JP5030051B2 - 低アミロース性を支配する新規遺伝子及び低アミロース米品種の識別方法 - Google Patents
低アミロース性を支配する新規遺伝子及び低アミロース米品種の識別方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP5030051B2 JP5030051B2 JP2006256855A JP2006256855A JP5030051B2 JP 5030051 B2 JP5030051 B2 JP 5030051B2 JP 2006256855 A JP2006256855 A JP 2006256855A JP 2006256855 A JP2006256855 A JP 2006256855A JP 5030051 B2 JP5030051 B2 JP 5030051B2
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- seq
- sequence
- gene
- primer
- bases
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Active
Links
Images
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Description
(1)以下の(a)又は(b)のWx遺伝子。
(a)配列番号1に示される塩基配列を有する遺伝子、
(b)配列番号1に示される塩基配列に対し相補的な配列を有する核酸と高度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズし、かつ低アミロース性を決定する機能を有する遺伝子
(a)配列番号1の1番から2282番の塩基配列若しくはその相補配列のうち連続する少なくとも10塩基からなるプライマー
(b)配列番号1の2283番から3612番の塩基配列若しくはその相補配列のうち連続する少なくとも10塩基からなるプライマー
(a)配列番号1の1番から2282番の塩基配列若しくはその相補配列のうち連続する少なくとも10塩基からなるプライマー、又は配列番号1の2283番から3612番の塩基配列若しくはその相補配列のうち連続する少なくとも10塩基からなるプライマー
(b)配列番号3若しくは4の塩基配列若しくはその相補配列のうち連続する少なくとも10塩基からなるプライマー
(6)配列番号15からなるプライマー及び配列番号16からなるプライマーを含むことを特徴とする低アミロース米品種の識別用キット。
本発明は、「おぼろづき」や「北海287号」に存在する新規Wx遺伝子と、そのWx遺伝子を検出することに基づく低アミロース米品種の識別方法に関する。
配列番号1にWx遺伝子の塩基配列を示し、配列番号2にこれによりコードされるタンパク質のアミノ酸配列を示す。Wx遺伝子は、米品種の低アミロース性を決定する機能を有する。
本発明の低アミロース米品種の識別方法では、低アミロース米品種におけるWx遺伝子の塩基配列と、通常のWx遺伝子の塩基配列の相違を利用する。コシヒカリ等の通常のうるち米品種は、wx座に優性のうるち遺伝子Wx(GenBankアクセッション番号X58228;塩基配列を配列番号5に示す)を保有していることが知られている(文献:奥野(1995)「米の科学」竹生新治郎編 朝倉書店P61−76)。本明細書においては、今回見出された「おぼろづき」や「北海287号」に存在するWx遺伝子を「本発明のWx遺伝子」と、コシヒカリ等の通常のうるち米品種に存在するWx遺伝子を「うるち米品種のWx遺伝子」という。本発明のWx遺伝子(配列番号1)とうるち米品種のWx遺伝子(配列番号5)は、図1に示すように、本発明のWx遺伝子が第10エキソンと第11エキソンの間のイントロン部分に37bpの塩基の欠失(配列番号3又は4)を有するという点で相違する。従って、識別対象の米のゲノムDNAにおけるこの欠失領域の有無を検出することによって、本発明のWx遺伝子の有無を簡便に検出することができる。
本発明においては、例えばポリメラーゼ連鎖反応(PCR)を利用してWx遺伝子を簡便かつ高精度に検出することができる。
プライマーWxob-L1;5’CAGGCTGGAGGAACAGAAGG 3’(配列番号7)
プライマーWxob-R3;5’TCACCTTGCCCGGATACTTC 3’(配列番号8)
プライマーWxob-L3;5’AAGGGGTGAGGCTTTGAACC 3’(配列番号15)
プライマーWxob-R4;5’CTGCAGCTGGATGAGTCCAC 3’(配列番号16)
本発明のWx遺伝子は、ハイブリダイゼーション法を利用して検出することもできる。ハイブリダイゼーション法は、識別対象の米由来のゲノムDNAが、それに対し相補的なDNA分子(例えばオリゴヌクレオチドプローブ)とハイブリダイズする能力に基づいて、本発明のWx遺伝子の有無を決定する方法である。ハイブリダイゼーション及び検出のための種々の技術を利用してこのハイブリダイゼーション法を行うことができる。
