JP4868533B2 - シアン耐性ニトリルヒドラターゼ - Google Patents
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Description
a)配列番号1、4、6、9からのヌクレオチド配列又はそれに相補的なヌクレオチド配列を有するか又は該配列からなるポリヌクレオチド、
b)遺伝子コードの縮重の範囲でa)の配列に相当するヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチド、
c)a)によるヌクレオチド配列であって機能的に中立な同義突然変異を有するヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチド、
d)a)又はc)からの相補配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチド
の群から選択される他のポリヌクレオチドであって、シアン耐性ニトリルヒドラターゼをコードするポリヌクレオチドである。
a)ニトリル基を有する化合物と、ニトリルヒドラターゼ活性を有する微生物の酵素とを反応させる工程と、
b)形成されたアミドを分離する工程とを有し、その際、
c)ニトリルからアミドへの反応のために、本発明によるニトリルヒドラターゼを使用する方法。その酵素の残留活性は、メタクリルニトリルを20mM(mM=ミリモル/l)のシアン化物イオンの存在下で20℃で反応させた30分後に、その酵素を同じ条件下にシアン化物イオンの不在下で反応に使用した場合の酵素の残留活性の少なくとも90%の残留活性であることが好ましい。
Xは、OH、H、1〜4個の炭素原子を有するアルキル、NH2を意味し、
Rは、H、1〜12個の炭素原子を有し分枝鎖状もしくは非分枝鎖状であってNH2で置換されていてよい飽和アルキル基、1つの二重結合を有しかつ1〜12個の炭素原子を有し分枝鎖状もしくは非分枝鎖状の不飽和アルキル基、3〜6個の炭素原子を有するシクロアルキル基、アルキルチオ基で置換されたアルキレン基であってそのアルキルがC1〜C3−基に相当しかつそのアルキレンが二価のC3〜C8−基に相当する基を意味し、
R′は、H(RがHを意味しない場合に)、1〜3個の炭素原子を有するアルキルを意味し、
R′′は、6〜12個の炭素原子を有し1もしくは2つのアルキル基(C1〜C3)、Cl、Br、Fで置換されていてよい一核もしくは二核の不飽和環、1〜6個の炭素原子を有する一価のアルキルニトリル基を意味する]で示される化合物を転化させて、相応のアミドを得ることを特徴とする方法。
a)前記ニトリルヒドラターゼを産生する微生物、特にシュードモナス・マルギナリス又はシュードモナス・プチダといったシュードモナス属の微生物を、該酵素がその微生物中に形成される条件下で発酵させ、そして
b)対数増殖期の完了後できるだけ早期に細胞を回収する方法である。
a)酵素を含有する微生物を、休止細胞の形で、場合により細胞膜の透過性を高めた後でか、又は
b)細胞の溶解物を、又は
c)微生物の細胞から公知の処置で単離された酵素を、
そのいずれかを、ニトリルからアミドへの本発明による転化に使用する。
a)特にシュードモナス・マルギナリス又はシュードモナス・プチダといったシュードモナス属の微生物を発酵させるにあたり、それを、シュードモナスの科の微生物由来の単離されたポリヌクレオチドであって配列番号2と3と5又は配列番号7と8と10中の配列を含むアミノ酸配列と90〜100%まで同一であるアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードしそのポリペプチドがそれぞれ共通してシアン耐性ニトリルヒドラターゼの活性を有するポリヌクレオチドを、増強し、特に組み換えにより過剰発現させて行い、
b)これらの微生物から、ニトリルヒドラターゼ活性を有する酵素を場合により単離するか又はこの酵素を含有するタンパク質分画を製造し、そして
