JP2021508475A - 共有抗原を標的とする抗原結合タンパク質 - Google Patents

共有抗原を標的とする抗原結合タンパク質 Download PDF

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Abstract

本明細書中には、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的及びＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤ標的に結合する抗原結合タンパク質が提供されている。また、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的を同定する方法のほか、所定のＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的に結合する１つ以上の抗原結合タンパク質を同定する方法も、開示されている。
【選択図】図２

Description

関連出願の相互参照
本出願は、２０１７年１２月２８日に出願された米国仮出願第６２／６１１，４０３号、及び２０１８年１１月６日に出願された米国仮出願第６２／７５６，５０８号の利益を主張するものであり、あらゆる目的に対応することを期して、該文献の各々はその全体が本明細書において参照により援用されている。
配列表
本出願には、ＥＦＳ−Ｗｅｂ経由で送信された配列表が含まれており、この配列表は、その全体が、本明細書において参照により援用されている。前記ＡＳＣＩＩコピーは、作成日を２０１８年１２月２８日とし、名称を４１１７４ＷＯ＿ＣＲＦ＿ｓｅｑｕｅｎｃｅｌｉｓｔｉｎｇ．ｔｘｔとし、且つサイズを２５，４９２，８８８バイトとしたものである。
免疫系が、病原体に対する抗原特異的保護を行う目的で用いている適応免疫応答には、体液性免疫反応、及び細胞性免疫反応の、２種類がある。これら２種類の応答はそれぞれ、Ｂリンパ球及びＴリンパ球を介した病原体抗原の特異的な認識を伴う。
Ｔリンパ球は、細胞性免疫の抗原特異的エフェクターであり、それゆえ、ウイルス、細胞内細菌、マイコプラズマ及び細胞内寄生虫などの細胞内病原体によって媒介される疾患に対し、ならびにがん細胞に対し、罹患した細胞を直接的に細胞溶解することにより、身体の防御において中心的な役割を果たしている。Ｔリンパ球応答の特異性は、罹患した細胞の表面上の（主要組織適合性複合体）ＭＨＣ分子に結合するＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を介して付与され、活性化される。Ｔ細胞受容体は、個々のＴリンパ球上にクローンとして分布する抗原特異的受容体であり、その抗原特異性のレパートリーは、抗体遺伝子レパートリーの生成に関与するものと類似の、体細胞遺伝子再構成メカニズムを介して生成される。Ｔ細胞受容体は、膜貫通分子のヘテロ二量体を具備し、主要なタイプは、α−βポリペプチドダイマーとγ−δポリペプチドダイマーとの小サブセットで構成される。Ｔリンパ球受容体サブユニットは、細胞外ドメインの免疫グロブリンに類似する可変及び定常領域と、α鎖とβ鎖との対合を促進するシステインを含む短いヒンジ領域と、膜貫通領域と、短い細胞質領域とを備える。ＴＣＲによって誘発されるシグナル伝達は、ＣＤ３−ζ（すなわち、シグナル伝達サブユニットを含む関連するマルチサブユニット複合体）を介して間接的に媒介される。
Ｔリンパ球受容体は通常、天然抗原を認識しない代わりに、細胞表面上に提示された複合体を認識する。この複合体は、ペプチド抗原を提示するための主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）との関連において、細胞内で処理された抗原の断片を含む。主要組織適合性の複合体遺伝子は、種の個体群間で高度に多型性であり、個々の遺伝子ごとに複数の共通対立遺伝子を含む。ヒトにおいて、ＭＨＣはヒト白血球抗原（ＨＬＡ）と呼ばれる。
主要組織適合性複合体クラスＩ分子は、体内のほぼ全ての有核細胞の表面上に発現する。この分子は、二量体分子であって、ペプチド抗原結合クレフトを備える膜貫通重鎖と、それより小さな細胞外鎖で、β２マイクログロブリンと呼称される鎖とを含む。ＭＨＣクラスＩ分子は、細胞質内のマルチユニット構造であるプロテアソームによる細胞質タンパク質の分解に由来するペプチドを提示する（Ｎｉｅｄｅｒｍａｎｎ Ｇ．，２００２．Ｃｕｒｒ Ｔｏｐ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ Ｉｍｍｕｎｏｌ．２６８：９１−１３６（非特許文献1）；細菌性抗原の処理については、Ｗｉｃｋ Ｍ Ｊ，ａｎｄ Ｌｊｕｎｇｇｒｅｎ Ｈ Ｇ．，１９９９．Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｒｅｖ．１７２：１５３−６２（非特許文献2）を参照のこと）。開裂されたペプチドは、抗原処理に関連するトランスポーター（ＴＡＰ）によって、小胞体（ＥＲ）の内腔に輸送され、アセンブルされたクラスＩ分子の溝に結合し、結果として得られたＭＨＣ／ペプチド複合体は細胞膜に輸送され、Ｔリンパ球への抗原提示を可能にする（Ｙｅｗｄｅｌｌ Ｊ Ｗ．，２００１．Ｔｒｅｎｄｓ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ．１１：２９４−７（非特許文献3）；Ｙｅｗｄｅｌｌ Ｊ Ｗ．ａｎｄ Ｂｅｎｎｉｎｋ Ｊ Ｒ．，２００１．Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３：１３−８（非特許文献4））。代替的に、開裂されたペプチドは、ＴＡＰに依存しない方法でＭＨＣクラスＩ分子に充填する場合もあれば、また、クロスプレゼンテーションのプロセスを通して細胞外由来のタンパク質を提示する場合もある。そのため、特定のＭＨＣ／ペプチド複合体は、細胞表面上に新しいタンパク質構造を提示する、このタンパク質構造は、いったん複合体の構造（ペプチド配列及びＭＨＣサブタイプ）の同一性が判別された際に、新しい抗原結合タンパク質（抗体またはＴＣＲなど）の標的となる可能性がある。
腫瘍細胞は抗原を発現し得るので、そのような抗原を、腫瘍細胞の表面上に提示し得る。そのような腫瘍関連抗原は、腫瘍細胞を特異的に標的化するための、新規な免疫療法試薬を開発する用途に、使用される場合がある。例えば、腫瘍関連抗原を使用して、ＴＣＲ、抗体、または抗原結合断片のような治療用抗原結合タンパク質を同定することが可能である。また、そのような腫瘍関連抗原は、医薬組成物、例えばワクチンにおいて利用される場合もある。
Ｎｉｅｄｅｒｍａｎｎ Ｇ．，２００２．Ｃｕｒｒ Ｔｏｐ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ Ｉｍｍｕｎｏｌ．２６８：９１−１３６ Ｗｉｃｋ Ｍ Ｊ，ａｎｄ Ｌｊｕｎｇｇｒｅｎ Ｈ Ｇ．，１９９９．Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｒｅｖ．１７２：１５３−６２ Ｙｅｗｄｅｌｌ Ｊ Ｗ．，２００１．Ｔｒｅｎｄｓ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ．１１：２９４−７ Ｙｅｗｄｅｌｌ Ｊ Ｗ．ａｎｄ Ｂｅｎｎｉｎｋ Ｊ Ｒ．，２００１．Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３：１３−８
ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）−ＰＥＰＴＩＤＥ標的に対し特異的に結合する単離された抗原結合タンパク質（ＡＢＰ）が、本明細書中に提供されている。本ＡＢＰにおいて、該ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的が、ＨＬＡクラスＩ分子と複合体を形成したＨＬＡ制限ペプチドを含み、ＨＬＡ制限ペプチドが、ＨＬＡクラスＩ分子のα１／α２ヘテロダイマー部分のペプチド結合溝に位置し、ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＢ＊３５：０１であって、且つＨＬＡ制限ペプチドが、配列ＥＶＤＰＩＧＨＶＹを含むか、ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＡ＊０２：０１であって、且つＨＬＡ制限ペプチドが、配列ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡを含むか、該ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＡ＊０１：０１であって、且つＨＬＡ制限ペプチドが、配列ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹを含むか、あるいは該ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＡ＊０１：０１であって、且つＨＬＡ制限ペプチドが、配列ＨＳＥＶＧＬＰＶＹを含む。
いくつかの実施形態では、ＨＬＡ制限ペプチドが約５〜１５アミノ酸長である。いくつかの実施形態では、ＨＬＡ制限ペプチドが約８〜１２アミノ酸長である。いくつかの実施形態では、ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＢ＊３５：０１であって、且つＨＬＡ制限ペプチドが、配列ＥＶＤＰＩＧＨＶＹからなるか、ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＡ＊０２：０１であって、且つＨＬＡ制限ペプチドが、配列ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡからなるか、ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＡ＊０１：０１であって、且つＨＬＡ制限ペプチドが、配列ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹからなるか、またはＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＡ＊０１：０１であって、且つＨＬＡ制限ペプチドが、配列ＨＳＥＶＧＬＰＶＹからなる。
いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、抗体またはその抗原結合断片を含む。
抗体またはその抗原結合断片を含むＡＢＰのいくつかの態様では、ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＢ＊３５：０１であって、且つＨＬＡ制限ペプチドが、配列ＥＶＤＰＩＧＨＶＹを含む。いくつかの実施形態では、ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＢ＊３５：０１であって、且つＨＬＡ制限ペプチドが、配列ＥＶＤＰＩＧＨＶＹからなる。
いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、以下：
Figure 2021508475
から選択される配列を含むＣＤＲ−Ｈ３を含む。
いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、以下：
Figure 2021508475
から選択される配列を含むＣＤＲ−Ｌ３を含む。
いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、Ｇ５＿Ｐ７＿Ｅ７、Ｇ５＿Ｐ７＿Ｂ３、Ｇ５＿Ｐ７＿Ａ５、Ｇ５＿Ｐ７＿Ｆ６、Ｇ５−Ｐ１Ｂ１２、Ｇ５−Ｐ１Ｃ１２、Ｇ５−Ｐ１−Ｅ０５、Ｇ５−Ｐ３Ｇ０１、Ｇ５−Ｐ３Ｇ０８、Ｇ５−Ｐ４Ｂ０２、Ｇ５−Ｐ４Ｅ０４、Ｇ５Ｒ４−Ｐ１Ｄ０６、Ｇ５Ｒ４−Ｐ１Ｈ１１、Ｇ５Ｒ４−Ｐ２Ｂ１０、Ｇ５Ｒ４−Ｐ２Ｈ８、Ｇ５Ｒ４−Ｐ３Ｇ０５、Ｇ５Ｒ４−Ｐ４Ａ０７、またはＧ５Ｒ４−Ｐ４Ｂ０１と称するｓｃＦｖからのＣＤＲ−Ｈ３とＣＤＲ−Ｌ３とを含む。
いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、Ｇ５＿Ｐ７＿Ｅ７、Ｇ５＿Ｐ７＿Ｂ３、Ｇ５＿Ｐ７＿Ａ５、Ｇ５＿Ｐ７＿Ｆ６、Ｇ５−Ｐ１Ｂ１２、Ｇ５−Ｐ１Ｃ１２、Ｇ５−Ｐ１−Ｅ０５、Ｇ５−Ｐ３Ｇ０１、Ｇ５−Ｐ３Ｇ０８、Ｇ５−Ｐ４Ｂ０２、Ｇ５−Ｐ４Ｅ０４、Ｇ５Ｒ４−Ｐ１Ｄ０６、Ｇ５Ｒ４−Ｐ１Ｈ１１、Ｇ５Ｒ４−Ｐ２Ｂ１０、Ｇ５Ｒ４−Ｐ２Ｈ８、Ｇ５Ｒ４−Ｐ３Ｇ０５、Ｇ５Ｒ４−Ｐ４Ａ０７、またはＧ５Ｒ４−Ｐ４Ｂ０１と称するｓｃＦｖからの３つ全ての重鎖ＣＤＲ及び３つ全ての軽鎖ＣＤＲを含む。
いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、以下：
Figure 2021508475
Figure 2021508475
から選択されるＶＨ配列を含む。
いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、以下：
Figure 2021508475
Figure 2021508475
から選択されるＶＬ配列を含む。
いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、Ｇ５＿Ｐ７＿Ｅ７、Ｇ５＿Ｐ７＿Ｂ３、Ｇ５＿Ｐ７＿Ａ５、Ｇ５＿Ｐ７＿Ｆ６、Ｇ５−Ｐ１Ｂ１２、Ｇ５−Ｐ１Ｃ１２、Ｇ５−Ｐ１−Ｅ０５、Ｇ５−Ｐ３Ｇ０１、Ｇ５−Ｐ３Ｇ０８、Ｇ５−Ｐ４Ｂ０２、Ｇ５−Ｐ４Ｅ０４、Ｇ５Ｒ４−Ｐ１Ｄ０６、Ｇ５Ｒ４−Ｐ１Ｈ１１、Ｇ５Ｒ４−Ｐ２Ｂ１０、Ｇ５Ｒ４−Ｐ２Ｈ８、Ｇ５Ｒ４−Ｐ３Ｇ０５、Ｇ５Ｒ４−Ｐ４Ａ０７、及びＧ５Ｒ４−Ｐ４Ｂ０１と称するｓｃＦｖからのＶＨ配列及びＶＬ配列を含む。
いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、該制限ペプチドＥＶＤＰＩＧＨＶＹ上のアミノ酸２〜８位のいずれか１つ以上に結合する。
抗体またはその抗原結合断片を含むＡＢＰのいくつかの態様では、ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＡ＊０２：０１であって、且つＨＬＡ制限ペプチドが、配列ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡを含む。抗体またはその抗原結合断片を含むＡＢＰのいくつかの態様では、ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＡ＊０２：０１であって、且つＨＬＡ制限ペプチドが、配列ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡからなる。
いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、以下：
Figure 2021508475
から選択される配列を含むＣＤＲ−Ｈ３を含む。
いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、以下：
Figure 2021508475
から選択される配列を含むＣＤＲ−Ｌ３を含む。
いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、Ｇ８−Ｐ１Ａ０３、Ｇ８−Ｐ１Ａ０４、Ｇ８−Ｐ１Ａ０６、Ｇ８−Ｐ１Ｂ０３、Ｇ８−Ｐ１Ｃ１１、Ｇ８−Ｐ１Ｄ０２、Ｇ８−Ｐ１Ｈ０８、Ｇ８−Ｐ２Ｂ０５、Ｇ８−Ｐ２Ｅ０６、Ｒ３Ｇ８−Ｐ２Ｃ１０、Ｒ３Ｇ８−Ｐ２Ｅ０４、Ｒ３Ｇ８−Ｐ４Ｆ０５、Ｒ３Ｇ８−Ｐ５Ｃ０３、Ｒ３Ｇ８−Ｐ５Ｆ０２、Ｒ３Ｇ８−Ｐ５Ｇ０８、Ｇ８−Ｐ１Ｃ０１、またはＧ８−Ｐ２Ｃ１１と称するｓｃＦｖからのＣＤＲ−Ｈ３及びＣＤＲ−Ｌ３を含む。
いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、Ｇ８−Ｐ１Ａ０３、Ｇ８−Ｐ１Ａ０４、Ｇ８−Ｐ１Ａ０６、Ｇ８−Ｐ１Ｂ０３、Ｇ８−Ｐ１Ｃ１１、Ｇ８−Ｐ１Ｄ０２、Ｇ８−Ｐ１Ｈ０８、Ｇ８−Ｐ２Ｂ０５、Ｇ８−Ｐ２Ｅ０６、Ｒ３Ｇ８−Ｐ２Ｃ１０、Ｒ３Ｇ８−Ｐ２Ｅ０４、Ｒ３Ｇ８−Ｐ４Ｆ０５、Ｒ３Ｇ８−Ｐ５Ｃ０３、Ｒ３Ｇ８−Ｐ５Ｆ０２、Ｒ３Ｇ８−Ｐ５Ｇ０８、Ｇ８−Ｐ１Ｃ０１、またはＧ８−Ｐ２Ｃ１１と称するｓｃＦｖからの３つ全ての重鎖ＣＤＲ及び３つ全ての軽鎖ＣＤＲを含む。
いくつかの実施形態では、ＡＢＰは、以下：
Figure 2021508475
Figure 2021508475
Figure 2021508475
から選択されるＶＨ配列を含む。
いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、以下：
Figure 2021508475
Figure 2021508475
から選択されるＶＬ配列を含む。
いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、Ｇ８−Ｐ１Ａ０３、Ｇ８−Ｐ１Ａ０４、Ｇ８−Ｐ１Ａ０６、Ｇ８−Ｐ１Ｂ０３、Ｇ８−Ｐ１Ｃ１１、Ｇ８−Ｐ１Ｄ０２、Ｇ８−Ｐ１Ｈ０８、Ｇ８−Ｐ２Ｂ０５、Ｇ８−Ｐ２Ｅ０６、Ｒ３Ｇ８−Ｐ２Ｃ１０、Ｒ３Ｇ８−Ｐ２Ｅ０４、Ｒ３Ｇ８−Ｐ４Ｆ０５、Ｒ３Ｇ８−Ｐ５Ｃ０３、Ｒ３Ｇ８−Ｐ５Ｆ０２、Ｒ３Ｇ８−Ｐ５Ｇ０８、Ｇ８−Ｐ１Ｃ０１、またはＧ８−Ｐ２Ｃ１１と称するｓｃＦｖからのＶＨ配列及びＶＬ配列を含む。
いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、制限ペプチドＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡのアミノ酸位置１〜５のいずれか１つ以上に結合する。いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、制限ペプチドＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡのアミノ酸４位及び５位の一方または両方に結合する。
いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、ＨＬＡサブタイプＡ＊０２：０１のアミノ酸４５〜６０位のいずれか１つ以上に結合する。
いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、ＨＬＡサブタイプＡ＊０２：０１のアミノ酸５６位、５９位、６０位、６３位、６４位、６６位、６７位、７０位、７３位、７４位、１３２位、１５０〜１５３位、１５５位、１５６位、１５８〜１６０位、１６２〜１６４位、１６６〜１６８位、１７０位、及び１７１位のいずれか１つ以上に結合する。
抗体またはその抗原結合断片を含むＡＢＰのいくつかの態様では、ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＡ＊０１：０１であって、且つＨＬＡ制限ペプチドが、配列ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹを含む。抗体またはその抗原結合断片を含むＡＢＰのいくつかの態様では、ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＡ＊０１：０１であって、且つＨＬＡ制限ペプチドが、配列ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹからなる。
いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、以下：
Figure 2021508475
から選択される配列を含むＣＤＲ−Ｈ３を含む。
いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、以下：
Figure 2021508475
から選択される配列を含むＣＤＲ−Ｌ３を含む。
いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ａ０７、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ｂ０７、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ｅ１２、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ｆ０６、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ｈ０１、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ｈ０８、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ２Ｃ０４、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ２Ｇ１１、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ３Ｅ０４、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ａ０２、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｃ０５、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｄ０４、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｄ１０、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｅ０７、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｅ１２、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｇ０６、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ５Ａ０８、またはＲ３Ｇ１０−Ｐ５Ｃ０８と称するｓｃＦｖからのＣＤＲ−Ｈ３及びＣＤＲ−Ｌ３を含む。
いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ａ０７、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ｂ０７、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ｅ１２、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ｆ０６、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ｈ０１、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ｈ０８、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ２Ｃ０４、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ２Ｇ１１、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ３Ｅ０４、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ａ０２、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｃ０５、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｄ０４、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｄ１０、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｅ０７、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｅ１２、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｇ０６、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ５Ａ０８、またはＲ３Ｇ１０−Ｐ５Ｃ０８と称するｓｃＦｖからの３つ全ての重鎖ＣＤＲ及び３つ全ての軽鎖ＣＤＲを含む。
いくつかの実施形態では、ＡＢＰは、以下：
Figure 2021508475
Figure 2021508475
Figure 2021508475
から選択されるＶＨ配列を含む。
いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、以下：
Figure 2021508475
Figure 2021508475
から選択されるＶＬ配列を含む。
いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ａ０７、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ｂ０７、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ｅ１２、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ｆ０６、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ｈ０１、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ｈ０８、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ２Ｃ０４、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ２Ｇ１１、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ３Ｅ０４、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ａ０２、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｃ０５、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｄ０４、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｄ１０、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｅ０７、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｅ１２、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｇ０６、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ５Ａ０８、またはＲ３Ｇ１０−Ｐ５Ｃ０８と称するｓｃＦｖからのＶＨ配列及びＶＬ配列を含む。
いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、制限ペプチドＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹのアミノ酸４位、６位、及び７位のいずれか１つ以上に結合する。
いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、ＨＬＡサブタイプＡ＊０１：０１のアミノ酸４９〜５６位のいずれか１つ以上に結合する。
また、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）−ＰＥＰＴＩＤＥ標的に対し特異的に結合する単離された抗原結合タンパク質（ＡＢＰ）であって、該ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的が、ＨＬＡクラスＩ分子と複合体を形成したＨＬＡ制限ペプチドを含み、ＨＬＡ制限ペプチドが、ＨＬＡクラスＩ分子のα１／α２部分のペプチド結合溝に位置し、且つＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的が表Ａから選択される、該ＡＢＰも、本明細書において提供されている。
いくつかの実施形態では、ＨＬＡ制限ペプチドが約５〜１５アミノ酸長である。いくつかの実施形態では、ＨＬＡ制限ペプチドが約８〜１２アミノ酸長である。
いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、抗体またはその抗原結合断片を含む。いくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質が足場に連結され、任意で、該足場が血清アルブミンまたはＦｃを含み、任意で、ＦｃがヒトＦｃであり、且つＩｇＧ（ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４）、ＩｇＡ（ＩｇＡ１、ＩｇＡ２）、ＩｇＤ、ＩｇＥ、またはＩｇＭアイソタイプＦｃである。いくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質がリンカーを介して足場に連結され、任意で、該リンカーがペプチドリンカーであり、任意で、該ペプチドリンカーがヒト抗体のヒンジ領域である。いくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質が、Ｆｖ断片、Ｆａｂ断片、Ｆ（ａｂ’）２断片、Ｆａｂ’断片、ｓｃＦｖ断片、ｓｃＦｖ−Ｆｃ断片、及び／または単一ドメインの抗体もしくはその抗原結合断片を含む。いくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質が、ｓｃＦｖ断片を含む。いくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質が、１つ以上の抗体相補性決定領域（ＣＤＲ）、任意で、６つの抗体ＣＤＲを含む。いくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質が、抗体を含む。いくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質が、モノクローナル抗体である。いくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質が、ヒト化抗体、ヒト抗体、またはキメラ抗体である。いくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質が、多重特異性を有し、任意で二重特異性を有する。いくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質が、単一の抗原上の複数の抗原または複数のエピトープに結合する。いくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質が、ＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、及びＩｇＭから選択されるクラスの重鎖定常領域を備える。いくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質が、ヒトＩｇＧクラスならびにＩｇＧ１、ＩｇＧ４、ＩｇＧ２、及びＩｇＧ３から選択されるサブクラスの重鎖定常領域を備える。いくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質が、半減期を延長させる１つ以上の修飾を含む。いくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質が、修飾されたＦｃを含み、任意で、該修飾されたＦｃが、半減期を延長させる１つ以上の変異を含み、任意で、半減期を延長させる１つ以上の該変異がＹＴＥである。
単離されたＡＢＰのいくつかの実施形態では、ＡＢＰが、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）またはその抗原結合部分を備える。いくつかの実施形態では、ＴＣＲまたはその抗原結合部分が、ＴＣＲ可変領域を備える。いくつかの実施形態では、ＴＣＲまたはその抗原結合部分が、１つ以上のＴＣＲ相補性決定領域（ＣＤＲ）を含む。
いくつかの実施形態では、ＴＣＲが、α鎖及びβ鎖であるいくつかの実施形態では、ＴＣＲが、γ鎖及びδ鎖を含む。
いくつかの実施形態において、抗原結合タンパク質はキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）の一部であり、このＣＡＲは、抗原結合タンパク質を含む細胞外部分と、細胞内シグナル伝達ドメインとを備える。いくつかの実施形態において、抗原結合タンパク質はｓｃＦｖを含み、細胞内シグナル伝達ドメインは免疫受容体チロシンベースの活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）を含む。いくつかの実施形態において、細胞内シグナル伝達ドメインは、ＣＤ３−ζ（ＣＤ３）鎖のζ鎖のシグナル伝達ドメインを備える。
いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、更に、該細胞外ドメインと該細胞内シグナル伝達ドメインとを連結する膜貫通ドメインを備える。いくつかの実施形態では、膜貫通ドメインが、ＣＤ２８の膜貫通部分を備える。
いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、更に、Ｔ細胞共刺激分子の細胞内シグナル伝達ドメインを備える。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞共刺激分子が、ＣＤ２８、４−１ＢＢ、ＯＸ−４０、ＩＣＯＳ、またはそれらの任意の組み合わせである。
ＴＣＲまたはその抗原結合部分を備えるＡＢＰのいくつかの実施形態では、ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＡ＊０１：０１であって、且つＨＬＡ制限ペプチドが、配列ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹを含む。いくつかの実施形態では、ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＡ＊０１：０１であって、且つＨＬＡ制限ペプチドが、配列ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹからなる。いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、表１５から選択されるＴＣＲαＣＤＲ３配列を含む。いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、表１５から選択されるＴＣＲβＣＤＲ３配列を含む。いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、ＴＣＲクロノタイプＩＤ＃：１〜３４４のいずれか１つからのαＣＤＲ３及びβＣＤＲ３配列を含む。いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、ＴＣＲα可変（ＴＲＡＶ）アミノ酸配列、ＴＣＲα結合（ＴＲＡＪ）アミノ酸配列、ＴＣＲβ可変（ＴＲＢＶ）アミノ酸配列、ＴＣＲβ多様性（ＴＲＢＤ）アミノ酸配列、及びＴＣＲβ結合（ＴＲＢＪ）アミノ酸配列を含み、ＴＲＡＶ、ＴＲＡＪ、ＴＲＢＶ、ＴＲＢＤ、及びＴＲＢＪアミノ酸配列の各々は、ＴＣＲクロノタイプＩＤ＃：１〜３４４から選択されるＴＣＲクロノタイプのいずれか１つの該対応するＴＲＡＶ、ＴＲＡＪ、ＴＲＢＶ、ＴＲＢＤ、及びＴＲＢＪアミノ酸配列に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である。
いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、ＴＣＲα定常（ＴＲＡＣ）アミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、ＴＣＲβ定常（ＴＲＢＣ）アミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、表１６から選択されるαＶＪ配列に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するＴＣＲαＶＪ配列を含む。いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、表１６から選択されるβＶ（Ｄ）Ｊ配列に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するＴＣＲβＶ（Ｄ）Ｊ配列を含む。いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、ＴＣＲαＶＪアミノ酸配列とＴＣＲβＶ（Ｄ）Ｊアミノ酸配列とを含み、該ＴＣＲαＶＪ及びＴＣＲβＶ（Ｄ）Ｊアミノ酸配列の各々は、ＴＣＲクロノタイプＩＤ＃：１〜３４４から選択されるＴＣＲクロノタイプのいずれか１つの該対応するＴＣＲαＶＪ及びＴＣＲβＶ（Ｄ）Ｊアミノ酸配列に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一である。
ＴＣＲまたはその抗原結合部分を備えるＡＢＰのいくつかの実施形態では、ＨＬＡクラスＩ分子が、ＨＬＡサブタイプＡ＊０１：０１であって、且つＨＬＡ制限ペプチドが、配列ＨＳＥＶＧＬＰＶＹを含む。いくつかの実施形態では、ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＡ＊０１：０１であって、且つＨＬＡ制限ペプチドが、配列ＨＳＥＶＧＬＰＶＹからなる。
いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、表１８から選択されるＴＣＲαＣＤＲ３配列を含む。いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、表１８から選択されるＴＣＲβＣＤＲ３配列を含む。いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、ＴＣＲクロノタイプＩＤ＃：３４５〜４４７のいずれか１つからのαＣＤＲ３及びβＣＤＲ３配列を含む。いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、ＴＣＲα可変（ＴＲＡＶ）アミノ酸配列、ＴＣＲα結合（ＴＲＡＪ）アミノ酸配列、ＴＣＲβ可変（ＴＲＢＶ）アミノ酸配列、ＴＣＲβ多様性（ＴＲＢＤ）アミノ酸配列、及びＴＣＲβ結合（ＴＲＢＪ）アミノ酸配列を含み、ＴＲＡＶ、ＴＲＡＪ、ＴＲＢＶ、ＴＲＢＤ、及びＴＲＢＪアミノ酸配列の各々は、ＴＣＲクロノタイプＩＤ＃：３４５〜４４７から選択されるＴＣＲクロノタイプのいずれか１つの該対応するＴＲＡＶ、ＴＲＡＪ、ＴＲＢＶ、ＴＲＢＤ、及びＴＲＢＪアミノ酸配列に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である。いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、ＴＣＲα定常（ＴＲＡＣ）アミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、ＴＣＲβ定常（ＴＲＢＣ）アミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、表１９から選択されるαＶＪ配列に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するＴＣＲαＶＪ配列を含む。いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、表１９から選択されるβＶ（Ｄ）Ｊ配列に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するＴＣＲβＶ（Ｄ）Ｊ配列を含む。いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、ＴＣＲαＶＪアミノ酸配列とＴＣＲβＶ（Ｄ）Ｊアミノ酸配列とを含み、該ＴＣＲαＶＪ及びＴＣＲβＶ（Ｄ）Ｊアミノ酸配列の各々は、ＴＣＲクロノタイプＩＤ＃：３４５〜４４７から選択されるＴＣＲクロノタイプのいずれか１つの該対応するＴＣＲαＶＪ及びＴＣＲβＶ（Ｄ）Ｊアミノ酸配列に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一である。
また、単離されたＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的であって、該ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的が、ＨＬＡクラスＩ分子と複合体を形成したＨＬＡ制限ペプチドを含み、該ＨＬＡ制限ペプチドが、ＨＬＡクラスＩ分子のα１／α２ヘテロダイマー部分のペプチド結合溝に位置し、且つＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的が表Ａから選択されるものである、該単離されたＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的も、本明細書中に提供されている。
いくつかの実施形態では、ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＢ＊３５：０１であって、且つＨＬＡ制限ペプチドが、配列ＥＶＤＰＩＧＨＶＹを含み、ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＡ＊０２：０１であって、且つＨＬＡ制限ペプチドが、配列ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡを含むか、またはＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＡ＊０１：０１であって、且つＨＬＡ制限ペプチドが、配列ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹを含む。いくつかの実施形態では、ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＢ＊３５：０１であって、且つＨＬＡ制限ペプチドが、配列ＥＶＤＰＩＧＨＶＹからなるか、ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＡ＊０２：０１であって、且つＨＬＡ制限ペプチドが、配列ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡからなるか、またはＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＡ＊０１：０１であって、且つＨＬＡ制限ペプチドが、配列ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹからなる。
いくつかの実施形態では、ＨＬＡ制限ペプチドが約５〜１５アミノ酸長である。いくつかの実施形態では、ＨＬＡ制限ペプチドが約８〜１２アミノ酸長である。
いくつかの実施形態では、ＨＬＡサブタイプと該制限ペプチドとの会合によって、該ＨＬＡサブタイプの該β２マイクログロブリンサブユニットと該ＨＬＡサブタイプの該αサブユニットとの非共有結合的会合を安定化させる。いくつかの実施形態では、ＨＬＡサブタイプの該β２マイクログロブリンサブユニットと該ＨＬＡサブタイプの該αサブユニットとの安定化された会合が、該条件付きペプチド交換によって実証される。
いくつかの実施形態では、単離されたＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的が更に、親和性タグを含む。いくつかの実施形態では、親和性タグが、ビオチンタグである。いくつかの実施形態では、単離されたＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的が、検出可能な標識と複合体を形成している。いくつかの実施形態では、検出可能標識が、β２マイクログロブリン結合分子を含む。いくつかの実施形態では、β２マイクログロブリン結合分子が、標識抗体である。いくつかの実施形態では、標識抗体を、蛍光色素標識抗体としてる。
また、固体支持体に付着した本明細書に記載のＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的を含む組成物も、本明細書中に提供されている。いくつかの実施形態では、固体支持体が、ビーズ、ウェル、膜、チューブ、カラム、プレート、セファロース、磁気ビーズ、またはチップを含む。
いくつかの実施形態では、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的が、親和性結合対の第１のメンバーを含み、該固体支持体が、該親和性結合対の第２のメンバーを含む。いくつかの実施形態では、第１のメンバーがストレプトアビジンであり、該第２のメンバーがビオチンである。
また、表Ａに記載のＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的からのＨＬＡサブタイプの単離及び精製済みαサブユニットと、ＨＬＡサブタイプの単離及び精製済みβ２マイクログロブリンサブユニットと、表Ａに記載されている該ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的から単離され且つ精製された制限ペプチド、及び反応バッファーと、を含む反応混合物も、本明細書中に提供されている。
また、本明細書に記載の単離されたＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的と、ヒト対象から単離された複数のＴ細胞と、を含む反応混合物も、本明細書中に提供されている。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞がＣＤ８＋Ｔ細胞である。
また、本明細書中に提供されている単離されたポリヌクレオチドは、本明細書に記載のＨＬＡ制限ペプチドをコードする第１の核酸配列であってプロモーターに作動可能に連結されている該第１の核酸配列と、本明細書中に記載されているＨＬＡサブタイプをコードする第２の核酸配列とを含む。この単離されたポリヌクレオチドにおいて、該第２の核酸は、該第１の核酸配列と同じまたは異なる該プロモーターに作動可能に連結されており、且つ該コードされたペプチド及びコードされたＨＬＡサブタイプが、本明細書中に記載されているＨＬＡ／ペプチド複合体を形成している。
また、本明細書に記載の安定なＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的を発現するためのキットであって、本明細書に記載のＨＬＡ制限ペプチドをコードする第１の核酸配列を含む第１のコンストラクトであって該第１の核酸配列がプロモーターに作動可能に連結されている該第１のコンストラクトと、安定したＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ複合体を発現させる際に使用する説明書と、を備えるキットも、本明細書中に提供されている。いくつかの実施形態において、第１のコンストラクトは、本明細書中に定義されているＨＬＡサブタイプをコードする第２の核酸配列を更に含む。いくつかの実施形態では、第２の核酸配列が、同じまたは異なるプロモーターに作動可能に連結されている。いくつかの実施形態において、キットは、本明細書に記載のＨＬＡサブタイプをコードする第２の核酸配列を含む第２のコンストラクトを更に備える。いくつかの実施形態では、第１及び第２のコンストラクトの一方または両方が、レンチウイルスベクターコンストラクトである。
また、本明細書に記載の異種ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的を含む宿主細胞も、本明細書中に提供されている。また、表Ａ中の該標的のいずれか１つによって定義されているＨＬＡサブタイプを発現する宿主細胞も、本明細書中に提供されている。また、表Ａに記載のＨＬＡ制限ペプチドをコードするポリヌクレオチド、例えば、本明細書に記載のＨＬＡ制限ペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む宿主細胞も、本明細書中に提供されている。
いくつかの実施形態において、宿主細胞は、内因性ＭＨＣを含まない。いくつかの実施形態において、宿主細胞は、外因性ＨＬＡを含む。いくつかの実施形態において、宿主細胞は、Ｋ５６２またはＡ３７５細胞である。
いくつかの実施形態において、宿主細胞は、腫瘍細胞株由来の培養細胞である。いくつかの実施形態では、腫瘍細胞株が、表Ａ中の標的のいずれか１つによって定義されているＨＬＡサブタイプを発現する。いくつかの実施形態では、腫瘍細胞株が、表Ａ中の標的のいずれか１つによって定義されているＨＬＡサブタイプを発現する。例えば、表Ａの標的＃１に定義されているように、腫瘍細胞株はＡＢＣＢ５及びＨＬＡサブタイプＨＬＡ−Ｃ＊１６：０１遺伝子を発現し得る。いくつかの実施形態では、腫瘍細胞株が、腫瘍細胞株のデータベースまたはカタログから選択される。選択が、表Ａにリストされた標的のいずれかからの遺伝子標的の既知の発現に基づく場合もあれば、選択が、表Ａにリストされている標的のいずれかからのＨＬＡサブタイプの既知の発現に基づく場合もあれば、選択は、表Ａにリストされている標的のいずれかからの遺伝子標的及びＨＬＡサブタイプの既知の発現に基づく場合もある。腫瘍細胞株の１つの例示的なカタログには、例えば、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ）が含まれる。このＡＴＣＣは、ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ａｔｃｃ．ｏｒｇ／Ｐｒｏｄｕｃｔｓ／Ｃｅｌｌｓ＿ａｎｄ＿Ｍｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｓ／Ｂｙ＿Ｄｉｓｅａｓｅ＿＿Ｍｏｄｅｌ／Ｃａｎｃｅｒ／Ｔｕｍｏｒ＿Ｃｅｌｌ＿Ｐａｎｅｌｓ／Ｐａｎｅｌｓ＿ｂｙ＿Ｔｉｓｓｕｅ＿Ｔｙｐｅ．ａｓｐｘで入手可能である。ＨＬＡタイプ及びＨＬＡ発現に基づく腫瘍細胞株の別の例示的なカタログは、Ｂｏｅｇｅｌ，Ｓｅｂａｓｔｉａｎ ｅｔ ａｌ．“Ａ Ｃａｔａｌｏｇ ｏｆ ＨＬＡ Ｔｙｐｅ，ＨＬＡ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ，ａｎｄ Ｎｅｏ−Ｅｐｉｔｏｐｅ Ｃａｎｄｉｄａｔｅｓ ｉｎ Ｈｕｍａｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ Ｌｉｎｅｓ．” Ｏｎｃｏｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ３．８（２０１４）：ｅ９５４８９３．ＰＭＣ．Ｗｅｂ．８ Ｏｃｔ．２０１８に記載されており、この文献は、その全体が、本明細書において参照により援用されている。いくつかの実施形態では、腫瘍細胞株が、ＨＣＣ−１５９９、ＮＣＩ−Ｈ５１０Ａ、Ａ３７５、ＬＮ２２９、ＮＣＩ−Ｈ３５８、ＺＲ−７５−１、ＭＳ７５１、ＯＥ１９、ＭＯＲ、ＢＶ１７３、ＭＣＦ−７、ＮＣＩ−Ｈ８２、Ｃｏｌｏ８２９、及びＮＣＩ−Ｈ１４６からなる群から選択される。
また、本明細書中に定義されている宿主細胞と細胞培養培地とを含む細胞培養システムも、本明細書中に提供されている。いくつかの実施形態では、宿主細胞が、表Ａ中の該標的のいずれか１つによって定義されているＨＬＡサブタイプを発現し、且つ該細胞培養培地が、表Ａ中の該標的によって定義されている制限ペプチドを含む。いくつかの実施形態では、宿主細胞が、外因性ＨＬＡを含むＫ５６２細胞であり、該外因性ＨＬＡが、表Ａ中の該標的のいずれか１つによって定義されているＨＬＡサブタイプであり、且つ該細胞培養培地が、表Ａ中の該標的によって定義されている制限ペプチドを含む。
ＡＢＰのいくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質が、ＨＬＡクラスＩ分子との接触点を介して、及びＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的のＨＬＡ制限ペプチドとの接触点を介して、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的に結合する。ＡＢＰのいくつかの実施形態では、制限ペプチドもしくはＨＬＡサブタイプ上の該アミノ酸位置、または該接触点、またはＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的とＡＢＰとの結合に直接的もしくは間接的に影響を与える残基に対する、該ＡＢＰの結合が、位置走査、水素−重水素交換またはタンパク質結晶構造解析によって決定される。
いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、医薬として使用するためのものであり得る。いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、がん治療の用途に対応し得る。任意で、このがんは、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的を発現するかまたは発現すると予測される。いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、がん治療の用途に対応し得る。このがんは、固形腫瘍及び血液腫瘍から選択されるものである。
また、本明細書に記載のＡＢＰの、保存的に修飾された変異体であるＡＢＰも、本明細書中に提供されている。また、本明細書中に記載されている抗原結合タンパク質との結合について競合する抗原結合タンパク質（ＡＢＰ）も、本明細書において提供されている。また、本明細書中に記載されている抗原結合タンパク質が結合したのと同じＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥエピトープに結合する抗原結合タンパク質（ＡＢＰ）も、本明細書において提供されている。
また、受容体を発現する操作された細胞で、本明細書に記載の抗原結合タンパク質を含むものも、本明細書中に提供されている。いくつかの実施形態では、操作された細胞は、Ｔ細胞、任意で細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）である。操作をされた細胞のいくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質が、異種プロモーターから発現される。
また、本明細書に記載の抗原結合タンパク質またはその抗原結合部分をコードする、単離されたポリヌクレオチドまたは一連のポリヌクレオチドも、本明細書において提供されている。
また、本明細書中に記載されているＨＬＡ／ペプチド標的をコードする、単離されたポリヌクレオチドまたは一連のポリヌクレオチドも、本明細書において提供されている。
また、本明細書に記載のポリヌクレオチドまたは一連のポリヌクレオチドを含む、ベクターまたは一連のベクターも、本明細書中に提供されている。
また、本明細書に記載のポリヌクレオチドもしくは一連のポリヌクレオチドまたは本明細書に記載のベクターもしくは一連のベクターを含む宿主細胞であって、任意で該宿主細胞がＣＨＯもしくはＨＥＫ２９３であるか、または任意で該宿主細胞がＴ細胞である、該宿主細胞も、本明細書中に提供されている。
また、本明細書に記載の宿主細胞を用いて該抗原結合タンパク質を発現させることと該発現した抗原結合タンパク質を単離することとを含む方法も、本明細書中に提供されている。
また、本明細書に記載の抗原結合タンパク質と薬学的に許容される賦形剤とを含む医薬組成物も、本明細書中に提供されている。
また、対象におけるがんを治療する方法であって、有効量の先行する本明細書に記載の抗原結合タンパク質または本明細書に記載の医薬組成物を対象に投与することを含み、任意で、該がんが固形腫瘍及び血液腫瘍から選択される、該方法も、本明細書中に提供されている。いくつかの実施形態では、がんは、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的を発現するか、または発現すると予測されるものである。
また、本明細書に記載の抗原結合タンパク質または本明細書に記載の医薬組成物と、使用説明書と、を含むキットも、本明細書中に提供されている。
また、本明細書に記載の少なくとも１つのＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的と、アジュバントとを含む、組成物も、本明細書中に提供されている。
また、本明細書に記載の少なくとも１つのＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的と、薬学的に許容される賦形剤とを含む、組成物も、本明細書中に提供されている。
また、表Ａに開示されている少なくとも１つのＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的のポリペプチドを含むアミノ酸配列を含む組成物であって、任意で、該アミノ酸配列が、ポリペプチドから本質的になるかまたはポリペプチドからなる、該組成物も、本明細書中に提供されている。
また、本明細書に記載の単離されたポリヌクレオチドまたは一連のポリヌクレオチドを含むウイルスも、本明細書中に提供されている。いくつかの実施形態において、ウイルスは、繊維状ファージである。
また、本明細書に記載の単離されたポリヌクレオチドまたは一連のポリヌクレオチドを含む酵母細胞も、本明細書中に提供されている。
また、本明細書に記載の抗原結合タンパク質を同定するための方法も、本明細書中に提供されている。本方法は、表Ａにリストされている少なくとも１つのＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的を提供することと、該少なくとも１つの標的を該抗原結合タンパク質に結合させることとを含み、それによって該抗原結合タンパク質を同定する。
いくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質が、複数の個別の抗原結合タンパク質を含むファージディスプレイライブラリー内に存在する。いくつかの実施形態では、ファージディスプレイライブラリーが、該ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的の該ＨＬＡに対し非特異的に結合する抗原結合タンパク質を、実質的に含まない。
いくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質が、複数の個別のＴＣＲまたはその抗原結合断片を含むＴＣＲライブラリー内に存在する。
いくつかの実施形態では、該結合工程が、１回超、任意で少なくとも３回、実行される。
いくつかの実施形態において、本方法は、抗原結合タンパク質を該ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的とは異なる１つ以上のペプチド−ＨＬＡ複合体と接触させて、該抗原結合タンパク質が該ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的に選択的に結合するかどうかを決定することを更に含み、任意で、選択性が、該抗原結合タンパク質の可溶性標的ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ複合体への結合親和性を標的複合体とは異なる可溶性ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ複合体への結合親和性に対して測定することにより決定され、任意で、選択性が、該抗原結合タンパク質の１つ以上の細胞の表面で発現される標的ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ複合体への結合親和性を１つ以上の細胞の表面で発現される標的複合体とは異なるＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ複合体に対して測定することにより決定される。
また、本明細書中に記載されている抗原結合タンパク質を同定するための方法であって、表Ａにリストされている少なくとも１つのＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的を得ることと、任意で、アジュバントと組み合わせて、該ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的を対象に投与することと、該抗原結合タンパク質を該対象から単離することとを含む該方法も、本明細書中に提供されている。
いくつかの実施形態では、該抗原結合タンパク質を単離することが、該対象の該血清をスクリーニングして該抗原結合タンパク質を同定することを含む。
いくつかの実施形態において、本方法は、抗原結合タンパク質を該ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的とは異なる１つ以上のペプチド−ＨＬＡ複合体と接触させて、該抗原結合タンパク質が該ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的に選択的に結合するかどうかを決定することとを更に含み、任意で、選択性が、該抗原結合タンパク質の可溶性標的ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ複合体への結合親和性を標的複合体とは異なる可溶性ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ複合体への結合親和性に対して測定することにより決定され、任意で、選択性が、該抗原結合タンパク質の１つ以上の細胞の表面で発現される標的ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ複合体への結合親和性を１つ以上の細胞の表面で発現される標的複合体とは異なるＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ複合体に対して測定することにより決定される。
いくつかの実施形態では、対象はマウス、ウサギまたはラマである。
いくつかの実施形態では、該抗原結合タンパク質を単離することが、抗原結合タンパク質を発現する該対象からＢ細胞を単離することと、任意で、該単離されたＢ細胞から該抗原結合タンパク質をコードする配列を直接クローニングすることとを含む。いくつかの実施形態において、本方法は更に、Ｂ細胞を使用してハイブリドーマを作製することを含む。いくつかの実施形態において、本方法は更に、Ｂ細胞からＣＤＲをクローニングすることを含む。いくつかの実施形態において、本方法は更に、Ｂ細胞を、任意でエプスタインバーウイルス（ＥＢＶ）形質転換を介して、不死化することを含む。いくつかの実施形態において、本方法は更に、Ｂ細胞の該抗原結合タンパク質を含むライブラリーであって、任意でファージディスプレイまたは酵母ディスプレイである、該ライブラリーを作製することを更に含む。
いくつかの実施形態において、本方法は更に、抗原結合タンパク質をヒト化することを含む。
また、該抗原結合タンパク質を含む細胞を得ることと、該細胞を、表Ａにリストされている少なくとも１つのＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的を含むＨＬＡ多量体と接触させることと、該ＨＬＡ多量体と該抗原結合タンパク質の間の結合を介して該抗原結合タンパク質を同定することと、を含む、本明細書に記載の抗原結合タンパク質を同定するための方法も、本明細書中に提供されている。
また、本明細書に記載の抗原結合タンパク質を同定するための方法であって、抗原結合タンパク質を含む１つ以上の細胞を得ることと、天然または人工の抗原提示細胞（ＡＰＣ）に提示された、表Ａにリストされている少なくとも１つのＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的で、該１つ以上の細胞を活性化することと、表Ａにリストされている少なくとも１つのＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的との相互作用によって活性化された１つ以上の細胞の選択によって該抗原結合タンパク質を同定することと、を含む、該方法も、本明細書中に提供されている。いくつかの実施形態では、細胞を、Ｔ細胞、任意でＣＴＬとしている。いくつかの実施形態において、本方法は更に、細胞を、任意でフローサイトメトリー、磁気分離または単一細胞分離を使用して単離することを更に含む。いくつかの実施形態において、本方法は更に、抗原結合タンパク質を配列決定することを含む。
また、本明細書に記載の抗原結合タンパク質を同定するための方法も、本明細書において提供されている。本方法は、表Ａにリストされている少なくとも１つのＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的を提供することと、該標的を使用して該抗原結合タンパク質を同定することと、を含む。
下記説明及び添付の図面に関して、本発明のこれら及び他の特徴、態様、ならびに利点を、より良く理解されるであろう。
ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）クラスＩ分子の一般的な構造を示す。ｅｎ．ｗｉｋｉｐｅｄｉａ−Ｏｗｎ ｗｏｒｋ，ＣＣ ＢＹ ２．５，ｈｔｔｐｓ：／／ｃｏｍｍｏｎｓ．ｗｉｋｉｍｅｄｉａ．ｏｒｇ／ｗ／ｉｎｄｅｘ．ｐｈｐ？ｃｕｒｉｄ＝１８０５４２４上のユーザーａｔｒｏｐｏｓ２３５による 治療開発用のＴＣＲを発現系にクローニングするための、例示的な構築要素が描かれている。 ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的「Ｇ５」の標的及びミニプール陰性対照デザインを示す。 ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的「Ｇ８」及び「Ｇ１０」の標的及びミニプール陰性対照デザインを示す。 Ａ及びＢは、Ｇ５カウンタースクリーン「ミニプール」及びＧ５標的のＨＬＡ安定性結果を示す。 Ａ〜Ｅは、Ｇ５「完全」プールカウンタースクリーンペプチドのＨＬＡ安定性結果を示す。 Ａ及びＢは、カウンタースクリーンペプチド及びＧ８標的のＨＬＡ安定性結果を示す。 Ａ及びＢは、Ｇ１０カウンタースクリーン「ミニプール」及びＧ１０標的のＨＬＡ安定性結果を示す。 Ａ〜Ｄは、追加的なＧ８及びＧ１０「完全」プールカウンタースクリーンペプチドのＨＬＡ安定性結果を示す。 Ａ〜Ｃは、ファージ上清ＥＬＩＳＡの結果を示す。これは、Ｇ５−、Ｇ８及びＧ１０結合ファージの連続的なパニングラウンドによる、漸進的な富化を示唆している。 ｓｃＦｖ、Ｆａｂ、及びＩｇＧフォーマット用の基準及び意図された用途を含む、抗体選択プロセスを説明したフローチャートを示す。 Ａ、Ｂ及びＣは、ＦａｂクローンＧ５−Ｐ７Ａ０５からＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的Ｂ＊３５：０１−ＥＶＤＰＩＧＨＶＹに対する、ＦａｂクローンＲ３Ｇ８−Ｐ２Ｃ１０及びＧ８−Ｐ１Ｃ１１からＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的Ａ＊０２：０１−ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡに対し、及びＦａｂクローンＲ３Ｇ１０−Ｐ１Ｂ０７からＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的Ａ＊０１：０１−ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹに対し実施されたバイオレイヤーインターフェロメトリー（ＢＬＩ）の結果が描かれている。 位置走査実験の一般的な実験計画を示す。 Ａは、Ｇ５位置変異体−ＨＬＡの安定性結果を示す。Ｂは、ＦａｂクローンＧ５−Ｐ７Ａ０５のＧ５位置変異体−ＨＬＡに対する結合親和性を示す。 Ａは、Ｇ８位置変異体−ＨＬＡの安定性結果を示す。Ｂは、ＦａｂクローンＧ８−Ｐ２Ｃ１０のＧ８位置変異体−ＨＬＡに対する結合親和性を示す。 Ａは、Ｇ１０位置変異体−ＨＬＡの安定性結果を示す。Ｂは、ＦａｂクローンＧ１０−Ｐ１Ｂ０７のＧ１０位置変異体−ＨＬＡに対する結合親和性を示す。 Ａ、Ｂ及びＣは、フローサイトメトリーにより検出された、Ｇ５、Ｇ８またはＧ１０を提示するＫ５６２細胞のいずれかに対し結合する抗体の、代表的な例を示す。 Ａ〜Ｃは、生成された標的特異的抗体に対するＫ５６２細胞の結合の、ヒストグラムプロットを示す。 Ａ〜Ｃは、選択されたＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的のＨＬＡサブタイプ及び標的遺伝子を発現する腫瘍細胞株を用いた細胞結合アッセイの、ヒストグラムプロットを示す。 Ａ及びＢは、試験されたドナーからの標的特異的Ｔ細胞の数（Ａ）及び標的特異的な、ＴＣＲクロノタイプの数（Ｂ）を示す。 Ａは、連結させた摂動ビューを使用してＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的Ｇ８のＨＬＡ部分全体を対象として明視化された、ｓｃＦｖ Ｇ８−Ｐ１Ｈ０８の例示的なヒートマップを示す。Ｂは、結晶構造ＰＤＢ５ｂｓ０上にプロットされた、ｓｃＦｖ Ｇ８−Ｐ１Ｈ０８からのＨＤＸデータの例を示す。 Ａは、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的Ｇ８（ＨＬＡ−Ａ＊０２：０１＿ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡ）に対して試験された全てのＡＢＰのＨＬＡα１ヘリックス全域における、ヒートマップを示す。Ｂは、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的Ｇ８（ＨＬＡ−Ａ＊０２：０１＿ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡに対して試験された全てのＡＢＰのＨＬＡα２ヘリックス全域における、ヒートマップを示す。Ｃは、試験された全てのＡＢＰを対象とした制限ペプチドＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡ全域における結果のヒートマップを示す。 Ａは、連結させた摂動ビューを使用してＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的Ｇ１０のＨＬＡ部分全体を対象として明視化された、ｓｃＦｖ Ｒ３Ｇ１０−Ｐ２Ｇ１１の例示的なヒートマップを示す。Ｂは、結晶構造ＰＤＢ５ｂｓ０上にプロットされた、ｓｃＦｖ Ｒ３Ｇ１０−Ｐ２Ｇ１１からのＨＤＸデータの例を示す。 Ａは、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的Ｇ１０（ＨＬＡ−Ａ＊０１：０１＿ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹ）に対して試験された全てのＡＢＰのＨＬＡα１ヘリックス全域における、結果として得られたヒートマップを示す。Ｂは、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的Ｇ１０（ＨＬＡ−Ａ＊０１：０１＿ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹ）に対して試験された全てのＡＢＰのＨＬＡα２ヘリックス全域における、結果として得られたヒートマップを示す。Ｃは、試験された全てのＡＢＰを対象とした制限ペプチドＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹ全域における結果のヒートマップを示す。 ペプチドＥＶＤＰＩＧＨＶＹの例示的なスペクトルデータが描かれている。この図には、ペプチド断片化情報のほか、患者試料に関連する情報（例えばＨＬＡタイプ）が含まれている。 ペプチドＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡの例示的なスペクトルデータが描かれている。この図には、ペプチド断片化情報のほか、患者試料に関連する情報（例えばＨＬＡタイプ）が含まれている。 ペプチドＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹの例示的なスペクトルデータが描かれている。この図には、ペプチド断片化情報のほか、患者試料に関連する情報（例えばＨＬＡタイプ）が含まれている。 Ａ及びＢは、サイズ排除クロマトグラフィー画分（Ａ）及び還元条件下でのクロマトグラフィー画分のＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析（Ｂ）を描いたものである。 ＦａｂクローンＧ８−Ｐ１Ｃ１１及びＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的Ａ＊０２：０１＿ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡ（「Ｇ８」）を含む複合体の、例示的な結晶の顕微鏡写真が描かれている。 ＦａｂクローンＧ８−Ｐ１Ｃ１１のＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的Ａ＊０２：０１＿ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡ（「Ｇ８」）への結合によって形成された複合体の、全体的な構造が描かれている。 ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的Ａ＊０２：０１＿ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡ（「Ｇ８」）と複合体を形成したＦａｂクローンＧ８−Ｐ１Ｃ１１の結晶構造の精密化電子密度領域が描かれている。この描画領域は、制限ペプチドＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡに対応している。 ＨＬＡと制限ペプチドとの間の相互作用のＬｉｇＰｌｏｔが描かれている。この結晶構造は、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的Ａ＊０２：０１＿ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡ（「Ｇ８」）と複合体を形成したＦａｂクローンＧ８−Ｐ１Ｃ１１に対応している。 Ｆａｂ ＶＨ鎖及びＶＬ鎖と制限ペプチドとの間で相互作用している残基のプロットが描かれている。この結晶構造は、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的Ａ＊０２：０１＿ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡ（「Ｇ８」）と複合体を形成したＦａｂクローンＧ８−Ｐ１Ｃ１１に対応している。 制限ペプチドとＦａｂ鎖の間の相互作用のＬｉｇＰｌｏｔが描かれている。この結晶構造は、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的Ａ＊０２：０１＿ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡ（「Ｇ８」）と複合体を形成したＦａｂクローンＧ８−Ｐ１Ｃ１１に対応している。 Ｆａｂ ＶＨ鎖と及びＨＬＡとの間の相互作用のＬｉｇＰｌｏｔが描かれている。この結晶構造は、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的Ａ＊０２：０１＿ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡ（「Ｇ８」）と複合体を形成したＦａｂクローンＧ８−Ｐ１Ｃ１１に対応している。 Ｆａｂ ＶＬ鎖と及びＨＬＡとの間の相互作用のＬｉｇＰｌｏｔが描かれている。この結晶構造は、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的Ａ＊０２：０１＿ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡ（「Ｇ８」）と複合体を形成したＦａｂクローンＧ８−Ｐ１Ｃ１１に対応している。 ＨＬＡと制限ペプチドとの間の相互作用のピサ分析における界面の要約が描かれている。この結晶構造は、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的Ａ＊０２：０１＿ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡ（「Ｇ８」）と複合体を形成したＦａｂクローンＧ８−Ｐ１Ｃ１１に対応している。 ＨＬＡと制限ペプチドとの間の相互作用残基のピサ分析が描かれている。この結晶構造は、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的Ａ＊０２：０１＿ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡ（「Ｇ８」）と複合体を形成したＦａｂクローンＧ８−Ｐ１Ｃ１１に対応している。 Ｆａｂ ＶＨ鎖と制限ペプチドとの間で相互作用している残基の、ピサ分析が描かれている。この結晶構造は、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的Ａ＊０２：０１＿ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡ（「Ｇ８」）と複合体を形成したＦａｂクローンＧ８−Ｐ１Ｃ１１に対応している。 Ｆａｂ ＶＬ鎖と制限ペプチドとの間で相互作用している残基の、ピサ分析が描かれている。この結晶構造は、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的Ａ＊０２：０１＿ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡ（「Ｇ８」）と複合体を形成したＦａｂクローンＧ８−Ｐ１Ｃ１１に対応している。 Ｆａｂ ＶＨ鎖とＨＬＡとの間の相互作用のピサ分析における界面の要約が描かれている。この結晶構造は、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的Ａ＊０２：０１＿ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡ（「Ｇ８」）と複合体を形成したＦａｂクローンＧ８−Ｐ１Ｃ１１に対応している。 Ｆａｂ ＶＨ鎖とＨＬＡとの間で相互作用している残基の、ピサ分析が描かれている。この結晶構造は、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的Ａ＊０２：０１＿ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡ（「Ｇ８」）と複合体を形成したＦａｂクローンＧ８−Ｐ１Ｃ１１に対応している。 Ｆａｂ ＶＬ鎖とＨＬＡとの間の相互作用のピサ分析における界面の要約が描かれている。この結晶構造は、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的Ａ＊０２：０１＿ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡ（「Ｇ８」）と複合体を形成したＦａｂクローンＧ８−Ｐ１Ｃ１１に対応している。 Ｆａｂ ＶＬ鎖とＨＬＡとの間で相互作用している残基の、ピサ分析が描かれている。この結晶構造は、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的Ａ＊０２：０１＿ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡ（「Ｇ８」）と複合体を形成したＦａｂクローンＧ８−Ｐ１Ｃ１１に対応している。 Ａは、ｓｃＦｖクローンＧ８−Ｐ１Ｃ１１と共にインキュベートされたＧ８ ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ複合体のＨＬＡ部分の、例示的なヒートマップを描いたものである。統合された摂動ビューを使用して全体が明視化されている。Ｂは、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的Ａ＊０２：０１＿ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡ（「Ｇ８」）と複合体を形成しているＦａｂクローンＧ８−Ｐ１Ｃ１１の結晶構造上にプロットされた、ｓｃＦｖ Ｇ８−Ｐ１Ｃ１１からのＨＤＸデータの例が描かれている。 ＦａｂクローンＧ８−Ｐ１Ｃ１１のＧ８位置変異体−ＨＬＡに対する結合親和性が描かれている。 Ｇ８−Ｐ１Ｃ１１（すなわち、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的Ａ＊０２：０１＿ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡ（「Ｇ８」）に対し標的特異的な抗体）に結合するＫ５６２細胞の、ヒストグラムプロットを示す。
詳細な説明
別途定義されていない限り、本明細書で使用される全ての技術用語、表記法及び他の科学用語は、当業者に遍く理解されている意味を有することが意図されている。いくつかの事例において、遍く理解されている意味を有する用語が、明確にするために、及び／または参照容易性を期して、本明細書中に定義されている。そのような定義を本明細書中に含めることは、必ずしも、当該技術分野において遍く理解されている定義と相違することを表すものと解釈すべきではない。本明細書で説明または参照される技法及び手順は、概ねよく理解されており、当業者によって従来の方法論、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ ４ｔｈ ｅｄ．（２０１２）Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹに記載の繁用されている分子クローニング方法論を使用して遍くに採用されている。市販のキット及び試薬の使用を伴う手順は、別途注記のない限り、製造元が定義したプロトコール及び条件に従って適宜に遂行されるのが、一般的である。
本明細書において、文脈上別の意味を示すことが明白でない限り、単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」には、複数の指示対象が含まれる。「含む（ｉｎｃｌｕｄｅ）」、「のような（ｓｕｃｈ ａｓ）」及びそれらに類するものの用語は、特に明記されていない限り、制限なく包含を伝達することを意図としたものである。
本明細書において、「含む」という用語は詳細には、特に別段の指示がない限り、列挙された要素「からなる」及び「から本質的になる」実施形態も含む。例えば、「ダイアボディを含む」多重特異的ＡＢＰには、「ダイアボディからなる」多重特異的ＡＢＰと、「ダイアボディから本質的になる」多重特異的ＡＢＰとが、含まれる。
「約」という用語は、指示された値、ならびにその値を超える及びその値未満の値の範囲を、指示し且つ包含する。或る特定の実施形態において、「約」という用語は、指定された値±１０％、±５％、または±１％を指示する。或る特定の実施形態において、該当する場合、「約」という用語は、指定された値（複数可）±その値（複数可）の１つの標準偏差を指示する。
「免疫グロブリン」という用語は、１対の軽（Ｌ）鎖と１対の重（Ｈ）鎖の構造的に関連するタンパク質のクラスで、概ね２対のポリペプチド鎖を含むものを指す。「無傷の免疫グロブリン」において、これら４つの鎖はいずれも、ジスルフィド結合によって相互接続されている。免疫グロブリンの構造は、十分に特性評価されてきた。例えば、Ｐａｕｌ，Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ７ｔｈ ｅｄ．，Ｃｈ．５（２０１３）Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ Ｗｉｌｌｉａｍｓ＆Ｗｉｌｋｉｎｓ，Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，ＰＡを参照のこと。簡単に言うと、各重鎖は、典型的に、重鎖可変領域（ＶＨ）と重鎖定常領域（ＣＨ）とを含む。重鎖定常領域は、典型的に、ＣＨ１、ＣＨ２、及びＣＨ３と略される３つのドメインを備える。各軽鎖は、典型的に、軽鎖可変領域（ＶＬ）と軽鎖定常領域とを含む。軽鎖定常領域は、典型的に、ＣＬと略される１つのドメインを備える。
「抗原結合タンパク質」または「ＡＢＰ」という用語は、その最も広範な意味にて本明細書中に使用されており、抗原またはエピトープに対し特異的に結合する１つ以上の抗原結合ドメインを備える、或る特定のタイプの分子を含む。
いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、抗体を含む。いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、抗体からなる。いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、抗体から本質的になる。ＡＢＰには、完全な抗体（完全な免疫グロブリンなど）、抗体断片、ＡＢＰ断片、及び多重特異性抗体が含まれる。いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、代替足場を含む。いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、代替足場からなる。いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、代替足場から本質的になる。いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、抗体断片を含む。いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、抗体断片からなる。いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、本質的に抗体断片からなる。いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、ＴＣＲまたはその抗原結合部分を備える。いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、ＴＣＲまたはその抗原結合部分からなる。いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、本質的にＴＣＲまたはその抗原結合部分からなる。いくつかの実施形態では、ＣＡＲがＡＢＰを含む。「ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ ＡＢＰ」、「抗ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ ＡＢＰ」または「ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥに対し特異的なＡＢＰ」は、抗原ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥに対し特異的に結合する、本明細書中に提供されているようなＡＢＰである。ＡＢＰは、Ｂ細胞（例えば、抗体）またはＴ細胞（例えば、ＴＣＲ）に由来する可変領域のような可変領域を介して抗原またはエピトープに対し特異的に結合する１つ以上の抗原結合ドメインを備える、タンパク質を具備する。
本明細書において「抗体」という用語は、最も広範な意味で使用されており、ポリクローナル及びモノクローナル抗体を含む。例としては、無傷の抗体及び機能的（抗原結合）抗体断片、例えば、断片抗原結合（Ｆａｂ）断片、Ｆ（ａｂ’）２断片、Ｆａｂ’断片、Ｆｖ断片、組み換えＩｇＧ（ｒＩｇＧ）断片、抗原に対し特異的に結合できる可変重鎖（ＶＨ）領域、一本鎖抗体断片、一本鎖可変断片（ｓｃＦｖ）、ならびに単一ドメイン抗体（例えば、ｓｄＡｂ、ｓｄＦｖ、ナノボディ）断片が挙げられる。この用語には、遺伝子操作及び／またはその他の方法で修飾された免疫グロブリンの形態、例えば、イントラボディ、ペプチボディ、キメラ抗体、完全ヒト抗体、ヒト化抗体、及びヘテロコンジュゲート抗体、多重特異性、例えば、二重特異性、抗体、ダイアボディ、トリアボディ、及びテトラボディ（タンデムジ−ｓｃＦｖ、タンデムトリ−ｓｃＦｖ）が包含される。別途明記されていない限り、「抗体」という用語は、その機能的抗体断片を包含するものと理解すべきである。また、この用語には、無傷または全長抗体、例えば、ＩｇＧならびにそのサブクラスであるＩｇＭ、ＩｇＥ、ＩｇＡ及びＩｇＤをはじめとする、任意のクラスまたはサブクラスの抗体が包含される。
本明細書において、「可変領域」とは、組み換え事象から生する可変ヌクレオチド配列を指す。Ｂ細胞またはＴ細胞（例えば、活性化Ｔ細胞もしくは活性化Ｂ細胞）由来の免疫グロブリンまたはＴ細胞受容体（ＴＣＲ）配列のＶ、Ｊ及び／またはＤ領域を備え得る。
「抗原結合ドメイン」という用語は、抗原またはエピトープに対し特異的に結合する能力を有するＡＢＰの部分を意味する。ＡＢＰの抗体ＶＨ−ＶＬ二量体によって形成される抗原結合ドメインは、抗原結合ドメインの一例である。抗原結合ドメインのもう１つの例は、アドネクチンの第１０のフィブロネクチンＩＩＩ型ドメインからの或る特定のループの多様化によって形成される、抗原結合ドメインである。抗原結合ドメインは、重鎖からの抗体ＣＤＲ１、２及び３をこの順序で含む場合もあれば、軽鎖からの抗体ＣＤＲ１、２及び３をこの順序で含む場合もある。抗原結合ドメインは、ＴＣＲ ＣＤＲ（例えば、αＣＤＲ１、αＣＤＲ２、αＣＤＲ３、βＣＤＲ１、βＣＤＲ２、及びβＣＤＲ３）を含み得る。ＴＣＲ ＣＤＲは、本明細書中に記載されている。
抗体のＶＨ領域及びＶＬ領域は、超可変領域（別称：「超可変領域（ＨＶＲ）」；「相補性決定領域（ＣＤＲ）とも呼称される」）に更に細分化される場合があり、これらのＨＶＲには、高度に保存された領域が点在している。高度に保存された領域は、フレームワーク領域（ＦＲ）と呼称されている。各ＶＨ及びＶＬは、通常、３つの抗体ＣＤＲと４つのＦＲとを含む。これらの配置されている順序（Ｎ末端からＣ末端の順序）は、次の通り：ＦＲ１−ＣＤＲ１−ＦＲ２−ＣＤＲ２−ＦＲ３−ＣＤＲ３−ＦＲ４である。抗体のＣＤＲは抗原結合に関与しており、ＡＢＰの抗原特異性及び結合親和性に影響を与える。Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ ５ｔｈ ｅｄ．（１９９１）Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，ＭＤを参照のこと。この文献は、その全体が、参照により援用されている。
任意の脊椎動物種由来の軽鎖は、その定常ドメインの配列に基づき、カッパ（κ）及びラムダ（λ）と呼称される２つのタイプのうちのどちらか一方に対し割り当てられ得る。
任意の脊椎動物種由来の重鎖は、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ及びＩｇＭの５通りのクラス（またはアイソタイプ）のいずれか１つに対し割り当てられ得る。
これらのクラスは、それぞれα、δ、ε、γ及びμとも呼称される。ＩｇＧ及びＩｇＡクラスは、配列及び機能の違いに基づいて、サブクラスに更に分類される。ヒトにおいて発現するサブクラスは、次の通り：ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１、及びＩｇＡ２である。
抗体ＣＤＲのアミノ酸配列境界は、数多くある公知の番号付けスキームのいずれかを使用して、当業者により決定され得る。このスキームの編者としては、上記のＫａｂａｔ ｅｔ ａｌ．（「Ｋａｂａｔ」番号付けスキーム）；Ａｌ−Ｌａｚｉｋａｎｉ ｅｔ ａｌ．，１９９７，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２７３：９２７−９４８（「Ｃｈｏｔｈｉａ」番号付けスキーム）；ＭａｃＣａｌｌｕｍ ｅｔ ａｌ．，１９９６，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２６２：７３２−７４５（「Ｃｏｎｔａｃｔ」番号付けスキーム）；Ｌｅｆｒａｎｃ ｅｔ ａｌ．，Ｄｅｖ．Ｃｏｍｐ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，２００３，２７：５５−７７（「ＩＭＧＴ」番号付けスキーム）、及びＨｏｎｅｇｇｅ ａｎｄ Ｐｌｕｃｋｔｈｕｎ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２００１，３０９：６５７−７０（「ＡＨｏ」番号付けスキーム）が挙げられる。該文献の各々は、その全体が、参照により援用されている。
Ｋａｂａｔ及びＣｈｏｔｈｉａスキームによって同定された、抗体ＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２、ＣＤＲ−Ｌ３、ＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２、及びＣＤＲ−Ｈ３の位置は、表２０に提供されている。ＣＤＲ−Ｈ１の場合、ＫａｂａｔとＣｈｏｔｈｉａの両方の番号付けスキームを使用して、残基の番号付けが提供されている。
抗体ＣＤＲは、例えばＡＢＰ番号付けソフトウェアを使用して割り当てることが可能である。例えば、Ａｂｎｕｍの場合、本ソフトウェアが、ｗｗｗ．ｂｉｏｉｎｆ．ｏｒｇ．ｕｋ／ａｂｓ／ａｂｎｕｍ／で入手可能である。抗体ＣＤＲは、Ａｂｈｉｎａｎｄａｎ ａｎｄ Ｍａｒｔｉｎ，Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，２００８，４５：３８３２−３８３９，に記載されており、該文献は、その全体が参照により援用されている。
（表２０）ＣＤＲにおけるＫａｂａｔ及びＣｈｏｔｈｉａ番号付けスキームによる残基
Figure 2021508475
＊ＣＤＲ−Ｈ１のＣ末端は、Ｋａｂａｔ番号付け規則を使用して番号付けされている場合、ＣＤＲ長に応じてＨ３２とＨ３４との間で異なる。
「ＥＵ番号付けスキーム」は通例、ＡＢＰ重鎖定常領域の残基（例えば、上記のＫａｂａｔ ｅｔ ａｌ．に報告されているもの）を指す場合に使用される。別途明記されていない限り、ＥＵ番号付けスキームは、本明細書に記載のＡＢＰ重鎖定常領域の残基を指す場合に使用される。
「全長抗体」、「無傷抗体」、及び「全抗体」という用語は、本明細書において同義に使用されており、天然に存在する抗体構造と実質的に同様な構造を有する抗体で、Ｆｃ領域を備える重鎖を有する抗体を指す。例えば、「全長抗体」は、ＩｇＧ分子を指すために使用されている場合、２つの重鎖と２つの軽鎖とを含む抗体とされる。
ＴＣＲ ＣＤＲのアミノ酸配列境界は、数多くある公知の番号付けスキームのいずれかを使用して、当業者により決定され得る。これらの番号付けスキームとしては、限定されるものではないが、ＬｅＦｒａｎｃ，Ｍ．−Ｐ，Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｔｏｄａｙ．１９９７ Ｎｏｖ；１８（１１）：５０９；Ｌｅｆｒａｎｃ，Ｍ．−Ｐ．，”ＩＭＧＴ Ｌｏｃｕｓ ｏｎ Ｆｏｃｕｓ：Ａ ｎｅｗ ｓｅｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｅｔｉｃｓ”，Ｅｘｐ．Ｃｌｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｅｔ．，１５，１−７（１９９８）；Ｌｅｆｒａｎｃ ａｎｄ Ｌｅｆｒａｎｃ，Ｔｈｅ Ｔ Ｃｅｌｌ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ ＦａｃｔｓＢｏｏｋ；ａｎｄ Ｍ．−Ｐ．Ｌｅｆｒａｎｃ／Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔａｌ ａｎｄ Ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ２７（２００３）５５−７７に記載されているＩＭＧＴの一意の番号付けが挙げられる。該文献はいずれも、その全体が、参照により援用されている。
「ＡＢＰ断片」は、無傷のＡＢＰの抗原結合または可変領域のような、無傷のＡＢＰの一部を含む。ＡＢＰ断片としては、例えば、Ｆｖ断片、Ｆａｂ断片、Ｆ（ａｂ’）２断片、Ｆａｂ’断片、ｓｃＦｖ（ｓＦｖ）断片、及びｓｃＦｖ−Ｆｃ断片が挙げられる。ＡＢＰの断片には、抗体断片が包含される。抗体断片としては、Ｆｖ断片、Ｆａｂ断片、Ｆ（ａｂ’）２断片、Ｆａｂ’断片、ｓｃＦｖ（ｓＦｖ）断片、ｓｃＦｖ−Ｆｃ断片、及びＴＣＲ断片が挙げられる。
「Ｆｖ」断片には、１つの重鎖可変ドメインと１つの軽鎖可変ドメインとの非共有結合で連結された、二量体が含まれる。
「Ｆａｂ」断片は、重鎖及び軽鎖可変ドメインだけでなく、軽鎖の定常ドメイン及び重鎖の第１の定常ドメイン（ＣＨ１）も含む。Ｆａｂ断片は、例えば、組み換え法により生成される場合もあれば、または全長ＡＢＰのパパイン消化により生成される場合もある。
「Ｆ（ａｂ’）２」断片は、ヒンジ領域の近くで、ジスルフィド結合によって結合された２つのＦａｂ’断片が含まれている。「Ｆ（ａｂ’）２」は、例えば、組み換え法により生成される場合もあれば、または無傷のＡＢＰのペプシン消化により生成される場合もある。Ｆ（ａｂ’）断片は、例えば、β−メルカプトエタノールで処理することにより、解離させることが可能である。
「単鎖Ｆｖ」断片または「ｓＦｖ」断片または「ｓｃＦｖ」断片は、単一ポリペプチド鎖中にＶＨドメイン及びＶＬドメインを備える。ＶＨ及びＶＬは通常、ペプチドリンカーを介して連結される。出典：Ｐｌｕｃｋｔｈｕｎ Ａ．（１９９４）。リンカーとしては任意の好適なものを使用することができる。いくつかの実施形態では、リンカーを、（ＧＧＧＧＳ）ｎとし、いくつかの実施形態では、ｎ＝１、２、３、４、５、または６としている。出典：ＡＢＰｓ ｆｒｏｍ Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ．Ｉｎ Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇ Ｍ．＆ Ｍｏｏｒｅ Ｇ．Ｐ．（Ｅｄｓ．），Ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ ｏｆ ＭｏｎｏｃｌｏｎａｌＡＢＰｓ ｖｏｌ．１１３（ｐｐ．２６９−３１５）。Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ。該文献は、その全体が、参照により援用されている。
「ｓｃＦｖ−Ｆｃ」断片は、Ｆｃドメインに付着したｓｃＦｖを含む。例えば、Ｆｃドメインは、ｓｃＦｖのＣ末端に結合し得る。ｓｃＦｖ内での可変ドメインの配向（つまり、ＶＨ−ＶＬまたはＶＬ−ＶＨ）に応じて、ＶＨまたはＶＬの後にＦｃドメインが続くことがあり得る。Ｆｃドメインは、当該技術分野において公知の、または本明細書中に記載されている任意の好適なものを、使用することができる。いくつかの事例において、ＦｃドメインはＩｇＧ４ Ｆｃドメインを備える。
「単一ドメイン抗体」という用語は、ＡＢＰの或る可変ドメインが他の可変ドメインの介在なしに抗原に対して特異的に結合する、分子を指す。単一ドメインＡＢＰ、及びその断片については、Ａｒａｂｉ Ｇｈａｈｒｏｕｄｉ ｅｔ ａｌ．，ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔｅｒｓ，１９９８，４１４：５２１−５２６、及びＭｕｙｌｄｅｒｍａｎｓ ｅｔ ａｌ．，Ｔｒｅｎｄｓ ｉｎ Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．，２００１，２６：２３０−２４５に記載されている。該文献の各々は、その全体が、参照により援用されている。単一ドメインＡＢＰは、ｓｄＡｂｓまたはナノボディとしても公知である。
「Ｆｃ領域」または「Ｆｃ」という用語は、天然に存在する抗体において、Ｆｃ受容体及び補体系の特定のタンパク質と相互作用する免疫グロブリン重鎖の、Ｃ末端領域を意味する。様々な免疫グロブリンのＦｃ領域の構造、及びその構造内に含まれるグリコシル化部位は、当該技術分野において公知である。出典：Ｓｃｈｒｏｅｄｅｒ及びＣａｖａｃｉｎｉ，Ｊ．Ａｌｌｅｒｇｙ Ｃｌｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，２０１０，１２５：Ｓ４１−５２。該文献は、その全体が、参照により援用されている。Ｆｃ領域は、天然に存在するＦｃ領域とされる場合もあれば、あるいは当該技術分野または本開示における他の箇所に記載されているような修飾Ｆｃ領域とされる場合もある。
「代替足場」という用語は、１つ以上の領域が多様化して、抗原またはエピトープに対し特異的に結合する１つ以上の抗原結合ドメインを生成し得る、分子を指す。いくつかの実施形態において、抗原結合ドメインは、抗原またはエピトープに結合するドメインであり、その特異性及び親和性はＡＢＰと同等とされる。例示的な代替足場としては、フィブロネクチン（例えば、Ａｄｎｅｃｔｉｎｓ（商標））、β−サンドイッチ（例えば、ｉＭａｂ）、リポカリン（例えば、Ａｎｔｉｃａｌｉｎｓ（登録商標））、ＥＥＴＩ−ＩＩ／ＡＧＲＰ、ＢＰＴＩ／ＬＡＣＩ−Ｄ１／ＩＴＩ−Ｄ２（例えば、Ｋｕｎｉｔｚドメイン）、チオレドキシンペプチドアプタマー、プロテインＡ（例えば、Ａｆｆｉｂｏｄｙ（登録商標））、アンキリンリピート（例えば、ＤＡＲＰｉｎｓ）、γ−Ｂ−クリスタリン／ユビキチン（例えば、Ａｆｆｉｌｉｎｓ）、ＣＴＬＤ３（例えば、テトラネクチン）、Ｆｙｎｏｍｅｒｓ、及び（ＬＤＬＲ−Ａモジュール）（例えば、Ａｖｉｍｅｒｓ）から誘導されたものが挙げられる。代替足場の追加的な情報については、Ｂｉｎｚ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，２００５ ２３：１２５７−１２６８；Ｓｋｅｒｒａ，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎ．ｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈ．，２００７ １８：２９５−３０４、及びＳｉｌａｃｃｉ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２０１４，２８９：１４３９２−１４３９８に提供されており、該文献の各々は、その全体が、参照により援用されている。代替足場は、ＡＢＰの一種である。
「多重特異性ＡＢＰ」とは、２つ以上の異なる抗原結合ドメインを備えるＡＢＰで、集合的に２つ以上の異なるエピトープに対し特異的に結合するものを言う。２つ以上の異なるエピトープは、同じ抗原上のエピトープ（例えば、細胞によって発現される単一のＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ分子）、あるいは、異なる抗原上のエピトープ（例えば、同じ細胞によって発現される異なるＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ分子、またはＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ分子及び非ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ分子）であり得る。いくつかの態様において、多特異性ＡＢＰは２つの異なるエピトープに結合する（すなわち、「二重特異性ＡＢＰ」である）。いくつかの態様において、多特異性ＡＢＰは３つの異なるエピトープに結合する（すなわち、「三重特異性ＡＢＰ」である）。
「単一特異性ＡＢＰ」とは、単一エピトープに対し特異的に結合する１つ以上の結合部位を備える、ＡＢＰである。単一特異性ＡＢＰの例は、二価でありながらも（すなわち、２つの抗原結合ドメインを有しながらも）、２つ各抗原結合ドメインの各々にある同じエピトープを認識する、天然に存在するＩｇＧ分子である。結合特異性は、任意の好適な原子価内に存在し得る。
「モノクローナル抗体」という用語は、実質的に均一な抗体の集団からの抗体を指す。実質的に均一な抗体の集団は、実質的に類似し、同じエピトープ（複数可）に結合する抗体を含み、ただし、モノクローナル抗体の産生中に通常生じる可能性のある変異体を除く。そのような変異体は、一般に少量でのみ存在する。モノクローナル抗体は、典型的に、複数の抗体から単一の抗体を選択することを含むプロセスによって得られる。例えば、選択プロセスは、ハイブリドーマクローン、ファージクローン、酵母クローン、細菌クローン、または他の組み換えＤＮＡクローンのプールなど、複数のクローンからの一意なクローンを選択することであり得る。選択された抗体を更に変更して、例えば、標的に対する親和性を改善し（「親和性成熟」）、抗体をヒト化し、細胞培養におけるその産生を改善し、及び／または対象におけるその免疫原性を低下させることも可能である。
「キメラ抗体」という用語は、重鎖及び／または軽鎖の一部が特定の供給源または種に由来し、重鎖及び／または軽鎖の残部が異なる供給源または種に由来する、抗体を指す。
非ヒト抗体の「ヒト化」形態は、非ヒト抗体に由来する最小限の配列を含む、キメラ抗体である。ヒト化抗体とは一般に、１つ以上のＣＤＲからの残基が非ヒト抗体（ドナー抗体）の１つ以上のＣＤＲからの残基で置き換えられる、ヒト抗体（レシピエント抗体）である。ドナー抗体は、任意の好適な非ヒト抗体、例えば、マウス、ラット、ウサギ、ニワトリ、または所望の特異性、親和性もしくは生物学的効果を有する非ヒト霊長類抗体であり得る。いくつかの実例において、レシピエント抗体の選択されたフレームワーク領域残基は、ドナー抗体からの対応するフレームワーク領域残基で置換される。また、レシピエント抗体またはドナー抗体のいずれにおいても見られない残基を、ヒト化抗体に含めることも可能である。そのような修飾が、抗体機能を更に洗練させることを目的に施される場合がある。更なる詳細については、Ｊｏｎｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，１９８６，３２１：５２２−５２５；Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，１９８８，３３２：３２３−３２９、及びＰｒｅｓｔａ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．，１９９２，２：５９３−５９６を参照のこと。該文献の各々は、その全体が、参照により援用されている。
「ヒト抗体」とは、ヒトまたはヒト細胞によって産生される抗体のアミノ酸配列に対応するアミノ酸配列を有するものであるか、あるいは、ヒト抗体レパートリーまたはヒト抗体をコードする配列を利用する非ヒト供給源に由来するもの（例えば、ヒト供給源から得られたかまたは新規にデザインされたもの）である。ヒト抗体とは、特にヒト化抗体を除外したものを言う。
「親和性」とは、分子（例えば、ＡＢＰ）の単一結合部位とその結合パートナー（例えば、抗原またはエピトープ）との間の非共有相互作用の合算の強さを指す。別途明記されていない限り、本明細書中に用いられている「親和性」とは、結合対のメンバー（例えば、ＡＢＰと抗原またはエピトープ）どうしの間での１：１の相互作用が反映された、生来的な結合親和性を指す。分子ＸのパートナーＹに対する親和性は、解離平衡定数（ＫＤ）で表すことが可能である。解離平衡定数に寄与する速度論的成分については、以下に詳述されている。親和性は、当該技術分野において公知の一般的な方法によって測定することが可能である。例えば、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）テクノロジー（ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）など）またはバイオレイヤーインターフェロメトリー（ＦＯＲＴＥＢＩＯ（登録商標）など）のような、本明細書に記載の方法が挙げられる。
「結合する」、「特異的結合」、「特異的に結合する」、「特異的に結合する」、「選択的に結合する」及び「選択的に結合する」という用語は、ＡＢＰから標的分子への結合という点で、特定の抗原（例えば、ポリペプチド標的）または特定の抗原上のエピトープが、非特異的または非選択的な相互作用（例えば、非標的分子との相互作用）とはかなり異なる結合を意味する。特異的結合の測定は、例えば、標的分子への結合を測定し、これを非標的分子に対する結合と比較することにより、行うことが可能である。また、特異的結合は、標的分子に認識されたエピトープを模倣する対照分子との競合によっても、判別することが可能である。その事例において、ＡＢＰの標的分子に対する結合が対照分子により競合的に阻害される場合、特異的結合が示唆される。いくつかの態様において、非標的分子に対するＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ ＡＢＰの親和性は、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥに対する親和性の約５０％未満とされる。いくつかの態様において、非標的分子に対するＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ ＡＢＰの親和性は、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥに対する親和性の約４０％未満とされる。いくつかの態様において、非標的分子に対するＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ ＡＢＰの親和性は、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥに対する親和性の約３０％未満とされる。いくつかの態様において、非標的分子に対するＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ ＡＢＰの親和性は、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥに対する親和性の約２０％未満とされる。いくつかの態様において、非標的分子に対するＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ ＡＢＰの親和性は、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥに対する親和性の約１０％未満とされる。いくつかの態様において、非標的分子に対するＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ ＡＢＰの親和性は、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥに対する親和性の約１％未満とされる。いくつかの態様において、非標的分子に対するＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ ＡＢＰの親和性は、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥに対する親和性の約０．１％未満とされる。
本明細書中に用いられている「ｋｄ」（ｓｅｃ−１）という用語は、特定のＡＢＰ−抗原相互作用の解離速度定数を指す。この値は、ｋｏｆｆ値とも呼称される。
本明細書中に用いられている「ｋａ」（Ｍ−１×ｓｅｃ−１）という用語は、特定のＡＢＰ−抗原相互作用の結合速度定数を指す。この値は、ｋｏｎ値とも呼称される。
本明細書中に用いられている「ＫＤ」（Ｍ）という用語は、特定のＡＢＰ−抗原相互作用の解離平衡定数を指す。ＫＤ＝ｋｄ／ｋａ。いくつかの実施形態では、ＫＤが、そのようなＡＢＰとその抗原との間の相互作用に対応しているという観点から、ＡＢＰの親和性が説明される。明確にするために、当該技術分野において公知であるように、ＫＤ値が小さいほど親和性相互作用が高いことを示し、ＫＤ値が大きいほど親和性相互作用が低いことを示す。
本明細書中に用いられている「ＫＡ」（Ｍ−１）という用語は、特定のＡＢＰ−抗原相互作用の結合平衡定数を指す。ＫＡ＝ｋａ／ｋｄ。
「免疫複合体」は、１つ以上の異種分子（複数可）、例えば、治療剤（サイトカインなど）または診断剤に接合された、ＡＢＰである。
「Ｆｃエフェクター機能」とは、Ｆｃ領域を有するＡＢＰのＦｃ領域によって媒介される生物学的活性を指す。これらの活性はアイソタイプに応じて異なる場がある。ＡＢＰエフェクター機能の例としては、補体依存性細胞毒性（ＣＤＣ）を活性化するためのＣ１ｑ結合、ＡＢＰ依存性細胞毒性（ＡＤＣＣ）を活性化するためのＦｃ受容体結合、及びＡＢＰ依存性細胞貪食（ＡＤＣＰ）が挙げられる。
「〜と競合する」または「〜と競合する」という用語が、本明細書で２つ以上のＡＢＰの文脈で使用される場合、２つ以上のＡＢＰが抗原（例えば、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ）に対する結合について競合することを示す。或る例示的なアッセイでは、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥを表面に被着させ、第１のＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ ＡＢＰと接触させてから、第２のＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ ＡＢＰを添加する。別の例示的なアッセイでは、第１のＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ ＡＢＰを表面に被着させ、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥと接触させてから、第２のＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ ＡＢＰを添加する。いずれかのアッセイにおいて、第１のＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ ＡＢＰの存在が第２のＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ ＡＢＰの結合を低減させる場合、ＡＢＰどうしが互いに競合している。「〜と競合する」という用語は、あるＡＢＰが別のＡＢＰの結合を低減するＡＢＰの組み合わせで、ただしＡＢＰを逆の順序で添加したときに競合が観察されない、ＡＢＰの組み合わせも包含する。一方、いくつかの実施形態において、第１及び第２のＡＢＰは、両ＡＢＰの添加された順序には関係なしに、互いの結合を阻害し合う。いくつかの実施形態では、或るＡＢＰが、別のＡＢＰのその抗原に対する結合を、少なくとも２５％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％低減させる。競合アッセイで使用されるＡＢＰの濃度は、当業者は、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥに対するＡＢＰの親和性及びＡＢＰの価数に基づいて選択することができる。この定義に記載されているアッセイは例証であって、当業者は、任意の好適なアッセイを利用して、ＡＢＰが互いに競合するかどうかを決定することができる。好適なアッセイは、例えば、Ｃｏｘ ｅｔ ａｌ．，“Ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙ Ｍｅｔｈｏｄｓ，” ｉｎ Ａｓｓａｙ Ｇｕｉｄａｎｃｅ Ｍａｎｕａｌ ［Ｉｎｔｅｒｎｅｔ］，Ｕｐｄａｔｅｄ Ｄｅｃｅｍｂｅｒ ２４，２０１４（ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｂｏｏｋｓ／ＮＢＫ９２４３４／；ａｃｃｅｓｓｅｄ Ｓｅｐｔｅｍｂｅｒ ２９，２０１５）；Ｓｉｌｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｃｙｔｏｍｅｔｒｙ，２００１，４４：３０−３７、及びＦｉｎｃｏ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｐｈａｒｍ．Ｂｉｏｍｅｄ．Ａｎａｌ．，２０１１，５４：３５１−３５８に記載されており、該文献の各々は、その全体が、参照により援用されている。
「エピトープ」という用語は、ＡＢＰに対し特異的に結合する抗原の一部を意味する。エピトープは、多くの場合、表面にアクセス可能なアミノ酸残基及び／または糖側鎖からなり、特定の三次元構造特性及び特定の電荷特性を有し得る。その点で、高次構造及び非高次構造のエピトープの区別は、前者の高次構造エピトープ（すなわち後者の非高次構造エピトープでない）に対する結合が、変性溶媒の存在下では消失する可能性があるという点で、区別される。エピトープは、結合に直接的に関与するアミノ酸残基、及び結合に直接的に的に関与しない他のアミノ酸残基を含み得る。ＡＢＰの結合先となるエピトープは、エピトープ決定のための公知の技術（例えば、異なる点変異を有するＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ変異体、またはキメラＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ変異体に対するＡＢＰ結合試験）を使用して決定することが可能である。
ポリペプチド配列と参照配列との間のパーセントの「同一性」は、最大の配列同一性パーセントを達成するために配列を整列させ、必要に応じてギャップを導入した後、参照配列のアミノ酸残基と同一であるポリペプチド配列のアミノ酸残基のパーセンテージとして定義される。アミノ酸配列同一性割合（％）を決定するためのアラインメントは、例えば、ＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ−２、ＡＬＩＧＮ、ＭＥＧＡＬＩＧＮ（ＤＮＡＳＴＡＲ）、ＣＬＵＳＴＡＬＷ、ＣＬＵＳＴＡＬ ＯＭＥＧＡ、またはＭＵＳＣＬＥソフトウェアなどの公的に入手可能なコンピューターソフトウェアを使用するといったような、当業者の範囲内である様々な方法で達成することができる。配列を整列させるための適切なパラメーター（例えば、比較される配列の全長にわたって最大のアラインメントを達成するために必要な任意のアルゴリズム）は、当業者であれば決定することができる。
「保存的置換」または「保存的アミノ酸置換」とは、化学的または機能的に類似したアミノ酸によるアミノ酸置換を指す。類似するアミノ酸を提供する保存的置換表は、当該技術分野において周知である。例として表２１〜２３に提供されるアミノ酸グループは、いくつかの実施形態において互いの保存的置換と見なされる。
（表２１）或る特定の実施形態において、互いの保存的置換と見なされる選択されたアミノ酸グループ
Figure 2021508475
（表２２）或る特定の実施形態において、互いの保存的置換と見なされる、追加的なアミノ酸グループ
Figure 2021508475
（表２３）或る特定の実施形態において、互いの保存的置換と見なされる、更に選択されたアミノ酸グループ
Figure 2021508475
更なる保存的置換は、例えば、Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ，Ｐｒｏｔｅｉｎｓ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ及びＭｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ ２ｎｄ ｅｄ．（１９９３）Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ ＆ Ｃｏ．，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，ＮＹに見出すことができる。親ＡＢＰのアミノ酸残基の１つ以上の保存的置換を行うことによって生成されるＡＢＰは、「保存的に修飾された変異体」と呼称される。
「アミノ酸」という用語は、天然に存在する一般的な２０種のアミノ酸を指す。天然アミノ酸には、アラニン（Ａｌａ；Ａ）、アルギニン（Ａｒｇ；Ｒ）、アスパラギン（Ａｓｎ；Ｎ）、アスパラギン酸（Ａｓｐ；Ｄ）、システイン（Ｃｙｓ；Ｃ）；グルタミン酸（Ｇｌｕ；Ｅ）、グルタミン（Ｇｌｎ；Ｑ）、グリシン（Ｇｌｙ；Ｇ）；ヒスチジン（Ｈｉｓ；Ｈ）、イソロイシン（Ｉｌｅ；Ｉ）、ロイシン（Ｌｅｕ；Ｌ）、リジン（Ｌｙｓ；Ｋ）、メチオニン（Ｍｅｔ；Ｍ）、フェニルアラニン（Ｐｈｅ；Ｆ）、プロリン（Ｐｒｏ；Ｐ）、セリン（Ｓｅｒ；Ｓ）、スレオニン（Ｔｈｒ；Ｔ）、トリプトファン（Ｔｒｐ；Ｗ）、チロシン（Ｔｙｒ；Ｙ）、及びバリン（Ｖａｌ；Ｖ）が包含される。
本明細書中に用いられている「ベクター」という用語は、連結されている別の核酸を増殖させる能力を有する核酸分子を指す。この用語には、自己複製核酸構造としてのベクター、ならびにそのベクターが導入されている宿主細胞のゲノムに組み込まれたベクターが包含される。或る特定のベクターは、該ベクターに対し作動可能に連結されている核酸を発現させるよう、指示する能力を有する。そのようなベクターは、本明細書で「発現ベクター」と呼称されている。
「宿主細胞」、「宿主細胞株」及び「宿主細胞培養物」という用語は同義に使用されており、外因性核酸が導入された細胞、及びそのような細胞の子孫を指す。宿主細胞には、「形質転換体」（または「形質転換細胞」）及び「形質転換体」（または「形質移入細胞」）が包含され、これらにはそれぞれ、一次形質転換または形質移入細胞及びそれらに由来する子孫が包含される。このような子孫は、核酸含有量が親細胞と必ずしも完全に同一であるとは限らず、変異を伴う可能性がある
「治療する」という用語（及び「治療する」または「治療」などのその変形）は、それを必要とする対象における疾患もしくは病態の自然な経過を変えようと試みた際の、臨床的介入を指す。治療は、予防目的、及び臨床病理の経過中、の両方において実施される場合がある。治療による望ましい効果としては、疾患の発生または再発の防止、症状の緩和、疾患の直接的または間接的な病理学的影響の軽減、転移の防止、疾患の進行率の低下、疾患状態の改善または緩和、及び寛解または予後の改善が挙げられる。
本明細書において、「治療有効量」または「有効量」という用語は、対象に投与したときに疾患または障害を治療するのに有効とされる、本明細書中に提供されているＡＢＰまたは医薬組成物の量を指す。
本明細書において、「対象」という用語は、哺乳動物の対象を意味する。例示的な対象としては、ヒト、サル、イヌ、ネコ、マウス、ラット、ウシ、ウマ、ラクダ、ヤギ、ウサギ、及びヒツジが挙げられる。或る特定の実施形態において、対象はヒトである。いくつかの実施形態において、対象の疾患または病態は、本明細書中に提供されているＡＢＰで治療することが可能である。いくつかの態様において、疾患または病態は、がんである。いくつかの態様において、疾患または病態は、ウイルス感染である。
「添付文書」という用語は、治療薬または診断薬の市販パッケージ（キットなど）に通常含まれている使用説明書を指すために使用されており、そのような治療または診断製品の使用に関する指示、利用能、投与量、管理、併用療法、禁忌及び／または警告に関する情報を含む。
「腫瘍」という用語は、悪性または良性にかかわらず、全ての腫瘍性細胞の成長及び増殖、ならびに全ての前がん性及びがん性の細胞及び組織を指す。「がん」、「がん性」、「細胞増殖性障害」、「増殖性障害」及び「腫瘍」という用語は、本明細書で言及されている場合、相互に排他的ではない。「細胞増殖性障害」及び「増殖性障害」という用語は、或る程度の異常な細胞増殖に関連する障害を指す。いくつかの実施形態において、細胞増殖性疾患は、がんである。いくつかの態様において、腫瘍は固形腫瘍である。いくつかの態様において、腫瘍は血液悪性腫瘍である。
「医薬組成物」という用語は、その中に含有されている有効成分の生物活性を対象を治療するのに有効にし得るような形態であって、且つ医薬組成物で提供されている量では対象に対し許容できないほど毒性である追加成分を含有しないものを指す。
「調節する」及び「調節」という用語は、列挙された変数を低減または阻害するか、代替的に、活性化または増加することを指す。
「増加」及び「活性化」という用語は、列挙された変数において１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍またはそれを超える増分を指す。
「低減させる」及び「阻害する」という用語は、列挙された変数において１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、で２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍またはそれを超える減分を指す。
「刺激する」という用語は、受容体シグナル伝達を活性化して、受容体の活性化に関連する生物学的応答を誘導することを指す。「アゴニスト」とは、受容体に結合して刺激する実体である。
「拮抗する」という用語は、受容体シグナル伝達の阻害によって、受容体の活性化に関連する生物学的応答を阻害することを指す。「アンタゴニスト」とは、受容体に結合して拮抗する実体である。
「核酸」及び「ポリヌクレオチド」という用語は、本明細書で同義に使用される場合があり、任意の長さのヌクレオチドの多量体型、デオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチドのいずれかまたはその類似体を指す。ポリヌクレオチドとしては、限定されるものではないが、遺伝子または遺伝子断片のコード領域または非コード領域、連鎖解析から定義された遺伝子座（遺伝子座）、エクソン、イントロン、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、ｃＤＮＡ、組み換えポリヌクレオチド、分岐ポリヌクレオチド、プラスミド、ベクター、単離ＤＮＡ、単離ＲＮＡ、核酸プローブ、及びプライマーを挙げることができる。ポリヌクレオチドは、メチル化ヌクレオチド及びヌクレオチド類似体のような、修飾ヌクレオチドを含み得る。例示的な修飾ヌクレオチドとしては、例えば、５−フルオロウラシル、５−ブロモウラシル、５−クロロウラシル、５−ヨードウラシル、ヒポキサンチン、キサンチン、４−アセチルシトシン、５−（カルボキシヒドロキシメチル）ウラシル、５−カルボキシメチルアミノメチル−２−チオウリジン、５−カルボキシメチルアミノメチルウラシル、ジヒドロウラシル、β−Ｄ−ガラクトシルケオシン、イノシン、Ｎ６−イソペンテニルアデニン、１−メチルグアニン、１−メチルイノシン、２，２−ジメチルグアニン、２−メチルアデニン、２−メチルグアニン、３−メチルシトシン、５−メチルシトシン、Ｎ６−置換アデニン、７−メチルグアニン、５−メチルアミノメチルウラシル、５−メトキシアミノメチル−２−チオウラシル、β−Ｄ−マンノシルケオシン、５’−メトキシカルボキシメチルウラシル、５−メトキシウラシル、２−メチルチオＮ６−イソペンテニルアデニン、ウラシル−５−オキシ酢酸（ｖ）、ワイブトキソシン、プソイドウラシル、クオシン、２−チオシトシン、５−メチル−２−チオウラシル、２−チオウラシル、４−チオウラシル、５−メチルウラシル、ウラシル−５−オキシ酢酸メチルエステル、３−（３−アミノ−３−Ｎ−２−カルボキシプロピル）ウラシル、及び２，６−ジアミノプリンが挙げられる。
単離されたＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的
主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）は、連結された遺伝子座のグループによってコードされた抗原の複合体である。これら抗原は、マウスではＨ−２、ヒトではＨＬＡと総称される。ＭＨＣ抗原の２つの主要なクラスであるクラスＩとクラスＩＩはそれぞれ、組織のタイプと移植の適合性を決定する役割を果たす、一連の細胞表面糖タンパク質を含む。移植反応では、細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）は主にクラスＩ糖タンパク質に反応し、ヘルパーＴ細胞は主にクラスＩＩ糖タンパク質に反応する。
ヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子（本明細書においてＨＬＡクラスＩ分子と互換的に呼ばれている）は、ほぼ全ての細胞の表面上に発現している。これらの分子は、α−βＴ細胞受容体との相互作用を介して、そのほとんどが内因性合成タンパク質に由来するペプチドを、例えばＣＤ８＋Ｔ細胞に提示する際に機能する。クラスＩ ＭＨＣ分子は、１２ｋＤａの軽鎖β２マイクログロブリンと非共有結合的に会合した４６ｋＤａのα鎖で構成されるヘテロ二量体を含む。α鎖は一般に、α１及びα２ドメインを備え、これらのドメインは、ＨＬＡ制限ペプチドを提示するための溝、及びＴ細胞のＣＤ８共受容体と相互作用するα３原形質膜貫通ドメインを形成している。図１（従来技術）には、クラスＩ ＨＬＡ分子の一般的な構造が描かれている。一部のＴＣＲは、ＣＤ８コレセプターとは無関係にＭＨＣクラスＩに結合できる（出典：例えば、Ｋｅｒｒｙ ＳＥ，Ｂｕｓｌｅｐｐ Ｊ，Ｃｒａｍｅｒ ＬＡ，ｅｔ ａｌ．Ｉｎｔｅｒｐｌａｙ ｂｅｔｗｅｅｎ ＴＣＲ Ａｆｆｉｎｉｔｙ ａｎｄ Ｎｅｃｅｓｓｉｔｙ ｏｆ Ｃｏｒｅｃｅｐｔｏｒ Ｌｉｇａｔｉｏｎ：Ｈｉｇｈ−Ａｆｆｉｎｉｔｙ Ｐｅｐｔｉｄｅ−ＭＨＣ／ＴＣＲ Ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ Ｏｖｅｒｃｏｍｅｓ Ｌａｃｋ ｏｆ ＣＤ８ Ｅｎｇａｇｅｍｅｎｔ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ，Ｍｄ：１９５０）。２００３；１７１（９）：４４９３−４５０３）。
クラスＩ ＭＨＣ制限ペプチド（本明細書中で、互換的にＨＬＡ制限抗原、ＨＬＡ制限ペプチド、ＭＨＣ制限抗原、制限ペプチド、またはペプチドとも呼称される）は一般的に、ＭＨＣ分子の対応する結合ポケットと相互作用する約２つまたは３つのアンカー残基を介して重鎖α１−α２溝に結合する。β−２マイクログロブリン鎖は、ＭＨＣクラスＩの細胞内輸送、ペプチド結合、構造安定性に重要な役割を果たしている。ほとんどのクラスＩ分子では、ＭＨＣクラスＩ重鎖、ペプチド（自己、非自己、及び／または抗原性）とβ２マイクログロブリンのヘテロ三量体複合体の形成によって、タンパク質が成熟し細胞表面に輸送される。
所与のＨＬＡサブタイプのＨＬＡ制限ペプチドへの結合により、例えばＴ細胞上のＴＣＲまたは抗体もしくはその抗原結合断片などのＡＢＰによって特異的に認識され得る固有かつ新規な表面との複合体が形成される。ＨＬＡ制限ペプチドと複合体を形成したＨＬＡは、本明細書ではＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥまたはＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的と呼称されている。いくつかの事例において、制限ペプチドはＨＬＡ分子のα１／α２溝内に位置する。いくつかの事例において、制限ペプチドは、ＨＬＡ分子の対応する結合ポケットと相互作用する約２つまたは３つのアンカー残基を介してＨＬＡ分子のα１／α２溝に結合する。
したがって、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的を含む抗原が本明細書中に提供されている。ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的は、特定のＨＬＡサブタイプと複合体を形成した定義済アミノ酸配列を有する特定のＨＬＡ制限ペプチドを含み得る。
本明細書中に同定されているＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的は、がん免疫療法に有用であり得る。いくつかの実施形態では、本明細書中に同定されているＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的は、腫瘍細胞の表面上に提示される。本明細書中に同定されているＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的は、ヒト対象の腫瘍細胞によって発現され得る。本明細書中に同定されているＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的は、ヒト対象の集団における腫瘍細胞によって発現され得る。例えば、本明細書中に同定されているＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的は、がんを有するヒト対象の集団で一般的に発現される共有抗原であり得る。
本明細書中に同定されているＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的は、個々の腫瘍タイプの有病率を有し得る。個々の腫瘍タイプの有病率は、約０．１％、０．２％、０．３％、０．４％、０．５％、０．６％、０．７％、０．８％、０．９％、１％、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％であり得る。個々の腫瘍タイプの有病率は、約０．１％〜１００％、０．２〜５０％、０．５〜２５％、または１〜１０％であり得る。
ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的は通常、ほとんどの正常組織内で発現しないことが、好ましい。例えば、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的が、遺伝子型組織発現（ＧＴＥｘ）プロジェクトの組織で発現しない場合もあれば、免疫特権組織または非必須組織でのみ発現される場合もある。例示的な免疫特権組織または非必須組織には、精巣、小唾液腺、子宮頸部及び甲状腺が含まれる。いくつかの事例において、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的が、必須組織または非免疫特権組織では発現しないと見なされる可能性があるのは、制限ペプチドが由来する遺伝子の中央値の発現がＧＴＥｘ試料全体で０．５ＲＰＫＭ（転写産物リード数（キロ塩基）／１００万回マッピング済リード数）未満とされる場合、遺伝子がＧＴＥＸ試料全体で１０ＲＰＫＭを超えて発現しない場合、遺伝子が全ての必須組織試料またはその任意の組み合わせで２つ以下の試料で５ＲＰＫＭ以上で発現した場合である。
ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的の例示的なＨＬＡクラスＩサブタイプ
ヒトには、多くのＭＨＣハプロタイプが存在する（本明細書では、ＭＨＣサブタイプ、ＨＬＡサブタイプ、ＭＨＣタイプ、及びＨＬＡタイプと互換的に呼称されている）。例示的なＨＬＡサブタイプとしては、ほんの一例として、ＨＬＡ−Ａ＊０１：０１、ＨＬＡ−Ａ＊０２：０１、ＨＬＡ−Ａ＊０２：０３、ＨＬＡ−Ａ＊０２：０４、ＨＬＡ−Ａ＊０２：０７、ＨＬＡ−Ａ＊０３：０１、ＨＬＡ−Ａ＊０３：０２、ＨＬＡ−Ａ＊１１：０１、ＨＬＡ−Ａ＊２３：０１、ＨＬＡ−Ａ＊２４：０２、ＨＬＡ−Ａ＊２５：０１、ＨＬＡ −Ａ＊２６：０１、ＨＬＡ−Ａ＊２９：０２、ＨＬＡ−Ａ＊３０：０１、ＨＬＡ−Ａ＊３０：０２、ＨＬＡ−Ａ＊３１：０１、ＨＬＡ−Ａ＊３２：０１、ＨＬＡ−Ａ＊３３：０１、ＨＬＡ−Ａ＊３３：０３、ＨＬＡ−Ａ＊６８：０１、ＨＬＡ−Ａ＊６８：０２、ＨＬＡ−Ｂ＊０７：０２、ＨＬＡ−Ｂ＊０８：０１、ＨＬＡ−Ｂ＊１３：０２、ＨＬＡ−Ｂ＊１５：０１、ＨＬＡ−Ｂ＊１５：０３、ＨＬＡ−Ｂ＊１８：０１、ＨＬＡ−Ｂ＊２７：０２、ＨＬＡ−Ｂ＊２７：０５、ＨＬＡ−Ｂ＊３５：０１、ＨＬＡ−Ｂ＊３５：０３、ＨＬＡ−Ｂ＊３７：０１、ＨＬＡ−Ｂ＊３８：０１、ＨＬＡ−Ｂ＊３９：０１、ＨＬＡ−Ｂ＊４０：０１、ＨＬＡ−Ｂ＊４０：０２、ＨＬＡ−Ｂ＊４４：０２、ＨＬＡ−Ｂ＊４４：０３、ＨＬＡ−Ｂ＊４６：０１、ＨＬＡ−Ｂ＊４９：０１、ＨＬＡ−Ｂ＊５１：０１、ＨＬＡ−Ｂ＊５４：０１、ＨＬＡ−Ｂ＊５５：０１、ＨＬＡ−Ｂ＊５６：０１、ＨＬＡ−Ｂ＊５７：０１、ＨＬＡ−Ｂ＊５８：０１、ＨＬＡ−Ｃ＊０１：０２、ＨＬＡ−Ｃ＊０２：０２、ＨＬＡ−Ｃ＊０３：０３、ＨＬＡ−Ｃ＊０３：０４、ＨＬＡ−Ｃ＊０４：０１、ＨＬＡ−Ｃ＊０５：０１、ＨＬＡ−Ｃ＊０６：０２、ＨＬＡ−Ｃ＊０７：０１、ＨＬＡ−Ｃ＊０７：０２、ＨＬＡ−Ｃ＊０７：０４、ＨＬＡ−Ｃ＊０７：０６、ＨＬＡ−Ｃ＊１２：０３、ＨＬＡ−Ｃ＊１４：０２、ＨＬＡ−Ｃ＊１６：０１、ＨＬＡ−Ｃ＊１６：０２、ＨＬＡ−Ｃ＊１６：０４、及びその全てのサブタイプ（４桁、６桁、および８桁のサブタイプなど）が挙げられる。当業者に知られているように、上記のＨＬＡ型の対立遺伝子変異体があり、それらの全てが本発明に包含されている。ＨＬＡクラス対立遺伝子の完全なリストは、ｈｔｔｐ：／／ｈｌａ．ａｌｌｅｌｅｓ．ｏｒｇ／ａｌｌｅｌｅｓ／で検索できる。例えば、ＨＬＡクラスＩ対立遺伝子の完全なリストは、ｈｔｔｐ：／／ｈｌａ．ａｌｌｅｌｅｓ．ｏｒｇ／ａｌｌｅｌｅｓ／ｃｌａｓｓ１．ｈｔｍｌで検索できる。
