JP2023506215A - 抗がん性化合物としてのCullin3アダプタKBTBD4モジュレータ - Google Patents

抗がん性化合物としてのCullin3アダプタKBTBD4モジュレータ Download PDF

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ソヴァゴー ギー
チャグラウィ ジャリア
フォーティア サイモン
ジラード サイモン
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    • A61K31/33Heterocyclic compounds
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    • A61K31/495Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins having six-membered rings with two or more nitrogen atoms as the only ring heteroatoms, e.g. piperazine or tetrazines
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    • AHUMAN NECESSITIES
    • A61MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61PSPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00Antineoplastic agents

Abstract

ピリミド[4,5-B]インドール誘導体の抗がん性化合物としての使用、より具体的には、通常RCOR1/LSD1およびHDAC2複合体の足場タンパク質として作用するRCOR1を分解し、それ自体はUM171の存在下で解離するCULLIN3-RINGユビキチンリガーゼ複合体を活性化することによる、がんを治療するためのUM171およびその誘導体の使用が提供される。このようにUM171は、HDAC、RCOR1、CoRESTおよびLSD1を阻害し、抗がん活性をもたらす分子糊分解剤のように作用する。【選択図】図15A、15B

Description

ピリミド[4,5-B]インドール誘導体の抗がん性化合物としての使用を提供する。
ヒトは、リンパ腫および白血病を含む様々な種類のがんに悩まされているが、これらは非常に悪性の腫瘍であり高い死亡率をもたらす。大半の場合、現存する治療様式(化学療法、放射線療法、手術、特定の追加抗がん剤および骨髄移植)は満足のいくものには程遠く、例えばリンパ腫および白血病患者のうち数年間生存できるのは比較的少数の割合にとどまる。
ユビキチン-プロテアソーム系(UPS)は、細胞周期の進行、発がんおよびゲノムの完全性において重要な制御的役割を有する短命のタンパク質の適時分解を促進する。UPSの異常な制御によりタンパク質のホメオスタシスが崩壊し、多くのヒト疾患、特にがんを引き起こす。ボルテゾミブは、再発性多発性骨髄腫およびマントル細胞リンパ腫の治療薬として承認されているFDA治療用プロテアソーム阻害剤である。従って、ユビキチン-プロテアソーム系のモジュレータを抗がん性標的とする。ボルテゾミブに関連する正常細胞毒性はタンパク質分解の網羅的な阻害に起因するため、より特異性を高めるためにプロテアソームの上流の酵素を標的とする創薬努力に注目が集まっている。E3ユビキチンリガーゼ、中でも特にヒトのがんで活性化することが知られているものが、魅力的な選択肢となる。E3ユビキチンリガーゼの最大のファミリーは多数の成分を有するCullin-RINGリガーゼ(CRL)であり、これはユビキチン-プロテアソーム系により分解される細胞タンパク質の~20%のユビキチン化を担っている(Zhao and Sun, 2013, Curr Pharm Des, 19: 3215-3225)。
現在臨床試験中のペボネディスタット(MLN4924)は、NEDD8の選択的阻害剤である。NEDD8活性化酵素(NAE)を阻害することにより、プロテアソームを介したタンパク質分解CRLに重要なCullin-RINGリガーゼ(CRL)の活性化を防ぐ。
インディスラムは、RBM39(スプライシング因子)とE3リガーゼDCAF15の間の相互作用を媒介し、RBM39ポリユビキチン化およびプロテアソーム分解を引き起こす抗がん剤であって、DCAF15と結合する分子糊分解体として作用し、RBM39結合を増強する新規リガーゼ表面を形成する(Bussiere et al, 2019, bioRxiv, 737510)。
したがって、がん細胞を選択的に死滅させることが可能な新規の薬物および/または治療の代替物が提供される必要性が依然として存在する。
患者に少なくとも1つの式Iの化合物:
Figure 2023506215000002
またはその塩もしくはプロドラッグを投与するステップを含む、前記患者のがんを治療する方法であって、
式中:
各Yは、独立してNおよびCHから選択され;
mは0~3(または置換基Zを含む環においてYがCHである場合は0~4)の整数であり;
Zは、毎回独立して、以下の:
-CN、
-C(O)OR1、
-C(O)N(R1)R3、
-C(O)R1、または
1つもしくは複数のRAもしくはR4置換基で任意に置換された-ヘテロアリール、
1つもしくは複数のRAもしくはR4置換基で任意に置換された-アリールから選択され、
ここで、(R1)およびR3が窒素原子に結合している場合、それらは任意に窒素原子と結合して、N、OおよびSから選択される1つまたは複数の他のヘテロ原子を任意に含む3~7員環を形成し、該環は1つまたは複数のRAまたはR4で任意に置換され;
Wは
-CN、
-N(R1)R3、
-C(O)OR1、
-C(O)N(R1)R3、
-NR1C(O)R1、
-NR1C(O)OR1、
-OC(O)N(R1)R3、
-OC(O)R1、
-C(O)R1、
-NR1C(O)N(R1)R3、
-NR1S(O)R1、
1つ、2つもしくは3つのRAもしくはR1置換基で任意に置換された-ベンジル、
-X-L-(X-L)n-N(R1)R3、
Lおよびヘテロアリール基のいずれかもしくは両方に結合した1つもしくは複数のRAもしくはR4置換基で任意に置換された-X-L-(X-L)n-ヘテロアリール、
Lおよびヘテロシクリル基のいずれかもしくは両方に結合した1つもしくは複数のRAもしくはR4置換基で任意に置換された-X-L-(X-L)n-ヘテロシクリル、
1つもしくは複数のRAもしくはR4置換基で任意に置換された-X-L-(X-L)n-アリール、
-X-L-(X-L)-NR1RA、
-(N(R1)-L)-NR1R3R5R6、または
-ハロゲンであり;
ここで、nは0、1、2、3、4、または5のいずれかに等しい整数であり、
さらに、R1およびR3が窒素原子に結合している場合、それらは任意に窒素原子と結合して、N、OおよびSから選択される1つまたは複数の他のヘテロ原子を任意に含む3~7員環を形成し、該環は1つまたは複数のRAまたはR4で任意に置換され;
各Xは、独立してCH、O、SおよびNR1から選択され;
各Lは、独立して
-C1-6アルキレン、
-C2-6アルケニレン、
-C2-6アルキニレン、
N、OおよびSから選択される1つもしくは複数の他のヘテロ原子を任意に含む-C3-7シクロアルキレン、または
N、OおよびSから選択される1つもしくは複数の他のヘテロ原子を任意に含む-C3-7シクロアルケニレンであり、
ここで、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、シクロアルキレンおよびシクロアルケニレン基は、それぞれ独立して、1つまたは2つのR4またはRA置換基で任意に置換され;
R1は、それぞれ独立して
-H、
-C1-6アルキル、
-C2-6アルケニル、
-C2-6アルキニル、
-C3-7シクロアルキル、
-C3-7シクロアルケニル、
-C1-5ペルフルオロ化アルキルペルフルオロ化アルキル、
-ヘテロシクリル、
-アリール、
-ヘテロアリール、または
-ベンジルであり、
ここで、アルキル、アルケニル、アルキニル、シクロアルケニル、ペルフルオロ化アルキル、ヘテロシクリル、アリール、ヘテロアリールおよびベンジル基は、それぞれ独立して、1つ、2つまたは3つのRAまたはRd置換基で任意に置換され;
R2は
-H、
さらに1つのRA置換基で任意に置換された-C1-6アルキル、
-C(O)R4、
1つもしくは複数のRAもしくはR4置換基で任意に置換された-L-ヘテロアリール、
1つもしくは複数のRAもしくはR4で任意に置換された-L-ヘテロシクリル、または
1つもしくは複数のRAもしくはR4置換基で任意に置換された-L-アリール、
1つもしくは複数のRAもしくはR4置換基で任意に置換された-N(R1)アリールであり、
R3はそれぞれ独立して
-H、
-C1-6アルキル、
-C2-6アルケニル、
-C2-6アルキニル、
-C3-7シクロアルキル、
-C3-7シクロアルケニル、
-C1-5ペルフルオロ化アルキル、
-ヘテロシクリル、
-アリール、
-ヘテロアリール、
-ベンジル、または
-メチル2-ベンジル-9H-ピリド[2',3':4,5]ピロロ[2,3-d]ピリミジン-7-カルボキシラ―ト-4-イルであり、
ここで、アルキル、アルケニル、アルキニル、シクロアルキル、シクロアルケニル、ペルフルオロ化アルキル、ヘテロシクリル、アリール、ヘテロアリールおよびベンジル基は、それぞれ独立して、1つ、2つまたは3つのRAまたはRd置換基で任意に置換され;
R4は、それぞれ独立して
-H、
-C1-6アルキル、
-C1-6ハロアルキル、
-C2-6アルケニル、
-C2-6アルキニル、
-C3-7シクロアルキル、
-C3-7シクロアルケニル、
-C1-5ペルフルオロ化アルキル、
-ヘテロシクリル、
-アリール、
-ヘテロアリール、または
-ベンジルであり、
ここで、アルキル、アルケニル、アルキニル、シクロアルキル、シクロアルケニル、ペルフルオロ化アルキル、ヘテロシクリル、アリール、ヘテロアリールおよびベンジル基は、それぞれ独立して、1つ、2つまたは3つのRAまたはRd置換基で任意に置換され;
R5は、それぞれ独立して
-C1-6アルキル、
N、OおよびSから選択される1つもしくは複数の他のヘテロ原子を任意に含む-C1-6アルキレン-C2-6アルケニル、
N、OおよびSから選択される1つもしくは複数の他のヘテロ原子を任意に含む-C1-6アルキレン-C2-6アルキニル、
1つもしくは複数のRAもしくはR4置換基を任意に含む-L-アリール、
1つもしくは複数のRAもしくはR4置換基を任意に含む-L-ヘテロアリール、
-C1-6アルキレン-C(O)O-、
-C1-6アルキレン-C(O)OR1、
-C1-6アルキレン-CN、
-C1-6アルキレン-C(O)NR1R3(ここで、R1およびR3は、任意に窒素原子と結合して、N、OおよびSから選択される1つもしくは複数の他のヘテロ原子を任意に含む3~7員環を形成する);または
-C1-6アルキレン-OHであり;
R6は
-ハロゲン、
-OC(O)CF、または
-OC(O)R1であり;
RAは、それぞれ独立して
-ハロゲン、
-CF
-OR1、
-L-OR1、
-OCF
-SR1、
-CN、
-NO
-NR1R3、
-L-NR1R1、
-C(O)OR1、
-S(O)R4、
-C(O)N(R1)R3、
-NR1C(O)R1、
-NR1C(O)OR1、
-OC(O)N(R1)R3、
-OC(O)R1、
-C(O)R4、
-NHC(O)N(R1)R3、
-NR1C(O)N(R1)R3、
-N;または
-(CHCHO)-CHCHOHであり;
ここで、R1およびR3は、任意に窒素原子と結合して、N、OおよびSから選択される1つまたは複数の他のヘテロ原子を任意に含む3~7員環を形成し;
Rdはそれぞれ独立して
-H、
-C1-6アルキル、
-C2-6アルケニル、
-C2-6アルキニル、
-C3-7シクロアルキル、
-C3-7シクロアルケニル、
-C1-5ペルフルオロ化アルキル、
-ベンジル、または
-ヘテロシクリルであり;
RBは
-H、または
-C1-6アルキルであり;
任意に、少なくとも1つの細胞拡大因子を伴う、方法を提供する。
一実施形態において、式Iの化合物は、
Figure 2023506215000003
またはその薬学的に許容される塩である。
別の実施形態において、式Iの化合物は、
Figure 2023506215000004
の臭化水素酸塩である。
さらなる実施形態において、式Iの化合物は、
Figure 2023506215000005
またはその薬学的に許容される塩である。
一実施形態において、式Iの化合物は、本明細書で定義されるとおり、特に表3で定義されるとおりである。
追加の実施形態において、患者はヒトまたは動物である。
さらなる実施形態において、動物はマウスである。
一実施形態において、がんは、K27変異、EZH2またはPRC2の変異に基づくがんである。
一実施形態において、化合物は、経口、筋肉内、静脈内または皮下投与のために製剤化される。
さらなる実施形態において、化合物は、LSD1、RCOR1、HDAC2およびCoRESTの少なくとも1つを分解する。
別の実施形態では、増殖中の細胞を含む培地に本明細書に記載の化合物を投与することを含むex vivoでのがん細胞の増殖を阻害する方法であって、前記化合物はがん細胞の増殖に対して抗悪性腫瘍性を有する、方法が提供される。
また、がんを治療するための式Iの化合物:
Figure 2023506215000006
またはその塩もしくはプロドラッグ
(式中:
各Yは、独立してNおよびCHから選択され;
Zは、
-CN、
-C(O)OR1、
-C(O)N(R1)R3、
-C(O)R1、または
-1つもしくは複数のRAもしくはR4置換基で任意に置換されたヘテロアリールであり、
ここで、(R1)およびR3が窒素原子に結合している場合、それらは任意に窒素原子と結合して、N、OおよびSから選択される1つまたは複数の他のヘテロ原子を任意に含む3~7員環を形成し、該環は1つまたは複数のRAまたはR4で任意に置換され;
Wは
-CN、
-N(R1)R3、
-C(O)OR1、
-C(O)N(R1)R3、
-NR1C(O)R1、
-NR1C(O)OR1、
-OC(O)N(R1)R3、
-OC(O)R1、
-C(O)R1、
-NR1C(O)N(R1)R3、
-NR1S(O)R1、
1つ、2つもしくは3つのRAもしくはR1置換基で任意に置換された-ベンジル、
-X-L-(X-L)n-N(R1)R3、
Lおよびヘテロアリール基のいずれかもしくは両方に結合した1つもしくは複数のRAもしくはR4置換基で任意に置換された-X-L-(X-L)n-ヘテロアリール、
Lおよびヘテロシクリル基のいずれかもしくは両方に結合した1つもしくは複数のRAもしくはR4置換基で任意に置換された-X-L-(X-L)n-ヘテロシクリル、
1つもしくは複数のRAもしくはR4置換基で任意に置換された-X-L-(X-L)n-アリール、
-X-L-(X-L)-NR1RA、または
-(N(R1)-L)-NR1R3R5R6であり、
ここで、nは0、1、2、3、4、または5のいずれかに等しい整数であり、
さらに、R1およびR3が窒素原子に結合している場合、それらは任意に窒素原子と結合して、N、OおよびSから選択される1つまたは複数の他のヘテロ原子を任意に含む3~7員環を形成し、該環は1つまたは複数のRAまたはR4で任意に置換され;
各Xは、独立してC、O、SおよびNR1から選択され;
各Lは、独立して
-C1-6アルキレン、
-C2-6アルケニレン、
-C2-6アルキニレン、
N、OおよびSから選択される1つもしくは複数の他のヘテロ原子を任意に含む-C3-7シクロアルキレン、または
N、OおよびSから選択される1つもしくは複数の他のヘテロ原子を任意に含む-C3-7シクロアルケニレンであり、
ここで、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、シクロアルキレンおよびシクロアルケニレン基は、それぞれ独立して、1つまたは2つのR4またはRA置換基で任意に置換され;
R1は、それぞれ独立して
-H、
-C1-6アルキル、
-C2-6アルケニル、
-C2-6アルキニル、
-C3-7シクロアルキル、
-C3-7シクロアルケニル、
-C1-5ペルフルオロ化アルキル、
-ヘテロシクリル、
-アリール、
-ヘテロアリール、または
-ベンジルであり、
ここで、アルキル、アルケニル、アルキニル、シクロアルケニル、ペルフルオロ化アルキル、ヘテロシクリル、アリール、ヘテロアリールおよびベンジル基は、それぞれ独立して、1つ、2つまたは3つのRAまたはRd置換基で任意に置換され;
R2は
-H、
さらに1つのRA置換基で任意に置換された-C1-6アルキル、
-C(O)R4、
1つもしくは複数のRAもしくはR4置換基で任意に置換された-L-ヘテロアリール、
1つもしくは複数のRAもしくはR4で任意に置換された-L-ヘテロシクリル、または
1つもしくは複数のRAもしくはR4置換基で任意に置換された-L-アリールであり;
R3はそれぞれ独立して
-H、
-C1-6アルキル、
-C2-6アルケニル、
-C2-6アルキニル、
-C3-7シクロアルキル、
-C3-7シクロアルケニル、
-C1-5ペルフルオロ化アルキル、
-ヘテロシクリル、
-アリール、
-ヘテロアリール、または
-ベンジルであり、
ここで、アルキル、アルケニル、アルキニル、シクロアルキル、シクロアルケニル、ペルフルオロ化アルキル、ヘテロシクリル、アリール、ヘテロアリールおよびベンジル基は、それぞれ独立して、1つ、2つまたは3つのRAまたはRd置換基で任意に置換され;
R4は、それぞれ独立して
-H、
-C1-6アルキル、
-C2-6アルケニル、
-C2-6アルキニル、
-C3-7シクロアルキル、
-C3-7シクロアルケニル、
-C1-5ペルフルオロ化アルキル、
-ヘテロシクリル、
-アリール、
-ヘテロアリール、または
-ベンジルであり、
ここで、アルキル、アルケニル、アルキニル、シクロアルキル、シクロアルケニル、ペルフルオロ化アルキル、ヘテロシクリル、アリール、ヘテロアリールおよびベンジル基は、それぞれ独立して、1つ、2つまたは3つのRAまたはRd置換基で任意に置換され;
