JP2022552183A - 特性が改善されたpd-1標的化il-15/il-15rαfc融合タンパク質 - Google Patents

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Abstract

本発明は、バリアントIL-15タンパク質を含む融合タンパク質、バリアント抗PD-1抗原結合ドメインを含む融合タンパク質、並びにバリアントIL-15タンパク質及びバリアント抗PD-1抗原結合ドメインを含む融合タンパク質に関する。本発明はまた、そのような融合タンパク質を作製するための、核酸分子、発現ベクター、宿主細胞及び方法、並びにがんの処置におけるそのような融合タンパク質の使用に関する。【選択図】図154C

Description

関連出願の相互参照
本出願は、2019年10月11日に出願された米国仮出願第62/914,265号;2019年10月11日に出願された米国仮出願第62/914,317号;及び2020年4月16日に出願された米国仮出願第63/011,208号の優先権を主張し、これらの内容はそれぞれ参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
配列表
本出願は、ASCII形式にて電子的に提出されており、その全体が参照により本明細書に組み込まれる配列表を含む。2020年10月9日に作成された上記ASCIIコピーの名称は000218-0005-WO1_-_Sequence_Listing.txtであり、サイズは764,863バイトである。
がん免疫療法における2つの非常に有望なアプローチには、サイトカインベースの処置及びPD-1などの免疫チェックポイントタンパク質の遮断が含まれる。
IL-2及びIL-15などのサイトカインは、B細胞、T細胞、及びNK細胞の増殖及び分化を助ける機能を果たす。両方のサイトカインは、共通のガンマ鎖(γc;CD132)及びIL-2受容体β鎖(IL-2Rβ;CD122)の2つの共有受容体並びに各サイトカインに固有のα鎖受容体:IL-2受容体α(IL-2Rα;CD25)又はIL-15受容体α(IL-15Rα;CD215)からなる三量体複合体に結合することによってそれらの細胞シグナル伝達機能を発揮する。両方のサイトカインは、腫瘍学において潜在的に有益な治療薬と考えられており、IL-2は、転移性腎細胞癌腫及び悪性黒色腫の患者における使用が承認されている。現在、組換えIL-15の承認された使用はないが、いくつかの臨床試験が進行中である。しかし、潜在的な薬物として、両方のサイトカインは非常に速いクリアランスを受け、半減期は数分で測定される。IL-2免疫療法は、急速なクリアランスを克服するために高用量で投与された場合、全身毒性に関連している。このような全身毒性は、最近の臨床試験においてIL-15免疫療法でも報告されている(Guo et al.,J Immunol,2015,195(5):2353-64)。
PD-1などの免疫チェックポイントタンパク質は、PD-L1などの免疫チェックポイントリガンドへの結合時に活性化T細胞を枯渇させることによって自己免疫を排除するために、T細胞活性化後に上方制御される。しかしながら、免疫チェックポイントタンパク質はまた、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)においても上方制御され、免疫チェックポイントリガンドは腫瘍細胞上で過剰発現され、腫瘍細胞による免疫回避に寄与する。Opdivo(登録商標)(ニボルマブ)及びKeytruda(登録商標)(ペンブロリズマブ)などの薬物による免疫チェックポイント相互作用の遮断によるTILの抑制解除は、がんの処置に非常に有効であることが証明されている。ニボルマブ及びペンブロリズマブなどのチェックポイント遮断療法の有望性にもかかわらず、多くの患者は、チェックポイント遮断単独に対して十分な応答を達成できていない。
したがって、高用量を必要とせず、全身毒性を回避するために腫瘍を標的とするサイトカインを用いた治療戦略のための腫瘍学的処置の必要性は満たされていない。さらに、患者の応答率を増加させる可能性があるチェックポイント遮断と積み重ねるための追加の治療様式を特定する必要がある。追加の治療様式はチェックポイント遮断と競合すべきではないため、これは特に複雑であり得る。本発明は、安全性プロファイルを改善するための半減期の向上及びTILのより選択的な標的化を有し、それらが組み合わされ得るチェックポイント遮断抗体と競合しないPD-1標的化IL-15融合タンパク質を提供することによって、これらの必要性及び警告に対処する。
本発明の第1の態様は、a)N末端からC末端に向かってi)IL-15/Rα sushiドメイン;ii)第1のドメインリンカー;iii)IL-15ドメイン;及びiv)第1のバリアントFcドメインを含む第1のモノマー;b)VH-CH1-ヒンジ-CH2-CH3を含む重鎖(式中CH2-CH3は第2のバリアントFcドメインである)を含む第2のモノマー;並びにc)VL-CLを含む軽鎖を含む第3のモノマーを含む、標的化IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質を提供し、ここでVHドメイン及びVLドメインは、ヒトPD-1に結合する抗原結合ドメイン(ABD)を形成し、VHは、配列番号5と比較して、KabatナンバリングでF32L/W100Fアミノ酸置換を含むバリアント可変重ドメインであり、VLは、配列番号168と比較して、Kabatナンバリングで、N27dH/K30Y/S93Tを含むバリアント可変軽ドメインである。
いくつかの実施形態では、VHは配列番号318のアミノ酸配列を含み、VLは配列番号176のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、IL-15ドメインは、D30N/E64Q/N65D、N1D/N4D/D8N、N1D/N4D/N65D、N1D/D30N、N1D/D61N、N1D/D61N/E64Q/Q108E、N1D/E64Q、N1D/N65D、N1D/Q108E、N4D/D30N、N4D/D61N、N4D/D61N/N65D、N4D/D61N/E64Q/Q108E、N4D/E64Q、N4D/N65D、D8N/D61N、D8N/E64Q、D30N/E64Q、D30N/N65D、D30N/Q180E、D61N/E64Q/N65D、E64Q/N65D、E64Q/Q108E及びN65D/Q108Eからなる群から選択されるアミノ酸置換を含むバリアントIL-15ドメインである。いくつかの実施形態では、IL-15ドメインは、N71Q、N79Q、N112Q、S114del及びS114A、又はそれらの組合せからなる群から選択されるアミノ酸置換を含むバリアントIL-15ドメインである。いくつかの実施形態では、IL-15ドメインは、アミノ酸置換D30N/E64Q/N65D及びN71Q/N79Q/N112Qを含むバリアントIL-15ドメインである。
いくつかの実施形態では、第1のバリアントFcドメインは、ヒンジドメインの全部又は一部を含む。いくつかの実施形態では、第1のモノマーは、IL-15ドメインと第1のバリアントFcドメインとの間に第2のドメインリンカーをさらに含む。
本発明の第2の態様は、a)i)IL-15 Rα sushiドメインタンパク質;ii)第1のドメインリンカー;iii)配列番号2と比較してアミノ酸置換D30N/E64Q/N65D及びN71Q/N79Q/N112Qを含むバリアントIL-15タンパク質;及びiv)第1のバリアントFcドメインを含む、第1のモノマー;b)VH-CH1-ヒンジ-CH2-CH3を含む重鎖(式中CH2-CH3は第2のバリアントFcドメインである)を含む第2のモノマー;並びにc)VL-CLを含む軽鎖を含む第3のモノマーを含む、標的化IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質を提供し、ここでVHドメイン及びVLドメインは、ヒトPD-1に結合する抗原結合ドメイン(ABD)を形成する。
いくつかの実施形態では、VHは配列番号5のアミノ酸配列を含み、VLは配列番号168のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、VHは配列番号318のアミノ酸配列を含み、VLは配列番号176のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ABDは、ニボルマブ及び/又はペンブロリズマブとヒトPD-1との結合について競合しない。
いくつかの実施形態では、第1のバリアントFcドメインは、ヒンジドメインの全部又は一部を含む。いくつかの実施形態では、第1のモノマーは、IL-15ドメインと第1のバリアントFcドメインとの間に第2のドメインリンカーをさらに含む。
本発明の第3の態様は、a)i)IL-15 Rα sushiドメインタンパク質;ii)第1のドメインリンカー;iii)配列番号2と比較してアミノ酸置換D30N/E64Q/N65D及びN71Q/N79Q/N112Qを含むバリアントIL-15タンパク質;及びiv)第1のバリアントFcドメインを含む、第1のモノマー;b)VH-CH1-ヒンジ-CH2-CH3を含む重鎖(式中CH2-CH3は第2のバリアントFcドメインである)を含む第2のモノマー;並びにc)VL-CLを含む軽鎖を含む第3のモノマーを含む、標的化IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質を提供し、ここでVHドメイン及びVLドメインは、ヒトPD-1に結合する抗原結合ドメイン(ABD)を形成し、VHは、配列番号5と比較して、KabatナンバリングでF32L/W100Fアミノ酸置換を含むバリアント可変重ドメインであり、VLは、配列番号168と比較して、Kabatナンバリングで、N27dH/K30Y/S93Tを含むバリアント可変軽ドメインである。
いくつかの実施形態では、VHは配列番号318のアミノ酸配列を含み、VLは配列番号176のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、第1のバリアントFcドメインは、ヒンジドメインの全部又は一部を含む。いくつかの実施形態では、第1のモノマーは、IL-15ドメインと第1のバリアントFcドメインとの間に第2のドメインリンカーをさらに含む。
本発明の第4の態様は、a)N末端からC末端に向かってi)IL-15 Rα sushiドメインタンパク質;ii)第1のドメインリンカー;iii)配列番号2と比較してN71Q、N79Q、N112Q、S114del及びS114Aからなる群から選択されるアミノ酸置換を含むバリアントIL-15タンパク質;及びiv)第1のバリアントFcドメインを含む第1のモノマー;b)VH-CH1-ヒンジ-CH2-CH3を含む重鎖(式中CH2-CH3は第2のバリアントFcドメインである)を含む第2のモノマー;並びにc)VL-CLを含む軽鎖を含む第3のモノマーを含む、標的化IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質を提供し、ここでVHドメイン及びVLドメインは、ヒトPD-1に結合する抗原結合ドメインを形成し、VHは、配列番号5と比較して、Kabatナンバリングで、W100Fアミノ酸置換と、F32L、S52aG、R97E、R97Y、R97W、L98R、S100aT、R97A、V99T、V99L、S100aA、L98Q、R97Q、V99F、V99L、S100aN、V99I、P100bS、G96H、L98V、V99A、V99Q、G96V、R97K、L98S、L98F、R97T、L98K、L98S、V99I、R97L、G96A、R97A、V99S、R97S、V99Y、R97H、L98Rからなる群から選択される少なくとも1つのさらなるアミノ酸置換とを含むバリアント可変重ドメインであり、VLドメインが、i)配列番号168;及びii)配列番号168と比較してKabatナンバリングでN27dH、N27dS、K30Y、S93T及びY94Wからなる群から選択されるアミノ酸置換を含むバリアント軽ドメインからなる群から選択され、バリアントIL-15タンパク質は、N71Q/N79Q、N71Q/N79Q/N112Q、N71Q/N79Q/S114del及びN71Q/N79Q/S114Aからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む。
いくつかの実施形態では、バリアントIL-15タンパク質は、D30N/E64Q/N65D、N1D/N4D/D8N、N1D/N4D/N65D、N1D/D30N、N1D/D61N、N1D/D61N/E64Q/Q108E、N1D/E64Q、N1D/N65D、N1D/Q108E、N4D/D30N、N4D/D61N、N4D/D61N/N65D、N4D/D61N/E64Q/Q108E、N4D/E64Q、N4D/N65D、D8N/D61N、D8N/E64Q、D30N/E64Q、D30N/N65D、D30N/Q180E、D61N/E64Q/N65D、E64Q/N65D、E64Q/Q108E及びN65D/Q108Eからなる群から選択されるアミノ酸置換をさらに含む。
いくつかの実施形態では、バリアント重ドメインは配列番号318のアミノ酸配列を含み、バリアント軽ドメインは配列番号176のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、バリアントIL-15タンパク質は、アミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Qを含む。いくつかの実施形態では、バリアントIL-15タンパク質は、アミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Q及びD30N/N65Dを含む。いくつかの実施形態では、バリアントIL-15タンパク質は、アミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Q及びD30N/E64Q/N65Dを含む。いくつかの実施形態では、バリアント重ドメインはH1.176(配列番号318)であり、バリアント軽ドメインはL1.140(配列番号176)であり、バリアントIL-15タンパク質はアミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Q及びD30N/N65Dを含む。いくつかの実施形態では、バリアント重ドメインはH1.176(配列番号318)であり、バリアント軽ドメインはL1.140(配列番号176)であり、バリアントIL-15タンパク質はアミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Q及びD30N/E64Q/N65Dを含む。
いくつかの実施形態では、第1のドメインリンカーは、GGGGA(配列番号8)を含む。いくつかの実施形態では、第1のバリアントFcドメインは、ヒンジドメインの全部又は一部を含む。いくつかの実施形態では、第1のモノマーは、IL-15ドメインと第1のバリアントFcドメインとの間に第2のドメインリンカーをさらに含む。
本発明の第5の態様は、a)N末端からC末端に向かって、i)IL-15 Rα sushiドメインタンパク質;ii)第1のドメインリンカー;iii)バリアントIL-15タンパク質;及び iv)第1のバリアントFcドメインを含む第1のモノマー;b)VH-CH1-ヒンジ-CH2-CH3を含む重鎖(式中CH2-CH3は第2のバリアントFcドメインである)を含む第2のモノマー;並びにc)VL-CLを含む軽鎖を含む第3のモノマーを含む、標的化IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質を提供し、ここでVHドメイン及びVLドメインは、ヒトPD-1に結合する抗原結合ドメインを形成し、VHは、配列番号5と比較して、Kabatナンバリングで、W100Fアミノ酸置換と、F32L、S52aG、R97E、R97Y、R97W、L98R、S100aT、R97A、V99T、V99L、S100aA、L98Q、R97Q、V99F、V99L、S100aN、V99I、P100bS、G96H、L98V、V99A、V99Q、G96V、R97K、L98S、L98F、R97T、L98K、L98S、V99I、R97L、G96A、R97A、V99S、R97S、V99Y、R97H、L98Rからなる群から選択される少なくとも1つのさらなるアミノ酸置換とを含むバリアント可変重ドメインであり、VLドメインが、i)配列番号168;及びii)配列番号168と比較してKabatナンバリングでN27dH、N27dS、K30Y、S93T及びY94Wからなる群から選択されるアミノ酸置換を含むバリアント軽ドメインからなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、バリアント重ドメインは、H1.176、H1.177、H1.178、H1.179、H1.180、H1.181、H1.182、H1.183、H1.184、H1.185、H1.186、H1.187、H1.188、H1.189、H1.190、H1.191、H1.192、H1.193、H1.194、H1.195、H1.196、H1.197、H1.198、H1.199、H1.200、H1.201、H1.202、H1.203、H1.204、H1.205、H1.206、H1.207、H1.208、H1.209、H1.210、H1.211、H1.212、H1.213、H1.214、H1.215、H1.216、H1.217、H1.218、H1.219、H1.220、H1.221、H1.222、H1.223及びH1.224からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、バリアント軽ドメインは、L1.1、L1.3、L1.45、L1.117、L1.129、L1.135、L1.136及びL1.140からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、バリアント重ドメインは配列番号318のアミノ酸配列を含み、バリアント軽ドメインは配列番号176のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、第1のバリアントFcドメインは、ヒンジドメインの全部又は一部を含む。いくつかの実施形態では、第1のモノマーは、IL-15ドメインと第1のバリアントFcドメインとの間に第2のドメインリンカーをさらに含む。
本発明の第6の態様は、a)N末端からC末端に向かって、i)IL-15 Rα sushiドメインタンパク質;ii)第1のドメインリンカー;iii)配列番号2と比較してN71Q、N79Q、N112Q、S114del及びS114Aからなる群から選択されるアミノ酸置換を含むバリアントIL-15タンパク質;及びiv)第1のバリアントFcドメインを含む、第1のモノマー;b)VH-CH1-ヒンジ-CH2-CH3を含む重鎖(式中CH2-CH3は第2のバリアントFcドメインである)を含む第2のモノマー;並びにc)VL-CLを含む軽鎖を含む第3のモノマーを含む、標的化IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質を提供し、ここでVHドメイン及びVLドメインは、ヒトPD-1に結合し、かつヒトPD-1への結合についてニボルマブ及び/又はペンブロリズマブと競合しない抗原結合ドメインを形成する。
いくつかの実施形態では、バリアントIL-15タンパク質は、N71Q/N79Q、N71Q/N79Q/N112Q、N71Q/N79Q/S114del及びN71Q/N79Q/S114Aからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む。いくつかの実施形態では、バリアントIL-15タンパク質は、N1D/N4D/D8N、N1D/N4D/N65D、N1D/D30N、N1D/D61N、N1D/D61N/E64Q/Q108E、N1D/E64Q、N1D/N65D、N1D/Q108E、N4D/D30N、N4D/D61N、N4D/D61N/N65D、N4D/D61N/E64Q/Q108E、N4D/E64Q、N4D/N65D、D8N/D61N、D8N/E64Q、D30N/E64Q、D30N/N65D、D30N/E64Q/N65D、D30N/Q180E、D61N/E64Q/N65D、E64Q/N65D、E64Q/Q108E及びN65D/Q108Eからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む。いくつかの実施形態では、バリアントIL-15タンパク質は、アミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Qを含む。いくつかの実施形態では、バリアントIL-15タンパク質は、アミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Q及びD30N/N65Dを含む。いくつかの実施形態では、バリアントIL-15タンパク質は、アミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Q及びD30N/E64Q/N65Dを含む。
いくつかの実施形態では、第1のドメインリンカーは、GGGGA(配列番号8)である。いくつかの実施形態では、第1のバリアントFcドメインは、ヒンジドメインの全部又は一部を含む。いくつかの実施形態では、第1のモノマーは、IL-15ドメインと第1のバリアントFcドメインとの間に第2のドメインリンカーをさらに含む。
上記態様のいずれかのいくつかの実施形態では、第1のバリアントFcドメイン及び第2のバリアントFcドメインは、S364K/E357Q:L368D/K370S;L368D/K370S:S364K;L368E/K370S:S364K;T411E/K360E/Q362E:D401K;L368D/K370S:S364K/E357L,K370S:S364K/E357Q,T366S/L368A/Y407V:T366W及びT366S/L368A/Y407V/Y349C:T366W/S354C(EUナンバリングによる)からなる群から選択されるアミノ酸置換を含む。上記態様のいずれかのいくつかの実施形態では、第1のバリアントFcドメインはL368D/K370Sを含み、第2のバリアントFcドメインはS364K/E357Qを含む(EUナンバリングによる)。
上記態様のいずれかのいくつかの実施形態では、第1のバリアントFcドメイン及び第2のバリアントFcドメインはそれぞれ独立して、EUナンバリングで、G236R/L328R、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K/A327G、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K/A327G及びE233P/L234V/L235A/G236delからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む。上記態様のいずれかのいくつかの実施形態では、第1のバリアントFcドメイン及び第2のバリアントFcドメインはそれぞれ、EUナンバリングでアミノ酸置換E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含む。
上記態様のいずれかのいくつかの実施形態では、第1のFcドメインは、EUナンバリングでアミノ酸置換Q295E/N384D/Q418E/N481Dを含む。
上記態様のいずれかのいくつかの実施形態では、第1のバリアントFcドメイン及び第2のバリアントFcドメインはそれぞれ、EUナンバリングでアミノ酸置換M428L/N434Sを含む。
上記態様のいずれかのいくつかの実施形態では、第1のモノマーは、配列番号225のアミノ酸配列を含む。上記態様のいずれかのいくつかの実施形態では、第2のモノマーは、配列番号244のアミノ酸配列を含む。上記態様のいずれかのいくつかの実施形態では、第3のモノマーは、配列番号196のアミノ酸配列を含む。上記態様のいずれかのいくつかの実施形態では、第1のモノマーは配列番号225のアミノ酸配列を含み、第2のモノマーは配列番号244のアミノ酸配列を含み、第3のモノマーは配列番号196のアミノ酸配列を含む。
本発明の第7の態様は、a)配列番号5と比較して、Kabatナンバリングで、W100Fアミノ酸置換と、F32L、S52aG、R97E、R97Y、R97W、L98R、S100aT、R97A、V99T、V99L、S100aA、L98Q、R97Q、V99F、V99L、S100aN、V99I、P100bS、G96H、L98V、V99A、V99Q、G96V、R97K、L98S、L98F、R97T、L98K、L98S、V99I、R97L、G96A、R97A、V99S、R97S、V99Y、R97H、L98Rからなる群から選択される少なくとも1つのさらなるアミノ酸置換とを含むバリアント可変重ドメイン、及びb)、i)配列番号168;及びii)配列番号168と比較してKabatナンバリングでN27dH、N27dS、K30Y、S93T及びY94Wからなる群から選択されるアミノ酸置換を含むバリアント軽ドメインからなる群から選択される可変軽ドメインを含む抗PD-1抗原結合ドメイン(ABD)を含む組成物を提供し、ここでABDは、ヒトPD-1に結合する。
いくつかの実施形態では、バリアント重ドメインは、Kabatナンバリングでアミノ酸置換F32L/W100Fを有し、バリアント軽ドメインは、Kabatナンバリングでアミノ酸置換N27dH/K30Y/S93Tを有する。
いくつかの実施形態では、バリアント重ドメインは、H1.176、H1.177、H1.178、H1.179、H1.180、H1.181、H1.182、H1.183、H1.184、H1.185、H1.186、H1.187、H1.188、H1.189、H1.190、H1.191、H1.192、H1.193、H1.194、H1.195、H1.196、H1.197、H1.198、H1.199、H1.200、H1.201、H1.202、H1.203、H1.204、H1.205、H1.206、H1.207、H1.208、H1.209、H1.210、H1.211、H1.212、H1.213、H1.214、H1.215、H1.216、H1.217、H1.218、H1.219、H1.220、H1.221、H1.222、H1.223及びH1.224からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、バリアント軽ドメインは、L1.1、L1.3、L1.45、L1.117、L1.129、L1.135、L1.136及びL1.140からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、バリアント重ドメインは配列番号318のアミノ酸配列を含み、バリアント軽ドメインは配列番号176のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、組成物は、全長抗PD-1抗体を含む。いくつかの実施形態では、組成物は融合タンパク質を含む。いくつかの実施形態では、融合タンパク質は、XENP32435である。
本発明の第8の態様は、配列番号2と比較して、バリアントIL-15タンパク質を含む組成物であって、バリアントIL-15タンパク質が、N71Q、N79Q、N112Q、S114del及びS114Aからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む組成物を提供する。
いくつかの実施形態では、バリアントIL-15タンパク質は、N1D、N4D、D8N、D30N、D61N、E64Q、N65D及びQ108Eからなる群から選択されるアミノ酸置換をさらに含む。
いくつかの実施形態では、バリアントIL-15タンパク質は、N71Q/N79Q、N71Q/N79Q/N112Q、N71Q/N79Q/S114del及びN71Q/N79Q/S114Aからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む。いくつかの実施形態では、バリアントIL 15タンパク質は、N1D/N4D/D8N、N1D/N4D/N65D、N1D/D30N、N1D/D61N、N1D/D61N/E64Q/Q108E、N1D/E64Q、N1D/N65D、N1D/Q108E、N4D/D30N、N4D/D61N、N4D/D61N/N65D、N4D/D61N/E64Q/Q108E、N4D/E64Q、N4D/N65D、D8N/D61N、D8N/E64Q、D30N/E64Q、D30N/N65D、D30N/E64Q/N65D、D30N/Q180E、D61N/E64Q/N65D、E64Q/N65D、E64Q/Q108E及びN65D/Q108Eからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む。いくつかの実施形態では、バリアントIL 15タンパク質は、アミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Qを含む。いくつかの実施形態では、バリアントIL 15タンパク質は、アミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Q及びD30N/N65Dを含む。いくつかの実施形態では、バリアントIL-15タンパク質は、アミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Q及びD30N/E64Q/N65Dを含む。
本発明の第9の態様は、a)i)配列番号2と比較してアミノ酸置換D30N/E64Q/N65D及びN71Q/N79Q/N112Qを含むバリアントIL-15タンパク質と;ii)ドメインリンカーと;iii)第1のバリアントFcドメインとを含む第1の融合タンパク質;及びb)i)IL-15Rα sushiドメインと;ii)ドメインリンカー;とiii)第2のバリアントFcドメインとを含む第2の融合タンパク質を含む、ヘテロ二量体タンパク質を提供する。
いくつかの実施形態では、バリアントIL-15融合タンパク質は、配列番号319のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、第1のバリアントFcドメイン及び第2のバリアントFcドメインは、S364K/E357Q:L368D/K370S;L368D/K370S:S364K;L368E/K370S:S364K;T411E/K360E/Q362E:D401K;L368D/K370S:S364K/E357L,K370S:S364K/E357Q,T366S/L368A/Y407V:T366W及びT366S/L368A/Y407V/Y349C:T366W/S354C(EUナンバリングによる)からなる群から選択されるアミノ酸置換を含む。いくつかの実施形態では、第1のバリアントFcドメインはL368D/K370Sを含み、第2のバリアントFcドメインはS364K/E357Qを含む(EUナンバリングによる)。
いくつかの実施形態では、第1のバリアントFcドメイン及び第2のバリアントFcドメインは、428L/434Sを含む。
いくつかの実施形態では、第1の融合タンパク質は配列番号208のアミノ酸配列を含み、第2の融合タンパク質は配列番号95のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、第1の融合タンパク質は配列番号211のアミノ酸配列を含み、第2の融合タンパク質は配列番号206のアミノ酸配列を含む。
本発明のさらなる態様は、(a)上記融合タンパク質のいずれか;(b)上記の抗PD-1 ABDのいずれか;(c)バリアントIL-15タンパク質を含む上記組成物のいずれか、又は(d)上記ヘテロ二量体タンパク質のいずれかを発現するための核酸分子、核酸組成物、発現ベクター、発現ベクター組成物、宿主細胞及び方法を提供する。
本発明のさらなる態様は、薬学的に許容され得る担体と、(a)上記融合タンパク質のいずれか;(b)上記の抗PD-1 ABDのいずれか;(c)バリアントIL-15タンパク質を含む上記組成物のいずれか、又は(d)上記ヘテロ二量体タンパク質のいずれかとを含む医薬組成物を提供する。
本発明のさらなる態様は、治療有効量の(a)上記融合タンパク質のいずれか;(b)上記の抗PD-1 ABDのいずれか;(c)バリアントIL-15タンパク質を含む上記組成物のいずれか;(d)上記ヘテロ二量体タンパク質のいずれか;又は(e)上記の医薬組成物のいずれかを、がんの処置を必要とする対象に投与することを含む、対象におけるがんを処置する方法を提供する。
いくつかの実施形態では、本方法は、治療有効量のチェックポイント遮断抗体を投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、チェックポイント遮断抗体は抗PD-1抗体又は抗PD-L1抗体である。いくつかの実施形態では、チェックポイント遮断抗体はニボルマブ又はペンブロリズマブである。
本発明のさらなる態様は、がんの処置を必要とする対象におけるがんを処置するための医薬の製造における、(a)上記融合タンパク質のいずれか;(b)上記の抗PD-1 ABDのいずれか;(c)バリアントIL-15タンパク質を含む上記組成物のいずれか;(d)上記ヘテロ二量体タンパク質のいずれか;又は(e)上記の医薬組成物のいずれかの使用を提供する。
いくつかの実施形態では、医薬は、治療有効量のチェックポイント遮断抗体と組み合わせて投与されるように製剤化される。いくつかの実施形態では、チェックポイント遮断抗体は抗PD-1抗体又は抗PD-L1抗体である。いくつかの実施形態では、チェックポイント遮断抗体はニボルマブ又はペンブロリズマブである。
本発明のさらなる態様は、がんの処置を必要とする対象におけるがんの処置での使用のための、(a)上記融合タンパク質のいずれか;(b)上記の抗PD-1 ABDのいずれか;(c)バリアントIL-15タンパク質を含む上記組成物のいずれか;(d)上記ヘテロ二量体タンパク質のいずれか;又は(e)上記の医薬組成物のいずれかを提供する。
いくつかの実施形態では、融合タンパク質抗PD-1 ABD、バリアントIL-15タンパク質を含む組成物、ヘテロ二量体タンパク質又は医薬組成物は、治療有効量のチェックポイント遮断抗体と組み合わせて投与される。いくつかの実施形態では、チェックポイント遮断抗体は抗PD-1抗体又は抗PD-L1抗体である。いくつかの実施形態では、チェックポイント遮断抗体はニボルマブ又はペンブロリズマブである。
本特許又は出願ファイルには、カラーで作成された少なくとも1つの図面が含まれている。カラー図面(複数可)を含む本特許又は特許出願公開のコピーは、申請に応じて、必要な手数料を支払うことにより、特許庁から提供されることになる。
図1A及び図1Bは、IL-15及びその受容体の配列を示す。
図2は、臨床開発を容易にするためにヒトとカニクイザルの両方に結合する抗原結合ドメインの開発を促進するための、ヒトとカニクイザルの両方のPD-1の配列を示す。
図3A~図3Eは、Fcヘテロ二量体化バリアントセット(スキューバリアント及びpIバリアントを含む)の有用な対を示す。対応する「モノマー2」バリアントが存在しないバリアントが存在する。これらは、いずれかのモノマー上で単独で使用することができるpIバリアントである。
図4は、アイソステリックのバリアント抗体の定常領域及びそれらのそれぞれの置換のリストを示す。pI_(-)はより低いpIバリアントを示し、pI_(+)はより高いpIバリアントを示す。これらは、本発明の他のヘテロ二量体化バリアント(及び他のバリアントのタイプも同様に本明細書に概説される)と、任意に、かつ独立して組み合わせることができる。
図5は、FcγR結合を消失させる有用な除去バリアント(「ノックアウト」又は「KO」バリアントと呼ばれることもある)を示す。一般に、除去バリアントは両方のモノマーに見られるが、場合によっては1つのモノマーのみにあってもよい。
図6A~図6Eは、本発明のIL-15/Rα-Fc融合タンパク質の「非サイトカイン」成分の特に有用な実施形態を示す。
図7A~図7Fは、本発明のIL-15/Rα×抗PD-1二機能性タンパク質の「非サイトカイン」/「非Fv」成分の特に有用な実施形態を示す。
図8は、IL-15/Rα-Fc融合タンパク質において使用するためのいくつかの例示的な可変長ドメインリンカーを示す。いくつかの実施形態では、これらのドメインリンカーは、IL-15及び/又はIL-15Rα(sushi)のC末端をFc領域のN末端に連結する用途を見出す。いくつかの実施形態では、これらのドメインリンカーは、IL-15をIL-15Rα(sushi)に融合する用途を見出す。いくつかの実施形態では、これらのドメインリンカーは、一本鎖FvをFc鎖に連結する用途を見出す。いくつかの実施形態では、ドメインリンカーは、VHドメイン及びVLドメインを連結するために使用されるscFvリンカーであり、任意に荷電され得る。いくつかの実施形態では、これらのリンカーを組み合わせてもよい。例えば、GGGGSリンカーを「半ヒンジ」リンカーと組み合わせてもよい。
図9は、1つ又は複数のscFvを成分として利用するヘテロ二量体抗体のpIを増加又は減少させるのに使用されるいくつかの荷電scFvリンカーを示す。(+H)陽性リンカーは、本明細書において特定の用途が見出される。単一電荷を有する単一の先行技術のscFvリンカーは、Whitlow et al.,Protein Engineering 6(8):989-995(1993)から「Whitlow」と称される。このリンカーは、scFvにおいて、凝集を減少させ、タンパク質分解安定性を増強するために使用されたことに留意すべきである。いくつかの実施形態では、これらのリンカーは、IL-15及び/又はIL-15Rα(sushi)のC末端をFc領域のN末端に連結する;及び/又はIL-15をIL-15/Rα(sushi)に連結する用途を見出す。
図10A~図10Dは、サイトカイン配列を含まない、ヒトIgG1に基づくいくつかの有用なIL-15/Rα-Fcフォーマット骨格の配列を示す(例えば、IL-15及び/又はIL-15Rα(sushi))。これらの骨格はまた、PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質のある特定の実施形態において用途を見出すことができることに留意することが重要である。骨格1はヒトIgG1(356E/358Mアロタイプ)に基づいており、両方の鎖上のC220S、S364K/E357Q:L368D/K370Sスキューバリアント、L368D/K370Sスキューバリアントを有する鎖上のQ295E/N384D/Q418E/N421D pIバリアント、及び両方の鎖上のE233P/L234V/L235A/G236del/S267K除去バリアントを含む。骨格2はヒトIgG1(356E/358Mアロタイプ)に基づいており、両方の鎖上のC220S、S364K:L368D/K370Sスキューバリアント、L368D/K370Sスキューバリアントを有する鎖上のQ295E/N384D/Q418E/N421D pIバリアント、及び両方の鎖上のE233P/L234V/L235A/G236del/S267K除去バリアントを含む。骨格3はヒトIgG1(356E/358Mアロタイプ)に基づいており、両方の鎖上のC220S、S364K:L368E/K370Sスキューバリアント、L368E/K370Sスキューバリアントを有する鎖上のQ295E/N384D/Q418E/N421D pIバリアント、及び両方の鎖上のE233P/L234V/L235A/G236del/S267K除去バリアントを含む。骨格4はヒトIgG1(356E/358Mアロタイプ)に基づいており、両方の鎖上のC220S、D401K:K360E/Q362E/T411Eスキューバリアント、K360E/Q362E/T411Eスキューバリアントを有する鎖上のQ295E/N384D/Q418E/N421D pIバリアント、及び両方の鎖上のE233P/L234V/L235A/G236del/S267K除去バリアントを含む。骨格5はヒトIgG1(356D/358Lアロタイプ)に基づいており、両方の鎖上のC220S、S364K/E357Q:L368D/K370Sスキューバリアント、L368D/K370Sスキューバリアントを有する鎖上のQ295E/N384D/Q418E/N421D pIバリアント、及び両方の鎖上のE233P/L234V/L235A/G236del/S267K除去バリアントを含む。骨格6はヒトIgG1(356E/358Mアロタイプ)に基づいており、両方の鎖上のC220S、S364K/E357Q:L368D/K370Sスキューバリアント、L368D/K370Sスキューバリアントを有する鎖上のQ295E/N384D/Q418E/N421D pIバリアント、及び両方の鎖上のE233P/L234V/L235A/G236del/S267K除去バリアント、並びに両方の鎖上のN297Aバリアントを含む。骨格7は、突然変異がN297Sであることを除いて、6と同一である。骨格6及び7の代替フォーマットは、両方の鎖上の除去バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを除外することができる。骨格8は、ヒトIgG4に基づいており、S364K/E357Q:L368D/K370Sスキューバリアント、L368D/K370Sスキューバリアントを有する鎖上のQ295E/N384D/Q418E/N421D pIバリアント、並びに当技術分野で知られているようにFabアーム交換を除去させる両方の鎖上のS228P(EUナンバリング、これはKabatではS241Pである)バリアントを含む。骨格9は、ヒトIgG2に基づいており、S364K/E357Q:L368D/K370Sスキューバリアント、L368D/K370Sスキューバリアントを有する鎖上のQ295E/N384D/Q418E/N421D pIバリアントを含む。骨格10は、ヒトIgG2に基づいており、S364K/E357Q:L368D/K370Sスキューバリアント、L368D/K370Sスキューバリアントを有する鎖上のQ295E/N384D/Q418E/N421D pIバリアント並びに両方の鎖上のS267Kバリアントを含む。骨格11は、M428L/N434S Xtend突然変異を含むことを除いて、骨格1と同一である。骨格12は、ヒトIgG1(356E/358Mアロタイプ)に基づいており、両方の同一鎖上にC220S、両方の同一鎖上にE233P/L234V/L235A/G236del/S267K除去バリアントを含む。骨格13はヒトIgG1(356E/358Mアロタイプ)に基づいており、両方の鎖上のC220S、S364K/E357Q:L368D/K370Sスキューバリアント、S364K/E357Qスキューバリアントを有する鎖上のP217R/P228R/N276K pIバリアント、及び両方の鎖上のE233P/L234V/L235A/G236del/S267K除去バリアントを含む。
当業者によって理解され、以下に概説されるように、これらの配列は、図14A~図14Gに概略的に示されるように、IL-15/Rα-ヘテロFc、ncIL-15/Rα及びscIL-15/Rαを含むがこれらに限定されない、本明細書に概説される任意のIL-15及びIL-15Rα(sushi)対と共に使用することができる。さらに、任意のIL-15及び/又はIL-15Rα(sushi)バリアントを任意の組合せでこれらの図10A~図10Cの骨格に組み込むことができる。
これらの骨格のそれぞれには、列挙された配列と90、95、98及び99%同一(本明細書で定義)である配列、及び/又は、1、2、3、4、5、6、7、8、9若しくは10の追加のアミノ酸置換(図の「親」と比較して、当業者には理解できるように、親ヒトIgG1(又は骨格によってはIgG2若しくはIgG4)と比較してすでに多数のアミノ酸改変が含まれている)が含まれる。すなわち、列挙された骨格は、この図の骨格内に含まれるスキュー、pI及び除去バリアントに加えて、追加のアミノ酸改変(一般にアミノ酸置換)を含み得る。
図11は、サイトカイン配列(例えば、IL-15及び/又はIL-15Rα(sushi))又はVHを含まず、さらに図12に示される同族軽鎖骨格を除外した、ヒトIgG1に基づくいくつかの有用なPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合フォーマット骨格の配列を示す。骨格1はヒトIgG1(356E/358Mアロタイプ)に基づいており、S364K/E357Q:L368D/K370Sスキューバリアント、L368D/K370Sスキューバリアントを有する鎖上のC220S及びQ295E/N384D/Q418E/N421D pIバリアント、並びに、両方の鎖上のE233P/L234V/L235A/G236del/S267K除去バリアントを含む。骨格2はヒトIgG1(356E/358Mアロタイプ)に基づいており、S364K/E357Q:L368D/K370Sスキューバリアント、L368D/K370Sスキューバリアントを有する鎖上のN208D/Q295E/N384D/Q418E/N421D pIバリアント、S364K/E357Qバリアントを有する鎖内のC220S並びに、両方の鎖上のE233P/L234V/L235A/G236del/S267K除去バリアントを含む。骨格3はヒトIgG1(356E/358Mアロタイプ)に基づいており、S364K/E357Q:L368D/K370Sスキューバリアント、L368D/K370Sスキューバリアントを有する鎖上のN208D/Q295E/N384D/Q418E/N421D pIバリアント、S364K/E357Qバリアントを有する鎖上のQ196K/I199T/P217R/P228R/N276K pIバリアント並びに、両方の鎖上のE233P/L234V/L235A/G236del/S267K除去バリアントを含む。
ある特定の実施形態において、これらの配列は、356D/358Lアロタイプのものであり得る。他の実施形態では、これらの配列は、N297A又はN297S置換のいずれかを含み得る。いくつかの他の実施形態では、これらの配列は、M428L/N434S Xtend突然変異を含み得る。さらに他の実施形態では、これらの配列は、代わりにヒトIgG4に基づくことができ、当技術分野で公知のようにFabアーム交換を除去する、両方の鎖上のS228P(EUナンバリング、これはKabatではS241Pである)バリアントを含む。またさらなる実施形態では、これらの配列は、代わりにヒトIgG2に基づくことができる。さらに、これらの配列は、代わりに、図3A~図3E、図4、及び図5に示される他のスキューバリアント、pIバリアント、及び除去バリアントを利用し得る。
当業者によって理解され、以下に概説されるように、これらの配列は、図53に概略的に示されるように、scIL-15/Rα、ncIL-15/Rα、及びdsIL-15Rαを含むがこれらに限定されない、本明細書に概説される任意のIL-15及びIL-15Rα(sushi)対と共に使用することができる。さらに、当業者によって理解され、以下に概説されるように、任意のIL-15及び/又はIL-15Rα(sushi)バリアントをこれらの骨格に組み込むことができる。さらに、当業者によって理解され、以下に概説されるように、これらの配列は、scFv又はFabのいずれかを含む、本明細書に概説される任意のVH及びVL対と共に使用することができる。
これらの骨格のそれぞれには、列挙された配列と90、95、98及び99%同一(本明細書で定義)である配列、及び/又は、1、2、3、4、5、6、7、8、9若しくは10の追加のアミノ酸置換(図の「親」と比較して、当業者には理解できるように、親ヒトIgG1(又は骨格によってはIgG2若しくはIgG4)と比較してすでに多数のアミノ酸改変が含まれている)が含まれる。すなわち、列挙された骨格は、この図の骨格内に含まれるスキュー、pI及び除去バリアントに加えて、追加のアミノ酸改変(一般にアミノ酸置換)を含み得る。
図12は、本発明のPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質において用途が見出される同族軽鎖(すなわち、定常軽鎖)の「非Fv」骨格を示す。
図13A~13Gは、本発明のIL-15/Rα-Fc融合タンパク質に関するいくつかのフォーマットを示す。IL-15Rαヘテロ二量体Fc融合物又は「IL-15/Rα-ヘテロFc」(図13A)は、ヘテロ二量体Fcの一方の側に組換え融合されたIL-15及びヘテロ二量体Fcの他方の側に組換え融合されたIL-15Rα(sushi)を含む。IL-15及びIL-15Rα(sushi)は、Fc領域のC末端とN末端との間に可変長のGly-Serリンカーを有し得る。一本鎖IL-15/Rα-Fc融合物又は「scIL-15/Rα-Fc」(図13B)は、可変長リンカー(「一本鎖」IL-15/IL-15Rα(sushi)複合体又は「scIL-15/Rα」と呼ばれる)によってIL-15に融合したIL-15Rα(sushi)を含み、次いで、これをヘテロ二量体Fc領域のN末端に融合し、分子の他方の側は「Fcのみ」又は「空Fc」である。非共有結合IL-15/Rα-Fc又は「ncIL-15/Rα-Fc」(図13C)は、ヘテロ二量体Fc領域に融合したIL-15Rα(sushi)を含むが、IL-15は、非共有結合IL-15/Rα複合体が形成されるように別々にトランスフェクトされ、分子の他方の面は「Fcのみ」又は「空Fc」である。二価の非共有結合性IL-15/Rα-Fc融合物又は「二価のncIL-15/Rα-Fc」(図13D)は、ホモ二量体Fc領域のN末端に融合したIL-15Rα(sushi)を含むが、IL-15は、非共有結合性IL-15/Rα複合体が形成されるように別々にトランスフェクトされる。二価一本鎖IL-15/Rα-Fc融合物又は「二価scIL-15/Rα-Fc」(図13E)は、可変長リンカー(「一本鎖」IL-15/IL-15Rα(sushi)複合体又は「scIL-15/Rα」と呼ばれる)によってIL-15Rα(sushi)に融合したIL-15を含み、次いで、これをホモ二量体Fc領域のN末端に融合する。Fc-非共有結合IL-15/Rα融合物又は「Fc-ncIL-15/Rα」(図13F)は、ヘテロ二量体Fc領域のC末端に融合したIL-15Rα(sushi)を含むが、IL-15は、非共有結合IL-15/Rα複合体が形成されるように別々にトランスフェクトされ、分子の他方の面は「Fcのみ」又は「空Fc」である。Fc-一本鎖IL-15/Rα融合物又は「Fc-scIL-15/Rα」(図13G)は、可変長リンカー(「一本鎖」IL-15/IL-15Rα(sushi)複合体又は「scIL-15/Rα」と呼ばれる)によってIL-15Rα(sushi)に融合したIL-15を含み、次いで、これをヘテロ二量体Fc領域のC末端に融合し、分子の他方の側は「Fcのみ」又は「空Fc」である。
図14は、「IL-15/Rα-ヘテロFc」フォーマットの例示的なIL-15/Rα-Fc融合タンパク質の配列を示す。IL-15及びIL-15Rα(sushi)に下線を付し、リンカーに二重下線を付し(当業者には理解されるように、リンカーは他のリンカーに置き換えることができ、その一部は図8に示されている)、斜線(/)はIL-15、IL-15Rα、リンカー及びFc領域の境界を示す。
図15は、「scIL-15/Rα-Fc」フォーマットの例示的なIL-15/Rα-Fc融合タンパク質の配列を示す。IL-15及びIL-15Rα(sushi)に下線を付し、リンカーに二重下線を付し(当業者には理解されるように、リンカーは他のリンカーに置き換えることができ、その一部は図8に示されている)、斜線(/)はIL-15、IL-15Rα、リンカー及びFc領域の境界を示す。
図16は、「ncIL-15/Rα-Fc」フォーマットの例示的なIL-15/Rα-Fc融合タンパク質の配列を示す。IL-15及びIL-15Rα(sushi)に下線を付し、リンカーに二重下線を付し(当業者には理解されるように、リンカーは他のリンカーに置き換えることができ、その一部は図8に示されている)、斜線(/)はIL-15、IL-15Rα、リンカー及びFc領域の境界を示す。
図17A~17Cは、FACSによって測定されるKi67発現に基づくscIL-15/Rα-Fcフォーマット(XENP21478)及びncIL-15/Rα-Fcフォーマット(XENP21479)の例示的なIL-15/Rα-Fc融合タンパク質によるA)NK(CD56/CD16)細胞、B)CD4T細胞、及びC)CD8T細胞増殖の誘導を示す図である。
図18は、IL-15Rα、IL-2Rβ及び共通γ鎖と複合体化したIL-15の構造を示す。効力を低下させるように設計された置換の位置を示す。
図19A~図19Cは、効力を低下させることを目的として操作された例示的なIL-15バリアントの配列を示す。これらのバリアントIL-15配列のそれぞれには、列挙された配列と90、95、98及び99%同一(本明細書で定義)である配列、及び/又は、1、2、3、4、5、6、7、8、9若しくは10の追加のアミノ酸置換を含む配列が含まれる。当業者に明らかであるように、IL-15バリアントは、本明細書中に記載されるIL-15/Rα-Fc融合タンパク質及びPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質のいずれかにおいて使用され得る。
図20は、効力を低下させることを目的として操作されたIL-15バリアントを含む「IL-15/Rα-ヘテロFc」フォーマットの例示的なIL-15/Rα-Fc融合タンパク質の配列を示す。IL-15及びIL-15Rα(sushi)に下線を付し、リンカーに二重下線を付し(当業者には理解されるように、リンカーは他のリンカーに置き換えることができ、その一部は図65に示されている)、斜線(/)はIL-15、IL-15Rα、リンカー及びFc領域の境界を示す。
図21A~図21Bは、効力を低下させることを目的として操作されたIL-15バリアントを含む「scIL-15/Rα-Fc」フォーマットの例示的なIL-15/Rα-Fc融合タンパク質の配列を示す。IL-15及びIL-15Rα(sushi)に下線を付し、リンカーに二重下線を付し(当業者には理解されるように、リンカーは他のリンカーに置き換えることができ、その一部は図65に示されている)、斜線(/)はIL-15、IL-15Rα、リンカー及びFc領域の境界を示す。
図22A~図22Bは、示された試験物とのインキュベーション後にKi67を発現する、A)CD4CD45RA細胞及びB)CD8CD45RA細胞のパーセンテージを示す。
図23は、XENP15074(モアトビズマブ及びE233P/L234V/L235A/G236del/S267K置換を有するヒトIgG1 Fcに基づく二価抗RSV mAb)のアミノ酸配列を示す。CDRには下線が引かれ、斜線は可変領域の境界を示す。
図24は、A)XENP16432(ニボルマブ及びE233P/L234V/L235A/G236del/S267K置換を有するヒトIgG1 Fcに基づく二価抗PD-1 mAb)、B)XENP21641(ペンブロリズマブ)、及び、C)XENP28437(ペンブロリズマブ及びE233P/L234V/L235A/G236del/S267K置換を有するヒトIgG1 Fcに基づく二価抗PD-1 mAb)のアミノ酸配列を示す。CDRには下線が引かれ、斜線は可変領域の境界を示す。
図25は、ハイブリドーマクローン1C11及び重鎖にE233P/L234V/L235A/G236del/S267K置換を有するヒトIgG1の可変領域に基づくキメラ及びヒト化抗PD-1抗体であるXENP21575の配列を示す。CDRには下線が引かれ、斜線は可変ドメインの境界を示す。本明細書で留意され、CDRを含有する本明細書の全ての配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は、表1に示されるように使用されるナンバリングに応じてわずかに異なり得、したがって、本明細書には、下線が引かれているCDRだけでなく、他のナンバリングシステムを使用してV及びVドメイン内に含まれるCDRも含まれる。当業者によって理解されるように、V及びVドメインは、本発明のPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質において使用するためのFab又はscFvとしてフォーマットされ得る。
図26は、重鎖にE233P/L234V/L235A/G236del/S267K置換を有する二価ヒトIgG1フォーマットの抗PD-1 mAb A及びmAb Bの例示的なヒト化バリアントの配列を示す。CDRには下線が引かれ、斜線は可変ドメインの境界を示す。本明細書で留意され、CDRを含有する本明細書の全ての配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は、表1に示されるように使用されるナンバリングに応じてわずかに異なり得、したがって、本明細書には、下線が引かれているCDRだけでなく、他のナンバリングシステムを使用してVHドメイン及びVLドメイン内に含まれるCDRも含まれる。当業者によって理解されるように、VHドメイン及びVLドメインは、本発明のPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質において使用するためのFab又はscFvとしてフォーマットされ得る。
図27は、正規化BLI応答Octetによって示される、XENP16432(ニボルマブに基づく二価抗PD-1 mAb)、XENP21461(ペンブロリズマブ)、キメラmAb A(chmAb A)、キメラmAb B(chmAb B)、及び1C11に基づくmAbのエピトープ・ビニングを示す。0.5を超える正規化BLI応答は、抗体対が同じエピトープにビニング(bin to)しないことを示す。
図28A~図28Hは、本発明のPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質に関するいくつかのフォーマットを示す。「scIL-15/Rα x scFv」フォーマット(図28A)は、可変長リンカー(「scIL-15/Rα」と呼ばれる)によってIL-15に融合されたIL-15Rα(sushi)を含み、次いでこれがヘテロ二量体Fc領域のN末端に融合され、scFvがヘテロ二量体Fcの他方の側に融合される。「scFv x ncIL-15/Rα」フォーマット(図28B)は、ヘテロ二量体Fc領域のN末端に融合したscFvを含み、IL-15Rα(sushi)はヘテロ二量体Fcの他方の側に融合し、IL-15は、非共有結合IL-15/Rα複合体が形成されるように別々にトランスフェクトされる。「scIL-15/Rα x Fab」フォーマット(図28C)は、可変長リンカー(「scIL-15/Rα」と呼ばれる)によってIL-15に融合されたIL-15Rα(sushi)を含み、次いでこれがヘテロ二量体Fc領域のN末端に融合され、可変重鎖(VH)はヘテロ二量体Fcの他方の側に融合され、対応する軽鎖はVHとFabを形成するように別々にトランスフェクトされる。「ncIL-15/Rα x Fab」フォーマット(図28D)は、ヘテロ二量体Fc領域のN末端に融合したVHを含み、IL-15Rα(sushi)はヘテロ二量体Fcの他方の側に融合され、対応する軽鎖はVHとFabを形成するように別々にトランスフェクトされ、IL-15は非共有結合IL-15/Rα複合体が形成されるように別々にトランスフェクトされる。「mAb-scIL-15/Rα」フォーマット(図28E)は、第1及び第2のヘテロ二量体FcのN末端に融合されたVHを含み、IL-15はIL-15Rα(sushi)に融合され、次いでこれがヘテロ二量体Fc領域の1つのC末端にさらに融合され、対応する軽鎖はVHとFabを形成するように別々にトランスフェクトされる。「mAb-ncIL-15/Rα」フォーマット(図28F)は、第1及び第2のヘテロ二量体FcのN末端に融合したVHを含み、IL-15Rα(sushi)はヘテロ二量体Fc領域のC末端に融合され、対応する軽鎖はVHとFabを形成するように別々にトランスフェクトされ、IL-15は非共有結合IL-15/Rα複合体が形成されるように別々にトランスフェクトされる。「central-IL-15/Rα」フォーマット(図28G)は、IL-15のN末端に組換え融合されたVHを含み、これが次いで、ヘテロ二量体Fcの一方の側にさらに融合され、VHがIL-15Rα(sushi)のN末端に組換え融合され、これが次いでヘテロ二量体Fcの他方の側にさらに融合され、対応する軽鎖は、VHとFabを形成するように別々にトランスフェクトされる。「central-scIL-15/Rα」フォーマット(図28H)は、IL-15に融合されたIL-15Rα(sushi)のN末端に融合されたVHを含み、これが次いで、ヘテロ二量体Fcの一方の側にさらに融合され、VHがヘテロ二量体Fcの他方の側に融合され、対応する軽鎖は、VHとFabを形成するように別々にトランスフェクトされる。
図29は、「scIL-15/Rα x Fab」フォーマットの例示的な[C]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質の配列を示す。CDRは太字である。本明細書で留意され、CDRを含有する本明細書の全ての配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は、表1に示されるように使用されるナンバリングに応じてわずかに異なり得、したがって、本明細書には、下線が引かれているCDRだけでなく、他のナンバリングシステムを使用してVHドメイン及びVLドメイン内に含まれるCDRも含まれる。IL-15及びIL-15Rα(sushi)はイタリック体であり、リンカーに二重下線を付し(当業者には理解されるように、リンカーは他のリンカーに置き換えることができ、その一部は図65及び図66に示されている)、斜線(/)はIL-15、IL-15Rα、リンカー、可変領域及び定常/Fc領域の境界を示す。当業者には明らかであるように、記載される標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質のそれぞれは、Xtend Fc(M428L/N434S)を含むことができ、又は除外することができる。図30A~図30Bは、Octet(並びに関連するセンサーグラム)によって決定されるPD-1に対するXENP22553の親和性を示す。
図30A~図30Cは、「scIL-15/Rα x Fab」フォーマットの例示的な[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質の配列を示す。CDRには下線が引かれている。本明細書で留意され、CDRを含有する本明細書の全ての配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は、表1に示されるように使用されるナンバリングに応じてわずかに異なり得、したがって、本明細書には、下線が引かれているCDRだけでなく、他のナンバリングシステムを使用してVHドメイン及びVLドメイン内に含まれるCDRも含まれる。IL-15及びIL-15Rα(sushi)はイタリック体であり、リンカーに二重下線を付し(当業者には理解されるように、リンカーは他のリンカーに置き換えることができ、その一部は図65及び図66に示されている)、斜線(/)はIL-15、IL-15Rα、リンカー、可変領域及び定常/Fc領域の境界を示す。当業者には明らかであるように、記載される標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質のそれぞれは、Xtend Fc(M428L/N434S)を含むことができ、又は除外することができる。図32A~図32Dは、(A)XENP21641(ペンブロリズマブ)及び(B)XENP28437(ペンブロリズマブ及びE233P/L234V/L235A/G236del/S267K置換を有するヒトIgG1 Fcに基づく二価抗PD-1 mAb)のアミノ酸配列を示す。CDRには下線が引かれ、斜線は可変領域の境界を示す。
図31A~図31Bは、対照RSV標的化IL-15/Rα-Fc融合物の配列を示す。CDRには下線が引かれている。本明細書で留意され、CDRを含有する本明細書の全ての配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は、表1に示されるように使用されるナンバリングに応じてわずかに異なり得、したがって、本明細書には、下線が引かれているCDRだけでなく、他のナンバリングシステムを使用してVHドメイン及びVLドメイン内に含まれるCDRも含まれる。IL-15及びIL-15Rα(sushi)はイタリック体であり、リンカーに二重下線を付し(当業者には理解されるように、リンカーは他のリンカーに置き換えることができ、その一部は図65及び図66に示されている)、斜線(/)はIL-15、IL-15Rα、リンカー、可変領域及び定常/Fc領域の境界を示す。当業者には明らかなように、記載される標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質のそれぞれは、Xtend Fc(M428L/N434S)も含み得る。
図32A~図32Bは、PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物(XENP28532、XENP28692、及びXENP25850)並びに対照RSV標的化IL-15/Rα-Fc融合物(XENP26007)及び抗PD-1 mAb(XENP28519)とのインキュベーション後の、A)CD8T細胞及びB)CD4T細胞の増殖を示す。
図33A~図33Bは、XENP25850(例示的なPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物)による、A)CD4CD45RACD25、及び、B)CD8CD45RACD25に対するSTAT5リン酸化の誘導を示す。新鮮な細胞を点線で示し、活性化された細胞を実線で示す。新鮮な細胞は全てCD25陰性である。
図34A~図34Bは、ニボルマブに基づくXENP16432、ペンブロリズマブ、又は抗RSV mAb XENP15074のいずれかとのプレインキュベーション後の、A)[C]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物XENP25937、及び、B)[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物XENP28532による、CD8CD45RACD25PD-1T細胞に対するSTAT5リン酸化の誘導を示す。
図35は、示された試験物を投与した後の経時的な(初期体重のパーセンテージとしての)huPBMC移植NSGマウスの体重の変化を示す。
図36A~図36Bは、ヒトPBMC移植NSGマウスにおける示された試験物の初回投与後14日目の、A)CD8T細胞数及びB)CD4T細胞数を示す。
図37A~図37Bは、ヒトPBMC移植NSGマウスにおける示された試験物の初回投与後10日目の、A)CD8T細胞及びB)CD4T細胞上のCD25発現を示す。
図38は、ヒトPBMC移植NSGマウスにおける示された試験物の初回投与後10日目のCD8T細胞対CD4T細胞の比を示す。
図39A~図39Bは、ヒトPBMC移植NSGマウスにおける示された試験物の初回投与後10日目の、A)CD8T細胞数及びB)CD4T細胞数を示す。
図40A~図40Bは、ヒトPBMC移植NSGマウスにおける示された試験物の初回投与後10日目の、A)CD8T細胞及びB)CD4T細胞上のCD25発現を示す。
図41は、示された相対濃度での初回投与後のカニクイザルにおける示された試験物の経時的な血清濃度を示す。
図42は、IL-15(D30N/N65D)バリアントを有する例示的な[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質であるXENP29484及びXENP29485の配列を示す。CDRには下線が引かれている。本明細書で留意され、CDRを含有する本明細書の全ての配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は、表1に示されるように使用されるナンバリングに応じてわずかに異なり得、したがって、本明細書には、下線が引かれているCDRだけでなく、他のナンバリングシステムを使用してVHドメイン及びVLドメイン内に含まれるCDRも含まれる。IL-15及びIL-15Rα(sushi)はイタリック体であり、リンカーに二重下線を付し(当業者には理解されるように、リンカーは他のリンカーに置き換えることができ、その一部は図に示されている)、斜線(/)はIL-15、IL-15Rα、リンカー、可変領域及び定常/Fc領域の境界を示す。
図43A~図43Bは、ニボルマブ又はペンブロリズマブと競合しない追加の例示的な抗PD-1 ABDの可変重鎖及び可変軽鎖を示す。CDRには下線が引かれている。本明細書で留意され、CDRを含有する本明細書の全ての配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は、表1に示されるように使用されるナンバリングに応じてわずかに異なり得、したがって、本明細書には、下線が引かれているCDRだけでなく、他のナンバリングシステムを使用してVHドメイン及びVLドメイン内に含まれるCDRも含まれる。
図44A~図44Bは、PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物XENP28532並びに対照XENP24306(非標的化IL-15/Rα-Fc融合物)及びXENP26007(RSV標的化IL-15/Rα-Fc融合物)による処置後の、PD-1A)CD8CD45RACD45ROT細胞及びB)CD4CD45RACD45ROT細胞のパーセンテージを示す。
図45A~図45Bは、重鎖にE233P/L234V/L235A/G236del/S267K置換を有する二価ヒトIgG1フォーマットの抗PD-1 mAb Cの例示的なヒト化バリアントの配列を示す。CDRには下線が引かれ、斜線は可変ドメインの境界を示す。本明細書で留意され、CDRを含有する本明細書の全ての配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は、表1に示されるように使用されるナンバリングに応じてわずかに異なり得、したがって、本明細書には、下線が引かれているCDRだけでなく、他のナンバリングシステムを使用してVHドメイン及びVLドメイン内に含まれるCDRも含まれる。当業者によって理解されるように、VHドメイン及びVLドメインは、本発明のPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質において使用するためのFab又はscFvとしてフォーマットされ得る。 図46は、ヒトPBMC移植NSGマウスにおける示される試験物の初回投与後14日目の、(A)CD45細胞数、(B)CD3T細胞数、(C)CD8T細胞数、及び(D)CD4T細胞数を示す。
図46は、Octetによって決定されたヒトPD-1及びカニクイザルPD-1に対するXENP28536、XENP28537、XENP28538、XENP28539及びXENP28519の親和性を示す。
図47は、XENP16432(ニボルマブに基づく二価抗PD-1 mAb)、XENP21461(ペンブロリズマブ)及びキメラmAb C(chmAb C)のエピトープ・ビニングを示す。0.5を超える正規化BLI応答は、抗体対が同じエピトープにビニング(bin to)しないことを示す。データは、抗PD-1 mAb Cがニボルマブ及びペンブロリズマブと同じエピトープにビニング(bin to)しないことを示している。
図48A~図48Cは、mAb Cに基づくPD-1標的アームを含む「scIL-15/Rα x Fab」フォーマット及び様々なIL-15効力バリアントの例示的な[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質の配列を示す。CDRには下線が引かれている。本明細書で留意され、CDRを含有する本明細書の全ての配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は、表Xに示されるように使用されるナンバリングに応じてわずかに異なり得、したがって、本明細書には、下線が引かれているCDRだけでなく、他のナンバリングシステムを使用してVHドメイン及びVLドメイン内に含まれるCDRも含まれる。リンカーに二重下線を付し(当業者には理解されるように、リンカーは他のリンカーに置き換えることができ、その一部は図65及び図66に示されている)、斜線(/)はIL-15、IL-15Rα、リンカー、可変領域及び定常/Fc領域の境界を示す。当業者には明らかなように、記載されるPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質のそれぞれは、Xtend Fc(M428L/N434S)も含み得る。
図49A~図49Cは、mAb Cに基づくPD-1標的アームを含む「scIL-15/Rα x Fab」フォーマット及び様々なIL-15効力バリアント(さらにXtend Fc(M428L/N434S)を含む)の例示的な[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質の配列を示す。CDRには下線が引かれている。本明細書で留意され、CDRを含有する本明細書の全ての配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は、表1に示されるように使用されるナンバリングに応じてわずかに異なり得、したがって、本明細書には、下線が引かれているCDRだけでなく、他のナンバリングシステムを使用してVHドメイン及びVLドメイン内に含まれるCDRも含まれる。リンカーに二重下線を付し(当業者には理解されるように、リンカーは他のリンカーに置き換えることができ、その一部は図65及び図66に示されている)、斜線(/)はIL-15、IL-15Rα、リンカー、可変領域及び定常/Fc領域の境界を示す。 図50A~図50Bは、ヒトPBMC移植NSGマウスにおける示される試験物の初回投与後10日目の、(A)CD45細胞数、(B)CD3T細胞数、(C)CD8T細胞数、及び(D)CD4T細胞数を示す。
図50A~図50Bは、増殖細胞のパーセンテージ(CFSE希釈に基づいて決定)によって示される、[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物(及び対照)による、A)CD8T細胞及びB)CD4T細胞増殖の誘導を示す。データは、[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物が、非標的化IL-15(D30N/E64Q/N65D)/Rα-Fc融合物(並びに対照RSV標的化IL-15/Rα-Fc融合物)と比較して、CD4T細胞の増殖を誘導するのにより強力であったことを示す。
図51は、増殖細胞のパーセンテージ(CFSE希釈に基づいて決定)によって示される、[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物(及び対照)による、LAG-3陽性CD8T細胞の誘導を示す。データは、XENP28532が、非標的化IL-15(D30N/E64Q/N65D)/Rα-Fc融合物(並びに対照RSV標的化IL-15/Rα-Fc融合物)と比較して、CD8LAG-3T細胞の増殖を誘導するのにより強力であったことを示す。さらに、XENP28543は、バルクCD8T細胞増殖よりもCD8LAG-3T細胞増殖を誘導するのにより強力であった(276.8対71.94のEC50)。まとめると、これは、[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物が、腫瘍環境中に見出されるようなチェックポイントを発現するT細胞に対して選択的であり得るという考えを支持する。
図52A~図52Bは、CD25を発現する細胞のパーセンテージによって示される、[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物(及び対照)とのインキュベーション後の、A)CD4CD45RAメモリT細胞及びB)CD4CD45RAナイーブT細胞の活性化を示す。
図53A~図53Bは、[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物(及び対照)とのインキュベーション後にPD-1を発現する、A)CD4CD45RAT細胞及びB)CD4CD45RAT細胞のパーセンテージを示す。
図54A~図54Cは、A)50ng/ml、B)100ng/ml、及びC)500ng/mlのプレート結合抗CD3(OKT3)で予め刺激し、示された試験物と共にインキュベートしたPBMCによるIFNγ分泌を示す。データは、XENP28532及びXENP28543の両方が、IFNγ分泌を強力に刺激することができたことを示す。注目すべきことに、XENP28532(mAb Aに基づくPD-1標的アーム)は、IFNγ分泌を誘導することにおいて、XENP28543(mAb Cに基づくPD-1標的アーム)よりも活性であるようであった。
図55A~図55Bは、ニボルマブに基づくXENP16432、ペンブロリズマブ、又は抗RSV mAb XENP15074のいずれかとのプレインキュベーション後の、mAb Cに基づくPD-1標的アームとの[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物(XENP28543)による、A)CD8CD45RACD25PD-1T細胞及びB)CD4CD45RACD25PD-1T細胞に対するSTAT5リン酸化の誘導を示す。データは、PD-1遮断がXENP28543の活性を妨害しないことを示す。
図56は、示された試験物を投与した後の経時的な(初期体重のパーセンテージとしての)huPBMC移植NSGマウスの体重の変化を示す。
図57A~図57Cは、示される試験物による初回投与後の、A)11日目、B)14日目、及びC)18日目の、huPBMC移植NSGマウスの体重(初期体重のパーセンテージとして)を示す。対応のないt検定を用いてp値を決定した。データは、11日目までに、[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物とPD-1遮断との組合せが、[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物単独による処置よりもGVHDを有意に増強したことを示す。
図58A~図58Fは、示される試験物による初回投与後14日目のhuPBMC移植NSGマウスの血液中のヒトA)CD45細胞、B)CD3T細胞、C)CD4T細胞、D)CD8T細胞、E)γδ T細胞、及びF)NK細胞の数を示す。
図59A~図59Bは、示される試験物による初回投与後14日目のhuPBMC移植NSGマウスの血液中のヒトA)CD8T細胞及びB)CD4T細胞(CD25 MFIによって示される)の活性化を示す。
図60は、[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物を単独で、又はPD-1遮断と組み合わせて投与したpp65-MCF7マウス及びhuPBMC移植NSGマウスにおける経時的な腫瘍体積(キャリパー測定によって決定される)を示す。
図61A~図61Fは、[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物を単独で、又はPD-1遮断と組み合わせて投与したpp65-MCF7マウス及びhuPBMC移植NSGマウスにおける、26日目(図61A)、28日目(図61B)、30日目(図61C)、33日目(図61D)、35日目(図61E)、及び37日目(図61F)(PBMC生着及び試験物の初回投与の後)の腫瘍体積(キャリパー測定によって決定される)を示す。p値を対応のないt検定によって決定した。データは、28日目までに、XENP28543とPD-1遮断の組合せが、PD-1遮断単独での処置よりも腫瘍サイズを有意に減少させたことを示す。
図62A~図62Bは、示される試験物による初回投与後7日目のpp65-MCF7マウス及びhuPBMC移植NSGマウスの血液中のヒトA)CD8T細胞及びB)CD4T細胞(CD25 MFIによって示される)の活性化を示す。データは、[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物が、単独で、又はPD-1遮断と組み合わせて、CD8T細胞の初期活性化の有意な増強を可能にしたことを示す。統計は、対応のないt検定を使用して対数変換データに対して行われた。
図63A~図63Eは、示される試験物による初回投与後14日目のpp65-MCF7マウス及びhuPBMC移植NSGマウスの血液中のヒトA)CD45細胞、B)CD3T細胞、C)CD4T細胞、D)CD8T細胞、及びE)NK細胞の数を示す。データは、[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物が、単独で、又はPD-1遮断と組み合わせて、PD-1遮断単独よりも14日目までに多数のリンパ球集団の増殖を有意に増強することを可能にしたことを示す。統計は、対応のないt検定を使用して対数変換データに対して行われた。
図64A~図64Bは、重鎖にE233P/L234V/L235A/G236del/S267K置換を有する二価ヒトIgG1フォーマットの抗PD-1 mAb Cの例示的な親和性操作バリアントの配列を示す。CDRには下線が引かれ、斜線は可変ドメインの境界を示す。本明細書で留意され、CDRを含有する本明細書の全ての配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は、表Xに示されるように使用されるナンバリングに応じてわずかに異なり得、したがって、本明細書には、下線が引かれているCDRだけでなく、他のナンバリングシステムを使用してVHドメイン及びVLドメイン内に含まれるCDRも含まれる。当業者によって理解されるように、VHドメイン及びVLドメインは、本発明のPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質において使用するためのFab又はscFvとしてフォーマットされ得る。図67Aは、XENP16432(ニボルマブに基づく二価抗PD-1 mAb)、XENP21461(ペンブロリズマブ)及びキメラmAb C(chmAb C)のエピトープ・ビニングを示す。0.5を超える正規化BLI応答は、抗体対が同じエピトープにビニング(bin to)しないことを示す。データは、抗PD-1 mAb Cがニボルマブ及びペンブロリズマブと同じエピトープにビニング(bin to)しないことを示している。
図65A~図65Iは、Octetによって決定された親和性操作mAb C[PD-1]_H1L1バリアント(E233P/L234V/L235A/G236_/S267K除去バリアントを含む二価IgG1フォーマット)の見かけの解離定数(KDapp)、会合速度(ka)及び解離速度(kd)、並びにmAb C[PD-1]_H1L1に対する改善倍率を示す。可変重鎖領域又は可変軽鎖領域における置換(列挙されている場合)は、Xencorナンバリング(対応するKabat位置が次の列に列挙されている)に基づく。可変重鎖領域又は可変軽鎖領域のいずれかに単一点突然変異を有する304個のバリアントのうち、本発明者らは、WTよりも2倍超改善された親和性を有する11個のバリアント(mAb C [PD-1]_H1_L1.1及びmab_C [PD-1]_H1_L1.3を含む)のみを同定した。
