JP2023538367A - マルチパラトピック抗ｐｄ－１抗体およびその用途 - Google Patents

マルチパラトピック抗ｐｄ－１抗体およびその用途 Download PDF

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Abstract

例えばＰＤ－１の活性を調節するために使用されうるマルチパラトピックポリペプチド。【選択図】図１

Description

関連出願に対する相互参照
本出願は、２０２０年８月１９日付出願の米国仮特許出願第６３／０６７，６７４号、２０２１年４月１６日付出願の米国仮特許出願第６３／１７５，７６０号、２０２１年２月２３日付出願の米国仮特許出願第６３／１５２，６９１号に基づく優先権を主張するものである。それらのそれぞれの全体を参照により本明細書に組み入れることとする。
本出願は２０２０年８月１９日付出願の米国特許出願第１６／９９７，２３８号にも関連しており、その全体を参照により本明細書に組み入れることとする。
分野
本明細書において提供される実施形態は、例えばＰＤ－１に結合しうる例えばパラトピック（ｐａｒａｔｏｐｉｃ）抗体に関する。
望ましくない免疫応答（例えば、移植組織の拒絶または自己免疫障害におけるもの）の事例は世界中の何百万もの人々にとって重大な健康問題となっている。臓器移植の長期的な成果は、しばしば、慢性拒絶反応、および移植臓器の最終的な不全により特徴付けられる。２０個を超える自己免疫障害が公知であり、身体の本質的に全ての器官を冒し、北米だけでも５，０００万人以上を冒している。両方のシナリオにおいて病原性免疫応答に対処するために使用される広く有効な免疫抑制薬は重大な副作用を有する。したがって、そのような状態を治療するための治療薬およびポリペプチドが必要とされている。本明細書において提供される実施形態はこれらの必要性および他の必要性を満たすものである。
概要
本明細書は、例えば免疫応答を調節（モジュレーション）するために使用されうるポリペプチドを開示する。幾つかの実施形態においては、免疫応答を低下させ、このことを用いて、例えば、免疫応答を低下させることが必要または有用である自己免疫状態または他の免疫系障害を治療することが可能である。そのような免疫障害の非限定的な例は本明細書に記載されている。
本明細書に開示されている実施形態を参照により本節に組み入れることとする。
幾つかの実施形態においては、本明細書において提供されるポリペプチドは、阻害性（抑制性）分子、例えば阻害性免疫チェックポイント分子に結合してそれをアゴナイズ（ａｇｏｎｉｚｅ；刺激）し、あるいは免疫細胞、例えば細胞傷害性Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞、調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）、Ｂ細胞、ＮＫ細胞、樹状細胞、例えば形質細胞様樹状細胞、自然リンパ球、例えばＩＬＣ２、または骨髄細胞、例えば好中球もしくはマクロファージの活性を阻害または低減する。
幾つかの実施形態においては、免疫細胞のダウンレギュレーションのレベルは、治療用化合物がその標的に結合していない場合よりも、治療用化合物がその標的に結合している場合の方が大きい。実施形態においては、標的に結合した治療用化合物によるダウンレギュレーションのレベルは、それがその標的に結合していない場合に見られるものと等しいか、またはそれより１．５倍、２倍、４倍、８倍もしくは１０倍大きい。実施形態においては、治療用化合物は、それが標的に結合していない場合には、免疫細胞をダウンレギュレートしない、または有意にダウンレギュレートしない。したがって、阻害性受容体、例えばＰＤ－１の無差別（ｉｎｄｉｓｃｒｉｍｉｎａｔｅ）アゴニズムまたは望ましくないアゴニズムが最小化され、または排除される。例えば、治療用化合物が免疫細胞には結合しているが標的化部分には結合していない場合、治療用化合物による阻害性免疫チェックポイント分子の関与はダウンレギュレーションをもたらさない、または実質的なダウンレギュレーションをもたらさない。例えば、治療用化合物が結合している免疫細胞上の阻害性受容体はクラスター化されていない、または免疫細胞のダウンレギュレーションもしくは実質的な阻害を与えるのに十分な阻害性シグナルをもたらすのに十分な程度にはクラスター化されていない。
実施形態においては、治療用化合物は、免疫細胞上の細胞表面阻害性受容体、例えばＰＤ－１と結合した場合、内因性リガンドに細胞表面阻害性受容体が結合する能力を阻害しない、または実質的に阻害しない。幾つかの実施形態においては、治療用化合物はＰＤ－１上のＰＤ－Ｌ１／２結合部位に結合しうる。したがって、阻害性受容体、例えばＰＤ－１の無差別アンタゴニズムまたは望ましくないアンタゴニズムが最小化され、または排除される。実施形態においては、免疫細胞上の阻害性受容体、例えばＰＤ－１への治療用化合物の結合は、天然リガンド、例えばＰＤ－Ｌ１に阻害性受容体が結合する能力を妨げない、または実質的に妨げない。実施形態においては、免疫細胞上の阻害性受容体、例えばＰＤ－１への治療用化合物の結合は、天然リガンド、例えばＰＤ－Ｌ１の結合を、治療用化合物の非存在下で見られるものの５０、４０、３０、２０、１０または５％未満低減する。幾つかの実施形態においては、該部分は、ＰＤ－１に結合する抗体である。幾つかの実施形態においては、抗体はＰＤ－１アゴニストである。幾つかの実施形態においては、抗体は可溶性ＰＤ－１アンタゴニストアッセイにおけるＰＤ－１アンタゴニストではない。
幾つかの実施形態においては、治療用化合物は、本明細書において提供されるとおりに提供される。
幾つかの実施形態においては、本明細書に記載されているポリペプチドは、ＰＤ－１に結合する第１および第２の結合ドメインを含む。幾つかの実施形態においては、第１および第２の結合ドメインは、ＰＤ－１抗体 表４に示されている配列を含む。幾つかの実施形態においては、第１および第２の結合ドメインは、ＰＤ－１抗体 表５に示されている配列を含む。実施形態においては、第１および第２の結合ドメインは、ＰＤ－１抗体 表４およびＰＤ－１抗体 表５に示されている配列を含む。
幾つかの実施形態においては、本明細書に記載されているポリペプチドは、ＰＤ－１に結合する第１、第２、第３および第４の結合ドメインを含む。幾つかの実施形態においては、それらの結合ドメインは、独立して、ＰＤ－１抗体 表４に示されている配列を含む。幾つかの実施形態においては、それらのドメインは、独立して、ＰＤ－１抗体 表５に示されている配列を含む。幾つかの実施形態においては、それらの結合ドメインは、独立して、ＰＤ－１抗体 表４およびＰＤ－１抗体 表５に示されている配列を含む。
幾つかの実施形態においては、ポリペプチドは、同一標的、例えばＰＤ－１に結合する複数の別個の結合ドメインを含む。幾つかの実施形態においては、ポリペプチドは、標的に結合する２つまたは４つの別個の結合ドメインを含む。幾つかの実施形態においては、ポリペプチドは、標的に結合する４つの結合ドメインを含む。ポリペプチドが抗体または抗体様配列を含む場合、結合ドメインは抗原認識ドメインまたは抗原結合ドメインとも称されうる。幾つかの実施形態においては、結合ドメインのそれぞれは標的上の同じエピトープに結合する。幾つかの実施形態においては、結合ドメインのうちの２つは標的上の同じエピトープに結合する。幾つかの実施形態においては、例えば、４つの結合ドメインが存在する場合には、２つの結合ドメインは、同じエピトープに結合し、残りの２つの結合ドメインは標的上の異なるエピトープに結合する。幾つかの実施形態においては、標的結合ドメインのうちの２つは、同一またはほぼ同一の標的結合ドメイン（例えば、ＣＤＲ）を有する。幾つかの実施形態においては、ドメインのそれぞれは、同一またはほぼ同一の標的結合ドメインを有する。幾つかの実施形態においては、ポリペプチドは、ポリペプチドに存在する別の結合ドメインとは異なる少なくとも１つの結合ドメインを含む。これは、標的結合ドメインの不均一セットを有するポリペプチドとも称されうる。同じ標的結合ドメインの全てを有するポリペプチドは、標的結合ドメインの均一セットを有すると称されうる。幾つかの実施形態においては、ポリペプチドが標的結合ドメインに関して不均一である場合、該ポリペプチドは二重特異性であると称されうる。二重特異性は、標的結合ドメインが結合するエピトープに関するものでありうる。すなわち、それらは異なる。それはパラトピックまたはマルチパラトピック（ｍｕｌｔｉ－ｐａｒａｔｏｐｉｃ）とも称される。
幾つかの実施形態においては、ポリペプチドは、Ｎ末端からＣ末端までの式：
（Ｒ１－Ｆｃ－Ｒ２）２、
［式中、
Ｒ１は第１結合ドメインである；
Ｒ２は第２結合ドメインである；
Ｒ１およびＲ２の一方はＦａｂ抗体であり、他方はｓｃＦｖ抗体である；
Ｒ１とＲ２とはリンカーにより連結されている；
前記リンカーはＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３またはＩｇＧ４のようなＦｃ免疫グロブリン定常領域を含む；
前記リンカーはＧ／ＳまたはＧ／Ａリンカーを更に含む；
Ｇ／ＳまたはＧ／Ａリンカーは（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号３０３）もしくは（ＧＧＧＧＡ）ｎ（配列番号３０４）の配列またはそれらの組合せを含み、ここで、各ｎは、独立して、１～４である］
を含む。
幾つかの実施形態においては、テトラド（ｔｅｔｒａｄ、四成分）抗体は、Ｎ末端からＣ末端までの一般式：
（Ｒ２－Ｆｃ－Ｒ１）２、
［式中、
Ｒ１は第１結合ドメインである；
Ｒ２は第２結合ドメインである；
Ｒ１およびＲ２の一方はＦａｂ抗体であり、他方はｓｃＦｖ抗体である；
Ｒ１とＲ２とはリンカーにより連結されている；
前記リンカーはＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３またはＩｇＧ４のようなＦｃ免疫グロブリン定常領域を含む；
前記リンカーはＧ／ＳまたはＧ／Ａリンカーを更に含む；
Ｇ／ＳまたはＧ／Ａリンカーは（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号３０３）もしくは（ＧＧＧＧＡ）ｎ（配列番号３０４）の配列またはそれらの組合せを含み、ここで、各ｎは、独立して、１～４である］
を有する。
幾つかの実施形態においては、ポリペプチドは第１ポリペプチド鎖および第２ポリペプチド鎖を含み、ここで、
第１ポリペプチド鎖は、Ｎ末端からＣ末端までの式：
［ＶＨ－Ａ］－［ＣＨ１］－［ＣＨ２］－［ＣＨ３］－［リンカー１］－［ＶＨ－Ｂ］－［リンカー２］－［ＶＫ－Ｂ］、または
［ＶＨ－Ａ］－［ＣＨ１］－［ＣＨ２］－［ＣＨ３］－［リンカー１］－［ＶＫ－Ｂ］－［リンカー２］－［ＶＨ－Ｂ］
を有する；
第２ポリペプチド鎖は、Ｎ末端からＣ末端までの式：
［ＶＫ－Ａ］－［ＣＫ］
を有する；
式中、
ＶＨ－Ａ ＝ 本明細書において提供されるＰＤ１抗体の可変重鎖ドメイン；
ＶＫ－Ａ ＝ 本明細書において提供されるＰＤ１抗体の可変軽鎖ドメイン；
ＶＨ－Ｂ ＝ 本明細書において提供されるＰＤ１抗体の可変重鎖ドメイン；
ＶＫ－Ｂ ＝ 本明細書において提供されるＰＤ１抗体の可変軽鎖ドメイン；
ＣＨ１ ＝ ヒトＩｇＧ１の定常重鎖ドメイン１；
ＣＨ２ ＝ ヒトＩｇＧ１の定常重鎖ドメイン２；
ＣＨ３ ＝ ヒトＩｇＧ１の定常重鎖ドメイン３；
ＣＫ ＝ カッパ軽鎖の定常ドメイン；
リンカー１はグリシン／セリンまたはグリシン／アラニンリンカーである；
リンカー２はグリシン／セリンまたはグリシン／アラニンリンカーである；
ここで、ＶＨ－Ａ、ＶＫ－Ａ、ＶＨ－ＢおよびＶＫ－Ｂは、同じ抗体または異なる抗体に由来しうる。
幾つかの実施形態においては、ポリペプチドは第１ポリペプチド鎖および第２ポリペプチド鎖を含み、ここで：
第１ポリペプチド鎖は、Ｎ末端からＣ末端までの式：
［ＶＨ－Ｂ］－［ＣＨ１］－［ＣＨ２］－［ＣＨ３］－［リンカー１］－［ＶＨ－Ａ］－［リンカー２］－［ＶＫ－Ａ］、または
［ＶＨ－Ｂ］－［ＣＨ１］－［ＣＨ２］－［ＣＨ３］－［リンカー１］－［ＶＫ－Ａ］－［リンカー２］－［ＶＨ－Ａ］
を有する；
第２ポリペプチド鎖は、Ｎ末端からＣ末端までの式：
［ＶＫ－Ｂ］－［ＣＫ］
を有する；
式中、
ＶＨ－Ａ ＝ 本明細書において提供されるＰＤ１抗体の可変重鎖ドメイン；
ＶＫ－Ａ ＝ 本明細書において提供されるＰＤ１抗体の可変軽鎖ドメイン；
ＶＨ－Ｂ ＝ 本明細書において提供されるＰＤ１抗体の可変重鎖ドメイン；
ＶＫ－Ｂ ＝ 本明細書において提供されるＰＤ１抗体の可変軽鎖ドメイン；
ＣＨ１ ＝ 例えば本明細書において提供されるような、ヒトＩｇＧ１の定常重鎖ドメイン１；
ＣＨ２ ＝ 例えば本明細書において提供されるような、ヒトＩｇＧ１の定常重鎖ドメイン２；
ＣＨ３ ＝ 例えば本明細書において提供されるような、ヒトＩｇＧ１の定常重鎖ドメイン３；
ＣＫ ＝ 例えば本明細書において提供されるような、カッパ軽鎖の定常ドメイン； リンカー１はグリシン／セリンまたはグリシン／アラニンリンカーである；
リンカー２はグリシン／セリンまたはグリシン／アラニンリンカーである；
ここで、ＶＨ－Ａ、ＶＫ－Ａ、ＶＨ－ＢおよびＶＫ－Ｂは、同じ抗体または異なる抗体に由来しうる。
幾つかの実施形態においては、ＰＤ－１抗体は、ＰＤ－１抗体 表４に示されている配列を含む。幾つかの実施形態においては、ＰＤ－１抗体は、ＰＤ－１抗体 表５に示されている配列を含む。幾つかの実施形態においては、ＰＤ－１抗体は、ＰＤ－１抗体 表４およびＰＤ－１抗体 表５に示されている配列を含む。
幾つかの実施形態においては、ポリペプチドは２つの第１ポリペプチド鎖および２つの第２ポリペプチド鎖を含む。本明細書においては非限定的な例が提供される。
幾つかの実施形態においては、ＰＤ－１に結合する第１および第２の結合ドメインを含むポリペプチドを提供し、第１および第２の結合ドメインは、ＰＤ－１抗体 表４またはＰＤ－１抗体 表５に示されている配列を含む。幾つかの実施形態においては、ポリペプチドは、ＰＤ－１に結合する第３および第４の結合ドメインを含む。幾つかの実施形態においては、第３結合ドメインは第１結合ドメインと同じである。幾つかの実施形態においては、第４結合ドメインは第２結合ドメインと同じである。
幾つかの実施形態においては、ＦＡｂ形態であるＰＤ－１抗体は、ｓｃＦｖ形態であるＰＤ－１抗体と比較して、ＰＤ－１に対する、より低いアフィニティを有する。幾つかの実施形態においては、ＦＡｂ形態であるＰＤ－１抗体は、ｓｃＦｖ形態であるＰＤ－１抗体と比較して、ＰＤ－１に対する、より高いアフィニティを有する。
幾つかの実施形態においては、本明細書において提供される治療用化合物またはポリペプチドの１以上を投与することを含む、自己免疫疾患または状態の治療方法を、本明細書において提供する。
幾つかの実施形態においては、本明細書において提供される治療用化合物またはポリペプチドの１以上を投与することを含む、本明細書に記載されている疾患または状態の治療方法を、本明細書において提供する。
幾つかの実施形態においては、本明細書において提供される治療用化合物またはポリペプチドを対象に投与して炎症性腸疾患を治療することを含む、炎症性腸疾患を有する対象の治療方法を提供する。幾つかの実施形態においては、対象はクローン病または潰瘍性大腸炎を有する。
幾つかの実施形態においては、本明細書において提供される治療用化合物またはポリペプチドを対象に投与して自己免疫性肝炎を治療することを含む、自己免疫性肝炎を有する対象の治療方法を提供する。
幾つかの実施形態においては、本明細書において提供される治療用化合物またはポリペプチドを対象に投与して原発性硬化性胆管炎を治療することを含む、原発性硬化性胆管炎の治療方法を提供する。
幾つかの実施形態においては、本明細書において提供される治療用化合物またはポリペプチドを対象に投与して腸の炎症を治療することを含む、腸における炎症の治療（例えば、軽減）方法を提供する。幾つかの実施形態においては、炎症は小腸におけるものである。幾つかの実施形態においては、炎症は大腸におけるものである。幾つかの実施形態においては、炎症は腸または結腸におけるものである。
幾つかの実施形態においては、本明細書において提供される治療用化合物またはポリペプチドを対象に投与して膵臓の炎症を治療することを含む、膵臓における炎症の治療（例えば、軽減）方法を提供する。
幾つかの実施形態においては、本明細書において提供される治療用化合物またはポリペプチドを対象に投与して１型糖尿病を治療することを含む、１型糖尿病の治療方法を提供する。
幾つかの実施形態においては、本明細書において提供される治療用化合物またはポリペプチドの治療的有効量を対象に投与することにより移植（レシピエント）対象を治療することを含む、移植対象の治療方法を提供する。
幾つかの実施形態においては、本明細書において提供される治療用化合物またはポリペプチドの治療的有効量を対象に投与することを含む、移植されたドナー組織を有する対象における移植片対宿主病（ＧＶＨＤ）の治療方法を提供する。
幾つかの実施形態においては、本明細書において提供される治療用化合物またはポリペプチドの治療的有効量を投与し、それにより対象を治療することを含む、自己免疫障害を有する対象または自己免疫障害のリスクを有する対象または自己免疫障害の高いリスクを有する対象の治療方法を提供する。
図１は、本明細書において提供されるポリペプチドの非限定的な例示を示す。 図２は、本明細書において提供されるポリペプチドの非限定的な例示を示す。 図３は、本明細書において提供されるポリペプチドの非限定的な例示を示す。
詳細な説明
本明細書中で用いる「約」なる語は、特に示されていない限り、それが修飾する値の±１０％を意味すると意図される。したがって、約１００は９５～１０５を意味する。
本明細書および添付の特許請求の範囲において用いる単数形は、文脈が明確に別段の定めをしていない限り、複数の指示対象を含む。
本明細書中で用いる「動物」なる語は、ヒト、および非ヒト脊椎動物、例えば野生動物、飼育動物および家畜を含むが、これらに限定されるものではない。
本明細書中で用いる「接触」なる語は、インビトロ系またはインビボ系において２つの要素を一緒にすることを意味する。例えば、治療用化合物を個体または患者または細胞と「接触させる」は、ヒトのような個体または患者に化合物を投与すること、ならびに例えば、標的を含有する細胞調製物または精製調製物を含有するサンプル内に化合物を導入することを含む。
本明細書中で用いる「含む」（および「含む」の任意の形態、例えば「含み」、「含んで」および「含まれる」）、「有する」（および「有する」の任意の形態、例えば「有し」および「有しており」）、「包含する」（および「包含する」の任意の形態、例えば「包含し」および「包含しており」）、または「含有する」（および「含有する」の任意の形態、例えば「含有し」および「含有しており」）は包括的または無制限的（ｏｐｅｎ－ｅｎｄｅｄ）であり、列挙されていない追加的な要素または方法工程を除外しない。「含む」なる語を用いて示される任意の組成物または方法はまた、列挙されている成分または要素からなる、またはそれらから構成される、またはそれらから本質的になる組成物をも示すと理解されるべきである。
異なるドメインまたは異種配列を有するタンパク質に関して用いられる場合の本明細書中で用いる「融合」または「結合」なる語は、タンパク質ドメインが、ペプチド結合または他の共有結合で互いに連結された同一ペプチド鎖の一部であることを意味する。該ドメインまたは断片は互いに直接的に連結または融合されることが可能であり、あるいは、別のドメインまたはペプチド配列がそれらの２つのドメインまたは配列の間に存在することが可能であり、そのような配列は互いに融合または連結されていると尚も見なされる。幾つかの実施形態においては、本明細書において提供される種々のドメインまたはタンパク質は互いに直接的に、またはリンカー配列（例えば、それらの２つのドメインを互いに連結する本明細書に記載されているグリシン／セリン配列）に連結または融合される。
本明細書中で用いる「個体」、「対象」または「患者」なる語は互換的に用いられ、哺乳動物、例えばマウス、ラット、他の齧歯類、ウサギ、イヌ、ネコ、ブタ、ウシ、ヒツジ、ウマまたは霊長類、例えばヒトを含む任意の動物を意味する。
本明細書中で用いる「阻害」（「抑制」）なる語は、結果、症状または活性を阻害（抑制）する化合物の非存在下の活性または結果と比較して、結果、症状または活性が低減していることを意味する。幾つかの実施形態においては、結果、症状または活性は約または少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％または９９％阻害される。結果、症状または活性は、それが完全に排除され、または消失した場合にも、阻害されたことになりうる。
本明細書中で用いる「それを要する」なる句は、対象が特定の方法または治療を要すると確認されていることを意味する。幾つかの実施形態においては、該確認は任意の診断手段によるものでありうる。本明細書に記載されている方法および治療のいずれにおいても、対象はそれを要しうる。幾つかの実施形態においては、対象は、特定の疾患、障害または状態が蔓延している環境にいる、あるいはその環境へ移動する予定である。
本明細書中で用いる「Ｘ～Ｙの整数」なる句は、端点を含む任意の整数を意味する。例えば、「Ｘ～Ｙの整数」なる句は１、２、３、４または５を意味する。
本明細書中で用いる「哺乳動物」なる語は齧歯類（すなわち、マウス、ラットまたはモルモット）、サル、ネコ、イヌ、ウシ、ウマ、ブタまたはヒトを意味する。幾つかの実施形態においては、哺乳動物はヒトである。
幾つかの実施形態においては、ポリペプチドを本明細書において提供する。ポリペプチドは化合物とも称されうる。幾つかの実施形態においては、ポリペプチドは治療用化合物である。幾つかの実施形態においては、治療用化合物は、互いに相互作用する複数の鎖を有するタンパク質またはポリペプチドである。ポリペプチドは、非共有結合性相互作用、または共有結合性相互作用、例えばジスルフィド結合または他の共有結合により、互いに相互作用しうる。したがって、ある実施形態が治療用化合物に関するものである場合、それは、本明細書において提供されるタンパク質またはポリペプチドに関するものであるとも言え、文脈によってはその逆も同様である。
本明細書中で用いる「眼科的に許容される」なる句は、治療される眼もしくはその機能に、または治療される対象の全身健康状態に持続的な悪影響を及ぼさないことを意味する。しかし、軽度の刺激または「刺すような」感覚のような一過性の影響は薬物の局所的眼投与によく見られるものであり、そのような一過性の影響の存在は、問題の組成物、製剤または成分（例えば、賦形剤）が、本明細書で定義されている「眼科的に許容される」と矛盾しないと認識される。幾つかの実施形態においては、医薬組成物は、眼科的に許容されるもの、または眼投与に適したものでありうる。
特定の抗原、標的またはエピトープに対する「特異的結合」またはそれらに「特異的に結合する」またはそれらに「特異的である」は、測定可能な様態で非特異的相互作用とは異なる結合を意味する。特異的結合は、例えば、一般に結合活性を有さない類似構造の分子である対照分子の結合と比較して分子の結合を決定することにより測定されうる。例えば、特異的結合は、標的に類似している対照分子との競合により決定されうる。
特定の抗原、標的またはエピトープに対する特異的結合は、例えば、少なくとも約１０－４Ｍ、少なくとも約１０－５Ｍ、少なくとも約１０－６Ｍ、少なくとも約１０－７Ｍ、少なくとも約１０－８Ｍ、少なくとも約１０－９Ｍ、あるいは少なくとも約１０－１０Ｍ、少なくとも約１０－１１Ｍ、少なくとも約１０－１２Ｍまたはそれ以上の、抗原またはエピトープに対するＫＤを有する抗体により示されうる。ここで、ＫＤは特定の抗体－標的相互作用の解離速度を意味する。典型的には、抗原または標的に特異的に結合する抗体は、抗原またはエピトープと比較して、対照分子に対して少なくとも２倍、４倍、５倍、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍、５００倍、１０００倍、５，０００倍、１０，０００倍またはそれ以上のＫＤを有するであろう。
幾つかの実施形態においては、特定の抗原、標的またはエピトープに対する特異的結合は、例えば、対照と比較して、標的、抗原またはエピトープに対して少なくとも２倍、４倍、５倍、２０倍、５０倍、１００倍、５００倍、１０００倍、５，０００倍、１０，０００倍またはそれ以上の、標的、抗原またはエピトープに対するＫＡまたはＫａを有する抗体により示されうる。ここで、ＫＡまたはＫａは特定の抗体－抗原相互作用の会合速度を意味する。
本開示は、例えば、ＰＤ－１アゴニストとして作用しうる分子を提供する。幾つかの実施形態においては、アゴニストは、ＰＤ－１に結合する複数の抗原結合ドメインを含む抗体またはポリペプチドである。特定の理論に束縛されるものではないが、ＰＤ－１のアゴニズムはＴ細胞の活性化／シグナル伝達を阻害し、種々のメカニズムにより達成されうる。例えば、架橋はアゴニズムをもたらす可能性があり、ビーズに結合した機能的なＰＤ－１アゴニストが記載されている（Ａｋｋａｙａ．Ｐｈ．Ｄ．Ｔｈｅｓｉｓ：Ｍｏｄｕｌａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ＰＤ－１ ｐａｔｈｗａｙ ｂｙ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｙ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｓｕｐｅｒａｇｏｎｉｓｔｓ．Ｃｈｒｉｓｔ Ｃｈｕｒｃｈ Ｃｏｌｌｅｇｅ，Ｏｘｆｏｒｄ，ＵＫ，２０１２；これを参照により本明細書に組み入れることとする）。重複しないエピトープに結合する２つのｍＡｂとのＰＤ－１の架橋はＰＤ－１シグナル伝達を誘導する（Ｄａｖｉｓ，ＵＳ２０１１／０１７１２２０；これを参照により本明細書に組み入れることとする）。もう１つの例は、ヤギ抗ＰＤ－１抗血清（例えば、ＡＦ１０８６、Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ）（これを参照により本明細書に組み入れることとする）の使用により例示され、これは、可溶性である場合にアゴニストとして作用する（Ｓａｉｄら，２０１０，Ｎａｔ Ｍｅｄ；これを参照により本明細書に組み入れることとする）。本実施形態で使用されうるＰＤ－１アゴニストの非限定的な例はＵＣＢクローン１９またはクローン１０、ＰＤ１ＡＢ－１、ＰＤ１ＡＢ－２、ＰＤ１ＡＢ－３、ＰＤ１ＡＢ－４およびＰＤ１ＡＢ－５、ＰＤ１ＡＢ－６（Ａｎａｐｔｙｓ／Ｃｅｌｇｅｎｅ）、ＰＤ１－１７、ＰＤ１－２８、ＰＤ１－３３およびＰＤ１－３５（Ｃｏｌｌｉｎｓら，ＵＳ２００８／０３１１１１７ Ａ１）、ＰＤ－１に対する抗体ならびにそれらの使用を包含し（これらに限定されるものではない）、または二重特異性一価抗ＰＤ－１／抗ＣＤ３（Ｏｎｏ）などでありうる。幾つかの実施形態においては、ＰＤ－１アゴニスト抗体は、ＰＤ－１へのＰＤ－Ｌ１の結合を遮断する抗体でありうる。幾つかの実施形態においては、ＰＤ－１アゴニスト抗体は、ＰＤ－１へのＰＤ－Ｌ１の結合を遮断しない抗体でありうる。幾つかの実施形態においては、抗体はＰＤ－１のアンタゴニストとして作用しない。
幾つかの実施形態においては、アゴニストは、本明細書において提供される抗体である。
ＰＤ－１アゴニズムは、実施例に記載されている方法のような任意の方法により測定されうる。例えば、ベータ－ガラクトシダーゼ「酵素ドナー」に融合したヒトＰＤ－１ポリペプチドと２）ベータ－ガラクトシダーゼ「酵素アクセプター」に融合したＳＨＰ－２ポリペプチドとを含む構築物を発現（安定発現を含む）する細胞を構築することが可能である。いずれの理論によっても束縛されるものではないが、ＰＤ－１が関与する場合、ＳＨＰ－２がＰＤ－１にリクルートメントされる。酵素アクセプターおよび酵素ドナーは、アッセイ可能な完全に活性なベータ－ガラクトシダーゼ酵素を形成する。該アッセイはＰＤ－１アゴニズムを直接的には示さないが、ＰＤ－１シグナル伝達の活性化を示す。ＰＤ－１アゴニズムは、Ｔ細胞活性化の阻害を測定することによっても測定されうる。なぜなら、いずれの理論によっても束縛されるものではないが、ＰＤ－１アゴニズムは抗ＣＤ３誘導性Ｔ細胞活性化を阻害するからである。例えば、ＰＤ－１アゴニズムは、ＰＤ－１を発現するようにＴ細胞をＰＨＡ（ヒトＴ細胞の場合）またはＣｏｎＡ（マウスＴ細胞の場合）で予め活性化することにより測定されうる。ついで、ＰＤ－１アゴニズムアッセイのために、抗ＰＤ－１（またはＰＤ－Ｌ１）の存在下、該細胞を抗ＣＤ３で再活性化させることが可能である。抗ＣＤ３の存在下でＰＤ－１アゴニストシグナルを受け取ったＴ細胞は、抗ＣＤ３刺激のみと比較して低減した活性化を示す。活性化は、増殖またはサイトカイン産生（ＩＬ－２、ＩＦＮγ、ＩＬ－１７）または他のマーカー、例えばＣＤ６９活性化マーカーにより読み取られうる。したがって、ＰＤ－１アゴニズムはサイトカイン産生または細胞増殖のいずれかにより測定されうる。ＰＤ－１アゴニズムを測定するためには、他の方法も使用されうる。
ＰＤ－１は、活性化Ｔ細胞およびその他の免疫細胞上で発現されるＩｇスーパーファミリーメンバーである。ＰＤ－１の天然リガンドはＰＤ－Ｌ１およびＰＤ－Ｌ２であるらしい。いずれの特定の理論にも束縛されるものではないが、ＰＤ－Ｌ１またはＰＤ－Ｌ２が活性化Ｔ細胞上のＰＤ－１に結合すると、抑制性シグナル伝達カスケードが開始されて、活性化Ｔエフェクター細胞の機能が低下する。したがって、Ｔ細胞上のＰＤ－１と別の細胞（例えば、腫瘍細胞）上のＰＤ－Ｌ１／２との間の相互作用をＰＤ－１アンタゴニストで遮断することはチェックポイント阻害として公知であり、Ｔ細胞の抑制を解除する。対照的に、ＰＤ－１アゴニスト抗体はＰＤ－１に結合し、抑制性シグナルを送り、Ｔ細胞の機能を低下させうる。したがって、ＰＤ－１アゴニスト抗体は、本明細書に記載されている種々の実施形態に組み込まれうる。
幾つかの実施形態においては、ＰＤ－１に結合しうる分子の部分は、例えばポリペプチドにおける同一タンパク質分子のメンバーとして、互いに、直接的にまたはリンカーを介して、共有結合または非共有結合により物理的につながれうる。幾つかの実施形態においては、これは融合タンパク質と称されることが可能であり、この場合、異なる結合部分が、化学的リンカーまたはペプチドリンカーを介して、一緒に融合している。そのようなリンカーの非限定的な例は本明細書に記載されている。幾つかの実施形態においては、ＰＤ－１に結合しうるエフェクター部分（エフェクター結合／調節部分とも称されうる）は、ポリペプチド、例えば限定的なものではないが、融合タンパク質、例えば別個のドメインにおいて提供される。幾つかの実施形態においては、エフェクター結合／調節部分のそれぞれは単鎖フラグメント可変（ｓｃＦｖ）ドメインまたはＦａｂドメインを含む。幾つかの実施形態においては、治療用タンパク質分子、または治療用タンパク質分子をコードする核酸、例えばｍＲＮＡもしくはＤＮＡが対象に投与されうる。幾つかの実施形態においては、複数のエフェクター分子結合／調節部分が、第３の実体（エンティティ）、例えば担体、例えばポリマー担体、デンドリマー、または粒子、例えばナノ粒子に連結されている。
本明細書に開示されている治療用化合物を使用して、レシピエント組織の免疫攻撃をドナー免疫細胞、例えばドナーＴ細胞がもたらす能力を最小化することにより、ＧＶＨＤを阻害する方法を、本明細書において提供する。
