JP2024023228A - Manaボディおよび使用方法 - Google Patents
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Abstract
【課題】がんを有するまたはがんを有すると疑われる哺乳動物を評価するための、および/またはがんを有する哺乳動物を治療するための方法および材料を提供する。【解決手段】ペプチド-HLA-ベータ-2ミクログロブリン複合体に結合することができる抗原結合ドメインを含む分子であって、前記ペプチドが修飾ペプチドを含み、前記HLAがクラスI HLAであり、前記抗原結合ドメインが前記修飾ペプチドの野生型バージョンを含む複合体には結合しない、分子、およびそのような分子の使用方法が提供される。【選択図】図1
Description
本出願は、2017年5月16日に出願された米国特許出願第62/506,674号
の利益を主張する。先行出願の開示は、本出願の開示の一部であると見なされる(そして
参照により本出願の開示に組み込まれる)。
の利益を主張する。先行出願の開示は、本出願の開示の一部であると見なされる(そして
参照により本出願の開示に組み込まれる)。
(連邦政府資金に関する声明)
本発明は、国立衛生研究所からの助成金番号CA62924の下で、米国政府の支援を
受けてなされた。米国政府は、本発明に一定の権利を有する。
本発明は、国立衛生研究所からの助成金番号CA62924の下で、米国政府の支援を
受けてなされた。米国政府は、本発明に一定の権利を有する。
(1.技術分野)
本文書は、がんを有するまたはがんを有すると疑われる哺乳動物を評価するための、お
よび/またはがんを有する哺乳動物を治療するための方法および材料に関する。例えば、
本文書は、修飾ペプチド(例えば、腫瘍抗原)に結合することができる1つまたは複数の
抗原結合ドメイン(例えば、一本鎖可変フラグメント(scFv))を含む分子を使用し
てがんを有する哺乳動物を治療する方法および材料を提供する。
本文書は、がんを有するまたはがんを有すると疑われる哺乳動物を評価するための、お
よび/またはがんを有する哺乳動物を治療するための方法および材料に関する。例えば、
本文書は、修飾ペプチド(例えば、腫瘍抗原)に結合することができる1つまたは複数の
抗原結合ドメイン(例えば、一本鎖可変フラグメント(scFv))を含む分子を使用し
てがんを有する哺乳動物を治療する方法および材料を提供する。
(2.背景情報)
がんの体細胞変異は、正常細胞ではなく腫瘍細胞でのみ特異的に発現するため、がん治
療の理想的な標的である。特に、ドライバー遺伝子タンパク質(がん遺伝子タンパク質と
腫瘍抑制タンパク質に広く細分されている)を標的とすることには利点がある。第一に、
腫瘍の発がん性付与能力への依存により、抵抗が起こりにくくなる。第二に、これらの変
異は通常、腫瘍の成長の初期に発生するため、本質的に全ての娘がん細胞に変異が含まれ
ることになる。最後に、ドライバー遺伝子タンパク質は、多くの患者間で共有されるホッ
トスポット変異を持っている傾向があるため、単一の変異を標的とする治療法を幅広い患
者集団に適用することができる。
がんの体細胞変異は、正常細胞ではなく腫瘍細胞でのみ特異的に発現するため、がん治
療の理想的な標的である。特に、ドライバー遺伝子タンパク質(がん遺伝子タンパク質と
腫瘍抑制タンパク質に広く細分されている)を標的とすることには利点がある。第一に、
腫瘍の発がん性付与能力への依存により、抵抗が起こりにくくなる。第二に、これらの変
異は通常、腫瘍の成長の初期に発生するため、本質的に全ての娘がん細胞に変異が含まれ
ることになる。最後に、ドライバー遺伝子タンパク質は、多くの患者間で共有されるホッ
トスポット変異を持っている傾向があるため、単一の変異を標的とする治療法を幅広い患
者集団に適用することができる。
ほとんどの変異タンパク質は、ほとんどの変異ドライバー遺伝子タンパク質を含めて、
細胞内にある。小分子は細胞内タンパク質を標的とすることができるが、その野生型(w
t)の対応物ではなく変異ドライバー遺伝子の活性を特異的に阻害できる小分子の開発は
、そのようなドライバー遺伝子タンパク質の大部分では手が届かないままであった。単一
のアミノ酸変異を区別する能力を持つことができる抗体は、典型的には、細胞外エピトー
プのみを標的にすることができる。
細胞内にある。小分子は細胞内タンパク質を標的とすることができるが、その野生型(w
t)の対応物ではなく変異ドライバー遺伝子の活性を特異的に阻害できる小分子の開発は
、そのようなドライバー遺伝子タンパク質の大部分では手が届かないままであった。単一
のアミノ酸変異を区別する能力を持つことができる抗体は、典型的には、細胞外エピトー
プのみを標的にすることができる。
免疫系は、抗原の処理と提示を通じて、細胞の細胞内含有物をサンプリングする。タン
パク質分解に続き、得られたペプチドの一部はヒト白血球抗原(HLA)にロードされ、
細胞表面に送られ、そこでそれらは、T細胞が、T細胞受容体(TCR)を介して、自己
ペプチドと非自己ペプチドとを区別するように機能する。例えば、ウイルスに感染した細
胞は、そのHLAにウイルスペプチドを提示し、T細胞にその細胞を殺させる。同様に、
がんでは、変異ペプチドは、がん細胞表面のHLAに提示され、これは、変異関連ネオ抗
原(Mutation-Associated Neo-Antigen)の略でMAN
Aと呼ばれる。場合によっては、程度の差はあれ、患者はこれらの変異ペプチド-HLA
ネオ抗原に対する抗がんT細胞応答を開始する可能性があり、チェックポイント遮断抗体
はこの応答をさらに増強する。しかしながら、多くの患者、特に突然変異量が低い患者は
、十分な抗がんT細胞応答を開始することができない。したがって、MANAを特異的に
標的とする治療法または診断法は、真に腫瘍特異的な方法を提供してがんを診断または治
療し得る。
パク質分解に続き、得られたペプチドの一部はヒト白血球抗原(HLA)にロードされ、
細胞表面に送られ、そこでそれらは、T細胞が、T細胞受容体(TCR)を介して、自己
ペプチドと非自己ペプチドとを区別するように機能する。例えば、ウイルスに感染した細
胞は、そのHLAにウイルスペプチドを提示し、T細胞にその細胞を殺させる。同様に、
がんでは、変異ペプチドは、がん細胞表面のHLAに提示され、これは、変異関連ネオ抗
原(Mutation-Associated Neo-Antigen)の略でMAN
Aと呼ばれる。場合によっては、程度の差はあれ、患者はこれらの変異ペプチド-HLA
ネオ抗原に対する抗がんT細胞応答を開始する可能性があり、チェックポイント遮断抗体
はこの応答をさらに増強する。しかしながら、多くの患者、特に突然変異量が低い患者は
、十分な抗がんT細胞応答を開始することができない。したがって、MANAを特異的に
標的とする治療法または診断法は、真に腫瘍特異的な方法を提供してがんを診断または治
療し得る。
HLAクラスIタンパク質は、全ての有核細胞に存在する。3つの古典的なHLAクラ
スI遺伝子、A、B、およびCがあり、それぞれが高度に多型である。各HLA対立遺伝
子には特定のペプチド結合モチーフがあり、その結果、特定のペプチドのみが特定のHL
A対立遺伝子に結合することになる。
スI遺伝子、A、B、およびCがあり、それぞれが高度に多型である。各HLA対立遺伝
子には特定のペプチド結合モチーフがあり、その結果、特定のペプチドのみが特定のHL
A対立遺伝子に結合することになる。
当該技術分野では、がんを診断、モニター、および効果的に治療するための新しい方法
を開発する必要性が継続して存在する。
を開発する必要性が継続して存在する。
本文書は、がんを有する哺乳動物を治療するための方法および材料を提供する。例えば
、本文書は、修飾ペプチド(例えば、ペプチド-HLA-b2M複合体に存在する修飾ペ
プチド)に結合することができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv
)を含む1つまたは複数の分子を使用する方法および材料を提供し、がん(例えば、修飾
ペプチドを発現しているがん)を有する哺乳動物を治療する。場合によっては、修飾ペプ
チド(例えば、ペプチド-HLA-b2M複合体に存在する修飾ペプチド)に結合するこ
とができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を含む1つまたは複
数の分子を、がん(例えば、修飾ペプチドを発現するがん)を有する哺乳動物に投与し、
哺乳動物を治療することができる。
、本文書は、修飾ペプチド(例えば、ペプチド-HLA-b2M複合体に存在する修飾ペ
プチド)に結合することができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv
)を含む1つまたは複数の分子を使用する方法および材料を提供し、がん(例えば、修飾
ペプチドを発現しているがん)を有する哺乳動物を治療する。場合によっては、修飾ペプ
チド(例えば、ペプチド-HLA-b2M複合体に存在する修飾ペプチド)に結合するこ
とができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を含む1つまたは複
数の分子を、がん(例えば、修飾ペプチドを発現するがん)を有する哺乳動物に投与し、
哺乳動物を治療することができる。
本明細書で実証されるように、多くの急性骨髄性白血病(AML)症例におけるペプチ
ド-HLA-b2M複合体に存在する多数の変異関連ネオ抗原(MANA)を標的とする
(例えば、結合する)scFvが同定された。また、本明細書で実証されているように、
scFvを使用して、キメラ抗原受容体(CAR)T細胞(CART;CAR Tまたは
CAR-Tとも略される)と、MANAを発現する細胞を認識および殺すことができる二
重特異性抗体との両方を設計した。MANAを特異的に標的とする能力は、がんを診断お
よび/または治療するための腫瘍特異的方法を提供する。例えば、MANAを特異的に標
的とするscFvを、全長抗体またはそのフラグメント、抗体薬物複合体(ADC)、抗
体放射性核種複合体、CART、または二重特異性抗体に使用して、がんを有する哺乳動
物を診断および/または治療することができる。
ド-HLA-b2M複合体に存在する多数の変異関連ネオ抗原(MANA)を標的とする
(例えば、結合する)scFvが同定された。また、本明細書で実証されているように、
scFvを使用して、キメラ抗原受容体(CAR)T細胞(CART;CAR Tまたは
CAR-Tとも略される)と、MANAを発現する細胞を認識および殺すことができる二
重特異性抗体との両方を設計した。MANAを特異的に標的とする能力は、がんを診断お
よび/または治療するための腫瘍特異的方法を提供する。例えば、MANAを特異的に標
的とするscFvを、全長抗体またはそのフラグメント、抗体薬物複合体(ADC)、抗
体放射性核種複合体、CART、または二重特異性抗体に使用して、がんを有する哺乳動
物を診断および/または治療することができる。
一般に、本文書の1つの態様は、ペプチド-HLA-ベータ-2ミクログロブリン複合
体に結合することができる抗原結合ドメインを含む分子であり、そこでペプチドは修飾ペ
プチドを含み、HLAはクラスI HLAであり、抗原結合ドメインは修飾ペプチドの野
生型バージョンを含む複合体には結合しない。修飾ペプチドは、7アミノ酸~15アミノ
酸(例えば、10アミノ酸)を含み得る。修飾ペプチドは、修飾IDH2ポリペプチド、
修飾EGFRポリペプチド、修飾p53ポリペプチド、修飾KRASポリペプチド、修飾
HRASポリペプチド、修飾NRASポリペプチド、または修飾CTNNBポリペプチド
に由来し得る。修飾ペプチドは、配列番号1、配列番号11、配列番号13、配列番号1
5、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番
号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号31、または配列番号3
2で示されるアミノ酸配列を含み得る。修飾ペプチドが配列番号1を含む場合、クラスI
HLAはHLA-B7であり得、抗原結合フラグメントは配列番号3、配列番号4、配
列番号5、配列番号6、または配列番号8で示されるアミノ酸配列を含み得る。修飾ペプ
チドが配列番号11を含む場合、クラスI HLAはHLA-B7であり得、抗原結合フ
ラグメントは配列番号380、配列番号390、配列番号391、配列番号392、また
は配列番号393で示されるアミノ酸配列を含み得る。修飾ペプチドが配列番号13を含
む場合、クラスI HLAはHLA-A2であり得、抗原結合フラグメントは配列番号3
24、配列番号325、配列番号326、配列番号327、配列番号328、配列番号3
29、または配列番号330で示されるアミノ酸配列を含み得る。修飾ペプチドが配列番
号15を含む場合、クラスI HLAはHLA-A2であり得、抗原結合フラグメントは
配列番号331、配列番号333、配列番号336、または配列番号337で示されるア
ミノ酸配列を含み得る。修飾ペプチドが配列番号16を含む場合、クラスI HLAはH
LA-A2であり得、抗原結合フラグメントは配列番号332、配列番号334、配列番
号335、配列番号336、または配列番号337で示されるアミノ酸配列を含み得る。
修飾ペプチドが配列番号18を含む場合、クラスI HLAはHLA-A2であり得、抗
原結合フラグメントは配列番号338、配列番号339、または配列番号340で示され
るアミノ酸配列を含み得る。修飾ペプチドが配列番号20を含む場合、クラスI HLA
はHLA-A3であり得、抗原結合フラグメントは配列番号341、配列番号342、ま
たは配列番号343で示されるアミノ酸配列を含み得る。修飾ペプチドが配列番号21を
含む場合、クラスI HLAはHLA-A3であり得、抗原結合フラグメントは配列番号
342、配列番号343、配列番号349、配列番号350、配列番号351、配列番号
352、配列番号353、配列番号354、配列番号355、配列番号356、または配
列番号357で示されるアミノ酸配列を含み得る。修飾ペプチドが配列番号22を含む場
合、クラスI HLAはHLA-A3であり得、抗原結合フラグメントは配列番号338
、配列番号339、配列番号340、配列番号341、配列番号342、配列番号343
、配列番号344、配列番号345、配列番号346、配列番号347、配列番号348
、配列番号369、配列番号370、配列番号371、配列番号372、配列番号373
、または配列番号374で示されるアミノ酸配列を含み得る。修飾ペプチドが配列番号2
4を含む場合、クラスI HLAはHLA-A11であり得、抗原結合フラグメントは配
列番号358、配列番号359、配列番号360、配列番号361、配列番号362、配
列番号363、配列番号364、配列番号365、配列番号366、配列番号367、ま
たは配列番号368で示されるアミノ酸配列を含み得る。修飾ペプチドが配列番号26を
含む場合、クラスI HLAはHLA-A3であり得、抗原結合フラグメントは配列番号
375、配列番号376、配列番号377、配列番号378、または配列番号379で示
されるアミノ酸配列を含み得る。修飾ペプチドが配列番号28を含む場合、クラスI H
LAはHLA-A1であり得、抗原結合フラグメントは配列番号394で示されるアミノ
酸配列を含み得る。修飾ペプチドが配列番号30を含む場合、クラスI HLAはHLA
-A1であり得、抗原結合フラグメントは配列番号395で示されるアミノ酸配列を含み
得る。修飾ペプチドが配列番号31を含む場合、クラスI HLAはHLA-A1であり
得、抗原結合フラグメントは配列番号396で示されるアミノ酸配列を含み得る。修飾ペ
プチドが配列番号32を含む場合、クラスI HLAはHLA-A1であり得、抗原結合
フラグメントは配列番号397、配列番号398、配列番号399、配列番号400、ま
たは配列番号401で示されるアミノ酸配列を含み得る。分子は、抗体、抗体フラグメン
ト、scFv、CAR、TCR、TCR模倣体、タンデムscFv、二重特異性T細胞エ
ンゲージャー、ダイアボディ、一本鎖ダイアボディ、scFv-Fc、二重特異性抗体、
または二重親和性再標的化抗体(DART)であり得る。例えば、分子は一本鎖ダイアボ
ディであり得る。分子は、エフェクター細胞受容体(例えば、CD3、CD28、CD4
、CD8、CD16a、NKG2D、PD-1、CTLA-4、4-1BB、OX40、
ICOS、またはCD27)に結合することができる抗原結合ドメインも含み得る。エフ
ェクター細胞に結合することができる抗原結合ドメインがCD3に結合することができる
場合、抗原結合ドメインは配列番号404、配列番号405、配列番号406、配列番号
407、配列番号408、配列番号409、配列番号410、配列番号411、配列番号
412、配列番号413、配列番号414、配列番号415、配列番号416、または配
列番号417で示されるアミノ酸配列を含み得る。
体に結合することができる抗原結合ドメインを含む分子であり、そこでペプチドは修飾ペ
プチドを含み、HLAはクラスI HLAであり、抗原結合ドメインは修飾ペプチドの野
生型バージョンを含む複合体には結合しない。修飾ペプチドは、7アミノ酸~15アミノ
酸(例えば、10アミノ酸)を含み得る。修飾ペプチドは、修飾IDH2ポリペプチド、
修飾EGFRポリペプチド、修飾p53ポリペプチド、修飾KRASポリペプチド、修飾
HRASポリペプチド、修飾NRASポリペプチド、または修飾CTNNBポリペプチド
に由来し得る。修飾ペプチドは、配列番号1、配列番号11、配列番号13、配列番号1
5、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番
号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号31、または配列番号3
2で示されるアミノ酸配列を含み得る。修飾ペプチドが配列番号1を含む場合、クラスI
HLAはHLA-B7であり得、抗原結合フラグメントは配列番号3、配列番号4、配
列番号5、配列番号6、または配列番号8で示されるアミノ酸配列を含み得る。修飾ペプ
チドが配列番号11を含む場合、クラスI HLAはHLA-B7であり得、抗原結合フ
ラグメントは配列番号380、配列番号390、配列番号391、配列番号392、また
は配列番号393で示されるアミノ酸配列を含み得る。修飾ペプチドが配列番号13を含
む場合、クラスI HLAはHLA-A2であり得、抗原結合フラグメントは配列番号3
24、配列番号325、配列番号326、配列番号327、配列番号328、配列番号3
29、または配列番号330で示されるアミノ酸配列を含み得る。修飾ペプチドが配列番
号15を含む場合、クラスI HLAはHLA-A2であり得、抗原結合フラグメントは
配列番号331、配列番号333、配列番号336、または配列番号337で示されるア
ミノ酸配列を含み得る。修飾ペプチドが配列番号16を含む場合、クラスI HLAはH
LA-A2であり得、抗原結合フラグメントは配列番号332、配列番号334、配列番
号335、配列番号336、または配列番号337で示されるアミノ酸配列を含み得る。
修飾ペプチドが配列番号18を含む場合、クラスI HLAはHLA-A2であり得、抗
原結合フラグメントは配列番号338、配列番号339、または配列番号340で示され
るアミノ酸配列を含み得る。修飾ペプチドが配列番号20を含む場合、クラスI HLA
はHLA-A3であり得、抗原結合フラグメントは配列番号341、配列番号342、ま
たは配列番号343で示されるアミノ酸配列を含み得る。修飾ペプチドが配列番号21を
含む場合、クラスI HLAはHLA-A3であり得、抗原結合フラグメントは配列番号
342、配列番号343、配列番号349、配列番号350、配列番号351、配列番号
352、配列番号353、配列番号354、配列番号355、配列番号356、または配
列番号357で示されるアミノ酸配列を含み得る。修飾ペプチドが配列番号22を含む場
合、クラスI HLAはHLA-A3であり得、抗原結合フラグメントは配列番号338
、配列番号339、配列番号340、配列番号341、配列番号342、配列番号343
、配列番号344、配列番号345、配列番号346、配列番号347、配列番号348
、配列番号369、配列番号370、配列番号371、配列番号372、配列番号373
、または配列番号374で示されるアミノ酸配列を含み得る。修飾ペプチドが配列番号2
4を含む場合、クラスI HLAはHLA-A11であり得、抗原結合フラグメントは配
列番号358、配列番号359、配列番号360、配列番号361、配列番号362、配
列番号363、配列番号364、配列番号365、配列番号366、配列番号367、ま
たは配列番号368で示されるアミノ酸配列を含み得る。修飾ペプチドが配列番号26を
含む場合、クラスI HLAはHLA-A3であり得、抗原結合フラグメントは配列番号
375、配列番号376、配列番号377、配列番号378、または配列番号379で示
されるアミノ酸配列を含み得る。修飾ペプチドが配列番号28を含む場合、クラスI H
LAはHLA-A1であり得、抗原結合フラグメントは配列番号394で示されるアミノ
酸配列を含み得る。修飾ペプチドが配列番号30を含む場合、クラスI HLAはHLA
-A1であり得、抗原結合フラグメントは配列番号395で示されるアミノ酸配列を含み
得る。修飾ペプチドが配列番号31を含む場合、クラスI HLAはHLA-A1であり
得、抗原結合フラグメントは配列番号396で示されるアミノ酸配列を含み得る。修飾ペ
プチドが配列番号32を含む場合、クラスI HLAはHLA-A1であり得、抗原結合
フラグメントは配列番号397、配列番号398、配列番号399、配列番号400、ま
たは配列番号401で示されるアミノ酸配列を含み得る。分子は、抗体、抗体フラグメン
ト、scFv、CAR、TCR、TCR模倣体、タンデムscFv、二重特異性T細胞エ
ンゲージャー、ダイアボディ、一本鎖ダイアボディ、scFv-Fc、二重特異性抗体、
または二重親和性再標的化抗体(DART)であり得る。例えば、分子は一本鎖ダイアボ
ディであり得る。分子は、エフェクター細胞受容体(例えば、CD3、CD28、CD4
、CD8、CD16a、NKG2D、PD-1、CTLA-4、4-1BB、OX40、
ICOS、またはCD27)に結合することができる抗原結合ドメインも含み得る。エフ
ェクター細胞に結合することができる抗原結合ドメインがCD3に結合することができる
場合、抗原結合ドメインは配列番号404、配列番号405、配列番号406、配列番号
407、配列番号408、配列番号409、配列番号410、配列番号411、配列番号
412、配列番号413、配列番号414、配列番号415、配列番号416、または配
列番号417で示されるアミノ酸配列を含み得る。
別の態様では、本文書はCARを特徴とする。CARは、本明細書に記載の任意の抗原
結合ドメイン(例えば、ペプチド-HLA-ベータ-2ミクログロブリン複合体に結合す
ることができる抗原結合ドメインであって、そこでペプチドは修飾ペプチドを含み、HL
AはクラスI HLAであり、抗原結合ドメインは修飾ペプチドの野生型バージョンを含
む複合体には結合しない抗原結合ドメイン)を含む細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、お
よび細胞内ドメインを含み得る。膜貫通ドメインは、CD4、CD8、またはCD28の
膜貫通ドメインを含み得る。細胞内ドメインは、CD28、DAP10、ICOS、OX
40、および/または4-1BBからの1つまたは複数の共刺激ドメインを含み得る。細
胞内ドメインは、CD3-ゼータからのシグナル伝達ドメインを含み得る。
結合ドメイン(例えば、ペプチド-HLA-ベータ-2ミクログロブリン複合体に結合す
ることができる抗原結合ドメインであって、そこでペプチドは修飾ペプチドを含み、HL
AはクラスI HLAであり、抗原結合ドメインは修飾ペプチドの野生型バージョンを含
む複合体には結合しない抗原結合ドメイン)を含む細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、お
よび細胞内ドメインを含み得る。膜貫通ドメインは、CD4、CD8、またはCD28の
膜貫通ドメインを含み得る。細胞内ドメインは、CD28、DAP10、ICOS、OX
40、および/または4-1BBからの1つまたは複数の共刺激ドメインを含み得る。細
胞内ドメインは、CD3-ゼータからのシグナル伝達ドメインを含み得る。
別の態様では、本文書は、本明細書に記載の任意のCAR(例えば、本明細書に記載の
任意の抗原結合ドメインを含む細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、および細胞内ドメイン
を含むCAR)を発現するT細胞を特徴とする。T細胞は、ペプチド-HLA-ベータ-
2ミクログロブリン複合体に結合することができる抗原結合ドメインを含む細胞外ドメイ
ンであって、そこでペプチドは修飾ペプチドを含み、HLAはクラスI HLAであり、
抗原結合ドメインは修飾ペプチドの野生型バージョンを含む複合体には結合しない細胞外
ドメイン)、膜貫通ドメイン、および細胞内ドメインを含むCARを発現し得る。
任意の抗原結合ドメインを含む細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、および細胞内ドメイン
を含むCAR)を発現するT細胞を特徴とする。T細胞は、ペプチド-HLA-ベータ-
2ミクログロブリン複合体に結合することができる抗原結合ドメインを含む細胞外ドメイ
ンであって、そこでペプチドは修飾ペプチドを含み、HLAはクラスI HLAであり、
抗原結合ドメインは修飾ペプチドの野生型バージョンを含む複合体には結合しない細胞外
ドメイン)、膜貫通ドメイン、および細胞内ドメインを含むCARを発現し得る。
別の態様では、本文書は、がんを有する哺乳動物を治療する方法を特徴とする。本方法
は、本明細書に記載の任意の抗原結合ドメイン(例えば、ペプチド-HLA-ベータ-2
ミクログロブリン複合体に結合することができる抗原結合ドメインであって、そこでペプ
チドは修飾ペプチドを含み、HLAはクラスI HLAであり、抗原結合ドメインは修飾
ペプチドの野生型バージョンを含む複合体には結合しない抗原結合ドメイン)を含む1つ
または複数の分子を哺乳動物に投与する工程を含み得るか、または本質的にそれからなり
得、ここで、がんには、修飾ペプチドを発現するがん細胞が含まれる。哺乳動物は人間で
あり得る。がんは、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、AML、肺がん、膵臓がん
、胃がん、大腸がん、卵巣がん、子宮内膜がん、胆道がん、肝臓がん、骨髄腫、乳がん、
前立腺がん、食道がん、胃がん、腎臓がん、骨がん、軟部組織がん、頭頸部がん、多形性
膠芽腫、または星状細胞腫であり得る。
は、本明細書に記載の任意の抗原結合ドメイン(例えば、ペプチド-HLA-ベータ-2
ミクログロブリン複合体に結合することができる抗原結合ドメインであって、そこでペプ
チドは修飾ペプチドを含み、HLAはクラスI HLAであり、抗原結合ドメインは修飾
ペプチドの野生型バージョンを含む複合体には結合しない抗原結合ドメイン)を含む1つ
または複数の分子を哺乳動物に投与する工程を含み得るか、または本質的にそれからなり
得、ここで、がんには、修飾ペプチドを発現するがん細胞が含まれる。哺乳動物は人間で
あり得る。がんは、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、AML、肺がん、膵臓がん
、胃がん、大腸がん、卵巣がん、子宮内膜がん、胆道がん、肝臓がん、骨髄腫、乳がん、
前立腺がん、食道がん、胃がん、腎臓がん、骨がん、軟部組織がん、頭頸部がん、多形性
膠芽腫、または星状細胞腫であり得る。
別の態様では、本文書は、がんを有する哺乳動物を治療する方法を特徴とする。本方法
は、本明細書に記載のCAR(例えば、本明細書に記載の任意の抗原結合ドメインを含む
細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、および細胞内ドメインを含むCAR)のいずれか1つ
を発現する1つまたは複数のT細胞を哺乳動物に投与する工程を含み得るか、または本質
的にそれからなり得、ここで、がんには、修飾ペプチドを発現するがん細胞が含まれる。
哺乳動物は人間であり得る。がんは、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、AML、
肺がん、膵臓がん、胃がん、大腸がん、卵巣がん、子宮内膜がん、胆道がん、肝臓がん、
