JP2021527817A - 分析前基板処理のためのシステム及び方法 - Google Patents
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Abstract
Description
本開示は、一般に、組織学及び/又は病理生物学の分野に関する。より具体的には、本開示は、分析前基板処理システム及び関連する方法に関し、これらのシステム及び方法は、一部の実施形態において、例えば、組織学標本等、生物学的基板等の基板内の関心領域(ROI)及び非関心領域(RONI)を分離及び単離するのに有用であり得る。
本明細書において使用される用語の一部が、このセクションにおいて記載されるように定義される。他の用語は、本開示の他の箇所で定義又は例証される。別段の定義がない限り、本明細書において使用される技術用語及び科学用語は、本発明が属する分野の当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有する。
試料の分析及び切断は、典型的には、試料の平行スライスを含む一連のスライドを含む。1つのセットにおける1つ以上のスライドを染色して、例えば、個々の細胞核を明らかにする、及び/又は、腫瘍学の適用において癌性細胞及び非癌性細胞等、異なるタイプの細胞の区別に寄与することができる。病理医は、基板を検査し、スライド上の関心領域(ROI)をペン又は他の適したマーキング装置でマークすることができる。次に、これらのROI又は関連するペンマーキングを、試料の隣接する1つ又は複数のスライスからの基板とマッピングする(回転及び整列させる)ことができ、これは、ゲノム配列決定のためにDNAを抽出する、RNA発現分析のためにRNAを抽出する、又は細胞のin situ分析を行うため等、最終的に分析されることになる。手動の試料切断方法では、病理医のペンのマークは、手によって基板に移され、カミソリの刃を使用して、スライド上の周囲の試料からROIが切り取られる。
図4は、様々な試料切断方法を例示している。本開示の態様によると、「X」領域の除去は、収集のためにスライド上に「S」領域のみを残すことができる。例えば、ストレートパス抽出として、基板上の全ての所望されない試料を除去して、スライド上に所望される試料のみを残すことができる。「X」領域を除去するために、基板から所望されない試料を抽出する機械的及び非機械的なツールがある。
ROI組織(又はS組織)は、様々な方法で分析又は操作することができるように収集され得る。例えば、一部の実施形態では、上記のように、収集されたROI組織に細胞溶解を受けさせ、1つ以上の他のプロセスが続く。一部の実施形態では、DNA及び/又はRNA及び/又はタンパク質、補因子、及び膜脂質等が、直接若しくは細胞溶解に続いてROI組織から抽出されてもよく、又は、in situで評価されてもよい。
図9は、コンピュータシステム400を例示したブロック図であり、これに基づいて、本教示の実施形態を実施することができる。本教示の様々な実施形態において、コンピュータシステム400は、情報を伝えるためのバス402又は他の通信メカニズム、及び情報を処理するためのバス402に結合されたプロセッサ404を含み得る。様々な実施形態において、コンピュータシステム400はまた、メモリを含んでもよく、このメモリは、プロセッサ404によって実行されることになる命令を決定するためにバス402に結合されたランダムアクセスメモリ(RAM)406又は他の動的記憶装置であり得る。メモリは、プロセッサ404によって実行されることになる命令の実行中に、一時変数又は他の中間情報を記憶するために使用することもできる。様々な実施形態において、コンピュータシステム400は、プロセッサ404に対する静的情報及び命令を記憶するためにバス402に結合されたリードオンリーメモリ(ROM)408又は他の静的記憶装置をさらに含み得る。情報及び命令を記憶するために、磁気ディスク又は光ディスク等の記憶装置410を提供し、バス402に結合させることができる。
関心のある核酸を有する組織学試料が、上記の方法に従って処理される。ここで、接触媒質は、核酸単離における使用によく適した粒子を有している。これらには、シリカ粒子又はシリカ被覆強磁性ビーズ等のシリカ被覆粒子が含まれる。粒子マイクロブラスターにシリカ粒子が充填されて、組織標本から核酸を単離する効率的な方法が提供される。第一に、所望の組織領域が、シリカ粒子を用いたマイクロブラストによってスライドから除去され、次に、所望の組織領域は収集され、組織溶解バッファーと組み合わされて、細胞が破壊される。これは、細胞可溶化物溶液を生じ、ここで、核酸はシリカ粒子上に吸着される。次に、シリカ粒子は、核酸をその表面に吸着させたままにすると同時に、タンパク質及び脂質等の可溶化液の他の成分を洗い流す溶液で洗浄される。核酸は、PCR等の下流の分析技術を使用して直接分析されてもよい。或いは、シリカ粒子の表面に吸着された核酸は、PCR等の核酸検出技術を用いた下流の分析に先立ち、適した溶出液で溶出される。必要に応じて、試料をレーザーマイクロダイセクション等のマイクロダイセクション技術を使用して前処理することができる。