ＨＬＡ制限ペプチド
「制限ペプチド」としてのＨＬＡ制限ペプチド（本明細書では互換的に参照される）は、腫瘍特異的遺伝子、例えばがん特異的遺伝子のペプチド断片であり得る。がん特異的遺伝子は、がん試料内に発現することが、好ましい。がん試料で異常に発現している遺伝子は、データベースを介して同定できる。データベースの例としては、ほんの一例であるが、以下のものが挙げられる。Ｔｈｅ Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｏｎｏｍｅ Ａｔｌａｓ（ＴＣＧＡ）Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｎｅｔｗｏｒｋ：ｈｔｔｐ：／／ｃａｎｃｅｒｇｅｎｏｍｅ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／；ｔｈｅ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ：ｈｔｔｐｓ：／／ｄｃｃ．ｉｃｇｃ．ｏｒｇ／。いくつかの実施形態において、がん特異的遺伝子に関しては、ＴＣＧＡデータベースの少なくとも５つの試料内で少なくとも１０ＲＰＫＭの発現が観察されている。がん特異的遺伝子は、観察可能な二峰性分布を有し得る。
がん特異的遺伝子では、少なくとも１つのＴＣＧＡ腫瘍組織で、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、または１００転写物（ＴＰＭ）を超える発現が観察されることがある。好ましい実施形態において、がん特異的遺伝子は、少なくとも１つのＴＣＧＡ腫瘍組織で１００ＴＰＭを超える発現が観察されている。いくつかの事例において、がん特異的遺伝子で、ＴＣＧＡ試料全体の二峰性の発現分布が観察されている。理論に拘束されるものではないが、そのような二峰性の発現パターンは、全ての腫瘍試料のベースラインでの発現は最小限であり且つエピジェネティックな調節異常を経験している腫瘍のサブセットではより高い発現が見られる生物学的モデルと一致している。
がん特異的遺伝子は通常、ほとんどの正常組織内で発現しないことが、好ましい。例えば、がん特異的遺伝子が、遺伝子型組織発現（ＧＴＥｘ）プロジェクトの組織で発現しない場合もあれば、免疫特権組織または非必須組織でのみ発現される場合もある。免疫特権組織または非必須組織の例としては、精巣、小唾液腺、子宮頸部及び甲状腺が挙げられる。いくつかの事例において、がん特異的遺伝子が必須組織または非免疫特権組織では発現しないと見なされる可能性があるのは、がん特異的遺伝子の発現の中央値が、ＧＴＥｘ試料全体で０．５ＲＰＫＭ（転写産物リード数（キロ塩基）／１００万回マッピング済リード数）未満とされる場合、遺伝子がＧＴＥＸ試料全体で１０ＲＰＫＭを超えて発現しない場合、遺伝子が全ての必須組織試料で２つ以下の試料で５ＲＰＫＭ以上で発現した場合、またはこれらの任意の組み合わせである。
いくつかの実施形態では、がん特異的遺伝子は、ＧＴＥｘの評価による下記基準を満たしている。（１）脳、心臓、または肺におけるＧＴＥｘ発現の中央値は、１００万あたり０．１転写産物（ＴＰＭ）未満であり、５ＴＰＭを超える試料は１つも存在しないこと。（２）他の必須器官（精巣、甲状腺、小唾液腺を除く）でのＧＴＥｘ発現の中央値は２ＴＰＭ未満であり、１０ＴＰＭを超える試料は１つも存在しないこと。
いくつかの実施形態では、がん特異的遺伝子は、免疫細胞内では一般的に発現する可能性が低い。例えば、がん特異的遺伝子は、インターフェロンファミリー遺伝子ではなく、眼関連遺伝子ではなく、嗅覚または味覚受容体遺伝子ではないし、概日周期に関連する遺伝子でもない（例えば、ＣＬＯＣＫ、ＰＥＲＩＯＤ、ＣＲＹ遺伝子でない）。
制限ペプチドは、腫瘍の表面に提示され得るものが、好ましい。
制限ペプチド残基のサイズは、約５、約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約１３、約１４、または約１５アミノ分子、及び該サイズから導出可能な任意の範囲であり得る。特定の実施形態では、制限ペプチドサイズは、約８、約９、約１０、約１１、または約１２のアミノ分子残基とされる。制限ペプチドは、約５〜１５アミノ酸長とされる場合もあれば、好ましくは、約７〜１２アミノ酸長とされる場合もあれば、またはより好ましくは、約８〜１１アミノ酸長とされる場合もある。
例示的なＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的
ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的の例は、表Ａに示す通りである。表Ａの各行に、各複合体のＨＬＡ対立遺伝子及び対応するＨＬＡ制限ペプチド配列を示す。ペプチド配列は、表Ａの各行に示す各配列からなり得る。代替的に、ペプチド配列は、表Ａの各行に示す各配列を含み得る。代替的に、ペプチド配列は、表Ａの各行に示す各配列から本質的になり得る。
いくつかの実施形態において、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的は、表Ａに示す標的である。
いくつかの実施形態において、ＨＬＡ制限ペプチドは、ＷＴ１またはＭＡＲＴ１から選択された遺伝子由来のものではない。
制限ペプチドリガンドと会合しないＨＬＡクラスＩ分子は一般に不安定である。したがって、制限ペプチドとＨＬＡ分子のα１／α２溝との会合によって、ＨＬＡサブタイプのβ２マイクログロブリンサブユニットとＨＬＡサブタイプのαサブユニットとの非共有結合的会合が安定化し得る。
ＨＬＡサブタイプのβ２マイクログロブリンサブユニットとＨＬＡサブタイプのαサブユニットとの非共有結合的会合の安定性は、任意の好適な手段を使用して決定することが可能である。例えば、そのような安定性は、高濃度の尿素（例えば、約８Ｍ尿素）にＨＬＡ分子の不溶性凝集体を溶解し、例えば、透析による尿素除去など、尿素除去中に制限ペプチドの存在下でＨＬＡ分子がリフォールディングする能力を判別することによって、評価することができる。このようなリフォールディングアプローチは、例えば、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ Ｖｏｌ．８９，ｐｐ．３４２９−３４３３，Ａｐｒｉｌ １９９２に記載されており、該文献はその全体が本明細書において参照により援用されている。
他の例において、そのような安定性は、条件付きＨＬＡクラスＩリガンドを使用して評価される場合もある。条件付きＨＬＡクラスＩリガンドは、一般に短い制限ペプチドとしてデザインされており、ＨＬＡ分子のα１／α２グルーブに結合することにより、ＨＬＡクラスＩ分子のβ２とαサブユニットの会合を安定化させ、且つ、１つ以上のアミノ酸修飾を具備することにより、条件刺激に曝露されたときに制限ペプチドが開裂するのを可能にしている。条件付きリガンドが開裂された際に、そのような条件付きリガンドが、α１／α２グルーブに結合してＨＬＡ分子を安定化する制限ペプチドと交換されない限り、ＨＬＡ分子のβ２及びαサブユニットが解離する。条件付きリガンドは、公知のＨＬＡペプチドリガンドまたは予測された高親和性ＨＬＡペプチドリガンド内にアミノ酸修飾を導入することによってデザインされ得る。また、構造情報が利用可能なＨＬＡ対立遺伝子の場合、側鎖の水へのアクセス性を利用して、アミノ酸修飾を導入する位置を選択することも可能である。条件付きＨＬＡリガンドを使用するのが、有利な場合もある。なぜなら、安定したＨＬＡ−ペプチド複合体のバッチ調製を可能にし、これを利用して試験制限ペプチドをハイスループットで調査することが可能となるからである。条件付きＨＬＡクラスＩリガンド、及び製造方法は、例えば、Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ．２００８ Ｍａｒ １１；１０５（１０）：３８３１−３８３６；Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ．２００８ Ｍａｒ １１；１０５（１０）：３８２５−３８３０；Ｊ Ｅｘｐ Ｍｅｄ．２０１８ Ｍａｙ ７；２１５（５）：１４９３−１５０４；Ｃｈｏｏ，Ｊ．Ａ．Ｌ．ｅｔ ａｌ．Ｂｉｏｏｒｔｈｏｇｏｎａｌ ｃｌｅａｖａｇｅ ａｎｄ ｅｘｃｈａｎｇｅ ｏｆ ｍａｊｏｒ ｈｉｓｔｏｃｏｍｐａｔｉｂｉｌｉｔｙ ｃｏｍｐｌｅｘ ｌｉｇａｎｄｓ ｂｙ ｅｍｐｌｏｙｉｎｇ ａｚｏｂｅｎｚｅｎｅ−ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ｐｅｐｔｉｄｅｓ．Ａｎｇｅｗ Ｃｈｅｍ Ｉｎｔ Ｅｄ Ｅｎｇｌ ５３，１３３９０−１３３９４（２０１４）；Ａｍｏｒｅ，Ａ．ｅｔ ａｌ．Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ ａ Ｈｙｐｅｒｓｅｎｓｉｔｉｖｅ Ｐｅｒｉｏｄａｔｅ−Ｃｌｅａｖａｂｌｅ Ａｍｉｎｏ Ａｃｉｄ ｔｈａｔ ｉｓ Ｍｅｔｈｉｏｎｉｎｅ− ａｎｄ Ｄｉｓｕｌｆｉｄｅ−Ｃｏｍｐａｔｉｂｌｅ ａｎｄ ｉｔｓ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｉｎ ＭＨＣ Ｅｘｃｈａｎｇｅ Ｒｅａｇｅｎｔｓ ｆｏｒ Ｔ Ｃｅｌｌ Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓａｔｉｏｎ．ＣｈｅｍＢｉｏＣｈｅｍ １４，１２３−１３１（２０１２）；Ｒｏｄｅｎｋｏ，Ｂ．ｅｔ ａｌ．Ｃｌａｓｓ Ｉ Ｍａｊｏｒ Ｈｉｓｔｏｃｏｍｐａｔｉｂｉｌｉｔｙ Ｃｏｍｐｌｅｘｅｓ Ｌｏａｄｅｄ ｂｙ ａ Ｐｅｒｉｏｄａｔｅ Ｔｒｉｇｇｅｒ．Ｊ Ａｍ Ｃｈｅｍ Ｓｏｃ １３１，１２３０５−１２３１３（２００９）、及びＣｈａｎｇ，Ｃ．Ｘ．Ｌ．ｅｔ ａｌ．Ｃｏｎｄｉｔｉｏｎａｌ ｌｉｇａｎｄｓ ｆｏｒ Ａｓｉａｎ ＨＬＡ ｖａｒｉａｎｔｓ ｆａｃｉｌｉｔａｔｅ ｔｈｅ ｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎ ｏｆ ＣＤ８＋Ｔ−ｃｅｌｌ ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ ｉｎ ａｃｕｔｅ ａｎｄ ｃｈｒｏｎｉｃ ｖｉｒａｌ ｄｉｓｅａｓｅｓ．Ｅｕｒ Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ ４３，１１０９−１１２０（２０１３）に記載されている。これらの参照文献は、その全体が参照により援用されている。
したがって、いくつかの実施形態では、本明細書中に記載されている（例えば表Ａに記載されている）ＨＬＡ制限ペプチドが、ＨＬＡ分子のβ２とαサブユニットの会合を安定化させる能力は、条件付きリガンド媒介交換反応及びＨＬＡ安定性のアッセイを実行することによって評価される。ＨＬＡの安定性は、任意の好適な方法を使用してアッセイできる。それらの方法としては、例えば、質量分析、イムノアッセイ（ＥＬＩＳＡなど）、サイズ排除クロマトグラフィー、ＨＬＡマルチマー染色、それに続くＴ細胞のフローサイトメトリー評価などが挙げられる。
ＨＬＡサブタイプのβ２マイクログロブリンサブユニットとＨＬＡサブタイプのαサブユニットとの非共有結合的会合の安定性を評価するための方法の例としては、ほかにも、ジペプチドを使用するペプチド交換が挙げられる。ジペプチドを使用したペプチド交換は、例えば、Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ．２０１３ Ｓｅｐ １７，１１０（３８）：１５３８３−８；Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ．２０１５ Ｊａｎ ６，１１２（１）：２０２−７に記載されており、該文献はその全体が本明細書において参照により援用されている。
ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的を含む有用な抗原が、本明細書中に提供されている。ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的は、特定のＨＬＡサブタイプ対立遺伝子と複合体を形成した定義済アミノ酸配列を有する特定のＨＬＡ制限ペプチドを含み得る。
ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的は、単離されたものとされる場合もあれば、及び／または実質的に純粋な形態とされる場合もある。例えば、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的は、自然環境から単離されたものとされる場合もあれば、あるいは、技術プロセスによって生成されたものとされる場合もある。いくつかの事例において、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的は、他のペプチドまたはタンパク質を実質的に含まない形態で提供される。
ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的は、可溶な形で提供される場合もあり、任意で、組み換えＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的複合体とされる場合もある。当業者であれば、組み換えＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的を生成及び精製するための任意の好適な方法を使用することができる。好適な方法としては、例えば、大腸菌発現系、昆虫細胞、及びそれらに類するものを使用することが挙げられる。それ以外に、例えば、無細胞系を使用する合成生産のような方法も、挙げられる。好適な無細胞系の例は、ＷＯ２０１７０８９７５６に記載されている。この文献は、その全体が、本明細書において参照により援用されている。
また、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的を含む組成物も、本明細書中に提供されている。
いくつかの事例において、本組成物は、固体支持体に付着したＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的を含む。固体支持体の例としては、限定されるものではないが、ビーズ、ウェル、メンブレン、チューブ、カラム、プレート、セファロース、磁気ビーズ、及びチップが挙げられる。例示的な固体支持体は、例えば、Ｃａｔａｌｙｓｔｓ ２０１８，８，９２；ｄｏｉ：１０．３３９０／ｃａｔａｌ８０２００９２に記載されている。該文献は、その全体が、本明細書において参照により援用されている。
ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的は、当該技術分野において公知の任意の好適な方法によって固体支持体に付着させることが可能である。いくつかの事例において、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的は、固体支持体に共有結合されている。
いくつかの事例において、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的は、親和性結合対を介して固体支持体に付着している。親和性結合対は、通例、２つの分子間の特定の相互作用を伴っていた。その結合パートナー分子に対して親和性を有するリガンドを、固体支持体に共有結合させることができる。したがって、このリガンドは、固定化用の餌として使用される。一般的な親和性結合対としては、例えば、ストレプトアビジンとビオチン、アビジン及びビオチンのほか、銅、ニッケル、亜鉛及びコバルトのような金属イオン含有のポリヒスチジンタグ、ならびにそれらに類するものが挙げられる。
ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的は、検出可能標識を含み得る。
ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的を含む医薬組成物。
ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的を含有する組成物は、医薬組成物であり得る。そのような組成物は、複数のＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的を含む場合がある。例示的な医薬組成物は、本明細書中に記載されている。本組成物は、免疫応答を誘発する能力を有し得る。本組成物は、アジュバントを含む場合がある。好適なアジュバントの例としては、限定されるものではないが、１０１８ ＩＳＳ、ミョウバン、アルミニウム塩、Ａｍｐｌｉｖａｘ、ＡＳ１５、ＢＣＧ、ＣＰ−８７０、８９３、ＣｐＧ７９０９、ＣｙａＡ、ｄＳＬＩＭ、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＣ３０、ＩＣ３１、イミキモド、ＩｍｕＦａｃｔ ＩＭＰ３２１、ＩＳパッチ、ＩＳＳ、ＩＳＣＯＭＡＴＲＩＸ、ＪｕｖＩｍｍｕｎｅ、ＬｉｐｏＶａｃ、ＭＦ５９、モノホスホリル脂質Ａ、モンタニドＩＭＳ １３１２、モンタニドＩＳＡ ２０６、モンタニドＩＳＡ ５０Ｖ、モンタニドＩＳＡ−５１、ＯＫ−４３２、ＯＭ−１７４、ＯＭ−１９７−ＭＰ−ＥＣ、ＯＮＴＡＫ、ＰｅｐＴｅｌベクターシステム、ＰＬＧ微粒子、レシキモド、ＳＲＬ１７２、ビロソーム及びその他のウイルス様粒子、ＹＦ−１７Ｄ、ＶＥＧＦトラップ、Ｒ８４８、βグルカン、Ｐａｍ３Ｃｙｓ、ならびにＡｑｕｉｌａ製のＱＳ２１スティミュロン（Ａｑｕｉｌａ Ｂｉｏｔｅｃｈ、Ｗｏｒｃｅｓｔｅｒ、Ｍａｓｓ．，ＵＳＡ、）で、サポニン、マイコバクテリア抽出物、合成細菌の細胞壁模倣物及び他のプロプラエタリー（例えば、Ｒｉｂｉ’ｓ Ｄｅｔｏｘ．ＱｕｉｌまたはＳｕｐｅｒｆｏｓ）のアジュバント由来のものが、挙げられる。アジュバントは、不完全フロイントまたはやＧＭ−ＣＳＦのようなものが、有用とされる。樹状細胞及びそれらの調製に対し特異的ないくつかの免疫学的アジュバント（例えば、ＭＦ５９）は、これまでにも記載されてきた（Ｄｕｐｕｉｓ Ｍ，ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｉｍｍｕｎｏｌ．１９９８；１８６（１）：１８−２７；Ａｌｌｉｓｏｎ Ａ Ｃ；Ｄｅｖ Ｂｉｏｌ Ｓｔａｎｄ．１９９８；９２：３−１１）。また、サイトカインが使用される場合もある。サイトカインによっては、例えば、ＴＮＦ−αは、リンパ系組織への樹状細胞の遊走に影響を与えることに直接的に関与していて、樹状細胞がＴリンパ球（ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＬ−１及びＩＬ−４など）用の効率的な抗原提示細胞に成熟するのを、加速させるものもあれば（その全体が本明細書において参照により具体的に援用されている米国特許第５，８４９，５８９号）、免疫アジュバント（例えばＩＬ−１２）として作用するものもある（Ｇａｂｒｉｌｏｖｉｃｈ Ｄ Ｉ，ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ Ｅｍｐｈａｓｉｓ Ｔｕｍｏｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ．１９９６（６）：４１４−４１８）。また、細胞内タンパク質をＨＬＡ表面上に発現させ、ペプチドにプロセシングしてＨＬＡ上に提示することは、インターフェロン−ガンマ（ＩＦＮ−γ）によって増強させることが可能である。出典：例えば、Ｙｏｒｋ ＩＡ，Ｇｏｌｄｂｅｒｇ ＡＬ，Ｍｏ ＸＹ，Ｒｏｃｋ ＫＬ．Ｐｒｏｔｅｏｌｙｓｉｓ ａｎｄ ｃｌａｓｓ Ｉ ｍａｊｏｒ ｈｉｓｔｏｃｏｍｐａｔｉｂｉｌｉｔｙ ｃｏｍｐｌｅｘ ａｎｔｉｇｅｎ ｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｒｅｖ．１９９９；１７２：４９−６６；及びＲｏｃｋ ＫＬ，Ｇｏｌｄｂｅｒｇ ＡＬ．Ｄｅｇｒａｄａｔｉｏｎ ｏｆ ｃｅｌｌ ｐｒｏｔｅｉｎｓ ａｎｄ ｔｈｅ ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｏｆ ＭＨＣ ｃｌａｓｓ Ｉ−ｐｒｅｓｅｎｔｅｄ ｐｅｐｔｉｄｅｓ．Ａｎｎ Ｒｅｖ Ｉｍｍｕｎｏｌ．１９９９；１７：１２．７３９−７７９。該文献はその全体が本明細書において参照により援用されている。
ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ ＡＢＰ
また、本明細書中に開示されているＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的に対し特異的に結合するＡＢＰも、本明細書中に提供されている。
ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的は、腫瘍細胞を含む任意の好適な標的細胞の表面上に発現する場合がある。
ＡＢＰは、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）−ＰＥＰＴＩＤＥ標的に対し特異的に結合し得るものであり、このＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的は、ＨＬＡクラスＩ分子と複合体を形成したＨＬＡ制限ペプチドを含み、ＨＬＡ制限ペプチドがＨＬＡクラスＩ分子のα１／α２ヘテロダイマー部分のペプチド結合溝に位置する。
いくつかの態様において、ＨＬＡ制限ペプチドの不在下では、ＡＢＰは、ＨＬＡクラスＩに結合しない。いくつかの態様において、ＡＢＰは、ヒトＭＨＣクラスＩの不在下では、ＨＬＡ制限ペプチドに結合しない。一部の態様において、ＡＢＰは、ＨＬＡ制限ペプチドと複合体を形成しているヒトＭＨＣクラスＩを提示する腫瘍細胞に結合する。任意で、このＨＬＡ制限ペプチドは、がんを特徴的付ける腫瘍抗原とされる。
ＡＢＰは、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ複合体の各部分（すなわち、ＨＬＡと複合体の各部分を表すペプチド）に結合する場合があり、一体的に結合した場合、ペプチド単独またはＨＬＡサブタイプ単独のみで提示される表面とは異なり、ＡＢＰとの相互作用及び結合のための新たな標的及びタンパク質表面を形成する。ＨＬＡがペプチドに結合することによって、新規の標的及びタンパク質表面が形成されるのが通例はである。ただし、これらの標的及びタンパク質表面は、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ複合体の各部分の不在下では、存在しない。
ＡＢＰは、ＨＬＡとＨＬＡ制限ペプチド（ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ）とを含む複合体で、例えば腫瘍に由来するものに対し、特異的に結合し得る。いくつかの態様において、腫瘍に由来するＨＬＡ制限ペプチドの不在下では、ＡＢＰはＨＬＡに結合しない。いくつかの態様において、ＡＢＰは、ＨＬＡの不在下では、腫瘍由来のＨＬＡ制限ペプチドに結合しない。いくつかの態様において、ＡＢＰは、ＨＬＡとＨＬＡ制限ペプチドとを含む複合体が、腫瘍細胞などの細胞に自然界にて提示された場合、この複合体に結合する。
いくつかの実施形態において、本明細書中に提供されているＡＢＰは、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥの１つ以上のリガンドに対するＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥの結合を調節するものである。
ＡＢＰは、表Ａに開示されているＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的のいずれかに対し特異的に結合する場合がある。いくつかの実施形態において、ＨＬＡ制限ペプチドは、ＷＴ１またはＭＡＲＴ１から選択された遺伝子に由来するものではない。
より詳細な実施形態において、ＡＢＰは、以下：
配列ＥＶＤＰＩＧＨＶＹを含むＨＬＡ制限ペプチドと複合体を形成しているＨＬＡサブタイプＢ＊３５：０１；
配列ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡを含むＨＬＡ制限ペプチドと複合体を形成しているＨＬＡサブタイプＡ＊０２：０１；
及び配列ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹを含むＨＬＡ制限ペプチドと複合体を形成しているＨＬＡサブタイプＡ＊０１：０１
のいずれかから選択されるＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的に対し特異的に結合する。
更に詳細な実施形態において、ＡＢＰは以下：
配列ＥＶＤＰＩＧＨＶＹから本質的になるＨＬＡ制限ペプチドと複合体を形成しているＨＬＡサブタイプＢ＊３５：０１；配列ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡから本質的になるＨＬＡ制限ペプチドと複合体を形成しているＨＬＡサブタイプＡ＊０２：０１、及び配列ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹから本質的になるＨＬＡ制限ペプチドと複合体を形成しているＨＬＡサブタイプＡ＊０１：０１のいずれかから選択されるＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的に対し特異的に結合する。
いくつかの実施形態において、ＡＢＰは以下：
配列ＥＶＤＰＩＧＨＶＹを含むＨＬＡ制限ペプチドと複合体を形成しているＨＬＡサブタイプＢ＊３５：０１；
配列ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡを含むＨＬＡ制限ペプチドと複合体を形成しているＨＬＡサブタイプＡ＊０２：０１；
及び配列ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹを含むＨＬＡ制限ペプチドと複合体を形成しているＨＬＡサブタイプＡ＊０１：０１
のいずれかから選択されるＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的に対し特異的に結合する。
いくつかの実施形態では、ＡＢＰは、本明細書中に提供されている例示的なＡＢＰと競合するＡＢＰである。いくつかの態様において、本明細書中に提供されている例示的なＡＢＰと競合するＡＢＰは、本明細書中に提供されている例示的なＡＢＰと同じエピトープに結合する。
いくつかの実施形態では、本明細書中に記載されているＡＢＰは、本明細書では「変異体」と呼称されている。いくつかの実施形態では、そのような変異体は、例えば、親和性成熟、部位特異的変異誘発、ランダム変異誘発、または当該技術分野において公知の方法または本明細書に記載の他の方法により、本明細書中に提供されている配列に由来する。いくつかの実施形態では、そのような変異体は、本明細書中に提供されている配列に由来するものではなく、例えば、ＡＢＰを得るために本明細書中に提供されている方法に従って新規に単離することが可能である。いくつかの実施形態において、変異体は、本明細書中に提供されている配列で、１つ以上の保存的アミノ酸置換が行われる配列のいずれかに由来する。いくつかの実施形態において、変異体は、本明細書中に提供されている配列で、１つ以上の非保存的アミノ酸置換が行われる配列のいずれかに由来する。保存的アミノ酸置換は、本明細書中に記載されている。例示的な非保存的アミノ酸置換としては、Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ．２００８ Ｍａｙ １；１８０（９）：６１１６−３１に記載されているものが挙げられる。該文献は、その全体が、本明細書において参照により援用されている。好ましい実施形態において、非保存的アミノ酸置換は、機能的変異体の生物活性を妨害または阻害しない。非保存的アミノ酸置換は、機能的変異体の生物活性を強化し、結果として、機能的変異体の生物活性は、親ＡＢＰと比較して増強される。
抗体またはその抗原結合断片を含むＡＢＰ
ＡＢＰは、抗体またはその抗原結合断片を含み得る。
いくつかの実施形態において、本明細書中に提供されているＡＢＰは、軽鎖を含む。いくつかの態様において、軽鎖は、κ軽鎖である。いくつかの態様において、軽鎖は、λ軽鎖である。
いくつかの実施形態において、本明細書中に提供されているＡＢＰは、重鎖を含む。いくつかの態様において、重鎖は、ＩｇＡである。いくつかの態様において、重鎖は、ＩｇＤである。いくつかの態様において、重鎖は、ＩｇＥである。いくつかの態様において、重鎖は、ＩｇＧである。いくつかの態様において、重鎖は、ＩｇＭである。いくつかの態様において、重鎖は、ＩｇＧ１である。いくつかの態様において、重鎖は、ＩｇＧ２である。いくつかの態様において、重鎖は、ＩｇＧ３である。いくつかの態様において、重鎖は、ＩｇＧ４である。いくつかの態様において、重鎖は、ＩｇＡ１である。いくつかの態様において、重鎖は、ＩｇＡ２である。
いくつかの実施形態では、本明細書中に提供されているＡＢＰは、抗体断片を含む。いくつかの実施形態において、本明細書中に提供されているＡＢＰは、抗体断片からなる。いくつかの実施形態において、本明細書中に提供されているＡＢＰは、抗体断片から本質的になる。いくつかの態様において、ＡＢＰ断片は、Ｆｖ断片である。いくつかの態様において、ＡＢＰ断片は、Ｆａｂ断片である。いくつかの態様において、ＡＢＰ断片は、Ｆ（ａｂ’）２断片である。いくつかの態様において、ＡＢＰ断片は、Ｆａｂ’断片である。いくつかの態様において、ＡＢＰ断片は、ｓｃＦｖ（ｓＦｖ）断片である。いくつかの態様において、ＡＢＰ断片は、ｓｃＦｖ−Ｆｃ断片である。いくつかの態様において、ＡＢＰ断片は、単一ドメインＡＢＰの断片である。
いくつかの実施形態において、本明細書中に提供されているＡＢＰ断片は、本明細書中に提供されている例証的なＡＢＰに由来するものである。いくつかの実施形態において、本明細書中に提供されているＡＢＰ断片は、本明細書中に提供されている例証的なＡＢＰに由来するものではなく、例えば、ＡＢＰ断片を得るために本明細書中に提供されている方法に従って新規に単離することが可能である。
いくつかの実施形態において、本明細書中に提供されているＡＢＰ断片は、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的に結合する能力を保持している。この結合能力は、本明細書中に記載されている１つ以上のアッセイまたは生物学的効果により測定される。いくつかの実施形態において、本明細書中に提供されているＡＢＰ断片は、本明細書中に記載されているように、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥがそのリガンドの１つ以上と相互作用するのを防ぐ能力を、保持している。
いくつかの実施形態において、本明細書中に提供されているＡＢＰは、モノクローナルＡＢＰである。いくつかの実施形態において、本明細書中に提供されているＡＢＰは、ポリクローナルＡＢＰである。
いくつかの実施形態では、本明細書中に提供されているＡＢＰは、キメラＡＢＰを含む。いくつかの実施形態において、本明細書中に提供されているＡＢＰは、キメラＡＢＰからなる。いくつかの実施形態において、本明細書中に提供されているＡＢＰは、キメラＡＢＰから本質的になる。いくつかの実施形態において、本明細書中に提供されているＡＢＰは、ヒト化ＡＢＰを含む。いくつかの実施形態において、本明細書中に提供されているＡＢＰは、ヒト化ＡＢＰからなる。いくつかの実施形態において、本明細書中に提供されているＡＢＰは、ヒト化ＡＢＰから本質的になる。いくつかの実施形態において、本明細書中に提供されているＡＢＰは、ヒトＡＢＰを含む。いくつかの実施形態において、本明細書中に提供されているＡＢＰは、ヒトＡＢＰからなる。いくつかの実施形態において、本明細書中に提供されているＡＢＰは、ヒトＡＢＰから本質的になる。
いくつかの実施形態において、本明細書中に提供されているＡＢＰは、代替足場を含む。いくつかの実施形態において、本明細書中に提供されているＡＢＰは、代替足場からなる。いくつかの実施形態において、本明細書中に提供されているＡＢＰは、代替足場から本質的になる。代替足場としては、任意の好適なものを使用することができる。いくつかの態様において、代替足場が、Ａｄｎｅｃｔｉｎ（商標）、ｉＭａｂ、Ａｎｔｉｃａｌｉｎ（登録商標）、ＥＥＴＩ−ＩＩ／ＡＧＲＰ、クニッツドメイン、チオレドキシンペプチドアプタマー、Ａｆｆｉｂｏｄｙ（登録商標）、ＤＡＲＰｉｎ、Ａｆｆｉｌｉｎ、Ｔｅｔｒａｎｅｃｔｉｎ、Ｆｙｎｏｍｅｒ、及びＡｖｉｍｅｒから選択される。
また、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥに対する結合に関して本明細書中に開示されているＡＢＰと競合する、単離されたヒト化、ヒトまたはキメラＡＢＰも、本明細書中に開示されている。
また、単離されたヒト化、ヒトまたはキメラＡＢＰで、本明細書中に開示されているＡＢＰを介して結合されているＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥエピトープに結合するものも、本明細書中に開示されている。
或る特定の態様において、ＡＢＰは、ヒトＦｃ受容体への結合を低減する少なくとも１つの修飾を含む、ヒトＦｃ領域を備える。
ＡＢＰは、細胞内で発現されると、翻訳後に修飾されることが知られている。翻訳後修飾の例としては、カルボキシペプチダーゼによる重鎖のＣ末端でのリジンの開裂、ピログルタミル化による重鎖及び軽鎖のＮ末端のグルタミンまたはグルタミン酸のピログルタミン酸への修飾、グリコシル化、酸化、脱アミド、ならびに糖化が挙げられる。そのような翻訳後修飾は、様々なＡＢＰにおいて生起されることが公知である（出典：Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，２００８，Ｖｏｌ．９７，ｐ．２４２６−２４４７。該文献はその全体が参照により援用されている）。いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、翻訳後修飾を経たＡＢＰまたはその抗原結合断片である。翻訳後修飾を経たＡＢＰまたはその抗原結合断片の例としては、ＡＢＰまたはその抗原結合断片で、重鎖可変領域のＮ末端にてピログルタミル化、及び／または重鎖のＣ末端でリジンの欠失に供されたものが挙げられる。当該技術分野において公知であるように、そのような翻訳後修飾は、Ｎ末端でのピログルタミル化、及びＣ末端でのリジン欠失に起因する場合、ＡＢＰまたはその断片の活性に対し影響を及ぼさない（Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２００６，Ｖｏｌ．３４８，ｐ．２４−３９。該文献はその全体が参照により援用されている）。
単一特異性及び多重特異性ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ ＡＢＰ
いくつかの実施形態において、本明細書中に提供されているＡＢＰは、単一特異性ＡＢＰである。
いくつかの実施形態において、本明細書中に提供されているＡＢＰは、多重特異性ＡＢＰである。
いくつかの実施形態において、本明細書中に提供されている多重特異性ＡＢＰは、複数の抗原に結合する。いくつかの実施形態において、多重特異性ＡＢＰは、２つの抗原に結合する。いくつかの実施形態において、多重特異性ＡＢＰは、３つの抗原に結合する。いくつかの実施形態において、多重特異性ＡＢＰは、４つの抗原に結合する。いくつかの実施形態において、多重特異性ＡＢＰは、５つの抗原に結合する。
いくつかの実施形態において、本明細書中に提供されている多重特異性ＡＢＰは、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ抗原上の複数のエピトープに結合する。いくつかの実施形態において、多重特異性ＡＢＰは、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ抗原上の２つのエピトープに結合する。いくつかの実施形態において、多重特異性ＡＢＰは、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ抗原上の３つのエピトープに結合する。
多くの多重特異性ＡＢＰコンストラクトが当該技術分野において公知であり、本明細書中に提供されているＡＢＰは、任意の好適な多重特異性好適（ｍｕｌｔｉｓｐｅｃｉｆｉｃ ｓｕｉｔａｂｌｅ）コンストラクトの形態で提供され得る。
いくつかの実施形態において、多重特異性ＡＢＰは、少なくとも２つの異なる重鎖可変領域を備える免疫グロブリンを含み、これら重鎖可変領域はそれぞれ共通の軽鎖可変領域（すなわち、「共通の軽鎖ＡＢＰ」）と対合している。共通の軽鎖可変領域は、２つの異なる重鎖可変領域の各々とは異なった抗原結合ドメインを形成している。出典：Ｍｅｒｃｈａｎｔ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，１９９８，１６：６７７−６８１。該文献は、その全体が、参照により援用されている。
いくつかの実施形態において、多重特異性ＡＢＰは、ＡＢＰまたはその断片を含む免疫グロブリンを具備しており、このＡＢＰまたはその断片は、そのような免疫グロブリンの重鎖または軽鎖の１つ以上のＮ末端またはＣ末端に付着している。出典：Ｃｏｌｏｍａ ａｎｄ Ｍｏｒｒｉｓｏｎ，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，１９９７，１５：１５９−１６３。該文献は、その全体が、参照により援用されている。いくつかの態様において、そのようなＡＢＰは、四価の二重特異性ＡＢＰを含む。
いくつかの実施形態において、多重特異性ＡＢＰは、少なくとも２つの異なる重鎖可変領域と少なくとも２つの異なる軽鎖可変領域とを備えたハイブリッド免疫グロブリンを含む。出典：Ｍｉｌｓｔｅｉｎ及びＣｕｅｌｌｏ，Ｎａｔｕｒｅ，１９８３，３０５：５３７−５４０、及びＳｔａｅｒｚ ａｎｄ Ｂｅｖａｎ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１９８６，８３：１４５３−１４５７。該文献の各々は、その全体が、参照により援用されている。
いくつかの実施形態において、多重特異性ＡＢＰは、多重特異性を有さない副産物の形成を低減させるように改変された、免疫グロブリン鎖を含む。いくつかの態様において、ＡＢＰは、１つ以上の「ノブ・イントゥ・ホール」修飾を含む。これは、米国特許第５，７３１，１６８号に記載されており、この文献は、その全体が、参照により援用されている。
いくつかの実施形態では、多重特異性ＡＢＰは、Ｆｃヘテロ多量体の組立てを促進するための１つ以上の静電的修飾を伴う免疫グロブリン鎖を含む。参照により全体が組み込まれる国際公開第ＷＯ２００９／０８９００４号を参照されたい。
いくつかの実施形態において、多重特異性ＡＢＰは、二重特異性一本鎖分子を含む。各々参照により全体が援用される、Ｔｒａｕｎｅｃｋｅｒ ｅｔ ａｌ．，ＥＭＢＯ Ｊ．，１９９１，１０：３６５５−３６５９、およびＧｒｕｂｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１９９４，１５２：５３６８−５３７４を参照されたい。
いくつかの実施形態において、多重特異性ＡＢＰは、ポリペプチドリンカーによって連結された重鎖可変ドメインと軽鎖可変ドメインとを備えており、リンカーの長さは、所望の多重特異性を有する多重特異性ＡＢＰのアセンブリを促進するように選択される。例えば、単一特異性ｓｃＦｖが形成される条件は、通例、重鎖可変ドメインと軽鎖可変ドメインが１２を超えるアミノ酸残基のポリペプチドリンカーによって結合されていることである。各々参照により全体が援用される、米国特許第４，９４６，７７８号および同第５，１３２，４０５号を参照されたい。いくつかの実施形態では、ポリペプチドリンカー長が１２アミノ酸残基未満に短縮された場合、同じポリペプチド鎖上の重鎖及び軽鎖可変ドメインの対合が妨げられ、１つの鎖の重鎖及び軽鎖可変ドメインと別の鎖の相補ドメインとの対合が可能になる。それゆえ、結果として得られたＡＢＰには多重特異性があり、各結合部位の特異性は複数のポリペプチド鎖によって寄与される。３〜１２アミノ酸残基のリンカーによって結合された重鎖及び軽鎖可変ドメインを備えるポリペプチド鎖は、その大部分が二量体（呼称：ダイアボディ）を形成する。リンカーが０〜２アミノ酸残基の場合、優先されるのは三量体（呼称：トリアボディ）及び四量体（呼称：テトラボディ）である。ただし、オリゴマー化の厳密な型は、リンカーの長さに依存するだけでなく、アミノ酸残基の組成及び各ポリペプチド鎖の可変ドメインの順序（例えば、ＶＨ−リンカー−ＶＬ対ＶＬ−リンカー−ＶＨ）にも依存すると思われる。当業者であれば、所望の多重特異性に基づいて適切なリンカー長を選択することができる。
Ｆｃ領域及び変異体
或る特定の実施形態において、本明細書中に提供されているＡＢＰは、Ｆｃ領域を備える。Ｆｃ領域は、野生型またはその変異体であり得る。或る特定の実施形態において、本明細書中に提供されているＡＢＰは、天然に存在するＦｃ領域と比較して、１つ以上のアミノ酸置換、挿入または欠失を伴うＦｃ領域を備える。いくつかの態様では、そのような置換、挿入または欠失によって、安定性、グリコシル化またはその他の特性が改変されたＡＢＰが生ずる。いくつかの態様において、そのような置換、挿入または欠失によって、グリコシル化されたＡＢＰが生ずる。
「変異Ｆｃ領域」または「操作されたＦｃ領域」は、少なくとも１つのアミノ酸修飾、好ましくは１つ以上のアミノ酸置換（複数可）を介して、天然配列Ｆｃ領域のものとは異なるアミノ酸配列を含む。好ましくは、変異Ｆｃ領域は、天然配列Ｆｃ領域または親ポリペプチドのＦｃ領域と比較して、少なくとも１つのアミノ酸置換（例えば、天然配列のＦｃ領域または親ポリペプチドのＦｃ領域では、約１〜約１０のアミノ酸置換、好ましくは約１〜約５のアミノ酸置換）を有する。本明細書において変異Ｆｃ領域は、好ましくは、天然配列Ｆｃ領域及び／または親ポリペプチドのＦｃ領域に対し少なくとも約８０％の相同性、最も好ましくは少なくとも約９０％の相同性、より好ましくは少なくとも約９５％の相同性を有する。
「Ｆｃ領域を備えるＡＢＰ」という用語は、Ｆｃ領域を備えるＡＢＰを指す。Ｆｃ領域のＣ末端リジン（ＥＵ番号付けシステムによる残基４４７）は、例えば、ＡＢＰの精製中に、またはＡＢＰをコードする核酸を組み換え操作することにより、除去することが可能である。したがって、Ｆｃ領域を有するＡＢＰは、Ｋ４４７を伴うまたは伴わないＡＢＰを含み得る。
いくつかの態様において、本明細書中に提供されているＡＢＰのＦｃ領域は、Ｆｃ受容体に対する親和性が改変されたＡＢＰ、またはより免疫学的に不活性であるＡＢＰを生ずるように、修飾されている。いくつかの実施形態において、本明細書中に提供されているＡＢＰ変異体は、全てではないにしろ幾らかのエフェクター機能を有する。そのようなＡＢＰが有用とされるのは、例えば、ＡＢＰの半減期が生体内（ｉｎ ｖｉｖｏ）で重要とされる場合である。一方、或る特定のエフェクター機能（補体の活性化及びＡＤＣＣなど）が不要または有害とされる場合は、この限りではない。
いくつかの実施形態において、本明細書中に提供されているＡＢＰのＦｃ領域は、ヒンジ安定化変異Ｓ２２８Ｐ及びＬ２３５Ｅのうちの１つ以上を含むヒトＩｇＧ４ Ｆｃ領域である。出典：Ａａｌｂｅｒｓｅ ｅｔ ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，２００２，１０５：９−１９。該文献は、その全体が、参照により援用されている。いくつかの実施形態では、ＩｇＧ４ Ｆｃ領域は、Ｅ２３３Ｐ、Ｆ２３４Ｖ、及びＬ２３５Ａのうちの１つ以上の変異を伴う。出典：Ａｒｍｏｕｒ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，２００３，４０：５８５−５９３。該文献は、その全体が、参照により援用されている。いくつかの実施形態において、ＩｇＧ４ Ｆｃ領域は、Ｇ２３６位に欠失を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書中に提供されているＡＢＰのＦｃ領域は、Ｆｃ受容体結合を低減させる１つ以上の変異を含むヒトＩｇＧ１ Ｆｃ領域である。いくつかの態様において、１つ以上の変異は、Ｓ２２８（例えば、Ｓ２２８Ａ）、Ｌ２３４（例えば、Ｌ２３４Ａ）、Ｌ２３５（例えば、Ｌ２３５Ａ）、Ｄ２６５（例えば、Ｄ２６５Ａ）、及びＮ２９７（例えば、Ｎ２９７Ａ）から選択される残基におけるものである。いくつかの態様において、ＡＢＰは、ＰＶＡ２３６変異を含む。ＰＶＡ２３６は、アミノ酸配列ＥＬＬＧ（ＩｇＧ１のアミノ酸２３３位〜２３６位）、またはＩｇＧ４のＥＦＬＧが、ＰＶＡで置換されていることを意味する。出典：米国特許第９，１５０，６４１号。該文献は、その全体が、参照により援用されている。
いくつかの実施形態では、本明細書中に提供されているＡＢＰのＦｃ領域の修飾は、Ａｒｍｏｕｒ ｅｔ ａｌ．，Ｅｕｒ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１９９９，２９：２６１３−２６２４；ＷＯ１９９９／０５８５７２、及び／または英国特許出願第９８０９９５１８号に記載されている通りである。該文献の各々は、その全体が、参照により援用されている。
いくつかの実施形態において、本明細書中に提供されているＡＢＰのＦｃ領域は、変異Ａ３３０Ｓ及びＰ３３１Ｓのうちの１つ以上を含む、ヒトＩｇＧ２ Ｆｃ領域である。
いくつかの実施形態において、本明細書中に提供されているＡＢＰのＦｃ領域は、２３８、２６５、２６９、２７０、２９７、３２７及び３２９から選択される１つ以上の位置にてアミノ酸置換を有する。出典：米国特許第６，７３７，０５６号。該文献は、その全体が、参照により援用されている。そのようなＦｃ変異体には、２６５位、２６９位、２７０位、２９７位及び３２７位のアミノ酸のうちのうちの２つ以上で置換されたＦｃ変異体が含まれ、残基２６５及び２９７がアラニンで置換されたいわゆる「ＤＡＮＡ」Ｆｃ変異体が含まれる。出典：米国特許第７，３３２，５８１号。該文献は、その全体が、参照により援用されている。いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、アミノ酸２６５位にアラニンを含む。いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、アミノ酸２９７位にアラニンを含む。
或る特定の実施形態において、本明細書中に提供されているＡＢＰは、１つ以上のアミノ酸置換を伴うＦｃ領域を備え、それにより、Ｆｃ領域の２９８、３３３、３３４のうちの１つ以上の位置における置換をはじめとするＡＤＣＣを改善している。いくつかの実施形態では、本明細書中に提供されているＡＢＰは、２３９、３３２、及び３３０位に１つ以上のアミノ酸置換を有するＦｃ領域を備えており、これは、Ｌａｚａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，２００６，１０３：４００５−４０１０に記載されている通りである。該文献は、その全体が、参照により援用されている。
いくつかの実施形態では、本明細書中に提供されているＡＢＰは、Ｃ１ｑ結合及び／またはＣＤＣを改善または低減させる１つ以上の改変を含む。出典：米国特許第６，１９４，５５１号；ＷＯ９９／５１６４２、及びＩｄｕｓｏｇｉｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，２０００，１６４：４１７８−４１８４。該文献の各々は、その全体が、参照により援用されている。
いくつかの実施形態では、本明細書中に提供されているＡＢＰは、半減期を延長させるための１つ以上の改変を含む。半減期が増加し、新生児Ｆｃ受容体（ＦｃＲｎ）への結合が改善されたＡＢＰは、例えば、Ｈｉｎｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，２００６，１７６：３４６−３５６、及び米国特許出願第２００５／００１４９３４号に記載されており、該文献の各々は、その全体が、参照により援用されている。このようなＦｃ変異体としては、下記ＩｇＧのＦｃ領域の残基：
２３８、２５０、２５６、２６５、２７２、２８６、３０３、３０５、３０７、３１１、３１２、３１４、３１７、３４０、３５６、３６０、３６２、３７６、３７８、３８０、３８２、４１３、４２４、４２８、及び４３４のうちの１つ以上に置換を伴ったものが挙げられる。いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、半減期を延長させる１つ以上の非Ｆｃ修飾を含む。半減期を延長させる例示的な非Ｆｃ修飾は、例えば、米国特許出願公開第２０１７０２１８０７８号に記載されており、該文献は、その全体が、本明細書において参照により援用されている。
いくつかの実施形態において、本明細書中に提供されているＡＢＰは、米国特許第７，３７１，８２６号、５，６４８，２６０号、及び同第５，６２４，８２１号；Ｄｕｎｃａｎ及びＷｉｎｔｅｒ，Ｎａｔｕｒｅ，１９８８，３２２：７３８−７４０、及びＷＯ９４／２９３５１に記載されている１つ以上のＦｃ領域変異体を含む。該文献の各々は、その全体が、参照により援用されている。
Ｂ＊３５：０１＿ＥＶＤＰＩＧＨＶＹ（ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的「Ｇ５」）に対し特異的な抗体
いくつかの態様において、本明細書中に提供されているＡＢＰは、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的に対し特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片を含み、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的のＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡサブタイプＢ＊３５：０１であり、且つＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的のＨＬＡ制限ペプチドは、ＥＶＤＰＩＧＨＶＹ（「Ｇ５」）の配列を含むか、この配列からなるか、またはこの配列から本質的になる。
ＣＤＲ
Ｂ＊３５：０１＿ＥＶＤＰＩＧＨＶＹに対し特異的なＡＢＰ は、１つ以上の抗体相補性決定領域（ＣＤＲ）配列、例えば、３つの重鎖ＣＤＲ（ＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２、ＣＤＲ−Ｈ３）及び３つの軽鎖ＣＤＲ（ＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２、ＣＤＲ−Ｌ３）を含み得る。
Ｂ＊３５：０１＿ＥＶＤＰＩＧＨＶＹに対し特異的なＡＢＰは、ＣＤＲ−Ｈ３配列を含み得る。ＣＤＲ−Ｈ３配列は、
Figure 2021508475
から選択され得る。
Ｂ＊３５：０１＿ＥＶＤＰＩＧＨＶＹに対し特異的なＡＢＰは、ＣＤＲ−Ｌ３配列を含み得る。ＣＤＲ−Ｌ３配列は、
Figure 2021508475
から選択され得る。
Ｂ＊３５：０１＿ＥＶＤＰＩＧＨＶＹに対し特異的なＡＢＰは、特定の重鎖ＣＤＲ３（ＣＤＲ−Ｈ３）配列及び特定の軽鎖ＣＤＲ３（ＣＤＲ−Ｌ３）配列を含み得る。いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、Ｇ５＿Ｐ７＿Ｅ７、Ｇ５＿Ｐ７＿Ｂ３、Ｇ５＿Ｐ７＿Ａ５、Ｇ５＿Ｐ７＿Ｆ６、Ｇ５−Ｐ１Ｂ１２、Ｇ５−Ｐ１Ｃ１２、Ｇ５−Ｐ１−Ｅ０５、Ｇ５−Ｐ３Ｇ０１、Ｇ５−Ｐ３Ｇ０８、Ｇ５−Ｐ４Ｂ０２、Ｇ５−Ｐ４Ｅ０４、Ｇ５Ｒ４−Ｐ１Ｄ０６、Ｇ５Ｒ４−Ｐ１Ｈ１１、Ｇ５Ｒ４−Ｐ２Ｂ１０、Ｇ５Ｒ４−Ｐ２Ｈ８、Ｇ５Ｒ４−Ｐ３Ｇ０５、Ｇ５Ｒ４−Ｐ４Ａ０７、またはＧ５Ｒ４−Ｐ４Ｂ０１と称するｓｃＦｖからのＣＤＲ−Ｈ３とＣＤＲ−Ｌ３とを含む。同定されているｓｃＦｖのＣＤＲ配列で、Ｂ＊３５：０１＿ ＥＶＤＰＩＧＨＶＹに対し特異的に結合するものを、表５に示す。明確にするために、同定されている各ｓｃＦｖヒットがクローン名として指定されており、各行にはその特定のクローン名のＣＤＲ配列が含まれている。例えば、クローン名Ｇ５＿Ｐ７＿Ｅ７で同定されるｓｃＦｖは、重鎖ＣＤＲ３配列ＣＡＲＤＧＶＲＹＹＧＭＤＶＷと軽鎖ＣＤＲ３配列ＣＭＱＧＬＱＴＰＩＴＦとを、含む。
Ｂ＊３５：０１＿ＥＶＤＰＩＧＨＶＹに対し特異的なＡＢＰは、Ｇ５_Ｐ７_Ｅ７、Ｇ５_Ｐ７_Ｂ３、Ｇ５_Ｐ７_Ａ５、Ｇ５_Ｐ７_Ｆ６、Ｇ５−Ｐ１Ｂ１２、Ｇ５−Ｐ１Ｃ１２、Ｇ５−Ｐ１−Ｅ０５、Ｇ５−Ｐ３Ｇ０１、Ｇ５−Ｐ３Ｇ０８、Ｇ５−Ｐ４Ｂ０２、Ｇ５−Ｐ４Ｅ０４、Ｇ５Ｒ４−Ｐ１Ｄ０６、Ｇ５Ｒ４−Ｐ１Ｈ１１、Ｇ５Ｒ４−Ｐ２Ｂ１０、Ｇ５Ｒ４−Ｐ２Ｈ８、Ｇ５Ｒ４−Ｐ３Ｇ０５、Ｇ５Ｒ４−Ｐ４Ａ０７、またはＧ５Ｒ４−Ｐ４Ｂ０１と称するｓｃＦｖからのＣＤＲを６つとも全て含み得る。
ＶＨ
Ｂ＊３５：０１＿ＥＶＤＰＩＧＨＶＹに対し特異的なＡＢＰは、ＶＨ配列を含み得る。ＶＨ配列は、
Figure 2021508475
Figure 2021508475
から選択され得る。
ＶＬ
Ｂ＊３５：０１＿ＥＶＤＰＩＧＨＶＹに対し特異的なＡＢＰは、ＶＬ配列を含み得る。ＶＬ配列は、
Figure 2021508475
Figure 2021508475
から選択され得る。
ＶＨ−ＶＬの組み合わせ
Ｂ＊３５：０１＿ＥＶＤＰＩＧＨＶＹに対し特異的なＡＢＰは、特定のＶＨ配列及び特定のＶＬ配列を含み得る。いくつかの実施形態において、Ｂ＊３５：０１＿ＥＶＤＰＩＧＨＶＹに対し特異的なＡＢＰは、Ｇ５_Ｐ７_Ｅ７、Ｇ５_Ｐ７_Ｂ３、Ｇ５_Ｐ７_Ａ５、Ｇ５_Ｐ７_Ｆ６、Ｇ５−Ｐ１Ｂ１２、Ｇ５−Ｐ１Ｃ１２、Ｇ５−Ｐ１−Ｅ０５、Ｇ５−Ｐ３Ｇ０１、Ｇ５−Ｐ３Ｇ０８、Ｇ５−Ｐ４Ｂ０２、Ｇ５−Ｐ４Ｅ０４、Ｇ５Ｒ４−Ｐ１Ｄ０６、Ｇ５Ｒ４−Ｐ１Ｈ１１、Ｇ５Ｒ４−Ｐ２Ｂ１０、Ｇ５Ｒ４−Ｐ２Ｈ８、Ｇ５Ｒ４−Ｐ３Ｇ０５、Ｇ５Ｒ４−Ｐ４Ａ０７、及びＧ５Ｒ４−Ｐ４Ｂ０１と称するｓｃＦｖからのＶＨ配列及びＶＬ配列を含む。同定されているｓｃＦｖのＶＨ及びＶＬ配列で、Ｂ*３５：０１_ＥＶＤＰＩＧＨＶＹに対し特異的に結合するものを、表４に示す。明確にするために、同定されている各ｓｃＦｖヒットがクローン名として指定されており、各行にはその特定のクローン名のＶＨ及びＶＬ配列が含まれている。例えば、クローン名Ｇ５_Ｐ７_Ｅ７で同定されるｓｃＦｖには、ＶＨ配列
Figure 2021508475
及びＶＬ配列
Figure 2021508475
が含まれる。
Ａ＊０２：０１＿ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡ（ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的“G8”)に対し特異的な抗体
いくつかの態様において、本明細書中に提供されているＡＢＰは、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的に対し特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片を含み、ＨＬＡ-ＰＥＰＴＩＤＥ標的のＨＬＡクラスＩ分子はＨＬＡサブタイプＡ*０２：０１であり、ＨＬＡ-ＰＥＰＴＩＤＥ標的のＨＬＡ制限ペプチドは、配列ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡ（「Ｇ８」）を含むか、この配列からなるか、またはこの配列から本質的になる。
ＣＤＲ
Ａ＊０２：０１＿ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡに対し特異的なＡＢＰは、１つ以上の抗体相補性決定領域(ＣＤＲ)配列、例えば、３つの重鎖ＣＤＲ（ＣＤＲ-Ｈ１、ＣＤＲ-Ｈ２、ＣＤＲ-Ｈ３)及び３つの軽鎖ＣＤＲ（ＣＤＲ-Ｌ１、ＣＤＲ-Ｌ２、ＣＤＲ-Ｌ３）を含み得る。
Ａ＊０２：０１＿ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡに対し特異的なＡＢＰは、ＣＤＲ−Ｈ３配列を含み得る。ＣＤＲ−Ｈ３配列は、
Figure 2021508475
から選択され得る。
Ａ＊０２：０１＿ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡに対し特異的なABPは、CDR-L3配列を含み得る。ＣＤＲ-Ｌ３配列は、
Figure 2021508475
から選択され得る。
Ａ＊０２：０１＿ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡに対し特異的なＡＢＰは、特定の重鎖ＣＤＲ３（ＣＤＲ-Ｈ３)配列及び特定の軽鎖ＣＤＲ３（ＣＤＲ-Ｌ３)配列を含み得る。いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、Ｇ８−Ｐ１Ａ０３、Ｇ８−Ｐ１Ａ０４、Ｇ８−Ｐ１Ａ０６、Ｇ８−Ｐ１Ｂ０３、Ｇ８−Ｐ１Ｃ１１、Ｇ８−Ｐ１Ｄ０２、Ｇ８−Ｐ１Ｈ０８、Ｇ８−Ｐ２Ｂ０５、Ｇ８−Ｐ２Ｅ０６、Ｒ３Ｇ８−Ｐ２Ｃ１０、Ｒ３Ｇ８−Ｐ２Ｅ０４、Ｒ３Ｇ８−Ｐ４Ｆ０５、Ｒ３Ｇ８−Ｐ５Ｃ０３、Ｒ３Ｇ８−Ｐ５Ｆ０２、Ｒ３Ｇ８−Ｐ５Ｇ０８、Ｇ８−Ｐ１Ｃ０１、またはＧ８−Ｐ２Ｃ１１と称するｓｃＦｖからのＣＤＲ−Ｈ３とＣＤＲ−Ｌ３とを含む。同定されているｓｃＦｖのＣＤＲ配列で、Ａ＊０２：０１＿ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡに対し特異的に結合するものを、表７に示す。明確にするために、同定されている各ｓｃＦｖヒットがクローン名として指定されており、各行にはその特定のクローン名のＣＤＲ配列が含まれている。例えば、クローン名Ｇ８-Ｐ１Ａ０３で同定されるｓｃＦｖには、重鎖ＣＤＲ３配列ＣＡＲＤＤＹＧＤＹＶＡＹＦＱＨＷと軽鎖ＣＤＲ３配列ＣＱＱＮＹＮＳＶＴＦとが含まれる。
Ａ＊０２：０１＿ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡに対し特異的なＡＢＰは、Ｇ８−Ｐ１Ａ０３、Ｇ８−Ｐ１Ａ０４、Ｇ８−Ｐ１Ａ０６、Ｇ８−Ｐ１Ｂ０３、Ｇ８−Ｐ１Ｃ１１、Ｇ８−Ｐ１Ｄ０２、Ｇ８−Ｐ１Ｈ０８、Ｇ８−Ｐ２Ｂ０５、Ｇ８−Ｐ２Ｅ０６、Ｒ３Ｇ８−Ｐ２Ｃ１０、Ｒ３Ｇ８−Ｐ２Ｅ０４、Ｒ３Ｇ８−Ｐ４Ｆ０５、Ｒ３Ｇ８−Ｐ５Ｃ０３、Ｒ３Ｇ８−Ｐ５Ｆ０２、Ｒ３Ｇ８−Ｐ５Ｇ０８、Ｇ８−Ｐ１Ｃ０１、またはＧ８−Ｐ２Ｃ１１と称するｓｃＦｖからのＣＤＲを６つとも全て含み得る。
ＶＨ
Ａ＊０２：０１＿ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡに対し特異的なＡＢＰは、ＶＨ配列を含み得る。ＶＨ配列は、
Figure 2021508475
Figure 2021508475
Figure 2021508475
から選択され得る。
ＶＬ
Ａ＊０２：０１＿ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡに対し特異的なＡＢＰは、VL配列を含み得る。ＶＬ配列は、
Figure 2021508475
Figure 2021508475
から選択され得る。
ＶＨ−ＶＬの組み合わせ
Ａ＊０２：０１＿ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡに対し特異的なＡＢＰは、特定のＶＨ配列及び特定のＶＬ配列を含み得る。いくつかの実施形態において、Ａ＊０２：０１＿ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡに対し特異的なＡＢＰは、Ｇ８−Ｐ１Ａ０３、Ｇ８−Ｐ１Ａ０４、Ｇ８−Ｐ１Ａ０６、Ｇ８−Ｐ１Ｂ０３、Ｇ８−Ｐ１Ｃ１１、Ｇ８−Ｐ１Ｄ０２、Ｇ８−Ｐ１Ｈ０８、Ｇ８−Ｐ２Ｂ０５、Ｇ８−Ｐ２Ｅ０６、Ｒ３Ｇ８−Ｐ２Ｃ１０、Ｒ３Ｇ８−Ｐ２Ｅ０４、Ｒ３Ｇ８−Ｐ４Ｆ０５、Ｒ３Ｇ８−Ｐ５Ｃ０３、Ｒ３Ｇ８−Ｐ５Ｆ０２、Ｒ３Ｇ８−Ｐ５Ｇ０８、Ｇ８−Ｐ１Ｃ０１、またはＧ８−Ｐ２Ｃ１１と称するｓｃＦｖからのＶＨ配列及びＶＬ配列を含む。同定されているｓｃＦｖのＶＨ及びＶＬ配列で、Ａ＊０２：０１＿ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡに対し特異的に結合するものを、表６に示す。明確にするために、同定されている各ｓｃＦｖヒットがクローン名として指定されており、各行にはその特定のクローン名のＶＨ及びＶＬ配列が含まれている。例えば、クローン名Ｇ８-Ｐ１Ａ０３で同定されるｓｃＦｖには、ＶＨ配列
Figure 2021508475
及びＶＬ配列
Figure 2021508475
が含まれる。
Ａ＊０１：０１ ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹ（ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的「Ｇ１０」）に対し特異的な抗体
いくつかの態様において、本明細書中に提供されているＡＢＰは、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的に対し特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片を含み、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的のＨＬＡクラスＩ分子が、ＨＬＡサブタイプＡ＊０１：０１であり、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的のＨＬＡ制限ペプチドが、配列ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹ（「Ｇ１０」）を含むか、この配列からなるか、またはこの配列から本質的になる。
ＣＤＲ
Ａ＊０１：０１＿ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹに対し特異的なＡＢＰは、１つ以上の抗体相補性決定領域(ＣＤＲ)配列例えば、３つの重鎖ＣＤＲ（ＣＤＲ-Ｈ１、ＣＤＲ-Ｈ２、ＣＤＲ-Ｈ３)及び３つの軽鎖ＣＤＲ（ＣＤＲ-Ｌ１、ＣＤＲ-Ｌ２、ＣＤＲ-Ｌ３）を含み得る。
Ａ＊０１：０１＿ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹに対し特異的なＡＢＰは、ＣＤＲ-Ｈ３配列を含み得る。ＣＤＲ-Ｈ３配列は、
Figure 2021508475
から選択され得る。
Ａ＊０１：０１＿ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹに対し特異的なＡＢＰは、ＣＤＲ-Ｌ３配列を含み得る。ＣＤＲ-Ｌ３配列は、
Figure 2021508475
から選択され得る。
Ａ＊０１：０１＿ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹに対し特異的なＡＢＰは、特定の重鎖ＣＤＲ３（ＣＤＲ-Ｈ３)配列及び特定の軽鎖ＣＤＲ３（ＣＤＲ-Ｌ３)配列を含み得る。いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ａ０７、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ｂ０７、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ｅ１２、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ｆ０６、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ｈ０１、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ｈ０８、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ２Ｃ０４、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ２Ｇ１１、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ３Ｅ０４、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ａ０２、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｃ０５、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｄ０４、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｄ１０、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｅ０７、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｅ１２、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｇ０６、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ５Ａ０８、またはＲ３Ｇ１０−Ｐ５Ｃ０８と称するｓｃＦｖからのＣＤＲ−Ｈ３とＣＤＲ−Ｌ３とを含む。同定されているｓｃＦｖのＣＤＲ配列で、Ａ＊０１：０１＿ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹに対し特異的に結合するものを、表９に示す。明確にするために、同定されている各ｓｃＦｖヒットがクローン名として指定されており、各行にはその特定のクローン名のCDR配列が含まれている。例えば、クローン名Ｒ３Ｇ１０-Ｐ１Ａ０７で同定されるｓｃＦｖには、重鎖ＣＤＲ３配列ＣＡＲＤＱＤＴＩＦＧＶＶＩＴＷＦＤＰＷと軽鎖ＣＤＲ３配列ＣＱＱＹＦＴＴＰＹＴＦとが含まれる。
Ａ＊０１：０１＿ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹに対し特異的なＡＢＰは、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ａ０７、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ｂ０７、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ｅ１２、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ｆ０６、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ｈ０１、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ｈ０８、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ２Ｃ０４、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ２Ｇ１１、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ３Ｅ０４、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ａ０２、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｃ０５、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｄ０４、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｄ１０、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｅ０７、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｅ１２、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｇ０６、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ５Ａ０８、またはＲ３Ｇ１０−Ｐ５Ｃ０８と称するｓｃＦｖからのＣＤＲを６つとも全て含み得る。
