ここに用いられるように、別に言及しない限り以下の定義を適用するものとする。
「置換基を有していてもよい」という句は、「置換または無置換の」という句と交換可能に用いられる。別に言及しない限り、置換基を有していてもよい基とは、前記基のそれぞれ置換可能な位置に置換基を1つ有してよく、各置換は他のいかなる置換とも独立している。また、置換基類の組み合わせまたは変換は、もしそのような組み合わせが安定な化合物になる場合にのみ許容される。さらに、別に言及しない限り、官能基ラジカル類は独立して選択される。「置換基を有していてもよい」との句が読点「、」で分けられた一連のグループを修飾している場合(例えば、「置換基を有していてもよいA、BまたはC」、または、「何々という置換基を有していてもよいA、BまたはC」)は、前記グループ(例えば、A、BおよびC)の各々が、置換基を有していてもよいということを意味する。
「発色団」という用語は、好適な波長の光を吸収可能な成分全てを意味する。好適な発色団としては、例えば、アゾ色素(例えば、ディスパースレッド1、ディスパースレッド13、ディスパースオレンジ1、ディスパースオレンジ3、ディスパースイエロー7、メチルレッド、メチルオレンジ)、アントラキノン系色素(例えば、ディスパースブルー1、アリザリン)、トリフェニルメタン系色素(例えば、マラカイトグリーン、フクシン、クリスタルバイオレット)、クマリン系色素(例えば、7−アミノ−4−メチルクマリン、6,8−ジフルオロ−7−ヒドロキシクマリン)、キサンテン系色素(例えば、フルオレセイン、ナフトフルオレセイン、エオシン、エリトロシン)、ローダミン系色素(例えば、ローダミンB、ローダミン6G、ローダミン110、テトラメチルローダミン、X−ローダミン)、およびシアニン系色素(例えば、Cy2、Cy3、Cy3.5、Cy5、Cy5.5、Cy7)、またはこれら色素の置換誘導体が含まれる。好適には、前記発色団は、可視光波長350nmから800nmの範囲で著しい消散係数(>5,000M−1cm−1)を有する。より好適には、前記発色団は、可視光波長450nmから550nmの範囲で著しい消散係数(>10,000M−1cm−1)を有する。また、蛍光または燐光特性をもつ発色団も含まれるが、その場合、吸収光の一部はそれより長波長の光として発光される。
ここで用いられる「脂肪族」または「脂肪族基」の用語は、完全に飽和されているか1つ以上の不飽和単位を含む直鎖または分岐のC1−12炭化水素鎖、または完全に飽和されているか1つ以上の不飽和単位を含む単環式C3−8炭化水素または2環式C8−12炭化水素を意味する。しかし、前記単環式または2環式炭化水素(ここでは「炭素環」または「シクロアルキル」とも称する)は芳香族ではなく、さらに、分子の他の部分と結合するための結合点を1つ有し、前記2環式環系の個々の環はどれも3−7員環である。例えば、好適な脂肪族基としては、直鎖または分岐のアルキル、アルケニル、アルキニル、およびそれらの組み合わせ、例えば、(シクロアルキル)アルキル、(シクロアルケニル)アルキル、または(シクロアルキル)アルケニルが含まれるが、これらに限定されるものではない。また、トリアルキルシリルオキシなどの、置換モノ−、ジ−およびトリ−置換シリルオキシ類(アルキルシリルオキシ)も含まれるが、どの場合でも前記アルキル基は全て同じであるかまたは異なっていてもよい。例えば、トリメチルシリルオキシ、トリエチルシリルオキシ、トリプロピルシリルオキシ、トリイソプロピルシリルオキシ、t−ブチルジメチルシリルオキシなどが含まれる。また、ある実施形態では、アルキルシリルオキシはC1−4アルキルシリルオキシを意味する。
単独で、または相対的に大きい部分構造の一部として用いられる、「アルキル」、「アルコキシ」(または、アルキルオキシとも称する)、「ヒドロキシアルキル」、「アルコキシアルキル」および「アルコキシカルボニル」の用語は、1乃至12個の炭素原子を含有する直鎖および分岐鎖両方を含む。例えば、メチル、エチル、n−プロピル、イソプロピル、n−ブチル、s−ブチル、t−ブチルなど、および、対応するアルコキシ類似体も含まれる。単独で、または相対的に大きい部分構造の一部として用いられる、「アルケニル」および「アルキニル」の用語は、2乃至12個の炭素原子を含有する直鎖および分岐鎖両方を含む。
「ハロアルキル」、「ハロアルケニル」および「ハロアルコキシ」という用語は、一個以上のハロゲン原子で置換されていてもよいアルキル、アルケニル、またはアルコキシを意味するが、「ハロゲン」または「ハロ」という用語はF、Cl、BrまたはIを意味する。
「ヘテロ原子」という用語は、窒素、酸素、またはイオウ原子を意味し、さらに窒素原子やイオウ原子の酸化体、および塩基性窒素が4級化された形態も含む。
単独でまたは他の用語と組み合わせて用いられる、「アリール」という用語は、全体で5個から14個の環員数をもつ単環式、2環式または3環式の炭素環式環系を示し、前記環系のすくなくとも1つの環は芳香族であり、前記環系のそれぞれの環は3個から8個の環員数を含む。「アリール」という用語は、「アリール環」という用語と入れ替えて用いてよい。「アラルキル」または「アリールアルキル」という用語は、1つのアリールで置換されたアルキル基を示す。「アラルコシ」または「アリールアルコキシ」という用語は、1つのアリールで置換されたアルコキシ基を示す。「アリールシリルオキシ」は、モノ、ジおよびトリ−置換されたシリルオキシ基類(例えば、トリアリールシリルオキシ)を示す。モノアリールまたはジアリールで置換されたシリル基では、1つ以上の他の基(例えば、アルキル)によって置換されてもよいことは理解されよう。
ここに用いられるように、1つの環がx乃至y個の員数を含む、またはx乃至y個の員数からなると定義される場合、前記環を構成する原子(例えば、炭素またはヘテロ原子)の総数は、x、y、またはxとyとの間の整数となる。例えば、3乃至8個の炭素またはヘテロ原子を有する環は、3、4、5、6、7または8個の環員数を有する環であってよい。
ここに用いられる「ヘテロシクロアルキル」、「ヘテロサイクル」、「ヘテロサイクリル」または「ヘテロサイクリック」という用語は、5、6、7、8、9、10、11、12、13、または14個の環員数をもつ単環式、2環式、または3環式環系を意味する。なお、前記環系において1つ以上の環構成員はヘテロ原子であり、前記環系のそれぞれの環は、3、4、5、6、7または8個の環員数をもち、非芳香族である。
単独でまたは他の用語と組み合わせて用いられる、「ヘテロアリール」という用語は、全体で5、6、7、8、9、10、11、12、13または14個の環員数をもつ単環式、2環式または3環式の環系を示し、1)前記環系のすくなくとも1つの環は芳香族であり、2)前記環系の少なくとも1つの環は1つ以上のヘテロ原子を含み、および3)前記環系のそれぞれの環は3、4、5、6または7個の環員数を有する。「ヘテロアリール」という用語は、「ヘテロアリール環」または「ヘテロ芳香族」という用語と入れ替えて用いてよい。ヘテロアリール環の例としては、2−フラニル、3−フラニル、N−イミダゾリル、2−イミダゾリル、4−イミダゾリル、5−イミダゾリル、3−イソキサゾリル、4−イソキサゾリル、5−イソキサゾリル、2−オキサジアゾリル、5−オキサジアゾリル、2−オキサゾリル、4−オキサゾリル、5−オキサゾリル、1−ピロリル、2−ピロリル、3−ピロリル、1−ピラゾリル、3−ピラゾリル、4−ピラゾリル、2−ピリジル、3−ピリジル、4−ピリジル、2−ピリミジル、4−ピリミジル、5−ピリミジル、3−ピリダジニル、2−チアゾリル、4−チアゾリル、5−チアゾリル、5−テトラゾリル、2−トリアゾリル、5−トリアゾリル、2−チエニル、3−チエニル、カルバゾリル、ベンズイミダゾリル、ベンゾチエニル、ベンゾフラニル、インドリル、キノリニル、ベンゾトリアゾリル、ベンゾチアゾリル、ベンゾオキサゾリル、ベンズイミダゾリル、イソキノリニル、インダゾリル、イソインドリル、アクリジニル、およびベンゾイソキサゾリルが含まれるが、これらに限定されるものではない。また、「ヘテロアラルキル」という用語は、1個のヘテロアリールで置換されたアルキル基を示す。「ヘテロアリールアルコキシ」という用語は、1個のヘテロアリールで置換されたアルコキシ基を示す。
アリール基(アラルキル、アラルコキシ、アリールオキシアルキルなどを含む)またはヘテロアリール基(ヘテロアラルキル、ヘテロアリールアルコキシなどを含む)は、1個以上の置換基を有していてもよい。アリール、ヘテロアリール、アラルキルまたはヘテロアラルキル基の置換されていない炭素原子上の好適な置換基としては、ハロゲン、ハロアルキル、−CF3、−R、−OR、−SR、1,2−メチレンジオキシ、1,2−エチレンジオキシ、アシルオキシなどの保護されたOH、フェニル(または、Ph)、Rで置換されたPh、−O(Ph)、Rで置換された−O−(Ph)、−CH2(Ph)、Rで置換された−CH2(Ph)、−CH2CH2(Ph)、Rで置換された−CH2CH2(Ph)、−NO2、−CN、−N(R)2、−NRC(O)R、−NRC(O)N(R)2、−NRCO2R、−NRNRC(O)R、−NR−NRC(O)N(R)2、−NRNRCO2R、−C(O)C(O)R、−C(O)CH2C(O)R、−CO2R、−C(O)R、−C(O)N(R)2、−OC(O)N(R)2、−S(O)2R、−SO2N(R)2、−S(O)R、−NRSO2N(R)2、−NRSO2R、−C(=S)N(R)2、−C(=NH)−N(R)2、−(CH2)yNHC(O)R、−(CH2)yR、−(CH2)yNHC(O)NHR、−(CH2)yNHC(O)OR、−(CH2)yNHS(O)R、−(CH2)yNHSO2R、または−(CH2)yNHC(O)CH((V)z−R)(R)から選ばれる。ここで、各Rは、水素、置換基を有していてもよい脂肪族(好適にはC5−6)、無置換のヘテロアリールまたはヘテロサイクリック環(好適にはC5−6)、フェニル(またはPh)、−O(Ph)、または−CH2(Ph)−CH2(Ph)の中からそれぞれ独立して選ばれ、yは0乃至6、zは0乃至1、およびVはリンカー基である。Rが脂肪族である場合、−NH2、−NH(C1−4脂肪族)、−N(C1−4脂肪族)2、−S(O)(C1−4脂肪族)、−SO2(C1−4脂肪族)、ハロゲン、(C1−4脂肪族)、−OH、−O−(C1−4脂肪族)、−NO2,−CN、−CO2H、−CO2(C1−4脂肪族)、−O−(ハロC1−4脂肪族)または−ハロ(C1−4脂肪族)の中から選ばれる1個以上の置換基によって置換されていてもよく、各C1−4脂肪族は無置換である。
脂肪族基または非芳香族ヘテロサイクリック環は、1個以上の置換基を有していてもよい。脂肪族基のまたは非芳香族ヘテロサイクリック環の飽和炭素上にある好適な置換基としては、アリール基またはヘテロアリール基の不飽和炭素について上記した置換基、および以下に記した=O、=S、=NNHR、=NN(R)2、=N−、=NNHC(O)R、=NNHCO2(アルキル)、=NNHSO2(アルキル)、または=NRのなかから選ばれる。ここで、各Rは、水素または置換基を有していてもよい脂肪族(好適にはC1−6)から、それぞれ独立して選ばれる。Rが脂肪族であるときは、−NH2、−NH(C1−4脂肪族)、−N(C1−4脂肪族)2、ハロゲン、−OH、−O−(C1−4脂肪族)、−NO2,−CN、−CO2H、−CO2(C1−4脂肪族)、−O−(ハロC1−4脂肪族)または−ハロ(C1−4脂肪族)の中から選ばれる1個以上の置換基によって置換されていてもよく、各C1−4脂肪族は無置換である。
非芳香族ヘテロサイクリック環の窒素原子上の置換基類は、−R、−N(R)2、−C(O)R、−C(O)OR、−C(O)C(O)R、−C(O)CH2C(O)R、−SO2R、−SO2N(R)2、−C(=S)N(R)2、−C(=NH)−N(R)2またはNRSO2Rから選ばれる。ここで、各Rは、水素、置換基を有していてもよい脂肪族(好適にはC1−6)、置換基を有していてもよいフェニル(またはPh)、置換基を有していてもよい−O(Ph)、−CH2(Ph)、置換基を有していてもよい−CH2CH2(Ph)、または、無置換のヘテロアリールまたはヘテロサイクリック環(好適には5−6員環)の中から、それぞれ独立して選ばれる。RがC1−6脂肪族基またはフェニル環であるときは、−NH2、−NH(C1−4脂肪族)、−N(C1−4脂肪族)2、ハロゲン、−(C1−4脂肪族)、−OH、−O−(C1−4脂肪族)、−NO2,−CN、−CO2H、−CO2(C1−4脂肪族)、−O−(ハロC1−4脂肪族)または−ハロ(C1−4脂肪族)の中から選ばれる1個以上の置換基によって置換されていてもよく、各C1−4脂肪族は無置換である。
ここで用いられる「ヌクレオチド」という用語は、リン酸化された糖にN−グリコシド結合したヘテロサイクリックな窒素系塩基を示す。ヌクレオチドには、天然型の塩基(標準塩基)および当分野においてよく知られた修飾塩基が含まれる。このような塩基類は、一般的にヌクレオチド糖部分の1’位に位置している。普通、ヌクレオチド類は、塩基、糖およびリン酸基を有する。ヌクレオチド類は、糖、リン酸基、および/または塩基の部分構造において無修飾であるかまたは修飾することができる。また、こうしたヌクレオチド類は、ヌクレオチド類似体、修飾ヌクレオチド、非天然型ヌクレオチド、非標準ヌクレオチドなどと交換可能に称されもする。核酸中に導入できる化学修飾された核酸塩基類および他の天然型核酸塩基類には、イノシン、プリン、ピリジン−4−オン、ピリジン−2−オン、フェニル、シュードウラシル、2,4,6−トリメトキシベンゼン、3−メチルウラシル、ジヒドロウラシル、ナフチル、アミノフェニル、5−メチルシチジンなどの5−アルキルシチジン類、リボチミジンなどの5−アルキルウリジン類、5−ブロモウリジンなどの5−ハロウリジン、6−アザピリミジン類、または6−メチルウリジンなどの6−アルキルピリミジン類、プロピン、ケオシン、2−チオウリジン、4−チオウリジン、ウイブトシン、ウイブトキソシン、4−アセチルシチジン、5−(カルボキシヒドロキシメチル)ウリジン、5’−カルボキシメチルアミノメチル−2−チオウリジン、5−カルボキシメチルアミノメチルウリジン、ベータ−D−ガラクトシルケオシン、1−メチルアデノシン、1−メチルイノシン、2,2−ジメチルグアノシン、3−メチルシチジン、2−メチルアデノシン、2−メチルグアノシン、N6−メチルアデノシン、7−メチルグアノシン、5−メトキシアミノメチル−2−チオウリジン、5−メチルアミノメチルウリジン、5-メチルカルボニルメチルウリジン、5−メチルオキシウリジン、5−メチル−2−チオウリジン、2−メチルチオ−N−6−イソペンテニルアデノシン、ベータ−D−マンノシルケオシン、ウリジン−5−オキシ酢酸、2−チオシチジン、スレオニン誘導体などが含まれる。ここで、「修飾塩基類」とは、1’位がアデニン、グアニン、シトシン、およびウラシルまたはその等価物以外のヌクレオチド塩基類を意味する。このような塩基類は、酵素作用をする核酸分子の触媒中心部の中、および/または、前記核酸分子の基質結合領域中などの任意の位置で用いることができる。
ここで用いられる「ヌクレオシド」という用語は、糖とN−グリコシド結合したヘテロサイクリックな窒素系塩基を示す。ヌクレオシドには、天然型の塩基(標準塩基)および当分野においてよく知られた修飾塩基が含まれる。このような塩基類は、一般的にヌクレオシド糖部分の1’位に位置する。普通、ヌクレオシド類は、塩基および糖を有する。ヌクレオシド類は、糖、および/または塩基の部分構造で無修飾であるかまたは修飾することができる。また、こうしたヌクレオシド類は、ヌクレオシド類似体、修飾ヌクレオシド、非天然型ヌクレオシド、非標準ヌクレオシドなどと交換可能に称されもする。核酸中に導入できる化学修飾された核酸塩基類および他の天然型核酸塩基類には、イノシン、プリン、ピリジン−4−オン、ピリジン−2−オン、フェニル、シュードウラシル、2,4,6−トリメトキシベンゼン、3−メチルウラシル、ジヒドロウラシル、ナフチル、アミノフェニル、5−メチルシチジンなどの5−アルキルシチジン類、リボチミジンなどの5−アルキルウリジン類、5−ブロモウリジンなどの5−ハロウリジン、6−アザピリミジン類、または6−メチルウリジンなどの6−アルキルピリミジン類、プロピン、ケオシン、2−チオウリジン、4−チオウリジン、ウイブトシン、ウイブトキソシン、4−アセチルシチジン、5−(カルボキシヒドロキシメチル)ウリジン、5’−カルボキシメチルアミノメチル−2−チオウリジン、5−カルボキシメチルアミノメチルウリジン、ベータ−D−ガラクトシルケオシン、1−メチルアデノシン、1−メチルイノシン、2,2−ジメチルグアノシン、3−メチルシチジン、2−メチルアデノシン、2−メチルグアノシン、N6−メチルアデノシン、7−メチルグアノシン、5−メトキシアミノメチル−2−チオウリジン、5−メチルアミノメチルウリジン、5-メチルカルボニルメチルウリジン、5−メチルオキシウリジン、5−メチル−2−チオウリジン、2−メチルチオ−N−6−イソペンテニルアデノシン、ベータ−D−マンノシルケオシン、ウリジン−5−オキシ酢酸、2−チオシチジン、スレオニン誘導体などが含まれる。ここで、「修飾塩基類」とは、1’位にアデニン、グアニン、シトシン、およびウラシルまたはその等価物以外のヌクレオシド塩基類を意味する。このような塩基類は、酵素作用をする核酸分子の触媒中心部の中、および/または、前記核酸分子の基質結合領域中などの任意の位置で用いることができる。
ここで用いられる「アベイシック」という用語は、塩基をもたないか、または1’位にある塩基の代わりに他の化学官能基をもつ糖の部分構造を示す。例えば、特許文献5参照。
ここで用いられる「無修飾ヌクレオシド」という用語は、β−D−リボフラノースの1’位炭素に結合したアデニン、シトシン、グアニン、チミン、およびウラシル塩基類のなかの1塩基を示す。
ここで用いられる「修飾ヌクレオシド」という用語は、無修飾ヌクレオチド塩基、糖および/またはリン酸基の化学構造に修飾が施された任意のヌクレオチド塩基を示す。
ここで用いられる「オリゴヌクレオチド」という用語は、2個以上のヌクレオチドを有する分子を示す。オリゴヌクレオチドは、リボ核酸、デオキシリボ核酸、およびそれらの組み合わせおよび/またはそれらを化学修飾した誘導体を有してもよい。全てのオリゴヌクレオチドは、酵素作用をする核酸、アンチセンス核酸、アプタマー、デコイ、アロザイム、ssRNA、2本鎖rRNA、siRNA、3重鎖オリゴヌクレオチド、および2,5−Aキメラなどの核酸類を有してもよい。
本発明は、蒸留で容易に精製される液状クロロシランを供給する方法を提供するが、このクロロシランは所望の保護基を製造するために蒸留後に発色団を用いて誘導体化可能な官能基構造を有する。この方法は、第1工程において、官能基化したクロロシラン中間体を好適に保護したヌクレオシドと反応させ、クロマトグラフィーにより所望の生成物を精製し、続いて、第2工程において、前記発色団を5’−シリル保護ヌクレオシドと反応させ、クロマトグラフィーにより所望の生成物を精製し、高収率で5’−発色性シリル保護ヌクレオシドを得る工程を必要とするものである。
また、本発明は、RNA合成が適切に進行しているかどうかを定量的に測定するために可視的な手段を提供するとともに、5’−シリル−2’−オルトエステルRNA合成戦略用にカップリング効率をほぼ定量的に測定するための比色アッセイを可能にする。さらに、前記発色性シリル基は、迅速なフッ素イオンによる脱保護化および高効率なカップリング収率などといった今ある5’−シリル保護基類の利点を保つとともに、現在の5’−シリル保護基類の選択性を保ちながら5’−水酸基上に導入される。全ての5’−発色性シリル保護ホスホラミダイト組成物は、シロップ状の樹脂とは対照的に固体の泡状物として存在し、その結果、計量や移し替えなどの取り扱いが簡便である。また、本発明の全ての新規シリル保護基組成物は、入手容易で(バルクとしても)比較的低コストな原材料から調製される。
本発明の組成物および方法は、化学的DNA合成と同様に化学的RNA合成にも適用できる。この場合、現在の5’−DMT保護基の化学に対してさらに優れた利点を有する。DMT基に対してかなり強い酸脱保護条件を用いた場合、合成中にオリゴヌクレオチドのデピュリネーションが小さいがかなりの程度で起きえることがよく知られている。これらのデピュリネーションの部位は、切り出し工程および核酸塩基の脱保護工程中、鎖が切断される部位となり、その結果、粗生成物の混合物を複雑化するとともに完全な長さをもつオリゴヌクレオチドの収率を低下させる。非酸性フッ素イオンに不安定な5’−シリルエーテルを用いる方法は、上記問題を回避するもので、合成遺伝子の調製に通常用いられる長いオリゴヌクレオチド類(100個を超えるヌクレオチド)を合成するために特に重要な方法である。
また、本発明を、非ヌクレオシド水酸基類、例えば、単純なアルコール類、ポリオール類、糖類、炭水化物類、ステロイド類、ビタミン類、および他の天然物類の保護に使用できることは、当業者によって理解されるであろう。前記5’−発色性シリル保護基類は、温和な塩基性条件下においてフッ素イオンに対し速やかに反応するように設計され最適化されてきた。こうして、5’−発色性シリル保護基類は、TBDMSなどの比較的安定なシリルエーテル類を含む様々な他の保護基類と組み合わせて有効に用いてよく、TBDMSを脱離させない条件下で5’−発色性シリル保護基類を選択的に脱保護してもよい。これとは別に、比較的安定なシリルエーテル類と化学的に相いれない基質類に対して、5’−発色性シリル保護基類を保護基として用いてもよい。さらに、本発明の発色性シリル保護基類は、特別な染料または機器を用いる以外それ自身ほとんど検出できない基質類に対し、可視的検出可能なまたは追跡可能な特性を付与するために用いることができる。
本発明は、式(I)で表される化合物を提供する。
で表される中間体と反応させる工程を含む。ここでL
1は、アジド、アルキン、アルケン、マレイミド、ニトリルオキシド、アルデヒドまたはイミンからなる群より選ばれ、R
1、R
2および
Xは、上記式(I)で記載されるのと同じである。前記反応によりL
1およびL
2が反応してQとなる、式(I)で表される生成物が得られる。好ましくは、Qは、L
1とL
2との共有結合反応で生じる任意の基である。好適な実施形態としては、L
1およびL
2はアジドまたはアルキンであり、その結果生成するQはトリアゾールである。
本発明の保護ヌクレオシド類の合成方法はここに開示され、当業者に明確な方法である。好適な方法としては、金属触媒1,3−双極子環化付加反応、オレフィンメタセシスおよびヘテロ Diels−Alder系の反応が含まれる。こうしたタイプの反応は、通常「クリック」反応として知られている(非特許文献4参照)。「クリック」化学の1例は、1,2,3−トリアゾールを得るために、銅(I)塩存在下アジド化合物をアルキン化合物と反応させる、Huisgenの1,3−双極子環化付加反応である。もし、クロロシラン中間体上に選ばれる官能基類が、クロロシラン自身に対して反応性をもたないとともに、オリゴヌクレオチド合成過程で、迅速な脱保護に用いるフッ素イオンに対し必要な反応性をもつのであれば、別の手段または方法を用いてもよい。さらに、前記発色団は、遊離の3’−水酸基(ホスホラミダイトへの次の変換部位)と反応しないとともに既に導入されたどの保護基類(例えば、2’−ACEまたは核酸塩基保護基類)にも影響しないように、前記5’−シリル保護ヌクレオシドと共有結合して反応しなければならない。
図1はアジド−アルキン「クリック」反応を、5’−シリル保護ヌクレオシドに発色団を導入するのに適用した方法を示す。この例では、発色団成分はアジドを有し、5’−シリル保護基はアルキンを有する。銅(I)で触媒される環化付加反応により所望の5’−発色性シリル保護ヌクレオシドが得られる。この5’−発色性シリル保護ヌクレオシドから、当業者に良く知られた標準的な条件下で所望のホスホラミダイト組成物が次に得られる。
1例として、以下に5’−ディスパースレッド−シリル保護基(DR(OiPr)2sil)について述べる。
ここで、「Y」は保護化されるアルコール基であり、RNAまたはDNA合成の場合には、Yは無修飾のまたは修飾されたヌクレオシドまたはアベイシックである。この新規保護基は、標準的なホスホラミダイト合成法に安定であり、5’−シリル−2’−オルトエステルRNA合成化学に用いられる従来の試薬類に対しても安定である。この保護基は、フッ素イオンにより35秒という短時間で簡便に除去され、各合成サイクルのステップカップリング効率を測定するために分光光度的に容易に検出可能なディスパースレッド(DR)発色団を放出する。以下に、本発明の5’−DR(OiPr)
2Sil−2’−ACE−リボヌクレオチドアミダイト類の一般構造を示す。
ここで、「R
1」はアルキル基またはアリール基であるか、またはヘテロ原子で置換されたアルキル基またはアリール基であるが、メチルまたは2−シアノエチルが好ましく、特にメチルが好ましい。「R
2」はアルキル基またはアリール基であるか、またはヘテロ原子で置換されたアルキル基またはアリール基であるが、イソプロピルが好ましい。「R
3」はアルキル基またはアリール基であるか、またはヘテロ原子で置換されたアルキル基またはアリール基であるが、2’−アセトキシエチルが好ましい。「Base(塩基)」は、オリゴヌクレオチド合成に用いるために適宜保護化された、アデニン、グアニン、ウラシル、チミン、またはシトシンなどの一般的な核酸塩基を表すか、または2−アミノプリン、キサントシン、イミダゾール、ベンズイミダゾール、5−フルオロウラシル、5−ブロモウラシル、5−ヨードウラシル、7−デアザ−アデニン、7−デアザ−グアニン、シュードウラシル、および6,6−ジメチルアデニンなどの一般的ではない核酸塩基を表すが、これらに限定されるものではない。
5’− DR(OiPr)2Sil保護ホスホラミダイト類を用いるオリゴヌクレオチド合成は、先行技術(非特許文献5乃至8および特許文献6参照)に記載される5’−シリル−2’−オルトエステルRNA合成用の全ての条件に正確に従って行われる。
リン酸保護基の脱保護、エキソサイクリックアミン類の脱保護、担体からの切り出し、および2’−オルトエステル基の最終脱保護は、全て先に報告した方法に従って行われる。先に述べたように、着色した5’−脱保護溶液は定量のために収集してよいが、もし合成が正常に進行していることを眼で見て確認するだけでよければ、収集する必要はない。収集した発色団の定量は、合成機器から得られた溶液を希釈し、用いた特定の発色団および希釈に用いた溶液に特有な、適切な波長での吸光度を測定することにより達成される。例えば、もしディスパースレッド発色団をアセトニトリルで希釈する場合、溶液のλmaxは470nmであり、水では490nmであり、0.5M H2SO4では540nmである。
特定のステップについてのカップリング効率は、そのステップの前に行ったカップリングステップの吸光度と、現在行っているカップリングステップの吸光度との比から求められる。全ヌクレオチド合成の平均ステップ収率は、以下の式より計算される。
平均ステップ収率%=(最終カップリングステップの吸光度/第1カップリングステップの吸光度)1/n × 100
ここで、「n」はカップリングステップの全体数である。
以下の実施例は本発明の実施形態を例証する目的のためだけに記載されるものであり、いかなる意味においても本発明の範囲を限定するものではない。
A.DPMBSiClの合成
