JP5563825B2 - 選択マーカー遺伝子 - Google Patents
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Description
選択マーカーとは、同定され追跡され得る検出可能な遺伝形質またはDNAのセグメントである。マーカー遺伝子は、典型的には、標的遺伝子とも呼ばれるもう一つの遺伝子のためのフラッグとして役立つ。マーカー遺伝子は、典型的には、標的細胞を形質転換するために使用される標的遺伝子と共に使用される。標的遺伝子を遺伝的に受容する標的細胞は、マーカー遺伝子も発現する細胞を選択することにより同定され得る。2つの遺伝子(マーカー遺伝子および標的遺伝子)が遺伝連鎖し、通常一緒に遺伝されるよう、マーカー遺伝子は標的遺伝子に十分に近く存在する。選択マーカーの現在の標準物は、ホスフィノトリシンアセチルトランスフェラーゼと呼ばれる酵素をコードする「pat」遺伝子である。
[本発明1001]
ホスフィノトリシンアセチルトランスフェラーゼ活性を有するタンパク質をコードするポリヌクレオチドを含むトランスジェニック植物細胞であって、該ポリヌクレオチドが、65℃で6×SSCという条件の下で、SEQ ID NO:2をコードする核酸プローブの完全な相補体とハイブリダイズする、トランスジェニック植物細胞。
[本発明1002]
プローブがSEQ ID NO:1およびSEQ ID NO:3からなる群より選択される配列を含む、本発明1001の細胞。
[本発明1003]
タンパク質がSEQ ID NO:2のアミノ酸配列と少なくとも95%の配列同一性を有する、本発明1001の細胞。
[本発明1004]
植物細胞において機能的なプロモーターおよび該プロモーターに機能的に連結されたポリヌクレオチドを含むベクターであって、該ポリヌクレオチドが、ホスフィノトリシンアセチルトランスフェラーゼ活性を有するタンパク質をコードし、かつ該ポリヌクレオチドが、65℃で6×SSCという条件の下で、SEQ ID NO:2のアミノ酸配列をコードする核酸プローブの完全な相補体とハイブリダイズする、ベクター。
[本発明1005]
複数の植物細胞に本発明1004のベクターを提供する工程、および該ベクターを含まない細胞を殺傷しながらまたはそれらの増殖を阻害しながら、前記ポリヌクレオチドを発現する細胞が増殖することを可能にする除草剤の濃度において該複数の細胞を増殖させる工程を含む、本発明1001の植物細胞を選択する方法であって、該除草剤がホスフィノトリシンを含む、方法。
[本発明1006]
除草剤がビアロホスおよびグルホシネートからなる群より選択される、本発明1005の方法。
[本発明1007]
形質転換植物細胞を同定しかつ再生させる工程をさらに含む、本発明1005の方法。
[本発明1008]
複数の本発明1001の細胞を含む植物。
[本発明1009]
本発明1008の植物の種子。
[本発明1010]
バチルス・チューリンゲンシス(Bacillus thuringiensis)、フォトラブダス(Photorhabdus)、およびゼノラブダス(Xenorhabdus)からなる群より選択される生物に由来する昆虫抵抗性遺伝子をさらに含む、本発明1001の植物細胞。
[本発明1011]
第2の除草剤抵抗性遺伝子をさらに含む、本発明1001の植物細胞。
[本発明1012]
前記タンパク質を産生する、本発明1008の植物。
[本発明1013]
タンパク質がSEQ ID NO:2を含む、本発明1012の植物。
[本発明1014]
本発明1004のベクターを用いる形質転換に複数の植物細胞を供する工程、培地中で該細胞を培養する工程、該細胞をホスフィノトリシンに曝す工程、および該細胞がホスフィノトリシンに対して抵抗性であるか否かを判定する工程を含む、植物細胞における抵抗性マーカーとしてホスフィノトリシン抵抗性遺伝子を使用する方法。
[本発明1015]
本発明1004のベクターを用いて植物細胞を形質転換する工程、および形質転換植物細胞を繁殖物を産生する植物体へと再生させる工程を含む、ホスフィノトリシン抵抗性の植物細胞、植物体、およびそれらの繁殖物を作成する方法。
[本発明1016]
植物のゲノムに本発明1004のベクターを組み入れる工程、およびホスフィノトリシン抵抗性について選択する工程を含む、ホスフィノトリシン抵抗性植物の作製の方法。
[本発明1017]
(a)出発植物細胞のポリメラーゼによって認識されるプロモーター、および
(b)グルタミンシンセターゼ阻害剤を産生するストレプトマイセス・セリカラー(Streptomyces coelicolor)A3微生物に由来するDNAフラグメントを含むコード領域
を含む組換えDNAを出発植物細胞の核ゲノムに組み入れる工程を含む、ホスフィノトリシンまたはホスフィノトリシン部分を有する化合物を含むグルタミンシンセターゼ阻害剤の除草活性に対して耐性である植物細胞を作製する方法であって、該DNAフラグメントが、該グルタミンシンセターゼ阻害剤に対するアセチルトランスフェラーゼ活性を有するタンパク質をコードする、方法。
[本発明1018]
ホスフィノトリシンまたはホスフィノトリシン部分を有する化合物を含むグルタミンシンセターゼ阻害剤の除草活性に対して耐性である植物を作製する方法であって、
(a)本発明1001の植物細胞を作製する工程、および
(b)該細胞から、核ゲノムに前記ポリヌクレオチドを含む植物体を再生させる工程
を含む、方法。
[本発明1019]
雑草を駆除することにより、圃場における栽培植物の群を保護する方法であって、該植物が、その細胞のゲノムに本発明1004のベクターが組み入れられており、該雑草が、活性成分としてグルタミンシンセターゼ阻害剤を含む除草剤の適用によって駆除される、方法。
[本発明1020]
(i)
(a)該出発植物細胞のポリメラーゼによって認識されるプロモーター、および
(b)ホスフィノトリシンまたはホスフィノトリシン部分を有する化合物を含むグルタミンシンセターゼ阻害剤を産生するストレプトマイセス・セリカラーA3微生物に由来するDNAフラグメントを含むコード領域
を含む外来DNAを用いて、植物細胞培養物中の出発植物細胞を形質転換する工程;ならびに
(ii)非形質転換植物細胞を殺傷するために十分な濃度のグルタミンシンセターゼ阻害剤を植物細胞培養物に適用することにより形質転換植物細胞を選択する工程
を含む、核ゲノムに組み入れられた外来DNAを有する形質転換植物細胞の純粋培養物を作製する方法。
[本発明1021]
変異タンパク質を作製するためにSEQ ID NO:2を含むタンパク質を修飾する工程、およびホスフィノトリシンアセチルトランスフェラーゼ活性について該変異タンパク質を分析する工程を含む、ホスフィノトリシンアセチルトランスフェラーゼ活性を有する合成タンパク質を作製する方法。
[本発明1022]
複数の修飾ポリヌクレオチドを作出するためにSEQ ID NO:1およびSEQ ID NO:3からなる群より選択されるポリヌクレオチドを修飾する工程、ならびに該修飾ポリヌクレオチドを遺伝子シャッフリング手法において使用する工程を含む、本発明1021の方法。
[本発明1023]
SEQ ID NO:1およびSEQ ID NO:3からなる群より選択されるポリヌクレオチドをエラープローンPCRにより修飾する工程を含む、本発明1021の方法。
[本発明1024]
前記アミノ酸配列のうちの少なくとも一つをコードする少なくとも一つのポリヌクレオチドを修飾する工程を含む、本発明1021の方法。
[本発明1025]
本発明1004のベクターを含む、ストレプトマイセス以外の細菌細胞。
[本発明1026]
(a)複数の植物細胞に本発明1004のベクターを提供する工程;および
(b)該ベクターを欠く細胞を殺傷しながらまたはそれらの増殖を阻害しながら該ポリヌクレオチドを発現する細胞が増殖することを可能にする除草剤の濃度において該複数の細胞を増殖させる工程
を含む、本発明1004のベクターを含む植物細胞を選択する方法であって、
該除草剤がホスフィノトリシンを含む、方法。
[本発明1027]
発現カセットが低コピー数バイナリーベクターの中に存在する、本発明1026の方法。
[本発明1028]
除草剤がビアロホスおよびグルホシネートからなる群より選択される、本発明1026の方法。
[本発明1029]
細菌発現系、植物細胞培養物発現系、藻類発現系、動物細胞発現系、ウイルス発現系、真菌発現系、および酵母発現系からなる群より選択される発現系において使用される、本発明1026の方法。
[本発明1030]
発現系がシュードモナス・フルオレセンス(Pseudomonas fluorescens)発現系である、本発明1029の方法。
[本発明1031]
AAD-1およびAAD-12からなる群より選択される除草剤抵抗性遺伝子をさらに含む、本発明1001のトランスジェニック植物細胞。
[本発明1032]
圃場にグリホセートを適用する工程をさらに含む方法であって、植物がグリホセート抵抗性遺伝子をさらに含む、本発明1019の方法。
[本発明1033]
圃場にイミダゾリノン除草剤を適用する工程をさらに含む方法であって、植物がイミダゾリノン抵抗性遺伝子をさらに含む、本発明1019の方法。
[本発明1034]
圃場に2,4-Dを適用する工程をさらに含む方法であって、植物がAAD-1およびAAD-12からなる群より選択される除草剤抵抗性遺伝子をさらに含む、本発明1019の方法。
[本発明1035]
圃場にアリールオキシフェノキシプロピオネート除草剤を適用する工程をさらに含む方法であって、植物がAAD-1除草剤抵抗性遺伝子をさらに含む、本発明1019の方法。
[本発明1036]
圃場にピリジルオキシアセテート除草剤を適用する工程をさらに含む方法であって、植物がAAD-12除草剤抵抗性遺伝子をさらに含む、本発明1019の方法。
[本発明1037]
DSM-2遺伝子を含有している個々の植物または作物植物の群を、該遺伝子を含有していない同一種の植物の集団から選択または区別する方法。
[本発明1038]
植物の集合にグルホシネートまたはビアロホスを適用する工程を含む、本発明1037の方法。
[本発明1039]
温室、グロースチャンバー、または圃場において実施される、本発明1037の方法。
[本発明1040]
少なくとも1種類の本発明1012のトランスジェニック植物の種子を圃場に植える工程を含み、
該圃場の少なくとも一部に、グルホシネート、ホスフィノトリシン、およびビアロホスからなる群より選択される第1の除草剤を適用する工程;ならびに
該圃場の少なくとも一部に少なくとも1種類の他の除草剤を適用する工程
をさらに含む、
圃場において少なくとも1種類の雑草を制御する方法であって、
該植物が、
グルタミンシンセターゼ阻害除草剤に対する抵抗性を付与する酵素をコードする異種ポリヌクレオチド、および
少なくとも1種類の他の除草剤に対する抵抗性を付与する酵素をコードする第2の異種ポリヌクレオチド
