JP4808315B2 - Ｄｎａ・蛋白質融合体とその利用 - Google Patents

Ｄｎａ・蛋白質融合体とその利用 Download PDF

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Description

【０００１】
発明の背景
一般的に、本発明は、DNA-蛋白質融合体およびそれらの使用、特に所望の蛋白質およびそれらに対応する核酸配列を選択するための利用を特徴とする。
【０００２】
最近、蛋白質の大きいプールから所望の特性を有する蛋白質を単離するために組合せ法が開発された（ゾスタック（Szostak）ら、米国特許出願第09/007,005号；ゾスタック（Szostak）ら、国際公開公報第98/31700号；ロバーツおよびゾスタック（Roberts ＆ Szostak）、Proc. Natl. Acad. Sci. USA（1997）、第94巻、12297〜12302頁）。この方法では、蛋白質部分は共有化学結合によってそれをコードするRNAに結合している。この結合は共有結合であるという特性により、選択実験は、リボソームディスプレイのような非共有結合的複合体形成を伴う方法の場合に用いなければならない極端に穏やかな反応条件に限定されることはない（ヘインズおよびプリュックサン（Hanes ＆ Pluckthun）、Proc. Natl. Acad. Sci. USA（1997）、94巻、4937〜4942頁；へおよびタウシヒ（He ＆ Taussig）、Nucl. Acids Res.（1997）、25巻、5132〜5143頁）。しかし、リボ結合が偶発的に切断されると、コードされる情報が非可逆的に失われることがありうることから、選択プロセスの際にはRNA分解を最小限にするために注意が必要である。この理由から、これらの選択手順は典型的に、リボヌクレアーゼまたは他の有害な混入物質を含まない反応培地および装置を用いて行われる。
【０００３】
発明の概要
本発明は、蛋白質をそれをコードするDNA配列との共有結合によってタグを付ける方法を提供する。分子進化および認識技術に用いられる可能性があるこれらのDNA・蛋白質融合体は、RNA・蛋白質融合体より化学的に安定であることから、多くの長所を提供する（下記により詳細に説明する）。
【０００４】
したがって、一般的に本発明はDNA・蛋白質融合体を作製する方法を特徴とする。第一の方法は以下の段階を含む：（a）ペプチドアクセプター（例えば、ピューロマイシン）に結合している核酸プライマーを、RNA分子に（好ましくはRNAの3'末端またはその近傍で）結合させる段階；（b）RNAを翻訳して、プライマーに共有結合している蛋白質産物を生成する段階；および（c）RNAを逆転写して、DNA・蛋白質融合体を生成する段階。
【０００５】
第二の方法は以下の段階を含む：（a）RNA・蛋白質融合体を生成する段階；（b）核酸プライマーを融合体にハイブリダイズさせる段階（好ましくは、RNAの3'末端またはその近傍で）；および（c）RNAを逆転写して、DNA・蛋白質融合体を生成する段階。
【０００６】
上記の方法の好ましい態様において、方法は、（例えば、RNAを分解するために十分な条件で、段階（c）の産物をRNAアーゼHに接触させることによって）RNAを除去するために、段階（c）の産物を処理する段階をさらに含む。さらに好ましい態様において、核酸プライマーはDNAプライマーであり、翻訳段階はインビトロで行われ；および核酸プライマーはヘアピン構造を有する。さらに、プライマーは、ソラレンのようなフォトクロスリンク剤をさらに含んでもよく、そのプライマーは、ペプチドアクセプターに結合したオリゴヌクレオチドにクロスリンクさせてもよく、またはRNA分子とハイブリダイズさせた後、フォトクロスリンクによって行われる結合段階を行ってもよい。
【０００７】
関連する局面において、本発明はまた、ペプチドアクセプター（例えばピューロマイシン）を通じて（好ましくは、少なくとも10個のアミノ酸の）蛋白質に共有結合したDNAを含む分子、ならびにその中で蛋白質が少なくとも10個のアミノ酸を含む、蛋白質に共有結合したDNAを含む分子を特徴とする。
【０００８】
これらの局面の双方の好ましい態様において、蛋白質は少なくとも30個のアミノ酸を含み、より好ましくは少なくとも100個のアミノ酸、そしてさらに少なくとも200個または250個のアミノ酸を含んでもよい。他の好ましい態様において、蛋白質はDNAによってコードされ、好ましくはDNAによって完全にコードされ；分子はさらに、DNAに共有結合したリボ核酸を含み；蛋白質はリボ核酸によってコードされ；およびDNAは二本鎖である。
【０００９】
もう一つの関連する局面において、本発明は、それぞれの融合体が蛋白質に共有結合したDNAを含む、少なくとも105個、および好ましくは少なくとも1014個の本発明のDNA・蛋白質融合体の集団を特徴とする。
【００１０】
さらに、本発明は、本明細書に記載したDNA・蛋白質融合体を利用する選択方法を特徴とする。第一の選択方法は以下の段階を含む：（a）それぞれが候補蛋白質に共有結合したDNAを含む、DNA・蛋白質融合体の集団を提供する段階；および（b）所望のDNA・蛋白質融合体を選択して、それによって所望の蛋白質またはDNAを選択する段階。
【００１１】
第二の選択方法は以下の段階を含む：（a）それぞれが、候補蛋白質に共有結合して、基準蛋白質コード配列とは異なる候補蛋白質コード配列を有するDNAを含む、候補となるDNA・蛋白質融合体の集団を生成する段階；ならびに（b）機能が変化したDNA・蛋白質融合体を選択して、それによって機能が変化した蛋白質またはそれをコードするDNAを選択する段階。
【００１２】
好ましい態様において、選択段階は、固定した結合パートナーに所望の蛋白質を結合させる段階、または所望の蛋白質の機能的な活性をアッセイする段階のいずれかを含む。さらに、方法はさらに段階（a）および（b）を繰り返す段階を含んでもよい。
【００１３】
最終的な局面において、本発明は、それぞれが本発明の共有結合したDNA・蛋白質融合体を含む、固定された分子のアレイを含む固相支持体を特徴とする。好ましい態様において、固相支持体はマイクロチップである。
【００１４】
本明細書において用いられるように、「集団」とは、105個またはそれ以上の分子（例えば、DNA・蛋白質融合体分子）を意味する。本発明の方法によって、必要に応じて、多数の候補分子から始める選択を容易にすることから、本発明の「集団」とは、好ましくは107個の分子、より好ましくは109個、1013個、または1014個より多い分子、および最も好ましくは1015個より多い分子を意味する。
【００１５】
「選択する」とは、集団における他の分子からある分子を実質的に分離することを意味する。本明細書において用いられるように、「選択する」段階は、選択段階後の集団における望ましくない分子と比較して、所望の分子の少なくとも２倍、好ましくは30倍、より好ましくは100倍、および最も好ましくは1000倍濃縮を提供する。選択段階は、何回繰り返してもよく、異なるタイプの選択段階を所与の方法において組みあわせてもよい。
【００１６】
「蛋白質」とは、一つまたは複数のペプチド結合によって結合した、二つまたはそれ以上の天然または改変された任意のアミノ酸を意味する。「蛋白質」と「ペプチド」は、本明細書において互換的に用いられる。
【００１７】
「RNA」とは二つまたはそれ以上の共有結合した、天然または改変されたリボヌクレオチドの配列を意味する。この用語に含まれる改変されたRNAの一つの例は、ホスホロチオエートRNAである。
【００１８】
「DNA」とは、二つまたはそれ以上の共有結合した、天然または改変されたデオキシリボヌクレオチドの配列を意味する。
【００１９】
「核酸」とは、任意の2つまたはそれ以上の共有結合したヌクレオチドまたはヌクレオチド類似体もしくは誘導体を意味する。本明細書において用いられるように、この用語にはDNA、RNA、およびPNAが含まれるが、これらに限定されることはない。
【００２０】
「ペプチドアクセプター」とはリボソームペプチジルトランスフェラーゼ機能の触媒活性によって、伸長しつつある蛋白質鎖のC-末端に加えることができる任意の分子を意味する。典型的にはそのような分子は、（i）ヌクレオチドまたはヌクレオチド様部分（例えば、アデノシンまたはアデノシン類似体（N-6アミノ部位でのジメチル化が許容される））、（ii）アミノ酸またはアミノ酸様部分（例えば、20D-もしくはL-アミノ酸、またはそれらのアミノ酸類似体（例えば、O-メチルチロシンまたはエルマン（Ellman）ら、Meth. Enzymol. 202：301、1991）に記載の任意の類似体）、および（iii）二つの間の結合（例えば、3'部位でのエステル、アミド、もしくはケトン結合、または次に好ましくは2'部位）；好ましくはこの結合は天然のリボヌクレオチド立体構造の環のパッカーを有意に乱さない。ペプチドアクセプターはまた、アミノ基、ヒドロキシル基、またはスルフヒドリル基であってもよいがこれらに限定されない求核基を有してもよい。さらに、ペプチドアクセプターは、ヌクレオチド模倣体、アミノ酸模倣体、または複合ヌクレオチドアミノ酸構造の模倣体で構成されてもよい。
【００２１】
「機能が変化した」とは、分子の機能の如何なる定性的変化または定量的変化も意味する。
【００２２】
本明細書において用いられる「結合パートナー」とは、所望のDNA・蛋白質融合体のある部分に対する特異的、共有結合、または非共有結合親和性を有する如何なる分子も意味する。結合パートナーの例には、抗原／抗体対、蛋白質／阻害剤対、受容体／リガンド対（例えば、ホルモン受容体／ペプチドホルモン対のような細胞表面受容体／リガンド対）、酵素／基質対（例えば、キナーゼ／基質対）、レクチン／炭化水素対、オリゴマーまたはヘテロオリゴマー蛋白質凝集体、DNA結合蛋白質／DNA結合部位、RNA／蛋白質対、および核酸二本鎖、ヘテロ二本鎖、またはライゲーション鎖のメンバー、並びに、DNA・蛋白質融合体の如何なる部分とも１つもしくはそれ以上の共有結合または非共有結合を形成することができる任意の分子が含まれるが、これらに限定されることはない。
【００２３】
「固相支持体」とは、それに対して直接または間接的に（例えば、他の抗体またはプロテインAのような他の結合パートナー中間体を通じて）アフィニティ複合体が結合してもよい、またはその中にアフィニティ複合体が埋め込まれてもよい（例えば、受容体またはチャンネルを通じて）、任意のカラム（もしくはカラム材料）、ビーズ、試験管、マイクロタイター皿、固体粒子（例えば、アガロースもしくはセファロース）、マイクロチップ（例えば、シリコン、シリコンガラス、もしくは金チップ）、またはメンブレン（例えば、リポソームもしくは小胞のメンブレン）を意味するがこれらに限定されることはない。
【００２４】