ジイソプロポキシジクロロシラン(1):この原料はChappelowの方法(J.Org.Chem.1960,25,435−459)に従って合成した。2−プロパノール(887g,14.8mol)をAr雰囲気下3時間かけてゆっくりとSiCl4(1475g,8.7mol)に0℃にて加えた。反応から発生したHClガスは25%(w/v)KOH水溶液にバブリングして通して中和した。この溶液を3時間反応させ、この間Arを30分間溶液にバブリングした。続いて、この溶液を、3mmガラスビーズを充填した30cmHempleカラムで蒸留した(浴温:180℃、蒸留温度:120℃)。得られたフラクションは全て1HNMRによって分析した。フラクションA:411g(95%モノ体、5%ジ体);フラクションB:140g(22%モノ体、76%ジ体、2%トリ体);フラクションC:511g、収率27%(95%ジ体、5%トリ体);およびフラクションD:393g(50%ジ体、50%トリ体)。なお、フラクションBとDは、別の操作で不純物を除いたフラクションと合して後日再蒸留を行った。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d モノ体: 4.53 (h, J= 6.2 Hz, 1 H), 1.31 (d, J= 6.2 Hz, 6 H). ジ体 4.41 (h, J = 6.2 Hz, 2 H), 1.26 (d, J= 6.2 Hz, 12 H); トリ体 4.29 (h, J= 6.2 Hz, 3 H), 1.21(d, J= 6.2 Hz, 12 H). 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d ジ体 69.27, 24.85。
ジイソプロピル−(2−メチル−3−ブチン−2−オキシ)クロロシラン(DPMBSiCl):乾燥させた3頚フラスコに、化合物1(696g、3.2mol)、CH2Cl2(500ml)およびEt3N(552g,5.4mol)を加えた。このフラスコをAr雰囲気下に置き、オーバーヘッドスターラーを備え付けて0℃に冷やした。2−メチル−3−ブチン−2−オール(270g,3.2mol)のCH2Cl2(1200ml)溶液を、先に調製した溶液に4時間かけてゆっくりと加えた。この反応を0℃に保った後、ゆっくりと15℃にまで昇温した。18時間撹拌後、塩をろ過して除き、明褐色の溶液を濃縮した。こうして得られた油状物を乾燥させた2Lのフラスコにろ過して入れ、真空蒸留した(浴温:63℃、真空度:63mTorr、蒸留温度:40℃)。得られたフラクションは全て1HNMRによって分析した。フラクションA:187g(少量の不純物を含む生成物);フラクションB:467g、収率55%(純粋な生成物)。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 4.33 (h, J= 6.2 Hz, 2 H), 2.44 (s, 1 H), 1.60 (s, 6 H), 1.23 (d, J= 6.2 Hz, 12 H), 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d 87.32, 71.30, 69.04, 67.69, 32.13, 25.10。
B.DMMBSiClの合成
ジメチル−(2−メチル−3−ブチン−2−オキシ)クロロシラン(DMMBSiCl):乾燥させた3頚フラスコに、ジクロロジメチルシラン(684g、5.3mol)、CH2Cl2(1000ml)およびEt3N(941g,9.01mol)を加えた。このフラスコをAr雰囲気下に置き、オーバーヘッドスターラーを備え付けて0℃に冷やした。2−メチル−3−ブチン−2−オール(446g,5.3mol)のCH2Cl2(500ml)溶液を、先に調製した溶液に3時間かけてゆっくりと加えた。この反応を0℃に保った後、ゆっくりと15℃にまで昇温した。24時間撹拌後、塩をろ過して除き、明褐色の溶液を濃縮した。こうして得られた油状物を乾燥させた2Lのフラスコにろ過して入れ、分別蒸留した(浴温:40℃、真空度:73mBar、蒸留温度:26℃)。初期のフラクションは廃棄して主なフラクションを残した(421g、2.06mol、収率39%)。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 2.47 (s, 1 H), 1.56 (s, 6 H), 0.52 (s, 6 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d 87.76, 72.14, 68.52, 32.62, 4.39。
C.BTMBSiClの合成
ビス−トリメチルシリルオキシ−(2−メチル−3−ブチン−2−オキシ)クロロシラン(BTMBSiCl):乾燥させた3頚フラスコに、ビス−トリメチルシリルオキシジクロロシラン(909g、3.28mol)、CH2Cl2(1000ml)およびEt3N(563g,5.57mol)を加えた。このフラスコをAr雰囲気下に置き、オーバーヘッドスターラーを備え付けて0℃に冷やした。2−メチルー3−ブチン−2−オール(276g,3.28mol)のCH2Cl2(740ml)溶液を、先に調製した溶液に5時間かけてゆっくりと加えた。この反応を0℃に保った後、ゆっくりと15℃にまで昇温した。48時間撹拌後、生成した塩をろ過して除き、明褐色の溶液を濃縮した。こうして得られた油状物を乾燥させた2Lのフラスコにろ過して入れ、分別蒸留した(浴温:65℃、真空度:86mTorr、蒸留温度:35℃)。初期のフラクションは廃棄して主なフラクションを残した(521g、1.6mol、収率49%)。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 2.41 (s, 1 H), 1.57 (s, 6 H), 0.15 (s, 18 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d 87.41, 71.27, 68.62, 32.19, 1.59。
D.DR−N3の合成
N−エチル−N−(2−アジドエチル)アニリン(2):N−エチル−(2−アミノ)エタノール(91.5g、554mmol)をCH2Cl2(1400ml)に溶かし、Et3N(192.4ml,1385mmol)を加えた。この溶液を0℃に冷やし、メタンスルホニルクロリド(51.8ml,665mmol)を30分間かけてゆっくりと加えた。0.5時間後に、反応溶液をCH2Cl2(500ml)で希釈し、2%HCl(500ml)で2回、水(500ml)、および飽和食塩水(500ml)で続けて洗浄した。有機層をNa2SO4パッドに通し、減圧濃縮して明褐色の油状物(135g、554mmol、100%)を得た。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 7.25-7.19 (m, 2 H), 6.73-6.68 (m, 3 H), 4.33 (t, J= 6.2 Hz, 2 H), 3.65 (t, J= 6.2 Hz, 1 H), 3.41 (q, J= 7.1 Hz, 2 H), 2.96 (s, 3 H), 1.16 (t, J= 7.1 Hz, 3 H)。
アジ化ナトリウム(17.4g、267mmol)を上記の油状物に加え、DMSO(600ml)で希釈した。反応フラスコを70℃に加熱して1.5時間撹拌してから室温にまで冷やした。この溶液を水(1500ml)で希釈し、Et2O(600ml)で3回抽出した。得られた有機層を合して水(800ml)で3回洗浄し、続いて飽和食塩水(800ml)で1回洗浄した。この有機層をNa2SO4パッドに通し、減圧濃縮して化合物2を粘性のある油状物(101g、531mmol、96%)として得た。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 7.31-7.22 (m, 2 H), 6.77-6.69 (m, 3 H), 3.56-3.42 (m, 6 H), 1.19 (t, J= 10.6 Hz, 3 H)。
N−エチル−N−(2−アジドエチル−4−(4−ニトロフェニルアゾ)アニリン(DR−N3):2Lのフラスコ中、濃硫酸(100ml)を0℃に冷やし、そこにNaNO2(40.7g、590mmol)を15分間かけて少しずつ加えた。得られた明紫色の溶液を、さらに10分撹拌し、AcOH(1000ml)およびPrOH(300ml)により希釈した。反応を0℃に保ち、4−ニトロアニリン(81.5g、590mmol)を15分間かけて加えた。得られた黄色がかった褐色溶液を2時間撹拌した後、以下に記載した溶液に加えた。
オーバーヘッドスターラーを装着した5Lの3頚フラスコに、化合物2(112.3g、590mmol)、NaOAc(180g)、AcOH(800ml)および水(800ml)を加え、0℃に冷やした。上記のジアゾニウム溶液を分別ロートに移し、このアジド溶液に20分間かけてゆっくりと加えた。この操作によって、速やかに赤色物質が溶液から沈殿した。この溶液を、続いて20%(w/v)NaOAc水溶液(1L)で希釈し、さらに3時間0℃において撹拌した。得られた赤色のペースト状物をろ過し、水(8L)で洗浄し、206.5gを得た。この物質をCH2Cl2(1200ml)に溶かし、水(800ml)で5回洗浄した。水層を合してCH2Cl2(300ml)で1回再抽出を行い、得られた有機層を合して飽和食塩水(1000ml)で洗浄した。この有機層をNa2SO4で乾燥し、ろ過後、光沢のある赤色の固体を得た。熱エタノール(900ml)から5回再結晶を行った。固体をろ過し、冷エタノールで洗い、真空デシケーターで終夜乾燥して鈍い赤色固体を得た(150.8g、75%)。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 8.30 (d, J= 14.1 Hz, 2 H), 7.91 (d, J = 9.5 Hz, 2 H), 7.84(d, J= 7.8 Hz, 2 H), 6.72 (d, J= 10 .1 Hz, 2 H), 3.68-3.46 (m, 6 H), 1.25 (t, J= 7.1 Hz, 3 H); 13 C NMR (CD 3 CN, 75.5 Hz) d 156.90, 150.60, 147.32, 143.86, 126.27, 124.62, 122.65, 111.46, 49.49, 48.93, 45.83, 12.26。
E.DB−N3の合成
N−エチル−N−(2−アジドエチル)−4−(5−ニトロ−2−トリアゾール−アゾ)アニリン:ニトロ化濃硫酸(4.1ml、20.54mmol)の溶液を、AcOH/PrOH 6:1の溶液(70ml)に0℃にてゆっくりと加えた。30分間撹拌後、2−アミノー5−ニトロトリアゾール()2.60g、17.86mmol)を30分間かけて少量ずつゆっくりと加えた。この溶液をさらに50分間撹拌してから以下に述べる溶液にゆっくりと加えた。
別のフラスコ中、化合物2(4.93g、25.9mmol)を水(120ml)、AcOH(5ml)および濃塩酸(1ml)で希釈した。この溶液を0℃に冷やし、上記のジアゾニウム化合物溶液を15分間かけて加えると、速やかに暗青色になった。反応溶液を室温にまで昇温して1時間撹拌した。反応溶液を10M NaOH水溶液(50ml)で氷浴にて中和した。この溶液をろ過し、水で洗浄すると黒色のタール状の物質得られた。このものをアセトンに溶かし水を加えることで再結晶を行った。ろ過して得られた黒色固体をさらにEt2Oで洗浄した。得られた粉末を乾燥して2.49gを得た(40%)。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 8.60 (s, 1 H), 7.95 (d, J= 9.3 Hz, 2 H), 6.78 (d, J = 9.3 Hz, 2 H), 3.68-3.57 (m, 6 H), 1.29 (t, J= 7.1 Hz, 3 H)。
F.AR−N3の合成
1−[(2−アジドエチル)アミノ]アントラセン−9,10−ジオン(AR−N3):化合物3(12.88g、48.2mmol)をKrapch,A.P.,およびShaw,K.J.(J.Org.Chem.1983,48,3341−3343)に記載される方法によって調製し、この化合物3をCH2Cl2(500ml)およびEt3N(12.20g、120.2mmol)に溶かした。この溶液を0℃に冷やし、メタンスルホニルクロリド(6.63g、57.84mmol)を滴下して加えた。2時間撹拌後に、この反応溶液をCH2Cl2(500ml)で希釈し、10%HClで洗浄した。得られた有機層を飽和食塩水で洗浄し、Na2SO4で乾燥した。得られた赤色溶液を減圧濃縮して赤色固体(16.0g、96%)を得た。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 9.93 (b, 1 H), 8.32-8.22 (m, 2 H), 7.80- 7.50 (m, 4 H), 7.08 (d, J= 8.4 Hz, 1 H), 4.48 (t, J= 5.6 Hz, 2 H), 3.75 (q, J= 5.7 Hz, 2 H), 3.07 (s, 3 H)。
上記で得られた物質をNaN3(3.60g、55.6mmol)と混合し、95%EtOH(150ml)に懸濁させた。この混合物を18時間80℃に加熱し、乾固するまで減圧濃縮した。得られた赤色のペースト状物をCH2Cl2に溶かし、水で洗浄した。水層を1回CH2Cl2で再抽出し、得られた有機層を合して飽和食塩水で洗浄した。有機層をNa2SO4で乾燥し、乾固するまで減圧濃縮した。得られた赤色固体をCH2Cl2から再結晶して赤色の針状結晶(9.13g、65%)を得た。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 9.95 (b, 1 H), 8.30-8.21 (m, 2 H), 7.78-7.54 (m, 4 H), 7.07 (d, J = 7.4 Hz, 1 H), 3.66-3.54 (m, 4 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 Hz) d 185.44, 183.71, 151.28, 135.56, 135.40, 134.95, 134.94, 134.15, 133.28, 133.11, 132.78, 126.97, 117.45, 116.41, 113.76, 50.52, 42.15。
G.MPオルトホルメートの合成
トリス−(2−ブチン−1−オキシ)−オルトホルメート(MP−オルトホルメート):この原料はScaringe(米国特許第5,889,136参照)に記載される方法と同様の方法によって調製した。3Lの丸底フラスコに2−ブチル−1−オール(334g、4.77mmol)、p−トルエンスルホン酸1水和物(6.0g、32mmol)およびトリエチルオルトホルメート(235.6g、1.59mol)を加え、ジオキサン(800ml)で希釈した。この反応溶液を減圧下(75mBar)穏やかに加熱し、1−2滴/秒の一定の滴下速度になるようにしてこの反応溶液を滴下した。18時間後、このフラスコにジオキサン(800ml)および2−ブチン−1−オール(23.2g、0.33mol)を加え、再び加熱および減圧した。8時間後、揮発性の溶媒類を高真空(6mBar)で除去し、Et3N(20ml)を加えて反応を止めた。生成物を分別蒸留(浴温:175℃、真空度:300mTorr、蒸留温度:105℃)して、無色の油状物264g(75%)を得た。このものは20℃で放置後固体となった。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 5.51 (s, 1 H), 4.18 (s, 6 H), 1.79 (s, 9 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) I´ 110.20, 82.62, 74.41, 52.89, 3.68。
5’−DR(OiPr)2シリルアミダイト類の合成
A.5’−DR(OiPr)2−シリル−rA(NiBu)アミダイト(4d)
化合物4aのシリル化:化合物4a(50.0g、90.0mmol)のCH2Cl2溶液(1L)にジイソプロピルアミン(18.2g、180.0mmol)を加え、この溶液を0℃に冷やした。別のフラスコ中にDPMBSiCl(31.0g、117.0mmol)をCH2Cl2溶液(240mL)にて希釈した。このシリル化溶液にジイソプロピルアミン(14.2g、140.4mmol)を加え、この溶液をヌクレオシド溶液に滴下して加える前に、2分間撹拌した。滴下は30分以内で終了し、反応溶液を終夜にて室温にまでゆっくりと昇温した。TLC分析により、原料の消失が示された。MeOH(30mL)を加えて反応を止め、乾固するまで減圧濃縮した。この粗製物をシリカゲルフラッシュクロマトグラフィー(シリカゲル 1.5L;溶出液(酢酸エチル/アセトン/ヘキサン=0:2:8(v/v/v)から4:2:4(v/v/v)0.1%(v/v)Et3N含有)により精製した。生成物を含むフラクションを合して減圧濃縮し、4bを無色油状物として得た。収量は62.5g(収率89%)であった。1 H NMR (CD 3 CN, 300 mHz) d 8.79 (b, 1 H), 8.61 (s, 1 H), 8.43 (s, 1 H), 6.19 (d, J = 5.6 Hz, 1 H), 5.37 (s, 1 H), 4.93 (t, J= 5.3 Hz, 1 H), 4.48-4.43 (m, 1 H), 4.31-4.21 (m, 2 H), 4.17-3.94 (m, 7 H), 3.72-3.59 (m, 3 H), 3.52-3.44 (m, 2 H), 3.17-3.08 (m, 1 H), 2.75 (s, 1 H), 1.96 (s, 1 H), 1.95 (s, 1 H), 1.56 (s, 6 H), 1.22-1.16 (m, 18 H); 13 C NMR (CD 3 CN, 75.5 mHz) d 177.17, 171.90, 153.43, 153.09, 150.98, 143.62, 124.48, 113.92, 89.37, 87.84, 86.49, 77.31, 72.52, 71.80, 68.82, 67.58, 64.41, 64.27, 64.19, 64.09, 61.35, 36.71, 32.91, 31.31, 26.08, 21.45, 19.97, 14.93; ESI-TOF MS (M + H + ) 計算値 784.3437, 実測値 784.3417。
DR−N3を用いた4bの色素コンジュゲート化:ヨウ化銅(1.57g、8.0mmol)を、4b(62.5g、80.0mmol)、DR−N3(35.3g、104.0mmol)およびiPr2NEt(10.34g、80.0mmol)を溶かしたトルエン溶液(1.6L)に加えた。この溶液を1分間ソニケーションし、続いて室温で3時間撹拌した後、酢酸エチルおよび飽和食塩水により分液した。水層から赤色が消えるように水層を1回酢酸エチルで再抽出した。得られた有機層を合して減圧濃縮した。この粗製物をシリカゲルフラッシュクロマトグラフィー(シリカゲル 1.8L;溶出液(酢酸エチル/アセトン/ヘキサン=2:2:6(v/v/v)から6:2:2(v/v/v)0.1%(v/v)Et3N含有)により精製した。生成物を含むフラクションを合して減圧濃縮し、4cを赤色泡状物として得た。収量は69.0g(収率77%)であった。1 H NMR (CD 3 CN, 300 mHz) d 8.75 (b, 1 H), 8.57 (s, 1 H), 8.28 (s, 1 H), 8.30 (d, J= 10.6 Hz, 2 H), 7.88 (d, J= 9.7 Hz, 2 H), 7.76 (d, J = 10.6 Hz, 2 H), 7.64, s, 1 H), 6.6 d, J= 9.3 Hz, 2 H), 6.16 (d, J= 5.2 Hz, 1 H), 5.39 (s, 1 H), 4.88 (t, J = 5.1 Hz, 1 H), 4.56 (t, J= 6.0 Hz, 2 H), 4.42 (q, J = 9.4 Hz, 1 H), 4.22-4.08 (m, 3 H), 4.04-3.94 (m, 5 H), 3.90-3.84 (m, 3 H), 3.67-3.60 (m, 4 H), 3.54-3.47 (m, 1 H), 3.30 (q, J= 14.2 Hz, 2 H), 3.15-3.06 (m, 1 H), 1.94 (s, 3 H), 1.93 (s, 3 H), 1.61 (s, 6 H), 1.19 (d, J= 8.6 Hz, 6 H), 1.10 (d, J= 6.1 Hz, 12 H), 1.07 (t, J= 7.1 Hz, 3 H); 13 C NMR (CD 3 CN, 75.5 mHz) d 177.14, 171.87, 157.94, 156.52, 153.39, 152.96, 152.62, 150.87, 148.84, 144.87, 143.48, 127.27, 126.10, 123.78, 122.83, 113.94, 1 12.81 , 87.95, 86.25, 77.43, 73.40, 71.48, 67.45, 64.36, 64.19, 64.34, 64.19, 64.14, 64.10, 51.38, 48.81, 46.41, 36.68, 31.47, 34.41, 26.07, 21.43, 21.41, 19.97, 12.69. ESI-TOF MS (M + Na + ) 計算値 1145.4694, 実測値 1145.4696。
化合物4cのホスフィチル化:ビス(ジイソプロピルアミノ)メトキシホスフィン(24.0g、91.5mmol)をCH2Cl2(200mL)に溶かし、0.5M濃度の5−エチルチオ−1−H−テトラゾールの無水アセトニトリル溶液(61.4mL、30.7mmol)を加えた。続いて、ジイソプロピルアミン(6.1g、61.4mmol)を加え、このホスフィン溶液を室温にて5分間撹拌した。別のフラスコの中に、4c(69.0g、61.4mmol)およびジイソプロピルアミン(6.1g、61.4mmol)を、CH2Cl2(300mL)により溶かした。こうして活性化させたホスフィン溶液をヌクレオシド溶液に加え、反応溶液を室温で撹拌した。16時間撹拌後、無水エタノール(50mL)で反応を止め、溶液を乾固するまで濃縮した。得られたペースト状物質をシリカゲルフラッシュクロマトグラフィー(シリカゲル 2L;溶出液(CH2Cl2/ヘキサン=5:95(v/v)2%(v/v)Et3N含有からアセトン/へキサン=2:8(v/v)から4:6(v/v)0.5%(v/v)Et3N含有)により精製した。生成物を含むフラクションを合して減圧濃縮し、4dを赤色泡状物として得た。収量は67.5g(収率86%)であった。1 H NMR (CD 3 CN, 300 mHz) d 8.67 (s, 1 H), 8.55 (s, 1 H), 8.38 および 8.37 (各々 s, 1 H), 8.32 (d, J= 8.9 Hz, 2 H), 7.89 (d, J= 8.9 Hz, 2 H), 7.76 (d, J= 8.3 Hz, 2 H), 7.63 および 7.62 (各々 s, 1 H), 6.65 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 6.19-6.15 (m, 1 H), 5.37 および 5.30 (各々 s, 1 H), 4.99-4.92 (m, 1 H), 4.67-4.53 (m, 3 H), 4.26-4.18 (m, 3 H), 4.03-3.84 (m, 8 H), 3.72-3.50 (m, 5 H), 3.46-3.26 (m, 6 H), 3.14-3.05 (m, 1 H), 1.96- 1.90 (m, 6 H), 1.62 および 1.60 (各々 s, 6 H), 1.22-1.04 (m, 33 H); 31 P NMR (CD 3 CN, 121.5 Hz) d 150.99, 150.34; ESI-TOF MS (M + Na + ) 計算値 1306.5664, 実測値 1306.5657。
B.5’−DR(OiPr)2−シリル−rG(NiBu)アミダイト(5d)
化合物5aのシリル化:実施例2の方法Aに記載の化合物4aのシリル化と同様の製造方法により、化合物5a(50.0g、87.5mmol)から化合物5bを収率78%で製造した。1 H NMR (CD 3 CN, 300 Hz) d 9.54 (b, 1 H), 8.10 (s, 1 H), 5.96 (d, J= 5.7 Hz, 1 H), 5.36 (s, 1 H), 4.73 (t, J= 5.4 Hz, 1 H), 4.42 (q, J= 8.6 Hz, 1 H), 4.32-4.24 (m, 2 H), 4.12-3.93 (m, 7 H), 3.72-3.62 (m, 3 H), 3.56 (m, 1 H), 3.43-3.41 (m, 1 H), 2.75 (s, 1 H), 2.70 (p, J= 6.8 Hz, 1 H), 1.98 (s, 3 H), 1.97 (s, 3 H), 1.56 (s, 6 H), 1.21-1.17 (m, 18 H); 13 C NMR (CD 3 CN, 75.5 Hz) d 181.44, 172.04, 156.81, 150.22, 149.69, 139.05, 122.16, 113.85, 89.36, 87.17, 86.48, 77.81, 72.52, 71.91, 68.83, 67.41, 64.64, 64.44, 64.26, 64.21, 64.16, 37.06, 32.92, 26.09, 21.46, 19.68, 19.61; ESI-TOF MS (M + H + ) 計算値 800.3386, 実測値 800.3392。
DR−N3を用いた5bの色素コンジュゲート化:実施例2の方法Aに記載の化合物4bの色素コンジュゲート化と同様の製造方法により、化合物5b(54.4g、68.0mmol)から化合物5cを収率71%で製造した。1 H NMR (CD 3 CN, 300 Hz) d 9.61 (b, 1 H), 8.31 (d, J= 7.1 Hz, 2 H), 8.04 (s, 1 H), 7.88 (d, J= 7.1 Hz, 2 H), 7.77 (d, J= 9.2 Hz, 2 H), 7.59 (s, 1 H), 6.64 (d, J= 9.2 Hz, 2 H), 5.92 (d, J= 5.2 Hz, 1 H), 5.42 (s, 1 H), 4.70 (t, J= 5.1 Hz, 1 H), 4.57 (t, J = 6.0 Hz, 2 H), 4.40 (q, J= 4.7 Hz, 1 H), 4.25-4.11 (m, 2 H), 4.09-3.99 (m, 5 H), 3.94-3.82 (m, 4 H), 3.73-3.52 (m, 5 H), 3.34 (q, J= 6.2 Hz, 2 H), 3.08 (q, J= 7.3 Hz, 1 H), 2.69 (p, J= 6.8 Hz, 1 H), 1.96 (s, 3 H), 1.94 (s, 3 H), 1.57 (s, 6 H), 1.18-1.06 (m, 21 H); 13 C NMR (CD 3 CN, 75.5 Hz) d 181.51, 171.97, 157.85, 156.82, 156.51, 152.58, 150.10, 149.62, 148.66, 144.83, 144.83, 129.18, 127.31, 126.03, 123.78, 122.91, 122.10, 112.61, 112,78, 87.46, 86.20, 77.86, 73.42, 71.46, 67.46, 64.34, 64.28, 64.20, 63.99, 51.46, 48.83, 47.58, 46.51, 36.92, 31.56, 31.50, 26.15, 19.78, 19.73, 12.83, 9.57; ESI- TOF MS (M +Na + ) 計算値 1161.4643, 実測値 1161.4640。
