JP4605799B2 - Rna干渉において使用するための修飾ポリヌクレオチド - Google Patents
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Description
本発明は修飾ポリヌクレオチドに関する。
哺乳類細胞でのRNA誘導遺伝子サイレンシング(RNA−induced gene silencing)は、現在のところ、最低でも3通りの異なる制御レベルが関係していると考えられている。すなわち、(i)転写不活性化(siRNA誘導DNAおよびヒストン・メチル化)、(ii)小さな干渉RNA(siRNA)によって誘導されたmRNAの分解、ならびに(iii)mRNA誘導転写減衰である。siRNAによって発生するRNA干渉(RNAi)は、長時間にわたって効果があり、細胞分裂が多数繰り返されても効果を示すことができる。したがって、siRNA媒介方法を介して遺伝子機能にアクセスする能力は、過剰発現遺伝子に対する治療法を開発するのと同様に、遺伝子機能分析、薬物標的の確証(バリデーション)、および広範囲にわたるゲノム研究を促す刺激的かつ有益なツールを意味する。さらに、RNAiは治療的なツールとして幅広い可能性がある。
本発明は、RNA干渉を実施するための組成物および方法に関する。一般に、本明細書に記載されたsiRNA化学修飾は、それが結合した分子の2つの重大な性質、すなわち安定性と特異性とに影響を及ぼす。安定性に影響を及ぼすそのような修飾は、核酸を分解させる傾向があるヌクレアーゼまたは他の因子を含む血液、血清、血清含有培地、および他の生物物質への曝露を必要とする応用での使用にとって、特に有利である。特定の標的に向けられるsiRNAによって誘導されたオフ・ターゲット効果(off−target effects)の度合いを減少させる修飾は、研究および治療的な設定にとって特に有益である。実質的にRNAi適用を改善する修飾の多数の異なる組み合わせが開示されており、またこれらの組み合わせは最適サイレンシング試薬、形質移入制御、およびエクサエクオ(exaequo)試薬の設計に適用可能である。
(a)(i)第1の5’末端センス・ヌクレオチドおよび第2の5’末端センス・ヌクレオチドであって、第1の2’−O−アルキル・センス修飾を含む第1の5’末端センス・ヌクレオチドおよび第2の2’−O−アルキル・センス修飾を含む第2の5’末端センス・ヌクレオチドである、第1の5’末端センス・ヌクレオチドおよび第2の5’末端センス・ヌクレオチドと、
(ii)少なくとも1つの2’−O−アルキル・ピリミジン修飾センス・ヌクレオチドであって、上記第1の5’末端センス・ヌクレオチドまたは上記第2の5’末端センス・ヌクレオチドとは異なるヌクレオチドである、少なくとも1つの2’−O−アルキル・ピリミジン修飾センス・ヌクレオチドと、から構成されるセンス鎖と、
(b)(i)少なくとも1つの2’ハロゲン修飾ピリミジン・ヌクレオチド、ならびに
(ii)第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドであって、5’炭素位がリン酸化された第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドから構成されるアンチセンス鎖と、
から構成され、
上記センス鎖および上記アンチセンス鎖が、18と30との間の塩基対の二本鎖を形成することができる、siRNAを提供する。
(a)(i)第1の5’末端センス・ヌクレオチドおよび第2の5’末端センス・ヌクレオチドであって、第1の2’−O−アルキル・センス修飾を含む第1の5’末端センス・ヌクレオチドおよび第2の2’−O−アルキル・センス修飾を含む第2の5’末端センス・ヌクレオチドである、第1の5’末端センス・ヌクレオチドおよび第2の5’末端センス・ヌクレオチドと、
(ii)少なくとも1つの2’−O−アルキル・ピリミジン修飾センス・ヌクレオチドであって、上記第1の5’末端センス・ヌクレオチドまたは上記第2の5’末端センス・ヌクレオチドとは異なるヌクレオチドである、少なくとも1つの2’−O−アルキル・ピリミジン修飾センス・ヌクレオチドと、
から構成されるセンス鎖と、
(b)(i)第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドおよび第2の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドであって、第1の2’−O−アルキル・アンチセンス修飾を含む第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドおよび第2の2’−O−アルキル・アンチセンス修飾を含む第2の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドである、第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドおよび第2の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドと、
(ii)少なくとも1つの2’−O−アルキル・ピリミジン修飾アンチセンス・ヌクレオチドであって、上記第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドおよび上記第2の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドとは異なるヌクレオチドである、少なくとも1つの2’−O−アルキル・ピリミジン修飾アンチセンス・ヌクレオチドと、
から構成されるアンチセンス鎖と、
から構成され、
上記センス鎖および上記アンチセンス鎖が、16と28との間の塩基対の二本鎖を形成することができる、siRNAを提供する。
(a)第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドから構成されるアンチセンス鎖であって、この第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドは、この第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドの5’炭素位でリン酸化されてる、アンチセンス鎖と、
(b)第1の5’末端センス・ヌクレオチドおよび第2の5’末端センス・ヌクレオチドから構成されるセンス鎖であって、上記第1の5’末端センス・ヌクレオチドが第1の2’炭素センス修飾を有し、また上記第2の5’末端センス・ヌクレオチドが第2の2’炭素センス修飾を有する、センス鎖と、
を含む、siRNAを提供する。
(a)アンチセンス領域であって、該アンチセンス領域が第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドから構成されており、第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドがこの第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドの5’炭素位でリン酸化される、アンチセンス領域と、
(b)センス領域であって、第1の5’末端センス・ヌクレオチドおよび第2の5’末端センス・ヌクレオチドから構成され、第1の5’末端センス・ヌクレオチドが第1の2’炭素センス修飾を有し、第2の5’末端センス・ヌクレオチドが第2の2’炭素センス修飾を有する、センス領域と、
(c)上記センス領域と上記アンチセンス領域との間に位置したループ領域と、
を含む。
(a)上記センス鎖が、第1の5’末端センス・ヌクレオチドおよび第2の5’末端センス・ヌクレオチドから構成され、第1の5’末端センス・ヌクレオチドが第1の2’炭素センス修飾を有し、第2の5’末端センス・ヌクレオチドが第2の2’炭素センス修飾を有し、ならびに
(b)上記アンチセンス鎖が、第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドから構成されており、第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドがこの第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドの5’炭素位でリン酸化されている。
(a)上記センス鎖が、第1の5’末端センス・ヌクレオチドおよび第2の5’末端センス・ヌクレオチドから構成され、第1の5’末端センス・ヌクレオチドが第1の2’炭素センス修飾を有し、第2の5’末端センス・ヌクレオチドが第2の2’炭素センス修飾を有し、
(b)上記アンチセンス鎖が、第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドから構成されており、第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドがこの第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドの5’炭素位でリン酸化されおり、さらに、
(c)上記センス領域と上記アンチセンス領域との間に位置したループ領域を含む。
(a)アンチセンス鎖であって、第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドおよび第2の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドから構成され、上記第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドが第1の2’炭素アンチセンス修飾を有し、また上記第2の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドが第2の2’炭素アンチセンス修飾を有し、さらに上記第1の5’末端のアンチセンス・ヌクレオチドの5’炭素位で上記第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドがリン酸化されている、アンチセンス鎖と、
(b)センス鎖であって、第1の5’末端センス・ヌクレオチドおよび第2の5’末端センス・ヌクレオチドから構成され、第1の5’末端センス・ヌクレオチドが第1の2’炭素センス修飾を有し、第2の5’末端センス・ヌクレオチドが第2の2’炭素センス修飾を有する、センス鎖と、
を含む。
(a)アンチセンス領域であって、第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドと第2の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドとから構成され、
第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドが第1の2’炭素アンチセンス修飾を含み、第2の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドが第2の2’炭素アンチセンス修飾を含み、さらに上記第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドの5’炭素位で上記第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドがリン酸化化されている、アンチセンス領域と、
(b)センス領域であって、第1の5’末端センス・ヌクレオチドおよび第2の5’末端センス・ヌクレオチドから構成され、上記第1の5’末端センス・ヌクレオチドが第1の2’炭素センス修飾を含み、上記第2の5’末端センス・ヌクレオチドが第2の2’炭素センス修飾を含む、センス領域と、
(c)上記センス領域と上記アンチセンス領域との間に位置するループ領域と、
を含む。
(a)上記センス鎖が、第1の5’末端センス・ヌクレオチドおよび第2の5’末端センス・ヌクレオチドから構成され、第1の5’末端センス・ヌクレオチドが第1の2’炭素センス修飾を有し、第2の5’末端センス・ヌクレオチドが第2の2’炭素センス修飾を有し、
(b)上記アンチセンス鎖が、第1の2’炭素アンチセンス修飾を有する第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドと第2の2’炭素アンチセンス修飾を有する第2の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドとから構成され、該第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドの5’炭素位で第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドがリン酸化されている。
(a)上記センス領域が第1の5’末端センス・ヌクレオチドおよび第2の5’末端センス・ヌクレオチドから構成され、上記第1の5’末端センス・ヌクレオチドが第1の2’炭素センス修飾を有し、また上記第2の5’末端センス・ヌクレオチドが第2の2’炭素センス修飾を有し、
(b)上記アンチセンス領域が第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドおよび第2の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドから構成され、上記第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドが第1の2’炭素アンチセンス修飾を有し、また上記第2の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドが第2の2’炭素アンチセンス修飾を有し、さらに上記第1の5’アンチセンス・ヌクレオチドの5’炭素位で、上記第1の5’アンチセンス・ヌクレオチドがリン酸化されており、
(c)ループ領域が上記センス領域と上記アンチセンス領域との間に位置している。
ここで、本発明を好ましい実施形態と関連させて説明する。これらの実施形態は、本発明の理解を助けるために提示されており、いかなる形であれ、本発明を制限することを意図したものではなく、またそのように解釈されてはならない。この開示を読むことで当業者にとって容易に理解されうる全ての代替、修飾、および等価物は、本発明の精神および範囲のなかに包含される。
用語「アルキル(alkyl)」とは、飽和または不飽和、さらに置換または非置換型であるヒドロカルビル部分のことをいう。それは、直鎖状、分岐状、環状、および/または複素環状であり、かつエーテル、ケトン、アルデヒド、カルボン酸塩等の官能基を含む部分から構成されるものであってもよい。
「2’−O−アルキル修飾ヌクレオチド(2’−O−alkyl modified nucleotide)」という成句は、ヌクレオチド単位のことをいい、該ヌクレオチド単位は糖部分、例えば、該糖の2’位に位置した炭素原子とアルキル基との両方に酸素原子が結合するようにして2’位で修飾されるデオキシリボシル部分を持つ。
用語「アミン(amine)」とは、例えば、1、2、または3つの水素原子を他の基(例えば、アルキル基)で置き換えることで、アンモニアから直接または間接的に誘導されることをいう。一級アミンは、一般構造RNH2を有し、二級アミンは一般の構造R2NHを有する。成句「2’アミン修飾ヌクレオチド」とは、糖の2’位に付着したアミンまたは窒素含有基によって修飾される糖部分を持つヌクレオチド単位のことをいう。
本明細書で用いられるフレーズ「アンチセンス鎖(antisense strand)」とは、目的とするところの標的核酸に対して、実質的または100%相補的であるポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドの一領域のことをいう。アンチセンス鎖は、ポリヌクレオチド領域(すなわちRNA、DNA、またはキメラRNA/DNA)から構成可能である。例えば、アンチセンス鎖は、一分子の伝令RNA、mRNAではないRNA(例えば、tRNA、rRNA、およびhnRNA)、あるいはコードまたは非コードのDNA配列に対して全体的または部分的に相補的であってもよい。フレーズ「アンチセンス鎖」として、2本の異なる鎖から形成される両方のポリヌクレオチドのアンチセンス領域と、ヘアピン構造を形成することができる単分子のsiRNAとが挙げられる。フレーズ「アンチセンス鎖」および「アンチセンス領域(antisense region)」は、等価であることを意図しており、同義的に使われる。アンチセンス鎖を、低分子および/またはコンジュゲートの多様な群によって修飾させることができる。
フレーズ「2’炭素修飾(2’ carbon modification)」とは、糖部分(例えば2’位で修飾されるデオキシリボシル部分)を持つヌクレオチド単位のことをいう。この位置で、糖の2’位に位置した炭素原子と、2’−O−メチル、2’−O−エチル、2’−O−プロピル、2’−O−イソプロピル、2’−O−ブチル、2’−O−イソブチル、2’−O−エチル−O−メチル(−OCH2CH2OCH3)、および2’−O−エチル−OH(−OCH2CH2OH)等のアルキル基との両方に、酸素原子が付着するようにして、「2’−O−アルキル修飾ヌクレオチド」が修飾を受ける。「2’炭素センス修飾」とは、センス鎖上またはポリヌクレオチドのセンス領域内にあるヌクレオチドの2’炭素位における修飾のことをいう。「2’炭素アンチセンス修飾」とはアンチセンス鎖上またはポリヌクレオチドのアンチセンス領域内にあるヌクレオチドの2’炭素位における修飾のことをいう。
用語「相補性(complementary)」とは、互いに塩基対を形成するポリヌクレオチドの能力のことをいう。塩基対は、逆平行ポリヌクレオチド鎖または領域内のヌクレオチド単位間の水素結合によって、概ね形成される。相補性ポリヌクレオチド鎖または領域は、ワトソン・クリック(Watson−Crick)方式(例えば、AとT、AとU、CとG)で塩基対を形成することができ、あるいは安定な二本鎖を形成することを可能とする他の任意の方法で塩基対を形成することができる。
用語「コンジュゲート(conjugate)」とは、安定性の増加および/またはそれ自体によるsiRNAの取り込みの促進をおこなう等、siRNAの物性を変える分子または部分(moiety)のことをいう。「末端コンジュゲート(terminal conjugate)は、siRNAの3’および/または5’末端に直接またはリンカーを介して付着することが可能である。内部コンジュゲートは、直接またはリンカーを介して間接的に、塩基、リボースの2’位、または他の適当な1つの位置または複数の位置、例えば5−アミノアリル・ウリジンに付着することが可能である。
用語「デオキシヌクレオチド(deoxynucleotide)」とは、2’および/または3’炭素に結合した水素を持つ代わりに、適当な結合および/または2’、3’末端ジデオキシを持つ糖部分の2’または3’位で、OH基を欠いているヌクレオチドまたはポリヌクレオチドのことをいう。
用語「デオキシリボヌクレオチド(deoxyribonulreotide)および「DNA」は、リボシル部分の2’位にHを持つ少なくとも1つのリボシル部分を含むヌクレオチドまたはポリヌクレオチドのことをいう。
ヌクレオチドからなる1本の鎖の1つの領域は、もし該第1の領域の5’側最末端部分(most portion)が第2の領域の3’末端に対してその領域の最も近接した部分である場合、第2の領域の下流であると見なされる。
フレーズ「エクサエクオ剤(exaequo agent)」とは、RNAi経路への参加見込み、またはRNAi経路へ参加する能力について他の核酸と競合する能力という観点から、不活性または半不活性である核酸のことをいう。分子をエクサエクオ剤として用いることができ、エクサエクオ剤は溶液中の核酸の総量を均一または同等にするために使用される。
フレーズ「第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチド」とは、センス鎖または領域上に対応の相補的塩基を持つアンチセンス鎖または領域の塩基に関して、その鎖の5’側最末端位置(most position)に位置しているアンチセンス鎖または領域のヌクレオチドのことをいう。したがって、2本の異なる鎖から構成されるsiRNA(すなわち、単分子またはヘアピンsiRNAではない)において、アンチセンス鎖上の任意の5’オーバーハングの一部である塩基とは異なる5’側最末端塩基(most base)と呼ぶ。第1の5’末端アンチセンスセンス・ヌクレオチドがヘアピン分子の一部である場合、用語「末端(terminal)」はアンチセンス領域内にある相対的に5’側の最末端位置のことをいい、したがってアンチセンス領域の5’側最末端ヌクレオチドである。
フレーズ「第1の5’末端センス・ヌクレオチド」は、アンチセンス・ヌクレオチドに関して定義される。2本の異なる鎖から構成される分子(すなわち、単分子またはヘアピンsiRNAではない)では、アンチセンス鎖上の対応の相補的塩基を持つセンス鎖の塩基に関して、その鎖の5’最末端位置に位置しているセンス鎖のヌクレオチドのことをいう。したがって、2本の異なる鎖(すなわち、単分子またはヘアピンsiRNAではない)から構成されるsiRNAでは、センス鎖または領域上の任意の5’オーバーハングの一部である塩基以外の5’最末端塩基である。第1の5’末端センス・ヌクレオチドが、ヘアピンを形成することができる単分子siRNA分子の一部分である場合、用語「末端」は、第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドに対して相補性を持つ塩基からの距離で測定されるセンス鎖または領域内の相対的位置のことをいう。
siRNAを、培養細胞系で誘導されるサイレンシングのレベルまたは度合いに基づいて、5つのグループ(非機能性、半機能性、機能性、高機能性、および超機能性)に分けることが可能である。本明細書に用いられるように、これらの違いは、一組の条件に基づいていおり、該条件とは、siRNAが100nMの濃度で上記細胞系に形質移入されること、サイレンシングのレベルが形質移入後おおよそ24時間(しかし形質移入後72時間を超えてはならない)に調べられることである。この文脈のなかで、「非機能性siRNA(non−functional siRNA)」は、誘導される標的サイレンシングが50%未満(<50%)であるsiRNAとして定義される。「半機能性siRNA(semi−functional siRNA)」は、50〜79%標的サイレンシングを誘導する。「機能性siRNA(functional siRNA)」は、80〜95%遺伝子サイレンシングを誘導する分子である。「高機能性siRNA(high functional siRNA)は、95%を上回る遺伝子サイレンシングを誘導する分子である。「超機能性siRNA(hyperfunctional siRNA)」は、特別な分子種である。この文書の目的のために、超機能性siRNAは、(1)サブナノモル未満の濃度(すなわち、1ナノモル未満)で形質移入した場合に特異的標的のサイレンシングを95%を上回る率で誘導し、さらに/または(2)96時間を上回る時間にわたってサイレンシングの機能的(または良好な)レベルを誘導する分子として定義される。これらの相対的機能性(絶対的であることを意図していない)は、機能的ゲノム解析、標的同定、および薬物療法等の用途に対する特定の標的とsiRNAとを比較するのに用いられる。
「機能的用量(functional dose)」とは、投与後24、48、72、および96時間で100nM濃度のmRNAを95%以上減少させるという効果を示すsiRNAの用量のことをいう。一方、siRNAの「僅かに機能的用量(marginally functional dose)」は投与後24時間で100nM濃度のmRNAを50%以上減少させる効果を示し、さらにRNAの「非機能的用量(non−functional dose)」は投与後24時間で100nM濃度のmRNAの減少を50%未満とする効果を示す。
用語「ハロゲン(halogen)」とは、フッ素、塩素、臭素、ヨウ素、またはアスタチンのいずれかの原子のことをいう。フレーズ「2’ハロゲン修飾ヌクレオチド(2’halogen modified nucleotide)」とは、2’炭素に直接付着した2’位にあるハロゲンにより修飾された糖部分を持つヌクレオチド単位のことをいう。
フレーズ「2’ハロゲン修飾ピリミジン(2’halogen modified pyrimidine)」とは、ヌクレオチドの糖の2’炭素に対して付着したハロゲン基を含むピリミジン(例えば、シトシンまたはウラシル)のことをいう。
フレーズ「ヌクレオチド間連結(internucleotide linkage)」とは、1つのsiRNA内での2つのヌクレオチド単位間に存在する結合または連結のタイプのことをいうもので、修飾されたもの、または未修飾のものであってもよい。フレーズ「修飾ヌクレオチド間連結」は、現在のところ公知、これから知られる、さらにまたはこの開示を読むことで当業者が推論する、全ての修飾ヌクレオチド間結合を包含する。ヌクレオチド間連結は、関連した対イオンを有するものであってもよく、この用語は、そのような対イオンと、ヌクレオチド間連結で形成され得る任意の配位化合物とを含むことが意図されている。
「リンカー(linker)は、他の部分(例えばヌクレオチドおよびそのコンジュゲート)と互いに付着する部分である。細胞に取り込まれる分子の安定性および/または能力をコンジュゲートが高める一方で、リンカーは細胞に取り込まれる分子に対してコンジュゲートを単に付着させることから、リンカーとコンジュゲートとを区別することが可能である。
用語「ヌクレオチド(nucleotide)」とは、リボヌクレオチドまたはデオキシリボヌクレオチド、あるいはそれらの修飾された形態、さらにはそれらの類似体のことをいう。ヌクレオチドとして、プリン、例えばアダニン、ヒポキサンチン、グアニン、およびそれらの誘導体および類似体が挙げられ、さらにピリミジンとして、例えばシトシン、ウラシル、チミン、およびそれらの誘導体および類似体が挙げられる。
修飾塩基とは、ヌクレオチド塩基のことをいい、該塩基として、例えば、アデニン、グアニン、シトシン、チミン、ならびに、1つ以上の原子もしくは基の置換または付加によって修飾されたウラシル、キサンチン、イノシン、およびキューオシンが挙げられる。塩基部分に関して修飾されたヌクレオチドから構成し得る修飾の種類のいくつかの例として、限定されるものではないが、アルキル化、ハロゲン化、チオール化、アミン化、アミド化、またはアセチル化された種々の組み合わせの塩基が挙げられる。より特異的な修飾塩基として、例えば、5−プロピニルウリジン、5−プロピニルシチジン、6−メチルアデニン、6−メチルグアニン、N,N−ジメチルアデニン、2−プロピルアデニン、2−プロピルグアニン、2−アミノアデニン、1−メチルイノシン、3−メチルウリジン、5−メチルシチジン、5−メチルウリジンおよび5位に修飾を持つ他のヌクレオチド、5−(2−アミノ)プロピルウリジン、5−ハロシチジン、5−ハロウリジン、4−アセチルシチジン、1−メチルアデノシン、2−メチルアデノシン、3−メチルシチジン、6−メチルウリジン、2−メチルグアノシン、7−メチルグアノシン、2,2−ジメチルグアノシン、5−メチルオキシウリジン、デアザヌクレオチド、例えば7−デアザ−アデノシン、6−アゾウリジン、6−アゾシチジン、6−アゾチミジン、5−メチル−2−チオウリジン、他のチオ塩基、例えば2−チオウリジンおよび4−チオウリジン、および2−チオシチジン、ジヒドロウリジン、プソイドウリジン、キューオシン、アルカエオシン、ナフチルおよび置換ナフチル基、任意のO−およびN−アルキル化プリンおよびピリミジン、例えばN6−メチルアデノシン、5−メチルカルボニルメチルウリジン、ウリジン5−オキシ酢酸、ピリジン−4−オン、ピリジン−2−オン、フェニルおよび修飾フェニル基、例えばアミノフェノールもしくは2,4,6−トリメトキシベンゼン、G−クランプ・ヌクレオチドとして作用する修飾シトシン、8−置換アデニン、およびグアニン、5−置換ウラシルおよびチアミン、アザピリミジン、カルボキシヒドロキシアルキルヌクレオチド、カルボキシルアルキルヌクレオチド、およびアルキルカルボニルアルキル化ヌクレオチドが挙げられる。修飾ヌクレオチドもまた、糖部分に関して修飾されたヌクレオチドと、さらにリボシルではない糖または類似体を持つヌクレオチドとが挙げられる。例えば、糖部分は、マンノース、アラビノース、グルコピラノース、ガラクトピラノース、4’−チオリボース、ならびに他の糖、ヘテロ環、または炭素環が挙げられる。ヌクレオチドという用語もまた、広範な塩基として当業者に知られているものを含むことが意図されている。実施例として、一例として、広範な塩基として、限定されるものではないが、3−ニトロピロール、5−ニトロインドール、またはネブラリンが挙げられる。
フレーズ「ヌクレオチド単位(nucleotide unit)」とは、単一のヌクレオチド残基のことをいい、修飾または未修飾窒素塩基、修飾もしくは未修飾の糖、および2つのヌクレオチドまたはさらなる連結を除外するコンジュゲートの連結を可能にする修飾もしくは未修飾の部分とから構成される。
用語「オフ・ターゲット(off−target)」およびフレーズ「オフ・ターゲット効果」とは、所定の標的に向けられたsiRNAまたはshRNAが、別のmRNA配列、DNA配列、または細胞タンパク質もしくは他の部分と直接あるいは間接的に相互作用することによって、意図されていない効果を生ずる、任意の事象をいう。例えば、「オフ・ターゲット効果(off−target effect)」は、siRNAまたはshRNAのセンスおよび/またはアンチセンス鎖と他の転写産物との間の部分的相同性または相補性によって、他の転写産物の同時に起こる分解が存在する時に、生ずる可能性がある。
用語「オルトエステル保護(orthoester protected)」または「オルトエステル修飾(orthoester modified)」とは、オルトエステルによるヌクレオチド単位内の糖部分の修飾のことをいう。好ましくは、この糖部分がリボシル部分である。一般に、RC(OR’)3構造を持ち、式中R’は同一または異なるもの、RはH、さらに下線が引かれたCはオルトエステルの中心炭素である。本発明のオルトエステルは、ヌクレオチド単位の糖部分の炭素が酸素に結合し、次にオルトエステルの中心炭素に結合しているオルトエステルから構成される。オルトエステルの中心炭素に対して次に結合するものは、2つの酸素原子であり、合計3つの酸素がそのオルトエステルの中心炭素に結合することになる。中心炭素に結合したこれら2つの酸素(いずれも糖部分の炭素には結合しない)は、次に同一または異なる2つの部分を構成する炭素に結合する。例えば、上記酸素の一方はエチル部分に結合することができ、また他方はイソプロピル部分に結合することができる。一例では、RをH、1つのR’をリボシル部分とすることができ、他の2つのR’を2つの2−エチル−ヒドロキシル部分とすることができる。オルトエステルを糖部分の任意の位置に置くことができ、例えば、2’、3’、および/または5’位に置くことができる。好ましいオルトエステル、さらにオルトエステル保護ポリヌクレオチドの製造方法については、米国特許第5,889,136号および第6,008,400号に記載されている。
用語「オーバーハング(overhang)」とは、第1の鎖または領域が二本鎖を形成する相補性鎖の末端を越えて延びる1本の鎖または領域から生ずる、末端の塩基対を形成していない1つまたは複数のヌクレオチドのことをいう。塩基対の水素結合を介して二本鎖を形成することができる2つのポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチド領域の一方または両方が、2つのポリヌクレオチドまたは領域によって共有された相補性の5’および/または3’末端を越える3’および/または5’末端を有することが可能である。二本鎖の3’および/または5’末端を越えて延びる一本鎖領域を、オーバーハングという。
フレーズ「医薬的に許容される担体(pharmaceutically acceptable carrier)」として、細胞へのdsRNA、dsDNA、またはdsRNA/DNAハイブリッドの導入を促進させる組成物が挙げられ、また限定されるものではないが、溶媒または分散剤、コーティング剤、抗感染剤、等張剤、および本発明のポリヌクレオチドおよびsiRNAの吸収時間もしく放出の媒介となる薬剤が挙げられる。
用語「ポリヌクレオチド(polynucleotide)」とは、ヌクレオチドのポリマーのことをいい、限定されるものではないが、DNA、RNA、DNA/RNAハイブリッドが挙げられ、規則的および不規則的に交互になったデオキシリボシル部分およびリボシル部分からなるポリヌクレオチド鎖(すなわち、交互ヌクレオチド単位が、糖部分の2’位で、−OH、次に−H、次に−OH、つぎにH、等を持つ)と、種々の構成要素または部分が任意の位置でヌクレオチド単位に付着しているそのような種類のポリヌクレオチドの修飾とが含まれる。特に明記しない限り、または文脈から明らかにならない限り、用語「ポリヌクレオチド」として、単分子siRNAと2本のことなる鎖から構成されるsiRNAとが挙げられる。
用語「ポリリボヌクレオチド(polyribonucletotide)」とは、2つ以上の修飾または未修飾リボヌクレオチドおよび/あるいはそれらの類似体を含むポリヌクレオチドのことをいう。
用語「リボヌクレオチド(ribonucleotide)」およびフレーズ「リボ核酸(ribonucleic acid)」(RNA)は、少なくとも1つのリボヌクレオチド単位を含む修飾または未修飾のヌクレオチドまたはポリヌクレオチドのことをいう。リボヌクレオチド単位は、リボシル部分の1位でのN−グリコシド連結に付着した窒素塩基を持つリボシル部分の1’位、さらに別のヌクレオチドに対する連結を可能にするか、もしくは連結を妨げる部分の2’位に対して付着する酸素を含む。
フレーズ「RNA干渉(RNA interference)」および用語「RNAi」は同義であり、少なくとも1つのリボヌクレオチド単位を含むポリヌクレオチドまたはsiRNAが生物学的プロセスに対する効果を奏するプロセスのことをいう。このプロセスは、限定されるものではないが、mRNAを分解し、翻訳を減衰させ、tRNA、rRNA、hnRNA、cDNA、およびゲノムDNAによる相互作用を生ずることによって、同様に付加的なタンパク質によってDNAのメチル化をおこなうことによっておこなわれる遺伝子サイレンシングを含む。
フレーズ「第2の5’末端アンチセンス・ヌクレオチド」とは、第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドに直接隣接し、かつ第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドの3’位に付着したヌクレオチドのことをいう。したがって、それは、対応のセンス・ヌクレオチドが存在する一組のヌクレオチド内のアンチセンス鎖または領域の最も5’末端側にある第2のヌクレオチドである。
フレーズ「第2の5’末端センス・ヌクレオチド」とは、第1の5’末端センス・ヌクレオチドに直接隣接し、かつ第1の5’末端センス・ヌクレオチドの3’位に付着したヌクレオチドのことをいう。したがって、それは、対応のアンチセンス・ヌクレオチドが存在する一組のヌクレオチド内のセンス鎖または領域の最も5’末端側にある第2のヌクレオチドである。
フレーズ「センス鎖(sense strand)」とは、伝令RNAまたはDNA配列等の標的核酸として、部分的または全体的に、同一のヌクレオチド配列の持つポリヌクレオチドまたは領域のことをいう。フレーズ「センス鎖」として、2本の異なる鎖から形成されるポリヌクレオチドの両方のセンス領域と、ヘアピン構造を形成することができる単分子siRNAのセンス領域とが挙げられる。配列が提供される場合、慣例によって、特に明記しない限り、それはセンス鎖(または領域)であり、相補性アンチセンス鎖(または領域)の存在が暗に含まれる。フレーズ「センス鎖(sense strand)」および「センス領域(sense region)」は、等価であることを意図しており、同義的に使われる。
用語「siRNA」およびフレーズ「短い干渉RNA(short interfering RNA)」とは、単分子の核酸のことをいい、またRNAiを実行することが可能であり、かつ18と30との間の塩基対長である二本鎖を持つ2本の異なる鎖から構成される核酸のことをいう。また、用語「siRNA」およびフレーズ「短い干渉RNA」として、リボヌクレオチド部分以外の部分も含む核酸が挙げられ、該部分として、限定されるものでないが、修飾ヌクレオチド、修飾ヌクレオチド連結、非ヌクレオチド、デオキシヌクレオチド、および上記ヌクレオチドの類似体が挙げられる。
用語「安定化(stabilized)」とは、dsRNAが分解に抗する一方で機能性を保つ該dsRNAの能力のことをいい、その能力は、例えば血清等の生物学的材料の存在下で、半減期として測定される。siRNAの半減期とは、例えば血清中で、siRNAが50%分解するのにかかった時間のことをいう。
実質的な相補性(substantial complementarity)とは、90%以上の相補性を示すポリヌクレオチド鎖のことをいう。
用語「トラックアビリティ」とは、分子が細胞に導入される等の後に、該分子の移動または配置を追跡する能力のことをいう。「トラッカブル(trackable)」である分子は、細胞形質移入手順等の成功および失敗を観察する上で有用である。
ここで、好ましい実施形態に関連して本発明を説明する。これらの実施形態は、本発明の理解を助けるために提供されており、いかなるかたちであれ、本発明を限定することを意図したものではなく、またそのような意図があると解釈すべきものではない。この開示を読むことによって当業者が理解しうる代替物、修飾、および等価物の全てが本発明の精神および範囲内である。
上記センス鎖は、さらにその3’末端にキャップを含み得る。好ましくは、このキャップは逆位のデオキシチミジン(idT)または末端位置(ヌクレオチド18および19)にある2つの連続的な2’−O−メチル修飾塩基である。
1.Markiewicz試薬によるヌクレオシド糖の5’−および3’−ヒドロキシル基の同時かつ一時的なブロッキング(1,3−ジクロロ−1,1,3,3,−テトライソプロピルジシロキサン[TIPS−Cl2]含有ピリジン溶液{Markiewicz,W.T.(1979)(1979)”Tetraisopropyldisiloxane−1,3−diyl,a Group for Simultaneous Protection of 3’− and 5’−Hydroxy Functions of Nucleoside,”J.Chem.Research(S),24−25}をおこなった後、クロマトグラフィーによる精製;
2.触媒としてピリジニウムp−トルエンスルホネートを用いてトリス(アセトキシエチル)−オルトフォルメート含有ジクロロメタンを用い、TIPS−ヌクレオシド糖の2’−ヒドロキシルをビス(アセトキシエチル)オルトエステル[ACE誘導体]に位置特異的変換した後、クロマトグラフィーによる精製;
3.フッ化水素およびN,N,N”N’−テトラメチルエチレンジアミン含有アセトニトリルを用いてTIP保護基の特異的除去によるヌクレオシド糖の5’−および3’−ヒドロキシル基の放出をおこなった後、クロマトグラフィーによる精製;
4.ベンズヒドロキシル−ビス(トリメチルシリロキシル)クロリド[BzH−Cl]含有ジクロロメタンを用いて5’−O−シリルエタノールとして5’−ヒドロキシルの保護を行った後、クロマトグラフィーによる精製;ならびに
5.ビス(N,N−ジイソプロピルアミノ)メトキシホスフィンおよび5−メチルチオ−1H−テトラゾール含有ジクロロメタン/アセトニトリルを用いて3’−O−ホスホラミダイトへの変換を行った後、クロマトグラフィーによる精製。
1.カップリング:適当なホスホラミダイトを5−エチルチオ−1H−テトラゾールで活性化させ、担体結合ヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチドの遊離5’ヒドロキシルと反応させる。これら2種類の試薬の濃度の最適化とモル過剰、さらにはその反応時間が、一般にサイクルあたり98%を上回るカップリング収率が得られる。
2.酸化:カップリング・ステップで形成した分子間連結は、リン原子をそのP(III)[亜リン酸塩]酸化状態に残す。生物学的に関連した酸化状態は、P(V)[リン酸塩]である。したがって、亜リン酸はtert−ブチルヒドロペルオキシド含有トルエン溶液を用いて、P(III)からP(V)に酸化する。
3.キャッピング:小量の残留未反応5’−ヒドロキシル基は、欠失を含む配列の形成を防ぐために、以降の結合サイクルへの参加かがブロックされなければならない。このことは、過剰の無水酢酸と1−メチルイミダゾールとを含むアセトニトリルで担体を処置することによって達成され、酢酸エステルとして効率的に残留5’−ヒドロキシル基がブロックされる。
4.脱シリル化:シリル保護された5’−ヒドロキシルは、次の共役反応の前に脱保護されなければならない。このことは、トリエチルアミン・トリヒドロゲンフルオリド含有N,N−ジメチホルムアミドによる処理を介して達成され、他の保護基(2’−O−ACE、N−アシル塩基保護基またはメチルホスホネート)が同時に取り除かれることなしに、素早く、かつ特異的に5’−ヒドロキシルを放出する。
2.ビス(N,N−ジイソプロピルアミノ)メトキシホスフィンおよび5−エチルチオ−1H−テトラゾール含有ジクロロメタン/アセトニトリルを用いて3’−O−ホスホラミダイトの変換をおこなった後、クロマトグラフィーによる精製。
1.担体結合オリゴリボヌクレオチドを、二ナトリウム−2−カルバモイル−2−シアノエチレン−1,1−ジチオレートトリヒドレート含有N,N−ジメチルホルムアミドで処理する。この試薬は、素早くかつ能率的に、ヌクレオチド間リン酸連結からメチル保護基を取り除く。この際、固体担体からオリゴヌクレオチドを切り離すことはない。次に、担体を水で洗浄し、過剰のジチオレートを除去する。
2.オリゴリボヌクレオチドを、室温で、40%(w/v)水溶性メチルアミンを用いて固体担体から切り離す。粗オリゴリボヌクレオチド含有メチルアミン溶液を次に55℃まで加熱して保護基をヌクレオシド塩基から取り除く。粗オルトエステル保護オリゴヌクレオチドを以下の溶媒から真空中で得る。
(a)アンチセンス鎖であって、該アンチセンス鎖は第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドから構成され、その第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドが、第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドの5’炭素位でリン酸化されている、アンチセンス鎖と、
(b)センス鎖であって、該センス鎖は第1の5’末端センス・ヌクレオチドおよび第2の5’末端センス・ヌクレオチドから構成され、第1の5’末端センス・ヌクレオチドは、第1の2’炭素センス修飾を含み、上記第2の5’末端センス・ヌクレオチドは第2の2’炭素センス修飾を含む、センス鎖と、を有する。
(a)アンチセンス領域であって、該アンチセンス領域が第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドから構成され、上記第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドは、この第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドの5’炭素位でリン酸化されている、アンチセンス領域と、
(b)センス領域であって、該センス鎖は第1の5’末端センス・ヌクレオチドおよび第2の5’末端センス・ヌクレオチドから構成され、第1の5’末端センス・ヌクレオチドは、第1の2’炭素センス修飾を含み、上記第2の5’末端センス・ヌクレオチドは第2の2’炭素センス修飾を含む、センス鎖と、
(c)ループ領域であって、該ループ領域が上記センス領域と上記アンチセンス領域との間に位置している、ループ領域と、
を含む。
(a)上記センス鎖が第1の5’末端センス・ヌクレオチドおよび第2の5’末端センス・ヌクレオチドから構成され、第1の5’末端センス・ヌクレオチドは、第1の2’炭素センス修飾を含み、上記第2の5’末端センス・ヌクレオチドは第2の2’炭素センス修飾を含む、センス鎖と、
(b)上記アンチセンス鎖が第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドから構成され、上記第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドがこの第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドの5’位でリン酸化されている、アンチセンス鎖と、
を含む。
(a)該センス領域は第1の5’末端センス・ヌクレオチドおよび第2の5’末端センス・ヌクレオチドから構成され、第1の5’末端センス・ヌクレオチドは、第1の2’炭素センス修飾を含み、上記第2の5’末端センス・ヌクレオチドは第2の2’炭素センス修飾を含む、センス領域と、
(b)上記アンチセンス領域が第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドから構成され、上記第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドがこの第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドの5’炭素位でリン酸化されている、アンチセンス領域と、
(c)ループ領域であって、該ループ領域が上記センス領域と上記アンチセンス領域との間に位置している、ループ領域と、
を含む。
(a)アンチセンス鎖であって、上記アンチセンス鎖が第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドと第2の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドとから構成され、上記第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドが第1の2’炭素アンチセンス修飾を含み、上記第2の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドが第2の2’炭素アンチセンス修飾を含み、該第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドがこの第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドの5’炭素位でリン酸化されている、アンチセンス鎖と、
(b)センス鎖であって、上記センス鎖が第1の5’末端センス・ヌクレオチドおよび第2の5’末端センス・ヌクレオチドから構成され、上記第1の5’末端センス・ヌクレオチドが第1の2’炭素センス修飾を含み、上記第2の5’末端センス・ヌクレオチドが第2の2’炭素センス修飾を含む、センス鎖と、
を含む。
(a)アンチセンス領域であって、該アンチセンス領域が第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドと第2の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドとから構成され、上記第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドが第1の2’炭素アンチセンス修飾を含み、上記第2の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドが第2の2’炭素アンチセンス修飾を含み、さらに第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドがこの第1の5’末端アンチセンス・ヌクレオチドの5’炭素位でリン酸化されている、アンチセンス領域と、
(b)センス領域であって、該センス鎖は第1の5’末端センス・ヌクレオチドおよび第2の5’末端センス・ヌクレオチドから構成され、前記第1の5’末端センス・ヌクレオチドが第1の2’炭素センス修飾を含み、前記第2の5’末端センス・ヌクレオチドが第2の2’炭素センス修飾を含む、センス領域と、
(c)ループ領域であって、該ループ領域が上記センス領域と上記アンチセンス領域との間に位置している、ループ領域と、
から構成される。
(siRNAの合成)
RNAオリゴ・ヌクレオチドは、図13に例示したヌクレオチド添加反応サイクルを使用する段階的な方式で合成した。合成は、好ましくは、適切な機械上での自動化プロセスとして行う。いくつかのこのような合成機械は、当業者に周知である。各ヌクレオチドは、固体担体に結合したオリゴ・ヌクレオチドに連続的に加える(3’方位から5’方位)。ポリスチレン担体が好ましいが、いかなる適切な担体を使用してもよい。鎖の3’位末端での第1のヌクレオシドは、固体担体に共有結合的に付着される(固体担体に対する付着)。ヌクレオチド前駆体、ホスホラミダイトやH−ホスホン酸塩などの活性化リボ・ヌクレオチド、およびテトラゾール、たとえば、Sエチル・テトラゾール(他のいかなる適切な活性化因子を使用してもよいが)などの活性化因子を加え(図13のステップi)て、第1のヌクレオシドの5’位末端上へ第2の塩基をカップリングさせる。担体を洗浄し、いかなる未反応の5’ヒドロキシル基も、それだけには限定されないが、例えば無水酢酸やフェノキシ無水酢酸などのアセチル化剤でキャップして未反応5’アセチル部位(moieties)を得る(ステップii)。次いで、たとえば、t−ブチルヒドロペルオキシドやヨウ素などの適切な酸化剤、および水を用いて、P(III)結合を、より安定で最終的に所望のP(V)結合に酸化する(ステップiii)。ヌクレオチド添加サイクルの終わりに、5’シリル基を、フッ化物イオン(たとえば、フッ化トリエチルアンモニウムまたはフッ化t−ブチルアンモニウム)を用いて切断する(ステップiv)。このサイクルを、後続のヌクレオチドそれぞれに対して繰り返す。図13にはメチル保護基を有するホスホラミダイトを例示するが、ホスホラミダイト部分(moiety)の酸素を保護または置換するために他のいかなる適切な基を用いてもよいことを強調すべきである。たとえば、アルキル基、シアノエチル基、またはチオ誘導体をこの位置で使用してもよい。さらに、ステップ(i)に入る活性化ヌクレオシドは、異なる種類の活性化のヌクレオシド(例えばH−ホスホン酸塩、メチルホスホラミダイト、またはチオホスホラミダイト)であってもよい。担体に取り付けた初期または3’位のヌクレオシドは、シリル基よりむしろジメトキシトリチル基などの異なる5’位保護基を有することができることに留意すべきである。標準のDNA合成化学に使用されるとき、ジメトキシトリチル基の切断は酸水解を必要とする。すなわち、ジクロロ酢酸(DCA)やトリクロロ酢酸(TCA)などの酸は、このステップのために単独で使用される。DCA切断ステップとは別に、このサイクルを、所望のポリヌクレオチドを合成するのに必要な回数繰り返す。
以下のガイドラインは、修飾RNAの合成のために提供し、当技術分野で知られているいかなる自動合成器にも容易に適合することができる。
3’位修飾を組み込むためのいくつかの方法がある。3’位修飾は、当技術分野で周知の方法を用いて、選択された固体担体上へ固着または「搭載(load)」することができる。代替として、3’位修飾を、ホスホラミダイトとして使用することができる。このホスホラミダイトは、標準の合成方法を用いて一般的な担体にカップリングさせ、この一般的な担体は、所望の末端修飾の活性化ホスホラミダイトを導入することによって3’位末端修飾が生成されるヒドロキシルを提供する。代替として、ポリヌクレオチドが固体担体から除去された後、後合成的に3’位修飾を導入することもできる。遊離ポリヌクレオチドは、最初は、選択された修飾の適切に活性化された形態と反応する3’位末端のヒドロキシルアミノ、チオール、またはハロゲンを有する。例は、それだけには限定されないが、N−ヒドロキシスクシンイミジルエステル、チオエーテル、ジスルフィド、マレイミド(maliemido)またはハロアルキルの反応を含む。この修飾は、今や、ポリヌクレオチドの3’位末端になる。後合成的にコンジュゲート化することができる修飾の例は、それだけには限定されないが、フルオロセイン(fluoroscein)類、アクリジン類、TAMRA、ダブシル(dabsyl)、コレステロール、ポリエチレングリコール類、マルチ原子スペーサー類(multi−atom spacer)、シアニン類、脂質類、炭水化物類、脂肪酸類、ステロイド類、ペプチド類、またはポリペプチド類であってもよい。
5’位修飾をポリヌクレオチド内に導入するいくつかの方法がある。例えば、5’修飾を有するヌクレオチドは購入することができ、そしてその後ホスホラミダイトで活性化することができる。5’位修飾を有するこのホスホラミダイトも、商業的に入手可能である。次いで、5’位修飾を有する活性化ヌクレオシドを、他のいかなる活性化ヌクレオシドも使用できるのと同様にサイクルに使用する。しかし、全ての5’位修飾が、ホスホラミダイトとして使われる訳ではない。このような場合には、5’位修飾は、3’位修飾の場合に上記で記載した類似の方法で導入することができる。
ホスホロチエート結合などの1つまたは複数のチオエート部分を有するポリヌクレオチドを、上記で説明しかつ図13に例示した合成サイクルに従って作製した。しかし、t−ブチルヒドロペルオキシドの酸化ステップの代わりに、元素硫黄または別の硫化剤を使用した。
5’位チオールを有する単量体は、グレン・リサーチ(Glen Research)などの商業的な供給元から、ホスホラミダイトとして購入することができる。これらの5’位チオール修飾単量体は、一般的に、トリチル保護基を担持する。合成の後に、このトリチル基は当技術分野で周知のいかなる方法によっても除去することができる。
特定の修飾のために、この合成サイクルの諸ステップは、いくらか変わる。たとえば、3’の末端が逆位のチミジン(dT)を有する場合(第1の塩基が5’水酸基によって固体担体に付着され、第1のカップリングが3’−3’結合である)では、脱トリチル化およびカップリングがより緩やかに生じるので、ジクロロ酢酸(DCA)などの過剰な脱トリチル化剤を用いるべきであり、カップリング時間を300秒まで増加させるべきである。いくらかの5’修飾は、長いカップリング時間を必要とすることある。例は、コレステロールと、Cy3またはCy5ビオチンのようなフルオロフォア、ダブシル(dabsyl)、アミノリンカー類、チオリンカー類、スペーサー類、ポリエチレングリコール、リン酸化剤、BODIPYまたは光切断可能なリンカーなどを含む。
(担体からの合成オリゴの脱保護および切断)
切断は、手動で、または機械上で自動化したプロセスで行った。ヌクレオチド間連結からの保護部分、例えばメチル基、の切断は、当技術分野で知られているいかなる適当な切断試薬、例えばジチオレートまたはチオフェノール、を使用することによって達成することができる。DMF中1モルのジチオレートを室温で10〜20分間にわたって固体担体に加える。次いで担体を、例えばDMFで、それから水、そしてアセトニトリルで完全に洗浄する。別法として、水での洗浄、それに引く完全なアセトニトリルでの洗浄は、いかなる残留ジチオレートを除去するのにも十分である。
HPLC等級の水および合成等級のアセトニトリルを使用する。ジチオレートは、結晶として予め調製されたものである。4.5グラムのジチオレート結晶を90mLのDMFに添加する。40パーセントのNMAは、Sigma Aldrich社などの供給元から、購入することができ、使用の準備ができている。
一本鎖(Single stranded)ポリヌクレオチドは、当技術分野で知られているいかなる方法によって、いかなる適当な緩衝液を使用してもアニールすることができる。例えば、等しい量の各々の鎖を、適当な緩衝液、例えば、50mMのHEPES pH7.5、100mMの塩化カリウム、1mMの塩化マグネシウム、に混合することができる。混合物を1分間にわたって90℃で加熱し、室温まで冷却する。他の例では、それぞれ50ミクロモル濃度となるように、各ポリヌクレオチドを別々に調製する。次いで、30ミクロリットルの各々のポリヌクレオチド溶液を、15マイクロリットルのアニーリング緩衝液(×5)と一緒に管に加える。ここで、アニーリング緩衝液の最終濃度は、100mMの塩化カリウム、30mMのHEPES−KOH pH7.4、および2mMの塩化マグネシウムである。最終的な体積は75ミクロリットルである。次いで溶液を、90℃で1分間にわたってインキュベートし、15秒間にわたって遠心機で回転させ、1時間にわたって37℃でインキュベートした後に、室温に戻す。次いで溶液を、マイナス20℃で冷凍貯蔵し、5回まで凍結融解させることができる。二本鎖の最終濃度は、20マイクロモルである。ポリヌクレオチド貯蔵のための適当な緩衝液の例は、20mMのKCl、6mMのHEPES pH7.5、0.2mMのMgCl 2である。使用される全ての緩衝液は、RNaseを含まないものでなければならない。
所望する場合、オルトエステル部分またはその複数部分は、当技術分野で知られているいかなる適当な方法によっても、ポリヌクレオチドから除去することができる。そのような方法は、揮発性の酢酸テトラメチレンジアミン(TEMED)pH3.8緩衝系を使用する。その緩衝系はオルトエステル部分またはその複数部分の除去後に凍結乾燥によって除去することができる。3.0を超えるpHでの脱保護は、リン酸ジエステル主鎖の酸触媒による切断の可能性を最小にする助けとなる。例えば、脱保護は、オルトエステルで保護されているポリヌクレオチドを懸濁させ、60℃で30分間にわたってインキュベートすることによって、TEMEDでpHを3.8に調節した100mMの酢酸を使用して達成することができる。溶液を次いで、凍結乾燥させるか、使用前に乾燥させるために素早く真空下(SpeedVac)におく。必要に応じて、脱保護後の脱塩は、当技術分野で知られているいかなる方法、例えば逆相カートリッジのエタノール沈殿または脱塩、によって実施することができる。
(RNA干渉での使用に向けて合成したsiRNA)
以下は、Dharmacon社の登録商標のACE試薬を使用して合成され、設計され、ここに記載される本発明に従って使用される、ジdTオーバーハングを有する19量体のsiRNAのリストである。「SEAP」は、人間の分泌されたアルカリホスファターゼを意味する。「ヒト・シクロ」は、ヒト・シクロフィリンを意味する。ヌクレオチド単位間の星印は、ホスホロチオエート結合である修飾ヌクレオチド間連結を意味する。構造2’−F−Cまたは2’−F−Uは、リボシル部分の2’炭素に付着したフッ素を有するヌクレオチド単位を意味する。構造2’−N−Cまたは2’−N−Uは、リボシル部分の2’炭素に付着した−NH2基を有するヌクレオチド単位を意味する。構造2’−OME−Cまたは2’−OME−Uは、CsまたはUsのいずれかのリボシル部分の2’炭素で、それぞれ2’−O−メチル修飾がむき出しになった(baring)ヌクレオチド単位を意味する。dG、dU、dA、dC、およびdTは、2’位に関してデオキシであり、代わりにリボシル部分の2’炭素に付着した水素を有するヌクレオチド単位を意味する。特に記載されない限り、以下のリストにある全てのヌクレオチド単位は、2’炭素に−OHを有するリボシルである。
(RNA干渉の実施)
(形質移入)
siRNA二本鎖を、標準の緩衝液(50ミリモルのHEPES pH7.5、100ミリモルのKCl、1mMのMgCl2)を使用してアニールした。形質移入は、後述する標準プロトコルに従って行う。
1.293およびCalu6のためのプロトコル、HeLa、MDA 75は同一である。
2.細胞は、形質移入の日に95%の集密的であるように平板培養される。
3.SuperRNAsin(Ambion)が、RNAsesに対する防御のために形質移入混合物に加えられる。
4.全ての溶液と取扱いは、RNAseを含まない条件下で実施しなければならない。
プレート1 小さなフラスコにおいて25ml媒体の0.5〜1ml、または大きいフラスコにおいて50ml媒体の1ml。
1.3mlの0.05%トリプシン−EDTAを培養フラスコ(6インチ大)に添加して5分間、37℃でインキュベート。
2.7ml(14ml大)の通常培地の添加およびピペッティング10回繰り返して、細胞を再懸濁。
3.ステップ2から細胞懸濁液を25マイクロリットル採取し、75マイクロリットルのトリパンブルー染色(1:4)および細胞カウンターに10マイクロリットル入れる。
4.標準血球計算板で細胞数を計数。
5.細胞平均数x4x10000は、1mlあたりの細胞数。
6.通常培地で希釈して350000/mlにする。
7.100マイクロリットル(HEK293では35,000細胞)を96穴プレートにプレーティング。
1.OPTI−MEM 2 ml + 80マイクロリットルのLipofectamine 2000(1:25)+ 15マイクロリットルのSuperRNAsin(AMBION)。
2.等分量(アリコート)のsiRNA(スクリーニング用100マイクロモル、0.8マイクロリットル(全希釈比は、1:750、0.8マイクロリットルの100マイクロモル溶液で最終濃度100ナノモルを得る)を所望のオーダーで深皿に移す(通常、60穴フォーマットに対して3カラムx6、または96穴に対して4カラムx8)。
3.100マイクロリットルのOPT1−MEMを移す。
4.Lipofectamine 2000およびSuperRNAsinとともに100マイクロリットルのOPT1−MEMを各ウエルに移す。
5.室温(RT)に20〜30分放置。
6.各ウエルに0.55mlの通常培地を添加。プレートをフィルムで覆って混合。
7.100x3x2を直接、細胞に対してアレイ・アウト(2枚のプレートに十分)。
8.8ml OPTI−MEM +160マイクロリットル Lipofectamine 2000(1:25)、30マイクロリットルのSuperRNAsin(AMBION)。
9.等分量のsiRNA(全希釈比は、1:750、5マイクロリットルの100マイクロモル溶液によって最終濃度100ナノモルを得る)をポリスチレン管に移す。
10. Lipofectamine 2000およびSuperRNAsin(AMBION)とともに1,300マイクロリットルのOPT1−MEMを移す。
11.室温(RT)で20〜30分間放置。
12.各ウエルに0.55mlの通常培地を添加。プレートをフィルムで覆って混合。
13.2mlを各ウェルに移す(2ウエルにとって十分)。
(活性の測定/検出)
siRNA誘導RNA干渉のレベル、または遺伝子サイレンシングを、標的mRNAレベルまたは対応のタンパク質レベルによって評価した。mRNAレベルのアッセイは、B−DNA(商標)技術(Quantagene Corp.)を用いて実施した。fLUCおよびrLUCに対するタンパク質レベルは、STEADY GLO(商標)キット(Promega Corp.)によってアッセイした。ヒトアルカリホスファターゼレベルは、Great EscAPe SEAP Fluorescence Detection Kits(#K2043−1)、BD Biosciences,Clontech.を用いてアッセイした。
(2’−デオキシ修飾/ホタル・ルシフェラーゼ遺伝子)
センス鎖およびアンチセンス鎖にある2つのタンデム2’−デオキシ修飾を持つsiRNAの機能的効果を、19量体領域の相補性とジdTオーバーハングを二本鎖の3’末端に有する21量体siRNAに導入することで、系統的に試験した。siRNAは、HEK293細胞に導入したホタル・ルシフェラーゼ遺伝子(fLUC5)に向けられた。siRNA機能性を上記したようにして測定した。毒性は、ALMARブルーで測定したところ、影響を受けていないように見えた。機能性は、3通りの濃度で評価した。すなわち、1、10、および100nM最終。使用したsiRNAの配列、および2’−デオキシ修飾の置換を、表1に示す。これらの実験の結果を図19−23に示す。
(2’−O−メチル修飾/ホタルルシフェラーゼ遺伝子)
センス鎖およびアンチセンス鎖に単一2’−O−メチル修飾、2つのタンデム2’−O−メチル修飾、および3つのタンデム2’−O−メチル修飾を持つsiRNAの機能的効果を、19量体領域の相補性とジdTオーバーハングを二本鎖の3’末端に有する21量体siRNAに導入することで、系統的に試験した。siRNAは、HEK293細胞に形質移入されたホタル・ルシフェラーゼ遺伝子(fLUC5)に向けられた。siRNA機能性は、以下のように測定した。機能性は、3通りの濃度で評価した。すなわち、1、10、および100nM最終。毒性は、ALMARブルーで測定したところ、影響を受けていないように見えた。使用したsiRNAの配列および2’−O−メチル修飾の配置は、表5に示す。これらの実験の結果を図24〜28に示す。
(実施例8)
(2’−デオキシおよび2’−O−メチル修飾/センス対アンチセンス鎖)
15の二本鎖(そのうち5つがヒト・シクロフィリン遺伝子に向けられ、10がホタル/ルシフェラーゼに向けられている)を種々の修飾により試験した(図29〜31参照)。ヒトのシクロフィリンBについて、試験した二本鎖は、(1)未修飾、(2)センス鎖の第1および第2の位置に2’−O−メチル修飾、および(3)アンチセンス鎖の第1および第2の位置に2’−O−メチル修飾、さらに(4)センス鎖およびアンチセンス鎖上に2’−O−メチル修飾を含む。ルシフェラーゼに関して、ヒト/シクロフィリンBについて記載された修飾の全てに加えて、(1)AS鎖の5’リン酸化と併用したAS鎖上の2’−O−メチル修飾と、(2)アンチセンス鎖の5’リン酸化と併用したセンスおよびアンチセンス鎖の2’−O−メチル修飾を、試験した。全ての15の二本鎖について、2’−O−メチル部分を持つセンス鎖の位置1および2での修飾は、機能性と干渉しなかった。アンチセンス鎖の同一の修飾は、二本鎖の機能性を制限した。この機能性の減少は、アンチセンス鎖がその5’末端でリン酸化された場合に、部分的に少なくなった(図30および31)。上記のデータを考え合わせると、アンチセンス鎖の5’リン酸化と併用したセンス鎖の1位および2位の2’−O−メチル化は、二本鎖の機能性を変えることなくセンス鎖オフ・ターゲット化を制限するようにsiRNA二本鎖を修飾する、安価で信頼性があり、さらに非毒性である方法である。この情報は、商業的価値がある。なぜなら、それによってsiRNAの特異性と効力とが高められるからである。最近のマイクロアレイ・データによれば、丁度11ヌクレオチドの存在で非特異的なサイレンシングの誘導が十分なされることを示している。siRNA二本鎖のセンス鎖内に存在する相同性は、概ね、少なくとも半分の非特異的機能性を構成する。固有の非特異性がブロックされる場合、センス鎖はオフ・ターゲット化に貢献することができず、siRNAの特異性は増加するはずである。機能的RISCアンチセンス鎖複合体への平衡の移動もまた、siRNAの有効濃度を下げる。
(5’コンジュゲートによる修飾siRNA)
二本鎖安定性、機能性、および受動的取り込みに対する種々の修飾の効果をアッセイした。図33は、二本鎖安定性に対するコレステロール・コンジュゲーションおよび(センスおよびアンチセンス鎖の1位および2位上の2’−O−メチル修飾、プラス、センス鎖の全てのCおよびUの2’−O−メチル修飾、アンチセンス鎖の全てのCおよびUの2’F修飾、プラス、アンチセンス鎖の5’リン酸化)の効果を示す。裸のsiRNAまたは修飾siRNAは32P標識(AS鎖、T4キナーゼ、プロメガ)し、血清(または血清アルブミン)とともにインキュベートし、さらにゲル・シフト・クロマトグラフィー(変性、15%PAGE)で走らせた。これらの実験の結果は、未修飾二本鎖が素早く分解した一方で、コレステロールおよび既に説明した修飾を持つsiRNAは、血清または血清アルブミン存在下で安定であることを示す。同様に、3’idTキャッピングおよびCHO(5’センス)コンジュゲーションと併用したCおよびUの2’−O−メチル修飾を担持するsiRNAについてもまた、安定性の増大が示される(図35)。
(SEAP2217標的上での2’でのデオキシおよび2’−O−メチル修飾ウオーク)
SEAPコンストラクトを標的にしたsiRNAを用いた2’−デオキシおよび2’−O−メチル・ウオークに使用するコンストラクト(図31および図32参照)を表6に示す。
(分子1修飾および安定性)
実施例11〜18の目的のために、用語「分子1修飾(molecule 1 modifications)」とは、センス鎖上の1および2位に2’−O−メチル修飾、センス鎖上の全てのCおよびU上に2’−O−メチル修飾、アンチセンス鎖上の全てのCおよびUの2’−フッ素(Fl)修飾、およびアンチセンス鎖の5’末端上にあるリン酸塩修飾を含む分子のことをいう。同様に、用語「分子2修飾(molecule 2 modification)」は、センス鎖の1および2位上の2’−O−メチル修飾、センス鎖の全CsおよびUs上の2’−O−メチル修飾、センス鎖の5’末端上のCy3標識、アンチセンス鎖の全てのCおよびU上の2’−フッ素(Fl)修飾、ならびにアンチセンス鎖の5’末端上のリン酸塩修飾を含む分子のことをいう。
(分子1修飾およびsiRNAサイレンシング抗力)
siRNA抗力に対する分子1修飾の効果を評価するために、ヒト・シクロフィリンB(U1およびU2)に向けられた2種類のユニークなsiRNAを、2’−O−ACEケミストリーを用いて、修飾および未修飾形態で合成し、その機能性について、全細胞アッセイで調べた。手短に言えば、濃度0.01〜200nMで、修飾および未修飾siRNAをHeLa細胞(10,000細胞/ウエル、96穴プレート)に形質移入(Lipofectamine 2000)し、24〜48時間培養した。続いて、指定された標的の発現レベルを、分岐DNAアッセイを用いて評価した(Genospectra、Femont、CA)。
(分子1修飾およびサイレンシング寿命)
siRNAのサイレンシング寿命(silencing longevity)に対する分子1修飾の効果を判断するために、ヒト・シクロフィリンB遺伝子を対象とするsiRNAを修飾および未修飾形態で合成し、前述のごとくHeLa細胞(100nM)に形質移入した。続いて、サイレンシングのレベルを分岐DNAアッセイを用いて、7日間にわたってモニターした。
(分子1修飾および毒性)
siRNA毒性に対する分子1修飾の効果を判断するために、ヒト・シクロフィリンBを対象とする4種類のsiRNA(U1〜U4)を修飾および未修飾形態で合成し、0.01〜200nMの濃度範囲で、HeLa細胞に形質移入した。形質移入後t=48時間の時点で、Alamer Blue生存度アッセイを実施して細胞個体群内での細胞死のレベルを評価した。修飾二本鎖と未修飾二本鎖との並列比較では、試験した濃度のいずれかで誘導される細胞死のレベルに違いは無かった(図40)。
(分子1修飾およびオフ・ターゲット効果)
オフ・ターゲット効果に対する分子1修飾の効果を評価するために、4種類のsiRNA標的ヒト・シクロフィリンB(U1〜U4)を修飾および未修飾形態で合成し、100nMの濃度でHeLa細胞に形質移入した。続いて、(1)偽形質移入、(2)形質移入(未修飾)、および(3)形質移入(修飾)細胞から得た全RNAを精製(Qiagen)し、cDNAに変換し、さらにAgilent’s Low RNA Input Linear Amp Kitを用いて、 Cy3(偽形質移入)またはCy5(形質移入−未修飾、形質移入−修飾)による標識をおこなった。偽形質移入および非形質移入細胞から得た標識cDNAを混合し、21,000を上回る数のプローブが含まれるAgilent Human1A(V2)Oligo Microarrayにハイブリダイズさせた。修飾および未修飾試料と結合したオフ・ターゲットの数を、ソフトウェア(Aglilent’s Feataure Extraction,Sptfire,およびSptfire Functional Genomics)(それぞれバージョン7.2、7,2、および7.1)を用いて、評価した。
(分子2修飾およびサイレンシング効力)
分子2修飾を含むsiRNAの機能性を試験するために、ヒト・シクロフィリンBを対象とするsiRNAであるシクロ14(5’GOCCTTAGCTACAGGAGAG、センス鎖 配列番号322)を、分子2修飾により合成し、さらに指定した標的をサイレンシングする能力について試験した。手短に言えば、cyclo14を、2’−O−ACEケミストリーを用いた適当な修飾により合成した。続いて、T482HeLa細胞(10,000細胞/ウエル、96穴プレート)をプレーティングして一晩培養し、さらに100nM濃度でcyclo14二本鎖による形質移入(Lipofectamine 2000)をおこなった。形質移入後3日、mRNAサイレンシングのレベルを分岐DNAアッセイ(Genospectra、Fremont、CA)を用いて評価した。
(トラックアビリティに対する分子2修飾の効果)
分子2修飾の有用性を試験するために、形質移入効率を評価する手段として、cyclo14siRNAを前述の修飾により調製し、蛍光顕微鏡で視覚化をおこなった。具体的には、cyclo14を、2’−O−ACEケミストリーを用いた適当な修飾により合成した。続いて、T482HeLa細胞(10,000細胞/ウエル、96穴プレート)をプレーティングして一晩培養し、さらに100nM濃度で適当な二本鎖による形質移入(Lipofectamine 2000)をおこなった。形質移入後48時間で、培地をHoechst33342(2μg/ml、20分、37℃)でインキュベートし、次にDapiおよびRhodamineフィルターを用いてLeica DMIL蛍光顕微鏡による視覚化をおこなった。
(安定性に対する分子2修飾の効果)
分子2修飾が二本鎖の細胞内安定を高めたかどうかを試験するために、分子2修飾を持つcyclo14siRNAをHeLa細胞に形質移入し、Cy3標識Cyclo14形質移入細胞と7日間にわたって比較した。前述の修飾の付加によってCy3単独による修飾を受けた二本鎖を上回る著しく強化されたsiRNA安定性を示す。両方の試料が第2日目(Day2)に強い染色パターンを示す一方で、Cy3−Cyclo14形質移入細胞は、第7日目(Day7)までに失う。対照的に、分子2修飾を持つcyclo14siRNAを含む細胞は、第7日(Day7)に強い染色パターンを保持している。さらに、Cy3標識二本鎖とは異なり、分子2修飾を持つsiRNAはまた、二本鎖への核アクセス(nuclear access)を促進する。
(サイレンシング活性を修飾する化学修飾の同定)
RNA合成のためのプラットホームとして2’−O−ACEケミストリーを用いて、センス(S)およびアンチセンス(AS)鎖に1、2、または3つの連続的(consecutively)に修飾したヌクレオチドからなる修飾ウォークをSEAP−2217、ヒト分泌アルカリホスファターゼ(SEAP、SEAP−2217−センス鎖5’−G U G A U G U A U G U C A G A GAG U dT dT(配列番号326))上で実行した。続いて、これらの修飾siRNAのサイレンシング効率を、SEAP発現ベクター(Clontech)を持つ各二本鎖をHEK293細胞(100nM siRNA、50ng/ウエルSEP発現ベクター、Lipofectamine 2000)に同時形質移入し、形質移入後24時間での標的タンパク質活性の減少をアッセイすることによって、評価した。図43Aおよび図43Bは、2’−O−メチル化SEAP−2217siRNAに対する修飾と機能とのあいだの相互関係を示す。SEAPを標的とする未修飾二本鎖は、SEAP遺伝子のサイレンシングを>90%誘導する。SおよびAS鎖の単一塩基修飾は、siRNA活性に対する効果をほとんど誘導しなかった。このことは、RNAiで必須の役割を演ずるような単一の2’−ヒドロシル基がいずれの鎖にもないことを示唆している。それとは対照的に、二重の並列した修飾のウオークは、修飾塩基の導入がサイレンシング活性にって著しく干渉したいくつかのキー・ポジションを同定した。
Luc 8 5’−GAAAAAUCAGAGAGAUCCU(配列番号327)
Luc 18 5’−UACCGGAAAACUCGACGCA(配列番号328)
Luc 56 5’−ACGUCGCCAGUCAAGUAAC(配列番号329)
Luc 58 5’−GAUUACGUCGCCAGUCAAG(配列番号330)
Luc 63 5’−AGAGALTCGUGGALIJACGUC(配列番号331)
Luc 81 5’−UGUUGUUUUGGAGCACGGA(配列番号332)
(上に列挙した配列はセンス鎖である)。
(オフ・ターゲッティングに対する2’−O−メチル化および5’リン酸化の効果)
アンチセンス鎖の2’−O−メチル化がサイレンシングを中断させ、一方で等価なセンス鎖標識が標的特異的サイレンシングに対してなんら効果を持たないという観察によって、センス鎖によって生ずるオフ・ターゲット・サイレンシングを排除するための戦略を示唆する。さらに、二本鎖リン酸化の下流にあるステップが2’−O−メチル化によって影響を及ぼされる可能性があるという観察は、この組み合わせ(センスおよびアンチセンス鎖の5’の位置1および2の2’−O−メチル化、プラス、AS鎖の5’末端のリン酸化)の修飾を含むsiRNAが、高効力および/または低センス/アンチセンス・オフ・ターゲッティング効果を有するものである可能性を導く。
上記したデータは、AS鎖の5’末端の1位および2位に対して2’−O−メチル基を付加することで、siRNA活性が中断することを明瞭に示している。この修飾が二本鎖機能を中断させる方法は、RNAi経路で2つの異なるステップに分解することができる。第1のステップでは、2’−O−メチル化が、二本鎖をリン酸化する常在キナーゼの活性を明確に中断させる。5’リン酸基を添加することで、細胞酵素の必要性を総合的に軽減することで、この機能を満たし、さらに二本鎖機能性を改善する。したがって、この化学的修飾の効果の1つが十分に定義される。両方の鎖の1位および2位のヌクレオチドで2’−O−メチル基によって修飾されたsiRNAのアンチセンス鎖の5’末端に、リン酸基を合成付加することで活性を増加させる一方で、完全な機能性は回復しない。この結果は、リン酸化イベントの下流にあるステップ(例えば、RISC結合、RISC媒介siRNA標的/オフ・ターゲット相互作用、ならびに/またはRISC媒介siRNA標的/オフ・ターゲット切断)もまた、2’−O−メチル化によって影響を受けることを示唆している。
機能性に関する重要なパラメータとして、RISCに対するsiRNA結合と、それに続く二本鎖巻き戻し(アンワインディング)である。ここに提示される研究は、場合によっては、その分子の本来の機能性に対して反比例する様式で、センス鎖の2’−O−Me修飾が用量応答曲線を変える。これらの知見の1つの解釈は、センスおよびアンチセンス鎖とRISCとの連携が平衡した状態で存在しており、該平衡は「オン(on)」および「オフ(off)」の係数(例えば、k1、k1’、k2、およびk 2’ 、図47)によって定義されるということである。高機能分子は、Koverall(k1k2/k1’k2’)を示し、アンチセンス鎖(例えば、Koverall=100)と結合する方向への傾きを反映している。対照的に、非機能性または半機能性分子(<F70)は、よりいっそう偏りがなくバランスのとれた鎖相互作用を示すKoverallを表す(例えば、<70siRNAについては、Koverall は約1である)。非機能性分子または半機能性分子のセンス鎖の化学修飾は、RISC−AS相互作用に対する平衡状態を駆動するので、RISC−AS:RISC−S(Koverall は約5)および全体の二重機能性を大幅に変化させる。対照的に、高機能性分子の場合、RISC−AS相互作用は既に好ましく、そのため化学修飾は、RISC−AS関連と機能性とをさらに強化することがより少なくなる。
両方の鎖の第1位および第2位にある2’−O−メチル修飾を含む二本鎖のアンチセンス鎖の5’末端に対するリン酸基の合成的付加によって、サイレンシング表現型の部分的レスキューに到る一方で、完全回復に欠けていることから、この修飾が二本鎖リン酸化の下流である付加的なステップ(例えば、RISC結合、RISC媒介siRNA標的/オフ・ターゲット相互作用、ならびに/またはRISC媒介siRNA標的/オフ・ターゲット切断)に影響を及ぼすことが示唆される。この事実は、これらの同一の修飾が、サイレンシングにとって必要なsiRNA−標的相補性の度合いに対してより大きな要求がなされるかもしれない可能性を拡げる。2’−O−メチルの位置がオフ・ターゲットと所定のsiRNA(センスまたはアンチセンス鎖)との相同性の部分と重なる場合には、化学修飾の付加は、siRNAオフ標的相互作用を脱安定化させることで、RNAi媒介ダウン・レギュレーションでの重要なステップを抑制する可能性がある。あるいは、2’−O−メチル基の位置がオフターゲットと所定のsiRNAとのあいだの相同性の部分と重なり合う場合、付加的な化学修飾がその領域で二本鎖の可撓性をかえ、それによって標的分子を分解するRISCの能力を阻害し得る。さらに別のシナリオでは、2’−O−メチル修飾の部位がオフ・ターゲットとの相同性の場所とは重なり得ない。この場合には、修飾の脱安定化効果がその分子の下流へ移され、それによってsiRNAに100%未満の相同性を有する標的と対を形成し、そして/または分解するRISCの能力を除去するという可能性がある。そのため、SまたはAS鎖の5’末端以外の位置にある2’−O−メチル修飾がオフ・ターゲット効果を取り除くために使用することが可能である。
(エクサエクオ剤としての修飾二本鎖)
siRNAによる継続的投薬またはマイクロアレイ実験の最中に、形質移入の間、全siRNA濃度を一定に保つことが所望される。残念なことに、第2のsiRNAの付加(例え非特異的であっても)が、標的特異的siRNAによって誘導されたサイレンシングの度合いを少なくすることができ、このことは、おそらくRISCへのアクセスのための2本の配列のあいだの競合による。そのような理由から、遺伝子標的化を中断させることがないエクサエクオ(exaequo)剤として作用し得る二本鎖の開発が重要である。
a)cyclo4 siRNA(1−100nM)、(配列番号318:GGA AAG ACU GUU CCA AAA A)
b)cyclo4 siRNA(1−100nM)、プラス、NS4(19塩基対)、
c)cyclo4 siRNA(I−100nM)、プラス、修飾NS4(17または19塩基対)、
d)センス鎖の5’末端上にCy3標識も含むcyclo4 siRNA(1−100nM)プラス、修飾NS4(17または19塩基対)。第2のsiRNAの濃度は、形質移入の最中に全siRNA濃度が100nMに保たれるように、cyclo4の濃度に第2のsiRNA濃度を一致させた。次に、分岐DNAアッセイ(Genospectra、Fremont、CA)を用いて、標的特異的サイレンシングを測定した(t=24時間)。
1.cyclo4は、有力な二本鎖である。cyclo4の濃度を100nMから1nMに減少させても、この二本鎖のサイレンシング能は、かえられない(F95、図48A−I参照)。
2.19塩基対未修飾NS4siRNAをcyclo4に加えることで、cyclo4誘導遺伝子サイレンシングに対して好適な濃度依存的減少をもたし、NS4が例えばRISC複合体へのアクセスについてcyclo4と競合していることを示唆している(図48B−I参照)。
3.センスおよびアンチセンス鎖の1および2位上の2’−O−メチル基と、センス鎖のCおよびU上の2’−O−メチル基と、アンチセンス鎖のCおよびU上の2’Fl基とを含むNS4二本鎖(17または19塩基対)は、cyclo4による標的特異的サイレンシングを減少させず、それらの二本鎖は例えばRISCに対してcyclo4と競合しないことが示唆される(図43BIIおよびBIII参照)。
4.センスおよびアンチセンス鎖の1および2位上の2’−O−メチル基と、センス鎖のCおよびU上の2’−O−メチル基と、アンチセンス鎖のCおよびU上の2’Fl基と、センス鎖の5’末端上のCy3とを含むNS4二本鎖(17または19塩基対)は、cyclo4による標的特異的サイレンシングを減少させず、それらの二本鎖は例えばRISCに対してcyclo4と競合しないことが示唆される(図48AIIおよびAIII参照)。
1.GAPDH4が、Cyclo14の存在下で(またはそれ自体で、データ不図示)、野生型転写産物の約90%サイレンシングを誘導する。
2.未修飾NS2の付加によってGAPDHサイレンシングでの劇的な減少がもたらされた。
3.センスおよびアンチセンス鎖の両方の1および2位で2’−O−メチル基によるNS2の修飾が、未修飾分子によって観察された干渉効果を除去した。
Claims (8)
- siRNAであって、
(a)センス鎖と、
(b)アンチセンス鎖と、
(c)コンジュゲートと、
を含み、前記センス鎖および/またはアンチセンス鎖が少なくとも1つの2’修飾ヌクレオチドを含み、前記2’修飾ヌクレオチドが、2’ハロゲン修飾ヌクレオチド、2’アミン修飾ヌクレオチド、2’−O−アルキル修飾ヌクレオチド、および2’アルキル修飾ヌクレオチドからなる群から選択され、前記コンジュゲートがコレステロールである、siRNA。 - 前記2’修飾ヌクレオチドが2’ハロゲン修飾ヌクレオチドであり、前記ハロゲンがフッ素である、請求項1に記載のsiRNA。
- 前記siRNAが18〜30ヌクレオチド塩基対から構成される、請求項1に記載のsiRNA。
- 前記siRNAが19ヌクレオチド塩基対から構成される、請求項1に記載のsiRNA。
- さらに、前記センス鎖および前記アンチセンス鎖の少なくとも1つが、少なくとも1つのヌクレオチド・ユニットのオーバーハングを含む、請求項1に記載のsiRNA。
- 前記センス鎖および前記アンチセンス鎖の少なくとも1つが、少なくとも1つの修飾ヌクレオチド間連結を含む、請求項1に記載のsiRNA。
- 前記修飾ヌクレオチド間連結が、ホスホロチオエート結合とホスホロジチオエート結合とからなる群から選択される、請求項6に記載のsiRNA。
- 前記センス鎖および前記アンチセンス鎖の少なくとも1つが、ポリリボヌクレオチドである、請求項1に記載のsiRNA。
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