を含む、方法。
[本発明1041]
除草剤が連続的にまたは同時に適用される、本発明1040の方法。
[本発明1042]
第1の除草剤がグルタミンシンセターゼ阻害除草剤である、本発明1040の方法。
[本発明1043]
少なくとも1種類の他の除草剤が、2,4-D、アセトクロル、アシフルオルフェン、アロキシジム、アミドスルフロン、アミノピラリド、アトラジン、ベフルブタミド、ビスピリバック、ブタフェナシル、カフェンストロール、カルフェントラゾン、クロリムロン、クロロトルロン、シニドン-エチル、クレトジム、クロジナホップ、クロマゾン、クロプロキシジム(cloproxydim)、クロピラリド、クロランスラム、シアナジン、シクロスルファムロン、シクロキシジム、シハロホップ、ダイムロン、ジカンバ、ジクロホップ、ジクロルプロップ、ジクロスラム、ジフルフェニカン、ジメテナミド、ジクワット、ジチオピル、ジウロン、エタルフルラリン、フェノキサプロップ、フラザスルフロン、フロラスラム、フルアジホップ、フルカルバゾン、フルフェナセット、フルフェニカン、フルフェンピル(flufenpyr)、フルメツラム、フルミクロラック、フルミオキサジン、フルロキシピル、フルチアセト、ホメサフェン、ホラムスルフロン、グルホシネート、グリホセート、ハロサフェン(halosafen)、ハロスルフロン、ハロキシホップ、イマザメタベンズ、イマザモクス、イマザピク、イマザピル、イマザキン、イマゼタピル、イマゾスルフロン、ヨードスルフロン、イオキシニル、イソキサベン、イソキサフルトール、ラクトフェン、リヌロン、MCPA、メコプロップ、メフェナセット、メフルイジド、メソスルフロン、メソトリオン、メタミホップ、メタザクロル、メトスラム、メトリブジン、MSMA、ナプロパミド、ニコスルフロン、ノルフルラゾン、オリザリン、オキサジアゾン、オキシフルオルフェン、パラコート、ペブラート、ペンジメタリン、ペノクススラム、ピクロラム、ピコリナフェン(picolinafen)、ピノキサデン(pinoxaden)、プリミスルフロン、プロホキシジム、プロパニル、ピラフルフェン、ピラゾスルフロン、ピリベンゾキシム、ピリミノバック、ピリチオバック、ピロキサスルホン、ピロクススラム(pyroxsulam)、キンクロラック、キンメラック、キザロホップ、リムスルフロン、サフルフェナシル、セトキシジム、シマジン、スルコトリオン、スルフェントラゾン、スルホメツロン、テフリルトリオン(tefuryltrione)、テムボトリオン(tembotrione)、テプラロキシジム、テルバシル、チアゾピル、チジアズロン、チエンカルバゾン(thiencarbazone)、チフェンスルフロン、チオベンカルブ、トプラメゾン、トラルコキシジム、トリアスルフロン、トリベヌロン、トリクロピル、トリフロキシスルフロン、トリフルラリン、トリフルスルフロン、およびトリトスルフロン(tritosulfuron)からなる群より選択される、本発明1040の方法。
[本発明1044]
植物から試料を収集する工程、および前記ポリヌクレオチドの存在について該試料を分析する工程を含む、植物が本発明1008のポリヌクレオチドを含むか否かを検出する方法。
[本発明1045]
前記ポリヌクレオチドによってコードされたタンパク質の存在について試料を分析する工程を含む、本発明1044の方法。
[本発明1046]
前記ポリヌクレオチドの存在について検出するためにPCRプライマーまたはプローブを使用する工程を含む、本発明1044の方法。
[本発明1047]
前記タンパク質の存在について検出するために抗体を使用する工程を含む、本発明1044の方法。
[本発明1048]
バチルス・チューリンゲンシス、フォトラブダス、およびゼノラブダスからなる群より選択される生物に由来する昆虫抵抗性遺伝子をさらに含む、本発明1008の植物。
[本発明1049]
真菌抵抗性、ストレス耐性、収量の増加、油の性質の改善、繊維品質の改善、ウイルス抵抗性、熟成の遅延、低温耐性、および塩耐性からなる群より選択される農業形質のための遺伝子をさらに含む、本発明1008の植物。
[本発明1050]
少なくとも1種類の本発明1008の植物を圃場において生長させる工程、および該圃場の少なくとも一部にグルタミンシンセターゼ阻害除草剤を適用する工程を含む、圃場において少なくとも1種類の雑草を制御する方法。
[本発明1051]
除草剤グルホシネート、ビアロホス、およびホスフィノトリシンをさらに含む、本発明1050の方法。
[本発明1052]
植物が、グリホセート、グルホシネート、2,4-D、キザロホップ、イマゼタピル、クロルスルフロン、ジカンバ、メソトリオン、イソキサフルトール、およびブタフェナシルからなる群より選択される除草剤に対して抵抗性である、本発明1050の方法。
[本発明1053]
植物が単子葉植物である、本発明1024の方法。
[本発明1054]
単子葉植物が、トウモロコシ、イネ、コムギ、オオムギ、ライムギ、サトウキビ、暖地型および寒地型の芝草、オートムギ、ソルガム、および牧草からなる群より選択される、本発明1053の方法。
[本発明1055]
植物が双子葉植物である、本発明1024の方法。
[本発明1056]
温室、グロースチャンバー、または圃場において実施される方法であって、DSM-2遺伝子が選択マーカーとして機能する、本発明1037の方法。
[本発明1057]
ポリヌクレオチドが、植物における発現を増加させるためのコドン使用頻度を有する、本発明1012の植物。
[本発明1058]
ホスフィノトリシンアセチルトランスフェラーゼ活性を有するタンパク質をコードするポリヌクレオチドを含むトランスジェニックダイズ植物であって、該ポリヌクレオチドが、65℃で6×SSCという条件の下で、SEQ ID NO:2をコードする核酸プローブの完全な相補体とハイブリダイズする、トランスジェニックダイズ植物。
[本発明1059]
ホスフィノトリシンアセチルトランスフェラーゼ活性を有するタンパク質をコードするポリヌクレオチドを含むトランスジェニックトウモロコシ植物であって、該ポリヌクレオチドが、65℃で6×SSCという条件の下で、SEQ ID NO:2をコードする核酸プローブの完全な相補体とハイブリダイズする、トランスジェニックトウモロコシ植物。
[本発明1060]
本発明1058または1059のトランスジェニック植物を作製するために、植物における発現を増加させるためのコドン使用頻度を有するポリヌクレオチドを使用する方法。
[本発明1061]
作物植物にポリヌクレオチドを組み込む工程を含む、植物に除草剤耐性を伝達するためにタンパク質を使用する方法であって、該ポリヌクレオチドが該タンパク質をコードし、かつ該タンパク質がホスフィノトリシンアセチルトランスフェラーゼ活性を有し、該ポリヌクレオチドが、65℃で6×SSCという条件の下で、SEQ ID NO:2をコードする核酸プローブの完全な相補体とハイブリダイズし、かつ該ポリヌクレオチドの発現および該タンパク質の産生が該植物をホスフィノトリシン除草剤耐性にする、方法。
本発明は、本明細書においてDSM-2と呼ばれる新規の遺伝子に関する。この遺伝子はストレプトマイセス・セリカラー(A3)において同定された。DSM-2タンパク質は、PATおよびBARの遠縁である(それぞれ30%および28%のアミノ酸同一性)。本発明はまた、例えば、ヘミコット・バイアス(hemicot bias)を有する、DSM-2タンパク質をコードする、植物に最適化された遺伝子を提供する。DSM-2は、植物体および植物細胞において、除草剤グルホシネート、ホスフィノトリシン、およびビアラホスに対する耐性を付与するためのトランスジェニック形質として使用され得る。
本発明は機能的タンパク質を提供する。「機能的活性」(または「活性な」)とは、本明細書では、本発明による使用のためのタンパク質/酵素が、除草剤を分解するか、またはその活性を減少する能力を有する(単独でまたは他のタンパク質と組み合わせて)ことを意味する。本発明のタンパク質を産生する植物は、該植物が除草剤で処理される場合に、タンパク質発現のレベルが、該植物を、除草剤に対して完全もしくは部分的に抵抗性に、または耐性にするための十分であるような、タンパク質の「有効量」を好ましく産生する(他に特定されない限り典型的な割合において;典型的な適用割合は、例えば、周知のHerbicide Handbook(Weed Science Society of America, Eighth Edition, 2002)において見出され得る)。除草剤は、通常の圃場使用割合および濃度において、正常に標的植物を殺傷する割合で適用され得る(本発明のために、レベルおよび/または濃度は、以前に使用されたものよりも任意により高くあり得る)。好ましくは、本発明の植物細胞および植物は、除草剤処理によって引き起こされる生育阻害または損傷に対して保護される。本発明の形質転換植物および植物細胞は、好ましくは、本明細書で考察されるように、除草剤に対して抵抗性または耐性にされ、このことは、形質転換植物および植物細胞が、本明細書で考察されるように、有効量の1種または複数の除草剤の存在下で生育することができることを意味する。本発明の好ましいタンパク質は、1種または複数のアリールオキシアルカノエート化合物を代謝するための触媒活性を有する。「抵抗性」という用語を容易に論じることはできないし、「耐性である」という動詞または「耐性の」という形容詞を容易に使用することはできない。産業界は、除草剤抵抗性作物(HRC)対除草剤耐性作物(HTC)の議論に、膨大な時間を費やしてきた。HTCは産業界において好まれる用語である。しかし、米国雑草科学会(Weed Science Society of America)による公式の抵抗性の定義は、「野生型に対して通常は致死的である除草剤の用量への曝露後、植物の、遺伝性の、生存および再生する能力である。植物においては、抵抗性は、天然に存在するか、または組織培養もしくは変異誘発によって産生される変種の遺伝子操作または遺伝子選択のような技術によって誘導される可能性がある」というものである。本明細書で使用される場合、他に示されない限り、除草剤「抵抗性」は、本開示の出願時における現行版のThe Herbicide Handbookによって示唆されるように、遺伝性であり、かつ所定の植物のための除草剤による、典型的な有効な除草性処理の存在下で、植物が生長および再生することを可能にする。当業者によって認識されるように、たとえ除草剤曝露によるある程度の植物損傷が明白であっても、植物は、なお「抵抗性である」と見なされる可能性がある。本明細書で使用される場合、「耐性」という用語は、「抵抗性」という用語よりも広く、本明細書で定義されるような「抵抗性」を含み、かつ同じ除草剤用量において同じ遺伝子型の野生型植物を典型的には生じる、除草剤によって誘導された種々の程度の損傷に対して特定の植物が耐える能力の改善を含む。
