JP2024056817A - 抗sirp-アルファ抗体 - Google Patents
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Abstract
【課題】SIRPαとCD47との相互作用をブロックすることができ、いくつかの種類のがん、炎症性疾患、自己免疫疾患、呼吸器疾患、感染性疾患、又は線維症の治療を可能にするほどSIRPγに対して選択性である、汎対立遺伝子抗SIRPα抗体を提供する。【解決手段】本発明は、SIRPα、特にヒトSIRPαに(例えば、特異的に)結合する、薬剤、特に、抗体又はその抗原結合断片を提供する。本発明の一態様において、抗体又はその抗原結合断片は、SIRPαとCD47との間の相互作用をブロックする。本発明の別の態様において、抗体又はその抗原結合断片は、CD47媒介性SIRPαシグナル伝達をブロックする。【選択図】なし
Description
配列表
本出願は、ASCIIフォーマットで電子的に提出され、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、配列表を含む。上述のASCIIコピーは、2022年5月6日に作成され、105218-03-5011-WO_Sequence_Listing.txtという名称であり、453,000バイトのサイズである。
本出願は、ASCIIフォーマットで電子的に提出され、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、配列表を含む。上述のASCIIコピーは、2022年5月6日に作成され、105218-03-5011-WO_Sequence_Listing.txtという名称であり、453,000バイトのサイズである。
関連出願の開示
本出願は、2021年6月4日に出願された米国仮出願第63/197,259号、2022年3月31日に出願された米国仮出願第63/325,828号、及び2022年5月6日に出願された米国仮出願第63/339,326号の利益を主張し、これらの各々は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
本出願は、2021年6月4日に出願された米国仮出願第63/197,259号、2022年3月31日に出願された米国仮出願第63/325,828号、及び2022年5月6日に出願された米国仮出願第63/339,326号の利益を主張し、これらの各々は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
本発明は、一般に、治療的使用及び/又は診断的使用のための抗SIRPα(シグナル調節タンパク質アルファ)抗体又はその抗原結合断片に関する。より具体的には、本発明は、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片、並びに様々な疾患又は障害、例えば、がん、炎症性疾患、自己免疫疾患、呼吸器疾患、感染性疾患、又は線維症の治療のためのそれらの使用方法に関する。抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片を含む薬学的組成物及びキットも開示される。
SIRPαは、マクロファージ、好中球、及び樹状細胞のサブセット等の骨髄系細胞上に発現する阻害性受容体である。SIRPαは、3つのIg様ドメインと、単一の膜貫通ドメインと、2つの典型的な免疫受容体チロシンベースの阻害モチーフ(ITIM)を形成する4個のチロシン残基を有する細胞質尾部と、を含有する。SIRPαの天然リガンドは、CD47であり、赤血球及び血小板を含む多くの細胞上で発現される。CD47に対するSIRPαの結合によって、SIRPα細胞内ITIMドメインにおけるチロシン残基のリン酸化、その後の細胞膜におけるSHP-1及びSHP-2ホスファターゼの動員及び活性化が起こり、次いで、下流の標的の脱リン酸化によって、食作用又は抗原提示を含む細胞機能を調節することができる。
効果的なSIRPαアゴニストの開発は、CD47結合ドメイン内の多型によって複雑化する。一般的な集合体には、最大10個の対立遺伝子バリアントが存在し得ることが報告されており(Takenaka 2007;Nat Immunol 2007 Dec;8(12):1313-23.doi:10.1038/ni1527.)、近年の研究(Treffers,2018,Eur J Immunol.2018 Feb;48(2):344-354.doi:10.1002/eji.201747215.、MAbs Aug/Sep 2019;11(6):1036-1052.doi:10.1080/19420862.2019.1624123.)は、2つのSIRPαバリアントV1及びV2が、最も多く見られる対立遺伝子群であるホモ接合型V1/V1、ホモ接合型V2/V2、及びヘテロ接合型V1/V2を構成することを強調している。これらのバリアントは、CD47結合を担うSIRPαのN末端免疫グロブリン様ドメイン中の118個のアミノ酸残基のうちの13個が異なっている。これらの多型性残基は、CD47結合部位の外側に位置しており、したがって、SIRPαバリアントに対するCD47結合の親和性は、同様である(Hatherley D,2008 Immunity 2008 Nov 14;29(5):675-8.doi:10.1016/j.immuni.2008.10.004)。その結果、SIRPα遺伝子型とは無関係な、多様な患者集団におけるSIRPαの治療標的化は、この2つの主要なSIRPα対立遺伝子(V1及びV2)と交差反応する汎対立遺伝子抗体を必要とする。
SIRPαを標的化するときに多型性バリアントを考慮することに加えて、特にN末端ドメインにおける高い配列保存性を考慮して、SIRPβ1及びSIRPγといったSIRPαの最も近い関連物も考慮すべきである。SIRPβ1は、SIRPαと同様に、骨髄系統の細胞でも主に発現されるが、SIRPαとは異なり、その自身のシグナル伝達細胞質ドメインを欠いているが、膜貫通領域内に正に帯電したアミノ酸残基を有し、それによりITAM含有アダプター分子DAP12と安定に会合することができ、したがって、活性化受容体として作用すると推定される。SIRPβ1は、CD47に結合せず、そのリガンドは、特定されていない。SIRPβ1の少なくとも2つのアイソフォームが存在する(Liu et al 2007 J Mol Biol.2007 Jan 19;365(3):680-93.doi:10.1016/j.jmb.2006.09.079、Brooke et al.2004 J Immunol.2004 Aug 15;173(4):2562-70.doi:10.4049/jimmunol.173.4.2562.)、これらはSIRPファミリー遺伝子クラスター内の遺伝子のタンデム複製によって生じた。SIRPγは、T細胞及び活性化NK細胞でのみ発現され、SIRPα:CD47相互作用よりも10倍低い親和性でCD47に結合する。固有のシグナル伝達能力は有していないが、T細胞経内皮移行(TEM)及び抗原提示において、何らかの役割を果たすという証拠が報告されている。
以上のことから、SIRPαとCD47との相互作用をブロックすることができ、いくつかの種類のがん、炎症性疾患、自己免疫疾患、呼吸器疾患、感染性疾患、又は線維症の治療を可能にするほどSIRPγに対して選択性である、汎対立遺伝子抗SIRPα抗体が必要とされている。
本発明は、SIRPα、特にヒトSIRPαに(例えば、特異的に)結合する、薬剤、特に、抗体又はその抗原結合断片を提供することによって、上述の必要性に対処するものである。本発明の一態様において、抗体又はその抗原結合断片は、SIRPαとCD47との間の相互作用をブロックする。本発明の別の態様において、抗体又はその抗原結合断片は、CD47媒介性SIRPαシグナル伝達をブロックする。
本発明の抗体又はその抗原結合断片は、例えば、SIRPαとCD47との間の相互作用を調整することによって、特に、CD47媒介性SIRPαシグナル伝達をブロックすることによって軽減することができる疾患又は障害の治療及び/又は予防に有用である。本発明の一態様において、抗体又はその抗原結合断片は、例えば、がん、炎症性疾患、自己免疫疾患、呼吸器疾患、感染性疾患、又は線維症、好ましくは、がんの治療に有用である。
本発明は、本明細書で以下に記載される特性のうちの1つ以上を有する、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片を提供する。
本発明の一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、SIRPα、特に、ヒトSIRPα又はカニクイザルSIRPα、より特定的にはヒトSIRPαに特異的に結合する。一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、ヒトSIRPαのV1及び/又はV2対立遺伝子に結合する。本発明の一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、SIRPγ、特に、カニクイザルSIRPγ又はヒトSIRPγ、より特定的にはヒトSIRPγに結合しない(例えば、検出可能な結合が存在しないか、又は抗SIRPα抗体若しくはその抗原結合断片が1μM以上のKDで結合する)。本発明の一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、ウサギ、マウス、ラット、又はイヌSIRPαに結合しない(例えば、検出可能な結合が存在しないか、又は抗SIRPα抗体若しくはその抗原結合断片が1μM以上のKDで結合する)。
本発明の一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、SIRPα、特に、ヒトSIRPα又はカニクイザルSIRPα、より特定的にはヒトSIRPαに対するCD47の結合をブロックする。本発明の一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、ヒトSIRPα-V1及びSIRPα-V2に対するCD47の結合をブロックする。本発明の一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、CD47媒介性SIRPαシグナル伝達をブロックする。本発明の一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、マクロファージ及び/又は樹状細胞による食作用を増強する。本発明の一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、腫瘍標的化剤、特に、腫瘍標的化抗体と組み合わせて、抗体依存性細胞食作用(ADCP)を増強する。本発明の一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、マクロファージ及び/又は樹状細胞による腫瘍細胞の食作用を増強する。本発明の一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、T細胞増殖の阻害をブロックする。本発明の一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、好ましい薬物動態特性を有する。本発明の一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、好ましい生物物理学的特性、例えば、収率、品質、安定性、又は溶解性を有する。
本発明の一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、
a)配列番号33のアミノ酸配列(H-CDR1)と、配列番号34のアミノ酸配列(H-CDR2)と、配列番号35のアミノ酸配列(H-CDR3)と、を含む、重鎖可変領域、及び
配列番号36又は配列番号37のアミノ酸配列(L-CDR1)と、配列番号38のアミノ酸配列(L-CDR2)と、配列番号39のアミノ酸配列(L-CDR3)と、を含む、軽鎖可変領域、
又は
b)配列番号1若しくは配列番号223のアミノ酸配列(H-CDR1)と、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、若しくは配列番号224のアミノ酸配列(H-CDR2)と、配列番号6のアミノ酸配列(H-CDR3)と、を含む、重鎖可変領域、及び
配列番号7、配列番号8、配列番号9若しくは配列番号225のアミノ酸配列(L-CDR1)と、配列番号10、配列番号11、若しくは配列番号226のアミノ酸配列(L-CDR2)と、配列番号12若しくは配列番号227のアミノ酸配列(L-CDR3)と、を含む、軽鎖可変領域、
又は
c)配列番号52のアミノ酸配列(H-CDR1)と、配列番号53のアミノ酸配列(H-CDR2)と、配列番号54のアミノ酸配列(H-CDR3)と、を含む、重鎖可変領域、及び
配列番号55のアミノ酸配列(L-CDR1)と、配列番号56のアミノ酸配列(L-CDR2)と、配列番号57のアミノ酸配列(L-CDR3)と、を含む、軽鎖可変領域、
又は
d)配列番号33のアミノ酸配列(H-CDR1)と、配列番号70のアミノ酸配列(H-CDR2)と、配列番号71のアミノ酸配列(H-CDR3)と、を含む、重鎖可変領域、及び
配列番号36のアミノ酸配列(L-CDR1)と、配列番号72のアミノ酸配列(L-CDR2)と、配列番号39のアミノ酸配列(L-CDR3)と、を含む、軽鎖可変領域、
又は
e)配列番号262のアミノ酸配列(H-CDR1)と、配列番号87のアミノ酸配列(H-CDR2)と、配列番号88のアミノ酸配列(H-CDR3)と、を含む、重鎖可変領域、及び
配列番号36のアミノ酸配列(L-CDR1)と、配列番号72のアミノ酸配列(L-CDR2)と、配列番号89のアミノ酸配列(L-CDR3)と、を含む、軽鎖可変領域を含む。
a)配列番号33のアミノ酸配列(H-CDR1)と、配列番号34のアミノ酸配列(H-CDR2)と、配列番号35のアミノ酸配列(H-CDR3)と、を含む、重鎖可変領域、及び
配列番号36又は配列番号37のアミノ酸配列(L-CDR1)と、配列番号38のアミノ酸配列(L-CDR2)と、配列番号39のアミノ酸配列(L-CDR3)と、を含む、軽鎖可変領域、
又は
b)配列番号1若しくは配列番号223のアミノ酸配列(H-CDR1)と、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、若しくは配列番号224のアミノ酸配列(H-CDR2)と、配列番号6のアミノ酸配列(H-CDR3)と、を含む、重鎖可変領域、及び
配列番号7、配列番号8、配列番号9若しくは配列番号225のアミノ酸配列(L-CDR1)と、配列番号10、配列番号11、若しくは配列番号226のアミノ酸配列(L-CDR2)と、配列番号12若しくは配列番号227のアミノ酸配列(L-CDR3)と、を含む、軽鎖可変領域、
又は
c)配列番号52のアミノ酸配列(H-CDR1)と、配列番号53のアミノ酸配列(H-CDR2)と、配列番号54のアミノ酸配列(H-CDR3)と、を含む、重鎖可変領域、及び
配列番号55のアミノ酸配列(L-CDR1)と、配列番号56のアミノ酸配列(L-CDR2)と、配列番号57のアミノ酸配列(L-CDR3)と、を含む、軽鎖可変領域、
又は
d)配列番号33のアミノ酸配列(H-CDR1)と、配列番号70のアミノ酸配列(H-CDR2)と、配列番号71のアミノ酸配列(H-CDR3)と、を含む、重鎖可変領域、及び
配列番号36のアミノ酸配列(L-CDR1)と、配列番号72のアミノ酸配列(L-CDR2)と、配列番号39のアミノ酸配列(L-CDR3)と、を含む、軽鎖可変領域、
又は
e)配列番号262のアミノ酸配列(H-CDR1)と、配列番号87のアミノ酸配列(H-CDR2)と、配列番号88のアミノ酸配列(H-CDR3)と、を含む、重鎖可変領域、及び
配列番号36のアミノ酸配列(L-CDR1)と、配列番号72のアミノ酸配列(L-CDR2)と、配列番号89のアミノ酸配列(L-CDR3)と、を含む、軽鎖可変領域を含む。
本発明の一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、
a)配列番号33のアミノ酸配列(H-CDR1)と、配列番号34のアミノ酸配列(H-CDR2)と、配列番号35のアミノ酸配列(H-CDR3)と、を含む、重鎖可変領域、及び配列番号233のアミノ酸配列であって、アミノ酸X1=D若しくはG、及びX2=L若しくはAである、アミノ酸配列(L-CDR1)と、配列番号38のアミノ酸配列(L-CDR2)と、配列番号39のアミノ酸配列(L-CDR3)と、を含む、軽鎖可変領域、又は
b)配列番号228のアミノ酸配列(H-CDR1)であって、アミノ酸X1=N若しくはDである、アミノ酸配列と、配列番号229のアミノ酸配列であって、X1=Y若しくはD、X2=N若しくはT、X3=N若しくはQ、及びX4=S若しくはPである、アミノ酸配列(H-CDR2)と、配列番号6のアミノ酸配列(H-CDR3)と、を含む、重鎖可変領域、及び配列番号230のアミノ酸配列であって、X1=K若しくはR、X2=N若しくはT、X3=G若しくはA、及びX4=N、A若しくはTである、アミノ酸配列(L-CDR1)と、配列番号231のアミノ酸配列であって、X1=L、Q若しくはG、及びX2=N若しくはSである、アミノ酸配列(L-CDR2)と、配列番号232のアミノ酸配列であって、X1=M若しくはGである、アミノ酸配列(L-CDR3)と、を含む、軽鎖可変領域を含む。
a)配列番号33のアミノ酸配列(H-CDR1)と、配列番号34のアミノ酸配列(H-CDR2)と、配列番号35のアミノ酸配列(H-CDR3)と、を含む、重鎖可変領域、及び配列番号233のアミノ酸配列であって、アミノ酸X1=D若しくはG、及びX2=L若しくはAである、アミノ酸配列(L-CDR1)と、配列番号38のアミノ酸配列(L-CDR2)と、配列番号39のアミノ酸配列(L-CDR3)と、を含む、軽鎖可変領域、又は
b)配列番号228のアミノ酸配列(H-CDR1)であって、アミノ酸X1=N若しくはDである、アミノ酸配列と、配列番号229のアミノ酸配列であって、X1=Y若しくはD、X2=N若しくはT、X3=N若しくはQ、及びX4=S若しくはPである、アミノ酸配列(H-CDR2)と、配列番号6のアミノ酸配列(H-CDR3)と、を含む、重鎖可変領域、及び配列番号230のアミノ酸配列であって、X1=K若しくはR、X2=N若しくはT、X3=G若しくはA、及びX4=N、A若しくはTである、アミノ酸配列(L-CDR1)と、配列番号231のアミノ酸配列であって、X1=L、Q若しくはG、及びX2=N若しくはSである、アミノ酸配列(L-CDR2)と、配列番号232のアミノ酸配列であって、X1=M若しくはGである、アミノ酸配列(L-CDR3)と、を含む、軽鎖可変領域を含む。
本発明の一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、配列番号100、110、111、112、113、114、115、116、若しくは117のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号105、125、若しくは126のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
更なる態様において、本発明の抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、配列番号104、118、119、120、121、122、123、124、若しくは221のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号109、127、128、129、130、若しくは222のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
本発明の一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、配列番号100、101、102、103、若しくは104のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号105、106、107、108、若しくは109のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
本発明の一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、
a)配列番号100のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号105のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
b)配列番号110のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号125のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
c)配列番号111のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号125のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
d)配列番号112のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号125のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
e)配列番号113のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号125のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
f)配列番号114のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号125のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
g)配列番号115のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号125のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
h)配列番号116のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号125のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
i)配列番号117のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号125のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
j)配列番号111のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号126のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
k)配列番号112のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号126のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
l)配列番号113のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号126のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
m)配列番号114のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号126のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
n)配列番号115のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号126のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
o)配列番号116のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号126のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
p)配列番号117のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号126のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
a)配列番号100のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号105のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
b)配列番号110のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号125のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
c)配列番号111のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号125のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
d)配列番号112のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号125のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
e)配列番号113のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号125のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
f)配列番号114のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号125のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
g)配列番号115のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号125のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
h)配列番号116のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号125のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
i)配列番号117のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号125のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
j)配列番号111のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号126のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
k)配列番号112のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号126のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
l)配列番号113のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号126のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
m)配列番号114のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号126のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
n)配列番号115のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号126のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
o)配列番号116のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号126のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
p)配列番号117のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号126のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
本発明の一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、
a)配列番号104のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号109のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
b)配列番号118のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号127のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
c)配列番号118のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号128のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
d)配列番号119のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号127のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
e)配列番号119のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号129のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
f)配列番号120のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号127のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
g)配列番号120のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号129のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
h)配列番号121のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号127のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
i)配列番号122のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号127のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
j)配列番号118のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号130のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
k)配列番号121のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号129のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
l)配列番号122のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号129のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
m)配列番号119のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号130のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
n)配列番号123のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号127のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
o)配列番号120のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号130のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
p)配列番号123のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号129のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
q)配列番号121のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号130のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
r)配列番号122のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号130のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
s)配列番号124のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号129のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
t)配列番号124のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号127のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
u)配列番号123のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号130のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
v)配列番号124のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号130のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
w)配列番号221のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号222のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
a)配列番号104のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号109のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
b)配列番号118のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号127のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
c)配列番号118のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号128のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
d)配列番号119のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号127のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
e)配列番号119のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号129のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
f)配列番号120のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号127のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
g)配列番号120のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号129のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
h)配列番号121のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号127のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
i)配列番号122のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号127のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
j)配列番号118のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号130のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
k)配列番号121のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号129のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
l)配列番号122のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号129のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
m)配列番号119のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号130のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
n)配列番号123のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号127のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
o)配列番号120のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号130のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
p)配列番号123のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号129のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
q)配列番号121のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号130のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
r)配列番号122のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号130のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
s)配列番号124のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号129のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
t)配列番号124のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号127のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
u)配列番号123のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号130のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
v)配列番号124のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号130のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
w)配列番号221のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号222のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
本発明の一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、
a)配列番号100のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号105のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
b)配列番号101のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号106のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
c)配列番号102のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号107のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
d)配列番号103のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号108のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
e)配列番号104のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号109のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
a)配列番号100のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号105のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
b)配列番号101のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号106のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
c)配列番号102のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号107のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
d)配列番号103のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号108のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
e)配列番号104のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号109のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。
本発明の一態様において、抗SIRPα抗体は、配列番号131、138、139、140、141、142、143、144、145、146、148、149、150、151、又は152のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号174、181、182、183、184、185、186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、又は218のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。
更なる態様において、本発明の抗SIRPα抗体は、
a)配列番号131のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号174のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
b)配列番号138のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号121のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
c)配列番号139のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号182のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
d)配列番号140のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号183のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
e)配列番号141のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号184のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
f)配列番号142のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号185のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
g)配列番号143のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号186のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
h)配列番号144のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号187のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
i)配列番号145のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号188のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
j)配列番号146のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号189のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
k)配列番号147のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号190のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
l)配列番号148のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号191のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
m)配列番号149のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号192のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
n)配列番号150のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号193のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
o)配列番号151のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号194のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
p)配列番号152のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号195のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
q)配列番号217のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号218のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。
