JP2021500852A - 共有抗原を標的にする抗原結合タンパク質 - Google Patents

共有抗原を標的にする抗原結合タンパク質 Download PDF

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Abstract

HLA−ペプチド標的、およびHLA−ペプチド標的に結合する抗原結合タンパク質が、本明細書で提供される。HLA−ペプチド標的を同定する方法、および所与のHLA−ペプチド標的に結合する1つ以上の抗原結合タンパク質を同定する方法も開示される。

Description

関連出願の相互参照
本出願は、2017年8月18日に出願された米国仮出願第62/547,146号および2017年11月3日に出願された米国仮出願第62/581,368号の利益を主張し、これらの出願は、その全体がすべての目的について参照により本明細書に組み込まれる。
配列表
本出願には配列表が含まれ、この配列表はASCII形式で出願されたものであり、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。2018年8月16日作成の該ASCIIコピーの名称は、40698PCT_CRF_sequencelisting.txtであり、サイズは1,591,443バイトである。
背景
免疫系は、体液性免疫応答および細胞性免疫応答という2種類の免疫応答を用いて、病原体からの抗原特異的な保護を提供し、これらの免疫応答には、それぞれBリンパ球およびTリンパ球を介した病原体抗原の特異的認識が関与する。
Tリンパ球は、細胞性免疫の抗原特異的エフェクターであるため、ウイルス、細胞内細菌、マイコプラズマ、および細胞内寄生虫などの細胞内病原体によって媒介される疾患に対する身体の防御において、そのような病原体に感染した細胞を直接細胞溶解することにより中心的な役割を果たす。Tリンパ球応答の特異性は、T細胞受容体(TCR)によって付与され、活性化される。T細胞受容体は、個々のTリンパ球にクローン的に分布する抗原特異的受容体であり、その抗原特異性のレパートリーは、抗体遺伝子レパートリーの生成に関与するものと類似の体細胞遺伝子再配列機序により生成される。T細胞受容体は、膜貫通分子のヘテロ二量体を含み、主要な型は、アルファ−ベータポリペプチド二量体と、ガンマ−デルタポリペプチド二量体のより小さいサブセットとで構成される。Tリンパ球受容体サブユニットは、細胞外ドメインの免疫グロブリンに類似した可変および定常領域、アルファおよびベータ鎖の対合を促進するシステインを有する短いヒンジ領域、膜貫通および短い細胞質領域を含む。TCRによって惹起されるシグナル伝達は、シグナル伝達サブユニットを含む関連マルチサブユニット複合体であるCD3−ゼータを介して間接的に媒介される。
Tリンパ球受容体は一般に天然抗原を認識しないものの、ペプチド抗原の提示のための主要組織適合性複合体(MHC)に関連した抗原の細胞内処理断片を含む細胞表面に提示された複合体を認識する。主要組織適合性複合体遺伝子は、種集団全体で高度に多型性であり、個々の遺伝子ごとに複数の共通の対立遺伝子を含む。
主要組織適合性複合体クラスI分子は、体内のほぼすべての有核細胞の表面に発現し、ペプチド抗原結合溝を含む膜貫通重鎖と、ベータ2−ミクログロブリンと呼ばれるより小さい細胞外鎖とを含む二量体分子である。MHCクラスI分子は、細胞質のマルチユニット構造であるプロテアソームによる細胞質タンパク質の分解に由来するペプチドを提示する(Niedermann G.,2002.Curr Top Microbiol Immunol.268:91−136(非特許文献1);細菌抗原の処理については、Wick M J,and Ljunggren H G.,1999.Immunol Rev.172:153−62(非特許文献2)を参照されたい)。切断されたペプチドは、TAPによって小胞体(ER)の内腔に輸送され、そこで組み立てられたクラスI分子の溝に結合し、結果として生じるMHC/ペプチド複合体が細胞膜に輸送されて、Tリンパ球への抗原提示を可能にする(Yewdell J W.,2001.Trends Cell Biol.11:294−7(非特許文献3)、Yewdell J W.and Bennink J R.,2001.Curr Opin Immunol.13:13−8(非特許文献4))。あるいは、切断されたペプチドは、TAPに依存しない様式でMHCクラスI分子にロードすることができ、交差提示のプロセスを通じて細胞外由来のタンパク質を提示することもできる。そのため、所与のMHC/ペプチド複合体は、複合体の構造(ペプチド配列およびMHCサブタイプ)のアイデンティティが決定されると、細胞表面に新規の抗原結合タンパク質の標的となり得る新規のタンパク質構造(例えば、抗体またはTCR)を提示する。
腫瘍細胞は抗原を発現することができ、そのような抗原を腫瘍細胞の表面に提示し得る。そのような腫瘍関連抗原は、腫瘍細胞の特異的標的化のための新規の免疫療法試薬の開発に使用することができる。例えば、腫瘍関連抗原を使用して、治療用抗原結合タンパク質、例えば、TCR、抗体、または抗原結合断片を同定することができる。そのような腫瘍関連抗原は、医薬組成物、例えばワクチンにおいても利用され得る。
Niedermann G.,2002.Curr Top Microbiol Immunol.268:91−136 Wick M J,and Ljunggren H G.,1999.Immunol Rev.172:153−62 Yewdell J W.,2001.Trends Cell Biol.11:294−7 Yewdell J W.and Bennink J R.,2001.Curr Opin Immunol.13:13−8
概要
一態様では、ヒト白血球抗原(HLA)−ペプチド標的に特異的に結合する単離された抗原結合タンパク質(ABP)が本明細書で提供され、HLA−ペプチド標的は、HLAクラスI分子と複合体化したHLA拘束性ペプチドを含み、HLA拘束性ペプチドは、HLAクラスI分子のα1/α2ヘテロ二量体部分のペプチド結合溝に位置し、HLAクラスI分子はHLAサブタイプA*02:01であり、HLA拘束性ペプチドは配列LLASSILCAを含むか、HLAクラスI分子はHLAサブタイプA*01:01であり、HLA拘束性ペプチドは配列EVDPIGHLYを含むか、HLAクラスI分子はHLAサブタイプB*44:02であり、HLA拘束性ペプチドは配列GEMSSNSTALを含むか、HLAクラスI分子はHLAサブタイプA*02:01であり、HLA拘束性ペプチドは配列GVYDGEEHSVを含むか、HLAクラスI分子はHLAサブタイプ*01:01であり、HLA拘束性ペプチドは配列EVDPIGHVYを含むか、またはHLAクラスI分子はHLAサブタイプHLA−A*01:01であり、HLA拘束性ペプチドは配列NTDNNLAVYを含む。
いくつかの実施形態では、HLAクラスI分子はHLAサブタイプA*02:01であり、HLA拘束性ペプチドは配列LLASSILCAからなるか、HLAクラスI分子はHLAサブタイプA*01:01であり、HLA拘束性ペプチドは配列EVDPIGHLYからなるか、HLAクラスI分子はHLAサブタイプB*44:02であり、HLA拘束性ペプチドは配列GEMSSNSTALからなるか、HLAクラスI分子はHLAサブタイプA*02:01であり、HLA拘束性ペプチドは配列GVYDGEEHSVからなるか、HLAクラスI分子はHLAサブタイプ*01:01であり、HLA拘束性ペプチドは配列EVDPIGHVYからなるか、またはHLAクラスI分子はHLAサブタイプHLA−A*01:01であり、HLA拘束性ペプチドは配列NTDNNLAVYからなる。
いくつかの実施形態では、HLA拘束性ペプチドは、約5〜15アミノ酸長である。いくつかの実施形態では、HLA拘束性ペプチドは、約8〜12アミノ酸長である。
一態様では、ABPは、抗体またはその抗原結合断片を含む。
いくつかの実施形態では、HLAクラスI分子はHLAサブタイプA*02:01であり、HLA拘束性ペプチドは配列LLASSILCAを含む。いくつかの実施形態では、ABPは、SEQ ID NO:3025〜3032のうちのいずれか1つに示される配列を含むCDR−H3を含む。いくつかの実施形態では、ABPは、SEQ ID NO:3043〜3050のうちのいずれか1つに示される配列を含むCDR−L3を含む。いくつかの実施形態では、ABPは、G7R3−P1C6、G7R3−P1G10、1−G7R3−P1B4、2−G7R4−P2C2、3−G7R4−P1A3、4−G7R4−B5−P2E9、5−G7R4−B10−P1F8、またはB7(G7R3−P3A9)と指定されるscFvからのCDR−H3およびCDR−L3を含む。いくつかの実施形態では、ABPは、G7R3−P1C6、G7R3−P1G10、1−G7R3−P1B4、2−G7R4−P2C2、3−G7R4−P1A3、4−G7R4−B5−P2E9、5−G7R4−B10−P1F8、またはB7(G7R3−P3A9)と指定されるscFvからの3つすべての重鎖CDRおよび3つすべての軽鎖CDRを含む。いくつかの実施形態では、ABPは、SEQ ID NO:2994〜3001から選択されるVH配列を含む。いくつかの実施形態では、ABPは、SEQ ID NO:3002〜3009から選択されるVL配列を含む。いくつかの実施形態では、ABPは、G7R3−P1C6、G7R3−P1G10、1−G7R3−P1B4、2−G7R4−P2C2、3−G7R4−P1A3、4−G7R4−B5−P2E9、5−G7R4−B10−P1F8、またはB7(G7R3−P3A9)と指定されるscFvからのVH配列およびVL配列を含む。いくつかの実施形態では、ABPは、拘束性ペプチドLLASSILCAの残基1〜5のうちのいずれか1つ以上を介してHLA−ペプチド標的に結合する。
いくつかの実施形態では、HLAクラスI分子はHLAサブタイプHLA−A*01:01であり、HLA拘束性ペプチドは配列NTDNNLAVYを含む。いくつかの実施形態では、ABPは、SEQ ID NO:2902〜2933のうちのいずれか1つに示される配列を含むCDR−H3を含む。いくつかの実施形態では、ABPは、SEQ ID NO:2971〜2993のうちのいずれか1つに示される配列を含むCDR−L3を含む。いくつかの実施形態では、ABPは、G2−P2E07、G2−P2E03、G2−P2A11、G2−P2C06、G2−P1G01、G2−P1C02、G2−P1H01、G2−P1B12、G2−P1B06、G2−P2H10、G2−P1H10、G2−P2C11、G2−P1C09、G2−P1A10、G2−P1B10、G2−P1D07、G2−P1E05、G2−P1D03、G2−P1G12、G2−P2H11、G2−P1C03、G2−P1G07、G2−P1F12、G2−P1G03、G2−P2B08、G2−P2A10、G2−P2D04、G2−P1C06、G2−P2A09、G2−P1B08、G2−P1E03、G2−P2A03、G2−P2F01、G2−P1H11、またはG2−P1D06と指定されるscFvからのCDR−H3およびCDR−L3を含む。いくつかの実施形態では、ABPは、G2−P2E07、G2−P2E03、G2−P2A11、G2−P2C06、G2−P1G01、G2−P1C02、G2−P1H01、G2−P1B12、G2−P1B06、G2−P2H10、G2−P1H10、G2−P2C11、G2−P1C09、G2−P1A10、G2−P1B10、G2−P1D07、G2−P1E05、G2−P1D03、G2−P1G12、G2−P2H11、G2−P1C03、G2−P1G07、G2−P1F12、G2−P1G03、G2−P2B08、G2−P2A10、G2−P2D04、G2−P1C06、G2−P2A09、G2−P1B08、G2−P1E03、G2−P2A03、G2−P2F01、G2−P1H11、またはG2−P1D06と指定されるscFvからの3つすべての重鎖CDRおよび3つすべての軽鎖CDRを含む。いくつかの実施形態では、ABPは、SEQ ID NO:2781〜2815から選択されるVH配列を含む。いくつかの実施形態では、ABPは、SEQ ID NO:2816〜2850から選択されるVL配列を含む。いくつかの実施形態では、ABPは、G2−P2E07、G2−P2E03、G2−P2A11、G2−P2C06、G2−P1G01、G2−P1C02、G2−P1H01、G2−P1B12、G2−P1B06、G2−P2H10、G2−P1H10、G2−P2C11、G2−P1C09、G2−P1A10、G2−P1B10、G2−P1D07、G2−P1E05、G2−P1D03、G2−P1G12、G2−P2H11、G2−P1C03、G2−P1G07、G2−P1F12、G2−P1G03、G2−P2B08、G2−P2A10、G2−P2D04、G2−P1C06、G2−P2A09、G2−P1B08、G2−P1E03、G2−P2A03、G2−P2F01、G2−P1H11、またはG2−P1D06と指定されるscFvからのVH配列およびVL配列を含む。いくつかの実施形態では、ABPは、拘束性ペプチドNTDNNLAVYの残基6〜9を介しておよびHLAサブタイプ対立遺伝子A*0101の残基157〜160を介してHLA−ペプチド標的に結合する。いくつかの実施形態では、ABPは、拘束性ペプチドNTDNNLAVYの残基3〜8を介してHLA−ペプチド標的に結合する。
別の態様では、ABPは、T細胞受容体(TCR)またはその抗原結合部分を含む。いくつかの実施形態では、TCRまたはその抗原結合部分は、TCR可変領域を含む。いくつかの実施形態では、TCRまたはその抗原結合部分は、1つ以上のTCR相補性決定領域(CDR)を含む。いくつかの実施形態では、TCRは、アルファ鎖およびベータ鎖を含む。いくつかの実施形態では、TCRは、ガンマ鎖およびデルタ鎖を含む。いくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質は、抗原結合タンパク質を含む細胞外部分と細胞内シグナル伝達ドメインとを含む、キメラ抗原受容体(CAR)の一部である。いくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質はscFvを含み、細胞内シグナル伝達ドメインはITAMを含む。いくつかの実施形態では、細胞内シグナル伝達ドメインは、CD3−ゼータ(CD3)鎖のゼータ鎖のシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ABPは、細胞外ドメインと細胞内シグナル伝達ドメインとを連結する膜貫通ドメインをさらに含む。いくつかの実施形態では、膜貫通ドメインは、CD28の膜貫通部分を含む。いくつかの実施形態では、ABPは、T細胞共刺激分子の細胞内シグナル伝達ドメインをさらに含む。いくつかの実施形態では、T細胞共刺激分子は、CD28、4−1BB、OX−40、ICOS、またはそれらの任意の組み合わせである。
いくつかの実施形態では、HLAクラスI分子はHLAサブタイプA*02:01であり、HLA拘束性ペプチドは配列LLASSILCAを含む。いくつかの実施形態では、ABPは、SEQ ID NO:4277、4278、4279、4280、または4281である、TCRアルファCDR3配列を含む。いくつかの実施形態では、ABPは、SEQ ID NO:4291〜4295のうちのいずれか1つであるTCRベータCDR3配列を含む。いくつかの実施形態では、ABPは、TCRクローン型ID番号TCR19、TCR21、TCR22、TCR18、またはTCR23のうちのいずれか1つからのアルファCDR3およびベータCDR3配列を含む。いくつかの実施形態では、ABPは、TCRアルファ可変(TRAV)アミノ酸配列、TCRアルファ接合(TRAJ)アミノ酸配列、TCRベータ可変(TRBV)アミノ酸配列、TCRベータ多様性(TRBD)アミノ酸配列、およびTCRベータ接合(TRBJ)アミノ酸配列を含み、TRAV、TRAJ、TRBV、TRBD、およびTRBJアミノ酸配列の各々は、TCRクローン型ID番号TCR19、TCR21、TCR22、TCR18、およびTCR23から選択されるTCRクローン型のうちのいずれか1つについての対応するTRAV、TRAJ、TRBV、TRBD、およびTRBJアミノ酸配列と、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一である。いくつかの実施形態では、ABPは、TCRアルファ定常(TRAC)アミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ABPは、TCRベータ定常(TRBC)アミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ABPは、SEQ ID NO:4306〜4310のうちのいずれか1つに対して、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、または100%の同一性を有するTCRアルファVJ配列を含む。いくつかの実施形態では、ABPは、SEQ ID NO:4321〜4325のうちのいずれか1つに対して、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、または100%の同一性を有するTCRベータV(D)J配列を含む。いくつかの実施形態では、ABPは、TCRアルファVJアミノ酸配列およびTCRベータV(D)Jアミノ酸配列を含み、TCRアルファVJおよびTCRベータV(D)Jアミノ酸配列の各々は、TCRクローン型ID番号TCR19、TCR21、TCR22、TCR18、およびTCR23から選択されるTCRクローン型のうちのいずれか1つについての対応するTCRアルファVJおよびTCRベータV(D)Jアミノ酸配列と、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一である。
いくつかの実施形態では、HLAクラスI分子はHLAサブタイプA*01:01であり、HLA拘束性ペプチドは配列EVDPIGHLYを含む。いくつかの実施形態では、ABPは、SEQ ID NO:4273〜4276または3052〜3350のうちのいずれか1つであるTCRアルファCDR3配列を含む。いくつかの実施形態では、ABPは、SEQ ID NO:4287〜4290または3351〜3655のうちのいずれか1つであるTCRベータCDR3配列を含む。いくつかの実施形態では、ABPは、TCR ID番号TCR101−TCR469、TCR2、TCR4、TCR53、TCR54、またはTCR101−TCR469のうちのいずれか1つからのアルファCDR3およびベータCDR3配列を含む。いくつかの実施形態では、ABPは、TCRアルファ可変(TRAV)アミノ酸配列、TCRアルファ接合(TRAJ)アミノ酸配列、TCRベータ可変(TRBV)アミノ酸配列、TCRベータ多様性(TRBD)アミノ酸配列、およびTCRベータ接合(TRBJ)アミノ酸配列を含み、TRAV、TRAJ、TRBV、TRBD、およびTRBJアミノ酸配列の各々は、TCR ID番号TCR101−TCR469、TCR2、TCR4、TCR53、TCR54、またはTCR101−TCR469から選択されるTCRクローン型のうちのいずれか1つについての対応するTRAV、TRAJ、TRBV、TRBD、およびTRBJアミノ酸配列と、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一である。いくつかの実施形態では、ABPは、TCRアルファ定常(TRAC)アミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ABPは、TCRベータ定常(TRBC)アミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ABPは、SEQ ID NO:3656〜3961または4302〜4305のうちのいずれか1つに対して、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、または100%の同一性を有するTCRアルファVJ配列を含む。いくつかの実施形態では、ABPは、SEQ ID NO:3962〜4269または4317〜4320のうちのいずれか1つに対して、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、または100%の同一性を有するTCRベータV(D)J配列を含む。いくつかの実施形態では、ABPは、TCRアルファVJアミノ酸配列およびTCRベータV(D)Jアミノ酸配列を含み、TCRアルファVJおよびTCRベータV(D)Jアミノ酸配列の各々は、TCR ID番号TCR101−TCR469、TCR2、TCR4、TCR53、およびTCR54から選択されるTCRクローン型のうちのいずれか1つについての対応するTCRアルファVJおよびTCRベータV(D)Jアミノ酸配列と、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一である。
いくつかの実施形態では、HLAクラスI分子はHLAサブタイプB*44:02であり、HLA拘束性ペプチドは配列GEMSSNSTALを含む。いくつかの実施形態では、ABPは、SEQ ID NO:4284〜4286または3138のうちのいずれか1つであるTCRアルファCDR3配列を含む。いくつかの実施形態では、ABPは、SEQ ID NO:4298〜4301のうちのいずれか1つであるTCRベータCDR3配列を含む。いくつかの実施形態では、ABPは、TCR ID番号TCR29、TCR30、TCR32、またはTCR33のうちのいずれか1つからのアルファCDR3およびベータCDR3配列を含む。いくつかの実施形態では、ABPは、TCRアルファ可変(TRAV)アミノ酸配列、TCRアルファ接合(TRAJ)アミノ酸配列、TCRベータ可変(TRBV)アミノ酸配列、TCRベータ多様性(TRBD)アミノ酸配列、およびTCRベータ接合(TRBJ)アミノ酸配列を含み、TRAV、TRAJ、TRBV、TRBD、およびTRBJアミノ酸配列の各々は、TCR ID番号TCR29、TCR30、TCR32、またはTCR33から選択されるTCRクローン型のうちのいずれか1つについての対応するTRAV、TRAJ、TRBV、TRBD、およびTRBJアミノ酸配列と、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一である。いくつかの実施形態では、ABPは、TCRアルファ定常(TRAC)アミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ABPは、TCRベータ定常(TRBC)アミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ABPは、SEQ ID NO:4313〜4316のうちのいずれか1つに対して、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、または100%の同一性を有するTCRアルファVJ配列を含む。いくつかの実施形態では、ABPは、SEQ ID NO:4328〜4331のうちのいずれか1つに対して、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、または100%の同一性を有するTCRベータV(D)J配列を含む。いくつかの実施形態では、ABPは、TCRアルファVJアミノ酸配列およびTCRベータV(D)Jアミノ酸配列を含み、TCRアルファVJおよびTCRベータV(D)Jアミノ酸配列の各々は、TCR ID番号TCR29、TCR30、TCR32、またはTCR33から選択されるTCRクローン型のうちのいずれか1つについての対応するTCRアルファVJおよびTCRベータV(D)Jアミノ酸配列と、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一である。
いくつかの実施形態では、HLAクラスI分子はHLAサブタイプA*02:01であり、HLA拘束性ペプチドは配列GVYDGEEHSVを含む。いくつかの実施形態では、ABPは、SEQ ID NO:4282または4283であるTCRアルファCDR3配列を含む。いくつかの実施形態では、ABPは、SEQ ID NO:4296または4297であるTCRベータCDR3配列を含む。いくつかの実施形態では、ABPは、TCRクローン型ID番号TCR26またはTCR28からのアルファCDR3およびベータCDR3配列を含む。いくつかの実施形態では、ABPは、TCRアルファ可変(TRAV)アミノ酸配列、TCRアルファ接合(TRAJ)アミノ酸配列、TCRベータ可変(TRBV)アミノ酸配列、TCRベータ多様性(TRBD)アミノ酸配列、およびTCRベータ接合(TRBJ)アミノ酸配列を含み、TRAV、TRAJ、TRBV、TRBD、およびTRBJアミノ酸配列の各々は、TCR ID番号TCR26またはTCR28のための対応するTRAV、TRAJ、TRBV、TRBD、およびTRBJアミノ酸配列と、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一である。いくつかの実施形態では、ABPは、TCRアルファ定常(TRAC)アミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ABPは、TCRベータ定常(TRBC)アミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ABPは、SEQ ID NO:4311または4312に対して、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、または100%の同一性を有するTCRアルファVJ配列を含む。いくつかの実施形態では、ABPは、SEQ ID NO:4326または4327に対して、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、または100%の同一性を有するTCRベータV(D)J配列を含む。いくつかの実施形態では、ABPは、TCRアルファVJアミノ酸配列およびTCRベータV(D)Jアミノ酸配列を含み、TCRアルファVJおよびTCRベータV(D)Jアミノ酸配列の各々は、TCR ID番号TCR26またはTCR28のための対応するTCRアルファVJおよびTCRベータV(D)Jアミノ酸配列と、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一である。
いくつかの実施形態では、HLAクラスI分子はHLAサブタイプHLA−A*01:01であり、HLA拘束性ペプチドは配列NTDNNLAVYを含む。いくつかの実施形態では、HLAクラスI分子はHLAサブタイプHLA−A*03:01であり、HLA拘束性ペプチドは配列GVHGGILNKを含む。いくつかの実施形態では、HLAクラスI分子はHLAサブタイプHLA−A*01:01であり、HLA拘束性ペプチドは配列EVDPIGHVYを含む。
別の態様では、ヒト白血球抗原(HLA)−ペプチド標的に特異的に結合する単離された抗原結合タンパク質(ABP)が本明細書で提供され、HLA−ペプチド標的は、HLAクラスI分子と複合体化したHLA拘束性ペプチドを含み、HLA拘束性ペプチドは、HLAクラスI分子のα1/α2ヘテロ二量体部分のペプチド結合溝に位置し、HLA−ペプチド標的は、表Aから選択される。いくつかの実施形態では、HLA拘束性ペプチドは、WT1またはMART1から選択される遺伝子に由来しない。いくつかの実施形態では、HLA拘束性ペプチドは、約5〜15アミノ酸長である。いくつかの実施形態では、HLA拘束性ペプチドは、約8〜12アミノ酸長である。いくつかの実施形態では、ABPは、抗体またはその抗原結合断片を含む。
本明細書に開示の抗体または抗原結合断片うちのいずれかのいくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質は足場に連結し、任意選択で、足場は血清アルブミンまたはFcを含み、任意選択で、Fcは、ヒトFcであり、IgG(IgG1、IgG2、IgG3、IgG4)、IgA(IgA1、IgA2)、IgD、IgE、またはIgMである。本明細書に開示の抗体または抗原結合断片のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質は、リンカーを介して足場に連結し、任意選択で、リンカーはペプチドリンカーであり、任意選択で、ペプチドリンカーはヒト抗体のヒンジ領域である。本明細書に開示の抗体または抗原結合断片のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質は、Fv断片、Fab断片、F(ab’)2断片、Fab’断片、scFv断片、scFv−Fc断片、および/または単一ドメイン抗体もしくはその抗原結合断片である。本明細書に開示の抗体または抗原結合断片のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質はscFv断片を含む。本明細書に開示の抗体または抗原結合断片のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質は、1つ以上の抗体相補性決定領域(CDR)、任意選択で6つの抗体CDRを含む。本明細書に開示の抗体または抗原結合断片のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質は抗体を含む。本明細書に開示の抗体または抗原結合断片のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質はモノクローナル抗体である。本明細書に開示の抗体または抗原結合断片のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質は、ヒト化、ヒト、またはキメラ抗体である。本明細書に開示の抗体または抗原結合断片のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質は、多重特異性、任意選択で二重特異性である。本明細書に開示の抗体または抗原結合断片のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質は、1つ超の抗原または単一抗原上の1つ超のエピトープに結合する。本明細書に開示の抗体または抗原結合断片のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質は、IgG、IgA、IgD、IgE、およびIgMから選択されるクラスの重鎖定常領域を含む。本明細書に開示の抗体または抗原結合断片のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質は、ヒトIgGクラスでありかつIgG1、IgG4、IgG2、およびIgG3から選択されるサブクラスである重鎖定常領域を含む。本明細書に開示の抗体または抗原結合断片のうちのいずれかのいくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質は修飾Fcを含み、任意選択で、修飾Fcは、半減期を延長する1つ以上の突然変異を含み、任意選択で、半減期を延長する1つ以上の突然変異はYTEである。
別の態様では、単離されたHLA−ペプチド標的が本明細書で提供され、HLA−ペプチド標的は、HLAクラスI分子と複合体を形成したHLA拘束性ペプチドを含み、HLA拘束性ペプチドは、HLAクラスI分子のα1/α2ヘテロ二量体部分のペプチド結合溝に位置し、HLA−ペプチド標的は、表Aから選択され、但し、単離されたHLA−ペプチド標的は、標的番号6364〜6369、6386〜6389、6500、6521〜6524、または6578のうちのいずれでもなく、表Bまたは表Cに見られるHLA−ペプチド標的ではない。
いくつかの実施形態では、HLAクラスI分子はHLAサブタイプA*02:01であり、HLA拘束性ペプチドは配列LLASSILCAを含み、HLAクラスI分子はHLAサブタイプA*01:01であり、HLA拘束性ペプチドは配列EVDPIGHLYを含み、HLAクラスI分子はHLAサブタイプB*44:02であり、HLA拘束性ペプチドは配列GEMSSNSTALを含み、HLAクラスI分子はHLAサブタイプA*02:01であり、HLAレセ(rethe)HLAクラスI分子はHLAサブタイプ*01:01であり、HLA拘束性ペプチドは配列EVDPIGHVYを含み、拘束性ペプチドは配列GVYDGEEHSVを含み、HLAクラスI分子はHLAサブタイプHLA−A*01:01であり、HLA拘束性ペプチドは配列NTDNNLAVYを含む。いくつかの実施形態では、HLAクラスI分子はHLAサブタイプA*02:01であり、HLA拘束性ペプチドは配列LLASSILCAからなるかまたは本質的にそれからなる。いくつかの実施形態では、HLA拘束性ペプチドは、約5〜15アミノ酸長である。いくつかの実施形態では、HLA拘束性ペプチドは、約8〜12アミノ酸長である。いくつかの実施形態では、HLAサブタイプと拘束性ペプチドとの会合により、HLAサブタイプのβ2−ミクログロビンサブユニットとHLAサブタイプのα−サブユニットとの共有結合によらない会合が安定する。いくつかの実施形態では、HLAサブタイプのβ2−ミクログロビンサブユニットとHLAサブタイプのα−サブユニットとの安定した会合は、条件付きペプチド交換により示される。いくつかの実施形態では、単離されたHLA−ペプチド標的は、親和性標識をさらに含む。いくつかの実施形態では、親和性標識はビオチン標識である。いくつかの実施形態では、単離されたHLA−ペプチド標的は、検出可能な標識と複合体化している。いくつかの実施形態では、検出可能な標識は、β2−ミクログロビン結合分子を含む。いくつかの実施形態では、β2−ミクログロビン結合分子は標識抗体である。いくつかの実施形態では、標識抗体は蛍光色素標識抗体である。
固体支持体に付着した本明細書に開示のHLA−ペプチド標的を含む組成物も、本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、固体支持体は、ビーズ、ウェル、膜、チューブ、カラム、プレート、セファロース、磁気ビーズ、またはチップを含む。いくつかの実施形態では、HLA−ペプチド標的は、親和性結合対の第1の成員を含み、固体支持体は、親和性結合対の第2の成員を含む。いくつかの実施形態では、第1の成員はストレプトアビジンであり、第2の成員はビオチンである。
表Aに記載されているHLAサブタイプの単離および精製されたα−サブユニットと、HLAサブタイプの単離および精製されたβ2−ミクログロビンサブユニットと、表Aに記載されている単離および精製された拘束性ペプチドと、反応緩衝液とを含む反応混合物も、本明細書で提供される。
本明細書に開示の単離されたHLA−ペプチド標的、およびヒト対象から単離された複数のT細胞も、本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、T細胞はCD8+T細胞である。
プロモーターに作動可能に連結した、本明細書に開示のHLA拘束性ペプチドをコードする第1の核酸配列と、本明細書に開示のHLAサブタイプをコードする第2の核酸配列と、を含む、単離されたポリヌクレオチドも、本明細書で提供され、第2の核酸は、第1の核酸配列と同じまたは異なるプロモーターに作動可能に連結し、コードされたペプチドおよびコードされたHLAサブタイプは、本明細書に開示のHLA/ペプチド複合体を形成する。
プロモーターに作動可能に連結した、本明細書に開示のHLA拘束性ペプチドをコードする第1の核酸配列を含む第1の構築物と、安定なHLA−ペプチド複合体の発現における使用のための説明書と、を含む、本明細書に開示の安定なHLA−ペプチド標的を発現させるためのキットも、本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、第1の構築物は、本明細書に開示のHLAサブタイプをコードする第2の核酸配列をさらに含む。いくつかの実施形態では、第2の核酸配列は、同じまたは異なるプロモーターに作動可能に連結する。いくつかの実施形態では、キットは、本明細書に開示のHLAサブタイプをコードする第2の核酸配列を含む第2の構築物をさらに含む。いくつかの実施形態では、第1および第2の構築物の一方または両方は、レンチウイルスベクター構築物である。
本明細書に開示の異種HLA−ペプチド標的を含む宿主細胞も、本明細書で提供される。表Aに記載のHLA拘束性ペプチドをコードするポリヌクレオチド、例えば、本明細書に開示のHLA拘束性ペプチドをコードするポリヌクレオチドも、本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、内因性MHCを含まない。いくつかの実施形態では、外因性HLAを含む。いくつかの実施形態では、宿主細胞はK562細胞である。
上記の宿主細胞、および表Aに記載の拘束性ペプチドを含む細胞培養培地も、本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、宿主細胞は、腫瘍細胞株由来の培養細胞である。いくつかの実施形態では、腫瘍細胞株は、HCC−1599、NCI−H510A、A375、LN229、NCI−H358、ZR−75−1、MS751、OE19、MOR、BV173、MCF−7、NCI−H82、およびNCI−H146からなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質は、HLAクラスI分子との接触点およびHLA−ペプチド標的のHLA拘束性ペプチドとの接触点をとおしてHLA−ペプチド標的に結合する。
いくつかの実施形態では、ABPは、医薬として使用するためのものである。いくつかの実施形態では、ABPは、がんの治療に使用するためのものであり、任意選択で、がんは、HLA−ペプチド標的を発現するかまたは発現すると予測される。いくつかの実施形態では、ABPは、がんの治療に使用するためのものであり、がんは、固形腫瘍および血液系腫瘍から選択される。
本明細書に開示のABPの保存的に修飾された変異体であるABPも、本明細書で提供される。本明細書に開示の抗原結合タンパク質と結合について競合する抗原結合タンパク質(ABP)も、本明細書で提供される。本明細書に開示の抗原結合タンパク質が結合するものと同じHLA−ペプチドエピトープに結合する抗原結合タンパク質(ABP)も、本明細書で提供される。
本明細書に開示の抗原結合タンパク質を含む受容体を発現する操作された細胞も、本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、操作された細胞はT細胞であり、任意選択で細胞傷害性T細胞(CTL)である。いくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質は、異種プロモーターから発現される。
本明細書に記載の抗原結合タンパク質またはその抗原結合部分をコードする単離されたポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドのセットも、本明細書で提供される。本明細書に記載のHLA/ペプチド標的をコードする単離されたポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドのセットも、本明細書で提供される。本明細書に開示のポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドのセットを含むベクターまたはベクターのセットも、本明細書で提供される。本明細書に開示のポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドのセットを含む宿主細胞も本明細書で提供され、任意選択で、宿主細胞はCHOまたはHEK293であるか、または任意選択で、宿主細胞はT細胞である。
上記の宿主細胞を用いて抗原結合タンパク質を発現させることと、発現した抗原結合タンパク質を単離することとを含む、抗原結合タンパク質を産生させる方法も、本明細書で提供される。
本明細書に開示の抗原結合タンパク質と、薬学的に許容される賦形剤とを含む医薬組成物も、本明細書で提供される。有効量の本明細書に開示の抗原結合タンパク質または本明細書に開示の医薬組成物を対象に投与することを含み、対象におけるがんを治療する方法も本明細書で提供され、任意選択で、がんは、固形腫瘍および血液系腫瘍から選択される。いくつかの実施形態では、がんは、HLA−ペプチド標的を発現するかまたは発現すると予測される。
本明細書に開示の抗原結合タンパク質または本明細書に開示の医薬組成物、および使用説明書を含むものも、本明細書で提供される。本明細書に開示の少なくとも1つのHLA−ペプチド標的と、アジュバントとを含む組成物も、本明細書で提供される。本明細書に開示の少なくとも1つのHLA−ペプチド標的および薬学的に許容される賦形剤も、本明細書で提供される。表Aに開示の少なくとも1つのHLA−ペプチド標的のポリペプチドを含むアミノ酸配列を含む組成物も本明細書で提供され、任意選択で、アミノ酸配列は、ポリペプチドから本質的になるかまたはそれからなる。本明細書に開示の単離されたポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドのセットを含むウイルスも、本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、ウイルスは繊維状ファージである。本明細書に開示の単離されたポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドのセットを含む酵母細胞も、本明細書で提供される。
表Aに列挙された少なくとも1つのHLA−ペプチド標的を提供することと、少なくとも1つの標的を抗原結合タンパク質と結合させ、それにより抗原結合タンパク質を同定することと、を含む、本明細書に開示の抗原結合タンパク質を同定する方法も、本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質は、複数の別個の抗原結合タンパク質を含むファージディスプレイライブラリーに存在する。いくつかの実施形態では、ファージディスプレイライブラリーは、HLA−ペプチド標的のHLAに非特異的に結合する抗原結合タンパク質を実質的に含まない。いくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質は、複数の別個のTCRまたはその抗原結合断片を含むTCRライブラリーに存在する。いくつかの実施形態では、結合ステップは、1回超、任意選択で少なくとも3回実行される。いくつかの実施形態では、本方法は、抗原結合タンパク質がHLA−ペプチド標的に選択的に結合するかどうかを決定するために、抗原結合タンパク質をHLA−ペプチド標的とは異なる1つ以上のペプチド−HLA複合体と接触させることをさらに含み、任意選択で、選択性は、抗原結合タンパク質の可溶性標的HLA−ペプチド複合体への結合親和性を標的複合体とは異なる可溶性HLA−ペプチド複合体への結合親和性に対して測定することにより決定され、任意選択で、選択性は、抗原結合タンパク質の1つ以上の細胞の表面で発現される標的HLA−ペプチド複合体への結合親和性を1つ以上の細胞の表面で発現される標的複合体とは異なるHLA−ペプチド複合体に対して測定することにより決定される。
表Aに列挙された少なくとも1つのHLA−ペプチド標的を得ることと、HLA−ペプチド標的を、任意選択でアジュバントと組み合わせて対象に投与することと、抗原結合タンパク質を対象から単離することと、を含む、本明細書に開示の抗原結合タンパク質を同定する方法も、本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質を単離することは、抗原結合タンパク質を同定するために、対象の血清をスクリーニングすることを含む。いくつかの実施形態では、本方法は、抗原結合タンパク質がHLA−ペプチド標的に選択的に結合するかどうかを決定するために、抗原結合タンパク質をHLA−ペプチド標的とは異なる1つ以上のペプチド−HLA複合体と接触させることをさらに含み、任意選択で、選択性は、抗原結合タンパク質の可溶性標的HLA−ペプチド複合体への結合親和性を標的複合体とは異なる可溶性HLA−ペプチド複合体への結合親和性に対して測定することにより決定され、任意選択で、選択性は、抗原結合タンパク質の1つ以上の細胞の表面で発現される標的HLA−ペプチド複合体への結合親和性を1つ以上の細胞の表面で発現される標的複合体とは異なるHLA−ペプチド複合体に対して測定することにより決定される。いくつかの実施形態では、対象は、マウス、ウサギ、またはラマである。いくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質を単離することは、抗原結合タンパク質を発現する対象からB細胞を単離することと、任意選択で、単離されたB細胞から抗原結合タンパク質をコードする配列を直接クローニングすることと、を含む。いくつかの実施形態では、本方法は、B細胞を使用してハイブリドーマを創出することをさらに含む。いくつかの実施形態では、本方法は、B細胞からCDRをクローニングすることをさらに含む。いくつかの実施形態では、本方法は、任意選択でEBV形質転換を介して、B細胞を不死化することをさらに含む。いくつかの実施形態では、本方法は、B細胞の抗原結合タンパク質を含むライブラリーを創出することをさらに含み、任意選択で、ライブラリーは、ファージディスプレイまたは酵母ディスプレイである。いくつかの実施形態では、本方法は、抗原結合タンパク質をヒト化することをさらに含む。抗原結合タンパク質を含む細胞を得ることと、細胞を表Aに列挙された少なくとも1つのHLA−ペプチド標的を含むHLA多量体と接触させることと、HLA多量体と抗原結合タンパク質との間の結合を介して抗原結合タンパク質を同定することと、を含む、本明細書に開示の抗原結合タンパク質を同定する方法も、本明細書で提供される。抗原結合タンパク質を含む1つ以上の細胞を得ることと、1つ以上の細胞を、天然または人工の抗原提示細胞(APC)上に提示された表Aに列挙された少なくとも1つのHLA−ペプチド標的を用いて活性化することと、表Aに列挙された少なくとも1つのHLA−ペプチド標的との相互作用により活性化された1つ以上の細胞の選択を介して、抗原結合タンパク質を同定することと、を含む、本明細書に開示の抗原結合タンパク質を同定する方法も、本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、細胞は、T細胞、任意選択でCTLである。いくつかの実施形態では、本方法は、フローサイトメトリー、磁気分離、または単一細胞分離を任意選択で使用して、細胞を単離することをさらに含む。いくつかの実施形態では、本方法は、抗原結合タンパク質を配列決定することをさらに含む。
表Aに列挙された少なくとも1つのHLA−ペプチド標的を提供することと、標的を使用して抗原結合タンパク質を同定することと、を含む、本明細書に開示の抗原結合タンパク質を同定する方法も、本明細書で提供される。
本発明のこれらおよび他の特徴、態様、および利点は、下記の説明および添付の図面と関連させることでよりよく理解されるようになる。
ヒト白血球抗原(HLA)クラスI分子の一般構造を示す。en.wikipedia−Own work,CC BY 2.5,https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=1805424上のユーザー235による。 治療開発のためにTCRを発現系にクローニングするための例示的な構築物要素を示す。 治療開発のためにTCRを発現系にクローニングするための例示的な構築物骨格配列を示す。SEQ ID NO:4332を開示する。 治療開発のためにA*0201_LLASSILCA−(SEQ ID NO:2737)に特異的なTCRを発現系にクローニングするための例示的な構築物配列を示す。SEQ ID NO:4333を開示する。 治療開発のためにA*0101_EVDPIGHLY(SEQ ID NO:1)に特異的なTCRを発現系にクローニングするための例示的な例示的な構築物配列を示す。SEQ ID NO:4334を開示する。 ペプチドEVDPIGHLY(SEQ ID NO:1)のスペクトルデータを示す。本図には、ペプチド断片化情報、およびHLAタイプを含む患者試料に関連する情報が含まれる。 ペプチドGVHGGILNK(SEQ ID NO:1424)のスペクトルデータを示す。本図には、ペプチド断片化情報、およびHLAタイプを含む患者試料に関連する情報が含まれる。 ペプチドGVYDGEEHSVのスペクトルデータを示す。 ペプチドNTDNNLAVYのスペクトルデータを示す。 ペプチドNTDNNLAVYのスペクトルデータを示す。 表Aに開示に開示されている追加のペプチドのスペクトルデータを示す。 表Aに開示に開示されている追加のペプチドのスペクトルデータを示す。 表Aに開示に開示されている追加のペプチドのスペクトルデータを示す。 表Aに開示に開示されている追加のペプチドのスペクトルデータを示す。 表Aに開示に開示されている追加のペプチドのスペクトルデータを示す。 表Aに開示に開示されている追加のペプチドのスペクトルデータを示す。 表Aに開示に開示されている追加のペプチドのスペクトルデータを示す。 表Aに開示に開示されている追加のペプチドのスペクトルデータを示す。 表Aに開示に開示されている追加のペプチドのスペクトルデータを示す。 G2標的HLA−A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)の標的スクリーン1の設計を示す。 図9Aは、G2標的の標的およびミニプールの陰性対照の設計を示す。出現順に、それぞれ、SEQ ID NO:23および4335〜4337を開示する。図9Bは、G2カウンタースクリーン「ミニプール」およびG2標的の安定性ELISA結果を示す。出現順に、それぞれ、SEQ ID NO:23、4335〜4337、および4363を開示する。 追加のG2「完全」プールカウンタースクリーンペプチドの安定性ELISA結果を示す。出現順に、それぞれ、SEQ ID NO:4338〜4352を開示する。 G7標的HLA−A*02:01_LLASSILCA(SEQ ID NO:2737)の標的スクリーン2の設計を示す。 追加のG7「完全」プールカウンタースクリーンペプチドの安定性ELISA結果を示す。出現順に、それぞれ、SEQ ID NO:4341〜4434、4350〜4358、および4335〜4337を開示する。 図13Aは、G7標的の標的およびミニプールの陰性対照の設計を示す。出現順に、それぞれ、SEQ ID NO:2737および4338〜4340を開示する。図13Bは、G7カウンタースクリーン「ミニプール」およびG7標的の安定性ELISA結果を示す。出現順に、それぞれ、SEQ ID NO:2737、4338〜4340、および4344を開示する。 図14Aおよび14Bは、それぞれ、G2およびG7標的のファージパニング結果を示す。 図15Aおよび15Bは、それぞれ、G2標的FabクローンG−2P1H11およびG7標的G7R4−B5−P2E9のバイオレイヤー干渉法(BLI)の結果を示す。 本明細書に記載の位置スキャン実験用のアミノ酸置換のマップを示す。出現順に、それぞれ、SEQ ID NO:23および2737を開示する。 図17Aは、G2位置変異体−HLAの安定性色分け図を示す。SEQ ID NO:23を開示する。図17Bは、FabクローンG2−P1H11の親和性色分け図を示す。SEQ ID NO:23を開示する。 図18Aは、G7位置変異体の安定性色分け図を示す。SEQ ID NO:2737を開示する。図18Bは、FabクローンG7R4−B5−P2E9の親和性色分け図を示す。SEQ ID NO:2737を開示する。 標的または陰性対照ペプチドでパルスしたHLA形質導入K562細胞へのFabクローンG2−P1H11およびG7R4−B5−P2E9の細胞結合結果を示す。 標的または陰性対照ペプチドでパルスしたHLA形質導入K562細胞へのFabクローンG2−P1H11およびG7R4−B5−P2E9の細胞結合結果を示す。 結晶構造PDB 5bs0にプロットした水素−重水素交換(HDX)データの例を示す。 連結させた摂動ビューを使用して全体を視覚化したscFvクローンG2−P1G07の例示的なHDX色分け図を示す。SEQ ID NO:4359を開示する。 試験したG2 scFvおよびFabクローンのHLA α1およびα2ヘリックスのHDX色分け図を示す。出現順に、それぞれ、SEQ ID NO:4360〜4361を開示する。 試験したG2 scFvおよびFabクローンのHLA α1およびα2ヘリックスのHDX色分け図を示す。出現順に、それぞれ、SEQ ID NO:4360〜4361を開示する。 試験したG2 scFvおよびFabクローンの拘束性ペプチドNTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)のHDXヒートマップを示す。 HLA−ペプチド標的に特異的に結合するTCRを単離した実験的ワークフローを示す。 HLA−ペプチド標的に特異的に結合するTCRを単離した実験的ワークフローを示す。 MHC標的特異的CD8+ T細胞を選別するためのフローサイトメトリー選別手順を示す。 例示的なHLA−ペプチド標的であるB*44:02_GEMSSNSTAL(SEQ ID NO:2721)およびA*01:01_EVDPIGHLY(SEQ ID NO:1)のフローサイトメトリーの結果を示す。 HLA−ペプチド標的A*03:01_GVHGGILNK(SEQ ID NO:1424)のフローサイトメトリーの結果を示す。「EVDPIGHVY」をSEQ ID NO:6としても開示する。 図29Aは、試験したすべてのドナーにわたって合計した、HLA−ペプチド標的あたりの単離されたCD8+ T細胞の総数を示す。出現順に、それぞれ、SEQ ID NO:23、302、2737、96、1424、2721、6、および1を開示する。図29Bは、試験したすべてのドナーにわたって合計した、HLA−ペプチド標的あたりの単離されたCD8+ T細胞の総数を示す。出現順に、それぞれ、SEQ ID NO:1、2737、302、1424、6、2721、96、および23を開示する。 図30Aは、試験した各ドナーのHLA−ペプチド標的あたりの固有のTCRクローン型の数を示す。出現順に、それぞれ、SEQ ID NO:23、2737、96、1424、2721、6、および1を開示する。図30Bは、試験したすべてのドナーにわたって合計した、HLA−ペプチド標的あたりの固有のクローン型の総数を示す。出現順に、それぞれ、SEQ ID NO:23、2737、96、1424、2721、6、および1を開示する。 それぞれのHLA−ペプチド標的に結合するが、対照ペプチド四量体には結合しない、A*0201_LLASSILCA−(SEQ ID NO:2737)、A*0201_GVYDGEEHSV−(SEQ ID NO:96)、B*4402_GEMSSNSTAL−(SEQ ID NO:2721)、およびA*0101_EVDPIGHLY(SEQ ID NO:1)特異的TCRを発現しているJurkat細胞の例を示す。 本明細書で同定したTCRで形質導入したヒトCD8+細胞がそれらの特定のHLA−ペプチド標的に結合することを実証するゲーティング戦略およびフローデータを示す。出現順に、それぞれ、SEQ ID NO:2737および2737を開示する。 レシピエント細胞を本明細書に開示のTCRで形質導入するのに有用な例示的なレンチウイルスベクターを示す。
詳細な説明
他に定義されない限り、本明細書で使用されるすべての技術用語、表記法および他の科学用語は、当業者によって一般的に理解される意味を有することを意図する。いくつかの場合では、一般的に理解されている意味を持つ用語は、明確化および/またはすぐに参照することができるように本明細書で定義されており、本明細書でそのような定義を含めることは、当該技術分野で一般的に理解されているものとの違いを表すと必ずしも解釈されるべきではない。本明細書に記載または参照される技法および手順は、例えば、Sambrook et al.,Molecular Cloning:A Laboratory Manual 4th ed.(2012)Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,NYに記載される広く利用される分子クローニング方法論などの当業者による従来の方法論を利用して、一般的によく理解され、かつ通常用いられる。必要に応じて、市販のキットおよびリガンドの使用を伴う手順は、特に明記しない限り、一般的に製造業者定義のプロトコルおよび条件に従って実施される。
本明細書で使用される場合、単数形「1つの(a)」、「1つの(an)」、および「その(the)」は、文脈により別途明確に示さない限り、複数の参照を含む。「含む(include)」、「など(such as)」のような用語は、別途明記しない限り、限定的ではない包含を伝えることを意図している。
本明細書で使用する場合、「含む(comprising)」という用語は、別途明記しない限り、列挙した要素「からなる(consisting of)」および「から本質的になる(consisting essentially of)」実施形態も具体的に含む。例えば、「ダイアボディを含む」多重特異性ABPには、「ダイアボディからなる」多重特異性ABPと、「本質的にダイアボディからなる」多重特異性ABPが含まれる。
「約」という用語は、示された値およびその値の上下の範囲を示し、包含する。ある特定の実施形態では、「約」という用語は、指定値±10%、±5%、または±1%を示す。ある特定の実施形態では、適用可能な場合、「約」という用語は、指定値±その値(複数可)の1標準偏差を示す。