図66は、Octetによって決定される(PD-1標的化IL15/Rα-Fcのコンテキストにおける)好ましい単一置換VHバリアント及び単一置換VLバリアントを組み合わせた親和性操作mAb C[PD-1]_H1L1バリアントの見かけの解離定数(KDapp)、会合速度(ka)及び解離速度(kd)を示す。可変重鎖領域又は可変軽鎖領域における置換(列挙されている場合)は、Xencorナンバリング(対応するKabat位置が次の列に列挙されている)に基づく。H1.132_L1はH1.19_L1よりも高い親和性を提供するにもかかわらず、H1.19_L1.1はH1.132_L1.1よりも高い親和性を可能にする。
図67は、Octetによって決定される(PD-1標的化IL15/Rα-Fcのコンテキストにおける)VH及び/又はVLにおける複数の置換を組み合わせた親和性操作mAb C[PD-1]_H1L1バリアントの見かけの解離定数(KDapp)、会合速度(ka)及び解離速度(kd)を示す。可変重鎖領域又は可変軽鎖領域における置換(列挙されている場合)は、Xencorナンバリング(対応するKabat位置が次の列に列挙されている)に基づく。三重置換VLバリアントN31H/K36Y/S99T(L1.140;KabatナンバリングではN27dH/K30Y/S93T)は、野生型よりもKDにおいて36倍の改善を示し、VHバリアントと十分に結合して、野生型よりもKDにおいて約100倍の改善を発揮する。
図68A~図68Jは、親和性最適化mAb C ABDに基づくPD-1標的アームを含む「scIL-15/Rα x Fab」フォーマット及び様々なIL-15効力バリアントの例示的な[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質の配列を示す。CDRには下線が引かれている。本明細書で留意され、CDRを含有する本明細書の全ての配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は、表1に示されるように使用されるナンバリングに応じてわずかに異なり得、したがって、本明細書には、下線が引かれているCDRだけでなく、他のナンバリングシステムを使用してVHドメイン及びVLドメイン内に含まれるCDRも含まれる。リンカーに二重下線を付し(当業者には理解されるように、リンカーは他のリンカーに置き換えることができ、その一部は図65及び図66に示されている)、斜線(/)はIL-15、IL-15Rα、リンカー、可変領域及び定常/Fc領域の境界を示す。当業者には明らかなように、記載されるPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質のそれぞれは、Xtend Fc(M428L/N434S)も含むことができ、又は除外することもできる。
図69A~図69Cは、親和性最適化mAb C ABDに基づくPD-1標的アームを含む「scIL-15/Rα x Fab」フォーマット及び様々なIL-15効力バリアント(さらにXtend Fc(M428L/N434S)を含む)の例示的な[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質の配列を示す。CDRには下線が引かれている。本明細書で留意され、CDRを含有する本明細書の全ての配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は、表Xに示されるように使用されるナンバリングに応じてわずかに異なり得、したがって、本明細書には、下線が引かれているCDRだけでなく、他のナンバリングシステムを使用してVHドメイン及びVLドメイン内に含まれるCDRも含まれる。リンカーに二重下線を付し(当業者には理解されるように、リンカーは他のリンカーに置き換えることができ、その一部は図65及び図66に示されている)、斜線(/)はIL-15、IL-15Rα、リンカー、可変領域及び定常/Fc領域の境界を示す。
図70A~図70Bは、増殖細胞のパーセンテージ(CFSE希釈に基づいて決定)によって示される、様々なPD-1親和性を有する[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物及びIL-15効力バリアント(及び対照)による、A)CD8+T細胞及びB)CD4+T細胞増殖の誘導を示す。データは、XENP30046(親和性増強PD-1標的アームを有する)が、XENP28543よりも強力にCD8+及びCD4+T細胞の両方の増殖を誘導する(2倍の増加)ことを示す。さらに、データは、IL-15(D30N/N65D)バリアントがPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物の活性に劇的な影響を及ぼさないことを示す。
図71A~図71Bは、CD25を発現する細胞のパーセンテージによって示される、様々なPD-1親和性を有する[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物及びIL-15効力バリアント(及び対照)とのインキュベーション後の、A)CD8CD45RAT細胞及びB)CD8CD45RAT細胞の活性化を示す。
図72A~図72Bは、CD25を発現する細胞のパーセンテージによって示される、様々なPD-1親和性を有する[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物及びIL-15効力バリアント(及び対照)とのインキュベーション後の、A)CD4+CD45RA-T細胞及びB)CD4+CD45RA+T細胞の活性化を示す。
図73A~図73Bは、様々なPD-1親和性を有する[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物及びIL-15効力バリアント(及び対照)とのインキュベーション後にPD-1を発現する、A)CD4CD45RAT細胞及びB)CD4CD45RAT細胞のパーセンテージを示す。データは、[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物がCD4細胞においてPD-1の下方制御を誘導すること、及び下方制御がPD-1親和性と相関することを示す。
図74は、様々なPD-1親和性を有する[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物及びIL-15効力バリアント(及び対照)で処置したhuPBMC移植NSGマウスにおける経時的な(初期体重のパーセンテージとしての)体重の変化を示す。死亡マウスには70%を使用した。
図75A~図75Dは、様々なPD-1親和性を有する[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物及びIL-15効力バリアント(及び対照)で処置したhuPBMC移植NSGマウスのA)11日目、B)14日目、C)18日目及びD)21日目の体重を示す。死亡マウスには70%を使用した。p値は、対応のないt検定を用いて決定した。データは、XENP30046単独(親和性増強PD-1標的アームを有する)による処置が、11日目及び18日目に測定して、PBS処置と比較して有意な体重減少をもたらしたのに対して、XENP28543単独による処置は(PBS処置と比較して)有意な体重減少をもたらさなかったことを示す。
図76A~図76Cは、様々なPD-1親和性を有する[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物及びIL-15効力バリアント(及び対照)を投与した後の7日目、11日目及び14日目のhuPBMC移植NSGマウスにおけるA)IFNγ、B)IL-10及びC)IL-2Rαの血清濃度を示す。
図77A~図77Bは、様々なPD-1親和性を有する[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物及びIL-15効力バリアント(及び対照)を投与したhuPBMC移植NSGマウスの血液における7日目のA)CD4T細胞及びB)CD8T細胞(CD25 MFIによって示される)の活性化を示す(統計は、対応のないt検定を使用して対数変換データに対して行われた)。
図78A~図78Eは、様々なPD-1親和性を有する[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物及びIL-15効力バリアント(及び対照)を投与したhuPBMC移植NSGマウスの血液における11日目のA)CD45細胞、B)CD3T細胞、C)CD8T細胞、D)CD4T細胞、及び、E)NK細胞の数を示す(統計は、対応のないt検定を使用して対数変換データに対して行われた)。
図79A~図79Eは、様々なPD-1親和性を有する[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物及びIL-15効力バリアント(及び対照)を投与したhuPBMC移植NSGマウスの血液における14日目のA)CD45細胞、B)CD3T細胞、C)CD8T細胞、D)CD4T細胞、及び、E)NK細胞の数を示す。
図80A~図80Bは、増殖細胞のパーセンテージ(CFSE希釈に基づいて決定)によって示される、様々なPD-1親和性を有する[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物及びIL-15効力バリアント(及び対照)による、A)CD8T細胞及びB)CD4T細胞増殖の誘導を示す。データは、XENP30272(PD-1に対して3.1nMのK を有する)が、XENP30046(PD-1に対して5.4nMのK を有する)よりも、様々なT細胞集団の増殖及び活性化を誘導するのにより強力であることを示す。注目すべきことに、XENP30429(IL-15(D30N/E64Q/N65D)バリアントを有するPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物)は、XENP30046(IL-15(N4D/N65D)バリアントを有するPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物)と比較して、CD8及びCD4T細胞に対してわずかに1.8~2.5低い活性しかなかったが、XENP30432(IL-15(D30N/E64Q/N65D)バリアントを有する代用RSV標的化IL-15/Rα-Fc)は、XENP30046と比較して、CD8T細胞に対して12倍低い活性を有し、CD4T細胞に対して530倍低い活性を有した(増殖活性に基づく)。これは、IL-15(D30N/E64Q/N65D)バリアントを有するPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物が、腫瘍環境外では実質的に不活性のままでありながら、腫瘍環境中で活性を保持するはずであることを示唆している。
図81A~図81Cは、CD25 MFIによって示される、様々なPD-1親和性を有する[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物及びIL-15効力バリアント(及び対照)とのインキュベーション後の、A)CD4CD45RAT細胞及びB)CD4CD45RAT細胞の活性化を示す。
図82A~図82Cは、CD25 MFIによって示される、様々なPD-1親和性を有する[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物及びIL-15効力バリアント(及び対照)とのインキュベーション後の、A)CD8CD45RAT細胞及びB)CD8CD45RAT細胞の活性化を示す。
図83A~図83Cは、PD-1 MFIによって示される、様々なPD-1親和性を有する[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物及びIL-15効力バリアント(及び対照)とのインキュベーション後の、A)CD4T細胞、B)CD4CD45RAT細胞及びC)CD4CD45RAT細胞上のPD-1の発現を示す。
図84A~図84Cは、PD-1 MFIによって示される、様々なPD-1親和性を有する[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物及びIL-15効力バリアント(及び対照)とのインキュベーション後の、A)CD8T細胞、B)CD8CD45RAT細胞及びC)CD8CD45RAT細胞上のPD-1の発現を示す。
図85A~図85Dは、示される試験物による初回投与後10日目のNSGマウスにおける、A)CD45細胞、B)CD3T細胞、C)CD4T細胞、及びD)CD8T細胞の増殖(細胞数によって示される)を示す。データは、より高い効力のIL-15が様々なリンパ球集団のより大きな拡大をもたらすことを示す。
図86A~図86Bは、示される試験物による初回投与後10日目のNSGマウスにおける、A)CD4T細胞及びB)CD8T細胞の活性化(CD25染色によって示される)を示す。データは、より高い効力のIL-15が様々なリンパ球集団のより大きな拡大をもたらすことを示す。
図87A~図87Cは、増殖細胞のパーセンテージ(CFSE希釈に基づいて決定される)によって示されるようなXtend Fcを有する[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物及び対照RSV標的化IL-15/Rα-Fc融合物による、A)CD4T細胞増殖、B)CD8T細胞及びC)NK細胞増殖の誘導を示す。注目すべきことに、データは、XENP30046のEC50がXENP30290(XENP30046に対するXtend類似体)のEC50に匹敵することを示す。
図88A~図88Bは、CD25 MFIによって示されるようなXtend Fcを有する[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物及び対照RSV標的化IL-15/Rα-Fc融合物による、A)CD4T細胞及びB)CD8T細胞の活性化を示す。
図89A~図89Bは、PD-1 MFIによって示されるようなXtend Fcを有する[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物及び対照RSV標的化IL-15/Rα-Fc融合物による、A)CD4T細胞及びB)CD8T細胞に対するPD-1調節を示す。実施例9Bと一致して、試験物はT細胞に対するPD-1を下方制御した。
図90は、[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物を単独で、又はPD-1遮断と組み合わせて投与したpp65-MCF7マウス及びhuPBMC移植NSGマウスにおける経時的な腫瘍体積(キャリパー測定によって決定される)を示す。
図91A~図91Hは、[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物を単独で、又はPD-1遮断と組み合わせて投与したpp65-MCF7マウス及びhuPBMC移植NSGマウスにおける、11日目、14日目、17日目、19日目、21日目、24日目、26日目及び28日目(PBMC生着及び試験物の初回投与の後)の腫瘍体積(キャリパー測定によって決定される)を示す。統計は、マン・ホイットニー検定を使用してベースライン補正データに対して行なわれた。* PBS対照と比較して、処置が有意に(p<0.05)拡大を増強したことを示す。# XENP31123による処置と比較して、処置が有意に(p<0.05)拡大を増強したことを示す。† PD-1遮断(XENP16432)単独と比較して、処置が有意に(p<0.05)拡大を増強したことを示す。データは、28日目までに、XENP30290(0.1、0.3、又は1mg/kg)又はXENP30516(0.3、1、又は3mg/kg)とPD-1遮断との全ての組合せが、PD-1遮断単独による処置よりも腫瘍サイズを有意に減少させたことを示す。
図92A~図92Fは、示される試験物による初回投与後14日目のpp65-MCF7マウス及びhuPBMC移植NSGマウスの血液中のヒトA)CD45+細胞、B)CD3+T細胞、C)NK細胞、D)CD4+T細胞、及びE)CD8+T細胞の数、並びにF)CD8 T細胞対CD4 T細胞の比を示す。対応のないt検定を使用して対数変換データに対して行われたCD45+細胞増殖の統計。† PD-1遮断(XENP16432)単独と比較して、処置が有意に拡大を増強したことを示す。
図93A~図93Fは、示される試験物による初回投与後21日目のpp65-MCF7マウス及びhuPBMC移植NSGマウスの血液中のヒトA)CD45細胞、B)CD3T細胞、C)NK細胞、D)CD4T細胞、及びE)CD8T細胞の数、並びにF)CD8 T細胞対CD4 T細胞の比を示す。† PD-1遮断(XENP16432)単独と比較して、処置が有意に拡大を増強したことを示す。
図94は、(任意の試験物による処置前の)CD34Hu-NSGマウスにおける様々なリンパ球集団上のPD-1発現レベル(MFIによって示される)を示す。データは、マウスがヒトと同様のPD-1発現プロファイル、すなわちエフェクターメモリ集団上のより高い発現を有することを示す。
図95は、0.3mg/kgのXENP30046(mAb C_H1_L1.1及びIL-15(N4D/N65D)バリアントを含む[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc)での処置後7日目のCD34+Hu-NSGマウスにおける様々なリンパ球集団の増加倍数を示す。XENP30046は、エフェクターメモリ集団において100倍を超える増殖を示す。
図96は、0.3mg/kgのXENP30429(mAb C_H1_L1.1及びIL-15(D30N/E64Q/N65D)バリアントを含む[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc)での処置後7日目のCD34Hu-NSGマウスにおける様々なリンパ球集団の増加倍数を示す。
図97は、0.3mg/kgのXENP26007(IL-15(N4D/N65D)バリアントを含む対照RSV標的化IL-15/Rα-Fc)での処置後7日目のCD34Hu-NSGマウスにおける様々なリンパ球集団の増加倍数を示す。XENP26007は、様々なリンパ球集団の非常に低い増殖を示し、PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物が最小限の末梢リンパ球増殖を有することを示している。
図98は、0.3mg/kgのXENP30432(IL-15(D30N/E64Q/N65D)バリアントを含む対照RSV標的化IL-15/Rα-Fc)での処置後7日目のCD34Hu-NSGマウスにおける様々なリンパ球集団の増加倍数を示す。XENP30432は、様々なリンパ球集団の非常に低い増殖を示し、PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物が最小限の末梢リンパ球増殖を有することを示している。
図99A~図99Fは、0.3mg/kgのXENP30046、XENP30429、XENP26007又はXENP30432による処置後のCD34Hu-NSGマウスにおける、A)CD45細胞、B)CD3細胞、C)CD4細胞、D)CD8細胞、E)γδ細胞、及びF)NK細胞の経時的な倍率変化を示す。
図100A~図100Dは、0.3mg/kgのXENP30046、XENP30429、XENP26007又はXENP30432による処置後のCD34Hu-NSGマウスにおける、A)CD4ナイーブ細胞、B)CD4セントラルメモリ細胞、C)CD4ターミナルエフェクター細胞、及びD)CD4エフェクターメモリ細胞の経時的な倍率変化を示す。データは、XENP30046及びXENP30429が、CD4エフェクターメモリ細胞などのPD-1集団に対して選択的であることを示す。注目すべきことに、CD4ナイーブ細胞のXENP30429増殖は最小であった。このことは、IL-15アームの効力の低下が選択性を改善することを示している。
図101A~図101Dは、0.3mg/kgのXENP30046、XENP30429、XENP26007又はXENP30432による処置後のCD34Hu-NSGマウスにおける、A)CD8ナイーブ細胞、B)CD8セントラルメモリ細胞、C)CD8ターミナルエフェクター細胞、及びD)CD8エフェクターメモリ細胞の経時的な倍率変化を示す。データは、XENP30046及びXENP30429が、CD8エフェクターメモリ細胞などのPD-1集団に対して選択的であることを示す。注目すべきことに、CD8ナイーブ細胞のXENP30429増殖は最小であった。このことは、IL-15アームの効力の低下が選択性を改善することを示している。
図102A~図102Bは、A)0.3mg/kgのXENP30046又はB)0.3mg/kgのXENP30429による処置後7日目のCD34+Hu-NSGマウスにおけるリンパ球拡大とベースラインPD-1発現との間の相関を示す。
図103A~図103Bは、0.3×XENP22853、1×XENP25937又は0.3×XENP24306を投与したカニクイザルにおけるA)CD8T細胞及びB)NK細胞の増殖を示す。データは、PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物が、CD8T細胞増殖を維持しながらNK細胞増殖を減少させることを示す。
図104A~図104Bは、0.3×XENP22853、1×XENP25937又は0.3×XENP24306を投与したカニクイザルにおけるA)CD8ナイーブT細胞、及びB)CD8エフェクターメモリT細胞の増殖を示す。データは、PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物が、CD8エフェクターメモリT細胞を選択的に拡大することを示す。
図105A~図105Eは、XENP30290(mAb C_H1_L1.1 x IL-15[N4D/N65D])又はXENP30362(αRSV x IL-15[N4D/N65D])のいずれかを投与した後のカニクイザルにおける、A)CD8PD1T細胞、B)CD8幹細胞メモリ、C)CD8ナイーブ、D)γδ T細胞、及びE)CD56NK細胞の増殖を示す。まとめると、データは、XENP30290(高いPD-1親和性及びより高いIL-15効力を有する)が、中程度のPD1細胞増殖を伴って2~3週間にわたって持続的な末梢薬力学を可能にしたことを示す。特に、γδ T細胞は、最も高い増殖倍率の細胞集団であり;CD4及びCD8ナイーブT細胞は、最も低い増殖倍率の細胞集団であり;CD8幹細胞メモリ細胞は、最も高い増殖関連集団である。
図106A~図106Eは、XENP30516(mAb C_H1_L1.1 x IL-15[D30N/E64Q/N65D])又はXENP30518(αRSV x IL-15[D30N/E64Q/N65D])のいずれかを投与した後のカニクイザルにおける、A)CD8PD1T細胞、B)CD8幹細胞メモリ、C)CD8ナイーブ、D)γδ T細胞、及びE)CD56NK細胞の増殖を示す。まとめると、データは、XENP30516(高いPD-1親和性及びより低いIL-15効力を有する)が、有意なPD1細胞増殖を伴わずに持続的な末梢薬力学を可能にしたことを示す。特に、γδ T細胞は、最も高い増殖倍率の細胞集団であり;CD4及びCD8ナイーブT細胞は、最も低い増殖倍率の細胞集団であり;CD8幹細胞メモリ細胞は、最も高い増殖関連集団である。
図107は、XENP30290、XENP30291、XENP29439又はXENP30516を投与したカニクイザルにおける経時的な血清濃度レベルの変化を示す。データは、最も高いPD-1親和性及びより高いIL-15効力を有するXENP30290が、より低いPD-1親和性を有するXENP30291及びXENP29439の両方よりも速いクリアランスをもたらしたことを示す。しかしながら、最も高いPD-1親和性を有するがより低いIL-15効力を有するXENP30516は、XENP30290よりも遅いクリアランスをもたらした。
図108は、XENP30290、XENP30292、又はXENP30516を投与したカニクイザルにおける経時的な血清濃度レベルの変化を示す。データは、より低いIL-15効力を有するXENP30516が、XENP30290よりも遅いクリアランスをもたらしたことを示す。
図109は、XENP30291又はXENP30293を投与したカニクイザルにおける経時的な血清濃度レベルの変化を示す。
図110は、XENP29439又はXENP30302を投与したカニクイザルにおける経時的な血清濃度レベルの変化を示す。
図111は、XENP30362又はXENP30518を投与したカニクイザルにおける経時的な血清濃度レベルの変化を示す。データは、より高いIL-15効力が、より速いクリアランスと相関することを示す。
図112A~図112Cは、A)XENP30290、B)XENP30516、又はC)XENP30362を投与したカニクイザルにおける様々なリンパ球集団におけるPD-1発現の経時的変化を示す。データは、PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物はPD-1発現を増加させるが、対照RSV標的化IL-15/Rα-Fc融合物はPD-1発現を増加させないことを示す。
図113は、全てのT細胞メモリサブセットのピーク増殖倍率と、XENP30290又はXENP30516によって誘導されるピークPD-1発現との間の相関を示す。
図114は、グリコシル化を除去することを目的として操作された例示的なIL-15バリアントの配列を示す。これらのバリアントIL-15配列のそれぞれには、列挙された配列と90、95、98及び99%同一(本明細書で定義)である配列、及び/又は、1、2、3、4、5、6、7、8、9若しくは10の追加のアミノ酸置換を含む配列が含まれる。当業者に明らかであるように、IL-15バリアントは、本明細書中に記載されるIL-15/Rα-Fc融合タンパク質及びPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質のいずれかにおいて使用され得る。加えて、本明細書中に記載されるIL-15改変のそれぞれは、単独で、又は、本明細書中に記載されるような任意の他のIL-15改変との組合せで使用され得る。
図115A~図115Cは、グリコシル化を排除するように操作された「IL-15/Rα-ヘテロFc」フォーマットの例示的なIL-15/Rα-Fc融合タンパク質の配列を示す。IL-15及びIL-15Rα(sushi)に下線を付し、リンカーに二重下線を付し(当業者には理解されるように、リンカーは他のリンカーに置き換えることができ、その一部は図7に示されている)、斜線(/)はIL-15、IL-15Rα、リンカー及びFc領域の境界を示す。当業者には明らかなように、記載されるIL-15/Rα-Fc融合タンパク質のそれぞれは、Xtend Fc(M428L/N434S)を含むことができ、又は除外することができる。
図116A~図116Gは、グリコシル化を排除するように操作された「scIL-15/Rα x Fab」フォーマットの例示的なPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質の配列を示す。CDRには下線が引かれている。本明細書で留意され、CDRを含有する本明細書の全ての配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は、表1に示されるように使用されるナンバリングに応じてわずかに異なり得、したがって、本明細書には、下線が引かれているCDRだけでなく、他のナンバリングシステムを使用してVHドメイン及びVLドメイン内に含まれるCDRも含まれる。IL-15及びIL-15Rα(sushi)はイタリック体であり、リンカーに二重下線を付し(当業者には理解されるように、リンカーは他のリンカーに置き換えることができ、その一部は図9及び図10A~図116Gに示されている)、斜線(/)はIL-15、IL-15Rα、リンカー、可変領域及び定常/Fc領域の境界を示す。当業者には明らかなように、記載される標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質のそれぞれは、Xtend Fc(M428L/N434S)を含むことができ、又は除外することができる。
図117A~図117Fは、グリコシル化を排除するように操作された「scIL-15/Rα x Fab」フォーマットの対照RSV標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質の配列を示す。CDRには下線が引かれている。本明細書で留意され、CDRを含有する本明細書の全ての配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は、表1に示されるように使用されるナンバリングに応じてわずかに異なり得、したがって、本明細書には、下線が引かれているCDRだけでなく、他のナンバリングシステムを使用してVHドメイン及びVLドメイン内に含まれるCDRも含まれる。IL-15及びIL-15Rα(sushi)はイタリック体であり、リンカーに二重下線を付し(当業者には理解されるように、リンカーは他のリンカーに置き換えることができ、その一部は図9及び図10に示されている)、斜線(/)はIL-15、IL-15Rα、リンカー、可変領域及び定常/Fc領域の境界を示す。当業者には明らかなように、記載される標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質のそれぞれは、Xtend Fc(M428L/N434S)を含むことができ、又は除外することができる。
図118A~図118Bは、i)XENP30516、XENP31981、XENP31982、XENP31984、XENP31985、XENP31986、及びXENP31987の精製部2を示すクロマトグラム、及び、ii)図154Aに示されるような陰イオン交換分離からの主ピークの分析的陰イオン交換クロマトグラフィ(分析的AIEX)特性評価を示す。図118Aは、XENP30516、XENP31981、XENP31982、XENP31984、及びXENP31985を示す。図118Bは、XENP31986及びXENP31987を示す。構築物は、XENP30516(mAb C H1_L1.1 x IL-15[D30N/E64Q/N65D]w/(G4S)リンカー(配列番号7))、XENP31981(mAb C H1_L1.1 x IL-15[D30N/E64Q/N65D/N71Q/N79Q]w/(G4S)リンカー(配列番号7))、XENP31982(mAb C H1_L1.1 x IL-15[D30N/E64Q/N65D/N71Q/N79Q/N112Q]w/(G4S)リンカー(配列番号7))、XENP31984(mAb C H1_L1.1 x IL-15[D30N/E64Q/N65D]w/(G4A)リンカー(配列番号8))、XENP31985(mAb C H1_L1.1 x IL-15[D30N/E64Q/N65D/N71Q/N79Q/S114A]w/(G4A)リンカー(配列番号8))、XENP31986(mAb C H1_L1.1 x IL-15[D30N/E64Q/N65D/N71Q/N79Q/N112Q]w/(G4A)リンカー(配列番号8))、及びXENP31987(mAb C H1_L1.1 x IL-15[D30N/E64Q/N65D/N71Q/N79Q/S114_]w/(G4A)リンカー(配列番号8))である。
図119は、糖鎖工学PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物によるCD8エフェクターメモリT細胞増殖の誘導を示す。グリコシル化保持活性を除去するように操作されたIL-15バリアントを含む試験物のそれぞれは、予想外に、IL-15グリコシル化を除去するように操作されていないXENP30516(及びGly-Alaリンカーを有する対応するXENP31984)よりも強力であった。「(G4S)リンカー」は配列番号7であり、「(G4A)リンカー」は配列番号8である。
図120は、糖鎖工学PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物及び糖鎖工学RSV標的化IL-15/Rα-Fc融合物によるCD4及びCD8エフェクターメモリT細胞増殖の誘導を示す。対応するRSV標的化IL-15/Rα-Fc融合物と比べたPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物の効力の増加倍率は、(末梢リンパ球と比べたTILに関する)選択性を示すように示されている。
図121A~図121Dは、A)XENP30290対XENP30362;B)XENP31979対XENP32163;C)XENP30516対XENP30518;及びD)XENP31986対XENP32169によるCD8エフェクターメモリT細胞の増殖を示す。データは、N結合型グリコシル化の除去が効力を増加させるが、選択性も改善することを示す。「(G4S)リンカー」は配列番号7であり、「(G4A)リンカー」は配列番号8である。
図122は、糖鎖工学PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物を単独で、又はPD-1遮断と組み合わせて投与したpp65-MCF7マウス及びhuPBMC移植NSGマウスにおける経時的な腫瘍体積(キャリパー測定によって決定される)を示す。糖鎖工学バリアントXENP319816は、(低用量でさえ)抗腫瘍活性の増強を示し、PD-1遮断と生産的に組み合わせた。配列番号7として「(G4S)リンカー」、及び、配列番号8として「(G4A)リンカー」。
図123は、糖鎖工学PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物を単独で、又はPD-1遮断と組み合わせて投与したpp65-MCF7マウス及びhuPBMC移植NSGマウスにおける17日目までの腫瘍体積(キャリパー測定によって決定される)の変化を示す。
図124は、糖鎖工学PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物を単独で、又はPD-1遮断と組み合わせて投与したpp65-MCF7マウス及びhuPBMC移植NSGマウスの血中の14日目のCD8+細胞数を示す。
図125A~125Eは、1倍の低用量のXENP30290(PD1 x IL15[N4D/N65D])を投与したカニクイザルにおける、A)CD8+PD1+T細胞、B)CD8+幹細胞メモリ、C)CD8ナイーブ(PD1low)、D)γδ細胞、及びE)NK細胞の増殖を示す。データは、XENP30290が1倍の低用量でPD1+細胞増殖を誘導したことを示す。
図126A~126Eは、10倍の高用量のXENP30290(PD1 x IL15[N4D/N65D])及び対応するRSV標的化代用XENP30362を投与したカニクイザルにおける、A)CD8+PD1+T細胞、B)CD8+幹細胞メモリ、C)CD8ナイーブ(PD1low)、D)γδ細胞、及びE)NK細胞の増殖を示す。データは、XENP30290が10倍の高用量で良好なPD1+細胞増殖を誘導したが、RSV標的化対照XENP30362の活性によって示されるように、PD1-細胞に対して中程度の活性を有することを示す。「(G4S)リンカー」は、配列番号7である。
図127A~図127Eは、10倍の高用量のXENP30516PD1 x IL15[D30N/E64Q/N65D])を投与したカニクイザルにおけるA)CD8PD1T細胞、B)CD8幹細胞メモリ、C)CD8ナイーブ(PD1low)、D)γδ細胞、及びE)NK細胞の増殖を示す。データは、XENP30516が10倍の高用量で良好なPD1細胞増殖を誘導したことを示す。
図128A~128Eは、30倍の非常に高い用量のXENP30516(PD1 x IL15[D30N/E64Q/N65D])及び対応するRSV標的化代用XENP30518を投与したカニクイザルにおける、A)CD8+PD1+T細胞、B)CD8+幹細胞メモリ、C)CD8ナイーブ(PD1low)、D)γδ細胞、及びE)NK細胞の増殖を示す。データは、XENP 30516が、優れた選択性を維持しながら、30倍の非常に高い用量でより大きなPD1+拡大を誘導したことを示す。「(G4S)リンカー」は、配列番号7である。
図129A~図129Eは、1倍の低用量のXENP31986(PD1 x IL15[D30N/E64Q/N65D/N71Q/N79Q/N112Q])及び対応するRSV標的化代用XENP32169を投与したカニクイザルにおけるA)CD8PD1T細胞、B)CD8幹細胞メモリ、C)CD8ナイーブ(PD1low)、D)γδ細胞、及びE)NK細胞の増殖を示す。データは、XENP31986が優れた選択性で1倍の低用量で良好なPD1細胞増殖を誘導したことを示す。「(G4A)リンカー」は、配列番号8である。
図130A~図130Eは、3倍の中用量のXENP31986(PD1xIL15[D30N/E64Q/N65D/N71Q/N79Q/N112Q])及び対応するRSV標的化代用XENP32169を投与したカニクイザルにおけるA)CD8PD1T細胞、B)CD8幹細胞メモリ、C)CD8ナイーブ(PD1low)、D)γδ細胞、及びE)NK細胞の増殖を示す。データは、XENP31986が、優れた選択性を維持しながら、3倍の中用量でPD1細胞増殖の増強を誘導したことを示す。「(G4A)リンカー」は、配列番号8である。
図131A~図131Eは、10倍の高用量のXENP31986(PD1 x IL15[D30N/E64Q/N65D/N71Q/N79Q/N112Q])及び対応するRSV標的化代用XENP32169を投与したカニクイザルにおけるA)CD8PD1T細胞、B)CD8幹細胞メモリ、C)CD8ナイーブ(PD1low)、D)γδ細胞、及びE)NK細胞の増殖を示す。データは、XENP31986が、優れた選択性を維持しながら、10倍の高用量で非常に大きなPD1細胞増殖を誘導したことを示す。「(G4A)リンカー」は、配列番号8である。
図132は、IL-15[N4D/N65D]、IL-15[D30N/E64Q/N65D]、又はIL-15[D30N/E64Q/N65D/N71Q/N79Q/N112Q]のいずれかを含む様々な濃度の様々なPD-1標的化又はRSV標的化IL-15/Rα-Fc融合物を投与したカニクイザルにおけるCD8PD1T細胞の増殖を要約している。
図133A~133Eは、IL-15[N4D/N65D]、IL-15[D30N/E64Q/N65D]、又はIL-15[D30N/E64Q/N65D/N71Q/N79Q/N112Q]のいずれかを含む様々な濃度の様々なPD-1標的化又はRSV標的化IL-15/Rα-Fc融合物を投与したカニクイザルにおける、A)CD8PD1T細胞、B)CD8幹細胞メモリ、C)CD8ナイーブ(PD1low)、D)γδ細胞、及びE)NK細胞の選択比とピーク増殖倍率との相関を示す。まとめると、データは、用量の増加がより高い選択性をもたらすことを示している。加えて、IL-15[D30N/E64Q/N65D/N71Q/N79Q/N112Q]バリアントを含むPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物は、IL-15[D30N/E64Q/N65D]バリアントを含むPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物よりも選択的であり、それは、IL-15[N4D/N65D] バリアントを含むPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物よりも選択的であった。
図134は、カニクイザルにおける示された試験物の血清濃度の経時的変化を示す。驚くべきことに、同じ用量で、IL-15[D30N/E64Q/N65D/N71Q/N79Q/N112Q]バリアントを含む脱グリコシル化PD-1標的化IL-15/Rα-Fc XENP31896は、XENP31896がXENP30516と比較して増強された効力/薬力学を有するにもかかわらず、IL-15[D30N/E64Q/N65D]バリアントを含むグリコシル化PD-1標的化IL-15/Rα-Fc XENP30516と比較して増強された薬物動態を示した。「(G4S)リンカー」は配列番号7であり、「(G4A)リンカー」は配列番号8である。
図135は、カニクイザルにおける示された試験物の血清濃度の経時的変化を示す。同じ用量で、IL-15[D30N/E64Q/N65D/N71Q/N79Q/N112Q]バリアントを含む脱グリコシル化RSV標的化IL-15/Rα-Fc XENP32169は、IL-15[D30N/E64Q/N65D]バリアントを含むグリコシル化RSV標的化IL-15/Rα-Fc XENP32169と比較して増強された薬物動態を示した。「(G4S)リンカー」は配列番号7であり、「(G4A)リンカー」は配列番号8である。
図136は、WT mAb C[PD-1]_H1L1と比較したTrp操作mAb C[PD-1]_H1L1バリアントの結合を示すOctetセンサーグラムを示す。ナンバリングはKabatによる。データは、不安定なトリプトファンを修復すると、PD-1への結合の完全な喪失又は実質的により弱い結合が生じたことを示している。
図137A~図137Gは、重鎖にE233P/L234V/L235A/G236del/S267K置換を有する二価ヒトIgG1フォーマットのmAb C[PD-1]_H1L1の例示的なTrp操作及び親和性修復バリアントの配列を示す。CDRには下線が引かれ、斜線は可変ドメインの境界を示す。本明細書で留意され、CDRを含有する本明細書の全ての配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は、表1に示されるように使用されるナンバリングに応じてわずかに異なり得、したがって、本明細書には、下線が引かれているCDRだけでなく、他のナンバリングシステムを使用してVHドメイン及びVLドメイン内に含まれるCDRも含まれる。当業者によって理解されるように、VHドメイン及びVLドメインは、本発明のPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質において使用するためのFab又はscFvとしてフォーマットされ得る。
図138A~図138Gは、mAb C[PD-1]_H1L1の例示的なTrp操作及び親和性修復バリアントを有する「scIL-15/Rα x Fab」の例示的なPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質の配列を示す。CDRには下線が引かれている。本明細書で留意され、CDRを含有する本明細書の全ての配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は、表1に示されるように使用されるナンバリングに応じてわずかに異なり得、したがって、本明細書には、下線が引かれているCDRだけでなく、他のナンバリングシステムを使用してVHドメイン及びVLドメイン内に含まれるCDRも含まれる。IL-15及びIL-15Rα(sushi)はイタリック体であり、リンカーに二重下線を付し(当業者には理解されるように、リンカーは他のリンカーに置き換えることができ、その一部は図9及び図10に示されている)、斜線(/)はIL-15、IL-15Rα、リンカー、可変領域及び定常/Fc領域の境界を示す。当業者には明らかなように、記載される標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質のそれぞれは、Xtend Fc(M428L/N434S)を含むことができ、又は除外することができる。
図139は、Octetによって決定される修復されたPD-1結合を有するTrp操作mAb C[PD-1]_H1L1バリアントの見かけの解離定数(KDapp)、会合速度(ka)及び解離速度(kd)を示す。可変重鎖領域又は可変軽鎖領域における置換(列挙されている場合)は、Xencorナンバリング(対応するKabat位置が次の列に列挙されている)に基づく。mAb C_H1.176_L1.140、mAb C_H1.177_L1.140、及びmAb C_H1.180_L1.140を含む、mAb C_H1_L1.1のものに近いPD-1親和性結合を回復させるいくつかのバリアントを同定した。
図140A~図140Bは、PD-1に対するA)XENP31986(mAb C[PD1]_H1_L1.1を有する)、及びB)XENP32435(Trp操作/親和性修復mAb C[PD1]_H1.176_L1.140を有する)の結合を示すOctetセンサーグラムを示す。データは、修復された分子がPD-1に対して同等の親和性を有することを示す。
図141は、Trp操作PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物によるCD8エフェクターメモリT細胞増殖の誘導を示す。Trpを除去するように操作されたPD-1結合ドメインを有するXENP32435、XENP32436及びXENP32439は、(PD-1に対する類似の親和性を有するにもかかわらず)XENP31986と同等又はそれ以上にCD8エフェクターメモリT細胞の増殖において強力である。
図142は、「IL-15/Rα-ヘテロFc」フォーマットの例示的なIL-15/Rα-Fc融合タンパク質であるXENP20818(WT IL-15)、XENP22821(IL-15[N65D])及びXENP24045(IL-15[D30N/E64Q/N65D])の配列を示す。IL-15及びIL-15Rα(sushi)に下線を付し、リンカーに二重下線を付し(当業者には理解されるように、リンカーは他のリンカーに置き換えることができ、その一部は図7に示されている)、斜線(/)はIL-15、IL-15Rα、リンカー及びFc領域の境界を示す。
図143は、非標的化IL-15/Rα-Fc融合物XENP20818及びXENP24045並びに様々なPD-1標的化又は対照RSV標的化IL-15/Rα-Fc融合物による処置後のラパマイシン拡大Tregの増殖を示す。データは、IL-15/Rα-Fc融合物(標的化及び非標的化)がラパマイシン拡大Tregの増殖を誘導することを示す(Tag-it Violet希釈によって測定)。注目すべきことに、PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物は、標的化されていないIL-15/Rα-Fc融合物と比較して、Tregの増殖を誘導する効力がはるかに低かった。
図144A~図144Bは、1×10個のCFSE標識PBMCを5μg/mlの示された試験物及び増加する数のラパマイシン拡大Tregと共にインキュベートした後の、A)CD8エフェクターメモリT細胞、及びB)CD4エフェクターメモリT細胞(CFSE希釈によって決定)の増殖を示す。データは、PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物が、CD8及びCD4エフェクターメモリT細胞増殖の、Treg誘導性の抑制の効力をシフトさせた(低下させた)ことを示す。注目すべきことに、対照RSV標的化IL-15/Rα-Fc融合物によるシフトは、PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物によって誘導される効力の低下よりも小さかった。
図145A~図145Bは、1×10個のCFSE標識PBMCを5μg/mlの示された試験物及び増加する数のラパマイシン拡大Tregと共にインキュベートした後の、A)Treg対CD8エフェクターメモリT細胞、及びB)Treg対CD4エフェクターメモリT細胞の比を示す。データは、試験物なしと比較して、PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物はTreg/TEM比を増加させたが、それでもなお、TEM細胞増殖はPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物によって増強されることを示す。これは、Tregは増殖するが、増殖したTregは抑制能力の低下を示すことを示す。
図146A~図146Bは、完全Treg培地(10% FBS、0.5μg/ml抗CD28、100U/ml IL-2、100 ng/mlラパマイシンを含むRPMI);ラパマイシンを含まない完全Treg培地;又は100ng/ml IL-15(10% FBS、0.5μg/ml抗CD28を含むRPMI;IL-2なし;ラパマイシンなし)で6日間前培養したラパマイシン拡大TregとCD3刺激PBMCをインキュベートした後の、増殖パーセンテージA)CD8T細胞及びB)CD4T細胞(CFSE希釈によって決定)を示す。データは、IL-15で前処理したTregが抑制能の障害を示すことを示す。
図147A~図147Bは、5μg/ml IL-15/Rα-Fc融合物XENP22821なし(A)又はあり(B)で14日間処置したPBMC中のCD4T細胞上のCD25及びFOXP3の発現を示す。データは、XENP22821による処置がCD4T細胞集団上のFOXP3発現を減少させたことを示す。
図148A~図148Bは、5μg.ml IL-15/Rα-Fc融合物XENP22821なし(A)又はあり(B)で14日間処置したPBMC中のCD4T細胞上のCD45RA及びFOXP3の発現を示す。データは、XENP22821による処置がCD4CD45RA集団をFoxP3highからFoxP3lowにシフトさせることを示しており、IL-15/Rα-Fc融合物による処置が集団をeTreg(5.24%から2.72%への減少した集団)から、活性化エフェクターCD4 T細胞(18.2%から28.6%への増加した集団)に実際にシフトさせたことを示している。
図149A~図149Bは、5μg/ml IL-15/Rα-Fc融合物XENP22821なし(A)又はあり(B)で14日間処置したPBMC中のCD4T細胞上のCD25及びCCR4の発現を示す。データは、XENP22821による処置がCD4T細胞集団上のCCR4発現を減少させたことを示す。
図150A~図150Bは、100ng/mlのプレート結合抗CD3(OKT3)上のCFSE標識PBMCと、10μg/mlのIL-15/Rα-Fc融合物XENP24045及び示される濃度のTGFβ1とのインキュベーション後の、A)CD8 T細胞及びB)CD4 T細胞の増殖(CFSE希釈によって決定)を示す。データは、TGFβがT細胞の増殖を用量依存的に抑制するが、注目すべきことに、IL-15/Rα-Fc融合は、試験した全ての用量でT細胞増殖のTGFβ抑制を妨げることを示す。
図151A~図151Bは、Octetによって決定される修復されたPD-1結合を有するTrp操作mAb C[PD-1]_H1L1バリアントの見かけの解離定数(KDapp)、会合速度(k)及び解離速度(k)を示す。可変重鎖領域における置換(列挙されている場合)は、Xencorナンバリング(対応するKabat位置が次の列に列挙されている)に基づく。
図152A~図152Nは、ニボルマブ又はペンブロリズマブと競合しない追加の例示的な抗PD-1 ABDの可変重鎖及び可変軽鎖を示す。CDRには下線が引かれている。本明細書で留意され、CDRを含有する本明細書の全ての配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は、表1に示されるように使用されるナンバリングに応じてわずかに異なり得、したがって、本明細書には、下線が引かれているCDRだけでなく、他のナンバリングシステムを使用してVHドメイン及びVLドメイン内に含まれるCDRも含まれる。
図153A~図153Bは、例示的なPD-1標的化IL-15構築物の配列を示す。図153Aは、XENP31326を示す。図153Bは、XENP31329を示す。本明細書で留意され、CDRを含有する本明細書の全ての配列に当てはまるように、CDR位置の正確な同定は、表1に示されるように使用されるナンバリングに応じてわずかに異なり得、したがって、本明細書には、下線が引かれているCDRだけでなく、他のナンバリングシステムを使用してVHドメイン及びVLドメイン内に含まれるCDRも含まれる。IL-15及びIL-15Rα(sushi)はイタリック体であり、リンカーに二重下線を付し(当業者には理解されるように、リンカーは他のリンカーに置き換えることができ、その一部は図9及び図10に示されている)、斜線(/)はIL-15、IL-15Rα、リンカー、可変領域及び定常/Fc領域の境界を示す。当業者には明らかなように、記載される標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質のそれぞれは、Xtend Fc(M428L/N434S)を含むことができ、又は除外することができる。
図154A~図154Cは、A)XENP31326対XENP31329、B)XENP30516及びXENP32927対XENP30518、並びに、C)XENP31986及びXENP32435対XENP32169による、CD3エフェクターメモリT細胞増殖の誘導を示す。データは、(XENP31326対XENP31329の比較によって示されるように)標的化単独が、限られた選択性(RSV標的化及びPD1標的化のEC50の2.4倍の差)を提供することを示している。IL-15効力の低下と組み合わせたPD1標的化(XENP30516及びXENP32927対XENP30518の比較;XENP31986及びXENP32435対XENP32169の比較によって示される)は、有意に増強された選択性を提供する。注目すべきことに、驚くべきことに、脱グリコシル化バリアントは選択性をさらに高める(脱グリコシル化バリアントを用いた場合は246倍の選択性であり、用いなかった場合の105倍の選択性と対照的である)。
図155A及び図155Bは、XmAb24306及び様々な濃度のラパマイシン拡大Tregの存在下での(図155A)CD8+及び(図155B)CD4+応答細胞の増殖を示す。
図156は、IL-15/Rα-Fc融合物XENP20818及びXENP24045による処置後のラパマイシン拡大Tregの増殖を示す。データは、IL-15/Rα-Fc融合物がラパマイシン拡大Tregの増殖を誘導することを示す(Tag-it Violet希釈によって測定)。注目すべきことに、XENP24045は、XENP20818と比較してTregの増殖を誘導する効力の低下を実証している。
図157A及び図157Bは、1×10個のCFSE標識PBMCを5μg/mlの示された試験物及び増加する数のラパマイシン拡大Tregと共にインキュベートした後の、A)CD8エフェクターメモリT細胞、及びB)CD4エフェクターメモリT細胞(CFSE希釈によって決定)の増殖を示す。データは、IL-15/Rα-Fc融合物が、CD8及びCD4エフェクターメモリT細胞増殖の、Treg誘導性の抑制の効力をシフトさせた(低下させた)ことを示す。
図158A及び図158Bは、1×10個のCFSE標識PBMCを5μg/mlの示された試験物及び増加する数のラパマイシン拡大Tregと共にインキュベートした後の、A)Treg対CD8エフェクターメモリT細胞、及びB)Treg対CD4エフェクターメモリT細胞の比を示す。データは、試験物なしと比較して、IL-15/Rα-Fc融合物はTreg/TEM比を増加させたが、それでもなお、TEM細胞増殖はIL-15/Rα-Fc融合物によって増強されることを示す。これは、Tregは増殖するが、増殖したTregは抑制能力の低下を示すことを示す。
図159A及び図159Bは、完全Treg培地(10%FBS、0.5μg/ml抗CD28、100U/ml IL-2、100ng/mlラパマイシンを含むRPMI);ラパマイシンを含まない完全Treg培地;又は100ng/ml IL-15(10%FBS、0.5μg/ml抗CD28を含むRPMI;IL-2なし;ラパマイシンなし)で6日間前培養したラパマイシン拡大TregとCD3刺激PBMCをインキュベートした後の、増殖パーセンテージA)CD8T細胞及びB)CD4T細胞(CFSE希釈によって決定)を示す。データは、IL-15で前処理したTregが抑制能の障害を示すことを示す。
図160A及び図160Bは、5μg/ml IL-15/Rα-Fc融合物XENP22821なし(A)又はあり(B)で14日間処置したPBMC中のCD4T細胞上のCD25及びFOXP3の発現を示す。データは、XENP22821による処置がCD4T細胞集団上のFOXP3発現を減少させたことを示す。
図161A及び図161Bは、5μg/ml IL-15/Rα-Fc融合物XENP22821なし(A)又はあり(B)で14日間処置したPBMC中のCD4T細胞上のCD45RA及びFOXP3の発現を示す。データは、XENP22821による処置がCD4CD45RA集団をFoxP3highからFoxP3lowにシフトさせることを示しており、IL-15/Rα-Fc融合物による処置が集団をeTreg(5.24%から2.72%への減少した集団)から、活性化エフェクターCD4 T細胞(18.2%から28.6%への増加した集団)に実際にシフトさせたことを示している。
図162A及び図162Bは、5μg/ml IL-15/Rα-Fc融合物XENP22821なし(A)又はあり(B)で14日間処置したPBMC中のCD4T細胞上のCD25及びCCR4の発現を示す。データは、XENP22821による処置がCD4T細胞集団上のCCR4発現を減少させたことを示す。
図163A及び図163Bは、100ng/mlのプレート結合抗CD3(OKT3)上のCFSE標識PBMCと、10μg/mlのIL-15/Rα-Fc融合物XENP24045及び示される濃度のTGFβ1とのインキュベーション後の、A)CD8 T細胞及びB)CD4 T細胞の増殖(CFSE希釈によって決定)を示す。データは、TGFβがT細胞の増殖を用量依存的に抑制するが、注目すべきことに、IL-15/Rα-Fc融合は、試験した全ての用量でT細胞増殖のTGFβ抑制を妨げることを示す。
図164は、単剤PD-1遮断、非標的化効力低下IL-15/Rα-Fc融合物XENP24045(単剤として、又はPD-1遮断と組み合わせて)、又は、[NC]PD-1標的化効力低下糖鎖工学IL-15/Rα-Fcを投与したpp65-MCF7移植huCD34+NSGマウスにおける経時的な腫瘍体積(キャリパー測定によって決定)を示す。全ての群は、PBS対照による処置と比較して、15日目までに有意に増強された腫瘍活性を示し(p≦0.05)、PD-1遮断と組み合わせることによって抗腫瘍活性に対する明らかな利益があった。
図165は、単剤PD-1遮断、非標的化効力低下IL-15/Rα-Fc融合物XENP24045(単剤として、又はPD-1遮断と組み合わせて)、又は、[NC]PD-1標的化効力低下糖鎖工学IL-15/Rα-Fcを投与したpp65-MCF7移植huCD34+NSGマウスにおける、7日目及び13日目までのCD4+T細胞及びCD8+T細胞の増殖を示す。PD-1遮断と組み合わせたPD-1標的化IL-15は、PD-1遮断と組み合わせた非標的化IL-15-Fc融合物と比較して、CD8+T細胞及びCD4+T細胞の両方の増殖を有意に増強した。PD-1標的化IL-15とPD-1遮断の組合せは、単剤PD-1標的化IL-15と比較して、リンパ球増殖を有意に増加させた。
図166は、単剤PD-1遮断、非標的化効力低下IL-15/Rα-Fc融合物XENP24045(単剤として、又はPD-1遮断と組み合わせて)、又は、[NC]PD-1標的化効力低下糖鎖工学IL-15/Rα-Fcを投与したpp65-MCF7移植huCD34+NSGマウスにおける、13日目のCD8 T細胞対Treg比を示す。CD8:Treg比は、PD1標的化IL15(さらにPD-1遮断との組合せ)で改善される。対応のないt検定を使用して対数変換データに対して行われた統計。
図167A~図167Eは以下を示す:A)全CD45リンパ球集団のCD3+T細胞のパーセンテージ、B)全CD8集団のエフェクターメモリCD8 T細胞のパーセンテージ、C)全CD8集団のCD8ナイーブのパーセンテージ、D)全CD3集団のTregのパーセンテージ、及びE)単剤PD-1遮断又は[NC]PD-1標的化効力低下糖鎖工学IL-15/Rα-Fc(単剤として、又はPD-1遮断と組み合わせて)を投与したpp65-MCF7移植huCD34+NSGマウスの腫瘍組織における9日目のTregに対するエフェクターメモリCD8 T細胞の比。データは、XENP32986が、単独で、又はPD-1遮断と組み合わせて、腫瘍において、総CD3+T細胞を増加させ、T細胞表現型をエフェクターメモリCD8+にシフトさせること;XENP32986が、単独で、又はPD-1遮断と組み合わせて、腫瘍においてCD8:Treg比を増加させること;低用量の0.01mg/kgのXENP32986が、PD-1遮断との併用で有意な薬力学を可能にしたことを示す。
図168A~図168Lは、単剤PD-1遮断、PD-1標的化IL-15[D30N/E64Q/N65D]XENP32927(0.1、0.3若しくは1mg/kgの単剤として、又は0.3mg/kgのPD-1遮断と組み合わせて)、PD-1標的化IL-15[D30N/E64Q/N65D/N71Q/N79Q/N112Q]XENP32435(0.03、0.1若しくは0.3mg/kgの単剤として、又は0.1mg/kgのPD-1遮断と組み合わせて)、及び、PD-1遮断と組み合わせたRSV標的化IL-15対照を投与したhuPBMC及びpp65-MCF7移植NSG-DKOマウスにおける経時的な腫瘍体積(キャリパー測定によって決定)のベースライン補正した変化を示す。
図169は、単剤PD-1遮断、PD-1標的化IL-15[D30N/E64Q/N65D]XENP32927(0.1、0.3若しくは1mg/kgの単剤として、又は0.3mg/kgのPD-1遮断と組み合わせて)、及び、PD-1遮断と組み合わせたRSV標的化IL-15[D30N/E64Q/N65D]対照を投与したhuPBMC及びpp65-MCF7移植NSG-DKOマウスにおける経時的な腫瘍体積(キャリパー測定によって決定)のベースライン補正した中央値の変化を示す。XENP32927は、PD-1遮断単独と比較して、PD-1遮断と組み合わせて0.3mg/kgで(17、20、22及び27日目にp<0.05)、及び、PD-1遮断と組み合わせて1mg/kgで(15及び17日目にp<0.05)、有意な腫瘍退縮を誘導した(マン・ホイットニー検定を使用してベースライン補正データに対して統計を行った)。
図170は、単剤PD-1遮断、PD-1標的化IL-15[D30N/E64Q/N65D/N71Q/N79Q/N112Q]XENP32435(0.03、0.1、若しくは0.3mg/kgの単剤として、又は0.1mg/kgのPD-1遮断と組み合わせて)、及び、PD-1遮断と組み合わせたRSV標的化IL-15[D30N/E64Q/N65D/N71Q/N79Q/N112Q]対照を投与したhuPBMC及びpp65-MCF7移植NSG-DKOマウスにおける経時的な腫瘍体積(キャリパー測定によって決定)のベースライン補正した中央値の変化を示す。XENP32435は、PD-1遮断単独と比較して、PD-1遮断と組み合わせて0.1mg/kgで(13日目及び15日目にp<0.05)、及び、PD-1遮断と組み合わせて0.3mg/kgで(13日目、15日目、及び17日目にp<0.05)、有意な腫瘍退縮を誘導した。注目すべきことに、XENP32435は、このモデルにおいて単剤として有意な腫瘍退縮を示した(PD-1遮断単剤と比較して17日目にp<0.05)。マン・ホイットニー検定を使用してベースライン補正データに対して行なわれた統計。
図171は、単剤PD-1遮断、PD-1標的化IL-15[D30N/E64Q/N65D]XENP32927(0.1、0.3若しくは1mg/kgの単剤として、又は0.3mg/kgのPD-1遮断と組み合わせて)、PD-1標的化IL-15[D30N/E64Q/N65D/N71Q/N79Q/N112Q]XENP32435(0.03、0.1若しくは0.3mg/kgの単剤として、又は0.1mg/kgのPD-1遮断と組み合わせて)、及び、PD-1遮断と組み合わせたRSV標的化IL-15対照を投与したhuPBMC及びpp65-MCF7移植NSG-DKOマウスにおける17日目までの腫瘍体積の変化を示す。マン・ホイットニー検定を使用してベースライン補正データに対して行なわれた統計。データは、RSV標的化IL-15(いずれかのIL-15バリアントを含む)が、PD-1遮断単独と比較して、PD-1遮断と組み合わせて活性を増強しなかったことを示す。
図172A~図172Dは、以下を示す:単剤PD-1遮断、PD-1標的化IL-15[D30N/E64Q/N65D]XENP32927(0.1、0.3若しくは1mg/kgの単剤として、又は0.3mg/kgのPD-1遮断と組み合わせて)、及び、PD-1遮断と組み合わせたRSV標的化IL-15[D30N/E64Q/N65D]対照を投与したhuPBMC及びpp65-MCF7移植NSG-DKOマウスにおける、A)7日目のCD4+T細胞の活性化及びB)CD8+T細胞の活性化(CD25発現によって示される);並びに、C)14日目のCD4+T細胞数及びD)CD8+T細胞数。データは、XENP32927が0.1~1mg/kgで活性であったことを示す。
図173A~図173Dは、以下を示す:単剤PD-1遮断、PD-1標的化IL-15[D30N/E64Q/N65D/N71Q/N79Q/N112Q]XENP32435(0.03、0.1、若しくは0.3mg/kgの単剤として、又は0.1mg/kgのPD-1遮断と組み合わせて)、及び、PD-1遮断と組み合わせたRSV標的化IL-15[D30N/E64Q/N65D/N71Q/N79Q/N112Q]対照を投与したhuPBMC及びpp65-MCF7移植NSG-DKOマウスにおける、A)7日目のCD4+T細胞の活性化及びB)CD8+T細胞の活性化(CD25発現によって示される);並びに、C)14日目のCD4+T細胞数及びD)CD8+T細胞数。データは、XENP32435が0.03~0.3mg/kgの多くの濃度で活性であったことを示す。
図174は、単剤PD-1遮断、PD-1標的化IL-15[D30N/E64Q/N65D]XENP32927(0.1、0.3若しくは1mg/kgの単剤として、又は0.3mg/kgのPD-1遮断と組み合わせて)、及び、PD-1遮断と組み合わせたRSV標的化IL-15[D30N/E64Q/N65D]対照を投与したhuPBMC及びpp65-MCF7移植NSG-DKOマウスにおける経時的な血清IFNγ濃度を示す。
図175は、単剤PD-1遮断、PD-1標的化IL-15[D30N/E64Q/N65D/N71Q/N79Q/N112Q]XENP32435(0.03、0.1、若しくは0.3mg/kgの単剤として、又は0.1mg/kgのPD-1遮断と組み合わせて)、及び、PD-1遮断と組み合わせたRSV標的化IL-15[D30N/E64Q/N65D/N71Q/N79Q/N112Q]対照を投与したhuPBMC及びpp65-MCF7移植NSG-DKOマウスにおける経時的な血清IFNγ濃度を示す。
図176A~図176Eは、1倍用量での静脈内投与によるXENP32435PD1xIL15[D30N/E64Q/N65D/N71Q/N79Q/N112Q])で処置したカニクイザルにおける、A)CD8+T細胞、B)CD8+幹細胞メモリT細胞、C)CD8+ナイーブT細胞、D)γδ T細胞、及びE)NK細胞の増殖を示す。
図177A~図177Eは、図175A~図175Eと比較して12倍用量での静脈内投与によるXENP32435PD1xIL15[D30N/E64Q/N65D/N71Q/N79Q/N112Q])で処置したカニクイザルにおける、A)CD8+T細胞、B)CD8+幹細胞メモリT細胞、C)CD8+ナイーブT細胞、D)γδ T細胞、及びE)NK細胞の増殖を示す。
図178A~図178Eは、1倍用量での静脈内投与によるXENP32927(PD1xIL15[D30N/E64Q/N65D])で処置したカニクイザルにおける、A)CD8+T細胞、B)CD8+幹細胞メモリT細胞、C)CD8+ナイーブT細胞、D)γδ T細胞、及びE)NK細胞の増殖を示す。
図179A~図179Eは、図177A~図177Eに対して20倍用量での静脈内投与によるXENP32927(PD1xIL15[D30N/E64Q/N65D])で処置したカニクイザルにおける、A)CD8+T細胞、B)CD8+幹細胞メモリT細胞、C)CD8+ナイーブT細胞、D)γδ T細胞、及びE)NK細胞の増殖を示す。
図180は、脱グリコシル化XENP32435を静脈内投与により1倍及び12倍の用量で用いて処置したカニクイザルにおける試験物の血清濃度の経時的変化を示す。
図181は、グリコシル化XENP32927を静脈内投与により1倍及び20倍の用量で用いて処置したカニクイザルにおける試験物の血清濃度の経時的変化を示す。
図182A~図182Bは、以下を示す:示された試験物とのインキュベーション後のマウス脾細胞における、A)CD8+T細胞数及びB)CD8+T細胞上のKi-67発現パーセンテージ。データは、マウス代用PD-1標的化IL-15分子がPD1+マウスT細胞に対して高度に選択的であったことを示す。
図183A及び図183Bは、以下を示す:XENP33869とは異なるmuPD-1エピトープに結合する(すなわち競合しない)代替的なマウス代用PD-1標的化IL-15分子XENP36217を含む示された試験物とのインキュベーション後のマウス脾細胞における、A)CD8+T細胞数及びB)CD8+T細胞上のKi-67発現パーセンテージ。データは、XENP36217がPD1+マウスT細胞に対しても高度に選択的であったことを示す。
図184A~図184Kは、PD-L1遮断muPD1xIL15代用XENP33869の投与に対する抗腫瘍及び薬力学的応答を示す。A)グループアウト後3日目及び6日目に記録された切除腫瘍重量;B)腫瘍におけるフローサイトメトリによって測定されるCD8、CD4、Treg、NK及びNKT細胞の計数;C)腫瘍におけるCD8:Treg比;D)腫瘍におけるフローサイトメトリによって測定されるCD8、CD4、Treg、NK及びNKT細胞の頻度;E)脾臓におけるフローサイトメトリによって測定されるCD8、CD4、Treg、NK及びNKT細胞の頻度;F)脾臓におけるフローサイトメトリによって測定されるCD8、CD4、Treg、NK及びNKT細胞の計数;G)脾臓におけるCD8:Treg比;H)腫瘍におけるフローサイトメトリによって測定されるグランザイムB+CD8、CD4、Treg、NK及びNKT細胞の頻度;I)腫瘍におけるフローサイトメトリによって測定されるグランザイムB+CD8、CD4、Treg、NK及びNKT細胞のMFI;J)脾臓におけるフローサイトメトリによって測定されるグランザイムB+CD8、CD4、Treg、NK及びNKT細胞の頻度;K)脾臓におけるフローサイトメトリによって測定されるグランザイムB+CD8、CD4、Treg、NK及びNKT細胞のMFI。
図185A~図185Hは、PD-L1非ブロッキングmuPD1xIL15代用XENP36213、XENP36216及びXENP36217と比較した、PD-L1遮断muPD1xIL15代用XEN33869の投与に対する抗腫瘍及び薬力学的応答を示す。A)グループアウト後6日目に記録された切除腫瘍重量;B)腫瘍におけるフローサイトメトリによって測定されるCD8、CD4、Treg、NK及びNKT細胞の計数;C)腫瘍におけるフローサイトメトリによって測定されるCD8、CD4、Treg、NK及びNKT細胞の頻度;D)腫瘍におけるCD8:Treg比;E)脾臓におけるフローサイトメトリによって測定されるCD8、CD4、Treg、NK及びNKT細胞の計数;F)脾臓におけるCD8:Treg比;G)脾臓におけるフローサイトメトリによって測定されるCD8、CD4、Treg、NK及びNKT細胞の頻度;H)腫瘍及び脾臓におけるフローサイトメトリによって測定されるグランザイムB+CD8、CD4、Treg、NK及びNKT細胞の頻度。
図186A及び図186Bは、対照及びマウス反応性aPD-L1と比較した、静脈内投与後の雌C57Bl/6マウスにおけるMC38同系腫瘍モデルの成長に対するPD-L1遮断muPD1xIL15 XENP33869処置の効果を示す。A)生データ及びフィッティング。B)各群のフィッティング増殖曲線の重ね合わせ。
図187A及び図187Bは、対照及びマウス反応性aPD-L1と比較した、種々の用量レベルでの静脈内投与後の雌C57Bl/6マウスにおけるMC38同系腫瘍モデルの成長に対するPD-L1遮断muPD1xIL15 XENP33869処置の効果を示す。XENP33869と抗PDL1との併用活性も評価した。A)生データ及びフィッティング。B)各群のフィッティング増殖曲線の重ね合わせ。
図188A及び188Bは、対照及びマウス反応性aPD-L1と比較した、静脈内投与後の雌C57Bl/6マウスにおけるMC38同系腫瘍モデルの成長に対する、PD-L1非遮断muPD1xIL15 XENP36217による処置と比較した、PD-L1遮断muPD1xIL15代用XENP33869による処置の効果を示す。XENP33869及びXENP36217と抗PDL1との併用活性も評価した。A)生データ及びフィッティング。B)各群のフィッティング増殖曲線の重ね合わせ。
図189A~図189Hは、ビヒクル又はマウス反応性aPD-L1による処置と比較した、静脈内投与によるMC38同系腫瘍モデルを有する雌C57Bl/6マウスにおけるmuPD1xIL15代用XENP33869による処置後の18F標識抗マウスCD8トレーサーのポジトロン放出断層撮影のイメージング及び定量化を示す。A)各処置群からの代表的な画像であり、腫瘍位置を矢印で示している。B)処置後12日目に測定した非結合対照トレーサーと比較したCD8トレーサー取り込み腫瘍。C)血液D)腫瘍E)脾臓F)腋窩リンパ節G)鼠径リンパ節及びH)肝臓におけるCD8トレーサー取り込みの時間経過。
I.呼称
本発明のヘテロ二量体融合タンパク質は、いくつかの異なるフォーマットで列挙されている。各ポリペプチドには固有の「XENP」番号が与えられるが、当技術分野で理解されるように、より長い配列はより短い配列を含み得る。例えば、抗PD-1に対するFabを含むモノマーの重鎖(例えば、図28Cを参照)は、第1のXENP番号を有するが、VHドメイン及びVLドメインは、異なるXENP番号を有することができる。いくつかの分子は3つのポリペプチドを有するので、成分を含むXENP番号を名称として使用する。したがって、「scIL-15/Rα X Fab」中にある分子XENP29484は、一般に「XENP29484鎖1」、「XENP29484鎖2」及び「XENP29484鎖3」と呼ばれる3つの配列又は同等物を含むが、当業者であれば配列アラインメントによってこれらを容易に同定することができるであろう。これらのXENP番号は、配列表並びに識別子にあり、図で使用されている。さらに、3つの成分を含む1つの分子は、複数の配列識別子をもたらす。例えば、Fabモノマーのリストは、全長配列、可変重配列及び可変重配列の3つのCDRを有し;軽鎖は、全長配列、可変軽配列及び可変軽配列の3つのCDRを有し;scFv-Fcドメインは、全長配列、scFv配列、可変軽配列、3つの軽CDR、scFvリンカー、可変重配列、及び3つの重CDRを有し;scFvドメインを有する本明細書の全ての分子は、単一の荷電scFvリンカー(+H)を使用するが、他のものも使用できることに留意されたい。さらに、特定の可変ドメインの命名呼称は、「Hx.xx_Ly.yy」タイプのフォーマットを使用し、数字は特定の可変鎖配列に対する固有の識別子である。したがって、XENP30486のFab側の可変ドメイン(PD-1に結合する)は「H1.132」であり、これは、可変重ドメインH1.132が使用され、XENP30486において、軽ドメインL1.135と組み合わされたことを示す。したがって、「mAbC[PD-1]_H1.132_L1.135」という表記は、可変重ドメインH1.132が軽ドメインL1.134と組み合わされたことを示す。これらの配列がscFvに組み合わされる場合、この表記は、scFvがN末端からC末端に向かってVH-リンカー-VL配向であることを示す。重可変ドメイン及び軽可変ドメインの同一の配列を有するが、逆の順序であるこの分子は、「mAbC[PD-1]_L1.135_H1.132」と命名される。同様に、異なる構築物は、配列表及び図から明らかなように、重鎖及び軽鎖を「混合及び適合」することができる。
II.定義
本出願がより完全に理解され得るように、いくつかの定義を以下に記載する。そのような定義は、文法上の等価物を包含することを意味する。
本明細書における「除去(ablation)」とは、活性の低下又は除去を意味する。したがって、例えば、「FcγR結合を除去する」は、Fc領域アミノ酸バリアントが、特異的バリアントを含まないFc領域と比較して、50%未満の結合開始を有し、70-80-90-95-98%を超える活性の喪失が好ましく、一般に、活性は、Biacoreアッセイにおいて検出可能な結合のレベル未満であることを意味する。FcγR結合の除去において特に使用されるのは、図6に示されるものである。しかしながら、特に明記しない限り、本発明のFcモノマーは、FcRn受容体への結合を保持する。
本明細書で使用される「ADCC」又は「抗体依存性細胞媒介性細胞傷害」とは、FcγRを発現する非特異的細胞傷害性細胞が標的細胞上の結合した抗体を認識し、続いて標的細胞の溶解を引き起こす細胞媒介反応を意味する。ADCCはFcγRIIIaへの結合と相関し、FcγRIIIaへの結合の増加は、ADCC活性の増加をもたらす。本明細書で論じるように、本発明の多くの実施形態は、ADCC活性を完全に除去する。
本明細書で使用される「ADCP」又は抗体依存性細胞媒介性食作用とは、FcγRを発現する非特異的細胞傷害性細胞が標的細胞上の結合した抗体を認識し、続いて標的細胞の食作用を引き起こす細胞媒介反応を意味する。
本明細書において「抗原結合ドメイン」又は「ABD」とは、ポリペプチド配列の一部として存在する場合、本明細書で論じる標的抗原に特異的に結合する6つの相補性決定領域(CDR)のセットを意味する。したがって、「PD-1抗原結合ドメイン」は、本明細書中に概説されるようにヒトPD-1抗原に結合する。当技術分野で知られているように、これらのCDRは、一般に、可変重CDRの第1のセット(vhCDR又はVCDR)及び可変軽CDRの第2のセット(vlCDR又はVCDR)として存在し、それぞれ、3つのCDR(重鎖の場合はvhCDR1、vhCDR2、vhCDR3、及び、軽鎖の場合はvlCDR1、vlCDR2及びvlCDR3)を含む。CDRは、可変重ドメイン及び可変軽ドメインにそれぞれ存在し、一緒になってFv領域を形成する。したがって、いくつかの場合において、抗原結合ドメインの6つのCDRは、可変重鎖及び可変軽鎖によってもたらされる。「Fab」フォーマットでは、6つのCDRのセットは、2つの異なるポリペプチド配列、可変重ドメイン(vh又はV;vhCDR1、vhCDR2及びvhCDR3を含む)及び可変軽ドメイン(vl又はV;vlCDR1、vlCDR2及びvlCDR3を含む)によってもたらされ、vhドメインのC末端は重鎖のCH1ドメインのN末端に結合し、vlドメインのC末端は定常軽ドメインのN末端に結合している(したがって、軽鎖を形成している)。scFvフォーマットでは、VHドメイン及びVLドメインは、一般に本明細書に概説されるリンカーの使用によって、単一のポリペプチド配列に共有結合しており、(N末端から始まって)vh-リンカー-vl又はvl-リンカー-vhのいずれかであり得る。
超可変領域は一般に、軽鎖可変領域中のアミノ酸残基約24~34(LCDR1;「L」は軽鎖を示す)、50~56(LCDR2)及び89~97(LCDR3)並びに重鎖可変領域中の約31~35B(HCDR1;「H」は重鎖を示す)、50~65(HCDR2)及び95~102(HCDR3)由来のアミノ酸残基;Kabat et al.,SEQUENCES OF PROTEINS OF IMMUNOLOGICAL INTEREST,5th Ed.Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,Md.(1991)並びに/又は超可変ループを形成するそのアミノ酸残基(例えば軽鎖可変領域中の残基26-32(LCDR1)、50-52(LCDR2)及び91-96(LCDR3)、並びに重鎖可変領域中の26-32(HCDR1)、53-55(HCDR2)及び96-101(HCDR3);Chothia and Lesk(1987)J.Mol.Biol.196:901-917)を包含する。本発明の特異的CDRを以下に記載する。
当業者には理解されるように、CDRの正確なナンバリング及び配置は、異なるナンバリングシステム間で異なり得る。しかしながら、可変重及び/又は可変軽配列の開示は、関連する(固有の)CDRの開示を含むことを理解されたい。したがって、各可変重領域の開示はvhCDR(例えば、vhCDR1、vhCDR2及びvhCDR3)の開示であり、各可変軽領域の開示はvlCDR(例えば、vlCDR1、vlCDR2及びvlCDR3)の開示である。
CDRナンバリングの有用な比較は以下の通りである(Lafranc et al.,Dev.Comp.Immunol.27(1):55-77(2003)を参照:
Figure 2022552183000002
本明細書を通して、可変ドメインの残基(およそ、軽鎖可変領域の残基1~107及び重鎖可変領域の残基1~113)を指す場合、Kabatナンバリングシステムが一般に使用され、Fc領域についてはEUナンバリングシステムが使用される(例えば、前出のKabatら(1991))。
本発明は、多数の異なるCDRセットを提供する。この場合、「完全なCDRセット」は、3つの可変軽CDR及び3つの可変重CDR、例えば、vlCDR1、vlCDR2、vlCDR3、vhCDR1、vhCDR2及びvhCDR3を含む。これらは、それぞれ、より大きな可変軽又は可変重ドメインの一部であり得る。さらに、本明細書でより十分に概説されるように、可変重ドメイン及び可変軽ドメインは、重鎖及び軽鎖が使用される場合(例えばFabが使用される場合)は別々のポリペプチド鎖上に、又は、scFv配列の場合は単一のポリペプチド鎖上にあり得る。
CDRは、抗体の抗原結合部位、より具体的にはエピトープ結合部位の形成に寄与する。「エピトープ」とは、パラトープとして公知の抗体分子の可変領域中の特異的抗原結合部位と相互作用する決定基を指す。エピトープは、アミノ酸又は糖側鎖などの分子の集団であり、通常、特定の構造特性及び特定の電荷特性を有する。単一の抗原は、2つ以上のエピトープを有し得る。
エピトープは、結合に直接関与するアミノ酸残基(エピトープの免疫優性成分とも呼ばれる)及び結合に直接関与しない他のアミノ酸残基、例えば特異的抗原結合ペプチドによって効果的にブロックされるアミノ酸残基を含み得る。換言すれば、アミノ酸残基は特異的抗原結合ペプチドのフットプリント内にある。