a)配列番号131のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号174のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
b)配列番号138のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号121のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
c)配列番号139のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号182のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
d)配列番号140のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号183のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
e)配列番号141のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号184のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
f)配列番号142のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号185のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
g)配列番号143のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号186のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
h)配列番号144のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号187のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
i)配列番号145のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号188のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
j)配列番号146のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号189のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
k)配列番号147のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号190のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
l)配列番号148のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号191のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
m)配列番号149のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号192のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
n)配列番号150のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号193のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
o)配列番号151のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号194のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
p)配列番号152のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号195のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
q)配列番号217のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号218のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。
本発明の一態様において、抗SIRPα抗体は、配列番号135、153、154、155、156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、又は219のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号178、196、197、198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、又は220のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。
本発明の一態様において、抗SIRPα抗体は、
a)配列番号135のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号178のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
b)配列番号153のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号196のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
c)配列番号154のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号197のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
d)配列番号155のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号198のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
e)配列番号156のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号199のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
f)配列番号157のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号200のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
g)配列番号158のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号201のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
h)配列番号159のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号202のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
i)配列番号160のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号203のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
j)配列番号161のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号204のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
k)配列番号162のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号205のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
l)配列番号163のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号206のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
m)配列番号164のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号207のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
n)配列番号165のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号208のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
o)配列番号166のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号209のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
p)配列番号167のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号210のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
q)配列番号168のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号211のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
r)配列番号169のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号212のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
s)配列番号170のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号213のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
t)配列番号171のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号214のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
u)配列番号172のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号215のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
v)配列番号173のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号216のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
w)配列番号219のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号220のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。
a)配列番号135のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号178のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
b)配列番号153のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号196のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
c)配列番号154のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号197のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
d)配列番号155のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号198のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
e)配列番号156のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号199のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
f)配列番号157のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号200のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
g)配列番号158のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号201のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
h)配列番号159のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号202のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
i)配列番号160のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号203のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
j)配列番号161のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号204のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
k)配列番号162のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号205のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
l)配列番号163のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号206のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
m)配列番号164のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号207のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
n)配列番号165のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号208のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
o)配列番号166のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号209のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
p)配列番号167のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号210のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
q)配列番号168のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号211のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
r)配列番号169のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号212のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
s)配列番号170のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号213のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
t)配列番号171のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号214のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
u)配列番号172のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号215のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
v)配列番号173のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号216のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
w)配列番号219のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号220のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。
本発明の一態様において、抗SIRPα抗体は、配列番号131、133、134、137、又は135のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号174、176、177、180、又は178のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。
本発明の一態様において、抗SIRPα抗体は、
a)配列番号131のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号174のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
b)配列番号133のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号176のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
c)配列番号134のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号177のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
d)配列番号137のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号180のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
e)配列番号135のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号178のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。
a)配列番号131のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号174のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
b)配列番号133のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号176のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
c)配列番号134のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号177のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
d)配列番号137のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号180のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
e)配列番号135のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号178のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む。
本発明の一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、ヒト抗体又はその抗原結合断片である。本発明の一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、モノクローナル抗体である。本発明の一態様において、抗SIRPα抗体は、全長抗体である。本発明の一態様において、抗SIRPα抗体又はその断片は、ヒトモノクローナル抗体、例えば、全長ヒトモノクローナル抗体である。
本発明の一態様において、抗SIRPα抗体、又はその抗原結合断片は、配列番号100、110、111、112、113、114、115、116、又は117のアミノ酸配列に対して少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、又は少なくとも99%の同一性を有する重鎖可変領域、及び配列番号105、125、又は126のアミノ酸配列に対して少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、又は少なくとも99%の同一性を有する軽鎖可変領域を含む。本発明の更なる態様において、配列番号100、110、111、112、113、114、115、116、又は117のアミノ酸配列に対して少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、又は少なくとも99%の同一性を有する重鎖可変領域、及び配列番号105、125、又は126のアミノ酸配列に対して少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、又は少なくとも99%の同一性を有する軽鎖可変領域を含む、抗体、又はその抗原結合断片は、SIRPαに特異的に結合する。本発明の一態様において、抗SIRPα抗体、又はその抗原結合断片は、配列番号104、118、119、120、121、122、123、124、又は221のアミノ酸配列に対して少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、又は少なくとも99%の同一性を有する重鎖可変領域、及び配列番号109、127、128、129、130、又は222のアミノ酸配列に対して少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、又は少なくとも99%の同一性を有する軽鎖可変領域を含む。本発明の更なる態様において、配列番号104、118、119、120、121、122、123、124、又は221のアミノ酸配列に対して少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、又は少なくとも99%の同一性を有する重鎖可変領域、及び配列番号109、127、128、129、130、又は222のアミノ酸配列に対して少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、又は少なくとも99%の同一性を有する軽鎖可変領域を含む、抗体、又はその抗原結合断片は、SIRPαに特異的に結合する。本発明の一態様において、抗SIRPα抗体、又はその抗原結合断片は、配列番号101、102、又は103のアミノ酸配列に対して少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、又は少なくとも99%の同一性を有する重鎖可変領域、及び配列番号106、107、108のアミノ酸配列に対して少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、又は少なくとも99%の同一性を有する軽鎖可変領域を含む。本発明の更なる態様において、配列番号101、102、又は103のアミノ酸配列に対して少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、又は少なくとも99%の同一性を有する重鎖可変領域、及び配列番号106、107、108のアミノ酸配列に対して少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、又は少なくとも99%の同一性を有する軽鎖可変領域を含む、抗体、又はその抗原結合断片は、SIRPαに特異的に結合する。
本発明の一態様において、抗SIRPα抗体、又はその抗原結合断片は、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgM、IgA及びIgE、例えば、ヒトIgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgM、IgA又はIgE、より特定的には、ヒトIgG1、IgG2、IgG3、IgG4からなる群から選択される抗体からの重鎖定常領域を含む。
本発明の一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、重鎖定常領域を含み、重鎖定常領域は、S241P置換を有するIgG4の重鎖定常領域である。本発明の一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、C末端リジン残基を欠く重鎖を含む。
本発明の一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、重鎖定常領域を含み、重鎖定常領域は、L234A及びL235A置換を有するIgG1の重鎖定常領域である。
本発明の一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、カッパ及びラムダ軽鎖からなる群から選択される軽鎖定常領域を含む。
本発明の一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、任意選択的に、追加の治療薬剤と組み合わせて投与される。追加の治療薬剤は、化学療法剤、抗PD-1若しくはPD-L1抗体、抗CTLA4抗体、T細胞エンゲージャー、CD137アゴニスト抗FAP二重特異性抗体、腫瘍標的化抗体、VEGF-ANG2二重特異性抗体、STINGアゴニスト、MDM2アンタゴニスト、又は放射線療法であり得る。
一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、抗PD-1抗体、例えば、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、ピジリズマブ、エザベンリマブ、又はアテゾリズマブと組み合わせて投与される。更なる態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、例えば、アベルマブ又はデュルバルマブを含む抗PD-L1抗体と組み合わせて投与される。
一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、腫瘍標的化抗体、例えば、HER2を標的化する抗体(例えば、トラスツズマブ)、EGFRを標的化する抗体(例えば、セツキシマブ、パニツムマブ)、CD20を標的化する抗体(例えば、リツキシマブ、オファツムマブ)、又はCD52を標的化する抗体(例えば、アレムツズマブ)と組み合わせて投与される。
一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、2つの治療薬剤と組み合わせて投与される。更なる態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、抗PD-1抗体(例えば、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、ピジリズマブ、エザベンリマブ、若しくはアテゾリズマブ)、又は抗PD-L1抗体(例えば、アベルマブ若しくはデュルバルマブ)、及び腫瘍標的化抗体、例えば、HER2を標的化する抗体(例えば、トラスツズマブ)、EGFRを標的化する抗体(例えば、セツキシマブ、パニツムマブ)、CD20を標的化する抗体(例えば、リツキシマブ、オファツムマブ)、又はCD52を標的化する抗体(例えば、アレムツズマブ)と組み合わせて投与される。
本発明の一態様において、抗体又はその抗原結合断片は、配列番号240~252のうちのいずれか1つに示されるアミノ酸配列を含むSIRPαタンパク質上の特定の線形又は立体配座の「SIRPαエピトープ」を認識する。本発明の一態様において、抗体又はその抗原結合断片は、配列番号253~260及び264のうちのいずれか1つ、特に、配列番号256及び257の任意の1つ以上に示されるアミノ酸配列を含むSIRPαタンパク質上の特定の線形又は立体配座の「SIRPαエピトープ」を認識する。本発明の一態様において、抗体又はその抗原結合断片は、配列番号266に示されるような、アミノ酸:LEU60、ILE61、VAL63、GLY64、PRO65、GLN82、LYS83、GLU84、THR97、LYS98、ARG99、GLU100、LYS126、GLY127、SER128、PRO129、及びASP130を含むSIRPαエピトープに結合する。本発明の一態様において、抗体又はその抗原結合断片は、配列番号265に示されるような、アミノ酸LEU60、ILE61、VAL63、GLY64、PRO65、GLN82、LYS83、GLU84、THR97、LYS98、ARG99、ASN100、LYS126、GLY127、SER128、PRO129、及びASP130を含むSIRPαエピトープに結合する。本発明の別の態様において、抗体又はその抗原結合断片は、アミノ酸ASP130を含むSIRPαエピトープに結合する。別の態様において、抗体又はその抗原結合断片は、配列番号253、配列番号254、配列番号255、配列番号264、及び配列番号256の任意の1つ以上、特に、配列番号256を含むSIRPαエピトープに結合する。
本発明の一態様において、抗体又はその抗原結合断片は、配列番号266に示されるような、アミノ酸ARG70、GLY71、ALA72、GLY73、PRO74、ALA75、ARG76、GLU77、ALA114、ALA116、GLY117、THR118、TYR120、THR131、GLU132、PHE133、SER135、及びGLU140を含むSIRPαエピトープに結合する。本発明の一態様において、抗体又はその抗原結合断片は、配列番号265に示されるような、アミノ酸ARG70、GLY71、ALA72、GLY73、PRO74、GLY75、ARG76、GLU77、ALA114、ALA116、GLY117、THR118、TYR120、VAL132、GLU133、PHE134、SER136、及びGLU141を含むSIRPαエピトープに結合する。本発明の別の態様において、抗体又はその抗原結合断片は、アミノ酸ALA72を含むSIRPαエピトープに結合する。別の態様において、抗体又はその抗原結合断片は、配列番号257、配列番号258、配列番号259、及び配列番号260の任意の1つ以上、特に、配列番号257を含むSIRPαエピトープに結合する。本発明の別の態様において、抗体又はその抗原結合断片は、SIRPαに対する抗体A~Eのいずれかの結合をブロックする。
別の態様において、抗体又はその抗原結合断片は、配列番号269又は270の修飾SIRPαV1ポリペプチド配列に対する、配列番号268のSIRPαV1ポリペプチドに対するその結合と比較して同等の結合(例えば、親和性の10倍未満の差)を示し、これは、任意選択的に、室温で測定される。好ましくは、抗体又はその抗原結合断片は、抗体A、A4、A10、又はその抗原結合断片である。
別の態様において、抗体又はその抗原結合断片は、配列番号271又は272の修飾SIRPαV1ポリペプチド配列に対する、配列番号268のSIRPαV1ポリペプチドに対するその結合と比較して、減少した結合親和性(例えば、親和性の少なくとも10倍の減少)を示し、これは、任意選択的に、室温で測定される。好ましくは、抗体又はその抗原結合断片は、抗体A、A4、A10、又はその抗原結合断片である。
別の態様において、抗体又はその抗原結合断片は、配列番号274又は275の修飾SIRPαV2ポリペプチド配列に対する、配列番号273のSIRPαV2ポリペプチドに対するその結合と比較して同等の結合(例えば、親和性の10倍未満の差)を示し、これは、任意選択的に、室温で測定される。好ましくは、抗体又はその抗原結合断片は、抗体A、A4、A10、又はその抗原結合断片である。
別の態様において、抗体又はその抗原結合断片は、配列番号277の修飾SIRPβ1ポリペプチド配列に対する、配列番号276のSIRPβ1ポリペプチドに対するその結合と比較して、減少した結合親和性(例えば、親和性の少なくとも10倍の減少)を示し、これは、任意選択的に、室温で測定される。好ましくは、抗体又はその抗原結合断片は、抗体A、A4、A10、又はその抗原結合断片である。
別の態様において、抗体又はその抗原結合断片は、配列番号279の修飾ポリペプチド配列に対する結合を示し、これは、任意選択的に、室温で測定される。好ましくは、抗体又はその抗原結合断片は、抗体A、A4、A10、又はその抗原結合断片である。
別の態様において、抗体又はその抗原結合断片は、配列番号282又は283の修飾ポリペプチド配列に対する結合を示し、これは、任意選択的に、室温で測定される。好ましくは、抗体又はその抗原結合断片は、抗体A、A4、A10、又はその抗原結合断片である。
一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、ヒトSIRPαV1及びSIRPαV2に対して同等の結合親和性を示し、例えば、ヒトSIRPαV1及びSIRPαV2に対して結合親和性(KD)における10倍未満の差(好ましくは、5倍未満の差)を示し、これは、任意選択的に、室温で測定される。
一態様において、本発明は、V1-SIRPα及び/又はV2-SIRPαに対する結合について、本発明の抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片と競合する、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片を提供する。一態様において、本発明は、V1-SIRPα及び/又はV2 SIRPαに対する結合について、配列番号100、110、111、112、113、114、115、116、若しくは117のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号105、125、若しくは126のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む抗体、又は配列番号131、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、若しくは217のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号174、181、182、183、184、185、186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、218のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む軽鎖を含む抗体と競合する、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片を提供する。
一態様において、本発明は、V1-SIRPα及び/又はV2-SIRPαに対する結合について、本発明の抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片と競合する、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片を提供する。一態様において、本発明は、V1-SIRPα及び/又はV2 SIRPαに対する結合について、配列番号104、118、119、120、121、122、123、124、若しくは221のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号109、127、128、129、130、若しくは222のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む抗体、又は配列番号135、153、154、156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、若しくは219のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号178、196、197、198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、若しくは220のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む軽鎖を含む抗体と競合する、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片を提供する。
一態様において、本発明は、上述の抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片と、薬学的に許容される賦形剤とを、任意選択的に、1つ以上の(例えば、1つ又は2つの)追加の治療薬剤と組み合わせて含む、薬学的組成物を提供する。更なる実施形態において、追加の治療薬剤は、化学療法剤、抗PD-1若しくはPD-L1抗体、抗CTLA4抗体、T細胞エンゲージャー、CD137アゴニスト抗FAP二重特異性抗体、腫瘍標的化抗体、VEGF-ANG2二重特異性抗体、STINGアゴニスト、又はMDM2アンタゴニストである。
一態様において、本発明は、医薬として使用するための、又は医薬の調製における、上述の抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片を提供する。
一態様において、本発明は、SIRPα経路障害を治療する方法であって、それを必要とする対象に薬学的有効量の上述の抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片を投与することを含む、方法を提供する。一態様において、本発明は、SIRPα経路障害を治療する際に使用するための、上述の抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片を提供する。一態様において、本発明は、SIRPα経路障害を治療するための医薬の製造における上述の抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片の使用を提供する。
一態様において、本発明は、対象(例えば、ヒト)においてSIRPαとCD47との間の相互作用を調整する方法であって、対象に、上述の抗SIRPα抗体又は抗原結合断片を、対象においてCD47媒介性SIRPαシグナル伝達をブロックするのに十分な量で含む組成物を投与することを含む、方法を提供する。一実施形態において、本発明は、対象においてSIRPαとCD47との間の相互作用を調整する際に使用するための上述の抗SIRPα抗体又は抗原結合断片を提供する。一実施形態において、本発明は、対象においてSIRPαとCD47との間の相互作用を調整するための医薬の製造における上述の抗SIRPα抗体又は抗原結合断片の使用を提供する。
一実施形態において、本発明は、食作用を増強する方法であって、対象に、上述の抗SIRPα抗体又は抗原結合断片を、CD47媒介性SIRPαシグナル伝達をブロックするのに十分な量で含む組成物を投与することを含む、方法を提供する。一実施形態において、本発明は、対象においてマクロファージ及び/又は樹状細胞による食作用を増強する際に使用するための上述の抗SIRPα抗体又は抗原結合断片を提供する。一実施形態において、本発明は、対象においてマクロファージ及び/又は樹状細胞による腫瘍細胞の食作用を増強する際に使用するための上述の抗SIRPα抗体又は抗原結合断片を提供する。一実施形態において、本発明は、対象のための医薬の製造における上述の抗SIRPα抗体又は抗原結合断片の使用を提供する。本発明の一態様において、本発明は、腫瘍標的化剤、好ましくは腫瘍標的化抗体と組み合わせて、抗体依存性細胞食作用(ADCP)を増強する方法であって、本方法が、腫瘍標的化剤、好ましくは、腫瘍標的化抗体、より好ましくは、HER2を標的化する抗体(例えば、トラスツズマブ)、EGFRを標的化する抗体(例えば、セツキシマブ、パニツムマブ)、CD20を標的化する抗体(例えば、リツキシマブ、オファツムマブ)、CD52を標的化する抗体(例えば、アレムツズマブ)と組み合わせて、対象に、上述の抗SIRPα抗体又は抗原結合断片を、CD47媒介性SIRPαシグナル伝達をブロックするのに十分な量で含む組成物を投与することを含む、方法を提供する。
一実施形態において、上の方法において、上の使用のための抗SIRPα抗体若しくはその抗原結合断片において、又は上の抗SIRPα抗体若しくはその抗原結合断片の使用において、疾患は、がん、炎症性疾患、自己免疫疾患、呼吸器疾患、感染性疾患、又は線維症からなる群から選択される。
一実施形態において、上の方法において、上の使用のための抗SIRPα抗体若しくはその抗原結合断片において、又は上の抗SIRPα抗体若しくはその抗原結合断片の使用において、抗体又はその抗原結合断片は、非経口投与経路、静脈内投与経路、又は皮下投与経路によって投与される。
一実施形態において、本発明は、上述の重鎖可変領域アミノ及び/又は軽鎖可変領域をコードする、単離されたポリヌクレオチドを提供する。
一実施形態において、本発明は、上述の重鎖及び/又は軽鎖をコードする、単離されたポリヌクレオチドを提供する。
一実施形態において、本発明は、配列番号100、101、102、103、104、105、110、111、112、113、114、115、116、117、104、118、119、120、121、122、123、124、又は221のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む重鎖可変領域をコードする、単離されたポリヌクレオチドを提供する。
一実施形態において、本発明は、配列番号105、106、107、108、109、125、126、109、127、128、129、130、又は222のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域をコードする、単離されたポリヌクレオチドを提供する。
一実施形態において、本発明は、配列番号100、101、102、103、104、105、110、111、112、113、114、115、116、117、104、118、119、120、121、122、123、124、又は221のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む重鎖可変領域をコードする、単離されたポリヌクレオチド、及び配列番号105、106、107、108、109、125、126、109、127、128、129、130、又は222のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域をコードする、単離されたポリヌクレオチドを提供する。
一実施形態において、本発明は、配列番号131、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、217、135、153、154、156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、219、133、134、137、132、又は136のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む重鎖領域をコードする、単離されたポリヌクレオチドを提供する。
一実施形態において、本発明は、配列番号174、181、182、183、184、185、186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、218、178、196、197、198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、220、176、177、180、175、又は179のうちのいずれか1ついずれか1つのアミノ酸配列を含む軽鎖領域をコードする、単離されたポリヌクレオチドを提供する。
一実施形態において、本発明は、配列番号131、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、217、135,153、154、156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、219、133、134、137、132、又は136のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む重鎖領域をコードする、単離されたポリヌクレオチド、及び配列番号174、181、182、183、184、185、186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、218、178、196、197、198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、220、176、177、180、175、又は179のうちのいずれか1ついずれか1つのアミノ酸配列を含む軽鎖領域をコードする、単離されたポリヌクレオチドを提供する。
一実施形態において、本発明は、上述のポリヌクレオチドを含む発現ベクターを提供する。
一実施形態において、本発明は、配列番号100、101、102、103、104、105、110、111、112、113、114、115、116、117、104、118、119、120、121、122、123、124、又は221のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む重鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドを含む発現ベクターを提供する。
一実施形態において、本発明は、配列番号105、106、107、108、109、125、126、109、127、128、129、130、又は222のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドを含む発現ベクターを提供する。
一実施形態において、本発明は、配列番号100、101、102、103、104、105、110、111、112、113、114、115、116、117、104、118、119、120、121、122、123、124、又は221のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む重鎖可変領域をコードするポリヌクレオチド、及び配列番号105、106、107、108、109、125、126、109、127、128、129、130、又は222のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドを含む発現ベクターを提供する。
一実施形態において、本発明は、配列番号131、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、217、135、153、154、156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、219、133、134、137、132、又は136のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む重鎖領域をコードするポリヌクレオチドを含む発現ベクターを提供する。
一実施形態において、本発明は、配列番号174、181、182、183、184、185、186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、218、178、196、197、198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、220、176、177、180、175、又は179のうちのいずれか1ついずれか1つのアミノ酸配列を含む軽鎖領域をコードするポリヌクレオチドを含む発現ベクターを提供する。
一実施形態において、本発明は、配列番号131、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、217、135,153、154、156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、219、133、134、137、132、又は136のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む重鎖領域をコードするポリヌクレオチド、及び配列番号174、181、182、183、184、185、186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、218、178、196、197、198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、220、176、177、180、175、又は179のうちのいずれか1ついずれか1つのアミノ酸配列を含む軽鎖領域をコードするポリヌクレオチドを含む発現ベクターを提供する。
