JP5485219B2 - 粒子を運動および濃縮させるためのスコダ泳動ならびに方法および装置 - Google Patents
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Description
tential and an application for the separation of small particles,Phys.Rev.Lett.76:22,4277-4280(27 May,1996);Magnasco,forced thermal ratchets,Phys.Rev.Lett.71:10,1477-1481(6 Sept.1993)がある。
上記においてnはいずれかの整数または整数の組(例えば、n∈{1,2,3,…}またはn∈{2,4,6,…}またはn∈{1,4,7,…})である。整数nは規則的に間隔をあける必要はない。例えば、本発明の方法は、整数nの組が非周期的連続からなるケースで機能するようにできる。それ以外の周期的波形f(t)またはg(t)は、例えば、波形の谷(またはピーク)をランダムに省くことにより非周期的にできる。
駆動場
・時変電場;
・時変磁場;
・媒体中の時変流;
・媒体中ある種の時変密度勾配;
・時変重力または加速場(例えば、粒子を含有した媒体を加速させて、重力または加速場の方向に対して媒体の向きを周期的に変えることにより得られる);
・またはその他
一部の態様において、f(t)は交互に方向転換する力を粒子に加え、ここで力の大きさは各方向で同一である。他の態様において、f(t)は、粒子に加わる力の大きさが他よりも一方向で大きくなるように、交互に方向転換する成分と交互に方向転換しないバイアス成分とを組み合わせている。バイアス成分はDC成分と称され、一方交互変換成分はAC成分と称される。
・粒子が荷電粒子(例えばイオン)である場合は、電場が駆動場に用いられる。電気的に中性の粒子は、電気的中性粒子に荷電粒子を結合させることにより、電場に応答性とさせられる。一部の場合、中性分子のような電気的中性粒子は、荷電分子のような荷電粒子に担持させられる。例えば、荷電ミセルと相互作用する中性タンパク質は、駆動場とミセルとの相互作用を介して電気駆動場により駆動される。
・粒子が媒体の場合と異なる誘電率を有している場合、時変勾配を有する電場が誘電泳動により媒体で粒子の動きを駆動しうる。
・粒子が磁性物質を含有している場合(例えば、対象の粒子が磁力より影響されるタイプの小さなビーズ、例えば強磁性ビーズと結合させうる場合)、磁場が駆動場に用いられる。
・粒子が媒体の場合と異なる磁化率を有している場合、媒体に対する粒子の動きを磁気泳動により駆動させるために磁場の勾配が用いられる。
・粒子が媒体の場合と異なる密度を有している場合、粒子に及ぼす重力または他の加速作用が媒体に対する粒子の動きを駆動させる。媒体を音響場に曝すことにより、AC加速が一部の態様で行われる。
移動度変動場
・媒体の温度を変える;
・駆動場と同調して変わる強度および/または偏光および/または波長を有した光または他の放射線に粒子を曝す;
・粒子が通過する媒体の部分へ電場を掛ける;
・粒子が通過する媒体へ磁場を掛ける(磁場は、例えば、粒子に伴う磁気双極子の向きを変え、それにより粒子の抗力の係数に影響を与えるか、または適切な磁気レオロジー流体を含んでなる媒体の粘度を変える);
・粒子が通過する媒体の部分へ音響シグナルを加える;
・媒体で種の濃度に周期的変化を引き起こす;
・電気浸透効果を利用する;
・媒体で周期的化学変化を引き起こす;
・粒子を媒体中の他の粒子または媒体の成分と周期的に結合および解離させる;
・媒体によりうける静水圧を変える;
・媒体中の粒子によりうける有効抗力に変化をもたらすように媒体の物理的寸法を変える;
・磁場を媒体に掛ける。
電気泳動駆動場のような駆動場に応じて粒子の移動度を変える効果も用いうる。
・媒体の当該部分に放射線を向けて、媒体の該部分を加熱する;
・媒体の当該部分と熱接触しているヒーターまたはクーラーを作動させる;