ＶＨ
Ａ＊０１：０１＿ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹに対し特異的なＡＢＰは、ＶＨ配列を含み得る。ＶＨ配列は、
Figure 2021508475
Figure 2021508475
から選択され得る。
ＶＬ
Ａ＊０１：０１＿ASSLPTTMNYに対し特異的なＡＢＰは、VL配列を含み得る。ＶＬ配列は、
Figure 2021508475
Figure 2021508475
から選択され得る。
ＶＨ−ＶＬの組み合わせ
Ａ＊０１：０１＿ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹに対し特異的なＡＢＰは、特定のＶＨ配列及び特定のＶＬ配列を含み得る。いくつかの実施形態において、Ａ＊０１：０１＿ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹに対し特異的なＡＢＰは、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ａ０７、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ｂ０７、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ｅ１２、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ｆ０６、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ｈ０１、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ｈ０８、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ２Ｃ０４、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ２Ｇ１１、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ３Ｅ０４、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ａ０２、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｃ０５、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｄ０４、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｄ１０、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｅ０７、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｅ１２、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｇ０６、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ５Ａ０８、またはＲ３Ｇ１０−Ｐ５Ｃ０８と称するｓｃＦｖからのＶＨ配列及びＶＬ配列を含む。同定されているｓｃＦｖのＶＨ及びＶＬ配列で、Ａ＊０１：０１＿ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹに対し特異的に結合するものを、表８に示す。明確にするために、同定されている各ｓｃＦｖヒットがクローン名として指定されており、各行にはその特定のクローン名のＶＨ及びＶＬ配列が含まれている。例えば、クローン名Ｒ３Ｇ１０-Ｐ１Ａ０７で同定されるｓｃＦｖには、ＶＨ配列
Figure 2021508475
及びＶＬ配列
Figure 2021508475
が含まれる。
受容体
提供されるＡＢＰ、例えば、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ ＡＢＰには、受容体がある。受容体には、本明細書に開示のＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的に特異的に結合する抗原受容体および他のキメラ受容体が含まれ得る。受容体は、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）であり得る。受容体は、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）であり得る。
ＴＣＲは、可溶性または膜結合型であり得る。抗原受容体の中でも、とりわけ際立っているのが、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）などの機能的な非ＴＣＲ抗原受容体である。また、受容体を発現する細胞療法及び養子細胞療法（例えば、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ発現に関連する、がん等の疾患及び障害の治療）における、該細胞の使用も、提供されている。
ＣＡＲをはじめとする例示的な抗原受容体、及びそのような受容体を操作して細胞に導入する方法としては、例えば、国際特許出願公開第ＷＯ２０００１４２５７号、同第ＷＯ２０１３１２６７２６号、同第ＷＯ２０１２／１２９５１４号、同第ＷＯ２０１４０３１６８７号、同第ＷＯ２０１３／１６６３２１号、同第ＷＯ２０１３／０７１１５４号、同第ＷＯ２０１３／１２３０６１号、米国特許出願公開第ＵＳ２００２１３１９６０号、同第ＵＳ２０１３２８７７４８号、同第ＵＳ２０１３０１４９３３７号、米国特許第６，４５１，９９５号、同第７，４４６，１９０号、同第８，２５２，５９２号、同第８，３３９，６４５号、同第８，３９８，２８２号、同第７，４４６，１７９号、同第６，４１０，３１９号、同第７，０７０，９９５号、同第７，２６５，２０９号、同第７，３５４，７６２号、同第７，４４６，１９１号、同第８，３２４，３５３号、及び同第８，４７９，１１８号ならびに欧州特許出願第ＥＰ２５３７４１６号に記載されているものが挙げられ、及び／またはＳａｄｅｌａｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｄｉｓｃｏｖ．２０１３ Ａｐｒｉｌ；３（４）：３８８−３９８；Ｄａｖｉｌａ ｅｔ ａｌ．（２０１３）ＰＬｏＳ ＯＮＥ ８（４）：ｅ６１３３８；Ｔｕｒｔｌｅ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，２０１２ Ｏｃｔｏｂｅｒ；２４（５）：６３３−３９；Ｗｕ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ，２０１２ Ｍａｒ．１８（２）：１６０−７５に記載されているものが挙げられる。いくつかの態様において、抗原受容体として挙げられるＣＡＲは、米国特許第７，４４６，１９０号に記載されているほか、国際特許出願公開第ＷＯ／２０１４０５５６６８（Ａ１）号にも記載されている。ＣＡＲの例としては、前述の刊行物、例えば、ＷＯ２０１４０３１６８７、米国特許第８，３３９，６４５号、米国特許第７，４４６，１７９号、米国特許出願公開第２０１３／０１４９３３７号、米国特許第７，４４６，１９０号、米国特許第８，３８９，２８２号のいずれかに開示されているＣＡＲが挙げられ、該文献において、例えば、ｓｃＦｖのような抗原結合部分は、本明細書に提供される抗体によって置換されている。
キメラ受容体には、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）がある。ＣＡＲなどのキメラ受容体は一般に細胞外抗原結合ドメインを含み、これは、抗ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ抗体などの提供される抗ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ ＡＢＰのうちの１つを含むか、該提供される抗ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ ＡＢＰであるか、または、該提供される抗ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ ＡＢＰの中に含まれる。それゆえ、キメラ受容体（例えばＣＡＲ）は、典型的に、それらの細胞外部分に１つ以上のＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ−ＡＢＰ（例えば、１つ以上の抗原結合断片、ドメインもしくは部分、または１つ以上の抗体可変ドメインを備え、及び／または、本明細書中に記載されているような抗体分子）を含む。いくつかの実施形態において、ＣＡＲは、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ結合部分またはＡＢＰ（例えば抗体）分子の一部（可変重（ＶＨ）鎖領域、及び／またはｓｃＦｖ抗体断片のような抗体の可変軽（ＶＬ）鎖領域など）を含む。
ＴＣＲ
一態様において、本明細書中に提供されているＡＢＰ（例えば、本明細書中に開示されているＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的に対し特異的に結合するＡＢＰ）は、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）を含む。ＴＣＲは、単離及び精製が可能である。
大多数のＴ細胞において、ＴＣＲは、アルファ（α）鎖とベータ（β）鎖とを有するヘテロ二量体ポリペプチドであり、これらα鎖及びβ鎖はそれぞれＴＲＡ及びＴＲＢによってコードされている。α鎖には、ＴＲＡＶによってコードされたα可変領域、ＴＲＡＪによってコードされたα結合領域、及びＴＲＡＣによってコードされたα定常領域が含まれるのが、一般的である。β鎖は、一般的に、ＴＲＢＶでコードされたβ可変領域、ＴＲＢＤでコードされたβ多様性領域、ＴＲＢＪでコードされたβ結合領域、及びＴＲＢＣでコードされたβ定常領域を備える。ＴＣＲ−α鎖はＶＪ組み換えによって生成され、β鎖受容体はＶ（Ｄ）Ｊ組み換えによって生成される。追加のＴＣＲ多様性は、接合部の多様性に起因する。接合部の各々において、塩基（Ｎ及びＰヌクレオチドと呼称される）によっては、削除されるものもあれば、追加されるものもある。Ｔ細胞によっては、ＴＣＲ内にγ鎖とδ鎖とが含まれるものも、少数ではあるが存在する。ＴＣＲ γ鎖はＶＪ再結合によって生成され、ＴＣＲδ鎖はＶ（Ｄ）Ｊ再結合によって生成される（Ｋｅｎｎｅｔｈ Ｍｕｒｐｈｙ，Ｐａｕｌ Ｔｒａｖｅｒｓ、及びＭａｒｋ Ｗａｌｐｏｒｔ，Ｊａｎｅｗａｙ’ｓ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ７ｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｇａｒｌａｎｄ Ｓｃｉｅｎｃｅ，２００７。該文献は、その全体が、本明細書において参照により援用されている）。ＴＣＲの抗原結合部位には、通例、６つの相補性決定領域（ＣＤＲ）が含まれる。α鎖は、３つの ＣＤＲ（αＣＤＲ１、αＣＤＲ２、及びαＣＤＲ３）に寄与している。同様に、β鎖は、３つのＣＤＲ（βＣＤＲ１、βＣＤＲ２、及びβＣＤＲ３）に寄与している。αＣＤＲ３及びβＣＤＲ３は、Ｖ（Ｄ）Ｊ組み換えによって最も影響を受ける領域であり、その領域に起因してＴＣＲレパートリーの変動が生ずる。
ＴＣＲは、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的（例えば、表Ａに開示されているＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的）を特異的に認識できる。それゆえ、ＴＣＲは、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥに対し特異的に結合するＡＢＰであると考えられる。ＴＣＲは、例えば、Ｂ細胞によって分泌される抗体と同様、可溶性であり得る。また、ＴＣＲは、例えば、Ｔ細胞またはナチュラルキラー（ＮＫ）細胞のような細胞上の膜結合型であり得る。それゆえ、ＴＣＲは、可溶性抗体及び／または膜結合ＣＡＲに対応する状況において使用される場合がある。
本明細書中に開示されている任意のＴＣＲは、α可変領域、α接合領域、任意でα定常領域、任意でβ可変領域、任意でβ多様性領域、β接合領域、及び任意でβ定常領域を備え得る。
いくつかの実施形態では、ＴＣＲまたはＣＡＲは、組み換えＴＣＲまたはＣＡＲである。組み換えＴＣＲまたはＣＡＲは、本明細書中に同定されているＴＣＲのいずれかを含み得るが、ただし１つ以上の修飾も含む。例示的な修飾、例えば、アミノ酸置換は、本明細書中に記載されている。本明細書中に記載されているアミノ酸置換は、ＩＭＧＴ命名法及びアミノ酸番号付けを参照して行うことができる。ｗｗｗ．ｉｍｇｔ．ｏｒｇを参照のこと。
組み換えＴＣＲまたはＣＡＲは、完全なヒト配列、例えば天然のヒト配列を含むヒトＴＣＲまたはＣＡＲとしてもよい。組み換えＴＣＲまたはＣＡＲは、その天然のヒト可変ドメイン配列を保持し得るが、ただし、α定常領域、β定常領域、またはα定常領域及びβ定常領域の両方に対する修飾を含む。ＴＣＲ定常領域に対するそのような修飾は、例えば、外因性ＴＣＲ鎖の優先的対合を駆動することにより、ＴＣＲ遺伝子療法のためのＴＣＲ組立ておよび発現を改善し得る。
いくつかの実施形態において、α及びβ定常領域は、マウス定常領域配列をヒト定常領域配列全体で置換することにより修飾される。そのような「マウス化」ＴＣＲ及びそれらを作製する方法は、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．２００６ Ｓｅｐ １；６６（１７）：８８７８−８６に記載されており、該文献は、その全体が、本明細書において参照により援用されている。
いくつかの実施形態では、αおよびβ定常領域は、特定のヒト残基をマウス残基に入れ替える（ヒト→マウスアミノ酸交換）、ヒトＴＣＲ α定常（ＴＲＡＣ）領域、ＴＣＲ β定常（ＴＲＢＣ）領域、またはＴＲＡＣおよびＴＲＡＢ領域における１つ以上のアミノ酸置換を行うことにより修飾される。ＴＲＡＣ領域における１つ以上のアミノ酸置換としては、残基９０におけるＳｅｒ置換、残基９１におけるＡｓｐ置換、残基９２におけるＶａｌ置換、残基９３におけるＰｒｏ置換、またはそれらの任意の組み合わせを挙げることができる。ヒトＴＲＢＣ領域における１つ以上のアミノ酸置換としては、残基１８におけるＬｙｓ置換、残基２２におけるＡｌａ置換、残基１３３におけるＩｌｅ置換、残基１３９におけるＨｉｓ置換、または上記の任意の組み合わせを挙げることができる。そのような標的化アミノ酸置換は、Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｊｕｎｅ １，２０１０，１８４（１１）６２２３−６２３１に記載されており、該文献は、その全体が、本明細書において参照により援用されている。
いくつかの実施形態において、ヒトＴＲＡＣは残基２１０にＡｓｐ置換を含み、ヒトＴＲＢＣは残基１３４にＬｙｓ置換を含む。そのような置換は、α鎖とβ鎖との間の塩橋の形成、及びＴＣＲ鎖間ジスルフィド結合の形成を促進し得る。これら標的化された置換は、Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｊｕｎｅ １，２０１０，１８４（１１）６２３２−６２４１に記載されており、該文献は、その全体が、本明細書において参照により援用されている。
いくつかの実施形態では、ヒトＴＲＡＣおよびヒトＴＲＢＣ領域は、追加のジスルフィド結合の形成により外因性ＴＣＲ鎖の優先的対合を改善し得る導入されたシステインを含むように修飾される。例えば、ヒトＴＲＡＣは、残基４８にＣｙｓ置換を含む場合があり、ヒトＴＲＢＣは、残基５７にＣｙｓ置換を含む場合がある。これは、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．２００７ Ａｐｒ １５；６７（８）：３８９８−９０３及びＢｌｏｏｄ．２００７ Ｍａｒ １５；１０９（６）：２３３１−８に記載されており、該文献はその全体が本明細書において参照により援用されている。
組み換えＴＣＲまたはＣＡＲでは、α鎖及びβ鎖に対し他の修飾も施し得る。
いくつかの実施形態では、α鎖及びβ鎖の細胞外ドメインを完全なヒトＣＤ３ζ（ＣＤ３−ゼータ）分子に連結することによって、α鎖及びβ鎖に修飾を施す。そのような修飾は、Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｊｕｎｅ １，２００８，１８０（１１）７７３６−７７４６；Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．２０００ Ａｕｇ；７（１６）：１３６９−７７、及びＯｐｅｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ Ｊｏｕｒｎａｌ，２０１１，４：１１−２２に記載されており、該文献はその全体が本明細書において参照により援用されている。
いくつかの実施形態では、α鎖は、α鎖の膜貫通領域に疎水性アミノ酸置換を導入することにより修飾される。これは、Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｊｕｎｅ １，２０１２，１８８（１１）５５３８−５５４６に記載されており、該文献はその全体が本明細書において参照により援用されている。
アミノ酸配列内のＮ−グリコシル化部位のいずれか１つを修飾することによって、α鎖またはβ鎖に修飾を施すことが可能である。これは、Ｊ Ｅｘｐ Ｍｅｄ．２００９ Ｆｅｂ １６；２０６（２）：４６３−４７５に記載されており、該文献は、その全体が、本明細書において参照により援用されている。
α鎖及びβ鎖はそれぞれ、二量体化ドメイン、例えば、異種二量体化ドメインを備え得る。そのような異種ドメインは、当該技術分野において公知であるように、ロイシンジッパー、５Ｈ３ドメインもしくは疎水性プロリンに富むカウンタードメインもしくは他の類似の様式であり得る。一例において、α鎖及びβ鎖は、α及びβ細胞外ドメインのカルボキシル末端に３０ｍｅｒのセグメントを導入することにより修飾することが可能であり、それにより、セグメントは選択的に会合して安定したロイシンジッパーを形成する。そのような修飾は、ＰＮＡＳ Ｎｏｖｅｍｂｅｒ ２２，１９９４．９１（２４）１１４０８−１１４１２；ｈｔｔｐｓ：／／ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１０７３／ｐｎａｓ．９１．２４．１１４０８に記載されている。該文献は、その全体が、本明細書において参照により援用されている。
本明細書で同定されたＴＣＲは、親和性または半減期の増加をもたらす変異を含むように修飾され得る。この変異としては、ＷＯ２０１２／０１３９１３に記載されているものが挙げられる。該文献は、その全体が、本明細書において参照により援用されている。
組み換えＴＣＲまたはＣＡＲは、一本鎖ＴＣＲ（ｓｃＴＣＲ）である場合もある。このようなｓｃＴＣＲは、ＴＣＲα鎖定常領域細胞外配列のＮ末端に融合されたα鎖可変領域配列と、ＴＣＲβ鎖定常領域の細胞外配列のＮ末端に融合したＴＣＲβ鎖可変領域と、αセグメントのＣ末端をβセグメントのＮ末端に連結するリンカー配列、またはその逆に連結するリンカー配列とを、含み得る。いくつかの実施形態では、ｓｃＴＣＲのα及びβセグメントの定常領域細胞外配列は、ジスルフィド結合によって連結されている。いくつかの実施形態では、リンカー配列の長さ、及びジスルフィド結合の位置は、α及びβセグメントの可変領域配列は、実質的に天然のαβＴ細胞受容体と同様に相互に配向するように為されている。例示的なｓｃＴＣＲは、米国特許第７，５６９，６６４号に記載されており、この文献は、その全体が、本明細書において参照により援用されている。
いくつかの事例において、ｓｃＴＣＲの可変領域は、Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ ｖｏｌｕｍｅ ７，ｐａｇｅｓ １３６９−１３７７（２０００）に記載されているような短いペプチドリンカーによって共有結合される場合がある。短いペプチドリンカーは、セリンに富むリンカーまたはグリシンに富むリンカーであり得る。例えば、リンカーは、Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ（２００４）１１，４８７−４９６に記載されているような（Ｇｌｙ４Ｓｅｒ）３であり得る。該文献は、その全体が、参照により援用されている。
組み換えＴＣＲまたはその抗原結合断片は、融合タンパク質として発現され得る。例えば、ＴＣＲまたはその抗原結合断片は、毒素と融合される場合もある。そのような融合タンパク質は、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．２００２ Ｍａｒ １５；６２（６）：１７５７−６０に記載されている。ＴＣＲまたはその抗原結合断片は、抗体のＦｃ領域と融合し得る。そのような融合タンパク質は、Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｍａｙ １，２０１７，１９８（１ Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ）１２０．９．
いくつかの実施形態では、組み換え受容体、例えば、ＴＣＲまたはＣＡＲ（その抗体部分など）は、スペーサーを更に含み、このスペーサーは、免疫グロブリン定常領域またはその変異体もしくは修飾型（例えば、ＩｇＧ４ヒンジ領域のようなヒンジ領域、及び／またはＣＨ１／ＣＬ及び／またはＦｃ領域）の少なくとも一部であり得るか、あるいはそれらのお領域を備え得る。いくつかの実施形態において、定常領域または定常部分は、ＩｇＧ４またはＩｇＧ１のようにヒトＩｇＧ由来のものである。いくつかの態様において、定常領域の一部は、抗原認識構成要素、例えば、ｓｃＦｖと膜貫通ドメインとの間のスペーサー領域として機能する。スペーサーの長さは、スペーサーが存在しない場合と比較して、抗原結合後の細胞の応答性を増強させるような長さとされる場合がある。いくつかの例において、スペーサーの長さは、約１２アミノ酸であるか、または１２アミノ酸以下である。例示的なスペーサーとしては、少なくとも約１０〜２２９アミノ酸、約１０〜２００アミノ酸、約１０〜１７５アミノ酸、約１０〜１５０アミノ酸、約１０〜１２５アミノ酸、約１０〜１００アミノ酸、約１０〜７５アミノ酸、約１０〜５０アミノ酸、約１０〜４０アミノ酸、約１０〜３０アミノ酸、約１０〜２０アミノ酸、または約１０〜１５アミノ酸を有するもの（列挙されている範囲のいずれかの端点間の任意の整数を含む）が挙げられる。いくつかの実施形態では、スペーサー領域は、約１２アミノ酸以下、約１１９アミノ酸以下、または約２２９アミノ酸以下を有する。例示的なスペーサーには、ＩｇＧ４ヒンジのみ、ＣＨ２及びＣＨ３ドメインに連結されたＩｇＧ４ヒンジ、またはＣＨ３ドメインに連結されたＩｇＧ４ヒンジが包含される。例示的なスペーサーの例としては、限定されるものではないが、Ｈｕｄｅｃｅｋ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．，１９：３１５３、または国際特許出願公開第ＷＯ２０１４０３１６８７号に記載されているものが挙げられる。いくつかの実施形態において、定常領域または定常部分はＩｇＤである。
受容体（ＴＣＲもしくはＣＡＲなど）の抗原認識ドメインは、１つ以上の細胞内シグナル伝達成分（シグナル伝達成分など）に連結し得る。これらの細胞内シグナル伝達成分は、ＣＡＲの場合、抗原受容体複合体（ＴＣＲ複合体など）を介した活性化、及び／または別の細胞表面受容体を介したシグナルを模倣する。それゆえ、いくつかの実施形態において、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ特異的結合成分（例えば、抗体またはＴＣＲなどのＡＢＰ）は、１つ以上の膜貫通及び細胞内シグナル伝達ドメインに連結される。いくつかの実施形態において、膜貫通ドメインは、細胞外ドメインに融合している。一実施形態では、膜貫通ドメインとしては、受容体（例えば、ＣＡＲ）内のドメインの１つと自然界にて会合するものが、使用される。いくつかの実例では、膜貫通ドメインが、アミノ酸置換によって選択または修飾される。それによって、そのようなドメインが、同じもしくは異なる表面膜タンパク質の膜貫通ドメインに結合されるのが回避されると共に、受容体複合体の他のメンバーとの相互作用が最小限に抑えられる。
いくつかの実施形態において、膜貫通ドメインは、天然源または合成源のいずれかに由来する。供給源が天然の場合、一部の態様のドメインは、膜結合または膜貫通タンパク質に由来する。膜貫通領域としては、Ｔ細胞受容体、ＣＤ２８、ＣＤ３イプシロン、ＣＤ４５、ＣＤ４、ＣＤ５、ＣＤＳ、ＣＤ９、ＣＤ１６、ＣＤ２２、ＣＤ３３、ＣＤ３７、ＣＤ６４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ１３４、ＣＤ１３７またはＣＤ１５４の、α鎖、β鎖またはζ鎖に由来する（すなわち、少なくとも膜貫通領域（複数可）を含む）ものが挙げられる。代替的に、いくつかの実施形態における膜貫通ドメインは、合成の膜貫通ドメインとされる。いくつかの態様において、合成膜貫通ドメインは、ロイシン及びバリンのような疎水性の残基がその大部分を占める。いくつかの態様において、フェニルアラニン、トリプトファン、バリンのトリプレットは、合成膜貫通ドメインの両端に見出される。いくつかの実施形態では、連結は、リンカー、スペーサー、及び／または膜貫通ドメイン（複数可）を介して為される。
細胞内シグナル伝達ドメインの中でも、とりわけ際立っているのが、天然の抗原受容体を介したシグナル、そのような受容体と共刺激受容体との組み合わせを介したシグナル、及び／または共刺激受容体のみを介したシグナルを模倣するか、あるいはそのシグナルに近似するものである。いくつかの実施形態では、短いオリゴまたはポリペプチドリンカー、例えば、グリシン及びセリンを含むものなどの、長さが２〜１０アミノ酸のリンカー（グリシン−セリンダブレットなど）は、受容体の膜貫通ドメインと細胞質シグナル伝達ドメインとの間に存在し、連結を形成している。
受容体、例えば、ＴＣＲまたはＣＡＲは、少なくとも１つの細胞内シグナル伝達成分を含み得る。いくつかの実施形態では、受容体は、Ｔ細胞活性化及び細胞毒性を媒介するＴＣＲ ＣＤ３鎖などのＴＣＲ複合体の細胞内成分、例えばＣＤ３ζ鎖を含む。それゆえ、いくつかの態様において、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ結合ＡＢＰ（例えば、抗体）が、１つ以上のセルシグナリングモジュールに連結されている。いくつかの実施形態では、細胞シグナル伝達モジュールとしては、ＣＤ３膜貫通ドメイン、ＣＤ３細胞内シグナル伝達ドメイン、及び／または他のＣＤ膜貫通ドメインが挙げられる。いくつかの実施形態では、受容体、例えば、ＣＡＲは更に、１つ以上の追加的な分子、例えば、Ｆｃ受容体−ガンマ、ＣＤ８、ＣＤ４、ＣＤ２５、またはＣＤ１６の一部を含む。例えば、いくつかの態様において、ＣＡＲには、ＣＤ３ζまたはＦｃ受容体γとＣＤ８、ＣＤ４、ＣＤ２５またはＣＤ１６との間の、キメラ分子が含まれる。
いくつかの実施形態では、ＴＣＲまたはＣＡＲのライゲーション時に、受容体の細胞質ドメインまたは細胞内シグナル伝達ドメインは、免疫細胞、例えば受容体を発現するように操作を施されたＴ細胞の正常なエフェクター機能または応答の少なくとも１つを、活性化させる。例えば、いくつかの状況において、受容体は、Ｔ細胞の機能、例えば、細胞溶解活性またはＴヘルパー活性（サイトカインもしくは他の因子の分泌など）を誘導する。いくつかの実施形態では、抗原受容体成分または共刺激分子の細胞内シグナル伝達ドメインの切断された部分は、例えば、それがエフェクター機能シグナルを伝達する場合、無傷の免疫刺激鎖の代わりに使用される。いくつかの実施形態において、細胞内シグナル伝達ドメイン（１つもしくは複数）には、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）の細胞質配列が含まれ、また、いくつかの態様では、天然の状況（ｃｏｎｔｅｘｔ）において、そのような受容体と協調して作用して抗原受容体の関与に引き続きシグナル伝達を開始する、共受容体の細胞質配列が含まれ、及び／または、そのような分子の任意の誘導体または変異体、及び／または同じ機能的能力を有する任意の合成配列が含まれる。
天然ＴＣＲの状況において、完全な活性化を行うには、ＴＣＲを介したシグナル伝達だけでなく、共刺激シグナルも必要とされるのが、通例である。それゆえ、いくつかの実施形態では、完全な活性化を促進する目的から、二次または共刺激シグナルを生成するための構成要素もまた、受容体に含まれる。他の実施形態において、受容体は、共刺激シグナルを生成するための構成要素を含まない。いくつかの態様では、追加的な受容体が同じ細胞内で発現し、二次シグナルまたは共刺激シグナルを生成するための構成要素を提供する。
いくつかの態様において、Ｔ細胞活性化は、２つのクラスの細胞質シグナル伝達配列によって媒介されることが記載されている。すなわち、ＴＣＲ（一次細胞質シグナル伝達配列）を介して抗原依存の一次活性化を開始する、細胞質シグナル伝達配列、及び抗原非依存的に作用して二次または共刺激シグナル（二次細胞質シグナル伝達配列）を提供する細胞質シグナル伝達配列である。いくつかの態様において、受容体は、そのようなシグナル伝達成分の一方または両方を含む。
いくつかの態様において、受容体には、ＴＣＲ複合体の一次活性化を調節する一次細胞質シグナル伝達配列が含まれる。刺激的に作用する一次細胞質シグナル伝達配列には、免疫受容体チロシンベースの活性化モチーフまたはＩＴＡＭとして知られているシグナル伝達モチーフが含まれている場合がある。一次細胞質シグナル伝達配列を含むＩＴＡＭの例としては、ＴＣＲまたはＣＤ３ζ、ＦｃＲγ、ＦｃＲβ、ＣＤ３γ、ＣＤ３δ、ＣＤ３ε、ＣＤＳ、ＣＤ２２、ＣＤ７９ａ、ＣＤ７９ｂ、及びＣＤ６６ｄに由来するものが挙げられる。いくつかの実施形態ではＣＡＲの細胞質シグナル伝達分子（複数可）には、細胞質シグナル伝達ドメイン、その一部、またはＣＤ３ζに由来する配列が含まれている。
いくつかの実施形態において、受容体は、ＣＤ２８、４−１ＢＢ、ＯＸ４０、ＤＡＰ１０、及びＩＣＯＳなどの共刺激受容体のシグナル伝達ドメイン及び／または膜貫通部分を備える。いくつかの態様において、同じ受容体に、活性化成分、及び共刺激成分の両方が含まれる。
いくつかの実施形態では、活性化ドメインが１つの受容体に含まれているが、共刺激成分は別の抗原を認識する別の受容体によって提供される。いくつかの実施形態では、受容体には、活性化受容体または刺激受容体と共刺激受容体とが含まれており、両方とも同じ細胞内で発現する（出典：ＷＯ２０１４／０５５６６８）。ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的受容体は、いくつかの態様では刺激性または活性化受容体とされ、他の態様態様では共刺激受容体とされる。いくつかの実施形態では、細胞は更に、ｉＣＡＲのような抑制性受容体（例えば、出典：Ｆｅｄｏｒｏｖ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉ．Ｔｒａｎｓｌ．Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，５（２１５）（Ｄｅｃｅｍｂｅｒ，２０１３）、例えばＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ以外の抗原を認識する受容体を含み、これにより、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的化受容体を介して送達される活性化シグナルを、阻害剤受容体のそのリガンドへの結合によって減退するまたは阻害し、ひいては、例えば標的外効果を低減する。
或る特定の実施形態において、細胞内シグナル伝達ドメインに、ＣＤ３（例えば、ＣＤ３−ζ）細胞内ドメインに連結されたＣＤ２８膜貫通及びシグナル伝達ドメインを備える。いくつかの実施形態では、細胞内シグナル伝達ドメインに、ＣＤ３ζ細胞内ドメインに連結されているキメラＣＤ２８及びＣＤ１３７（４−１ＢＢ、ＴＮＦＲＳＦ９）共刺激ドメインが含まれる。
いくつかの実施形態では、受容体は、細胞質部分における１つ以上、例えば２つ以上の共刺激ドメイン及び活性化ドメイン、例えば一次活性化ドメインを包含する。例示的な受容体としては、ＣＤ３ζ、ＣＤ２８、及び４−１ＢＢの細胞内成分が挙げられる。
いくつかの実施形態において、ＣＡＲまたはＴＣＲなどの他の抗原受容体は更に、細胞表面マーカーなどのマーカーを含む。このマーカーを使用して細胞の形質導入または遺伝子操作を行い、例えば、切断型ＥＧＦＲ（ｔＥＧＦＲ）などの細胞表面受容体の切断型をはじめとする受容体の発現を確証することが可能である。いくつかの態様において、マーカーとしては、ＣＤ３４、神経成長因子受容体（ＮＧＦＲ）、または上皮成長因子受容体（例えば、ｔＥＧＦＲ）の全部または一部（例えば、切断型）が挙げられる。いくつかの実施形態において、マーカーをコードする核酸は、開裂性リンカー配列またはリボソームスキップ配列（例えば、Ｔ２Ａのようなリンカー配列）をコードするポリヌクレオチドに作動可能に連結されている。ＷＯ２０１４０３１６８７を参照のこと。いくつかの実施形態では、Ｔ２Ａリボソームスイッチによって分離されたＣＡＲとＥＧＦＲｔをコードするコンストラクトの導入によって、同じコンストラクトから２つのタンパク質を発現させる場合がある。ＥＧＦＲｔをマーカーとして使用することで、そのようなコンストラクトを発現する細胞を検出することが可能となる。いくつかの実施形態では、マーカー、任意でリンカー配列は、特許出願公開第ＷＯ２０１４０３１６８７号に開示されているもののいずれかであり得る。例えば、マーカーを、任意で、Ｔ２Ａリボソームスキップ配列などのリンカー配列に連結されている切断型ＥＧＦＲ（ｔＥＧＦＲ）としてもよい。
いくつかの実施形態において、マーカーは、Ｔ細胞で天然に見出されず、またＴ細胞の表面上で天然に見出されない、分子（例えば、細胞表面タンパク質）またはその一部である。
いくつかの実施形態において、分子は、非自己分子（例えば非自己タンパク質）、すなわち、細胞が養子移入される宿主の免疫系によって「自己」として認識されないものである。
いくつかの実施形態において、マーカーは、遺伝子操作（例えば、成功裡に操作を施された細胞の選択）用のマーカーとして使えるが、それ以外には一切の治療機能を果たさず、及び／あるいは一切の効能を発揮しない。他の実施形態において、マーカーは、治療分子または他の何らかの望ましい効果を発揮する分子（例えば、ｉｎ ｖｉｖｏで遭遇する細胞のリガンド、例えば、養子移入及びリガンドとの遭遇時の細胞の応答を増強及び／または抑制するための、共刺激または免疫チェックポイント分子）であり得る。
ＴＣＲまたはＣＡＲは、１つ以上の天然に存在するアミノ酸の代わりに、１つまたは修飾された合成アミノ酸を含む場合がある。例示的な修飾アミノ酸としては、限定されるものではないが、アミノシクロヘキサンカルボン酸、ノルロイシン、αアミノｎ−デカン酸、ホモセリン、Ｓ−アセチルアミノメチルシステイン、ｔｒａｎｓ−３−及びｔｒａｎｓ−４−ヒドロキシプロリン、４−アミノフェニルアラニン、４−ニトロフェニルアラニン、４−クロロフェニルアラニン、４−カルボキシフェニルアラニン、（３−フェニルセリン（３−ヒドロキシフェニルアラニン、フェニルグリシン、αナフチルアラニン、シクロヘキシルアラニン、シクロヘキシルグリシン、インドリン−２−カルボン酸、１，２，３，４−テトラヒドロイソキノリン−３−カルボン酸、アミノマロン酸、アミノマロン酸モノアミド、Ｎ’−ベンジル−Ｎ’−メチル−リジン、Ｎ’,Ｎ’−ジベンジル−リジン、６−ヒドロキシリジン、オルニチン、αアミノシクロペンタンカルボン酸、αアミノシクロヘキサンカルボン酸、αアミノシクロヘプタンカルボン酸、α（２−アミノ−２−ノルボルナン）−カルボン酸、α，γ−ジアミノ酪酸酸、α，γ−ジアミノプロピオン酸、ホモフェニルアラニン、及びα−ｔｅｒｔブチルグリシンが挙げられる。
いくつかの事例において、ＣＡＲは、第１、第２、及び／または第３世代のＣＡＲと呼称される。いくつかの態様において、第１世代のＣＡＲは、抗原が結合するとＣＤ３鎖誘導シグナルのみを提供するＣＡＲである。一部の態様において、第２世代のＣＡＲは、そのようなシグナル及び共刺激シグナルを提供するもの（例えば、ＣＤ２８またはＣＤ１３７などの共刺激受容体からの細胞内シグナル伝達ドメインを備えるもの）である。いくつかの態様において、いくつかの態様における第３世代ＣＡＲは、異なる共刺激受容体の複数の共刺激ドメインを備えるＣＡＲである。
いくつかの実施形態において、キメラ抗原受容体は、本明細書中に記載されている抗体または断片を含む細胞外部分を備える。いくつかの態様において、キメラ抗原受容体は、本明細書中に記載されている抗体または断片を含む細胞外部分と、細胞内シグナル伝達ドメインと、を備える。いくつかの実施形態では、抗体または断片にはｓｃＦｖまたは単一ドメインＶＨ抗体が含まれ、細胞内ドメインにはＩＴＡＭが含まれる。いくつかの態様において、細胞内シグナル伝達ドメインは、ＣＤ３−ζ（ＣＤ３）鎖のζ鎖のシグナル伝達ドメインを備える。いくつかの実施形態では、キメラ抗原受容体は、該細胞外ドメインと該細胞内シグナル伝達ドメインとを連結する膜貫通ドメインを備える。
いくつかの態様において、膜貫通ドメインは、ＣＤ２８の膜貫通部分を備える。細胞外ドメイン及び膜貫通は、直接的にまたは間接的に連結し得る。いくつかの実施形態では、細胞外ドメイン及び膜貫通は、本明細書中に記載されているようなスペーサーによって連結されている。いくつかの実施形態では、キメラ抗原受容体は、膜貫通ドメインと細胞内シグナル伝達ドメインとの間などに、Ｔ細胞共刺激分子の細胞内ドメインを備える。いくつかの態様において、Ｔ細胞共刺激分子は、ＣＤ２８または４１ＢＢである。
いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、抗体（抗体断片など）と、ＣＤ２８もしくはその機能的変異体の膜貫通部分であるかまたはその膜貫通部分を備える膜貫通ドメインと、ＣＤ２８もしくはその機能的変異体のシグナル伝達部分とＣＤ３ζもしくはその機能的変異体のシグナル伝達部分とを備える細胞内シグナル伝達ドメインとを、具備する。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、抗体（抗体断片など）と、ＣＤ２８もしくはその機能的変異体の膜貫通部分であるかまたはその膜貫通部分を備える、膜貫通ドメインと、４−１ＢＢもしくはその機能的変異体のシグナル伝達部分とＣＤ３ζもしくはその機能的変異体のシグナル伝達部分とを備える、細胞内シグナル伝達ドメインとを、具備する。いくつかのそのような実施形態では、受容体は、ヒンジのみのスペーサーなどのＩｇ分子（Ｉｇヒンジ（例えば、ＩｇＧ４ヒンジ）のようなヒトＩｇ分子など）の一部を含むスペーサーを更に具備する。
いくつかの実施形態において、受容体の膜貫通ドメイン、例えばＣＡＲは、ヒトＣＤ２８またはその変異体の膜貫通ドメイン、例えばヒトＣＤ２８の２７アミノ酸膜貫通ドメイン（受託番号：Ｐ１０７４７．１）である。
いくつかの実施形態では、キメラ抗原受容体は、Ｔ細胞共刺激分子の細胞内ドメインを備える。いくつかの態様において、Ｔ細胞共刺激分子は、ＣＤ２８または４１ＢＢである。
いくつかの実施形態では、細胞内シグナル伝達ドメインに、ヒトＣＤ２８の細胞内共刺激シグナル伝達ドメインまたはその機能的変異体もしくは部分（例えば、その４１アミノ酸ドメイン）、及び／またはその種のドメインであって、天然ＣＤ２８タンパク質の１８６〜１８７位にＬＬからＧＧへの置換を有するドメインが含まれる。いくつかの実施形態において、細胞内ドメインは、４１ＢＢの細胞内共刺激シグナル伝達ドメインもしくは機能的変異体、またはその一部分（例えば、ヒト４−１ＢＢの４２アミノ酸細胞質ドメイン（受託番号Ｑ０７０１１．１）もしくは機能的変異体、またはその一部分）を含む。
いくつかの実施形態では、細胞内シグナル伝達ドメインは、ヒトＣＤ３ζ刺激シグナル伝達ドメインまたはその機能的変異体、例えば、ヒトＣＤ３ζのアイソフォーム３の１１２ＡＡ細胞質ドメイン（受託番号：Ｐ２０９６３．２）またはＣＤ３ζシグナル伝達ドメインで、米国特許第７，４４６，１９０号または米国特許第８，９１１，９９３号に記載されているものが含まれる。
いくつかの態様において、スペーサーは、ＩｇＧのヒンジ領域のみ（例えば、ＩｇＧ４またはＩｇＧ１のヒンジのみ）を含む。他の実施形態において、スペーサーは、ＣＨ２及び／またはＣＨ３ドメインに連結されたＩｇヒンジ、例えばＩｇＧ４ヒンジである。いくつかの実施形態において、スペーサーは、ＣＨ２及びＣＨ３ドメインに連結されたＩｇヒンジ、例えばＩｇＧ４ヒンジである。いくつかの実施形態において、スペーサーは、ＣＨ３ドメインのみに連結されたＩｇヒンジ、例えばＩｇＧ４ヒンジである。いくつかの実施形態において、スペーサーは、グリシン−セリンに富む配列または他の可動性リンカー（例えば、公知の可動性リンカー）であるか、またはそのリンカーを含む。
例えば、いくつかの実施形態において、ＣＡＲは、抗体またはその断片（例えば、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ抗体のいずれか）、例えば、本明細書中に記載されているような一本鎖抗体（ｓｄＡｂ、例えばＶＨ領域のみを含有するもの）及びｓｃＦｖ、Ｉｇヒンジを含むスペーサーなどのスペーサー、ＣＤ２８膜貫通ドメイン、ＣＤ２８細胞内シグナル伝達ドメイン、及びＣＤ３ζシグナル伝達ドメインを備える。いくつかの実施形態において、ＣＡＲは、抗体またはその断片（例えば、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ抗体のいずれか）、例えば、本明細書中に記載されているようなｓｄＡｂｓ及びｓｃＦｖ、Ｉｇヒンジを含むスペーサーなどのスペーサー、ＣＤ２８膜貫通ドメイン、ＣＤ２８細胞内シグナル伝達ドメイン、及びＣＤ３ζシグナル伝達ドメインを備える。
Ａ＊０１：０１＿ ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹ（配列番号：）［Ｇ１０］に対し標的特異的なＴＣＲ
いくつかの態様において、本明細書中に提供されているＡＢＰは、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的に対し特異的に結合するＴＣＲまたはその抗原結合断片を含み、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的のＨＬＡクラスＩ分子が、ＨＬＡサブタイプＡ＊０１：０１であり、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的のＨＬＡ制限ペプチドがＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹ（「Ｇ１０」）を含む。
Ａ＊０１：０１＿ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹに対し特異的なＴＣＲは、αＣＤＲ３配列を含み得る。αＣＤＲ３配列は、表１５中のαＣＤＲ３配列のいずれかであり得る。同定されたＴＣＲクロノタイプのα及びβＣＤＲ３配列は、表１５に示す通りである。
Ａ＊０１：０１＿ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹに対し特異的なＴＣＲは、βＣＤＲ３配列を含み得る。βＣＤＲ３配列は、表１５中のβＣＤＲ３配列のいずれかであり得る。
Ａ＊０１：０１＿ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹに対し特異的なＴＣＲは、特定の αＣＤＲ３配列及び特定のβＣＤＲ３配列を含み得る。例えば、Ａ＊０１：０１＿ ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹに対し特異的なＴＣＲは、表１５において同定されているＴＣＲのいずれか１つに由来するαＣＤＲ３配列とβＣＤＲ３配列とを含み得る。明確にするために、同定済み各ＴＣＲにＴＣＲ ＩＤ番号が割り当てられている。例えば、ＴＣＲ ＩＤ＃１は、αＣＤＲ３配列ＣＡＧＰＧＮＴＧＫＬＩＦとβＣＤＲ３配列ＣＡＳＳＮＡＧＤＱＰＱＨＦとを含む。
Ａ＊０１：０１＿ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹに対し特異的なＴＣＲは、ＴＲＡＶ、ＴＲＡＪ、ＴＲＢＶ、任意でＴＲＢＤ、及びＴＲＢＪアミノ酸配列、任意でＴＲＡＣ配列、ならびに、任意でＴＲＢＣ配列を含み得る。例えば、Ａ＊０１：０１＿ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹに対し特異的なＴＣＲは、ＴＲＡＶ、ＴＲＡＪ、ＴＲＢＶ、ＴＲＢＤ、ＴＲＢＪアミノ酸配列、ＴＲＡＣ配列、及びＴＲＢＣ配列で、表１４において同定されているＴＣＲのいずれか１つに由来するものを含み得る。明確にするために、同定済み各ＴＣＲにＴＣＲ ＩＤ番号が割り当てられている。例えば、ＴＣＲに割り当てられたＴＣＲ ＩＤ＃１には、ＴＲＡＶ２５配列、ＴＲＡＪ３７配列、ＴＲＡＣ配列、ＴＲＢＶ１９配列、ＴＲＢＤ１配列、ＴＲＢＪ１−５配列、及びＴＲＢＣ１配列が含まれる。
Ａ＊０１：０１＿ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹに対し特異的なＴＣＲは、αＶＪ配列を含み得る。αＶＪ配列配列は、表１６中のαＶＪ配列配列のいずれかであり得る。
Ａ＊０１：０１＿ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹに対し特異的なＴＣＲは、βＶ（Ｄ）Ｊ配列を含み得る。βＶ（Ｄ）Ｊ配列配列は、表１６中のβＶ（Ｄ）Ｊ配列配列のいずれかであり得る。
Ａ＊０１：０１＿ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹに対し特異的なＴＣＲは、αＶＪ配列及びβＶ（Ｄ）Ｊ配列を含み得る。例えば、Ａ＊０１：０１＿ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹに対し特異的なＴＣＲは、表１６において同定されているＴＣＲのいずれか１つに由来するαＶＪ配列とβＶ（Ｄ）Ｊ配列とを含み得る。同定済みＴＣＲクロノタイプの全長αＶ（Ｊ）及び全長βＶ（Ｄ）Ｊ配列は、表１６に図示されている通りである。例えば、ＴＣＲＩＤ＃１は、αＶ（Ｊ）配列
Figure 2021508475
及びβＶ（Ｄ）Ｊ配列
Figure 2021508475
を含む。
Ａ＊０１：０１＿ＨＳＥＶＧＬＰＶＹに対し標的特異的なＴＣＲ
いくつかの態様において、本明細書中に提供されているＡＢＰは、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的に対し特異的に結合するＴＣＲまたはその抗原結合断片を含み、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的のＨＬＡクラスＩ分子が、ＨＬＡサブタイプＡ＊０１：０１であり、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的のＨＬＡ制限ペプチドがＨＳＥＶＧＬＰＶＹを含む。
Ａ＊０１：０１＿ＨＳＥＶＧＬＰＶＹに対し特異的なＴＣＲは、αＣＤＲ３配列を含み得る。αＣＤＲ３配列は、表１８中のαＣＤＲ３配列のいずれか１つであり得る。同定されたＴＣＲクロノタイプのα及びβＣＤＲ３配列は、表１８に示す通りである。
Ａ＊０１：０１＿ＨＳＥＶＧＬＰＶＹに対し特異的なＴＣＲは、βＣＤＲ３配列を含み得る。βＣＤＲ３配列は、表１８中のβＣＤＲ３配列のいずれか１つであり得る。
Ａ＊０１：０１＿ＨＳＥＶＧＬＰＶＹに対し特異的なＴＣＲは、特定のαＣＤＲ３配列及び特定のβＣＤＲ３配列を含み得る。例えば、Ａ＊０１：０１＿ＨＳＥＶＧＬＰＶＹに対し特異的なＴＣＲは、表１８において同定されているＴＣＲのいずれか１つに由来するαＣＤＲ３配列とβＣＤＲ３配列とを含み得る。明確にするために、同定済み各ＴＣＲにＴＣＲ ＩＤ番号が割り当てられている。例えば、ＴＣＲ ＩＤ ＃３４５に、αＣＤＲ３配列ＣＡＡＮＰＧＤＹＫＬＳＦ及びβＣＤＲ３配列ＣＡＳＳＳＮＹＥＱＹＦが含まれる。
Ａ＊０１：０１＿ＨＳＥＶＧＬＰＶＹに対し特異的なＴＣＲは、ＴＲＡＶ、ＴＲＡＪ、ＴＲＢＶ、任意でＴＲＢＤ、及びＴＲＢＪアミノ酸配列、任意でＴＲＡＣ配列、ならびに、任意でＴＲＢＣ配列を含み得る。例えば、Ａ＊０１：０１＿ＨＳＥＶＧＬＰＶＹに対し特異的なＴＣＲは、ＴＲＡＶ、ＴＲＡＪ、ＴＲＢＶ、ＴＲＢＤ、ＴＲＢＪアミノ酸配列、ＴＲＡＣ配列、及びＴＲＢＣ配列で、表１７号において同定されているＴＣＲのいずれか１つに由来するものを含み得る。明確にするために、同定済み各ＴＣＲにＴＣＲ ＩＤ番号が割り当てられている。例えば、ＴＣＲに割り当てられたＴＣＲ ＩＤ ＃ ３４５に、ＴＲＡＶ１３−１配列、ＴＲＡＪ２０配列、ＴＲＡＣ配列、ＴＲＢＶ７−９配列、ＴＲＢＪ２−７配列、及びＴＲＢＣ２配列が含まれる。
Ａ＊０１：０１＿ＨＳＥＶＧＬＰＶＹに対し特異的なＴＣＲは、αＶＪ配列を含み得る。αＶＪ配列配列は、表１９中のαＶＪ配列配列のいずれか１つであり得る。
Ａ＊０１：０１＿ＨＳＥＶＧＬＰＶＹに対し特異的なＴＣＲは、βＶ（Ｄ）Ｊ配列を含み得る。βＶ（Ｄ）Ｊ配列配列は、表１９中のβＶ（Ｄ）Ｊ配列配列のいずれかであり得る。
Ａ＊０１：０１＿ＨＳＥＶＧＬＰＶＹに対し特異的なＴＣＲは、αＶＪ配列及びβＶ(Ｄ)Ｊ配列を含み得る。例えば、Ａ*０１：０１_ＨＳＥＶＧＬＰＶＹに対し特異的なＴＣＲは、表１９において同定されているＴＣＲのいずれか１つに由来するαＶＪ配列とβＶ(Ｄ)Ｊ配列とを含み得る。同定済みＴＣＲクロノタイプの全長αＶ（Ｊ）及び全長βＶ（Ｄ）Ｊ配列は、表１９に描かれている通りである。例えば、ＴＣＲ ＩＤ # ３４５に、αＶ(Ｊ)配列
Figure 2021508475
及びβＶ(Ｄ)Ｊ配列
Figure 2021508475
が含まれる。
操作を施された細胞
また、抗原受容体を含む細胞などの細胞で、例えば、本明細書中に記載されている抗ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ ＡＢＰ（例えば、ＣＡＲまたはＴＣＲ）を含む細胞外ドメインを備えたものも、提供されている。また、そのような細胞の集団、及びそのような細胞を含む組成物も、提供されている。いくつかの実施形態では、組成物または集団は、例えば、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ ＡＢＰを発現する細胞で、組成物中の全細胞の少なくとも１パーセント、５パーセント、１０パーセント、２０パーセント、３０パーセント、４０パーセント、５０パーセント、６０パーセント、７０パーセント、８０パーセント、９０パーセント、９１パーセント、９２パーセント、９３パーセント、９４パーセント、９５パーセント、９６パーセント、９７パーセント、９８パーセント、９９パーセントもしくは９９パーセント超えを構成する細胞、またはＴ細胞またはＣＤ８＋またはＣＤ４＋細胞などの特定のタイプの細胞に対し富化されている。いくつかの実施形態では、組成物は、本明細書中に開示されている抗原受容体を含む少なくとも１つの細胞を具備する。組成物の中には、養子細胞療法などの投与のための医薬組成物及び製剤がある。また、細胞及び組成物を対象、例えば患者に投与するための治療方法も、提供されている。
それゆえ、受容体、例えば、ＴＣＲまたはＣＡＲを含むＡＢＰを発現する遺伝子操作された細胞も、提供されている。細胞は一般に哺乳動物細胞などの真核細胞であり、典型的にはヒト細胞である。いくつかの実施形態では、血液、骨髄、リンパ、またはリンパ器官に由来する細胞は、免疫系の細胞（例えば、先天性の細胞）、または適応免疫（例えば、骨髄球またはリンパ球を含むリンパ球、典型的にはＴ細胞及び／またはＮＫ細胞）である。他の例示的な細胞としては、幹細胞、例えば、人工多能性幹細胞（ｉＰＳＣ）を含む多能性及び多能性幹細胞が挙げられる。これらの細胞は、典型的に、対象から直接的に単離された及び／または対象から単離されて凍結されたものなどの、初代細胞である。いくつかの実施形態では、細胞に、Ｔ細胞または他の細胞型の１つ以上のサブセット、例えばＴ細胞集団全体、ＣＤ４＋細胞、ＣＤ８＋細胞、及びそれらの亜集団、例えば機能、活性化状態、成熟度、分化の可能性、拡大、再循環、局在によって定義されたもの、及び／または持続能力、抗原特異性、抗原受容体のタイプ、特定の器官もしくはパーティションにおける存在、マーカーまたはサイトカイン分泌プロファイル、及び／または分化度が含まれる。治療を受ける対象に関して、細胞は同種異系及び／または自己由来であり得る。方法の中でも、とりわけ際立っているのが、既製の方法である。いくつかの態様において、例えば、既製の技術などの場合、細胞は多能性及び万能性であり、例えば、人工多能性幹細胞（ｉＰＳＣ）などの幹細胞である。いくつかの実施形態では、本方法は、本明細書中に記載されているように、対象から細胞を単離すること、それらの細胞を調製、処理、培養、及び／または操作すること、ならびに凍結保存の前または後に同じ患者にそれらを再導入することを含む。
Ｔ細胞及び／またはＣＤ４＋及び／またはＣＤ８＋Ｔ細胞のサブタイプ及び亜集団の中でも、とりわけ際立っているのが、ナイーブＴ（ＴＮ）細胞、エフェクターＴ細胞（ＴＥＦＦ）、メモリーＴ細胞及びそのサブタイプ（幹細胞メモリーＴ（ＴＳＣＭ）、セントラルメモリーＴ（ＴＣＭ）、エフェクターメモリーＴ（ＴＥＭ）、または最終分化型など）エフェクターメモリーＴ細胞、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）、未成熟Ｔ細胞、成熟Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞、細胞障害性Ｔ細胞、粘膜関連インバリアントＴ（ＭＡＬＴ）細胞、自然発生及び適応調節性Ｔ（Ｔｒｅｇ）細胞、ＴＨ１細胞、ＴＨ２細胞、ＴＨ３細胞、ＴＨ１７細胞、ＴＨ９細胞、ＴＨ２２細胞、濾胞ヘルパーＴ細胞、α／βＴ細胞、δ／γＴ細胞などのヘルパーＴ細胞である。
いくつかの実施形態では、細胞はナチュラルキラー（ＮＫ）細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、単球または顆粒球、例えば、骨髄細胞、マクロファージ、好中球、樹状細胞、肥満細胞、好酸球、及び／または好塩基球である。
細胞を遺伝子修飾して、発現を減少させるか、内因性ＴＣＲをノックアウトすることが可能である。そのような修飾は、Ｍｏｌ Ｔｈｅｒ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ．２０１２ Ｄｅｃ；１（１２）：ｅ６３；Ｂｌｏｏｄ．２０１１ Ａｕｇ １１；１１８（６）：１４９５−５０３；Ｂｌｏｏｄ．２０１２ Ｊｕｎ １４；１１９（２４）：５６９７−５７０５；Ｔｏｒｉｋａｉ，Ｈｉｒｏｋｉ ｅｔ ａｌ ”ＨＬＡ ａｎｄ ＴＣＲ Ｋｎｏｃｋｏｕｔ ｂｙ Ｚｉｎｃ Ｆｉｎｇｅｒ Ｎｕｃｌｅａｓｅｓ：Ｔｏｗａｒｄ “ｏｆｆ−ｔｈｅ−Ｓｈｅｌｆ” Ａｌｌｏｇｅｎｅｉｃ Ｔ−Ｃｅｌｌ Ｔｈｅｒａｐｙ ｆｏｒ ＣＤ１９＋Ｍａｌｉｇｎａｎｃｉｅｓ．．” Ｂｌｏｏｄ １１６．２１（２０１０）：３７６６；Ｂｌｏｏｄ．２０１８ Ｊａｎ １８；１３１（３）：３１１−３２２．ｄｏｉ：１０．１１８２／ｂｌｏｏｄ−２０１７−０５−７８７５９８、及びＷＯ２０１６０６９２８３に記載されており、該文献はその全体が参照により援用されている。
細胞を、サイトカイン分泌が促進されるように遺伝子修飾してもよい。そのような修飾は、Ｈｓｕ Ｃ，Ｈｕｇｈｅｓ ＭＳ，Ｚｈｅｎｇ Ｚ，Ｂｒａｙ ＲＢ，Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇ ＳＡ，Ｍｏｒｇａｎ ＲＡ．Ｐｒｉｍａｒｙ ｈｕｍａｎ Ｔ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ ｗｉｔｈ ａ ｃｏｄｏｎ−ｏｐｔｉｍｉｚｅｄ ＩＬ−１５ ｇｅｎｅ ｒｅｓｉｓｔ ｃｙｔｏｋｉｎｅ ｗｉｔｈｄｒａｗａｌ−ｉｎｄｕｃｅｄ ａｐｏｐｔｏｓｉｓ ａｎｄ ｐｅｒｓｉｓｔ ｌｏｎｇ−ｔｅｒｍ ｉｎ ｔｈｅ ａｂｓｅｎｃｅ ｏｆ ｅｘｏｇｅｎｏｕｓ ｃｙｔｏｋｉｎｅ．Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ．２００５；１７５：７２２６−３４；Ｑｕｉｎｔａｒｅｌｌｉ Ｃ，Ｖｅｒａ ＪＦ，Ｓａｖｏｌｄｏ Ｂ，Ｇｉｏｒｄａｎｏ Ａｔｔｉａｎｅｓｅ ＧＭ，Ｐｕｌｅ Ｍ，Ｆｏｓｔｅｒ ＡＥ，Ｃｏ−ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ｃｙｔｏｋｉｎｅ及びｓｕｉｃｉｄｅ ｇｅｎｅｓ ｔｏ ｅｎｈａｎｃｅ ｔｈｅ ａｃｔｉｖｉｔｙ及びｓａｆｅｔｙ ｏｆ ｔｕｍｏｒ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｃｙｔｏｔｏｘｉｃ Ｔ ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ．Ｂｌｏｏｄ．２００７；１１０：２７９３−８０２、及びＨｓｕ Ｃ，Ｊｏｎｅｓ ＳＡ，Ｃｏｈｅｎ ＣＪ，Ｚｈｅｎｇ Ｚ，Ｋｅｒｓｔａｎｎ Ｋ，Ｚｈｏｕ Ｊ，Ｃｙｔｏｋｉｎｅ−ｉｎｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ｇｒｏｗｔｈ及びｃｌｏｎａｌ ｅｘｐａｎｓｉｏｎ ｏｆ ａ ｐｒｉｍａｒｙ ｈｕｍａｎ ＣＤ８＋Ｔ−ｃｅｌｌ ｃｌｏｎｅ ｆｏｌｌｏｗｉｎｇ ｒｅｔｒｏｖｉｒａｌ ｔｒａｎｓｄｕｃｔｉｏｎ ｗｉｔｈ ｔｈｅ ＩＬ−１５ ｇｅｎｅ．Ｂｌｏｏｄ．２００７；１０９：５１６８−７７に記載されている。
Ｔ細胞上のケモカイン受容体と腫瘍分泌ケモカインとの不一致は、腫瘍の微小環境へのＴ細胞の準最適な輸送の主要因となることが明らかにされてきた。治療効果を向上させる目的から、細胞を、腫瘍の微小環境でのケモカインの認識を高めるように遺伝子組み換えすることも可能である。そのような修飾の例は、Ｍｏｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ａ ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ ＣＣＲ２ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｅｎｈａｎｃｅｓ ｔｕｍｏｒ ｌｏｃａｌｉｚａｔｉｏｎ ａｎｄ ｔｕｍｏｒ ｅｒａｄｉｃａｔｉｏｎ ｂｙ ｒｅｔａｒｇｅｔｅｄ ｈｕｍａｎ Ｔ ｃｅｌｌｓ ｅｘｐｒｅｓｓｉｎｇ ａ ｍｅｓｏｔｈｅｌｉｎ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｃｈｉｍｅｒｉｃ ａｎｔｉｂｏｄｙ ｒｅｃｅｐｔｏｒ．Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．２０１１；１７：４７１９−４７３０；及びＣｒａｄｄｏｃｋ ｅｔ ａｌ．，Ｅｎｈａｎｃｅｄ ｔｕｍｏｒ ｔｒａｆｆｉｃｋｉｎｇ ｏｆ ＧＤ２ ｃｈｉｍｅｒｉｃ ａｎｔｉｇｅｎ ｒｅｃｅｐｔｏｒ Ｔ ｃｅｌｌｓ ｂｙ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｃｈｅｍｏｋｉｎｅ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ＣＣＲ２ｂ．Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．２０１０：３３７８０−７８８に記載されている。
細胞を遺伝子修飾して、ＣＤ２８や４１ＢＢなどの共刺激／増強受容体の発現を増強することが可能である。
Ｔ細胞療法の有害作用として、サイトカイン放出症候群及び長期のＢ細胞枯渇を挙げることができる。自殺／安全スイッチをレシピエント細胞に導入することにより、細胞ベースの治療の安全性プロファイルが改善される可能性がある。したがって、細胞を、自殺／安全スイッチを含むように遺伝子組み換えする場合がある。自殺／安全スイッチは、遺伝子が発現される細胞に薬剤などの薬剤に対する感受性を付与し、細胞が薬剤と接触または接触したときに細胞を死滅させる遺伝子であり得る。例示的な自殺／安全スイッチは、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｃｅｌｌ．２０１７ Ａｕｇ；８（８）：５７３−５８９に記載されている。自殺／安全スイッチは、ＨＳＶ−ＴＫであり得る。自殺／安全スイッチは、シトシンデアミナーゼ、プリンヌクレオシドホスホリラーゼ、またはニトロレダクターゼであり得る。自殺／安全スイッチは、ＲａｐａＣＩＤｅ（商標）であり得る。これは、米国特許出願公開第ＵＳ２０１７０１６６８７７Ａ１号に記載されている。自殺／安全スイッチ系は、ＣＤ２０／リツキシマブであり得る。これは、Ｈａｅｍａｔｏｌｏｇｉｃａ．２００９ Ｓｅｐ；９４（９）：１３１６−１３２０に記載されている。これらの参照文献は、その全体が参照により援用されている。
ＴＣＲまたはＣＡＲは、ヘテロ二量体化小分子の存在下でのみ組み立てられるスプリット受容体としてレシピエント細胞に導入することが可能である。そのようなシステムは、Ｓｃｉｅｎｃｅ．２０１５ Ｏｃｔ １６；３５０（６２５８）：ａａｂ４０７７、及び米国特許第９，５８７，０２０号に記載されており、該文献はその全体が本明細書において参照により援用されている。
いくつかの実施形態において、細胞は、１つ以上の核酸、例えば、本明細書中に開示されているＴＣＲまたはＣＡＲをコードするポリヌクレオチドを含み、ポリヌクレオチドは遺伝子操作により導入され、それにより、本明細書中に開示されている組み換えもしくは遺伝子操作されたＴＣＲまたはＣＡＲを発現する。いくつかの実施形態では、核酸は、異種であり、すなわち、通常は、別の生物または細胞から得られたものなどの、細胞または細胞から得られた試料には存在しない、例えば、操作されている細胞および／またはまたはそのような細胞が由来する生物には普通は見られない。いくつかの実施形態では、核酸は、天然に存在しない（例えば、天然には見られない）核酸とされ、例えば、複数の異なる細胞型からのさまざまなドメインをコードする核酸のキメラの組み合わせを含むものが挙げられる。
核酸は、コドン最適化されたヌクレオチド配列を含み得る。特定の理論またはメカニズムに拘束されるものではないが、ヌクレオチド配列のコドン最適化は、ｍＲＮＡ転写物の翻訳効率を増強するものと考えられている。ヌクレオチド配列をコドン最適化した場合、同じアミノ酸をコードする別のコドンを天然コドンで置き換えることを伴い得るが、その場合には、細胞内で利用容易性に優れたｔＲＮＡを介して翻訳を行い、翻訳効率を向上させることが可能となる。また、ヌクレオチド配列をコドン最適化することで、翻訳を妨げる二次ｍＲＮＡ構造を減少させ、翻訳効率が向上させることも可能となる。
コンストラクトまたはベクターを使用して、ＴＣＲまたはＣＡＲをレシピエント細胞に導入してもよい。例示的なコンストラクトは、本明細書中に記載されている。ＴＣＲまたはＣＡＲのα鎖及びβ鎖をコードするポリヌクレオチドは、単一のコンストラクトまたは個別のコンストラクト内にある。α及びβ鎖をコードするポリヌクレオチドは、プロモーター、例えば、異種プロモーターに作動可能に連結される場合がある。異種プロモーターは、強力なプロモーター、例えば、ＥＦ１α、ＣＭＶ、ＰＧＫ１、Ｕｂｃ、βアクチン、ＣＡＧプロモーター、及びそれらに類するものであり得る。異種プロモーターは弱いプロモーターであり得る。異種プロモーターは誘導プロモーターであり得る。例示的な誘導プロモーターの例としては、限定されるものではないが、ＴＲＥ、ＮＦＡＴ、ＧＡＬ４、ＬＡＣ、及びそれらに類するものが挙げられる。他の例示的な誘導性発現系は、米国特許第５，５１４，５７８号、同第６，２４５，５３１号、同第７，０９１，０３８号、及び欧州特許第０５１７８０５号に記載されており、該文献はその全体が参照により援用されている。
また、ＴＣＲまたはＣＡＲをレシピエント細胞に導入するためのコンストラクトは、シグナルペプチド（シグナルペプチド要素）をコードするポリヌクレオチドを含み得る。シグナルペプチドは、導入されたＴＣＲまたはＣＡＲの表面輸送を促進し得る。限定されるものではないが、ＣＤ８シグナルペプチド、免疫グロブリンシグナルペプチドが挙げられ、具体例には、ＧＭ−ＣＳＦ及びＩｇＧκが挙げられる。そのようなシグナルペプチドは、Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｓｃｉ．２００６ Ｏｃｔ；３１（１０）：５６３−７１に記載されている。Ｅｐｕｂ ２００６ Ａｕｇ ２１、及びＡｎ，ｅｔ ａｌ．“Ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎ ｏｆ ａ Ｎｅｗ Ａｎｔｉ−ＣＤ１９ Ｃｈｉｍｅｒｉｃ Ａｎｔｉｇｅｎ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ ａｎｄ ｔｈｅ Ａｎｔｉ−Ｌｅｕｋｅｍｉａ Ｆｕｎｃｔｉｏｎ Ｓｔｕｄｙ ｏｆ ｔｈｅ Ｔｒａｎｓｄｕｃｅｄ Ｔ Ｃｅｌｌｓ．”Ｏｎｃｏｔａｒｇｅｔ ７．９（２０１６）：１０６３８−１０６４９．ＰＭＣ．Ｗｅｂ．１６ Ａｕｇ．２０１８に記載されており、該文献はその全体が本明細書において参照により援用されている。
いくつかの事例において、例えば、α鎖及びβ鎖が単一のコンストラクトまたはオープンリーディングフレームから発現される場合、またはマーカー遺伝子がコンストラクトに含まれる場合、コンストラクトはリボソームスキップ配列を含み得る。リボソームスキップ配列は、２Ａペプチド、例えば、Ｐ２ＡまたはＴ２Ａペプチドであり得る。例示的なＰ２Ａ及びＴ２Ａ ペプチドは、Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｒｅｐｏｒｔｓ ｖｏｌｕｍｅ ７，Ａｒｔｉｃｌｅ ｎｕｍｂｅｒ：２１９３（２０１７）に記載されており、該文献は、その全体が、本明細書において参照により援用されている。いくつかの事例において、ＦＵＲＩＮ／ＰＡＣＥ切断部位は、２Ａ要素の上流に導入される。ＦＵＲＩＮ／ＰＡＣＥ切断部位は、例えば、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｕｏｌａｎ．ｎｅｔ／ｓｕｂｓｔｒａｔｅｓ．ｈｔｍｌに記載されている。切断ペプチドはまた、Ｘａ因子切断部位であり得る。α鎖及びβ鎖が単一のコンストラクトまたはオープンリーディングフレームから発現される場合、コンストラクトは内部リボソーム侵入部位（ＩＲＥＳ）を含み得る。
コンストラクトは、１つ以上のマーカー遺伝子を更に含み得る。例示的なマーカー遺伝子の例としては、限定されるものではないが、ＧＦＰ、ルシフェラーゼ、ＨＡ、ｌａｃＺが挙げられる。マーカーは、当業者に公知のような選択可能なマーカー、例えば、抗生物質耐性マーカー、重金属耐性マーカー、または殺生物剤耐性マーカーとしてもよい。マーカーは、栄養要求性宿主において使用するための補完マーカーであり得る。例示的な相補性マーカー及び栄養要求性宿主は、Ｇｅｎｅ．２００１ Ｊａｎ ２４；２６３（１−２）：１５９−６９に記載されている。そのようなマーカーは、ＩＲＥＳ、フレームシフト配列、２Ａペプチドリンカー、ＴＣＲまたはＣＡＲとの融合を介して発現する場合もあれば、または別個のプロモーターとは別個に発現する場合もある。
