JP4956727B2 - Rna分離精製方法 - Google Patents
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Description
近年、Real−time PCRやマイクロアレイなど、RNAの発現を検出する方法が開発され、RNAの発現パターンと疾患、薬効などの関係を調べることが重要視されている。
血清、尿およびバクテリアのカルチャーから得られた試料から核酸を精製する場合には、コンタミネーションおよび疑陽性の結果が生じるという危険性も加わる。
をフィルターに吸着し、その後、洗浄液および回収液を分注して、再び減圧吸引して洗浄・脱着するようにした自動装置が提案されている(例えば、特許文献3参照)。
網状赤血球の数が多いため、全血液中のRNA量の最大70%を網状赤血球のRNAが占めると言われている。そのため、白血球中のRNAを回収したい場合、網状赤血球中のRNAはノイズとなってしまうため予め除いておくことが重要である。
以上2つの赤血球由来の問題点を回避するため、予め赤血球を破壊することが非常に重要である。
よって本発明の目的は、血液から白血球を壊すことなく赤血球を破壊し、白血球からRNAを効率よく、高純度で分離精製することである。
〔1〕
(1)核酸を含む試料溶液を核酸吸着性多孔性膜に通過させて、該多孔性膜に核酸を吸着させる工程、
(2)洗浄液を核酸吸着性多孔性膜に通過させて、RNAが吸着した状態で該多孔性膜を洗浄する工程、及び
(3)回収液を核酸吸着性多孔性膜に通過させて、該多孔性膜からRNAを脱着させる工程、
を含有するRNA分離精製方法において、
該核酸吸着性多孔性膜がイオン結合が関与しない相互作用で核酸が吸着する多孔性膜であり、且つ、
核酸を含む試料溶液が、
(I)血液および白血球の少なくともいずれかを含み、かつ抗凝固剤を含む検体を容器に注入する工程、
(II)容器に溶血剤を添加した後に300×g〜3000×gにて遠心分離することにより、白血球ペレットを得る工程、
(III)白血球ペレットに核酸可溶化試薬を添加して混合液を得る工程、
(IV)混合液に水溶性有機溶媒を添加し、核酸を含む試料溶液を得る工程、
を含有する試料溶液調製工程で得ることを特徴とするRNA分離精製方法。
〔2〕
前記溶血剤が、塩化アンモニウム、塩化ナトリウム、シュウ酸アンモニウムおよびサポニンから選ばれる少なくとも一つを含む上記〔1〕に記載のRNA分離精製方法。
〔3〕
(II)の工程において、前記溶血剤を添加後、0〜35℃でインキュベートする上記〔1〕または〔2〕に記載のRNA分離精製方法。
〔4〕
前記核酸可溶化試薬が、カオトロピック塩、核酸安定化剤、界面活性剤、緩衝剤及び消泡剤から選ばれる少なくとも一つを含む上記〔1〕〜〔3〕のいずれか一項に記載のRNA分離精製方法。
〔5〕
前記カオトロピック塩がグアニジン塩である、上記〔4〕に記載のRNA分離精製方法。
〔6〕
前記核酸安定化剤が還元剤である上記〔4〕又は〔5〕に記載のRNA分離精製方法。
〔7〕
前記界面活性剤がノニオン性界面活性剤を含む、上記〔4〕〜〔6〕のいずれか一項に記載のRNA分離精製方法。
〔8〕
前記核酸を含む試料溶液、前記洗浄液および前記回収液の少なくともいずれかを、加圧状態で核酸吸着性多孔性膜に通過させる、上記〔1〕〜〔7〕のいずれか一項に記載のRNA分離精製方法。
本発明は上記〔1〕〜〔8〕の構成を有するものであるが、以下その他についても参考のため記載した。
(2)洗浄液を核酸吸着性多孔性膜に通過させて、RNAが吸着した状態で該多孔性膜を洗浄する工程、及び
(3)回収液を核酸吸着性多孔性膜に通過させて、該多孔性膜からRNAを脱着させる工程、
を含有するRNA分離精製方法において、
該核酸吸着性多孔性膜がイオン結合が関与しない相互作用で核酸が吸着する多孔性膜であり、且つ、
核酸を含む試料溶液が、
(I)血液および白血球の少なくともいずれかを含み、かつ抗凝固剤を含む検体を容器に注入する工程、
(II)容器に溶血剤を添加し、白血球ペレットを得る工程、
(III)白血球ペレットに核酸可溶化試薬を添加して混合液を得る工程、
(IV)混合液に水溶性有機溶媒を添加し、核酸を含む試料溶液を得る工程、
を含有する試料溶液調製工程で得ることを特徴とするRNA分離精製方法。
2. 溶血剤が、塩化アンモニウム、塩化ナトリウム、シュウ酸アンモニウムおよびサポニンから選ばれる少なくとも一つを含む前記1に記載のRNA分離精製方法。
3. (II)の工程において、溶血剤を添加後、0〜35℃でインキュベートする前記1または2に記載のRNA分離精製方法。
4. 核酸可溶化試薬が、カオトロピック塩、核酸安定化剤、界面活性剤、緩衝剤及び消泡剤から選ばれる少なくとも一つを含む前記1〜3のいずれかに記載のRNA分離精製方法。
5. カオトロピック塩がグアニジン塩である、前記4に記載のRNA分離精製方法。
6. 核酸安定化剤が還元剤である前記4又は5に記載のRNA分離精製方法。
7. 界面活性剤がノニオン性界面活性剤を含む、前記4〜6のいずれかに記載のRNA分離精製方法。
8. 核酸を含む試料溶液、洗浄液および回収液の少なくともいずれかを、加圧状態で核酸吸着性多孔性膜に通過させる、前記1〜7のいずれかに記載のRNA分離精製方法。
9. 前記1〜8のいずれかに記載のRNA分離精製方法を自動で行う装置。
10.(i)核酸吸着性多孔性膜を収容した核酸分離精製カートリッジ、並びに(ii)溶血剤、(iii)核酸可溶化試薬、(iv)洗浄液および(v)回収液の試薬を含む前記1〜8のいずれかに記載のRNA分離精製方法を行うためのキット。
11.前記10に記載のキットの使用を、自動で行う装置。
(1)核酸を含む試料溶液を核酸吸着性多孔性膜に通過させて、該多孔性膜に核酸を吸着させる工程(以下、「吸着工程」とも言う。)、
(2)洗浄液を核酸吸着性多孔性膜に通過させて、RNAが吸着した状態で、該多孔性膜を洗浄する工程(以下、「洗浄工程」とも言う。)、及び
(3)回収液を核酸吸着性多孔性膜に通過させて、該多孔性膜からRNAを脱着させる工程(以下、「回収工程」とも言う。)
を少なくとも含むものである。
好ましい。加圧は、好ましくは10〜300kpa、より好ましくは40〜200kpaの程度で行われる。
また、上記工程において、圧力差発生装置としては、注射器、ピペッタ、あるいはペリスタポンプのような加圧が可能なポンプ等、或いは、エバポレーター等の減圧可能なものが挙げられる。これらの内、手動操作には注射器が、自動操作にはポンプが適している。
また、ピペッタは片手操作が容易にできるという利点を有する。好ましくは、圧力差発生装置は、核酸分離精製カートリッジの一の開口に着脱可能に結合されている。
(I)血液および白血球の少なくともいずれかを含み、かつ抗凝固剤を含む検体を容器に注入する工程、
