JP5003274B2 - 質量分析システムおよび質量分析方法 - Google Patents
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Description
安定同位体で標識した2試料の混合液を比較定量解析する場合、従来技術では、未分析イオンの問題を十分に解決することが難しい。なぜなら、2次質量分析を行う工程では安定同位体標識する長所が短所になりイオン数が増えてしまうからである。安定同位体でそれぞれ標識した2試料は、化学的性質が類似しているため試料分離用の液体クロマトグラフから、ほぼ同じ保持時間に溶出される長所がある。この長所は質量分析時における2試料間のイオン化のばらつきを最小限にする。しかし、2次質量分析を行う親イオンを選択する際に、同時にイオン化される成分が2倍に増えるため、親イオンの選択が複雑かつ困難になる。
図6のようなモノアイソトピック質量情報入力画面を通して三種類の特定アミノ酸(重い標識化リジン、中間の標識化リジン、軽い標識化リジン)のモノアイソトピック質量を入力し、登録する。これらの情報は予め入力されていても良い。
第1実施例〜第5実施例では算出したm/z情報を全て二次質量分析の対象外情報にしたが、二次質量分析の対象情報にしてもよい。その場合は図5に示したm/z情報の属性を2次質量分析対象とする。比較定量したい同位体標識ペアを優先的に同定したい場合に用いるとよい。
10 混合試料
11 試料分離部
12 イオン化部
13 質量分析部
14 イオン検出部
20 情報処理部
21 アミノ酸配列解析部
22 記憶部
30 端末
31 表示部
32 入力部
1000 モニタ画面
1001 特定アミノ酸名称入力フィールド
1002 モノアイソトピック質量入力フィールド
1003 登録ボタン
2001、2002、2003、2004 回数表示フィールド。
Claims (18)
- 質量数の異なる複数安定同位体で特定アミノ酸を各々別個に標識された複数試料の混合液を分離する分離部と、
前記分離部で分離された試料をイオン化するイオン化部と、
前記イオン化部でイオン化されたイオンについて1次質量分析を行い、かつ特定のイオンを親イオンとして解離させる2次質量分析を行う質量分析部と、
前記質量分析部の分析結果について処理する情報処理部と、
前記複数の安定同位体で標識されたアミノ酸の質量情報を記憶し、かつ、前記2次質量分析で得る2次フラグメントの情報から前記2次質量分析で解離させた前記親イオンのアミノ酸配列を分析するアミノ酸配列解析部と、
前記アミノ酸配列解析部の解析結果に基づき、前記2次フラグメントイオンについて、前記特定アミノ酸を含む特定フラグメントイオンの有無を判断する情報処理部と
前記情報処理部が前記特定フラグメントイオンについて有と判断するとき、2次質量分析対象外イオン情報を作成し、その情報を記憶する記憶部とを有し、
前記情報処理部が前記特定フラグメントイオンについて有と判断するとき、前記特定フラグメントイオンが前記複数安定同位体のうちより重い安定同位体で標識された特定アミノ酸を含むときには、前記特定のイオンのピークにピークが隣接した、より軽い安定同位体で標識された特定アミノ酸を含むイオンについて前記2次質量分析対象外情報を作成して前記記憶部に記憶し、前記特定フラグメントイオンが前記複数安定同位体のうちより軽い安定同位体で標識された特定アミノ酸を含むときには、前記特定のイオンのピークにピークが隣接した、より重い安定同位体で標識された特定アミノ酸を含むイオンについて前記2次質量分析対象外情報を作成して前記記憶部に記憶することを特徴とする質量分析システム。 - 前記親イオンは、特定の質量対電荷比を持つイオンであることを特徴とする請求項1に記載の質量分析システム。