本発明は、蛋白質とそれをコードするcDNAとの融合体を作製する方法を提供する。これらの構築物は、第一に融合体のDNA構成要素のために、そして第二にDNAと蛋白質部分との共有結合のために、大きく増加した化学的安定性を有する。これらの特性によって融合体産物をより容易に取り扱うことができるようになり、それによって多様な反応条件で選択および認識実験を行うことができるようになる。さらに、本発明は、例えばコード融合体が固相支持体に固定されているハイブリダイゼーションアッセイ法において、一本鎖核酸部分が必須である場合の適用を容易にする。さらに、インキュベーションは、高いpH、多価金属イオンの上昇した濃度、時間を長くした熱処理、および様々な生物材料への暴露を伴うより厳しい条件下で行ってもよい。最終的に、一本鎖DNAは二次構造形成に対して比較的抵抗性であり、核酸ハイブリダイゼーション段階を伴う、または必要とする技術にとってすばらしい利点となる。
【００２５】
さらに、本発明の方法は、任意の長さのDNAおよび蛋白質構成要素を含む融合体と共に、複雑度の高い融合体ライブラリーの生成を可能にする。
【００２６】
本発明のその他の特徴および利点は、以下の詳細な説明および特許請求の範囲から明らかとなると思われる。
【００２７】
詳細な説明
DNA・蛋白質融合体の作製のための一例としての多くの技術およびその使用についての説明を下記に示す。これらの実施例は、説明する目的のために提供されるのであって、本発明を制限するためのものではない。
【００２８】
タイプ A1 ：ピューロマイシン改変ヘアピン様構造と mRNA との鋳型方向性ライゲーション（ template-directed ligation ）
第一の例としての方法に従って、図１に示すように、DNA・蛋白質融合体は、ピューロマイシン改変DNAヘアピン様構造をmRNA分子にライゲーションすることによって生成される。この手順の第一の段階は、ピューロマイシンをヘアピンに結合させることであり、これは多くの技術によって行ってもよく、その１つを図２に示す。この方法によって、DNA分子から枝分かれしたピューロマイシンで終わる側鎖を有するDNAヘアピンが合成される。この構築物は、ヘアピン構造の任意の標準的な自動DNA合成（例えば、エクスペダイト核酸合成システムのユーザーガイド、パーセプティブバイオシステムズ社、ファーミンガム、マサチューセッツ州を参照のこと）において、非対称に分岐したホスホロアミダイト（クロンテック社、パロアルト、カリフォルニア州）を用いて作製し、その後、化学燐酸化試薬（グレンリサーチ社、スターリング、バージニア州）を用いて5'-ホスフェートを加えてもよい。
【００２９】
次に、保護基を分岐から選択的に除去した後（非対称分岐ホスホロアミダイトの作製プロトコール、クロンテック社、パロアルト、カリフォルニア州）、標準的な自動DNA合成によってリンカー部分を結合させる。リンカーの末端に達する前に、少量の5'-ホスホロアミダイト（グレンリサーチ社、スターリング、バージニア州）を加えて鎖の方向を逆転させる。最終的に、好ましくは図３に示す合成技術を用いて、ピューロマイシン-5'-ホスホロアミダイトの結合によって合成を終了する。図３において、段階（a）〜（c）は、グリーンおよびワッツ（Greene ＆ Wuts）、「有機合成における保護基（Protective Groups in Organic Synthesis）」、第二版（1991）、ジョンウィリー＆サンズインク、ニューヨーク、ニューヨーク州）に記載のように実施してもよく、段階（d）は、ビューケージ（Beaucage）（Methods in Molecular Biology、第20巻、「オリゴヌクレオチドと類似体のプロトコール（Protocols for Oligonucleotides and Analogs）」、アガウォール（S. Agarwal）編（1993）、ヒューマナプレス、トトワ、ニュージャージー州、33〜61頁）に記載のように実施してもよい。
【００３０】
または、ピューロマイシン改変分岐ヘアピンを、図４に示すように合成してもよい。この技術によって、合成は、まずリンカー部分を合成することによってピューロマイシンCPG固相支持体（グレンリサーチ社、スターリング、バージニア州）から開始した後、分岐アミダイト（クロンテック社、パロアルト、カリフォルニア州）を取り込んで、ヘアピンの5'部分を加える。分岐の保護を外した後、ヌクレオシド-5'-ホスホロアミダイト（グレンリサーチ社、スターリング、バージニア州）を用いることによってヘアピンの3'アームを付加する。
【００３１】
上記の方法のいずれの場合でも、次の段階において、例えばT4 DNAリガーゼおよび鋳型として3'突出末端を用いて、mRNAをヘアピンにライゲーションする（サムブルック、フリッチュおよびマニアティス（Sambrook, Fritsch, ＆ Maniatis）、「分子のクローニング（Molecular Cloning）」（1989）、コールドスプリングハーバー研究所出版、コールドスプリングハーバー、ニューヨーク州）。次に、RNAのリボソーム翻訳によって、蛋白質が合成され、その後融合体が形成される（例えば、ゾスタック（Szostak）ら、米国特許出願第09/007,005号および米国特許出願第09/247,190号；ゾスタック（Szostak）ら、国際公開公報第98/31700号；ロバーツおよびゾスタック（Roberts ＆ Szostak）、Proc. Natl. Acad. Sci. USA（1997）、第94巻、12297〜12302頁を参照のこと）。一つの特定の態様において、分岐点はヘアピンのループ領域に存在する。分岐点の他の位置（例えば、幹構造内で）も同様に用いてもよい。さらに、約10〜60ヌクレオチド、より好ましくは約30ヌクレオチドのdAnリンカーが用いられるが、リンカーの長さと化学組成物（例えば、dAnよりむしろPEG（グレリーリサーチ社、スターリン、バージニア州）との双方を最適化してもよい。
【００３２】
最終的な段階において、プライマーとしてヘアピンの3'末端を用いて、構築物のRNA部分をcDNAに逆転写する（例えば、サムブルック、フリッチュおよびマニアティス（Sambrook, Fritsch, ＆ Maniatis）、「分子のクローニング（Molecular Cloning）」（1989）、コールドスプリングハーバー研究所出版、コールドスプリングハーバー、ニューヨーク州に記載のように）。RNアーゼHによるmRNAの最適な消化（例えば、サムブルック、フリッチュおよびマニアティス（Sambrook, Fritsch, ＆ Maniatis）、「分子のクローニング（Molecular Cloning）」（1989）、コールドスプリングハーバー研究所出版、コールドスプリングハーバー、ニューヨーク州を参照のこと）によって、一本鎖DNA・蛋白質融合体が得られる。
【００３３】
この方法はまた、転写の際にジデスオキシヌクレオシド三燐酸を加えることによって切断型DNA転写物の形成も促進する（例えば、サンガー（Sanger）、Science（1981）、214巻、1205〜1210頁を参照のこと）。そのような切断型DNA・蛋白質融合体は、例えば、固定されたオリゴヌクレオチドプローブとのハイブリダイゼーションのために、当初のメッセージの3'領域（今のDNA転写物の5'領域）のみを用いる蛋白質ディスプレイ実験において有用である（クメリス（Kumelis）ら、1998年４月３日に出願された米国特許出願第60/080,686号）。
【００３４】
タイプ A2 ：ピューロマイシン改変リンカーとプライマー DNA とのクロスリンク
上記のヘアピン様構造の代用として、5'ソラレン改変プライマーDNAを、3'ピューロマイシンを有する適したリンカーとフォトクロスリンクさせることによって、非常に類似した構造を調製してもよい。一例としてのクロスリンク方法を図５に示す。この方法において、ピューロマイシンを有するリンカーは、例えば、ゾスタック（Szostak）ら、米国特許出願第09/007,005号および米国特許出願第09/247,190号；ゾスタック（Szostak）ら、国際公開公報第98/31700号；ロバーツおよびゾスタック（Roberts ＆ Szostak）、Proc. Natl. Acad. Sci. USA（1997）、第94巻、12297〜12302頁に記載されているように構築してもよい。ソラレン改変プライマーを生成して、例えば、ピーレスおよびイングリッシュ（Pieles ＆ Englisch、Nucl. Acids Res.（1989）、17巻、285〜299頁）に記載のように、フォトクロスリンク段階を実施してもよい。残りの段階は上記のように実施してもよい。この方法は、非標準ヌクレオシド／ピューロマイシン-5'-ホスホロアミダイト（すなわち、ヘアピン・リンカー構造の自動合成の際に用いられる）を使用する必要がなく、ヘアピン法以上の利点を提供する。この場合も、上記のように、約10〜60ヌクレオチド、より好ましくは約30ヌクレオチドのdAnリンカーを利用するが、リンカーの長さと化学組成（例えば、dAnよりむしろPEG（グレンリサーチ社、スターリング、バージニア州））との双方を最適化してもよい。
【００３５】
さらに、タイプA1およびタイプA2方法のそれぞれに関して、mRNAと構築物のDNA部分とのライゲーション反応は、いくつかの代用技術によって行ってもよい。例えば、上記のT4 DNAリガーゼとの酵素的ライゲーションの他に、この段階は化学的方法を用いて行ってもよい。一つの特定の例において、ヘアピンの5'末端は適当なホスホロアミダイト（クロンテック社、パロアルト、カリフォルニア州）を用いて、１つ（または多数）のアミノ基を改変してもよい。RNAの3'末端を過ヨウ素酸塩によって酸化した後、２つの基質を還元的アミノ化反応によって結合してもよい。これは、図６においてスキーム「A」として示され、例えばレマイター（Lemaitre）ら（Proc. Natl. Acad. Sci. USA（1987）、第84巻、648〜652頁）に記載されている。または、この化学的ライゲーション段階は、ヒドラゾン形成のためのカルボヒドラジドもしくはヒドラジン改変構造、または還元的アミノ化を含んでもよい。これらの方法をそれぞれ、図６にスキーム「B」および「C」として説明し、それぞれ、ゴッシュ（Gosh）ら（Anal. Biochem.（1989）、第178巻、43〜51頁）、プロウドニコフおよびミルザベコフ（Proudnikov ＆ Mirzabekov）（Nucl. Acids Res.（1996）、第24巻、4535〜4542頁）に記載されている。ヒドラジドホスホロアミダイト合成を、図７に示されるように行ってもよく、ヒドラジンホスホロアミダイト合成は、図８に示されるように、ならびにグリーンおよびワッツ（Greene ＆ Wuts、「有機合成における保護基（Protective Groups in Organic Synthesis）」、第二版（1991）、ジョンウィリー＆サンズインク、ニューヨーク、ニューヨーク州）（段階（a）および（c））、プロウドニコフおよびミルザベコフ（Proudnikov ＆ Mirzabekov）（Nucl. Acids Res.（1996）、第24巻、4535〜4542頁（段階（b）））、およびビューケージ（Beaucage）、（Methods in Molecular Biology、第20巻、「オリゴヌクレオチドと類似体のプロトコール（Protocols for Oligonucleotides and Analogs）」、S.アガウォール（S. Agarwal）編（1993）、ヒューマナプレス、トトワ、ニュージャージー州、33〜61頁）（段階（e））に記載されるように行ってもよい。