(II)上記容器に溶血剤を添加し、白血球ペレットを得る工程、
(III)白血球ペレットに核酸可溶化試薬を添加して混合液を得る工程、
(IV)IIIで得られた混合液に水溶性有機溶媒を添加し、核酸を含む試料溶液を得る工程。
本発明において検体は血液および白血球の少なくともいずれかを含む。血液としては例えば全血が挙げられる。また白血球は全血から得られたものも対象となる。
さらに、本発明における検体には抗凝固剤が含有される。抗凝固剤としては一般に、EDTA、ヘパリン、クエン酸ナトリウム、フッ化ナトリウム、ACD(acid citrate dextrose solution)などが挙げられ、単独または二つ以上の組み合わせで用いられる。含有量は一般的な使用量の範囲で使用することができる。本発明はこれらの抗凝固剤に限られず、検体に含まれる抗凝固剤の種類によらずに、上記(1)〜(3)の工程を含むRNA分離精製方法において効率よくRNAを分離精製すること
ができる。
検体を容器に注入する際の注入方法としては、限定はされないが、ピペットやスポイトなどの実験用器具を使用するのが好ましい。これらの器具が、ヌクレアーゼフリーかつパイロジェンフリーであれば、より好ましい。
容器への注入は特に限定なく、何れの方法、器具を用いることもできる。
本発明では、溶血剤を添加し、白血球ペレットを得る。この工程によって、白血球を壊さずに赤血球を破壊し、主に白血球ペレットを得る事ができる。
溶血剤としては、塩化アンモニウム、塩化ナトリウム、シュウ酸アンモニウムおよびサポニンが挙げられ、これらの中から選ばれる少なくとも一つを含む溶血剤を用いて、白血球を壊すことなく赤血球を破壊することが好ましい。特に塩化アンモニウムを含む溶血剤を用いることが好ましい。溶血剤の至適濃度は溶血剤によって異なるが、0.1〜20%の範囲で用いることが好ましい。塩化アンモニウムの場合は、0.8〜1.0%の範囲で用いることが好ましい。
溶血剤の液量は全血の場合、全血:溶血剤比は1:2〜20が好ましい。1:4〜10がさらに好ましい。
また、溶血剤を添加後、0〜35℃でインキュベートすることが好ましい。インキュベートは1分〜30分行うことが好ましい。さらに5分〜20分インキュベートすることが好ましい。
溶血剤を全血に添加した場合、赤血球破壊が完了すると濁っているものが透明になる。そのような状態になった後300×g〜3000×gにて遠心分離して、白血球ペレットを得ることができる。
本発明では、白血球の細胞膜および核膜を溶解し核酸を可溶化するために、核酸可溶化試薬を用いる。核酸可溶化試薬としては、カオトロピック塩、核酸安定化剤、界面活性剤、緩衝剤及び消泡剤から選ばれる少なくとも一つを含む試薬を用いることが好ましい。核酸可溶化試薬は、溶液であっても乾燥物であってもよい。溶液を用いることが好ましい。また、カオトロピック塩、核酸安定化剤、界面活性剤、緩衝剤及び消泡剤以外の成分を含んでもよい。
も塩酸グアニジンまたはグアニジンチオシアン酸塩が好ましい。これらの塩は単独でも、複数組み合わせて用いてもよい。
核酸可溶化試薬中のカオトロピック塩濃度は、0.5mol/L以上であることが好ましく、より好ましくは0.5mol/L〜8mol/L、さらに好ましくは、1mol/L〜6mol/Lである。
カオトロピック塩の代わりに、カオトロピック物質として尿素を用いることもできる。
核酸安定化剤としては、ヌクレアーゼの活性を不活性化させる作用を有するものが挙げられる。検体によっては、核酸を分解するヌクレアーゼ等が含まれていることがあり、核酸をホモジナイズすると、このヌクレアーゼが核酸に作用し、収量が激減することがある。
ヌクレアーゼの活性を不活性化させる作用を有する核酸安定化剤としては、一般的に還元剤として使用される化合物を用いることができる。還元剤としては、水素、ヨウ化水素、硫化水素、水素化アルミニウムリチウム、水素化ホウ素ナトリウム等の水素化化合物、アルカリ金属、マグネシウム、カルシウム、アルミニウム、亜鉛等の電気的陽性の大きい金属、またはそれのアマルガム、アルデヒド類、糖類、ギ酸、シュウ酸などの有機酸化物、メルカプト化合物等が挙げられる。中でもメルカプト化合物が好ましい。メルカプト化合物としては、N−アセチルシステイン、メルカプトエタノールや、アルキルメルカプタン等が挙げられる。メルカプト化合物は単独または複数組み合わせて用いてもよい。
核酸安定化剤は、核酸可溶化試薬における濃度は0.1〜20質量%であることが好ましく、より好ましくは、0.3〜15質量%で用いることができる。メルカプト化合物は、核酸可溶化試薬における濃度は0.1〜20質量%であることが好ましく、より好ましくは、0.5〜15質量%で用いることができる。
本発明においてはノニオン性界面活性剤およびカチオン性界面活性剤を好ましく用いることができる。ノニオン性界面活性剤はより好適に環境の極性を変化させることができ特に好ましい。
ノニオン性界面活性剤としては、ポリオキシエチレンアルキルフェニルエーテル系界面活性剤、ポリオキシエチレンアルキルエーテル系界面活性剤、脂肪酸アルカノールアミドが挙げられ、好ましくは、ポリオキシエチレンアルキルエーテル系界面活性剤である。ポリオキシエチレン(POE)アルキルエーテル系界面活性剤としては、POEデシルエーテル、POEラウリルエーテル、POEトリデシルエーテル、POEアルキレンデシルエーテル、POEソルビタンモノラウレート、POEソルビタンモノオレエート、POEソルビタンモノステアレート、テトラオレイン酸ポリオキシエチレンソルビット、POEアルキルアミン、POEアセチレングリコールが挙げられる。
カチオン性界面活性剤としては、セチルトリメチルアンモニウムプロミド、ドデシルトリメチルアンモニウムクロリド、テトラデシルトリメチルアンモニウムクロリド、セチルピリジニウムクロリドが挙げられる。
これらの界面活性剤は、単独または複数組み合わせて用いてもよい。界面活性剤の核酸可溶化試薬における濃度は0.1〜20質量%であることが好ましい。
これらの緩衝剤は、前記核酸可溶化試薬中の濃度は1〜500mmol/Lであることが好ましい。
消泡剤の核酸可溶化試薬における濃度は0.1〜10質量%であることが好ましい。
れにより、最終的に分離精製されるRNA収量を好適に増加させることができる。または、転倒混和を5から30回行うことで混合することも好ましい。また、ピペッティング操作を、10から50回行うことによっても混合することができ、この場合、簡便な操作で最終的に分離精製されるRNA収量を増加させることができ、好ましい。