化合物5cのホスフィチル化:実施例2の方法Aに記載の化合物4cのホスフィチル化と同様の製造方法により、化合物5c(50.4g、44.2mmol)から化合物5dを収率81%で製造した。1 H NMR (CD 3 CN, 300 Hz) d 9.61 (b, 1 H), 8.32 (d, J= 9.7 Hz, 2 H), 8.13 および 8.12 (各々 s, 1 H), 7.88 (d, J = 9.7 Hz, 2 H), 7.78 (d, J = 9.1 Hz, 2 H), 7.72 および 7.67 (各々 s, 1 H), 6.68 (d, J= 9.2 Hz, 2 H), 5.97 (t, J= 6.7 Hz, 1 H), 5.43 および 5.38 (各々 s, 1 H), 4.78-4.72 (m, 1 H), 4.62-4.46 (m, 3 H), 4.30-4.25 (m, 3 H), 4.06-3.90 (m, 7 H), 3.87-3.82 (m, 5 H), 3,73-3.44 (m, 4 H), 3.40-3.38 (m, 4 H), 2.78-2.64 (m, 1 H), 1.98 および 1.97 (各々 s, 3 H), 1.95 および 1.94 (s, 3 H), 1.67 および 1.65 (各々 s, 6 H), 1.23-1.03 (m, 33 H). 31 P NMR (CD 3 CN, 121.5 Hz) d 151.98, 150.88; ESI-TOF MS (M + Na + ) 計算値 1322.5613; 実測値 1322.5626。
C.5’−DR(OiPr)2−シリル−rC(NAc)アミダイト(6d)
化合物6aのシリル化:実施例2の方法Aに記載の化合物4aのシリル化と同様の製造方法により、化合物6a(50.0g、99.4mmol)から化合物6bを収率86%で製造した。1 H NMR (CD 3 CN, 300 mHz) d 9.01 (b, 1 H), 8.36 (d, J= 7.5 Hz, 1 H), 7.33 (d, J= 7.5 Hz, 1 H), 5.93 (d, J = 2.1 Hz, 1 H), 5.67 (s, 1 H), 4.34-4.20 (m, 3 H), 4.18-4.10 (m, 5 H), 4.07-3.96 (m, 3 H), 3.84-3.75 (m, 4 H), 3.33-3.31 (m, 1 H), 2.75 (s, 1 H), 2.13 (s, 3 H), 2.01 (s, 3 H), 1.99 (s, 3 H), 1.57 (s, 6 H), 1.21 (d, J= 6.1 Hz, 12 H); 13 C NMR (CD 3 CN, 75.5 mHz) d 172.42, 171.99, 164.21, 156.51, 146.40, 113.88, 97.25, 90.43, 89.28, 85.11, 78.95, 72.68, 69.32, 68.84, 67.64, 65.20, 64.46, 64.37, 63.91, 63.76, 62.79, 61.36, 32.99, 26.15, 25.51, 21.51, 14.99; ESI-TOF MS (M + Na + ) 計算値 754.2825, 実測値 754.2839。
DR−N3を用いた6bの色素コンジュゲート化:実施例2の方法Aに記載の化合物4bの色素コンジュゲート化と同様の製造方法により、化合物6b(59.7g、68.0mmol)から化合物6cを収率80%で製造した。 1 H NMR (CD 3 CN, 300 mHz) d 8.85 (b, 1 H), 8.31 (d, J= 9.0 Hz, 2 H), 8.28 (d, J= 7.6 Hz, 1 H), 7.89 (d, J= 9.0 Hz, 2 H), 7.79 (d, J= 8.9 Hz, 2 H), 7.63 (s, 1 H), 7.24 (d, J= 7.5 Hz, 1 H), 6.69 (d, J= 9.2 Hz, 2 H), 5.88 (m, 1 H), 5.69 (s, 1 H), 4.57 (t, J= 6.0 Hz, 2 H), 4.28-4.12 (m. 8 H), 4.07-3.99 (m, 2 H), 3.91-3.68 (m, 8 H), 3.34 (q, J = 7.0 Hz, 2 H), 2.10 (s, 3 H), 2.00 (s, 3 H), 1.98 (s, 3 H), 1.62 (s, 6 H), 1.14 (d, J= 6.1 Hz, 12 H), 1.10 (t, J= 7.1 Hz, 3 H); 13 C NMR (CD 3 CN, 75.5 mHz) d 171.17, 171.95, 163.94, 157.93, 156.40, 156.29, 152.65, 148.94, 146.11, 144.89, 127.30, 127.11, 123.78, 122.71, 113.83, 112.83, 96.91, 90.50, 84.91, 78.90, 73.34, 69.03, 67.50, 64.45, 64.36, 63.73, 62.53, 51.36, 48.81, 46.42, 31.46, 31.41, 31.29, 26.11, 25.43, 21.45, 12.72; ESI-TOF MS (M + Na + ) 計算値 1093.4269, 実測値 1093.4259。
化合物6cのホスフィチル化:実施例2の方法Aに記載の化合物4cのホスフィチル化と同様の製造方法により、化合物6c(73.6g、69.0mmol)から化合物6dを収率80%で製造した。1 H NMR (CD 3 CN, 300 mHz) d 8.92 (s, 1 H), 8.34-8.27 (m, 3 H), 7.88 (d, J= 10.2 Hz, 2 H), 7.78 (d, J= 9.4 Hz, 2 H), 7.60 および7.58 (各々 s, 1 H), 7.28-7.14 (m, 2 H), 6.67 (d, J = 9.7 Hz, 2 H), 5.97-5.92 (m, 1 H), 5.66 および 5.60 (各々 s, 1 H), 4.60-4.55 (m, 2 H), 4.36-4.29 (m, 2 H), 4.24-4.01 (m, 7 H), 3.94-3.84 (m, 3 H), 3.81-3.61 (m, 4 H), 3.61-3.50 (m, 2 H), 3.37-3.27 (m, 5 H), 2.10 (s, 3 H), 1.99-1.97 (m, 6 H), 1.64 および 1.62 (各々 s, 6 H), 1.19-1.07 (m, 27 H); 31 P NMR (CD 3 CN, 121.5 Hz)d 151.36, 150.55. ESI-TOF MS (M + Na + ) 計算値 1254.5238, 実測値 1254.5253。
D.5’−DR(OiPr)2−シリル−rU アミダイト(7d)
化合物7aのシリル化:実施例2の方法Aに記載の化合物4aのシリル化と同様の製造方法により、化合物7a(28.2g、60.9mmol)から化合物7bを収率80%で製造した。1 H NMR (CD 3 CN, 300 mHz) d 9.12 (s, 1 H), 7.78 (d, J= 8.1 Hz, 1 H), 5.95 (d, J= 5.2 Hz, 1 H), 5.61 (d, J = 8.1 Hz, 1 H), 5.44 (s, 1 H), 4.34-3.92 (m, 12 H), 3.82-3.66 (m, 4 H), 2.76 (s, 1 H), 2.01 (s, 3 H), 2.00 (s, 3 H), 1.58 (s, 6 H), 1.20 (d, J= 6.1 Hz, 12 H); 13 C NMR (CD 3 CN, 75.5 mHz) d 172.00, 164.53, 152.07, 141.81, 113.80, 103.38, 89.34, 88.06, 85.84, 77.26, 72.56, 71.02, 68.87, 67.65, 64.32, 64.27, 64.05, 61.36, 32.95, 32.93, 26.11, 21.48, 14.93; ESI-TOF MS (M + Et 3 NH + ) 計算値 792.3950, 実測値792.3963。
DR−N3を用いた7bの色素コンジュゲート化:3当量のDRN3を用いた以外は、実施例2の方法Aに記載の化合物4bの色素コンジュゲート化と同様の製造方法により、化合物7b(27.4g、39.6mmol)から化合物7cを収率70%で製造した。1 H NMR (CD 3 CN, 300 mHz) d 9.22 (b, 1 H), 8.30 (d, J = 7.1 Hz, 2 H), 7.89 (d, J =9.1 Hz, 2 H), 7.82 (d, J= 10.3 Hz, 2 H), 7.73 (d, J= 8.2 Hz, 1 H), 7.62 (s, 1 H), 6.70 (d, J= 9.3 Hz, 2 H), 5.90 (d, J= 4.8 Hz, 1 H), 5.54 (d, J= 8.1 Hz, 1 H), 5.47 (s, 1 H), 4.57 (t, J = 6.0 Hz, 2 H), 4.32 (t, J = 5.0 Hz, 1 H), 4.22-4.00 (m, 7 H), 3.96-3.78 (m, 5 H), 3.74- 3.56 (m, 5 H), 3.34 (q, J= 14.1 Hz, 2 H), 1.99 (s, 3 H), 1.97 (s, 3 H), 1.62 (s, 6 H), 1.14- 1.09 (m, 15 H); 13 C NMR (CD 3 CN, 75.5 Hz) d 171.94,164.53, 157.93, 156.45, 152.63, 151.96, 148.84, 144.90, 141.68, 127.32, 126.12, 123.80, 122.73, 113.78, 112.83, 103.19, 88.29, 85.59, 77.52, 73.39, 70.65, 67.50, 64.33, 64.27, 64.16, 63.69, 51.38, 48.81, 46.43, 31.45, 26.13, 21.47, 12.74; ESI-TOF MS (M + Na + ) 計算値 1052.4003, 実測値 1052.4000。
化合物7cのホスフィチル化:実施例2の方法Aに記載の化合物4cのホスフィチル化と同様の製造方法により、化合物7c(73.6g、69.0mmol)から化合物7dを収率80%で製造した。1 H NMR (CD 3 CN, 300 mHz) d 9.25 (b, 1 H), 8.30 (d, J= 9.0 Hz, 2 H), 7.88 (d, J= 9.0 Hz, 2 H), 7.80-7.72 (m, 3 H), 7.60 および 7.58 (各々 s, 1 H), 6.68 (d, J= 9.1 Hz, 2 H), 5.98-5.94 (m, 1 H), 5.58-5.54 (m, 1 H), 5.45 および 5.39 (各々 s, 1 H), 4.60- 4.56 (m, 2 H), 4.38-4.32 (m, 2 H), 4.23-4.04 (m, 7 H), 3.94-3.55 (m, 10 H), 3.38-3.28 (m, 5 H), 1.98 および 1.97 (各々 s, 6 H), 1.63 および 1.62 (各々 s, 6 H), 1.18-1.08 (m, 27 H); 31 P NMR (CD 3 CN, 121.5 Hz) d 151.03, 150.81; ESI-TOF MS (M + Na + ) 計算値 1213.4973, 実測値 1213.4984。
E.5’−DR(OiPr)2−シリル−2’−OMe−A(NiBu)アミダイト(8d)
化合物8aのシリル化:実施例2の方法Aに記載の化合物4aのシリル化と同様の製造方法により、化合物8a(17.5g、50.0mmol)から化合物8bを収率85%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 8.70 (s, 1 H), 8.50 (s, 1 H), 8.37 (b, 1 H), 6.25 (d, J = 4.4 Hz, I H), 4.51 (d, J = 4.7 Hz, 1 H), 4.34-4.24 (m, 3 H), 4.21-4.18 (m, 1 H), 4.14 (dd, J = 11.8 Hz, J = 2.8 Hz, 1 H), 4.04 (dd, J = 11.8 Hz, J = 2.4 Hz, 1 H), 3.50 (s, 2 H), 3.47 (d, J = 5.4 Hz, 1 H), 3.28 (p, J = 6.4 Hz, 1 H), 2.74 (d, J = 5.0 Hz, 1 H), 2.43 (s, 1 H), 1.59 (s, 6 H), 1.29 (d, J = 6.8 Hz, 6 H), 1.22 (d, J = 6.1 Hz, 12 H); 13 C NMR (CD 3 CN, 75.5 mHz) d 177.35, 153.46, 151.00, 143.40, 124.56, 89.32, 87.55, 86.49, 84.91, 72.58, 70.66, 68.84, 67.60, 64.27, 59.52, 36.73, 32.96, 26.10, 20.02。
DR−N3を用いた8bの色素コンジュゲート化:実施例2の方法Aに記載の化合物4bの色素コンジュゲート化と同様の製造方法により、化合物8b(22.9g、39.5mmol)から化合物8cを収率79%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 8.64 (s, 1 H), 8.38 (s, 2 H), 8.29 (d, J = 9.0 Hz, 2 H), 7.88 (d, J = 9.0 Hz, 2 H), 7.82 (d, J = 9.1 Hz, 2 H), 7.43 (s, 1 H), 6.64 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 6.17 (d, J = 3.4 Hz, 1 H), 4.52 (t, J = 6.2 Hz, 2 H), 4.45 (q, J = 5.6 Hz, 1 H), 4.24-4.15 (m, 3 H), 4.11-4.02 (m, 2 H), 3.97-3.86 (m, 3 H), 3.52 (s, 3 H), 3.30-3.22 (m, 4 H), 1.67 (s, 6 H), 1.26 (d, J = 6.8 Hz, 6 H), 1.14 (d, J = 6.0 Hz, 12 H), 1.08 (t, J = 7.1 Hz, 3 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d 176.44, 156.74, 156.10, 152.75, 151.05, 150.62, 149.32, 147.81, 144.27, 141.44, 126.43, 124.89, 122.93, 122.52, 121.20, 111.55, 86.69, 84.98, 84.25, 72.63, 69.06, 66.61, 62.26, 59.01, 50.72, 47.74, 46.01, 36.19, 30.95, 30.78, 25.57, 25.53, 19.38, 12.34。
化合物8cのホスフィチル化:実施例2の方法Aに記載の化合物4cのホスフィチル化と同様の製造方法により、化合物8c(28.6g、31.1mmol)から化合物8dを収率92%で製造した。1 H NMR (CD 3 CN, 300 mHz) d 8.67 (b, 1 H), 8.56 (s, 1 H), 8.38 (s, 1 H), 8.31 (d, J = 9.0 Hz, 2 H), 7.89 (d, J = 9.0 Hz, 2 H), 7.76 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 7.65 および 7.63 (各々 s, 1 H), 6.66 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 6.09 (t, J = 5.1 Hz, 1 H), 4.67-4.53 (m, 3 H), 4.43 (q, J = 5.6 Hz, 1 H), 4.25-4.13 (m, 3 H), 3.98 (dd, J =11.6 Hz, J = 3.4 Hz, I H),
3.87-3.83 (m, 3 H), 3.69-3.57 (m, 2 H), 3.40 および 3.38 (各々 d, J = 13.1 Hz, 3 H), 3.33- 3.25 (m, 5 H), 3.09 (p, J = 6.8 Hz, 1 H), 1.62 および 1.61 (各々 s, 6 H), 1.21-1.11 (m, 24 H), 1.07 および 1.06 (各々 t, J = 7.0 Hz, 3 H); 31 P NMR (CD 3 CN, 121.5 mHz) d 151.22, 149.97。
F.5’−DR(OiPr)2−シリル−2’−OMe−G(NiBu)アミダイト(9d)
化合物9aのシリル化:実施例2の方法Aに記載の化合物4aのシリル化と同様の製造方法により、化合物9a(18.4g、50.0mmol)から化合物9bを収率67%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 9.44 (b, 1 H), 8.16 (s, 1 H), 5.91 (d, J = 5.7 Hz, 1 H), 4.49-4.44 (m, 1 H), 4.31-4.21 (m, 3 H), 4.22-4.15 (m, 1 H), 4.05-3.95 (m, 2 H), 3.33 (s, 3 H), 3.07 (d, J = 3.9 Hz, 1 H), 2.72 (p, J = 6.9 Hz, 1 H), 2.43 (s, 1 H), 1.54 (s, 6 H), 1.22-1.16 (m, 18 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d 179.35, 155.98, 148.61, 148.03, 137.93, 121.46, 88.19, 85.95, 85.63, 84.52, 70.94, 70.35, 67.78, 66.74, 63.53, 58.86, 36.50, 32.36, 25.50, 19.24。
DR−N3を用いた9bの色素コンジュゲート化:実施例2の方法Aに記載の化合物4bの色素コンジュゲート化と同様の製造方法により、化合物9b(20.0g、33.6mmol)から化合物9cを収率60%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 8.61 (b, 1 H), 8.31 (d, J = 9.0 Hz, 2 H), 8.06 (s, 1 H), 7.90 (d, J = 9.0 Hz, 2 H), 7.81 (d, J = 9.1 Hz, 2 H), 7.66 (s, 1 H), 6.64 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 5.87 (d, J = 4.7 Hz, 1 H), 4.64-4.60 (m, 2 H), 4.38 (q, J = 4.6 Hz, 1 H), 4.24-4.11 (m, 5 H), 4.07-4.05 (m, 1 H), 3.96-3.85 (m, 2 H), 3.42 (s, 3 H), 3.36 (d, J = 7.1 Hz, 2 H), 2.98 (d, J = 4.7 Hz, 1 H), 2.60 (p, J = 6.9 Hz, 1 H), 1.67 (s, 6 H), 1.23 (d, J = 6.9 Hz, 6 H), 1.18-1.10 (m, 15 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d 179.03, 156.86, 155.78, 155.75, 150.96, 148.29, 147.91, 147.69, 144.17, 137.79, 126.41, 124.89, 122.90, 121.74, 121.65, 111.55, 86.22, 85.01, 84.41, 72.60, 69.72, 66.67, 66.63, 62.62, 58.90, 50.58, 47.91, 45.77, 36.54, 30.98, 30.74, 25.62, 25.55, 25.50, 19.30, 19.15, 12.30。
化合物9cのホスフィチル化:実施例2の方法Aに記載の化合物4cのホスフィチル化と同様の製造方法により、化合物9c(18.7g、20.0mmol)から化合物9dを収率87%で製造した。1 H NMR (CD 3 CN, 300 mHz) d 9.35 (b, 1 H), 8.32 (d, J = 9.1 Hz, 2 H), 8.10 (s, 1 H), 7.90 (d, J = 7.2 Hz, 2 H), 7.77 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 7.70 および 7.69 (各々 s, 1 H), 6.67 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 5.89-5.85 (m, 1 H), 4.58 (t, J = 5.9 Hz, 2 H), 4.54-4.45 (m, 1 H), 4.27-4.15 (m, 4 H), 3.94-3.80 (m, 4 H), 3.74-3.55 (m, 2 H), 3.41-3.29 (m, 8 H), 2.71-2.61 (m, 1 H), 1.64 (s, 6 H), 1.20-1.14 (m, 30 H), 1.09 (t, J = 7.1 Hz, 3 H); 31 P NMR (CD 3 CN, 121.5 mHz) d 151.19, 150.37。
G.5’−DR(OiPr)2−シリル−2’−OMe−C(NAc)アミダイト(10d)
化合物10aのシリル化:実施例2の方法Aに記載の化合物4aのシリル化と同様の製造方法により、化合物10a(18.4g、50.0mmol)から化合物10bを収率55%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 8.57 (d, J= 7.5 Hz, 1 H), 8.30 (b, 1 H), 7.39 (d, J= 7.5 Hz, 1 H), 5.99 (s, 1 H), 4.33-4.21 (m, 4 H), 4.05 (dd, J = 12.2 Hz, J = 1.7 Hz, 1 H), 4.03-3.97 (m, 1 H), 3.76 (d, J = 5.2 Hz, 1 H), 3.71 (s, 3 H), 2.62 (d, J= 9.4 Hz, 1 H), 2.43 (s, 1 H), 2.20 (s, 3 H), 1.58 (s, 3 H), 1.54 (s, 3 H), 1.22 (d, J = 6.1 Hz , 12 H); 13 C NMR (CD 3 CN, 75.5 mHz) d 172.07, 163.87, 156.28, 146.27, 96.73, 89.73, 89.29, 85.22, 84.87, 75.56, 68.84, 67.64, 62.57, 59.43, 32.92, 26.06, 25.37。
DR−N3を用いた10bの色素コンジュゲート化:実施例2の方法Aに記載の化合物4bの色素コンジュゲート化と同様の製造方法により、化合物10b(14.6g、27.7mmol)から化合物10cを収率87%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 9.95 (b, 1 H), 8.45 (d, J= 7.5 Hz, 1 H), 8.26 (d, J= 8.9 Hz, 2 H), 7.86 (d, J= 8.9 Hz, 2 H), 7.83 (d, J= 9.0 Hz, 2 H), 7.42 (s, 1 H), 7.35 (d, J= 7.4 Hz, 1 H), 6.65 (d, J= 9.1 Hz, 2 H), 5.91 (s, 1 H), 4.55 (t, J= 6.1 Hz, 2 H), 4.23-4.10 (m, 4 H), 3.97-3.88 (m, 4 H), 3.69 (d, J = 5.0 Hz, 1 H), 3.64 (s, 3 H), 3.35-3.24 (m, 3 H), 2.21 (s, 3 H), 1.66 (s, 6 H), 1.14 (d, J = 6.0 Hz, 12 H), 1.08 (t, J = 6.9 Hz, 3 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d 171.03, 163.11, 156.70, 155.99, 155.11, 150.64, 147.72, 145.19, 144.23, 126.41, 124.84, 122.89, 121.11, 111.53, 96.54, 88.38, 84.11, 83.76, 72.54, 67.05, 66.57, 60.71, 58.92, 50.70, 47.69, 45.98, 30.90, 30.72, 25.52, 25.04, 12.32。
化合物10cのホスフィチル化:実施例2の方法Aに記載の化合物4cのホスフィチル化と同様の製造方法により、化合物10c(20.8g、24.0mmol)から化合物10dを収率85%で製造した。1 H NMR (CD 3 CN, 300 mHz) d 8.81 (b, 1 H), 8.34-8.31 (m, 3 H), 7.90 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 7.79 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 7.59 および7.57 (各々 s, 1 H), 7.24 (d, J = 7.5 Hz, 1 H), 6.68 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 5.88-5.86 (m, 1 H), 4.52 (t, J = 5.9 Hz, 2 H), 4.33-4.15 (m, 3 H), 4.11-4.02 (m, 3 H), 3.91-3.87 (m, 2 H), 3.80-3.78 (m, 1 H), 3.63-3.53 (m, 2 H), 3.51 および 3.49 (各々 s, 3 H), 3.38-3.28 (m, 5 H), 2.14 および 2.10 (各々 s, 3 H), 1.63 および 1.62 (各々 s, 6 H), 1.17-1.08 (m, 27 H); 31 P NMR (CD 3 CN, 121.5 mHz) d 150.75, 150.21。
H.5’−DR(OiPr)2−シリル−2’−OMe−U アミダイト(11d)
化合物11aのシリル化:実施例2の方法Aに記載の化合物4aのシリル化と同様の製造方法により、化合物11a(11.7g、45.3mmol)から化合物11bを収率27%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 8.06 (d, J = 8.2 Hz, 1 H), 5.99 (d, J = 3.0 Hz, 1 H), 5.71 (d, J = 8.2 Hz, 1 H), 4.33-4.26 (m, 3 H), 4.22-4.15 (m, 1 H), 4.04-4.00 (m, 2 H), 3.78 (dd, J= 5.1 Hz, J= 3.0 Hz, 1 H), 3.57 (s, 3 H), 2.41 (s, 1 H), 1.56 (s, 6 H), 1.20 (d, J = 6.1 Hz, 12 H)。