【００３６】
タイプ B1 〜 B3 ： mRNA の 3' 末端への化学クロスリンク
DNA・蛋白質融合体を生成するさらにもう一つの方法は、mRNA分子の3'末端にピューロマイシン改変リンカーを化学的にクロスリンクさせる段階を含む。そのようなクロスリンクは、多くの方法によって行ってもよい。
【００３７】
一例としての方法を図９に略図で示す。本方法（「B1」）において、プライマーとリンカー領域の間に存在する反応基（例えば、上記のアミノ誘導体、ヒドラジド、またはヒドラジンの一つ）を有するオリゴヌクレオチドを合成する。RNAとプライマー部位との二本鎖形成がこの反応基に隣接して直ちに起こり、次にこれによって、RNAの過ヨウ素酸塩酸化3'末端との反応が起こってクロスリンクが誘導される（図６に示すように、および上記のように）。この反応は、還元的アミノ化（図６、スキーム「A」または「C」；レマイター（Lemaitre）ら、Proc. Natl. Acad. Sci. USA（1987）、第84巻、648〜652頁；プロウドニコフおよびミルザベコフ（Proudnikov ＆ Mirzabekov）、Nucl. Acids Res.（1996）、第24巻、4535〜4542頁）、またはヒドラゾン形成（図６、スキーム「B」；ゴッシュ（Gosh）ら、Anal. Biochem.（1989）、第178巻、43〜51頁）によって起こってもよい。翻訳および融合体形成の後（ゾスタック（Szostak）ら、米国特許出願第09/007,005号および米国特許出願第09/247,190号；ゾスタック（Szostak）ら、国際公開公報第98/31700号；ロバーツおよびゾスタック（Roberts ＆ Szostak）、Proc. Natl. Acad. Sci. USA（1997）、第94巻、12297〜12302頁）、RNA鋳型上での逆転写によってプライマーを伸長させ、最適なRNアーゼH消化段階を実施して、DNA・蛋白質融合体を生成する（図９）。
【００３８】
上記の方法A1およびA2と同様に、リンカー部分の末端ヌクレオチドの鎖方向を逆転させるが、これは、合成の際に5'-ホスホロアミダイト（グレンリサーチ社、スターリング、バージニア州）を用いることによって行うことができる。
【００３９】
さらにもう一つの一例としてのクロスリンク方法（「B2」）において、光反応性ソラレン部分を反応基としてリンカーに含める（図10）。そのような構築物は、ソラレン改変デスオキシヌクレオチドホスホロアミダイトを用いて（ピーレス（Pieles）ら、Nucleic Acids Res.（1989）、第17巻、8967〜8978頁）、または標準的なソラレンホスホロアミダイト（グレンリサーチ社、スターリング、バージニア州）が結合している分岐ホスホロアミダイト（クロンテック社、パロアルト、カリフォルニア州）を組み入れることによって合成してもよい。リンカーと標的RNAとのハイブリダイゼーション後、クロスリンク形成は、例えば、ピーレスおよびイングリッシュ（Pieles ＆ Englisch、Nucl. Acids Res.（1989）、第17巻、285〜299頁）に記載のように、UV光による照射によって行う。次に、得られた構築物に翻訳および融合体形成を行う（ゾスタック（Szostak）ら、米国特許出願第09/007,005号および米国特許出願第09/247,190号；ゾスタック（Szostak）ら、国際公開公報第98/31700号；ロバーツおよびゾスタック（Roberts ＆ Szostak）、Proc. Natl. Acad. Sci. USA（1997）、第94巻、12297〜12302頁）。逆転写およびRNアーゼH消化によって最終的なDNA・蛋白質融合体が得られる。
【００４０】
または、クロスリンクは図11（「B3」）に示すように組合せリンカー／逆転写酵素プライマー構築物を用いて行ってもよい。上記の方法の変法において、ソラレン部分は、リンカーとプライマー領域とのあいだに直接結合するのではなく、短いDNA分岐に結合している。このDNA部分はまた、標的RNAに対してもハイブリダイズして、このようにソラレンが反応するために最適な二本鎖環境を提供する（ピーレスおよびイングリッシュ（Pieles ＆ Englisch）、Nucl. Acids Res.（1989）、第17巻、285〜299頁）。このソラレン構築物を用いたDNA蛋白質融合体の調製は、上記のように実施してもよい。
【００４１】
タイプ C1 および C2 ：既存の mRNA ・リンカー構築物に対する逆転写プライマーのクロスリンク
DNA・蛋白質融合体を生成するもう一つの方法を図12に略図で示す。本方法では、これまでに記述されているように（ゾスタック（Szostak）ら、米国特許出願第09/007,005号および米国特許出願第09/247,190号；ゾスタック（Szostak）ら、国際公開公報第98/31700号；ロバーツおよびゾスタック（Roberts ＆ Szostak）、Proc. Natl. Acad. Sci. USA（1997）、第94巻、12297〜12302頁）、RNAをまずリンカー分子にライゲーションする。次の段階において、5'-フォトクロスリンク試薬（例えば、ソラレン、グレンリサーチ社、スターリング、バージニア州）を有する適したプライマーをRNA・リンカー産物にアニーリングさせる。光を照射すると、２つのオリゴヌクレオチド鎖のあいだに共有的クロスリンクが起こる（例えば、ピーレスおよびイングリッシュ（Pieles ＆ Englisch）、Nucl. Acids Res.（1989）、第17巻、285〜299頁で記述されている）。上記のタイプA1、A2、およびB1〜B3の方法のように、翻訳および融合体形成を行って、その後、逆転写段階および選択的RNアーゼH消化段階を行って、DNA・蛋白質融合体を生成する（図12）。
【００４２】
または、図13に示すように、上記の手順の最初の段階の順番を反対にして行ってもよい。この方法によって、クロスリンクおよび逆転写の前に翻訳および融合体形成を行うことができる。したがって、この方法によって、翻訳およびRNA・蛋白質融合体形成に関してこれまでに記述されて十分に確立された反応条件および構成要素を利用することができる。
【００４３】
実験結果
上記の一例としての技術を、DNA・蛋白質融合体形成を証明するために実施した。これらの実験は図14に記載のオリゴヌクレオチドを利用した。
【００４４】
モデルRNA基質１：
Figure 0004808315
は、適当なdsDNA鋳型を用いたT7転写（メガショートスクリプトトランスキプションキット（Megashort script transkiption kit）、アンビオン社、オースチン、テキサス州）によって合成した。転写の後、変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動によってRNAを精製した。
【００４５】
改変オリゴヌクレオチド４：5' pd（AAA AAA AAA ACG GCT ATA TAA AAA AAA CC）-Pu（配列番号：10）；５：5'ソラレンC2-TAG CCG TTT TTT TTT TAG CGG ATG C（配列番号：11）；６：5'd（cgt agg cga gaa agt gat）-分岐[ソラレンC6]-d（AAA AAA AAA AAA AAA AAA AAA AAA AAA CC）-Pu（配列番号：12）；および７：5' ggt caa gct ctt-分岐[5ソラレンC6-TAG CGG ATG C 3']スペーサー 6CC-Pu（配列番号：13）[大文字＝標準的なDNA-3'-ホスホロアミダイト；小文字＝DNA-5'-ホスホロアミダイト；スペーサー＝スペーサー-9ホスホロアミダイト；Pu＝ピューロマイシン-CPG（全て、グレンリサーチ社、スターリング、バージニア州）；分岐＝非対称分岐アミダイト（クロンテック社、パロアルト、カリフォルニア州）]は、対応するホスホロアミダイトに関して推奨されるプロトコールに従って、エクスペダイトシンセサイザーモデル8909（パーセプティブバイオシステムズ社、フラミンガム、マサチューセッツ州）によって合成した。分岐構築物６および７に関しては、主鎖をまず合成して、最終的なキャッピング段階で終了した。次に、ピリジン酢酸溶液中の0.5 Mヒドラジン一水和物によって室温で15分処理することによって、レブリニル保護基を分岐単位から外した。次に自動合成を再開して、側鎖配列（四角の枠内で示す）を結合させた。オリゴは、濃水酸化アンモニウム溶液中で55℃で８時間の処理によって完全に脱保護して、変性ゲル電気泳動によって精製した。
【００４６】
DNA配列８：d（TTT TTT TTT TAG CGG ATG C）（配列番号：14）および９：d（TAA TAC GAC TCA CTA TAG GGA CAA TTA CTA TTT ACA ATT）（配列番号：15）は、オリゴス社（ウィルソンビル、オレゴン州）等から購入して、さらに精製を行わずに使用した。
【００４７】
タイプ C2 DNA ・蛋白質融合体形成
タイプC2 DNA・蛋白質融合体形成を以下のように示す（図15）。これまでに記述されているように（ゾスタック（Szostak）ら、米国特許出願第09/007,005号および米国特許出願第09/247,190号；ゾスタック（Szostak）ら、国際公開公報第98/31700号；ロバーツおよびゾスタック（Roberts ＆ Szostak）、Proc. Natl. Acad. Sci. USA（1997）、第94巻、12297〜12302頁）、RNA１とリンカー４を鋳型DNA８にハイブリダイズさせて、T4 DNAリガーゼによって酵素的にライゲーションした。変性ポリアクリルアミドゲルでの電気泳動による精製後、得られたmRNA・リンカー構築物を、アンビオン社のウサギ網状赤血球溶解物キットを用いたインビトロ翻訳の鋳型として用いた。反応混合物は、50 pmoleのライゲーションしたmRNA 10、10 mM燐酸クレアチニン、150 mM酢酸カリウム、0.5 mM塩化マグネシウム、メチオニンを除く各アミノ酸0.1 mM、150 μCi [35S]メチオニン（アマシャム社、アーリントンハイツ、イリノイ州）、および67％（v/v）溶解物を全量300 μl中に含み、反応を30℃で30分間行った。その後の融合体形成を促進するために、KClおよびMgCl2をそれぞれ、全量500 μl中に最終濃度590 mMおよび50 mMとなるように加えた。インキュベーションは20℃で60分継続した。溶解液を結合緩衝液（100 mMトリス、pH 8.0、10 mM EDTA、１M NaCl、0.25％（v/v）トライトンX-100）10 mlに希釈して、10 mgオリゴdTセルロースタイプ７（ファルマシア社、ピスキャタウェイ、ニュージャージー州）を加えることによって産物を単離した。試料を４℃で60分回転させた後、EDTAを含まない氷冷結合緩衝液５ mlによって固相支持体を洗浄して、水100 μlアリコートによって溶出した。融合体産物が分画２および３に認められ、これらの分画を合わせた。融合体11の全収量を、1.6 pmole（加えたRNAの3.2％）となるように組み入れられた[35S]メチオニンのシンチレーション計数によって決定した。