R5は、それぞれ独立して
-C1-6アルキル、
N、OおよびSから選択される1つもしくは複数の他のヘテロ原子を任意に含む-C1-6アルキレン-C2-6アルケニル、
N、OおよびSから選択される1つもしくは複数の他のヘテロ原子を任意に含む-C1-6アルキレン-C2-6アルキニル、
1つもしくは複数のRAもしくはR4置換基を任意に含む-L-アリール、
1つもしくは複数のRAもしくはR4置換基を任意に含む-L-ヘテロアリール、
-C1-6アルキレン-C(O)O-
-C1-6アルキレン-C(O)OR1
-C1-6アルキレン-CN
-C1-6アルキレン-C(O)NR1R3(ここで、R1およびR3は、任意に窒素原子と結合して、N、OおよびSから選択される1つもしくは複数の他のヘテロ原子を任意に含む3~7員環を形成する);または
-C1-6アルキレン-OHであり;
R6は
-ハロゲン
-OC(O)CF3、または
-OC(O)R1であり;
RAは、それぞれ独立して
-ハロゲン、
-CF
-OR1、
-L-OR1、
-OCF
-SR1、
-CN、
-NO
-NR1R3、
-L-NR1R1、
-C(O)OR1、
-S(O)R4、
-C(O)N(R1)R3、
-NR1C(O)R1、
-NR1C(O)OR1、
-OC(O)N(R1)R3、
-OC(O)R1、
-C(O)R4、
-NHC(O)N(R1)R3、
-NR1C(O)N(R1)R3、または
-Nであり;
Rdはそれぞれ独立して
-H、
-C1-6アルキル、
-C2-6アルケニル、
-C2-6アルキニル、
-C3-7シクロアルキル、
-C3-7シクロアルケニル、
-C1-5ペルフルオロ化アルキル
-ベンジル、または
-ヘテロシクリルである)を提供する。
次に、添付の図面を参照する。
図1Aは、UM171(250nMおよび800nM)に8日間および14日間曝露したまたは曝露しなかったOCI-AML5またはOCI-AML1細胞株の全ゲノムCRISPR/Cas9スクリーニングの実験概略を示す図である。図1Bは、OCI-AML5 CRISPR/Cas9スクリーニングにおける全細胞集団倍加(上段パネル)およびペアワイズサンプル相関(下段パネル)を示す図である。図1Cは、OCI-AML1 CRISPR/Cas9スクリーニングにおける全細胞集団倍加(上段パネル)およびペアワイズサンプル相関(下段パネル)を示す図である。図1Dは、UM171(250nM)に8日間(左パネル)または14日間(右パネル)曝露したCRISPRノックアウトOCI-AML5(y軸に表示)およびOCI-AML1(x軸)のMAGeCK出力ベータスコアを示す散布図であり、ここでは、合成レスキュー性および合成致死性の相互作用が特定され、KBTBD4(合成レスキュー性)およびRCOR1(合成致死性)がUM171用量および曝露時間に依存せず特定されている。 図2Aは、BirAまたはBirA-KBTBD4融合タンパク質をベイトとして用いたBioIDプルダウン/MS実験で同定されたタンパク質候補の存在量のヒートマップを示す図である。図2Bは、標的複合体におけるタンパク質相互作用を示す図である。図2Cは、shLuc(対照ルシフェラーゼ)またはshKBTBD4を発現し、0.1%DMSOまたはUM171(250nM)に24時間曝露したOCI-AML1細胞におけるH3K27アセチル化(上段パネル)およびH3K4ジメチル化(下段パネル)のフローサイトメトリに基づく分析を示す図である。データは、GFP陰性(非感染、黒い点)とGFP陽性(感染、淡色の点)のサブセットにおける修飾ヒストンの相対平均蛍光強度(MFI)を示す。正規化には総H3レベルを使用した。3つの独立した実験の代表である。図2Dは、shKBTBD4(上段パネル)またはshRCOR1(下段パネル)を発現し、DMSO、UM171(250nM)、HDAC阻害剤(パノビノスタット、5nM)またはLSD1阻害剤(TCP、10μM)に24時間曝露したOCI-AML1細胞におけるCD201(左)およびCD86(右)の表面発現についてのフローサイトメトリに基づく分析を示す図である。3つの独立した実験の代表である。図2Eは、UM171(250nM、24時間)に曝露しまたは曝露せずに、対照、KBTBD4全長(wt)、BTB欠失(ΔBTB)またはKelchドメイン欠失(ΔKelch)変異ベクターを発現するように操作した、sgAAVS1(左パネル)またはsgKBTBD4(右パネル)ノックアウトOCI-AML1細胞における、CD86およびCD201の表面発現についてのフローサイトメトリに基づく分析を示す図である。 図3Aは、CRISPRスクリーニング候補であるKBTBD4およびRCOR1についての検証を示す図である。DMSOまたは漸増濃度のUM171の存在下で4日間培養した、shLuc、shKBTBD4(上段パネル)またはshRCOR1(下段パネル)を発現する細胞の絶対細胞数の倍率変化。図3Bは、UM171(250nM以上)またはHDAC阻害剤(パノビノスタット、5nM)に対するH3K27アセチル化についてのウエスタンブロット(上段パネル)およびフローサイトメトリに基づく分析(下段パネル)を示す図である。図3Cは、shLucまたはshKBTBD4(3つのshRNAを示す)を発現し、DMSOまたはUM171(250nM)に48時間曝露したOCI-AML1細胞におけるCD201/GFP(上段パネル)またはCD86/GFP(下段パネル)発現についての代表的なFACSプロファイルを示す図である。KBTBD4に対する3つのshRNAの全てが、UM171活性を消失させたことに留意されたい(GFP+とGFP-サブセットを比較する)。図3Dは、DMSOまたはUM171(250nM)に24時間曝露した、shLucまたはshKBTBD4(sh1-3)を発現するOCI-AML1細胞から抽出した総タンパク質についてのウエスタンブロット分析を示す図である。KBTBD4およびヌクレオリン(NCL、ローディング対照)レベルを示す代表的なブロットにより、KBTBD4のノックダウンが確認された。図3Eは、shLuc、shKBTBD4(sh2)およびshRCOR1を発現するOCI-AML1細胞におけるCD201およびCD86発現の代表的なFACSプロファイルと、非形質導入GFP陰性細胞と形質導入GFP陽性細胞におけるそれらの分布とを示す図である。shKBTBD4はUM171を介したCD201/CD86表面発現を消失させるが、shRCOR1はそれらの発現を増強させ、これはCRISPRスクリーニング結果と一致する。図3Fは、漸増濃度のUM171に曝露した、shLuc、shKBTBD4(sh2)を発現するOCI-AML1細胞におけるCD201およびCD86の表面発現についての代表的なFACSプロファイルを示す図である。図3Gは、shLuc、shKBTBD4またはshRCOR1を発現するOCI-AML1のUM171(250nM)曝露(24時間)時のCD201(上段パネル)およびCD86(下段パネル)の相対平均蛍光強度(MFI)を示す図である。CD201/CD86レベルは、GFP陰性(非感染)およびGFP陽性(感染)細胞で測定される。3つの独立した実験の代表である。図3Hは、shLuc、shKBTBD4またはshRCOR1を発現し、DMSO、UM171(250nM)、HDAC阻害剤(パノビノスタット、5nM)またはLSD1阻害剤(TCP、5μM)で処理したOCI-AML1おけるCD86/GFP発現の代表的なFACSプロファイルを示す図である。HDACiおよびLSDiがshKBTBD4発現細胞におけるCD86発現を誘導し(中段パネル)、KBTBD4がHDAC/LSD1コリプレッサー複合体の上流で作用することを示唆することに留意されたい。 図4Aは、DMSOと比較した場合、UM171(250nM)、HDACi(パノビノスタット、5nM)またはLSD1i(TCP、10μM)に24時間曝露したOCI-AML5におけるCD201およびCD86のアップレギュレーションを示す代表的なFACS分析を示す図である。図4Bは、DMSO、UM134(UM171の不活性アナログ(250nM))、UM171(250nM)、HDACi(パノビノスタット、5nM)またはLSD1i(TCP、10μM)に24時間曝露したOCI-AML5におけるH3K27Ac、H3K4me2およびH3の相対平均蛍光強度(MFI)を示す図であり、HDACiおよびLSDiとしてのUM171は、OCI-AML5細胞株のH3K27AcおよびH3K4me2マークを誘導する。 図5は、UM171(250nM、24時間)に曝露しまたは曝露せずに、対照(空ベクター)、KBTBD4全長(wt)、BTB欠失(ΔBTB)またはKelchドメイン欠失(Kelch)変異ベクターを発現するように操作した、sgAAVS1(上段パネル)またはsgKBTBD4(下段パネル)ノックアウトOCI-AML1細胞におけるCD86/GFP発現の代表的FACS分析を示す図である。全長KBTBD4のみが、UM171媒介CD86アップレギュレーションを増強(sgAAVS1において)またはレスキュー(sgKBTBD4)することに留意されたい。 図6Aは、DMSOまたはUM171(35nM)の存在下で4日間増殖させた精製CD34+臍帯血細胞におけるヒストン3(H3)、H3K27acおよびH3K4me2のエピジェネティックマークについてのフローサイトメトリに基づく分析を示す図である。結果は、HSPC濃縮CD34+ゲーティングサブセットにおけるヒストンマークの相対レベルを示す(上段パネル参照)。中段パネルはヒストグラムオーバーレイを示し、下段パネルは総H3レベルで正規化した相対MFIを示す。図6Bは、DMSO、UM171(35nM)、HDACi(パノビノスタット、5nM)またはLSD1i(TCP、5μM)の存在下で7日間培養したCD34+臍帯血細胞の代表的なFACSプロファイルを示す図である。CD34+、CD34+CD45RA-、CD34+CD201+、CD34+CD90+CD201+およびCD34+CD86+のサブセットを表す。図6Cは、示した化合物を補充した培養物における、7日後のHSC濃縮CD34+CD201+細胞サブセットの絶対数(平均±SD)を示す棒グラフである。図6Dは、shLuc(左パネル)、shRCOR1(2shRNA)またはshLSD1(2shRNA)(右パネル)に感染させ、示すようにUM171(35nM)の存在下または非存在下で7日間培養したCD34+臍帯血細胞の代表的なFACSプロファイルを示す図である。CD34+およびCD34+CD201+のサブセットを示す。また、shLucまたはshKBTBD4(2shRNA)に感染させ、UM171(35nM)の存在下で7日間培養したCD34+臍帯血細胞の代表的なFACSプロファイルも示す。図6Eは、対照ベクター(CT)、全長KBTBD4(wt)、ΔBTBまたはΔKelch変異体に感染させ、DMSOまたはUM171(35nM)の存在下で7日間培養したCD34+臍帯血細胞の代表的なFACSプロファイルを示す図である。データは、GFP形質導入細胞にゲーティングした後に提示される。図6Fは、DMSO、UM171(5nM)またはUM171(35nM)の存在下で、示した感染細胞(shRNA(上段パネル)、異所性発現(下段パネル))で開始した培養物における、7日後のHSC濃縮CD34+CD201+細胞サブセットの絶対数(平均±SD)を示す棒グラフである。 図7Aは、示した化合物に曝露したCD34+臍帯血細胞を7日間培養した後に得られたCD34+およびCD34+CD201+HSPC%を示す図である(中央値±SD)。図7Bは、新鮮なCD34+と、DMSO、UM171(35nM)または示したHDACiに曝露した7日目の培養物を、免疫不全NSGマウスに移植したことを示す図である(結果は、3000日で0細胞)。移植後3、8および26週目にヒトCD45の生着を評価した。ヒトCD34の生着は、移植後26週目に評価した。 図8Aは、示した化合物を補充した培養物における、7日後の総細胞数(上段パネル)およびCD34+細胞サブセットの絶対数(下段パネル)を示す棒グラフである(平均±SD)。 図8Bは、示したshRNA(上段パネル)またはKBTBD4ベクター(下段パネル)を形質導入した臍帯血細胞を7日間培養した後の総細胞数(左パネル)およびCD34+細胞サブセットの絶対数(右パネル)を示す棒グラフである。 図8Cは、CD34+臍帯血細胞を、示した濃度のUM171および/またはLSD1阻害剤(TCP)で7日間培養した後のCD34+(左パネル)、CD34+CD201+CD90+(中央パネル)およびCD34+CD86+(右パネル)サブセットの代表的なFACSプロファイルを示す図であり、LSD1iと5nMのUM171の相乗効果を示している。 図8Dは、DMSOの存在下でshLuまたはshKBTBD4(2shRNA)に感染させたCD34+臍帯血細胞を7日間培養した後のCD34+およびCD34+CD201+サブセットの代表的なFACSプロファイルを示す図である。 図9は、iBETブロモドメイン阻害剤の非存在下(0)または存在下(50nMおよび100nM)でUM171(35nM)に曝露したCD34+臍帯血細胞を7日間培養した後に得られた、CD34+CD201+およびCD34+CD86+サブセット(UM171シグネチャ)の代表的なFACSプロファイルを示す図である。iBETは、臍帯血細胞におけるUM171活性を完全に消失させることに留意されたい。 図10は、shLucまたはshRCOR1(sh1)を形質導入したsgAAVS1またはsgKBTBD4ノックアウトOCI-AML1細胞株から抽出した細胞質およびクロマチン結合タンパク質のウエスタンブロット分析によって測定したRCOR1タンパク質レベルを示す図である。 図11Aは、対照ベクター(CT)、全長KBTBD4(wt)、ΔBTBまたはΔKelch変異体を発現するように操作したsgAAVS1(OCI-AML1細胞から抽出した総タンパク質についてのウエスタンブロット分析を示す図である。KBTBD4、RCOR1およびCUL1(ローディング対照)のレベルを示す代表的なブロットである。 図11Bは、DMSOまたはUM171(250nM)に24時間曝露し、最後の4時間をMG132(10μM)で処理したまたは処理しなかった、shLucまたはshKBTBD4を形質導入したOCI-AML1細胞から抽出した核質タンパク質についてのウエスタンブロット分析を示す図である。代表的なブロット(上段パネル)は、KBTBD4、RCOR1、LSD1、HDAC2およびヌクレオリン(NCL、ローディング対照)タンパク質レベルを示す。RCOR1タンパク質レベルの定量化は、3つの独立した実験において評価した(下段パネル)。 図11Cは、DMSO、UM171(250nM)、MLN2494(100nM)、MLN2494/UM171またはMG132/UM171に4時間曝露したshLucまたはshKBTBD4を形質導入したOCI-AML1細胞から抽出した総タンパク質についてのウエスタンブロット分析を示す図である。代表的なブロット(上段パネル)は、CUL3、RCOR1およびTUBA(ローディング対照)のタンパク質レベルを示す。RCOR1タンパク質レベルの定量化は、2つの独立した実験において評価した(下段パネル)。 図11Dは、DMSOまたはUM171(250nM)に4時間曝露したshLuc、shKBTBD4、shNUDCD3またはshCAND1から抽出した総タンパク質についてのウエスタンブロット分析を示す図である。代表的なブロット(上段パネル)は、NUDCD3、CAND1、RCOR1およびTUBA(ローディング対照)のタンパク質レベルを示す。RCOR1タンパク質レベルの定量化は、2つの独立した実験において評価した(下段パネル)。 図11Eは、shLuc、shNUDCD3、shCUL3またはshCAND1を発現し、UM171(250nM)に24時間曝露したOCI-AML1細胞におけるCD201およびCD86の表面発現についての代表的なFACSプロファイルを示す図である。結果は、形質導入された細胞(GFP+)のみを示す。 図11Fは、示した各条件について、GFP陰性(非感染)およびGFP陽性(感染)サブセットのUM171(250nM)曝露時のCD201(上段パネル)およびCD86(下段パネル)の相対平均蛍光強度(MFI)を示す図である。 図12Aは、DMSO、UM134(UM171の不活性アナログ)またはUM171(1μM)に4時間曝露し、最後の3時間をMG132(10μM)で処理したまたは処理しなかったHEK293細胞株から抽出した総タンパク質についてのウエスタンブロット分析を示す図である。図12Bは、shLucまたはshKBTBD4を発現し、DMSOまたはUM171(1μM)に1時間曝露したHEK293細胞株から抽出した総タンパク質についてのウエスタンブロット分析を示す図である。図12Cは、DMSOまたはUM171(1μM)に1、6または24時間曝露したU2OS細胞株から抽出した総タンパク質についてのウエスタンブロット分析を示す図である。KBTBD4、RCOR1およびTUBAのタンパク質レベルを示す。図12Dは、対照ベクター(CT)、全長KBTBD4(wt)、ΔBTBまたはΔKelch変異体を発現するように操作したsgKBTBD4ノックアウトOCI-AML1細胞から抽出した総タンパク質についてのウエスタンブロット分析を示す図である。 図13Aは、KBTBD4およびRCOR1のタンパク質レベルを、対照またはKBTBD4(wt)ベクターを発現するように操作したsgAAVS1またはsgNUDCD3ノックアウトOCI-AML1細胞から抽出した総タンパク質についてのウエスタンブロット分析によって測定することを示す図である。CUL1をローディング対照として使用する。sgRNAにより媒介されるNUDCD3欠失が内在性KBTBD4レベルを劇的に減少させ(右パネル、第1レーン)、NUDCD3欠失細胞におけるKBTBD4(wt)の再導入がRCOR1タンパク質レベルを減少させる(右パネル、第2レーン)ことに留意されたい。 図13Bは、KBTBD4およびRCOR1のタンパク質レベルを、shLucまたはshNUDCD3を発現するOCI-AML1から抽出した総タンパク質についてのウエスタンブロット分析によって測定することを示す図である。TUBAをローディング対照として使用する。 