骨髄腫、乳がん、前立腺がん、食道がん、胃がん、腎臓がん、骨がん、軟部組織がん、頭
頸部がん、多形性膠芽腫、または星状細胞腫であり得る。
は、本明細書に記載のCAR(例えば、本明細書に記載の任意の抗原結合ドメインを含む
細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、および細胞内ドメインを含むCAR)のいずれか1つ
を発現する1つまたは複数のT細胞を哺乳動物に投与する工程を含み得るか、または本質
的にそれからなり得、ここで、がんには、修飾ペプチドを発現するがん細胞が含まれる。
哺乳動物は人間であり得る。がんは、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、AML、
肺がん、膵臓がん、胃がん、大腸がん、卵巣がん、子宮内膜がん、胆道がん、肝臓がん、
骨髄腫、乳がん、前立腺がん、食道がん、胃がん、腎臓がん、骨がん、軟部組織がん、頭
頸部がん、多形性膠芽腫、または星状細胞腫であり得る。
他に定義されない限り、本明細書で使用される全ての技術用語および科学用語は、本発
明が関連する技術分野の当業者によって一般に理解されるのと同じ意味を有する。本明細
書に記載のものと類似または同等の方法および材料を使用して本発明を実施することがで
きるが、適切な方法および材料を以下に記載する。本明細書で言及される全ての出版物、
特許出願、特許、および他の参考文献は、参照によりその全体が組み込まれる。矛盾する
場合、本明細書が、定義を含めて優位になる。さらに、材料、方法、および実施例は説明
のみを目的としており、限定することを意図したものではない。
明が関連する技術分野の当業者によって一般に理解されるのと同じ意味を有する。本明細
書に記載のものと類似または同等の方法および材料を使用して本発明を実施することがで
きるが、適切な方法および材料を以下に記載する。本明細書で言及される全ての出版物、
特許出願、特許、および他の参考文献は、参照によりその全体が組み込まれる。矛盾する
場合、本明細書が、定義を含めて優位になる。さらに、材料、方法、および実施例は説明
のみを目的としており、限定することを意図したものではない。
本発明の1つまたは複数の実施形態の詳細は、添付の図面および以下の説明に記載され
ている。本発明の他の特徴、目的、および利点は、説明および図面、ならびに特許請求の
範囲から明らかになるであろう。
ている。本発明の他の特徴、目的、および利点は、説明および図面、ならびに特許請求の
範囲から明らかになるであろう。
本文書は、がんを有するまたはがんを有すると疑われる哺乳動物を評価するための、お
よび/またはがんを有する哺乳動物を治療するための方法および材料を提供する。例えば
、1つまたは複数の修飾ペプチド(例えば、ペプチド-HLA-b2M複合体などのペプ
チド-HLA複合体に存在するペプチド)を標的とする(例えば、結合する)ことができ
る1つもしくは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を含む1つもしくは複数の
分子を使用して、がんを有するまたはがんを有すると疑われる哺乳動物を評価することが
できる、および/あるいはがん(例えば、1つもしくは複数の修飾ペプチドを発現するが
ん)を有する哺乳動物を治療することができる。場合によっては、1つまたは複数の分子
は、修飾ペプチドに結合することができる1つまたは複数の抗原結合ドメインを含み、こ
れらを使用して、がんを患っているまたはがんを有すると疑われる哺乳動物から得た試料
中の1つまたは複数の修飾ペプチドの有無を検出することができる。場合によっては、修
飾ペプチドに結合することができる1つまたは複数の抗原結合ドメインを含む1つまたは
複数の分子を、がん(例えば、修飾ペプチドを発現するがん)を有する哺乳動物に投与し
、哺乳動物を治療することができる。
よび/またはがんを有する哺乳動物を治療するための方法および材料を提供する。例えば
、1つまたは複数の修飾ペプチド(例えば、ペプチド-HLA-b2M複合体などのペプ
チド-HLA複合体に存在するペプチド)を標的とする(例えば、結合する)ことができ
る1つもしくは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を含む1つもしくは複数の
分子を使用して、がんを有するまたはがんを有すると疑われる哺乳動物を評価することが
できる、および/あるいはがん(例えば、1つもしくは複数の修飾ペプチドを発現するが
ん)を有する哺乳動物を治療することができる。場合によっては、1つまたは複数の分子
は、修飾ペプチドに結合することができる1つまたは複数の抗原結合ドメインを含み、こ
れらを使用して、がんを患っているまたはがんを有すると疑われる哺乳動物から得た試料
中の1つまたは複数の修飾ペプチドの有無を検出することができる。場合によっては、修
飾ペプチドに結合することができる1つまたは複数の抗原結合ドメインを含む1つまたは
複数の分子を、がん(例えば、修飾ペプチドを発現するがん)を有する哺乳動物に投与し
、哺乳動物を治療することができる。
本明細書で使用される場合、修飾ペプチドは、修飾ポリペプチドに由来するペプチドで
ある。修飾ポリペプチドは、任意の適切な修飾ポリペプチド(例えば、発がん性突然変異
などの疾患を引き起こす突然変異を有するポリペプチド)であり得る。修飾ペプチドは、
野生型(wt)ペプチド(例えば、修飾ポリペプチドが由来するwtポリペプチドに由来
するペプチド)に対して1つまたは複数のアミノ酸修飾(例えば、置換)を有し得る。修
飾ペプチドは、変異ペプチドとも呼ばれる。場合によっては、修飾ペプチドは腫瘍抗原で
あり得る。腫瘍抗原の例には、非限定的に、変異関連ネオ抗原(MANA)、腫瘍関連抗
原、および腫瘍特異的抗原が含まれる。修飾ペプチドは、任意の適切な長さであり得る。
場合によっては、修飾ペプチドは、約7アミノ酸~約15アミノ酸(例えば、約8アミノ
酸~約15アミノ酸、約9アミノ酸~約15アミノ酸、約10アミノ酸~約15アミノ酸
、約11アミノ酸~約15アミノ酸、約12アミノ酸~約15アミノ酸、約13アミノ酸
~約15アミノ酸、約7アミノ酸~約14アミノ酸、約7アミノ酸~約13アミノ酸、約
7アミノ酸~約12アミノ酸、約7アミノ酸~約11アミノ酸、約7アミノ酸~約10ア
ミノ酸、約7アミノ酸~約9アミノ酸、または約9アミノ酸~約10アミノ酸)の長さで
あり得る。例えば、修飾ペプチドは、約9アミノ酸の長さであり得る。例えば、修飾ペプ
チドは、約10アミノ酸の長さであり得る。修飾ペプチドは、任意の修飾(例えば、発が
ん性)ポリペプチドに由来し得る。本明細書に記載の修飾ペプチドが由来し得る修飾ポリ
ペプチドの例には、上皮成長因子受容体(EGFR)、イソクエン酸デヒドロゲナーゼ2
(IDH2)、p53、RAS(例えば、KRAS、HRAS、およびNRAS)、なら
びにCTNNBが含まれるが、これらに限定されない。修飾ペプチドには、任意の適切な
修飾が含まれ得る。場合によっては、本明細書に記載の修飾ペプチドは、表1に示す1つ
または複数の修飾(例えば、突然変異)を含み得る。
ある。修飾ポリペプチドは、任意の適切な修飾ポリペプチド(例えば、発がん性突然変異
などの疾患を引き起こす突然変異を有するポリペプチド)であり得る。修飾ペプチドは、
野生型(wt)ペプチド(例えば、修飾ポリペプチドが由来するwtポリペプチドに由来
するペプチド)に対して1つまたは複数のアミノ酸修飾(例えば、置換)を有し得る。修
飾ペプチドは、変異ペプチドとも呼ばれる。場合によっては、修飾ペプチドは腫瘍抗原で
あり得る。腫瘍抗原の例には、非限定的に、変異関連ネオ抗原(MANA)、腫瘍関連抗
原、および腫瘍特異的抗原が含まれる。修飾ペプチドは、任意の適切な長さであり得る。
場合によっては、修飾ペプチドは、約7アミノ酸~約15アミノ酸(例えば、約8アミノ
酸~約15アミノ酸、約9アミノ酸~約15アミノ酸、約10アミノ酸~約15アミノ酸
、約11アミノ酸~約15アミノ酸、約12アミノ酸~約15アミノ酸、約13アミノ酸
~約15アミノ酸、約7アミノ酸~約14アミノ酸、約7アミノ酸~約13アミノ酸、約
7アミノ酸~約12アミノ酸、約7アミノ酸~約11アミノ酸、約7アミノ酸~約10ア
ミノ酸、約7アミノ酸~約9アミノ酸、または約9アミノ酸~約10アミノ酸)の長さで
あり得る。例えば、修飾ペプチドは、約9アミノ酸の長さであり得る。例えば、修飾ペプ
チドは、約10アミノ酸の長さであり得る。修飾ペプチドは、任意の修飾(例えば、発が
ん性)ポリペプチドに由来し得る。本明細書に記載の修飾ペプチドが由来し得る修飾ポリ
ペプチドの例には、上皮成長因子受容体(EGFR)、イソクエン酸デヒドロゲナーゼ2
(IDH2)、p53、RAS(例えば、KRAS、HRAS、およびNRAS)、なら
びにCTNNBが含まれるが、これらに限定されない。修飾ペプチドには、任意の適切な
修飾が含まれ得る。場合によっては、本明細書に記載の修飾ペプチドは、表1に示す1つ
または複数の修飾(例えば、突然変異)を含み得る。
本明細書に記載の修飾ペプチド(例えば、配列番号1、配列番号11、配列番号13、
配列番号15、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号21、配列番号2
2、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号31、および
配列番号32のいずれか1つで示されるアミノ酸配列を含む修飾ペプチド)は、任意の適
切なHLAとの複合体中にあり得る。HLAは、任意の適切なHLA対立遺伝子であり得
る。場合によっては、HLAはクラスI HLA(例えば、HLA-A、HLA-B、H
LA-C)対立遺伝子であり得る。本明細書に記載の修飾ペプチドが複合できるHLA対
立遺伝子の例には、HLA-A1、HLA-A2、HLA-A3、HLA-11、および
HLA-B7が含まれ得るが、これらに限定されない。特定の修飾ペプチドの例示的なH
LA対立遺伝子を表1に示す。例えば、修飾EGFRポリペプチドに由来する修飾ペプチ
ド(例えば、IMQLMPFGC(配列番号13))は、HLA-A2およびb2Mとの
複合体中にあり得る。例えば、修飾IDH2ポリペプチドに由来する修飾ペプチド(例え
ば、SPNGTIQNIL(配列番号1))は、HLA-B7およびb2Mとの複合体中
にあり得る。例えば、修飾p53ポリペプチドに由来する修飾ペプチド(例えば、GMN
QRPILTI(配列番号15)またはGMNWRPILTI 1(配列番号16))は
、HLA-A2およびb2Mとの複合体中にあり得る。例えば、修飾KRASポリペプチ
ドに由来する修飾ペプチド(例えば、LVVVGAVGV(配列番号18)、VVVGA
CGVGK(配列番号20)、VVVGADGVGK(配列番号21)、VVVGAVG
VGK(配列番号22)、およびVVGADGVGK(配列番号24))は、HLA-A
2、HLA-A3、および/またはHLA-A11、およびb2Mとの複合体中にあり得
る。例えば、修飾CTNNBポリペプチドに由来する修飾ペプチド(例えば、TTAPF
LSGK(配列番号26))は、HLA-A3およびb2Mとの複合体中にあり得る。例
えば、修飾KRASポリペプチドに由来する修飾ペプチド(例えば、AVGVGKSAL
(配列番号11))は、HLA-B7およびb2Mとの複合体中にあり得る。例えば、修
飾H/K/N RASポリペプチドに由来する修飾ペプチド(例えば、ILDTAGHE
EY(配列番号28)、ILDTAGKEEY(配列番号30)、ILDTAGLEEY
(配列番号31)、ILDTAGREEY(配列番号32))は、HLA-A1およびb
2Mとの複合体中にあり得る。
配列番号15、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号21、配列番号2
2、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号31、および
配列番号32のいずれか1つで示されるアミノ酸配列を含む修飾ペプチド)は、任意の適
切なHLAとの複合体中にあり得る。HLAは、任意の適切なHLA対立遺伝子であり得
る。場合によっては、HLAはクラスI HLA(例えば、HLA-A、HLA-B、H
LA-C)対立遺伝子であり得る。本明細書に記載の修飾ペプチドが複合できるHLA対
立遺伝子の例には、HLA-A1、HLA-A2、HLA-A3、HLA-11、および
HLA-B7が含まれ得るが、これらに限定されない。特定の修飾ペプチドの例示的なH
LA対立遺伝子を表1に示す。例えば、修飾EGFRポリペプチドに由来する修飾ペプチ
ド(例えば、IMQLMPFGC(配列番号13))は、HLA-A2およびb2Mとの
複合体中にあり得る。例えば、修飾IDH2ポリペプチドに由来する修飾ペプチド(例え
ば、SPNGTIQNIL(配列番号1))は、HLA-B7およびb2Mとの複合体中
にあり得る。例えば、修飾p53ポリペプチドに由来する修飾ペプチド(例えば、GMN
QRPILTI(配列番号15)またはGMNWRPILTI 1(配列番号16))は
、HLA-A2およびb2Mとの複合体中にあり得る。例えば、修飾KRASポリペプチ
ドに由来する修飾ペプチド(例えば、LVVVGAVGV(配列番号18)、VVVGA
CGVGK(配列番号20)、VVVGADGVGK(配列番号21)、VVVGAVG
VGK(配列番号22)、およびVVGADGVGK(配列番号24))は、HLA-A
2、HLA-A3、および/またはHLA-A11、およびb2Mとの複合体中にあり得
る。例えば、修飾CTNNBポリペプチドに由来する修飾ペプチド(例えば、TTAPF
LSGK(配列番号26))は、HLA-A3およびb2Mとの複合体中にあり得る。例
えば、修飾KRASポリペプチドに由来する修飾ペプチド(例えば、AVGVGKSAL
(配列番号11))は、HLA-B7およびb2Mとの複合体中にあり得る。例えば、修
飾H/K/N RASポリペプチドに由来する修飾ペプチド(例えば、ILDTAGHE
EY(配列番号28)、ILDTAGKEEY(配列番号30)、ILDTAGLEEY
(配列番号31)、ILDTAGREEY(配列番号32))は、HLA-A1およびb
2Mとの複合体中にあり得る。
本文書は、本明細書に記載の修飾ペプチド(例えば、配列番号1、配列番号11、配列
番号13、配列番号15、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号21、
配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号3
1、および配列番号32のいずれか1つで示されるアミノ酸配列を含む修飾ペプチド)に
結合することができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を含む分
子を提供する。場合によっては、本明細書に記載の修飾ペプチドに結合することができる
1つまたは複数の抗原結合ドメインを含む分子は、複合体(例えば、ペプチド-HLA-
b2M複合体)に存在しない本明細書に記載の修飾ペプチドを標的としない(例えば、結
合しない)。場合によっては、本明細書に記載の修飾ペプチドに結合することができる1
つまたは複数の抗原結合ドメインを含む分子は、wtペプチド(例えば、修飾ポリペプチ
ドが由来するwtポリペプチドに由来するペプチド)を標的としない(例えば、結合しな
い)。
番号13、配列番号15、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号21、
配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号3
1、および配列番号32のいずれか1つで示されるアミノ酸配列を含む修飾ペプチド)に
結合することができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を含む分
子を提供する。場合によっては、本明細書に記載の修飾ペプチドに結合することができる
1つまたは複数の抗原結合ドメインを含む分子は、複合体(例えば、ペプチド-HLA-
b2M複合体)に存在しない本明細書に記載の修飾ペプチドを標的としない(例えば、結
合しない)。場合によっては、本明細書に記載の修飾ペプチドに結合することができる1
つまたは複数の抗原結合ドメインを含む分子は、wtペプチド(例えば、修飾ポリペプチ
ドが由来するwtポリペプチドに由来するペプチド)を標的としない(例えば、結合しな
い)。
本明細書に記載の修飾ペプチドに結合することができる1つまたは複数の抗原結合ドメ
イン(例えば、scFv)を含む分子は、任意の適切なタイプの分子であり得る。場合に
よっては、分子は一価分子(例えば、単一の抗原結合ドメインを含む)であり得る。場合
によっては、分子は多価分子(例えば、2つ以上の抗原結合ドメインを含み、同時に2つ
以上の抗原を標的とする)であり得る。例えば、二重特異性分子は2つの抗原結合ドメイ
ンを含むことができ、三重特異性分子は3つの抗原結合ドメインを含むことができ、四重
特異性分子は4つの抗原結合ドメインを含むことができる、などである。抗原結合ドメイ
ンを含む分子の例には、抗体、抗体フラグメント、scFv、CAR、T細胞受容体(T
CR)、TCR模倣体、タンデムscFv、二重特異性T細胞エンゲージャー、ダイアボ
ディ、scDb、scFv-Fc、二重特異性抗体、二重親和性再標的化抗体(DART
)、および少なくとも1つの可変重鎖(VH)と少なくとも1つの可変軽鎖(VL)とを
含む任意の他の分子が含まれるが、これらに限定されない。これらの分子のいずれも、本
明細書に記載の材料および方法に従って使用することができる。場合によっては、抗原結
合ドメインはscFvであり得る。例えば、本明細書に記載の修飾ペプチドに結合するこ
とができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、1つまたは複数のscFv)を
含む分子は、CARであり得る。例えば、本明細書に記載の修飾ペプチドに結合すること
ができる2つのscFvを含む分子は、一本鎖ダイアボディ(scDb)であり得る。
イン(例えば、scFv)を含む分子は、任意の適切なタイプの分子であり得る。場合に
よっては、分子は一価分子(例えば、単一の抗原結合ドメインを含む)であり得る。場合
によっては、分子は多価分子(例えば、2つ以上の抗原結合ドメインを含み、同時に2つ
以上の抗原を標的とする)であり得る。例えば、二重特異性分子は2つの抗原結合ドメイ
ンを含むことができ、三重特異性分子は3つの抗原結合ドメインを含むことができ、四重
特異性分子は4つの抗原結合ドメインを含むことができる、などである。抗原結合ドメイ
ンを含む分子の例には、抗体、抗体フラグメント、scFv、CAR、T細胞受容体(T
CR)、TCR模倣体、タンデムscFv、二重特異性T細胞エンゲージャー、ダイアボ
ディ、scDb、scFv-Fc、二重特異性抗体、二重親和性再標的化抗体(DART
)、および少なくとも1つの可変重鎖(VH)と少なくとも1つの可変軽鎖(VL)とを
含む任意の他の分子が含まれるが、これらに限定されない。これらの分子のいずれも、本
明細書に記載の材料および方法に従って使用することができる。場合によっては、抗原結
合ドメインはscFvであり得る。例えば、本明細書に記載の修飾ペプチドに結合するこ
とができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、1つまたは複数のscFv)を
含む分子は、CARであり得る。例えば、本明細書に記載の修飾ペプチドに結合すること
ができる2つのscFvを含む分子は、一本鎖ダイアボディ(scDb)であり得る。
場合によっては、本明細書に記載の修飾ペプチド(例えば、配列番号1、配列番号11
、配列番号13、配列番号15、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号
21、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列
番号31、および配列番号32のいずれか1つで示されるアミノ酸配列を含む修飾ペプチ
ド)に結合することができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、1つまたは複
数のscFv)を含む分子がCARである場合、CARは任意の適切なCARであり得る
。本明細書で提供されるCARは、本明細書に記載の修飾ペプチド、膜貫通ドメイン、お
よび細胞内ドメイン(例えば、共刺激ドメインなどの細胞内シグナル伝達ドメイン)に結
合することができる少なくとも1つの抗原結合ドメインを有する細胞外ドメインを含み得
る。CARは、任意の適切な細胞外ドメインを含み得る。例えば、CARは、配列番号1
、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号16、配列番号18、配列番号
20、配列番号21、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列
番号30、配列番号31、および配列番号32のいずれか1つで示されるアミノ酸配列を
含む修飾ペプチドに結合することができる抗原結合ドメインを有する分子(例えば、sc
Fv)を含み得る。CARは、任意の適切な膜貫通ドメインを含み得る。膜貫通ドメイン
は、任意の適切なポリペプチドに由来し得る。本明細書に記載のCARにおいて使用され
得る膜貫通ドメインの例には、CD4、CD8(例えば、CD8-アルファおよびCD8
-ベータ)、CD28、CD3イプシロン、CD5、CD6、CD9、CD16、CD2
2、CD33、CD37、CD45、CD64、CD80、CD86、CD134、4-
1BB、およびCD154の膜貫通ドメインが含まれるが、これらに限定されない。場合
によっては、本明細書に記載のCARはCD28膜貫通ドメインを含み得る。CARは、
適切な細胞内ドメインを含み得る。細胞内ドメインは、任意の適切なポリペプチドに由来
し得る。細胞内ドメインは、共刺激ドメイン(例えば、単一の共刺激ドメインまたは複数
の共刺激ドメイン)を含み得る。CARが複数の共刺激ドメインを含む場合、CARは同
じタイプの複数の共刺激ドメインまたは異なるタイプの複数の共刺激ドメインを含み得る
。細胞内ドメインは、シグナル伝達ドメインを含み得る。本明細書に記載のCARにおい
て使用され得る細胞内ドメインの例には、CD3(例えばCD3-ゼータ)、CD28、
DAP10、誘導性T細胞共刺激因子(ICOS)、OX40、4-1BB、CD2、C
D4、CD8、CD5、CD22、DAP-12、CD22、およびCD79の細胞内ド
メインが含まれるが、これらに限定されない。CARは、任意の適切な方法を使用して作
製され得る。場合によっては、CARは、ヒンジ配列(例えば、細胞外ドメインと膜貫通
ドメインの間に位置する)も含み得る。場合によっては、CARは、他で説明されるよう
に作製され得る(Curran et al.,2012 J. Gene Med 1
4:405-415;Kershaw et al.,2005 Nature Rev
iews Immunol. 5(12):928-940;Eshhar et al
.,1993 Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 90(
2):720-724;Sadelain et al.,2009 Curr. Op
in. Immunol. 21(2):215-223;WO 2015/14267
5;WO 2015/150526;およびWO 2014/134165を参照)。ま
た、1つまたは複数のCARを発現するCARTも本明細書において提供され、CARは
、本明細書に記載の1つまたは複数の修飾ペプチド(例えば、2つ以上の抗原結合ドメイ
ンを有するCAR)を標的とする(例えば、結合する)ことができる。また、1つまたは
複数のCARを発現するCARTも本明細書において提供され、CARTは、本明細書に
記載の1つまたは複数の修飾ペプチドを標的とする(例えば、結合する)ことができる。
、配列番号13、配列番号15、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号
21、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列
番号31、および配列番号32のいずれか1つで示されるアミノ酸配列を含む修飾ペプチ
ド)に結合することができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、1つまたは複
数のscFv)を含む分子がCARである場合、CARは任意の適切なCARであり得る
。本明細書で提供されるCARは、本明細書に記載の修飾ペプチド、膜貫通ドメイン、お
よび細胞内ドメイン(例えば、共刺激ドメインなどの細胞内シグナル伝達ドメイン)に結
合することができる少なくとも1つの抗原結合ドメインを有する細胞外ドメインを含み得
る。CARは、任意の適切な細胞外ドメインを含み得る。例えば、CARは、配列番号1
、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号16、配列番号18、配列番号
20、配列番号21、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列
番号30、配列番号31、および配列番号32のいずれか1つで示されるアミノ酸配列を
含む修飾ペプチドに結合することができる抗原結合ドメインを有する分子(例えば、sc
Fv)を含み得る。CARは、任意の適切な膜貫通ドメインを含み得る。膜貫通ドメイン
は、任意の適切なポリペプチドに由来し得る。本明細書に記載のCARにおいて使用され
得る膜貫通ドメインの例には、CD4、CD8(例えば、CD8-アルファおよびCD8
-ベータ)、CD28、CD3イプシロン、CD5、CD6、CD9、CD16、CD2
2、CD33、CD37、CD45、CD64、CD80、CD86、CD134、4-
1BB、およびCD154の膜貫通ドメインが含まれるが、これらに限定されない。場合
によっては、本明細書に記載のCARはCD28膜貫通ドメインを含み得る。CARは、
適切な細胞内ドメインを含み得る。細胞内ドメインは、任意の適切なポリペプチドに由来
し得る。細胞内ドメインは、共刺激ドメイン(例えば、単一の共刺激ドメインまたは複数
の共刺激ドメイン)を含み得る。CARが複数の共刺激ドメインを含む場合、CARは同
じタイプの複数の共刺激ドメインまたは異なるタイプの複数の共刺激ドメインを含み得る
。細胞内ドメインは、シグナル伝達ドメインを含み得る。本明細書に記載のCARにおい
て使用され得る細胞内ドメインの例には、CD3(例えばCD3-ゼータ)、CD28、
DAP10、誘導性T細胞共刺激因子(ICOS)、OX40、4-1BB、CD2、C
D4、CD8、CD5、CD22、DAP-12、CD22、およびCD79の細胞内ド
メインが含まれるが、これらに限定されない。CARは、任意の適切な方法を使用して作
製され得る。場合によっては、CARは、ヒンジ配列(例えば、細胞外ドメインと膜貫通
ドメインの間に位置する)も含み得る。場合によっては、CARは、他で説明されるよう
に作製され得る(Curran et al.,2012 J. Gene Med 1
4:405-415;Kershaw et al.,2005 Nature Rev
iews Immunol. 5(12):928-940;Eshhar et al
.,1993 Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 90(
2):720-724;Sadelain et al.,2009 Curr. Op
in. Immunol. 21(2):215-223;WO 2015/14267
5;WO 2015/150526;およびWO 2014/134165を参照)。ま
た、1つまたは複数のCARを発現するCARTも本明細書において提供され、CARは
、本明細書に記載の1つまたは複数の修飾ペプチド(例えば、2つ以上の抗原結合ドメイ
ンを有するCAR)を標的とする(例えば、結合する)ことができる。また、1つまたは
複数のCARを発現するCARTも本明細書において提供され、CARTは、本明細書に
記載の1つまたは複数の修飾ペプチドを標的とする(例えば、結合する)ことができる。
場合によっては、本明細書に記載の修飾ペプチド(例えば、配列番号1、配列番号11
、配列番号13、配列番号15、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号
21、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列