DR−N3を用いた11bの色素コンジュゲート化:3当量のDRN3を用いた以外、実施例2の方法Aに記載の化合物4bの色素コンジュゲート化と同様の製造方法により、化合物11b(7.3g、14.9mmol)から化合物11cを収率67%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 9.37 (b, 1 H), 8.28 (d, J = 8.8 Hz, 2 H), 7.96 (d, J = 8.2 Hz, 1 H), 7.88 (d, J = 8.7 Hz, 2 H), 7.84 (d, J = 9.1 Hz, 2 H), 7.38 (s, 1 H), 6.66 (d, J = 9.1 Hz, 2 H), 5.89 (d, J = 1.5 Hz, 1 H), 5.59 (d, J = 8.1 Hz, 1 H), 4.54 (t, J = 6.2 Hz, 2 H), 4.26-4.03 (m, 5 H), 3.94-3.89 (m, 4 H), 3.70 (dd, J = 5.1 Hz, J = 1.5 Hz, 1 H), 3.56 (s, 3 H), 3.28 (q, J = 6.8 Hz, 2 H), 1.66 (s, 6 H), 1.14-1.07 (m, 15 H)。
化合物11cのホスフィチル化:実施例2の方法Aに記載の化合物4cのホスフィチル化と同様の製造方法により、化合物11c(8.4g、10.0mmol)から化合物11dを収率90%で製造した。1 H NMR (CD 3 CN, 300 mHz) d 8.91 (b, 1 H), 8.33 (d, J = 9.0 Hz, 2 H), 7.91 (d, J = 9.1 Hz, 2 H), 7.81 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 7.75 および 7.74 (各々 d, J = 8.2 Hz, 1 H), 7.58 および 7.57 (各々 s, 1 H), 6.70 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 5.87 (d, J = 4.9 Hz, 1 H), 5.53 (d, J = 8.1 Hz, 1 H), 4.57 (t, J = 6.0 Hz, 2 H), 4.39-4.30 (m, 1 H), 4.24-4.15 (m, 2 H), 4.10-4.06 (m, 1 H), 3.93-3.79 (m, 5 H), 3.67-3.53 (m, 2 H), 3.40-3.28 (m, 8 H), 1.63 および1.62 (各々 s, 6 H), 1.17-1.08 (m, 27 H); 31 P NMR (CD 3 CN, 121.5 mHz) d 151.12, 150.22。
I.5’−DR(OiPr)2−シリル−2’−F−C(NAc)アミダイト(12d)
化合物12aのN−アセチル化:化合物12a(24.5g、100mmol)のEtOH(500mL)懸濁液を無水酢酸(71.5g、700mmol)と70℃で3時間加熱した。フラスコを放冷後、溶媒を真空下除去した。得られた油状物を、無水EtOH、続いてトルエンとともに繰り返し減圧濃縮した。得られた白色の粉末はさらに精製することなく次のシリル化に用いた。
N−アセチル保護された化合物12aのシリル化:12aを溶かすのを補助するジメチルホルムアミド(100mL)を用いた以外は、実施例2の方法Aに記載の化合物4aのシリル化と同様の製造方法により、化合物12a(24.5g、100mmol)から化合物12bを収率55%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 8.93 (b, 1 H), 8.38 (d, J = 7.5 Hz, 1 H), 7.35 (d, J = 7.5 Hz, 1 H), 5.95 (d, J = 16.9 Hz, 1 H), 4.96 (dd, J = 52.6 Hz, J = 3.9 Hz, 1 H), 4.37-4.24 (m, 4 H), 4.11-4.00 (m, 2 H), 3.61 (d, J = 7.5 Hz, 1 H,), 2.77 (s, 1 H), 2.15 (s, 3 H), 1.60 (s, 6 H), 1.24 (d, J = 6.1 Hz, 12 H); 19 F NMR (CDCl 3 , 282.4 mHz) d -203.31。
DR−N3を用いた12bの色素コンジュゲート化:実施例2の方法Aに記載の化合物4bの色素コンジュゲート化と同様の製造方法により、化合物12b(28.39g、55.0mmol)から化合物12cを収率67%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 8.76 (b, 1 H), 8.33 (d, J = 9.1 Hz, 2 H), 8.30 (d, J = 5.4 Hz, 1 H), 7.92 (d, J = 9.1 Hz, 2 H), 7.80 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 7.62 (s, 1 H), 7.25 (d, J = 7.5 Hz, 1 H), 6.71 (d, J = 9.3 Hz, 2 H), 5.89 (d, J = 17.0 Hz, 1 H), 4.91(dd, J = 52.7 Hz, J = 3.9 Hz, 1 H), 4.58 (t, J = 6.1 Hz, 2 H), 4.30-4.22 (m, 2 H), 4.21-4.14 (m, 4 H), 4.10-4.05 (m, 1 H), 3.94-3.87 (m, 2 H), 3.35 (q, J = 7.1 Hz, 2 H), 2.14 (s, 3 H), 1.62 (s, 6 H), 1.17-1.14 (m, 15 H); 19 F NMR (CDCl 3 , 282.4 mHz) d -203.13。
化合物12cのホスフィチル化:実施例2の方法Aに記載の化合物4cのホスフィチル化と同様の製造方法により、化合物12c(13.0g、28.1mmol)から化合物12dを収率92%で製造した。1 H NMR (CD 3 CN, 300 mHz) d 8.80 (b, 1 H), 8.35 (d, J = 9.0 Hz, 2 H), 8.28 および 8.27 (各々 d, J = 7.5 Hz, 1 H), 7.92 (d, J = 9.0 Hz, 2 H), 7.82 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 7.61 および 7.60 (各々 s, 1 H), 7.27 (d, J = 7.5 Hz, 1 H), 6.71 (d, 9.2 Hz, 1 H), 5.93 (d, J = 17.2 Hz, 1 H), 5.02 および 5.00 (各々 dd, J = 52.2 Hz, J = 4.4 Hz, 1 H), 4.60 (t, J = 6.0 Hz, 2 H), 4.38-4.13 (m, 5 H), 3.97-3.90 (m, 3 H), 3.64-3.55 (m, 2 H), 3.39-3.32 (m, 5 H), 2.16 および 2.14 (各々 s, 3 H), 1.65-1.63 (m, 6 H), 1.19-1.11 (m, 27 H); 19 F NMR (CD 3 CN, 282.4 mHz) d -200.66, -200.69, -200.82, -200.85; 31 P NMR (CD 3 CN, 121.5 mHz) d 151.52, 151.47, 151.29, 151.23。
J.5’−DR(OiPr)2−シリル−2’−F−U アミダイト(13d)
化合物13aのシリル化:実施例2の方法Aに記載の化合物4aのシリル化と同様の製造方法により、化合物13a(12.3g、50.0mmol)から化合物13bを収率75%で製造した。1 H NMR (CD 3 CN, 300 mHz) d 7.82 (d, J = 8.1 Hz, 1 H), 5.95 (dd, J = 17.0 Hz, 1.7 Hz, 1 H), 5.61 (d, J = 8.1 Hz, 1 H), 4.99 (dd, J= 50.3 Hz, J = 1.6 Hz, 1 H), 4.33-4.21 (m, 4 H), 4.03-3.96 (m, 4 H), 1.58 (s, 6 H), 1.21 (d, J = 6.1 Hz, 12 H)。
DR−N3を用いた13bの色素コンジュゲート化:3当量のDRN3を用いた以外、実施例2の方法Aに記載の化合物4bの色素コンジュゲート化と同様の製造方法により、化合物13b(24.9g、52.0mmol)から化合物13cを収率59%で製造した。1 H NMR (CD 3 CN, 300 mHz) d 8.93 (b, 1 H), 8.29 (d, J = 9.7 Hz, 2 H), 7.87 (d, J = 9.1 Hz, 2 H), 7.78 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 7.67 (d, J = 8.2 Hz, 1 H), 7.58 (s, 1 H), 6.68 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 5.84 (dd, J = 16.3 Hz, J = 1.1 Hz, 1 H), 5.46 (d, J = 8.2 Hz, 1 H), 4.89 (dd, J = 52.0 Hz, J = 4.5 Hz, 1 H), 4.54 (t, J = 6.0 Hz, 2 H), 4.25-4.21 (m, 1 H), 4.19-4.13 (m, 3 H), 4.02-3.92 (m, 2 H), 3.88-3.83 (m, 3 H), 3.32 (q, J = 7.1 Hz, 2 H), 1.58 (s, 6 H), 1.08-1.05 (m, 15 H); 19 F NMR (CD 3 CN, 282.4 mHz) d -203.46。
化合物13cのホスフィチル化:実施例2の方法Aに記載の化合物4cのホスフィチル化と同様の製造方法により、化合物13c(18.2g、22.0mmol)から化合物13dを収率86%で製造した。1 H NMR (CD 3 CN, 300 mHz) d 8.93 (b, 1 H), 8.29 (d, J = 9.0 Hz, 2 H), 7.87 (d, J = 9.1 Hz, 2 H), 7.77 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 7.68 および 7.66 (各々 d, J = 8.2 Hz, 1 H), 7.54 および 7.53 (各々 s, 1 H), 6.67 (d, J = 9.3 Hz, 2 H), 5.84 (d, J = 28.0 Hz, 1 H), 5.47 および 5.46 (各々 d, J = 8.1 Hz, 1 H), 4.97 (d, J = 48.0 Hz, 1 H), 4.54 (t, J = 6.0 Hz, 2 H), 4.18-4.10 (m, 2 H), 4.04-3.99 (m, 2 H), 3.89-3.78 (m, 4 H), 3.62-3.51 (m, 2 H), 3.35-3.27 (m, 5 H), 1.58 および 1.57 (各々 s, 6 H), 1.11-1.08 (m, 27 H); 19 F NMR (CD 3 CN, 282.4 mHz) d -201.15, -201.19, -201.74, -201.76; 31 P NMR (CD 3 CN, 121.5 mHz) d 151.58, 151.53, 151.21, 151.14。
5’−DR(Me)2シリルアミダイト類の合成
A.5’−DR(Me)2−シリル−rA(NiBu)アミダイト(14d)
化合物14aのシリル化:化合物14a(59.2g、106.6mmol)のCH2Cl2溶液(1L)にジイソプロピルアミン(21.6g、213.1mmol)を加え、この溶液を0℃に冷やした。別のフラスコ中に、穏やかなAr気流下、DMMBSiCl(26.2g、127.9mmol)をCH2Cl2溶液(240mL)にて希釈した。このシリル化溶液にジイソプロピルアミン(15.5g、153.5mmol)を加え、この溶液をヌクレオシド溶液に滴下して加える前に、2分間撹拌した。滴下は30分で終了し、反応溶液を終夜にて室温にまでゆっくりと昇温した。翌朝、TLC分析により、原料の消失が示された。MeOH(30mL)を加えて反応を止め、乾固するまで減圧濃縮した。この粗製物をシリカゲルフラッシュクロマトグラフィー(シリカゲル 1.5L;溶出液(酢酸エチル/アセトン/ヘキサン=0:2:8(v/v/v)から4:2:4(v/v/v)0.1%(v/v)Et3N含有)により精製した。生成物を含むフラクションを合して減圧濃縮し、14bを無色油状物として得た。収量は62.8g(収率85%)であった。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 8.66 (s, 1 H), 8.42 (s, 1 H), 6.26 (d, J = 4.9 Hz, 1 H), 5.38 (s, 1 H), 4.83 (t, J = 4.9 Hz, 1 H), 4.45 (q, J = 4.5 Hz, 1 H), 4.23-4.12 (m, 1 H), 4.08-4.02 (m, 2 H), 3.95-3.90 (m, 2 H), 3.86-3.82 (m, 1 H), 3.74- 3.47 (m, 3 H), 3.44-3.39 (m, 1 H), 3.19-3.14 (m, 1 H), 3.05 (d, J = 4.5 Hz, 1 H), 2.42 (s, 1 H), 2.03 (s, 6 H), 1.54 (s, 6 H), 1.20 (s, 6 H), 0.12 (s, 6 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d 176.10, 170.86, 152.70, 151.24, 149.36, 141.67, 122.32, 112.55, 141.67, 122.32, 112.55, 88.48, 86.95, 85.30, 77.36, 71.48, 70.63, 66.70, 63.24, 62.88, 62.75, 62.01, 60.46, 36.23, 32.76, 20.89, 19.27, 14.27, -0.88。
DR−N3を用いた14bの色素コンジュゲート化:ヨウ化銅(1.7g、8.9mmol)を、14b(61.8g、88.8mmol)、DR−N3(39.2g、115.4mmol)およびiPr2NEt(11.5g、88.8mmol)を溶かしたトルエン溶液(1000mL)に加えた。この溶液を1分間ソニケーションし、続いて室温で3.5時間撹拌した後、酢酸エチルおよび飽和食塩水により分液した。水層から赤色が消えるように水層を1回酢酸エチルで再抽出した。得られた有機層を合して減圧濃縮した。この粗製物をシリカゲルフラッシュクロマトグラフィー(シリカゲル 1.2L;溶出液(酢酸エチル/アセトン/ヘキサン=2:2:6(v/v/v)から6:2:2(v/v/v)0.1%(v/v)Et3N含有)により精製した。生成物を含むフラクションを合して減圧濃縮し、14cを赤色泡状物として得た。収量は82.9g(収率90%)であった。1 H NMR (CD 3 CN, 300 mHz) d 8.63 (b, 1 H), 8.51 (s, 1 H), 8.31 (s, 1 H), 8.26 (d, J = 9.1 Hz, 2 H), 7.71 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 7.61 (s, 1 H), 6.62 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 6.12 (d, J = 4.8 Hz, 1 H), 5.35 (s, 1 H), 4.76 (t, J = 4.9 Hz, 1 H), 4.49 (t, J = 6.1 Hz, 2 H), 4.34 (q, J = 4.7 Hz, 1 H), 4.03-3.91 (m, 7 H), 3.84-3.75 (m, 4 H), 3.72-3.55 (m, 4 H), 3.51-3.43 (s, 1 H), 3.28 (q, J = 7.1 Hz, 2 H), 3.01 (p, J = 6.8 Hz, 1 H), 1.88 (s, 3 H), 1.87 (s, 3 H), 1.51 (s, 6 H), 1.12 (d, J = 5.3 Hz, 6 H), 1.02 (t, J = 7.0 Hz, 3 H), -0.03 (s, 6 H); 13 C NMR (CD 3 CN, 75.5 mHz) d 176.63, 171.40, 157.11, 156.31, 153.13, 151.61, 151.03, 149.77, 148.15, 144.67, 142.09, 126.83, 125.27, 123.33, 122.94, 121.50, 113.04, 111.98, 87.88, 85.19, 71.94, 70.10, 63.74, 63.52, 63.42, 63.33, 61.77, 51.02, 48.20, 46.38, 36.68, 31.75, 31.63, 21.42, 19.78, 12.75, 0.00。
化合物14cのホスフィチル化:ビス(ジイソプロピルアミノ)メトキシホスフィン(31.2g、119.1mmol)をCH2Cl2(300mL)に溶かし、0.5M濃度の5−エチルチオ−1−H−テトラゾールの無水アセトニトリル溶液(79mL、39.7mmol)を加えた。続いて、ジイソプロピルアミン(8.0g、79.4mmol)を加え、このホスフィン溶液を室温にて5分間撹拌した。別のフラスコの中に、14c(82.2g、79.4mmol)およびジイソプロピルアミン(8.0g、79.4mmol)を、CH2Cl2(700mL)により溶かした。こうして活性化させたホスフィン溶液をヌクレオシド溶液に加え、反応溶液を室温で撹拌した。16時間撹拌後、無水エタノール(50mL)で反応を止め、溶液を乾固するまで濃縮した。得られたペースト状物質をシリカゲルフラッシュクロマトグラフィー(シリカゲル 1.5L;溶出液(CH2Cl2/ヘキサン=5:95(v/v)2%(v/v)Et3N含有からアセトン/へキサン=2:8(v/v)から4:6(v/v)0.5%(v/v)Et3N含有)により精製した。生成物を含むフラクションを合して減圧濃縮し、14dを赤色泡状物として得た。収量は62.5g(収率66%)であった。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 8.51 (s, 1 H), 8.32 および 8.31 (各々 s, 1 H), 8.27 (d, J = 9.1 Hz, 2 H), 7.87 (d, J = 8.7 Hz, 2 H), 7.73 (d, J = 9.0 Hz, 2 H), 7.61 および 7.59 (各々 s, 1 H), 6.63 (d, J = 8.1 Hz, 2 H), 6.13 (t, J = 5.0 Hz, 1 H), 5.32 および 5.27 (各々 s, 1 H), 4.89 (q, J = 5.1 Hz, 1 H), 4.58-4.48 (m, 3 H), 4.20-4.18 および 4.14-4.12 (各々 m, 1 H), 3.95-3.73 (m, 8 H), 3.62-3.49 (m, 6 H), 3.36-3.26 (m, 6 H), 3.02 (p, J = 6.6 Hz, 1 H), 1.96-1.92 (m, 6 H), 1.52 および 1.50 (各々 s, 6 H), 1.16-1.10 (m, 18 H), 1.04 (t, J = 6.0 Hz, 3 H), -0.01- -0.04 (m, 6 H); 31 P NMR (CD 3 CN, 121.5 MHzj d 150.74, 150.21。
B.5’−DR(Me)2−シリル−rG(NiBu)アミダイト(15d)
化合物15aのシリル化:実施例3の方法Aに記載の化合物14aのシリル化と同様の製造方法により、化合物15a(52.7g、100.0mmol)から化合物15bを収率83%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 8.11 (s, 1 H), 7.24 (s, 1 H), 6.03 (d, J = 4.2 Hz, 1 H), 5.35 (s, 1 H) , 4.22-4.15 (m, 1 H), 4.12-4.10 (m, 1 H), 4.04-3.89 (m, 2 H), 3.82-3.70 (m, 7 H), 3.65-3.58 (m, 2 H), 3.05 (d, J = 4.1 Hz, 1 H), 2.71(p, J = 6.9 Hz, 1 H), 2.50 (s, 1 H), 2.07 (s, 3 H), 2.06 (s, 3 H), 1.50 (s, 6 H), 1.24-1.21(m, 6 H), 0.23 (s, 3 H), 0.22 (s, 3 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d179.11, 171.66, 171.30, 155.61, 148.10, 147.93, 137.25, 121.16, 112.69, 88.67, 86.19, 84.79, 71.49, 70.39, 60.69, 63.26, 63.15, 62.86, 62.77, 61.71, 36.21, 32.69, 54.01, 19.04, -0.94。
DR−N3を用いた15bの色素コンジュゲート化:実施例3の方法Aに記載の化合物14bの色素コンジュゲート化と同様の製造方法により、化合物15b(58.0g、81.5mmol)から化合物15cを収率93%で製造した。1 H NMR (CD 3 CN, 300 mHz) d 9.42 (b, 1 H), 8.28 (d, J = 9.1 Hz, 2 H), 7.94 (s, 1 H), 7.85 (d, J = 9.0 Hz, 2 H), 7.74 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 7.63 (s, 1 H), 6.65 (d, J = 9.3 Hz, 2 H), 5.88 (d, J = 5.1 Hz, 1 H), 5.36 (s, 1 H), 4.64 (d, J = 5.0 Hz, 1 H), 4.52 (t, J = 7.1 Hz, 2 H), 4.31 (q, J = 4.7 Hz, 2 H), 4.05-3.80 (m, 5 H), 3.74 (t, J = 3.5 Hz, 2 H), 3.65 (t, J = 4.3 Hz, 2 H), 3.62-3.55 (m, 3 H), 3.54-3.49 (m, 2 H), 3.31 (q, J = 7.1 Hz, 2 H), 2.62 (p, J = 6.8 Hz, 1 H), 1.93 (s, 3 H), 1.91 (s, 3 H), 1.53 (s, 6 H), 1.18-1.11 (m, 6 H), 1.06 (t, J = 7. I Hz, 3 H), 0.00 (s, 6 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d 179.84, 172.31, 171.87, 157.19, 156.10, 156.08, 151.24, 148.53, 148.47, 148.08, 137.84, 126.82, 125.26, 123.29, 121.89, 121.76, 113.20, 111.96, 8716, 84.67, 79.08, 71.85, 69.78, 63.80, 63.75, 63.57, 62.86, 61.33, 60.98, 50.96, 48.24, 76.23, 36.50, 31.67, 31.59, 21.64, 21.51, 19.63, 14.77, 12.72, 0.00。
化合物15cのホスフィチル化:実施例3の方法Aに記載の化合物14cのホスフィチル化と同様の製造方法により、化合物15c(78.3g、74.5mmol)から化合物15dを収率88%で製造した。1 H NMR (CD 3 CN, 300 mHz) d 8.34 (d, J = 9.0 Hz, 2 H), 8.06 および 8.04 (各々 s, 1 H), 7.94 (d, J = 9.0 Hz, 2 H), 7.80 (d, J = 9.0 Hz, 2 H), 7.71 および 7.70 (各々 s, 1 H), 6.72 (d, J = 9.0 Hz, 2 H), 5.98 (t, J = 6.2 Hz, 1 H), 5.40 および 5.36 ( 各々 s, 1 H), 4.80 (t, J = 5.7 Hz, 2 H), 4.59 (t, J = 6.2 Hz, 3 H), 4.53-4.44 (m, 1 H), 4.24- 4.17 および 4.08-4.02 (各々 m, 1 H), 4.00-3.92 (m, 4 H), 3.90-3.60 (m, 9 H), 3.58-3.35 (m, 5 H), 1.98 (s, 3 H), 1.96 (s, 3 H), 1.62 および 1.61 (各々 s, 6 H), 1.23-1.18 (m, 18 H), 1.13 (t, J = 6.4 Hz, 3 H), 0.10-0.08 (m, 6 H); 31 P NMR (CD 3 CN, 121.5 mHz) d 150.86, 150.51。
C.5’−DR(Me)2−シリル−rC(NAc)アミダイト(16d)
化合物16aのシリル化:実施例3の方法Aに記載の化合物14aのシリル化と同様の製造方法により、化合物16a(53.4g、106.6mmol)から化合物16bを収率73%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 9.50 (s, 1 H), 8.57 (d, J = 7.5 Hz, 1 H), 7.36 (d, J = 7.5 Hz, 1 H), 5.94 (s, 1 H), 5.68 (s, 1 H) 4.29-4.07 (m, 8 H), 3.59-3.81 (m, 5 H), 2.98 (d, J = 8.1 Hz, 1 H) 2.46 (s, 1 H), 2.23 (s, 3 H), 2.02 (s, 3 H), 2.01 (s, 3 H), 1.51 (s, 6 H), 0.23 (s,
6 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d 169.86, 161.52, 153.73, 143.79, 111.62, 94.89, 88.24, 87.03, 82391, 70.08, 65.86, 65.36, 61.77, 61.70, 61.68, 61.54, 59.81, 58.43, 31.39, 23.62, 19.57, 12.88, -2.39。
DR−N3を用いた16bの色素コンジュゲート化:実施例3の方法Aに記載の化合物14bの色素コンジュゲート化と同様の製造方法により、化合物16b(48.6g、75.5mmol)から化合物16cを収率98%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 8.55 (d, J = 7.5 Hz, 1 H), 8.33 (m, 3 H), 7.93 (d, J = 9.0 Hz, 2 H), 7.89 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 7.37 (s, 1 H), 6.70 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 5.93 (s, 1 H), 5.79 (s, 1 H), 5.79 (s, 1 H), 4.58 (t, J = 6.3 Hz, 2 H), 4.32-4.08 (m, 8 H), 3.97-3.87 (m, 7 H), 3.71 (d, J = 8.0 Hz, 1 H), 3.35 (d, J = 7.1 Hz, 2 H), 2.20 (s, 3 H), 2.07 (s, 3 H), 2.04 (s, 3 H), 1.62 (s, 6 H) 1.15 (t, J = 7.0 Hz, 3 H), 0.12 (s, 6 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d 170.97, 169.82, 162.14, 156.55, 155.69, 150.45, 147.64, 145.11, 144.14, 126.27, 124.72, 122.76, 120.80, 112.84, 111.40, 95.55, 89.82, 83.85, 78.31, 71.38, 66.69, 32.21, 63.17, 62.86, 59.39, 50.44, 47.61, 45.50, 31.16, 31.09, 25.06, 20.92, 12.19, -0.50, -0.65。