或いは、上記の実施例1においてマイクロブラストに使用される粒子は、容器に収集され、種々のあり得る分析物(例えば、核酸又はタンパク質等)の選択的結合に最適に適した他の粒子と組み合わされ、結果として得られた粒子の混合物は、関心のある分析物を単離するために使用される。実施例1と同様に、この代替的な仕組みでは、(例えば、電荷又は疎水性又は親和性に基づき)関心のある分析物に結合するマイクロブラスト粒子が最初に選択される。マイクロブラスト後に生成された組織と粒子の混合物は、細胞を破壊するために溶解バッファーと組み合わされ、結果として得られた溶解液は、次に、オリゴヌクレオチド又は抗体をその表面に結合させた粒子と組み合わされ、このオリゴヌクレオチド又は抗体が、関心のある分析物に特異性をもって結合する。次に、粒子の対に直接分析(例えば、クロマトグラフィー又は分光測定等)を受けさせる。或いは、粒子の対に、結合、洗浄、及び溶出のステップの一連のステップを受けさせて、関心のある分析物を溶出し、次に、従来の技術を使用して分析する。最後に、関心のある分析物がタンパク質である場合、可溶化液に、酵素アッセイ、結合アッセイ、機能アッセイ等の他の分析ステップを受けさせることもできる。
実施形態1:基板を固定するためのホルダーユニット;ホルダーユニットに近接して置かれるカメラ;基板上に取り付けられた試料の一部を除去するように構成された処理要素;及び、ホルダーユニットに通信可能に接続されるコンピュータデバイス;を含む、基板上に取り付けられた試料を処理するためのシステムであって、カメラ及び処理要素は、カメラを使用して、第1の取り付けられた試料を有する第1の基板の第1の画像、及び第2の取り付けられた試料を有する第2の基板の第2の画像を得るように構成された画像キャプチャエンジンと、ユーザが、第1の画像及び第1の取り付けられた試料の一部のデジタルアウトラインを有するマーカー画像を生成するのを可能にするように構成されたデジタルマーカーエンジンと、第1の取り付けられた試料及び第2の取り付けられた試料の画像アウトラインが整列するように、マーカー画像を第2の画像上に重ね合わせるように構成された画像オーバーレイエンジンと、第1の取り付けられた試料のデジタルアウトライン内にある第2の取り付けられた試料の一部のみが除去されるように、ホルダーユニット及び処理要素の位置決めを制御するように構成された試料除去エンジンと、を含む、システム。
Claims (24)
- 生物学的アッセイのための生物学的試料を処理する方法であって、(a)粒子状物質及び加圧空気を含む接触媒質と前記生物学的試料を接触させるステップであり、前記生物学的試料内の構成成分の前記接触媒質への少なくとも部分的な移動を実現するのに十分な条件下で接触させるステップと、(b)前記接触媒質を前記生物学的試料から除去するステップとを含む方法。
- 前記生物学的試料は、診断上関心のある1つ又は複数の分析物の分析のために処理される、請求項1に記載の方法。
- 前記生物学的試料は、パンチ生検標本、針生検標本、新鮮組織、組織培養物、凍結組織標本、中性ホルマリン処理組織、器官、小器官、ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織、エタノール固定パラフィン包埋(EFPE)組織、ヘマトキシリン及びエオシン(H&E)染色組織、又はグルタルアルデヒド固定組織を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記生物学的試料内の関心領域(ROI)、非関心領域(RONI)、又は全ての領域を前記接触媒質と接触させるステップ、好ましくは、関心領域(ROI)を前記接触媒質と接触させるステップを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記生物学的試料は、ゲノムDNA(gDNA)、メチル化DNA、特異的メチル化DNA、メッセンジャーRNA(mRNA)、断片化DNA、断片化RNA、断片化mRNA、ミトコンドリアDNA(mtDNA)、葉緑体DNA(ctDNA)、ウイルスRNA若しくはウイルスDNA、マイクロRNA、リボソームRNA、in situ PCR産物、ポリA mRNA、RNA/DNAハイブリッド、脂質、炭水化物、タンパク質、糖タンパク質、リポタンパク質、リン酸化タンパク質、タンパク質の特異的リン酸化若しくはアセチル化変異体、又はウイルスコートタンパク質から選択される診断上関心のある少なくとも1つの分析物、好ましくは、mRNA、gDNA、ウイルスDNA、若しくはウイルスRNAから選択される核酸を含む、請求項1に記載の方法。
- ブラスト媒質内の前記粒子状物質は、酸化アルミニウム、二酸化ケイ素、金属系の粒子、磁性若しくは強磁性粒子、又はそれらの組み合わせを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記粒子状物質は、前記生物学的試料内の分析物又は非分析物に結合することができ、好ましくは、前記粒子状物質は、イオン相互作用、極性−無極性相互作用、疎水性相互作用、ファンデルワールス相互作用、化学結合、誘電性若しくは双性イオン相互作用、又はそれらの組み合わせから選択される相互作用を介して、前記分析物に結合することができる、請求項6に記載の方法。