エピトープは、立体構造又は直鎖のいずれかであり得る。立体構造エピトープは、線状ポリペプチド鎖の異なるセグメントからの空間的に並置されたアミノ酸によって産生される。線状エピトープは、ポリペプチド鎖中の隣接するアミノ酸残基によって産生されるものである。立体構造エピトープ及び非立体構造エピトープは、変性溶媒の存在下で、立体構造エピトープに対する結合が失われるが、非立体構造エピトープに対する結合は失われないことから区別され得る。
エピトープは、典型的には、固有の空間的立体構造内に、少なくとも3個、より一般的には少なくとも5個又は8~10個のアミノ酸を含む。同じエピトープを認識する抗体は、1つの抗体が別の抗体の標的抗原への結合を遮断する能力を示す簡単なイムノアッセイ(例えば「ビニング」)で検証することができる。以下に概説されるように、本発明は、本明細書中に列挙される抗原結合ドメイン及び抗体だけでなく、列挙される抗原結合ドメインによって結合されるエピトープと結合について競合するものも含む(又はNC[PD-1]Fvの場合、本発明の抗PD-1 CDRは、列挙された抗体と同じエピトープへの結合について競合しない)。
成分が本発明において使用される抗体に関して、各鎖のカルボキシ末端部分は、主にエフェクター機能を担う定常領域を規定する。Kabatらは、重鎖及び軽鎖の可変領域の多数の一次配列を収集した。配列の保存度に基づいて、彼らは個々の一次配列をCDR及びフレームワークに分類し、そのリストを作成した(参照により全体が組み込まれる、SEQUENCES OF IMMUNOLOGICAL INTEREST,5th edition,NIH publication,No.91-3242,E.A.Kabat et al.を参照されたい。)。
免疫グロブリンのIgGサブクラスには、重鎖にいくつかの免疫グロブリンドメインが存在する。本明細書において「免疫グロブリン(Ig)ドメイン」とは、明確な三次構造を有する免疫グロブリンの領域を意味する。本発明において興味深いのは、定常重(CH)ドメイン及びヒンジドメインを含む重鎖ドメインである。IgG抗体に関連して、IgGアイソタイプはそれぞれ3つのCH領域を有する。したがって、IgGの文脈における「CH」ドメインは以下の通りである。「CH1」は、KabatのようなEUインデックスによる118~220位を指す。「CH2」は、KabatのようなEUインデックスによる237~340位を指し、「CH3」は、KabatのようなEUインデックスによる341~447位を指す。本明細書に示され、以下に記載されるように、pIバリアントは、以下に記載されるCH領域及びヒンジ領域の1つ又は複数に存在し得る。
重鎖の別のタイプのIgドメインはヒンジ領域である。本明細書において「ヒンジ」又は「ヒンジ領域」又は「抗体ヒンジ領域」又は「免疫グロブリンヒンジ領域」とは、抗体の第1及び第2の定常ドメインの間にアミノ酸を含む可撓性ポリペプチドを意味する。構造的には、IgG CH1ドメインはEU215位で終了し、IgG CH2ドメインは残基EU231位で開始する。したがって、IgGについて、抗体ヒンジは、本明細書では、216位(IgG1のE216)~230位(IgG1のP230)を含むと定義され、ナンバリングはKabatのようなEUインデックスに従う。いくつかの実施形態では、例えばFc領域の文脈において、下部ヒンジが含まれ、「下部ヒンジ」の開始部は一般に226位を指す。本明細書で述べるように、pIバリアントはヒンジ領域にも作製することができる。
当業者には理解されるように、重定常領域ドメインの正確なナンバリング及び配置は、異なるナンバリングシステム間で異なり得る。EU及びKabatによる重定常領域ナンバリングの有用な比較は以下の通りである。参照により全体が組み込まれるEdelman et al.,1969,Proc Natl Acad Sci USA 63:78-85 及びKabat et al.,1991,Sequences of Proteins of Immunological Interest,5th Ed.,United States Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesdaを参照。
Figure 2022552183000003
軽鎖は一般に、2つのドメイン、可変軽ドメイン(軽鎖CDRを含み、可変重ドメインと共にFv領域を形成する)、及び定常軽鎖領域(CL又はCκと呼ばれることが多い)を含む。
本明細書に概説されるさらなる置換のための別の関心領域は、Fc領域である。
したがって、本発明は、異なるタンパク質ドメインを提供する。本明細書に記載され、当技術分野で知られているように、本発明のヘテロ二量体タンパク質は、重鎖及び軽鎖内に異なるドメインを含み、これらは重複してもよい。これらのドメインには、Fcドメイン、CH1ドメイン、CH2ドメイン、CH3ドメイン、ヒンジドメイン、重定常ドメイン(CH1-ヒンジ-Fcドメイン、又は、CH1-ヒンジ-CH2-CH3)、可変重ドメイン、可変軽ドメイン、軽定常ドメイン、Fabドメイン及びscFvドメインが含まれるが、これらに限定されない。
本明細書で使用される「Fc」又は「Fc領域」又は「Fcドメイン」とは、第1の定常領域免疫グロブリンドメイン(例えば、CH1)を除く抗体の定常領域、及び場合によってはヒンジの一部を含むポリペプチドを意味する。IgGの場合、Fcドメインは、免疫グロブリンドメインCH2及びCH3(Cγ2及びCγ3)並びにCH1(Cγ1)とCH2(Cγ2)との間のヒンジ領域を含む。Fc領域の境界は変化し得るが、ヒトIgG重鎖Fc領域は通常、そのカルボキシル末端に残基C226又はP230を含むと定義され、ナンバリングはKabatのようなEUインデックスに従う。したがって、IgGの文脈における「CH」ドメインは以下の通りである。「CH1」は、KabatのようなEUインデックスによる118~215位を指す。「ヒンジ」は、KabatのようなEUインデックスによる216~230位を指す。「CH2」は、KabatのようなEUインデックスによる231~340位を指し、「CH3」は、KabatのようなEUインデックスによる341~447位を指す。したがって、「Fcドメイン」には、-CH2-CH3ドメイン、及び任意に、ヒンジドメイン(ヒンジ-CH2-CH3)が含まれる。
したがって、「Fcドメイン」には、-CH2-CH3ドメイン、及び任意に、ヒンジドメインが含まれ、多くの場合、これはドメインリンカーとして働く。本明細書の実施形態では、scFvがFcドメインに結合している場合、Fcドメインのヒンジの全部又は一部に結合しているのはscFv構築物のC末端である。例えば、それは一般に、ヒンジの始まりである配列EPKS(配列番号9)に結合される。同様に、IL-15成分(IL-15複合体、IL-15ドメイン又はIL-15 Rαドメイン)がFcドメインに結合している場合、それは一般に、(ドメインリンカーとして)Fcドメインのヒンジの全部又は一部に同様に結合している。例えば、それは一般に、ヒンジの始まりである配列EPKS(配列番号9)に結合される。
本発明は、一般にIgGクラスに基づくFcドメインに関し、IgGクラスは、IgG1、IgG2、IgG3、及びIgG4を含むがこれらに限定されないいくつかのサブクラスを有する。一般に、IgG1、IgG2及びIgG4は、IgG3よりも頻繁に使用される。IgG1は、356(D又はE)及び358(L又はM)の多形を有する異なるアロタイプを有することに留意すべきである。本明細書に示される配列は、356E/358Mアロタイプを使用するが、他のアロタイプも本明細書に含まれる。すなわち、本明細書に含まれるIgG1 Fcドメインを含む任意の配列は、356E/358Mアロタイプの代わりに356D/358Lを有することができる。
さらに、本明細書の配列の多くは、220位にセリンで置換された少なくとも一つのシステインを有する。一般に、これは、本明細書中に示される配列のほとんどについて「scFvモノマー」又は「IL-15複合体」側であるが、ジスルフィド形成を減少させるために「Fabモノマー」側又は両方であってもよい。本明細書の配列内に具体的に含まれるのは、これらの置換されたシステイン(C220S)の一方又は両方である。
本明細書において「重鎖」又は「重鎖ドメイン」とは、N末端からC末端に向かって、VH-CH1-ヒンジ-CH2-CH3ドメイン(CH2-CH3はFcドメインを含む)を意味する。重鎖は、可変重ドメインと、CH2-CH3を含むCH1(任意)-ヒンジ-Fcドメインを含む定常ドメインとを含む。軽鎖は、可変軽鎖及び軽定常ドメイン(VL-CL)を含む。
本明細書において「改変」とは、ポリペプチド配列におけるアミノ酸の置換、挿入及び/若しくは欠失、又はタンパク質に化学的に連結された部分に対する変化を意味する。例えば、改変は、タンパク質に結合した変化した炭水化物又はPEG構造であり得る。本明細書において「アミノ酸改変」とは、ポリペプチド配列におけるアミノ酸の置換、挿入及び/又は欠失を意味する。明確にするために、特に明記しない限り、アミノ酸改変は常に、DNAによってコードされるアミノ酸、例えば、DNA及びRNAでのコドンを有する20個のアミノ酸に対するものである。
本明細書において「アミノ酸置換」又は「置換」とは、親ポリペプチド配列の特定の位置のアミノ酸を異なるアミノ酸で置換することを意味する。特に、いくつかの実施形態では、置換は、特定の位置に天然には存在せず、生物内又は任意の生物内に天然には存在しないアミノ酸に対するものである。例えば、置換E272Y又は272Yは、272位のグルタミン酸がチロシンで置換されているバリアントのポリペプチド(この場合はFcバリアント)を指す。明確にするために、核酸コード配列を変更するが、出発アミノ酸を変更しないように操作されたタンパク質(例えば、宿主生物の発現レベルを増加させるためにCGG(アルギニンをコードする)をCGA(依然としてアルギニンをコードする)に交換する)は、「アミノ酸置換」ではない。すなわち、同じタンパク質をコードする新しい遺伝子が作成されたにもかかわらず、タンパク質が、出発となる特定の位置に同じアミノ酸を有する場合、それはアミノ酸置換ではない。
本明細書で使用される「アミノ酸挿入」又は「挿入」とは、親ポリペプチド配列の特定の位置にアミノ酸配列を付加することを意味する。例えば、-233E又は233Eは、233位の後かつ234位の前のグルタミン酸の挿入を示す。さらに、-233ADE又はA233ADEは、233位の後かつ234位の前のAlaAspGluの挿入を示す。
本明細書で使用される「アミノ酸欠失」又は「欠失」とは、親ポリペプチド配列の特定の位置のアミノ酸残基又は配列の除去を意味する。例えば、E233-、E233#、E233()、E233_又はE233delは、233位におけるグルタミン酸の欠失を示す。さらに、EDA233-又はEDA233#は、233位で始まる配列GluAspAlaの欠失を示す。
本明細書で使用される「バリアントタンパク質」又は「タンパク質バリアント」又は「バリアント」とは、少なくとも1つのアミノ酸改変によって親タンパク質のものとは異なるタンパク質を意味する。タンパク質バリアントは、タンパク質自体、タンパク質を含む組成物、又はそれをコードするアミノ配列を指し得る。好ましくは、タンパク質バリアントは、親タンパク質と比較して少なくとも1つのアミノ酸改変、例えば、親タンパク質と比較して約1~約70個のアミノ酸改変、好ましくは約1~約5個のアミノ酸改変を有する。以下に記載されるように、いくつかの実施形態では、親ポリペプチド、例えばFc親ポリペプチドは、IgG1、IgG2、IgG3又はIgG4由来のFc領域などのヒト野生型配列である。本明細書におけるタンパク質バリアント配列は、好ましくは、親タンパク質配列と少なくとも約80%の同一性、最も好ましくは少なくとも約90%の同一性、より好ましくは少なくとも約95~98~99%の同一性を有する。バリアントタンパク質は、バリアントタンパク質自体、タンパク質バリアントを含む組成物、又はそれをコードするDNA配列を指すことができる。
したがって、本明細書で使用される「Fcバリアント」又は「バリアントFc」とは、Fcドメイン内にアミノ酸改変を含むタンパク質を意味する。本発明のFcバリアントは、それらを構成するアミノ酸改変に従って定義される。したがって、例えば、N434S又は434Sは、親Fcポリペプチドに対して434位に置換セリンを有するFcバリアントであり、ナンバリングはEUインデックスに従う。同様に、M428L/N434Sは、親Fcポリペプチドに対して置換M428L及びN434Sを有するFcバリアントを定義する。WTアミノ酸の識別は未特定であってもよく、その場合、上記バリアントは428L/434Sと呼ばれる。置換が提供される順序は任意であり、すなわち、例えば、M428L/N434Sは、N434S/M428Lと同じFcバリアントであることなどに留意されたい。抗体に関連する本発明で論じられる全ての位置について、特に明記しない限り、アミノ酸位置ナンバリングはEUインデックスに従う。EUインデックス又はKabat若しくはEUナンバリングスキームのようなEUインデックスは、EU抗体のナンバリングを指す(Edelman et al.,1969,Proc Natl Acad Sci USA 63:78-85、参照により全体が本明細書中に組み込まれる)。改変は、付加、欠失又は置換であり得る。置換は、天然に存在するアミノ酸、及び場合によっては合成アミノ酸を含み得る。例としては、米国特許第6,586,207号;国際公開第98/48032号;国際公開第03/073238号;米国特許出願公開第2004/0214988A1号;国際公開第05/35727A2号;国際公開第05/74524A2号;J.W.Chin et al.,(2002),Journal of the American Chemical Society 124:9026-9027;J.W.Chin,&P.G.Schultz,(2002),ChemBioChem 11:1135-1137;J.W.Chin,et al.,(2002),PICAS United States of America 99:11020-11024;及びL.Wang,&P.G.Schultz,(2002),Chem.1-10が挙げられ、全て参照により全体が組み込まれる。
本明細書で使用される場合、本明細書における「タンパク質」は、タンパク質、ポリペプチド、オリゴペプチド及びペプチドを含む、少なくとも2つの共有結合したアミノ酸を意味する。本明細書で使用される「残基」とは、タンパク質中の位置及びその関連するアミノ酸同一性を意味する。例えば、アスパラギン297(Asn297又はN297とも呼ばれる)は、ヒト抗体IgG1における297位の残基である。
本明細書で使用される「Fab」又は「Fab領域」とは、VH、CH1、VL、及びCL免疫グロブリンドメインを含むポリペプチドを意味する。Fabは、単離されたこの領域、又は全長抗体、抗体フラグメント若しくはFab融合タンパク質との関連におけるこの領域を指し得る。
本明細書で使用される「Fv」又は「Fvフラグメント」又は「Fv領域」とは、単一の抗体のVLドメイン及びVHドメインを含み、ABDを形成するポリペプチドを意味する。当業者には理解されるように、これらは一般に、2本の鎖から構成されるか、又は(一般に、本明細書で論じられるリンカーを用いて)組み合わされてscFvを形成することができる。
本明細書において「一本鎖Fv」又は「scFv」とは、scFv又はscFvドメインを形成するために、一般に本明細書で論じられるscFvリンカーを使用して可変軽ドメインに共有結合した可変重ドメインを意味する。scFvドメインは、N末端からC末端へのいずれかの配向であり得る(vh-リンカー-vl又はvl-リンカー-vh)。
本明細書で使用される「IgGサブクラス改変」又は「アイソタイプ改変」とは、1つのIgGアイソタイプの1つのアミノ酸を異なる整列したIgGアイソタイプの対応するアミノ酸に変換するアミノ酸改変を意味する。例えば、IgG1はEU296位にチロシンを含みIgG2はフェニルアラニンを含むので、IgG2のF296Y置換はIgGサブクラス改変と考えられる。
したがって、本明細書で使用される「アイソタイプ」は、それらの定常領域の化学的及び抗原的特性によって定義される免疫グロブリンのサブクラスのうちのいずれかを意味する。治療用抗体は、アイソタイプ及び/又はサブクラスのハイブリッドも含み得ることを理解されたい。
本明細書で使用される「可変領域」とは、それぞれκ、λ、及び重鎖免疫グロブリン遺伝子座を構成するVκ、Vλ、及び/又はVH遺伝子のいずれかによって実質的にコードされる1つ又は複数のIgドメインを含む免疫グロブリンの領域を意味する。本発明の可変重ドメイン及び可変軽ドメインに関して、各重及び軽抗体鎖のアミノ末端部分は、抗原認識に主に関与する約100~110個又はそれを超えるアミノ酸の可変領域を含み、当技術分野及び本明細書において一般に「Fvドメイン」又は「Fv領域」と呼ばれる。可変領域には、重鎖及び軽鎖のVドメインごとに3つのループが集まって抗原結合部位を形成している。各ループは、アミノ酸配列の変異が最も顕著な相補性決定領域(以下、「CDR」という)と称される。「可変」とは、可変領域の特定のセグメントが、配列において抗体間で広範囲にわたって異なるという事実を指す。可変領域内の可変性は均一に分布していない。代わりに、V領域は、各々9~15アミノ酸長又はそれよりも長い「超可変領域」と呼ばれる極度に可変性の短い領域によって分離されている、15~30アミノ酸のフレームワーク領域(FR)と呼ばれる比較的不変の伸長部からなる。
各VH及びVLは、以下の順序でアミノ末端からカルボキシ末端に配置された3つのCDR及び4つのフレームワーク領域(FR)から構成される。FR1-CDR1-FR2-CDR2-FR3-CDR3-FR4。したがって、可変重ドメインはVHFR1-VHCDR1-VHFR2-VHCDR2-VHFR3-VHCDR3-VHFR4を含み、可変軽ドメインはVLFR1-VLCDR1-VLFR2-VLCDR2-VLFR3-VLCDR3-VLFR4を含む。
本明細書で使用される「天然に存在しない改変」とは、アイソタイプではないアミノ酸改変を意味する。例えば、IgGのいずれも434位にセリンを含まないので、IgG1、IgG2、IgG3、又はIgG4(又はそれらのハイブリッド)における置換434Sは、天然に存在しない改変と考えられる。
本明細書で使用される「アミノ酸」及び「アミノ酸同一性」とは、DNA及びRNAによってコードされる20個の天然アミノ酸のうちの1つを意味する。
本明細書で使用される「エフェクター機能」とは、抗体Fc領域とFc受容体又はリガンドとの相互作用から生じる生化学的事象を意味する。エフェクター機能には、ADCC、ADCP、及びCDCが含まれるが、これらに限定されない。
本明細書で使用される「Fcガンマ受容体」、「FcγR」又は「FcガンマR」とは、IgG抗体Fc領域に結合し、FcγR遺伝子によってコードされるタンパク質ファミリーの任意のメンバーを意味する。ヒトでは、このファミリーには、アイソフォームFcγRIa、FcγRIb及びFcγRIcを含むFcγRI(CD64);アイソフォームFcγRIIa(アロタイプH131及びR131を含む)、FcγRIIb(FcγRIIb-1及びFcγRIIb-2を含む)、及びFcγRIIcを含むFcγRII(CD32);アイソフォームFcγRIIIa(アロタイプV158及びF158を含む)及びFcγRIIIb(アロタイプFcγRIIb-NA1及びFcγRIIb-NA2を含む)を含むFcγRIII(CD16)(Jefferis et al.,2002,Immunol Lett 82:57-65(全体が参照により組み込まれる))、並びに、任意の未発見のヒトFcγR又はFcγRアイソフォーム又はアロタイプが含まれるが、これらに限定されない。
本明細書で使用される「FcRn」又は「胎児性Fc受容体」とは、IgG抗体Fc領域に結合し、FcRn遺伝子によって少なくとも部分的にコードされるタンパク質を意味する。当技術分野で知られているように、機能性FcRnタンパク質は、しばしば重鎖及び軽鎖と呼ばれる2つのポリペプチドを含む。軽鎖はβ2ミクログロブリンであり、重鎖はFcRn遺伝子によってコードされる。本明細書で特に明記しない限り、FcRn又はFcRnタンパク質は、FcRn重鎖とβ2ミクログロブリンとの複合体を指す。様々なFcRnバリアントを使用して、FcRn受容体への結合を増加させ、場合によっては血清半減期を増加させることができる。一般に、特に明記しない限り、本発明のFcモノマーは、FcRn受容体への結合を保持する(以下に述べるように、FcRn受容体への結合を増加させるアミノ酸バリアントを含むことができる)。
本明細書で使用される「親ポリペプチド」とは、後にバリアントを生成するように改変される出発ポリペプチドを意味する。親ポリペプチドは、天然に存在するポリペプチド、又は天然に存在するポリペプチドのバリアント若しくは操作バージョンであり得る。親ポリペプチドは、ポリペプチド自体、親ポリペプチドを含む組成物、又はそれをコードするアミノ酸配列を指してもよい。
本明細書において「重定常領域」とは、抗体のCH1-ヒンジ-CH2-CH3部分を意味する。
本明細書において「Fc融合タンパク質」又は「イムノアドヘシン」とは、本明細書に記載のIL-15及び/又はIL-15Rなどの異なるタンパク質に(任意に本明細書に記載のリンカー部分を介して)一般に連結されたFc領域を含むタンパク質を意味する。いくつかの例では、2つのFc融合タンパク質は、ホモ二量体Fc融合タンパク質又はヘテロ二量体Fc融合タンパク質を形成することができ、後者が好ましい。場合により、ヘテロ二量体Fc融合タンパク質の一方のモノマーは、Fcドメインのみを含み(例えば、空Fcドメイン)、他方のモノマーは、バリアントFcドメイン及びタンパク質ドメインを含むFc融合物、例えばIL-15複合体である。本明細書に概説されるように、いくつかの実施形態では、ヘテロ二量体タンパク質の一方のモノマーは、IL-15複合体を含むFc融合タンパク質であり、他方のモノマーは、(関連する軽鎖を有する)伝統的な重鎖である。
本明細書で使用される「位置」とは、タンパク質の配列中の場所を意味する。位置は、連続的に、又は確立されたフォーマット、例えば抗体ナンバリングのためのEUインデックスに従ってナンバリングされ得る。
本明細書における本発明のヘテロ二量体抗体のモノマーの文脈における「鎖化(strandedness)」とは、「一致する」DNAの2本の鎖と同様に、ヘテロ二量体化バリアントが、ヘテロ二量体を形成するために「一致する」能力を維持するように各モノマーに組み込まれることを意味する。例えば、いくつかのpIバリアントがモノマーAに操作される場合(例えば、pIをより高くする)、同様に利用することができる「電荷対」である立体的バリアントはpIバリアントと干渉せず、例えば、pIをより高くする電荷バリアントは、両方の機能性を維持するために同じ「鎖」又は「モノマー」に置かれる。同様に、以下でより十分に概説されるように、セットのペアになる「スキュー」バリアントについて、当業者は、スキューのpIも使用してpI分離が最大化されるように、ペアの1つのセットを組み込む鎖又はモノマーを決定する際にpIを考慮するであろう。
本明細書で使用される「標的細胞」とは、標的抗原、この場合PD-1及び/又はIL-15受容体を発現する細胞を意味する。
本明細書において「野生型又はWT」とは、対立遺伝子変異を含む、天然に見られるアミノ酸配列又はヌクレオチド配列を意味する。WTタンパク質は、意図的に改変されていないアミノ酸配列又はヌクレオチド配列を有する。
本発明の二重特異性ヘテロ二量体タンパク質は、一般に単離されているか又は組換え体である。「単離された」とは、本明細書に開示される様々なポリペプチドを説明するために使用されるとき、抗体が発現された細胞又は細胞培養物から特定され、分離及び/又は回収されたポリペプチドを意味する。通常、単離されたポリペプチドは、少なくとも1つの精製工程により調製される。「単離されたタンパク質」は、異なる結合特異性を有する他のタンパク質を実質的に含まないタンパク質を指す。「組換え体」は、タンパク質が外因性宿主細胞において組換え核酸技術を使用して生成されることを意味する。
タンパク質配列に関する「アミノ酸配列同一性パーセント(%)」は、配列同一性最大パーセントが得られるように、配列をアライメントし、必要に応じてギャップを導入した後に、いかなる保存的置換も配列同一性の部分として考慮せずに、特定の(親)配列におけるアミノ酸残基と同一である、候補配列におけるアミノ酸残基の割合として定義される。アミノ酸配列同一性パーセントを決定する目的のための整列は、当技術分野における技術の範囲内にある種々の方法において、例えば、BLAST、BLAST-2、ALIGN、又はMegalign(DNASTAR)ソフトウェアなどの公的に入手可能なコンピュータソフトウェアを用いて達成され得る。当業者であれば、比較されている配列の完全長にわたって最大の整列を達成するために必要な任意のアルゴリズムを含む、整列を測定するための適切なパラメータを決定することができる。1つの特定のプログラムは、参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第20160244525号の段落0279~0280に概説されているALIGN-2プログラムである。
本発明のアミノ酸配列(「発明配列」)と親アミノ酸配列との同一性の程度は、2つの配列のアラインメントにおける完全一致の数を「本発明の配列」の長さ又は親配列の長さのいずれか短い方で割ったものとして計算される。結果は、同一性パーセントで表される。
いくつかの実施形態では、2つ以上のアミノ酸配列は、少なくとも50%、60%、70%、80%、又は90%同一である。いくつかの実施形態では、2つ以上のアミノ酸配列は、少なくとも95%、97%、98%、99%、又は更には100%同一である。
特定の抗原又はエピトープ(この場合、ヒトPD-1)に、「特異的結合」又は「特異的に結合する」又は「特異的」とは、非特異的相互作用と測定可能に異なる結合を意味する。特異的結合は、例えば、ある分子の結合を、一般に結合活性を持たない類似の構造の分子である対照分子の結合との比較で決定することによって測定することができる。例えば、特異的結合は、標的に類似している対照分子との競合によって決定し得る。
特定の抗原又はエピトープに対する特異的結合は、例えば、少なくとも約10-4M、少なくとも約10-5M、少なくとも約10-6M、少なくとも約10-7M、少なくとも約10-8M、少なくとも約10-9M、あるいは少なくとも約10-10M、少なくとも約10-11M、少なくとも約10-12M、又はそれを超える抗原又はエピトープに対するKDを有するABDによって示すことができ、KDは、特定のABD-抗原相互作用の解離速度を指す。典型的には、抗原に特異的に結合するABDは、抗原又はエピトープと比較して、対照分子に対して20倍、50倍、100倍、500倍、1000倍、5,000倍、10,000倍又はそれよりも大きいKDを有する。
また、特定の抗原又はエピトープに対する特異的結合は、例えば、対照と比較して、エピトープに対して少なくとも20倍、50倍、100倍、500倍、1000倍、5,000倍、10,000倍、又はそれよりも高い、抗原又はエピトープに対するKA又はKaを有する抗体によって示すことができ、KA又はKaは、特定の抗体-抗原相互作用の会合速度を指す。結合親和性は、一般に、表面プラズモン共鳴(SPR)に基づくアッセイ(例えば、Biacore)又はバイオレイヤー干渉法(BLI)に基づくアッセイ(例えば、Octet)を用いて測定される。
III.序論
本発明のいくつかの態様は、チェックポイント阻害剤PD-1抗原に結合することができ、IL-15複合体の存在に起因して共通のγ鎖(γc;CD132)及び/又はIL-2受容体β鎖(IL-2Rβ;CD122)と複合体形成することができる標的化ヘテロ二量体融合タンパク質を提供する。一般に、本発明のヘテロ二量体融合タンパク質は、3つの機能的成分:本明細書において一般に「IL-15複合体」又は「IL-15/Rα複合体」と呼ばれるIL-15/IL-15Rα(sushi)成分、融合タンパク質をPD-1を発現する細胞に運ぶことによって「標的」部分として働く抗PD-1成分、及びFc成分を有し、これらはそれぞれ異なる形態をとることができ、それぞれ他の成分と任意の構成で組み合わせることができる。
しかしながら、本発明の標的化ヘテロ二量体融合タンパク質の抗PD-1成分は、ニボルマブ又はペンブロリズマブなどの既知の抗PD-1抗体と結合について競合しない。すなわち、承認されたαPD-1抗体(「NC[PD-1]」)と結合について競合しない抗PD-1(αPD-1)抗原結合ドメイン(ABD)を含むことによって、本発明の融合タンパク質は、抗PD-1抗体療法との効率的な併用療法を可能にする。すなわち、承認された処置と結合について競合しない抗PD-1 ABD(「NC-αPD-1 ABD」)を含むことによって、非競合ABDを使用して融合タンパク質を腫瘍に標的化することができるが、追加の抗PD-1抗体による治療的処置を依然として可能にする(両方ともPD-1に非競合的に結合することができるため)。さらに、いくつかの実施形態では、NC-αPD-1 ABDは、PD-1:PD-L1の相互作用を完全に遮断すること(mAb Aバリアントに基づく実施形態)、相互作用を部分的に遮断すること(mAbCバリアント)、又は、相互作用を全く遮断しないこと(mAbBバリアント)もできる。
当業者によって理解され、本明細書に概説されるように、異なる標的化ヘテロ二量体融合タンパク質、非競合構築物「NC-αPD-1 X IL-15/Rα」のいくつかの異なるフォーマットを図28に示す。
さらに、本発明のいくつかの態様は、図13に示されるように、ヒトPD-1に対する抗原結合ドメインを含有しない「非標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質」に対する本実施形態の比較に依存する。
さらに、本発明の非標的又は標的ヘテロ二量体融合タンパク質のいずれかを、抗PD-1、抗TIM-3、抗LAG-3、抗TIGITなどを含むチェックポイント受容体に対する他の抗体と組み合わせることができる。
したがって、本発明は、本発明のヘテロ二量体融合タンパク質を生成するためにいくつかの異なる方法で組み立てることができるいくつかの異なる機能的成分を提供する。上記のように、融合タンパク質は、IL-15ドメイン及びIL-15受容体成分を含むIL-15複合体を含む。
いくつかの態様は、低下した又は最小の免疫抑制活性を有する制御性T細胞(Treg)の増殖を誘導することができるIL-15/Rα-Fc融合タンパク質を提供する。一態様では、そのようなヘテロ二量体融合タンパク質は、エフェクターメモリT細胞(TEM)増殖を促進する。一実施形態では、ヘテロ二量体融合タンパク質は、TEMに対するTregの比(Treg/TEM)を増加させる。場合によっては、本明細書に概説されるIL-15/Rα-Fc融合タンパク質のいずれか1つによる処置は、Tregを抑制性Treg細胞型から非抑制性活性化エフェクターCD4 T細胞に変換する。一実施形態では、FOXP3hiCD45RACD4であるエフェクターTregは、分化して、FOXP3loCD45RACD4である活性化エフェクターCD4 T細胞になる。いくつかの実施形態では、活性化エフェクターCD4 T細胞はCCR4発現が低下している。
また、T細胞増殖のTGFβ抑制を逆転させるIL-15/Rα-Fc融合タンパク質も本明細書で提供される。腫瘍環境では、TGFβは、悪性細胞及びTregを含む免疫細胞によって発現される。TGFβは、T細胞の増殖を抑制する機能も有し、抗腫瘍免疫応答を抑制する。本発明のIL-15/Rα-Fc融合タンパク質による処置は、T細胞の増殖のTGFβ抑制を防止する。1つの実施形態において、IL-15/Rα-Fc融合タンパク質の投与は、腫瘍環境においてT細胞に対するTGFβ活性に対抗し、したがって、T細胞増殖及び抗腫瘍免疫応答を促進する。
本発明のいくつかの態様は、異なる向きのIL-15及びIL-15受容体α(IL-15 Rα)タンパク質ドメインを含むヘテロ二量体Fc融合タンパク質に関する。Fcドメインは、IgG Fcドメイン、例えば、IgG1、IgG2、IgG3又はIgG4 Fcドメインに由来することができ、IgG1 Fcドメインは本発明において特定の用途を見出す。
したがって、本発明のいくつかの態様は、異なる抗体ドメインを提供する。本明細書に記載され、当技術分野で知られているように、本発明のヘテロ二量体タンパク質は、異なるドメインを含み、これらは重複してもよい。これらのドメインには、Fcドメイン、CH1ドメイン、CH2ドメイン、CH3ドメイン、ヒンジドメイン、及び重定常ドメイン(CH1-ヒンジ-Fcドメイン、又は、CH1-ヒンジ-CH2-CH3)が含まれるが、これらに限定されない。
Fcドメインタンパク質の本明細書に概説されるいくつかの構築物及び配列では、IL-15又はIL-15Rαタンパク質フラグメントのC末端はドメインリンカーのN末端に結合しており、そのC末端は定常FcドメインのN末端に結合しているが(N-IL-15又はIL-15Rαタンパク質フラグメント-リンカー-Fcドメイン-C)、これは切り替えることができる(N-Fcドメイン-リンカー-IL-15又はIL-15Rαタンパク質フラグメント-C)。本明細書で概説される他の構築物及び配列では、第1のタンパク質フラグメントのC末端は、任意にドメインリンカーを介して、第2のタンパク質フラグメントのN末端に結合し、第2のタンパク質フラグメントのC末端は、任意にドメインリンカーを介して、定常FcドメインのN末端に結合する。本明細書に概説されるさらに他の構築物及び配列では、第1のタンパク質フラグメント又は第2のタンパク質フラグメントに結合していない定常Fcドメインが提供される。ヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、本明細書中に記載される例示的な単量体Fcドメインタンパク質の2つ以上を含有し得る。さらに別の構築物では、第1のタンパク質フラグメントのN末端は、任意にドメインリンカーを介して、第2のタンパク質フラグメントのC末端に結合し、第2のタンパク質フラグメントのN末端は、任意にドメインリンカーを介して、定常FcドメインのC末端に結合する。
A.IL-15複合体
図に示されるように、IL-15複合体はいくつかの形態をとることができる。上記のように、IL-15タンパク質単独では、IL-15Rαタンパク質と複合体化した場合よりも安定性が低い。当技術分野で知られているように、IL-15Rαタンパク質は、IL-15結合活性を保持する受容体の最短領域である「sushiドメイン」を含有する。したがって、IL-15Rαタンパク質全体を含むヘテロ二量体融合タンパク質を作製することができるが、本明細書における好ましい実施形態は、単にsushiドメインを使用する複合体を含み、その配列が図に示されている。
したがって、IL-15複合体は一般に、IL-15タンパク質及びIL-15Rαのsushiドメインを含む(全長配列が使用されるという別段の注記がない限り、「IL-15Rα」、「IL-15Rα(sushi)」及び「sushi」は、全体を通して交換可能に使用される)。一緒に複合体化される場合、命名法は、「IL-15/Rα」として「スラッシュ」、「/」で示され、IL-15ドメイン及びIL-15Rαドメインが存在することを意味する。
1.IL-15ドメイン
当業者によって理解されるように、IL-15ドメインは、野生型ヒト配列であり得るか、又は、バリアント、特に以下に記載されるような効力バリアントを含むように操作され得る。
いくつかの実施形態では、ヒトIL-15タンパク質は、前駆体配列であるNCBI参照配列番号NP_000576.1又は配列番号1に示されるアミノ酸配列を有する。場合により、ヒトIL-15のコード配列は、NCBI参照配列番号NM_000585に示される。本明細書に概説されるFc融合ヘテロ二量体タンパク質の例示的なIL-15タンパク質は、配列番号1のアミノ酸49~162に対応する配列番号2(成熟IL-15)のアミノ酸配列を有することができる。いくつかの実施形態では、IL-15タンパク質は、配列番号2と少なくとも90%、例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれ以上の配列同一性を有する。
いくつかの実施形態では、IL-15ドメインは、アミノ酸置換を含むように操作されている。
したがって、いくつかの実施形態では、IL-15タンパク質は、配列番号2のアミノ酸配列のバリアント、並びにC42S、L45C、Q48C、V49C、L52C、E53C、E87C及びE89Cからなる群から選択される1つ又は複数のアミノ酸置換である。ヘテロ二量体融合タンパク質のIL-15タンパク質は、1、2、3、4、5、6、7、8又は9個のアミノ酸置換を有し得る。
a.IL-15効力バリアント
さらに、いくつかの実施形態では、IL-15ヒトタンパク質は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれるPCT/US2019/028107に一般的に記載されているように、低下した効力を付与するように操作される。すなわち、本明細書中に記載されるように、本発明のヘテロ二量体融合タンパク質におけるIL-15の効力の低下(任意に、本明細書中に記載されるM428L/N434SなどのXtend-Fc置換の有無にかかわらず)は、そのようなタンパク質が投与される対象における薬力学及び薬物動態の両方を高めることができる。同様に、PCT/US2019/028107の実施例7に示されるように、効力の低下したIL-15/Rα-Fcバリアント(XENP22821など)は、リンパ球数を、本明細書に記載される野生型IL-15/Rα-Fc融合タンパク質(XENP20818など)よりも長い期間にわたって増大させることができる。注目すべきことに、XENP22821のXtend類似体であるXENP23343は、XENP22821を超えてリンパ球増殖の期間をさらに延長した。さらに、IL-15の効力の低下は、治療指数を改善することができる(すなわち、より少ない毒性でより高い投薬を可能にする)。
XmAb24306などの「非標的分子」についてのPCT/US2019/028107の実施例8に示されるように、本明細書においてNC-αPD-1 X IL-15/Rα-Fc融合タンパク質に組み込まれるものなどのIL-15/Rα-Fc融合タンパク質は、Treg抑制によって誘導されるエフェクターT細胞増殖を克服することができる。
同様に、以下の実施例4に示されるように、NC-αPD-1 X IL-15/Rα-Fc融合タンパク質は、ある範囲の用量レベルにわたって白血球増殖を促進し、異種GVHDを悪化させ得る。注目すべきことに、NC-αPD-1 X IL-15/Rα-Fc融合タンパク質と抗PD-1抗体との併用療法は、特に低用量でシナジー(例えば、相乗効果)を示した。
したがって、本発明は、N1D;N4D;D8N;D30N;D61N;E64Q;N65D;Q108E;N1D/N4D/D8N;N1D/N4D/N65D;N1D/D30N;N1D/D61N;N1D/D61N/E64Q/Q108E;N1D/E64Q;N1D/N65D;N1D/Q108E;N4D;N4D/D30N;N4D/D61N;N4D/D61N/N65D;N4D/D61N/E64Q/Q108E;N4D/E64Q;N4D/N65D;D8N/D61N;D8N/E64Q;D30N/E64Q;D30N/N65D;D30N/E64Q/N65D;D30N/Q180E;D61N/E64Q/N65D;E64Q;E64Q/N65D;E64Q/Q108E;及びN65D/Q108Eの群から選択されるアミノ酸置換を含むバリアントIL-15タンパク質を含むがこれらに限定されない、効力の低下及び薬物動態学の増加をもたらすいくつかの適切なIL-15アミノ酸バリアントを提供する。いくつかの実施形態では、バリアントIL-15融合タンパク質は、配列番号319のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、アミノ酸置換は、IL-15:IL-2β及びIL-15:共通γ鎖の界面におけるアイソステリック置換であり得る。
いくつかの実施形態では、Fc融合タンパク質のヒト成熟IL-15タンパク質などのヒトIL-15タンパク質は、配列番号2のアミノ酸配列と同一である。いくつかの場合、ヒト成熟IL-15タンパク質などのヒトIL-15タンパク質は、アミノ酸置換を有さない。
いくつかの実施形態では、ヒト成熟IL-15バリアントタンパク質は、1つ又は複数のアミノ酸突然変異(例えば、置換、挿入及び/又は欠失)を有する。いくつかの例では、突然変異は、ヒトIL-15受容体α(IL-15Rα)タンパク質とジスルフィド結合を形成することができるシステイン残基を導入する。
いくつかの実施形態では、本発明は、アミノ酸バリアントD30Nを有するヒトIL-15バリアントを含むタンパク質を提供する。いくつかの実施形態では、タンパク質は、配列番号2のアミノ酸配列及びD30N置換を含む。いくつかの実施形態では、タンパク質は、配列番号2のアミノ酸配列及び少なくともD30N置換を含む。
いくつかの実施形態では、本発明は、アミノ酸置換N4D/N65Dを有するヒトIL-15バリアントを含むタンパク質を提供する。いくつかの実施形態では、タンパク質は、N4D/N65D置換を有する配列番号2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、タンパク質は、配列番号2のアミノ酸配列及び少なくともN4D/N65D置換を含む。
いくつかの実施形態では、本発明は、アミノ酸バリアントN1Dを有するヒトIL-15バリアントを含むタンパク質を提供する。いくつかの実施形態では、タンパク質は、配列番号2のアミノ酸配列及びN1D置換を含む。いくつかの実施形態では、タンパク質は、配列番号2のアミノ酸配列及び少なくともN1D置換を含む。
いくつかの実施形態では、本発明は、アミノ酸バリアントN4Dを有するヒトIL-15バリアントを含むタンパク質を提供する。いくつかの実施形態では、タンパク質は、配列番号2のアミノ酸配列及びN4D置換を含む。いくつかの実施形態では、タンパク質は、配列番号2のアミノ酸配列及び少なくともN4D置換を含む。
いくつかの実施形態では、本発明は、アミノ酸バリアントE64Qを有するヒトIL-15バリアントを含むタンパク質を提供する。いくつかの実施形態では、タンパク質は、配列番号2のアミノ酸配列及びE64Q置換を含む。いくつかの実施形態では、タンパク質は、配列番号2のアミノ酸配列及び少なくともE64Q置換を含む。
いくつかの実施形態では、本発明は、アミノ酸バリアントN65Dを有するヒトIL-15バリアントを含むタンパク質を提供する。いくつかの実施形態では、タンパク質は、配列番号2のアミノ酸配列及びN65D置換を含む。いくつかの実施形態では、タンパク質は、配列番号2のアミノ酸配列及び少なくともN65D置換を含む。
いくつかの実施形態では、本発明は、アミノ酸置換N1D/D30Nを有するヒトIL-15バリアントを含むタンパク質を提供する。いくつかの実施形態では、タンパク質は、配列番号2のアミノ酸配列及びN1D/D30N置換を含む。いくつかの実施形態では、タンパク質は、配列番号2のアミノ酸配列及び少なくともN1D/D30N置換を含む。
いくつかの実施形態では、本発明は、アミノ酸置換N4D/D30Nを有するヒトIL-15バリアントを含むタンパク質を提供する。いくつかの実施形態では、タンパク質は、配列番号2のアミノ酸配列及びN4D/D30N置換を含む。いくつかの実施形態では、タンパク質は、配列番号2のアミノ酸配列及び少なくともN4D/D30N置換を含む。
いくつかの実施形態では、本発明は、アミノ酸置換D30N/E64Qを有するヒトIL-15バリアントを含むタンパク質を提供する。いくつかの実施形態では、タンパク質は、配列番号2のアミノ酸配列及びD30N/E64Q置換を含む。いくつかの実施形態では、タンパク質は、配列番号2のアミノ酸配列及び少なくともD30N/E64Q置換を含む。
いくつかの実施形態では、本発明は、アミノ酸置換D30N/N65Dを有するヒトIL-15バリアントを含むタンパク質を提供する。いくつかの実施形態では、タンパク質は、配列番号2のアミノ酸配列及びD30N/N65D置換を含む。いくつかの実施形態では、タンパク質は、配列番号2のアミノ酸配列及び少なくともD30N/N65D置換を含む。
いくつかの実施形態では、本発明は、アミノ酸置換D30N/E64Q/N65Dを有するヒトIL-15バリアントを含むタンパク質を提供する。いくつかの実施形態では、タンパク質は、D30N/E64Q/N65D置換を有する配列番号2のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、タンパク質は、配列番号2のアミノ酸配列及び少なくともD30N/E64Q/N65D置換を含む。
b.IL-15グリコシル化バリアント
さらに、IL-15ドメインは、単独で又は効力バリアントと組み合わせて、グリコシル化及び/又はグリコシル化の不均一性を低減するためのアミノ酸バリアントを有することができる。適切なグリコシル化バリアントには、単独又は互いに組み合わせた使用について、配列番号2と比較してN71Q、N79Q、N112Q、S114del及びS114Aが含まれるが、これらに限定されない。本発明の多くの実施形態において特定の用途が見出されるグリコシル化バリアントのセットは、N71Q/N79Q、N71Q/N79Q/N112Q、N71Q/N79Q/S114del及びN71Q/N79Q/S114Aである。いくつかの実施形態では、バリアントIL-15融合タンパク質は、配列番号319のアミノ酸配列を含む。
c.効力及びグリコシル化バリアントの組合せ
多くの実施形態において、効力バリアントとグリコシル化バリアントとの組合せが、sushiドメイン(一般に、配列番号20のトランケート型野生型配列)とのIL-15複合体の一部を形成するIL-15ドメインにおいて使用される。
したがって、いくつかの実施形態では、IL-15ドメインは効力バリアントD30N/N65D及びグリコシル化バリアントN71Q/N79Q/N112Qを含む。
いくつかの実施形態では、IL-15ドメインは効力バリアントD30N/N65D及びグリコシル化バリアントN71Q/N79Qを含む。
いくつかの実施形態では、IL-15ドメインは効力バリアントD30N/E64Q/N65D及びグリコシル化バリアントN71Q/N79Q/N112Qを含む。
いくつかの実施形態では、IL-15ドメインは効力バリアントD30N/E64Q/N65D及びグリコシル化バリアントN71Q/N79Qを含む。
いくつかの実施形態では、バリアントIL-15融合タンパク質は、配列番号319のアミノ酸配列を含む。
2.IL-15/Rαドメイン
IL-15ドメイン(任意に、上に概説したようなアミノ酸バリアントを含む)に加えて、本発明のヘテロ二量体融合タンパク質は、「sushi」ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、ヒトIL-15受容体α(IL-15Rα)タンパク質は、NCBI参照配列番号NP_002180.1又は配列番号3に示されるアミノ酸配列を有する。場合により、ヒトIL-15Rαのコード配列は、NCBI参照配列番号NM_002189.3に示される。本明細書に概説されるFc融合ヘテロ二量体タンパク質の例示的なIL-15 Rαタンパク質は、配列番号3(例えば、配列番号3のアミノ酸31~95)のsushiドメイン、又は換言すれば、配列番号20のアミノ酸配列を含むことができ、又はそれからなることができる。すなわち、特定の実施形態は、受容体の細胞外ドメインのトランケート型を利用する。
いくつかの実施形態では、IL-15Rαタンパク質は、D96、P97、A98、D96/P97、D96/C97、D96/P97/A98、D96/P97/C98、及びD96/C97/A98からなる群から選択される1つ又は複数のアミノ酸挿入を有する配列番号20のアミノ酸配列を有し、ここで、そのアミノ酸位置は、全長ヒトIL-15Rαタンパク質又は配列番号3に対するものである。例えば、D(例えば、Asp)、P(例えば、Pro)、A(例えば、Ala)、DP(例えば、Asp-Pro)、DC(例えば、Asp-Cys)、DPA(例えば、Asp-Pro-Ala)、DPC(例えば、Asp-Pro-Cys)、又はDCA(例えば、Asp-Cys-Ala)などのアミノ酸を、配列番号20のIL-15Rαタンパク質のC末端に付加することができる。いくつかの実施形態では、IL-15Rαタンパク質は、配列番号20のアミノ酸配列と、K34C、A37C、G38C、S40C及びL42Cからなる群から選択される1つ又は複数のアミノ酸置換とを有し、そのアミノ酸位置は配列番号20に対するものである。配列番号20のIL-15Rα(sushi)タンパク質は、1、2、3、4、5、6、7、8又はそれ以上のアミノ酸突然変異(例えば、置換、挿入及び/又は欠失)を有し得る。アミノ酸改変がsushiドメインに対して行われる場合、バリアントsushiドメインは、生物学的活性、例えばIL-15への結合を保持しなければならない。
いくつかの実施形態では、IL-15Rαタンパク質は、配列番号4のアミノ酸配列を有する。いくつかの実施形態では、IL-15Rαタンパク質は、配列番号4のアミノ酸配列と、D96、P97、A98、D96/P97、D96/C97、D96/P97/A98、D96/P97/C98、及びD96/C97/A98からなる群から選択されるアミノ酸挿入とを有し、ここで、そのアミノ酸位置は、全長ヒトIL-15Rαタンパク質又は配列番号3に対するものである。いくつかの実施形態では、IL-15Rαタンパク質は、配列番号4のアミノ酸配列と、K34C、A37C、G38C、S40C及びL42Cからなる群から選択される1つ又は複数のアミノ酸置換とを有し、そのアミノ酸位置は配列番号4に対するものである。アミノ酸改変がIL-15Rαタンパク質に対して行われる場合、バリアントIL-15Rαタンパク質は、生物学的活性、例えばIL-15への結合を保持しなければならない。
3.異なるフォーマットのIL-15複合体
したがって、IL-15複合体は一般に、IL-15タンパク質及びIL-15Rαのsushiドメインを含む。一緒に複合体化される場合、命名法は、「IL-15/Rα」として「スラッシュ」、「/」で示され、IL-15ドメイン及びIL-15Rαドメインが存在することを意味する。
図28に示されるように、IL-15/Rα複合体は、2つの異なるフォーマット;非共有結合性会合又は共有結合性複合体のいずれかであり得る。図28B、図28D、図28F及び図28Gに示されるように、IL-15タンパク質及びIL-15Rα(sushi)は共有結合しておらず、むしろ、規則的なリガンド-リガンド相互作用によって自己集合する。本明細書においてより十分に記載されるように、それは、(一般に任意のドメインリンカーを使用して)Fcドメインに共有結合されたIL-15ドメイン又はsushiドメインのいずれかであり得る。
あるいは、IL-15/Rα複合体は、図28A、図28C、図28E及び図28Hに一般的に示されるようなドメインリンカーを用いた共有結合である。これらの場合のそれぞれにおいて、IL-15及びIL-15RαのN末端からC末端への配向を切り替えることができる。すなわち、図28Aにおいて、本発明は、IL-15ドメインがN末端にあり、IL-15Rαドメインがリンカーを使用してFcドメインに結合している場合も含む。同様に、図28Cにおいて、本発明はまた、IL-15ドメインがN末端にあり、IL-15Rαドメインがリンカーを使用してFcドメインに結合している場合を含む。図28Eにおいて、本発明はまた、IL-15ドメインがFcドメインのC末端にあり(ドメインリンカーを使用して連結される)、IL-15Rαドメインがリンカーを使用してIL-15ドメインに結合している場合を含む。最後に、図28Hは、IL-15ドメインがIL-15Rαドメインに対してN末端である場合も含み得る。
B.非競合的抗PD-1抗原結合ドメイン
本発明の抗PD-1成分(例えば、抗PD-1抗原結合ドメイン(ABD))は、一般に、ヒトPD-1(その配列が図2に示される)に結合することができるがペンブロルジマブ及びニボリマブなどの市販の抗PD-1抗体と競合しないFvドメインを形成する可変重ドメイン及び可変軽ドメイン内に含まれる6つのCDRのセットである。これは、本発明のヘテロ二量体融合タンパク質の腫瘍への優れた標的化を可能にし、したがってIL-15/Rα複合体の局所作用を可能にするが、同じPD-1エピトープについて競合することなく、有効な抗PD-1抗体との併用処置も可能にする。
本発明のNC-αPD-1抗原結合ドメインは、図28A及び図28Bに示されるものなどのscFvドメインとして、又は図28C及び図28D(PD-1の一価結合)並びに図28E、図28F、図28G及び図28H(PD-1の二価結合)に示されるものなどの2つの異なるポリペプチド上に存在するFabドメインとしての2つの一般的なフォーマットをとることができ、これらは以下により完全に記載される。
出発mAbC H1_L1配列と比較して、いくつかの有用なアミノ酸バリアントが同定されている。
1.酸化バリアント
本発明の態様は、特に有用な非競合的抗PD-1 Fv、「[NC]mAb C」がVH-CDR3(XencorナンバリングでのW112;KabatナンバリングでのW100)中にトリプトファンを含み、酸化(データは示さず)及びその後のPD-1結合の喪失を起こしやすいという事実に関する。すなわち、図151に示すように、この位置での潜在的な酸化を排除するアミノ酸置換は、ヒトPD-1に対するABDの結合親和性を低下させる。したがって、上記のように結合親和性の増加を与えるさらなるバリアントをW100Fバリアントと組み合わせて、下記のように、この結合親和性が回復され得るかどうかを調べた。
2.親和性バリアント
図65A~図65Iに示されるように、可変重ドメイン中には、配列番号5と比較して、限定されないがF34L、S52aG、R97E、R97Y、R97W、L98R、S100aT、R97A、V99T、V99L、S100aA、L98Q、R97Q、V99F、V99L、S100aN、V99I、P100bS、G96H、L98V、V99A、V99Q、G96V、R97K、L98S、L98F、R97T、L98K、L98S、V99I、R97L、G96A、R97A、V99S、R97S、V99Y、R97H及びL98R(Kabatナンバリング)を含む、W100F酸化バリアントの親和性を増加させるために使用され得るいくつかの適切なバリアントが、それぞれ単独又は組合せで存在する。
さらに、可変軽ドメイン中には、配列番号168と比較して、単独で又は組み合わせて使用することができるN27dH、N27dS、K30Y、S93T及びY94W(Kabatナンバリング)を含むがこれらに限定されない、いくつかの適切なバリアントがある。
3.酸化及び親和性バリアントの組合せ
したがって、本発明は、適切な親和性結合を回復するための1つ以上の親和性バリアントと組み合わせて、VHドメイン中に酸化バリアントW100Fを含むバリアントを有するNC-mAbC ABDを提供する。
いくつかの実施形態では、VHアミノ酸置換(親VHドメイン(配列番号5)と比較)は、F32L/W100F;F32L/S52aG/W100F;F32L/S52aG/R97F/W100F;F32L/S52aG/R97Y/W100F;F32L/S52aG/R97E/W100F;F32L/S52aG/R97Q/W100F;F32L/S52aG/R97L/W100F;F32L/S52aG/R97V/W100F;F32L/S52aG/R97D/W100F;F32L/S52aG/R97H/W100F);F32L/S52aG/R97A/W100F;F32L/S52aG/R97W/W100F;F32L/S52aG/R97T/W100F;L98R/W100F/S100aT;R97A/W100F;V99T/W100F;V99L/W100F/S100aA;L98Q/V99L/W100F;R97Q/W100F;L98Q/W100F;V99F/W100F;V99L/W100F;W100F/S100aN;V99I/W100F/P100bS;G96H/L98V/W100F;V99A/W100F;V99Q/W100F/S100aT;G96V/R97A/V99A/W100F/P100bS;R97Q/L98Q/W100F/S100aA;R97K/W100F/S100aA;W100F;W100F/S100aT;L98S/SW100F;L98F/W100F;R97W/L98H/W100F;W100F/S100aA;R97T/L98K/W100F;L98S/V99I/W100F;R97L/V99I/W100F;G96A/W100F;R97S/L98V/V99L/W100F;V99S/W100F;L98Q/W100F/S100aT;R97S/V99Y/W100F;V99Y/W100F;L98R/W100F;W100F/P100bS;R97H/L98Q/W100F;H1.224 L98R/V99L/W100Fからなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、NCPD-1 mAbC ABDのVLは、アミノ酸置換N27dH(親VLドメイン(配列番号168)と比較)を有し、VHアミノ酸置換(親VHドメイン(配列番号5)と比較)は、F32L/W100F;F32L/S52aG/W100F;F32L/S52aG/R97F/W100F;F32L/S52aG/R97Y/W100F;F32L/S52aG/R97E/W100F;F32L/S52aG/R97Q/W100F;F32L/S52aG/R97L/W100F;F32L/S52aG/R97V/W100F;F32L/S52aG/R97D/W100F;F32L/S52aG/R97H/W100F);F32L/S52aG/R97A/W100F;F32L/S52aG/R97W/W100F;F32L/S52aG/R97T/W100F;L98R/W100F/S100aT;R97A/W100F;V99T/W100F;V99L/W100F/S100aA;L98Q/V99L/W100F;R97Q/W100F;L98Q/W100F;V99F/W100F;V99L/W100F;W100F/S100aN;V99I/W100F/P100bS;G96H/L98V/W100F;V99A/W100F;V99Q/W100F/S100aT;G96V/R97A/V99A/W100F/P100bS;R97Q/L98Q/W100F/S100aA;R97K/W100F/S100aA;W100F;W100F/S100aT;L98S/SW100F;L98F/W100F;R97W/L98H/W100F;W100F/S100aA;R97T/L98K/W100F;L98S/V99I/W100F;R97L/V99I/W100F;G96A/W100F;R97S/L98V/V99L/W100F;V99S/W100F;L98Q/W100F/S100aT;R97S/V99Y/W100F;V99Y/W100F;L98R/W100F;W100F/P100bS;R97H/L98Q/W100F;H1.224 L98R/V99L/W100Fからなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、NCPD-1 mAbC ABDのVLは、アミノ酸置換N27dH/K30Y/S93T(親VLドメイン(配列番号168)と比較)を有し、VHアミノ酸置換(親VHドメイン(配列番号5)と比較)は、F32L/W100F;F32L/S52aG/W100F;F32L/S52aG/R97F/W100F;F32L/S52aG/R97Y/W100F;F32L/S52aG/R97E/W100F;F32L/S52aG/R97Q/W100F;F32L/S52aG/R97L/W100F;F32L/S52aG/R97V/W100F;F32L/S52aG/R97D/W100F;F32L/S52aG/R97H/W100F);F32L/S52aG/R97A/W100F;F32L/S52aG/R97W/W100F;F32L/S52aG/R97T/W100F;L98R/W100F/S100aT;R97A/W100F;V99T/W100F;V99L/W100F/S100aA;L98Q/V99L/W100F;R97Q/W100F;L98Q/W100F;V99F/W100F;V99L/W100F;W100F/S100aN;V99I/W100F/P100bS;G96H/L98V/W100F;V99A/W100F;V99Q/W100F/S100aT;G96V/R97A/V99A/W100F/P100bS;R97Q/L98Q/W100F/S100aA;R97K/W100F/S100aA;W100F;W100F/S100aT;L98S/SW100F;L98F/W100F;R97W/L98H/W100F;W100F/S100aA;R97T/L98K/W100F;L98S/V99I/W100F;R97L/V99I/W100F;G96A/W100F;R97S/L98V/V99L/W100F;V99S/W100F;L98Q/W100F/S100aT;R97S/V99Y/W100F;V99Y/W100F;L98R/W100F;W100F/P100bS;R97H/L98Q/W100F;H1.224 L98R/V99L/W100Fからなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、NC-PD-1 mAbC ABDは、H1.176、H1.177、H1.178、H1.179、H1.180、H1.181、H1.182、H1.183、H1.184、H1.185、H1.186、H1.187、H1.188、H1.189、H1.190、H1.191、H1.192、H1.193、H1.194、H1.195、H1.196、H1.197、H1.198、H1.199、H1.200、H1.201、H1.202、H1.203、H1.204、H1.205、H1.206、H1.207、H1.208、H1.209、H1.210、H1.211、H1.212、H1.213、H1.214、H1.215、H1.216、H1.217、H1.218、H1.219、H1.220、H1.221、H1.222、H1.223、H1.224を含むがこれらに制限されない、図43に示したものから選択されるVHを有する。
いくつかの実施形態では、NC-PD-1 mAbC ABDは、L1.1、L1.3、L1.45、L1.117、L1.129、L1.135、L1.136及びL1.140を含むがこれらに限定されない、図43に示したものから選択されるVLを有する。
いくつかの実施形態では、NC-PD-1 mAbC ABDは、H1.176_L1.140配列を有する。
いくつかの実施形態では、NC-PD-1 mAbC ABDは、H1.176_L1.1配列を有する。
VHドメインのいずれかは、本明細書において有用な特定の組合せで、VLドメインのいずれかと組み合わせることができることに留意されたい。
本明細書に示されるように、「Fab」フォーマットの抗PD-1 ABDの使用に加えて、抗PD-1 ABDは、代替的にscFvの形態であってもよく、vhドメイン及びvlドメインは、任意に荷電scFvリンカーであり得るscFvリンカーを使用して連結される。当業者には理解されるように、scFvは、N-vh-scFvリンカー-vl-C又はN-vl-scFvリンカー-vh-CとしてN末端からC末端へ組み立てることができ、scFvドメインのC末端は一般にヒンジ-CH2-CH3 Fcドメインに連結されている。適切なFv(CDRセット及び可変重/可変軽ドメインを含む)は、scFvフォーマット又はFabフォーマットで使用することができ、これを図43に示す。当業者にさらに理解されるように、ヒンジ(これはまた、IgG1、IgG2若しくはIgG4由来の野生型ヒンジ又はそのバリアント、例えば親IgG4ヒンジポリペプチドに対して228位に置換プロリンを有するIgG4 S241P若しくはS228Pヒンジバリアントであり得る(ナンバリングS228PはEUインデックスに従っており、S241PはKabatナンバリングである))の全部又は一部を、scFvとCH2-CH3ドメインとの間のドメインリンカーとして使用することができ、又は図に示すような異なるドメインリンカーを使用することができる。
C.Fcドメイン
IL-15複合体及び標的NC-αPD-1 Fvドメインに加えて、本発明は、成分としてヘテロ二量体Fcドメインをさらに提供する。図28に示されるように、これらのヘテロ二量体Fcドメインは、一般には2つのポリペプチド鎖(例えば、図28Aでは、一方のモノマーがIL-15/Rα複合体を含み、他方のモノマーが抗PD-1 scFvを含む)、3つのポリペプチド鎖(例えば、図28Cでは、一方のモノマーがIL-15/Rα複合体を含み、第2のモノマーが重鎖を含み、第3のモノマーが軽鎖である)などのいずれかを含む単一の構築物においてIL-15/Rα及び標的抗PD-1ドメインを一緒にするのに役立つ。
本発明のFcドメイン成分は本明細書に記載のとおりであり、一般にスキューバリアント及び/又は任意のpIバリアント及び/又は除去バリアントを含む。例えば、「IVヘテロ二量体抗体(IV Heterodimeric Antibodies)」という見出しの国際公開第2017/218707号パンフレットの開示(IV.A、IV.B、IV.C、IV.D、IV.E、IV.F、IV.G、IV.H及びIV.Iの節を含む)を参照されたい。これらの節は全て、参照によりその全体が明示的に組み込まれる。本発明のヘテロ二量体タンパク質において特に使用されるのは、その中で概説されるような「スキューバリアント」、「pIバリアント」、「除去バリアント」及びFcRnバリアントを含むFcドメインである。特に有用なFcドメインは、図8に示されているものである。
Fcドメインは、IgG Fcドメイン、例えば、IgG1、IgG2、IgG3又はIgG4 Fcドメインに由来することができ、IgG1 Fcドメインは本発明において特定の用途を見出す。以下に、本発明のヘテロ二量体Fcタンパク質のIL-15/IL-15RαFc融合モノマー及びチェックポイント抗体フラグメントに有用なFcドメインを記載する。
各鎖のカルボキシ末端部分は、主にエフェクター機能を担う定常領域を規定し、Kabatらは、重鎖及び軽鎖の可変領域の多数の一次配列を収集した。配列の保存度に基づいて、彼らは個々の一次配列をCDR及びフレームワークに分類し、そのリストを作成した(参照により全体が組み込まれる、SEQUENCES OF IMMUNOLOGICAL INTEREST,5th edition,NIH publication,No.91-3242,E.A.Kabat et al.を参照されたい。)。本明細書を通して、可変ドメインの残基(およそ、軽鎖可変領域の残基1~107及び重鎖可変領域の残基1~113)を指す場合、Kabatナンバリングシステムが一般に使用され、Fc領域についてはEUナンバリングシステムが使用される(例えば、前出のKabatら(1991))。
免疫グロブリンのIgGサブクラスには、重鎖にいくつかの免疫グロブリンドメインが存在する。本明細書において「免疫グロブリン(Ig)ドメイン」とは、明確な三次構造を有する免疫グロブリンの領域を意味する。本発明において興味深いのは、定常重(CH)ドメイン及びヒンジドメインを含む重鎖ドメインである。IgG抗体に関連して、IgGアイソタイプはそれぞれ3つのCH領域を有する。したがって、IgGの文脈における「CH」ドメインは以下の通りである。「CH1」は、KabatのようなEUインデックスによる118~220位を指す。「CH2」は、KabatのようなEUインデックスによる237~340位を指し、「CH3」は、KabatのようなEUインデックスによる341~447位を指す。本明細書に示され、以下に記載されるように、pIバリアントは、以下に記載されるCH領域及びヒンジ領域の1つ又は複数に存在し得る。
重鎖の別のタイプのIgドメインはヒンジ領域である。本明細書において「ヒンジ」又は「ヒンジ領域」又は「抗体ヒンジ領域」又は「免疫グロブリンヒンジ領域」とは、抗体の第1及び第2の定常ドメインの間にアミノ酸を含む可撓性ポリペプチドを意味する。構造的には、IgG CH1ドメインはEU220位で終了し、IgG CH2ドメインは残基EU237位で開始する。したがって、IgGについて、抗体ヒンジは、本明細書では、221位(IgG1のD221)~236位(IgG1のG236)を含むと定義され、ナンバリングはKabatのようなEUインデックスに従う。いくつかの実施形態では、例えばFc領域の文脈において、下部ヒンジが含まれ、「下部ヒンジ」は一般に226位又は230位を指す。本明細書で述べるように、pIバリアントはヒンジ領域にも作製することができる。
したがって、本発明は、異なる抗体ドメイン、例えば、異なるFcドメインを提供する。本明細書に記載され、当技術分野で知られているように、本発明のヘテロ二量体タンパク質は、異なるドメインを含み、これらは重複してもよい。これらのドメインには、Fcドメイン、CH1ドメイン、CH2ドメイン、CH3ドメイン、ヒンジドメイン、及び重定常ドメイン(CH1-ヒンジ-Fcドメイン、又は、CH1-ヒンジ-CH2-CH3)が含まれるが、これらに限定されない。
したがって、「Fcドメイン」は、-CH2-CH3ドメイン、及び任意にヒンジドメインを含み、ヒトIgG1、IgG2、IgG3又はIgG4に由来し得、FcドメインはIgG1に由来する。本明細書のいくつかの実施形態では、タンパク質フラグメント(例えば、IL-15又はIL-15Rα)がFcドメインに結合している場合、Fcドメインのヒンジの全部又は一部に結合しているのはIL-15又はIL-15Rα構築物のC末端である。例えば、それは一般に、ヒンジの始まりである配列EPKS(配列番号9)に結合される。他の実施形態では、タンパク質フラグメント(例えば、IL-15又はIL-15Rα)がFcドメインに結合している場合、FcドメインのCH1ドメインに結合しているのはIL-15又はIL-15Rα構築物のC末端である。
Fcドメインタンパク質の本明細書に概説されるいくつかの構築物及び配列では、IL-15又はIL-15Rαタンパク質フラグメントのC末端はドメインリンカーのN末端に結合しており、そのC末端は定常FcドメインのN末端に結合しているが(N-IL-15又はIL-15Rαタンパク質フラグメント-リンカー-Fcドメイン-C)、これは切り替えることができる(N-Fcドメイン-リンカー-IL-15又はIL-15Rαタンパク質フラグメント-C)。本明細書で概説される他の構築物及び配列では、第1のタンパク質フラグメントのC末端は、任意にドメインリンカーを介して、第2のタンパク質フラグメントのN末端に結合し、第2のタンパク質フラグメントのC末端は、任意にドメインリンカーを介して、定常FcドメインのN末端に結合する。本明細書に概説されるさらに他の構築物及び配列では、第1のタンパク質フラグメント又は第2のタンパク質フラグメントに結合していない定常Fcドメインが提供される。ヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、本明細書中に記載される例示的な単量体Fcドメインタンパク質の2つ以上を含有し得る。
いくつかの実施形態では、リンカーは、本明細書に概説される任意の2つのドメインを一緒に連結するために使用される、以下により十分に考察されるような「ドメインリンカー」であり、その一部は図8に示されている。任意の適切なリンカーを使用することができるが、多くの実施形態は、例えば、(GS)n(配列番号10)、(GSGGS)n(配列番号11)、(GGGGS)n(配列番号12)及び(GGGS)n(配列番号13)を含むグリシン-セリンポリマー(nは、少なくとも1である整数(及び一般に1~2~3~4~5)である)、並びに各ドメインがその生物学的機能を保持することを可能にするのに十分な長さ及び柔軟性を有する2つのドメインの組換え結合を可能にする任意のペプチド配列を利用する。場合によっては、本明細書中に概説される「鎖化」に注目して、荷電ドメインリンカー。
したがって、いくつかの実施形態では、本発明は、自己集合してヘテロ二量体Fcドメイン融合ポリペプチドを形成する2つの異なる重鎖バリアントFc配列の使用に依存するヘテロ二量体Fc融合タンパク質を提供する。
本発明は、1つ以上の結合パートナー、リガンド又は受容体への結合を可能にするヘテロ二量体Fc融合タンパク質を提供するための新規構築物に関する。ヘテロ二量体Fc融合構築物は、抗体の重鎖の2つのFcドメイン、例えば、「二量体」に集合する2つの「モノマー」の自己集合性に基づく。ヘテロ二量体Fc融合物は、下記により十分に考察されるように、各モノマーのアミノ酸配列を変化させることによって作製される。したがって、本発明は一般に、ヘテロ二量体形成を促進するために、及び/又はホモ二量体上のヘテロ二量体の精製を容易にするために、各鎖上の異なる定常領域中のアミノ酸バリアントに依存していくつかの方法で結合パートナー又はリガンド又は受容体と共係合することができるヘテロ二量体Fc融合タンパク質の作製に関する。
本発明のヘテロ二量体を生成するために使用することができる多くの機構が存在する。さらに、当業者によって理解されるように、これらの機構は、高いヘテロ二量体化を確実にするために組み合わせることができる。したがって、ヘテロ二量体の産生をもたらすアミノ酸バリアントは、「ヘテロ二量体化バリアント」と呼ばれる。以下に論じるように、ヘテロ二量体化バリアントは、立体的バリアント(例えば、以下に記載される「ノブ及びホール」又は「スキュー」バリアント、及び以下に記載される「電荷対」バリアント)並びに「pIバリアント」を含むことができ、これはヘテロ二量体からのホモ二量体の精製を可能にする。参照によりその全体が本明細書に組み込まれる国際公開第2014/145806号に一般的に記載されており、具体的には「ヘテロ二量体化バリアント」の議論について以下に記載されているように、ヘテロ二量体化に有用な機構には、「ノブ及びホール」(「KIH」;本明細書ではしばしば、「スキュー」バリアント(国際公開第2014/145806号の議論を参照)、国際公開第2014/145806号に記載されている「静電ステアリング」又は「電荷対」、国際公開第2014/145806号に記載されているpIバリアント、及び国際公開第2014/145806号及び以下に概説されている一般的な追加のFcバリアント)が含まれる。
本発明では、ヘテロ二量体抗体の精製を容易にすることができるいくつかの基本的な機構が存在する。各モノマーが異なるpIを有し、したがってA-A、A-B及びB-B二量体タンパク質の等電的精製を可能にするように、pIバリアントの使用に依存する。あるいは、いくつかのフォーマットはまた、サイズに基づいて分離を可能にする。以下でさらに概説されるように、ホモ二量体よりもヘテロ二量体の形成を「ゆがめる(スキュー(skew))」ことも可能である。したがって、立体的ヘテロ二量体化バリアントとpIバリアント又は電荷対バリアントとの組合せは、本発明において特定の用途が見出される。
一般に、本発明における特定の使用の実施形態は、2つのモノマー間のpI差を増加させるpIバリアントと組み合わせて、ホモ二量体化形成よりもヘテロ二量体化形成を促進するスキューバリアントを含むバリアントのセットに依存する。
さらに、下記により十分に概説されるように、ヘテロ二量体Fc融合タンパク質のフォーマットに応じて、pIバリアントは、モノマーの定常ドメイン及び/又はFcドメイン内に含まれ得るか、又はドメインリンカーが使用され得る。すなわち、本発明は、モノマー及び/又は荷電ドメインリンカーの一方又は両方に存在するpIバリアントも提供する。さらに、別の機能性のためのさらなるアミノ酸工学もまた、Fc、FcRn及びKOバリアントなどのpI変化を付与し得る。
ヘテロ二量体タンパク質の精製を可能にする分離機構としてpIを利用する本発明では、アミノ酸バリアントをモノマーポリペプチドの一方又は両方に導入することができる。すなわち、モノマーの一方(本明細書では単純化のために「モノマーA」と呼ぶ)のpIをモノマーBとは異なって設計することができ、又はモノマーA及びBの両方を変更して、モノマーAのpIを増加させ、モノマーBのpIを減少させることができる。論じられるように、モノマーのいずれか又は両方のpI変化は、荷電残基を除去又は添加すること(例えば、中性アミノ酸が、正又は負に荷電したアミノ酸残基に、例えばグリシンからグルタミン酸に置換される)、荷電残基を正又は負から反対の電荷に変化させること(例えばアスパラギン酸からリジンへ)、又は荷電残基を中性残基に変化させること(例えば、電荷の損失;リジンからセリン)によって行うことができる。これらのバリアントのいくつかを図に示す。
したがって、本発明のこの実施形態は、ヘテロ二量体がホモ二量体から分離され得るように、モノマーの少なくとも1つにおいてpIの十分な変化を生じさせることを提供する。当業者には理解されるように、また以下にさらに論じるように、これは、「野生型」重鎖定常領域及びそのpIを増加又は減少させるように操作されたバリアント領域 を使用することによって(wt A-+B又はwt A--B)、又は一方の領域を増加させ、他方の領域を減少させることによって(A+B-又はA-B+)行なうことができる。
したがって、一般に、本発明のいくつかの実施形態の成分は、アミノ酸置換(「pIバリアント」又は「pI置換」)をモノマーの一方又は両方に組み込むことによって、二量体タンパク質のモノマーの両方ではないにしても少なくとも一方の等電点(pI)を変化させることを目的とした定常領域中のアミノ酸バリアントである。本明細書で示されるように、ヘテロ二量体と2つのホモ二量体の分離は、2つのモノマーのpIが0.1pH単位だけ異なれば達成することができ、0.2、0.3、0.4及び0.5以上の全てが本発明における使用を見出す。
当業者には理解されるように、良好な分離を得るために各モノマー又は両方のモノマーに含まれるべきpIバリアントの数は、成分の出発pIに部分的に依存する。当技術分野で知られているように、異なるFcは、本発明で利用される異なる出発pIを有する。一般に、本明細書に概説されるように、pIは、少なくとも約0.1 logの各モノマーの合計pI差をもたらすように操作され、本明細書に概説されるように0.2から0.5が好ましい。
当業者には理解されるように、良好な分離を得るために各モノマー又は両方のモノマーに含まれるべきpIバリアントの数は、成分の出発pIに部分的に依存する。すなわち、どのモノマーを操作するか、又はどの「方向」(例えば、より陽性又はより陰性)で操作するかを決定するために、Fcドメインの配列、及び場合によってはFcドメインに連結されたタンパク質ドメインが計算され、そこから決定がなされる。当技術分野で知られているように、異なるFcドメイン及び/又はタンパク質ドメインは、本発明で利用される異なる出発pIを有する。一般に、本明細書に概説されるように、pIは、少なくとも約0.1 logの各モノマーの合計pI差をもたらすように操作され、本明細書に概説されるように0.2から0.5が好ましい。
さらに、当業者によって理解され、本明細書に概説されるように、いくつかの実施形態では、ヘテロ二量体は、サイズに基づいてホモ二量体から分離することができる。図に示されるように、例えば、いくつかのフォーマットは、サイズに基づいてヘテロ二量体及びホモ二量体の分離を可能にする。
pIバリアントを使用してヘテロ二量体化を達成する場合、Fcドメインの定常領域を使用することにより、ヘテロ二量体Fc融合タンパク質を設計及び精製するためのよりモジュール式のアプローチが提供される。したがって、いくつかの実施形態では、ヘテロ二量体化バリアント(スキューバリアント及び精製ヘテロ二量体化バリアントを含む)を操作しなければならない。さらに、いくつかの実施形態では、pIバリアントから生じる免疫原性の可能性は、pIが有意な免疫原性を導入することなく変化するように、異なるIgGアイソタイプからpIバリアントを取り込むことによって有意に低減される。したがって、解決すべきさらなる問題は、高いヒト配列含有量を有する低pI定常ドメインの解明、例えば、任意の特定の位置における非ヒト残基の最小化又は回避である。
このpI操作で起こり得る副次的利益は、血清半減期の延長及びFcRn結合の増加でもある。すなわち、米国特許出願第13/194,904号(参照によりその全体が組み込まれる)に記載されているように、抗体定常ドメイン(抗体及びFc融合物に見出されるものを含む)のpIを低下させることにより、インビボでの血清保持をより長くすることができる。血清半減期を増加させるためのこれらのpIバリアントはまた、精製のためのpI変化を促進する。
さらに、ヘテロ二量体バリアントのpIバリアントは、ホモ二量体が存在する場合を排除、最小化及び区別する能力が重要であるため、Fc融合タンパク質の分析及び品質管理プロセスにさらなる利点を与えることに留意すべきである。同様に、ヘテロ二量体Fc融合タンパク質産生の再現性を確実に試験する能力が重要である。
1.ヘテロ二量体化バリアント
本発明は、ヘテロ二量体の形成及び/又はホモ二量体からの精製を可能にするためにヘテロ二量体バリアントを利用する、様々なフォーマットのヘテロ二量体Fc融合タンパク質を含むヘテロ二量体タンパク質を提供する。ヘテロ二量体融合構築物は、2つのFcドメイン、例えば、「二量体」に集合する2つの「モノマー」の自己集合性に基づく。
ヘテロ二量体化スキューバリアントのセットのいくつかの適切な対が存在する。これらのバリアントは、「セット」の「ペア」で提供される。すなわち、ペアの一方のセットが第1のモノマーに取り込まれ、ペアの他方のセットが第2のモノマーに取り込まれる。これらのセットは、必ずしも「ノブ・イン・ホール」バリアントとして挙動するわけではなく、一方のモノマー上の残基と他方のモノマー上の残基との間に1対1の対応関係があることに留意されたい。すなわち、これらのセットのペアは、ヘテロ二量体形成を促進し、ホモ二量体形成を抑制する2つのモノマー間の界面を形成し、生物学的条件下で自発的に形成するヘテロ二量体の割合を、予想される50%(25%ホモ二量体A/A:50%ヘテロ二量体A/B:25%ホモ二量体B/B)ではなく90%超にすることを可能にする。
適切なスキューバリアントのリストを図3に示す。多くの実施形態で特に使用されるのは、以下を含むがこれらに限定されないセットのペアである。S364K/E357Q:L368D/K370S;L368D/K370S:S364K;L368E/K370S:S364K;T411E/K360E/Q362E:D401K;L368D/K370S:S364K/E357L,K370S:S364K/E357Q及びT366S/L368A/Y407V:T366W(任意に架橋ジスルフィドを含む、T366S/L368A/Y407V/Y349C:T366W/S354C)。命名法に関して、ペア「S364K/E357Q:L368D/K370S」は、モノマーの一方が二重バリアントセットS364K/E357Qを有し、他方が二重バリアントセットL368D/K370Sを有することを意味する。上記のように、これらの対の「鎖化」は出発pIに依存する。
2.立体的バリアント
いくつかの実施形態において、ヘテロ二量体の形成は、立体的バリアントの添加によって促進され得る。すなわち、各重鎖のアミノ酸を変化させることにより、異なる重鎖が会合してヘテロ二量体構造を形成する可能性が、同じFcアミノ酸配列を有するホモ二量体を形成する可能性よりも高くなる。適切な立体的バリアントは、米国特許出願第15/141,350号の図29に含まれており、その全ては、図8と同様に、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