「免疫グロブリン」という用語は、一般に2対のポリペプチド鎖(1対の軽(L)鎖および1対の重(H)鎖)を含む構造的に関連するタンパク質のクラスを指す。「完全な免疫グロブリン」では、これらの鎖の4つすべてがジスルフィド結合によって相互接続されている。免疫グロブリンの構造は十分に特徴付けられている。例えば、Paul,Fundamental Immunology 7th ed.,Ch.5(2013)Lippincott Williams & Wilkins,Philadelphia,PAを参照されたい。簡単に説明すると、各重鎖は、典型的には、重鎖可変領域(V)および重鎖定常領域(C)を含む。重鎖定常領域は、典型的には、CH1、CH2、およびCH3と略される3つのドメインを含む。各軽鎖は、典型的には、軽鎖可変領域(VL)および軽鎖定常領域を含む。軽鎖定常領域は、典型的には、CLと略される1つのドメインを含む。
「抗原結合タンパク質」または「ABP」という用語は、本明細書ではその最も広い意味で使用され、抗原またはエピトープに特異的に結合する1つ以上の抗原結合ドメインを含む特定のタイプの分子を含む。
いくつかの実施形態では、ABPは抗体を含む。いくつかの実施形態では、ABPは抗体からなる。いくつかの実施形態では、ABPは本質的に抗体からなる。ABPには、具体的には、完全な抗体(例えば、完全な免疫グロブリン)、抗体断片、ABP断片、および多重特異性抗体が含まれる。いくつかの実施形態では、ABPは代替の足場を含む。いくつかの実施形態では、ABPは代替の足場からなる。いくつかの実施形態では、ABPは本質的に代替の足場からなる。いくつかの実施形態では、ABPは抗体断片を含む。いくつかの実施形態では、ABPは抗体からなる。いくつかの実施形態では、ABPは本質的に抗体断片からなる。いくつかの実施形態では、ABPはTCRまたはその抗原結合部分を含む。いくつかの実施形態では、ABPはTCRまたはその抗原結合部分からなる。いくつかの実施形態では、ABPは、本質的にTCRまたはその抗原結合部分からなる。いくつかの実施形態では、CARはABPを含む。「HLA−ペプチド ABP」、「抗HLA−ペプチド ABP」、または「HLA−ペプチド特異的ABP」は、本明細書で提供されるように、抗原HLA−ペプチドに特異的に結合するABPである。ABPは、B細胞(例えば、抗体)またはT細胞(例えば、TCR)に由来する可変領域などの可変領域を介して抗原またはエピトープに特異的に結合する1つ以上の抗原結合ドメインを含むタンパク質を含む。
本明細書における「抗体」という用語は、最も広い意味で使用され、ポリクローナルおよびモノクローナル抗体を含み、これらには、無傷の抗体と、F(ab’)2断片、Fabを含む機能的(抗原結合)抗体断片を含むポリクローナルおよびモノクローナル抗体を含む断片、Fv断片、組換えIgG(rIgG)断片、抗原に特異的に結合できる可変重鎖(VH)領域、Fab’断片、Fv断片、組換えIgG(rIgG)断片、抗原に特異的に結合することができる可変重鎖(VH)領域、一本鎖可変断片(scFv)を含む一本鎖抗体断片、および一本鎖ドメイン抗体(例えば、sdAb、sdFv、ナノボディ)断片を含む、断片抗原結合(Fab)断片とが含まれる。本用語は、免疫グロブリンの遺伝子操作および/または別様に修飾された形態の免疫グロブリン、例えば、イントラボディ、ペプチボディ、キメラ抗体、完全ヒト抗体、ヒト化抗体、およびヘテロコンジュゲート抗体、多重特異性、例えば二重特異性の抗体、ダイアボディ、トリアボディ、およびテトラボディ、タンデムジscFv、タンデムトリscFvを包含する。別途記載のない限り、「抗体」という用語は、その機能的抗体断片を包含すると理解されるべきである。本用語はまた、IgG、ならびにそのサブクラスであるIgM、IgE、IgA、およびIgDを含む、任意のクラスまたはサブクラスの抗体を含む、無傷または完全長の抗体を包含する。
本明細書で使用される場合、「可変領域」は、組換え事象から生じる可変ヌクレオチド配列を指し、例えば、これは、免疫グロブリンのV、J、および/もしくはD領域、または活性化されたT細胞もしくは活性化されたB細胞などのB細胞もしくはT細胞由来のT細胞受容体(TCR)配列を含み得る。
「抗原結合ドメイン」という用語は、抗原またはエピトープに特異的に結合することができるABPの部分を意味する。抗原結合ドメインの一例は、ABPの抗体VH−VL二量体によって形成される抗原結合ドメインである。抗原結合ドメインの別の例は、アドネクチンの10番目のフィブロネクチンIII型ドメインからの特定のループの多様化によって形成される抗原結合ドメインである。抗原結合ドメインには、重鎖からの抗体CDR1、2、および3がこの順序で含まれ、軽鎖からの抗体CDR1、2、および3がこの順序で含まれ得る。抗原結合ドメインには、TCR CDR、例えば、αCDR1、αCDR2、αCDR3、βCDR1、βCDR2、およびβCDR3が含まれ得る。TCR CDRは本明細書に記載されている。
抗体VHおよびVL領域は、さらに保存された領域が散在する超可変性の領域(「超可変領域(HVR)」(「相補性決定領域」(CDR)とも呼ばれる)にさらに細分され得る。より保存された領域は、フレームワーク領域(FR)と呼ばれる。各VHおよびVLは、一般的に、以下の順序で(N末端からC末端に)配置された3つの抗体CDRおよび4つのFRを含む:FR1−CDR1−FR2−CDR2−FR3−CDR3−FR4。抗体CDRは、抗原結合に関与し、ABPの抗原特異性および結合親和性に影響する。参照により全体が組み込まれるKabat et al.,Sequences of Proteins of Immunological Interest 5th ed.(1991)Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,MDを参照されたい。
任意の脊椎動物種からの軽鎖は、その定常ドメインの配列に基づいて、カッパ(κ)およびラムダ(λ)と呼ばれる2つのタイプのうちの1つに割り当てることができる。
脊椎動物種の重鎖は、IgA、IgD、IgE、IgG、およびIgMの5つの異なるクラス(またはアイソタイプ)のうちの1つに割り当てることができる。これらのクラスは、それぞれα、δ、ε、γ、およびμとも称される。IgGおよびIgAクラスは、配列および機能の違いに基づいてサブクラスにさらに分けられる。ヒトは、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1、およびIgA2のサブクラスを発現する。
抗体CDRのアミノ酸配列境界は、各々参照により全体が組み込まれる、Kabat et al.の上記(「Kabat」番号付けスキーム)、Al−Lazikani et al.,1997,J.Mol.Biol.,273:927−948(「Chothia」番号付けスキーム)、MacCallum et al.,1996,J.Mol.Biol.262:732−745(「Contact」番号付けスキーム)、Lefranc et al.,Dev.Comp.Immunol.,2003,27:55−77(「IMGT」番号付けスキーム)、およびHonegge and Pluckthun,J.Mol.Biol.,2001,309:657−70(「AHo」番号付けスキーム)(「AHo」番号付けスキーム)によって記載されたものを含む、いくつかの既知の番号付けスキームのいずれかを使用して、当業者によって決定され得る。
表14は、KabatおよびChothiaスキームによって特定された抗体CDR−L1、CDR−L2、CDR−L3、CDR−H1、CDR−H2、およびCDR−H3の位置を提供する。CDR−H1の場合、KabatおよびChothiaの両方の番号付けスキームを使用して、残基の番号付けが提供される。
抗体CDRは、例えば、www.bioinf.org.uk/abs/abnum/で入手可能で、かつ参照によりその全体が組み込まれるAbhinandan and Martin,Immunology,2008,45:3832−3839に記載されているAbnumなどのABP番号付けソフトウェアを使用して割り当てることができる。
(表14)KabatおよびChothiaの番号付けスキームによるCDRの残基
Figure 2021500852
*CDR−H1のC末端は、Kabat番号付け規則を使用して番号付けされた場合、CDRの長さに応じてH32とH34との間で異なる。
「EU番号付けスキーム」は、一般的に、ABP重鎖定常領域内の残基を指す場合に(例えば、上記のKabat et alで報告されているように)使用される。別途記載のない限り、EU番号付けスキームは、本明細書に記載のABP重鎖定常領域の残基を指すために使用される。
「完全長抗体」、「完全な抗体」、および「全抗体」という用語は、自然に発生する抗体構造と実質的に類似の構造を有し、Fc領域を含む重鎖を有する抗体を指すために、本明細書で互換的に使用される。例えば、IgG分子を指すために使用される場合、「完全長抗体」とは、2つの重鎖および2つの軽鎖を含む抗体である。
CDRのアミノ酸配列境界は、当業者が多数の既知の番号付けスキームのうちのいずれかを使用して決定できるものであり、これらのスキームには、各々参照により全体が組み込まれる、LeFranc,M.−P,Immunol Today.1997 Nov;18(11):509;Lefranc,M.−P.,”IMGT Locus on Focus:A new section of Experimental and Clinical Immuno遺伝子tics”,Exp. Clin.Immuno遺伝子t.,15,1−7(1998)、Lefranc and Lefranc,The T Cell Receptor FactsBook、およびM.−P.Lefranc/ Developmental and Comparative Immunology 27(2003)55−77により記載されているIMGT固有番号付けが含まれるが、これらに限定されない。
「ABP断片」は、無傷のABPの抗原結合領域または可変領域など、無傷のABPの一部を含む。ABP断片には、例えば、Fv断片、Fab断片、F(ab’)断片、Fab’断片、scFv(sFv)断片、およびscFv−Fc断片が挙げられる。ABP断片には抗体断片が含まれる。抗体断片には、Fv断片、Fab断片、F(ab’)断片、Fab’断片、scFv(sFv)断片、scFv−Fc断片、およびTCR断片が含まれ得る。
「Fv」断片には、1つの重鎖可変ドメインおよび1つの軽鎖可変ドメインの非共有結合した二量体が含まれる。
「Fab」断片は、重鎖および軽鎖可変ドメインに加えて、軽鎖の定常ドメインおよび重鎖の第1の定常ドメイン(CH1)を含む。Fab断片は、例えば、組み換え方法により生成されてもよく、または完全長ABPのパパイン消化により生成されてもよい。
「F(ab’)」断片は、ヒンジ領域付近でジスルフィド結合によって結合された2つのFab’断片を含有する。F(ab’)断片は、例えば、組み換え方法により、または無傷のABPのペプシン消化によって生成され得る。F(ab’)断片は、例えば、β−メルカプトエタノールによる処理によって解離することができる。
「一本鎖Fv」または「sFv」または「scFv」断片は、単一のポリペプチド鎖内にVHドメインおよびVLドメインを含む。VHおよびVLは、一般的に、ペプチドリンカーによって連結される。Pluckthun A.(1994)を参照されたい。任意の好適なリンカーを使用することができる。いくつかの実施形態では、リンカーは(GGGGS)nである。いくつかの実施形態では、n=1、2、3、4、5、または6である。参照により全体が組み込まれる、ABPs from Escherichia coli.In RosenbergM.&Moore G.P.(Eds.),The Pharmacology of Monoclonal ABPs vol.113(pp.269−315).Springer−Verlag,New Yorkを参照されたい。
「scFv−Fc」断片は、Fcドメインに付着したscFvを含む。例えば、Fcドメインは、scFvのC末端に結合してもよい。Fcドメインは、scFv内の可変ドメインの向きに応じて、VHまたはVLに続いてもよい(すなわち、VH−VLまたはVL−VH)。当該技術分野で既知のまたは本明細書に記載される任意の好適なFcドメインが使用され得る。いくつかの場合には、FcドメインはIgG4 Fcドメインを含む。
「単一ドメイン抗体」という用語は、ABPの1つの可変ドメインが他の可変ドメインの存在なしに抗原に特異的に結合する分子を指す。単一ドメインABPおよびその断片は、各々参照により全体が組み込まれるArabi Ghahroudi et al.,FEBS Letters,1998,414:521−526 and Muyldermans et al.,Trends in Biochem.Sci.,2001,26:230−245に記載されている。単一ドメインABPは、sdAbまたはナノボディとしても知られている。
「Fc領域」または「Fc」という用語は、自然に発生する抗体では、Fc受容体および補体系の特定のタンパク質と相互作用する免疫グロブリン重鎖のC末端領域を意味する。様々な免疫グロブリンのFc領域の構造、およびそこに含まれるグリコシル化部位は、当技術分野において知られている。参照により全体が組み込まれるSchroeder and Cavacini,J.Allergy Clin.Immunol.,2010,125:S41−52を参照されたい。Fc領域は、自然に発生するFc領域、または当技術分野または本開示の他の箇所に記載されているように改変されたFc領域であってもよい。
「代替の足場」という用語は、1つ以上の領域が多様化されて、抗原またはエピトープに特異的に結合する1つ以上の抗原結合ドメインを生成する分子を指す。いくつかの実施形態では、抗原結合ドメインは、ABPのものに類似した特異性および親和性で抗原またはエピトープに結合する。例示的な代替の足場には、フィブロネクチン(例えば、Adnectin(商標))、β−サンドイッチ(例えば、iMab)、リポカリン(例えば、Anticalin(登録商標))、EETI−II/AGRP、BPTI/LACI−D1/ITI−D2(例えば、クニッツドメイン)、チオレドキシンペプチドアプタマー、タンパク質A(例えば、Affibody(登録商標))、アンキリンリピート(例えば、DARPin)、ガンマ−B−クリスタリン/ユビキチン(例えば、Affilin)、CTLD3(例えば、Tetranectin)、フィノマー、および(LDLR−Aモジュール)(Avimer)が挙げられる。代替の足場に関する追加情報は、各々参照により全体が組み込まれる、Binz et al.,Nat.Biotechnol.,2005 23:1257−1268、Skerra,Current Opin.in Biotech.,2007 18:295−304、およびSilacci et al.,J.Biol.Chem.,2014,289:14392−14398で提供されている。代替の足場はABPの一種である。
「多重特異性ABP」は、2つ以上の異なるエピトープに集合的に特異的に結合する2つ以上の異なる抗原結合ドメインを含むABPである。2つ以上の異なるエピトープは、同じ抗原(例えば、細胞によって発現する単一のHLA−ペプチド分子)または異なる抗原(例えば、同じ細胞によって発現する異なるHLA−ペプチド分子、またはHLA−ペプチド分子および非HLA−ペプチド分子)上のエピトープであってもよい。いくつかの態様では、多重特異性ABPは、2つの異なるエピトープ(すなわち、「二重特異性ABP」)に結合する。いくつかの態様では、多重特異性ABPは、3つの異なるエピトープ(すなわち、「三重特異性ABP」)に結合する。
「単一特異性ABP」は、単一のエピトープに特異的に結合する1つ以上の結合部位を含むABPである。単一特異性ABPの例は、二価(すなわち、2つの抗原結合ドメインを有する)であるが、2つの抗原結合ドメインの各々で同じエピトープを認識する自然に発生するIgG分子である。結合特異性は、任意の好適な価数で存在し得る。
「モノクローナル抗体」という用語は、実質的に均一な抗体の集団からの抗体を指す。実質的に均質な抗体の集団は、モノクローナル抗体の産生中に通常生じ得る変異体を除いて、実質的に類似し、同じエピトープ(複数可)に結合する抗体を含む。そのような変異体は、一般にほんの少量で存在する。モノクローナル抗体は、典型的には、複数の抗体から単一の抗体を選択することを含むプロセスによって得られる。例えば、選択プロセスは、ハイブリドーマクローン、ファージクローン、酵母クローン、細菌クローン、または他の組み換えDNAクローンのプールなど、複数のクローンからの固有のクローンの選択であり得る。選択された抗体をさらに変更して、例えば、標的に対する親和性(「親和性成熟」)を改善し、抗体をヒト化し、細胞培養でのその産生を改善し、および/または対象の免疫原性を低下させることができる。
「キメラ抗体」という用語は、重鎖および/または軽鎖の一部が特定の供給源または種に由来し、重鎖および/または軽鎖の残りが異なる供給源または種に由来する抗体を指す。
非ヒト抗体の「ヒト化」型は、非ヒト抗体に由来する配列を最低限で含有するキメラ抗体である。ヒト化抗体は、一般に、1つ以上のCDRからの残基が非ヒト抗体(ドナー抗体)の1つ以上のCDRの残基で代置されたヒト抗体(レシピエント抗体)である。ドナー抗体は、所望の特異性、親和性、または生物学的効果を有する、マウス、ラット、ウサギ、ニワトリ、または非ヒト霊長類抗体などの任意の適切な非ヒト抗体であり得る。いくつかの場合には、レシピエント抗体の選択されたフレームワーク領域残基は、ドナー抗体からの対応するフレームワーク領域残基で代置される。ヒト化抗体は、レシピエント抗体にもドナー抗体にも見られない残基を含んでもよい。そのような修飾は、抗体機能をさらに洗練するためになされてもよい。さらなる詳細については、各々参照により全体が組み込まれる、Jones et al.,Nature,1986,321:522−525、Riechmann et al.,Nature,1988,332:323−329、およびPresta,Curr.Op.Struct.Biol.,1992,2:593−596を参照されたい。
「ヒト抗体」は、ヒトまたはヒト細胞によって産生される抗体のアミノ酸配列に対応するアミノ酸配列、またはヒト抗体レパートリーまたはヒト抗体コード配列(ヒトの供給源から得られるか、または新たに設計された)を利用する非ヒト供給源に由来するアミノ酸配列を有するものである。ヒト抗体は、特にヒト化抗体を除外する。
「親和性」とは、分子の単一結合部位(例えば、ABP)とその結合パートナー(例えば、抗原またはエピトープ)との間の非共有相互作用の合計の強度を指す。別途記載のない限り、本明細書で使用する「親和性」とは、結合対のメンバー(例えば、ABPおよび抗体またはエピトープ)の間の1:1相互作用を反映する固有の結合親和性を指す。パートナーYに対する分子Xの親和性は、解離平衡定数(K)によって表すことができる。解離平衡定数に寄与する運動成分については、以下でより詳細に説明する。親和性は、表面プラズモン共鳴(SPR)技術(例えば、BIACORE(登録商標))または生体層干渉法(例えば、FORTEBIO(登録商標))など、本明細書に記載の方法を含む当技術分野で公知の一般的な方法によって測定することができる。
ABPの標的分子への結合に関して、特定の抗原(例えば、ポリペプチド標的)または特定の抗原上のエピトープに「結合する」、「特異的結合」、「特異的に結合する」、「特異的に結合する」、「選択的に結合する」、および「に対して選択的に」という用語は、非特異的または非選択的相互作用(例えば、非標的分子との)とは多少は異なる結合を意味する。特異的結合は、例えば、標的分子への結合を測定し、それを非標的分子への結合と比較することによって測定することができる。特異的結合は、標的分子上で認識されるエピトープを模倣する制御分子との競合によっても決定することができる。その場合、標的分子へのABPの結合が対照分子によって競合的に阻害される場合、特異的結合が示される。いくつかの態様では、非標的分子に対するHLA−ペプチド ABPの親和性は、HLA−ペプチドに対する親和性の約50%未満である。いくつかの態様では、非標的分子に対するHLA−ペプチド ABPの親和性は、HLA−ペプチドに対する親和性の約40%未満である。いくつかの態様では、非標的分子に対するHLA−ペプチド ABPの親和性は、HLA−ペプチドに対する親和性の約30%未満である。いくつかの態様では、非標的分子に対するHLA−ペプチド ABPの親和性は、HLA−ペプチドに対する親和性の約20%未満である。いくつかの態様では、非標的分子に対するHLA−ペプチド ABPの親和性は、HLA−ペプチドに対する親和性の約10%未満である。いくつかの態様では、非標的分子に対するHLA−ペプチド ABPの親和性は、HLA−ペプチドに対する親和性の約1%未満である。いくつかの態様では、非標的分子に対するHLA−ペプチド ABPの親和性は、HLA−ペプチドに対する親和性の約0.1%未満である。
本明細書で使用される「k」(秒−1)という用語は、特定のABP−抗原相互作用の解離速度定数を指す。この値は、koff値とも称される。
本明細書で使用される「k」(M−1×秒−1)という用語は、特定のABP−抗原相互作用の会合速度定数を指す。この値は、kon値とも称される。
本明細書で使用される「K」(M)という用語は、特定のABP−抗原相互作用の解離平衡定数を指す。K=k/k。いくつかの実施形態では、ABPの親和性は、そのようなABPとその抗原との間の相互作用に対するKの観点から説明される。明確にするために、当技術分野で知られているように、より小さなK値はより高い親和性相互作用を示し、より大きなK値はより低い親和性相互作用を示す。
本明細書で使用される「K」(M−1)という用語は、特定のABP−抗原相互作用の会合平衡定数を指す。K=k/k
「免疫複合体」は、治療薬(例えば、サイトカイン)または診断薬などの1つ以上の異種分子(複数可)にコンジュゲートされたABPである。
「Fcエフェクター機能」とは、Fc領域を有するABPのFc領域によって媒介される生物活性を指し、その活性はアイソタイプに応じて異なり得る。ABPエフェクター機能の例には、補体依存性細胞傷害(CDC)を活性化するC1q結合、ABP依存性細胞細胞傷害(ADCC)を活性化するFc受容体結合、ABP依存性細胞食作用(ADCP)が挙げられる。
本明細書では2つ以上のABPの文脈で使用される場合、「と競合する」または「交差競合する」という用語は、2つ以上のABPが抗原(例えば、HLA−ペプチド)への結合について競合することを示す。1つの例示的なアッセイでは、HLA−ペプチドが表面上にコーティングされて第1のHLA−ペプチド ABPと接触し、その後、第2のHLA−ペプチド ABP抗体が添加される。別の例示的なアッセイでは、第1のHLA−ペプチド ABPが表面上にコーティングされてHLA−ペプチドと接触し、次いで、第2のHLA−ペプチド ABPが添加される。いずれかのアッセイで、第1のHLA−ペプチド ABPの存在が第2のHLA−ペプチド ABPの結合を低下させる場合、ABPは互いに競合する。「と競合する」という用語には、1つのABPが別のABPの結合を減少させるが、ABPが逆の順序で添加されるときに競合が観察されないABPの組み合わせも含まれる。しかしながら、いくつかの実施形態では、第1および第2のABPは、それらが添加される順序に関係なく、互いの結合を阻害する。いくつかの実施形態では、1つのABPは、別のABPのその抗原への結合を、少なくとも25%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%だけ減少させる。当業者は、HLA−ペプチドに対するABPの親和性およびABPの価数に基づいて、競合アッセイで使用されるABPの濃度を選択することができる。この定義に記載されているアッセイは例示であり、当業者は、ABPが互いに競合するかどうかを決定するために任意の好適なアッセイを利用することができる。好適なアッセイは、例えば、各々参照により全体が組み込まれる、Cox et al.,“Immunoassay Methods,”Assay Guidance Manual[Internet],Updated December 24,2014(www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK92434/;accessed September 29,2015)、Silman et al.,Cytometry,2001,44:30−37、およびFinco et al.,J.Pharm.Biomed.Anal.,2011,54:351−358に記載されている。
「エピトープ」という用語は、ABPに特異的に結合する抗原の一部を意味する。エピトープは、多くの場合、表面にアクセス可能なアミノ酸残基および/または糖側鎖からなり、特定の3次元構造特性ならびに特定の電荷特性を有してもよい。立体配座エピトープおよび非立体配座エピトープは、変性溶媒の存在下で前者への結合が失われるが後者は失われない可能性があるという点で区別される。エピトープは、結合に直接関与するアミノ酸残基、および結合に直接関与しない他のアミノ酸残基を含んでもよい。ABPが結合するエピトープは、例えば、異なる点突然変異を有するHLA−ペプチド変異体またはキメラHLA−ペプチド変異体へのABP結合の試験などのエピトープ決定のための既知の技法を使用して決定することができる。
ポリペプチド配列と参照配列との間のパーセントの「同一性」は、配列を整列させ、必要に応じてギャップを導入して、最大パーセント配列の同一性を達成した後の、参照配列のアミノ酸残基と同一であるポリペプチド配列のアミノ酸残基の割合として定義される。パーセントアミノ酸配列同一性を決定するためのアラインメントは、例えば、BLAST、BLAST−2、ALIGN、MEGALIGN(DNASTAR)、CLUSTALW、CLUSTAL OMEGA、またはMUSCLEソフトウェアなどの一般公開されているコンピュータソフトウェアを使用して、当業者の技術範囲内の様々な方法において、達成することができる。当業者は、比較される配列の完全長にわたって最大の整列を達成するために必要とされる任意のアルゴリズムを含む、配列を整列させるための適切なパラメーターを決定することができる。
「保存的置換」または「保存的アミノ酸置換」は、化学的または機能的に類似したアミノ酸によるアミノ酸の置換を指す。類似したアミノ酸を提供する保存的置換表は、当技術分野で周知である。例として、表15〜17で提供されるアミノ酸のグループは、いくつかの実施形態では、相互の保存的置換とみなされる。
(表15)ある特定の実施形態における、相互の保存的置換とみなされるアミノ酸の選択されたグループ
Figure 2021500852
(表16)ある特定の実施形態における、相互の保存的置換とみなされるアミノ酸の追加の選択されたグループ
Figure 2021500852
(表17)ある特定の実施形態における、相互の保存的置換とみなされるアミノ酸のさらなる選択されたグループ
Figure 2021500852
追加の保存的置換は、例えば、Creighton,Proteins:Structures and Molecular Properties 2nd ed.(1993)W.H.Freeman&Co.,New York,NYに見られ得る。親ABP中でアミノ酸残基の1つ以上の保存的置換を行うことにより生成されるABPは、「保存的に修飾された変異体」と称される。
「アミノ酸」という用語は、20種類の一般的な自然に発生するアミノ酸を指す。自然に発生するアミノ酸には、アラニン(Ala、A)、アルギニン(Arg、R)、アスパラギン(Asn、N)、アスパラギン酸(Asp、D)、システイン(Cys、C)、グルタミン酸(Glu、E)、グルタミン(Gln、Q)、グリシン(Gly、G)、ヒスチジン(His、H)、イソロイシン(Ile、I)、ロイシン(Leu、L)、リジン(Lys、K)、メチオニン(Met、M)、フェニルアラニン(Phe、F)、プロリン(Pro、P)、セリン(Ser、S)、スレオニン(Thr、T)、トリプトファン(Trp、W)、チロシン(Tyr、Y)、およびバリン(Val、V)が挙げられる。
本明細書で使用される「ベクター」という用語は、それが連結している別の核酸を伝播することができる核酸分子を指す。この用語には、自己複製核酸構造としてのベクター、およびそれが導入されている宿主細胞のゲノムに組み込まれたベクターが含まれる。特定のベクターは、それらが動作可能に連結されている核酸の発現を指示することができる。そのようなベクターは、本明細書では「発現ベクター」と称される。
「宿主細胞」、「宿主細胞株」、および「宿主細胞培養」という用語は、互換的に使用され、外因性核酸が導入されている細胞、およびそのような細胞の子孫を指す。宿主細胞としては、「形質転換体」(または「形質転換細胞」)および「形質移入体」(または「トランスフェクト細胞」)が挙げられ、各々、一次形質転換またはトランスフェクト細胞およびそれに由来する子孫が含まれる。そのような子孫は、親細胞と核酸含量が完全に同一ではない場合があり、変異を含んでもよい。
「治療すること」(および「治療する」または「治療」などのその変形)という用語は、それを必要とする対象の疾患または状態の自然経過を変更しようとする試みにおける臨床的介入を指す。治療は、予防および臨床病理学の過程の両方のために実行することができる。治療の望ましい効果としては、疾患の発生または再発を予防すること、症状の緩和、疾患の任意の直接的または間接的な病理学的結果の減少、転移を予防すること、疾患の進行速度を低下させること、疾患状態の改善または緩和、および寛解または改善された予後が挙げられる。
本明細書で使用される場合、「治療有効量」または「有効量」という用語は、対象に投与されたときに疾患または障害を治療するのに有効な本明細書で提供されるABPまたは医薬組成物の量を指す。
本明細書で使用される場合、「対象」という用語は、哺乳動物の対象を意味する。例示的な対象には、ヒト、サル、イヌ、ネコ、マウス、ラット、ウシ、ウマ、ラクダ、ヤギ、ウサギ、およびヒツジが挙げられる。ある特定の実施形態では、対象はヒトである。いくつかの実施形態では、対象は、本明細書で提供されるABPで治療することができる疾患または状態を有する。いくつかの態様では、疾患または状態はがんである。いくつかの態様では、疾患または状態はウイルス感染である。
「添付文書」という用語は、治療薬または診断薬の市販のパッケージ(キットなど)(そのような治療または診断製品の使用に関する指示、利用能、投与量、管理、併用療法、禁忌、および/または警告に関する情報を含む)に慣習上含まれている使用説明書を指すために使用される。
「腫瘍」という用語は、悪性または良性にかかわらず、すべての新生細胞の成長および増殖、ならびにすべての前がん性およびがん性の細胞および組織を指す。「がん」、「がん性」、「細胞増殖性障害」、「増殖性障害」および「腫瘍」という用語は、本明細書で言及されるように相互に排他的ではない。「細胞増殖性障害」および「増殖性障害」という用語は、ある程度の異常な細胞増殖に関連する障害を指す。いくつかの実施形態では、細胞増殖性障害はがんである。いくつかの態様では、腫瘍は固形腫瘍である。いくつかの態様では、腫瘍は血液悪性腫瘍である。
「医薬組成物」という用語は、その中に含有される活性成分の生物活性が対象を治療するのに有効であることを可能にするような形態であり、かつ医薬組成物で提供される量で対象に許容できないほど毒性である追加成分を含有しない製剤を指す。
「調節する」および「調節」という用語は、列挙された変数を減少または阻害するか、あるいは活性化または増加することを指す。
「増加する」および「活性化する」という用語は、列挙された変数の10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、100%、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍、20倍、50倍、100倍、またはそれ以上の増加を指す。
「低減する」および「阻害する」という用語は、列挙された変数の10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍、20倍、50倍、100倍、またはそれ以上の低減を指す。
「刺激する」という用語は、受容体の活性化に関連する生物学的応答を誘発する受容体シグナル伝達の活性化を指す。「アゴニスト」とは、受容体に結合してそれを刺激する実体である。
「拮抗する」という用語は、受容体の活性化に関連する生物学的応答を阻害する受容体シグナル伝達の阻害を指す。「アンタゴニスト」は、受容体に結合して拮抗する実体である。
「核酸」および「ポリヌクレオチド」という用語は、本明細書では互換的に使用され、任意の長さのヌクレオチドの多量体型、デオキシリボヌクレオチドもしくはリボヌクレオチドのいずれかまたはその類似体を指す。ポリヌクレオチドには、遺伝子または遺伝子断片のコード領域または非コード領域、連鎖解析から定義される遺伝子座(遺伝子座(locus))、エクソン、イントロン、メッセンジャーRNA(mRNA)、cDNA、組換えポリヌクレオチド、分岐ポリヌクレオチド、プラスミド、ベクター、単離DNA、単離RNA、核酸プローブ、およびプライマーが含まれ得るが、これらに限定されない。ポリヌクレオチドは、メチル化ヌクレオチドおよびヌクレオチド類似体などの修飾ヌクレオチドを含んでもよい。例示的な修飾ヌクレオチドには、例えば、5−フルオロウラシル、5−ブロモウラシル、5−クロロウラシル、5−ヨードウラシル、ヒポキサンチン、キサンチン、4−アセチルシトシン、5−(カルボキシヒドロキシメチル)ウラシル、5−カルボキシメチルアミノメチル−2−チオウリジン、5−カルボキシメチルアミノメチルウラシル、ジヒドロウラシル、ベータ−D−ガラクトシルケオシン(galactosylqueosine)、イノシン、N6−イソペンテニルアデニン、1−メチルグアニン、1−メチルイノシン、2,2−ジメチルグアニン、2−メチルアデニン、2−メチルグアニン、3−メチルシトシン、5−メチルシトシン、N6−置換アデニン、7−メチルグアニン、5−メチルアミノメチルウラシル、5−メトキシアミノメチル−2−チオウラシル、ベータ−D−マンノシルケオシン(mannosylqueosine)、5’−メトキシカルボキシメチルウラシル、5−メトキシウラシル、2−メチルチオN6−イソペンテニルアデニン、ウラシル−5−オキシ酢酸(v)、ワイブトキソシン(wybutoxosine)、プソイドウラシル、ケオシン(queosine)、2−チオシトシン、5−メチル−2−チオウラシル、2−チオウラシル、4−チオウラシル、5−メチルウラシル、ウラシル−5−オキシ酢酸メチルエステル、3−(3−アミノ−3−N−2−カルボキシプロピル)ウラシル、および2,6−ジアミノプリンが含まれる。
単離されたHLA−ペプチド標的
主要組織適合性複合体(MHC)は、マウスではH−2、ヒトではHLAと総称される、連結した遺伝子座のグループによってコードされる抗原の複合体である。MHC抗原の2つの主要なクラスであるクラスIおよびクラスIIは、各々、組織型および移植適合性を決定する役割を果たす細胞表面糖タンパク質のセットを含む。移植反応では、細胞傷害性T細胞(CTL)が主にクラスI糖タンパク質に応答し、一方でヘルパーT細胞が主にクラスII糖タンパク質に応答する。
本明細書で互換的にHLAクラスI分子と称されるヒト主要組織適合性複合体(MHC)クラスI分子は、ほぼすべての細胞の表面に発現する。これらの分子は、内因性に合成されたタンパク質に主に由来するペプチドを、アルファ−ベータT細胞受容体との相互作用を介してCD8+T細胞に提示することにおいて機能する。クラスI MHC分子は、12kDaの軽鎖ベータ−2ミクログロブリンと共有結合によらずに会合した46kDaのα鎖で構成されるヘテロ二量体を含む。α鎖は、一般に、HLA拘束性ペプチドを提示するための溝を形成するα1およびα2ドメインと、T細胞のCD8共受容体と相互作用するα3細胞質膜貫通ドメインとを含む。図1(先行技術)は、クラスI HLA分子の一般構造を示している。
クラスI MHC拘束性ペプチド(本明細書では互換的に、HLA拘束性抗原、HLA拘束性ペプチド、MHC拘束性抗原、拘束性ペプチド、またはペプチドとも称される)は、一般に、MHC分子の対応する結合ポケットと相互作用する約2つまたは3つのアンカー残基を介して重鎖アルファ1−アルファ2溝に結合する。ベータ−2ミクログロブリン鎖は、MHCクラスIの細胞内輸送、ペプチド結合、および立体配座安定性において重要な役割を果たす。大部分のクラスI分子について、MHCクラスI重鎖、ペプチド(自己、非自己、および/または抗原性)、およびベータ−2ミクログロブリンのヘテロ三量体複合体の形成により、タンパク質の成熟および細胞表面への輸出が生じる。
所与のHLAサブタイプのHLA拘束性ペプチドへの結合により、例えばT細胞上のTCRまたは抗体もしくはその抗原結合断片などのABPによって特異的に認識され得る固有かつ新規な表面との複合体が形成される。HLA拘束性ペプチドと複合体化したHLAは、本明細書では、HLA−ペプチドまたはHLA−ペプチド標的と称される。いくつかの場合には、拘束性ペプチドは、HLA分子のα1/α2溝に位置する。いくつかの場合には、拘束性ペプチドは、HLA分子の対応する結合ポケットと相互作用する約2つまたは3つのアンカー残基を介してHLA分子のα1/α2溝に結合する。
したがって、HLA−ペプチド標的を含む抗原が本明細書で提供される。HLA−ペプチド標的は、特定のHLAサブタイプと複合体化した定義されているアミノ酸配列を有する特定のHLA拘束性ペプチドを含んでもよい。
本明細書で特定されるHLA−ペプチド標的は、がん免疫療法に有用であってもよい。いくつかの実施形態では、本明細書で特定されるHLA−ペプチド標的は、腫瘍細胞の表面上に提示される。本明細書で特定されるHLA−ペプチド標的は、ヒト対象の腫瘍細胞により発現されてもよい。本明細書で特定されるHLA−ペプチド標的は、ヒト対象集団の腫瘍細胞により発現されてもよい。例えば、本明細書で特定されるHLA−ペプチド標的は、がんを有するヒト対象の集団において共通して発現される共有抗原であってもよい。
本明細書で特定されるHLA−ペプチド標的は、個々の腫瘍型の有病率を有し得る。個々の腫瘍型の有病率は、約0.1%、0.2%、0.3%、0.4%、0.5%、0.6%、0.7%、0.8%、0.9%、1%、1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%であってもよい。個々の腫瘍型の有病率は、約0.1%〜100%、0.2〜50%、0.5〜25%、または1〜10%である。
好ましくは、HLA−ペプチド標的は、一般に、ほとんどの正常組織で発現されない。例えば、HLA−ペプチド標的は、遺伝子型組織発現(GTEx)プロジェクトの組織で発現されない場合もあれば、免疫特権組織または非必須組織でのみ発現される場合もある。例示的な免疫特権組織または非必須組織には、精巣、小唾液腺、子宮頸部、および甲状腺が含まれる。いくつかの場合には、HLA−ペプチド標的は、拘束性ペプチドが由来する遺伝子の発現の中央値がGTEx試料全体で0.5RPKM(マッピングされたリード百万単位あたりの転写物1キロベースあたりのリード(Reads Per Kilobase of transcript per Million napped reads))未満である場合、遺伝子がGTEX試料全体で10RPKMを超えて発現しない場合、遺伝子がすべての必須組織試料にわたって2つ以下の試料において5RPKM以上で発現した場合、またはそれらの組み合わせである場合、必須組織または非免疫特権組織で発現しないとみなされ得る。
HLA−ペプチド標的の例示的なHLAクラスIサブタイプ
ヒトには、多くのMHCハプロタイプ(本明細書では、MHCサブタイプ、HLAサブタイプ、MHCタイプ、およびHLAタイプと互換的に称される)がある。例示的なHLAサブタイプには、単に例として、HLA−A2、HLA−A1、HLA−A3、HLA−A11、HLA−A23、HLA−A24、HLA−A25、HLA−A26、HLA−A28、HLA−A29、HLA−A30、HLA−A31、HLA−A32、HLA−A33、HLA−A34、HLA−68、HLA−B7、HLA−B8、HLA−B40、HLA−B44、HLA−B13、HLA−B15、HLA−B−18、HLA−B27、HLA−B35、HLA−B37、HLA−B38、HLA−B39、HLA−B45、HLA−B46、HLA−B49、HLA−B51、HLA−B54、HLA−B55、HLA−B56、HLA−B57、HLA−B58、HLA−C*01、HLA−C*02、HLA−C*03、HLA−C*04、HLA−C*05、HLA−C*06、HLA−C*07、HLA−C*12、HLA−C*14、HLA−C*16、HLA−Cw8、およびそれらの4桁および6桁のサブタイプすべてが挙げられる。当業者に既知であるように、上記のHLAタイプの対立遺伝子変異体があり、それらはすべて本発明に包含される。HLAクラス対立遺伝子の完全なリストは、http://hla.alleles.org/alleles/に見ることができる。例えば、HLAクラスI対立遺伝子の完全なリストは、http://hla.alleles.org/alleles/class1.htmlに見ることができる。
HLA拘束性ペプチド
「拘束性ペプチド」としてのHLA拘束性ペプチド(本明細書では互換的に言及される)は、腫瘍特異的遺伝子、例えば、がん特異的遺伝子のペプチド断片であり得る。好ましくは、がん特異的遺伝子はがん試料で発現される。がん試料で異常に発現している遺伝子は、データベースを通じて同定することができる。例示的なデータベースには、単に例として、The Cancer Genome Atlas(TCGA)Research Network:http://cancergenome.nih.gov/、the International Cancer Genome Consortium:https://dcc.icgc.org/が挙げられる。いくつかの実施形態では、がん特異的遺伝子には、TCGAデータベースからの少なくとも5つの試料において少なくとも10RPKMの発現が観察される。がん特異的遺伝子は、観察可能な二峰性分布を有してもよい。
がん特異的遺伝子には、少なくとも1つのTCGA腫瘍組織において、10、20、30、40、50、60、70、80、90、または100TPMを超える発現が観察されてもよい。好ましい実施形態では、がん特異的遺伝子には、少なくとも1つのTCGA腫瘍組織において100TPMを超える発現が観察される。いくつかの場合には、がん特異的遺伝子には、TCGA試料全体で発現の二峰性分布が観察される。理論に束縛されることを望むものではないが、このような二峰性の発現パターンは、すべての腫瘍試料でベースライン時の発現が最小であり、エピジェネティックな調節異常を受けている腫瘍のサブセットで発現がより高い生物学的モデルと一致している。
好ましくは、がん特異的遺伝子は、一般に、ほとんどの正常組織で発現されない。例えば、がん特異的遺伝子は、遺伝子型組織発現(GTEx)プロジェクトの組織で発現されない場合もあれば、免疫特権組織または非必須組織で発現される場合もある。例示的な免疫特権組織または非必須組織には、精巣、小唾液腺、子宮頸部、および甲状腺が含まれる。いくつかの場合には、がん特異的遺伝子は、がん特異的遺伝子の発現の中央値がGTEx試料全体で0.5RPKM(マッピングされたリード百万単位あたりの転写物1キロベースあたりのリード(Reads Per Kilobase of transcript per Million napped reads))未満である場合、遺伝子がGTEX試料全体で10RPKMを超えて発現しない場合、遺伝子がすべての必須組織試料にわたって2つ以下の試料において5RPKM以上で発現した場合、またはそれらの組み合わせである場合、必須組織または非免疫特権組織で発現しないとみなされ得る。
いくつかの実施形態では、がん特異的遺伝子は、GTExの評価により以下の基準を満たす:(1)脳、心臓、または肺におけるGTEx発現の中央値が、0.1の未満の百万単位あたりの転写物(TPM)であり、5 TPMを超過する試料がない、(2)他の必須器官(精巣、甲状腺、小唾液腺を除く)におけるGTEx発現の中央値が2TPM未満であり、1つの試料で10TPMを超過する試料が1つもない。
いくつかの実施形態では、がん特異的遺伝子は、一般に、免疫細胞で発現する可能性は高くなく、例えば、インターフェロンファミリー遺伝子ではなく、眼関連遺伝子ではなく、嗅覚または味覚受容体遺伝子ではなく、概日周期に関係する遺伝子ではない(例えば、CLOCK、PERIOD、CRY遺伝子ではない)。
拘束性ペプチドは、好ましくは、腫瘍の表面に提示されてもよい。
拘束性ペプチドは、サイズが、約5、約6、約7、約8、約9、約10、約11、約12、約13、約14、または約15、およびその中で誘導可能な任意の範囲の数のアミノ分子残基である。特定の実施形態では、拘束性ペプチドは、サイズが、約8、約9、約10、約11、または約12アミノ分子残基である。拘束性ペプチドは、長さが約5〜15アミノ酸、好ましくは長さが約7〜12アミノ酸、またはより好ましくは長さが約8〜11アミノ酸であってよい。
例示的なHLA−ペプチド標的
例示的なHLA−ペプチド標的は表Aに示されている。表Aの各行には、各複合体のHLA対立遺伝子および対応するHLA拘束性ペプチド配列が示されている。ペプチド配列は、表Aの各行に示されるそれぞれの配列からなり得る。あるいは、ペプチド配列は、表Aの各行に示されるそれぞれの配列を含み得る。あるいは、ペプチド配列は、表Aの各行に示されるそれぞれの配列から本質的になり得る。
いくつかの実施形態では、HLA−ペプチド標的は、表Aに示される標的である。
いくつかの実施形態では、HLA−ペプチド標的は、単離されたHLA−ペプチド標的が、標的番号6364〜6369、6386〜6389、6500、6521〜6524、または6578のうちのいずれでもなく、かつ表Bまたは表Cに見られるHLA−ペプチド標的ではないことを条件として、表Aに示される標的である。
いくつかの実施形態では、HLA拘束性ペプチドは、WT1またはMART1から選択される遺伝子に由来しない。
拘束性ペプチドリガンドと会合しないHLAクラスI分子は、一般に不安定である。したがって、拘束性ペプチドとHLA分子のα1/α2溝との会合により、HLAサブタイプのβ2−ミクログロビンサブユニットとHLAサブタイプのα−サブユニットとの共有結合によらない会合が安定する。
HLAサブタイプのβ2−ミクログロビンサブユニットとHLAサブタイプのα−サブユニットとの共有結合によらない会合の安定性は、任意の好適な手段を使用して決定することができる。例えば、そのような安定性は、HLA分子の不溶性凝集体を高濃度の尿素(例えば、約8Mの尿素)に溶解し、尿素除去、例えば透析による尿素除去の間に拘束性ペプチドの存在下でHLA分子が再度折り畳む能力を決定することにより評価してもよい。そのような再折り畳み手法は、例えば、参照により本明細書に組み込まれるProc.Natl.Acad.Sci.USA Vol.89,pp.3429−3433,April 1992に記載されている。
他の例では、そのような安定性は、条件付きHLAクラスIリガンドを使用して評価してもよい。条件付きHLAクラスIリガンドは、一般に、HLA分子のα1/α2溝に結合することによりHLAクラスI分子のβ2およびαサブユニットの会合を安定させ、また条件刺激への露出時に拘束性ペプチドの切断を可能にする1つ以上のアミノ酸修飾を含む短い拘束性ペプチドとして設計される。条件付きリガンドが切断されると、そのような条件付きリガンドがα1/α2溝に結合してHLA分子を安定させる拘束性ペプチドと交換されない限り、HLA分子のβ2およびαサブユニットは解離する。条件付きリガンドは、既知のHLAペプチドリガンドまたは予測される高親和性HLAペプチドリガンドのいずれかにアミノ酸修飾を導入することにより設計することができる。構造情報が利用可能なHLA対立遺伝子については、アミノ酸修飾の導入位置を選択するために、側鎖の水利用可能性を使用してもよい。高スループット様式で試験拘束性ペプチドを調べるために使用され得る安定なHLA−ペプチド複合体のバッチ調製を可能にすることにより、条件付きHLAリガンドの使用が有利となり得る。条件付きHLAクラスIリガンドおよび産生方法は、例えば、Proc Natl Acad Sci U S A.2008 Mar 11;105(10):3831−3836;Proc Natl Acad Sci U S A.2008 Mar 11;105(10):3825−3830;J Exp Med.2018 May 7;215(5):1493−1504;Choo,J.A.L.et al.Bioorthogonal cleavage and exchange of major histocompatibility complex ligands by employing azobenzene−containing peptides.Angew Chem Int Ed Engl 53,13390−13394(2014);Amore,A.et al.Development of a Hypersensitive Periodate−Cleavable Amino Acid that is Methionine− and Disulfide−Compatible and its Application in MHC Exchange Reagents for T Cell Characterisation.ChemBioChem 14,123−131(2012);Rodenko,B.et al.Class I Major Histocompatibility Complexes Loaded by a Periodate Trigger.J Am Chem Soc 131,12305−12313(2009)、およびChang,C.X.L.et al.Conditional ligands for Asian HLA variants facilitate the definition of CD8+ T−cell responses in acute and chronic viral diseases.Eur J Immunol 43,1109−1120(2013)に記載されている。これらの参考文献は、それらの全体が参照により組み込まれる。
したがって、いくつかの実施形態では、本明細書に記載される、例えば表Aに記載されるHLA拘束性ペプチドが、HLA分子のβ2−およびα−サブユニットの会合を安定させる能力は、条件付きリガンド媒介交換反応およびHLA安定性についてのアッセイを行うことにより評価される。HLA安定性は、例えば、質量分析、イムノアッセイ(例えば、ELISA)、サイズ排除クロマトグラフィー、およびHLA多量体染色、それに続くT細胞のフローサイトメトリー評価を含む、任意の好適な方法を使用してアッセイすることができる。
HLAサブタイプのβ2−ミクログロビンサブユニットとHLAサブタイプのα−サブユニットとの共有結合によらない会合の安定性を評価する他の例示的な方法には、ジペプチドを使用するペプチド交換が含まれる。ジペプチドを使用するペプチド交換は、例えば、参照により本明細書に組み込まれる、Proc Natl Acad Sci U S A.2013 Sep 17,110(38):15383−8;Proc Natl Acad Sci U S A.2015 Jan 6,112(1):202−7に記載されている。
HLA−ペプチド標的を含む有用な抗原が、本明細書で提供される。HLA−ペプチド標的は、特定のHLAサブタイプ対立遺伝子と複合体化した定義されているアミノ酸配列を有する特定のHLA拘束性ペプチドを含んでもよい。
HLA−ペプチド標的は、単離され、かつ/または実質的に純粋な形態であってもよい。例えば、HLA−ペプチド標的は、それらの天然の環境から単離されていてもよく、または技術的処理によって産生されてもよい。いくつかの場合には、HLA−ペプチド標的は、他のペプチドまたはタンパク質を実質的に含まない形で提供される。
HLA−ペプチド標的は、可溶性形態で提示されてもよく、任意選択で、組換えHLA−ペプチド標的複合体であってもよい。当業者は、組換えHLA−ペプチド標的を産生および精製するための任意の好適な方法を使用し得る。好適な方法には、例えば、大腸菌発現系、昆虫細胞などの使用が含まれる。他の方法には、例えば無細胞系を使用する合成産生が含まれる。例示的な好適な無細胞システムは、全体が参照により本明細書に組み込まれる国際公開第WO2017089756号に記載されている。
HLA−ペプチド標的を含む組成物も、本明細書で提供される。
いくつかの場合には、組成物は、固体支持体に付着したHLA−ペプチド標的を含む。例示的な固体支持体には、ビーズ、ウェル、膜、チューブ、カラム、プレート、セファロース、磁気ビーズ、およびチップが含まれるが、これらに限定されない。例示的な固体支持体は、例えば、参照により全体が本明細書に組み込まれるCatalysts 2018,8,92;doi:10.3390/catal8020092に記載されている。
HLA−ペプチド標的は、当該技術分野で既知の任意の好適な方法によって固体支持体に付着させてもよい。いくつかの場合には、HLA−ペプチド標的は、固体支持体に共有結合する。
いくつかの場合には、HLA−ペプチド標的は、親和性結合対により固体支持体に付着する。親和性結合対は、一般に、2つの分子間の特定の相互作用を伴う。その結合パートナー分子に親和性を有するリガンドは、固体支持体に共有結合することができるため、一般的な親和性結合対を固定するための餌として使用ことができ、例えば、ストレプトアビジンとビオチン、アビジンとビオチン;銅、ニッケル、亜鉛、およびコバルトなどの金属イオンを有するポリヒスチジン標識;ならびに同様のものを含む。
HLA−ペプチド標的は、検出可能な標識を含んでもよい。
HLA−ペプチド標的を含む医薬組成物
HLA−ペプチド標的を含む組成物は、医薬組成物であってもよい。そのような組成物は、複数のHLA−ペプチド標的を含んでもよい。例示的な医薬組成物は本明細書に記載されている。組成物は、免疫応答を励起することができてもよい。組成物はアジュバントを含んでもよい。好適なアジュバントには、1018 ISS、ミョウバン、アルミニウム塩、Amplivax、AS15、BCG、CP−870、893、CpG7909、CyaA、dSLIM、GM−CSF、IC30、IC31、Imiquimod、ImuFact IMP321、IS Patch、ISS、ISCOMATRIX、JuvImmune、LipoVac、MF59、モノホスホリルリピドA、Montanide IMS 1312、Montanide ISA 206、Montanide ISA 50V、Montanide ISA−51、OK−432、OM−174、OM−197−MP− EC、ONTAK、PepTelベクター系、PLG微粒子、Resiquimod、SRL172、ビロソームおよび他のウイルス様粒子、YF−17D、VEGFトラップ、R848、ベータ−グルカン、Pam3Cys、サポニンに由来するAquila’s QS21 stimulon(Aquila Biotech,Worcester,Mass.,USA)、マイコバクテリア抽出物および合成細菌細胞壁模倣体、ならびにRibi’s Detox、SuperfosのQuilなどの他の専売アジュバントが挙げられるが、これらに限定されない。QuilまたはSuperfos。不完全フロイントまたはGM−CSFなどのアジュバントが有用である。樹状細胞に特異的ないくつかの免疫学的アジュバント(例えばMF59)およびそれらの調製は、これまでに説明されている(Dupuis M,et al.,Cell Immunol.1998;186(1):18−27;Allison A C;Dev Biol Stand.1998;92:3−11)。サイトカインも使用することができる。いくつかのサイトカインは、リンパ組織への樹状細胞の移動に対する影響(例えば、TNF−アルファ)、樹状細胞のTリンパ球に対する効率的な抗原提示細胞への成熟の促進(例えば、GM−CSF、IL−1、およびIL−4)(参照により全体が具体的に組み込まれる米国特許第5,849,589号)、および免疫アジュバントとしての作用(例えば、IL−12)(Gabrilovich D I,et al.,J Immunother Emphasis Tumor Immunol.1996(6):414−418)に直結している。
HLA−ペプチド ABP
本明細書に開示のHLA−ペプチド標的に特異的に結合するABPも、本明細書で提供される。
HLA−ペプチド標的は、腫瘍細胞を含む任意の好適な標的細胞の表面で発現され得る。
ABPは、ヒト白血球抗原(HLA)−ペプチド標的に特異的に結合することができ、このHLA−ペプチド標的は、HLAクラスI分子と複合体化したHLA拘束性ペプチドを含み、このHLA拘束性ペプチドは、HLAクラスI分子のα1/α2ヘテロ二量体部分のペプチド結合溝に位置する。
いくつかの態様では、ABPは、HLA拘束性ペプチドの非存在下ではHLAクラスIに結合しない。いくつかの態様では、ABPは、ヒトMHCクラスIの非存在下ではHLA拘束性ペプチドに結合しない。いくつかの態様では、ABPは、HLA拘束性ペプチドと複合体化したヒトMHCクラスIを提示する腫瘍細胞に結合し、任意選択で、HLA拘束性ペプチドは、がんを特徴付ける腫瘍抗原である。
ABPは、HLA−ペプチド複合体の各部分(すなわち、HLA、および複合体の各部分を表すペプチド)に結合することができ、これは、一緒に結合したときに、ペプチドのみまたはHLAサブタイプのみによって提示される表面とは異なるABPとの相互作用およびABPによる結合のための新規の標的およびタンパク質表面を形成する。一般に、HLAのペプチドへの結合によって形成される新規の標的およびタンパク質表面は、HLA−ペプチド複合体の各部分が存在しない場合には存在しない。
ABPは、例えば腫瘍に由来する、HLAおよびHLA拘束性ペプチドを含む複合体(HLA−ペプチド)に特異的に結合することが可能であり得る。いくつかの態様では、ABPは、腫瘍に由来するHLA拘束性ペプチドの非存在下ではHLAに結合しない。いくつかの態様では、ABPは、HLAの非存在下では、腫瘍に由来するHLA拘束性ペプチドに結合しない。いくつかの態様では、ABPは、腫瘍細胞などの細胞上に自然に提示されるとき、HLAおよびHLA拘束性ペプチドを含む複合体に結合する。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるABPにより、HLA−ペプチドのHLA−ペプチドの1つ以上のリガンドへの結合が調節される。