一実施形態において、本発明は、上述の発現ベクターを含む宿主細胞を提供する。一実施形態において、宿主細胞は、哺乳動物細胞である。
一実施形態において、本発明は、抗体又はその抗原結合断片を製造する方法であって、
-上述の重鎖可変領域をコードする単離されたポリヌクレオチドを含む単離されたポリヌクレオチドを含む発現ベクター、及び上述の軽鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドを含む発現ベクターを含む宿主細胞を、重鎖可変領域及び軽鎖可変領域を両方とも含む抗体又はその抗原結合断片の形成を可能にする条件下で培養するステップと、
-上述の抗体又はその抗原結合断片を回収するステップと、を含む、方法を提供する。
-上述の重鎖可変領域をコードする単離されたポリヌクレオチドを含む単離されたポリヌクレオチドを含む発現ベクター、及び上述の軽鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドを含む発現ベクターを含む宿主細胞を、重鎖可変領域及び軽鎖可変領域を両方とも含む抗体又はその抗原結合断片の形成を可能にする条件下で培養するステップと、
-上述の抗体又はその抗原結合断片を回収するステップと、を含む、方法を提供する。
一実施形態において、本発明は、抗体又はその抗原結合断片を製造する方法であって、
-上述の重鎖をコードする単離されたポリヌクレオチドを含む単離されたポリヌクレオチドを含み、上述の軽鎖をコードするポリヌクレオチドを含む発現ベクターを含む宿主細胞を、重鎖可変領域及び軽鎖可変領域を両方とも含む抗体又はその抗原結合断片の形成を可能にする条件下で培養するステップと、
-上述の抗体又はその抗原結合断片を回収するステップと、を含む、方法を提供する。
-上述の重鎖をコードする単離されたポリヌクレオチドを含む単離されたポリヌクレオチドを含み、上述の軽鎖をコードするポリヌクレオチドを含む発現ベクターを含む宿主細胞を、重鎖可変領域及び軽鎖可変領域を両方とも含む抗体又はその抗原結合断片の形成を可能にする条件下で培養するステップと、
-上述の抗体又はその抗原結合断片を回収するステップと、を含む、方法を提供する。
一実施形態において、上述の方法は、抗体又はその抗原結合断片を精製するステップを更に含む。一実施形態において、上述の方法は、抗体又はその抗原結合断片を薬学的組成物へと製剤化するステップを更に含む。本明細書に開示される抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片を含む薬学的製剤も本明細書で提供される。
概要及び以下の詳細な説明は、添付の図面と併せて読むと、更に理解される。開示される組成物、方法、及びキットを例示する目的のために、方法及びキットの例示的な実施形態が図面に示されているが、これらは開示される特定の実施形態に限定されるべきではない。
CHO細胞上で発現した全長ヒトV1-SIRPα又はV2-SIRPαに対する抗体の結合を示す一連のグラフである。図1A.親CHO細胞に対する抗体結合。図1B.全長ヒトSIRPαV1(NP_542970.1)を発現するCHO細胞に対する抗体結合。図1C.全長ヒトSIRPαV2を発現するCHO細胞(CAA71403.1)を発現するCHO細胞に対する抗体結合。
ヒト単球細胞株上で発現した内因性ヒトV1-SIRPα又はV2-SIRPαに対する抗体の結合を示す一連のグラフである。図2A.U-937ヒト単球細胞株に対する抗体結合。図2B.THP-1ヒト単球細胞株に対する抗体結合。
初代ヒト単球上で発現した内因性ヒトV1-SIRPα及び/又はV2-SIRPαに対する抗体の結合を示す一連のグラフである。V1-SIRPα対立遺伝子についてホモ接合型のドナーからの初代ヒトCD14+単球に対する抗体結合(図3A~3D)。実線、破線、及び点線は、それぞれ、hIgG1(LALA)、hIgG4P、hIgG1(K322A)骨格上で操作された抗体分子を示す。
初代ヒト単球上で発現した内因性ヒトV1-SIRPα及び/又はV2-SIRPαに対する抗体の結合を示す一連のグラフである。V1-SIRPα対立遺伝子及びV2-SIRPα対立遺伝子についてヘテロ接合型のドナーからの初代ヒトCD14+単球に対する抗体結合(図4A~4D)。実線、破線、及び点線は、それぞれ、hIgG1(LALA)、hIgG4P、hIgG1(K322A)骨格上で操作された抗体分子を示す。
初代ヒト単球上で発現した内因性ヒトV1-SIRPα及び/又はV2-SIRPαに対する抗体の結合を示す一連のグラフである。V2-SIRPα対立遺伝子についてホモ接合型のドナーからの初代ヒトCD14+単球に対する抗体結合(図5A~5D)。実線、破線、及び点線は、それぞれ、hIgG1(LALA)、hIgG4P、hIgG1(K322A)骨格上で操作された抗体分子を示す。
U973SIRPα KO細胞上で発現した全長ヒトSIRPβ1に対する抗体の結合を示す一連のグラフである。全長ヒトSIRPβ1(NP_006056.2)を発現するU973SIRPα KO細胞に対する抗体結合(図6A~6D)。実線、破線、及び点線は、それぞれ、hIgG1(LALA)、hIgG4P、hIgG1(K322A)骨格上で操作された抗体分子を示す。
U973SIRPα KO細胞上で発現した全長ヒトSIRPβ1に対する抗体の結合を示す一連のグラフである。全長ヒトSIRPβL(NP_001129316.1)を発現するU973SIRPα KO細胞に対する抗体結合(図7A~7D)。実線、破線、及び点線は、それぞれ、hIgG1(LALA)、hIgG4P、hIgG1(K322A)骨格上で操作された抗体分子を示す。
組換えSIRPγタンパク質に対する抗体の結合を示すグラフである。固定化された組換えHisタグ化ヒトSIRPγ細胞外ドメイン(NP_061026.2)に対する抗体結合。
CHO細胞上で発現した全長ヒトSIRPγに対する抗体の結合を示すグラフである。全長ヒトSIRPγ(NP_061026.2)を発現するCHO細胞に対する抗体結合。
初代ヒトCD3+T細胞に対する抗体の結合を示す一連のグラフである。初代ヒトCD3+T細胞に対する抗体の結合(図10A~10D)。実線、破線、及び点線は、それぞれ、hIgG1(LALA)、hIgG4P、hIgG1(K322A)骨格上で操作された抗体分子を示す。
ヒトSIRPαに対するヒトCD47の結合のブロックを示す一連のグラフである。A.抗体は、全長ヒトSIRPαV1(NP_542970.1)を発現するCHO細胞に対するヒトCD47の結合をブロックする。B.抗体は、全長ヒトSIRPαV2(CAA71403.1)を発現するCHO細胞に対するヒトCD47の結合をブロックする。
初代細胞上で発現したSIRPαに対するヒトCD47の結合のブロックを示す一連のグラフである。抗体は、V1についてホモ接合型のドナーからの初代ヒトCD14+単球に対するヒトCD47の結合をブロックする(図12A~12D)。実線、破線、及び点線は、それぞれ、hIgG1(LALA)、hIgG4P、hIgG1(K322A)骨格上で操作された抗体分子を示す。
初代細胞上で発現したSIRPαに対するヒトCD47の結合のブロックを示す一連のグラフである。抗体は、V1-SIRPα対立遺伝子及びV2-SIRPα対立遺伝子についてヘテロ接合型のドナーからの初代ヒトCD14+単球に対するヒトCD47の結合をブロックする。実線、破線、及び点線は、それぞれ、hIgG1(LALA)、hIgG4P、hIgG1(K322A)骨格上で操作された抗体分子を示す。
初代細胞上で発現したSIRPαに対するヒトCD47の結合のブロックを示す一連のグラフである。抗体は、V2対立遺伝子についてホモ接合型のドナーからの初代ヒトCD14+単球に対するヒトCD47の結合をブロックする。実線、破線、及び点線は、それぞれ、hIgG1(LALA)、hIgG4P、hIgG1(K322A)骨格上で操作された抗体分子を示す。
細胞CD47媒介性SIRPα活性化が、抗SIRPα抗体によってブロックされることを示す一連のグラフである。抗体は、細胞CD47媒介性V1-SIRPαシグナル伝達を用量依存的にブロックする(図15A~15D)。実線、破線、及び点線は、それぞれ、hIgG1(LALA)、hIgG4P、hIgG1(K322A)骨格上で操作された抗体分子を示す。
細胞CD47媒介性SIRPα活性化が、抗SIRPα抗体によってブロックされることを示す一連のグラフである。抗体は、細胞CD47媒介性V2-SIRPαシグナル伝達を用量依存的にブロックする(図16A~16D)。実線、破線、及び点線は、それぞれ、hIgG1(LALA)、hIgG4P、hIgG1(K322A)骨格上で操作された抗体分子を示す。
ヒト単球細胞株による食作用のCD47媒介性阻害を、抗SIRPα抗体によって回復することができることを示す一連のグラフである。抗SIRPα抗体は、(図17A)V1-SIRPα及び(図17B)V2-SIRPαを発現するU937SIRPα KO細胞がCD47コーティングされたビーズを貪食する能力を回復させる。
抗SIRPα抗体が、V1-SIRPα対立遺伝子についてホモ接合型のドナーに由来する初代ヒトマクロファージによる食作用のCD47媒介性阻害を回復することを示す一連のヒストグラム及びグラフである。図18A.SIRPαアンタゴニストは、オプソニン化CD47コーティングされたビーズを貪食する単球由来のマクロファージの能力を回復する。図18B.SIRPαアンタゴニストは、非オプソニン化CD47コーティングされたビーズを貪食する単球由来のマクロファージの能力を増強する。図18C.SIRPαアンタゴニストは、オプソニン化CD47コーティングされたビーズを貪食する単球由来のマクロファージの能力を用量依存的に回復する。
抗SIRPα抗体が、V1-SIRPα対立遺伝子及びV2-SIRPα対立遺伝子についてヘテロ接合型のドナーに由来する初代ヒトマクロファージによる食作用のCD47媒介性阻害を回復することを示す一連のヒストグラム及びグラフである。図19A.SIRPαアンタゴニストは、オプソニン化CD47コーティングされたビーズを貪食する単球由来のマクロファージの能力を回復する。図19B.SIRPαアンタゴニストは、非オプソニン化CD47コーティングされたビーズを貪食する単球由来のマクロファージの能力を回復する。図19C.SIRPαアンタゴニストは、オプソニン化CD47コーティングされたビーズを貪食する単球由来のマクロファージの能力を用量依存的に回復する。
抗SIRPα抗体が、V2-SIRPα対立遺伝子についてホモ接合型のドナーに由来する初代ヒトマクロファージによる食作用のCD47媒介性阻害を回復することを示す一連のヒストグラム及びグラフである。図20A.SIRPαアンタゴニストは、オプソニン化CD47コーティングされたビーズを貪食する単球由来のマクロファージの能力を回復する。図20B.SIRPαアンタゴニストは、非オプソニン化CD47コーティングされたビーズを貪食する単球由来のマクロファージの能力を回復する。図20C.SIRPαアンタゴニストは、オプソニン化CD47コーティングされたビーズを貪食する単球由来のマクロファージの能力を用量依存的に回復する。
抗SIRPα抗体が、V1-SIRPα対立遺伝子についてホモ接合型のドナーに由来する初代ヒト樹状細胞による食作用のCD47媒介性阻害を回復することを示す一連のヒストグラムである。図21A.SIRPαアンタゴニストは、オプソニン化CD47コーティングされたビーズを貪食する単球由来の樹状細胞の能力を回復する。図21B.SIRPαアンタゴニストは、非オプソニン化CD47コーティングされたビーズを貪食する単球由来の樹状細胞の能力を回復する。
抗SIRPα抗体が、V1-SIRPα対立遺伝子及びV2-SIRPα対立遺伝子についてヘテロ接合型のドナーに由来する初代ヒト樹状細胞による食作用のCD47媒介性阻害を回復することを示す一連のヒストグラムである。図22A.SIRPαアンタゴニストは、オプソニン化CD47コーティングされたビーズを貪食する単球由来の樹状細胞の能力を回復する。図22B.SIRPαアンタゴニストは、非オプソニン化CD47コーティングされたビーズを貪食する単球由来の樹状細胞の能力を回復する。
抗SIRPα抗体が、V2-SIRPα対立遺伝子についてホモ接合型のドナーに由来する初代ヒト樹状細胞による食作用のCD47媒介性阻害を回復することを示す一連のヒストグラムである。図23A.SIRPαアンタゴニストは、オプソニン化CD47コーティングされたビーズを貪食する単球由来の樹状細胞の能力を回復する。図23B.SIRPαアンタゴニストは、非オプソニン化CD47コーティングされたビーズを貪食する単球由来の樹状細胞の能力を回復する。
抗SIRPα抗体が、MLRのヒトCD47媒介性阻害を回復することを示す一連のヒストグラムである。単独で、又は抗PD1アンタゴニストであるペムブロリズマブと組み合わせた抗SIRPα mAbによって部分的に回復する、MLRのヒトCD47-Fc媒介性免疫抑制(図24A~24B)。
抗SIRPα抗体によって認識されるエピトープを示す一連の画像である。ヒトSIRPα-V2(残基1~115)の細胞外ドメインのドメイン1に結合した、抗体E(図25A)又は抗体A(図25B)のFab断片の構造。図25C.ヒトSIRPα-V2(PDB:2JJS)の細胞外ドメインのドメイン1に結合したCD47(濃灰色)の構造。図25D~図25F:抗体EのFab断片(図25D)によって、抗体AのFab断片(図25E)、又はヒトCD47(図25F)によって接触される残基を強調する、ヒトSIRPα-V2の細胞外ドメインのドメイン1の構造。
結晶構造に基づく、抗体A::SIRPα_V2複合体及び抗体E::SIRPα_V2複合体のエピトープを示す一連の画像である。図26Aは、スティック表現として淡灰色で示されるSIRPαV2、及び原子型ごとに濃灰色で示される抗体Aの残基を示す。抗体AのFab断片までの距離が4.5Å未満の原子を含むSIRPαV1残基は、マーキングされており、プログラムMOEを用いた配列によってアラインメントされた、SIRPαV1及びSIRPγの配列までカラムによって伸長される。SIRPαV2 D130の相互作用は、この残基がグルタメートであるSIRPγに対する主要な差として強調される。図26Bは、スティック表現として淡灰色で示されるSIRPαV2、並びに原子型ごとに濃灰色で示される抗体Eの残基及び表面を示す。抗体EのFab断片までの距離が4.5Å未満の原子を含むSIRPαV1残基は、マーキングされており、プログラムMOEを用いた配列によってアラインメントされたSIRPαV1及びSIRPγの配列までカラムによって伸長される。SIRPαV2 A72の相互作用は、この残基がより大きなアミノ酸バリンで構成されるSIRPγに対する主要な差として強調される。
抗SIRPα抗体が、V1又はV2を発現するU-937細胞に対するSE5A5の結合をブロックすることを示す一連のヒストグラムである。抗SIRPα抗体による、(図27A)V1-SIRPαを発現するU-937細胞又は(図27B)V2-SIRPαを発現するU-937細胞に対する抗SIRPα mAbであるSE5A5の結合の遮断。
CHO細胞上で発現した全長cyno SIRPαに対する抗体の結合を示す一連のグラフである。図28A.全長cyno SIRPα(EGM-02252、クローンH3A9)を発現するCHO細胞に対する抗体結合。図28B.全長cyno SIRPα(XP_015313155、クローンP3HD10)を発現するCHO細胞に対する抗体結合。図28C.全長cyno SIRPα(NP_001271679、クローンHC6)を発現するCHO細胞に対する抗体結合。
CHO細胞上で発現した全長cyno SIRPβ1に対する抗体の結合を示す一連のグラフである。図29A.全長cyno SIRPβ1(XP_005568598、クローンPA2)を発現するCHO細胞に対する抗体結合。図29B.全長cyno SIRPβ1v3(XP_005568593、クローン1HC6)を発現するCHO細胞に対する抗体結合。
5mg/kg(黒色の四角)又は1mg/kg(黒色の丸)でのカニクイザルにおけるIV投与後の抗体A10の平均(SD)血清濃度-時間プロファイル。
Expi-CHO細胞上で発現した様々なアミノ酸点変異を有する全長ヒトV1-SIRPαに対する抗体の結合を示す。全長野生型ヒトSIRPαV1を発現する細胞(図31A)、SIRPαV1 N→Eを発現する細胞(図31B)、SIRPαV1 D→Eを発現する細胞(図31C)、SIRPαV1 D→Nを発現する細胞(図31D)、SIRPαV1 DD→ENを発現する細胞(図31E)、及び親CHO細胞(図31F)について、結果を示す。
Expi-CHO細胞上で発現した様々なアミノ酸点変異を有する全長ヒトV2-SIRPαに対する抗体の結合を示す。全長野生型ヒトSIRPαV2を発現する細胞(図32A)、SIRPαV2 E→Nを発現する細胞(図32B)、及びSIRPαV2 D→Eを発現する細胞(図32C)について、結果を示す。
Expi-CHO細胞上で発現したアミノ酸点変異を有する全長ヒトSIRPβ1に対する抗体の結合を示す。全長野生型ヒトSIRPβ1を発現する細胞(図33A)及びSIRPβ1 D→Hを発現する細胞(図33B)について、結果を示す。
Expi-CHO細胞上で発現したアミノ酸点変異を有する全長ヒトSIRPβLに対する抗体のを示す。野生型SIRPβLを発現する細胞(図34A)又はSIRPβL H→Dを発現する細胞(図34B)について、結果を示す。
Expi-CHO細胞上で発現した様々なアミノ酸点変異を有する全長ヒトSIRPγに対する抗体の結合を示す。全長野生型ヒトSIRPγを発現する細胞(図35A)、SIRPγ E→Dを発現する細胞(図35B)、SIRPγ N→Dを発現する細胞(図35C)、及びSIRPγ EN→DDを発現する細胞(図35D)について、結果を示す。
両方とも概略図として示されるSIRPαV1のループ(淡灰色、pdbID:4CMMで観察されるような)、SIRPαV2(灰色、抗体Aとの複合体中の結晶構造において観察されるような)、及び抗体A(濃灰色での表面、SIRPαV1との複合体中の結晶構造において観察されるような)。
両方とも概略図として示されるSIRPαV1のループ(淡灰色、pdbID:4CMMで観察されるような)、SIRPαV2(灰色、CD47 pdbID:2JJSとの複合体中の結晶構造において観察されるような)、及びCD47(濃灰色での表面、SIRPαV1との複合体中の結晶構造において観察されるような)。
SIRPバリアントのループ(淡灰色、原子型ごとにコードされる色):以下について観察される立体配座。(A)SIRPαV1(pdbID:4CMM)、uniprot ID:P78324に従う番号付けを有する。(B)SIRPαV2(抗体Aとの複合体中の結晶構造において観察されるような)。(C)SIRPβ1(pdbID:2JJU)。(D)SIRPβL(pdbID:2JJV)。(E)SIRPγ(pdbID:2JJW)。(F)それぞれのループにおける配列モチーフと、SIRPγの場合にはDD→EN、SIRPβLの場合にはD→Hである結合の有意な消失と相関関係にある、SIRPαV1からのアミノ酸の差との比較。
本発明は、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片に関する。本発明は、CD47媒介性SIRPαシグナル伝達によって調節される状態の治療の必要性に対処するものである。一態様において、本発明の抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、例えば、ヒト等のそれを必要とする対象において、診断及び/又は治療の使用のためのものである。
本発明の一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、SIRPα、特に、ヒト又はカニクイザルSIRPα、より特定的にはヒトSIRPαに特異的に結合する。一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、ヒトSIRPαのV1及び/又はV2対立遺伝子に結合する。本発明の一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、SIRPγ、特に、カニクイザル又はヒトSIRPγ、より特定的にはヒトSIRPγに結合しない。本発明の一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、ウサギ、マウス、ラット、又はイヌSIRPαに結合しない。
本発明の一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、0.1~100nM、0.1~50nM、0.1~25nM、0.1~10nM、又は0.1~5nMのEC50を有する。本発明の更なる態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、0.1nM、0.2nM、0.3nM、0.4nM、0.5nM、0.6nM、0.7nM、0.8nM、0.9nM、1nM、2nM、3nM、4nM、5nM、6nM、7nM、8nM、9nM、10nM、11nM、12nM、13nM、14nM、15nM、16nM、17nM、18nM、19nM、20nM、21nM、22nM、23nM、24nM、又は25nMのEC50を有する。EC50は、例えば、実施例に示されるものを含め、当該技術分野で既知の任意の方法によって決定され得る。
本発明の一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、0.01~100nM、0.01~50nM、0.01~25nM、0.01~10nM、又は0.01~5nMのIC50を有する。本発明の更なる態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、0.01nM、0.02nM、0.03nM、0.04nM、0.05nM、0.06nM、0.07nM、0.08nM、0.09nM、0.1nM、0.2nM、0.3nM、0.4nM、0.5nM、0.6nM、0.7nM、0.8nM、0.9nM、1nM、2nM、3nM、4nM、5nM、6nM、7nM、8nM、9nM、10nM、11nM、12nM、13nM、14nM、15nM、16nM、17nM、18nM、19nM、20nM、21nM、22nM、23nM、24nM、又は25nMのIC50を有する。IC50は、例えば、実施例に示されるものを含め、当該技術分野で既知の任意の方法によって決定され得る。
本発明の一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、高い親和性でヒトSIRPα-V1及びSIRPα-V2に結合する。本発明の一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、高い親和性で、例えば、20nM以下の親和性で、例えば、10nM以下、例えば、5nM以下、例えば、1nM以下の親和性で、ヒトSIRPα-V1(例えば、配列番号240に示されるアミノ酸配列を含むヒトSIRPα-V1)に結合する。本発明の一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、高い親和性で、例えば、20nM以下の親和性で、例えば、10nM以下、例えば、5nM以下、例えば、1nM以下の親和性で、ヒトSIRPα-V2(例えば、配列番号241に示されるアミノ酸配列を含むヒトSIRPα-V2)に結合する。本発明の別の態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、カニクイザルSIRPαに結合する。本発明の別の態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、400nM以下、300nM以下、250nM以下、200以下、100nM以下、又は50nM以下の親和性で、カニクイザルSIRPα(例えば、配列番号247に示されるアミノ酸配列を含むカニクイザルSIRPα)に結合する。本発明の別の態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、400nM以下、300nM以下、200nM以下、又は50nM以下の親和性で、カニクイザルSIRPα(例えば、配列番号248に示されるアミノ酸配列を含むカニクイザルSIRPα)に結合する。本発明の別の態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、400nM以下、300nM以下、200nM以下、又は50nM以下の親和性で、カニクイザルSIRPα(例えば、配列番号249に示されるアミノ酸配列を含むカニクイザルSIRPα)に結合する。
本発明の一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、例えば1μM以上の親和性で、SIRPγに結合しない。本発明の一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、ヒトSIRPγに結合せず、例えば、1μMより大きな、又はそれより大きな親和性で、ヒトSIRPγに結合しない。本発明の一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、カニクイザルSIRPγに結合せず、例えば、1μM以上の親和性で、カニクイザルSIRPγに結合しない。
一態様において、本発明の抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、SIRPαとCD47との間の相互作用をブロックする。更なる態様において、本発明の抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、CD47媒介性SIRPαシグナル伝達をブロックする。いくつかの態様において、本発明の抗体は、SIRPαに対するCD47の結合をブロックし、それによって、比較抗体対照と比較した場合、又は本発明の抗SIRPα抗体若しくは抗原結合断片が存在しない状態で、CD47媒介性SIRPαシグナル伝達を少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、又は少なくとも95%低下させる。一実施形態において、比較抗体対照は、配列番号100、101、102、103、104、105、110、111、112、113、114、115、116、117、104、118、119、120、121、122、123、124、若しくは221のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号105、106、107、108、109、125、126、109、127、128、129、130、若しくは222のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は配列番号131、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、217、135、153、154、156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、219、133、134、137、132、若しくは136のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む重鎖領域、及び配列番号174、181、182、183、184、185、186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、218、178、196、197、198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、220、176、177、180、175、若しくは179のうちのいずれか1ついずれか1つのアミノ酸配列を含む軽鎖領域を含む。
結合ドメインが、標的に特異的に結合するかどうかは、当該技術分野で既知の様々な方法で試験することができる。これらの方法としては、精製されたタンパク質に対する抗体の結合を検出するための表面プラズモン共鳴若しくはELISA、又は細胞に対する抗体の結合を検出するためのフローサイトメトリーが挙げられる。抗体がCD47の結合をブロックする能力は、精製された可溶性CD47とSIRPα発現細胞との相互作用を検出することによって測定することができる。代替的に、抗体のブロック活性は、SIRPαリン酸化及びSHP-1ホスファターゼの動員を評価することによって測定することができる。抗SIRPα抗体のブロック活性は、CD47によって引き起こされる食作用の阻害を回復する能力によっても評価することができる。競合阻害によって抗体の特異性及び親和性を決定するための方法は、当該技術分野で既知である。
一態様において、本発明は、抗SIRPα抗体、特に、モノクローナル抗SIRPα抗体、例えば、ヒトモノクローナル抗SIRPα抗体、又は全長ヒトモノクローナル抗体を提供する。
一態様において、本発明の抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、好ましい薬物動態特性を有する。一態様において、本発明の抗SIRPα抗体は、好ましい生物物理学的特性、例えば、収率、品質、安定性、又は溶解性を有する。
抗体
抗体又は免疫グロブリンの一般化された構造は、当業者に周知であり、これらの分子は、典型的には約150,000ダルトンであり、2つの同一の軽(L)鎖及び2つの同一の重(H)鎖で構成されるヘテロ四量体糖タンパク質である。各軽鎖は、1つのジスルフィド結合によって重鎖に共有結合してヘテロ二量体を形成し、ヘテロ三量体分子は、ヘテロ二量体の2つの同一の重鎖間の共有ジスルフィド結合を介して形成される。軽鎖及び重鎖は、1つのジスルフィド結合によってともに連結されるが、2つの重鎖間のジスルフィド結合の数は、免疫グロブリンのアイソタイプによって異なる。各々の重鎖及び軽鎖はまた、規則的に空間があけられた鎖内ジスルフィド架橋を有する。各重鎖は、アミノ末端に可変ドメイン(VH=可変重鎖)、その後に3つ又は4つの定常ドメイン(CH1、CH2、CH3、及びCH4)、並びにCH1とCH2との間のヒンジ領域を有する。各軽鎖は、アミノ末端可変ドメイン(VL=可変軽鎖)及びカルボキシ末端定常ドメイン(CL)の2つのドメインを有する。VLドメインは、VHドメインと非共有結合的に会合するが、一方で、CLドメインは、一般に、ジスルフィド結合を介してCH1ドメインに共有結合される。特定のアミノ酸残基は、軽鎖可変ドメインと重鎖可変ドメインとの間に界面を形成すると考えられている(Chothia et al.,1985,J.Mol.Biol.186:651-663,Vargas-Madrazo E,Paz-Garcia E.J Mol Recognit.2003;16(3):113-120)。可変ドメインは、本明細書では可変領域とも呼ばれ、定常ドメインは、定常領域とも称される。
抗体又は免疫グロブリンの一般化された構造は、当業者に周知であり、これらの分子は、典型的には約150,000ダルトンであり、2つの同一の軽(L)鎖及び2つの同一の重(H)鎖で構成されるヘテロ四量体糖タンパク質である。各軽鎖は、1つのジスルフィド結合によって重鎖に共有結合してヘテロ二量体を形成し、ヘテロ三量体分子は、ヘテロ二量体の2つの同一の重鎖間の共有ジスルフィド結合を介して形成される。軽鎖及び重鎖は、1つのジスルフィド結合によってともに連結されるが、2つの重鎖間のジスルフィド結合の数は、免疫グロブリンのアイソタイプによって異なる。各々の重鎖及び軽鎖はまた、規則的に空間があけられた鎖内ジスルフィド架橋を有する。各重鎖は、アミノ末端に可変ドメイン(VH=可変重鎖)、その後に3つ又は4つの定常ドメイン(CH1、CH2、CH3、及びCH4)、並びにCH1とCH2との間のヒンジ領域を有する。各軽鎖は、アミノ末端可変ドメイン(VL=可変軽鎖)及びカルボキシ末端定常ドメイン(CL)の2つのドメインを有する。VLドメインは、VHドメインと非共有結合的に会合するが、一方で、CLドメインは、一般に、ジスルフィド結合を介してCH1ドメインに共有結合される。特定のアミノ酸残基は、軽鎖可変ドメインと重鎖可変ドメインとの間に界面を形成すると考えられている(Chothia et al.,1985,J.Mol.Biol.186:651-663,Vargas-Madrazo E,Paz-Garcia E.J Mol Recognit.2003;16(3):113-120)。可変ドメインは、本明細書では可変領域とも呼ばれ、定常ドメインは、定常領域とも称される。
可変ドメイン内の特定のドメインは、異なる抗体間で大きく異なる、すなわち、「超可変」である。これらの超可変ドメインは、各々の特定の抗体のその特異的な抗原決定基に対する結合及び特異性に直接的に関与する残基を含有する。超可変性は、軽鎖可変ドメイン及び重鎖可変ドメインの両方において、相補性決定領域(CDR)又は超可変ループ(HVL)として知られる3つのセグメントに集中する。CDRは、Kabat et al.,1991,In:Sequences of Proteins of Immunological Interest,5th Ed.Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,Md.における配列比較によって定義され、一方で、HVLは、Chothia and Lesk,1987,J.Mol.Biol.196:901-917に記載されるように、可変ドメインの三次元構造に従って構造的に定義される。これらの2つの方法が、CDRのわずかな差を特定する場合、構造的な定義が好ましい。Kabatによって定義されるように、軽鎖可変ドメインにおいて、CDR-L1は、約残基24~34、CDR-L2は、約残基50~56、CDR-L3は、約残基89~97に配置されており、重鎖可変ドメインにおいて、CDR-H1は、約残基31~35、CDR-H2は、約残基50~65、CDR-H3は、約残基95~102に配置されている。IMGT及びNORTHは、CDRの代替的な定義を提供する(Lefranc MP.Unique database numbering system for immunogenetic analysis.Immunol Today(1997)18:509、及びNorth B,Lehmann A,Dunbrack RLJ.A new clustering of antibody CDR loop conformations.J Mol Biol.(2011)406:228-56を参照されたい)。更に、CDRは、Chemical Computing Group(CCG)番号付けによって定義されてもよい(Almagro et al.,Proteins 2011;79:3050-3066、及びMaier et al,Proteins 2014;82:1599-1610)。したがって、重鎖及び軽鎖のCDR1、CDR2、CDR3は、所与の抗体に特異的な固有の機能的特性を定義する。
重鎖及び軽鎖の各々内の3つのCDRは、可変性が低い傾向がある配列を含有するフレームワーク領域(FR)によって分離される。重鎖可変ドメイン及び軽鎖可変ドメインのアミノ末端からカルボキシ末端へと、FR及びCDRは、FR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3、及びFR4の順序で配置される。FRの大まかなシート構成は、各鎖内のCDRを、互いに、及び他の鎖からのCDRに近接させる。得られる構成は、抗原結合部位に寄与する(Kabat et al.,1991,NIH Publ.No.91-3242,Vol.I,pages 647-669を参照されたい)が、CDR残基の全てが、必ずしも抗原結合に直接的に関与しているわけではない。当業者は、抗体の可変領域アミノ酸配列を考慮して、残基が特定のCDRを含むかどうかを日常的に決定することができる。したがって、重鎖及び軽鎖のCDR1、CDR2、CDR3は、所与の抗体に特異的な固有の機能的特性を定義する。
FR残基及びIg定常ドメインは、一般に、抗原結合に直接的に関与しないが、抗原結合に寄与し、及び/又は抗体エフェクター機能を媒介する。いくつかのFR残基は、エピトープに対する直接的な非共有結合による、1つ以上のCDR残基との相互作用による、及び重鎖と軽鎖との間の界面に影響を与えることによる、といった少なくとも3つの方法で抗原結合に対して顕著な効果を有すると考えられている。定常ドメインは、抗原結合に直接的に関与しないが、抗体依存性細胞傷害(ADCC)、補体依存性細胞傷害(CDC)、及び抗体依存性細胞食作用(ADCP)における抗体の関与等の様々なIgエフェクター機能を媒介する。
脊椎動物免疫グロブリンの軽鎖は、定常ドメインのアミノ酸配列に基づいて、明確に異なる2つのクラスであるカッパ(κ)及びラムダ(λ)のうちの1つに割り当てられる。比較すると、哺乳動物免疫グロブリンの重鎖は、定常ドメインの配列に従って、5つの主要なクラスであるIgA、IgD、IgE、IgG、及びIgMのうちの1つに割り当てられる。IgG及びIgAは、サブクラス(アイソタイプ)、例えば、それぞれ、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1、及びIgA2に更に分けられる。免疫グロブリンの異なるクラスに対応する重鎖定常ドメインは、それぞれ、α、δ、ε、γ、及びμと呼ばれる。天然免疫グロブリンのクラスのサブユニット構造及び三次元構成は周知である。
定義
「抗体」及び「抗SIRPα抗体」という用語は、本明細書では互換的に使用され、モノクローナル抗体(全長モノクローナル抗体を含む)、多重特異性抗体(例えば、二重特異性抗体)、N末端若しくはC末端切断等の小さな修飾を有する抗体、及び所望の生物学的特性、例えば、SIRPα結合を示す可変ドメイン及び抗体の他の部分等の抗体断片を包含する。
「抗体」及び「抗SIRPα抗体」という用語は、本明細書では互換的に使用され、モノクローナル抗体(全長モノクローナル抗体を含む)、多重特異性抗体(例えば、二重特異性抗体)、N末端若しくはC末端切断等の小さな修飾を有する抗体、及び所望の生物学的特性、例えば、SIRPα結合を示す可変ドメイン及び抗体の他の部分等の抗体断片を包含する。
「モノクローナル抗体」という用語は、抗体分子の実質的に均質な集合体から得られた抗体を指し、すなわち、その集合体を構成する個々の抗体は、抗体重鎖からのC末端リジンの除去、又は存在し得るアミノ酸異性化若しくは脱アミド化、メチオニン酸化若しくはアスパラギン若しくはグルタミン脱アミド化等の翻訳後修飾等の可能性のある周知の改変を除いて同一である。モノクローナル抗体は、典型的に、1つの抗原性エピトープに結合する。二重特異性モノクローナル抗体は、2つの異なる抗原性エピトープに結合する。モノクローナル抗体は、単一特異性、又は多重特異性(例えば、二重特異性)、一価、二価又は多価であり得る。モノクローナル抗体は、例えば、ハイブリドーマ法( Kohler et al.,1975,Nature 256:495)、又は当該技術分野で知られている組換えDNA法(例えば、米国特許第4,816,567号を参照されたい)、又はClackson et al.,1991,Nature 352:624-628、及びMarks et al.,1991,J.Mol.Biol.222:581-597に記載される技術を使用して、ファージ抗体ライブラリーを使用して組換え産生されるモノクローナルの単離法を含む、当該技術分野で既知の任意の技術又は方法論によって作製することができることを理解すべきである。
キメラ抗体は、ある種(例えば、マウス等の非ヒト哺乳動物)からの抗体の重鎖可変領域及び軽鎖可変領域、並びに別の種(例えば、ヒト)抗体の重鎖定常領域及び軽鎖定常領域からなり、第1の種(例えば、マウス)からの抗体の可変領域をコードするDNA配列を、第2の種(例えば、ヒト)種からの抗体の定常領域のためのDNA配列に連結し、キメラ抗体を産生することが可能なように、宿主を、連結した配列を含有する発現ベクターで形質転換することによって得ることができる。代替的に、キメラ抗体はまた、重鎖及び/又は軽鎖の1つ以上の領域又はドメインが、別の免疫グロブリンクラス若しくはアイソタイプからの、又はコンセンサス若しくは生殖系列配列からのモノクローナル抗体における対応する配列と同一であるか、これに対して相同であるか、又はそのバリアントであり得る。キメラ抗体は、抗体断片が、その親抗体の所望な生物学的活性、例えば、同じエピトープに対する結合を示す場合に限り、かかる抗体の断片を含み得る(例えば、米国特許第4,816,567号、及びMorrison et al.,1984,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 81:6851-6855を参照されたい)。
「抗体断片」、「抗原結合断片」、「抗SIRPα抗体断片」、「抗SIRPα抗体断片」、「操作された抗SIRPα抗体断片」という用語は、全長抗SIRPα抗体の一部分であって、可変領域又は機能的能力(例えば、SIRPα結合)が保持されているものを指す。抗体断片の例としては、限定されないが、Fab、Fab’、F(ab’)2、Fd、Fv、scFv、及びscFv-Fc断片、ダイアボディ、線状抗体、一本鎖抗体、ミニボディ、抗体断片から形成されるダイアボディ、及び抗体断片から形成される多重特異性抗体が挙げられる。
抗体断片は、例えば、処理された全長抗体をパパイン又はペプシン等の酵素で処理して、有用な抗体断片を生成することによって得ることができる。パパイン消化を使用して、「Fab」断片と呼ばれる2つの同一の抗原結合抗体断片を生成し、各々が、単一の抗原結合部位と、残りの「Fc」断片と、を有する。Fab断片はまた、軽鎖の定常ドメイン及び重鎖のCH1ドメインを含有する。ペプシン処理は、2つの抗原結合部位を有し、依然として抗原を架橋することが可能であるF(ab’)2断片を生成する。
本発明に係る抗体断片の別の例は、Fab’断片である。Fab’断片は、CH1ドメインのC末端の抗体ヒンジ領域からの1つ以上のシステインを含む追加の残基の存在によって、Fab断片とは異なる。F(ab’)2抗体断片は、ヒンジ領域中のシステイン残基によって連結されるFab’断片の対である。抗体断片の他の化学的カップリングも公知である。
「Fv」断片は、密な非共有結合性会合における、1つの重鎖可変ドメイン及び1つの軽鎖可変ドメインの二量体からなる、完全な抗原認識部位及び結合部位を含有する。この構成において、各可変ドメインの3つのCDRが相互作用し、VH-VL二量体の表面上の抗原結合部位を画定する。まとめて、6つのCDRは、抗体に対する特異的な抗原結合を与える。
抗体断片は、「一本鎖Fv」又は「scFv」断片も含み得る。「一本鎖Fv」又は「scFv」抗体断片は、ドメインが単一ポリペプチド鎖中に存在する抗体のVH及びVLを含む一本鎖Fvバリアントである。一本鎖Fvは、抗原を認識し、結合することができる。scFvポリペプチドは、任意選択的に、scFvによる抗原結合のための所望の三次元構造の形成を容易にするために、VHドメインとVLドメインとの間に配置されるポリペプチドリンカーも含有し得る(例えば、Pluckthun,1994,In The Pharmacology of monoclonal Antibodies,Vol.113,Rosenburg and Moore eds.,Springer-Verlag,New York,pp.269-315を参照されたい)。
抗体断片はまた、一対の抗原結合領域を形成するために、一対のタンデムFdセグメント(VH-CH1-VH-CH1)を含むタンデムFdセグメントを形成し得る。これらの「線状抗体」は、例えば、Zapata et al.1995,Protein Eng.8(10):1057-1062に記載されるように、二重特異性又は単一特異性であり得る。
本明細書で使用される「ヒト抗体」という用語は、ヒト生殖系列免疫グロブリン配列に由来する抗体又はその断片を含む。「ヒト抗体」という用語は、マウス、ラット、又はウサギ等の別の(哺乳動物)種の生殖細胞系列に由来するCDR配列が、ヒトフレームワーク領域上に接合された抗体を含むことを意図していない。したがって、本明細書で使用される場合、「ヒト抗体」という用語は、タンパク質のあらゆる部分(例えば、CDR、フレームワーク、CL、CHドメイン(例えば、CH1、CH2、CH3)、ヒンジ、VL、VH)が、ヒトにおいて実質的に非免疫原性であり、本明細書で以下に更に記載されるようなほんのわずかな配列変化又は変動を有する、抗体又はその断片を指す。
かかる「ヒト抗体」を作製するための技術が記載されており、限定されないが、ファージディスプレイ、又はトランスジェニック動物の使用が挙げられる(www.Ablexis.com/technology-alivamab.php、WO90/05144、D.Marks,H.R.Hoogenboom,T.P.Bonnert,J.McCafferty,A.D.Griffiths and G.Winter(1991)“By-passing immunisation.Human antibodies from V-gene libraries displayed on phage.”J.Mol.Biol.,222,581-597、Knappik et al.,J.Mol.Biol.296:57-86,2000、S.Carmen and L.Jermutus,“Concepts in antibody phage display”.Briefings in Functional Genomics and Proteomics 2002 1(2):189-203、Lonberg N,Huszar D.“Human antibodies from transgenic mice”.Int Rev Immunol.1995;13(1):65-93.、Bruggemann M,Taussig MJ.“Production of human antibody repertoires in transgenic mice”.Curr Opin Biotechnol.1997 Aug;8(4):455-8)。
したがって、ヒト抗体は、例えば、キメラ抗体又はヒト化抗体とは異なる。ヒト抗体は、機能的に再編成されたヒト免疫グロブリン(例えば、重鎖及び/又は軽鎖)遺伝子を発現することができる非ヒト動物又は原核細胞若しくは真核細胞によって産生され得ることが指摘される。
一態様において、本発明の抗SIRPα抗体は、ヒト化抗体また又はその抗体断片である。ヒト化抗体又はヒト化抗体断片は、所定の抗原に結合することができ、ヒト免疫グロブリンのアミノ酸配列を実質的に有する1つ以上のFRと、非ヒト免疫グロブリンのアミノ酸配列を実質的に有する1つ以上のCDRと、を含む、免疫グロブリンアミノ酸配列バリアント又はその断片を含む、特定の種類のキメラ抗体である。この非ヒトアミノ酸配列は、「インポート」配列と称されることが多いが、典型的には、「インポート」抗体ドメイン、特に可変ドメインから得られる。一般に、ヒト化抗体は、ヒト重鎖可変ドメイン又は軽鎖可変ドメインのFR間に挿入される非ヒト抗体のCDR又はHVLを少なくとも含む。抗体のヒト化方法は、例えば、Almagro et al.,(2008)Frontiers in Bioscience 13,1619-1633によって、又はWO12092374A2に記載されている。
本発明のキメラ抗体、ヒト化抗体若しくはヒト抗体、又はその抗原結合断片は、更に操作され得る。そのような操作としては、限定されないが、例えば、ヒトにおいて免疫原性を減少させるため、又は脱アミド化、望ましくない電荷又は親油性又は非特異性結合を回避するための、望ましくないアミノ酸の除去又は交換が挙げられる。そのような望ましくないアミノ酸の除去又は交換は、例えば、インビトロでの無作為若しくは部位特異的変異誘発によって、又はインビボでの体細胞変異によって、導入することができる。更に、キメラ抗体又はヒト化抗体に関連して、特定のマウスFR残基が、抗体又はその断片中に保持され得ることが理解されるだろう。
一態様において、抗SIRPα抗体は、少なくとも1つ、典型的には2つの可変ドメイン(例えば、Fab、Fab’、F(ab’)2、Fabc、及びFv断片に含有されるもの等)の実質的に全てを含む。別の態様において、抗SIRPα抗体はまた、免疫グロブリンFc領域の一部分、典型的には、ヒト免疫グロブリンの一部分を少なくとも含む。通常、抗体は、軽鎖及び少なくとも重鎖の可変ドメインの両方を含有する。抗体はまた、適切な場合、重鎖のCH1、ヒンジ、CH2、CH3、及び/又はCH4領域のうちの1つ以上を含み得る。
一態様において、抗SIRPα抗体は、IgM、IgG、IgD、IgA及びIgEを含む免疫グロブリンの任意の種類、並びにIgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1及びIgA2を含む任意のアイソタイプから選択され得る。代替の抗SIRPα抗体は、1つより多い免疫グロブリンのクラス又はアイソタイプからの配列を含んでいてもよく、所望のエデクター機能を最適化するための特定の修飾又は非修飾定常ドメインを選択することは、当業者の範囲内である。
例えば、抗体のFc領域は、その血清半減期、並びに補体依存性細胞傷害(CDC)、抗体依存性細胞傷害(ADCC)、及び抗体依存性細胞食作用(ADCP)等のエフェクター機能を媒介する。Fc操作を用いて、それらに必要とされる薬理活性に適した抗体特性を最適化することができる。そのような細胞傷害活性が、がんの治療において免疫細胞を標的化する等の望ましくない場合に、定常ドメインは、IgG4等のエフェクター機能が減少したアイソタイプの定常ドメインであってもよく、及び/又はエフェクター機そのような細胞傷害活性が、標的化された腫瘍細胞の破壊等の望ましい場合に、定常ドメインは、エフェクター機能が増加したアイソタイプの定常ドメインであってもよく、及び/又はエフェクター機能が増加する既知の修飾で修飾されてもよい。いくつかの変異は、エフェクター機能を減少させるか、又は増加させるかのいずれかであることが知られている。例えば、“The future of antibodies as cancer drugs”Janice M Reichert,Eugen Dhimolea,Drug Discov Today(2012)Sep;17(17-18):954-63-PMID:22561895,“Antibody Drug Discovery”(Volume 4 of Molecular medicine and medicinal chemistry)Clive R.Wood,World Scientific,2012 ISBN 1848166281,9781848166288;“FcγR requirements leading to successful immunotherapy”Immunol Rev.(2015)Nov;268(1):104-22-PMID:26497516を参照されたい。