本発明はさらに、本発明による使用のためのタンパク質をコードする核酸配列を提供する。本発明はさらに、所望の除草剤活性を有するタンパク質をコードする遺伝子を同定および特徴付けする方法を提供する。1つの態様において、本発明は、ハイブリダイゼーションプローブおよび/またはPCR技術のためのプライマーとして有用である特有のヌクレオチド配列を提供する。これらのプライマーは、関心対象の特定の遺伝子の同定、特徴付け、および/または単離において有用であり得る特徴的な遺伝子フラグメントを産生する。本発明のヌクレオチド配列は、以前に記載されているタンパク質から区別できるタンパク質をコードする。
Tm = 81.5 C + 16.6 Log [Na+] + 0.41(%G+C)- 0.61(ホルムアルデヒド%)- 600/塩基対中の二重鎖の長さ。
(1)1×SSPE、0.1% SDS中での室温で15分間、2回(低ストリンジェンシー洗浄)。
(2)0.2×SSPE、0.1% SDS中でのTm-20℃で15分間、1回(中程度ストリンジェンシー洗浄)。
Tm(℃)= 2(T/A塩基対の数)+ 4(G/C塩基対の数)(Suggs et al., 1981)。
(1)1×SSPE、0.1% SDS中での室温で15分間、2回(低ストリンジェンシー洗浄)。
(2)1×SSPE、0.1% SDS中でのハイブリダイゼーション温度で15分間、1回(中程度ストリンジェンシー洗浄)。
低:1または2×SPPE、室温
低:1または2×SSPE、42℃
中程度:0.2×または1×SSPE、65℃
高:0.1×SSPE、65℃。
ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)は、反復性の、酵素的な、プライマーを用いる、核酸配列の合成である。この手法は周知であり、当業者に一般的に公知である(Mullis, 米国特許第4,683,195号、同第4,683,202号、および同第4,800,159号; Saiki et al., 1985を参照されたい)。PCRは、標的配列の反対の鎖にハイブリダイズする2つのオリゴヌクレオチドプライマーによって隣接される関心対象のDNAフラグメントの酵素的増幅に基づく。これらのプライマーは、好ましくは、3'末端が互いに対して向けられて配置される。鋳型の熱変性、それらの相補的配列へのプライマーのアニーリング、およびDNAポリメラーゼを用いてのアニールされたプライマーの伸長は、PCRプライマーの5'末端によって規定されるセグメントの増幅を生じる。各プライマーの伸長産物は、他のプライマーのための鋳型として働くことができ、従って、各サイクルは、以前のサイクルで産生されたDNAフラグメントの量を本質的に倍加させる。これにより、特定の標的フラグメントの指数関数的な蓄積が、数時間以内に数百万倍にまでになる。耐熱性細菌サーマス アクアティカス(Thermus aquaticus)から単離されたTaqポリメラーゼなどの耐熱性DNAポリメラーゼを使用することによって、この増幅プロセスは、完全に自動化することができる。使用することができる他の酵素は、当業者に公知である。
対象の遺伝子およびタンパク質は、キメラタンパク質または融合タンパク質を産生するために、他の遺伝子およびタンパク質に融合され得る。本発明に従って有用な遺伝子およびタンパク質は、特に例示された全長配列のみならず、これらの配列、これらの配列の変種、変異体、キメラ、ならびに融合物の一部分、セグメント、および/またはフラグメント(隣接するフラグメント、ならびに全長分子と比較して内部および/または末端の欠失を含む)を含む。本発明のタンパク質は、これらが所望の機能的活性を保持する限りは、置換されたアミノ酸を有することができる。「変種」遺伝子は、例示されたタンパク質に対して等価であるかまたは類似している活性を有する、同じタンパク質または等価なタンパク質をコードするヌクレオチド配列を有する。「変種タンパク質」および「等価なタンパク質」という用語は、標的基質に対して同じかまたは本質的に同じ生物学的/機能的活性、および例示されたタンパク質と等価な配列を有するタンパク質をいう。本明細書で使用されるように、「等価な」配列との言及は、有意な程度にまで活性を改善し、または活性に有害な影響を与えない、アミノ酸の置換、欠失、付加、または挿入を有する配列をいう。活性を保持しているフラグメントもまた、この定義の中に含まれる。例示されたタンパク質の対応するフラグメントと同じかまたは同様の機能または活性を保持するフラグメントおよび他の等価物は、本発明の範囲内にある。アミノ酸の置換または付加などの変化は、例えば、(タンパク質の機能的活性を具体的に/実質的に減少することなく)タンパク質のプロテアーゼ安定性を増加すること(もしくは減少すること)、または制限部位の付加などの種々の目的のために作製することができる。遺伝子のバリエーションは、例えば、点変異を作製するための標準的な技術を使用して容易に構築されうる。
植物での異種遺伝子の高発現を得るために、遺伝子が植物細胞(の細胞質)においてより効率的に発現されるように、その遺伝子を再操作することが一般的に好ましい。トウモロコシは、このような植物の1つであり、ここでは、該植物において遺伝子の発現レベルを増加させるために、形質転換の前に異種遺伝子を再設計することが好ましい場合がある。それゆえに、細菌タンパク質をコードする遺伝子の設計における追加の工程は、双子葉植物種または単子葉植物種に関わらず、標的植物配列とより密接に整列されるコドンの偏りを使用する、最適な発現のための異種遺伝子の再操作である。配列はまた、本明細書の別の箇所で考察される、任意のより特定な型の植物における発現のために最適化することができる。
本発明のタンパク質をコードする遺伝子は、広範な種々の微生物または植物の宿主に導入することができる。本発明は、トランスジェニック植物細胞およびトランスジェニック植物を含む。好ましい植物(および植物細胞)は、トウモロコシ、アラビドプシス、タバコ、ダイズ、ワタ、アブラナ、イネ、コムギ、芝草、および牧草などである。他の型のトランスジェニック植物、例えば、果物、野菜、観賞用植物、および木もまた、本発明に従って作製することができる。より一般的には、双子葉植物および/または単子葉植物は、本発明の種々の局面において使用することができる。
本発明の種子の1つの局面は、本発明のタンパク質を発現する本発明のポリヌクレオチドを用いる、植物、植物種子、および他の宿主細胞の形質転換/トランスフェクションである。この様式で形質転換された植物は、異なる作用の様式を有する種々の除草剤に対して抵抗性にされ得る。
グルホシネートおよびビアラホスに加え、本発明に従って使用され得る選択剤には、本発明のDSM-2遺伝子によって媒介されるアセチルトランスフェラーゼ機序によって不活性化され得るすべての合成および天然のアナログが含まれる。例えば、図1を参照されたい。
植物または細胞培養物において除草剤分解活性を有する遺伝子を同定するための方法として、NCBI(National Center for Biotechnology Information)などの現在の公的なデータベースを調査することが可能である。このプロセスを開始するために、所望の特性(すなわち、ホスフィノトリシンアセチルトランスフェラーゼ)を有するタンパク質をコードする、すでに同定された機能的遺伝子配列を持っていることが必要である。次いで、このタンパク質配列は、使用可能である寄託されたNCBIタンパク質配列に対して比較するために、BLAST(基礎局所的アラインメント検索ツール(Basic Local Alignment Search Tool))(Altschul et al., 1997)アルゴリズムのためのインプットとして使用する。デフォルト設定を使用すると、この検索は、様々なレベルで100個までの相同タンパク質配列を回答する。これらは、アミノ酸レベルが、高い同一性(85〜98%)から非常に低い同一性(23〜32%)までの範囲である。伝統的には、高い相同性を有する配列のみが、インプット配列と同様の特性を保持していることが予測される。この場合、≦50%相同性を有する配列のみが選択される。本明細書において例示されるように、わずか30%のアミノ酸保存性(ストレプトマイセス・ハイグロスコピカス由来のpatと比較して)を有するホモログのクローニングおよび組換えによる発現は、形質転換していない植物細胞培養物から形質転換した植物細胞培養物を選択するために使用できる。
2.1-バックグラウンド
植物における異種遺伝子のより高いレベルの発現を得るために、これらが植物細胞でより効率的に発現されるように、タンパク質をコードする遺伝子を再操作することが好ましい場合がある。トウモロコシは、このような植物の1つであり、該植物でのその発現レベルおよびコード化タンパク質のレベルを増加させるために、形質転換の前に、異種のタンパク質コード領域を再設計することが好ましい場合がある。それゆえに、細菌タンパク質をコードする遺伝子の設計におけるさらなる工程は、最適な発現のために異種遺伝子の再操作である。例えば、Kawabe et al.(2003), 「Patterns of Codon Usage Bias in Three Dicot and Four Monocot Plant Species」, Genes Genet. Syst., pp.343-352;およびIkemura et al.(1993), 「Plant Molecular Biology Labfax」, Croy, ed., Bios Scientific Publishers Ltd., p. 3748)、ならびにその中に引用されたすべての関連のある参照を参照されたい。
ネイティブDSM-2コード領域の513塩基対(bp)のDNA配列(SEQ ID NO:1)の広範な分析は、最適な植物発現に対して有害であると考えられているいくつかの配列モチーフの存在、ならびに最適でないコドン組成を明らかにした。SEQ ID NO:1によってコードされるタンパク質はSEQ ID NO:2として提示される。単子葉植物ならびに双子葉植物における組換えタンパク質の産生を改善するために、SEQ ID NO:2として開示されるネイティブ配列と同一である1つのタンパク質(SEQ ID NO:4)をコードする「植物に最適化された」DNA配列DSM-2 v2(SEQ ID NO:3)を開発した。対照的に、ネイティブのコード領域のDNA配列および植物に最適化されたコード領域(v1)のDNA配列は78.3%だけ同一である。表5は、ネイティブ配列(カラムAおよびD)および植物に最適化された配列(カラムBおよびE)のコドン組成の違いを示し、ならびに理論的な植物に最適化された配列(カラムCおよびF)に対する比較を可能にする。
3.1-DSM-2(v2)を含有しているバイナリープラスミドの構築