・吸熱または発熱化学反応を媒体の当該部分で(または媒体の当該部分と熱接触している箇所で)生じさせる;および
・その他
本発明の一部態様において、媒体は、放射線を吸収して、吸収された放射線エネルギーを熱として放出する物質を含んでなる。一部の態様において、動かされる粒子付近における媒体の局所加熱は、粒子自体により吸収され熱として放出される波長を有した電磁放射線で粒子を照射することにより行われる。このような態様では、加熱が粒子に局所的であるように、媒体の諸成分により有意に吸収または熱変換されない放射線の波長を選択することが有利である。
・粒子の形態;
・ある他の粒子の形態;
・媒体中で互いのまたは他の種もしくは構造への粒子の結合;
・媒体中の種の互いの結合;媒体の粘度;または
・その他
化学変化は、例えば、架橋を光学的に誘導するか、あるいはフェロセンのような光活性分子の酸化または還元を光学的に誘導することにより、光学的に誘導される。化学変化は、化学種を媒体中へ導入することにより誘導してもよい。化学変化として:媒体のpHを変える変化;媒体中で1種以上の化学種の濃度を変える変化;またはその他のうち1以上もある。
・媒体は小さな磁気ビーズを含有してもよい。ビーズはポリマーマトリックス中のポリマーと結合させてもよい。磁場を掛けることにより、ビーズは粒子路から引き離され、こうして粒子によりうける媒体の有効粘度を減らせる。
・媒体は、適用磁場で変わる粘度を有した磁気レオロジー流体でもよい。
粒子
・タンパク質、RNA、DNAおよび適切な脂質のような電気的に荷電したまたは中性の生体高分子;長鎖ポリマー;ポリペプチド;
・ミセルまたは他の超分子アセンブリーのような分子の凝集体;
・磁気ビーズまたは荷電ビーズが付着しうる粒子;
・生きた微生物;および
・その他
媒体
・アガロースゲルまたは性能最適化ポリマー(POP)ゲル(Perkin Elmer Corporationから入手可能)のようなゲル;
・水性またはその他の溶液;
・ポリマーのからみ合い液体溶液;
・粘稠または濃密溶液;
・運動が向けられている分子(または他の粒子)と特異的に結合するようなポリマーの溶液;
・アクリルアミド、直線状ポリアクリルアミド;
・対象の粒子が微小加工構造との頻繁な衝突または相互作用によりからみ合わされまたは遅延されうるような間隔をあけた、ポストの並びなどのような微小加工構造;
・エントロピー捕捉により分子と相互作用するような構造(例えば、Craighead et al.,Science,12 May 2000,Vol.288);
・PluronicTMF127(BASFから入手可能)のような高粘度流体;
・水;または
・その他
媒体は、粒子が動く上で適した特徴を有するように選択される。粒子がDNAの粒子である場合、適切なポリマーゲルは本発明者らにより現在好まれている媒体である。本発明の一部具体的態様において、粒子はDNAを含んでなり、媒体はアガロースゲルまたは適切な水溶液を含んでなる。一部の態様で、水溶液はアガロースゲルのようなゲルと混合された細菌増殖培地である。
2Dスコダ泳動
3Dスコダ泳動
制御システム
例
例1‐SCODAによる粒子の電気泳動濃縮
μ(t)=μ0+μ1cos(ωt) (10)
この場合に、ν(t)の時間平均は以下である:
ν=kE2 (12)
上記においてkは定数であり、Eは電場の大きさである。この場合に、粒子の速さは電場の大きさの2乗に比例する。粒子の有効移動度(即ち、ドリフト速度の小さな変化dνと電場の小さな変化dEとの関係)は適用電場の大きさで変わる。
dνx=2kEdExおよびdνy=kEdEy (16)
式(16)から、電場の摂動の粒子速度に及ぼす影響が周囲場のものと比例する大きさを有していることがわかる。電場と同方向を有する摂動は、電場と垂直な摂動より2倍大きな粒子速度に及ぼす影響力を有している。
Ex=Ecos(ωt)およびEy=Esin(ωt) (17)