番号31、および配列番号32のいずれか1つで示されるアミノ酸配列を含む修飾ペプチ
ド)に結合することができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を
含む分子が多価分子(例えば、二重特異性分子)である場合、第1抗原結合ドメインは本
明細書に記載の修飾ペプチドに結合することができ、第2抗原結合ドメインはエフェクタ
ー細胞(例えば、エフェクター細胞上に存在する抗原)に結合することができる。エフェ
クター細胞の例には、T細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、ナチュラルキラーT(N
KT)細胞、B細胞、形質細胞、マクロファージ、単球、ミクログリア、樹状細胞、好中
球、線維芽細胞、およびマスト細胞が含まれるが、これらに限定されない。エフェクター
細胞上に存在する抗原の例には、CD3、CD4、CD8、CD28、CD16a、NK
G2D、PD-1、CTLA-4、4-1BB、OX40、ICOS、CD27、および
任意の他のエフェクター細胞表面受容体が含まれるが、これらに限定されない。場合によ
っては、本明細書に記載の分子は、本明細書に記載の修飾ペプチドに結合することができ
る第1抗原結合ドメインと、T細胞に存在する抗原(例えばCD3)に結合することがで
きる第2抗原結合ドメインとを含み得る。場合によっては、CD3に結合することができ
る配列(例えば、scFv配列)は、表4に示される通りであり得る。場合によっては、
CD3に結合することができる配列(例えば、scFv配列)は、他で説明される通りで
あり得る(例えば、Rodrigues et al.,1992 Int J Can
cer Suppl. 7:45-50;Shalaby et al.,1992 J
Exp Med. 175:217-25;Brischwein et al.,2
006 Mol Immunol. 43:1129-43;Li et al.,20
05 Immunology. 116:487-98;WO2012162067;U
S20070065437;US20070065437;US20070065437
;US20070065437;US20070065437;およびUS200700
65437を参照)。場合によっては、本明細書に記載の分子は、本明細書に記載の修飾
ペプチドに結合することができる第1抗原結合ドメインと、NK細胞上に存在する抗原(
例えば、CD16aまたはNKG2D)に結合することができる第2抗原結合ドメインと
を含み得る。修飾ペプチドとエフェクター細胞の両方に結合することにより、多価分子は
、修飾ペプチドを(例えば、HLA複合体の一部として)発現する細胞をエフェクター細
胞に接近させることができ、エフェクター細胞が修飾ペプチドを発現する細胞に作用する
ことを可能する。
、配列番号13、配列番号15、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号
21、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列
番号31、および配列番号32のいずれか1つで示されるアミノ酸配列を含む修飾ペプチ
ド)に結合することができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を
含む分子が多価分子(例えば、二重特異性分子)である場合、第1抗原結合ドメインは本
明細書に記載の修飾ペプチドに結合することができ、第2抗原結合ドメインはエフェクタ
ー細胞(例えば、エフェクター細胞上に存在する抗原)に結合することができる。エフェ
クター細胞の例には、T細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、ナチュラルキラーT(N
KT)細胞、B細胞、形質細胞、マクロファージ、単球、ミクログリア、樹状細胞、好中
球、線維芽細胞、およびマスト細胞が含まれるが、これらに限定されない。エフェクター
細胞上に存在する抗原の例には、CD3、CD4、CD8、CD28、CD16a、NK
G2D、PD-1、CTLA-4、4-1BB、OX40、ICOS、CD27、および
任意の他のエフェクター細胞表面受容体が含まれるが、これらに限定されない。場合によ
っては、本明細書に記載の分子は、本明細書に記載の修飾ペプチドに結合することができ
る第1抗原結合ドメインと、T細胞に存在する抗原(例えばCD3)に結合することがで
きる第2抗原結合ドメインとを含み得る。場合によっては、CD3に結合することができ
る配列(例えば、scFv配列)は、表4に示される通りであり得る。場合によっては、
CD3に結合することができる配列(例えば、scFv配列)は、他で説明される通りで
あり得る(例えば、Rodrigues et al.,1992 Int J Can
cer Suppl. 7:45-50;Shalaby et al.,1992 J
Exp Med. 175:217-25;Brischwein et al.,2
006 Mol Immunol. 43:1129-43;Li et al.,20
05 Immunology. 116:487-98;WO2012162067;U
S20070065437;US20070065437;US20070065437
;US20070065437;US20070065437;およびUS200700
65437を参照)。場合によっては、本明細書に記載の分子は、本明細書に記載の修飾
ペプチドに結合することができる第1抗原結合ドメインと、NK細胞上に存在する抗原(
例えば、CD16aまたはNKG2D)に結合することができる第2抗原結合ドメインと
を含み得る。修飾ペプチドとエフェクター細胞の両方に結合することにより、多価分子は
、修飾ペプチドを(例えば、HLA複合体の一部として)発現する細胞をエフェクター細
胞に接近させることができ、エフェクター細胞が修飾ペプチドを発現する細胞に作用する
ことを可能する。
場合によっては、本明細書に記載の修飾ペプチド(例えば、配列番号1、配列番号11
、配列番号13、配列番号15、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号
21、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列
番号31、および配列番号32のいずれか1つで示されるアミノ酸配列を含む修飾ペプチ
ド)に結合することができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を
含む分子が多価分子(例えば、二重特異性分子)である場合、分子は、少なくとも1つの
VHと少なくとも1つのVLとを含む任意の適切な型であり得る。例えば、VHおよびV
Lは、任意の適切な配向性であり得る。場合によっては、VHはVLのN末端であり得る
。場合によっては、VHはVLのC末端であり得る。場合によっては、リンカーのアミノ
酸配列は、VHとVLとの間に配置され得る。
、配列番号13、配列番号15、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号
21、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列
番号31、および配列番号32のいずれか1つで示されるアミノ酸配列を含む修飾ペプチ
ド)に結合することができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を
含む分子が多価分子(例えば、二重特異性分子)である場合、分子は、少なくとも1つの
VHと少なくとも1つのVLとを含む任意の適切な型であり得る。例えば、VHおよびV
Lは、任意の適切な配向性であり得る。場合によっては、VHはVLのN末端であり得る
。場合によっては、VHはVLのC末端であり得る。場合によっては、リンカーのアミノ
酸配列は、VHとVLとの間に配置され得る。
場合によっては、二重特異性分子がタンデムscFvである場合、タンデムscFvは
任意の適切な配向性であり得る。scFv-AおよびscFv-Bを含むタンデムscF
v配向性の例には、VLA-LL-VHA-SL-VLB-LL-VHB、VLA-LL
-VHA-SL-VHB-LL-VLB、VHA-LL-VLA-SL-VLB-LL-
VHB、VHA-LL-VLA-SL-VHB-LL-VLB、VLB-LL-VHB-
SL-VLA-LL-VHA、VLB-LL-VHB-SL-VHA-LL-VLA、V
HB-LL-VLB-SL-VLA-LL-VHA、およびVHB-LL-VLB-SL
-VHA-LL-VLAが含まれるが、これらに限定されず、ここでSLは短いリンカー
であり、LLは長いリンカーである。短いリンカーは、約3アミノ酸~約10アミノ酸の
長さであり得る。短いリンカーは、任意の適切な組み合わせで任意の適切なアミノ酸(例
えば、グリシンおよびセリン)を含み得る。長いリンカーは、約10アミノ酸~約25ア
ミノ酸の長さであり得る。長いリンカーは、任意の適切な組み合わせで任意の適切なアミ
ノ酸(例えば、グリシンおよびセリン)を含み得る。
任意の適切な配向性であり得る。scFv-AおよびscFv-Bを含むタンデムscF
v配向性の例には、VLA-LL-VHA-SL-VLB-LL-VHB、VLA-LL
-VHA-SL-VHB-LL-VLB、VHA-LL-VLA-SL-VLB-LL-
VHB、VHA-LL-VLA-SL-VHB-LL-VLB、VLB-LL-VHB-
SL-VLA-LL-VHA、VLB-LL-VHB-SL-VHA-LL-VLA、V
HB-LL-VLB-SL-VLA-LL-VHA、およびVHB-LL-VLB-SL
-VHA-LL-VLAが含まれるが、これらに限定されず、ここでSLは短いリンカー
であり、LLは長いリンカーである。短いリンカーは、約3アミノ酸~約10アミノ酸の
長さであり得る。短いリンカーは、任意の適切な組み合わせで任意の適切なアミノ酸(例
えば、グリシンおよびセリン)を含み得る。長いリンカーは、約10アミノ酸~約25ア
ミノ酸の長さであり得る。長いリンカーは、任意の適切な組み合わせで任意の適切なアミ
ノ酸(例えば、グリシンおよびセリン)を含み得る。
場合によっては、二重特異性分子がダイアボディである場合、ダイアボディは任意の適
切な配向性であり得る。scFv-AおよびscFv-Bを含むダイアボディの配向性の
例には、VLA-SL-VHBおよびVLB-SL-VHA、VLA-SL-VLBおよ
びVHB-SL-VHA、VHA-SL-VLBおよびVHB-SL-VLA、VLB-
SL-VHAおよびVLA-SL-VHB、VLB-SL-VLAおよびVHA-SL-
VHB,ならびにVHB-SL-VLAおよびVHA-SL-VLBが含まれるが、これ
らに限定されず、ここでSLは短いリンカーである。短いリンカーは、約3アミノ酸~約
10アミノ酸の長さであり得る。短いリンカーは、任意の適切な組み合わせで任意の適切
なアミノ酸(例えば、グリシンおよびセリン)を含み得る。
切な配向性であり得る。scFv-AおよびscFv-Bを含むダイアボディの配向性の
例には、VLA-SL-VHBおよびVLB-SL-VHA、VLA-SL-VLBおよ
びVHB-SL-VHA、VHA-SL-VLBおよびVHB-SL-VLA、VLB-
SL-VHAおよびVLA-SL-VHB、VLB-SL-VLAおよびVHA-SL-
VHB,ならびにVHB-SL-VLAおよびVHA-SL-VLBが含まれるが、これ
らに限定されず、ここでSLは短いリンカーである。短いリンカーは、約3アミノ酸~約
10アミノ酸の長さであり得る。短いリンカーは、任意の適切な組み合わせで任意の適切
なアミノ酸(例えば、グリシンおよびセリン)を含み得る。
場合によっては、二重特異性分子がscDbである場合、scDbは任意の適切な配向
性であり得る。scFv-AおよびscFv-Bを含むscDbの配向性の例には、VL
A-SL-VHB-LL-VLB-SL-VHA、VHA-SL-VLB-LL-VHB
-SL-VLA、VLA-SL-VLB-LL-VHB-SL-VHA、VHA-SL-
VHB-LL-VLB-SL-VLA、VLB-SL-VHA-LL-VLA-SL-V
HB、VHB-SL-VLA-LL-VHA-SL-VLB、VLB-SL-VLA-L
L-VHA-SL-VHB、およびVHB-SL-VHA-LL-VLA-SL-VLB
が含まれるが、これらに限定されず、ここでSLは短いリンカーであり、LLは長いリン
カーである。短いリンカーは、約3アミノ酸~約10アミノ酸の長さであり得る。短いリ
ンカーは、任意の適切な組み合わせで任意の適切なアミノ酸(例えば、グリシンおよびセ
リン)を含み得る。長いリンカーは、約10アミノ酸~約25アミノ酸の長さであり得る
。長いリンカーは、任意の適切な組み合わせで任意の適切なアミノ酸(例えば、グリシン
およびセリン)を含み得る。
性であり得る。scFv-AおよびscFv-Bを含むscDbの配向性の例には、VL
A-SL-VHB-LL-VLB-SL-VHA、VHA-SL-VLB-LL-VHB
-SL-VLA、VLA-SL-VLB-LL-VHB-SL-VHA、VHA-SL-
VHB-LL-VLB-SL-VLA、VLB-SL-VHA-LL-VLA-SL-V
HB、VHB-SL-VLA-LL-VHA-SL-VLB、VLB-SL-VLA-L
L-VHA-SL-VHB、およびVHB-SL-VHA-LL-VLA-SL-VLB
が含まれるが、これらに限定されず、ここでSLは短いリンカーであり、LLは長いリン
カーである。短いリンカーは、約3アミノ酸~約10アミノ酸の長さであり得る。短いリ
ンカーは、任意の適切な組み合わせで任意の適切なアミノ酸(例えば、グリシンおよびセ
リン)を含み得る。長いリンカーは、約10アミノ酸~約25アミノ酸の長さであり得る
。長いリンカーは、任意の適切な組み合わせで任意の適切なアミノ酸(例えば、グリシン
およびセリン)を含み得る。
場合によっては、二重特異性分子がscFv-Fcである場合、scFv-Fcは任意
の適切な配向性であり得る。scFv-Fc-A、scFv-Fc-B、およびFcドメ
インを含むscFv-Fcの配向性の例には、VLA-LL-VHA-ヒンジ-Fcおよ
びVLB-LL-VHB-ヒンジ-Fc、VHA-LL-VLA-ヒンジ-FcおよびV
HB-LL-VLB-ヒンジ-Fc、VLA-LL-VHA-ヒンジ-FcおよびVHB
-LL-VLB-ヒンジ-Fc、VHA-LL-VLA-ヒンジ-FcおよびVLB-L
L-VHB-ヒンジ-Fcが含まれるが、これらに限定されず、ここでLLは長いリンカ
ーである。長いリンカーは、約10アミノ酸~約25アミノ酸の長さであり得る。長いリ
ンカーは、任意の適切な組み合わせで任意の適切なアミノ酸(例えば、グリシンおよびセ
リン)を含み得る。場合によっては、scFv-FcのFcドメインは1つまたは複数の
修飾を含み、scFv-Fcのヘテロ二量体化を増加させるおよび/またはホモ二量体化
を減少させ得る。場合によっては、scFv-FcのFcドメインはヒンジドメインを除
外し得る。場合によっては、scFv-FcのFcドメインはscFvのN末端であり得
る。
の適切な配向性であり得る。scFv-Fc-A、scFv-Fc-B、およびFcドメ
インを含むscFv-Fcの配向性の例には、VLA-LL-VHA-ヒンジ-Fcおよ
びVLB-LL-VHB-ヒンジ-Fc、VHA-LL-VLA-ヒンジ-FcおよびV
HB-LL-VLB-ヒンジ-Fc、VLA-LL-VHA-ヒンジ-FcおよびVHB
-LL-VLB-ヒンジ-Fc、VHA-LL-VLA-ヒンジ-FcおよびVLB-L
L-VHB-ヒンジ-Fcが含まれるが、これらに限定されず、ここでLLは長いリンカ
ーである。長いリンカーは、約10アミノ酸~約25アミノ酸の長さであり得る。長いリ
ンカーは、任意の適切な組み合わせで任意の適切なアミノ酸(例えば、グリシンおよびセ
リン)を含み得る。場合によっては、scFv-FcのFcドメインは1つまたは複数の
修飾を含み、scFv-Fcのヘテロ二量体化を増加させるおよび/またはホモ二量体化
を減少させ得る。場合によっては、scFv-FcのFcドメインはヒンジドメインを除
外し得る。場合によっては、scFv-FcのFcドメインはscFvのN末端であり得
る。
本明細書に記載の修飾ペプチド(例えば、配列番号1、配列番号11、配列番号13、
配列番号15、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号21、配列番号2
2、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号31、および
配列番号32のいずれか1つで示されるアミノ酸配列を含む修飾ペプチド)に結合するこ
とができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を含む分子は、任意
の適切な相補性決定領域(CDR)を含み得る。例えば、本明細書に記載の修飾ペプチド
に結合することができる1つまたは複数の抗原結合ドメインを含む分子は、3つのVH相
補性決定領域(CDR-VH)有する可変重鎖(VH)と3つのVL CDR(CDR-
VL)を有する可変軽鎖(VL)を含み得る。例えば、修飾EGFRポリペプチドに由来
する修飾ペプチド(例えば、IMQLMPFGC(配列番号13))に結合することがで
きる分子は、以下に示すCDRのそれぞれの1つを含み得る:
CDR-VL1:QDVNTA(配列番号33);
CDR-VL2:SAS;
CDR-VL3:QQYDYAPIT(配列番号34)、QQSPYYYLPIT
(配列番号35)、QQYYYSPVT(配列番号36)、QQHYGNPFT(配列番
号37)、QQSYYSPPT(配列番号38)、QQYYSYPPT(配列番号39)
、QQYYYYPPT(配列番号40);
CDR-VH1:GFNISWYQ(配列番号41)、GFNVSWSY(配列番
号42)、GFNISWNQ(配列番号43)、GFNVGYYG(配列番号44)、G
FNITSSY(配列番号45)、GFNINSSY(配列番号46)、GFNISTS
Y(配列番号47);
CDR-VH2:VTPYSGYT(配列番号48)、IYGDSGYT(配列番
号49)、VSPYSGYT(配列番号50)、VSGMEGYT(配列番号51)、I
SPADGYN(配列番号52)、ISPTDGYY(配列番号53)、IDPNDGY
S(配列番号54);および
CDR-VH3:SRSYTDGFDY(配列番号55)、SRGQWEASYY
AMDY(配列番号56)、SRSDYYAMDY(配列番号57)、SRDIYGYA
MDV(配列番号58)、SRTDSTAYTAMDV(配列番号59)、SRTSDT
SYAAMDV(配列番号60)、SRTNNTAADAMDV(配列番号61)。
配列番号15、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号21、配列番号2
2、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号31、および
配列番号32のいずれか1つで示されるアミノ酸配列を含む修飾ペプチド)に結合するこ
とができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を含む分子は、任意
の適切な相補性決定領域(CDR)を含み得る。例えば、本明細書に記載の修飾ペプチド
に結合することができる1つまたは複数の抗原結合ドメインを含む分子は、3つのVH相
補性決定領域(CDR-VH)有する可変重鎖(VH)と3つのVL CDR(CDR-
VL)を有する可変軽鎖(VL)を含み得る。例えば、修飾EGFRポリペプチドに由来
する修飾ペプチド(例えば、IMQLMPFGC(配列番号13))に結合することがで
きる分子は、以下に示すCDRのそれぞれの1つを含み得る:
CDR-VL1:QDVNTA(配列番号33);
CDR-VL2:SAS;
CDR-VL3:QQYDYAPIT(配列番号34)、QQSPYYYLPIT
(配列番号35)、QQYYYSPVT(配列番号36)、QQHYGNPFT(配列番
号37)、QQSYYSPPT(配列番号38)、QQYYSYPPT(配列番号39)
、QQYYYYPPT(配列番号40);
CDR-VH1:GFNISWYQ(配列番号41)、GFNVSWSY(配列番
号42)、GFNISWNQ(配列番号43)、GFNVGYYG(配列番号44)、G
FNITSSY(配列番号45)、GFNINSSY(配列番号46)、GFNISTS
Y(配列番号47);
CDR-VH2:VTPYSGYT(配列番号48)、IYGDSGYT(配列番
号49)、VSPYSGYT(配列番号50)、VSGMEGYT(配列番号51)、I
SPADGYN(配列番号52)、ISPTDGYY(配列番号53)、IDPNDGY
S(配列番号54);および
CDR-VH3:SRSYTDGFDY(配列番号55)、SRGQWEASYY
AMDY(配列番号56)、SRSDYYAMDY(配列番号57)、SRDIYGYA
MDV(配列番号58)、SRTDSTAYTAMDV(配列番号59)、SRTSDT
SYAAMDV(配列番号60)、SRTNNTAADAMDV(配列番号61)。
例えば、修飾IDH2ポリペプチドに由来する修飾ペプチド(例えば、SPNGTIQ
NIL(配列番号1)に結合することができる分子は、以下に示すCDRのそれぞれの1
つを含み得る:
CDR-VL1:QDVNTA(配列番号33);
CDR-VL2:SAS;
CDR-VL3:QQYSYSPPT(配列番号62)、QQGKAYWPAT(
配列番号63)、QQVYSSPFT(配列番号64)、QQYSLYSPMT(配列番
号65)、QQSYYMPFT(配列番号66);
CDR-VH1:GFNISDTY(配列番号67)、GFNVGHYR(配列番
号68)、GFNVKYYM(配列番号69)、GFNSFLS(配列番号70)、GF
NIFRGY(配列番号71);
CDR-VH2:ISPRTGYN(配列番号72)、VSPNGYYT(配列番
号73)、ISPGYDYT(配列番号74)、IFPSSDYT(配列番号75)、I
SPHSDYT(配列番号76);および
CDR-VH3:SRAYYSYAYAMDV(配列番号77)、SRGYSSY
AFDY(配列番号78)、SRSYWRYSVDV(配列番号79)、SRGKHSS
DSNYYMDY(配列番号80)、SRSYGWAAFDY(配列番号81)
NIL(配列番号1)に結合することができる分子は、以下に示すCDRのそれぞれの1
つを含み得る:
CDR-VL1:QDVNTA(配列番号33);
CDR-VL2:SAS;
CDR-VL3:QQYSYSPPT(配列番号62)、QQGKAYWPAT(
配列番号63)、QQVYSSPFT(配列番号64)、QQYSLYSPMT(配列番
号65)、QQSYYMPFT(配列番号66);
CDR-VH1:GFNISDTY(配列番号67)、GFNVGHYR(配列番
号68)、GFNVKYYM(配列番号69)、GFNSFLS(配列番号70)、GF
NIFRGY(配列番号71);
CDR-VH2:ISPRTGYN(配列番号72)、VSPNGYYT(配列番
号73)、ISPGYDYT(配列番号74)、IFPSSDYT(配列番号75)、I
SPHSDYT(配列番号76);および
CDR-VH3:SRAYYSYAYAMDV(配列番号77)、SRGYSSY
AFDY(配列番号78)、SRSYWRYSVDV(配列番号79)、SRGKHSS
DSNYYMDY(配列番号80)、SRSYGWAAFDY(配列番号81)
例えば、修飾p53ポリペプチドに由来する修飾ペプチド(例えば、GMNQRPIL
TI(配列番号15)およびGMNWRPILTI(配列番号16))に結合することが
できる分子は、以下に示すCDRのそれぞれの1つを含み得る:
CDR-VL1:QDVNTA(配列番号33);
CDR-VL2:SAS;
CDR-VL3:QQSGYAPIT(配列番号82)、QQYSYAPIT(配
列番号83)、QQSLYGPFT(配列番号84)、QQYSYSPIT(配列番号8
5)、QQSGYQPDT(配列番号86)、QQYLYQPWT(配列番号87);
CDR-VH1:GFNISYYS(配列番号89)、GFNIGYYT(配列番
号90)、GFNIAYEY(配列番号91)、GFNLFGYG(配列番号92)、G
FNISWYA(配列番号93)、GFNIDYYG(配列番号94);
CDR-VH2:VDPDSDYT(配列番号96)、VSPWSYST(配列番
号97)、IGPDSGYT(配列番号98)、IGPYYYYT(配列番号99)、I
WPDSDWT(配列番号100)、LYGGSDST(配列番号101);および
CDR-VH3:SRSWIHMFSMDY(配列番号103)、SRDHWDE
AFDV(配列番号104)、SRVWYYSTYGMDY(配列番号105)、SRE
NYDMAMDY(配列番号106)、SRYYYSSAFDV(配列番号107)、S
RQYSAYFDY(配列番号108)。
TI(配列番号15)およびGMNWRPILTI(配列番号16))に結合することが
できる分子は、以下に示すCDRのそれぞれの1つを含み得る:
CDR-VL1:QDVNTA(配列番号33);
CDR-VL2:SAS;
CDR-VL3:QQSGYAPIT(配列番号82)、QQYSYAPIT(配
列番号83)、QQSLYGPFT(配列番号84)、QQYSYSPIT(配列番号8
5)、QQSGYQPDT(配列番号86)、QQYLYQPWT(配列番号87);
CDR-VH1:GFNISYYS(配列番号89)、GFNIGYYT(配列番
号90)、GFNIAYEY(配列番号91)、GFNLFGYG(配列番号92)、G
FNISWYA(配列番号93)、GFNIDYYG(配列番号94);
CDR-VH2:VDPDSDYT(配列番号96)、VSPWSYST(配列番
号97)、IGPDSGYT(配列番号98)、IGPYYYYT(配列番号99)、I
WPDSDWT(配列番号100)、LYGGSDST(配列番号101);および
CDR-VH3:SRSWIHMFSMDY(配列番号103)、SRDHWDE
AFDV(配列番号104)、SRVWYYSTYGMDY(配列番号105)、SRE
NYDMAMDY(配列番号106)、SRYYYSSAFDV(配列番号107)、S
RQYSAYFDY(配列番号108)。
例えば、修飾KRASポリペプチドに由来する修飾ペプチド(例えば、LVVVGAV
GV(配列番号18)、VVVGACGVGK(配列番号20)、VVVGADGVGK
(配列番号21)、VVVGAVGVGK(配列番号22)、およびVVGADGVGK
(配列番号24))に結合することができる分子は、以下に示すCDRのそれぞれの1つ
を含み得る:
CDR-VL1:QDVNTA(配列番号33);
CDR-VL2:SASおよび SAY;
CDR-VL3:QQWYSSPVT(配列番号110),QQYYSRPVT(
配列番号111)、QQSYGSGSPWT(配列番号121)、QQTYYSPWT(
配列番号122)、QQYYYPPIT(配列番号123)、QQSYYYFRPIT(
配列番号132)、QQASYYYPLT(配列番号133)、QQKSEYSPWT(
配列番号134)、QQSGYIPFT(配列番号135)、QQGAYYRPFT(配
列番号136)、QQYMYSPVT(配列番号152)、QQSSSSPIT(配列番
号153)、QQSSASPLT(配列番号154)、QQYAYSPLT(配列番号1
55)、QQYSYYPIT(配列番号168)、QQYSYTPVT(配列番号169
)、QQYSYEPVT(配列番号170)、QQYAYYSPVT(配列番号171)
、QQYEYYPMT(配列番号172)、QQYSFYPFT(配列番号188)、Q
QYSYSPIT(配列番号85)、QQYSAYYQPIT(配列番号189)、QQ
YSYYPIT(配列番号168)、QQYEYVPHT(配列番号190)、QQYS
YMPIT(配列番号191)、QQYAYYPVT(配列番号192)、QQYSYM
PIT(配列番号191)、QQYDYRPVT(配列番号193)、QQYDFTPM
T(配列番号194)、QQYSSSSPVT(配列番号195)、QQSSYTPIT
(配列番号229)、QQYAYYPIT(配列番号230)、QQYEYYPIT(配
列番号231)、QQYTYYPIT(配列番号232)、QQYSYYPIT(配列番
号168)、QQSSVEPWT(配列番号233);
CDR-VH1:GFNINWAN(配列番号112)、GFNIYLHD(配列
番号113)、GFNIYWSH(配列番号114)、GFNIVGGG(配列番号12
4)、GFNIRSYA(配列番号125)、GFNVSHTG(配列番号126)、G