ABPは、表Aに開示されるHLA−ペプチド標的のうちのいずれか1つに特異的に結合してもよい。いくつかの実施形態では、ABPは、単離されたHLA−ペプチドが、標的番号6364〜6369、6386〜6389、6500、6521〜6524のうちのいずれでもなく、かつ表Bまたは表Cに見られるHLA−ペプチド標的ではないことを条件として、表Aに示される標的であるHLA−ペプチド標的に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、HLA拘束性ペプチドは、WT1またはMART1から選択される遺伝子に由来しない。
より具体的な実施形態では、ABPは、配列LLASSILCAを含むHLA拘束性ペプチドと複合体化したHLAサブタイプA*02:01、配列EVDPIGHLYを含むHLA拘束性ペプチドと複合体化したHLAサブタイプA*01:01、配列GEMSSNSTALを含むHLA拘束性ペプチドと複合体化したHLAサブタイプB*44:02、配列GVYDGEEHSVを含むHLA拘束性ペプチドと複合体化したHLAサブタイプA*02:01、配列EVDPIGHVYを含むHLA拘束性ペプチドと複合体化したHLAサブタイプ*01:01、および配列NTDNNLAVYを含むHLA拘束性ペプチドと複合体化したHLAサブタイプHLA−A*01:01のうちのいずれか1つから選択されるHLA−ペプチド標的に特異的に結合する。
いくつかの実施形態では、ABPは、本明細書で提供される例示的なABPと競合するABPである。いくつかの態様では、本明細書で提供される例示的なABPと競合するABPは、本明細書で提供される例示的なABPと同じエピトープに結合する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のABPは、本明細書では「変異体」と称される。いくつかの実施形態では、そのような変異体は、本明細書で提供される配列から、例えば、親和性成熟、部位指定変異誘発、ランダム変異誘発、または当技術分野で既知であるもしくは本明細書に記載されている任意の他の方法によって、誘導される。いくつかの実施形態では、そのような変異体は、本明細書で提供される配列から誘導されず、例えば、ABPを得るための本明細書で提供される方法に従って新たに単離されてもよい。いくつかの実施形態では、変異体は、本明細書で提供される配列のうちのいずれかから誘導され、ここでは1つ以上の保存的アミノ酸置換が行われる。いくつかの実施形態では、変異体は、本明細書で提供される配列のうちのいずれかから誘導され、ここでは1つ以上の非保存的アミノ酸置換が行われる。保存的アミノ酸置換は本明細書に記載されている。例示的な非保存的アミノ酸置換には、参照により全体が本明細書に組み込まれる、J Immunol.2008 May 1;180(9):6116−31に記載されているものが含まれる。好ましい実施形態では、非保存的アミノ酸置換は、機能的変異体の生物活性を妨害または阻害しない。さらにより好ましい実施形態では、非保存的アミノ酸置換は、機能的変異体の生物活性を増強することにより、機能的変異体の生物活性を親ABPと比較して増加させる。
抗体またはその抗原結合断片を含むABP
ABPは、抗体またはその抗原結合断片を含んでもよい。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるABPは軽鎖を含む。いくつかの態様では、軽鎖はカッパ軽鎖である。いくつかの態様では、軽鎖はラムダ軽鎖である。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるABPは重鎖を含む。いくつかの態様では、重鎖はIgAである。いくつかの態様では、重鎖はIgDである。いくつかの態様では、重鎖はIgEである。いくつかの態様では、重鎖はIgGである。いくつかの態様では、重鎖はIgMである。いくつかの態様では、重鎖はIgG1である。いくつかの態様では、重鎖はIgG2である。いくつかの態様では、重鎖はIgG3である。いくつかの態様では、重鎖はIgG4である。いくつかの態様では、重鎖はIgA1である。いくつかの態様では、重鎖はIgA2である。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるABPは抗体断片を含む。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるABPは抗体断片からなる。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるABPは本質的に抗体断片からなる。いくつかの態様では、ABP断片はFv断片である。いくつかの態様では、ABP断片はFab断片である。いくつかの態様では、ABP断片はF(ab’)2断片である。いくつかの態様では、ABP断片はFab’断片である。いくつかの態様では、ABP断片はscFv(sFv)断片である。いくつかの態様では、ABP断片はscFv−Fc断片である。いくつかの態様では、ABP断片は単一ドメインABPの断片である。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるABP断片は、本明細書で提供される例示的なABPから誘導される。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるABP断片は、本明細書で提供される例示的なABPから誘導されず、例えば、ABP断片を得るための本明細書で提供される方法に従って新たに単離されてもよい。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるABP断片は、本明細書に記載の1つ以上のアッセイまたは生物学的効果により測定して、HLA−ペプチド標的に結合する能力を保持する。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるABP断片は、本明細書に記載されるように、HLA−ペプチドがそのリガンドのうちの1つ以上と相互作用するのを防止する能力を保持する。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるABPはモノクローナルABPである。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるABPはポリクローナルABPである。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるABPはキメラABPを含む。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるABPはキメラABPからなる。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるABPは本質的にキメラABPからなる。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるABPはヒト化ABPを含む。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるABPはヒト化ABPからなる。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるABPは本質的にヒト化ABPからなる。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるABPはヒトABPを含む。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるABPはヒトABPからなる。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるABPは本質的にヒトABPからなる。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるABPは代替の足場を含む。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるABPは代替の足場からなる。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるABPは本質的に代替の足場からなる。任意の好適な代替の足場が使用され得る。いくつかの態様では、代替の足場は、AdnectinTM、iMab、Anticalin(登録商標)、EETI−II/AGRP、クニッツドメイン、チオレドキシンペプチドアプタマー、Affibody(登録商標)、DARPin、Affilin、Tetranectin、Fynomer、およびAvimerから選択される。
本明細書に開示のABPとHLA−ペプチドへの結合について競合する単離されたヒト化、ヒト、またはキメラABPも、本明細書に開示される。
本明細書に開示のABPが結合するHLA−ペプチドエピトープに結合する単離されたヒト化、ヒト、またはキメラABPも、本明細書に開示される。
ある特定の態様では、ABPは、ヒトFc受容体への結合を低減する少なくとも1つの修飾を含むヒトFc領域を含む。
ABPは、細胞内で発現されると、翻訳後に修飾されることが知られている。翻訳後修飾の例には、カルボキシペプチダーゼによる重鎖のC末端でのリジンの切断、ピログルタミル化による重鎖および軽鎖のN末端でのグルタミンまたはグルタミン酸のピログルタミン酸への修飾、グリコシル化、酸化、脱アミド化、および糖化が含まれ、そのような翻訳後修飾は様々なABPで生じることが知られている(参照により全体が組み込まれるJournal of Pharmaceutical Sciences,2008,Vol.97,p.2426−2447を参照されたい)。いくつかの実施形態では、ABPは、翻訳後修飾を受けたABPまたはその抗原結合断片である。翻訳後修飾を受けたABPまたはその抗原結合断片の例には、重鎖可変領域のN末端でのピログルタミル化および/または重鎖のC末端でリジンの欠失を受けたABPまたはその抗原結合断片が挙げられる。N末端でのピログルタミル化およびC末端でのリジンの欠失によるそのような翻訳後修飾は、ABPまたはその断片の活性に一切の影響を及ぼさないことが当技術分野で知られている(参照により全体が組み込まれるAnalytical Biochemistry,2006,Vol.348,p.24−39)。
単一特異性および多重特異性のHLA−ペプチド ABP
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるABPは単一特異性ABPである。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるABPは多重特異性ABPである。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される多重特異性ABPは、1つ超の抗原に結合する。いくつかの実施形態では、多重特異性ABPは、2つの抗原に結合する。いくつかの実施形態では、多重特異性ABPは、3つの抗原に結合する。いくつかの実施形態では、多重特異性ABPは、4つの抗原に結合する。いくつかの実施形態では、多重特異性ABPは、5つの抗原に結合する。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される多重特異性ABPは、HLA−ペプチド抗原上の1つ超のエピトープに結合する。いくつかの実施形態では、多重特異性ABPは、HLA−ペプチド抗原上の2つのエピトープに結合する。いくつかの実施形態では、多重特異性ABPは、HLA−ペプチド抗原上の3つのエピトープに結合する。
多くの多重特異性ABP構築物が当技術分野で既知であり、本明細書で提供されるABPは、任意の好適な多重特異性の好適な構築物の形態で提供され得る。
いくつかの実施形態では、多重特異性ABPは、各々が共通の軽鎖可変領域と対合する少なくとも2つの異なる重鎖可変領域を含む免疫グロブリンを含む(すなわち、「共通軽鎖ABP」)。共通軽鎖可変領域は、2つの異なる重鎖可変領域の各々と別個の抗原結合ドメインを形成する。参照により全体が組み込まれるMerchant et al.,Nature Biotechnol.,1998,16:677−681を参照されたい。
いくつかの実施形態では、多重特異性ABPは、そのような免疫グロブリンの重鎖または軽鎖のN末端またはC末端のうちの1つ以上に付着したABPまたはその断片を含む免疫グロブリンを含む。参照により全体が組み込まれるColoma and Morrison,Nature Biotechnol.,1997,15:159−163を参照されたい。いくつかの態様では、そのようなABPは四価の二重特異性ABPを含む。
いくつかの実施形態では、多重特異性ABPは、少なくとも2つの異なる重鎖可変領域と少なくとも2つの異なる軽鎖可変領域とを含むハイブリッド免疫グロブリンを含む。各々参照により全体が組み込まれる、Milstein and Cuello,Nature,1983,305:537−540、およびStaerz and Bevan,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,1986,83:1453−1457を参照されたい。
いくつかの実施形態では、多重特異性ABPは、多重特異性を有しない副産物の形成を低減するための改変を伴う免疫グロブリン鎖を含む。いくつかの態様では、ABPは、参照により全体が組み込まれる米国特許第5,731,168号に記載されている1つ以上の「ノブ・イン・ホール」修飾を含む。
いくつかの実施形態では、多重特異性ABPは、Fcヘテロ多量体の組立てを促進するための1つ以上の静電的修飾を伴う免疫グロブリン鎖を含む。参照により全体が組み込まれる国際公開第WO2009/089004号を参照されたい。
いくつかの実施形態では、多重特異性ABPは二重特異性一本鎖分子を含む。各々参照により全体が組み込まれる、Traunecker et al.,EMBO J.,1991,10:3655−3659、およびGruber et al.,J.Immunol.,1994,152:5368−5374を参照されたい。
いくつかの実施形態では、多重特異性ABPは、ポリペプチドリンカーによって接続された重鎖可変ドメインと軽鎖可変ドメインとを含み、リンカーの長さは、所望の多重特異性を有する多重特異性ABPの組立てを促進するように選択される。例えば、重鎖可変ドメインと軽鎖可変ドメインとが12個超のアミノ酸残基のポリペプチドリンカーによって接続されている場合、単一特異性scFvが一般に形成される。各々参照により全体が組み込まれる、米国特許第4,946,778号および同第5,132,405号を参照されたい。いくつかの実施形態では、ポリペプチドリンカーの長さを12アミノ酸残基未満に短縮すると、同じポリペプチド鎖上の重鎖および軽鎖可変ドメインの対合が妨げられ、それにより、相補性ドメインを有するひとつの鎖から別の鎖上の重鎖および軽鎖可変ドメインの対合が可能となる。こうして、得られるABPは多重特異性を有し、各結合部位の特異性は1つ超のポリペプチド鎖によってもたらされる。3〜12アミノ酸残基のリンカーで接合される重鎖および軽鎖可変ドメインを含むポリペプチド鎖は、主に二量体(ダイアボディと呼ばれる)を形成する。0〜2アミノ酸残基のリンカーでは、三量体(トリアボディと呼ばれる)および四量体(テトラボディと呼ばれる)が好まれる。しかしながら、オリゴマー化の正確な種類は、リンカーの長さに加えて、アミノ酸残基の組成および各ポリペプチド鎖の可変ドメインの順序(例えば、VH−リンカー−VL対VL−リンカー−VH)にも依存するようである。当業者であれば、所望の多重特異性に基づいて適切なリンカーの長さを選択することができる。
Fc領域および変異体
ある特定の実施形態では、本明細書で提供されるABPは、Fc領域を含む。Fc領域は、野生型またはその変異体であり得る。ある特定の実施形態では、本明細書で提供されるABPは、天然に存在するFc領域と比較して、1つ以上のアミノ酸置換、挿入、または欠失を有するFc領域を含む。いくつかの態様では、そのような置換、挿入、または欠失により、安定性、グリコシル化、または他の特徴が改変されたABPが得られる。いくつかの態様では、そのような置換、挿入、または欠失により、グリコシル化されたABPが得られる。
「変異Fc領域」または「操作されたFc領域」は、少なくとも1つのアミノ酸修飾、好ましくは1つ以上のアミノ酸置換(複数可)により、天然配列Fc領域のものとは異なるアミノ酸配列を含む。好ましくは、変異Fc領域は、天然配列Fc領域または親ポリペプチドのFc領域と比較して、天然配列Fc領域または親ポリペプチドのFc領域における少なくとも1つのアミノ酸置換、例えば約1〜約10個のアミノ酸置換、好ましくは約1〜約5個のアミノ酸置換を有する。本明細書の変異Fc領域は、好ましくは、天然配列Fc領域および/または親ポリペプチドのFc領域との少なくとも約80%の相同性、最も好ましくはそれらとの少なくとも約90%の相同性、より好ましくはそれらとの少なくとも約95%の相同性を有することになる。
「Fc領域を含むABP」という用語は、Fc領域を含むABPを指す。Fc領域のC末端リジン(EU番号付けシステムによる残基447)は、例えば、ABPの精製中に、またはABPをコードする核酸の組換え操作により、除去されてもよい。したがって、Fc領域を有するABPは、K447を伴うまたは伴わないABPを含み得る。
いくつかの態様では、本明細書で提供されるABPのFc領域を修飾して、Fc受容体に対する親和性が改変されたABP、または免疫学的により不活性なABPを得る。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるABP変異体は、すべてではないがいくつかのエフェクター機能を保有する。そのようなABPは、例えば、ABPの半減期がインビボで重要であるが、ある特定のエフェクター機能(例えば、補体活性化およびADCC)が不要または有害である場合に有用であり得る。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるABPのFc領域は、ヒンジを安定させる変異S228PおよびL235Eのうちの1つ以上を含むヒトIgG4 Fc領域である。参照により全体が組み込まれるAalberse et al.,Immunology,2002,105:9−19を参照されたい。いくつかの実施形態では、IgG4 Fc領域は、以下の突然変異のうちの1つ以上を含む:E233P、F234V、およびL235A。参照により全体が組み込まれるArmour et al.,Mol.Immunol.,2003,40:585−593を参照されたい。いくつかの実施形態では、IgG4 Fc領域は位置G236に欠失を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるABPのFc領域は、Fc受容体結合を低減するための1つ以上の変異を含むヒトIgG1 Fc領域である。いくつかの態様では、1つ以上の変異は、S228(例えば、S228A)、L234(例えば、L234A)、L235(例えば、L235A)、D265(例えば、D265A)、およびN297(例えば、N297A)から選択される残基にある。いくつかの態様では、ABPはPVA236変異を含む。PVA236は、IgG1のアミノ酸位置233〜236のアミノ酸配列ELLGまたはIgG4のEFLGがPVAで代置されることを意味する。参照により全体が組み込まれる米国特許第9,150,641号を参照されたい。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるABPのFc領域は、各々参照により全体が組み込まれる、Armour et al.,Eur.J.Immunol.,1999,29:2613−2624、国際公開第WO1999/058572号、および/または英国特許出願第98099518号に記載されている修飾である。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるABPのFc領域は、変異A330SおよびP331Sのうちの1つ以上を含むヒトIgG2 Fc領域である。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるABPのFc領域は、238、265、269、270、297、327、および329から選択される1つ以上の位置にアミノ酸置換を有する。参照により全体が組み込まれる米国特許第6,737,056号を参照されたい。そのようなFc変異体には、残基265および297がアラニンで置換されたいわゆる「DANA」Fc変異体を含む、アミノ酸位置265、269、270、297、および327のうちの2つ以上において置換されたFc変異体が含まれる。参照により全体が組み込まれる米国特許第7,332,581号を参照されたい。いくつかの実施形態では、ABPはアミノ酸位置265にアラニンを含む。いくつかの実施形態では、ABPはアミノ酸位置297にアラニンを含む。
ある特定の実施形態では、本明細書で提供されるABPは、Fc領域の位置298、333、および334のうちの1つ以上での置換など、ADCCを改善する1つ以上のアミノ酸置換を有するFc領域を含む。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるABPは、参照により全体が組み込まれるLazar et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,2006,103:4005−4010に記載されているように、位置239、332、および330に1つ以上のアミノ酸置換を有するFc領域を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるABPは、C1q結合および/またはCDCを改善するまたは減退させる1つ以上の改変を含む。各々参照により全体が組み込まれる、米国特許第6,194,551号、WO99/51642、およびIdusogie et al.,J.Immunol.,2000,164:4178−4184を参照されたい。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるABPは、C1q結合および/またはCDC半減期を延長する1つ以上の改変を含む。半減期が延長し、新生児のFc受容体(FcRn)への結合が改善されたABPは、例えば、各々参照により全体が組み込まれる、Hinton et al.,J.Immunol.,2006,176:346−356、および米国特許公開第2005/0014934号に記載されている。そのようなFc変異体には、Fc領域残基:IgGの238、250、256、265、272、286、303、305、307、311、312、314、317、340、356、360、362、376、378、380、382、413、424、428、および434のうちの1つ以上での置換を有するものが含まれる。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるABPは、各々参照により全体が組み込まれる、米国特許第7,371,826号、第5,648,260号、および第5,624,821号、Duncan and Winter,Nature,1988,322:738−740、および国際公開第WO94/29351号に記載されているような1つ以上のFc領域変異体を含む。
A*02:01_LLASSILCA(G7)に特異的な抗体
いくつかの態様において、HLA−ペプチド標的に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片を含むABPが本明細書で提供され、HLA−ペプチド標的のHLAクラスI分子は、HLAサブタイプA*02:01であり、HLA−ペプチド標的のHLA拘束性ペプチドは、配列LLASSILCA(SEQ ID NO:2737)(「G7」)を含む。
G7特異的抗体の配列
A*02:01_LLASSILCA(SEQ ID NO:2737)に特異的なABPは、さらに詳述するように、1つ以上の配列を含んでもよい。
CDR
A*02:01_LLASSILCA(SEQ ID NO:2737)に特異的なABPは、1つ以上の抗体相補性決定領域(CDR)配列を含んでもよく、例えば、3つの重鎖CDR(CDR−H1、CDR−H2、CDR−H3)および3つの軽鎖CDR(CDR−L1、CDR−L2、CDR−L3)を含んでもよい。A*02:01_LLASSILCA(SEQ ID NO:2737)に特異的なABPは、特定の重鎖CDR3(CDR−H3)配列および特定の軽鎖CDR3(CDR−L3)配列を含んでもよい。いくつかの実施形態では、CDR−H3はSEQ ID NO:3030であり、CDR−L3はSEQ ID NO:3048である。いくつかの実施形態では、CDR−H3はSEQ ID NO:3025であり、CDR−L3はSEQ ID NO:3043である。いくつかの実施形態では、CDR−H3はSEQ ID NO:3026であり、CDR−L3はSEQ ID NO:3044である。いくつかの実施形態では、CDR−H3はSEQ ID NO:3027であり、CDR−L3はSEQ ID NO:3045である。いくつかの実施形態では、CDR−H3はSEQ ID NO:3028であり、CDR−L3はSEQ ID NO:3046である。いくつかの実施形態では、CDR−H3はSEQ ID NO:3029であり、CDR−L3はSEQ ID NO:3047である。いくつかの実施形態では、CDR−H3はSEQ ID NO:3031であり、CDR−L3はSEQ ID NO:3049である。いくつかの実施形態では、CDR−H3はSEQ ID NO:3032であり、CDR−L3はSEQ ID NO:3050である。
A*02:01_LLASSILCA(SEQ ID NO:2737)に特異的なABPは、SEQ ID NO:3010であるCDR−H1、SEQ ID NO:3017であるCDR−H2、SEQ ID NO:3025であるCDR−H3、SEQ ID NO:3033であるCDR−L1、SEQ ID NO:2970であるCDR−L2、およびSEQ ID NO:3043であるCDR−L3を含んでもよい。A*02:01_LLASSILCA(SEQ ID NO:2737)に特異的なABPは、SEQ ID NO:3011であるCDR−H1、SEQ ID NO:3018であるCDR−H2、SEQ ID NO:3026であるCDR−H3、SEQ ID NO:3034であるCDR−L1、SEQ ID NO:2958であるCDR−L2、およびSEQ ID NO:3044であるCDR−L3を含んでもよい。A*02:01_LLASSILCA(SEQ ID NO:2737)に特異的なABPは、SEQ ID NO:3012であるCDR−H1、SEQ ID NO:3019であるCDR−H2、SEQ ID NO:3027であるCDR−H3、SEQ ID NO:3035であるCDR−L1、SEQ ID NO:3039であるCDR−L2、およびSEQ ID NO:3045であるCDR−L3を含んでもよい。A*02:01_LLASSILCA(SEQ ID NO:2737)に特異的なABPは、SEQ ID NO:3013であるCDR−H1、SEQ ID NO:3020であるCDR−H2、SEQ ID NO:3028であるCDR−H3、SEQ ID NO:3036であるCDR−L1、SEQ ID NO:2962であるCDR−L2、およびSEQ ID NO:3046であるCDR−L3を含んでもよい。A*02:01_LLASSILCA(SEQ ID NO:2737)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2879であるCDR−H1、SEQ ID NO:3021であるCDR−H2、SEQ ID NO:3029であるCDR−H3、SEQ ID NO:2934であるCDR−L1、SEQ ID NO:3040であるCDR−L2、およびSEQ ID NO:3047であるCDR−L3を含んでもよい。A*02:01_LLASSILCA(SEQ ID NO:2737)に特異的なABPは、SEQ ID NO:3014であるCDR−H1、SEQ ID NO:3022であるCDR−H2、SEQ ID NO:3030であるCDR−H3、SEQ ID NO:3037であるCDR−L1、SEQ ID NO:3041であるCDR−L2、およびSEQ ID NO:3048であるCDR−L3を含んでもよい。A*02:01_LLASSILCA(SEQ ID NO:2737)に特異的なABPは、SEQ ID NO:3015であるCDR−H1、SEQ ID NO:3023であるCDR−H2、SEQ ID NO:3031であるCDR−H3、SEQ ID NO:2946であるCDR−L1、SEQ ID NO:3042であるCDR−L2、およびSEQ ID NO:3049であるCDR−L3を含んでもよい。A*02:01_LLASSILCA(SEQ ID NO:2737)に特異的なABPは、SEQ ID NO:3016であるCDR−H1、SEQ ID NO:3024であるCDR−H2、SEQ ID NO:3032であるCDR−H3、SEQ ID NO:3038であるCDR−L1、SEQ ID NO:3041であるCDR−L2、およびSEQ ID NO:3050であるCDR−L3を含んでもよい。
VL
*02:01_LLASSILCA(SEQ ID NO:2737)に特異的なABPは、VL配列を含んでもよい。VL配列は、SEQ ID NO:3002であってもよい。VL配列は、SEQ ID NO:3003であってもよい。VL配列は、SEQ ID NO:3004であってもよい。VL配列は、SEQ ID NO:3005であってもよい。VL配列は、SEQ ID NO:3006であってもよい。VL配列は、SEQ ID NO:3007であってもよい。VL配列は、SEQ ID NO:3008であってもよい。VL配列は、SEQ ID NO:3009であってもよい。
VH
*02:01_LLASSILCA(SEQ ID NO:2737)に特異的なABPは、VH配列を含んでもよい。VH配列は、SEQ ID NO:2994であってもよい。VH配列は、SEQ ID NO:2995であってもよい。VH配列は、SEQ ID NO:2996であってもよい。VH配列は、SEQ ID NO:2997であってもよい。VH配列は、SEQ ID NO:2998であってもよい。VH配列は、SEQ ID NO:2999であってもよい。VH配列は、SEQ ID NO:3000であってもよい。VH配列は、SEQ ID NO:3001であってもよい。
VH−VLの組み合わせ
A*02:01_LLASSILCA(SEQ ID NO:2737)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2994であるVH配列およびSEQ ID NO:3002であるVL配列を含んでもよい。A*02:01_LLASSILCA(SEQ ID NO:2737)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2995であるVH配列およびSEQ ID NO:3003であるVL配列を含んでもよい。A*02:01_LLASSILCA(SEQ ID NO:2737)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2996であるVH配列およびSEQ ID NO:3004であるVL配列を含んでもよい。A*02:01_LLASSILCA(SEQ ID NO:2737)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2997であるVH配列およびSEQ ID NO:3005であるVL配列を含んでもよい。A*02:01_LLASSILCA(SEQ ID NO:2737)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2998であるVH配列およびSEQ ID NO:3006であるVL配列を含んでもよい。A*02:01_LLASSILCA(SEQ ID NO:2737)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2999であるVH配列およびSEQ ID NO:3007であるVL配列を含んでもよい。A*02:01_LLASSILCA(SEQ ID NO:2737)に特異的なABPは、
SEQ ID NO:3000であるVH配列およびSEQ ID NO:3008であるVL配列を含んでもよい。A*02:01_LLASSILCA(SEQ ID NO:2737)に特異的なABPは、SEQ ID NO:3001であるVH配列およびSEQ ID NO:3009であるVL配列を含んでもよい。
A*01:01_NTDNNLAVY(G2)に特異的な抗体
いくつかの態様において、HLA−ペプチド標的に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片を含むABPが本明細書で提供され、HLA−ペプチド標的のHLAクラスI分子は、HLAサブタイプA*01:01であり、HLA−ペプチド標的のHLA拘束性ペプチドは、配列NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)(「G2」)を含む。
G2特異的抗体の配列
A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、さらに詳述するように、1つ以上の配列を含んでもよい。
CDR
A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、1つ以上の抗体相補性決定領域(CDR)配列を含んでもよく、例えば、3つの重鎖CDR(CDR−H1、CDR−H2、CDR−H3)および3つの軽鎖CDR(CDR−L1、CDR−L2、CDR−L3)を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、特定の重鎖CDR3(CDR−H3)配列および特定の軽鎖CDR3(CDR−L3)配列を含んでもよい。いくつかの実施形態では、CDR−H3はSEQ ID NO:2902であり、CDR−L3はSEQ ID NO:2971である。いくつかの実施形態では、CDR−H3はSEQ ID NO:2903であり、CDR−L3はSEQ ID NO:2972である。いくつかの実施形態では、CDR−H3はSEQ ID NO:2903であり、CDR−L3はSEQ ID NO:2973である。いくつかの実施形態では、CDR−H3はSEQ ID NO:2904であり、CDR−L3はSEQ ID NO:2974である。いくつかの実施形態では、CDR−H3はSEQ ID NO:2905であり、CDR−L3はSEQ ID NO:2975である。いくつかの実施形態では、CDR−H3はSEQ ID NO:2906であり、CDR−L3はSEQ ID NO:2976である。いくつかの実施形態では、CDR−H3はSEQ ID NO:2907であり、CDR−L3はSEQ ID NO:2976である。いくつかの実施形態では、CDR−H3はSEQ ID NO:2908であり、CDR−L3はSEQ ID NO:2977である。いくつかの実施形態では、CDR−H3はSEQ ID NO:2909であり、CDR−L3はSEQ ID NO:2972である。いくつかの実施形態では、CDR−H3はSEQ ID NO:2910であり、CDR−L3はSEQ ID NO:2978である。いくつかの実施形態では、CDR−H3はSEQ ID NO:2911であり、CDR−L3はSEQ ID NO:2976である。いくつかの実施形態では、CDR−H3はSEQ ID NO:2912であり、CDR−L3はSEQ ID NO:2978である。いくつかの実施形態では、CDR−H3はSEQ ID NO:2913であり、CDR−L3はSEQ ID NO:2979である。いくつかの実施形態では、CDR−H3はSEQ ID NO:2914であり、CDR−L3はSEQ ID NO:2980である。いくつかの実施形態では、CDR−H3はSEQ ID NO:2903であり、CDR−L3はSEQ ID NO:2981である。いくつかの実施形態では、CDR−H3はSEQ ID NO:2915であり、CDR−L3はSEQ ID NO:2982である。いくつかの実施形態では、CDR−H3はSEQ ID NO:2916であり、CDR−L3はSEQ ID NO:2973である。いくつかの実施形態では、CDR−H3はSEQ ID NO:2917であり、CDR−L3はSEQ ID NO:2972である。いくつかの実施形態では、CDR−H3はSEQ ID NO:2917であり、CDR−L3はSEQ ID NO:2972である。いくつかの実施形態では、CDR−H3はSEQ ID NO:2918であり、CDR−L3はSEQ ID NO:2974である。いくつかの実施形態では、CDR−H3はSEQ ID NO:2919であり、CDR−L3はSEQ ID NO:2983である。いくつかの実施形態では、CDR−H3はSEQ ID NO:2920であり、CDR−L3はSEQ ID NO:2984である。いくつかの実施形態では、CDR−H3はSEQ ID NO:2921であり、CDR−L3はSEQ ID NO:2972である。いくつかの実施形態では、CDR−H3はSEQ ID NO:2922であり、CDR−L3はSEQ ID NO:2985である。いくつかの実施形態では、CDR−H3はSEQ ID NO:2923であり、CDR−L3はSEQ ID NO:2986である。いくつかの実施形態では、CDR−H3はSEQ ID NO:2924であり、CDR−L3はSEQ ID NO:2987である。いくつかの実施形態では、CDR−H3はSEQ ID NO:2925であり、CDR−L3はSEQ ID NO:2973である。いくつかの実施形態では、CDR−H3はSEQ ID NO:2926であり、CDR−L3はSEQ ID NO:2988である。いくつかの実施形態では、CDR−H3はSEQ ID NO:2927であり、CDR−L3はSEQ ID NO:2989である。いくつかの実施形態では、CDR−H3はSEQ ID NO:2928であり、CDR−L3はSEQ ID NO:2981である。いくつかの実施形態では、CDR−H3はSEQ ID NO:2929であり、CDR−L3はSEQ ID NO:2990である。いくつかの実施形態では、CDR−H3はSEQ ID NO:2930であり、CDR−L3はSEQ ID NO:2989である。いくつかの実施形態では、CDR−H3はSEQ ID NO:2931であり、CDR−L3はSEQ ID NO:2991である。いくつかの実施形態では、CDR−H3はSEQ ID NO:2932であり、CDR−L3はSEQ ID NO:2992である。いくつかの実施形態では、CDR−H3はSEQ ID NO:2933であり、CDR−L3はSEQ ID NO:2993である。
A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2851であるCDR−H1、SEQ ID NO:2880であるCDR−H2、SEQ ID NO:2902であるCDR−H3、SEQ ID NO:2934であるCDR−L1、SEQ ID NO:2955であるCDR−L2、およびSEQ ID NO:2971であるCDR−L3を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2852であるCDR−H1、SEQ ID NO:2881であるCDR−H2、SEQ ID NO:2903であるCDR−H3、SEQ ID NO:2935であるCDR−L1、SEQ ID NO:2956であるCDR−L2、およびSEQ ID NO:2972であるCDR−L3を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2853であるCDR−H1、SEQ ID NO:2882であるCDR−H2、SEQ ID NO:2903であるCDR−H3、SEQ ID NO:2936であるCDR−L1、SEQ ID NO:2957であるCDR−L2、およびSEQ ID NO:2973であるCDR−L3を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2854であるCDR−H1、SEQ ID NO:2882であるCDR−H2、SEQ ID NO:2904であるCDR−H3、SEQ ID NO:2937であるCDR−L1、SEQ ID NO:2958であるCDR−L2、およびSEQ ID NO:2974であるCDR−L3を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2855であるCDR−H1、SEQ ID NO:2883であるCDR−H2、SEQ ID NO:2905であるCDR−H3、SEQ ID NO:2937であるCDR−L1、SEQ ID NO:2958であるCDR−L2、およびSEQ ID NO:2975であるCDR−L3を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2855であるCDR−H1、SEQ ID NO:2882であるCDR−H2、SEQ ID NO:2906であるCDR−H3、SEQ ID NO:2938であるCDR−L1、SEQ ID NO:2958であるCDR−L2、およびSEQ ID NO:2976であるCDR−L3を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2856であるCDR−H1、SEQ ID NO:2882であるCDR−H2、SEQ ID NO:2907であるCDR−H3、SEQ ID NO:2939であるCDR−L1、SEQ ID NO:2959であるCDR−L2、およびSEQ ID NO:2976であるCDR−L3を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2857であるCDR−H1、SEQ ID NO:2882であるCDR−H2、SEQ ID NO:2908であるCDR−H3、SEQ ID NO:2940であるCDR−L1、SEQ ID NO:2960であるCDR−L2、およびSEQ ID NO:2977であるCDR−L3を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2858であるCDR−H1、SEQ ID NO:2884であるCDR−H2、SEQ ID NO:2909であるCDR−H3、SEQ ID NO:2935であるCDR−L1、SEQ ID NO:2958であるCDR−L2、およびSEQ ID NO:2972であるCDR−L3を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2859であるCDR−H1、SEQ ID NO:2882であるCDR−H2、SEQ ID NO:2910であるCDR−H3、SEQ ID NO:2941であるCDR−L1、SEQ ID NO:2961であるCDR−L2、およびSEQ ID NO:2978であるCDR−L3を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2852であるCDR−H1、SEQ ID NO:2885であるCDR−H2、SEQ ID NO:2911であるCDR−H3、SEQ ID NO:2942であるCDR−L1、SEQ ID NO:2958であるCDR−L2、およびSEQ ID NO:2976であるCDR−L3を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2860であるCDR−H1、SEQ ID NO:2882であるCDR−H2、SEQ ID NO:2912であるCDR−H3、SEQ ID NO:2943であるCDR−L1、SEQ ID NO:2962であるCDR−L2、およびSEQ ID NO:2978であるCDR−L3を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2861であるCDR−H1、SEQ ID NO:2886であるCDR−H2、SEQ ID NO:2913であるCDR−H3、SEQ ID NO:2944であるCDR−L1、SEQ ID NO:2963であるCDR−L2、およびSEQ ID NO:2979であるCDR−L3を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2862であるCDR−H1、SEQ ID NO:2887であるCDR−H2、SEQ ID NO:2914であるCDR−H3、SEQ ID NO:2945であるCDR−L1、SEQ ID NO:2958であるCDR−L2、およびSEQ ID NO:2980であるCDR−L3を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2855であるCDR−H1、SEQ ID NO:2888であるCDR−H2、SEQ ID NO:2903であるCDR−H3、SEQ ID NO:2941であるCDR−L1、SEQ ID NO:2962であるCDR−L2、およびSEQ ID NO:2981であるCDR−L3を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2855であるCDR−H1、SEQ ID NO:2889であるCDR−H2、SEQ ID NO:2915であるCDR−H3、SEQ ID NO:2946であるCDR−L1、SEQ ID NO:2958であるCDR−L2、およびSEQ ID NO:2982であるCDR−L3を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2863であるCDR−H1、SEQ ID NO:2883であるCDR−H2、SEQ ID NO:2916であるCDR−H3、SEQ ID NO:2947であるCDR−L1、SEQ ID NO:2958であるCDR−L2、およびSEQ ID NO:2973であるCDR−L3を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2856であるCDR−H1、SEQ ID NO:2890であるCDR−H2、SEQ ID NO:2917であるCDR−H3、SEQ ID NO:2934であるCDR−L1、SEQ ID NO:2962であるCDR−L2、およびSEQ ID NO:2972であるCDR−L3を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2864であるCDR−H1、SEQ ID NO:2891であるCDR−H2、SEQ ID NO:2917であるCDR−H3、SEQ ID NO:2946であるCDR−L1、SEQ ID NO:2964であるCDR−L2、およびSEQ ID NO:2972であるCDR−L3を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2865であるCDR−H1、SEQ ID NO:2882であるCDR−H2、SEQ ID NO:2918であるCDR−H3、SEQ ID NO:2941であるCDR−L1、SEQ ID NO:2962であるCDR−L2、およびSEQ ID NO:2974であるCDR−L3を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2866であるCDR−H1、SEQ ID NO:2882であるCDR−H2、SEQ ID NO:2919であるCDR−H3、SEQ ID NO:2948であるCDR−L1、SEQ ID NO:2958であるCDR−L2、およびSEQ ID NO:2983であるCDR−L3を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2867であるCDR−H1、SEQ ID NO:2892であるCDR−H2、SEQ ID NO:2920であるCDR−H3、SEQ ID NO:2946であるCDR−L1、SEQ ID NO:2962であるCDR−L2、およびSEQ ID NO:2984であるCDR−L3を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2868であるCDR−H1、SEQ ID NO:2893であるCDR−H2、SEQ ID NO:2921であるCDR−H3、SEQ ID NO:2949であるCDR−L1、SEQ ID NO:2965であるCDR−L2、およびSEQ ID NO:2972であるCDR−L3を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2869であるCDR−H1、SEQ ID NO:2894であるCDR−H2、SEQ ID NO:2922であるCDR−H3、SEQ ID NO:2950であるCDR−L1、SEQ ID NO:2966であるCDR−L2、およびSEQ ID NO:2985であるCDR−L3を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2870であるCDR−H1、SEQ ID NO:2882であるCDR−H2、SEQ ID NO:2923であるCDR−H3、SEQ ID NO:2943であるCDR−L1、SEQ ID NO:2967であるCDR−L2、およびSEQ ID NO:2986であるCDR−L3を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2871であるCDR−H1、SEQ ID NO:2895であるCDR−H2、SEQ ID NO:2924であるCDR−H3、SEQ ID NO:2951であるCDR−L1、SEQ ID NO:2968であるCDR−L2、およびSEQ ID NO:2987であるCDR−L3を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO
:2872であるCDR−H1、SEQ ID NO:2882であるCDR−H2、SEQ ID NO:2925であるCDR−H3、SEQ ID NO:2952であるCDR−L1、SEQ ID NO:2969であるCDR−L2、およびSEQ ID NO:2973であるCDR−L3を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2873であるCDR−H1、SEQ ID NO:2882であるCDR−H2、SEQ ID NO:2926であるCDR−H3、SEQ ID NO:2943であるCDR−L1、SEQ ID NO:2958であるCDR−L2、およびSEQ ID NO:2988であるCDR−L3を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2852であるCDR−H1、SEQ ID NO:2882であるCDR−H2、SEQ ID NO:2927であるCDR−H3、SEQ ID NO:2935であるCDR−L1、SEQ ID NO:2958であるCDR−L2、およびSEQ ID NO:2989であるCDR−L3を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2874であるCDR−H1、SEQ ID NO:2896であるCDR−H2、SEQ ID NO:2928であるCDR−H3、SEQ ID NO:2938であるCDR−L1、SEQ ID NO:2958であるCDR−L2、およびSEQ ID NO:2981であるCDR−L3を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2875であるCDR−H1、SEQ ID NO:2897であるCDR−H2、SEQ ID NO:2929であるCDR−H3、SEQ ID NO:2953であるCDR−L1、SEQ ID NO:2961であるCDR−L2、およびSEQ ID NO:2990であるCDR−L3を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2876であるCDR−H1、SEQ ID NO:2898であるCDR−H2、SEQ ID NO:2930であるCDR−H3、SEQ ID NO:2941であるCDR−L1、SEQ ID NO:2962であるCDR−L2、およびSEQ ID NO:2989であるCDR−L3を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2877であるCDR−H1、SEQ ID NO:2899であるCDR−H2、SEQ ID NO:2931であるCDR−H3、SEQ ID NO:2946であるCDR−L1、SEQ ID NO:2964であるCDR−L2、およびSEQ ID NO:2991であるCDR−L3を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2878であるCDR−H1、SEQ ID NO:2900であるCDR−H2、SEQ ID NO:2932であるCDR−H3、SEQ ID NO:2946であるCDR−L1、SEQ ID NO:2958であるCDR−L2、およびSEQ ID NO:2992であるCDR−L3を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2879であるCDR−H1、SEQ ID NO:2901であるCDR−H2、SEQ ID NO:2933であるCDR−H3、SEQ ID NO:2954であるCDR−L1、SEQ ID NO:2970であるCDR−L2、およびSEQ ID NO:2993であるCDR−L3を含んでもよい。
VL
A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、VL配列を含んでもよい。VL配列は、SEQ ID NO:2816であってもよい。VL配列は、SEQ ID NO:2817であってもよい。VL配列は、SEQ ID NO:2818であってもよい。VL配列は、SEQ ID NO:2819であってもよい。VL配列は、SEQ ID NO:2820であってもよい。VL配列は、SEQ ID NO:2821であってもよい。VL配列は、SEQ ID NO:2822であってもよい。VL配列は、SEQ ID NO:2823であってもよい。VL配列は、SEQ ID NO:2824であってもよい。VL配列は、SEQ ID NO:2825であってもよい。VL配列は、SEQ ID NO:2826であってもよい。VL配列は、SEQ ID NO:2827であってもよい。VL配列は、SEQ ID NO:2828であってもよい。VL配列は、SEQ ID NO:2829であってもよい。VL配列は、SEQ ID NO:2830であってもよい。VL配列は、SEQ ID NO:2831であってもよい。VL配列は、SEQ ID NO:2832であってもよい。VL配列は、SEQ ID NO:2833であってもよい。VL配列は、SEQ ID NO:2834であってもよい。VL配列は、SEQ ID NO:2835であってもよい。VL配列は、SEQ ID NO:2836であってもよい。VL配列は、SEQ ID NO:2837であってもよい。VL配列は、SEQ ID NO:2838であってもよい。VL配列は、SEQ ID NO:2839であってもよい。VL配列は、SEQ ID NO:2840であってもよい。VL配列は、SEQ ID NO:2841であってもよい。VL配列は、SEQ ID NO:2842であってもよい。VL配列は、SEQ ID NO:2843であってもよい。VL配列は、SEQ ID NO:2844であってもよい。VL配列は、SEQ ID NO:2845であってもよい。VL配列は、SEQ ID NO:2846であってもよい。VL配列は、SEQ ID NO:2847であってもよい。VL配列は、SEQ ID NO:2848であってもよい。VL配列は、SEQ ID NO:2849であってもよい。VL配列は、SEQ ID NO:2850であってもよい。
VH
A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、VH配列を含んでもよい。VH配列は、SEQ ID NO:2781であってもよい。VH配列は、SEQ ID NO:2782であってもよい。VH配列は、SEQ ID NO:2783であってもよい。VH配列は、SEQ ID NO:2784であってもよい。VH配列は、SEQ ID NO:2785であってもよい。VH配列は、SEQ ID NO:2786であってもよい。VH配列は、SEQ ID NO:2787であってもよい。VH配列は、SEQ ID NO:2788であってもよい。VH配列は、SEQ ID NO:2789であってもよい。VH配列は、SEQ ID NO:2790であってもよい。VH配列は、SEQ ID NO:2791であってもよい。VH配列は、SEQ ID NO:2792であってもよい。VH配列は、SEQ ID NO:2793であってもよい。VH配列は、SEQ ID NO:2794であってもよい。VH配列は、SEQ ID NO:2795であってもよい。VH配列は、SEQ ID NO:2796であってもよい。VH配列は、SEQ ID NO:2797であってもよい。VH配列は、SEQ ID NO:2798であってもよい。VH配列は、SEQ ID NO:2799であってもよい。VH配列は、SEQ ID NO:2800であってもよい。VH配列は、SEQ ID NO:2801であってもよい。VH配列は、SEQ ID NO:2802であってもよい。VH配列は、SEQ ID NO:2803であってもよい。VH配列は、SEQ ID NO:2804であってもよい。VH配列は、SEQ ID NO:2805であってもよい。VH配列は、SEQ ID NO:2806であってもよい。VH配列は、SEQ ID NO:2807であってもよい。VH配列は、SEQ ID NO:2808であってもよい。VH配列は、SEQ ID NO:2809であってもよい。VH配列は、SEQ ID NO:2810であってもよい。VH配列は、SEQ ID NO:2811であってもよい。VH配列は、SEQ ID NO:2812であってもよい。VH配列は、SEQ ID NO:2813であってもよい。VH配列は、SEQ ID NO:2814であってもよい。VH配列は、SEQ ID NO:2815であってもよい。