【００４８】
RNA蛋白質融合体11をDNA・蛋白質融合体13に変換するために、以下の反応を実施した（図15）。まず、上記の20 μlのオリゴ-dT精製材料11を0.5 μlのプライマー５（50 μM）および6 μlの第一の鎖緩衝液（ギブコBRL社のスーパースクリプトIIキット（Superscript II kit）；250 mMトリス塩酸、pH 8.3、375 KCl、15 mM MgCl2）と混合して、80℃にて2分間という短い時間で加熱して、その後徐々に０℃に冷却した。ソラレンフォトクロスリンク形成は、試料にλ＞310 nm[石英の液浸ウェル中にパイレックス吸光スリーブを備えた450 W中圧液浸灯（ACEグラス、バインランド、ニュージャージー州）]を０℃で15分照射することによって誘導した。次に、0.6 μlのdNTPミックス（各25 mM）、3 μlの0.1 M DTT、および0.4 μlのスーパースクリプトII逆転写酵素（80単位）を加えて、cDNA合成を42℃で60分実施した。次に、0.5 μlのRNアーゼH（1単位）（プロメガ社、マディソン、ウィスコンシン州）を加えた後に37℃で60分インキュベーションを継続することによってRNA部分を除去した。最終的に、50 pmolsのプライマー９を加えて、42℃でさらに60分インキュベートすることによって二本鎖DNA 14を生成した。非クロスリンク試料の対照反応は図15に示すように実施した。産物分析は、変性６％TBE-尿素ゲル（ノベックス社、サンジエゴ、カリフォルニア州）で電気泳動を行った後に、[35S]標識産物のバンドを燐造影装置のスクリーンに暴露して可視化することによって行った（図16）。
【００４９】
試料を図15と同じ順序で、すなわちはじめに、RNA・蛋白質融合体11について、フォトクロスリンクした、およびフォトクロスリンクしていない反応経路の順にゲルに載せた。図16に示すように、ゲルの移動度は、予測された挙動と十分に一致し、DNA・蛋白質融合体13の構成を明らかに確証する。
【００５０】
タイプ B3 DNA ・蛋白質融合体形成
タイプB3 DNA・蛋白質融合体形成を以下のように示した（図17）。分岐リンカー構築物７（5 μM）を、100 mM NaClを含む25 mMトリス緩衝液pH 7.0中で標的RNA３（2.5 μM）にアニーリングして、ホウケイ酸ガラスバイアル（カインブル/コンテス社、バインランド、ニュージャージー州）中で、長波長側に設定した携帯型の多波長UV灯モデルUVGL-25（UVP社、アップランド、カリフォルニア州）を用いて室温で15分照射することによってクロスリンクした。産物分析は、６％TBE-尿素ポリアクリルアミドゲルでの電気泳動の後、UVシャドウイングによる可視化によって行った。これらの結果は、開始材料（図17のゲル「A」）のほぼ定量的変換が示された。フォトライゲーションした産物RNAは、残りのライゲーションしていないRNAおよび過剰量のリンカーからさらに分離することなくインビトロ翻訳に用いた。インビトロ翻訳および融合体形成反応は、全量300 μl中にRNA 100 pmoleを加えて、上記のタイプC2に記載のように実施した。オリゴdTセルロースで精製した後、5.5 pmoleのRNA・融合体15を得た。一本鎖DNA・蛋白質融合体16および二本鎖DNA・蛋白質融合体17への変換は、それぞれタイプC2融合体（図17のゲル「B」）に関して記述したように、逆転写（スーパースクリプトIIキット、ギブコBRL社、グランドアイランド、ニューヨーク州）およびRNアーゼH（プロメガ社、マディソン、ウィスコンシン州）処理によって行われた。
【００５１】
タイプ B2 DNA ・蛋白質融合体形成
タイプB2 DNA・蛋白質融合体形成を、図18に概説したように示した。詳しく述べると、上記のタイプB3融合体に関して概説した手順の後にRNA２をリンカー６にクロスリンクした。変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動の後、ライゲーションした産物18が収率12％で単離された。インビトロ翻訳、融合体形成、およびDNA・蛋白質融合体19の調製は、上記のタイプB3融合体に関して記述したように実施して、同様の効率で融合体が形成された。
【００５２】
DNA ・蛋白質融合体安定性試験
DNA融合体のヌクレアーゼ抵抗性および塩基抵抗性を、対応するRNA融合体と比較して評価するために、以下の実験を実施した。逆転写緩衝溶液中のDNA融合体16（タイプB3）またはRNA融合体15、10 μlに、0.2 μlのRNアーゼH（0.4単位）、0.2 μlのRNアーゼI（２単位）、0.2 μlのT4 DNAポリメラーゼ（3'-5'エキソヌクレアーゼ活性）（0.6単位）、または2.5 μlの2.0 M NaOHのいずれかを加えた。試料を37℃で30分インキュベートした後、4〜12％ NuPageゲル（ノベックス社、サンジエゴ、カリフォルニア州）において分析して、オートラジオグラフィーを行った。結果を図19に示し、リボヌクレアーゼ処理および塩基処理に対するDNA融合体の安定性の増加を確認した。
【００５３】
生物学的培地におけるDNA融合体構築物の安定性を試験するために、RNA融合体11もしくは12、またはDNA融合体13もしくは14（タイプC2）のいずれか５ nMを、3 μg/μl CHO-K1細胞膜とともに、50 mMトリス塩酸pH 8.3、75 mM KCl、３mM MgCl2、および10 mM DTTを含む溶液中で室温でインキュベートした。リボヌクレアーゼ活性を阻害するための20 mMバナジルリボヌクレオシド複合体（「VRC」）を含む、RNA融合体11および12の追加的な試料を調製した。０分、５分、15分、30分、60分、120分、および24時間後にアリコートを採取して、4〜12％ NuPageゲル（ノベックス社）で電気泳動を行った後、燐造影装置スクリーンへ暴露することによって分析した。残った融合体の相対量をインキュベーション時間に対してプロットすると、得られた曲線から図示されて半減期が得られた。図20に示すように、全ての構築物は、調べた条件下で全く安定であるように思われたdsDNA融合体14を除き、最初の２時間のあいだに50％以上の分解を示した。24時間のインキュベーション後、全ての融合体構築物をヌクレアーゼまたはプロテアーゼ活性のいずれかにより完全に分解した。
【００５４】
所望の蛋白質のインビトロ選択
本明細書に記載したDNA・蛋白質融合体を、所望の蛋白質に関して、分子進化および認識方法を含む如何なる選択方法において用いてもよい。一例としての選択方法は、例えば、全てが参照として本明細書に組み入れられる、ゾスタック（Szostak）ら、米国特許出願第09/007,005号および米国特許出願第09/247,190号；ゾスタック（Szostak）ら、国際公開公報第98/31700号；ロバーツおよびゾスタック（Roberts ＆ Szostak）、Proc. Natl. Acad. Sci. USA（1997）、第94巻、12297〜12302頁；リポフセク（Lipovsek）ら、米国特許出願第60/096,818号および米国特許出願第09/374,962号；ならびにクイメリス（Kuimelis）ら、米国特許出願第60/080,686号および米国特許出願第09/282,734号に記載されている。
【００５５】
用途
本明細書に記載のDNA・蛋白質融合体は、これまでに記載されたまたはRNA・蛋白質融合体に関して想像される如何なる応用に用いてもよい。商業的用途には、インビトロ進化技術による所望の特性を有するポリペプチドの単離（例えば、ゾスタック（Szostak）ら、米国特許出願第09/007,005号および米国特許出願第09/247,190号；ゾスタック（Szostak）ら、国際公開公報第98/31700号；ロバーツおよびゾスタック（Roberts ＆ Szostak）、Proc. Natl. Acad. Sci. USA（1997）、第94巻、12297〜12302頁を参照のこと）、細胞mRNAに由来するcDNAライブラリーのスクリーニング（例えば、リポフセク（Lipovsek）ら、1998年８月17日に出願された米国特許出願第60/096,818号を参照のこと）、および蛋白質・蛋白質相互作用に基づく新規遺伝子のクローニング（ゾスタック（Szostak）ら、米国特許出願第09/007,005号および米国特許出願第09,247,190号；ゾスタック（Szostak）ら、国際公開公報第98/31700号）、ならびに蛋白質ディスプレイ実験におけるこれらの融合体の使用（クイメリス（Kuimelis）ら、米国特許出願第60/080,686号および米国特許出願第09/282,734号）が含まれる。さらに、本明細書に記載のDNA・蛋白質融合体は、細胞全体、溶解物、または生体液のような、リボヌクレアーゼをおそらく含む生物材料を含む、結合および分子認識アッセイ法に用いてもよい。これらのDNA・蛋白質融合体は、特に製薬および農業分野における如何なる適当な治療目的、診断目的、または研究目的のために用いてもよい。
【図面の簡単な説明】
【図１】 ピューロマイシン改変DNAヘアピン様構造とmRNA分子とのライゲーションを伴う、DNA・蛋白質融合体（タイプA1）を生成する方法の概略図である。
【図２】 分岐したヘアピン構造を生成する方法の概略図である。
【図３】 ピューロマイシン-5'-ホスホロアミダイトの合成方法の概略図である。
【図４】 分岐したヘアピン構造を生成する方法の概略図である。
【図５】 5'-ソラレン改変プライマーDNAと、3'-ピューロマイシンを有する適したリンカーとのフォトクロスリンクを伴う、DNA・蛋白質融合体を作製する方法の概略図である。
【図６】 mRNA分子とDNA分子との化学的ライゲーションの一例としての方法の概略図である。
【図７】 ヒドラジドホスホロアミダイトの合成方法の概略図である。
【図８】 ヒドラジンホスホロアミダイトの合成方法の概略図である。
【図９】 ピューロマイシン改変リンカーとmRNA分子の3'末端との化学的クロスリンクを伴う、DNA・蛋白質融合体の生成方法の概略図である。
【図１０】 組合せリンカー／逆転写プライマー構築物とmRNA分子の3'末端とのソラレン媒介フォトクロスリンクを伴う、DNA・蛋白質融合体の作製方法の略図である。
【図１１】 組合せリンカー／逆転写プライマー構築物のソラレンフォトクロスリンクを伴うDNA・蛋白質融合体のもう一つの生成方法の概略図である。
【図１２】 逆転写プライマーと既存のmRNAリンカー構築物とのクロスリンクを伴う、DNA・蛋白質融合体の生成方法の概略図である。
【図１３】 逆転写プライマーと既存のmRNA・蛋白質誘導体とのクロスリンクを伴う、DNA・蛋白質融合体の生成方法の概略図である。