FNLSYSD(配列番号137)、GFNISASG(配列番号138)、GFNIY
RYG(配列番号139)、GFNIYGTM(配列番号140)、GFNISYSY(
配列番号141)、GFNVSAYW(配列番号156)、GFNISGYG(配列番号
157)、GFNVSSVG(配列番号158)、GFNVSSYG(配列番号159)
、GFNFSYGY(配列番号173)、GFNVWGPG(配列番号174)、GFN
VSGSQ(配列番号175)、GFNIYGQM(配列番号176)、GFNVMYS
T(配列番号177)、GFNFGSY(配列番号196)、GFNISDSY(配列番
号197)、GFNIFSDQ(配列番号198)、GFNLSYSY(配列番号199
)、GFNISYGY(配列番号200)、GFNISYQH(配列番号201)、GF
NLSGYY(配列番号202)、GFNVSGQY(配列番号203)、GFNVST
SG(配列番号204)、GFNISYAK(配列番号205)、GFNFSSYV(配
列番号206)、GFNISQGG(配列番号234)、GFNISSTG(配列番号2
35)、GFNFFSTV(配列番号236)、GFNLHGYL(配列番号237)、
GFNLSTHV(配列番号238)、GFNVSYYS(配列番号239);
CDR-VH2:ISPPYDYT(配列番号115)、IIPAIDYT(配列
番号116)、ISSFEGYT(配列番号117)、IYPQGDYT(配列番号12
7)、VGPGKGYT(配列番号128)、VGPGKGYT(配列番号128)、V
MPDSGHT(配列番号142)、IHPLKPYT(配列番号143)、LYPYG
YST(配列番号144)、FKPDSYNT(配列番号145)、LLPYDGNT(
配列番号146)、IYGGSGYT(配列番号160)、LYGGSDYT(配列番号
161)、IYGTSDYT(配列番号162)、IAPRRDYT(配列番号163)
、ISGYTGNT(配列番号178)、IHPFSGNT(配列番号179)、IPG
WSGYT(配列番号180)、LSPFSGNT(配列番号181)、IYSWSDY
T(配列番号182)、ISGYSGNT(配列番号207)、FSPYSSNT(配列
番号208)、FMPYDSYYT(配列番号209)、ISGFSGNT(配列番号2
10)、FHYGSGNT(配列番号211)、FMPYQGST(配列番号212)、
FSPYSGYT(配列番号213)、ISPVSGNT(配列番号214)、IYGA
YSGT(配列番号215)、LTYWGGYT(配列番号216)、VYPDSGGT
(配列番号217)、VYPGGGQT(配列番号240)、LLGGSGNT(配列番
号241)、IYPWSGST(配列番号242)、IYPPNGYT(配列番号243
)、FYPYVGYT(配列番号244)、IYPWNDYT(配列番号245);
およびCDR-VH3:SRSYSYYFDY(配列番号118)、SRRDGYYFD
Y(配列番号119)、SRSYSYYMDY(配列番号120)、SRDSSYLAF
DY(配列番号129)、SRNFQSTSHAFDY(配列番号130)、SRKTY
YAFDY(配列番号131)、SRATNIPVYAFDY(配列番号147)、SR
YSSMYYYYFDY(配列番号148)、SRSYAYGYFAY(配列番号149
)、SRGEVYHYYAFDY(配列番号150)、SRAAYSSMDV(配列番号
151)、SRTHSYWSAFDY(配列番号164)、SRTVRYAFDY(配列
番号165)、SRSSRYSMDY(配列番号166)、SRKSSYYFDY(配列
番号167)、SRAASLSSSYYSAFDV(配列番号183)、SRGYSYS
AMDY(配列番号184)、SRGYSYFAMDY(配列番号185)、SRNIS
YEQSSAFDY(配列番号186)、SRGYAHNSFDY(配列番号187)、
SRSNQSAYSYMDY(配列番号218)、SRSQFTFYQYFDY(配列番
号219)、SRMSVRNAFDY(配列番号220)、SRSDSYYTAMDY(
配列番号221)、SRSNYYYLDY(配列番号222)、SRANIYSSHSF
FDY(配列番号223)、SRTHSSIYHSFDY(配列番号224)、SRPM
KTSYYGAFDY(配列番号225)、SRSQSYTYWSAMDY(配列番号2
26)、SRGEYGTYMDY(配列番号227)、SRTSSYYAFDY(配列番
号228)、SRGYDYSAFDY(配列番号246)、SRGLQYSAMDY(配
列番号247)、SRSRSSNYYFDV(配列番号248)、SRGVDYAYLD
Y(配列番号249)、SRGYRYQYMDV(配列番号250)、SRGSYYSF
DY(配列番号251)。
GV(配列番号18)、VVVGACGVGK(配列番号20)、VVVGADGVGK
(配列番号21)、VVVGAVGVGK(配列番号22)、およびVVGADGVGK
(配列番号24))に結合することができる分子は、以下に示すCDRのそれぞれの1つ
を含み得る:
CDR-VL1:QDVNTA(配列番号33);
CDR-VL2:SASおよび SAY;
CDR-VL3:QQWYSSPVT(配列番号110),QQYYSRPVT(
配列番号111)、QQSYGSGSPWT(配列番号121)、QQTYYSPWT(
配列番号122)、QQYYYPPIT(配列番号123)、QQSYYYFRPIT(
配列番号132)、QQASYYYPLT(配列番号133)、QQKSEYSPWT(
配列番号134)、QQSGYIPFT(配列番号135)、QQGAYYRPFT(配
列番号136)、QQYMYSPVT(配列番号152)、QQSSSSPIT(配列番
号153)、QQSSASPLT(配列番号154)、QQYAYSPLT(配列番号1
55)、QQYSYYPIT(配列番号168)、QQYSYTPVT(配列番号169
)、QQYSYEPVT(配列番号170)、QQYAYYSPVT(配列番号171)
、QQYEYYPMT(配列番号172)、QQYSFYPFT(配列番号188)、Q
QYSYSPIT(配列番号85)、QQYSAYYQPIT(配列番号189)、QQ
YSYYPIT(配列番号168)、QQYEYVPHT(配列番号190)、QQYS
YMPIT(配列番号191)、QQYAYYPVT(配列番号192)、QQYSYM
PIT(配列番号191)、QQYDYRPVT(配列番号193)、QQYDFTPM
T(配列番号194)、QQYSSSSPVT(配列番号195)、QQSSYTPIT
(配列番号229)、QQYAYYPIT(配列番号230)、QQYEYYPIT(配
列番号231)、QQYTYYPIT(配列番号232)、QQYSYYPIT(配列番
号168)、QQSSVEPWT(配列番号233);
CDR-VH1:GFNINWAN(配列番号112)、GFNIYLHD(配列
番号113)、GFNIYWSH(配列番号114)、GFNIVGGG(配列番号12
4)、GFNIRSYA(配列番号125)、GFNVSHTG(配列番号126)、G
FNLSYSD(配列番号137)、GFNISASG(配列番号138)、GFNIY
RYG(配列番号139)、GFNIYGTM(配列番号140)、GFNISYSY(
配列番号141)、GFNVSAYW(配列番号156)、GFNISGYG(配列番号
157)、GFNVSSVG(配列番号158)、GFNVSSYG(配列番号159)
、GFNFSYGY(配列番号173)、GFNVWGPG(配列番号174)、GFN
VSGSQ(配列番号175)、GFNIYGQM(配列番号176)、GFNVMYS
T(配列番号177)、GFNFGSY(配列番号196)、GFNISDSY(配列番
号197)、GFNIFSDQ(配列番号198)、GFNLSYSY(配列番号199
)、GFNISYGY(配列番号200)、GFNISYQH(配列番号201)、GF
NLSGYY(配列番号202)、GFNVSGQY(配列番号203)、GFNVST
SG(配列番号204)、GFNISYAK(配列番号205)、GFNFSSYV(配
列番号206)、GFNISQGG(配列番号234)、GFNISSTG(配列番号2
35)、GFNFFSTV(配列番号236)、GFNLHGYL(配列番号237)、
GFNLSTHV(配列番号238)、GFNVSYYS(配列番号239);
CDR-VH2:ISPPYDYT(配列番号115)、IIPAIDYT(配列
番号116)、ISSFEGYT(配列番号117)、IYPQGDYT(配列番号12
7)、VGPGKGYT(配列番号128)、VGPGKGYT(配列番号128)、V
MPDSGHT(配列番号142)、IHPLKPYT(配列番号143)、LYPYG
YST(配列番号144)、FKPDSYNT(配列番号145)、LLPYDGNT(
配列番号146)、IYGGSGYT(配列番号160)、LYGGSDYT(配列番号
161)、IYGTSDYT(配列番号162)、IAPRRDYT(配列番号163)
、ISGYTGNT(配列番号178)、IHPFSGNT(配列番号179)、IPG
WSGYT(配列番号180)、LSPFSGNT(配列番号181)、IYSWSDY
T(配列番号182)、ISGYSGNT(配列番号207)、FSPYSSNT(配列
番号208)、FMPYDSYYT(配列番号209)、ISGFSGNT(配列番号2
10)、FHYGSGNT(配列番号211)、FMPYQGST(配列番号212)、
FSPYSGYT(配列番号213)、ISPVSGNT(配列番号214)、IYGA
YSGT(配列番号215)、LTYWGGYT(配列番号216)、VYPDSGGT
(配列番号217)、VYPGGGQT(配列番号240)、LLGGSGNT(配列番
号241)、IYPWSGST(配列番号242)、IYPPNGYT(配列番号243
)、FYPYVGYT(配列番号244)、IYPWNDYT(配列番号245);
およびCDR-VH3:SRSYSYYFDY(配列番号118)、SRRDGYYFD
Y(配列番号119)、SRSYSYYMDY(配列番号120)、SRDSSYLAF
DY(配列番号129)、SRNFQSTSHAFDY(配列番号130)、SRKTY
YAFDY(配列番号131)、SRATNIPVYAFDY(配列番号147)、SR
YSSMYYYYFDY(配列番号148)、SRSYAYGYFAY(配列番号149
)、SRGEVYHYYAFDY(配列番号150)、SRAAYSSMDV(配列番号
151)、SRTHSYWSAFDY(配列番号164)、SRTVRYAFDY(配列
番号165)、SRSSRYSMDY(配列番号166)、SRKSSYYFDY(配列
番号167)、SRAASLSSSYYSAFDV(配列番号183)、SRGYSYS
AMDY(配列番号184)、SRGYSYFAMDY(配列番号185)、SRNIS
YEQSSAFDY(配列番号186)、SRGYAHNSFDY(配列番号187)、
SRSNQSAYSYMDY(配列番号218)、SRSQFTFYQYFDY(配列番
号219)、SRMSVRNAFDY(配列番号220)、SRSDSYYTAMDY(
配列番号221)、SRSNYYYLDY(配列番号222)、SRANIYSSHSF
FDY(配列番号223)、SRTHSSIYHSFDY(配列番号224)、SRPM
KTSYYGAFDY(配列番号225)、SRSQSYTYWSAMDY(配列番号2
26)、SRGEYGTYMDY(配列番号227)、SRTSSYYAFDY(配列番
号228)、SRGYDYSAFDY(配列番号246)、SRGLQYSAMDY(配
列番号247)、SRSRSSNYYFDV(配列番号248)、SRGVDYAYLD
Y(配列番号249)、SRGYRYQYMDV(配列番号250)、SRGSYYSF
DY(配列番号251)。
例えば、修飾CTNNBポリペプチドに由来する修飾ペプチド(例えば、TTAPFL
SGK(配列番号26))に結合することができる分子は、以下に示すCDRのそれぞれ
の1つを含み得る:
CDR-VL1:QDVNTA(配列番号33);
CDR-VL2:SASおよび SAY;
CDR-VL3:QQSYYSPPT(配列番号38)、QQIYTSPIT(配
列番号252)、QQRAYFPIT(配列番号253)、QQQYAYTPIT(配列
番号254)、QQIHYKPLT(配列番号255);
CDR-VH1:GFNINNTY(配列番号256)、GFNFITTG(配列
番号257)、GFNFSDYG(配列番号258)、GFNVWSYG(配列番号25
9)、GFNVAWYS(配列番号260);
CDR-VH2:IYPTDGYT(配列番号260)、IGPGSDYT(配列
番号261)、LIPASGYT(配列番号262)、VTPDGSYT(配列番号26
3)、VYGGSSYT(配列番号264);および
CDR-VH3:SRTYYSYYSAMDV(配列番号265)、SRYYYA
SALDY(配列番号266)、SRGWSYYMDY(配列番号267)、SRSYG
WAMDY(配列番号268)、SRDFYSSGMDY(配列番号269)。
SGK(配列番号26))に結合することができる分子は、以下に示すCDRのそれぞれ
の1つを含み得る:
CDR-VL1:QDVNTA(配列番号33);
CDR-VL2:SASおよび SAY;
CDR-VL3:QQSYYSPPT(配列番号38)、QQIYTSPIT(配
列番号252)、QQRAYFPIT(配列番号253)、QQQYAYTPIT(配列
番号254)、QQIHYKPLT(配列番号255);
CDR-VH1:GFNINNTY(配列番号256)、GFNFITTG(配列
番号257)、GFNFSDYG(配列番号258)、GFNVWSYG(配列番号25
9)、GFNVAWYS(配列番号260);
CDR-VH2:IYPTDGYT(配列番号260)、IGPGSDYT(配列
番号261)、LIPASGYT(配列番号262)、VTPDGSYT(配列番号26
3)、VYGGSSYT(配列番号264);および
CDR-VH3:SRTYYSYYSAMDV(配列番号265)、SRYYYA
SALDY(配列番号266)、SRGWSYYMDY(配列番号267)、SRSYG
WAMDY(配列番号268)、SRDFYSSGMDY(配列番号269)。
例えば、修飾KRASポリペプチドに由来する修飾ペプチド(例えば、AVGVGKS
AL(配列番号11))に結合することができる分子は、以下に示すCDRのそれぞれの
1つを含み得る:
CDR-VL1:QDVNTA(配列番号33);
CDR-VL2:SAS;
CDR-VL3:QQEWRLPIT(配列番号270)、QQGTSTPFT(
配列番号271)、QQSWRYPMT(配列番号272)、QQSYSYPVT(配列
番号273)、QQGWLYSPFT(配列番号274);
CDR-VH1:GFNVYGNQ,(配列番号275)、GFNLSYYG(配
列番号402)、GFNISRYG(配列番号276)、GFNIYSSW(配列番号2
77)、GFNISGYG(配列番号157);
CDR-VH2:IYPYSGST(配列番号278)、IYPDSGYT(配列
番号279)、FYPSSSYT(配列番号280)、FQPYSGYT(配列番号28
1)、VYGGSGYT(配列番号282);および
CDR-VH3:SRSAYVAYSYFDY(配列番号283)、SRAYLY
YYLAY(配列番号284)、SRKYYEAMDY(配列番号285)、SREYT
YYFDY(配列番号286)、SRAHSSYYVDY(配列番号287)。
AL(配列番号11))に結合することができる分子は、以下に示すCDRのそれぞれの
1つを含み得る:
CDR-VL1:QDVNTA(配列番号33);
CDR-VL2:SAS;
CDR-VL3:QQEWRLPIT(配列番号270)、QQGTSTPFT(
配列番号271)、QQSWRYPMT(配列番号272)、QQSYSYPVT(配列
番号273)、QQGWLYSPFT(配列番号274);
CDR-VH1:GFNVYGNQ,(配列番号275)、GFNLSYYG(配
列番号402)、GFNISRYG(配列番号276)、GFNIYSSW(配列番号2
77)、GFNISGYG(配列番号157);
CDR-VH2:IYPYSGST(配列番号278)、IYPDSGYT(配列
番号279)、FYPSSSYT(配列番号280)、FQPYSGYT(配列番号28
1)、VYGGSGYT(配列番号282);および
CDR-VH3:SRSAYVAYSYFDY(配列番号283)、SRAYLY
YYLAY(配列番号284)、SRKYYEAMDY(配列番号285)、SREYT
YYFDY(配列番号286)、SRAHSSYYVDY(配列番号287)。
例えば、修飾H/K/N RASポリペプチドに由来する修飾ペプチド(例えば、IL
DTAGHEEY(配列番号28)、ILDTAGKEEY(配列番号30)、ILDT
AGLEEY(配列番号31)、ILDTAGREEY(配列番号32))に結合するこ
とができる分子は、以下に示すCDRのそれぞれの1つを含み得る:
CDR-VL1:QDVNTA(配列番号33);
CDR-VL2:SAS;
CDR-VL3:QQHYYSPVT(配列番号292)、QQYAYAPFT(
配列番号296)、QQAHMIPIT(配列番号300)、QQSVYDPIT(配列
番号301)、QQSYTSPLT(配列番号302)、QQGQYSPFT(配列番号
303)、QQYWYLPTT(配列番号320);
CDR-VH1:GFNIGYYG(配列番号289)、GFNIFYQD(配列
番号293)、GFNVSYSM(配列番号297)、GFNFSFPG(配列番号30
5)、GFNISGSW(配列番号306)、GFNIYYGV,(配列番号307)、
GFNVSYEY(配列番号308)、GFNISWYD(配列番号321);
CDR-VH2:VYPGGGYT(配列番号290)、IYPDYDYT(配列
番号294)、VWGDGGVT(配列番号298)、FVGYDGYT(配列番号31
0)、LYPDSDYT(配列番号311)、IYPDSSWT(配列番号312)、I
YGGSDNT(配列番号313)、IEPSVGYT(配列番号322);および
CDR-VH3:SRYYYYGFDY(配列番号291)、SRTYSVYMD
Y(配列番号295)、SRGSYYAFDY(配列番号299)、SRDYYSFSM
DY(配列番号316)、SRAHTYAFDY(配列番号317)、SRDQDFHY
MNYYLSYALDY(配列番号318)、SRPLGSYFDY(配列番号319)
、SRSYPYYYFDY(配列番号323)。
DTAGHEEY(配列番号28)、ILDTAGKEEY(配列番号30)、ILDT
AGLEEY(配列番号31)、ILDTAGREEY(配列番号32))に結合するこ
とができる分子は、以下に示すCDRのそれぞれの1つを含み得る:
CDR-VL1:QDVNTA(配列番号33);
CDR-VL2:SAS;
CDR-VL3:QQHYYSPVT(配列番号292)、QQYAYAPFT(
配列番号296)、QQAHMIPIT(配列番号300)、QQSVYDPIT(配列
番号301)、QQSYTSPLT(配列番号302)、QQGQYSPFT(配列番号
303)、QQYWYLPTT(配列番号320);
CDR-VH1:GFNIGYYG(配列番号289)、GFNIFYQD(配列
番号293)、GFNVSYSM(配列番号297)、GFNFSFPG(配列番号30
5)、GFNISGSW(配列番号306)、GFNIYYGV,(配列番号307)、
GFNVSYEY(配列番号308)、GFNISWYD(配列番号321);
CDR-VH2:VYPGGGYT(配列番号290)、IYPDYDYT(配列
番号294)、VWGDGGVT(配列番号298)、FVGYDGYT(配列番号31
0)、LYPDSDYT(配列番号311)、IYPDSSWT(配列番号312)、I
YGGSDNT(配列番号313)、IEPSVGYT(配列番号322);および
CDR-VH3:SRYYYYGFDY(配列番号291)、SRTYSVYMD
Y(配列番号295)、SRGSYYAFDY(配列番号299)、SRDYYSFSM
DY(配列番号316)、SRAHTYAFDY(配列番号317)、SRDQDFHY
MNYYLSYALDY(配列番号318)、SRPLGSYFDY(配列番号319)
、SRSYPYYYFDY(配列番号323)。
特定の修飾ペプチドに結合することができるCDRの例(例えば、CDR-VL1、C
DR-VL2、CDR-VL3、CDR-VH1、CDR-VH2、およびCDR-VH
3の特定の組み合わせ)を、表2に示す。場合によっては、本明細書に記載の修飾ペプチ
ド(例えば、配列番号1、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号16、
配列番号18、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号24、配列番号2
6、配列番号28、配列番号30、配列番号31、および配列番号32のいずれか1つで
示されるアミノ酸配列を含む修飾ペプチド)に結合することができる1つまたは複数の抗
原結合ドメイン(例えば、scFv)を含む分子は、CDR配列の任意の適切なセット(
例えば、本明細書に記載のCDR配列セットのいずれか)を含み得る。
DR-VL2、CDR-VL3、CDR-VH1、CDR-VH2、およびCDR-VH
3の特定の組み合わせ)を、表2に示す。場合によっては、本明細書に記載の修飾ペプチ
ド(例えば、配列番号1、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号16、
配列番号18、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号24、配列番号2
6、配列番号28、配列番号30、配列番号31、および配列番号32のいずれか1つで
示されるアミノ酸配列を含む修飾ペプチド)に結合することができる1つまたは複数の抗
原結合ドメイン(例えば、scFv)を含む分子は、CDR配列の任意の適切なセット(
例えば、本明細書に記載のCDR配列セットのいずれか)を含み得る。
本明細書に記載の修飾ペプチド(例えば、配列番号1、配列番号11、配列番号13、
配列番号15、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号21、配列番号2
2、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号31、および
配列番号32のいずれか1つで示されるアミノ酸配列を含む修飾ペプチド)に結合するこ
とができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を含む分子は、任意
の適切な配列を含み得る。例えば、修飾EGFRポリペプチドに由来する修飾ペプチド(
例えば、IMQLMPFGC(配列番号13))に結合することができる分子は、配列番
号324、配列番号325、配列番号326、配列番号327、配列番号328、配列番
号329、および配列番号330のいずれか1つで示されるscFv配列を含み得るが、
これらに限定されない。例えば、修飾IDH2ポリペプチドに由来する修飾ペプチド(例
えば、SPNGTIQNIL(配列番号1))に結合することができる分子は、配列番号
3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、および配列番号8のいずれか1つで示される
scFv配列を含み得るが、これらに限定されない。例えば、修飾p53ポリペプチドに
由来する修飾ペプチド(例えば、GMNQRPILTI(配列番号15)およびGMNW
RPILTI 1(配列番号16))に結合することができる分子は、配列番号331、
配列番号332、配列番号333、配列番号334、配列番号335、配列番号336、
および配列番号337のいずれか1つで示されるscFv配列を含み得るが、これらに限
定されない。例えば、修飾KRASポリペプチドに由来する修飾ペプチド(例えばLVV
VGAVGV(配列番号18)、VVVGACGVGK(配列番号20)、VVVGAD
GVGK(配列番号21)、VVVGAVGVGK(配列番号22)、およびVVGAD
GVGK(配列番号24))に結合することができる分子は、配列番号338、配列番号
339、配列番号340、配列番号341、配列番号342、配列番号343、配列番号
344、配列番号345、配列番号346、配列番号347、配列番号348、配列番号
349、配列番号350、配列番号351、配列番号352、配列番号353、配列番号
354、配列番号355、配列番号356、配列番号357、配列番号358、配列番号
359、配列番号360、配列番号361、配列番号362、配列番号363、配列番号
364、配列番号365、配列番号366、配列番号367、配列番号368、配列番号
369、配列番号370、配列番号371、配列番号372、配列番号373、および配
列番号374のいずれか1つで示されるscFv配列を含み得るが、これらに限定されな
い。例えば、修飾CTNNBポリペプチドに由来する修飾ペプチド(例えば、TTAPF
LSGK(配列番号26))に結合することができる分子は、配列番号375、配列番号
376、配列番号377、配列番号378、配列番号379のいずれか1つで示されるs
cFv配列を含み得るが、これらに限定されない。例えば、修飾KRASポリペプチドに
由来する修飾ペプチド(例えば、AVGVGKSAL(配列番号11))に結合すること
ができる分子は、配列番号380、配列番号390、配列番号391、配列番号392、
および配列番号393のいずれか1つで示されるscFv配列を含み得るが、これらに限
定されない。例えば、修飾H/K/N RASポリペプチドに由来する修飾ペプチド(例
えば、ILDTAGHEEY(配列番号28)、ILDTAGKEEY(配列番号30)
、ILDTAGLEEY(配列番号31)、ILDTAGREEY(配列番号32))に
結合することができる分子は、配列番号394、配列番号395、配列番号396、配列
番号397、配列番号398、配列番号399、および配列番号400のいずれか1つで
示されるscFv配列が含まれるが、これらに限定されない。特定の修飾ペプチドに結合
することができる配列(例えば、scFv配列)の例を、表3に示す。場合によっては、
本明細書に記載の修飾ペプチド(例えば、配列番号1、配列番号11、配列番号13、配
列番号15、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号21、配列番号22
、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号31、および配
列番号32のいずれか1つで示されるアミノ酸配列を含む修飾ペプチド)に結合すること
ができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を含む分子は、表3に
示す配列から逸脱する配列を有する場合があり、変異配列と呼ばれることもある。例えば
、本明細書に記載の修飾ペプチドに結合することができる1つまたは複数の抗原結合ドメ
インを含む分子は、少なくとも75%の配列同一性(例えば、少なくとも80%の配列同
一性、少なくとも85%の配列同一性、少なくとも90%の配列同一性、少なくとも95
%の配列同一性、少なくとも96%の配列同一性、少なくとも97%の配列同一性、少な
くとも98%の配列同一性、少なくとも99%の配列同一性、またはそれ以上)を表3に
示す配列のいずれかに対して、変異配列が本明細書に記載の修飾ペプチドに結合する能力
を維持する限り、有し得る。場合によっては、本明細書に記載の修飾ペプチドに結合する
ことができる1つまたは複数の抗原結合ドメインを含む分子は、本明細書に記載のCDR
配列の任意の適切なセットを含むことができ、表3に示す配列からの任意の配列の逸脱は
、足場配列内(単数または複数)にあり得る。
配列番号15、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号21、配列番号2
2、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号31、および
配列番号32のいずれか1つで示されるアミノ酸配列を含む修飾ペプチド)に結合するこ
とができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を含む分子は、任意
の適切な配列を含み得る。例えば、修飾EGFRポリペプチドに由来する修飾ペプチド(
例えば、IMQLMPFGC(配列番号13))に結合することができる分子は、配列番
号324、配列番号325、配列番号326、配列番号327、配列番号328、配列番