ＴＣＲまたはＣＡＲをレシピエント細胞に導入するための例示的なベクターまたはシステムとしては、限定されるものではないが、アデノ随伴ウイルス、アデノウイルス、アデノウイルス＋修飾ワクシニア、アンカラウイルス（ＭＶＡ）、アデノウイルス＋レトロウイルス、アデノウイルス＋センダイウイルス、アデノウイルス＋ワクシニアウイルス、αウイルス（ＶＥＥ）レプリコンワクチン、アンチセンスオリゴヌクレオチド、ビフィドバクテリウムロンガム、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ９、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）、フラビウイルス、遺伝子銃、ヘルペスウイルス、単純ヘルペスウイルス、ラクトコッカスラクティス、エレクトロポレーション、レンチウイルス、リポフェクション、リステリア菌、麻疹ウイルス、修飾ワクシニアアンカラウイルス（ＭＶＡ）、ｍＲＮＡエレクトロポレーション、裸／プラスミドＤＮＡ、裸／プラスミドＤＮＡ＋アデノウイルス、裸／プラスミドＤＮＡ＋修飾ワクシニアアンカラウイルス（ＭＶＡ）、裸／プラスミドＤＮＡ＋ＲＮＡトランスファー、裸／プラスミドＤＮＡ＋ワクシニアウイルス、裸／プラスミドＤＮＡ＋水疱性口内炎ウイルス、ニューカッスル病ウイルス、非ウイルス、ＰｉｇｇｙＢａｃ（商標）（ＰＢ）トランスポゾン、ナノ粒子系システム、ポリオウイルス、ポックスウイルス、ポックスウイルス＋ワクシニアウイルス、レトロウイルス、ＲＮＡトランスファー、ＲＮＡトランスファー＋裸／プラスミドＤＮＡ、ＲＮＡウイルス、サッカロミセスセレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）、サルモネラチフィムリウム（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）、セムリキフォレストウイルス、センダイウイルス、志賀赤痢菌（Ｓｈｉｇｅｌｌａ ｄｙｓｅｎｔｅｒｉａｅ）、シミアンウイルス、ｓｉＲＮＡ、Ｓｌｅｅｐｉｎｇ Ｂｅａｕｔｙトランスポゾン、ミュータンス連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｍｕｔａｎｓ）、ワクシニアウイルス、ベネズエラ馬脳炎ウイルスレプリコン、水疱性口内炎ウイルス、コレラ菌（Ｖｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａ）が挙げられる。
好ましい実施形態において、ＴＣＲまたはＣＡＲは、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）、アデノウイルス、ＣＲＩＳＰＲ−ＣＡＳ９、ヘルペスウイルス、レンチウイルス、リポフェクション、ｍＲＮＡエレクトロポレーション、ＰｉｇｇｙＢａｃ（商標）（ＰＢ）トランスポゾン、レトロウイルス、ＲＮＡトランスファー、またはＳｌｅｅｐｉｎｇ Ｂｅａｕｔｙトランスポゾンを介してレシピエント細胞に導入される。
いくつかの実施形態では、ＴＣＲまたはＣＡＲをレシピエント細胞に導入するためのベクターはウイルスベクターである。例示的なウイルスベクターとしては、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクター、レンチウイルスベクター、ヘルペスウイルスベクター、レトロウイルスベクター、及びそれらに類するものが挙げられる。そのようなベクターは本明細書中に記載されている。
ＴＣＲまたはＣＡＲをレシピエント細胞に導入するためのＴＣＲコンストラクトの例示的な態様は、図２に示す通りである。いくつかの実施形態では、ＴＣＲコンストラクトとしては、５’−３’方向に、ポリヌクレオチド配列：プロモーター配列、シグナルペプチド配列、ＴＣＲβ可変（ＴＣＲβｖ）配列、ＴＣＲβ定常（（ＴＣＲβｃ）配列、切断ペプチド（例、Ｐ２Ａ）、シグナルペプチド配列、ＴＣＲα可変（ＴＣＲαｖ）配列、及びＴＣＲα定常（ＴＣＲαｃ）配列が挙げられる。いくつかの実施形態では、コンストラクトのＴＣＲβｃ及びＴＣＲαｃ配列には、１つ以上のマウス領域、例えば、本明細書に記載の完全なマウス定常配列またはヒト→マウスアミノ酸交換が含まれる。いくつかの実施形態では、コンストラクトは更に、ＴＣＲαｃ配列の３’、開裂ペプチド配列（例えば、Ｔ２Ａ）、その後にレポーター遺伝子を含む。一実施形態において、コンストラクトは、５’−３’方向に、ポリヌクレオチド配列：プロモーター配列、シグナルペプチド配列、ＴＣＲβ可変（ＴＣＲβｖ）配列、１つ以上のマウス領域を備えるＴＣＲβ定常（ＴＣＲβｃ）配列、切断ペプチド（例、Ｐ２Ａ）、シグナルペプチド配列、ＴＣＲα可変（ＴＣＲαｖ）配列、及び１つ以上のマウス領域を備えるＴＣＲα定常（ＴＣＲαｃ）配列、切断ペプチド（Ｔ２Ａなど）、ならびにレポーター遺伝子を含む。
治療開発用のＴＣＲを発現系にクローニングするための、例示的なコンストラク骨格配列は、図３に描かれている通りである。
同定されたＡ＊０２０１＿ＬＬＡＳＳＩＬＣＡ特異的ＴＣＲを治療開発の目的に発現系にクローニングするための例示的なコンストラクト配列は、図４に描かれている通りである。
同定されたＡ＊０１０１＿ＥＶＤＰＩＧＨＬＹ特異的ＴＣＲを治療開発の目的に発現系にクローニングするための例示的なコンストラクト配列は、図５に描かれている通りである。
ヌクレオチド、ベクター、宿主細胞、及び関連する方法
また、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ ＡＢＰをコードする単離された核酸、核酸を含むベクター、ならびにベクターと核酸とを含む宿主細胞のほか、ＡＢＰを生産するための組み換え技術も提供されている。
核酸は、組み換え型としてもよい。組み換え核酸は、天然または合成の核酸セグメントを、生細胞内で複製できる核酸分子またはその複製産物に結合することにより、生細胞の外側で構築することが可能である。本明細書の目的を期して、複製は、インビトロ複製またはｉｎ ｖｉｖｏ複製であり得る。
ＡＢＰを組み換え生産する場合、そのＡＢＰをコードする核酸（複数可）を単離し、複製（すなわち、ＤＮＡの増幅）用または発現用に複製可能なベクターに挿入してもよい。いくつかの態様では、核酸を相同組み換えによって生成する場合がある。これに関しては、例えば、米国特許第５，２０４，２４４号に記載されており、該文献は、その全体が、参照により援用されている。
多くの異なるベクターが当該技術分野において公知である。ベクター構成要素には、通例、シグナル配列、複製起点、１つ以上のマーカー遺伝子、エンハンサーエレメント、プロモーター、及び転写終結配列のうち１つ以上が含まれる。これに関しては、例えば、米国特許第５，５３４，６１５号に記載されており、該文献は、その全体が、参照により援用されている。
ＡＢＰ（例えば、ＴＣＲ、ＣＡＲ、抗体、またはその抗原結合断片）を発現するのに適した例示的なベクターまたはコンストラクトとしては、例えば、ｐＵＣシリーズ（Ｆｅｒｍｅｎｔａｓ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔシリーズ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ、ＬａＪｏｌｌａ、ＣＡ）、ｐＥＴシリーズ（Ｎｏｖａｇｅｎ、Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ）、ｐＧＥＸシリーズ（Ｐｈａｒｍａｃｉａ Ｂｉｏｔｅｃｈ、Ｕｐｐｓａｌａ、Ｓｗｅｄｅｎ）ｐＥＸシリーズ（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ、ＣＡ）が挙げられる。また、ＡＧＴｌＯ、ＡＧＴｌ １、ＡＺａｐＩＩ（ストラタジーン）、ＡＥＭＢＬ４、及びＡＮＭｌ １４９などのバクテリオファージベクターも、本明細書中に開示されているＡＢＰを発現させるのに適している。
好適な宿主細胞の例証的な例は、以下に提供する通りである。これらの宿主細胞は、限定することを意味するものではなく、任意の好適な宿主細胞を使用して、本明細書中に提供されているＡＢＰを産生することが可能である。
好適な宿主細胞としては、原核生物（例えば、細菌）、下等真核生物（例えば、酵母）、または高等真核生物（例えば、哺乳動物）の細胞が挙げられる。好適な原核生物としては、グラム陰性菌またはグラム陽性菌のような真正細菌、例えば、エシェリキア属（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）（大腸菌）、エンテロバクター属（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ）、エルウィニア属（Ｅｒｗｉｎｉａ）、クレブシエラ属（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、プロテウス属（Ｐｒｏｔｅｕｓ）、サルモネラ属（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）（Ｓ．ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）、セラチア属（Ｓｅｒｒａｔｉａ）（Ｓ．マルセッセンス（ｍａｒｃｅｓｃａｎｓ））、シゲラ属（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｉ）（Ｂ．スブチリス（ｓｕｂｔｉｌｉｓ）およびＢ．リケニホルミス（ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ））、シュードモナス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）（緑膿菌（Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ））、及びストレプトミセス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ）が挙げられる。有用な大腸菌クローニング宿主の１つは大腸菌２９４であるが、大腸菌Ｂ、大腸菌Ｘ１７７６、及び大腸菌Ｗ３１１０も適している。
また、原核生物だけでなく、糸状菌または酵母などの真核微生物も、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ ＡＢＰをコードするベクターに適したクローニング宿主または発現宿主である。Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ（すなわち、一般的なパン酵母）は、繁用されている下等真核生物の宿主微生物である。ただし、利用可能且つ有用な属、種、及び系統としては、ほかにも多数あり、例えば、シゾサッカロミセス・ポンベ（Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｐｏｍｂｅ）、クリベロミセス属（Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ）（Ｋ．ラクチス（ｌａｃｔｉｓ）、Ｋ．フラジリス（ｆｒａｇｉｌｉｓ）、Ｋ．ブルガリクス（ｂｕｌｇａｒｉｃｕｓ）、Ｋ．ウィッカラミイ（ｗｉｃｋｅｒａｍｉｉ）、Ｋ．ワルチイ（ｗａｌｔｉｉ）、Ｋ．ドロソフィラウム（ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａｒｕｍ）、Ｋ．サーモトレランス（ｔｈｅｒｍｏｔｏｌｅｒａｎｓ）、およびＫ．マルキサヌス（ｍａｒｘｉａｎｕｓ））、ヤロウィア属（Ｙａｒｒｏｗｉａ）、ピキア・パストリス（Ｐｉｃｈｉａ ｐａｓｔｏｒｉｓ）、カンジダ属（Ｃａｎｄｉｄａ）（Ｃ．アルビカンス（ａｌｂｉｃａｎｓ））、トリコデルマ・リーシア（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｉａ）、ニューロスポラ・クラッサ（Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ ｃｒａｓｓａ）、シュワニオミセス（Ｓｃｈｗａｎｎｉｏｍｙｃｅｓ）（Ｓ．オクシデンタリス（ｏｃｃｉｄｅｎｔａｌｉｓ））、ならびに、糸状菌類、例えば、ペニシリウム属（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ）、トリポクラジウム属（Ｔｏｌｙｐｏｃｌａｄｉｕｍ）及びアスペルギルス属（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）（Ａ．ニジュランス（ｎｉｄｕｌａｎｓ）及びＡ．ニガー（ｎｉｇｅｒ））が、挙げられる。
有用な哺乳動物宿主細胞としては、ＣＯＳ−７細胞、ＨＥＫ２９３細胞、ベビーハムスター腎臓（ＢＨＫ）細胞；チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）；マウスセルトリ細胞；アフリカミドリザル腎細胞（ＶＥＲＯ−７６）、及びそれらに類するものが挙げられる。
ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ ＡＢＰの生産に使用される宿主細胞は、さまざまな培地で培養することが可能である。例えば、Ｈａｍ’ｓ Ｆ１０、Ｍｉｎｉｍａｌ Ｅｓｓｅｎｔｉａｌ Ｍｅｄｉｕｍ（ＭＥＭ）、ＲＰＭＩ−１６４０、Ｄｕｌｂｅｃｃｏ’ｓ Ｍｏｄｉｆｉｅｄ Ｅａｇｌｅ’ｓ Ｍｅｄｉｕｍ（ＤＭＥＭ）などの市販の培地は、宿主細胞の培養に適している。加えて、Ｈａｍ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚ．，１９７９，５８：４４；Ｂａｒｎｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．，１９８０，１０２：２５５；ならびに米国特許第４，７６７，７０４号、同第４，６５７，８６６号、同第４，９２７，７６２号、同第４，５６０，６５５号、及び同第５，１２２，４６９号；またはＷＯ ９０／０３４３０及びＷＯ ８７／００１９５に記載されている培地のいずれかを使用してもよい。前述の各参照文献は、その全体が、参照により援用されている。
これらの培地のいずれかに、必要に応じてホルモン及び／または他の成長因子（インスリンなど）、トランスフェリン、または上皮成長因子）、塩（塩化ナトリウム、カルシウム、マグネシウム、リン酸塩など）、バッファー（ＨＥＰＥＳなど）、ヌクレオチド（アデノシンやチミジンなど）、抗生物質、微量元素（通常、無機化合物として定義される）マイクロモル範囲の最終濃度で存在する）、及びグルコースまたは同等のエネルギー源を補充してもよい。また、他の必要なサプリメントも、当業者に公知の適切な濃度にて含めることができる。
温度、ｐＨ、及びそれらに類するものの培養条件は、発現用に選択された宿主細胞に対し以前に使用されたものであり、当業者にとって明白であろう。
組換え技法を使用する場合、ＡＢＰは、細胞内で、細胞周辺腔で産生される得るか、または培地に直接分泌され得る。ＡＢＰが細胞内で産生される場合、第１のステップとして、宿主細胞または溶解断片のいずれかである粒子状破片を、例えば遠心分離または限外濾過により除去する。Ｅ．ｃｏｌｉの細胞周辺腔に分泌されるＡＢＰを単離するための手順については、例えば、その全体が参照により援用されているＣａｒｔｅｒ ｅｔ ａｌ．（Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，１９９２，１０：１６３−１６７）記載されている。簡単に言うと、細胞ペーストは、酢酸ナトリウム（ｐＨ３．５）、ＥＤＴＡ、及びフェニルメチルスルホニルフルオリド（ＰＭＳＦ）の存在下で約３０分かけて解凍される。細胞破片は遠心分離により取り除いてもよい。
いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、無細胞系で生産される。いくつかの態様において、無細胞系はｉｎ ｖｉｔｒｏ転写及び翻訳系である。これは、Ｙｉｎ ｅｔ ａｌ．，ｍＡｂｓ，２０１２，４：２１７−２２５に記載されており、該文献は、その全体が、参照により援用されている。いくつかの態様において、無細胞系は、真核細胞または原核細胞からの無細胞抽出物を利用する。いくつかの態様において、原核細胞は、Ｅ．ｃｏｌｉとされる。例えば、ＡＢＰが不溶性の凝集体として細胞内に蓄積する場合、あるいは、細胞周辺発現からの収量が低い場合に、ＡＢＰの無細胞発現が有用であり得る。
ＡＢＰを培地中に分泌させる場合、まず、そのような発現系からの上清を濃縮するのが通例であり、その際には、市販のタンパク質濃縮フィルター、例えば、Ａｍｉｃｏｎ（登録商標）またはＭｉｌｌｉｐｏｒｅ（登録商標）Ｐｅｌｌｃｏｎ（登録商標）限外濾過ユニットを使用する。プロテアーゼ阻害剤、例えばＰＭＳＦは、前述のステップのいずれかに含めることにより、タンパク質分解を阻害することが可能であるし、抗生物質が含めることにより、外来性の汚染物質の成長を防ぐことも可能である。
細胞から調製されたＡＢＰ組成物は、例えば、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィー、ゲル電気泳動、透析、及び親和性クロマトグラフィーを使用して精製することが可能である。親和性クロマトグラフィーは特に有用な精製技術とされる。親和性リガンドとしてのプロテインＡの適合性は、ＡＢＰに存在する免疫グロブリンＦｃドメインの種類及びアイソタイプに応じて異なる。プロテインＡを使用してヒトγ１、γ２、またはγ４重鎖を含むＡＢＰを精製してもよい（Ｌｉｎｄｍａｒｋ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈ．，１９８３，６２：１−１３。該文献はその全体が参照により援用されている）。プロテインＧは、全てのマウスアイソタイプ及びヒトγ３に有用とされる（Ｇｕｓｓ ｅｔ ａｌ．，ＥＭＢＯ Ｊ．，１９８６，５：１５６７〜１５７５。該文献はその全体が参照により援用されている）。
親和性リガンドが付着している気質は、ほとんどの場合アガロースであるが、他の気質を利用しても差し支えない。制御された細孔ガラスやポリ（スチレンジビニル）ベンゼンなどの機械的に安定した気質は、アガロースで達成し得るのに比べて流速の高速化、処理時間の短縮を可能にする。ＡＢＰがＣＨ３ドメインを備える場合、ＢａｋｅｒＢｏｎｄＡＢＸ（登録商標）樹脂は精製に有用とされる。
その他のタンパク質精製技術、例えば、イオン交換カラムでの分画、エタノール沈殿、逆相ＨＰＬＣ、シリカでのクロマトグラフィー、ヘパリンＳｅｐｈａｒｏｓｅ（登録商標）でのクロマトグラフィー、クロマトフォーカシング、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ、及び硫酸アンモニウム沈殿も、利用可能であり、当業者はそれを応用することができる。
予備的な精製ステップ（複数可）の後、ｐＨ約２．５〜約４．５にて溶出バッファーを用いて、関心対象のＡＢＰと汚染物質を含む混合物を、低ｐＨの疎水性相互作用クロマトグラフィ（通常、低塩濃度、例えば約０〜約０．２５ Ｍの塩で行われる）に供してもよい。
ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ ＡＢＰの作製方法
ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ抗原の準備
本明細書中に提供されているＡＢＰの単離または作製に使用されるＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ抗原を、無傷のＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥまたはＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥの断片としてもよい。ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ抗原は、例えば、単離されたタンパク質または細胞の表面で発現されるタンパク質の形態であり得る。
いくつかの実施形態において、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ抗原は、天然には存在しないアミノ酸配列または翻訳後修飾を有するＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥタンパク質などのＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥの非天然変異体である。
いくつかの実施形態において、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ抗原は、例えば、細胞内または膜貫通配列、またはシグナル配列の除去により切り詰められる。いくつかの実施形態において、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ抗原は、そのＣ末端にてヒトＩｇＧ１ Ｆｃドメインまたはポリヒスチジンタグに融合する。
ＡＢＰの同定方法
ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥに結合するＡＢＰは、当該技術分野において公知の任意の方法、例えば、対象のファージディスプレイまたは免疫化を使用して同定することが可能である。
抗原結合タンパク質を同定するための或る方法は、少なくとも１つのＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的を提供することと、該少なくとも１つの標的を該抗原結合タンパク質に結合させることとを含み、それによって該抗原結合タンパク質を同定する。抗原結合タンパク質は、複数の個別の抗原結合タンパク質を含むファージディスプレイライブラリー内に存在し得る。
いくつかの実施形態では、ライブラリーはファージディスプレイライブラリーである。ファージディスプレイライブラリーは、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的の該ＨＬＡに対し非特異的に結合する抗原結合タンパク質を実質的に含まないように、開発することが可能である。抗原結合タンパク質は、複数の個別の抗原結合タンパク質を含んだ酵母ディスプレイライブラリー内に存在し得る。酵母ディスプレイライブラリーは、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的のＨＬＡに対し非特異的に結合する抗原結合タンパク質を実質的に含まないように、開発することが可能である。
いくつかの実施形態では、ライブラリーは酵母ディスプレイライブラリーである。
いくつかの実施形態では、ライブラリーはＴＣＲディスプレイライブラリーである。例示的なＴＣＲディスプレイライブラリー及びそのようなＴＣＲディスプレイライブラリーの使用方法は、ＷＯ９８／３９４８２；ＷＯ０１／６２９０８；ＷＯ２００４／０４４００４；ＷＯ２００５１１６６４６、ＷＯ２０１４０１８８６３、ＷＯ２０１５１３６０７２、ＷＯ２０１７０４６１９８、及びＨｅｌｍｕｔ ｅｔ ａｌ，（２０００）ＰＮＡＳ ９７（２６）１４５７８−１４５８３に記載されており、該文献はその全体が本明細書において参照により援用されている。
いくつかの態様において、結合工程は、２回以上、任意で少なくとも３回、例えば、少なくとも１回、２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回または１０回行われる。
追加的に、本方法はまた、抗原結合タンパク質を、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的とは異なる１つ以上のペプチド−ＨＬＡ複合体と接触させて、抗原結合タンパク質がＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的に選択的に結合するかどうかを決定することを含み得る。
抗原結合タンパク質を同定するもう１つの方法は、少なくとも１つのＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的を得ることと、任意で、アジュバントと組み合わせて、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的を対象（例えば、マウス、ウサギまたはラマ）に投与することと、抗原結合タンパク質を対象から単離することとを、含み得る。抗原結合タンパク質を単離することは、該対象の該血清をスクリーニングして該抗原結合タンパク質を同定することを、含み得る。この方法はまた、抗原結合タンパク質を、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的とは異なる１つ以上のペプチド−ＨＬＡ複合体と接触させて、抗原結合タンパク質がＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的に選択的に結合するかどうかを決定することを含み得る。同定された抗原結合タンパク質は、ヒト化することが可能である。
いくつかの態様において、抗原結合タンパク質を単離することは、抗原結合タンパク質を発現する対象からＢ細胞を単離することを含む。このＢ細胞を、ハイブリドーマを作製する用途に使用してもよい。また、Ｂ細胞は、ＣＤＲの１つ以上をクローニングする用途にも使用できる。また、例えば、ＥＢＶ形質転換を使用することによって、Ｂ細胞を不死化させる場合もある。抗原結合タンパク質をコードする配列は、不死化Ｂ細胞からクローニングすることも、あるいは免疫対象から単離したＢ細胞から直接的にクローニングすることも可能である。Ｂ細胞の抗原結合タンパク質を含むライブラリーを作製することも可能であり、その場合、ライブラリーは、ファージディスプレイまたは酵母ディスプレイとされる。
抗原結合タンパク質を同定するためのもう１つの方法は、該抗原結合タンパク質を含む細胞を得ることと、この細胞を、少なくとも１つのＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的を含むＨＬＡ多量体と接触させることと、ＨＬＡ多量体と該抗原結合タンパク質の間の結合を介して該抗原結合タンパク質を同定することと、を含み得る。
細胞は、例えばＴ細胞、任意で細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）、または、例えばナチュラルキラー（ＮＫ）細胞であり得る。本方法は、該細胞を、任意でフローサイトメトリー、磁気分離または単一細胞分離を使用して単離することを更に含み得る。本方法は、抗原結合タンパク質を配列決定することを更に含み得る。
抗原結合タンパク質を同定するためのもう１つの方法は、該抗原結合タンパク質を含む１つ以上の細胞を得ることと、少なくとも１つの抗原提示細胞（ＡＰＣ）に提示された少なくとも１つのＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的で、該１つ以上の細胞を活性化することと、少なくとも１つのＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的との相互作用によって活性化された１つ以上の細胞の選択によって該抗原結合タンパク質を同定することと、を含み得る。
細胞は、例えばＴ細胞、任意でＣＴＬ、またはＮＫ細胞であり得る。本方法は、該細胞を、任意でフローサイトメトリー、磁気分離または単一細胞分離を使用して単離することを更に含み得る。本方法は、抗原結合タンパク質を配列決定することを更に含み得る。
モノクローナルＡＢＰの作製方法
モノクローナルＡＢＰは、例えば、ハイブリドーマ法（その全体が参照により援用されているＫｏｈｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，１９７５，２５６：４９５−４９７によって初めてに記載された方法）、及び／または組み換えＤＮＡ法（例えば、その全体が参照により援用されている米国特許第４，８１６，５６７号を参照）を使用して、得ることが可能である。モノクローナルＡＢＰはまた、例えば、ファージまたは酵母ベースのライブラリーを使用して得ることも可能である。出典：例えば、米国特許第８，２５８，０８２号及び同第８，６９１，７３０号。該文献の各々は、その全体が、参照により援用されている。
ハイブリドーマ法では、マウスまたは他の適切な宿主動物を免疫して、免疫に使用されるタンパク質に対し特異的に結合するＡＢＰを産生するか、または産生し得るリンパ球を誘発する。代替的に、リンパ球をｉｎ ｖｉｔｒｏで免疫する場合もある。次いで、リンパ球を、ポリエチレングリコールなどの好適な融合剤を使用して骨髄腫細胞と融合させ、ハイブリドーマ細胞を形成する。出典：Ｇｏｄｉｎｇ Ｊ．Ｗ．，ＭｏｎｏｃｌｏｎａｌＡＢＰｓ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ３ｒｄ ｅｄ．（１９８６）Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ。該文献は、その全体が、参照により援用されている。
ハイブリドーマ細胞は、融合していない親骨髄腫細胞の増殖または生存を阻害する１つ以上の物質を含む好適な培養培地に播種，及び増殖される。例えば、親の骨髄腫細胞が、酵素ヒポキサンチングアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＨＧＰＲＴまたはＨＰＲＴ）を欠いている場合、ハイブリドーマの培地には、通常、ヒポキサンチン、アミノプテリン、及びチミジンを含める（ＨＡＴ培地）。これらはＨＧＰＲＴ欠損細胞の成長を妨げる物質である。
骨髄腫細胞で有用とされるのは、効率的に融合し、選択したＡＢＰ産生細胞によるＡＢＰの安定した高レベル産生を支持するもの、及び高感受性の培地条件（例えば、ＨＡＴ培地の有無）とされるものである。これらの好ましい骨髄腫細胞株の中でも、とりわけ際立っているのが、ＭＯＰＣ−２１及びＭＣ−１１マウス腫瘍（Ｓａｌｋ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ Ｃｅｌｌ Ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ Ｃｅｎｔｅｒ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡから入手可能）に由来するものなどのマウス骨髄腫株、及びＳＰ−２またはＸ６３−Ａｇ８−６５３細胞（ｔｈｅ Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ，Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ，ＭＤから入手可能）である。また、ヒト骨髄腫及びマウス−ヒト異型骨髄腫細胞株は、ヒトモノクローナルＡＢＰの産生に関しても記載されている。例えば、参照によりその全体が組み込まれる、Ｋｏｚｂｏｒ，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１９８４，１３３：３００１を参照されたい。
所望される特異性、親和性、及び／または生物活性を有するＡＢＰを産生するハイブリドーマ細胞が同定された後で、選択されたクローンを、限界希釈法によってサブクローニングし、標準的な方法で成長させてもよい。上記のＧｏｄｉｎｇを参照のこと。この用途に好適な培地としては、例えば、Ｄ−ＭＥＭまたはＲＰＭＩ−１６４０培地が挙げられる。追加的に、ハイブリドーマ細胞を、動物の腹水腫瘍としてｉｎ ｖｉｖｏで増殖させてもよい。
従来の手順を使用して（例えば、モノクローナルＡＢＰの重鎖及び軽鎖をコードする遺伝子に対し特異的に結合できるオリゴヌクレオチドプローブを使用して）、モノクローナルＡＢＰをコードするＤＮＡを、容易に分離及び配列決定することが可能である。それゆえ、ハイブリドーマ細胞は、所望される特性を備えたＡＢＰをコードするＤＮＡの有用な供給源として役立つと考えられる。いったん単離したＤＮＡは、発現ベクター内に投入してもよい。次いで、このＤＮＡを、宿主細胞（例えば、細菌（Ｅ．ｃｏｌｉなど）、酵母（ＳａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓまたはＰｉｃｈｉａ ｓｐ．など）、ＣＯＳ細胞、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、または別段ＡＢＰを産生しない骨髄腫細胞）に対してトランスフェクトすることによって、モノクローナルＡＢＰを産生させる。
キメラＡＢＰの作製方法
キメラＡＢＰを作製する例示的な方法は、例えば、米国特許第４，８１６，５６７号、及びＭｏｒｒｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１９８４，８１：６８５１−６８５５に記載されており、該文献の各々は、その全体が、参照により援用されている。いくつかの実施形態において、キメラＡＢＰは、組み換え技術を使用して非ヒト可変領域（例えば、マウス、ラット、ハムスター、ウサギ、またはサルなどの非ヒト霊長類に由来する可変領域）とヒト定常領域を組み合わせることによって作製される。
ヒト化ＡＢＰの作製方法
ヒト化ＡＢＰは、非ヒトモノクローナルＡＢＰの構造部分のほとんどまたは全てを対応するヒトＡＢＰ配列で置き換えることによって生成することが可能である。結果として、抗原特異的可変、またはＣＤＲのみが非ヒト配列で構成されるハイブリッド分子が生成される。ヒト化ＡＢＰを得る方法にとしては、例えば、Ｗｉｎｔｅｒ及びＭｉｌｓｔｅｉｎ，Ｎａｔｕｒｅ，１９９１，３４９：２９３−２９９；Ｒａｄｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，１９９８，９５：８９１０−８９１５；Ｓｔｅｉｎｂｅｒｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２０００，２７５：３６０７３−３６０７８；Ｑｕｅｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，１９８９，８６：１００２９−１００３３、及び米国特許第５，５８５，０８９号、同第５，６９３，７６１号、同第５，６９３，７６２号、及び同第６，１８０，３７０号に記載されているものが挙げられる。該文献の各々は、その全体が、参照により援用されている。
ヒトＡＢＰの作製方法
ヒトＡＢＰは、例えば、トランスジェニック動物（例えば、ヒト化マウス）を使用して、当該技術分野において公知の様々な技術によって生成することが可能である。出典：例えば、Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，１９９３，９０：２５５１；Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，１９９３，３６２：２５５−２５８；Ｂｒｕｇｇｅｒｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｙｅａｒ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏ．，１９９３，７：３３、及び米国特許第５，５９１，６６９号、同第５，５８９，３６９号及び同第５，５４５，８０７号。該文献の各々は、その全体が、参照により援用されている。また、ヒトＡＢＰを、ファージディスプレイライブラリーから得ることも可能である（出典：例えば、Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１９９１，２２７：３８１−３８８；Ｍａｒｋｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１９９１，２２２：５８１−５９７、及び米国特許第５，５６５，３３２号及び同第５，５７３，９０５号。該文献の各々は、その全体が、参照により援用されている）。また、ヒトＡＢＰは、ｉｎ ｖｉｔｒｏで活性化されたＢ細胞によっても生成される（出典：例えば、米国特許第５，５６７，６１０号及び同第５，２２９，２７５号。該文献の各々は、その全体が、参照により援用されている）。また、ヒトＡＢＰは酵母ベースのライブラリーから誘導される場合もある（出典：例えば、米国特許第８，６９１，７３０号。該文献はその全体が参照により援用されている）。
ＡＢＰ断片の作製方法
本明細書中に提供されているＡＢＰ断片は、本明細書中に記載されている例示的な方法または当該技術分野において公知の方法をはじめとする、任意の好適な方法によって作成することが可能である。好適な方法としては、組み換え技術及びＡＢＰ全体のタンパク質分解消化が挙げられる。Ｉｌｌｕｓｔｒａｔｉｖｅ ｍｅｔｈｏｄｓ ｏｆ ｍａｋｉｎｇＡＢＰ断片を作製するための例証的な方法は、例えば、Ｈｕｄｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｍｅｄ．，２００３，９：１２９−１３４に記載されており、該文献は、その全体が、参照により援用されている。ｓｃＦｖＡＢＰを作製するための方法は、例えば、Ｐｌｕｋｔｈｕｎ，ｉｎ Ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ ｏｆ ＭｏｎｏｃｌｏｎａｌＡＢＰｓ，ｖｏｌ．１１３，Ｒｏｓｅｎｂｕｒｇ ａｎｄ Ｍｏｏｒｅ ｅｄｓ．，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，ｐｐ．２６９−３１５（１９９４）；ＷＯ９３／１６１８５；ならびに米国特許第５，５７１，８９４号及び同第５，５８７，４５８号に記載されており、該文献の各々は、その全体が、参照により援用されている。
代替足場の作製方法
本明細書中に提供されている代替足場は、本明細書中に記載されている例示的な方法または当該技術分野において公知の方法をはじめとする、任意の好適な方法によって作成することが可能である。例えば、Ａｄｎｅｃｔｉｎｓ（商標）の調製方法は、Ｅｍａｎｕｅｌ ｅｔ ａｌ．，ｍＡｂｓ，２０１１，３：３８−４８に記載されており、該文献は、その全体が、参照により援用されている。ｉＭａｂｓの調製方法は、米国特許出願第２００３／０２１５９１４号に記載されており、該文献は、その全体が、参照により援用されている。アンチカリンの調製方法（登録商標）は、Ｖｏｇｔ ａｎｄ Ｓｋｅｒｒａ，Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．，２００４，５：１９１−１９９に記載されており、該文献は、その全体が、参照により援用されている。クニッツドメインを調製するための方法 は、Ｗａｇｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍ．＆ Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍ．，１９９２，１８６：１１８−１１４５に記載されており、該文献は、その全体が、参照により援用されている。チオレドキシンペプチドアプタマーの調製方法は、Ｇｅｙｅｒ ａｎｄ Ｂｒｅｎｔ，Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．，２０００，３２８：１７１−２０８に提供されており、該文献は、その全体が、参照により援用されている。アフィボディの調製方法は、Ｆｅｒｎａｎｄｅｚ，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈ．，２００４，１５：３６４−３７３に提供されており、該文献は、その全体が、参照により援用されている。ＤＡＲＰｉｎの調製方法は、Ｚａｈｎｄ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２００７，３６９：１０１５−１０２８に提供されており、該文献は、その全体が、参照により援用されている。アフィリンの調製方法は、Ｅｂｅｒｓｂａｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２００７，３７２：１７２−１８５に提供されており、該文献は、その全体が、参照により援用されている。テトラネクチンの調製方法は、Ｇｒａｖｅｒｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２０００，２７５：３７３９０−３７３９６に提供されており、該文献は、その全体が、参照により援用されている。アビマーの調製方法は、Ｓｉｌｖｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ．，２００５，２３：１５５６−１５６１に提供されており、該文献は、その全体が、参照により援用されている。ファイノマーの調製方法は、Ｓｉｌａｃｃｉ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２０１４，２８９：１４３９２−１４３９８に提供されており、該文献は、その全体が、参照により援用されている。代替足場の更なる情報は、Ｂｉｎｚ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，２００５ ２３：１２５７−１２６８、及びＳｋｅｒｒａ，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎ．ｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈ．，２００７ １８：２９５−３０４に提供されており、該文献の各々は、その全体が、参照により援用されている。
多重特異的ＡＢＰの作製方法
本明細書中に提供されている多重特異的ＡＢＰは、本明細書中に記載されている例示的な方法または当該技術分野において公知の方法をはじめとする、任意の好適な方法によって作成することが可能である。一般的な軽鎖ＡＢＰの作製方法は、Ｍｅｒｃｈａｎｔ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，１９９８，１６：６７７−６８１に記載されており、該文献は、その全体が、参照により援用されている。四価の二重特異性ＡＢＰを作製するための方法は、Ｃｏｌｏｍａ ａｎｄ Ｍｏｒｒｉｓｏｎ，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，１９９７，１５：１５９−１６３に記載されており、該文献は、その全体が、参照により援用されている。ハイブリッド免疫グロブリンの作製方法は、Ｍｉｌｓｔｅｉｎ及びＣｕｅｌｌｏ，Ｎａｔｕｒｅ，１９８３，３０５：５３７−５４０、及びＳｔａｅｒｚ ａｎｄ Ｂｅｖａｎ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１９８６，８３：１４５３−１４５７に記載されており、該文献の各々は、その全体が、参照により援用されている。ノブ・イントゥ・ホールを用いた免疫グロブリンの製造方法は、米国特許第５，７３１，１６８号に記載されており、該文献は、その全体が、参照により援用されている。静電修飾を伴う免疫グロブリンを作製する方法は、ＷＯ２００９／０８９００４に提供されており、該文献は、その全体が、参照により援用されている。二重特異性一本鎖ＡＢＰの作成方法は、Ｔｒａｕｎｅｃｋｅｒ ｅｔ ａｌ．，ＥＭＢＯ Ｊ．，１９９１，１０：３６５５−３６５９、及びＧｒｕｂｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１９９４，１５２：５３６８−５３７４に記載されており、該文献の各々は、その全体が、参照により援用されている。リンカーの長さが可変であり得る一本鎖ＡＢＰの作製方法は、米国特許第４，９４６，７７８及び５，１３２，４０５に記載されており、該文献の各々は、その全体が、参照により援用されている。ダイアボディの作製方法は、Ｈｏｌｌｉｎｇｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１９９３，９０：６４４４−６４４８に記載されており、該文献は、その全体が、参照により援用されている。トリアボディ及びテトラボディの作製方法は、Ｔｏｄｏｒｏｖｓｋａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ，２００１，２４８：４７−６６に記載されており、該文献は、その全体が、参照により援用されている。三重特異性Ｆ（ａｂ’）３誘導体の作製方法は、Ｔｕｔｔ ｅｔ ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１９９１，１４７：６０−６９に記載されており、該文献は、その全体が、参照により援用されている。架橋ＡＢＰの作製方法は、米国特許第４，６７６，９８０号；Ｂｒｅｎｎａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，１９８５，２２９：８１−８３；Ｓｔａｅｒｚ，ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ，１９８５，３１４：６２８−６３１、及びＥＰ ０４５３０８２に記載されており、該文献の各々は、その全体が、参照により援用されている。ロイシンジッパーによってアセンブルされた抗原結合ドメインを作製する方法は、Ｋｏｓｔｅｌｎｙ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１９９２，１４８：１５４７〜１５５３に記載されており、該文献は、その全体が、参照により援用されている。ＤＮＬアプローチによるＡＢＰの作製方法は、米国特許第７，５２１，０５６号、同第７，５５０，１４３号、同第７，５３４，８６６、及び同第７，５２７，７８７号に記載されており、該文献の各々は、その全体が、参照により援用されている。ＡＢＰ分子及び非ＡＢＰ分子のハイブリッドを作成する方法は、ＷＯ９３／０８８２９に記載されており、該文献はその全体が、例えばそのようなＡＢＰに関して、参照により援用されている。ＤＡＦ ＡＢＰの作製方法は、米国特許出願第２００８／００６９８２０号に記載されており、該文献は、その全体が、参照により援用されている。還元及び酸化によるＡＢＰの作製方法は、Ｃａｒｌｒｉｎｇ ｅｔ ａｌ．，ＰＬｏＳ Ｏｎｅ，２０１１，６：ｅ２２５３３に記載されており、該文献は、その全体が、参照により援用されている。ＤＶＤ−Ｉｇｓ（商標）の作製方法は、米国特許第７，６１２，１８１号に記載されており、該文献は、その全体が、参照により援用されている。ＤＡＲＴｓ（商標）の作製方法は、Ｍｏｏｒｅ ｅｔ ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ，２０１１，１１７：４５４−４５１に記載されており、該文献は、その全体が、参照により援用されている。ＤｕｏＢｏｄｉｅｓ（登録商標）の作製方法は、Ｌａｂｒｉｊｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，２０１３，１１０：５１４５−５１５０号、同第Ｇｒａｍｅｒ ｅｔ ａｌ．，ｍＡｂｓ，２０１３，５：９６２−９７２、及びＬａｂｒｉｊｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，２０１４，９：２４５０−２４６３に記載されており、該文献の各々は、その全体が、参照により援用されている。ＩｇＧからＣＨ３のＣ末端に融合したｓｃＦｖを含むＡＢＰを作製する方法は、Ｃｏｌｏｍａ ａｎｄ Ｍｏｒｒｉｓｏｎ，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，１９９７，１５：１５９−１６３に記載されており、該文献は、その全体が、参照により援用されている。免疫グロブリンの定常領域にＦａｂ分子が付着しているＡＢＰを作製する方法は、Ｍｉｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，２００３，１７０：４８５４−４８６１に記載されており、該文献は、その全体が、参照により援用されている。ＣｏｖＸボディの作成方法は、Ｄｏｐｐａｌａｐｕｄｉ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，２０１０，１０７：２２６１１−２２６１６に記載されており、該文献は、その全体が、参照により援用されている。Ｆｃａｂ ＡＢＰの作製方法は、Ｗｏｚｎｉａｋ−Ｋｎｏｐｐ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ．Ｄｅｓ．Ｓｅｌ．，２０１０，２３：２８９−２９７に記載されており、該文献は、その全体が、参照により援用されている。ＴａｎｄＡｂ（登録商標）ＡＢＰの作製方法は、Ｋｉｐｒｉｙａｎｏｖ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１９９９，２９３：４１−５６及びＺｈｕｋｏｖｓｋｙ ｅｔ ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ，２０１３，１２２：５１１６に記載されており、該文献の各々は、その全体が、参照により援用されている。タンデムファブの作製方法は、ＷＯ２０１５／１０３０７２に記載されており、該文献は、その全体が、参照により援用されている。Ｚｙｂｏｄｉｅｓ（商標）の製造方法は、ＬａＦｌｅｕｒ ｅｔ ａｌ．，ｍＡｂｓ，２０１３，５：２０８−２１８に記載されており、該文献は、その全体が、参照により援用されている。
変異体の作製方法
ＡＢＰをコードするポリヌクレオチド配列（複数可）に可変性を導入するには、任意の好適な方法を使用することができる。これらの方法としては、例えば、エラープローンＰＣＲ、チェーンシャッフリングのほか、トリヌクレオチド指向変異誘発（ＴＲＩＭ）のようなオリゴヌクレオチド指向変異誘発が挙げられる。いくつかの態様において、いくつかのＣＤＲ残基（例えば、一度に４〜６残基）は、無作為化される。抗原結合に関与するＣＤＲ残基は、例えば、アラニンスキャニング変異誘発またはモデリングを使用して、詳細に同定することが可能である。特にＣＤＲ−Ｈ３及びＣＤＲ−Ｌ３は、突然変異の標的とされることが、しばしばある。
可変領域及び／またはＣＤＲへの多様性の導入を使用して、二次ライブラリーを作成することが可能である。次いで、二次ライブラリーをスクリーニングして、親和性が改善されたＡＢＰ変異体を同定する。二次ライブラリーの構築と再選択による親和性成熟は、例えば、Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，２００１，１７８：１−３７に記載されており、該文献は、その全体が、参照により援用されている。
ＡＢＰを用いて細胞を操作するための方法
また、ＡＢＰ（例えば、抗体とＣＡＲとＴＣＲとを具備する受容体）を発現させること、ならびにそのようなＡＢＰを発現させる遺伝子操作された細胞を生産することを用途とした、方法、核酸、組成物、及びキットも、提供されている。遺伝子操作には、レトロウイルス形質導入、トランスフェクション、または形質転換などにより、組み換えられたまたは操作された成分をコードする核酸を細胞に導入することを含むのが、一般的である。
いくつかの実施形態では、まず細胞を刺激し、例えば、サイトカインまたは活性化マーカーの発現によって測定されるような、増殖、生存及び／または活性化などの応答を誘発する刺激を組み合わせて用い、続いて、活性化された細胞の形質導入し、臨床用途に十分な程度の数まで培養して拡大させることによって、遺伝子導入を達成する。
いくつかの状況において、刺激因子（例えば、リンホカインまたはサイトカイン）の過剰発現は、対象にとって毒性であり得る。それゆえ、いくつかの状況では、操作された細胞には、養子免疫療法における投与時など、細胞をインビボでのネガティブ選択に感受性にする遺伝子セグメントが含まれる。例えば、いくつかの態様では、細胞に操作をすることによって、細胞を投与された患者の生体内状態の変化の結果、除去され得るようにしている。陰性選択可能な表現型は、投与された薬剤、例えば、化合物に感受性を与える遺伝子の挿入から生成され得る。陰性選択可能な遺伝子には、単純ヘルペスウイルスＩ型チミジンキナーゼ（ＨＳＶ−Ｉ ＴＫ）遺伝子（Ｗｉｇｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ ＩＩ：２２３，１９７７）が含まれ、これにより、ガンシクロビル感受性、細胞のヒポキサンチンホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＨＰＲＴ）遺伝子、細胞のアデニンホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＡＰＲＴ）遺伝子、細菌のシトシンデアミナーゼが付与される（Ｍｕｌｌｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ．８９：３３（１９９２））。
いくつかの態様において、細胞は、さらに、サイトカインまたは他の因子の発現を促進するように設計される。遺伝子操作された成分、例えば抗原受容体、例えばＣＡＲを導入するための様々な方法が周知であり、これらを、提供される方法および組成物とともに使用してもよい。例示的な方法には、ウイルス、例えばレトロウイルスまたはレンチウイルス、形質導入、トランスポゾン、およびエレクトロポレーションを含む、受容体をコードする核酸の移入のための方法が含まれる。
いくつかの実施形態では、組み換え核酸を、例えば、シミアンウイルス４０（ＳＶ４０）、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）に由来するベクターなどの組み換え感染性ウイルス粒子を使用して細胞に移入する。いくつかの実施形態では、組み換え核酸は、組み換えレンチウイルスベクターまたはγレトロウイルスベクターなどのレトロウイルスベクターを使用してＴ細胞に導入される（例えば、Ｋｏｓｔｅ ｅｔ ａｌ．（２０１４）Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ ２０１４ Ａｐｒ．３．ｄｏｉ：１０．１０３８／ｇｔ．２０１４．２５；Ｃａｒｌｅｎｓ ｅｔ ａｌ．（２０００）Ｅｘｐ Ｈｅｍａｔｏｌ ２８（１０）：１１３７−４６；Ａｌｏｎｓｏ−Ｃａｍｉｎｏ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｍｏｌ Ｔｈｅｒ Ｎｕｃｌ Ａｃｉｄｓ ２，ｅ９３；Ｐａｒｋ ｅｔ ａｌ．，Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２０１１ Ｎｏｖ．２９（１１）：５５０−５５７）を参照のこと。
いくつかの実施形態において、レトロウイルスベクターは、長い末端反復配列（ＬＴＲ）、例えば、モロニーマウス白血病ウイルス（ＭｏＭＬＶ）、骨髄増殖性肉腫ウイルス（ＭＰＳＶ）、マウス胚性幹細胞ウイルス（ＭＥＳＶ）、マウス幹細胞ウイルス（ＭＳＣＶ）、脾臓形成ウイルス（ＳＦＦＶ）またはアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）に由来するレトロウイルスベクターを有する。ほとんどのレトロウイルスベクターは、マウスレトロウイルスに由来する。いくつかの実施形態では、レトロウイルスには、鳥類または哺乳類の細胞源に由来するものが包含される。レトロウイルスは通例、両種性である。このことは、レトロウイルスが、ヒトをはじめとするいくつかの種の宿主細胞に感染する可能性のあることを意味する。一実施形態において、レトロウイルスｇａｇ、ｐｏｌ及び／またはｅｎｖ配列は、発現した遺伝子で置換される。いくつかの例証的なレトロウイルスシステムが、記載されてきた（例えば、米国特許第５，２１９，７４０号；同第６，２０７，４５３号；同第５，２１９，７４０号；Ｍｉｌｌｅｒ及びＲｏｓｍａｎ（１９８９）ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ７：９８０−９９０；Ｍｉｌｌｅｒ，Ａ．Ｄ．（１９９０）Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ １：５−１４；Ｓｃａｒｐａ ｅｔ ａｌ．（１９９１）Ｖｉｒｏｌｏｇｙ １８０：８４９−８５２；Ｂｕｒｎｓ ｅｔ ａｌ．（１９９３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９０：８０３３−８０３７；及びＢｏｒｉｓ−Ｌａｗｒｉｅ ａｎｄ Ｔｅｍｉｎ（１９９３）Ｃｕｒ．Ｏｐｉｎ．Ｇｅｎｅｔ．Ｄｅｖｅｌｏｐ．３：１０２−１０９）。
レンチウイルス形質導入の方法は、公知である。例示的な方法は、例えば、Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．３５（９）６８９−７０１；Ｃｏｏｐｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｂｌｏｏｄ．１０１：１６３７−１６４４；Ｖｅｒｈｏｅｙｅｎ ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ．５０６：９７−１１４；及びＣａｖａｌｉｅｒｉ ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｂｌｏｏｄ．１０２（２）４９７−５０５に記載されている。
いくつかの実施形態では、組み換え核酸はエレクトロポレーションを介してＴ細胞に移入される（例えば、Ｃｈｉｃａｙｂａｍ ｅｔ ａｌ，（２０１３）ＰＬｏＳ ＯＮＥ ８（３）：ｅ６０２９８；Ｖａｎ Ｔｅｄｅｌｏｏ ｅｔ ａｌ．（２０００）Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ ７（１６）：１４３１−１４３７、及びＲｏｔｈ ｅｔ ａｌ．（２０１８）Ｎａｔｕｒｅ ５５９：４０５−４０９を参照）。いくつかの実施形態では、組み換え核酸は転位を介してＴ細胞に導入される（例えば、Ｍａｎｕｒｉ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｈｕｍ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ ２１（４）：４２７−４３７；Ｓｈａｒｍａ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｍｏｌｅｃ Ｔｈｅｒ Ｎｕｃｌ Ａｃｉｄｓ ２，ｅ７４、及びＨｕａｎｇ ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ５０６：１１５−１２６を参照）。免疫細胞に遺伝物質を導入及び発現させる方法としては、ほかにも、リン酸カルシウムトランスフェクション（例えば、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ．Ｎ．Ｙ．を参照），プロトプラスト融合、カチオン性リポソーム媒介トランスフェクション；タングステン粒子により促進される微粒子衝突（Ｊｏｈｎｓｔｏｎ，Ｎａｔｕｒｅ，３４６：７７６−７７７（１９９０））、及びリン酸ストロンチウムＤＮＡ共沈（Ｂｒａｓｈ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ．，７：２０３１−２０３４（１９８７））が挙げられる。
組み換え産物をコードする核酸の導入のための他のアプローチ及びベクターは、例えば、以下の国際特許出願公開第ＷＯ２０１４０５５６６８号、及び米国特許第７，４４６，１９０号に記載されているものが含まれる。
追加的な核酸、例えば、導入用の遺伝子の中でも、とりわけ際立っているのが、移植された細胞の生存率及び／または機能を促進することなどにより、治療の有効性を改善するもの；細胞の選択及び／または評価のための遺伝的マーカーを提供する遺伝子、例えば、ｉｎ ｖｉｖｏでの生存または局在を評価するための遺伝子；例えば、細胞をｉｎ ｖｉｖｏで陰性選択の影響を受けやすくすることにより、安全性を向上させる遺伝子である。出典：Ｌｕｐｔｏｎ Ｓ．Ｄ．ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ．及びＣｅｌｌ Ｂｉｏｌ．，１１：６（１９９１）、及びＲｉｄｄｅｌｌ ｅｔ ａｌ．，Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ ３：３１９−３３８（１９９２）。出版物：ＬｕｐｔｏｎらによるＰＣＴ／ＵＳ９１／０８４４２号及びＰＣＴ／ＵＳ９４／０５６０１号も参照のこと。該文献は、ドミナント陽性選択可能マーカー及び陰性選択可能マーカーの融合に由来する二機能性選択可能融合遺伝子の使用について記載されている。例えば、Ｒｉｄｄｅｌｌ ｅｔ ａｌ．，米国特許第６，０４０，１７７号の第１４〜１７段落を参照のこと。
操作を施された細胞の調製
いくつかの実施形態では、操作を施された細胞の調製は、１つ以上の培養及び／または調製工程を含む。ＨＬＡ−ペプチド−ＡＢＰ、例えば、ＴＣＲまたはＣＡＲを導入するための細胞は、生物学的試料、例えば、対象から得られた、またはその対象に由来するものなどの、試料から単離することが可能である。いくつかの実施形態では、細胞が単離される対象は、疾患もしくは病態を有するか、または細胞療法を必要としているか、または細胞療法薬が投与される対象とされる。いくつかの実施形態において対象は、細胞が単離、処理、及び／または操作を施される養子細胞療法などの、特定の治療的介入を必要としているヒトである。
したがって、細胞は、いくつかの実施形態において、初代細胞、例えば初代ヒト細胞である。試料としては、対象から直接的に採取された組織、体液、及びその他の試料のほか、分離、遠心分離、遺伝子工学（ウイルスベクターによる形質導入など）、洗浄、及び／またはインキュベーションなどの１つ以上の処理ステップにより得られた試料が挙げられる。生物学的試料は、生物学的供給源から直接的に得られた試料または処理された試料であり得る。生物学的試料としては、限定されるものではないが、限定されるものではないが、血液、血漿、血清、脳脊髄液、滑液、尿及び汗などの体液、組織及び臓器の試料（例えば、それらに由来する処理された試料）が挙げられる。
いくつかの態様において、細胞が由来または単離される試料は、血液または血液由来の試料であるか、またはアフェレーシス産物もしくは白血球アフェレーシス産物であるか、またはその産物に由来する。例示的な試料としては、全血、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）、白血球、骨髄、胸腺、組織生検、腫瘍、白血病、リンパ腫、リンパ節、腸関連リンパ組織、粘膜関連リンパ組織、脾臓、その他のリンパ組織、肝臓、肺、胃、腸、結腸、腎臓、膵臓、乳房、骨、前立腺、子宮頸、精巣、卵巣、扁桃腺もしくは他の臓器、及び／またはそれらに由来する細胞が挙げられる。試料としては、細胞療法、例えば養子細胞療法の文脈において、自家及び同種起源の試料が包含される。
いくつかの実施形態において、細胞は、例えばＴ細胞株などの細胞株に由来する。細胞は、いくつかの実施形態において、異種起源、例えばマウス、ラット、非ヒト霊長類、またはブタから得られる。
いくつかの実施形態において、細胞の単離は、１つ以上の調製及び／または非親和性に基づく細胞分離工程を含む。いくつかの例では、細胞を、洗浄し、遠心分離して、及び／または１つ以上の試薬の存在下でインキュベートする。例えば、不要な成分を除去するか、関心対象の成分を富化するか、あるいは特定の試薬に対し感受性の細胞を溶解または除去する。いくつかの例では、細胞を、密度、付着特性、サイズ、感度、特定の構成要素に対する耐性などの、１つ以上の特性に基づいて分離させる。
いくつかの例では、対象の循環血液由来の細胞を、例えばアフェレーシスまたは白血球アフェレーシスによって得る。試料には、いくつかの態様では、リンパ球（例えば、Ｔ細胞、単球、顆粒球、Ｂ細胞、他の有核白血球、赤血球、及び／または血小板）が含有されており、いくつかの態様では、赤血球と血小板以外の細胞が含有されている。
いくつかの実施形態では、対象から収集された血球を洗浄し、例えば、血漿画分を除去して、且つ後続の処理ステップに備えて、細胞を適切なバッファーまたは培地に入れる。いくつかの実施形態では、細胞をリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）で洗浄する。いくつかの実施形態では、洗浄溶液は、カルシウム及び／またはマグネシウム及び／または多くのもしくは全ての二価カチオンを欠く。いくつかの態様において、洗浄ステップは、半自動化された「フロースルー」遠心分離機（例えば、Ｂａｘｔｅｒ製のＣｏｂｅ ２９９１セルプロセッサー）を製造元の指示書に従って使用して行う。いくつかの態様では、洗浄ステップを、製造元の指示に従って接線流濾過（ＴＦＦ）を用いて行う。いくつかの実施形態では、細胞を、洗浄後に、例えばＣａ＋＋／Ｍｇ＋＋不含ＰＢＳなどの、様々な生体適合性バッファー中に再懸濁させる。或る特定の実施形態では、血球試料の成分を除去して、細胞を培養液中に直接的に再懸濁させる。
いくつかの実施形態において、本方法は、密度に基づく細胞分離方法、例えば、赤血球を溶解し、パーコールまたはフィコール勾配を介して遠心分離することによる、末梢血から白血球を調製することを含む。
いくつかの実施形態では、単離方法は、１つ以上の特定の分子（例えば、表面タンパク質、細胞内マーカーもしくは核酸のような表面マーカー）の細胞内での発現または存在に基づいて、異なる細胞型を分離することを含む。いくつかの実施形態では、そのようなマーカーに基づいて分離を行うための、任意の公知の方法が使用される場合がある。いくつかの実施形態において、分離は、親和性または免疫親和性に基づく分離である。例えば、いくつかの態様において単離することは、細胞の発現または１つ以上のマーカー（典型的には細胞表面マーカー）の発現レベルに基づき、例えば、そのようなマーカーに対し特異的に結合する抗体または結合パートナーと共にインキュベーションすることによって、細胞及び細胞集団を分離することと、続いて、通例は洗浄ステップを実行することと、抗体または結合パートナーに結合していない細胞から抗体または結合パートナーに結合した細胞を分離することとを、含む。
そのような分離工程は、試薬に結合した細胞がさらなる使用のために保持される陽性選択、及び／または抗体または結合パートナーに結合していない細胞を保持する陰性選択に基づき得る。いくつかの例では、両方の画分を、さらなる使用のために保持される。いくつかの態様において、ネガティブ選択は、分離が所望の集団以外の細胞によって発現されるマーカーに基づくと最適に行われるような、異種集団の細胞型を特異的に同定する抗体が利用できない場合に特に有用である。
分離では、特定の細胞集団または特定のマーカーを発現する細胞のうちの必ずしも１００％を富化または除去する必要はない。例えば、特定のタイプの細胞（例えばマーカーを発現する細胞）の陽性選択または富化とは、そのような細胞の数または割合を増加させることを指すが、ただし、その際、マーカーを発現していない細胞を必ずしも完全に存在しないようにする必要はない。同様に、特定のタイプの細胞（例えばマーカーを発現する細胞）の陰性選択、除去または枯渇とは、そのような細胞の数または割合を減少させることを指すが、ただし、その際、そのような細胞を必ずしも全て完全に除去する必要はない。
いくつかの例では、複数ラウンドの分離ステップを実行し、或るステップで陽性もしくは陰性選択された画分を、後続の別の分離ステップ（例えば、陽性もしくは陰性選択）に供する。いくつかの例では、単一の分離ステップで、例えば、細胞を、複数の抗体または結合パートナー（各々が陰性選択の標的となるマーカーに対し特異的なもの）と共にインキュベートすることによって、複数のマーカーを同時に発現する細胞を枯渇させる場合がある。同様に、さまざまな種類の細胞内で発現する複数の抗体または結合パートナーと共に細胞をインキュベートすることによって、複数の細胞型を同時に陽性選択する場合もある。
例えば、いくつかの態様ではＴ細胞の特定の亜集団、例えば陽性もしくは高レベルの１つ以上の表面マーカー（ＣＤ２８＋、ＣＤ６２Ｌ＋、ＣＣＲ７＋、ＣＤ２７＋、ＣＤ１２７＋、ＣＤ４＋、ＣＤ８＋、ＣＤ４５ＲＡ＋、及び／またはＣＤ４５ＲＯ＋Ｔ細胞を発現する細胞など）を、陽性もしくは陰性選択手法によって分離する。
例えば、ＣＤ３＋、ＣＤ２８＋Ｔ細胞を確実に選択するために、ＣＤ３／ＣＤ２８共役磁気ビーズ、例えば、ＤＹＮＡＢＥＡＤＳ（登録商標）Ｍ−４５０ ＣＤ３／ＣＤ２８ Ｔ細胞拡張剤）を使用する場合もある。
いくつかの実施形態では、単離は、陽性選択を行い、特定の細胞集団を富化させるか、あるいは、陰性選択を行い、特定の細胞集団を枯渇させることによって行われる。いくつかの実施形態では、１つ以上の表面マーカーであってそれぞれ陽性または陰性選択された細胞上で発現したマーカー（マーカー＋）または比較的高レベルにて発現したマーカー（マーカー高）に対し特異的に結合する、１つ以上の抗体または他の結合剤と共に、細胞をインキュベートすることによって、陽性または陰性選択を達成する。
