JP4701176B2 - 遺伝子検出方法、及び挿入剤 - Google Patents

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Description

本発明は、試料中に存在する特定の遺伝子配列を高感度に検出するための遺伝子検出方法に関し、特に、挿入剤により電気化学的に遺伝子を検出する技術に関する。
従来の、電気化学的に特定の遺伝子配列を検出するDNAチップは、検出すべき目的遺伝子に対して相補的な塩基配列を有する一本鎖の核酸プローブを電極表面に固定化し、該核酸プローブと一本鎖に変性された目的遺伝子サンプルとをハイブリダイズさせた後、該核酸プローブと目的遺伝子サンプルとの二本鎖核酸に特異的に結合し且つ電気化学的に活性な挿入剤を、該核酸プローブと遺伝子サンプルとの反応系に添加し、前記電極を介した電気化学的な測定により、前記二本鎖核酸に結合した挿入剤を検出し、これにより、目的遺伝子サンプルとハイブリダイズした前記核酸プローブを検出することで、目的とする遺伝子の存在を確認する(例えば、特許文献1及び特許文献2参照)。
ここで、前記挿入剤とは、前記二本鎖の核酸を認識して、該二本鎖核酸と特異的に結合する物質を指す。前記挿入剤は、何れも分子中にフェニル基等の平板状挿入基を有し、該挿入基が二本鎖核酸の塩基対と塩基対との間に介入することによって、二本鎖核酸と結合する。この挿入剤と二本鎖核酸との結合は、静電気的相互作用あるいは疎水的相互作用での結合であって、前記挿入剤の二本鎖核酸の塩基対間への挿入、及びその塩基対間からの離脱が一定の速度で繰り返される平衡反応による結合である。
前述した挿入剤の中には、電気的に可逆な酸化還元反応を起こす物質がある。よって、挿入剤として、このような電気化学的に可逆である、酸化還元反応を起こすものを用いることにより、電気化学的変化を測定することで、前記二本鎖核酸に結合した挿入剤の存在を検出することができる。なお、この電気化学的変化の出力信号としては、酸化還元時に発生する電流や発光が挙げられる。
つまり、従来の遺伝子検出方法においては、前記挿入剤が二本鎖核酸にのみ特異的に結合すること、さらに、前記二本鎖核酸に結合した挿入剤の量を正確に検出することが重要であった。
しかし、従来の遺伝子検出に用いられる挿入剤は、配位結合や共有結合といった化学結合、あるいは静電気的相互作用、疎水的相互作用等といった原因により、一本鎖の核酸プローブや、該核酸プローブが固定される電極表面にも非特異的に吸着してしまう。そして、この非特異的に吸着した挿入剤は、前記二本鎖核酸に結合した挿入剤の量の検出時に、バックグランドノイズとなり、検出感度を低下させる原因となる。
これを解消するため、前記検出方法においては、前記挿入剤の添加後に、前記一本鎖の核酸プローブ及び電極表面に非特異的な吸着をしている挿入剤を除去するための洗浄処理が必要となっている。
特許第2573443号公報 特許第3233851号公報
しかしながら、前述したように、前記挿入剤と二本鎖核酸とは、静電気的相互作用あるいは疎水的相互作用によって結合されているものであってその結合力が弱いため、前記一本鎖の核酸プローブや、該核酸プローブが固定される電極表面に、非特異的に吸着した挿入剤を除去する洗浄工程の際、前記二本鎖核酸に結合している挿入剤も解離してしまい、逆に検出感度を低下させてしまう、という課題がある。
一方、前記洗浄工程の際において、前記二本鎖核酸に結合した挿入剤が解離しないように考慮した場合、バックグランドノイズとなる、前記一本鎖の核酸プローブや電極表面に非特異的に吸着している挿入剤を十分に除去できないため、検出感度が低下する、という課題がある。
さらに、前記挿入剤と二本鎖核酸間の結合反応が平衡反応であることから、該挿入剤が二本鎖核酸の塩基対間へ挿入される割合が低く、検出感度が低い、という課題もある。
本発明は、前記課題を解決するためにされたものであって、検体試料中の検出すべき遺伝子を高感度に検出可能な遺伝子検出方法、及び挿入剤を提供することを目的とする。
前記課題を解決するため、本発明の遺伝子検出方法は、特定の配列を有する遺伝子を検出する遺伝子検出方法であって、検出すべき遺伝子を一本鎖に変性して遺伝子サンプルを作製する遺伝子サンプル作製工程と、前記検出すべき遺伝子サンプルの塩基配列に対して相補的な塩基配列を有する一本鎖の核酸プローブを電極に固定化させる固定化工程と、前記遺伝子サンプルを前記核酸プローブが固定化された電極に添加し、該核酸プローブと遺伝子サンプルとがハイブリダイズした二本鎖核酸を形成する二本鎖核酸形成工程と、前記二本鎖核酸が形成された電極に、下記一般式(1)のそれぞれの部位に、−Lb−Ib、−Lc−Fbで表される化合物のいずれか一方もしくは両方の組合せからなる置換基を有する挿入剤を添加する挿入剤添加工程と、
Fa−La−Ia (1)
[但し、Fa,Fbは電気化学活性を有する電気化学活性部位、Ia,Ibは二本鎖核酸に特異的に挿入し、且つ光照射により二本鎖核酸と共有結合を形成する二本鎖核酸結合部位、La,Lb,Lcは前記二本鎖核酸結合部位と前記電気化学活性部位とを連結する連結部位である]、
光照射を行うことにより、前記二本鎖核酸と前記挿入剤とを共有結合させる光照射工程と、前記二本鎖核酸と共有結合した挿入剤を電気化学的な測定により検出する検出工程とを含むものである。
これにより、前記遺伝子サンプルと核酸プローブとをハイブリダイズさせた二本鎖核酸と、前記挿入剤とを、不可逆的、且つ強固に結合させることができ、この結果、一本鎖の核酸プローブ及び電極表面に非特異的な吸着をしている挿入剤を除去するために洗浄する際、二本鎖核酸に結合した挿入剤が解離することがなくなり、検出すべき遺伝子サンプルを高感度に検出することができる。また、挿入剤分子内に存在する二本鎖核酸結合部位および電気化学活性部位の数が増加し、この結果、二本鎖核酸の塩基対間への挿入割合が高くなって、二本鎖核酸に結合した挿入剤からの電気化学的な出力信号も大きくなるため、前記遺伝子サンプルを高感度に検出することができる。