DSM-2(v2)コドン最適化遺伝子をコードする配列(DASPICO45)を、制限酵素BbsI(New England Biolabs, Inc., Beverly MA, cat #R0539s)およびSacI(New England Biolabs, Inc., cat #R0156s)で切断した。得られたフラグメントを、対応する制限部位NcoI(New England Biolabs, cat #R0193s)およびSacIでpDAB773にライゲーションした。陽性コロニーを制限酵素消化を介して同定した。得られたクローンは、Rb7 MAR v3 // At Ubi10プロモーターv2 // 関心対象の遺伝子 // Atu Orf 1 3'UTR v3を含有していた。関心対象の遺伝子としてDSM-2(v2)を含有していたプラスミドを、pDAB3774と名付けた。
適切な植物種への形質転換のために作出されたすべてのその他の構築物が、本明細書中に既に記載されたような類似した手法、およびその他の標準的な分子クローニング法(Maniatis et al., 1982)を使用して構築された。表6は、適切なプロモーターおよび定義された特色、ならびに形質転換された作物と共に、使用されたすべての形質転換構築物を列挙する。
*A=アラビドプシス
T=タバコ
R=イネ
Cn=トウモロコシ
CsVMV=キャッサバ葉脈モザイクウイルスプロモーター
AtUbi10=シロイヌナズナユビキチン10プロモーター
RB7 Mar v2=ニコチアナ・タバカム・マトリックス関連領域(MAR)
NtOsm=ニコチアナ・タバカム・オスモチン5'および3'非翻訳領域
ZmUbi1=ジー・メイズ(Zea mays)ユビキチン1プロモーター
4.1-DSM-2(v2)を含有している大腸菌発現プラスミドの構築
DSM-2(v2)コドン最適化配列を、制限酵素BbsIおよびSacIで消化した。得られたフラグメントを、NcoIおよびSacIの対応する制限部位でpDAB779へクローニングした。pDAB779はpET28a(+)発現ベクターである(Novagen, Madison WI, cat# 69864-3)。DSM-2(v2)遺伝子コーディング配列を含有している陽性コロニーを、制限酵素消化を介して同定した。DSM-2 // pET28a(+)構築物をpDAB4412と名付けた。
大腸菌およびアグロバクテリウム・ツメファシエンスの選択された細胞系を、漸増的に増加する濃度のグルホシネート(BASTA)を含有している最少培地上に播種した。細胞系;BL21-Star(DE3)、Top10、DH5α、アグロバクテリウム・ツメファシエンスC58、およびアグロバクテリウム・ツメファシエンスLBA4404sを、まず、複合培地上で増殖させた。大腸菌株はLBで増殖させ、アグロバクテリウム・ツメファシエンス株はYEPで増殖させた。5マイクロリットルの細菌培養物を、様々な濃度のグルホシネートを含有している最少培地プレートへ均一に播種し、分散させた。濃度は、0μg/ml、250μg/ml、500μg/ml、1000μg/ml、2000μg/ml、および4000μg/mlのBASTAからなっていた。さらに、対照として細菌株を複合培地のプレートへ播種した。アグロバクテリウム・ツメファシエンス株はYEP寒天プレート上に播種し、大腸菌株はLB寒天プレート上に播種した。大腸菌株を含有しているプレートは、37℃で24時間インキュベートした。アグロバクテリウム・ツメファシエンス株を含有しているプレートは、25℃で48時間インキュベートした。割り当てられたインキュベーション時間の後、プレートを細菌増殖について観察した。表7は、様々な株の、グルホシネートを含有している最少培地で増殖する能力を例示している。1つの株BL21-Star(DE3)細胞系のみが、グルホシネートによって実質的に阻害された。
大腸菌は37℃で24時間増殖させた。アグロバクテリウムは25℃で48時間増殖させた。+++ = 激しい菌叢増殖 // ++ = 軽度の菌叢増殖 // + = 斑状の菌叢増殖 // -- = 増殖なし
PAT(v3)を含有しているpET28a(+)発現プラスミドを、陽性対照として構築した。PAT(v3)を、NcoI-SacIフラグメントとして、pDAB779の対応する制限部位へクローニングした。PAT(v3)遺伝子フラグメントを含有している陽性クローンについて、制限酵素消化を介して確証した。この構築物をpDAB4434と名付けた。
ウイルスプロモーターCsVMVまたは植物プロモーターAtUbi10のいずれかの下でDSM-2(v2)遺伝子およびPAT遺伝子のコーディング配列が発現されたプラスミド構築物を、グルホシネートを含有している最少培地で補完について分析した。プラスミド3778(Rb7 MARv3 // AtUbi10プロモーター // DSM-2(v2)// Atu Orf 1 3'UTR)、3779(Rb7 MARv3 // AtUbi10プロモーター // PAT // Atu Orf 1 3'UTR)、3264(CsVMVプロモーター // DSM-2 // Atu Orf24 3'UTR)、3037(CsVMVプロモーター // PAT // Atu Orf 25/26 3'UTR)、および770(CsVMVプロモーター // GUS v3 // Atu Orf 24 3'UTRを含有している対照プラスミド)を、大腸菌BL21-Star(DE3)に形質転換し、複合培地中で増殖させた。5マイクロリットルの培養物を、増加する濃度のグルホシネートを含有している最少培地に播種し、37℃で48時間インキュベートした。結果は表9に例示される。これらのデータは、植物およびウイルスのプロモーターが、細菌細胞内で中レベルの機能性を有しており、選択マーカーの発現を駆動するために使用され得ることを示している。
5.1-組み換え発現
プラスミドpDAB4412中のコドン最適化DSM-2(v2)遺伝子を保持している(Invitrogen, Carlsbad, CAから購入された)大腸菌BL-21(DE3)Star細胞を、種の調製のため、37℃で一晩、50μg/mlカナマイシンが補足された3mlのLB培地に播種するために使用した。およそ2mlの種培養物を、2.8Lの整流装置付き三角フラスコの中のカナマイシン(50μg/ml)を含有している1Lの新鮮なLBに移した。培養物を、0.8〜1.0に近いOD600を入手するためにおよそ6時間、250RPMでシェーカー(New Brunswick Scientific, Model Innova 44)上で37℃でインキュベートした。イソプロピルβ-D-1-チオガラクトピラノシド(IPTG)を培養物中に最終75μMで添加し、一晩の誘導のため18℃でインキュベートし続けた。4℃で15分間8,000RPMでの遠心分離によって細胞を採集し、細胞ペーストを-80℃で保存するか、または精製のために直ちに処理した。
DSM-2に対するウサギポリクローナル抗体を、Invitrogen Antibody Services(South San Francisco, CA, Cat# M0300)によって提供されるRabbit Polyclonal Antibody-Standard Protocolsを使用して作製した。大腸菌において発現され精製されたDSM-2(前記セクションを参照されたい)を、免疫原として供給した。簡単に説明すると、2羽のニュージーランドウサギに、0.25mgのキーホールリンペットヘモシアニンおよび不完全フロイントアジュバント(IFA)により乳化された1mgのDSM-2タンパク質を皮下(SQ)注射した。ウサギを2週間休息させ、3週間の休息期間を空けて、IFAで乳化された0.5mgのDSM-2タンパク質により3回、SQ追加刺激した。最終追加刺激の2週間後、各ウサギから血清を収集し、力価について直接ELISAで試験した(示されないデータ)。特異抗体のより良好な力価を与えた2番のウサギで、付加的な2回の追加刺激および終末採血(Invitrogen Cat#M0311およびM0313)を実施した。
およそ100mgのカルス組織を、3個のステンレス鋼BBビーズを含有している2mLの微量遠心管に入れた。250μLの抽出緩衝液(0.1%トリトンX-100、10mM DTT、および1mL当たり5μLのプロテアーゼ阻害剤カクテルを含有しているリン酸緩衝生理食塩水)を添加し、チューブをGeno/Grinder(Model 2000-115, Certiprep, Metuchen, NJ)に固定し、500rpmの1×という設定で6分間振とうした。チューブを10,000×gで10分間遠心分離し、可溶性タンパク質を含有している上清を、別々のチューブにピペットで移し、氷中に保存した。ペレットを上記のようにして抽出し(2回目)、上清を以前の画分と共にプールし、分析した。
6.1-アラビドプシス・サリアナ生育条件
野生型アラビドプシス種子を、0.1%アガロース(Sigma Chemical Co., St. Louis, MO)溶液中に懸濁した。懸濁した種子を、4℃で2日間保存し、休止要件を完了し、かつ同調的な種子の発芽を確実にした(層形成)。
画線したDH5αコロニーを含み、エリスロマイシン(Sigma Chemical Co., St. Louis, MO)(200mg/L)またはスペクチノマイシン(100mg/L)を含むLB+寒天を使用して、4mlミニプレップ培養(液体LB+エリスロマイシン)に接種するためにコロニーを提供した。この培養物を、定常的に攪拌しながら、37℃で一晩インキュベートした。製造業者の指示に従って実施するQiagen(Valencia, CA)Spin Mini Prepsを使用して、プラスミドDNAを精製した。
アラビドプシスを、フローラルディップ法を使用して形質転換した。選択したコロニーを、エリスロマイシン(200mg/L)またはスペクチノマイシン(100mg/L)およびストレプトマイシン(250mg/mL)を含むYEPブロスの1つまたは複数の15〜30mlのプレ培養物に接種するために使用した。培養物を、220rpmで定常的に攪拌しながら、28℃で一晩インキュベートした。各プレ培養物を、エリスロマイシン(200mg/L)またはスペクチノマイシン(100mg/L)およびストレプトマイシン(250mg/mL)を含むYEPブロスの2つの500ml培養に接種するために使用し、培養物を、定常的に攪拌しながら、28℃で一晩インキュベートした。次いで、細胞を、約8700×gで10分間、室温でペレット化し、得られる上清を廃棄した。この細胞ペレットを、1/2×MurashigeおよびSkoog塩/GamborgのB5ビタミン、10%(w/v)スクロース、0.044μM ベンジルアミノプリン(DMSO中の1mg/ml保存液の10μl/リットル)および300μl/リットルSilwet L-77を含む500mlの浸透培地に穏やかに再懸濁した。約1ヶ月齢の植物を15秒間、培地に浸し、最新の花序を確実に沈める。次いで、植物を、それらの側面を下にして横たえ、24時間覆い(透明または不透明)、次いで水で洗浄し、かつ直立状態で配置した。植物を22℃で、16時間明期/8時間暗期の光周期で生育させた。浸漬の約4週間後、種子を収集した。