また、例えば免疫系の調節をもたらすために、本明細書に開示されている治療用化合物を投与することによる、対象における自己免疫障害または応答の治療方法、例えば治療的治療（治療的処置）方法または予防的治療方法（または予防方法）を、本明細書において提供する。幾つかの実施形態においては、該調節は全身性である。幾つかの実施形態においては、該方法は、対象組織に対する寛容、対象組織の拒絶の最小化、対象組織に対する免疫エフェクター細胞媒介性損傷の最小化、または対象組織の機能の延長をもたらす。非限定的な例示的な組織には、膵臓、ミエリン、唾液腺、滑膜細胞、腸、皮膚、腎臓、肺および筋細胞が含まれるが、これらに限定されるものではない。
本明細書中で用いる「治療する」、「治療される」または「治療」は治療的治療（治療的処置）に関するものであり、ここで、その目的は、望ましくない生理的状態、障害もしくは疾患を減速させる（軽減する）こと、または有益な若しくは望ましい臨床結果を得ることである。例えば、有益なまたは望ましい臨床結果には、限定的なものではないが以下のものが含まれる：症状の軽減；状態、障害または疾患の程度の低減；状態、障害または疾患の安定化した（すなわち、悪化していない）状態；状態、障害または疾患の進行の開始の遅延または減速；検出可能か検出不能かを問わず、状態、障害または疾患状態の（部分的または全体的な）改善または寛解；必ずしも患者により認識可能であるとは限らない少なくとも１つの測定可能な物理的パラメータの改善；あるいは状態、障害または疾患の向上または改善。治療は、過度な副作用を伴うことなく臨床的に重要な応答を誘発することを含む。治療はまた、治療を受けなかった場合の予想生存期間と比較して生存期間を延長させることをも含む。したがって、「自己免疫疾患／障害の治療」は、自己免疫疾患／障害または本明細書に記載されている他の状態に関連する一次的な現象または二次的症状のいずれかを緩和または改善する活動を意味する。本明細書には種々の疾患または状態が記載されている。治療的治療はまた、疾患発生前の疾患または状態を予防または軽減するために予防的に投与されうる。
幾つかの実施形態においては、治療用化合物の投与は、障害が明らかになった後で開始される。幾つかの実施形態においては、治療用化合物の投与は、障害の発生前または完全な発生前に開始される。幾つかの実施形態においては、治療用化合物の投与は、例えば、障害を有する対象、高リスク対象、障害のリスクまたは存在に関するバイオマーカーを有する対象、障害の家族歴または障害のリスクもしくは無症候性存在の他の指標を有する対象において、障害の発生前または完全な発生前に開始される。例えば、幾つかの実施形態においては、膵島細胞損傷を有するが、まだ糖尿病ではない対象が治療される。
特に示されていない限り、本明細書中で用いる全ての科学技術用語は、これらの実施形態が属する当業者によって一般に理解されるのと同じ意味を有する。本実施形態の実施または試験においては、本明細書に記載されているものと類似または同等の方法および材料が使用されうるが、後記においては適切な方法および材料が記載されている。本明細書中で言及されている全ての刊行物、特許出願、特許およびその他の参考文献の全体を参照により本明細書に組み入れることとする。また、材料、方法および例は例示的であるに過ぎず、限定的であるとは意図されない。見出し、小見出し、または番号付き若しくは文字付きの要素、例えば（ａ）、（ｂ）、（ｉ）などは、読みやすくするために示されているに過ぎない。本明細書における見出しまたは番号付き若しくは文字付きの要素の使用は、工程または要素がアルファベット順で実施されること、あるいは工程または要素が必ずしも互いに独立していることを要しない。実施形態の他の特徴、目的および利点は本明細書および図面から、ならびに特許請求の範囲から明らかとなるであろう。
追加的な定義
特に示されていない限り、本明細書中で用いる全ての科学技術用語は、実施形態が関係する当業者によって一般に理解されるのと同じ意味を有する。本実施形態の記載および特許請求においては、以下の用語およびそれ以外に本出願の全体にわたって参照される用語は、定義が提供されている場合、それが定義されているとおりに用いられる。
また、本明細書中で用いる用語は、特定の実施形態を記載する目的のものであるに過ぎず、限定的であるとは意図されないと理解されるべきである。
抗体は、その語が本明細書中で用いられている場合には、少なくとも１つの機能的免疫グロブリン可変ドメイン配列を含むポリペプチド、例えば免疫グロブリン鎖またはそのフラグメントを意味する。抗体分子は抗体（例えば、完全長抗体）および抗体フラグメントを包含する。幾つかの実施形態においては、抗体分子は完全長抗体の抗原結合性もしくは機能的フラグメントまたは完全長免疫グロブリン鎖を含む。例えば、完全長抗体は、天然に存在する又は正常な免疫グロブリン遺伝子断片組換えプロセスにより形成される免疫グロブリン（Ｉｇ）分子（例えば、ＩｇＧ抗体）である。実施形態においては、抗体分子は、免疫グロブリン分子の免疫学的に活性な抗原結合性部分、例えば抗体フラグメントを意味する。抗体フラグメント、例えば機能的フラグメントは、抗体の一部分、例えばＦａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆ（ａｂ）２、可変フラグメント（Ｆｖ）、ドメイン抗体（ｄＡｂ）または単鎖可変フラグメント（ｓｃＦｖ）を含む。機能的抗体フラグメントは、無傷（例えば、完全長）抗体により認識されるものと同じ抗原に結合する。「抗体フラグメント」または「機能的フラグメント」なる語は、可変領域からなる単離されたフラグメント、例えば、重鎖および軽鎖の可変領域からなる「Ｆｖ」フラグメント、または軽鎖可変領域と重鎖可変領域とがペプチドリンカーにより連結された組換え単鎖ポリペプチド分子（「ｓｃＦｖタンパク質」）をも含む。幾つかの実施形態においては、抗体フラグメントは、抗原結合活性を有さない抗体の部分、例えばＦｃフラグメントまたは単一アミノ酸残基を含まない。例示的な抗体分子には、完全長抗体、ならびに抗体フラグメント、例えばｄＡｂ（ドメイン抗体）、単鎖、Ｆａｂ、Ｆａｂ’およびＦ（ａｂ’）２フラグメントおよび単鎖可変フラグメント（ｓｃＦｖ）が含まれる。
「抗体」なる語は、「ｓｄＡｂ」または「ＶＨＨ」とも称される単一ドメイン抗体またはドメイン抗体の全体または抗原結合性フラグメントをも含む。ドメイン抗体は、独立した抗体フラグメントとして機能しうるＶＨまたはＶＬのいずれかを含む。また、ドメイン抗体には、重鎖のみの抗体（ＨＣＡｂ）が含まれる。ドメイン抗体は、ＣＤＲループがグラフティングされる基礎スカフォールドとしての、ＩｇＧのＣＨ２ドメインをも含む。それは、３つの相補性決定領域により分断されている４つのフレームワーク領域から構成されるアミノ酸配列を含むポリペプチドまたはタンパク質としても一般に定義されうる。これは、ＦＲ１－ＣＤＲ１－ＦＲ２－ＣＤＲ２－ＦＲ３－ＣＤＲ３－ＦＲ４として表される。ｓｄＡｂはラマのようなラクダ科動物において産生されうるが、当技術分野で周知の技術を用いる合成法によっても作製されうる。ｓｄＡｂまたはポリペプチドのアミノ酸残基の番号付けは、Ｋａｂａｔら（“Ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｏｆ ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ ｉｎｔｅｒｅｓｔ，”ＵＳ Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，ＮＩＨ Ｂｅｔｈｅｓｄａ，ＭＤ，Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ Ｎｏ．９１：これを参照により本明細書に組み入れることとする）により示された、ＶＨドメインに関する一般的番号付けに準拠している。この番号付けによれば、ｓｄＡｂのＦＲ１は１～３０位のアミノ酸残基を含み、ｓｄＡｂのＣＤＲ１は３１～３６位のアミノ酸残基を含み、ｓｄＡｂのＦＲ２は３６～４９位のアミノ酸を含み、ｓｄＡｂのＣＤＲ２は５０～６５位のアミノ酸残基を含み、ｓｄＡｂのＦＲ３は６６～９４位のアミノ酸残基を含み、ｓｄＡｂのＣＤＲ３は９５～１０２位のアミノ酸残基を含み、ｓｄＡｂのＦＲ４は１０３～１１３位のアミノ酸残基を含む。ドメイン抗体はＷＯ２００４０４１８６２およびＷＯ２０１６０６５３２３にも記載されており、それらのそれぞれを参照により本明細書に組み入れることとする。
抗体または抗体分子は単一特異性（例えば、１価または２価）、二重特異性（例えば、２価、３価、４価、５価または６価）、三重特異性（例えば、３価、４価、５価または６価）であることが可能であり、あるいはより高次の特異性（例えば、四重特異性）、および／または６価を超える、より高い価数を有しうる。抗体分子は軽鎖可変領域の機能的フラグメントおよび重鎖可変領域の機能的フラグメントを含むことが可能であり、あるいは重鎖と軽鎖とが一緒に融合して単一ポリペプチドとなっていることが可能である。
本明細書中で用いるテトラド（ｔｅｔｒａｄ、四成分）なる語は、本明細書に記載されているポリペプチドまたは抗体を指す場合、エフェクター部分の２つのセットを含み、エフェクター部分の前記の２つのセットは、それぞれ個々に、２つの結合ドメインを含んでいて、該ポリペプチドにおいて合計４つの結合ドメインを提供する。
本明細書中で用いる「モノパラトピック（ｍｏｎｏｐａｒａｔｏｐｉｃ）」なる語は、本明細書に記載されている治療用化合物、分子または抗体に関するものであり、ここで、本明細書に記載されている治療用化合物、分子または抗体は同一結合ドメインを含んでいて、それらは同一エピトープに結合する。幾つかの実施形態においては、本明細書において提供されるポリペプチドはモノパラトピックではない。例えば、幾つかの実施形態においては、ポリペプチドは、異なるエピトープに結合する少なくとも２つの異なる結合ドメインを含む。したがって、幾つかの実施形態においては、ポリペプチドは「バイパラトピック（ｂｉｐａｒａｔｏｐｉｃ）」と称されうる。
本明細書中で用いる「バイパラトピック」なる語は、本明細書に記載されている治療用化合物、分子または抗体に関するものであり、ここで、本明細書に記載されている治療用化合物、分子または抗体は、互いに重複しないエピトープを含む異なるエピトープに結合する異なる結合ドメインを含む。幾つかの実施形態においては、ポリペプチドは２つの異なるエピトープのみに結合する。幾つかの実施形態においては、ポリペプチドは３つまたは４つの異なるエピトープに結合する。
本明細書中で用いる「モノパラトピックテトラド」または「バイパラトピックテトラド」は、本明細書に記載されている治療用化合物、分子または抗体に関するものであり、ここで、本明細書に記載されている治療用化合物、分子または抗体は、標的に結合する結合ドメインを含む第１エフェクター部分と第２エフェクター部分との２つのセットを含む。
そのような分子の非限定的な例を図１、図２および図３に示す。
例えば、図１は、本明細書に記載されているモノパラトピックテトラド分子の非限定的な立体配置を示す。図１を参照すると、それは第１エフェクター部分（１０）を例示しており、これは２つのＦａｂ部分（ドメイン）（２０）および（２５）を含み、これらは、本明細書に記載されているＦｃ分子（３０）および（３５）に連結されており、これらは、ペプチドまたは化学的リンカー（６０）および（６５）を介して第２エフェクター部分（４０）に連結されており、これは２つのｓｃＦｖ部分（５０）および（５５）を含む。
幾つかの実施形態においては、Ｆａｂ部分（２０）および（２５）のそれぞれ、ならびにｓｃＦＶ分子（５０）および（５５）のそれぞれは、同じ分子および同じエピトープに結合する。本明細書に記載されているとおり、それらはＰＤ－１に結合しうる。幾つかの実施形態においては、ＦＡｂおよびｓｃＦＶは、ＰＤ１ＡＢ４、ＰＤ１ＡＢ２５、ＰＤ１ＡＢ３０、ＰＤ１ＡＢ５３、ＰＤ１ＡＢ３７または本明細書において提供される任意の他のＣＤＲセットのＣＤＲを含む。
図２は、本明細書において提供されるバイパラトピックテトラド分子の非限定的な立体配置を示す。例えば、図２を参照すると、これは第１エフェクター部分（１０）を例示しており、これは２つのＦａｂ分子（２０）および（２５）を含み、これらは、本明細書に記載されているＦｃ分子（３０）および（３５）に連結されており、これらは、ペプチドまたは化学的リンカー（６０）および（６５）を介して第２エフェクター部分（４０）に連結されており、これは２つのｓｃＦｖ部分（５０）および（５５）を含む。幾つかの実施形態においては、Ｆａｂ部分（ドメイン）（２０）および（２５）のそれぞれ、ならびにｓｃＦＶ部分（５０）および（５５）のそれぞれは、同じ分子に結合するが、異なるエピトープにエピトープに結合する。例えば、幾つかの実施形態においては、ＦＡｂ（２０）およびＦＡｂ（２５）は標的分子上の第１エピトープに結合し、ｓｃＦＶ（５０）および（５５）は同一標的分子上の第２エピトープに結合する。幾つかの実施形態においては、エピトープは重複しない。幾つかの実施形態においては、ＦＡｂ（２５）およびｓｃＦｖ（５５）は第１エピトープに結合し、ＦＡｂ（２０）およびｓｃＦｖ（５０）は同一標的分子上の第２エピトープに結合する。幾つかの実施形態においては、ＦＡｂ（２０）、Ｆａｂ（２５）、ｓｃＦｖ（５０）およびｓｃＦｖ（５５）のそれぞれが同一標的分子上の異なるエピトープに結合する。幾つかの実施形態においては、ＦＡｂ（２０）、Ｆａｂ（２５）、ｓｃＦｖ（５０）およびｓｃＦｖ（５５）のうちの２つが標的分子上の第１エピトープに結合し、ＦＡｂ（２０）、Ｆａｂ（２５）、ｓｃＦｖ（５０）およびｓｃＦｖ（５５）のうちの残りの２つが標的分子上の第２エピトープに結合する。幾つかの実施形態においては、標的分子は同一標的分子である。幾つかの実施形態においては、標的分子は異なる。本開示の全体にわたって、異なるエピトープに言及されている場合、エピトープは重複しないこと（すなわち、同じ残基のいずれをも共有しないこと）が可能であり、あるいは、それらは重複すること（すなわち、それらは、同じ残基の幾つかを共有するが、残基の全く同じセットには結合しないこと）が可能である。本明細書に記載されているとおり、幾つかの実施形態においては、異なるエピトープは重複しない。本明細書に記載されているとおり、本明細書中で言及されているＦＡｂおよびｓｃＦＶはＰＤ－１に結合しうる。幾つかの実施形態においては、ＦＡｂおよびｓｃＦＶは、ＰＤ１ＡＢ４、ＰＤ１ＡＢ２５、ＰＤ１ＡＢ３０、ＰＤ１ＡＢ５３、ＰＤ１ＡＢ３７または本明細書において提供される任意の他のＣＤＲセットのＣＤＲを含む。
図３を参照すると、幾つかの実施形態においては、該分子のｓｃＦｖ部分における可変鎖はジスルフィド結合（７０）および（７５）により連結（例えば、安定化）されている。いずれの特定の理論にも束縛されるものではないが、ジスルフィド結合は、ｓｃＦｖ形態の結合ドメインを安定化するのに役立ちうる。幾つかの実施形態においては、該分子は、ｓｃＦｖ形態のドメインを連結するジスルフィド結合の１以上を含まない。
また、図１、図２および図３を参照すると、ＦＡｂドメインは、鎖１のポリペプチドのヒンジ領域におけるジスルフィド結合、例えば、ＣＨ１ドメインとＣＨ２ドメインとの間のジスルフィド結合により連結されうる。
エフェクターは、その語が本明細書中で用いられている場合には、免疫応答をもたらす実体、例えば細胞または分子、例えば可溶性分子または細胞表面分子を意味する。
本明細書中で用いるエフェクターリガンド結合分子は、エフェクターの天然カウンター（ｃｏｕｎｔｅｒ）リガンドからの十分な配列を有するポリペプチドであって、それがエフェクター結合／調節分子として働きうるのに十分な特異性でそれがエフェクターに結合しうるポリペプチドを意味する。幾つかの実施形態においては、それは、天然に存在するカウンターリガンドのアフィニティの少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または９５％でエフェクターに結合する。幾つかの実施形態においては、それはエフェクターの天然カウンターリガンドに対して少なくとも６０、７０、８０、９０、９５、９９または１００％の配列同一性を有し、あるいは、エフェクターの天然カウンターリガンドに対して実質的な配列同一性を有する。
本明細書中で用いる上昇したリスク（リスクの上昇）は対象における障害のリスクに関するものであり、ここで、対象は、該障害もしくは該障害の症状の病歴、該障害もしくは該障害の症状に関連するバイオマーカー、該障害または該障害の症状の家族歴のうちの１以上を有する。
配列同一性、同一性の割合および関連用語は、それらの語が本明細書中で用いられる場合には、２つの配列、例えば２つの核酸配列または２つのアミノ酸もしくはポリペプチド配列の関連性を意味する。アミノ酸配列の文脈において、「実質的に同一」なる語は、第１のアミノ酸配列と第２のアミノ酸配列とが共通の構造ドメインおよび／または共通の機能活性を有しうるように、ｉ）第２のアミノ酸配列における整列（アライメント）されたアミノ酸残基と同一である、またはｉｉ）第２のアミノ酸配列における整列されたアミノ酸残基の保存的置換である、十分な数または最小数のアミノ酸残基を含有する第１のアミノ酸を意味するものとして本明細書において用いられる。例えば、参照配列（例えば、本明細書において提供される配列）に対して少なくとも約８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％の同一性を有する共通の構造ドメインを含有するアミノ酸配列が挙げられる。
ヌクレオチド配列の文脈において、「実質的に同一」なる語は、第１のヌクレオチド配列と第２のヌクレオチド配列とが、共通の機能的活性を有するポリペプチドをコードする、あるいは共通の構造ポリペプチドドメインまたは共通の機能的ポリペプチド活性をコードするように、第２の核酸配列における整列されたヌクレオチドと同一である十分な数または最小数のヌクレオチドを含有する第１の核酸配列を意味するものとして本明細書において用いられる。例えば、参照配列（例えば、本明細書において提供される配列）に対して少なくとも約８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％の同一性を有するヌクレオチド配列が挙げられる。
「機能的変異体」なる語は、天然に存在する配列と実質的に同一のアミノ酸配列を有する、または実質的に同一のヌクレオチド配列によりコードされるポリペプチドであって、天然に存在する配列の活性の１以上を有しうるポリペプチドを意味する。
配列間の相同性または配列同一性（これらの語は本明細書においては互換的に用いられる）の計算は以下のとおりに行われる。
２つのアミノ酸配列または２つの核酸配列の同一性の割合を決定するために、最適な比較目的のために配列を整列（アライメント）させる（例えば、最適なアライメントのために、第１のアミノ酸配列または核酸配列と第２のアミノ酸配列または核酸配列との一方または両方においてギャップが導入可能であり、比較目的では非相同配列は無視されうる）。好ましい実施形態においては、比較目的で整列される参照配列の長さは参照配列の長さの少なくとも３０％、好ましくは少なくとも４０％、より好ましくは少なくとも５０％、６０％、より一層好ましくは少なくとも７０％、８０％、９０％、１００％である。ついで、対応するアミノ酸位置またはヌクレオチド位置におけるアミノ酸残基またはヌクレオチドが比較される。第１の配列における位置が、第２の配列における対応位置と同じアミノ酸残基またはヌクレオチドにより占められている場合、該分子はその位置において同一である（本明細書中で用いる、アミノ酸または核酸の「同一性」は、アミノ酸または核酸の「相同性」と同等である）。
２つの配列間の同一性の割合は、２つの配列の最適なアラインメントのために導入される必要があるギャップの数と各ギャップの長さを考慮した、それらの配列により共有される同一位置の数の関数である。
２つの配列間の配列の比較および同一性の割合の決定は、数学的アルゴリズムを使用して達成されうる。好ましい実施形態においては、２つのアミノ酸配列間の同一性の割合は、Ｂｌｏｓｓｕｍ６２マトリックスまたはＰＡＭ２５０マトリックスのいずれか、ならびに１６、１４、１２、１０、８、６または４のギャップウェイトおよび１、２、３、４、５または６の長さウェイトを使用する、ＧＣＧソフトウェアパッケージ（ｗｗｗ．ｇｃｇ．ｃｏｍにおいて入手可能）におけるＧＡＰプログラムに組み込まれているＮｅｅｄｌｅｍａｎおよびＷｕｎｓｃｈ（（１９７０）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４４－４５３）のアルゴリズムを使用して決定される。更にもう１つの好ましい実施形態においては、２つのヌクレオチド配列間の同一性の割合は、ＮＷＳｇａｐｄｎａ．ＣＭＰマトリックス、ならびに４０、５０、６０、７０または８０のギャップウェイトおよび１、２、３、４、５または６の長さウェイトを使用する、ＧＣＧソフトウェアパッケージ（ｗｗｗ．ｇｃｇ．ｃｏｍにおいて入手可能）におけるＧＡＰプログラムを使用して決定される。特に好ましいセットのパラメーター（および特に示されていない限り使用すべきもの）は、１２のギャップペナルティ、４のギャップ伸長ペナルティおよび５のフレームシフトギャップペナルティを有するＢｌｏｓｓｕｍ６２スコアリングマトリックスである。
２つのアミノ酸またはヌクレオチド配列間の同一性の割合は、ＰＡＭ１２０ウェイト残基表、１２のギャップ長ペナルティおよび４のギャップペナルティを使用する、ＡＬＩＧＮプログラム（バージョン２．０）に組み込まれているＥ．ＭｅｙｅｒｓおよびＷ．Ｍｉｌｌｅｒ（（１９８９）ＣＡＢＩＯＳ，４：１１－１７）のアルゴリズムを使用して決定されうる。
本明細書に記載されている核酸配列およびタンパク質配列は、例えば、他のファミリーメンバーまたは関連配列を特定するために、公開データベースに対して検索を行うために、「クエリ配列」として使用されうる。そのような検索は、Ａｌｔｓｃｈｕｌら（１９９０）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３－１０のＮＢＬＡＳＴおよびＸＢＬＡＳＴプログラム（バージョン２．０）を使用して行われうる。ＢＬＡＳＴヌクレオチド検索は、例えば本明細書において提供される任意の核酸配列に相同なヌクレオチド配列を得るために、ＮＢＬＡＳＴプログラム、スコア＝１００、語長＝１２で行われうる。ＢＬＡＳＴタンパク質検索は、本明細書において提供されるタンパク質分子に相同なアミノ酸配列を得るために、ＸＢＬＡＳＴプログラム、スコア＝５０、語長＝３で行われうる。比較目的でギャップ化（ｇａｐｐｅｄ）アラインメントを得るためには、Ａｌｔｓｃｈｕｌら，（１９９７）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：３３８９－３４０２に記載されているとおりに、ギャップ化ＢＬＡＳＴが利用されうる。ＢＬＡＳＴおよびギャップ化ＢＬＡＳＴプログラムを利用する場合、それぞれのプログラム（例えば、ＸＢＬＡＳＴおよびＮＢＬＡＳＴ）のデフォルトパラメータが使用されうる。ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖを参照されたい。
本明細書中で用いる「低ストリンジェンシー、中ストリンジェンシー、高ストリンジェンシーまたは非常に高いストリンジェンシーの条件下でハイブリダイズする」なる語はハイブリダイゼーションおよび洗浄のための条件を示す。ハイブリダイゼーション反応を行うための指針はＣｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｎ．Ｙ．（１９８９），６．３．１－６．３．６（これを参照により本明細書に組み入れることとする）に見出されうる。水性方法および非水性方法がその参考文献に記載されており、いずれも使用可能である。本明細書中で言及される特定のハイブリダイゼーション条件は以下のとおりである：１）約４５℃における６×塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）中の低ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件、およびそれに続く、少なくとも５０℃（低ストリンジェンシー条件では洗浄温度は５５℃まで増加されうる）における０．２×ＳＳＣ、０．１％ ＳＤＳ中の２回の洗浄；２）約４５℃における６×ＳＳＣ中の中ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件、およびそれに続く、６０℃における０．２×ＳＳＣ、０．１％ ＳＤＳ中の１回以上の洗浄；３）約４５℃における６×ＳＳＣ中の高ストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件、およびそれに続く、６５℃における０．２×ＳＳＣ、０．１％ ＳＤＳ中の１回以上の洗浄；そして好ましくは、４）非常に高いストリンジェンシーのハイブリダイゼーション条件は、６５℃における０．５Ｍ リン酸ナトリウム、７％ ＳＤＳ、およびそれに続く、６５℃における０．２×ＳＳＣ、１％ ＳＤＳでの１回以上の洗浄である。非常に高いストリンジェンシー条件（４）が好ましい条件であり、特に示されていない限り、それを使用すべきである。
本実施形態の分子および化合物は、それらの機能に実質的な影響を及ぼさない追加的な保存的または非必須アミノ酸置換を有しうると理解される。
「アミノ酸」なる語は、天然に存在するアミノ酸の重合体に含められうる、アミノ官能基と酸官能基との両方を含む天然または合成の全ての分子を包含すると意図される。例示的なアミノ酸には、天然に存在するアミノ酸；その類似体、誘導体および同族体；変異側鎖を有するアミノ酸類似体；ならびに前記のいずれかの全ての立体異性体が含まれる。本明細書中で用いる「アミノ酸」なる語はＤ－またはＬ－光学異性体およびペプチド模倣体の両方を含む。
「保存的アミノ酸置換」は、アミノ酸残基が、類似側鎖を有するアミノ酸残基で置換されることである。類似側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは当技術分野において定められている。これらのファミリーには、塩基性側鎖を有するアミノ酸（例えば、リジン、アルギニン、ヒスチジン）、酸性側鎖を有するアミノ酸（例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸）、非荷電極性側鎖を有するアミノ酸（例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、チロシン、システイン）、無極性側鎖を有するアミノ酸（例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン）、ベータ分岐側鎖を有するアミノ酸（例えば、スレオニン、バリン、イソロイシン）、および芳香族側鎖を有するアミノ酸（例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン）が含まれる。
対象は、その語を本明細書中で用いる場合には、哺乳動物対象、例えばヒト対象を意味する。幾つかの実施形態においては、対象はヒト以外の哺乳動物、例えばウマ、イヌ、ネコ、ウシ、ヤギまたはブタである。
本明細書においては特定の抗ＰＤ－１抗体が提供されるが、他の抗ＰＤ－１抗体も使用されうる。驚くべきことに、本明細書において提供されるテトラド形態は、予想されなかったレベルでＰＤ－１アゴニストとなる可能性、およびＰＤ－１アゴニズムをもたらす可能性を提供することが見出された。いずれの特定の理論にも束縛されるものではないが、テトラド・バイパラトピック形態は、単量体抗体またはテトラド・モノパラトピックがもたらしうるものより高いアゴニスト能力をもたらすと考えられ、これは驚くべき結果であった。
ＰＤ－Ｌ１／ＰＤ－１経路
プログラム細胞死タンパク質１（ＰＤ－１と称されることが多い）は、免疫グロブリンスーパーファミリーに属する細胞表面受容体である。ＰＤ－１は、Ｔ細胞、および他の細胞型、例えばＢ細胞、骨髄細胞、樹状細胞、単球、調節性Ｔ細胞、ｉＮＫＴ細胞（これらに限定されるものではない）において発現される。ＰＤ－１は、２つのリガンド、すなわち、ＰＤ－Ｌ１およびＰＤ－Ｌ２に結合し、抑制性免疫チェックポイント分子である。Ｔ細胞上のＴ細胞受容体と抗原負荷ＭＨＣとの結合のコンテクストにおける同族リガンドであるＰＤ－Ｌ１またはＰＤ－Ｌ２との結合はＴ細胞の活性化および機能を最小化し、または妨げる。ＰＤ－１の抑制効果は、リンパ節における抗原特異的Ｔ細胞のアポトーシス（プログラムされた細胞死）の促進と、調節性Ｔ細胞（サプレッサーＴ細胞）のアポトーシスの低減との両方を含みうる。
自己免疫障害
本明細書において提供されるポリペプチドおよびそれの使用方法は、望ましくない自己免疫応答、例えば１型糖尿病、多発性硬化症、心筋炎、白斑、脱毛症、炎症性腸疾患（ＩＢＤ、例えばクローン病または潰瘍性大腸炎）、シェーグレン症候群、巣状分節性糸球体硬化症（ＦＳＧＳ）、強皮症／全身性硬化症（ＳＳｃ）または関節リウマチにおける自己免疫応答を有する対象またはそれを有するリスクのある対象を治療するために使用されうる。幾つかの実施形態においては、治療は、自己免疫攻撃を受けている又はそのリスクのある対象組織の拒絶を最小化し、該対象組織に対する免疫エフェクター細胞媒介性損傷を最小化し、該対象組織の生存を延長する。幾つかの実施形態においては、障害は全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）である。
本明細書に記載されている化合物で治療されうる自己免疫障害および疾患の他の例には、以下のものが含まれるが、それらに限定されるものではない：心筋炎、心筋梗塞後症候群、心膜切開後症候群、亜急性細菌性心内膜炎、抗糸球体基底膜腎炎、間質性膀胱炎、ループス腎炎、膜性糸球体腎症、慢性腎臓病（「ＣＫＤ」）、自己免疫性肝炎、原発性胆汁性肝硬変、原発性硬化性胆管炎、抗合成酵素症候群、円形脱毛症、自己免疫性血管性浮腫、自己免疫性プロゲステロン皮膚炎、自己免疫性蕁麻疹、水疱性類天疱瘡、瘢痕性類天疱瘡、疱疹状皮膚炎、円盤状エリテマトーデス、後天性表皮水疱症、結節性紅斑、妊娠性類天疱瘡、化膿性汗腺炎、扁平苔癬、線状ＩｇＡ病（ｌａｄ）、モルフェア、尋常性天疱瘡、急性痘瘡状苔癬状粃糠疹、ミュシャ・ハーバーマン病、乾癬、全身性強皮症、白斑、アジソン病、自己免疫性多内分泌腺症候群（ＡＰＳ）１型、自己免疫性多内分泌腺症候群（ＡＰＳ）２型、自己免疫性多内分泌腺症候群（ＡＰＳ）３型、自己免疫性膵炎（ＡＩＰ）、真性糖尿病１型、自己免疫性甲状腺炎、オード甲状腺炎、バセドウ病、自己免疫性卵巣炎、子宮内膜症、自己免疫性睾丸炎、シェーグレン症候群、自己免疫性腸疾患、セリアック病、クローン病、顕微鏡的大腸炎、潰瘍性大腸炎、血小板減少症、脂肪症、ドロローザ（ｄｏｌｏｒｏｓａ）、成人発症スティル病、強直性脊椎炎、ＣＲＥＳＴ症候群、薬剤誘発性ループス、付着部炎関連関節炎、好酸球性筋膜炎、フェルティ症候群、ＩｇＧ４関連疾患、若年性関節炎、ライム病（慢性）、混合性結合組織病（ＭＣＴＤ）、回帰性リウマチ、パリー・ロンバーグ症候群、パーソナージ－ターナー症候群、乾癬性関節炎、反応性関節炎、再発性多発軟骨炎、後腹膜線維症、リウマチ熱、関節リウマチ、サルコイドーシス、シュニッツラー症候群、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、未分化結合組織病（ＵＣＴＤ）、皮膚筋炎、線維筋痛症、封入体筋炎、筋炎、重症筋無力症、神経筋強直症、腫瘍随伴性小脳変性症、多発性筋炎、急性散在性脳脊髄炎（ＡＤＥＭ）、急性運動性軸索神経障害、抗Ｎ－メチル－Ｄ－アスパラギン酸（抗ＮＭＤＡ）受容体脳炎、バロー同心円性硬化症、ビッカースタッフ脳炎、慢性炎症性脱髄性多発神経障害、ギラン－バレー症候群、橋本脳症、特発性炎症性脱髄疾患、ランバート－イートン筋無力症症候群、多発性硬化症、オシュトラン症候群、連鎖球菌（ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）感染性小児自己免疫神経精神障害（ＰＡＮＤＡＳ）、進行性炎症性神経障害、レストレスレッグ症候群、全身硬直症候群、シデナム舞踏病、横断性脊髄炎、自己免疫性網膜症、自己免疫性ぶどう膜炎、コーガン症候群、バセドウ眼症、中間部ぶどう膜炎、木質性結膜炎、ムーレン潰瘍、視神経脊髄炎、オプソクローヌス・ミオクローヌス症候群、視神経炎、強膜炎、スザック（Ｓｕｓａｃ’ｓ）症候群、交感性眼炎、トローザ－ハント症候群、自己免疫性内耳疾患（ＡＩＥＤ）、メニエール病、ベーチェット病、多発血管炎性好酸球性肉芽腫症（ＥＧＰＡ）、巨細胞性動脈炎、多発性血管炎性肉芽腫症（ＧＰＡ）、ＩｇＡ血管炎（ＩｇＡＶ）、川崎病、白血球破砕性血管炎、ループス血管炎、リウマチ性血管炎、顕微鏡的多発血管炎（ＭＰＡ）、結節性多発動脈炎（ＰＡＮ）、リウマチ性多発筋痛症、血管炎、原発性免疫不全など。