さらに、本発明の遺伝子検出方法は、前記FaとFb、前記IaとIbが、それぞれ同一の化合物であるものである。
これにより、検出すべき遺伝子の定量的な検出を行うことができる。
さらに、本発明の遺伝子検出方法は、前記検出工程は、前記電極に対して電圧を印加し、前記二本鎖核酸と共有結合した挿入剤による電気化学発光量を測定するものである。
これにより、前記電極に電圧を印加した際、より良好な電気化学発光量を得ることができ、前記遺伝子サンプルをより高感度に検出することができる。
さらに、本発明の遺伝子検出方法は、前記Ia、Ibが、感光性を有する化合物であるものである。
これにより、二本鎖核酸に挿入された挿入剤が、二本鎖核酸と強固に且つ不可逆的に結合するため、強い洗浄処理を行なっても挿入剤が二本鎖核酸よりぬけおちないようにでき、この結果、遺伝子サンプルを高感度に検出できる。
さらに、本発明の遺伝子検出方法は、前記感光性を有する化合物が、フロクマリン誘導体であるものである。
さらに、本発明の遺伝子検出方法は、前記フロクマリン誘導体が、ソラレン誘導体であるものである。
さらに、本発明の遺伝子検出方法は、前記Fa、Fbが、酸化還元性を有する化合物であるものである。
これにより、酸化還元反応時に生じる酸化還元電流を測定することで、検出対象である遺伝子の存在を検出することが可能となる。
さらに、本発明の遺伝子検出方法は、前記酸化還元性を有する化合物が、電気化学発光を示す化合物であるものである。
これにより、前記電極に電圧を印加すると、該電極に固定化された二酸化核酸に結合した挿入剤が酸化還元反応すると共に発光し、該電気化学発光量を測定することで、検出対象である遺伝子を検出することができる。
さらに、本発明の遺伝子検出方法は、前記電気化学発光を示す化合物が、配位子に複素環系化合物を有する金属錯体、ルブレン、アントラセン、コロネン、ピレン、フルオランテン、クリセン、フェナントレン、ペリレン、ビナフチル、オクタテトラエンのいずれかである。
さらに、本発明の遺伝子検出方法は、前記配位子に複素環系化合物を有する金属錯体が、配位子にピリジン部位を有する金属錯体であるものである。
さらに、本発明の遺伝子検出方法は、前記配位子にピリジン部位を有する金属錯体が、金属ビピリジン錯体、金属フェナントロリン錯体のいずれかであるものである。
さらに、本発明の遺伝子検出方法は、前記配位子に複素環系化合物を有する金属錯体の中心金属が、ルテニウム、オスウムのいずれかであるものである。
また、本発明の挿入剤は、下記一般式(1)で表される挿入剤において、
Fa−La−Ia (1)
[但し、Faは電気化学活性を有する電気化学活性部位、Iaは二本鎖核酸に特異的に挿入し、且つ光照射により二本鎖核酸と共有結合を形成する二本鎖核酸結合部位、Laは前記二本鎖核酸結合部位と前記電気化学活性部位とを連結する連結部位である]、
該一般式(1)中のそれぞれの部位に、−Lb−Ib、−Lc−Fb[但し、Ibは二本鎖核酸に特異的に挿入し、且つ光照射により二本鎖核酸と共有結合を形成する二本鎖核酸結合部位、Fbは電気化学活性を有する電気化学活性部位、Lb,Lcは連結部位である]で表される化合物のいずれか一方もしくは両方の組合せからなる置換基を有するものである。
これにより、二本鎖核酸への挿入剤の挿入割合を向上させて、検出すべき遺伝子サンプルを高感度に検出することができる挿入剤を提供できる。
さらに、本発明の挿入剤は、前記FaとFb、前記IaとIbが、それぞれ同一の化合物であるものである。
これにより、検出すべき遺伝子の定量的な検出を行うことができる。
さらに、本発明の挿入剤は、前記Ia、Ibが、感光性を有する化合物であるものである。
これにより、二本鎖核酸に挿入された挿入剤が、二本鎖核酸と強固に且つ不可逆的に結合するため、強い洗浄処理を行なっても挿入剤が二本鎖核酸よりぬけおちないようにでき、この結果、遺伝子サンプルを高感度に検出できる。
さらに、本発明の挿入剤は、前記感光性を有する化合物が、フロクマリン誘導体であるものである。
さらに、本発明の挿入剤は、前記フロクマリン誘導体が、ソラレン誘導体であるものである。
さらに、本発明の挿入剤は、前記Fa、Fbが、酸化還元性を有する化合物であるものである。
これにより、酸化還元反応時に生じる酸化還元電流を測定することで、検出対象である遺伝子の存在を検出することが可能となる。
さらに、本発明の挿入剤は、前記酸化還元性を有する化合物が、電気化学発光を示す化合物であるものである。
これにより、前記電気化学発光を測定することで、検出対象である遺伝子の存在を検出することができる。
さらに、本発明の挿入剤は、前記電気化学発光を示す化合物が、配位子に複素環系化合物を有する金属錯体、ルブレン、アントラセン、コロネン、ピレン、フルオランテン、クリセン、フェナントレン、ペリレン、ビナフチル、オクタテトラエンのいずれかであるものである。
さらに、本発明の挿入剤は、前記配位子に複素環系化合物を有する金属錯体が、配位子にピリジン部位を有する金属錯体であるものである。
さらに、本発明の挿入剤は、前記配位子にピリジン部位を有する金属錯体が、金属ビピリジン錯体、金属フェナントロリン錯体のいずれかであるものである。
さらに、本発明の挿入剤は、前記配位子に複素環系化合物を有する金属錯体の中心金属が、ルテニウム、オスウムのいずれかであるものである。
本発明の遺伝子検出方法によれば、特定の配列を有する遺伝子を検出する際に、電気化学的に活性であり、且つ光照射により二本鎖核酸と共有結合する挿入剤を用いるようにしたので、光照射により、前記二本鎖核酸と前記挿入剤とを共有結合させて、該二本鎖核酸と挿入剤とを、不可逆的、且つ強固に結合させることができ、この結果、一本鎖の核酸プローブ及び電極表面に非特異的な吸着をしている挿入剤を除去するために洗浄する際、二本鎖核酸に結合した挿入剤が解離することがなくなり、前記遺伝子サンプルを高感度に検出することができる。