一態様において、本発明の抗体の定常ドメインは、Fab-アーム交換を防止する1つの置き換え変異(Ser228Pro)を有するIgG4Proである。別の態様において、本発明の抗体の定常ドメインは、エフェクター機能を減少させるために定常領域中に2つの変異(Leu234Ala及びLeu235Ala)を有するIgG1である。
操作された抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片のFR及びCDR、又はHVLは、親配列に正確に対応する必要はない。例えば、親配列は、得られるアミノ酸残基が、もはやいずれかの親配列中の対応する位置の元々の残基と同一ではないが、それでも抗体がSIRPαに対する結合機能を保持しているような、置換、挿入、又は欠失によって改変され(例えば、変異誘発され)得る。このような改変は、典型的には、広範囲にわたるものではなく、保存的な改変である。通常、操作された抗体残基の少なくとも75%は、親配列の残基、より頻繁には少なくとも90%、最も頻繁には95%より多く、又は98%より多く、又は99%より多くに対応する。
重鎖可変領域と軽鎖可変領域との間の界面(「VL-VH界面」)に影響を及ぼす免疫グロブリン残基は、互いに対して2つの鎖の近接性及び配向に影響を及ぼすものである。鎖間相互作用に関与し得る特定の残基としては、VL残基34、36、38、44、46、87、89、91、96、及び98、並びにVH残基35、37、39、45、47、91、93、95、100、及び103が挙げられる(Kabat et al.,Sequences of Proteins of Immunological Interest(National Institutes of Health,Bethesda,Md.,1987)に示される番号付けシステムを利用する)。米国特許第6,407,213号はまた、VL残基43及び85、並びにVH残基43及び60等の残基も、この相互作用に関与し得ることを考察している。これらの残基は、ヒトIgGについてのみ示されているが、種にわたって適用可能である。コンセンサス配列内の置換のために、鎖間相互作用に関与することが合理的に予測される重要な抗体残基が選択される。
「コンセンサス配列」及び「コンセンサス抗体」という用語は、任意の特定のクラス、アイソタイプ、又はサブユニット構造の全ての免疫グロブリン中の各々の位置、例えば、ヒト免疫グロブリン可変ドメインで、最も頻繁に存在するアミノ酸残基を含むアミノ酸配列を指す。コンセンサス配列は、特定の種又は多くの種の免疫グロブリンに基づいていてもよい。「コンセンサス」配列、構造、又は抗体は、特定の実施形態に記載されるようなコンセンサスヒト配列を包含することが理解され、任意の特定のクラス、アイソタイプ、又はサブユニット構造の全てのヒト免疫グロブリン中の各位置で最も頻繁に存在するアミノ酸残基を含むアミノ酸配列を指す。したがって、コンセンサス配列は、1つ以上の既知の免疫グロブリンに存在するが、任意の単一の免疫グロブリンのアミノ酸配列全体を正確には複製し得ないアミノ酸を各位置に有するアミノ酸配列を含有する。可変領域コンセンサス配列は、任意の天然に産生される抗体又は免疫グロブリンから得られない。Kabat et al.,1991,Sequences of Proteins of Immunological Interest,5th Ed.Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,Md.、及びそのバリアント。重鎖コンセンサス配列及び軽鎖コンセンサス配列のFR、並びにそれらのバリアントは、ヒト又はヒト化抗SIRPα抗体の調製のための有用な配列を提供する。例えば、米国特許第6,037,454号及び同第6,054,297号を参照されたい。
「単離された」抗体は、その天然環境の構成要素から、又はそれが発現された細胞培養物から特定され、分離され、及び/又は回収された抗体である。単離された抗体又は抗体断片は、抗体又は抗体断片の産生、精製、及び/又は貯蔵中に生じる1つ以上の共翻訳修飾又は翻訳後修飾を有し得る。抗体の天然環境の汚染性抗生物質は、抗体の診断的使用又は治療的使用と干渉し得る材料であり、酵素、ホルモン、又は他のタンパク質性溶質若しくは非タンパク質性溶質であり得る。一態様において、抗体は、抗体の95重量%を超える単離まで精製され、例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、又は99%を超えるように精製される。
単離された抗体は、抗体の天然環境の少なくとも1つの構成要素が存在しないため、それが産生される組換え細胞内の抗体を系中に含む。しかしながら、通常、単離された抗体は、組換え細胞材料が除去される少なくとも1つの精製ステップによって調製される。
「多重特異性」とは、2つ以上の異なる抗原、又は同じ抗原内の2つ以上の異なるエピトープに特異的に結合する、タンパク質(例えば、抗体)を指す。
「二重特異性」とは、2つの異なる抗原、又は同じ抗原内の2つの異なるエピトープに特異的に結合する、タンパク質(例えば、抗体)を指す。
いくつかの実施形態において、本発明のSIRPαに特異的に結合する抗体又はその抗原結合断片は、二重特異性抗体である。いくつかの実施形態において、本発明の抗体又はその抗原結合断片は、多重特異性抗体である。本明細書に提供されるSIRPαに特異的に結合する単一特異性抗体は、二重特異性抗体へと操作されてもよく、これらも、本発明の範囲内に包含される。
全長二重特異性抗体は、例えば、インビトロで細胞を含まない環境で、又は共発現を使用して、異なる特異性を有する2つの抗体の半分の分子のヘテロ二量体形成を容易にするように各々の半分の分子中の重鎖CH3界面に置換を導入することによって、2つの単一特異性二価抗体間のFabアーム交換(例えば、半分の分子交換、1つの重鎖-軽鎖対の交換)を使用して生成され得る。Fabアーム交換反応は、ジスルフィド結合の結果である。
二重特異性抗体はまた、Triomab/Quadroma(Trion Pharma/Fresenius Biotech)、Knob-in-Hole(Genentech)、CrossMAbs(Roche)、及び静電誘導CH3相互作用(Chugai,Amgen,NovoNordisk、Oncomed)、LUZ-Y(Genentech)、Strand Exchange Engineered Domain body(SEEDbody)(EMD Serono)、Biclonic(Merus)、及びDuoBody(登録商標)Products(Genmab A/S)等の設計を使用して生成され得る。
本明細書で使用される場合、「同一の」又は「同一性パーセント」という用語は、2つ以上の核酸又はポリペプチド配列に関して、最大の対応のために比較し、アラインメントしたときに、同じであるか、又は同じであるヌクレオチド若しくはアミノ酸残基の特定の割合を有する、2つ以上の配列又はサブ配列を指す。パーセント同一性を決定するために、配列は、最適な比較目的のためにアラインメントされる(例えば、第2のアミノ又は核酸配列との最適なアラインメントのために、第1のアミノ酸又は核酸配列の配列中に、ギャップが導入され得る)。次いで、対応するアミノ酸位置又はヌクレオチド位置のアミノ酸残基又はヌクレオチドを比較する。第1の配列中の位置が、第2の配列中の対応する位置と同じアミノ酸残基又はヌクレオチドによって占められる場合、それらの分子は、その位置で同一である。2つの配列間の同一性パーセントは、それらの配列が共有する同一の位置の数の関数である(すなわち、同一性%=同じ位置の数/位置の合計数(例えば、重複する位置)×100)。いくつかの実施形態において、比較される2つの配列は、ギャップが適切なように配列内に導入された後に同じ長さである(例えば、比較される配列を超えて伸長する追加の配列を除く)。例えば、可変領域配列が比較されるとき、リーダー及び/又は定常ドメイン配列は考慮されない。2つの配列間の配列比較のために、「対応する」CDRは、両方の配列中の同じ位置のCDRを指す(例えば、各配列のCDR-H1)。
2つの配列間の同一性パーセント又は類似性パーセントの決定は、数学的アルゴリズムを使用して達成することができる。2つの配列の比較に利用される数学的アルゴリズムの好ましい非限定的な例は、Karlin and Altschul,1993,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:5873-5877のように修正された、Karlin and Altschul,1990,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 87:2264-2268のアルゴリズムである。そのようなアルゴリズムは、Altschul et al.,1990,J.Mol.Biol.215:403-410のNBLAST及びXBLASTプログラムに組み込まれる。NBLASTプログラム、スコア=100、ワード長=12を用いてBLASTヌクレオチド検索を行い、目的のタンパク質をコードする核酸と相同なヌクレオチド配列を得ることができる。XBLASTプログラム、スコア=50、ワード長=3を用いてBLASTタンパク質検索を行い、目的のタンパク質と相同なアミノ酸配列を得ることができる。比較目的でギャップ付きアラインメントを得るために、Altschul et al.,1997,Nucleic Acids Res.25:3389-3402に記載されるように、Gapped BLASTを利用することができる。代替的に、PSI-Blastを使用して、分子間の遠隔関係を検出する反復検索を実行することができる(同上)。BLAST、Gapped BLAST、及びPSI-Blastプログラムを利用する場合、それぞれのプログラムのデフォルトパラメータ(例えば、XBLAST及びNBLAST)を使用することができる。配列の比較に利用される数学的アルゴリズムの別の好ましい非限定的な例は、Myers and Miller,CABIOS(1989)のアルゴリズムである。かかるアルゴリズムは、GCG配列アライメントソフトウェアパッケージの一部であるALIGNプログラム(バージョン2.0)に組み込まれている。アミノ酸配列を比較するためにALIGNプログラムを利用する場合、PAM120重み付け残基表、ギャップ長ペナルティ12、及びギャップペナルティ4を使用することができる。配列分析のための追加のアルゴリズムは、当該技術分野で既知であり、Torellis and Robotti,1994,Comput.Appl.Biosci.10:3-5に記載されるADVANCE及びADAM、並びにPearson and Lipman,1988,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 85:2444-8に記載されるFASTAが挙げられる。FASTA内で、ktupは、検索の感度及び速度を設定する制御オプションである。ktup=2の場合、比較される2つの配列中の類似の領域は、アラインメントされた残基の対を見ることによって見出され、ktup=1の場合、単一のアラインメントされたアミノ酸が調べられる。ktupは、タンパク質配列について2若しくは1に、又はDNA配列について1~6に設定され得る。ktupが指定されていない場合のデフォルトは、タンパク質について2、DNAについて6である。代替的に、タンパク質配列アラインメントは、Higgins et al.,1996,Methods Enzymol.266:383-402に記載されるように、CLUSTAL Wアルゴリズムを使用して行われ得る。
「化学療法剤」は、がんの治療に有用な化学化合物である。かかる化学療法剤の例としては、チオテパ及びシクロホスファミド等のアルキル化剤;ブスルファン、インプロスルファン、及びピポスルファン等のアルキルスルホネート;ベンゾドーパ、カルボコン、メツレドーパ、及びウレドーパ等のアジリジン;アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホラミド、トリエチレンチオホスホラミド、及びトリメチロロメラミンを含む、エチレンイミン及びメチルアメラミン;アセトゲニン(特に、ブラタシン及びブラタシノン);カンプトテシン(合成類似体トポテカンを含む);ブリオスタチン;カリスタチン;CC-1065(そのアドゼレシン、カルゼレシン、及びビゼレシン合成類似体を含む);クリプトフィシン(特に、クリプトフィシン1及びクリプトフィシン8を含む);ドラスタチン、アウリスタチン(類似体であるモノメチル-アウリスタチンE及びモノメチル-アウリスタチンFを含む);デュオカルマイシン(合成類似体であるKW-2189及びCBI-TMIを含む);エリュテロビン;パンクラチスタチン;サルコジクチン;スポンギスタチン;ナイトロジェンマスタード、例えば、クロラムブシル、クロマファジン(chlomaphazine)、コロホスファミド(cholophosphamide)、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、メクロレタミンオキシド塩酸塩、メルファラン、ノベムビチン(novembichin)、フェネステリン、プレドニムスチン;トロホスファミド、ウラシルマスタード;ニトロスレア(nitrosureas)、例えば、カルムスチン、クロロゾトシン、フォテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、ラニムスチン;抗生物質、例えば、エンジイン抗生物質(例えば、カリケアミシン、特に、カリケアミシンガンマ1I及びカリケアミシンファイI1、例えば、Agnew,Chem.Intl.Ed.Engl.,33:183-186を参照されたい;ダイネマイシン、ダイネマイシンAを含む;ビスホスホネート、例えば、クロドロネート;エスペラミシン;及びネオカルジノスタチン発色団及び関連する色素タンパク質エンジイン抗生物質クロモモフォア(chromomophore))、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、オートラマイシン(authramycin)、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン(carabicin)、カミノマイシン(caminomycin)、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、6-ジアゾ-5-オキソ-L-ノルロイシン、ドキソルビシン(Adriamycin(商標)(モルホリノ-ドキソルビシン、シアノモルホリノ-ドキソルビシン、2-ピロリノ-ドキソルビシン、及びデオキシドキソルビシンを含む)、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシン、例えば、マイトマイシンC、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン(potfiromycin)、ピューロマイシン、ケラマイシン(quelamycin)、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、ゾルビシン;代謝拮抗物質、例えば、メトトレキサート、及び5-フルオロウラシル(5-FU);葉酸類似体、例えば、デノプテリン、メトトレキサート、プテロプテリン、トリメトレキサート;プリン類似体、例えば、フルダラビン、6-メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニン;ピリミジン類似体、例えば、アンシタビン、アザシチジン、6-アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロクスウリジン;アンドロゲン、例えば、カルステロン、ドロスタノロンプロピオン酸エステル、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトン;抗副腎剤、例えば、アミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタン;葉酸補給剤、例えば、フロリン酸(frolinic acid);アセグラトン;アルドホスファミドグリコシド;アミノレブリン酸;エニルウラシル;アムサクリン;ベストラブシル;ビサントレン;エダトラキセート(edatraxate);デフォファミン(defofamine);デメコルシン;ジアジクオン;エルフォミチン(elfomithine);酢酸エリプチニウム;エポチロン;エトグルシド;硝酸ガリウム;ヒドロキシウレア;レンチナン;ロニダミン;マイタンシノイド、例えば、マイタンシン及びアンサマイトシン;ミトグアゾン、ミトキサントロン;モピダモル(mopidamol);ニトラクリン;ペントスタチン;フェナメット;ピラルビシン;ロソキサントロン;ポドフィリン酸;2-エチルヒドラジド;プロカルバジン;PSK(登録商標);ラゾキサン;リゾキシン;シゾフラン(sizofuran);スピロゲルマニウム;テヌアゾン酸;トリアジクオン;2,2’,2”-トリクロロトリエチルアミン;トリコテセン(特に、T-2毒素、ベラクリン(verracurin)A、ロリジンA及びアングイジン);ウレタン(urethan);ビンデシン;ダカルバジン;マンノムスチン;ミタブロニトール(mitabronitol);ミトラクトール;ピポブロマン;ガシトシン(gacytosine);アラビノシド(「Ara-C」);シクロホスファミド;チオテパ;タキソイド、例えば、パクリタキセル(TAXOL(登録商標)、Bristol-Myers Squibb Oncology、Princeton,N.J.)及びドセタキセル(TAXOTERE(登録商標)、Rhone-Poulenc Rorer、Antony,France);クロラムブシル;ゲムシタビン(Gemzar(商標));6-チオグアニン;メルカプトプリン;メトトレキサート;白金類似体、例えば、シスプラチン及びカルボプラチン;ビンブラスチン;白金;エトポシド(VP-16);イホスファミド;ミトキサントロン;ビンクリスチン;ビノレルビンNavelbine(商標);ノバントロン;テニポシド;エダトレキサート;ダウノマイシン;アミノプテリン;ゼローダ;イバンドロネート;CPT-11;トポイソメラーゼ阻害剤RFS 2000;ジフルオロメチルオルニチン(DMFO);レチノイド、例えば、レチノイン酸;カペシタビン、及び薬学的に許容される塩、酸、又は上述のいずれかの誘導体が挙げられる。また、この定義には、例えば、タモキシフェン(Nolvadex(商標)を含む)、ラロキシフェン、ドロキシフェン、4-ヒドロキシタモキシフェン、トリオキシフェン、ケオキシフェン、LY117018、オナプリストン、及びトレミフェン(Fareston(商標));酵素アロマターゼを阻害し、副腎におけるエストロゲン産生を調節するアロマターゼ阻害剤、例えば、4(5)-イミダゾール、アミノグルテチミド、酢酸メゲストロール(Megace(商標))、エキセメスタン、フォルメスタン、ファドロゾール、ボロゾール(Rivisor(商標))、レトロゾール(Femara(商標))、及びアナストロゾール(Arimidex(商標);及び抗アンドロゲン剤、例えば、フルタミド、ニルタミド、ビカルタミド、ロイプロリド、及びゴセレリン、及び薬学的に許容される塩、酸、又は上述のいずれかの誘導体を含む、抗エストロゲン剤及び選択的エストロゲン受容体調節剤(SERM)等の腫瘍に対するホルモン作用を調節又は阻害するように作用する抗ホルモン剤も含まれる。これらの薬剤のうちの任意の1つ以上は、様々な疾患及び/又は障害の治療のための有用な治療薬剤を提供するために、本発明のヒト抗体又はその抗原結合断片にコンジュゲート化され得る。
診断的及び治療的モニタリングの目的のために、本発明の抗体又はその抗原結合断片はまた、標識に(標識単独、又は標識と追加の第2の薬剤(プロドラッグ、化学療法剤等))にコンジュゲート化され得る。標識は、他の第2の薬剤とは区別される場合、検出可能な化合物又は組成物である薬剤を指し、本発明の抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片に直接的又は間接的にコンジュゲート化され得る。標識自体は、検出可能であり得る(例えば、放射性同位体標識若しくは蛍光標識)か、又は、酵素標識の場合、検出可能な基質化合物若しくは組成物の化学的変化を触媒し得る。標識された抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、インビトロ診断及びインビボ診断を含む様々な用途で調製され、使用することができる。
本発明の様々な態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片の1つ以上のドメインは、組換え発現され得る。かかる組換え発現は、1つ以上の制御配列、すなわち、特定の宿主生物において作動可能に連結されたコード配列の発現に必要なポリヌクレオチド配列を用いてもよい。原核細胞での使用に好適な制御配列としては、例えば、プロモーター、オペレーター、及びリボソーム結合部位配列が挙げられる。真核生物の制御配列としては、限定されないが、プロモーター、ポリアデニル化シグナル、及びエンハンサーが挙げられる。これらの制御配列は、原核宿主細胞及び真核宿主細胞における抗SIPRα抗体又はその抗原結合断片の発現及び産生のために利用することができる。
核酸配列は、それが別の核酸配列と機能的関係に配置されるとき、「作動可能に連結される」。例えば、核酸プレ配列又は分泌リーダーは、ポリペプチドの分泌に関与するプレタンパク質として発現される場合、ポリペプチドをコードする核酸に作動可能に連結され、配列の転写に影響を及ぼす場合、プロモーター若しくはエンハンサーは、コード配列に作動可能に連結されるか、又は翻訳を容易にするように配置される場合、リボソーム結合部位は、コード配列に作動可能に連結される。一般に、「作動可能に連結される」は、連結されるDNA配列が、連続しており、分泌リーダーの場合には、連続しており、かつリーディングフレーム中にあることを意味する。しかしながら、エンハンサーは、任意選択的に連続している。連結は、簡便な制限部位でのライゲーションによって達成され得る。かかる部位が存在しない場合、合成オリゴヌクレオチドアダプター又はリンカーを使用することができる。
本明細書で使用される場合、「細胞」、「細胞株」、及び「細胞培養」という表現は、互換的に使用され、そのような全ての呼称は、その子孫を含む。したがって、「形質転換体」及び「形質転換細胞」は、転写の数に関係なく、一次対象細胞及びそれに由来する培養物を含み、これらは、例えば、本発明の抗体又はその抗原結合断片の1つ以上のアミノ酸配列をコードする1つ以上の発現ベクターでトランスフェクトされていてもよい。
本発明に係る治療の目的のための「哺乳動物」という用語は、ヒト、飼育動物及び農場動物、並びにイヌ、ウマ、ネコ、ウシ等の動物園、スポーツ、又はペット動物を含む、哺乳動物に分類される任意の動物を指す。好ましくは、哺乳動物は、ヒトである。
「障害」は、本明細書で使用される場合、本明細書に記載される抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片による治療から利益を受け得る任意の状態である。障害は、哺乳動物が、問題となる障害にかかりやすくなる病理学的状態を含む、慢性及び急性の障害又は疾患を含む。本明細書で治療される非限定的な例又は障害としては、炎症性、血管新生、自己免疫及び免疫学的障害、呼吸器障害、がん、血液悪性腫瘍、良性及び悪性の腫瘍、白血病及びリンパ系悪性腫瘍が挙げられる。
「がん」及び「がん性」という用語は、典型的には調節されていない細胞成長を特徴とする、哺乳動物における生理学的状態を指すか、又はそれを説明する。がんの例としては、限定されないが、がん腫、リンパ腫、芽細胞腫、肉腫、及び白血病が挙げられる。
本明細書で使用される場合、「SIRPα経路障害」又は「SIRPα経路疾患」という用語は、SIRPαとCD47との間の相互作用を調整することによって、特に、SIRPα/CD47シグナル伝達を阻害することによって、軽減することができる状態を指す。「SIRPα経路障害」又は「SIRPα経路疾患」は、SIRPαが発現される骨髄関連疾患を含む。「SIRPα経路障害」又は「SIRPα経路疾患」はまた、SIRPαの増加した免疫応答が望ましいマクロファージ及び/又は樹状細胞による食作用の減少を特徴とする状態を含む。
SIRPα経路障害の例は、がん、炎症性疾患、自己免疫疾患、呼吸器疾患、感染性疾患、又は線維症である。がんの例としては、血液がん(例えば、白血病、リンパ腫、骨髄腫、例えば、多発性骨髄腫)、及び転移性病変が挙げられる。更なる例としては、固形腫瘍がんが挙げられる。固形腫瘍の例としては、悪性腫瘍、例えば、肉腫及びがん腫、例えば、様々な臓器系の腺がん、例えば、肺、乳房、卵巣、リンパ系、胃腸(例えば、結腸)、肛門、生殖器及び泌尿生殖管(例えば、腎臓、尿路上皮、膀胱細胞、前立腺)、咽頭、CNS(例えば、脳、神経又はグリア細胞)、頭頚部、皮膚(例えば、黒色腫)、及び膵臓、並びに結腸がん、直腸がん、腎臓細胞がん、肝臓がん、胃がん、非小細胞肺がん、小腸のがん、及び食道のがん等の悪性腫瘍を含む腺がんが挙げられる。がんは、早期がん、中間がん、後期がん、又は転移性がんであり得る。
いくつかの実施形態において、がんは、肺がん(例えば、NSCLC(例えば、扁平上皮組織学及び/又は非扁平上皮組織学を伴うNSCLC、又はNSCLC腺がん))、黒色腫(例えば、進行性黒色腫)、腎臓がん(例えば、腎細胞がん腫)、肝臓がん、肝細胞がん腫、骨髄腫(例えば、多発性骨髄腫)、前立腺がん、乳がん(例えば、エストロゲン受容体、プロゲステロン受容体、若しくはHER2/neuのうちの1つ、2つ、若しくは全てを発現しない乳がん、例えば、トリプルネガティブ乳がん)、結腸直腸がん、膵臓がん、頭頚部がん(例えば、頭頸部扁平上皮がん腫(HNSCC)、肛門がん、胃食道がん、甲状腺がん、子宮頸がん、リンパ増殖性疾患(例えば、移植後リンパ増殖性疾患)、又は血液がん、T細胞リンパ腫、B細胞リンパ腫、非ホジキンリンパ腫、又は白血病(例えば、骨髄性白血病、又はリンパ性白血病)から選択される。
いくつかの実施形態において、がんは、がん腫(例えば、進行性若しくは転移性のがん腫)、黒色腫、又は肺がん腫、例えば、NSCLCから選択される。
いくつかの実施形態において、がんは、膵臓がん、前立腺がん、乳がん、結腸直腸がん、肺がん、膠芽腫、腎臓がん、好ましくは、膵臓がん、前立腺がん、乳がん、結腸直腸がん、又は肺がんから選択される。
いくつかの実施形態において、がんは、膵臓がん、肺がん、乳がん、黒色腫、結腸直腸がん、卵巣がん、胃がん、甲状腺がん、肝臓がん、又は前立腺がんである。
結合剤、例えば、抗体又はその抗原結合断片の文脈において「特異的に結合する」又は「特異的結合」という用語は、無関係の抗原よりも、抗原又は抗原内のエピトープに対して、より頻繁に、より迅速に、より長い持続時間で、より高い親和性で、より高いアビディティで、又は上述の何らかの組み合わせで会合する結合剤を指す。特定の実施形態において、抗体又はその抗原結合断片は、約0.1mM以下、好ましくは約1μM未満のKDで、抗原、又は抗原内のエピトープに特異的に結合する。異なる種における相同タンパク質間の配列同一性、又は単一種内のタンパク質のバリアントのため、特異的結合は、1つより多い種(例えば、ヒトSIRPα及びcyno SIRPα)中のタンパク質を認識する抗体又はその抗原結合断片を含み得る。特定の実施形態において、第1のタンパク質に特異的に結合する抗体又はその抗原結合断片は、第2のタンパク質に特異的に結合してもよく、又は結合しなくてもよいことが理解される。したがって、「特異的結合」は、必ずしも排他的結合、すなわち単一のタンパク質に対する結合を必要としない(ただし、排他的結合を含み得る)。したがって、抗体又はその抗原結合断片は、特定の実施形態において、1つより多いタンパク質に特異的に結合し得る。
2つの分子がタンパク質に特異的に結合するかどうかを決定するための方法は、本明細書に記載されているか、又は当該技術分野で既知であり、例えば、平衡透析、表面プラズモン共鳴等を含む。一実施形態において、特異的結合は、本明細書の実施例のセクションに記載される親和性結合法に従って、約1×10-7M(100nM)以下のKDによって特徴付けられる。別の実施形態において、特異的結合は、本明細書の実施例のセクションに記載される親和性結合法に従って、約5×10-8M(50nM)以下のKDによって特徴付けられる。別の実施形態において、特異的結合は、本明細書の実施例のセクションに記載される親和性結合法に従って、約1×10-8M(10nM)以下のKDによって特徴付けられる。別の実施形態において、特異的結合は、本明細書の実施例のセクションに記載される親和性結合法に従って、約5×10-9M(5nM)以下のKDによって特徴付けられる。
「皮下投与」という用語は、動物又はヒト患者等の対象の皮膚の下に、好ましくは、皮膚と下部組織との間のポケット内に、薬物貯蔵部からの比較的ゆっくりとした持続的送達によって、薬物、例えば、本発明の抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片を導入することを指す。皮膚を挟んだり、皮膚を下部組織から引き離したりすると、ポケットが生成することがある。
「皮下注入」という用語は、限定されないが30分以下、又は90分以下を含む期間、薬物貯蔵部からの比較的ゆっくりとした持続的送達によって、対象の皮膚の下に、好ましくは、皮膚と下部組織との間のポケット内に、薬物、例えば、本発明の抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片を導入することを指す。任意選択的に、注入は、対象の皮膚の下に埋め込まれる薬物送達ポンプの皮下埋め込みによって行われてもよく、ポンプは、所定の期間、例えば、30分間、90分間、又は治療レジメンの長さにわたる期間にわたって所定の量の薬物を送達する。
「皮下ボーラス」という用語は、ボーラス薬物送達がおよそ15分未満である、対象の皮膚の下の薬物投与を指し、別の態様において、5分未満であり、更に別の態様において、60秒未満である。更に別の態様において、投与は、皮膚と下部組織との間のポケット内にあり、ポケットは、皮膚を上に挟むか、若しくは引っ張るか、又は下部組織から引き離すことによって生成され得る。例えば、「皮下ボーラス」とは、本発明の抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片を対象におよそ15分未満、別の態様において5分未満、更に別の態様において60秒未満で投与することを指す。
「治療有効量」という用語は、治療される障害の症状の1つ以上を緩和又は軽減する抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片の量を指すために使用される。治療有効量は、そうすることで、患者にとって有益な転帰を有する量である。有効性は、治療される状態に応じて、従来の方法で測定され得る。
「治療」及び「療法」等の用語は、本明細書で使用される場合、限定されないが、疾患又は障害の1つ以上の症状の軽減又は除去、疾患又は障害の退縮、進行の遅延若しくは停止を含む、任意の臨床的に望ましい効果又は有益な効果をもたらす、疾患又は障害に対する治療的措置、並びに予防的措置又は抑制的措置を含むことを意味する。したがって、例えば、治療という用語は、疾患又は障害の症状の発症の前又は後に抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片を投与することを含み、それによって疾患又は障害の1つ以上の徴候を予防するか、又は除去する。別の例として、この用語は、疾患の症状に対抗するために、疾患の臨床徴候が出た後に抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片を投与することを含む。更に、発症後、又は臨床症状が発生した後の抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片の投与は、投与が、組織損傷の程度又は転移の量若しくは程度等の疾患又は障害の臨床パラメータに影響を及ぼす場合、その治療が疾患の改善につながるかどうかにかかわらず、本明細書で使用される「治療」又は「療法」を含む。更に、本発明の組成物が、単独で、又は別の治療薬剤と組み合わせて、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片組成物、又はその抗原結合断片を使用しない状態での症状と比較して、治療される障害の少なくとも1つの症状を軽減するか、又は緩和する限り、その結果は、障害の全ての症状が軽減されるか否かにかかわらず、基礎となる障害の効果的な治療とみなされるべきである。
「添付文書」という用語は、かかる治療製品の使用に関する適応症、使用法、投与、禁忌及び/又は警告に関する情報を含む、治療製品の市販パッケージに通常含まれる説明書を指すために使用される。
抗体
抗SIRPα抗体、特に、ヒト抗SIRPα抗体、並びに本発明の抗SIRPα抗体を含む組成物及び製造物品が本明細書に記載され、開示される。抗SIRPα抗体の抗原結合断片も記載されている。抗SIRPα抗体及びその抗原結合断片は、様々な疾患又は障害、特に、CD47媒介性SIRPαシグナル伝達の調整によって特徴付けられる疾患又は障害の治療に使用することができる。抗SIRPα抗体及びその抗原結合断片は、各々、SIRPαエピトープを特異的に認識する部分を少なくとも含む。
抗SIRPα抗体、特に、ヒト抗SIRPα抗体、並びに本発明の抗SIRPα抗体を含む組成物及び製造物品が本明細書に記載され、開示される。抗SIRPα抗体の抗原結合断片も記載されている。抗SIRPα抗体及びその抗原結合断片は、様々な疾患又は障害、特に、CD47媒介性SIRPαシグナル伝達の調整によって特徴付けられる疾患又は障害の治療に使用することができる。抗SIRPα抗体及びその抗原結合断片は、各々、SIRPαエピトープを特異的に認識する部分を少なくとも含む。
エピトープは、最も一般的には、タンパク質、短いオリゴペプチド、オリゴペプチド模倣物(例えば、SIRPα抗原の抗体結合特性を模倣する有機化合物)、又はこれらの組み合わせである。ある抗体のペプチド又はポリペプチドエピトープの最小サイズは、約4~5個のアミノ酸であると考えられる。ペプチド又はポリペプチドエピトープは、例えば少なくとも7個のアミノ酸、又は例えば少なくとも9個のアミノ酸、又は例えば約15~約20個のアミノ酸を含有する。抗体は、その三次形態での抗原性ペプチド又はポリペプチドを認識することができるため、エピトープを含むアミノ酸は、連続している必要はなく、いくつかの場合において、同じペプチド鎖上にさえ存在しなくてもよい。エピトープは、X線結晶学、水素/重水素交換質量分析(HXMS)、部位特異的変異誘発、アラニンスキャニング変異誘発、及びペプチドスクリーニング法等の当該技術分野で既知の様々な技術によって決定され得る。
抗SIRPα抗体の生成、及びそれらの特性決定は、実施例に記載されている。本発明の代表的な抗SIRPα抗体のCDRは、以下の表1~25に開示されている。重鎖CDR-1、CDR-2、CDR3(HCDR1~3)、及び軽鎖CDR-1、CDR-2、CDR3(L-CDR1~3)は、Kabat、CCG、Chothia、IMGT、及びNorthに従う番号付けシステムに従って提供される。
アミノ酸配列バリアント
バリアント抗SIRPα抗体及びその抗体断片は、表1~25に示されるCDRのセットに基づいて操作され得る。バリアント抗SIRPα抗体及び抗体断片において、CDRのアミノ酸配列は、変化しないままであるか、又は最小限の変化(例えば、1~5の変化)を有するが、その周囲の領域、例えば、FR領域を操作することができることを理解すべきである。抗SIRPα抗体のアミノ酸配列バリアントは、適切なヌクレオチド変化を抗SIRPα抗体DNAに導入することによって、又はペプチド合成によって、調製することができる。かかるバリアントとしては、例えば、本明細書の例の抗SIRPα抗体のアミノ酸配列内の残基からの欠失、及び/又はそれへの挿入、及び/又はその置換が挙げられる。欠失、挿入、及び置換の任意の組み合わせは、最終構築物が所望の特徴を有することを条件に、最終構築物に到達するように作製される。アミノ酸変化はまた、ヒト又はバリアント抗SIRPα抗体の翻訳後プロセスを改変してもよく、例えば、グリコシル化部位の数又は位置を変化させてもよい。
バリアント抗SIRPα抗体及びその抗体断片は、表1~25に示されるCDRのセットに基づいて操作され得る。バリアント抗SIRPα抗体及び抗体断片において、CDRのアミノ酸配列は、変化しないままであるか、又は最小限の変化(例えば、1~5の変化)を有するが、その周囲の領域、例えば、FR領域を操作することができることを理解すべきである。抗SIRPα抗体のアミノ酸配列バリアントは、適切なヌクレオチド変化を抗SIRPα抗体DNAに導入することによって、又はペプチド合成によって、調製することができる。かかるバリアントとしては、例えば、本明細書の例の抗SIRPα抗体のアミノ酸配列内の残基からの欠失、及び/又はそれへの挿入、及び/又はその置換が挙げられる。欠失、挿入、及び置換の任意の組み合わせは、最終構築物が所望の特徴を有することを条件に、最終構築物に到達するように作製される。アミノ酸変化はまた、ヒト又はバリアント抗SIRPα抗体の翻訳後プロセスを改変してもよく、例えば、グリコシル化部位の数又は位置を変化させてもよい。
いくつかの実施形態において、本発明は、可変重鎖及び可変軽鎖を有する抗SIRPα抗体又はその抗体断片を含み、可変重鎖アミノ酸配列及び可変軽鎖アミノ酸配列は、表26~29に開示されるアミノ酸配列に対して少なくとも少なくとも90%、少なくとも92.5%、少なくとも95%、少なくとも98%、又は少なくとも99%同一であるが、但し、抗体又はその断片は、SIRPα-V1及び/又はSIRPα-V2に対する結合を保持する。
いくつかの実施形態において、本発明は、可変重鎖及び可変軽鎖を有する抗SIRPα抗体又はその抗体断片を含み、可変重鎖アミノ酸配列及び可変軽鎖アミノ酸配列は、それぞれ配列番号100、101、102、103、110、111、112、113、114、115、116、117、104、118、119、120、121、122、123、124、又は221、及び配列番号105、106、107、108,109、126、127、128、129、130、又は222のアミノ酸配列に対して少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも92.5%、少なくとも95%、少なくとも98%、又は少なくとも99%同一である。
いくつかの実施形態において、本発明は、重鎖及び軽鎖を有する抗SIRPα抗体を含み、重鎖アミノ酸配列及び軽鎖アミノ酸配列は、表30及び31に開示されるアミノ酸配列に対して少なくとも少なくとも95%、少なくとも98%、又は少なくとも99%同一であるが、但し、抗体又はその断片は、SIRPα-V1及び/又はSIRPα-V2に対する結合を保持する。
いくつかの実施形態において、抗SIRPα抗体又はその抗体断片は、配列番号100、101、102、103、110、111、112、113、114、115、116、117、104、118、119、120、121、122、123、124、又は221に示されるアミノ酸配列に対して少なくとも95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む可変重鎖配列を含む。他の実施形態において、抗SIRPα抗体又はその抗体断片は、配列番号100、101、102、103、110、111、112、113、114、115、116、117、104、118、119、120、121、122、123、124、又は221の可変重鎖配列を含む抗SIRPα抗体又はその抗体断片の結合活性及び/又は機能活性を保持する。なお更なる実施形態において、抗SIRPα抗体又はその抗体断片は、配列番号100、101、102、103、110、111、112、113、114、115、116、117、104、118、119、120、121、122、123、124、又は221の可変重鎖配列を含み、重鎖可変配列中に1つ以上の保存的アミノ酸置換、例えば、1、2、3、4、5、1~2、1~3、1~4、又は1~5個の保存的アミノ酸置換を有する。なお更なる実施形態において、1つ以上の保存的アミノ酸置換は、(Kabatの番号付けシステムに基づいて)配列番号100、101、102、103、110、111、112、113、114、115、116、117、104、118、119、120、121、122、123、124、又は221中の1つ以上のフレームワーク領域内にある。
いくつかの実施形態において、抗SIRPα抗体又はその抗体断片は、100、101、102、103、110、111、112、113、114、115、116、117、104、118、119、120、121、122、123、124、又は221に示される抗SIRPα重鎖可変領域配列に対して少なくとも95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%の配列同一性を有する可変重鎖配列を含み、(Kabatの番号付けシステムに基づいて)フレームワーク領域中に1つ以上の保存的アミノ酸置換を含み、配列番号100、101、102、103、110、111、112、113、114、115、116、117、104、118、119、120、121、122、123、124、又は221に示される可変重鎖配列、及び配列番号105、106、107、108、109、126、127、128、129、130、又は222に示される可変軽鎖配列を含む抗SIRPα抗体又はその抗体断片の結合活性及び/又は機能活性を保持する。
いくつかの実施形態において、抗SIRPα抗体又はその抗体断片は、配列番号105、106、107、108、109、126、127、128、129、130、又は222に示されるアミノ酸配列に対して少なくとも95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む可変軽鎖配列を含む。他の実施形態において、抗SIRPα抗体又はその抗体断片は、配列番号105、106、107、108、109、126、127、128、129、130、又は222の可変軽鎖配列を含む抗SIRPα抗体又はその抗体断片の結合活性及び/又は機能活性を保持する。なお更なる実施形態において、抗SIRPα抗体又はその抗体断片は、配列番号105、106、107、108、109、126、127、128、129、130、又は222の可変軽鎖配列を含み、軽鎖可変配列中に1つ以上の保存的アミノ酸置換、例えば、1、2、3、4、5、1~2、1~3、1~4、又は1~5個の保存的アミノ酸置換を有する。なお更なる実施形態において、1つ以上の保存的アミノ酸置換は、(Kabatの番号付けシステムに基づいて)配列番号105、106、107、108、109、127、128、129、130、又は222中の1つ以上のフレームワーク領域内にある。
いくつかの実施形態において、抗SIRPα抗体又はその抗体断片は、配列番号105、106、107、108,109、126、127、128、129、130、又は222に示される抗SIRPα軽鎖可変領域配列に対して少なくとも95%、約96%、約97%、約98%、又は約99%の配列同一性を有する可変軽鎖配列を含み、(Kabatの番号付けシステムに基づいて)フレームワーク領域中に1つ以上の保存的アミノ酸置換を含み、配列番号100、101、102、103、110、111、112、113、114、115、116、117、104、118、119、120、121、122、123、124、又は221に示される可変重鎖配列、及び配列番号105、106、107、108、109、126、127、128、129、130、又は222に示される可変軽鎖配列を含む抗SIRPα抗体又はその抗体断片の結合活性及び/又は機能活性を保持する。
いくつかの実施形態において、本発明は、アミノ酸置換を有する抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片を含む。これらのバリアントは、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片中の少なくとも1個のアミノ酸残基が除去され、異なる残基がその位置に挿入されている。置換変異誘発のための最大の関心部位には、超可変領域が含まれるが、FR改変も企図される。保存的置換は、「好ましい置換」という見出しで表33に示される。かかる置換が、生物学的活性の変化を引き起こす場合、「例示的な置換」と呼ばれる、又はアミノ酸の種類に関して以下に更に記載されるような、より実質的な変化を導入し、生成物をスクリーニングしてもよい。
タンパク質化学において、抗体の生物学的特性は、(a)置換領域中のポリペプチド骨格の構造、例えば、シート若しくはらせん立体配座としての構造、(b)標的部位での分子の電荷若しくは疎水性、又は(c)側鎖の嵩高さを維持することに対する効果が著しく異なる置換を選択することによって達成され得ることが一般的に認められている。天然に存在する残基は、共通の側鎖特性に基づいて、群に分けられる。
(1)疎水性:ノルロイシン、met、ala、val、leu、ile;
(2)中性親水性:cys、ser、thr;
(3)酸性:asp、glu;
(4)塩基性:asn、gin、his、lys、arg;
(5)鎖の配向に影響を及ぼす残基:gly、pro;及び
(6)芳香族:trp、tyr、phe。
非保存的置換は、これらのクラスのうちの1つのメンバーを別のクラスと交換することを伴う。
タンパク質化学において、抗体の生物学的特性は、(a)置換領域中のポリペプチド骨格の構造、例えば、シート若しくはらせん立体配座としての構造、(b)標的部位での分子の電荷若しくは疎水性、又は(c)側鎖の嵩高さを維持することに対する効果が著しく異なる置換を選択することによって達成され得ることが一般的に認められている。天然に存在する残基は、共通の側鎖特性に基づいて、群に分けられる。
(1)疎水性:ノルロイシン、met、ala、val、leu、ile;
(2)中性親水性:cys、ser、thr;
(3)酸性:asp、glu;
(4)塩基性:asn、gin、his、lys、arg;
(5)鎖の配向に影響を及ぼす残基:gly、pro;及び
(6)芳香族:trp、tyr、phe。
非保存的置換は、これらのクラスのうちの1つのメンバーを別のクラスと交換することを伴う。
抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片の適切な立体配座の維持に関与しない任意のシステイン残基も、分子の酸化安定性を改善するために、異常な架橋を防止するために、又は細胞傷害性化合物若しくは細胞抑制性化合物への確立されたコンジュゲート化位置を提供するために、一般にセリンで置換されてもよい。逆に、システイン結合を抗体又はその抗原結合断片に添加して、その安定性を向上させてもよい(特に、抗体がFv断片等の抗体断片である場合)。
抗体の別の種類のアミノ酸バリアントは、抗体の元々のグリコシル化パターンを改変することを伴う。本文脈における「改変する」という用語は、抗体中に見出される1つ以上の炭水化物部分を欠失させること、及び/又は抗体に以前に存在しなかった1つ以上のグリコシル化部位を付加することを意味する。例えば、抗体は、ヒトIgG1重鎖の297位にアミノ酸置換を含み、アスパラギン297を置き換える(例えば、N297A、N297G)ことによって、オリゴ糖トランスフェラーゼ酵素複合体媒介性グリコシル化を阻止し得る。
いくつかの態様において、本発明は、本明細書に記載の抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片のアミノ酸配列バリアントをコードする核酸分子を含む。抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片のアミノ酸配列バリアントをコードする核酸分子は、当該技術分野で既知の様々な方法によって調製される。これらの方法としては、限定されないが、天然源からの単離(天然に存在するアミノ酸配列バリアントの場合)、又はオリゴヌクレオチド媒介性(若しくは部位特異的)変異誘発による調製、PCR変異誘発、並びに抗SIRPα抗体若しくはその抗原結合断片の先に調製されたバリアント又は非バリアント態様のカセット変異誘発が挙げられる。例えば、本発明に係る核酸分子はまた、本明細書に開示される核酸分子にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子を包含し、それにより、本発明の範囲内の「ストリンジェントな条件」という用語は、例えば、50%ホルムアミド、5×SSC、及び1%SDSを含む緩衝液中での42℃でのハイブリダイゼーション、又は5×SSC、及び1%SDSを含む緩衝液中での65℃でのハイブリダイゼーションを含むことができ、これらはともに、65℃での0.2×SSC、及び0.1%SDSの洗浄を伴う。例示的なストリンジェントなハイブリダイゼーション条件としては、40%ホルムアミド、1MのNaCl、及び1%SDSの緩衝液中での37℃でのハイブリダイゼーション、並びに1×SSC中での45℃での洗浄も挙げることができる。