本明細書に記載されている化合物で治療されうる潜在的な自己免疫障害および疾患ならびに自己免疫併存症の他の例には、以下のものが含まれるが、それらに限定されるものではない：慢性疲労症候群、複合性局所疼痛症候群、好酸球性食道炎、胃炎、間質性肺疾患、ＰＯＥＭＳ症候群、レイノー現象、原発性免疫不全症、壊疽性膿皮症、無ガンマグロブリン血症、アミロイドーシス、筋萎縮性側索硬化症、抗尿細管性基底膜腎炎、アトピー性アレルギー、アトピー性皮膚炎、自己免疫性末梢神経障害、ブラウ症候群、キャッスルマン病、シャーガス病、慢性閉塞性肺疾患、慢性再発性多巣性骨髄炎、補体成分２欠乏症、接触皮膚炎、クッシング症候群、皮膚白血球破砕性血管炎、デゴス病、湿疹、好酸球性胃腸炎、好酸球性肺炎、胎児赤芽球症、進行性骨化性線維異形成症、消化管類天疱瘡、低ガンマグロブリン血症、特発性巨細胞性心筋炎、特発性肺線維症、ＩｇＡ腎症、免疫調節性リポタンパク質、ＩＰＥＸ症候群、木質性結膜炎、マジード症候群、ナルコレプシー、ラスムッセン脳炎、統合失調症、血清病、脊椎関節症、スウィート症候群、高安動脈炎、デュシェンヌ型筋ジストロフィー、ベッカー型筋ジストロフィー、先天性筋ジストロフィー、筋強直性ジストロフィー、顔面肩甲上腕型（ＦＨＳＤ）筋ジストロフィー、四肢帯型筋ジストロフィー、眼咽頭筋ジストロフィー（ＯＰＭＤ）、遠位筋ジストロフィー、エメリー－ドレイフス筋ジストロフィー、肺動脈高血圧症、喘息、慢性鼻副鼻腔炎、過敏性肺炎、非特異的間質性肺炎、子癇前症、流産、反復流産、再生不良性貧血、自己免疫性好中球減少症、自己免疫性溶血性貧血、癌免疫療法関連自己免疫疾患など。
幾つかの実施形態においては、自己免疫障害は尋常性天疱瘡、天疱瘡を含まない。幾つかの実施形態においては、自己免疫疾患は落葉状天疱瘡を含まない。幾つかの実施形態においては、自己免疫障害は水疱性類天疱瘡を含まない。幾つかの実施形態においては、自己免疫障害はグッドパスチャー病を含まない。幾つかの実施形態においては、自己免疫障害は乾癬を含まない。幾つかの実施形態においては、自己免疫障害は皮膚障害を含まない。幾つかの実施形態においては、該障害は腫瘍性障害、例えば癌を含まない。
また、本明細書に記載されているとおり、ＴＬＲ９活性化は形質細胞様樹状細胞におけるＰＤ－１発現の増強を導くことが見出された。ＣｐＧＡによるＴＬＲ９の活性化がインターフェロンの産生を増加させることも判明した。いずれの特定の理論にも束縛されることを望むものではないが、本明細書において提供されるＰＤ－１アゴニストの使用はインターフェロン産生の減少をもたらした。したがって、幾つかの実施形態においては、本明細書において提供される化合物および組成物はインターフェロノパシーを治療するために使用可能であり、このことはこれまでに公知ではなく、ＰＤ－１が形質細胞様樹状細胞の表面上で発現されうることを見出したという驚くべき且つ予想外の結果であった。したがって、本明細書において提供されるＰＤ－１結合性バイパラトピック分子は、ＴＬＲ９媒介性免疫応答を調節するために使用されうる。Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）は自然免疫応答に必須である。なぜなら、それらは幾つかの異なる抗原を認識し、免疫学的／炎症応答、例えばサイトカイン産生、ならびに樹状細胞およびマクロファージの活性化を開始させるからである。特に、ＴＬＲ２、ＴＬＲ３、ＴＬＲ４、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８およびＴＬＲ９は、ウイルスリガンドまたは細菌リガンド、例えば糖タンパク質、一本鎖または二本鎖ＲＮＡ、非メチル化５’－ＣＧ－３’配列含有ポリヌクレオチドを認識する。また、免疫刺激性核酸分子は、哺乳類ＴＬＲ９受容体との相互作用および該受容体を介したシグナル伝達により、免疫応答を刺激する（Ｈｅｍｍｉら（２００２）Ｎａｔ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．３：１９６－２００）。樹状細胞（ＤＣ）の別個のサブセットである形質細胞様樹状細胞（ＰＤＣ）は、エンドソームＴＬＲ活性化を介して、ウイルス感染に応答して、大量のＩ型インターフェロン（ＩＦＮ）を迅速に分泌しうる。いずれの特定の理論にも束縛されるものではないが、自己核酸によるＰＤＣおよびＢ細胞におけるＴＬＲ７およびＴＬＲ９の作用誘発は全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）の病因の鍵である。これは、瀕死細胞からのＤＮＡまたはＲＮＡとの免疫複合体（ＩＣ）を形成するＢ細胞からの抗ＤＮＡおよび抗ＲＮＰ抗体ならびに患者の血液中のＩＦＮ調節遺伝子（ＩＦＮシグネチャー）のアップレギュレーションにより検出されうるＰＤＣからのＩ型ＩＦＮの産生につながりうる。（ＢａｒｒａｔおよびＣｏｆｆｍａｎ，２００８；Ｍａｒｓｈａｋ－Ｒｏｔｈｓｔｅｉｎ，２００６）。ＰＤＣは、活性化されると、血液から、皮膚および腎臓を含む炎症組織へと移動する。ＩＦＮおよびＰＤＣは、ＩＦＮシグネチャにより特徴付けられる他の自己免疫疾患の病因にも関与すると提示されている。実際、Ｉ型ＩＦＮ産生ＰＤＣは、それぞれ真性糖尿病、皮膚筋炎、シェーグレン症候群に罹患した人々の膵臓、筋肉、唾液腺において蓄積し、このことは、ＰＤＣ活性化の調節不全が自己免疫疾患のより一般的な特徴でありうることを強く示唆している（ＢａｒｒａｔおよびＣｏｆｆｍａｎ，２００８；Ｇｕｉｄｕｃｃｉら，２００９；Ｕｅｎｏら，２００７）。
特定の理論によって束縛されることを望むものではないが、本開示は、ＴＬＲ９活性化がＰＤＣ上のＰＤ－１発現の誘導にもつながりうることを示している。ＰＤ－１アゴニズムはＰＤＣのエフェクター機能およびＴＬＲ９媒介性活性化の阻害につながりうる。幾つかの実施形態においては、ＰＤ－１アゴニズムはＰＤＣにおけるＩＦＮ産生の低下または消失をもたらしうる。幾つかの実施形態においては、本明細書に開示されている分子はＰＤ－１アゴニストである。幾つかの実施形態においては、本開示のＰＤ－１アゴニストはＰＤＣにおけるＴＬＲ－９活性を阻害しうる。幾つかの実施形態においては、本開示のＰＤ－１アゴニストの使用によりもたらされるＴＬＲ－９活性の阻害はＰＤＣにおけるＩＦＮの産生の減少または欠如につながりうる。
幾つかの実施形態においては、本開示のＰＤ－１アゴニストは、インターフェロノパシーを治療するために使用されうる。幾つかの実施形態においては、インターフェロノパシーはＩ型インターフェロノパシーである。幾つかの実施形態においては、Ｉ型インターフェロノパシーはエカルディ－グティエール症候群、両側性線条体壊死、リポジストロフィーおよび体温上昇を伴う慢性非定型好中球性皮膚症（ＣＡＮＤＬＥ）、完全非浸透、遺伝性対側性色素異常症、家族性凍瘡状狼瘡、リポジストロフィーを伴う日本型自己炎症症候群（Ｊａｐａｎｅｓｅ ａｕｔｏｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ ｓｙｎｄｒｏｍｅ ｗｉｔｈ ｌｉｐｏｄｙｓｔｒｏｐｈｙ）（ＪＡＳＬ）、関節拘縮、筋萎縮症、小球性貧血、脂肪織炎およびリポジストロフィー（ＪＭＰ）、抗酸菌易感染性を示すメンデル型遺伝性疾患（ＭＳＭＤ）、中条－西村症候群、脳白質ジストロフィーを伴う網膜血管障害（ｒｅｔｉｎａｌ ｖａｓｃｕｌｏｐａｔｈｙ ｗｉｔｈ ｃｅｒｅｂｒａｌ ｌｅｕｋｏｄｙｓｔｒｏｐｈｙ）（ＲＶＣＬ）、痙性対麻痺、乳児期発症ＳＴＩＮＧ関連血管障害（ＳＡＶＩ）、シングルトン－メルテン症候群、または脊椎内軟骨異形成症（ｓｐｏｎｄｙｌｏｃｈｏｎｄｒｏｍａｔｏｓｉｓ）（ＳＰＥＮＣＤ）である。本明細書中で用いるインターフェロノパシーなる語は、以下のタイプのＩＦＮ系障害を含む、先天性または後天性のインターフェロン系の一般的病態を指すと意図される：欠乏症；ＩＦＮ系の麻痺；ウイルス、細菌および突然変異腫瘍細胞に対する不適切な応答；ならびにＩ型ＩＦＮの過剰産生。幾つかの実施形態においては、インターフェロノパシーは自己免疫疾患を含む。幾つかの実施形態においては、自己免疫疾患は全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）である。
幾つかの実施形態においては、インターフェロノパシーの治療を受ける対象は、それを要する対象である。すなわち、対象は、そのようなインターフェロノパシーを治療することを意図して、本明細書において提供される組成物および分子で治療される。
幾つかの実施形態においては、インターフェロノパシーの治療方法を提供する。幾つかの実施形態においては、該方法は、本明細書において提供される分子または組成物を、それを要する対象を含む対象に投与することを含む。幾つかの実施形態においては、該方法は、形質細胞様樹状細胞からのインターフェロンの産生を抑制することを含む。幾つかの実施形態においては、インターフェロン産生は、本明細書において提供されるパラトピックＰＤ－１アゴニストの非存在下で産生されるインターフェロンの量と比較して、約または少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または９５％減少する。
幾つかの実施形態においては、インターフェロンの産生を低減する方法を提供する。幾つかの実施形態においては、該方法は、本明細書において提供される分子または組成物を、それを要する対象を含む対象に投与することを含む。幾つかの実施形態においては、インターフロン産生は、本明細書において提供されるパラトピックＰＤ－１アゴニストの非存在下で産生されるインターフェロンの量と比較して、約または少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または９５％減少する。
幾つかの実施形態においては、対象におけるＴＬＲ９媒介性インターフェロン産生を抑制する方法を提供する。幾つかの実施形態においては、該方法は、本明細書において提供される分子または組成物を、それを要する対象を含む対象に投与することを含む。幾つかの実施形態においては、インターフロン産生は、本明細書において提供されるパラトピックＰＤ－１アゴニストの非存在下で産生されるインターフェロンの量と比較して、約または少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または９５％減少する。
幾つかの実施形態においては、ＴＬＲ９媒介性障害の治療方法を提供する。幾つかの実施形態においては、該方法は、本明細書において提供される分子または組成物を、それを要する対象を含む対象に投与することを含む。幾つかの実施形態においては、ＴＬＲ９媒介性障害はＩ型インターフェロノパシーである。Ｉ型インターフェロノパシーの非限定的な例が本明細書に記載されている。
幾つかの実施形態においては、患者の血液中のＩＦＮ調節遺伝子（ＩＦＮシグネチャー）のアップレギュレーションを抑制する方法を提供する。幾つかの実施形態においては、該方法は、本明細書において提供される分子または組成物を、それを要する対象を含む対象に投与することを含む。幾つかの実施形態においては、抑制される遺伝子はＯＡＳ１、ＩＦＩＴ３、ＭＸ１および／またはＩＦＮ－β１である。
幾つかの実施形態においては、細胞または対象におけるＯＡＳ１、ＩＦＩＴ３、ＭＸ１およびＩＦＮ－β１の発現を抑制する方法を提供する。幾つかの実施形態においては、該方法は、本明細書において提供されるポリペプチド、タンパク質または抗体を対象に投与すること、あるいは本明細書において提供されるポリペプチド、タンパク質または抗体と細胞を接触させることを含む。幾つかの実施形態においては、ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ３、ＭＸ１およびＩＦＮ－β１の発現は遺伝子発現である。幾つかの実施形態においては、細胞は形質細胞様樹状細胞である。幾つかの実施形態においては、形質細胞様樹状細胞は、活性化された形質細胞様樹状細胞である。幾つかの実施形態においては、遺伝子のｍＲＮＡレベルにより測定される遺伝子発現は、本明細書において提供されるポリペプチド、タンパク質または抗体が投与または接触されていない同じ細胞または対象と比較して、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％または９５％抑制される。
幾つかの実施形態においては、本開示のＰＤ－１アゴニストは、ＩｇＧ４関連疾患を治療するために使用されうる。幾つかの実施形態においては、ＩｇＧ４関連疾患は慢性炎症である。幾つかの実施形態においては、ＩｇＧ４関連疾患は、ある範囲の複合的線維炎症性障害である。本明細書において提供されるポリペプチドは、例えば、複数のエフェクター結合／調節部分を含みうる。複数の部分を提示するために、任意の適切なリンカーまたはプラットフォームが使用されうる。リンカーは、典型的には、１以上のエフェクター結合／調節部分に結合または融合しうる。
リンカー領域
他の箇所に記載されているとおり、エフェクター結合／調節部分はリンカー領域により連結されうる。リンカーはペプチドリンカーまたは化学的リンカー（例えば、小分子）でありうる。本明細書に記載されている任意のリンカー領域がリンカーとして使用されうる。例えば、リンカーはＦｃ領域を含みうる。これは部分的に図１および図２に示されている。幾つかの実施形態においては、治療用化合物は、自己会合しうるリンカーを含む。幾つかの実施形態においては、治療用化合物は、自己会合を最小化する部分を有するリンカーを含む。リンカーには、グリシン／セリンリンカーも含まれる。幾つかの実施形態においては、リンカーはグリシン／グルタミン酸／セリンリンカーである。幾つかの実施形態においては、リンカーはアラニン／グルタミン酸／リジンリンカーである。幾つかの実施形態においては、リンカーはグリシン／アラニンリンカーである。幾つかの実施形態においては、リンカーはＧＧＧＧＳ（配列番号４）の１以上の反復を含みうる。幾つかの実施形態においては、リンカーは配列番号４または配列番号８の１、２、３または４回の反復を含む。幾つかの実施形態においては、リンカーはＧＧＧＧＳ（配列番号４）、ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号５）、ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号６）、ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号７）、ＧＧＧＧＡ（配列番号８）、ＧＧＧＧＡＧＧＧＧＡ（配列番号９）、ＧＧＧＧＡＧＧＧＧＡＧＧＧＧＡ（配列番号１０）またはＧＧＧＧＡＧＧＧＧＡＧＧＧＧＡＧＧＧＧＡ（配列番号１１）を含む。幾つかの実施形態においては、リンカーはＧＧＧＳＥＧＧＧＳＥＧＧＧＳＥ（配列番号１）を含む。幾つかの実施形態においては、リンカーはＧＧＧＳＫＧＧＧＳＫＧＧＧＳＫ（配列番号２５８）を含む。幾つかの実施形態においては、リンカーはＡＥＥＥＫＡＥＥＥＫＡＥＥＥＫ（配列番号２６０）を含む。これらのリンカーは、本明細書において提供される治療用化合物、ポリペプチドまたは組成物のいずれにおいても使用されうる。
リンカー領域は、ヘテロ二量体を生成するように修飾された（例えば、突然変異された）Ｆｃ領域を含みうる。幾つかの実施形態においては、Ｆｃ領域のＣＨ３ドメインが突然変異されうる。そのようなＦｃ領域の例は、例えば米国特許第９，５７４，０１０号（その全体が参照により本明細書に組み入れることとする）に見出されうる。本明細書において定められるＦｃ領域はＣＨ３ドメインまたはそのフラグメントを含み、ヒンジ、ＣＨ１またはＣＨ２を含む１以上の追加的な定常領域ドメインまたはそのフラグメントを更に含みうる。Ｆｃアミノ酸残基の番号付けは、Ｋａｂａｔら，１９９１，ＮＩＨ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ ９１－３２４２，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｔｅｃｈｎｉｃａｌ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｓｐｒｉｎｇｆｉｅｌｄ，Ｖａ．におけるＥＵインデックスのものであると理解される。「Ｋａｂａｔ記載のＥＵインデックス」はヒトＩｇＧ１ Ｋａｂａｔ抗体のＥＵインデックス番号を意味する。便宜上、米国特許第９，５７４，０１０号の表Ｂは、ヒトＩｇＧ１由来のＣＨ２およびＣＨ３ドメインのＫａｂａｔ記載のＥＵインデックスに従い番号付けされたアミノ酸を示し、これを参照により本明細書に組み入れることとする。米国特許第９，５７４，０１０号の表１．１は、リンカー領域として使用されうる変異体Ｆｃヘテロ二量体の突然変異を示す。米国特許第９，５７４，０１０号の表１．１を参照により本明細書に組み入れることとする。
幾つかの実施形態においては、リンカーは第１のＣＨ３ドメインポリペプチドおよび／または第２のＣＨ３ドメインポリペプチドを含み、第１および第２のＣＨ３ドメインポリペプチドは、独立して、野生型ＣＨ３ドメインポリペプチドと比較した場合のアミノ酸修飾を含み、ここで、第１のＣＨ３ドメインポリペプチドはＴ３５０、Ｌ３５１、Ｆ４０５およびＹ４０７位にアミノ酸修飾を含み、第２のＣＨ３ドメインポリペプチドはＴ３５０、Ｔ３６６、Ｋ３９２およびＴ３９４位にアミノ酸修飾を含み、ここで、Ｔ３５０位のアミノ酸修飾はＴ３５０Ｖ、Ｔ３５０１、Ｔ３５０ＬまたはＴ３５０Ｍであり、Ｌ３５１位のアミノ酸修飾はＬ３５１Ｙであり、Ｆ４０５位のアミノ酸修飾はＦ４０５Ａ、Ｆ４０５Ｖ、Ｆ４０５ＴまたはＦ４０５Ｓであり、Ｙ４０７位のアミノ酸修飾はＹ４０７Ｖ、Ｙ４０７ＡまたはＹ４０７Ｉであり、Ｔ３６６位のアミノ酸修飾はＴ３６６Ｌ、Ｔ３６６Ｉ、Ｔ３６６ＶまたはＴ３６６Ｍであり、Ｋ３９２位のアミノ酸修飾はＫ３９２Ｆ、Ｋ３９２ＬまたはＫ３９２Ｍであり、Ｔ３９４位のアミノ酸修飾はＴ３９４Ｗであり、ここで、アミノ酸残基の番号付けはＫａｂａｔ記載のＥＵインデックスに準拠している。
幾つかの実施形態においては、Ｋ３９２位のアミノ酸修飾はＫ３９２ＭまたはＫ３９２Ｌである。幾つかの実施形態においては、Ｔ３５０位のアミノ酸修飾はＴ３５０Ｖである。幾つかの実施形態においては、第１のＣＨ３ドメインポリペプチドは、Ｑ３４７Ｒと、Ｓ４００ＲまたはＳ４００Ｅのうちの１つとから選択される１以上のアミノ酸修飾を更に含む。幾つかの実施形態においては、第２のＣＨ３ドメインポリペプチドは、Ｌ３５１Ｙと、Ｋ３６０Ｅと、Ｎ３９０Ｒ、Ｎ３９０ＤまたはＮ３９０Ｅのうちの１つとから選択される１以上のアミノ酸修飾を更に含む。幾つかの実施形態においては、第１のＣＨ３ドメインポリペプチドは、Ｑ３４７Ｒと、Ｓ４００ＲまたはＳ４００Ｅのうちの１つとから選択される１以上のアミノ酸修飾を更に含み、第２のＣＨ３ドメインポリペプチドは、Ｌ３５１Ｙと、Ｋ３６０Ｅと、Ｎ３９０Ｒ、Ｎ３９０ＤまたはＮ３９０Ｅのうちの１つとから選択される１以上のアミノ酸修飾を更に含む。幾つかの実施形態においては、Ｔ３５０位のアミノ酸修飾はＴ３５０Ｖである。幾つかの実施形態においては、Ｆ４０５位のアミノ酸修飾はＦ４０５Ａである。幾つかの実施形態においては、Ｙ４０７位のアミノ酸修飾はＹ４０７Ｖである。幾つかの実施形態においては、Ｔ３６６位のアミノ酸修飾はＴ３６６ＬまたはＴ３６６Ｉである。幾つかの実施形態においては、Ｆ４０５位のアミノ酸修飾はＦ４０５Ａであり、Ｙ４０７位のアミノ酸修飾はＹ４０７Ｖであり、Ｔ３６６位のアミノ酸修飾はＴ３６６ＬまたはＴ３６６Ｉであり、Ｋ３９２位のアミノ酸修飾はＫ３９２ＭまたはＫ３９２Ｌである。幾つかの実施形態においては、第１のＣＨ３ドメインポリペプチドはアミノ酸修飾Ｔ３５０Ｖ、Ｌ３５１Ｙ、Ｓ４００Ｅ、Ｆ４０５ＶおよびＹ４０７Ｖを含み、第２のＣＨ３ドメインポリペプチドはアミノ酸修飾Ｔ３５０Ｖ、Ｔ３６６Ｌ、Ｎ３９０Ｒ、Ｋ３９２ＭおよびＴ３９４Ｗを含む。幾つかの実施形態においては、第１のＣＨ３ドメインポリペプチドはアミノ酸修飾Ｔ３５０Ｖ、Ｌ３５１Ｙ、Ｓ４００Ｅ、Ｆ４０５ＴおよびＹ４０７Ｖを含み、第２のＣＨ３ドメインポリペプチドはアミノ酸修飾Ｔ３５０Ｖ、Ｔ３６６Ｌ、Ｎ３９０Ｒ、Ｋ３９２ＭおよびＴ３９４Ｗを含む。幾つかの実施形態においては、第１のＣＨ３ドメインポリペプチドはアミノ酸修飾Ｔ３５０Ｖ、Ｌ３５１Ｙ、Ｓ４００Ｅ、Ｆ４０５ＳおよびＹ４０７Ｖを含み、第２のＣＨ３ドメインポリペプチドはアミノ酸修飾Ｔ３５０Ｖ、Ｔ３６６Ｌ、Ｎ３９０Ｒ、Ｋ３９２ＭおよびＴ３９４Ｗを含む。幾つかの実施形態においては、第１のＣＨ３ドメインポリペプチドはアミノ酸修飾Ｔ３５０Ｖ、Ｌ３５１Ｙ、Ｓ４００Ｅ、Ｆ４０５ＡおよびＹ４０７Ｖを含み、第２のＣＨ３ドメインポリペプチドはアミノ酸修飾Ｔ３５０Ｖ、Ｌ３５１Ｙ、Ｔ３６６Ｌ、Ｎ３９０Ｒ、Ｋ３９２ＭおよびＴ３９４Ｗを含む。幾つかの実施形態においては、第１のＣＨ３ドメインポリペプチドはアミノ酸修飾Ｑ３４７Ｒ、Ｔ３５０Ｖ、Ｌ３５１Ｙ、Ｓ４００Ｅ、Ｆ４０５ＡおよびＹ４０７Ｖを含み、第２のＣＨ３ドメインポリペプチドはアミノ酸修飾Ｔ３５０Ｖ、Ｋ３６０Ｅ、Ｔ３６６Ｌ、Ｎ３９０Ｒ、Ｋ３９２ＭおよびＴ３９４Ｗを含む。幾つかの実施形態においては、第１のＣＨ３ドメインポリペプチドはアミノ酸修飾Ｔ３５０Ｖ、Ｌ３５１Ｙ、Ｓ４００Ｒ、Ｆ４０５ＡおよびＹ４０７Ｖを含み、第２のＣＨ３ドメインポリペプチドはアミノ酸修飾Ｔ３５０Ｖ、Ｔ３６６Ｌ、Ｎ３９０Ｄ、Ｋ３９２ＭおよびＴ３９４Ｗを含む。幾つかの実施形態においては、第１のＣＨ３ドメインポリペプチドはアミノ酸修飾Ｔ３５０Ｖ、Ｌ３５１Ｙ、Ｓ４００Ｒ、Ｆ４０５ＡおよびＹ４０７Ｖを含み、第２のＣＨ３ドメインポリペプチドはアミノ酸修飾Ｔ３５０Ｖ、Ｔ３６６Ｌ、Ｎ３９０Ｅ、Ｋ３９２ＭおよびＴ３９４Ｗを含む。幾つかの実施形態においては、第１のＣＨ３ドメインポリペプチドはアミノ酸修飾Ｔ３５０Ｖ、Ｌ３５１Ｙ、Ｓ４００Ｅ、Ｆ４０５ＡおよびＹ４０７Ｖを含み、第２のＣＨ３ドメインポリペプチドはアミノ酸修飾Ｔ３５０Ｖ、Ｔ３６６Ｌ、Ｎ３９０Ｒ、Ｋ３９２ＬおよびＴ３９４Ｗを含む。幾つかの実施形態においては、第１のＣＨ３ドメインポリペプチドはアミノ酸修飾Ｔ３５０Ｖ、Ｌ３５１Ｙ、Ｓ４００Ｅ、Ｆ４０５ＡおよびＹ４０７Ｖを含み、第２のＣＨ３ドメインポリペプチドは、アミノ酸修飾Ｔ３５０Ｖ、Ｔ３６６Ｌ、Ｎ３９０Ｒ、Ｋ３９２ＦおよびＴ３９４Ｗを含む。
幾つかの実施形態においては、単離されたヘテロ多量体は、第１のＣＨ３ドメインポリペプチドと第２のＣＨ３ドメインポリペプチドとを含むヘテロ二量体ＣＨ３ドメインを含み、第１のＣＨ３ドメインポリペプチドはＦ４０５およびＹ４０７位にアミノ酸修飾を含み、第２のＣＨ３ドメインポリペプチドはＴ３６６およびＴ３９４位にアミノ酸修飾を含み、ここで、（ｉ）第１のＣＨ３ドメインポリペプチドはＬ３５１位にアミノ酸修飾を更に含み、（ｉｉ）第２のＣＨ３ドメインポリペプチドはＫ３９２位にアミノ酸修飾を更に含み、ここで、Ｆ４０５位のアミノ酸修飾はＦ４０５Ａ、Ｆ４０５Ｔ、Ｆ４０５ＳまたはＦ４０５Ｖであり、Ｙ４０７位のアミノ酸修飾はＹ４０７Ｖ、Ｙ４０７Ａ、Ｙ４０７ＬまたはＹ４０７Ｉであり、Ｔ３９４位のアミノ酸修飾はＴ３９４Ｗであり、Ｌ３５１位のアミノ酸修飾はＬ３５１Ｙであり、Ｋ３９２位のアミノ酸修飾はＫ３９２Ｌ、Ｋ３９２Ｍ、Ｋ３９２ＶまたはＫ３９２Ｆであり、Ｔ３６６位のアミノ酸修飾はＴ３６６Ｉ、Ｔ３６６Ｌ、Ｔ３６６ＭまたはＴ３６６Ｖであり、ここで、ヘテロ二量体ＣＨ３ドメインは約７０℃以上の融解温度（Ｔｍ）および約９０％以上の純度を有し、ここで、アミノ酸残基の番号付けはＫａｂａｔ記載のＥＵインデックスに準拠している。
幾つかの実施形態においては、リンカーは第１のＣＨ３ドメインポリペプチドおよび／または第２のＣＨ３ドメインポリペプチドを含み、ここで、第１のＣＨ３ドメインポリペプチドはＦ４０５およびＹ４０７位にアミノ酸修飾を含み、第２のＣＨ３ドメインポリペプチドはＴ３６６位およびＴ３９４位にアミノ酸修飾を含み、ここで、（ｉ）第１のＣＨ３ドメインポリペプチドはＬ３５１位にアミノ酸修飾を更に含み、（ｉｉ）第２のＣＨ３ドメインポリペプチドはＫ３９２位にアミノ酸修飾を更に含み、ここで、Ｆ４０５位のアミノ酸修飾はＦ４０５Ａ、Ｆ４０５Ｔ、Ｆ４０５ＳまたはＦ４０５Ｖであり、Ｙ４０７位のアミノ酸修飾はＹ４０７Ｖ、Ｙ４０７Ａ、Ｙ４０７ＬまたはＹ４０７Ｉであり、Ｔ３９４位のアミノ酸修飾はＴ３９４Ｗであり、Ｌ３５１位のアミノ酸修飾はＬ３５１Ｙであり、Ｋ３９２位のアミノ酸修飾はＫ３９２Ｌ、Ｋ３９２Ｍ、Ｋ３９２ＶまたはＫ３９２Ｆであり、Ｔ３６６位のアミノ酸修飾はＴ３６６Ｉ、Ｔ３６６Ｌ、Ｔ３６６ＭまたはＴ３６６Ｖであり、ここで、ヘテロ二量体ＣＨ３ドメインは約７０℃の融解温度（Ｔｍ）または約９０％以上の純度を有し、ここで、アミノ酸残基の番号付けはＫａｂａｔ記載のＥＵインデックスに準拠している。幾つかの実施形態においては、Ｆ４０５位のアミノ酸修飾はＦ４０５Ａである。幾つかの実施形態においては、Ｔ３６６位のアミノ酸修飾はＴ３６６ＩまたはＴ３６６Ｌである。幾つかの実施形態においては、Ｙ４０７位のアミノ酸修飾はＹ４０７Ｖである。幾つかの実施形態においては、Ｆ４０５位のアミノ酸修飾はＦ４０５Ａであり、Ｙ４０７位のアミノ酸修飾はＹ４０７Ｖであり、Ｔ３６６位のアミノ酸修飾はＴ３６６ＩまたはＴ３６６Ｌであり、Ｋ３９２位のアミノ酸修飾はＫ３９２ＬまたはＫ３９２Ｍである。幾つかの実施形態においては、Ｆ４０５位のアミノ酸修飾はＦ４０５Ａであり、Ｙ４０７位のアミノ酸修飾はＹ４０７Ｖであり、Ｔ３６６位のアミノ酸修飾はＴ３６６Ｌであり、Ｋ３９２位のアミノ酸修飾はＫ３９２Ｍである。幾つかの実施形態においては、Ｆ４０５位のアミノ酸修飾はＦ４０５Ａであり、Ｙ４０７位のアミノ酸修飾はＹ４０７Ｖであり、Ｔ３６６位のアミノ酸修飾はＴ３６６Ｌであり、Ｋ３９２位のアミノ酸修飾はＫ３９２Ｌである。幾つかの実施形態においては、Ｆ４０５位のアミノ酸修飾はＦ４０５Ａであり、Ｙ４０７位のアミノ酸修飾はＹ４０７Ｖであり、Ｔ３６６位のアミノ酸修飾はＴ３６６Ｉであり、Ｋ３９２位のアミノ酸修飾はＫ３９２Ｍである。幾つかの実施形態においては、Ｆ４０５位のアミノ酸修飾はＦ４０５Ａであり、Ｙ４０７位のアミノ酸修飾はＹ４０７Ｖであり、Ｔ３６６位のアミノ酸修飾はＴ３６６Ｉであり、Ｋ３９２位のアミノ酸修飾はＫ３９２Ｌである。幾つかの実施形態においては、第１のＣＨ３ドメインポリペプチドは、Ｓ４００ＤおよびＳ４００Ｅから選択されるＳ４００位のアミノ酸修飾を更に含み、第２のＣＨ３ドメインポリペプチドはアミノ酸修飾Ｎ３９０Ｒを更に含む。幾つかの実施形態においては、Ｆ４０５位のアミノ酸修飾はＦ４０５Ａであり、Ｙ４０７位のアミノ酸修飾はＹ４０５Ｖであり、Ｓ４００位のアミノ酸修飾はＳ４００Ｅであり、Ｔ３６６位のアミノ酸修飾はＴ３６６Ｌであり、Ｔ３６６位のアミノ酸修飾はＴ３６６Ｌであり、Ｋ３９２位のアミノ酸修飾はＫ３９２Ｍである。
幾つかの実施形態においては、修飾された第１および第２のＣＨ３ドメインは、Ｇ型免疫グロブリン（ＩｇＧ）に基づくＦｃ構築物に含まれる。ＩｇＧは、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３またはＩｇＧ４でありうる。
変異体ＣＨ３ドメインを含む他のリンカーは米国特許第９，４９９，６３４号および第９，５６２，１０９号に記載されており、これらのそれぞれの全体を参照により本明細書に組み入れることとする。
幾つかの実施形態においては、リンカーはタンパク質（例えば、天然に存在するタンパク質、例えば、ヒト血清アルブミン）の相補的断片でありうる。幾つかの実施形態においては、セグメンテーション（ｓｅｇｍｅｎｔａｔｉｏｎ）部位は、高い溶媒接触表面積（ＳＡＳＡ）を有するそしてアルブミン構造の残部との限られた接触を有するアルブミンポリペプチドのループ上に存在する。幾つかの実施形態においては、セグメンテーションはトランスポーターポリペプチド間の相補的境界をもたらす。これらのセグメンテーション部位は、例えば、米国特許第９，３８８，２３１号に記載されており、その全体を参照により本明細書に組み入れることとする。
幾つかの実施形態においては、第１ポリペプチドは、本明細書に記載されている突然変異の１以上を有するアルブミンポリペプチドの残基１～３３７または残基１～２９３を含む。幾つかの実施形態においては、第２ポリペプチドは、本明細書に記載されている突然変異の１以上を有するアルブミンポリペプチドの３４２～５８５または３０４～５８５の残基を含む。幾つかの実施形態においては、第１ポリペプチドはアルブミンタンパク質の残基１～３３９、１～３００、１～３６４、１～４４１、１～８３、１～１７１、１～２８１、１～２９３、１～１１４、１～３３７または１～３３６を含む。幾つかの実施形態においては、第２ポリペプチドはアルブミンタンパク質の残基３０１～５８５、３６５～５８５、４４２～５８５、８５～５８５、１７２～５８５、２８２～５８５または１１５～５８５、３０４～５８５、３４０～５８５または３４２～５８５を含む。
幾つかの実施形態においては、第１および第２のポリペプチドは、以下の表に示されているアルブミンタンパク質の残基を含む。アルブミンタンパク質の配列を以下に記載する。
Figure 2023538367000002
幾つかの実施形態においては、第１および第２のポリペプチドは、例えばジスルフィド結合のような共有結合を互いに形成しうるリンカーを含む。リンカーの非限定的な一例はペプチドリンカーである。幾つかの実施形態においては、ペプチドリンカーはＧＧＧＧＳ（配列番号４）を含む。リンカーは第１ポリペプチドのＣ末端および第２ポリペプチドのＮ末端に融合されうる。リンカーはまた、ジスルフィド結合を形成するリンカーの能力を妨げることなく、本明細書に記載されている部分を結合するために使用されうる。幾つかの実施形態においては、第１および第２のポリペプチドは、共有結合を形成しうるリンカーを含まない。幾つかの実施形態においては、第１および第２のポリペプチドは以下の置換を有する。
Figure 2023538367000003
アルブミンポリペプチドの配列は、Ｎ末端シグナル残基（ＭＫＷＶＴＦＩＳＬＬＦＬＦＳＳＡＹＳＲＧＶＦＲＲ）（配列番号３）が除去された後タンパク質（ｐｏｓｔ－ｐｒｏｔｅｉｎ）形態で示されるヒトアルブミンの配列でありうる。
ＤＡＨＫＳＥＶＡＨＲＦＫＤＬＧＥＥＮＦＫＡＬＶＬＩＡＦＡＱＹＬＱＱＣＰＦＥＤＨＶＫＬＶＮＥＶＴＥＦＡＫＴＣＶＡＤＥＳＡＥＮＣＤＫＳＬＨＴＬＦＧＤＫＬＣＴＶＡＴＬＲＥＴＹＧＥＭＡＤＣＣＡＫＱＥＰＥＲＮＥＣＦＬＱＨＫＤＤＮＰＮＬＰＲＬＶＲＰＥＶＤＶＭＣＴＡＦＨＤＮＥＥＴＦＬＫＫＹＬＹＥＩＡＲＲＨＰＹＦＹＡＰＥＬＬＦＦＡＫＲＹＫＡＡＦＴＥＣＣＱＡＡＤＫＡＡＣＬＬＰＫＬＤＥＬＲＤＥＧＫＡＳＳＡＫＱＲＬＫＣＡＳＬＱＫＦＧＥＲＡＦＫＡＷＡＶＡＲＬＳＱＲＦＰＫＡＥＦＡＥＶＳＫＬＶＴＤＬＴＫＶＨＴＥＣＣＨＧＤＬＬＥＣＡＤＤＲＡＤＬＡＫＹＩＣＥＮＱＤＳＩＳＳＫＬＫＥＣＣＥＫＰＬＬＥＫＳＨＣＩＡＥＶＥＮＤＥＭＰＡＤＬＰＳＬＡＡＤＦＶＥＳＫＤＶＣＫＮＹＡＥＡＫＤＶＦＬＧＭＦＬＹＥＹＡＲＲＨＰＤＹＳＶＶＬＬＬＲＬＡＫＴＹＥＴＴＬＥＫＣＣＡＡＡＤＰＨＥＣＹＡＫＶＦＤＥＦＫＰＬＶＥＥＰＱＮＬＩＫＱＮＣＥＬＦＥＱＬＧＥＹＫＦＱＮＡＬＬＶＲＹＴＫＫＶＰＱＶＳＴＰＴＬＶＥＶＳＲＮＬＧＫＶＧＳＫＣＣＫＨＰＥＡＫＲＭＰＣＡＥＤＹＬＳＶＶＬＮＱＬＣＶＬＨＥＫＴＰＶＳＤＲＶＴＫＣＣＴＥＳＬＶＮＲＲＰＣＦＳＡＬＥＶＤＥＴＹＶＰＫＥＦＮＡＥＴＦＴＦＨＡＤＩＣＴＬＳＥＫＥＲＱＩＫＫＱＴＡＬＶＥＬＶＫＨＫＰＫＡＴＫＥＱＬＫＡＶＭＤＤＦＡＡＦＶＥＫＣＣＫＡＤＤＫＥＴＣＦＡＥＥＧＫＫＬＶＡＡＳＱＡＡＬＧＬ（ヒトアルブミン、配列番号２）。