図13Cは、UM171(250nM、24時間)に曝露しまたは曝露せずに、対照(空ベクター)、全長KBTBD4(wt)、BTB欠失(ΔBTB)またはKelchドメイン欠失(ΔKelch)変異ベクターを発現するように操作した、sgAAVS1(左パネル)またはsgNUDCD3(下段パネル)ノックアウトOCI-AML1細胞におけるCD86/GFP発現についての代表的なFACSプロファイルを示す図である。 図13Dは、UM171(250nM、24時間)に曝露しまたは曝露せずに、対照、全長KBTBD4(wt)、ΔBTBまたはΔKelch変異ベクターを発現するように操作した、sgAAVS1またはsgNUDCD3ノックアウトOCI-AML1細胞におけるCD201(左パネル)およびCD86(右パネル)の表面発現の結果を示す図である。 図14は、shLuc、shNUDCD3またはshCUL3を発現し、HDAC阻害剤(パノビノスタット、5nM)(左パネル)またはLSD1阻害剤(TCP、10μM)(右パネル)に24時間曝露したOCI-AML1細胞におけるCD201表面発現についてのフローサイトメトリに基づく分析を示す図である。グラフは、GFP陰性またはGFP陽性サブセットにおける相対CD201MFIの中央値±SDを示す。HDACiおよびLSD1iの両方が、shNUDCD3およびshCUL3発現細胞においてCD201アップレギュレーションを誘導し、CUL3およびNUDCD3が、KBTBD4について示されたように、UM171媒介転写活性化の上流で作用することを示唆することに留意されたい。 図15Aは、DMSO、UM171(500nM)またはUM171/MG132(5μM)に4時間曝露したd3増殖CD34+由来臍帯血細胞から抽出した総タンパク質についてのウエスタンブロット分析を示す図である。代表的なブロットは、KBTBD4、RCOR1、LSD1、HDAC2、CUL3およびローディング対照としてのTUBAを示す。 図15Bは、DMSOまたはUM171(250nM)に24時間曝露し、最後の4時間をMG132(10μM)で処理したまたは処理しなかった、shLucまたはshKBTBD4を形質導入したOCI-AML1細胞から抽出した核質タンパク質についてのウエスタンブロット分析を示す図である。代表的なブロットは、KBTBD4、RCOR1、LSD1、HDAC2およびヌクレオリン(NCL、ローディング対照)のタンパク質レベルを示す。RCOR1タンパク質レベルの定量化は、3つの独立した実験において評価した。 図16は、マウスに静脈内投与した、図示した化合物のバイオアベイラビリティを示す図である。 図17Aは、マウスに静脈内投与した化合物UM681のバイオアベイラビリティを示す図である。図17Bは、マウスに経口投与した化合物UM681のバイオアベイラビリティを示す図である。
抗がん性化合物としてのピリミド[4,5-B]インドール誘導体、ならびに5H-ピリド[4,3-b]インドール誘導体およびピリド[2',3':4,5]ピロロ[2,3-d]ピリミジン誘導体が提供される。
斯かるピリミド[4,5-B]インドール誘導体の一例は、UM171(米国特許第9,409,906号および同第10,336,747号参照、その内容は参照により組み込まれるものとする)であり、これは始原細胞に対し活性を有しているが、該活性は前記化合物が培養物から洗い流されると急速に可逆的になる。UM171は成長因子の非存在下では独立して細胞増殖を引き起こすことはなく;分裂促進的ではなく、むしろ細胞の分化を妨げる。この分子は、ex vivo培養において長期造血幹細胞(HSC)を優先的に増殖させることが報告されており、この増殖は7日目までに最大になった。NSGマウスで最初に記載された結果は、22人の患者に単一のUM171増殖臍帯血移植片を移植した臨床試験で確認されたものである。これらの患者は、対照移植に比べ、好中球の回復が早く、発熱も少なかった。最も興味深かったのは、UM171の患者は、拡大した慢性移植片対宿主病を発症せず、移植関連死亡率および疾患再発率が極めて低いことであった。UM171は、CD201+(EPCR)原始HSCに加えて、CD86+樹状突起前駆細胞およびマスト細胞の重要な増殖を誘導することが発見された(国際公開2019/161494号参照、その内容は参照により組み込まれるものとする)。さらに、この分子は、多数の炎症誘発性遺伝子および抗炎症性遺伝子、ならびにCD201およびCD86を含むいくつかの必須幹細胞マーカー遺伝子の発現を迅速に誘導することも示された。本明細書で同様に考慮される他の関連化合物は、5H-ピリド[4,3-b]インドール誘導体およびピリド[2',3':4,5]ピロロ[2,3-d]ピリミジン誘導体という。それらの化合物は、例えば米国特許第10,647,718号明細書に開示されており、その内容は参照により組み込まれるものとする。
これらの結果により、UM171が広範な抗がん用途を有することが可能か否かを決定する研究が促された。
UM171に曝露されたOCI-AML5などの造血細胞株は、6時間以内に400超の遺伝子をアップレギュレートし、抑制された遺伝子は12個未満である。遺伝子のアップレギュレーションに対するこのほぼ排他的な効果により、この分子によって標的化される潜在的な転写抑制因子が指摘された。様々なUM171の用量にわたり2つの異なる細胞株においてCRISPRスクリーニングを行ったところ(図1)、十分には特徴づけられていないKelch-BTBドメインタンパク質KBTBD4がUM171表現型のサプレッサーであり、転写コリプレッサーRCOR1またはCoRESTが強力なエンハンサーであることが明らかになった(図1および3A)。
KBTBD4の機能は現在不明であるが、Kelch BTBドメインタンパク質が、CULLIN3-RINGユビキチンリガーゼ(CRL3複合体)とその基質とを架橋し(Genschik et al., 2013, EMBO J, 32:2307~2320)、それによってタンパク質分解のためのタンパク質標的化において特異性を規定することが知られている。この知見に一致して、CRL3複合体のいくつかのコアおよび重要な構成要素、すなわちCULLIN3自体およびその必須調節因子Cullin関連NEDD8解離タンパク質1(CAND1)が、異なるCRISPRスクリーニングにおいてUM171の強力なサプレッサーであった(図1D)。
BirA-KBTBD4近接標識の指向性質量分析でも、CRL3のいくつかの構成要素またはCULLIN3、CSN4、UBC12およびKELCHドメイン指向性HSP90アダプタNUDCD3などの関連タンパク質が容易に特定された(図2D)。最も興味深いのは、RCOR1およびそれに関連するリジン脱メチル化酵素1A(KDM1AまたはLSD1)もこれらの実験において特定されたことである(図2D)。これらの結果に基づくと、UM171は、LSD1-RCOR1 CoRESTリプレッサー複合体を標的とする新規CLR3KBTBD4複合体をプロテアソーム分解のために活性化し、ヒストン修飾および主要幹細胞遺伝子のアップレギュレーションをもたらすことが示される(図2E)。
ヒストン3リジン27アセチル化(H3K27ac)マークがUM171への曝露時に急速に増強されること、およびこのエピジェネティックマークに対するUM171の急速な影響に対するKBTBD4の必須の役割が示されている(図2C上段パネルならびに図3Bおよび図4)。同様に、ヒストン3リジン4ジメチル化(H3K4me2)は、UM171処理によって増強され、KBTBD4に依存することが示された(図2C下段パネル)。同様に、UM171によって誘導されるCD201とCD86の発現は、KBTBD4に依存する(図2D上段左パネルおよび右パネル最初の4列ならびに図3C~Gを比較)。RCOR1複合体の2つのコアメンバーであるHDACおよびLSD1の阻害剤が、KBTBD4に左右されずCD201およびCD86の発現を誘導したことが提案される(図2D上段左および右パネル最後の4列ならびに図3H)。RCOR1がKBTBD4の下流側にあることに一致して、RCOR1レベルを実験的に減少させると、CD201およびCD86の両方がUM171によって強く誘導されることが実証されている(図2D下段パネル最初の4列および図3G~H)。
さらに、RCOR1レベルの減少により、CD201およびCD86発現に対するHDACまたはLSD阻害剤の影響はさらに高まる(図2D下段パネル最後の4列)。初代臍帯血細胞においてははるかに顕著である、これらの2つのマーカーの発現におけるわずかな増加が、shRCOR1では自然発生的に観察される(図2D下段パネル最初の2列)。これは、処理した細胞におけるCD201およびCD86のアップレギュレーションを最終的にもたらす、UM171、KBTBD4およびRCOR1の間の上位性相互作用を裏付けるものである(図2B)。
このモデルに対する更なる裏付けとして、UM171によるCD201およびCD86の誘導は、KBTBD4に、この遺伝子を欠くようにCRISPR/Cas9によって操作したOCI-AML1細胞では厳密に依存しており(図2EのsgKBTBD4パネルを参照し、対照sgAAVS1パネルおよび図5と比較されたい)、BTBもKELCH欠失ドメイン変異体もこれらの表現型をレスキューしないことが示されている(図2Eおよび図5)。
これらの結果を初代CD34+ヒト臍帯血細胞で検証したところ、UM171に曝露したCD34+CD201+造血幹/前駆細胞(HSPC)において、H3K27acおよびH3K4me2活性化マークの両方のレベルがより高いことが示された(図6A)。他者によって報告されたように(Broxmeyer, 2014, J Clin Invest, 124:2365-2368)、HDACまたはLSD1阻害剤による処理はin vitroでのHSPC増幅およびin vivoでの生着の改善をもたらし、CD34+CD201+を含むいくつかの原始亜集団における表現型は、UM171と共通している(図6B~C、図7A、図8A)。したがって、LSD1i処理細胞においてUM171に対する感作が提供される(図8C)。次に、異なるHDAC阻害剤を、短期(3週間)および長期(26週間)のin vivo実験の両方で試験し、免疫不全マウスにおいて強固なヒト生着を提供する際、UM171と同等であることを見出した(図7B)。これと一致して、UM171が媒介するCD34+CD201+HSPC表現型は、BRDドメインタンパク質とアセチル化ヒストンとの相互作用を妨げる化合物であるiBETによって消失し、これは、HSC増殖およびUM171活性におけるこのマークの重要性をさらに強調する(図9)。
LSD1は、LSD1、CoRESTおよびHDAC1/2で構成されるコリプレッサー複合体のメンバーである。この複合体は、おそらくLSD1(H3K4me1/2脱メチル化酵素)およびHDAC1/2(例えば、H3K27ac脱アセチル化酵素)の活性を結合させることにより、造幹細胞および前駆細胞の転写遺伝子シグネチャを抑制する。最近の研究により、CoREST(またはRCOR1)は2つの酵素が両端に位置する2葉構造、つまりシス活性化または阻害のために広範なクロストークが可能であるコンフォーメーションを有することが示された。そのため、LSD1阻害は、ある程度のHDAC1/2阻害と関連しており、その逆もまた然りである。注目すべきは、HDAC阻害剤、特にバルプロ酸などのクラスI HDAC(HDAC1/2を含む)を阻害するものは、ヒトHSCのex vivoでの機能不全をある程度まで回復させ得ることである。
図2Bで提示された仮説と一致して、RCOR1またはLSD1レベルの減少(図10)は、原始的なCD34+CD201+HSPC上のUM171表現型を模倣すること(図6D「-UM171」と表示された中央パネルおよび図8B)、および、KBTBD4はUM171誘導HSPC表現型に必須であること(図6D「+UM171」と表示された右パネルおよび図8D)がさらに示されている。最も興味深いことに、KBTBD4の過剰発現は、UM171処理で見られるCD34+CD201+表現型を、相対および絶対細胞数の両方において強く増強する(図6Eおよび図8B)。しかしながら、それ自体では、KBTBD4の過剰発現は、低用量のUM171への曝露を部分的にしか模倣できず(図6Eのパネル2(高KBTBD4、UM171なし)と、パネル5(5nM UM171)およびパネル1(UM171なし)を比較)、これは、KBTBD4の完全活性化は、UM171処理の結果として起こり得、このタンパク質のレベルは所定用量のUM171に対して限定的であることを示す可能性がある。これは、最適化されたレベルのUM171(35nM)に曝露された一方で様々な範囲のKBTBD4レベルに曝露された細胞を比較したときに最もよく観察され(図6Eのパネル10(高KBTBD4)に対してパネル9(通常KBTBD4)を比較)、UM171処理HSPCのCD34+CD201+絶対数にも反映される(図6F、下段パネル)。
要約すると、またCD34+CD201+絶対細胞数に着目すると、shRCOR1またはshLSD1はUM171の影響を少なくとも部分的に模倣することが可能であり、shKBTBD4がUM171誘導HSPC表現型を完全に抑止することが明らかにされている(図6F、上段パネルおよび図8B上段パネル参照)。しかしながら、より高いレベルのKBTBD4のみが、CD34+CD201+絶対細胞数をさらに改善できており、UM171によって誘導されるHSC増殖を改善するための制限因子であることを示した。
LSD1(CoREST複合体におけるRCOR1のパートナー)の化学的阻害により、KBTBD4には依存せずにCD201およびCD86の表面発現が誘導されることを示す。
KBTBD4と報告されたRCOR1-HDAC1/2-LSD1複合体の間の上位性関係をさらに理解するために、KBTBD4を高レベルで発現するように操作したAML1細胞においてRCOR1レベルが減少することと、Kelch(基質結合)およびBTB(CUL3結合)ドメインの両方が必須であることがまず実証された(図11A)。さらに、UM171処理は、KBTBD4依存的にRCOR1(図11Bおよび図12)、LSD1およびHDAC2タンパク質レベルの重要な減少を引き起こす(図11B、第3および第4レーンならびに下段のグラフ)。この効果は、プロテアソーム阻害剤MG132の存在下では減少する(図11B、レーン5~8、および図12A)。UM171処理細胞ではCULLIN3のNEDD化(活性化)は正常であるように見えるが(図11C、第2レーンのCUL3NEDD8と表示されたバンド参照)、NEDD化阻害剤MLN2494に曝露した場合UM171処理細胞でRCOR1レベルが正常であり、CUL3活性化がRCOR1減少に必要なことを示す点は注目すべきである(図11C、レーン4)。さらに、NEDD化依存性交換体CAND1およびkelchコシャペロンNUDCD3が、UM171誘導性のRCOR1減少に必須であることが実証された(図11Dにおいて、レーン5(shLuc)対レーン6(shKBTBD4)、レーン7(shNUDCD3)およびレーン8(shCAND1)におけるRCOR1レベル、ならびに下段グラフの定量化を比較)。CRISPRスクリーニングで見出されたCUL3、CAND1およびNUDCD3は、UM171誘導性のRCOR1タンパク質の減少(図11D)およびCD201およびCD86発現の誘導(図11E~F)に実際に必要である。NUDCD3コシャペロンとKelchドメインタンパク質との間の関連は、以前に確立されている(Taipale et al., 2014, Cell, 158:434-448)。sgRNAまたはshRNAのいずれかによるNUDCD3の減少が、KBTBD4タンパク質レベルの減少をもたらし(図13A-B)、KBTBD4の機能獲得が、NUDCD3非存在下でのUM171誘導性のCD201およびCD86発現を一部レスキューすることが示される(図13C-D)。一貫して、KBTBD4ヌルコンテキストでの観察と同様に、HDACおよびLSD1阻害の両方が、低レベルのNUDCD3またはCULLIN3を発現するように操作した細胞においてCD201発現を回復させる(図14)。
要約すると、UM171 CRISPRに基づくスクリーニングおよびBioID指向性プロテオミクスを使用して、RCOR1タンパク質の減少を引き起こすこれまでに特徴づけられていないKBTBD4アダプタを使用する新規のCRL3複合体を提供する。これは次に、クロマチン結合LSD1-RCOR1-HDACエピジェネティックモディファイアの下流調節を通じて、CD201およびCD86を含むいくつかのHSC必須遺伝子のアップレギュレーションを促進し(図11B)、おそらくUM171処理とHDACまたはLSD1阻害剤への曝露の相関関係を説明する。
精製したヒトCD34+細胞を用いると、UM171処理は、4時間以内にRCOR1およびLSD1レベルを減少させる。HDAC2レベルは、この時点では、これらの細胞においてあまり影響を受けなかった(図15A)。重要なことは、MG132の共処理により、LSD1およびRCOR1タンパク質の減少が消失することである(図15A)。さらに、CD34+細胞で得られた結果と一致して、LSD1、RCOR1および今回のHDAC2のレベルは、UM171曝露により急速に減少したことが実証されている(図15Bレーン3)。
これらの結果を合わせると、UM171はKBTBD4を介して機能し、CoRESTメンバーの分解を急速に(4時間以内に)誘導することが証明される。
以下の表1に見られるように、UM171および変異体(UM681)を試験して、様々ながん細胞株における細胞増殖の阻害におけるそれらの能力を評価した。
Figure 2023506215000007
UM134およびUM681は、以下の構造を有する。
Figure 2023506215000008
さらに、表2に見られるように、UM171および2つの変異体(UM681とUM134)の抗悪性腫瘍効果は、患者由来のがん性サンプル(急性骨髄性白血病または「AML」サンプル)においても実証される。
Figure 2023506215000009
本明細書で実証されるように、UM171およびその誘導体は、CULLIN3-RINGユビキチンリガーゼ複合体(本明細書に記載されるCRL3複合体)を活性化する。CRL3/KBTBD4複合体は、通常RCOR1/LSD1およびHDAC2複合体の足場タンパク質として作用するRCOR1を分解し、0041はUM171の存在下で解離する。