- 前記情報処理部が前記特定フラグメントイオンについて有と判断するとき、前記特定フラグメントイオンが前記複数安定同位体のうちより重い安定同位体で標識された特定アミノ酸を含むときには、前記親イオンのピークにピークが隣接した、より軽い安定同位体で標識された特定アミノ酸を含むイオンについて質量対電荷比情報をさらに作成して前記記憶部に記憶し、前記特定フラグメントイオンが前記複数安定同位体のうちより軽い安定同位体で標識された特定アミノ酸を含むときには、前記親イオンのピークにピークが隣接した、より重い安定同位体で標識された特定アミノ酸を含むイオンについて質量対電荷比情報をさらに作成して前記記憶部に記憶することを特徴とする請求項1に記載の質量分析システム。
- 前記情報処理部は、前記2次質量分析の分析候補イオンが、前記記憶部に記憶された2次質量分析対象外イオン情報に該当するかをさらに判断し、前記質量分析部は、前記2次質量分析対象外イオン情報に該当しない前記2次質量分析候補イオンを2次質量分析することを特徴とする請求項1に記載の質量分析システム。
- 前記質量分析部は、特定の親イオンについてn次質量分析を行い、
前記アミノ酸配列解析部は、前記n次質量分析から得られるn次フラグメントイオンの情報から前記2次質量分析のために解離させた親イオンのアミノ酸配列を分析し、
前記情報処理部は、前記アミノ酸配列解析部の解析結果に基づき、前記n次フラグメントイオンについて、前記特定アミノ酸を含む特定フラグメントイオンの有無を判断することを有する請求項1に記載の質量分析システム。 - 前記分離部は、質量数の異なる3種類の安定同位体で特定アミノ酸を各々別個に標識された複数試料の混合液を分離し、
前記情報処理部が前記特定フラグメントイオンについて有と判断するとき、
前記特定フラグメントイオンが前記複数安定同位体のうちより重い安定同位体で標識された特定アミノ酸を含むときには、前記親イオンのピークにピークが隣接した、より軽い安定同位体で標識された特定アミノ酸を含むイオンについての前記2次質量分析対象外情報、および中間の質量の安定同位体で標識された特定アミノ酸を含むイオンについての前記2次質量分析対象外情報を作成して前記記憶部に記憶し、
前記特定フラグメントイオンが前記複数安定同位体のうち、中間の質量の安定同位体で標識された特定アミノ酸を含むときには、前記親イオンのピークにピークが隣接した、より軽い安定同位体で標識された特定アミノ酸を含むイオンについての前記2次質量分析対象外情報、および、より重い安定同位体で標識された特定アミノ酸を含むイオンについての前記2次質量分析対象外情報を作成して前記記憶部に記憶し、
前記特定フラグメントイオンが前記複数安定同位体のうち、より軽い安定同位体で標識された特定アミノ酸を含むときには、前記親イオンのピークにピークが隣接した、中間の質量の安定同位体で標識された特定アミノ酸を含むイオンについての前記2次質量分析対象外情報、および、より重い安定同位体で標識された特定アミノ酸を含むイオンについての前記2次質量分析対象外情報を作成して前記記憶部に記憶することを特徴とする請求項1に記載の質量分析システム。 - 前記情報処理部が前記特定フラグメントイオンについて有と判断するとき、前記特定フラグメントイオンが前記複数安定同位体のうちより重い安定同位体で標識された特定アミノ酸を含むときには、前記親イオンの価数の異なるピークにピークが隣接した、より軽い安定同位体で標識された特定アミノ酸を含むイオンについての前記2次質量分析対象外情報を作成して前記記憶部に記憶し、前記特定フラグメントイオンが前記複数安定同位体のうちより軽い安定同位体で標識された特定アミノ酸を含むときには、前記親イオンの価数の異なるピークにピークが隣接した、より重い安定同位体で標識された特定アミノ酸を含むイオンについての前記2次質量分析対象外情報を作成して前記記憶部に記憶することを特徴とする請求項1に記載の質量分析システム。