幾つかの実施形態においては、ポリペプチドは、ＩｇＧ Ｆｃ骨格のＣ末端のｓｃＦｖと融合したＩｇＧ１ Ｆｃ骨格上のＦ（ａｂ’）２から構成される抗体をＮ末端に含む。
幾つかの実施形態においては、ＩｇＧ Ｆｃ骨格はＩｇＧ１ Ｆｃ骨格である。幾つかの実施形態においては、ＩｇＧ１骨格は、ＩｇＧ４骨格、ＩｇＧ２骨格または他の類似ＩｇＧ骨格で置換される。この段落に記載されているＩｇＧ骨格は、Ｆｃ領域が治療用化合物の一部と称される本出願の全体にわたって用いられうる。したがって、幾つかの実施形態においては、ＩｇＧ１ Ｆｃ骨格上のＦ（ａｂ’）２から構成される抗体は、ＩｇＧ１ Ｆｃ上の抗ＰＤ－１抗体または本明細書において提供される任意の他のエフェクター結合／調節部分でありうる。幾つかの実施形態においては、Ｎ末端領域が抗ＰＤ－１抗体である場合、Ｃ末端に融合されるｓｃＦｖセグメントは抗ＰＤ－１抗体でありうる。この非限定的な例においては、Ｎ末端は、エフェクター結合／調節部分、例えば、本明細書において提供されるもののいずれかであることが可能であり、Ｃ末端は、別のエフェクター結合／調節部分、例えば、本明細書において提供されるもののいずれかであることが可能である。幾つかの実施形態においては、エフェクター結合／調節部分は別のエフェクター結合／調節部分と同じである。幾つかの実施形態においては、エフェクター結合／調節部分は別のエフェクター結合／調節部分とは異なる。
幾つかの実施形態においては、ポリペプチドは、Ｎ末端からＣ末端までの式：
（Ｒ１－Ｆｃ－Ｒ２）２、
［式中、
Ｒ１は第１結合ドメインである；
Ｒ２は第２結合ドメインである；
Ｒ１およびＲ２の一方はＦａｂ抗体であり、他方はｓｃＦｖ抗体である；
Ｒ１とＲ２とはリンカーにより連結されている；
前記リンカーはＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３またはＩｇＧ４のようなＦｃ免疫グロブリン定常領域を含む；
前記リンカーはＧ／ＳまたはＧ／Ａリンカーを更に含む；
Ｇ／ＳまたはＧ／Ａリンカーは（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号３０３）もしくは（ＧＧＧＧＡ）ｎ（配列番号３０４）の配列またはそれらの組合せを含み、ここで、各ｎは、独立して、１～４である］
を含む。
幾つかの実施形態においては、テトラド抗体は、Ｎ末端からＣ末端までの一般式：
（Ｒ２－Ｆｃ－Ｒ１）２、
［式中、
Ｒ１は第１結合ドメインである；
Ｒ２は第２結合ドメインである；
Ｒ１およびＲ２の一方はＦａｂ抗体であり、他方はｓｃＦｖ抗体である；
Ｒ１とＲ２とはリンカーにより連結されている；
前記リンカーはＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３またはＩｇＧ４のようなＦｃ免疫グロブリン定常領域を含む；
前記リンカーはＧ／ＳまたはＧ／Ａリンカーを更に含む；
Ｇ／ＳまたはＧ／Ａリンカーは（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号３０３）もしくは（ＧＧＧＧＡ）ｎ（配列番号３０４）の配列またはそれらの組合せを含み、ここで、各ｎは、独立して、１～４である］
を有する。
幾つかの実施形態においては、ポリペプチドは、第１リンカーによりｓｃＦｖ抗体に連結されたＦａｂ重鎖ドメインを含む第１ポリペプチド鎖と、Ｆａｂ軽（カッパ）鎖ドメインを含む第２ポリペプチド鎖とを含み、ここで、Ｆａｂ重鎖および軽鎖はＰＤ－１に結合し、ｓｃＦｖ抗体は、同じまたは異なるエピトープにおいてＰＤ－１に結合する。幾つかの実施形態においては、第１リンカーはＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３またはＩｇＧ４のようなＦｃ免疫グロブリン定常領域を含み、（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号３０３）もしくは（ＧＧＧＧＡ）ｎ（配列番号３０４）の配列またはそれらの組合せを更に含み、ここで、各ｎは、独立して、１～４である。幾つかの実施形態においては、ｓｃＦｖは、ｓｃＦｖリンカーで軽鎖可変ドメインに連結された重鎖可変ドメインを含み、前記ｓｃＦｖリンカーは（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号３０３）、（ＧＧＧＧＡ）ｎ（配列番号３０４）、（ＧＧＧＳＥ）ｎ（配列番号３０５）、（ＧＧＧＳＫ）ｎ（配列番号３０６）もしくは（ＡＥＥＥＫ）ｎ（配列番号３０７）またはそれらの組合せを含み、ここで、各ｎは、独立して、１～４である。
第１リンカーおよびｓｃＦｖリンカーの配列は、互いに独立しており、同じであっても異なっていてもよく、それ以外は本出願の全体にわたって記載されているとおりである。
したがって、幾つかの実施形態においては、第１リンカーはＧＧＧＧＳ（配列番号４）、ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号５）、ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号６）、ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号７）、ＧＧＧＧＡ（配列番号８）、ＧＧＧＧＡＧＧＧＧＡ（配列番号９）、ＧＧＧＧＡＧＧＧＧＡＧＧＧＧＡ（配列番号１０）またはＧＧＧＧＡＧＧＧＧＡＧＧＧＧＡＧＧＧＧＡ（配列番号１１）を含む。幾つかの実施形態においては、ｓｃＦｖリンカーはＧＧＧＧＳ（配列番号４）、ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号５）、ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号６）、ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号７）、ＧＧＧＧＡ（配列番号８）、ＧＧＧＧＡＧＧＧＧＡ（配列番号９）、ＧＧＧＧＡＧＧＧＧＡＧＧＧＧＡ（配列番号１０）またはＧＧＧＧＡＧＧＧＧＡＧＧＧＧＡＧＧＧＧＡ（配列番号１１）またはＧＧＧＳＥＧＧＧＳＥＧＧＧＳＥ（配列番号１）を含む。幾つかの実施形態においては、リンカーはＧＧＧＳＫＧＧＧＳＫＧＧＧＳＫ（配列番号２５８）を含む。幾つかの実施形態においては、リンカーはＡＥＥＥＫＡＥＥＥＫＡＥＥＥＫ（配列番号２６０）を含む。
幾つかの実施形態においては、ポリペプチドは第１ポリペプチド鎖および第２ポリペプチド鎖を含み、ここで、
第１ポリペプチド鎖は、Ｎ末端からＣ末端までの式：
［ＶＨ－Ａ］－［ＣＨ１］－［ＣＨ２］－［ＣＨ３］－［リンカー１］－［ＶＨ－Ｂ］－［リンカー２］－［ＶＫ－Ｂ］、または
［ＶＨ－Ａ］－［ＣＨ１］－［ＣＨ２］－［ＣＨ３］－［リンカー１］－［ＶＫ－Ｂ］－［リンカー２］－［ＶＨ－Ｂ］
を有する；
第２ポリペプチド鎖は、Ｎ末端からＣ末端までの式：
［ＶＫ－Ａ］－［ＣＫ］
を有する；
式中、
ＶＨ－Ａ ＝ 本明細書において提供されるＰＤ１抗体の可変重鎖ドメイン；
ＶＫ－Ａ ＝ 本明細書において提供されるＰＤ１抗体の可変軽鎖ドメイン；
ＶＨ－Ｂ ＝ 本明細書において提供されるＰＤ１抗体の可変重鎖ドメイン；
ＶＫ－Ｂ ＝ 本明細書において提供されるＰＤ１抗体の可変軽鎖ドメイン；
ＣＨ１ ＝ ヒトＩｇＧ１の定常重鎖ドメイン１；
ＣＨ２ ＝ ヒトＩｇＧ１の定常重鎖ドメイン２；
ＣＨ３ ＝ ヒトＩｇＧ１の定常重鎖ドメイン３；
ＣＫ ＝ カッパ軽鎖の定常ドメイン；
リンカー１はグリシン／セリンまたはグリシン／アラニンリンカーである；
リンカー２はグリシン／セリンまたはグリシン／アラニンリンカーである；
ここで、ＶＨ－Ａ、ＶＫ－Ａ、ＶＨ－ＢおよびＶＫ－Ｂは、同じ抗体または異なる抗体に由来しうる。
幾つかの実施形態においては、ポリペプチドは第１ポリペプチド鎖および第２ポリペプチド鎖を含み、ここで：
第１ポリペプチド鎖は、Ｎ末端からＣ末端までの式：
［ＶＨ－Ｂ］－［ＣＨ１］－［ＣＨ２］－［ＣＨ３］－［リンカー１］－［ＶＨ－Ａ］－［リンカー２］－［ＶＫ－Ａ］、または
［ＶＨ－Ｂ］－［ＣＨ１］－［ＣＨ２］－［ＣＨ３］－［リンカー１］－［ＶＫ－Ａ］－［リンカー２］－［ＶＨ－Ａ］
を有する；
第２ポリペプチド鎖は、Ｎ末端からＣ末端までの式：
［ＶＫ－Ｂ］－［ＣＫ］
を有する；
式中、
ＶＨ－Ａ ＝ 本明細書において提供されるＰＤ１抗体の可変重鎖ドメイン；
ＶＫ－Ａ ＝ 本明細書において提供されるＰＤ１抗体の可変軽鎖ドメイン；
ＶＨ－Ｂ ＝ 本明細書において提供されるＰＤ１抗体の可変重鎖ドメイン；
ＶＫ－Ｂ ＝ 本明細書において提供されるＰＤ１抗体の可変軽鎖ドメイン；
ＣＨ１ ＝ 例えば本明細書において提供されるような、ヒトＩｇＧ１の定常重鎖ドメイン１；
ＣＨ２ ＝ 例えば本明細書において提供されるような、ヒトＩｇＧ１の定常重鎖ドメイン２；
ＣＨ３ ＝ 例えば本明細書において提供されるような、ヒトＩｇＧ１の定常重鎖ドメイン３；
ＣＫ ＝ 例えば本明細書において提供されるような、カッパ軽鎖の定常ドメイン； リンカー１はグリシン／セリン、グリシン／グルタミン酸／セリン、アラニン／グルタミン酸／リジンもしくはグリシン／アラニンリンカーまたは本明細書において提供される他のリンカーである；
リンカー２はグリシン／セリン、グリシン／グルタミン酸／セリン、アラニン／グルタミン酸／リジンもしくはグリシン／アラニンリンカーまたは本明細書において提供される他のリンカーである；
ここで、ＶＨ－Ａ、ＶＫ－Ａ、ＶＨ－ＢおよびＶＫ－Ｂは、同じ抗体または異なる抗体に由来しうる。
幾つかの実施形態においては、ＣＨ１、ＣＨ２およびＣＨ３は、ＩｇＧ Ｆｃ領域由来のドメインである。ＣＨ１－ＣＨ２－ＣＨ３の配列は、例えば以下のものでありうる。
ＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＳＳＫＳＴＳＧＧＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＱＴＹＩＣＮＶＮＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＫＶＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＡＡＧＡＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧ（配列番号１２）。
幾つかの実施形態においては、リンカー１は１、２、３または４個のＧＧＧＧＳ（配列番号４）および／またはＧＧＧＧＡ（配列番号８）および／またはＧＧＧＳＥ（配列番号３００）の反復を含む。幾つかの実施形態においては、リンカー２は１、２、３または４個のＧＧＧＧＳ（配列番号４）、ＧＧＧＳＥ（配列番号３００）および／またはＧＧＧＧＡ（配列番号８）の反復を含む。疑念を避けるために、本出願の全体にわたって用いられるリンカー１およびリンカー２の配列は互いに独立している。したがって、幾つかの実施形態においては、リンカー１およびリンカー２は同じであっても異なっていてもよい。幾つかの実施形態においては、リンカー１はＧＧＧＧＳ（配列番号４）、ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号５）、ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号６）、ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号７）、ＧＧＧＧＡ（配列番号８）、ＧＧＧＧＡＧＧＧＧＡ（配列番号９）、ＧＧＧＧＡＧＧＧＧＡＧＧＧＧＡ（配列番号１０）またはＧＧＧＧＡＧＧＧＧＡＧＧＧＧＡＧＧＧＧＡ（配列番号１１）を含む。幾つかの実施形態においては、リンカー２はＧＧＧＧＳ（配列番号４）、ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号５）、ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号６）、ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号７）、ＧＧＧＧＡ（配列番号８）、ＧＧＧＧＡＧＧＧＧＡ（配列番号９）、ＧＧＧＧＡＧＧＧＧＡＧＧＧＧＡ（配列番号１０）、ＧＧＧＧＡＧＧＧＧＡＧＧＧＧＡＧＧＧＧＡ（配列番号１１）、ＧＧＧＳＥ（配列番号３００）、ＧＧＧＳＥＧＧＧＳＥ（配列番号３０１）、ＧＧＧＳＥＧＧＧＳＥＧＧＧＳＥ（配列番号１）またはＧＧＧＳＥＧＧＧＳＥＧＧＧＳＥＧＧＧＳＥ（配列番号３０２）を含む。
幾つかの実施形態においては、ポリペプチドは軽鎖および重鎖を含む。幾つかの実施形態においては、軽鎖および重鎖は、第１エフェクター部分のＶＨドメインを有するＮ末端から始まり、その後、ヒトＩｇＧ１のＣＨ１ドメインが続き、これは、ヒトＩｇＧ１のＦｃ領域（例えば、ＣＨ２－ＣＨ３）に融合される。幾つかの実施形態においては、Ｆｃ領域のＣ末端は、本明細書において提供されるリンカー、例えば、ＧＧＧＧＳ（配列番号４）、ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号５）、ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号６）、ＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳＧＧＧＧＳ（配列番号７）、ＧＧＧＧＡ（配列番号８）、ＧＧＧＧＡＧＧＧＧＡ（配列番号９）、ＧＧＧＧＡＧＧＧＧＡＧＧＧＧＡ（配列番号１０）、またはＧＧＧＧＡＧＧＧＧＡＧＧＧＧＡＧＧＧＧＡ（配列番号１１）、ＧＧＧＳＥ（配列番号３００）、ＧＧＧＳＥＧＧＧＳＥ（配列番号３０１）、ＧＧＧＳＥＧＧＧＳＥＧＧＧＳＥ（配列番号１）、またはＧＧＧＳＥＧＧＧＳＥＧＧＧＳＥＧＧＧＳＥ（配列番号３０２）（これらに限定されるものではない）に融合される。ついでリンカーは第２エフェクター部分、例えばｓｃＦｖ抗体に融合されうる。幾つかの実施形態においては、第１および第２のエフェクター部分はＰＤ－１抗体である。幾つかの実施形態においては、ＰＤ－１抗体は、ＰＤ－１抗体 表４から選択される。幾つかの実施形態においては、ＰＤ－１抗体は、ＰＤ－１抗体 表５から選択される。幾つかの実施形態においては、ＰＤ－１抗体は、ＰＤ－１抗体 表４およびＰＤ－１抗体 表５から選択される。ポリペプチドは重鎖ホモ二量体化によりホモ二量体化することが可能であり、これは、２つのエフェクター部分セット（例えば、２つの抗ＰＤ－１抗体セット）を有する治療用化合物を与える。
幾つかの実施形態においては、以下の式を有するポリペプチドを提供する：
鎖１：ＦＡｂＶＨ－［ＣＨ１］－［ＣＨ２］－［ＣＨ３］－［リンカー１］－［ｓｃＦｖ ＶＫ］－［リンカー２］－［ｓｃＦｖ ＶＨ］；および／または
鎖２：ＦＡｂＶＬ－ＣＫ；ここで、
ＦＡｂＶＨ ＝ 本明細書において提供されるＰＤ１抗体の可変重鎖ドメイン；
ｓｃＦｖ ＶＫ ＝ 本明細書において提供されるＰＤ１抗体の可変軽鎖ドメイン； ｓｃＦｖ ＶＨ ＝ 本明細書において提供されるＰＤ１抗体の可変重鎖ドメイン； ＦＡｂＶＬ ＝ 本明細書において提供されるＰＤ１抗体の可変軽鎖ドメイン；
ＣＨ１ ＝ ヒト免疫グロブリンの定常重鎖ドメイン１、例えば、本明細書において提供されるＩｇＧ１；
ＣＨ２ ＝ ヒト免疫グロブリンの定常重鎖ドメイン２、例えば、本明細書において提供されるＩｇＧ１；
ＣＨ３ ＝ ヒト免疫グロブリンの定常重鎖ドメイン３、例えば、本明細書において提供されるＩｇＧ１；
ＣＫ ＝ カッパ軽鎖の定常ドメイン、例えば、本明細書において提供されるもの、またはカッパ軽鎖の定常ドメインと置換されうる軽鎖の他の定常ドメイン；
リンカー１はグリシン／セリン、グリシン／グルタミン酸／セリン、アラニン／グルタミン酸／リジンもしくはグリシン／アラニンリンカー、または本明細書において提供される他のリンカー（例えば、（ＧＧＧＳＥ）ｎ；ここで、ｎは１～４である）である；
リンカー２はグリシン／セリン、グリシン／グルタミン酸／セリン、アラニン／グルタミン酸／リジンもしくはグリシン／アラニンリンカー、または本明細書において提供される他のリンカー（例えば、（ＧＧＧＳＥ）ｎ；ここで、ｎは１～４である）である。
幾つかの実施形態においては、鎖１は以下の式ＦＡｂＶＨ－［ＣＨ１］－［ＣＨ２］－［ＣＨ３］－［リンカー１］－［ｓｃＦｖ ＶＨ］－［リンカー２］－［ｓｃＦｖ ＶＫ］を有する；ここで、
ＡｂＶＨ ＝ 本明細書において提供されるＰＤ１抗体の可変重鎖ドメイン；
ｓｃＦｖ ＶＫ ＝ 本明細書において提供されるＰＤ１抗体の可変軽鎖ドメイン； ｓｃＦｖ ＶＨ ＝ 本明細書において提供されるＰＤ１抗体の可変重鎖ドメイン； ＦＡｂＶＬ ＝ 本明細書において提供されるＰＤ１抗体の可変軽鎖ドメイン；
ＣＨ１ ＝ ヒト免疫グロブリンの定常重鎖ドメイン１、例えば、本明細書において提供されるＩｇＧ１；
ＣＨ２ ＝ ヒト免疫グロブリンの定常重鎖ドメイン２、例えば、本明細書において提供されるＩｇＧ１；
ＣＨ３ ＝ ヒト免疫グロブリンの定常重鎖ドメイン３、例えば、本明細書において提供されるＩｇＧ１；
ＣＫ ＝ カッパ軽鎖の定常ドメイン、例えば、本明細書において提供されるもの、またはカッパ軽鎖の定常ドメインと置換されうる軽鎖の他の定常ドメイン；
リンカー１はグリシン／セリン、グリシン／グルタミン酸／セリン、アラニン／グルタミン酸／リジンもしくはグリシン／アラニンリンカー、または本明細書において提供される他のリンカー（例えば、（ＧＧＧＳＥ）ｎ；ここで、ｎは１～４である）である；
リンカー２はグリシン／セリン、グリシン／グルタミン酸／セリン、アラニン／グルタミン酸／リジンもしくはグリシン／アラニンリンカー、または本明細書において提供される他のリンカー（例えば、（ＧＧＧＳＥ）ｎ；ここで、ｎは１～４である）である。
幾つかの実施形態においては、以下の式を有するポリペプチドを提供する：
鎖１：［ｓｃＦｖ ＶＫ］－［リンカー２］－［ｓｃＦｖ ＶＨ］－［リンカー１］－［ＦＡｂＶＨ］－［ＣＨ１］－［ＣＨ２］－［ＣＨ３］および／または
鎖２：ＦＡｂＶＬ－ＣＫ；ここで、
ＦＡｂＶＨ ＝ 本明細書において提供されるＰＤ１抗体の可変重鎖ドメイン；
ｓｃＦｖ ＶＫ ＝ 本明細書において提供されるＰＤ１抗体の可変軽鎖ドメイン； ｓｃＦｖ ＶＨ ＝ 本明細書において提供されるＰＤ１抗体の可変重鎖ドメイン； ＦＡｂＶＬ ＝ 本明細書において提供されるＰＤ１抗体の可変軽鎖ドメイン；
ＣＨ１ ＝ ヒト免疫グロブリンの定常重鎖ドメイン１、例えば、本明細書において提供されるＩｇＧ１；
ＣＨ２ ＝ ヒト免疫グロブリンの定常重鎖ドメイン２、例えば、本明細書において提供されるＩｇＧ１；
ＣＨ３ ＝ ヒト免疫グロブリンの定常重鎖ドメイン３、例えば、本明細書において提供されるＩｇＧ１；
ＣＫ ＝ カッパ軽鎖の定常ドメイン、例えば、本明細書において提供されるもの、またはカッパ軽鎖の定常ドメインと置換されうる軽鎖の他の定常ドメイン；
リンカー１はグリシン／セリン、グリシン／グルタミン酸／セリン、アラニン／グルタミン酸／リジンもしくはグリシン／アラニンリンカー、または本明細書において提供される他のリンカー（例えば、（ＧＧＧＳＥ）ｎ；ここで、ｎは１～４である）である；
リンカー２はグリシン／セリン、グリシン／グルタミン酸／セリン、アラニン／グルタミン酸／リジンもしくはグリシン／アラニンリンカー、または本明細書において提供される他のリンカー（例えば（ＧＧＧＳＥ）ｎ；ここで、ｎは１～４である）である。
幾つかの実施形態においては、以下の式を有するポリペプチドを提供する：
鎖１：［ｓｃＦｖ ＶＨ］－［リンカー２］－［ｓｃＦｖ ＶＫ］－［リンカー１］－［ＦＡｂＶＨ］－［ＣＨ１］－［ＣＨ２］－［ＣＨ３］および／または
鎖２：ＦＡｂＶＬ－ＣＫ；ここで、
ＦＡｂＶＨ ＝ 本明細書において提供されるＰＤ１抗体の可変重鎖ドメイン；
ｓｃＦｖ ＶＫ ＝ 本明細書において提供されるＰＤ１抗体の可変軽鎖ドメイン； ｓｃＦｖ ＶＨ ＝ 本明細書において提供されるＰＤ１抗体の可変重鎖ドメイン； ＦＡｂＶＬ ＝ 本明細書において提供されるＰＤ１抗体の可変軽鎖ドメイン；
ＣＨ１ ＝ ヒト免疫グロブリンの定常重鎖ドメイン１、例えば、本明細書において提供されるＩｇＧ１；
ＣＨ２ ＝ ヒト免疫グロブリンの定常重鎖ドメイン２、例えば、本明細書において提供されるＩｇＧ１；
ＣＨ３ ＝ ヒト免疫グロブリンの定常重鎖ドメイン３、例えば、本明細書において提供されるＩｇＧ１；
ＣＫ ＝ カッパ軽鎖の定常ドメイン、例えば、本明細書において提供されるもの、またはカッパ軽鎖の定常ドメインと置換されうる軽鎖の他の定常ドメイン；
リンカー１はグリシン／セリン、グリシン／グルタミン酸／セリン、アラニン／グルタミン酸／リジンもしくはグリシン／アラニンリンカー、または本明細書において提供される他のリンカー（例えば、（ＧＧＧＳＥ）ｎ；ここで、ｎは１～４である）である；
リンカー２はグリシン／セリン、グリシン／グルタミン酸／セリン、アラニン／グルタミン酸／リジンもしくはグリシン／アラニンリンカー、または本明細書において提供される他のリンカー（例えば、（ＧＧＧＳＥ）ｎ；ここで、ｎは１～４である）である。
幾つかの実施形態においては、ポリペプチドは、複数の鎖１および複数の鎖２を含む。
幾つかの実施形態においては、ポリペプチドは鎖１の２つのポリペプチドおよび鎖２のポリペプチドを含む。幾つかの実施形態においては、鎖１の複数（例えば、２つ）のポリペプチドは互いに連結されている。幾つかの実施形態においては、鎖１の複数（例えば、２つ）のポリペプチドはジスルフィド結合によって互いに連結されている。幾つかの実施形態においては、複数の第１鎖ポリペプチドを互いに連結するジスルフィド結合はポリペプチドの［ＣＨ１］－［ＣＨ２］－［ＣＨ３］ドメインを介している。幾つかの実施形態においては、複数の第１鎖ポリペプチドを互いに連結するジスルフィド結合は、ポリペプチドの［ＣＨ１］－［ＣＨ２］ドメイン間に存在するヒンジ領域を介している。
したがって、幾つかの実施形態においては、ポリペプチドは、４つのポリペプチド鎖に提供される４つの結合ドメインを含むことが可能であり、ここで、第１結合ドメインは、第１鎖１および第１鎖２のＦＡｂＶＨおよびＦＡｂＶＬにより形成され、第２結合ドメインは第２鎖１および第２鎖２のＦＡｂＶＨおよびＦＡｂＶＬにより形成され、第３結合ドメインは第１鎖１の［ｓｃＦｖ ＶＨ／ＶＫ］－［リンカー２］－［ｓｃＦｖ ＶＫ／ＶＨ］により形成され、第４結合ドメインは第２鎖１の［ｓｃＦｖ ＶＨ／ＶＫ］－［リンカー２］－［ｓｃＦｖ ＶＫ／ＶＨ］により形成されて、ＰＤ－１に結合する４つの結合ドメインを含むポリペプチドを生成する。幾つかの実施形態においては、結合ドメインのそれぞれはＰＤ－１アゴニストとして作用する。幾つかの実施形態においては、４つのポリペプチド結合ドメインは、本明細書において提供される配列または抗体配列を含む。ｓｃＦＶおよびＦＡｂ配列（例えば、ドメイン）は、例えば、本明細書に記載されているとおりである。
幾つかの実施形態においては、ＦＡｂＶＨ、ＦＡｂＶＬ、ｓｃＦｖ ＶＨおよびｓｃＦｖ ＶＨは、本明細書において提供される重鎖または軽鎖配列を含む。幾つかの実施形態においては、ＦＡｂＶＨ、ＦＡｂＶＬ、ｓｃＦｖ ＶＨおよびｓｃＦｖ ＶＫは、本明細書において提供されるＣＤＲ１、ＣＤＲ２、ＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２およびＬＣＤＲ３を含む。
幾つかの実施形態においては、ＦＡｂＶＨおよびＦＡｂＶＬにより形成される結合ドメインは、ｓｃＦｖ ＶＫおよびｓｃＦｖ ＶＨにより形成される結合ドメインと比較して、ＰＤ－１上の異なるエピトープに結合する。
幾つかの実施形態においては、ＦＡｂＶＨおよびＦＡｂＶＬにより形成される結合ドメインは、ｓｃＦｖ ＶＫおよびｓｃＦｖ ＶＨにより形成される結合ドメインと比較して、より高いアフィニティでＰＤ－１に結合する。
幾つかの実施形態においては、ＦＡｂＶＨおよびＦＡｂＶＬにより形成される結合ドメインは、ｓｃＦｖ ＶＫおよびｓｃＦｖ ＶＨにより形成される結合ドメインと比較して、より高いアフィニティでＰＤ－１に結合する。
幾つかの実施形態においては、ｓｃＦｖ ＶＫおよびｓｃＦｖ ＶＨはジスルフィド結合により連結される。この実施形態の非限定的な例は、例えば、図３の（７０）および（７５）において例示されている。
幾つかの実施形態においては、ＰＤ－１抗体は以下の表から選択される。
Figure 2023538367000004
Figure 2023538367000005
Figure 2023538367000006
Figure 2023538367000007
Figure 2023538367000008
Figure 2023538367000009
Figure 2023538367000010
Figure 2023538367000011
Figure 2023538367000012
Figure 2023538367000013
Figure 2023538367000014
Figure 2023538367000015
Figure 2023538367000016
幾つかの実施形態においては、抗体は、ＰＤ－１抗体 表４に示されているＣＤＲセットを含む。幾つかの実施形態においては、抗体は、ＰＤ－１抗体 表４のクローン番号：ＰＤ１ＡＢ４またはＰＤ１ＡＢ３０のＣＤＲを含む。
幾つかの実施形態においては、ＦＡｂＶＨ、ＦＡｂＶＬ、ｓｃＦｖ ＶＨおよびｓｃＦｖ ＶＨは、本明細書中で参照される表に示されているＣＤＲセットを含む。
ＰＤ－１抗体 表４は、重鎖および軽鎖を、Ｆａｂ形態と見なされうるものにおいて例示しているが、重鎖と軽鎖とは、単一鎖形態で重鎖と軽鎖とを連結するためにペプチドまたは他のタイプのリンカーを使用してｓｃＦＶ形態で連結されうる。
幾つかの実施形態においては、ＦＡｂ形態であるＰＤ－１抗体は、ｓｃＦｖ形態であるＰＤ－１抗体と比較して、ＰＤ－１に対する、より低いアフィニティを有する。幾つかの実施形態においては、ＦＡｂ形態であるＰＤ－１抗体は、ｓｃＦｖ形態であるＰＤ－１抗体と比較して、ＰＤ－１に対する、より高いアフィニティを有する。幾つかの実施形態においては、アフィニティは、本明細書に記載されているとおり、約または少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、２００％、３００％、４００％または５００％高いまたは低い。
幾つかの実施形態においては、以下のクローンのＣＤＲを提供し、これらは、ＣＤＲを特徴付けるために使用されうる種々の形態に基づく。
Figure 2023538367000017
Figure 2023538367000018
Figure 2023538367000019
したがって、幾つかの実施形態においては、前記表に記載されているＬＣＤＲセットまたはＨＣＤＲセットを含むＰＤ－１に結合する抗体を提供する。
幾つかの実施形態においては、以下のクローンのＦａｂ ＣＤＲを提供し、これらは、ＣＤＲを特徴付けるために使用されうる種々の形態に基づく。
Figure 2023538367000020
Figure 2023538367000021
Figure 2023538367000022
したがって、幾つかの実施形態においては、前記表に記載されているＦａｂ ＬＣＤＲセットまたはＦａｂ ＨＣＤＲセットを含むＰＤ－１に結合する抗体を提供する。
幾つかの実施形態においては、以下のクローンのｓｃＦｖ ＣＤＲを提供し、これらは、ＣＤＲを特徴付けるために使用されうる種々の形態に基づく。
Figure 2023538367000023
Figure 2023538367000024
Figure 2023538367000025
したがって、幾つかの実施形態においては、本明細書の表に記載されているｓｃＦｖ ＬＣＤＲセットまたはｓｃＦｖ ＨＣＤＲセットを含むＰＤ－１に結合する抗体を提供する。幾つかの実施形態においては、前記のＰＤ－１抗体Ｆａｂ 表６およびＰＤ－１抗体ｓｃＦｖ 表７に記載されているＦａｂ ＬＣＤＲおよびＦａｂ ＨＣＤＲセットまたはｓｃＦｖ ＬＣＤＲおよびｓｃＦｖ ＨＣＤＲセットを含むＰＤ－１に結合する抗体を提供する。
幾つかの実施形態においては、ＰＤ－１抗体は、以下の表から選択されるポリペプチドを含む：
Figure 2023538367000026
Figure 2023538367000027
Figure 2023538367000028
Figure 2023538367000029
Figure 2023538367000030
Figure 2023538367000031
Figure 2023538367000032
Figure 2023538367000033
Figure 2023538367000034
幾つかの実施形態においては、ＰＤ－１抗体は、ＰＤ－１抗体 表８から選択されるポリペプチドを含む。
幾つかの実施形態においては、ＰＤ－１抗体は、以下の表から選択されるポリペプチドを含む。
Figure 2023538367000035
Figure 2023538367000036
Figure 2023538367000037
Figure 2023538367000038
Figure 2023538367000039
Figure 2023538367000040
Figure 2023538367000041
Figure 2023538367000042
Figure 2023538367000043
Figure 2023538367000044
Figure 2023538367000045
Figure 2023538367000046
Figure 2023538367000047
Figure 2023538367000048
Figure 2023538367000049
幾つかの実施形態においては、ＰＤ－１抗体は、ＰＤ－１抗体 表９から選択されるポリペプチドを含む。
幾つかの実施形態においては、ＰＤ－１抗体は、以下の表から選択されるポリペプチドを含む。
Figure 2023538367000050
幾つかの実施形態においては、ＰＤ－１抗体は、ＰＤ－１抗体 表１０から選択されるポリペプチドを含む。
幾つかの実施形態においては、ＰＤ－１抗体は、以下の表から選択されるポリペプチドを含む。
Figure 2023538367000051
Figure 2023538367000052
幾つかの実施形態においては、ＰＤ－１抗体は、ＰＤ－１抗体 表１１から選択されるポリペプチドを含む。
本明細書において提供する抗体またはポリペプチドは、パラトピック分子を生成するために、本明細書の表に記載されている複数のポリペプチド鎖、例えば、２本の鎖１および２本の鎖２を有しうる。これらは非限定的な例である。
幾つかの実施形態においては、ＰＤ－１に結合する複数の抗体を含むポリペプチドを提供する。複数の抗体は、同じまたは異なるＣＤＲ領域を有する複数の抗体を含む。