特定の実施形態において、抗SIRPα抗体は、抗体断片である。抗体断片の産生のために開発されてきた技術が存在する。断片は、インタクト抗体のタンパク質分解消化を介して誘導することができる(例えば、Morimoto et al.,1992,Journal of Biochemical and Biophysical Methods 24:107-117、及びBrennan et al.,1985,Science 229:81を参照されたい)。代替的に、断片は、組換え宿主細胞中で直接的に産生することができる。例えば、Fab-SH断片は、E.coliから直接的に回収され、化学的にカップリングしてF(ab’)2断片を形成することができる(例えば、Carter et al.,1992,Bio/Technology 10:163-167を参照されたい)。別のアプローチによって、F(ab’)2断片は、組換え宿主細胞培養物から直接的に単離することができる。抗体断片を産生するための他の技術は、当業者には明白であろう。
一態様において、抗SIRPα抗体及びその抗原結合断片は、グリコシル化、酸化、又は脱アミド化等の修飾を含み得る。
特定の実施形態において、インタクト抗体ではなく、抗SIRPα抗体断片を使用することが望ましい場合がある。抗体断片の血清半減期を増加させるために、抗体断片を修飾することが望ましい場合がある。このことは、例えば、サルベージ受容体結合エピトープを抗体断片に組み込むことによって達成され得る。1つの方法において、抗体断片の適切な領域を、改変(例えば、変異)してもよく、又はエピトープを、ペプチドタグに組み込み、次いで、例えば、DNA若しくはペプチド合成によって、いずれかの末端又は中央のいずれかで、これを抗体断片に融合してもよい(例えば、WO96/32478を参照されたい)。例えば、本発明の抗体断片は、全長IgG骨格の使用が望ましくない場合、血清半減期を増加させるためにヒト血清アルブミンに融合されてもよい。抗体断片とヒト血清アルブミンとのかかる融合タンパク質は、2つの異なる抗体断片を融合してアビディティを増加させるか、又は血清半減期が延長された二重特異性結合タンパク質を生成する必要がある状況で有利であり得る(例えば、WO05/077042A2を参照されたい)。
抗体上に存在する任意の炭水化物部分の除去は、化学的又は酵素的に達成され得る。化学的脱グリコシル化は、Hakimuddin et al.,1987,Arch.Biochem.Biophys.259:52によって、及びEdge et al.,1981,Anal.Biochem.,118:131によって記載される。抗体上の炭水化物部分の酵素的切断は、Thotakura et al.,1987,Meth.Enzymol 138:350によって記載されるような様々なエンドグリコシダーゼ及びエキソグリコシダーゼの使用によって達成され得る。
別の種類の有用な修飾は、米国特許第4,640,835号、米国特許第4,496,689号、米国特許第4,301,144号、米国特許第4,670,417号、米国特許第4,791,192号、及び米国特許第4,179,337号のうちの1つ以上に示されるような方法で、抗体を、様々な非タンパク質性重合体のうちの1つ、例えば、ポリエチレングリコール、ポリプロピレングリコール、又はポリオキシアルキレンに連結することを含む。
生物物理学的特性
一態様において、本発明は、1つ以上の好ましい生物物理学的特性を有する抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片を提供する。一態様において、本発明のヒト抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、緩衝液中で、少なくとも90%が単量体形態で、又は少なくとも92%が単量体形態で、又は少なくとも95%が単量体形態で、又は少なくとも96%が単量体形態で、又は少なくとも97%が単量体形態で、又は少なくとも98%が単量体形態で、又は少なくとも99%が単量体形態で存在する。更なる態様において、本発明のヒト抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、緩衝液中で、1週間、1ヶ月間、又は4ヶ月間にわたって、少なくとも90%が単量体形態で、又は少なくとも92%が単量体形態で、又は少なくとも95%が単量体形態で、又は少なくとも96%が単量体形態で、又は少なくとも97%が単量体形態で、又は少なくとも98%が単量体形態で、又は少なくとも99%が単量体形態で保持される。上述の単量体の割合は、1つ以上の精製ステップ(例えば、タンパク質A精製、任意選択的にその後のカチオン交換クロマトグラフィー)が行われた後に決定されてもよい。上述の単量体の割合は、低pH処理、例えば、pH3.5処理の後に決定されてもよい。上述の単量体の割合は、室温(例えば25℃)、又は高温(例えば40℃)で、緩衝液中で1週間、1ヶ月間、又は4ヶ月間の後に決定されてもよい。
一態様において、本発明は、1つ以上の好ましい生物物理学的特性を有する抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片を提供する。一態様において、本発明のヒト抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、緩衝液中で、少なくとも90%が単量体形態で、又は少なくとも92%が単量体形態で、又は少なくとも95%が単量体形態で、又は少なくとも96%が単量体形態で、又は少なくとも97%が単量体形態で、又は少なくとも98%が単量体形態で、又は少なくとも99%が単量体形態で存在する。更なる態様において、本発明のヒト抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、緩衝液中で、1週間、1ヶ月間、又は4ヶ月間にわたって、少なくとも90%が単量体形態で、又は少なくとも92%が単量体形態で、又は少なくとも95%が単量体形態で、又は少なくとも96%が単量体形態で、又は少なくとも97%が単量体形態で、又は少なくとも98%が単量体形態で、又は少なくとも99%が単量体形態で保持される。上述の単量体の割合は、1つ以上の精製ステップ(例えば、タンパク質A精製、任意選択的にその後のカチオン交換クロマトグラフィー)が行われた後に決定されてもよい。上述の単量体の割合は、低pH処理、例えば、pH3.5処理の後に決定されてもよい。上述の単量体の割合は、室温(例えば25℃)、又は高温(例えば40℃)で、緩衝液中で1週間、1ヶ月間、又は4ヶ月間の後に決定されてもよい。
別の態様において、本発明の抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、高濃度で安定である。
別の態様において、本発明の抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、低い粘度を有する。
エピトープ結合
別の態様において、本発明は、特定の線形又は立体配座の「SIRPα抗原エピトープ」及び「SIRPαエピトープ」を認識する抗体又はその抗原結合断片に関する。
別の態様において、本発明は、特定の線形又は立体配座の「SIRPα抗原エピトープ」及び「SIRPαエピトープ」を認識する抗体又はその抗原結合断片に関する。
本明細書で使用される場合、「SIRPα抗原エピトープ」及び「SIRPαエピトープ」という用語は、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片に結合することができる分子(例えば、ペプチド)又は分子の断片を指す。これらの用語には、例えば、本発明の抗体若しくは抗体断片のいずれかによって認識されるSIRPα抗原決定基、又は分子と抗体との間の主要な接触点が更に含まれる。
SIRPα抗原エピトープは、タンパク質、タンパク質断片、ペプチド等に含まれてもよい。エピトープは、最も一般的には、タンパク質、短いオリゴペプチド、オリゴペプチド模倣物(例えば、SIRPα抗原の抗体結合特性を模倣する有機化合物)、又はこれらの組み合わせである。
本発明の一態様において、抗体又はその抗原結合断片は、配列番号240~252のうちのいずれか1つに示されるアミノ酸配列を含むSIRPαタンパク質上の特定の線形又は立体配座の「SIRPαエピトープ」を認識する。本発明の一態様において、抗体又はその抗原結合断片は、配列番号253~260及び264のうちのいずれか1つ、特に、配列番号256及び257の任意の1つ以上に示されるアミノ酸配列を含むSIRPαタンパク質上の特定の線形又は立体配座の「SIRPαエピトープ」を認識する。本発明の一態様において、抗体又はその抗原結合断片は、配列番号266に示されるような、アミノ酸:LEU60、ILE61、VAL63、GLY64、PRO65、GLN82、LYS83、GLU84、THR97、LYS98、ARG99、GLU100、LYS126、GLY127、SER128、PRO129、及びASP130を含むSIRPαエピトープに結合する。本発明の一態様において、抗体又はその抗原結合断片は、配列番号265に示されるような、アミノ酸LEU60、ILE61、VAL63、GLY64、PRO65、GLN82、LYS83、GLU84、THR97、LYS98、ARG99、ASN100、LYS126、GLY127、SER128、PRO129、及びASP130を含むSIRPαエピトープに結合する。本発明の別の態様において、抗体又はその抗原結合断片は、アミノ酸ASP130を含むSIRPαエピトープに結合する。別の態様において、抗体又はその抗原結合断片は、配列番号253、配列番号254、配列番号255、配列番号264、及び配列番号256の任意の1つ以上、特に、配列番号256を含むSIRPαエピトープに結合する。
本発明の一態様において、抗体又はその抗原結合断片は、配列番号266に示されるような、アミノ酸ARG70、GLY71、ALA72、GLY73、PRO74、ALA75、ARG76、GLU77、ALA114、ALA116、GLY117、THR118、TYR120、THR131、GLU132、PHE133、SER135、及びGLU140を含むSIRPαエピトープに結合する。本発明の一態様において、抗体又はその抗原結合断片は、配列番号265に示されるような、アミノ酸ARG70、GLY71、ALA72、GLY73、PRO74、GLY75、ARG76、GLU77、ALA114、ALA116、GLY117、THR118、TYR120、VAL132、GLU133、PHE134、SER136、及びGLU141を含むSIRPαエピトープに結合する。本発明の別の態様において、抗体又はその抗原結合断片は、アミノ酸ALA72を含むSIRPαエピトープに結合する。別の態様において、抗体又はその抗原結合断片は、配列番号257、配列番号258、配列番号259、及び配列番号260の任意の1つ以上、特に、配列番号257を含むSIRPαエピトープに結合する。本発明の別の態様において、抗体又はその抗原結合断片は、SIRPαに対する抗体A~Eのいずれかの結合をブロックする。
本発明はまた、SIRPαに対する結合について、本発明に係る抗SIRPα抗体と競合する、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片を提供する。一実施形態において、本発明は、SIRPαに対する結合について、抗体A~抗体Eのうちのいずれか1つと競合する、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片を提供する。競合アッセイは、例えば、バイオセンサを使用してPLoS One.2014;9(3):e92451に記載されるように、又はPLoS One 2020 Mar 5;15(3):e0229206に記載されるように、又は本明細書に開示される方法によって行われてもよい。
治療的使用
一実施形態において、本発明の抗SIRPα抗体、又はその抗原結合断片は、SIRPα経路障害を治療及び/又は予防するのに有用である。
一実施形態において、本発明の抗SIRPα抗体、又はその抗原結合断片は、SIRPα経路障害を治療及び/又は予防するのに有用である。
別の実施形態において、本発明の抗SIRPα抗体、又はその抗原結合断片は、医薬として有用である。
したがって、一実施形態において、本発明は、対象においてSIRPαとCD47との間の相互作用を調整する方法であって、上述の対象に、本発明に係る抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片を、上述の対象においてCD47媒介性SIRPαシグナル伝達をブロックするのに十分な量で含む組成物を投与することを含む、方法を提供する。一実施形態において、本発明は、対象においてSIRPαとCD47との間の相互作用を調整する際に使用するための本発明に係る抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片を提供する。一実施形態において、本発明は、対象においてSIRPαとCD47との間の相互作用を調整するための医薬の製造における本発明に係る抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片の使用を提供する。
一実施形態において、本発明は、対象において骨髄系細胞の食作用を増強する方法であって、上述の対象に、本発明に係る抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片を、上述の対象において免疫応答を増強するのに十分な量で含む組成物を投与することを含む、方法を提供する。一実施形態において、本発明は、対象において骨髄系細胞の活性を増強する際に使用するための本発明に係る抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片を提供する。一実施形態において、本発明は、対象において骨髄系細胞の食作用を増強するための医薬の製造における本発明に係る抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片の使用を提供する。
一実施形態において、本発明に係る抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片を含む組成物を上述の対象に投与することを含む、対象におけるSIRPα経路疾患又は障害。一実施形態において、本発明は、対象においてがん、炎症性疾患、自己免疫疾患、呼吸器疾患、感染性疾患、又は線維症を治療又は予防する際に使用するための本発明に係る抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片を提供する。一実施形態において、本発明は、対象においてがん、炎症性疾患、自己免疫疾患、呼吸器疾患、感染性疾患、又は線維症を治療又は予防するための医薬の製造における本発明に係る抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片の使用を提供する。
したがって、一実施形態において、本発明は、対象において上述の疾患又は状態のうちの1つを治療又は予防する方法であって、上述の対象に、本発明に係る抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片を含む組成物を投与することを含む、方法を提供する。一実施形態において、本発明は、対象において上述の疾患又は状態のうちの1つを治療又は予防する際に使用するための本発明に係る抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片を提供する。一実施形態において、本発明は、対象において上述の疾患又は状態のうちの1つを治療又は予防するための医薬の製造における本発明に係る抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片の使用を提供する。
治療的使用以外の使用
本明細書に記載の抗体は、親和性精製剤として有用である。このプロセスにおいて、抗体は、当該技術分野で周知の方法を使用して、タンパク質A樹脂等の固相上に固定化される。固定化された抗体を、精製されるSIRPαタンパク質(又はその断片)を含有する試料と接触させ、その後、支持体を、固定化された抗体に結合するSIRPαタンパク質を除く試料中の全ての材料を実質的に除去するのに好適な溶媒で洗浄する。最後に、支持体を、抗体からSIRPαタンパク質を放出する別の好適な溶媒で洗浄する。
本明細書に記載の抗体は、親和性精製剤として有用である。このプロセスにおいて、抗体は、当該技術分野で周知の方法を使用して、タンパク質A樹脂等の固相上に固定化される。固定化された抗体を、精製されるSIRPαタンパク質(又はその断片)を含有する試料と接触させ、その後、支持体を、固定化された抗体に結合するSIRPαタンパク質を除く試料中の全ての材料を実質的に除去するのに好適な溶媒で洗浄する。最後に、支持体を、抗体からSIRPαタンパク質を放出する別の好適な溶媒で洗浄する。
本明細書に開示される本発明のSIRPα抗体及びその断片はまた、SIRPαタンパク質を検出及び/又は定量化するための診断アッセイに有用であり、例えば、特定の細胞、組織、又は血清中でSIRPα発現を検出するのに有用である。
いくつかの実施形態において、例えば、診断目的のために、抗体を検出可能な部分で標識することが有利であろう。放射性同位体、蛍光標識、酵素基質標識、量子ドット等を含む多数の検出可能な標識が利用可能である。標識は、様々な既知の技術を使用して、抗体と間接的にコンジュゲート化され得る。例えば、抗体は、ビオチンとコンジュゲート化させてもよく、上述の3つの広範なカテゴリーの標識のうちのいずれかを、アビジンとコンジュゲート化させてもよく、又はその逆も可能である。ビオチンは、アビジンに選択的に結合し、したがって、標識は、この間接的な様式で抗体とコンジュゲート化され得る。代替的に、標識と抗体との間接的なコンジュゲート化を達成するために、抗体は、小さなハプテン(例えばジゴキシン)とコンジュゲート化することができ、上述の異なる種類の標識のうちの1つを、抗ハプテン抗体(例えば、抗ジゴキシン抗体)とコンジュゲート化する。したがって、標識と抗体との間接的なコンジュゲート化を達成することができる。
診断用キット
抗SIRPα抗体又はその断片を、診断用キット(すなわち、診断アッセイを行うための説明書とともに、所定量で包装された試薬の組み合わせ)に使用することができる。抗体が、酵素で標識される場合、キットは、検出可能な発色団又は蛍光団を提供する基質前駆体等の酵素によって必要とされる基質及び補因子を含み得る。加えて、安定化剤、緩衝液(例えば、ブロック緩衝液又は溶解緩衝液)等の他の添加剤が含まれ得る。種々の試薬の相対的な量は、アッセイの感度を実質的に最適化するような試薬の溶液中の濃度を提供するために、広く変動し得る。試薬は、溶解時に適切な濃度を有する試薬溶液を提供する賦形剤を含む、通常は凍結乾燥された乾燥粉末として提供され得る。
抗SIRPα抗体又はその断片を、診断用キット(すなわち、診断アッセイを行うための説明書とともに、所定量で包装された試薬の組み合わせ)に使用することができる。抗体が、酵素で標識される場合、キットは、検出可能な発色団又は蛍光団を提供する基質前駆体等の酵素によって必要とされる基質及び補因子を含み得る。加えて、安定化剤、緩衝液(例えば、ブロック緩衝液又は溶解緩衝液)等の他の添加剤が含まれ得る。種々の試薬の相対的な量は、アッセイの感度を実質的に最適化するような試薬の溶液中の濃度を提供するために、広く変動し得る。試薬は、溶解時に適切な濃度を有する試薬溶液を提供する賦形剤を含む、通常は凍結乾燥された乾燥粉末として提供され得る。
組成物、組み合わせ、及びそれらの投与
本発明に係る抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片を含む組成物は、本明細書に記載のSIRPα経路疾患及び/又は障害を有するか、又はそのリスクがある対象に投与することができる。本発明は、SIRPα経路疾患又は障害の予防又は治療のための医薬の製造における抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片の使用を更に提供する。本明細書で使用される「対象」という用語は、例えば、ヒト及び特定の非ヒト哺乳動物、例えば、霊長類、及びイヌを含め、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片が投与され得る任意の哺乳動物患者を意味する。本明細書に記載の方法を使用する治療を特に意図する対象には、ヒトが含まれる。
本発明に係る抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片を含む組成物は、本明細書に記載のSIRPα経路疾患及び/又は障害を有するか、又はそのリスクがある対象に投与することができる。本発明は、SIRPα経路疾患又は障害の予防又は治療のための医薬の製造における抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片の使用を更に提供する。本明細書で使用される「対象」という用語は、例えば、ヒト及び特定の非ヒト哺乳動物、例えば、霊長類、及びイヌを含め、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片が投与され得る任意の哺乳動物患者を意味する。本明細書に記載の方法を使用する治療を特に意図する対象には、ヒトが含まれる。
抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、それら自体で、又は1つ以上の追加の治療薬剤、例えば、最先端又は標準的なケア化合物、例えば、細胞抑制性物質若しくは細胞傷害性物質、細胞増殖阻害剤、抗血管新生物質、ステロイド、免疫調節剤/チェックポイント阻害剤等と組み合わせて投与され得る。
一態様において、本発明はまた、治療有効量の抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片と、1つ以上の薬学的に適合する成分と、任意選択的に1つ以上の追加の治療薬剤とを含む薬学的組成物として投与される薬学的組成物を提供する。
本発明の更なる態様は、がん(例えば、がんに罹患しているか、又はがんを発症するリスクがある個体)の療法において使用するための本発明の結合分子を提供し、上述の療法は、1つ以上の薬理学的に活性な物質を含む。
本発明の更なる態様は、がん及び/又は腫瘍(例えば、がんに罹患しているか、又はがんを発症するリスクがある個体)の療法のための医薬の製造における1つ以上の活性成分の使用であって、上述の医薬が、本発明の結合分子を含む、使用を提供する。
本発明の抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片と組み合わせて投与され得る細胞抑制活性物質及び/又は細胞傷害活性物質としては、それらに制限されるものではないが、ホルモン、ホルモン類似体及び抗ホルモン、アロマターゼ阻害剤、LHRHアゴニスト及びアンタゴニスト、成長因子(血小板由来成長因子(PDGF)、線維芽細胞成長因子(FGF)、血管内皮成長因子(VEGF)、表皮成長因子(EGF)、インスリン様成長因子(IGF)、ヒト表皮成長因子(HER、例えば、HER2、HER3、HER4)及び肝細胞成長因子(HGF))の阻害剤、例えば、抗成長因子抗体又は抗成長因子受容体抗体を含む、及びチロシンキナーゼ阻害剤、例えば、セツキシマブ、ゲフィチニブ、アファチニブ、ニンテダニブ、イマチニブ、ラパチニブ、ボスチニブ、及びトラスツズマブ;代謝拮抗物質(例えば、抗葉酸剤、例えば、メトトレキサート、ラルチトレキセド、ピリミジン類似体、例えば、5-フルオロウラシル(5-FU)、ゲムシタビン、イリノテカン、ドキソルビシン、TAS-102、カペシタビン及びゲムシタビン、プリン及びアデノシン類似体、例えば、メルカプトプリン、チオグアニン、クラドリビン及びペントスタチン、シタラビン(araC)、フルダラビン);抗腫瘍抗生物質(例えば、アントラサイクリン);白金誘導体(例えば、シスプラチン、オキサリプラチン、カルボプラチン);アルキル化剤(例えば、エストラムスチン、メクロレタミン、メルファラン、クロラムブシル、ブスルファン、ダカルバジン、シクロホスファミド、イホスファミド、テモゾロミド、ニトロソウレア、例えば、カルムスチン及びロムスチン、チオテパ);抗有糸分裂剤(例えば、ビンカアルカロイド、例えば、ビンブラスチン、ビンデシン、ビノレルビン、及びビンクリスチン;及びタキサン、例えば、パクリタキセル、ドセタキセル);血管新生阻害剤、ベバシズマブ、ラムシルマブ、及びアフリベルセプト、チューブリン阻害剤を含む;DNA合成阻害剤、PARP阻害剤、トポイソメラーゼ阻害剤(例えば、エピポドフィロトキシン、例えば、エトポシド及びエトポホス、テニポシド、アムサクリン、トポテカン、イリノテカン、ミトキサントロン)、セリン/スレオニンキナーゼ阻害剤(例えば、PDK1阻害剤、Raf阻害剤、A-Raf阻害剤、B-Raf阻害剤、C-Raf阻害剤、mTOR阻害剤、mTORC1/2阻害剤、PI3K阻害剤、PI3Kα阻害剤、デュアルmTOR/PI3K阻害剤、STK33阻害剤、AKT阻害剤、PLK1阻害剤(例えば、ボラセルチブ)、CDKの阻害剤、CDK9阻害剤を含む、Auroraキナーゼ阻害剤)、チロシンキナーゼ阻害剤(例えば、PTK2/FAK阻害剤)、タンパク質相互作用阻害剤、MEK阻害剤、ERK阻害剤、FLT3阻害剤、BRD4阻害剤、IGF-1R阻害剤、BCl-xL阻害剤、Bcl-2阻害剤、Bcl-2/Bcl-xL阻害剤、ErbB受容体阻害剤、BCR-ABL阻害剤、ABL阻害剤、Src阻害剤、ラパマイシン類似体(例えば、エベロリムス、テムシロリムス、リダホロリムス、シロリムス)、アンドロゲン合成阻害剤、アンドロゲン受容体阻害剤、DNMT阻害剤、HDAC阻害剤、ANG1/2阻害剤、CYP17阻害剤、放射線医薬、免疫療法剤、例えば、免疫チェックポイント阻害剤(例えば、CTLA4、PD1、PD-L1、LAG3、及びTIM3結合分子/免疫グロブリン、例えば、イピリムマブ、ニボルマブ、ペムブロリズマブ)、並びに種々の化学療法剤、例えば、アミホスチン、アナグレリド、クロドロナト(clodronat)、フィルグラスチン(filgrastin)、インターフェロン、インターフェロンアルファ、ロイコボリン、リツキシマブ、プロカルバジン、レバミソール、メスナ、ミトタン、パミドロネート、及びポルフィマー;プロテアソーム阻害剤(例えばボルテゾミブ);Smac及びBH3模倣物;mdm2-p53アンタゴニストを含む、p53機能を回復させる薬剤;Wnt/ベータ-カテニンシグナル伝達経路の阻害剤;及び/又はサイクリン依存性キナーゼ9阻害剤が挙げられる。
本発明の一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、任意選択的に、追加の治療薬剤と組み合わせて投与される。追加の治療薬剤は、化学療法剤、抗PD-1若しくはPD-L1抗体、抗CTLA4抗体、T細胞エンゲージャー、CD137アゴニスト抗FAP二重特異性抗体、腫瘍標的化抗体、VEGF-ANG2二重特異性抗体、STINGアゴニスト、MDM2アンタゴニスト、又は放射線療法であり得る。
一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、抗PD-1抗体、例えば、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、ピジリズマブ、エザベンリマブ、又はアテゾリズマブと組み合わせて投与される。更なる態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、例えば、アベルマブ又はデュルバルマブを含む抗PD-L1抗体と組み合わせて投与される。
一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、HER2を標的化する腫瘍標的化抗体(例えば、トラスツズマブ)、EGFRを標的化する腫瘍標的化抗体(例えば、セツキシマブ、パニツムマブ)、CD20を標的化する腫瘍標的化抗体(例えば、リツキシマブ、オファツムマブ)、又はCD52を標的化する腫瘍標的化抗体(例えば、アレムツズマブ)と組み合わせて投与される。
一態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、2つの治療薬剤と組み合わせて投与される。更なる態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、抗PD-1抗体(例えば、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、ピジリズマブ、エザベンリマブ、若しくはアテゾリズマブ)、又は抗PD-L1抗体(例えば、アベルマブ若しくはデュルバルマブ)、及びHER2を標的化する腫瘍標的化抗体(例えば、トラスツズマブ)、EGFRを標的化する腫瘍標的化抗体(例えば、セツキシマブ、パニツムマブ)、CD20を標的化する腫瘍標的化抗体(例えば、リツキシマブ、オファツムマブ)、又はCD52を標的化する腫瘍標的化抗体(例えば、アレムツズマブ)と組み合わせて投与される。
種々の送達系が既知であり、これを使用して、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片を投与することができる。導入方法としては、限定されないが、硝子体内、点眼薬、皮内、筋肉内、腹腔内、静脈内、皮下、鼻腔内、硬膜外、及び経口経路が挙げられる。抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、例えば、注入、ボーラス又は注射によって投与することができ、他の生物学的に活性な薬剤とともに投与することができる。投与は、全身的又は局所的であり得る。かかる注射のための製剤は、例えば、予め充填されたシリンジ中で調製され得る。したがって、本発明のある態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片を含む予め充填されたシリンジが提供される。
療法に使用するために、本発明の抗SIRPα抗体は、動物又はヒトへの投与を容易にするのに適切な薬学的組成物へと製剤化される。本明細書に記載される結合分子又は抗体分子の典型的な製剤は、結合分子又は抗体分子と、生理学的に許容される担体、賦形剤又は安定化剤とを、凍結乾燥又はその他の方法で乾燥された製剤、又は水溶液又は水性若しくは非水性の懸濁液の形態で混合することによって調製することができる。担体、賦形剤、改質剤、又は安定化剤は、用いる投薬量及び濃度で非毒性である。
典型的な実施形態において、薬学的組成物は、対象への静脈内投与又は皮下投与に適合させた薬学的組成物として、日常的な手順に従って製剤化される。典型的には、注射による投与のための組成物は、滅菌等張水性緩衝液の溶液である。必要に応じて、薬学的組成物は、注射部位の疼痛を緩和するために、可溶化剤及びリグノカイン等の局所麻酔剤も含み得る。一般に、成分は、例えば、活性剤の量を示すアンプル又は小袋等の気密状態で密封した容器中で凍結乾燥させた粉末又は水を含まない濃縮物として、単位剤形で別々に、又は一緒に混合されて供給される。注入によって医薬品を投与する場合、滅菌医薬品グレードの水又は生理食塩水を含む注入ボトルで注入することができる。医薬品が注射によって投与される場合、投与前に成分を混合することができるように、注射用滅菌水又は生理食塩水のアンプルを提供することができる。
更に、薬学的組成物は、(a)凍結乾燥形態での抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片を含有する容器と、(b)注射のための薬学的に許容される希釈剤(例えば、滅菌水)を含有する第2の容器と、を含む、薬学的キットとして適用することができる。薬学的に許容される希釈剤は、凍結乾燥した抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片の再構築又は希釈に使用することができる。任意選択的に、かかる容器と関連付けられるのは、で、医薬品又は生物学的製品の製造、使用又は販売を規制する政府機関によって規定される形態の通知であってもよく、この通知は、ヒト投与のための製造、使用又は販売の機関による承認を反映したものである。
いくつかの実施形態において、本発明の抗体は、例えば、1mg/kg~25mg/kg、25mg/kg~50mg/kg、50mg/kg~75mg/kg、75mg/kg~100mg/kg、100mg/kg~125mg/kg、125mg/kg~150mg/kg、150mg/kg~175mg/kg、又は175mg/kg~200mg/kgを含む、例えば、1mg/kg~200mg/kgの用量を含む用量まで製剤化され得る。併用投与のための治療レジメンに関して、特定の実施形態において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片は、第2及び/第3の治療薬剤と同時に投与される。別の特定の実施形態において、第2及び/第3の治療薬剤は、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片の投与前又は投与後に投与される。
ポリヌクレオチド、ベクター、及び宿主細胞
本発明は、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片をコードする配列を含む単離されたポリヌクレオチド、ベクター、及びポリヌクレオチドを含む宿主細胞、並びに抗体を産生するための組換え技術に関する。単離されたポリヌクレオチドは、例えば、全長モノクローナル抗体、Fab、Fab’、F(ab’)2、及びFv断片、ダイアボディ、線状抗体、一本鎖抗体分子、及び抗体断片から形成される多重特異性抗体を含む、任意の所望の形態の抗SIRPα抗体をコードし得る。
本発明は、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片をコードする配列を含む単離されたポリヌクレオチド、ベクター、及びポリヌクレオチドを含む宿主細胞、並びに抗体を産生するための組換え技術に関する。単離されたポリヌクレオチドは、例えば、全長モノクローナル抗体、Fab、Fab’、F(ab’)2、及びFv断片、ダイアボディ、線状抗体、一本鎖抗体分子、及び抗体断片から形成される多重特異性抗体を含む、任意の所望の形態の抗SIRPα抗体をコードし得る。
抗SIRPα抗体又はその断片若しくは鎖をコードする配列を含むポリヌクレオチドは、当該技術分野で知られているように、1つ以上の調節配列又は制御配列に融合させることができ、当該技術分野で知られているように、好適な発現ベクター又は宿主細胞に含まれていてもよい。重鎖可変ドメイン又は軽鎖可変ドメインをコードするポリヌクレオチド分子の各々は、ヒト定常ドメイン等の定常ドメインをコードするポリヌクレオチド配列に独立して融合させることができ、インタクトな抗体の産生を可能にする。代替的に、ポリヌクレオチド又はその一部分をともに融合し、一本鎖抗体の産生のための鋳型を提供することができる。
組換え産生のために、抗体をコードするポリヌクレオチドを、クローニング(DNAの増幅)のために、又は発現のために、複製可能なベクターに挿入する。組換え抗体を発現させるための多くの好適なベクターが利用可能である。ベクター構成要素としては、一般に、限定されないが、シグナル配列、複製起点、1つ以上のマーカー遺伝子、エンハンサー要素、プロモーター、及び転写終止配列のうちの1つ以上が挙げられる。
抗SIRPα抗体はまた、融合ポリペプチドとして産生されてもよく、この場合、抗体は、成熟タンパク質又はポリペプチドのアミノ末端に特異的切断部位を有するシグナル配列又は他のポリペプチド等の異種ポリペプチドと融合される。選択される異種シグナル配列は、典型的には、宿主細胞によって認識され、処理される(例えば、シグナルペプチダーゼによって切断される)ものである。抗SIRPα抗体シグナル配列を認識し、処理しない原核宿主細胞の場合、シグナル配列は、原核細胞シグナル配列によって置換され得る。シグナル配列は、例えば、アルカリホスファターゼ、ペニシリナーゼ、リポタンパク質、熱安定性エンテロトキシンIIリーダー等であり得る。酵母分泌のために、天然シグナル配列は、例えば、酵母インベルターゼアルファ因子(Saccharomyces及びKluyveromycesのα-因子リーダーを含む)、酸ホスファターゼ、C.albicansグルコアミラーゼから得られるリーダー配列、又はWO90/13646に記載されるシグナルで置換され得る。哺乳動物細胞において、哺乳類シグナル配列、及びウイルス分泌リーダー、例えば単純ヘルペスgDシグナルを使用することができる。かかる前駆体領域のためのDNAは、リーディングフレーム中で、抗SIRPα抗体をコードするDNAにライゲーションされる。
哺乳動物宿主細胞におけるベクターからの抗SIRPα抗体転写は、例えば、ポリオーマウイルス、鶏痘ウイルス、アデノウイルス(例えばアデノウイルス2)、ウシパピローマウイルス、トリ肉腫ウイルス、サイトメガロウイルス、レトロウイルス、B型肝炎ウイルス、及びシミアンウイルス40(SV40)等のウイルスのゲノムから、異種哺乳動物プロモーター、例えば、アクチンプロモーター若しくは免疫グロブリンプロモーターから、又は熱ショックプロモーターから得られるプロモーターによって制御され、但し、このようなプロモーターは、宿主細胞系に適合する。
本明細書のベクターにおけるDNAのクローニング又は発現に好適な宿主細胞は、上述の原核生物、酵母、又は高等真核生物細胞である。この目的のための好適な原核生物としては、真正細菌、例えば、グラム陰性生物又はグラム陽性生物、例えば、Enterobacteriaceae、例えば、Escherichia、例えば、E.coli、Enterobacter、Erwinia、Klebsiella、Proteus、Salmonella、例えば、Salmonella typhimurium、Serratia、例えば、Serratia marcescans、及びShigella、並びにBacilli、例えば、B.subtilis及びB.licheniformis(例えば、1989年4月12日に公開されたDD 266,710に開示されるB.licheniformis 41 P)、Pseudomonas、例えば、P.aeruginosa、及びStreptomycesが挙げられる。1つの好ましいE.coliクローニング宿主は、E.coli 294(ATCC 31,446)であるが、他の株、例えば、E.coli B、E.coli X1776(ATCC 31,537)、及びE.coli W3110(ATCC 27,325)が好適である。これらの例は、限定ではなく例示である。
原核生物に加えて、糸状菌又は酵母等の真核微生物は、抗SIRPα抗体をコードするベクターに好適なクローニング又は発現宿主である。Saccharomyces cerevisiae、又は一般的なパン用酵母は、低級真核宿主微生物の中で最も一般的に使用される。しかしながら、いくつかの他の属、種、及び株、例えば、Schizosaccharomyces pombe;Kluyveromyces宿主、例えば、K.lactis、K.fragilis(ATCC 12,424)、K.bulgaricus(ATCC 16,045)、K.wickeramii(ATCC 24,178)、K.waltii(ATCC 56,500)、K.drosophilarum(ATCC 36,906)、K.thermotolerans、及びK.marxianus;ヤロウイア(EP 402,226);Pichia pastors (EP 183,070);Candida;Trichoderma reesia(EP 244,234);Neurospora crassa;Schwanniomyces、例えば、Schwanniomyces occidentalis、及び糸状菌、例えば、Neurospora、Penicillium、Tolypocladium、並びにAspergillus宿主、例えば、A.nidulans及びA.nigerは、本明細書において一般的に入手可能であり、かつ有用である。
グリコシル化抗SIRPα抗体の発現に好適な宿主細胞は、多細胞生物に由来する。無脊椎動物細胞の例としては、例えば、多数のバキュロウイルス株、及びバリアント、並びにSpodoptera frugiperda(毛虫)、Aedes aegypti(蚊)、Aedes albopictus(蚊)、Drosophila melanogaster(ミバエ)、及びBombyx mori(カイコ)等の宿主からの対応する許容的な昆虫宿主細胞を含む、植物及び昆虫の細胞が挙げられる。トランスフェクションのための様々なウイルス株、例えば、Autographa californica NPVのL-1バリアント、及びBombyx mori NPVのBm-5株が公的に入手可能であり、そのようなウイルスは、特にSpodoptera frugiperda細胞のトランスフェクションのために使用され得る。
綿、トウモロコシ、ジャガイモ、大豆、ペチュニア、トマト、及びタバコの植物細胞培養物も宿主として利用することができる。
また、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片を、ウイルスベクターに組み込むこともでき、例えば、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片をコードするポリヌクレオチドを、ウイルスベクターに導入し、次いでウイルスに感染させた後に対象の体内で発現させる。
別の態様において、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片の発現は、脊椎動物細胞において行われる。培養(組織培養)における脊椎動物細胞の伝播は、日常的な手順となり、技術は広く利用可能である。有用な哺乳動物宿主細胞株の例は、SV40によって形質転換されたサル腎臓CV1株(COS-7、ATCC CRL 1651)、ヒト胚性腎臓株(293若しくは懸濁培養における成長のためにサブクローニングされた293細胞(Graham et al.,1977,J.Gen Virol.36:59)、ベビーハムスター腎臓細胞(BHK、ATCC CCL 10)、チャイニーズハムスター卵巣細胞/-DHFR1(CHO、Urlaub et al.,1980,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 77:4216、例えば、DG44)、マウスセルトリ細胞(TM4、Mather,1980,Biol.Reprod.23:243-251)、サル腎臓細胞(CV1 ATCC CCL 70)、サバンナモンキー(African green monkey)腎臓細胞(VERO-76、ATCC CRL-1587)、ヒト子宮頸がん腫細胞(HELA、ATCC CCL 2)、イヌ腎臓細胞(MDCK、ATCC CCL 34)、バッファローラット肝臓細胞(BRL 3A、ATCC CRL 1442)、ヒト肺細胞(W138、ATCC CCL 75)、ヒト肝臓細胞(Hep G2、HB 8065)、マウス乳房腫瘍(MMT 060562、ATCC CCL51)、TR1細胞(Mather et al.,1982,Annals N.Y.Acad.Sci.383:44-68)、MRC 5細胞、FS4細胞、及びヒト肝臓がん株(Hep G2)である。
低、中、及び高ストリンジェンシー条件下、特に本明細書で定義される高ストリンジェンシー条件下で、抗SIRPα抗体又は抗体断片をコードする単離されたポリヌクレオチド配列によって表されるヌクレオチド配列の全て又は一部(例えば、可変領域をコードする部分)にハイブリダイズする核酸も含まれる。ハイブリダイズする核酸のハイブリダイズ部分は、典型的には、少なくとも15(例えば、20、25、30又は50)ヌクレオチド長である。ハイブリダイズする核酸のハイブリダイズ部分は、抗SIRPαポリペプチド(例えば、重鎖可変領域又は軽鎖可変領域)をコードする核酸、又はその補体の一部分又は全ての配列に対して少なくとも80%、例えば、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、又は少なくとも99%同一である。本明細書に記載される種類のハイブリダイズする核酸は、例えば、クローニングプローブ、プライマー、例えば、PCRプライマー、又は診断プローブとして使用することができる。一態様において、「高ストリンジェンシー条件」とは、12~24時間の標準的なサザンブロッティング手順に従った、5×SSPE、0.3%SDS、200μg/mLの剪断及び変性したサーモン精子DNA、及び50%ホルムアミド中、42℃における、少なくとも100ヌクレオチド長のプローブ、予備ハイブリダイゼーション及びハイブリダイゼーションを意味する。担体材料は、65℃で0.2×SSC、0.2%SDSを使用して、最終的に各々15分間で3回洗浄される。
一実施形態において、本発明は、配列番号100、101、102、103、104、105、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124、又は221のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む重鎖可変領域をコードするヌクレオチド配列を含む、単離されたポリヌクレオチドに関する。
一実施形態において、本発明は、配列番号105、106、107、108、109、125、126、109、127、128、129、130、又は222のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域をコードするヌクレオチド配列を含む、単離されたポリヌクレオチドに関する。
一実施形態において、本発明は、配列番号131、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、148、149、150、151、152、217、135、153、154、156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、219、133、134、137、132、又は136のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む重鎖領域をコードするヌクレオチド配列を含む、単離されたポリヌクレオチドに関する。
一実施形態において、本発明は、配列番号174、181、182、183、184、185、186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、218、178、196、197、198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、220、176、177、180、175、又は179のうちのいずれか1ついずれか1つのアミノ酸配列を含む軽鎖領域をコードするヌクレオチド配列を含む、単離されたポリヌクレオチドに関する。
製造物品
別の態様において、上述の障害の治療に有用な材料を含有する製造物品が含まれる。製造物品は、容器及びラベルを含む。好適な容器としては、例えば、ボトル、バイアル、シリンジ、及び試験管が挙げられる。容器は、ガラス又はプラスチック等の様々な材料から形成され得る。容器は、状態を治療するのに有効な組成物を保持し、無菌アクセスポートを有し得る。例えば、容器は、静脈内溶液バッグ、又は皮下注射針によって貫通可能なストッパーを有するバイアルであってもよい。組成物中の活性薬剤は、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片である。容器上にあるか、又は容器と関連付けられたラベルは、組成物が、選択した状態を治療するために使用されることを示す。製造物品は、リン酸緩衝食塩水、リンゲル液、及びデキストロース溶液等の薬学的に許容される緩衝液を含む第2の容器を更に含み得る。製造物品は、他の緩衝液、希釈剤、フィルタ、針、シリンジ、及び使用のための説明書を含む添付文書を含め、商業的観点及び使用者の観点から望ましい他の材料を更に含み得る。
別の態様において、上述の障害の治療に有用な材料を含有する製造物品が含まれる。製造物品は、容器及びラベルを含む。好適な容器としては、例えば、ボトル、バイアル、シリンジ、及び試験管が挙げられる。容器は、ガラス又はプラスチック等の様々な材料から形成され得る。容器は、状態を治療するのに有効な組成物を保持し、無菌アクセスポートを有し得る。例えば、容器は、静脈内溶液バッグ、又は皮下注射針によって貫通可能なストッパーを有するバイアルであってもよい。組成物中の活性薬剤は、抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片である。容器上にあるか、又は容器と関連付けられたラベルは、組成物が、選択した状態を治療するために使用されることを示す。製造物品は、リン酸緩衝食塩水、リンゲル液、及びデキストロース溶液等の薬学的に許容される緩衝液を含む第2の容器を更に含み得る。製造物品は、他の緩衝液、希釈剤、フィルタ、針、シリンジ、及び使用のための説明書を含む添付文書を含め、商業的観点及び使用者の観点から望ましい他の材料を更に含み得る。
ここで、本開示を以下の実施例を参照しつつ記載する。これらの実施例は、例示のみを目的として提供され、本開示は、これらの実施例に限定されるものと解釈されるべきではなく、むしろ、本明細書に提供される教示の結果として明らかになるありとあらゆる変形を包含するものと解釈されるべきである。
更なる説明を伴わないが、当業者は、前述の説明及び以下の例示的な実施例を使用して、本開示の化合物を作製し、利用して、特許請求の範囲に記載の方法を実施することができると考えられる。したがって、以下の作業例は、本発明の好ましい実施形態を具体的に指摘し、本開示の残りの部分をいかなる方法でも限定するものとして解釈されるべきではない。
実施例1:抗SIRPα抗体の生成
ファージ及び酵母ディスプレイ
所望の選択性を有する、すなわち、hSIRPαV1及びhSIRPαV2をブロックすることができ、hSIRPγに対する結合を欠く抗SIRPα抗体を生成するための初期の試みは、ファージディスプレイを使用して行われる。hSIRPαV1、hSIRPαV2、及びカニクイザルSIRPαタンパク質のビオチン化細胞外ドメインを、3ラウンドの連続したスクリーニングにおいて、標的タンパク質として使用する。hSIRPγ細胞外ドメインに結合することができる抗体を除去するために、各スクリーニングラウンドにおいて、非標識hSIRPγ細胞外ドメインが選択解除剤として含まれる。
ファージ及び酵母ディスプレイ