化合物16cのホスフィチル化:実施例3の方法Aに記載の化合物14cのホスフィチル化と同様の製造方法により、化合物16c(71.9g、73.1mmol)から化合物16dを収率86%で製造した。1 H NMR (CD 3 CN, 300 mHz) d 8.75 (b, 1 H), 8.32-8.26 (m, 3 H), 7.85 (d, J = 9.1 Hz, 2 H), 7.75 (d, J = 9.1 Hz, 2 H), 7.58 および7.57 (各々 s, 1 H), 7.17 (d, J = 7.5 Hz, 1 H), 6.65 (d, J = 8.7 Hz, 2 H), 5.90 (s, 1 H), 5.61 および 5.57 (各々 s, 1 H), 4.52 (t, J = 6.1 Hz, 2 H), 4.27-4.18 (m, 2 H), 4.12-4.03 (m, 5 H), 3.94-3.66 (m, 8 H), 3.56-3.44 (m, 2 H), 3.37-3.24 (m, 5 H), 2.10 (s, 3 H), 1.94 (s, 6 H), 1.55-1.54 (m, 6 H), 1.13-1.06 (m, 15 H), 0.02- -0.01 (m, 6 H); 31 P NMR (CD 3 CN, 121.5 mHz) d l50.88, 150.20。
D.5’−DR(Me)2−シリル−rU アミダイト(17d)
化合物17aのシリル化:実施例3の方法Aに記載の化合物14aのシリル化と同様の製造方法により、化合物17a(47.5g、102.8mmol)から化合物17bを収率83%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 9.26 (b, 1 H), 8.09 (d, J = 8.2 Hz, 1 H), 5.99 (d, J = 3.1 Hz, 1 H), 5.66 (d, J = 8.2 Hz, 1 H), 5.51 (s, 1 H), 4.34-4.31 (m, 1 H), 4.26-4.15 (m, 5 H), 4.10-4.06 (m, 2 H), 3.93-3.90 (m, 1 H), 3.84-3.76 (m, 4 H), 2.94 (b, 1 H), 2.46 (s, 1 H), 2.05 (s, 3 H), 2.03 (s, 3 H), 1.51 (s, 6 H), 0.22 (s, 6 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d 170.87, 163.80, 150.71, 140.28, 112.58, 102.01, 88.29, 87.74, 84.44, 77.51, 71.53, 68.81, 66.62, 63.15, 63.04, 62.97, 62.93, 60.82, 60.36, 32.67, 20.79, -1.02, -1.13。
DR−N3を用いた17bの色素コンジュゲート化:実施例3の方法Aに記載の化合物14bの色素コンジュゲート化と同様の製造方法により、化合物17b(56.4g、93.6mmol)から化合物17cを収率92%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 8.92 (b, 1 H), 8.30 (d, J = 9.0 Hz, 2 H), 8.06 (d, J = 8.2 Hz, 1 H), 7.90 (d, J = 9.0 Hz, 2 H), 7.86 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 7.33 (s, 1 H), 6.68 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 5.90 (d, J = 1.8 Hz, 1 H), 5.60-5.57 (m, 2 H), 4.56 (t, J = 7.1 Hz, 2 H), 4.31-4.20 (m, 6 H), 4.06-3.78 (m, 10 H), 3.32 (q, J = 7.1 Hz, 2 H), 2.05 (s, 3 H), 2.03 (s, 3 H), 1.61 (s, 6 H), 1.13 (t, J = 7.0 Hz, 3 H), 0.08 (s, 3 H), 0.06 (s, 3 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d 170.91, 163.76, 156.42, 155.45, 150.51, 147.33, 143.92, 140.19, 126.20, 124.59, 122.69, 121.02, 112.43, 111.33, 101.68, 88.16, 83.91, 71.28, 67.98, 63.10, 62.77, 62.63, 60.14, 50.40, 47.63, 45.73, 31.11, 31.02, 20.83, 12.11, -0.66, -0.76。
化合物17cのホスフィチル化:実施例3の方法Aに記載の化合物14cのホスフィチル化と同様の製造方法により、化合物17c(79.2g、84.1mmol)から化合物17dを収率92%で製造した。1 H NMR (CD 3 CN, 300 mHz) d 9.08 (b, 1 H), 8.31 (d, J = 8.8 Hz, 2 H), 7.90 (d, J = 8.70 Hz, 2 H), 7.84-7.78 (m, 3 H), 7.62 および7.61 (各々 s, 1 H), 6.71 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 5.97-5.93 (m, 1 H), 5.50 (d, J = 8.1 Hz, 1 H), 5.46 および 5.41 (各々 s, 1 H), 4.57 (t, J = 6.1 Hz, 2 H), 4.38-4.26 (m, 2 H), 4.15-4.07 (m, 6 H), 3.92-3.85 (m, 2 H), 3.82-3.77 (m, 1 H), 3.75-3.64 (m, 5 H), 3.62-3.53 (m, 2 H), 3.41-3.30 (m, 5 H), 1.98 (s, 6 H), 1.59 および 1.58 (各々 s, 6 H), 1.17-1.10 (m, 15 H), 0.06-0.03 (m, 6 H); 31 P NMR (CD 3 CN, 121.5 mHz) d 150.77, 150.53。
E.5’−DR(Me)2−シリル−2’−OMe−A(NiBu)アミダイト(18d)
化合物18aのシリル化:実施例3の方法Aに記載の化合物14aのシリル化と同様の製造方法により、化合物18a(17.6g、50.0mmol)から化合物18bを収率70%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 9.14 (b, 1 H), 8.63 (s, 1 H), 8.47 (s, 1 H), 6.21 (d, J = 3.5 Hz, 1 H), 4.45 (q, J = 5.3 Hz, 1 H), 4.15-4.11 (m, 2 H), 4.02 (dd, J = 11.7 Hz, J = 2.6 Hz, 1 H), 3.90 (dd, J = 11.7 Hz, J = 2.3 Hz, 1 H), 3.58 (d, J = 6.2 Hz, 1 H), 3.47 (s, 3 H), 3.11 (p, J = 6.8 Hz, 1 H), 2.42 (s, 1 H), 1.44 (s, 6 H), 1.20 (d, J = 6.8 Hz, 6 H), 0.17 (s, 6 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d176.41, 152.62, 151.03, 149.41, 122.41, 88.41, 86.53, 85.14, 84.55, 71.44, 69.23, 66.64, 61.43, 58.79, 36.05, 32.72, 19.26, -0.89。
DR−N3を用いた18bの色素コンジュゲート化:実施例3の方法Aに記載の化合物14bの色素コンジュゲート化と同様の製造方法により、化合物18b(17.1g、35.0mmol)から化合物18cを収率89%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 8.72 (b, 1 H), 8.65 (s, 1 H), 8.45 (s, 1 H), 8.25 (d, J = 9.0 Hz, 2 H), 7.87 (d, J = 9.6 Hz, 2 H), 7.84 (d, J = 9.4 Hz, 2 H), 7.44 (s, 1 H), 6.65 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 6.20 (d, J = 2.5 Hz, 1 H), 4.56-4.45 (m, 3 H), 4.11-3.98 (m, 3 H), 3.91-3.86 (m, 3 H), 3.57 (s, 4 H), 3.28 (q, J = 7.1 Hz, 2 H), 3.17 (p, J = 7.2 Hz, 1 H), 2.49 (m, 1 H), 1.62 (s, 6 H), 1.24 (d, J = 7.3 Hz, 6 H), 1.11 (t, J = 7.0 Hz, 3 H), 0.01 (s, 6 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d176.37, 156.75, 156.06, 152.78, 151.04, 150.72, 149.45, 147.76, 144.28, 141.45, 126.48, 124.91, 122.97, 122.66, 121.31, 111.62, 86.77, 84.70, 84.54, 71.74, 68.82, 60.91, 60.64, 59.06, 50.70, 47.83, 46.04, 36.33, 31.45, 31.37, 19.46, 12.39, -0.20, -0.33。
化合物18cのホスフィチル化:実施例3の方法Aに記載の化合物14cのホスフィチル化と同様の製造方法により、化合物18c(22.5g、31.0mmol)から化合物18dを収率79%で製造した。1 H NMR (CD 3 CN, 300 mHz) d 8.85 (b, 1 H), 8.57 (s, 1 H), 8.39 および 8.38 (各々 s, 1 H), 8.29 (d, J = 9.0 Hz, 2 H), 7.87 (d, J = 8.9 Hz, 2 H), 7.75 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 7.67 および 7.65 (各々 s, 1 H), 6.67 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 6.12 および 6.11 (各々 d, J = 5.0 Hz, 1 H), 4.63-4.53(m, 3 H), 4.44-4.36 (m, 1 H), 4.22-4.17 (m, 1 H), 3.92-3.74 (m, 4 H), 3.68-3.56 (m, 2 H), 3.42-3.29 (m, 8 H), 3.09 (p, J = 6.8 Hz, 1 H), 1.58 および 1.57 (各々 s, 6 H), 1.21-1.15 (m, 18 H), 1.08 (t, J = 6.9 Hz, 3 H), 0.04-0.02 (m, 6 H); 31 P NMR (CD 3 CN, 121.5 mHz) d 151.00, 149.85。
F.5’−DR(Me)2−シリル−2’−OMe−G(NiBu)アミダイト(19d)
化合物19aのシリル化:実施例3の方法Aに記載の化合物14aのシリル化と同様の製造方法により、化合物19a(18.4g、50.0mmol)から化合物19bを収率54%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 8.15 (s, 1 H), 5.80 (d, J = 3.7 Hz, 1 H), 4.43 (t, J = 16.2, 4.9 Hz, 1 H), 4.06-3.84 (m, 4 H), 3.25 (s, 3 H), 2.92 (p, J = 6.8 Hz, 1 H), 2.43 (s, 1 H), 1.42 (s, 6 H), 1.17-1.14 (m, 6 H) 0.14 (s, 6 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d 180.64, 156.31, 148.70, 148.58, 137.63, 120.70, 88.35, 86.28, 85.26, 84.82, 71.47, 69.38, 66.59, 61.85, 58.48, 35.94, 32.68, 19.11, -0.95。
DR−N3を用いた19bの色素コンジュゲート化:実施例3の方法Aに記載の化合物14bの色素コンジュゲート化と同様の製造方法により、化合物19b(13.6g、27.0mmol)から化合物19cを収率44%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 8.20 (d, J = 9.0 Hz, 2 H), 7.11 (s, 1 H), 7.82 (d, J = 9.0 Hz, 2 H), 7.74 (d, J = 9.0 Hz, 2 H), 7.61 (s, 1 H), 6.61 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 5.85 (d, J = 3.6 Hz, 1 H), 4.62 (t, J = 5.9 Hz, 2 H), 4.42-4.39 (m, 1 H), 4.09-3.98 (m, 3 H), 3.90-3.79 (m, 4 H), 3.34-3.29 (m, 5 H), 2.82 (p, J= 6.8 Hz, 1 H), 1.58 (s, 6 H), 1.22-1.16 (m, 6 H), 1.07 (t, J = 7.1 Hz, 3 H), 0.04 (s, 3 H), 0.03 (s, 3 H). 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d 180.10, 171.33, 156.67, 155.98, 155.79, 150.79, 148.42, 148.30, 147.44, 144.02, 137.66, 126.28, 124.71, 122.78, 121.57, 121.13, 111.45, 86.23, 84.76, 84.32, 71.53, 69.13, 61.35, 60.50, 58.63, 50.48, 47.80, 45.71, 36.09, 31.28, 31.18, 19.20, 19.11, -0.43, -0.55。
化合物19cのホスフィチル化:実施例3の方法Aに記載の化合物14cのホスフィチル化と同様の製造方法により、化合物19c(10.1g、11.9mmol)から化合物19dを収率67%で製造した。1 H NMR (CD 3 CN, 300 mHz) d 8.25 (d, J = 8.8 Hz, 2 H), 8.06 および 8.04 (各々 s, 1 H) 7.83 (d, J = 8.8 Hz, 2 H), 7.74-7.70 (m, 3 H), 6.65 (d, J = 8.9 Hz, 2 H), 5.86-5.84 (m, 1 H), 4.57 (t, J = 6.0 Hz, 2 H), 4.47-4.42 (m, 1 H), 4.27-4.11 (m, 2 H), 3.90-3.75 (m, 4 H), 3.74-3.53 (m, 2 H), 3.42-3.29 (m, 8 H), 2.72-2.63 (m, 1 H), 1.59 および 1.58 (各々 s, 6 H), 1.17-1.04 (m, 21 H), 0.06-0.03 (m, 6 H); 31 P NMR (CD 3 CN, 121.5 mHz) d 150.90, 150.12。
G.5’−DR(Me)2−シリル−2’−OMe−C(NAc)アミダイト(20d)
化合物20aのシリル化:実施例3の方法Aに記載の化合物14aのシリル化と同様の製造方法により、化合物20a(15.0g、50.0mmol)から化合物20bを収率74%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 10.59 (b, 1 H), 8.58 (d, J = 7.5 Hz, 1 H), 7.34 (d, J = 7.5 Hz, 1 H), 5.92 (s, 1 H), 4.15-4.09 (m, 2 H), 3.96-3.89 (m, 2 H), 3.69 (d, J = 5.1 Hz, 1 H), 3.62 (s, 3 H), 2.87 (d, J = 7.5 Hz, 1 H), 2.44 (s, 1 H), 2.23 (s, 3 H), 1.48 (s, 6 H), 0.20 (s, 6 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d 171.54, 163.50, 155.08, 145.28, 96.62, 88.41, 88.25, 84.21, 84.09, 71.54, 67.18, 66.74, 59.78, 58.78, 37.79, 24.89, -0.84, -0.98。
DR−N3を用いた20bの色素コンジュゲート化:実施例3の方法Aに記載の化合物14bの色素コンジュゲート化と同様の製造方法により、化合物20b(16.1g、37.0mmol)から化合物20cを収率86%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 10.30 (b, 1 H), 8.53 (d, J = 7.5 Hz, 1 H), 8.22 (d, J = 8.1 Hz, 2 H), 7.83 (d, J = 8.3 Hz, 2 H), 7.79 (d, J = 8.7 Hz, 2 H), 7.43 (s, 1 H), 7.28 (d, J = 7.4 Hz, 1 H), 6.64 (d, J = 8.9 Hz, 2 H), 5.89 (s, 1 H), 4.56 (t, J = 6.1 Hz, 2 H), 4.15-4.13 (m, 1 H), 4.07-4.01 (m, 1 H), 3.96-3.84 (m, 4 H), 3.69 (d, J = 4.9 Hz, 1 H), 3.63 (s, 3 H), 3.39 (d, J = 9.1 Hz, 1 H), 3.27 (q, J = 6.9 Hz, 2 H), 2.22 (s, 3 H), 1.61 (s, 6 H), 1.08 (t, J = 6.9 Hz, 3 H), 0.08 (s, 6 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d 171.33, 163.20, 156.59, 155.79, 155.01, 150.61, 147.56, 145.16, 144.10, 126.32, 124.74, 122.81, 121.15, 111.46, 96.30, 88.29, 84.00, 83.83, 71.55, 66.83, 60.48, 59.55, 58.76, 50.56, 47.68, 45.87, 31.22, 29.94, 12.25, -0.38, -0.56。
化合物20cのホスフィチル化:実施例3の方法Aに記載の化合物14cのホスフィチル化と同様の製造方法により、化合物20c(25.1g、32.0mmol)から化合物20dを収率58%で製造した。1 H NMR (CD 3 CN, 300 mHz) d 9.34 (b, 1 H), 8.38 および 8.36 (各々 d, J = 6.3 Hz, 1 H), 8.23 (d, J = 9.0 Hz, 2 H), 7.82 (d, J = 8.9 Hz, 2 H), 7.73 (d, J = 9.1 Hz, 2 H), 7.63 および 7.62 (各々 s, 1 H), 7.20 (d, J = 7.5 Hz, 1 H), 6.65 (d, J = 8.9 Hz, 2 H), 5.83 (s, 1 H), 4.54 (t, J = 6.1 Hz, 2 H), 4.24-4.18 (m, 1 H), 4.12-3.94 (m, 2 H), 3.88-3.72 (m, 4 H), 3.58-3.51 (m, 5 H), 3.39-3.25 (m, 5 H), 2.10 (s, 3 H), 1.59 および 1.57 (各々s, 6 H), 1.10-1.07 (m, 15 H), 0.06-0.02 (m, 6 H); 31 P NMR (CD 3 CN, 121.5 mHz) d 150.28, 149.78。
H.5’−DR(Me)2−シリル−2’−OMe−U アミダイト(21d)
化合物21aのシリル化:実施例3の方法Aに記載の化合物14aのシリル化と同様の製造方法により、化合物21a(12.9g、50.0mmol)から化合物21bを収率81%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 9.76 (b, 1 H), 8.15 (d, J = 8.1 Hz, 1 H), 5.95 (d, J = 1.8 Hz, 1 H), 5.65 (d, J = 8.1 Hz, 1 H), 4.27-4.23 (m, 2 H), 4.10 (dd, J = 11.8 Hz, J = 1.7 Hz, 1 H), 3.97-3.91 (m, 2 H), 3.73 (dd, J = 5.1 Hz, J = 1.8 Hz, 1 H), 3.59 (s, 3 H), 2.44 (s, 1 H), 1.51 (s, 6 H), 0.22 (s, 6 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d 164.74, 163.65, 151.40, 141.30, 102.84, 56.34, 88.02, 85.31, 85.13, 72.35, 68.86, 67.68, 61.28, 59.65, 37.55, 33.73, 33.71, 32.49, -0.49。
DR−N3を用いた21bの色素コンジュゲート化:実施例3の方法Aに記載の化合物14bの色素コンジュゲート化と同様の製造方法により、化合物21b(16.1g、40.4mmol)から化合物21cを収率93%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 8.51 (b, 1 H), 8.34 (d, J = 8.9 Hz, 2 H), 8.15 (d, J = 8.2 Hz, 1 H), 7.93 (d, J = 8.9 Hz, 2 H), 7.90 (d, J = 9.1 Hz, 2 H), 7.39 (s, 1 H), 6.71 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 5.91 (s, 1 H), 5.61 (d, J = 8.2 Hz, 1 H), 4.59 ( t, J = 6.2 Hz, 2 H), 4.26-4.22 (m, 1 H), 4.26-4.16 (m, 1 H), 4.07-3.87 (m, 5 H), 3.72 (d, J = 5.1 Hz, 1 H), 3.63 (s, 3 H), 3.33 (q, J = 7.1 Hz, 1 H), 3.23 (d, J = 8.6 Hz, 1 H), 1.62 (s, 6 H), 1.15 (t, J = 7.2 Hz, 3 H), 0.12 (s, 3 H), 0.11 (s, 3 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d 171.85, 163.61, 157.21, 156.44, 151.10, 150.56, 148.35, 140.85, 126.95, 125.40, 123.45, 121.56, 112.10, 102.19, 87.82, 84.78, 84.52, 72.19, 67.96, 61.09, 60.34, 59.33, 51.16, 48.30, 46.55, 31.92, 31.82, 12.86, 0.68, 0.18。
化合物21cのホスフィチル化:実施例3の方法Aに記載の化合物14cのホスフィチル化と同様の製造方法により、化合物21c(17.7g、24.0mmol)から化合物21dを収率75%で製造した。1 H NMR (CD 3 CN, 300 mHz) d 9.38 (b, 1 H), 8.31 (d, J = 8.8 Hz, 2 H), 7.91-7.81 (m, 3 H), 7.80 (d, J = 9.0 Hz, 2 H), 7.65 および 7.64 (各々 s, 1 H), 6.71 (d, J = 9.1 Hz, 2 H), 5.88 (d, J = 3.5 Hz, 1 H), 5.60 (d, J = 8.1 Hz, 1 H), 4.59 (t, J = 6.0 Hz, 2 H), 4.32-4.30 (m, 1 H), 4.11-4.07 (m, 1 H), 3.93-3.77 (m, 4 H), 3.54-3.56 (m, 3 H), 3.44- 3.36 (m, 8 H), 1.62 および 1.61 (各々 s, 6 H), 1.18-1.13 (m, 15 H), 0.08-0.06 (m, 6 H); 31 P NMR (CD 3 CN, 121.5 mHz) d 150.95, 149.92。
I.5’−DR(Me)2−シリル−2’−F−C(NAc) アミダイト(22d)
化合物22aのシリル化:化合物22a(24.5g、100mmol)のN−アセチル化保護は、実施例2の方法Iに記載と同様な製造方法で行った。そのシリル化反応は、22aを溶かすのを補助するジメチルホルムアミド(100mL)を加えた以外は、実施例3の方法Aに記載の化合物14aのシリル化と同様の製造方法により行なった。化合物22a(24.5g、100.0mmol)から化合物22bを収率30%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 8.52 (d, J = 7.5 Hz, 1 H), 7.38 (d, J = 7.5 Hz, 1 H), 6.01 (d, J = 1.5 Hz, 1 H), 5.07 (dd, J = 51.9 Hz, J = 3.8 Hz, 1 H), 4.35-4.28 (m, 1 H), 4.26-4.13 (m, 3 H), 3.95 (d, J = 11.8 Hz, 1 H), 2.47 (s, 1 H), 2.24 (s, 3 H), 1.50 (s, 6 H), 0.22 (s, 6 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d 171.31, 163.29, 155.34, 145.11, 96.86, 95.51, 93.03, 89.31, 88.87, 88.45, 83.28, 71.64, 67.57, 67.35, 66.85, 59.68, 46.17, 32.84, 25.07, 11.36, -0.75, -0.93; 19 F NMR (CDCl 3 , 282.4 mHz) d-202.31。