本発明のWx遺伝子は、ゲノムDNAを用いて直接配列決定法により検出することができる。直接配列決定法においては、最初に、識別対象の米からゲノムDNAを調製し、検出対象となるWx遺伝子を含む領域(特に第10エキソンと第11エキソンの間の領域)をベクターにクローニングし、宿主細胞(例えば細菌)において増幅させる。あるいは、検出対象のWx遺伝子を含む領域内のDNAをPCRにより増幅することも可能である。増幅後、検出対象領域内のDNAを配列決定する。配列決定法としては、限定されるものではないが、手動式配列決定法又は自動配列決定法が挙げられる。手動配列決定法としては、例えば放射性マーカーヌクレオチドを使用する方法などが挙げられ、自動配列決定法としては、ダイターミネーターを使用する方法などが挙げられる。配列決定の結果に基づいて、識別対象の米が目的のWx遺伝子を有するか否かを判定する。
本発明のWx遺伝子は、制限酵素断片長多型(Restriction Fragment Length Polymorphism;RFLP)を利用して検出することもできる。まず、検出対象の本発明のWx遺伝子を含む領域をPCRで増幅する。続いてこのPCR産物を、本発明のWx遺伝子に独特な長さの断片を生じることが知られている制限酵素で切断する。制限酵素により消化されたPCR産物は、一般的にはゲル電気泳動により分離し、エチジウムブロマイド染色により可視化する。断片の長さを、分子量マーカー、うるち米品種由来のWx遺伝子(対照)により生じた断片の長さと比較することによって、識別対象の米における本発明のWx遺伝子の存在を検出することができる。
上述した低アミロース米品種の識別方法は、キットを用いることによりさらに簡便に実施することができる。本キットは、上述したような本発明のWx遺伝子を検出することができる手段、具体的にはプライマー又はプローブを少なくとも含むものである。またキットは、プライマーを含む場合には、さらに、反応液を構成するバッファー、dNTP混合物、酵素類(逆転写酵素、RNaseHなど)、校正用の標準試料などを含んでもよい。また、プローブを含む場合には、さらに、ハイブリダイゼーションバッファー、洗浄バッファー、マイクロプレート、ナイロンメンブレンなどを含んでもよい。
各プライマーの塩基配列は以下の通りである。
プライマーY;5’AGCACATTCTCCCAGTTCTTCGCA 3’(配列番号10)
プライマーB;5’CAACCACCATGTCGGCTCTCACCA 3’(配列番号11)
プライマーE;5’ACCCTGAAACACACACGGATCA 3’(配列番号12)
プライマーWxob-L1;5’CAGGCTGGAGGAACAGAAGG 3’(配列番号7)
プライマーWxob-R3;5’TCACCTTGCCCGGATACTTC 3’(配列番号8)
5916_3722U;5’GAAACGGAGGGAGTATAAAC 3’(配列番号13)
5616_4362L;5’ACCCAGATACATAACTAAAA 3’(配列番号14)
プライマーWxob-L1;5’CAGGCTGGAGGAACAGAAGG 3’(配列番号7)
プライマーWxob-R3;5’TCACCTTGCCCGGATACTTC 3’(配列番号8)
プライマーWxob-L3;5’AAGGGGTGAGGCTTTGAACC 3’(配列番号15)
プライマーWxob-R4;5’CTGCAGCTGGATGAGTCCAC 3’(配列番号16)
配列番号7〜16:合成オリゴヌクレオチド
Claims (17)
- 配列番号1に示される塩基配列からなる遺伝子。
- 識別対象の米において、配列番号1に示される塩基配列からなるWx遺伝子の存在を検出することを特徴とする低アミロース米品種の識別方法であって、低アミロース米品種が、北海287号、おぼろづき、又はこれらの同系統品種である、上記方法。
- 識別対象の米において、Wx遺伝子における配列番号3又は4に示される塩基配列の不在を検出することを特徴とする低アミロース米品種の識別方法であって、低アミロース米品種が、北海287号、おぼろづき、又はこれらの同系統品種である、上記方法。
- 検出が、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)、ハイブリダイゼーション、配列決定法、又は制限酵素断片長多型を利用した方法により行われる、請求項2又は3記載の方法。
- PCRが、配列番号1の1番から2282番の塩基配列若しくはその相補配列のうち連続する少なくとも15塩基からなるプライマーと、配列番号1の2283番から3612番の塩基配列若しくはその相補配列のうち連続する少なくとも15塩基からなるプライマーとを用いて行われる、請求項4記載の方法。
- PCRが、配列番号7からなるプライマー及び配列番号8からなるプライマーを用いて行われる、請求項5記載の方法。
- PCRが、配列番号15からなるプライマー及び配列番号16からなるプライマーを用いて行われる、請求項5記載の方法。
- PCRが、配列番号1の1番から2282番の塩基配列若しくはその相補配列のうち連続する少なくとも15塩基からなるプライマー、又は配列番号1の2283番から3612番の塩基配列若しくはその相補配列のうち連続する少なくとも15塩基からなるプライマーと、配列番号3若しくは4の塩基配列若しくはその相補配列のうち連続する少なくとも15塩基からなるプライマーとを用いて行われる、請求項4記載の方法。
- プライマーが、少なくとも20塩基からなるものである、請求項5又は8に記載の方法。
- ハイブリダイゼーションが、配列番号1の塩基配列若しくはその相補配列において少なくとも2279番から2283番の塩基を含み、かつ連続する少なくとも20塩基からなるプローブを用いて行われる、請求項4記載の方法。