1つの機構は、当技術分野では一般に「ノブ及びホール」と呼ばれ、ヘテロ二量体形成を有利に、ホモ二量体形成を不利にする立体的影響を作り出すアミノ酸工学を指し、任意に使用することも可能である。これは、米国特許出願第 61/596,846号、Ridgway et al.,Protein Engineering 9(7):617(1996)、Atwell et al.,J.Mol.Biol.1997 270:26、米国特許第8,216,805号(これらは全て、その全体が参照により本明細書に組み込まれる)に記載されているように、「ノブ及びホール」と呼ばれることもある。図は、「ノブ及びホール」に依存するいくつかの「モノマーA-モノマーB」ペアを特定する。さらに、Merchant et al.,Nature Biotech.16:677(1998)に記載されているように、これらの「ノブ及びホール」突然変異は、ジスルフィド結合と組み合わせて、形成をゆがめてヘテロ二量体化することができる。
ヘテロ二量体の生成に使用されるさらなる機構は、Gunasekaran et al.,J.Biol.Chem.285(25):19637(2010)に記載されるように(参照によりその全体が本明細書に組み込まれる)、「静電ステアリング」と呼ばれることがある。これは、本明細書では「電荷対」と呼ばれることがある。この実施形態では、静電を使用して、形成をヘテロ二量体化にゆがませる。当業者には理解されるように、これらはpI、したがって精製にも影響を及ぼし得、したがって場合によってはpIバリアントとも見なされ得る。しかし、これらはヘテロ二量体化を強制するために生成され、精製ツールとして使用されなかったので、「立体的バリアント」として分類される。これらには、D221R/P228R/K409Rと対にされたD221E/P228E/L368E(例えば、これらは「モノマー対応セット」である)、及び、C220R/E224R/P228R/K409Rと対にされたC220E/P228E/368Eが含まれるが、これらに限定されない。
任意に、かつ独立して任意の量で他のバリアントと組み合わせることができる追加のモノマーA及びモノマーBバリアント、例えば、本明細書に概説されているpIバリアント又は米国特許出願公開第2012/0149876号の図37に示されている他の立体的バリアントは、全て参照により本明細書に明示的に組み込まれている。
いくつかの実施形態では、本明細書に概説される立体的バリアントは、任意かつ独立して、任意のpIバリアント(又は他のバリアント、例えばFcバリアント、FcRnバリアントなど)とともに一方又は両方のモノマーに組み込むことができ、独立かつ任意に本発明のタンパク質に含めるか又は除外することができる。
3.ヘテロ二量体のpI(等電点)バリアント
一般に、当業者によって理解されるように、pIバリアントには2つの一般的なカテゴリー:タンパク質のpIを増加させるもの(塩基性変化)及びタンパク質のpIを減少させるもの(酸性変化)がある。本明細書に記載されるように、これらのバリアントの全ての組合せを行うことができ、一方のモノマーは野生型であってもよく、又は野生型と有意に異なるpIを示さないバリアントであってもよく、他方はより塩基性又はより酸性であってもよい。あるいは、各モノマーを、一方はより塩基性に、一方はより酸性に変化させる。
pIバリアントの好ましい組合せは、米国特許出願第15/141,350号の図30に示されており、その全てが参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。本明細書で概説し、図に示すように、これらの変化はIgG1と比較して示されているが、全てのアイソタイプをこの方法で変更することができ、アイソタイプハイブリッドも同様である。重鎖定常ドメインがIgG2-4由来である場合、R133E及びR133Qも使用することができる。
一実施形態では、pIバリアントの好ましい組合せは、Fcモノマーの1つがCH1ドメインを含む場合、208D/295E/384D/418E/421Dバリアント(ヒトIgG1と比較した場合、N208D/Q295E/N384D/Q418E/N421D)を含む1つのモノマーを有する。いくつかの例では、第2のモノマーは、(GKPGS)(配列番号14)を含む正に帯電したドメインリンカーを含む。いくつかの場合、第1のモノマーは、208位を含むCH1ドメインを含む。したがって、CH1ドメインを含まない構築物(例えば、ドメインの1つでCH1ドメインを利用しないヘテロ二量体Fc融合タンパク質の場合)において、好ましい陰性pIバリアントFcセットは、295E/384D/418E/421Dバリアント(ヒトIgG1と比較した場合、Q295E/N384D/Q418E/N421D)を含む。
いくつかの実施形態において、突然変異は、位置221、222、223、224、225、233、234、235及び236を含むFcドメインのヒンジドメインにおいて行われる。233~236の変化は、IgG2骨格においてエフェクター機能(327Aと共に)を増加させるために行うことができることに留意されたい。したがって、pI突然変異及び特に置換は、221~225位の1つ又は複数で行うことができ、1、2、3、4又は5個の突然変異が本発明で使用される。ここでも、全ての可能な組合せが、単独で、又は他のドメインにおける他のpIバリアントとの組合せで企図される。
ヒンジドメインのpIを低下させるのに使用する特定の置換には、221位での欠失、222位での非天然バリン又はトレオニン、223位での欠失、224位での非天然グルタミン酸、225位での欠失、235位での欠失及び236位での欠失又は非天然アラニンが含まれるが、これらに限定されない。場合によっては、pI置換のみがヒンジドメインで行われ、他の場合では、これらの置換は任意の組合せで他のドメインにおける他のpIバリアントに追加される。
いくつかの実施形態では、位置274、296、300、309、320、322、326、327、334及び339を含むCH2領域に突然変異を作製することができる。ここでも、これらの10個の位置の全ての可能な組合せを行うことができる。例えば、pI抗体は、1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10個のCH2 pI置換を有し得る。
CH2ドメインのpIを低下させるのに使用する特定の置換としては、274位の非天然グルタミン又はグルタミン酸、296位の非天然フェニルアラニン、300位の非天然フェニルアラニン、309位の非天然バリン、320位の非天然グルタミン酸、322位の非天然グルタミン酸、326位の非天然グルタミン酸、327位の非天然グリシン、334位の非天然グルタミン酸、339位の非天然トレオニン、並びにCH2内及び他のドメインとの全ての可能な組合せが挙げられるが、これらに限定されない。
この実施形態では、突然変異は独立かつ任意に、位置355、359、362、384、389、392、397、418、419、444及び447から選択することができる。CH3ドメインのpIを低下させるのに使用する特定の置換としては、355位の非天然グルタミン又はグルタミン酸、384位の非天然セリン、392位の非天然アスパラギン又はグルタミン酸、397位の非天然メチオニン、419位の非天然グルタミン酸、359位の非天然グルタミン酸、362位の非天然グルタミン酸、389位の非天然グルタミン酸、418位の非天然グルタミン酸、444位の非天然グルタミン酸、及び447位の欠失又は非天然アスパラギン酸が挙げられるが、これらに限定されない。pIバリアントの例示的な実施形態は、図5を含む図に提供されている。
さらに、いくつかの場合には、IL-15ドメインとIL-15Rαドメインとの間のドメインリンカーを荷電させることができ、scFvリンカー(特定のフォーマットで存在する場合)を荷電させることができる。
4.アイソタイプ・バリアント
さらに、本発明の多くの実施形態は、1つのIgGアイソタイプから別のIgGアイソタイプへの特定の位置でのpIアミノ酸の「取込み」に依存しており、したがって、望ましくない免疫原性がバリアントに導入される可能性を低減又は排除する。これらの多くは、参照により本明細書に組み込まれる、米国特許出願公開第2014/0370013号の図21に示されている。すなわち、IgG1は、高いエフェクター機能を含む様々な理由で、治療用抗体の一般的なアイソタイプである。しかしながら、IgG1の重定常領域は、IgG2の重定常領域よりも高いpIを有する(8.10対7.31)。特定の位置のIgG2残基をIgG1骨格に導入することにより、得られたモノマーのpIは低下(又は増加)し、さらに長い血清半減期を示す。例えば、IgG1は137位にグリシン(pI5.97)を有し、IgG2はグルタミン酸(pI3.22)を有する。グルタミン酸を導入すると、得られるタンパク質のpIに影響を及ぼす。以下に記載されるように、バリアントFc融合タンパク質のpIに有意に影響を及ぼすためには、いくつかのアミノ酸置換が一般に必要とされる。しかしながら、IgG2分子の変化でさえ、血清半減期の増加を可能にすることに、以下に考察するように留意すべきである。
他の実施形態では、得られるタンパク質の全体的な電荷状態を低下させるため(例えば、より高いpIアミノ酸をより低いpIアミノ酸に変化させることによる)、又は以下でさらに説明するように、安定性などのために構造内に収容することを可能にするために、非アイソタイプアミノ酸の変更が行われる。
さらに、重及び軽定常ドメインの両方をpI操作することによって、ヘテロ二量体の各モノマーにおける有意な変化を認めることができる。本明細書で論じるように、2つのモノマーのpIが少なくとも0.5異なることにより、イオン交換クロマトグラフィ若しくは等電点電気泳動又は等電点に敏感な他の方法による分離が可能になり得る。
5.pIの算出
各モノマーのpIは、バリアント重鎖定常ドメインのpI及びバリアント重鎖定常ドメイン及び融合パートナーを含む全モノマーのpIに依存し得る。したがって、いくつかの実施形態では、pIの変化は、米国特許出願公開第2014/0370013号の図19のチャートを使用して、バリアント重鎖定常ドメインに基づいて計算される。本明細書で論じるように、どのモノマーを操作するかは、一般に、各モノマーの固有のpIによって決定される。
6.より良好なFcRnのインビボでの結合も与えるpIバリアント
pIバリアントがモノマーのpIを減少させる場合、それらはインビボでの血清保持を改善するという追加の利点を有することができる。
まだ試験中であるが、エンドソームにおけるpH6でのFcRnへの結合がFcを捕捉するので、Fc領域はインビボでより長い半減期を有すると考えられている(Ghetie and Ward,1997 Immunol Today.18(12):592-598、全体が参照により組み込まれる)。次いで、エンドソーム区画は、Fcを細胞表面に再利用する。区画が細胞外空間に開口すると、より高いpH(約7.4)は、Fcの放出を誘導して血液中に戻す。マウスでは、Dall’Acquaらは、pH6及びpH7.4でFcRn結合が増加したFc突然変異体は、実際に血清濃度が低下し、野生型Fcと同じ半減期を有することを示した(Dall’Acqua et al.2002,J.Immunol.169:5171-5180、全体が参照により組み込まれる)。pH7.4でのFcのFcRnに対する親和性の増加は、Fcの血液中への放出を妨げると考えられる。したがって、インビボでのFcの半減期を増加させるFc突然変異は、理想的には、より低いpHでFcRn結合を増加させるが、より高いpHではFcの放出を依然として可能にする。アミノ酸ヒスチジンは、6.0~7.4のpH範囲でその電荷状態を変化させる。したがって、Fc/FcRn複合体中の重要な位置にHis残基を見出すことは驚くべきことではない。
7.さらなる機能性のためのさらなるFcバリアント
pIアミノ酸バリアントに加えて、1つ以上のFcγR受容体への結合の変化、FcRn受容体への結合の変化などを含むがこれらに限定されない様々な理由のために行うことができるいくつかの有用なFcアミノ酸改変がある。
したがって、本発明のタンパク質は、pIバリアント及び立体的バリアントを含む、本明細書に概説されるヘテロ二量体化バリアントを含むアミノ酸改変を含むことができる。バリアントの各セットは、独立かつ任意に、任意の特定のヘテロ二量体タンパク質に含まれ得るか、又は除外され得る。
8.FcγRバリアント
したがって、FcγR受容体の1つ以上への結合を変化させるために行うことができるいくつかの有用なFc置換が存在する。結合の増加及び結合の減少をもたらす置換が有用であり得る。例えば、FcγRIIIaへの結合の増加は、ADCC(抗体依存性細胞媒介性細胞傷害;FcγRを発現する非特異的細胞傷害性細胞が標的細胞上の結合した抗体を認識し、続いて標的細胞の溶解を引き起こす細胞媒介反応)をもたらすことが知られている。同様に、FcγRIIb(阻害性受容体)への結合の減少も、状況によっては有益であり得る。本発明での使用が見出されるアミノ酸置換としては、米国特許出願第11/124,620号(特に図41)、同第11/174,287号、同第11/396,495号、同第11/538,406号に列挙されているものが挙げられ、これらの全ては、その全体が、特に、そこに開示されているバリアントについて、参照により本明細書に明示的に組み込まれる。用途が見出される特定のバリアントには、236A、239D、239E、332E、332D、239D/332E、267D、267E、328F、267E/328F、236A/332E、239D/332E/330Y、239D、332E/330L、243A、243L、264A、264V及び299Tが含まれるが、これらに限定されない。
さらに、FcγRIIcに対する親和性を増加させるアミノ酸置換も、本明細書に概説するFcドメインバリアントに含めることができる。例えば、米国特許出願第11/124,620号及び同第14/578,305号に記載されている置換は有用である。
さらに、その全体が参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願第12/341,769号に具体的に開示されるように、FcRn受容体への結合の増加及び血清半減期の増加に使用される追加のFc置換があり、それには434S、434A、428L、308F、259I、428L/434S、259I/308F、436I/428L、436I又はV/434S、436V/428L及び259I/308F/428Lが含まれるがこれらに限定されない。
9.除去バリアント
同様に、機能的バリアントの別のカテゴリーは、「FcγR除去バリアント」又は「Fcノックアウト(FcKO又はKO)」バリアントである。これらの実施形態では、いくつかの治療適用のために、さらなる作用機序を回避するために、Fcγ受容体(例えば、FcγR 1、FcγRIIa、FcγRIIb、FcγRIIIaなど)の1つ又は複数又は全部へのFcドメインの正常な結合を低減又は除去することが望ましい。すなわち、例えば、多くの実施形態では、特に、FcγRIIIa結合を除去してADCC活性を排除又は有意に低下させることが望ましい二重特異性免疫調節抗体の使用において、Fcドメインの1つが1つ以上のFcγ受容体除去バリアントを含む。これらの除去バリアントは、米国特許出願第15/141,350号の図31に示されており、これらは全て参照によりその全体が本明細書に組み込まれ、それぞれ独立かつ任意に含まれ得るか、又は除外され得、好ましい態様は、EUインデックスに従って、G236R/L328R、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K/A327G、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K/A327G及びE233P/L234V/L235A/G236delからなる群から選択される除去バリアントを利用する。本明細書で言及される除去バリアントは、FcγR結合を除去するが、一般にFcRn結合を除去しないことに留意されたい。
pIバリアントの例示的な実施形態は、図5を含む図に提供されている。
10.ヘテロ二量体バリアント及びFcバリアントの組合せ
当業者には理解されるように、列挙されたヘテロ二量体化バリアント(スキューバリアント及び/又はpIバリアントを含む)の全ては、それらがそれらの「鎖化」又は「モノマー分配」を保持する限り、任意に、かつ独立して任意の方法で組み合わせることができる。さらに、これらのバリアントは全て、ヘテロ二量体化フォーマットのいずれかに組み合わせることができる。
pIバリアントの場合、特定の用途を見出す実施形態が図に示されているが、精製を容易にするために2つのモノマー間のpI差を変更するという基本原則に従って、他の組合せを生成することができる。
さらに、ヘテロ二量体化バリアント、スキュー及びpIのいずれもまた、本明細書で一般的に概説されるように、Fc除去バリアント、Fcバリアント、FcRnバリアントと独立かつ任意に組み合わされる。
さらに、単量体Fcドメインは、C220S/S267K/L368D/K370S又はC220S/S267K/S364K/E357Qを含むアミノ酸置換のセットを含み得る。
さらに、ヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、スキューバリアント(例えば、米国特許出願第15/141,350号の図1A~図1Cに示されるようなアミノ酸置換のセット(これらは全て、その全体が参照により本明細書に組み込まれる))を含むことができ、特に有用なスキューバリアントは、S364K/E357Q:L368D/K370S;L368D/K370S:S364K;L368E/K370S:S364K;T411E/K360E/Q362E:D401K;L368D/K370S:S364K/E357L,K370S:S364K/E357Q,T366S/L368A/Y407V:T366W及びT366S/L368A/Y407V/Y349C:T366W/S354Cからなる群から選択され、任意に除去バリアント、任意に荷電ドメインリンカー及び重鎖は、pIバリアントを含む。
いくつかの実施形態では、Fcドメインは、236R、239D、239E、243L、M252Y、V259I、267D、267E、298A、V308F、328F、328R、330L、332D、332E、M428L、N434A、N434S、236R/328R、239D/332E、M428L、236R/328F、V259I/V308F、267E/328F、M428L/N434S、Y436I/M428L、Y436V/M428L、Y436I/N434S、Y436V/N434S、239D/332E/330L、M252Y/S254T/T256E、V259I/V308F/M428L、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、G236R/L328R及びPVA/S267Kからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む。いくつかの場合、Fcドメインはアミノ酸置換239D/332Eを含む。他の場合において、Fcドメインは、アミノ酸置換G236R/L328R又はPVA/S267Kを含む。
一実施形態では、本発明で使用されるスキューバリアント及びpIバリアントの特定の組合せは、T366S/L368A/Y407V:T366W(任意に架橋ジスルフィドを含む、T366S/L368A/Y407V/Y349C:T366W/S354C)であり、一方のモノマーがQ295E/N384D/Q418E/N481Dを含み、他方のモノマーが正に帯電したドメインリンカーを含む。当技術分野で理解されるように、「ノブ・イン・ホール」バリアントはpIを変化させず、したがっていずれかのモノマーに使用することができる。
一実施形態では、本発明で使用されるスキューバリアント及びpIバリアントの特定の組合せは、L368D/K370S:S364K/E357Qであり、一方のモノマーはQ295E/N384D/Q418E/N421Dを含む。
Fc二量体化バリアントのセット(スキューバリアント及びpIバリアントを含む)の有用な対を図4A~図4Eに提供する。追加のpIバリアントを図5に示す。有用な除去バリアントを図6に示す。本発明のIL-15/Rαx抗PD1 ABDヘテロ二量体融合タンパク質の非サイトカイン成分の有用な実施形態を図7A~7E及び図8A~8Fに提供する。
D.ドメインリンカー
本発明の3つの成分(本発明の抗PD-1 Fv、IL-15/Rα複合体及びヘテロ二量体化Fcドメイン)は、任意に、ドメインリンカーを使用して一緒に連結される。直接的な共有結合を行うことができるが(例えば、IL-15複合体のC末端をFcドメインのCH2ドメインのN末端に連結する)、一般に、柔軟性を与え、時には機能を与えるリンカーが使用される。
いくつかの実施形態では、IL-15タンパク質がFcドメインのN末端に結合しており、IL-15Rαタンパク質がIL-15タンパク質のN末端に結合している。他の実施形態では、IL-15Rαタンパク質がFcドメインのN末端に結合しており、IL-15Rαタンパク質がIL-15タンパク質に非共有結合している。さらに他の実施形態では、IL-15Rαタンパク質がFcドメインのC末端に結合しており、IL-15Rαタンパク質がIL-15タンパク質に非共有結合している。
いくつかの実施形態において、IL-15タンパク質及びIL-15Rαタンパク質は、ドメインリンカー(例えば、「scIL-15/Rα」フォーマット)を介して一緒に結合している。任意に、タンパク質は、リンカーを介して結合されず、本明細書に概説されるように天然の自己集合又はジスルフィド結合のいずれかを利用する。他の実施形態では、IL-15タンパク質及びIL-15Rαタンパク質は非共有結合している。いくつかの実施形態では、IL-15タンパク質は、リンカーを介してFcドメインに結合している。ある特定の実施形態において、IL-15タンパク質は、例えばリンカーを用いずにFcドメインに直接結合している。特定の実施形態では、IL-15タンパク質は、ヒンジ領域又はそのフラグメントを介してFcドメインに結合している。他の実施形態では、IL-15Rαタンパク質は、リンカーを介してFcドメインに結合している。他の実施形態では、IL-15Rαタンパク質は、例えばリンカーを用いずにFcドメインに直接結合している。特定の実施形態では、IL-15Rαタンパク質は、ヒンジ領域又はそのフラグメントを介してFcドメインに結合している。任意に、IL-15タンパク質又はIL-15Rαタンパク質をFcドメインに結合させるためにリンカーが使用されない。
いくつかの例では、PD-1 ABDは、ドメインリンカーを介してFcドメインのN末端に共有結合している。いくつかの実施形態では、PD-1 ABDは、例えばリンカーを用いずにFcドメインに直接結合している。特定の実施形態では、PD-1 ABDは、ヒンジ領域又はそのフラグメントを介してFcドメインに結合している。
いくつかの実施形態では、リンカーは、本明細書に概説される任意の2つのドメインを一緒に連結するために使用される「ドメインリンカー」である。リンカーペプチドは、主に以下のアミノ酸残基を含み得る。Gly、Ser、Ala、又はThr。リンカーペプチドは、所望の活性を保持するように互いに対して正しい立体配座をとるように2つの分子を連結するのに十分な長さを有するべきである。一実施形態では、リンカーは、約1~50アミノ酸長、好ましくは約1~30アミノ酸長である。一実施形態では、1~20アミノ酸長のリンカーが使用され得、いくつかの実施形態では、約5~約10アミノ酸が使用される。有用なリンカーとしては、例えば(GS)n(配列番号15)、(GSGGS)n(配列番号16)、(GGGGS)n(配列番号17)、及び(GGGS)n(配列番号18)を含むグリシン-セリンポリマー(nは少なくとも1である整数(一般に3~4)である)、グリシン-アラニンポリマー、アラニン-セリンポリマー、及び他の柔軟なリンカーが挙げられる。あるいは、ポリエチレングリコール(PEG)、ポリプロピレングリコール、ポリオキシアルキレン、又はポリエチレングリコールとポリプロピレングリコールとのコポリマーを含むがこれらに限定されない様々な非タンパク質性ポリマーがリンカーとしての用途を見出すことができ、それはリンカーとしての用途を見出すことができる。
いくつかの実施形態では、ドメインリンカーはIgG1、IgG2及びIgG4のヒンジ領域の全部又は一部を含み、前者は多くの実施形態において有用である。いくつかのヒンジドメインリンカーを図8に示す。当業者には理解されるように、図8によるドメインリンカーは、組み合わせることもできる。
いくつかの実施形態では、ドメインリンカーはscFvリンカーである。一般に、scFvリンカーは、VHドメイン及びVLドメインが正しいフォーマットで会合することを可能にするのに十分な柔軟性及び長さを有する。いくつかの場合、scFvリンカーは、ヘテロ二量体タンパク質のフォーマット及び成分のpIに応じて、図8に一般的に概説され、以下に論じられるように、荷電され得る。
いくつかの実施形態では、scFvリンカーは、荷電scFvリンカーであり、そのいくつかは国際公開第2017/218707号の図7に示されている。したがって、本発明は、第1のモノマーと第2のモノマー(例えば、IL-15/IL-15Rαモノマー及びPD-1 ABDモノマー)との間のpIにおいて分離を容易にするための荷電scFvリンカーをさらに提供する。すなわち、正又は負(又はその両方、異なるモノマー上のscFvを使用する、及び/又はscFv中の1つの荷電リンカーと、IL-15及びsushiドメインを連結するか、又はIL-15/Rα成分をFcドメインに連結するためのものとを使用する足場の場合)のいずれかの荷電scFvリンカーを組み込むことによって、これにより、荷電リンカーを含むモノマーは、Fcドメインにさらなる変化を起こさずにpIを変化させることができる。これらの荷電リンカーは、標準的なリンカーを含有する任意のscFvに置換することができる。ここでも、当業者には理解されるように、荷電scFvリンカーは、pIの所望の変化に従って、正しい「鎖」又はモノマー上で使用される。例えば、本明細書で論じられるように、本発明のヘテロ二量体融合タンパク質を作製するために、所望のドメインのそれぞれに対するFv領域の元のpIが計算され、scFvを作製するために1つが選択され、pIに応じて、正又は負のリンカーが選択される。
荷電ドメインリンカーもまた、本発明のモノマーのpI分離を増加させるために使用することができ、したがって、図10に含まれるものは、リンカーが利用される本明細書の任意の実施形態で使用することができる。
他のリンカー配列は、任意の長さのCL/CH1ドメインの任意の配列(例えば、CL/CH1ドメインの最初の5~12アミノ酸残基)を含み得るが、CL/CH1ドメインの全ての残基を含むわけではない。リンカーは、免疫グロブリン軽鎖、例えばCκ又はCλに由来し得る。リンカーは、例えばCγ1、Cγ2、Cγ3、Cγ4、Cα1、Cα2、Cδ、Cε、C及びCμを含む任意のアイソタイプの免疫グロブリン重鎖に由来し得る。リンカー配列はまた、Ig様タンパク質(例えば、TCR、FcR、KIR)、ヒンジ領域由来配列、及び他のタンパク質由来の他の天然配列などの他のタンパク質に由来し得る。
1.グリコシル化バリアント・リンカー
抗PD-1 Fvについて上述したように、グリコシル化は、場合によっては望ましくないことがある不均一性をもたらし得る。したがって、いくつかの場合には、IL-15ドメインとIL-15Rαドメインとを連結してIL-15複合体を形成するドメインリンカーについて、例えば図8に示されるような(GGGGA)nリンカー(配列番号19)(nは1~5である)が使用される。
IV.本発明の有用なフォーマット
図28A~図28Hに示されるように、本発明のPD-1標的化IL-15/IL-15Rα(sushi)Fc融合タンパク質のいくつかの有用なフォーマットが存在する。一般に、本発明のヘテロ二量体融合タンパク質は、3つの機能的成分:IL-15/IL-15Rα(sushi)成分、抗PD-1成分、及びFc成分を有し、これらは本明細書において概説されるようにそれぞれ異なる形態をとることができ、それぞれ他の成分と任意の構成で組み合わせることができる。
以下のフォーマットのいずれにおいても、第1及び第2のFcドメインは、a)S267K/L368D/K370S:S267K/S364K/E357Q;b)S364K/E357Q:L368D/K370S;c)L368D/K370S:S364K;d)L368E/K370S:S364K;e)T411E/K360E/Q362E:D401K;f)L368D/K370S:S364K/E357L及びg)K370S:S364K/E357Q(EUナンバリングによる)からなる群から選択されるアミノ酸置換のセットを有することができる。
いくつかの実施形態では、第1及び/又は第2のFcドメインは、EUナンバリングでQ295E/N384D/Q418E/N421Dを含むアミノ酸置換のさらなるセットを有する。
任意に、第1及び/又は第2のFcドメインは、EUナンバリングで、G236R/L328R、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K/A327G、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K/A327G及びE233P/L234V/L235A/G236delからなるアミノ酸置換のさらなるセットを有する。
任意に、第1及び/又は第2のFcドメインは、半減期延長のためにM428L/N434Sバリアントを有する。いくつかの実施形態では、第1及び/又は第2のFcドメインは、半減期延長のために428L/434Sバリアントを有する。
したがって、以下のフォーマットのいずれかの特に有用なバリアントは、スキューバリアントS364K/E357Q及び除去バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含む正のモノマーと、スキューバリアントL368D/K370S、除去バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267K及びpIバリアントN208D/Q295E/N384D/Q418E/N421D(モノマーがCH1ドメインを含む場合)又はpIバリアントQ295E/N384D/Q418E/N421D(モノマーがCH1ドメインを含まない場合)を含む負のモノマーとを有する。
A.scIL-15/Rα X scFv
一実施形態を図28Aに示し、2つのモノマーを含む。これは一般に「scIL-15/Rα X scFv」と呼ばれ、「sc」は「単鎖」を表し、共有結合ドメインリンカーを使用したIL-15及びsushiドメインの結合を指す。「scIL-15/Rα x scFv」フォーマット(図28Aを参照)は、可変長リンカー(「scIL-15/Rα」と呼ばれる)によってIL-15に融合されたIL-15Rα(sushi)を含み、次いでこれがヘテロ二量体Fc領域のN末端に融合され、scFvがヘテロ二量体Fcの他方の側に融合される。
図28Aのフォーマットでは、いくつかの態様は、スキューバリアントS364K/E357Q及び除去バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含む正のモノマーと、スキューバリアントL368D/K370S、除去バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267K及びpIバリアントQ295E/N384D/Q418E/N421D及び任意に428L/434S FcRnバリアントを含む負のモノマーとを有するFcドメインを含む。これらの実施形態では、sushiドメインは野生型(配列番号20)であり、抗PD-1 Fvドメインは、mAbC H.176_L1.140、H1.19_L1.140、H1_L1.1、H1.19_L1、H1.48_L1、H1.125_L1、H1.30_L1、H1.132_L1、H1_L1.1 H1_L1.3、H1_L1.45、H1_L1.117、H1_L1.129、H1.19_L1.1、H1.32_L1.1、H1.169_L1.1、H1.169_L1.1、H1.175_L1.1、H1.175_L1.1、H1_L1.140、H1_L1.135、H1_L1.136、H1.132_L1.135、H1.132_L1.140、H1.175_L1.135及びH1.175_L1.140のVHドメインとVLドメインの組合せからなる群から選択される。
図28Aのフォーマットでは、いくつかの態様は、スキューバリアントS364K/E357Q及び除去バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含む正のモノマーと、スキューバリアントL368D/K370S、除去バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267K及びpIバリアントQ295E/N384D/Q418E/N421D及び任意に428L/434S FcRnバリアントを含む負のモノマーとを有するFcドメインを含む。これらの実施形態では、sushiドメインは野生型(配列番号20)であり、抗PD-1 FvドメインはH.176_L1.140のVHドメインとVLドメインの組合せであり、IL-15ドメインはN4D/N65D、D30N/N65D及びD30N/E64Q/N65Dから選択されるバリアントを含む。
図28Aのフォーマットでは、いくつかの態様は、スキューバリアントS364K/E357Q及び除去バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含む正のモノマーと、スキューバリアントL368D/K370S、除去バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267K及びpIバリアントQ295E/N384D/Q418E/N421D及び任意に428L/434S FcRnバリアントを含む負のモノマーとを有するFcドメインを含む。これらの実施形態では、sushiドメインは野生型(配列番号20)であり、抗PD-1 FvドメインはH1_L1.1のVHドメインとVLドメインの組合せからなる群から選択され、IL-15ドメインはN4D/N65D、D30N/N65D及びD30N/E64Q/N65Dから選択されるバリアントを含む。
B.scFv X ncIL-15/Rα
この実施形態は、図28Bに示されており、3つのモノマーを含む。これは一般に「ncIL-15/Rα X scFv」又は「scFv X ncIL-15/Rα」と呼ばれ、「nc」は「非共有結合」を表し、IL-15及びsushiドメインの自己集合性非共有結合を指す。「scFv x ncIL-15/Rα」フォーマット(図34Bを参照)は、ヘテロ二量体Fc領域のN末端に融合したscFvを含み、IL-15Rα(sushi)はヘテロ二量体Fcの他方の側に融合し、IL-15は、非共有結合IL-15/Rα複合体が形成されるように別々にトランスフェクトされる。
図28Bのフォーマットでは、いくつかの態様は、スキューバリアントS364K/E357Q及び除去バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含む正のモノマーと、スキューバリアントL368D/K370S、除去バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267K及びpIバリアントQ295E/N384D/Q418E/N421D及び任意に428L/434S FcRnバリアントを含む負のモノマーとを有するFcドメインを含む。これらの実施形態では、sushiドメインは野生型(配列番号20)であり、抗PD-1 FvドメインはH.176_L1.140のVHドメインとVLドメインの組合せであり、IL-15ドメインはN4D/N65D、D30N/N65D及びD30N/E64Q/N65Dから選択されるバリアントを含む。
図28Bのフォーマットでは、いくつかの態様は、スキューバリアントS364K/E357Q及び除去バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含む正のモノマーと、スキューバリアントL368D/K370S、除去バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267K及びpIバリアントQ295E/N384D/Q418E/N421D及び任意に428L/434S FcRnバリアントを含む負のモノマーとを有するFcドメインを含む。これらの実施形態では、sushiドメインは野生型(配列番号20)であり、抗PD-1 FvドメインはH1_L1.1のVHドメインとVLドメインの組合せからなる群から選択され、IL-15ドメインはN4D/N65D、D30N/N65D及びD30N/E64Q/N65Dから選択されるバリアントを含む。
C.scIL-15/Rα X Fab
この実施形態は、図28Cに示されており、3つのモノマーを含む。これは一般に、「scIL-15/Rα X Fab」又は「Fab X scIL-15/Rα」と呼ばれ、互換的に使用され、「sc」は「単鎖」を表す。scIL-15/Rα x Fabフォーマット(図28Cを参照)は、可変長リンカー(「scIL-15/Rα」と呼ばれる)によってIL-15に融合されたIL-15Rα(sushi)を含み、次いでこれがヘテロ二量体Fc領域のN末端に融合される(ここでは第2のドメインリンカーの役割を果たすヒンジを含む)。すなわち、N末端からC末端に向かって、第1のモノマーは、バリアントIL-15-第1のドメインリンカー-IL-15Rαsushiドメイン-第2のドメインリンカー-CH2-CH3である。いくつかの場合、第2のドメインリンカーは、図8に示すように完全なヒンジドメインである。第2のモノマーは、重鎖、VH-CH1-ヒンジ-CH2-CH3であり、対応する軽鎖(第3のモノマー)は、VHとFabを形成するように別々にトランスフェクトされる。
いくつかの図28Cの実施形態において、抗PD-1 Fvドメインは、mAbC H.176_L1.140、H1_L1、H1.19_L1.140、H1_L1.1、H1.19_L1、H1.48_L1、H1.125_L1、H1.30_L1、H1.132_L1、H1_L1.1 H1_L1.3、H1_L1.45、H1_L1.117、H1_L1.129、H1.19_L1.1、H1.32_L1.1、H1.169_L1.1、H1.169_L1.1、H1.175_L1.1、H1.175_L1.1、H1_L1.140、H1_L1.135、H1_L1.136、H1.132_L1.135、H1.132_L1.140、H1.175_L1.135及びH1.175_L1.140のVHドメインとVLドメインの組合せからなる群から選択される。
図28Cのフォーマットでは、いくつかの態様は、スキューバリアントS364K/E357Q及び除去バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含む正のモノマーと、スキューバリアントL368D/K370S、除去バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267K及びpIバリアントN208D/Q295E/N384D/Q418E/N421Dを含む負のモノマーとを有するFcドメインを含む。これらの実施形態では、sushiドメインは野生型(配列番号20)であり、抗PD-1 FvドメインはH1.176_L1.140のVHドメインとVLドメインの組合せであり、IL-15ドメインは、効力のためのアミノ酸置換D30N/N65D及びグリコシル化のためのアミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Qを含む。さらに、IL-15とsushiドメインとの間のドメインリンカーはGGGGA(配列番号8)である。
図28Cのフォーマットでは、いくつかの態様は、スキューバリアントS364K/E357Q、除去バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267K及びXtend 428L/434Sバリアントを含む正のモノマーと、スキューバリアントL368D/K370S、除去バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267K、Xtend 428L/434Sバリアント及びpIバリアントN208D/Q295E/N384D/Q418E/N421Dを含む負のモノマーとを有するFcドメインを含む。これらの実施形態では、sushiドメインは野生型(配列番号20)であり、抗PD-1 FvドメインはH1.176_L1.140のVHドメインとVLドメインの組合せであり、IL-15ドメインは、効力のためのアミノ酸置換D30N/N65D及びグリコシル化のためのアミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Qを含む。さらに、IL-15とsushiドメインとの間のドメインリンカーはGGGGA(配列番号8)である。
図28Cのフォーマットでは、いくつかの態様は、スキューバリアントS364K/E357Q及び除去バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含む正のモノマーと、スキューバリアントL368D/K370S、除去バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267K及びpIバリアントN208D/Q295E/N384D/Q418E/N421Dを含む負のモノマーとを有するFcドメインを含む。これらの実施形態では、sushiドメインは野生型(配列番号20)であり、抗PD-1 FvドメインはH1.176_L1.140のVHドメインとVLドメインの組合せであり、IL-15ドメインは、効力のためのアミノ酸置換D30N/E64Q/N65D及びグリコシル化のためのアミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Qを含む。さらに、IL-15とsushiドメインとの間のドメインリンカーはGGGGA(配列番号8)である。
図28Cのフォーマットでは、いくつかの態様は、スキューバリアントS364K/E357Q、除去バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267K及びXtend 428L/434Sバリアントを含む正のモノマーと、スキューバリアントL368D/K370S、除去バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267K、Xtend 428L/434Sバリアント及びpIバリアントN208D/Q295E/N384D/Q418E/N421Dを含む負のモノマーとを有するFcドメインを含む。これらの実施形態では、sushiドメインは野生型(配列番号20)であり、抗PD-1 FvドメインはH1.176_L1.140のVHドメインとVLドメインの組合せであり、IL-15ドメインは、効力のためのアミノ酸置換D30N/E64Q/N65D及びグリコシル化のためのアミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Qを含む。さらに、IL-15とsushiドメインとの間のドメインリンカーはGGGGA(配列番号8)である。
特に有用な実施形態では、融合タンパク質は、図138Aに示される配列を有するXENP32435である。
図28Cのフォーマットでは、いくつかの態様は、スキューバリアントS364K/E357Q及び除去バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含む正のモノマーと、スキューバリアントL368D/K370S、除去バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267K及びpIバリアントN208D/Q295E/N384D/Q418E/N421D及び任意に428L/434S FcRnバリアントを含む負のモノマーとを有するFcドメインを含む。これらの実施形態では、sushiドメインは野生型(配列番号20)であり、抗PD-1 FvドメインはH1_L1.1のVHドメインとVLドメインの組合せからなる群から選択され、IL-15ドメインはD30N/N65D及びD30N/E64Q/N65Dから選択されるバリアントを含む。
scIL-15/Rα x Fabフォーマットの例示的な非競合PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質(図28C)のアミノ酸配列を図30、図48、図49及び図68に提供する。
いくつかの実施形態では、第1のモノマーは、N末端からC末端に向かって、sushiドメイン-ドメインリンカー-バリアントIL-15-ドメインリンカー-CH2-CH3を含み、第2のモノマーは、重鎖VH-CH1-ヒンジ-CH2-CH3を含む。第3のモノマーは、軽鎖VL-CLである。この実施形態のためのバリアントの好ましい組合せは、PCT/US2017/056826の図7Cに見出される。
scIL-15/Rα X Fabフォーマットでは、1つの好ましい実施形態は、スキューバリアント対S364K/E357Q:L368D/K370Sを利用する。
scIL-15/Rα X Fabフォーマットでは、1つの好ましい実施形態は、スキューバリアントS364K/E357Q(scFv-Fcモノマー上)及びL368D/K370S(IL-15複合体モノマー上)、pIバリアントQ295E/N384D/Q418E/N421D(IL-15複合体側)、除去バリアントE233P/L234V/L235A/G236_/S267Kを両モノマー上に、及び任意に428L/434Sバリアントを両側に利用する。
D.ncIL-15/Rα X Fab
この実施形態は、図28Dに示されており、3つのモノマーを含む。これは一般に、交換可能に「ncIL-15/Rα X Fab」又は「Fab X ncIL-15/Rα」と呼ばれ、「nc」は「非共有結合」を表し、IL-15及びsushiドメインの自己集合性非共有結合を指す。ncIL-15/Rα x Fabフォーマット(図34Dを参照)は、ヘテロ二量体Fc領域のN末端に融合したVHを含み、IL-15Rα(sushi)はヘテロ二量体Fcの他方の側に融合され、対応する軽鎖はVHとFabを形成するように別々にトランスフェクトされ、IL-15は非共有結合IL-15/Rα複合体が形成されるように別々にトランスフェクトされる。
いくつかの実施形態では、第1のモノマーは、N末端からC末端に向かって、sushiドメイン-ドメインリンカー-CH2-CH3を含み、第2のモノマーは、重鎖VH-CH1-ヒンジ-CH2-CH3を含む。第3のモノマーはIL-15ドメインである。ncIL-15/Rα X Fabフォーマットでは、1つの好ましい実施形態は、スキューバリアント対S364K/E357Q:L368D/K370Sを利用する。
図28Dのフォーマットでは、いくつかの態様は、スキューバリアントS364K/E357Q及び除去バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含む正のモノマーと、スキューバリアントL368D/K370S、除去バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267K及びpIバリアントN208D/Q295E/N384D/Q418E/N421D及び任意に428L/434S FcRnバリアントを含む負のモノマーとを有するFcドメインを含む。これらの実施形態では、sushiドメインは野生型(配列番号20)であり、抗PD-1 FvドメインはH.176_L1.140のVHドメインとVLドメインの組合せであり、IL-15ドメインはD30N/N65D及びD30N/E64Q/N65Dから選択されるバリアントを含む。
図28Dのフォーマットでは、いくつかの態様は、スキューバリアントS364K/E357Q及び除去バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含む正のモノマーと、スキューバリアントL368D/K370S、除去バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267K及びpIバリアントN208D/Q295E/N384D/Q418E/N421D及び任意に428L/434S FcRnバリアントを含む負のモノマーとを有するFcドメインを含む。これらの実施形態では、sushiドメインは野生型(配列番号20)であり、抗PD-1 FvドメインはH1_L1.1のVHドメインとVLドメインの組合せからなる群から選択され、IL-15ドメインはD30N/N65D及びD30N/E64Q/N65Dから選択されるバリアントを含む。
E.mAb-scIL-15/Rα
この実施形態は図28Eに示されており、3つのモノマーを含む(ただし、融合タンパク質は四量体である)。これは一般に「mAb-scIL-15/Rα」と呼ばれ、「sc」は「単鎖」を表す。mAb-scIL-15/Rαフォーマット(図34Eを参照)は、第1及び第2のヘテロ二量体FcのN末端に融合されたVHを含み、IL-15はIL-15Rα(sushi)に融合され、次いでこれがヘテロ二量体Fc領域の1つのC末端にさらに融合され、対応する軽鎖はVHとFabを形成するように別々にトランスフェクトされる。
いくつかの実施形態では、第1のモノマーは、重鎖VH-CH1-ヒンジ-CH2-CH3を含む。第2のモノマーは、scIL-15複合体、VH-CH1-ヒンジ-CH2-CH3-ドメインリンカー-sushiドメイン-ドメインリンカー-IL-15を有する重鎖を含む。第3の(及び第4の)モノマーは、軽鎖VL-CLである。これは一般に「mAb-scIL-15/Rα」と呼ばれ、「sc」は「単鎖」を表す。mAb-scIL-15/Rαフォーマットでは、1つの好ましい実施形態は、スキューバリアント対S364K/E357Q:L368D/K370Sを利用する。
図28Eのフォーマットでは、いくつかの態様は、スキューバリアントS364K/E357Q及び除去バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含む正のモノマーと、スキューバリアントL368D/K370S、除去バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267K及びpIバリアントN208D/Q295E/N384D/Q418E/N421D及び任意に428L/434S FcRnバリアントを含む負のモノマーとを有するFcドメインを含む。これらの実施形態では、sushiドメインは野生型(配列番号20)であり、抗PD-1 FvドメインはH.176_L1.140のVHドメインとVLドメインの組合せであり、IL-15ドメインはD30N/N65D及びD30N/E64Q/N65Dから選択されるバリアントを含む。
図28Eのフォーマットでは、いくつかの態様は、スキューバリアントS364K/E357Q及び除去バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含む正のモノマーと、スキューバリアントL368D/K370S、除去バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267K及びpIバリアントN208D/Q295E/N384D/Q418E/N421D及び任意に428L/434S FcRnバリアントを含む負のモノマーとを有するFcドメインを含む。これらの実施形態では、sushiドメインは野生型(配列番号20)であり、抗PD-1 FvドメインはH1_L1.1のVHドメインとVLドメインの組合せからなる群から選択され、IL-15ドメインはD30N/N65D及びD30N/E64Q/N65Dから選択されるバリアントを含む。
F.mAb-ncIL-15/Rα
この実施形態は図28Fに示されており、4つのモノマーを含む(ただし、ヘテロ二量体融合タンパク質は五量体である)。これは一般に「mAb-ncIL-15/Rα」と呼ばれ、「nc」は「非共有結合」を表す。mAb-ncIL-15/Rαフォーマット(図34F)は、第1及び第2のヘテロ二量体FcのN末端に融合したVHを含み、IL-15Rα(sushi)はヘテロ二量体Fc領域の1つのC末端に融合され、対応する軽鎖はVHとFabを形成するように別々にトランスフェクトされ、IL-15は非共有結合IL-15/Rα複合体が形成されるように別々にトランスフェクトされる。
いくつかの実施形態では、第1のモノマーは、重鎖VH-CH1-ヒンジ-CH2-CH3を含む。第2のモノマーは、IL-15Rα(sushi)ドメイン、VH-CH1-ヒンジ-CH2-CH3-ドメインリンカー-sushiドメインを有する重鎖を含む。第3のモノマーはIL-15ドメインである。第4の(及び第5の)モノマーは、軽鎖VL-CLである。mAb-ncIL-15/Rαフォーマットでは、1つの好ましい実施形態は、スキューバリアント対S364K/E357Q:L368D/K370Sを利用する。
図28Fのフォーマットでは、いくつかの態様は、スキューバリアントS364K/E357Q及び除去バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含む正のモノマーと、スキューバリアントL368D/K370S、除去バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267K及びpIバリアントN208D/Q295E/N384D/Q418E/N421D及び任意に428L/434S FcRnバリアントを含む負のモノマーとを有するFcドメインを含む。これらの実施形態では、sushiドメインは野生型(配列番号20)であり、抗PD-1 FvドメインはH.176_L1.140のVHドメインとVLドメインの組合せであり、IL-15ドメインはD30N/N65D及びD30N/E64Q/N65Dから選択されるバリアントを含む。
図28Fのフォーマットでは、いくつかの態様は、スキューバリアントS364K/E357Q及び除去バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含む正のモノマーと、スキューバリアントL368D/K370S、除去バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267K及びpIバリアントN208D/Q295E/N384D/Q418E/N421D及び任意に428L/434S FcRnバリアントを含む負のモノマーとを有するFcドメインを含む。これらの実施形態では、sushiドメインは野生型(配列番号20)であり、抗PD-1 FvドメインはH1_L1.1のVHドメインとVLドメインの組合せからなる群から選択され、IL-15ドメインはD30N/N65D及びD30N/E64Q/N65Dから選択されるバリアントを含む。
G.Central-IL-15/Rα
この実施形態は、図28Gに示されており、四量体を形成する4つのモノマーを含む。これは一般に「Central-IL-15/Rα」と称される。central-IL-15/Rαフォーマット(図28Gを参照)は、IL-15のN末端に組換え融合されたVHを含み、これが次いで、ヘテロ二量体Fcの一方の側にさらに融合され、VHがIL-15Rα(sushi)のN末端に組換え融合され、これが次いでヘテロ二量体Fcの他方の側にさらに融合され、対応する軽鎖は、VHとFabを形成するように別々にトランスフェクトされる。
図28Gのフォーマットでは、いくつかの態様は、スキューバリアントS364K/E357Q及び除去バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含む正のモノマーと、スキューバリアントL368D/K370S、除去バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267K及びpIバリアントN208D/Q295E/N384D/Q418E/N421D及び任意に428L/434S FcRnバリアントを含む負のモノマーとを有するFcドメインを含む。これらの実施形態では、sushiドメインは野生型(配列番号20)であり、抗PD-1 FvドメインはH.176_L1.140のVHドメインとVLドメインの組合せであり、IL-15ドメインはD30N/N65D及びD30N/E64Q/N65Dから選択されるバリアントを含む。
図28Gのフォーマットでは、いくつかの態様は、スキューバリアントS364K/E357Q及び除去バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含む正のモノマーと、スキューバリアントL368D/K370S、除去バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267K及びpIバリアントN208D/Q295E/N384D/Q418E/N421D及び任意に428L/434S FcRnバリアントを含む負のモノマーとを有するFcドメインを含む。これらの実施形態では、sushiドメインは野生型(配列番号20)であり、抗PD-1 FvドメインはH1_L1.1のVHドメインとVLドメインの組合せからなる群から選択され、IL-15ドメインはD30N/N65D及びD30N/E64Q/N65Dから選択されるバリアントを含む。
H.Central scIL-15/Rα
この実施形態は、図28Hに示されており、四量体を形成する4つのモノマーを含む。これは一般に「central-scIL-15/Rα」と呼ばれ、「sc」は「単鎖」を表す。central-scIL-15/Rαフォーマット(図34Hを参照)は、IL-15に融合されたIL-15Rα(sushi)のN末端に融合されたVHを含み、これが次いで、ヘテロ二量体Fcの一方の側にさらに融合され、VHがヘテロ二量体Fcの他方の側に融合され、対応する軽鎖は、VHとFabを形成するように別々にトランスフェクトされる。
図28Hのフォーマットでは、いくつかの態様は、スキューバリアントS364K/E357Q及び除去バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含む正のモノマーと、スキューバリアントL368D/K370S、除去バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267K及びpIバリアントN208D/Q295E/N384D/Q418E/N421D及び任意に428L/434S FcRnバリアントを含む負のモノマーとを有するFcドメインを含む。これらの実施形態では、sushiドメインは野生型(配列番号20)であり、抗PD-1 FvドメインはH.176_L1.140のVHドメインとVLドメインの組合せであり、IL-15ドメインはD30N/N65D及びD30N/E64Q/N65Dから選択されるバリアントを含む。
図28Hのフォーマットでは、いくつかの態様は、スキューバリアントS364K/E357Q及び除去バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含む正のモノマーと、スキューバリアントL368D/K370S、除去バリアントE233P/L234V/L235A/G236del/S267K及びpIバリアントN208D/Q295E/N384D/Q418E/N421D及び任意に428L/434S FcRnバリアントを含む負のモノマーとを有するFcドメインを含む。これらの実施形態では、sushiドメインは野生型(配列番号20)であり、抗PD-1 FvドメインはH1_L1.1のVHドメインとVLドメインの組合せからなる群から選択され、IL-15ドメインはD30N/N65D及びD30N/E64Q/N65Dから選択されるバリアントを含む。
V.本発明の有用な実施形態
選択された承認された抗PD-1抗体と結合について競合しないIL-15タンパク質及び抗PD-1 ABDの1つ又は複数の操作されたアミノ酸置換を有するPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質が本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、Fc融合タンパク質のIL-15バリアントは、N4D/N65D置換を有する。いくつかの実施形態では、Fc融合タンパク質のIL-15バリアントは、D30N置換を有する。いくつかの実施形態では、Fc融合タンパク質のIL-15バリアントは、D30N/E64Q/N65D置換を有する。いくつかの実施形態では、Fc融合タンパク質のIL-15バリアントは、D30N/N65D置換を有する。そのようなIL-15/Rα-Fc含有融合タンパク質は、NK細胞、CD8T細胞及びCD4T細胞を含む免疫細胞の増殖を誘導又は促進することができる。注目すべきことに、IL-15 Fc側に外因性リンカー(例えば、ヒンジドメインが唯一のドメインリンカーである)を有さないIL-15/Rα-Fc含有融合タンパク質は、より弱い増殖活性を示した。
より低い効力、増大した薬物動態学、及び/又は増大した血清半減期を有するPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質が、本明細書中に提供される。本明細書に記載のPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質を、親構築物と比較してその効力を低下させるように操作した。いくつかの実施形態では、1つ又は複数のアミノ酸置換を、ヘテロ二量体Fc融合タンパク質のIL-15/Rα複合体及び/又はFcドメインに導入した。いくつかの実施形態では、対照構築物(例えば、親構築物)と比較して効力が低下したPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質は、実質的により長い血清半類似体を有する。ある特定の実施形態において、血清半減期は、1倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、15倍、20倍、25倍又はそれ以上増加した。
効力が低下するように操作された対照scIL-15/Rα-Fc融合タンパク質と抗PD-1抗体との併用療法と比較して、動物モデル(例えば、ヒトPBMC移植NSGマウス)においてGVHDを増強したPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質が本明細書において提供される。例示的な非競合PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質の投与は、IL-15及びPD-1遮断の組合せと比較して、より大きな効果をもたらした。
非競合PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質を含む本明細書に記載のPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質は、限定するものではないが、活性化リンパ球、活性化T細胞(例えば、活性化CD4+T細胞及び活性化CD8+細胞)、及び活性化腫瘍浸潤リンパ球(例えば、活性化TIL)を含む免疫細胞においてSTAT5リン酸化を誘導することができる。
VI.非標的ヘテロ二量体Fc融合タンパク質
本発明の一態様は、a)i)配列番号2と比較してアミノ酸置換D30N/E64Q/N65D及びN71Q/N79Q/N112Qを含むバリアントIL-15タンパク質と;ii)ドメインリンカーと;iii)第1のバリアントFcドメインとを含む第1の融合タンパク質;及びb)i)IL-15Rα sushiドメインと;ii)ドメインリンカー;とiii)第2のバリアントFcドメインとを含む第2の融合タンパク質を含む、ヘテロ二量体タンパク質を提供する。
いくつかの実施形態では、バリアントIL-15融合タンパク質は、配列番号319のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、第1のバリアントFcドメイン及び第2のバリアントFcドメインは、S364K/E357Q:L368D/K370S;L368D/K370S:S364K;L368E/K370S:S364K;T411E/K360E/Q362E:D401K;L368D/K370S:S364K/E357L,K370S:S364K/E357Q,T366S/L368A/Y407V:T366W及びT366S/L368A/Y407V/Y349C:T366W/S354C(EUナンバリングによる)からなる群から選択されるアミノ酸置換を含む。いくつかの実施形態では、第1のバリアントFcドメインはL368D/K370Sを含み、第2のバリアントFcドメインはS364K/E357Qを含む(EUナンバリングによる)。
いくつかの実施形態では、第1のバリアントFcドメイン及び第2のバリアントFcドメインは、それぞれ独立して、428L/434Sを含む。いくつかの実施形態では、第1のバリアントFcドメイン及び第2のバリアントFcドメインは、両方とも428L/434Sを含む。
いくつかの実施形態では、IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、図115A~図115CのIL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質の群から選択される。いくつかの実施形態では、IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、XENP31967、XENP31968、XENP31969、XENP31970、XENP31971、XENP31972及びXENP31973からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、XENP31969である。いくつかの実施形態では、IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、XENP31972である。いくつかの実施形態では、第1の融合タンパク質は配列番号208のアミノ酸配列を含み、第2の融合タンパク質は配列番号95のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、第1の融合タンパク質は配列番号211のアミノ酸配列を含み、第2の融合タンパク質は配列番号206のアミノ酸配列を含む。
一態様において、免疫抑制活性の低下又は最小化を必要とする患者において、免疫抑制活性が低下又は最小化した制御性T細胞(Treg)の増殖を誘導する方法であって、患者に、治療有効量のIL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質を投与することからなる方法が本明細書において提供され、IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、(a)N末端からC末端に向かって、i)バリアントIL-15タンパク質;ii)第1のドメインリンカー;及びiii)CH2-CH3を含む第1のバリアントFcドメインを含む、第1のモノマー;並びに(b)N末端からC末端に向かって、i)IL-15Rα sushiドメインタンパク質;ii)第2のドメインリンカー;及びiii)CH2-CH3を含む第2のバリアントFcドメインを含む、第2のモノマーを含む。
いくつかの実施形態では、ヘテロ二量体Fc融合タンパク質のバリアントIL-15タンパク質は、配列番号2のアミノ酸配列と、N1D;N4D;D8N;D30N;D61N;E64Q;N65D;Q108E;N1D/N4D/D8N;N1D/N4D/N65D;N1D/D30N;N1D/D61N;N1D/D61N/E64Q/Q108E;N1D/E64Q;N1D/N65D;N1D/Q108E;N4D;N4D/D30N;N4D/D61N;N4D/D61N/N65D;N4D/D61N/E64Q/Q108E;N4D/E64Q;N4D/N65D;D8N/D61N;D8N/E64Q;D30N/E64Q;D30N/N65D;D30N/E64Q/N65D;D30N/Q180E;D61N/E64Q/N65D;E64Q;E64Q/N65D;E64Q/Q108E;及びN65D/Q108Eからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む。一実施形態では、バリアントIL-15タンパク質は、配列番号2のアミノ酸配列と、N65D;D30N/E64Q/N65D;N4D/N65D;D30N/E64Q;及びD30N/N65Dからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む。いくつかの実施形態では、バリアントIL-15タンパク質は、配列番号2と比較してアミノ酸置換D30N/E64Q/N65D及びN71Q/N79Q/N112Qを含む。いくつかの実施形態では、バリアントIL-15融合タンパク質は、配列番号319のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、IL-15 Rα sushiドメインタンパク質は、配列番号20のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、IL-15 Rαタンパク質は、配列番号4のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、第1のバリアントFcドメイン及び第2のバリアントFcドメインは、S267K/L368D/K370S:S267K/S364K/E357Q;S364K/E357Q:L368D/K370S;L368D/K370S:S364K;L368E/K370S:S364K;T411E/K360E/Q362E:D401K;L368D/K370S:S364K/E357L及びK370S:S364K/E357Q(EUナンバリングによる)からなる群から選択されるアミノ酸置換のセットを有する。ある特定の実施形態において、第1のバリアントFcドメイン及び第2のバリアントFcドメインは、アミノ酸置換S267K/L368D/K370S:S267K/S364K/E357Q(EUナンバリングによる)を含む。いくつかの実施形態では、第1のバリアントFcドメイン及び第2のバリアントFcドメインはそれぞれ、EUナンバリングでアミノ酸置換M428L/N434Sを含む。
いくつかの実施形態では、IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、図115A~図115CのIL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質の群から選択される。いくつかの実施形態では、IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、XENP31967、XENP31968、XENP31969、XENP31970、XENP31971、XENP31972及びXENP31973からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、XENP31969である。いくつかの実施形態では、IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、XENP31972である。
いくつかの実施形態では、非標的化ヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、ドメインリンカーを使用して第1のバリアントFcドメインに連結されたバリアントIL-15タンパク質(配列番号2と比較してアミノ酸置換D30N/ E64Q/N65D及びN71Q/N79Q/N112Qを含む)を含む第1の融合タンパク質を含む第1のモノマーを含む。第2のモノマーは、ドメインリンカーを使用して第2のバリアントFcドメインに連結されたIL-15Rαsushiドメインを含む第2の融合タンパク質を含む。いくつかの実施形態では、ヘテロ二量体タンパク質は、XENP31969及びXENP31972から選択される。
いくつかの実施形態では、そのようなヘテロ二量体融合タンパク質は、エフェクターメモリT細胞(TEM)増殖を促進する。一実施形態では、ヘテロ二量体融合タンパク質は、TEMに対するTregの比(Treg/TEM)を増加させる。場合によっては、本明細書に概説されるIL-15/Rα-Fc融合タンパク質のいずれか1つによる処置は、Tregを抑制性Treg細胞型から非抑制性活性化エフェクターCD4 T細胞に変換する。一実施形態では、FOXP3hiCD45RACD4であるエフェクターTregは、分化して、FOXP3loCD45RACD4である活性化エフェクターCD4 T細胞になる。いくつかの実施形態では、活性化エフェクターCD4 T細胞はCCR4発現が低下している。
いくつかの実施形態では、患者はがんを有する。
有用な非標的IL-15/IL-15Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、例えば、2016年10月15日に出願された米国仮特許出願第62/408,655号;2016年11月1日に出願された米国仮出願第62/416,087号;2017年1月6日に出願された米国仮出願第62/443,465号;2017年3月28日に出願された米国仮出願第62/477,926号;2017年10月16日に出願された米国特許出願公開第2018/0118805号;2017年10月16日に出願された国際公開第2018071919号;2018年4月18日に出願された米国仮出願第62/659,563号;2018年6月12日に出願された米国仮出願第62/684,143号;2018年8月29日に出願された米国仮出願第62/724,396号;2018年11月7日に出願された米国仮出願第62/756,800号;2019年4月18日に出願された米国特許出願第16/388,174号;及び2019年4月18日に出願されたPCT出願第PCT/US 19/28107号に詳細に記載されており、特に、その中の図面、説明文、配列表及び特許請求の範囲を参照して、開示はその全体が参照により組み込まれる。
T細胞増殖のTGFβ媒介抑制の逆転を必要とする患者においてT細胞増殖のTGFβ媒介抑制を逆転させるのに使用するための特に有用な非標的IL-15/IL-15Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、XmAb24306(「XENP24306」としても知られる)であり、その配列は図20に示されている。
さらに、標的化IL-15/Rα X PD-1ヘテロ二量体Fc融合タンパク質はまた、免疫抑制活性が低下した又は最小の制御性T細胞(Treg)の増殖を、それを必要とする患者において誘導するための方法において使用される。図中の標的化された構築物のいずれも、特定の用途のXENP32435と共に、本出願において用途が見出され得る。
一態様において、T細胞増殖のTGFβ媒介性抑制の逆転を必要とする患者において、T細胞増殖のTGFβ媒介性抑制を逆転させる方法であって、患者に、治療有効量のIL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質を投与することからなる方法が本明細書において提供され、IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、(a)N末端からC末端に向かって、i)バリアントIL-15タンパク質;ii)第1のドメインリンカー;及びiii)CH2-CH3を含む第1のバリアントFcドメインを含む、第1のモノマー;並びに(b)N末端からC末端に向かって、i)IL-15Rα sushiドメインタンパク質;ii)第2のドメインリンカー;及びiii)CH2-CH3を含む第2のバリアントFcドメインを含む、第2のモノマーを含む。
いくつかの実施形態では、ヘテロ二量体Fc融合タンパク質のバリアントIL-15タンパク質は、配列番号2のアミノ酸配列と、N1D;N4D;D8N;D30N;D61N;E64Q;N65D;Q108E;N1D/N4D/D8N;N1D/N4D/N65D;N1D/D30N;N1D/D61N;N1D/D61N/E64Q/Q108E;N1D/E64Q;N1D/N65D;N1D/Q108E;N4D;N4D/D30N;N4D/D61N;N4D/D61N/N65D;N4D/D61N/E64Q/Q108E;N4D/E64Q;N4D/N65D;D8N/D61N;D8N/E64Q;D30N/E64Q;D30N/N65D;D30N/E64Q/N65D;D30N/Q180E;D61N/E64Q/N65D;E64Q;E64Q/N65D;E64Q/Q108E;及びN65D/Q108Eからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む。一実施形態では、バリアントIL-15タンパク質は、配列番号2のアミノ酸配列と、N65D;D30N/E64Q/N65D;N4D/N65D;D30N/E64Q;及びD30N/N65Dからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む。いくつかの実施形態では、バリアントIL-15タンパク質は、配列番号2と比較してアミノ酸置換D30N/E64Q/N65D及びN71Q/N79Q/N112Qを含む。いくつかの実施形態では、バリアントIL-15融合タンパク質は、配列番号319のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、IL-15 Rα sushiドメインタンパク質は、配列番号20のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、IL-15 Rαタンパク質は、配列番号4のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、第1のバリアントFcドメイン及び第2のバリアントFcドメインは、S267K/L368D/K370S:S267K/S364K/E357Q;S364K/E357Q:L368D/K370S;L368D/K370S:S364K;L368E/K370S:S364K;T411E/K360E/Q362E:D401K;L368D/K370S:S364K/E357L及びK370S:S364K/E357Q(EUナンバリングによる)からなる群から選択されるアミノ酸置換のセットを有する。ある特定の実施形態において、第1のバリアントFcドメイン及び第2のバリアントFcドメインは、アミノ酸置換S267K/L368D/K370S:S267K/S364K/E357Q(EUナンバリングによる)を含む。いくつかの実施形態では、第1のバリアントFcドメイン及び第2のバリアントFcドメインはそれぞれ、EUナンバリングでアミノ酸置換M428L/N434Sを含む。
いくつかの実施形態では、IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、図115A~図115CのIL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質の群から選択される。いくつかの実施形態では、IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、XENP31967、XENP31968、XENP31969、XENP31970、XENP31971、XENP31972及びXENP31973からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、XENP31969である。いくつかの実施形態では、IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、XENP31972である。
いくつかの実施形態では、非標的化ヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、ドメインリンカーを使用して第1のバリアントFcドメインに連結されたバリアントIL-15タンパク質(配列番号2と比較してアミノ酸置換D30N/ E64Q/N65D及びN71Q/N79Q/N112Qを含む)を含む第1の融合タンパク質を含む第1のモノマーを含む。第2のモノマーは、ドメインリンカーを使用して第2のバリアントFcドメインに連結されたIL-15Rαsushiドメインを含む第2の融合タンパク質を含む。いくつかの実施形態では、ヘテロ二量体タンパク質は、XENP31969及びXENP31972から選択される。
いくつかの実施形態では、患者は、投与後にT細胞増殖の増加を示す。一実施形態では、T細胞増殖はCD4 T細胞増殖である。一実施形態では、T細胞増殖はCD8 T細胞増殖である。いくつかの実施形態では、T細胞増殖はCD4及びCD8 T細胞増殖である。
いくつかの実施形態では、患者はがんを有する。
有用な非標的IL-15/IL-15Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、例えば、2016年10月15日に出願された米国仮特許出願第62/408,655号;2016年11月1日に出願された米国仮出願第62/416,087号;2017年1月6日に出願された米国仮出願第62/443,465号;2017年3月28日に出願された米国仮出願第62/477,926号;2017年10月16日に出願された米国特許出願公開第2018/0118805号;2017年10月16日に出願された国際公開第2018071919号;2018年4月18日に出願された米国仮出願第62/659,563号;2018年6月12日に出願された米国仮出願第62/684,143号;2018年8月29日に出願された米国仮出願第62/724,396号;2018年11月7日に出願された米国仮出願第62/756,800号;2019年4月18日に出願された米国特許出願第16/388,174号;及び2019年4月18日に出願されたPCT出願第PCT/US19/28107号に詳細に記載されており、特に、その中の図面、説明文、配列表及び特許請求の範囲を参照して、開示はその全体が参照により組み込まれる。
T細胞増殖のTGFβ媒介抑制の逆転を必要とする患者においてT細胞増殖のTGFβ媒介抑制を逆転させるのに使用するための特に有用な非標的IL-15/IL-15Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、XmAb24306(「XENP24306」としても知られる)であり、その配列は図20に示されている。
さらに、標的化IL-15/Rα X PD-1ヘテロ二量体Fc融合タンパク質はまた、T細胞増殖のTGFβ媒介抑制の逆転を必要とする患者におけるT細胞増殖のTGFβ媒介抑制を逆転させるための方法においても使用される。図中の標的化された構築物のいずれも、特定の用途のXENP32435と共に、本出願において用途が見出され得る。