さらに、本発明の遺伝子検出方法によれば、挿入剤が複数個の電気化学活性部位、あるいは複数個の二本鎖核酸結合部位を有するようにしたので、挿入剤の二本鎖核酸の塩基対間への挿入割合が高くなり、また二本鎖核酸に結合した挿入剤からの電気化学的な出力信号も大きくなるため、検出対象の遺伝子サンプルをより高感度に検出することができる。
また、本発明の挿入剤によれば、光照射により二本鎖核酸と共有結合する二本鎖結合部位を有するようにしたので、挿入剤と二本鎖核酸とを強固且つ不可逆的に結合させることができ、洗浄処理によっても二本鎖核酸から解離しない挿入剤を提供できる。
また、本発明の挿入剤によれば、複数個の電気化学活性部位、あるいは複数個の二本鎖核酸結合部位を有するので、挿入剤の二本鎖核酸の塩基対間への挿入割合を高くすることができ、また二本鎖核酸に結合した挿入剤からの電気化学的な出力信号を大きくできる挿入剤を提供できる。
以下に、本発明の遺伝子検出方法について詳細に説明する。なお、以下の実施の形態における遺伝子サンプルとは、例えば、血液、白血球、血清、尿、糞便、精液、唾液、培養細胞、各種臓器細胞のような組織細胞、その他遺伝子を含有する任意の試料から、該試料中の細胞を破壊して二本鎖核酸を遊離させ、熱処理あるいはアルカリ処理によって、一本鎖の核酸に解離させたものである。また、本実施の形態における遺伝子サンプルは、制限酵素で切断して電気泳動による分離等で精製した核酸断片でもよい。
(実施の形態1)
以下、本実施の形態1における遺伝子検出方法、及び本実施の形態で用いる挿入剤について説明する。
まず、検査対象となる遺伝子サンプルを作成する。この遺伝子サンプルは、前述したように、任意の試料中の細胞を破壊して二本鎖核酸を遊離させ、熱処理あるいはアルカリ処理によって、一本鎖に変性させる。
このとき、前記試料中の細胞の破壊は、常法により行うことができ、例えば、振とう、超音波等の物理的作用を外部から加えて行うことができる。また、核酸抽出溶液(例えば、SDS、Triton−X、Tween−20等の界面活性剤、又はサポニン、EDTA、プロテア−ゼ等を含む溶液等)を用いて、細胞から核酸を遊離させることもできる。
次に、検出すべき遺伝子配列に対して相補的な塩基配列を有する一本鎖の核酸プローブを生成する。
この核酸プローブは、生物試料から抽出した核酸を制限酵素で切断し、電気泳動による分離等で精製した核酸あるいは化学合成で得られた一本鎖の核酸を用いることができる。生物試料から抽出した核酸の場合には、熱処理あるいはアルカリ処理によって、一本鎖の核酸に解離させておくことが好ましい。
そしてこの後、前述のようにして得られた核酸プローブを電極に固定する。
本発明で用いる電極は、電極として使用可能であればどのようなものであってもよく、例えば、金、白金、白金黒、パラジウム、ロジウムのような貴金属電極や、グラファイト、グラシーカーボン、パイロリティックグラファイト、カーボンペースト、カーボンファイバーのような炭素電極や、酸化チタン、酸化スズ、酸化マンガン、酸化鉛のような酸化物電極や、Si、Ge、ZnO、CdS、TiO、GaAsのような半導体電極等が挙げられる。これらの電極は、導電性高分子によって被覆しても良く、このように被覆することによって、より安定なプローブ固定化電極を調製することができる。
なお、前記核酸プローブを前記電極に固定化する方法としては、公知の方法が用いられる。一例をあげると、例えば前記電極が金である場合、固定する核酸プローブの5’−もしくは3’−末端(好ましくは、5’−末端)にチオール基を導入し、金とイオウとの共有結合を介して、前記核酸プローブが該金電極に固定される。この核酸プローブにチオール基を導入する方法は、文献(M.Maeda et al.,Chem.Lett.,1805〜1808(1994)及びB.A.Connolly,Nucleic Ac
ids Res.,13,4484(1985))に記載されているものが挙げられる。
即ち、前記方法によって得られたチオール基を有する核酸プローブを、金電極に滴下し、低温下で数時間放置することにより、該核酸プローブが電極に固定され、核酸プローブが作製される。
また別の例をあげると、例えば前記電極がグラシーカーボンである場合、まずグラシーカーボンを過マンガン酸カリウムで酸化することによって、電極表面にカルボン酸基を導入し、これにより、核酸プローブが、アミド結合によりグラシーカーボン電極表面に固定される。このグラシーカーボン電極に核酸プローブを固定する、実際の固定化方法については、文献(K.M.Millan et al.,Analytical Chemistry,65,2317〜2323(1993))に詳細が記載されている。
次に、前述の核酸プローブが固定化された電極に、前記遺伝子サンプルを含む溶液を接触させる。これにより、前記核酸プローブの塩基配列と相補的な塩基配列を有する遺伝子サンプルとがハイブリダイズし、二本鎖核酸が形成される。この核酸プローブと遺伝子サンプルとをハイブリダイズさせる方法は周知であるため、ここでは説明を省略する。
このようにして前記電極に二本鎖核酸を形成した後、該二本鎖核酸が形成された電極に挿入剤を添加し、挿入剤を前記二本鎖核酸に挿入反応させる。なお、この挿入剤の添加は、二本鎖核酸を形成する前、つまりハイブリダイゼーション反応前に、前記検体試料中に添加するものであってもよい。
そしてこの後、挿入剤が添加された二本鎖核酸に対して光照射を行い、該二本鎖核酸と挿入剤とを共有結合を形成させる。
以下、前記二本鎖核酸に挿入する挿入剤について説明する。