【図１４】 本明細書に記載の一例としてのDNA・蛋白質融合体の調製に用いられるオリゴヌクレオチド構築物（配列番号：１〜６）の概略図である。
【図１５】 タイプC2 DNA・蛋白質融合体の調製の概略図である。
【図１６】 タイプC2 DNA・蛋白質融合体の産物分析を示す写真である。
【図１７】 タイプB3 DNA・蛋白質融合体の調製の概略図である。
【図１８】 タイプB2 DNA・蛋白質融合体の調製の概略図である。
【図１９】 ヌクレアーゼ処理と塩基処理に対するタイプB3 DNA・蛋白質融合体の抵抗性分析を示す写真である。
【図２０】 細胞膜調製物の存在下で、RNA・蛋白質誘導体産物およびDNA・蛋白質融合体産物の実験的に決定された半減期を示すグラフである。

Claims (53)

  1. 以下の段階を含む、DNA・蛋白質融合体を生成する方法：
    （a）ペプチドアクセプターに結合している核酸逆転写プライマーを、RNA分子にクロスリンクさせる段階；
    （b）該RNAを翻訳して、該プライマーに共有結合している蛋白質産物を生成する段階；および
    （c）該RNAに沿って逆転写によってプライマーを伸長して、DNA蛋白質融合体を生成する段階。
  2. 以下の段階を含む、DNA・蛋白質融合体を生成する方法：
    （a）RNA・蛋白質融合体を生成する段階：
    （b）核酸逆転写プライマーを該融合体にクロスリンクさせる段階；および
    （c）該RNAを逆転写してDNA・蛋白質融合体を生成する段階。
  3. 以下の段階を含む、DNA・蛋白質融合体を生成する方法：
    （a）核酸プライマーをＲＮＡ分子にライゲートする段階であって、該プライマーはペプチドアクセプターに結合しており、かつ、ヘアピン構造を有する、段階；
    （b）該RNAを翻訳して、該プライマーに共有結合している蛋白質産物を生成する段階；および
    （c）該RNAに沿って逆転写によってプライマーを伸長して、DNA・蛋白質融合体を生成する段階。
  4. RNAを除去するために段階（c）の産物を処理する段階をさらに含む、請求項１〜３のいずれか一項記載の方法。
  5. 処理段階が、RNAを消化するために十分な条件下で段階（c）の産物をRNアーゼHに接触させる段階を含む、請求項4記載の方法。
  6. 核酸プライマーがDNAプライマーである、請求項１〜３のいずれか一項記載の方法。
  7. 翻訳段階がインビトロで行われる、請求項１〜３のいずれか一項記載の方法。
  8. ペプチドアクセプターがピューロマイシンである、請求項１記載の方法。
  9. 核酸プライマーがヘアピン構造を有する、請求項１記載の方法。
  10. プライマーがフォトクロスリンク剤をさらに含む、請求項１〜３のいずれか一項記載の方法。
  11. フォトクロスリンク剤がソラレンである、請求項10記載の方法。
  12. プライマーがペプチドアクセプターに結合したオリゴヌクレオチドにクロスリンクしている、請求項10記載の方法。
  13. プライマーがRNA分子にハイブリダイズして、結合段階がフォトクロスリンクによって行われる、請求項10記載の方法。
  14. ペプチドアクセプターを通じて蛋白質に共有結合したDNAを含む分子であり、該蛋白質は該ＤＮＡによりコードされる、分子。
  15. ペプチドアクセプターがピューロマイシンである、請求項14記載の分子。
  16. 蛋白質が少なくとも10個のアミノ酸を含む、請求項14記載の分子。
  17. ペプチドアクセプターを通じて蛋白質に共有結合したDNAを含む分子であり、該蛋白質が少なくとも10個のアミノ酸を含み、該蛋白質は該ＤＮＡによりコードされる、分子。
  18. 蛋白質が少なくとも30個のアミノ酸を含む、請求項14または17記載の分子。
  19. 蛋白質が少なくとも100個のアミノ酸を含む、請求項18記載の分子。
  20. 分子が、DNAに共有結合したリボ核酸をさらに含む、請求項14または17記載の分子。
  21. 蛋白質がリボ核酸によってコードされる、請求項20記載の分子。
  22. DNAが二本鎖である、請求項14または17記載の分子。
  23. 各融合体がペプチドアクセプターを通じて蛋白質に共有結合したDNAを含む、少なくとも105個のDNA・蛋白質融合体の集団であり、各融合体において、該蛋白質が該ＤＮＡによりコードされる、集団。
  24. 各融合体が蛋白質に共有結合したDNAを含む、少なくとも105個のDNA・蛋白質融合体の集団であり、各融合体において、該蛋白質が該ＤＮＡによりコードされており、かつ、該ＤＮＡ・蛋白質融合体が請求項１または２記載の方法により作成される、集団。
  25. 集団が少なくとも1014個の融合体を含む、請求項23または24記載の集団。
  26. 蛋白質が少なくとも10個のアミノ酸を含む、請求項23または24記載の集団。
  27. 蛋白質が少なくとも30個のアミノ酸を含む、請求項26記載の集団。
  28. 蛋白質が少なくとも100個のアミノ酸を含む、請求項27記載の集団。
  29. 蛋白質が共有結合したDNAによってコードされる、請求項23または24記載の集団。
  30. 蛋白質が共有結合したDNAによって完全にコードされる、請求項23または24記載の集団。
  31. 融合体が、DNAに共有結合したリボ核酸をさらに含む、請求項23または24記載の集団。
  32. 蛋白質がリボ核酸によってコードされる、請求項31記載の集団。
  33. DNAがペプチドアクセプターを通じて蛋白質に共有結合する、請求項23または24記載の集団。
  34. ペプチドアクセプターがピューロマイシンである、請求項33記載の集団。
  35. DNAが二本鎖である、請求項23または24記載の集団。
  36. 以下の段階を含む、所望の蛋白質またはそれをコードするDNAを選択する方法：
    a） それぞれがペプチドアクセプターを通じて候補蛋白質に共有結合したDNAを含む、DNA蛋白質融合体の集団を提供する段階であり、該蛋白質は該ＤＮＡによってコードされる、段階；および
    b） 所望のDNA・蛋白質融合体を選択して、それによって該所望の蛋白質またはDNAを選択する段階。
  37. 所望の蛋白質が基準蛋白質と比較して機能が変化している、請求項３６記載の方法。
  38. DNA・蛋白質融合体が、DNAに共有結合したリボ核酸をさらに含む、請求項36または37記載の方法。
  39. 蛋白質がリボ核酸によってコードされる、請求項38記載の方法。
  40. 蛋白質が少なくとも10個のアミノ酸を含む、請求項36または37記載の方法。
  41. 蛋白質が少なくとも30個のアミノ酸を含む、請求項40記載の方法。
  42. 蛋白質が少なくとも100個のアミノ酸を含む、請求項41記載の方法。
  43. DNAがペプチドアクセプターを通じて蛋白質に共有結合する、請求項36または37記載の方法。
  44. ペプチドアクセプターがピューロマイシンである、請求項43記載の方法。
  45. 候補DNA・蛋白質融合体の集団が、少なくとも105個の異なるDNA分子を含む、請求項36または37記載の方法。
  46. 候補DNA・蛋白質融合体の集団が、少なくとも1014個の異なるDNA分子含む、請求項45記載の方法。
  47. 選択段階が、固定された結合パートナーに所望の蛋白質を結合させる段階を含む、請求項36または37記載の方法。
  48. 選択段階が、所望の蛋白質の機能的な活性をアッセイする段階を含む、請求項36または37記載の方法。
  49. 段階（a）および（b）を繰り返す段階をさらに含む、請求項36または37記載の方法。
  50. DNAが二本鎖である、請求項36または37記載の方法。
  51. それぞれがペプチドアクセプターを通じて蛋白質に共有結合したDNAを含む、固定された分子のアレイを含む固相支持体であり、該蛋白質は該ＤＮＡによりコードされる、固相支持体。
  52. それぞれの分子が蛋白質に共有結合したDNAを含む、固定された分子のアレイを含む固相支持体であり、それぞれの分子において該蛋白質は該ＤＮＡによりコードされ、かつ、固定された分子が請求項１または２の方法によって作成される、固相支持体。
  53. 固相支持体がマイクロチップである、請求項51または52記載の固相支持体。
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Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US10294472B2 (en) 2013-03-13 2019-05-21 The University Of Tokyo Nucleic acid linker

Families Citing this family (121)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2000032823A1 (en) * 1998-12-02 2000-06-08 Phylos, Inc. Dna-protein fusions and uses thereof
WO2000072869A1 (en) 1999-06-01 2000-12-07 Phylos, Inc. Methods for producing 5'-nucleic acid-protein conjugates
CA2372795A1 (en) 1999-07-12 2001-01-18 Robert G. Kuimelis C-terminal protein tagging
ATE322558T1 (de) * 2000-01-24 2006-04-15 Compound Therapeutics Inc Sensible und multiplexe diagnostische tests zur proteinanalyse
US7022479B2 (en) 2000-01-24 2006-04-04 Compound Therapeutics, Inc. Sensitive, multiplexed diagnostic assays for protein analysis
US20040229271A1 (en) 2000-05-19 2004-11-18 Williams Richard B. Compositions and methods for the identification and selection of nucleic acids and polypeptides
US6962781B1 (en) * 2000-05-19 2005-11-08 Proteonova, Inc. In vitro evolution of nucleic acids and encoded polypeptide
US7410761B2 (en) * 2000-05-19 2008-08-12 Proteonova, Inc. System for rapid identification and selection of nucleic acids and polypeptides, and method thereof