号329、および配列番号330のいずれか1つで示されるscFv配列を含み得るが、
これらに限定されない。例えば、修飾IDH2ポリペプチドに由来する修飾ペプチド(例
えば、SPNGTIQNIL(配列番号1))に結合することができる分子は、配列番号
3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、および配列番号8のいずれか1つで示される
scFv配列を含み得るが、これらに限定されない。例えば、修飾p53ポリペプチドに
由来する修飾ペプチド(例えば、GMNQRPILTI(配列番号15)およびGMNW
RPILTI 1(配列番号16))に結合することができる分子は、配列番号331、
配列番号332、配列番号333、配列番号334、配列番号335、配列番号336、
および配列番号337のいずれか1つで示されるscFv配列を含み得るが、これらに限
定されない。例えば、修飾KRASポリペプチドに由来する修飾ペプチド(例えばLVV
VGAVGV(配列番号18)、VVVGACGVGK(配列番号20)、VVVGAD
GVGK(配列番号21)、VVVGAVGVGK(配列番号22)、およびVVGAD
GVGK(配列番号24))に結合することができる分子は、配列番号338、配列番号
339、配列番号340、配列番号341、配列番号342、配列番号343、配列番号
344、配列番号345、配列番号346、配列番号347、配列番号348、配列番号
349、配列番号350、配列番号351、配列番号352、配列番号353、配列番号
354、配列番号355、配列番号356、配列番号357、配列番号358、配列番号
359、配列番号360、配列番号361、配列番号362、配列番号363、配列番号
364、配列番号365、配列番号366、配列番号367、配列番号368、配列番号
369、配列番号370、配列番号371、配列番号372、配列番号373、および配
列番号374のいずれか1つで示されるscFv配列を含み得るが、これらに限定されな
い。例えば、修飾CTNNBポリペプチドに由来する修飾ペプチド(例えば、TTAPF
LSGK(配列番号26))に結合することができる分子は、配列番号375、配列番号
376、配列番号377、配列番号378、配列番号379のいずれか1つで示されるs
cFv配列を含み得るが、これらに限定されない。例えば、修飾KRASポリペプチドに
由来する修飾ペプチド(例えば、AVGVGKSAL(配列番号11))に結合すること
ができる分子は、配列番号380、配列番号390、配列番号391、配列番号392、
および配列番号393のいずれか1つで示されるscFv配列を含み得るが、これらに限
定されない。例えば、修飾H/K/N RASポリペプチドに由来する修飾ペプチド(例
えば、ILDTAGHEEY(配列番号28)、ILDTAGKEEY(配列番号30)
、ILDTAGLEEY(配列番号31)、ILDTAGREEY(配列番号32))に
結合することができる分子は、配列番号394、配列番号395、配列番号396、配列
番号397、配列番号398、配列番号399、および配列番号400のいずれか1つで
示されるscFv配列が含まれるが、これらに限定されない。特定の修飾ペプチドに結合
することができる配列(例えば、scFv配列)の例を、表3に示す。場合によっては、
本明細書に記載の修飾ペプチド(例えば、配列番号1、配列番号11、配列番号13、配
列番号15、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号21、配列番号22
、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号31、および配
列番号32のいずれか1つで示されるアミノ酸配列を含む修飾ペプチド)に結合すること
ができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を含む分子は、表3に
示す配列から逸脱する配列を有する場合があり、変異配列と呼ばれることもある。例えば
、本明細書に記載の修飾ペプチドに結合することができる1つまたは複数の抗原結合ドメ
インを含む分子は、少なくとも75%の配列同一性(例えば、少なくとも80%の配列同
一性、少なくとも85%の配列同一性、少なくとも90%の配列同一性、少なくとも95
%の配列同一性、少なくとも96%の配列同一性、少なくとも97%の配列同一性、少な
くとも98%の配列同一性、少なくとも99%の配列同一性、またはそれ以上)を表3に
示す配列のいずれかに対して、変異配列が本明細書に記載の修飾ペプチドに結合する能力
を維持する限り、有し得る。場合によっては、本明細書に記載の修飾ペプチドに結合する
ことができる1つまたは複数の抗原結合ドメインを含む分子は、本明細書に記載のCDR
配列の任意の適切なセットを含むことができ、表3に示す配列からの任意の配列の逸脱は
、足場配列内(単数または複数)にあり得る。
本明細書に記載の修飾ペプチド(例えば、配列番号1、配列番号11、配列番号13、
配列番号15、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号21、配列番号2
2、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号31、および
配列番号32のいずれか1つで示されるアミノ酸配列を含む修飾ペプチド)に結合するこ
とができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を含む分子は、標識
(例えば、検出可能な標識)に結合(例えば、共有結合または非共有結合)され得る。検
出可能な標識は、任意の適切な標識である。場合によっては、標識を使用して、本明細書
に記載の1つまたは複数の修飾ペプチドの有無を検出することを補助することができる。
例えば、標識された本明細書に記載の分子をin vitroで使用し、哺乳動物から得
た試料中のがん細胞(例えば、本明細書に記載の修飾ペプチドを発現するがん細胞)を検
出することができる。場合によっては、標識(例えば、検出可能な標識)を使用し、本明
細書に記載の1つまたは複数の修飾ペプチドの位置の決定を補助することができる。例え
ば、標識された本明細書に記載の分子をin vivoで使用し、抗腫瘍療法をモニター
し、および/または哺乳動物のがん細胞(例えば、本明細書に記載の修飾ペプチドを発現
するがん細胞)を検出することができる。本明細書に記載の分子に結合させることができ
る標識の例には、放射性核種、発色団、酵素、および蛍光分子(例えば、緑色蛍光タンパ
ク質)が含まれるが、これらに限定されない。
配列番号15、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号21、配列番号2
2、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号31、および
配列番号32のいずれか1つで示されるアミノ酸配列を含む修飾ペプチド)に結合するこ
とができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を含む分子は、標識
(例えば、検出可能な標識)に結合(例えば、共有結合または非共有結合)され得る。検
出可能な標識は、任意の適切な標識である。場合によっては、標識を使用して、本明細書
に記載の1つまたは複数の修飾ペプチドの有無を検出することを補助することができる。
例えば、標識された本明細書に記載の分子をin vitroで使用し、哺乳動物から得
た試料中のがん細胞(例えば、本明細書に記載の修飾ペプチドを発現するがん細胞)を検
出することができる。場合によっては、標識(例えば、検出可能な標識)を使用し、本明
細書に記載の1つまたは複数の修飾ペプチドの位置の決定を補助することができる。例え
ば、標識された本明細書に記載の分子をin vivoで使用し、抗腫瘍療法をモニター
し、および/または哺乳動物のがん細胞(例えば、本明細書に記載の修飾ペプチドを発現
するがん細胞)を検出することができる。本明細書に記載の分子に結合させることができ
る標識の例には、放射性核種、発色団、酵素、および蛍光分子(例えば、緑色蛍光タンパ
ク質)が含まれるが、これらに限定されない。
本明細書に記載の修飾ペプチド(例えば、配列番号1、配列番号11、配列番号13、
配列番号15、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号21、配列番号2
2、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号31、および
配列番号32のいずれか1つで示されるアミノ酸配列を含む修飾ペプチド)に結合するこ
とができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を含む分子は、治療
薬に結合(例えば、共有結合または非共有結合)され得る。治療薬は、任意の治療薬であ
り得る。場合によっては、治療薬は抗がん剤であり得る。本明細書に記載の分子に結合さ
せることができる治療薬の例には、モノメチルアウリスタチンE(MMAE)、モノメチ
ルアウリスタチンF(MMAF)、メイタンシン、メルタンシン/エムタンシン(DM1
)、ラブタンシン/ソラブタンシン(DM4)、SN-38、カリケアマイシン、D6.
5、二量体ピロロベンゾジアゼピン(PBD)、リシン、シュードモナス外毒素A、ジフ
テリア毒素、およびゲロニンなどの抗がん剤が含まれるが、これらに限定されない。
配列番号15、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号21、配列番号2
2、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号31、および
配列番号32のいずれか1つで示されるアミノ酸配列を含む修飾ペプチド)に結合するこ
とができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を含む分子は、治療
薬に結合(例えば、共有結合または非共有結合)され得る。治療薬は、任意の治療薬であ
り得る。場合によっては、治療薬は抗がん剤であり得る。本明細書に記載の分子に結合さ
せることができる治療薬の例には、モノメチルアウリスタチンE(MMAE)、モノメチ
ルアウリスタチンF(MMAF)、メイタンシン、メルタンシン/エムタンシン(DM1
)、ラブタンシン/ソラブタンシン(DM4)、SN-38、カリケアマイシン、D6.
5、二量体ピロロベンゾジアゼピン(PBD)、リシン、シュードモナス外毒素A、ジフ
テリア毒素、およびゲロニンなどの抗がん剤が含まれるが、これらに限定されない。
本文書は、本明細書に記載の修飾ペプチド(例えば、配列番号1、配列番号11、配列
番号13、配列番号15、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号21、
配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号3
1、および配列番号32のいずれか1つで示されるアミノ酸配列を含む修飾ペプチド)に
結合することができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を含む1
つまたは複数の分子を使用する方法も提供する。例えば、1つもしくは複数の修飾ペプチ
ドを標的とする(例えば、結合する)ことができる1つもしくは複数の抗原結合ドメイン
(例えば、scFv)を含む1つもしくは複数の分子を使用して、がんを有するまたはが
んを有すると疑われる哺乳動物を評価することができる、および/あるいはがん(例えば
、1つもしくは複数の修飾ペプチドを発現するがん)を有する哺乳動物を治療することが
できる。場合によっては、1つまたは複数の分子は、修飾ペプチドに結合することができ
る1つまたは複数の抗原結合ドメインを含み、これらを使用して、がんを患っているまた
はがんを有すると疑われる哺乳動物から得た試料中の1つまたは複数の修飾ペプチドの有
無を検出することができる。場合によっては、修飾ペプチドに結合することができる1つ
または複数の抗原結合ドメインを含む1つまたは複数の分子を、がん(例えば、修飾ペプ
チドを発現するがん)を有する哺乳動物に投与し、哺乳動物を治療することができる。本
明細書に記載の修飾ペプチドに結合することができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン
を含む1つまたは複数の分子の、がんを有する哺乳動物(例えば、ヒト)への投与は、哺
乳動物の治療に有効であり得る。
番号13、配列番号15、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号21、
配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号3
1、および配列番号32のいずれか1つで示されるアミノ酸配列を含む修飾ペプチド)に
結合することができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を含む1
つまたは複数の分子を使用する方法も提供する。例えば、1つもしくは複数の修飾ペプチ
ドを標的とする(例えば、結合する)ことができる1つもしくは複数の抗原結合ドメイン
(例えば、scFv)を含む1つもしくは複数の分子を使用して、がんを有するまたはが
んを有すると疑われる哺乳動物を評価することができる、および/あるいはがん(例えば
、1つもしくは複数の修飾ペプチドを発現するがん)を有する哺乳動物を治療することが
できる。場合によっては、1つまたは複数の分子は、修飾ペプチドに結合することができ
る1つまたは複数の抗原結合ドメインを含み、これらを使用して、がんを患っているまた
はがんを有すると疑われる哺乳動物から得た試料中の1つまたは複数の修飾ペプチドの有
無を検出することができる。場合によっては、修飾ペプチドに結合することができる1つ
または複数の抗原結合ドメインを含む1つまたは複数の分子を、がん(例えば、修飾ペプ
チドを発現するがん)を有する哺乳動物に投与し、哺乳動物を治療することができる。本
明細書に記載の修飾ペプチドに結合することができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン
を含む1つまたは複数の分子の、がんを有する哺乳動物(例えば、ヒト)への投与は、哺
乳動物の治療に有効であり得る。
本明細書に記載されるように、任意のタイプの哺乳動物を評価および/または治療する
ことができる。本明細書に記載のように評価および/または治療され得る哺乳動物の例に
は、霊長類(例えば、ヒトおよびチンパンジー、ヒヒ、またはサルなどの非ヒト霊長類)
、イヌ、ネコ、ブタ、ヒツジ、ウサギ、マウス、およびラットが含まれるが、これらに限
定されない。場合によっては、哺乳動物はヒトであり得る。
ことができる。本明細書に記載のように評価および/または治療され得る哺乳動物の例に
は、霊長類(例えば、ヒトおよびチンパンジー、ヒヒ、またはサルなどの非ヒト霊長類)
、イヌ、ネコ、ブタ、ヒツジ、ウサギ、マウス、およびラットが含まれるが、これらに限
定されない。場合によっては、哺乳動物はヒトであり得る。
哺乳動物を、適切ながんについて評価および/または治療することができる。場合によ
っては、がんは、本明細書に記載の1つまたは複数の修飾ペプチド(例えば、1つまたは
複数のMANA)を発現し得る。がんは原発性がんであり得る。がんは転移性がんであり
得る。がんは、1つまたは複数の固形腫瘍を含み得る。がんは、1つまたは複数の非固形
腫瘍を含み得る。本明細書に記載のように(例えば、本明細書に記載の1つまたは複数の
修飾ペプチドの存在に少なくとも部分的に基づいて)評価および/または本明細書に記載
のように(例えば、本明細書に記載の修飾ペプチドに結合することができる1つまたは複
数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を含む1つまたは複数の分子を投与すること
により)治療され得るがんの例には、血液がん(例えば、ホジキンリンパ腫、非ホジキン
リンパ腫、急性骨髄性白血病(AML)などの白血病、および骨髄腫)、肺がん、膵臓が
ん、胃がん、結腸がん(例えば、大腸がん)、卵巣がん、子宮内膜がん、胆道がん、肝臓
がん、骨および軟部組織がん、乳がん、前立腺がん、食道がん、胃がん、腎臓がん、頭頸
部がん、脳腫瘍(例えば、多形性膠芽腫および星状細胞腫)が含まれるが、これらに限定
されない。
っては、がんは、本明細書に記載の1つまたは複数の修飾ペプチド(例えば、1つまたは
複数のMANA)を発現し得る。がんは原発性がんであり得る。がんは転移性がんであり
得る。がんは、1つまたは複数の固形腫瘍を含み得る。がんは、1つまたは複数の非固形
腫瘍を含み得る。本明細書に記載のように(例えば、本明細書に記載の1つまたは複数の
修飾ペプチドの存在に少なくとも部分的に基づいて)評価および/または本明細書に記載
のように(例えば、本明細書に記載の修飾ペプチドに結合することができる1つまたは複
数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を含む1つまたは複数の分子を投与すること
により)治療され得るがんの例には、血液がん(例えば、ホジキンリンパ腫、非ホジキン
リンパ腫、急性骨髄性白血病(AML)などの白血病、および骨髄腫)、肺がん、膵臓が
ん、胃がん、結腸がん(例えば、大腸がん)、卵巣がん、子宮内膜がん、胆道がん、肝臓
がん、骨および軟部組織がん、乳がん、前立腺がん、食道がん、胃がん、腎臓がん、頭頸
部がん、脳腫瘍(例えば、多形性膠芽腫および星状細胞腫)が含まれるが、これらに限定
されない。
がんを有するまたはがんを有すると疑われる哺乳動物を評価する場合、本明細書に記載
の修飾ペプチド(例えば、配列番号1、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配
列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号24
、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号31、および配列番号32のい
ずれか1つで示されるアミノ酸配列を含む修飾ペプチド)に結合することができる1つま
たは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を含む1つまたは複数の分子を使用し
て、本明細書に記載の1つまたは複数の修飾ペプチドの有無を評価することができる。例
えば、ヒトから得た試料中の本明細書に記載の1つまたは複数の修飾ペプチドの有無、ま
たはレベルを使用して、ヒトががんを有するかどうかを判定することができる。場合によ
っては、哺乳動物から得た試料中の本明細書に記載の1つまたは複数の修飾ペプチドの存
在を使用して、哺乳動物ががんを有すると特定することができる。例えば、哺乳動物は、
哺乳動物から得た試料が本明細書に記載の1つまたは複数の修飾ペプチドを有した場合、
がんを有すると特定され得る。
の修飾ペプチド(例えば、配列番号1、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配
列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号24
、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号31、および配列番号32のい
ずれか1つで示されるアミノ酸配列を含む修飾ペプチド)に結合することができる1つま
たは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を含む1つまたは複数の分子を使用し
て、本明細書に記載の1つまたは複数の修飾ペプチドの有無を評価することができる。例
えば、ヒトから得た試料中の本明細書に記載の1つまたは複数の修飾ペプチドの有無、ま
たはレベルを使用して、ヒトががんを有するかどうかを判定することができる。場合によ
っては、哺乳動物から得た試料中の本明細書に記載の1つまたは複数の修飾ペプチドの存
在を使用して、哺乳動物ががんを有すると特定することができる。例えば、哺乳動物は、
哺乳動物から得た試料が本明細書に記載の1つまたは複数の修飾ペプチドを有した場合、
がんを有すると特定され得る。
哺乳動物から得た任意の適切な試料は、本明細書に記載の1つまたは複数の修飾ペプチ
ドの有無、またはレベルについて評価され得る。例えば、組織試料(例えば、乳房組織)
、および体液試料(例えば、血液、血清、血漿、または尿)などの生体試料は、哺乳動物
から得られ、本明細書に記載の1つまたは複数の修飾ペプチドの有無、またはレベルにつ
いて評価され得る。任意の適切な方法を使用して、本明細書に記載の1つまたは複数の修
飾ペプチドの有無、またはレベルを検出することができる。例えば、サンガーシークエン
シング、化学シークエンシング、ナノポアシークエンシング、ライゲーションによるシー
クエンシング(SOLiDシークエンシング)、質量分析を使用したシークエンシングが
含まれるが、これらに限定されないシークエンシング技術を使用して、哺乳動物から得た
試料中の本明細書に記載の1つまたは複数の修飾ペプチドの有無、またはレベルを判断で
きる。
ドの有無、またはレベルについて評価され得る。例えば、組織試料(例えば、乳房組織)
、および体液試料(例えば、血液、血清、血漿、または尿)などの生体試料は、哺乳動物
から得られ、本明細書に記載の1つまたは複数の修飾ペプチドの有無、またはレベルにつ
いて評価され得る。任意の適切な方法を使用して、本明細書に記載の1つまたは複数の修
飾ペプチドの有無、またはレベルを検出することができる。例えば、サンガーシークエン
シング、化学シークエンシング、ナノポアシークエンシング、ライゲーションによるシー
クエンシング(SOLiDシークエンシング)、質量分析を使用したシークエンシングが
含まれるが、これらに限定されないシークエンシング技術を使用して、哺乳動物から得た
試料中の本明細書に記載の1つまたは複数の修飾ペプチドの有無、またはレベルを判断で
きる。
がんを有する哺乳動物を治療する場合、本明細書に記載の修飾ペプチド(例えば、配列
番号1、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号16、配列番号18、配
列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28
、配列番号30、配列番号31、および配列番号32のいずれか1つで示されるアミノ酸
配列を含む修飾ペプチド)に結合することができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(
例えば、scFv)を含む1つまたは複数の分子を、がんを有する哺乳動物に投与し、哺
乳動物を治療することができる。場合によっては、哺乳動物は、本明細書に記載の1つま
たは複数の修飾ペプチドを発現するがんを有し得る。例えば、本明細書に記載の修飾ペプ
チドに結合することができる1つまたは複数の抗原結合ドメインを含む1つまたは複数の
分子を、その修飾ペプチドを発現するがんを有する哺乳動物に投与し、哺乳動物を治療す
ることができる。例えば、本明細書に記載の修飾ペプチド(例えば、1つまたは複数のC
ARおよび/または1つまたは複数のscDb)に結合することができる1つまたは複数
のscFvを含む1つまたは複数の分子を、その修飾ペプチドを発現するがんを有する哺
乳動物に投与し、哺乳動物を治療することができる。
番号1、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号16、配列番号18、配
列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28
、配列番号30、配列番号31、および配列番号32のいずれか1つで示されるアミノ酸
配列を含む修飾ペプチド)に結合することができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(
例えば、scFv)を含む1つまたは複数の分子を、がんを有する哺乳動物に投与し、哺
乳動物を治療することができる。場合によっては、哺乳動物は、本明細書に記載の1つま
たは複数の修飾ペプチドを発現するがんを有し得る。例えば、本明細書に記載の修飾ペプ
チドに結合することができる1つまたは複数の抗原結合ドメインを含む1つまたは複数の
分子を、その修飾ペプチドを発現するがんを有する哺乳動物に投与し、哺乳動物を治療す
ることができる。例えば、本明細書に記載の修飾ペプチド(例えば、1つまたは複数のC
ARおよび/または1つまたは複数のscDb)に結合することができる1つまたは複数
のscFvを含む1つまたは複数の分子を、その修飾ペプチドを発現するがんを有する哺
乳動物に投与し、哺乳動物を治療することができる。
場合によっては、本明細書に記載の修飾ペプチド(例えば、配列番号1、配列番号11
、配列番号13、配列番号15、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号
21、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列
番号31、および配列番号32のいずれか1つで示されるアミノ酸配列を含む修飾ペプチ
ド)に結合することができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を
含む1つまたは複数の分子は、哺乳動物(例えば、がんを有する哺乳動物)に、数日~数
週間にわたる期間に1回または複数回投与され得る。場合によっては、本明細書に記載の
修飾ペプチドに結合することができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、sc
Fv)を含む1つまたは複数の分子は、哺乳動物への投与用の薬学的に許容される組成物
に製剤化され得る。例えば、本明細書に記載の修飾ペプチドに結合することができる1つ
または複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を含む1つまたは複数の分子の有効
量は、1つまたは複数の薬学的に許容される担体(添加剤)および/あるいは希釈剤とと
もに製剤化され得る。医薬組成物は、限定されないが、滅菌溶液、懸濁液、徐放性製剤、
錠剤、カプセル、丸薬、粉末、および顆粒を含む固体または液体形態での投与用に製剤化
され得る。本明細書に記載の医薬組成物において使用され得る薬学的に許容される担体、
充填剤、および溶媒には、イオン交換体、アルミナ、ステアリン酸アルミニウム、レシチ
ン、血清タンパク質、例えばヒト血清アルブミン、緩衝物質、例えばリン酸塩、グリシン
、ソルビン酸、ソルビン酸カリウム、飽和植物性脂肪酸の部分グリセリド混合物、水、塩
または電解質、例えば硫酸プロタミン、リン酸水素二ナトリウム、リン酸水素カリウム、
塩化ナトリウム、亜鉛塩、コロイドシリカ、三ケイ酸マグネシウム、ポリビニルピロリド
ン、セルロースベースの物質、ポリエチレングリコール、ナトリウムカルボキシメチルセ
ルロース、ポリアクリレート、ワックス、ポリエチレン-ポリオキシプロピレンブロック
ポリマー、ポリエチレングリコールおよび羊毛脂が含まれるが、これらに限定されない。
、配列番号13、配列番号15、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号
21、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列
番号31、および配列番号32のいずれか1つで示されるアミノ酸配列を含む修飾ペプチ
ド)に結合することができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を
含む1つまたは複数の分子は、哺乳動物(例えば、がんを有する哺乳動物)に、数日~数
週間にわたる期間に1回または複数回投与され得る。場合によっては、本明細書に記載の
修飾ペプチドに結合することができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、sc
Fv)を含む1つまたは複数の分子は、哺乳動物への投与用の薬学的に許容される組成物
に製剤化され得る。例えば、本明細書に記載の修飾ペプチドに結合することができる1つ
または複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を含む1つまたは複数の分子の有効