VH−VLの組み合わせ
A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2781であるVH配列およびSEQ ID NO:2816であるVL配列を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2782であるVH配列およびSEQ ID NO:2817であるVL配列を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2783であるVH配列およびSEQ ID NO:2818であるVL配列を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2784であるVH配列およびSEQ ID NO:2819であるVL配列を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2785であるVH配列およびSEQ ID NO:2820であるVL配列を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2786であるVH配列およびSEQ ID NO:2821であるVL配列を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2787であるVH配列およびSEQ ID NO:2822であるVL配列を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2788であるVH配列およびSEQ ID NO:2823であるVL配列を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2789であるVH配列およびSEQ ID NO:2824であるVL配列を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2790であるVH配列およびSEQ ID NO:2825であるVL配列を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2791であるVH配列およびSEQ ID NO:2826であるVL配列を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2792であるVH配列およびSEQ ID NO:2827であるVL配列を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2793であるVH配列およびSEQ ID NO:2828であるVL配列を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2794であるVH配列およびSEQ ID NO:2829であるVL配列を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2795であるVH配列およびSEQ ID NO:2830であるVL配列を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2796であるVH配列およびSEQ ID NO:2831であるVL配列を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2797であるVH配列およびSEQ ID NO:2832であるVL配列を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2798であるVH配列およびSEQ ID NO:2833であるVL配列を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2799であるVH配列およびSEQ ID NO:2834であるVL配列を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2800であるVH配列およびSEQ ID NO:2835であるVL配列を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2801であるVH配列およびSEQ ID NO:2836であるVL配列を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2802であるVH配列およびSEQ ID NO:2837であるVL配列を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2803であるVH配列およびSEQ ID NO:2838であるVL配列を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2804であるVH配列およびSEQ ID NO:2839であるVL配列を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2805であるVH配列およびSEQ ID NO:2840であるVL配列を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2806であるVH配列およびSEQ ID NO:2841であるVL配列を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2807であるVH配列およびSEQ ID NO:2842であるVL配列を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2808であるVH配列およびSEQ ID NO:2843であるVL配列を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2809であるVH配列およびSEQ ID NO:2844であるVL配列を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2810であるVH配列およびSEQ ID NO:2845であるVL配列を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2811であるVH配列およびSEQ ID NO:2846であるVL配列を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2812であるVH配列およびSEQ ID NO:2847であるVL配列を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2813であるVH配列およびSEQ ID NO:2848であるVL配列を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2814であるVH配列およびSEQ ID NO:2849であるVL配列を含んでもよい。A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に特異的なABPは、SEQ ID NO:2815であるVH配列およびSEQ ID NO:2850であるVL配列を含んでもよい。
受容体
提供されるABP、例えば、HLA−ペプチド ABPには、受容体がある。受容体には、本明細書に開示のHLA−ペプチド標的に特異的に結合する抗原受容体および他のキメラ受容体が含まれ得る。受容体はT細胞受容体(TCR)であってもよい。受容体はキメラ抗原受容体(CAR)であってもよい。
TCRは、可溶性または膜結合型であり得る。抗原受容体には、キメラ抗原受容体(CAR)などの機能的な非TCR抗原受容体がある。受容体を発現する細胞、ならびにがんを含むHLA−ペプチド発現に関連する疾患および障害の治療などの養子細胞療法におけるその使用も提供される。
CARを含む例示的な抗原受容体、およびそのような受容体を操作し細胞に導入するための方法には、例えば、国際特許出願公開第WO200014257号、同第WO2013126726号、同第WO2012/129514号、同第WO2014031687号、同第WO2013/166321号、同第WO2013/071154号、同第WO2013/123061、米国特許出願公開第US2002131960号、同第US2013287748号、同第US20130149337号、米国特許第6,451,995号、同第7,446,190号、同第8,252,592号、同第8,339,645号、同第8,398,282号、同第7,446,179号、同第6,410,319号、同第7,070,995号、同第7,265,209号、同第7,354,762号、同第7,446,191号、同第8,324,353号、同第、および同第8,479,118号、ならびに欧州特許出願第EP2537416号に記載されているもの、ならびに/またはSadelain et al.,Cancer Discov.2013 April;3(4):388−398、Davila et al.(2013)PLoS ONE 8(4):e61338、Turtle et al.,Curr.Opin.Immunol.,2012 October;24(5):633−39、Wu et al.,Cancer,2012 Mar.18(2):160−75によって記載されているものが含まれる。いくつかの態様では、抗原受容体には、米国特許第7,446,190号に記載されているCAR、および国際特許出願公開第WO/2014055668 A1号に記載されているものが含まれる。CARの例には、例えば、WO2014031687、米国特許第8,339,645号、米国特許第7,446,179号、US2013/0149337、米国特許第7,446,190号、米国特許第8,389,282号などの前述の公開特許のうちのいずれかに開示されているCAR、および例えば本明細書で提供されるものなど、抗原結合部分、例えばscFvが、抗体によって代置されるものが含まれる。
キメラ受容体には、キメラ抗原受容体(CAR)がある。CARなどのキメラ受容体は、一般に、抗HLA−ペプチド抗体などの提供される抗HLA−ペプチド ABPのうちの1つを含むか、提供される抗HLA−ペプチド ABPであるか、または提供される抗HLA−ペプチド ABPの中に含まれる、細胞外抗原結合ドメインを含む。したがって、キメラ受容体、例えばCARは、典型的には、それらの細胞外部分に、1つ以上のHLA−ペプチド−ABP、例えば、1つ以上の抗原結合断片、ドメイン、もしくは部分、または1つ以上の抗体可変ドメイン、および/あるいは抗体分子、例えば、本明細書に記載のものを含む。いくつかの実施形態では、CARには、抗体の可変重(VH)鎖領域および/または可変軽(VL)鎖領域などのABP(例えば抗体)分子のHLA−ペプチド結合部分(単数または複数)、例えば、scFv抗体断片が含まれる。
TCR
一態様では、本明細書で提供されるABP、例えば、本明細書に開示のHLA−ペプチド標的に特異的に結合するABPには、T細胞受容体(TCR)が含まれる。TCRは、単離されても、精製されてもよい。
T細胞の大部分では、TCRは、それぞれTRAおよびTRBによってコードされるアルファ(α)鎖およびベータ(β)鎖を有するヘテロ二量体ポリペプチドである。アルファ鎖は、一般に、TRAVによってコードされたアルファ可変領域、TRAJによってコードされたアルファ接合領域、およびTRACによってコードされたアルファ定常領域で構成される。ベータ鎖は、一般に、TRBVによってコードされたベータ可変領域、TRBDによってコードされたベータ多様性領域、TRBJによってコードされたベータ接合領域、およびTRBCによってコードされたベータ定常領域で構成される。TCR−アルファ鎖はVJ組換えによって生成され、β鎖受容体はV(D)J組換えによって生成される。追加のTCRの多様性は、接合部の多様性に起因する。接合部の各々で、いくつかの塩基が削除され、他の塩基が付加され得る(NおよびPヌクレオチドと呼ばれる)。少数のT細胞では、TCRにガンマ鎖およびデルタ鎖が含まれる。TCRガンマ鎖はVJ組換えによって生成され、TCRデルタ鎖はV(D)J組換えによって生成される(参照により全体が本明細書に組み込まれる、Kenneth Murphy,Paul Travers,and Mark Walport,Janeway’s Immunology 7th edition,Garland Science,2007)。TCRの抗原結合部位は、一般に、6つの相補性決定領域(CDR)を含む。アルファ鎖は、アルファCDR1、アルファCDR2、およびαCDR3の3つのCDRを提供する。ベータ鎖も、ベータCDR1、ベータCDR2、およびβCDR3の3つのCDRを提供する。αCDR3およびβCDR3は、V(D)J組換えの影響を最も受ける領域であり、TCRレパートリーにおける変動の大部分の主因である。
TCRは、表Aに開示されているHLA−ペプチド標的などのHLA−ペプチド標的を特異的に認識できるため、TCRは、HLA−ペプチドに特異的に結合するABPであり得る。TCRは、例えば、B細胞により分泌される抗体と同様に、可溶性であり得る。TCRはまた、例えば、T細胞またはNK細胞などの細胞上で膜結合し得る。このため、TCRは、可溶性抗体および/または膜結合CARに対応する状況で使用することができる。
本明細書に開示のTCRのうちのいずれも、アルファ可変領域、アルファ接合領域、任意選択でアルファ定常領域、ベータ可変領域、任意選択でベータ多様性領域、ベータ接合領域、および任意選択でベータ定常領域を含み得る。
いくつかの実施形態では、TCRまたはCARは組換えTCRまたはCARである。組換えTCRまたはCARは、本明細書で特定されるTCRのうちのいずれを含んでもよいが、1つ以上の修飾を含んでもよい。例示的な修飾、例えばアミノ酸置換が、本明細書に記載されている。本明細書に記載のアミノ酸置換は、www.imgt.orgに見られるIMGT命名法およびアミノ酸番号付けを参照して行われ得る。
組換えTCRまたはCARは、完全ヒト配列、例えば天然ヒト配列を含む、ヒトTCRまたはCARであってもよい。組換えTCRまたはCARは、その天然のヒト可変ドメイン配列を保持してもよいが、α定常領域、β定常領域、またはαおよびβ定常領域の両方に対する修飾を含んでもよい。TCR定常領域に対するそのような修飾は、例えば、外因性TCR鎖の優先的対合を駆動することにより、TCR遺伝子療法のためのTCR組立ておよび発現を改善し得る。
いくつかの実施形態では、αおよびβ定常領域は、マウス定常領域配列をヒト定常領域配列全体に置換することにより修飾される。そのような「マウス化」TCRおよびそれらの作製方法は、参照により全体が本明細書に組み込まれるCancer Res.2006 Sep 1;66(17):8878−86に記載されている。
いくつかの実施形態では、αおよびβ定常領域は、特定のヒト残基をマウス残基に入れ替える(ヒト→マウスアミノ酸交換)、ヒトTCR α定常(TRAC)領域、TCR β定常(TRBC)領域、またはTRACおよびTRAB領域における1つ以上のアミノ酸置換を行うことにより修飾される。TRAC領域の1つ以上のアミノ酸置換は、残基90でのSer置換、残基91でのAsp置換、残基92でのVal置換、残基93でのPro置換、またはそれらの任意の組み合わせを含んでもよい。ヒトTRBC領域の1つ以上のアミノ酸置換は、残基18でのLys置換、残基22でのAla置換、残基133でのIle置換、残基139でのHis置換、または上記の任意の組み合わせを含んでもよい。そのような標的化したアミノ酸置換は、参照により全体が本明細書に組み込まれるJ Immunol June 1,2010,184(11)6223−6231に記載されている。
いくつかの実施形態では、ヒトTRACは、残基210にAsp置換を含み、ヒトTRBCは、残基134にLys置換を含む。そのような置換により、α鎖とβ鎖との間の塩橋の形成、およびTCR鎖間ジスルフィド結合の形成が促進され得る。これらの標的化した置換は、参照により全体が本明細書に組み込まれるJ Immunol June 1,2010,184(11)6232−6241に記載されている。
いくつかの実施形態では、ヒトTRACおよびヒトTRBC領域は、追加のジスルフィド結合の形成により外因性TCR鎖の優先的対合を改善し得る導入されたシステインを含むように修飾される。例えば、参照により全体が本明細書に組み込まれるCancer Res.2007 Apr 15;67(8):3898−903 and Blood.2007 Mar 15;109(6):2331−8に記載されているように、ヒトTRACは残基48にCys置換を含んでもよく、ヒトTRBCは残基57にCys置換を含んでもよい。
組換えTCRまたはCARは、α鎖およびβ鎖に対する他の修飾を含んでもよい。
いくつかの実施形態では、αおよびβ鎖の細胞外ドメインを完全ヒトCD3ζ(CD3−ゼータ)分子に連結することにより、αおよびβ鎖が修飾される。そのような修飾は、参照により全体が本明細書に組み込まれる、J Immunol June 1,2008,180(11)7736−7746;遺伝子Ther.2000 Aug;7(16):1369−77、およびThe Open遺伝子Therapy Journal,2011,4:11−22に記載されている。
いくつかの実施形態では、参照により全体が本明細書に組み込まれるJ Immunol June 1,2012,188(11)5538−5546に記載されているように、疎水性アミノ酸置換をα鎖の膜貫通領域に導入することにより、α鎖が修飾される。
アルファまたはベータ鎖は、参照により全体が本明細書に組み込まれるJ Exp Med.2009 Feb 16;206(2):463−475に記載されているように、アミノ酸配列中のN−グリコシル化部位のうちのいずれか1つを改変することにより修飾されてもよい。
アルファおよびベータ鎖は、各々、二量体化ドメイン、例えば、異種二量体化ドメインを含んでもよい。そのような異種ドメインは、当該技術分野で知られているように、ロイシンジッパー、5H3ドメインもしくは疎水性プロリンリッチカウンタードメイン、または他の類似のモダリティであってもよい。一例では、アルファおよびベータ鎖は、アルファおよびベータ細胞外ドメインのカルボキシル末端に30merのセグメントを導入することにより修飾されてもよく、これらのセグメントは、選択的に会合して、安定なロイシンジッパーを形成する。このような修飾については、参照により全体が本明細書に組み込まれるPNAS November 22,1994.91(24)11408−11412;https://doi.org/10.1073/pnas.91.24.11408に記載されている。
本明細書で特定されるTCRは、参照により全体が本明細書に組み込まれるWO2012/013913に記載されるものなど、親和性または半減期を増大する変異を含むように修飾されてもよい。
組換えTCRまたはCARは、一本鎖TCR(scTCR)であってもよい。そのようなscTCRは、TCRα鎖定常領域細胞外配列のN末端に融合したα鎖可変領域配列、TCRβ鎖定常領域細胞外配列のN末端に融合したTCRβ鎖可変領域、およびαセグメントのC末端をβセグメントのN末端に連結するか、またはその逆を行うリンカー配列を含んでもよい。いくつかの実施形態では、scTCRのαおよびβセグメントの定常領域細胞外配列は、ジスルフィド結合により連結する。いくつかの実施形態では、リンカー配列の長さおよびジスルフィド結合の位置は、αおよびβセグメントの可変領域配列が実質的に天然のαβT細胞受容体のように相互に配向されるようなものである。例示的なscTCRは、参照により全体が本明細書に組み込まれる米国特許第7,569,664号に記載されている。
いくつかの場合には、scTCRの可変領域は、遺伝子Therapy volume 7,pages 1369−1377(2000)に記載されているもののように、短いペプチドリンカーによって共有結合で接合していてもよい。短いペプチドリンカーは、セリンリッチまたはグリシンリッチリンカーであってもよい。例えば、リンカーは、参照により全体が組み込まれるCancer遺伝子Therapy(2004)11,487−496に記載されているように、(Gly4Ser)3であってもよい。
組換えTCRまたはその抗原結合断片は、融合タンパク質として発現されてもよい。例えば、TCRまたはその抗原結合断片は、毒素と融合してもよい。そのような融合タンパク質は、Cancer Res.2002 Mar 15;62(6):1757−60に記載されている。TCRまたはその抗原結合断片は、抗体Fc領域と融合してもよい。そのような融合タンパク質は、J Immunol May 1,2017,198(1 Supplement)120.9に記載されている。
いくつかの実施形態では、TCRまたはCARなどの組換え受容体、例えばその抗体部分は、スペーサーをさらに含み、このスペーサーは、ヒンジ領域、例えば、IgG4ヒンジ領域、ならびに/またはCH1/CLおよび/もしくはFc領域などの、免疫グロブリン領域またはその変異体もしくは修飾型の少なくとも一部であるか、あるいはそれを含んでもよい。いくつかの実施形態では、定常領域または定常部分は、IgG4またはIgG1などのヒトIgGのものである。いくつかの態様では、定常領域の部分は、抗原認識成分、例えばscFvと、膜貫通ドメインとの間のスペーサー領域として機能する。スペーサーは、スペーサーの非存在下と比較して、抗原結合後の細胞の応答性を高める長さのものであり得る。いくつかの例では、スペーサーは、長さが12アミノ酸または約12アミノ酸であるか、または長さが12アミノ酸以下である。例示的なスペーサーには、列挙する範囲のうちのいずれかのエンドポイント間のいずれの整数も含めて、少なくとも約10〜229アミノ酸、約10〜200アミノ酸、約10〜175アミノ酸、約10〜150アミノ酸、約10〜125アミノ酸、約10〜100アミノ酸、約10〜75アミノ酸、約10〜50アミノ酸、約10〜40アミノ酸、約10〜30アミノ酸、約10〜20アミノ酸、または約10〜15アミノ酸を有するスペーサーが含まれる。いくつかの実施形態では、スペーサー領域は、約12以下のアミノ酸以下、約119以下のアミノ酸、または約229以下のアミノ酸を有する。例示的なスペーサーには、IgG4ヒンジのみ、CH2およびCH3ドメインに連結したIgG4ヒンジ、またはCH3ドメインに連結したIgG4ヒンジが含まれる。例示的なスペーサーには、Hudecek et al.(2013)Clin.Cancer Res.,19:3153または国際特許出願公開第WO2014031687号に記載されているスペーサーが挙げられるが、これらの限定されない。いくつかの実施形態では、定常領域または部分はIgDのものである。
TCRまたはCARなどの受容体の抗原認識ドメインは、CARの場合、TCR複合体などの抗原受容体複合体をとおした活性化を模倣し、かつ/または別の細胞表面受容体を介してシグナル伝達するシグナル伝達成分など、1つ以上の細胞内シグナル伝達成分に連結することができる。このため、いくつかの実施形態では、HLA−ペプチド特異的結合成分(例えば、抗体またはTCRなどのABP)は、1つ以上の膜貫通および細胞内シグナル伝達ドメインに連結する。いくつかの実施形態では、膜貫通ドメインは細胞外ドメインに融合する。一実施形態では、受容体中のドメインのうちの1つ、例えばCARと自然に会合する膜貫通ドメインが使用される。いくつかの例では、膜貫通ドメインは、同じまたは異なる表面膜タンパク質の膜貫通ドメインへのそのようなドメインの結合を回避して、受容体複合体の他のメンバーとの相互作用を最小限に抑えるように、選択、またはアミノ酸置換により修飾される。
いくつかの実施形態における膜貫通ドメインは、天然源または合成源のいずれかに由来する。供給源が天然である場合、いくつかの態様におけるドメインは、任意の膜結合タンパク質または膜貫通タンパク質に由来する。膜貫通領域には、T細胞受容体、CD28、CD3イプシロン、CD45、CD4、CD5、CDS、CD9、CD16、CD22、CD33、CD37、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137、および/またはCD154のアルファ、ベータ、またはゼータ鎖に由来する(すなわち、少なくともそれらの少なくとも膜貫通領域(複数可)を含む)領域が含まれる。あるいは、いくつかの実施形態における膜貫通ドメインは合成である。いくつかの態様では、合成膜貫通ドメインは、ロイシンおよびバリンなどの主に疎水性の残基を含む。いくつかの態様では、フェニルアラニン、トリプトファン、およびバリンのトリプレットは、合成膜貫通ドメインの各末端に見られる。いくつかの実施形態では、連結は、リンカー、スペーサー、および/または膜貫通ドメイン(複数可)によるものである。
細胞内シグナル伝達ドメインには、天然の抗原受容体をとおしたシグナル、共刺激受容体と組み合わせたそのような受容体をとおしたシグナル、および/または共刺激受容体のみをとおしたシグナルを模倣または近似するものがある。いくつかの実施形態では、短いオリゴまたはポリペプチドリンカー、例えば、グリシンおよびセリン、例えばグリシン−セリンダブレットを含むものなど、長さが2〜10アミノ酸のリンカーが存在し、それらの間の結合を形成する。受容体の膜貫通ドメインと細胞質シグナル伝達ドメインとの間の連結を形成する。
受容体、例えば、TCRまたはCARは、少なくとも1つの細胞内シグナル伝達成分(単数または複数)を含み得る。いくつかの実施形態では、受容体は、T細胞活性化および細胞傷害を媒介するTCR CD3鎖、例えばCD3ゼータ鎖などのTCR複合体の細胞内成分を含む。このため、いくつかの態様では、HLA−ペプチド結合ABP(例えば、抗体)は1つ以上の細胞シグナル伝達モジュールに連結する。いくつかの実施形態では、細胞シグナル伝達モジュールには、CD3膜貫通ドメイン、CD3細胞内シグナル伝達ドメイン、および/または他のCD膜貫通ドメインが含まれる。いくつかの実施形態では、受容体、例えばCARには、Fc受容体−ガンマ、CD8、CD4、CD25、またはCD16などの1つ以上の追加の分子の一部がさらに含まれる。例えば、いくつかの態様では、CARには、CD3−ゼータまたはFc受容体−ガンマと、CD8、CD4、CD25、またはCD16との間のキメラ分子が含まれる。
いくつかの実施形態では、TCRまたはCARのライゲーションの際に、受容体の細胞質ドメインまたは細胞内シグナル伝達ドメインが、免疫細胞、例えば受容体を発現するように操作されたT細胞の正常なエフェクター機能または応答のうちの少なくとも1つを活性化する。例えば、いくつかの状況において、受容体は、細胞溶解活性またはTヘルパー活性などのT細胞の機能、例えば、サイトカインまたは他の因子の分泌を誘導する。いくつかの実施形態では、例えば、エフェクター機能シグナルを伝達する場合、無傷の免疫刺激鎖の代わりに、抗原受容体成分または共刺激分子の細胞内シグナル伝達ドメインの短縮部分が使用される。いくつかの実施形態では、細胞内シグナル伝達ドメイン(単数または複数)には、T細胞受容体(TCR)の細胞質配列が含まれ、またいくつかの態様では、天然の状況でそのような受容体と協働して、抗原受容体の関与に続いてシグナル伝達を開始する共受容体のもの、および/またはそのような分子の誘導体もしくは変異体、および/または同じ機能的能力を有する合成配列が含まれる。
天然TCRの状況において、完全な活性化には、一般に、TCRをとおしたシグナル伝達だけでなく、共刺激シグナルも必要とされる。このため、いくつかの実施形態では、完全な活性化を促進するために、二次または共刺激シグナルを生成するための成分も受容体に含まれる。他の実施形態では、受容体には、共刺激シグナルを生成するための成分コンポーネントは含まれない。いくつかの態様では、追加の受容体が同じ細胞内で発現され、二次または共刺激シグナルを生成するための成分が提供される。
T細胞の活性化は、いくつかの態様において、TCRをとおした抗原依存性一次活性化を介するもの(一次細胞質シグナル伝達配列)、および抗原依存性の様式で作用して、二次または共刺激シグナルを提供するもの(二次細胞質シグナル伝達配列)という2つのクラスの細胞質シグナル伝達配列によって媒介されるものと説明される。いくつかの態様では、受容体には、そのようなシグナル伝達成分の一方または両方が含まれる。
いくつかの態様では、受容体には、TCR複合体の一次活性化を調節する一次細胞質シグナル伝達配列が含まれる。刺激性に作用する一次細胞質シグナル伝達配列には、免疫受容体チロシンベース活性化モチーフまたはITAMとして知られるシグナル伝達モチーフが含まれてもよい。一次細胞質シグナル伝達配列を含むITAMの例には、TCRまたはCD3ゼータ、FcRガンマ、FcRベータ、CD3ガンマ、CD3デルタ、CD3イプシロン、CDS、CD22、CD79a、CD79b、およびCD66dに由来するものが含まれる。いくつかの実施形態では、CAR内の細胞質シグナル伝達分子(複数可)には、細胞質シグナル伝達ドメイン、その一部、またはCD3ゼータに由来する配列が含まれる。
いくつかの実施形態では、受容体には、CD28、4−1BB、OX40、DAP10、およびICOSなどの共刺激受容体のシグナル伝達ドメインおよび/または膜貫通部分が含まれる。いくつかの態様では、同じ受容体に、活性化成分と共刺激成分との両方が含まれる。
いくつかの実施形態では、活性化ドメインは1つの受容体内に含まれるが、共刺激成分は、別の抗原を認識する別の受容体によって提供される。いくつかの実施形態では、受容体には、活性化受容体または刺激受容体、および共刺激受容体が含まれ、両方とも同じ細胞上で発現される(WO2014/055668を参照されたい)。いくつかの態様では、HLA−ペプチド標的化受容体は、刺激受容体または活性化受容体であり、他の態様では、共刺激受容体である。いくつかの実施形態では、細胞には、HLA−ペプチド以外の抗原を認識する受容体などの阻害性受容体(例えば、iCAR、Fedorov et al.,Sci.Transl.Medicine,5(215)(December,2013)参照)がさらに含まれ、これにより、HLA−ペプチド標的化受容体を介して送達される活性化シグナルが、阻害性受容体のそのリガンドへの結合により減退するまたは阻害されて、例えば標的外効果を低減する。
ある特定の実施形態では、細胞内シグナル伝達ドメインは、CD3(例えば、CD3−ゼータ)細胞内ドメインに連結したCD28膜貫通ドメインおよびシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの実施形態では、細胞内シグナル伝達ドメインは、CD3ゼータ細胞内ドメインに連結したキメラCD28およびCD137(4−1BB、TNFRSF9)共刺激ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、受容体は、細胞質部分に、1つ以上、例えば2つ以上の共刺激ドメインおよび活性化ドメイン、例えば一次活性化ドメインを含む。例示的な受容体には、CD3−ゼータ、CD28、および4−1BBの細胞内成分が挙げられる。
いくつかの実施形態では、CAR、またはTCRなどの他の抗原受容体には、細胞表面マーカーなどのマーカーがさらに含まれ、これらを使用して、受容体、例えば、短縮EGFR(tEGFR)などの細胞表面受容体の短縮型を発現するように、細胞の形質導入または操作を確認してもよい。いくつかの態様では、マーカーには、CD34、NGFR、または上皮成長因子受容体(例えば、tEGFR)の全部または一部(例えば、短縮形態)が含まれる。いくつかの実施形態では、マーカーをコードする核酸は、切断可能なリンカー配列またはリボソームスキップ配列、例えばT2Aなどのリンカー配列をコードするポリヌクレオチドに作動可能に連結する。WO2014031687を参照されたい。いくつかの実施形態では、T2Aリボソームスイッチによって分離したCARおよびEGFRtをコードする構築物の導入により、同じ構築物から2つのタンパク質を発現させることができるため、EGFRtは、そのような構築物を発現する細胞を検出するマーカーとして使用することができる。いくつかの実施形態では、マーカー、および任意選択でリンカー配列は、公開特許出願第WO2014031687号に開示されているいずれのものであってもよい。例えば、マーカーは、任意選択でT2Aリボソームスキップ配列などのリンカー配列に連結した切断型EGFR(tEGFR)であり得る。
いくつかの実施形態では、マーカーは、T細胞上に天然に見られない、またはT細胞の表面上に天然に見られない分子、例えば細胞表面タンパク質、またはその一部である。
いくつかの実施形態では、分子は、非自己分子、例えば、非自己タンパク質、すなわち、細胞が養子移入される宿主の免疫系によって「自己」として認識されないものである。
いくつかの実施形態では、マーカーは、治療機能を果たさず、かつ/または遺伝子操作、例えば、操作に成功した細胞の選択のためのマーカーとして使用される以外の効果をもたらさない。他の実施形態では、マーカーは、治療分子または他になんらかの所望の効果を発揮する分子、例えば、養子移入およびリガンドとの遭遇時の細胞の応答を増強および/または抑制する共刺激または免疫チェックポイント分子など、細胞がインビボで遭遇するリガンドであってもよい。
TCRまたはCARは、1つ以上の天然に存在するアミノ酸の代わりに1つまたは修飾された合成アミノ酸を含んでもよい。例示的な修飾されたアミノ酸には、アミノシクロヘキサンカルボン酸、ノルロイシン、α−アミノ n−デカン酸、ホモセリン、S−アセチルアミノメチルシステイン、トランス−3−およびトランス−4−ヒドロキシプロリン、4−アミノフェニルアラニン、4−ニトロフェニルアラニン、4−クロロフェニルアラニン、4−カルボキシフェニルアラニン、(3−フェニルセリン(3−ヒドロキシフェニルアラニン、フェニルグリシン、α−ナフチルアラニン、シクロヘキシルアラニン、シクロヘキシルグリシン、インドリン−2−カルボン酸、1,2,3,4−テトラヒドロイソキノリン−3−カルボン酸、アミノマロン酸、アミノマロン酸モノアミド、N’−ベンジル−N’−メチル−リジン、N’,N’−ジベンジル−リジン、6−ヒドロキシリジン、オルニチン、α−アミノシクロペンタンカルボン酸、α−アミノシクロヘキサンカルボン酸、α−アミノシクロヘプタンカルボン酸、α−(2−アミノ−2−ノルボマン)−カルボン酸、α,γ−ジアミノ酪酸、α,γ−ジアミノプロピオン酸、ホモフェニルアラニン、およびα−tertブチルグリシンが含まれるが、これらに限定されない。
いくつかの場合には、CARは、第1、第2、および/または第3世代のCARと称される。いくつかの態様では、第1世代のCARは、抗原結合時にCD3鎖誘導シグナルのみを提供するCARであり、いくつかの態様では、第2世代のCARは、そのようなシグナルと、CD28またはCD137などの共刺激受容体からの細胞内シグナル伝達ドメインを含むものなどの共刺激シグナルとを提供するCARであり、いくつかの態様では、いくつかの態様における第3世代のCARは、異なる共刺激受容体の複数の共刺激ドメインを含むCARである。
いくつかの実施形態では、キメラ抗原受容体には、本明細書に記載の抗体または断片を含む細胞外部分が含まれる。いくつかの態様では、キメラ抗原受容体には、本明細書に記載の抗体または断片を含む細胞外部分と細胞内シグナル伝達ドメインとが含まれる。いくつかの実施形態では、抗体または断片には、scFvまたは単一ドメインVH抗体が含まれ、細胞内ドメインにはITAMが含まれる。いくつかの態様では、細胞内シグナル伝達ドメインには、CD3−ゼータ(CD3)鎖のゼータ鎖のシグナル伝達ドメインが含まれる。いくつかの実施形態では、キメラ抗原受容体には、細胞外ドメインと細胞内シグナル伝達ドメインとを連結する膜貫通ドメインが含まれる。
いくつかの実施形態では、膜貫通ドメインには、CD28の膜貫通部分が含まれる。細胞外ドメインおよび膜貫通は、直接的または間接的に連結し得る。いくつかの実施形態では、細胞外ドメインおよび膜貫通は、本明細書に記載される任意のものなどのスペーサーにより連結する。いくつかの実施形態では、キメラ抗原受容体には、膜貫通ドメインと細胞内シグナル伝達ドメインとの間などに、T細胞共刺激分子の細胞内ドメインが含まれる。いくつかの態様では、T細胞共刺激分子はCD28または41BBである。
いくつかの実施形態では、CARには、抗体、例えば抗体断片、CD28またはその機能的変異体の膜貫通部分であるかまたはそれを含む膜貫通ドメイン、ならびにCD28またはその機能的変異体のシグナル伝達部分およびCD3ゼータまたはその機能的変異体のシグナル伝達部分を含む細胞内シグナル伝達ドメインが含まれる。いくつかの実施形態では、CARには、抗体、例えば抗体断片、CD28またはその機能的変異体の膜貫通部分であるかまたはそれを含む膜貫通ドメイン、ならびに4−1BBまたはその機能的変異体のシグナル伝達部分およびCD3ゼータまたはその機能的変異体のシグナル伝達部分を含む細胞内シグナル伝達ドメインが含まれる。いくつかのそのような実施形態では、受容体には、ヒンジのみのスペーサーなどの、IgG4ヒンジを含むスペーサーをさらに含む。ヒンジのみのスペーサーのような、Igヒンジ、例えばIgG4ヒンジといった、ヒトIg分子などのIg分子の一部分を含むスペーサーがさらに含まれる。
いくつかの実施形態では、受容体の膜貫通ドメイン、例えばCARは、ヒトCD28またはその変異体の膜貫通ドメイン、例えば、ヒトCD28の27アミノ酸膜貫通ドメイン(受託番号P10747.1)である。
いくつかの実施形態では、キメラ抗原受容体には、T細胞共刺激分子の細胞内ドメインが含まれる。いくつかの態様では、T細胞共刺激分子はCD28または41BBである。
いくつかの実施形態では、細胞内シグナル伝達ドメインは、ヒトCD28またはその機能的変異体もしくは部分の細胞内共刺激シグナル伝達ドメイン、例えば、その41アミノ酸ドメインおよび/または天然CD28タンパク質の位置186〜187にLLからGGへの置換を有するドメインを含む。いくつかの実施形態では、細胞内ドメインは、41BBまたはその機能的変異体もしくは部分の細胞内共刺激シグナル伝達ドメイン、例えば、ヒト4−1BB(受託番号Q07011.1)またはその機能的変異体もしくは部分の42アミノ酸細胞質ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、細胞内シグナル伝達ドメインは、ヒトCD3ゼータのアイソフォーム3の112 AA細胞質ドメインなどのヒトCD3ゼータ刺激シグナル伝達ドメインもしくはその機能的変異体(受託番号:P20963.2)、または米国特許第7,446,190号もしくは米国特許第8,911,993号に記載されているCD3ゼータシグナル伝達ドメインを含む。
いくつかの態様では、スペーサーは、IgG4またはIgG1のヒンジのみなど、IgGのヒンジ領域のみを含む。他の実施形態では、スペーサーは、CH2および/またはCH3ドメインに連結したIgヒンジ、例えば、IgG4ヒンジである。いくつかの実施形態では、スペーサーは、CH2およびCH3ドメインに連結さしたIgヒンジ、例えば、IgG4ヒンジである。いくつかの実施形態では、スペーサーは、CH3ドメインのみに連結したIgヒンジ、例えば、IgG4ヒンジである。いくつかの実施形態では、スペーサーは、グリシン−セリンに富む配列、または既知の可動性リンカーなどの他の可動性リンカーであるか、またはそれらを含む。
例えば、いくつかの実施形態では、CARには、抗体またはその断片、例えば、本明細書に記載のsdAb(例えば、VH領域のみを含むもの)およびscFvを含むHLA−ペプチド抗体のうちのいずれか、スペーサー、例えば、スペーサーを含むIg−ヒンジのうちのいずれか、CD28膜貫通ドメイン、CD28細胞内シグナル伝達ドメイン、ならびにCD3ゼータシグナル伝達ドメインが含まれる。いくつかの実施形態では、CARには、抗体または断片、例えば、本明細書に記載のsdAbおよびscFvを含むHLA−ペプチド抗体のうちのいずれか、スペーサー、例えば、スペーサーを含むIg−ヒンジのうちのいずれか、CD28膜貫通ドメイン、CD28細胞内シグナル伝達ドメイン、ならびにCD3ゼータシグナル伝達ドメインが含まれる。
A*02:01_LLASSILCA(SEQ ID NO:2737)[G7]に対する標的特異的なTCR
いくつかの態様において、HLA−ペプチド標的に特異的に結合するTCRまたはその抗原結合断片を含むABPが本明細書で提供され、HLA−ペプチド標的のHLAクラスI分子は、HLAサブタイプA*02:01であり、HLA−ペプチド標的のHLA拘束性ペプチドは、配列LLASSILCA(SEQ ID NO:2737)(「G7」)を含む。
A*02:01_LLASSILCA(SEQ ID NO:2737)に特異的なTCRは、αCDR3配列を含んでもよい。αCDR3配列は、SEQ ID NO:4277、4278、4279、4280、または4281であってもよい。
A*02:01_LLASSILCA(SEQ ID NO:2737)に特異的なTCRは、βCDR3配列を含んでもよい。βCDR3配列は、SEQ ID NO:4291〜4295のうちのいずれであってもよい。
A*02:01_LLASSILCA(SEQ ID NO:2737)に特異的なTCRは、特定のαCDR3配列および特定のβCDR3配列を含んでもよい。αCDR3はSEQ ID NO:4277であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:4291であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:4278であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:4292であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:4279であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:4293であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:4280であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:4294であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:4281であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:4295であってもよい。
A*02:01_LLASSILCA(SEQ ID NO:2737)に特異的なTCRは、SEQ ID NO:4277であるαCDR3およびSEQ ID NO:4291であるベータCDR3を含んでもよい。A*02:01_LLASSILCA(SEQ ID NO:2737)に特異的なTCRは、SEQ ID NO:4278であるαCDR3およびSEQ ID NO:4292であるベータCDR3を含んでもよい。A*02:01_LLASSILCA(SEQ ID NO:2737)に特異的なTCRは、SEQ ID NO:4279であるαCDR3およびSEQ ID NO:4293であるベータCDR3を含んでもよい。A*02:01_LLASSILCA(SEQ ID NO:2737)に特異的なTCRは、SEQ ID NO:4280であるαCDR3およびSEQ ID NO:4294であるベータCDR3を含んでもよい。A*02:01_LLASSILCA(SEQ ID NO:2737)に特異的なTCRは、SEQ ID NO:4281であるαCDR3およびSEQ ID NO:4295であるベータCDR3を含んでもよい。
A*02:01_LLASSILCA(SEQ ID NO:2737)に特異的なTCRは、TRAV、TRAJ、TRBV、任意選択でTRBD、およびTRBJアミノ酸配列、任意選択でTRAC配列および任意選択でTRBC配列を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV19、TRAJ4、TRBV6−5、TRBD2、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV5、TRAJ13、TRBV7−9、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV3、TRAJ39、TRBV7−9、およびTRBJ2−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV38−2DV8、TRAJ21、TRBV9、TRBD1、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV4、TRAJ9、TRBV27、およびTRBJ1−5を含んでもよい。
A*02:01_LLASSILCA(SEQ ID NO:2737)に特異的なTCRは、アルファVJ配列を含んでもよい。アルファVJ配列は、SEQ ID NO:4306〜4310のうちのいずれであってもよい。
A*02:01_LLASSILCA(SEQ ID NO:2737)に特異的なTCRは、ベータV(D)J配列を含んでもよい。ベータV(D)J配列は、SEQ ID NO:4321〜4325のうちのいずれであってもよい。
いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:4306であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4321である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:4307であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4322である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:4308であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4323である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:4309であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4324である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:4310であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4325である。
A*01:01_EVDPIGHLY(SEQ ID NO:3051)に対する標的特異的なTCR
いくつかの態様において、HLA−ペプチド標的に特異的に結合するTCRまたはその抗原結合断片を含むABPが本明細書で提供され、HLA−ペプチド標的のHLAクラスI分子は、HLAサブタイプA*01:01であり、HLA−ペプチド標的のHLA拘束性ペプチドは、配列EVDPIGHLY(SEQ ID NO:3051)を含む。
A*01:01_EVDPIGHLY(SEQ ID NO:3051)に特異的なTCRは、αCDR3配列を含んでもよい。αCDR3配列は、SEQ ID NO:3052〜3350または4273〜4276のうちのいずれであってもよい。
A*01:01_EVDPIGHLY(SEQ ID NO:3051)に特異的なTCRは、βCDR3配列を含んでもよい。βCDR3配列は、SEQ ID NO:3351〜3655または4287〜4290のうちのいずれであってもよい。
A*01:01_EVDPIGHLY(SEQ ID NO:3051)に特異的なTCRは、特定のαCDR3配列および特定のβCDR3配列を含んでもよい。αCDR3はSEQ ID NO:4273であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:4287であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:4274であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:4288であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:4275であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:4289であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:4276であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:4290であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3052であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3351であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3053であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3352であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3054であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3353であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3052であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3352であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3055であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3354であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3056であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3355であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3057であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3356であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3058であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3357であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3059であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3358であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3060であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3359であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3061であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3360であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3062であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3361であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3063であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3362であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3053であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3351であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3057であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3352であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3064であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3363であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3065であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3364であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3054であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3352であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3066であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3365であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3067であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3366であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3068であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3367であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3069であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3368であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3052であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3356であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3070であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3369であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3052であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3355であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3071であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3370であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3052であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3353であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3072であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3371であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3073であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3372であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3057であってもよく、βCDR3はSEQ ID 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SEQ ID