c)a)による微生物又はb)による酵素又はこの酵素を含有するタンパク質分画を、一般式(I)及び(II)のニトリル基含有化合物を含有する培地に移す方法である。
炭素源として、糖及び炭水化物、例えばグルコース、サッカロース、ラクトース、フルクトース、マルトース、糖蜜、デンプン及びセルロース、油脂、例えば大豆油、ヒマワリ油、ピーナッツ油、ヤシ脂、脂肪酸、例えばパルミチン酸、ステアリン酸及びリノール酸、アルコール、例えばグリセリン及びエタノール、及び有機酸、例えば酢酸を使用することができる。これらの物質は、単独で又は混合物として使用することができる。
飽和モノニトリル:
アセトニトリル、プロピオニトリル、ブチロニトリル、イソブチロニトリル、バレロニトリル、イソバレロニトリル、カプロニトリル
飽和ジニトリル:
マロンニトリル、スクシノニトリル、グルタロニトリル、アジポニトリル
芳香族の非置換及び置換のモノニトリル及びジニトリル:
ベンゾニトリル、2,6−ジフルオロベンゾニトリル、フタロニトリル、イソフタロニトリル、テレフタロニトリル
α−アミノニトリル:
α−アミノプロピオニトリル、α−アミノメチルチオブチロニトリル、α−アミノブチロニトリル、アミノアセトニトリル、天然アミノ酸から導き出される全てのニトリル、α−アミノ−3,3−ジメチルプロピオニトリル、α−アミノ−2,3−ジメチルプロピオニトリル
カルボキシル基を有するニトリル:
シアノ酢酸
β−アミノニトリル:
アミノ−3−プロピオニトリル
不飽和ニトリル:
アクリルニトリル、メタクリロニトリル、アリルシアニド、クロトノニトリル
α−ヒドロキシニトリル:
α−ヒドロキシ−n−プロピオニトリル、α−ヒドロキシ−n−ブチロニトリル、α−ヒドロキシ−イソブチロニトリル、α−ヒドロキシ−n−ヘキサノニトリル、α−ヒドロキシ−n−ヘプタノニトリル、α−ヒドロキシ−n−オクタノニトリル、α,γ−ジヒドロキシ−β,β−ジメチルブチロニトリル、アクロレインシアノヒドリン、メタクリルアルデヒド シアノヒドリン、3−クロロラクトニトリル、4−メチルチオ−α−ヒドロキシブチロニトリル及びα−ヒドロキシ−フェニルプロピオニトリル。
実施例1
培養条件
前培養は、24時間以内で、30℃で振盪下に、容量5mlでガラス試験管中で増殖を行った。1mlの前培養を、100mlの主培養に接種し、そして25℃で42時間、全容量1000mlを有するエルレンマイヤーフラスコ中で振盪した。
微生物の単離及び同定
両者の菌株MA32とMA113とを、休止細胞のニトリルヒドラターゼ活性を2mMのシアン化カリウムの存在下で測定することによって選択した。
酵素活性の測定
細胞を、実施例1に記載されるように増殖させ、遠心分離により培養培地から分離し、そして標準的バッファー(50mMのリン酸カリウムバッファー pH7.5)中に再懸濁した。この細胞懸濁液50μlを、標準的バッファー700μlに添加し、そして反応の開始のために、ニトリルを標準的バッファー中に溶かした200mM溶液250μlと混合した。この場合に、細胞懸濁液中の細胞の濃度は、ニトリルが20℃で10分後に、5〜30%まで転化されるように見積もられた。20℃で10分後に、半分に濃縮されたリン酸20μlを添加することによって反応を停止させ、そして細胞を遠心分離によって分離した。
ニトリルヒドラターゼの活性へのシアン化合物の影響
実施例3と同様にして製造された細胞懸濁液50μlを、0mM、21.4mM、53.6mM及び107.1mMのシアン化カリウムを含有する標準的バッファー700μl(最終濃度 0mM、20mM、50mM、100mMのシアン化合物)に添加した。反応の開始のために、それぞれ他の反応溶液と同じシアン化合物濃度を有する標準的バッファー中にニトリルを溶かした200mMの溶液200μlを添加した。この場合に、細胞懸濁液中の細胞の濃度は、ニトリルが、シアン化合物を含まないバッチ中で20℃で10分後に、16%まで転化されるように見積もられた。20℃で10分後に、半分に濃縮されたリン酸20μlを添加することによって反応を停止させ、そして転化率を実施例2と同様にして測定した。