本発明の挿入剤には、前記二本鎖核酸に特異的に挿入し、且つ光照射により二本鎖核酸と共有結合する特徴をもつ物質を用いる。これにより、前記挿入剤は、二本鎖核酸と、強固且つ不可逆的に結合されるため、この後の洗浄工程により、二本鎖核酸と結合された挿入剤が、該二本鎖核酸から解離することがなく、洗浄工程では、前記二本鎖核酸と結合していない未反応の挿入剤を除去できる。
さらに、本発明の挿入剤には、電気化学的に活性である特徴を持つ物質を用いる。これにより、前記二本鎖核酸に特異的に結合した挿入剤由来の電気化学的な信号を検出することで、前記二本鎖核酸、すなわち遺伝子サンプルの存在を高感度に検出できる。
前述した2つの特性を満たす挿入剤は、前記二本鎖核酸に特異的に挿入し、且つ光照射により二本鎖核酸と共有結合する二本鎖核酸結合部位Iaと、電気化学活性を有する電気化学活性部位Faと、前記二本鎖核酸結合部位Iaと前記電気化学活性部位Faとを連結する連結部位Laとを有する化合物である。
例えば、このような挿入剤は、下記一般式(1)で表すことができる。
一般式
Fa−La−Ia (1)
(式中、Faは電気化学的に活性な電気化学活性部位、Iaは光照射により二本鎖核酸と架橋する部位を有する二本鎖核酸結合部位、Laは前記IaとFaとを連結する連結部位を表わす。)
ここで、前記一般式(1)に示す、前記二本鎖核酸結合部位Iaとして用いることができる物質としては、二本鎖核酸に特異的に挿入し、且つ光照射により二本鎖核酸と共有結合する、感光性をもつ化合物が挙げられる。
そして、このような感光性をもつ化合物としては、例えば、フロクマリン誘導体が挙げられ、特に、ソラレン誘導体が好ましい。このソラレン誘導体は、二本鎖核酸に挿入すると、二本鎖核酸と非共有的相互作用を起こし、さらにこれに長波長紫外線(300〜400nm)を照射すると、二本鎖核酸に挿入したソラレン誘導体部分が、安定な共有結合を形成するため、結果、挿入剤と二本鎖核酸とを強固に且つ不可逆的に結合させることができる。
従って、後の洗浄工程で、前記一本鎖の核酸プローブや、前記電極表面に非特異吸着した挿入剤を洗浄する際に、二本鎖核酸に結合している挿入剤が抜け落ちることがなくなり、該洗浄工程において強い洗浄を行なって、前記一本鎖の核酸プローブ及び電極表面に非特異吸着した挿入剤のみを確実に除去することができる。
このようなソラレン誘導体の具体的な例としては、ソラレン、メトキシソラレン、トリメチルソラレン等が挙げられる。
前記一般式(1)に示す、前記電気化学活性部位Faとして用いることができる物質としては、電気化学的に検出可能な物質であれば、特に制限されるものはない。例えば、可逆な酸化還元反応時に生じる酸化還元電流を測定することで物質の検出が可能な、酸化還元性を有する化合物を挙げることができる。これにより、前記酸化還元反応時に生じる酸化還元電流を測定することで、前記二本鎖核酸、すなわち前記検出すべき遺伝子の存在を検出することが可能となる。
そして、このような酸化還元性を有する化合物としては、例えば、フェロセン、カテコールアミン、配位子に複素環系化合物を有する金属錯体、ルブレン、アントラセン、コロネン、ピレン、フルオランテン、クリセン、フェナントレン、ペリレン、ビナフチル、オクタテトラエンもしくはビオローゲン等がある。
さらに、前述した、配位子に複素環系化合物を有する金属錯体、ルブレン、アントラセン、コロネン、ピレン、フルオランテン、クリセン、フェナントレン、ペリレン、ビナフチル、オクタテトラエンには、酸化還元反応時に電気化学発光を生じるものもあり、このような電気化学発光を生じる物質を挿入剤として用いれば、その発光を測定することで、前記遺伝子サンプルの存在を検出することもできる。
さらに、前記配位子に複素環系化合物を有する金属錯体としては、酸素や窒素等を含む複素環系化合物、例えば、ピリジン部位、ピラン部位等を配位子に有する金属錯体があり、特にピリジン部位を配位子に有する金属錯体が好ましい。なお、前記ピリジン部位を配位子に有する金属錯体としては、例えば、金属ビピリジン錯体、金属フェナントロリン錯体等が例に挙げられる。
さらに、前記配位子に複素環系化合物を有する金属錯体の中心金属としては、例えば、ルテニウム、オスウム、亜鉛、コバルト、白金、クロム、モリブデン、タングステン、テクネチウム、レニウム、ロジウム、イリジウム、パラジウム、銅、インジウム、ランタン、プラセオジム、ネオジム、サマリウム等を挙げることができる。そして特に、中心金属がルテニウム、オスウムである錯体は、良好な電気化学発光特性を有する。なお、良好な電気化学発光特性を有する物質としては、例えば、ルテニウムビピリジン錯体、ルテニウムフェナントロリン錯体、オスウムビピリジン錯体、オスウムフェナントロリン錯体等を挙げることができる。
前記一般式(1)において、前記連結部位Laとして用いることができる物質としては、前記電気化学活性部位Faと前記二本鎖核酸結合部位Iaとを連結するものであれば、その連結部位のリンカー配列は特に制限されるものではない。例えば、アルキル基、−O−基、−CO−基、−NH−基、又はこれらの組み合わせから成る基などを挙げることができる。
さらに、本発明の挿入剤は、前記一般式(1)において、前記電気化学活性部位Fa、連結部位La、二本鎖核酸結合部位Iaのそれぞれが、−Lb−Ib、あるいは−Lc−Fbで表される化合物のいずれか一方、もしくは両方の組合せからなる置換基を有するものである。但し、前記Ibは二本鎖核酸に特異的に挿入し、且つ光照射により二本鎖核酸と共有結合を形成する二本鎖核酸結合部位であり、前記Fbは電気化学活性を有する電気化学活性部位であり、前記Lb,Lcは前記二本鎖核酸結合部位と前記電気化学活性部位とを連結する連結部位である。
なお、前述した、−Lb−Ib、−Lc−Fbで示される置換基の、前記一般式(1)への導入位置は特に限定されず、前記Fa,La,Iaのどの部位に導入してもよく、また、前記置換基の前記一般式(1)への導入数も特に限定されるものではない。