水溶性有機溶媒としては、特に限定は無いが、アルコール類を好ましく用いることができる。アルコール類としては、1級アルコール、2級アルコール、3級アルコールのいずれでもよく、メタノール、エタノール、プロパノール又はその異性体、ブタノール又はその異性体を好ましく用いることができる。これら水溶性有機溶媒は、単独でも複数組み合わせて用いてもよい。水溶性有機溶媒の核酸を含む試料溶液(以下、核酸混合物溶液とも言う。)における最終濃度は、5〜90質量%であることが好ましい。より好ましくは15〜75質量%、15〜50質量%がさらにより好ましい。至適EtOH濃度を採用することで、DNaseを用いなくても回収サンプルへのゲノムDNAの混入を減少させ、RNAを効率よく高純度で分離精製することが出来る。水溶性有機溶媒を添加後に混合する際、攪拌装置により30から3000rpmで1秒から3分間混合することが好ましい。これにより、分離精製されるRNA収量を増加させることができる。または、転倒混和を5から30回行うことで混合することも好ましい。また、ピペッティング操作を、10から50回行うことによっても混合することができる。
以下に、(1)本発明で用いる核酸吸着性多孔性膜および核酸吸着性多孔性膜に核酸を吸着させる工程について説明する。
本発明の核酸吸着性多孔性膜は、溶液が内部を通過可能なものである。ここで「溶液が内部を通過可能」とは、膜の一方の面が接する空間と膜の他方の面が接する空間の間に圧力差を生じさせた場合に、高圧の空間側から低圧の空間側へと、膜の内部を溶液が通過することが可能であることを意味する。または、膜に遠心力を掛けた場合に、遠心力の方向に、膜の内部を溶液が通過することが可能であることを意味する。
うになると推定される。これにより分離性能に優れ、しかも洗浄効率よく、核酸を単離精製することができ、好ましい。さらに好ましくは、核酸吸着性多孔性膜は、親水基を有する多孔性膜であり、環境の極性を変化させることで、核酸と多孔性膜の親水基同士が引きあうようになると推定される。
が好ましい。更に好ましくは、トリアセチルセルロースとジアセチルセルロース混合物の混合比は、90:10〜50:50であることである。この場合、鹸化処理の程度(鹸化率)で多孔性膜表面の水酸基の量(密度)をコントロールすることができる。
核酸の分離効率をあげるためには、水酸基の量(密度)が多いことが好ましい。鹸化処理により得られる有機材料の鹸化率(表面鹸化率)が5%以上100%以下であることが好ましく、10%以上100%以下であることが更に好ましい。
また、水酸基を有する有機材料の表面積を大きくするために、アセチルセルロースの多孔性膜を鹸化処理することが好ましい。
多孔性膜は、表裏対称性の多孔性膜であってもよいが、表裏非対称性の多孔性膜を好ましく使用することができる。
親水基を有するモノマーの具体例としては、次のモノマーを挙げることができる。例えば、2−ヒドロキシエチルアクリレート、2−ヒドロキシエチルメタクリレート、グリセロールモノメタクリレート等の水酸性基含有モノマーを特に好ましく用いることができる。また、アクリル酸、メタアクリル酸等のカルボキシル基含有モノマー、もしくはそのアルカリ金属塩及びアミン塩も好ましく用いることができる。
多孔性膜と親水基をもつグラフトポリマー鎖とを化学結合させる場合は、グラフトポリマー鎖の末端の官能基と反応する官能基を無機材料に導入し、そこにグラフトポリマーを化学結合させる。また、分子内に二重結合を有している親水基を有するモノマーを使用して、多孔性膜を起点として、グラフトポリマー鎖を重合する場合は、二重結合を有する化合物を重合する際の起点となる官能基を無機材料に導入する。
ン、ポリアクリル酸、ポリメタクリル酸及びそれらの塩、ポリオキシエチレン、アセチルセルロース、アセチル価の異なるアセチルセルロースの混合物などを挙げることができる。
ルロース誘導体がより好ましい。
以下、(2)洗浄液を核酸吸着性多孔性膜に通過させて、RNAが吸着した状態で該多
孔性膜を洗浄する工程について説明する。
洗浄工程により、最終的に得られるRNAの回収量及び純度が向上し、必要なRNAを含む検体の量を微量とすることができる。また、洗浄や回収操作を自動化することによって、操作を簡便かつ迅速に行うことが可能になる。洗浄工程は、迅速化のためには1回の洗浄で済ませてもよく、また純度がより重要な場合には複数回洗浄を繰返すことが好ましい。
洗浄工程における洗浄液の液量は、2μl/mm2以上が好ましい。洗浄液量が多量であれば洗浄効果は向上する。しかし、200μl/mm2以下とすることで、操作性を保ち、試料の流出を抑止することができ、好ましい。
洗浄液中に含まれる水溶性有機溶媒の量は、1〜100質量%であることが好ましく、5〜40質量%であることがより好ましい。この範囲で、DNAのコンタミネーションが増大することなく、目的のRNAが多孔性膜から脱着することがなく、したがって、RN
Aを純度よく、回収量を高くすることができ好ましい。
水溶性塩が洗浄液中に含まれる場合、その濃度は10mmol/L以上であることが好ましく、その上限は不純物の溶解性を損なわない範囲であれば特に問わないが、1mol/L以下であることが好ましく、0.1mol/L以下であることがより好ましい。よりさらに好ましくは、水溶性塩が塩化ナトリウムであり、とりわけ、塩化ナトリウムが20mmol/L以上含まれていることが好ましい。
このように水溶性塩濃度を調整することにより、DNaseを用いなくとも、RNAは膜に保持したまま、ゲノムDNAを効率よく洗浄し、ゲノムDNAの回収サンプルへの混入を減少させ、RNAを効率よく高純度で分離精製することが出来る。
ここで、カオトロピック物質とは、前記した尿素、塩酸グアニジン、イソチオシアン酸グアニジン、チオシアン酸グアニジン、イソチオシアン酸ナトリウム、ヨウ化ナトリウム、ヨウ化カリウムなどである。
DNaseは特に限定無く、いずれのDNaseも用いることが出来る。例えば、ウシなどの動物膵臓由来のDNaseIや、遺伝子組み換え技術により作成したリコンビナントDNaseを用いることができる。
DNaseを作用させる際のDNase溶液(以下、DNase反応液とも言う。)には、DNase活性の発現に好適なマグネシウム、カルシウム、マンガンなどの2価の金属イオンを添加してもよい。
DNase活性至適pHに合わせるため、DNase反応液には緩衝剤も含まれる。緩衝剤としては、一般的に用いられる、TrisHCl、HEPES、リン酸バッファーなどを用いることができる。