- 前記接触媒質は、加圧されたヘリウム、アルゴン、キセノン、窒素、二酸化炭素、又はそれらの組み合わせから選択される加圧空気を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記生物学的試料は、基板上に乗せられ、例えば、基板は、ガラス、シリコン、ポリ−L−リジン被覆材料、ニトロセルロース、ポリスチレン、環状オレフィンコポリマー(COC)、環状オレフィンポリマー(COP)、ポリプロピレン、ポリエチレン、及び/又はポリカーボネートから選択される、請求項1に記載の方法。
- 前記生物学的試料は、核酸分析物を含み、前記接触媒質は、シリカを含む粒子状物質を含む、請求項9に記載の方法。
- マイクロダイセクション、例えばレーザーマイクロダイセクションをさらに含む、請求項1に記載の方法。
- 前記接触媒質は、真空吸引、圧力差若しくは勾配、重力、輸送媒体(例えば、液体、又はエアロゾル若しくはガス)、又は磁場若しくは電場から選択される移動媒体を介して、前記生物学的試料から除去される、請求項1に記載の方法。
- (a)前記生物学的試料内の非関心領域(RONI)を前記接触媒質と選択的に接触させるステップであって、前記選択的接触は、好ましくは、前記生物学的試料内の関心領域(ROI)をそのまま残すことを含む、ステップ、(b)前記生物学的試料内の関心領域(ROI)を前記接触媒質と選択的に接触させるステップであって、前記選択的接触は、好ましくは、前記生物学的試料内の非関心領域(RONI)をそのまま残すことを含む、ステップ、又は、(c)前記生物学的試料内のROI及びRONIの双方を前記接触媒質と接触させるステップを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記接触媒質内の前記粒子状物質を収集するステップと、(c)任意的に、分析のために前記粒子状物質を調製するステップと、(d)さらに任意的に、前記粒子状物質を分析するステップとを含む、請求項13に記載の方法。
- 前記分析のために粒子状物質を調製するステップは、バッファー(例えば、溶解バッファー)で前記粒子状物質を処理することと、前記粒子状物質を洗浄して非分析物を除去することとを含む、請求項14に記載の方法。
- 前記粒子状物質の分析は、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)、定量的PCR(qPCR)、逆転写PCR(RT−PCR)、核酸配列ベース増幅(NASBA)、ループ介在等温増幅(LAMP)、ローリングサークル増幅(RCA)、イムノアッセイ、イムノPCR(iPCR)、酵素活性アッセイ、染色、イメージング、全ゲノム増幅(WGA)、in situ PCR、in situ WGA、ポロニー形成、配列決定、単一分子配列決定、ナノポア分析、ナノポアシーケンシング、単一分子イメージング、DNAボール形成、電気泳動、微小電気機械システム(MEMS)電気泳動、質量分析、クロマトグラフィー(例えば、HPLC)、近接ライゲーションアッセイ、電気化学的検出、プラズモン共鳴(SPR)、ハイブリダイゼーションアッセイ(例えば、蛍光in situハイブリダイゼーション(FISH)等のin situハイブリダイゼーションアッセイ)、FRET、細胞選別(例えば、FACS)、電気化学発光ELISA、及び化学発光ELISAを含む、請求項14に記載の方法。
- 前記接触媒質を濃縮媒質と混合するステップをさらに含む、請求項13に記載の方法。
- 前記濃縮媒質は、前記生物学的試料内の関心のある分析物に特異的に結合する物質、例えば関心のあるタンパク質抗原に特異的に結合する抗体又は関心のある核酸に特異的にハイブリダイズする核酸を含む、請求項17に記載の方法。
- 前記生物学的試料は、関心領域(ROI)及び/又は非関心領域(RONI)、好ましくは、ROI及びRONIの双方の明確に規定された空間的位置を含む二次元組織(例えば、組織切片若しくはスライス)又は三次元組織(例えば、組織ブロック)を含む、請求項18に記載の方法。
- 生物学的試料内の分析物に対してアッセイを行う方法であって、(a)粒子状物質及び加圧空気を含む接触媒質と前記生物学的試料を接触させることであり、前記生物学的試料内の構成成分の前記接触媒質への少なくとも部分的な移動を実現するのに十分な条件下で接触させること、及び(b)処理された生物学的試料を得るために、前記接触媒質を前記生物学的試料から除去することによって、前記生物学的試料を処理するステップ、並びに、前記処理された生物学的試料又は除去された前記接触媒質内の分析物に対してアッセイを行うステップを含む方法。