また、前記置換基の構造は、−Lb−Ib、もしくは−Lc−Fbそれぞれ単独でもよいが、−Lb−Ibと−Lc−Fbとを組み合わせた構造でもよい。例えば、−Lb−Ibのみ、もしくは−Lc−Fbのみが直列に複数結合している直列構造、あるいは、−Lb−Ibと、−Lc−Fbとが複合して直列に複数結合している直列構造、あるいは、−Lb−Ib、−Lc−FbのLb、Lcそれぞれに、さらに−Lb−Ib、もしくは−Lc−Fbが複数結合されている分岐構造、あるいは前記直列構造と前記分岐構造との複合構造等が挙げられる。
前記二本鎖核酸結合部位Ibとして用いられる物質は、二本鎖核酸に特異的に挿入し、且つ光照射により二本鎖核酸と共有結合する物質であり、前記一般式(1)中のIaと同様、感光性の化合物、例えば、フロクマリン誘導体が挙げられ、特に、ソラレン誘導体が好ましい。なお、前記ソラレン誘導体の具体的な例としては、ソラレン、メトキシソラレン、トリメチルソラレン等が挙げられる。
このような二本鎖核酸結合部位Ibを含む置換基を、前記一般式(1)に導入することにより、挿入剤の分子内には複数の二本鎖核酸結合部位が存在することとなり、結果、二本鎖核酸への挿入割合が向上し、高感度な検出が可能となる。
前記二本鎖核酸結合部位Ia,Ibはともに、二本鎖核酸に特異的に挿入し、且つ光照射により二本鎖核酸と共有結合できる物質であればよく、例えば、前記一般式(1)中のIaがメトキシソラレン、前記置換基中のIbがトリメチルソラレンであるといったように、IaとIbとが異なる物質であってもよい。
しかし、前記IaとIbとが異なる物質の場合、IaとIbとで二本鎖核酸への挿入能力が異なるため、定量的な検出を考えると、例えば、前記Ia,Ibがともにトリメチルソラレンであるといったように、IaとIbとが同一の物質であることが好ましい。
また、前記電気化学活性部位Fbとして用いられる物質は、電気化学的に検出可能な物質であれば、限定されるものではなく、前記一般式(1)中のFaと同様、酸化還元性を有する化合物、例えば、配位子に複素環系化合物を有する金属錯体等が挙げられる。
さらに、前記配位子に複素環系化合物を有する金属錯体としては、酸素や窒素等を含む複素環系化合物、例えば、ピリジン部位、ピラン部位等を配位子に有する金属錯体等が挙げられ、特にピリジン部位を配位子に有する金属錯体が好ましい。なお、前記ピリジン部位を配位子に有する金属錯体としては、例えば、金属ビピリジン錯体、金属フェナントロリン錯体等がある。
また、前記配位子に複素環系化合物を有する金属錯体の中心金属としては、例えば、ルテニウム、オスウム、亜鉛、コバルト、白金、クロム、モリブデン、タングステン、テクネチウム、レニウム、ロジウム、イリジウム、パラジウム、銅、インジウム、ランタン、プラセオジム、ネオジム、サマリウム等を挙げることができる。そして特に、中心金属がルテニウム、オスウムである錯体は良好な電気化学発光特性を有する。なお、前記良好な電気化学発光特性を有する物質としては、例えば、ルテニウムビピリジン錯体、ルテニウムフェナントロリン錯体、オスウムビピリジン錯体、オスウムフェナントロリン錯体等を挙げることができる。
このような電気化学活性部位Fbを含む置換基を、前記一般式(1)に導入することにより、挿入剤の分子内には複数の電気化学活性部位が存在することとなり、結果、二本鎖核酸に結合した挿入剤からの電気化学的な出力信号が大きくなり、高感度な検出が可能となる。
前記電気化学活性部位FaとFbはともに、電気化学的に検出可能な物質であればよく、例えば、前記一般式(1)中のFaがルテニウムビピリジン錯体、前記置換基中のFbがオスウムフェナントロリン錯体であるといったように、FaとFbとが異なる物質であってもよい。
しかし、前記FaとFbとが異なる物質の場合、FaとFbとで電気化学的な検出信号の強度が異なるため、定量的な検出を考えると、例えば、前記Fa,Fbがともにルテニウムビピリジン錯体であるといったように、FaとFbとが同一の物質であることが好ましい。
さらに、前記連結部位Lb,Lcとして用いられる物質は、前記一般式(1)中のFa,La,Iaのそれぞれと、IbもしくはFbとを連結する物質であり、前記一般式(1)中のLaと同様、そのリンカー配列は特に限定されない。例えば、アルキル基、−O−基、−CO−基、−NH−基、−リン酸基、又はこれらの組み合わせから成る基などを挙げることができる。
前述した置換基を導入した挿入剤の具体例を、(化1)から(化10)に示す。
Figure 0004701176
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なお、挿入剤には、既知の手法を利用して前述した置換基を導入することが可能である。例えば、アミド結合を利用した手法では、前記一般式(1)中の置換基を導入する部位の末端にアミノ基を修飾した挿入剤と、該挿入剤と結合する部分の末端にカルボキシル基を修飾した置換基とを反応させることにより、アミド結合を形成させ、置換基を挿入剤に導入することができる。その他、エステル結合、エーテル結合、チオエーテル結合、カルボニル結合、イミノ結合等を利用した手法によっても、置換基を導入することができる。
以上に説明したような挿入剤を、前記遺伝子サンプルと、前記電極に固定化された核酸プローブとをハイブリダイズさせる前か後に添加する。
そして、前記核酸プローブと遺伝子サンプルとがハイブリダイズした二本鎖核酸と、前記挿入剤とを光照射により共有結合させた後、電極の洗浄処理を行う。これにより、電極表面に固定された二本鎖核酸を形成していない一本鎖の核酸プローブや、電極表面に非特異的に吸着した挿入剤を除去し、この結果、前記ハイブリダイズした二本鎖核酸に、特異的に共有結合した挿入剤のみが残り、この挿入剤由来の電気化学的な信号を測定することにより、二本鎖核酸、すなわち遺伝子サンプルの存在を高感度に検出することができる。