DR−N3を用いた22bの色素コンジュゲート化:実施例3の方法Aに記載の化合物14bの色素コンジュゲート化と同様の製造方法により、化合物22b(12.6g、29.5mmol)から化合物22cを収率50%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 9.69 (b, 1 H), 8.55 (d, J = 7.5 Hz, 1 H), 8.30 (d, J = 9.0 Hz, 2 H), 7.91 (d, J = 9.7 Hz, 2 H), 7.85 (d, J = 9.0 Hz, 2 H), 7.36 (s, 1 H), 7.33 (d, J = 7.4 Hz, 1 H), 6.67 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 6.01 (d, J = 15.3 Hz, 1 H), 5.38-5.33 (m, 1 H), 5.05 (dd, J = 51.8 Hz, J = 5.9 Hz, 1 H), 4.58 (t, J = 6.2 Hz, 3 H), 4.21-4.01 (m, 2 H), 3.97-3.88 (m, 3 H), 3.32 (q, J = 7.0 Hz, 2 H), 2.26 (s, 3 H), 1.61 (s, 6 H), 1.12 (t, J = 6.9 Hz, 3 H), 0.10 (s, 3 H), 0.08 (s, 3 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d 171.90, 163.69, 157.21, 155.90, 155.66, 151.12, 148.31, 145.75, 144.83, 126.97, 125.41, 123.48, 121.45, 112.12, 96.96, 96.13, 96.63, 90.01, 89.57, 83.52, 71.39, 67.27, 67.07, 65.09, 61.12, 59.81, 51.06, 48.51, 46.53, 31.77, 31.35, 25.70, 21.78, 19.84, 14.92, 14.43, 12.88, 0.72, 0.60; 19 F NMR (CDCl 3 , 282.4 mHz) d -202.68。
化合物22cのホスフィチル化:実施例3の方法Aに記載の化合物14cのホスフィチル化と同様の製造方法により、化合物22c(11.3g、14.7mmol)から化合物22dを収率63%で製造した。1 H NMR (CD 3 CN, 300 mHz) d 8.90 (s, 1 H), 8.32-8.29 (m, 3 H), 7.88 (d, J = 7.2 Hz, 1 H), 7.78 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 7.62 および7.61 (各々 s, 1 H), 7.21 (d, J = 7.5 Hz, 1 H), 6.69 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 5.89 (d, J = 16.8 Hz, 1 H), 4.95 (dt, J = 54.0 Hz, J = 3.8 Hz, 1 H), 4.56 (t, J = 6.0 Hz, 2 H), 4.38-4.26 (m, 2 H), 4.13-4.02 (m, 2 H), 3.90-3.75 (m, 3 H), 3.60-3.49 (m, 2 H), 3.41-3.28 (m, 5 H), 2.15 (s, 3 H), 1.59-1.58 (m, 6 H), 1.17-1.09 (m, 15 H), 0.06-0.03 (m, 6 H); 19 F NMR (CD 3 CN, 282.4 mHz) d -200.94, -200.97, -201.05, -201.07; 31 P NMR (CD 3 CN, 121.5 mHz) d 151.05, 151.00, 150.86, 150.81。
J.5’−DR(Me)2−シリル−2’−F−U アミダイト(23d)
化合物23aのシリル化:実施例3の方法Aに記載の化合物14aのシリル化と同様の製造方法により、化合物23a(12.3g、50.0mmol)から化合物23bを収率約90%(溶媒を含有)で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 8.16 (d, J = 8.1 Hz, 1 H), 7.25 (b, 2 H), 6.15 (d, J = 15.0 Hz, IH), 5.77 (d, J = 8.1 Hz, 1 H), 5.07 (d, J = 54.8 Hz, 1 H), 4.53- 4.43 (m, 1 H), 4.23-4.02 (m, 3 H), 2.64 (s, 1 H), 1.61 (s, 6 H), 0.32 (s, 6 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d 164.93, 150.85, 140.50, 102.09, 95.29, 92.80, 88.36, 87.76, 87.32, 83.39, 77.79, 77.36, 76.94, 71.72, 68.35, 68.13, 66.74, 60.33, 45.90, 45.22, 21.56, 21.46, 10.14, -0.96, -1.05; 19 F NMR (CDCl 3 , 282.4 mHz) d-202.86。
DR−N3を用いた23bの色素コンジュゲート化:実施例3の方法Aに記載の化合物14bの色素コンジュゲート化と同様の製造方法により、化合物23b(12.3g、50.0mmol)から化合物23cを収率49%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 8.25 (d, J = 9.0 Hz, 2 H), 8.08 (d, J = 8.2 Hz, 1 H), 7.88 (d, J = 9.1 Hz, 2 H), 7.85 (d, J = 8.8 Hz, 2 H), 7.45 (s, 1 H), 6.67 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 5.99 (d, J = 15.5 Hz, 1 H), 5.60 (d, J = 8.1 Hz, 1 H), 4.95 (dd, J = 52.4 Hz, J = 3.5 Hz, 1 H), 4.60 (t, J = 5.9 Hz, 2 H), 4.14-4.03 (m, 2 H), 3.97-3.94 (m, 4 H), 3.32 (q, J = 6.9 Hz, 2 H), 1.62 (s, 6 H), 1.12 (t, J = 7.1 Hz, 3 H). 0.09 (s, 3 H), 0.07 (s, 3 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d 172.00, 163.36, 157.25, 155.96, 151.22, 150.85, 148.28, 14.84, 140.94, 127.02, 125.45, 123.54, 121.64, 112.18, 102.45, 96.30, 96.87, 88.89, 88.44, 83.59, 71.56, 67.96, 67.75, 65.15, 61.19, 60.21, 51.14, 48.58, 48.41, 46.60, 37.33, 31.85, 21.84, 14.97, 12.96, 0.78, 0.51; 19 F NMR (CDCl 3 , 282.4 mHz) d -202.43。
化合物23cのホスフィチル化:実施例3の方法Aに記載の化合物14cのホスフィチル化と同様の製造方法により、化合物23c(17.7g、24.4mmol)から化合物23dを収率75%で製造した。1 H NMR (CD 3 CN, 300 mHz) d 9.27 (b, 1 H), 8.33 (d, J = 8.7 Hz, 2 H), 7.91 (d, J = 8.8 Hz, 2 H), 7.86-7.80 (m, 3 H), 7.64 および7.63 (各々 s, 1 H), 6.72 (d, J = 9.1 Hz, 2 H), 5.93 (d, J = 16.8 Hz, 1 H), 5.58 (d, J = 8.2 Hz, 1 H), 5.00 (dd, J = 52.3 Hz, J = 4.1 Hz, 1 H), 4.59 (t, J = 6.0 Hz, 2 H), 4.52-4.26 (m, 1 H), 4.12-3.56 (m, 9 H), 3.43- 3.33 (m, 5 H), 1.61 および 1.60 (各々 s, 6 H), 1.17-1.14 (m, 15 H), 0.08-0.06 (m, 6 H); 19 F NMR (CD 3 CN, 282.4 mHz) d -196.23, -196.27, -196.63, -196.66; 31 P NMR (CD 3 CN, 121.5 mHz) I´ 151.15, 151.09, 150.89, 150.78。
5’−DR(OTMS)2シリルアミダイト類の合成
A.5’−DR(OTMS)2−シリル−rA(NiBu)アミダイト(24d)
2’−MP−オルトホルメート保護化および5’,3’−Tipds rA N(iBu)(24a)の脱シリル化:5’,3’−Tipds rA N(iBu)(60.0g、103.5mmol)、PTS(5.2g、20.7mmol)、およびMP−オルトホルメート(47.9g、217.3mmol)の混合物をCH2Cl2(200mL)に溶かした。2時間後、TBDMS−ペンタジオン(39.9g、186.3mmol)を加え、反応溶液を室温で撹拌した。5日後、TLC分析は反応の終了を示し、すぐにTEMED(6.0g、51.7mmol)を加えた。シリカゲルフラッシュクロマトグラフィー(シリカゲル 1500mL;溶出液(ヘキサン/酢酸エチル=80:20(v/v)0.1%(v/v)TEMED含有からヘキサン/酢酸エチル=50:50(v/v)により、過剰の試薬類を反応混合物から分離した。その後、この混合物をほぼ乾固するまで濃縮し、脱シリル化にそのまま使用した。
CH3CN(200mL)中のTEMED(58.1g、500mmol)氷冷溶液に、48%HF水溶液(12.6mL、350mmol)をゆっくりと加えた。この溶液を5分間撹拌し、先に調製した脱シリル化する混合物に室温で加えた。反応溶液を3時間撹拌し、その後、乾固するまで濃縮した。得られた粗製物を、シリカゲルフラッシュクロマトグラフィー(シリカゲル 1000mL;溶出液(酢酸エチル/ヘキサン=80:20(v/v)0.1%(v/v)TEMED含有から酢酸エチル/MeOH=96:4(v/v)により精製し、化合物24aを白色泡状物(39.0g、2工程の収率80%)として得た。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 8.77 (b, 1 H), 8.67 (s, 1 H), 8.04 (s, 1 H), 6.08 (d, J = 11.2 Hz, 1 H), 5.98 (d, J = 7.5 Hz, 1 H), 5.40 (s, 1 H), 5.11 (dd, J = 7.4 Hz, J = 4.8 Hz, 1 H), 4.57 (d, J = 4.7 Hz, 1 H), 4.34 (b, 1 H), 4.11-3.87 (m, 5 H), 3.79-3.71 (m, 1 H), 3.26 (p, J = 6.8 Hz, 1 H), 3.19 (s, 1 H), 1.76 (s, 3 H), 1.68 (s, 3 H), 1.27 (d, J = 6.8 Hz, 6 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d 176.84, 151.90, 150.22, 150.09, 143.58, 123.34, 110.88, 89.40, 87.59, 83.44, 83.27, 75.90, 73.39, 73.18, 71.98, 63.10, 53.77, 53.61, 35.88, 19.18, 19.12, 3.43, 3.35。
化合物24aのシリル化:化合物24a(34.2g、70.2mmol)のCH2Cl2溶液(750mL)にジイソプロピルアミン(19.9g、140.3mmol)を加え、この溶液を0℃に冷やした。別のフラスコ中にBTMBSiCl(27.4g、84.2mmol)をCH2Cl2溶液(250mL)にて希釈した。このシリル化溶液にジイソプロピルアミン(14.3g、101.0mmol)を加え、この溶液をヌクレオシド溶液に滴下して加える前に、2分間撹拌した。滴下は2時間以内で終了し、反応溶液を終夜にて室温にまでゆっくりと昇温した。翌朝、TLC分析により、約85%の原料が消費されたことが示された。さらに、0.2当量のBTMBSiCl(4.6g、14.0mmol−上記と同様に活性化した)を室温で15分間かけて加え、乾固するまで濃縮した。この粗製物をシリカゲルフラッシュクロマトグラフィー(シリカゲル 1.2L;溶出液(酢酸エチル/アセトン/ヘキサン=0:2:8(v/v/v)から2:2:6(v/v/v)0.1%(v/v)Et3N含有)により精製した。生成物を含むフラクションを合して減圧濃縮し、24bを無色油状物として得た。収量は44.9g(収率83%)であった。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 8.85 (b, 1 H), 8.65 (s, 1 H), 8.36 (s, 1 H), 6.30 (d, J = 5.7 Hz, 1 H), 5.55 (s, 1 H), 4.84 (t, J = 5.4 Hz, 1 H), 4.47-4.42 (m, 1 H), 4.20-4.17 (m, 1 H), 4.07-4.03 (m, 2 H), 4.00-3.94 (m, 1 H), 3.87-3.82 (m, 3 H), 3.32-3.16 (m, 2 H), 2.38 (s, 1 H), 1.69 (s, 3 H), 1.66 (s, 3 H), 1.47 (s, 6 H), 1.21 (d, J= 7.1 Hz, 6 H), 0.07 (s, 18 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d 176.47, 152.59, 151.50, 149.28, 142.07, 122.22, 110.68, 88.14, 86.63, 85.40, 83.27, 83.24, 76.53, 73.54, 73.51, 71.36, 70.78, 67.16, 63.00, 53.90, 53.74, 35.97, 32.20, 19.24, 3.51, 1.68。
DR−N3を用いた24bの色素コンジュゲート化:ヨウ化銅(1.10g、5.8mmol)を、24b(44.7g、57.6mmol)、DR−N3(25.4g、74.9mmol)およびiPr2NEt(7.45g、57.6mmol)を溶かしたトルエン溶液(600mL)に加えた。この溶液を1分間ソニケーションし、続いて室温で4時間撹拌した後、酢酸エチルおよび飽和食塩水により分液した。水層から赤色が消えるように水層を1回酢酸エチルで再抽出した。得られた有機層を合して減圧濃縮した。この粗製物をシリカゲルフラッシュクロマトグラフィー(シリカゲル 1.2L;溶出液(酢酸エチル/アセトン/ヘキサン=2:2:6(v/v/v)から4:2:4(v/v/v)0.1%(v/v)Et3N含有)により精製した。生成物を含むフラクションを合して減圧濃縮し、24cを赤色泡状物として得た。収量は61.2g(収率95%)であった。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 8.64 (b, 1 H), 8.32-8.28 (m, 4 H), 7.90 (d, J = 9.0 Hz, 2 H), 7.83 (d, J = 9.0 Hz, 2 H), 7.44 (s, 1 H), 6.66 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 6.24 (d, J = 5.3 Hz, 1 H), 5.60 (s, 1 H), 4.90 (t, J = 5.2 Hz, 1 H), 4.52 (t, J = 6.3 Hz, 2 H), 4.46-4.42 (m, 1 H), 4.18-4.14 (m, 3 H), 3.98- 3.81 (m, 6 H), 3.29 (q, J = 7.1 Hz, 3 H), 3.12-3.11 (m, 1 H), 1.74-1.72 m, 6 H), 1.66 (s, 6 H), 1.27 (d, J = 6.8 Hz, 6 H), 1.10 (t, J = 7.1 Hz, 3 H), 0.09 (s, 18 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d 176.37, 156.56, 156.25, 152.52, 151.37, 150.56, 149.18, 147.47, 144.02, 141.86, 126.26, 125.07, 122.72, 122.28, 121.05, 111.74, 110.92, 86.85, 85.05, 83.31, 83.26, 76.12, 73.55, 72.48, 70.79, 62.68, 53.91, 53.83, 50.52, 47.52, 45.73, 36.77, 30.81, 30.76, 19.21, 12.16, 3.94, 1.65。
化合物24cのホスフィチル化:ビス(ジイソプロピルアミノ)メトキシホスフィン(21.5g、82.0mmol)をCH2Cl2(150mL)に溶かし、0.5M濃度の5−エチルチオ−1−H−テトラゾールの無水アセトニトリル溶液(54.7mL、27.3mmol)を加えた。続いて、ジイソプロピルアミン(5.5g、54.7mmol)を加え、このホスフィン溶液を室温にて5分間撹拌した。別のフラスコの中に、24c(61.0g、54.7mmol)およびジイソプロピルアミン(5.5g、54.7mmol)を、CH2Cl2(350mL)により溶かした。こうして活性化させたホスフィン溶液をヌクレオシド溶液に加え、反応溶液を室温で撹拌した。18時間撹拌後、無水エタノール(50mL)で反応を止め、溶液を乾固するまで濃縮した。得られたペースト状物質をシリカゲルフラッシュクロマトグラフィー(シリカゲル 2L;溶出液(CH2Cl2/ヘキサン=5:95(v/v)2%(v/v)Et3N含有、続いて、アセトン/へキサン=1:9(v/v)から3:7(v/v)0.5%(v/v)Et3N含有)により精製した。生成物を含むフラクションを合して減圧濃縮し、24dを赤色泡状物として得た。収量は64.5g(収率92%)であった。1 H NMR (CD 3 CN, 300 mHz) d 8.76 (b, 1 H), 8.56 (s, 1 H), 8.36 および 8.34 (各々 s, 1 H), 8.30 (d, J = 8.7 Hz, 2 H), 7.88 (d, J = 8.6 Hz, 2 H), 7.75 (d, J = 9.1 Hz, 2 H), 7.63 および 7.62 (各々 d, 1 H), 6.64 (d, J = 9.3 Hz, 2 H), 6.18-6.14 (m, 1 H), 5.46 および 5.43 (各々 s, 1 H), 5.03-4.98 (m, 1 H), 4.63-4.52 (m, 3 H), 4.28-4.20 (m, 1 H), 4.06-3.96 (m, 4 H), 3.87-3.77 (m, 4 H), 3.70-3.60 (m, 2 H), 3.41 および 3.35 (各々 d, J = 13.2 Hz, 3 H), 3.31-3.24 (m, 2 H), 3.10 (p, J = 6.9 Hz, 1 H), 1.74-1.65 (m, 6 H), 1.62- 1.60 (m, 6 H), 1.23-1.16 (m, 18 H) 1.06 および 1.05 (各々 t, J = 7.1 Hz, 3 H), 0.10-0.08 (m, 18 H); 31 P NMR (CD 3 CN, 121.5 mHz) d 151.02, 149.98。
B.5’−DR(OTMS)2−シリル−rG(NiBu)アミダイト(25d)
2’−MP−オルトホルメート保護化および5’,3’−Tipds rG N(iBu)(24a)の脱シリル化:実施例4の方法Aに記載の化合物24aの2’保護化および脱シリル化と同様の製造方法により、5’,3’−Tipds rG N(iBu)(60.0g、100.7mmol)から化合物25bを収率52%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 9.25 (b, 1 H), 7.96 (s, 1 H), 5.91 (d, J = 6.5 Hz, 1 H), 5.49 (s, 1 H), 5.08 (b, 1 H), 4.91 (t, J = 5.7 Hz, 1 H), 4.53- 4.51 (m, 1 H), 4.23-4.21 (m, 1 H), 4.10-4.01 (m, 2 H), 3.95-3.87 (m, 3 H), 3.78-3.74 (m, 1 H), 5.52 (b, 1 H), 2.80 (p, J = 6.8 Hz, 1 H), 1.75 (s, 6 H), 1.26-1.20 (m, 6 H), 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d 180.20, 155.79, 148.38, 148.30, 139.36, 121.37, 110.90, 87.96, 86.34, 83.32, 75.84, 73.67, 71.00, 62.39, 54.02, 53.73, 36.16, 19.10, 19.06, 3.54。
化合物25aのシリル化:実施例4の方法Aに記載の化合物24aのシリル化と同様の製造方法により、化合物25a(30.6g、60.81mmol)から化合物25bを収率77%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 8.81 (b, 1 H), 8.09 (s, 1 H), 5.98 (d, J = 6.9 Hz, 1 H), 5.47 (s, 1 H), 4.77 (t, J = 5.4 Hz, 1 H), 4.41-4.40 (m, 1 H), 4.22-4.20 (m, 1 H), 4.10-4.08 (m, 1 H), 3.95-3.84 (m, 4 H), 2.97 (b, 1 H), 2.69 (p, J = 6.9 Hz, 1 H), 2.46 (s, 1 H), 1.75 (s, 6 H), 1.53 (s, 6 H), 1.25-1.21 (m, 6 H), 0.13-0.10 (m, 18 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d 179.56, 156.04, 148.95, 147.92, 137.87, 121.14, 110.62, 88.14, 85.88, 85.57, 83.25, 83.20, 73.61, 73.54, 71.64, 70.95, 67.26, 63.40, 53.88, 53.77, 35.26, 32.22, 19.15, 19.09, 3.55, 1.72。
DR−N3を用いた25bの色素コンジュゲート化:実施例4の方法Aに記載の化合物24bの色素コンジュゲート化と同様の製造方法により、化合物25b(37.0g、46.7mmol)から化合物25cを収率84%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 9.85 (b, 1 H), 8.24 (d, J = 9.0 Hz, 2 H), 8.11 (s, 1 H), 7.84 (d, J = 9.0 Hz, 2 H), 7.53 (d, J = 9.2 Hz, 3 H), 6.61 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 5.95 (d, J = 6.1 Hz, 1 H), 5.47 (s, 1 H), 4.75-4.62 (m, 3 H), 4.32-4.28 (m, 1 H), 4.13-4.05 (m, 3 H), 3.89-3.74 (m, 6 H), 3.46 (b, 1 H), 3.36-3.31 (m, 2 H), 2.80 (p, J = 6.8 Hz, 1 H), 1.68 (s, 6 H), 1.64 (s, 3 H), 1.62 (s, 3 H), 1.22-1.17 (m, 6
H), 1.08 (t, J = 7.0 Hz, 3 H), 0.07 (s, 9 H), 0.05 (s, 9 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d 179.55, 156.79, 155.94, 155.84, 150.99, 148.81, 148.01, 147.44, 144.00, 137.95, 126.31, 124.73, 122.75, 121.83, 121.21, 111.44, 110.72, 86.23, 85.32, 83.30. 73.67. 72.49. 71.33. 62.85. 53.94. 53.77, 50.52, 47.81, 45.59, 36.20, 30.97, 30.60, 19.16, 19.13, 12.16, 3.57, 1.74。
化合物25cのホスフィチル化:実施例4の方法Aに記載の化合物24cのホスフィチル化と同様の製造方法により、化合物25c(44.0g、38.9mmol)から化合物25dを収率96%で製造した。1 H NMR (CD 3 CN, 300 mHz) d 8.31 (d, J = 9.7 Hz, 2 H), 8.09 および 8.07 (各々 s, 1 H), 7.89 (d, J = 8.9 Hz, 2 H), 7.77 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 7.70 および 7.68 (各々 s, 1 H), 6.68 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 5.96-5.92 (m, 1 H), 5.46 および 5.43 (各々 s, 1 H), 4.81-4.75 (m, 2 H), 4.61 -4.56 (m, 1 H), 4.50-4.39 (m, 1 H), 4.20-4.18 (m, 1 H), 4.10- 4.04 (m, 2 H), 3.99-3.97 (m, 1 H), 3.89-3.73 (m, 5 H), 3.69-3.57 (m, 2 H), 3.43-3.31 (m, 5 H), 2.72-2.62 (m, 1 H), 1.75-1.71 (m, 6 H), 1.64 および1.63 (各々 s, 6 H), 1.22-1.16 (m, 18 H), 1.09 (t, J = 5.9 Hz, 3 H), 0.12-0.10 (m, 18 H); 31 P NMR (CD 3 CN, 121.5 mHz) d 151.21, 150.64。
C.5’−DR(OTMS)2−シリル−rC(Ndmf)アミダイト(26d)