- (a)生物学的試料又はその中の領域を、粒子状物質及び加圧空気を含む接触媒質と接触させるための第1の構成要素であって、前記生物学的試料内の構成成分の前記接触媒質への少なくとも部分的な移動を実現するのに十分な条件下で接触させるための第1の構成要素と、(b)前記接触媒質を前記生物学的試料から除去するための第2の構成要素と、(c)任意的に、前記接触媒質若しくは処理された前記生物学的試料、又は前記接触媒質及び処理された前記生物学的試料の双方の中の前記構成成分を分析するための第3の構成要素と、を含む生体分析システム。
- 前記第1の構成要素は、前記接触媒質を有する加圧粒子マイクロブラスター(PMB)を含む、請求項21に記載の生体分析システム。
- 前記第2の構成要素は、真空吸引、圧力差若しくは勾配、前記粒子状物質を輸送するための媒体(例えば、液体若しくはエアロゾル)、又は磁場若しくは電場から選択される移動媒体を含む、請求項21に記載の生体分析システム。
- 前記任意的な第3の構成要素は、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)、定量的PCR(qPCR)、逆転写PCR(RT−PCR)、核酸配列ベース増幅(NASBA)、ループ介在等温増幅(LAMP)、ローリングサークル増幅(RCA)、イムノアッセイ、イムノPCR(iPCR)、酵素活性アッセイ、染色、イメージング、全ゲノム増幅(WGA)、in situ PCR、in situ WGA、ポロニー形成、配列決定、単一分子配列決定、ナノポア分析、ナノポアシーケンシング、単一分子イメージング、DNAボール形成、電気泳動、微小電気機械システム(MEMS)電気泳動、質量分析、クロマトグラフィー(例えば、HPLC)、近接ライゲーションアッセイ、電気化学的検出、プラズモン共鳴(SPR)、ハイブリダイゼーションアッセイ(例えば、蛍光in situハイブリダイゼーション(FISH)等のin situハイブリダイゼーションアッセイ)、FRET、細胞選別(例えば、FACS)、電気化学発光ELISA、及び化学発光ELISAのための機器から選択される機器を含む、請求項21に記載の生体分析システム。
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---|---|---|---|---|
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KR102597565B1 (ko) * | 2021-05-03 | 2023-11-06 | 성균관대학교산학협력단 | Pcr 장치 |
EP4352483A1 (en) * | 2021-06-11 | 2024-04-17 | Xyall B.V. | Apparatus comprising an interface for detachable coupling of a dissection tool |
CN114965823A (zh) * | 2021-08-18 | 2022-08-30 | 上海交通大学 | 基于激光捕获显微切割技术的空间分辨蛋白质组学方法 |
WO2023137340A1 (en) * | 2022-01-11 | 2023-07-20 | TriMetis Life Sciences, LLC | Tissue coring and analysis system |
EP4246119A1 (en) * | 2022-03-17 | 2023-09-20 | Leica Microsystems CMS GmbH | Method and system for extracting a part of a microscopic sample |
Citations (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20090250382A1 (en) * | 2007-10-08 | 2009-10-08 | Microstructure Technologies Inc. | Methods and apparatus for extraction of particles from surfaces |
US20130109024A1 (en) * | 2010-05-28 | 2013-05-02 | Sridharan Rajagopalan | Obtaining analytes from a tissue specimen |
US20150247844A1 (en) * | 2014-02-28 | 2015-09-03 | Stanislav L. Karsten | Method for Obtaining Cell and Tissue Specific Biomolecules |
JP2016522900A (ja) * | 2013-05-15 | 2016-08-04 | コーニンクレッカ フィリップス エヌ ヴェKoninklijke Philips N.V. | 試料からの組織分離 |
JP2018063123A (ja) * | 2016-10-11 | 2018-04-19 | 株式会社日立製作所 | 付着物収集装置及び付着物解析システム |