- 前記アミノ酸配列解析部は、修飾されたアミノ酸のモノアイソトピック質量情報をさらに記憶するものであり、前記情報処理部は、前記アミノ酸配列解析部の解析結果に基づき、前記2次フラグメントイオンについて、前記特定アミノ酸を含む特定フラグメントイオンおよび前記特定修飾アミノ酸を含む特定修飾フラグメントイオンの有無を判断し、
前記情報処理部が前記特定フラグメントイオンと特定修飾フラグメントイオンの両方について有と判断するとき、前記特定フラグメントイオンが前記複数安定同位体のうちより重い安定同位体で標識された特定アミノ酸を含むときには、修飾のない前記親イオンのピークにピークが隣接した、より軽い安定同位体で標識された特定アミノ酸を含むイオンについての前記2次質量分析対象外情報を作成して前記記憶部に記憶し、前記特定フラグメントイオンが前記複数安定同位体のうちより軽い安定同位体で標識された特定アミノ酸を含むときには、修飾のない前記親イオンのピークにピークが隣接した、より重い安定同位体で標識された特定アミノ酸を含むイオンについての前記2次質量分析対象外情報を作成して前記記憶部に記憶することを特徴とする請求項1に記載の質量分析システム。 - 前記情報処理部が前記特定フラグメントイオンと特定修飾フラグメントイオンの両方について有と判断するとき、前記特定フラグメントイオンが前記複数安定同位体のうちより重い安定同位体で標識された特定アミノ酸を含むときには、前記修飾のない前記親イオンの価数の異なるピークにピークが隣接した、より軽い安定同位体で標識された特定アミノ酸を含むイオンについての前記2次質量分析対象外情報を作成して前記記憶部に記憶し、前記特定フラグメントイオンが前記複数安定同位体のうちより軽い安定同位体で標識された特定アミノ酸を含むときには、前記修飾のない前記親イオンの価数の異なるピークにピークが隣接した、より重い安定同位体で標識された特定アミノ酸を含むイオンについての2次質量分析対象外情報を作成して前記記憶部に記憶することを特徴とする請求項8に記載の質量分析システム。
- 前記2次質量分析対象外情報に基づいて、前記親イオンと同位体標識ペアイオンの全てを含む条件で、1次質量分析の積算回数または測定時間を調整することを特徴とする請求項1のいずれかに記載の質量分析システム。
- 前記2次質量分析対象外情報に基づいて、前記親イオンと同位体標識ペアイオンの全てを含む条件で、2次質量分析の積算回数または測定時間を調整することを特徴とする請求項1のいずれかに記載の質量分析システム。
- 前記情報処理部が前記特定フラグメントイオンについて有と判断するときであって、前記特定フラグメントイオンが前記複数安定同位体のうちより重い安定同位体で標識された特定アミノ酸を含む特定フラグメントイオン、もしくはより軽い安定同位体で標識された特定アミノ酸を含む特定フラグメントイオンの検出情報から特定アミノ酸の出現回数情報を作成し、前記表示部で表示することを特徴とする請求項1に記載の質量分析システム。
- 前記特定アミノ酸は、システインであることを特徴とする請求項1に記載の質量分析システム。
- 前記特定アミノ酸は、リジンであることを特徴とする請求項1に記載の質量分析システム。
- 前記特定アミノ酸は、トリプトファンであることを特徴とする請求項1に記載の質量分析システム。
- 前記特定アミノ酸は、リン酸化アミノ酸、酸化アミノ酸、アセチル化アミノ酸、ユビキチン化アミノ酸、脂質修飾したアミノ酸、糖鎖修飾したアミノ酸、過酸化脂質修飾したアミノ酸、グリケーションしたアミノ酸もしくはニトロシル化アミノ酸であることを特徴とする請求項1に記載の質量分析システム。
- 前記特定アミノ酸は、脱水したアミノ酸もしくは脱アンモニアしたアミノ酸であることを特徴とする請求項1に記載の質量分析システム。
- 前記特定アミノ酸の情報を入力する入力部をさらに有すること特徴とする請求項1に記載の質量分析システム。
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