所望の選択性を有する、すなわち、hSIRPαV1及びhSIRPαV2をブロックすることができ、hSIRPγに対する結合を欠く抗SIRPα抗体を生成するための初期の試みは、ファージディスプレイを使用して行われる。hSIRPαV1、hSIRPαV2、及びカニクイザルSIRPαタンパク質のビオチン化細胞外ドメインを、3ラウンドの連続したスクリーニングにおいて、標的タンパク質として使用する。hSIRPγ細胞外ドメインに結合することができる抗体を除去するために、各スクリーニングラウンドにおいて、非標識hSIRPγ細胞外ドメインが選択解除剤として含まれる。
ファージディスプレイによって、更に特性決定された13の候補抗体を得た。候補抗体のうちの4つは、hSIRPαV1及びhSIRPαV2をブロックすることができたが、これらの抗体の各々は、hSIRPγにも結合すると決定された。候補抗体のうちの9つは、hSIRPγに結合しなかったが、hSIRPαV1又はhSIRPαV2のみをブロックすることができたが、両方をブロックすることはできなかった。したがって、13の候補抗体のいずれも、所望の選択性を有していないと決定された。
所望の選択性を有する抗SIRPα抗体を生成するための同様の試みは、酵母ディスプレイを使用して行われる。酵母ディスプレイによって特定された候補抗体の大部分(66のうちの59)は、hSIRPαV1及びhSIRPαV2をブロックすることができたが、hSIRPγにも結合した。残りの7つの抗体は、hSIRPγに結合しなかったが、hSIRPαV1のみをブロックすることができたが、hSIRPαV2をブロックすることができなかった。したがって、ファージディスプレイと同様に、候補抗体のいずれも、所望の選択性を有していないと決定された。
免疫化
AlivaMabカッパマウスを、標準的な実験室の免疫化技術に従って、ヒト及びカニクイザルSIRPαタンパク質[NP542970、CAA71403及びNP001271679]の組換え産生された細胞外ドメインの組み合わせを用いて皮下で免疫化する。簡潔に述べると、マウスを、タンパク質及びアジュバント混合物を用いて、週に1回を4週間にわたって、皮下で免疫化する。水性アジュバントを使用して、天然タンパク質確認に対して内部にある部位の露出を低下させることによって、望ましい選択性を有する抗体の生成を改善することが期待される。4回の免疫化の後、抗体価をELISA法によって決定する。全ての抗原に対して強い抗体応答を示す動物を、抗体回復のために選択する。
AlivaMabカッパマウスを、標準的な実験室の免疫化技術に従って、ヒト及びカニクイザルSIRPαタンパク質[NP542970、CAA71403及びNP001271679]の組換え産生された細胞外ドメインの組み合わせを用いて皮下で免疫化する。簡潔に述べると、マウスを、タンパク質及びアジュバント混合物を用いて、週に1回を4週間にわたって、皮下で免疫化する。水性アジュバントを使用して、天然タンパク質確認に対して内部にある部位の露出を低下させることによって、望ましい選択性を有する抗体の生成を改善することが期待される。4回の免疫化の後、抗体価をELISA法によって決定する。全ての抗原に対して強い抗体応答を示す動物を、抗体回復のために選択する。
B細胞回収及び組換え抗体産生
抗原特異的メモリーB細胞回収は、単一のB細胞フローサイトメトリー及び細胞選別を介して実行される。回収された抗体配列を合成し、限定されないが、SIRPαに対する親和性、huSIRPα-V1及びhuSIRPα-V2 CHO細胞株に対する結合、並びにSIRPα:CD47相互作用のブロックを含む様々な特徴についてスクリーニングする。以下の所望の特性を示す代表的な抗体を表26~27に示す。抗体A、抗体B、抗体C、抗体D、及び抗体E。
抗原特異的メモリーB細胞回収は、単一のB細胞フローサイトメトリー及び細胞選別を介して実行される。回収された抗体配列を合成し、限定されないが、SIRPαに対する親和性、huSIRPα-V1及びhuSIRPα-V2 CHO細胞株に対する結合、並びにSIRPα:CD47相互作用のブロックを含む様々な特徴についてスクリーニングする。以下の所望の特性を示す代表的な抗体を表26~27に示す。抗体A、抗体B、抗体C、抗体D、及び抗体E。
実施例2.抗体A及び抗体Eの配列ライアビリティ(sequence liabilities)の除去
親抗体の断片抗体(Fab)クローンを調製する。潜在的な配列ライアビリティ(すなわち、免疫原性であり得るか、又は潜在的な製造上の問題を引き起こし得るアミノ酸残基)を除去するように、特定の位置変動を用いてライブラリーを調製する。これらの変異したライブラリーは、通常、V領域当たり5~10個のバイナリ位置を有する。更に複雑なV領域中の特定の位置に対処するために、単一変異ライブラリー又は二重変異ライブラリーとは別に、別個の飽和ライブラリーも作製される。かかるライブラリーは、当該技術分野で知られる標準的な方法を使用して調製され、当業者によって容易に使用され得る。
親抗体の断片抗体(Fab)クローンを調製する。潜在的な配列ライアビリティ(すなわち、免疫原性であり得るか、又は潜在的な製造上の問題を引き起こし得るアミノ酸残基)を除去するように、特定の位置変動を用いてライブラリーを調製する。これらの変異したライブラリーは、通常、V領域当たり5~10個のバイナリ位置を有する。更に複雑なV領域中の特定の位置に対処するために、単一変異ライブラリー又は二重変異ライブラリーとは別に、別個の飽和ライブラリーも作製される。かかるライブラリーは、当該技術分野で知られる標準的な方法を使用して調製され、当業者によって容易に使用され得る。
操作されたFabを、huSIRPα-V1及びhuSIRPα-V2に対する親和性を含む所望の特性について試験する。抗体A及び抗体Eの操作された抗体の代表的な可変領域を表28~29に示す。
実施例3.精製された組換えヒトSIRPα、SIRPβ1、SIRPγタンパク質に対する抗体の結合親和性(SPR KD)
種々のSIRPα分析物に対する抗SIRPα抗体の結合親和性は、ProteOn XPR36(Bio-Rad)を使用して、表面プラズモン共鳴(SPR)によって決定される。この実験の試行緩衝液、及び全ての希釈液(記載されているものを除く)は、1×HBS-EP+で行われる。CM5センサチップを、10μl/分の流束で、EDC/NHSの等量混合物を用いて420秒間かけて活性化し、10μl/分の流束で、タンパク質A/Gビーズ(pH4.5の10mM酢酸塩中50μg/ml)を用いて420秒間かけて固定化し、表面上に約2600~2900RUのタンパク質A/Gを得る。センサチップを、1MのエタノールアミンHClを用い、10μl/分の流速で420秒間、不活性化する。
種々のSIRPα分析物に対する抗SIRPα抗体の結合親和性は、ProteOn XPR36(Bio-Rad)を使用して、表面プラズモン共鳴(SPR)によって決定される。この実験の試行緩衝液、及び全ての希釈液(記載されているものを除く)は、1×HBS-EP+で行われる。CM5センサチップを、10μl/分の流束で、EDC/NHSの等量混合物を用いて420秒間かけて活性化し、10μl/分の流束で、タンパク質A/Gビーズ(pH4.5の10mM酢酸塩中50μg/ml)を用いて420秒間かけて固定化し、表面上に約2600~2900RUのタンパク質A/Gを得る。センサチップを、1MのエタノールアミンHClを用い、10μl/分の流速で420秒間、不活性化する。
各抗体を、タンパク質A/G表面上で、10μl/分の流速で60秒間捕捉させ、約280RUの捕捉レベルが得られる。分析物を、30μl/分の流速で300秒間にわたって、捕捉された抗体に注入する。解離を600秒間行う。各SIRPタンパク質の2倍段階希釈液(細胞外ドメイン+His-Tag)を、以下の表36に示される最高濃度で分析物として注入する。
各分析物の注入が完了すると、センサ表面は、30μl/分の流速で30秒間かけて0.85%のリン酸を注入することによって再生される。
センサ表面(フローセル1)及びブランク(HBS-EP+)との分析物の相互作用を、生データから引き算する。次いで、センサグラムを1:1のLangmuir結合に全体的に適合させ、オンレート(ka)、オフレート(kD)、及び親和性(KD)値を提供し、定常状態結合モードに全体的に適合させ、平衡親和性(KD)を提供する。
上の手順を使用して、以下の分析物に対する結合親和性を測定する。ヒトSIRPαV1、ヒトSIRPαV2、ヒトSIRPβ1、ヒトSIRPβ1v3、ヒトSIRPγ、カニクイザル(cyno)SIRPα、cyno SIRPβ1、cyno SIRPβ1v3、cyno SIRPγ、マウスSIRPα SIRPα抗体の結合親和性についての結果を以下の表37~42に示す。
実施例4.CHO細胞上で発現した全長ヒトV1-SIRPα又はV2-SIRPαに対する抗体の結合
SIRPαを発現する細胞に対する抗体結合をフローサイトメトリーによって評価する。CHO-K1親細胞(陰性対照)、全長ヒトSIRPαV1(NP_542970.1)を発現するCHO-K1細胞、又は全長ヒトSIRPαV2(CAA71403.1)を発現するCHO-K1細胞を、ロバIgGでブロックし、抗体の濃度を増加させつつ、氷上で60分間インキュベートし、洗浄し、AF647コンジュゲート化ロバF(ab’)2抗ヒトIgG二次試薬で染色する。細胞を洗浄し、固定し、フローサイトメトリーによって分析する。蛍光強度の中央値を決定し、抗体結合の尺度として使用する。
SIRPαを発現する細胞に対する抗体結合をフローサイトメトリーによって評価する。CHO-K1親細胞(陰性対照)、全長ヒトSIRPαV1(NP_542970.1)を発現するCHO-K1細胞、又は全長ヒトSIRPαV2(CAA71403.1)を発現するCHO-K1細胞を、ロバIgGでブロックし、抗体の濃度を増加させつつ、氷上で60分間インキュベートし、洗浄し、AF647コンジュゲート化ロバF(ab’)2抗ヒトIgG二次試薬で染色する。細胞を洗浄し、固定し、フローサイトメトリーによって分析する。蛍光強度の中央値を決定し、抗体結合の尺度として使用する。
抗SIRPα抗体KWAR23(WO2015/138600)及び抗体A~Eは、0.4~14nMの範囲のEC50値で全長ヒトSIRPαV1(図1B)又はSIRPαV2(図1C)を発現するCHO細胞に対する用量依存的結合を示した(表43)。試験した抗体のいずれも、親CHO細胞に対する結合を示さなかった(図1A)。
実施例5.ヒト単球細胞株上で発現した内因性ヒトV1-SIRPα又はV2-SIRPαに対する抗体の結合
SIRPαのV1対立遺伝子(U-937)又はV2対立遺伝子(THP-1)についてホモ接合型のヒト単球細胞株に対する抗体結合を評価する。U-937又はTHP-1細胞をロバIgGでブロックし、抗体の濃度を増加させつつ、氷上で60分間インキュベートし、洗浄し、AF647コンジュゲート化ロバF(ab’)2抗ヒトIgG二次試薬で染色する。細胞を洗浄し、固定し、フローサイトメトリーによって分析する。蛍光強度の中央値を決定し、抗体結合の尺度として使用する。
SIRPαのV1対立遺伝子(U-937)又はV2対立遺伝子(THP-1)についてホモ接合型のヒト単球細胞株に対する抗体結合を評価する。U-937又はTHP-1細胞をロバIgGでブロックし、抗体の濃度を増加させつつ、氷上で60分間インキュベートし、洗浄し、AF647コンジュゲート化ロバF(ab’)2抗ヒトIgG二次試薬で染色する。細胞を洗浄し、固定し、フローサイトメトリーによって分析する。蛍光強度の中央値を決定し、抗体結合の尺度として使用する。
抗SIRPα抗体KWAR23及び抗体A~Eは、0.2~22nMの範囲のEC50値でヒトSIRPαV1対立遺伝子についてホモ接合型のU-937細胞(図2A)、及びヒトSIRPαV2対立遺伝子(についてホモ接合型のTHP-1細胞(図2B)に対する用量依存的結合を示した(表44)。
実施例6.初代ヒト単球上で発現した内因性ヒトV1-SIRPα及び/又はV2-SIRPαに対する抗体の結合
SIRPαを発現する初代ヒト細胞に対する抗体結合をフローサイトメトリーによって評価する。SIRPα V1対立遺伝子、V2対立遺伝子についてホモ接合型、又は両方の対立遺伝子についてヘテロ接合型であるとして遺伝子型決定されたドナーからのヒト末梢血単球細胞(PBMC)をロバIgGでブロックし、抗体の濃度を増加させつつ、氷上で60分間インキュベートし、洗浄し、AF647コンジュゲート化ロバF(ab’)2抗ヒトIgG二次試薬で染色する。その後、洗浄した細胞をHuman TruStain FcX(商標)(Biolegend)でブロックし、BV421コンジュゲート化抗ヒトCD14(Biolegend、クローンM5E2)で染色する。細胞を洗浄し、固定し、フローサイトメトリーによって分析する。CD14+集合体の蛍光強度の中央値を決定し、抗体結合の尺度として使用する。
SIRPαを発現する初代ヒト細胞に対する抗体結合をフローサイトメトリーによって評価する。SIRPα V1対立遺伝子、V2対立遺伝子についてホモ接合型、又は両方の対立遺伝子についてヘテロ接合型であるとして遺伝子型決定されたドナーからのヒト末梢血単球細胞(PBMC)をロバIgGでブロックし、抗体の濃度を増加させつつ、氷上で60分間インキュベートし、洗浄し、AF647コンジュゲート化ロバF(ab’)2抗ヒトIgG二次試薬で染色する。その後、洗浄した細胞をHuman TruStain FcX(商標)(Biolegend)でブロックし、BV421コンジュゲート化抗ヒトCD14(Biolegend、クローンM5E2)で染色する。細胞を洗浄し、固定し、フローサイトメトリーによって分析する。CD14+集合体の蛍光強度の中央値を決定し、抗体結合の尺度として使用する。
試験した全ての抗体(抗体A~G、A10、A4、A11、及びE22)は、V1(図3A~3D)又はV2(図5A~5D)対立遺伝子についてホモ接合型、又は両方の対立遺伝子についてヘテロ接合型(図4A~4D)のドナーからの初代ヒト単球に対する用量依存的結合を示した。表45は、上述の抗体の各々について計算された初代細胞結合EC50を強調している。抗体Bを除き、全ての抗体は、ナノモル濃度未満のEC50を示した。
初代ヒト単球に対する既知の抗SIRPα抗体、KWAR23、1H9(WO2019/023347)及びSIRP AB11(WO2020/068752)の結合も、上述のように評価され、EC50結果を様45に示す。1H9は、V1対立遺伝子についてホモ接合型、又は両方の対立遺伝子についてヘテロ接合型のドナーからの初代ヒト単球についての用量依存的結合及びナノモル濃度未満の結合EC50値を示したが(図3C及び4C)、V2対立遺伝子についてホモ接合型のドナーからの初代ヒト単球で、非飽和性抗体結合が検出された。KWAR23及びSIRP AB11抗体は、全ての遺伝子型のドナーからの初代ヒト単球で、ナノモル濃度未満の結合EC50を示した(図3A~3D、4A~4D、及び5A~5D、表45)。
実施例7.U937SIRPα KO細胞上で発現した全長ヒトSIRPβ1又はSIRPβLに対する抗体の結合
全長ヒトSIRPβ1(NP_006056.2)及びSIRPβL(NP_001129316.1)を発現する細胞に対する抗体結合をフローサイトメトリーによって評価する。SIRPβ1-又はSIRPβLを発現するU937SIRPα KO細胞をロバIgGでブロックし、抗体の濃度を増加させつつ、氷上で60分間インキュベートし、洗浄し、AF647コンジュゲート化ロバF(ab’)2抗ヒトIgG二次試薬で染色する。細胞を洗浄し、固定し、フローサイトメトリーによって分析する。蛍光強度の中央値を決定し、抗体結合の尺度として使用する。
全長ヒトSIRPβ1(NP_006056.2)及びSIRPβL(NP_001129316.1)を発現する細胞に対する抗体結合をフローサイトメトリーによって評価する。SIRPβ1-又はSIRPβLを発現するU937SIRPα KO細胞をロバIgGでブロックし、抗体の濃度を増加させつつ、氷上で60分間インキュベートし、洗浄し、AF647コンジュゲート化ロバF(ab’)2抗ヒトIgG二次試薬で染色する。細胞を洗浄し、固定し、フローサイトメトリーによって分析する。蛍光強度の中央値を決定し、抗体結合の尺度として使用する。
抗体A~G、A10、A4、及びA11は、アイソタイプ対照又は抗体E22と異なり、U-937SIRPα KO細胞上で発現した全長ヒトSIRPβ1に対する用量依存的結合を示した(図6A~6D)。表44は、上述の抗体の各々について計算された結合EC50を強調している。抗体A、C、D、F、A10、A4、及びA11は、これらの細胞に対してナノモル濃度未満のEC50値を示したが、抗体B、E、及びGの結合は、200nMまでの濃度では非飽和性であり、EC50値は決定されなかった。
抗体E、G、及びE22は、1nM未満のEC50でU-937SIRPα KO細胞(図7A~7D)上で発現した全長ヒトSIRPβLに対する用量依存的結合を示した(表46)。ヒトSIRPβLを発現するU-937SIRPα KO細胞上で、抗体A、C、D、F、A10、A4、及びA11の結合を検出することができなかった(図7A~7D)。抗体Bの結合(図7A)は、SIRPβLを発現するU-937SIRPα KO細胞で検出されたが、結合は、200nMまでの濃度では非飽和性であった。
SIRPβ1又はSIRPβLを発現するU937SIRPα KO細胞に対する既知の抗SIRPα抗体であるKWAR23、1H9、及びSIRPAB11の結合も、上述のように評価された。3つの分子は全て、ナノモル濃度未満の結合EC50値(表46)で、両方の細胞型に対する用量依存的結合を示した(図6A~6D及び7A~7D)。
実施例8.ELISAによる、精製された組換えヒトSIRPγタンパク質に対する抗体の結合
生化学的ELISAベースのアッセイを利用して、SIRPγに対する抗体の結合を評価する。黒色の96ウェル平底イムノアッセイプレートを、DPBSで希釈した組換えヒトSIRPγ細胞外ドメイン(ECD)/Hisタンパク質(NP_061026.2)でコーティングし、4℃で一晩インキュベートする。プレートを3回洗浄し、続いて室温(RT)で約1~2時間ブロックする。プレートを洗浄し、RTで約1~2時間のインキュベーションのために、段階滴定された抗体をそれぞれのウェルに添加する。インキュベートの後、プレートを洗浄し、各ウェルにHRPOコンジュゲート化マウス抗ヒトIgG二次試薬(Jackson Immuno Research)を添加し、約1~2時間インキュベートする。最終的なプレート洗浄の後、Amplex(商標)赤色基質を添加し、暗所で、室温で15~30分間インキュベートする。EnVision Multilabel Plate Reader(Perkin Elmer)を使用して、蛍光を検出する(λEx/λEm=530/590nm)。抗体結合を測定するために、平均蛍光をプロットする。
生化学的ELISAベースのアッセイを利用して、SIRPγに対する抗体の結合を評価する。黒色の96ウェル平底イムノアッセイプレートを、DPBSで希釈した組換えヒトSIRPγ細胞外ドメイン(ECD)/Hisタンパク質(NP_061026.2)でコーティングし、4℃で一晩インキュベートする。プレートを3回洗浄し、続いて室温(RT)で約1~2時間ブロックする。プレートを洗浄し、RTで約1~2時間のインキュベーションのために、段階滴定された抗体をそれぞれのウェルに添加する。インキュベートの後、プレートを洗浄し、各ウェルにHRPOコンジュゲート化マウス抗ヒトIgG二次試薬(Jackson Immuno Research)を添加し、約1~2時間インキュベートする。最終的なプレート洗浄の後、Amplex(商標)赤色基質を添加し、暗所で、室温で15~30分間インキュベートする。EnVision Multilabel Plate Reader(Perkin Elmer)を使用して、蛍光を検出する(λEx/λEm=530/590nm)。抗体結合を測定するために、平均蛍光をプロットする。
SIRP反応性γmAbであるKWAR23を除き、試験した抗体(抗体A~E)のいずれも、固定化された組換えヒトSIRPγ ECD/Hisタンパク質に対する結合を示さなかった(図8)。KWAR23のEC50値は、0.1nMであると決定された(表47)。
実施例9.CHO細胞上で発現したSIRPγに対する抗体の結合
ヒトSIRPγ(NP_061026.2)を発現する細胞に対する抗体結合をフローサイトメトリーによって評価する。SIRPγを発現するCHO細胞をロバIgGでブロックし、抗体の濃度を増加させつつ、氷上で60分間インキュベートし、洗浄し、AF647コンジュゲート化ロバF(ab’)2抗ヒトIgG二次試薬で染色する。細胞を洗浄し、固定し、フローサイトメトリーによって分析する。蛍光強度の中央値を決定し、抗体結合の尺度として使用する。
ヒトSIRPγ(NP_061026.2)を発現する細胞に対する抗体結合をフローサイトメトリーによって評価する。SIRPγを発現するCHO細胞をロバIgGでブロックし、抗体の濃度を増加させつつ、氷上で60分間インキュベートし、洗浄し、AF647コンジュゲート化ロバF(ab’)2抗ヒトIgG二次試薬で染色する。細胞を洗浄し、固定し、フローサイトメトリーによって分析する。蛍光強度の中央値を決定し、抗体結合の尺度として使用する。
SIRPγを発現するCHO細胞上の各抗体の結合を、アイソタイプ対照と比較して検出した(図9)。2.7nMのEC50を示したSIRPγ反応性mAb(KWAR23)と比較して(表47)、抗体A及びC~Eの結合は、200nMまでの濃度では非飽和性であり、検出された結合抗体の大きさは、小さかった。
実施例10.初代ヒトT細胞上で発現したSIRPγに対する抗体の結合
内因性SIRPγを発現する初代ヒトT細胞に対する抗体結合をフローサイトメトリーによって評価する。ヒト末梢血単球細胞(PBMC)をロバIgGでブロックし、抗体の濃度を増加させつつ、氷上で60分間インキュベートし、洗浄し、AF647コンジュゲート化ロバF(ab’)2抗ヒトIgG二次試薬で染色する。その後、ヒトPBMCをHuman TruStain FcX(商標)(Biolegend)でブロックし、BUV395コンジュゲート化抗ヒトCD3(BD Biosciences、クローンSK7)で染色する。細胞を洗浄し、固定し、フローサイトメトリーによって分析する。CD3+ゲーティング集合体の蛍光強度の中央値を決定し、抗体結合の尺度として使用する。
内因性SIRPγを発現する初代ヒトT細胞に対する抗体結合をフローサイトメトリーによって評価する。ヒト末梢血単球細胞(PBMC)をロバIgGでブロックし、抗体の濃度を増加させつつ、氷上で60分間インキュベートし、洗浄し、AF647コンジュゲート化ロバF(ab’)2抗ヒトIgG二次試薬で染色する。その後、ヒトPBMCをHuman TruStain FcX(商標)(Biolegend)でブロックし、BUV395コンジュゲート化抗ヒトCD3(BD Biosciences、クローンSK7)で染色する。細胞を洗浄し、固定し、フローサイトメトリーによって分析する。CD3+ゲーティング集合体の蛍光強度の中央値を決定し、抗体結合の尺度として使用する。
初代ヒトT細胞に対する既知の抗SIRPα抗体であるKWAR23、1H9、及びSIRPAB11の結合も、上述のように評価される。KWAR23、1H9、及びSIRP AB11は、1nM未満のEC50値で(表47)、初代ヒトCD3+細胞に対する用量依存的結合を示したが(図10A~10D)、一方で、抗体A~G、A10、A4、A11、及びE22による結合は検出されなかった。
実施例11.CHO細胞上で発現した全長ヒトV1-SIRPα又はV2-SIRPαに対するヒトCD47結合のブロック
ヒトCD47四量体は、ビオチン化ヒトCD47(NP_942088、AcroBiosystems)及びAF647コンジュゲート化ストレプトアビジン(Biolegend)を使用して組み立てられる。抗体リガンドのブロック能を評価するために、全長ヒトSIRPαV1(NP_542970.1)を発現するCHO-K1細胞、又は全長ヒトSIRPαV2(CAA71403.1)を発現するCHO-K1細胞を、抗体の濃度を増加させつつ、固定された濃度のヒトCD47四量体とともに、氷上で60分間、共インキュベートする。細胞を洗浄し、固定し、フローサイトメトリーによって分析する。蛍光強度の中央値を決定し、CD47結合の尺度として使用する。
ヒトCD47四量体は、ビオチン化ヒトCD47(NP_942088、AcroBiosystems)及びAF647コンジュゲート化ストレプトアビジン(Biolegend)を使用して組み立てられる。抗体リガンドのブロック能を評価するために、全長ヒトSIRPαV1(NP_542970.1)を発現するCHO-K1細胞、又は全長ヒトSIRPαV2(CAA71403.1)を発現するCHO-K1細胞を、抗体の濃度を増加させつつ、固定された濃度のヒトCD47四量体とともに、氷上で60分間、共インキュベートする。細胞を洗浄し、固定し、フローサイトメトリーによって分析する。蛍光強度の中央値を決定し、CD47結合の尺度として使用する。
既知のKWAR23抗体及び抗体A~Eは、0.3~6.0nMの範囲の半数阻害濃度(IC50)値(表48)でヒトSIRPαV1及びSIRPαV2を発現するCHO細胞に対するヒトCD47の結合を用量依存的にブロックした(図11A及び11B)。約80%でプラトー状態になった、抗体EによるヒトSIRPαV2を発現するCHO細胞に対するヒトCD47の結合の遮断。
実施例12.初代ヒト単球上で発現した内因性ヒトV1-SIRPα及び/又はV2-SIRPαに対するヒトCD47結合のブロック
ヒトCD47四量体は、ビオチン化ヒトCD47(NP_942088、AcroBiosystems)及びAF647コンジュゲート化ストレプトアビジン(Biolegend)を使用して組み立てられる。SIRPα V1対立遺伝子、V2対立遺伝子についてホモ接合型、又は両方の対立遺伝子についてヘテロ接合型であるとして遺伝子型決定されたドナーからのヒト末梢血単球細胞(PBMC)をHuman TruStain FcX(商標)(Biolegend)でブロックし、抗体の濃度を増加させつつ、固定された濃度のヒトCD47四量体及びBV421コンジュゲート化抗ヒトCD14とともに、氷上で60分間、共インキュベートする。細胞を洗浄し、固定し、フローサイトメトリーによって分析する。CD14+ゲーティング集合体の蛍光強度の中央値を決定し、CD47結合の尺度として使用する。
ヒトCD47四量体は、ビオチン化ヒトCD47(NP_942088、AcroBiosystems)及びAF647コンジュゲート化ストレプトアビジン(Biolegend)を使用して組み立てられる。SIRPα V1対立遺伝子、V2対立遺伝子についてホモ接合型、又は両方の対立遺伝子についてヘテロ接合型であるとして遺伝子型決定されたドナーからのヒト末梢血単球細胞(PBMC)をHuman TruStain FcX(商標)(Biolegend)でブロックし、抗体の濃度を増加させつつ、固定された濃度のヒトCD47四量体及びBV421コンジュゲート化抗ヒトCD14とともに、氷上で60分間、共インキュベートする。細胞を洗浄し、固定し、フローサイトメトリーによって分析する。CD14+ゲーティング集合体の蛍光強度の中央値を決定し、CD47結合の尺度として使用する。
抗体A~G、A10、A4、E22、及びA11は、アイソタイプ対照と異なり、V1対立遺伝子についてホモ接合型(図12A~12D)若しくはV2対立遺伝子についてホモ接合型(図14A~14D)、又は両方の対立遺伝子についてヘテロ接合型(図13A~13D)のドナーからの初代ヒト単球に対するヒトCD47の結合を用量依存的にブロックした。抗体Bを除き、全ての抗体は、1nM未満のIC50値を示した(表49)。
既知の抗SIRPα抗体であるKWAR23、1H9、及びSIRPAB11が、初代ヒト単球に対するヒトCD47の結合をブロックする能力は、上述のように評価される。1H9は、ナノモル濃度未満のIC50値(表49)で、V1対立遺伝子についてホモ接合型(図12C)、又は両方の対立遺伝子についてヘテロ接合型(図13C)のドナーからの初代ヒト単球に対する結合からヒトCD47をブロックし、V2対立遺伝子についてホモ接合型のドナーからの初代ヒト単球に対する不完全な遮断が観察された(図14C)。KWAR23及びSIRPAB11抗体は、全ての遺伝子型のドナーからの初代ヒト単球に対するヒトCD47の結合をブロックした(図12A~12D、13A~13D、及び14A~14D、表49)。
実施例13.細胞CD47発現に依存するヒトV1-SIRPα及びV2-SIRPαシグナル伝達のブロック
SIRPαシグナル伝達アッセイを使用して、細胞-細胞相互作用を介して提示されるCD47によって誘導されるSIRPαエンゲージメントを測定する。このアッセイにおけるSIRPαシグナル伝達の検出は、酵素断片相補性(EFC)に依存する。EFCは、酵素ドナー(ED)断片及び酵素アクセプター(EA)断片からなる、β-ガラクトシダーゼにおける補体系を使用する。独立して、これらの断片は、β-gal酵素活性を有していないが、近接させると、これらは活性なβ-gal酵素を形成する。レポーターJurkat細胞は、CD47を欠いており、SHP-1ホスファターゼのEDタグ化SIRPα受容体及びEAタグ化SH2ドメインを安定に共発現する。レポーター細胞が、ドナー細胞(内因性レベルのCD47を発現するJurkat細胞)に曝露されると、SIRPαは、リン酸化され、SHP-1ホスファターゼを動員する。この相互作用は、受容体活性化の尺度として、基質を加水分解して化学発光シグナルを生成することができる活性β-gal酵素のED断片及びEA断片の補体及び形成を行わせる。
SIRPαシグナル伝達アッセイを使用して、細胞-細胞相互作用を介して提示されるCD47によって誘導されるSIRPαエンゲージメントを測定する。このアッセイにおけるSIRPαシグナル伝達の検出は、酵素断片相補性(EFC)に依存する。EFCは、酵素ドナー(ED)断片及び酵素アクセプター(EA)断片からなる、β-ガラクトシダーゼにおける補体系を使用する。独立して、これらの断片は、β-gal酵素活性を有していないが、近接させると、これらは活性なβ-gal酵素を形成する。レポーターJurkat細胞は、CD47を欠いており、SHP-1ホスファターゼのEDタグ化SIRPα受容体及びEAタグ化SH2ドメインを安定に共発現する。レポーター細胞が、ドナー細胞(内因性レベルのCD47を発現するJurkat細胞)に曝露されると、SIRPαは、リン酸化され、SHP-1ホスファターゼを動員する。この相互作用は、受容体活性化の尺度として、基質を加水分解して化学発光シグナルを生成することができる活性β-gal酵素のED断片及びEA断片の補体及び形成を行わせる。
総体積100μlのPathHunter cell plating 0試薬中のJurkat親(30,000個)を添加する前に、Jurkat SIRPα-V1又は-αV2シグナル伝達細胞(20,000個)を、96ウェルの白色底TC処理プレート中、37℃、5%CO2で1時間、段階滴定された抗体とともにインキュベートする。プレートを、加湿インキュベーター中、37℃、5%CO2で5時間かけてインキュベートする。PathHunter BioAssay Detection試薬を添加し、暗所、室温でインキュベートした後、プレートを、EnVision(登録商標)ルミノメーターで読み取る。平均RLU単位を、受容体活性化の尺度としてプロットする。
抗体A~G、A10、A4、E22、及びA11は、アイソタイプ対照と異なり、ナノモル濃度未満のIC50値(表48)で細胞CD47媒介性SIRPαV1活性化を完全にブロックした(図15A~15D)。同様に、全ての抗体は、細胞CD47媒介性SIRPαV2活性化を用量依存的にブロックしたが(図16A~16D、表50)、抗体E及びE22による阻害は、それぞれ約80%及び55%でプラトー状態になり、抗体Bは、飽和性阻害を達成しなかった。
既知の抗SIRPα抗体であるKWAR23、1H9、及びSIRPAB11が、細胞CD47媒介性SIRPαシグナル伝達をブロックする能力は、上述のように評価される。1H9は、0.04nMのIC50で細胞CD47媒介性SIRPαV1活性化を完全にブロックしたが(図15C、表50)、細胞CD47媒介性SIRPαV2活性化の遮断は、飽和性阻害を達成しなかった(図16C、表50)。KWAR23及びSIRP AB11抗体は、いずれかのSIRPα対立遺伝子を発現する細胞によって細胞CD47媒介性SIRPαシグナル伝達をブロックすることができた。
実施例14.SIRPαアンタゴニストは、ヒト単球細胞株においてCD47によって引き起こされる食作用の阻害を元に戻す
フローベースの食作用アッセイを開発し、CD47によって誘導される食作用のSIRPα媒介性調節を定量化した。内因性SIRPαを欠くU-937細胞を、全長V1-SIRPα対立遺伝子又はV2-SIRPα対立遺伝子を含有するレンチウイルスで形質導入する。これらの細胞を、ヒトCD47(NP_942088、AcroBiosystems)でコーティングされているか、又はコーティングされていない蛍光コンジュゲート化されたマイクロビーズ(Spherotech)を添加する30分前に、96ウェルのV字底組織培養(TC)処理プレート中、指定の濃度で抗SIRPα抗体とともにプレインキュベートし、ヒトIgG1抗体でオプソニン化し、Fc受容体媒介性食作用を誘導する。37℃、5%CO2で2時間インキュベートした後、試料を洗浄し、Human TruStain FcX(商標)(Biolegend)でブロックし、ビーズの外側表面を認識する蛍光コンジュゲート化された抗体で染色して、細胞の外側に貼り付けられたビーズとその内側にあったビーズとの間の差別化をすることができる。細胞を洗浄し、固定し、フローサイトメトリーによって分析する。食作用は、内在化ビーズを有する細胞の割合として表される。
フローベースの食作用アッセイを開発し、CD47によって誘導される食作用のSIRPα媒介性調節を定量化した。内因性SIRPαを欠くU-937細胞を、全長V1-SIRPα対立遺伝子又はV2-SIRPα対立遺伝子を含有するレンチウイルスで形質導入する。これらの細胞を、ヒトCD47(NP_942088、AcroBiosystems)でコーティングされているか、又はコーティングされていない蛍光コンジュゲート化されたマイクロビーズ(Spherotech)を添加する30分前に、96ウェルのV字底組織培養(TC)処理プレート中、指定の濃度で抗SIRPα抗体とともにプレインキュベートし、ヒトIgG1抗体でオプソニン化し、Fc受容体媒介性食作用を誘導する。37℃、5%CO2で2時間インキュベートした後、試料を洗浄し、Human TruStain FcX(商標)(Biolegend)でブロックし、ビーズの外側表面を認識する蛍光コンジュゲート化された抗体で染色して、細胞の外側に貼り付けられたビーズとその内側にあったビーズとの間の差別化をすることができる。細胞を洗浄し、固定し、フローサイトメトリーによって分析する。食作用は、内在化ビーズを有する細胞の割合として表される。
細胞をCD47コーティングされたビーズとともにインキュベートしたときに低下した、V1又はV2対立遺伝子のいずれかについてSIRPαを発現するU-937細胞による、オプソニン化したビーズの内在化(白色の棒グラフ)、細胞をCD47を欠くビーズとともにインキュベートしたときに観察されない効果(黒色の棒グラフ)。67nMの指定の抗体を用いた細胞の前処理は、V1(図17A)及びV2(図17B)SIRPαを発現するU-937細胞が、CD47コーティングされたビーズを貪食する能力を回復し(白色の棒グラフ)、このことは、この抗体が、CD47媒介性SIRPαシグナル伝達をブロックすることができることを示している。
実施例15.SIRPαアンタゴニストは、SIRPα対立遺伝子の任意の組み合わせの初代ヒト単球由来マクロファージにおいてCD47によって引き起こされる食作用の阻害を元に戻す
フローベースの食作用アッセイを開発し、CD47によって誘導される食作用のSIRPα媒介性調節を定量化した。SIRPα V1対立遺伝子、V2対立遺伝子についてホモ接合型、又は両方の対立遺伝子についてヘテロ接合型であるとして遺伝子型決定されたドナーからのヒトPBMC(EasySep Monocyte Enrichment Kit、StemCell Technologies)から濃縮された単球を、50ng/mlのヒト組換えM-CSF(Peprotech)でスパイクされたImmunoCult(商標)-SFマクロファージ分化培地中で6~7日間培養した後に、マクロファージに分化させる。単球由来マクロファージ(MDM)を、ヒトCD47(NP_942088、AcroBiosystems)でコーティングされているか、又はコーティングされておらず、ヒトIgG1でオプソニン化されているか、又はされていない、蛍光コンジュゲート化されたマイクロビーズ(Spherotech)を添加する30分前に、96ウェルの超低付着TCプレート中、指定の濃度で抗SIRPα抗体とともにプレインキュベートし、Fc受容体媒介性食作用を誘導する。37℃、5%CO2で1時間インキュベートした後、試料を洗浄し、Human TruStain FcX(商標)(Biolegend)でブロックし、ビーズの外側表面を認識する蛍光コンジュゲート化された抗体で染色して、細胞の外側に貼り付けられたビーズとその内側にあったビーズとの間の差別化をすることができる。細胞を洗浄し、固定し、フローサイトメトリーによって分析する。食作用は、内在化ビーズを有する細胞の割合として表される。
フローベースの食作用アッセイを開発し、CD47によって誘導される食作用のSIRPα媒介性調節を定量化した。SIRPα V1対立遺伝子、V2対立遺伝子についてホモ接合型、又は両方の対立遺伝子についてヘテロ接合型であるとして遺伝子型決定されたドナーからのヒトPBMC(EasySep Monocyte Enrichment Kit、StemCell Technologies)から濃縮された単球を、50ng/mlのヒト組換えM-CSF(Peprotech)でスパイクされたImmunoCult(商標)-SFマクロファージ分化培地中で6~7日間培養した後に、マクロファージに分化させる。単球由来マクロファージ(MDM)を、ヒトCD47(NP_942088、AcroBiosystems)でコーティングされているか、又はコーティングされておらず、ヒトIgG1でオプソニン化されているか、又はされていない、蛍光コンジュゲート化されたマイクロビーズ(Spherotech)を添加する30分前に、96ウェルの超低付着TCプレート中、指定の濃度で抗SIRPα抗体とともにプレインキュベートし、Fc受容体媒介性食作用を誘導する。37℃、5%CO2で1時間インキュベートした後、試料を洗浄し、Human TruStain FcX(商標)(Biolegend)でブロックし、ビーズの外側表面を認識する蛍光コンジュゲート化された抗体で染色して、細胞の外側に貼り付けられたビーズとその内側にあったビーズとの間の差別化をすることができる。細胞を洗浄し、固定し、フローサイトメトリーによって分析する。食作用は、内在化ビーズを有する細胞の割合として表される。
細胞をCD47コーティングされたビーズとともにインキュベートしたときに低下した、V1若しくはV2対立遺伝子についてホモ接合型(それぞれ図18A~18B及び20A~20B)、又は両方の対立遺伝子についてヘテロ接合型(図19A~19B)のドナーからのMDMによるビーズの内在化(オプソニン化を伴うもの、又は伴わないもの)(白色の棒グラフ)、細胞をCD47を欠くビーズとともにインキュベートしたときに観察されない効果(黒色の棒グラフ)。67nMの指定の抗体を用いた細胞の前処理は、細胞が、オプソニン化を伴う(図18A、19A、及び20A)並びに伴わない(図18B、19B、及び20B)CD47コーティングされたビーズを貪食する能力を回復し(白色の棒グラフ)、このことは、この抗体が、CD47媒介性SIRPαシグナル伝達をブロックすることができることを示している。更なる実験は、抗SIRPα抗体が、用量依存的な様式で全ての遺伝子型のドナーに由来する初代MDMによる食作用のCD47媒介性阻害を阻害することができることを示していた(図18C、19C、及び20C)。
実施例16.SIRPαアンタゴニストは、SIRPα対立遺伝子の任意の組み合わせの初代ヒト単球由来樹状細胞においてCD47によって引き起こされる食作用の阻害を元に戻す
フローベースの食作用アッセイを開発し、CD47によって誘導される食作用のSIRPα媒介性調節を定量化した。SIRPα V1対立遺伝子、V2対立遺伝子についてホモ接合型、又は両方の対立遺伝子についてヘテロ接合型であるとして遺伝子型決定されたドナーからのヒトPBMC(EasySep(商標)Monocyte Enrichment Kit、StemCell Technologies)から濃縮された単球を、ImmunoCult(商標)-ACF Dendritic Cell Differentiation SupplementでスパイクされたImmunoCult(商標)-ACF Dendritic Cell Medium中で5~6日間培養した後に、樹状細胞に分化させる。単球由来樹状細胞(MDDC)を、ヒトCD47(NP_942088、AcroBiosystems)でコーティングされているか、又はコーティングされておらず、ヒトIgG1でオプソニン化されているか、又はされていない、蛍光コンジュゲート化されたマイクロビーズ(Spherotech)を添加する30分前に、96ウェルの超低付着TCプレート中、指定の濃度で抗SIRPα抗体とともにプレインキュベートし、Fc受容体媒介性食作用を誘導する。37℃、5%CO2で1時間インキュベートした後、試料を洗浄し、Human TruStain FcX(商標)(Biolegend)でブロックし、ビーズを認識する蛍光コンジュゲート化された抗体で染色して、細胞の外側に貼り付けられたビーズとその内側にあったビーズとの間の差別化をすることができる。細胞を洗浄し、固定し、フローサイトメトリーによって分析する。食作用は、内在化ビーズを有する細胞の割合として表される。
フローベースの食作用アッセイを開発し、CD47によって誘導される食作用のSIRPα媒介性調節を定量化した。SIRPα V1対立遺伝子、V2対立遺伝子についてホモ接合型、又は両方の対立遺伝子についてヘテロ接合型であるとして遺伝子型決定されたドナーからのヒトPBMC(EasySep(商標)Monocyte Enrichment Kit、StemCell Technologies)から濃縮された単球を、ImmunoCult(商標)-ACF Dendritic Cell Differentiation SupplementでスパイクされたImmunoCult(商標)-ACF Dendritic Cell Medium中で5~6日間培養した後に、樹状細胞に分化させる。単球由来樹状細胞(MDDC)を、ヒトCD47(NP_942088、AcroBiosystems)でコーティングされているか、又はコーティングされておらず、ヒトIgG1でオプソニン化されているか、又はされていない、蛍光コンジュゲート化されたマイクロビーズ(Spherotech)を添加する30分前に、96ウェルの超低付着TCプレート中、指定の濃度で抗SIRPα抗体とともにプレインキュベートし、Fc受容体媒介性食作用を誘導する。37℃、5%CO2で1時間インキュベートした後、試料を洗浄し、Human TruStain FcX(商標)(Biolegend)でブロックし、ビーズを認識する蛍光コンジュゲート化された抗体で染色して、細胞の外側に貼り付けられたビーズとその内側にあったビーズとの間の差別化をすることができる。細胞を洗浄し、固定し、フローサイトメトリーによって分析する。食作用は、内在化ビーズを有する細胞の割合として表される。
細胞をCD47コーティングされたビーズとともにインキュベートしたときに低下した、V1若しくはV2対立遺伝子についてホモ接合型(それぞれ図21A~21B及び23A~23B)、又は両方の対立遺伝子についてヘテロ接合型(図22A~22B)のドナーからのMDDCによるビーズの内在化(オプソニン化を伴うもの、又は伴わないもの)(白色の棒グラフ)、細胞をCD47を欠くビーズとともにインキュベートしたときに観察されない効果(黒色の棒グラフ)。67nMの指定の抗体を用いた細胞の前処理は、細胞が、オプソニン化を伴う(図21A、22A、及び23A)並びに伴わない(図21B、22B、及び23B)CD47コーティングされたビーズを貪食する能力を回復し(白色の棒グラフ)、このことは、この抗体が、CD47媒介性SIRPαシグナル伝達をブロックすることができることを示している。
実施例17.抗SIRPα抗体は、ヒト腫瘍細胞のU-937食作用を強化する
抗体依存性細胞食作用アッセイにおいて、選択された分子の機能活性を評価した。Raji細胞(バーキットリンパ腫細胞株、ATCC)を、製造業者の指示に従ってPKH26 Red(Sigma)で標識し、その後、リツキシマブでオプソニン化する。Raji細胞を洗浄して、結合していないリツキシマブを除去する。V1-SIRPα及びV2-SIRPαを発現するU-937細胞(50,000個)を、50,000個のRaji標的細胞を添加する(±リツキシマブオプソニン化)前に、96ウェルの超低付着TCプレート中、段階滴定された抗SIRPα mAbで30分間かけて処理する。加湿インキュベーター中、37℃、5%CO2で2時間インキュベートした後、試料を洗浄し、Human TruStain FcX(商標)(Biolegend)でブロックし、PBコンジュゲート化抗ヒトCD13(U-937マーカー、クローンWM15、BD Biosciences)及びAF647コンジュゲート化抗ヒトCD19(Rajiマーカー、クローンHIB19、Biolegend)カクテルで染色する。細胞を洗浄し、固定し、フローサイトメトリーによって分析する。食作用は、CD19について陰性に染色し、PKH26について陽性に染色したCD13+細胞の割合として表される。
抗体依存性細胞食作用アッセイにおいて、選択された分子の機能活性を評価した。Raji細胞(バーキットリンパ腫細胞株、ATCC)を、製造業者の指示に従ってPKH26 Red(Sigma)で標識し、その後、リツキシマブでオプソニン化する。Raji細胞を洗浄して、結合していないリツキシマブを除去する。V1-SIRPα及びV2-SIRPαを発現するU-937細胞(50,000個)を、50,000個のRaji標的細胞を添加する(±リツキシマブオプソニン化)前に、96ウェルの超低付着TCプレート中、段階滴定された抗SIRPα mAbで30分間かけて処理する。加湿インキュベーター中、37℃、5%CO2で2時間インキュベートした後、試料を洗浄し、Human TruStain FcX(商標)(Biolegend)でブロックし、PBコンジュゲート化抗ヒトCD13(U-937マーカー、クローンWM15、BD Biosciences)及びAF647コンジュゲート化抗ヒトCD19(Rajiマーカー、クローンHIB19、Biolegend)カクテルで染色する。細胞を洗浄し、固定し、フローサイトメトリーによって分析する。食作用は、CD19について陰性に染色し、PKH26について陽性に染色したCD13+細胞の割合として表される。
その結果は、V1-SIRPα及びV2-SIRPαを発現するU-937細胞が、リツキシマブオプソニン化がされていないRaji細胞を貪食することができないことを示した。Raji細胞のオプソニン化は、細胞食作用の増加(約0.2%~約6%)を誘導し、用量依存的な様式で、抗SIRPα抗体を用いた治療によって更に増強された。
実施例18.抗SIRPα抗体は、ヒト腫瘍細胞の単球由来のマクロファージの食作用を強化する
抗体依存性細胞食作用アッセイにおいて、選択された分子の機能活性を評価した。Raji細胞(バーキットリンパ腫細胞株、ATCC)を、製造業者の指示に従ってPKH26 Red(Sigma)で標識し、その後、リツキシマブでオプソニン化する。Raji細胞を洗浄して、結合していないリツキシマブを除去する。SIRPα V1対立遺伝子についてヘテロ接合型であるとして遺伝子型決定されたドナーからのヒトPBMC(EasySep(商標)Monocyte Enrichment Kit、StemCell Technologies)から濃縮された単球を、50ng/mlのヒト組換えM-CSF(Peprotech)でスパイクされたImmunoCult(商標)-SFマクロファージ分化培地中で6~7日間培養した後に、マクロファージに分化させる。単球由来マクロファージ(MDM)を、50,000個のRaji標的細胞を添加する(±リツキシマブオプソニン化)前に、96ウェルの超低付着U字底プレート中、段階滴定された抗SIRPα mAbで30分間かけて処理する。37℃、5%CO2で2時間インキュベートした後、試料を洗浄し、Human TruStain FcX(商標)(Biolegend)でブロックし、BV421コンジュゲート化抗ヒトCD14(MDMマーカー、クローンM5E2、Biolegend)及びAF647コンジュゲート化抗ヒトCD19(Rajiマーカー、クローンHIB19、Biolegend)カクテルで染色する。細胞を洗浄し、固定し、フローサイトメトリーによって分析する。食作用は、CD19について陰性に染色し、PKH26について陽性に染色したCD13+細胞の割合として表される。
抗体依存性細胞食作用アッセイにおいて、選択された分子の機能活性を評価した。Raji細胞(バーキットリンパ腫細胞株、ATCC)を、製造業者の指示に従ってPKH26 Red(Sigma)で標識し、その後、リツキシマブでオプソニン化する。Raji細胞を洗浄して、結合していないリツキシマブを除去する。SIRPα V1対立遺伝子についてヘテロ接合型であるとして遺伝子型決定されたドナーからのヒトPBMC(EasySep(商標)Monocyte Enrichment Kit、StemCell Technologies)から濃縮された単球を、50ng/mlのヒト組換えM-CSF(Peprotech)でスパイクされたImmunoCult(商標)-SFマクロファージ分化培地中で6~7日間培養した後に、マクロファージに分化させる。単球由来マクロファージ(MDM)を、50,000個のRaji標的細胞を添加する(±リツキシマブオプソニン化)前に、96ウェルの超低付着U字底プレート中、段階滴定された抗SIRPα mAbで30分間かけて処理する。37℃、5%CO2で2時間インキュベートした後、試料を洗浄し、Human TruStain FcX(商標)(Biolegend)でブロックし、BV421コンジュゲート化抗ヒトCD14(MDMマーカー、クローンM5E2、Biolegend)及びAF647コンジュゲート化抗ヒトCD19(Rajiマーカー、クローンHIB19、Biolegend)カクテルで染色する。細胞を洗浄し、固定し、フローサイトメトリーによって分析する。食作用は、CD19について陰性に染色し、PKH26について陽性に染色したCD13+細胞の割合として表される。