本発明の方法において、核酸分離精製カートリッジの核酸吸着性多孔性膜でDNaseを作用させる工程を設ける場合のDNase溶液の全液量は、核酸吸着性多孔性膜1cm2当たり5〜550μlで行うことが好ましい。10〜350μlがより好ましい。また、核酸分離精製カートリッジの核酸吸着性多孔性膜でDNaseを作用させる工程においてDNase溶液におけるDNase濃度(以下、単にDNase濃度とも言う。)は10Kunitz U/mL以上10000Kunitz U/mL以下が好ましく、50Kunitz U/mL以上5000Kunitz U/mL以下がより好ましい。なお、ここで用いた活性Kunitz Uは、「DNAを基質として、25℃、pH5.0において反応液1mlのA260の吸光度を1分間に0.001増加させるDNase活性を1Kunitz Uとする」と定義したものである。また、核酸分離精製カートリッジの核酸吸着性多孔性膜でDNaseを作用させる工程における時間は、DNAとRNAを含む核酸混合物溶液中のDNA量と作用させるDNase濃度により異なるが5秒〜360分が好ましく、30秒〜180分がより好ましい。また、核酸分離精製カートリッジの核酸吸着性多孔性膜でDNaseを作用させる工程における温度は4℃以上であればよく、10〜50℃が好ましく、反応効率を高めるため高温、例えば50〜70℃で行うこともできる。尚、「核酸吸着性多孔性膜でDNaseを作用させる」とは、核酸吸着性多孔性膜における、核酸が吸着している部位とDNaseを作用させることを意味し、「核酸吸着性多孔性膜で」とは、酸吸着性多孔性膜上に限らず、多孔性膜における孔中や、膜の裏側の孔の出口等も含む。
しい。マグネシウム塩を使用する際は、塩化マグネシウム、硫酸マグネシウムのどちらか1種を用いてもよく、また2種を用いることも出来る。塩化マグネシウム、硫酸マグネシウムを使用することはDNase活性の発現と核酸の核酸吸着性多孔性膜への保持の両者の機能を満たすために好ましい。使用する際の濃度としては10〜500mmol/Lが好ましく、より好ましくは10〜200mmol/Lである。
以下に(3)回収液を核酸吸着性多孔性膜に通過させて、該多孔性膜からRNAを脱着させる工程について説明する。
回収液は、チューブ、ピペット、又は自動注入装置、もしくはこれらと同じ機能をもつ供給手段を使用して、核酸吸着性多孔性膜を収容した核酸分離精製カートリッジへ供給される。回収液は、核酸分離精製カートリッジの一の開口(核酸混合物溶液を注入した開口)から供給され、該開口に結合された圧力差発生装置(例えばスポイド、注射器、ポンプ、パワーピペットなど)を用いて核酸分離精製カートリッジ内を加圧状態にして核酸吸着性多孔性膜を通過させ、一の開口と異なる開口より排出させることができる。また、回収液を一の開口から供給し、同じ一の開口より排出させることもできる。さらには、核酸分離精製カートリッジの核酸混合物溶液を供給した一の開口と異なる開口より回収液を供給し、排出させることも可能である。中でも、核酸分離精製カートリッジの一の開口から供給し、核酸吸着性多孔性膜を通過させ、一の開口と異なる開口より排出させる方法が、回収効率が優れてより好ましい。
以上述べた本発明のRNA分離精製方法を行うためのカートリッジ、試薬等をキットとすることが出来る。具体的には、該キットには、(i)核酸吸着性多孔性膜を収容した核酸分離精製カートリッジ、並びに(ii)溶血剤、(iii)核酸可溶化試薬、(iv)洗浄液および(v)回収液の試薬が含まれる。
上記の、少なくとも二個の開口を有する容器内に核酸吸着性多孔性膜を収容した核酸分離精製カートリッジと圧力差発生装置を用いて、核酸を含む検体からRNAを分離精製する方法はその含まれる工程を自動で行う自動装置を用いて行うことができる。また、前記のキットの使用を自動で行う自動装置を用いて行うことができる。自動装置により、操作が簡便化および迅速化するだけでなく、作業者の技能によらず一定の水準の、RNAを得ることが可能になる。
容した洗浄液ボトルより洗浄液を吸引し前記洗浄液分注ノズルに供給する洗浄液供給ポンプと、回収液を収容した回収液ボトルより回収液を吸引し前記回収液分注ノズルに供給する回収液供給ポンプと、必要に応じてDNaseを収容したDNaseボトルよりDNaseを吸引し前記DNase分注ノズルに供給するDNase供給ポンプと、を備えてなるものが好適である。
(1)核酸分離精製カートリッジの作製
内径7mm、核酸吸着性多孔性膜を収容する部分を持ち、かつ、液を800μl保持できる核酸分離精製カートリッジを作製した。
下記に示す処方の溶血剤A、核酸可溶化試薬溶液A1、A2、洗浄液Aおよび回収液Aを調製した。
塩化アンモニウム 150mmol/L
炭酸水素ナトリウム 10mmol/L
EDTA(pH8.0) 0.1mmol/L
グアニジンチオシアン酸塩(和光純薬社製) 3.5mol/L
BisTris(同仁化学社製) 0.25mol/L
塩酸を用いて、pH6.5に調製
1.0容量%の2−メルカプトエタノールを核酸可溶化試薬A1使用直前に添加。
Tween20(和光純薬社製) 15質量%
BisTris(同仁化学社製) 0.1mol/L
塩酸を用いて、pH6.0に調製
Tris‐HCl(pH7.5) 10mmol/L
塩化ナトリウム 100mmol/L
エタノール 30容量%
Tris‐HCl(pH6.5) 1mmol/L
抗凝固剤としてEDTA−2Naを使用したヒト全血(白血球数総数が3×106個、1×107個、1.5×107個、3×107個、4×107個)を50mlコニカルチューブに移し、各々全血の5倍容量の溶血剤Aを添加し、氷上にて15分インキュベートした。インキュベーション中に2回ボルテックスした。血液懸濁液が透明になったことを確認し、4℃で10分間、400×gで遠心分離後、上清を完全に除去した。上清を除去した後の容器内に元の全血の2倍容量の溶血剤Aを添加し、軽く5秒間ボルテックスして細胞を懸濁し、4℃で10分間、400×gで遠心分離後、上清を完全に除去した。上記で得られた白血球ペレットに、核酸可溶化試薬A1を350μl添加し、1.5mlマイクロチューブにサンプルを移した。ボルテックスにて1分間撹拌することで白血球を溶解した。ここに核酸可溶化試薬A2を175μl加え、ボルテックスで15秒間攪拌した。さらに、99.5容量%以上特級エタノールを175μl加え、ボルテックスで1分間攪拌した。
上記(1)及び(2)で作製した核酸吸着性多孔性膜を有する核酸分離精製カートリッジの一の開口に注入し、続いて上記一の開口に圧力差発生装置を結合し、核酸分離精製カートリッジ内を加圧状態(160kPa)にし、注入した核酸を含む試料溶液を、核酸吸着性多孔性膜に通過させることで、核酸吸着性多孔性膜に接触させ、核酸分離精製カートリッジの他の開口より排出した。続いて、上記核酸分離精製カートリッジの上記一の開口に、洗浄液Aを750μl注入し、上記一の開口に圧力差発生装置を結合し、核酸分離精製カートリッジ内を加圧状態(160kPa)にし、注入した洗浄液を核酸吸着性多孔性膜に通過させ、他の開口より排出した。同様の操作を3回繰り返す。続いて、上記核酸分離精製カートリッジの上記一の開口に回収液Aを50μl注入し、核酸分離精製カートリッジの上記一の開口に圧力差発生装置を結合して核酸分離精製カートリッジ内を加圧状態(160kPa)にし、注入した回収液を、核酸吸着性多孔性膜に通過させ、他の開口より排出し、この液を回収した。RNA分離精製操作に要した時間は、白血球数いずれの場合も1サンプルあたり5分以内であった。