幾つかの実施形態においては、ＰＤ－１抗体は、ＰＤ－１抗体 表４に示されている配列を含む。幾つかの実施形態においては、抗体は、ＰＤ－１抗体 表４に例示されているｓｃＦＶ形態である。幾つかの実施形態においては、抗体は、ＰＤ－１抗体 表４のクローンのいずれかからのＣＤＲ１、ＰＤ－１抗体 表４のクローンのいずれかからのＣＤＲ２、およびＰＤ－１抗体 表４のクローンのいずれかからのＣＤＲ３を含む。幾つかの実施形態においては、抗体は、ＰＤ－１抗体 表４のクローンのいずれかからのＬＣＤＲ１、ＰＤ－１抗体 表４のクローンのいずれかからのＬＣＤＲ２、およびＰＤ－１抗体 表４のクローンのいずれかからのＬＣＤＲ３を含む。幾つかの実施形態においては、前記のＣＤＲのアミノ酸残基は突然変異を含む。幾つかの実施形態においては、ＣＤＲは１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０個の置換または突然変異を含む。幾つかの実施形態においては、置換は保存的置換である。
幾つかの実施形態においては、ＰＤ－１抗体は、ＰＤ－１抗体 表４のクローンのいずれかから選択されるＶＨ領域と、ＰＤ－１抗体 表４に示されているクローンのいずれかから選択されるＶＬ領域とを有する。
幾つかの実施形態においては、分子は、ＰＤ－１に結合する抗体を含む。幾つかの実施形態においては、抗体は、（ｉ）重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３配列（ここで、重鎖ＣＤＲ１配列は、ＰＤ－１抗体 表４に示されているＣＤＲ１配列のいずれかのアミノ酸配列を有し、重鎖ＣＤＲ２は、ＰＤ－１抗体 表４に示されているＣＤＲ２配列のいずれかのアミノ酸配列を有し、重鎖ＣＤＲ３は、ＰＤ－１抗体 表４に示されているＣＤＲ３配列のいずれかのアミノ酸配列を有する）または前記のいずれかの変異体を含む重鎖可変領域、ならびに（ｉｉ）軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３配列（ここで、軽鎖ＣＤＲ１配列は、ＰＤ－１抗体 表４に示されているＬＣＤＲ１配列のいずれかのアミノ酸配列を有し、軽鎖ＬＣＤＲ２は、ＰＤ－１抗体 表４に示されているＬＣＤＲ２配列のいずれかのアミノ酸配列を有し、軽鎖ＣＤＲ３は、ＰＤ－１抗体 表４に示されているＬＣＤＲ３配列のいずれかのアミノ酸配列を有する）または前記のいずれかの変異体を含む軽鎖可変領域を含む。
幾つかの実施形態においては、抗体は、重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３配列（ここで、重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３配列は、ＰＤ－１抗体 表４のＰＤ１ＡＢ４において示されているアミノ酸配列を有する）または前記のいずれかの変異体を含む重鎖可変領域、ならびに（ｉｉ）軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３配列（ここで、軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３配列は、ＰＤ－１抗体 表４のＰＤ１ＡＢ４において示されているアミノ酸配列を有する）または前記のいずれかの変異体を含む軽鎖可変領域を含む。
幾つかの実施形態においては、抗体は、重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３配列（ここで、重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３配列は、ＰＤ－１抗体 表４のＰＤ１ＡＢ３０において示されているアミノ酸配列を有する）または前記のいずれかの変異体を含む重鎖可変領域、ならびに（ｉｉ）軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３配列（ここで、軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３配列は、ＰＤ－１抗体 表４のＰＤ１ＡＢ３０において示されているアミノ酸配列を有する）または前記のいずれかの変異体を含む軽鎖可変領域を含む。
これらは非限定的な例示であり、抗体は、本明細書に記載されている表に示されているＣＤＲを有することが可能であり、各ＣＤＲセットに関して前記段落を書き出すことなく明示的に参照される。
幾つかの実施形態においては、ＰＤ－１抗体は、本明細書において提供されるＶＨおよびＶＬ（ＶＫ）鎖、例えば、ＰＤ－１抗体 表４に一覧されているものを含む。
幾つかの実施形態においては、ＰＤ－１抗体は、ＰＤ－１抗体Ｆａｂ 表６およびＰＤ－１抗体ｓｃＦｖ 表７に示されている配列を含む。幾つかの実施形態においては、抗体は、ＰＤ－１抗体Ｆａｂ 表６に示されているＦａｂ形態である。幾つかの実施形態においては、抗体は、ＰＤ－１抗体ｓｃＦｖ 表７に示されているｓｃＦｖ形態である。幾つかの実施形態においては、抗体は、ＰＤ－１抗体Ｆａｂ 表６およびＰＤ－１抗体ｓｃＦｖ 表７のクローンのいずれかからのＣＤＲ１、ＰＤ－１抗体Ｆａｂ 表６およびＰＤ－１抗体ｓｃＦｖ 表７のクローンのいずれかからのＣＤＲ２ならびにＰＤ－１抗体Ｆａｂ 表６およびＰＤ－１抗体ｓｃＦｖ 表７のクローンのいずれかからのＣＤＲ３を含む。
幾つかの実施形態においては、抗体は、ＰＤ－１抗体Ｆａｂ 表６およびＰＤ－１抗体ｓｃＦｖ 表７のクローンのいずれかからのＬＣＤＲ１、ＰＤ－１抗体Ｆａｂ 表６およびＰＤ－１抗体ｓｃＦｖ 表７のいずれかからのＬＣＤＲ２ならびにＰＤ－１抗体Ｆａｂ 表６およびＰＤ－１抗体ｓｃＦｖ 表７のクローンのいずれかからのＬＣＤＲ３を含む。
幾つかの実施形態においては、前記のＣＤＲのアミノ酸残基は突然変異を含む。幾つかの実施形態においては、ＣＤＲは１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０個の置換または突然変異を含む。幾つかの実施形態においては、置換は保存的置換である。
幾つかの実施形態においては、ＰＤ－１抗体は、ＰＤ－１抗体 表８およびＰＤ－１抗体 表９のクローンのいずれかから選択されるＶＨ領域と、ＰＤ－１抗体 表８およびＰＤ－１抗体 表９に示されているクローンのいずれかから選択されるＶＬ領域とを有する。
幾つかの実施形態においては、分子は、ＰＤ－１に結合する抗体を含む。幾つかの実施形態においては、抗体は、（ｉ）重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３配列（ここで、重鎖ＣＤＲ１配列は、ＰＤ－１抗体Ｆａｂ 表６およびＰＤ－１抗体ｓｃＦｖ 表７に示されているＣＤＲ１配列のいずれかのアミノ酸配列を有し、重鎖ＣＤＲ２は、ＰＤ－１抗体Ｆａｂ 表６およびＰＤ－１抗体ｓｃＦｖ 表７に示されているＣＤＲ２配列のいずれかのアミノ酸配列を有し、重鎖ＣＤＲ３は、ＰＤ－１抗体Ｆａｂ 表６およびＰＤ－１抗体ｓｃＦｖ 表７に示されているＣＤＲ３配列のいずれかのアミノ酸配列を有する）または前記のいずれかの変異体を含む重鎖可変領域、ならびに（ｉｉ）軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３配列（ここで、軽鎖ＣＤＲ１配列は、ＰＤ－１抗体Ｆａｂ 表６およびＰＤ－１抗体ｓｃＦｖ 表７に示されているＬＣＤＲ１配列のいずれかのアミノ酸配列を有し、軽鎖ＬＣＤＲ２は、ＰＤ－１抗体Ｆａｂ 表６およびＰＤ－１抗体ｓｃＦｖ 表７に示されているＬＣＤＲ２配列のいずれかのアミノ酸配列を有し、軽鎖ＣＤＲ３は、ＰＤ－１抗体Ｆａｂ 表６およびＰＤ－１抗体ｓｃＦｖ 表７に示されているＬＣＤＲ３配列のいずれかのアミノ酸配列を有する）または前記のいずれかの変異体を含む軽鎖可変領域を含む。
幾つかの実施形態においては、抗体は、Ｆａｂ重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３配列（ここで、Ｆａｂ重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３配列は、ＰＤ－１抗体Ｆａｂ 表６のＰＤ１ＡＢ３７において示されているアミノ酸配列を有する）または前記のいずれかの変異体を含むＦａｂ重鎖可変領域、ならびに（ｉｉ）軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３配列（ここで、Ｆａｂ軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３配列は、ＰＤ－１抗体Ｆａｂ 表６のＰＤ１ＡＢ３７において示されているアミノ酸配列を有する）または前記のいずれかの変異体を含むＦａｂ軽鎖可変領域を含む。
幾つかの実施形態においては、抗体は、ｓｃＦｖ重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３配列（ここで、ｓｃＦｖ重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３配列は、ＰＤ－１抗体ｓｃＦｖ 表７のＰＤ１ＡＢ３７において示されているアミノ酸配列を有する）または前記のいずれかの変異体を含むｓｃＦｖ重鎖可変領域、ならびに（ｉｉ）ｓｃＦｖ軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３配列（ここで、ｓｃＦｖ軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３配列は、ＰＤ－１抗体ｓｃＦｖ 表７のＰＤ１ＡＢ３７において示されているアミノ酸配列を有する）または前記のいずれかの変異体を含むｓｃＦｖ軽鎖可変領域を含む。
幾つかの実施形態においては、抗体は、Ｆａｂ重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３配列（ここで、Ｆａｂ重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３配列は、ＰＤ－１抗体Ｆａｂ 表６のＰＤ１ＡＢ５３において示されているアミノ酸配列を有する）または前記のいずれかの変異体を含むＦａｂ重鎖可変領域、ならびに（ｉｉ）軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３配列（ここで、Ｆａｂ軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３配列は、ＰＤ－１抗体Ｆａｂ 表６のＰＤ１ＡＢ５３において示されているアミノ酸配列を有する）または前記のいずれかの変異体を含むＦａｂ軽鎖可変領域を含む。
幾つかの実施形態においては、抗体は、ｓｃＦｖ重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３配列（ここで、ｓｃＦｖ重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３配列は、ＰＤ－１抗体ｓｃＦｖ 表７のＰＤ１ＡＢ５３において示されているアミノ酸配列を有する）または前記のいずれかの変異体を含むｓｃＦｖ重鎖可変領域、ならびに（ｉｉ）ｓｃＦｖ軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３配列（ここで、ｓｃＦｖ軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３配列は、ＰＤ－１抗体ｓｃＦｖ 表７のＰＤ１ＡＢ５３において示されているアミノ酸配列を有する）または前記のいずれかの変異体を含むｓｃＦｖ軽鎖可変領域を含む。
これらは非限定的な例示であり、抗体は、本明細書に記載されている表に示されているＣＤＲを有することが可能であり、各ＣＤＲセットに関して前記段落を書き出すことなく明示的に参照される。
幾つかの実施形態においては、ＰＤ－１抗体は、本明細書において提供されるＦａｂ ＶＨおよびＶＬ（ＶＫ）鎖、例えば、ＰＤ－１抗体 表８およびＰＤ－１抗体 表９に一覧されているものを含む。幾つかの実施形態においては、Ｆａｂ ＶＨペプチドは配列番号２５６または２６０の配列を含む。幾つかの実施形態においては、Ｆａｂ ＶＫ鎖は配列番号２５９または２６３の配列を含む。幾つかの実施形態においては、抗体は配列番号２５６のＦａｂ ＶＨおよび配列番号２５９のＦａｂ ＶＫを含む。幾つかの実施形態においては、抗体は配列番号２６０のＦａｂ ＶＨおよび配列番号２６３のＦａｂ ＶＫを含む。幾つかの実施形態においては、ＰＤ－１抗体は、本明細書において提供されるｓｃＦｖ ＶＨおよびＶＬ（ＶＫ）鎖、例えば、ＰＤ－１抗体 表８およびＰＤ－１抗体 表９に一覧されているものを含む。幾つかの実施形態においては、ｓｃＦｖ ＶＨペプチドは配列番号２５７または２６１の配列を含む。幾つかの実施形態においては、ｓｃＦｖ ＶＫ鎖は配列番号２５８または２６２の配列を含む。幾つかの実施形態においては、抗体は配列番号２５７のｓｃＦｖ ＶＨおよび配列番号２５８のｓｃＦｖ ＶＫを含む。幾つかの実施形態においては、抗体は配列番号２６１のｓｃＦｖ ＶＨおよび配列番号２６２のｓｃＦｖ ＶＫを含む。
幾つかの実施形態においては、ＰＤ－１抗体は、本明細書において提供されるＦａｂ ＶＨおよびＶＬ（ＶＫ）ならびにｓｃＦｖ ＶＨおよびＶＬ（ＶＫ）鎖、例えば、ＰＤ－１抗体 表８およびＰＤ－１抗体 表９に一覧されているものを含む。幾つかの実施形態においては、Ｆａｂ ＶＨペプチドは配列番号２５６または２６０の配列を含み、ｓｃＦｖ ＶＨペプチドは配列番号２５７または２６１の配列を含む。幾つかの実施形態においては、Ｆａｂ ＶＫ鎖は配列番号２５９または２６３の配列を含み、ｓｃＦｖ ＶＫ鎖は配列番号２５８または２６２の配列を含む。幾つかの実施形態においては、抗体は配列番号２５６のＦａｂ ＶＨおよび配列番号２５９のＦａｂ ＶＫ、ならびに配列番号２５７のｓｃＦＶ ＶＨおよび配列番号２５８のｓｃＦＶ ＶＫを含む。幾つかの実施形態においては、抗体は配列番号２６０のＦａｂ ＶＨおよび配列番号２６３のＦａｂ ＶＫ、ならびに配列番号２６１のｓｃＦＶ ＶＨおよび配列番号２６２のｓｃＦＶ ＶＫを含む。
幾つかの実施形態においては、ｓｃＦｖは、Ｎ末端からＣ末端への方向に、ＶＨおよびＶＬを含む。幾つかの実施形態においては、Ｎ末端からＣ末端への方向に、ＶＨはリンカーを介してＶＬに連結されている。幾つかの実施形態においては、リンカーは、本明細書において提供される任意のリンカーである。幾つかの実施形態においては、ｓｃＦｖは、Ｎ末端からＣ末端への方向に、ＶＬおよびＶＨを含む。幾つかの実施形態においては、Ｎ末端からＣ末端への方向に、ＶＬはリンカーを介してＶＨに連結されている。幾つかの実施形態においては、リンカーは、本明細書において提供される任意のリンカーである。
幾つかの実施形態においては、ＰＤ－１抗体は、ＰＤ－１抗体 表４に示されている配列を含む。幾つかの実施形態においては、抗体はｓｃＦＶ形態である。幾つかの実施形態においては、抗体はＰＤ－１抗体 表４のクローンのいずれかからのＶＨ配列を含む。幾つかの実施形態においては、抗体はＰＤ－１抗体 表４のクローンのいずれかからのＶＫ配列を含む。幾つかの実施形態においては、前記のＶＨまたはＶＫのアミノ酸残基は突然変異を含有する。幾つかの実施形態においては、ＶＨまたはＶＫは１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０個の置換または突然変異を含有する。幾つかの実施形態においては、置換は保存的置換である。
幾つかの実施形態においては、治療用化合物がＦｃ部分を含む場合、Ｆｃドメイン（部分）は、Ｆｃ領域を、ＦｃＲに結合し得ない「無エフェクター（ｅｆｆｅｃｔｏｒｌｅｓｓ）」にする突然変異を含有する。Ｆｃ領域を無エフェクターにする突然変異は公知である。幾つかの実施形態においては、Ｆｃ領域における突然変異は、公知番号付け系に準拠した場合、Ｋ３２２Ａ、Ｌ２３４Ａ、Ｌ２３５Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｌ２３４Ｆ、Ｌ２３５Ｅ、Ｎ２９７、Ｐ３３１Ｓまたはそれらの任意の組合せからなる群から選択される。幾つかの実施形態においては、Ｆｃ突然変異は、Ｌ２３４および／またはＬ２３５および／またはＧ２３７における突然変異を含む。幾つかの実施形態においては、Ｆｃ突然変異はＬ２３４Ａおよび／またはＬ２３５Ａ突然変異を含み、これらはＬＡＬＡ突然変異と称されうる。幾つかの実施形態においては、Ｆｃ突然変異はＬ２３４Ａ、Ｌ２３５ＡおよびＧ２３７Ａ突然変異を含む。
リンカーポリペプチド、治療用ペプチド、および該ポリペプチド（例えば、治療用化合物）をコードする核酸、該核酸配列を含むベクター、および該核酸またはベクターを含む細胞が、本明細書に開示されている。
図１および図２に例示されているＦＡｂ（２０）および（２５）ならびにｓｃＦＶ（５０）および（５５）ドメインは、重鎖および軽鎖またはＣＤＲ配列のいずれかを、単独で、または表に示されているとおりに、そして本明細書および前記に記載されているとおりに含みうる。
医薬組成物およびキット
実施形態においては、本実施形態は、薬学的に許容される担体と共に製剤化された、本明細書において提供される治療用化合物またはポリペプチドを含む組成物、例えば、薬学的に許容される組成物を提供する。本明細書中で用いる「薬学的に許容される担体」は、生理学的に適合するあらゆる溶媒、分散媒、等張化剤および吸収遅延剤などを含む。
担体は、静脈内、筋肉内、皮下、非経口、直腸、局所的、眼、局部的、脊椎または表皮投与（例えば、注射または注入によるもの）に適したものでありうる。本明細書中で用いる「担体」なる語は、化合物と共に投与される希釈剤、アジュバントまたは賦形剤を意味する。幾つかの実施形態においては、医薬担体はまた、液体、例えば、水、および油、例えば石油、動物、植物または合成由来の油、例えば、ピーナッツ油、ダイズ油、鉱油、ゴマ油などでありうる。医薬担体はまた、生理食塩水、アラビアガム、ゼラチン、デンプンペースト、タルク、ケラチン、コロイドシリカ、尿素などでありうる。また、補助剤、安定剤、増粘剤、潤滑剤および着色剤が使用されうる。担体は、本明細書において提供される治療用化合物を含む医薬組成物において使用されうる。
本明細書において提供される実施形態の組成物および化合物は種々の形態でありうる。
これらには、液体、半固体および固体の剤形、例えば、液体溶液（例えば、注射可能な溶液および注入可能な溶液）、分散液または懸濁液、リポソームおよび坐剤が含まれる。好ましい形態は、意図される投与様式および治療適用に左右される。典型的な組成物は、注射可能または注入可能な溶液の形態である。幾つかの実施形態においては、投与様式は非経口（例えば、静脈内、皮下、腹腔内、筋肉内）である。幾つかの実施形態においては、治療用分子は静脈内注入または注射により投与される。もう１つ実施形態においては、治療用分子は、筋肉内または皮下注射により投与される。もう１つの実施形態においては、治療用分子は、局所的に、例えば、注射または局部的適用により、標的部位に投与される。
本明細書中で用いる「非経口投与」および「非経口的に投与される」なる句は、経腸投与および局所投与以外の、通常は注射による投与様式を意味し、限定的なものではないが静脈内、筋肉内、動脈内、髄腔内、嚢内、眼窩内、心臓内、皮内、腹腔内、経気管、皮下、表皮下、関節内、被膜下、くも膜下、脊髄内、硬膜外および胸骨内の注射および注入を含む。
医薬組成物は、典型的には、無菌であるべきであり、幾つかの実施形態においては、製造および貯蔵の条件下で安定であるべきである。組成物は、溶液、マイクロエマルション、分散液、リポソーム、または高い治療用分子濃度に適した他の秩序構造として製剤化（処方）されうる。無菌注射溶液は、必要量の活性化合物（すなわち、治療用分子）を、必要に応じて、前記の成分の１つまたは組合せと共に、適切な溶媒中に配合し、ついで濾過滅菌することにより製造されうる。一般に、分散液は、基礎分散媒と前記のものからの必要な他の成分とを含有する無菌ビヒクル中に活性化合物を配合することにより製造される。無菌注射溶液の調製のための無菌散剤の場合、好ましい製造方法は真空乾燥および凍結乾燥であり、これは、有効成分と、予め滅菌濾過された溶液からの任意の追加的な所望の成分との粉末を与える。溶液の適切な流動性は、例えば、レシチンのようなコーティング剤の使用、分散液の場合の必要な粒子サイズの維持、および界面活性剤の使用により維持されうる。注射用組成物の持続的吸収は、吸収を遅らせる物質、例えばモノステアリン酸塩およびゼラチンを組成物中に配合することによってもたらされうる。
当業者に理解されるとおり、投与の経路および／または様式は、所望の結果に応じて変動するであろう。特定の実施形態においては、インプラント、経皮パッチおよびマイクロカプセル化送達系を含む制御放出製剤のように、活性化合物は、急速な放出から該化合物を保護する担体を使用して製造されうる。生分解性、生体適合性ポリマー、例えばエチレンビニルアセタート、ポリ酸無水物、ポリグリコール酸、コラーゲン、ポリオルトエステルおよびポリ乳酸が使用されうる。そのような製剤の製造のための多数の方法が特許されており、または当業者に一般に公知である。例えば、Ｓｕｓｔａｉｎｅｄ ａｎｄ Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ Ｒｅｌｅａｓｅ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｊ．Ｒ．Ｒｏｂｉｎｓｏｎ編，Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ，Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９７８を参照されたい。
特定の実施形態においては、治療用化合物は、例えば、不活性希釈剤または同化可能な可食担体と共に経口投与されうる。該化合物（および所望により、他の成分）は硬または軟殻ゼラチンカプセル内に封入されること、錠剤へと圧縮されること、または対象の食事に直接的に配合されることも可能である。経口治療投与の場合、該化合物は賦形剤と混合され、摂取可能な錠剤、バッカル錠、トローチ剤、カプセル剤、エリキシル剤、懸濁液、シロップ剤、ウエハースなどの形態で使用されうる。非経口投与以外で化合物を投与するには、その不活性化を防ぐ物質で化合物をコーティングし、または該物質と化合物とを同時投与することが必要かもしれない。治療用組成物はまた、当技術分野で公知の医療装置で投与されうる。
投与レジメンは、最適な所望の応答（例えば、治療応答）が得られるように調整される。例えば、単回ボーラスが投与可能であり、幾つかの分割用量が経時的に投与可能であり、あるいは治療状況の緊急性に適応するように用量が比例的に低減または増加されうる。
投与を容易にし、投与量を均一にするために、非経口組成物を投与単位形態で製剤化することが特に有利である。本明細書中で用いる投与単位形態は、治療される対象にとって単位投与量として適した物理的に別個の単位を意味し、各単位は、必要な医薬担体と組合されて所望の治療効果をもたらすように計算された所定量の活性化合物を含有する。投与単位形態の仕様は、（ａ）活性化合物の特有の特性、および達成される特定の治療効果、ならびに（ｂ）個体における感受性の治療のためにそのような活性化合物を配合する技術に固有の制限により決定され、直接的に左右される。
治療用化合物の治療的または予防的有効量の例示的な非限定的な範囲は０．１～３０ｍｇ／ｋｇ、より好ましくは１～２５ｍｇ／ｋｇである。治療用化合物の投与量および治療レジメンは当業者により決定されうる。特定の実施形態においては、治療用化合物は約１～４０ｍｇ／ｋｇ、例えば１～３０ｍｇ／ｋｇ、例えば約５～２５ｍｇ／ｋｇ、約１０～２０ｍｇ／ｋｇ、約１～５ｍｇ／ｋｇ、１～１０ｍｇ／ｋｇ、５～１５ｍｇ／ｋｇ、１０～２０ｍｇ／ｋｇ、１５～２５ｍｇ／ｋｇまたは約３ｍｇ／ｋｇの用量で注射（例えば、皮下または静脈内）により投与される。投与スケジュールは、例えば、週１回から２、３または４週間に１回まで変動しうる。１つの実施形態においては、治療用化合物は約１０～２０ｍｇ／ｋｇの用量で隔週で投与される。治療用化合物は、約３５～４４０ｍｇ／ｍ２、典型的には約７０～３１０ｍｇ／ｍ２、より典型的には約１１０～１３０ｍｇ／ｍ２の用量に到達させるために、２０ｍｇ／分を超える速度、例えば２０～４０ｍｇ／分、典型的には４０ｍｇ／分以上の速度で静脈内注入により投与されうる。実施形態においては、約１１０～１３０ｍｇ／ｍ２の注入速度は約３ｍｇ／ｋｇのレベルを達成する。他の実施形態においては、治療用化合物は、約１～１００ｍｇ／ｍ２、例えば５～５０ｍｇ／ｍ２、約７～２５ｍｇ／ｍ２または約１０ｍｇ／ｍ２の用量に到達させるために、１０ｍｇ／分未満、例えば５ｍｇ／分以下の速度で静脈内注入により投与されうる。幾つかの実施形態においては、治療用化合物は約３０分間にわたって注入される。投与量の値は、軽減すべき病態のタイプおよび重症度によって変動しうることに注意すべきである。いずれかの特定の対象に関して、組成物を投与する者または組成物の投与を監督する者の専門的な判断および個々の必要性に従い、具体的な投与レジメンを経時的に調整すべきであること、ならびに本明細書に記載されている投与量範囲は例示的であるに過ぎず、特許請求されている組成物の範囲または実施を限定するとは意図されないことが、更に理解されるべきである。
医薬組成物はポリペプチドの「治療的有効量」または「予防的有効量」を含みうる。「治療的有効量」は、所望の治療結果を達成するのに必要な投与および期間において有効な量を意味する。ポリペプチドの治療的有効量は、個体の病態、年齢、性別および体重、ならびに個体において所望の応答を誘発する治療用化合物の能力のような要因によって変動しうる。治療的有効量はまた、治療上有益な効果が治療用分子の毒性または有害な効果を上回るものでもある。「治療的有効量」は、好ましくは、測定可能なパラメーター、例えば免疫攻撃を、未治療対象と比較して、少なくとも約２０％、より好ましくは少なくとも約４０％、より一層好ましくは少なくとも約６０％、更に好ましくは少なくとも約８０％抑制する。測定可能なパラメーター、例えば免疫攻撃を抑制する化合物の能力は、移植片拒絶または自己免疫障害における有効性を予測する動物モデル系において評価されうる。
あるいは、組成物のこの特性は、そのような抑制をインビトロで化合物が抑制する能力を当業者に公知のアッセイにより調べることにより評価されうる。
「予防的有効量」は、所望の予防結果を達成するのに必要な投与および期間において有効な量を意味する。典型的には、予防的用量は疾患の前または早期の段階で対象において使用されるため、予防的有効量は治療的有効量より少ない。
本明細書に記載されている治療用化合物を含むキットも実施形態の範囲内である。キットは、以下のものを含む１以上の他の要素を含みうる：使用説明；他の試薬、例えば、標識、治療用物質、または治療用分子を標識もしくは他の治療用物質にキレート化またはカップリングするのに有用な物質、または放射線防護組成物；投与用の治療用分子を調製するための装置または他の材料；薬学的に許容される担体；および対象への投与のための装置または他の材料。
幾つかの実施形態においては、本明細書において提供される実施形態には、以下のものも含まれるが、それらに限定されるものではない。
１．ＰＤ－１に結合する第１、第２、第３および第４の結合ドメインを含むポリペプチドであって、第１および第２の結合ドメインがＰＤ－１上の第１エピトープに結合し、第３および第４の結合ドメインがＰＤ－１上の第２エピトープに結合し、第１エピトープと第２エピトープとが同じではない、前記ポリペプチド。
２．ポリペプチドがＰＤ－１アゴニストである、実施形態１記載のポリペプチド。
３．第１および第２の結合ドメインが、ＰＤ－１に結合する第３および第４の結合ドメインと比較して、ＰＤ－１に対する、より低いアフィニティを有する、実施形態１記載のポリペプチド。
４．第１および第２の結合ドメインが、ＰＤ－１に結合する第３および第４の結合ドメインと比較して、ＰＤ－１に対する、より高いアフィニティを有する、実施形態１記載のポリペプチド。
５．第１、第２、第３および第４の結合ドメインが、ＰＤ－１に結合する抗体または抗体フラグメントである、実施形態１～４のいずれか１項記載のポリペプチド。
６．第１および第２の結合ドメイン抗体がＦａｂ形態であり、第３および第４の結合ドメインがｓｃＦｖ形態である、実施形態５記載のポリペプチド。
７．Ｆａｂ形態の抗体が、ｓｃＦｖ形態の抗体と比較して、ＰＤ－１に対する、より高いアフィニティを有する、実施形態６記載のポリペプチド。
８．Ｆａｂ形態の抗体が、ｓｃＦｖ形態の抗体と比較して、ＰＤ－１に対する、より低いアフィニティを有する、実施形態６記載のポリペプチド。
９．ポリペプチドが、ＰＤ１ＡＢ４、ＰＤ１ＡＢ２５、ＰＤ１ＡＢ３０、ＰＤ１ＡＢ５３またはＰＤ１ＡＢ３７のポリペプチド鎖またはフラグメントのような、本明細書において提供される配列または抗体を含む、前記実施形態のいずれか１項記載のポリペプチド。
１０．ＰＤ－１に結合する第１および第２の結合ドメインを含むポリペプチドであって、第１および第２の結合ドメインが、本明細書に記載されているＰＤ－１抗体 表４、ＰＤ－１抗体 表５、ＰＤ－１抗体 表８、ＰＤ－１抗体 表９、ＰＤ－１抗体 表１０またはＰＤ－１抗体 表１１におけるもののような、本明細書に記載されている配列を含む、前記ポリペプチド。
１１．ポリペプチドが、ＰＤ－１に結合する第３および第４の結合ドメインを含み、第３結合ドメインが第１結合ドメインと同じエピトープに結合し、第４結合ドメインが第２結合ドメインと同じエピトープに結合する、実施形態１記載のポリペプチド。
１２．第１および第３の結合ドメインが、同じ配列を有するポリペプチドを含む、実施形態１１記載のポリペプチド。
１３．第２および第４の結合ドメインが、同じ配列を有するポリペプチドを含む、実施形態１１および１２記載のポリペプチド。
１４．第１および第２の結合ドメインが、異なるポリペプチド配列を含む、実施形態１１～１３のいずれか１項記載のポリペプチド。
１５．第１および第２の結合ドメインが、ＰＤ－１に結合する抗体である、実施形態１０記載のポリペプチド。
１６．第１および第２の結合ドメインが同一配列を有する、実施形態１０および１７記載のポリペプチド。
１７．第１および第２の結合ドメインが、異なる配列を有する、実施形態１０および１５記載のポリペプチド。
１８．第１および第２の結合ドメインが、同じエピトープに結合する、実施形態１５～１６のいずれか１項記載のポリペプチド。
１９．第１および第２の結合ドメインが、異なるエピトープに結合する、実施形態１５～１６のいずれか１項記載のポリペプチド。
２０．第１結合ドメインおよび第２結合ドメインの一方がＦａｂ抗体であり、他方がｓｃＦｖ抗体である、実施形態１５～１６のいずれか１項記載のポリペプチド。
２１．第１および第２の結合ドメインがリンカーにより連結されている、実施形態１５～２０のいずれか１項記載のポリペプチド。
２２．リンカーが、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３またはＩｇＧ４定常領域のような免疫グロブリン定常領域を含む、実施形態２１記載のポリペプチド。
２３．リンカーがＩｇＧ１の免疫グロブリン定常領域を含む、実施形態２１記載のポリペプチド。
２４．リンカーがグリシン／セリン、グリシン／アラニンリンカー、グリシン／グルタミン酸／セリン、またはアラニン／グルタミン酸／リジンを更に含む、実施形態２１～２３のいずれか１項記載のポリペプチド。
２５．グリシン／セリンリンカーが（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号３０３）、（ＧＧＧＳＥ）ｎ（配列番号３０５）もしくは（ＧＧＧＧＡ）ｎ（配列番号３０４）の配列またはそれらの組合せを含み、各ｎが、独立して、１～４である、実施形態２４記載のポリペプチド。
２６．ポリペプチドが、ｓｃＦｖ抗体に連結されたＦａｂ重鎖ドメインを含む第１ポリペプチド鎖と、Ｆａｂ軽（カッパ）鎖ドメインを含む第２ポリペプチド鎖とを含み、Ｆａｂ重鎖および軽鎖がＰＤ－１に結合し、ｓｃＦｖ抗体が、同じまたは異なるエピトープにおいてＰＤ－１に結合する、実施形態１および１０記載のポリペプチド。