従って、本明細書で定義される一般式Iの化合物:
Figure 2023506215000010

またはその塩もしくはプロドラッグの投与後に、対象のがんを治療する方法であって、
式中:
各Yは、独立してNおよびCHから選択され;
Zは-CN;-C(O)OR1;-C(O)N(R1)R3;-C(O)R1;または-1つもしくは複数のRAもしくはR4置換基で任意に置換されたヘテロアリールであり、ここで、(R1)およびR3が窒素原子に結合している場合、それらは任意に窒素原子と結合して、N、OおよびSから選択される1つまたは複数の他のヘテロ原子を任意に含む3~7員環を形成し、該環は1つまたは複数のRAまたはR4で任意に置換され;
Wは-CN;-N(R1)R3;-C(O)OR1;-C(O)N(R1)R3;-NR1C(O)R1:-NR1C(O)OR1;-OC(O)N(R1)R3;-OC(O)R1;-C(O)R1;-NR1C(O)N(R1)R3;-NR1S(O)R1;1つ、2つもしくは3つのRAもしくはR1置換基で任意に置換された-ベンジル;-X-L-(X-L)n;-N(R1)R3;Lおよびヘテロアリール基のいずれかもしくは両方に結合した1つもしくは複数のRAもしくはR4置換基で任意に置換された-X-L-(X-L)n-ヘテロアリール;Lおよびヘテロシクリル基のいずれかもしくは両方に結合した1つもしくは複数のRAもしくはR4置換基で任意に置換された-X-L-(X-L)n-ヘテロシクリル;1つもしくは複数のRAもしくはR4置換基で任意に置換された-X-L-(X-L)n-アリール;-X-L-(X-L)-NR1RA、または-(N(R1)-L)-NR1R3R5R6であり、ここで、nは0、1、2、3、4、または5のいずれかに等しい整数であり、
さらに、R1およびR3が窒素原子に結合している場合、それらは任意に窒素原子と結合して、N、OおよびSから選択される1つまたは複数の他のヘテロ原子を任意に含む3~7員環を形成し、該環は1つまたは複数のRAまたはR4で任意に置換され;
各Xは、独立してC、O、SおよびNR1から選択され;
Lは、それぞれ独立して-C1-6アルキレン;-C2-6アルケニレン;-C2-6アルキニレン;N、OおよびSから選択される1つもしくは複数の他のヘテロ原子を任意に含む-C3-7シクロアルキレン;または-N、OおよびSから選択される1つもしくは複数の他のヘテロ原子を任意に含む-C3-7シクロアルケニレンであり、ここで、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、シクロアルキレンおよびシクロアルケニレン基は、それぞれ独立して、1つまたは2つのR4またはRA置換基で任意に置換され;
R1は、それぞれ独立して-H;-C1-6アルキル;-C2-6アルケニル;-C2-6アルキニル;-C3-7シクロアルキル;-C3-7シクロアルケニル;-C1-5ペルフルオロ化;-ヘテロシクリル;-アリール;-ヘテロアリール;または-ベンジルであり、ここで、アルキル、アルケニル、アルキニル、シクロアルケニル、ペルフルオロ化アルキル、ヘテロシクリル、アリール、ヘテロアリールおよびベンジル基は、それぞれ独立して、1つ、2つまたは3つのRAまたはRd置換基で任意に置換され;
R2は-H;さらに1つのRA置換基で任意に置換された-C1-6アルキル;-C(O)R4;1つもしくは複数のRAもしくはR4置換基で任意に置換された-L-ヘテロアリール;1つもしくは複数のRAもしくはR4で任意に置換された-L-ヘテロシクリル;または1つもしくは複数のRAもしくはR4置換基で任意に置換された-L-アリールであり;
R3はそれぞれ独立して-H;-C1-6アルキル;-C2-6アルケニル;-C2-6アルキニル;-C3-7シクロアルキル;-C3-7シクロアルケニル;-C1-5ペルフルオロ化;-ヘテロシクリル;-アリール;-ヘテロアリール;または-ベンジルであり、ここで、アルキル、アルケニル、アルキニル、シクロアルキル、シクロアルケニル、ペルフルオロ化アルキル、ヘテロシクリル、アリール、ヘテロアリールおよびベンジル基は、それぞれ独立して、1つ、2つまたは3つのRAまたはRd置換基で任意に置換され、
R4は、それぞれ独立して-H;-C1-6アルキル;-C2-6アルケニル;-C2-6アルキニル;-C3-7シクロアルキル;-C3-7シクロアルケニル;-C1-5ペルフルオロ化;-ヘテロシクリル;-アリール;-ヘテロアリール;または-ベンジルであり;ここで、アルキル、アルケニル、アルキニル、シクロアルキル、シクロアルケニル、ペルフルオロ化アルキル、ヘテロシクリル、アリール、ヘテロアリールおよびベンジル基は、それぞれ独立して、1つ、2つまたは3つのRAまたはRd置換基で任意に置換され;
R5は、それぞれ独立して-C1-6アルキル;N、OおよびSから選択される1つもしくは複数の他のヘテロ原子を任意に含む-C1-6アルキレン-C2-6アルケニル;N、OおよびSから選択される1つもしくは複数の他のヘテロ原子を任意に含む-C1-6アルキレン-C2-6アルキニル;1つもしくは複数のRAもしくはR4置換基を任意に含む-L-アリール;1つもしくは複数のRAもしくはR4置換基を任意に含む-L-ヘテロアリール;-C1-6アルキレン-C(O)O-;-C1-6アルキレン-C(O)OR1;-C1-6アルキレン-CN;-C1-6アルキレン-C(O)NR1R3(ここで、R1およびR3は、任意に窒素原子と結合して、N、OおよびSから選択される1つもしくは複数の他のヘテロ原子を任意に含む3~7員環を形成する);または-C1-6アルキレン-OHであり;
R6は-ハロゲン;-OC(O)CF3;または-OC(O)R1であり;
RAは、それぞれ独立して-ハロゲン;-CF;-OR1;-L-OR1;-OCF;-SR1;-CN;-NO;-NR1R3;-L-NR1R1;-C(O)OR1;-S(O)R4;-C(O)N(R1)R3;-NR1C(O)R1;-NR1C(O)OR1;-OC(O)N(R1)R3;-OC(O)R1;-C(O)R4;-NHC(O)N(R1)R3;-NR1C(O)N(R1)R3;または-Nであり;
Rdはそれぞれ独立して-H;-C1-6アルキル;-C2-6アルケニル;-C2-6アルキニル;-C3-7シクロアルキル;-C3-7シクロアルケニル;-C1-5ペルフルオロ化;-ベンジル;または-ヘテロシクリルである、方法が包含される。
一実施形態では、化合物は、式:
Figure 2023506215000011

を有する。
一実施形態において、m個の置換基Zを含む本明細書の任意の式において、mは、1または2の整数である。
一実施形態において、Zは、-C(O)OR1、または1つもしくは複数のRAもしくはR1置換基で任意に置換された-ヘテロアリールであり、R2はH、1つもしくは複数のRA置換基で任意に置換された-C1-6アルキル、または1つもしくは複数のRAもしくはR4置換基で任意に置換された-L-アリールであり、Wは-N(R1)R3であり、ここでR1はRAで置換されたC3-7シクロアルキルであり、R3はHである。
一実施形態において、Zは-C(O)O-C1-4アルキルまたは5員環ヘテロアリールであり、該ヘテロアリールは2~4個のヘテロ原子(NもしくはO)を含み、R2はH、またはハロゲン、OR1で任意に置換された-L-アリール、RA、C(O)R4で任意に置換されたC1-6アルキル、-へテロシクリル、C(O)OR4またはC2-6アルキニルであり、Wは-N(R1)R3であり、ここでR1はRAで置換されたシクロヘキシルであり、R3はHである。
別の実施形態に従えば、
ZはCOMeまたは2-メチル-2H-テトラゾール-5-イルであり;
R2はベンジルまたはHであり;
WはNH-L-N(R1)R3であり、ここでLはC2-4アルキレンまたはC3-7シクロアルキレンであり、R1およびR3はC1-4アルキルもしくはHであるか;またはR1およびR3は、それらが結合している窒素原子と結合して、N、OおよびSから選択される1つもしくは複数の他のヘテロ原子を任意に含む3~7員環を形成し、該環は1つもしくは複数のRAもしくはR4で任意に置換されたものである。
別の実施形態に従えば、
Zは、-C(O)O-C1-4アルキルまたは5員環ヘテロアリールであり、該ヘテロアリールは2~4個のヘテロ原子(NもしくはO)または6個の炭素原子を含むアリールを含み;
R2は、=H、またはハロゲン、OR1で任意に置換された-CH-アリール、RA、C(O)R4によって任意に置換されたC1-6アルキル、-ヘテロシクリル、C(O)OR4またはC2-6アルキニルであり、ここでアリールはフェニルであるか;またはR2は1つもしくは複数のRAもしくはR4置換基によって任意に置換された-C1-6アルキレン-ヘテロアリールもしくは-C1-6アルキレン-アリールであり;
Wは-X-L-(X-L)n-N(R1)R3、X=NR1(ここでR1はHもしくはC1-6アルキル(メチルなど)であり、n=0であり、(R1)およびR3は窒素原子に結合して3~7員環(ピペリジニルもしくはピロリジニル環など)を形成し、Lは-C1-6アルキレン(プロピルもしくはエチル鎖など)である)であるか、またはW=-X-L-(X-L)n-NR1RA、X=NR1(ここでR1はHもしくはC1-6アルキル(メチルなど)であり、n=0であり、R1およびRA=それぞれ-H、もしくは-C1-6アルキル(R1について)であり、RAは本明細書中に記載するとおり、例えば、本明細書の表3に示されるとおりである)である。
別の実施形態に従えば、
Zは、COOMe、COOEt、メチル-テトラゾール、エチル-テトラゾールまたはメチル-オキサジアゾール、チオフェニル、もしくはフェニルであり;
R2は、H、-CH、-CHN(CH、-CH-フェニル、-CHCH-フェニル、-CH-チオフェニル、-CH-ピリジル、CH-シクロヘキシル、-NH-フェニル、-CH(Oベンジル)-フェニル、-CH(OH)-フェニル、-CH(CH)-フェニル、-C(O)-フェニル、CHナフチルであり、1つまたは複数のRAまたはR4置換基で任意に置換され;
Wは-X-L-(X-L)n-N(R1)R3、X=NR1(ここでR1はHもしくはC1-6アルキル(メチルなど)であり、n=0であり、(R1)およびR3は窒素原子に結合して3~7員環(ピペリジニルもしくはピロリジニル環など)を形成し、Lは-C1-6アルキレン(プロピルもしくはエチル鎖など)である)であるか、またはW=-X-L-(X-L)n-NR1RA、X=NR1(ここでR1はHもしくはC1-6アルキル(メチルなど)であり、n=0であり、R1およびRA=それぞれ-H、もしくは-C1-6アルキル(R1について)であり、RAは本明細書に記載するとおり、例えば、本明細書の表3に示されるとおりである)であり、特にW=
Figure 2023506215000012

である。
一実施形態において、Zは、-C(O)O-C1-4アルキルまたは5員環ヘテロアリールであり、該ヘテロアリールは2~4個のヘテロ原子(NもしくはO)もしくは6個の炭素原子を含むアリールを含む。
一実施形態において、Zは、COOMe、COOEt、メチル-テトラゾール、エチル-テトラゾールまたはメチル-オキサジアゾール、チオフェニル、もしくはフェニルである。
一実施形態において、Zは、COOMe、COOEt、テトラゾールまたはオキサジアゾールである。
一実施形態において、R2は、=H、またはハロゲン、OR1で任意に置換された-CH-アリール、RA、C(O)R4で任意に置換されたC1-6アルキル、-ヘテロシクリル、C(O)OR4またはC2-6アルキニルであり、ここで、アリールはフェニルである。
一実施形態において、R2は、H、-C1-6アルキレン-ヘテロアリールまたは-C1-6アルキレン-アリールであり、1つまたは複数のRAまたはR4置換基で任意に置換される。
一実施形態において、R2は、H、-CH、-CHN(CH、-CH-フェニル、-CHCH-フェニル、-CH-チオフェニル、-CH-ピリジル、CH-シクロヘキシル、-NH-フェニル、-CH(Oベンジル)-フェニル、-CH(OH)-フェニル、-CH(CH)-フェニル、-C(O)-フェニル、CHナフチルであり、1つまたは複数のRAまたはR4置換基で任意に置換される。
別の実施形態に従えば、W=-X-L-(X-L)n-N(R1)R3、X=NR1であり、ここでR1はHまたはC1-6アルキル(メチルなど)であり、n=0であり、(R1)およびR3は窒素原子に結合して3~7員環(ピペリジニルまたはピロリジニル環など)を形成し、Lは-C1-6アルキレン(プロピルまたはエチル鎖など)である。
一実施形態において、W=-X-L-(X-L)n-NR1RA、X=NR1であり、ここでR1はHまたはC1-6アルキル(メチルなど)であり、n=0であり、R1およびRA=それぞれ-Hまたは-C1-6アルキル(R1について)であり、RAは本明細書に記載するとおり、例えば、本明細書の表3に示されるとおりである。
別の実施形態に従えば、化合物は、式Iであり、ここで、Wは
Figure 2023506215000013

である。
本明細書に開示される式Iの化合物(以下に記載する代表的な化合物を含む)は、その調製および特徴を含め、PCT公開番号国際公開第2013/110198号に記載されており、その内容は、以下に見られる合成方法論の項と同様に、参照によりその全体が組み込まれるものとする。
本明細書で使用される場合、用語「アルキル」は、特定の数の炭素原子を有する分枝および直鎖飽和脂肪族炭化水素基の両方を含むことを意図し、例えば、C1-C6アルキルのC1-C6は、直鎖または分枝の飽和配置で1、2、3、4、5または6個の炭素を有する基を含むものとして定義される。上記で定義されたC1-C6アルキルの例としては、メチル、エチル、n-プロピル、i-プロピル、n-ブチル、t-ブチル、i-ブチル、ペンチル、およびヘキシルが挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書で使用される場合、用語「シクロアルキル」は、その中に特定の数の炭素原子を有する単環式飽和脂肪族炭化水素基を意味することを意図し、例えばC3-C7シクロアルキルのC3-C7は、単環式飽和配置で3、4、5、6または7個の炭素を有する基を含むものとして定義される。上記で定義されたC3-C7シクロアルキルの例としては、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシルおよびシクロヘプチルが挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書で使用される場合、用語「アルケニル」は、その中に特定の数の炭素原子を有し、少なくとも2つの炭素原子が二重結合によって互いに結合し、EまたはZ位置化学およびそれらの組み合わせのいずれかを有する不飽和直鎖または分枝鎖炭化水素基を意味することを意図する。例えばC2-C6アルケニルのC2-C6は、直鎖状または分枝状の配置で2、3、4、5または6個の炭素原子を有し、炭素原子の少なくとも2つが二重結合によって互いに結合している基を含むものとして定義される。C2-C6アルケニルの例としては、エテニル(ビニル)、1-プロペニル、2-プロペニル、1-ブテニルなどが挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書で使用される場合、用語「アルキニル」は、その中に特定の数の炭素原子を有し、少なくとも2つの炭素原子が三重結合によって互いに結合している不飽和直鎖炭化水素基を意味することを意図する。例えばC2-C4アルキニルは、鎖中に2、3または4個の炭素原子を有する基を含み、炭素原子の少なくとも2つが三重結合によって互いに結合しているものとして定義される。そのようなアルキニルの例としては、エチニル、1-プロピニル、2-プロピニルなどが挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書で使用される場合、用語「シクロアルケニル」は、その中に特定の数の炭素原子を有する単環式飽和脂肪族炭化水素基を意味することを意図し、例えばC3-C7シクロアルケニルのC3-C7は、単環式配置で3、4、5、6または7個の炭素を有する基を含むものとして定義される。上記で定義されたC3-C7シクロアルケニルの例としては、シクロペンテニル、シクロヘキセニルなどが挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書で使用される場合、用語「ハロ」または「ハロゲン」は、フッ素、塩素、臭素またはヨウ素を意味することを意図する。
本明細書で使用される場合、用語「ハロアルキル」は、各水素原子がハロゲン原子で連続的に置換されていてもよい、上記で定義したアルキルを意味することを意図する。ハロアルキルの例としては、CHF、CHFおよびCFが挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書で使用される場合、用語「アリール」は、単独でまたは別のラジカルと併せて、芳香族、飽和または不飽和であってもよい第2の5員または6員炭素環式基とさらに縮合していてもよい6個の炭素原子を含む炭素環式芳香族単環式基を意味する。アリールの例としては、フェニル、インダニル、1-ナフチル、2-ナフチル、テトラヒドロナフチルなどが挙げられるが、これらに限定されない。アリールは、シクロアルキル環上または芳香環上のいずれかの適当な位置で別の基と連結されていてもよい。