Family Cites Families (25)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US6669685B1 (en) * | 1997-11-06 | 2003-12-30 | Biolase Technology, Inc. | Tissue remover and method |
DE19616216A1 (de) * | 1996-04-23 | 1997-10-30 | P A L M Gmbh | Verfahren und Vorrichtung zur Gewinnung von laserdissektierten Partikeln wie biologische Zellen bzw. Zellorganellen, Chromosomenteilchen etc. |
WO1997029354A1 (de) | 1996-02-05 | 1997-08-14 | Bayer Aktiengesellschaft | Verfahren und vorrichtung zum sortieren und zur gewinnung von planar ausgebrachten biologischen objekten wie biologische zellen bzw. zellorganellen, histologischen schnitten, chromosomenteilchen etc. mit laserstrahlen |
JP2000146782A (ja) | 1998-11-12 | 2000-05-26 | Yoshio Kawai | 自動固定標本作製装置および方法 |
US8469295B2 (en) * | 2002-02-15 | 2013-06-25 | Implant Sciences Corporation | Trace chemical particle release nozzle |
US7468161B2 (en) * | 2002-04-15 | 2008-12-23 | Ventana Medical Systems, Inc. | Automated high volume slide processing system |
EP1805500A4 (en) * | 2004-09-28 | 2008-05-07 | Singulex Inc | SYSTEM AND METHOD FOR THE SPECTROSCOPIC ANALYSIS OF INDIVIDUAL PARTICLES |
WO2006086782A2 (en) * | 2005-02-11 | 2006-08-17 | The Regents Of The University Of California | Pneumatic capillary gun for ballistic delivery of microscopic particles into tissue |
US7138626B1 (en) * | 2005-05-05 | 2006-11-21 | Eai Corporation | Method and device for non-contact sampling and detection |
DE102005061561A1 (de) * | 2005-12-22 | 2007-06-28 | P.A.L.M. Microlaser Technologies Ag | Laser-Mikrodissektionsverfahren, Steuersystem für eine Laser-Mikrodissektionsvorrichtung und Trägervorrichtung |
US8353223B2 (en) * | 2008-05-14 | 2013-01-15 | Implant Sciences Corporation | Trace particle collection system |
WO2010025425A1 (en) * | 2008-08-29 | 2010-03-04 | Angros Lee H | Multiplexed microscope slide staining apparatus |
US8744163B2 (en) | 2010-02-09 | 2014-06-03 | International Genomics Consortium | System and method for laser dissection |
US9102979B2 (en) * | 2010-02-23 | 2015-08-11 | Rheonix, Inc. | Self-contained biological assay apparatus, methods, and applications |
US9546935B1 (en) | 2010-08-25 | 2017-01-17 | Thomas W. Astle | Dried specimen storage slides, systems and methods |