別の態様では、T細胞におけるFOXP3の発現レベルの低下を必要とする患者において、T細胞におけるFOXP3の発現レベルを低下させる方法であって、患者に、治療有効量のIL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質を投与することからなる方法が本明細書において提供され、IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、(a)N末端からC末端に向かって、i)バリアントIL-15タンパク質;ii)第1のドメインリンカー;及びiii)CH2-CH3を含む第1のバリアントFcドメインを含む、第1のモノマー;並びに(b)N末端からC末端に向かって、i)IL-15Rα sushiドメインタンパク質;ii)第2のドメインリンカー;及びiii)CH2-CH3を含む第2のバリアントFcドメインを含む、第2のモノマーを含む。
いくつかの実施形態では、ヘテロ二量体Fc融合タンパク質のバリアントIL-15タンパク質は、配列番号2のアミノ酸配列と、N1D;N4D;D8N;D30N;D61N;E64Q;N65D;Q108E;N1D/N4D/D8N;N1D/N4D/N65D;N1D/D30N;N1D/D61N;N1D/D61N/E64Q/Q108E;N1D/E64Q;N1D/N65D;N1D/Q108E;N4D;N4D/D30N;N4D/D61N;N4D/D61N/N65D;N4D/D61N/E64Q/Q108E;N4D/E64Q;N4D/N65D;D8N/D61N;D8N/E64Q;D30N/E64Q;D30N/N65D;D30N/E64Q/N65D;D30N/Q180E;D61N/E64Q/N65D;E64Q;E64Q/N65D;E64Q/Q108E;及びN65D/Q108Eからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む。一実施形態では、バリアントIL-15タンパク質は、配列番号2のアミノ酸配列と、N65D;D30N/E64Q/N65D;N4D/N65D;D30N/E64Q;及びD30N/N65Dからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む。いくつかの実施形態では、バリアントIL-15タンパク質は、配列番号2と比較してアミノ酸置換D30N/E64Q/N65D及びN71Q/N79Q/N112Qを含む。いくつかの実施形態では、バリアントIL-15融合タンパク質は、配列番号319のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、IL-15 Rα sushiドメインタンパク質は、配列番号20のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、IL-15 Rαタンパク質は、配列番号4のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、第1のバリアントFcドメイン及び第2のバリアントFcドメインは、S267K/L368D/K370S:S267K/S364K/E357Q;S364K/E357Q:L368D/K370S;L368D/K370S:S364K;L368E/K370S:S364K;T411E/K360E/Q362E:D401K;L368D/K370S:S364K/E357L及びK370S:S364K/E357Q(EUナンバリングによる)からなる群から選択されるアミノ酸置換のセットを有する。ある特定の実施形態において、第1のバリアントFcドメイン及び第2のバリアントFcドメインは、アミノ酸置換S267K/L368D/K370S:S267K/S364K/E357Q(EUナンバリングによる)を含む。いくつかの実施形態では、第1のバリアントFcドメイン及び第2のバリアントFcドメインはそれぞれ、EUナンバリングでアミノ酸置換M428L/N434Sを含む。
いくつかの実施形態では、IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、図115A~図115CのIL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質の群から選択される。いくつかの実施形態では、IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、XENP31967、XENP31968、XENP31969、XENP31970、XENP31971、XENP31972及びXENP31973からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、XENP31969である。いくつかの実施形態では、IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、XENP31972である。
いくつかの実施形態では、患者は、投与後に非抑制性制御性T細胞(Treg)の増殖集団を有する。
いくつかの実施形態では、患者は、投与後に活性化エフェクターCD4 T細胞の増殖集団を有する。
いくつかの実施形態では、患者は、投与後にエフェクターメモリT細胞に対するTregの比(Treg/TEM)が増加している。
本発明の任意の実施形態では、患者はがんを有する。
有用な非標的IL-15/IL-15Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、例えば、2016年10月15日に出願された米国仮特許出願第62/408,655号;2016年11月1日に出願された米国仮出願第62/416,087号;2017年1月6日に出願された米国仮出願第62/443,465号;2017年3月28日に出願された米国仮出願第62/477,926号;2017年10月16日に出願された米国特許出願公開第2018/0118805号;2017年10月16日に出願された国際公開第2018071919号;2018年4月18日に出願された米国仮出願第62/659,563号;2018年6月12日に出願された米国仮出願第62/684,143号;2018年8月29日に出願された米国仮出願第62/724,396号;2018年11月7日に出願された米国仮出願第62/756,800号;2019年4月18日に出願された米国特許出願第16/388,174号;及び2019年4月18日に出願されたPCT出願第PCT/US19/28107号に詳細に記載されており、特に、その中の図面、説明文、配列表及び特許請求の範囲を参照して、開示はその全体が参照により組み込まれる。
T細胞におけるFOXP3の発現レベルの低下を必要とする患者においてT細胞におけるFOXP3の発現レベルを低下させるのに使用するための特に有用な非標的IL-15/IL-15Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、XmAb24306(「XENP24306」としても知られる)であり、その配列は図20に示されている。
さらに、標的化IL-15/Rα X PD-1ヘテロ二量体Fc融合タンパク質はまた、T細胞におけるFOXP3の発現レベルの低下を必要とする患者においてT細胞におけるFOXP3の発現レベルを低下させるための方法においても使用される。図中の標的化された構築物のいずれも、特定の用途のXENP32435と共に、本出願において用途が見出され得る。
さらに別の態様では、がんを有する患者において活性化エフェクターCD4 T細胞を増殖させるための方法であって、患者に、治療有効量のIL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質を投与することからなる方法が本明細書において提供され、IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、(a)N末端からC末端に向かって、i)バリアントIL-15タンパク質;ii)第1のドメインリンカー;及びiii)CH2-CH3を含む第1のバリアントFcドメインを含む、第1のモノマー;並びに(b)N末端からC末端に向かって、i)IL-15Rα sushiドメインタンパク質;ii)第2のドメインリンカー;及びiii)CH2-CH3を含む第2のバリアントFcドメインを含む、第2のモノマーを含む。
いくつかの実施形態では、ヘテロ二量体Fc融合タンパク質のバリアントIL-15タンパク質は、配列番号2のアミノ酸配列と、N1D;N4D;D8N;D30N;D61N;E64Q;N65D;Q108E;N1D/N4D/D8N;N1D/N4D/N65D;N1D/D30N;N1D/D61N;N1D/D61N/E64Q/Q108E;N1D/E64Q;N1D/N65D;N1D/Q108E;N4D;N4D/D30N;N4D/D61N;N4D/D61N/N65D;N4D/D61N/E64Q/Q108E;N4D/E64Q;N4D/N65D;D8N/D61N;D8N/E64Q;D30N/E64Q;D30N/N65D;D30N/E64Q/N65D;D30N/Q180E;D61N/E64Q/N65D;E64Q;E64Q/N65D;E64Q/Q108E;及びN65D/Q108Eからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む。一実施形態では、バリアントIL-15タンパク質は、配列番号2のアミノ酸配列と、N65D;D30N/E64Q/N65D;N4D/N65D;D30N/E64Q;及びD30N/N65Dからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む。いくつかの実施形態では、バリアントIL-15タンパク質は、配列番号2と比較してアミノ酸置換D30N/E64Q/N65D及びN71Q/N79Q/N112Qを含む。いくつかの実施形態では、バリアントIL-15融合タンパク質は、配列番号319のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、IL-15 Rα sushiドメインタンパク質は、配列番号20のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、IL-15 Rαタンパク質は、配列番号4のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、第1のバリアントFcドメイン及び第2のバリアントFcドメインは、S267K/L368D/K370S:S267K/S364K/E357Q;S364K/E357Q:L368D/K370S;L368D/K370S:S364K;L368E/K370S:S364K;T411E/K360E/Q362E:D401K;L368D/K370S:S364K/E357L及びK370S:S364K/E357Q(EUナンバリングによる)からなる群から選択されるアミノ酸置換のセットを有する。ある特定の実施形態において、第1のバリアントFcドメイン及び第2のバリアントFcドメインは、アミノ酸置換S267K/L368D/K370S:S267K/S364K/E357Q(EUナンバリングによる)を含む。いくつかの実施形態では、第1のバリアントFcドメイン及び第2のバリアントFcドメインはそれぞれ、EUナンバリングでアミノ酸置換M428L/N434Sを含む。
いくつかの実施形態では、IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、図115A~図115CのIL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質の群から選択される。いくつかの実施形態では、IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、XENP31967、XENP31968、XENP31969、XENP31970、XENP31971、XENP31972及びXENP31973からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、XENP31969である。いくつかの実施形態では、IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、XENP31972である。
いくつかの実施形態では、活性化エフェクターCD4 T細胞はFOXP3loCD45RACD4T細胞である。
いくつかの実施形態では、活性化エフェクターCD4 T細胞はCCR4発現が低下しているか、又はCCR4lo/-である。
いくつかの実施形態では、患者は、投与後にエフェクターメモリT細胞に対するTregの比(Treg/TEM)が増加している。
有用な非標的IL-15/IL-15Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、例えば、2016年10月15日に出願された米国仮特許出願第62/408,655号;2016年11月1日に出願された米国仮出願第62/416,087号;2017年1月6日に出願された米国仮出願第62/443,465号;2017年3月28日に出願された米国仮出願第62/477,926号;2017年10月16日に出願された米国特許出願公開第2018/0118805号;2017年10月16日に出願された国際公開第2018071919号;2018年4月18日に出願された米国仮出願第62/659,563号;2018年6月12日に出願された米国仮出願第62/684,143号;2018年8月29日に出願された米国仮出願第62/724,396号;2018年11月7日に出願された米国仮出願第62/756,800号;2019年4月18日に出願された米国特許出願第16/388,174号;及び2019年4月18日に出願されたPCT出願第PCT/US19/28107号に詳細に記載されており、特に、その中の図面、説明文、配列表及び特許請求の範囲を参照して、開示はその全体が参照により組み込まれる。
活性化エフェクターCD4 T細胞の増殖を必要とする患者において活性化エフェクターCD4 T細胞を増殖させるのに使用するための特に有用な非標的IL-15/IL-15Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、XmAb24306(「XENP24306」としても知られる)であり、その配列は図20に示されている。
さらに、標的化IL-15/Rα X PD-1ヘテロ二量体Fc融合タンパク質はまた、活性化エフェクターCD4 T細胞の増殖を必要とする患者において活性化エフェクターCD4 T細胞を増殖させるための方法においても使用される。図中の標的化された構築物のいずれも、特定の用途のXENP32435と共に、本出願において用途が見出され得る。
VII.本発明の核酸
本発明はさらに、本発明のヘテロ二量体Fc融合タンパク質をコードする核酸組成物(又は、単量体Fcドメインタンパク質の場合、それらをコードする核酸も)を提供する。
当業者によって理解されるように、核酸組成物は、ヘテロ二量体IL-15/RαFc融合タンパク質のフォーマットに依存する。したがって、例えば、フォーマットが3つのアミノ酸配列を必要とする場合、3つの核酸配列を発現のために1つ以上の発現ベクターに組み込むことができる。同様に、いくつかのフォーマットでは、2つの核酸のみが必要である。同様に、それらを1つ又は2つの発現ベクターに入れることができる。
当該分野で公知であるように、本発明の成分をコードする核酸は、当該分野で公知であり、本発明のヘテロ二量体Fc融合タンパク質を産生するために使用される宿主細胞に応じて、発現ベクターに組み込むことができる。一般に、核酸は、任意の数の調節エレメント(プロモーター、複製起点、選択マーカー、リボソーム結合部位、誘導物質など)に作動可能に連結される。発現ベクターは、染色体外ベクター又は組み込みベクターであり得る。
次いで、本発明の核酸及び/又は発現ベクターは、哺乳動物細胞、細菌細胞、酵母細胞、昆虫細胞及び/又は真菌細胞を含む当技術分野で周知の任意の数の異なるタイプの宿主細胞に形質転換され、哺乳動物細胞(例えばCHO細胞)とともに、多くの実施形態で使用が見出される。
いくつかの実施形態では、各モノマーをコードする核酸は、フォーマットに応じて適用可能であるように、それぞれ単一の発現ベクター内に、一般に異なる又は同じプロモーター制御下で含有される。本発明における特定の使用の実施形態では、これらの2つ又は3つの核酸のそれぞれは、異なる発現ベクターに含まれる。
本発明のヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、当技術分野で周知の発現ベクターを含む宿主細胞を培養することによって作製される。一旦産生されると、イオン交換クロマトグラフィ工程を含む伝統的な融合タンパク質又は抗体精製工程が行われる。本明細書で論じるように、2つのモノマーのpIが少なくとも0.5異なることにより、イオン交換クロマトグラフィ若しくは等電点電気泳動又は等電点に敏感な他の方法による分離が可能になり得る。すなわち、各モノマーが異なるpIを有し、ヘテロ二量体も異なるpIを有するように、各モノマーの等電点(pI)を変化させるpI置換を含めることにより、ヘテロ二量体の等電精製(例えば、陰イオン交換カラム、陽イオン交換カラム)が容易になる。これらの置換はまた、精製後の任意の混入ホモ二量体(例えば、IEFゲル、cIEF及び分析IEXカラム)の決定及び監視に役立つ。
VIII.二重特異性免疫チェックポイント抗体x IL-15/IL-15Rαヘテロ二量体免疫調節融合タンパク質の生物学的及び生化学的機能性
一般に、本発明のFc融合タンパク質は、がんを有する患者に投与され、有効性は、本明細書に記載のいくつかの方法で評価される。したがって、がん負荷、腫瘍の大きさ、転移の存在又は程度の評価などの標準的な有効性アッセイを実行することができるが、免疫腫瘍の処置は、免疫状態評価に基づいて評価することもできる。これは、インビトロアッセイ及びインビボアッセイの両方を含むいくつかの方法で行うことができる。例えば、免疫状態(例えば、ipi処置後のICOS+CD4+T細胞の存在)の変化の評価を、腫瘍負荷量、大きさ、浸潤性、LNの関与、転移などの「旧式」測定と併せて行うことができる。したがって、以下のいずれか又は全てを評価することができる。CD4T細胞の活性化又は増殖、CD8T(CTL)細胞の活性化又は増殖、CD8T細胞媒介性細胞傷害活性及び/又はCTL媒介性細胞枯渇、NK細胞活性及びNK媒介性細胞枯渇に対する融合タンパク質の阻害効果、Treg細胞の分化及び増殖、Treg又は骨髄由来サプレッサー細胞(MDSC)媒介性免疫抑制又は免疫寛容に対する融合タンパク質の増強効果、並びに/あるいは免疫細胞による炎症促進性サイトカイン産生、例えばT細胞又は他の免疫細胞によるIL-2、IFN-γ又はTNF-α産生に対する融合タンパク質の効果。
いくつかの実施形態では、処置の評価は、例えばCFSE希釈法、免疫エフェクター細胞のKi67細胞内染色、及びH-チミジン取り込み法を使用して、免疫細胞増殖を評価することによって行われる。
いくつかの実施形態では、処置の評価は、以下の1つ又は複数を含む活性化関連マーカーの遺伝子発現の増加又はタンパク質レベルの増加を評価することによって行われる:CD25、CD69、CD137、ICOS、PD1、GITR、OX40、及びCD107Aの表面発現によって測定される細胞脱顆粒。
一般に、遺伝子発現アッセイは、当技術分野で公知のように行われる。
一般に、タンパク質発現測定も、当技術分野で公知のように同様に行われる。
いくつかの実施形態では、処置の評価は、酵素活性(プロテアーゼ活性を含む)、細胞膜透過性、細胞接着、ATP産生、補酵素産生、及びヌクレオチド取り込み活性などの多数の細胞パラメータを推定することによって、標的細胞生存率検出によって測定される細胞傷害活性を評価することによって行われる。これらのアッセイの具体例としては、限定されないが、トリパンブルー又はPI染色、51Cr又は35S放出法、LDH活性、MTT及び/又はWSTアッセイ、カルセイン-AMアッセイ、発光ベースのアッセイなどが挙げられる。
いくつかの実施形態では、処置の評価は、サイトカイン産生によって測定されるT細胞活性を評価し、IFNγ、TNFα、GM-CSF、IL2、IL6、IL4、IL5、IL10、IL13を含むがこれらに限定されないサイトカインを使用して、周知の技術を使用して培養上清中の細胞内で測定することによって行われる。
したがって、処置の評価は、以下のうちの1つ以上を評価するアッセイを使用して行うことができる。(i)免疫応答の増加、(ii)αβ及び/又はγδ T細胞の活性化の増加、(iii)細胞傷害性T細胞活性の増加、(iv)NK及び/又はNKT細胞活性の増加、(v)αβ及び/又はγδ T細胞抑制の緩和、(vi)炎症促進性サイトカイン分泌の増加、(vii)IL-2分泌の増加;(viii)インターフェロン-γ産生の増加、(ix)Th1応答の増加、(x)Th2応答の減少、(xi)制御性T細胞(Treg)の少なくとも1つの細胞数及び/又は活性の減少又は排除。
A.競合的結合を測定するためのアッセイ
一般に、本明細書に記載されるようなエピトープ・ビニング・アッセイ、並びに当技術分野で公知のような他の競合阻害アッセイを実行して、NCPD-1 FvがPD-1への結合について承認された抗体と競合するかどうかを決定することができる。エピトープ・ビニングは、抗体をペアワイズのコンビナトリアル様式で試験するために競合免疫アッセイを使用するプロセスであり、同じ結合領域、すなわち、抗原の同じ又は密接に関連するエピトープについて競合する抗体は、ビンに一緒にグループ化される。したがって、ニボルマブ及び/又はペンブロリズマブとは異なるエピトープにビニング(bins to)する抗体は、ニボルマブ及び/又はペンブロリズマブと競合しないと考えられる。
競合しない抗体は、試験されている抗体又は免疫学的に機能的なフラグメントが共通の抗原への参照抗体の特異的結合を防止又は阻害しないアッセイによって決定され得る。典型的には、そのようなアッセイは、固体表面又は細胞に結合した精製抗原(例えば、PD-1又はそのドメイン若しくはフラグメント)の使用を含む。競合的阻害は、第2の抗体の存在下で固体表面又は細胞に結合した第1の抗体の量を決定することによって測定される。通常、競合抗体が過剰に存在する場合、競合抗体は、共通の抗原への参照抗体の特異的結合を少なくとも30%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%又は75%阻害する。いくつかの例において、結合は、少なくとも80%、85%、90%、95%又は97%又はそれ以上阻害される。逆に、参照抗体が結合する場合、参照抗体は、好ましくは、続いて添加される試験抗体(すなわち、PD-1抗体)の結合を少なくとも30%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%又は75%阻害する。いくつかの例において、試験抗体の結合は、少なくとも80%、85%、90%、95%又は97%又はそれ以上阻害される。
一般に、ビニング又は競合的結合は、当技術分野で認識されている様々な技術、例えば、イムノアッセイ、例えば、ウエスタンブロット、ラジオイムノアッセイ、酵素結合免疫吸着アッセイ(ELISA)、「サンドイッチ」イムノアッセイ、免疫沈降アッセイ、沈降反応、ゲル拡散沈降反応、免疫拡散アッセイ、凝集アッセイ、補体固定アッセイ、免疫ラジオメトリックアッセイ、蛍光イムノアッセイ及びプロテインAイムノアッセイを用いて決定され得る。そのようなイムノアッセイは日常的であり、当技術分野で周知である(Ausubel et al,eds,(1994)Current Protocols in Molecular Biology,Vol.1,John Wiley&Sons,Inc.,New Yorkを参照)。さらに、交差ブロッキングアッセイを使用することができる(例えば、国際公開第2003/48731号及びHarlow et al.(1988)Antibodies,A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Laboratory,Ed Harlow and David Laneを参照)。
競合的阻害(したがって、「ビン」)を決定するために使用される他の技術には、例えばBIAcore(商標)2000システム(GE Healthcare)を使用する表面プラズモン共鳴;例えばForteBio(登録商標)Octet RED(ForteBio)を用いたバイオレイヤー干渉法;又は、例えばFACSCanto II(BD Biosciences)又はマルチプレックスLUMINEX(商標)検出アッセイ(Luminex)を使用するフローサイトメトリビーズアレイが含まれる。バイオレイヤー干渉法を使用して競合結合を決定するための1つの特定の方法は、本明細書の実施例2及び7に提供されている。
Luminexは、大規模な多重化抗体ペアリングを可能にするビーズベースの免疫アッセイのプラットフォームである。このアッセイは、標的抗原に対する抗体対の同時結合パターンを比較する。対の一方の抗体(捕捉mAb)はLuminexビーズに結合され、各捕捉mAbは異なる色のビーズに結合される。他方の抗体(検出mAb)は蛍光シグナル(例えば、フィコエリトリン(PE))に結合する。このアッセイは、抗原に対する抗体の同時結合(ペアリング)を分析し、類似のペアリングプロファイルを有する抗体を一緒にグループ化する。検出mAb及び捕捉mAbの同様のプロファイルは、2つの抗体が同じ又は密接に関連するエピトープに結合することを示す。一実施形態において、ペアリングのプロファイルは、試験される抗体のパネル上の任意の特定の抗体と最も密接に相関する抗体を同定するためにピアソン相関係数を使用して決定することができる。実施形態では、抗体対のピアソン相関係数が少なくとも0.9である場合、試験/検出mAbは、参照/捕捉mAbと同じビンにあると決定される。他の実施形態では、ピアソンの相関係数は、少なくとも0.8、0.85、0.87又は0.89である。さらなる実施形態では、ピアソンの相関係数は、少なくとも0.91、0.92、0.93、0.94、0.95、0.96、0.97、0.98、0.99又は1である。Luminexアッセイから得られたデータを分析する他の方法は、米国特許第8,568,992号に記載されている。Luminexが100種類の異なるビーズ(又はそれ以上)を同時に分析する能力は、ほぼ無制限の抗原及び/又は抗体表面を同時に提供し、バイオセンサーアッセイ(Miller,et al.,2011,PMID:21223970)に対し、抗体エピトープのプロファイリングにおけるスループット及び分解能の改善をもたらす。
同様に、表面プラズモン共鳴を含むビニング技術は、本発明と適合性である。本明細書で使用される場合、「表面プラズモン共鳴」は、バイオセンサーマトリックス内のタンパク質濃度の変化の検出によってリアルタイムの特異的相互作用の分析を可能にする光学現象を指す。BIAcore(商標)2000システムなどの市販の装置を使用して、選択された抗体が定義された抗原への結合について互いに競合するかどうかを容易に決定することができる。
他の実施形態において、試験抗体が参照抗体と結合について「競合する」かどうかを決定するために使用され得る技術は、「バイオレイヤー干渉法」(2つの表面:バイオセンサーチップ上の固定化タンパク質の層及び内部参照層から反射された白色光の干渉パターンを分析する光学分析技術)である。バイオセンサーチップに結合する分子の数が変化すると、リアルタイムで測定できる干渉パターンのシフトが生じる。このようなバイオレイヤー干渉法アッセイは、以下のようにForteBio(登録商標)Octet RED装置を使用して行うことができる。参照抗体(Ab1)を抗マウス捕捉チップ上に捕捉し、次いで、高濃度の非結合抗体を使用してチップをブロックし、ベースラインを収集する。次いで、単量体の組換え標的タンパク質を特異的抗体(Ab1)によって捕捉し、チップを、対照として同じ抗体(Ab1)を含むウェル又は異なる試験抗体(Ab2)を含むウェルに浸漬する。結合レベルを対照Ab1と比較することによって決定して、さらなる結合が起こらない場合、Ab1及びAb2は「競合」抗体であると決定される。Ab2とのさらなる結合が観察される場合、Ab1及びAb2は互いに競合しないと決定される。このプロセスは、固有のビンを表す96ウェルプレート内の抗体の全列を使用して、固有の抗体の大きなライブラリをスクリーニングするために拡大することができる。複数の実施形態において、試験抗体は、参照抗体が共通の抗原に対する試験抗体の特異的結合を少なくとも40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%又は75%阻害する場合、参照抗体と競合する。他の実施形態では、結合は、少なくとも80%、85%、90%、95%又は97%又はそれ以上阻害される。
B.有効性を測定するためのアッセイ
いくつかの実施形態では、T細胞活性化は、当技術分野で公知の混合リンパ球反応(MLR)アッセイを使用して評価される。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、異なる因子のリン酸化若しくは脱リン酸化によって、又は他の翻訳後修飾を測定することによって測定される免疫応答の増加又は減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えばサイトカイン分泌によって、又は増殖によって、又は例えばCD137、CD107a、PD1などの活性化マーカーの発現の変化によって測定されるαβ及び/又はγδ T細胞の活性化の増加又は減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えばがん細胞などの標的細胞の直接死滅によって、又はサイトカイン分泌によって、又は増殖によって、又は例えばCD137、CD107a、PD1などの活性化マーカーの発現の変化によって測定される細胞傷害性T細胞活性の増加又は減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えばがん細胞などの標的細胞の直接死滅によって、又はサイトカイン分泌によって、又は例えばCD107aなどの活性化マーカーの発現の変化によって測定されるNK及び/又はNKT細胞活性の増加又は減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えばサイトカイン分泌によって、又は増殖によって、又は例えばCD137、CD107a、PD1などの活性化マーカーの発現の変化によって測定されるαβ及び/又はγδ T細胞抑制の増加又は減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、ELISAによって、又はLuminexによって、又はマルチプレックスビーズに基づく方法によって、又は細胞内染色及びFACS分析によって、又はAlispotなどによって測定される炎症促進性サイトカイン分泌における増加又は減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、ELISAによって、又はLuminexによって、又はマルチプレックスビーズに基づく方法によって、又は細胞内染色及びFACS分析によって、又はAlispotなどによって測定されるIL-2分泌における増加又は減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば、ELISAによって、又はLuminexによって、又はマルチプレックスビーズに基づく方法によって、又は細胞内染色及びFACS分析によって、又はAlispotなどによって測定されるインターフェロンγ産生における増加又は減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えばサイトカイン分泌によって、又は活性化マーカーの発現の変化によって測定されるTh1応答の増加又は減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えばサイトカイン分泌によって、又は活性化マーカーの発現の変化によって測定されるTh2応答の増加又は減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えばフローサイトメトリ又はIHCによって測定される制御性T細胞(Treg)の少なくとも1つの細胞数及び/又は活性を増加又は減少を測定する。応答の減少は免疫刺激活性を示す。適切な減少は、以下に概説する増加と同じである。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えばフローサイトメトリ又はIHCによって測定されるM2マクロファージ細胞数の増加又は減少を測定する。応答の減少は免疫刺激活性を示す。適切な減少は、以下に概説する増加と同じである。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えばサイトカイン分泌によって、又は活性化マーカーの発現の変化によって測定されるM2マクロファージの腫瘍形成促進活性の増加又は減少を測定する。応答の減少は免疫刺激活性を示す。適切な減少は、以下に概説する増加と同じである。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えばフローサイトメトリ又はIHCによって測定されるN2好中球増加の増加又は減少を測定する。応答の減少は免疫刺激活性を示す。適切な減少は、以下に概説する増加と同じである。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えばサイトカイン分泌によって、又は活性化マーカーの発現の変化によって測定されるN2好中球の腫瘍形成促進活性の増加又は減少を測定する。応答の減少は免疫刺激活性を示す。適切な減少は、以下に概説する増加と同じである。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えばサイトカイン分泌によって、又は増殖によって、又は例えばCD137、CD107a、PD1などの活性化マーカーの発現の変化によって測定されるT細胞活性化の阻害の増加又は減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えばがん細胞などの標的細胞の直接死滅によって、又はサイトカイン分泌によって、又は増殖によって、又は例えばCD137、CD107a、PD1などの活性化マーカーの発現の変化によって測定されるCTL活性化の阻害の増加又は減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えば活性化マーカーの発現の変化によって測定されるαβ及び/又はγδ T細胞の枯渇の増加又は減少を測定する。応答の減少は免疫刺激活性を示す。適切な減少は、以下に概説する増加と同じである。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えばサイトカイン分泌によって、又は増殖によって、又は例えばCD137、CD107a、PD1などの活性化マーカーの発現の変化によって測定されるαβ及び/又はγδ T細胞応答の増加又は減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えばサイトカイン分泌によって、又は増殖によって、又は例えばCD45RA、CCR7などの活性化マーカーの発現の変化によって測定される抗原特異的メモリ応答の刺激の活性化の増加又は減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えばMTT、Cr放出、カルシンAMなどの細胞傷害性アッセイによって、又は例えばCFSE希釈若しくはヨウ化プロピジウム染色などのフローサイトメトリベースのアッセイによって測定されるがん細胞のアポトーシス又は溶解の増加又は減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えばMTT、Cr放出、カルシンAMなどの細胞傷害性アッセイによって、又は例えばCFSE希釈若しくはヨウ化プロピジウム染色などのフローサイトメトリベースのアッセイによって測定されるがん細胞の細胞傷害効果又は細胞増殖抑制効果の刺激の増加又は減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えばMTT、Cr放出、カルシンAMなどの細胞傷害性アッセイによって、又は例えばCFSE希釈若しくはヨウ化プロピジウム染色などのフローサイトメトリベースのアッセイによって測定されるがん細胞の直接的な死滅の増加又は減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えばサイトカイン分泌によって、又は増殖によって、又は活性化マーカーの発現の変化によって測定されるTh17活性の増加又は減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。
一実施形態では、シグナル伝達経路アッセイは、例えばMTT、Cr放出、カルシンAMなどの細胞傷害性アッセイによって、又は例えばCFSE希釈若しくはヨウ化プロピジウム染色などのフローサイトメトリベースのアッセイによって測定される補体依存性細胞傷害性及び/又は抗体依存性細胞媒介性細胞傷害性の誘導の増加又は減少を測定する。活性の増加は免疫刺激活性を示す。活性の適切な増加を以下に概説する。
一実施形態では、T細胞活性化は、例えばがん細胞などの標的細胞の直接死滅によって、又はサイトカイン分泌によって、又は増殖によって、又は例えばCD137、CD107a、PD1などの活性化マーカーの発現の変化によって測定されるT細胞の場合、増殖、活性化の細胞表面マーカー(例えば、CD25、CD69、CD137、PD1)、細胞傷害性(標的細胞を死滅させる能力)及びサイトカイン産生(例えば、IL-2、IL-4、IL-6、IFNγ、TNF-a、IL-10、IL-17A)の増加は、がん細胞の死滅の増強と一致する免疫調節を示す。
一実施形態では、NK細胞活性化は、例えばがん細胞などの標的細胞の直接死滅によって、又はサイトカイン分泌によって、又は例えばCD107aなどの活性化マーカーの発現の変化によって測定されるNK細胞の場合、増殖、細胞傷害性(標的細胞を死滅させ、CD107a、グランザイム及びパーフォリンの発現を増加させる能力)、サイトカイン産生(例えば、IFNγ及びTNF)及び細胞表面受容体発現(例えば、CD25)の増加は、がん細胞の死滅の増強と一致する免疫調節を示す。
一実施形態では、γδ T細胞活性化は、例えばサイトカイン分泌によって、又は増殖によって、又は活性化マーカーの発現の変化によって測定される。
一実施形態では、Th1細胞活性化は、例えばサイトカイン分泌によって、又は活性化マーカーの発現の変化によって測定される。
活性又は応答の適切な増加(又は、上記に概説したように適宜、減少)は、参照試料又は対照試料、例えば本発明の抗PVRIG抗体を含有しない試験試料のいずれかのシグナルに対し、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%又は98~99%の増加である。同様に、参照試料又は対照試料と比較して少なくとも1、2、3、4又は5倍の増加が有効性を示す。
IX.チェックポイント遮断抗体
本明細書に記載される本発明のPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質は、チェックポイント遮断抗体を含む他の治療剤、例えば限定されないが、PD-1阻害剤、TIM3阻害剤、CTLA4阻害剤、PD-L1阻害剤、TIGIT阻害剤、LAG3阻害剤、又はそれらの組合せと組み合わされる。
下記で議論される抗体に加えて、さらなる開示が、組み合わせて使用するためにその全体が具体的にチェックポイント抗体の議論のために参照により組み込まれる米国特許出願第62/784,334号に見出される。
A.抗PD1抗体
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質は、チェックポイント遮断抗体、例えば抗PD-1抗体又は抗PD-L1抗体と組み合わせてがんを有する対象に投与することができる。
多くの態様において、PD-1阻害剤は、本明細書中に概説される抗PD-1非競合Fv配列と結合について競合しないものから選択される抗PD-1抗体である。特に使用されるのは、限定されないが、ニボルマブ及びペンブロリズマブを含む、米国又は海外でヒトにおける使用のために承認された抗PD-1抗体である。
いくつかの実施形態では、抗PD-1抗体はニボルマブである。ニボルマブの代替名としては、MDX-1106、MDX-1106-04、ONO-4538又はBMS-936558が挙げられる。いくつかの実施形態では、抗PD-1抗体は、ニボルマブ(CAS登録番号946414-94-4)である。ニボルマブは、PD1を特異的に遮断する完全ヒトIgG4モノクローナル抗体である。ニボルマブ(クローン5C4)及びPD1に特異的に結合する他のヒトモノクローナル抗体は、米国特許第8,008,449号及び国際公開第2006/121168号に開示されている。一実施形態では、PD-1の阻害剤はニボルマブであり、本明細書に開示される配列(又はそれと実質的に同一若しくは類似の配列、例えば、指定された配列と少なくとも85%、90%、95%以上の配列)を有する。
いくつかの実施形態では、抗PD-1抗体はペンブロリズマブである。ペンブロリズマブ(ラムブロリズマブ、MK-3475、MK03475、SCH-900475又はKEYTRUDA(登録商標)とも呼ばれる;Merck)は、PD-1に結合するヒト化IgG4モノクローナル抗体である。ペンブロリズマブ及び他のヒト化抗PD-1抗体は、Hamid,O.et al.(2013)New England Journal of Medicine 369(2):134-44、米国特許第8,354,509号及び国際公開第2009/114335号に開示されている。
いくつかの実施形態では、抗PD-1抗体はピジリズマブである。ピジリズマブ(CT-011;Cure Tech)は、PD1に結合するヒト化IgG1kモノクローナル抗体である。ピジリズマブ及び他のヒト化抗PD-1モノクローナル抗体は、米国特許第8,747,847号及び国際公開第2009/101611号に開示されている。
他の抗PD1抗体としては、とりわけ、AMP514(Amplimmune)、例えば、米国特許第8,609,089号、米国特許出願公開第2010028330号及び/又は米国特許出願公開第20120114649号に開示されている抗PD1抗体が挙げられる。
いくつかの実施形態では、PD-1阻害剤は、イムノアドヘシン(例えば、定常領域(例えば、免疫グロブリン配列のFc領域に融合したPD-Ll又はPD-L2の細胞外又はPD-1結合部分を含むイムノアドヘシン)である。いくつかの実施形態では、PD-1阻害剤はAMP-224(B7-DCIg;Amplimmune;例えば、国際公開第2010/027827号及び国際公開第2011/066342号に開)であり、PD-1とB7-H1との間の相互作用を遮断するPD-L2 Fc融合可溶性受容体である。
いくつかの実施形態では、抗PD-1抗体を、本発明のIL-15/Rα x抗PD1ヘテロ二量体Fc融合タンパク質と組み合わせて使用することができる。いくつかの抗PD-1抗体が存在し、それらとしては、限定されないが、2つの現在FDA承認されている抗体、ペンブロリズマブ及びニボリズマブ、並びに限定されないが、チスレリズマブ、Sym021、REGN2810(Rengeneronにより開発)、JNJ-63723283(J and Jにより開発)、SHR-1210、ピジリズマブ、AMP-224、MEDIo680、PDR001及びCT-001、並びにLiu et al.,J.Hemat.&Oncol.(2017)10:136に概説されるその他のものを含む現在の臨床試験におけるものが挙げられ、その中の抗体は参照により明確に組み込まれる。
B.抗TIM3抗体
本発明のIL-15/RαX[NC]PD-1ヘテロ二量体融合タンパク質はまた、抗TIM-3抗体と同時投与され得る。例示的な非限定的な抗TIM-3抗体分子は、参照によりその全体が組み込まれる、2015年8月6日に公開された「Antibody Molecules to TIM-3 and Uses Thereof」と題する米国特許出願公開第2015/0218274号明細書に開示されている。
MBG453、Sym023、BGB-A425及びTSR-022を含むがこれらに限定されない臨床開発中のいくつかのTIM-3抗体がある。
一実施形態では、抗TIM-3抗体分子は、ABTIM3、ABTIM3-hum01、ABTIM3-hum02、ABTIM3-hum03、ABTIM3-hum04、ABTIM3-hum05、ABTIM3-hum06、ABTIM3-hum07、ABTIM3-hum08、ABTIM3-hum09、ABTIM3-hum10、ABTIM3-hum11、ABTIM3-hum12、ABTIM3-hum13、ABTIM3-hum14、ABTIM3-hum15、ABTIM3-hum16、ABTIM3-hum17、ABTIM3-hum18、ABTIM3-hum19、ABTIM3-hum20、ABTIM3-hum21、ABTIM3-hum22、ABTIM3-hum23のアミノ酸配列;又は米国特許出願公開第2015/0218274号の表1~4に記載されるアミノ酸配列;又は表1~4のヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列;又は上記配列のいずれかと実質的に同一(例えば、少なくとも80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%、99%又はそれ以上同一)である配列を含む、少なくとも1つ又は2つの重鎖可変ドメイン(任意に定常領域を含む)、少なくとも1つ又は2つの軽鎖可変ドメイン(任意に定常領域を含む)、又は両方を含む。抗TIM-3抗体分子は、任意に、米国特許出願公開第2015/0218274号に示される、重鎖、軽鎖、又はその両方からのリーダー配列又はそれと実質的に同一の配列を含む。
さらに別の実施形態では、抗TIM-3抗体分子は、本明細書に記載の抗体、例えば、ABTIM3、ABTIM3-hum01、ABTIM3-hum02、ABTIM3-hum03、ABTIM3-hum04、ABTIM3-hum05、ABTIM3-hum06、ABTIM3-hum07、ABTIM3-hum08、ABTIM3-hum09、ABTIM3-hum10、ABTIM3-hum11、ABTIM3-hum12、ABTIM3-hum13、ABTIM3-hum14、ABTIM3-hum15、ABTIM3-hum16、ABTIM3-hum17、ABTIM3-hum18、ABTIM3-hum19、ABTIM3-hum20、ABTIM3-hum21、ABTIM3-hum22、ABTIM3-hum23のいずれかから選択される抗体の重鎖可変領域及び/又は軽鎖可変領域由来の少なくとも1つ、2つ、又は3つの相補性決定領域(CDR);又は米国特許出願公開第2015/0218274号の表1~4に記載されるアミノ酸配列;又は表1~4のヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列;又は上記配列のいずれかと実質的に同一(例えば、少なくとも80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%、99%又はそれ以上同一)である配列を含む。
さらに別の実施形態では、抗TIM-3抗体分子は、米国特許出願公開第2015/0218274号の表1~4に示されるアミノ酸配列を含むか、又は表1~4に示されるヌクレオチド配列によってコードされる、重鎖可変領域由来の少なくとも1つ、2つ、又は3つのCDR(又は集合的に全てのCDR)を含む。一実施形態では、CDRの1つ又は複数(又は集合的に全てのCDR)は、表1~4に示されるアミノ酸配列又は表1~4に示されるヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列に対して、1、2、3、4、5、6又はそれ以上の変化、例えばアミノ酸の置換又は欠失を有する。
さらに別の実施形態では、抗TIM-3抗体分子は、米国特許出願公開第2015/0218274号の表1~4に示されるアミノ酸配列を含むか、又は表1~4に示されるヌクレオチド配列によってコードされる、軽鎖可変領域由来の少なくとも1つ、2つ、又は3つのCDR(又は集合的に全てのCDR)を含む。一実施形態では、CDRの1つ又は複数(又は集合的に全てのCDR)は、表1~4に示されるアミノ酸配列又は表1~4に示されるヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列に対して、1、2、3、4、5、6又はそれ以上の変化、例えばアミノ酸の置換又は欠失を有する。ある特定の実施形態において、抗TIM-3抗体分子は、軽鎖CDR中の置換、例えば、軽鎖のCDR1、CDR2及び/又はCDR3中の1つ又は複数の置換を含む。
別の実施形態では、抗TIM-3抗体分子は、米国特許出願公開第2015/0218274号の表1~4に示されるアミノ酸配列を含むか、又は表1~4に示されるヌクレオチド配列によってコードされる、重鎖可変領域及び軽鎖可変領域由来の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、5つ又は6つのCDR(又は集合的に全てのCDR)を含む。一実施形態では、CDRの1つ又は複数(又は集合的に全てのCDR)は、表1~4に示されるアミノ酸配列又は表1~4に示されるヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列に対して、1、2、3、4、5、6又はそれ以上の変化、例えばアミノ酸の置換又は欠失を有する。
C.抗CTLA4抗体
本発明のIL-15/RαX[NC]PD-1ヘテロ二量体融合タンパク質はまた、抗CTLA-4抗体と同時投与され得る。本明細書に概説される併用療法で使用するのに適した抗CTLA-4抗体には、現在FDAによって承認されている1つの抗体イピリムマブ、及びCP-675,206及びAGEN-1884を含む開発中の他のいくつかが含まれるが、これらに限定されない。さらなる例示的な抗CTLA4抗体としては、トレメリムマブ(ファイザーから入手可能なIgG2モノクローナル抗体、以前はチシリムマブ、CP-675,206として知られていた)及びdim(MDX-010としても知られているCTLA-4抗体、CAS番号477202-00-9)が挙げられる。他の例示的な抗CTLA-4抗体は、例えば、米国特許第5,811,097号に開示されている。
一実施形態では、抗CTLA4抗体は、例えば、米国特許第5,811,097号、米国特許第7,605,238号、国際公開第00/32231号及び国際公開第97/20574号に開示され、本明細書に開示される配列(又はそれと実質的に同一若しくは類似の配列、例えば、指定された配列と少なくとも85%、90%、95%以上の配列)を有する、イピリムマブである。
一実施形態では、抗CTLA4抗体は、例えば、米国特許第6,682,736号及び国際公開第00/37504号に開示され、本明細書に開示される配列(又はそれと実質的に同一若しくは類似の配列、例えば、指定された配列と少なくとも85%、90%、95%以上の配列)を有する、トレメリムマブである。
D.抗PD-L1抗体
本発明のIL-15/RαX[NC]PD-1ヘテロ二量体融合タンパク質はまた、抗PD-L1抗体と同時投与され得る。例示的な非限定的な抗PD-L1抗体分子は、参照によりその全体が組み込まれる、2016年4月21日に公開された「Antibody Molecules to PD-L1 and Uses Thereof」と題する米国特許出願公開第2016/0108123号明細書に開示されている。
一実施形態では、抗PD-L1抗体分子は、BAP058-hum01、BAP058-hum02、BAP058-hum03、BAP058-hum04、BAP058-hum05、BAP058-hum06、BAP058-hum07、BAP058-hum08、BAP058-hum09、BAP058-hum10、BAP058-hum11、BAP058-hum12、BAP058-hum13、BAP058-hum14、BAP058-hum15、BAP058-hum16、BAP058-hum17、BAP058-Clone-K、BAP058-Clone-L、BAP058-Clone-M、BAP058-Clone-N、若しくはBAP058-Clone-Oのいずれかのアミノ酸配列;又は米国特許出願公開第2016/0108123号の表1に記載されるアミノ酸配列;又は表1のヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列;又は上記配列のいずれかと実質的に同一(例えば、少なくとも80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%、99%又はそれ以上同一)である配列を含む、少なくとも1つ又は2つの重鎖可変ドメイン(任意に定常領域を含む)、少なくとも1つ又は2つの軽鎖可変ドメイン(任意に定常領域を含む)、又は両方を含む。
さらに別の実施形態では、抗PD-L1抗体分子は、本明細書に記載の抗体、例えば、BAP058-hum01、BAP058-hum02、BAP058-hum03、BAP058-hum04、BAP058-hum05、BAP058-hum06、BAP058-hum07、BAP058-hum08、BAP058-hum09、BAP058-hum10、BAP058-hum11、BAP058-hum12、BAP058-hum13、BAP058-hum14、BAP058-hum15、BAP058-hum16、BAP058-hum17、BAP058-Clone-K、BAP058-Clone-L、BAP058-Clone-M、BAP058-Clone-N、若しくはBAP058-Clone-Oのいずれかから選択される抗体の重鎖可変領域及び/又は軽鎖可変領域由来の少なくとも1つ、2つ、又は3つの相補性決定領域(CDR);又は米国特許出願公開第2016/0108123号の表1に記載されるアミノ酸配列;又は表1のヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列;又は上記配列のいずれかと実質的に同一(例えば、少なくとも80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%、99%又はそれ以上同一)である配列を含む。
いくつかの実施形態では、PD-L1阻害剤は抗体分子である。いくつかの実施形態では、抗PD-L1阻害剤は、YW243.55.S70、MPDL3280A、MEDI-4736、MSB-0010718C、MDX-1105、アテゾリズマブ、デュルバルマブ、アベルマブ、又はBMS936559から選択される。
いくつかの実施形態では、抗PD-L1抗体は、アテゾリズマブである。アテゾリズマブ(MPDL3280A及びAtezo(登録商標)とも呼ばれる;Roche)は、PD-L1に結合するモノクローナル抗体である。アテゾリズマブ及び他のヒト化抗PD-L1抗体は、米国特許第8,217,149号に開示されており、本明細書に開示される配列(又はそれと実質的に同一若しくは類似の配列、例えば指定された配列と少なくとも85%、90%、95%又はそれ以上同一の配列)を有する。
いくつかの実施形態では、抗PD-L1抗体はアベルマブである。アベルマブ(A09-246-2とも呼ばれる;Merck Serono)は、PD-L1に結合するモノクローナル抗体である。アベルマブ及び他のヒト化抗PD-L1抗体は、米国特許第9,324,298号及び国際公開第2013/079174号に開示されており、本明細書に開示される配列(又はそれと実質的に同一若しくは類似の配列、例えば指定された配列と少なくとも85%、90%、95%又はそれ以上同一の配列)を有する。
いくつかの実施形態では、抗PD-L1抗体はデュルバルマブである。デュルバルマブ(MEDI4736とも呼ばれる;AstraZeneca)は、PD-L1に結合するモノクローナル抗体である。デュルバルマブ及び他のヒト化抗PD-L1抗体は、米国特許第8,779,108号に開示されており、本明細書に開示される配列(又はそれと実質的に同一若しくは類似の配列、例えば指定された配列と少なくとも85%、90%、95%又はそれ以上同一の配列)を有する。
いくつかの実施形態では、抗PD-L1抗体は、BMS-936559である。BMS-936559(MDX-1105とも呼ばれる;BMS)は、PD-L1に結合するモノクローナル抗体である。BMS-936559及び他のヒト化抗PD-L1抗体は、米国特許第7,943,743号及び国際公開第2007005874号に開示されており、本明細書に開示される配列(又はそれと実質的に同一若しくは類似の配列、例えば指定された配列と少なくとも85%、90%、95%又はそれ以上同一の配列)を有する。
いくつかの実施形態では、抗PD-L1抗体を、本発明のIL-15/Rα x抗PD1ヘテロ二量体Fc融合タンパク質と組み合わせて使用することができる。現在FDA承認されている3つの抗体、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブを含むいくつかの抗PD-L1抗体、並びに、限定されないがLY33000054及びCS1001並びにLiu et al.,J.Hemat.&Oncol.(2017)10:136に概説されるその他のものを含む現在の臨床試験におけるものが存在し、その中の抗体は参照により明確に組み込まれる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質は、PD-L1又はPD-L2阻害剤(例えば、抗PD-L1抗体)と組み合わせて使用することができる。
E.抗TIGIT抗体
本発明のIL-15/RαX[NC]PD-1ヘテロ二量体融合タンパク質はまた、抗TIGIT抗体と同時投与され得る。いくつかの実施形態では、抗TIGIT抗体はOMP-313M32である。OMP-313M32(OncoMed Pharmaceuticals)は、TIGITに結合するモノクローナル抗体である。OMP-313M32及び他のヒト化抗TIGIT抗体は、米国特許出願公開第20160376365号及び国際公開第2016191643号に開示されており、本明細書に開示される配列(又はそれと実質的に同一若しくは類似の配列、例えば指定された配列と少なくとも85%、90%、95%又はそれ以上同一の配列)を有する。
いくつかの実施形態では、抗TIGIT抗体はBMS-986207である。BMS-986207(ONO-4686とも呼ばれる;Bristol-Myers Squibb)は、TIGITに結合するモノクローナル抗体である。BMS-986207及び他のヒト化抗TIGIT抗体は、米国特許出願公開第20160176963号及び国際公開第2016106302号に開示されており、本明細書に開示される配列(又はそれと実質的に同一若しくは類似の配列、例えば指定された配列と少なくとも85%、90%、95%又はそれ以上同一の配列)を有する。
いくつかの実施形態では、抗TIGIT抗体はMTIG7192である。MTIG7192(Genentech)は、TIGITに結合するモノクローナル抗体である。MTIG7192及び他のヒト化抗TIGIT抗体は、米国特許出願公開第2017088613号、国際公開第2017053748号、及び国際公開第2016011264号に開示されており、本明細書に開示される配列(又はそれと実質的に同一若しくは類似の配列、例えば指定された配列と少なくとも85%、90%、95%又はそれ以上同一の配列)を有する。
いくつかの実施形態では、抗TIGIT抗体を、本発明のIL-15/Rα x抗PD1ヘテロ二量体Fcタンパク質と組み合わせて使用することができる。臨床開発中のいくつかのTIGIT抗体、BMS-986207、OMP-313M32及びMTIG7192Aがある。
F.抗LAG-3抗体
本発明のIL-15/RαX[NC]PD-1ヘテロ二量体融合タンパク質はまた、抗LAG-3抗体と同時投与され得る。例示的な非限定的な抗LAG-3抗体分子は、参照によりその全体が組み込まれる、2015年9月17日に公開された「Antibody Molecules to LAG-3 and Uses Thereof」と題する米国特許出願公開第2015/0259420号明細書に開示されている。
一実施形態では、抗LAG-3抗体分子は、BAP050-hum01、BAP050-hum02、BAP050-hum03、BAP050-hum04、BAP050-hum05、BAP050-hum06、BAP050-hum07、BAP050-hum08、BAP050-hum09、BAP050-hum10、BAP050-hum11、BAP050-hum12、BAP050-hum13、BAP050-hum14、BAP050-hum15、BAP050-hum16、BAP050-hum17、BAP050-hum18、BAP050-hum19、BAP050-hum20、huBAP050(Ser)(例えば、BAP050-hum01-Ser、BAP050-hum02-Ser、BAP050-hum03-Ser、BAP050-hum04-Ser、BAP050-hum05-Ser、BAP050-hum06-Ser、BAP050-hum07-Ser、BAP050-hum08-Ser、BAP050-hum09-Ser、BAP050-hum10-Ser、BAP050-hum11-Ser、BAP050-hum12-Ser、BAP050-hum13-Ser、BAP050-hum14-Ser、BAP050-hum15-Ser、BAP050-hum18-Ser、BAP050-hum19-Ser、又はBAP050-hum20-Ser)、BAP050-クローン-F、BAP050-クローン-G、BAP050-クローン-H、BAP050-クローン-I、又はBAP050-クローン-Jのいずれかのアミノ酸配列;又は米国特許出願公開第2015/0259420号の表1に記載されるか、又は表1のヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列;又は上記の配列のいずれかと実質的に同一(例えば、少なくとも80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%、99%又はそれ以上同一)の配列を含む、少なくとも1つ又は2つの重鎖可変ドメイン(任意に定常領域を含む)、少なくとも1つ又は2つの軽鎖可変ドメイン(任意に定常領域を含む)、又は両方を含む。
さらに別の実施形態では、抗LAG-3抗体分子は、本明細書中に記載の抗体、例えば、BAP050-hum01、BAP050-hum02、BAP050-hum03、BAP050-hum04、BAP050-hum05、BAP050-hum06、BAP050-hum07、BAP050-hum08、BAP050-hum09、BAP050-hum10、BAP050-hum11、BAP050-hum12、BAP050-hum13、BAP050-hum14、BAP050-hum15、BAP050-hum16、BAP050-hum17、BAP050-hum18、BAP050-hum19、BAP050-hum20、huBAP050(Ser)(例えば、BAP050-hum01-Ser、BAP050-hum02-Ser、BAP050-hum03-Ser、BAP050-hum04-Ser、BAP050-hum05-Ser、BAP050-hum06-Ser、BAP050-hum07-Ser、BAP050-hum08-Ser、BAP050-hum09-Ser、BAP050-hum10-Ser、BAP050-hum11-Ser、BAP050-hum12-Ser、BAP050-hum13-Ser、BAP050-hum14-Ser、BAP050-hum15-Ser、BAP050-hum18-Ser、BAP050-hum19-Ser、又はBAP050-hum20-Ser)、BAP050-クローン-F、BAP050-クローン-G、BAP050-クローン-H、BAP050-クローン-I、又はBAP050-クローン-Jのいずれかから選択される抗体;又は米国特許出願公開第2015/0259420号の表1に記載されるか、又は表1のヌクレオチド配列によってコードされるか;又は上記の配列のいずれかと実質的に同一(例えば、少なくとも80%、85%、90%、92%、95%、97%、98%、99%又はそれ以上同一)の配列によってコードされる抗体の重鎖可変領域及び/又は軽鎖可変領域由来の少なくとも1つ、2つ、又は3つの相補性決定領域(CDR)を含む。
いくつかの実施形態では、抗LAG-3抗体はBMS-986016である。BMS-986016(BMS986016とも呼ばれる;Bristol-Myers Squibb)は、LAG-3に結合するモノクローナル抗体である。BMS-986016及び他のヒト化抗LAG-3抗体は、米国特許出願公開第2011/0150892号、国際公開第2010/019570号及び国際公開第2014/008218号に開示されている。
いくつかの実施形態では、抗LAG3抗体はLAG525である。LAG525(IMP701とも呼ばれる;Novartis)は、LAG3に結合するモノクローナル抗体である。LAG525及び他のヒト化抗LAG3抗体は、米国特許第9,244,059号及び国際公開第2008132601号に開示されており、本明細書に開示される配列(又はそれと実質的に同一若しくは類似の配列、例えば指定された配列と少なくとも85%、90%、95%又はそれ以上同一の配列)を有する。
他の例示的な抗LAG-3抗体は、例えば、米国特許出願公開第2011150892号及び米国特許出願公開第2018066054号に開示されている。
いくつかの実施形態では、抗LAG-3抗体を、本発明のIL-15/Rα x抗PD1二官能性ヘテロ二量体融合タンパク質と組み合わせて使用することができる。リジェネロンによるREGN3767及びTSR-033(Tesaro)を含むいくつかの抗LAG-3抗体が臨床開発中である。
X.医薬製剤
本明細書に記載のヘテロ二量体Fcタンパク質の医薬製剤は、所望の純度を有するそのようなヘテロ二量体Fc融合タンパク質を1つ又は複数の任意の薬学的に許容され得る担体と混合することによって、凍結乾燥製剤又は水溶液の形態で調製される(Remington’s Pharmaceutical Sciences 16th edition,Osol,A.Ed.(1980))。
本明細書の製剤はまた、処置される特定の適応症に必要に応じて2つ以上の活性成分を含んでもよく、好ましくは、互いに悪影響を及ぼさない相補的な活性を有するものを含んでもよい。例えば、限定されないが、PD-1阻害剤、TIM3阻害剤、CTLA4阻害剤、PD-L1阻害剤、TIGIT阻害剤、LAG3阻害剤、又はそれらの組合せなどのチェックポイント遮断抗体をさらに提供することが望ましい場合がある。いくつかの実施形態では、チェックポイント遮断抗体はニボルマブ又はペンブロリズマブである。そのような有効成分は、意図される目的に有効な量で組み合わせて好適に存在する。
インビボ投与に使用される製剤は一般に、滅菌される。滅菌性は、例えば、滅菌濾過膜によりフィルタにかけることによって、容易に達成され得る。
XI.治療方法及び組成物
一旦作製されると、本発明の組成物は、一般に、本発明のヘテロ二量体Fc融合タンパク質の結合を用いてT細胞活性化を促進することによって(例えば、T細胞はもはや抑制されない)、がんを処置することによって、いくつかの腫瘍学的用途において用途が見出される。
したがって、本発明のヘテロ二量体Fcタンパク質組成物は、これらのがんの処置に使用される。
本明細書で提供されるヘテロ二量体Fc融合タンパク質のいずれも治療方法に使用され得る。
一態様では、医薬として使用するためのヘテロ二量体Fc融合タンパク質が提供される。さらなる態様では、がんの処置に使用するためのヘテロ二量体Fc融合タンパク質が提供される。ある特定の実施形態において、処置方法において使用するためのヘテロ二量体Fc融合タンパク質が提供される。ある特定の実施形態において、本発明は、有効量のヘテロ二量体Fc融合タンパク質を個体に投与することを含む、がんを有する個体を処置する方法に使用するためのヘテロ二量体Fc融合タンパク質を提供する。そのような一実施形態では、本方法は、例えば、以下に記載のような、有効量の少なくとも1つの追加の治療剤を個体に投与することをさらに含む。さらなる実施形態では、本発明は、T細胞活性化の促進(例えば、T細胞はもはや抑制されない)に使用するためのヘテロ二量体Fc融合タンパク質を提供する。ある特定の実施形態において、本発明は、個体におけるT細胞活性化を促進する(例えば、T細胞はもはや抑制されない)方法に使用するためのヘテロ二量体Fc融合タンパク質であって、T細胞活性化を促進するために有効なヘテロ二量体Fc融合タンパク質を個体に投与することを含む、ヘテロ二量体Fc融合タンパク質を提供する。上記の実施形態のいずれかによる「個体」は、好ましくはヒトである。
さらなる態様では、本発明は、医薬の製造又は調製におけるヘテロ二量体Fc融合タンパク質の使用を提供する。一実施形態では、医薬は、がんの処置のためのものである。さらなる実施形態では、医薬は、がんを処置する方法であって、がんを有する個体に有効量の医薬を投与することを含む方法における使用のためのものである。そのような一実施形態では、本方法は、例えば、以下に記載のような、有効量の少なくとも1つの追加の治療剤を個体に投与することをさらに含む。さらなる実施形態では、医薬は、T細胞活性化を促進するため(例えば、T細胞はもはや抑制されない)のものである。さらなる実施形態では、医薬は、個体におけるT細胞活性化を促進する(例えば、T細胞はもはや抑制されない)方法において使用するためのものであり、T細胞活性化を促進するために有効な量の医薬を個体に投与することを含む。上記実施形態のいずれかに従った「個体」は、ヒトであってもよい。
さらなる態様において、本発明は、がんを処置するための方法を提供する。一実施形態では、本方法は、そのようながんを有する個体に、有効量のヘテロ二量体Fc融合タンパク質を投与することを含む。そのような一実施形態では、本方法は、以下に記載されるように、有効量の少なくとも1つの追加の治療剤を個体へ投与することをさらに含む。上記実施形態のいずれかに従った「個体」は、ヒトであってもよい。
さらなる態様では、本発明は、個体においてT細胞活性化を促進する(例えば、T細胞はもはや抑制されない)方法を提供する。一実施形態では、本方法は、T細胞活性化を促進するために有効量のヘテロ二量体Fc融合タンパク質を個体に投与することを含む。一実施形態では、「個体」は、ヒトである。
更なる態様では、本発明は、例えば、上記の治療法のいずれかにおける使用のための、本明細書に提供されるヘテロ二量体Fc融合タンパク質のいずれかを含む医薬製剤を提供する。一実施形態では、医薬製剤は、本明細書で提供されるヘテロ二量体Fc融合タンパク質のいずれかと、薬学的に許容され得る担体を含む。別の実施形態では、医薬製剤は、本明細書に提供されるヘテロ二量体Fc融合タンパク質のうちのいずれかと、例えば、以下の記載される少なくとも1つの追加の治療剤とを含む。
本発明のヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、単独で、又は他の薬剤と組み合わせて治療に用いることができる。例えば、ヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、少なくとも1つの追加の治療剤と共投与されてもよい。ある特定の実施形態において、追加の治療剤は、チェックポイント遮断抗体、例えば、限定されないが、PD-1阻害剤、TIM3阻害剤、CTLA4阻害剤、PD-L1阻害剤、TIGIT阻害剤、LAG3阻害剤又はそれらの組合せである。いくつかの実施形態では、チェックポイント遮断抗体はニボルマブ又はペンブロリズマブである。
上述したそのような併用療法は、併用投与(ここでは、2つ以上の治療剤が同一又は別個の製剤中に含まれる)及び別個の投与を包含し、この場合、本発明のヘテロ二量体Fc融合タンパク質の投与は、追加の治療剤又は薬剤の投与に先立って、同時に、及び/又はそれに続いて、行われ得る。一実施形態では、ヘテロ二量体Fc融合タンパク質の投与及び追加の治療剤の投与は、互いの約一カ月以内、又は約1、2、若しくは3週間以内、又は約1、2、3、4、5、若しくは6日以内に行われる。本発明のヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、放射線療法と組み合わせて使用することもできる。
A.投与
これに関連して、本明細書で使用される「組み合わせた」投与は、2つの処置が障害による対象の苦痛の経過中に対象に送達されること、例えば、2つ以上の処置が、対象が障害と診断された後、障害が治癒若しくは排除される前、又は他の理由で処置が中止される前に送達されることを意味する。いくつかの実施形態では、一方の処置の送達は、第2の処置の送達が開始されたときに依然として行われているので、投与に関して重複がある。これは、本明細書では「同時」又は「同時送達」と呼ばれることがある。他の実施形態では、一方の処置の送達は、他方の処置の送達が始まる前に終了する。いずれの場合のいくつかの実施形態では、併用投与のおかげで処置はより効果的である。例えば、第2の処置がより効果的であり、例えば、より少ない第2の処置で同等の効果が見られるか、又は第2の処置が、第1の処置がない場合に第2の処置を行った場合に見られるよりも大きな程度に症状を軽減するか、又は類似の状況が第1の処置で見られる。いくつかの実施形態では、送達は、症状又は障害に関連する他のパラメータの減少が、一方の処置を他方の非存在下で送達した場合に観察されるものよりも大きくなるようなものである。2つの処置の効果は、部分的に相加的であってもよく、完全に相加的であってもよく、又は相加的よりも大きいものであってもよい。送達は、送達される第1の処置の効果が、第2の処置が送達されるときに依然として検出可能であるようなものであり得る。
B.インビボ投与のための製剤
本発明の使用のためのヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、良好な医療行為と一致する方法で調合され、投薬され(dosed)、そして投与される(administered)であろう。これに関連して考慮すべき要因としては、処置される特定の障害、処置される特定の哺乳動物、個々の患者の臨床症状、障害の原因、薬剤の送達部位、投与方法、投与スケジュール、及び医療従事者に既知である他の要因が挙げられる。ヘテロ二量体Fc融合タンパク質は、当該疾患を予防又は処置するために現在使用されている1つ又は複数の試薬と一緒に製剤化されている必要はないが、任意に製剤化される。そのような他の試薬の有効量は、製剤中に存在するヘテロ二量体Fc融合タンパク質の量、障害又は処置のタイプ、及び上記の他の要因に依存する。これらは、一般に、本明細書に記載のものと同じ投薬量及び投与経路によって、又は本明細書に記載の投薬量の約1~99%、又は適切であると経験的/臨床的に判断される任意の投薬量及び任意の経路で使用される。
本発明に従って使用される抗体の製剤は、所望の純度を有する抗体を任意の薬学的に許容され得る担体、賦形剤又は安定剤(Remington’s Pharmaceutical Sciences 16th edition,Osol,A.Ed.[1980]に一般的に概説される)と混合することによって、凍結乾燥製剤又は水溶液の形態で貯蔵のために調製される。
C.投与様式
本発明のヘテロ二量体Fc融合タンパク質(及び任意の追加の治療剤)は、任意の適切な手段によって、例えば静脈内投与することができる。対象に応じて適切な投与経路及び投与スケジュールを決定することは当業者の範囲内である。
本明細書に開示されるPD-1標的IL-15/Rα-Fc融合タンパク質及び本発明の化学療法剤は、ボーラスとしての静脈内投与又は一定期間にわたる連続注入などの公知の方法に従って、対象に投与される。
XII.製造物品
本発明の別の態様では、上述の障害の処置、予防及び/又は診断に有用な材料を含む製造物品が提供される。製造物品は、組成物を含む容器と、容器に挿入されるか、又は容器に付随するラベル又はパッケージ添付文書とを備えている。組成物中の少なくとも1つの活性剤は、本発明のヘテロ二量体Fc融合タンパク質である。
XIII.番号付けされた実施形態
本開示の特定の実施形態は、以下の番号が付けられた段落に記載されている。
A1.抗PD-1抗原結合ドメイン(ABD)を含む組成物であって、
a)配列番号5と比較して、W100Fアミノ酸置換と、F32L、S52aG、R97E、R97Y、R97W、L98R、S100aT、R97A、V99T、V99L、S100aA、L98Q、R97Q、V99F、V99L、S100aN、V99I、P100bS、G96H、L98V、V99A、V99Q、G96V、R97K、L98S、L98F、R97T、L98K、L98S、V99I、R97L、G96A、R97A、V99S、R97S、V99Y、R97H、L98Rからなる群から選択される少なくとも1つのさらなるアミノ酸置換とを含むバリアント可変重ドメイン;並びに
b)可変軽ドメインであって、
i)配列番号168;及び
ii)配列番号168と比較して、N27dH、N27dS、K30Y、S93T及びY94Wからなる群から選択されるアミノ酸置換を含むバリアント軽ドメイン;からなる群から選択される可変軽ドメイン
を含み、
上記ABDが、ヒトPD-1に結合し、かつ、ニボルマブ及び/又はペンブロリズマブと上記ヒトPD-1との結合について競合しない、組成物。
A2.上記バリアント重ドメインが、アミノ酸置換F32L/W100Fを有し、上記バリアント軽ドメインが、アミノ酸置換N27dH/K30Y/S93Tを有する、A1に記載の組成物。
A3.上記バリアント重ドメインが、H1.176、H1.177、H1.178、H1.179、H1.180、H1.181、H1.182、H1.183、H1.184、H1.185、H1.186、H1.187、H1.188、H1.189、H1.190、H1.191、H1.192、H1.193、H1.194、H1.195、H1.196、H1.197、H1.198、H1.199、H1.200、H1.201、H1.202、H1.203、H1.204、H1.205、H1.206、H1.207、H1.208、H1.209、H1.210、H1.211、H1.212、H1.213、H1.214、H1.215、H1.216、H1.217、H1.218、H1.219、H1.220、H1.221、H1.222、H1.223及びH1.224からなる群から選択される、前述のA段落のいずれかに記載の組成物。
A4.上記バリアント軽ドメインが、L1.1、L1.3、L1.45、L1.117、L1.129、L1.135、L1.136及びL1.140からなる群から選択される、前述のA段落のいずれかに記載の組成物。
A5.上記バリアント重ドメインがH1.176であり、上記バリアント軽ドメインがL1.140である、前述のA段落のいずれかに記載の組成物。
A6.上記融合タンパク質がXENP32435である、前述のA段落のいずれかに記載の組成物。
A7.核酸組成物であって、
a)上述のAクレームのいずれかに記載の上記可変軽ドメインをコードする第1の核酸;及び
b)上述のAクレームのいずれかに記載の上記可変重ドメインをコードする第2の核酸を含む、核酸組成物。
A8.発現ベクター組成物であって、
a)クレームA7の上記第1の核酸を含む第1の発現ベクター;及び
b)クレームA7の上記第2の核酸を含む第2の発現ベクター
を含む、発現ベクター組成物。
B1.配列番号2と比較してバリアントIL-15タンパク質を含む組成物であって、上記バリアントIL-15タンパク質が、N71Q、N79Q、N112Q、S114del及びS114Aからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む、組成物。
B2.上記バリアントIL-15タンパク質が、N1D、N4D、D8N、D30N、D61N、E64Q、N65D及びQ108Eからなる群から選択されるアミノ酸置換をさらに含む、段落B1に記載の組成物。
B3.上記バリアントIL-15タンパク質が、N71Q/N79Q、N71Q/N79Q/N112Q、N71Q/N79Q/S114del及びN71Q/N79Q/S114Aからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む、前述のB段落のいずれかに記載の組成物。
B4.上記バリアントIL-15タンパク質が、N1D/N4D/D8N、N1D/N4D/N65D、N1D/D30N、N1D/D61N、N1D/D61N/E64Q/Q108E、N1D/E64Q、N1D/N65D、N1D/Q108E、N4D/D30N、N4D/D61N、N4D/D61N/N65D、N4D/D61N/E64Q/Q108E、N4D/E64Q、N4D/N65D、D8N/D61N、D8N/E64Q、D30N/E64Q、D30N/N65D、D30N/E64Q/N65D、D30N/Q180E、D61N/E64Q/N65D、E64Q/N65D、E64Q/Q108E及びN65D/Q108Eからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む、前述のB段落のいずれかに記載の組成物。
B5.上記バリアントIL-15タンパク質が、アミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Qを含む、前述のB段落のいずれかに記載の組成物。
B6.上記バリアントIL-15タンパク質が、アミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Q及びD30N/N65Dを含む、前述のB段落のいずれかに記載の組成物
B7.上記バリアントIL-15タンパク質が、アミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Q及びD30N/E64Q/N65Dを含む、前述のB段落のいずれかに記載の組成物。
C1.標的化IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質であって、
a)N末端からC末端に向かって以下を含む、第1のモノマー:
i)IL-15 Rα sushiドメインタンパク質;
ii)第1のドメインリンカー;
iii)バリアントIL-15タンパク質;及び
iv)第1のバリアントFcドメイン;
b)VH-CH1-ヒンジ-CH2-CH3を含む重鎖を含む第2のモノマーであって、該CH2-CH3が第2のバリアントFcドメインである、第2のモノマー;並びに
c)VL-CLを含む軽鎖を含む第3のモノマー;
を含み、
上記VHドメイン及びVLドメインが、ヒトPD-1に結合し、かつ該ヒトPD-1に関する結合についてニボルマブ及び/又はペンブロリズマブと競合しない抗原結合ドメインを形成し、上記VHは、配列番号5と比較して、W100Fアミノ酸置換と、F32L、S52aG、R97E、R97Y、R97W、L98R、S100aT、R97A、V99T、V99L、S100aA、L98Q、R97Q、V99F、V99L、S100aN、V99I、P100bS、G96H、L98V、V99A、V99Q、G96V、R97K、L98S、L98F、R97T、L98K、L98S、V99I、R97L、G96A、R97A、V99S、R97S、V99Y、R97H、L98Rからなる群から選択される少なくとも1つのさらなるアミノ酸置換とを含むバリアント可変重ドメインであり、上記VLドメインは、以下:
i)配列番号168;及び
ii)配列番号168と比較して、N27D-H、N27dS、K30Y、S93T及びY94Wからなる群から選択されるアミノ酸置換を含むバリアント軽ドメイン;からなる群から選択される可変軽ドメイン
を含み、
C2.上記バリアント重ドメインが、H1.176、H1.177、H1.178、H1.179、H1.180、H1.181、H1.182、H1.183、H1.184、H1.185、H1.186、H1.187、H1.188、H1.189、H1.190、H1.191、H1.192、H1.193、H1.194、H1.195、H1.196、H1.197、H1.198、H1.199、H1.200、H1.201、H1.202、H1.203、H1.204、H1.205、H1.206、H1.207、H1.208、H1.209、H1.210、H1.211、H1.212、H1.213、H1.214、H1.215、H1.216、H1.217、H1.218、H1.219、H1.220、H1.221、H1.222、H1.223及びH1.224からなる群から選択される、段落C1に記載の融合タンパク質。
C3.上記バリアント軽ドメインが、L1.1、L1.3、L1.45、L1.117、L1.129、L1.135、L1.136及びL1.140からなる群から選択される、前述のC段落のいずれかに記載の融合タンパク質。
C4.上記バリアント重ドメインがH1.176であり、上記バリアント軽ドメインがL1.140である、前述のC段落のいずれかに記載の融合タンパク質。
D1.標的化IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質であって、
a)N末端からC末端に向かって以下を含む、第1のモノマー:
i)IL-15 Rα sushiドメインタンパク質;
ii)第1のドメインリンカー;
iii)配列番号2と比較して、N71Q、N79Q、N112Q、S114del及びS114Aからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む、バリアントIL-15タンパク質;及び
iv)第1のバリアントFcドメイン;
b)VH-CH1-ヒンジ-CH2-CH3を含む重鎖を含む第2のモノマーであって、該CH2-CH3が第2のバリアントFcドメインである、第2のモノマー;並びに
c)VL-CLを含む軽鎖を含む第3のモノマー;
を含み、
上記VHドメイン及びVLドメインが、ヒトPD-1に結合し上記ヒトPD-1に関する結合についてニボルマブ及び/又はペンブロリズマブと競合しない抗原結合ドメインを形成する、標的化IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質。
D2.上記バリアントIL-15タンパク質が、N71Q/N79Q、N71Q/N79Q/N112Q、N71Q/N79Q/S114del及びN71Q/N79Q/S114Aからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む、前述のD段落のいずれかに記載の融合タンパク質。
D3.上記バリアントIL-15タンパク質が、N1D/N4D/D8N、N1D/N4D/N65D、N1D/D30N、N1D/D61N、N1D/D61N/E64Q/Q108E、N1D/E64Q、N1D/N65D、N1D/Q108E、N4D/D30N、N4D/D61N、N4D/D61N/N65D、N4D/D61N/E64Q/Q108E、N4D/E64Q、N4D/N65D、D8N/D61N、D8N/E64Q、D30N/E64Q、D30N/N65D、D30N/E64Q/N65D、D30N/Q180E、D61N/E64Q/N65D、E64Q/N65D、E64Q/Q108E及びN65D/Q108Eからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む、前述のD段落のいずれかに記載の組成物。
D4.上記バリアントIL-15タンパク質が、アミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Qを含む、前述のD段落のいずれかに記載の組成物。
D5.上記バリアントIL-15タンパク質が、アミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Q及びD30N/N65Dを含む、前述のD段落のいずれかに記載の組成物。
D6.上記バリアントIL-15タンパク質が、アミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Q及びD30N/E64Q/N65Dを含む、前述のD段落のいずれかに記載の組成物。
D7.上記第1のドメインリンカーがGGGGAである、前述のD段落のいずれかに記載の組成物。
E1.標的化IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質であって、
a)N末端からC末端に向かって以下を含む、第1のモノマー:
i)IL-15 Rα sushiドメインタンパク質;
ii)第1のドメインリンカー;
iii)配列番号2と比較して、N71Q、N79Q、N112Q、S114del及びS114Aからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む、バリアントIL-15タンパク質;及び
iv)第1のバリアントFcドメイン;
b)VH-CH1-ヒンジ-CH2-CH3を含む重鎖を含む第2のモノマーであって、該CH2-CH3が第2のバリアントFcドメインである、第2のモノマー;並びに
c)VL-CLを含む軽鎖を含む第3のモノマー;
を含み、
上記VHドメイン及びVLドメインが、ヒトPD-1に結合し、かつ該ヒトPD-1に関する結合についてニボルマブ及び/又はペンブロリズマブと競合しない抗原結合ドメインを形成し、上記VHは、配列番号5と比較して、W100Fアミノ酸置換と、F32L、S52aG、R97E、R97Y、R97W、L98R、S100aT、R97A、V99T、V99L、S100aA、L98Q、R97Q、V99F、V99L、S100aN、V99I、P100bS、G96H、L98V、V99A、V99Q、G96V、R97K、L98S、L98F、R97T、L98K、L98S、V99I、R97L、G96A、R97A、V99S、R97S、V99Y、R97H、L98Rからなる群から選択される少なくとも1つのさらなるアミノ酸置換とを含むバリアント可変重ドメインであり、上記VLドメインは、以下:
i)配列番号168;及び
ii)配列番号168と比較して、N27D-H、N27dS、K30Y、S93T及びY94Wからなる群から選択されるアミノ酸置換を含むバリアント軽ドメイン;からなる群から選択される可変軽ドメイン
を含み、
上記バリアントIL-15タンパク質は、N71Q/N79Q、N71Q/N79Q/N112Q、N71Q/N79Q/S114del及びN71Q/N79Q/S114Aからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む、標的化IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質。
E2.上記バリアントIL-15タンパク質が、N1D/N4D/D8N、N1D/N4D/N65D、N1D/D30N、N1D/D61N、N1D/D61N/E64Q/Q108E、N1D/E64Q、N1D/N65D、N1D/Q108E、N4D/D30N、N4D/D61N、N4D/D61N/N65D、N4D/D61N/E64Q/Q108E、N4D/E64Q、N4D/N65D、D8N/D61N、D8N/E64Q、D30N/E64Q、D30N/N65D、D30N/E64Q/N65D、D30N/Q180E、D61N/E64Q/N65D、E64Q/N65D、E64Q/Q108E及びN65D/Q108Eからなる群から選択されるアミノ酸置換をさらに含む、前述のE段落のいずれかに記載の融合タンパク質。
E3.上記バリアント重ドメインがH1.176であり、上記バリアント軽ドメインがL1.140である、前述のE段落のいずれかに記載の融合タンパク質。
E4.上記バリアントIL-15タンパク質が、アミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Qを含む、前述のE段落のいずれかに記載の融合タンパク質。
E5.上記バリアントIL-15タンパク質が、アミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Q及びD30N/N65Dを含む、前述のE段落のいずれかに記載の融合タンパク質。
E6.上記バリアントIL-15タンパク質が、アミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Q及びD30N/E64Q/N65Dを含む、前述のE段落のいずれかに記載の融合タンパク質。
E7.上記バリアント重ドメインがH1.176であり、上記バリアント軽ドメインがL1.140であり、上記バリアントIL-15タンパク質がアミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Q及びD30N/N65Dを含む、前述のE段落のいずれかに記載の融合タンパク質。
E8.上記バリアント重ドメインがH1.176であり、上記バリアント軽ドメインがL1.140であり、上記バリアントIL-15タンパク質がアミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Q及びD30N/E64Q/N65Dを含む、前述のE段落のいずれかに記載の融合タンパク質。
E9.上記第1のドメインリンカーがGGGGAを含む、前述のE段落のいずれかに記載の融合タンパク質。
本開示の特定の実施形態は、以下の番号が付けられた段落に記載されている。
1.標的化IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質であって、
a)N末端からC末端に向かって以下を含む、第1のモノマー:
i)IL-15/Rα sushiドメイン;
ii)第1のドメインリンカー;
iii)IL-15ドメイン;及び
iv)第1のバリアントFcドメイン;
b)VH-CH1-ヒンジ-CH2-CH3を含む重鎖を含む第2のモノマーであって、該CH2-CH3が第2のバリアントFcドメインである、第2のモノマー;並びに
c)VL-CLを含む軽鎖を含む第3のモノマー;
を含み、
上記VHドメイン及びVLドメインは、ヒトPD-1に結合する抗原結合ドメイン(ABD)を形成し、上記VHは、配列番号5と比較して、KabatナンバリングでF32L/W100Fアミノ酸置換を含むバリアント可変重ドメインであり;上記VLは、配列番号168と比較して、KabatナンバリングでN27dH/K30Y/S93Tを含むバリアント可変軽ドメインである、標的化IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質。
2.上記VHが配列番号318のアミノ酸配列を含み、上記VLが配列番号176のアミノ酸配列を含む、段落1に記載の融合タンパク質。
3.上記IL-15ドメインが、D30N/E64Q/N65D、N1D/N4D/D8N、N1D/N4D/N65D、N1D/D30N、N1D/D61N、N1D/D61N/E64Q/Q108E、N1D/E64Q、N1D/N65D、N1D/Q108E、N4D/D30N、N4D/D61N、N4D/D61N/N65D、N4D/D61N/E64Q/Q108E、N4D/E64Q、N4D/N65D、D8N/D61N、D8N/E64Q、D30N/E64Q、D30N/N65D、D30N/Q180E、D61N/E64Q/N65D、E64Q/N65D、E64Q/Q108E及びN65D/Q108Eからなる群から選択されるアミノ酸置換を含むバリアントIL-15ドメインである、段落1又は2のいずれか一つに記載の融合タンパク質。
4.上記IL-15ドメインが、N71Q、N79Q、N112Q、S114del及びS114A、又はそれらの組合せからなる群から選択されるアミノ酸置換を含むバリアントIL-15ドメインである、段落1~3のいずれか一つに記載の融合タンパク質。
5.上記IL-15ドメインが、アミノ酸置換D30N/E64Q/N65D及びN71Q/N79Q/N112Qを含むバリアントIL-15ドメインである、段落1~4のいずれか一つに記載の融合タンパク質。
6.第1のバリアントFcドメインが、ヒンジドメインの全部又は一部を含む、段落1~5のいずれか一つに記載の融合タンパク質。
7.第1のモノマーが、IL-15ドメインと第1のバリアントFcドメインとの間に第2のドメインリンカーをさらに含む、段落1~6のいずれか一つに記載の融合タンパク質。
8.標的化IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質であって、
a)以下を含む第1のモノマー:
i)IL-15 Rα sushiドメインタンパク質;
ii)第1のドメインリンカー;
iii)配列番号2と比較してアミノ酸置換D30N/E64Q/N65D及びN71Q/N79Q/N112Qを含むバリアントIL-15タンパク質;及び
iv)第1のバリアントFcドメイン;
b)VH-CH1-ヒンジ-CH2-CH3を含む重鎖を含む第2のモノマーであって、該CH2-CH3が第2のバリアントFcドメインである、第2のモノマー;並びに
c)VL-CLを含む軽鎖を含む第3のモノマー;
を含み、
上記VHドメイン及びVLドメインが、ヒトPD-1に結合する抗原結合ドメイン(ABD)を形成する、標的化IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質。
9.上記VHが配列番号5のアミノ酸配列を含み、上記VLが配列番号168のアミノ酸配列を含む、段落8に記載の融合タンパク質。
10.上記VHが配列番号318のアミノ酸配列を含み、上記VLが配列番号176のアミノ酸配列を含む、段落8に記載の融合タンパク質。
11.上記ABDが、ニボルマブ及び/又はペンブロリズマブと上記ヒトPD-1との結合について競合しない、段落8に記載の融合タンパク質。
12.第1のバリアントFcドメインが、ヒンジドメインの全部又は一部を含む、段落8~11のいずれか一つに記載の融合タンパク質。
13.第1のモノマーが、IL-15ドメインと第1のバリアントFcドメインとの間に第2のドメインリンカーをさらに含む、段落8~12のいずれか一つに記載の融合タンパク質。
14.標的化IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質であって、
a)以下を含む第1のモノマー:
i)IL-15 Rα sushiドメインタンパク質;
ii)第1のドメインリンカー;
iii)配列番号2と比較してアミノ酸置換D30N/E64Q/N65D及びN71Q/N79Q/N112Qを含むバリアントIL-15タンパク質;及び
iv)第1のバリアントFcドメイン;
b)VH-CH1-ヒンジ-CH2-CH3を含む重鎖を含む第2のモノマーであって、該CH2-CH3が第2のバリアントFcドメインである、第2のモノマー;並びに
c)VL-CLを含む軽鎖を含む第3のモノマー;
を含み、
上記VHドメイン及びVLドメインは、ヒトPD-1に結合する抗原結合ドメイン(ABD)を形成し、上記VHは、配列番号5と比較して、KabatナンバリングでF32L/W100Fアミノ酸置換を含むバリアント可変重ドメインであり;上記VLは、配列番号168と比較して、KabatナンバリングでN27dH/K30Y/S93Tを含むバリアント可変軽ドメインである、標的化IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質。
15.上記VHが配列番号318のアミノ酸配列を含み、上記VLが配列番号176のアミノ酸配列を含む、段落14に記載の融合タンパク質。
16.第1のバリアントFcドメインが、ヒンジドメインの全部又は一部を含む、段落14又は15に記載の融合タンパク質。
17.第1のモノマーが、IL-15ドメインと第1のバリアントFcドメインとの間に第2のドメインリンカーをさらに含む、段落14~16のいずれか一つに記載の融合タンパク質。
18.段落1~17のいずれか一つに記載の融合タンパク質であって、上記第1のバリアントFcドメイン及び第2のバリアントFcドメインが、S364K/E357Q:L368D/K370S;L368D/K370S:S364K;L368E/K370S:S364K;T411E/K360E/Q362E:D401K;L368D/K370S:S364K/E357L,K370S:S364K/E357Q,T366S/L368A/Y407V:T366W及びT366S/L368A/Y407V/Y349C:T366W/S354C(EUナンバリングによる)からなる群から選択されるアミノ酸置換を含む、融合タンパク質。
19.EUナンバリングで、上記第1のバリアントFcドメインがL368D/K370Sを含み、上記第2のバリアントFcドメインがS364K/E357Qを含む、段落18に記載の融合タンパク質。
20.上記第1のバリアントFcドメイン及び第2のバリアントFcドメインがそれぞれ独立して、EUナンバリングで、G236R/L328R、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K/A327G、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K/A327G及びE233P/L234V/L235A/G236delからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む、段落1~19のいずれか一つに記載の融合タンパク質。
21.第1のバリアントFcドメイン及び第2のバリアントFcドメインはそれぞれ、EUナンバリングでアミノ酸置換E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含む、段落20に記載の融合タンパク質。
22.上記第1のFcドメインが、EUナンバリングでアミノ酸置換Q295E/N384D/Q418E/N481Dを含む、段落1~21のいずれか一つに記載の融合タンパク質。
23.第1のバリアントFcドメイン及び第2のバリアントFcドメインがそれぞれ、EUナンバリングでアミノ酸置換M428L/N434Sを含む、段落1~22のいずれか一つに記載の融合タンパク質。
24.第1のモノマーが配列番号225のアミノ酸配列を含み、上記第2のモノマーが配列番号244のアミノ酸配列を含み、上記第3のモノマーが配列番号196のアミノ酸配列を含む、段落1、8及び14のいずれか一つに記載の融合タンパク質。
25.核酸組成物であって、
a)段落1~24のいずれか一つに記載の上記第1のモノマーをコードする第1の核酸分子;
b)段落1~24のいずれか一つに記載の上記第2のモノマーをコードする第2の核酸分子;及び/又は
c)段落1~24のいずれか一つに記載の上記第3のモノマーをコードする第3の核酸分子
をそれぞれ含む、核酸組成物。
26.発現ベクター組成物であって、
a)段落25に記載の上記第1の核酸分子を含む第1の発現ベクター;
b)段落25に記載の上記第2の核酸分子を含む第2の発現ベクター;及び/又は
c)段落25に記載の上記第3の核酸分子を含む第3の発現ベクター
を含む、発現ベクター組成物。
27.段落25に記載の上記第1の核酸分子、段落25に記載の上記第2の核酸分子、及び段落25に記載の上記第3の核酸分子を含む、発現ベクター。
28.段落26に記載の発現ベクター組成物又は段落27に記載の発現ベクターを含む宿主細胞。
29.28に記載の宿主細胞を、上記融合タンパク質が産生される条件下で培養すること、及び上記融合タンパク質を回収することを含む、融合タンパク質を作製する方法。
30.標的化IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質であって、
a)N末端からC末端に向かって以下を含む、第1のモノマー:
i)IL-15 Rα sushiドメインタンパク質;
ii)第1のドメインリンカー;
iii)配列番号2と比較して、N71Q、N79Q、N112Q、S114del及びS114Aからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む、バリアントIL-15タンパク質;及び
iv)第1のバリアントFcドメイン;
b)VH-CH1-ヒンジ-CH2-CH3を含む重鎖を含む第2のモノマーであって、該CH2-CH3が第2のバリアントFcドメインである、第2のモノマー;並びに
c)VL-CLを含む軽鎖を含む第3のモノマー;
を含み、
上記VHドメイン及びVLドメインが、ヒトPD-1に結合する抗原結合ドメインを形成し、上記VHは、配列番号5と比較して、KabatナンバリングでW100Fアミノ酸置換と、F32L、S52aG、R97E、R97Y、R97W、L98R、S100aT、R97A、V99T、V99L、S100aA、L98Q、R97Q、V99F、V99L、S100aN、V99I、P100bS、G96H、L98V、V99A、V99Q、G96V、R97K、L98S、L98F、R97T、L98K、L98S、V99I、R97L、G96A、R97A、V99S、R97S、V99Y、R97H、L98Rからなる群から選択される少なくとも1つのさらなるアミノ酸置換とを含むバリアント可変重ドメインであり、上記VLドメインは、以下:
i)配列番号168;及び
ii)配列番号168と比較して、Kabatナンバリングで、N27dH、N27dS、K30Y、S93T及びY94Wからなる群から選択されるアミノ酸置換を含むバリアント軽ドメイン;からなる群から選択され、
上記バリアントIL-15タンパク質は、N71Q/N79Q、N71Q/N79Q/N112Q、N71Q/N79Q/S114del及びN71Q/N79Q/S114Aからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む、標的化IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質。
31.上記バリアントIL-15タンパク質が、D30N/E64Q/N65D、N1D/N4D/D8N、N1D/N4D/N65D、N1D/D30N、N1D/D61N、N1D/D61N/E64Q/Q108E、N1D/E64Q、N1D/N65D、N1D/Q108E、N4D/D30N、N4D/D61N、N4D/D61N/N65D、N4D/D61N/E64Q/Q108E、N4D/E64Q、N4D/N65D、D8N/D61N、D8N/E64Q、D30N/E64Q、D30N/N65D、D30N/Q180E、D61N/E64Q/N65D、E64Q/N65D、E64Q/Q108E及びN65D/Q108Eからなる群から選択されるアミノ酸置換をさらに含む、段落30に記載の融合タンパク質。
32.上記バリアント重ドメインが配列番号318のアミノ酸配列を含み、上記バリアント軽ドメインが配列番号176のアミノ酸配列を含む、段落30又は31に記載の融合タンパク質。
33.上記バリアントIL-15タンパク質が、アミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Qを含む、段落30~32のいずれか一つに記載の融合タンパク質。
34.上記バリアントIL-15タンパク質が、アミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Q及びD30N/N65Dを含む、段落30~33のいずれか一つに記載の融合タンパク質。
35.上記バリアントIL-15タンパク質が、アミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Q及びD30N/E64Q/N65Dを含む、段落30~34のいずれか一つに記載の融合タンパク質。
36.上記バリアント重ドメインがH1.176であり、上記バリアント軽ドメインがL1.140であり、上記バリアントIL-15タンパク質がアミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Q及びD30N/N65Dを含む、段落30~35のいずれか一つに記載の融合タンパク質。
37.上記バリアント重ドメインがH1.176であり、上記バリアント軽ドメインがL1.140であり、上記バリアントIL-15タンパク質がアミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Q及びD30N/E64Q/N65Dを含む、段落30~36のいずれか一つに記載の融合タンパク質。
38.上記第1のドメインリンカーがGGGGA(配列番号8)を含む、段落30~37のいずれか一つに記載の融合タンパク質。
39.第1のバリアントFcドメインが、ヒンジドメインの全部又は一部を含む、段落30~38のいずれか一つに記載の融合タンパク質。
40.第1のモノマーが、IL-15ドメインと第1のバリアントFcドメインとの間に第2のドメインリンカーをさらに含む、段落30~39のいずれか一つに記載の融合タンパク質。
41.段落30~40のいずれか一つに記載の融合タンパク質であって、上記第1のバリアントFcドメイン及び第2のバリアントFcドメインが、S364K/E357Q:L368D/K370S;L368D/K370S:S364K;L368E/K370S:S364K;T411E/K360E/Q362E:D401K;L368D/K370S:S364K/E357L,K370S:S364K/E357Q,T366S/L368A/Y407V:T366W及びT366S/L368A/Y407V/Y349C:T366W/S354C(EUナンバリングによる)からなる群から選択されるアミノ酸置換を含む、融合タンパク質。
42.EUナンバリングで、上記第1のバリアントFcドメインがL368D/K370Sを含み、上記第2のバリアントFcドメインがS364K/E357Qを含む、段落41に記載の融合タンパク質。
43.上記第1のバリアントFcドメイン及び第2のバリアントFcドメインがそれぞれ独立して、EUナンバリングで、G236R/L328R、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K/A327G、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K/A327G及びE233P/L234V/L235A/G236delからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む、段落30~42のいずれか一つに記載の融合タンパク質。
44.第1のバリアントFcドメイン及び第2のバリアントFcドメインはそれぞれ、EUナンバリングでアミノ酸置換E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含む、段落43に記載の融合タンパク質。
45.上記第1のFcドメインが、EUナンバリングでアミノ酸置換Q295E/N384D/Q418E/N481Dを含む、段落30~44のいずれか一つに記載の融合タンパク質。
46.第1のバリアントFcドメイン及び第2のバリアントFcドメインがそれぞれ、EUナンバリングでアミノ酸置換M428L/N434Sを含む、段落30~45のいずれか一つに記載の融合タンパク質。
47.第1のモノマーが、配列番号225のアミノ酸配列を含む、段落30~46のいずれか一つに記載の融合タンパク質。
48.第2のモノマーが、配列番号244のアミノ酸配列を含む、段落30~47のいずれか一つに記載の融合タンパク質。
49.第3のモノマーが、配列番号196のアミノ酸配列を含む、段落30~48のいずれか一つに記載の融合タンパク質。
50.第1のモノマーが配列番号225のアミノ酸配列を含み、第2のモノマーが配列番号244のアミノ酸配列を含み、第3のモノマーが配列番号196のアミノ酸配列を含む、段落30~49のいずれか一つに記載の融合タンパク質。
51.核酸組成物であって、
a)段落30~50のいずれか一つに記載の上記第1のモノマーをコードする第1の核酸分子;
b)段落30~50のいずれか一つに記載の上記第2のモノマーをコードする第2の核酸分子;及び/又は
c)段落30~50のいずれか一つに記載の上記第3のモノマーをコードする第3の核酸分子
を含む、核酸組成物。
52.発現ベクター組成物であって、
a)段落51に記載の上記第1の核酸分子を含む第1の発現ベクター;
b)段落51に記載の上記第2の核酸分子を含む第2の発現ベクター;及び/又は
c)段落51に記載の上記第3の核酸分子を含む第3の発現ベクター
を含む、発現ベクター組成物。
53.段落51に記載の上記第1の核酸分子、段落51に記載の上記第2の核酸分子、及び段落51に記載の上記第3の核酸分子を含む、発現ベクター。
54.段落52に記載の発現ベクター組成物又は段落53に記載の発現ベクターを含む宿主細胞。
55.段落54に記載の宿主細胞を、上記融合タンパク質が産生される条件下で培養すること、及び上記融合タンパク質を回収することを含む、融合タンパク質を作製する方法。
56.標的化IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質であって、
a)N末端からC末端に向かって以下を含む、第1のモノマー:
i)IL-15 Rα sushiドメインタンパク質;
ii)第1のドメインリンカー;
iii)バリアントIL-15タンパク質;及び
iv)第1のバリアントFcドメイン;
b)VH-CH1-ヒンジ-CH2-CH3を含む重鎖を含む第2のモノマーであって、該CH2-CH3が第2のバリアントFcドメインである、第2のモノマー;並びに
c)VL-CLを含む軽鎖を含む第3のモノマー;
を含み、
上記VHドメイン及びVLドメインが、ヒトPD-1に結合する抗原結合ドメインを形成し、上記VHは、配列番号5と比較して、KabatナンバリングでW100Fアミノ酸置換と、F32L、S52aG、R97E、R97Y、R97W、L98R、S100aT、R97A、V99T、V99L、S100aA、L98Q、R97Q、V99F、V99L、S100aN、V99I、P100bS、G96H、L98V、V99A、V99Q、G96V、R97K、L98S、L98F、R97T、L98K、L98S、V99I、R97L、G96A、R97A、V99S、R97S、V99Y、R97H、L98Rからなる群から選択される少なくとも1つのさらなるアミノ酸置換とを含むバリアント可変重ドメインであり、上記VLドメインは、以下:
i)配列番号168;及び
ii)配列番号168と比較して、Kabatナンバリングで、N27dH、N27dS、K30Y、S93T及びY94Wからなる群から選択されるアミノ酸置換を含むバリアント軽ドメイン
からなる群から選択される、標的化IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質。
57.上記バリアント重ドメインが、H1.176、H1.177、H1.178、H1.179、H1.180、H1.181、H1.182、H1.183、H1.184、H1.185、H1.186、H1.187、H1.188、H1.189、H1.190、H1.191、H1.192、H1.193、H1.194、H1.195、H1.196、H1.197、H1.198、H1.199、H1.200、H1.201、H1.202、H1.203、H1.204、H1.205、H1.206、H1.207、H1.208、H1.209、H1.210、H1.211、H1.212、H1.213、H1.214、H1.215、H1.216、H1.217、H1.218、H1.219、H1.220、H1.221、H1.222、H1.223及びH1.224からなる群から選択される、段落56に記載の融合タンパク質。
58.上記バリアント軽ドメインが、L1.1、L1.3、L1.45、L1.117、L1.129、L1.135、L1.136及びL1.140からなる群から選択される、段落56又は57に記載の融合タンパク質。
59.上記バリアント重ドメインが配列番号318のアミノ酸配列を含み、上記バリアント軽ドメインが配列番号176のアミノ酸配列を含む、段落56~58のいずれか一つに記載の融合タンパク質。
60.第1のバリアントFcドメインが、ヒンジドメインの全部又は一部を含む、段落56~59のいずれか一つに記載の融合タンパク質。
61.第1のモノマーが、IL-15ドメインと第1のバリアントFcドメインとの間に第2のドメインリンカーをさらに含む、段落56~60のいずれか一つに記載の融合タンパク質。
62.段落56~61のいずれか一つに記載の融合タンパク質であって、上記第1のバリアントFcドメイン及び第2のバリアントFcドメインが、S364K/E357Q:L368D/K370S;L368D/K370S:S364K;L368E/K370S:S364K;T411E/K360E/Q362E:D401K;L368D/K370S:S364K/E357L,K370S:S364K/E357Q,T366S/L368A/Y407V:T366W及びT366S/L368A/Y407V/Y349C:T366W/S354C(EUナンバリングによる)からなる群から選択されるアミノ酸置換を含む、融合タンパク質。
63.EUナンバリングで、上記第1のバリアントFcドメインがL368D/K370Sを含み、上記第2のバリアントFcドメインがS364K/E357Qを含む、段落62に記載の融合タンパク質。
64.上記第1のバリアントFcドメイン及び第2のバリアントFcドメインがそれぞれ独立して、EUナンバリングで、G236R/L328R、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K/A327G、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K/A327G及びE233P/L234V/L235A/G236delからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む、段落56~63のいずれか一つに記載の融合タンパク質。
65.第1のバリアントFcドメイン及び第2のバリアントFcドメインはそれぞれ、EUナンバリングでアミノ酸置換E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含む、段落64に記載の融合タンパク質。
66.上記第1のFcドメインが、EUナンバリングでアミノ酸置換Q295E/N384D/Q418E/N481Dを含む、段落56~65のいずれか一つに記載の融合タンパク質。
67.第1のバリアントFcドメイン及び第2のバリアントFcドメインがそれぞれ、EUナンバリングでアミノ酸置換M428L/N434Sを含む、段落56~66のいずれか一つに記載の融合タンパク質。
68.核酸組成物であって、
a)段落56~67のいずれか一つに記載の上記第1のモノマーをコードする第1の核酸分子;
b)段落56~67のいずれか一つに記載の上記第2のモノマーをコードする第2の核酸分子;及び/又は
c)段落56~67のいずれか一つに記載の上記第3のモノマーをコードする第3の核酸分子
を含む、核酸組成物。
69.発現ベクター組成物であって、
a)段落68に記載の上記第1の核酸分子を含む第1の発現ベクター;
b)段落68に記載の上記第2の核酸分子を含む第2の発現ベクター;及び/又は
c)段落68に記載の上記第3の核酸分子を含む第3の発現ベクター
を含む、発現ベクター組成物。
70.段落68に記載の上記第1の核酸分子、段落68に記載の上記第2の核酸分子、及び段落68に記載の上記第3の核酸分子を含む、発現ベクター。
71.段落69に記載の発現ベクター組成物又は段落70に記載の発現ベクターを含む宿主細胞。
72.段落71に記載の宿主細胞を、上記融合タンパク質が産生される条件下で培養すること、及び上記融合タンパク質を回収することを含む、融合タンパク質を作製する方法。
73.標的化IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質であって、
a)N末端からC末端に向かって以下を含む、第1のモノマー:
i)IL-15 Rα sushiドメインタンパク質;
ii)第1のドメインリンカー;
iii)配列番号2と比較して、N71Q、N79Q、N112Q、S114del及びS114Aからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む、バリアントIL-15タンパク質;及び
iv)第1のバリアントFcドメイン;
b)VH-CH1-ヒンジ-CH2-CH3を含む重鎖を含む第2のモノマーであって、該CH2-CH3が第2のバリアントFcドメインである、第2のモノマー;並びに
c)VL-CLを含む軽鎖を含む第3のモノマー;
を含み、
上記VHドメイン及びVLドメインが、ヒトPD-1に結合し上記ヒトPD-1への結合についてニボルマブ及び/又はペンブロリズマブと競合しない抗原結合ドメインを形成する、標的化IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質。
74.上記バリアントIL-15タンパク質が、N71Q/N79Q、N71Q/N79Q/N112Q、N71Q/N79Q/S114del及びN71Q/N79Q/S114Aからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む、段落73に記載の融合タンパク質。
75.上記バリアントIL-15タンパク質が、N1D/N4D/D8N、N1D/N4D/N65D、N1D/D30N、N1D/D61N、N1D/D61N/E64Q/Q108E、N1D/E64Q、N1D/N65D、N1D/Q108E、N4D/D30N、N4D/D61N、N4D/D61N/N65D、N4D/D61N/E64Q/Q108E、N4D/E64Q、N4D/N65D、D8N/D61N、D8N/E64Q、D30N/E64Q、D30N/N65D、D30N/E64Q/N65D、D30N/Q180E、D61N/E64Q/N65D、E64Q/N65D、E64Q/Q108E及びN65D/Q108Eからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む、段落73又は74に記載の融合タンパク質。
76.上記バリアントIL-15タンパク質が、アミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Qを含む、段落73~75のいずれか一つに記載の融合タンパク質。
77.上記バリアントIL-15タンパク質が、アミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Q及びD30N/N65Dを含む、段落73~76のいずれか一つに記載の融合タンパク質。
78.上記バリアントIL-15タンパク質が、アミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Q及びD30N/E64Q/N65Dを含む、段落73~77のいずれか一つに記載の融合タンパク質。
79.上記第1のドメインリンカーがGGGGA(配列番号8)である、段落73~78のいずれか一つに記載の融合タンパク質。
80.第1のバリアントFcドメインが、ヒンジドメインの全部又は一部を含む、段落73~79のいずれか一つに記載の融合タンパク質。
81.第1のモノマーが、IL-15ドメインと第1のバリアントFcドメインとの間に第2のドメインリンカーをさらに含む、段落73~80のいずれか一つに記載の融合タンパク質。
82.段落73~81のいずれか一つに記載の融合タンパク質であって、上記第1のバリアントFcドメイン及び第2のバリアントFcドメインが、S364K/E357Q:L368D/K370S;L368D/K370S:S364K;L368E/K370S:S364K;T411E/K360E/Q362E:D401K;L368D/K370S:S364K/E357L,K370S:S364K/E357Q,T366S/L368A/Y407V:T366W及びT366S/L368A/Y407V/Y349C:T366W/S354C(EUナンバリングによる)からなる群から選択されるアミノ酸置換を含む、融合タンパク質。
83.EUナンバリングで、上記第1のバリアントFcドメインがL368D/K370Sを含み、上記第2のバリアントFcドメインがS364K/E357Qを含む、段落82に記載の融合タンパク質。
84.上記第1のバリアントFcドメイン及び第2のバリアントFcドメインがそれぞれ独立して、EUナンバリングで、G236R/L328R、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K/A327G、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K/A327G及びE233P/L234V/L235A/G236delからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む、段落73~83のいずれか一つに記載の融合タンパク質。
85.第1のバリアントFcドメイン及び第2のバリアントFcドメインはそれぞれ、EUナンバリングでアミノ酸置換E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含む、段落84に記載の融合タンパク質。
86.上記第1のFcドメインが、EUナンバリングでアミノ酸置換Q295E/N384D/Q418E/N481Dを含む、段落73~85のいずれか一つに記載の融合タンパク質。
87.第1のバリアントFcドメイン及び第2のバリアントFcドメインがそれぞれ、EUナンバリングでアミノ酸置換M428L/N434Sを含む、段落73~86のいずれか一つに記載の融合タンパク質。
88.核酸組成物であって、
a)段落73~87のいずれか一つに記載の上記第1のモノマーをコードする第1の核酸分子;
b)段落73~87のいずれか一つに記載の上記第2のモノマーをコードする第2の核酸分子;及び/又は
c)段落73~87のいずれか一つに記載の上記第3のモノマーをコードする第3の核酸分子
を含む、核酸組成物。
89.発現ベクター組成物であって、
a)段落88に記載の上記第1の核酸分子を含む第1の発現ベクター;
b)段落88に記載の上記第2の核酸分子を含む第2の発現ベクター;及び/又は
c)段落88に記載の上記第3の核酸分子を含む第3の発現ベクター
を含む、発現ベクター組成物。
90.段落88に記載の上記第1の核酸分子、段落88に記載の上記第2の核酸分子、及び段落88に記載の上記第3の核酸分子を含む、発現ベクター。
91.段落89に記載の発現ベクター組成物又は段落90に記載の発現ベクターを含む宿主細胞。
92.段落91に記載の宿主細胞を、上記融合タンパク質が産生される条件下で培養すること、及び上記融合タンパク質を回収することを含む、融合タンパク質を作製する方法。
93.抗PD-1抗原結合ドメイン(ABD)を含む組成物であって、
a)配列番号5と比較して、Kabatナンバリングで、W100Fアミノ酸置換と、F32L、S52aG、R97E、R97Y、R97W、L98R、S100aT、R97A、V99T、V99L、S100aA、L98Q、R97Q、V99F、V99L、S100aN、V99I、P100bS、G96H、L98V、V99A、V99Q、G96V、R97K、L98S、L98F、R97T、L98K、L98S、V99I、R97L、G96A、R97A、V99S、R97S、V99Y、R97H、L98Rからなる群から選択される少なくとも1つのさらなるアミノ酸置換とを含むバリアント可変重ドメイン;並びに
b)可変軽ドメインであって、
i)配列番号168;及び
ii)配列番号168と比較して、Kabatナンバリングで、N27dH、N27dS、K30Y、S93T及びY94Wからなる群から選択されるアミノ酸置換を含むバリアント軽ドメイン;からなる群から選択される可変軽ドメイン
を含み、
上記ABDがヒトPD-1に結合する、組成物。
94.上記バリアント重ドメインが、Kabatナンバリングで、アミノ酸置換F32L/W100Fを有し、上記バリアント軽ドメインが、Kabatナンバリングでアミノ酸置換N27dH/K30Y/S93Tを有する、段落93に記載の組成物。
95.上記バリアント重ドメインが、H1.176、H1.177、H1.178、H1.179、H1.180、H1.181、H1.182、H1.183、H1.184、H1.185、H1.186、H1.187、H1.188、H1.189、H1.190、H1.191、H1.192、H1.193、H1.194、H1.195、H1.196、H1.197、H1.198、H1.199、H1.200、H1.201、H1.202、H1.203、H1.204、H1.205、H1.206、H1.207、H1.208、H1.209、H1.210、H1.211、H1.212、H1.213、H1.214、H1.215、H1.216、H1.217、H1.218、H1.219、H1.220、H1.221、H1.222、H1.223及びH1.224からなる群から選択される、段落93又は94に記載の組成物。
96.上記バリアント軽ドメインが、L1.1、L1.3、L1.45、L1.117、L1.129、L1.135、L1.136及びL1.140からなる群から選択される、段落93~95のいずれか一つに記載の組成物。
97.上記バリアント重ドメインが配列番号318のアミノ酸配列を含み、上記バリアント軽ドメインが配列番号176のアミノ酸配列を含む、段落93~96のいずれか一つに記載の組成物。
98.上記組成物が全長抗PD-1抗体を含む、段落93~97のいずれか一つに記載の組成物。
99.上記組成物が融合タンパク質を含む、段落93~98のいずれか一つに記載の組成物。
100.上記融合タンパク質がXENP32435である、段落99に記載の組成物。
101.核酸組成物であって、
a)段落93~100のいずれか一つに記載の上記可変軽ドメインをコードする第1の核酸分子;及び/又は
b)段落93~100のいずれか一つに記載の上記可変重ドメインをコードする第2の核酸分子
を含む、核酸組成物。
102.発現ベクター組成物であって、
a)段落101に記載の上記第1の核酸分子を含む第1の発現ベクター;及び/又は
b)段落101に記載の上記第2の核酸分子を含む第2の発現ベクター
を含む、発現ベクター組成物。
103.段落101に記載の上記第1の核酸分子及び段落101に記載の上記第2の核酸分子を含む発現ベクター。
104.段落102に記載の発現ベクター組成物又は段落103に記載の発現ベクターを含む宿主細胞。
105.抗PD-1抗原結合ドメイン(ABD)を含む組成物を作製する方法であって、上記融合タンパク質が産生される条件下で段落104に記載の宿主細胞を培養すること、及び上記融合タンパク質を回収することを含む、方法。
106.配列番号2と比較してバリアントIL-15タンパク質を含む組成物であって、上記バリアントIL-15タンパク質が、N71Q、N79Q、N112Q、S114del及びS114Aからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む、組成物。
107.上記バリアントIL-15タンパク質が、N1D、N4D、D8N、D30N、D61N、E64Q、N65D及びQ108Eからなる群から選択されるアミノ酸置換をさらに含む、段落106に記載の組成物。
108.上記バリアントIL-15タンパク質が、N71Q/N79Q、N71Q/N79Q/N112Q、N71Q/N79Q/S114del及びN71Q/N79Q/S114Aからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む、段落106又は107に記載の組成物。
109.上記バリアントIL-15タンパク質が、N1D/N4D/D8N、N1D/N4D/N65D、N1D/D30N、N1D/D61N、N1D/D61N/E64Q/Q108E、N1D/E64Q、N1D/N65D、N1D/Q108E、N4D/D30N、N4D/D61N、N4D/D61N/N65D、N4D/D61N/E64Q/Q108E、N4D/E64Q、N4D/N65D、D8N/D61N、D8N/E64Q、D30N/E64Q、D30N/N65D、D30N/E64Q/N65D、D30N/Q180E、D61N/E64Q/N65D、E64Q/N65D、E64Q/Q108E及びN65D/Q108Eからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む、段落106~108のいずれか一つに記載の組成物。
110.上記バリアントIL-15タンパク質が、アミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Qを含む、段落106~109のいずれか一つに記載の組成物。
111.上記バリアントIL-15タンパク質が、アミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Q及びD30N/N65Dを含む、段落106~110のいずれか一つに記載の組成物。
112.上記バリアントIL-15タンパク質が、アミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Q及びD30N/E64Q/N65Dを含む、段落106~111のいずれか一つに記載の組成物。
113.段落106~112のいずれか一つに記載の上記バリアントIL-15タンパク質をコードする核酸分子を含む核酸組成物。
114.段落113に記載の上記核酸分子を含む発現ベクター。
115.段落114に記載の発現ベクターを含む宿主細胞。
116.バリアントIL-15タンパク質を含む組成物を作製する方法であって、上記融合タンパク質が産生される条件下で段落115に記載の宿主細胞を培養すること、及び上記融合タンパク質を回収することを含む、方法。
117.ヘテロ二量体タンパク質であって、
a)以下を含む第1の融合タンパク質:
i)配列番号2と比較してアミノ酸置換D30N/E64Q/N65D及びN71Q/N79Q/N112Qを含むバリアントIL-15タンパク質;
ii)ドメインリンカー;及び
iii)第1のバリアントFcドメイン;並びに
b)以下を含む第2の融合タンパク質:
i)IL-15Rα sushiドメイン;
ii)ドメインリンカー;及び
iii)第2のバリアントFcドメイン、
を含むヘテロ二量体タンパク質。
118.上記バリアントIL-15タンパク質が配列番号319のアミノ酸配列を含む、段落117に記載のヘテロ二量体タンパク質。
119.段落117又は118に記載のヘテロ二量体タンパク質であって、上記第1のバリアントFcドメイン及び第2のバリアントFcドメインが、S364K/E357Q:L368D/K370S;L368D/K370S:S364K;L368E/K370S:S364K;T411E/K360E/Q362E:D401K;L368D/K370S:S364K/E357L,K370S:S364K/E357Q,T366S/L368A/Y407V:T366W及びT366S/L368A/Y407V/Y349C:T366W/S354C(EUナンバリングによる)からなる群から選択されるアミノ酸置換を含む、ヘテロ二量体タンパク質。
120.EUナンバリングで、上記第1のバリアントFcドメインがL368D/K370Sを含み、上記第2のバリアントFcドメインがS364K/E357Qを含む、段落119に記載のヘテロ二量体タンパク質。
121.上記第1のバリアントFcドメイン及び第2のバリアントFcドメインが428L/434Sを含む、段落117~120のいずれか一つに記載の融合タンパク質。
122.上記第1の融合タンパク質が配列番号208のアミノ酸配列を含み、上記第2の融合タンパク質が配列番号95のアミノ酸配列を含む、段落117に記載の融合タンパク質。
123.上記第1の融合タンパク質が配列番号211のアミノ酸配列を含み、上記第2の融合タンパク質が配列番号206のアミノ酸配列を含む、段落117に記載の融合タンパク質。
124.段落1~24、30~50、56~67、及び73~87のいずれか一つに記載の融合タンパク質と、薬学的に許容され得る担体とを含む医薬組成物。
125.段落93~100のいずれか一つに記載の抗PD-1抗原結合ドメイン(ABD)を含む組成物と、薬学的に許容され得る担体とを含む医薬組成物。
126.段落106~112のいずれか一つに記載のバリアントIL-15タンパク質を含む組成物と、薬学的に許容され得る担体とを含む医薬組成物。
127.段落117~123のいずれか一つに記載のヘテロ二量体タンパク質と、薬学的に許容され得る担体とを含む医薬組成物。
128.治療有効量の、段落1~24、30~50、56~67及び73~87のいずれか一つに記載の融合タンパク質又は段落124に記載の医薬組成物を、がんの処置を必要とする対象に投与することを含む、対象におけるがんを処置する方法。
129.治療有効量のチェックポイント遮断抗体を投与することをさらに含む、段落128に記載の方法。
130.チェックポイント遮断抗体が抗PD-1抗体又は抗PD-L1抗体である、段落129に記載の方法。
131.チェックポイント遮断抗体がニボルマブ又はペンブロリズマブである、段落130に記載の方法。
132.治療有効量の、段落93~100のいずれか一つに記載の抗PD-1抗原結合ドメイン(ABD)を含む組成物又は段落125に記載の医薬組成物を、がんの処置を必要とする対象に投与することを含む、対象におけるがんを処置する方法。
133.治療有効量のチェックポイント遮断抗体を投与することをさらに含む、段落132に記載の方法。
134.チェックポイント遮断抗体が抗PD-1抗体又は抗PD-L1抗体である、段落133に記載の方法。
135.チェックポイント遮断抗体がニボルマブ又はペンブロリズマブである、段落134に記載の方法。
136.治療有効量の、段落106~112のいずれか一つに記載のバリアントIL-15タンパク質を含む組成物又は段落126に記載の医薬組成物を、がんの処置を必要とする対象に投与することを含む、対象におけるがんを処置する方法。
137.治療有効量のチェックポイント遮断抗体を投与することをさらに含む、段落136に記載の方法。
138.チェックポイント遮断抗体が抗PD-1抗体又は抗PD-L1抗体である、段落137に記載の方法。
139.チェックポイント遮断抗体がニボルマブ又はペンブロリズマブである、段落138に記載の方法。
140.治療有効量の、段落117~123のいずれか一つに記載のヘテロ二量体タンパク質又は段落127に記載の医薬組成物を、がんの処置を必要とする対象に投与することを含む、対象におけるがんを処置する方法。
141.治療有効量のチェックポイント遮断抗体を投与することをさらに含む、段落140に記載の方法。
142.チェックポイント遮断抗体が抗PD-1抗体又は抗PD-L1抗体である、段落141に記載の方法。
143.チェックポイント遮断抗体がニボルマブ又はペンブロリズマブである、段落142に記載の方法。
144.段落1~24、30~50、56~67及び73~87のいずれか一項に記載の融合タンパク質又は段落124に記載の医薬組成物の、がんの処置を必要とする対象におけるがんの処置のための医薬の製造における使用。
145.医薬が、治療有効量のチェックポイント遮断抗体と組み合わせて投与されるように製剤化される、段落144に記載の使用。
146.チェックポイント遮断抗体が抗PD-1抗体又は抗PD-L1抗体である、段落145に記載の使用。
147.チェックポイント遮断抗体がニボルマブ又はペンブロリズマブである、段落146に記載の使用。
148.段落93~100のいずれか一つに記載の抗PD-1抗原結合ドメイン(ABD)を含む組成物又は段落124に記載の医薬組成物の、がんの処置を必要とする対象におけるがんの処置のための医薬の製造における使用。
149.医薬が、治療有効量のチェックポイント遮断抗体と組み合わせて投与されるように製剤化される、段落148に記載の使用。
150.チェックポイント遮断抗体が抗PD-1抗体又は抗PD-L1抗体である、段落149に記載の使用。
151.チェックポイント遮断抗体がニボルマブ又はペンブロリズマブである、段落150に記載の使用。
152.段落106~112のいずれか一つに記載のバリアントIL-15タンパク質を含む組成物又は段落126に記載の医薬組成物の、がんの処置を必要とする対象におけるがんの処置のための医薬の製造における使用。
153.医薬が、治療有効量のチェックポイント遮断抗体と組み合わせて投与されるように製剤化される、段落152に記載の使用。
154.チェックポイント遮断抗体が抗PD-1抗体又は抗PD-L1抗体である、段落153に記載の使用。
155.チェックポイント遮断抗体がニボルマブ又はペンブロリズマブである、段落154に記載の使用。
156.段落117~123のいずれか一つに記載のヘテロ二量体タンパク質又は段落127に記載の医薬組成物の、がんの処置を必要とする対象におけるがんの処置のための医薬の製造における使用。
157.医薬が、治療有効量のチェックポイント遮断抗体と組み合わせて投与されるように製剤化される、段落156に記載の使用。
158.チェックポイント遮断抗体が抗PD-1抗体又は抗PD-L1抗体である、段落157に記載の使用。
159.チェックポイント遮断抗体がニボルマブ又はペンブロリズマブである、段落158に記載の使用。
160.がんの処置を必要とする対象におけるがんの処置での使用のための、段落1~24、30~50、56~67及び73~87のいずれか一つに記載の融合タンパク質又は段落124に記載の医薬組成物。
161.治療有効量のチェックポイント遮断抗体と組み合わせて投与される、段落160に記載の、使用のための融合タンパク質又は医薬組成物。
162.チェックポイント遮断抗体が抗PD-1抗体又は抗PD-L1抗体である、段落161に記載の、使用のための融合タンパク質又は医薬組成物。
163.チェックポイント遮断抗体がニボルマブ又はペンブロリズマブである、段落162に記載の、使用のための融合タンパク質又は医薬組成物。
164.がんの処置を必要とする対象におけるがんの処置での使用のための、段落93~100のいずれか一つに記載の抗PD-1抗原結合ドメイン(ABD)を含む組成物又は段落125に記載の医薬組成物。
165.治療有効量のチェックポイント遮断抗体と組み合わせて投与される、段落164に記載の、使用のための抗PD-1 ABDを含む組成物又は医薬組成物。
166.チェックポイント遮断抗体が抗PD-1抗体又は抗PD-L1抗体である、段落165に記載の、使用のための抗PD-1 ABDを含む組成物又は医薬組成物。
167.チェックポイント遮断抗体がニボルマブ又はペンブロリズマブである、段落166に記載の、使用のための抗PD-1 ABDを含む組成物又は医薬組成物。
168.がんの処置を必要とする対象におけるがんの処置での使用のための、段落106~112のいずれか一つに記載のバリアントIL-15タンパク質を含む組成物又は段落126に記載の医薬組成物。
169.治療有効量のチェックポイント遮断抗体と組み合わせて投与される、段落168に記載の、使用のためのバリアントIL-15タンパク質を含む組成物又は医薬組成物。
170.チェックポイント遮断抗体が抗PD-1抗体又は抗PD-L1抗体である、段落169に記載の、使用のためのバリアントIL-15タンパク質を含む組成物又は医薬組成物。
171.チェックポイント遮断抗体がニボルマブ又はペンブロリズマブである、段落170に記載の、使用のためのバリアントIL-15タンパク質を含む組成物又は医薬組成物。
172.がんの処置を必要とする対象におけるがんの処置での使用のための、段落117~123のいずれか一つに記載のヘテロ二量体タンパク質又は段落126に記載の医薬組成物。
173.治療有効量のチェックポイント遮断抗体と組み合わせて投与される、段落172に記載の、使用のためのヘテロ二量体タンパク質又は医薬組成物。
174.チェックポイント遮断抗体が抗PD-1抗体又は抗PD-L1抗体である、段落173に記載の、使用のためのヘテロ二量体タンパク質又は医薬組成物。
175.チェックポイント遮断抗体がニボルマブ又はペンブロリズマブである、段落174に記載の、使用のためのヘテロ二量体タンパク質又は医薬組成物。
XIV.実施例
本発明を説明するために、実施例を以下に提供する。これらの実施例は、本発明を特定の用途又は動作理論に限定することを意味するものではない。本発明で論じられる全ての定常領域位置について、ナンバリングはKabatのようなEUインデックスに従う(参照により全体が組み込まれる、Kabat et al.,1991,Sequences of Proteins of Immunological Interest,5th Ed.,United States Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda)。抗体の当業者は、この慣例が、免疫グロブリンファミリーにおける保存された位置に対する正規化された参照を可能にする、免疫グロブリン配列の特定の領域における非連続的なナンバリングからなることを理解するであろう。したがって、EUインデックスによって定義される任意の所与の免疫グロブリンの位置は、その連続配列に必ずしも対応しない。
一般的及び具体的な科学技術は、米国特許出願公開第2015/0307629号、米国特許出願公開第2014/0288275号及び国際公開第2014/145806号に概説されており、これらの全ては、特にそこに概説されている技術について、その全体が参照により明示的に組み込まれる。2016年11月1日に出願された米国特許第62,416,087号の実施例1及び2は、対応する図を含め、その全体が参照により明示的に組み込まれる。
実施例1:IL-15/Rα-Fc
1A:IL-15/Rα-Fc融合タンパク質の操作
IL-15/IL-15Rαヘテロ二量体の短い半減期に対処するために、本発明者らは、Fc融合物(本明細書では、IL-15/Rα-Fc融合タンパク質と総称する)としてIL-15/IL-15Rα(sushi)複合体を、複合体の産生を促進し、複合体のFcRn媒介性の再利用を促進し、半減期を延長する目的で生成した。
IL-15又はIL-15Rαsushiドメインをコードするプラスミドを、標準的な遺伝子合成によって構築し、続いてFc融合パートナー(例えば、図10に示すような定常領域)を含むpTT 5発現ベクターにサブクローニングした。例示的なIL-15/Rα-Fc融合タンパク質フォーマットの図解を図13A~図13Gに示す。
IL-15/Rα-ヘテロFcフォーマット(図13A)の例示的なタンパク質はXENP20818であり、その配列は、このフォーマットのさらなるタンパク質の配列と共に図14に示されている。scIL-15/Rα-Fcフォーマット(図13B)の例示的なタンパク質はXENP21478であり、その配列を図15に示す。ncIL-15/Rα-Fcフォーマット(図13C)の例示的なタンパク質はXENP21479であり、その配列を図16に示す。
タンパク質を、HEK293E細胞における一過性トランスフェクションによって産生させ、プロテインAクロマトグラフィ及びイオン交換クロマトグラフィを含む2段階精製プロセスによって精製した。
scIL-15/Rα-Fcフォーマット(XENP21478)及びncIL-15/Rα-Fcフォーマット(XENP21479)の例示的なIL-15/Rα-Fc融合タンパク質を細胞増殖アッセイで試験した。ヒトPBMCを、示された濃度の試験物で処理した。処置の4日後、PBMCを抗CD8-FITC(RPA-T8)、抗CD4-PerCP/Cy5.5(OKT4)、抗CD27-PE(M-T271)、抗CD56-BV421(5.1H11)、抗CD16-BV421(3G8)及び抗CD45RA-BV605(Hi100)で染色して、以下の細胞型について判定した:CD4+T細胞、CD8+T細胞、及びNK細胞(CD56+/CD16+)。Ki67は、細胞増殖に厳密に関連するタンパク質であり、抗Ki67-APC(Ki-67)及びFoxp3/転写因子染色緩衝液セット(Thermo Fisher Scientific,Waltham,Mass.)を用いて細胞内Ki67の染色を行った。上記の細胞上のKi67のパーセンテージを、FACSを使用して測定した(図17A~図17Cに示す)。データは、例示的なIL-15/Rα-Fc融合タンパク質がCD8+T細胞及びNK細胞の強い増殖を誘導したことを示す。
1B:より低い効力のために操作されたIL-15/Rα-Fc融合タンパク質
PKをさらに改善し、半減期を延長するために、本発明者らは、IL-15/Rα-Fc融合物の効力を低下させると、抗原シンクが減少し、したがって循環半減期が増加すると推論した。IL-15:IL-2Rβ及びIL-15:共通γ鎖界面の結晶構造を調べることによって、並びにMOEソフトウェアを用いたモデル化によって、効力を低下させるために置換され得るこれらの界面における残基を予測した。図18は、本発明者らが(免疫原性のリスクを低下させるために)アイソステリック置換を操作した予測残基の位置を示すIL-15:受容体複合体の構造モデルを示す図である。効力を低下させることを目的として操作された例示的なIL-15バリアントの配列を図19に示す。
IL-15又はIL-15Rα(sushi)をコードするプラスミドを、標準的な遺伝子合成によって構築し、続いてFc融合パートナー(例えば、図10に示すような定常領域)を含むpTT5発現ベクターにサブクローニングした。上記のように同定された置換は、標準的な突然変異誘発技術によって組み込まれた。効力が低下するように操作された「scIL-15/Rα-Fc」フォーマットの例示的なIL-15/Rα-Fc融合タンパク質としては、XENP29281、XENP24050、XENP29284、XENP29285、XENP29286が挙げられ、その配列は図21に示されている。タンパク質を実施例1Aに一般的に記載されるように産生し、精製した。
1B(a):効力低下のために操作されたIL-15バリアントを含むscIL-15/Rα-Fc融合タンパク質のインビトロ活性
IL-15バリアントを含む例示的なscIL-15/Rα-Fc融合タンパク質を細胞増殖アッセイで試験した。ヒトPBMCを、示された濃度の示された試験物と共に3日間インキュベートした。インキュベーション後、PBMCを抗CD3-PE(OKT3)、抗CD4-FITC(RPA-T4)、抗CD8-eF660(SIDI8BEE)、抗CD16-BV421(3G8)、抗CD45RA-APC/Fire750(HI100)、抗CD56-BV605(5.1H11)、及び抗Ki67-PE/Cy7(Ki-67)で染色し、フローサイトメトリによって分析した。図22は、増殖を示すKi67を発現するCD4及びCD8 T細胞集団のパーセンテージを示す。
データは、効力を低下させる目的で操作されたIL-15バリアントを含む例示的なscIL-15/Rα-Fc融合物のいくつかが、WT IL-15を含むscIL-15/Rα-Fc融合物と比較して、低下した効力を示したことを示す。注目すべきことに、データは、IL-15(D30N/E64Q/N65D)バリアントを含むscIL-15/Rα-Fc融合物が、IL-15(N4D/N65D)又はIL-15(D30N/N65D)バリアントを含むscIL-15/Rα-Fc融合物と比較して、scIL-15/Rα-Fc融合物に関連して、様々なリンパ球集団の増殖において活性を有さないか、又は活性が劇的に低下したことを示す。一方、IL-15(D30N)バリアントを含むscIL-15/Rα-Fc融合物は、WT IL-15を含むscIL-15/Rα-Fc融合物と比較して、効力の低下がほとんど又は全くなかった。
実施例2:PD-1標的アーム
上記のように、PD-1発現は、活性化腫瘍浸潤リンパ球上で上方制御される。したがって、本発明のIL-15/Rα-Fc融合タンパク質をPD-1発現リンパ球に標的化することは、IL-15/Rα-Fc融合物を腫瘍環境に向かわせ、全身毒性を回避するための有用なアプローチであり得る。さらに、本発明の標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質をPD-1遮断抗体と組み合わせること、又はPD-1遮断抗体による処置の後に本発明の標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質を投与することが有用であり得るので、標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質のPD-1標的アームがPD-1遮断抗体と同じ又は類似のエピトープに結合しないことが重要である。本明細書で企図されるPD-1遮断抗体には、ニボルマブ及びペンブロリズマブが含まれるが、これらに限定されない。
可変領域が本明細書での使用が意図されるいくつかの抗PD-1 mAbの配列を図25~図26に示す。上記の抗PD-1結合ドメインがニボルマブ及びペンブロリズマブと競合したかどうかを調べるために、本発明者らはキメラmAbに対してタンデム・エピトープ・ビニングを行った。タンデム・エピトープ・ビニングを、Octet HTX装置を使用して行った。HIS1Kバイオセンサーを最初に使用してPD-1-Hisを捕捉し、続いて100nMの第1の抗体に浸漬し、次いで100nMの第2の抗体に浸漬した。試験した抗体は、XENP16432(ニボルマブに基づく二価抗PD-1 mAb;配列を図24Aに示す)、XENP21461(ペンブロリズマブ;配列を図24Bに示す)、キメラmAb A、キメラmAb B及び1C11に基づくmAbであった。PD-L1-Fcも、抗体によるPD-1:PD-L1相互作用の遮断を調べるために含めた。BLI反応は、バイオセンサーをHBS-EPバッファに浸した後、抗PD-1抗体に浸したときのBLI反応に対して正規化された。抗体対が0.5未満の正規化されたBLI応答を提供した場合、その対は、競合するか又は部分的に競合し、同じエピトープ・ビンにある(すなわち、非常に類似するか又は大きく重複するエピトープを認識する)と考えられた。抗体対が0.5を超える正規化されたBLI応答を提供した場合、その対は非競合的であり、異なるエピトープにビニングされると考えられた。抗体対のそれぞれに関する正規化されたBLI応答を図27に要約する。
ビニングは、抗PD-1 mAb A及びmAb Bがニボルマブ又はペンブロリズマブと競合しない一方で、1C11に基づくmAbがニボルマブ及びペンブロリズマブの両方と競合したことを示す。さらに、mAb AはPD-1:PD-L1相互作用を遮断するようには見えないが、mAb BはPD-1:PD-L1相互作用を遮断する。
簡略化のために、ニボルマブ及び/又はペンブロリズマブと競合するPD-1結合ドメインを本明細書では抗PD-1[C]と呼び、ニボルマブ及び/又はペンブロリズマブと競合しないPD-1結合ドメインを抗PD-1[NC]と呼ぶ。
実施例3:PD-1標的IL-15/Rα-Fc融合物
ここで、本発明者らは、本明細書においてPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物と総称される、PD-1を標的化するIL-15/Rα-Fc融合物の生成及び特徴付けを記載する。
3A:PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物の生成及び物理的特性評価
IL-15、IL-15Rαsushiドメイン、又は抗PD-1可変領域をコードするプラスミドを、標準的な遺伝子合成によって構築し、続いてFc融合パートナー(例えば、図11に示すような定常領域)を含むpTT5発現ベクターにサブクローニングした。例示的なPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物の図解を図28に示す。
特定の例示的なフォーマットである「scIL-15/Rα x Fab」フォーマット(図28C)は、可変長リンカー(「scIL-15/Rα」と呼ばれる)によってIL-15に融合されたIL-15Rα(sushi)を含み、次いでこれがヘテロ二量体Fc領域のN末端に融合され、可変重鎖(VH)はヘテロ二量体Fcの他方の側に融合され、対応する軽鎖はVHとFabを形成するように別々にトランスフェクトされる。
本発明者らは、抗PD-1[C]標的アーム及び抗PD-1[NC]標的アームの両方を用いて、このフォーマットのPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物を生成した。抗PD-1[C]標的アームを含む融合物は、本明細書では[C]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物と呼ばれ、抗PD-1[NC]標的アームを含む融合物は、本明細書では[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物と呼ばれる。
実施例1B(a)に記載されるように、IL-15(D30N/D64N/N65D)効力バリアントを含むscIL-15/Rα-Fc融合物は、様々なリンパ球集団の増殖がほぼ完全に不活性であった。したがって、本発明者らは、IL-15(N4D/N65D)バリアントを有するプロトタイプPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物([C]及び[NC]の両方)を作製した。ヒト化1C11の可変領域を使用してプロトタイプ[C]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物を生成し、ヒト化mAb A及びmAb Bの可変領域を使用してプロトタイプ[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物を生成した。例示的な[C]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質自体の配列を図29に示し、例示的な[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質自体の配列を図30に示す。例示的な[C]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質XENP25850及び[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物も、Xtend Fc(M428L/N434S)を用いて作製した。本発明者らはまた、対照RSV標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質XENP26007も生成し、その配列を図31に示す。
タンパク質を、HEK293E細胞における一過性トランスフェクションによって産生させ、プロテインAクロマトグラフィ及びイオン交換クロマトグラフィを含む2段階精製プロセスによって精製した。
3B:PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物はインビトロで活性である
PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物の活性を調べる最初の実験では、ヒトPBMCを100ng/mlのプレート結合抗CD3(OKT3)で48時間刺激し、次いで、CFSE標識し、示された試験物と37℃で4日間インキュベートした。CD8+及びCD4+T細胞の増殖をCFSE希釈によって測定し、Zombie色素を使用して死細胞を除外した。増殖CD8+T細胞及びCD4+T細胞のパーセンテージを示すデータを図32に示す。
データは、PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物([C]及び[NC]バージョンの両方)のそれぞれが、CD8+T細胞及びCD4+T細胞の両方の増殖において活性であることを示す。さらに、対照RSV標的化IL-15/Rα-Fc融合物もT細胞の増殖において活性であったが、抗PD-1 mAb XENP28519単独では活性でなかった。
3C:PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物は活性化リンパ球に選択的である
サイトカインがそれらの受容体に結合した後、受容体に結合したヤヌスキナーゼ(JAK)は、STATタンパク質をリン酸化し、その後、核に移行してさらなる下流プロセスを調節する。したがって、STATタンパク質(特に、STAT5a及びSTAT5bを含むSTAT5)のリン酸化は、その受容体へのIL-15の結合によって引き起こされる最も初期のシグナル伝達事象の1つである。したがって、PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物が種々の細胞型においてSTAT5リン酸化を誘導する能力を調べた。
この実験のために、新鮮PBMCと活性化PBMCの両方を使用した。PD-1発現が上方制御された腫瘍環境における活性化リンパ球の代用として使用される活性化PBMCは、100ng/mLのプレート結合抗CD3(OKT3)で新鮮なPBMCを2日間刺激することによって調製した。新鮮なPBMC及び活性化PBMCを、37℃で15分間、示された濃度のXENP25850と共にインキュベートした。インキュベーション後の様々な細胞集団をゲーティングするために、PBMCを室温で30~45分間、抗CD3-BUV395(UCHT1)、抗CD4-BV605(RPA-T4)及び抗CD8-Alexa700(SK1)で染色した。細胞を洗浄し、予め冷却した(-20℃)90%メタノールと共に20~60分間インキュベートした。メタノールインキュベーション後、細胞を再度洗浄し、抗CD25-BV421(M-A251)、抗CD45RA-BV510(HI100)及び抗pSTAT5-Alexa647(pY687)で染色して、様々な細胞集団及びSTAT5リン酸化をマークした。様々なCD8+及びCD4+T細胞集団におけるSTAT5リン酸化の誘導を示すデータを図33に示す。注目すべきことに、データは、PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合タンパク質XENP25850が、活性化PBMC由来のT細胞に対する増大した効果を示した一方で、新鮮PBMC由来のT細胞に対する最小限の効果を維持したことを示す。これは、臨床状況において、PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物が、腫瘍環境において、活性化腫瘍浸潤リンパ球に対して選択的であることを示唆している。
実施例4:[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物はPD-1遮断と組み合わされる
4A:PD-1遮断はインビトロで[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物の活性を妨害しない
新鮮なPBMCを100ng/mLのプレート結合抗CD3(OKT3)で2日間刺激した。活性化PBMCを、100μg/mLのXENP16432、ペンブロリズマブ、又はXENP15074(対照としての抗RSV mAb)と30分間プレインキュベートした。プレインキュベーション後、PBMCを指示された濃度の指示された試験物と共に37℃で15分間インキュベートした。インキュベーション後の様々な細胞集団をゲーティングするために、PBMCを最初に抗CD3-BUV395(UCHT1)、抗CD4-BV605(RPA-T4)、抗CD25-BV421(M-A251)及び抗CD45RA-BV510(HI100)抗体で染色した。1回目の染色後、PerFix EXPOSE(Beckman Coulter,Indianapolis,Ind.)を用いて細胞を透過処理した。透過処理後、細胞を抗CD8-PerCP/Cy5.5(RPA-T8)、抗pSTAT5-AF647及び抗PD-1-APC-Fire750(EH12.2H7)で染色した。2回目の染色の後、細胞をフローサイトメトリによって分析して、CD8+CD45RA-CD25+PD-1+(図34に示される)及びCD4+CD45RA-CD25+PD-1+T細胞(データ示さず)上のSTAT5リン酸化を調べた。
データは、PBMCとXENP16432又はペンブロリズマブとのプレインキュベーションが、PBMCを抗RSV mAb XENP15074とプレインキュベーションした場合と比較して、[C]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物XENP25937によるT細胞の活性化を減少させたことを示しており、予想通り、抗PD-1 mAbが[C]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物XENP25937のT細胞への結合を妨げたことを示している。一方、PBMCとXENP16432又はペンブロリズマブとのプレインキュベーションは、PBMCを抗RSV mAb XENP15074とプレインキュベートした場合と比較して、[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物XENP28523によるT細胞の活性化に影響を及ぼさなかった。これは、[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物が、負の効果なしに抗PD-1 mAbと積層され得ることを示唆している。
4B:[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物は、インビボでPD-1遮断と相乗的に組み合わされる
PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物を、NSG(NOD-SCID-γ)免疫不全マウスにおいて行った移植片対宿主病(GVHD)モデルにおいて評価した。NSGマウスにヒトPBMCを移植すると、ヒトPBMCはマウス細胞に対して自己免疫応答を発症し、続いてGVHDを発症する。したがって、GVHDは抗腫瘍応答のモデルである。PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物によるhuPBMC移植NSGマウスの処置は、移植T細胞の増殖を増強し、GVHDを増強するはずである。
最初のGVHD研究では、NSGマウスに、-1日目にIV-OSPを介して10×10個のヒトPBMCを生着させ、0、7、14、及び21日目に、示された濃度の示された試験物を腹腔内投与した。体重をGVHDの指標として週に2回評価し(図35に示す初期体重のパーセンテージとしての体重の変化)、7、10及び14日目に採血して様々なリンパ球の拡大を評価した(14日目のデータをそれぞれ図36に示す)。CD8+及びCD4+T細胞上のCD25の発現も、T細胞活性化マーカーとして評価した(図37に示される)。