本明細書で使用される場合、用語「ヘテロアリール」は、少なくとも1つの環が芳香族であり、O、NおよびSからなる群から選択される1~4個のヘテロ原子を含む最大10原子の単環式または二環式環系を意味することを意図する。ヘテロアリールは環炭素原子またはヘテロ原子の1つを介して結合されてもよい。ヘテロアリールの例としては、チエニル、ベンズイミダゾリル、ベンゾ[b]チエニル、フリル、ベンゾフラニル、ピラニル、イソベンゾフラニル、クロメニル、キサンセニル、2H-ピロリル、ピロリル、イミダゾリル、ピラゾリル、ピリジル、ピラジニル、ピリミジニル、ピリダジニル、インドリジニル、イソインドリル、3H-インドリル、インドリル、インダゾリル、プリニル、4H-キノリズニル、イソキノリル、キノリル、フタラジニル、ナフチリジニル、キノキサリニル、キナゾリニル、シノリニル、プテリジニル、イソチアゾリル、イソクロマンニル、クロマンニル、イソキサゾリル、フラザニル、インドリニル、イソインドリニル、チアゾロ[4,5-b]-ピリジン、テトラゾリル、オキサジアゾリル、チアジアゾリル、チエニル、ピリミド-インドリル、ピリド-インドリル、ピリド-ピロロ-ピリミジニル、ピロロ-ジピリジニルおよびフルオロセイン誘導体が挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書で使用される場合、用語「複素環」、「複素環状の」または「ヘテロシクリル」は、O、NおよびSからなる群から選択される1~4個のヘテロ原子を含む3、4、5、6または7員の非芳香環系を意味することを意図する。複素環の例としては、ピロリジニル、テトラヒドロフラニル、ピペリジル、3,5-ジメチルピペリジル、ピロリニル、ピペラジニル、イミダゾリジニル、モルホリニル、イミダゾリニル、ピラゾリジニル、ピラゾリニル、テトラヒドロ-1H-チエノ[3,4-d]イミダゾール-2(3H)-オン、ジアジリニルなどが挙げられるが、これらに限定されず、環への結合は、以下に述べるような環の窒素原子または炭素原子のいずれにおいても可能である。
Figure 2023506215000014
本明細書で使用される場合、用語「1つもしくは複数の置換基で任意に置換された」またはそれと同等の用語「少なくとも1つの置換基で任意に置換された」は、その後に記載される状況の事象が発生してもしなくてもよく、その記載にはその事象または状況が発生する例としない例が含まれることを意味することを意図する。この定義は、0から5個の置換基を意味することを意図する。
本明細書で使用される場合、用語「対象」または「患者」は、ヒトおよび霊長類、ネコ、イヌ、ブタ、ウシ、ヒツジ、ヤギ、ウマ、ウサギ、ラット、マウスなどの非ヒト哺乳類を意味することを意図する。
置換基自体が本明細書に記載の合成方法に適合しない場合、置換基は、これらの方法で用いられる反応条件に対して安定的である適切な保護基(PG)で保護されていてもよい。保護基は、所望の中間体または標的化合物を提供するために、本方法の一連の反応の適切な時点で除去されてもよい。適切な保護基ならびにそのような適切な保護基を使用して異なる置換基を保護および脱保護する方法は、当業者にとって周知であり;その例は、T. Greene and P. Wuts, "Protecting Groups in Chemical Synthesis" (4th ed.), John Wiley & Sons, NY (2007)に見出すことができ、これは参照によりその全体がここに組み込まれるものとする。全体を通して使用される保護基の例としては、Fmoc、Bn、Boc、CBzおよびCOCFが挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの例において、置換基は、本明細書に記載される方法で使用される反応条件下で反応性が高いように特異的に選択されてもよい。これらの状況下で、反応条件は、選択された置換基を、本明細書に記載の方法における中間化合物において有用であるか、または標的化合物における所望の置換基である、別の置換基へと変換される。
本明細書で使用される場合、用語「薬学的に許容される塩」は、酸および塩基付加塩の両方を意味することを意図する。
本明細書で使用される場合、用語「薬学的に許容される酸付加塩」は、遊離塩基の生物学的有効性および特性を保持し、生物学的にも他の点でも望ましくないものではなく、塩酸、臭化水素酸、硫酸、硝酸、リン酸などの無機酸、および酢酸、トリフルオロ酢酸、プロピオン酸、グリコール酸、ピルビン酸、シュウ酸、マレイン酸、マロン酸、コハク酸、フマル酸、酒石酸、クエン酸、安息香酸、ケイ皮酸、マンデル酸、メタンスルホン酸、エタンスルホン酸、p-トルエンスルホン酸、サリチル酸などの有機酸で形成される塩を意味することを意図する。
本明細書で使用される場合、用語「薬学的に許容される塩基付加塩」は、遊離酸の生物学的有効性および特性を保持し、生物学的にもその他の点でも望ましくないものではない塩を意味することを意図する。これらの塩は、遊離酸への無機塩基または有機塩基の添加により調製される。無機塩基から誘導される塩としては、ナトリウム、カリウム、リチウム、アンモニウム、カルシウム、マグネシウム、鉄、亜鉛、銅、マンガン、アルミニウム塩等が挙げられるが、これらに限定されない。有機塩基から誘導される塩としては、イソプロピルアミン、トリメチルアミン、ジエチルアミン、トリエチルアミン、トリプロピルアミン、エタノールアミン、2-ジメチルアミノエタノール、2-ジエチルアミノエタノール、ジシクロヘキシルアミン、リジン、アルギニン、ヒスチジン、カフェイン、プロカイン、ヒドラバミン、コリン、ベタイン、エチレンジアミン、グルコサミン、メチルグルカミン、テオブロミン、プリン、ピペラジン、ピペリジン、N-エチルピペリジン、ポリアミン樹脂などの、第1級、第2級、第3級アミン、天然に存在する置換アミンを含む置換アミン、環状アミンおよび塩基性イオン交換樹脂の塩が挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書に包含される化合物またはその薬学的に許容される塩は、1つもしくは複数の不斉中心、キラル軸およびキラル平面を含むことができ、したがって、エナンチオマー、ジアステレオマーおよび他の立体異性形態を生じさせることができ、絶対立体化学、例えば(R)-または(S)-またはアミノ酸では(D)-もしくは(L)-の観点から定義され得る。本明細書は、そのようなすべての可能な異性体、ならびにそれらのラセミ体形態および光学的に純粋な形態を含むことを意図する。光学活性(+)および(-)の、(R)-および(S)-または(D)および(L)-異性体は、キラルシントンまたはキラル試薬を用いて調製してもよく、逆相HPLCなどの従来技術を用いて分離してもよい。ラセミ混合物を調製し、その後、個々の光学異性体に分離してもよいし、これらの光学異性体をキラル合成により調製してもよい。エナンチオマーは、当業者に既知の方法、例えば、結晶化、ガス液体または液体クロマトグラフィー、1つのエナンチオマーとエナンチオマー特異的試薬との選択的反応によってその後分離され得るジアステレオ異性塩を形成することによって分離してもよい。また、当業者には、所望のエナンチオマーが分離技術によって別の化学実体に変換される場合、所望のエナンチオマー形態を形成するために追加の工程が必要であることが理解されるであろう。あるいは、特異的なエナンチオマーは、光学活性試薬、基質、触媒、もしくは溶媒を用いた不斉合成によって、または不斉変換によって1つのエナンチオマーを別のものに変換することによって合成されうる。
本明細書に包含されるある化合物は、エピマーの混合物として存在してもよい。エピマーとは、それぞれの化合物中に存在する2つ以上の不斉中心のうち1つのみにおいて反対の立体配置を有するジアステレオ異性体を意味する。
本明細書に包含される化合物は、双性イオン形態で存在してもよく、本明細書は、これらの化合物の双性イオン形態およびその混合物を含む。
さらに、本明細書に包含される化合物はまた、水和物および無水物形態で存在してもよい。本明細書に記載される任意の式の化合物の水和物が含まれる。さらなる実施形態では、本明細書に記載される任意の式の化合物は、一水和物である。実施形態において、本明細書に記載の化合物は、約10重量%以下、約9重量%以下、約8重量%以下、約7重量%以下、約6重量%以下、約5重量%以下、約4重量%以下、約3重量%以下、約2重量%以下、約1重量%以下、約0.5重量%以下、約0.1重量%の水を含む。他の実施形態では、本明細書に記載の化合物は、約0.1重量%以上、約0.5重量%以上、約1重量%以上、約2重量%以上、約3重量%以上、約4重量%以上、約5重量%以上、または約6重量%の水を含む。
プロドラッグの形態で化合物を調製、精製、および/または取り扱うことが便利または望ましい場合がある。したがって、本明細書で使用される場合、用語「プロドラッグ」は、代謝されると(例えばin vivoで)所望の活性化合物をもたらす化合物に関係する。典型的には、プロドラッグは不活性であるか、または所望の活性化合物よりも活性が低いが、有利な取り扱い、投与、または代謝特性を提供し得る。特に指定しない限り、特定の化合物への言及はまた、そのプロドラッグも含む。
一実施形態では、本明細書に定義される化合物またはその薬学的に許容される塩は、1つまたは複数の薬学的に許容される担体と関連付けて提供される。
多くの薬学的に許容される担体が、当技術分野で知られている。薬学的に許容される担体は、製剤の他の成分と適合し、それを必要とする対象によって許容されなければならないことが、当業者には理解されるであろう。薬学的組成物は、薬学的に有用な組成物を調製するための既知の方法に従って製剤化することが可能である。担体は、当業者に周知であり容易に入手可能な多数の資料に記載されている。
各担体の割合は、薬剤の溶解度および化学的性質、投与経路、ならびに標準的な薬務によって決定される。
投与の一貫性を保証するために、実施形態では、医薬組成物は単位用量の形態であってよい。
化合物または組成物は、図17Bに例証するように、薬学的に許容される担体を含む錠剤、カプセル、または顆粒などの固体経口組成物/剤形で、経口投与用であってもよい。また、化合物または組成物は、舌下投与用であってもよい。
固形経口組成物/剤形は、混合、充填、打錠等の定法により調製し得る。担体を利用するそれらの組成物全体に活性剤を分布させるために、繰り返しの混合操作を使用してもよい。そのような操作は、当然、当技術分野で慣習である。
固体経口組成物/剤形は、通常の薬務において周知である方法に従って、特に腸溶性コーティングでコーティングされてもよい。
経口液体製剤は、乳剤、シロップ、またはエリキシルの形態であってもよく、または使用前に水もしくは他の適切な溶媒と再構成するために乾燥製品として提示されてもよい。このような液体製剤は、従来の添加物を含んでも含まなくてもよい。
化合物または組成物は非経口注射用であってもよく;これは筋肉内、静脈内(図16および図17Aに例証)、または皮下である。
非経口投与のために、化合物または組成物は、任意に溶質、例えば溶液を等張にするのに十分な生理食塩水またはグルコースを含む、無菌溶液の形態で使用されてもよい。非経口注射用の化合物または組成物は、化合物および無菌溶媒を利用して調製してもよく、利用する濃度に応じて、化合物は溶媒中に懸濁または溶解されていてもよい。溶液になったら、化合物を注入し、適切なバイアルまたはアンプルに充填する前にフィルター滅菌し、続いてキャリアまたは貯蔵パッケージを密封してもよい。
一実施形態において、前記化合物または前記化合物を含む医薬組成物は、さらに、少なくとも1つの追加の活性成分と併せて使用することが可能である。
本明細書に包含される化合物が、経口、静脈内、または皮下投与されることが包含される。
式Iの化合物を用いた増殖後に得られた臍帯血移植片の移植後に、対象においてがんを治療する方法も包含される。
特定の実施形態において、式Iの化合物は、以下の構造;
Figure 2023506215000015
のUM171である。
一実施形態では、式Iの化合物は
Figure 2023506215000016
またはその薬学的に許容される塩である。
別の実施形態では、式Iの化合物は、
Figure 2023506215000017
の臭化水素酸塩である。
補足的な実施形態では、式Iの化合物は
Figure 2023506215000018
またはその薬学的に許容される塩である。
本明細書に開示される化合物ピリミド[4,5-B]インドール誘導体は、例えば、米国特許第9,409,906号および同第10,336,747号に従って調製し得る。5H-ピリド[4,3-b]インドール誘導体およびピリド[2’,3’:4,5]ピロロ[2,3-d]ピリミジン誘導体は、例えば米国特許第10,647,718号に従って調製することができ、その内容は参照によりここに組み込まれるものとする。
あるいは、本明細書に開示する代表的な化合物は、以下の化学例に従って調製することが可能である。他の化合物は、異なる出発材料を用いて、同様の条件を用いて調製し得ることは、当業者には明らかであろう。
〔化学的実施例〕
実施例1
Figure 2023506215000019
9-メチル-4-(メチル(3-(ピペリジン-1-イル)プロピル)アミノ)-9H-ピリミド[4,5-b]インドール-7-カルボン酸メチル
中間体1A
Figure 2023506215000020
4-クロロ-9-メチル-9H-ピリミド[4,5-b]インドール-7-カルボン酸メチル
100mL丸底フラスコの中で、トルエン(35mL)に4-クロロ-9H-ピリミド[4,5-b]インドール-7-カルボン酸メチル(0.1g、0.382mmol)およびN,N-ジメチルホルムアミドジメチルアセタール(0.297mL、2.217mmol)を加えて黄褐色懸濁液を得た。110℃まで17時間加熱した。反応混合物を20℃に冷却し、濃縮乾固して94mgを黄褐色固体として得た。残渣をISCO(RediSep12gカラム、CHCl/EtOAcで溶出)で精製して、4-クロロ-9-メチル-9H-ピリミド[4,5-b]インドール-7-カルボン酸メチル(53mg、0.192mmol、収率50.3%)を白色固体として得た。1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ ppm 3.96 (s, 3 H) 4.03 (s, 3 H) 8.08 (dd, J=8.2, 1.6 Hz, 1 H) 8.39 (dd, J=1.6, 0.8 Hz, 1 H) 8.46 (dd, J=8.2, 0.8 Hz, 1 H) 8.93 (s, 1 H). LCMS m/z 276.0 (M+H)+.
実施例1
Figure 2023506215000021
9-メチル-4-(メチル(3-(ピペリジン-1-イル)プロピル)アミノ)-9H-ピリミド[4,5-b]インドール-7-カルボン酸メチル
マイクロ波バイアルの中で、メタノール(0.76mL)に4-クロロ-9-メチル-9H-ピリミド[4,5-b]インドール-7-カルボン酸メチル(0.02g、0.073mmol)、N-メチル-3-(ピペリジン-1-イル)プロパン-1-アミン(0.024g、0.109mmol)およびトリエチルアミン(0.020mL、0.145mmol)を加えて黄褐色懸濁液を得た。バイアルを密封し、マイクロ波で140℃まで15分間加熱した。反応混合物を濃縮乾固して赤色オイルを得た。残渣をISCO(RediSep4gカラム、CHCl/MeOH/NHOHで溶出)で精製し、9-メチル-4-(メチル(3-(ピペリジン-1-イル)プロピル)アミノ)-9H-ピリミド[4,5-b]インドール-7-カルボン酸メチル(21mg、0.053mmol、収率73.2%)を無色オイルとして得た。1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ ppm 1.13 - 1.33 (m, 6 H) 1.74 - 1.90 (m, 2 H) 2.00 - 2.25 (m, 6 H) 3.29 (s, 3 H) 3.82 (t, J=6.8 Hz, 2 H) 3.91 (s, 3 H) 3.92 (s, 3 H) 7.91 (dd, J=8.6, 1.6 Hz, 1 H) 8.02 (d, J=8.6 Hz, 1 H) 8.19 (d, J=1.6 Hz, 1 H) 8.45 (s, 1 H). HRMS m/z 396.2517 (M+H)+.
実施例2
Figure 2023506215000022
9-メチル-4-((3-(ピペリジン-1-イル)プロピル)アミノ)-9H-ピリミド[4,5-b]インドール-7-カルボン酸メチル
例1に記載の手順に従い、表題化合物を得た。1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ ppm 1.32 - 1.44 (m, 2 H) 1.45 - 1.57 (m, 4 H) 1.76 - 1.91 (m, 2 H) 2.25 - 2.45 (m, 6 H) 3.61 - 3.70 (m, 2 H) 3.89 (s, 3 H) 3.92 (s, 3 H) 7.49 (t, J=5.3 Hz, 1 H) 7.90 (dd, J=8.2, 1.6 Hz, 1 H) 8.19 (d, J=1.6 Hz, 1 H) 8.44 (s, 1 H) 8.46 (d, J=8.2 Hz, 1 H). HRMS m/z 382.2374 (M+H)+.
実施例3
Figure 2023506215000023
4-((4-(ピペリジン-1-イル)ブト-2-イン-1-イル)アミノ)-9H-ピリミド[4,5-b]インドール-7-カルボン酸メチル
中間体3A
Figure 2023506215000024
200mL丸底フラスコの中で、DMF(30.0mL)に1,3-ジオキソインドリン-2-イドカリウム(4.75g、25.6mmol)を加えて、白色懸濁液を得た。1,4-ジクロロブト-2-イン(20.06mL、205mmol)を加えた。褐色懸濁液を100℃に加熱した。2時間後、20℃に冷却した。水(50.0mL)を加え、濃縮乾固して褐色固体を得た。この固体を水(75mL)とCHCl(50mL)の間で分配した。層を分離し、水層をCHCl(50mL)で抽出した。混合性有機層を水(50mL)で洗浄した。有機層をMgSO上で乾燥し、濾過し、濃縮して、6.8gを褐色固体として得た。残渣をISCO(RediSep120gカラム、ヘキサン/CHClで溶出)で精製して、2-(4-クロロブト-2-イン-1-イル)イソインドリン-1,3-ジオン(3.90g、16.69mmol、収率65.1%)を白色固体として得た。1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ ppm 4.44 (t, J=2.0 Hz, 2 H) 4.47 (t, J=2.0 Hz, 2 H) 7.81 - 7.96 (m, 4 H). LCMS m/z 234.0 (M+H)+.