新しく収集したT1種子[DSM-2(v2)遺伝子]を、室温で7日間乾燥させた。T1種子を、26.5×51cm発芽トレイ(T.O. Plastics Inc., Clearwater, MN)中に播種し、各々は、40mlの0.1%アガロース溶液に事前に懸濁された、層形成されたT1種子(約10,000個の種子)の200mgアリコートを受容し、4℃で2日間保存し、休止要件を完了し、かつ同調的な種子の発芽を確実にした。
最初のアラビドプシス形質転換は、DSM-2(v2)(植物に最適化された遺伝子)を使用して行った。T1形質転換体を、まず、2,4-D DMA選択スキームを使用して、非形質転換種子のバックグラウンドから選択した。100,000個を超えるT1種子をスクリーニングし、260個の2,4-D抵抗性植物(AAD-12遺伝子)を同定した。これは、AAD-12+2,4-Dが選択のために使用される場合の構築物の選択頻度の正常範囲よりわずかに高い0.26%という形質転換/選択頻度に等しかった。上記で選択されたT1植物を、続いて個々のポットに移植し、様々な割合の市販のグルホシネート除草剤を噴霧した。表10は、アラビドプシスT1形質転換体にグルホシネート抵抗性を付与するためのDSM-2(v2)遺伝子および対照遺伝子の応答を比較している。応答は、視覚的損傷% 2WATによって提示される。データは、ほとんどもしくは全く損傷なし(<20%)、中程度の損傷(20〜40%)、または重度の損傷(>40%)を示す個体のヒストグラムとして提示された。各T1は独立した形質転換事象であるので、所定の割合における個々のT1応答の有意な変動が予想される。算術平均および標準偏差が各処理について提示される。非形質転換野生型アラビドプシスは、グルホシネート感受性対照として働いた。DSM-2(v2)遺伝子は、個々のT1アラビドプシス植物に除草剤抵抗性を付与した。所定の処理において、植物応答のレベルは大きく変動した。これは、各植物が独立した形質転換事象を表すという事実に起因し得る。重要な注目点として、140g ai/haグルホシネートより上で、影響を受けなかった個体が存在する一方で、重度に影響を受けたものもあった。割合による集団全体の損傷平均が、DSM-2(v2)で形質転換された植物と、野生型対照またはAAD-12+PAT形質転換対照との間の有意な違いを単に実証するために、表10に提示される。多くのDSM-2(v2)個体は、ほとんどまたは全く損傷なしに、1,120g ai/haグルホシネートに耐えて生存した。
選択剤としてグルホシネートを使用して、選択マーカーとしてDSM-2(v2)を使用する能力を、上記のように形質転換されたアラビドプシスを用いて分析した。DSM-2(v2)を含有しているおよそ100個のT1世代アラビドプシス種子(100〜150個の種子)または2mgのPATを含有しているホモ接合性T5植物を、およそ10,000個の野生型(感受性)種子に加えた(spiked)。植物の各トレイは、以下の処理時点:7 DAPおよび11 DAPで、2回の280g ai/haグルホシネートの適用を受けた。処理は、以前に記載されたようなDeVilbiss噴霧チップを用いて適用された。各々から、別に2mgのT1世代アラビドプシス種子を播き、比較カウントとして噴霧しなかった。17 DAPに、植物を抵抗性または感受性として同定した。処理されたものと未処理のものとの間のカウントは類似していることが表11に示された。これらの結果は、DSM-2(v2)が、集団のための代替的な選択マーカーとして有効に使用可能であることを示す。
6.7.1-組織の収集、DNAの単離および定量Xμl
新鮮な組織をチューブに配置し、4℃で2日間凍結乾燥する。組織を完全に乾燥させた後、タングステンビーズ(Heavy Shot)をチューブ中に配置し、試料を、1分間、Kelcoビーズミルを使用する乾式粉砕に供する。次いで、標準的なDNeasy DNA単離手法に従う(Qiagen, DNeasy 69109)。次いで、抽出されたDNAのアリコートをPico Green(Molecular Probes P7589)で染色し、濃度をng/μlで得るために既知の標準を用いてフルオロメーター(波長485/530-BioTek)で読み取る。
DNA試料を0.7ng/μlに希釈し、次いで95℃で10分間、サーモサイクラー中のインキュベーションによって変性させる。次いで、インベーダーアッセイ反応混合物を、Third Wave Technologiesにより発表された96穴フォーマット手順に従うことにより調製する。調製された反応混合物7.5μlを96穴プレートの各ウェルに分配し、続いて7.5μlの対照および0.7ng/μlの希釈された変性未知試料を分配する。各ウェルに15μlのミネラルオイル(Sigma)を重層する。次いで、プレートを、63℃で1時間インキュベートし、フルオロメーター(Biotek)上で読み取る。標的プローブについてのバックグラウンドに対するシグナルの%(FAM色素波長560/620)を、内部対照プローブについてのバックグラウンドに対するシグナルの%(RED色素波長485/530)で除する計算は、比率を計算する。その比率は、事象の接合状態を決定するために使用される。
多様なT1事象を、T2種子を産生させるために自家受粉した。これらの種子を、100個のランダムなT2同胞にグルホシネート(200g ai/ha)を適用することによって後代検定した。個々の各T2植物を、3インチ四方のポットに移植した後、噴霧適用した(187L/ha適用割合のトラック噴霧器)。T1ファミリー(T2植物)の63%が、χ二乗検定によって決定されるように(P>0.05)、メンデル遺伝に伴う優性遺伝性単一遺伝子座についての予測された3抵抗性:1感受性モデルに分離した。
7.1-DSM-2(v2)のクローニング
DSM-2(v2)遺伝子を、Bbs1/Sac1フラグメントとしてDASPICO45ベクターから切り出した。これを、ZmUbi1単子葉植物プロモーターを含有している同様に切断されたpDAB3812ベクターに定方向でライゲーションした。2つのフラグメントを、T4 DNAリガーゼを使用して一緒にライゲーションし、DH5α細胞に形質転換した。QiagenのQIA Spinミニプレップキットを使用して、得られたコロニーに対してミニプレップを実施し、方向について確認するためこれらのコロニーを消化した。ZmUbi1/DSM-2(v2)/ZmPer5を含有している最終構築物をpDAB3250と名付けた。PAT遺伝子を含有している同一の対照ベクターを上記のようにして構築した。この構築物をpDAB3251と名付けた。
カルス培養の開始のために未成熟胚を得るために、温室で生長したHi-II親AおよびBの間のF1交雑を実施した(Armstrong et al. 1991)。胚が1.0〜1.2mmのサイズになったら(受粉後約9〜10日)、穂を収集し、表面を、Liqui-Nox(商標)で磨いて洗浄することによって表面殺菌し、70%エタノールに2〜3分間浸漬し、次いで20%の市販の漂白剤(0.1%次亜塩素酸ナトリウム)に30分間浸漬した。
継代培養の2日後、4ml PCVの懸濁細胞および4mlの馴化培地を8mlの凍結防止剤(ココナッツ水を含まないH9CP+培地に、1Mグリセロール、1M DMSO、2Mスクロースを溶解、フィルター滅菌する)に加え、125mlフラスコ中、125rpmで、4℃、1時間振盪させた。1時間後、4.5mlを冷やした5.0mlのCorning凍結バイアルに加えた。一旦充填したら、個々のバイアルを、制御速度フリーザー中にて4℃で15分間保持し、次いで、-40℃の最終温度に達するまで、-0.5℃/分の速度で凍結させた。最終温度に到達した後、バイアルを、液体窒素蒸気で満たしたCryoplus 4貯蔵ユニット(Forma Scientific)の内側のラック中の箱に移した。
推定形質転換単離物は、典型的には、形質転換の5〜8週間後に最初に可視となった。可能性のある単離物を包埋されたプレートから除去し、60×20mmプレート内の同濃度の新鮮な選択培地に移した。およそ2週間後に持続的な生長が明白であれば、その事象は抵抗性であると見なされる。次いで、抵抗性事象のサブセットを、分子分析にかけた。
7.5.1-組織の収集、DNAの単離および定量
新鮮な組織をチューブに配置し、4℃で2日間凍結乾燥する。組織を完全に乾燥させた後、タングステンビーズ(Valenite)をチューブ中に配置し、試料を、1分間、Kelcoビーズミルを使用する乾式粉砕に供する。次いで、標準的なDNeasy DNA単離手法に従う(Qiagen, DNeasy 69109)。次いで、抽出したDNAのアリコートをPico Green(Molecular Probes P7589)で染色し、濃度をng/μlで得るために既知の標準を用いてフルオロメーター(BioTek)で読み取る。
DNA試料を20ng/μlに希釈し、次いで95℃で10分間、サーモサイクラー中のインキュベーションによって変性させる。次いで、Signal Probeミックスを、提供されるオリゴミックスおよびMgCl2を使用して調製する(Third Wave Technologies)。7.5μlのアリコートをインベーダーアッセイプレートの各ウェルに配置し、続いて対照、標準、および20ng/μlに希釈した未知の試料の7.5μlのアリコートを配置する。各ウェルに15μlのミネラルオイル(Sigma)を重層する。次いで、プレートを、63℃で1時間インキュベートし、フルオロメーター(Biotek)上で読み取る。バックグラウンド内部対照プローブよりも上のシグナル%で除算した、標的プローブについてのバックグラウンドよりも上のシグナル%の計算は、比率を計算する。サザンブロット分析を用いて開発されかつ確証された既知のコピー標準の比率を使用して、未知の事象の見積もったコピーを同定する。
全体で100ngの全DNAを鋳型として使用する。20mMの各プライマーを、Takara Ex Taq PCR Polymeraseキット(Mirus TAKRR001A)とともに使用する。PAT PTUのためのプライマーは、
である。試料を、94℃3分間、ならびに94℃30秒間、62℃30秒間、および72℃3分15秒間の35サイクル、続いて72℃10分間に供することによって、9700 Geneampサーモサイクラー(Applied Biosystems)においてPCR反応を実行する。コード領域PCR PATのためのプライマーは、
