン
nt 2632 − 2634 :終止コドン
実施例3−(2)に記載の方法により、解析した。図16A及びBにはタイムラプスFRETイメージングのデータを示している。プロトタイプのHRas〔Mochizuki, N., S. Yamashita, K. Kurokawa, Y. Ohba, T. Nagai, A. Miyawaki, and M. Matsuda. 2001. Spacio-temporal images of growth factor-induced activation of Ras and Rap1. Nature 411:1065-1068.〕より早期にかつ、強く活性化を検出できていることがわかる。
Eevee−ERK(3560NES)およびEevee−PKA(3536NES)を発現するトランスジェニックマウスの作成
(1)ERKおよびPKAの酵素活性を測定するための、EVリンカーを含む一分子型FRETバイオセンサーEevee−ERK(3560NES)およびEevee−PKA(3536NES)をコードする遺伝子の受精卵へのマイクロインジェクション
実施例1に記載のEevee−PKA(3536NES)あるいは実施例3に記載のEevee−ERK(3560NES)遺伝子を含む哺乳細胞発現プラスミドを、トランスポゾン認識配列を有するプラスミドpT2Aに挿入した。このプラスミドと、Tol2トランスポゾンを既報のとおりマイクロインジェクションした〔Sumiyama, K., K. Kawakami, and K. Yagita. 2010. A simple and highly efficient transgenesis method in mice with the Tol2 transposon system and cytoplasmic microinjection. Genomics 95:306-311. 〕。
生まれたマウスは、420nmのLEDで照射し、470nmの短波長カットフィルターを使い、カラーデジタルカメラで撮影して緑色蛍光を確認することで容易に組み込みの起きたマウスを同定することができる。また、胎児の矢状断のFRET画像を実施例1に記載の蛍光顕微鏡で撮影することで、ERKあるいはPKA活性の空間分布を調べることもできる(図17)。
Eevee−ERK(3560NES)を発現する細胞株を用いた薬剤感受性試験
(1)ERKの酵素活性を測定するための、EVリンカーを含む一分子型FRETバイオセンサーEevee−ERK(3560NES)をコードする遺伝子を安定発現する細胞株の樹立
実施例3に記載のEevee−ERK(3560NES)遺伝子を含む哺乳細胞発現プラスミドを、トランスポゾン認識配列を有するプラスミドに挿入した。このプラスミドと、トランスポゾン発現ベクターを既報のとおりトランスフェクションし、ブラストサイジンでバイオセンサー発現細胞株を選別した〔Yusa, K., R. Rad, J. Takeda, and A. Bradley. 2009. Generation of
transgene-free induced pluripotent mouse stem cells by the piggyBac transposon.
Nat.Methods 6 (5):363-369〕。
培養細胞株を96ウェル培養皿に植え、段階希釈した阻害剤を入れたのちに、25ng/mlのEGFで刺激した。30分後に、実施例3に記載のとおりERKの活性を測定した(図18A〜図18H)。30個以上の細胞について、ERKの活性を測定し、平均したものをグラフ化した。用いた阻害剤はEGF受容体阻害剤(AG1478)、MEK阻害剤(PD15035、PD184351)、BRAFの阻害剤(PLX4720)、ホスファチジルイノシトール3リン酸キナーゼの阻害剤(LY294002)、RSKの阻害剤(BI−D1870)、JNKの阻害剤(JNK inhibitor VIII)である。結果はEGF依存性のERK活性化が、HeLa細胞においてはEGF受容体(AG1478)およびMEKの阻害剤(PD153035、PD184352)によって効果的に抑制されることを示している。EGF依存性のERK活性化が、これらの阻害剤によって濃度依存性に阻害されることが、生細胞を用いてきわめて容易に測定できた。