量は、1つまたは複数の薬学的に許容される担体(添加剤)および/あるいは希釈剤とと
もに製剤化され得る。医薬組成物は、限定されないが、滅菌溶液、懸濁液、徐放性製剤、
錠剤、カプセル、丸薬、粉末、および顆粒を含む固体または液体形態での投与用に製剤化
され得る。本明細書に記載の医薬組成物において使用され得る薬学的に許容される担体、
充填剤、および溶媒には、イオン交換体、アルミナ、ステアリン酸アルミニウム、レシチ
ン、血清タンパク質、例えばヒト血清アルブミン、緩衝物質、例えばリン酸塩、グリシン
、ソルビン酸、ソルビン酸カリウム、飽和植物性脂肪酸の部分グリセリド混合物、水、塩
または電解質、例えば硫酸プロタミン、リン酸水素二ナトリウム、リン酸水素カリウム、
塩化ナトリウム、亜鉛塩、コロイドシリカ、三ケイ酸マグネシウム、ポリビニルピロリド
ン、セルロースベースの物質、ポリエチレングリコール、ナトリウムカルボキシメチルセ
ルロース、ポリアクリレート、ワックス、ポリエチレン-ポリオキシプロピレンブロック
ポリマー、ポリエチレングリコールおよび羊毛脂が含まれるが、これらに限定されない。
本明細書に記載の修飾ペプチド(例えば、配列番号1、配列番号11、配列番号13、
配列番号15、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号21、配列番号2
2、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号31、および
配列番号32のいずれか1つで示されるアミノ酸配列を含む修飾ペプチド)に結合するこ
とができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を含む1つまたは複
数の分子を含む組成物は、経口、非経口(皮下、筋肉内、静脈内、および皮内を含む)、
または腫瘍内投与用に設計され得る。非経口投与に適した組成物には、抗酸化剤、緩衝剤
、静菌剤、および製剤を対象レシピエントの血液と等張にする溶質を含み得る水性および
非水性滅菌注射液が含まれる。製剤は、単位用量または複数用量の容器、例えば、密閉ア
ンプルおよびバイアルで提供され得、使用直前に注射用の滅菌液体担体、例えば、水を追
加するだけでよい凍結乾燥(凍結乾燥)状態で保存され得る。滅菌粉末、顆粒、および錠
剤から即時注射溶液および懸濁液を調製してもよい。
配列番号15、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号21、配列番号2
2、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号31、および
配列番号32のいずれか1つで示されるアミノ酸配列を含む修飾ペプチド)に結合するこ
とができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を含む1つまたは複
数の分子を含む組成物は、経口、非経口(皮下、筋肉内、静脈内、および皮内を含む)、
または腫瘍内投与用に設計され得る。非経口投与に適した組成物には、抗酸化剤、緩衝剤
、静菌剤、および製剤を対象レシピエントの血液と等張にする溶質を含み得る水性および
非水性滅菌注射液が含まれる。製剤は、単位用量または複数用量の容器、例えば、密閉ア
ンプルおよびバイアルで提供され得、使用直前に注射用の滅菌液体担体、例えば、水を追
加するだけでよい凍結乾燥(凍結乾燥)状態で保存され得る。滅菌粉末、顆粒、および錠
剤から即時注射溶液および懸濁液を調製してもよい。
本明細書に記載の修飾ペプチド(例えば、配列番号1、配列番号11、配列番号13、
配列番号15、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号21、配列番号2
2、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号31、および
配列番号32のいずれか1つで示されるアミノ酸配列を含む修飾ペプチド)に結合するこ
とができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を含む1つまたは複
数の分子を含む組成物は、任意の適切な技術を使用して、任意の適切な場所に投与され得
る。本明細書に記載の修飾ペプチドに結合することができる1つまたは複数の抗原結合ド
メイン(例えば、scFv)を含む1つまたは複数の分子を含む組成物は、局所(例えば
、腫瘍内)または全身投与され得る。例えば、本明細書で提供される組成物は、腫瘍内投
与(例えば、腫瘍への注射)により、または腫瘍が浸潤した生物学的空間への投与(例え
ば、脊髄内投与、小脳内投与、腹腔内投与および/または胸膜投与)により局所投与され
得る。例えば、本明細書で提供される組成物は、哺乳動物(例えば、ヒト)への経口投与
または静脈内投与(例えば、注射または注入)により全身投与され得る。
配列番号15、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号21、配列番号2
2、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号31、および
配列番号32のいずれか1つで示されるアミノ酸配列を含む修飾ペプチド)に結合するこ
とができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を含む1つまたは複
数の分子を含む組成物は、任意の適切な技術を使用して、任意の適切な場所に投与され得
る。本明細書に記載の修飾ペプチドに結合することができる1つまたは複数の抗原結合ド
メイン(例えば、scFv)を含む1つまたは複数の分子を含む組成物は、局所(例えば
、腫瘍内)または全身投与され得る。例えば、本明細書で提供される組成物は、腫瘍内投
与(例えば、腫瘍への注射)により、または腫瘍が浸潤した生物学的空間への投与(例え
ば、脊髄内投与、小脳内投与、腹腔内投与および/または胸膜投与)により局所投与され
得る。例えば、本明細書で提供される組成物は、哺乳動物(例えば、ヒト)への経口投与
または静脈内投与(例えば、注射または注入)により全身投与され得る。
有効用量は、がんのリスクおよび/または重症度、投与経路、被験体の年齢および一般
的な健康状態、賦形剤の使用、他の薬剤の使用などの他の治療的処置との併用の可能性、
ならびに治療する医師の判断に応じて異なり得る。本明細書に記載の修飾ペプチド(例え
ば、配列番号1、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号16、配列番号
18、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列
番号28、配列番号30、配列番号31、および配列番号32のいずれか1つで示される
アミノ酸配列を含む修飾ペプチド)に結合することができる1つまたは複数の抗原結合ド
メイン(例えば、scFv)を含む1つまたは複数の分子を含む組成物の有効量は、被験
体に重大な毒性を生じることなく被験体内に存在するがんを治療する任意の量であり得る
。特定の被験体が特定の量に応答しない場合、本明細書に記載の修飾ペプチドに結合する
ことができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を含む1つまたは
複数の分子の量を(例えば2倍、3倍、4倍、またはそれ以上に)増やすことができる。
このより多くの量を投与された後、哺乳動物は、治療に対する反応性と毒性症状の両方に
ついてモニターされ、それに応じて調整が行われ得る。有効量は、一定に維持することも
、治療に対する被験体の応答に応じて、スライディングスケールまたは可変用量として調
整することもできる。特定の投与に使用される実際の有効量には、さまざまな要因が影響
する。例えば、投与頻度、治療期間、複数の治療薬剤の使用、投与経路、および症状(例
えば、がん)の重症度により、投与される実際の有効量の増加または減少が必要とされる
場合がある。
的な健康状態、賦形剤の使用、他の薬剤の使用などの他の治療的処置との併用の可能性、
ならびに治療する医師の判断に応じて異なり得る。本明細書に記載の修飾ペプチド(例え
ば、配列番号1、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番号16、配列番号
18、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列
番号28、配列番号30、配列番号31、および配列番号32のいずれか1つで示される
アミノ酸配列を含む修飾ペプチド)に結合することができる1つまたは複数の抗原結合ド
メイン(例えば、scFv)を含む1つまたは複数の分子を含む組成物の有効量は、被験
体に重大な毒性を生じることなく被験体内に存在するがんを治療する任意の量であり得る
。特定の被験体が特定の量に応答しない場合、本明細書に記載の修飾ペプチドに結合する
ことができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を含む1つまたは
複数の分子の量を(例えば2倍、3倍、4倍、またはそれ以上に)増やすことができる。
このより多くの量を投与された後、哺乳動物は、治療に対する反応性と毒性症状の両方に
ついてモニターされ、それに応じて調整が行われ得る。有効量は、一定に維持することも
、治療に対する被験体の応答に応じて、スライディングスケールまたは可変用量として調
整することもできる。特定の投与に使用される実際の有効量には、さまざまな要因が影響
する。例えば、投与頻度、治療期間、複数の治療薬剤の使用、投与経路、および症状(例
えば、がん)の重症度により、投与される実際の有効量の増加または減少が必要とされる
場合がある。
本明細書に記載の修飾ペプチド(例えば、配列番号1、配列番号11、配列番号13、
配列番号15、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号21、配列番号2
2、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号31、および
配列番号32のいずれか1つで示されるアミノ酸配列を含む修飾ペプチド)に結合するこ
とができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を含む1つまたは複
数の分子の投与頻度は、哺乳動物に重大な毒性を生じることなくがんを有する哺乳動物を
効果的に治療する任意の頻度であり得る。例えば、本明細書に記載の修飾ペプチドに結合
することができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を含む1つま
たは複数の分子の投与頻度は、週に約2~約3回から年に約2~約3回であり得る。場合
によっては、がんを有する被験体は、本明細書に記載の1つまたは複数の抗体の単回投与
を受けることができる。本明細書に記載の修飾ペプチドに結合することができる1つまた
は複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を含む1つまたは複数の分子の投与頻度
は、一定のままであっても、治療期間中に変更してもよい。本明細書に記載の修飾ペプチ
ドに結合することができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を含
む1つまたは複数の分子を含む組成物での治療過程は、休薬期間を含み得る。例えば、本
明細書に記載の修飾ペプチドに結合することができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン
(例えば、scFv)を含む1つまたは複数の分子を含む組成物を、2年の期間にわたっ
て1か月おきに投与し、その後6か月の休薬期間を設けることができ、そのようなレジメ
ンを複数回繰り返すことができる。有効量と同様に、さまざまな要因が、特定の投与に使
用される実際の投与頻度に影響を与え得る。例えば、有効量、治療期間、複数の治療薬剤
の使用、投与経路、および症状(例えば、がん)の重症度により、投与頻度の増加または
減少が必要とされる場合がある。
配列番号15、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号21、配列番号2
2、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号31、および
配列番号32のいずれか1つで示されるアミノ酸配列を含む修飾ペプチド)に結合するこ
とができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を含む1つまたは複
数の分子の投与頻度は、哺乳動物に重大な毒性を生じることなくがんを有する哺乳動物を
効果的に治療する任意の頻度であり得る。例えば、本明細書に記載の修飾ペプチドに結合
することができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を含む1つま
たは複数の分子の投与頻度は、週に約2~約3回から年に約2~約3回であり得る。場合
によっては、がんを有する被験体は、本明細書に記載の1つまたは複数の抗体の単回投与
を受けることができる。本明細書に記載の修飾ペプチドに結合することができる1つまた
は複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を含む1つまたは複数の分子の投与頻度
は、一定のままであっても、治療期間中に変更してもよい。本明細書に記載の修飾ペプチ
ドに結合することができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を含
む1つまたは複数の分子を含む組成物での治療過程は、休薬期間を含み得る。例えば、本
明細書に記載の修飾ペプチドに結合することができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン
(例えば、scFv)を含む1つまたは複数の分子を含む組成物を、2年の期間にわたっ
て1か月おきに投与し、その後6か月の休薬期間を設けることができ、そのようなレジメ
ンを複数回繰り返すことができる。有効量と同様に、さまざまな要因が、特定の投与に使
用される実際の投与頻度に影響を与え得る。例えば、有効量、治療期間、複数の治療薬剤
の使用、投与経路、および症状(例えば、がん)の重症度により、投与頻度の増加または
減少が必要とされる場合がある。
本明細書に記載の修飾ペプチド(例えば、配列番号1、配列番号11、配列番号13、
配列番号15、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号21、配列番号2
2、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号31、および
配列番号32のいずれか1つで示されるアミノ酸配列を含む修飾ペプチド)に結合するこ
とができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を含む1つまたは複
数の分子を含む組成物を投与するための有効期間は、哺乳動物に重大な毒性を生じること
なく哺乳動物内に存在するがんを効果的に治療する任意の期間であり得る。場合によって
は、有効期間は、数か月~数年までさまざまである。一般的に、がんを有する哺乳動物を
治療するための有効期間は、約1または2ヶ月~5年以上の期間に及び得る。特定の治療
に使用される実際の有効期間には、複数の要因が影響し得る。例えば、有効期間は、投与
頻度、有効量、複数の治療薬剤の使用、投与経路、および治療中の症状の重症度によって
異なる場合がある。
配列番号15、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号21、配列番号2
2、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号31、および
配列番号32のいずれか1つで示されるアミノ酸配列を含む修飾ペプチド)に結合するこ
とができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を含む1つまたは複
数の分子を含む組成物を投与するための有効期間は、哺乳動物に重大な毒性を生じること
なく哺乳動物内に存在するがんを効果的に治療する任意の期間であり得る。場合によって
は、有効期間は、数か月~数年までさまざまである。一般的に、がんを有する哺乳動物を
治療するための有効期間は、約1または2ヶ月~5年以上の期間に及び得る。特定の治療
に使用される実際の有効期間には、複数の要因が影響し得る。例えば、有効期間は、投与
頻度、有効量、複数の治療薬剤の使用、投与経路、および治療中の症状の重症度によって
異なる場合がある。
特定の例では、哺乳動物内のがんをモニターして、がん治療の有効性を評価することが
できる。任意の適切な方法を使用して、がんを有する哺乳動物を治療するかどうかを決定
することができる。例えば、イメージング技術または実験室アッセイを使用して、がん細
胞数および/または哺乳動物内に存在する腫瘍のサイズを評価することができる。例えば
、イメージング技術または実験室アッセイを使用して、哺乳動物内に存在するがん細胞お
よび/または腫瘍の位置を評価することができる。
できる。任意の適切な方法を使用して、がんを有する哺乳動物を治療するかどうかを決定
することができる。例えば、イメージング技術または実験室アッセイを使用して、がん細
胞数および/または哺乳動物内に存在する腫瘍のサイズを評価することができる。例えば
、イメージング技術または実験室アッセイを使用して、哺乳動物内に存在するがん細胞お
よび/または腫瘍の位置を評価することができる。
場合によっては、本明細書に記載の修飾ペプチド(例えば、配列番号1、配列番号11
、配列番号13、配列番号15、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号
21、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列
番号31、および配列番号32のいずれか1つで示されるアミノ酸配列を含む修飾ペプチ
ド)に結合することができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を
含む1つまたは複数の分子は、がんを有する哺乳動物に、1つまたは複数の追加のがん治
療(例えば、抗がん剤)との併用治療として投与され得る。がん治療には、任意の適切な
がん治療が含まれ得る。場合によっては、がん治療には手術が含まれ得る。場合によって
は、がん治療には放射線療法が含まれ得る。場合によっては、がん治療には、1つまたは
複数の治療薬剤(例えば、1つまたは複数の抗がん剤)の投与が含まれ得る。抗がん剤の
例には、白金化合物(例えば、シスプラチンまたはカルボプラチン)、タキサン(例えば
、パクリタキセル、ドセタキセル、またはnab-パクリタキセルなどのアルブミン結合
パクリタキセル)、アルトレタミン、カペシタビン、シクロホスファミド、エトポシド(
vp-16)、ゲムシタビン、イホスファミド、イリノテカン(cpt-11)、リポソ
ームドキソルビシン、メルファラン、ペメトレキセド、トポテカン、ビノレルビン、黄体
形成ホルモン放出ホルモン(LHRH)アゴニスト(例えば、ゴセレリンおよびリュープ
ロリド)、抗エストロゲン(例えば、タモキシフェン)、アロマターゼ阻害剤(例えば、
レトロゾール、アナストロゾール、エキセメスタン)、血管新生阻害剤(例えば、ベバシ
ズマブ)、ポリ(ADP)リボースポリメラーゼ(PARP)阻害剤(例えば、オラパリ
ブ、ルカパリブ、およびニラパリブ)、放射性リン、抗CTLA-4抗体、抗PD-1抗
体、抗PD-L1抗体、IL-2および他のサイトカイン、ならびにそれらの任意の組み
合わせが含まれるが、これらに限定されない。本明細書に記載の修飾ペプチドに結合する
ことができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を含む1つまたは
複数の分子が、1つまたは複数の追加のがん治療と組み合わせて使用される場合、1つま
たは複数の追加のがん治療は同時にまたは独立して投与され得る。例えば、本明細書に記
載の修飾ペプチドに結合することができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、
scFv)を含む1つまたは複数の分子を含む組成物を最初に投与し、1つまたは複数の
追加のがん治療を次に投与することができ、またはその逆も可能である。
、配列番号13、配列番号15、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号
21、配列番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列
番号31、および配列番号32のいずれか1つで示されるアミノ酸配列を含む修飾ペプチ
ド)に結合することができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を
含む1つまたは複数の分子は、がんを有する哺乳動物に、1つまたは複数の追加のがん治
療(例えば、抗がん剤)との併用治療として投与され得る。がん治療には、任意の適切な
がん治療が含まれ得る。場合によっては、がん治療には手術が含まれ得る。場合によって
は、がん治療には放射線療法が含まれ得る。場合によっては、がん治療には、1つまたは
複数の治療薬剤(例えば、1つまたは複数の抗がん剤)の投与が含まれ得る。抗がん剤の
例には、白金化合物(例えば、シスプラチンまたはカルボプラチン)、タキサン(例えば
、パクリタキセル、ドセタキセル、またはnab-パクリタキセルなどのアルブミン結合
パクリタキセル)、アルトレタミン、カペシタビン、シクロホスファミド、エトポシド(
vp-16)、ゲムシタビン、イホスファミド、イリノテカン(cpt-11)、リポソ
ームドキソルビシン、メルファラン、ペメトレキセド、トポテカン、ビノレルビン、黄体
形成ホルモン放出ホルモン(LHRH)アゴニスト(例えば、ゴセレリンおよびリュープ
ロリド)、抗エストロゲン(例えば、タモキシフェン)、アロマターゼ阻害剤(例えば、
レトロゾール、アナストロゾール、エキセメスタン)、血管新生阻害剤(例えば、ベバシ
ズマブ)、ポリ(ADP)リボースポリメラーゼ(PARP)阻害剤(例えば、オラパリ
ブ、ルカパリブ、およびニラパリブ)、放射性リン、抗CTLA-4抗体、抗PD-1抗
体、抗PD-L1抗体、IL-2および他のサイトカイン、ならびにそれらの任意の組み
合わせが含まれるが、これらに限定されない。本明細書に記載の修飾ペプチドに結合する
ことができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を含む1つまたは
複数の分子が、1つまたは複数の追加のがん治療と組み合わせて使用される場合、1つま
たは複数の追加のがん治療は同時にまたは独立して投与され得る。例えば、本明細書に記
載の修飾ペプチドに結合することができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、
scFv)を含む1つまたは複数の分子を含む組成物を最初に投与し、1つまたは複数の
追加のがん治療を次に投与することができ、またはその逆も可能である。
また、本明細書に記載の修飾ペプチド(例えば、配列番号1、配列番号11、配列番号
13、配列番号15、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号21、配列
番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号31、
および配列番号32のいずれか1つで示されるアミノ酸配列を含む修飾ペプチド)に結合
することができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を含む1つま
たは複数の分子を含むキットも、本明細書で提供される。例えば、キットは、本明細書に
記載の修飾ペプチドに結合することができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば
、scFv)を含む1つまたは複数の分子を含む組成物(例えば、薬学的に許容される組
成物)を含み得る。場合によっては、キットには、本明細書に記載の方法のいずれかを実
行するための指示書が含まれ得る。場合によっては、キットは、本明細書に記載の組成物
(例えば、医薬組成物)のいずれかの少なくとも1用量を含み得る。場合によっては、キ
ットは、本明細書に記載の組成物(例えば、医薬組成物)のいずれかを投与するための手
段(例えば、注射器)を提供し得る。
13、配列番号15、配列番号16、配列番号18、配列番号20、配列番号21、配列
番号22、配列番号24、配列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号31、
および配列番号32のいずれか1つで示されるアミノ酸配列を含む修飾ペプチド)に結合
することができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば、scFv)を含む1つま
たは複数の分子を含むキットも、本明細書で提供される。例えば、キットは、本明細書に
記載の修飾ペプチドに結合することができる1つまたは複数の抗原結合ドメイン(例えば
、scFv)を含む1つまたは複数の分子を含む組成物(例えば、薬学的に許容される組
成物)を含み得る。場合によっては、キットには、本明細書に記載の方法のいずれかを実
行するための指示書が含まれ得る。場合によっては、キットは、本明細書に記載の組成物
(例えば、医薬組成物)のいずれかの少なくとも1用量を含み得る。場合によっては、キ
ットは、本明細書に記載の組成物(例えば、医薬組成物)のいずれかを投与するための手
段(例えば、注射器)を提供し得る。
本発明を以下の実施例でさらに説明するが、これらは特許請求の範囲に記載される本発
明の範囲を限定するものではない。
明の範囲を限定するものではない。
(実施例1:追加のMANAボディクローンの識別およびMANAボディクローンのT細
胞ベースの治療型への変換)
この研究では、2つのファージディスプレイライブラリーが設計および構築され、どち
らもファージ表面に単一鎖可変フラグメント(scFv)を表示した。両方のライブラリ
ーに存在するscFvは、scFvの相補性決定領域(CDR)の重要な位置にアミノ酸
の可変性が導入されたヒト化4D5(トラスツズマブ)フレームワークに基づいていた。
胞ベースの治療型への変換)
この研究では、2つのファージディスプレイライブラリーが設計および構築され、どち
らもファージ表面に単一鎖可変フラグメント(scFv)を表示した。両方のライブラリ
ーに存在するscFvは、scFvの相補性決定領域(CDR)の重要な位置にアミノ酸
の可変性が導入されたヒト化4D5(トラスツズマブ)フレームワークに基づいていた。
ファージディスプレイライブラリーを使用して、組換えHLA対立遺伝子アルファ鎖お
よびベータ-2ミクログロブリン(b2M)との複合体に折り畳まれた変異含有ペプチド
を特異的に認識するscFvを特定した。本明細書ではモノマーとも呼ばれるこれらの複
合体は、がん細胞表面上の天然ペプチド/HLA複合体を模倣する。
よびベータ-2ミクログロブリン(b2M)との複合体に折り畳まれた変異含有ペプチド
を特異的に認識するscFvを特定した。本明細書ではモノマーとも呼ばれるこれらの複
合体は、がん細胞表面上の天然ペプチド/HLA複合体を模倣する。
ペプチドHLA標的は、表1に示す変異ペプチド(例えば、変異関連ネオ抗原(MAN
A))を含み得る。表1のペプチドHLAターゲットに特異的に結合することができる相
補性決定領域(CDR)を表2に示す。表1のペプチドHLAターゲットに特異的に結合
することができるscFvを表3に示す。これらのscFvは、変異関連ネオ抗原に結合
する能力からMANAボディとも呼ばれ得る。
A))を含み得る。表1のペプチドHLAターゲットに特異的に結合することができる相
補性決定領域(CDR)を表2に示す。表1のペプチドHLAターゲットに特異的に結合
することができるscFvを表3に示す。これらのscFvは、変異関連ネオ抗原に結合
する能力からMANAボディとも呼ばれ得る。
HLA-B7との複合体中のR140Q変異を含むIDH2ペプチド(SPNGTIQ
NIL;配列番号1)を特異的に認識するscFvの代表的なELISAデータを図1に
示す。scFvは同じHLA対立遺伝子との複合体中の目的のペプチドのwtバージョン
を認識しなかった。scFvsは、モノマーでコーティングされたELISAプレートへ