中間体3B
Figure 2023506215000025
100mL丸底フラスコの中で、アセトニトリル(15mL)に2-(4-クロロブト-2-イン-1-イル)イソインドリン-1,3-ジオン(1g、4.28mmol)とピペリジン(0.932mL、9.42mmol)を加えて黄色溶液を得た。80℃に加熱し、得られた懸濁液を16.5時間攪拌した。濃縮乾固してオレンジ色の固体を得た。混合物をCHCl(30mL)と水(20mL)の間で分配した。層を分離した。CHCl(10mL)で水層を抽出した。混合性有機層をMgSO上で乾燥し、濾過し、濃縮して、1.65gをオレンジ色のオイルとして得た。残渣をISCO(RediSep40gカラム、CHCl/EtOAcで溶出)で精製して、2-(4-(ピペリジン-1-イル)ブト-2-イン-1-イル)イソインドリン-1,3-ジオン(752mg、2.66mmol、収率62.2%)を白色の固体として得た。1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ ppm 1.31 (s, 2 H) 1.46 (quin, J=5.7 Hz, 4 H) 2.33 (s, 3 H) 3.18 (s, 2 H) 4.40 (t, J=2.2 Hz, 2 H) 7.84 - 7.89 (m, 2 H) 7.89 - 7.94 (m, 2 H). LCMS m/z 283.2 (M+H)+.
中間体3C
Figure 2023506215000026
50mL丸底フラスコの中で、エタノール(13mL)に2-(4-(ピペリジン-1-イル)ブト-2-イン-1-イル)イソインドリン-1,3-ジオン(0.752g、2.66mmol)およびヒドラジン水和物(0.152mL、2.80mmol)を加えて黄色溶液を得た。3時間加熱還流(約80℃)した後、ヒドラジン水和物(0.043mL、0.799mmol)を加え、加熱還流を1時間続けた。20℃に冷却し、16時間撹拌した。0℃に冷却し、懸濁液を1時間攪拌した。ブフナー漏斗で固体を濾過し、固体を冷エタノール(2×1mL)ですすいだ。濾液を濃縮乾固して615mgを黄色固体として得た。固体をEtO(10mL)に懸濁し、ブフナー漏斗で濾過した。固体をEtO(5mL)ですすいだ。ロータリーエバポレータで濃縮乾固して、4-(ピペリジン-1-イル)ブト-2-イン-1-アミン(315mg、2.069mmol、収率78%)を黄色オイルとして得た。1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ ppm 1.29 - 1.41 (m, 2 H) 1.49 (quin, J=5.6 Hz, 4 H) 2.25 - 2.43 (m, 4 H) 3.16 (t, J=2.1 Hz, 2 H) 3.28 (t, J=2.1 Hz, 2 H). LCMS m/z 153.2 (M+H)+.
実施例3
Figure 2023506215000027
4-クロロ-9H-ピリミド[4,5-b]インドール-7-カルボン酸メチルおよび4-(ピペリジン-1-イル)ブト-2-イン-1-アミンを用いて例1に記載の手順に従って表題化合物を得た。1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ ppm 1.22 - 1.35 (m, 2 H) 1.44 (quin, J=5.4 Hz, 4 H) 2.28 - 2.40 (m, 4 H) 3.17 (br. s., 2 H) 3.90 (s, 3 H) 4.43 (d, J=5.9 Hz, 2 H) 7.81 - 7.89 (m, 2 H) 8.06 (d, J=1.6 Hz, 1 H) 8.43 - 8.48 (m, 2 H) 12.24 (s, 1 H). LCMS m/z 378.2 (M+H)+.
実施例4
Figure 2023506215000028
バイアルに7-ブロモ-N-(3-(ピペリジン-1-イル)プロピル)-9H-ピリミド[4,5-b]インドール-4-アミン(0.04g、0.103mmol)、フェニルボロン酸(0.025g、0.206mmol)およびテトラキス(トリフェニルフォスフィン)パラジウム(0)(0.018g、0.015mmol)を加えた。バイアルを密閉し、窒素で排気した(3サイクル真空+窒素再充填)。1,4-ジオキサン(0.52mL)および水中の炭酸ナトリウム2M(0.309mL、0.618mmol)を加えた。バイアルを窒素で排気した(3サイクル真空+窒素再充填)。二相性混合物を85℃に加熱し、18時間攪拌した。20℃に冷却し、メタノール(2mL)およびCHCl(2mL)で希釈した。混合物を0.45μmフィルターで濾過した。バイアルとフィルターをメタノール(2×2mL)とCHCl(2×2mL)ですすいだ。濃縮乾固してオレンジ色の固体を得た。残渣をISCO(RediSep12gカラム、CHCl/MeOH/NHOHで溶出)で精製して、7-フェニル-N-(3-(ピペリジン-1-イル)プロピル)-9H-ピリミド[4,5-b]インドール-4-アミン(33mg、0.086mmol、収率83%)を白色固体として得た。1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ ppm 1.39 (br. s., 2 H) 1.46 - 1.59 (m, 4 H) 1.77 - 1.91 (m, 2 H) 2.38 (br. s., 6 H) 3.64 (q, J=6.5 Hz, 2 H) 7.24 (t, J=4.9 Hz, 1 H) 7.34 - 7.41 (m, 1 H) 7.50 (t, J=7.6 Hz, 2 H) 7.54 (dd, J=8.2, 1.2 Hz, 1 H) 7.66 (d, J=1.2 Hz, 1 H) 7.74 (d, J=7.4 Hz, 2 H) 8.34 (s, 1 H) 8.38 (d, J=8.2 Hz, 1 H) 11.93 (s, 1 H). LCMS m/z 386.2 (M+H)+.
実施例5
Figure 2023506215000029
中間体5A
Figure 2023506215000030
50mL丸底フラスコの中で、DMF(10mL)に鉱油中60重量%のNaH(0.265g、6.62mmol)を加えて灰色の懸濁液を得た。0℃に冷却し、2-ヒドロキシ-2-フェニル酢酸メチル(1g、6.02mmol)を加えた。得られたオレンジ色の懸濁液を45分間攪拌した。臭化ベンジル(0.787mL、6.62mmol)を加えた。20℃に温め、30分間攪拌した。飽和NHCl(40mL)+水(10mL)を加えることにより反応を抑制した。水層をEtOAc(2×50mL)で抽出した。混合性有機層を水(2×50mL)、次に鹹水(35mL)で洗浄した。有機層をMgSO上で乾燥し、濾過し、濃縮して、1.72gを淡黄色オイルとして得た。残渣をISCO(RediSepGold40gカラム、ヘキサン/EtOで溶出)で精製した。ISCOをさらに2回繰り返して、2-(ベンジルオキシ)-2-フェニル酢酸メチル(508mg、1.982mmol、収率32.9%)を無色オイルとして得た。1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ ppm 3.64 (s, 3 H) 4.49 (d, J=11.3 Hz, 1 H) 4.59 (d, J=11.3 Hz, 1 H) 5.11 (s, 1 H) 7.04 - 7.19 (m, 1 H) 7.23 - 7.45 (m, 9 H).
中間体5B
Figure 2023506215000031
マイクロ波バイアルの中で、メタノール(2mL)に2-アミノ-3-カルバモイル-1H-インドール-6-カルボン酸メチル(0.185g、0.793mmol)、2-(ベンジルオキシ)-2-フェニル酢酸メチル(0.508g、1.983mmol)およびメタノール(2mL)中30重量%のナトリウムメトキシド(0.372mL、1.983mmol)を加えた。バイアルを密封し、マイクロ波で140℃まで1時間加熱した。20℃に冷却し、AcOH(0.118mL、2.062mmol)を加えた。得られた懸濁液を20℃で1時間撹拌した。固体をブフナー上で回収した。ケークをメタノール(3×0.5mL)で洗浄した。生成物を高真空下20℃で一定重量になるまで乾燥させて、2-((ベンジルオキシ)(フェニル)メチル)-4-ヒドロキシ-9H-ピリミド[4,5-b]インドール-7-カルボン酸メチル(238mg、0.542mmol、収率68.3%)を黄褐色固体として得た。1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ ppm 3.87 (s, 3 H) 4.58 (d, J=11.7 Hz, 1 H) 4.69 (d, J=11.7 Hz, 1 H) 5.56 (s, 1 H) 7.27 - 7.46 (m, 8 H) 7.55 - 7.64 (m, 2 H) 7.84 (dd, J=8.2, 1.2 Hz, 1 H) 8.00 - 8.06 (m, 2 H) 12.49 (br. s., 1 H) 12.60 (br. s., 1 H). LCMS m/z 440.2 (M+H)+.
中間体5C
Figure 2023506215000032
15mL丸底フラスコの中で、オキシ塩化リン(3.47mL、37.3mmol)に2-((ベンジルオキシ)(フェニル)メチル)-4-ヒドロキシ-9H-ピリミド[4,5-b]インドール-7-カルボン酸メチル(0.234g、0.532mmol)を加えて、85℃まで16.5時間加熱した。濃縮乾固した。残渣を飽和NaHCO(10mL)に懸濁し、1時間攪拌した。固体をブフナー上で回収した。ケークを水(3×2mL)で洗浄した。生成物を高真空下40℃で一定重量まで乾燥させて、2-((ベンジルオキシ)(フェニル)メチル)-4-クロロ-9H-ピリミド[4,5-b]インドール-7-カルボン酸メチル(228mg、0.498mmol、収率94%)を黄褐色固体として得た。LCMS m/z 458.2 (M+H)+.
実施例5
Figure 2023506215000033
マイクロ波バイアルの中で、メタノール(3.8mL)に2-((ベンジルオキシ)(フェニル)メチル)-4-クロロ-9H-ピリミド[4,5-b]インドール-7-カルボン酸メチル(0.228g、0.498mmol)、3-(ピペリジン-1-イル)プロパン-1-アミン(0.158mL、0.996mmol)およびトリエチルアミン(0.173mL、1.245mmol)を加えた。バイアルを密封し、マイクロ波で140℃まで30分間加熱した。濃縮乾固した。残渣をISCO(RediSepGold40g、CHCl/MeOH/NHOHで溶出)で精製した。ISCO精製を2回繰り返して、2-((ベンジルオキシ)(フェニル)メチル)-4-((3-(ピペリジン-1-イル)プロピル)アミノ)-9H-ピリミド[4,5-b]インドール-7-カルボン酸メチル(172mg、0.305mmol、収率61.3%)を淡黄色固体として得た。1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ ppm 1.29 - 1.42 (m, 2 H) 1.42 - 1.56 (m, 4 H) 1.72 - 1.91 (m, 2 H) 2.18 - 2.47 (m, 6 H) 3.66 (tt, J=13.2, 6.6 Hz, 2 H) 3.88 (s, 3 H) 4.54 (d, J=11.7 Hz, 1 H) 4.64 (d, J=12.1 Hz, 1 H) 5.50 (s, 1 H) 7.21 - 7.43 (m, 8 H) 7.51 (t, J=5.9 Hz, 1 H) 7.57 (d, J=7.0 Hz, 2 H) 7.82 (dd, J=8.2, 1.2 Hz, 1 H) 8.00 (d, J=1.2 Hz, 1 H) 8.38 (d, J=8.2 Hz, 1 H) 12.22 (s, 1 H). HRMS m/z 564.2979 (M+H)+.
実施例6
Figure 2023506215000034
10mL丸底フラスコの中で、THF(2.7mL)に4-((3-((3-アミノプロピル)(メチル)アミノ)プロピル)-アミノ)-2-ベンジル-9H-ピリミド[4,5-b]インドール-7-カルボン酸メチル(25mg、0.054mmol)およびtert-ブチルアミン(8.63μL、0.081mmol)を加えた。臭化プロパルギル(7.26μL、0.065mmol)を加え、20℃で69.5時間攪拌した。濃縮乾固した。残渣をISCO(RediSep12gカラム、CHCl/MeOH/NHOHで溶出)で精製して、2-ベンジル-4-((3-(メチル(3-(プロプ-2-イン-1-イルアミノ)プロピル)アミノ)プロピル)アミノ)-9H-ピリミド[4,5-b]インドール-7-カルボン酸メチル(3.2mg、6.42μmol、収率11.82%)を白色固体として得た。1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ ppm 1.23 (s, 1 H) 1.56 (dt, J=14.1, 7.0 Hz, 2 H) 1.80 (dt, J=13.5, 6.6 Hz, 2 H) 2.20 (s, 3 H) 2.34 - 2.46 (m, 4 H) 2.56 (t, J=7.0 Hz, 2 H) 2.99 (t, J=2.2 Hz, 1 H) 3.25 (d, J=2.2 Hz, 2 H) 3.58 - 3.70 (m, 2 H) 3.88 (s, 3 H) 4.04 (s, 2 H) 7.15 - 7.23 (m, 1 H) 7.28 (t, J=7.6 Hz, 2 H) 7.37 (m, J=7.4 Hz, 2 H) 7.54 (t, J=5.5 Hz, 1 H) 7.83 (dd, J=8.2, 1.2 Hz, 1 H) 7.99 (d, J=1.2 Hz, 1 H) 8.27 (d, J=8.2 Hz, 1 H) 12.05 (s, 1 H). HRMS m/z 499.2823 (M+H)+.
実施例7
Figure 2023506215000035
マイクロ波バイアルの中で、メタノール(2mL)に2-ベンジル-4-クロロ-7-(2-メチル-2H-テトラゾール-5-イル)-9H-ピリミド[4,5-b]インドール(0.100g、0.266mmol)およびN1-(3-アミノプロピル)プロパン-1,3-ジアミン(0.375mL、2.66mmol)を加えた。バイアルを密封し、マイクロ波で140℃まで30分間加熱した。濃縮乾固した。残渣をISCO(RediSep12gカラム、CHCl/MeOH/NHOHで溶出)で精製して、N1-(3-アミノプロピル)-N3-(2-ベンジル-7-(2-メチル-2H-テトラゾール-5-イル)-9H-ピリミド[4,5-b]インドール-4-イル)プロパン-1,3-ジアミン(112mg、0.238mmol、収率89%)を淡黄色固体として得た。1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ ppm 1.54 (quin, J=6.85 Hz, 2 H) 1.79 (quin, J=6.26 Hz, 2 H) 2.53 - 2.69 (m, 6 H) 3.68 (q, J=6.26 Hz, 2 H) 4.04 (s, 2 H) 4.43 (s, 3 H) 7.15 - 7.22 (m, 1 H) 7.28 (t, J=7.43 Hz, 2 H) 7.38 (d, J=7.43 Hz, 2 H) 7.57 (t, J=4.89 Hz, 1 H) 7.90 (dd, J=8.22, 1.17 Hz, 1 H) 8.08 (s, 1 H) 8.36 (d, J=8.22 Hz, 1 H). HRMS m/z 471.2737 (M+H)+.
実施例8
Figure 2023506215000036
15mL丸底フラスコの中で、DMF(2.8mL)にN1-(3-アミノプロピル)-N3-(2-ベンジル-7-(2-メチル-2H-テトラゾール-5-イル)-9H-ピリミド[4,5-b]インドール-4-イル)プロパン-1,3-ジアミン(57mg、0.121mmol)およびトリエチルアミン(25.3μL、0.182mmol)を加えた。2,5-ジオキソピロリジン-1-イル5-((3aS,4S,6aR)-2-オキソヘキサヒドロ-1H-チエノ[3,4-d]イミダゾール-4-イル)ペンタノエート(44.7mg、0.131mmol)を加え、1時間攪拌した。反応混合物を濃縮乾固した。残渣をメタノール(3mL)、水(2mL)および水中の2MのNaCO(5滴)に懸濁した。30分間攪拌した。固体をブフナー上で回収した。ケークを水(2×1mL)で洗浄し、次いでメタノール(1×1mL)で洗浄した。生成物を高真空下40℃で一定重量まで乾燥させて、N-(3-((3-(2-ベンジル-7-(2-メチル-2H-テトラゾール-5-イル)-9H-ピリミド[4,5-b]インドール-4-イル)アミノ)プロピル)アミノ)プロピル)-5-((3aS,4S,6aR)-2-オキソヘキサヒドロ-1H-チエノ[3,4-d]イミダゾール-4-イル)ペンタンアミド(78mg、0.112mmol、収率92%)を淡黄色固体として得た。1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ ppm 1.28 (m, J=13.79, 13.79, 6.85 Hz, 2 H) 1.36 - 1.52 (m, 3 H) 1.52 - 1.63 (m, 3 H) 1.79 (dt, J=12.23, 5.82 Hz, 2 H) 2.04 (t, J=7.24 Hz, 2 H) 2.52 - 2.58 (m, 3 H) 2.62 (t, J=6.26 Hz, 2 H) 2.78 (dd, J=12.13, 5.09 Hz, 1 H) 2.99 - 3.06 (m, 1 H) 3.06 - 3.13 (m, 2 H) 3.68 (q, J=6.26 Hz, 2 H) 4.04 (s, 2 H) 4.06 - 4.11 (m, 1 H) 4.22 - 4.31 (m, 1 H) 4.43 (s, 3 H) 6.34 (s, 1 H) 6.40 (s, 1 H) 7.14 - 7.23 (m, 1 H) 7.28 (t, J=7.43 Hz, 2 H) 7.34 - 7.41 (m, 2 H) 7.56 (t, J=5.28 Hz, 1 H) 7.77 (t, J=5.48 Hz, 1 H) 7.89 (dd, J=8.20, 1.20 Hz, 1 H) 8.07 (d, J=1.20 Hz, 1 H) 8.36 (d, J=8.22 Hz, 1 H) 12.00 (br. s., 2 H). HRMS m/z 697.3498 (M+H)+.