Eevee−PKA(3536NES)を発現するトランスジェニックマウスを用いた薬剤感受性試験
(1)Eevee−PKA(3536NES)を発現するトランスジェニックマウスの小腸イメージング
実施例10で作成したEevee−PKA(3536NES)を発現するトランスジェニックマウスをイソフルレンで麻酔し、小腸をオリンパス社製倒立型二光子顕微鏡IX81/FV1000にてタイムラプス撮影した。Spectra Physics社のチタンサファイヤレーザMai Tai DeepSee HPを用いて、細胞を840nmで励起し、CFPの蛍光をBA460-500
(オリンパス)蛍光フィルター、YFPの蛍光をBA520-560 (オリンパス)にて取得し、実施例3に記載のようにFRET画像を作成した。
マウスにホスホジエステラーゼの阻害剤であるテオフィリンおよび環状アデノシン三リン酸のアナログであるアクトシンをそれぞれ静注し、PKAの活性を測定した。図19および図20に示すように、筋間神経細胞、腸管平滑筋、血管平滑筋のそれぞれにおけるPKAの活性変化がリアルタイムに可視化できる。
リンカーの長さを長くすると、プロテアーゼによる分解が起こりやすくなることが懸念される。そこで、リンカーからグリシンを減らして、アルファヘリクスを獲りやすいアラニンを増加させたリンカーである、EV3x8およびEV6x4を作成し、ゲインを調べた。
(1)(i)Eevee−PKA−3x8(3676NES)の作成
実施例1(1)(iii)と同様に、Eevee−PKA−20の哺乳細胞発現ベクターpEevee−PKA−20を制限酵素Asp718IとAor13HIで切断し、サイズの大きいほうの断片をベクターとして調整した。EV3x8リンカー(配列番号:45)に対応するDNAに制限酵素Asp718IとAor13HIを両端に付加したDNAは、合成した。このDNAをAsp718IとAor13HIで切断したものをインサートとして用いた。インサートとベクターをライゲーションし、pEevee−PKA−3x8を作成した。かかる塩基配列(配列番号:47)および予測されるアミノ酸配列(配列番号:48)を説明する:
nt 1 − 714 :オワンクラゲ(Aequorea)のYFP(YPet)
nt 715 − 720 :リンカー(Leu−Glu)
nt 721 − 1143 :酵母のRad53遺伝子のFHA1ドメイン
nt 1144 − 1149 :リンカー(Gly−Thr)
nt 1150 − 1551 :EV3x8リンカー(配列番号:45)
nt 1552 − 1557 :リンカー(Ser−Gly)
nt 1558 − 1581 :PKAの基質配列
nt 1582 − 1590 :リンカー(Gly−Gly−Arg)
nt 1591 − 2307 :オワンクラゲのECFP
nt 2308 − 2313 :リンカー(Ser−Arg)
nt 2314 − 2349 :核外移行シグナル(NES)
nt 2350 − 2352 :終止コドン
Eevee−PKA−20の哺乳細胞発現ベクターpEevee−PKA−20を制限酵素Asp718IとAor13HIで切断し、サイズの大きいほうの断片をベクターとして調整した。EV6x4リンカー(配列番号:46)に対応するDNAに制限酵素Asp718IとAor13HIを両端に付加したDNAは、合成した。このDNAをAsp718IとAor13HIで切断したものをインサートとして用いた。インサートとベクターをライゲーションし、pEevee−PKA−6x4を作成した。かかる塩基配列(配列番号:49)および予測されるアミノ酸配列(配列番号:50)を説明する:
nt 1 − 714 :オワンクラゲ(Aequorea)のYFP(YPet)
nt 715 − 720 :リンカー(Leu−Glu)
nt 721 − 1143 :酵母のRad53遺伝子のFHA1ドメイン
nt 1144 − 1149 :リンカー(Gly−Thr)
nt 1150 − 1521 :EV6x4リンカー(配列番号:46)
nt 1522 − 1527 :リンカー(Ser−Gly)
nt 1528 − 1551 :PKAの基質配列
nt 1552 − 1560 :リンカー(Gly−Gly−Arg)
nt 1561 − 2277 :オワンクラゲのECFP
nt 2278 − 2283 :リンカー(Ser−Arg)