DE60136715D1 (de) * 2000-08-11 2009-01-08 Nanogen Recognomics Gmbh Hydrazidbausteine und hydratin-modifizierte biomoleküle
EP1309861B1 (en) 2000-08-15 2006-06-14 Discerna Limited Functional protein arrays
WO2002020565A2 (en) 2000-09-08 2002-03-14 Universität Zürich Collections of repeat proteins comprising repeat modules
WO2002026757A2 (en) * 2000-09-26 2002-04-04 Hybridon, Inc. Modulation of immunostimulatory activity of immunostimulatory oligonucleotide analogs by positional chemical changes
CA2418835A1 (en) 2000-10-16 2002-04-25 Phylos, Inc. Protein scaffolds for antibody mimics and other binding proteins
JP4963142B2 (ja) * 2000-12-14 2012-06-27 学校法人慶應義塾 遺伝子型と表現型の対応付け分子とその構成要素、および対応付け分子の製造方法と利用方法
US6689568B2 (en) 2001-02-01 2004-02-10 Agilent Technologies, Inc. Capture arrays using polypeptide capture agents
US20040253578A1 (en) * 2001-04-02 2004-12-16 Roberts Radclyffe L. Dynamic action reference tools
WO2002083785A1 (en) * 2001-04-10 2002-10-24 Interlock Industries, Inc. Water based adhesive
NZ530098A (en) * 2001-06-20 2006-02-24 Nuevolution As Templated molecules and methods for using such molecules
WO2002102820A1 (en) 2001-06-20 2002-12-27 Nuevolution A/S Nucleoside derivatives for library preparation
AU2002310502A1 (en) * 2001-06-21 2003-01-08 Phylos, Inc. In vitro protein interaction detection systems
US9261460B2 (en) 2002-03-12 2016-02-16 Enzo Life Sciences, Inc. Real-time nucleic acid detection processes and compositions
US20040161741A1 (en) 2001-06-30 2004-08-19 Elazar Rabani Novel compositions and processes for analyte detection, quantification and amplification
US9777312B2 (en) 2001-06-30 2017-10-03 Enzo Life Sciences, Inc. Dual polarity analysis of nucleic acids
US20030027194A1 (en) * 2001-07-31 2003-02-06 Markus Kurz Modular assembly of nucleic acid-protein fusion multimers
DE10145226A1 (de) * 2001-09-13 2003-04-10 Lifebits Ag Herstellung von trägergebundenen Molekülen
US7125669B2 (en) 2001-11-27 2006-10-24 Compound Therapeutics, Inc. Solid-phase immobilization of proteins and peptides
US9353405B2 (en) 2002-03-12 2016-05-31 Enzo Life Sciences, Inc. Optimized real time nucleic acid detection processes
DK1487978T3 (da) * 2002-03-15 2009-03-23 Nuevolution As Forbedret fremgangsmåde til syntese af templatemolekyler
WO2003106675A1 (ja) * 2002-06-12 2003-12-24 学校法人 慶應義塾 翻訳テンプレートおよびそのライブラリー、それらから合成される蛋白質および蛋白質のライブラリー、ならびにそれらを構成する要素、ならびにそれらの製造法および利用方法
US9321832B2 (en) 2002-06-28 2016-04-26 Domantis Limited Ligand
EP1539980B1 (en) * 2002-08-01 2016-02-17 Nuevolution A/S Library of complexes comprising small non-peptide molecules and double-stranded oligonucleotides identifying the molecules
JP4657919B2 (ja) 2002-08-19 2011-03-23 プレジデント アンド フェローズ オブ ハーバード カレッジ 進化する新しい分子機能
EP1558744B1 (en) 2002-10-30 2011-06-15 Nuevolution A/S Enzymatic encoding
AU2011226815B2 (en) * 2002-10-30 2014-09-25 Nuevolution A/S Enzymatic encoding
WO2004056994A2 (en) 2002-12-19 2004-07-08 Nuevolution A/S Quasirandom structure and function guided synthesis methods
WO2004067742A1 (ja) * 2003-01-31 2004-08-12 Keio University 切断可能な対応付け分子およびそれを用いるスクリーニング方法
KR100858081B1 (ko) 2003-02-14 2008-09-10 삼성전자주식회사 유전정보 코딩장치 및 방법
WO2004074429A2 (en) 2003-02-21 2004-09-02 Nuevolution A/S Method for producing second-generation library
WO2004083427A2 (en) 2003-03-20 2004-09-30 Nuevolution A/S Ligational encoding of small molecules
WO2005074417A2 (en) * 2003-09-03 2005-08-18 Salk Institute For Biological Studies Multiple antigen detection assays and reagents
WO2005024018A1 (ja) * 2003-09-08 2005-03-17 Zoegene Corporation 核酸構築物およびその製造方法
US11118215B2 (en) 2003-09-18 2021-09-14 Nuevolution A/S Method for obtaining structural information concerning an encoded molecule and method for selecting compounds
KR101337320B1 (ko) * 2003-11-20 2013-12-06 사노피 파스퇴르 인크 백일해 독소의 정제방법 및 이에 유용한 펩타이드
US20050191662A1 (en) * 2003-12-22 2005-09-01 Syngenta Participations Ag In vitro screening and evolution of proteins
EP1730277B1 (en) 2004-03-22 2009-10-28 Nuevolution A/S Ligational encoding using building block oligonucleotides
CA2598670A1 (en) * 2005-02-22 2006-08-31 Arizona Board Of Regents For And On Behalf Of Arizona State University Dna crosslinking for primer extension assays
US20060275780A1 (en) * 2005-06-06 2006-12-07 Beckman Coulter, Inc. Cross-linking reagents and uses thereof
PT2339014E (pt) 2005-11-16 2015-10-13 Ambrx Inc Métodos e composições compreendendo aminoácidos não-naturais
LT3018206T (lt) 2005-12-01 2021-12-10 Nuevolution A/S Fermentiniai kodavimo būdai, skirti didelių bibliotekų efektyviai sintezei
US7749957B2 (en) 2006-04-06 2010-07-06 E.I. Du Pont De Nemours And Company Clay-binding peptides and methods of use
US7951559B2 (en) 2007-07-25 2011-05-31 E.I. Du Pont De Nemours And Company Recombinant peptide production using a cross-linkable solubility tag
US7678883B2 (en) 2007-07-25 2010-03-16 E.I. Du Pont De Nemours And Company Solubility tags for the expression and purification of bioactive peptides