前記挿入剤由来の電気化学的な信号は、添加する挿入剤の種類により異なるが、酸化還元電流を生じる挿入剤を用いた場合には、ポテンショスタット、ファンクションジェネレータ等からなる計測系で測定できる。一方、電気化学発光を生じる挿入剤を用いた場合には、フォトマルチプライヤー等を用いて計測が可能である。
以下、本発明の実施例を示すが、本発明はこれに限定されるものではない。
(1)金電極表面への核酸プローブの固定化
ガラス基板上にスパッタ装置(アルバック製SH−350)によりチタン10nmを下地に金200nmを形成し、フォトリソグラフィ工程により電極パターンを形成することで、金電極を準備した。電極表面をピラニア溶液(過酸化水素:濃硫酸=1:3)で1分間洗浄し、純水ですすいだ後、窒素ブローで乾燥させた。
核酸プローブには、ヒト由来Cytochrome P−450の遺伝子配列の5’−末端より629−668番目に位置するCCCCCTGGAT CCAGATATGC AATAATTTTC CCACTATCATの配列を有する5’−末端のリン酸基を介してチオール基を修飾した40塩基のオリゴデオキシヌクレオチド(タカラバイオ製)を使用した。そして、該核酸プローブを10mMのPBS(pH7.4のリン酸ナトリウム緩衝液)に溶解させ、100μMに調整した。
この調整した核酸プローブの溶液を前記金電極上に滴下し、飽和湿潤下、室温で4時間放置することで、チオール基と金とを結合させて、核酸プローブを金電極に固定した。
(2)ハイブリダイゼーション
遺伝子サンプルには、前記核酸プローブと相補的な5’−末端からATGATAGTGG GAAAATTATT GCATATCTGG ATCCAGGGGGの配列を有するオリゴデオキシヌクレオチド(タカラバイオ製)を使用した。そして、該遺伝子サンプルを、10mMのPBS、及び2XSSCを混合したハイブリダイゼーション溶液に溶解させ、20μMに調整した。
この調整した、遺伝子サンプルが溶解したハイブリダイゼーション溶液を、前記核酸プローブを固定した金電極上に滴下し、40℃の恒温槽内で4時間反応させ、二本鎖核酸を形成させた。これにより、二本鎖核酸が形成された金電極xを得た。
さらに、本実施例においては、比較対象として、二本鎖核酸が形成されていない金電極yを作成する。この二本鎖核酸が形成されない金電極yは、前記核酸プローブと非相補的な配列を有する遺伝子サンプル(以下、「比較遺伝子サンプル」と称す。)を使用して、前記二本鎖核酸が形成された金電極xを得る時と同様の処理をする。なお、ここでは、前記比較遺伝子サンプルとして、40merのPoly−A(タカラバイオ製)、AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAAの配列を有する遺伝子サンプルを使用した。
(3)挿入剤の添加
挿入剤には、下記の(化11)に示すソラレン修飾ルテニウム錯体を使用した。
Figure 0004701176
ソラレン修飾ルテニウム錯体の合成は、以下の手順により得ることができる。
窒素充填した容器に、4,5’,8−トリメチルソラレン(和光純薬製)1.0g(4.4mmol)、高純度(99.6%)酢酸114mLを加え、ソラレンを溶解させた。この溶液を40℃に加温しながらクロロメチルメチルエーテル7.6mL(0.10mol)を滴下した。24時間後、再度クロロメチルメチルエーテルを7.6mL滴下した。滴下からさらに27時間後と40時間後に、クロロメチルメチルエーテルを7.6mLずつ加えて、4日間反応させた。反応後、氷上で8時間冷却させて生成物を析出させた。これを採取し、冷却したジエチルエーテルで洗浄し、生成物A(3,4’−ジクロロメチル−4,5,8−トリメチルソラレン)を得た(収率25%)。
窒素雰囲気にした容器に、乾燥ジメチルホルムアミド10mLに溶解させた生成物A0.30g(0.92mmol)、フタルイミドカリウム0.43g(2.3mmol)を加え、6時間還流した。反応溶液は、クロロホルムから抽出した後、0.2M水酸化ナトリウム50mLで洗浄した。洗浄後、中和してから溶媒を留去し、ジエチルエーテル,クロロホルムで再結晶を行い、生成物Bを得た(収率62.4%)。
生成物B0.50g(0.91mmol)をエタノール30mLに溶解させた後、ヒドラジン一水和物0.37mL(7.42mmol)を加え、3時間還流を行った。その後、蒸留水20mL、塩酸2.5mLを加え、さらに2時間加熱還流した。エタノールを留去し、1時間氷冷して析出した副反応物をろ過で取り除き、ろ液に炭酸水素ナトリウムを加え中和した。クロロホルムで抽出し、溶媒を留去して生成物Cを得た(収率62.1%)
クロロホルム5mLに溶解した生成物C0.15g(0.52mmol)と、クロロホルム5mLに溶解したトリエチルアミン0.18mL(1.3mmol)を容器内に加えた。その後、グルタル酸無水物1.19g(10.4mmol)を加えて9時間室温で撹拌した。反応後、溶媒を留去し、粗生成物をシリカゲルクロマトグラフィー処理により精製し、生成物Dを得た(収率42%)。
THF60.0mLに溶解させた4,4’−ジメチル−2,2’ビピリジン2.50g(1.35×10-2mol)溶液を窒素雰囲気の容器に注入した後、リチウムジイソプロピルアミド2M溶液16.9mL(2.70×10-2mol)を滴下し、冷却しながら30分撹拌した。一方、同様に窒素気流中で乾燥させた容器に1,2−ジブロモエタン7.61g(4.05×10-2mol)とTHF10mLを加え、冷却しながら撹拌させた。この容器に、先程の反応液をゆっくり滴下させて2.5時間反応させた。反応溶液は2Nの塩酸で中和し、THFを留去した後、クロロホルムで抽出した。溶媒を留去して得た粗生成物をシリカゲルカラムで精製し、生成物Eを得た(収率47%)。