である。試料を、94℃3分間、ならびに94℃30秒間、65℃30秒間、および72℃1分45秒間の35サイクル、続いて72℃10分間に供することによって、9700 Geneampサーモサイクラー(Applied Biosystems)において、PCR反応を実行する。DSM-2のためのコード領域PCRのためのプライマーは、
である。試料を、94℃3分間、ならびに94℃30秒間、65℃30秒間、および72℃45秒間の35サイクル、続いて72℃10分間に供することによって、9700 Geneampサーモサイクラー(Applied Biosystems)において、PCR反応を実行する。PCR産物を、EtBrで染色される1%アガロースゲル上での電気泳動によって分析する。
サザンブロット分析を、Qiagen DNeasyキットから得られた全DNAを用いて実施する。全体で5μgの全ゲノムDNAを、組み込みデータを得るため、NcoIおよびSwaIによる消化に一晩供する。制限酵素SspIによる5μgの消化を、PTUデータを得るために使用した。SspI消化データを分析した後、制限酵素MfeIの方がよい酵素の選択であると考えられたため、MfeIを残りの試料の全てを消化するために使用した。一晩消化の後、約100ngのアリコートを1%ゲル上で泳動し、完全な消化を確実にする。この保証後、試料を、大きな0.85%アガロースゲル上で、40ボルトで一晩泳動させる。次いで、このゲルを、0.2M NaOH、0.6M NaCl中で30分間変性させる。次いで、このゲルを、pH 7.5の0.5M Tris HCl、1.5M NaCl中で30分間中和させる。次いで、20×SSCを含むゲル装置を、ゲルからナイロンメンブレン(Millipore INYC00010)への重力による転写を得るために一晩設定する。一晩の転写後、次いで、このメンブレンを、120,000マイクロジュールで、クロスリンカー(Stratagene UV stratalinker 1800)によりUV光に供する。次いで、このメンブレンを、0.1% SDS、0.1 SSC中で45分間洗浄する。45分間の洗浄後、このメンブレンを80℃で3時間ベーキングし、次いでハイブリダイゼーションまで4℃に保存する。ハイブリダイゼーション鋳型フラグメントは、プラスミドDNAを使用するコード領域PCRを使用して調製する。産物を1%アガロースゲル上で泳動し、切除し、および次いで、Qiagen(28706)ゲル抽出手法を使用してゲル抽出する。次いで、このメンブレンを、Perfect Hyb緩衝液(Sigma H7033)中で1時間、60℃段階のプレハイブリダイゼーションに供する。Prime it RmT dCTP-labeling reaction(Stratagene 300392)手法を使用して、p32に基づくプローブを開発する(Perkin Elmer)。このプローブを、Probe Quant. G50 カラム(Amersham 27-5335-01)を使用して精製する。ハイブリダイゼーション緩衝液1 mlあたり200万カウントCPMを使用して、サザンブロットを一晩ハイブリダイズさせる。一晩のハイブリダイゼーションの後、次いで、このブロットを、0.1% SDS、0.1 SSC中で65℃における2回の20分間の洗浄に供する。次いで、このブロットを、-80℃でインキュベートしてフィルムに一晩露光させる。
以前に記載された2つの構築物(PATおよびDSM-2)の各々を用いて、トウモロコシのウィスカー媒介形質転換を3回実施した。それらの集合的な実験から、230個の単離物が回収された。1および2mg/Lビアラホス(ハービエース由来)を含有している培地では、PATとDSM-2との間の事象回収は極めて類似していたが、4mg/Lビアラホスを含有している培地における事象回収は、DSM-2よりPATの方が高かった。
T0 DSM-2(v2)植物に、グルホシネート除草剤を滴下にて塗布した。15個のT0事象の各々からの4個の同胞が試験され、個々の各植物体の4枚の葉が、およそV8期でグルホシネートの滴下を受容した。滴下処理を各割合についてランダム化し、個々の葉における処理位置の変動を可能にした。トウモロコシの場合、0.25%v/vグルホシネートが、有意のレベルの抵抗性を有する植物体から感受性植物体を区別するための最小有効用量である。より高い割合も、抵抗性の相対レベルを決定するために適用した(0.5%、1.0%、および2.0%v/v)。グルホシネート処理は、直径およそ2.5cmの処理区域に、先端に綿の付いたアプリケータを使用して適用された。
T1 DSM-2(v2)×5XH751の交雑からの種子を、Metro Mix培地を含有している4インチのポットに植え、2葉期に、ヌルを除去するために、560g ai/haグルホシネートで187L/haに設定されたトラック噴霧器で噴霧した。7DATで、ヌルを除去し、以下の割合で上記のようなトラック噴霧器で抵抗性植物に噴霧した:0、560、1120、2240、および4480g ai/haグルホシネート。3 DATおよび14 DATで、植物を等級付け、5XH751×Hi II対照植物体と比較した。下記表Ex.7.6.2-1は、20%未満の損傷を有する最大2240g ai/haグルホシネートを提供した個々のDSM-2(v2)植物体が存在することを示す。DSM-2(v2)は、PAT形質転換対照においても4480g ai/haグルホシネートに対する類似した耐性を提供した。
T1 DSM-2(v2)×5XH751の交雑からの種子を、Metro Mix培地を含有している3インチのポットに植え、2葉期に、0、280、560、1120、2240、および4480g ai/haグルホシネートで187L/haに設定されたトラック噴霧器で噴霧した。3 DATおよび14 DATで、植物を等級付け、5XH751×Hi II対照植物と比較した。以前のように、0〜100%の全体的な視覚的損傷により植物を等級付けた。各集団の分離を決定するためには、1120 g ai/ha以上の割合を選んだ。耐性植物および感受性植物を計数したところ、T1ファミリーのすべてが、χ二乗検定によって決定されるように、単一遺伝子座、優性メンデル形質(1R:1S)として分離することが決定された。生存している植物体を、T2世代を作製するために自家受粉した。DSM-2(v2)は、商業的なハイブリッドと相反交雑された場合、複数の種において強固なグルホシネート抵抗性遺伝子として遺伝性である。
T1植物のBE1146RRとの交雑を行った。DSM-2(v2)形質転換植物は、従来法により、付加的な関心対象の形質を含有している他のトウモロコシ系と交配され得る。グリホセート耐性形質CP4を含有している近交系(BE1146RR)を、DSM-2(v2)を含有しているT1植物と交雑した。通常であれば致死的である除草剤割合に等しいか、またはそれを超える割合で、逐次的に、または容器での混合物により、グルホシネートおよびグリホセートを適用することにより、両除草剤に対する耐性形質の効力について、後続世代の植物を試験することができる(例えば、280、560、1120g ae/ha、またはそれ以上の両除草剤を植物に噴霧することができる)。これは、除草剤抵抗性管理のため、組み合わせ適用または逐次適用において両除草剤を使用する能力を同定するであろう。
8.1-ポリクローナル抗体作製
精製されたDSM-2(前記セクションを参照されたい)を、5ミリグラム、ウサギポリクローナル抗体作製のために、Invitrogen Custom Antibody Services(South San Francisco, CA)に送達した。ウサギは、12週間で4回の注射を受容し、各注射は、1mLの不完全フロイントアジュバントに懸濁した精製されたタンパク質0.5mgを含有していた。血清を、特異性および親和性を確認するため、直接ELISAおよびウエスタンブロッティング実験の両方において試験した。
1穴パンチャーを使用した4枚のトウモロコシ(Hi-II)葉ディスクを、2個のステンレス鋼ビーズ(4.5mm;Daisy Co,, Cat# 145462-000)、および500μLの植物抽出緩衝液(0.1%トリトンX-100および1mL当たり5μLのプロテアーゼ阻害剤カクテル(Sigma Cat # P9599)を含有しているPBS)を含有している微量遠心管に入れた。チューブを、Geno/Grinder(Model 2000-115, Certiprep, Metuchen, NJ)に固定し、500rpmの1×の設定で6分間振とうした。チューブを5000×gで10分間遠心分離し、可溶性タンパク質を含有している上清を、DSM-2の存在を検出するために、ウエスタンブロッティング実験において分析した。
葉抽出物に様々な濃度の精製されたDSM-2を加え、95℃で10分間レムリ試料緩衝液と共にインキュベートした後、8〜16%Tris-Glycineプレキャストゲルにおける電気泳動分離を行った。次いで、タンパク質を、標準的なプロトコルを使用して、ニトロセルロース膜上に電気的に転写した。4%スキムミルクを含むPBSでブロッキングした後、DSM-2タンパク質を、抗DSM-2抗血清と、それに続くヤギ抗ウサギ/HRPコンジュゲートによって検出した。検出されたタンパク質を、化学発光基質ECL Western Analysis Reagent(Amersham Cat.# RPN 21058)によって可視化した。
大腸菌細胞において発現され、精製されたタンパク質を使用して、DSM-2に対するポリクローナル抗体を作成した。4回の注射の後、抗血清は、直接ELISAで観察されるように、抗DSM-2抗体の高い力価を有していた。100,000倍希釈でも、血清は、バックグラウンドより6倍大きいシグナルを提供した。
形質転換の4日前に、7日毎に継代培養されていた1週齢のNT-1タバコ懸濁物を、40mlのNT-1 B培地に2mlのNT-1培養物または1mlの濃縮細胞を添加することにより、新鮮な培地へと継代培養した。継代培養された懸濁物を、125rpmのシェーカー上で25±1℃で暗所で維持した。
DSM-2(v2)をPATと比較する並行実験を完了した。研究において、PAT選択プレートの100%が、10mg/Lビアラホス培地上で少なくとも1つのPCR陽性単離物を産生し、一方、DSM-2(v2)選択プレートの79%が、少なくとも1つのPCR陽性単離物を産生した。すべての事象が、コード領域PCRを介して、DSM-2(v2)遺伝子またはPAT遺伝子の存在について分析され、陽性であることが見出された。
本開示を考慮すれば、当技術分野において公知の技術を使用して、本発明に従い、付加的な作物を形質転換することができる。ライムギのアグロバクテリウム媒介形質転換については、例えば、Popelka and Altpeter(2003)を参照されたい。ダイズのアグロバクテリウム媒介形質転換については、例えば、Hinchee et al.,1988を参照されたい。ソルガムのアグロバクテリウム媒介形質転換については、例えば、Zhao et al., 2000を参照されたい。オオムギのアグロバクテリウム媒介形質転換については、例えば、Tingay et al., 1997を参照されたい。コムギのアグロバクテリウム媒介形質転換については、例えば、Cheng et al., 1997を参照されたい。イネのアグロバクテリウム媒介形質転換については、例えば、Hiei et al., 1997を参照されたい。