US7829311B2 (en) 2007-07-25 2010-11-09 E.I. Du Pont De Nemours And Company Ketosteroid isomerase inclusion body tag engineered to be acid-resistant by replacing aspartates with glutamate
US7794963B2 (en) 2007-11-02 2010-09-14 E.I. Du Pont De Nemours And Company Use of tetracysteine tags in fluorescence-activated cell sorting analysis of prokaryotic cells producing peptides or proteins
US8883146B2 (en) 2007-11-30 2014-11-11 Abbvie Inc. Protein formulations and methods of making same
CA2904458C (en) 2007-11-30 2017-07-25 Wolfgang Fraunhofer Protein formulations and methods of making same
US9296810B2 (en) 2008-05-02 2016-03-29 Novartis Ag Fibronectin-based binding molecules and uses thereof
WO2010011944A2 (en) 2008-07-25 2010-01-28 Wagner Richard W Protein screeing methods
KR101698362B1 (ko) 2008-11-03 2017-01-20 몰리큘라 파트너스 아게 Ｖｅｇｆ－ａ 수용체 상호작용을 억제하는 결합 단백질
US20100158837A1 (en) 2008-12-18 2010-06-24 E. I. Du Pont De Nemours And Company Iron oxide-binding peptides
US20100158822A1 (en) 2008-12-18 2010-06-24 E .I. Du Pont De Nemours And Company Peptides that bind to silica-coated particles
US8287845B2 (en) * 2008-12-18 2012-10-16 E I Du Pont De Nemours And Company Hair-binding peptides
US20100158846A1 (en) * 2008-12-18 2010-06-24 E. I. Du Pont De Nemours And Company Hair-binding peptides
EP3653763A1 (en) 2009-02-13 2020-05-20 X-Chem, Inc. Methods of creating and screening dna-encoded libraries
US20100247590A1 (en) * 2009-03-30 2010-09-30 Johnson & Johnson Peptide-Based Systems For Delivery Of Cosmetic Agents
US8481678B2 (en) 2009-03-30 2013-07-09 E I Du Pont De Nemours And Company Peptide-based tooth whitening reagents
US9085798B2 (en) 2009-04-30 2015-07-21 Prognosys Biosciences, Inc. Nucleic acid constructs and methods of use
WO2011051327A2 (en) 2009-10-30 2011-05-05 Novartis Ag Small antibody-like single chain proteins
WO2011051466A1 (en) 2009-11-02 2011-05-05 Novartis Ag Anti-idiotypic fibronectin-based binding molecules and uses thereof
WO2011092233A1 (en) 2010-01-29 2011-08-04 Novartis Ag Yeast mating to produce high-affinity combinations of fibronectin-based binders
WO2011098449A1 (en) 2010-02-10 2011-08-18 Novartis Ag Methods and compounds for muscle growth
CA2794522C (en) 2010-04-05 2019-11-26 Prognosys Biosciences, Inc. Spatially encoded biological assays
US10787701B2 (en) 2010-04-05 2020-09-29 Prognosys Biosciences, Inc. Spatially encoded biological assays
US20190300945A1 (en) 2010-04-05 2019-10-03 Prognosys Biosciences, Inc. Spatially Encoded Biological Assays
US20130101590A1 (en) 2010-04-09 2013-04-25 Heather A. Arnett Btnl9 proteins, nucleic acids, and antibodies and uses thereof
SI2558577T1 (sl) 2010-04-16 2019-05-31 Nuevolution A/S Bifunkcionalni kompleksi in metode za pripravo in uporabo takšnih kompleksov
AR081361A1 (es) 2010-04-30 2012-08-29 Molecular Partners Ag Proteinas de union modificadas que inhiben la interaccion de receptor del factor de crecimiento endotelial vascular de glicoproteina a vegf-a
WO2012009644A2 (en) * 2010-07-16 2012-01-19 Arizona Board Of Regents Methods to identify synthetic and natural rna elements that enhance protein translation
EP3222631A3 (en) 2010-07-30 2017-11-22 Novartis AG Fibronectin cradle molecules and libraries thereof
CN113278077A (zh) 2010-11-26 2021-08-20 分子组合公司 设计的与血清白蛋白结合的重复蛋白
DE102010056289A1 (de) 2010-12-24 2012-06-28 Geneart Ag Verfahren zur Herstellung von Leseraster-korrekten Fragment-Bibliotheken
EP3798236B1 (en) 2011-03-15 2022-08-10 X-Body, Inc. Antibody screening methods
EP2694709B1 (en) 2011-04-08 2016-09-14 Prognosys Biosciences, Inc. Peptide constructs and assay systems
GB201106254D0 (en) 2011-04-13 2011-05-25 Frisen Jonas Method and product
ES2861595T3 (es) 2011-04-28 2021-10-06 Univ Leland Stanford Junior Identificación de polinucleótidos asociados a una muestra
JP2014519808A (ja) 2011-04-29 2014-08-21 ヤンセン バイオテツク，インコーポレーテツド Ｉｌ４／ｉｌ１３に結合する反復タンパク質及び使用
CA2843955A1 (en) 2011-08-01 2013-02-07 The General Hospital Corporation Protein and peptide libraries
KR102124613B1 (ko) 2011-09-07 2020-06-19 엑스-켐, 인크. Dna-코딩된 라이브러리에 태그부착하는 방법
CA2851667A1 (en) 2011-10-11 2013-04-18 Medimmune, Llc Cd40l-specific tn3-derived scaffolds and methods of use thereof
EP3712173B1 (en) 2011-12-05 2023-07-12 X-Body, Inc. Pdgf receptor beta binding polypeptides
US20150111773A1 (en) * 2012-06-08 2015-04-23 John Chaput Rapid Affinity Measurement of Peptide Ligands and Reagents Therefor
SG11201408196RA (en) 2012-06-28 2015-03-30 Molecular Partners Ag Designed ankyrin repeat proteins binding to platelet-derived growth factor
DK2872680T3 (en) 2012-07-13 2018-07-09 X Chem Inc DNA-encoded libraries with coding oligonucleotide compounds that cannot be read with polymerases
CN104703999A (zh) 2012-07-19 2015-06-10 安姆根有限公司 人btnl3蛋白、核酸和抗体及其用途
EP2738180A1 (en) 2012-11-30 2014-06-04 Molecular Partners AG Binding proteins comprising at least two binding domains against HER2.