実施例1で回収されたRNAの収量と純度(260/280)を表1に示す。
(7)核酸分離精製カートリッジの作製
内径7mm、核酸吸着性多孔性膜を収容する部分を持ち、かつ、液を7ml保持できる核酸分離精製カートリッジを作製した。
実施例1同様に、溶血剤A、核酸可溶化試薬溶液A1、A2、洗浄液Aおよび回収液Aを調製した。
抗凝固剤としてEDTA−2Naを使用したヒト全血(白血球数総数が1.5×107個、3×107個、6×107個、8×107個)を50mlコニカルチューブに移し、各々全血の5倍容量の溶血剤Aを添加し、氷上にて15分インキュベートした。インキュベーション中に2回ボルテックスした。血液懸濁液が透明になったことを確認し、4℃で10分間、400×gで遠心分離後、上清を完全に除去した。上清を除去した後の容器内に元の全血の2倍容量の溶血剤Aを添加し、軽く5秒間ボルテックスして細胞を懸濁し、4℃で10分間、400×gで遠心分離後、上清を完全に除去した。上記で得られた白血球ペレットに、核酸可溶化試薬A1を2ml添加し、ボルテックスにて1分間撹拌することで白血球を溶解した。ここに核酸可溶化試薬A2を1ml加え、ボルテックスで15秒間攪拌した。さらに、99.5容量%以上特級エタノールを1ml加え、ボルテックスで1分間攪拌した。
上記(7)及び(8)で作製した核酸吸着性多孔性膜を有する核酸分離精製カートリッジの一の開口に注入し、続いて上記一の開口に圧力差発生装置を結合し、核酸分離精製カートリッジ内を加圧状態(160kPa)にし、注入した核酸を含む試料溶液を、核酸吸着性多孔性膜に通過させることで、核酸吸着性多孔性膜に接触させ、核酸分離精製カートリッジの他の開口より排出した。続いて、上記核酸分離精製カートリッジの上記一の開口に、洗浄液Aを4.5ml注入し、上記一の開口に圧力差発生装置を結合し、核酸分離精製カートリッジ内を加圧状態(160kPa)にし、注入した洗浄液を核酸吸着性多孔性膜に通過させ、他の開口より排出した。同様の操作を3回繰り返す。続いて、上記核酸分離精製カートリッジの上記一の開口に回収液Aを500μl注入し、核酸分離精製カートリッジの上記一の開口に圧力差発生装置を結合して核酸分離精製カートリッジ内を加圧状態(160kPa)にし、注入した回収液を、核酸吸着性多孔性膜に通過させ、他の開口より排出し、この液を回収した。RNA分離精製操作に要した時間は、白血球数いずれの場合も1サンプルあたり8分以内であった。
実施例2で回収されたRNAの収量と純度(260/280)を表2に示す。
(13)核酸分離精製カートリッジの作製
内径20mm、核酸吸着性多孔性膜を収容する部分を持ち、かつ、液を10ml保持できる核酸分離精製カートリッジを作製した。
実施例1同様に、溶血剤A、核酸可溶化試薬溶液A1、A2、洗浄液Aおよび回収液Aを調製した。
抗凝固剤としてEDTA−2Naを使用したヒト全血(白血球数総数が1×107個、3×107個、6×107個)を50mlコニカルチューブに移し、各々全血の5倍容量の溶血剤Aを添加し、氷上にて15分インキュベートした。インキュベーション中に2回ボルテックスした。血液懸濁液が透明になったことを確認し、4℃で10分間、400×gで遠心分離後、上清を完全に除去した。上清を除去した後の容器内に元の全血の2倍容量の溶血剤Aを添加し、軽く5秒間ボルテックスして細胞を懸濁し、4℃で10分間、400×gで遠心分離後、上清を完全に除去した。上記で得られた白血球ペレットに、核酸可溶化試薬A1を2ml添加し、ボルテックスにて1分間撹拌することで白血球を溶解した。ここに核酸可溶化試薬A2を1ml加え、ボルテックスで15秒間攪拌した。さらに、99.5容量%以上特級エタノールを1ml加え、ボルテックスで1分間攪拌した。
上記(13)及び(14)で作製した核酸吸着性多孔性膜を有する核酸分離精製カートリッジの一の開口に注入し、続いて上記一の開口に圧力差発生装置を結合し、核酸分離精製カートリッジ内を加圧状態(160kPa)にし、注入した核酸を含む試料溶液を、核酸吸着性多孔性膜に通過させることで、核酸吸着性多孔性膜に接触させ、核酸分離精製カートリッジの他の開口より排出した。続いて、上記核酸分離精製カートリッジの上記一の開口に、洗浄液Aを4.5ml注入し、上記一の開口に圧力差発生装置を結合し、核酸分離精製カートリッジ内を加圧状態(160kPa)にし、注入した洗浄液を核酸吸着性多孔性膜に通過させ、他の開口より排出した。同様の操作を3回繰り返す。続いて、上記核酸分離精製カートリッジの上記一の開口に回収液Aを500μl注入し、核酸分離精製カートリッジの上記一の開口に圧力差発生装置を結合して核酸分離精製カートリッジ内を加圧状態(160kPa)にし、注入した回収液を、核酸吸着性多孔性膜に通過させ、他の開口より排出し、この液を回収した。RNA分離精製操作に要した時間は、白血球数いずれの場合も1サンプルあたり1分半以内であった。
実施例3で回収されたRNAの収量と純度(260/280)を表3に示す。
(19)核酸分離精製カートリッジの作製
内径7mm、核酸吸着性多孔性膜を収容する部分を持ち、かつ、液を800μl保持できる核酸分離精製カートリッジを作製した。
QIAGEN社製、QIAamp RNA Blood Mini Kit添付の溶液類を使用した。
(核酸可溶化試薬)RLT:グアニジンチオシアン酸含有
(洗浄液−1) RW1
(洗浄液−2) RPE(80容量%EtOHを含む)
(回収液) RNaseフリー水
抗凝固剤としてEDTA−2Naを使用したヒト全血(白血球数総数が1×107個)を50mlコニカルチューブに移し、全血の5倍容量のBufferELを添加し、氷上にて15分インキュベートした。インキュベーション中に2回ボルテックスした。血液懸濁液が透明になったことを確認し、4℃で10分間、400×gで遠心分離後、上清を完全に除去した。上清を除去した後の容器内に元の全血の2倍容量の溶血剤Aを添加し、軽く5秒間ボルテックスして細胞を懸濁し、4℃で10分間、400×gで遠心分離後、上清を完全に除去した。上記で得られた白血球ペレットを1.5mlマイクロチューブに移し、RLTを350μl添加し、ボルテックスにて1分間撹拌することで白血球を溶解した。ここに70容量%以上特級エタノールを350μl加え、ボルテックスで1分間攪拌した。