シュードモナス・マルギナリスMA32休止細胞によるアセトンシアンヒドリンの転化
シュードモナス・マルギナリスMA32細胞を、実施例1に記載されるように増殖させ、そして遠心分離した。1.16gの生体乾燥質量を含む細胞の量を、リン酸カリウムバッファー(pH8.0)50mMで最終容量50mlにまで希釈した。更に、該反応混合物に0.02mMの2−メチル−1−プロパンボロン酸を添加した。蒸留したばかりのアセトンシアンヒドリンを、4℃で、激しく撹拌しながら連続的に、反応中の濃度がどの時点でも5g/Lを上回らないような速度で添加した。pHは、7.5で一定に保持した。反応の追跡は、HPLCを用いて、実施例3に記載されるようにして実施した。140分後に、10.0gのニトリルは、完全に、10.7gのアミドと1.4gの酸とに転化した。
シュードモナス・マルギナリスMA32休止細胞による粗製MHA−ニトリルの転化
シュードモナス・マルギナリスMA32細胞を、実施例1に記載されるように増殖させ、そして遠心分離した。0.34gの生体乾燥質量を含む細胞の量を、50mMのリン酸カリウムバッファー(pH8.0)で最終容量70mlにまで希釈した。更に、該反応混合物に0.02mMの2−メチル−1−プロパンボロン酸を添加した。粗製MHA−ニトリルを、4℃で、激しく撹拌しながら連続的に、反応中の濃度がどの時点でも10g/Lを上回らないような速度で添加した。pHは、8.0で一定に保持した。反応の追跡は、HPLCを用いて、実施例2に記載されるようにして実施した。510分後に、10.05gのニトリルは、完全に、11.13gのアミドと0.31gの酸とに転化した。それは、1リットルあたり139gのアミドの最終濃度に相当する。
シュードモナス・マルギナリスMA32からのニトリルヒドラターゼ遺伝子クラスターのクローニング及び発現ベクターの構築
α−サブユニットと、β−サブユニットと、ニトリルヒドラターゼの活性に同時発現が必須であるニトリルヒドラターゼ−アクチベータータンパク質とを含むニトリルヒドラターゼの遺伝子クラスター(Nojiri et al., 1999, Journal of Biochemistry, 125:696-704)を、プライマー1Fとプライマー1RでPCRによって増幅させて、制限酵素NdeI及びHindIIIのための切断部位を挿入した。こうして得られたPCR産物を、NdeIとHindIIIで切断されたベクター中にライゲーションし、その際、挿入された遺伝子は、ラムノース−プロモーターの制御下にある。こうして得られた発現ベクターを、pKE31と呼ぶ。
α−サブユニットの遺伝子: ヌクレオチド25〜609
β−サブユニットの遺伝子: ヌクレオチド650〜1312
アクチベータータンパク質の遺伝子 ヌクレオチド1309〜2577
が配列番号1の断片にある。
シュードモナス・プチダMA113からのニトリルヒドラターゼ遺伝子クラスターのクローニング
α−サブユニットと、β−サブユニットと、ニトリルヒドラターゼの活性に同時発現が必須であるニトリルヒドラターゼ−アクチベータータンパク質とからなるニトリルヒドラターゼの遺伝子クラスター(Nojiri et al., 1999, Journal of Biochemistry, 125:696-704)を、プライマー1Fとプライマー1RでPCRによって増幅させた。
α−サブユニットの遺伝子: ヌクレオチド1〜582
β−サブユニットの遺伝子: ヌクレオチド624〜1286
アクチベータータンパク質の遺伝子 ヌクレオチド1283〜2360
が配列番号5の断片にある。
シュードモナス・マルギナリスMA32由来のニトリルヒドラターゼの大腸菌DSM14459での異種発現