- ハイブリダイゼーションが、配列番号3若しくは4の塩基配列若しくはその相補配列の連続する少なくとも20塩基を含むプローブ、又は配列番号5に示される塩基配列若しくはその相補配列において2734番から2770番のうちの少なくとも1つの塩基を含み、かつ連続する少なくとも20塩基からなるプローブを用いて行われる、請求項4記載の方法。
- 以下のプライマーを含むことを特徴とする、北海287号、おぼろづき、又はこれらの同系統品種である低アミロース米品種の識別用キット。
(a)配列番号1の1番から2282番の塩基配列若しくはその相補配列のうち連続する少なくとも15塩基からなるプライマー
(b)配列番号1の2283番から3612番の塩基配列若しくはその相補配列のうち連続する少なくとも15塩基からなるプライマー - 配列番号7からなるプライマー及び配列番号8からなるプライマーを含むことを特徴とする、北海287号、おぼろづき、又はこれらの同系統品種である低アミロース米品種の識別用キット。
- 配列番号15からなるプライマー及び配列番号16からなるプライマーを含むことを特徴とする、北海287号、おぼろづき、又はこれらの同系統品種である低アミロース米品種の識別用キット。
- 以下のプライマーを含むことを特徴とする、北海287号、おぼろづき、又はこれらの同系統品種である低アミロース米品種の識別用キット。
(a)配列番号1の1番から2282番の塩基配列若しくはその相補配列のうち連続する少なくとも15塩基からなるプライマー、又は配列番号1の2283番から3612番の塩基配列若しくはその相補配列のうち連続する少なくとも15塩基からなるプライマー
(b)配列番号3若しくは4の塩基配列若しくはその相補配列のうち連続する少なくとも15塩基からなるプライマー - 配列番号1の塩基配列若しくはその相補配列において少なくとも2279番と2283番の塩基を含み、かつ連続する少なくとも20塩基からなるプローブを含むことを特徴とする、北海287号、おぼろづき、又はこれらの同系統品種である低アミロース米品種の識別用キット。
- 配列番号3若しくは4の塩基配列若しくはその相補配列の連続する少なくとも20塩基を含むプローブ、又は配列番号5に示される塩基配列若しくはその相補配列において2734番から2770番のうちの少なくとも1つの塩基を含み、かつ連続する少なくとも20塩基からなるプローブを含むことを特徴とする、北海287号、おぼろづき、又はこれらの同系統品種である低アミロース米品種の識別用キット。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2006256855A JP5030051B2 (ja) | 2006-09-22 | 2006-09-22 | 低アミロース性を支配する新規遺伝子及び低アミロース米品種の識別方法 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2006256855A JP5030051B2 (ja) | 2006-09-22 | 2006-09-22 | 低アミロース性を支配する新規遺伝子及び低アミロース米品種の識別方法 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2008072971A JP2008072971A (ja) | 2008-04-03 |
JP5030051B2 true JP5030051B2 (ja) | 2012-09-19 |
Family
ID=39345696
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2006256855A Active JP5030051B2 (ja) | 2006-09-22 | 2006-09-22 | 低アミロース性を支配する新規遺伝子及び低アミロース米品種の識別方法 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
JP (1) | JP5030051B2 (ja) |
Families Citing this family (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP5284851B2 (ja) * | 2009-04-09 | 2013-09-11 | 独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構 | 低アミロース米を利用した乾燥玄米 |
CN101792805B (zh) * | 2010-03-18 | 2012-01-04 | 江苏省农业科学院 | 水稻胚乳低直链淀粉含量基因Wx-mq的分子标记 |
CN111154906A (zh) * | 2020-01-20 | 2020-05-15 | 安徽省农业科学院水稻研究所 | 适于米粉专用稻筛选的snp功能分子标记及其应用 |
CN112029886B (zh) * | 2020-08-06 | 2024-04-09 | 云南省农业科学院粮食作物研究所 | 一种水稻低直链淀粉含量调控基因的单引物分子鉴定方法 |
CN113637688B (zh) * | 2021-09-23 | 2023-10-13 | 上海师范大学 | 水稻稻米直链淀粉含量调控基因OsACF1及其应用 |