上記(19)及び(20)で作成した核酸吸着性多孔性膜を有する核酸分離精製カートリッジの一の開口に注入し、続いて上記一の開口に圧力差発生装置を結合し、核酸分離精製カートリッジ内を加圧状態(160kPa)にし、注入した核酸を含む試料溶液を、核酸吸着性多孔性膜に通過させることで、核酸吸着性多孔性膜に接触させ、核酸分離精製カートリッジの他の開口より排出した。続いて、上記核酸分離精製カートリッジの上記一の開口に、洗浄液−1を750μl注入し、上記一の開口に圧力差発生装置を結合し、核酸分離精製カートリッジ内を加圧状態(160kPa)にし、注入した洗浄液を核酸吸着性多孔性膜に通過させ、他の開口より排出した。続いて、上記核酸分離精製カートリッジの上記一の開口に、洗浄液−2を500μl注入し、上記一の開口に圧力差発生装置を結合し、核酸分離精製カートリッジ内を加圧状態(160kPa)にし、注入した洗浄液を核酸吸着性多孔性膜に通過させ、他の開口より排出した。同様の操作を2回繰り返す。続いて、上記核酸分離精製カートリッジの上記一の開口に回収液を50μl注入し、核酸分離精製カートリッジの上記一の開口に圧力差発生装置を結合して核酸分離精製カートリッジ内を加圧状態(160kPa)にし、注入した回収液を、核酸吸着性多孔性膜に通過させ、他の開口より排出し、この液を回収した。RNA分離精製操作に要した時間は、1分以内であり、実施例1よりもさらに操作時間が短かった。
実施例4で回収されたRNAの収量と純度(260/280)を表4に示す。
(25)カートリッジ、溶血剤、核酸可溶化試薬、洗浄液および回収液の調製
実施例1同様に、カートリッジを作製し、溶血剤A、核酸可溶化試薬溶液A1、A2、洗浄液Aおよび回収液Aを調製した。
抗凝固剤としてEDTA−2Naを使用したヒト全血(白血球数総数が5×106個、1×107個)を50mlコニカルチューブに移し、各々全血の5倍容量の溶血剤Aを添加し、氷上にて15分インキュベートした。インキュベーション中に2回ボルテックスした。血液懸濁液が透明になったことを確認し、4℃で10分間、400×gで遠心分離後、上清を完全に除去した。上清を除去した後の容器内に元の全血の2倍容量の溶血剤Aを添加し、軽く5秒間ボルテックスして細胞を懸濁し、4℃で10分間、400×gで遠心分離後、上清を完全に除去した。上記で得られた白血球ペレットに、核酸可溶化試薬A1を350μl添加し、ボルテックスにて1分間撹拌することで白血球を溶解した。ここに核酸可溶化試薬A2を175μl加え、ボルテックスで15秒間攪拌した。さらに、99.5容量%以上特級エタノールを175μl加え、ボルテックスで1分間攪拌した。
上記(25)で作製した核酸吸着性多孔性膜を有する核酸分離精製カートリッジの一の開口に注入し、続いて上記一の開口に圧力差発生装置を結合し、核酸分離精製カートリッジ内を加圧状態(160kPa)にし、注入した核酸を含む試料溶液を、核酸吸着性多孔性膜に通過させることで、核酸吸着性多孔性膜に接触させ、核酸分離精製カートリッジの他の開口より排出した。続いて、上記核酸分離精製カートリッジの上記一の開口に、洗浄液Aを750μl注入し、上記一の開口に圧力差発生装置を結合し、核酸分離精製カートリッジ内を加圧状態(160kPa)にし、注入した洗浄液を核酸吸着性多孔性膜に通過させ、他の開口より排出した。圧力差発生装置を外し、DNase溶液(Promega社製RQ1 RNase−Free DNase 500Kunitz U/Lを使用)を膜上に40μl(104μl/cm2)アプライし、室温で5分放置した。続いて、先と同様の洗浄を2回行った。続いて、上記核酸分離精製カートリッジの上記一の開口に回収液Aを50μl注入し、核酸分離精製カートリッジの上記一の開口に圧力差発生装置を結合して核酸分離精製カートリッジ内を加圧状態(160kPa)にし、注入した回収液を、核酸吸着性多孔性膜に通過させ、他の開口より排出し、この液を回収した。RNA分離精製操作に要した時間は、白血球数いずれの場合も、DNase反応時間も含め、1サンプルあたり6分以内であった。
実施例5で回収されたRNAの収量と純度(260/280)を表5に示す。
実施例5で回収されたRNAの電気泳動像を図1に示す。DNase処理によりDNAが完全に除去され、高純度なRNAを得ることができた。
(30)カートリッジ、溶血剤、核酸可溶化試薬、洗浄液および回収液の調製
実施例1同様に、カートリッジを作製し、溶血剤A、核酸可溶化試薬溶液A1、洗浄液Aおよび回収液Aを調製した。
抗凝固剤としてEDTA−2Naを使用したヒト全血(白血球数総数が1.5×107個)を50mlコニカルチューブに移し、全血の5倍容量の溶血剤Aを添加し、氷上にて15分インキュベートした。インキュベーション中に2回ボルテックスした。血液懸濁液が透明になったことを確認し、4℃で10分間、400×gで遠心分離後、上清を完全に除去した。上清を除去した後の容器内に元の全血の2倍容量の溶血剤Aを添加し、軽く5秒間ボルテックスして細胞を懸濁し、4℃で10分間、400×gで遠心分離後、上清を完全に除去した。上記で得られた白血球ペレットに、核酸可溶化試薬A1を520μl添加し、ペレットをピペッティングにてほぐした後、ボルテックスにて1分間撹拌することで白血球を溶解した。ここに99.5容量%以上特級エタノールを173μl加え、即ち、エタノール濃度25体積%とし、ボルテックスで1分間攪拌した。また、99.5容量%以上特級エタノールを173μl加える替わりに、223、250、280μl加える以外は同様にして試料溶液を調製した。即ち、エタノール濃度25、30、32.5、35体積%とした後、ボルテックスで1分間攪拌した。
上記(30)で作成した核酸吸着性多孔性膜を有する核酸分離精製カートリッジの一の開口に注入し、続いて上記一の開口に圧力差発生装置を結合し、核酸分離精製カートリッジ内を加圧状態(160kPa)にし、注入した核酸を含む試料溶液を、核酸吸着性多孔性膜に通過させることで、核酸吸着性多孔性膜に接触させ、核酸分離精製カートリッジの他の開口より排出した。続いて、上記核酸分離精製カートリッジの上記一の開口に、洗浄液Aを750μl注入し、上記一の開口に圧力差発生装置を結合し、核酸分離精製カートリッジ内を加圧状態(160kPa)にし、注入した洗浄液を核酸吸着性多孔性膜に通過させ、他の開口より排出した。同様の操作を3回繰り返す。続いて、上記核酸分離精製カートリッジの上記一の開口に回収液Aを50μl注入し、核酸分離精製カートリッジの上記一の開口に圧力差発生装置を結合して核酸分離精製カートリッジ内を加圧状態(160kPa)にし、注入した回収液を、核酸吸着性多孔性膜に通過させ、他の開口より排出し、この液を回収した。回収を2回繰り返した。RNA分離精製操作に要した時間は、白血球数いずれの場合も1サンプルあたり2分以内であった。
回収されたRNAの収量と純度(260/280)を表6に示す。
(34)核酸分離精製カートリッジの作製
内径7mm、核酸吸着性多孔性膜を収容する部分を持ち、かつ、液を800μl保持できる核酸分離精製カートリッジを作製した。
カートリッジを作製し、溶血剤A、核酸可溶化試薬溶液A1、洗浄液Aおよび回収液Aは実施例1同様に調製した。