大腸菌DSM14459は、DE10155928号との関連で寄託された。
酵素活性の測定
細胞培養と活性測定は、実施例9と実施例3とに記載されるようにして実施した。
100mMのシアン化カリウムの存在下での酵素活性の測定
細胞培養と活性測定は、100mMのシアン化カリウムの存在下で、実施例9と実施例4とに記載されるようにして実施した。
Claims (23)
- シアン耐性ニトリルヒドラターゼ活性を有するタンパク質(a)もしくは(b)をコードする、シュードモナス属の微生物由来のポリヌクレオチドであって、前記タンパク質(a)が、シュードモナス・マルギナリスに由来し、かつ配列番号2のアミノ酸配列を有するポリペプチドと配列番号3のアミノ酸配列を有するポリペプチドと配列番号5のアミノ酸配列を有するポリペプチドとを含むタンパク質であり、かつ前記タンパク質(b)が、シュードモナス・プチダに由来し、かつ配列番号7のアミノ酸配列を有するポリペプチドと配列番号8のアミノ酸配列を有するポリペプチドと配列番号10のアミノ酸配列を有するポリペプチドとを含むタンパク質である、前記ポリヌクレオチド。
- 請求項1記載のポリヌクレオチドであって、
a)配列番号1のヌクレオチド配列、配列番号6のヌクレオチド配列又はそれに相補的なヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチド、
b)遺伝子コードの縮重の範囲でa)の配列に相当するヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチド、
の群から選択され、その際、シアン耐性ニトリルヒドラターゼをコードするポリヌクレオチド。 - 配列番号2のアミノ酸配列を有するポリペプチドと配列番号3のアミノ酸配列を有するポリペプチドと配列番号5のアミノ酸配列を有するポリペプチドを、又は配列番号7のアミノ酸配列を有するポリペプチドと配列番号8のアミノ酸配列を有するポリペプチドと配列番号10のアミノ酸配列を有するポリペプチドを有するタンパク質。
- 請求項3記載のシアン耐性ニトリルヒドラターゼの活性を有するタンパク質であって、その残留活性が、メタクリルニトリルを20mM(mM=ミリモル/l)のシアン化物イオンの存在下で20℃で反応させた30分後に、その酵素を同じ条件下にシアン化物イオンの不在下で反応について評価した場合の酵素の残留活性の少なくとも90%の残留活性であるタンパク質。
- 請求項1又は2記載のポリヌクレオチドを有するベクター。
- 請求項1又は2記載のポリヌクレオチドの導入により形質転換又はトランスフェクションされた宿主細胞。
- 請求項5記載のベクターの導入により形質転換された宿主細胞。
- ニトリルからアミドを酵素により製造するための方法において、以下の工程:
a)ニトリル基を有する化合物と、ニトリルヒドラターゼ活性を有する微生物酵素(タンパク質)とを、青酸又は青酸の塩の存在下で反応させる工程、及び
b)形成したアミドを分離する工程
を有し、その際、ニトリルを転化させてアミドにするために、請求項3又は4記載のシアン耐性ニトリルヒドラターゼを使用する、ニトリルからアミドを酵素により製造するための方法。 - 請求項8記載の方法において、請求項6又は7記載の宿主細胞又はその溶解物を使用することを特徴とする方法。
- 請求項9記載の方法において、微生物の休止細胞を使用することを特徴とする方法。
- 請求項8記載の方法において、精製されたニトリルヒドラターゼを使用することを特徴とする方法。
- 請求項8から11までのいずれか1項記載の方法において、一般式
Xは、OH、H、アルキル、NH2を意味し、
Rは、H、1〜12個の炭素原子を有し、分枝鎖状又は非分枝鎖状の、NH2で置換されていてよい飽和アルキル基、1個の二重結合と1〜12個の炭素原子を有し、分枝鎖状又は非分枝鎖状の不飽和アルキル基、3〜6個の炭素原子を有するシクロアルキル基、アルキルチオ基で置換されたアルキレン基であってそのアルキル基がここではC1〜C3−基に相当しかつそのアルキレンが二価のC3〜C8−基に相当する基を意味し、