その結果は、MDMが、細胞治療にかかわらず、オプソニン化を欠くRaji細胞を貪食することができないことを示していた。Raji細胞のオプソニン化は、細胞食作用の増加(約1.3%~約17%)を誘導し、抗SIRPα抗体治療によって更に増強された。
実施例19.混合リンパ球反応
選択された分子は、混合リンパ球反応において評価される。96ウェルの丸底組織培養処理されたプレートを、DPBSで希釈した組換えヒトCD47細胞外ドメイン(ECD)/hFcタンパク質でコーティングし、4℃で一晩インキュベートする。プレートをDPBS/CFで3回洗浄した。凍結保存されたヒト単球由来樹状細胞(Astarte Biologics)を解凍し、洗浄し、X-VIVO 15培地に10万個/mlで再懸濁させる。次いで、ヒトCD47融合タンパク質で事前にコーティングされているか、又はされていない、96ウェル丸底TCプレートのそれぞれのウェルにMDDC±mAb処理を移す前に、MDDCを、抗PD1アンタゴニストを1:1体積比で含むか、又は含まない、様々な抗SIRPα mAbで60分間プレインキュベートする。同種異系ヒトPBMCドナー(EasySep(商標)Human CD4+ T Cell Isolation Kit)から濃縮したヒトCD4+T細胞(約100,000個)を、それぞれのウェルに添加し、37℃、5%CO2で5日間、加湿インキュベーター中、プレートをインキュベートする。収穫の16~18時間前に、培養ウェルを、1μCi(100μCi/mlで10μl)の3[H]チミジン(Moravek Biochemicals Inc.)でパルス処理する。続いて、細胞を、Molecular Devices Micro96 Harvesterを使用して、フィルタマット(Wallac)上に収穫し、乾燥させ、次いで、10mLのBetaPlate Scintillation(Perkin-Elmer、カタログ番号1205-440)を含む試料袋(Perkin Elmer)中で密封する。MicroBeta2 2450 Microplate Counter(Perkin Elmer)を使用して、3[H]チミジン組み込みを測定する。
選択された分子は、混合リンパ球反応において評価される。96ウェルの丸底組織培養処理されたプレートを、DPBSで希釈した組換えヒトCD47細胞外ドメイン(ECD)/hFcタンパク質でコーティングし、4℃で一晩インキュベートする。プレートをDPBS/CFで3回洗浄した。凍結保存されたヒト単球由来樹状細胞(Astarte Biologics)を解凍し、洗浄し、X-VIVO 15培地に10万個/mlで再懸濁させる。次いで、ヒトCD47融合タンパク質で事前にコーティングされているか、又はされていない、96ウェル丸底TCプレートのそれぞれのウェルにMDDC±mAb処理を移す前に、MDDCを、抗PD1アンタゴニストを1:1体積比で含むか、又は含まない、様々な抗SIRPα mAbで60分間プレインキュベートする。同種異系ヒトPBMCドナー(EasySep(商標)Human CD4+ T Cell Isolation Kit)から濃縮したヒトCD4+T細胞(約100,000個)を、それぞれのウェルに添加し、37℃、5%CO2で5日間、加湿インキュベーター中、プレートをインキュベートする。収穫の16~18時間前に、培養ウェルを、1μCi(100μCi/mlで10μl)の3[H]チミジン(Moravek Biochemicals Inc.)でパルス処理する。続いて、細胞を、Molecular Devices Micro96 Harvesterを使用して、フィルタマット(Wallac)上に収穫し、乾燥させ、次いで、10mLのBetaPlate Scintillation(Perkin-Elmer、カタログ番号1205-440)を含む試料袋(Perkin Elmer)中で密封する。MicroBeta2 2450 Microplate Counter(Perkin Elmer)を使用して、3[H]チミジン組み込みを測定する。
図24A~24Bは、プレートに結合したヒトCD47融合タンパク質が、混合リンパ球反応において樹状細胞によって媒介されるCD4 T細胞増殖を阻害することを示し、CD47媒介性シグナル伝達が、高度に免疫抑制性であり得ることを示している。これらのアッセイにおけるCD47-Fc媒介性免疫抑制は、抗SIRPα抗体(KWAR23、抗体A及びE)単独によって、又は抗PD1アンタゴニストと組み合わせることによって、様々な程度まで元に戻すことができる。
実施例20.抗SIRPα Fab:SIRPα複合体の結晶化
SIRPαに対する抗体結合の機構的な基礎を理解するために、ヒトSIRPα-V2のドメイン1との複合体において、抗体E及び抗体Aについての抗体-SIRPα複合体の構造に対して、分析を行った(図25A~25F及び図26A~26B)。
SIRPαに対する抗体結合の機構的な基礎を理解するために、ヒトSIRPα-V2のドメイン1との複合体において、抗体E及び抗体Aについての抗体-SIRPα複合体の構造に対して、分析を行った(図25A~25F及び図26A~26B)。
複雑な構造を得るために、Gatewayクローニングシステムを使用して、SIRPαV2(アミノ酸31~148、N末端GSTタグを含む)の発現のための構築物を生成した。タンパク質を、Origami B(DE3)細胞中で発現させ、GSTタグ化タンパク質のための標準プロトコルを使用して精製した。画分をSDS-PAGEによって分析し、所望のタンパク質を含有する断片をプールし、25mMのHEPES、100mMのNaCl、5%のGlycerin、pH7.0中、24mg/mlまで濃縮した。SIRPαV2タンパク質を、抗体A又はEのFab断片と混合し、10mMのTris、150mMのNaCl、1mMのTCEP、pH7、5中のサイズ排除クロマトグラフィーによって精製した。SIRPαV2 Fab複合体の結晶を、5mg/ml(貯蔵溶液:抗体A:20%のPEG3350及び180mMのクエン酸トリアンモニウム及び抗体E:15%のPEG4000及び100mMのHEPES、pH7.0)の複合体濃度での蒸気拡散シッティングドロップ法によって得た。データを、Swiss Light Source(SLS)で収集し、1.4Å(抗体A)及び1.6Å(抗体E)の分解能で、構造を解析し、モデル化した。
結晶構造分析は、この2つの抗体が、異なる領域上で、異なる配向でSIRPαに接触することができることを示した。両方の抗体が、SIRPα上のCD47結合部位を妨害し、一方で、抗体Aは、CD47によって係合されているSIRPα残基のほとんどに接触することができ、このことは、この抗体が、どのようにして完全なCD47拮抗作用を達成することができるかを示している。これらの抗体が接触するSIRPα残基は、SIRPαの両方の対立遺伝子が、どのように対立遺伝子間のバリアント残基による有害な影響を伴わずに等しく結合することができるかを説明した。接触点はまた、SIRPγに対する選択性を説明する(図25A~25F及び図26A~26B、並びに表51~52)。
SIRPαV1及びSIRPαV2のアラインメント及び番号付けについては、図26を参照されたい。
SIRPαV1及びSIRPαV2のアラインメント及び番号付けについては、図26を参照されたい。
実施例21.市販の抗SIRP mAb、クローンSE5A5との競合アッセイ
抗体を、市販の抗SIRP mAb、クローンSE5A5、V1-SIRPα及びV2-SIRPαを発現するU-937細胞に対する結合と競合する能力について評価した。蛍光コンジュゲート化SE5A5(Biolegend)の添加前に、Human TruStain FcX(商標)(Biolegend)でブロックされた細胞を、抗SIRPα抗体とともに氷上で30分間インキュベートする。細胞を洗浄し、固定し、フローサイトメトリーによって分析する。蛍光強度の中央値をプロットする。
抗体を、市販の抗SIRP mAb、クローンSE5A5、V1-SIRPα及びV2-SIRPαを発現するU-937細胞に対する結合と競合する能力について評価した。蛍光コンジュゲート化SE5A5(Biolegend)の添加前に、Human TruStain FcX(商標)(Biolegend)でブロックされた細胞を、抗SIRPα抗体とともに氷上で30分間インキュベートする。細胞を洗浄し、固定し、フローサイトメトリーによって分析する。蛍光強度の中央値をプロットする。
図27A~27Bは、KWAR23及び抗体Aが、V1-SIRPα及びV2-SIRPαを発現するU-937細胞の両方に対する蛍光コンジュゲート化SE5A5の結合をブロックしたことを示す。抗体Eは、V1-SIRPαを発現するU-937細胞に対するSE5A5結合をブロックしたが、V2-SIRPαを発現する細胞に対する結合はブロックしなかった。
実施例22.CHO細胞上で発現した全長カニクイザルSIRPαに対する抗体の結合
カニクイザル(cyno)SIRPαを発現する細胞に対する抗体結合をフローサイトメトリーによって評価した。タンパク質配列アクセッション番号(A)EGM-02252、(B)XP_015313155、又は(C)NP_001271679に由来する全長cyno SIRPαを発現するCHO-K1細胞を、ロバIgGでブロックし、抗体の濃度を増加させつつ、氷上で60分間インキュベートし、洗浄し、AF647コンジュゲート化ロバF(ab’)2抗ヒトIgG二次試薬で染色する。細胞を洗浄し、固定し、フローサイトメトリーによって分析する。蛍光強度の中央値を決定し、抗体結合の尺度として使用する。
カニクイザル(cyno)SIRPαを発現する細胞に対する抗体結合をフローサイトメトリーによって評価した。タンパク質配列アクセッション番号(A)EGM-02252、(B)XP_015313155、又は(C)NP_001271679に由来する全長cyno SIRPαを発現するCHO-K1細胞を、ロバIgGでブロックし、抗体の濃度を増加させつつ、氷上で60分間インキュベートし、洗浄し、AF647コンジュゲート化ロバF(ab’)2抗ヒトIgG二次試薬で染色する。細胞を洗浄し、固定し、フローサイトメトリーによって分析する。蛍光強度の中央値を決定し、抗体結合の尺度として使用する。
KWAR23は、0.5~2.0nMの範囲のEC50値(表53)で、様々なカニクイザルSIRPα配列をコードする全てのcyno SIRPαを発現するCHO細胞株(H3A9、P3HD10、及びHC6)に対する用量依存的結合を示した(図28A~28C)。抗体E及びE22は、クローンP3HD10及びHC6について、飽和結合曲線及び1.1~2.5の間のEC50値を達成し、クローンH3A9に対する結合をほとんど、又は全く達成しない多様な結合プロファイルを示した。抗体A及びA10は、3つ全てのクローンに対する結合を示したが、結合は、クローンH3A9に対して最も強く、クローンP3HD10及びHC6については、最大5倍弱いEC50値であった。抗体A4の滴定可能な結合は、3つの細胞株の各々で検出されたが、200nMまでの濃度では飽和を達成しなかった。
実施例23.CHO細胞上で発現した全長カニクイザルSIRPβ1及びSIRPβ1v3に対する抗体の結合
全長カニクイザルSIRPβ1(XP_005568598)及びSIRPβ1v3(XP_005568593)を発現する細胞に対する抗体結合をフローサイトメトリーによって評価する。SIRPβ1又はSIRPβ1V3を発現するCHO細胞をロバIgGでブロックし、抗体の濃度を増加させつつ、氷上で60分間インキュベートし、洗浄し、AF647コンジュゲート化ロバF(ab’)2抗ヒトIgG二次試薬で染色する。細胞を洗浄し、固定し、フローサイトメトリーによって分析する。蛍光強度の中央値を決定し、抗体結合の尺度として使用する。
全長カニクイザルSIRPβ1(XP_005568598)及びSIRPβ1v3(XP_005568593)を発現する細胞に対する抗体結合をフローサイトメトリーによって評価する。SIRPβ1又はSIRPβ1V3を発現するCHO細胞をロバIgGでブロックし、抗体の濃度を増加させつつ、氷上で60分間インキュベートし、洗浄し、AF647コンジュゲート化ロバF(ab’)2抗ヒトIgG二次試薬で染色する。細胞を洗浄し、固定し、フローサイトメトリーによって分析する。蛍光強度の中央値を決定し、抗体結合の尺度として使用する。
KWAR23は、ナノモル濃度未満のEC50値(表54)で、cyno SIRPβ1及びSIRPβ1v3を発現するCHO細胞に対する用量依存的結合を示した(それぞれ図29A及び29B)。抗体E及びE22は、SIRPβ1v3を発現するCHO細胞について、飽和結合曲線及びナノモル濃度未満のEC50値を達成する(図29B、表54)が、SIRPβ1を発現するCHO細胞に対する結合をほとんど、又は全く検出することができない(図29A)多様な結合プロファイルを示した。対照的に、抗体A及びA10は、ナノモル濃度未満のEC50値(表54)でSIRPβ1を発現するCHO細胞に対する用量依存的結合を示し(図29A)、SIRPβ1v3を発現する細胞に対する非飽和性結合を示した(図29B)。抗体A4の用量依存的結合は、2つの細胞株の各々で検出されたが、67nMまでの濃度では飽和を達成しなかった。
本明細書で引用される各々及び全ての特許、特許出願、及び刊行物の開示は、参照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる。本開示は、特定の実施形態を参照して開示されているが、本開示の他の実施形態及び変形例は、本発明の真の趣旨及び範囲から逸脱することなく当業者によって考案され得ることは明白である。添付の特許請求の範囲は、全てのそのような実施形態及び同等の変形形態を含むと解釈されることが意図される。
実施例24.カニクイザルにおける薬物動態(PK)。
2.1~6.0kgの体重範囲を有する2~5歳のナイーブな雄カニクイザル(Macaca fascicularis)において、薬物動態試験を実施する。カニクイザルを、抗体A10を投与される2つの治療群に分ける。群1(n=3)は、1mg/kgの抗体を受け、群2(n=3)は、5mg/kgの抗体を受ける。その抗体を、クエン酸緩衝液(50mMのクエン酸ナトリウム/115mMの塩化ナトリウム、pH5.0)中の2mg/ml溶液として静脈内(i.v.)投与する。末梢静脈から6週間にわたって血液試料を採取し、血清を分析のために回収する。
2.1~6.0kgの体重範囲を有する2~5歳のナイーブな雄カニクイザル(Macaca fascicularis)において、薬物動態試験を実施する。カニクイザルを、抗体A10を投与される2つの治療群に分ける。群1(n=3)は、1mg/kgの抗体を受け、群2(n=3)は、5mg/kgの抗体を受ける。その抗体を、クエン酸緩衝液(50mMのクエン酸ナトリウム/115mMの塩化ナトリウム、pH5.0)中の2mg/ml溶液として静脈内(i.v.)投与する。末梢静脈から6週間にわたって血液試料を採取し、血清を分析のために回収する。
血清試料を、ELISAフォーマットを使用して分析する。簡潔に述べると、HuSIRPα-V1は、NUNC(商標)ELISAプレート(Thermo Fisher Scientific)に結合している。プレートを、血清試料とともにインキュベートする前に、リン酸緩衝生理食塩水中の0.05%のTWEEN(商標)20で洗浄し、PBS(Gibco参照10010-023)中の5% BSA Buffer(Sera Careカタログ番号AP-4510-01)でブロックする。抗体を、Novus、pAb抗ヤギ抗ヒトIgG HRP、カタログ番号NB7489を1:8000希釈液で利用して検出する。PKパラメータを、Phoenix WINNONLIN(商標)ソフトウェア(Version 8.2、Certara USA,Inc.Princeton,NJ)を使用したノンコンパートメント分析によって決定する。
PK試験結果を図30に示し、PKパラメータを以下の表55にまとめている。抗体は、1~5mg/kgの用量依存性CLを示し、標的媒介性薬物分布(TMDD)が全体的なクリアランスに寄与していることを示唆している。
実施例25.カニクイザルにおける毒性
抗体A10を有するカニクイザルにおいて、反復用量毒性試験を実施する。この試験で評価されるパラメータには、生体分析、毒物動態、臨床観察、体重、食物摂取、血液学、血液化学、凝固、尿検査、免疫表現型決定、神経行動検査、心電図検査、及び眼科検査が含まれる。
抗体A10を有するカニクイザルにおいて、反復用量毒性試験を実施する。この試験で評価されるパラメータには、生体分析、毒物動態、臨床観察、体重、食物摂取、血液学、血液化学、凝固、尿検査、免疫表現型決定、神経行動検査、心電図検査、及び眼科検査が含まれる。
雄及び雌のカニクイザルの群(n=3/性別/群)は、100及び250mg/kg/用量の用量レベルの抗体を、週に1回(q1w)を4週間にわたって受ける(5用量投与)。
体重、臨床観察、食事摂取、眼科検査、神経行動検査、心電図、免疫表現型決定、血液学、凝固、臨床化学又は尿検査において、抗体に関連する変化はなかった。
結論として、抗体に関連する有害所見がないサルにおいて、100及び250mg/kg/用量の抗体を、週に1回4週間にわたって(合計で5用量)静脈内投与することは、忍容性であった。この試験の条件下で、定常状態(22日目)での無有害作用レベル(NOAEL)は、250mg/kg/用量を週1回であると考えられた。
実施例26.Expi-CHO細胞上で発現した様々なアミノ酸点変異を有する全長ヒトV1-SIRPαに対する抗体の結合
観察された抗体選択性の構造的基礎を試験するために、修飾V1-SIRPαタンパク質配列を発現するように操作された細胞に対する抗体結合は、フローサイトメトリーによって試験される。Expi-CHO親細胞を、全長野生型ヒトSIRPαV1対立遺伝子(NP_542970.1)、又はアミノ酸点変異を有する全長ヒトSIRPαV1(表56)のいずれかを含有するレンチウイルスで形質導入し、マッチング発現レベルを達成するように選別する。これらの細胞をロバIgGでブロックし、抗体の濃度を増加させつつ、氷上で60分間インキュベートし、洗浄し、AF647コンジュゲート化ロバF(ab’)2抗ヒトIgG二次試薬で染色する。染色した細胞を洗浄し、固定し、フローサイトメトリーによって分析する。蛍光強度の中央値を決定し、抗体結合の尺度として使用する。
観察された抗体選択性の構造的基礎を試験するために、修飾V1-SIRPαタンパク質配列を発現するように操作された細胞に対する抗体結合は、フローサイトメトリーによって試験される。Expi-CHO親細胞を、全長野生型ヒトSIRPαV1対立遺伝子(NP_542970.1)、又はアミノ酸点変異を有する全長ヒトSIRPαV1(表56)のいずれかを含有するレンチウイルスで形質導入し、マッチング発現レベルを達成するように選別する。これらの細胞をロバIgGでブロックし、抗体の濃度を増加させつつ、氷上で60分間インキュベートし、洗浄し、AF647コンジュゲート化ロバF(ab’)2抗ヒトIgG二次試薬で染色する。染色した細胞を洗浄し、固定し、フローサイトメトリーによって分析する。蛍光強度の中央値を決定し、抗体結合の尺度として使用する。
抗体A~E、A4、A10、E22、及びKWAR23は、アイソタイプ対照と異なり、0.3~3.8nMの範囲のEC50値(表57)で全長野生型ヒトSIRPαV1を発現するExpi-CHO細胞に対する用量依存的結合を示した(図31A)。SIRPαV1 N→E及びD→Eバリアントを発現する細胞に対する抗体結合は、SIRPαV1 WTを発現する細胞に対する結合と同等であった(図31B~31C、表57)。対照的に、SIRPαV1 D→N及びDD→ENバリアントを発現するExpi-CHO細胞に対する抗体A~D、A4、及びA10の結合は、影響を受け、このことは、廃止された、より弱い(>EC50)、又は非飽和性の結合を示している(図31D~31E、表57)。試験した抗体のいずれも、親CHO細胞に対する結合を示さなかった(図31F)。
実施例27.Expi-CHO細胞上で発現した様々なアミノ酸点変異を有する全長ヒトV2-SIRPαに対する抗体の結合
観察された抗体選択性の構造的基礎を試験するために、修飾V2-SIRPαタンパク質配列を発現するように操作された細胞に対する抗体結合は、フローサイトメトリーによって試験される。Expi-CHO親細胞を、全長野生型ヒトSIRPαV2対立遺伝子(CAA71403.1)、又はアミノ酸点変異を有する全長ヒトSIRPαV2(表58)のいずれかを含有するレンチウイルスで形質導入し、マッチング発現レベルを達成するように選別する。これらの細胞をロバIgGでブロックし、抗体の濃度を増加させつつ、氷上で60分間インキュベートし、洗浄し、AF647コンジュゲート化ロバF(ab’)2抗ヒトIgG二次試薬で染色する。染色した細胞を洗浄し、固定し、フローサイトメトリーによって分析する。蛍光強度の中央値を決定し、抗体結合の尺度として使用する。
観察された抗体選択性の構造的基礎を試験するために、修飾V2-SIRPαタンパク質配列を発現するように操作された細胞に対する抗体結合は、フローサイトメトリーによって試験される。Expi-CHO親細胞を、全長野生型ヒトSIRPαV2対立遺伝子(CAA71403.1)、又はアミノ酸点変異を有する全長ヒトSIRPαV2(表58)のいずれかを含有するレンチウイルスで形質導入し、マッチング発現レベルを達成するように選別する。これらの細胞をロバIgGでブロックし、抗体の濃度を増加させつつ、氷上で60分間インキュベートし、洗浄し、AF647コンジュゲート化ロバF(ab’)2抗ヒトIgG二次試薬で染色する。染色した細胞を洗浄し、固定し、フローサイトメトリーによって分析する。蛍光強度の中央値を決定し、抗体結合の尺度として使用する。
抗体A~E、A4、A10、E22、及びKWAR23は、アイソタイプ対照と異なり、0.2~3.6nMの範囲のEC50値(表59)で全長野生型ヒトSIRPαV2を発現するExpi-CHO細胞に対する用量依存的結合を示した(図32A)。SIRPαV2 E→Nを発現する細胞に対する抗体結合は、SIRPαV2 WTを発現する細胞に対する結合と同等であった(図32B、表59)。対照的に、SIRPαV2 D→Eを発現するExpi-CHO細胞に対する抗体A、D、A4、及びA10の結合は、B、C、E、E22、及びKWAR23と異なり、影響を受け、SIRPαV2 WTを発現する細胞について観察されるEC50値よりも3.1~7.7倍大きなEC50値を示している(図32C、表59)。
実施例28.Expi-CHO細胞上で発現した様々なアミノ酸点変異を有する全長ヒトSIRPβ1に対する抗体の結合
観察された抗体選択性の構造的基礎を試験するために、修飾SIRPβ1タンパク質配列を発現するように操作された細胞に対する抗体結合は、フローサイトメトリーによって試験される。Expi-CHO親細胞を、全長野生型ヒトSIRPβ1対立遺伝子(O00241)、又は単一のアミノ酸点変異を有する全長ヒトSIRPβ1(表60)のいずれかを含有するレンチウイルスで形質導入し、マッチング発現レベルを達成するように選別する。これらの細胞をロバIgGでブロックし、抗体の濃度を増加させつつ、氷上で60分間インキュベートし、洗浄し、AF647コンジュゲート化ロバF(ab’)2抗ヒトIgG二次試薬で染色する。染色した細胞を洗浄し、固定し、フローサイトメトリーによって分析する。蛍光強度の中央値を決定し、抗体結合の尺度として使用する。
観察された抗体選択性の構造的基礎を試験するために、修飾SIRPβ1タンパク質配列を発現するように操作された細胞に対する抗体結合は、フローサイトメトリーによって試験される。Expi-CHO親細胞を、全長野生型ヒトSIRPβ1対立遺伝子(O00241)、又は単一のアミノ酸点変異を有する全長ヒトSIRPβ1(表60)のいずれかを含有するレンチウイルスで形質導入し、マッチング発現レベルを達成するように選別する。これらの細胞をロバIgGでブロックし、抗体の濃度を増加させつつ、氷上で60分間インキュベートし、洗浄し、AF647コンジュゲート化ロバF(ab’)2抗ヒトIgG二次試薬で染色する。染色した細胞を洗浄し、固定し、フローサイトメトリーによって分析する。蛍光強度の中央値を決定し、抗体結合の尺度として使用する。
抗体A~E、A4、A10、及びKWAR23は、アイソタイプ対照又は抗体E22と異なり、Expi-CHO細胞上で発現した全長野生型ヒトSIRPβ1に対する用量依存的結合を示した(図33A)。表61は、抗体の各々について計算された結合EC50を強調している。抗体A、C、D、A4、及びA10は、野生型ヒトSIRPβ1を発現する細胞で0.2~1.6nMの範囲のEC50値を示したが、一方で、抗体B及びEの結合は、非飽和性であり、EC50は決定されなかった。KWAR23を除き、単一のアミノ酸置換(D→H)がループ領域内に導入されたとき、抗体結合が完全に失われた(図33B)。
実施例29.Expi-CHO細胞上で発現した様々なアミノ酸点変異を有する全長ヒトSIRPβLに対する抗体の結合
観察された抗体選択性の構造的基礎を試験するために、修飾SIRPβLタンパク質配列を発現するように操作された細胞に対する抗体結合は、フローサイトメトリーによって試験される。Expi-CHO親細胞を、全長野生型ヒトSIRPβL対立遺伝子(Q5TFQ8)、又は単一のアミノ酸点変異を有する全長人SIRPβL(表62)のいずれかを含有するレンチウイルスで形質導入し、マッチング発現レベルを達成するように選別する。これらの細胞をロバIgGでブロックし、抗体の濃度を増加させつつ、氷上で60分間インキュベートし、洗浄し、AF647コンジュゲート化ロバF(ab’)2抗ヒトIgG二次試薬で染色する。染色した細胞を洗浄し、固定し、フローサイトメトリーによって分析する。蛍光強度の中央値を決定し、抗体結合の尺度として使用する。
観察された抗体選択性の構造的基礎を試験するために、修飾SIRPβLタンパク質配列を発現するように操作された細胞に対する抗体結合は、フローサイトメトリーによって試験される。Expi-CHO親細胞を、全長野生型ヒトSIRPβL対立遺伝子(Q5TFQ8)、又は単一のアミノ酸点変異を有する全長人SIRPβL(表62)のいずれかを含有するレンチウイルスで形質導入し、マッチング発現レベルを達成するように選別する。これらの細胞をロバIgGでブロックし、抗体の濃度を増加させつつ、氷上で60分間インキュベートし、洗浄し、AF647コンジュゲート化ロバF(ab’)2抗ヒトIgG二次試薬で染色する。染色した細胞を洗浄し、固定し、フローサイトメトリーによって分析する。蛍光強度の中央値を決定し、抗体結合の尺度として使用する。
抗体E、E22、及びKWAR23は、1.2nM未満のEC50値で(表63)、Expi-CHO細胞上で発現した全長ヒトSIRPβLに対する用量依存的な結合を示した(図34A)。抗体A、A4、及びA10の結合は、SIRPβLを発現する細胞では検出することができなかったが、一方で、抗体B、C、及びDは、非飽和性結合を示した(図34A、表63)。ループ領域内に導入された単一のアミノ酸置換(H→D)は、これらの細胞に対する抗体結合を維持し、強化し、又は容易にした(図34B、表63)。
実施例30.Expi-CHO細胞上で発現した様々なアミノ酸点変異を有する全長ヒトSIRPγに対する抗体の結合
観察された抗体選択性の構造的基礎を試験するために、修飾SIRPγタンパク質配列を発現するように操作された細胞に対する抗体結合は、フローサイトメトリーによって試験される。Expi-CHO親細胞を、全長野生型ヒトSIRPγ(NP_542970.1)、又はアミノ酸点変異を有する全長ヒトSIRPγ(表64)のいずれかを含有するレンチウイルスで形質導入し、マッチング発現レベルを達成するように選別する。これらの細胞をロバIgGでブロックし、抗体の濃度を増加させつつ、氷上で60分間インキュベートし、洗浄し、AF647コンジュゲート化ロバF(ab’)2抗ヒトIgG二次試薬で染色する。染色した細胞を洗浄し、固定し、フローサイトメトリーによって分析する。蛍光強度の中央値を決定し、抗体結合の尺度として使用する。
観察された抗体選択性の構造的基礎を試験するために、修飾SIRPγタンパク質配列を発現するように操作された細胞に対する抗体結合は、フローサイトメトリーによって試験される。Expi-CHO親細胞を、全長野生型ヒトSIRPγ(NP_542970.1)、又はアミノ酸点変異を有する全長ヒトSIRPγ(表64)のいずれかを含有するレンチウイルスで形質導入し、マッチング発現レベルを達成するように選別する。これらの細胞をロバIgGでブロックし、抗体の濃度を増加させつつ、氷上で60分間インキュベートし、洗浄し、AF647コンジュゲート化ロバF(ab’)2抗ヒトIgG二次試薬で染色する。染色した細胞を洗浄し、固定し、フローサイトメトリーによって分析する。蛍光強度の中央値を決定し、抗体結合の尺度として使用する。
KWAR23を除き、試験した抗体(抗体A~E、A4、A10、E22)は、全長野生型ヒトSIRPγを発現するExpi-CHO細胞、又はSIRPγ E→Dを発現する細胞に対する飽和性結合を示さなかった(それぞれ図35A及び35B)。対照的に、抗体A~D、A4、及びA10は、ナノモル濃度未満のEC50値で、全てではないが抗体Bとの、SIRPγ N→D及びEN→DDバリアントを発現するExpi-CHO細胞に対する飽和性抗体結合を示した(それぞれ図35C及び35D、並びに表65)。
実施例31.SIRPαV1のアミノ酸125~132及びSIRPαV2のアミノ酸125~131は、抗体選択性の決定因子である
抗体Aによって結合したSIRPαエピトープの特定の領域は、SIRPαV1のアミノ酸125~132(配列RKGSPDDV)に対応する、SIRPαV2のアミノ酸125~131(配列RKGSPDT)に位置するループ領域内で特定された。このループを、ヒトSIRPγ及びヒトSIRPβLに対する検出可能な結合を伴わない、SIRPαV1及びSIRPαV2に対する選択的結合を含む、抗体Aの観察された結合特性の決定基として特定した(表37)。結合選択性を付与する際のこのループの潜在的な役割は、複合体SIRPαV2中の抗体Aの結晶構造の決定によって特定され(実施例20)、関連するSIRPアイソフォーム中のエピトープアミノ酸の配列比較から特定され、上述の結合試験によって確認された(実施例26~30)。注目すべきことに、このループは、SIRPαV1とSIRPαV2との間で長さが異なる(すなわち、SIRPαV1において8個のアミノ酸、SIRPαV2において7個のアミノ酸)。このループ長さの違いにもかかわらず、抗体Aは、SIRPαV1及びSIRPαV2の両方について同様の結合親和性を示す(例えば、表37を参照されたい)。図36Aは、抗体Aがどのようにして側面からこのループに結合するかを示しており、このことが、SIRPαV1及びSIRPαV2において長さが異なるループの特異的認識を可能にすると考えられる。抗体AとのSIRPα相互作用の一般的な構成は、天然の結合パートナーCD47とのSIRPαの相互作用と同様であり、SIRPαV1及びSIRPαV2のループは、同様の配向で接近することを観察した(図36B)。しかしながら、抗体Aと異なり、CD47はSIRPγにも結合し、このことは、抗体Aが、この一般的な類似性にもかかわらず、結合特異性を付与することができることを示している。
抗体Aによって結合したSIRPαエピトープの特定の領域は、SIRPαV1のアミノ酸125~132(配列RKGSPDDV)に対応する、SIRPαV2のアミノ酸125~131(配列RKGSPDT)に位置するループ領域内で特定された。このループを、ヒトSIRPγ及びヒトSIRPβLに対する検出可能な結合を伴わない、SIRPαV1及びSIRPαV2に対する選択的結合を含む、抗体Aの観察された結合特性の決定基として特定した(表37)。結合選択性を付与する際のこのループの潜在的な役割は、複合体SIRPαV2中の抗体Aの結晶構造の決定によって特定され(実施例20)、関連するSIRPアイソフォーム中のエピトープアミノ酸の配列比較から特定され、上述の結合試験によって確認された(実施例26~30)。注目すべきことに、このループは、SIRPαV1とSIRPαV2との間で長さが異なる(すなわち、SIRPαV1において8個のアミノ酸、SIRPαV2において7個のアミノ酸)。このループ長さの違いにもかかわらず、抗体Aは、SIRPαV1及びSIRPαV2の両方について同様の結合親和性を示す(例えば、表37を参照されたい)。図36Aは、抗体Aがどのようにして側面からこのループに結合するかを示しており、このことが、SIRPαV1及びSIRPαV2において長さが異なるループの特異的認識を可能にすると考えられる。抗体AとのSIRPα相互作用の一般的な構成は、天然の結合パートナーCD47とのSIRPαの相互作用と同様であり、SIRPαV1及びSIRPαV2のループは、同様の配向で接近することを観察した(図36B)。しかしながら、抗体Aと異なり、CD47はSIRPγにも結合し、このことは、抗体Aが、この一般的な類似性にもかかわらず、結合特異性を付与することができることを示している。
異なる長さのループを、抗体Aによって認識することができるが、それにもかかわらず、エピトープのこの部分は、SIRPタンパク質について観察される選択性を付与することができる。SIRPαV1中の配列モチーフPDDVを、対応する配列がそれぞれPENV及びPDHVであるSIRPγ及びSIRPβLとの重要な違いであると特定した(図37A~37F)。
抗体Aの観察された選択性の構造的基礎を更に試験するために、発現された修飾SIRPタンパク質配列に対して操作された細胞に結合する能力を試験した(実施例26~30を参照されたい)。これらの実験の結果は、結合選択性を付与するためのこのループにおけるバリアント残基の重要性を確認するものであった。SIRPαV1中のそれぞれの配列モチーフ(PDDV)を、SIRPγのPDNV又はPENV配列のいずれかに交換することで、抗体Aに対する結合が強く損なわれることを観察した(図31D~31E)。同様に、そのPDDVモチーフを有するSIRPβ1に対する抗体Aの結合は、SIRPβLのPDHVモチーフに交換することによって、完全に阻止された(図33B)。逆に、SIRPγのPENVモチーフをSIRPαV1のPEDV若しくはPDDVのいずれかに交換するか(図35C~35D)、又はSIRPβLのPDHVモチーフをSIRPβ1のPDDVに交換すると(図34B)、結合を回復させることができる。これらの結果は、一方でSIRPαタンパク質中の2つの異なるループ長さの許容を可能にするが、他方で結合界面におけるアミノ酸変化に対する高い感受性を提供する、エピトープの特性を強調するものである。まとめると、これらの特性によって、抗体A及びそのバリアント(例えば、A4及びA10)について記載される選択性パターン、すなわち、SIRPγ及びSIRPβLに対する結合が顕著に存在しないことによって補完される、SIRPαV1、SIRPαV2、及びSIRPβ1に対する強い結合が得られる。
実施例32.抗体価及び純度
方法
トランスフェクション。トランスフェクションのために、重鎖DNA、軽鎖DNA、フィラーDNA及びXBP-1 DNAと、Opti-Pro SFM(Thermo Fisher)とを合わせ、0.2μmフィルタを通して濾過することによって滅菌する。トランスフェクションに必要なスケールのために、2×106個の細胞/mL又は4×106個の細胞/mLで(BalanCD Transfectory CHO(Irvine Scientific)+4mMのL-グルタミン中で)細胞を調製する。算出された体積のTransIT Pro(Mirus)トランスフェクション試薬を、調製されたOpti-Pro SFM+DNAミックスに添加し、調製した細胞にすぐに移す。振とうフラスコを37℃、5%CO2、140rpm又は200rpmの振とう速度で、インキュベーター中に配置する。24時間トランスフェクトした後、温度を30℃に変え、トランスフェクトされた細胞に、Transfectory Supplement及びAnti-Clumping Supplement(両方ともIrvine Scientific)を添加する。グルコースレベルが2g/L~1g/Lに低下する時期に応じて、5日目又は7日目の間にCHO CD Efficient Feed B(Gibco)を添加する。トランスフェクトされた培養物を7~10日間維持する。
方法
トランスフェクション。トランスフェクションのために、重鎖DNA、軽鎖DNA、フィラーDNA及びXBP-1 DNAと、Opti-Pro SFM(Thermo Fisher)とを合わせ、0.2μmフィルタを通して濾過することによって滅菌する。トランスフェクションに必要なスケールのために、2×106個の細胞/mL又は4×106個の細胞/mLで(BalanCD Transfectory CHO(Irvine Scientific)+4mMのL-グルタミン中で)細胞を調製する。算出された体積のTransIT Pro(Mirus)トランスフェクション試薬を、調製されたOpti-Pro SFM+DNAミックスに添加し、調製した細胞にすぐに移す。振とうフラスコを37℃、5%CO2、140rpm又は200rpmの振とう速度で、インキュベーター中に配置する。24時間トランスフェクトした後、温度を30℃に変え、トランスフェクトされた細胞に、Transfectory Supplement及びAnti-Clumping Supplement(両方ともIrvine Scientific)を添加する。グルコースレベルが2g/L~1g/Lに低下する時期に応じて、5日目又は7日目の間にCHO CD Efficient Feed B(Gibco)を添加する。トランスフェクトされた培養物を7~10日間維持する。
遠心分離及び滅菌濾過によって収穫する。清澄化した細胞培養物上清を、タンパク質Aバイオセンサを備えたForteBio/Pall Octet Red 96装置によって、力価のためにサンプリングする。測定された抗体濃度は、発現価(mg/L)として報告される。
タンパク質A(ProA)精製:精製は、GE AKTA Pureシステムを使用して、室温(RT)で実施する。各試料を、MabSelect SuRe樹脂(GE Healthcare)を使用した組換えタンパク質A親和性クロマトグラフィーによって、収穫した細胞培養液(HCCF)から捕捉する。クロマトグラフィーのステップ及び緩衝液の詳細は、それぞれ表66及び67に見出すことができる。タンパク質を、中性pH、室温でタンパク質Aに結合させ、高塩(1MのNaCl)で洗浄する。各試料を、30mMの酢酸ナトリウム、pH3.5を使用して、アイソクラティックモードで溶出させる。溶出した試料を、3Mの酢酸ナトリウム(pH9.0)の1%溶液を使用して、pH5.0になるまで中和する。中和したタンパク質を、0.22μm濾過システムで滅菌濾過する。濃度を、NanoDrop 8000 Spectrophotometer(Thermo Fisher)を使用した、280nmでの吸光度測定に基づいて計算する。
カチオン交換クロマトグラフィー(CEX)。カチオン交換クロマトグラフィーを、室温で実施する。緩衝液及び処理条件を表68及び69にまとめている。タンパク質A親和性クロマトグラフィーで精製した試料を、AKTA Avantクロマトグラフィーシステム(Cytiva)を使用するPoros 50 XSカラム(Thermo Fisher)を使用して研磨する。抗体を、5CV(体積部)の50mM酢酸ナトリウム(pH5.0)で予め平衡化したカラムに結合させ、5CVの同じ緩衝液で洗浄する。次いで、抗体を、20CV中0~0.5MのNaClの勾配を使用して溶出させる。溶出した試料を、最終イオン強度が約100mM NaClになるまで調整する。タンパク質を、高減圧濾過システムを使用して、0.22μm Steriflip(Millipore)によって、50mLのファルコンチューブ内で滅菌濾過する。抗体濃度を、NanoDrop 8000(Thermo Fisher)を使用して280nmで測定した吸光度に基づいて計算する。精製された抗体を4℃で貯蔵する。
分析サイズ排除クロマトグラフィー。分析サイズ排除クロマトグラフィー(aSEC)は、Protein BEH SECカラム200Å、1.7μm、4.6×150mm(Waters部品番号186005225)を使用するAcquity UPLC(Waters、Milford,MA)システムを使用して実施される。試行条件は、以下のとおりである。移動相:50mMのリン酸ナトリウム、200mMのアルギニン、及び0.05%のアジ化ナトリウム、流速:0.5ml/分、試行時間:5分間、試料ロード量:10μg、ピーク検出:A280nm。結果を分析して、単量体、低分子量(LMW)、及び高分子量(HMW)として存在する抗体の割合を決定する。
低pHの保持は、1Mの酢酸(pH2.45)を用いてpHを3.5に調整することによって行う。室温で90分間インキュベートした後、1MのTris HCl(pH9.0)によってpH5.0になるまで中和する。最終濃度は、NanoDrop 8000(Thermo Fisher)を使用して、280nmでの吸光度を測定することによって決定される。試料のサイズ純度は、分析サイズ排除クロマトグラフィーによって特性決定される。
結果
上の手順を使用して、本開示の抗体を発現させ、精製する。表70及び71は、示される抗体についての2つの異なる試行からの力価及びサイズ純度の結果を示す。表70は、タンパク質A精製及びカチオン交換クロマトグラフィーの発現価及び結果を示す。所与の抗体について繰り返されている行は、複数の複製物を示す。表71は、タンパク質A精製の発現価及び結果を示す。表72は、pH5.0で保持された同じ抗体と比較した、pH3.5処理後の指定の抗体(2個の複製物)についてのサイズ純度の結果を示す。
上の手順を使用して、本開示の抗体を発現させ、精製する。表70及び71は、示される抗体についての2つの異なる試行からの力価及びサイズ純度の結果を示す。表70は、タンパク質A精製及びカチオン交換クロマトグラフィーの発現価及び結果を示す。所与の抗体について繰り返されている行は、複数の複製物を示す。表71は、タンパク質A精製の発現価及び結果を示す。表72は、pH5.0で保持された同じ抗体と比較した、pH3.5処理後の指定の抗体(2個の複製物)についてのサイズ純度の結果を示す。
実施例33.抗体結合動態
方法
種々のSIRPα分析物に対する抗SIRPα抗体の結合動態は、Biacore 8K+(Cytiva)を使用して、表面プラズモン共鳴(SPR)によって決定される。1×HBS-EP+(Cytiva)を試行緩衝液として使用し、特に明記しない限り、全ての希釈に使用する。Series S CM5センサチップを、0.1M NHS(N-ヒドロキシスクシンイミド)及び0.4M EDC(1-エチル-3-(3-ジメチルアミノプロピル)カルボジイミド塩酸塩)の1:1混合物を用い、10μl/分の流束で420秒間かけて活性化し、タンパク質A/G(Thermo Scientific、10mM酢酸塩中10μg/分、pH4.5)を用い、10μl/分の流束で420秒間かけて固定化し、表面上におよそ3000RUのタンパク質A/Gを得る。次いで、センサチップを、1MのエタノールアミンHCl(pH8.5)を用い、10μl/分の流速で420秒間、不活性化する。
方法
種々のSIRPα分析物に対する抗SIRPα抗体の結合動態は、Biacore 8K+(Cytiva)を使用して、表面プラズモン共鳴(SPR)によって決定される。1×HBS-EP+(Cytiva)を試行緩衝液として使用し、特に明記しない限り、全ての希釈に使用する。Series S CM5センサチップを、0.1M NHS(N-ヒドロキシスクシンイミド)及び0.4M EDC(1-エチル-3-(3-ジメチルアミノプロピル)カルボジイミド塩酸塩)の1:1混合物を用い、10μl/分の流束で420秒間かけて活性化し、タンパク質A/G(Thermo Scientific、10mM酢酸塩中10μg/分、pH4.5)を用い、10μl/分の流束で420秒間かけて固定化し、表面上におよそ3000RUのタンパク質A/Gを得る。次いで、センサチップを、1MのエタノールアミンHCl(pH8.5)を用い、10μl/分の流速で420秒間、不活性化する。
抗体(およそ1ug/ml)を、タンパク質A/G表面上で、10μl/分の流速で60秒間捕捉させ、およそ240RUの捕捉レベルが得られる。各SIRPタンパク質(細胞外ドメイン+His-Tag、濃度は示されているとおり)の希釈液を、30μl/分の流速で、捕捉された抗体上に分析物として注入して300秒間かけて会合させ、続いて600秒間かけて解離させる。表面を、30μl/分で0.85%リン酸を30秒間注入することによって再生する。Biacore Insight Evaluationソフトウェアにおいて、SPRセンサグラムを1:1のLangmuir結合に全体的に適合させ、オンレート(ka)、オフレート(kd)、及び解離定数(KD)値を提供するか、又は定常状態親和性に全体的に適合させ、KDを提供する。
結果
上の手順を使用して、本開示の抗体の結合特性を測定する。使用した各分析物について、最高濃度は、実施例3に示されるようなものであった(表36を参照)。測定した各分析対象物に対する各々の指定の抗体のオンレート、オフレート、及び解離定数を表73~74に示す。
表73~74の略称。NB:結合なし。*は、定常状態の親和性を示す(ka及びkdの値は、利用可能ではない)。
上の手順を使用して、本開示の抗体の結合特性を測定する。使用した各分析物について、最高濃度は、実施例3に示されるようなものであった(表36を参照)。測定した各分析対象物に対する各々の指定の抗体のオンレート、オフレート、及び解離定数を表73~74に示す。
表73~74の略称。NB:結合なし。*は、定常状態の親和性を示す(ka及びkdの値は、利用可能ではない)。
実施例34.抗体濃度が安定性に及ぼす影響
抗体A10は、10mMのヒスチジン(pH6.0)中、様々な濃度で調製される。各々の調製した試料を、濁度、粘度について、並びにサイズ排除クロマトグラフィー(SEC)によって高分子量(HMW)、抗体単量体、及び低分子量(LMW)レベルについて評価する。SECを、初期に、及び25℃で1週間後に実施する。結果を以下の表75に示す。
抗体A10は、10mMのヒスチジン(pH6.0)中、様々な濃度で調製される。各々の調製した試料を、濁度、粘度について、並びにサイズ排除クロマトグラフィー(SEC)によって高分子量(HMW)、抗体単量体、及び低分子量(LMW)レベルについて評価する。SECを、初期に、及び25℃で1週間後に実施する。結果を以下の表75に示す。
方法
濁度。濁度は、濁度光度計を使用して測定される。各測定について、130μLの試料を、単回使用のホウケイ酸ガラス丸底キュベット中に配置する。照射波長は、633nmであり、直角光散乱により濁度を測定する。各測定の少なくとも2回の複製物を、許容偏差≦2%で採取する。
濁度。濁度は、濁度光度計を使用して測定される。各測定について、130μLの試料を、単回使用のホウケイ酸ガラス丸底キュベット中に配置する。照射波長は、633nmであり、直角光散乱により濁度を測定する。各測定の少なくとも2回の複製物を、許容偏差≦2%で採取する。
粘度。粘度は、Haake MARS III Rheometer、Thermo Scientificを使用して測定される。測定パラメータは、以下のとおりである。円錐:C35/1(φ35mm及び1°角度)、チタン。体積=210μL、希釈されていない。データ分析:剪断速度1000s-1で100データ点。温度:20℃。
サイズ排除クロマトグラフィー。サイズ排除クロマトグラフィーは、プレカラムKrudKatcher Ultra HPLC In-Line Filter 0.5μm×0.004μm ID(Phenomenex、Torrance,CA)及びカラムAcquity UPLC BEH200SEC 300×4.6mm(Waters Corp.、Milford,MA)を使用する、UPLC-System、例えば、Agilent 1290 Infinity IIで実施される。移動相は、40mMのNaH2PO4×H2O、0.4MのNaClO4、pH6.8であり、流束は、0.3mL/分である。オートサンプラーは、5℃に維持され、カラムは、室温である。検出は、280nmの波長でUV検出器によって行われる。ピーク幅は、>0.05分(1s)(EmPowerについて)、又はおよそ10Hz(他のソフトウェア)である。スリットは、4nmである。試料を移動相で5mg/mLまで希釈する。ロード量は、注入1回当たり30μgである。試行時間は15分間である。アルゴリズムApex Trackをデフォルトとして、アルゴリズムを用いて積分を自動的に行い、ピーク面積は、「デフォルトショルダー」設定を有効にした状態で、4.5~11.5分の保持時間内にほぼ収まる。ピーク幅は、20秒であり、検出閾値は、14である。
固有蛍光。固有蛍光は、標準化された方法を使用して、Prometheus NT.48 nano DSF(NanoTemper Technologies GmbH、Munich,Germany)を使用して測定される。試料体積は、キャピラリー当たり10μLであり、試料濃度及び製剤は示されているとおりである。Prometheus NT.48 Series nanoDSF Grade Standard Capillariesを、タンパク質濃度>0.2mg/mLに使用し、Prometheus NT.48 Series nanoDSF Grade High Sensitivity Capillariesを、濃度≦0.2mg/mLに使用する。温度傾斜は、1℃/分で20~95℃である。固有蛍光の励起波長は、285nmに設定され、強度は、10%~30%である(最適な測定範囲に応じて適合される)。350/330nmにおける検出比の値を、温度に対する関数としてプロットする。この関数の最初の導出は、Tonset及び融解温度の決定に使用され、Tonsetは、光の後方散乱によって決定される。
実施例35.抗体安定性試験
抗体A10は、25mMのヒスチジン及びpH6.0中の50mgの抗体/mLの濃度で、様々なNaCl濃度を用いて製剤化される。各製剤の特性を、SPR(表77)並びにSEC(表78及び79)によって、初期に、及び40℃で4週間後及び8週間後に評価した。