抗凝固剤としてEDTA−2Naを使用したヒト全血(白血球数総数が1×107個)を50mlコニカルチューブに移し、全血の5倍容量の溶血剤Aを添加し、氷上にて15分インキュベートした。インキュベーション中に2回ボルテックスした。血液懸濁液が透明になったことを確認し、4℃で2分間、2000×gで遠心分離後、上清を完全に除去した。上清を除去した後の容器内に元の全血の2倍容量の溶血剤Aを添加し、軽く5秒間ボルテックスして細胞を懸濁し、4℃で2分間、2000×gで遠心分離後、上清を完全に除去した。上記で得られた白血球ペレットに、核酸可溶化試薬A1を520μl添加し、ペレットをピペッティングにてほぐした後、ボルテックスにて30秒間撹拌することで白血球を溶解した。ここに99.5容量%以上特級エタノールを250μl加え、即ち、エタノール濃度32.5体積%とし、ボルテックスで5分間攪拌した。
上記(34)及び(35)で作成した核酸吸着性多孔性膜を有する核酸分離精製カートリッジの一の開口に注入し、続いて上記一の開口に圧力差発生装置を結合し、核酸分離精製カートリッジ内を加圧状態(160kPa)にし、注入した核酸を含む試料溶液を、核酸吸着性多孔性膜に通過させることで、核酸吸着性多孔性膜に接触させ、核酸分離精製カートリッジの他の開口より排出した。続いて、上記核酸分離精製カートリッジの上記一の開口に、洗浄液Aを750μl注入し、上記一の開口に圧力差発生装置を結合し、核酸分離精製カートリッジ内を加圧状態(160kPa)にし、注入した洗浄液を核酸吸着性多孔性膜に通過させ、他の開口より排出した。圧力差発生装置を外し、DNase溶液(Sigma社製DNase I, Amplification Grade 500Kunitz U/μLを使用)を膜上に120μl(312μl/cm2)アプライし、室温で15分放置した。続いて、先と同様の洗浄を2回行った。続いて、上記核酸分離精製カートリッジの上記一の開口に回収液Aを50μl注入し、核酸分離精製カートリッジの上記一の開口に圧力差発生装置を結合して核酸分離精製カートリッジ内を加圧状態(160kPa)にし、注入した回収液を、核酸吸着性多孔性膜に通過させ、他の開口より排出し、この液を回収した。RNA分離精製操作に要した時間は、白血球数いずれの場合も、DNase反応時間を含め、1サンプルあたり16分半以内であった。
実施例7で回収されたRNAの収量と純度(260/280)を表7に示す。
実施例7で回収されたRNAの電気泳動像を図2に示す。DNase処理によりDNAが完全に除去され、高純度なRNAを得ることができた。
(41)カートリッジ、溶血剤、核酸可溶化試薬A1、洗浄液Aおよび回収液Aの調製
実施例7同様に、カートリッジを作製し、溶血剤A、核酸可溶化試薬溶液A1、洗浄液Aおよび回収液Aを調製した。
下記に示す処方のDNase反応溶液A1を調整した。
DNaseI,AmpGrade(Invitrogen社製) 20U
1×DNaseI reaction Buffer
Tris−HCl(pH 8.4) 20mmol/L
MgCl2 2mmol/L
KCl 50mmol/L
抗凝固剤としてEDTA−2Naを使用したヒト全血(白血球数総数が1×107個、2×107個、3×107個)を50mlコニカルチューブに移し、全血の5倍容量の溶血剤Aを添加し、氷上にて15分インキュベートした。インキュベーション中に2回ボルテックスした。血液懸濁液が透明になったことを確認し、4℃で2分間、2000×gで遠心分離後、上清を完全に除去した。上清を除去した後の容器内に元の全血の2倍容量の溶血剤Aを添加し、軽く5秒間ボルテックスして細胞を懸濁し、4℃で2分間、2000×gで遠心分離後、上清を完全に除去した。上記で得られた白血球ペレットに、核酸可溶化試薬A1を520μl添加し、ボルテックスにて30秒間撹拌することで白血球を溶解した。ここに99.5容量%以上特級エタノールを250μl加え、即ち、エタノール濃度32.5体積%とし、ボルテックスで30秒間攪拌した。
上記(41)で作成した核酸吸着性多孔膜を有する核酸精製カートリッジの一の開口に注入し、続いて上記一の開口に圧力差発生装置を結合し、核酸分離精製カートリッジ内を加圧状態にし、注入した核酸を含む試料溶液を、核酸吸着性多孔膜に通過させることで、核酸吸着性多孔膜に接触させ、核酸分離精製カートリッジの他の開口より排出した。続いて、上記核酸分離精製カートリッジの上記一の開口に、洗浄液Aを750μl注入し、上記一の開口に圧力差発生装置を結合し、核酸分離精製カートリッジ内を加圧状態にし、注入した洗浄液を核酸吸着性多孔膜に通過させ、他の開口より排出した。上記一の開口にDNase溶液A1を40μl注入し、室温で15分インキュベートした。その後、上記核酸分離精製カートリッジの上記一の開口に、洗浄液Aを750μl注入し、上記一の開口に圧力差発生装置を結合し、核酸分離精製カートリッジ内を加圧状態にし、注入した洗浄液を核酸吸着性多孔膜に通過させ、他の開口より排出した。同様の操作を2回繰り返した。続いて、上記核酸分離精製カートリッジの上記一の開口に回収液Aを50μl注入し、核酸分離精製カートリッジの上記一の開口に圧力差発生装置を結合して核酸分離精製カートリッジ内を加圧状態にし、注入した回収液を、核酸吸着性多孔膜に通過させ、他の開口より排出し、この液を回収した。RNA分離精製操作に要した時間は、白血球数いずれの場合も、DNase反応時間を含め、1サンプルあたり18分以内であった。
実施例8で回収されたRNAの収量と純度(260/280)を表8に示す。
(46)カートリッジ、溶血剤、核酸可溶化試薬A1、洗浄液Aおよび回収液Aの調製
実施例7同様に、カートリッジを作製し、溶血剤A、核酸可溶化試薬溶液A1、洗浄液Aおよび回収液Aを調製した。
下記に示す処方のDNase反応溶液A2を調整した。
DNaseI,AmpGrade(Invitrogen社製) 20U
1×DNaseI reaction Buffer
Tris−HCl(pH 8.4) 20mmol/L
MgCl2 2mmol/L
KCl 50mmol/L
1M MgCl2 0.1mol/L
抗凝固剤としてEDTA−2Naを使用したヒト全血(白血球数総数が1×107個、2×107個、3×107個)を50mlコニカルチューブに移し、全血の5倍容量の溶血剤Aを添加し、氷上にて15分インキュベートした。インキュベーション中に2回ボルテックスした。血液懸濁液が透明になったことを確認し、4℃で2分間、2000×gで遠心分離後、上清を完全に除去した。上清を除去した後の容器内に元の全血の2倍容量の溶血剤Aを添加し、軽く5秒間ボルテックスして細胞を懸濁し、4℃で2分間、2000×gで遠心分離後、上清を完全に除去した。上記で得られた白血球ペレットに、核酸可溶化試薬A1を520μl添加し、ボルテックスにて30秒間撹拌することで白血球を溶解した。ここに99.5容量%以上特級エタノールを250μl加え、即ち、エタノール濃度32.5体積%とし、ボルテックスで30秒間攪拌した。