US9816120B2 (en) * 2013-01-09 2017-11-14 The Penn State Research Foundation Low sequence bias single-stranded DNA ligation
US9411930B2 (en) 2013-02-01 2016-08-09 The Regents Of The University Of California Methods for genome assembly and haplotype phasing
WO2014121091A1 (en) 2013-02-01 2014-08-07 The Regents Of The University Of California Methods for genome assembly and haplotype phasing
EP2972366B1 (en) 2013-03-15 2020-06-17 Prognosys Biosciences, Inc. Methods for detecting peptide/mhc/tcr binding
US9879313B2 (en) 2013-06-25 2018-01-30 Prognosys Biosciences, Inc. Methods and systems for determining spatial patterns of biological targets in a sample
EP3739336B1 (en) 2013-06-28 2022-05-11 X-Body, Inc. Target antigen discovery, phenotypic screens and use thereof for identification of target cell specific target epitopes
CN103382579B (zh) * 2013-07-06 2015-10-21 中国科学院成都生物研究所 一种体外筛选多肽的方法
CN110058023B (zh) 2013-09-23 2022-10-14 X博迪公司 用于生成对抗细胞表面抗原的结合剂的方法和组合物
WO2015070037A2 (en) 2013-11-08 2015-05-14 Prognosys Biosciences, Inc. Polynucleotide conjugates and methods for analyte detection
EP3102245B1 (en) 2014-02-05 2021-09-08 Molecular Templates, Inc. Methods of screening, selecting, and identifying cytotoxic recombinant polypeptides based on an interim diminution of ribotoxicity
CN114057857A (zh) 2014-06-20 2022-02-18 豪夫迈·罗氏有限公司 基于chagasin的支架组合物、方法和应用
CA2956925C (en) 2014-08-01 2024-02-13 Dovetail Genomics, Llc Tagging nucleic acids for sequence assembly
EP3231866B1 (en) * 2014-12-12 2021-10-27 National Institute of Advanced Industrial Science and Technology Nucleic acid complex, method for forming nucleic acid hybridization, pharmaceutical composition, nucleic acid probe, and complementary-strand nucleic acid complex
WO2016134034A1 (en) 2015-02-17 2016-08-25 Dovetail Genomics Llc Nucleic acid sequence assembly
CN104774923B (zh) * 2015-03-11 2017-10-27 华中农业大学 一种测定转录调控复合体的方法
EP3268389B1 (en) 2015-03-12 2020-09-30 Medimmune, LLC Method of purifying albumin-fusion proteins
US11807896B2 (en) 2015-03-26 2023-11-07 Dovetail Genomics, Llc Physical linkage preservation in DNA storage
EP4119677B1 (en) 2015-04-10 2023-06-28 Spatial Transcriptomics AB Spatially distinguished, multiplex nucleic acid analysis of biological specimens
WO2016172485A2 (en) 2015-04-24 2016-10-27 Genentech, Inc. Multispecific antigen-binding proteins
AU2016341198B2 (en) 2015-10-19 2023-03-09 Dovetail Genomics, Llc Methods for genome assembly, haplotype phasing, and target independent nucleic acid detection
US10975417B2 (en) 2016-02-23 2021-04-13 Dovetail Genomics, Llc Generation of phased read-sets for genome assembly and haplotype phasing
JP7497976B2 (ja) 2016-05-13 2024-06-11 ダブテイル ゲノミクス エルエルシー 保存されたサンプルからの長距離連鎖情報の回復
MA45491A (fr) 2016-06-27 2019-05-01 Juno Therapeutics Inc Épitopes à restriction cmh-e, molécules de liaison et procédés et utilisations associés
EP3475446A1 (en) 2016-06-27 2019-05-01 Juno Therapeutics, Inc. Method of identifying peptide epitopes, molecules that bind such epitopes and related uses
WO2018174078A1 (ja) 2017-03-21 2018-09-27 富士フイルム株式会社 ペプチド化合物およびその製造方法、スクリーニング用組成物、並びにペプチド化合物の選択方法
JP7397884B2 (ja) 2019-05-09 2023-12-13 ジェネンテック， インコーポレイテッド 抗体の作製方法

Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO1998031700A1 (en) * 1997-01-21 1998-07-23 The General Hospital Corporation Selection of proteins using rna-protein fusions

Family Cites Families (29)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6361943B1 (en) * 1996-10-17 2002-03-26 Mitsubishi Chemical Corporation Molecule that homologizes genotype and phenotype and utilization thereof
US4587044A (en) 1983-09-01 1986-05-06 The Johns Hopkins University Linkage of proteins to nucleic acids
DE3855864T2 (de) * 1987-11-30 1997-09-25 Univ Iowa Res Found Durch modifikationen an der 3'-terminalen phosphodiesterbindung stabilisierte dna moleküle, ihre verwendung als nukleinsäuresonden sowie als therapeutische mittel zur hemmung der expression spezifischer zielgene
US5547839A (en) 1989-06-07 1996-08-20 Affymax Technologies N.V. Sequencing of surface immobilized polymers utilizing microflourescence detection
US5800992A (en) 1989-06-07 1998-09-01 Fodor; Stephen P.A. Method of detecting nucleic acids
EP0494955B1 (en) 1989-10-05 1998-07-15 Optein, Inc. Cell-free synthesis and isolation of novel genes and polypeptides
US5270163A (en) 1990-06-11 1993-12-14 University Research Corporation Methods for identifying nucleic acid ligands
US5843701A (en) 1990-08-02 1998-12-01 Nexstar Pharmaceticals, Inc. Systematic polypeptide evolution by reverse translation
AU8498091A (en) 1990-08-02 1992-03-02 Regents Of The University Of Colorado, The Systematic polypeptide evolution by reverse translation
AU2313392A (en) 1991-08-01 1993-03-02 University Research Corporation Systematic polypeptide evolution by reverse translation
US5270170A (en) 1991-10-16 1993-12-14 Affymax Technologies N.V. Peptide library and screening method
US5541061A (en) 1992-04-29 1996-07-30 Affymax Technologies N.V. Methods for screening factorial chemical libraries
US5360714A (en) * 1992-08-28 1994-11-01 Fox Chase Cancer Center Hepadnavirus polymerase gene product having RNA-dependent DNA priming and reverse transcriptase activities and methods of measuring the activities thereof
US5422253A (en) * 1992-12-07 1995-06-06 Wisconsin Alumni Research Foundation Method of site specific nucleic acid cleavage
US5635602A (en) 1993-08-13 1997-06-03 The Regents Of The University Of California Design and synthesis of bispecific DNA-antibody conjugates
US5922545A (en) * 1993-10-29 1999-07-13 Affymax Technologies N.V. In vitro peptide and antibody display libraries
DE69534347T2 (de) 1994-01-31 2006-05-24 Trustees Of Boston University, Boston Bibliotheken aus Polyklonalen Antikörpern
US5561043A (en) 1994-01-31 1996-10-01 Trustees Of Boston University Self-assembling multimeric nucleic acid constructs
US5627024A (en) 1994-08-05 1997-05-06 The Scripps Research Institute Lambdoid bacteriophage vectors for expression and display of foreign proteins
KR100214267B1 (ko) 1995-04-07 1999-08-02 김영환 반도체 소자 제조방법
DE19646372C1 (de) 1995-11-11 1997-06-19 Evotec Biosystems Gmbh Genotyp und Phänotyp koppelnde Verbindung
US6261804B1 (en) * 1997-01-21 2001-07-17 The General Hospital Corporation Selection of proteins using RNA-protein fusions
US8207093B2 (en) * 1997-01-21 2012-06-26 The General Hospital Corporation Selection of proteins using RNA-protein fusions
GB9703369D0 (en) 1997-02-18 1997-04-09 Lindqvist Bjorn H Process
US5985575A (en) * 1998-05-20 1999-11-16 Wisconsin Alumni Research Foundation Tethered function assay for protein function
WO2000032823A1 (en) * 1998-12-02 2000-06-08 Phylos, Inc. Dna-protein fusions and uses thereof
US7115396B2 (en) * 1998-12-10 2006-10-03 Compound Therapeutics, Inc. Protein scaffolds for antibody mimics and other binding proteins
EP1212411A2 (en) 1999-08-20 2002-06-12 The Johns Hopkins University School Of Medicine Methods and compositions for the construction and use of fusion libraries
EP1711196A4 (en) 2003-12-05 2011-09-14 Bristol Myers Squibb Co INHIBITORS OF TYPE-2 VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR RECEPTORS

Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO1998031700A1 (en) * 1997-01-21 1998-07-23 The General Hospital Corporation Selection of proteins using rna-protein fusions

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US10294472B2 (en) 2013-03-13 2019-05-21 The University Of Tokyo Nucleic acid linker

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EP1137812A4 (en) 2002-04-24
CA2350417A1 (en) 2000-06-08
US6416950B1 (en) 2002-07-09
ES2280131T3 (es) 2007-09-01
DE69935248D1 (de) 2007-04-05
HK1039355A1 (en) 2002-04-19
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