2’−MP−オルトホルメート保護化および5’,3’−Tipds rC N(dmf)(26a)の脱シリル化:実施例4の方法Aに記載の化合物24aの2’保護化および脱シリル化と同様の製造方法により、5’,3’−Tipds rC N(dmf)(54.0g、100.7mmol)から化合物26bを収率30%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 8.62 (s, 1 H), 7.79 (d, J = 7.2 Hz, 1 H), 5.94 (d, J = 7.2 Hz, 1 H), 5.65-5.62 (m, 1 H), 4.58-4.54 (m, 1 H), 4.32- 4.29 (m, 1 H), 4.13-4.10 (m, 5 H), 4.02-3.95 (m , 2 H), 3.87-3.83 (m, 1 H), 3.72 -3.68 (m, 1 H), 3.02 (d, J = 13.3 Hz, 6 H), 1.69 (s, 6 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d 171.94, 158.57, 143.94, 111.31, 102.88, 92.38, 85.28, 82.98, 76.37, 74.12, 73.98, 69.02, 61.14, 53.62, 53.48, 41.52, 35.79, 3.53。
化合物26aのシリル化:実施例4の方法Aに記載の化合物24aのシリル化と同様の製造方法により、化合物26a(17.0g、23.0mmol)から化合物26bを収率79%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 8.78 (s, 1 H), 8.02 (d, J = 7.2 Hz, 1 H), 6.08 (d, J = 2.8 Hz, 1 H), 5.98 (d, J = 7.2 Hz, 1 H), 5.79 (d, 1 H), 4.32-4.26 (m, 3 H), 4.22-4.14 (m, 4 H), 4.08-3.99 (m, 2 H), 3.98 (dd, J = 11.6 Hz, J = 1.8 Hz, 1 H), 3.08 (d, J = 4.4 Hz, 6 H), 2.36 (s, 1 H), 1.79-1.75 (m, 6 H), 1.49 (s, 6 H), 0.10 (s, 18 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d 171.81, 158.52, 156.25, 141.78, 111.30, 102.72, 88.56, 88.00, 83.97, 82.80, 77.85, 74.26, 74.14, 70.60, 68.45, 66.98, 61.41, 53.80, 53.65, 41.35, 35.06, 32.14, 3.57, 1.63。
DR−N3を用いた26bの色素コンジュゲート化:実施例4の方法Aに記載の化合物24bの色素コンジュゲート化と同様の製造方法により、化合物26b(17.4g、23.6mmol)から化合物26cを収率79%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 8.78 (s, 1 H), 8.31 (d, J = 8.8 Hz, 2 H), 7.94-7.85 (m, 5 H), 7.42 (s, 1 H), 6.68 (d, J = 9.0 Hz, 2 H), 6.06 (d, J = 2.3 Hz, 1 H), 5.90 (d, J = 7.2 Hz, 1 H), 5.82 (s, 1 H), 4.54-4.50 (m, 2 H), 4.37-4.34 (m, 1 H), 4.31-4.30 (m, 2 H), 4.25-4.23 (m, 1 H), 4.19-4.13 (m, 2 H), 4.02-4.01 (m, 2 H), 3.91-3.87 (m, 3 H), 3.33 (q, J = 7.1 Hz, 2 H), 3.09-3.06 (m, 7 H), 1.81-1.77 (m, 6 H), 1.64 (s, 6 H), 1.13 (t, J = 7.0 Hz, 3 H), 0.09 (s, 18 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d 171.92, 158.66, 156.70, 156.61, 156.29, 150.68, 147.61, 144.17, 141.59, 126.39, 124.77, 122.84, 121.05, 111.51, 111.45, 102.81, 89.11, 83.85, 83.12, 83.07, 74.34, 74.22, 72.69, 68.32, 61.44, 54.08, 53.99, 50.57, 47.56, 45.77, 41.53, 35.25, 30.98, 12.28, 3.75, 1.80, 1.77。
化合物26cのホスフィチル化:実施例4の方法Aに記載の化合物24cのホスフィチル化と同様の製造方法により、化合物26c(20.0g、18.6mmol)から化合物26dを収率86%で製造した。1 H NMR (CD 3 CN, 300 mHz) d 8.65 (s, 1 H), 8.31 (d, J = 8.8 Hz, 2 H), 7.89 (d, J = 8.8 Hz, 2 H), 7.86 (d, J = 7.3 Hz, 1 H), 7.79 (d, J = 9.1 Hz, 2 H), 7.57 および 7.56 (各々 s, 1 H), 6.69 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 6.04-6.04 (m, 1 H), 5.82 および 5.81 (各々 d, J = 7.2 Hz, 1 H), 5.65 および 5.61 (各々 s, 1 H), 4.58-4.54 (m, 2 H), 4.34- 4.27 (m, 2 H), 4.20-4.07 (m, 5 H), 3.95-3.75 (m, 4 H), 3.65-3.52 (m, 2 H), 3.39-3.30 (m, 5 H), 3.07 (d, J = 23.7 Hz, 6 H), 1.78-1.76 m, 6 H), 1.61 および 1.60 (各々 s, 6 H), 1.18- 1.07 (m, 15 H), 0.11 および 0.10 (各々 s, 18 H); 31 P NMR (CD 3 CN, 121.5 mHz) d 150.74, 150.37。
D.5’−DR(OTMS)2−シリル−rU アミダイト(27d)
2’−MP−オルトホルメート保護化および5’,3’−Tipds rU(25a)の脱シリル化:実施例4の方法Aに記載の化合物24aの2’保護化および脱シリル化と同様の製造方法により、5’,3’−Tipds rU(50.0g、102.7mmol)から化合物27aを収率63%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 10.05 (b, 1 H), 7.66 (d, J = 7.0 Hz, 1 H), 5.77 (d, J = 4.9 Hz, 1 H), 5.70 (d, J = 8.0 Hz, 1 H), 5.57 (s, 1 H), 4.57 (t, J = 5.0 Hz, 1 H), 4.32-4.29 (m, 1 H), 4.18-4.14 (m, 4 H), 4.04-4.00 (m, 1 H), 3.87-3.83 (m, 1 H), 3.75- 3.71 (m, 1 H), 3.42 (b, 2 H), 1.76 (s, 6 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d 164.26, 150.78, 142.51, 111.08, 102.44, 90.37, 85.26, 83.53, 69.98, 61.81, 54.02, 53.96, 3.57。
化合物27aのシリル化:実施例4の方法Aに記載の化合物24aのシリル化と同様の製造方法により、化合物27a(22.0g、55.78mmol)から化合物27bを収率80%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 7.83 (d, J = 8.1 Hz, 1 H), 6.08 (d, J = 5.4 Hz, 1 H), 5.65 (d, J = 8.1 Hz, 1 H), 5.57 (s, 1 H), 4.33 (t, J = 5.2 Hz, 1 H), 4.22-4.19 (m, 1 H), 4.16-4.14 (m, 2 H), 4.09-3.99 (m, 3 H), 3.94-3.79 (m, 2 H), 2.37 (s, 1 H), 1.74-1.72 (m, 6 H), 1.45 (s, 6 H), 0.07 (s, 18 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d 171.16, 163.94, 150.82, 140.67, 110.70, 102.71, 87.98, 86.75, 84.80, 83.27, 83.23, 76.30, 73.88, 73.84, 70.85, 70.29, 67.16, 32.58, 60.39, 54.00, 53.79, 32.21, 32.19, 21.02, 14.21, 3.54, 1.69。
DR−N3を用いた27bの色素コンジュゲート化:実施例4の方法Aに記載の化合物24bの色素コンジュゲート化と同様の製造方法により、化合物27b(39.4g、43.0mmol)から化合物27cを収率91%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 8.31 (d, J = 7.2 Hz, 2 H), 8.11 (b, 1 H), 7.92 (d, J = 9.0 Hz, 2 H), 7.88 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 7.79 (d, J = 8.2 Hz, 1 H), 7.33 (s, 1 H), 6.69 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 6.05 (d, J = 4.9 Hz, 1 H), 5.65 (s, 1 H), 5.58 (d, J = 8.1 Hz, 1 H), 4.54 (t, J = 6.3 Hz, 2 H), 4.39 (d, J = 5.1 Hz, 1 H), 4.24-4.19 (m, 3 H), 4.16-4.14 (m, 2 H), 4.06-4.05 (m, 1 H), 3.95-3.89 (m, 3 H), 3.82-3.78 (m, 1 H), 3.33 (q, J = 6.9 Hz, 2 H), 3.05 (d, J = 4.1 Hz, 1 H), 1.80-1.78 (m, 6 H), 1.64 (s, 6 H), 1.13 (t, J = 7.0 Hz, 3 H), 0.09 (s, 18 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d 163.68, 156.63, 156.16, 150.63, 147.57, 144.13, 140.53, 126.36, 124.74, 122.82, 120.94, 111.45, 111.02, 110.80, 102.53, 87.29, 84.49, 83.45, 76.07, 73.90, 73.87, 72.49, 69.77, 62.28, 54.10, 53.97, 47.65, 45.84, 30.87, 12.24, 3.65, 1.74。
化合物27cのホスフィチル化:実施例4の方法Aに記載の化合物24cのホスフィチル化と同様の製造方法により、化合物27c(37.0g、36.2mmol)から化合物27dを収率82%で製造した。1 H NMR (CD 3 CN, 300 mHz) d 9.17 (b, 1 H), 8.31 (d, J = 7.1 Hz, 2 H), 7.89 (d, J = 9.0 Hz, 2 H), 7.80 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 7.67 (d, J = 8.2 Hz, 1 H), 7.56 および 7.55 (各々 s, 1 H), 6.70 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 5.97 および 5.96 (各々 d, J = 6.7 Hz, 1 H), 5.55-5.50 (m, 2 H), 4.57 (t, J = 5.9 Hz, 2 H), 4.41-4.26 (m, 2 H), 4.17-4.07 (m, 5 H), 3.91-3.86 (m, 2 H), 3.84-3.71 (m, 2 H), 3.66-3.54 (m, 2 H), 3.41-3.27 (m, 5 H), 1.78- 1.76 (m, 6 H), 1.61 および 1.60 (各々 s, 6 H), 1.20-1.08 (m, 15 H), 0.11 および 0.09 (各々 s, 18 H); 31 P NMR (CD 3 CN, 121.5 mHz) d150.59, 149.55。
E.5’−DR(OTMS)2−シリル−2’−OMe−A(NiBu)アミダイト(28d)
化合物28aのシリル化:実施例4の方法Aに記載の化合物24aのシリル化と同様の製造方法により、化合物28a(17.6g、50.0mmol)から化合物28bを収率77%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 8.69 (s, 1 H), 8.47 (s, 1 H), 8.44 (b, 1 H), 6.26 (d, J = 4.7 Hz, 1 H), 4.48 (q, J = 4.4 Hz, 1 H), 4.23 (t, J = 4.8 Hz, 1 H), 4.20-4.17 (m, 1 H), 4.06 (dd, J = 12.0 Hz, J = 2.8 Hz, 1 H), 3.94 (dd, J = 12.0 Hz, J = 2.31 Hz, 1 H), 3.48 (s, 3 H), 3.31 (p, J = 6.8 Hz, 1 H), 2.80 (d, J = 4.9 Hz, 1 H), 2.40 (s, 1 H), 1.55 (s, 6 H), 1.28 (d, J = 6.8 Hz, 6 H), 0.14 (s, 18 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75 MHz) d 176.55, 152.73, 151.23, 149.40, 141.57, 122.32, 88.20, 86.40, 85.39, 84.67, 70.87, 69.89, 67.31, 62.62, 58.86, 36.09, 32.33, 32.30, 19.32, 1.80。
DR−N3を用いた28bの色素コンジュゲート化:実施例4の方法Aに記載の化合物24bの色素コンジュゲート化と同様の製造方法により、化合物28b(24.5g、38.3mmol)から化合物28cを収率83%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 8.65 (s, 1 H), 8.41 (b, 1 H), 8.32 (d, J = 8.6 Hz, 2 H), 7.91 (d, J = 8.6 Hz, 2 H), 7.82 (d, J = 8.9 Hz, 2 H), 7.45 (s, 1 H), 6.65 (d, J = 9.0 Hz, 2 H), 6.21 (d, J = 3.2 Hz, 1 H), 4.55 (t, J = 6.3 Hz, 2 H), 4.44 (q, J = 5.7 Hz, 1 H), 4.17-4.09 (m, 2 H), 4.02 (dd, J= 12.0 Hz, J= 3.0 Hz, 1 H), 3.92- 3.87 (m, 3 H), 3.54 (s, 3 H), 3.35-3.24 (m, 2 H), 3.07 (d, J = 6.3 Hz, IH), 1.67 (s, 6 H), 1.28 (d, J = 6.9 Hz, 6 H), 1.09 (t, J = 7.0 Hz, 3 H), 0.10 (s, 18 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d 176.55, 156.73, 156.22, 152.74, 151.00, 150.62, 149.29, 147.77, 144.23, 141.44, 126.40, 124.88, 122.91, 121.20, 111.52, 86.64, 84.79, 84.40, 72.43, 69.08, 61.97, 58.99, 50.71, 47.74, 45.99, 36.12, 30.99, 30.85, 19.38, 19.36, 12.32, 1.85。
化合物28cのホスフィチル化:実施例4の方法Aに記載の化合物24cのホスフィチル化と同様の製造方法により、化合物28c(31.0g、31.7mmol)から化合物28dを収率95%で製造した。1 H NMR (CD 3 CN, 300 mHz) d 8.65 (b, 1 H), 8.55 (s, 1 H), 8.39 および 8.38 (各々 s, 1 H), 8.32 (d, J = 8.9 Hz, 2 H), 7.89 (d, J = 8.9 Hz, 2 H), 7.74 (d, J = 9.0 Hz, 2 H), 7.65 および 7.64 (各々 s, 1 H), 6.65 (d, J = 7.7 Hz, 2 H), 6.11 (t, J = 4.5 Hz, 1 H), 4.62-4.53 (m, 3 H), 4.43-4.37 (m, 1 H), 4.25-4.21 (m, 1 H), 3.96 および 3.92 (各々 d, J = 3.4 Hz, 1 H), 3.87-3.78 (m, 3 H), 3.70-3.57 (m, 2 H), 3.44-3.32 (m, 6 H), 3.30-3.24 (m, 2 H), 3.10 (p, J = 6.8 Hz, 1 H), 1.62 および 1.61 (各々 s, 6 H) 1.22-1.16 (m, 18 H), 1.05 (t, J = 5.3 Hz, 3 H), 0.1 および 0.09 (各々 s, 18 H); 31 P NMR (CD 3 CN, 121.5 mHz), d 151.18, 149.89。
F.5’−DR(OTMS)2−シリル−2’−OMe−G(NiBu)アミダイト(29d)
化合物29aのシリル化:実施例4の方法Aに記載の化合物24aのシリル化と同様の製造方法により、化合物29a(18.4g、50.0mmol)から化合物29bを収率71%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 9.99 (s, 1 H), 8.13 (s, 1 H), 5.91 (d, J = 5.6 Hz, 1 H), 4.43 (q, J = 3.6 Hz, 1 H), 4.15-4.11 (m, 2 H), 3.96-3.85 (m, 2 H), 3.30 (s, 3 H), 3.17 (d, J = 4.0 Hz, 1 H), 2.78 (p, J = 6.8 Hz, 1 H), 2.41 (s, 1 H), 1.50 (s, 6 H), 1.21-1.17 (m, 6 H), 0.10 (s, 18 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d179.66, 162.91, 159.09, 148.71, 148.17, 137.50, 121.13, 88.13, 85.78, 85.60, 84.93, 70.97, 70.38, 67.33, 63.18, 58.45, 36.71, 36.31, 32.33, 31.63, 19.16, 1.80。
DR−N3を用いた29bの色素コンジュゲート化:実施例4の方法Aに記載の化合物24bの色素コンジュゲート化と同様の製造方法により、化合物29b(23.3g、35.6mmol)から化合物29cを収率80%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 9.12 (b, 1 H), 8.30 (d, J = 8.7 Hz, 2 H), 8.13 (s, 1 H), 7.92-7.75 (m, 5 H), 6.62 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 5.91 (d, J = 4.8 Hz, 1 H), 4.70-4.68 (m, 2 H), 4.38 (q, J = 4.3 Hz, 1 H), 4.13-4.06 (m, 3 H), 3.94- 3.80 (m, 4 H), 3.39-3.30 (m, 5 H), 3.16 (d, J = 4.7 Hz, 1 H), 2.66 (p, J = 6.9 Hz, 1 H), 2.02 (s, 2 H), 1.64 (s, 6 H), 1.21 (d, J = 6.9 Hz, 8 H), 1.10 (t, J = 6.8 Hz, 3 H), 0.09 (d, J = 7.9 Hz, 18 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d 178.96, 156.86, 155.94, 155.73, 151.04, 148.29, 147.87, 147.55, 144.04, 137.55, 126.41, 126.34, 124.82, 122.91, 121.81, 121.87, 121.42, 111.50, 85.96, 85.17, 84.83, 72.64, 69.82, 62.38, 60.56, 58.83, 50.56, 47.86, 45.60, 36.49, 30.99, 30.74, 21.22, 19.22, 19.12, 14.35, 12.20, 1.80。
化合物29cのホスフィチル化:実施例4の方法Aに記載の化合物24cのホスフィチル化と同様の製造方法により、化合物29c(28.4g、28.5mmol)から化合物29dを収率87%で製造した。1 H NMR (CD 3 CN, 300 mHz) d 8.30 (d, J = 9.0 Hz, 2 H), 8.11 および 8.10 (各々 s, 1 H), 7.88 (d, J = 9.1 Hz, 2 H), 7.74 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 7.72 および 7.71 (各々 s, 1 H), 6.65 (d, J = 8.3 Hz, 2 H), 5.89 および 5.88 (各々 d, J = 3.5 Hz, 1 H), 4.59 (t, J = 5.8 Hz, 2 H), 4.51-4.44 (m, 1 H), 4.22-4.16 (m, 2 H), 3.91-3.75 (m, 4 H), 3.67-3.52 (m, 2 H), 3.41 および 3.39 (各々 s, 3 H), 3.36-3.28 (m, 5 H), 2.70-2.60 (m, 1 H), 1.63 (s, 6 H), 1.19-1.15 (m, 18 H), 1.07 (t, J = 6.9 Hz, 3 H), 0.13-0.10 (m, 18 H); 31 P NMR (CD 3 CN, 121.5 mHz) d 151.10, 150.36。
G.5’−DR(OTMS)2−シリル−2’−OMe−C(NAc)アミダイト(30d)
化合物30aのシリル化:実施例4の方法Aに記載の化合物24aのシリル化と同様の製造方法により、化合物30a(15.0g、50.0mmol)から化合物30bを収率77%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 8.56 (d, J= 7.5 Hz, 1 H), 8.48 (b, 1 H), 7.39 (d, J= 7.4 Hz, 1 H), 6.01 (s, 1 H), 4.28-4.22 (m, 1 H), 4.16 (dd, J = 12.0 Hz, J = 2.3 Hz, 1 H), 3.98 (s, 1 H), 3.95 (d, J = 2.4 Hz, 1 H), 3.75 (d, J = 5.3 Hz, IH), 3.70 (s, 3 H), 2.56 (d, J= 9.6 Hz, 1 H), 2.41 (s, 1 H), 2.20 (s, 3 H), 1.56-1.54 (m, 6 H), 0.15 (s, 18 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d 171.18, 163.37, 155.22, 145.44, 88.24, 88.18, 84.32, 84.26, 70.95, 67.49, 67.36, 60.67, 58.93, 32.38, 24.99, 1.81。
DR−N3を用いた30bの色素コンジュゲート化:実施例4の方法Aに記載の化合物24bの色素コンジュゲート化と同様の製造方法により、化合物30b(22.7g、38.6mmol)から化合物30cを収率88%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 8.48 (d, J= 7.5 Hz, 1 H), 8.42 (b, 1 H), 8.32 (d, J= 8.9 Hz, 2 H), 7.91 (d, J= 8.9 Hz, 2 H), 7.87 (d, J= 9.0 Hz, 2 H), 7.42 (s, 1 H), 7.31 (d, J= 7.4 Hz, 1 H), 6.69 (d, J= 9.1 Hz, 2 H), 5.94 (s, 1 H), 4.57 (t, J= 6.4 Hz, 2 H), 4.22-4.14 (m, 1 H), 4.11-4.04 (m, 1 H), 3.95-3.90 (m, 4 H), 3.73-3.69 (m, 4 H), 3.30 (q, J = 7.1 Hz, 2 H), 3.04 (d, J = 9.6 Hz, 1 H), 2.17 (s, 3 H), 1.65 (s, 6 H), 1.56 (s, 1 H), 1.11 (t, J = 7.1 Hz, 3 H), 0.11 (s, 18 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d 170.64, 162.84, 156.74, 156.22, 155.07, 150.66, 147.77, 145.21, 144.27, 126.45, 124.88, 122.92, 121.02, 111.55, 96.45, 88.37, 84.10, 83.87, 72.46, 67.03, 60.59, 60.47, 58.97, 50.72, 47.68, 45.99, 31.00, 30.92, 25.10, 13.50, 1.87。
化合物30cのホスフィチル化:実施例4の方法Aに記載の化合物24cのホスフィチル化と同様の製造方法により、化合物30c(31.5g、34.0mmol)から化合物30dを収率90%で製造した。1 H NMR (CD 3 CN, 300 mHz) d 8.89 (b, 1 H), 8.34-8.30 (m, 3 H), 7.90 (d, J = 9.8 Hz, 2 H), 7.79 (d, J = 9.1 Hz, 2 H), 7.55 および7.54 (各々 s, 1 H), 7.24 (d, J = 7.5 Hz, 1 H), 6.68 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 5.90-5.87 (m, 1 H), 4.56 (t, J = 5.9 Hz, 2 H), 4.33-4.18 (m, 1 H), 4.12-4.07 (m, 1 H), 4.03-3.99 (m, 1 H), 3.90-3.77 (m, 4 H), 3.64- 3.53 (m, 2 H), 3.50 および 3.48 (各々 s, 3 H), 3.37-3.27 (m, 5 H), 2.10 (s, 3 H), 1.62-1.59 (m, 6 H), 1.14-1.07 (m, 15 H), 0.11-0.10 (m, 18 H); 31 P NMR (CD 3 CN, 121.5 mHz) d 150.58, 150.03。