窒素雰囲気の容器に、生成物E1.0g(3.28mmol),フタルイミドカリウム0.67g(3.61mmoll),ジメチルホルムアミド(脱水)30.0mLを加え、オイルバスで18時間還流した。反応後、クロロホルムで抽出し、0.2N水酸化ナトリウム50mLで蒸留水洗浄した。溶媒を留去して酢酸エチルとヘキサンから再結晶を行い、生成物Fを得た(収率61・5%)。
塩化ルテニウム(III)(2.98g、0.01mol)および2,2’−ビピリジン(3.44g、0.022mol)をジメチルホルムアミド(80.0mL)中で6時間還流した後、溶媒を留去した。その後、アセトンを加え、一晩冷却することで得られた黒色沈殿物を採取し、エタノール水溶液170mL(エタノール:水=1:1)を加え1時間加熱還流を行った。ろ過後塩化リチウムを20g加え、エタノールを留去し、さらに一晩冷却した。析出した黒色物質は吸引ろ過で採取し、生成物Gを得た(収率68.2%)。
窒素置換した容器に、生成物F0.50g(1.35mmol),生成物G0.78g(1.61mmol),エタノール50mLを加えた。9時間窒素雰囲気で還流した後、溶媒を留去し、蒸留水で溶解させ、1.0Mの過塩素酸水溶液で沈殿させた。この沈殿物を採取し、メタノールで再結晶を行い、生成物Hを得た(収率81.6%)。
生成物H1.0g(1.02mmol),メタノール70.0mLを1時間還流した。室温まで冷却した後、ヒドラジン一水和物0.21mL(4.21mmol)を加え、再び13時間還流した。反応後、蒸留水を15mL加え、メタノールを留去した。次に、濃塩酸を5.0mL加え、2時間還流して得られた反応液を一晩冷蔵し、不純物を自然ろ過で除去した。
これを炭酸水素ナトリウムで中和した後、水を留去し、無機物をアセトニトリルで除去した。溶媒を留去して得た粗生成物をシリカゲルカラムで精製し、生成物Iを得た(収率71.4%)。
生成物D0.1g(0.19mmol)をアセトニトリル10mLで溶解し、1,3−ジシクロヘキシルカルボジイミド0.27g(1.31mmol)を加えた後、冷却しながら3時間撹拌し、析出した不純物をろ過で除去した。次に、生成物I0.36g(0.42mmol)をアセトニトリル10mLに溶解させ、トリエチルアミン88μL(0.63mmol)を加え、4℃で撹拌させていた溶液を滴下し、24時間室温で撹拌した。反応後、溶媒を留去して得た粗生成物をシリカゲルカラムで精製し、前述した(化11)に示すソラレン修飾ルテニウム錯体を得た(収率35.8%)。表1は、前述のようにして得たソラレン修飾ルテニウム錯体のプロトンNMRの結果(1H−NMR結果)である。
(表1)
1H−NMR(300MHz、DMSOd−6)
σ:
1.39 (4H,m)
1.5〜1.8(8H,m)
1.9〜2.2(8H,m)
2.3〜2.6(15H,m)
2.75 (4H,t)
3.04 (4H,t)
4.29 (4H,s)
7.35 (4H,d)
7.4〜7.6(13H,m)
7.7〜7.8(8H,m)
8.15 (8H,t)
8.74 (4H,d)
8.82 (8H,d)
このようにして得られたソラレン修飾ルテニウム錯体を10mMのPBSで2μMに調整した。
この調整した溶液を、二本鎖核酸が形成された金電極x、及び二本鎖核酸が形成されていない金電極yにそれぞれ添加し、30分間4℃の冷蔵庫内で暗反応を行った。
(4)二本鎖核酸と挿入剤との共有結合
30分後、金電極x,yそれぞれに、UVクロスリンカー(フナコシ製UVPCL1000L型)を用いて波長365nm、5mW/cm2の紫外線を10分間照射し、前記ソラレンと二本鎖核酸とを共有結合させた。共有結合後、金電極xを10mMのPBSで10分間揺動洗浄し、未反応のRu錯体を取り除いた。
(5)電気化学測定
以上の工程の後、二本鎖核酸が形成された電極x、及び二本鎖核酸が形成されていない電極yのそれぞれに、0.1MのPBSおよび0.1Mのトリエチルアミンを混合した電解液を滴下した。その後、それぞれの電極x,yに電圧を印加し、この時に生じた挿入剤由来の電気化学発光の測定を行った。なお、電圧の印加は、0Vから1.3Vまで走査し、1秒間電気化学測定を行った。電気化学発光量の測定は、光電子増倍管(浜松ホトニクス製H7360−01)を用いて行い、電圧走査中における最大発光量を測定した。
図1は、本実施例における、二本鎖核酸が形成された電極x、及び二本鎖核酸が形成されていない電極yにおいて検出された最大電気化学発光量を示したものである。図1から明らかなように、二本鎖核酸が形成された電極xでの発光量は、二本鎖核酸が形成されていない電極yでの発光量と比較して著しく高い値となっており、本実施例の挿入剤を用いれば、高感度に二本鎖核酸の検出が可能であることが分かる。
本発明にかかる遺伝子検出方法は、特定の配列を有する遺伝子を高感度に検出することができ、遺伝子診断、感染症診断、ゲノム創薬等の用途に適用できる。
図1は、本発明の実施例1により得られる、二本鎖核酸が形成された電極x、及び二本鎖核酸が形成されていない電極yそれぞれにおいて検出された最大電気化学発光量を示す図である。

Claims (23)

  1. 特定の配列を有する遺伝子を検出する遺伝子検出方法であって、
    検出すべき遺伝子を一本鎖に変性して遺伝子サンプルを作製する遺伝子サンプル作製工程と、
    前記検出すべき遺伝子サンプルの塩基配列に対して相補的な塩基配列を有する一本鎖の核酸プローブを電極に固定化させる固定化工程と、
    前記遺伝子サンプルを前記核酸プローブが固定化された電極に添加し、該核酸プローブと遺伝子サンプルとがハイブリダイズした二本鎖核酸を形成する二本鎖核酸形成工程と、
    前記二本鎖核酸が形成された電極に、下記一般式(1)のそれぞれの部位に、−Lb−Ib、−Lc−Fbで表される化合物のいずれか一方もしくは両方の組合せからなる置換基を有する挿入剤を添加する挿入剤添加工程と、
    Fa−La−Ia (1)