２７．ｓｃＦｖが、ｓｃＦｖリンカーで軽鎖可変ドメインに連結された重鎖可変ドメインを含む、実施形態２６記載のポリペプチド。
２８．ｓｃＦＶリンカーが（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号３０３）、（ＧＧＧＳＥ）ｎ（配列番号３０５）もしくは（ＧＧＧＧＡ）ｎ（配列番号３０４）の配列またはそれらの組合せを含み、各ｎが、独立して、１～４である、実施形態２７記載のポリペプチド。
２９．第１結合ドメインが、ＰＤ－１抗体 表４、ＰＤ－１抗体 表５、ＰＤ－１抗体 表８、ＰＤ－１抗体 表９、ＰＤ－１抗体 表１０またはＰＤ－１抗体 表１１に示されている配列を含み、第２結合ドメインが、ＰＤ－１抗体 表４、ＰＤ－１抗体 表５、ＰＤ－１抗体 表８、ＰＤ－１抗体 表９、ＰＤ－１抗体 表１０またはＰＤ－１抗体 表１１に示されている配列を含む、実施形態１～２２のいずれか１項記載のポリペプチド。
３０．第１結合ドメインおよび第２結合ドメインが、本明細書において提供される、独立して選択される抗体またはその抗原結合性フラグメントである、実施形態１～２８のいずれか１項記載のポリペプチド。
３１．第１結合ドメインおよび第２結合ドメインが、独立して選択される抗体またはその抗原結合性フラグメントであり、
（ｉ）重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３配列（ここで、重鎖ＣＤＲ１配列は、ＰＤ－１抗体 表４、ＰＤ－１抗体 表５、ＰＤ－１抗体Ｆａｂ 表６またはＰＤ－１抗体ｓｃＦｖ 表７に示されているＣＤＲ１配列のいずれかのアミノ酸配列を有し、重鎖ＣＤＲ２は、ＰＤ－１抗体 表４、ＰＤ－１抗体 表５、ＰＤ－１抗体Ｆａｂ 表６またはＰＤ－１抗体ｓｃＦｖ 表７に示されているＣＤＲ２配列のいずれかのアミノ酸配列を有し、重鎖ＣＤＲ３は、ＰＤ－１抗体 表４、ＰＤ－１抗体 表５、ＰＤ－１抗体Ｆａｂ 表６またはＰＤ－１抗体ｓｃＦｖ 表７に示されているＣＤＲ３配列のいずれかのアミノ酸配列を有する）または前記のいずれかの変異体を含む重鎖可変領域、ならびに
（ｉｉ）軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３配列（ここで、軽鎖ＣＤＲ１配列は、ＰＤ－１抗体 表４、ＰＤ－１抗体 表５、ＰＤ－１抗体Ｆａｂ 表６またはＰＤ－１抗体ｓｃＦｖ 表７に示されているＬＣＤＲ１配列のいずれかのアミノ酸配列を有し、軽鎖ＬＣＤＲ２は、ＰＤ－１抗体 表４、ＰＤ－１抗体 表５、ＰＤ－１抗体Ｆａｂ 表６またはＰＤ－１抗体ｓｃＦｖ 表７に示されているＬＣＤＲ２配列のいずれかのアミノ酸配列を有し、軽鎖ＣＤＲ３は、ＰＤ－１抗体 表４、ＰＤ－１抗体 表５、ＰＤ－１抗体Ｆａｂ 表６またはＰＤ－１抗体ｓｃＦｖ 表７に示されているＬＣＤＲ３配列のいずれかのアミノ酸配列を有する）または前記のいずれかの変異体を含む軽鎖可変領域
を含む、実施形態３０記載のポリペプチド。
３２．第１結合ドメインおよび第２結合ドメインが、独立して選択される抗体またはその抗原結合性フラグメントであり、抗体またはその抗原結合性フラグメントが、ＰＤ－１抗体 表４、ＰＤ－１抗体 表８、ＰＤ－１抗体 表９、ＰＤ－１抗体 表１０またはＰＤ－１抗体 表１１に示されているＶＫ配列を含む、実施形態３０記載のポリペプチド。
３３．第１結合ドメインおよび第２結合ドメインが、独立して選択される抗体またはその抗原結合性フラグメントであり、抗体またはその抗原結合性フラグメントが、ＰＤ－１抗体 表４、ＰＤ－１抗体 表８、ＰＤ－１抗体 表９、ＰＤ－１抗体 表１０またはＰＤ－１抗体 表１１に示されているＶＨ配列を含む、実施形態３０記載のポリペプチド。
３４．第１結合ドメインおよび第２結合ドメインが、独立して選択される抗体またはその抗原結合性フラグメントであり、抗体またはその抗原結合性フラグメントが、本明細書に記載されているＰＤ－１抗体の表に示されているＶＫ配列と、本明細書に記載されているＰＤ－１抗体の表に示されているＶＨ配列とを含む、実施形態３０記載のポリペプチド。
３５．第１結合ドメインおよび第２結合ドメインが、独立して選択される抗体またはその抗原結合性フラグメントであり、抗体またはその抗原結合性フラグメントが、独立して、クローン番号：ＰＤ－１抗体 表４のＰＤ１ＡＢ４（配列番号３５）、ＰＤ１ＡＢ３０（配列番号１８５）、ＰＤ１ＡＢ１７（配列番号１１３）、ＰＤ１ＡＢ１８（配列番号１２０）、ＰＤ１ＡＢ２０（配列番号１３５）、ＰＤ１ＡＢ２５（配列番号１６９）、ＰＤ－１抗体 表８のＰＤ１ＡＢ３７Ｆａｂ（配列番号２５６）、ＰＤ１ＡＢ３７ｓｃＦｖ（配列番号２５７）、およびＰＤ－１抗体 表９のＰＤ１ＡＢ５３Ｆａｂ（配列番号２６０）、ＰＤ１ＡＢ５３ｓｃＦｖ（配列番号２６１）の重鎖可変領域を含む、実施形態３０記載のポリペプチド。
３６．第１結合ドメインおよび第２結合ドメインが、独立して選択される抗体またはその抗原結合性フラグメントであり、抗体またはその抗原結合性フラグメントが、独立して、ＰＤ－１抗体 表４のＰＤ１ＡＢ４、ＰＤ１ＡＢ３０、ＰＤ１ＡＢ１７、ＰＤ１ＡＢ１８、ＰＤ１ＡＢ２０、ＰＤ１ＡＢ２５、ＰＤ－１抗体Ｆａｂ 表６およびＰＤ－１抗体ｓｃＦｖ 表７のＰＤ１ＡＢ３７またはＰＤ１ＡＢ５３の重鎖ドメインのＣＤＲを含む、実施形態３０記載のポリペプチド。
３７．第１結合ドメインおよび第２結合ドメインが、独立して選択される抗体またはその抗原結合性フラグメントであり、抗体またはその抗原結合性フラグメントが、独立して、配列番号３７、１７１、１１５、１２２、１３７、１７１、２６７、２３８、２７９の第１ＣＤＲ、配列番号３８、１７２、１１６、１２３、１３８、１７２、２２９、２３９の第２ＣＤＲ、および配列番号３９、１７３、１１７、１２４、１３９、１７３、２３０、２４０の第３ＣＤＲを含む重鎖を含む、実施形態３０記載のポリペプチド。
３８．第１結合ドメインおよび第２結合ドメインが、独立して選択される抗体またはその抗原結合性フラグメントであり、抗体またはその抗原結合性フラグメントが、独立して、
配列番号３７の第１ＣＤＲ、配列番号３８の第２ＣＤＲおよび配列番号３９の第３ＣＤＲ；
配列番号１７１の第１ＣＤＲ、配列番号１７２の第２ＣＤＲおよび配列番号１７３の第３ＣＤＲ；
配列番号１１５の第１ＣＤＲ、配列番号１１６の第２ＣＤＲおよび配列番号１１７の第３ＣＤＲ；
配列番号１２２の第１ＣＤＲ、配列番号１２３の第２ＣＤＲおよび配列番号１２４の第３ＣＤＲ；
配列番号１３７の第１ＣＤＲ、配列番号１３８の第２ＣＤＲおよび配列番号１３９の第３ＣＤＲ；
配列番号２６７の第１ＣＤＲ、配列番号２２９の第２ＣＤＲおよび配列番号２３０の第３ＣＤＲ；
配列番号２３８の第１ＣＤＲ、配列番号２３９の第２ＣＤＲおよび配列番号２４０の第３ＣＤＲ；
配列番号２７９の第１ＣＤＲ、配列番号２３９の第２ＣＤＲおよび配列番号２４０の第３ＣＤＲ；または
配列番号２６７の第１ＣＤＲ、配列番号２２９の第２ＣＤＲおよび配列番号２３０の第３ＣＤＲ
を含む重鎖を含む、実施形態３０記載のポリペプチド。
３９．第１結合ドメインおよび第２結合ドメインが、独立して選択される抗体またはその抗原結合性フラグメントであり、抗体またはその抗原結合性フラグメントが、独立して、クローン番号：ＰＤ－１抗体 表４のＰＤ１ＡＢ４（配列番号３６）、ＰＤ１ＡＢ３０（配列番号１７０）、ＰＤ１ＡＢ１７（配列番号１１４）、ＰＤ１ＡＢ１８（配列番号１２１）、ＰＤ１ＡＢ２０（配列番号１３６）、ＰＤ１ＡＢ２５（配列番号１７０）、ＰＤ－１抗体 表８のＰＤ１ＡＢ３７Ｆａｂ（配列番号２５９）、ＰＤ１ＡＢ３７ ｓｃＦｖ（配列番号２５８）、およびＰＤ－１抗体 表９のＰＤ１ＡＢ５３ Ｆａｂ（配列番号２６３）、ＰＤ１ＡＢ５３ ｓｃＦｖ（配列番号２６２）の軽鎖可変領域を含む、実施形態３０および３５～３８のいずれか１項記載のポリペプチド。
４０．第１結合ドメインおよび第２結合ドメインが、独立して選択される抗体またはその抗原結合性フラグメントであり、抗体またはその抗原結合性フラグメントが、独立して、ＰＤ－１抗体 表４のＰＤ１ＡＢ４、ＰＤ１ＡＢ３０、ＰＤ１ＡＢ１７、ＰＤ１ＡＢ１８、ＰＤ１ＡＢ２０またはＰＤ１ＡＢ２５、ＰＤ－１抗体Ｆａｂ 表６およびＰＤ－１抗体ｓｃＦｖ 表７のＰＤ１ＡＢ３７またはＰＤ１ＡＢ５３の軽鎖ドメインのＣＤＲを含む軽鎖可変領域を含む、実施形態３０および３５～３８のいずれか１項記載のポリペプチド。
４１．第１結合ドメインおよび第２結合ドメインが、独立して選択される抗体またはその抗原結合性フラグメントであり、抗体またはその抗原結合性フラグメントが、独立して、配列番号４０、１１８、１２５、１４０、１７４、２７６の第１ＣＤＲ、配列番号１９、１２６、４７、１７５、２２７、２３７の第２ＣＤＲおよび配列番号４１、１１９、１２７、１４１、１７６の第３ＣＤＲを含む軽鎖可変領域を含む、実施形態３０および３５～３８のいずれか１項記載のポリペプチド。
４２．第１結合ドメインおよび第２結合ドメインが、独立して選択される抗体またはその抗原結合性フラグメントであり、抗体またはその抗原結合性フラグメントが、独立して、
配列番号４０の第１ＣＤＲ、配列番号１９の第２ＣＤＲおよび配列番号４１の第３ＣＤＲ；
配列番号１１８の第１ＣＤＲ、配列番号１９の第２ＣＤＲおよび配列番号１１９の第３ＣＤＲ；
配列番号１２５の第１ＣＤＲ、配列番号１２６の第２ＣＤＲおよび配列番号１２７の第３ＣＤＲ；
配列番号１４０の第１ＣＤＲ、配列番号４７の第２ＣＤＲおよび配列番号１４１の第３ＣＤＲ；
配列番号１７４の第１ＣＤＲ、配列番号１７５の第２ＣＤＲおよび配列番号１７６の第３ＣＤＲ；
配列番号１７４の第１ＣＤＲ、配列番号２２７の第２ＣＤＲおよび配列番号１７６の第３ＣＤＲ；
配列番号４０の第１ＣＤＲ、配列番号２３７の第２ＣＤＲおよび配列番号４１の第３ＣＤＲ；
配列番号２７６の第１ＣＤＲ、配列番号２３７の第２ＣＤＲおよび配列番号４１の第３ＣＤＲ；または
配列番号１７４の第１ＣＤＲ、配列番号２２７の第２ＣＤＲおよび配列番号１７６の第３ＣＤＲ
を含む軽鎖可変領域を含む、実施形態３０および３５～３８のいずれか１項記載のポリペプチド。
４３．第１結合ドメインおよび第２結合ドメインが、独立して選択される抗体またはその抗原結合性フラグメントであり、抗体またはその抗原結合性フラグメントが、独立して、
配列番号３７の第１ＣＤＲ、配列番号３８の第２ＣＤＲおよび配列番号３９の第３ＣＤＲを含む重鎖可変領域、ならびに配列番号４０の第１ＣＤＲ、配列番号１９の第２ＣＤＲおよび配列番号４１の第３ＣＤＲを含む軽鎖可変領域；
配列番号１７１の第１ＣＤＲ、配列番号１７２の第２ＣＤＲおよび配列番号１７３の第３ＣＤＲを含む重鎖可変領域、ならびに配列番号１７４の第１ＣＤＲ、配列番号１７５の第２ＣＤＲおよび配列番号１７６の第３ＣＤＲを含む軽鎖可変領域；
配列番号１１５の第１ＣＤＲ、配列番号１１６の第２ＣＤＲおよび配列番号１１７の第３ＣＤＲを含む重鎖可変領域、ならびに配列番号１１８の第１ＣＤＲ、配列番号１９の第２ＣＤＲおよび配列番号１１９の第３ＣＤＲを含む軽鎖可変領域；
配列番号１２２の第１ＣＤＲ、配列番号１２３の第２ＣＤＲおよび配列番号１２４の第３ＣＤＲを含む重鎖可変領域、ならびに配列番号１２５の第１ＣＤＲ、配列番号１２６の第２ＣＤＲおよび配列番号１２７の第３ＣＤＲを含む軽鎖可変領域；
配列番号１３７の第１ＣＤＲ、配列番号１３８の第２ＣＤＲおよび配列番号１３９の第３ＣＤＲを含む重鎖可変領域、ならびに配列番号１４０の第１ＣＤＲ、配列番号４７の第２ＣＤＲおよび配列番号１４１の第３ＣＤＲを含む軽鎖可変領域；
配列番号１７１の第１ＣＤＲ、配列番号１７２の第２ＣＤＲおよび配列番号１７３の第３ＣＤＲを含む重鎖可変領域、ならびに配列番号１７４の第１ＣＤＲ、配列番号１７５の第２ＣＤＲおよび配列番号１７６の第３ＣＤＲを含む軽鎖可変領域；
配列番号２６７の第１ＣＤＲ、配列番号２２９の第２ＣＤＲおよび配列番号２３０の第３ＣＤＲを含む重鎖可変領域、ならびに配列番号１７４の第１ＣＤＲ、配列番号２２７の第２ＣＤＲおよび配列番号１７６の第３ＣＤＲを含む軽鎖可変領域；
配列番号２３８の第１ＣＤＲ、配列番号２３９の第２ＣＤＲおよび配列番号２４０の第３ＣＤＲを含む重鎖可変領域、ならびに配列番号４０の第１ＣＤＲ、配列番号２３７の第２ＣＤＲおよび配列番号４１の第３ＣＤＲを含む軽鎖可変領域；
配列番号２７９の第１ＣＤＲ、配列番号２３９の第２ＣＤＲおよび配列番号２４０の第３ＣＤＲを含む重鎖可変領域、ならびに配列番号２７６の第１ＣＤＲ、配列番号２３７の第２ＣＤＲおよび配列番号４１の第３ＣＤＲを含む軽鎖可変領域；または
配列番号２６７の第１ＣＤＲ、配列番号２２９の第２ＣＤＲおよび配列番号２３０の第３ＣＤＲを含む重鎖可変領域、ならびに配列番号１７４の第１ＣＤＲ、配列番号２２７の第２ＣＤＲおよび配列番号１７６の第３ＣＤＲを含む軽鎖可変領域
を含む、実施形態３０および３５～３８のいずれか１項記載のポリペプチド。
４４．第１結合ドメインおよび第２結合ドメインが、独立して選択される抗体またはその抗原結合性フラグメントであり、抗体またはその抗原結合性フラグメントが、独立して、配列番号３５、配列番号１８５、配列番号１１３、配列番号１２０、配列番号１３５、配列番号１６９、配列番号２５６、配列番号２５７、配列番号２６０または配列番号２６１の配列を含む重鎖、および配列番号３６、配列番号１７０、配列番号１１４、配列番号１２１、配列番号１３６、配列番号１７０、配列番号２５９、配列番号２５８、配列番号２６３または配列番号２６２の配列を含む軽鎖可変領域を含む、実施形態３０および３５～３８のいずれか１項記載のポリペプチド。
４５．第１結合ドメインおよび第２結合ドメインが、独立して選択される抗体またはその抗原結合性フラグメントであり、抗体またはその抗原結合性フラグメントが、独立して、
配列番号３５の配列を含む重鎖可変領域および配列番号３６の配列を含む軽鎖可変領域；
配列番号１１３の配列を含む重鎖可変領域および配列番号１１４の配列を含む軽鎖可変領域；
配列番号１２０の配列を含む重鎖可変領域および配列番号１２１の配列を含む軽鎖可変領域；
配列番号１３５の配列を含む重鎖可変領域および配列番号１３６の配列を含む軽鎖可変領域；
配列番号１６９の配列を含む重鎖可変領域および配列番号１７０の配列を含む軽鎖可変領域；
配列番号１８５の配列を含む重鎖可変領域および配列番号１７０の配列を含む軽鎖可変領域；
配列番号２５６の配列を含む重鎖可変領域および配列番号２５９の配列を含む軽鎖可変領域；
配列番号２５７の配列を含む重鎖可変領域および配列番号２５８の配列を含む軽鎖可変領域；
配列番号２６０の配列を含む重鎖可変領域および配列番号２６３の配列を含む軽鎖可変領域；または
配列番号２６１の配列を含む重鎖可変領域および配列番号２６２の配列を含む軽鎖可変領域
を含む、実施形態３０および３５～３８のいずれか１項記載のポリペプチド。
４６．ポリペプチドが第１ポリペプチド鎖および第２ポリペプチド鎖を含み、ここで、 第１ポリペプチド鎖は、Ｎ末端からＣ末端までの式：
［ＶＨ－Ａ］－［ＣＨ１］－［ＣＨ２］－［ＣＨ３］－［リンカー１］－［ＶＨ－Ｂ］－［リンカー２］－［ＶＫ－Ｂ］、または
［ＶＨ－Ａ］－［ＣＨ１］－［ＣＨ２］－［ＣＨ３］－［リンカー１］－［ＶＫ－Ｂ］－［リンカー２］－［ＶＨ－Ｂ］
を有する；
第２ポリペプチド鎖は、Ｎ末端からＣ末端までの式：
［ＶＫ－Ａ］－［ＣＫ］
を有する；
式中、
ＶＨ－Ａ ＝ 本明細書において提供されるＰＤ１抗体の可変重鎖ドメイン；
ＶＫ－Ａ ＝ 本明細書において提供されるＰＤ１抗体の可変軽鎖ドメイン；
ＶＨ－Ｂ ＝ 本明細書において提供されるＰＤ１抗体の可変重鎖ドメイン；
ＶＫ－Ｂ ＝ 本明細書において提供されるＰＤ１抗体の可変軽鎖ドメイン；
ＣＨ１ ＝ ヒトＩｇＧ１の定常重鎖ドメイン１；
ＣＨ２ ＝ ヒトＩｇＧ１の定常重鎖ドメイン２；
ＣＨ３ ＝ ヒトＩｇＧ１の定常重鎖ドメイン３；
ＣＫ ＝ カッパ軽鎖の定常ドメイン；
リンカー１はグリシン／セリン、グリシン／アラニン、グリシン／グルタミン酸／セリン、またはアラニン／グルタミン酸／リジンリンカーである；
リンカー２はグリシン／セリン、グリシン／アラニン、グリシン／グルタミン酸／セリン、またはアラニン／グルタミン酸／リジンリンカーである；
ここで、ＶＨ－Ａ、ＶＫ－Ａ、ＶＨ－ＢおよびＶＫ－Ｂは、同じ抗体または異なる抗体に由来しうる、実施形態１および１０のいずれか１項記載のポリペプチド。
４７．ポリペプチドが第１ポリペプチド鎖および第２ポリペプチド鎖を含み、ここで： 第１ポリペプチド鎖は、Ｎ末端からＣ末端までの式：
［ＶＨ－Ｂ］－［ＣＨ１］－［ＣＨ２］－［ＣＨ３］－［リンカー１］－［ＶＨ－Ａ］－［リンカー２］－［ＶＫ－Ａ］、または
［ＶＨ－Ｂ］－［ＣＨ１］－［ＣＨ２］－［ＣＨ３］－［リンカー１］－［ＶＫ－Ａ］－［リンカー２］－［ＶＨ－Ａ］
を有する；
第２ポリペプチド鎖は、Ｎ末端からＣ末端までの式：
［ＶＫ－Ｂ］－［ＣＫ］
を有する；
式中、
ＶＨ－Ａ ＝ 本明細書において提供されるＰＤ１抗体の可変重鎖ドメイン；
ＶＫ－Ａ ＝ 本明細書において提供されるＰＤ１抗体の可変軽鎖ドメイン；
ＶＨ－Ｂ ＝ 本明細書において提供されるＰＤ１抗体の可変重鎖ドメイン；
ＶＫ－Ｂ ＝ 本明細書において提供されるＰＤ１抗体の可変軽鎖ドメイン；
ＣＨ１ ＝ 例えば本明細書において提供されるような、ヒトＩｇＧ１の定常重鎖ドメイン１；
ＣＨ２ ＝ 例えば本明細書において提供されるような、ヒトＩｇＧ１の定常重鎖ドメイン２；
ＣＨ３ ＝ 例えば本明細書において提供されるような、ヒトＩｇＧ１の定常重鎖ドメイン３；
ＣＫ ＝ 例えば本明細書において提供されるような、カッパ軽鎖の定常ドメイン； リンカー１はグリシン／セリン、グリシン／アラニン、グリシン／グルタミン酸／セリン、またはアラニン／グルタミン酸／リジンリンカーである；
リンカー２はグリシン／セリン、グリシン／アラニン、グリシン／グルタミン酸／セリン、またはアラニン／グルタミン酸／リジンリンカーである；
ここで、ＶＨ－Ａ、ＶＫ－Ａ、ＶＨ－ＢおよびＶＫ－Ｂは、同じ抗体または異なる抗体に由来しうる、実施形態１および１０のいずれか１項記載のポリペプチド。
４８．ＶＨ－ＡおよびＶＨ－Ｂが、独立して、（ｉ）重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３配列（ここで、重鎖ＣＤＲ１配列は、ＰＤ－１抗体 表４、ＰＤ－１抗体 表５、ＰＤ－１抗体Ｆａｂ 表６またはＰＤ－１抗体ｓｃＦｖ 表７に示されているＣＤＲ１配列のいずれかのアミノ酸配列を有し、重鎖ＣＤＲ２は、ＰＤ－１抗体 表４、ＰＤ－１抗体 表５、ＰＤ－１抗体Ｆａｂ 表６またはＰＤ－１抗体ｓｃＦｖ 表７に示されているＣＤＲ２配列のいずれかのアミノ酸配列を有し、重鎖ＣＤＲ３は、ＰＤ－１抗体 表４、ＰＤ－１抗体 表５、ＰＤ－１抗体Ｆａｂ 表６またはＰＤ－１抗体ｓｃＦｖ 表７に示されているＣＤＲ３配列のいずれかのアミノ酸配列を有する）または前記のいずれかの変異体を含む重鎖可変領域を含む、実施形態４６または４７記載のポリペプチド。
４９．ＶＨ－ＡとＶＨ－Ｂとが異なる、実施形態４８記載のポリペプチド。
５０．ＶＨ－Ａが、配列番号３７の第１ＣＤＲ、配列番号３８の第２ＣＤＲおよび配列番号３９の第３ＣＤＲを含む重鎖可変領域を含む、実施形態４６～４９のいずれか１項記載のポリペプチド。
５１．ＶＨ－Ｂが、配列番号３７の第１ＣＤＲ、配列番号３８の第２ＣＤＲおよび配列番号３９の第３ＣＤＲを含む重鎖可変領域を含む、実施形態４６～４９のいずれか１項記載のポリペプチド。
５２．ＶＨ－Ａが、配列番号３７の第１ＣＤＲ、配列番号３８の第２ＣＤＲおよび配列番号３９の第３ＣＤＲを含む重鎖可変領域を含み、ＶＨ－Ｂが、配列番号３７の第１ＣＤＲ、配列番号３８の第２ＣＤＲおよび配列番号３９の第３ＣＤＲを含む重鎖可変領域を含む。実施形態４６記載のポリペプチド。
５３．ＶＨ－Ａが、配列番号１７１の第１ＣＤＲ、配列番号１７２の第２ＣＤＲおよび配列番号１７３の第３ＣＤＲを含む重鎖可変領域を含む、実施形態４６～４９のいずれか１項記載のポリペプチド。
５４．ＶＨ－Ｂが、配列番号１７１の第１ＣＤＲ、配列番号１７２の第２ＣＤＲおよび配列番号１７３の第３ＣＤＲを含む重鎖可変領域を含む、実施形態４６～４９のいずれか１項記載のポリペプチド。
５５．ＶＨ－Ａが、配列番号２６７の第１ＣＤＲ、配列番号２２９の第２ＣＤＲおよび配列番号２３０の第３ＣＤＲを含む重鎖可変領域を含む、実施形態４６～４９のいずれか１項記載のポリペプチド。
５６．ＶＨ－Ｂが、配列番号２６７の第１ＣＤＲ、配列番号２２９の第２ＣＤＲおよび配列番号２３０の第３ＣＤＲを含む重鎖可変領域を含む、実施形態４６～４９のいずれか１項記載のポリペプチド。
５７．ＶＨ－Ａが、配列番号２３８の第１ＣＤＲ、配列番号２３９の第２ＣＤＲおよび配列番号２４０の第３ＣＤＲを含む重鎖可変領域を含む、実施形態４６～４９のいずれか１項記載のポリペプチド。
５８．ＶＨ－Ｂが、配列番号２３８の第１ＣＤＲ、配列番号２３９の第２ＣＤＲおよび配列番号２４０の第３ＣＤＲを含む重鎖可変領域を含む、実施形態４６～４９のいずれか１項記載のポリペプチド。
５９．ＶＨ－Ａが、配列番号２７９の第１ＣＤＲ、配列番号２３９の第２ＣＤＲおよび配列番号２４０の第３ＣＤＲを含む重鎖可変領域を含む、実施形態４６～４９のいずれか１項記載のポリペプチド。
６０．ＶＨ－Ｂが、配列番号２７９の第１ＣＤＲ、配列番号２３９の第２ＣＤＲおよび配列番号２４０の第３ＣＤＲを含む重鎖可変領域を含む、実施形態４６～４９のいずれか１項記載のポリペプチド。
６１．ＶＨ－Ａが、配列番号２６７の第１ＣＤＲ、配列番号２２９の第２ＣＤＲおよび配列番号２３０の第３ＣＤＲを含む重鎖可変領域を含む、実施形態４６～４９のいずれか１項記載のポリペプチド。
６２．ＶＨ－Ｂが、配列番号２６７の第１ＣＤＲ、配列番号２２９の第２ＣＤＲおよび配列番号２３０の第３ＣＤＲを含む重鎖可変領域を含む、実施形態４６～４９のいずれか１項記載のポリペプチド。
６３．ＶＨ－Ａが、配列番号２７９の第１ＣＤＲ、配列番号２３９の第２ＣＤＲおよび配列番号２４０の第３ＣＤＲを含む重鎖可変領域を含み、ＶＨ－Ｂが、配列番号２６７の第１ＣＤＲ、配列番号２２９の第２ＣＤＲおよび配列番号２３０の第３ＣＤＲを含む重鎖可変領域を含む。実施形態４６～４９のいずれか１項記載のポリペプチド。
６４．ＶＨ－Ａが、配列番号２６７の第１ＣＤＲ、配列番号２２９の第２ＣＤＲおよび配列番号２３０の第３ＣＤＲを含む重鎖可変領域を含み、ＶＨ－Ｂが、配列番号２３８の第１ＣＤＲ、配列番号２３９の第２ＣＤＲおよび配列番号２４０の第３ＣＤＲを含む重鎖可変領域を含む、実施形態４６～４９のいずれか１項記載のポリペプチド。
６５．ＶＫ－ＡおよびＶＫ－Ｂが、それぞれ独立して、軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３配列（ここで、軽鎖ＣＤＲ１配列は、ＰＤ－１抗体 表４、ＰＤ－１抗体 表５、ＰＤ－１抗体Ｆａｂ 表６またはＰＤ－１抗体ｓｃＦｖ 表７に示されているＬＣＤＲ１配列のいずれかのアミノ酸配列を有し、軽鎖ＬＣＤＲ２は、ＰＤ－１抗体 表４、ＰＤ－１抗体 表５、ＰＤ－１抗体Ｆａｂ 表６またはＰＤ－１抗体ｓｃＦｖ 表７に示されているＬＣＤＲ２配列のいずれかのアミノ酸配列を有し、軽鎖ＣＤＲ３は、ＰＤ－１抗体 表４、ＰＤ－１抗体 表５、ＰＤ－１抗体Ｆａｂ 表６またはＰＤ－１抗体ｓｃＦｖ 表７に示されているＬＣＤＲ３配列のいずれかのアミノ酸配列を有する）または前記のいずれかの変異体を含む軽鎖可変領域を含む、実施形態４６～６３のいずれか１項記載のポリペプチド。
６６．ＶＫ－ＡまたはＶＫ－Ｂが、配列番号４０の第１ＣＤＲ、配列番号１９の第２ＣＤＲおよび配列番号４１の第３ＣＤＲを含む軽鎖可変領域を含む、実施形態４６～６５のいずれか１項記載のポリペプチド。
６７．ＶＫ－ＡまたはＶＫ－Ｂが、配列番号１７４の第１ＣＤＲ、配列番号１７５の第２ＣＤＲおよび配列番号１７６の第３ＣＤＲを含む軽鎖可変領域を含む、実施形態４６～６５のいずれか１項記載のポリペプチド。
６８．ＶＫ－ＡまたはＶＫ－Ｂが、配列番号１７４の第１ＣＤＲ、配列番号２２７の第２ＣＤＲおよび配列番号１７６の第３ＣＤＲを含む軽鎖可変領域を含む、実施形態４６～６５のいずれか１項記載のポリペプチド。
６９．ＶＫ－ＡまたはＶＫ－Ｂが、配列番号４０の第１ＣＤＲ、配列番号２３７の第２ＣＤＲおよび配列番号４１の第３ＣＤＲを含む軽鎖可変領域を含む、実施形態４６～６５のいずれか１項記載のポリペプチド。
７０．ＶＫ－ＡまたはＶＫ－Ｂが、配列番号２７６の第１ＣＤＲ、配列番号２３７の第２ＣＤＲおよび配列番号４１の第３ＣＤＲを含む軽鎖可変領域を含む、実施形態４６～６５のいずれか１項記載のポリペプチド。
７１．ＶＫ－ＡまたはＶＫ－Ｂが、配列番号１７４の第１ＣＤＲ、配列番号２２７の第２ＣＤＲおよび配列番号１７６の第３ＣＤＲを含む軽鎖可変領域を含む、実施形態４６～６５のいずれか１項記載のポリペプチド。
７２．ＶＨ－Ａが、配列番号３７の第１ＣＤＲ、配列番号３８の第２ＣＤＲおよび配列番号３９の第３ＣＤＲを含む重鎖可変領域を含む；
ＶＨ－Ｂが、配列番号１７１の第１ＣＤＲ、配列番号１７２の第２ＣＤＲおよび配列番号１７３の第３ＣＤＲを含む重鎖可変領域を含む；
ＶＫ－Ａが、配列番号４０の第１ＣＤＲ、配列番号１９の第２ＣＤＲおよび配列番号４１の第３ＣＤＲを含む軽鎖可変領域を含む；
ＶＫ－Ｂが、配列番号１７４の第１ＣＤＲ、配列番号１７５の第２ＣＤＲおよび配列番号１７６の第３ＣＤＲを含む軽鎖可変領域を含む；
ＶＫ－Ａが、配列番号２７６の第１ＣＤＲ、配列番号２３７の第２ＣＤＲおよび配列番号４１の第３ＣＤＲを含む軽鎖可変領域を含む；
ＶＫ－Ｂが、配列番号１７４の第１ＣＤＲ、配列番号２２７の第２ＣＤＲおよび配列番号１７６の第３ＣＤＲを含む軽鎖可変領域を含む；または
ＶＫ－Ａが、配列番号１７４の第１ＣＤＲ、配列番号２２７の第２ＣＤＲおよび配列番号１７６の第３ＣＤＲを含む軽鎖可変領域を含む；
ＶＫ－Ｂが、配列番号４０の第１ＣＤＲ、配列番号２３７の第２ＣＤＲおよび配列番号４１の第３ＣＤＲを含む軽鎖可変領域を含む、実施形態４６または４７記載のポリペプチド。
７３．リンカー１が（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号３０３）であり、ｎが１～４である、実施形態４６～７２のいずれか１項記載のポリペプチド。
７４．リンカー２が（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号３０３）であり、ｎが１～４である、実施形態４６～７２のいずれか１項記載のポリペプチド。
７５．第１、第２、第３および第４の結合ドメインを含むバイパラトピックポリペプチドであって、第１、第２、第３および第４の結合ドメインのうちの２つがＰＤ－１上の第１エピトープに結合し、第１、第２、第３および第４の結合ドメインの残りの２つがＰＤ－１上の第２エピトープに結合し、第１エピトープと第２エピトープとが異なる、前記バイパラトピックポリペプチド。
７６．第１および第２のエピトープが重複しない、実施形態７５記載のバイパラトピックポリペプチド。
７７．第１、第２、第３および第４の結合ドメインが、本明細書において提供されるもののようなＰＤ－１抗体を含む、実施形態７５または７６記載のバイパラトピックポリペプチド。
７８．第１、第２、第３および第４の結合ドメインのうちの２つがＰＤ１ＡＢ４、ＰＤ１ＡＢ３０、ＰＤ１ＡＢ１７、ＰＤ１ＡＢ１８、ＰＤ１ＡＢ２０、ＰＤ１ＡＢ２５、ＰＤ１ＡＢ３７またはＰＤ１ＡＢ５３のうちの１つからのＣＤＲを含み、残りの２つがＰＤ１ＡＢ４、ＰＤ１ＡＢ３０、ＰＤ１ＡＢ１７、ＰＤ１ＡＢ１８、ＰＤ１ＡＢ２０、ＰＤ１ＡＢ２５、ＰＤ１ＡＢ３７またはＰＤ１ＡＢ５３のうちの１つからのＣＤＲを含み、結合ドメインの全てが同じわけではない、実施形態７５～７７のいずれか１項記載のバイパラトピックポリペプチド。
７９．実施形態１～７８のいずれか１項記載のポリペプチド、タンパク質または抗体を含む医薬組成物。
８０．実施形態１～６５のいずれか１項記載のポリペプチドまたは実施形態６６の組成物を対象に投与することを含む、対象における全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、エカルディ－グティエール症候群、両側性線条体壊死、リポジストロフィーおよび体温上昇を伴う慢性非定型好中球性皮膚症（ＣＡＮＤＬＥ）、完全非浸透、遺伝性対側性色素異常症、家族性凍瘡状狼瘡、リポジストロフィーを伴う日本型自己炎症症候群（Ｊａｐａｎｅｓｅ ａｕｔｏｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ ｓｙｎｄｒｏｍｅ ｗｉｔｈ ｌｉｐｏｄｙｓｔｒｏｐｈｙ）（ＪＡＳＬ）、関節拘縮、筋萎縮症、小球性貧血、脂肪織炎およびリポジストロフィー（ＪＭＰ）、抗酸菌易感染性を示すメンデル型遺伝性疾患（ＭＳＭＤ）、中条－西村症候群、脳白質ジストロフィーを伴う網膜血管障害（ｒｅｔｉｎａｌ ｖａｓｃｕｌｏｐａｔｈｙ ｗｉｔｈ ｃｅｒｅｂｒａｌ ｌｅｕｋｏｄｙｓｔｒｏｐｈｙ）（ＲＶＣＬ）、痙性対麻痺、乳児期発症ＳＴＩＮＧ関連血管障害（ＳＡＶＩ）、シングルトン－メルテン症候群、または脊椎内軟骨異形成症（ｓｐｏｎｄｙｌｏｃｈｏｎｄｒｏｍａｔｏｓｉｓ）（ＳＰＥＮＣＤ）の治療方法。
８１．実施形態１～６５のいずれか１項記載のポリペプチド、タンパク質もしくは抗体または実施形態７９記載の医薬組成物を対象に投与して炎症性腸疾患を治療することを含む、炎症性腸疾患を有する対象の治療方法。
８２．炎症性腸疾患を有する対象がクローン病を有する、実施形態８１記載の方法。
８３．炎症性腸疾患を有する対象が潰瘍性大腸炎を有する、実施形態８１記載の方法。
８４．実施形態１～７８のいずれか１項記載のポリペプチド、タンパク質もしくは抗体または実施形態７９記載の医薬組成物を対象に投与して自己免疫性肝炎を治療することを含む、自己免疫性肝炎を有する対象の治療方法。
８５．実施形態１～７８のいずれか１項記載のポリペプチド、タンパク質もしくは抗体または実施形態７９記載の医薬組成物を対象に投与して原発性硬化性胆管炎を治療することを含む、原発性硬化性胆管炎の治療方法。
８６．実施形態１～７８のいずれか１項記載のポリペプチド、タンパク質もしくは抗体または実施形態７９記載の医薬組成物を対象に投与して１型糖尿病を治療することを含む、１型糖尿病の治療方法。
８７．実施形態１～７８のいずれか１項記載のポリペプチド、タンパク質もしくは抗体または実施形態７９記載の医薬組成物の治療的有効量のを対象に投与し、それにより移植（レシピエント）対象を治療することを含む、移植対象の治療方法。
８８．実施形態１～７８のいずれか１項記載のポリペプチド、タンパク質もしくは抗体または実施形態７９記載の医薬組成物の治療的有効量を対象に投与することを含む、ドナー組織を移植した対象におけるＧＶＨＤの治療方法。
８９．実施形態１～７８のいずれか１項記載のポリペプチド、タンパク質または抗体または医薬組成物の治療的有効量を投与し、それにより対象を治療することを含む、自己免疫障害を有する対象、自己免疫障害のリスクを有する対象または自己免疫障害のリスクが高い対象の治療方法。
９０．実施形態１～７８のいずれか１項記載のポリペプチド、タンパク質もしくは抗体または実施形態７９記載の医薬組成物の治療的有効量を投与し、それにより対象を治療することを含む、対象におけるＰＤ－１の活性をアゴナイズする方法。
９１．実施形態１～７８のいずれか１項記載のポリペプチド、タンパク質もしくは抗体または実施形態７９記載の医薬組成物を対象に投与し、それにより対象を治療することを含む、対象におけるインターフェロノパシーの治療方法。
９２．インターフェロノパシーがＩ型インターフェロノパシーである、実施形態９１記載の方法。
９３．対象が実施形態９１または９２記載の方法を要する対象である、実施形態９１または９２記載の方法。