データは、CD45+細胞、CD3+T細胞、CD8+T細胞、T細胞及びCD4+T細胞数によって示されるように、PD-1遮断単独(XENP16432又はXENP28437のいずれか)並びにscIL-15/Rα-Fc XENP24050単独と比較して、PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合([C]及び[NC]の両方)のそれぞれがGVHDを増強したことを示す。しかしながら、上記のインビトロデータと一致して、[C]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物XENP25850をXENP28437と組み合わせると、様々な細胞数の減少がもたらされ、一方、[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物XENP28532(mAb Aに基づく)とXENP28692(mAb Bに基づく)とを組み合わせると、細胞数によって示されるように、GVHDがさらに増強された。図35に示されるようなGVHDの指標としての体重の変化、並びに図37に示されるようなCD8+及びCD4+T細胞の活性化を用いても、同様の傾向が観察される。さらに、図38に示されるように、CD4+T細胞に対するより低いCD8+T細胞比によって示されるように、PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物によるCD4+T細胞の優先傾向があるようである。
第2のGVHD研究では、NSGマウスに、-1日目にIV-OSPを介して10×10個のヒトPBMCを生着させ、0、7、14、及び21日目に、示された濃度の示された試験物を腹腔内投与した。GVHDの指標として体重を週に2回評価し、7、10及び14日目に採血して、様々なリンパ球の拡大を評価した(10日目について図39に示す)。図40に示すように、CD8+T細胞及びCD4+細胞上のCD25の発現も評価した。
上記のように、データは、[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物が、抗PD-1遮断単独と比較してT細胞数を拡大したことを示す。さらに、データは、より高濃度(0.3mg/kg対0.1mg/kg)の[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物XENP28532によるGVHDの増強によって示されるように、T細胞拡大に対する明確な用量応答を示す。注目すべきことに、XENP28532(0.3mg/kg)とPD-1遮断mAb XENP28437の組み合わせは、CD8+及びCD4+T細胞上のCD25の発現を増強した。
実施例5:代替IL-15効力バリアントを有する[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物の作製
5A:IL-15(N4D/N65D)バリアントを含むPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物は、好ましい薬物動態よりも低いことを示す
Xtendを含むIL-15/Rα-Fc効力バリアントの薬物動態を調査する研究では、カニクイザルに、初回の単回静脈内(i.v.)用量のXENP22853(Xtendを含むWT IL-15/Rα-ヘテロFc)、XENP24306(Xtendを含むIL-15(D30N/E64Q/N65D)/Rα-ヘテロFc)、XENP24113(Xtendを含むIL-15(N4D/N65D)/Rα-ヘテロFc)、XENP24294(Xtendを含むscIL-15(N4D/N65D)/Rα-Fc)及びXENP25937(Xtendを含む[C]PD-1標的化IL-15(N4D/N65D)/Rα-Fc)を様々な濃度で投与した。
図41は、初回投与後の経時的な試験物の血清濃度を示す。予想されるように、(XENP24306及びXENP24113におけるように)Xtend置換に加えて効力バリアントを組み込むことにより、(XENP22583と比較して)IL-15/Rα-Fc融合物の薬物動態が大きく改善される。予想外にも、IL-15(N4D/N65D)バリアントを含むPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合XENP25937は、XENP24306と比較して実質的に劣った薬物動態を示した。同様に、IL-15/Rα-ヘテロFc融合物XENP24113及びscIL-15/Rα-Fc融合物XENP24294(同じIL-15(N4D/N65D)効力バリアントを有する)もまた、XENP24306と比較して実質的に劣った薬物動態を示した。これは、劣った薬物動態が、PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物のフォーマットではなく、特定のIL-15効力バリアントに起因し得ることを示唆している。(実施例1B(a)に記載されているように)IL-15(D30N/E64Q/N65D)バリアントを有するIL-15/Rα-Fc融合物よりも大きいインビトロ効力を示すIL-15(N4D/N65D)バリアントを有するIL-15/Rα-Fc融合物に基づいてXENP25937(並びにXENP24113)の薬物動態の減少が予想されたが、薬物動態の減少は予想外にも効力の増加に不均衡であった。したがって、本発明者らは、本発明のPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物において使用するための代替のIL-15効力バリアントを同定しようとした。
5B:IL-15:CD132界面に改変を有するIL-15バリアントを含むPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物の操作
本発明者らは、IL-15(N4D/N65D)バリアントは、CD122への結合に関与するIL-15界面に両方の置換を有するが、IL-15(D30N/E64Q/N65D)は、IL-15:CD122界面に2つの置換(E64Q及びN65D)及びCD132への結合を担うIL-15界面における1つの置換(D30N)を有することに注目した。したがって、本発明者らは、IL-15:CD132界面における改変が、XENP24306について観察された優れた薬物動態に寄与し得ると推論した。したがって、本発明者らは、IL-15(D30N/N65D)バリアントを含むさらなる例示的なPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物を作製し、その配列を図42に示す。
実施例6:PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物はT細胞上のPD-1の内在化を誘導する
PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合の活性を調べる別の実験では、CFSE標識ヒトPBMCを37℃で4日間、20ng/mlのプレート結合抗CD3(OKT3)及び以下の試験物とインキュベートした:XENP28532(mAb Aに基づくαPD-1アームを含むPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物)、XENP24306(対照非標的化IL-15/Rα-Fc融合物)及びXENP26007(対照RSV標的化IL-15/Rα-Fc融合物)。次いで、細胞を、実施例2C及び図34に示されるように、XENP28532のPD-1標的アームと結合について競合しないαPD-1 XENP16432で標識し、フローサイトメトリによって分析した。PD-1+である様々なT細胞集団のパーセンテージを示すデータを図44に示す。本発明者らは、驚くべきことに、PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物による処置後のT細胞上のPD-1の用量依存的減少を、対照XENP24306及びXENP26007による処置と比較して観察し、PD-1受容体が内在化されたことが示された。これは、PD-1標的化IL-15/Rα-Fc分子の最終的なクリアランスに続いて、PD-1リガンド(例えば、PD-L1及びPD-L2)による免疫阻害が減少したままであり得る、PD-1標的化IL-15/Rα-Fcに関する潜在的な長期持続作用を示唆する。
実施例7:カニクイザル交差反応性[NC]PD-1 mAb Cの同定
臨床開発を容易にするために、カニクイザルにおける薬物動態、薬力学及び毒性などの[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物の様々なパラメータを調べることが有用である。したがって、本発明者らは、ヒト及びカニクイザルPD-1に関して交差反応性である[NC]PD-1標的アームを同定しようとした。本発明者らは、ストリング・コンテンツ最適化(例えば、2010年2月2日に発行された米国特許第7,657,380号明細書を参照)を使用してヒト化した追加の抗PD-1結合ドメイン(本明細書ではmAb Cと呼ばれる)を同定し、その配列を図43(可変ドメイン配列)及び図45(XENP28536、XENP28537、XENP28538及びXENP28539としての二価mAb)に示す。
7A:抗PD-1 mAb Cはヒト及びカニクイザルPD-1に関して交差反応性である
本発明者らは、上記で一般的に記載されるように、Octetを使用して、ヒト及びカニクイザルPD-1へのXENP28536、XENP28537、XENP28538及びXENP28539の結合を調べた。特に、抗ヒトFc(AHC)バイオセンサーを使用して抗体を捕捉し、複数の濃度のヒト及びカニクイザルPD-1-Hisに浸漬してKDを決定した。そのデータを図46に示す。データは、ヒト化バリアントXENP25836及びXENP25837の両方が、同様のKDでヒト及びカニクイザルに結合したことを示す。注目すべきことに、ヒト化バリアントXENP25838及びXENP28539は、ヒトPD-1及びカニクイザルPD-1に結合する能力を両方とも失った。比較すると、XENP28519(ヒト化mAb A)はヒトPD-1により強く結合するが、カニクイザルPD-1に対して交差反応性ではない。
7B:抗PD-1 mAb Cはニボルマブ及びペンブロリズマブと結合について競合しない
mAB Cがニボルマブ及びペンブロリズマブと競合したかどうかを調べるために、本発明者らは、実施例2Cに記載されるようにキメラmAb Cに対してタンデム・エピトープ・ビニングを行った。XENP16432、XENP21461及びキメラmAb Cについてのデータを図47に示す。ビニングは、抗PD-1 mAb Cがニボルマブ又はペンブロリズマブと競合せず、PD-1:PD-L1相互作用の部分的遮断薬であることを示す。
実施例8:mAb Cに基づく[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物
mAb C及びIL-15バリアントに基づく「scIL-15/Rα x Fab」フォーマットの[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物を、実施例3に一般的に記載されるように操作及び作製した(その例示的な配列を図48に示す)。融合物は、IL-15:CD132界面に改変を含むIL-15バリアントが増強された薬物動態を有し得るという実施例5に記載される概念に沿って、IL-15(N4D/N65D)バリアント並びにIL-15(D30N/N65D)バリアントを用いて作製されたことに留意されたい。さらに、Xtend Fc(M428L/N434S)類似体の配列を図49に示す。
8A:mAb Cに基づく[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物はインビトロで活性である
8A(a):T細胞増殖の誘導
ヒトPBMCを500ng/mlのプレート結合抗CD3(OKT3)で48時間刺激し、CFSEで標識し、以下の試験物と共に37℃で4日間インキュベートした:XENP28543(mAb C_H1L1及びIL-15(N4D/N65D)に基づく[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc)、XENP28532(mAb A_H1L1及びIL-15(N4D/N65D)に基づく[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc)、XENP24306(IL-15(D30N/E64Q/N65D)に基づく非標的化IL-15/RαヘテロFc)、及びXENP26007(モタビズマブ及びIL-15(N4D/N65D)に基づく対照RSV標的化IL-15/Rα-Fc)。インキュベーション後、細胞を以下の抗体:抗LAG-3-PE(3DS223H)、抗CD8-PerCP-Cy5.5(SK1)、抗CD3-PE-Cy7(OKT3)、抗PD-1-Alexa647(XENP16432、Alexa Fluor(商標)647 Antibody Labelingキットで染色)、抗CD45RO-APC-Fire750(UCHL1)、抗HLA-DR-Alexa700(L243)、抗TIGIT-BV421(A15153G)、抗CD16-BV605(3G6)、抗CD56-BV605(HCD56)、抗CD25-BV711(M-A251)、抗CD45RA-BV785(HI100)、抗CD4-BUV395(SK3)、及びZombie Aqua-BV510で染色し、様々な細胞集団についてフローによって分析した。
本発明者らは、CFSE希釈(死細胞を排除するためのZombie Aqua)に基づいて様々なT細胞集団の増殖を調査した。そのデータを図50に示す。両方の[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物は、CD8+及びCD4+T細胞の増殖を誘導した。注目すべきことに、[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物は、非標的化IL-15(D30N/E64Q/N65D)/Rα-Fc融合物(並びに対照RSV標的化IL-15/Rα-Fc融合物)と比較して、CD4+T細胞の増殖を誘導するのにより強力であったが、CD8+T細胞の増殖の誘導においてはあまり協力でなかった。さらに、XENP28532(mAb Aに基づくPD-1標的アーム)は、CD8+T細胞及びCD4+T細胞の両方の増殖を誘導することにおいて、XENP28543(mAb Cに基づくPD-1標的アーム)よりも強力であるように見えた。
興味深いことに、図51が示すように、XENP28532が、非標的化IL-15(D30N/E64Q/N65D)/Rα-Fc融合物(並びに対照RSV標的化IL-15/Rα-Fc融合物)と比較して、CD8+LAG-3+T細胞の増殖を誘導するのにより強力であった。さらに、XENP28543は、バルクCD8+T細胞増殖よりもCD8+LAG-3+T細胞増殖を誘導するのにより強力であった(276.8対71.94のEC50)。まとめると、これは、[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物が、腫瘍環境中に見出されるようなチェックポイントを発現するT細胞に対して選択的であり得るという考えを支持する。
図52に示されるように、本発明者らはまた、メモリ(CD45RA-)集団及びナイーブ(CD45RA+)集団の増殖を調べた。注目すべきことに、[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物は、CD4+CD45RA-T細胞の増殖の誘導において非標的IL-15(D30N/E64Q/N65D)/Rα-Fc融合物よりも強力であったが、CD4+CD45RA+T細胞の増殖の誘導においてはそれほど強力ではなく、メモリT細胞に対する選択性を示唆した。
最後に、本発明者らは、様々なT細胞集団(本明細書に示されるように、mAb A及びmAb Cとは異なるエピトープにビニング(bins to)するXENP16432を使用して染色した)におけるPD-1の発現を調べた。データは、図53に示されるように、[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物の両方による処置後のCD4+CD45RA-T細胞上のPD-1の用量依存的減少を示し、対照XENP24306及びXENP26007による処置と比較して、PD-1受容体が内在化されたことを示している。注目すべきことに、PD-1の下方制御は、mAb Aに基づくPD-1標的アームを用いて、XENP28532によってより強力に誘導された。
8A(b):サイトカイン分泌の誘導
ヒトPBMCを様々な濃度のプレート結合抗CD3(OKT3)で48時間37℃で事前刺激し、CFSEで標識し、示された試験物と共に37℃で4日間インキュベートした。上清を回収し、V-PLEX Proinflammatory Panel 1 Humanキット(製造業者のプロトコルによる;Meso Scale Discovery,Rockville,Md.)によって評価した。図54に示されるデータは、XENP28532及びXENP28543の両方が、IFNγ分泌を強力に刺激することができたことを示す。注目すべきことに、XENP28532(mAb Aに基づくPD-1標的アーム)は、IFNγ分泌を誘導することにおいて、XENP28543(mAb Cに基づくPD-1標的アーム)よりも活性であるようであった。
8A(c):PD-1遮断はインビトロでのmAb Cに基づく[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物の活性を妨害しない
本発明者らは、実施例4Aに記載されているように、mAb Cに基づく[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物の活性によるPD-1遮断の潜在的な干渉を調べた。図55に示されるデータは、PBMCとXENP16432又はペンブロリズマブとのプレインキュベーションは、PBMCを抗RSV mAb XENP15074とプレインキュベートした場合と比較して、[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物XENP28543によるT細胞の活性化に影響を及ぼさなかったことを示している。これは、mAb Cに基づくPD-1標的アームを有する[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物が、負の効果なしに抗PD-1 mAbと積層され得ることを示唆している。
8B:mAb Cに基づく[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物はインビボでGVHDを増強し、PD-1遮断と組み合わされる
実施例4Bに記載される第2のGVHD研究において、本発明者らはまた、単独で、及びPD-1遮断と組み合わせて、様々な濃度でのXENP28543のインビボ活性を調べた。経時的な体重の変化(初期体重のパーセンテージとして)を表すデータを図56に示し、11、14、及び18日目の体重(初期体重のパーセンテージとして)を表すデータを図57に示す。本発明者らはまた、種々のリンパ球集団の拡大及び活性化を調べた。そのデータを14日目について図58~59に示す。まとめると、データは、[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物とPD-1遮断との組み合わせが、[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物単独による処置よりもGVHDを有意に増強したことを示す。効果の増強は、より低濃度(すなわち0.1mg/kg)の[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物とPD-1遮断との組み合わせの状況において特に顕著である。
8C:mAb Cに基づく[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物は、PD-1遮断と組み合わされてNSGマウスにおける抗腫瘍活性を増強する
NSGマウス(10匹/群)に、3×10個のpp65形質導入MCF-7細胞を-15日目に皮内接種した。次いで、マウスに5×10個のヒトPBMC(又は対照としてPBS)を腹腔内注射し、0日目に示された試験物で処置し、7、14、21、29及び36日目に示された試験物でさらに処置した。腫瘍体積を週に3回キャリパーによって測定し、体重を週に1回測定し、血液を週に1回採取した。
経時的な腫瘍体積を図60に示し、26、28、30、33、35、及び37日目の腫瘍体積をそれぞれ図61A~図61Fに示す。データは、28日目までに、XENP28543とPD-1遮断の組み合わせが、PD-1遮断単独での処置よりも腫瘍サイズを有意に減少させたことを示す。本発明者らはまた、種々のリンパ球集団の拡大及び活性化を調べた。そのデータを図62~63に示す。注目すべきことに、[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物は、単独又はPD-1遮断と組み合わせて、PD-1遮断単独と比較して、CD8+T細胞活性化の早期(投与後7日目)の誘導を有意に増強することができ、PD-1遮断と組み合わせた[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物の両方とも、PD-1遮断単独と比較して、CD4+T細胞活性化の早期(投与後7日目)の誘導を有意に増強することを可能にした。さらに、14日目までに、[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物が、単独で、又はPD-1遮断と組み合わせて、PD-1遮断単独と比較して多数のリンパ球集団の増殖を有意に増強することを可能にしたことを示す。
実施例9:親和性最適化PD-1標的アームを有する[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物
9A:mAb Cに基づくABDの親和性最適化
実施例8Aに記載されるように、PD-1のインビトロ下方制御、T細胞の増殖、及びサイトカイン分泌の誘導などの特定の状況では、XENP28532(mAb Aに基づくPD-1標的アーム)は、XENP 28543(mAb Cに基づくPD-1標的アーム)よりも強力及び/又は活性であるように見えた。実施例7Aで述べたように、ヒト化mAb Aに基づく二価mAb(XENP28519)は、ヒト化mAb Cに基づく二価mAb(XENP 28536)よりも強くヒトPD-1に結合した。これを考慮して、本発明者らは、PD-1に対するPD-1標的アームの親和性がPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物の活性に影響を及ぼし得ると推論した。したがって、本発明者らは、mAb Cの親和性最適化バリアントを操作した。XENP28536の可変重又は可変軽領域に点突然変異を導入するために、標準的な突然変異誘発によってバリアントのライブラリを構築した。その例示的な配列を図43(可変ドメイン配列)及び図64(二価mAb)に示す。親和性操作されたmAb C[PD-1]_H1L1バリアント(E233P/L234V/L235A/G236_/S267K除去バリアントを有する二価IgG1フォーマット)の親和性スクリーニングを、上記で一般的に記載されるようにOctetで実施した。そのデータを図65に示す。可変重領域又は可変軽領域のいずれかに単一点突然変異を有する304個のバリアントのうち、本発明者らは、WTよりも2倍超改善された親和性を有する11個のバリアント(mAb C[PD-1]_H1_L1.1及びmab_C[PD-1]_H1_L1.3を含む)のみを同定した。好ましいVH置換は、位置32、52A、及び97(ナンバリングはKabatに従う)であった。好ましいVL置換は位置27D、30、93及び94(ナンバリングはKabatに従う)であった。
親和性をさらに高めるために、好ましい単一置換VHバリアント及び単一置換VLバリアントを組み合わせた。これらの新規VH/VLコンボ・バリアントは、PD-1標的化IL15/Rα-Fc融合物のコンテキストで構築された。PD-1に対する融合物の親和性を示すデータを図66に示す。注目すべきことに、H1.132_L1はH1.19_L1よりも高い親和性を提供したにもかかわらずH1.19_L1.1はH1.132_L1.1よりも高い親和性を有し、H1.19と同様にVHにおけるF32L置換(ナンバリングはKabatに従う)によって提供される相乗的親和性増強を示唆している。
次に、VH及び/又はVLにおける好ましい単一置換を、PD-1標的化IL 15/Rα-Fc融合物のコンテキストで構築された新しいバリアントと組み合わせた。PD-1に対する融合物の親和性を示すデータを図67に示す。三重置換VLバリアントL1.140(27D位のヒスチジン、30位のチロシン、及び93位のトレオニンを含み、ナンバリングはKabatによる)は、野生型よりもKDにおいて36倍の改善を示し、VHバリアント(例えば、H1.132及びH1.175)とよく組み合わさって、野生型よりもKDにおいて約100倍の改善を発揮する。
注目すべきことに、VH又はVLにおける単一置換を組み合わせることによって、並びにPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物の効力及び選択性を調整するのに有用であるVHバリアント及びVLバリアントを組み合わせることによって、親和性バリアントのラダーを作製した。
親和性増強mAb C及びIL-15バリアントに基づく「scIL-15/Rα x Fab」フォーマットの[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物を、実施例3に一般的に記載されるように操作及び作製した(その例示的な配列を、XENP30046、XENP30047、XENP30049、及びXENP30050として図68に示す)。さらに、Xtend Fc(M428L/N434S)類似体の配列を図69に示す。
9B:改善されたPD-1結合を有する[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物は、インビトロで増強された活性を有する
次に、本発明者らは、本発明のPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物に対する親和性増強PD-1標的アーム(並びにIL-15(D30N/N65D)バリアント)の影響を調べた。ヒトPBMCを500ng/mlのプレート結合抗CD3(OKT3)で48時間刺激し、次いでCFSEで標識し、試験物と37℃で4日間インキュベートした。細胞を以下の抗体:抗CD8-PerCP-By5.5(SK1)、抗CD3-PE-Cy7(OKT3)、抗PD-1-Alexa647(XENP16432、Alexa Fluor(商標)647 Antibody Labelingキットで染色)、抗CD45RO-APC-Fire750(UCHL1)、抗HLA-DR-Alexa700(L243)、抗CD107a-BV421(H4A3)、抗CD16-BV605(3G6)、抗CD56-BV605(HCD56)、抗CD25-BV711(M-A251)、抗CD45RA-BV785(M-A251)、抗CD4-BUV395(SK3)、及びZombie Aqua(BV510)で染色し、様々な細胞集団についてフローサイトメトリによって分析した。
本発明者らは、CFSE希釈(死細胞を排除するためのZombie Aqua)に基づいて様々なT細胞集団の増殖を調べた。そのデータを図70に示し、CD25(後期T細胞活性化マーカー)の発現に基づく様々なT細胞集団の活性化のデータを図71~72に示し、種々の集団におけるPD-1の発現のデータを、CD4+CD45RA-PD-1+T細胞について図73に示す。
まとめると、データは、PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物の活性がPD-1親和性と相関することを示す。例えば、図70に示されるように、XENP30046(親和性増強PD-1標的アームを有する)が、XENP28543よりも強力にCD8+及びCD4+T細胞の両方の増殖を誘導する(2倍の増加)。注目すべきことに、PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物によるT細胞上のPD-1の下方制御でさえ、図73に示されるように、PD-1親和性と相関する。さらに、データは、IL-15(D30N/N65D)バリアントがPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物の活性に劇的な影響を及ぼさないことを示す。
9C:改善されたPD-1結合を有する[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物は、インビボで増強された活性を有する
NSGマウスに、IV-OSPを介して10×10個のヒトPBMCを-1日目に移植し、0、7、及び14日目に以下の試験物を腹腔内投与した:XENP28437(E233P/L234V/L235A/G236del/S67K除去バリアントを有するペンブロリズマブに基づく抗PD-1 mAb)及びXENP29481(D30N/N65D IL-15バリアントを有する対照RSV標的化IL-15/Rα-Fc融合物;配列は図31に示される)。体重をGVHDの指標として週に2回評価した。そのデータを初期体重の変化として図74~図75に示す。注目すべきことに、XENP30046単独(親和性増強PD-1標的アームを有する)による処置が、11日目及び18日目に測定して、PBS処置と比較して有意な体重減少をもたらしたのに対して、XENP28543単独による処置は(PBS処置と比較して)有意な体重減少をもたらさなかった。
血液を7、10、及び14日目に採取して、ヒトリンパ球の拡大とサイトカイン分泌を調べた。そのデータを図76に示す。まとめると、データは一般に、親和性増強PD-1標的アームを有する[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物による増強された活性を示す。さらに、データは、[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-FcがPD-1遮断と生産的に結合することを示す(XENP28437)。
さらに、図78及び図79に示されるように、XENP30046は、11日目までにCD45+細胞、CD3+T細胞、CD4+T細胞、CD8+T細胞及びNK細胞の増殖を有意に増強した(14日目まで全ての集団(NK細胞を除く)について持続されるXENP28543による投与と比較して)。さらに、図77に示すように、XENP30046は、XENP28543と比較して、CD8+及びCD4+T細胞の早期(投与後7日目)の活性化を有意に増強した(CD25発現によって示される)。
実施例10:PD-1親和性及びIL-15効力を調整することによるPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物の微調整の効力及び選択性
PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物は、PD-1標的アームを介して腫瘍環境に標的化されることを目的として設計されたが、サイトカイン部分は依然として腫瘍部位に到達する前にシグナル伝達することができ、全身毒性に寄与し得る。したがって、本発明者らは、実施例1B(a)に記載されているように活性が劇的に低下したIL-15(D30N/E64Q/N65D)バリアントを有するPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物を構築することによってIL-15効力をさらに低下させようとした。IL-15(D30N/E64Q/N65D)バリアントを含む例示的なPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物の配列を、図30及び図48~図49に、XENP30428、XENP30429、XENP30430、XENP30519、XENP30516、XENP30517及びXENP30455として示す。さらに、本発明者らは、腫瘍環境の外側でIL-15(D30N/E64Q/N65D)バリアントを含むPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物の挙動を調べるための代用として作用するために、IL-15(D30N/E64Q/N65D)バリアントを含むRSV標的化IL-15/Rα-Fc融合物であるXENP30432を構築した(その配列を図32に示す)。
10A:PD-1親和性及びIL-15効力について調整された[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物のインビトロ活性
様々なPD-1結合親和性及びIL-15効力を有するさらなる[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物のインビトロ活性。ヒトPBMCを500ng/mlのプレート結合抗CD3(OKT3)で48時間刺激し、次いでCFSEで標識し、試験物と37℃で4日間インキュベートした。細胞を以下の抗体:抗CD8-PerCP-Cy5.5(SK1)、抗CD3-PE-Cy7(OKT3)、抗PD-1-Alexa647(XENP16432、Alexa Fluor(商標)647 Antibody Labelingキットで染色)、抗CD45RO-APC-Fire750(UCHL1)、抗HLA-DR-Alexa700(L243)、抗CD107a-BV421(H4A3)、抗CD16-BV605(3G6)、抗CD56-BV605(HCD56)、抗CD25-BV711(M-A251)、抗CD45RA-BV785(M-A251)、抗CD4-BUV395(SK3)、及びZombie Aqua(BV510)で染色し、様々な細胞集団についてフローサイトメトリによって分析した。
本発明者らは、CFSE希釈(死細胞を排除するためのZombie Aqua)に基づいて様々なT細胞集団の増殖を調べた。そのデータを図80に示し、CD25(後期T細胞活性化マーカー)の発現に基づく様々なT細胞集団の活性化のデータを図81~82に示し、種々の集団におけるPD-1の発現のデータを図83~84に示す。
データは、XENP30272(より高い親和性のPD-1結合を有する)が、XENP30046(より低い親和性のPD-1結合を有する)よりも、様々なT細胞集団の増殖及び活性化を誘導するのにより強力であることを示しており、PD-1親和性を調整することの重要性を実証している。注目すべきことに、XENP30429(IL-15(D30N/E64Q/N65D)バリアントを有するPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物)は、XENP30046(IL-15(N4D/N65D)バリアントを有するPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物)と比較して、CD8+及びCD4+T細胞に対してわずかに1.8~2.5低い活性しかなかったが、XENP30432(IL-15(D30N/E64Q/N65D)バリアントを有する代用RSV標的化IL-15/Rα-Fc)は、XENP30046と比較して、CD8+T細胞に対して12倍低い活性を有し、CD4+T細胞に対して530倍低い活性を有した(図80に示されるように増殖活性に基づく)。これは、IL-15(D30N/E64Q/N65D)バリアントを有するPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物が、腫瘍環境外では実質的に不活性のままでありながら、腫瘍環境中で活性を保持するはずであることを示唆している。
10B:IL-15効力について調整された[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物のインビボ活性
IL-15効力について調整された[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物によるリンパ球のインビボ増殖をGVHD研究において調べた。NSGマウスに、-1日目にIV-OSPを介して10×10個のヒトPBMCを生着させ、0、7、及び14日目に、示された濃度の示された試験物を腹腔内投与した。様々なリンパ球の拡大及び活性化を評価するために、7、10、及び14日目に血液を採取した(そのデータを図85~図86に示す)。まとめると、データは、PD-1親和性が同等である場合、より高い効力のIL-15(例えば、XENP30046)は、より低い効力のIL-15(例えば、XENP30429)と比較して、T細胞のより大きな拡大(及び早期活性化)を可能にすることを示す。
実施例11:Xtendを有する[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc
[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物のXtend類似体を、薬物動態学及び薬力学をさらに拡張する目的で操作した。その配列を図全体に示す。
11A:Xtend類似体はインビトロで同等の活性を示す
本発明者らは、Xtend類似体が非Xtend分子に匹敵するかどうかを調べた。ヒトPBMCを500ng/mlのプレート結合抗CD3(OKT3)で48時間刺激し、次いでCFSEで標識し、試験物と37℃で4日間インキュベートした。使用した試験物は、IL-15(N4D/N65D)、IL-15(D30N/N65D)、又はIL-15(D30N/E64Q/N65D)バリアントのいずれかを有する標的化IL-15/Rα-XtendFc融合物であり、mAb C_H1L1(低親和性)、mAb C_H1_L1.1(高親和性)、mAb C_H1_L1.3(中親和性)又はαRSVに基づく標的アームであった。試験物とのインキュベーション後、細胞を以下の抗体:抗CD25-PE(M-A251)、抗CD8-PE-Cy7(SK1)、抗PD-1-Alexa647(XENP16432、Alexa Fluor(商標)647抗体標識キットで染色)、抗CD45RO-APC-Fire750(UCHL1)、抗CD16-BV605(3G6)、抗CD56-BV605(HCD56)、抗CCR7-GV711(G043H7)、抗CD45RA-BV785(HI100)、抗CD4-BUV395(SK3)、抗CD3-BUV496(UCHT1)、抗CD95-BUV737(DX2)、抗CD28-BV650(CD28.2)、及びZombie Aqua(BV510)で染色し、様々な細胞集団についてフローサイトメトリによって分析した。
本発明者らは、CFSE希釈(死細胞を排除するためのZombie Aqua)に基づいて様々なリンパ球集団の増殖を調べた。そのデータを図87に示し、CD25発現に基づく様々なT細胞集団の活性化のデータを図88に示し、種々の集団におけるPD-1の発現のデータを図89に示す。まとめると、データは実施例10と同じ傾向を示す。さらに、データは、Xtend類似体が非Xtend類似体に匹敵することを示す。例えば、データは、XENP30046のEC50がXENP30290(XENP30046に対するXtend類似体)のEC50に匹敵することを示す。
11B:Xtend類似体は抗腫瘍活性を示し、PD-1遮断と組み合わされる
この研究のために、MHC I/II-DKO(NSG-DKO)であり、したがってGVHDに耐性であるNSGマウスを使用した。NSG-DKOマウス(10匹/群)に、3×10個のpp65形質導入MCF-7細胞を-15日目に皮内接種した。次いで、マウスに2.5 x 10個のヒトPBMCを腹腔内注射し、0日目に示された試験物/試験物の組み合わせで処置し、7、14、及び21日目に示された試験物でさらに処置した。腫瘍体積を週に3回キャリパーによって測定し、体重を週に1回測定し、血液を週に1回採取した。
経時的な腫瘍体積を図90に示し、11、14、17、19、21、24、26、及び28日目の腫瘍体積を図91に示す(マン・ホイットニー検定を使用してベースライン補正データに対して統計を行った)。データは、11日目までに、XENP30290(1mg/kg)単独及びXENP30516(3mg/kg)とPD-1遮断との組み合わせが、PD-1遮断単独での処置よりも腫瘍サイズを有意に減少させたことを示す。28日目までに、XENP30290(0.1、0.3、又は1mg/kg)又はXENP30516(0.3、1、又は3mg/kg)とPD-1遮断との全ての組合せが、PD-1遮断単独による処置よりも腫瘍サイズを有意に減少させた。
様々なリンパ球集団の増殖を示すデータを図92~図93に示す(対になっていないt検定を使用して対数変換されたデータに対して行われたCD45+細胞増殖の統計)。注目すべきことに、14日目までに、様々な用量のXENP30290又はXENP30516は、単独又はPD-1遮断と組み合わせて、PD-1遮断単独と比較してリンパ球の増殖を有意に増強することが可能であった。実施例10に示されるデータと一致して、対照RSV標的化IL-15/Rα-Fc融合物もリンパ球を増殖させたが、RSV標的化IL-15/Rα-Fc融合物は、それらの対応物の(すなわち、等価なIL-15バリアントを有する)PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物よりもはるかに少ないリンパ球の増殖を誘導した。IL-15(D30N/E64Q/N65D)バリアントを有するXENP30518は、より強力なIL-15(N4D/N65D)バリアントを含むXENP30362よりもリンパ球の増殖を誘導しなかった。上記のように、これは、PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物が腫瘍環境では活性であるが、腫瘍環境外では実質的に不活性のままであることを示す。
実施例12:PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物はPD-1+リンパ球集団を選択的に拡大する
実施例3Cは、本発明のPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物が活性化リンパ球に対して選択的であることを示した。ここで、PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物がPD-1+リンパ球集団に対して特に選択的であることがインビボでさらに実証される。
宿主に対する反応性のない機能的なヒト免疫系を発達させるためにヒトCD34+造血幹細胞を移植したNSGマウスであるCD34+Hu-NSGマウスを、Jackson Laboratory(Bar Harbor,Maine)から入手した。本発明者らは、試験物を投与する前に、マウスから採取した血液中の様々なリンパ球集団におけるPD-1発現レベルを調べた(そのデータを図94に示す)。データは、CD34+Hu-NSGマウスがヒトと同様のPD-1発現プロファイル、すなわちエフェクターメモリ集団上のより高いPD-1発現を有することを示す。CD45+Hu-NSGマウスにおけるPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物の活性は、ヒトにおける分子の活性を反映するはずである。
マウスに、0.3mg/kgのXENP30046(mAb C_H1_L1.1及びIL-15(N4D/N65D)バリアントを含む[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc;n=5)、0.3mg/kgのXENP30429(mAb C_H1_L1.1及びIL-15(D30N/E64Q/N65D)バリアントを含む[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc;n=5)、0.3mg/kgのXENP26007(IL-15(N4D/N65D)バリアントを含む対照RSV標的化IL-15/Rα-Fc;n=4)又は0.3mg/kgのXENP30432(IL-15(IL-15(D30N/E64Q/N65D)バリアントを含む対照RSV標的化IL-15/Rα-Fc;n=5)を0日目に腹腔内投与した。様々なリンパ球集団の拡大を調べるために、0日目、4日目、7日目及び10日目に血液を採取した。そのデータを図95~図102に示す。
データは、PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物(XENP30046及びXENP30429)が、PD-1+細胞集団(例えば、CD4及びCD8エフェクターメモリ集団)を増殖させ、XENP30046によるエフェクターメモリ集団が100倍を超える増殖であることを示す。図102は、XENP30046及びXENP30429による細胞増殖の量が、各リンパ球集団におけるベースラインPD-1発現と相関することを示す。さらに、図100及び図101に示すように、XENP30429は、CD4及びCD8ナイーブ細胞の増殖をほとんど誘導せず(PD-1低)、IL-15アームの効力の低下が活性化T細胞に対する選択性を改善することを示している。注目すべきことに、対照RSV標的化IL-15/Rα-Fc融合物(XENP26007及びXENP30432)は非常に低いレベルの増殖を示し、本発明のPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物が最小限の末梢リンパ球増殖を有するはずであることを示している。
実施例13:カニクイザルにおけるPD-1親和性及びIL-15効力について調整された[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物の薬物動態及び薬力学
実施例5Aに記載されるカニクイザル研究から収集されたデータのさらなる分析に基づいて、PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物は、カニクイザルにおいてCD8+T細胞を増殖させながらNK細胞活性化を減少させることが見出された(図103を参照)。注目すべきことに、図104に示されるように、PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物は、CD8エフェクターメモリT細胞に対して選択的であった。
カニクイザルにおける別のインビボ研究では、PD-1親和性及びIL-15効力について調整された[NC]PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物の薬物動態及び薬力学を調べた。カニクイザル(n=3)を13日間馴化させ(-13日目から開始)、引き続いて1日目に表示の試験物の第1の低用量(3倍用量)の静脈内投与、及び22日目に表示の試験物のより高い第2の用量(10倍用量)の静脈内投与を行った。薬物動態及び薬力学の両方を調べるために、研究全体を通して血液を採取した。そのデータを図105~図106に示す。
図105は、XENP30290(mAb C_H1_L1.1 x IL-15[N4D/N65D])又はXENP30362(αRSV x IL-15[N4D/N65D])のいずれかを投与した後のカニクイザルにおける様々なリンパ球集団の拡大を示す。まとめると、データは、XENP30290(高いPD-1親和性及びより高いIL-15効力を有する)が、中程度のPD1-細胞増殖を伴って2~3週間にわたって持続的な末梢薬力学を可能にしたことを示す。特に、γδ T細胞は、最も高い増殖倍率の細胞集団であり;CD4+及びCD8+ナイーブT細胞は、最も低い増殖倍率の細胞集団であり;CD8+幹細胞メモリ細胞は、最も高い増殖関連集団である。
図106は、XENP30516(mAb C_H1_L1.1 x IL-15[D30N/E64Q/N65D])又はXENP30518(αRSV x IL-15[D30N/E64Q/N65D])のいずれかを投与した後のカニクイザルにおける様々なリンパ球集団の拡大を示す。まとめると、データは、XENP30516(高いPD-1親和性及びより低いIL-15効力を有する)が、有意なPD1-細胞増殖を伴わずに持続的な末梢薬力学を可能にしたことを示す。XENP30290と一致して、γδ T細胞は、最も高い増殖倍率の細胞集団であり;CD4+及びCD8+ナイーブT細胞は、最も低い増殖倍率の細胞集団であり;CD8+幹細胞メモリ細胞は、最も高い増殖関連集団である。
図107~111は、異なるPD-1親和性(RSV標的化対照を含む)及び/又はIL-15効力を有する様々な試験物の薬物動態を示す。まとめると、データは、PKに対するPD-1親和性及びIL-15効力の両方の明らかな影響を示す。例えば、図107に示されるように、最も高いPD-1親和性及びより高いIL-15効力を有するXENP30290が、より低いPD-1親和性を有するXENP30291及びXENP29439の両方よりも速いクリアランスをもたらした。しかしながら、最も高いPD-1親和性を有するが、より低いIL-15効力を有するXENP30516は、XENP30290よりも遅いクリアランスをもたらした。この同じ傾向が、より高いIL-15効力及びより低いIL-15効力をそれぞれ有するαRSV標的化IL-15/Rα-Fc融合物であるXENP30362及びXENP30518について図111に示される。注目すべきことに、IL-15[N4D/N65D]を含む試験物及びIL-15[D30N/N65D]を含む試験物についてPKに明らかな差はないようであった。
最後に、図112は、XENP30290、XENP30516及びXENP30362による処置後の様々なリンパ球集団におけるPD1発現を示す。データは、PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物がPD-1発現を増加させることを示す。図113は、全てのT細胞メモリサブセットのピーク増殖倍率とピークPD-1発現との間の相関を示す。これの意味はさらなる調査を必要とし得るが、PD-1発現の増加は、PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物による増強された効果のための正のフィードバック・ループを提供し得る。
実施例14:グリコシル化を除去するためのIL-15バリアントの操作
IL-15のグリコシル化は、IL-15/Rα-Fc融合物(PD-1標的化融合物を含む)の不均一性に影響を及ぼし、活性及び/又は産生に影響を及ぼし得る。したがって、IL-15バリアントを、不均一性を低下させることを目的として操作した。これに向けて、様々な戦略が検討された。
IL-15上のグリコシル化部位には、N71、N79及びN112(ヒトIL-15成熟形態配列に従って番号付けされている)が含まれる。糖鎖欠失に対する第1のアプローチは、これらの部位に改変を導入することであり、例示的な改変はN71Q、N79Q及び/又はN112Qを含む。別のアプローチは、グリコシル化モチーフAsn-Xaa-Ser/Thrを破壊するためにN71、N70及び/又はN112の周りに改変を導入することであり、例示的な改変はS114_及びS114Aを含む。
さらに、Fc融合物中のGly-Serリンカー中のセリンがO-グリコシル化を受け得ることが以前に報告されている。したがって、(Fc融合物のコンテキストで)不均一性を減少させるための最終的なアプローチは、これまでに使用されたGly-SerリンカーをGly-Alaリンカーで置き換えることである。
上記の様々なアプローチを単独及び組み合わせて検討した。例示的な糖鎖操作されたIL-15バリアントの配列を図114に示し、例示的な非標的IL-15/Rα-Fc融合物及びグリコシル化を除去するように操作された標的化IL-15/Rα-Fc融合物の配列を図115~図117に示す。
14A:糖鎖工学PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物の物理的特性評価
XENP30516(mAb C H1_L1.1 x IL-15[D30N/E64Q/N65D]w/(G4S)リンカー(配列番号7))、XENP31981(mAb C H1_L1.1 x IL-15[D30N/E64Q/N65D/N71Q/N79Q]w/(G4S)リンカー(配列番号7))、XENP31982(mAb C H1_L1.1 x IL-15[D30N/E64Q/N65D/N71Q/N79Q/N112Q]w/(G4S)リンカー(配列番号7))、XENP31984(mAb C H1_L1.1 x IL-15[D30N/E64Q/N65D]w/(G4A)リンカー(配列番号8))、XENP31985(mAb C H1_L1.1 x IL-15[D30N/E64Q/N65D/N71Q/N79Q/S114A]w/(G4A)リンカー(配列番号8))、XENP31986(mAb C H1_L1.1 x IL-15[D30N/E64Q/N65D/N71Q/N79Q/N112Q]w/(G4A)リンカー(配列番号8))、及びXENP31987(mAb C H1_L1.1 x IL-15[D30N/E64Q/N65D/N71Q/N79Q/S114_]w/(G4A)リンカー(配列番号8))を、上記に一般的に記載されるとおりに製造し、分析IEXによって特徴付けた。
タンパク質を、HEK293E細胞における一過性トランスフェクションによって産生させ、プロテインAクロマトグラフィ(精製部1)とそれに続く陰イオン交換クロマトグラフィ(精製部2)を含む2段階精製プロセスによって精製した。精製部2を示すクロマトグラムを図118Aに示す。クロマトグラムは、以下に一般的に記載されるような不均一性について分析アニオン交換クロマトグラフィ(分析AIEX)によってさらに特徴付けられた主ピークの単離を示す。分析は、Agilent 1200高速液体クロマトグラフィ(HPLC)システムで行った。280nMのUV検出波長で、20mM Tris(pH8.5)緩衝液中0~40%NaCl勾配を使用して、1.0mL/分でProteomix SAX-NP5の5μM非多孔質カラム(Sepax Technologies,Inc.,Newark,Del.)に試料を注入した。分析は、Agilent OpenLAB CDS ChemStation Edition AIC version C.01.07を用いて行った。ピークの分析的AIEX特性評価を示すクロマトグラムを図118Bに示す。XENP30516及びXENP31984は、実質的なグリコシル化由来の不均一性に特徴的な広いピークとして提示された。XENP31982、XENP31985、XENP31986及びXENP31987(より少ない程度であるがXENP31981)は、グリコシル化由来の不均一性の除去に成功したことを示す2つの別個のピークとして示された。
14B:糖鎖工学PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物のインビトロ特性評価
最初の実験では、PBMCを500ng/mlのプレート結合抗CD3 mAb(OKT3)で48時間刺激し、次いでCFSE(HEK細胞において生産)と37℃で4日間インキュベートした。様々なT細胞集団の増殖を、CFSE希釈(死細胞を排除するためのZombie Aqua)に基づいて決定した。CD8+エフェクターメモリT細胞のデータを図119に示す。グリコシル化保持活性を除去するように操作されたIL-15バリアントを含む試験物のそれぞれは、予想外に、IL-15グリコシル化を除去するように操作されていないXENP30516(及びGly-Alaリンカーを有する対応するXENP31984)よりも強力であった。
上記の実験における知見を考慮すると、分子の効力も腫瘍環境の外側にシフトし、選択性が失われることが予想された。したがって、新たなIL-15バリアントを含むRSV標的化IL-15/Rα-Fc融合対照も、腫瘍環境外での糖鎖工学PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物の挙動を調べるための代用物として作用するように構築した。第2の実験では、T細胞の増殖における、(糖鎖工学を用いた及び用いない)IL-15バリアントを含む「PD-1標的化」対「RSV標的化」IL-15/Rα-Fc融合物(CHO細胞において生産)のインビトロ活性を、上記で一般的に記載されるように調べた。CD4及びCD8エフェクターメモリT細胞に対する様々な試験物(「PD-1標的」対「RSV標的」)のEC50を示すデータを図120及び図121に示す。予想外にも有利にも、N71Q/N79Q/N112Qバリアントは、エフェクターメモリT細胞に対するPD-1標的化IL-15/Rα-Fcの選択性を向上させることが見出された(対応するRSV標的化IL-15/Rα-Fcに対する効力の増加倍数によって示される)。結果として、IL-15におけるグリコシル化を除去するためのN71Q/N79Q/N112Q、及びIL-15とIL-15Rα(sushi)との間のGly-Alaリンカーをさらに含む、IL-15(D30N/E64Q/N65D)効力バリアントを有するXENP31986は、全ての試験物の中で最大の選択性を示す。
14C:糖鎖工学PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物のインビボ特性評価
糖鎖工学PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物のインビボ活性を、実施例11Bに記載したものと同様のマウス腫瘍モデルにおいて調べた。特に、NSG-DKOマウス(10匹/群)に、3×10個のpp65形質導入MCF-7細胞を-18日目に皮内接種した。次いで、マウスに2.5 x 10個のヒトPBMCを腹腔内注射し、0日目に示された試験物/試験物の組み合わせで処置し、7、14、及び21日目に示された試験物でさらに処置した。腫瘍体積を週に3回キャリパーによって測定し、体重を週に1回測定し、血液を週に1回採取した。経時的な腫瘍体積の変化を図122に示し、17日目については図123に示す。14日目までのCD8+T細胞の増殖を示すデータを図124に示す。インビトロのデータと一致して、糖鎖工学バリアントは、(低用量でさえ)T細胞拡大及び抗腫瘍活性の増強を示し、PD-1遮断と生産的に組み合わせた。
14D:糖鎖工学PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物は、インビボでの向上した薬力学、薬物動態及び選択性を実証する
カニクイザル(n=3)を13日間順化させ(-13日目から開始)、その後、示されたPD-1標的化(及び対照RSV標的化)IL-15/Rα-Fc融合物を様々な用量濃度(1倍の低用量、3倍の中用量、10倍の高用量、又は30倍の超高用量)で静脈内投与した。薬物動態及び薬力学の両方を調べるために、研究全体を通して血液を採取した。そのデータを図125~図133に示す。
以下の観察を行った:XENP30290は1倍の低用量でPD1+細胞増殖を誘導し(図125);XENP30290は、10倍の高用量で良好なPD1+細胞増殖を誘導したが、RSV標的化対照XENP30362の活性によって示されるように、PD1-細胞に対しては中程度の活性を有しており(図126);XENP30516は、10倍の高用量で良好な選択性で良好なPD1+細胞増殖を誘導し(図127);XENP30516は、優れた選択性を維持しながら30倍の非常に高用量でより大きなPD1+増殖を誘導し(図128);XENP31986は、優れた選択性で1倍の低用量で良好なPD1+細胞増殖を誘導し(図129);XENP31986は、優れた選択性を維持しながら3倍の中用量でPD1+細胞増殖の増強を誘導し(図130);XENP31986は、優れた選択性を維持しながら10倍の高用量で非常に大きなPD1+細胞増殖を誘導した(図131)。まとめると、データは、用量の増加がより高い選択性をもたらすことを示している。加えて、IL-15[D30N/E64Q/N65D/N71Q/N79Q/N112Q]バリアントを含むPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物は、IL-15[D30N/E64Q/N65D]バリアントを含むPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物よりも選択的であり、それは、IL-15[N4D/N65D]バリアントを含むPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物よりも選択的であった。
予想外にも、図134のデータは、同じ用量で、IL-15[D30N/E64Q/N65D/N71Q/N79Q/N112Q]バリアントを含む脱グリコシル化PD-1標的化IL-15/Rα-Fc XENP31896は、XENP31896がXENP30516と比較して増強された効力/薬力学を有するにもかかわらず、IL-15[D30N/E64Q/N65D]バリアントを含むグリコシル化PD-1標的化IL-15/Rα-Fc XENP30516と比較して増強された薬物動態を示したことを示す。PD-1標的化分子と一致して、図135に示されるデータは、同じ用量で、IL-15[D30N/E64Q/N65D/N71Q/N79Q/N112Q]バリアントを含む脱グリコシル化RSV標的化IL-15/Rα-Fc XENP32169が、IL-15[D30N/E64Q/N65D]バリアントを含むグリコシル化RSV標的化IL-15/Rα-Fc XENP32169と比較して薬物動態の増強を示したことを示しており、このことは、曝露の増強が、IL-15からN結合型グリカンを除去することに起因することを示している。したがって、D30N/E64Q/N65Dからの効力の低下が曝露を増加させ、グリコシル化の除去が曝露を増加させるので、IL-15[D30N/E64Q/N65D/N71Q/N79Q/N112Q]バリアントにおける組み合わせは、両方の効果からの最適な曝露及びその後のT細胞増殖を付与する。
実施例15:mAb C[PD-1]バリアントを操作して不安定なトリプトファンを除去する
mAb C[PD-1]は、VH-CDR3(XencorナンバリングでのW112;KabatナンバリングでのW100)中のトリプトファンを含み、それは、酸化及びその後のPD-1結合の喪失を起こしやすい(データは示さず)。
したがって、不安定なトリプトファンを除去するための作戦が開始された。VH中の100位(Kabatナンバリング)のトリプトファンのF、L、Y、I、H、Q、S、E及びRによる置換を含むmAb C_H1L1バリアントを生成し、PD-1(E233P/L234V/L235A/G236_/S267K除去バリアントを有する二価IgG1フォーマットのコンテキスト)への結合をOctetを使用して調べた。図136に示されるセンサーグラムは、不安定なトリプトファンを修復すると、PD-1への結合の完全な喪失又は実質的により弱い結合が生じたことを示している。
親和性を回復させるために、以前に同定された親和性増強VH置換(実施例9参照)をW100F(Kabatナンバリング)と組み合わせた。さらに、新しいVHを、以前に同定された(実施例9参照)親和性増強VLバリアントL1.140と対にした。Octetを使用して、PD-1への新しいバリアント(E233P/L234V/L235A/G236_/S267K除去バリアントを有する二価IgG1フォーマットのコンテキスト)の結合を調べた。そのデータを図139に示す。mAb C[PD1]_H1.176_L1.140、mAb C[PD1]_H1.177_L1.140、及びmAb C[PD1]_H1.180_L1.140を含むmAb C[PD1]_H1_L1.1のものに近いPD-1親和性結合を回復させるいくつかのバリアントが同定された、その配列は、二価mAbとして図137に、及び、PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物のコンテキストにおいて図138に示されている。図140は、XENP31986及びXENP32435(Trp操作/親和性修復されたmAb C[PD1]_H1.176_L1.140を有する)のセンサーグラムを示し、修復された分子がPD-1に対して同等の親和性を有することを示す。さらに、酸化修復は非競合エピトープに影響を及ぼさなかった(データは示さず)。
15A:Trp操作されたPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物のインビトロ特性評価
PBMCを500ng/mlのプレート結合抗CD3 mAb(OKT3)で48時間刺激し、次いでCFSE(HEK細胞において生産)と37℃で4日間インキュベートした。様々なT細胞集団の増殖を、CFSE希釈(死細胞を排除するためのZombie Aqua)に基づいて決定した。CD8+エフェクターメモリT細胞のデータを図141に示す。データは、Trpを除去するように操作されたPD-1結合ドメインを有するXENP32435、XENP32436及びXENP32439は、(PD-1に対する類似の親和性を有するにもかかわらず)XENP31986と同等又はそれ以上にCD8+エフェクターメモリT細胞の増殖において強力であることを示す。この傾向は、CD4エフェクターメモリT細胞並びに総CD8 T細胞及び総CD4 T細胞の増殖について一貫している(データは示さず)。
15B:親和性を回復させるための付加Trp操作mAb C[PD-1]バリアントの生成
Trp操作mAb_C[PD-1]の親和性を回復させるために利用した別のアプローチはファージの作戦であった。ファージライブラリを、可変重鎖CDR3に導入された突然変異を有するmAb_C[PD-1]H1.151_L1.1(配列は図137AにXENP32344として示される)に基づいて作製した。ライブラリから同定された可変領域を二価mAbとしてフォーマットし、その配列を図152A~図152JにXENP32805~XENP32840として示す。
新規mAb_C[PD-1]バリアントを、上記で一般的に記載されるようにOctetによって親和性についてスクリーニングした。特に、抗ヒトIgG-Fc(AHC)バイオセンサーを使用して試験物を捕捉し、複数の濃度のPD-1に浸漬した。解離定数(K)、会合速度(k)及び解離速度(k)を示すデータを図65に示す。
次いで、結合増強及び特異的親和性増強の置換を実証する上記のmAb_C[PD-1]バリアント由来の可変重ドメインを、以前に同定された(実施例9参照)親和性増強VLバリアントL1.140と組み合わせ、二価mAbとしてフォーマット化した(その配列は図152J~図152MにXENP33441~33455として示されている)。
実施例16:PD-1標的化IL-15はT細胞増殖の抑制を逆転させる
増殖エフェクターT細胞に加えて、IL-15はまた、Treg上の受容体に結合し、その増殖を増強することができる。しかしながらTregは免疫応答を抑制するので、腫瘍学的処置には好ましくないと考えられる。
ラパマイシンはインビトロでCD4+CD25+FOXP3+Tregの増殖を促進し、結果として生じる増殖したTregはCD4+及びCD8+T細胞増殖を抑制することが以前に報告されている(例えば、Battaglia et al.(2006)Rapamycin promotes expansion of functional CD4+CD25+FOXP3+regulatory T cells of both healthy subjects and type 1 diabetic patients.J Immunol.177(12)8338-8347;及びStrauss et al.(2007)Selective survival of naturally occurring human CD4+CD25+Foxp3+regulatory T cells cultured with rapamycin.J Immunol.178(1)320-329を参照)。したがって、IL-15、Treg、及び他のT細胞の間の関係を調べる本明細書の実験では、ラパマイシンで増殖させたTregを使用した。EasySep(商標)ヒトCD4+T細胞濃縮キット(STEMCELL Technologies,Vancouver,Canada)を使用して陰性選択によってヒトPBMCからCD4+T細胞を濃縮した。Dynabeads(商標)Human Treg Expander(Thermo Fisher Scientific,Waltham,Mass.)を用いて、RPMI1640+10%ウシ胎児血清+0.1μg/mlのラパマイシン+500U/mlのIL-2中で1~4日間Tregを増殖させた。Tregを、0.5μg/mlの抗CD3(OKT3、Biolegend,San Diego,Calif.)でコーティングしたT75フラスコに移し、RPMI1640+10%ウシ胎児血清+0.1μg/mlのラパマイシン+500U/mlのIL-2+0.5μg/mlの抗CD28 mAbで培養した。ラパマイシンで増殖させたTregを利用する実験を、PBMCからのCD4+T細胞の初期濃縮の少なくとも8日後に行った。
16A:PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物はTregの増殖を低下させる
IL-15によるTregの増殖を調べるために、1.25×10個のTag-it Violet標識Tregを、示された用量の例示的なIL-15/Rα-Fc融合物XENP20818(WT IL-15)又はXENP24045(IL-15[D30N/E64Q/N65D])(配列は図142に示される)、並びに10%ウシ胎児血清(他のサプリメントなし)を含むRPMI中の例示的なPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物と共に4日間インキュベートした。図143に示されるデータは、IL-15/Rα-Fc融合物(標的化及び非標的化)がラパマイシン拡大Tregの増殖を誘導することを示す。注目すべきことに、PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物は、標的化されていないIL-15/Rα-Fc融合物と比較して、Tregの増殖を誘導する効力がはるかに低かった。
16B:PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物はエフェクターT細胞増殖を増強し、Treg抑制を減少させる
1×10個のCFSE標識PBMC(固定数)を、示された比率のTag-it Violet標識ラパマイシン拡張Treg、及び5μg/mlの例示的な標的IL-15/Rα-Fc融合物とともに、プレート結合抗CD3(OKT3;100ng/ml)上に播種した。37℃で4日間インキュベートした後、細胞をフローサイトメトリによって分析した。増殖をCFSE(T細胞について)又はTag-it Violet(Treg用について)希釈によって測定し、Zombie色素を使用して死細胞を除外した。
図144に示されるデータは、PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物が、CD8及びCD4エフェクターメモリT細胞増殖の、Treg誘導性の抑制の効力をシフトさせた(低下させた)ことを示す。特に、対照RSV標的化IL-15/Rα-Fc融合物によるシフトは、PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物によって誘導される効力の低下よりも小さかった(これも、これが非常に腫瘍環境特有の効果であるべきであることを示す)。
図145に示すデータは、Treg/CD8 TEM及びTreg/CD4 TEM細胞数の比を示す。データは、試験物なしと比較して、PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物はTreg/TEM比を増加させたが、それでもなお、TEM細胞増殖はPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物によって増強されることを示す。これは、Tregは増殖するが、増殖したTregは抑制能力の低下を顕著に示すことを示す。
16C:T細胞増殖抑制の低下メカニズム
16C(a):IL-15/Rα-Fc融合物で処理したTregは、経時的にeTreg集団の減少を示す
抑制低下の機序を調べるための最初の実験では、Tregを、a)完全Treg培地(10%FBS、0.5μg/mlの抗CD28、100U/mlのIL-2、100ng/mのlラパマイシンを含むRPMI)、b)ラパマイシンを含まない完全Treg培地、又はc)100ng/ml IL-15(10%FBS、0.5μg/mlの抗CD28を含むRPMI;IL-2なし;ラパマイシンなし)を含む培地のいずれかで6日間増殖させた。1×10個のCFSE標識PBMCを、示された用量のTag-it Violet標識Tregとともに、プレート結合抗CD3(OKT3;100ng/ml)上に播種した。CD8+及びCD4+T細胞の増殖を決定した。そのデータを図146に示す。データは、IL-15で前処理されたTregが抑制能力の障害を示すことを示し、IL-15がTregをより低い免疫抑制表現型に変換することを示唆する。
この観察をさらに調べるために、ラパマイシンで増殖させたTregをIL-15/Rα-Fc融合物XENP22821(IL-15[N65D];配列を図142に示す)で14日間処理し、フローサイトメトリによって分析した。驚くべきことに、CD4+細胞上のCD25及びFOXP3の発現を示す図147のデータは、XENP22821による処理がFOXP3発現を減少させたことを示す。FOXP3は一般にTregのマーカーであるが、FOXP3high CD4+CD45RA-は真に抑制性のeTregであり、FOXP3low CD4+CD45RA-は非抑制性の活性化エフェクターCD4 T細胞である(Miyara et al.(2009)Functional delineation and differentiation dynamics of human CD4+T cells expressing the FoxP3 transcription factor.Immunity.30(6):899-911)。CD4+細胞上のCD45RA及びFOXP3の発現を示す図148のデータは、XENP22821による処置がCD4+CD45RA-集団をFoxP3highからFoxP3lowにシフトさせることを示しており、IL-15/Rα-Fc融合物による処置が集団をeTreg(5.24%から2.72%への減少した集団)から、活性化エフェクターCD4 T細胞(18.2%から28.6%への増加した集団)に実際にシフトさせたことを示している。
さらに、CD4+細胞上のCD25及びCCR4の発現を示す図149のデータは、XENP22821による処理がCCR4発現を減少させたことを示す。CCR4が免疫抑制に関与することは以前に報告されているMolinaro et al.(2015)CCR4 Controls the Suppressive Effects of Regulatory T Cells on Early and Late Events during Severe Sepsis.PLoS One.10(7))。
まとめると、これは、IL-15/Rα-Fc融合物(非標的化及び標的化)が既存のTreg集団を拡大するが、Tregを非免疫抑制表現型(例えば、FoxP3low及びCCR4low/-)に拡大することによってエフェクターT細胞増殖の抑制を逆転させることを示している。
16C(b):IL-15/Rα-Fc融合物はT細胞増殖のTGFβ抑制を逆転させる
腫瘍環境において、TGFβは、悪性細胞及び免疫細胞(例えばTreg)の両方によって発現され、T細胞増殖を抑制する機能を有し、抗腫瘍免疫応答の抑制をもたらす(Teicher,BA.(2007)Transforming Growth Factor-β and the Immune Response to Malignant Disease.Clin Cancer Res.13(21))。
IL-15/Rα-Fc融合物とTGFβとの間の相互作用を調べるための実験では、CFSE標識PBMCを、10μg/mlの例示的なIL-15/Rα-Fc融合物XENP24045の有無にかかわらず、表示用量のTGFβ1と共に、37℃で4日間、100ng/mlのプレート結合抗CD3(OKT3)上でインキュベートした。4日後、細胞をフローサイトメトリによって分析した。T細胞の増殖をCFSE希釈によって測定した。そのデータを図150に示す。データは、TGFβがT細胞の増殖を用量依存的に抑制するが、注目すべきことに、IL-15/Rα-Fc融合は、試験した全ての用量でT細胞増殖のTGFβ抑制を妨げることを示す。
これは、PD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物がT細胞増殖の抑制を逆転させる別のメカニズムが、TGFβの抑制作用を逆転させることによるものであることを示している。
本発明のPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物の作用機序をさらにプローブするために、ヒトにおけるIL-15(N4D/E64Q/N65D)バリアントの低下した効力と比較してマウスにおける同様の低下した効力を有するIL-15バリアントを有しマウスPD-1結合ドメインを有するPD-1標的化マウス代用IL-15分子を作製した。マウス脾細胞を使用するインビトロアッセイでは、PD-1標的化マウス代用IL-15分子がPD1+マウスT細胞に対して高度に選択的であることが見出された(データは示さず)。
PD-1標的化マウス代用IL-15分子の活性をMC38担がんマウスにおいて調べて、末梢及び腫瘍内の薬力学を評価した。この研究からのデータは示されていないが、結果をここに要約する。この研究は、PD-1標的化マウス代用IL-15分子が、マウスの腫瘍体積及び重量を減少させることを示した。注目すべきことに、6日目に、腫瘍におけるCD8T細胞及びグランザイムB発現の増加があった。Tregは脾臓で増殖したが、腫瘍では顕著に減少した。まとめると、これは腫瘍におけるCD8:Treg比の増加を可能にした。さらに、PD-1標的化マウス代用IL-15分子は、脾臓においてCD8T、NK及びNKT細胞を実質的に増殖させたが腫瘍においてCD8T及びNK細胞を適度に増殖させただけの非標的化マウス代用IL-15分子と比較して、NK及びNK T細胞の増殖を促進しなかったことが見出された。
16D:非標的化IL-15/Rα-Fc融合物はエフェクターT細胞増殖を増強し、Treg抑制を減少させる
1×10個のCFSE標識PBMC(自家)を、プレート結合抗CD3(100ng/ml;OKT3)上で、10μg/mlのXmAb 24306を含むTag-it Violet標識Tregの2倍希釈物と37℃で3日間共培養した。CD8+及びCD4+応答細胞の増殖をCFSE又はTag-it Violet希釈によって測定し、Zombie Aqua(商標)Fixable Viabilityキット(BioLegend,San Diego,Calif.)による染色を使用して死細胞を除外した。そのデータを図155A~図155Bに示す。データは、XmAb24306が、抗CD3によって誘導されるエフェクターT細胞の増殖のTreg抑制を克服することを示す。
実施例17:低下したIL15効力と組み合わせたPD1標的化は選択性を可能にする
ヒトPBMCを500ng/mlのプレート結合抗CD3(OKT3)で48時間刺激し、次いでCFSEで標識し、試験物と37°Cで4日間インキュベートした。データは、(図154AにおいてXENP31326対XENP31329の比較によって示されるように)PD1標的化単独が、限られた選択性(RSV標的化及びPD1標的化のEC50の2.4倍の差)を提供することを示している。しかしながら、IL-15効力の低下と組み合わせたPD1標的化(図154BのXENP30516及びXENP32927対XENP30518の比較;図154CのXENP31986及びXENP32435対XENP32169の比較によって示される)は、有意に増強された選択性を提供する。いくつかの例では、脱グリコシル化バリアントは選択性をさらに高めた(脱グリコシル化バリアントを用いた場合は246倍の選択性であり、用いなかった場合の105倍の選択性と対照的である)。いくつかの分析によれば、XENP30516及びXENP32927は、XENP30518と比較して約339倍の選択性を有することが示され、XENP31986及びXENP32435は、XENP32169と比較して約299倍の選択性を有することが示された。
実施例18:IL-15/Rα-Fcはより少ない免疫抑制性Tregの増殖を誘導する
実施例16D並びに図155A及び図155Bに示されるように、IL-15/Rα-Fc融合物は、抗CD3によって誘導されるエフェクターT細胞増殖のTreg抑制を克服することができる。このセクションでは、このような反転のメカニズムをさらに調べる。
最初の研究では、Treg抑制の逆転がTreg増殖の減少に起因するかどうかを調べた。1.25×10個のTag-it Violet標識Tregを、10%ウシ胎児血清(他のサプリメントなし)を含むRPMI中の示された用量の例示的なIL-15/Rα-Fc融合物XENP20818(WT IL-15)又はXENP24045(IL-15[D30N/E64Q/N65D])と共に4日間インキュベートした。図156に示されるデータは、IL-15/Rα-Fc融合物がラパマイシン拡大Tregの増殖を誘導することを示す。注目すべきことに、XENP24045は、XENP20818と比較してTregの増殖を誘導する効力の低下を実証している。いずれにせよ、これは、Treg抑制の逆転がTreg増殖の減少の結果ではなかったことを示す。
1×10個のCFSE標識PBMC(固定数)を、示された比率のTag-it Violet標識ラパマイシン拡張Treg、及び5μg/mlのXENP24045とともに、プレート結合抗CD3(OKT3;100ng/ml)上に播種した。37℃で4日間インキュベートした後、細胞をフローサイトメトリによって分析した。増殖をCFSE(T細胞について)又はTag-it Violet(Treg用について)希釈によって測定し、Zombie色素を使用して死細胞を除外した。図157A及び図157Bに示されるデータは、IL-15/Rα-Fc融合物が、CD8及びCD4エフェクターメモリT細胞増殖の、Treg誘導性の抑制の効力をシフトさせた(低下させた)ことを示す。図158A及び図158Bに示すデータは、Treg/CD8 TEM及びTreg/CD4 TEM細胞数の比を示す。データは、試験物なしと比較して、IL-15/Rα-Fc融合物はTreg/TEM比を増加させたが、それでもなお、TEM細胞増殖はIL-15/Rα-Fc融合物によって増強されることを示す。これは、Tregは増殖するが、増殖したTregは抑制能力の低下を顕著に示すことを示す。
抑制能の低下の機序を調べるための、Tregを、a)完全Treg培地(10%FBS、0.5μg/mlの抗CD28、100U/mlのIL-2、100ng/mlのラパマイシンを含むRPMI)、b)ラパマイシンを含まない完全Treg培地、又はc)100ng/ml IL-15(10%FBS、0.5μg/mlの抗CD28を含むRPMI;IL-2なし;ラパマイシンなし)を含む培地のいずれかで6日間増殖させた。1×10個のCFSE標識PBMCを、示された用量のTag-it Violet標識Tregとともに、プレート結合抗CD3(OKT3;100ng/ml)上に播種した。CD8及びCD4T細胞の増殖を決定した。そのデータを図159A及び図159Bに示す。データは、IL-15で前処理されたTregが抑制能力の障害を示すことを示し、IL-15がTregをより低い免疫抑制表現型に変換することを示唆する。