Family Cites Families (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2000201679A (ja) * | 1999-01-13 | 2000-07-25 | Nippon Suisan Kaisha Ltd | 低アミロ―ス米の特定品種を判別する方法 |
-
2006
- 2006-09-22 JP JP2006256855A patent/JP5030051B2/ja active Active
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
JP2008072971A (ja) | 2008-04-03 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
CN108893551B (zh) | 一种检测花生高油酸含量的分子标记方法及应用 | |
JP7004816B2 (ja) | 新規な粉質胚乳遺伝子、分子マーカー及びその用途 | |
US8710295B2 (en) | Soybean sequences associated with the FAP3 locus | |
JP5030051B2 (ja) | 低アミロース性を支配する新規遺伝子及び低アミロース米品種の識別方法 | |
CA3068232A1 (en) | Genetic markers for myb28 | |
JP6138682B2 (ja) | 形質遺伝子移入のためのトウモロコシにおける褐色中肋−3遺伝子特異的マーカーの使用 | |
JP2008148612A (ja) | 鶏の品種識別のためのツールおよびその利用 | |
CN112218526A (zh) | 用于单倍体胚基因分型的方法 | |
KR102298723B1 (ko) | 토마토 황화잎말림 바이러스 저항성 판별용 마커 및 이를 이용한 판별 방법 | |
JP2008212005A (ja) | トウモロコシ多葉性関連遺伝子座に連鎖するdnaマーカーを検出するプライマーセット及びその使用 | |
CN114891900A (zh) | 一种棕点石斑鱼微卫星标记及其引物 | |
JP2007000053A (ja) | 7Sグロブリンαサブユニット欠失ダイズの検出方法 | |
JP2022044587A (ja) | Dnaライブラリーの作製方法及びdnaライブラリーを用いたゲノムdna解析方法 | |
CN109161605B (zh) | 水稻抗稻瘟病基因Pi1的SNP分子标记的开发和应用 | |
KR101988119B1 (ko) | 무 자가불화합성 결정 유전자형의 판별방법 | |
JP6499817B2 (ja) | 機能欠損型グルコラファサチン合成酵素遺伝子及びその利用 | |
TWI607090B (zh) | 用於檢測植物中芳氧基烷酸酯二氧合酶基因(aad-12)的物質和方法 | |
KR101500613B1 (ko) | 벼 유전자원 판별방법 및 아밀로스 함유 벼 판별용 프라이머 | |
KR101639764B1 (ko) | 변이 폴리뉴클레오타이드 및 이를 이용한 벼 유전자원 판별방법 | |
JP6360244B1 (ja) | タマネギの判別方法 | |
KR102169147B1 (ko) | 무 여교배 분석용 또는 양친 판별용 단일염기다형성 탐침 세트 | |
JP2003259898A (ja) | 小麦品種の識別方法 | |
CN109161606B (zh) | 水稻抗稻瘟病基因Pi9的SNP分子标记的开发和应用 | |
JP2009225700A (ja) | ニワトリ由来試料のdna鑑定方法 | |
KR101075828B1 (ko) | Cgy-1 유전자가 결핍된 대두 돌연변이체를 선별하기 위한 공우성 마커 및 이의 용도 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20090217 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20111018 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20111219 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20120605 |
|
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20120619 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 5030051 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20150706 Year of fee payment: 3 |
|
S533 | Written request for registration of change of name |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R313533 |
|
R350 | Written notification of registration of transfer |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R350 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |