JP4548002B2 - 分析チップ及び生体高分子の分析方法 - Google Patents
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また、バーコードではデータ量が限られているため、DNAマイクロアレイに対して多数の情報を担持させることができない。
基板と、
前記基板に搭載され、複数の光電変換素子を有した固体撮像デバイスと、
前記基板に搭載された書き込み可能な不揮発性メモリと、を備え、
前記複数の光電変換素子に光を照射せずに撮像動作を行って測定した光強度の実測値から、正常な光電変換素子に光を入射せずに撮像動作を行って測定した光強度の実測値を差し引いた補正値を前記不揮発性メモリに書き込むことを特徴とする。
また、前記複数の光電変換素子に光を照射した後、撮像動作を行って測定した光強度の実測値から前記補正値を差し引いて、複数の光電変換素子間での光感度特性のバラツキの補正を行ってもよい。
また、それぞれの個体情報に応じた特性を有している複数種のスポットが、前記固体撮像デバイスの所定の位置にそれぞれ設けられていてもよい。
また、前記スポットには、生体高分子が設けられていてもよい。
基板と、前記基板に搭載され、複数の光電変換素子を有した固体撮像デバイスと、前記基板に搭載された書き込み可能な不揮発性メモリと、を備えた分析チップを用いた生体高分子の分析方法において、
前記複数の光電変換素子に光を照射せずに撮像動作を行って測定した光強度の実測値から、正常な光電変換素子に光を入射せずに撮像動作を行って測定した光強度の実測値を差し引いた補正値を前記不揮発性メモリに書き込む書込工程を含むことを特徴とする。
また、前記複数の光電変換素子に光を照射した後、撮像動作を行って測定した光強度の実測値から前記補正値を差し引いて、複数の光電変換素子間での光感度特性のバラツキの補正を行う補正工程を更に含んでいてもよい。
図1は、本発明を適用した実施形態における生体高分子分析チップ1の概略平面図である。
図2〜図3を用いて固体撮像デバイス3について詳細に説明する。ここで、図2は、固体撮像デバイス3の画素である光電変換素子の電極構造を示した平面図であり、図3は、固体撮像デバイス3の光電変換素子の断面図である。
次に、トップゲートドライバ74、ボトムゲートドライバ75及びドレインドライバ76について説明する。トップゲートドライバ74、ボトムゲートドライバ75及びドレインドライバ76は、協同して固体撮像デバイス3を駆動するものである。
次に、スポット60について説明する。図1及び図3に示すように、複数種のスポット60,60,…が互いに離間して、マトリクス状となってオーバーコート層33上に配列されている。1つのスポット60は一本鎖プローブDNA61が多数集まった群集であり、1つのスポット60に含まれる多数の一本鎖プローブDNA61は同じ塩基配列(ヌクレオチド配列)を有する。また、スポット60ごとに一本鎖プローブDNA61の塩基配列が異なる配列となっている。DNAを構成するポリヌクレオチド核酸のような塩基は、相補的な塩基配列のみの高分子としか螺旋結合つまりハイブリダイゼーションしないので、各スポット60毎の一本鎖プローブDNA61は、それぞれ個体情報に応じたハイブリダイゼーション特性を有している。何れのスポット60も、塩基配列が既知のものである。
その他の固定方法として、アミノ基、アルデヒド基、エポキシ基等を有するシランカップリング剤を用いる方法も利用されている。この場合には、アミノ基、アルデヒド基等は、共有結合によりオーバーコート層33に導入される。
その他の固定方法として、反応活性基を導入したオリゴヌクレオチドを合成し、表面処理したオーバーコート層33に該オリゴヌクレオチドを点着し、共有結合させる方法もある。
なお、スポット60,60,…をオーバーコート層33に固定する際に、導電体層32に直流電圧を印加すると、一本鎖プローブDNA61がオーバーコート層33に静電結合するので、スポット60,60,…の固定が容易になる。
次に、メモリ81について説明する。メモリ81は、フラッシュメモリ、EEPROM、強誘電体メモリ、磁気抵抗メモリといった電気的に書き込み可能な不揮発性メモリである。メモリ制御回路82は、メモリ81に対して読み書きするための回路である。
次に、生体高分子分析チップ1の製造方法について説明する。
固体撮像デバイス3、トップゲートドライバ74、ボトムゲートドライバ75、ドレインドライバ76、メモリ制御回路82及びメモリ81を搭載した透明基板17を分注装置にセッティングすると、ホストコンピュータが製造年データ102、製造月データ103、製造日データ104、製造時データ105、製造分データ106及び製造秒データ107をメモリ81に書き込む(ステップS1)。次に、ホストコンピュータが自身固有のマシン番号108をメモリ81に書き込む(ステップS2)。次に、ホストコンピュータが製造工場や製造ライン等の製造場所コード109をメモリ81に書き込む(ステップS3)。次に、ホストコンピュータがスポット60が固定される位置であるスポット固定位置を初期化して、分注装置が最初に点着すべき位置に透明基板17を移動させる(ステップS4)。そして、分注装置が一本鎖プローブDNA61をスポット60として固体撮像デバイス3上に所定のアドレス位置に点着したら、ホストコンピュータがその点着したスポット60の一本鎖プローブDNA61の種類を特定する名称やアドレス位置等の識別コード113をメモリ81に記憶する(ステップS5)。次に、ホストコンピュータがその点着したスポット60の一本鎖プローブDNA61の塩基配列データ115をメモリ81に書き込む。次に、ホストコンピュータがその点着したスポット60の一本鎖プローブDNA61の塩基数データ114をメモリ81に書き込む(ステップS7)。
なお、ホストコンピュータは、プログラムに従って上記のようなステップ順に実行する。
次に、生体高分子分析チップ1を用いてDNAの塩基配列を分析する方法について説明する。
まず、作業者が検体からDNAを採取して、採取した二本鎖DNAを一本鎖DNAに変性してから場合によってPCR増幅を行い、得られた一本鎖DNAに蛍光物質又は光共鳴散乱物質を結合させ、一本鎖DNAを蛍光物質又は光共鳴散乱物質で標識する。蛍光物質又は光共鳴散乱物質は、分析支援装置の励起光照射装置から出射される励起光で励起されるものを選択するが、蛍光物質としては、例えばCyDyeのCy2(アマシャム社製)がある。得られた一本鎖DNAは、溶液中に含まれている。以下では、この一本鎖DNAをサンプルDNAという。
トップゲートドライバ74が1行目のトップゲートライン44から最終行目のトップゲートライン44へと順次リセットパルスを出力し、ボトムゲートドライバ75がボトムゲートライン41,41,41,…に順次リードパルスを出力する。その際、ドレインドライバ76が各行でリセットパルスが出力されているリセット期間と各行でリードパルスが出力されている期間との間に、プリチャージパルスを全てのドレインライン43,43,…に出力する。
メモリ81に格納されるデータは、図8に示すように、図5のようなデータ構成(チップID101、製造年データ102、製造月データ103、製造日データ104、製造時データ105、製造分データ106、製造秒データ107、マシン番号108、場所コード109、フラグ110、検出用固定DNA情報111)に加えて、センサー値補正用データ116を含んでも良い。
上記生体高分子分析チップ1では、光電変換素子としてダブルゲートトランジスタ20,20,…を画素として用いた固体撮像デバイス3を用いているが、別の種類の光電変換素子を画素として用いた固体撮像デバイスを生体高分子分析チップに用いても良い。例えば、フォトダイオードを画素として用いたCCDイメージセンサ、CMOSイメージセンサ等といった固体撮像デバイスを用いても良い。CCDイメージセンサにおいては、フォトダイオードが基板上にマトリクス状となって配列されており、それぞれのフォトダイオードの周囲には、フォトダイオードで光電変換された電気信号を転送するための垂直CCD、水平CCDが形成されている。CMOSイメージセンサにおいては、フォトダイオードが基板上にマトリクス状となって配列されており、それぞれのフォトダイオードの周囲にはフォトダイオードで光電変換された電気信号を増幅するためのCMOS回路が設けられている。
上記分析支援装置では、励起光照射装置が固体撮像デバイス3の受光面の上から固体撮像デバイス3に向けて励起光を照射しているが、ボトムゲート電極21が励起光を遮光する材質であれば、透明基板17の裏面(固体撮像デバイス3が形成された面と反対の面)に配置して固体撮像デバイス3に向けて励起光を照射しても良い。このようなレイアウトでは、照射された励起光が直接半導体膜23に入射されることを防止できるとともにダブルゲートトランジスタ20、20の間から進行する励起光がプローブDNA61側に入射するので、励起光によって蛍光受光感度特性が低下することを防止し且つハイブリダイゼーションによる蛍光を受光できるため正常に蛍光検知することができる。なお、この場合には、生体高分子分析チップ1には、励起光遮蔽層34を成膜しなくてもよい。
上記生体高分子分析チップ1では、スポット60が既知の塩基配列の一本鎖DNAからなるものであるが、その他の既知の生体高分子、例えば、既知のアミノ酸配列やペプチド配列のタンパク質、既知の細胞等からなるものでも良い。したがって、生体高分子分析チップ1によってタンパク質のアミノ酸配列やペプチド配列を分析することが可能となる。
また、上記実施形態では、励起光照射装置から発する励起光を紫外線とし、励起光によってサンプルDNAから発する光を蛍光(可視光)としたが、光の波長域に限定されない。但し、励起光照射装置から発する励起光がサンプルDNAに結合させた標識物質を励起させる波長域の光であること、励起光によって標識物質から発した光の波長域が励起光の波長域と異なることが必要である。また、固体撮像デバイス3が標識物質から発した光に対して感度を示すことが必要である。
また、上記分析支援装置では、コンピュータが固体撮像デバイス3から入力した画像データに従った画像を出力装置に出力し、作業者が出力された画像からサンプルDNAの配列を特定したが、コンピュータがサンプルDNAの配列を特定しても良い。すなわち、コンピュータが、特徴抽出処理によって画像データ中のどの部分が蛍光を発しているかを特定し、蛍光を発している部分に対応するスポット60を特定し、その特定したスポット60の識別コード113及び塩基配列データ115をメモリ81から読み出し、その識別コード113及び塩基配列データ115を出力装置から出力する。
3 … 固体撮像デバイス
17 … 透明基板
60 … スポット
61 … 一本鎖プローブDNA
81 … メモリ(不揮発性メモリ)
Claims (6)
- 基板と、
前記基板に搭載され、複数の光電変換素子を有した固体撮像デバイスと、
前記基板に搭載された書き込み可能な不揮発性メモリと、を備え、
前記複数の光電変換素子に光を照射せずに撮像動作を行って測定した光強度の実測値から、正常な光電変換素子に光を入射せずに撮像動作を行って測定した光強度の実測値を差し引いた補正値を前記不揮発性メモリに書き込むことを特徴とする分析チップ。 - 前記複数の光電変換素子に光を照射した後、撮像動作を行って測定した光強度の実測値から前記補正値を差し引いて、複数の光電変換素子間での光感度特性のバラツキの補正を行うことを特徴とする請求項1に記載の分析チップ。
- それぞれの個体情報に応じた特性を有している複数種のスポットが、前記固体撮像デバイスの所定の位置にそれぞれ設けられていることを特徴とする請求項1又は2に記載の分析チップ。
- 前記スポットには、生体高分子が設けられていることを特徴とする請求項3に記載の分析チップ。
- 基板と、前記基板に搭載され、複数の光電変換素子を有した固体撮像デバイスと、前記基板に搭載された書き込み可能な不揮発性メモリと、を備えた分析チップを用いた生体高分子の分析方法において、
前記複数の光電変換素子に光を照射せずに撮像動作を行って測定した光強度の実測値から、正常な光電変換素子に光を入射せずに撮像動作を行って測定した光強度の実測値を差し引いた補正値を前記不揮発性メモリに書き込む書込工程を含むことを特徴とする生体高分子の分析方法。 - 前記複数の光電変換素子に光を照射した後、撮像動作を行って測定した光強度の実測値から前記補正値を差し引いて、複数の光電変換素子間での光感度特性のバラツキの補正を行う補正工程を更に含むことを特徴とした請求項5に記載の生体高分子の分析方法。
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