９４．Ｉ型インターフェロノパシーが全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、エカルディ－グティエール症候群、両側性線条体壊死、リポジストロフィーおよび体温上昇を伴う慢性非定型好中球性皮膚症（ＣＡＮＤＬＥ）、完全非浸透、遺伝性対側性色素異常症、家族性凍瘡状狼瘡、リポジストロフィーを伴う日本型自己炎症症候群（Ｊａｐａｎｅｓｅ ａｕｔｏｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ ｓｙｎｄｒｏｍｅ ｗｉｔｈ ｌｉｐｏｄｙｓｔｒｏｐｈｙ）（ＪＡＳＬ）、関節拘縮、筋萎縮症、小球性貧血、脂肪織炎およびリポジストロフィー（ＪＭＰ）、抗酸菌易感染性を示すメンデル型遺伝性疾患（ＭＳＭＤ）、中条－西村症候群、脳白質ジストロフィーを伴う網膜血管障害（ｒｅｔｉｎａｌ ｖａｓｃｕｌｏｐａｔｈｙ ｗｉｔｈ ｃｅｒｅｂｒａｌ ｌｅｕｋｏｄｙｓｔｒｏｐｈｙ）（ＲＶＣＬ）、痙性対麻痺、乳児期発症ＳＴＩＮＧ関連血管障害（ＳＡＶＩ）、シングルトン－メルテン症候群、または脊椎内軟骨異形成症（ｓｐｏｎｄｙｌｏｃｈｏｎｄｒｏｍａｔｏｓｉｓ）（ＳＰＥＮＣＤ）である、実施形態９１～９３のいずれか１項記載の方法。
９５．実施形態１～７８のいずれか１項記載のポリペプチド、タンパク質もしくは抗体または実施形態７９記載の医薬組成物を対象に投与することを含む、形質細胞様樹状細胞からのインターフェロンの産生を抑制する方法。
９６．形質細胞様樹状細胞が、活性化された形質細胞様樹状細胞である、実施形態９５記載の方法。
９７．形質細胞様樹状細胞の活性化がＴＬＲ９媒介性活性化である、実施形態９５または９６記載の方法。
９８．インターフェロンの産生が、実施形態１～７８のいずれか１項記載のポリペプチド、タンパク質もしくは抗体または実施形態７９記載の医薬組成物の非存在下で産生されるインターフェロンの量と比較して約または少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または９５％減少する、実施形態９５～９７のいずれか１項記載の方法。
９９．実施形態１～７７のいずれか１項記載のポリペプチド、タンパク質もしくは抗体または実施形態７８の医薬組成物を対象に投与することを含む、ＴＬＲ９媒介性障害の治療方法。
１００．ＴＬＲ９媒介性障害が全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、エカルディ－グティエール症候群、両側性線条体壊死、リポジストロフィーおよび体温上昇を伴う慢性非定型好中球性皮膚症（ＣＡＮＤＬＥ）、完全非浸透、遺伝性対側性色素異常症、家族性凍瘡状狼瘡、リポジストロフィーを伴う日本型自己炎症症候群（Ｊａｐａｎｅｓｅ ａｕｔｏｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ ｓｙｎｄｒｏｍｅ ｗｉｔｈ ｌｉｐｏｄｙｓｔｒｏｐｈｙ）（ＪＡＳＬ）、関節拘縮、筋萎縮症、小球性貧血、脂肪織炎およびリポジストロフィー（ＪＭＰ）、抗酸菌易感染性を示すメンデル型遺伝性疾患（ＭＳＭＤ）、中条－西村症候群、脳白質ジストロフィーを伴う網膜血管障害（ｒｅｔｉｎａｌ ｖａｓｃｕｌｏｐａｔｈｙ ｗｉｔｈ ｃｅｒｅｂｒａｌ ｌｅｕｋｏｄｙｓｔｒｏｐｈｙ）（ＲＶＣＬ）、痙性対麻痺、乳児期発症ＳＴＩＮＧ関連血管障害（ＳＡＶＩ）、シングルトン－メルテン症候群、または脊椎内軟骨異形成症（ｓｐｏｎｄｙｌｏｃｈｏｎｄｒｏｍａｔｏｓｉｓ）（ＳＰＥＮＣＤ）である、実施形態９９記載の方法。
１０１．実施形態１～７８のいずれか１項記載のポリペプチド、タンパク質もしくは抗体または実施形態７９記載の医薬組成物を対象に投与する、あるいは細胞と接触させることを含む、細胞または対象におけるＯＡＳ１、ＩＦＩＴ３、ＭＸ１およびＩＦＮ－β１の発現を抑制する方法。
１０２．ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ３、ＭＸ１およびＩＦＮ－β１の発現が遺伝子発現である、実施形態１０１記載の方法。
１０３．細胞が形質細胞様樹状細胞である、実施形態１０１または１０２記載の方法。
１０４．形質細胞様樹状細胞が、活性化された形質細胞様樹状細胞である、実施形態１０１～１０３記載の方法。
１０５．実施形態１～７８のいずれか１項記載のポリペプチド、タンパク質または抗体をコードする核酸。
１０６．実施形態１０５記載の核酸を含むベクター。
１０７．実施形態１０５記載の核酸または実施形態１０６記載のベクターを含む細胞。
１０８．実施形態１０７記載の細胞を培養して、実施形態１～７８のいずれか１項記載のポリペプチド、タンパク質または抗体を製造することを含む、実施形態１～７８のいずれか１項記載のポリペプチド、タンパク質または抗体の製造方法。
１０９．ａ）標的化部分をコードする配列を含むベクターを準備し、エフェクター結合／調節部分をコードする配列をベクター内に挿入して、治療用化合物をコードする配列を生成させ、または
ｂ）エフェクター結合／調節部分をコードする配列を含むベクターを準備し、標的化部分をコードする配列をベクター内に挿入して、治療用化合物をコードする配列を生成させ、
それにより、実施形態１～７８のいずれか１項記載のポリペプチド、タンパク質または抗体をコードする配列を製造することを含む、実施形態１～７８のいずれか１項記載のポリペプチド、タンパク質または抗体をコードする核酸配列の製造方法。
実施例
実施例１．バイパラトピックＰＤ－１アゴニストは強力な可溶性ＰＤ－１アゴニズムを示す
ＰＤ１ＡＢ４、ＰＤ１ＡＢ３０、ＰＤ１ＡＢ１７、ＰＤ１ＡＢ１８、ＰＤ１ＡＢ２０またはＰＤ１ＡＢ２５のうちの２つのＣＤＲを含むバイパラトピックポリペプチドを製造し、ＰＤ－１活性をアゴナイズ（刺激）するその能力に関して試験する。製造した形態を図２に例示する。該バイパラトピック分子は、バイパラトピックでない分子と比較して、ＰＤ－１をアゴナイズする驚くべき且つ予想外の優れた能力を有することが判明している。
実施例２．バイパラトピック分子はバイオセンサーアッセイにおいてヒトまたはマウスＰＤ－１に結合する
抗ヒトＩｇＧ Ｆｃ（ＡＨＣ）バイオセンサーをアッセイバッファー中で２０分間平衡化した。試験物質をアッセイバッファー（１×ＰＢＳ、１％ ＢＳＡ、０．０５％ Ｔｗｅｅｎ２０）中で１０μｇ／ｍＬに希釈した。１０００ｎＭから１５．６２５ｎＭ（ヒトＰＤ－１）まで、または２０００ｎＭから３１．２５ｎＭ（マウスＰＤ－１）まで、アッセイバッファー中でヒトＰＤ－１の７点連続希釈液を調製した。試験物質を先端部に１８０秒間ローディングし、ついでＰＤ－１との１８０秒間の会合段階および１８０秒間の解離段階をアッセイバッファー中で行った。ＰＤ１ＡＢ４３は、１．８７Ｅ－０８のＫｄ（Ｍ）、３．２１Ｅ－１０のＫＤエラー、６．３８Ｅ＋０４のＫｏｎ（１／ｍｓ）、３．７４Ｅ＋０２のＫｏｎエラー、１．２０Ｅ－０３のＫｄｉｓ（１／ｓ）、１．９３Ｅ－０５のＫｄｉｓエラーおよび０．１５４９の応答でヒトＰＤ－１に結合した。ＰＤ１ＡＢ５３は、６．２９Ｅ－１０のＫｄ、１．６４Ｅ－１０のＫＤエラー、６．７６Ｅ＋０４のＫｏｎ、２．４２Ｅ＋０２のＫｏｎエラー、４．２６Ｅ＋０２のＫｄｉｓ、１．１１Ｅ－０５のＫｄｉｓエラーおよび０．２２７３の応答を示した。ＰＤ１ＡＢ４３は、１．４３Ｅ－０６のＫｄ（Ｍ）、５．８８Ｅ－０８のＫＤエラー、２．８２Ｅ＋０４のＫｏｎ（１／ｍｓ）、９．９１Ｅ＋０４のＫｏｎエラー、４．０４Ｅ－０２のＫｄｉｓ（１／ｓ）、８．５３Ｅ－０４のＫｄｉｓエラーおよび０．０５４６の応答でマウスＰＤ－１に結合した。
ＰＤ１ＡＢ５３は、３．８４Ｅ－０６のＫｄ、４．２７Ｅ－０７のＫＤエラー、５．９４Ｅ＋０３のＫｏｎエラー、６．３３Ｅ＋０２のＫｏｎエラー、２．２８Ｅ－０２のＫｄｉｓ、７．００Ｅ－０４のＫｄｉｓエラーおよび０．０３６７の応答を示した。バイパラトピック分子はヒトＰＤ－１およびマウスＰＤ－１への結合を示した。
実施例３．バイパラトピック分子はＥＬＩＳＡにおいてヒト、カニクイザルまたはマウスＰＤ－１に結合する
プレートを１×ＰＢＳ中の２μｇ／ｍＬ ｈｕＰＤ－１で４℃で一晩コーティングした。プレートを１％ ＢＳＡ含有１×ＰＢＳでブロッキングした。抗体を５０ｎＭから０．０５ｎＭまでの３倍希釈系列での結合に関して２回重複して試験した。抗カッパＨＲＰ抗体により抗体結合を検出し、二次抗体のみを含有するコート化ウェルに関してシグナルをバックグラウンド除去に付した。ＰＤ１ＡＢ４３、ＰＤ１ＡＢ８６、ＰＤ１ＡＢ８７、ＰＤ１ＡＢ８８、ＰＤ１ＡＢ５３、ＰＤ１ＡＢ６９、ＰＤ１ＡＢ６４およびＰＤ１ＡＢ７６はヒト、カニクイザルまたはマウスＰＤ－１に結合した。バイパラトピック分子はヒト、カニクイザルおよびマウスのＰＤ－１への結合を示した。
実施例４．バイパラトピック分子はバイオセンサーアッセイにおいてヒト、カニクイザルまたはマウスＰＤ－１に結合する
抗ヒトＩｇＧ Ｆｃ（ＡＨＣ）バイオセンサーをアッセイバッファー中で２０分間平衡化した。試験物質をアッセイバッファー（１×ＰＢＳ、１％ ＢＳＡ、０．０５％ Ｔｗｅｅｎ２０）中で１０μｇ／ｍＬに希釈した。１０００ｎＭから１５．６２５ｎＭ（ヒトおよびシノＰＤ－１）まで、または２０００ｎＭから３１．２５ｎＭ（マウスＰＤ－１）まで、アッセイバッファー中でヒトＰＤ－１の７点連続希釈液を調製した。試験物質を先端部に１８０秒間ローディングし、ついでＰＤ－１との１８０秒間の会合段階および１８０秒間の解離段階をアッセイバッファー中で行った。ＰＤ１ＡＢ５３は、３．３０Ｅ－０８のＫｄ（Ｍ）、４．１３Ｅ＋０４のＫｏｎ（１／ｍｓ）および１．３６Ｅ－０３のＫｄｉｓ（１／ｓ）でヒトＰＤ－１に結合した。ＰＤ１ＡＢ６４は２．１３Ｅ－０８のＫｄ、３．９５Ｅ＋０４のＫｏｎおよび８．４１Ｅ－０４のＫｄｉｓを示した。ＰＤ１ＡＢ３７は１．８３Ｅ－０８のＫｄ、４．５０Ｅ＋０４のＫｏｎおよび８．２４Ｅ－０４のＫｄｉｓを示した。ＰＤ１ＡＢ３８は５．０７Ｅ－０８のＫｄ、５．６４Ｅ＋０４のＫｏｎおよび２．８６Ｅ－０３のＫｄｉｓを示した。ＰＤ１ＡＢ５３は、１．３５Ｅ－０８のＫｄ（Ｍ）、３．９４Ｅ＋０４のＫｏｎ（１／ｍｓ）および５．３１Ｅ－０４のＫｄｉｓ（１／ｓ）でカニクイザルＰＤ－１に結合した。ＰＤ１ＡＢ６４は、１．６６Ｅ－０８のＫｄ、３．８７Ｅ＋０４のＫｏｎおよび６．４１Ｅ－０４のＫｄｉｓを示した。ＰＤ１ＡＢ３７は、１．５４Ｅ－０８のＫｄ、３．６８Ｅ＋０４のＫｏｎおよび５．６６Ｅ－０４のＫｄｉｓを示した。ＰＤ１ＡＢ３８は、２．８３Ｅ－０８のＫｄ、３．７９Ｅ＋０４のＫｏｎおよび１．０８Ｅ－０３のＫｄｉｓを示した。ＰＤ１ＡＢ５３は、２．４６Ｅ－０５のＫｄ（Ｍ）は、２．６７Ｅ＋０３のＫｏｎ（１／ｍｓ）および６．５７Ｅ－０２のＫｄｉｓ（１／ｓ）でマウスＰＤ－１に結合した。ＰＤ１ＡＢ６４は弱く結合した。ＰＤ１ＡＢ３７は、４．８６Ｅ－０６のＫｄ、５．０５Ｅ＋０３のＫｏｎおよび２．４５Ｅ－０２のＫｄｉｓを示した。ＰＤ１ＡＢ３８は９．７９Ｅ－０７のＫｄ、２．３４Ｅ＋０４のＫｏｎおよび２．２９Ｅ－０２のＫｄｉｓを示した。バイパラトピック分子はヒト、カニクイザルおよびマウスのＰＤ－１への結合を示した。
実施例５．バイパラトピック分子はバイオセンサーアッセイにおいて種間で一貫したアフィニティでヒト、カニクイザルまたはマウスＰＤ－１に結合する
抗ヒトＩｇＧ Ｆｃ（ＡＨＣ）またはストレプトアビジン（ＳＡ）バイオセンサーをアッセイバッファー中で２０分間平衡化した。マウスおよびカニクイザルのＦｃタグ付きＰＤ－１を５μｇ／ｍＬに希釈し、ビオチン化ｈｕＰＤ－１物質をアッセイバッファー（１×ＰＢＳ、１％ ＢＳＡ、０．０５％ Ｔｗｅｅｎ２０）中で０．５μｇ／ｍＬに希釈した。試験物質ＦａｂおよびｓｃＦｖフラグメントの７点連続希釈液をアッセイバッファーＰＤ１ＡＢ５３Ｆａｂ（５００ｎＭ）、ＰＤ１ＡＢ３７およびＰＤ１ＡＢ３８Ｆａｂ（１０００ｎＭ）；ｓｃＦｖフラグメント（２０００ｎＭ）において調製した。ＰＤ－１を先端部で１８０秒間ローディングし、ついでＰＤ－１との１８０秒間の会合段階および１８０秒間の解離段階をアッセイバッファー中で行った。ＰＤ１ＡＢ３７のＦａｂ部分は３３０ｎＭのＫｄでヒトＰＤ－１に結合し、一方、ｓｃＦｖ部分は８９．９ｎＭのＫｄで結合した。ＰＤ１ＡＢ３８のＦａｂ部分は１４０ｎＭのＫｄでヒトＰＤ－１に結合し、一方、ｓｃＦｖ部分は８９．９ｎＭのＫｄで結合した。ＰＤ１ＡＢ５３のＦａｂ部分は３２．６ｎＭのＫｄでヒトＰＤ－１に結合し、一方、ｓｃＦｖ部分は１．３５μＭのＫｄで結合した。ＰＤ１ＡＢ３７のＦａｂ部分は４９７ｎＭのＫｄでカニクイザルＰＤ－１に結合し、一方、ｓｃＦｖ部分は５８．６ｎＭのＫｄ で結合した。ＰＤ１ＡＢ３８のＦａｂ部分は１７２ｎＭのＫｄでカニクイザルＰＤ－１に結合し、一方、ｓｃＦｖ部分は５８．６ｎＭのＫｄで結合した。ＰＤ１ＡＢ５３のＦａｂ部分は３０．３ｎＭのＫｄでカニクイザルＰＤ－１に結合し、一方、ｓｃＦｖ部分は１．１７ｕＭ のＫｄで結合した。ＰＤ１ＡＢ３７のＦａｂ部分は１．３５μＭのＫｄでマウスＰＤ－１に結合し、一方、ｓｃＦｖ部分は結合を示さなかった。ＰＤ１ＡＢ３８のＦａｂ部分は１７６ｎＭのＫｄでマウスＰＤ－１に結合し、一方、ｓｃＦｖ部分は結合を示さなかった。ＰＤ１ＡＢ５３のＦａｂ部分はマウスＰＤ－１への結合を示さなかったが、ｓｃＦｖ部分は１．０６μＭのＫｄで結合した。
実施例６．バイパラトピック分子はＳＥＣ－ＭＡＬＳにおいて予想分子量を示す
標準プロトコルに従いＳＥＣ－ＭＡＬＳを用いてＰＤ１ＡＢ５３、ＰＤ１ＡＢ３７およびＰＤ１ＡＢ３８の分子量を評価した。簡潔に説明すると、２０μＬの試験物質をＺｅｎｉｘ ＳＥＣ－３００カラム上に注入し、０．３５ｍＬ／分で１０分間溶出した。ＰＤ１ＡＢ５３は１９８．４ｋＤａのサイズを有すると予想され、実際の分子量としては２０５．７ｋＤａ（３．４％の誤差を含む）および０．０２５ｋＤａグリカンを示した。ＰＤ１ＡＢ３７は１９７．７ｋＤａのサイズを有すると予想され、実際の分子量としては１８８．９ｋＤａ（４．３％の誤差を含む）および０．０２８ｋＤａグリカンを示した。ＰＤ１ＡＢ３８は１９７．９ｋＤａのサイズを有すると予想され、実際の分子量としては１９５．４ｋＤａ（３．１％の誤差を含む）および０．０４９ｋＤａグリカンを示した。バイパラトピック分子は予想サイズを厳密に反映し、予想されないグリコシル化を示さない。
実施例７．バイパラトピック分子ＰＤ１ＡＢ５３は好ましい貯蔵安定性プロファイルを有する
試験物質を約３０ｍｇ／ｍＬに濃縮し、４℃および３７℃で０、３、１４、２１および２８日間インキュベートした。約１５μｇの試験物質をＡｄｖａｎｃｅＢｉｏ ＳＥＣ－３００オングストロームカラム上に注入し、０．３５ｍＬ／分で１０分間溶出した。ＰＤ１ＡＢ５３を、ａ）２５ｍＭ 酢酸ナトリウム、１００ｍＭ 塩化ナトリウム（ｐＨ６．０）；ｂ）２５ｍＭ 酢酸ナトリウム、１００ｍＭ 塩化ナトリウム、２００ｍｍ スクロース（ｐＨ６．０）；ｃ）２５ｍＭ リン酸ナトリウム、２５０ｍＭ 塩化ナトリウム（ｐＨ７．０）中で製剤化した。安定性を％ ＰＯＩとして計算し、それは第０日にａ）で９９．２％、ｂ）で９９．３％を示し、第３日にａ）で９９．１％、ｂ）で９９．３％、ｃ）で９９．１％を示し、第１４日にａ）で９８．９％、ｂ）で９９．２％、ｃ）で９９．０％、１４日目を示し、第２１日にａ）で９８．９％、ｂ）で９９．０％、ｃ）で９８．７％を示し、第２８日にａ）で９８．９％、ｂ）で９９．０％、ｃ）で９３．６％を示した。ＰＤ１ＡＢ５３は、４℃で、酢酸ナトリウムバッファー中、約２３ｍｇ／ｍｌで、２８日間まで良好な安定性を示し、３７℃で、時間経過と共に凝集を示した。
実施例８．バイパラトピック分子ＰＤ１ＡＢ３７は好ましい貯蔵安定性プロファイルを有する
試験物質を約３０ｍｇ／ｍＬに濃縮し、４℃および３７℃で０、３、１４、２１および２８日間インキュベートした。約１５μｇの試験物質をＡｄｖａｎｃｅＢｉｏ ＳＥＣ－３００オングストロームカラム上に注入し、０．３５ｍＬ／分で１０分間溶出した。ＰＤ１ＡＢ３７を、ａ）２５ｍＭ リン酸ナトリウム、２５０ｍＭ塩化ナトリウム（ｐＨ７．０）；ｂ）２５ｍＭ リン酸ナトリウム、２５０ｍＭ 塩化ナトリウム、２００ｍＭ スクロース（ｐＨ７．０）；ｃ）２５ｍＭ リン酸ナトリウム、２５０ｍＭ 塩化ナトリウム、２００ｍＭ グルタミン酸（ｐＨ７．０）中で製剤化した。安定性を％ ＰＯＩとして計算し、それは第０日にａ）で６１．９％、ｂ）で６３．７％、ｃ）で６２．６％を示し、第３日にａ）で６０．１％、ｂ）で６１．６％、ｃ）で６２．２％を示し、第１４日にａ）で５７．２％、ｂ）で６４．９％、ｃ）で６２．２％を示し、第２１日にａ）で６０．５％、ｂ）で６５．１％、ｃ）で６２．３％を示し、第２８日にａ）で５９．１％、ｂ）で６５．２％、ｃ）で６０．８％を示した。ＰＤ１ＡＢ３７は、４℃で、酢酸ナトリウムバッファー中、約１５ｍｇ／ｍｌで２８日間まで安定であり、濃縮の結果として凝集を示した。３７℃での加速保存条件において、経時的な凝集およびわずかな分解が明白であった。
実施例９．バイパラトピック分子ＰＤ１ＡＢ３８は好ましい貯蔵安定性プロフィールを有する
試験物質を約３０ｍｇ／ｍＬに濃縮し、４℃および３７℃で０、３、１４、２１および２８日間インキュベートした。約１５μｇの試験物質をＡｄｖａｎｃｅＢｉｏ ＳＥＣ－３００オングストロームカラム上に注入し、０．３５ｍＬ／分で１０分間溶出した。ＰＤ１ＡＢ３７を、ａ）２５ｍＭ リン酸ナトリウム、２５０ｍＭ 塩化ナトリウム（ｐＨ７．０）；ｂ）２５ｍＭ リン酸ナトリウム、２５０ｍＭ 塩化ナトリウム、２００ｍＭ スクロース（ｐＨ７．０）で製剤化した。安定性を％ ＰＯＩとして計算し、それは第０日にａ）で７２．８％、ｂ）で７８．０％を示し、第３日にａ）で７０．３％、ｂ）で７７．１％を示し、第１４日にａ）で６７．６％、ｂ）で７７．１％を示し、第２１日にａ）で６６．６％、ｂ）で７７．２％を示し、第２８日にａ）で７１．９％、ｂ）で７６．９％を示した。ＰＤ１ＡＢ３８は、４℃で、酢酸ナトリウムバッファー中、約１５ｍｇ／ｍｌで２８日間まで安定であり、濃縮の結果として凝集を示した。３７℃での加速保存条件において、経時的な凝集およびわずかな分解が明白であった。
実施例１０．バイパラトピック分子は低い多反応性を有する
多反応性結合はヒトにおける劣悪なＰＫ結果と相関しうる。簡潔に説明すると、プレートを１×ＰＢＳ中の１μｇ／ｍＬ ｄｓＤＮＡで４℃で一晩コーティングした。プレートを１％ ＢＳＡ含有１×ＰＢＳでブロッキングした。抗体を１００ｎＭでの結合に関して３回重複して試験した。抗体結合を抗カッパＨＲＰ抗体により検出し、二次抗体のみを含有するコート化ウェルに関してシグナルをバックグラウンド除去に付した。試験物質には、それぞれ１００ｎＭ、１－ｎＭまたは１ｎＭであるＰＤ１ＡＢ５３、ＰＤ１ＡＢ３７、ＰＤ１ＡＢ３８、陰性対照および陽性対照が含まれた。ＰＤ１ＡＢ５３、ＰＤ１ＡＢ３７およびＰＤ１ＡＢ３８は全ての濃度において低い多反応性を示し、ＰＤ１ＡＢ５３は全ての試験物質の中で最低の多反応性を示した。ＰＤ１ＡＢ３７はＰＤ１ＡＢ３８より低い多反応性を示した。バイパラトピック分子は低い多反応性を示した。
実施例１１．バイパラトピック分子は自己相互作用を示さない
抗体の自己相互作用は製剤における劣悪なＰＫまたは高粘度の潜在的リスクを示しうる。簡潔に説明すると、抗ヒトＩｇ捕捉抗体でコーティングされた金ナノ粒子を１００ｎＭの試験物質、対照抗体またはバッファーと共に２時間インキュベートした。吸光度を５１０～５７０ｎｍで測定して、各抗体の最大吸光度の波長（プラズモン波長）を決定した。
Δピーク吸光度波長はバッファー対照と比較して計算される。二重特異性分子は、最大吸光度の波長におけるシフトにより示されるＡＣ－ＳＩＮＳにおける自己相互作用をほとんど示さなかった。したがって、バイパラトピック分子は低い自己相互作用を示す。
実施例１２．バイパラトピック分子は好ましい熱安定性を示す。
試験物質の蛍光を１℃／分の上昇で２５～９５℃で測定した。Ｔｍを一次微分方程式の極大値から計算し、Ｔａｇｇを２６６および４７３ｎｍでの吸光度により測定した。一般に、Ｔａｇｇ２６６は初期の小さな凝集体形成の温度を示し、Ｔａｇｇ４７３は初期の大きな凝集体形成の温度を示す。ＰＤ１ＡＢ５３は６８℃のＴｍ１を示し、Ｔｍ２および３は共に８０℃をわずかに超えていた。ＰＤ１ＡＢ３７およびＰＤ１ＡＢ３８は６７℃のＴｍ１、７３℃のＴｍ２および７５℃のＴｍ３の類似測定値を示した。ＰＤ１ＡＢ５３は８０℃の直ぐ下のＴａｇｇ２６６および８０℃よりわずかに高いＴａｇｇ４７３を示した。
ＰＤ１ＡＢ３７は７０℃よりわずかに低いＴａｇｇ２６６および７０℃よりわずかに高いＴａｇｇ４７３を示した。ＰＤ１ＡＢ３８は７０℃よりわずかに低いＴａｇｇ２６６および７０℃よりわずかに高いＴａｇｇ４７３を示した。したがって、バイパラトピック分子は熱安定性を示す。
実施例１３．バイパラトピック分子は低い電荷の不均一性を示す
サンプルを、メチルセルロース、４Ｍ 尿素、３～１０個のＰｈａｒｍａｌｙｔｅ（登録商標）両性電解質（４％）、５ｍＭ アルギニンおよびｐＩマーカー（以下に示す）のマトリックスにおいて希釈した。混合物をｉＣＥ３ＩＥＦ分析装置（ＰｒｏｔｅｉｎＳｉｍｐｌｅ）にかけ、１，５００Ｖで予めフォーカスし、ついで３，０００Ｖでフォーカスした。各ピークの等電点をブラケットｐＩマーカーから計算した。ＰＤ１ＡＢ５３およびＰＤ１ＡＢ３８は、８．０を超えるｐＩ値を示した。ＰＤ１ＡＢ５３およびＰＤ１ＡＢ３８は、製剤化および精製プロセス開発に適したｐＩプロファイルを有する。
実施例１４．ＰＤ１ＡＢ５３は質量分析において適正な質量を有する
サンプルをグアニジンおよびＤＴＴにより変性させおよび／または還元し、ついでＰＮＧアーゼＦ（ＭＥＤＮＡ Ｂｉｏ Ｍ３１０４）により脱グリコシル化した。ＡＣＱＵＩＴＹ ＵＰＬＣ Ｐｒｏｔｅｉｎ ＢＥＨ ＳＥＣカラムを使用して、Ｘｅｖｏ Ｇ２－ＸＳ ＱＴＯＦ質量分析計に接続されたＷａｔｅｒｓ ＡＣＱＵＩＴＹ ＵＰＬＣにより、サンプルを分析した。グリコシル化状態はＧ０Ｆのグリコシル化重量（１４４５Ｄａ）を想定している。非還元状態はジスルフィド当たり－２Ｄａのジスルフィド結合重量（２２）を想定している。非還元グリコシル化状態のＰＤ１ＡＢ５３の実験によって決定された分子量は２０１２９５Ｄａであり、予想分子量は２０１２９６Ｄａであった。非還元脱グリコシル化状態のＰＤ１ＡＢ５３の実験によって決定された分子量は１９８４０６Ｄａであり、予想分子量は１９８４１２Ｄａであった。還元グリコシル化状態のＰＤ１ＡＢ５３の実験によって決定された分子量は７６４１６Ｄａおよび２４２５５Ｄａであり、予想分子量はそれぞれ７６４１５Ｄａおよび２４２５８Ｄａであった。還元脱グリコシル化状態のＰＤ１ＡＢ５３の実験によって決定された分子量は７４９７０Ｄａおよび２４２５３Ｄａであり、予想分子量はそれぞれ７４９７０Ｄａおよび２４２５８Ｄａであった。実験によって決定された質量は各状態の計算質量と６Ｄａ以内で一致した。
実施例１５．ＰＤ１ＡＢ３７は質量分析において適正な質量を有する
サンプルをグアニジンおよびＤＴＴにより変性させおよび／または還元し、ついでＰＮＧアーゼＦ（ＭＥＤＮＡ Ｂｉｏ Ｍ３１０４）により脱グリコシル化した。ＡＣＱＵＩＴＹ ＵＰＬＣ Ｐｒｏｔｅｉｎ ＢＥＨ ＳＥＣカラムを使用して、Ｘｅｖｏ Ｇ２－ＸＳ ＱＴＯＦ質量分析計に接続されたＷａｔｅｒｓ ＡＣＱＵＩＴＹ ＵＰＬＣにより、サンプルを分析した。グリコシル化状態はＧ０Ｆのグリコシル化重量（１４４５Ｄａ）を想定している。非還元状態はジスルフィド当たり－２Ｄａのジスルフィド結合重量（２２）を想定している。非還元グリコシル化状態のＰＤ１ＡＢ３７の実験によって決定された分子量は２００５４５Ｄａであり、予想分子量は２００５４５Ｄａであった。非還元脱グリコシル化状態のＰＤ１ＡＢ３７の実験によって決定された分子量は１９７６５５Ｄａであり、予想分子量は１９７６５８Ｄａであった。還元グリコシル化状態のＰＤ１ＡＢ３７の実験によって決定された分子量は７７１２２Ｄａおよび２３１７４Ｄａであり、予想分子量はそれぞれ７７１２１Ｄａおよび２３１７５Ｄａであった。還元脱グリコシル化状態のＰＤ１ＡＢ３７の実験によって決定された分子量は７５６７６Ｄａおよび２３１７４Ｄａであり、予想分子量はそれぞれ６５６７５Ｄａおよび２３１７５Ｄａであった。実験によって決定された質量は各状態の計算質量と２Ｄａ以内で一致した。
実施例１６．ＰＤ１ＡＢ３８は質量分析において適正な質量を有する
サンプルをグアニジンおよびＤＴＴにより変性させおよび／または還元し、ついでＰＮＧアーゼＦ（ＭＥＤＮＡ Ｂｉｏ Ｍ３１０４）により脱グリコシル化した。ＡＣＱＵＩＴＹ ＵＰＬＣ Ｐｒｏｔｅｉｎ ＢＥＨ ＳＥＣカラムを使用して、Ｘｅｖｏ Ｇ２－ＸＳ ＱＴＯＦ質量分析計に接続されたＷａｔｅｒｓ ＡＣＱＵＩＴＹ ＵＰＬＣにより、サンプルを分析した。グリコシル化状態はＧ０Ｆのグリコシル化重量（１４４５Ｄａ）を想定している。非還元状態はジスルフィド当たり－２Ｄａのジスルフィド結合重量（２２）を想定している。非還元グリコシル化状態のＰＤ１ＡＢ３８の実験によって決定された分子量は２００７６５Ｄａであり、予想分子量は２００７６７Ｄａであった。非還元脱グリコシル化状態のＰＤ１ＡＢ３８の実験によって決定された分子量は１９７８７７Ｄａであり、予想分子量は１９７８８０Ｄａであった。還元グリコシル化状態のＰＤ１ＡＢ３８の実験によって決定された分子量は７７１３４Ｄａおよび２３２６６Ｄａであり、予想分子量はそれぞれ７７１３４Ｄａおよび２３２７１Ｄａであった。還元脱グリコシル化状態のＰＤ１ＡＢ３８の実験によって決定された分子量は７５６９０Ｄａおよび２３２６４Ｄａであり、予想分子量はそれぞれ７５６８９Ｄａおよび２３２７１Ｄａであった。実験によって決定された質量は各状態の計算質量と７Ｄａ以内で一致した。
実施例１７．ＰＤ１ＡＢ３８、ＰＤ１ＡＢ３７およびＰＤ１ＡＢ５３は可変ドメインＣＤＲにおいて最小の翻訳後修飾を示す
サンプルをＤＴＴおよびＩＡＭで処理し、ついでトリプシン／Ｌｙｓ－Ｃ消化を行った。ついで、消化されたサンプルを、Ｐｒｏｔｅｉｎ ＢＥＨ Ｃ１８カラムを使用して、Ｘｅｖｏ Ｇ２－ＸＳ ＱＴＯＦ質量分析計に接続されたＷａｔｅｒｓ ＡＣＱＵＩＴＹ ＵＰＬＣにより分析した。データはＰＤ１ＡＢ３８、ＰＤ１ＡＢ３７およびＰＤ１ＡＢ５３の可変ドメインＣＤＲにおける最小の修飾を示したが、著しい酸化も脱アミノ化も示さなかった。ＰＤ１ＡＢ３８、ＰＤ１ＡＢ３７およびＰＤ１ＡＢ５３は製造のための好ましい特性を示す。
実施例１８．ＰＤ１ＡＢ５３、ＰＤ１ＡＢ３７およびＰＤ１ＡＢ３８は類似グリコシル化パターンを示す
サンプルをＷａｔｅｒｓ Ｇｌｙｃｏ Ｗｏｒｋｓ ＲａｐｉＦｌｕｏｒ－ＭＳ Ｎ－Ｇｌｙｃａｎ Ｋｉｔで処理した。ＡＣＱＵＩＴＹ ＵＰＬＣ Ｇｌｙｃａｎ ＢＥＨ Ａｍｉｄｅカラムを使用して、Ｘｅｖｏ Ｇ２－ＸＳ ＱＴＯＦ 質量分析計に接続されたＷａｔｅｒｓ ＡＣＱＵＩＴＹ ＵＰＬＣにより、サンプルを分析した。グリカン種を全体に対する割合（％）として計算した。ＰＤ１ＡＢ５３は０．９８％のＧ０－ＧＮ、８．６％のＧ０Ｆ－ＧＮ、０．６７％のＧ０、７７．３７％のＧ０Ｆ、７．９％のＭａｎ５、１．７８％のＧ０Ｆ＋ＧＮ、２．３１％のＧ１Ｆおよび０．３９％のＭａｎ６を含んでいた。ＰＤ１ＡＢ３７は１．１１％のＧ０－ＧＮ、９．５７％のＧ０Ｆ－ＧＮ、０．６８％のＧ０、７７．０２％のＧ０Ｆ、７．９６％のＭａｎ５、２．０２％のＧ０Ｆ＋ＧＮ、０．９９％のＧ１Ｆ、０．２９％のＭａｎ６および０．３７％の不明物質（１３６８．６）を含んでいた。ＰＤ１ＡＢ３８は１．２８％のＧ０－ＧＮ、１０．５％のＧ０Ｆ－ＧＮ、０．７６％のＧ０、７３．２９％のＧ０Ｆ、９．４４％のＭａｎ５、２．２６％のＧ０Ｆ＋ＧＮ、１．３１％のＧ１Ｆ、０．２８％のＭａｎ６、０．２９％の不明物質（１７２５．７３）および０．５９％の不明物質（１３６８．６）を含んでいた。したがって、試験されたバイパラトピック分子にわたる優勢種には、Ｇ０Ｆ、Ｇ０Ｆ－ＧＮおよびマンノース５が含まれた。
実施例１９．エピトープマッピングはＰＤ－１への固有の結合を示唆している
標準プロトコルに従い、ペプチド架橋質量分析アプローチを用い、ついで計算分子モデリングを用いて、種々のエピトープの重複率（％）を検証することにより、エピトープマッピングを行った。結果は他の分子との以下の重複率（％）を示した。
Figure 2023538367000053
したがって、エピトープマッピングは、ＰＤ１アゴニストおよびアンタゴニストに位置する結合の多様性を示した。
実施例２０．バイパラトピック分子はＰＤ－１アンタゴニスト活性を有さない
ＰＤ－１レポーターＪｕｒｋａｔ細胞を、示されている濃度の試験物質と共に１時間インキュベートした。ついでＰＤ－Ｌ１発現細胞を加え、２時間後にＳＨＰ－２のリクルートメントを評価した。ＰＤ１ＡＢ４３、ＰＤ１ＡＢ３８、ＰＤ１ＡＢ３７およびＰＤ１ＡＢ５３、ＬＹ３４６２８１７陰性対照およびＴＴＪ２陰性対照は、ペンブロリズマブ陽性対照と比較して、アンタゴニスト活性を示さなかった。したがって、バイパラトピック分子ＰＤ１ＡＢ４３、ＰＤ１ＡＢ３８、ＰＤ１ＡＢ３７およびＰＤ１ＡＢ５３はアンタゴニスト活性を示さない。
実施例２１．バイパラトピック分子はＰＤ－１アゴニスト活性を有する
ＰＤ－１レポーターＪｕｒｋａｔ細胞を０．００１～１００ｎＭの範囲の濃度の可溶性試験物質と共にインキュベートした。２時間後にＳＨＰ－２のリクルートメントを評価した。ＰＤ１ＡＢ４３は０．５７３６のＥＣ５０（ｎＭ）を示した。ＰＤ１ＡＢ３８は０．３０２２のＥＣ５０を示した。ＰＤ１ＡＢ３７は０．３７００のＥＣ５０を示した。ＰＤ１ＡＢ５３は１．２１０のＥＣ５０を示した。
別の実験において、プレートを抗ヒトＩｇＧでコーティングし、ブロッキングし、Ｉｇ繋留（ｔｅｔｈｅｒｅｄ）試験物質を０．００１～１００ｎＭの範囲の濃度で１時間にわたって加えた。プレートを洗浄し、ＰＤ－１レポーターＪｕｒｋａｔ細胞を加えた。２時間後にＳＨＰ－２のリクルートメントを評価した。ＰＤ１ＡＢ４３は８．５０７のＥＣ５０（ｎＭ）を示した。ＰＤ１ＡＢ３８は２０．８５のＥＣ５０を示した。ＰＤ１ＡＢ３７は２４．４８のＥＣ５０を示した。ＰＤ１ＡＢ５３は４．８３５のＥＣ５０を示した。ＬＹ３４６２８１７は５．６８６のＥＣ５０を示した。したがって、可溶性およびＩｇ繋留バイパラトピック分子はアゴニスト活性を示す。
実施例２２．バイパラトピック分子はインビトロでＴ細胞増殖を抑制する
１００ｎＭ 対照試験物質、ＬＹ３４６２８１７、ＰＤ１ＡＢ３８、ＰＤ１ＡＢ３７またはＰＤ１ＡＢ５３の非存在下または存在下、スタフィロコッカス・エンテロトキシン（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｎｔｅｒｏｔｏｘｉｎ）Ｂ（ＳＥＢ）で、またはＣＭＶ、ＥＢＶおよびインフルエンザ由来のエピトープを含有するペプチドプールで、ヒトＰＢＭＣを刺激した。刺激の３～６日後、Ｋｉ６７に関する細胞内染色により、増殖を評価した。Ｋｉ６７陽性事象の割合（％）を、試験物質なしの条件に対して正規化した。データは、ＳＥＢまたはＣＥＦペプチドプールで刺激されたＴ細胞増殖の抑制を示した。したがって、バイパラトピック分子はヒトＴ細胞の増殖を抑制する。
実施例２３．バイパラトピック分子はインビトロでＴ細胞増殖を抑制する
ヒトＰＢＭＣをビヒクルまたは２００ｎＭ ＰＤ１ＡＢ５３で３７℃で２時間にわたって前処理し、ついで、ＰＤ－Ｌ１およびＰＤ－Ｌ２を遮断する抗体（それぞれ２μｇ／ｍｌ）の存在下、破傷風トキソイド（５μｇ／ｍｌ）で刺激した。４日間の刺激の後、インターフェロンガンマ（ＩＦＮ－γ）、ＩＬ－２および腫瘍壊死因子（ＴＮＦ－α）のレベルをＭＳＤ ＥＬＩＳＡにより測定し、それらを用いて抑制率（％）を計算した。データはＩＦＮ－γ、ＩＬ－２およびＴＮＦ－αの減少を示した。ＰＤ１ＡＢ５３はＰＢＭＣにおける破傷風トキソイド誘導性サイトカイン産生を減少させた。
実施例２４．バイパラトピック分子は形質細胞様樹状細胞におけるＣｐＧＡ誘導性Ｉ型インターフェロン応答をインビトロで抑制する