実施例9
Figure 2023506215000037
中間体9A
MeOH(1.0mL)中の2-ベンジル-4-クロロ-9H-ピリミド[4,5-b]インドール-7-カルボン酸メチル(0.100g、0.284mmol)、Et3N(0.079mL、0.569mmol)およびtert-ブチル(3-アミノプロピル)(メチル)カルバメート(0.080g、0.426mmol)の混合物を140℃で20分間マイクロ波中で加熱した。反応が完了せず、さらに試薬を加え、再び140℃で20分間加熱した。溶媒を除去し、粗残渣をHx-EA(65-35)を用いてSiOのショートパッド上で精製して、2-ベンジル-4-((3-((tert-ブトキシカルボニル)(メチル)アミノ)プロピル)アミノ)-9H-ピリミド[4,5-b]インドール-7-カルボン酸メチル0.092gを得た。LRMS + H+: 504.2.
中間体9B
TFA(1.0mL、12.9mmol)を先の中間体(0.092g、0.18mmol)の低温懸濁液(0-5℃)に滴下して加え、その後室温に戻した。30分後、それをトルエンで希釈し、溶媒を除去した。残渣をさらに多くのトルエン中に取り、溶媒を除去した。最後にそれをEA中に取り、溶媒を除去して、2-ベンジル-4-((3-(メチルアミノ)プロピル)アミノ)-9H-ピリミド[4,5-b]インドール-7-カルボン酸メチルのトリフルオロ酢酸塩0.085gを得た。LRMS + H+: 404.2.
実施例9
先のTFA塩(0.020g)、炭酸ナトリウム(8.81mg、0.083mmol)、ヨウ化ナトリウム(1.4mg、9.6μmol)および2-(2-(2-クロロエトキシ)エトキシ)エタノール(6.5μL、0.04mmol)をアセトン(0.2mL)中で、70℃で一晩加熱した。さらに2-(2-(2-クロロエトキシ)エトキシ)エタノール(6.4μL、0.04mmol)を加え、再び70℃で一晩攪拌した。それを次にEA-水で希釈し、有機相を分離し、NaSO上で乾燥させ、濾過した。粗付加物をDCM-MeOH(0-25%)を用いてコンビフラッシュ上で精製して、0.009gの表題化合物を得た。1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ ppm 1.74 - 1.85 (m, 2 H) 2.25 (br. s., 3 H) 2.55 (br. s., 2 H) 3.32 - 3.36 (m, 4 H) 3.39 - 3.46 (m, 6 H) 3.51 (t,J=5.87 Hz, 2 H) 3.64 (q, J=6.52 Hz, 2 H) 3.88 (s, 3 H) 4.04 (s, 2 H) 4.53 (br. s., 1 H) 7.18 (t, J=7.40 Hz, 1 H) 7.28 (t, J=7.63 Hz, 2 H) 7.37 (d, J=7.04 Hz, 2 H) 7.55 (t, J=5.28 Hz, 1 H) 7.82 (dd, J=8.22, 1.17 Hz, 1 H) 7.99 (s, 1 H) 8.27 (d, J=8.22 Hz, 1 H) 12.05 (s, 1 H). LRMS + H+: 536.3.
実施例10
Figure 2023506215000038
マイクロ波バイアルの中で、MeOH(2.0mL、49.4mmol)に2-ベンジル-4-クロロ-9H-ピリミド[4,5-b]インドール-7-カルボン酸メチル(0.050g、0.142mmol)およびN1-(3-アミノプロピル)-N1-メチルプロパン-1,3-ジアミン(0.12mL、0.71mmol)を加えた。バイアルをマイクロ波中におき、140℃まで30分間加熱した。30分後、濃縮乾固した。残渣をDCM-MeOH-NHOHを用いてISCO RediSepGoldカラムで精製して、表題化合物0.044gを得た。1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ ppm 1.44 (dt, J=13.8, 6.6 Hz, 2 H) 1.72 (dt, J=13.7, 6.8 Hz, 2 H) 2.11 (s, 3 H) 2.24 - 2.30 (m, 2 H) 2.33 (t, J=6.7 Hz, 2 H) 2.47 (br. s., 2 H) 3.51 - 3.61 (m, 2 H) 3.76 - 3.85 (m, 3 H) 3.97 (s, 2 H) 7.08 - 7.15 (m, 1 H) 7.17 - 7.24 (m, 2 H) 7.27 - 7.34 (m, 2 H) 7.50 (t, J=5.3 Hz, 1 H) 7.76 (dd, J=8.2, 1.6 Hz, 1 H) 7.92 (d, J=1.6 Hz, 1 H) 8.20 (d, J=8.2 Hz, 1 H). LRMS + H+: 461.2.
実施例11
Figure 2023506215000039
5℃のDMF(0.12mL)中のペント-4-イノイン酸(2.56mg、0.026mmol)、EDC(6.24mg、0.033mmol)およびトリエチルアミン(4.58μL、0.033mmol)の混合物に、4-((3-(3-アミノプロピル)(メチル)アミノ)プロピル)アミノ)-2-ベンジル-9H-ピリミド[4,5-b]インドール-7-カルボン酸メチル(0.010g、0.022mmol)を加えた。5分後、室温に戻し、一晩攪拌した。混合物をDMSOで希釈し、分取HPLC(Zorbax SB-C18 PrepHT 5um;21.2×100mm)上で20%MeOH(0.065%TFA)から100MeOH(0.05%TFA)の勾配で直接精製して、エタノールからの凍結乾燥後に表題化合物0.006gをTFA塩として得た。1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ ppm 1.74 (quin, J=7.20 Hz, 2 H) 2.02 (br. s., 2 H) 2.20 - 2.29 (m, 2 H) 2.31 - 2.38 (m, 2 H) 2.68 - 2.74 (m, 3 H) 2.76 (t, J=2.54 Hz, 1 H) 3.07 - 3.13 (m, 3 H) 3.69 (q, J=6.30 Hz, 2 H) 3.88 (s, 3 H) 4.08 (s, 2 H) 7.21 (t, J=7.04 Hz, 1 H) 7.30 (t, J=7.63 Hz, 2 H) 7.34 - 7.40 (m, 2 H) 7.51 (t, J=5.48 Hz, 1 H) 7.84 (dd, J=8.22, 1.17 Hz, 1 H) 7.98 - 8.02 (m, 1 H) 8.05 (t, J=5.48 Hz, 1 H) 8.37 (d, J=8.22 Hz, 1 H) 9.18 (br. s., 1 H) 12.15 (s, 1 H). LRMS + H+: 541.3.
実施例12
Figure 2023506215000040
2-ベンジル-4-クロロ-7-(2-メチル-2H-テトラゾール-5-イル)-9H-ピリミド[4,5-b]インドールおよびアミンとしてN1-(3-アミノプロピル)-N1-メチルプロパン-1,3-ジアミンを用いて、先に述べたのと同様の手順に従って、表題化合物を得た。1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ ppm 1.52 (quin, J=6.85 Hz, 2 H) 1.80 (quin, J=6.85 Hz, 2 H) 2.18 (s, 3 H) 2.36 (t, J=7.24 Hz, 2 H) 2.41 (t, J=6.65 Hz, 2 H) 2.53 - 2.61 (m, 2 H) 3.64 (q, J=6.52 Hz, 2 H) 4.04 (s, 2 H) 4.43 (s, 3 H) 7.14 - 7.23 (m, 1 H) 7.28 (t, J=7.43 Hz, 2 H) 7.38 (d, J=7.43 Hz, 2 H) 7.49 (t, J=5.09 Hz, 1 H) 7.91 (d, J=8.22 Hz, 1 H) 8.08 (s, 1 H) 8.32 (d, J=8.22 Hz, 1 H). LRMS + H+: 485.4.
実施例13
Figure 2023506215000041
中間体13A
MeOH(1.601mL)中の2-アミノ-3-カルバモイル-1H-ピロロ[3,2-b]ピリジン-6-カルボン酸メチル(0.090g、0.384mmol)、2-(ナフタレン-2-イル)酢酸メチル(0.269g、1.345mmol)およびナトリウムメトキシド5.4M(0.28mL、1.53mmol)の混合物をマイクロ波中で、140℃で75分間加熱した。混合物をMeOH-NH4Cl飽和溶液で希釈し、濾過した。固体をMeOH-水ですすいで、高真空下で乾燥させて、0.120gの粗4-ヒドロキシ-2-(ナフタレン-2-イルメチル)-9H-ピリド[2’,3’:4,5]ピロロ[2,3-d]ピリミジン-7-カルボン酸メチルを与えた。
中間体13B
ジオキサン(0.41mL)-DCE(0.62mL)中のこの中間体(0.060g)にPOCl(0.13mL、1.4mmol)を加え、混合物をマイクロ波中で、160℃で10分間加熱した。反応が完了せず、さらにPOCl(0.131mL、1.405mmol)を加えた。Ok。溶媒を除去した。溶媒を除去し、残渣を飽和NaHCO(10mL)に懸濁し、1時間攪拌した。固体をブフナー上で回収し、ケークを水(3×2mL)で洗浄し、高真空下40℃で乾燥して、4-クロロ-2-(ナフタレン-2-イルメチル)-9H-ピリド[2’,3’:4,5]ピロロ[2,3-d]ピリミジン-7-カルボン酸メチル0.040gを得た。LRMS + H+: 403.1.
実施例13
先の中間体およびアミンとして3-(ピペリジン-1-イル)プロパン-1-アミンを用いて前と同様の手順に従い、分取HPLC(Zorbax SB-C18 PrepHT 5um;21.2×100mm)上で20%MeOH(0.065%TFA)から100MeOH(0.05%TFA)の勾配で精製後、表題化合物0.012gをTFA塩として得た。1H NMR (400 MHz, DMSO-d6) δ ppm 1.15 - 1.31 (m, 1 H) 1.43 - 1.72 (m, 5 H) 1.91 - 2.04 (m, 2 H) 2.58 (q, J=11.00 Hz, 2 H) 2.95 (br. s., 2 H) 3.26 (d, J=11.35 Hz, 2 H) 3.72 (q, J=5.50 Hz, 2 H) 3.92 (s, 3 H) 4.27 (s, 2 H) 7.48 (quin, J=6.26 Hz, 2 H) 7.58 (d, J=8.61 Hz, 1 H) 7.64 (t, J=5.09 Hz, 1 H) 7.78 - 7.93 (m, 4 H) 8.22 (s, 1 H) 8.94 (br. s., 1 H) 9.01 (s, 1 H) 12.32 (s, 1 H). LRMS + H+: 509.3.
本明細書に包含される化合物について、AML3における細胞増殖を阻害する能力についてさらに試験したところ、高い効力(IC50=<500nM)からより低い効力(IC50=2000~5000nM)までが示された。したがって、AML3細胞における上記括弧内に記載の活性のレベルを有する以下の化合物も包含される(ここで、A:IC50=<500nM;B:IC50=500-1000nM;C:IC50=1000-2000nM;およびD:IC50=2000-5000nM):
Figure 2023506215000042
Figure 2023506215000043
Figure 2023506215000044
Figure 2023506215000045
Figure 2023506215000046
Figure 2023506215000047
Figure 2023506215000048
Figure 2023506215000049
Figure 2023506215000050
Figure 2023506215000051
Figure 2023506215000052
Figure 2023506215000053
Figure 2023506215000054
Figure 2023506215000055
Figure 2023506215000056
Figure 2023506215000057
Figure 2023506215000058
Figure 2023506215000059
一実施形態において、本明細書に記載のピリミド[4,5-B]インドール誘導体は、がんを治療することを可能にする。同様の作用機序(例えば、K27変異、EZH2またはPRC2変異)に基づくと、任意の他のがんが本明細書に包含される。
UM171は、それ自体はUM171の存在下で解離する本明細書に記載のCRL3複合体を活性化することにより、通常RCOR1/LSD1およびHDAC2複合体の足場タンパク質として作用するRCOR1を分解する。したがって、UM171は、HDACおよびLSD1の阻害をもたらす抗がん剤として、分子糊分解剤のように作用する。
KBTB4複合体がUM171処理下でCoRESTを分解のために標的化することが、本明細書で実証される。UM171分子は、アダプタ/レセプタKBTBD4およびCoRESTの間の相互作用を増大させることにより、プロテアソーム分解のためのCoRESTの明確な標的化を引き起こす。
〔生物学的実施例I〕
全ゲノムCRISPR/Cas9スクリーニングおよび方法論
19,084個のRefSeq遺伝子、3,872個の仮説的ORF、および20,852個の代替スプライシングアイソフォームを標的とする278,754個のsgRNAの拡張ノックアウト(EKO)プール化レンチウイルスライブラリを、Bertomeuら(2018, Mol Cell Biol, 38(1): e00302-1)によって以前に記載されたようにドキシサイクリン誘導性Cas9を発現するように操作したOCI-AML5およびOCI-AML1細胞株のクロ-ン内に導入した。EKOライブラリ(sgRNAあたり最低500細胞で維持)を、2μg/mLドキシサイクリンを補充した10%FBS DMEM中で7日間培養して、ノックアウトを誘導した。7日目に1億4千万個の細胞を1,200rpmで5分間スピンし、1×PBSで洗浄し、ペレット化し、凍結した。ドキシサイクリンなしで、250nMおよび800nMのUM171またはDMSOのみでさらに8日間または14日間放置してライブラリを増殖させた(sgRNAあたり平均250細胞)。細胞濃度は2日ごとに評価した。ゲノムDNAを、QIAamp DNA blood maxiキット(Qiagen)を使用して、すべてのサンプルから抽出した。SgRNA配列を回復させ、PCRによってIlluminaアダプタを装着し、Bertomeuらの以前の記載(2018, Mol Cell Biol, 38(1): e00302-1)のようにIllumina HiSeq 2000装置(IRIC)上でNGSを実行した。合成レスキュー/陽性選択および合成致死/陰性選択のベータスコアは、MAGeCK-VISPR(Li et al., 2015, Genome Biol, 16:281)を使用して決定した。
マウス抗ヒト抗体を用いて、CD34(APCまたはBV421-BD Biosciences)、CD45RA(PE-BD Biosciences)、CD86(PerCP-eFluor710-eBioscience)、CD90(PECY7-BioLegend)およびCD201(APC-BioLegend)を検出した。フローサイトメトリの取得はCantoIIサイトメーター(BD Biosciences)上で行い、データ解析はFowJoソフトウェア(Tree Star,アメリカ合衆国オレゴン州オシュランド)およびGraphPad Prismソフトウェアを用いて行った。死細胞は、7AAD染色を用いて除外した。
細胞内染色のために、細胞をリン酸緩衝生理食塩水で洗浄し、ペレット化し、True Nuclear固定キット(BioLegend、Cat#424401)を使用して固定した。次に、細胞をマウスモノクローナル抗H3K27Ac(Cell Signaling Technology、カタログ#15562)、ウサギ抗H3K4me2(Abcam、カタログ#7766)およびウサギ抗H3(Cell Signaling Technology、#12167S)で染色し、FACS分析をBD Biosciences CantoIIサイトメーターで行った。
臍帯血単位は、カナダ、ケベック州モントリオールのCharles-Lemoyne病院で倫理的に承認されたプロトコルに従って、同意した母親から採取した。ヒトCD34臍帯血(CB)細胞を、The EasySep(商標) positive selectionキット(StemCell Technologies Cat#18056)を用いて単離した。より原始的な表現型の選別は、BD AriaIIソーターを用いて追加のステップで行った。
ヒト100ng/mL幹細胞因子(SCF、R&D Systems)、100ng/mL FMS様トリシンキナーゼ3リガンド(FLT3、R&D Systems)、50ng/mLトロンボポエチン(TPO、R&D Systems)および10μg/mL低密度リポタンパク質(StemCell Technologies)を補充したStemSpan SFEM(StemCell Technologies)からなるHSC増殖培地中で、ヒトCD34細胞を培養した。
動物を用いた全ての実験は、モントリオール大学動物ケア委員会により承認されたプロトコルの下で実施した。亜致死的照射(250cGy、移植の<24時間前)した8~10週齢のメスNSG(NOD-Scid IL2R?null、Jackson Laboratory)マウスに、新鮮なCD34+CB細胞または後代を、尾静脈注射によって移植した。ヒト細胞NSG-BM細胞は、動物を26週目に犠牲にしたときに大腿骨吸引により、または2つの大腿骨、脛骨および臀部をフラッシングすることにより回収した。
HDAC阻害剤(パノビノスタット(Adooq Bioscience、#A10518)、バルプロ酸(Sigma、#P4543)、M344(Sigma、#M5820)、LMK235(Sigma、#SML1053)を、CD34+臍帯血細胞においてそれぞれ5,1000、500および500nMで使用した。LSD1阻害剤(トラニルシプロミン(TCP))を5および20μMで使用した。iBET(Selleckchem、#S7189)をCD34+臍帯血細胞において50および100nMで使用した。NEDD8 E1活性化酵素(NAE)Inhibitor MLN4924(Adooq Bioscience、#A11260-5)を100nMで使用した。プロテアソーム阻害剤MG132(Adooq Bioscience、#A11043)を10μMで使用した。
shRNA(KBTBD4、CUL3、NUDCD3、CAND1、RCOR1、LSD1)を有するレンチウイルスベクターを、Fellmannら(2013, Cell Rep, 5:1704-1713)に記載される適切なshRNA配列を、GFPと同様にmiR-E配列を含むMNDUベクターにクローニングすることにより生成した。対照ベクターには、shRNA標的化レニラルシフェラーゼ(shLuc)を含ませた。