この観察をさらに調べるために、ラパマイシンで増殖させたTregをIL-15/Rα-Fc融合物XENP22821(IL-15[N65D])で14日間処理し、フローサイトメトリによって分析した。驚くべきことに、CD4細胞上のCD25及びFOXP3の発現を示す図160A及び図160Bのデータは、XENP22821による処理がFOXP3発現を減少させたことを示す。FOXP3は一般にTregのマーカーであるが、FOXP3high CD4CD45RAは真に抑制性のeTregであり、FOXP3low CD4CD45RAは非抑制性の活性化エフェクターCD4 T細胞である(Miyara et al.(2009)Functional delineation and differentiation dynamics of human CD4+T cells expressing the FoxP3 transcription factor.Immunity.30(6):899-911)。CD4細胞上のCD45RA及びFOXP3の発現を示す図161A及び図161Bのデータは、XENP22821による処置がCD4CD45RA集団をFoxP3highからFoxP3lowにシフトさせることを示しており、IL-15/Rα-Fc融合物による処置が集団をeTreg(5.24%から2.72%への減少した集団)から、活性化エフェクターCD4 T細胞(18.2%から28.6%への増加した集団)に実際にシフトさせたことを示している。
さらに、CD4細胞上のCD25及びCCR4の発現を示す図162A及び図162Bのデータは、XENP22821による処理がCCR4発現を減少させたことを示す。CCR4が免疫抑制に関与することは以前に報告されているMolinaro et al.(2015)CCR4 Controls the Suppressive Effects of Regulatory T Cells on Early and Late Events during Severe Sepsis.PLoS One.10(7))。
まとめると、これは、IL-15/Rα-Fc融合物が既存のTreg集団を拡大するが、Tregを非免疫抑制表現型(例えば、FoxP3low及びCCR4low)に拡大することによってエフェクターT細胞増殖の抑制を逆転させることを示している。
実施例19:IL-15/Rα-Fc融合物はT細胞増殖のTGFβ抑制を逆転させる
腫瘍環境において、TGFβは、悪性細胞及び免疫細胞(例えばTreg)の両方によって発現され、T細胞増殖を抑制する機能を有し、抗腫瘍免疫応答の抑制をもたらす(Teicher,BA.(2007)Transforming Growth Factor-β and the Immune Response to Malignant Disease.Clin Cancer Res.13(21))。
IL-15/Rα-Fc融合物とTGFβとの間の相互作用を調べるための実験では、CFSE標識PBMCを、10μg/mlの例示的なIL-15/Rα-Fc融合物XENP24045の有無にかかわらず、表示用量のTGFβ1と共に、37℃で4日間、100ng/mlのプレート結合抗CD3(OKT3)上でインキュベートした。4日後、細胞をフローサイトメトリによって分析した。T細胞の増殖をCFSE希釈によって測定した。そのデータを図163A及び図163Bに示す。データは、TGFβがT細胞の増殖を用量依存的に抑制するが、注目すべきことに、IL-15/Rα-Fc融合は、試験した全ての用量でT細胞増殖のTGFβ抑制を妨げることを示す。
これは、IL-15/Rα-Fc融合物がT細胞増殖の抑制を逆転させる別のメカニズムが、TGFβの抑制作用を逆転させることによるものであることを示している。
実施例20:インビボ活性のさらなる特性評価
20A:CD34+Hu-NSGモデルにおけるPD-1標的化低効力糖鎖工学IL-15/Rα-Fc融合物のインビボ抗腫瘍活性
実施例12におけるように、新規[NC]PD-1標的化低効力糖鎖工学IL-15/Rα-Fc融合物XENP32986(単剤として、又はPD-1遮断と組み合わせて)の活性を、CD34+Hu-NSGマウスにおいて(単剤として、又はPD-1遮断と組み合わせて非標的化IL-15/Rα-Fcと比較して)調べて、ヒトにおける分子の活性を反映させた。マウス(9~10匹/群)に、3×10個のpp65形質導入MCF-7細胞を-14日目に皮内接種した。次いで、0日目に(及び週に1回)、示された試験物でマウスを腹腔内処置した。腫瘍体積を週に3回までキャリパーによって測定し、体重を週に1回測定し、血液を週に1回採取した。
経時的な腫瘍体積の変化を図164に示す。全ての群は、PBS対照による処置と比較して、15日目までに有意に増強された腫瘍活性を示した(p≦0.05)。注目すべきことに、PD-1遮断と組み合わせることによって抗腫瘍活性に対する明らかな利益があった。種々のリンパ球集団の拡大も調べた。そのデータを、7日目及び13日目のCD4T細胞及びCD8T細胞については図165に、13日目のCD8:Treg比については図166に示す。注目すべきことに、PD-1遮断と組み合わせたPD-1標的化IL-15は、PD-1遮断と組み合わせた非標的化IL-15-Fc融合物と比較して、CD8T細胞及びCD4T細胞の両方の増殖を有意に増強した。さらにこのモデルでは、PD-1標的化IL-15とPD-1遮断の組み合わせは、単剤PD-1標的化IL-15と比較して、リンパ球増殖を有意に増加させた。注目すべきことに、CD8:Treg比は、PD1標的化IL15(さらにPD-1遮断との組み合わせ)で改善される。
腫瘍環境における分子の薬力学を調べるため、並びにさらなる用量レベルでのXENP32896の活性を調べるために、別の同様の研究を行った。上記のように、CD34+Hu-NSGマウスに、3×10個のpp65形質導入MCF-7細胞を-14日目に皮内接種した。次いで、0日目に(及び週に1回)、示された試験物でマウスを腹腔内処置した。1群あたり4匹のマウスを9日目に屠殺して、フローサイトメトリによる分析のために腫瘍組織試料を採取した。この試験では、抗腫瘍効果(データは示さず)は、おそらくhuCD34ドナーの違いに起因して、以前の試験と比較して遅かった。しかしながら、この研究は、腫瘍環境における有意な薬力学を明らかにした。図167に示すように、フローデータは以下を示す。XENP32986は、単独で、又はPD-1遮断と組み合わせて、腫瘍において、総CD3+T細胞を増加させ、T細胞表現型をエフェクターメモリCD8+にシフトさせ、XENP32986は、単独で、又はPD-1遮断と組み合わせて、腫瘍においてCD8:Treg比を増加させ、低用量の0.01mg/kgのXENP32986は、PD-1遮断との併用で有意な薬力学を可能にする。
20B:PD-1標的化低効力IL-15/Rα-Xtend Fc融合物のインビボ抗腫瘍活性
NSG-DKOマウス(10匹/群)に、3×10個のpp65形質導入MCF-7細胞を-19日目に皮内接種した。次いで、マウスに2.5×10個のヒトPBMCを腹腔内注射し、0日目に(それからは週に1回)、示された濃度の示された試験物/試験物の組合せで処置した。腫瘍体積を週に3回キャリパーによって測定し、体重を週に1回測定し、血液を週に1回採取した。
IL-15(D30N/E64Q/N65D)バリアントを含む試験物(RSV標的対照を含む)の経時的な腫瘍体積の変化を図168A~168G(各群のマウスについて)及び図169(群の中央値)に示す。XENP32927は、PD-1遮断単独と比較して、PD-1遮断と組み合わせて0.3mg/kgで(17、20、22及び27日目にp<0.05)、及び、PD-1遮断と組み合わせて1mg/kgで(15及び17日目にp<0.05)、有意な腫瘍退縮を誘導した(マン・ホイットニー検定を使用してベースライン補正データに対して統計を行った)。XENP32927(1mg/kg)+XENP16432(3mg/kg)群では、1匹を除く全ての非応答マウスが22日目までに死亡したので(図168F参照)、データは、後の時点についてこの用量レベルでの試験物の組合せの真の有効性を捕捉していないことに留意すべきである。
IL-15(D30N/E64Q/N65D/N71Q/N79Q/N112Q)バリアントを含む試験物(RSV標的化対照を含む)の経時的な腫瘍体積の変化を図168H~168L(各群の各マウスについて)及び図170(群の中央値)に示す。XENP32435は、PD-1遮断単独と比較して、PD-1遮断と組み合わせて0.1mg/kgで(13日目及び15日目にp<0.05)、及び、PD-1遮断と組み合わせて0.3mg/kgで(13日目、15日目、及び17日目にp<0.05)、有意な腫瘍退縮を誘導した。注目すべきことに、XENP32435は、このモデルにおいて単剤として有意な腫瘍退縮を示した(PD-1遮断単剤と比較して17日目にp<0.05)(マン・ホイットニー検定を使用してベースライン補正データに対して統計を行った)。XENP32435(0.1mg/kg及び0.3mg/kg)+XENP16432(3mg/kg)群では、全てのマウスが20日目までに死亡したため(図168J~図168Kを参照)、データはこれらの用量レベルでの試験物の組合せの完全な治療可能性を示していないことに留意すべきである。
全ての試験物についての17日目までの腫瘍体積の変化を図171に示す。IL-15(D30N/E64Q/N65D)バリアント及びIL-15(D30N/E64Q/N65D/N71Q/N79Q/N112Q)バリアントを含む試験物について、CD4及びCD8のT細胞活性化(CD25発現によって示される)及び増殖(細胞数によって示される)をそれぞれ図172A~図172D及び図173A~図173Dに示す。最後に、IL-15(D30N/E64Q/N65D)バリアント及びIL-15(D30N/E64Q/N65D/N71Q/N79Q/N112Q)バリアントを含む試験物について、経時的なIFNγの血清濃度をそれぞれ図174及び図175に示す。データは、PD-1標的化IL-15[D30N/E64Q/N65D]XENP32927が0.1~1mg/kgで活性であったこと、及びPD-1標的化IL-15[D30N/E64Q/N65D/N71Q/N79Q/N112Q]XENP32435が0.03~0.3 mg/kgのはるかに低い濃度で活性であったことを示す(リンパ球の活性化及び増殖並びにIFNγ分泌によって示される)。注目すべきことに、この研究はまた、RSV標的化IL-15(いずれかのIL-15バリアントを含む)が、PD-1遮断単独と比較して、PD-1遮断と組み合わせて活性を増強しないことを示し、PD-1標的化機構の重要性をさらに実証した。
実施例21:カニクイザルにおける、不安定なトリプトファンが除去されたMAB C[PD-1]バリアントの投与の薬力学的及び薬物動態学的効果
PD-1xIL-15/IL-15Raの投与の薬力学的効果を決定するために、PD-1xIL-15/IL-15Raで処置されたカニクイザル由来の末梢血のフローサイトメトリ分析を用いて免疫表現型検査を実施した。雄性カニクイザル(n=4)に、様々な用量濃度(1×低用量、12×高用量)のXENP32435又は様々な用量濃度(1倍の低用量、20倍の高用量)のXENP32927の3回の隔週用量(1、15及び29日目に投与)の静脈内(低速ボーラス)注射を行った。薬物動態及び薬力学の両方を調べるために、研究全体を通して血液を採取した。そのデータを図166~図171に示す。全血試料採取は静脈穿刺によって行った。サイトメトリ免疫表現型分析のために調製した試料を、以下の蛍光色素コンジュゲート抗体で染色した:抗FoxP3-FITC(259D)又は抗CD3-FITC(SP34);抗CD8b-PE(SIDI8BEE)又は抗CD45-PE(MB4-6D6);抗CD56-PE-CF594(B159)又は抗CCR7-PE-Dazzle594(G043H7);抗CD45-PerCP-Cy5.5(MB4-6D6)又は抗CD20-PerCP-Cy5.5(2H7);抗CD8a-PE-PE-Vio770(BW135/80),抗CD25-PE-Cy7(M-A251)又は抗NKG2D-PE-Cy7(1D11);抗PD-1-APC(EH12.2H7)又は抗CD8b-eFluor660(SIDI8BEE);抗Ki67-AF700(B56)又は抗CD14-AF700(M5E2);抗CD45RA-APC-Cy7(5H9);抗CD3-BV421(SP34)又は抗CD8a-BV421(BM135/80);抗CD25-BV510(M-A251)又は抗HLA-DR-BV510(G46-6);抗CD14-BV605(M5E2)又は抗CD28-BV605(CD28.2);抗CD16-BV650(3G8);抗CD20-BV711(2H7)又は抗CD95-BV711(DX2);抗CD4-BV785(OKT4)。全ての抗体は、BD Biosciences、BioLegend、Miltenyi Biotec又はThermo Fisher Scientificから購入した。絶対細胞数のリアルタイム定量化のために、BD TruCount(商標)(BD Biosciences)チューブをCD45/側方散乱ゲーティングと組み合わせて使用した。
図176A~図179Eは、XENP32435又はXENP32927.のいずれかを投与した後のカニクイザルにおける様々なリンパ球集団の拡大を示す。以下の観察を行った:XENP32435は、1倍用量でCD8T細胞増殖(幹細胞メモリ及びナイーブサブセットを含む)、γδ T細胞の大きな増殖、及びNK細胞の最小限の増殖を誘導した(図176A~図176E)。XENP32435は、NK細胞に対する影響を最小限に抑えながら、より高い12倍用量でCD8T細胞及びγδ T細胞のより大きな増殖を誘導した(図177A~図177E)。XENP32927は、1倍用量でのCD8T細胞増殖(幹細胞メモリ及びナイーブサブセットを含む)、γδ T細胞の大きな増殖、及びNK細胞の最小限の増殖を誘導した(図178A~図178E)。XENP32927は、NK細胞に対する影響を最小限に抑えながら、より高い20倍用量でCD8T細胞及びγδ T細胞のより大きな増殖を誘導した(図179A~図179E)。まとめると、データは、用量の増加がCD8 T細胞及びγδ T細胞のより大きな増殖及びNK細胞の最小限の増殖をもたらすことを示す。
図180及び図181は、静脈内投与後のカニクイザルにおける試験物XENP32435又はXENP32927の薬物動態を示す。以下の観察を行った:脱グリコシル化バリアントXENP32435については、全身曝露(初回用量AUC;濃度対時間曲線下面積)の増加は、1倍用量と12倍用量との間で比例する用量よりもわずかに多かった(14倍)(図180)。予想外にも、グリコシル化バリアントXENP32927は曝露の増強を示し、全身曝露の増加(32倍)は1倍用量と20倍用量との間で比例する用量よりも多かった(図181)。XENP32435及びXENP32927の1倍用量では、反復投与時にAUCの減少及びクリアランスの増加が観察されたが、これは、観察された標的細胞集団拡大の結果としての標的媒介性薬物配置(TMDD)の増加に起因し得る。このTMDD現象は、グリコシル化バリアントと比較して、脱グリコシル化バリアントでより顕著であった。バリアントXENP32435及びXENP32927の両方について反復投与後に蓄積は観察されなかった。まとめると、データは、XENP32435及びXENP32927の両方がカニクイザルにおいて非線形かつ時変的な薬物動態を示すことを示した。
実施例22:マウス代用PD-1標的化IL-15分子
本発明のPD-1標的化IL-15/Rα-Fc融合物の作用機序をさらにプローブするために、ヒトにおけるIL-15(N4D/E64Q/N65D)バリアントの低下した効力と比較して、マウスにおける同様の低下した効力を有するIL-15バリアントを有し、ヒトPD-1に対するmAb C_H1.176_L1.140の結合親和性と比較して、マウスPD-1に対して同様の結合親和性を有するマウスPD-1結合ドメインを有するマウス代用PD-1標的化IL-15分子XENP33869を作製した。異なるPD-1エピトープ(例えば、[NC]PD-1の場合)への結合がPD-1標的化IL-15分子の生物学的活性に影響を及ぼすかどうかを調べるために、XENP33869とは異なるmuPD-1エピトープに結合する(すなわち競合しない)代替的なマウス代用PD-1標的化IL-15分子XENP36217を作製した。
22A:マウス代用PD-1標的化IL-15分子のインビトロ特性評価
マウス由来の脾細胞を、示された濃度のマウス代用非標的化低効力IL-15、マウス代用PD-1標的化低効力IL-15、及び対照マウス代用RSV標的化低効力IL-15と共にインキュベートした。図182A及び図182Bのデータは、CD8T細胞増殖(Ki-67発現及び細胞数によって示される)を表し、マウス代用PD-1標的化IL-15分子XENP33869がPD1+マウスT細胞に対して高度に選択的であったことを示す。図183A及び図183Bは、XENP36217についての別の実験からの対応するデータを示し、PD1+マウスT細胞についても高度に選択的であったことを示す。
22B:マウス代用PD-1標的化IL-15分子のインビボ性能
PD-1標的化マウス代用IL-15分子の活性をMC38担がんマウスにおいて調べて、末梢及び腫瘍内の薬力学を評価した。MC38腫瘍モデルと同系のマウス系統である6~12週齢の雌C57BL/6マウスを、100万個のMC38細胞の皮下注射を介して右側腹部に接種した。動物に腫瘍を成長させた。腫瘍サイズが150~200mmに達したら、マウスを無作為に処置群に分けた。腫瘍担持マウスに、静脈内尾静脈注射によってXENP33869の単回用量を投与した。低1倍用量、中3.3倍用量及び高10倍用量の3つの用量を投与した。処置後3日目及び6日目に腫瘍及び脾臓を収集した。組織をフローサイトメトリ分析のために処理した。免疫表現型分析を、以下の抗体で染色することによって行った:抗グランザイムB-FITC(QA16A02)、抗CD49b-PE(DX5)、抗Ki67-PerCP-Cy5.5(16A8)、抗CD25-PE-Cy7(PC61)、抗Foxp3-BV421(MF-14)、抗CD69-BV510(H1.2F3)、抗CD62L-APC(MEL-14)、抗CD44-BV605(IM7)、抗CD4-BV650(RM4-5)、抗CD8-BV711(53-6.7)、抗CD3-BV785(145-2C11)、抗CD45-BUV395(30-F11)。全ての抗体は、BD Biosciences又はBioLegendから購入した。
この研究からのデータを図184A~図184Kに示す。以下の観察を行った:処置開始後3日目という早い時期に、10倍用量のXENP33869は腫瘍重量を減少させ、6日目に、XENP33869は試験した全ての用量で腫瘍重量を減少させた。XENP33869は、腫瘍におけるCD8+T細胞の頻度及び細胞数の増加を誘導したが、CD4+T細胞、制御性T細胞(Treg)、NK細胞及びNKT細胞などの他の免疫細胞集団に対する影響は最小限であった。XENP33869の効果は、脾臓と比較して腫瘍においてより顕著であった。腫瘍におけるCD8+T細胞の堅固な増殖は、Tregに対する最小限の効果と共に、腫瘍CD8 T細胞:Treg比の大きな増加をもたらし、それは用量依存的であった。注目すべきことに、6日目に、XENP33869は、CD8+T細胞並びに腫瘍において調べた他の全ての免疫細胞集団においてグランザイムB発現を増加させた。
同様の実験では、MC38腫瘍担持マウスに、静脈内尾静脈注射を介してXENP33869、XENP36213、XENP36216又はXENP36217の単回用量を投与した。全ての試験物を低1倍用量で投与し、XENP36213、XENP36216及びXENP36217は、より高い3.3倍用量でも投与した。処置後6日目に腫瘍及び脾臓を収集した。この研究からのデータを図185A~図185Hに示す。以下の観察を行った:全ての試験物は、ビヒクル処置群と比較した場合、腫瘍におけるCD8+T細胞の数及び頻度の増加と共に腫瘍重量の減少を誘導した。XENP36213、XENP36216及びXENP36217については、腫瘍CD8 T細胞:Treg比の用量依存的増加が見られた。対照的に、CD8 T細胞:Treg比は脾臓で減少し、XENP36213、XENP36216及びXENP36217が腫瘍部位特異的効果を有することを示した。全ての試験物は、腫瘍中のCD4 T細胞、Treg、NK細胞又はNKT細胞に対して最小限の効果を有するか、又はその頻度を減少させた。注目すべきことに、グランザイムBを発現する腫瘍CD8+T細胞の頻度は、XENP36213、XENP36216及びXENP36217による処理によって用量依存的に増加した。グランザイムBを発現する脾臓におけるCD8+T細胞の全体的な頻度は低かったが、処置後に増加が観察された。
MC38同系腫瘍モデルを使用して、腫瘍成長に対するXENP33869の効果を評価した。6~12週齢の雌C57Bl/6マウスの右側腹部に100万個の細胞を皮下接種した。マウスを腫瘍の存在について監視し、腫瘍が確立されたら(約200mm)、処置を開始した。処置群には、ビヒクル、XENP33869及びマウス反応性抗PDL1が含まれた。ビヒクル及びXENP33869を0日目及び7日目に投与し、抗PDL1を0日目、3日目、7日目及び11日目に投与した。最初の用量を静脈内投与し、その後の用量を腹腔内空間に送達した。腫瘍サイズをデジタルキャリパーによって週2回測定し、腫瘍を最大体積2000mmに達するまで、又は直径3mmを超える潰瘍を形成するまで成長させた。この研究からのデータを図186A~図186Bに示す。処置開始後13日目の試験終了時に、XENP33869は、ビヒクル対照と比較して堅牢な抗腫瘍活性及び抗PDL1よりも大きな腫瘍増殖阻害を示した(TGI=それぞれ111%及び61%)。
第2の同様の実験では、XENP33869の抗腫瘍活性を、1倍、3.3倍及び10倍を含む用量範囲で評価し、ビヒクル対照又は抗PDL1と比較した。2つの低用量、1倍及び3.3倍も抗PDL1と組み合わせて投与した。この研究からの結果を図187A及び187Bに示す。10倍用量は、処置を開始した後、少なくとも42日目までにマウスの80%が完全奏効を示し、堅牢で長期持続性の活性を示した。1倍用量及び3.3倍用量では単剤活性がほとんど又は全く観察されなかったが、抗PDL1と組み合わせた場合、両方の用量が活性の改善を示した。3.3倍XENP33869と抗PDL1との組合せは最良の組合せ活性を示し、42日目に10匹のマウスのうち8匹が完全奏効を示したが、単剤抗PDL1は5匹の完全奏効者及び1匹の部分奏効しかもたらさなかった。
第3の実験では、MC38腫瘍を有するマウスを、ビヒクル、抗PDL1、PD-L1遮断muPD1xIL15代用XENP33869、PD-L1非遮断muPD1xIL15 XENP36217、又はいずれかのPD 1標的化IL15分子と抗PDL1との組み合わせで処置した。XENP33869及びXENP36217を単剤として低用量の1倍及び高用量の3.3倍で投与した。抗PDL1との併用を1倍用量で評価した。データを図188A及び図188Bに示す。全ての処置群は、ビヒクル対照と比較して処置後14日目に抗腫瘍活性を示す。XENP33869及びXENP36217で処置した群は、同様の用量依存的な腫瘍増殖阻害を示した。いずれかの分子と抗PDL1との組み合わせは、単剤療法と比較してより多数の部分奏効者又は完全奏効者を示した。
経時的なCD8+Tリンパ球の組織分布に対する処置の効果をさらに理解するために、PETに基づくイメージング研究を行った。簡潔には、ビヒクル、XENP33869及び抗PDL1処置群からの4匹のマウスを、-1日目(処置の1日前)、4、8及び12日目に18F標識抗マウスCD8トレーサー、並びに11日目に非結合コントロールトレーサーを使用して画像化した。組織における非特異的バックグラウンドトレーサーの取り込みと低いCD8特異的取り込みとを識別するために、非結合対照を含めた。尾静脈を介して放射性トレーサーを動物に注射し、1時間後、Inveon PET/コンピュータ断層撮影(CT)スキャナ(Siemens Preclinical Solutions,Inc.)で15分間の静的PETスキャンを行った。VivoQuant前臨床画像後処理ソフトウェア(Invicro)を使用して、組織の複数の軸方向スライス片に対して関心領域(ROI)測定を行った。組織の衰退及び減衰補正信号強度を、1cc当量当たり1グラムの軟組織(%ID/g)を想定して、組織1cc当たりの注射用量のパーセンテージとして測定した。
この研究からのデータを図189A~図189D.に示す。各処置群からの代表的な画像であり、腫瘍位置を矢印で示している(図189A)。脾臓及びリンパ節などのCD8に富む組織は、全ての処置群において明確に可視化された。XENP33869による処置は有意な腫瘍増殖阻害を生じさせたが、12日目の処置群間でトレーサー取り込みの有意差は観察されなかった。経時的な異なる組織におけるCD8-トレーサー取り込みは、XENP33869処置群において、腫瘍CD8シグナルの初期増加を4日目という早い時期に検出することができたことを示した。処置群間で、血液、脾臓、肝臓及びリンパ節におけるCD8濃度の有意な変化は経時的に観察されなかった。
上記の実施例は、当業者に本発明の組成物、システム及び方法の実施形態を作製及び使用する方法の完全な開示及び説明を与えるために提供され、本発明者らが本発明と見なす範囲を限定することを意図しない。当業者に明らかな本発明を実施するための上記のモードの変更は、以下の特許請求の範囲内であることが意図される。本明細書で言及される全ての特許及び刊行物は、本発明が関係する当業者の技術レベルを示す。本開示において引用された全ての参考文献は、あたかも各参考文献が個別にその全体が参照により組み込まれたのと同程度に、参照により組み込まれる。
全ての見出し及びセクションの名称は、明確性及び参照目的のためにのみ使用され、決して限定的であると見なされるべきではない。例えば、当業者は、本明細書に記載の本発明の趣旨及び範囲に従って、異なる見出し及びセクションからの様々な態様を適宜組み合わせることの有用性を理解するであろう。
本明細書で引用される全ての参考文献は、個々の刊行物又は特許若しくは特許出願が全ての目的のためにその全体が参照により組み込まれることが具体的かつ個別に示されているのと同程度に、その全体が全ての目的のために参照により本明細書に組み込まれる。
当業者には明らかであるように、その趣旨及び範囲から逸脱することなく、本出願の多くの修正及び変形を行うことができる。本明細書に記載の特定の実施形態及び実施例は、例としてのみ提供され、本出願は、特許請求の範囲が権利を有する均等物の全範囲と共に、添付の特許請求の範囲の用語によってのみ限定されるべきである。

Claims (175)

  1. 標的化IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質であって、
    a)N末端からC末端に向かって以下を含む、第1のモノマー:
    i)IL-15/Rα sushiドメイン;
    ii)第1のドメインリンカー;
    iii)IL-15ドメイン;及び
    iv)第1のバリアントFcドメイン;
    b)VH-CH1-ヒンジ-CH2-CH3を含む重鎖を含む第2のモノマーであって、前記CH2-CH3が第2のバリアントFcドメインである、第2のモノマー;並びに
    c)VL-CLを含む軽鎖を含む第3のモノマー;
    を含み、
    前記VHドメイン及び前記VLドメインは、ヒトPD-1に結合する抗原結合ドメイン(ABD)を形成し、前記VHは、配列番号5と比較して、KabatナンバリングでF32L/W100Fアミノ酸置換を含むバリアント可変重ドメインであり;前記VLは、配列番号168と比較して、KabatナンバリングでN27dH/K30Y/S93Tを含むバリアント可変軽ドメインである、標的化IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質。
  2. 前記VHが配列番号318のアミノ酸配列を含み、前記VLが配列番号176のアミノ酸配列を含む、請求項1に記載の融合タンパク質。
  3. 前記IL-15ドメインが、D30N/E64Q/N65D、N1D/N4D/D8N、N1D/N4D/N65D、N1D/D30N、N1D/D61N、N1D/D61N/E64Q/Q108E、N1D/E64Q、N1D/N65D、N1D/Q108E、N4D/D30N、N4D/D61N、N4D/D61N/N65D、N4D/D61N/E64Q/Q108E、N4D/E64Q、N4D/N65D、D8N/D61N、D8N/E64Q、D30N/E64Q、D30N/N65D、D30N/Q180E、D61N/E64Q/N65D、E64Q/N65D、E64Q/Q108E及びN65D/Q108Eからなる群から選択されるアミノ酸置換を含むバリアントIL-15ドメインである、請求項1又は2に記載の融合タンパク質。
  4. 前記IL-15ドメインが、N71Q、N79Q、N112Q、S114del及びS114A、又はそれらの組合せからなる群から選択されるアミノ酸置換を含むバリアントIL-15ドメインである、請求項1~3のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  5. 前記IL-15ドメインが、アミノ酸置換D30N/E64Q/N65D及びN71Q/N79Q/N112Qを含むバリアントIL-15ドメインである、請求項1~4のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  6. 前記第1のバリアントFcドメインが、ヒンジドメインの全部又は一部を含む、請求項1~5のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  7. 前記第1のモノマーが、前記IL-15ドメインと前記第1のバリアントFcドメインとの間に第2のドメインリンカーをさらに含む、請求項1~6のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  8. 標的化IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質であって、
    a)以下を含む第1のモノマー:
    i)IL-15 Rα sushiドメインタンパク質;
    ii)第1のドメインリンカー;
    iii)配列番号2と比較してアミノ酸置換D30N/E64Q/N65D及びN71Q/N79Q/N112Qを含むバリアントIL-15タンパク質;及び
    iv)第1のバリアントFcドメイン;
    b)VH-CH1-ヒンジ-CH2-CH3を含む重鎖を含む第2のモノマーであって、前記CH2-CH3が第2のバリアントFcドメインである、第2のモノマー;並びに
    c)VL-CLを含む軽鎖を含む第3のモノマー;
    を含み、
    前記VHドメイン及び前記VLドメインが、ヒトPD-1に結合する抗原結合ドメイン(ABD)を形成する、標的化IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質。
  9. 前記VHが配列番号5のアミノ酸配列を含み、前記VLが配列番号168のアミノ酸配列を含む、請求項8に記載の融合タンパク質。
  10. 前記VHが配列番号318のアミノ酸配列を含み、前記VLが配列番号176のアミノ酸配列を含む、請求項8に記載の融合タンパク質。
  11. 前記ABDが、ニボルマブ及び/又はペンブロリズマブと前記ヒトPD-1との結合について競合しない、請求項8に記載の融合タンパク質。
  12. 前記第1のバリアントFcドメインが、ヒンジドメインの全部又は一部を含む、請求項8~11のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  13. 前記第1のモノマーが、前記IL-15ドメインと前記第1のバリアントFcドメインとの間に第2のドメインリンカーをさらに含む、請求項8~12のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  14. 標的化IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質であって、
    a)以下を含む第1のモノマー:
    i)IL-15 Rα sushiドメインタンパク質;
    ii)第1のドメインリンカー;
    iii)配列番号2と比較してアミノ酸置換D30N/E64Q/N65D及びN71Q/N79Q/N112Qを含むバリアントIL-15タンパク質;及び
    iv)第1のバリアントFcドメイン;
    b)VH-CH1-ヒンジ-CH2-CH3を含む重鎖を含む第2のモノマーであって、前記CH2-CH3が第2のバリアントFcドメインである、第2のモノマー;並びに
    c)VL-CLを含む軽鎖を含む第3のモノマー;
    を含み、
    前記VHドメイン及び前記VLドメインは、ヒトPD-1に結合する抗原結合ドメイン(ABD)を形成し、前記VHは、配列番号5と比較して、KabatナンバリングでF32L/W100Fアミノ酸置換を含むバリアント可変重ドメインであり;前記VLは、配列番号168と比較して、KabatナンバリングでN27dH/K30Y/S93Tを含むバリアント可変軽ドメインである、標的化IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質。
  15. 前記VHが配列番号318のアミノ酸配列を含み、前記VLが配列番号176のアミノ酸配列を含む、請求項14に記載の融合タンパク質。
  16. 前記第1のバリアントFcドメインが、ヒンジドメインの全部又は一部を含む、請求項14又は15に記載の融合タンパク質。
  17. 前記第1のモノマーが、前記IL-15ドメインと前記第1のバリアントFcドメインとの間に第2のドメインリンカーをさらに含む、請求項14~16のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  18. 請求項1~17のいずれか一項に記載の融合タンパク質であって、前記第1のバリアントFcドメイン及び前記第2のバリアントFcドメインが、S364K/E357Q:L368D/K370S;L368D/K370S:S364K;L368E/K370S:S364K;T411E/K360E/Q362E:D401K;L368D/K370S:S364K/E357L,K370S:S364K/E357Q,T366S/L368A/Y407V:T366W及びT366S/L368A/Y407V/Y349C:T366W/S354C(EUナンバリングによる)からなる群から選択されるアミノ酸置換を含む、ヘテロ二量体タンパク質。
  19. EUナンバリングで、前記第1のバリアントFcドメインがL368D/K370Sを含み、前記第2のバリアントFcドメインがS364K/E357Qを含む、請求項18に記載の融合タンパク質。
  20. 前記第1のバリアントFcドメイン及び前記第2のバリアントFcドメインが、それぞれ独立して、EUナンバリングで、G236R/L328R、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K/A327G、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K/A327G及びE233P/L234V/L235A/G236delからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む、請求項1~19のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  21. 前記第1のバリアントFcドメイン及び前記第2のバリアントFcドメインが、それぞれ、EUナンバリングでアミノ酸置換E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含む、請求項20に記載の融合タンパク質。
  22. 前記第1のFcドメインが、EUナンバリングでアミノ酸置換Q295E/N384D/Q418E/N481Dを含む、請求項1~21のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  23. 前記第1のバリアントFcドメイン及び前記第2のバリアントFcドメインが、それぞれ、EUナンバリングでアミノ酸置換M428L/N434Sを含む、請求項1~22のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  24. 前記第1のモノマーが配列番号225のアミノ酸配列を含み、前記第2のモノマーが配列番号244のアミノ酸配列を含み、前記第3のモノマーが配列番号196のアミノ酸配列を含む、請求項1、8及び14のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  25. 核酸組成物であって、
    a)請求項1~24のいずれか一項に記載の前記第1のモノマーをコードする第1の核酸分子;
    b)請求項1~24のいずれか一項に記載の前記第2のモノマーをコードする第2の核酸分子;及び/又は
    c)請求項1~24のいずれか一項に記載の前記第3のモノマーをコードする第3の核酸分子
    をそれぞれ含む、核酸組成物。
  26. 発現ベクター組成物であって、
    a)請求項25に記載の前記第1の核酸分子を含む第1の発現ベクター;
    b)請求項25に記載の前記第2の核酸分子を含む第2の発現ベクター;及び/又は
    c)請求項25に記載の前記第3の核酸分子を含む第3の発現ベクター
    を含む、発現ベクター組成物。
  27. 請求項25に記載の前記第1の核酸分子、請求項25に記載の前記第2の核酸分子、及び請求項25に記載の前記第3の核酸分子を含む、発現ベクター。
  28. 請求項26に記載の発現ベクター組成物又は請求項27に記載の発現ベクターを含む宿主細胞。
  29. 請求項28に記載の宿主細胞を、前記融合タンパク質が産生される条件下で培養すること、及び前記融合タンパク質を回収することを含む、融合タンパク質を作製する方法。
  30. 標的化IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質であって、
    a)N末端からC末端に向かって以下を含む、第1のモノマー:
    i)IL-15 Rα sushiドメインタンパク質;
    ii)第1のドメインリンカー;
    iii)配列番号2と比較して、N71Q、N79Q、N112Q、S114del及びS114Aからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む、バリアントIL-15タンパク質;及び
    iv)第1のバリアントFcドメイン;
    b)VH-CH1-ヒンジ-CH2-CH3を含む重鎖を含む第2のモノマーであって、前記CH2-CH3が第2のバリアントFcドメインである、第2のモノマー;並びに
    c)VL-CLを含む軽鎖を含む第3のモノマー;
    を含み、
    前記VHドメイン及び前記VLドメインが、ヒトPD-1に結合する抗原結合ドメインを形成し、前記VHは、配列番号5と比較して、Kabatナンバリングで、W100Fアミノ酸置換と、F32L、S52aG、R97E、R97Y、R97W、L98R、S100aT、R97A、V99T、V99L、S100aA、L98Q、R97Q、V99F、V99L、S100aN、V99I、P100bS、G96H、L98V、V99A、V99Q、G96V、R97K、L98S、L98F、R97T、L98K、L98S、V99I、R97L、G96A、R97A、V99S、R97S、V99Y、R97H、L98Rからなる群から選択される少なくとも1つのさらなるアミノ酸置換とを含むバリアント可変重ドメインであり、前記VLドメインは、以下:
    i)配列番号168;及び
    ii)配列番号168と比較して、Kabatナンバリングで、N27dH、N27dS、K30Y、S93T及びY94Wからなる群から選択されるアミノ酸置換を含むバリアント軽ドメイン;からなる群から選択される可変軽ドメイン
    を含み、
    前記バリアントIL-15タンパク質は、N71Q/N79Q、N71Q/N79Q/N112Q、N71Q/N79Q/S114del及びN71Q/N79Q/S114Aからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む、標的化IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質。
  31. 前記バリアントIL-15タンパク質が、D30N/E64Q/N65D、N1D/N4D/D8N、N1D/N4D/N65D、N1D/D30N、N1D/D61N、N1D/D61N/E64Q/Q108E、N1D/E64Q、N1D/N65D、N1D/Q108E、N4D/D30N、N4D/D61N、N4D/D61N/N65D、N4D/D61N/E64Q/Q108E、N4D/E64Q、N4D/N65D、D8N/D61N、D8N/E64Q、D30N/E64Q、D30N/N65D、D30N/Q180E、D61N/E64Q/N65D、E64Q/N65D、E64Q/Q108E及びN65D/Q108Eからなる群から選択されるアミノ酸置換をさらに含む、請求項30に記載の融合タンパク質。
  32. 前記バリアント重ドメインが配列番号318のアミノ酸配列を含み、前記バリアント軽ドメインが配列番号176のアミノ酸配列を含む、請求項30又は31に記載の融合タンパク質。
  33. 前記バリアントIL-15タンパク質が、アミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Qを含む、請求項30~32のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  34. 前記バリアントIL-15タンパク質が、アミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Q及びD30N/N65Dを含む、請求項30~33のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  35. 前記バリアントIL-15タンパク質が、アミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Q及びD30N/E64Q/N65Dを含む、請求項30~34のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  36. 前記バリアント重ドメインがH1.176であり、前記バリアント軽ドメインがL1.140であり、前記バリアントIL-15タンパク質がアミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Q及びD30N/N65Dを含む、請求項30~35のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  37. 前記バリアント重ドメインがH1.176であり、前記バリアント軽ドメインがL1.140であり、前記バリアントIL-15タンパク質がアミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Q及びD30N/E64Q/N65Dを含む、請求項30~36のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  38. 前記第1のドメインリンカーがGGGGA(配列番号8)を含む、請求項30~37のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  39. 前記第1のバリアントFcドメインが、ヒンジドメインの全部又は一部を含む、請求項30~38のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  40. 前記第1のモノマーが、前記IL-15ドメインと前記第1のバリアントFcドメインとの間に第2のドメインリンカーをさらに含む、請求項30~39のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  41. 請求項30~40のいずれか一項に記載の融合タンパク質であって、前記第1のバリアントFcドメイン及び前記第2のバリアントFcドメインが、S364K/E357Q:L368D/K370S;L368D/K370S:S364K;L368E/K370S:S364K;T411E/K360E/Q362E:D401K;L368D/K370S:S364K/E357L,K370S:S364K/E357Q,T366S/L368A/Y407V:T366W及びT366S/L368A/Y407V/Y349C:T366W/S354C(EUナンバリングによる)からなる群から選択されるアミノ酸置換を含む、ヘテロ二量体タンパク質。
  42. EUナンバリングで、前記第1のバリアントFcドメインがL368D/K370Sを含み、前記第2のバリアントFcドメインがS364K/E357Qを含む、請求項41に記載の融合タンパク質。
  43. 前記第1のバリアントFcドメイン及び前記第2のバリアントFcドメインが、それぞれ独立して、EUナンバリングで、G236R/L328R、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K/A327G、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K/A327G及びE233P/L234V/L235A/G236delからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む、請求項30~42のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  44. 前記第1のバリアントFcドメイン及び前記第2のバリアントFcドメインが、それぞれ、EUナンバリングでアミノ酸置換E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含む、請求項43に記載の融合タンパク質。
  45. 前記第1のFcドメインが、EUナンバリングでアミノ酸置換Q295E/N384D/Q418E/N481Dを含む、請求項30~44のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  46. 前記第1のバリアントFcドメイン及び前記第2のバリアントFcドメインがそれぞれ、EUナンバリングでアミノ酸置換M428L/N434Sを含む、請求項30~45のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  47. 前記第1のモノマーが、配列番号225のアミノ酸配列を含む、請求項30~46のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  48. 前記第2のモノマーが、配列番号244のアミノ酸配列を含む、請求項30~47のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  49. 前記第3のモノマーが、配列番号196のアミノ酸配列を含む、請求項30~48のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  50. 前記第1のモノマーが配列番号225のアミノ酸配列を含み、前記第2のモノマーが配列番号244のアミノ酸配列を含み、前記第3のモノマーが配列番号196のアミノ酸配列を含む、請求項30~49のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  51. 核酸組成物であって、
    a)請求項30~50のいずれか一項に記載の前記第1のモノマーをコードする第1の核酸分子;
    b)請求項30~50のいずれか一項に記載の前記第2のモノマーをコードする第2の核酸分子;及び/又は
    c)請求項30~50のいずれか一項に記載の前記第3のモノマーをコードする第3の核酸分子
    を含む、核酸組成物。
  52. 発現ベクター組成物であって、
    a)請求項51に記載の前記第1の核酸分子を含む第1の発現ベクター;
    b)請求項51に記載の前記第2の核酸分子を含む第2の発現ベクター;及び/又は
    c)請求項51に記載の前記第3の核酸分子を含む第3の発現ベクター
    を含む、発現ベクター組成物。
  53. 請求項51に記載の前記第1の核酸分子、請求項51に記載の前記第2の核酸分子、及び請求項51に記載の前記第3の核酸分子を含む、発現ベクター。
  54. 請求項52に記載の発現ベクター組成物又は請求項53に記載の発現ベクターを含む宿主細胞。
  55. 請求項54に記載の宿主細胞を、前記融合タンパク質が産生される条件下で培養すること、及び前記融合タンパク質を回収することを含む、融合タンパク質を作製する方法。
  56. 標的化IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質であって、
    a)N末端からC末端に向かって以下を含む、第1のモノマー:
    i)IL-15 Rα sushiドメインタンパク質;
    ii)第1のドメインリンカー;
    iii)バリアントIL-15タンパク質;及び
    iv)第1のバリアントFcドメイン;
    b)VH-CH1-ヒンジ-CH2-CH3を含む重鎖を含む第2のモノマーであって、前記CH2-CH3が第2のバリアントFcドメインである、第2のモノマー;並びに
    c)VL-CLを含む軽鎖を含む第3のモノマー;
    を含み、
    前記VHドメイン及び前記VLドメインが、ヒトPD-1に結合する抗原結合ドメインを形成し、前記VHは、配列番号5と比較して、Kabatナンバリングで、W100Fアミノ酸置換と、F32L、S52aG、R97E、R97Y、R97W、L98R、S100aT、R97A、V99T、V99L、S100aA、L98Q、R97Q、V99F、V99L、S100aN、V99I、P100bS、G96H、L98V、V99A、V99Q、G96V、R97K、L98S、L98F、R97T、L98K、L98S、V99I、R97L、G96A、R97A、V99S、R97S、V99Y、R97H、L98Rからなる群から選択される少なくとも1つのさらなるアミノ酸置換とを含むバリアント可変重ドメインであり、前記VLドメインは、以下:
    i)配列番号168;及び
    ii)配列番号168と比較して、Kabatナンバリングで、N27dH、N27dS、K30Y、S93T及びY94Wからなる群から選択されるアミノ酸置換を含むバリアント軽ドメイン
    からなる群から選択される、標的化IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質。
  57. 前記バリアント重ドメインが、H1.176、H1.177、H1.178、H1.179、H1.180、H1.181、H1.182、H1.183、H1.184、H1.185、H1.186、H1.187、H1.188、H1.189、H1.190、H1.191、H1.192、H1.193、H1.194、H1.195、H1.196、H1.197、H1.198、H1.199、H1.200、H1.201、H1.202、H1.203、H1.204、H1.205、H1.206、H1.207、H1.208、H1.209、H1.210、H1.211、H1.212、H1.213、H1.214、H1.215、H1.216、H1.217、H1.218、H1.219、H1.220、H1.221、H1.222、H1.223及びH1.224からなる群から選択される、請求項56に記載の融合タンパク質。
  58. 前記バリアント軽ドメインが、L1.1、L1.3、L1.45、L1.117、L1.129、L1.135、L1.136及びL1.140からなる群から選択される、請求項56又は57に記載の融合タンパク質。
  59. 前記バリアント重ドメインが配列番号318のアミノ酸配列を含み、前記バリアント軽ドメインが配列番号176のアミノ酸配列を含む、請求項56~58のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  60. 前記第1のバリアントFcドメインが、ヒンジドメインの全部又は一部を含む、請求項56~59のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  61. 前記第1のモノマーが、前記IL-15ドメインと前記第1のバリアントFcドメインとの間に第2のドメインリンカーをさらに含む、請求項56~60のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  62. 請求項56~61のいずれか一項に記載の融合タンパク質であって、前記第1のバリアントFcドメイン及び前記第2のバリアントFcドメインが、S364K/E357Q:L368D/K370S;L368D/K370S:S364K;L368E/K370S:S364K;T411E/K360E/Q362E:D401K;L368D/K370S:S364K/E357L,K370S:S364K/E357Q,T366S/L368A/Y407V:T366W及びT366S/L368A/Y407V/Y349C:T366W/S354C(EUナンバリングによる)からなる群から選択されるアミノ酸置換を含む、ヘテロ二量体タンパク質。
  63. EUナンバリングで、前記第1のバリアントFcドメインがL368D/K370Sを含み、前記第2のバリアントFcドメインがS364K/E357Qを含む、請求項62に記載の融合タンパク質。
  64. 前記第1のバリアントFcドメイン及び前記第2のバリアントFcドメインが、それぞれ独立して、EUナンバリングで、G236R/L328R、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K/A327G、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K/A327G及びE233P/L234V/L235A/G236delからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む、請求項56~63のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  65. 前記第1のバリアントFcドメイン及び前記第2のバリアントFcドメインが、それぞれ、EUナンバリングでアミノ酸置換E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含む、請求項64に記載の融合タンパク質。
  66. 前記第1のFcドメインが、EUナンバリングでアミノ酸置換Q295E/N384D/Q418E/N481Dを含む、請求項56~65のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  67. 前記第1のバリアントFcドメイン及び前記第2のバリアントFcドメインがそれぞれ、EUナンバリングでアミノ酸置換M428L/N434Sを含む、請求項56~66のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  68. 核酸組成物であって、
    a)請求項56~67のいずれか一項に記載の前記第1のモノマーをコードする第1の核酸分子;
    b)請求項56~67のいずれか一項に記載の前記第2のモノマーをコードする第2の核酸分子;及び/又は
    c)請求項56~67のいずれか一項に記載の前記第3のモノマーをコードする第3の核酸分子
    を含む、核酸組成物。
  69. 発現ベクター組成物であって、
    a)請求項68に記載の前記第1の核酸分子を含む第1の発現ベクター;
    b)請求項68に記載の前記第2の核酸分子を含む第2の発現ベクター;及び/又は
    c)請求項68に記載の前記第3の核酸分子を含む第3の発現ベクター
    を含む、発現ベクター組成物。
  70. 請求項68に記載の前記第1の核酸分子、請求項68に記載の前記第2の核酸分子、及び請求項68に記載の前記第3の核酸分子を含む、発現ベクター。
  71. 請求項69に記載の発現ベクター組成物又は請求項70に記載の発現ベクターを含む宿主細胞。
  72. 請求項71に記載の宿主細胞を、前記融合タンパク質が産生される条件下で培養すること、及び前記融合タンパク質を回収することを含む、融合タンパク質を作製する方法。
  73. 標的化IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質であって、
    a)N末端からC末端に向かって以下を含む、第1のモノマー:
    i)IL-15 Rα sushiドメインタンパク質;
    ii)第1のドメインリンカー;
    iii)配列番号2と比較して、N71Q、N79Q、N112Q、S114del及びS114Aからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む、バリアントIL-15タンパク質;及び
    iv)第1のバリアントFcドメイン;
    b)VH-CH1-ヒンジ-CH2-CH3を含む重鎖を含む第2のモノマーであって、前記CH2-CH3が第2のバリアントFcドメインである、第2のモノマー;並びに
    c)VL-CLを含む軽鎖を含む第3のモノマー;
    を含み、
    前記VHドメイン及び前記VLドメインが、ヒトPD-1に結合し前記ヒトPD-1への結合についてニボルマブ及び/又はペンブロリズマブと競合しない抗原結合ドメインを形成する、標的化IL-15/Rαヘテロ二量体Fc融合タンパク質。
  74. 前記バリアントIL-15タンパク質が、N71Q/N79Q、N71Q/N79Q/N112Q、N71Q/N79Q/S114del及びN71Q/N79Q/S114Aからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む、請求項73に記載の融合タンパク質。
  75. 前記バリアントIL-15タンパク質が、N1D/N4D/D8N、N1D/N4D/N65D、N1D/D30N、N1D/D61N、N1D/D61N/E64Q/Q108E、N1D/E64Q、N1D/N65D、N1D/Q108E、N4D/D30N、N4D/D61N、N4D/D61N/N65D、N4D/D61N/E64Q/Q108E、N4D/E64Q、N4D/N65D、D8N/D61N、D8N/E64Q、D30N/E64Q、D30N/N65D、D30N/E64Q/N65D、D30N/Q180E、D61N/E64Q/N65D、E64Q/N65D、E64Q/Q108E及びN65D/Q108Eからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む、請求項73又は74に記載の融合タンパク質。
  76. 前記バリアントIL-15タンパク質が、アミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Qを含む、請求項73~75のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  77. 前記バリアントIL-15タンパク質が、アミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Q及びD30N/N65Dを含む、請求項73~76のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  78. 前記バリアントIL-15タンパク質が、アミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Q及びD30N/E64Q/N65Dを含む、請求項73~77のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  79. 前記第1のドメインリンカーがGGGGA(配列番号8)である、請求項73~78のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  80. 前記第1のバリアントFcドメインが、ヒンジドメインの全部又は一部を含む、請求項73~79のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  81. 前記第1のモノマーが、前記IL-15ドメインと前記第1のバリアントFcドメインとの間に第2のドメインリンカーをさらに含む、請求項73~80のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  82. 請求項73~81のいずれか一項に記載の融合タンパク質であって、前記第1のバリアントFcドメイン及び前記第2のバリアントFcドメインが、S364K/E357Q:L368D/K370S;L368D/K370S:S364K;L368E/K370S:S364K;T411E/K360E/Q362E:D401K;L368D/K370S:S364K/E357L,K370S:S364K/E357Q,T366S/L368A/Y407V:T366W及びT366S/L368A/Y407V/Y349C:T366W/S354C(EUナンバリングによる)からなる群から選択されるアミノ酸置換を含む、ヘテロ二量体タンパク質。
  83. EUナンバリングで、前記第1のバリアントFcドメインがL368D/K370Sを含み、前記第2のバリアントFcドメインがS364K/E357Qを含む、請求項82に記載の融合タンパク質。
  84. 前記第1のバリアントFcドメイン及び前記第2のバリアントFcドメインが、それぞれ独立して、EUナンバリングで、G236R/L328R、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K、E233P/L234V/L235A/G236del/S239K/A327G、E233P/L234V/L235A/G236del/S267K/A327G及びE233P/L234V/L235A/G236delからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む、請求項73~83のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  85. 前記第1のバリアントFcドメイン及び前記第2のバリアントFcドメインが、それぞれ、EUナンバリングでアミノ酸置換E233P/L234V/L235A/G236del/S267Kを含む、請求項84に記載の融合タンパク質。
  86. 前記第1のFcドメインが、EUナンバリングでアミノ酸置換Q295E/N384D/Q418E/N481Dを含む、請求項73~85のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  87. 前記第1のバリアントFcドメイン及び前記第2のバリアントFcドメインが、それぞれ、EUナンバリングでアミノ酸置換M428L/N434Sを含む、請求項73~86のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  88. 核酸組成物であって、
    a)請求項73~87のいずれか一項に記載の前記第1のモノマーをコードする第1の核酸分子;
    b)請求項73~87のいずれか一項に記載の前記第2のモノマーをコードする第2の核酸分子;及び/又は
    c)請求項73~87のいずれか一項に記載の前記第3のモノマーをコードする第3の核酸分子
    を含む、核酸組成物。
  89. 発現ベクター組成物であって、
    a)請求項88に記載の前記第1の核酸分子を含む第1の発現ベクター;
    b)請求項88に記載の前記第2の核酸分子を含む第2の発現ベクター;及び/又は
    c)請求項88に記載の前記第3の核酸分子を含む第3の発現ベクター
    を含む、発現ベクター組成物。
  90. 請求項88に記載の前記第1の核酸分子、請求項88に記載の前記第2の核酸分子、及び請求項88に記載の前記第3の核酸分子を含む、発現ベクター。
  91. 請求項89に記載の発現ベクター組成物又は請求項90に記載の発現ベクターを含む宿主細胞。
  92. 請求項91に記載の宿主細胞を、前記融合タンパク質が産生される条件下で培養すること、及び前記融合タンパク質を回収することを含む、融合タンパク質を作製する方法。
  93. 抗PD-1抗原結合ドメイン(ABD)を含む組成物であって、
    a)配列番号5と比較して、Kabatナンバリングで、W100Fアミノ酸置換と、F32L、S52aG、R97E、R97Y、R97W、L98R、S100aT、R97A、V99T、V99L、S100aA、L98Q、R97Q、V99F、V99L、S100aN、V99I、P100bS、G96H、L98V、V99A、V99Q、G96V、R97K、L98S、L98F、R97T、L98K、L98S、V99I、R97L、G96A、R97A、V99S、R97S、V99Y、R97H、L98Rからなる群から選択される少なくとも1つのさらなるアミノ酸置換とを含むバリアント可変重ドメイン;並びに
    b)可変軽ドメインであって、
    i)配列番号168;及び
    ii)配列番号168と比較して、Kabatナンバリングで、N27dH、N27dS、K30Y、S93T及びY94Wからなる群から選択されるアミノ酸置換を含むバリアント軽ドメイン;からなる群から選択される可変軽ドメイン
    を含み、
    前記ABDがヒトPD-1に結合する、組成物。
  94. 前記バリアント重ドメインが、Kabatナンバリングで、アミノ酸置換F32L/W100Fを有し、前記バリアント軽ドメインが、Kabatナンバリングでアミノ酸置換N27dH/K30Y/S93Tを有する、請求項93に記載の組成物。
  95. 前記バリアント重ドメインが、H1.176、H1.177、H1.178、H1.179、H1.180、H1.181、H1.182、H1.183、H1.184、H1.185、H1.186、H1.187、H1.188、H1.189、H1.190、H1.191、H1.192、H1.193、H1.194、H1.195、H1.196、H1.197、H1.198、H1.199、H1.200、H1.201、H1.202、H1.203、H1.204、H1.205、H1.206、H1.207、H1.208、H1.209、H1.210、H1.211、H1.212、H1.213、H1.214、H1.215、H1.216、H1.217、H1.218、H1.219、H1.220、H1.221、H1.222、H1.223及びH1.224からなる群から選択される、請求項93又は94に記載の組成物。
  96. 前記バリアント軽ドメインが、L1.1、L1.3、L1.45、L1.117、L1.129、L1.135、L1.136及びL1.140からなる群から選択される、請求項93~95のいずれか一項に記載の組成物。
  97. 前記バリアント重ドメインが配列番号318のアミノ酸配列を含み、前記バリアント軽ドメインが配列番号176のアミノ酸配列を含む、請求項93~96のいずれか一項に記載の組成物。
  98. 前記組成物が全長抗PD-1抗体を含む、請求項93~97のいずれか一項に記載の組成物。
  99. 前記組成物が融合タンパク質を含む、請求項93~98のいずれか一項に記載の組成物。
  100. 前記融合タンパク質がXENP32435である、請求項99に記載の組成物。
  101. 核酸組成物であって、
    a)請求項93~100のいずれか一項に記載の前記可変軽ドメインをコードする第1の核酸分子;及び/又は
    b)請求項93~100のいずれか一項に記載の前記可変重ドメインをコードする第2の核酸分子
    を含む、核酸組成物。
  102. 発現ベクター組成物であって、
    a)請求項101に記載の前記第1の核酸分子を含む第1の発現ベクター;及び/又は
    b)請求項101に記載の前記第2の核酸分子を含む第2の発現ベクター
    を含む、発現ベクター組成物。
  103. 請求項101に記載の前記第1の核酸分子及び請求項101に記載の前記第2の核酸分子を含む発現ベクター。
  104. 請求項102に記載の発現ベクター組成物又は請求項103に記載の発現ベクターを含む宿主細胞。
  105. 抗PD-1抗原結合ドメイン(ABD)を含む組成物を作製する方法であって、前記融合タンパク質が産生される条件下で請求項104に記載の宿主細胞を培養すること、及び前記融合タンパク質を回収することを含む、方法。
  106. 配列番号2と比較してバリアントIL-15タンパク質を含む組成物であって、前記バリアントIL-15タンパク質が、N71Q、N79Q、N112Q、S114del及びS114Aからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む、組成物。
  107. 前記バリアントIL-15タンパク質が、N1D、N4D、D8N、D30N、D61N、E64Q、N65D及びQ108Eからなる群から選択されるアミノ酸置換をさらに含む、請求項106に記載の組成物。
  108. 前記バリアントIL-15タンパク質が、N71Q/N79Q、N71Q/N79Q/N112Q、N71Q/N79Q/S114del及びN71Q/N79Q/S114Aからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む、請求項106又は107に記載の組成物。
  109. 前記バリアントIL-15タンパク質が、N1D/N4D/D8N、N1D/N4D/N65D、N1D/D30N、N1D/D61N、N1D/D61N/E64Q/Q108E、N1D/E64Q、N1D/N65D、N1D/Q108E、N4D/D30N、N4D/D61N、N4D/D61N/N65D、N4D/D61N/E64Q/Q108E、N4D/E64Q、N4D/N65D、D8N/D61N、D8N/E64Q、D30N/E64Q、D30N/N65D、D30N/E64Q/N65D、D30N/Q180E、D61N/E64Q/N65D、E64Q/N65D、E64Q/Q108E及びN65D/Q108Eからなる群から選択されるアミノ酸置換を含む、請求項106~108のいずれか一項に記載の組成物。
  110. 前記バリアントIL-15タンパク質が、アミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Qを含む、請求項106~109のいずれか一項に記載の組成物。
  111. 前記バリアントIL-15タンパク質が、アミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Q及びD30N/N65Dを含む、請求項106~110のいずれか一項に記載の組成物。
  112. 前記バリアントIL-15タンパク質が、アミノ酸置換N71Q/N79Q/N112Q及びD30N/E64Q/N65Dを含む、請求項106~111のいずれか一項に記載の組成物。
  113. 請求項106~112のいずれか一項に記載の前記バリアントIL-15タンパク質をコードする核酸分子を含む核酸組成物。
  114. 請求項113に記載の前記核酸分子を含む発現ベクター。
  115. 請求項114に記載の発現ベクターを含む宿主細胞。
  116. バリアントIL-15タンパク質を含む組成物を作製する方法であって、前記融合タンパク質が産生される条件下で請求項115に記載の宿主細胞を培養すること、及び前記融合タンパク質を回収することを含む、方法。
  117. ヘテロ二量体タンパク質であって、
    a)以下を含む第1の融合タンパク質:
    i)配列番号2と比較してアミノ酸置換D30N/E64Q/N65D及びN71Q/N79Q/N112Qを含むバリアントIL-15タンパク質;
    ii)ドメインリンカー;及び
    iii)第1のバリアントFcドメイン;並びに
    b)以下を含む第2の融合タンパク質:
    i)IL-15Rα sushiドメイン;
    ii)ドメインリンカー;及び
    iii)第2のバリアントFcドメイン、
    を含むヘテロ二量体タンパク質。
  118. 前記バリアントIL-15タンパク質が配列番号319のアミノ酸配列を含む、請求項117に記載のヘテロ二量体タンパク質。
  119. 請求項117又は118に記載のヘテロ二量体タンパク質であって、前記第1のバリアントFcドメイン及び前記第2のバリアントFcドメインが、S364K/E357Q:L368D/K370S;L368D/K370S:S364K;L368E/K370S:S364K;T411E/K360E/Q362E:D401K;L368D/K370S:S364K/E357L,K370S:S364K/E357Q,T366S/L368A/Y407V:T366W及びT366S/L368A/Y407V/Y349C:T366W/S354C(EUナンバリングによる)からなる群から選択されるアミノ酸置換を含む、ヘテロ二量体タンパク質。
  120. EUナンバリングで、前記第1のバリアントFcドメインがL368D/K370Sを含み、前記第2のバリアントFcドメインがS364K/E357Qを含む、請求項119に記載のヘテロ二量体タンパク質。
  121. 前記第1のバリアントFcドメイン及び前記第2のバリアントFcドメインが428L/434Sを含む、請求項117~120のいずれか一項に記載の融合タンパク質。
  122. 前記第1の融合タンパク質が配列番号208のアミノ酸配列を含み、前記第2の融合タンパク質が配列番号95のアミノ酸配列を含む、請求項117に記載の融合タンパク質。
  123. 前記第1の融合タンパク質が配列番号211のアミノ酸配列を含み、前記第2の融合タンパク質が配列番号206のアミノ酸配列を含む、請求項117に記載の融合タンパク質。
  124. 請求項1~24、30~50、56~67、及び73~87のいずれか一項に記載の融合タンパク質と、薬学的に許容され得る担体とを含む、医薬組成物。
  125. 請求項93~100のいずれか一項に記載の抗PD-1抗原結合ドメイン(ABD)を含む組成物と、薬学的に許容され得る担体とを含む医薬組成物。
  126. 請求項106~112のいずれか一項に記載のバリアントIL-15タンパク質を含む組成物と、薬学的に許容され得る担体とを含む、医薬組成物。
  127. 請求項117~123のいずれか一項に記載のヘテロ二量体タンパク質と、薬学的に許容され得る担体とを含む、医薬組成物。
  128. 治療有効量の、請求項1~24、30~50、56~67及び73~87のいずれか一項に記載の融合タンパク質又は請求項124に記載の医薬組成物を、がんの処置を必要とする対象に投与することを含む、対象におけるがんを処置する方法。
  129. 治療有効量のチェックポイント遮断抗体を投与することをさらに含む、請求項128に記載の方法。
  130. 前記チェックポイント遮断抗体が抗PD-1抗体又は抗PD-L1抗体である、請求項129に記載の方法。
  131. 前記チェックポイント遮断抗体がニボルマブ又はペンブロリズマブである、請求項130に記載の方法。
  132. 治療有効量の、請求項93~100のいずれか一項に記載の抗PD-1抗原結合ドメイン(ABD)を含む組成物又は請求項125に記載の医薬組成物を、がんの処置を必要とする対象に投与することを含む、対象におけるがんを処置する方法。
  133. 治療有効量のチェックポイント遮断抗体を投与することをさらに含む、請求項132に記載の方法。
  134. 前記チェックポイント遮断抗体が抗PD-1抗体又は抗PD-L1抗体である、請求項133に記載の方法。
  135. 前記チェックポイント遮断抗体がニボルマブ又はペンブロリズマブである、請求項134に記載の方法。
  136. 治療有効量の、請求項106~112のいずれか一項に記載のバリアントIL-15タンパク質を含む組成物又は請求項126に記載の医薬組成物を、がんの処置を必要とする対象に投与することを含む、対象におけるがんを処置する方法。
  137. 治療有効量のチェックポイント遮断抗体を投与することをさらに含む、請求項136に記載の方法。
  138. 前記チェックポイント遮断抗体が抗PD-1抗体又は抗PD-L1抗体である、請求項137に記載の方法。
  139. 前記チェックポイント遮断抗体がニボルマブ又はペンブロリズマブである、請求項138に記載の方法。
  140. 治療有効量の、請求項117~123のいずれか一項に記載のヘテロ二量体タンパク質又は請求項127に記載の医薬組成物を、がんの処置を必要とする対象に投与することを含む、対象におけるがんを処置する方法。
  141. 治療有効量のチェックポイント遮断抗体を投与することをさらに含む、請求項140に記載の方法。
  142. 前記チェックポイント遮断抗体が抗PD-1抗体又は抗PD-L1抗体である、請求項141に記載の方法。
  143. 前記チェックポイント遮断抗体がニボルマブ又はペンブロリズマブである、請求項142に記載の方法。
  144. 請求項1~24、30~50、56~67及び73~87のいずれか一項に記載の融合タンパク質又は請求項124に記載の医薬組成物の、がんの処置を必要とする対象におけるがんの処置のための医薬の製造における使用。
  145. 前記医薬が、治療有効量のチェックポイント遮断抗体と組み合わせて投与されるように製剤化される、請求項144に記載の使用。
  146. 前記チェックポイント遮断抗体が抗PD-1抗体又は抗PD-L1抗体である、請求項145に記載の使用。
  147. 前記チェックポイント遮断抗体がニボルマブ又はペンブロリズマブである、請求項146に記載の使用。
  148. 請求項93~100のいずれか一項に記載の抗PD-1抗原結合ドメイン(ABD)を含む組成物又は請求項124に記載の医薬組成物の、がんの処置を必要とする対象におけるがんの処置のための医薬の製造における使用。
  149. 前記医薬が、治療有効量のチェックポイント遮断抗体と組み合わせて投与されるように製剤化される、請求項148に記載の使用。
  150. 前記チェックポイント遮断抗体が抗PD-1抗体又は抗PD-L1抗体である、請求項149に記載の使用。
  151. 前記チェックポイント遮断抗体がニボルマブ又はペンブロリズマブである、請求項150に記載の使用。
  152. 請求項106~112のいずれか一項に記載のバリアントIL-15タンパク質を含む組成物又は請求項126に記載の医薬組成物の、がんの処置を必要とする対象におけるがんの処置のための医薬の製造における使用。
  153. 前記医薬が、治療有効量のチェックポイント遮断抗体と組み合わせて投与されるように製剤化される、請求項152に記載の使用。
  154. 前記チェックポイント遮断抗体が抗PD-1抗体又は抗PD-L1抗体である、請求項153に記載の使用。
  155. 前記チェックポイント遮断抗体がニボルマブ又はペンブロリズマブである、請求項154に記載の使用。
  156. 請求項117~123のいずれか一項に記載のヘテロ二量体タンパク質又は請求項127に記載の医薬組成物の、がんの処置を必要とする対象におけるがんの処置のための医薬の製造における使用。
  157. 前記医薬が、治療有効量のチェックポイント遮断抗体と組み合わせて投与されるように製剤化される、請求項156に記載の使用。
  158. 前記チェックポイント遮断抗体が抗PD-1抗体又は抗PD-L1抗体である、請求項157に記載の使用。
  159. 前記チェックポイント遮断抗体がニボルマブ又はペンブロリズマブである、請求項158に記載の使用。
  160. がんの処置を必要とする対象におけるがんの処置での使用のための、請求項1~24、30~50、56~67及び73~87のいずれか一項に記載の融合タンパク質又は請求項124に記載の医薬組成物。
  161. 治療有効量のチェックポイント遮断抗体と組み合わせて投与される、請求項160に記載の、使用のための融合タンパク質又は医薬組成物。
  162. 前記チェックポイント遮断抗体が抗PD-1抗体又は抗PD-L1抗体である、請求項161に記載の、使用のための融合タンパク質又は医薬組成物。
  163. 前記チェックポイント遮断抗体がニボルマブ又はペンブロリズマブである、請求項162に記載の、使用のための融合タンパク質又は医薬組成物。
  164. がんの処置を必要とする対象におけるがんの処置での使用のための、請求項93~100のいずれか一項に記載の抗PD-1抗原結合ドメイン(ABD)を含む組成物又は請求項125に記載の医薬組成物。
  165. 治療有効量のチェックポイント遮断抗体と組み合わせて投与される、請求項164に記載の、使用のための抗PD-1 ABDを含む組成物又は医薬組成物。
  166. 前記チェックポイント遮断抗体が抗PD-1抗体又は抗PD-L1抗体である、請求項165に記載の、使用のための抗PD-1 ABDを含む組成物又は医薬組成物。
  167. 前記チェックポイント遮断抗体がニボルマブ又はペンブロリズマブである、請求項166に記載の、使用のための抗PD-1 ABDを含む組成物又は医薬組成物。
  168. がんの処置を必要とする対象におけるがんの処置での使用のための、請求項106~112のいずれか一項に記載のバリアントIL-15タンパク質を含む組成物又は請求項126に記載の医薬組成物。
  169. 治療有効量のチェックポイント遮断抗体と組み合わせて投与される、請求項168に記載の、使用のためのバリアントIL-15タンパク質を含む組成物又は医薬組成物。
  170. 前記チェックポイント遮断抗体が抗PD-1抗体又は抗PD-L1抗体である、請求項169に記載の、使用のためのバリアントIL-15タンパク質を含む組成物又は医薬組成物。
  171. 前記チェックポイント遮断抗体がニボルマブ又はペンブロリズマブである、請求項170に記載の、使用のためのバリアントIL-15タンパク質を含む組成物又は医薬組成物。
  172. がんの処置を必要とする対象におけるがんの処置での使用のための、請求項117~123のいずれか一項に記載のヘテロ二量体タンパク質又は請求項126に記載の医薬組成物。
  173. 治療有効量のチェックポイント遮断抗体と組み合わせて投与される、請求項172に記載の、使用のためのヘテロ二量体タンパク質又は医薬組成物。
  174. 前記チェックポイント遮断抗体が抗PD-1抗体又は抗PD-L1抗体である、請求項173に記載の、使用のためのヘテロ二量体タンパク質又は医薬組成物。
  175. 前記チェックポイント遮断抗体がニボルマブ又はペンブロリズマブである、請求項174に記載の、使用のためのヘテロ二量体タンパク質又は医薬組成物。
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