EP2423661A1 (de) | 2010-08-30 | 2012-02-29 | Helmholtz Zentrum München Deutsches Forschungszentrum für Gesundheit und Umwelt GmbH | Vorrichtung und Verfahren zum automatisierten Isolieren und Transferieren mindestens einer mikroskopischen Probe von einem Probenträger zu einem Auffangsystem |
US20150045232A1 (en) * | 2010-12-28 | 2015-02-12 | Bexmart | Integrated and versatile methods for systems diagnosis of diseases |
US8530228B2 (en) * | 2010-12-28 | 2013-09-10 | Bexmart | Integrated versatile and systems preparation of specimens |
WO2014054016A1 (en) | 2012-10-03 | 2014-04-10 | Koninklijke Philips N.V. | Sample isolation unit |
EP2935613B1 (en) * | 2012-12-19 | 2020-05-27 | DNAE Group Holdings Limited | Target capture system |
JP6220405B2 (ja) * | 2013-01-24 | 2017-10-25 | エフ.ホフマン−ラ ロシュ アーゲーF. Hoffmann−La Roche Aktiengesellschaft | 染色されたFFPET切片からマイクロダイセクションした材料のRT−qPCR分析 |
US9789073B2 (en) * | 2013-03-14 | 2017-10-17 | Pathak Holdings, Llc | Compositions, methods and devices for local drug delivery |
KR101572683B1 (ko) * | 2014-03-14 | 2015-11-27 | 케이맥(주) | 오일과 친수성 자성 비드를 이용한 핵산 추출 및 증폭 방법 |
US10465182B2 (en) * | 2015-07-24 | 2019-11-05 | Cepheid | Compositions and methods for DNA and RNA extraction from tissue samples |
US20180258473A1 (en) * | 2015-11-10 | 2018-09-13 | Administracion General De La Comunidad Autonoma De Euskadi | Diagnostic methods and devices |
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Patent Citations (5)
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---|---|---|---|---|
US20090250382A1 (en) * | 2007-10-08 | 2009-10-08 | Microstructure Technologies Inc. | Methods and apparatus for extraction of particles from surfaces |
US20130109024A1 (en) * | 2010-05-28 | 2013-05-02 | Sridharan Rajagopalan | Obtaining analytes from a tissue specimen |
JP2016522900A (ja) * | 2013-05-15 | 2016-08-04 | コーニンクレッカ フィリップス エヌ ヴェKoninklijke Philips N.V. | 試料からの組織分離 |
US20150247844A1 (en) * | 2014-02-28 | 2015-09-03 | Stanislav L. Karsten | Method for Obtaining Cell and Tissue Specific Biomolecules |
JP2018063123A (ja) * | 2016-10-11 | 2018-04-19 | 株式会社日立製作所 | 付着物収集装置及び付着物解析システム |
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