いくつかの実施形態では、非Ｔ細胞（例えば、Ｂ細胞、単球、またはＣＤ１４などの他の白血球）上に発現したマーカーを陰性選択することによって、Ｔ細胞を末梢血単核球（ＰＢＭＣ）試料から分離する。いくつかの態様において、ＣＤ４＋またはＣＤ８＋選択ステップを使用して、ＣＤ４＋ヘルパー細胞とＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞を分離する。１つ以上のナイーブ、メモリー及び／またはエフェクターＴ細胞亜集団上に発現したマーカー、または比較的高レベルにて発現したマーカーを陽性または陰性選択することによって、そのようなＣＤ４＋及びＣＤ８＋の集団を、更に亜集団に選別することが可能である。
いくつかの実施形態では、ＣＤ８＋細胞におけるナイーブ、セントラルメモリー、エフェクターメモリー、及び／またはセントラルメモリー幹細胞を、更に富化させるか、または枯渇させる。これに関しては、例えば、それぞれの亜集団に関連する表面抗原に基づいて、陽性または陰性選択することによって行う。いくつかの実施形態では、セントラルメモリーＴ（ＴＣＭ）細胞の富化を遂行することによって、効能を向上させ、例えば、投与後の長期生存、拡張、及び／または生着を改善し、これは、一部の態様において、そのような亜集団においてとりわけ堅牢となる。出典：Ｔｅｒａｋｕｒａ ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｂｌｏｏｄ．１：７２−８２；Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．３５（９）：６８９−７０１。いくつかの実施形態では、ＴＣＭに富むＣＤ８＋Ｔ細胞とＣＤ４＋Ｔ細胞を組み合わせることにより、更に効能を強化させる。
実施形態において、メモリーＴ細胞は、ＣＤ８＋末梢血リンパ球のＣＤ６２Ｌ＋、及びＣＤ６２Ｌ−サブセットの両方に存在する。例えば、抗ＣＤ８及び抗ＣＤ６２Ｌ抗体を使用して、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）の、ＣＤ６２Ｌ−ＣＤ８＋及び／またはＣＤ６２Ｌ＋ＣＤ８＋画分を富化または枯渇させてもよい。
いくつかの実施形態では、セントラルメモリーＴ（ＴＣＭ）細胞の富化を、ＣＤ４５ＲＯ、ＣＤ６２Ｌ、ＣＣＲ７、ＣＤ２８、ＣＤ３、及び／またはＣＤ１２７の陽性または高い表面発現に基づいて行い、いくつかの態様では、ＣＤ４５ＲＡ及び／またはグランザイムＢを発現または高度に発現する細胞の陰性選択に基づいて行う。いくつかの態様では、ＣＤ４、ＣＤ１４、ＣＤ４５ＲＡを発現する細胞の枯渇、及びＣＤ６２Ｌを発現する細胞の陽性選択または富化によって、ＴＣＭ細胞が富化されたＣＤ８＋集団を単離させる。一態様では、セントラルメモリーＴ（ＴＣＭ）細胞の富化を、まず、ＣＤ４の発現に基づいて選択された細胞の陰性画分（ＣＤ１４及びＣＤ４５ＲＡの発現に基づく陰性選択、ならびにＣＤ６２Ｌに基づく陽性選択に供したもの）から実行する。このような選択は、いくつかの態様では同時に実行し、他の態様ではいずれかの順序で順次実行する。いくつかの態様では、ＣＤ８＋細胞集団または亜集団を調製する際に用いたのと同じＣＤ４発現に基づく選択ステップもまた使用して、ＣＤ４＋細胞集団または亜集団を生成し、例えばＣＤ４ベースの分離による陽性画分及び陰性画分の両方を保持して、本方法の後続ステップで使用する。任意で、１つ以上の追加的な陽性または陰性選択ステップを続ける。
特定の例では、ＰＢＭＣの試料または他の白血球試料で、負及び陽性画分の両方が保持されているものを、ＣＤ４＋細胞の選択に供する。次いで、陰性画分を、ＣＤ１４及びＣＤ４５ＲＡまたはＲＯＲ１の発現に基づいて陰性選択に供し、セントラルメモリーＴ細胞（ＣＤ６２ＬまたはＣＣＲ７など）にマーカー特性に基づいて陽性選択に供する。正及び陰性選択順序は、任意とされる。
細胞表面抗原を有する細胞集団を同定することによって、ＣＤ４＋Ｔヘルパー細胞を、ナイーブ細胞、セントラルメモリー細胞、エフェクター細胞に選別する。ＣＤ４＋リンパ球は、標準的な方法で得ることができる。いくつかの実施形態では、ナイーブＣＤ４＋Ｔリンパ球は、ＣＤ４５ＲＯ−、ＣＤ４５ＲＡ＋、ＣＤ６２Ｌ＋、ＣＤ４＋Ｔ細胞である。いくつかの実施形態では、セントラルメモリーＣＤ４＋細胞はＣＤ６２Ｌ＋及びＣＤ４５ＲＯ＋である。いくつかの実施形態では、エフェクターＣＤ４＋細胞はＣＤ６２Ｌ−及びＣＤ４５ＲＯ−である。
一例では、陰性選択によりＣＤ４＋細胞を富化するため、モノクローナル抗体カクテルには通常、ＣＤ１４、ＣＤ２０、ＣＤ１１ｂ、ＣＤ１６、ＨＬＡ−ＤＲ、及びＣＤ８に対する抗体を含める。いくつかの実施形態では、抗体または結合パートナーを、磁性ビーズまたは常磁性ビーズなどの固体支持体または基質に結合することにより、陽性及び／または陰性選択に応じて細胞分離を可能にする。例えば、いくつかの実施形態では、細胞及び細胞集団は、免疫磁気（または親和性磁気）分離技術を使用して分離または単離させる（レビュー誌：Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，ｖｏｌ．５８：Ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，Ｖｏｌ．２：Ｃｅｌｌ Ｂｅｈａｖｉｏｒ Ｉｎ Ｖｉｔｒｏ及びＩｎ Ｖｉｖｏ，ｐ １７−２５ Ｅｄｉｔｅｄ ｂｙ：Ｓ．Ａ．Ｂｒｏｏｋｓ ａｎｄ Ｕ．Ｓｃｈｕｍａｃｈｅｒ Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ Ｉｎｃ．，Ｔｏｔｏｗａ，Ｎ．Ｊ．）。
いくつかの態様では、分離される細胞の試料または組成物を、小型の磁化可能、または磁気応答性の材料、例えば、常磁性ビーズ（例えば、ＤｙｎａｂｅａｄｓまたはＭＡＣＳビーズなど）などの磁気応答性粒子または微粒子とともにインキュベートされる。磁気応答性材料、例えば粒子は、一般に、分離が所望される、例えば、ネガティブ選択またはポジティブ選択が所望される細胞（単数または複数）または細胞の集団に存在する分子、例えば表面マーカーに特異的に結合する結合パートナー、例えば抗体に直接的または間接的に付着する。
いくつかの実施形態において、磁性粒子またはビーズは、特定の結合メンバーに結合された磁気応答材料、例えば、抗体または他の結合パートナーを含む。周知の磁気応答材料のなかには、磁気分離法で使用されるものが、数多くある。好適な磁性粒子としては、Ｍｏｌｄａｙ，米国特許第４，４５２，７７３号、及び欧州特許明細書ＥＰ４５２３４２（Ｂ）号に記載されているものが挙げられ、該文献はその全体が本明細書において参照により援用されている。コロイドサイズの粒子の例としては、それ以外に、Ｏｗｅｎによる米国特許第４，７９５，６９８号、及びＬｉｂｅｒｔｉらによる米国特許第５，２００，０８４号に記載されているようなものも挙げられる。
インキュベーションは、一般に、磁性粒子またはビーズに付着する、抗体もしくは結合パートナー、またはそのような抗体もしくは結合パートナーに特異的に結合する二次抗体もしくは他の試薬などの分子が、試料内の細胞に存在する場合、細胞表面に特異的に結合する条件下で実行される。
いくつかの態様では、試料を磁場内に置き、磁気応答性または磁化可能な粒子が付着している細胞を磁石に引き寄せて、非標識細胞から分離させる。陽性選択では、磁石に引き寄せられた細胞が保持されるのに対し、陰性選択では、引き寄せられない細胞（無標識の細胞）が保持される。いくつかの態様では、陽性選択及び陰性選択の組み合わせを同じ選択ステップ中に実行する。このステップでは、陽性画分及び陰性画分を保持して、更に処理されるか、あるいは、更なる分離ステップに供される。
或る特定の実施形態において、磁気応答性粒子は、一次抗体または他の結合パートナー、二次抗体、レクチン、酵素、またはストレプトアビジンでコーティングされている。或る特定の実施形態において、磁性粒子は、１つ以上のマーカーに対し特異的な一次抗体のコーティングを介して細胞に付着している。或る特定の実施形態において、ビーズではなく細胞を、一次抗体または結合パートナーで標識し、次いで、細胞型特異的二次抗体または他の結合パートナー（ストレプトアビジンなど）でコーティングされた磁性粒子を添加する。或る特定の実施形態では、ストレプトアビジンでコーティングされた磁性粒子を、ビオチン化一次抗体または二次抗体と併用する。
いくつかの実施形態では、磁気応答性粒子を、引き続き、培養、培養及び／または操作に供する細胞に付着したままの状態に維持する。いくつかの態様では、この粒子を、患者への投与に備えて細胞に付着したままの状態に維持する。いくつかの実施形態では、磁化性または磁気応答性の粒子を、細胞から除去する。細胞から磁化可能な粒子を除去する方法は公知であり、例えば、競合する非標識抗体、磁化可能粒子、または切断可能なリンカーに結合した抗体などを使用することが挙げられる。いくつかの実施形態では、磁化可能粒子は、生分解性とされる。
いくつかの実施形態では、親和性ベースの選択は、磁気活性化細胞選別（ＭＡＣＳ）によって為される（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃｈ，Ａｕｂｕｒｎ，Ｃａｌｉｆ．）。磁気活性化細胞選別（ＭＡＣＳ）システムは、磁性粒子が付着した細胞を高純度にて選択することを可能としている。或る特定の実施形態において、ＭＡＣＳは、外部磁場の印加後に非標的種及び標的種が順次溶出するモードにて動作する。すなわち、磁化された粒子に付着した細胞は、付着していない種が溶出している間、適所に保持されている。次いで、この第１の溶出ステップが完了した後で磁場に封入されて溶出するのを妨げられた種は、何らかの方法で解放され、結果として、この種の溶出及び回収が可能となる。或る特定の実施形態では、非標的細胞を標識し、不均一な細胞集団から枯渇させる。
或る特定の実施形態において、単離または分離は、本方法における単離、細胞調製、分離、処理、インキュベーション、培養及び／または製剤化ステップの１つ以上を遂行する、システム、デバイス、または装置を使用して実行される。いくつかの態様では、本システムを使用して、これらの各ステップを閉鎖または無菌環境で実行することにより、例えば、エラー、ユーザーの取り扱い、及び／または汚染を最小限に抑えることが可能となる。一例において、本システムは、国際特許出願公開第ＷＯ２００９／０７２００３号、または米国特許出願公開第２０１１０００３３８０（Ａ１）号に記載されているシステムである。
いくつかの実施形態において、システムまたは装置は、統合または自己完結型システムにて、及び／または自動化されたまたはプログラム可能な方法にて、分離、処理、操作、及び配合のステップのうちの１つ以上（例えば全部）を実行する。いくつかの態様において、システムまたは装置は、システムもしくは装置と通信するコンピューター及び／またはコンピュータープログラムを具備したことによって、ユーザーが、処理ステップ、単離ステップ、操作ステップ、及び製剤ステップのさまざまな態様をプログラム、制御、結果の評価、及び／または調整するのを、可能にしている。
いくつかの態様では、例えば、閉鎖された無菌システムにおいて、臨床規模のレベルにて細胞を自動分離するため、ＣｌｉｎｉＭＡＣＳシステム（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ）を使用して分離及び／または他のステップを実行する。構成要素には、統合されたマイクロコンピューター、磁気分離ユニット、蠕動ポンプ、及びさまざまなピンチバルブが包含される。統合型コンピューターは、いくつかの態様において、機器の全ての構成要素を制御し、手順を標準化された順序にて繰り返し実行するようにシステムに指示する。いくつかの態様において、磁気分離ユニットは、可動永久磁石及び選択カラム用のホルダーを含む。蠕動ポンプは、ピンチ弁と共に、チューブセット全体の流量を制御する。これにより、システムをとおしたバッファーの制御された流れ、及び細胞を継続的に懸濁させることが、確実に為される。
いくつかの態様において、ＣｌｉｎｉＭＡＣＳシステムでは、無菌の非発熱性溶液中に供給された抗体結合磁化可能粒子が、使用される。いくつかの実施形態では、細胞を磁性粒子で標識した後、この細胞を洗浄して過剰な粒子を除去する。次いで、細胞調製バッグをチューブセットに接続した後、これを、バッファーを含むバッグ、及び細胞収集バッグに接続する。チューブセットは、プレカラムと分離カラムを含む事前に組み立て済み滅菌チューブからなり、単回使用のものとされる。分離プログラムの開始後、本システムでは自動的に細胞試料が分離カラムに塗布される。標識された細胞はカラム内に保持される一方、標識されていない細胞は一連の洗浄ステップによって除去される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法により使用される細胞集団は無標識のものであることから、カラム内に保持されない。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法により使用される細胞集団は有標識のものであることから、カラムに保持される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法により使用される細胞集団は、磁場を除去した後にカラムから溶出され、細胞収集バッグ内に収集される。
或る特定の実施形態において、分離及び／または他のステップは、ＣｌｉｎｉＭＡＣＳ Ｐｒｏｄｉｇｙシステム（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ）を使用して実行される。ＣｌｉｎｉＭＡＣＳ Ｐｒｏｄｉｇｙシステムは、いくつかの態様において、細胞処理ユニティを装備したことによって、遠心分離による細胞の自動洗浄及び分画を可能にしている。ＣｌｉｎｉＭＡＣＳ Ｐｒｏｄｉｇｙシステムに、オンボードカメラ及び画像認識ソフトウェアを具備させて、ソース細胞製品の肉眼可視層を識別することによって最適な細胞分画エンドポイントが判別されるようにしてもよい。例えば、末梢血を、自動的に赤血球、白血球、及び血漿層に分離させることが可能である。ＣｌｉｎｉＭＡＣＳ Ｐｒｏｄｉｇｙシステムに、統合された細胞培養チャンバーを含めてもよい。これにより、例えば、細胞の分化と増殖、抗原負荷、長期細胞培養などの細胞培養プロトコールが実現する。入力ポートは、培地の無菌除去及び補充を可能にし得る。統合型顕微鏡を使用して細胞を監視することができる。出典：例えば、Ｋｌｅｂａｎｏｆｆ ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．３５（９）６５１−６６０，Ｔｅｒａｋｕｒａ ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｂｌｏｏｄ．１：７２−８２、及びＷａｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．３５（９）：６８９−７０１。
いくつかの実施形態では、本明細書中に記載されている細胞集団を、フローサイトメトリーを介して収集及び富化（または枯渇）させ、複数の細胞表面マーカー用に染色された細胞を、流体の流れを介して運搬する。いくつかの実施形態では、本明細書中に記載されている細胞集団を、分取規模の蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）を介して収集して、富化（または枯渇）させる。或る特定の実施形態では、ＦＡＣＳベースの検出システムと組み合わせて微小電気機械システム（ＭＥＭＳ）チップを使用することにより、本明細書に記載の細胞集団を収集し、富化（または枯渇）させる（例えば、ＷＯ２０１０／０３３１４０，Ｃｈｏ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｌａｂ Ｃｈｉｐ １０，１５６７−１５７３、及びＧｏｄｉｎ ｅｔ ａｌ．（２００８）Ｊ Ｂｉｏｐｈｏｔｏｎ．１（５）：３５５−３７６を参照のこと。両方の事例において、細胞を複数のマーカーで標識することによって、明確に定義されたＴ細胞サブセットを高純度で単離することが可能となる。
いくつかの実施形態では、抗体または結合パートナーを１つ以上の検出可能マーカーで標識することで、陽性及び／または陰性選択に合わせて分離させるのを容易にしている。例えば、分離は、蛍光標識抗体への結合に基づいて行うことができる。いくつかの例では、抗体または１つ以上の細胞表面マーカーに対し特異的な他の結合パートナーの結合に基づいて細胞を分離することは、流体の流れを介して行われ、その際には、例えば、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）、例えば、分取スケール（ＦＡＣＳ）及び／または微小電気機械システム（ＭＥＭＳ）チップ、例えば、フローサイトメトリー検出システムを併用する。そのような方法は、同時的に複数のマーカーに基づく陽性及び陰性選択を可能にするものである。
いくつかの実施形態では、調製方法に、凍結のステップ（例えば、単離、インキュベーション及び／または操作を実施する前または実施した後における、細胞の凍結保存）を含めている。いくつかの実施形態では、凍結及びその後続の解凍ステップで、細胞集団内の顆粒球、及び或る程度まで単球を、除去する。いくつかの実施形態では、例えば、洗浄工程で血漿及び血小板を除去した後に、細胞を凍結溶液中に懸濁させる。いくつかの態様においてさまざまな公知の凍結溶液及びパラメーターのいずれかを使用してもよい。一例では、２０％ＤＭＳＯと８％ヒト血清アルブミン（ＨＳＡ）とを含有するＰＢＳ、または他の好適な細胞凍結培地を、使用することを含む。次いで、これを培地で１：１に希釈して、ＤＭＳＯ及びＨＳＡの最終濃度をそれぞれ１０％及び４％にする。他の例としては、Ｃｒｙｏｓｔｏｒ（登録商標）、ＣＴＬ−Ｃｒｙｏ（商標）ＡＢＣ凍結培地、及びそれらに類するものが挙げられる。次いで、細胞を毎分１度の速度で−８０℃まで凍結し、液体窒素貯蔵タンクの気相中に保存する。
いくつかの実施形態において、提供されている方法は、養殖、インキュベーション、培養、及び／または遺伝子操作ステップを含む。例えば、いくつかの実施形態では、枯渇した細胞集団及び培養開始組成物をインキュベート及び／または操作するための方法が提供されている。
それゆえ、いくつかの実施形態では、培養開始組成物中で細胞集団をインキュベートする。インキュベーション及び／または操作を、培養容器（例えば、ユニット、チャンバー、ウェル、カラム、チューブ、チュービングセット、バルブ、バイアル、培養皿、バッグ、または培地培養もしくは細胞培養用の他の容器中）で、実施する場合がある。
いくつかの実施形態では、遺伝子操作を施す前またはそれに関連して、細胞をインキュベートし及び／または培養する。インキュベーションステップは、培養、養殖、刺激、活性化、及び／または増殖を含み得る。いくつかの実施形態では、組成物または細胞を、刺激条件または刺激剤の存在下にて、インキュベートする。そのような条件には、集団内の細胞の増殖、拡大、活性化、及び／または生存を誘発させ、抗原曝露を模倣し、及び／または、遺伝子操作を施すに際して（例えば、組み換え抗原受容体の導入に向けて）細胞を調製することを目的にデザインされた条件が、包含される。
条件としては、特定の培地、温度、酸素含有量、二酸化炭素含有量、時間、薬剤（例えば、栄養素）、アミノ酸、抗生物質、イオン、及び／または刺激因子（例えば、サイトカイン、ケモカイン、抗原、結合パートナー、融合タンパク質）のほか、組み換え可溶性受容体及び細胞を活性化するようにデザインされた他の薬剤のうちの１つ以上を挙げることができる。
いくつかの実施形態では、刺激条件または薬剤としては、１つ以上の薬剤（例えば、ＴＣＲ複合体の細胞内シグナル伝達ドメインを活性化し得るリガンド）が挙げられる。いくつかの態様では、Ｔ細胞内でのＴＣＲ／ＣＤ３細胞内シグナル伝達カスケードを、薬剤によって、オンにする（すなわち開始する）。そのような薬剤としては、抗体類、例えば、ＴＣＲ成分、及び／または共刺激受容体に対し特異的なもの（抗ＣＤ３、抗ＣＤ２８、ビーズなどの固体支持体等）、及び／または１つ以上のサイトカインに結合したものを挙げることができる。任意で、拡張する方法に、培養培地に（例えば、少なくとも約０．５ｎｇ／ｍｌの濃度にて）抗ＣＤ３及び／または抗ＣＤ２８抗体を加える工程を、更に具備させてもよい。いくつかの実施形態では、刺激剤は、ＩＬ−２及び／またはＩＬ−１５、例えば、少なくとも約１０単位／ｍＬのＩＬ−２濃度を含む。
いくつかの態様において、インキュベーションは、米国特許第６，０４０，１７７号（Ｒｉｄｄｅｌｌ ｅｔ ａｌ．に付与）、Ｋｌｅｂａｎｏｆｆ ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．３５（９）６５１−６６０，Ｔｅｒａｋｕｒａ ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｂｌｏｏｄ．１：７２−８２、及び／またはＷａｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．３５（９）：６８９−７０１に記載されているような技術に従って行われる。
いくつかの実施形態では、Ｔ細胞は、非分裂性末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）などの培養開始組成物支持細胞に加えること（例えば、結果として生じる細胞集団が、拡大される初期集団中の各Ｔリンパ球について、少なくとも約５、１０、２０、または４０個以上のＰＢＭＣ支持細胞を含むようにする）、および培養物をインキュベートすること（例えば、Ｔ細胞の数を増やすのに十分な時間）により拡大される。一部の態様では、非分裂性支持細胞は、ガンマ線照射ＰＢＭＣ支持細胞を含み得る。いくつかの実施形態では、細胞分裂を防ぐために、ＰＢＭＣに約３０００〜３６００ラドの範囲のガンマ線を照射する。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣ支持細胞をマイトマイシンＣで不活性化する。いくつかの態様では、Ｔ細胞の集団を加える前に、支持細胞を培地に加える。
いくつかの実施形態では、刺激条件には、ヒトＴリンパ球の成長に好適な温度、例えば、少なくとも約２５℃、一般に少なくとも約３０℃、一般に３７℃または約３７℃が含まれる。任意選択で、インキュベーションは、非分裂性ＥＢＶ形質転換リンパ芽球様細胞（ＬＣＬ）を支持細胞として加えることをさらに含んでもよい。ＬＣＬには、約６０００〜１０，０００ラドの範囲のガンマ線を照射し得る。いくつかの態様におけるＬＣＬ支持細胞は、任意の好適な量、例えば、ＬＣＬ支持細胞と初期Ｔリンパ球との比が少なくとも約１０：１で提供される。
実施形態において、抗原特異的ＣＤ４＋及び／またはＣＤ８＋Ｔ細胞などの抗原特異的Ｔ細胞は、ナイーブもしくは抗原特異的Ｔリンパ球を抗原で刺激することによって得られる。例えば、感染した対象からＴ細胞を分離し、同じ抗原でｉｎ ｖｉｔｒｏにて細胞を刺激することにより、サイトメガロウイルス抗原に対する抗原特異的Ｔ細胞株またはクローンを作製することが可能である。
アッセイ
当該技術分野において公知の様々なアッセイを使用して、本明細書中に提供されているＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥＡＢＰを同定し、特性評価してもよい。
結合、競合、及びエピトープマッピングアッセイ
本明細書で提供されるＡＢＰの特定の抗原結合活性は、本開示の他の場所で説明されるように、ＳＰＲ、ＢＬＩ、ＲＩＡ及びＭＳＤ−ＳＥＴを使用することをはじめとする、任意の好適な方法によって評価できる。追加的に、抗原結合活性を、ＥＬＩＳＡアッセイ、フローサイトメトリー、及び／またはウエスタンブロットアッセイを使用して評価してもよい。
２つのＡＢＰ、またはＡＢＰと別の分子（例えば、ＴＣＲなどのＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥの１つ以上のリガンド）間の競合を測定するためのアッセイは、本開示における他の箇所、例えば、Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｌａｎｅ，ＡＢＰｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ ｃｈ．１４，１９８８，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙに記載されており、該文献は、その全体が、参照により援用されている。
本明細書中に提供されているＡＢＰが結合するエピトープをマッピングするためのアッセイは、例えば、Ｍｏｒｒｉｓ，“Ｅｐｉｔｏｐｅ Ｍａｐｐｉｎｇ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，” ｉｎ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ｖｏｌ．６６，１９９６，Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，Ｎ．Ｊ．に記載されており、該文献は、その全体が、参照により援用されている。いくつかの実施形態において、エピトープは、ペプチドの競合によって決定される。いくつかの実施形態において、エピトープは、質量分析によって決定される。いくつかの実施形態において、エピトープは、変異誘発によって決定される。いくつかの実施形態において、エピトープは、結晶学によって決定される。
エフェクター機能のアッセイ
本明細書中に提供されているＡＢＰ及び／または細胞での治療後のエフェクター機能は、当該技術分野において公知の様々なｉｎ ｖｉｔｒｏ及びｉｎ ｖｉｖｏアッセイを使用して評価することができる。これらのアッセイとしては、Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１９９１，９：４５７−４９２；米国特許第５，５００，３６２号、同第５，８２１，３３７号；Ｈｅｌｌｓｔｒｏｍ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１９８６，８３：７０５９−７０６３；Ｈｅｌｌｓｔｒｏｍ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１９８５，８２：１４９９〜１５０２；Ｂｒｕｇｇｅｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．，１９８７，１６６：１３５１−１３６１；Ｃｌｙｎｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１９９８，９５：６５２−６５６；ＷＯ２００６／０２９８７９；ＷＯ２００５／１００４０２；Ｇａｚｚａｎｏ−Ｓａｎｔｏｒｏ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ，１９９６，２０２：１６３−１７１；Ｃｒａｇｇ ｅｔ ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ，２００３，１０１：１０４５−１０５２；Ｃｒａｇｇ ｅｔ ａｌ．Ｂｌｏｏｄ，２００４，１０３：２７３８−２７４３、及びＰｅｔｋｏｖａ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｔ’ｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，２００６，１８：１７５９−１７６９記載されているものが挙げられる。該文献の各々は、その全体が、参照により援用されている。
医薬組成物
本明細書中に提供されているＡＢＰ、細胞、またはＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的は、任意の好適な医薬組成物に処方され、任意の好適な投与経路により投与することが可能である。好適な投与経路の例としては、限定されるものではないが、動脈内、皮内、筋肉内、腹腔内、静脈内、経鼻、非経口、肺、及び皮下経路が挙げられる。
医薬組成物は、１つ以上の医薬賦形剤を含み得る。医薬賦形剤としては、任意の好適なものを使用することができる。当業者であれば、好適な医薬賦形剤を選択することができる。したがって、以下に提供される医薬賦形剤は、例証を意図したものであって、限定を意図したものではない。追加的な医薬添加剤としては、例えば、Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｅｘｃｉｐｉｅｎｔｓ，Ｒｏｗｅ ｅｔ ａｌ．（Ｅｄｓ．）６ｔｈ Ｅｄ．（２００９）に記載されているものが挙げられる。該文献は、その全体が、参照により援用されている。
いくつかの実施形態では、医薬組成物が、消泡剤を含む。消泡剤としては、任意の好適なものを使用することができる。いくつかの態様において、消泡剤は、アルコール、エーテル、油、ワックス、シリコーン、界面活性剤、及びそれらの組み合わせから選択される。いくつかの態様において、消泡剤は、鉱油、植物油、エチレンビスステアラミド、パラフィンワックス、エステルワックス、脂肪アルコールワックス、長鎖脂肪アルコール、脂肪酸石鹸、脂肪酸エステル、シリコングリコール、フルオロシリコーン、ポリエチレングリコール−ポリプロピレングリコールコポリマー、ポリジメチルシロキサン−二酸化ケイ素、エーテル、オクチルアルコール、カプリルアルコール、ソルビタントリオレエート、エチルアルコール、２−エチル−ヘキサノール、ジメチコン、オレイルアルコール、シメチコン、及びそれらの組み合わせから選択されまる。
いくつかの実施形態では、医薬組成物が、共溶媒を含む。共溶媒の例証的な例としては、エタノール、ポリ（エチレン）グリコール、ブチレングリコール、ジメチルアセトアミド、グリセリン、プロピレングリコール、及びそれらの組み合わせが挙げられる。
いくつかの実施形態では、医薬組成物に、バッファーが含まれる。バッファーの例証的な例として、酢酸塩、ホウ酸塩、炭酸塩、乳酸塩、リンゴ酸塩、リン酸塩、クエン酸塩、水酸化物、ジエタノールアミン、モノエタノールアミン、グリシン、メチオニン、グアーガム、グルタミン酸ナトリウム、及びそれらの組み合わせが挙げられる。
いくつかの実施形態では、医薬組成物に、担体または充填剤が含まれる。担体または充填剤の例証的な例としては、ラクトース、マルトデキストリン、マンニトール、ソルビトール、キトサン、ステアリン酸、キサンタンガム、グアーガム、及びそれらの組み合わせが挙げられる。
いくつかの実施形態では、医薬組成物に、界面活性剤が含まれる。界面活性剤の例証的な例としては、ｄ−αトコフェロール、塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム、セトリミド、塩化セチルピリジニウム、ドクセートナトリウム、ベヘン酸グリセリル、グリセリルモノオレエート、ラウリン酸、マクロゴール１５ヒドロキシステアレート、ミリスチルアルコール、リン脂質、ポリオキシエチレンアルキルソルビタン、ポリオキシエチレンアルキルエーテル、エステル、ポリオキシエチレンステアレート、ポリオキシルグリセリド、ラウリル硫酸ナトリウム、ソルビタンエステル、ビタミンＥポリエチレン（グリコール）コハク酸塩、及びそれらの組み合わせが挙げられる。
いくつかの実施形態では、医薬組成物に、固結防止剤が含まれる。固結防止剤の例証的な例としては、リン酸カルシウム（三塩基性）、ヒドロキシメチルセルロース、ヒドロキシプロピルセルロース、酸化マグネシウム、及びそれらの組み合わせが挙げられる。
医薬組成物と共に使用できる他の賦形剤にとしては、例えば、アルブミン、抗酸化剤、抗菌剤、抗真菌剤、生体吸収性ポリマー、キレート剤、制御放出剤、希釈剤、分散剤、溶解促進剤、乳化剤、ゲル化剤、軟膏、塩基、浸透促進剤、防腐剤、可溶化剤、溶媒、安定剤、糖、及びそれらの組み合わせが挙げられる。これらの各薬剤の具体例は、例えば、Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｅｘｃｉｐｉｅｎｔｓ，Ｒｏｗｅ ｅｔ ａｌ．（Ｅｄｓ．）６ｔｈ Ｅｄ．（２００９），Ｔｈｅ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｐｒｅｓｓに記載されており、該文献は、その全体が、参照により援用されている。
いくつかの実施形態では、医薬組成物に、溶媒が含まれる。いくつかの態様において、溶媒は、無菌等張食塩水またはデキストロース溶液などの食塩水である。いくつかの態様において、溶剤は注射用水である。
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、微粒子またはナノ粒子などの粒子形態である。マイクロ粒子及びナノ粒子は、ポリマーまたは脂質などの任意の好適な材料から形成してもよい。いくつかの態様において、マイクロ粒子またはナノ粒子は、ミセル、リポソームもしくはポリマーソームである。
更に本明細書中に提供されている、ＡＢＰを具備した医薬組成物及び剤形は、無水物とされる。なぜなら、水は、一部のＡＢＰが分解されるのを促進し得るからである。
本明細書中に提供されている無水医薬組成物及び剤形は、無水または低水分含有成分、及び低水分または低湿度条件を使用して調製することができる。製造、包装、および／または保管中に水分及び／または湿度との実質的な接触が予想される場合、ラクトース、および第１級または第２級アミンを含む少なくとも１つの活性成分を含む、医薬組成物および剤形は無水であり得る。
無水医薬組成物の調製及び保存は、その無水の性質が維持されるように行う必要がある。したがって、無水組成物を好適な処方キットをパッケージングする場合、水への曝露を防止することが公知である素材を使用してもよい。好適なパッケージングの例としては、限定されるものではないが、密閉ホイル、プラスチック、単位用量容器（バイアルなど）、ブリスターパック、及びストリップパックが挙げられる。
或る特定の実施形態では、本明細書中に提供されているＡＢＰ及び／または細胞が、非経口剤形として処方される。非経口剤形は、皮下、静脈内（例えば、注入及びボーラス注射）、筋肉内、及び動脈内を含むがこれらに限定されない様々な経路によって対象に投与することができる。それらの投与は通常、汚染物質に対する対象の自然な防御を迂回するので、非経口剤形は、典型的には、無菌とされるか、または対象に投与される前に滅菌される場合がある。非経口剤形の例としては、限定されるものではないが、すぐに注射できる溶液、注射用の薬学的に許容されるビヒクルに溶解または懸濁する準備ができている乾燥（例えば、凍結乾燥）製品、注射用の懸濁液、及び乳濁液が挙げられる。
非経口剤形を提供するために使用することができる好適なビヒクルは、当業者に周知である。例としては、限定されるものではないが、注射用水ＵＳＰのほか、水性車両（例えば、限定されるものではないが、塩化ナトリウム注射液、リンゲル注射液、ブドウ糖注射液、ブドウ糖注射液、塩化ナトリウム注射液、及び乳酸加リンゲル注射液）；水混和性ビヒクル（例えば、限定されるものではないが、エチルアルコール、ポリエチレングリコール、及びポリプロピレングリコール）；ならびに、非水性ビヒクル（例えば、限定されるものではないが、トウモロコシ油、綿実油、落花生油、ゴマ油、オレイン酸エチル、ミリスチン酸イソプロピル、及び安息香酸ベンジル）が挙げられる。
また、本明細書中に開示されている１つ以上のＡＢＰ及び／または細胞の溶解度を増加させる賦形剤を、非経口剤形に組み込んでもよい。
いくつかの実施形態において、非経口剤形は凍結乾燥されている。例示的な凍結乾燥製剤は、例えば、米国特許第６，２６７，９５８号及び同第６，１７１，５８６号、及びＷＯ２００６／０４４９０８に記載されており、該文献の各々は、その全体が、参照により援用されている。
ヒトの治療法において、医師は、最も適切と考える薬量を、予防的または治療的治療法、ならびに治療を受ける対象に対し特異的な年齢、体重、病態、及びその他の要因に応じて、決定する。
或る特定の実施形態において、本明細書中に提供されている組成物は、医薬組成物または単一の単位剤形である。本明細書中に提供されている医薬組成物及び単一の単位剤形は、予防的または治療的有効量の、１つ以上の予防的または治療的ＡＢＰを含む。
障害またはその１つ以上の症状の予防または治療に有効とされるＡＢＰ、細胞または組成物の量は、疾患もしくは病態の性質、及び重症度、ならびにＡＢＰ及び／または細胞が投与される経路に応じて異なる。また、頻度及び投薬量は、各対象に対し特異的な要因によっても異なる。例えば、投与される特定の治療薬（治療剤もしくは予防剤など）、障害、疾患もしくは病態の重症度、投与経路、ならびに対象の年齢、体重、反応及び過去の既往歴に影響される。有効用量は、ｉｎ ｖｉｔｒｏまたは動物モデル試験システムから得られた用量反応曲線から推定し得る。
当業者には容易に分かるように、異なる治療有効量は、異なる疾患及び病態に適用可能であり得る。同様に、そのような障害を予防、管理、治療または改善するのに十分であるが、ただし本明細書中に提供されているＡＢＰ及び／もしくは細胞に関連する有害作用を引き起こすのには不足しているか、またはその有害作用を低減するのには十分な量はまた、本明細書に提供される投薬量及び投薬頻度スケジュールに包含される。更に、本明細書に提供される組成物の複数投薬量を対象に投与する場合、必ずしも全ての投薬量を同じとする必要はない。例えば、対象に投与される投薬量は、組成物の予防または治療効果を改善する目的で増加させてもよいし、あるいは、特定の対象が経験している１つ以上の副作用を軽減する目的で減少させてもよい。
或る特定の実施形態では、治療または予防を、本明細書中に提供されているＡＢＰまたは組成物の１回以上の負荷量で開始し、以降は、１回以上の維持量にて続ける場合もある。
或る特定の実施形態において、本明細書中に提供されている用量のＡＢＰ、細胞、または組成物を投与することによって、対象の血液または血清中のＡＢＰ及び／または細胞の定常状態濃度を達成することが可能となる。定常状態の濃度は、当業者に利用可能な技術を用いた測定によって算定してもよいし、あるいは、身長、体重、及び年齢などの対象の身体的特徴を基準として算定してもよい。
本開示の他の箇所でより詳細に記載されているように、本明細書中に提供されているＡＢＰ及び／または細胞を、任意で、疾患または障害を予防または治療するのに有用な１つ以上の追加的な薬剤と併用投与してもよい。そのような追加的な薬剤の有効量は、製剤中に存在するＡＢＰの量、障害または治療の種類、及び当該技術分野において公知のまたは本明細書中に記載されている他の要因に依存する可能性がある。
治療用途
治療用途では、ＡＢＰ及び／または細胞は、当該技術分野において公知のもの及び上記で論じたものなどの、薬学的に許容される剤形にて哺乳動物（一般的にはヒト）に投与される。例えば、ＡＢＰ及び／または細胞は、ボーラスとして静脈内にもしくは筋肉内、腹腔内、脳脊髄内、皮下、関節内、滑膜内、くも膜下腔内、または腫瘍内経路により、一定期間にわたる持続注入によってヒトに投与される。また、ＡＢＰは、腫瘍周囲、病変内、または病変周囲経路を介して好適に投与され、局所的及び全身的な治療効果を発揮する。腹腔内経路は、例えば、卵巣腫瘍の治療において特に有用と考えられる。
本明細書中に提供されているＡＢＰ及び／または細胞は、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥが関与する任意の疾患または病態の治療にも有用であり得る。いくつかの実施形態において、疾患または病態は、抗ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥＡＢＰ及び／または細胞による治療から利益を得ることができる疾患または病態とされる。いくつかの実施形態において、疾患または病態は、腫瘍である。いくつかの実施形態において、疾患または病態は、細胞増殖性疾患である。いくつかの実施形態において、疾患または病態は、がんである。
いくつかの実施形態では、本明細書中に提供されているＡＢＰ及び／または細胞を、医薬として使用する用途に提供する。いくつかの実施形態では、本明細書中に提供されているＡＢＰ及び／または細胞を、医薬の製造または調製に使用する用途に提供する。いくつかの実施形態では、医薬は、抗ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥＡＢＰ及び／または細胞から利益を得ることができる疾患または病態の治療用とされる。いくつかの実施形態において、疾患または病態は、腫瘍である。いくつかの実施形態において、疾患または病態は、細胞増殖性疾患である。いくつかの実施形態において、疾患または病態は、がんである。
いくつかの実施形態では、本明細書中に提供されている有効量のＡＢＰ及び／または細胞を対象に投与することにより、それを必要とする対象の疾患または病態を治療する方法が、本明細書中に提供されている。いくつかの態様において、疾患または病態は、がんである。
いくつかの実施形態では、ＡＢＰ及び／または細胞の有効量を投与することにより、それを必要とする対象の疾患または病態を治療する方法が、本明細書中に提供されている。
いくつかの実施形態では、本明細書中に開示されている有効量のＡＢＰ及び／または細胞または医薬組成物を対象に投与することを含む、それを必要とする対象における免疫応答を調節する方法が、本明細書中に提供されている。
併用療法
いくつかの実施形態では、本明細書中に提供されているＡＢＰ及び／または細胞を、少なくとも１つの追加的な治療剤と併用投与する。本明細書中に提供されているＡＢＰ及び／または細胞と共に、任意の好適な追加的な治療剤を投与しても差し支えない。追加的な治療薬をＡＢＰに融合させる場合もある。いくつかの態様において、追加的な治療剤は、放射線、細胞毒性剤、毒素、化学療法剤、細胞増殖抑制剤、抗ホルモン剤、ＥＧＦＲ阻害剤、免疫調節剤、抗血管新生剤、及びそれらの組み合わせから選択される。いくつかの実施形態において、追加的な治療剤は、ＡＢＰである。
診断方法
また、対象由来の細胞上の所与のＨＬＡ−ＥＰＴＩＤＥの存在を予測及び／または検出するための方法も、提供されている。そのような方法を使用することで、例えば、本明細書で提供されるＡＢＰ及び／または細胞による治療に対する反応性を予測し且つ評価することが可能である。
いくつかの実施形態では、血液または腫瘍試料を対象から採取し、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥを発現する細胞の割合を算定する。いくつかの態様において、そのような細胞によって発現されるＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥの相対量を算定する。ＨＬＡ−ペプチドを発現する細胞の割合及びそのような細胞によって発現されるＨＬＡ−ペプチドの相対量は、任意の好適な方法により算定することができる。いくつかの実施形態において、そのような測定には、フローサイトメトリーが使用される。いくつかの実施形態では、そのような測定には、蛍光支援細胞分取（ＦＡＣＳ）が使用される。末梢血におけるＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥの発現を評価する方法については、Ｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｕｔｏｉｍｍｕｎｉｔｙ，２００３，２１：８３−９２を参照のこと。
いくつかの実施形態では、対象の細胞上の特定のＨＬＡ−ペプチドの存在を検出することは、免疫沈降及び質量分析を使用して行われる。これは、原発腫瘍標本などの腫瘍試料（例えば、凍結腫瘍試料）を採取し、免疫沈降を適用して１つ以上のペプチドを単離することによって、行われる場合がある。腫瘍試料のＨＬＡ対立遺伝子は、実験的に判別することも、または第三者のソースから入手することも可能である。１つ以上のペプチドを質量分析（ＭＳ）に供して、これらペプチドの配列（複数可）を判別する場合もある。その後、ＭＳで得られたスペクトルを、データベース検索してもよい。実施例は、下掲の「実施例」の節に示す通りである。
いくつかの実施形態において、対象由来の細胞上の特定のＨＬＡ−ペプチドの存在を予測することは、ペプチド配列に適用されたコンピューターベースのモデル、及び／または腫瘍試料からのそのペプチド配列（例えば、ＲＮＡ ｓｅｑまたはＲＴ−ＰＣＲ、またはナノストリング）をはじめとする１つ以上の遺伝子のＲＮＡ測定を使用して実行される。使用されるモデルは、国際特許出願第ＰＣＴ／ＵＳ２０１６／０６７１５９号に記載されているようなものとしてもよい。あらゆる目的に対応するように、該文献はその全体が本明細書において参照により援用されている。
キット
また、本明細書中に記載のＡＢＰ及び／または細胞を含むキットも、提供されている。本明細書中に記載されているように、本キットは、疾患または障害の治療、予防、及び／または診断目的に使用できる。
いくつかの実施形態において、本キットは、容器と、容器上に貼付されているかまたは容器に付随するラベルまたは添付文書とを、具備する。容器は、例えば、ボトル、バイアル、シリンジ、及びＩＶ溶液バッグを具備したものが、好適であるとされる。容器を形成する材料としては、ガラスまたはプラスチックのような、多様な種類のものを挙げることができる。容器は、それ自体で、または別の組成物と組み合わされた場合に、疾患または障害を治療、予防及び／または診断するうえで有効な組成物を保持するものである。容器が、無菌のアクセスポートを有する場合もある。例えば、容器が点滴バッグまたはバイアルの場合、針で穿孔できるポートが付属していることがある。組成物中の少なくとも１つの活性剤は、本明細書で提供されるＡＢＰである。ラベルまたは添付文書の指示書きによれば、本組成物は、選択された病態を治療する用途に用いられる。
いくつかの実施形態において、本キットは、（ａ）第１の組成物を収容する第１の容器であって、第１の組成物中に、本明細書で提供されるＡＢＰ及び／または細胞が含有される、第１の容器と、（ｂ）第２の組成物を収容する第２の容器であって、第２の組成物中に更なる治療剤が含有される、第２の容器とを、具備する。この実施形態のキットには、添付文書が更に付属している場合があり、この添付文書の指示書きによれば、本組成物を、特定の病態（例えば、がん）を治療する用途に使用することができる。
代替的にまたは追加的に、薬学的に許容される賦形剤を含む第２（または第３）の容器を、キットに更に具備させてもよい。いくつかの態様において、賦形剤はバッファーである。商業的及びユーザーの観点から望ましい他の材料（例えばフィルター、針、及びシリンジ）を、キットに更に具備させてもよい。
本発明を実施するための特定の実施形態の例は、下掲の通りである。実施例は、例示のみを目的として提供されているものであって、本発明の範囲を限定することを意図したものではない。使用されている数値（例えば、量、温度など）に関する精確性を期すための努力が為されてきたが、或る程度の実験誤差及び偏差を考慮に入れる必要がある。
本発明の実施には、別途指示されていない限り、当該技術分野の範囲内のタンパク質化学、生化学、組み換えＤＮＡ技術、及び薬理学の従来の方法を使用する。そのような技術は、文献中に十分に記載されている。出典：例えば、Ｔ．Ｅ．Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ，Ｐｒｏｔｅｉｎｓ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ（Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ ａｎｄ Ｃｏｍｐａｎｙ，１９９３）；Ａ．Ｌ．Ｌｅｈｎｉｎｇｅｒ，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（Ｗｏｒｔｈ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，Ｉｎｃ．，ｃｕｒｒｅｎｔ ａｄｄｉｔｉｏｎ）；Ｓａｍｂｒｏｏｋ，ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ： Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（２ｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ，１９８９）；Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ（Ｓ．Ｃｏｌｏｗｉｃｋ ａｎｄ Ｎ．Ｋａｐｌａｎ ｅｄｓ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．）；Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，１８ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｅａｓｔｏｎ，Ｐｅｎｎｓｙｌｖａｎｉａ：Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏｍｐａｎｙ，１９９０）；Ｃａｒｅｙ ａｎｄ Ｓｕｎｄｂｅｒｇ Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ３ｒｄ Ｅｄ．（Ｐｌｅｎｕｍ Ｐｒｅｓｓ）Ｖｏｌｓ Ａ ａｎｄ Ｂ（１９９２）。
実施例１：予測されるＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ複合体の同定
がん特異的なＨＬＡ−ペプチド標的において同定されたクラスは、以下の２通りである。第１のクラス（がん精巣抗原、ＣＴＡ）は、ほとんどの正常組織内では発現しないか、または最小レベルにて発現し、且つ腫瘍試料中では発現する。第２のクラス（腫瘍関連抗原、ＴＡＡ）は腫瘍試料で高発現し、正常組織内では低発現とされる場合がある。
遺伝子標的を同定した際に使用された計算ステップは、以下の３つである。第１に、ほとんどの正常組織内での発現が低量であるかまたは皆無である遺伝子を同定した。その際、Ｇｅｎｏｔｙｐｅ−Ｔｉｓｓｕｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ（ＧＴＥｘ）プロジェクト全体を通じて利用可能なデータを使用した［１］。Ｇｅｎｏｔｙｐｅ−Ｔｉｓｓｕｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ（ＧＴＥｘ）Ｐｒｏｊｅｃｔ（バージョンＶ７ｐ２）で、集約された遺伝子発現データを得た。このデータセットは、個体７１４例に由来する死後試料１１，６８８個と、５３通りの組織タイプとを含んでいた。発現の測定は、ＲＮＡ−Ｓｅｑを使用して行い、ＧＴＥｘ標準パイプライン（ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｇｔｅｘｐｏｒｔａｌ．ｏｒｇ／ｈｏｍｅ／ｄｏｃｕｍｅｎｔａｔｉｏｎＰａｇｅ）に従って計算処理した。遺伝子発現は、ＲＳＥＭ ｖ１．２．２２を使用して計算されたアイソフォーム発現の合計を使用して計算した［２］。
次いで、Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｔｌａｓ（ＴＣＧＡ）Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｎｅｔｗｏｒｋ：ｈｔｔｐ：／／ｃａｎｃｅｒｇｅｎｏｍｅ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／のデータを使用して、がん試料中で異常発現している遺伝子を同定した。ＴＣＧＡ（Ｄａｔａ Ｒｅｌｅａｓｅ ６．０）から入手可能な１１，０９３個の試料を調べた。ＧＴＥｘ及びＴＣＧＡには、計算分析でヒトゲノムの異なるアノテーションが使用されることから、２つのデータセット間でＥＮＣＯＤＥマッピングが利用可能な遺伝子だけを、組み入れ対象とした。
最後に、これらの遺伝子において、ＭＨＣクラスＩタンパク質によって細胞表面抗原として提示される可能性の高いペプチドを同定し、その際、タンデム質量分析（ＭＳ／ＭＳ）で配列決定されたＨＬＡ提示ペプチド上にトレーニングされたディープラーニングモデルを使用した。これは、国際特許出願第ＰＣＴ／ＵＳ２０１６／０６７１５９号に記載されており、あらゆる目的に対応するように、該文献はその全体が本明細書において参照により援用されている。
遺伝子の２つのクラスの特定の基準は、以下に示す通りである。
ＣＴＡ組み入れ基準
ＣＴＡを同定するにあたって、腫瘍の特異性を確保するのに十分厳密な正常組織で発現した遺伝子を除外する一方で、リード不整合などの潜在的なアーチファクトから生じたゼロ以外の測定値は除外されないようにするという、基準を定義しようとした。遺伝子がＣＴＡとして組み込むうえで適格とされたのは、次の基準を満たしている場合である。脳、心臓、または肺の一部である各臓器のＧＴＥｘ発現の中央値は、１００万当たり０．１転写産物（ＴＰＭ）未満であり、５ＴＰＭ超の試料は１つもなかった。他の必須臓器におけるＧＴＥｘ発現の中央値は２ＴＰＭ未満であり、１０ＴＰＭ超の試料は１つもなかった。非必須に分類された器官（精巣、甲状腺、及び小唾液腺）の発現は、無視した。遺伝子が腫瘍試料中で発現したと見なされたのは、ＴＣＧＡの発現が、少なくとも３０個の試料中で２０ＴＰＭを超えた場合である。
次いで、ＴＣＧＡ試料全体の残りの遺伝子の発現分布を調べた。公知のＣＴＡ、例えば、遺伝子のＭＡＧＥファミリーを調べた際に観察されたように、対数空間内でのこれらの遺伝子の発現は、二峰性の分布を概ね特徴としたものであった。この分布は、低い発現値を中心とした左モードと、高い発現レベルでの右モード（または太い尾）とから成っていた。この発現パターンは、生物学的モデルと一致しており、全ての試料中で、検出されたベースラインでのいくつかの発現レベルが最小限であったのに対し、エピジェネティックな調節異常を経た腫瘍のサブセット中では、遺伝子の発現レベルが高いことが観察されるものであった。ＴＣＧＡ試料全体の各遺伝子の発現分布の見直しを行い、ＴＣＧＡ試料のうち、有意な右手尾の無い単峰分布だけが観測されたものは、破棄した。
ＴＡＡ組み入れ基準
腫瘍組織内での発現量の方が正常組織内での発現量よりもはるかに高量である遺伝子に焦点を当てて、ＴＡＡを同定した。まず、全てのＧＴＥｘ必須とされる、正常組織内でＴＰＭの中央値が１０未満の遺伝子を同定し、少なくとも１つのＴＣＧＡ腫瘍組織で１００ＴＰＭを超える発現があったサブセットを選択した。次いで、これらの各遺伝子の分布を調べ、二峰性の発現分布を有するもの、及び１つ以上の腫瘍タイプにおいて発現が有意に上昇しているという更なる証拠を有するもの選択した。
リストの見直しを更に行い、ＧＴＥｘにおいて適切に表現していない組織内で発現したことが知られている遺伝子、または腫瘍内の免疫細胞浸潤に由来する可能性のある遺伝子を排除した。これらのステップによって、ＣＴＡ遺伝子５６個とＴＡＡ遺伝子５８個とからなる最終リストが残った。
また、がん内に存在することが知られている２つの追加のタンパク質由来のペプチドを添加した。ＥＧＦＲ−ＳＥＰＴ１４融合タンパク質由来の接合ペプチドを添加し［３］、ＫＬＫ３（ＰＳＡ）由来のペプチドを添加した。また、ＰＳＡと同じ遺伝子ファミリーの２つの遺伝子ＫＬＫ２及びＫＬＫ４由来のペプチドを添加した。
ＭＨＣクラスＩタンパク質によって細胞表面抗原として提示される可能性が高いペプチドを同定するため、スライディングウィンドウを使用して、これらのタンパク質の各々をその構成８〜１１アミノ酸配列に解析した。これらのペプチドとその隣接配列をＨＬＡペプチドプレゼンテーションディープラーニングモデルで処理し、ＴＣＧＡでこの遺伝子について観察された最大発現レベルでの各ペプチドが提示される尤度を計算した。ペプチドが提示される（すなわち、候補標的とされる）可能性が高いのは、その分位正規化された表示の確率を、発明者らのモデルにより計算してえられた結果が、０．００１を超えた場合であると見なした。
結果は、表Ａに示す通りである。明確にするために、各ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥには、例えば、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的１はＨＬＡ−Ｃ＊１６：０１＿ＡＡＡＣＳＲＭＶＩ、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的２はＨＬＡ−Ｃ＊１６：０２＿ＡＡＡＣＳＲＭＶＩといったように、表Ａ中の標的番号が割り当てられている。
要約すると、この実施例に提供されている腫瘍特異的なＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥの大規模なセットは、ＡＢＰ開発の候補標的として追求可能なものとされる。
参照文献
Figure 2021508475
実施例２：予測されるＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ複合体の検証
それぞれのＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ複合体から得られた各ＨＬＡ対立遺伝子に対して陽性であることが知られている腫瘍試料に対して質量分析（ＭＳ）を使用して、表Ａ中のＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ複合体由来のペプチドの存在を決定する。
組織試料の溶解及び可溶化の後に、伝統的な免疫沈降（ＩＰ）法を使用して、ＨＬＡ−ペプチド分子の単離を行う（１〜４）。まず、新鮮な凍結組織を、液体窒素で凍結して粉砕した（ＣｒｙｏＰｒｅｐ；Ｃｏｖａｒｉｓ，Ｗｏｂｕｒｎ，ＭＡ）。溶解緩衝液（１％ＣＨＡＰＳ、２０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、１５０ｍＭ ＮａＣｌ、プロテアーゼ及びホスファターゼ阻害剤、ｐＨ＝８）を、組織を可溶化する目的で添加し、プロテオミクス及びゲノム配列決定用に、試料の１／１０を分取する。残りの試料を４℃で２時間回転させて破片をペレット化する。清澄化されたライセートを、ＨＬＡ特異的ＩＰに使用する。
免疫沈降は、抗体がＨＬＡ分子に対し特異的なビーズに結合された抗体を使用して、行う。汎クラスＩ ＨＬＡ免疫沈降用に、抗体Ｗ６／３２（５）を使用し、クラスＩＩ ＨＬＡ−ＤＲ用に、抗体Ｌ２４３（６）を使用する。一晩のインキュベーションの間中、抗体はＮＨＳ−セファロースビーズに共有結合されている。共有結合後、ビーズを洗浄し、ＩＰ用に分取する。ＩＰ用の追加的な方法としては、それ以外に、限定されるものではないが、抗体のプロテインＡ／Ｇ捕捉、磁気ビーズ分離、または免疫沈降に繁用されるその他の方法も使用可能である。
ライセートを抗体ビーズに加え、４℃で一晩回転させて免疫沈降させる。免疫沈降後、ビーズをライセートから除去し、ライセートは追加のＩＰをはじめとする追加的な実験に備えて保存する。ＩＰビーズを洗浄して非特異的結合を除去し、ＨＬＡ／ペプチド複合体を２Ｎ酢酸でビーズから溶出させる。タンパク質成分は、分子量スピンカラムを使用してペプチドから除去する。結果として得られたペプチドをＳｐｅｅｄＶａｃ蒸発により乾固させる。ＭＳ分析に先立って−２０℃で保存してもよい。
乾燥したペプチドをＨＰＬＣバッファーＡで再構成し、Ｃ−１８マイクロキャピラリーＨＰＬＣカラムに充填して、質量分析計への勾配溶出を行う。０〜４０％Ｂ（溶媒Ａ−０．１％ギ酸、溶媒Ｂ− ０．１％ギ酸、８０％アセトニトリル）の勾配を１８０分間かけて用い、ペプチドをＦｕｓｉｏｎ Ｌｕｍｏｓ質量分析計（Ｔｈｅｒｍｏ製）内に溶出させる。ペプチドの質量／電荷（ｍ／ｚ）のＭＳ１スペクトルを、１２０，０００の分解能にてＯｒｂｉｔｒａｐ検出器で収集し、続いて２０回のＭＳ２走査を行う。ＭＳ２イオンの選択は、データ依存取得モードを用いて行い、イオンＭＳ２が選択された後に、３０秒間の動的除外を行う。自動ゲイン制御（ＡＧＣ）は、ＭＳ１走査の場合は４×１０５に設定し、ＭＳ２走査の場合は１×１０４に設定する。ＨＬＡペプチドの配列決定では、ＭＳ２の断片化用に、＋１、＋２、及び＋３の電荷状態を選択してもよい。代替的に、ＭＳ２スペクトルを、マスターゲッティング法を使用して取得してもよい。この方法では、組み入れリストにリストされている質量のみが、単離及び断片化用に選択される。これは一般的に、標的化質量分析法と呼称され、定性的な様式にて、または定量的であり得るように実行される。定量法では、重い標識アミノ酸を使用して合成するために、各ペプチドを定量する必要がある（Ｄｏｅｒｒ ２０１３）。
各分析からのＭＳ２スペクトルは、Ｃｏｍｅｔ（７〜８）を使用してタンパク質データベースに対し検索する。ペプチド同定に対するスコア付けは、パーコレーター（９〜１１）を使用するか、または統合されたｄｅ ｎｏｖｏ配列、及びＰＥＡＫＳのデータベース検索アルゴリズムを使用して行う。標的化されたＭＳ２実験のペプチドは、Ｓｋｙｌｉｎｅ（Ｌｉｎｄｓａｙ Ｋ．Ｐｉｎｏ ｅｔ ａｌ．２０１７）、または予測される断片イオンを分析するための他の方法を使用して分析する。
それぞれのＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ複合体からの各ＨＬＡ対立遺伝子に対して陽性であることが知られているさまざまな腫瘍試料に対して質量分析（ＭＳ）を使用して、予測されたＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ複合体からの複数のペプチドの存在を決定する。
アミノ酸の自発的修飾は、多くのアミノ酸において発生し得る。システインは特にこの修飾の影響を受けやすく、酸化または遊離システインで修飾され得る。追加的に、Ｎ末端グルタミンアミノ酸を、ピログルタミン酸に変換してもよい。これらの各修飾によって、質量が変化することから、これら修飾をＭＳ２スペクトルにて確実に割り当てる場合がある。これらのペプチドをＡＢＰの調製に使用するにあたって、質量分析計にて確認されるように、ペプチドに同じ修飾を含める必要のある場合がある。これらの修飾は、単純な実験室的方法、及びペプチド合成法を使用して作製される場合もある（Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．；参照文献１４）。
参照文献
Figure 2021508475
Figure 2021508475
実施例３：ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的に結合する抗体及びその抗原結合断片の同定断片
概要
以下の実施例は、腫瘍特異的ＨＬＡ制限ペプチドを認識する抗体（Ａｂｓ）を同定できることを実証したものである。そのような抗体に認識される全体的なエピトープは、ペプチドとその特定のペプチドを提示するＨＬＡタンパク質の両方の複合表面を備えるのが、一般的である。ペプチド特異的な方法でＨＬＡ複合体を認識する抗体はしばしば、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）様抗体、またはＴＣＲ模倣抗体と呼称される。抗体発見用に選択されたＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的抗原で、腫瘍特異的遺伝子産物ＭＡＧＥＡ６、ＦＯＸＥ１、ＭＡＧＥ３／６に由来するものはそれぞれ、ＨＬＡ−Ｂ＊３５：０１＿ＥＶＤＰＩＧＨＶＹ（ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的「Ｇ５」）、ＨＬＡ−Ａ＊０２：０１＿ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡ（ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的「Ｇ８」）、及びＨＬＡ−Ａ＊０１：０１＿ ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹ（ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的）「Ｇ１０」）であった。これらのＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的の細胞表面の提示を、実施例２に記載されるように、腫瘍試料から得られたＨＬＡ複合体の質量分析によって確証した。代表的なプロットは、図２５〜図２７に描かれている通りである。
ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的複合体及びカウンタースクリーンペプチド−ＨＬＡ複合体
ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的（Ｇ５、Ｇ８、Ｇ１０）のほか、陰性対照ペプチドＨＬＡのカウンタースクリーンを、確立済みの方法を用いて、ＨＬＡ分子の条件付きリガンドを使用して組み換えにより生成した。全部で、１８種類のカウンタースクリーニングＨＬＡ−ペプチドを、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的ごとに生成した。１８通りのカウンタースクリーンＨＬＡ−ペプチドは、（Ａ）陰性対照ペプチドが同じＨＬＡサブタイプ（ＨＬＡ関連の対照）によって提示されることが知られているように、または（Ｂ）陰性対照ペプチドが、異なるＨＬＡサブタイプによって提示されることが知られるように、デザインされたものである。標的の群化、及び陰性対照ペプチド−ＨＬＡ複合体は、スクリーン１については、図３に図示されている通りであり（詳細な配列情報は表１に提供されている）、スクリーン２については、図４に図示されている通りである（詳細な配列情報は表２に記載されている）。
（表１）スクリーン１陰性対照ペプチド及び「Ｇ５」標的のＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ配列デザイン
Figure 2021508475
（表２）スクリーン2陰性対照ペプチド及びG8及びG10標的*用の、HLA-PEPTIDE配列デザイン
Figure 2021508475
ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的複合体及びカウンタースクリーンペプチド−ＨＬＡ複合体の生成及び安定性分析
Ｇ５カウンタースクリーン「ミニプール」及びＧ２標的の結果は、図５に示す通りである。カウンタースクリーンペプチド３つとも全部及びＧ５ペプチドは、ＨＬＡ複合体が解離するのを救済した。
追加的なＧ５「完全」プールカウンタースクリーニングペプチドの結果は、図６にされ、これらのペプチドはまた、安定したＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ複合体を形成していることを示す。
カウンタースクリーンペプチド及びＧ８標的の結果は、図７に示す通りである。カウンタースクリーンペプチド３つとも全部及びＧ８ペプチドは、ＨＬＡ複合体が解離するのを救済した。
Ｇ１０カウンタースクリーン「ミニプール」及びＧ１０標的の結果は、図８に示す通りである。カウンタースクリーンペプチド３つとも全部及びＧ１０ペプチドは、ＨＬＡ複合体が解離するのを救済した。
追加的なＧ８及びＧ１０「完全な」プールカウンタースクリーニングペプチドの結果は、図９に示され、これらのペプチドはまた、安定したＨＬＡ−ペプチド複合体を形成していることを示す。
ファージライブラリースクリーニング
Ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｅｄ Ｂｉｏ Ｉｎｃの非常に多様なＳｕｐｅｒＨｕｍａｎ ２．０合成ナイーブｓｃＦｖライブラリーを、ファージディスプレイの入力材料として使用した。これは、超安定で多様なＶＨ／ＶＬ足場上で７．６×１０１０の多様性を備える。画面１（図３を参照）及び画面２（図４を参照）の両方を対象に、標的ｐＨＬＡ複合体を用いた３〜４ラウンドのビーズベースのファージパニング（表３に示す通り）を、確立されたプロトコールを使用して実施することによって、ｐＨＬＡ Ｇ５、Ｇ８、及びＧ１０へのｓｃＦｖバインダーをそれぞれ同定した。パニングのラウンドごとに、ファージライブラリーをまず１８個のプールされた陰性ｐＨＬＡ複合体で枯渇させてから、標的ｐＨＬＡに対する結合工程を行った。パニングの全てのラウンドにて、ファージ力価を算定し、非結合ファージの除去を確立した。また、出力ファージの上清に対し、ＥＬＩＳＡでの標的結合に関する試験を行った。これにより、Ｇ５、Ｇ８及びＧ１０結合ファージが漸進的に富化することが示唆された（図１０参照）。
（表３）ファージライブラリーのスクリーニング戦略
Figure 2021508475