北米において栽培されるワタ、アブラナ、およびダイズのエーカー(acre)の大部分がグリホセート耐性形質を含み、GTトウモロコシの採用は上昇している。さらなるGT作物(例えば、例えば、コムギ、イネ、テンサイ、芝草など)が開発中であるが、現在まで商業的に発売されていない。多くの他のグリホセート抵抗性種が、開発段階のために実験中である(例えば、アルファルファ、サトウキビ、ヒマワリ、ビート、エンドウマメ、ニンジン、キュウリ、レタス、タマネギ、イチゴ、トマト、およびタバコ;ポプラおよびスイートガムのような林業種;ならびにマリゴールド、ペチュニア、およびベゴニアなどの園芸種;World Wide Web上のisb.vt.edu/cfdocs/fieldtestsl.cfm , 2005)。GTCは、この系によって提供される制御された雑草の完全な広がりおよび便利さおよびコスト効果のための価値のある手段である。しかし、現在標準であるベース処理としてのグリホセートの有用性は、グリホセート抵抗性雑草を選択することである。さらに、グリホセートが固有に効力が弱い雑草は、グリホセートのみの化学物質プログラムが実施されている場合には、圃場で優勢な種に転じている。従来的な育種を通して、または新規な形質転換事象として一緒にのいずれかで、GT形質とDSM-2(v2)を重ね合わせることによって、雑草制御の効力、柔軟性、ならびに雑草の変化および除草剤抵抗性の発生を管理する能力が改善できる。雑草制御オプションの改善のためのいくつかのシナリオが想定でき、ここで、DSM-2(v2)およびGT形質は、任意の単子葉植物種または双子葉植物種において重ね合わせられる。
a)グリホセートは、大部分のイネ科雑草種および広葉雑草種の制御のために、標準的な発芽後適用割合(420〜2160g ae/ha、好ましくは560〜840g ae/ha)で適用することができる。コニザ カンデンシス(Conyza canadensis)のような広葉雑草またはグリホセートを用いる制御に対して固有に困難である雑草(例えば、コメリナ(Commelina)種、イポメア(Ipomoea)種)の制御のために、280-2240g ae/ha(好ましくは350〜1700g ae/ha)グルホシネートが、効果的な制御を提供するために、連続して、容器で混合して、またはグリホセートと前もって混合して適用することができる。
b)現在、GTCにおいて適用されるグリホセートの割合は、一般的に、適用のタイミングあたり、560〜2240 g ae/haの範囲である。グリホセートは、広葉雑草種よりも、イネ科植物雑草に対してはるかにより効力がある。DSM-2(v2)+GTの重ね合わせた形質は、イネ科植物に有効な割合のグリホセート(105〜840g ae/ha、より好ましくは210〜420g ae/ha)を可能にする。次いで、グルホシネート(280〜2240g ae/ha、より好ましくは350〜1700g ae/ha)を、必要な広葉雑草の制御を提供するために、連続して、容器で混合して、またはイネ科雑草に有効な割合のグリホセートと前もって混合して適用することができる。
イミダゾリノン除草剤耐性(AHASなど)は、現在、トウモロコシ、イネ、およびコムギを含むがこれらに限定はされない、北米において栽培されている多数の作物に存在している。さらなるイミダゾリノン耐性作物(例えば、ワタおよびテンサイ)が開発中であるが、現在のところ市販されてはいない。多くのイミダゾリノン除草剤(例えば、イマザモクス、イマゼタピル、イマザキン、およびイマザピク)は、現在、様々な従来的な作物において選択的に使用されている。イマゼタピル、イマザモクス、および非選択的なイマザピル(imazapyr)の使用は、AHASなどのようなイミダゾリノン耐性形質を通して可能にされてきた。現在のところ、市販のイミダゾリノン耐性HTCは、非トランスジェニックであるという利点を有する。この化学クラスは、有意な土壌残留活性を有し、従って、グリホセートまたはグルホシネートに基づく系とは異なり、適用のタイミングを超えて拡張される雑草制御を提供することも可能である。しかし、イミダゾリノン除草剤によって制御される雑草のスペクトルは、グリホセートほど広くない(Agriliance, 2003)。さらに、イミダゾリノン除草剤は、多くの雑草が抵抗性を発達させてきた作用の様式(アセトラクテートシンターゼ、ALSの阻害)を有する(Heap, 2004)。従来的な交配を通して、または新規の形質転換事象として一緒に、イミダゾリノン耐性形質とDSM-2(v2)を重ね合わせることによって、雑草制御の効率、柔軟性、ならびに雑草のシフトおよび除草剤抵抗性の発達を管理する能力が改善され得る。DSM-2(v2)およびイミダゾリノンに対する耐性形質が、単子葉植物種または双子葉植物種において重ね合わせられる、雑草制御オプションの改善のためのいくつかのシナリオが想定できる。
a)イマゼタピルは、多くのイネ科雑草種および広葉雑草種の制御のために、標準的な発芽後適用割合(35〜280g ae/ha、好ましくは70〜140g ae/ha)で適用することができる。
i)アマランサス ルディス(Amaranthus rudis)、アンブロシア トリフィダ(Ambrosia trifida)、チェノポジウム アルブム(Chenopodium album)のようなALS阻害剤抵抗性広葉雑草(とりわけ、Heap, 2004)は、280〜2240g ae/ha、より好ましくは350〜1700g ae/haグルホシネートを容器で混合することによって制御できる。
ii)イポモエア(Ipomoea)種のようなイミダゾリノン除草剤に対して固有により耐性である広葉雑草種は、280〜2240g ae/ha、より好ましくは350〜1700g ae/ha グルホシネートを容器で混合することによってもまた制御できる。
13.1-培地の説明
使用する培地を1M KOHでpH 5.8に調整し、2.5g/1 Phytagel(Sigma)で固化した。胚形成カルスを、40ml半固形培地を含む100×20mm ペトリ皿中で培養した。細胞懸濁液を、35ml液体培地を含む125mlコニカルフラスコ中で維持し、125rpmで回転させた。胚形成培養の誘導および維持は、暗所にて25〜26℃で行った(Zhang et al. 1996)。
オリザ サティバ(Oryza sativa)L.ジャポニカ 栽培種タイペイ(L. japonica cv. Taipei)309の成熟乾燥種子を、Zhang et al. 1996において記載されるように殺菌した。胚形成組織を、暗所でNB培地上で殺菌成熟イネ種子を培養することによって誘導した。約1mm直径の一次カルスを胚盤から取り出し、SZ液体培地中で細胞懸濁を開始するために使用した。次いで、懸濁物を、Zhang 1995に記載されるように維持した。懸濁物に由来する胚発生組織を、以前の継代培養の3〜5日後に液体培養から取り出し、NBO浸透培地に移し、ペトリ皿中で約2.5cmの横方向の円を形成して、ボンバードメントの前4時間培養した。ボンバードメントの16〜20時間後、組織を、NBO培地からNBH8除草剤選択培地に移し、ボンバードメント表面が上側を向くことを確実にし、かつ暗所で3時間インキュベートした。新たに形成されたカルスを、3週間に2回、新鮮なNBH8培地へ継代培養した。
すべてのボンバードメントは、Biolistic PDS-1000/He(商標)システム(Bio-Rad, Laboratories, Inc.)を用いて実施した。3mgの1.0ミクロン直径の金粒子を1回、100%エタノールで、2回滅菌蒸留水で洗浄し、およびシリコン処理したEppendorfチューブ中の50μl水中に懸濁した。5μgプラスミドDNA、20μlスペルミジン(0.1M)および50μl 塩化カルシウム(2.5M)を金懸濁物に加えた。この混合物を室温で10分間インキュベートし、10000rpmで10秒間ペレット化し、60μl冷100%エタノール中に再懸濁し、かつ8〜9μlを各マイクロキャリアに分配した。組織試料を、Zhang et al.(1996)によって記載されるように、1100psiおよび27inのHg真空でボンバードメントした。
グルホシネートは、グリホセートと同様に、比較的非選択的なスペクトルの広いイネ科および広葉樹に対する除草剤である。グルホシネートの作用の様式は、グリホセートと異なる。それは、より即効性であり、除草剤適用後24〜48時間で、処理された葉の脱水および「焼け(burning)」をもたらす。これは、迅速な雑草制御の出現のため有利である。しかしながら、これは、標的植物の分裂組織領域へのグルホシネートの転移も制限し、それが、多くの種における2つの化合物の相対的な雑草制御性能の査定によって証明されるような、より不十分な雑草制御をもたらす(Agriliance, 2003)。
a)グルホシネートは、多くのイネ科雑草種および広葉雑草種の制御のために、標準的な発芽後適用割合(200〜1700g ae/ha、好ましくは350〜500g ae/ha)で適用され得る。現在のところ、グルホシネート抵抗性雑草は確認されていないが、グルホシネートは、本質的により耐性の雑草をグリホセートより数多く有する。
i)本質的に耐性のイネ科雑草種(例えば、エキノクロア(Echinochloa)種またはソルガム種)は、10〜200g ae/ha(好ましくは20〜100g ae/ha)のキザロホップを容器で混合することによって制御され得る。
ii)本質に耐性の広葉雑草種(例えば、シルシウム・アーベンシス(Cirsium arvensis)およびアポシナム・カンナビナム(Apocynum cannabinum))は、これらのより制御が困難な多年生種の効率的な制御のため、そして一年生広葉雑草種の制御の強固さを改善するため、280〜2240g ae/ha、より好ましくは560〜2240g ae/haの2,4-Dを容器で混合することによって制御され得る。
b)例えば、グルホシネート(200〜500g ae/ha)+ 2,4-D(280〜1120g ae/ha)+ キザロホップ(10〜100g ae/ha)の三元組み合わせは、より強固な、重複する雑草制御スペクトルを提供することができる。さらに、重複するスペクトルは、除草剤抵抗性雑草の管理および遅延のための付加的なメカニズムを提供する。