R′は、H、1〜3個の炭素原子を有するアルキルを意味し、
R′′は、6〜12個の炭素原子を有し、1又は2個のアルキル基(C1〜C3)、Cl、Br、Fで置換されていてよい一核もしくは二核の不飽和環、1〜6個の炭素原子を有するアルキルニトリル基を意味する]の化合物を転化させて、相応のアミドを得、その際、一般式(I)の化合物は、青酸又は青酸の塩の存在下で反応されることを特徴とする方法。 - 請求項12記載の方法において、転化を、使用されるニトリルに対して、0.5モル%より高くて3モル%までの出発濃度のシアン化物の存在下で実施することを特徴とする方法。
- 請求項8から13までのいずれか1項記載の方法において、ニトリルとして、2−アミノ−4−メチルチオブチロニトリルを使用することを特徴とする方法。
- 請求項8から13までのいずれか1項記載の方法において、ニトリルとして、2−ヒドロキシ−4−メチルチオブチロニトリルであって該ニトリルの製造からの反応混合物中に含まれていてよいニトリルを使用することを特徴とする方法。
- 請求項8から13までのいずれか1項記載の方法において、ニトリルとして、2−ヒドロキシ−2−メチルプロピオニトリルを使用することを特徴とする方法。
- 請求項8から16までのいずれか1項記載の方法において、アミドもしくはアミド含有溶液からバイオマスの細胞を分離し、そしてそのアミドを鹸化させて、相応の酸にすることを特徴とする方法。
- 請求項8から16までのいずれか1項記載の方法において、アミドもしくはアミド含有溶液からバイオマスの細胞を分離し、そしてそのアミドをアルカリ金属水酸化物又はアルカリ土類金属水酸化物により鹸化させて、相応のカルボン酸の塩にすることを特徴とする方法。
- 請求項18記載の方法において、MHA−アミドを水酸化カルシウムで鹸化させ、そしてカルシウム塩を得ることを特徴とする方法。
- 請求項8から19までのいずれか1項記載の方法において、
a)シュードモナス属の微生物を発酵させるにあたり、それを、単離されたポリヌクレオチドであって配列番号2のアミノ酸配列を有するポリペプチドと配列番号3のアミノ酸配列を有するポリペプチドと配列番号5のアミノ酸配列を有するポリペプチドを、又は配列番号7のアミノ酸配列を有するポリペプチドと配列番号8のアミノ酸配列を有するポリペプチドと配列番号10のアミノ酸配列を有するポリペプチドを有するタンパク質をコードしそのタンパク質がシアン耐性ニトリルヒドラターゼの活性を有する単離されたポリヌクレオチドを、増強し、組み換えにより過剰発現させて行い、
b)これらの微生物から、ニトリルヒドラターゼ活性を有する組み換えにより作製された酵素を場合により単離するか又はこの酵素を含有するタンパク質分画を製造し、そして
c)a)による微生物又はb)による酵素又はこの酵素を含有するタンパク質分画を、一般式(I)又は(II)のニトリル基含有化合物を含有する培地に移す
ことを特徴とする方法。 - 請求項8から19までのいずれか1項記載の方法において、請求項6又は7記載の宿主細胞を使用することを特徴とする方法。
- 番号DSM16275又はDSM16276として寄託されている、シュードモナス属の微生物。
- 番号DSM16275又はDSM16276として寄託されているシュードモナス属の菌株から単離されたシアン耐性ニトリルヒドラターゼであって、配列番号2のアミノ酸配列を有するポリペプチドと配列番号3のアミノ酸配列を有するポリペプチドと配列番号5のアミノ酸配列を有するポリペプチドを、又は配列番号7のアミノ酸配列を有するポリペプチドと配列番号8のアミノ酸配列を有するポリペプチドと配列番号10のアミノ酸配列を有するポリペプチドを有するシアン耐性ニトリルヒドラターゼ。
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