NO:3115であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3416であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3116であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3417であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3117であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3418であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3118であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3419であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3119であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3420であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3120であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3352であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3121であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3421であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3054であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3367であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3122であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3422であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3123であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3423であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3124であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3424であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3112であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3351であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3060であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3352であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3059であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3351であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3071であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3355であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3125であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3425であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3126であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3426であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3127であってもよく、βCDR3はSEQ ID 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R3はSEQ ID NO:3486であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3185であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3487であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3186であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3488であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3187であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3489であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3188であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3482であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3189であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3490であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3190であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3491であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3191であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3492であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3192であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3493であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3193であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3494であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3194であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3495であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3195であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3496であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3196であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3497であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3197であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3498であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3198であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3499であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3199であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3500であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3137であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3449であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3200であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3436であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3201であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3501であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3138であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3436であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3202であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3502であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3203であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3503であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3204であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3504であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3205であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3505であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3206であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3506であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3207であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3507であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3148であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3440であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3208であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3508であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3209であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3509であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3210であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3510であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3211であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3511であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3212であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3512であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3213であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3513であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3214であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3514であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3215であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3515であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3216であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3516であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3217であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3517であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3218であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3518であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3219であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3519であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3220であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3520であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3221であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3521であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3217であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3518であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3222であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3522であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3223であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3523であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3224であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3524であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3225であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3525であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3226であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3526であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3227であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3527であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3228であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3528であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3229であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3529であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3230であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3530であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3217であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3525であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3231であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3531であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3232であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3532であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3233であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3520であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3217であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3530であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3234であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3533であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3235であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3534であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3217であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3532であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3236であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3535であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3237であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3536であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3238であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3537であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3239であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3538であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3240であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3539であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3241であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3540であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3242であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3541であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3243であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3542であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3244であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3543であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3245であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3544であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3246であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3545であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3247であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3546であってもよい。
αCDR3はSEQ ID NO:3248であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3547であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3249であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3548であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3217であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3524であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3250であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3549であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3251であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3550であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3252であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3551であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3253であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3552であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3254であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3553であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3255であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3554であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3256であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3555であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3257であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3556であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3258であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3557であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3259であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3558であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3260であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3559であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3261であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3560であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3217であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3519であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3262であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3561であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3263であってもよく、βCDR3はSEQ ID 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NO:3230であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3517であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3276であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3578であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3277であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3579であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3278であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3580であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3279であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3581であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3280であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3582であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3281であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3583であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3282であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3584であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3283であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3585であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3284であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3586であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3285であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3587であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3286であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3588であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3287であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3589であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3288であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3590であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3289であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3591であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3290であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3592であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3291であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3593であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3292であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3594であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3293であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3595であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3294であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3596であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3295であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3597であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3219であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3598であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3296であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3599であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3217であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3600であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3297であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3601であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3298であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3602であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3299であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3603であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3300であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3604であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3301であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3605であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3302であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3606であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3303であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3607であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3304であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3608であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3305であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3609であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3306であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3610であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3307であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3611であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3289であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3595であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3308であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3612であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3309であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3613であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3310であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3614であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3311であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3615であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3312であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3616であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3313であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3617であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3314であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3618であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3289であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3619であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3315であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3620であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3316であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3621であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3317であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3622であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3318であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3623であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3319であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3624であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3320であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3625であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3321であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3626であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3322であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3627であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3323であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3628であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3324であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3629であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3325であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3602であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3326であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3630であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3327であっても
よく、βCDR3はSEQ ID NO:3631であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3328であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3632であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3289であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3598であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3329であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3633であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3330であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3634であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3331であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3635であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3332であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3636であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3333であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3637であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3334であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3638であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3335であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3639であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3336であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3640であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3337であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3641であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3338であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3642であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3290であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3596であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3339であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3643であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3290であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3601であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3340であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3644であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3289であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3611であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3341であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3645であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3342であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3646であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3343であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3647であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3142であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3648であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3344であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3649であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3345であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3650であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3290であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3614であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3346であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3651であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3347であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3652であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3348であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3653であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3349であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3654であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3350であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:3655であってもよい。
A*01:01_EVDPIGHLY(SEQ ID NO:3051)に特異的なTCRは、TRAV、TRAJ、TRBV、任意選択でTRBD、およびTRBJアミノ酸配列、任意選択でTRAC配列および任意選択でTRBC配列を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV24、TRAJ31、TRBV3−1、TRBD1、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV3、TRAJ6、TRBV19、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ26、TRBV27、TRBD1、およびTRBJ1−6を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV20、TRAJ15、TRBV27、およびTRBJ2−3を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−3、TRAJ20、TRBV20−1、TRBD2、およびTRBJ1−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV19、TRAJ40、TRBV20−1、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ4、TRBV10−3、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−3、TRAJ20、TRBV20−1、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV1−1、TRAJ4、TRBV9、TRBD1、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−1、TRAJ17、TRBV6−1、TRBD2、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV4、TRAJ47、TRBV20−1、TRBD2、およびTRBJ2−3を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ6、TRBV5−4、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−1、TRAJ11、TRBV11−3、TRBD1、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ31、TRBV5−1、TRBD1、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ33、TRBV5−1、TRBD1、およびTRBJ2−3を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV34、TRAJ40、TRBV9、TRBD2、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV29DV5、TRAJ29、TRBV7−9、TRBD1、およびTRBJ2−3を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV19、TRAJ40、TRBV20−1、TRBD2、およびTRBJ1−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV4、TRAJ47、TRBV20−1、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ54、TRBV5−1、TRBD1、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ42、TRBV7−9、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ4、TRBV20−1、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ40、TRBV29−1、およびTRBJ2−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV29DV5、TRAJ49、TRBV10−2、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ40、TRBV27、TRBD2、およびTRBJ2−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ11、TRBV5−4、およびTRBJ2−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−3、TRAJ20、TRBV20−1、TRBD2、およびTRBJ2−3を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV26−2、TRAJ49、TRBV19、およびTRBJ1−5を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−3、TRAJ20、TRBV6−1、TRBD2、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV17、TRAJ34、TRBV11−1、TRBD1、およびTRBJ1−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−3、TRAJ20、TRBV10−3、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ26、TRBV5−6、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV29DV5、TRAJ4、TRBV27、TRBD1、およびTRBJ1−5を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV4、TRAJ47、TRBV20−1、TRBD2、およびTRBJ1−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV13−1、TRAJ49、TRBV27、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−1、TRAJ10、TRBV25−1、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV29DV5、TRAJ39、TRBV7−9、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ47、TRBV9、TRBD1、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV39、TRAJ41、TRBV13、およびTRBJ1−4を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV17、TRAJ53、TRBV29−1、TRBD1、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV26−1、TRAJ42、TRBV19、TRBD1、およびTRBJ2−3を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV8−6、TRAJ50、TRBV9、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV19、TRAJ10、TRBV7−9、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV8−4、TRAJ42、TRBV3−1、TRBD2、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−1、TRAJ47、TRBV5−8、TRBD1、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV29DV5、TRAJ42、TRBV10−3、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV13−2、TRAJ20、TRBV27、TRBD2、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV10、TRAJ9、TRBV3−1、TRBD1、およびTRBJ1−3を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV19、TRAJ27、TRBV27、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV9−2、TRAJ20、TRBV12−4、TRBD1、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−2、TRAJ20、TRBV7−6、TRBD2、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−1、TRAJ17、TRBV20−1、TRBD2、およびTRBJ1−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV30、TRAJ58、TRBV19、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV8−1、TRAJ43、TRBV7−8、TRBD2、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV13−1、TRAJ9、TRBV9、TRBD1、およびTRBJ2−5を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−1、TRAJ29、TRBV6−1、TRBD1、およびTRBJ1−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV19、TRAJ40、TRBV20−1、TRBD2、およびTRBJ2−3を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ43、TRBV7−3、およびTRBJ2−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ4、TRBV5−1、TRBD1、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV26−2、TRAJ32、TRBV24−1、TRBD1、およびTRBJ2−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ4、TRBV20−1、TRBD2、およびTRBJ1−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV19、TRAJ15、TRBV7−8、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV19、TRAJ40、TRBV6−1、TRBD2、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−2、TRAJ13、TRBV25−1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV29DV5、TRAJ54、TRBV7−8、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV19、TRAJ53、TRBV20−1、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV23DV6、TRAJ36、TRBV9、TRBD2、およびTRBJ1−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV19、TRAJ40、TRBV10−3、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV8−6、TRAJ32、TRBV19、TRBD1、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV1−1、TRAJ13、TRBV14、TRBD1、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ6、TRBV20−1、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ44、TRBV9、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV29DV5、TRAJ3、TRBV3−1、TRBD2、およびTRBJ2−5を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV17、TRAJ39、TRBV7−2、およびTRBJ1−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV26−2、TRAJ12、TRBV7−9、TRBD1、およびTRBJ1−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV29DV5、TRAJ22、TRBV11−3、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ20、TRBV12−4、TRBD2、およびTRBJ2−3を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−3、TRAJ3、TRBV27、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV27、TRAJ33、TRBV6−5、TRBD2、およびTRBJ2−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV13−1、TRAJ22、TRBV12−4、TRBD1、およびTRBJ2−3を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV26−1、TRAJ34、TRBV27、およびTRBJ1−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV10、TRAJ4、TRBV7−9、TRBD1、およびTRBJ2−4を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ6、TRBV20−1、TRBD2、およびTRBJ1−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−3、TRAJ20、TRBV9、TRBD1、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ26、TRBV10−3、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−2、TRAJ20、TRBV18、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV9−2、TRAJ23、TRBV11−3、TRBD1、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ6、TRBV6−1、TRBD2、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−3、TRAJ20、TRBV7−8、TRBD1、およびTRBJ2−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV9−2、TRAJ23、TRBV10−3、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV24、TRAJ45、TRBV