上記(46)で作成した核酸吸着性多孔膜を有する核酸精製カートリッジの一の開口に注入し、続いて上記一の開口に圧力差発生装置を結合し、核酸分離精製カートリッジ内を加圧状態にし、注入した核酸を含む試料溶液を、核酸吸着性多孔膜に通過させることで、核酸吸着性多孔膜に接触させ、核酸分離精製カートリッジの他の開口より排出した。続いて、上記核酸分離精製カートリッジの上記一の開口に、洗浄液Aを750μl注入し、上記一の開口に圧力差発生装置を結合し、核酸分離精製カートリッジ内を加圧状態にし、注入した洗浄液を核酸吸着性多孔膜に通過させ、他の開口より排出した。上記一の開口にDNase溶液A2を40μl注入し、室温で15分インキュベートした。その後、上記核酸分離精製カートリッジの上記一の開口に、洗浄液Aを750μl注入し、上記一の開口に圧力差発生装置を結合し、核酸分離精製カートリッジ内を加圧状態にし、注入した洗浄液を核酸吸着性多孔膜に通過させ、他の開口より排出した。同様の操作を2回繰り返す。続いて、上記核酸分離精製カートリッジの上記一の開口に回収液Aを50μl注入し、核酸分離精製カートリッジの上記一の開口に圧力差発生装置を結合して核酸分離精製カートリッジ内を加圧状態にし、注入した回収液を、核酸吸着性多孔膜に通過させ、他の開口より排出し、この液を回収した。RNA分離精製操作に要した時間は、白血球数いずれの場合も、DNase反応時間を含め、1サンプルあたり17分以内であった。
実施例9で回収されたRNAの収量と純度(260/280)を表9に示す。
(51)カートリッジ、溶血剤、核酸可溶化試薬A1、洗浄液Aおよび回収液Aの調製
実施例7同様に、カートリッジを作製し、溶血剤A、核酸可溶化試薬溶液A1、洗浄液Aおよび回収液Aを調製した。
下記に示す処方のDNase溶液A3を調整した。
DNaseI,AmpGrade(Invitrogen社製) 20U
1×DNaseI reaction Buffer
Tris−HCl(pH 8.4) 20mmol/L
MgCl2 2mmol/L
KCl 50mmol/L
1M MgSO4 0.1mol/L
抗凝固剤としてEDTA−2Naを使用したヒト全血(白血球数総数が2×107個、3×107個)を50mlコニカルチューブに移し、全血の5倍容量の溶血剤Aを添加し、氷上にて15分インキュベートした。インキュベーション中に2回ボルテックスした。血液懸濁液が透明になったことを確認し、4℃で2分間、2000×gで遠心分離後、上清を完全に除去した。上清を除去した後の容器内に元の全血の2倍容量の溶血剤Aを添加し、軽く5秒間ボルテックスして細胞を懸濁し、4℃で2分間、2000×gで遠心分離後、上清を完全に除去した。上記で得られた白血球ペレットに、核酸可溶化試薬A1を520μl添加し、ボルテックスにて30秒間撹拌することで白血球を溶解した。ここに99.5容量%以上特級エタノールを250μl加え、即ち、エタノール濃度32.5体積%とし、ボルテックスで30秒間攪拌した。
上記(34)及び(35)で作成した核酸吸着性多孔膜を有する核酸精製カートリッジの一の開口に注入し、続いて上記一の開口に圧力差発生装置を結合し、核酸分離精製カートリッジ内を加圧状態にし、注入した核酸を含む試料溶液を、核酸吸着性多孔膜に通過させることで、核酸吸着性多孔膜に接触させ、核酸分離精製カートリッジの他の開口より排出した。続いて、上記核酸分離精製カートリッジの上記一の開口に、洗浄液Aを750μl注入し、上記一の開口に圧力差発生装置を結合し、核酸分離精製カートリッジ内を加圧状態にし、注入した洗浄液を核酸吸着性多孔膜に通過させ、他の開口より排出した。上記一の開口にDNase溶液A3を40μl注入し、室温で15分インキュベートした。その後、上記核酸分離精製カートリッジの上記一の開口に、洗浄液Aを750μl注入し、上記一の開口に圧力差発生装置を結合し、核酸分離精製カートリッジ内を加圧状態にし、注入した洗浄液を核酸吸着性多孔膜に通過させ、他の開口より排出した。同様の操作を2回繰り返す。続いて、上記核酸分離精製カートリッジの上記一の開口に回収液Aを50μl注入し、核酸分離精製カートリッジの上記一の開口に圧力差発生装置を結合して核酸分離精製カートリッジ内を加圧状態にし、注入した回収液を、核酸吸着性多孔膜に通過させ、他の開口より排出し、この液を回収した。RNA分離精製操作に要した時間は、白血球数いずれの場合も、DNase反応時間を含め、1サンプルあたり18分以内であった。
実施例10で回収されたRNAの収量と純度(260/280)を表10に示す。
2:白血球数総数1×107個のヒト全血から得られたRNA
4、5:白血球数総数1×107個のヒト全血から得られたRNA
Claims (8)
- (1)核酸を含む試料溶液を核酸吸着性多孔性膜に通過させて、該多孔性膜に核酸を吸着させる工程、
(2)洗浄液を核酸吸着性多孔性膜に通過させて、RNAが吸着した状態で該多孔性膜を洗浄する工程、及び
(3)回収液を核酸吸着性多孔性膜に通過させて、該多孔性膜からRNAを脱着させる工程、
を含有するRNA分離精製方法において、
該核酸吸着性多孔性膜がイオン結合が関与しない相互作用で核酸が吸着する多孔性膜であり、且つ、
核酸を含む試料溶液が、
(I)血液および白血球の少なくともいずれかを含み、かつ抗凝固剤を含む検体を容器に注入する工程、
(II)容器に溶血剤を添加した後に300×g〜3000×gにて遠心分離することにより、白血球ペレットを得る工程、
(III)白血球ペレットに核酸可溶化試薬を添加して混合液を得る工程、
(IV)混合液に水溶性有機溶媒を添加し、核酸を含む試料溶液を得る工程、
を含有する試料溶液調製工程で得ることを特徴とするRNA分離精製方法。 - 前記溶血剤が、塩化アンモニウム、塩化ナトリウム、シュウ酸アンモニウムおよびサポニンから選ばれる少なくとも一つを含む請求項1に記載のRNA分離精製方法。
- (II)の工程において、前記溶血剤を添加後、0〜35℃でインキュベートする請求項1または2に記載のRNA分離精製方法。
- 前記核酸可溶化試薬が、カオトロピック塩、核酸安定化剤、界面活性剤、緩衝剤及び消泡剤から選ばれる少なくとも一つを含む請求項1〜3のいずれか一項に記載のRNA分離精製方法。
- 前記カオトロピック塩がグアニジン塩である、請求項4に記載のRNA分離精製方法。
- 前記核酸安定化剤が還元剤である請求項4又は5に記載のRNA分離精製方法。
- 前記界面活性剤がノニオン性界面活性剤を含む、請求項4〜6のいずれか一項に記載のRNA分離精製方法。
- 前記核酸を含む試料溶液、前記洗浄液および前記回収液の少なくともいずれかを、加圧状態で核酸吸着性多孔性膜に通過させる、請求項1〜7のいずれか一項に記載のRNA分離精製方法。
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