    [但し、Fa,Fbは電気化学活性を有する電気化学活性部位、Ia,Ibは二本鎖核酸に特異的に挿入し、且つ光照射により二本鎖核酸と共有結合を形成する二本鎖核酸結合部位、La,Lb,Lcは前記二本鎖核酸結合部位と前記電気化学活性部位とを連結する連結部位である]
    光照射を行うことにより、前記二本鎖核酸と前記挿入剤とを共有結合させる光照射工程と、
    前記二本鎖核酸と共有結合した挿入剤を電気化学的な測定により検出する検出工程とを含む、
    ことを特徴とする遺伝子検出方法。
  2. 請求項1に記載の遺伝子検出方法において、
    前記FaとFb、前記IaとIbは、それぞれ同一の化合物である、
    ことを特徴とする遺伝子検出方法。
  3. 請求項1に記載の遺伝子検出方法において、
    前記検出工程は、前記電極に対して電圧を印加し、前記二本鎖核酸と共有結合した挿入剤による電気化学発光量を測定する、
    ことを特徴とする遺伝子検出方法。
  4. 請求項1に記載の遺伝子検出方法において、
    前記Ia、Ibが、感光性を有する化合物である、
    ことを特徴とする遺伝子検出方法。
  5. 請求項4に記載の遺伝子検出方法において、
    前記感光性を有する化合物が、フロクマリン誘導体である、
    ことを特徴とする遺伝子検出方法。
  6. 請求項5に記載の遺伝子検出方法において、
    前記フロクマリン誘導体が、ソラレン誘導体である、
    ことを特徴とする遺伝子検出方法。
  7. 請求項1に記載の遺伝子検出方法において、
    前記Fa、Fbが、酸化還元性を有する化合物である、
    ことを特徴とする遺伝子検出方法。
  8. 請求項7に記載の遺伝子検出方法において、
    前記酸化還元性を有する化合物が、電気化学発光を示す化合物である、
    ことを特徴とする遺伝子検出方法。
  9. 請求項8に記載の遺伝子検出方法において、
    前記電気化学発光を示す化合物が、配位子に複素環系化合物を有する金属錯体、ルブレン、アントラセン、コロネン、ピレン、フルオランテン、クリセン、フェナントレン、ペリレン、ビナフチル、オクタテトラエンのいずれかである、
    ことを特徴とする遺伝子検出方法。
  10. 請求項9に記載の遺伝子検出方法において、
    前記配位子に複素環系化合物を有する金属錯体が、配位子にピリジン部位を有する金属錯体である、
    ことを特徴とする遺伝子検出方法。
  11. 請求項10に記載の遺伝子検出方法において、
    前記配位子にピリジン部位を有する金属錯体が、金属ビピリジン錯体、金属フェナントロリン錯体のいずれかである、
    ことを特徴とする遺伝子検出方法。
  12. 請求項9に記載の遺伝子検出方法において、
    前記配位子に複素環系化合物を有する金属錯体の中心金属が、ルテニウム、オスウムのいずれかである、
    ことを特徴とする遺伝子検出方法。
  13. 下記一般式(1)で表される挿入剤において、
    Fa−La−Ia (1)
    [但し、Faは電気化学活性を有する電気化学活性部位、Iaは二本鎖核酸に特異的に挿入し、且つ光照射により二本鎖核酸と共有結合を形成する二本鎖核酸結合部位、Laは前記二本鎖核酸結合部位と前記電気化学活性部位とを連結する連結部位である]、
    該一般式(1)中のそれぞれの部位に、−Lb−Ib、−Lc−Fb[但し、Ibは二本鎖核酸に特異的に挿入し、且つ光照射により二本鎖核酸と共有結合を形成する二本鎖核酸結合部位、Fbは電気化学活性を有する電気化学活性部位、Lb,Lcは連結部位である]で表される化合物のいずれか一方もしくは両方の組合せからなる置換基を有する、
    ことを特徴とする挿入剤。
  14. 請求項13に記載の挿入剤において、
    前記FaとFb、前記IaとIbは、それぞれ同一の化合物である、
    ことを特徴とする挿入剤。
  15. 請求項13に記載の挿入剤において、
    前記Ia、Ibが、感光性を有する化合物である、
    ことを特徴とする挿入剤。
  16. 請求項15に記載の挿入剤において、
    前記感光性を有する化合物が、フロクマリン誘導体である、
    ことを特徴とする挿入剤。
  17. 請求項16に記載の挿入剤において、
    前記フロクマリン誘導体が、ソラレン誘導体である、
    ことを特徴とする挿入剤。
  18. 請求項13に記載の挿入剤において、
    前記Fa、Fbが、酸化還元性を有する化合物である、
    ことを特徴とする挿入剤。
  19. 請求項18に記載の挿入剤において、
    前記酸化還元性を有する化合物が、電気化学発光を示す化合物である、
    ことを特徴とする挿入剤。
  20. 請求項19に記載の挿入剤において、
    前記電気化学発光を示す化合物が、配位子に複素環系化合物を有する金属錯体、ルブレン、アントラセン、コロネン、ピレン、フルオランテン、クリセン、フェナントレン、ペリレン、ビナフチル、オクタテトラエンのいずれかである、
    ことを特徴とする挿入剤。
  21. 請求項20に記載の挿入剤において、
    前記配位子に複素環系化合物を有する金属錯体が、配位子にピリジン部位を有する金属錯体である、
    ことを特徴とする挿入剤。
  22. 請求項21に記載の挿入剤において、
    前記配位子にピリジン部位を有する金属錯体が、金属ビピリジン錯体、金属フェナントロリン錯体のいずれかである、
    ことを特徴とする挿入剤。
  23. 請求項20に記載の挿入剤において、
    前記配位子に複素環系化合物を有する金属錯体の中心金属が、ルテニウム、オスウムのいずれかである、
    ことを特徴とする挿入剤。
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