の結合を試験したときに、HLA対立遺伝子との複合体中の他の対照ペプチドを認識しな
かった。
NIL;配列番号1)を特異的に認識するscFvの代表的なELISAデータを図1に
示す。scFvは同じHLA対立遺伝子との複合体中の目的のペプチドのwtバージョン
を認識しなかった。scFvsは、モノマーでコーティングされたELISAプレートへ
の結合を試験したときに、HLA対立遺伝子との複合体中の他の対照ペプチドを認識しな
かった。
さらにフローサイトメトリーを使用すると、MANAボディのscFvクローンが、H
LA対立遺伝子適合細胞株を、wtペプチドまたは他の対照ペプチドではなく変異ペプチ
ドでこれら細胞がパルスされたときに特異的に染色することが示された(図2-14)。
LA対立遺伝子適合細胞株を、wtペプチドまたは他の対照ペプチドではなく変異ペプチ
ドでこれら細胞がパルスされたときに特異的に染色することが示された(図2-14)。
MANAボディクローンを治療法として利用できることを実証するために、選択したM
ANAボディクローンをCAR-T細胞に組み込んだ。HLA分子の文脈で内因性のプロ
セシングおよび提示機構を介して発がん性変異含有ペプチドを発現する細胞を認識および
殺すことができるキメラ抗原受容体(CAR)T細胞(CART)を設計した。具体的に
は、HLA-A3において提示される変異KRAS G12Vペプチドを標的とするCA
RTを設計し、HLA-B7において提示される変異IDH2 R140Qペプチドを標
的とするCARTを設計した。いずれかの変異ペプチドを標的とするMANAボディsc
Fvを第3世代CAR構築物に移植し、mRNAエレクトロポレーションによりCAR受
容体をCD3+T細胞で発現させた。続いて、CAR-T細胞を、それぞれのHLAと組
み合わせてKRAS/IDH2変異体およびwtタンパク質をコードするプラスミドで共
トランスフェクトしたCOS-7細胞と共培養した。T細胞は、CAR-T細胞を含めて
、標的細胞上の同種抗原による活性化後にサイトカインを産生するため、共培養培地上清
中のIFNγの放出をELISAにより測定した。COS-7細胞に変異体および同種H
LAプラスミドを共トランスフェクトした場合のみ、バックグラウンドを超えるIFNγ
の有意な放出があった(図15)。wtおよび同種HLAを共トランスフェクトしたCO
S-7細胞と共培養したCAR-T細胞は、バックグラウンドレベルのIFNγのみを放
出した。合わせると、これらの発見は、MANAボディクローンを発現するCAR-T細
胞がHLA分子において提示されるMANAを発現する腫瘍細胞を標的にすることができ
ることを示唆している。
ANAボディクローンをCAR-T細胞に組み込んだ。HLA分子の文脈で内因性のプロ
セシングおよび提示機構を介して発がん性変異含有ペプチドを発現する細胞を認識および
殺すことができるキメラ抗原受容体(CAR)T細胞(CART)を設計した。具体的に
は、HLA-A3において提示される変異KRAS G12Vペプチドを標的とするCA
RTを設計し、HLA-B7において提示される変異IDH2 R140Qペプチドを標
的とするCARTを設計した。いずれかの変異ペプチドを標的とするMANAボディsc
Fvを第3世代CAR構築物に移植し、mRNAエレクトロポレーションによりCAR受
容体をCD3+T細胞で発現させた。続いて、CAR-T細胞を、それぞれのHLAと組
み合わせてKRAS/IDH2変異体およびwtタンパク質をコードするプラスミドで共
トランスフェクトしたCOS-7細胞と共培養した。T細胞は、CAR-T細胞を含めて
、標的細胞上の同種抗原による活性化後にサイトカインを産生するため、共培養培地上清
中のIFNγの放出をELISAにより測定した。COS-7細胞に変異体および同種H
LAプラスミドを共トランスフェクトした場合のみ、バックグラウンドを超えるIFNγ
の有意な放出があった(図15)。wtおよび同種HLAを共トランスフェクトしたCO
S-7細胞と共培養したCAR-T細胞は、バックグラウンドレベルのIFNγのみを放
出した。合わせると、これらの発見は、MANAボディクローンを発現するCAR-T細
胞がHLA分子において提示されるMANAを発現する腫瘍細胞を標的にすることができ
ることを示唆している。
MANAボディクローンを治療法として利用できることを実証するために、選択したM
ANAボディクローンを二重特異性抗体に組み込んだ。標的がん細胞に結合する1つの抗
体フラグメントを有し、T細胞表面上のCD3タンパク質に結合する1つの抗体フラグメ
ントを有する二重特異性抗体を設計した。ヒトCD3イプシロン、デルタ、および/また
はガンマ分子を標的とする多くの異なる抗CD3 scFvクローンがある。そのような
クローンの例を表4に示す。
ANAボディクローンを二重特異性抗体に組み込んだ。標的がん細胞に結合する1つの抗
体フラグメントを有し、T細胞表面上のCD3タンパク質に結合する1つの抗体フラグメ
ントを有する二重特異性抗体を設計した。ヒトCD3イプシロン、デルタ、および/また
はガンマ分子を標的とする多くの異なる抗CD3 scFvクローンがある。そのような
クローンの例を表4に示す。
HLA-A3において提示される変異KRAS G12Vペプチドに結合する1つの抗
体フラグメントを有し、T細胞表面のCD3タンパク質に結合する1つの抗体フラグメン
トを有する二重特異性抗体を設計した。具体的には、HLA-A3において提示される変
異KRAS G12VペプチドおよびCD3を標的とする二重特異性抗体を設計し、HL
A-B7において提示される変異IDH2 R140QペプチドおよびCD3を標的とす
る二重特異性抗体を設計した。
体フラグメントを有し、T細胞表面のCD3タンパク質に結合する1つの抗体フラグメン
トを有する二重特異性抗体を設計した。具体的には、HLA-A3において提示される変
異KRAS G12VペプチドおよびCD3を標的とする二重特異性抗体を設計し、HL
A-B7において提示される変異IDH2 R140QペプチドおよびCD3を標的とす
る二重特異性抗体を設計した。
2つの異なる抗CD3 scFvクローンと組み合わせた3つのIDH2 R140Q
HLA-B7 MANAボディscFvクローンの代表的なscDb共培養結果を図1
6Aに示す。T細胞を、HLA-B7、全長IDH2変異体、および/またはGFPをコ
ードするプラスミドで共トランスフェクトされたCOS-7細胞と指定濃度のscDbの
存在下で共培養した。標的細胞上の同種抗原によるT細胞活性化の読み取りとして、共培
養培地上清中のIFNγの放出をELISAにより測定した。COS-7細胞にHLA-
B7および変異IDH2 R140Qプラスミドを共トランスフェクトした場合にのみ、
バックグラウンドを超えるIFNγの有意なT細胞放出があり、IFNγのレベルはウェ
ルに含まれるscDbの濃度に依存した。HLA-B7およびwt IDH2で共トラン
スフェクトされたCOS-7細胞と共培養されたT細胞は、バックグラウンドレベルのI
FNγのみを放出した。KRAS G12V HLA-A3 MANAボディscFvク
ローンを抗CD3クローンと組み合わせて一本鎖ダイアボディにした代表的なscDb共
培養結果を図16Bに示す。この共培養では、一本鎖ダイアボディを0、50、および1
00ng/mLの濃度で試験した。COS-7細胞にHLA-A3および変異KRAS
G12Vプラスミドを共トランスフェクトした場合にのみ、バックグラウンドを超えるI
FNγの有意なT細胞放出があった。HLA-A3およびwt KRASと共トランスフ
ェクトしたCOS-7細胞と共培養したT細胞は、T細胞なし、標的細胞なし、scDb
なしのウェルで見られるIFNγのレベルと同様に、バックグラウンドレベルのIFNγ
のみを放出した。その同質遺伝子HLA-A3ノックアウト対照とともに標的細胞株とし
ての内因性KRAS G12V HLA-A3陽性細胞株NCI-H441。IFNγ放
出は、親NCI-H441細胞株に対してのみ見られ、HLA-A3ノックアウトNCI
-H441では見られなかった。合わせると、これらの発見は、HLA分子において提示
されるMANAを発現する腫瘍細胞を標的とするMANAボディクローンを含む二重特異
性抗体を示唆している。
HLA-B7 MANAボディscFvクローンの代表的なscDb共培養結果を図1
6Aに示す。T細胞を、HLA-B7、全長IDH2変異体、および/またはGFPをコ
ードするプラスミドで共トランスフェクトされたCOS-7細胞と指定濃度のscDbの
存在下で共培養した。標的細胞上の同種抗原によるT細胞活性化の読み取りとして、共培
養培地上清中のIFNγの放出をELISAにより測定した。COS-7細胞にHLA-
B7および変異IDH2 R140Qプラスミドを共トランスフェクトした場合にのみ、
バックグラウンドを超えるIFNγの有意なT細胞放出があり、IFNγのレベルはウェ
ルに含まれるscDbの濃度に依存した。HLA-B7およびwt IDH2で共トラン
スフェクトされたCOS-7細胞と共培養されたT細胞は、バックグラウンドレベルのI
FNγのみを放出した。KRAS G12V HLA-A3 MANAボディscFvク
ローンを抗CD3クローンと組み合わせて一本鎖ダイアボディにした代表的なscDb共
培養結果を図16Bに示す。この共培養では、一本鎖ダイアボディを0、50、および1
00ng/mLの濃度で試験した。COS-7細胞にHLA-A3および変異KRAS
G12Vプラスミドを共トランスフェクトした場合にのみ、バックグラウンドを超えるI
FNγの有意なT細胞放出があった。HLA-A3およびwt KRASと共トランスフ
ェクトしたCOS-7細胞と共培養したT細胞は、T細胞なし、標的細胞なし、scDb
なしのウェルで見られるIFNγのレベルと同様に、バックグラウンドレベルのIFNγ
のみを放出した。その同質遺伝子HLA-A3ノックアウト対照とともに標的細胞株とし
ての内因性KRAS G12V HLA-A3陽性細胞株NCI-H441。IFNγ放
出は、親NCI-H441細胞株に対してのみ見られ、HLA-A3ノックアウトNCI
-H441では見られなかった。合わせると、これらの発見は、HLA分子において提示
されるMANAを発現する腫瘍細胞を標的とするMANAボディクローンを含む二重特異
性抗体を示唆している。
MANAボディクローンを治療法として使用することの有効性を評価するために、Pr
omegaのCellTiter-Glo試薬を使用して、KRAS G12V HLA
-A3一本鎖ダイアボディの標的細胞生存率をアッセイした(図17)。CellTit
er-Gloはウェル内のATP濃度を測定し、これは生細胞の数に比例する。T細胞の
みのウェルからCellTiter-Glo値を差し引き、標的細胞のみのウェルに正規
化することにより、標的細胞の生存率を測定した。NCI-H441親細胞をKRAS
G12V-A3 scDbまたはpan-HLA-A3 scDb陽性対照の存在下でT
細胞とインキュベートした場合にのみ、有意な標的細胞死が認められた。scDbの非存
在下またはNCI-H441 HLA-A3ノックアウトウェルの間では、標的細胞死は
観察されなかった。
omegaのCellTiter-Glo試薬を使用して、KRAS G12V HLA
-A3一本鎖ダイアボディの標的細胞生存率をアッセイした(図17)。CellTit
er-Gloはウェル内のATP濃度を測定し、これは生細胞の数に比例する。T細胞の
みのウェルからCellTiter-Glo値を差し引き、標的細胞のみのウェルに正規
化することにより、標的細胞の生存率を測定した。NCI-H441親細胞をKRAS
G12V-A3 scDbまたはpan-HLA-A3 scDb陽性対照の存在下でT
細胞とインキュベートした場合にのみ、有意な標的細胞死が認められた。scDbの非存
在下またはNCI-H441 HLA-A3ノックアウトウェルの間では、標的細胞死は
観察されなかった。
合わせると、これらの発見は、MANAボディを使用してT細胞をリダイレクトおよび
活性化し、特定の変異タンパク質とHLA対立遺伝子対(例えば、IDH2 R140Q
とHLA-B7およびKRAS G12VとHLA-A3)を発現する腫瘍細胞を殺すこ
とができることを実証している。
活性化し、特定の変異タンパク質とHLA対立遺伝子対(例えば、IDH2 R140Q
とHLA-B7およびKRAS G12VとHLA-A3)を発現する腫瘍細胞を殺すこ
とができることを実証している。
(材料および方法)
(細胞および細胞株)
RPMI-6666細胞(ATCC、マナッサス、バージニア州)を、20%FBS(
GE Hyclone、ローガン、ユタ州、米国)と、1%ペニシリンストレプトマイシ
ン(Life Technologies)とを含むRPMI-1640(ATCC)で
培養した。T2細胞(ATCC)およびMINO細胞(ATCC)を、10%FBS(G
E Hyclone)と、1%ペニシリンストレプトマイシン(Thermo Fish
er)とを含むRPMI-1640(ATCC)で培養した。T2A3細胞(エリック・
ルッツ博士から贈られた)を、10%FBS(GE Hyclone)、1%ペニシリン
ストレプトマイシン(Thermo Fisher)、0.1mM MEM非必須アミノ
酸(NEAA、Thermo Fisher)と、500μg/mLジェネティシン(T
hermo Fisher)とを含むRPMI-1640(ATCC)で培養した。Si
gM5細胞(DSMZ、ブラウンシュヴァイク、ドイツ)を、20%FBS(GE Hy
clone)と、1%ペニシリンストレプトマイシン(Thermo Fisher)と
を含むイスコフMDM(ATCC)で培養した。Hs611.T細胞(ATCC)を、1
0%FBS(GE Hyclone)と、1%ペニシリンストレプトマイシン(Ther
mo Fisher)とを含むダルベッコ改変イーグル培地(ATCC)で培養した。N
CI-H441細胞(ATCC)およびCOS-7細胞(ATCC)を、10%FBS(
GE Hyclone)と、1%ペニシリンストレプトマイシン(Thermo Fis
her)とを含むマッコイ5A(改変)培地(Thermo Fisher)で培養した
。COS-7細胞(ATCC、CRL-1651(商標))を、10%FBS(GE H
yclone)と、1%ペニシリン-ストレプトマイシン(Thermo Fisher
と)を含むDMEM(高グルコース、ピルビン酸;Thermo Fisher)で培養
した。293FT細胞(Thermo Fisher)を、10%FBS(GE Hyc
lone)と、0.1mM MEM非必須アミノ酸(NEAA、Thermo Fish
er)と、6mM L-グルタミン(Thermo Fisher)と、1mM MEM
ピルビン酸ナトリウム(Thermo Fisher)と、500μg/mlジェネティ
シン(Thermo Fisher)と、1%ペニシリン-ストレプトマイシン(The
rmo Fisher)とを含む高グルコースD-MEM(Thermo Fisher
)で培養した。全ての細胞株を、5%CO2下で37℃に維持した。
(細胞および細胞株)
RPMI-6666細胞(ATCC、マナッサス、バージニア州)を、20%FBS(
GE Hyclone、ローガン、ユタ州、米国)と、1%ペニシリンストレプトマイシ
ン(Life Technologies)とを含むRPMI-1640(ATCC)で
培養した。T2細胞(ATCC)およびMINO細胞(ATCC)を、10%FBS(G
E Hyclone)と、1%ペニシリンストレプトマイシン(Thermo Fish
er)とを含むRPMI-1640(ATCC)で培養した。T2A3細胞(エリック・
ルッツ博士から贈られた)を、10%FBS(GE Hyclone)、1%ペニシリン
ストレプトマイシン(Thermo Fisher)、0.1mM MEM非必須アミノ
酸(NEAA、Thermo Fisher)と、500μg/mLジェネティシン(T
hermo Fisher)とを含むRPMI-1640(ATCC)で培養した。Si
gM5細胞(DSMZ、ブラウンシュヴァイク、ドイツ)を、20%FBS(GE Hy
clone)と、1%ペニシリンストレプトマイシン(Thermo Fisher)と
を含むイスコフMDM(ATCC)で培養した。Hs611.T細胞(ATCC)を、1
0%FBS(GE Hyclone)と、1%ペニシリンストレプトマイシン(Ther
mo Fisher)とを含むダルベッコ改変イーグル培地(ATCC)で培養した。N
CI-H441細胞(ATCC)およびCOS-7細胞(ATCC)を、10%FBS(
GE Hyclone)と、1%ペニシリンストレプトマイシン(Thermo Fis
her)とを含むマッコイ5A(改変)培地(Thermo Fisher)で培養した
。COS-7細胞(ATCC、CRL-1651(商標))を、10%FBS(GE H
yclone)と、1%ペニシリン-ストレプトマイシン(Thermo Fisher
と)を含むDMEM(高グルコース、ピルビン酸;Thermo Fisher)で培養
した。293FT細胞(Thermo Fisher)を、10%FBS(GE Hyc
lone)と、0.1mM MEM非必須アミノ酸(NEAA、Thermo Fish
er)と、6mM L-グルタミン(Thermo Fisher)と、1mM MEM
ピルビン酸ナトリウム(Thermo Fisher)と、500μg/mlジェネティ
シン(Thermo Fisher)と、1%ペニシリン-ストレプトマイシン(The
rmo Fisher)とを含む高グルコースD-MEM(Thermo Fisher
)で培養した。全ての細胞株を、5%CO2下で37℃に維持した。
PBMCを、健康なボランティアドナーからの全血のFicoll-Paque PL
US(GE Healthcare)勾配遠心分離によって得た。CD3+細胞を、CD
3マイクロビーズ(Miltenyi Biotec)によりPBMCからポジティブセ
レクションし、Dynabeads(登録商標)Human T-Activator
CD3/CD28(Life Technologies)で活性化および増殖した。特
に明記しない限り、初代CD3+T細胞を、10%FBS(GE Hyclone)と、
1%ペニシリン-ストレプトマイシン(Life Technologies)と、10
0IU/mL組換えヒトインターロイキン-2(Proleukin(登録商標))とを
含むRPMI-1640(ATCC)で、37℃で5%CO2下で培養した。
US(GE Healthcare)勾配遠心分離によって得た。CD3+細胞を、CD
3マイクロビーズ(Miltenyi Biotec)によりPBMCからポジティブセ
レクションし、Dynabeads(登録商標)Human T-Activator
CD3/CD28(Life Technologies)で活性化および増殖した。特
に明記しない限り、初代CD3+T細胞を、10%FBS(GE Hyclone)と、
1%ペニシリン-ストレプトマイシン(Life Technologies)と、10
0IU/mL組換えヒトインターロイキン-2(Proleukin(登録商標))とを
含むRPMI-1640(ATCC)で、37℃で5%CO2下で培養した。
(ファージディスプレイライブラリーの構築)
第1世代ファージライブラリーについては、混合およびスプリットプール縮重オリゴヌ
クレオチド合成を使用して、オリゴヌクレオチドをDNA 2.0(メンローパーク、カ
リフォルニア州)で合成した。第2世代ファージライブラリーについては、GeneAr
t(Thermo Fisher、ヘールソープ、メリーランド州)でトリヌクレオチド
突然変異誘発(TRIM)技術を使用してオリゴヌクレオチドを合成した。両方のライブ
ラリーについて、オリゴヌクレオチドをpADL-10bファージミド(Antibod
y Design Labs、サンディエゴ、カリフォルニア州)に組み込んだ。このフ
ァージミドには、F1複製起点、非誘導発現を制限する転写抑制因子、lacオペレータ
ー、およびlac抑制因子が含まれている。scFvをpelBペリプラズム分泌シグナ
ルを用いて合成し、lacオペレーターの下流にサブクローニングした。第1世代ライブ
ラリーでは、mycエピトープタグとそれに続くTEVプロテアーゼ切断認識配列が可変
重鎖のすぐ下流に配置され、第2世代ライブラリーでは、scFvにFLAGタグが続い
た。scFv、タグ、および切断部位に続いて、完全長のインフレームM13 pIII
コートタンパク質配列があった。
第1世代ファージライブラリーについては、混合およびスプリットプール縮重オリゴヌ
クレオチド合成を使用して、オリゴヌクレオチドをDNA 2.0(メンローパーク、カ
リフォルニア州)で合成した。第2世代ファージライブラリーについては、GeneAr
t(Thermo Fisher、ヘールソープ、メリーランド州)でトリヌクレオチド
突然変異誘発(TRIM)技術を使用してオリゴヌクレオチドを合成した。両方のライブ
ラリーについて、オリゴヌクレオチドをpADL-10bファージミド(Antibod
y Design Labs、サンディエゴ、カリフォルニア州)に組み込んだ。このフ
ァージミドには、F1複製起点、非誘導発現を制限する転写抑制因子、lacオペレータ
ー、およびlac抑制因子が含まれている。scFvをpelBペリプラズム分泌シグナ
ルを用いて合成し、lacオペレーターの下流にサブクローニングした。第1世代ライブ
ラリーでは、mycエピトープタグとそれに続くTEVプロテアーゼ切断認識配列が可変
重鎖のすぐ下流に配置され、第2世代ライブラリーでは、scFvにFLAGタグが続い
た。scFv、タグ、および切断部位に続いて、完全長のインフレームM13 pIII
コートタンパク質配列があった。
ファージミドDNAを細菌に形質転換するために、10~20ngのライゲーション産
物を氷上で、10μLのエレクトロコンピテントSS320細胞(Lucigen、ミド
ルトン、ウィスコンシン州)および14μLの再蒸留水と混合した。この混合液を、Ge
ne Pulserエレクトロポレーションシステム(Bio-Rad、ハーキュリーズ
、カリフォルニア州)を使用してエレクトロポレーションし、Recovery Med
ia(Lucigen)で60分間37℃で回復させた。ライゲーション産物60ngで
形質転換した細胞をプールし、カルベニシリン(100μg/mL)と2%グルコースを
添加した2xYT培地を含む24cmx24cmプレートに播種した。細胞を37℃で6
時間増殖させ、4℃で一晩置いた。エレクトロポレーションの各シリーズの形質転換効率
を決定するために、アリコートを取り、連続希釈により力価を測定した。プレート上で増
殖した細胞を、カルベニシリン(100μg/mL)と2%グルコースとを含む850m
Lの2xYT培地に擦り込み、最終OD600を5~15にした。850mLの培養液2
mLを採取し、約1:200に希釈して、0.05~0.07の最終OD600を達成し
た。残りの培養物に、急速凍結する前に、滅菌グリセロール150mLを加え、グリセロ
ールストックを生成した。希釈した細菌をOD600が0.2~0.4になるまで増殖さ
せ、M13K07ヘルパーファージ(Antibody Design Labs、サン
ディエゴ、カリフォルニア州)に感染させ、37℃で1時間振盪した。培養液を遠心分離
し、細胞をカルベニシリン(100μg/mL)とカナマイシン(50μg/mL)とを
含む2xYT培地に再懸濁し、ファージ産生のために30℃で一晩増殖させた。翌朝、細
菌培養物を50mL Falconチューブに分注し、高速で2回ペレット化して清澄化
上清を得た。ファージを含む上清を氷上で40分間、20%PEG-8000/2.5M
NaCl溶液を4:1のPEG/NaCl対上清の比率で用いて沈殿させた。沈殿後、
ファージを12,000gで40分間遠心分離し、1mL vol 1X TBS、2m
M EDTAに再懸濁した。複数のチューブからのファージをプールし、再沈殿させ、1
x1013cfu/mLの平均力価に再懸濁した。第1世代ライブラリーでは、得られた
形質転換体の総数は5.5x109である。第2世代ライブラリーでは、得られた形質転
換体の総数は3.6x1010であった。各ライブラリーを小分けし、15%グリセロー
ルに-80℃で保存した。
物を氷上で、10μLのエレクトロコンピテントSS320細胞(Lucigen、ミド
ルトン、ウィスコンシン州)および14μLの再蒸留水と混合した。この混合液を、Ge
ne Pulserエレクトロポレーションシステム(Bio-Rad、ハーキュリーズ
、カリフォルニア州)を使用してエレクトロポレーションし、Recovery Med
ia(Lucigen)で60分間37℃で回復させた。ライゲーション産物60ngで
形質転換した細胞をプールし、カルベニシリン(100μg/mL)と2%グルコースを
添加した2xYT培地を含む24cmx24cmプレートに播種した。細胞を37℃で6
時間増殖させ、4℃で一晩置いた。エレクトロポレーションの各シリーズの形質転換効率
を決定するために、アリコートを取り、連続希釈により力価を測定した。プレート上で増
殖した細胞を、カルベニシリン(100μg/mL)と2%グルコースとを含む850m
Lの2xYT培地に擦り込み、最終OD600を5~15にした。850mLの培養液2
mLを採取し、約1:200に希釈して、0.05~0.07の最終OD600を達成し
た。残りの培養物に、急速凍結する前に、滅菌グリセロール150mLを加え、グリセロ
ールストックを生成した。希釈した細菌をOD600が0.2~0.4になるまで増殖さ
せ、M13K07ヘルパーファージ(Antibody Design Labs、サン
ディエゴ、カリフォルニア州)に感染させ、37℃で1時間振盪した。培養液を遠心分離
し、細胞をカルベニシリン(100μg/mL)とカナマイシン(50μg/mL)とを
含む2xYT培地に再懸濁し、ファージ産生のために30℃で一晩増殖させた。翌朝、細
菌培養物を50mL Falconチューブに分注し、高速で2回ペレット化して清澄化
上清を得た。ファージを含む上清を氷上で40分間、20%PEG-8000/2.5M
NaCl溶液を4:1のPEG/NaCl対上清の比率で用いて沈殿させた。沈殿後、
ファージを12,000gで40分間遠心分離し、1mL vol 1X TBS、2m
M EDTAに再懸濁した。複数のチューブからのファージをプールし、再沈殿させ、1
x1013cfu/mLの平均力価に再懸濁した。第1世代ライブラリーでは、得られた
形質転換体の総数は5.5x109である。第2世代ライブラリーでは、得られた形質転
換体の総数は3.6x1010であった。各ライブラリーを小分けし、15%グリセロー
ルに-80℃で保存した。
(完全ファージライブラリーの次世代シークエンシング)
ライブラリーからのDNAを、CDR-H3領域に隣接するプライマーを使用して増幅
した。これらのプライマーの5´末端の配列には分子バーコードが組み込まれており、別
個のファージ配列の明確な列挙を容易にする。PCR増幅およびシークエンシングのプロ
トコルは、Kindeらに記載されている。配列を、カスタムSQLデータベースを使用
して処理および翻訳し、ヌクレオチド配列とアミノ酸翻訳の両方を、Microsoft
Excelを使用して分析した。
ライブラリーからのDNAを、CDR-H3領域に隣接するプライマーを使用して増幅
した。これらのプライマーの5´末端の配列には分子バーコードが組み込まれており、別
個のファージ配列の明確な列挙を容易にする。PCR増幅およびシークエンシングのプロ
トコルは、Kindeらに記載されている。配列を、カスタムSQLデータベースを使用
して処理および翻訳し、ヌクレオチド配列とアミノ酸翻訳の両方を、Microsoft
Excelを使用して分析した。
(ペプチドおよびHLAモノマー)
変異体、wt、および対照ペプチド(表1に記載)は、NetMHCバージョン4.0
を使用してHLA対立遺伝子に結合すると予測された。全てのペプチドを、ペプチド2.
0(シャンティリー、バージニア州)により>90%の純度で合成した。ペプチドをDM
SOまたはDMFに10mg/mLで再懸濁し、-20℃で保存した。HLAモノマーを
、組換えHLAをペプチドおよびベータ2ミクログロブリンとリフォールディングするこ
とにより合成し、ゲルろ過により精製し、ビオチン化した(Fred Hutchins
on Immune Monitoring Lab、シアトル、ワシントン州)。W6
/32抗体(BioLegend、サンディエゴ、カリフォルニア州)を使用してELI
SAを行うことにより、選択前にモノマーがフォールディングされていることを確認した
。
変異体、wt、および対照ペプチド(表1に記載)は、NetMHCバージョン4.0
を使用してHLA対立遺伝子に結合すると予測された。全てのペプチドを、ペプチド2.