5−4、TRBD1、およびTRBJ1−4を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV13−1、TRAJ3、TRBV27、TRBD2、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV20、TRAJ20、TRBV7−2、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV8−4、TRAJ42、TRBV9、TRBD1、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV1−2、TRAJ31、TRBV7−9、TRBD1、およびTRBJ1−5を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−1、TRAJ13、TRBV20−1、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−1、TRAJ4、TRBV28、TRBD2、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ4、TRBV27、TRBD2、およびTRBJ2−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV3、TRAJ9、TRBV7−9、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV26−1、TRAJ42、TRBV19、およびTRBJ2−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ47、TRBV19、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV26−1、TRAJ34、TRBV20−1、TRBD2、およびTRBJ1−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ31、TRBV20−1、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−1、TRAJ11、TRBV20−1、TRBD2、およびTRBJ1−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV17、TRAJ34、TRBV6−1、TRBD2、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV13−2、TRAJ47、TRBV19、TRBD2、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV29DV5、TRAJ28、TRBV27、TRBD2、およびTRBJ2−4を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV13−2、TRAJ17、TRBV27、TRBD2、およびTRBJ1−5を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV38−2DV8、TRAJ57、TRBV5−4、TRBD1、およびTRBJ1−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV17、TRAJ32、TRBV7−8、TRBD2、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ39、TRBV20−1、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−3、TRAJ20、TRBV7−9、TRBD1、およびTRBJ2−3を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV1−1、TRAJ4、TRBV20−1、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−1、TRAJ9、TRBV2、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV19、TRAJ32、TRBV9、TRBD1、およびTRBJ1−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV8−3、TRAJ6、TRBV9、TRBD2、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV19、TRAJ40、TRBV7−9、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV5、TRAJ37、TRBV5−6、TRBD2、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ33、TRBV20−1、TRBD2、およびTRBJ1−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV29DV5、TRAJ3、TRBV20−1、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV1−1、TRAJ4、TRBV20−1、TRBD2、およびTRBJ1−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ6、TRBV10−3、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV19、TRAJ23、TRBV9、TRBD1、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−2、TRAJ20、TRBV11−2、TRBD2、およびTRBJ2−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV1−2、TRAJ15、TRBV24−1、TRBD2、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ9、TRBV5−4、およびTRBJ1−6を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV8−6、TRAJ12、TRBV7−9、TRBD1、およびTRBJ2−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ31、TRBV11−2、TRBD2、およびTRBJ1−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ41、TRBV9、TRBD1、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV25、TRAJ28、TRBV7−2、TRBD2、およびTRBJ2−6を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ33、TRBV10−3、TRBD1、およびTRBJ1−3を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ49、TRBV5−1、TRBD1、およびTRBJ2−5を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV1−1、TRAJ34、TRBV6−6、およびTRBJ1−5を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV24、TRAJ6、TRBV7−2、TRBD1、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV1−1、TRAJ15、TRBV6−6、およびTRBJ1−5を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ15、TRBV29−1、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ43、TRBV12−4、およびTRBJ1−5を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ30、TRBV9、TRBD1、およびTRBJ1−4を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ31、TRBV5−1、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV26−1、TRAJ45、TRBV19、TRBD2、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ43、TRBV24−1、TRBD2、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ31、TRBV24−1、TRBD2、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV29DV5、TRAJ28、TRBV4−1、TRBD1、およびTRBJ1−4を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV26−2、TRAJ44、TRBV27、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ31、TRBV9、TRBD1、およびTRBJ1−5を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ36、TRBV9、TRBD1、およびTRBJ1−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ9、TRBV9、TRBD1、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV8−3、TRAJ15、TRBV4−1、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ43、TRBV24−1、TRBD1、およびTRBJ2−3を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV29DV5、TRAJ40、TRBV7−9、TRBD1、およびTRBJ1−6を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV30、TRAJ32、TRBV28、TRBD1、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV38−2DV8、TRAJ26、TRBV7−9、TRBD2、およびTRBJ2−5を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−1、TRAJ6、TRBV20−1、TRBD1、およびTRBJ1−3を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ47、TRBV5−1、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV38−2DV8、TRAJ45、TRBV29−1、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ15、TRBV7−2、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−2、TRAJ29、TRBV9、TRBD1、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV3、TRAJ6、TRBV28、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ9、TRBV10−3、TRBD1、およびTRBJ1−3を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV1−2、TRAJ15、TRBV7−9、TRBD1、およびTRBJ2−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV8−6、TRAJ40、TRBV15、およびTRBJ2−5を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV38−2DV8、TRAJ57、TRBV13、TRBD1、およびTRBJ1−4を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV8−6、TRAJ10、TRBV7−9、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ20、TRBV5−4、TRBD1、およびTRBJ1−5を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV13−1、TRAJ28、TRBV7−8、TRBD1、およびTRBJ1−5を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ9、TRBV24−1、TRBD2、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV1−2、TRAJ15、TRBV2、TRBD2、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV35、TRAJ26、TRBV27、TRBD1、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV38−2DV8、TRAJ43、TRBV5−1、TRBD2、およびTRBJ2−5を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV5、TRAJ32、TRBV19、TRBD2、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV13−1、TRAJ21、TRBV5−1、TRBD2、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−2、TRAJ45、TRBV12−4、TRBD1、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ31、TRBV12−5、およびTRBJ2−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV24、TRAJ52、TRBV27、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ52、TRBV19、TRBD1、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV36DV7、TRAJ44、TRBV7−9、TRBD1、およびTRBJ2−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV3、TRAJ29、TRBV11−2、TRBD1、およびTRBJ2−5を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV1−1、TRAJ15、TRBV13、TRBD1、およびTRBJ1−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV29DV5、TRAJ52、TRBV11−3、TRBD1、およびTRBJ2−3を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−1、TRAJ6、TRBV19、TRBD1、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV19、TRAJ13、TRBV27、TRBD2、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV17、TRAJ43、TRBV12−3、およびTRBJ1−4を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−3、TRAJ20、TRBV12−4、およびTRBJ2−1を含んで
もよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ52、TRBV4−1、TRBD2、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ23、TRBV19、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV1−1、TRAJ30、TRBV13、TRBD1、およびTRBJ1−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−2、TRAJ43、TRBV12−4、TRBD2、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV24、TRAJ10、TRBV5−1、TRBD1、およびTRBJ1−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV5、TRAJ9、TRBV4−1、TRBD2、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ40、TRBV7−8、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV13−1、TRAJ45、TRBV9、TRBD1、およびTRBJ1−6を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−1、TRAJ26、TRBV4−1、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV26−2、TRAJ45、TRBV19、およびTRBJ1−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV22、TRAJ23、TRBV5−4、TRBD1、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV19、TRAJ42、TRBV28、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV17、TRAJ52、TRBV7−8、TRBD1、およびTRBJ1−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−1、TRAJ39、TRBV3−1、TRBD1、およびTRBJ2−3を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ9、TRBV5−1、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV1−1、TRAJ5、TRBV24−1、TRBD2、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV23DV6、TRAJ13、TRBV6−5、TRBD1、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV8−6、TRAJ12、TRBV24−1、TRBD2、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV1−2、TRAJ28、TRBV27、およびTRBJ2−3を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV29DV5、TRAJ34、TRBV4−1、TRBD2、およびTRBJ2−3を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−1、TRAJ21、TRBV28、TRBD1、およびTRBJ1−5を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV9−2、TRAJ29、TRBV5−8、TRBD2、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV27、TRAJ40、TRBV7−6、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ31、TRBV7−8、TRBD1、およびTRBJ1−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ30、TRBV9、TRBD1、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV19、TRAJ30、TRBV20−1、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV1−1、TRAJ26、TRBV12−5、TRBD2、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV1−2、TRAJ33、TRBV9、TRBD2、およびTRBJ2−3を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV26−1、TRAJ50、TRBV27、TRBD1、およびTRBJ2−3を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV40、TRAJ41、TRBV6−5、TRBD2、およびTRBJ1−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−2、TRAJ31、TRBV7−9、TRBD1、およびTRBJ1−5を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV5、TRAJ43、TRBV5−1、TRBD1、およびTRBJ2−3を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV24、TRAJ52、TRBV5−1、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV1−2、TRAJ11、TRBV7−6、TRBD1、およびTRBJ1−3を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ33、TRBV5−1、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ39、TRBV10−3、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ20、TRBV14、TRBD1、およびTRBJ1−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV29DV5、TRAJ48、TRBV7−9、TRBD1、およびTRBJ1−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV13−1、TRAJ22、TRBV29−1、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ33、TRBV10−3、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV39、TRAJ49、TRBV24−1、TRBD1、およびTRBJ1−4を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV13−1、TRAJ23、TRBV27、TRBD1、およびTRBJ1−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ9、TRBV9、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ33、TRBV9、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV19、TRAJ28、TRBV19、TRBD1、およびTRBJ1−4を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV10、TRAJ8、TRBV5−1、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ48、TRBV27、TRBD2、およびTRBJ2−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−2、TRAJ4、TRBV7−2、TRBD2、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ31、TRBV5−1、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ33、TRBV9、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ6、TRBV6−6、TRBD1、およびTRBJ1−5を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ29、TRBV5−1、TRBD2、およびTRBJ2−5を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV41、TRAJ41、TRBV7−9、TRBD1、およびTRBJ1−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ33、TRBV5−1、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV17、TRAJ39、TRBV27、TRBD2、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV13−2、TRAJ13、TRBV9、およびTRBJ1−3を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ33、TRBV5−1、TRBD2、およびTRBJ2−5を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV17、TRAJ57、TRBV9、TRBD2、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV5、TRAJ44、TRBV7−9、TRBD1、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV3、TRAJ39、TRBV27、TRBD1、およびTRBJ1−5を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV1−2、TRAJ4、TRBV11−1、TRBD2、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV38−2DV8、TRAJ40、TRBV7−8、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV8−3、TRAJ41、TRBV7−9、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV5、TRAJ4、TRBV11−2、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV24、TRAJ49、TRBV6−5、TRBD1、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV4、TRAJ45、TRBV24−1、TRBD2、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV29DV5、TRAJ48、TRBV20−1、TRBD2、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV26−2、TRAJ44、TRBV6−1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ27、TRBV7−9、およびTRBJ1−6を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV26−1、TRAJ49、TRBV7−9、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−1、TRAJ5、TRBV7−8、TRBD1、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ33、TRBV9、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ20、TRBV27、TRBD1、およびTRBJ2−4を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV39、TRAJ42、TRBV9、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV1−2、TRAJ39、TRBV27、TRBD2、およびTRBJ1−4を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV1−1、TRAJ34、TRBV9、TRBD1、およびTRBJ2−3を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV25、TRAJ34、TRBV29−1、TRBD1、およびTRBJ1−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV39、TRAJ39、TRBV30、TRBD1、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ6、TRBV20−1、TRBD2、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV8−6、TRAJ30、TRBV9、TRBD2、およびTRBJ2−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ18、TRBV27、TRBD1、およびTRBJ1−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−3、TRAJ23、TRBV11−3、TRBD1、およびTRBJ2−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−1、TRAJ47、TRBV5−6、およびTRBJ1−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV22、TRAJ31、TRBV5−6、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ33、TRBV14、TRBD1、およびTRBJ1−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV1−2、TRAJ31、TRBV2、TRBD2、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV1−2、TRAJ5、TRBV20−1、TRBD2、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ33、TRBV5−1、TRBD1、およびTRBJ1−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV16、TRAJ28、TRBV7−9、TRBD1、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV13−1、TRAJ12、TRBV20−1、TRBD2、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV17、TRAJ52、TRBV29−1、TRBD2、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV36DV7、TRAJ49、TRBV15、TRBD2、およびTRBJ2−3を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−3、TRAJ58、TRBV12−4、TRBD2、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、T
RAV16、TRAJ18、TRBV27、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ33、TRBV27、TRBD2、およびTRBJ2−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−2、TRAJ48、TRBV27、およびTRBJ2−6を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ33、TRBV2、TRBD1、およびTRBJ1−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV29DV5、TRAJ37、TRBV5−4、TRBD2、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ20、TRBV24−1、TRBD1、およびTRBJ1−4を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−2、TRAJ6、TRBV15、TRBD1、およびTRBJ2−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−1、TRAJ42、TRBV27、TRBD1、およびTRBJ1−5を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV1−1、TRAJ23、TRBV25−1、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV38−1、TRAJ28、TRBV5−1、TRBD1、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ33、TRBV2、TRBD1、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ31、TRBV5−1、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV8−6、TRAJ42、TRBV27、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV40、TRAJ32、TRBV7−6、およびTRBJ2−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV5、TRAJ5、TRBV20−1、TRBD1、およびTRBJ2−5を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−1、TRAJ40、TRBV4−1、およびTRBJ2−5を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV13−2、TRAJ53、TRBV5−1、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−2、TRAJ48、TRBV5−6、TRBD1、およびTRBJ2−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−3、TRAJ15、TRBV20−1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−3、TRAJ23、TRBV13、TRBD1、およびTRBJ2−3を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV13−2、TRAJ9、TRBV7−3、およびTRBJ1−6を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ45、TRBV5−1、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV25、TRAJ31、TRBV29−1、TRBD1、およびTRBJ1−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV34、TRAJ37、TRBV28、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV1−2、TRAJ9、TRBV9、TRBD1、およびTRBJ2−6を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ36、TRBV9、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−1、TRAJ34、TRBV6−1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−1、TRAJ26、TRBV11−3、TRBD1、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV17、TRAJ36、TRBV5−4、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ49、TRBV4−1、TRBD1、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−1、TRAJ13、TRBV9、TRBD2、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV24、TRAJ7、TRBV7−9、TRBD1、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ20、TRBV9、TRBD2、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV13−2、TRAJ49、TRBV6−1、TRBD1、およびTRBJ2−5を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ33、TRBV5−5、TRBD1、およびTRBJ1−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−1、TRAJ39、TRBV4−2、TRBD2、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV26−2、TRAJ30、TRBV9、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV20、TRAJ45、TRBV5−4、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ31、TRBV7−8、TRBD2、およびTRBJ1−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV38−2DV8、TRAJ48、TRBV2、TRBD1、およびTRBJ1−5を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV25、TRAJ15、TRBV9、TRBD1、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ49、TRBV5−4、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ12、TRBV27、TRBD1、およびTRBJ2−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV38−2DV8、TRAJ54、TRBV24−1、およびTRBJ2−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV17、TRAJ52、TRBV27、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ28、TRBV9、TRBD2、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ36、TRBV4−1、TRBD1、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ31、TRBV5−4、およびTRBJ1−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ33、TRBV5−1、TRBD1、およびTRBJ2−3を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−1、TRAJ43、TRBV6−5、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ41、TRBV9、およびTRBJ2−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV19、TRAJ40、TRBV20−1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−2、TRAJ52、TRBV6−1、TRBD2、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV26−1、TRAJ57、TRBV2、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ36、TRBV12−4、TRBD1、およびTRBJ1−6を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV8−4、TRAJ34、TRBV7−9、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV19、TRAJ32、TRBV7−9、およびTRBJ1−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ6、TRBV3−1、TRBD2、およびTRBJ1−4を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV13−2、TRAJ29、TRBV5−1、およびTRBJ2−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV14DV4、TRAJ26、TRBV7−9、TRBD1、およびTRBJ2−5を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV35、TRAJ44、TRBV27、TRBD1、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ24、TRBV27、TRBD1、およびTRBJ1−6を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV25、TRAJ21、TRBV28、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV3、TRAJ36、TRBV28、およびTRBJ1−5を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV26−2、TRAJ52、TRBV5−6、TRBD2、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV8−6、TRAJ40、TRBV9、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ42、TRBV28、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−1、TRAJ32、TRBV20−1、TRBD1、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV24、TRAJ24、TRBV28、TRBD2、およびTRBJ2−5を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ36、TRBV9、TRBD2、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−1、TRAJ26、TRBV2、およびTRBJ1−6を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ31、TRBV29−1、TRBD1、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV39、TRAJ33、TRBV6−1、およびTRBJ1−5を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV3、TRAJ38、TRBV27、TRBD2、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV10、TRAJ33、TRBV30、TRBD2、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ20、TRBV2、TRBD1、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV13−1、TRAJ20、TRBV5−1、TRBD1、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV27、TRAJ45、TRBV27、TRBD1、およびTRBJ1−6を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ18、TRBV9、TRBD1、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV26−2、TRAJ28、TRBV27、およびTRBJ1−5を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−1、TRAJ34、TRBV9、TRBD2、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV13−2、TRAJ40、TRBV4−1、およびTRBJ1−3を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−1、TRAJ34、TRBV4−2、TRBD2、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV13−2、TRAJ46、TRBV7−9、TRBD1、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ36、TRBV9、TRBD2、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV1−2、TRAJ20、TRBV11−3、TRBD1、およびTRBJ2−3を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV3、TRAJ6、TRBV12−4、TRBD1、およびTRBJ2−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV25、TRAJ32、TRBV19、TRBD1、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ33、TRBV9、TRBD1、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV19、TRAJ53、TRBV7−7、TRBD1、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−1、TRAJ20、TRBV10−3、TRBD2、およびTRBJ2−3を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV12−1、TRAJ34、TRBV6−5、TRBD1、およびTRBJ2−7を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV26−2、TRAJ43、TRBV25−1、TRBD1、およびTRBJ1−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV8−6、TRAJ20、TRBV7−9、TRBD1、およびTRBJ2−2を含
んでもよい。そのようなTCRは、TRAV3、TRAJ18、TRBV20−1、TRBD2、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV21、TRAJ40、TRBV11−3、TRBD1、およびTRBJ1−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV2、TRAJ10、TRBV6−5、TRBD2、およびTRBJ2−7を含んでもよい。
A*01:01_EVDPIGHLY(SEQ ID NO:3051)に特異的なTCRは、アルファVJ配列を含んでもよい。アルファVJ配列は、SEQ ID NO:3656〜3961または4302〜4305のうちのいずれであってもよい。
A*01:01_EVDPIGHLY(SEQ ID NO:3051)に特異的なTCRは、ベータV(D)J配列を含んでもよい。ベータV(D)J配列は、SEQ ID NO:3962〜4269または4317〜4320のうちのいずれであってもよい。
いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3656であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3962である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3657であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3963である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3658であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3964である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3659であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3963である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3660であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3965である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3661であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3966である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3662であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3967である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3663であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3968である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3664であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3969である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3665であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3970である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3666であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3971である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3667であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3972である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3668であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3973である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3657であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3962である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3662であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3963である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3669であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3974である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3670であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3975である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3658であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3963である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3671であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3976である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3672であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3977である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3673であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3978である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3674であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3979である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3659であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3967である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3675であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3980である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3659であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3966である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3676であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3981である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3659であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3964である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3677であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3982である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3678であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3983である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3662であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3962である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3679であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3984である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3680であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3985である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3681であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3986である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3682であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3987である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3683であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3988である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3684であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3989である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3685であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3990である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3686であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3991である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3687であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3992である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3688であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3993である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3689であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3994である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3690であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3995である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3691であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3996である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3692であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3997である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3693であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3998である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3694であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3999である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3695であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4000である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3661であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3962である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3696であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4001である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3697であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4002である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3698であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4003である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3699であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4004である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3700であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3967である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3701であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4005である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3658であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3974である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3702であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4006である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3658であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3962である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3703であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4007である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3657であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3966である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3704であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4008である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3705であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4009である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3706であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3963である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3707であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4010である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3657であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3964である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3708であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4011である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3709であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4012である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3663であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3963である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3710であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4013である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3711であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4014である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3712であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4015である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3713であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4016である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3714であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4017である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3715であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4018である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3716であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4019である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3717であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4020である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列
はSEQ ID NO:3718であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4021である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3719であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4022である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3720であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4023である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3663であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3962である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3659であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3965である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3677であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4024である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3721であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4025である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3722であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4026である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3663であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3966である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3659であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4027である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3722であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3964である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3723であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4028である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3724であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4029である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3725であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4030である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3726であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4031である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3727であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4032である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3728であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4033である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3729であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4034である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3658であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3978である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3730であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4035である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3731であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4036である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3732であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4037である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3719であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3962である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3665であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3963である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3664であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3962である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3676であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3966である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3733であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4038である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3734であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4039である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3735であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4040である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3736であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4041である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3737であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4042である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3738であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3963である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3659であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3973である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3660であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3963である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3739であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4043である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3740であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4044である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3741であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4045である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3657であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3992である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3742であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4046である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3666であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3962である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3711であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3963である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3660であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3962である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3663であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:3964である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3743であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4047である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3744であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4048である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3745であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4049である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3746であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4050である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3747であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4051である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3748であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4052である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3749であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4053である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3750であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4054である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3751であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4055である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3752であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4056である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3753であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4057である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3754であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4058である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3755であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4057である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3756であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4059である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3757であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4060である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3758であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4061である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3759であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4062である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3760であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4063である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3761であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4049である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3748であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4049である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3762であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4064である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3763であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4065である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3764であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4066である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3765であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4067である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3746であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4053である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3766であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4068である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3761であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4069である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3767であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4070である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3768であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4071である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3769であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4072である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3770であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4073である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3771であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4074である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3772であり、ベー
タV(D)J配列はSEQ ID NO:4075である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3773であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4076である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3774であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4077である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3775であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4078である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3746であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4055である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3745であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4051である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3776であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4079である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3777であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4080である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3778であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4081である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3779であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4082である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3780であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4083である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3746であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4049である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3781であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4084である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3782であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4085である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3783であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4086である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3784であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4087である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3785であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4088である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3786であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4089である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3787であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4090である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3788であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4091である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3789であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4092である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3790であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4093である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3791であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4094である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3755であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4095である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3792であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4096である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3793であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4097である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3794であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4098である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3795であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4099である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3796であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4100である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3797であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4101である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3798であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4102である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3799であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4095である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3800であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4103である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3801であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4104である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3802であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4105である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3803であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4106である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3804であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4107である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3805であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4108である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3806であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4109である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3807であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4110である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3808であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4111である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3809であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4112である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3810であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4113である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3746であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4062である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3811であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4049である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3812であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4114である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3747であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4049である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3813であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4115である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3814であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4116である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3815であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4117である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3816であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4118である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3817であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4119である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3818であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4120である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3758であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4053である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3819であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4121である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3820であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4122である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3821であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4123である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3822であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4124である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3823であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4125である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3824であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4126である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3825であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4127である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3826であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4128である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3827であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4129である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3828であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4130である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3829であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4131である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3830であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4132である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3831であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4133である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3832であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4134である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3828であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4131である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3833であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4135である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3834であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4136である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3835であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4137である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3836であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4138である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3837であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4139である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3838であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4140である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3839であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:41