抗体A10は、25mMのヒスチジン及びpH6.0中の50mgの抗体/mLの濃度で、様々なNaCl濃度を用いて製剤化される。各製剤の特性を、SPR(表77)並びにSEC(表78及び79)によって、初期に、及び40℃で4週間後及び8週間後に評価した。
方法
表面プラズモン共鳴。表面プラズモン共鳴分光法は、Biacore T200(Cytiva、Marlborough,MA)を使用して行う。試行緩衝液及び希釈緩衝液は、HBS-EP+(Cytiva、Marlborough,MA)である。分析温度は、25℃であった。データ収集速度は、1フローセルを使用して1Hzである。センサチップCM5を、高密度タンパク質A/G固定化とともに使用する。ソフトウェアの事前に定義された標準アミンカップリング法が適用される。固定化緩衝液は、pH4.5の酢酸塩、30μg/ml、420秒間、10μl/分である。分析は、2000~62.5ng/mlの較正曲線を因子1:2及び追加のブランク注入とともに調製することによって実施する。抗体試料を1μg/mlになるまで希釈する。ヒトSIRPα V1及びV2抗原を10μg/mlになるまで希釈する。構築方法については、1つのサイクルは、180秒間、10μl/分での抗体の捕捉、180秒間、10μl/分での抗原の注入、及び12秒間、50μ/分での50mMのHClによる再生を含む。タンパク質A/G及び抗原の試料のBiacore濃度を計算し、抗原結合部位の結合活性を計算するために、較正曲線を用いて、受信したセンサグラムの評価を行った。
表面プラズモン共鳴。表面プラズモン共鳴分光法は、Biacore T200(Cytiva、Marlborough,MA)を使用して行う。試行緩衝液及び希釈緩衝液は、HBS-EP+(Cytiva、Marlborough,MA)である。分析温度は、25℃であった。データ収集速度は、1フローセルを使用して1Hzである。センサチップCM5を、高密度タンパク質A/G固定化とともに使用する。ソフトウェアの事前に定義された標準アミンカップリング法が適用される。固定化緩衝液は、pH4.5の酢酸塩、30μg/ml、420秒間、10μl/分である。分析は、2000~62.5ng/mlの較正曲線を因子1:2及び追加のブランク注入とともに調製することによって実施する。抗体試料を1μg/mlになるまで希釈する。ヒトSIRPα V1及びV2抗原を10μg/mlになるまで希釈する。構築方法については、1つのサイクルは、180秒間、10μl/分での抗体の捕捉、180秒間、10μl/分での抗原の注入、及び12秒間、50μ/分での50mMのHClによる再生を含む。タンパク質A/G及び抗原の試料のBiacore濃度を計算し、抗原結合部位の結合活性を計算するために、較正曲線を用いて、受信したセンサグラムの評価を行った。
サイズ排除クロマトグラフィー。サイズ排除クロマトグラフィーを、上の実施例34に記載されるように実施する。
実施例36.固有の生物物理プロファイル分析
方法
選択された抗体の可変領域についての物理化学的記述子は、Ahmed et al.,Proc Natl Acad Sci U S A.2021.Sep 14;118(37):e2020577118に記載される方法に従って、pH値7.4及び137mM塩を使用して算出する。5つの記述子は、VLドメインとVHドメインとの間に埋められた表面積(BSA_VL:VH)、疎水性表面パッチに対する電荷の比率(RP)、双極子及び疎水性モーメントの比(RM)、疎水性異方性(Avg_HI)、及び構造に基づく等電点(pIFv_3D)である。これらの5つの記述子値の各々を使用して、それらを、77の承認された抗体ベースの生体療法に含まれる79のFv領域(承認された生体療法の2つは、各々2つのFv領域を含有する)についての対応する記述子の平均及び標準偏差(SD)値を比較することによって、Zスコアを算出した。Zスコア>1.96又は<-1.96を有する各記述子は、Fv領域についてのflagに寄与する。Fv領域が最大5つのflagを収集することができるように、選択された抗体ごとにflagの数を合計した。また、各Fv領域についての個々のZスコアを組み合わせて、記載されるようにそのZ距離を得る(同上)。
方法
選択された抗体の可変領域についての物理化学的記述子は、Ahmed et al.,Proc Natl Acad Sci U S A.2021.Sep 14;118(37):e2020577118に記載される方法に従って、pH値7.4及び137mM塩を使用して算出する。5つの記述子は、VLドメインとVHドメインとの間に埋められた表面積(BSA_VL:VH)、疎水性表面パッチに対する電荷の比率(RP)、双極子及び疎水性モーメントの比(RM)、疎水性異方性(Avg_HI)、及び構造に基づく等電点(pIFv_3D)である。これらの5つの記述子値の各々を使用して、それらを、77の承認された抗体ベースの生体療法に含まれる79のFv領域(承認された生体療法の2つは、各々2つのFv領域を含有する)についての対応する記述子の平均及び標準偏差(SD)値を比較することによって、Zスコアを算出した。Zスコア>1.96又は<-1.96を有する各記述子は、Fv領域についてのflagに寄与する。Fv領域が最大5つのflagを収集することができるように、選択された抗体ごとにflagの数を合計した。また、各Fv領域についての個々のZスコアを組み合わせて、記載されるようにそのZ距離を得る(同上)。
結果
上の手順を使用して、選択された抗体の固有の生物物理学的特性を評価する。抗体A~E、A1~A16、及びE1~E22の可変領域配列は、上に開示されるとおりであり、抗体L14、P11、S4、SB6、S7、S10、及びS14の配列は、表80~81に示されるとおりである。表82は、5つの記述子の各々の値を示す。表83は、各記述子の値に対応するZスコア、並びに5つの記述子から算出されるZ距離を示す。表84は、各記述子についてのFlag値(0は、flagなしを示し、1は、1個のflagを示し、すなわち、Zスコア>1.96又は<-1.96)、及び各抗体についてのflagの総数を示す。所与の抗体について、絶対値のZスコア値が大きいほど、flagの数が多いほど、Z距離値が大きいほど、それぞれ、分析に使用される77の承認された生体療法に含まれる79のFv領域の平均特性からの偏差が大きいことを示す。
上の手順を使用して、選択された抗体の固有の生物物理学的特性を評価する。抗体A~E、A1~A16、及びE1~E22の可変領域配列は、上に開示されるとおりであり、抗体L14、P11、S4、SB6、S7、S10、及びS14の配列は、表80~81に示されるとおりである。表82は、5つの記述子の各々の値を示す。表83は、各記述子の値に対応するZスコア、並びに5つの記述子から算出されるZ距離を示す。表84は、各記述子についてのFlag値(0は、flagなしを示し、1は、1個のflagを示し、すなわち、Zスコア>1.96又は<-1.96)、及び各抗体についてのflagの総数を示す。所与の抗体について、絶対値のZスコア値が大きいほど、flagの数が多いほど、Z距離値が大きいほど、それぞれ、分析に使用される77の承認された生体療法に含まれる79のFv領域の平均特性からの偏差が大きいことを示す。
実施例37.抗体配列のヒトらしさの分析
方法
選択された抗体の可変軽鎖配列及び可変重鎖配列について、Jones et al.MAbs.2016;8(1):1-9.doi:10.1080/19420862.2015.1114320に記載の方法を使用して、ヒト同一性(「ヒトらしさ(humanness)」)値の割合を算出する。簡潔に述べると、ヒト化配列を、それらの最も近いヒト生殖細胞系列の対応物と比較し、各々について同一性の割合を決定する。
方法
選択された抗体の可変軽鎖配列及び可変重鎖配列について、Jones et al.MAbs.2016;8(1):1-9.doi:10.1080/19420862.2015.1114320に記載の方法を使用して、ヒト同一性(「ヒトらしさ(humanness)」)値の割合を算出する。簡潔に述べると、ヒト化配列を、それらの最も近いヒト生殖細胞系列の対応物と比較し、各々について同一性の割合を決定する。
Claims (46)
- 抗ヒトSIRPα抗体又は抗原結合断片であって、
a)配列番号33のアミノ酸配列(H-CDR1)と、配列番号34のアミノ酸配列(H-CDR2)と、配列番号35のアミノ酸配列(H-CDR3)と、を含む、重鎖可変領域、及び
配列番号36又は配列番号37のアミノ酸配列(L-CDR1)と、配列番号38のアミノ酸配列(L-CDR2)と、配列番号39のアミノ酸配列(L-CDR3)と、を含む、軽鎖可変領域、
又は
b)配列番号1若しくは配列番号223のアミノ酸配列(H-CDR1)と、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、若しくは配列番号224のアミノ酸配列(H-CDR2)と、配列番号6のアミノ酸配列(H-CDR3)と、を含む、重鎖可変領域、及び
配列番号7、配列番号8、配列番号9若しくは配列番号225のアミノ酸配列(L-CDR1)と、配列番号10、配列番号11、若しくは配列番号226のアミノ酸配列(L-CDR2)と、配列番号12若しくは配列番号227のアミノ酸配列(L-CDR3)と、を含む、軽鎖可変領域、
又は
c)配列番号52のアミノ酸配列(H-CDR1)と、配列番号53のアミノ酸配列(H-CDR2)と、配列番号54のアミノ酸配列(H-CDR3)と、を含む、重鎖可変領域、及び
配列番号55のアミノ酸配列(L-CDR1)と、配列番号56のアミノ酸配列(L-CDR2)と、配列番号57のアミノ酸配列(L-CDR3)と、を含む、軽鎖可変領域、
又は
d)配列番号33のアミノ酸配列(H-CDR1)と、配列番号70のアミノ酸配列(H-CDR2)と、配列番号71のアミノ酸配列(H-CDR3)と、を含む、重鎖可変領域、及び
配列番号36のアミノ酸配列(L-CDR1)と、配列番号72のアミノ酸配列(L-CDR2)と、配列番号39のアミノ酸配列(L-CDR3)と、を含む、軽鎖可変領域、
又は
e)配列番号262のアミノ酸配列(H-CDR1)と、配列番号87のアミノ酸配列(H-CDR2)と、配列番号88のアミノ酸配列(H-CDR3)と、を含む、重鎖可変領域、及び
配列番号36のアミノ酸配列(L-CDR1)と、配列番号72のアミノ酸配列(L-CDR2)と、配列番号89のアミノ酸配列(L-CDR3)と、を含む、軽鎖可変領域を含む、抗ヒトSIRPα抗体又は抗原結合断片。 - 前記抗体又はその抗原結合断片が、
a)配列番号33のアミノ酸配列(H-CDR1)と、配列番号34のアミノ酸配列(H-CDR2)と、配列番号35のアミノ酸配列(H-CDR3)と、を含む、重鎖可変領域、及び配列番号233のアミノ酸配列であって、アミノ酸X1=D若しくはG、及びX2=L若しくはAである、アミノ酸配列(L-CDR1)と、配列番号38のアミノ酸配列(L-CDR2)と、配列番号39のアミノ酸配列(L-CDR3)と、を含む、軽鎖可変領域、又は
b)配列番号228のアミノ酸配列(H-CDR1)であって、アミノ酸X1=N若しくはDである、アミノ酸配列と、配列番号229のアミノ酸配列であって、X1=Y若しくはD、X2=N若しくはT、X3=N若しくはQ、及びX4=S若しくはPである、アミノ酸配列(H-CDR2)と、配列番号6のアミノ酸配列(H-CDR3)と、を含む、重鎖可変領域、及び
配列番号230のアミノ酸配列であって、X1=K若しくはR、X2=N若しくはT、X3=G若しくはA、及びX4=N、A若しくはTである、アミノ酸配列(L-CDR1)と、配列番号231のアミノ酸配列であって、X1=L、Q若しくはG、及びX2=N若しくはSである、アミノ酸配列(L-CDR2)と、配列番号232のアミノ酸配列であって、X1=M若しくはGである、アミノ酸配列(L-CDR3)と、を含む、軽鎖可変領域を含む、請求項1に記載の抗ヒトSIRPα抗体又はその抗原結合断片。 - 前記抗体又はその抗原結合断片が、
配列番号33のアミノ酸配列(H-CDR1)と、配列番号34のアミノ酸配列(H-CDR2)と、配列番号35のアミノ酸配列(H-CDR3)と、を含む、重鎖可変領域、及び
配列番号36又は配列番号37のアミノ酸配列(L-CDR1)と、配列番号38のアミノ酸配列(L-CDR2)と、配列番号39のアミノ酸配列(L-CDR3)と、を含む、軽鎖可変領域を含む、請求項1に記載の抗ヒトSIRPα抗体又はその抗原結合断片。 - 前記抗体又はその抗原結合断片が、
配列番号1若しくは配列番号223のアミノ酸配列(H-CDR1)と、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、若しくは配列番号224のアミノ酸配列(H-CDR2)と、配列番号6のアミノ酸配列(H-CDR3)と、を含む、重鎖可変領域、及び
配列番号7、配列番号8、配列番号9若しくは配列番号225のアミノ酸配列(L-CDR1)と、配列番号10、配列番号11、若しくは配列番号226のアミノ酸配列(L-CDR2)と、配列番号12若しくは配列番号227のアミノ酸配列(L-CDR3)と、を含む、軽鎖可変領域を含む、請求項1に記載の抗ヒトSIRPα抗体又はその抗原結合断片。 - 前記抗体又はその抗原結合断片が、
配列番号52のアミノ酸配列(H-CDR1)と、配列番号53のアミノ酸配列(H-CDR2)と、配列番号54のアミノ酸配列(H-CDR3)と、を含む、重鎖可変領域、及び
配列番号55のアミノ酸配列(L-CDR1)と、配列番号56のアミノ酸配列(L-CDR2)と、配列番号57のアミノ酸配列(L-CDR3)と、を含む、軽鎖可変領域を含む、請求項1に記載の抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片。 - 前記抗体又はその抗原結合断片が、
配列番号33のアミノ酸配列(H-CDR1)と、配列番号70のアミノ酸配列(H-CDR2)と、配列番号71のアミノ酸配列(H-CDR3)と、を含む、重鎖可変領域、及び
配列番号36のアミノ酸配列(L-CDR1)と、配列番号72のアミノ酸配列(L-CDR2)と、配列番号39のアミノ酸配列(L-CDR3)と、を含む、軽鎖可変領域を含む、請求項1に記載の抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片。 - 前記抗体又はその抗原結合断片が、
配列番号262のアミノ酸配列(H-CDR1)と、配列番号87のアミノ酸配列(H-CDR2)と、配列番号88のアミノ酸配列(H-CDR3)と、を含む、重鎖可変領域、及び
配列番号36のアミノ酸配列(L-CDR1)と、配列番号72のアミノ酸配列(L-CDR2)と、配列番号89のアミノ酸配列(L-CDR3)と、を含む、軽鎖可変領域を含む、請求項1に記載の抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片。 - 前記抗体又はその抗原結合断片が、配列番号100、110、111、112、113、114、115、116、若しくは117のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号105、125、若しくは126のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む、請求項1に記載の抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片。
- 前記抗体又はその抗原結合断片が、配列番号104、118、119、120、121、122、123、124、若しくは221のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号109、127、128、129、130、若しくは222のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む、請求項1に記載の抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片。
- 前記抗体又はその抗原結合断片が、配列番号100、101、102、103、若しくは104のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号105、106、107、108、若しくは109のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む、請求項1に記載の抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片。
- 前記抗体又はその抗原結合断片が、
a)配列番号100のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号105のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
b)配列番号110のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号125のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
c)配列番号111のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号125のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
d)配列番号112のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号125のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
e)配列番号113のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号125のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
f)配列番号114のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号125のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
g)配列番号115のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号125のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
h)配列番号116のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号125のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
i)配列番号117のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号125のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
j)配列番号111のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号126のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
k)配列番号112のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号126のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
l)配列番号113のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号126のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
m)配列番号114のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号126のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
n)配列番号115のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号126のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
o)配列番号116のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号126のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
p)配列番号117のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号126のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む、請求項8に記載の抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片。 - 前記抗体又はその抗原結合断片が、配列番号104のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号109のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
a)配列番号118のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号127のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
b)配列番号118のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号128のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
c)配列番号119のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号127のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
d)配列番号119のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号129のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
e)配列番号120のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号127のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
f)配列番号120のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号129のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
g)配列番号121のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号127のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
h)配列番号122のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号127のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
i)配列番号118のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号130のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
j)配列番号121のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号129のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
k)配列番号122のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号129のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
l)配列番号119のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号130のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
m)配列番号123のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号127のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
n)配列番号120のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号130のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
o)配列番号123のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号129のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
p)配列番号121のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号130のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
q)配列番号122のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号130のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
r)配列番号124のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号129のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
s)配列番号124のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号127のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
t)配列番号123のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号130のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
u)配列番号124のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号130のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
v)配列番号221のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号222のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む、請求項9に記載の抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片。 - 前記抗体又はその抗原結合断片が、
a)配列番号100のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号105のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
b)配列番号101のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号106のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
c)配列番号102のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号107のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
d)配列番号103のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号108のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、又は
e)配列番号104のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び配列番号109のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む、請求項10に記載の抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片。 - 前記抗体が、配列番号131、138、139、140、141、142、143、144、145、146、148、149、150、151、又は152のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号174、181、182、183、184、185、186、187、188、189、190、191、192、193、194、195、又は218のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む軽鎖を含む、請求項8に記載の抗SIRPα抗体。
- 前記抗体が、
a)配列番号131のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号174のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
b)配列番号138のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号121のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
c)配列番号139のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号182のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
d)配列番号140のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号183のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
e)配列番号141のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号184のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
f)配列番号142のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号185のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
g)配列番号143のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号186のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
h)配列番号144のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号187のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
i)配列番号145のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号188のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
j)配列番号146のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号189のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
k)配列番号147のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号190のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
l)配列番号148のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号191のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
m)配列番号149のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号192のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
n)配列番号150のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号193のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
o)配列番号151のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号194のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
p)配列番号152のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号195のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
q)配列番号217のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号218のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む、請求項14に記載の抗SIRPα抗体。 - 前記抗体が、配列番号135、153、154、155、156、157、158、159、160、161、162、163、164、165、166、167、168、169、170、171、172、173、又は219のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号178、196、197、198、199、200、201、202、203、204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、214、215、216、又は220のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む軽鎖を含む、請求項9に記載の抗SIRPα抗体。
- 前記抗体が、
a)配列番号135のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号178のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
b)配列番号153のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号196のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
c)配列番号154のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号197のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
d)配列番号155のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号198のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
e)配列番号156のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号199のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
f)配列番号157のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号200のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
g)配列番号158のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号201のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
h)配列番号159のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号202のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
i)配列番号160のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号203のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
j)配列番号161のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号204のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
k)配列番号162のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号205のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
l)配列番号163のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号206のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
m)配列番号164のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号207のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
n)配列番号165のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号208のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
o)配列番号166のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号209のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
p)配列番号167のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号210のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
q)配列番号168のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号211のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
r)配列番号169のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号212のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
s)配列番号170のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号213のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
t)配列番号171のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号214のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
u)配列番号172のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号215のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
v)配列番号173のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号216のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
w)配列番号219のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号220のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む、請求項16に記載の抗SIRPα抗体。 - 前記抗体が、配列番号131、133、134、137、又は135のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号174、176、177、180、又は178のうちのいずれか1つのアミノ酸配列を含む軽鎖を含む、請求項10に記載の抗SIRPα抗体。
- 前記抗体が、
a)配列番号131のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号174のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
b)配列番号133のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号176のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
c)配列番号134のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号177のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
d)配列番号137のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号180のアミノ酸配列を含む軽鎖、又は
e)配列番号135のアミノ酸配列を含む重鎖、及び配列番号178のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む、請求項18に記載の抗SIRPα抗体。 - 前記抗体が、モノクローナル抗体である、請求項1に記載の抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片。
- 前記抗体が、ヒト抗体である、請求項1に記載の抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片。
- その抗原結合断片の前記抗体が、KD≦10nMでヒトSIRPαに結合する、請求項1に記載の抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片。
- その抗原結合断片の前記抗体が、KD≦400nMでヒト又はカニクイザルSIRPαに結合する、請求項22に記載の抗SIRPα抗体又はその抗原結合断片。
- 医薬として使用するための、請求項1~23のいずれか一項に記載の抗SIRPα抗体。
- 請求項1~23のいずれか一項に記載の抗体又は抗原結合断片と、薬学的に許容される担体と、を含む、薬学的組成物。
- 1つ以上の追加の治療薬剤を更に含む、請求項25に記載の薬学的組成物。
- 前記1つ以上の追加の治療薬剤が、抗PD-1抗体、抗PD-L1抗体、抗EGFR抗体、及び抗HER2抗体からなる群から選択される、請求項26に記載の薬学的組成物。
- 疾患を治療する方法であって、前記方法が、請求項1~23のいずれか一項に記載の抗体若しくは抗原結合断片、又は請求項25~27のいずれか一項に記載の薬学的組成物を、それを必要とする対象に投与することを含み、前記疾患が、がん、炎症性疾患、自己免疫疾患、呼吸器疾患、感染性疾患、又は線維症から選択される、方法。
- 疾患を治療する際に使用するためのものであり、前記疾患が、がん、炎症性疾患、自己免疫疾患、呼吸器疾患、感染性疾患、又は線維症から選択される、請求項1~23のいずれか一項に記載の抗SIRPα抗体若しくは抗原結合断片、又は請求項25~27のいずれか一項に記載の薬学的組成物。
- 疾患を治療するための医薬の製造におけるものであり、前記疾患が、がん、炎症性疾患、自己免疫疾患、呼吸器疾患、感染性疾患、又は線維症から選択される、請求項1~23のいずれか一項に記載の抗SIRPα抗体若しくは抗原結合断片、又は請求項25~27のいずれか一項に記載の薬学的組成物の使用。
- 前記疾患が、がんである、請求項28に記載の方法、請求項29に記載の抗SIRPα抗体若しくは抗原結合断片、又は請求項30に記載の抗SIRPα抗体若しくは抗原結合断片の使用。
- 前記抗体又はその抗原結合断片が、非経口投与経路、静脈内投与経路、又は皮下投与経路によって投与される、請求項28に記載の方法、請求項29に記載の抗SIRPα抗体若しくは抗原結合断片、又は請求項30に記載の抗SIRPα抗体若しくは抗原結合断片の使用。
- 請求項8、9、又は10のいずれか一項に記載の重鎖可変領域アミノ及び/又は軽鎖可変領域をコードする、単離されたポリヌクレオチド。
- 請求項14、16、又は18のいずれか一項に記載の重鎖及び/又は軽鎖をコードする、単離されたポリヌクレオチド。
- 請求項33又は34に記載のポリヌクレオチドを含むベクター、好ましくは発現ベクター、より好ましくは、発現制御配列と機能的に関連する本発明のポリヌクレオチドを含むベクター。
- 請求項33又は34に記載のポリヌクレオチドを含む、宿主細胞。
- 前記細胞が、哺乳動物細胞である、請求項36に記載の宿主細胞。
- 請求項1~23のいずれか一項に記載の抗SIRPα抗体若しくは抗原結合断片の産生のための方法であって、
(a)前記抗SIRPα抗体又は抗原結合断片の発現を可能にする条件下で宿主細胞を育てるステップと、
(b)前記抗SIRPα抗体又は抗原結合断片を回収するステップと、を含む、方法。 - 請求項1~23のいずれか一項に記載の抗SIRPα抗体若しくは抗原結合断片を含む診断キット、若しくは診断方法、又はその使用。
- ヒト抗SIRPα抗体又は抗原結合断片であって、SIRPαに結合すると、前記抗体又は抗原結合断片が、配列番号266に示されるような、アミノ酸残基LEU60、ILE61、VAL63、GLY64、PRO65、GLN82、LYS83、GLU84、THR97、LYS98、ARG99、GLU100、LYS126、GLY127、SER128、PRO129、及びASP130、又は配列番号265に示されるような、LEU60、ILE61、VAL63、GLY64、PRO65、GLN82、LYS83、GLU84、THR97、LYS98、ARG99、ASN100、LYS126、GLY127、SER128、PRO129、及びASP130に結合し、前記抗体が、SIRPαに対する請求項1~23のいずれか一項に記載の抗体のいずれかの結合をブロックする、ヒト抗SIRPα抗体又は抗原結合断片。
- ヒト抗SIRPα抗体又は抗原結合断片であって、SIRPαに結合すると、前記抗体又は抗原結合断片が、配列番号266中のアミノ酸残基ARG70、GLY71、ALA72、GLY73、PRO74、ALA75、ARG76、GLU77、ALA114、ALA116、GLY117、THR118、TYR120、THR131、GLU132、PHE133、SER135、及びGLU140、又は配列番号265に示されるような、ARG70、GLY71、ALA72、GLY73、PRO74、GLY75、ARG76、GLU77、ALA114、ALA116、GLY117、THR118、TYR120、VAL132、GLU133、PHE134、SER136、及びGLU141に結合し、前記抗体が、SIRPαに対する請求項1~23のいずれか一項に記載の抗体のいずれかの結合をブロックする、ヒト抗SIRPα抗体又は抗原結合断片。
- 前記抗体が、CD47に対する抗SIRPα抗体の結合を少なくとも約80%ブロックする、請求項40又は41に記載のヒト抗SIRPα抗体又は抗原結合断片。
- 抗体を製造する方法であって、
a)抗体の形成を可能にする条件下で、請求項8~10のいずれか一項に記載の重鎖可変領域をコードする単離されたポリヌクレオチドを含み、請求項8~10のいずれか一項に記載の軽鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドを含む発現ベクターを含む宿主細胞を培養するステップと、
b)前記抗体を回収するステップと、を含む、方法。 - 抗体を製造する方法であって、
a)抗体の形成を可能にする条件下で、請求項14、16、又は18に記載の重鎖をコードする単離されたポリヌクレオチド、及び請求項14、16、又は18に記載の軽鎖をコードするポリヌクレオチドを含む発現ベクターを含む宿主細胞を培養するステップと、
b)前記抗体を回収するステップと、を含む、方法。 - 前記抗体を精製するステップを更に含む、請求項43又は44に記載の方法。
- 前記抗体を薬学的組成物へと製剤化するステップを更に含む、請求項43又は44に記載の方法。
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