sgRNA(KBTBD4、NUDCD3)を有するレンチウイルスベクターを、適切な配列(KBTBD4:GGCTAGCATGGAATCACCAG;SEQ ID NO:1;NUDCD3:GGAGCGCTCCATGGCCACCG;SEQ ID NO:2)をpLKO5.sg.EFS.tRFP647レンチウイルスベクターにクローニングすることにより生成した。対照ベクターには、sgRNA標的化AAVS1遺伝子座(sgAAVS1)を含ませた。
KBTBD4 cDNA(Dharmacon、#MHS6278-202829492)をMNDU-eGFPレンチウイルスベクターにサブクローニングした。BTBおよびKelch変異体は、それぞれBTBドメインおよび最初の3つのKelchドメインを欠失させることによって生成した。
HEK-293細胞においてレンチウイルスを産生し、初代CD34+細胞またはAML細胞株を10ng/mLポリブレンを補充した培地中で24時間レンチウイルスに感染させた。GFP陽性細胞の割合で決定される感染効率を、BD FACSCantoIIフローサイトメータを用いてフローサイトメトリによってモニターした。必要に応じて、感染細胞をBD AriaIIセルソーターを用いて選別し、ノックダウン効率を標準的な方法を用いてウエスタンブロッティングによって求めた。
全タンパク質抽出を、溶解バッファ(25mMトリス ph7.5、150mM NaCl、1%NP-40、プロテアーゼ阻害剤)中で実施した。クロマチン結合(CB)および細胞質/核質(CN)分画を、Mladenovと同僚により記載されたように実施した(2007, J Cell Physiol, 211: 468-476)。細胞質分画を、溶解バッファ(10mM pipes ph6.8、0.3Mスクロース、0.1M NaCl、3mM MgCl2、5mM EGTA、0.015%ジギトニンおよびプロテアーゼ阻害剤)中で実施した。
抗ヒト抗体を用いて、KBTBD4(Novus Biologicals、#NBP1-88587)、NUDCD3(Novus Biologicals、#NBP1-82940)、CUL3(Novus Biologicals、#NB100-58788)、RCOR1(Novus Biologicals、#NB600-240)、LSD1(Cell Signaling Technology、#2139S)、HDAC2(Bethyl Laboratories、#A300-705A)、H3K27Ac(Cell Signaling Technology、#8173S)、CUL1(Santa Cruz Biotechnology、#sc-17775)、NCL(Cell Signaling Technology、#14574S)、TUBA(Cell Signaling Technology、#2144)およびH3(Millipore、#06-755)を検出した。
BioIDプルダウン実験を、以前に記載されたように実施した(Comartin et al., 2013, Curr Biol, 23:1360-1366)。簡単に言えば、全長ヒトKBTBD4コーディング配列をPCRにより増幅し、pcDNA-FRT/TO-FLAGBirA発現ベクターにクローニングした。FLAGBirAまたはFLAGBirA-KBTBD4を安定的に発現する293T細胞を生成し、1μg/mLのテトラサイクリン(Sigma)、50μMのビオチン(BioShop、カナダ、オンタリオ州バーリントン)および10μMのMG132を補充した完全培地で24時間インキュベートした。細胞を回収し、溶解バッファで溶解した。タンパク質抽出物をストレプトアビジン-セファロースビーズと一緒にインキュベートした。
ペプチドを、tribrid Fusion質量分析計(Thermo Fisher Scientific)に結合したProxeon nanoflow HPLCシステムを用いてLC-MS/MSにより分析した。各サンプルを、手動で充填した逆相分析カラム(長さ18cm、150mmi.d.)(Jupiter C18、3mm、300A°、Phenomenex)にロードして分離させた。LC分離は、5-30%水性ACN(0.2%FA)の直線勾配を用いて、106分で流量0.6mL/minで実施した。MSスペクトルは分解能60,000で取得した。高エネルギー解離(HCD)を用いた最も強いイオンのデータ依存スキャンには「TopSpeed」(5秒ウィンドウ内のシーケンシングイベントの最大数)メソッドを使用した。MSおよびMS/MSスキャンのAGC目標値は、それぞれ5e5(max fill time 200ms)および5e4(max fill time 200ms)に設定した。前駆物質単離ウィンドウはm/z1.6に設定し、HCD正規化衝突エネルギーは25に設定した。動的排除ウィンドウは30秒に設定した。MSデータはMaxQuantソフトウェアバージョン1.3.0.3を用いて解析し、H.Sapiens uniprotデータベースのSwissProtサブセットに対して検索を行った。
5×10個のOCI-AML5細胞をUM171(250nM)に6~72時間曝露し、または曝露せずに、TRIzol試薬(Thermo Fisher Scientific cat#15596026)中に-80℃で保存した。cDNAライブラリをTruSeqプロトコル(Illumina)に従って構築し、シーケンシングをIllumina HiSeq2000装置を用いて実施した。
遺伝子発現統計を、kallisto/sleuth解析パイプラインおよびGRCh38バージョン84アノテーションを使用して得た。TPM値をRにロードし、ウィルコクソン順位和統計を使用して差次的発現を検定した。有意性(p≦0.01、Mann-Whitney検定)に基づき、差次的発現遺伝子を選択した。
〔生物学的実施例II〕
経口および/または静脈内投与された化合物のバイオアベイラビリティを実証するPKアッセイ
マウス(n=3)においてPKアッセイを実施した。化合物を1mg/kgで静脈内投与し(図16の化合物:5%ブドウ糖、図17AのUM681:25mMクエン酸:5%ブドウ糖(1:3))、投与から5、15、30分ならびに1、2、4、6および8時間後に血漿サンプルを回収した。以下の薬物動態パラメータを算出した。図16の化合物の半減期(T1/2)は1.7時間であり、分布容積(Vss)は13.9L/kgと決定され、クリアランス(CL)は141.6mL/分/kgであった。UM681については、T1/2は1.9時間であり、Vssは14.3L/kgと決定され、CLは109mL/分/kgであった。
化合物を20mg/kgで経口投与し、投与から15分、30分ならびに1、2、4、6および8時間後に血漿サンプルを回収した。以下の薬物動態パラメータを算出した。UM729の最大濃度(Cmax)は0.2uMであり、最大時間(tmax)は0.8時間と決定され、曲線下面積(AUC)は1.2uMhであり、%バイオアベイラビリティ(%F)は19%であった(図17Bを参照)。UM681についても、Cmaxは0.2uMであり、tmaxは4時間と決定され、AUCは2.45uMhであり、%バイオアベイラビリティ(%F)は31%(オス)および39%(メス)であった。
本開示は、その特定の実施形態に関連して記載されているが、さらなる修正が可能であり、当該技術分野において既知または通例の慣行の範囲内にあり、本明細書において先に記載された本質的特徴に適用可能で、かつ添付の特許請求の範囲に従う本開示からの逸脱を含んだ任意の変形、使用または適応を、本出願は網羅することが意図されることが理解されよう。

Claims (18)

  1. 患者に少なくとも1つの式Iの化合物:
    Figure 2023506215000060
    またはその塩もしくはプロドラッグを投与するステップを含む、前記患者のがんを治療する方法であって、
    式中:
    各Yは、独立してNおよびCHから選択され;
    mは0~3(または置換基Zを含む環においてYがCHである場合は0~4)の整数であり;
    Zは、毎回独立して、以下の:
    -CN、
    -C(O)OR1、
    -C(O)N(R1)R3、
    -C(O)R1、または
    1つもしくは複数のRAもしくはR4置換基で任意に置換された-ヘテロアリール、
    1つもしくは複数のRAもしくはR4置換基で任意に置換された-アリールから選択され、
    ここで、(R1)およびR3が窒素原子に結合している場合、それらは任意に窒素原子と結合して、N、OおよびSから選択される1つまたは複数の他のヘテロ原子を任意に含む3~7員環を形成し、該環は1つまたは複数のRAまたはR4で任意に置換され;
    Wは
    -CN、
    -N(R1)R3、
    -C(O)OR1、
    -C(O)N(R1)R3、
    -NR1C(O)R1、
    -NR1C(O)OR1、
    -OC(O)N(R1)R3、
    -OC(O)R1、
    -C(O)R1、
    -NR1C(O)N(R1)R3、
    -NR1S(O)R1、
    1つ、2つもしくは3つのRAもしくはR1置換基で任意に置換された-ベンジル、
    -X-L-(X-L)n-N(R1)R3、
    Lおよびヘテロアリール基のいずれかもしくは両方に結合した1つもしくは複数のRAもしくはR4置換基で任意に置換された-X-L-(X-L)n-ヘテロアリール、
    Lおよびヘテロシクリル基のいずれかもしくは両方に結合した1つもしくは複数のRAもしくはR4置換基で任意に置換された-X-L-(X-L)n-ヘテロシクリル、
    1つもしくは複数のRAもしくはR4置換基で任意に置換された-X-L-(X-L)n-アリール、
    -X-L-(X-L)-NR1RA、
    -(N(R1)-L)-NR1R3R5R6、または
    -ハロゲンであり;
    ここで、nは0、1、2、3、4、または5のいずれかに等しい整数であり、
    さらに、R1およびR3が窒素原子に結合している場合、それらは任意に窒素原子と結合して、N、OおよびSから選択される1つまたは複数の他のヘテロ原子を任意に含む3~7員環を形成し、該環は1つまたは複数のRAまたはR4で任意に置換され;
    各Xは、独立してCH、O、SおよびNR1から選択され;
    各Lは、独立して
    -C1-6アルキレン、
    -C2-6アルケニレン、
    -C2-6アルキニレン、
    N、OおよびSから選択される1つもしくは複数の他のヘテロ原子を任意に含む-C3-7シクロアルキレン、または
    N、OおよびSから選択される1つもしくは複数の他のヘテロ原子を任意に含む-C3-7シクロアルケニレンであり、
    ここで、アルキレン、アルケニレン、アルキニレン、シクロアルキレンおよびシクロアルケニレン基は、それぞれ独立して、1つまたは2つのR4またはRA置換基で任意に置換され;
    R1は、それぞれ独立して
    -H、
    -C1-6アルキル、
    -C2-6アルケニル、
    -C2-6アルキニル、
    -C3-7シクロアルキル、
    -C3-7シクロアルケニル、
    -C1-5ペルフルオロ化アルキル、
    -ヘテロシクリル、
    -アリール、
    -ヘテロアリール、または
    -ベンジルであり、
    ここで、アルキル、アルケニル、アルキニル、シクロアルケニル、ペルフルオロ化アルキル、ヘテロシクリル、アリール、ヘテロアリールおよびベンジル基は、それぞれ独立して、1つ、2つまたは3つのRAまたはRd置換基で任意に置換され;
    R2は
    -H、
    さらに1つのRA置換基で任意に置換された-C1-6アルキル、
    -C(O)R4、
    1つもしくは複数のRAもしくはR4置換基で任意に置換された-L-ヘテロアリール、
    1つもしくは複数のRAもしくはR4で任意に置換された-L-ヘテロシクリル、または
    1つもしくは複数のRAもしくはR4置換基で任意に置換された-L-アリール、
    1つもしくは複数のRAもしくはR4置換基で任意に置換された-N(R1)アリールであり、
    R3はそれぞれ独立して
    -H、
    -C1-6アルキル、
    -C2-6アルケニル、
    -C2-6アルキニル、
    -C3-7シクロアルキル、
    -C3-7シクロアルケニル、
    -C1-5ペルフルオロ化アルキル、
    -ヘテロシクリル、
    -アリール、
    -ヘテロアリール、
    -ベンジル、または
    -メチル2-ベンジル-9H-ピリド[2',3':4,5]ピロロ[2,3-d]ピリミジン-7-カルボキシラ―ト-4-イルであり、
    ここで、アルキル、アルケニル、アルキニル、シクロアルキル、シクロアルケニル、ペルフルオロ化アルキル、ヘテロシクリル、アリール、ヘテロアリールおよびベンジル基は、それぞれ独立して、1つ、2つまたは3つのRAまたはRd置換基で任意に置換され;
    R4は、それぞれ独立して
    -H、
    -C1-6アルキル、
    -C1-6ハロアルキル、
    -C2-6アルケニル、
    -C2-6アルキニル、
    -C3-7シクロアルキル、
    -C3-7シクロアルケニル、
    -C1-5ペルフルオロ化アルキル、
    -ヘテロシクリル、
    -アリール、
    -ヘテロアリール、または
    -ベンジルであり、
    ここで、アルキル、アルケニル、アルキニル、シクロアルキル、シクロアルケニル、ペルフルオロ化アルキル、ヘテロシクリル、アリール、ヘテロアリールおよびベンジル基は、それぞれ独立して、1つ、2つまたは3つのRAまたはRd置換基で任意に置換され;
    R5は、それぞれ独立して
    -C1-6アルキル、
    N、OおよびSから選択される1つもしくは複数の他のヘテロ原子を任意に含む-C1-6アルキレン-C2-6アルケニル、
    N、OおよびSから選択される1つもしくは複数の他のヘテロ原子を任意に含む-C1-6アルキレン-C2-6アルキニル、
    1つもしくは複数のRAもしくはR4置換基を任意に含む-L-アリール、
    1つもしくは複数のRAもしくはR4置換基を任意に含む-L-ヘテロアリール、
    -C1-6アルキレン-C(O)O-、
    -C1-6アルキレン-C(O)OR1、
    -C1-6アルキレン-CN、
    -C1-6アルキレン-C(O)NR1R3(ここで、R1およびR3は、任意に窒素原子と結合して、N、OおよびSから選択される1つもしくは複数の他のヘテロ原子を任意に含む3~7員環を形成する);または
    -C1-6アルキレン-OHであり;
    R6は
    -ハロゲン、
    -OC(O)CF、または
    -OC(O)R1であり;
    RAは、それぞれ独立して
    -ハロゲン、
    -CF
    -OR1、
    -L-OR1、
    -OCF
    -SR1、
    -CN、
    -NO
    -NR1R3、
    -L-NR1R1、
    -C(O)OR1、
    -S(O)R4、
    -C(O)N(R1)R3、
    -NR1C(O)R1、
    -NR1C(O)OR1、
    -OC(O)N(R1)R3、
    -OC(O)R1、
    -C(O)R4、
    -NHC(O)N(R1)R3、
    -NR1C(O)N(R1)R3、
    -N;または
    -(CHCHO)-CHCHOHであり;
    ここで、R1およびR3は、任意に窒素原子と結合して、N、OおよびSから選択される1つまたは複数の他のヘテロ原子を任意に含む3~7員環を形成し;
    Rdはそれぞれ独立して
    -H、
    -C1-6アルキル、
    -C2-6アルケニル、
    -C2-6アルキニル、
    -C3-7シクロアルキル、
    -C3-7シクロアルケニル、
    -C1-5ペルフルオロ化アルキル
    -ベンジル、または
    -ヘテロシクリルであり;
    RBは
    -H、または
    -C1-6アルキルであり;
    任意に、少なくとも1つの細胞拡大因子を伴う、方法。
  2. 前記式Iの化合物は、
    Figure 2023506215000061
    またはその薬学的に許容される塩である、請求項1に記載の方法。
  3. 前記式Iの化合物は、
    Figure 2023506215000062
    の臭化水素酸塩である、請求項1に記載の方法。
  4. 前記式Iの化合物は、
    Figure 2023506215000063
    またはその薬学的に許容される塩である、請求項1に記載の方法。
  5. 前記式Iの化合物は、本明細書、例えば本明細書の表3で定義されるとおりであるか、またはその薬学的に許容される塩である、請求項1に記載の方法。
  6. 前記患者はヒトまたは動物である、請求項1~5のいずれか一項に記載の方法。
  7. 前記動物はマウスである、請求項6に記載の方法。
  8. 前記化合物は、経口、筋肉内、静脈内または皮下投与のために製剤化される、請求項1~7のいずれか一項に記載の方法。
  9. 前記化合物は、LSD1、RCOR1、HDAC2およびCoRESTの少なくとも1つを分解する、請求項1~8のいずれか一項に記載の方法。
  10. がんを治療するための式Iの化合物:
    Figure 2023506215000064
    またはその塩もしくはプロドラッグ
    (式中、W、Y、Z、R2、RBおよびmは、請求項1に定義されるとおりである)。
  11. 前記式Iの化合物はUM171
    Figure 2023506215000065
    またはその薬学的に許容される塩である、請求項10に記載のがんを治療するための化合物。
  12. 前記式Iの化合物は、
    Figure 2023506215000066
    の臭化水素酸塩である、請求項10に記載のがんを治療するための化合物。
  13. 前記式Iの化合物は
    Figure 2023506215000067
    またはその薬学的に許容される塩である、請求項10に記載のがんを治療するための化合物。
  14. 前記式Iの化合物は表3で定義されるとおりであるか、またはその薬学的に許容される塩である、請求項10に記載のがんを治療するための化合物。
  15. 前記化合物は、経口、筋肉内、静脈内または皮下投与のために製剤化される、請求項10~14のいずれか一項に記載のがんを治療するための化合物。
  16. 前記化合物はLSD1、RCOR1、HDAC2およびCoRESTの少なくとも1つを分解する、請求項10~15のいずれか一項に記載のがんを治療するための化合物。
  17. 前記がんは、K27変異、EZH2変異またはPRC2変異に基づくがんである、請求項1~9のいずれか一項に記載の方法または請求項10~16のいずれか一項に記載の化合物。
  18. 増殖中のがん細胞を含む培地に請求項1~9のいずれか一項に記載の化合物を投与することを含むex vivoでがん細胞の増殖を阻害する方法であって、前記化合物は前記がん細胞の増殖に対して抗悪性腫瘍性を有する、方法。
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