H.5’−DR(OTMS)2−シリル−2’−OMe−U アミダイト(31d)
化合物31aのシリル化:実施例4の方法Aに記載の化合物24aのシリル化と同様の製造方法により、化合物31a(12.9g、50.0mmol)から化合物31bを収率75%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 8.99 (b, 1 H), 8.02 (d, J = 8.2 Hz, 1 H), 6.01 (d, J = 3.2 Hz, 1 H), 5.70 (d, J = 8.1 Hz, 1 H), 4.32-4.26 (m, 1 H), 4.12-3.96 (m, 2 H), 3.96-3.93 (m, 1 H), 3.77 (dd, J= 5.0 Hz, J= 3.3 Hz, 1 H), 3.56 (s, 3 H), 2.38 (s, 1 H), 1.52 (s, 6 H), 0.13 (s, 18 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d 163.95, 150.67, 140.50, 102.55, 88.10, 86.87, 84.55, 84.12, 70.86, 68.51, 67.31, 61.57, 58.75, 32.33, 1.84。
DR−N3を用いた31bの色素コンジュゲート化:実施例4の方法Aに記載の化合物24bの色素コンジュゲート化と同様の製造方法により、化合物31b(20.0g、36.6mmol)から化合物31cを収率83%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 9.38 (b, 1 H), 8.27 (d, J = 7.2 Hz, 2 H), 7.93-7.82 (m, 5 H), 7.35 (s, 1 H), 6.66 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 5.90 (d, J = 1.9 Hz, 1 H), 5.55 (d, J = 8.1 Hz, 1 H), 4.54 (t, J = 6.2 Hz, 2 H), 4.24-4.17 (m, 1 H), 4.01-3.83 (m, 4 H), 3.69 (dd, J= 5.2 Hz, J= 1.9 Hz, 1 H), 3.55 (s, 3 H), 3.28 (q, J = 7.1 Hz, 2 H), 3.09 (d, J = 8.0 Hz, 1 H), 1.63 (s, 6 H), 1.10 (t, J = 7.0 Hz, 3 H), 0.07 (s, 18 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d 163.84, 156.66, 156.09, 150.62, 150.46, 147.65, 144.18, 140.26, 126.40, 124.51, 122.87, 120.98, 111.50, 102.17, 87.13, 84.06, 84.00, 72.37, 67.83, 61.06, 58.78, 50.66, 47.70, 45.96, 30.91, 12.29, 1.85。
化合物31cのホスフィチル化:実施例4の方法Aに記載の化合物24cのホスフィチル化と同様の製造方法により、化合物31c(26.2g、30.2mmol)から化合物31dを収率91%で製造した。1 H NMR (CD 3 CN, 300 mHz) d 9.24 (b, 1 H), 8.30 (d, J = 9.0 Hz, 2 H), 7.88 (d, J = 8.9 Hz, 2 H), 7.88-7.74 (m, 3 H), 7.54 および7.53 (各々 s, 1 H), 6.69 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 5.88 (d, J = 5.0 Hz, 1 H), 5.51 および 5.50 (各々 d, J = 8.1 Hz, 1 H), 4.56 (t, J = 5.9 Hz, 2 H), 4.36-4.27 (m, 1 H), 4.12-4.07 (m, 1 H), 3.90-3.74 (m, 5 H), 3.40- 3.28 (m, 8 H), 1.60 および 1.59 (各々 s, 6 H), 1.71-1.07 (m, 15 H), 0.10 および 0.09 (各々 s, 18 H); 31 P NMR (CD 3 CN, 121.5 mHz) d 151.06, 150.13。
I.5’−DR(OTMS)2−シリル−2’−OMe−U アミダイト(31d)
化合物32aのシリル化:実施例2の方法Iに記載と同様の方法により化合物32a(24.5g、100mmol)のN−アセチル化保護を行った。シリル化反応は、化合物32aを溶かすのを補助するジメチルホルムアミド(100mL)を加えた以外は、実施例4の方法Aに記載の化合物24aのシリル化と同様の製造方法により行った。化合物32a(24.5g、100mmol)から化合物32bを収率65%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 10.16 (b, 1 H), 8.38 (d, J = 7.6 Hz, 1 H), 7.37 (d, J = 7.6 Hz, 1 H), 5.97 (d, J = 15.5 Hz, 1 H), 4.94 (dd, J = 52.0 Hz, J = 3.51 Hz, 1 H), 4.46-4.43 (m, 1 H), 4.24-4.08 (m, 3 H), 3.91-3.88 (m, 1 H), 2.37 (s, 1 H), 2.17 (s, 3 H), 1.45 (s, 6 H), 0.05 (s, 18 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 niHz) d171.18, 163.24, 155.21, 144.86, 96.97, 95.41, 92.92, 89.01, 88.56, 87.95, 82.88, 70.90, 67.59, 67.36, 67.18, 60.29, 32.17, 24.82, 1.67; 19 F NMR (CDCl 3 , 282.4 mHz) d -203.35。
DR−N3を用いた32bの色素コンジュゲート化:実施例4の方法Aに記載の化合物24bの色素コンジュゲート化と同様の製造方法により、化合物32b(37.7g、65.0mmol)から化合物32cを収率72%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 10.05 (b, 1 H), 8.44 (d, J = 7.5 Hz, 1 H), 8.27 (d, J = 8.8 Hz, 2 H), 7.88 (d, J = 8.8 Hz, 2 H), 7.83 (d, J = 9.0 Hz, 2 H) 7.43-7.40 (m, 2 H), 6.68 (d, J = 9.0 Hz, 2 H), 6.04 (d, J = 15.9 Hz, 1 H), 5.47- 5.44 (m, 1 H) 5.05 (dd, J = 51.9 Hz, J = 3.6 Hz, 1 H), 4.60 (t, J = 6.0 Hz, 2 H), 4.44-4.34 (m, 1 H), 4.21-3.92 (m, 6 H), 3.32 (q, J = 6.8 Hz, 2 H), 2.27 (s, 3 H), 1.65 (s, 6 H), 1.12 (t, J = 6.9 Hz, 3 H), 0.14 (s, 18 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d 171.28, 163.38, 162.95, 156.75, 155.60, 155.07, 150.73, 147.70, 144.96, 144.27, 126.50, 124.90, 122.98, 120.96, 111.62, 96.95, 95.70, 93.21, 89.47, 89.03, 82.88, 71.68, 67.00, 66.78, 60.66, 60.31, 50.66, 47.94, 46.05, 36.80, 31.71, 30.84, 30.78, 25.16, 21.31, 12.10, 1.97; 19 F NMR (CDCl 3 , 282.4 mHz) d -202.42。
化合物32cのホスフィチル化:実施例4の方法Aに記載の化合物24cのホスフィチル化と同様の製造方法により、化合物32c(42.61g、46.6mmol)から化合物32dを収率65%で製造した。1 H NMR (CD 3 CN, 300 mHz) d 9.18 (b, 1 H), 8.30-8.23 (m, 3 H), 7.84 (d, J = 9.0 Hz, 2 H), 7.75 (d, J = 9.1 Hz, 2 H), 7.55 および7.54 (各々 s, 1 H), 7.25 (d, J = 7.6 Hz, 1 H), 6.65 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 5.91 (d, J = 17.3 Hz, 1 H), 4.97 (dt, J = 51.6 Hz, J = 4.9 Hz, 1 H), 4.56 (t, J = 6.0 Hz, 2 H), 4.42-4.25 (m, 1 H), 4.14-4.06 (m, 2 H), 3.89-3.80 (m, 3 H), 3.70-3.48 (m, 2 H), 3.36-3.27 (m, 5 H), 2.10 (s, 3 H), 1.61-1.59 (m, 6 H), 1.12-1.05 (m, 15 H) 0.10-0.08 (m, 18 H); 19 F NMR (CD 3 CN, 283.4 mHz) d - 200.72, -200.75, -200.85, -200.87; 31 P NMR (CD 3 CN, 121.5 mHz) d 151.29, 151.24, 151.07, 151.01。
J.5’−DR(OTMS)2−シリル−2’−F−U アミダイト(33d)
化合物33aのシリル化:実施例4の方法Aに記載の化合物24aのシリル化と同様の製造方法により、化合物33a(12.3g、50.0mmol)から化合物33bを収率78%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 7.96 (s, 1 H), 7.90 (d, J = 8.1 Hz, 1 H), 6.13 (dd, J = 14.7 Hz, J = 2.8 Hz, 1 H), 5.68 (d, J = 8.1 Hz, 1 H), 4.92 (dt, J = 52.7 Hz, J = 3.5 Hz, 1 H), 4.38-430 (m, 1 H), 4.11-3.90 (m, 3 H), 2.40 (s, 1 H), 1.49 (s, 6 H), 0.10 (s, 18 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d 163.85, 162.93, 150.52, 140.24, 102.70, 95.02, 92.52, 88.01, 87.12, 86.67, 83.67, 70.93, 69.01, 68.79, 67.32, 61.42, 36.69, 32.25, 31.61, 1.75; 19 F NMR (CDCl 3 , 282.4 mHz) d -206.13。
DR−N3を用いた33bの色素コンジュゲート化:実施例4の方法Aに記載の化合物24bの色素コンジュゲート化と同様の製造方法により、化合物33b(21.0g、39.0mmol)から化合物33cを収率78%で製造した。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 8.82 (b, 1 H), 8.29 (d, J = 8.9 Hz, 2 H), 7.91-7.84 (m, 5 H), 7.29 (s, 1 H), 6.67 (d, J = 9.1 Hz, 2 H), 6.00 (d, J = 16.0 Hz, 1 H), 5.59 (d, J = 8.1 Hz, 1 H), 4.93 (dd, J = 52.4 Hz, J = 4.1 Hz, 1 H), 4.88 (d, J = 6.8 Hz, 1 H), 4.55 (t, J = 6.0 Hz, 2 H), 4.46-4.37 (m, 1 H), 4.10-3.90 (m, 5 H), 3.29 (q, J = 6.9 Hz, 2 H), 1.61 (s, 6 H), 1.10 (t, J = 6.8 Hz, 3 H), 0.08 (s, 9 H), 0.06 (s, 9 H); 13 C NMR (CDCl 3 , 75.5 mHz) d 163.15, 156.69, 155.47, 150.54, 150.03, 147.87, 144.33, 140.10, 126.45, 124.88, 122.95, 120.66, 116.59, 111.58, 102.27, 93.53, 93.03, 88.17, 87.72, 82.89, 71.52, 67.63, 67.41, 60.62, 50.59, 47.87, 46.06, 30.76, 30.69, 12.35, 20.9, 1.90, 1.81 ; 19 F NMR (CDCl 3 , 282.4 mHz) d -202.68。
化合物33cのホスフィチル化:実施例4の方法Aに記載の化合物24cのホスフィチル化と同様の製造方法により、化合物33c(26.5g、30.4mmol)から化合物33dを収率82%で製造した。1 H NMR (CD 3 CN, 300 mHz) d 9.40 (b, 1 H), 8.32 (d, J = 9.0 Hz, 2 H), 7.90 (d, J = 9.0 Hz, 2 H), 7.80 (d, J = 9.2 Hz, 2 H), 7.74 および 7.73 (各々 d, J = 2.2 Hz, 1 H), 7.57 および 7.56 (各々 s, 1 H), 6.71 (d, J = 9.3 Hz, 2 H), 5.94 (d, J = 16.9 Hz, 1 H), 5.52 (各々 d, J = 3.2 Hz, 1 H), 5.13-5.11 および 4.95-4.94 (各々 m, 1 H), 4.59 (t. J = 6.0 Hz, 2 H), 4.52-4.34 (m, 1 H), 4.13-4.01 (m, 1 H), 3.93-3.86 (m, 4 H), 3.65-3.56 (m, 2 H), 3.40-3.33 (m, 5 H), 1.62 (s, 6 H), 1.17-1.12 (m, 15 H), 0.12-0.11 (m, 18 H); 19 F NMR (CD 3 CN, 282.4 mHz) d -201.48, -201.51, -202.13, -202.16; 31 P NMR (CD 3 CN, 121.5 mHz) d 151.42, 151.35, 151.03, 150.94。
5’−DBおよびAR(OiPr)2シリルアミダイト類の合成
A.5’−DB(OiPr)2−シリル−rG(iBu)アミダイト(34b)
DB−N3を用いた5bの色素コンジュゲート化:ヨウ化銅(0.03g、0.19mmol)を、5b(1.54g、1.92mmol)、DB−N3(1.0g、2.89mmol)およびiPr2NEt(0.25g、1.92mmol)を溶かしたトルエン溶液(38mL)に加えた。この溶液を1分間ソニケーションし、続いて室温で1時間撹拌した後、酢酸エチルおよび飽和食塩水により分液した。水層から青色が消えるように水層を1回酢酸エチルで再抽出した。得られた有機層を合して減圧濃縮した。この粗製物をシリカゲルフラッシュクロマトグラフィー(シリカゲル 300mL;溶出液(酢酸エチル/アセトン/ヘキサン=2:2:6(v/v/v)から8:2:0(v/v/v)0.1%(v/v)Et3N含有)により精製した。生成物を含むフラクションを合して減圧濃縮し、34aを青色泡状物として得た。収量は1.65g(収率76%)であった。1 H NMR (CD 3 CN, 300 mHz) d 9.82 (b, 1 H), 8.54 (s, 1 H), 8.09 (s, 1 H), 7.78 (s, 1 H), 7.70 (d, J= 9.2 Hz, 2 H), 6.68 (d, J= 9.2 Hz, 2 H), 5.95 (d, J= 5.2 Hz, 1 H), 5.43 (s, 1 H), 4.71-4.63 (m, 3 H), 4.45-4.40 (m, 1 H), 4.25-4.16 (m, 2 H), 4.13-4.03 (m, 6 H), 3.98-3.83 (m, 5 H), 3.74-3.53 (m, 5 H), 3.44-3.37 (m, 2 H), 2.78-2.70 (m, 1 H), 1.97 (s, 3 H), 1.96 (s, 3 H), 1.63 (s, 6 H), 1.18 (d, J= 6.6 Hz, 6 H), 1.14 (d, J= 6.6 Hz, 12 H); 13 C NMR (CD 3 CN, 75.5 mHz) d 182.63, 181.42, 172.01, 171.95, 156.70, 156.66, 155.68, 150.04, 149.63, 147.96, 145.55, 143.94, 138.93, 122.97, 122.13, 113.96, 113.83, 87..32, 86.22, 77.98, 73.46, 71.51, 67.52, 67.49, 67.38, 67.23, 64.33, 64.27, 64.18, 64.05, 51.63, 48.75, 47.08, 37.21, 31.54, 31.46, 26.15, 21.46, 21.14, 21.06, 19.72, 19.67, 12.87。
化合物34cのホスフィチル化:ビス(ジイソプロピルアミノ)メトキシホスフィン(0.57g、2.19mmol)をCH2Cl2(3mL)に溶かし、0.5M濃度の5−エチルチオ−1−H−テトラゾールの無水アセトニトリル溶液(1.5mL、0.73mmol)を加えた。続いて、ジイソプロピルアミン(0.15g、1.46mmol)を加え、このホスフィン溶液を室温にて5分間撹拌した。別のフラスコの中に、34a(1.65g、1.46mmol)およびジイソプロピルアミン(0.15g、1.46mmol)を、CH2Cl2(3mL)により溶かした。こうして活性化させたホスフィン溶液をヌクレオシド溶液に加え、反応溶液を室温で撹拌した。16時間撹拌後、無水エタノール(1mL)で反応を止め、溶液を乾固するまで濃縮した。得られたペースト状物質をシリカゲルフラッシュクロマトグラフィー(シリカゲル 300mL;溶出液(CH2Cl2/ヘキサン=5:95(v/v)2%(v/v)Et3N含有に続いてアセトン/へキサン=2:8(v/v)から4:6(v/v)0.5%(v/v)Et3N含有)を用いて精製した。生成物を含むフラクションを合して減圧濃縮し、34bを青色泡状物として得た。収量は1.0g(収率53%)であった。1 H NMR (CD 3 CN, 300 mHz) d 8.59 (b, 1 H), 8.10 および 8.08 (各々 s, 1 H), 7.76-7.65 (m, 3 H), 6.65-6.62 (m, 2 H), 5.98-5.93 (m, 1 H), 5.36 および 5.30 (各々 s, 1 H), 4.75-4.60 (m, 3 H), 4.60-4.41 (m, 1 H), 4.30-4.15 (m, 3 H), 4.04- 3.82 (m, 7 H), 3.70-3.45(m, 7 H), 3.40-3.30 (m, 5 H), 2.79-2.64 (m, 1 H), 1.96-1.92 (m, 6 H), 1.58 および 1.57 (各々 s, 6 H), 1.23-1.10 (m, 33 H); 31 P NMR (CD 3 CN, 121.5 rnHz) d 151.05, 150.85。
B.5’−AR(OiPr)2−シリル−rA(iBu)アミダイト(35b)
AR−N3を用いた4bの色素コンジュゲート化:ヨウ化銅(0.15g、0.77mmol)を、4b(6.04g、7.7mmol)、AR−N3(2.92g、10.0mmol)およびiPr2NEt(1.0g、7.7mmol)を溶かしたトルエン溶液(1548mL)に加えた。この溶液を1分間ソニケーションし、続いて室温で2時間撹拌した後、酢酸エチルおよび飽和食塩水により分液した。水層から赤色が消えるように水層を1回酢酸エチルで再抽出した。得られた有機層を合して減圧濃縮した。この粗製物をシリカゲルフラッシュクロマトグラフィー(シリカゲル 200mL;溶出液(酢酸エチル/アセトン/ヘキサン=2:2:6(v/v/v)から6:2:2(v/v/v)0.1%(v/v)Et3N含有)を用いて精製した。生成物を含むフラクションを合して減圧濃縮し、35aを赤色泡状物として得た。収量は6.7g(収率81%)であった。1 H NMR (CDCl 3 , 300 mHz) d 9.88 (bs, 1 H), 8.64 (s, 1 H), 8.32-8.19 (m, 4 H), 7.77-7.43 (m, 5 H), 6.88 (d, J= 8.2 Hz, 1 H), 6.30 (d, J= 4.2 Hz, 1 H), 5.50 (s, 1 H), 4.78 (t, J= 4.7 Hz, 1 H), 4.61 (t, J= 6.3 Hz,
2 H), 4.47 (q, J= 5.0 Hz, 1 H), 4.25-4.08 (m, 7 H), 4.00-3.86 (m, 4 H), 3.81-3.70 (m, 3 H), 3.66-3.67 (m, 2 H), 3.29-3.21 (m, 1 H), 2.02 (s, 3 H), 2.00 (s, 3 H), 1.66 (s, 6 H), 1.28 (d, J= 6.8 Hz, 6 H), 1.10 (d, J= 6.1 Hz, 12 H)。
化合物35aのホスフィチル化:ビス(ジイソプロピルアミノ)メトキシホスフィン(2.40g、9.3mmol)をCH2Cl2(12mL)に溶かし、0.5M濃度の5−エチルチオ−1−H−テトラゾールの無水アセトニトリル溶液(6.2mL、3.1mmol)を加えた。続いて、ジイソプロピルアミン(0.63g、6.2mmol)を加え、このホスフィン溶液を室温にて5分間撹拌した。別のフラスコの中に、35a(6.7g、6.2mmol)およびジイソプロピルアミン(0.63g、6.2mmol)を、CH2Cl2(12mL)により溶かした。こうして活性化させたホスフィン溶液をヌクレオシド溶液に加え、反応溶液を室温で撹拌した。16時間撹拌後、無水エタノール(2mL)で反応を止め、溶液を乾固するまで濃縮した。得られたペースト状物質をシリカゲルフラッシュクロマトグラフィー(シリカゲル 250mL;溶出液(CH2Cl2/ヘキサン=5:95(v/v)2%(v/v)Et3N含有からアセトン/へキサン=2:8(v/v)に続いて3:7(v/v)0.5%(v/v)Et3N含有)を用いて精製した。生成物を含むフラクションを合して減圧濃縮し、35bを赤色泡状物として得た。収量は6.4g(収率83%)であった。1 H NMR (CD 3 CN, 300 mHz) d 9.72 (b, 1 H), 8.65 (s, 1 H), 8.56 および 8.54 (各々 s, 1 H), 8.32 (s, 1 H), 8.19-8.12 (m, 2 H), 7.82-7.69 (m, 3 H), 7.52-7.45 (m, 2 H), 7.02-6.95 (m, 1 H), 5.31 および 5.27 (各々 s, 1 H), 4.91-4.88 (m, 1 H), 4.63-4.51 (m, 3 H), 4.63-4.52 (m, 3 H), 4.22-4.11 (m, 3 H), 4.07-3.79 (m, 7 H), 3.68-3.48 (m, 6 H), 3.42-3.29 (m, 3 H), 3.09 (m, 1 H), 1.95-1.89 (m, 6 H), 1.63 および1.61 (各々 s, 6 H), 1.24-1.04 (m, 30 H); 31 P NMR (CD 3 CN, 121.5 Hz) d 150.98, 150.28。
RNA合成条件および合成例
全てのオリゴヌクレオチドは、5’−シリル−2’−オルトエステル化学合成用のABI394DNA/RNAシンセサイザーにより合成された。5’−DR(OiPr)2シリル−2’−ACE保護ホスホラミダイト類を用い、5’−BZH−シリル保護ホスホラミダイト類を用いたRNA合成用に開発された標準合成サイクルを変更することなく用いた(米国特許第6,590,093参照)。5’−DR(Me)2シリル−2’−ACE保護ホスホラミダイト類および5’−DR(OTMS)2シリル−2’−MP保護ホスホラミダイト類については、Et3N−HF送液時間に変更を加えた標準サイクルを用いた。Et3N−HF送液時間を、35秒から、それぞれ150秒および120秒に延長した。ホスホラミダイト類は全て無水アセトニトリルにより0.067Mに希釈され、60秒間カップリングさせた。オリゴヌクレオチド合成は全て、0.2マイクロモルから0.6マイクロモルスケールで行われ、標準5’−BZH−シリル保護ホスホラミダイト類を用いた同じ配列のコントロール合成と平行して行った。合成終了後、固定化されたRNAを脱保護し、担体から切り出して標準的な手順を用いて分析した。
カップリング効率の定量は、Et3N−HF脱保護溶液および洗浄過程に入る前に脱保護に続いて行ったアセトニトリル洗浄の溶液を収集して行った。試料は全て、合成スケールに従って10mLから25mLへと0.5MH2SO4により希釈し、UV−可視分光器を用いて540nMで定量した。カップリング効率(平均ステップ収率)は、以下の式に従って算出した。
平均ステップ収率=(最終カップリングステップの吸光度/
第1カップリングステップの吸光度)1/n × 100
上式において、nはカップリングステップの全体数を表す。
以下に記載した塩基配列は、5’−DR(Me)2シリル−2’−ACE保護ホスホラミダイト類を用いて合成し、カップリング効率を算出して単離収量と比較した(表1参照)。証明用に、SED ID NO:1およびSED ID NO:2の色素反応を図15および図17にプロットした。また、以下に記載した塩基配列のアニオン交換HPLCクロマトグラムも、図16、図18−図24に示した。
SEQ ID NO: 1 33 mer: GCAACUGCUA CGUGUCAUGC AGCUUCAUGC CAU
SEQ ID NO: 2 21 mer: UCGAUCGAUC GAUCGAUCGA U
SEQ ID NO: 3 12 mer: AAAAAAAAAA AA
SEQ ID NO: 4 12 mer: CCCCCCCCCC CC
SEQ ID NO: 512 mer: GGGGGGGGG GG
SEQ ID NO: 6 12 mer: UUUUUUUUU UU
SEQ ID NO: 7 45 mer: AGCUAUCGGA UCGACUAUCA GUUAGGCGGA UUCAAUUGGC UAGCU
SEQ ID NO: 8 21 mer: GUUAACCGUCUGACUCAUGUU
表1.単離収量およびSEQ ID NO: 1−8の合成から算出したステップ収率
比較試験も、5’−DRMe
2シリル、および5’−DR(OTMS)
2シリルホスホラミダイト類を用いて行った。