式(17)から式(14)および(15)へ値を代入すると、定数項、角周波数ωを有するサインおよびコサイン項と角周波数2ωを有するサインおよびコサイン項との合計である、という結果を得る。2ωの角周波数を有するコサイン項のみが真粒子ドリフトに寄与するように、参照の枠が選択される。これらの項のみを求めると、次を得る:
dEx=−dEqxcos(2ωt)およびdEy=−dEqycos(2ωt) (19)
それは次のように示される:
・媒体と物理的接触しているクーラーの使用で媒体を冷却し、媒体の周りを循環している緩衝液を冷却し、冷気を媒体に吹付けるかまたは媒体を蒸発で冷却する;
・媒体を非常に薄くすることで、媒体に流れる電流を減らし、媒体からの熱の放散を改善する;
・ヒートシンクとして働く熱伝導性基板に媒体を載せる;
・化学処理により、または導電性の増加を引き起こす不必要種を媒体から離すことにより、媒体の導電性を減らす;
・緩衝液のリザーバーを用意し、緩衝液が蒸発したら媒体周辺の緩衝液を補充する(例えば図3A参照);
・媒体の温度をモニターする温度センサーを1以上用意し、電極に流れる電流を制御することで許容範囲内に留まるよう媒体の温度を制御する;および
・電場以外の駆動場を用いる。
例2‐3D SCODA
例4‐SCODAによるサイズ選択
例5‐DNAの精製
・濃縮させることが望まれるDNAのフラグメントまたは他の分子への望ましくない分子の結合を減少させる;
・そのように望まれるならば、存在するRNAの量を減少させる;
・DNAへの損傷を防ぐ;および/または
・SCODAにより濃縮されない成分へ望ましくない分子を分解させる。
例6‐選択媒体によるSCODA
例7‐電気駆動場および熱移動度変動場
例8‐電気駆動場および光学移動度変動場
・駆動場が粒子を一方向に押しやるときにはある波長または偏光の放射線を適用し、駆動場が反対方向に粒子を押しやるときには異なる波長または偏光の放射線を適用する;
・駆動場が粒子を一方向に押しやるときにはある強度の放射線を適用し、駆動場が反対方向に粒子を押しやるときには低強度の放射線を適用する;
・駆動場と非ゼロ相関を有する時変強度g(t)をもつ放射線を適用する;
・その他
・エリア45Aおよび45Bを交互に照射するために、適切な光学システムにより単一ランプから光が当てられる;
・制御可能な光伝導または反射を有する機械的または電気機械的フィルター、シャッター、マスクまたは他の器具の適切な配置により、1以上のランプからの光がエリア45Aおよび45Bで交互に遮断される;および
・その他
Y方向の集束は、媒体11に対して90度で光パターンおよび電場を回転させることにより行える。
例9‐局所的粘度変化による光学移動度変動
粒子の移動度は媒体の粘度に依存する。粒子は吸収バンドを有している。吸収バンドに波長を有する放射エネルギーを吸収すると、粒子は放射されたエネルギーを熱として放出する。
例10‐駆動場としての流体流
例11‐移動度を変える周期的希釈/濃縮の使用
例12‐病原体検出
例13‐粒子移動度の磁気制御
例14‐駆動場としての加速度
例15‐脱塩用のSCODA
SCODA方法および装置で可能な一部のバリエーション
・駆動および移動度変動場のうち一方を発生させることは不必要である。ある他の目的のために既に存在する場またはノイズすらも含む適切な存在場が、f(t)またはg(t)のうち一方に用いられる。この存在場は検出でき、真ドリフトを生じる駆動場と同調して粒子の移動度が変わるように、検出された場と同調して第二の場が適用されてもよい。
・一定電圧で物理的に回転する電極も、2D SCODAに用いられる回転場をシミュレートするために用いられる。
・小さなDCバイアスも、集束スポットの位置をシフトさせるために用いうる。
・本発明の一部態様では、粒子がSCODAにより濃縮されると予想される箇所で、媒体中にウェルを用意する。ウェルは適切な緩衝液で満たされる。SCODA誘導濃度勾配の結果として、粒子はウェル中に拡散しうる。粒子はピペットまたは他の移送器具でウェルから抽出される。
粒子抽出法および装置
ν=μE (27)