nt 2284 − 2319 :核外移行シグナル(NES)
nt 2320 − 2322 :終止コドン
(2) 実施例1と同様にゲインを調べたところ、EV3x8およびEV6x4とも、116アミノ酸と匹敵するゲインを有することが分かった(図21)。
Claims (21)
- 蛍光共鳴エネルギー移動の原理に基づく一分子型FRETバイオセンサーのリンカーであって、52アミノ酸残基以上400アミノ酸残基以下を含むポリペプチドであって、全アミノ酸残基数の少なくとも45%がグリシン及びアラニンの少なくともいずれかであり、下記(i)及び(ii)のいずれかを満たすことを特徴とするリンカー、
(i)全アミノ酸残基数の少なくとも95%がグリシン、セリン、スレオニン及びアラニンであり、全アミノ酸残基数の35%から65%がグリシンであり、全アミノ酸残基数の10%から40%がセリン及びスレオニンの少なくともいずれかであり、全アミノ酸残基数の10%から40%がアラニンであり、全アミノ酸配列の少なくとも88%がSAGG及びGGASのいずれかのアミノ酸配列の繰り返しからなるリンカー、
(ii)全アミノ酸残基数の少なくとも10%がアルギニン及びグルタミン酸の少なくともいずれかであり、全アミノ酸残基数の少なくとも95%がグリシン、アルギニン、グルタミン酸及びアラニンであり、全アミノ酸残基数の4%から30%がグリシンであり、全アミノ酸残基数の5%から30%がアルギニンであり、全アミノ酸残基数の5%から30%がグルタミン酸であり、全アミノ酸残基数の30%から60%がアラニンであり、全アミノ酸配列の少なくとも89%がEAAARのアミノ酸配列の繰り返しからなるリンカー。 - 84アミノ酸残基以上を含むポリペプチドである請求項1に記載のリンカー。
- 下記(i)を満たす請求項1に記載のリンカー、
(i)全アミノ酸残基数の少なくとも95%がグリシン、セリン、スレオニン及びアラニンであり、全アミノ酸残基数の35%から65%がグリシンであり、全アミノ酸残基数の10%から40%がセリン及びスレオニンの少なくともいずれかであり、全アミノ酸残基数の10%から40%がアラニンであり、全アミノ酸配列の少なくとも88%がSAGG及びGGASのいずれかのアミノ酸配列の繰り返しからなるリンカー。 - SAGG及びGGASのいずれかのアミノ酸配列の繰り返し単位を13個以上100個以下含む請求項3に記載のリンカー。
- SAGG及びGGASのいずれかのアミノ酸配列の繰り返し単位を12個以上54個以下含む請求項3に記載のリンカー。
- 配列番号:12、配列番号:15、配列番号:18、配列番号:23、及び配列番号:26のいずれかで表されるアミノ酸配列からなる請求項3から5のいずれかに記載のリンカー。
- 下記(ii)を満たす請求項1に記載のリンカー、
(ii)全アミノ酸残基数の少なくとも10%がアルギニン及びグルタミン酸の少なくともいずれかであり、全アミノ酸残基数の少なくとも95%がグリシン、アルギニン、グルタミン酸及びアラニンであり、全アミノ酸残基数の4%から30%がグリシンであり、全アミノ酸残基数の5%から30%がアルギニンであり、全アミノ酸残基数の5%から30%がグルタミン酸であり、全アミノ酸残基数の30%から60%がアラニンであり、全アミノ酸配列の少なくとも89%がEAAARのアミノ酸配列の繰り返しからなるリンカー。 - 配列番号:45及び配列番号:46のいずれかで表されるアミノ酸配列からなる請求項7に記載のリンカー。
- 請求項1から8のいずれかに記載のリンカーをコードすることを特徴とする遺伝子。
- 請求項1から8のいずれかに記載のリンカーをコードする遺伝子を含むことを特徴とする発現ベクター。
- 請求項10に記載の発現ベクターを保持してなることを特徴とする形質転換された細胞。
- 請求項10に記載の発現ベクターを保持してなることを特徴とするトランスジェニック非ヒト動物。
- 蛍光共鳴エネルギー移動の原理に基づく一分子型FRETバイオセンサーであって、センサー領域、リガンド領域、アクセプター蛍光タンパク質領域、ドナー蛍光タンパク質領域、及び、該センサー領域と該リガンド領域とを連結するリンカー領域を有する融合タンパク質であり、該リンカー領域が、請求項1から8のいずれかに記載のリンカーからなることを特徴とする一分子型FRETバイオセンサー。