0(シャンティリー、バージニア州)により>90%の純度で合成した。ペプチドをDM
SOまたはDMFに10mg/mLで再懸濁し、-20℃で保存した。HLAモノマーを
、組換えHLAをペプチドおよびベータ2ミクログロブリンとリフォールディングするこ
とにより合成し、ゲルろ過により精製し、ビオチン化した(Fred Hutchins
on Immune Monitoring Lab、シアトル、ワシントン州)。W6
/32抗体(BioLegend、サンディエゴ、カリフォルニア州)を使用してELI
SAを行うことにより、選択前にモノマーがフォールディングされていることを確認した
。
(変異ペプチド-HLAモノマーに結合したファージの選択)
HLAおよびベータ-2-ミクログロブリンタンパク質を含むビオチン化モノマーを、
MyOne T1ストレプトアビジン磁気ビーズ(Life Technologies
、カールスバッド、カリフォルニア州)に結合させた。ビオチン化モノマーを、ブロッキ
ング緩衝液(PBS、0.5%BSA、0.1%Na-アジド)中30μLのMyOne
T1ビーズ(モノマー1ugあたり)と1時間室温(RT)でインキュベートした。最
初のインキュベーション後、複合体を1mlのブロッキング緩衝液で3回洗浄し、1ml
のブロッキング緩衝液に再懸濁した。
HLAおよびベータ-2-ミクログロブリンタンパク質を含むビオチン化モノマーを、
MyOne T1ストレプトアビジン磁気ビーズ(Life Technologies
、カールスバッド、カリフォルニア州)に結合させた。ビオチン化モノマーを、ブロッキ
ング緩衝液(PBS、0.5%BSA、0.1%Na-アジド)中30μLのMyOne
T1ビーズ(モノマー1ugあたり)と1時間室温(RT)でインキュベートした。最
初のインキュベーション後、複合体を1mlのブロッキング緩衝液で3回洗浄し、1ml
のブロッキング緩衝液に再懸濁した。
(濃縮段階)
選択の濃縮段階(1回目)で、ライブラリーの1000倍のカバー率を表すファージを
、むき出しの洗浄済みMyOne T1ビーズおよび加熱変性したビーズ結合HLAモノ
マーとともに、回転子上で一晩4℃でインキュベートした。この工程は、ビオチン化モノ
マーの全ての調製物中にわずかに存在するストレプトアビジンまたは変性モノマーのいず
れかを認識するファージを除去するために必要であった。ネガティブセレクション後、ビ
ーズをDynaMag-2マグネット(Life Technologies)で分離し
、非結合ファージを含む上清を、MyOne T1ストレプトアビジン磁気ビーズに結合
した1ugの変異ペプチドHLAモノマーに対するポジティブセレクションのために移し
た。溶出の前に、マグネットを使用して、0.5%Tween-20を含む1mlの1X
TBSでビーズを10回洗浄した。1mLの0.2 Mグリシン、pH 2.2にビー
ズを再懸濁することにより、ファージを溶出した。10分間のインキュベーション後、1
50μLの1M Tris、pH 9.0を添加して溶液を中和した。中和されたファー
ジを使用し、対数増殖中期SS320の10ml培養物に感染させ、M13K07ヘルパ
ーファージ(4のMOI)と2%グルコースを加えた。37℃で1時間振とうした後、バ
クテリアを、カルベニシリン(100μg/mL)と、カナマイシン(50μg/mL)
と、50uMのIPTGとを含む2xYT培地に再懸濁し、ファージ産生のために一晩3
0℃で培養した。翌朝、前述のように、ファージをPEG/NaClで沈殿させた。
選択の濃縮段階(1回目)で、ライブラリーの1000倍のカバー率を表すファージを
、むき出しの洗浄済みMyOne T1ビーズおよび加熱変性したビーズ結合HLAモノ
マーとともに、回転子上で一晩4℃でインキュベートした。この工程は、ビオチン化モノ
マーの全ての調製物中にわずかに存在するストレプトアビジンまたは変性モノマーのいず
れかを認識するファージを除去するために必要であった。ネガティブセレクション後、ビ
ーズをDynaMag-2マグネット(Life Technologies)で分離し
、非結合ファージを含む上清を、MyOne T1ストレプトアビジン磁気ビーズに結合
した1ugの変異ペプチドHLAモノマーに対するポジティブセレクションのために移し
た。溶出の前に、マグネットを使用して、0.5%Tween-20を含む1mlの1X
TBSでビーズを10回洗浄した。1mLの0.2 Mグリシン、pH 2.2にビー
ズを再懸濁することにより、ファージを溶出した。10分間のインキュベーション後、1
50μLの1M Tris、pH 9.0を添加して溶液を中和した。中和されたファー
ジを使用し、対数増殖中期SS320の10ml培養物に感染させ、M13K07ヘルパ
ーファージ(4のMOI)と2%グルコースを加えた。37℃で1時間振とうした後、バ
クテリアを、カルベニシリン(100μg/mL)と、カナマイシン(50μg/mL)
と、50uMのIPTGとを含む2xYT培地に再懸濁し、ファージ産生のために一晩3
0℃で培養した。翌朝、前述のように、ファージをPEG/NaClで沈殿させた。
(最終選択段階)
濃縮段階で生じたファージを用いて、3~5回の最終選択を行った。最終選択の各回に
ついて、目的の変異タンパク質を欠くHLA対立遺伝子適合細胞に対して10~0.1%
の沈殿ファージを使用し、最初のネガティブセレクションを行った。次いで、未結合ファ
ージを、天然wtペプチド-HLAモノマーおよび無関係なHLA-対立遺伝子適合モノ
マーに対してネガティブセレクションを行った。ネガティブセレクション後、ビーズをD
ynamag 2マグネット(Life Technologies)で分離し、上記の
濃縮フェーズで説明したように、非結合ファージを含む上清を250ng~1ugの変異
ペプチドHLAモノマーでのポジティブセレクションのために移した。
濃縮段階で生じたファージを用いて、3~5回の最終選択を行った。最終選択の各回に
ついて、目的の変異タンパク質を欠くHLA対立遺伝子適合細胞に対して10~0.1%
の沈殿ファージを使用し、最初のネガティブセレクションを行った。次いで、未結合ファ
ージを、天然wtペプチド-HLAモノマーおよび無関係なHLA-対立遺伝子適合モノ
マーに対してネガティブセレクションを行った。ネガティブセレクション後、ビーズをD
ynamag 2マグネット(Life Technologies)で分離し、上記の
濃縮フェーズで説明したように、非結合ファージを含む上清を250ng~1ugの変異
ペプチドHLAモノマーでのポジティブセレクションのために移した。
(ELISA)
ストレプトアビジンコーティング96ウェルプレート(R&D Systems、ミネ
アポリス、ミネソタ州)を、ブロッキング緩衝液(0.5%BSA、2mM EDTA、
および0.1%アジ化ナトリウムを含むPBS)中の50ng(50uL中)のビオチン
化変異体またはwtペプチドHLAモノマーで4℃で一晩コーティングした。プレートを
1X TBST(TBS+0.05%Trition-X 100)で簡単に洗浄した。
ファージをブロッキング緩衝液で指定濃度に連続希釈し、各ウェルに50uLを加えた。
ファージをRTで2時間インキュベートした後、洗浄した(ELISAプレートウォッシ
ャー(BioTek、ウィヌースキ、バーモント州)を使用して1X TBS-0.05
%Tween-20(TBST)で6回洗浄)。結合ファージを、1X TBSTで1:
3000に希釈し50μLのウサギ抗M13抗体(Pierce、ロックフォード、イリ
ノイ州)と室温で1時間インキュベートし、その後さらに6回洗浄し、1X TBSTで
1:10,000に希釈した50μLの抗ウサギHRP(Thermo Fisher)
と1時間室温でインキュベートした。1X TBSTで最後の6回の洗浄をした後、50
μLのTMB基質(BioLegend、サンディエゴ、カリフォルニア州)をウェルに
加え、1N硫酸で反応をクエンチした。450nmでの吸光度をSynergy H1マ
ルチモードリーダー(BioTek、ウィヌースキ、バーモント州)で測定した。
ストレプトアビジンコーティング96ウェルプレート(R&D Systems、ミネ
アポリス、ミネソタ州)を、ブロッキング緩衝液(0.5%BSA、2mM EDTA、
および0.1%アジ化ナトリウムを含むPBS)中の50ng(50uL中)のビオチン
化変異体またはwtペプチドHLAモノマーで4℃で一晩コーティングした。プレートを
1X TBST(TBS+0.05%Trition-X 100)で簡単に洗浄した。
ファージをブロッキング緩衝液で指定濃度に連続希釈し、各ウェルに50uLを加えた。
ファージをRTで2時間インキュベートした後、洗浄した(ELISAプレートウォッシ
ャー(BioTek、ウィヌースキ、バーモント州)を使用して1X TBS-0.05
%Tween-20(TBST)で6回洗浄)。結合ファージを、1X TBSTで1:
3000に希釈し50μLのウサギ抗M13抗体(Pierce、ロックフォード、イリ
ノイ州)と室温で1時間インキュベートし、その後さらに6回洗浄し、1X TBSTで
1:10,000に希釈した50μLの抗ウサギHRP(Thermo Fisher)
と1時間室温でインキュベートした。1X TBSTで最後の6回の洗浄をした後、50
μLのTMB基質(BioLegend、サンディエゴ、カリフォルニア州)をウェルに
加え、1N硫酸で反応をクエンチした。450nmでの吸光度をSynergy H1マ
ルチモードリーダー(BioTek、ウィヌースキ、バーモント州)で測定した。
最終選択から得たファージの限界希釈で形質転換したSS320細胞の個々のコロニー
を選択することにより、モノクローナルファージELISAを実施した。個々のコロニー
を、100μg/mLのカルベニシリンと2%グルコースとを含む200μlの2xYT
培地に接種し、37℃で3時間増殖させた。次に、細胞に1.6x107M13K07ヘ
ルパーファージ(Antibody Design Labs、サンディエゴ、カリフォ
ルニア州)を感染させ、37℃で振盪しながらインキュベートした。細胞をペレット化し
、カルベニシリン(100μg/mL)と、カナマイシン(50μg/mL)と、50u
M IPTGとを含む300μLの2xYT培地に再懸濁し、30℃で一晩増殖させた。
細胞をペレット化し、ファージを含む上清を上記のようにELISAに使用した。
を選択することにより、モノクローナルファージELISAを実施した。個々のコロニー
を、100μg/mLのカルベニシリンと2%グルコースとを含む200μlの2xYT
培地に接種し、37℃で3時間増殖させた。次に、細胞に1.6x107M13K07ヘ
ルパーファージ(Antibody Design Labs、サンディエゴ、カリフォ
ルニア州)を感染させ、37℃で振盪しながらインキュベートした。細胞をペレット化し
、カルベニシリン(100μg/mL)と、カナマイシン(50μg/mL)と、50u
M IPTGとを含む300μLの2xYT培地に再懸濁し、30℃で一晩増殖させた。
細胞をペレット化し、ファージを含む上清を上記のようにELISAに使用した。
(ペプチドパルスおよびフローサイトメトリー)
ペプチドパルスについては、HLA適合細胞をPBSで1回、無血清RPMI-164
0で1回洗浄した後、1mLあたり106細胞を、50μg/mLペプチドと10μg/
mLヒトベータ2ミクログロブリン(ProSpec、イーストブランズウィック、ニュ
ージャージー州)とを含む無血清RPMI-1640中で37℃で一晩インキュベートし
た。パルス細胞をペレット化し、冷染色緩衝液(0.5%BSA、2mM EDTA、お
よび0.1%アジ化ナトリウムを含むPBS)で1回洗浄し、100μLの染色緩衝液に
再懸濁した。ファージ染色を、氷上で10uL(約1x109)のファージを用い、10
0uLの総容量で1時間行い、続いて冷染色緩衝液4mLで1回洗浄した。次いで、細胞
を、1uLのウサギ抗M13抗体(Pierce、ロックフォード、イリノイ州)で10
0uLの総容量で氷上で1時間染色し、4mLの冷染色緩衝液で1回洗浄した。細胞を抗
ウサギ-PE(Biolegend)で氷上で100uLの総容量で1時間染色し、製造
元の指示に従って室温で10分間、LIVE/DEAD Fixable Near-I
R Dead Cell Stain(Thermo Fisher)とインキュベート
した。細胞を4mLの染色緩衝液で1回洗浄した後、分析前に300uLの染色緩衝液に
再懸濁した。LSRIIフローサイトメーター(Becton Dickinson、マ
ンスフィールド、マサチューセッツ州)を使用して染色細胞を分析した。
ペプチドパルスについては、HLA適合細胞をPBSで1回、無血清RPMI-164
0で1回洗浄した後、1mLあたり106細胞を、50μg/mLペプチドと10μg/
mLヒトベータ2ミクログロブリン(ProSpec、イーストブランズウィック、ニュ
ージャージー州)とを含む無血清RPMI-1640中で37℃で一晩インキュベートし
た。パルス細胞をペレット化し、冷染色緩衝液(0.5%BSA、2mM EDTA、お
よび0.1%アジ化ナトリウムを含むPBS)で1回洗浄し、100μLの染色緩衝液に
再懸濁した。ファージ染色を、氷上で10uL(約1x109)のファージを用い、10
0uLの総容量で1時間行い、続いて冷染色緩衝液4mLで1回洗浄した。次いで、細胞
を、1uLのウサギ抗M13抗体(Pierce、ロックフォード、イリノイ州)で10
0uLの総容量で氷上で1時間染色し、4mLの冷染色緩衝液で1回洗浄した。細胞を抗
ウサギ-PE(Biolegend)で氷上で100uLの総容量で1時間染色し、製造
元の指示に従って室温で10分間、LIVE/DEAD Fixable Near-I
R Dead Cell Stain(Thermo Fisher)とインキュベート
した。細胞を4mLの染色緩衝液で1回洗浄した後、分析前に300uLの染色緩衝液に
再懸濁した。LSRIIフローサイトメーター(Becton Dickinson、マ
ンスフィールド、マサチューセッツ州)を使用して染色細胞を分析した。
(CARの構築および生成)
MANAボディscFv、CD28膜貫通ドメイン、ならびに4-1BBおよびCD3
ζ細胞内ドメインを含む第3世代キメラ抗原受容体(CAR)構築物を合成し(Gene
Art(登録商標))、哺乳動物発現ベクターpCI(Promega)にクローニング
した。mRNAを、T7 mScript(商標)Standard mRNA Pro
duction System Kit(CellScript(商標))を使用し、製
造元の指示に従い合成した。CAR mRNAを、BTX ECM 2001 Elec
tro Cell Manipulator(Harvard Apparatus)を
使用して初代CD3+T細胞にエレクトロポレーションし、CAR-T細胞を生成した。
MANAボディscFv、CD28膜貫通ドメイン、ならびに4-1BBおよびCD3
ζ細胞内ドメインを含む第3世代キメラ抗原受容体(CAR)構築物を合成し(Gene
Art(登録商標))、哺乳動物発現ベクターpCI(Promega)にクローニング
した。mRNAを、T7 mScript(商標)Standard mRNA Pro
duction System Kit(CellScript(商標))を使用し、製
造元の指示に従い合成した。CAR mRNAを、BTX ECM 2001 Elec
tro Cell Manipulator(Harvard Apparatus)を
使用して初代CD3+T細胞にエレクトロポレーションし、CAR-T細胞を生成した。
(CAR-T活性化共培養アッセイ)
COS-7細胞に、HLA-A3、HLA-B7、IDH2(WT)、IDH2(R1
40Q)、KRAS(WT)、およびKRAS(G12V)をコードするpcDNA3.
1(Life Technologies)プラスミドの様々な組み合わせを、Lipo
fectamine3000(Life Technologies)で、製造元の指示
に従い96ウェルプレート形式でトランスフェクトした。100,000個のエレクトロ
ポレーションしたCAR-T細胞を、トランスフェクトしたCOS-7細胞に重ね、共培
養物を5%CO2下、37℃で4時間インキュベートした。共培養後、馴化培地を収集し
、ELISA(Quantikine(登録商標)、R&D Systems)により分
泌IFNγについてアッセイした。
COS-7細胞に、HLA-A3、HLA-B7、IDH2(WT)、IDH2(R1
40Q)、KRAS(WT)、およびKRAS(G12V)をコードするpcDNA3.
1(Life Technologies)プラスミドの様々な組み合わせを、Lipo
fectamine3000(Life Technologies)で、製造元の指示
に従い96ウェルプレート形式でトランスフェクトした。100,000個のエレクトロ
ポレーションしたCAR-T細胞を、トランスフェクトしたCOS-7細胞に重ね、共培
養物を5%CO2下、37℃で4時間インキュベートした。共培養後、馴化培地を収集し
、ELISA(Quantikine(登録商標)、R&D Systems)により分
泌IFNγについてアッセイした。
(二重特異性抗体産生)
二重特異性抗体をコードするgBLOCKを、IDT(スコーキー、イリノイ州)に注
文した。製造業者のプロトコルに従って、gBLOCKをpcDNA3.4プラスミド(
Thermo Fisher)にトポクローニングした。293FT細胞(Thermo
Fisher)に、二重特異性抗体pcDNA3.4プラスミドを、製造元の指示に従
ってT75フラスコ中でLipofectamine3000(Life Techno
logies)を使用してトランスフェクトした。5~7日間のインキュベーション後、
培地を回収し、4℃で10分間3,000gで遠心分離した。製造業者の指示に従って、
Clontech Capturem(商標)His-Tagged Purifica
tion Miniprep Kit(Takara、マウンテンビュー、カリフォルニ
ア州)を使用して、二重特異性抗体タンパク質を精製した。製造業者の指示に従って、Z
eba spin 7k MWCO脱塩カラムを使用して、二重特異性抗体タンパク質を
PBSに脱塩した。Mini-PROTEAN(登録商標)TGX Stain-Fre
e(商標)Precast Gels(Biorad、ヘラクレス、カリフォルニア州)
を使用して、既知濃度のタンパク質の標準曲線を使用して、二重特異性抗体濃度を定量し
た。ChemiDoc XRS+Imager(Biorad)を使用して、染色されて
いないゲルをイメージングした。
二重特異性抗体をコードするgBLOCKを、IDT(スコーキー、イリノイ州)に注
文した。製造業者のプロトコルに従って、gBLOCKをpcDNA3.4プラスミド(
Thermo Fisher)にトポクローニングした。293FT細胞(Thermo
Fisher)に、二重特異性抗体pcDNA3.4プラスミドを、製造元の指示に従
ってT75フラスコ中でLipofectamine3000(Life Techno
logies)を使用してトランスフェクトした。5~7日間のインキュベーション後、
培地を回収し、4℃で10分間3,000gで遠心分離した。製造業者の指示に従って、
Clontech Capturem(商標)His-Tagged Purifica
tion Miniprep Kit(Takara、マウンテンビュー、カリフォルニ
ア州)を使用して、二重特異性抗体タンパク質を精製した。製造業者の指示に従って、Z
eba spin 7k MWCO脱塩カラムを使用して、二重特異性抗体タンパク質を
PBSに脱塩した。Mini-PROTEAN(登録商標)TGX Stain-Fre
e(商標)Precast Gels(Biorad、ヘラクレス、カリフォルニア州)
を使用して、既知濃度のタンパク質の標準曲線を使用して、二重特異性抗体濃度を定量し
た。ChemiDoc XRS+Imager(Biorad)を使用して、染色されて
いないゲルをイメージングした。
(二重特異性抗体共培養アッセイ)
COS-7細胞に、HLA-A3、HLA-B7、IDH2(wt)、IDH2(R1
40Q)、KRAS(wt)、およびKRAS(G12V)をコードするpcDNA3.
1(Life Technologies)プラスミドの様々な組み合わせを、製造元の
指示に従ってT75フラスコ中でLipofectamine3000(Life Te
chnologies)を使用してトランスフェクトした。50,000個のT細胞を、
トランスフェクトした30,000個のCOS-7細胞または10,000個のNCI-
H441細胞および96ウェルプレート中の指定濃度の二重特異性抗体と合わせ、共培養
物を5%CO2下で37℃で24時間インキュベートした。共培養後、96ウェルプレー
トを急速凍結し、馴化培地溶解物を回収し、ELISA(Quantikine(登録商
標)、R&D Systems)により分泌IFNγについてアッセイした。あるいは、
共培養後、CellTiter-Glo(Promega)を使用して標的細胞の生存率
を測定した。
COS-7細胞に、HLA-A3、HLA-B7、IDH2(wt)、IDH2(R1
40Q)、KRAS(wt)、およびKRAS(G12V)をコードするpcDNA3.
1(Life Technologies)プラスミドの様々な組み合わせを、製造元の
指示に従ってT75フラスコ中でLipofectamine3000(Life Te
chnologies)を使用してトランスフェクトした。50,000個のT細胞を、
トランスフェクトした30,000個のCOS-7細胞または10,000個のNCI-
H441細胞および96ウェルプレート中の指定濃度の二重特異性抗体と合わせ、共培養
物を5%CO2下で37℃で24時間インキュベートした。共培養後、96ウェルプレー
トを急速凍結し、馴化培地溶解物を回収し、ELISA(Quantikine(登録商
標)、R&D Systems)により分泌IFNγについてアッセイした。あるいは、
共培養後、CellTiter-Glo(Promega)を使用して標的細胞の生存率
を測定した。
(その他の実施形態)
本発明をその詳細な説明と併せて説明したが、前述の説明は、添付の特許請求の範囲に
よって定義される本発明の範囲を例示するものであり、限定するものではないことを理解
されたい。他の態様、利点、および修正は、添付の特許請求の範囲内である。
本発明をその詳細な説明と併せて説明したが、前述の説明は、添付の特許請求の範囲に
よって定義される本発明の範囲を例示するものであり、限定するものではないことを理解
されたい。他の態様、利点、および修正は、添付の特許請求の範囲内である。
Claims (35)
- ペプチド-HLA-ベータ-2ミクログロブリン複合体に結合することができる抗原結
合ドメインを含む分子であって、前記ペプチドが修飾ペプチドを含み、前記HLAがクラ
スI HLAであり、前記抗原結合ドメインが前記修飾ペプチドの野生型バージョンを含
む複合体には結合しない、分子。 - 前記修飾ペプチドが7アミノ酸~15アミノ酸を含む、請求項1に記載の分子。
- 前記修飾ペプチドが10アミノ酸を含む、請求項2に記載の分子。
- 前記修飾ペプチドが修飾IDH2ポリペプチド、修飾EGFRポリペプチド、修飾p5
3ポリペプチド、修飾KRASポリペプチド、修飾HRASポリペプチド、修飾NRAS
ポリペプチド、または修飾CTNNBポリペプチドに由来する、請求項1~3のいずれか
一項に記載の分子。 - 前記修飾ペプチドが配列番号1、配列番号11、配列番号13、配列番号15、配列番
号16、配列番号18、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号24、配
列番号26、配列番号28、配列番号30、配列番号31、および配列番号32からなる
群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項1~4のいずれか一項に記載の分子。 - 前記修飾ペプチドが配列番号1を含み、前記クラスI HLAがHLA-B7であり、
前記抗原結合フラグメントが配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、および
配列番号8からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項5に記載の分子。 - 前記修飾ペプチドが配列番号11を含み、前記クラスI HLAがHLA-B7であり
、前記抗原結合フラグメントが配列番号380、配列番号390、配列番号391、配列
番号392、および配列番号393からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求
項5に記載の分子。 - 前記修飾ペプチドが配列番号13を含み、前記クラスI HLAがHLA-A2であり
、前記抗原結合フラグメントが配列番号324、配列番号325、配列番号326、配列
番号327、配列番号328、配列番号329、および配列番号330からなる群より選
択されるアミノ酸配列を含む、請求項5に記載の分子。 - 前記修飾ペプチドが配列番号15を含み、前記クラスI HLAがHLA-A2であり
、前記抗原結合フラグメントが配列番号331、配列番号333、配列番号336、およ
び配列番号337からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項5に記載の分子
。 - 前記修飾ペプチドが配列番号16を含み、前記クラスI HLAがHLA-A2であり
、前記抗原結合フラグメントが配列番号332、配列番号334、配列番号335、配列
番号336、および配列番号337からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求
項5に記載の分子。 - 前記修飾ペプチドが配列番号18を含み、前記クラスI HLAがHLA-A2であり
、前記抗原結合フラグメントが配列番号338、配列番号339、および配列番号340
からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項5に記載の分子。 - 前記修飾ペプチドが配列番号20を含み、前記クラスI HLAがHLA-A3であり
、前記抗原結合フラグメントが配列番号341、配列番号342、および配列番号343
からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項5に記載の分子。 - 前記修飾ペプチドが配列番号21を含み、前記クラスI HLAがHLA-A3であり
、前記抗原結合フラグメントが配列番号342、配列番号343、配列番号349、配列
番号350、配列番号351、配列番号352、配列番号353、配列番号354、配列
番号355、配列番号356、および配列番号357からなる群より選択されるアミノ酸
配列を含む、請求項5に記載の分子。 - 前記修飾ペプチドが配列番号22を含み、前記クラスI HLAがHLA-A3であり
、前記抗原結合フラグメントが配列番号338、配列番号339、配列番号340、配列
番号341、配列番号342、配列番号343、配列番号344、配列番号345、配列
番号346、配列番号347、配列番号348、配列番号369、配列番号370、配列
番号371、配列番号372、配列番号373、および配列番号374からなる群より選
択されるアミノ酸配列を含む、請求項5に記載の分子。 - 前記修飾ペプチドが配列番号24を含み、前記クラスI HLAがHLA-A11であ
り、前記抗原結合フラグメントが配列番号358、配列番号359、配列番号360、配
列番号361、配列番号362、配列番号363、配列番号364、配列番号365、配
列番号366、配列番号367、および配列番号368からなる群より選択されるアミノ
酸配列を含む、請求項5に記載の分子。 - 前記修飾ペプチドが配列番号26を含み、前記クラスI HLAがHLA-A3であり
、前記抗原結合フラグメントが配列番号375、配列番号376、配列番号377、配列
番号378、および配列番号379からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求
項5に記載の分子。 - 前記修飾ペプチドが配列番号28を含み、前記クラスI HLAがHLA-A1であり
、前記抗原結合フラグメントが配列番号394のアミノ酸配列を含む、請求項5に記載の
分子。 - 前記修飾ペプチドが配列番号30を含み、前記クラスI HLAがHLA-A1であり
、前記抗原結合フラグメントが配列番号395のアミノ酸配列を含む、請求項5に記載の
分子。 - 前記修飾ペプチドが配列番号31を含み、前記クラスI HLAがHLA-A1であり
、前記抗原結合フラグメントが配列番号396のアミノ酸配列を含む、請求項5に記載の
分子。 - 前記修飾ペプチドが配列番号32を含み、前記クラスI HLAがHLA-A1であり
、前記抗原結合フラグメントが配列番号397、配列番号398、配列番号399、配列
番号400、および配列番号401からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求
項5に記載の分子。 - 前記分子が、抗体、抗体フラグメント、一本鎖可変フラグメント(scFv)、キメラ
抗原受容体(CAR)、T細胞受容体(TCR)、TCR模倣体、タンデムscFv、二
重特異性T細胞エンゲージャー、ダイアボディ、一本鎖ダイアボディ、scFv-Fc、
二重特異性抗体、および二重親和性リターゲティング抗体(DART)からなる群より選
択される、請求項1~20のいずれか一項に記載の分子。 - 前記分子が一本鎖ダイアボディである、請求項1~21のいずれか一項に記載の分子。
- 前記分子が、CD3、CD28、CD4、CD8、CD16a、NKG2D、PD-1
、CTLA-4、4-1BB、OX40、ICOS、およびCD27からなる群より選択
されるエフェクター細胞受容体に結合することができる抗原結合ドメインをさらに含む、
請求項1~22のいずれか一項に記載の分子。 - エフェクター細胞に結合することができる前記抗原結合ドメインがCD3に結合するこ
とができ、前記抗原結合ドメインが配列番号404、配列番号405、配列番号406、
配列番号407、配列番号408、配列番号409、配列番号410、配列番号411、
配列番号412、配列番号413、配列番号414、配列番号415、配列番号416、
および配列番号417からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む、請求項23に記載
の分子。 - エフェクター細胞に結合することができる前記抗原結合ドメインがCD16aに結合す
ることができる、請求項23に記載の分子。 - エフェクター細胞に結合することができる前記抗原結合ドメインがNKG2Dに結合す
ることができる、請求項23に記載の分子。 - キメラ抗原受容体(CAR)であって、
請求項1~26のいずれか一項に記載の抗原結合ドメインを含む細胞外ドメインと
;
膜貫通ドメインと;
細胞内ドメイン
とを含む、CAR。 - 前記膜貫通ドメインがCD4、CD8、またはCD28の膜貫通ドメインを含む、請求
項27に記載のCAR。 - 前記細胞内ドメインが、CD28、DAP10、ICOS、OX40、および/または
4-1BBからの1つまたは複数の共刺激ドメインを含む、請求項27または請求項28
に記載のCAR。 - 前記細胞内ドメインがCD3-ゼータからのシグナル伝達ドメインを含む、請求項27
~29のいずれか一項に記載のCAR。 - 請求項27~30のいずれか一項に記載のCARを発現するT細胞。
- がんを有する哺乳動物を治療する方法であって、
請求項1~26のいずれか一項に記載の分子を前記哺乳動物に投与する工程を含み、前
記がんが前記修飾ペプチドを発現するがん細胞を含む、方法。 - がんを有する哺乳動物を治療する方法であって、
請求項27~30のいずれか一項に記載のCARを発現するT細胞を前記哺乳動物に投
与する工程を含み、前記がんが前記修飾ペプチドを発現するがん細胞を含む、方法。 - 前記哺乳動物がヒトである、請求項32または33に記載の方法。
- 前記がんが、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、急性骨髄性白血病、肺がん、膵
臓がん、胃がん、大腸がん、卵巣がん、子宮内膜がん、胆道がん、肝臓がん、骨髄腫、乳
がん、前立腺がん、食道がん、胃がん、腎臓がん、骨がん、軟部組織がん、頭頸部がん、
多形性膠芽腫、および星状細胞腫からなる群より選択される、請求項32~34のいずれ
か一項に記載の方法。
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