その後、確立済みプロトコールを使用して、９６ウェルプレートで、個々の出力クローンの細菌ペリプラズム抽出物（ＰＰＥ）を生成した。ＰＰＥを使用して、ハイスループットＰＰＥ ＥＬＩＳＡによる標的ｐＨＬＡ抗原への結合を試験した。陽性クローンを配列決定し、再配列決定して、配列に固有のクローンを選択した。陽性クローンを配列決定し、再配列決定した。配列固有のクローンを選択してから、配列固有のクローンを、標的ｐＨＬＡとＨＬＡが一致する陰性対照ｐＨＬＡ複合体のパネルとの結合に関して二次ＥＬＩＳＡで試験した。このようにして、標的の特異性が確立された。Ｇ８陰性対照ＨＬＡ複合体（すなわち、Ａ＊２４：０２）は、Ｇ８標的ＨＬＡ複合体（すなわち、Ａ＊０２：０１）とは、ＨＬＡが一致しなかった。ゆえに、ｓｃＦｖライブラリーから取得したＴＣＲ模倣抗体の更なる生化学的及び機能的特性評価アッセイで、Ｇ７のペプチドＬＬＦＧＹＰＶＹＶ、ＧＩＬＧＦＶＦＴＬ、またはＦＬＬＴＲＩＬＴＩを示すＨＬＡ−Ａ＊０２：０１複合体を、Ｇ８の陰性対照のＨＬＡ対応ミニプールとして使用した。
ｓｃＦｖヒットの分離
ＰＰＥで発現したときに選択的であることが判明したｓｃＦｖクローン用に、個々の可溶性ｓｃＦｖタンパク質断片を生成して精製した。ｓｃＦｖ ＰＰＥ ＥＬＩＳＡによって明らかにされたように、これらのクローンは、陰性対照ｐＨＬＡのミニプールに結合された場合と比較して、標的ｐＨＬＡに対する選択的結合が、少なくとも３倍に及んだことが認められた。可溶性ｓｃＦｖが生成されたことによって、更なる生化学的及び機能的特性評価が可能になった。
標的Ｇ５に結合するｓｃＦｖ用に得られたＶＨ及びＶＬ配列を、表４に示す。表４の編成を分かり易くするため、表４には、各ｓｃＦｖにクローン名が割り当てられている。例えば、クローンＧ５＿Ｐ７＿Ｅ７由来のｓｃＦｖは、ＶＨ配列
Figure 2021508475
及びＶＬ配列
Figure 2021508475
を有する。
標的Ｇ５に結合するｓｃＦｖ用に得られたＣＤＲ配列を、表５に示す。表５の編成を分かり易くするため、表５には、各ｓｃＦｖにクローン名が割り当てられている。例えば、クローンＧ５＿Ｐ７＿Ｅ７のｓｃＦｖは、Ｋａｂａｔ番号付け体系によるＹＴＦＴＳＹＤＩＮであるＨＣＤＲ１配列、ＧＩＩＮＰＲＳＧＳＴＫＹＡであるＨＣＤＲ２配列、ＣＡＲＤＧＶＲＹＹＧＭＤＶＷであるＨＣＤＲ３配列、ＲＳＳＱＳＬＬＨＳＮＧＹＮＹＬＤであるＬＣＤＲ１配列、ＬＧＳＹＲＡＳであるＬＣＤＲ２配列、及びＣＭＱＧＬＱＴＰＩＴＦであるＬＣＤＲ３配列を有する。
標的Ｇ８に結合するｓｃＦｖ用に得られたＶＨ及びＶＬ配列を、表６に示す。表６は、表４と同じように編成されている。
標的Ｇ８に結合するｓｃＦｖ用に得られたＣＤＲ配列を、表７に示す。表７は、表５と同じように編成されている。
標的Ｇ１０に結合するｓｃＦｖ用に得られたＶＨ及びＶＬ配列を、表８に示す。表８は、表４と同じように編成されている。
標的Ｇ８に結合するｓｃＦｖ用に得られたＣＤＲ配列を、表９に示す。表９は、表５と同じように編成されている。
いくつかのクローンをｓｃＦｖ、Ｆａｂ、及びＩｇＧにフォーマットしたことによって、生化学的、構造的及び機能的な特性評価を容易にしている（表１０を参照）。
（表１０）スクリーニングキャンペーンのヒット率。クローンを、（ａ）生化学的及び機能的特性評価用のＩｇＧ、（ｂ）タンパク質結晶学及びＨＤＸ質量分析用のＦａｂコンストラクト、及び（ｃ）ＨＤＸ質量分析用のｓｃＦｖコンストラクトに、再フォーマットした。
Figure 2021508475
図１１は、抗体選択プロセス、例えば、ｓｃＦｖ、Ｆａｂ、及びＩｇＧフォーマットの基準及び意図される適用を説明したフローチャートを描いたものである。簡単に言うと、配列多様性、結合親和性、選択性、ＣＤＲ３の多様性に基づいて、クローンを更なる特性評価用に選択した。
配列多様性を評価するため、樹形図を、ｃｌｕｓｔａｌソフトウェアを使用して作成した。ＶＨタイプに基づいて、予測されたｓｃＦｖ配列の３Ｄ構造も考慮した。平衡解離定数（ＫＤ）によって決定される結合親和性を、Ｏｃｔｅｔ ＨＴＸ（ＦｏｒｔｅＢｉｏ）を使用して測定した。特定のペプチド−ＨＬＡ複合体の選択性は、陰性対照ｐＨＬＡ複合体またはストレプトアビジンのみのミニプールと比較して、精製されたｓｃＦｖのＥＬＩＳＡ滴定にて、算定した。ＫＤと選択性のカットオフ値を、各セット内のＦａｂについて得られた値の範囲に基づき、各標的セットについて算定した。最終的なクローンを、配列ファミリー及びＣＤＲ３配列多様性に基づいて選択した。
ファージライブラリースクリーニング及びｓｃＦｖ単離後のヒットの総数は、上記の表１０に記載されている通りである。
材料及び方法
ＨＬＡの発現及び精製：
組み換えタンパク質を、確立済みの手順を使用して細菌を発現させることによって得た（Ｇａｒｂｏｃｚｉ，Ｈｕｎｇ，＆Ｗｉｌｅｙ，１９９２）。簡単に言えば、さまざまなヒト白血球抗原（ＨＬＡ）のα鎖及びβ２マイクログロブリン鎖を、ＢＬ２１コンピテントＥ．Ｃｏｌｉ細胞（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ）内で別々に発現させた。自動誘導に続いて、Ｂｕｇｂｕｓｔｅｒ（登録商標）とベンゾナーゼタンパク質抽出試薬（Ｎｏｖａｇｅｎ）とを併用して超音波処理して細胞を溶解させた。結果として得られた封入体を洗浄し、０．５％Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ−１００（５０ｍＭ Ｔｒｉｓ、１００ｍＭ ＮａＣｌ、１ｍＭ ＥＤＴＡ）を含むまたは含まない洗浄バッファーで超音波処理した。最後の遠心分離後、封入ペレットを尿素溶液（８Ｍ尿素、２５ｍＭ ＭＥＳ、１０ｍＭ ＥＤＴＡ、０．１ｍＭ ＤＴＴ、ｐＨ６．０）に溶解した。ブラッドフォードアッセイ（Ｂｉｏｒａｄ）を使用して濃度を定量化し、封入体を−８０℃で保存した。
ｐＨＬＡのリフォールディング及び精製：
ＨＬＡ複合体は、確立された手順を使用して、組み換えにより生成されたサブユニット及び合成的に得られたペプチドをリフォールディングすることにより得られた（Ｇａｒｂｏｃｚｉ ｅｔ ａｌ．，１９９２）。簡単に言えば、精製されたα及びβ２マイクログロブリン鎖を、標的ペプチドまたは開裂性リガンドのいずれかを含むリフォールディングバッファー（１００ｍＭ Ｔｒｉｓ ｐＨ８．０、４００ｍＭ Ｌ−アルギニンＨＣｌ、２ｍＭＥＤＴＡ、５０ｍＭ酸化型グルタチオン、５ｍＭ還元型グルタチオン、プロテアーゼ阻害剤タブレット）を用いて、リフォールディングした。リフォールディング溶液は、Ｖｉｖａｆｌｏｗ ５０または５０Ｒクロスフローカセット（Ｓａｒｔｏｒｉｕｓ Ｓｔｅｄｉｍ製）で濃縮した。２０ｍＭ Ｔｒｉｓ（ｐＨ８．０）中で３回の透析をそれぞれ少なくとも８時間行った。抗体スクリーニング及び機能アッセイ用に、リフォールディングされたＨＬＡを、ＢｉｒＡビオチンリガーゼ（Ａｖｉｄｉｔｙ）を使用して酵素的にビオチン化した。リフォールディングされたタンパク質複合体を、ＡＫＴＡ ＦＰＬＣシステムに取り付けられたＨｉＰｒｅｐ（１６／６０ Ｓｅｐｈａｃｒｙｌ Ｓ２００）サイズ排除カラムを使用して精製した。ＳＤＳ−ＰＡＧＥに先立って、リフォールディングしたタンパク質を過剰のストレプトアビジンと共に室温で１５分間インキュベートすることによって、非還元条件下でのストレプトアビジンゲルシフトアッセイで、ビオチン化を確証した。ペプチド−ＨＬＡ複合体を分取し、−８０℃で保存した。
ペプチド交換：
ＨＬＡ−ペプチドの安定性は、条件付きリガンドペプチド交換及び安定性ＥＬＩＳＡアッセイにより評価した。簡単に言うと、条件付きリガンド−ＨＬＡ複合体を、カウンタースクリーンまたはテストペプチドの存在下または非存在下で、±条件付き刺激に供した。条件刺激に曝露させることによって、ＨＬＡ複合体から条件リガンドを切断させ、ＨＬＡ複合体が解離する。カウンタースクリーンまたはテストペプチドが、ＨＬＡ複合体のα１／α２グループに安定して結合している場合、それによってＨＬＡ複合体の解離が「救済」される。要するに、５０μＭの新規なペプチド（Ｇｅｎｓｃｒｉｐｔ製）１００μＬと０．５μＭ組換生成済み切断性リガンド充填ＨＬＡとの混合物（２０ｍＭ Ｔｒｉｓ ＨＣｌ及び５０ｍＭ ＮａＣｌ中に溶かしたｐＨ８溶液）を、氷上に置いた。３６５−ｎｍのＵＶランプを装備したＵＶクロスリンカー（ＣＬ−１０００、ＵＶＰ）内で、混合物を約１０ｃｍの距離にて１５分間照射させた。
ＭＨＣ安定性アッセイ：
ＭＨＣ安定性ＥＬＩＳＡを、確立済み手順を使用して実行した。（Ｃｈｅｗ ｅｔ ａｌ．，２０１１；Ｒｏｄｅｎｋｏ ｅｔ ａｌ．，２００６）。３８４ウェルの清澄な平底ポリスチレンマイクロプレート（Ｃｏｒｎｉｎｇ）を、２μｇ／ｍＬストレプトアビジン（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）ＰＢＳ溶液５０μｌで予備被覆した。ウェルを３７℃で２時間インキュベートした後、０．０５％Ｔｗｅｅｎ ２０のＰＢＳ溶液（４回、５０μｌ）洗浄バッファーで洗浄し、５０μｌのブロッキングバッファー（２％ＢＳＡのＰＢＳ溶液）で処理して、室温で３０分間インキュベートした。引き続き、２０ｍＭ Ｔｒｉｓ ＨＣｌ／５０ｍＭ ＮａＣｌで３００倍に希釈した２５μＬのペプチド交換試料を４重に添加した。試料を室温で１５分間インキュベートし、０．０５％Ｔｗｅｅｎ洗浄バッファー（４×５０μＬ）で洗浄し、室温で２５μＬのＨＲＰ結合抗β２ｍ（１μｇ／ｍＬ ＰＢＳ溶液）で１５分間処理して、０．０５％Ｔｗｅｅｎ洗浄バッファー（４×５０μＬ）で洗浄してから、２５μＬのＡＢＴＳ溶液（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ製）で１０〜１５分間展開した。１２．５μＬの停止バッファー（０．０１％アジ化ナトリウム含有０．１Ｍクエン酸溶液）を添加することによって反応を停止させた。その後、分光光度計（ＳｐｅｃｔｒａＭａｘ ｉ３ｘ；Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ）を使用して、４１５ｎｍで吸光度を測定した。
ファージパニング：
パニングの各ラウンドでは、開始ファージのアリコートを投入力価測定用に分取し、残りのファージを、Ｄｙｎａｂｅａｄ Ｍ−２８０ストレプトアビジンビーズ（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）に対して３回枯渇させ、続いて、１００ピコモルのプールされた陰性ペプチド−ＨＬＡ複合体を、事前に結合させたストレプトアビジンビーズに対して枯渇させた。パンニングの第１のラウンドで、ストレプトアビジンビーズに結合させた１００ピコモルのペプチド−ＨＬＡ複合体を、回転させながら室温で２時間、枯渇させたファージと共にインキュベートした。０．５％ＢＳＡ含有１Ｘ ＰＢＳＴ（ＰＢＳ＋０．０５％Ｔｗｅｅｎ−２０）溶液で５分間の洗浄を３回行った後、０．５％ＢＳＡ含有１Ｘ ＰＢＳ溶液で５分間の洗浄を３回行い、ペプチド−ＨＬＡ複合体結合ビーズに結合していないファージを除去した。結合したファージを洗浄済みビーズから溶出させるため、１ｍＬの０．１Ｍ ＴＥＡを加え、回転させながら室温で１０分間インキュベートした。溶出したファージをビーズから回収し、０．５ｍＬの１Ｍ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ ｐＨ７．５で中和させた。その後、中和されたファージを使用して、対数増殖ＴＧ−１細胞（ＯＤ６００＝０．５）に感染させ、３７℃で１時間感染させた後、細胞を、１００μｇ／ｍＬのカルベニシリンと２％グルコース（２ＹＴＣＧ）寒天プレートとを含む２ＹＴ培地にプレーティングし、その後のパンニングラウンドの出力力価及び細菌の増殖を確認した。その後のパニングのラウンドでは、選択抗原の濃度が低下した一方、表３に示すように、洗浄力の増強は、洗浄時間量及び長さに応じていた。
入力／出力ファージ力価：
入力力価の各ラウンドを、２ＹＴ培地で１０１０に達するまで段階希釈した。対数期のＴＧ−１細胞を希釈したファージ力価（１０７−１０１０）で感染させ、３７℃で３０分間振盪せずにインキュベートし、更に穏やかに振盪しながら３０分間インキュベートした。感染した細胞を２ＹＴＣＧプレートにプレーティングし、３０℃で一晩インキュベートした。個々のコロニーを計数して、投入力価を算定した。出力力価の算定は、溶出したファージをＴＧ−１細胞に１時間感染させた後で行った。１μＬ、０．１μＬ、０．０１μＬ、及び０．００１μＬの感染した細胞を２ＹＴＣＧプレートにプレーティングし、３０℃で一晩インキュベートした。個々のコロニーを計数して、出力力価を算定した。
細菌ペリプラズム抽出物の選択的標的結合：
ｓｃＦｖ ＰＰＥ ＥＬＩＳＡでは、９６ウェルまたは３８４ウェルのストレプトアビジンコーティングプレート（Ｐｉｅｒｃｅ）を、２μｇ／ｍＬペプチド−ＨＬＡ複合体含有のＨＬＡバッファーでコーティングしてから、４℃で一晩インキュベートした。プレートをＰＢＳＴ（ＰＢＳ＋０．０５％Ｔｗｅｅｎ−２０）で各ステップの間に３回洗浄した。抗原でコーティングしたプレートを、３％ＢＳＡ含有のＰＢＳ（ブロッキングバッファー）で室温で１時間ブロックした。洗浄後、ｓｃＦｖ ＰＰＥをプレートに加え、室温で１時間インキュベートした。洗浄後、ブロッキングバッファー中のマウス抗ｖ５抗体（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を添加してｓｃＦｖを検出し、室温で１時間インキュベートした。洗浄後、ＨＲＰ−ヤギ抗マウス抗体（Ｊａｃｋｓｏｎ ＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅａｒｃｈ）を加え、室温で１時間インキュベートした。次いで、プレートをＰＢＳＴで３回洗浄し、ＰＢＳで３回洗浄した。続いて、ＨＲＰ活性をＴＭＢ １成分マイクロウェルペルオキシダーゼ基質（Ｓｅｒａｃａｒｅ）が検出された後、２Ｎの硫酸で中和した。
陰性ペプチド−ＨＬＡ複合体のカウンタースクリーニング用に、ｓｃＦｖ ＰＰＥ ＥＬＩＳＡを、上記のようにして（ただし、コーティング抗原を除き）実施した。つまり、３つの陰性ペプチド−ＨＬＡ複合体（特定のｐＨＬＡ複合体に対する結合を比較するため、プールされ、ストレプトアビジンプレートにコーティングされたもの）の各々２μｇ／ｍＬからなるＨＬＡミニプール（表１及び表２を参照）を使用した。代替的に、ＨＬＡの完全なプールは、１８種類全ての陰性ペプチド−ＨＬＡ複合体（特定のｐＨＬＡ複合体に対する結合を比較するために、一体的にプールされ、ストレプトアビジンプレートにコーティングされたもの）各々２μｇ／ｍＬからなるものとされた。
ｓｃＦｖタンパク質断片の構築及び生産：
発現プラスミドをＢＬ２１（ＤＥ３）株に形質転換し、４００ｍＬのＥ． ｃｏｌｉ培養液でペリプラスミドシャペロンと共発現させた。細胞ペレットを再構成することによって、以下：１０ｍＬ／１ｇバイオマス（２５ｍＭ ＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．４、０．３Ｍ ＮａＣｌ、１０ｍＭ ＭｇＣｌ２、１０％グリセロールと、０．７５％ＣＨＡＰＳ、１ｍＭ ＤＴＴ）にリゾチームを添加したものと、ベンゾナーゼ及びレイクファーマとを合わせて、プロテアーゼ阻害剤カクテルとした。細胞懸濁液を、振盪台上で室温で３０分間インキュベートした。ライセートを４℃、１３，０００ｘ ｒｐｍで１５分間の遠心分離により清澄化した。清澄化したライセートを、ＩＭＡＣバッファーＡ（２０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、Ｐｈ７．５；３００ｍＭ ＮａＣｌ／１０％グリセロール／１ｍＭ ＤＴＴ）で事前に平衡化した５ｍＬのＮｉ ＮＴＡ樹脂に充填した。樹脂を１０カラム容量（ＣＶ）のバッファーＡで（または安定したベースラインに達するまで）洗浄し、続いて、１０ ＣＶの８％ＩＭＡＣバッファーＢ（２０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、Ｐｈ７．５；３００ｍＭ ＮａＣｌ／１０％グリセロール／１ｍＭ ＤＴＴ／２５０ｍＭイミダゾール）で洗浄した。標的タンパク質を、２０ＣＶ勾配で１００％ＩＭＡＣバッファーＢに溶出させた。カラムを５ＣＶの１００％ＩＭＡＣ Ｂで洗浄して、タンパク質を完全に除去した。溶出画分をＳＤＳ−ＰＡＧＥ及びウエスタンブロット（抗Ｈｉｓ）で分析し、各々に応じてプールした。プールを最終製剤バッファー（２０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、Ｐｈ７．５、３００ｍＭ ＮａＣｌ／１０％グリセロール／１ｍＭ ＤＴＴ）で透析し、最終タンパク質濃度＞０．３ｍｇ／ｍＬに濃縮し、１ｍＬバイアルに分取して、液体窒素で瞬間冷凍させた。最終的なＱＣステップに、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ及びＡ２８０吸光度測定を含めた。
Ｆａｂタンパク質断片の構築及び生産
選択したＧ５、Ｇ８、及びＧ１０ Ｆａｂのコンストラクトを、哺乳動物での発現用に最適化されたベクターにクローニングした。各ＤＮＡコンストラクトをトランスフェクション用に規模拡大し、配列を確認した。ＨＥＫ２９３細胞（Ｔｕｎａ２９３（商標）Ｐｒｏｃｅｓｓ）で、それぞれ１００ｍＬの一時的産生が完了した。タンパク質を抗ＣＨ１精製により精製し、その後、ＨｉＬｏａｄ １６／６００ Ｓｕｐｅｒｄｅｘ ２００を介したサイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）により精製した。ＳＥＣ研磨に使用された移動相は、２０ｍＭ Ｔｒｉｓ、５０ｍＭ ＮａＣｌ（ｐＨ７）であった。最終確認ＣＥ−ＳＤＳ分析を実施した。
ＩｇＧタンパク質の構築及び生産
Ｇシリーズ抗体の発現コンストラクトを、哺乳動物発現用に最適化されたベクターにクローニングした。各ＤＮＡコンストラクトをトランスフェクション用にスケールアップし、配列を確認した。ＨＥＫ２９３細胞（Ｔｕｎａ２９３（商標）Ｐｒｏｃｅｓｓ）で、それぞれ１０ｍＬの一時的産生を完了した。タンパク質Ａ精製によりタンパク質を精製し、最終的なＣＥ−ＳＤＳ分析を実施した。
実施例４：ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的に対するＦａｂクローンの親和性
Ｆａｂフォーマットの抗体は、ＩｇＧ抗体フォーマットとの２価相互作用の交絡効果を回避しながら、それぞれのＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的への単量体結合の正確な評価を可能にしている。結合親和性は、オクテットＱｋｅ（ＦｏｒｔｅＢｉｏ）を使用したバイオレイヤーインターフェロメトリー（ＢＬＩ）により評価した。簡単に言えば、ビオチン化ｐＨＬＡ複合体含有の動態バッファーを、使用した最高濃度の各Ｆａｂに最適なｎｍシフト応答（約０．６ｎｍ）を与える濃度で、ストレプトアビジンセンサーに３００秒間充填した。続いて、リガンドが充填されたチップを、反応バッファーで１２０秒間平衡化した。次いで、リガンドが充填されたバイオセンサーを、２倍希釈に滴定されたＦａｂ溶液に２００秒間浸した。開始Ｆａｂ濃度を、１００ｎＭ〜２μＭの範囲で、ＦａｂのＫＤ値に基づいて繰り返し最適化した。速度論バッファー中での解離ステップを、２００秒間測定した。データを、ＦｏｒｔｅＢｉｏデータ分析ソフトウェアを使用して、１：１結合モデルを使用して分析した。
結果は、下表１１に示す通りである。Ｆａｂフォーマットの抗体は、それぞれのＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的に高い親和性で結合する。
（表１１）標的ペプチド−ＨＬＡ複合体に結合するＦａｂに関する、最適化Ｏｃｔｅｔ ＢＬＩ親和性測定
Figure 2021508475
図１２Ａ、図１２Ｂ及び図１２Ｃは、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的Ｂ＊３５：０１−ＥＶＤＰＩＧＨＶＹ（１２Ａ）に対するＦａｂクローンＧ５−Ｐ７Ａ０５、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的Ａ＊０２：０１−ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡに対するＦａｂクローンＲ３Ｇ８−Ｐ２Ｃ１０及びＧ８−Ｐ１Ｃ１１（１２Ｂ中、左側がＰ２Ｃ１０、右側がＰ１Ｃ１１）、ならびにＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的Ａ＊０１：０１−ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹ（１２Ｃ）に対するＦａｂクローンＲ３Ｇ１０−Ｐ１Ｂ０７、の各々に対するＢＬＩの結果を示したものである。
実施例５：Ｇ５、Ｇ８及びＧ１０制限ペプチド配列の位置走査
Ｇ５、Ｇ８、及びＧ１０制限ペプチドの位置走査を行って、選択されたＦａｂクローンの接触点として機能するアミノ酸残基、またはＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的とＦａｂとの相互作用に対し直接的または間接的に影響を与える重要な残基を、決定する。
位置走査実験の一般的な実験計画は、図１３に描かれている通りである。全ての位置を対象として走査し、変異体Ｇ５、Ｇ８、及びＧ１０制限ペプチドの位置走査ライブラリーを、Ｇ５、Ｇ８、及びＧ１０ペプチド配列の単一位置にてアミノ酸置換により生成した。特定の位置でのアミノ酸置換は、アラニン（保存的置換）、アルギニン（正に帯電）、アスパラギン酸（負に帯電）のいずれかであった。位置走査ライブラリーメンバーとＨＬＡサブタイプ対立遺伝子とを含むペプチド−ＨＬＡ複合体を、実施例３に記載されているようにして、生成した。結果として得られた複合体の安定性を、実施例３に記載されているようにして、条件付きリガンドペプチド交換及び安定性ＥＬＩＳＡを使用して算定した。そのような安定性分析で、ＨＬＡ分子を結合させて安定化させるのに重要とされる制限ペプチド上の残基を、同定することが可能である。選択されたＦａｂクローンの変異ペプチド−ＨＬＡ複合体への結合親和性を、実施例４に記載されているようにして、ＢＬＩによって評価した。ＨＬＡ複合体を安定的に形成し、且つＦａｂ結合を弱化させる位置変異体によって、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的に選択的に結合する抗体の重要な接点である残基を、同定することが可能である。
図１４Ａは、Ｇ５位置変異体−ＨＬＡの安定性の結果を描写し、ペプチド変異の大部分は、関連するｐＨＬＡに対するペプチド結合に影響を及ぼさないことを示唆する。
図１４Ｂは、ＦａｂクローンＧ５−Ｐ７Ａ０５のＧ５位置変異体−ＨＬＡへの結合親和性を描写し、制限ペプチドの位置Ｐ２〜Ｐ８が、直接的にまたは間接的に、ＦａｂクローンとのペプチドＨＬＡ複合体の相互作用の決定に関与している可能性が高いことを示唆する。
図１５Ａは、Ｇ８位置変異体−ＨＬＡの安定性の結果を描写し、Ｐ２位、Ｐ７位、及びＰ１０位は、Ａｒｇ−またはＡｓｐ−残基での置換の影響を受けておらず、それゆえ、ＨＬＡタンパク質に対するペプチド結合が重要であると考えられることを示唆する。
図１５Ｂは、ＦａｂクローンＧ８−Ｐ２Ｃ１０のＧ８位置変異体−ＨＬＡへの結合親和性を描写し、制限ペプチドの位置Ｐ１〜Ｐ５が、直接的にまたは間接的に、ＦａｂクローンとのペプチドＨＬＡ複合体の相互作用の決定に関与している可能性が高いことを示唆する。
図４６は、ＦａｂクローンＧ８−Ｐ１Ｃ１１のＧ８位置変異体−ＨＬＡへの結合親和性を描写し、制限ペプチドの位置Ｐ３〜Ｐ６が、直接的にまたは間接的に、ＦａｂクローンとのペプチドＨＬＡ複合体の相互作用の決定に関与している可能性が高いことを示唆する。
図１６Ａは、Ｇ１０位置変異体−ＨＬＡの安定性の結果を描写し、２位、５位、８位、及び１０位は、アミノ酸置換の影響を受けておらず、それゆえ、ＨＬＡタンパク質に対するペプチド結合が重要であるものと考えられることを示唆する。
図１６Ｂは、ＦａｂクローンＧ１０−Ｐ１Ｂ０７のＧ１０位置変異体−ＨＬＡへの結合親和性を描写し、制限ペプチドの位置Ｐ４、Ｐ６及びＰ７が、直接または間接的に、ＦａｂクローンとのペプチドＨＬＡ複合体の相互作用の決定に関与している可能性が高いことを示唆する。
実施例６：ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的抗原を提示する細胞に対する抗体の結合
同定されたＴＣＲ様抗体が、そのｐＨＬＡ標的Ｇ５、Ｇ８及びＧ１０に対し、自然界での状況にて（例えば、抗原提示細胞の表面上で）結合するのを確証するに際して、選択されたクローンをＩｇＧに再フォーマットし、同種のＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的を発現するＫ５６２細胞との結合実験で使用した。手短に言えば、細胞を、Ｇ５標的ペプチドのＨＬＡ−Ｂ＊３５：０１、Ｇ８標的ペプチドのＨＬＡ−Ａ＊０２：０１、またはＧ１０標的ペプチドのＨＬＡ−Ａ＊０１：０１のいずれかで形質導入させた。次いで、確立済みの方法を用いて、表１及び表２に指定されているようにして、細胞を標的または陰性対照ペプチドで外因的にパルスして、細胞表面上に、関連するｐＨＬＡ複合体を生成した。
フローサイトメトリーで検出された、Ｇ５、Ｇ８、またはＧ１０を提示するＫ５６２細胞への抗体結合の４つの代表的な例は、図１７Ａ、図１７Ｂ、及び図１７Ｃに図示されている通りである。抗体結合は、関連する標的ペプチドに対して選択的な、用量依存的に観察された。
別のフローサイトメトリー実験では、Ｇ５については表１に、Ｇ８及びＧ１０については表２にリストされているようにして、ＨＬＡで形質導入されたＫ５６２細胞を、５０μＭの標的または対照ペプチドでパルスした。ｐＨＬＡ特異的抗体は、フローサイトメトリーで検出した。ＨＬＡ形質導入Ｋ５６２細胞を、５０μＭの標的または陰性対照ペプチドでパルスした。抗体結合ヒストグラムは、Ｇ５−Ｐ７Ａ０５：２０μｇ／ｍＬ、Ｇ８−２Ｃ１０：３０μｇ／ｍＬ、Ｇ１０−Ｐ１Ｂ０７：３０μｇ／ｍＬ、及びＧ８−Ｐ１Ｃ１１：３０μｇ／ｍＬにてプロットした。ヒストグラムは、図１８及び図４７に描かれている通りである。
材料及び方法
Ｋ５６２細胞株の生成
Ｐｈｏｅｎｉｘ−ＡＭＰＨＯ細胞（ＡＴＣＣ（登録商標）、ＣＲＬ−３２１３（商標））は、１０％ＦＢＳ（Ｓｅｒａｄｉｇｍ，９７０６８−０９１）及びＧｌｕｔａｍａｘ（Ｇｉｂｃｏ（商標）３５０５００７９）を添加したＤＭＥＭ（Ｃｏｒｎｉｎｇ（商標）１７−２０５−ＣＶ）中で培養した。Ｋ−５６２細胞（ＡＴＣＣ（登録商標）、ＣＲＬ−２４３（商標）は、１０％ＦＢＳを添加したＩＭＤＭ（Ｇｉｂｃｏ（商標）３１９８００９７）中で培養した。Ｌｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ＬＴＸ ＰＬＵＳ（Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，１５３３８１００）には、Ｌｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ試薬とＰＬＵＳ試薬が含まれている。Ｏｐｔｉ−ＭＥＭ（Ｇｉｂｃｏ（商標）３１９８５０６２）は、Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃから購入されたものである。
Ｐｈｏｅｎｉｘ細胞を６ウェルプレートに５×１０５細胞／ウェルで播種し、３７℃で一晩インキュベートした。トランスフェクション用に、１０μｇのプラスミド、１０μＬのプラス試薬、及び１００μＬのＯｐｔｉ−ＭＥＭを室温で１５分間インキュベートした。同時に、８μＬのリポフェクタミンを９２μＬのＯｐｔｉ−ＭＥＭと共に室温にて１５分間インキュベートした。これら２つの反応を併用し、再び室温で１５分間インキュベートしてから、８００μＬのＯｐｔｉ−ＭＥＭを添加した。培養培地をＰｈｏｅｎｉｘ細胞から吸引してから、５ｍＬの予熱したＯｐｔｉ−ＭＥＭで洗浄した。細胞からＯｐｔｉ−ＭＥＭを吸引し、リポフェクタミン混合物を添加した。細胞を３７℃にて３時間インキュベートし、３ｍＬの完全培地を添加した。次いで、プレートを３７℃にて一晩インキュベートした。培地をＰｈｏｅｎｉｘ培地に交換し、プレートを、３７℃で更に２日間インキュベートした。
培地を収集し、４５μｍフィルターに通して、清潔な６ウェル皿に濾過した。２０μＬのＰｌｕｓ試薬を各ウイルス懸濁液に添加し、室温で１５分間インキュベートした。その後、リポフェクタミン８μＬ／ウェルを添加して、更に１５分間室温でインキュベートした。Ｋ５６２細胞を計数し、５Ｅ６細胞／ｍＬ中に再懸濁させて、１００μＬを各ウイルス懸濁液に添加した。６ウェルプレートを７００ｇで３０分間遠心し、３７℃で５〜６時間インキュベートした。次いで、細胞及びウイルス懸濁液をＴ２５フラスコに移し、７ｍＬのＫ５６２培地を添加した。続いて、細胞を３日間インキュベートした。その後、形質導入されたＫ５６２細胞を、０．６μｇ／ｍＬのピューロマイシン（Ｉｎｖｉｖｏｇｅｎ，ａｎｔ−ｐｒ−１）が添加された培地で培養して、選択をフローサイトメトリーでモニターした。
フローサイトメトリー法：
ＨＬＡで形質導入したＫ５６２細胞を、６ウェルプレートに１％ＦＢＳを含むＩＤＭＥＭ中の５０μＭペプチド（Ｇｅｎｓｃｒｉｐｔ）で前夜にパルスし、標準的な組織培養条件下でインキュベートした。細胞を回収し、ＰＢＳで洗浄してから、ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ Ｆｉｘａｂｌｅ Ｖｉａｂｉｌｉｔｙ Ｄｙｅ ｅＦｌｕｏｒ ４５０で室温にて１５分間染色した。細胞を、ＰＢＳ＋２％ＦＢＳ中で更に洗浄した後、さまざまな濃度のＩｇＧと共に再懸濁させた。細胞を抗体と４℃で１時間インキュベートした。別の洗浄後、ＰＥ結合ヤギ抗ヒトＩｇＧ二次抗体（Ｊａｃｋｓｏｎ ＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅａｒｃｈ）を、１：１００で４℃で３０分間加えた。ＰＢＳ＋２％ＦＢＳで洗浄後、細胞をＰＢＳ＋２％ＦＢＳで再懸濁し、フローサイトメトリーで分析した。フローサイトメトリー分析を、Ａｔｔｕｎｅ ＮｘＴソフトウェアを使用して、Ａｔｔｕｎｅ ＮｘＴフローサイトメーター（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）で行った。ＦｌｏｗＪｏを使用してデータを分析した。
実施例７：標的遺伝子とＨＬＡサブタイプを発現する腫瘍細胞株に対する抗体の結合
公的に入手可能なデータベース（ＴＲＯＮ ｈｔｔｐ：／／ｃｅｌｌｌｉｎｅｓ．ｔｒｏｎ−ｍａｉｎｚ．ｄｅ）で評価されているように、ＨＬＡサブタイプ及び関心対象の標的遺伝子の発現に基づいて、腫瘍細胞株を選択した。細胞結合アッセイ用の腫瘍細胞株の選択は、下表１２に示す通りである。
（表１２）細胞結合アッセイ用の腫瘍細胞株の選択
Figure 2021508475
ＬＮ２２９、ＢＶ１７３、及びＣｏｌｏ８２９腫瘍細胞株を、標準的な組織培養条件下で増殖させた。フローサイトメトリーを、実施例６に記載されているようにして実施した。細胞を、３０μｇ／ｍＬまたは０μｇ／ｍＬの抗体、続いてＰＥ結合抗ヒト二次ＩｇＧと共にインキュベートした。
結果は、図１９に描かれえている通りである。パネルＡは、神経膠芽腫株ＬＮ２２９へのＧ５−Ｐ７Ａ０５の結合のヒストグラムプロットを図示したものである。パネルＢは、白血病株ＢＶ１７３へのＧ８−Ｐ２Ｃ１０の結合のヒストグラムプロットを図示したものである。パネルＣは、ＣＲＣ株Ｃｏｌｏ８２９へのＧ１０−Ｐ１Ｂ０７の結合のヒストグラムプロットを図示したものである。
実施例８：ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的ＨＬＡ−Ａ＊０１：０１ ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹまたはＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的ＨＬＡ−Ａ＊０１：０１＿ＨＳＥＶＧＬＰＶＹに結合するＴＣＲの同定
末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を、健常ドナー由来の白血球除去試料を処理することによって得た。凍結ＰＢＭＣを解凍し、ビオチン化ＣＤ４５ＲＯ、ＣＤ１４、ＣＤ１５、ＣＤ１６、ＣＤ１９、ＣＤ２５、ＣＤ３４、ＣＤ３６、ＣＤ５７、ＣＤ１２３、抗ＨＬＡ−ＤＲ、ＣＤ２３５ａ（グリコフォリンＡ）、ＣＤ２４４、及びＣＤ４抗体のカクテルと共にインキュベートした。その後、ＰＢＭＣ集団から除去するのに備えて、抗ビオチンマイクロビーズで磁気標識した。富化されたナイーブＣＤ８ Ｔ細胞を、標的ペプチドと適切なＭＨＣ分子とを含む四量体で標識し、生／死マーカー及び系統マーカーで染色して、フローサイトメトリーセルソーターで選別した。ポリクローナルの拡張に続いて、２つのパスのうちの１つを採択してもよい。集団の大部分がＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的に対し特異的とされる場合、Ｔ細胞集団を全体として配列決定する。代替的に、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的に対し特異的なＴＣＲを保持する細胞を再選別してもよい。再選別後に単離された細胞のみを、１０ｘ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ単一細胞解像度対免疫ＴＣＲプロファイリングアプローチを使用して配列決定する。この時点で、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的ＨＬＡ−Ａ＊０１：０１ ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹに対し特異的なＴＣＲを保持する細胞が、上記のように再選別され、配列決定された。具体的には、２０００〜８０００の生存Ｔ細胞を単一細胞エマルジョン中にパーティション化させ、後続の単一細胞ｃＤＮＡ生成及び全長ＴＣＲプロファイリングに備えた（定常領域を介した５’ＵＴＲによってαとβとの対合が確実に為されるようにした）。このアプローチでは、転写産物の５’末端にて分子的にバーコード化された鋳型スイッチングオリゴを利用した。代替アプローチでは、３’末端にて分子バーコード化された定常領域オリゴを利用する。別の代替アプローチでは、ＲＮＡポリメラーゼプロモーターをＴＣＲの５’または３’末端に結合する。これらのアプローチはいずれも、単一細胞レベルにてα及びβＴＣＲ対の同定及びデコンボリューションを可能にする。結果として得られたバーコード化されたｃＤＮＡ転写産物は、最適化された酵素及びライブラリー構築ワークフローを経て、バイアスを低減し、細胞のプール内のクロノタイプが正確に表現されるようにしたものである。ライブラリーを、Ｉｌｌｕｍｉｎａ製のＭｉＳｅｑ及びＨｉＳｅｑ ４０００機器（ペアエンド１５０サイクル）で配列決定し、細胞当たり約５〜５万リードの標的シーケンシング深度を得た。
シーケンシングリードは、１０ｘ提供のソフトウェアＣｅｌｌ Ｒａｎｇｅｒを介して処理された。シーケンシングリードにタグ付けされているＣｈｒｏｍｉｕｍセルラーバーコード及びＵＭＩを使用して、細胞ごとにＶ（Ｄ）Ｊ転写産物をアセンブルする。次いで、組み立てられたコンティグをＥｎｓｅｍｂｌｅ ｖ８７ Ｖ（Ｄ）Ｊ参照配列にマッピングすることによって、各細胞に対してアセンブルしたコンティグに注釈を付けた。クロノタイプを、一意なＣＤＲ３アミノ酸配列のα、β鎖対として定義した。２細胞を超える頻度で存在する単一α及び単一β鎖の対に対して、クロノタイプをフィルタリングし、特定のドナーの標的ペプチドごとのクロノタイプの最終リストを得た。
ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹの６つの実験及びＨＳＥＶＧＬＰＶＹ標的の２つの実験で、２つの異なるドナーを分析した。図２０Ａ及び図２０Ｂには、実験ごとに単離された標的特異的Ｔ細胞の数、及び実験ごとに同定された標的特異的独特のクロノタイプの数が、それぞれ描かれえている。１つの実験によるデータは、各色で表されている。
表１３は、全ての実験で特定されたＴ細胞の累積数及び一意なＴＣＲ、ならびに３００万のナイーブＣＤ８ Ｔ細胞当たりの標的特異的Ｔ細胞の平均数は、表を描写する。
（表１３）ＴＣＲ同定実験による累積データ
Figure 2021508475
ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ Ａ＊０１：０１＿ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹに対し特異的な同定済みＴＣＲクロノタイプの注釈付き配列が、下表１４に描かれている。明確にするために、同定済み各ＴＣＲにＴＣＲ ＩＤ番号が割り当てられている。例えば、ＴＣＲに割り当てられたＴＣＲ ＩＤ＃１には、ＴＲＡＶ２５配列、ＴＲＡＪ３７配列、ＴＲＡＣ配列、ＴＲＢＶ１９配列、ＴＲＢＤ１配列、ＴＲＢＪ１−５配列、及びＴＲＢＣ１配列が含まれる。
（表１４）ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ Ａ＊０１：０１＿ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹに結合するＴＣＲの注釈付き配列
Figure 2021508475
Figure 2021508475
Figure 2021508475
Figure 2021508475
Figure 2021508475
Figure 2021508475
Figure 2021508475
Figure 2021508475
Figure 2021508475
Figure 2021508475
ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ Ａ＊０１：０１_ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹに対し特異的な同定済みＴＣＲクロノタイプのα及びβＣＤＲ３配列は、表１５に図示されている通りである。明確にするために、表１４と同様に、同定済み各ＴＣＲにＴＣＲ ＩＤ番号が割り当てられている。例えば、ＴＣＲＩＤ＃１は、αＣＤＲ３配列ＣＡＧＰＧＮＴＧＫＬＩＦとβＣＤＲ３配列ＣＡＳＳＮＡＧＤＱＰＱＨＦとを含む。
ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ Ａ＊０１：０１＿ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹに対し特異的な同定済みＴＣＲクロノタイプの全長αＶ（Ｊ）及び全長βＶ（Ｄ）Ｊ配列は、表１６に図示されている通りである。例えば、ＴＣＲ ＩＤ＃１は、αＶ(Ｊ)配列
Figure 2021508475
及びβＶ(Ｄ)Ｊ配列
Figure 2021508475
を含む。
ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ Ａ＊０１：０１＿ＨＳＥＶＧＬＰＶＹに対し特異的な同定済みＴＣＲクロノタイプの注釈付き配列が、下表１７に図示されている。明確にするために、同定済み各ＴＣＲにＴＣＲ ＩＤ番号が割り当てられている。例えば、ＴＣＲに割り当てられたＴＣＲ ＩＤ # ３４５に、ＴＲＡＶ１３-１配列、ＴＲＡＪ２０配列、ＴＲＡＣ配列、ＴＲＢＶ７-９配列、ＴＲＢＪ２-７配列、及びＴＲＢＣ２配列が含まれる。
（表１７）ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ Ａ＊０１：０１＿ＨＳＥＶＧＬＰＶＹに結合するＴＣＲの注釈付き配列
Figure 2021508475
Figure 2021508475
Figure 2021508475
Figure 2021508475
ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ Ａ＊０１：０１＿ＨＳＥＶＧＬＰＶＹに対し特異的な同定済みＴＣＲクロノタイプのα及びβＣＤＲ３配列は、表１８に図示されている通りである。明確にするために、表１７と同様に、同定済み各ＴＣＲにＴＣＲ ＩＤ番号が割り当てられている。例えば、ＴＣＲＩＤ ＃３４５には、αＣＤＲ３配列ＣＡＡＮＰＧＤＹＫＬＳＦ及びβＣＤＲ３配列ＣＡＳＳＳＮＹＥＱＹＦが含まれる。
ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ Ａ＊０１：０１＿ＨＳＥＶＧＬＰＶＹに対し特異的な同定済みＴＣＲクロノタイプの全長αＶ（Ｊ）及び全長βＶ（Ｄ）Ｊ配列は、表１９に図示されている通りである。明確にするために、表１７と同様に、同定済み各ＴＣＲにＴＣＲ ＩＤ番号が割り当てられている。例えば、ＴＣＲＩＤ ＃３４５に、αＶ（Ｊ）配列
Figure 2021508475
及びβＶ（Ｄ）Ｊ配列
Figure 2021508475
が含まれる。
実施例９：ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ複合体に結合する抗体またはその抗原結合断片の同定
腫瘍抗原を提示するＭＨＣクラスＩ分子を標的とする一本鎖可変断片（ｓｃＦｖ）抗体の同定
関心対象の腫瘍抗原を提示するヒトクラスＩ ＭＨＣ分子を標的とする強力且つ選択的な単鎖抗体は、ファージディスプレイを使用して同定される。ファージライブラリーは、非特異的なクラスＩ ＭＨＣバインダーを除去することにより、スクリーニング用に調製される。標的ｐＭＨＣとは異なる複数の可溶性ヒトペプチドＭＨＣ（ｐＭＨＣ）分子を利用して、既存のファージライブラリーをパニングし、クラスＩ ＭＨＣに対し非特異的に結合するｓｃＦｖを除去する。関心対象のｐＭＨＣに選択的に結合するｓｃＦｖを同定するため、標的ｐＭＨＣを、準備されたファージライブラリーでのパニングの少なくとも１〜３ラウンドで使用する。次いで、スクリーン内で同定されたｓｃＦｖヒットを無関係なｐＭＨＣのパネルに対して評価し、標的ｐＭＨＣに選択的に結合するｓｃＦｖリードを同定する。リードｓｃＦｖを、標的結合の特異性及び親和性が判別されるように特性評価する。強力且つ選択的な結合が実証済みであるリードｓｃＦｖを、全長ＩｇＧモノクローナル抗体（ｍＡｂ）コンストラクトに変換する。追加的に、リードｓｃＦｖを、ＣＡＲ Ｔ細胞の生成に使用できる二重特異性ｍＡｂコンストラクト及びキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）コンストラクト内に組み込む。全長の二重特異性またはｓｃＦＶベースの二重特異性を構築してもよい。
ｉｎ ｖｉｔｒｏにてヒト腫瘍細胞の標的化を実証する
免疫組織化学技術を利用して、標的ｐＭＨＣ分子を発現するヒト腫瘍細胞または細胞株へのリード抗体の特異的結合を実証する。ＣＡＲ−ＴコンストラクトをトランスフェクトされたＴ細胞株を、ヒト腫瘍細胞と共にインキュベートして、ｉｎ ｖｉｔｒｏでの腫瘍細胞の死滅を実証する。代替的に、標的を発現する腫瘍細胞を、二重特異性コンストラクト（ＡＢＰ及びエフェクタードメインをコードするもの）及びＰＢＭＣまたはＴ細胞と共に、インキュベートする。
ｉｎ ｖｉｖｏでの概念実証
リード抗体またはＣＡＲ−Ｔコンストラクトをｉｎ ｖｉｖｏで評価して、ヒト化マウス腫瘍モデルにおける指向性腫瘍殺傷を実証する。リード抗体またはＣＡＲ−Ｔコンストラクトを、ヒト腫瘍及びＰＢＭＣを移植した異種移植腫瘍モデルで、評価する。抗腫瘍活性を測定し、対照コンストラクトと比較して、標的特異的な腫瘍殺傷を実証する。
ウサギＢ細胞クローニング技術を用いて、腫瘍抗原を提示するＭＨＣクラスＩ分子を標的とするモノクローナル抗体（ｍＡｂ）を同定する
関心対象の腫瘍抗原を提示するヒトクラスＩ ＭＨＣ分子を標的とした、強力且つ選択的なｍＡｂを、同定する。ヒト腫瘍抗原を提示する可溶性ヒトｐＭＨＣ分子を用いて、複数のマウスまたはウサギを免疫し、その後、免疫された動物に由来するＢ細胞をスクリーニングして、標的クラスＩ ＭＨＣ分子に結合しているｍＡｂを発現するＢ細胞を同定する。マウスまたはウサギのスクリーニングによって同定されたｍＡｂをコードする配列が、単離されたＢ細胞からクローニングされる。次いで、回収されたｍＡｂを不適切なｐＭＨＣのパネルに対して評価してから、標的ｐＭＨＣに選択的に結合するリードｍＡｂを同定する。リードｍＡｂを十分に特性を明らかにして、標的の結合親和性及び選択性を決定する。強力且つ選択的な結合が実証済みであるリードｍＡｂをヒト化し、全長ヒトＩｇＧモノクローナル抗体（ｍＡｂ）コンストラクトを生成する。追加的に、リードｍＡｂを、ＣＡＲ Ｔ細胞の生成に使用できる二重特異性ｍＡｂコンストラクト及びキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）コンストラクト内に組み込む。全長の二重特異性またはｓｃＦＶベースの二重特異性を構築してもよい。
ｉｎ ｖｉｔｒｏにてヒト腫瘍細胞の標的化を実証する
免疫組織化学技術を利用して、標的ｐＭＨＣ分子を発現するヒト腫瘍細胞株に対するリード抗体の特異的結合を実証する。ＣＡＲ−ＴコンストラクトをトランスフェクトしたＴ細胞株をヒト腫瘍細胞と共にインキュベートして、ｉｎ ｖｉｔｒｏでの腫瘍細胞の死滅を実証する。代替的に、標的を発現する腫瘍細胞を、二重特異性コンストラクト（ＡＢＰ及びエフェクタードメインをコードするもの）及びＰＢＭＣまたはＴ細胞と共に、インキュベートする。
ｉｎ ｖｉｖｏでの概念実証
リード抗体またはＣＡＲ−Ｔコンストラクトをｉｎ ｖｉｖｏで評価して、ヒト化マウス腫瘍モデルにおける指向性腫瘍殺傷を実証する。リード抗体またはＣＡＲ−Ｔコンストラクトを、ヒトＰＢＭＣを移植した異種移植腫瘍モデルで評価する。抗腫瘍活性を測定し、対照コンストラクトと比較して、標的依存性の腫瘍殺傷を実証する。
腫瘍抗原を提示するヒトクラスＩ ＭＨＣ分子を選択的に標的とする強力且つ選択的なＡＢＰを、ファージディスプレイまたはＢ細胞クローニング技術を使用して同定する。ＡＢＰの有用性に関する実証は、抗体またがＣＡＲ−Ｔ細胞コンストラクト中に組み込まれている場合に、ＡＢＰがｉｎ ｖｉｔｒｏ及びｉｎ ｖｉｖｏで腫瘍細胞殺傷を媒介することを明らかにすることによって行う。
実施例１０：ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ複合体に結合するＴＣＲの同定
天然の高親和性ＴＣＲを選択するには、共有抗原ＭＨＣ／ペプチド標的（ＳＡＴ）を具体的に認識して、以下の実験手順を実行する。
１． ＭＨＣ／ペプチド標的反応性ＴＣＲの同定及び分離
２． 人工ＴＣＲ Ｔ細胞の生産
３． ＴＣＲ特異性の検証
ＭＨＣ／ペプチド標的反応性ＴＣＲの同定
Ｔ細胞を、患者の血液、リンパ節、または腫瘍から単離させる。患者は、ＳＡＴとＨＬＡが一致していることから、標的保持タンパク質の発現に基づいて選択されている。その後、例えば、ＳＡＴ−ＭＨＣ四量体結合細胞を選別することによって、またはＴ細胞とＳＡＴパルス抗原提示細胞のｉｎ ｖｉｔｒｏ共培養で刺激された活性化細胞を選別することによって、Ｔ細胞をＳＡＴ特異的Ｔ細胞に対して富化させる。
ＳＡＴ関連のα−βＴＣＲダイマーを、ＳＡＴ特異的なＴ細胞のＴＣＲの単一細胞配列により同定する。代替的に、ＳＡＴ特異的Ｔ細胞のバルクＴＣＲ配列を実行し、一致する可能性の高いα−β対を、ＴＣＲ対合方法を使用して判別する。
代替的にまたは追加的に、ＳＡＴ特異的なＴ細胞を、健常ドナー由来のナイーブＴ細胞をｉｎ ｖｉｔｒｏプライミングすることによって得ることもできる。ＰＢＭＣ、リンパ節、または臍帯血から得られたＴ細胞を、ＳＡＴでパルスされた抗原提示細胞によって繰り返し刺激して、抗原経験済みＴ細胞の分化をプライミングする。その後、ＴＣＲの同定を、患者のＳＡＴ特異的Ｔ細胞に関して上記されているのと同様にして行う。
人工ＴＣＲ Ｔ細胞の生産
ＴＣＲα及びβ鎖配列を、適切なコンストラクトにクローニングした。ＴＣＲ自己または異種バルクＴ細胞を、コンストラクトで形質導入して、人工ＴＣＲ Ｔ細胞を生成する。これらのＴ細胞を、以後の実験での使用に備えて、抗ＣＤ３抗体とＩＬ−２サイトカインの存在下にて拡張させる。或る特定の実施例では、天然ＴＣＲを欠失させるか、または、挿入されたＴＣＲを、適切な多量体化が増強されるように修飾する。
ＴＣＲ特異性のｉｎ ｖｉｔｒｏ検証
まず、操作を施されたＴＣＲを保持するＴ細胞を、適切なＭＨＣを発現する抗原提示細胞を使用して、標的認識に対してスクリーニングしてから、適切な標的（複数可）でパルスした。
次いで、スクリーニングの第１のラウンドで同定されたＴＣＲを対象として、天然標的の認識に関する試験を行った。リードＴＣＲを、ＨＬＡが一致する原発腫瘍及びＳＡＴ保有タンパク質を発現する腫瘍細胞株の特異的認識に基づいて命名する。
特異性が保証されるように、リードＴＣＲを、オフターゲット認識に基づいて選択解除する。それらリードＴＣＲを、複数の組織及び臓器タイプを対象とするＨＬＡ一致及び不一致の細胞株のパネルに対して、及び感染症抗原のパネルでパルスされたＨＬＡ一致及び不一致の抗原提示細胞に対してスクリーニングする。自己抗原または一般的な非自己抗原を特異的及び非特異的にオフターゲット認識するＴＣＲを、選択解除する。
実施例１１：ＭＨＣ／ペプチド標的反応性ＴＣＲの同定
Ｔ細胞を、患者の血液、リンパ節、または腫瘍から単離させる。患者は、ＳＡＴとＨＬＡが一致していることから、標的保持タンパク質の発現に基づいて選択されている。その後、例えば、ＳＡＴ−ＭＨＣ四量体結合細胞を選別することによって、またはＴ細胞とＳＡＴパルス抗原提示細胞のｉｎ ｖｉｔｒｏ共培養で刺激された活性化細胞を選別することによって、Ｔ細胞をＳＡＴ特異的Ｔ細胞に対して富化させる。
ＳＡＴ関連のα−βＴＣＲダイマーを、ＳＡＴ特異的なＴ細胞のＴＣＲの単一細胞配列により同定する。代替的に、ＳＡＴ特異的Ｔ細胞のバルクＴＣＲ配列を実行し、一致する可能性の高いα−β対を、ＴＣＲ対合方法を使用して決定する。
代替的にまたは追加的に、ＳＡＴ特異的なＴ細胞を、健常ドナー由来のナイーブＴ細胞をｉｎ ｖｉｔｒｏプライミングすることによって得ることもできる。ＰＢＭＣ、リンパ節、または臍帯血から得られたＴ細胞を、ＳＡＴでパルスされた抗原提示細胞によって繰り返し刺激して、抗原経験済みＴ細胞の分化をプライミングする。その後、ＴＣＲの同定を、患者のＳＡＴ特異的Ｔ細胞に関して上記されているのと同様にして行う。
実施例１２：人工ＴＣＲ Ｔ細胞の生産
ＴＣＲα及びβ鎖配列を、適切なコンストラクトにクローニングした。ＴＣＲ自己または異種バルクＴ細胞を、コンストラクトで形質導入して、人工ＴＣＲ Ｔ細胞を生成する。これらのＴ細胞を、以後の実験での使用に備えて、抗ＣＤ３抗体とＩＬ−２サイトカインの存在下にて拡張させる。或る特定の実施例では、天然ＴＣＲを欠失させるか、または、挿入されたＴＣＲを、適切な多量体化が増強されるように修飾する。
ＴＣＲ特異性のＩｎ ｖｉｔｒｏ検証
まず、操作を施されたＴＣＲを保持するＴ細胞を、適切なＭＨＣを発現する抗原提示細胞を使用して、標的認識に対してスクリーニングしてから、適切な標的（複数可）でパルスした。
次いで、スクリーニングの第１のラウンドで同定されたＴＣＲを対象として、天然標的の認識に関する試験を行った。リードＴＣＲを、ＨＬＡが一致する原発腫瘍及びＳＡＴ保有タンパク質を発現する腫瘍細胞株の特異的認識に基づいて命名する。
特異性が保証されるように、リードＴＣＲを、オフターゲット認識に基づいて選択解除する。それらリードＴＣＲを、複数の組織及び臓器タイプを対象とするＨＬＡ一致及び不一致の細胞株のパネルに対して、及び感染症抗原のパネルでパルスされたＨＬＡ一致及び不一致の抗原提示細胞に対してスクリーニングする。自己抗原または一般的な非自己抗原を特異的及び非特異的にオフターゲット認識するＴＣＲを、選択解除する。
実施例１３：ウサギＢ細胞クローニング技術を用いて、腫瘍抗原を提示するＭＨＣクラスＩ分子を標的とするモノクローナル抗体（ｍＡｂ）を同定する
関心対象の腫瘍抗原を提示するヒトクラスＩ ＭＨＣ分子を標的とした、強力且つ選択的なｍＡｂを、同定する。ヒト腫瘍抗原を提示する可溶性ヒトｐＭＨＣ分子を用いて、複数のマウスまたはウサギを免疫し、その後、免疫された動物に由来するＢ細胞をスクリーニングして、標的クラスＩ ＭＨＣ分子に結合しているｍＡｂを発現するＢ細胞を同定する。マウスまたはウサギのスクリーニングによって同定されたｍＡｂをコードする配列が、単離されたＢ細胞からクローニングされる。次いで、回収されたｍＡｂを不適切なｐＭＨＣのパネルに対して評価してから、標的ｐＭＨＣに選択的に結合するリードｍＡｂを同定する。リードｍＡｂを十分に特性評価して、標的の結合親和性及び選択性を算定する。強力且つ選択的な結合が実証済みであるリードｍＡｂをヒト化し、全長ヒトＩｇＧモノクローナル抗体（ｍＡｂ）コンストラクトを生成する。追加的に、リードｍＡｂを、ＣＡＲ Ｔ細胞の生成に使用できる二重特異性ｍＡｂコンストラクト及びキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）コンストラクト内に組み込む。全長の二重特異性またはｓｃＦＶベースの二重特異性を構築してもよい。
ｉｎ ｖｉｔｒｏにてヒト腫瘍細胞の標的化を実証する
免疫組織化学技術を利用して、標的ｐＭＨＣ分子を発現するヒト腫瘍細胞株に対するリード抗体の特異的結合を実証する。ＣＡＲ−ＴコンストラクトをトランスフェクトしたＴ細胞株をヒト腫瘍細胞と共にインキュベートして、ｉｎ ｖｉｔｒｏでの腫瘍細胞の死滅を実証する。代替的に、標的を発現する腫瘍細胞を、二重特異性コンストラクト（ＡＢＰ及びエフェクタードメインをコードするもの）及びＰＢＭＣまたはＴ細胞と共に、インキュベートする。
ｉｎ ｖｉｖｏでの概念実証
リード抗体またはＣＡＲ−Ｔコンストラクトをｉｎ ｖｉｖｏで評価して、ヒト化マウス腫瘍モデルにおける指向性腫瘍殺傷を実証する。リード抗体またはＣＡＲ−Ｔコンストラクトを、ヒトＰＢＭＣを移植した異種移植腫瘍モデルで評価する。抗腫瘍活性を測定し、対照コンストラクトと比較して、標的依存性の腫瘍殺傷を実証する。
腫瘍抗原を提示するヒトクラスＩ ＭＨＣ分子を選択的に標的とする強力且つ選択的なＡＢＰを、ファージディスプレイまたはＢ細胞クローニング技術を使用して同定する。ＡＢＰの有用性に関する実証は、抗体またはＣＡＲ−Ｔ細胞コンストラクト中に組み込まれている場合に、ＡＢＰがｉｎ ｖｉｔｒｏ及びｉｎ ｖｉｖｏで腫瘍細胞殺傷を媒介することを明らかにすることによって行う。
実施例１４：水素／重水素交換及び質量分析によるｓｃＦｖ−ｐＨＬＡまたはＦａｂ−ｐＨＬＡ構造の評価
実験手順
水素／重水素交換
２０μＭのＨＬＡ−ペプチドを、３倍モル過剰のｓｃＦｖタンパク質と共に室温（２０〜２５℃）で２０分間インキュベートして、交換実験用の複合体を生成した。Ａｐｏ対照については、ＨＬＡ−ペプチドを等量の５０ｍＭ ＮａＣｌ、２０ｍＭ Ｔｒｉｓ ｐＨ８．０と共にインキュベートした。後続の全ての反応ステップは、Ｃｈｒｏｎｏｓ ４．８．０ソフトウェア（Ｌｅａｐ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｍｏｒｒｉｓｖｉｌｌｅ，ＮＣ）を介して制御される自動ＨＤＸ ＰＡＬシステムで４℃にて実行した。重水素交換を二連で行った。５μｌのタンパク質複合体を、５０ｍＭ ＮａＣｌ、２０ｍＭ Ｔｒｉｓ ｐＨ８．０（０分の制御時点にて）、または３０秒間、Ｄ２Ｏで作成した同じバッファーで１０倍に希釈した後、０．８Ｍ塩酸グアニジン、０．４％酢酸（ｖ／ｖ）、及び７５ｍＭ Ｔｒｉｓ（２−カルボキシエチル）ホスフィン中で３分間急冷した。急冷された約５０ｐｍｏｌのタンパク質複合体を、統合型オンラインタンパク質消化用の、固定化されたタンパク質ＸＩＩＩ／ペプシンカラム（ＮｏｖａＢｉｏＡｓｓａｙｓ，Ｗｏｂｕｒｎ，ＭＡ）に移した。
液体クロマトグラフィー、質量分析、及びＨＤＸ分析
ペプチドのクロマトグラフィー分離は、トラップＣ１８カラム（粒子サイズ５μＭ、直径２．１ ｍｍ）と分析用Ｃ１８カラム（粒子サイズ１．９μＭ、直径１ ｍｍ）とを装備したＵｌｔｉＭａｔｅ ３０００基本マニュアルＵＨＰＬＣシステム（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）を使用して行った。試料を１０％アセトニトリル、０．０５％トリフルオロ酢酸で４０μｌ／ｍｉｎの流速にて２分間脱塩してから、ペプチドを４０μｌ／ｍｉｎの流速にて９５％アセトニトリル、０．０５％トリフルオロ酢酸の濃度を上昇させて溶出させた。質量分析は、ＥＳＩソースを３８００ Ｖの正イオン電圧に設定して、Ｏｒｂｉｔｒａｐ Ｆｕｓｉｏｎ Ｌｕｍｏｓ質量分析計（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）で行った。水素−重水素交換実験に先立ち、各ＨＬＡ−ペプチド複合体のペプチド断片の分析を、データ依存のＬＣ／ＭＳ／ＭＳを用い、ＰＥＡＫＳ Ｓｔｕｄｉｏ（Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ Ｉｎｃ．，Ｗａｔｅｒｌｏｏ、ＯＮ、Ｃａｎａｄａ）を使用して検索されたデータを用いて行った。ペプチド前駆体の質量許容誤差は１０ ｐｐｍ、断片イオンの質量許容誤差は０．１ Ｄａであった。ＨＬＡ、β２Ｍ及びペプチドの配列を検索し、誤検出率を、デコイデータベース戦略を使用して同定した。ＬＣ／ＭＳで、水素−重水素実験によるペプチドを検出し、これをＨＤＸ Ｗｏｒｋｂｅｎｃｈ（Ｏｍｉｃｓ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ、Ｈｏｎｏｌｕｌｕｌｕ、ＨＩ）で分析した。保持時間ウィンドウサイズは０．２２分で、誤差は７．０ｐｐｍであった。重水素の取り込み差分は、Ｐｙｍｏｌ（Ｓｃｈｒｏｄｉｎｇｅｒ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＭＡ）を使用して関連するタンパク質の結晶構造にマッピングした。
結果
図２１Ａは、ｓｃＦｖクローンＧ８−Ｐ１Ｈ０８と共にインキュベートされたＧ８ ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ複合体のＨＬＡ部分の、例示的なヒートマップを描いたものであり、統合された摂動ビューを使用して全体が明視化されている。
実施例１５に記載されている結晶構造にプロットされたｓｃＦｖ Ｇ８−Ｐ１Ｈ０８によるデータの例は、図２１Ｂに示す通りである。
図４５Ａは、ｓｃＦｖクローンＧ８−Ｐ１Ｃ１１と共にインキュベートされたＧ８ ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ複合体のＨＬＡ部分の、例示的なヒートマップを描いたものであり、統合された摂動ビューを使用して全体が明視化されている。
実施例１５に記載されている結晶構造にプロットされたｓｃＦｖ Ｇ８−Ｐ１Ｃ１１によるデータの例は、図４５Ｂに示す通りである。
図２３Ａは、ｓｃＦｖクローンＲ３Ｇ１０−Ｐ２Ｇ１１と共にインキュベートされた場合のＧ１０ ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ複合体のＨＬＡ部分の例示的なヒートマップを描いたものであり、統合された摂動ビューを使用して全体が明視化されている。
結晶構造ＰＤＢ５ｂｓ０にプロットされたｓｃＦｖ Ｒ３Ｇ１０−Ｐ２Ｇ１１によるデータの例は、図２３Ｂに示す通りである。α１及びα２ヘリックスによって形成されたＨＬＡ結合クレフトの制限されたペプチドを示す結晶構造は、ＵＲＬ ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｒｃｓｂ．ｏｒｇ／ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ／５ｂｓ０（Ｒａｍａｎ ｅｔ ａｌ）
特定のＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的について試験されたＡＢＰ間でデータをより詳細に比較するため、各ＡＢＰのデータをエクスポートして、ヒートマップをＥｘｃｅｌで生成した。図２２Ａに、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的Ｇ８（ＨＬＡ−Ａ＊０２：０１＿ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡ）に対して試験された全てのＡＢＰのＨＬＡα１ヘリックス全域における、結果として得られたヒートマップを示す。図２２Ｂに、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的Ｇ８（ＨＬＡ−Ａ＊０２：０１＿ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡ）に対して試験された全てのＡＢＰのＨＬＡα２ヘリックス全域における、結果として得られたヒートマップを示す。図２２Ｃに、試験された全てのＡＢＰを対象とした制限ペプチドＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡ全域における結果のヒートマップを示す。ヒートマップは、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的とＧ８特異的抗体ベースのＡＢＰとの間の相互作用を判別する際に、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的Ｇ８（ＨＬＡ−Ａ＊０２：０１＿ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡ）のＨＬＡタンパク質（α１ヘリックス内）の４５位〜６０位が、直接的または間接的に関与している可能性があることを示唆している。
図２４Ａに、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的Ｇ１０（ＨＬＡ−Ａ＊０１：０１＿ ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹ）に対して試験された全てのＡＢＰのＨＬＡα１ヘリックス全域における、結果として得られたヒートマップを示す。図２４Ｂに、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的Ｇ１０（ＨＬＡ−Ａ＊０１：０１＿ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹ）に対して試験された全てのＡＢＰのＨＬＡα２ヘリックス全域における、結果として得られたヒートマップを示す。図２４Ｃに、試験された全てのＡＢＰを対象とした制限ペプチドＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹ全域における結果のヒートマップを示す。ヒートマップは、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的とＧ１０特異的抗体ベースのＡＢＰとの間の相互作用を決定する際に、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的Ｇ１０（ＨＬＡ−Ａ＊０１：０１＿ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹ）のＨＬＡタンパク質（α１ヘリックス内）の４９位〜５６位が、直接的または間接的に関与している可能性があることを示唆している。
実施例１５：結晶構造解析によるＦａｂ−ｐＨＬＡ構造の評価
材料及び方法
複合体の精製及び結晶スクリーニング
例えば、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的Ｇ８（Ａ＊０２：０１＿ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡ）に対応するＦａｂ断片を５ｍｇ／ｍＬ（１００μＭ）に濃縮した後、対応するＨＬＡ−ＭＨＣ（１：１のモル比）を添加して、４℃で３０分間インキュベートした。次いで、混合物を、複合体の精製用に１Ｘ ＰＢＳバッファーで平衡化したサイズ排除クロマトグラフィーカラム（Ｓ２００ １６／６０）に注入した。Ｆａｂ及びＨＬＡの両方を含み、溶出量が約９４ｋＤａの複合体と一貫した画分をプールし、１０〜１２ｍｇ／ｍＬ（１ＡＵ＝１ｍｇ／ｍＬ）に濃縮した。精製された各複合体を、ＰＥＧＩｏｎ（Ｈａｍｐｔｏｎ ｒｅｓｅａｒｃｈ）、ＪＣＳＧ＋（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｉｍｅｎｓｉｏｎｓ）、ＪＢＳ Ｓｃｒｅｅｎ ３及び４（Ｊｅｎａ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）の商用スクリーンを使用して、結晶化条件に対してスクリーニングした。沈殿剤としてＰＥＧ３３５０またはＰＥＧ４０００のどちらを使用するかに概ね基づいて、ＨＬＡ−Ｆａｂ複合体の既知の結晶条件の特性に応じて、キットの選択を行った。スクリーニング後３〜４週間目に、いくつかの結晶化条件でＨＬＡ−Ｆａｂの組み合わせにて、回折に適した結晶が出現した（表２４）。結晶のタンパク質の性質を、ＵＶで検査した。結晶を凍結保護剤溶液（２５％グリセロールを補充した結晶化溶液）に移し、液体窒素で瞬間凍結した。
データの収集及び処理
ＳＯＬＥＩＬシンクロトロン（Ｇｉｆ ｓｕｒ Ｙｖｅｔｔｅ，Ｆｒａｎｃｅ）のＰｒｏｘｉｍａ ２Ａビームラインで回折データを収集した。データ処理及びスケーリングは、ＸＤＳを使用して実行した（１）。分子置換は、ＣＣＰ４スイートのＭｏｌＲｅｐ及びＡｒｐ／Ｗａｒｐを使用して実行した（２）。その際、エントリーモデルとして、ＨＬＡ（１００％の配列同一性）用にＰＤＢ ５Ｅ６Ｉを使用し、Ｆａｂ用に５ＡＺＥ（ＶＨに対し９０％配列同一性）及び５Ｉ１５（ＶＬに対し９７％配列同一性）を使用した。Ｃｏｏｔ（ＣＣＰ４スイート）で、バスターＴＮＴ（ＧｌｏｂａｌＰｈａｓｉｎｇ、Ｉｎｃ）及び手動モデル修飾を使用して、微調整を行った。
複合体の精製
組み合わせによって、個々のタンパク質ピークと形成された複合体ピークとの間に良好な分離が生じた（図２８Ａ）。インキュベーション時間を１６時間（一晩）に延長したにもかかわらず、形成された複合体の比率は変化しなかった（タンパク質の約５０％が複合体として存在し、５０％が遊離タンパク質として存在する）。還元条件下でのＳＤＳ ＰＡＧＥでのピーク分析によって、プールされた画分に両方のＦａｂ鎖（３０ｋＤａ）、ＨＬＡ重鎖（約３５ｋＤａ）、及びＨＬＡ軽鎖（ＢＬＭにて１０ｋＤａ未満）が存在することが、明らかにされた（図２８Ｂ）。
結晶化及びデータ収集
複合体がプールされた画分を濃縮し、スクリーニングした。３〜４週間後に、一部のＨＬＡ−Ｆａｂの組み合わせにて結晶が出現した。Ａ＊０２：０１＿ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡ−Ｇ８−Ｐ１Ｃ１１ Ｆａｂ複合体の結晶構造解析、及び結果として生じた結晶形成の要約は、表２４に示す通りである。
（表２４）結晶構造解析条件
Figure 2021508475
試験された条件のうちの４つの条件において、結晶を生成された。２つの条件において生成された結晶は、（１．７〜２．０Åの解像度にて）十分に回折され、Ｐ１空間群に統合された（表２４）。Ａｒｐ／Ｗａｒｐを使用して、分子置換（ＭｏｌＲｅｐ）とソフトウェア自動モデル構築とを併用することによって、構造の解決が可能であった。
ＦａｂクローンＧ８−Ｐ１Ｃ１１及びＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的Ａ＊０２：０１＿ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡ（「Ｇ８」）を含む複合体の例示的な結晶は、図２９に示されている。この結晶は、２５％（ｗ／ｖ）ＰＥＧ ３３５０ １００ｍＭ Ｂｉｓ−Ｔｒｉｓ／塩酸ｐＨ５．５を用いた市販のスクリーンＪＣＳＧを使用して成長させた。この結晶を使用して生成されたのが、下記の構造データである。
構造解析
ＦａｂクローンＧ８−Ｐ１Ｃ１１とＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的Ａ＊０２：０１＿ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡ（「Ｇ８」）の結合によって形成された複合体の全体構造を、図３０に示す。個々のタンパク質は表面として表されている。ＨＬＡとＶＨ及びＶＬとの間の界面領域はそれぞれ７４７Å２及び２８５Å２である。
精製中に、ペプチドに対応する電子密度領域が明視化され、提供された１０残基のペプチド配列ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡでペプチド側鎖の明確な配置（図３１）が可能になった。相互作用界面に関連する全ての領域が洗練されたが、抗体の定常領域では、まだ幾分かの精製が必要とされる。
以下のデータで参照されている、錯体中のモノマーのコーディングを、下掲の表２５に示す。
（表２５）結晶分析で使用されるモノマーコーディング
Figure 2021508475
ＨＬＡ−ペプチドの相互作用