- 該ドナー蛍光タンパク質がYPetである請求項13に記載の一分子型FRETバイオセンサー。
- 請求項13及び14のいずれかに記載の一分子型FRETバイオセンサーをコードすることを特徴とする遺伝子。
- 請求項15に記載の一分子型FRETバイオセンサーをコードする遺伝子を含むことを特徴とする発現ベクター。
- 請求項16に記載の発現ベクターを保持してなることを特徴とする形質転換された細胞。
- 請求項16に記載の発現ベクターを保持してなることを特徴とするトランスジェニック非ヒト動物。
- 請求項13に記載の一分子型FRETバイオセンサーを用いてFRETを検出する工程を含み、セリンスレオニンリン酸化酵素活性、チロシンリン酸化酵素活性、及び、低分子量GTP結合タンパク質活性のいずれかを測定することを特徴とする測定方法。
- 請求項17に記載の形質転換された細胞または請求項18に記載のトランスジェニック非ヒト動物を用いてFRETを検出する工程を含み、セリンスレオニンリン酸化酵素活性、チロシンリン酸化酵素活性、及び、低分子量GTP結合タンパク質活性のいずれかを測定することを特徴とする測定方法。
- (a)請求項17に記載の形質転換された細胞と被検物質とを接触させる工程、及び
(b)FRETを検出することによりセリンスレオニンリン酸化酵素活性、チロシンリン酸化酵素活性、及び、低分子量GTP結合タンパク質活性のいずれかの変化を検出する工程、
を含む、セリンスレオニンリン酸化酵素活性、チロシンリン酸化酵素活性、及び、低分子量GTP結合タンパク質活性のいずれかの調節物質のスクリーニング方法。
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CN111436390B (zh) * | 2020-04-20 | 2021-11-16 | 中国热带农业科学院热带生物技术研究所 | 一种降低TiLV对罗非鱼致死率的温度调控养殖系统及方法 |
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WO2024097893A2 (en) * | 2022-11-02 | 2024-05-10 | Pioneer Biolabs, Llc | Systems and methods for single cell detection of protein secretion |
Citations (3)
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---|---|---|---|---|
WO2002014373A1 (fr) * | 2000-08-14 | 2002-02-21 | Michiyuki Matsuda | Surveillance proteique de l'activite de la proteine de liaison gtp de bas poids moleculaire |
GB2375538A (en) * | 2001-02-15 | 2002-11-20 | Glaxo Group Ltd | Polypeptide constructs for FRET analysis |
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JPN6011058847; 小松直貴 他: '生細胞内でタンパク質のリン酸化反応を可視化するFRETバイオセンサーの網羅的開発' 生化学 抄録CD-ROM, 20090925, 4P-849 * |
JPN6011058850; KIYOKAWA, E., et al.: 'Fluorescence (Forster) resonance energy transfer imaging of oncogene activity in living cells' Cancer Science Vol. 97, No. 1, 200601, p. 8-15 * |
JPN6011058853; 清川悦子 他: '1.癌のFRETライブイメージング' Surgery Frontier Vol. 18(1), 20110301, p. 9-18 * |
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