特定の理論に束縛されることを望むものではないが、ＴＬＲ９の活性化は形質細胞様樹状細胞上のＰＤ－１発現を誘導しうる。精製されたヒト形質細胞様樹状細胞をＣｐＧＡで６または２４時間刺激し、ついでＰＤ－１、ＩＦＮ－β１、ＭＸ１、ＭＸ２およびＩＦＩＴ３のｑＲＴ－ＰＣＲ測定のための細胞収集およびＲＮＡ抽出、ならびにＭＳＤによるサイトカイン分析のための上清収集を行った。遺伝子発現データは、未刺激細胞と比較して、刺激後わずか６時間でＰＤ－１、ＩＦＮ－γ、ＭＸ１、ＭＸ２およびＩＦＩＴ３の発現を示した。上清の分析は、未刺激細胞からの上清と比較して、刺激後６時間および２４時間でＩＦＮ－β１、ＴＮＦαおよびＩＬ－１３の分泌を示した。
次に、ＰＤ１ＡＢ３８、ＰＤ１ＡＢ３７またはＰＤ１ＡＢ５３の存在下または非存在下、精製されたヒト形質細胞様樹状細胞をＣｐＧＡで２４時間刺激した。ＣｐＧＡ刺激は細胞表面上でＰＤ－１発現を誘導し、Ｉ型ＩＦＮ応答遺伝子ＯＡＳ１、ＩＦＩＴ３、ＭＸ１およびＩＦＮ－β１を誘導した。これらの遺伝子のＣｐＧＡ誘導性発現はＰＤ１ＡＢ３８、ＰＤ１ＡＢ３７およびＰＤ１ＡＢ５３の存在下で抑制された。したがって、バイパラトピックＰＤ－１アゴニストはＣｐＧＡ誘導性Ｉ型ＩＦＮ応答遺伝子を抑制する。
実施例２５．ＰＤ１ＡＢ４３はｘＧＶＨＤおいて生存を延長させ、皮膚表現型を改善する
ヒトＰＢＭＣを免疫不全マウスに移入することにより、異種移植片対宿主病を誘発した。細胞移入の１０日後から、毎週、マウスをビヒクルまたはＰＤ１ＡＢ４３で皮下処理した。皮膚炎症を以下のとおりにスコア化した：０：健常、１：脱毛＜１ｃｍ×１ｃｍ、２：脱毛＞１ｃｍ×１ｃｍであるが完全ではない、３：完全な脱毛；更に、炎症を起こした尾部、耳、足に関して、それぞれ０．３を加点。ＰＤ１ＡＢ４３は皮膚の表現型を改善し、生存期間の中央値を７０．５日まで延長させた（これに対して、ビヒクルでは５３日であった）。
実施例２６．ＰＤ１ＡＢ５３はｘＧＶＨＤにおける皮膚炎症の重症度を低減する
ヒトＰＢＭＣを免疫不全マウスに移入することにより、異種移植片対宿主病を誘発した。細胞移入の１０日後から、２週間ごとに、マウスをビヒクルまたはＰＤ１ＡＢ５３で皮下処理した。皮膚炎症を以下のとおりにスコア化した：０：健常、１：脱毛＜１ｃｍ×１ｃｍ、２：脱毛＞１ｃｍ×１ｃｍであるが完全ではない、３：完全な脱毛；更に、炎症を起こした尾部、耳、足に関して、それぞれ０．３を加点。ＰＤ１ＡＢ５３は、ビヒクルと比較して皮膚スコアの改善を示した。
実施例２７．ＰＤ１ＡＢ４３はｘＧＶＨＤにおける皮膚および結腸のＴ細胞浸潤を低減する
ヒトＰＢＭＣを免疫不全マウスに移入することにより、異種移植片対宿主病を誘発した。細胞移入の１０日後から、毎週、マウスをビヒクルまたはＰＤ１ＡＢ４３で皮下処理した。生着後１００日を超えた後、皮膚または結腸を採取した。サンプルをホルマリン固定し、パラフィン包埋し、または消化して、浸潤細胞を分離した。ＩＨＣサンプルの自動イメージ分析または消化組織のフローサイトメトリーにより浸潤ＣＤ４＋およびＣＤ８＋ Ｔ細胞を定量した。皮膚の組織病理が、実験群を盲検化して病理学者によりスコア化された。ＰＤ１ＡＢ４３で処理されたマウスは、ＩＨＣまたはフローサイトメトリーによる測定で、皮膚および結腸において、より低いレベルのＣＤ４＋およびＣＤ８＋ 細胞を示した。ＰＤ１ＡＢ４３で処理されたマウスはまた、より低いレベルの血中ＣＤ４＋ 細胞、および組織病理スコアの低下を示したが、このことは皮膚表現型の改善を示している。ＰＤ１ＡＢ４３は皮膚および結腸のＴ細胞浸潤を効果的に低減し、ｘＧＶＨＤにおける皮膚表現型を改善する。
実施例２８．バイパラトピック分子はヒトＰＤ－１ノックインマウスにおいて調節性Ｔ細胞共発現活性化マーカーを増加させる
ＰＤ１ＡＢ４３、ＰＤ１ＡＢ３８、ＰＤ１ＡＢ３７、ＰＤ１ＡＢ５３、ＰＤ１ＡＢ６４、ＬＹ３４６２８１７またはビヒクルを８週齢のヒトＰＤ－１ノックインマウスの背部首筋に皮下投与した。第４日、第７日または第１０日にマウスを安楽死させ、脾臓を剖検し、Ｔ細胞サブセットを免疫表現型決定する表面マーカーおよび細胞内マーカーに対する抗体で脾細胞を染色し、活性化マーカーＬＡＧ３およびＣＴＬＡ４の発現を測定した。データは、注射後第４日、第７日および第１０日にＬＡＧ３とＣＴＬＡ４とを共発現する脾臓Ｔｒｅｇの頻度および数の増加を示した。ＰＤ１ＡＢ４３、ＰＤ１ＡＢ３８、ＰＤ１ＡＢ３７、ＰＤ１ＡＢ５３およびＰＤ１ＡＢ６４バイパラトピック分子はヒトＰＤ－１ノックインマウスにおける調節性Ｔ細胞活性化マーカーの発現を増強する。
実施例２９．バイパラトピック分子は調節性Ｔ細胞共発現活性化マーカーを用量依存的に増加させる。
低用量、中用量および高用量のＰＤ１ＡＢ５３、ＰＤ１ＡＢ３７、ＰＤ１ＡＢ３８、Ｄ１．３、ＬＹ３４６２８１７またはビヒクルを８週齢のヒトＰＤ－１ノックインマウスの背部首筋に皮下投与した。７日後、マウスを安楽死させ、脾臓を剖検し、Ｔ細胞サブセットを免疫表現型決定する表面マーカーおよび細胞内マーカーに対する抗体で脾細胞を染色し、活性化マーカーＬＡＧ３およびＣＴＬＡ４の発現を測定した。データは、ＬＡＧ３とＣＴＬＡ４とを共発現する脾臓Ｔｒｅｇの頻度および数の用量依存的増加を示している。
ＰＤ１ＡＢ３８、ＰＤ１ＡＢ３７およびＰＤ１ＡＢ５３バイパラトピック分子は調節性Ｔ細胞活性化マーカーの発現を用量依存的に増強する。
実施例３０．バイパラトピック分子はヒトＣＤ３４＋ 移植ＮＳＧマウスにおいて調節性Ｔ細胞共発現活性化マーカーを増加させる
ＰＤ１ＡＢ３８、ＰＤ１ＡＢ３７、ＰＤ１ＡＢ５３、Ｄ１．３、ＬＹ３４６２８１７またはビヒクルをヒトＣＤ３４陽性造血幹細胞移植ＮＳＧマウスの背部首筋に皮下投与した。７日後、マウスを安楽死させ、脾臓を剖検し、ヒトＴ細胞サブセットを免疫表現型決定する表面マーカーおよび細胞内マーカーに対する抗体で脾細胞を染色し、活性化マーカーＬＡＧ３およびＣＴＬＡ４の発現を測定した。データは、ＬＡＧ３とＣＴＬＡ４とを共発現する脾臓ヒトＴｒｅｇの頻度および数の増加を示した。ＰＤ１ＡＢ３８、ＰＤ１ＡＢ３７およびＰＤ１ＡＢ５３バイパラトピック分子はヒトＣＤ３４＋ 移植ＮＳＧマウスにおける調節性Ｔ細胞活性化マーカーの発現を増強する。
これらのデータは、ＰＤ－１抗体がアゴニストとして作用可能であり、バイパラトピック形態（例えば、図２に例示されているもの）においては、各結合ドメインが同一エピトープに結合するモノパラトピック形態の場合より大きな有効性で機能しうることを実証している。
本明細書において引用されている全ての特許、特許出願および刊行物の開示の全体を参照により本明細書に組み入れることとする。特定の態様に関して種々の実施形態が開示されているが、これらの実施形態の他の態様および変形が、該実施形態の真の精神および範囲から逸脱することなく当業者により案出されうることは明らかである。添付の特許請求の範囲は全てのそのような態様および同等な変形を含むと解釈されると意図される。

Claims (50)

  1. ＰＤ－１に結合する第１、第２、第３および第４の結合ドメインを含むポリペプチドであって、第１および第２の結合ドメインがＰＤ－１上の第１エピトープに結合し、第３および第４の結合ドメインがＰＤ－１上の第２エピトープに結合し、第１エピトープと第２エピトープとが同じではない、前記ポリペプチド。
  2. ポリペプチドがＰＤ－１アゴニストである、請求項１記載のポリペプチド。
  3. 第１、第２、第３および第４の結合ドメインが、ＰＤ－１に対する、同等のまたは類似したアフィニティを有する、請求項１記載のポリペプチド。
  4. 第１および第２の結合ドメインが、ＰＤ－１に結合する第３および第４の結合ドメインと比較して、ＰＤ－１に対する、より低いアフィニティを有する、または
    第１および第２の結合ドメインが、ＰＤ－１に結合する第３および第４の結合ドメインと比較して、ＰＤ－１に対する、より高いアフィニティを有する、請求項１記載のポリペプチド。
  5. 第１、第２、第３および第４の結合ドメインが、ＰＤ－１に結合する抗体または抗体フラグメントである、請求項１記載のポリペプチド。
  6. 第１および第２の結合ドメイン抗体がＦａｂ形態であり、第３および第４の結合ドメイン抗体がｓｃＦｖ形態である、請求項５記載のポリペプチド。
  7. Ｆａｂ形態の第１および第２の結合ドメイン抗体が、ｓｃＦｖ形態の第３および第４の結合ドメイン抗体と比較して、ＰＤ－１に対する、より高いアフィニティを有する、または
    Ｆａｂ形態の第１および第２の結合ドメイン抗体が、ｓｃＦｖ形態の第３および第４の結合ドメイン抗体と比較して、ＰＤ－１に対する、より低いアフィニティを有する、請求項６記載のポリペプチド。
  8. ＰＤ－１に結合する第１および第２の結合ドメインを含むポリペプチドであって、第１および第２の結合ドメインが、本明細書に記載されているＰＤ－１抗体 表４、ＰＤ－１抗体 表５、ＰＤ－１抗体 表８、ＰＤ－１抗体 表９、ＰＤ－１抗体 表１０またはＰＤ－１抗体 表１１におけるもののような、本明細書に記載されている配列を含む、前記ポリペプチド。
  9. ポリペプチドが、ＰＤ－１に結合する第３および第４の結合ドメインを含み、第３結合ドメインが第１結合ドメインと同じエピトープに結合し、第４結合ドメインが第２結合ドメインと同じエピトープに結合する、請求項８記載のポリペプチド。
  10. 第１および第３の結合ドメインが、同じ配列を有するポリペプチドを含む；
    第２および第４の結合ドメインが、同じ配列を有するポリペプチドを含む；
    第１および第２の結合ドメインが、異なるポリペプチド配列を含む；ならびに
    第３および第４の結合ドメインが、異なるポリペプチド配列を含む、請求項９記載のポリペプチド。
  11. 第１および第３の結合ドメインが、同じ配列を有するポリペプチドを含む；
    第２および第４の結合ドメインが、同じ配列を有するポリペプチドを含む；
    第１および第２の結合ドメインが、同じポリペプチド配列を含む；ならびに
    第３および第４の結合ドメインが、同じポリペプチド配列を含む、請求項９記載のポリペプチド。
  12. 第１および第２の結合ドメインが、ＰＤ－１に結合する抗体である、請求項９記載のポリペプチド。
  13. 第１および第２の結合ドメインが、同じエピトープまたは異なるエピトープに結合する、請求項９記載のポリペプチド。
  14. 第１結合ドメインおよび第２結合ドメインの一方がＦａｂ抗体であり、他方がｓｃＦｖ抗体である、請求項８記載のポリペプチド。
  15. 第１および第２の結合ドメインが、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３またはＩｇＧ４定常領域のような免疫グロブリン定常領域を含むグリシン／セリン、グリシン／アラニンリンカー、グリシン／グルタミン酸／セリン、またはアラニン／グルタミン酸／リジンリンカーにより連結されている、請求項８記載のポリペプチド。
  16. ポリペプチドが、ｓｃＦｖ抗体に連結されたＦａｂ重鎖ドメインを含む第１ポリペプチド鎖と、Ｆａｂ軽（例えば、カッパ）鎖ドメインを含む第２ポリペプチド鎖とを含み、Ｆａｂ重鎖および軽鎖がＰＤ－１に結合し、ｓｃＦｖ抗体が、同じまたは異なるエピトープにおいてＰＤ－１に結合し、ｓｃＦｖが、（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号３０３）、（ＧＧＧＳＥ）ｎ（配列番号３０５）もしくは（ＧＧＧＧＡ）ｎ（配列番号３０４）（ここで、各ｎは、独立して、１～４である）の配列またはそれらの組合せを含むｓｃＦｖリンカーで軽鎖可変ドメインに連結された重鎖可変ドメインを含む、請求項１記載のポリペプチド。
  17. 第１結合ドメインが、ＰＤ－１抗体 表４、ＰＤ－１抗体 表５、ＰＤ－１抗体 表８、ＰＤ－１抗体 表９、ＰＤ－１抗体 表１０またはＰＤ－１抗体 表１１に示されている配列を含み、第２結合ドメインが、ＰＤ－１抗体 表４、ＰＤ－１抗体 表５、ＰＤ－１抗体 表８、ＰＤ－１抗体 表９、ＰＤ－１抗体 表１０またはＰＤ－１抗体 表１１に示されている配列を含む、請求項１記載のポリペプチド。
  18. 第１結合ドメインおよび第２結合ドメインが、本明細書において提供される、独立して選択される抗体またはその抗原結合性フラグメントである、請求項１記載のポリペプチド。
  19. 第１結合ドメインおよび第２結合ドメインが、独立して選択される抗体またはその抗原結合性フラグメントであり、
    （ｉ）重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３配列（ここで、重鎖ＣＤＲ１配列は、ＰＤ－１抗体 表４、ＰＤ－１抗体 表５、ＰＤ－１抗体Ｆａｂ 表６またはＰＤ－１抗体ｓｃＦｖ 表７に示されているＣＤＲ１配列のいずれかのアミノ酸配列を有し、重鎖ＣＤＲ２は、ＰＤ－１抗体 表４、ＰＤ－１抗体 表５、ＰＤ－１抗体Ｆａｂ 表６またはＰＤ－１抗体ｓｃＦｖ 表７に示されているＣＤＲ２配列のいずれかのアミノ酸配列を有し、重鎖ＣＤＲ３は、ＰＤ－１抗体 表４、ＰＤ－１抗体 表５、ＰＤ－１抗体Ｆａｂ 表６またはＰＤ－１抗体ｓｃＦｖ 表７に示されているＣＤＲ３配列のいずれかのアミノ酸配列を有する）または前記のいずれかの変異体を含む重鎖可変領域、ならびに
    （ｉｉ）軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３配列（ここで、軽鎖ＣＤＲ１配列は、ＰＤ－１抗体 表４、ＰＤ－１抗体 表５、ＰＤ－１抗体Ｆａｂ 表６またはＰＤ－１抗体ｓｃＦｖ 表７に示されているＬＣＤＲ１配列のいずれかのアミノ酸配列を有し、軽鎖ＬＣＤＲ２は、ＰＤ－１抗体 表４、ＰＤ－１抗体 表５、ＰＤ－１抗体Ｆａｂ 表６またはＰＤ－１抗体ｓｃＦｖ 表７に示されているＬＣＤＲ２配列のいずれかのアミノ酸配列を有し、軽鎖ＣＤＲ３は、ＰＤ－１抗体 表４、ＰＤ－１抗体 表５、ＰＤ－１抗体Ｆａｂ 表６またはＰＤ－１抗体ｓｃＦｖ 表７に示されているＬＣＤＲ３配列のいずれかのアミノ酸配列を有する）または前記のいずれかの変異体を含む軽鎖可変領域
    を含む、請求項１記載のポリペプチド。
  20. 第１結合ドメインおよび第２結合ドメインが、独立して選択される抗体またはその抗原結合性フラグメントであり、抗体またはその抗原結合性フラグメントが、独立して、
    配列番号３７、１１５、１２２、１３７、１７１、２６７、２３８、２７９の第１ＣＤＲ、配列番号３８、１１６、１２３、１３８、１７２、２２９、２３９の第２ＣＤＲ、および配列番号３９、１１７、１２４、１３９、１７３、２３０、２４０の第３ＣＤＲを含む重鎖、ならびに
    配列番号４０、１１８、１２５、１４０、１７４、２７６の第１ＣＤＲ、配列番号１９、１２６、４７、１７５、２２７、２３７の第２ＣＤＲおよび配列番号４１、１１９、１２７、１４１、１７６の第３ＣＤＲを含む軽鎖可変領域
    を含む、請求項１記載のポリペプチド。
  21. 第１結合ドメインおよび第２結合ドメインが、独立して選択される抗体またはその抗原結合性フラグメントであり、抗体またはその抗原結合性フラグメントが、独立して、配列番号３５、配列番号１１３、配列番号１２０、配列番号１３５、配列番号１６９、配列番号１８５、配列番号２０２、配列番号２５６、配列番号２５７、配列番号２６０または配列番号２６２または配列番号２７５の配列を含む重鎖、および配列番号３６、配列番号１１４、配列番号１２１、配列番号１３６、配列番号１７０、配列番号２５８、配列番号２５９、配列番号２６１または配列番号２６３の配列を含む軽鎖可変領域を含む、請求項１記載のポリペプチド。
  22. ポリペプチドが第１ポリペプチド鎖および第２ポリペプチド鎖を含み、ここで、
    第１ポリペプチド鎖は、Ｎ末端からＣ末端までの式：
    ［ＶＨ－Ａ］－［ＣＨ１］－［ＣＨ２］－［ＣＨ３］－［リンカー１］－［ＶＨ－Ｂ］－［リンカー２］－［ＶＫ－Ｂ］、もしくは
    ［ＶＨ－Ａ］－［ＣＨ１］－［ＣＨ２］－［ＣＨ３］－［リンカー１］－［ＶＫ－Ｂ］－［リンカー２］－［ＶＨ－Ｂ］
    を有する；
    第２ポリペプチド鎖は、Ｎ末端からＣ末端までの式：
    ［ＶＫ－Ａ］－［ＣＫ］
    を有する；または
    第１ポリペプチド鎖は、Ｎ末端からＣ末端までの式：
    ［ＶＨ－Ｂ］－［ＣＨ１］－［ＣＨ２］－［ＣＨ３］－［リンカー１］－［ＶＨ－Ａ］－［リンカー２］－［ＶＫ－Ａ］、もしくは
    ［ＶＨ－Ｂ］－［ＣＨ１］－［ＣＨ２］－［ＣＨ３］－［リンカー１］－［ＶＫ－Ａ］－［リンカー２］－［ＶＨ－Ａ］
    を有する；
    第２ポリペプチド鎖は、Ｎ末端からＣ末端までの式：
    ［ＶＫ－Ｂ］－［ＣＫ］
    を有する；
    式中、
    ＶＨ－Ａ ＝ 本明細書において提供されるＰＤ１抗体の可変重鎖ドメイン；
    ＶＫ－Ａ ＝ 本明細書において提供されるＰＤ１抗体の可変軽鎖ドメイン；
    ＶＨ－Ｂ ＝ 本明細書において提供されるＰＤ１抗体の可変重鎖ドメイン；
    ＶＫ－Ｂ ＝ 本明細書において提供されるＰＤ１抗体の可変軽鎖ドメイン；
    ＣＨ１ ＝ 例えば本明細書において提供されるような、ヒトＩｇＧ１の定常重鎖ドメイン１；
    ＣＨ２ ＝ 例えば本明細書において提供されるような、ヒトＩｇＧ１の定常重鎖ドメイン２；
    ＣＨ３ ＝ 例えば本明細書において提供されるような、ヒトＩｇＧ１の定常重鎖ドメイン３；
    ＣＫ ＝ 例えば本明細書において提供されるような、カッパ軽鎖の定常ドメイン； リンカー１はグリシン／セリン、グリシン／アラニン、グリシン／グルタミン酸／セリン、またはアラニン／グルタミン酸／リジンリンカーである；
    リンカー２はグリシン／セリン、グリシン／アラニン、グリシン／グルタミン酸／セリン、またはアラニン／グルタミン酸／リジンリンカーである；
    ここで、ＶＨ－Ａ、ＶＫ－Ａ、ＶＨ－ＢおよびＶＫ－Ｂは、同じ抗体または異なる抗体に由来しうる、請求項１記載のポリペプチド。
  23. ＶＨ－ＡおよびＶＨ－Ｂが、独立して、
    （ｉ）重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３配列（ここで、重鎖ＣＤＲ１配列は、ＰＤ－１抗体 表４、ＰＤ－１抗体 表５、ＰＤ－１抗体Ｆａｂ 表６またはＰＤ－１抗体ｓｃＦｖ 表７に示されているＣＤＲ１配列のいずれかのアミノ酸配列を有し、重鎖ＣＤＲ２は、ＰＤ－１抗体 表４、ＰＤ－１抗体 表５、ＰＤ－１抗体Ｆａｂ 表６またはＰＤ－１抗体ｓｃＦｖ 表７に示されているＣＤＲ２配列のいずれかのアミノ酸配列を有し、重鎖ＣＤＲ３は、ＰＤ－１抗体 表４、ＰＤ－１抗体 表５、ＰＤ－１抗体Ｆａｂ 表６またはＰＤ－１抗体ｓｃＦｖ 表７に示されているＣＤＲ３配列のいずれかのアミノ酸配列を有する）または前記のいずれかの変異体を含む重鎖可変領域、ならびに
    （ｉｉ）軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３配列（ここで、軽鎖ＣＤＲ１配列は、ＰＤ－１抗体 表４、ＰＤ－１抗体 表５、ＰＤ－１抗体Ｆａｂ 表６またはＰＤ－１抗体ｓｃＦｖ 表７に示されているＬＣＤＲ１配列のいずれかのアミノ酸配列を有し、軽鎖ＬＣＤＲ２は、ＰＤ－１抗体 表４、ＰＤ－１抗体 表５、ＰＤ－１抗体Ｆａｂ 表６またはＰＤ－１抗体ｓｃＦｖ 表７に示されているＬＣＤＲ２配列のいずれかのアミノ酸配列を有し、軽鎖ＣＤＲ３は、ＰＤ－１抗体 表４、ＰＤ－１抗体 表５、ＰＤ－１抗体Ｆａｂ 表６またはＰＤ－１抗体ｓｃＦｖ 表７に示されているＬＣＤＲ３配列のいずれかのアミノ酸配列を有する）または前記のいずれかの変異体を含む軽鎖可変領域
    を含む、請求項２２記載のポリペプチド。
  24. ＶＨ－Ａが、
    配列番号３７の第１ＣＤＲ、配列番号３８の第２ＣＤＲおよび配列番号３９の第３ＣＤＲを含む重鎖可変領域、
    配列番号１７１の第１ＣＤＲ、配列番号１７２の第２ＣＤＲおよび配列番号１７３の第３ＣＤＲを含む重鎖可変領域、
    配列番号２３８の第１ＣＤＲ、配列番号２３９の第２ＣＤＲおよび配列番号２４０の第３ＣＤＲを含む重鎖可変領域、
    配列番号２７９の第１ＣＤＲ、配列番号２３９の第２ＣＤＲおよび配列番号２４０の第３ＣＤＲを含む重鎖可変領域、または
    配列番号２６７の第１ＣＤＲ、配列番号２２９の第２ＣＤＲおよび配列番号２３０の第３ＣＤＲを含む重鎖可変領域
    を含む、請求項２２記載のポリペプチド。
  25. ＶＨ－Ｂが、
    配列番号３７の第１ＣＤＲ、配列番号３８の第２ＣＤＲおよび配列番号３９の第３ＣＤＲを含む重鎖可変領域、
    配列番号１７１の第１ＣＤＲ、配列番号１７２の第２ＣＤＲおよび配列番号１７３の第３ＣＤＲを含む重鎖可変領域、
    配列番号２３８の第１ＣＤＲ、配列番号２３９の第２ＣＤＲおよび配列番号２４０の第３ＣＤＲを含む重鎖可変領域、
    配列番号２７９の第１ＣＤＲ、配列番号２３９の第２ＣＤＲおよび配列番号２４０の第３ＣＤＲを含む重鎖可変領域、または
    配列番号２６７の第１ＣＤＲ、配列番号２２９の第２ＣＤＲおよび配列番号２３０の第３ＣＤＲを含む重鎖可変領域
    を含む、請求項２２記載のポリペプチド。
  26. ＶＫ－ＡまたはＶＫ－Ｂが、
    配列番号４０の第１ＣＤＲ、配列番号１９の第２ＣＤＲおよび配列番号４１の第３ＣＤＲを含む軽鎖可変領域、
    配列番号１７４の第１ＣＤＲ、配列番号１７５の第２ＣＤＲおよび配列番号１７６の第３ＣＤＲを含む軽鎖可変領域、
    配列番号１７４の第１ＣＤＲ、配列番号２２７の第２ＣＤＲおよび配列番号１７６の第３ＣＤＲを含む軽鎖可変領域、
    配列番号４０の第１ＣＤＲ、配列番号２３７の第２ＣＤＲおよび配列番号４１の第３ＣＤＲを含む軽鎖可変領域、または
    配列番号２７６の第１ＣＤＲ、配列番号２３７の第２ＣＤＲおよび配列番号４１の第３ＣＤＲを含む軽鎖可変領域
    を含む、請求項２２記載のポリペプチド。
  27. ＶＨ－Ａが、配列番号３７の第１ＣＤＲ、配列番号３８の第２ＣＤＲおよび配列番号３９の第３ＣＤＲを含む重鎖可変領域を含む；
    ＶＨ－Ｂが、配列番号１７１の第１ＣＤＲ、配列番号１７２の第２ＣＤＲおよび配列番号１７３の第３ＣＤＲを含む重鎖可変領域を含む；
    ＶＫ－Ａが、配列番号４０の第１ＣＤＲ、配列番号１９の第２ＣＤＲおよび配列番号４１の第３ＣＤＲを含む軽鎖可変領域を含む；
    ＶＫ－Ｂが、配列番号１７４の第１ＣＤＲ、配列番号１７５の第２ＣＤＲおよび配列番号１７６の第３ＣＤＲを含む軽鎖可変領域を含む；
    ＶＫ－Ａが、配列番号２７６の第１ＣＤＲ、配列番号２３７の第２ＣＤＲおよび配列番号４１の第３ＣＤＲを含む軽鎖可変領域を含む；
    ＶＫ－Ｂが、配列番号１７４の第１ＣＤＲ、配列番号２２７の第２ＣＤＲおよび配列番号１７６の第３ＣＤＲを含む軽鎖可変領域を含む；または
    ＶＫ－Ａが、配列番号１７４の第１ＣＤＲ、配列番号２２７の第２ＣＤＲおよび配列番号１７６の第３ＣＤＲを含む軽鎖可変領域を含む；
    ＶＫ－Ｂが、配列番号４０の第１ＣＤＲ、配列番号２３７の第２ＣＤＲおよび配列番号４１の第３ＣＤＲを含む軽鎖可変領域を含む、請求項２２記載のポリペプチド。
  28. リンカー１が（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号３０３）であり、ここで、ｎが１～４であり、リンカー２が（ＧＧＧＧＳ）ｎ（配列番号３０３）であり、ここで、ｎが１～４である、請求項２２記載のポリペプチド。
  29. 第１、第２、第３および第４の結合ドメインを含むバイパラトピックポリペプチドであって、第１、第２、第３および第４の結合ドメインのうちの２つがＰＤ－１上の第１エピトープに結合し、第１、第２、第３および第４の結合ドメインの残りの２つがＰＤ－１上の第２エピトープに結合し、第１エピトープと第２エピトープとが異なり、第１、第２、第３および第４の結合ドメインが、本明細書において提供されるもののようなＰＤ－１抗体を含む、前記バイパラトピックポリペプチド。
  30. 第１および第２のエピトープが重複しない、請求項２９記載のバイパラトピックポリペプチド。
  31. 第１、第２、第３および第４の結合ドメインのうちの２つが、配列番号３５、配列番号１１３、配列番号１２０、配列番号１３５、配列番号１６９、配列番号１８５、配列番号２０２、配列番号２５６、配列番号２５７、配列番号２６０または配列番号２６２または配列番号２７５の配列を含む重鎖、および配列番号３６、配列番号１１４、配列番号１２１、配列番号１３６、配列番号１７０、配列番号２５８、配列番号２５９、配列番号２６１または配列番号２６３の配列を含む軽鎖可変領域を含む、請求項２９記載のポリペプチド。
  32. 第１、第２、第３および第４の結合ドメインのうちの２つが、
    配列番号３７、１１５、１２２、１３７、１７１、２６７、２３８、２７９の第１ＣＤＲ、配列番号３８、１１６、１２３、１３８、１７２、２２９、２３９の第２ＣＤＲ、および配列番号３９、１１７、１２４、１３９、１７３、２３０、２４０の第３ＣＤＲを含む重鎖、
    配列番号４０、１１８、１２５、１４０、１７４、２７６の第１ＣＤＲ、配列番号１９、１２６、４７、１７５、２２７、２３７の第２ＣＤＲおよび配列番号４１、１１９、１２７、１４１、１７６の第３ＣＤＲを含む軽鎖可変領域
    を含み、
    ここで、結合ドメインの全てが同じわけではない、請求項２９記載のポリペプチド。
  33. 請求項１記載のポリペプチドを含む医薬組成物。
  34. 請求項３１記載のバイパラトピックポリペプチドを含む医薬組成物。
  35. 請求項１記載のポリペプチドを対象に投与することを含む、対象における全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、エカルディ－グティエール症候群、両側性線条体壊死、リポジストロフィーおよび体温上昇を伴う慢性非定型好中球性皮膚症（ＣＡＮＤＬＥ）、完全非浸透、遺伝性対側性色素異常症、家族性凍瘡状狼瘡、リポジストロフィーを伴う日本型自己炎症症候群（Ｊａｐａｎｅｓｅ ａｕｔｏｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ ｓｙｎｄｒｏｍｅ ｗｉｔｈ ｌｉｐｏｄｙｓｔｒｏｐｈｙ）（ＪＡＳＬ）、関節拘縮、筋萎縮症、小球性貧血、脂肪織炎およびリポジストロフィー（ＪＭＰ）、抗酸菌易感染性を示すメンデル型遺伝性疾患（ＭＳＭＤ）、中条－西村症候群、脳白質ジストロフィーを伴う網膜血管障害（ｒｅｔｉｎａｌ ｖａｓｃｕｌｏｐａｔｈｙ ｗｉｔｈ ｃｅｒｅｂｒａｌ ｌｅｕｋｏｄｙｓｔｒｏｐｈｙ）（ＲＶＣＬ）、痙性対麻痺、乳児期発症ＳＴＩＮＧ関連血管障害（ＳＡＶＩ）、シングルトン－メルテン症候群、または脊椎内軟骨異形成症（ｓｐｏｎｄｙｌｏｃｈｏｎｄｒｏｍａｔｏｓｉｓ）（ＳＰＥＮＣＤ）の治療方法。
  36. 請求項１記載のポリペプチドを対象に投与して、炎症性腸疾患、自己免疫性肝炎、原発性硬化性胆管炎、１型糖尿病、移植片、ＧＶＨＤまたは自己免疫障害を治療することを含む、炎症性腸疾患、自己免疫性肝炎、原発性硬化性胆管炎、１型糖尿病、移植片、ＧＶＨＤを有する対象、または自己免疫障害を有する対象、自己免疫障害のリスクを有する対象もしくは自己免疫障害のリスクが高い対象の治療方法。
  37. 炎症性腸疾患を有する対象がクローン病または潰瘍性大腸炎を有する、請求項３６記載の方法。
  38. 請求項１記載のポリペプチドの治療的有効量を投与し、それにより対象を治療することを含む、対象におけるＰＤ－１の活性をアゴナイズする方法。
  39. 請求項１記載のポリペプチドを対象に投与し、それにより対象を治療することを含む、それを要する対象におけるインターフェロノパシーの治療方法。
  40. インターフェロノパシーが全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、エカルディ－グティエール症候群、両側性線条体壊死、リポジストロフィーおよび体温上昇を伴う慢性非定型好中球性皮膚症（ＣＡＮＤＬＥ）、完全非浸透、遺伝性対側性色素異常症、家族性凍瘡状狼瘡、リポジストロフィーを伴う日本型自己炎症症候群（Ｊａｐａｎｅｓｅ ａｕｔｏｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ ｓｙｎｄｒｏｍｅ ｗｉｔｈ ｌｉｐｏｄｙｓｔｒｏｐｈｙ）（ＪＡＳＬ）、関節拘縮、筋萎縮症、小球性貧血、脂肪織炎およびリポジストロフィー（ＪＭＰ）、抗酸菌易感染性を示すメンデル型遺伝性疾患（ＭＳＭＤ）、中条－西村症候群、脳白質ジストロフィーを伴う網膜血管障害（ｒｅｔｉｎａｌ ｖａｓｃｕｌｏｐａｔｈｙ ｗｉｔｈ ｃｅｒｅｂｒａｌ ｌｅｕｋｏｄｙｓｔｒｏｐｈｙ）（ＲＶＣＬ）、痙性対麻痺、乳児期発症ＳＴＩＮＧ関連血管障害（ＳＡＶＩ）、シングルトン－メルテン症候群、または脊椎内軟骨異形成症（ｓｐｏｎｄｙｌｏｃｈｏｎｄｒｏｍａｔｏｓｉｓ）（ＳＰＥＮＣＤ）のようなＩ型インターフェロノパシーである、請求項３９記載の方法。
  41. 請求項１記載のポリペプチドを対象に投与することを含む、形質細胞様樹状細胞からのインターフェロンの産生を抑制する方法。
  42. 形質細胞様樹状細胞が、活性化された形質細胞様樹状細胞である、請求項４２記載の方法。
  43. インターフェロンの産生が、請求項１記載のポリペプチドの非存在下で産生されるインターフェロンの量と比較して約または少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０または９５％減少する、請求項４２記載の方法。
  44. 請求項１記載のポリペプチドを対象に投与して、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、エカルディ－グティエール症候群、両側性線条体壊死、リポジストロフィーおよび体温上昇を伴う慢性非定型好中球性皮膚症（ＣＡＮＤＬＥ）、完全非浸透、遺伝性対側性色素異常症、家族性凍瘡状狼瘡、リポジストロフィーを伴う日本型自己炎症症候群（Ｊａｐａｎｅｓｅ ａｕｔｏｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ ｓｙｎｄｒｏｍｅ ｗｉｔｈ ｌｉｐｏｄｙｓｔｒｏｐｈｙ）（ＪＡＳＬ）、関節拘縮、筋萎縮症、小球性貧血、脂肪織炎およびリポジストロフィー（ＪＭＰ）、抗酸菌易感染性を示すメンデル型遺伝性疾患（ＭＳＭＤ）、中条－西村症候群、脳白質ジストロフィーを伴う網膜血管障害（ｒｅｔｉｎａｌ ｖａｓｃｕｌｏｐａｔｈｙ ｗｉｔｈ ｃｅｒｅｂｒａｌ ｌｅｕｋｏｄｙｓｔｒｏｐｈｙ）（ＲＶＣＬ）、痙性対麻痺、乳児期発症ＳＴＩＮＧ関連血管障害（ＳＡＶＩ）、シングルトン－メルテン症候群、または脊椎内軟骨異形成症（ｓｐｏｎｄｙｌｏｃｈｏｎｄｒｏｍａｔｏｓｉｓ）（ＳＰＥＮＣＤ）のようなＴＬＲ９媒介性障害を治療することを含む、ＴＬＲ９媒介性障害の治療方法。
  45. 請求項１記載のポリペプチドを対象に投与する、または細胞と接触させることを含む、細胞または対象におけるＯＡＳ１、ＩＦＩＴ３、ＭＸ１およびＩＦＮ－β１の発現を抑制する方法。
  46. 請求項１記載のポリペプチド、タンパク質または抗体をコードする核酸。
  47. 請求項４６記載の核酸を含むベクター。
  48. 請求項４６記載の核酸または請求項４７記載のベクターを含む細胞。
  49. 請求項４８記載の細胞を培養して、請求項１記載のポリペプチドを製造することを含む、請求項１記載のポリペプチドの製造方法。
  50. ａ）標的化部分をコードする配列を含むベクターを準備し、エフェクター結合／調節部分をコードする配列をベクター内に挿入して、治療用化合物をコードする配列を生成させ、または
    ｂ）エフェクター結合／調節部分をコードする配列を含むベクターを準備し、標的化部分をコードする配列をベクター内に挿入して、治療用化合物をコードする配列を生成させ、
    それにより、請求項１記載のポリペプチドをコードする配列を製造することを含む、請求項１記載のポリペプチドをコードする核酸配列の製造方法。
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