制限ペプチドＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡは、その大部分がＨＬＡ Ａ＊０２：０１結合ポケットに埋め込まれており、残基Ｐ４Ｇ５Ａ６は、Ｆａｂに向かって突出している。ペプチドとＨＬＡと間の相互作用表面は９２６Å２であり、これは、ペプチド溶媒がアクセス可能な表面全体（１２１５Å２）の７６％に相当する。ＨＬＡに対するペプチドの結合には、９つの水素結合とファンデルワールス相互作用（図３２）とが含まれ、結合エネルギーは−１６．４ｋｃａｌ／ｍｏｌとなる。
水素相互作用のリストを、下掲の表２６に示す。
（表２６）制限ペプチドとＨＬＡとの間の水素結合相互作用
Figure 2021508475
ＨＬＡ及び制限ペプチドの完全な界面の要約を、図３７に示す。
制限ペプチド及びＨＬＡからの相互作用残基の完全なリストを図３８に示す。
Ｆａｂ−制限ペプチド相互作用
ほとんどのペプチドはＨＬＡの結合ポケットに埋め込まれているため、Ｆａｂ鎖との相互作用に利用できるのは、その一部だけに限られている。このことは、ペプチドの溶媒アクセス可能領域の７６％がＨＬＡとの相互作用によって占有されているという観察によって、確証される。ペプチドとＦａｂの重鎖及び軽鎖との間の相互作用表面は、それぞれ１１４．３及び１１３．９ Å２である。これは、ペプチド溶媒がアクセス可能な領域全体の１８％に相当する。ＰＩＳＡ分析により明らかにされているように、Ｆａｂとペプチドとの間の相互作用に関与しているのは、２つの水素結合だけである。軽鎖のＴｙｒ３２のヒドロキシル基は、ペプチドのＧｌｙ５のバックボーンカルボニルと相互作用しており、Ｔｙｒ１００Ａ骨格アミドは、ペプチドのＰｒｏ４の骨格カルボニル基と相互作用している（以下の水素相互作用のリストについては、表２７を参照のこと）。
（表２７）Ｆａｂ／制限ペプチドＨの結合相互作用
Figure 2021508475
制限ペプチドに対するＦａｂの認識モードは、そのほとんどが、疎水性相互作用及び溶媒分子が関与する水素結合を介して行われる（図３３及び図３４）。Ｆａｂと制限ペプチドとの間の相互作用の結合エネルギーは、ＶＨ鎖及びＶＬ鎖でそれぞれ−２．０と−１．９ｋｃａｌ／ｍｏｌである。
Ｆａｂ ＶＨ鎖及び制限ペプチドの完全な界面の要約、ならびにＦａｂ ＶＨ鎖及び制限ペプチドからの相互作用残基の完全なリストは、図３９に図示されている。
Ｆａｂ ＶＬ鎖及び制限ペプチドの完全な界面の要約、ならびにＦａｂ ＶＬ鎖及び制限ペプチドからの相互作用残基の完全なリストは、図４０に図示されている。
Ｆａｂ−ＨＬＡ相互作用
Ｆａｂ及びＨＬＡの部分は、ＨＬＡとＦａｂとの間の界面領域に合計１０３２ Å２と図示されているように、広範囲に相互作用する。ＨＬＡとＶＨ鎖との間の相互作用は、疎水性相互作用、６Ｈ結合、及び３つの塩橋で構成される（図３５は、ＶＨとＨＬＡとの間の相互作用、図３６は、ＶＬとＨＬＡとの間の相互作用である）。この相互作用は、主要な相互作用が７４７Å２（総接触面積の７２％）であることを表している。
ＦａｂのＶＨ鎖とＨＬＡタンパク質との間の水素結合の接触は、下表に示す通りである。
（表２８）ＶＨとＨＬＡとの間の水素結合接触。
Figure 2021508475
ＦａｂのＶＨ鎖とＨＬＡタンパク質との間の塩橋接触は、下表に示す通りである。
（表２９）ＶＨとＨＬＡとの間の塩橋接触。
Figure 2021508475
Ｆａｂ ＶＨ鎖ＨＬＡタンパク質の完全な界面の要約を、図４１に示す。
Ｆａｂ ＶＨ鎖及びＨＬＡタンパク質からの相互作用残基の完全なリストは、図４２に図示されている。
ＦａｂのＶＬ鎖とＨＬＡタンパク質との間の水素結合の接触は、下掲の表３０に示す通りである。
（表３０）ＶＬとＨＬＡとの間の水素結合。
Figure 2021508475
Ｆａｂ ＶＬ鎖ＨＬＡタンパク質の完全な界面の要約を、図４３に示す。
Ｆａｂ ＶＬ鎖及びＨＬＡタンパク質からの相互作用残基の完全なリストは、図４４に図示されている。
好ましい実施形態及び様々な代替実施形態を参照して、本発明を詳細に図示し説明してきたが、当然のことながら、当業者であれば、本発明の趣旨及び範囲から逸脱することなしに、形態及び詳細における様々な変更を施すことができる。
本明細書の本文内で引用された全ての参照文献、発行された特許及び特許出願は、あらゆる目的に対応するように、それらの全体が参照により本明細書に援用されている。
配列
（表４）標的Ｇ５に結合するｓｃＦｖヒットのＶＨ及びＶＬ配列
Figure 2021508475
Figure 2021508475
Figure 2021508475
（表５）Ｋａｂａｔ番号付けスキームに従って番号付けされた、Ｇ５に対する同定済みｓｃＦｖのＣＤＲ配列
Figure 2021508475
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（表６）標的Ｇ８に結合するｓｃＦｖヒットのＶＨ及びＶＬ配列
Figure 2021508475
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（表７）Ｋａｂａｔ番号付けスキームに従って番号付けされた、Ｇ８に対する同定済みｓｃＦｖのＣＤＲ配列
Figure 2021508475
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（表８）標的Ｇ１０に結合するｓｃＦｖヒットのＶＨ及びＶＬ配列
Figure 2021508475
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（表９）Ｋａｂａｔ番号付けスキームに従って番号付けされた、Ｇ１０に対する同定済みｓｃＦｖのＣＤＲ配列
Figure 2021508475
（表１５）（Ｇ１０ ＴＣＲ用のＣＤＲ３配列）
ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ Ａ＊０１：０１＿ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹに結合するＴＣＲのＣＤＲ３配列
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（表１６）全長αＴＣＲ配列及び全長βＴＣＲ配列（Ｇ１０）
ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ Ａ＊０１：０１＿ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹに結合するＴＣＲの全長αＶＪ及び全長βＶ（Ｄ）Ｊ配列
Figure 2021508475
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（表１８）ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ Ａ＊０１：０１＿ＨＳＥＶＧＬＰＶＹに対し特異的なＴＣＲクロノタイプのＣＤＲ３配列
Figure 2021508475
Figure 2021508475
Figure 2021508475
（表１９）ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ Ａ＊０１：０１＿ＨＳＥＶＧＬＰＶＹに対し特異的な同定済みＴＣＲクロノタイプの、全長αＶ（Ｊ）及び全長βＶ（Ｄ）Ｊ配列
Figure 2021508475
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表A
配列表の配列番号１−１０２８４２を参照のこと。明確にするために、各ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的に一意の配列番号が割り当てられている。上記の各配列同定子は、標的タイプが、腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）またはがん/精巣抗原（ＣＴＡ）、及び制限ペプチドのアミノ酸配列であるかどうかに関係なく、表Ａの標的番号、ＨＬＡサブタイプ、制限されたペプチドに対応する遺伝子名、遺伝子アンサンブルＩＤに関連付けられている。例えば、配列番号：1は、表Aの標的1を参照している。表Ａの標的１は、ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的Ｃ＊１６：０１＿ＡＡＡＣＳＲＭＶＩ（ＡＢＣＢ５遺伝子（アンサンブルＩＤ ＥＮＳＧ０００００００４８４６、すなわちＴＡＡ）に対応する制限ペプチドＡＡＡＣＳＲＭＶＩ）を指す。
表Ａは、その全体が、２０１７年１２月２８日出願の米国特許仮出願第６２／６１１，４０３号に開示されており、該文献は、その全体が、本明細書において参照により援用されている。

Claims (177)

  1. ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）−ＰＥＰＴＩＤＥ標的に対し特異的に結合する単離された抗原結合タンパク質（ＡＢＰ）であって、前記ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的が、ＨＬＡクラスＩ分子と複合体を形成したＨＬＡ制限ペプチドを含み、前記ＨＬＡ制限ペプチドが、前記ＨＬＡクラスＩ分子のα１／α２ヘテロダイマー部分のペプチド結合溝に位置し、且つ
    ａ．前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＢ＊３５：０１であって、且つ前記ＨＬＡ制限ペプチドが、配列ＥＶＤＰＩＧＨＶＹを含むか、
    ｂ．前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＡ＊０２：０１であって、且つ前記ＨＬＡ制限ペプチドが、配列ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡを含むか、
    c．前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＡ＊０１：０１であって、且つ前記ＨＬＡ制限ペプチドが、配列ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹを含むか、または
    ｄ．前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＡ＊０１：０１であって、且つ前記ＨＬＡ制限ペプチドが、配列ＨＳＥＶＧＬＰＶＹを含む、
    前記単離されたＡＢＰ。
  2. 前記ＨＬＡ制限ペプチドが約５〜１５アミノ酸長である、請求項１に記載の単離されたＡＢＰ。
  3. 前記ＨＬＡ制限ペプチドが約８〜１２アミノ酸長である、請求項２に記載の単離されたＡＢＰ。
  4. ａ．前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＢ＊３５：０１であって、且つ前記ＨＬＡ制限ペプチドが、前記配列ＥＶＤＰＩＧＨＶＹからなるか、
    ｂ．前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＡ＊０２：０１であって、且つ前記ＨＬＡ制限ペプチドが、前記配列ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡからなるか、
    c．前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＡ＊０１：０１であって、且つ前記ＨＬＡ制限ペプチドが、前記配列ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹからなるか、または
    ｄ．前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＡ＊０１：０１であって、且つ前記ＨＬＡ制限ペプチドが、前記配列ＨＳＥＶＧＬＰＶＹからなる、
    請求項１〜３のいずれか１項に記載の単離されたＡＢＰ。
  5. 前記ＡＢＰが、抗体またはその抗原結合断片を含む、先行する請求項のいずれか１項に記載の単離されたＡＢＰ。
  6. 前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＢ＊３５：０１であって、且つ前記ＨＬＡ制限ペプチドが、前記配列ＥＶＤＰＩＧＨＶＹを含む、請求項５に記載の単離されたＡＢＰ。
  7. 前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＢ＊３５：０１であって、且つ前記ＨＬＡ制限ペプチドが、前記配列ＥＶＤＰＩＧＨＶＹからなる、請求項６に記載の単離されたＡＢＰ。
  8. 前記ＡＢＰが、以下：
    Figure 2021508475
    から選択される配列を含むＣＤＲ−Ｈ３を含む、請求項６または７に記載の単離されたＡＢＰ。
  9. 前記ＡＢＰが、以下：
    Figure 2021508475
    から選択される配列を含むＣＤＲ−Ｌ３を含む、請求項６〜８のいずれか１項に記載の単離されたＡＢＰ。
  10. 前記ＡＢＰが、Ｇ５_Ｐ７_Ｅ７、Ｇ５_Ｐ７_Ｂ３、Ｇ５_Ｐ７_Ａ５、Ｇ５_Ｐ７_Ｆ６、Ｇ５−Ｐ１Ｂ１２、Ｇ５−Ｐ１Ｃ１２、Ｇ５−Ｐ１−Ｅ０５、Ｇ５−Ｐ３Ｇ０１、Ｇ５−Ｐ３Ｇ０８、Ｇ５−Ｐ４Ｂ０２、Ｇ５−Ｐ４Ｅ０４、Ｇ５Ｒ４−Ｐ１Ｄ０６、Ｇ５Ｒ４−Ｐ１Ｈ１１、Ｇ５Ｒ４−Ｐ２Ｂ１０、Ｇ５Ｒ４−Ｐ２Ｈ８、Ｇ５Ｒ４−Ｐ３Ｇ０５、Ｇ５Ｒ４−Ｐ４Ａ０７、またはＧ５Ｒ４−Ｐ４Ｂ０１と称するｓｃＦｖからの前記ＣＤＲ−Ｈ３及び前記ＣＤＲ−Ｌ３を含む、請求項６〜９のいずれか１項に記載の単離されたＡＢＰ。
  11. 前記ＡＢＰが、Ｇ５_Ｐ７_Ｅ７、Ｇ５_Ｐ７_Ｂ３、Ｇ５_Ｐ７_Ａ５、Ｇ５_Ｐ７_Ｆ６、Ｇ５−Ｐ１Ｂ１２、Ｇ５−Ｐ１Ｃ１２、Ｇ５−Ｐ１−Ｅ０５、Ｇ５−Ｐ３Ｇ０１、Ｇ５−Ｐ３Ｇ０８、Ｇ５−Ｐ４Ｂ０２、Ｇ５−Ｐ４Ｅ０４、Ｇ５Ｒ４−Ｐ１Ｄ０６、Ｇ５Ｒ４−Ｐ１Ｈ１１、Ｇ５Ｒ４−Ｐ２Ｂ１０、Ｇ５Ｒ４−Ｐ２Ｈ８、Ｇ５Ｒ４−Ｐ３Ｇ０５、Ｇ５Ｒ４−Ｐ４Ａ０７、またはＧ５Ｒ４−Ｐ４Ｂ０１と称するｓｃＦｖからの３つ全ての重鎖ＣＤＲ及び３つ全ての軽鎖ＣＤＲを含む、請求項６〜１０のいずれか１項に記載の単離されたＡＢＰ。
  12. 前記ＡＢＰが、以下：
    Figure 2021508475
    Figure 2021508475
    から選択されるＶＨ配列を含む、請求項６〜１１のいずれか１項に記載の単離されたＡＢＰ。
  13. 前記ＡＢＰが、以下：
    Figure 2021508475
    Figure 2021508475
    から選択されるＶＬ配列を含む、請求項６〜１２のいずれか１項に記載の単離されたＡＢＰ。
  14. 前記ＡＢＰが、Ｇ５_Ｐ７_Ｅ７、Ｇ５_Ｐ７_Ｂ３、Ｇ５_Ｐ７_Ａ５、Ｇ５_Ｐ７_Ｆ６、Ｇ５−Ｐ１Ｂ１２、Ｇ５−Ｐ１Ｃ１２、Ｇ５−Ｐ１−Ｅ０５、Ｇ５−Ｐ３Ｇ０１、Ｇ５−Ｐ３Ｇ０８、Ｇ５−Ｐ４Ｂ０２、Ｇ５−Ｐ４Ｅ０４、Ｇ５Ｒ４−Ｐ１Ｄ０６、Ｇ５Ｒ４−Ｐ１Ｈ１１、Ｇ５Ｒ４−Ｐ２Ｂ１０、Ｇ５Ｒ４−Ｐ２Ｈ８、Ｇ５Ｒ４−Ｐ３Ｇ０５、Ｇ５Ｒ４−Ｐ４Ａ０７、及びＧ５Ｒ４−Ｐ４Ｂ０１と称するｓｃＦｖからの前記ＶＨ配列及び前記ＶＬ配列を含む、請求項６〜１３のいずれか１項に記載の単離されたＡＢＰ。
  15. 前記ＡＢＰが、前記制限ペプチドＥＶＤＰＩＧＨＶＹ上のアミノ酸２〜８位のいずれか１つ以上に結合する、請求項６〜１４のいずれか１項に記載の単離されたＡＢＰ。
  16. 前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＡ＊０２：０１であって、且つ前記ＨＬＡ制限ペプチドが、前記配列ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡを含む、請求項５に記載の単離されたＡＢＰ。
  17. 前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＡ＊０２：０１であって、且つ前記ＨＬＡ制限ペプチドが、前記配列ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡからなる、請求項１６に記載の単離されたＡＢＰ。
  18. 前記ＡＢＰが、以下：
    Figure 2021508475
    から選択される配列を含むＣＤＲ−Ｈ３を含む、請求項１６または１７に記載の単離されたＡＢＰ。
  19. 前記ＡＢＰが、以下：
    Figure 2021508475
    から選択される配列を含むＣＤＲ−Ｌ３を含む、請求項１６〜１８のいずれか１項に記載の単離されたＡＢＰ。
  20. 前記ＡＢＰが、Ｇ８−Ｐ１Ａ０３、Ｇ８−Ｐ１Ａ０４、Ｇ８−Ｐ１Ａ０６、Ｇ８−Ｐ１Ｂ０３、Ｇ８−Ｐ１Ｃ１１、Ｇ８−Ｐ１Ｄ０２、Ｇ８−Ｐ１Ｈ０８、Ｇ８−Ｐ２Ｂ０５、Ｇ８−Ｐ２Ｅ０６、Ｒ３Ｇ８−Ｐ２Ｃ１０、Ｒ３Ｇ８−Ｐ２Ｅ０４、Ｒ３Ｇ８−Ｐ４Ｆ０５、Ｒ３Ｇ８−Ｐ５Ｃ０３、Ｒ３Ｇ８−Ｐ５Ｆ０２、Ｒ３Ｇ８−Ｐ５Ｇ０８、Ｇ８−Ｐ１Ｃ０１、またはＧ８−Ｐ２Ｃ１１と称するｓｃＦｖからの前記ＣＤＲ−Ｈ３及び前記ＣＤＲ−Ｌ３を含む、請求項１６〜１９のいずれか１項に記載の単離されたＡＢＰ。
  21. 前記ＡＢＰが、Ｇ８−Ｐ１Ａ０３、Ｇ８−Ｐ１Ａ０４、Ｇ８−Ｐ１Ａ０６、Ｇ８−Ｐ１Ｂ０３、Ｇ８−Ｐ１Ｃ１１、Ｇ８−Ｐ１Ｄ０２、Ｇ８−Ｐ１Ｈ０８、Ｇ８−Ｐ２Ｂ０５、Ｇ８−Ｐ２Ｅ０６、Ｒ３Ｇ８−Ｐ２Ｃ１０、Ｒ３Ｇ８−Ｐ２Ｅ０４、Ｒ３Ｇ８−Ｐ４Ｆ０５、Ｒ３Ｇ８−Ｐ５Ｃ０３、Ｒ３Ｇ８−Ｐ５Ｆ０２、Ｒ３Ｇ８−Ｐ５Ｇ０８、Ｇ８−Ｐ１Ｃ０１、またはＧ８−Ｐ２Ｃ１１と称するｓｃＦｖからの３つ全ての重鎖ＣＤＲ及び３つ全ての軽鎖ＣＤＲを含む、請求項１６〜２０のいずれか１項に記載の単離されたＡＢＰ。
  22. 前記ＡＢＰが、以下：
    Figure 2021508475
    Figure 2021508475
    から選択されるＶＨ配列を含む、請求項１６〜２１のいずれか１項に記載の単離されたＡＢＰ。
  23. 前記ＡＢＰが、以下：
    Figure 2021508475
    Figure 2021508475
    から選択されるＶＬ配列を含む、請求項１６〜２２のいずれか１項に記載の単離されたＡＢＰ。
  24. 前記ＡＢＰが、Ｇ８−Ｐ１Ａ０３、Ｇ８−Ｐ１Ａ０４、Ｇ８−Ｐ１Ａ０６、Ｇ８−Ｐ１Ｂ０３、Ｇ８−Ｐ１Ｃ１１、Ｇ８−Ｐ１Ｄ０２、Ｇ８−Ｐ１Ｈ０８、Ｇ８−Ｐ２Ｂ０５、Ｇ８−Ｐ２Ｅ０６、Ｒ３Ｇ８−Ｐ２Ｃ１０、Ｒ３Ｇ８−Ｐ２Ｅ０４、Ｒ３Ｇ８−Ｐ４Ｆ０５、Ｒ３Ｇ８−Ｐ５Ｃ０３、Ｒ３Ｇ８−Ｐ５Ｆ０２、Ｒ３Ｇ８−Ｐ５Ｇ０８、Ｇ８−Ｐ１Ｃ０１、またはＧ８−Ｐ２Ｃ１１と称するｓｃＦｖからの前記ＶＨ配列及び前記ＶＬ配列を含む、請求項１６〜２３のいずれか１項に記載の単離されたＡＢＰ。
  25. 前記ＡＢＰが、前記制限ペプチドＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡのアミノ酸位置１〜５のいずれか１つ以上に結合する、請求項１６〜２４のいずれか１項に記載の単離されたＡＢＰ。
  26. 前記ＡＢＰが、前記制限ペプチドＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡのアミノ酸４位及び５位の一方または両方に結合する、請求項２５に記載の単離されたＡＢＰ。
  27. 前記ＡＢＰが、ＨＬＡサブタイプＡ＊０２：０１のアミノ酸４５位〜６０位のいずれか１つ以上に結合する、請求項１６〜２６のいずれか１項に記載の単離されたＡＢＰ。
  28. 前記ＡＢＰが、ＨＬＡサブタイプＡ＊０２：０１のアミノ酸５６位、５９位、６０位、６３位、６４位、６６位、６７位、７０位、７３位、７４位、１３２位、１５０〜１５３位、１５５位、１５６位、１５８〜１６０位、１６２〜１６４位、１６６〜１６８位、１７０位、及び１７１位のいずれか１つ以上に結合する、請求項１６〜２７のいずれか１項に記載の単離されたＡＢＰ。
  29. 前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＡ＊０１：０１であって、且つ前記ＨＬＡ制限ペプチドが、前記配列ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹを含む、請求項５に記載の単離されたＡＢＰ。
  30. 前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＡ＊０１：０１であって、且つ前記ＨＬＡ制限ペプチドが、前記配列ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹからなる、請求項２９に記載の単離されたＡＢＰ。
  31. 前記ＡＢＰが、以下：
    Figure 2021508475
    から選択される配列を含むＣＤＲ−Ｈ３を含む、請求項２９または３０に記載の単離されたＡＢＰ。
  32. 前記ＡＢＰが、以下：
    Figure 2021508475
    から選択される配列を含むＣＤＲ−Ｌ３を含む、請求項２９〜３１のいずれか１項に記載の単離されたＡＢＰ。
  33. 前記ＡＢＰが、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ａ０７、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ｂ０７、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ｅ１２、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ｆ０６、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ｈ０１、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ｈ０８、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ２Ｃ０４、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ２Ｇ１１、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ３Ｅ０４、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ａ０２、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｃ０５、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｄ０４、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｄ１０、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｅ０７、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｅ１２、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｇ０６、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ５Ａ０８、またはＲ３Ｇ１０−Ｐ５Ｃ０８と称するｓｃＦｖからの前記ＣＤＲ−Ｈ３及び前記ＣＤＲ−Ｌ３を含む、請求項２９〜３２のいずれか１項に記載の単離されたＡＢＰ。
  34. 前記ＡＢＰが、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ａ０７、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ｂ０７、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ｅ１２、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ｆ０６、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ｈ０１、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ｈ０８、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ２Ｃ０４、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ２Ｇ１１、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ３Ｅ０４、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ａ０２、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｃ０５、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｄ０４、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｄ１０、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｅ０７、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｅ１２、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｇ０６、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ５Ａ０８、またはＲ３Ｇ１０−Ｐ５Ｃ０８と称するｓｃＦｖからの３つ全ての重鎖ＣＤＲ及び３つ全ての軽鎖ＣＤＲを含む、請求項２９〜３３のいずれか１項に記載の単離されたＡＢＰ。
  35. 前記ＡＢＰが、以下：
    Figure 2021508475
    Figure 2021508475
    から選択されるＶＨ配列を含む、請求項２９〜３４のいずれか１項に記載の単離されたＡＢＰ。
  36. 前記ＡＢＰが、以下：
    Figure 2021508475
    Figure 2021508475
    から選択されるＶＬ配列を含む、請求項２９〜３５のいずれか１項に記載の単離されたＡＢＰ。
  37. 前記ＡＢＰが、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ａ０７、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ｂ０７、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ｅ１２、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ｆ０６、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ｈ０１、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ１Ｈ０８、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ２Ｃ０４、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ２Ｇ１１、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ３Ｅ０４、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ａ０２、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｃ０５、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｄ０４、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｄ１０、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｅ０７、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｅ１２、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ４Ｇ０６、Ｒ３Ｇ１０−Ｐ５Ａ０８、またはＲ３Ｇ１０−Ｐ５Ｃ０８と称するｓｃＦｖからの前記ＶＨ配列及び前記ＶＬ配列を含む、請求項２９〜３６のいずれか１項に記載の単離されたＡＢＰ。
  38. 前記ＡＢＰが、前記制限ペプチドＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹのアミノ酸４位、６位、及び７位のいずれか１つ以上に結合する、請求項２９〜３７のいずれか１項に記載の単離されたＡＢＰ。
  39. 前記ＡＢＰが、ＨＬＡサブタイプＡ＊０１：０１のアミノ酸４９〜５６位のいずれか１つ以上に結合する、請求項２９〜３８のいずれか１項に記載の単離されたＡＢＰ。
  40. ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）−ＰＥＰＴＩＤＥ標的に対し特異的に結合する単離された抗原結合タンパク質（ＡＢＰ）であって、前記ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的が、ＨＬＡクラスＩ分子と複合体を形成したＨＬＡ制限ペプチドを含み、前記ＨＬＡ制限ペプチドが、前記ＨＬＡクラスＩ分子のα１／α２ヘテロダイマー部分のペプチド結合溝に位置し、且つ前記ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的が表Ａから選択される、前記単離されたＡＢＰ。
  41. 前記ＨＬＡ制限ペプチドが約５〜１５アミノ酸長である、請求項４０に記載の単離されたＡＢＰ。
  42. 前記ＨＬＡ制限ペプチドが約８〜１２アミノ酸長である、請求項４１に記載の単離されたＡＢＰ。
  43. 前記ＡＢＰが、抗体またはその抗原結合断片を含む、請求項４０〜４２のいずれか１項に記載の単離されたＡＢＰ。
  44. 前記抗原結合タンパク質が足場に連結され、任意で、前記足場が血清アルブミンまたはＦｃを含み、任意で、ＦｃがヒトＦｃであり、且つＩｇＧ（ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４）、ＩｇＡ（ＩｇＡ１、ＩｇＡ２）、ＩｇＤ、ＩｇＥ、またはＩｇＭアイソタイプＦｃである、前記請求項のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質。
  45. 前記抗原結合タンパク質がリンカーを介して足場に連結され、任意で、前記リンカーはペプチドリンカーであり、任意で、前記ペプチドリンカーはヒト抗体のヒンジ領域である、前記請求項のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質。
  46. Ｆｖ断片、Ｆａｂ断片、Ｆ（ａｂ’）２断片、Ｆａｂ’断片、ｓｃＦｖ断片、ｓｃＦｖ−Ｆｃ断片、及び／または単一ドメイン抗体もしくはその抗原結合断片を含む、前記請求項のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質。
  47. ｓｃＦｖ断片を含む、前記請求項のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質。
  48. １つ以上の抗体相補性決定領域（ＣＤＲ）、任意で、６つの抗体ＣＤＲを含む、前記請求項のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質。
  49. 抗体を含む、前記請求項のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質。
  50. モノクローナル抗体である、前記請求項のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質。
  51. ヒト化抗体、ヒト抗体、またはキメラ抗体である、前記請求項のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質。
  52. 多重特異性を有し、任意で二重特異性を有する、前記請求項のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質。
  53. 単一の抗原上の複数の抗原または複数のエピトープに結合する、前記請求項のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質。
  54. ＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、及びＩｇＭから選択されるクラスの重鎖定常領域を備える、前記請求項のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質。
  55. ヒトＩｇＧクラスならびにＩｇＧ１、ＩｇＧ４、ＩｇＧ２、及びＩｇＧ３から選択されるサブクラスの重鎖定常領域を備える、前記請求項のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質。
  56. 半減期を延長させる修飾を含む、前記請求項のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質。
  57. 前記抗原結合タンパク質が、修飾されたＦｃを含み、任意で、前記修飾されたＦｃが、半減期を延長させる１つ以上の変異を含み、任意で、半減期を延長させる１つ以上の前記変異がＹＴＥである、前記請求項のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質。
  58. 前記ＡＢＰが、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）またはその抗原結合部分を備える、先行する請求項のいずれか１項に記載の単離されたＡＢＰ。
  59. 前記ＴＣＲまたはその抗原結合部分が、ＴＣＲ可変領域を備える、請求項５８に記載の抗原結合タンパク質。
  60. 前記ＴＣＲまたはその抗原結合部分が、１つ以上のＴＣＲ相補性決定領域（ＣＤＲ）を含む、請求項５８または５９に記載の抗原結合タンパク質。
  61. 前記ＴＣＲが、α鎖とβ鎖とを含む、請求項５８〜６０のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質。
  62. 前記ＴＣＲが、γ鎖とδ鎖とを含む、請求項５８〜６１のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質。
  63. 前記抗原結合タンパク質が、抗原結合タンパク質を含む細胞外部分と細胞内シグナル伝達ドメインとを備えるキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）の一部である、前記請求項のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質。
  64. 前記抗原結合タンパク質がｓｃＦｖを含み、細胞内シグナル伝達ドメインがＩＴＡＭを含む、請求項６３に記載の抗原結合タンパク質。
  65. 前記細胞内シグナル伝達ドメインが、ＣＤ３-ζ（ＣＤ３）鎖のζ鎖のシグナル伝達ドメインを備える、請求項６３または６４に記載の抗原結合タンパク質。
  66. 前記細胞外ドメインと前記細胞内シグナル伝達ドメインとを連結する膜貫通ドメインを更に含む、請求項６３〜６５のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質。
  67. 前記膜貫通ドメインが、ＣＤ２８の膜貫通部分を備える、請求項６６に記載の抗原結合タンパク質。
  68. Ｔ細胞共刺激分子の細胞内シグナル伝達ドメインを更に含む、請求項６３〜６７のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質。
  69. 前記Ｔ細胞共刺激分子が、ＣＤ２８、４−１ＢＢ、ＯＸ−４０、ＩＣＯＳ、またはそれらの任意の組み合わせである、請求項６８に記載の抗原結合タンパク質。
  70. 前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＡ＊０１：０１であって、且つ前記ＨＬＡ制限ペプチドが、前記配列ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹを含む、請求項５８〜６９のいずれか１項に記載の単離されたＡＢＰ。
  71. 前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＡ＊０１：０１であって、且つ前記ＨＬＡ制限ペプチドが、前記配列ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹからなる、請求項７０に記載の単離されたＡＢＰ。
  72. 前記ＡＢＰが、表１５から選択されるＴＣＲαＣＤＲ３配列を含む、請求項７０または７１に記載の単離されたＡＢＰ。
  73. 前記ＡＢＰが、表１５から選択されるＴＣＲβＣＤＲ３配列を含む、請求項７０〜７２のいずれか１項に記載の単離されたＡＢＰ。
  74. 前記ＡＢＰが、ＴＣＲクロノタイプＩＤ＃：１〜３４４のいずれか１つからのαＣＤＲ３及びβＣＤＲ３配列を含む、請求項７０〜７３のいずれか１項に記載の単離されたＡＢＰ。
  75. 前記ＡＢＰが、ＴＣＲα可変（ＴＲＡＶ）アミノ酸配列、ＴＣＲα結合（ＴＲＡＪ）アミノ酸配列、ＴＣＲβ可変（ＴＲＢＶ）アミノ酸配列、ＴＣＲβ多様性（ＴＲＢＤ）アミノ酸配列、及びＴＣＲβ結合（ＴＲＢＪ）アミノ酸配列を含み、前記ＴＲＡＶ、ＴＲＡＪ、ＴＲＢＶ、ＴＲＢＤ及びＴＲＢＪアミノ酸配列の各々が、ＴＣＲクロノタイプＩＤ＃：１〜３４４から選択されるＴＣＲクロノタイプのいずれか１つの前記対応するＴＲＡＶ、ＴＲＡＪ、ＴＲＢＶ、ＴＲＢＤ、及びＴＲＢＪアミノ酸配列に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である、請求項７０〜７４のいずれか１項に記載の単離されたＡＢＰ。
  76. 前記ＡＢＰが、ＴＣＲα定常（ＴＲＡＣ）アミノ酸配列を含む、請求項７０〜７５のいずれか１項に記載の単離されたＡＢＰ。
  77. 前記ＡＢＰが、ＴＣＲβ定常（ＴＲＢＣ）アミノ酸配列を含む、請求項７０〜７６のいずれか１項に記載の単離されたＡＢＰ。
  78. 前記ＡＢＰが、表１６から選択されるαＶＪ配列に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するＴＣＲαＶＪ配列を含む、請求項７０〜７７のいずれか１項に記載の単離されたＡＢＰ。
  79. 前記ＡＢＰが、表１６から選択されるβＶ（Ｄ）Ｊ配列に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するＴＣＲβＶ（Ｄ）Ｊ配列を含む、請求項７０〜７８のいずれか１項に記載の単離されたＡＢＰ。
  80. 前記ＡＢＰが、ＴＣＲαＶＪアミノ酸配列とＴＣＲβＶ（Ｄ）Ｊアミノ酸配列とを含み、前記ＴＣＲαＶＪ及び前記ＴＣＲβＶ（Ｄ）Ｊアミノ酸配列の各々が、ＴＣＲクロノタイプＩＤ＃：１〜３４４から選択されるＴＣＲクロノタイプのいずれか１つの前記対応するＴＣＲαＶＪ及びＴＣＲβＶ（Ｄ）Ｊアミノ酸配列に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一である、請求項７０〜７９のいずれか１項に記載の単離されたＡＢＰ。
  81. 前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＡ＊０１：０１であって、且つ前記ＨＬＡ制限ペプチドが、配列ＨＳＥＶＧＬＰＶＹを含む、請求項５８〜６９のいずれか１項に記載の単離されたＡＢＰ。
  82. 前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＡ＊０１：０１であって、且つ前記ＨＬＡ制限ペプチドが、前記配列ＨＳＥＶＧＬＰＶＹからなる、請求項８１に記載の単離されたＡＢＰ。
  83. 前記ＡＢＰが、表１８から選択されるＴＣＲαＣＤＲ３配列を含む、請求項８１または８２に記載の単離されたＡＢＰ。
  84. 前記ＡＢＰが、表１８から選択されるＴＣＲβＣＤＲ３配列を含む、請求項８１〜８３のいずれか１項に記載の単離されたＡＢＰ。
  85. 前記ＡＢＰが、ＴＣＲクロノタイプＩＤ＃：３４５〜４４７のいずれか１つからのαＣＤＲ３及びβＣＤＲ３配列を含む、請求項８１〜８４のいずれか１項に記載の単離されたＡＢＰ。
  86. 前記ＡＢＰが、ＴＣＲα可変（ＴＲＡＶ）アミノ酸配列、ＴＣＲα結合（ＴＲＡＪ）アミノ酸配列、ＴＣＲβ可変（ＴＲＢＶ）アミノ酸配列、ＴＣＲβ多様性（ＴＲＢＤ）アミノ酸配列、及びＴＣＲβ結合（ＴＲＢＪ）アミノ酸配列を含み、且つＴＲＡＶ、ＴＲＡＪ、ＴＲＢＶ、ＴＲＢＤ、及びＴＲＢＪアミノ酸配列の各々が、ＴＣＲクロノタイプＩＤ＃：３４５〜４４７から選択されるＴＣＲクロノタイプのいずれか１つの前記対応するＴＲＡＶ、ＴＲＡＪ、ＴＲＢＶ、ＴＲＢＤ、及びＴＲＢＪアミノ酸配列に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である、請求項８１〜８５のいずれか１項に記載の単離されたＡＢＰ。
  87. 前記ＡＢＰが、ＴＣＲα定常（ＴＲＡＣ）アミノ酸配列を含む、請求項８１〜８６のいずれか１項に記載の単離されたＡＢＰ。
  88. 前記ＡＢＰが、ＴＣＲβ定常（ＴＲＢＣ）アミノ酸配列を含む、請求項８１〜８７のいずれか１項に記載の単離されたＡＢＰ。
  89. 前記ＡＢＰが、表１９から選択されるαＶＪ配列に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するＴＣＲαＶＪ配列を含む、請求項８１〜８８のいずれか１項に記載の単離されたＡＢＰ。
  90. 前記ＡＢＰが、表１９から選択されるβＶ（Ｄ）Ｊ配列に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有するＴＣＲβＶ（Ｄ）Ｊ配列を含む、請求項８１〜８９のいずれか１項に記載の単離されたＡＢＰ。
  91. 前記ＡＢＰが、ＴＣＲαＶＪアミノ酸配列とＴＣＲβＶ（Ｄ）Ｊアミノ酸配列とを含み、前記ＴＣＲαＶＪ及び前記ＴＣＲβＶ（Ｄ）Ｊアミノ酸配列の各々が、ＴＣＲクロノタイプＩＤ＃：３４５〜４４７から選択されるＴＣＲクロノタイプのいずれか１つの前記対応するＴＣＲαＶＪ及びＴＣＲβＶ（Ｄ）Ｊアミノ酸配列に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一である、請求項８１〜９０のいずれか１項に記載の単離されたＡＢＰ。
  92. 単離されたＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的であって、前記ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的が、ＨＬＡクラスＩ分子と複合体を形成したＨＬＡ制限ペプチドを含み、前記ＨＬＡ制限ペプチドが、前記ＨＬＡクラスＩ分子のα１／α２ヘテロダイマー部分のペプチド結合溝に位置し、且つ前記ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的が表Ａから選択される、前記単離されたＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的。
  93. ａ．前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＢ＊３５：０１であって、且つ前記ＨＬＡ制限ペプチドが、配列ＥＶＤＰＩＧＨＶＹを含むか、
    ｂ．前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＡ＊０２：０１であって、且つ前記ＨＬＡ制限ペプチドが、配列ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡを含むか、または
    前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＡ＊０１：０１であって、且つ前記ＨＬＡ制限ペプチドが、配列ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹを含む、
    請求項９２に記載の単離されたＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的。
  94. ａ．前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＢ＊３５：０１であって、且つ前記ＨＬＡ制限ペプチドが、前記配列ＥＶＤＰＩＧＨＶＹからなるか、
    ｂ．前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＡ＊０２：０１であって、且つ前記ＨＬＡ制限ペプチドが、前記配列ＡＩＦＰＧＡＶＰＡＡからなるか、または
    ｃ．前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡサブタイプＡ＊０１：０１であって、且つ前記ＨＬＡ制限ペプチドが、前記配列ＡＳＳＬＰＴＴＭＮＹからなる、
    請求項９３に記載の単離されたＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的。
  95. 前記ＨＬＡ制限ペプチドが約５〜１５アミノ酸長である、請求項９２〜９４のいずれか１項に記載の単離されたＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的。
  96. 前記ＨＬＡ制限ペプチドが約８〜１２アミノ酸長である、請求項９２〜９５のいずれか１項に記載の単離されたＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的。
  97. 前記ＨＬＡサブタイプと前記制限ペプチドとの会合が、前記ＨＬＡサブタイプのβ２マイクログロブリンサブユニットと前記ＨＬＡサブタイプのαサブユニットとの非共有結合的会合を安定化させる、請求項９２〜９６のいずれか１項に記載の単離されたＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的。
  98. 前記ＨＬＡサブタイプの前記β２マイクログロブリンサブユニットと前記ＨＬＡサブタイプの前記αサブユニットとの安定化された会合が、条件付きペプチド交換によって実証される、請求項９７に記載の単離されたＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的。
  99. 親和性タグを更に含む、先行する請求項のいずれか１項に記載の単離されたＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的。
  100. 前記親和性タグがビオチンタグである、請求項９９に記載の単離されたＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的。
  101. 検出可能標識と複合体を形成している、前記請求項のいずれか１項に記載の単離されたＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的。
  102. 前記検出可能標識が、β２マイクログロブリン結合分子を含む、請求項１０１に記載の単離されたＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的。
  103. 前記β２マイクログロブリン結合分子が、標識抗体である、請求項１０２に記載の単離されたＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的。
  104. 前記標識抗体が蛍光色素標識抗体である、請求項１０３に記載の単離されたＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的。
  105. 固体支持体に付着した、先行する請求項のいずれか１項に記載のＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的を含む、組成物。
  106. 前記固体支持体が、ビーズ、ウェル、膜、チューブ、カラム、プレート、セファロース、磁気ビーズ、またはチップを含む、請求項１０５に記載の組成物。
  107. 前記ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的が、親和性結合対の第１のメンバーを含み、前記固体支持体が、前記親和性結合対の第２のメンバーを含む、請求項１０５または１０６に記載の組成物。
  108. 前記第１のメンバーがストレプトアビジンであり、前記第２のメンバーがビオチンである、請求項１０７に記載の組成物。
  109. ａ．表Ａに記載されているＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的からのＨＬＡサブタイプの単離及び精製済みαサブユニットと、
    ａ．前記ＨＬＡサブタイプの単離及び精製済みβ２−マイクログロブリンサブユニットと、
    ｂ．表Ａに記載されている前記ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的から単離され且つ精製された制限ペプチドと、
    ｃ．反応バッファーと
    を含む反応混合物。
  110. ａ．先行する請求項のいずれか１項に記載の単離されたＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的と、
    ｂ．ヒト対象から単離された複数のＴ細胞と
    を含む反応混合物。
  111. 前記Ｔ細胞がＣＤ８＋Ｔ細胞である、請求項１１０に記載の反応混合物。
  112. 請求項９２〜９４のいずれか１項に定義されているＨＬＡ制限ペプチドをコードする第１の核酸配列であってプロモーターに作動可能に連結された前記第１の核酸配列と、
    請求項９２〜９４のいずれか１項に定義されているＨＬＡサブタイプをコードする第２の核酸配列と
    を含む、単離されたポリヌクレオチドであって、前記第２の核酸が、前記第１の核酸配列と同じまたは異なる前記プロモーターに作動可能に連結されており、且つ前記コードされたペプチド及びコードされたＨＬＡサブタイプが、請求項９２〜９４のいずれか１項に定義されているＨＬＡ／ペプチド複合体を形成する、前記単離されたポリヌクレオチド。
  113. 安定したＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的を発現するためのキットであって、
    プロモーターに作動可能に連結されている、請求項９２〜９４のいずれか１項に定義されているＨＬＡ制限ペプチドをコードする第１の核酸配列を含む第１のコンストラクトと、
    安定したＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ複合体を発現させる際に使用する説明書と
    を備える、前記キット。
  114. 前記第１のコンストラクトが、請求項９２〜９４のいずれか１項に定義されているＨＬＡサブタイプをコードする第２の核酸配列を更に含む、請求項１１３に記載のキット。
  115. 前記第２の核酸配列が、同じプロモーターまたは異なるプロモーターに作動可能に連結されている、請求項１１４に記載のキット。
  116. 請求項９２〜９４のいずれか１項に定義されているＨＬＡサブタイプをコードする第２の核酸配列を含む第２のコンストラクトを更に備える、請求項１１３に記載のキット。
  117. 前記第１及び第２のコンストラクトの一方または両方がレンチウイルスベクターコンストラクトである、請求項１１３〜１１６のいずれか１項に記載のキット。
  118. 請求項９２〜９４のいずれか１項に記載の異種ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的を備える、宿主細胞。
  119. 表Ａ中の標的のいずれか１つによって定義されているＨＬＡサブタイプを発現する、宿主細胞。
  120. 表Ａに記載のＨＬＡ制限ペプチドをコードするポリヌクレオチド、例えば、請求項９２〜９４のいずれか１項に記載のＨＬＡ制限ペプチドをコードするポリヌクレオチド、を含む、宿主細胞。
  121. 内因性ＭＨＣを含まない、請求項１２０に記載の宿主細胞。
  122. 外因性ＨＬＡを含む、請求項１２１に記載の宿主細胞。
  123. Ｋ５６２またはＡ３７５細胞である、請求項１２２に記載の宿主細胞。
  124. 腫瘍細胞株由来の培養細胞である、先行する請求項のいずれか１項に記載の宿主細胞。
  125. 前記腫瘍細胞株が、表Ａ中の標的のいずれか１つによって定義されているＨＬＡサブタイプを発現する、請求項１２４に記載の宿主細胞。
  126. 前記腫瘍細胞株が、ＨＣＣ−１５９９、ＮＣＩ−Ｈ５１０Ａ、Ａ３７５、ＬＮ２２９、ＮＣＩ−Ｈ３５８、ＺＲ−７５−１、ＭＳ７５１、ＯＥ１９、ＭＯＲ、ＢＶ１７３、ＭＣＦ−７、ＮＣＩ−Ｈ８２、Ｃｏｌｏ８２９、及びＮＣＩ−Ｈ１４６からなる群から選択される、請求項１２４に記載の宿主細胞。
  127. ａ．先行する請求項のいずれか１項に記載の宿主細胞と、
    ｂ．細胞培養培地と
    を備える、細胞培養システム。
  128. 前記宿主細胞が、表Ａ中の標的のいずれか１つによって定義されているＨＬＡサブタイプを発現し、且つ前記細胞培養培地が、表Ａ中の前記標的によって定義されている制限ペプチドを含む、請求項１２７に記載の細胞培養システム。
  129. 前記宿主細胞が、外因性ＨＬＡを含むＫ５６２細胞であり、前記外因性ＨＬＡが、表Ａ中の前記標的のいずれか１つによって定義されているＨＬＡサブタイプであり、且つ前記細胞培養培地が、表Ａ中の前記標的によって定義されている制限ペプチドを含む、請求項１２７に記載の宿主細胞。
  130. 前記抗原結合タンパク質が、前記ＨＬＡクラスＩ分子との接触点を介して、及び前記ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的の前記ＨＬＡ制限ペプチドとの接触点を介して、前記ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的に結合する、前記請求項のいずれか１項に記載のＡＢＰ。
  131. 前記制限ペプチドもしくはＨＬＡサブタイプ上の前記アミノ酸位置に対する、または前記接触点に対する前記ＡＢＰの結合が、位置走査、水素−重水素交換またはタンパク質結晶構造解析によって判別される、請求項１２、２５、２７、３８、３９、または１３０のいずれか１項に記載のＡＢＰ。
  132. 医薬として使用するための、前記請求項のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質。
  133. がんの治療に使用するための前記請求項のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質であって、任意で、前記がんがＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的を発現するかまたは発現すると予測される、前記抗原結合タンパク質。
  134. がんの治療に使用するための前記請求項のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質であって、前記がんが固形腫瘍及び血液腫瘍から選択される、前記抗原結合タンパク質。
  135. 先行する請求項のいずれか１項に記載のＡＢＰの、保存的に修飾された変異体である、ＡＢＰ。
  136. 前記請求項のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質との結合について競合する、抗原結合タンパク質（ＡＢＰ）。
  137. 前記請求項のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質が結合したのと同じＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥエピトープに結合する、抗原結合タンパク質（ＡＢＰ）。
  138. 先行する請求項のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質を含む受容体を発現する、操作された細胞。
  139. Ｔ細胞、任意で細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）である、請求項１３８に記載の操作された細胞。
  140. 前記抗原結合タンパク質が、異種プロモーターから発現される、請求項１３８または１３９に記載の操作された細胞。
  141. 前記請求項のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質またはその抗原結合部分をコードする、単離されたポリヌクレオチドまたは一連のポリヌクレオチド。
  142. 前記請求項のいずれか１項に記載のＨＬＡ／ペプチド標的をコードする、単離されたポリヌクレオチドまたは一連のポリヌクレオチド。
  143. 請求項１４１または１４２に記載のポリヌクレオチドまたは一連のポリヌクレオチドを含む、ベクターまたは一連のベクター。
  144. 先行する請求項のいずれか１項に記載のポリヌクレオチドもしくは一連のポリヌクレオチドまたは請求項１４３に記載のベクターもしくは一連のベクターを含む宿主細胞であって、任意で前記宿主細胞がＣＨＯもしくはＨＥＫ２９３であるか、または任意で前記宿主細胞がＴ細胞である、前記宿主細胞。
  145. 抗原結合タンパク質を製造する方法であって、請求項１４４に記載の宿主細胞を用いて前記抗原結合タンパク質を発現させることと、前記発現された抗原結合タンパク質を単離することとを含む、前記方法。
  146. 先行する請求項のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質と、薬学的に許容される賦形剤とを含む、医薬組成物。
  147. 対象におけるがんを治療する方法であって、有効量の先行する請求項のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質または請求項１４６に記載の医薬組成物を前記対象に投与することを含み、任意で、前記がんが固形腫瘍及び血液腫瘍から選択される、前記方法。
  148. 前記がんがＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的を発現するか、または発現すると予測される、請求項１４７に記載の方法。
  149. 先行する請求項のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質または請求項１４６に記載の医薬組成物と、使用説明書とを含む、キット。
  150. 少なくとも１つの請求項９２に記載のＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的と、アジュバントとを含む、組成物。
  151. 少なくとも１つの請求項９２に記載のＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的と、薬学的に許容される賦形剤とを含む、組成物。
  152. 表Ａに開示されている少なくとも１つのＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的のポリペプチドを含むアミノ酸配列を含む組成物であって、任意で、前記アミノ酸配列が、前記ポリペプチドから本質的になるかまたは前記ポリペプチドからなる、前記組成物。
  153. 先行する請求項のいずれか１項に記載の単離されたポリヌクレオチドまたは一連のポリヌクレオチドを含む、ウイルス。
  154. 繊維状ファージである、請求項１５３に記載のウイルス。
  155. 先行する請求項のいずれか１項に記載の単離されたポリヌクレオチドまたは一連のポリヌクレオチドを含む、酵母細胞。
  156. 先行する請求項のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質を同定する方法であって、表Ａにリストされている少なくとも１つのＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的を提供することと、前記少なくとも１つの標的を前記抗原結合タンパク質に結合させることとを含み、それによって前記抗原結合タンパク質を同定する、前記方法。
  157. 前記抗原結合タンパク質が、複数の個別の抗原結合タンパク質を含むファージディスプレイライブラリー内に存在する、請求項１５６に記載の方法。
  158. 前記ファージディスプレイライブラリーが、前記ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的の前記ＨＬＡに非特異的に結合する抗原結合タンパク質を実質的に含まない、請求項１５７に記載の方法。
  159. 前記抗原結合タンパク質が、複数の個別のＴＣＲまたはその抗原結合断片を含むＴＣＲライブラリー内に存在する、請求項１５６に記載の方法。
  160. 前記結合工程が１回超、任意で少なくとも３回、実行される、請求項１５６〜１５９のいずれか１項に記載の方法。
  161. 前記抗原結合タンパク質を前記ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的とは異なる１つ以上のペプチド−ＨＬＡ複合体と接触させて、前記抗原結合タンパク質が前記ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的に選択的に結合するかどうかを決定することを更に含み、
    任意で、選択性が、前記抗原結合タンパク質の可溶性標的ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ複合体への結合親和性を標的複合体とは異なる可溶性ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ複合体への結合親和性に対して測定することにより決定され、
    任意で、選択性が、前記抗原結合タンパク質の１つ以上の細胞の表面で発現される標的ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ複合体への結合親和性を１つ以上の細胞の表面で発現される標的複合体とは異なるＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ複合体に対して測定することにより決定される、
    請求項１５６〜１６０のいずれか一項に記載の方法。
  162. 先行する請求項のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質を同定する方法であって、
    表Ａにリストされている少なくとも１つのＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的を得ることと、任意で、アジュバントと組み合わせて、前記ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的を対象に投与することと、
    前記抗原結合タンパク質を前記対象から単離することと
    を含む、前記方法。
  163. 前記抗原結合タンパク質を単離することが、前記対象の血清をスクリーニングして前記抗原結合タンパク質を同定することを含む、請求項１６２に記載の方法。
  164. 前記抗原結合タンパク質を前記ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的とは異なる１つ以上のペプチド−ＨＬＡ複合体と接触させて、前記抗原結合タンパク質が前記ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的に選択的に結合するかどうかを決定することを更に含み、
    任意で、選択性が、前記抗原結合タンパク質の可溶性標的ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ複合体への結合親和性を標的複合体とは異なる可溶性ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ複合体への結合親和性に対して測定することにより決定され、
    任意で、選択性が、前記抗原結合タンパク質の１つ以上の細胞の表面で発現される標的ＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ複合体への結合親和性を１つ以上の細胞の表面で発現される標的複合体とは異なるＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ複合体に対して測定することにより決定される、
    請求項１６２に記載の方法。
  165. 前記対象がマウス、ウサギまたはラマである、請求項１６２に記載の方法。
  166. 前記抗原結合タンパク質を単離することが、前記抗原結合タンパク質を発現する前記対象からＢ細胞を単離することと、任意で、前記単離されたＢ細胞から前記抗原結合タンパク質をコードする配列を直接的にクローニングすることとを含む、請求項１６２に記載の方法。
  167. 前記Ｂ細胞を使用してハイブリドーマを作製することを更に含む、請求項１６６に記載の方法。
  168. 前記Ｂ細胞からＣＤＲをクローニングすることを更に含む、請求項１６６に記載の方法。
  169. 前記Ｂ細胞を、任意でＥＢＶ形質転換を介して、不死化することを更に含む、請求項１６６に記載の方法。
  170. 前記Ｂ細胞の前記抗原結合タンパク質を含むライブラリーを作製することを更に含み、任意で、前記ライブラリーがファージディスプレイまたは酵母ディスプレイである、請求項１６６に記載の方法。
  171. 前記抗原結合タンパク質をヒト化することを更に含む、請求項１６２に記載の方法。
  172. 先行する請求項のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質を同定する方法であって、
    前記抗原結合タンパク質を含む細胞を得ることと、
    前記細胞を、表Ａにリストされている少なくとも１つのＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的を含むＨＬＡ多量体と接触させることと、
    前記ＨＬＡ多量体と前記抗原結合タンパク質の間の結合を介して前記抗原結合タンパク質を同定することと
    を含む、前記方法。
  173. 先行する請求項のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質を同定する方法であって、
    前記抗原結合タンパク質を含む１つ以上の細胞を得ることと、
    天然または人工の抗原提示細胞（ＡＰＣ）に提示された、表Ａにリストされている少なくとも１つのＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的で、前記１つ以上の細胞を活性化することと、
    表Ａにリストされている少なくとも１つのＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的との相互作用によって活性化された１つ以上の細胞の選択によって前記抗原結合タンパク質を同定することと
    を含む、前記方法。
  174. 前記細胞がＴ細胞、任意でＣＴＬである、請求項１７２または１７３に記載の方法。
  175. 前記細胞を、任意でフローサイトメトリー、磁気分離または単一細胞分離を使用して、単離することを更に含む、請求項１７２または１７３に記載の方法。
  176. 前記抗原結合タンパク質を配列決定することを更に含む、請求項１７５に記載の方法。
  177. 先行する請求項のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質を同定する方法であって、表Ａにリストされている少なくとも１つのＨＬＡ−ＰＥＰＴＩＤＥ標的を提供することと、前記標的を使用して前記抗原結合タンパク質を同定することと、を含む、前記方法。
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