グルホシネートは、グリホセートと同様に、比較的非選択的なスペクトルの広いイネ科および広葉樹に対する除草剤である。グルホシネートの作用の様式は、グリホセートと異なる。それは、より即効性であり、除草剤適用後24〜48時間で、処理された葉の脱水および「焼け」をもたらす。これは、迅速な雑草制御の出現のため有利である。しかしながら、これは、標的植物の分裂組織領域へのグルホシネートの転移も制限し、それが、多くの種における2つの化合物の相対的な雑草制御性能の査定によって証明されるような、より不十分な雑草制御をもたらす(Agriliance, 2005)。
a)グルホシネートは、多くのイネ科雑草種および広葉雑草種の制御のために、標準的な発芽後適用割合(200〜1700g ae/ha、好ましくは350〜500g ae/ha)で適用され得る。現在のところ、グルホシネート抵抗性雑草は確認されていないが、グルホシネートは本質的により耐性の雑草をグリホセートより数多く有する。
i)本質的に耐性の広葉雑草種(例えば、シルシウム・アーベンシス、アポシナム・カンナビナム、およびコニザ・カンデンシス(Conyza candensis))は、これらのより制御が困難な多年生種の効率的な制御のため、そして一年生広葉雑草種の制御の強固さを改善するため、280〜2240g ae/ha、より好ましくは560〜2240g ae/haの2,4-Dを容器で混合することによって制御され得る。トリクロピルおよびフルロキシピルが、雑草制御計画において考慮することが許容される成分であろう。トリクロピルについては、適用割合は、典型的には70〜1120g ae/ha、より典型的には140〜420g ae/haであろう。フルロキシピルについては、適用割合は、典型的には35〜560g ae/ha、より典型的には70〜280g ae/haの範囲であろう。
b)例えば、グルホシネート(200〜500g ae/ha)+/- 2,4-D(280〜1120g ae/ha)+/- トリクロピルまたはフルロキシピル(上記の割合)の多重組み合わせは、より強固な、重複する雑草制御スペクトルを提供することができる。さらに、重複するスペクトルは、除草剤抵抗性雑草の管理および遅延のための付加的なメカニズムを提供する。
トランスジェニック形質によって供給される作物における昆虫抵抗性は、北米において、または世界中でのトウモロコシおよびワタの生産において普及している(prevelant)。IRおよびHTの合わせた形質を有する市販の製品は、複数の種子企業によって開発されている。これらには、Bt IR形質(例えば、lifesci.sussex.ac.ukウェブサイト, 2006に列挙されるBt毒素)および上述のHTC形質のいずれかまたはそのすべてが含まれる。したがって、この提供物がもたらす価値は、単一の提供物中の遺伝的手段を通して、複数の厄介な問題を制御する能力を含む。雑草制御と昆虫制御とが互いと独立して達成される場合、この提供物の便利さは限定される。単独の、または1つもしくは複数のさらなるHTC形質と重ね合わされたDSM-2(v2)は、従来的な育種を通して、または新たな形質転換事象として合同してのいずれかで、1つもしくは複数のインプット形質(例えば、昆虫抵抗性、真菌抵抗性、またはストレス耐性など)(isb.vt.edu/cfdocs/fieldtestsl. cfm, 2005)と重ね合わせることができる。利点には、DSM-2(v2)および関連する除草剤耐性によって提供される雑草制御の改善に加えて、害虫および/または他の農学的なストレスを管理する能力とともに、上記の実施例11〜15に記載される簡便さおよび柔軟性が含まれる。従って、本発明は、任意の数の農学的な問題を柔軟かつ費用効率よく制御する能力を有する、作物品質の改善の完全な農学的パッケージを提供するために使用することができる。
本発明は、より広く、より強固な雑草制御および除草剤抵抗性管理オプションと適合性の除草剤耐性植物を提供するため、グリホセート、ALS(イミダゾリノン、スルホニル尿素)、アリールオキシアルカノエート、HPPD、PPO、およびグルホシネートに対する抵抗性遺伝子を含むがこれらに限定はされない、一つまたは複数の他の除草剤抵抗性遺伝子と共に「重ね合わせられた」本発明の一つまたは複数の酵素を産生する植物も含む。本発明は、さらに、本明細書において例示された遺伝子およびタンパク質のホモログを利用する方法および組成物を含む。
SEQ ID NO:1は、ネイティブDSM-2の配列である。
SEQ ID NO:2は、ネイティブタンパク質の配列である。
SEQ ID NO:3は、ヘミコット(Hemicot)DSM-2(v2)の配列である。
SEQ ID NO:4は、再構築されたタンパク質の配列である。
SEQ ID NO:5は、Pat PTUプライマー(MAS 123)である。
SEQ ID NO:6は、Pat PTUプライマー(Per 5-4)である。
SEQ ID NO:7は、Patコード領域プライマーである。
SEQ ID NO:8は、Patコード領域プライマーである。
SEQ ID NO:9は、DSM-2(v2)コード領域プライマーである。
SEQ ID NO:10は、DSM-2(v2)コード領域プライマーである。
Claims (13)
- ホスフィノトリシンアセチルトランスフェラーゼ活性を有するタンパク質をコードするポリヌクレオチドを含むトランスジェニック植物細胞であって、該タンパク質が、SEQ ID NO:2のアミノ酸配列と少なくとも90%の配列同一性を有する、トランスジェニック植物細胞。
- 前記タンパク質が、SEQ ID NO:2のアミノ酸配列と少なくとも95%の配列同一性を有する、請求項1記載の細胞。
- 植物細胞において機能的なプロモーターおよび該プロモーターに機能的に連結されたポリヌクレオチドを含むベクターであって、該ポリヌクレオチドが、ホスフィノトリシンアセチルトランスフェラーゼ活性を有するタンパク質をコードし、かつ該タンパク質が、SEQ ID NO:2のアミノ酸配列と少なくとも90%の同一性を有する、ベクター。
- 複数の請求項1記載の細胞を含む植物。
- 請求項1記載のポリヌクレオチドを含む、請求項4記載の植物の種子。
- 第2の除草剤抵抗性遺伝子をさらに含む、請求項1記載の植物細胞。
- AAD-1、AAD-12、グリホセート抵抗性遺伝子、およびイミダゾリノン抵抗性遺伝子からなる群より選択される除草剤抵抗性遺伝子をさらに含む、請求項1記載のトランスジェニック植物細胞。
- 請求項1記載のポリヌクレオチドを用いる形質転換に複数の植物細胞を供する工程、培地中で該細胞を培養する工程、該細胞をホスフィノトリシンに曝す工程、および該細胞がホスフィノトリシンに対して抵抗性であるか否かを判定する工程を含む、植物細胞における抵抗性マーカーとしてホスフィノトリシン抵抗性遺伝子を使用する方法。
- 少なくとも1種類の請求項4記載の植物を圃場において生長させる工程、および該圃場の少なくとも一部にグルタミンシンセターゼ阻害除草剤を適用する工程を含む、圃場において少なくとも1種類の雑草を制御する方法。
- 前記グルタミンシンセターゼ阻害除草剤が、グルホシネート、ビアロホス、およびホスフィノトリシンからなる群より選択される、請求項9記載の方法。
- 前記植物が、グリホセート、グルホシネート、2,4-D、キザロホップ、イマゼタピル、クロルスルフロン、ジカンバ、メソトリオン、イソキサフルトール、およびブタフェナシルからなる群より選択される除草剤に対して抵抗性である、請求項9記載の方法。
- 少なくとも1種類の請求項4記載のトランスジェニック植物の種子を圃場に植える工程を含み、
該圃場の少なくとも一部に、グルホシネート、ホスフィノトリシン、およびビアロホスからなる群より選択される第1の除草剤を適用する工程;ならびに
該圃場の少なくとも一部に少なくとも1種類の他の除草剤を適用する工程
をさらに含む、
圃場において少なくとも1種類の雑草を制御する方法であって、
該植物が、
グルタミンシンセターゼ阻害除草剤に対する抵抗性を付与する酵素をコードする異種ポリヌクレオチド、および
少なくとも1種類の他の除草剤に対する抵抗性を付与する酵素をコードする第2の異種ポリヌクレオチド
を含む、方法。 - 少なくとも1種類の他の除草剤が、2,4-D、アセトクロル、アシフルオルフェン、アロキシジム、アミドスルフロン、アミノピラリド、アトラジン、ベフルブタミド、ビスピリバック、ブタフェナシル、カフェンストロール、カルフェントラゾン、クロリムロン、クロロトルロン、シニドン-エチル、クレトジム、クロジナホップ、クロマゾン、クロプロキシジム(cloproxydim)、クロピラリド、クロランスラム、シアナジン、シクロスルファムロン、シクロキシジム、シハロホップ、ダイムロン、ジカンバ、ジクロホップ、ジクロルプロップ、ジクロスラム、ジフルフェニカン、ジメテナミド、ジクワット、ジチオピル、ジウロン、エタルフルラリン、フェノキサプロップ、フラザスルフロン、フロラスラム、フルアジホップ、フルカルバゾン、フルフェナセット、フルフェニカン、フルフェンピル(flufenpyr)、フルメツラム、フルミクロラック、フルミオキサジン、フルロキシピル、フルチアセト、ホメサフェン、ホラムスルフロン、グルホシネート、グリホセート、ハロサフェン(halosafen)、ハロスルフロン、ハロキシホップ、イマザメタベンズ、イマザモクス、イマザピク、イマザピル、イマザキン、イマゼタピル、イマゾスルフロン、ヨードスルフロン、イオキシニル、イソキサベン、イソキサフルトール、ラクトフェン、リヌロン、MCPA、メコプロップ、メフェナセット、メフルイジド、メソスルフロン、メソトリオン、メタミホップ、メタザクロル、メトスラム、メトリブジン、MSMA、ナプロパミド、ニコスルフロン、ノルフルラゾン、オリザリン、オキサジアゾン、オキシフルオルフェン、パラコート、ペブラート、ペンジメタリン、ペノクススラム、ピクロラム、ピコリナフェン(picolinafen)、ピノキサデン(pinoxaden)、プリミスルフロン、プロホキシジム、プロパニル、ピラフルフェン、ピラゾスルフロン、ピリベンゾキシム、ピリミノバック、ピリチオバック、ピロキサスルホン、ピロクススラム(pyroxsulam)、キンクロラック、キンメラック、キザロホップ、リムスルフロン、サフルフェナシル、セトキシジム、シマジン、スルコトリオン、スルフェントラゾン、スルホメツロン、テフリルトリオン(tefuryltrione)、テムボトリオン(tembotrione)、テプラロキシジム、テルバシル、チアゾピル、チジアズロン、チエンカルバゾン(thiencarbazone)、チフェンスルフロン、チオベンカルブ、トプラメゾン、トラルコキシジム、トリアスルフロン、トリベヌロン、トリクロピル、トリフロキシスルフロン、トリフルラリン、トリフルスルフロン、およびトリトスルフロン(tritosulfuron)からなる群より選択される、請求項12記載の方法。
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