直線系の場合、μは一定である。一定の電気泳動移動度を有する粒子は、ZIFEが媒体に適用された場合に、媒体中で真移動を行わない(即ち、それらの真速度はゼロである)。対照的に、非直線系では、粒子は電場振幅に依存性の電気泳動移動度を有する。このような非直線系では、大きな移動度を生じる方向に粒子の真移動がある。このような非直線系において、粒子速度は以下で与えられる:
ν=μ(E)E (28)
μ(E)=μ0+kE (29)
これら粒子の移動度は電場Eの振幅に応じて増加することがわかる。一定電場Eの影響下で粒子により移動される距離dはd=νtで与えられる。図11で示された形の電場パルスが適用されると、粒子はt2で移動する距離よりも大きな距離をt1で移動する(パルスは大きな場振幅を有する)。これは、粒子により移動される距離に式(27)および(29)を当てはめることで示せる。したがって、“前”方向、即ち振幅の局所電場E1が適用された方向で粒子の真ドリフトがある。
一部の可能な異なる粒子抽出方法および装置
・非荷電または電気的中性分子の抽出も、それらの分子が荷電分子により運ばれるならば、ここで開示された方法および装置を用いて行える。例えば、荷電ミセルと相互作用する中性タンパク質が、ミセルとの相互作用により電気泳動で抽出される。
・ZIFEの実施に用いられる波形は一方向またはその他に偏ってもよい。偏向ZIFEはサイズに応じて粒子の選択的分離を促せる。
Claims (18)
- 駆動場の強度で変わる移動度を粒子が有する第一媒体から粒子を抽出する方法であって、該方法が、
界面で第一媒体に隣接する第二媒体を用意し、
界面に向けられた成分を有する非対称時変抽出駆動場を適用し、抽出駆動場が、界面の方への第一真ドリフト速度を第一媒体中の粒子にもたせ、
粒子を界面から第二媒体中へドリフトさせる
ことからなり、
抽出駆動場の影響下で、第二媒体中の粒子が、
第一真ドリフト速度より有意に小さな、界面から離れる真ドリフト速度を有するか、または
実質的にゼロである真ドリフト速度を有するか、または
界面の方へ向けられた真ドリフト速度を有し、
第二媒体が緩衝液を含んでなる、方法。 - 粒子が荷電され、抽出駆動場が交互電場を含んでなる、請求項1に記載の方法。
- 交互電場の1サイクルでの時間積分が実質的にゼロである、請求項2に記載の方法。
- 交互電場が、第二媒体中の粒子のものを界面の方へ動かせる傾向をもつ方向にDCバイアスを有する、請求項2に記載の方法。
- 第一媒体がゲルを含んでなる、請求項1〜4のいずれか一項に記載の方法。
- ゲルがアガロースゲルを含んでなる、請求項5に記載の方法。
- 粒子が、抽出駆動場の強度に依存した、第一媒体中の移動度を有している、請求項1〜6のいずれか一項に記載の方法。
- 粒子が、抽出駆動場の強度に依存していない、第二媒体中の移動度を有している、請求項1〜7のいずれか一項に記載の方法。
- 粒子が第一粒子を構成し、第二粒子が第一媒体中に存在し、抽出駆動場の影響下で、第一媒体中の第二粒子が、
ゼロ、および
第一真ドリフト速度より有意に小さい
のうち少なくとも一方である真ドリフト速度を有している、請求項1〜8のいずれか一項に記載の方法。 - 粒子がDNAを含んでなる、請求項1〜9のいずれか一項に記載の方法。
- 粒子が生体高分子を含んでなる、請求項1〜9のいずれか一項に記載の方法。
- 粒子がタンパク質を含んでなる、請求項1〜9のいずれか一項に記載の方法。
- 粒子がRNAを含んでなる、請求項1〜9のいずれか一項に記載の方法。
- 粒子が脂質分子を含んでなる、請求項1〜9のいずれか一項に記載の方法。
- 粒子がポリマーを含んでなる、請求項1〜9のいずれか一項に記載の方法。
- 粒子がポリペプチドを含んでなる、請求項1〜9のいずれか一項に記載の方法。
- 粒子が分子の凝集物を含んでなる、請求項1〜9のいずれか一項に記載の方法。
- 凝集物がミセルを含んでなる、請求項17に記載の方法。
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