41である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3840であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4142である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3841であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4143である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3828であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4138である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3842であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4144である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3843であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4145である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3844であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4133である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3828であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4143である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3845であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4146である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3846であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4147である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3828であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4145である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3847であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4148である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3848であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4149である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3849であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4150である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3850であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4151である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3851であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4152である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3852であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4153である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3853であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4154である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3854であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4155である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3855であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4156である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3831であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4157である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3856であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4158である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3857であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4159である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3858であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4160である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3859であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4161である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3828であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4137である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3860であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4162である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3861であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4163である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3862であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4164である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3863であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4165である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3864であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4166である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3865であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4167である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3866であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4168である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3867であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4169である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3868であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4170である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3869であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4171である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3870であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4172である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3871であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4173である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3828であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4132である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3872であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4174である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3873であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4175である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3828であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4176である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3874であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4177である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3875であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4178である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3876であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4179である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3877であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4180である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3878であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4181である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3879であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4182である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3828であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4141である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3880であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4183である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3828であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4184である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3881であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4185である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3830であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4135である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3882であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4186である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3883であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4187である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3884であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4188である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3885であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4189である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3828であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4190である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3841であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4130である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3886であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4191である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3887であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4192である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3888であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4193である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3889であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4194である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3890であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4195である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3891であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4196である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3892であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4197である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3893であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4198である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3894であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4199である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3895であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4200である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3896であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4201である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3897であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4202である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3898であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4203である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3899であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4204である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3900であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4205である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3901であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4206である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3902であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4207である。いくつかの実施形態では、アルフ
ァVJ配列はSEQ ID NO:3903であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4208である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3904であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4209である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3905であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4210である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3830であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4211である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3906であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4212である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3828であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4213である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3907であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4214である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3908であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4215である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3909であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4216である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3910であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4217である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3911であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4218である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3912であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4219である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3913であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4220である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3914であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4221である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3915であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4222である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3916であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4223である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3917であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4224である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3899であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4208である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3918であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4225である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3919であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4226である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3920であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4227である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3921であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4228である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3922であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4229である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3923であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4230である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3924であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4231である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3899であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4232である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3925であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4233である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3926であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4234である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3927であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4235である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3928であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4236である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3929であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4237である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3930であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4238である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3931であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4239である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3932であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4240である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3933であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4241である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3934であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4242である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3935であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4215である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3936であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4243である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3937であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4244である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3938であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4245である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3899であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4211である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3939であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4246である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3940であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4247である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3941であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4248である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3942であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4249である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3943であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4250である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3944であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4251である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3945であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4252である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3946であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4253である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3947であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4254である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3948であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4255である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3900であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4209である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3949であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4256である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3900であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4214である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3950であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4257である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3899であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4224である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3951であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4258である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3952であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4259である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3953であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4260である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3751であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4261である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3954であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4262である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3955であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4263である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3956であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4264である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3957であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4265である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3958であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4266である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3959であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4267である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3960であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4268である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:3961であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4269である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:4302であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4317である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:4303であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4318である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:4304であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4319である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:4305であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4320である。
B*44:02_GEMSSNSTAL(SEQ ID NO:4272)に対する標的特異的なTCR
いくつかの態様において、HLA−ペプチド標的に特異的に結合するTCRまたはその抗原結合断片を含むABPが本明細書で提供され、HLA−ペプチド標的のHLAクラスI分子は、HLAサブタイプB*44:02であり、HLA−ペプチド標的のHLA拘束性ペプチドは、配列GEMSSNSTAL(SEQ ID NO:4272)を含む。
B*44:02_GEMSSNSTAL(SEQ ID NO:4272)に特異的なTCRは、αCDR3配列を含んでもよい。αCDR3配列は、SEQ ID NO:4284〜4286または3138のうちのいずれであってもよい。
B*44:02_GEMSSNSTAL(SEQ ID NO:4272)に特異的なTCRは、βCDR3配列を含んでもよい。βCDR3配列は、SEQ ID NO:4298〜4301のうちのいずれであってもよい。
B*44:02_GEMSSNSTAL(SEQ ID NO:4272)に特異的なTCRは、特定のαCDR3配列および特定のβCDR3配列を含んでもよい。αCDR3はSEQ ID NO:4284であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:4298であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:4285であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:4299であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:4286であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:4300であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:3138であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:4301であってもよい。
B*44:02_GEMSSNSTAL(SEQ ID NO:4272)に特異的なTCRは、TRAV、TRAJ、TRBV、任意選択でTRBD、およびTRBJアミノ酸配列、任意選択でTRAC配列および任意選択でTRBC配列を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV19、TRAJ39、TRBV7−6、TRBD1、およびTRBJ1−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV36DV7、TRAJ34、TRBV7−6、TRBD2、およびTRBJ2−2を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV24、TRAJ15、TRBV7−6、TRBD2、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV8−4、TRAJ12、TRBV12−4、TRBD2、およびTRBJ2−3を含んでもよい。
B*44:02_GEMSSNSTAL(SEQ ID NO:4272)に特異的なTCRは、アルファVJ配列を含んでもよい。アルファVJ配列は、SEQ ID NO:4313〜4316のうちのいずれであってもよい。
B*44:02_GEMSSNSTAL(SEQ ID NO:4272)に特異的なTCRは、ベータV(D)J配列を含んでもよい。ベータV(D)J配列は、SEQ ID NO:4328〜4331のうちのいずれであってもよい。
いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:4313であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4328である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:4314であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4329である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:4315であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4330である。いくつかの実施形態において、アルファVJ配列はSEQ ID NO:4316であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4331である。
A*02:01_GVYDGEEHSV(SEQ ID NO:4271)に対する標的特異的なTCR
いくつかの態様において、HLA−ペプチド標的に特異的に結合するTCRまたはその抗原結合断片を含むABPが本明細書で提供され、HLA−ペプチド標的のHLAクラスI分子は、HLAサブタイプA*02:01であり、HLA−ペプチド標的のHLA拘束性ペプチドは、配列GVYDGEEHSV(SEQ ID NO:4271)を含む。
A*02:01_GVYDGEEHSV(SEQ ID NO:4271)に特異的なTCRは、αCDR3配列を含んでもよい。αCDR3配列は、SEQ ID NO:4282〜4283のうちのいずれであってもよい。
A*02:01_GVYDGEEHSV(SEQ ID NO:4271)に特異的なTCRは、βCDR3配列を含んでもよい。βCDR3配列は、SEQ ID NO:4296〜4297のうちのいずれであってもよい。
A*02:01_GVYDGEEHSV(SEQ ID NO:4271)に特異的なTCRは、特定のαCDR3配列および特定のβCDR3配列を含んでもよい。αCDR3はSEQ ID NO:4282であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:4296であってもよい。αCDR3はSEQ ID NO:4283であってもよく、βCDR3はSEQ ID NO:4297であってもよい。
A*02:01_GVYDGEEHSV(SEQ ID NO:4271)に特異的なTCRは、TRAV、TRAJ、TRBV、任意選択でTRBD、およびTRBJアミノ酸配列、任意選択でTRAC配列および任意選択でTRBC配列を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV13−1、TRAJ11、TRBV6−3、およびTRBJ2−1を含んでもよい。そのようなTCRは、TRAV14DV4、TRAJ54、TRBV4−3、TRBD1、およびTRBJ2−4を含んでもよい。
A*02:01_GVYDGEEHSV(SEQ ID NO:4271)に特異的なTCRは、アルファVJ配列を含んでもよい。アルファVJ配列は、SEQ ID NO:4311〜4312のうちのいずれであってもよい。
A*02:01_GVYDGEEHSV(SEQ ID NO:4271)に特異的なTCRは、ベータV(D)J配列を含んでもよい。ベータV(D)J配列は、SEQ ID NO:4326〜4327のうちのいずれであってもよい。
いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:4311であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4326である。いくつかの実施形態では、アルファVJ配列はSEQ ID NO:4312であり、ベータV(D)J配列はSEQ ID NO:4327である。
操作された細胞
抗原受容体を含む細胞、例えば、本明細書に記載の抗HLA−ペプチド ABP(例えば、CARまたはTCR)を含む細胞外ドメインを含む細胞も提供される。そのような細胞の集団、およびそのような細胞を含む組成物も提供される。いくつかの実施形態では、組成物または集団は、HLA−ペプチド ABPを発現する細胞が、組成物中の全細胞あるいはT細胞またはCD8+もしくはCD4+細胞などのある特異定の種類の細胞の少なくとも1、5、10、20、30、40、50、60、70、80、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、または99パーセント超を構成するように、そのような細胞が富化されている。いくつかの実施形態では、組成物は、本明細書に開示の抗原受容体を含む少なくとも1つの細胞を含む。組成物の中には、養子細胞療法などの投与のための医薬組成物および製剤がある。細胞および組成物を、対象、例えば患者に投与するための治療方法も提供される。
このため、受容体、例えば、TCRまたはCARを含むABPを発現する遺伝子操作された細胞も提供される。細胞は、一般に、哺乳動物細胞などの真核細胞であり、典型的にはヒト細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、血液、骨髄、リンパ、またはリンパ器官に由来し、先天免疫または適応免疫の細胞などの免疫系の細胞、例えば、リンパ球を含む骨髄またはリンパ系細胞、典型的にはT細胞および/またはNK細胞である。他の例示的な細胞には、人工万能性幹細胞(iPSC)を含む多能性(multipotent)および万能性(pluripotent)幹細胞などの幹細胞が含まれる。細胞は、典型的には、対象から直接単離された細胞および/または対象から単離され凍結された細胞などの初代細胞である。いくつかの実施形態では、細胞には、T細胞または他の細胞型、例えば、全T細胞集団、CD4+細胞、CD8+細胞、およびその亜集団、例えば、機能、活性化状況、成熟度、分化、拡大、再循環、局在、および/もしくは持続能力の可能性、抗原特異性、抗原受容体の種類、特定の器官もしくはコンパートメントにおける存在、マーカーもしくはサイトカイン分泌プロファイル、ならびに/または分化の程度によって定義されるもののうちの1つ以上のサブセットが含まれる。治療される対象に関して、細胞は、同種異系および/または自家であってもよい。これらの方法の中には、既製の方法が含まれる。既製技術などのいくつかの態様では、細胞は、万能性および/または多能性、例えば、人工万能性幹細胞(iPSC)などの幹細胞である。いくつかの実施形態では、本方法には、本明細書に記載されるように、細胞を対象から単離し、それらを調製、処理、培養、および/または操作し、凍結保存の前または後に同じ患者にそれらを再導入することを含む。
T細胞ならびに/またはCD4+および/もしくはCD8+T細胞のサブタイプおよび亜集団の中には、未感作T(TN)細胞、エフェクターT細胞(TEFF)、メモリーT細胞およびそのサブタイプ、例えば、幹細胞メモリーT細胞(TSCM)、セントラルメモリーT(TCM)細胞、エフェクターメモリーT(TEM)細胞、または末端分化エフェクター記憶T細胞、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)、未熟T細胞、成熟T細胞、ヘルパーT細胞、細胞傷害性T細胞、粘膜関連不変T(MALT)細胞、自然発生および適応調節T(Treg)細胞、ヘルパーT細胞、例えば、TH1細胞、TH2細胞、TH3細胞、TH17細胞、TH9細胞、TH22細胞、濾胞性ヘルパーT細胞、アルファ/ベータT細胞、デルタ/ガンマT細胞がある。
いくつかの実施形態では、細胞はナチュラルキラー(NK)細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、単球または顆粒球、例えば、骨髄細胞、マクロファージ、好中球、樹状細胞、肥満細胞、好酸球、および/または好塩基球である。
細胞は、発現を低下させるか、内因性TCRをノックアウトするように遺伝修飾されてもよい。そのような修飾は、参照により全体が組み込まれる、Mol Ther Nucleic Acids.2012 Dec;1(12):e63;Blood.2011 Aug 11;118(6):1495−503;Blood.2012 Jun 14;119(24):5697−5705;Torikai,Hiroki et al”HLA and TCR Knockout by Zinc Finger Nucleases:Toward“off−the−Shelf”Allo遺伝子ic T−Cell Therapy for CD19+Malignancies..”Blood 116.21(2010):3766;Blood.2018 Jan 18;131(3):311−322.doi:10.1182/blood−2017−05−787598;およびWO2016069283に記載されている。
細胞は、サイトカイン分泌を促進するように遺伝修飾されてもよい。そのような修飾は、Hsu C,Hughes MS,Zheng Z,Bray RB,Rosenberg SA,Morgan RA.Primary human T lymphocytes engineered with a codon−optimized IL−15遺伝子resist cytokine withdrawal−induced apoptosis and persist long−term in the absence of exogenous cytokine.J Immunol.2005;175:7226−34;Quintarelli C,Vera JF,Savoldo B,Giordano Attianese GM,Pule M,Foster AE,Co−expression of cytokine and suicide遺伝子s to enhance the activity and safety of tumor−specific cytotoxic T lymphocytes.Blood.2007;110:2793−802;およびHsu C,Jones SA,Cohen CJ,Zheng Z,Kerstann K,Zhou J,Cytokine−independent growth and clonal expansion of a primary human CD8+ T−cell clone following retroviral transduction with the IL−15遺伝子.Blood.2007;109:5168−77に記載されている。
T細胞上のケモカイン受容体と腫瘍分泌ケモカインとの不一致は、T細胞の腫瘍微小環境への不十分な輸送の主因であることが示されている。治療の有効性を改善するために、細胞を遺伝子修飾して、腫瘍微小環境におけるケモカインの認識を高めてもよい。そのような修飾の例は、Moon,EKCarpenito,CSun,JWang,LCKapoor,VPredina,J Expression of a functional CCR2 receptor enhances tumor localization and tumor eradication by retargeted human T cells expressing a mesothelin−specific chimeric antibody receptor.Clin Cancer Res.2011;17:4719−4730;およびCraddock,JALu,ABear,APule,MBrenner,MKRooney,CM et al.Enhanced tumor trafficking of GD2 chimeric antigen receptor T cells by expression of the chemokine receptor CCR2b.J Immunother.2010;33:780−788に記載されている。
細胞は、CD28および41BBなどの共刺激/増強受容体の発現を増強するように遺伝修飾されてもよい。
T細胞療法の副作用には、サイトカイン放出症候群および長期にわたるB細胞枯渇が含まれ得る。レシピエント細胞に自殺/安全スイッチを導入することで、細胞系療法の安全性プロファイルが改善され得る。したがって、細胞は、自殺/安全スイッチを含むように遺伝子修飾されてもよい。自殺/安全スイッチは、遺伝子が発現する細胞に、薬剤、例えば薬物に対する感受性を付与し、細胞がその薬剤と接触するまたはその薬剤に露出すると、細胞を死滅させる遺伝子であり得る。例示的な自殺/安全スイッチは、Protein Cell.2017 Aug;8(8):573−589に記載されている。自殺/安全スイッチはHSV−TKであってもよい。自殺/安全スイッチは、シトシンダミナーゼ(daminase)、プリンヌクレオシドホスホリラーゼ、またはニトロレダクターゼであってもよい。自殺/安全スイッチは、米国特許出願公開番号US20170166877A1号に記載されているRapaCIDe(商標)であってもよい。自殺/安全スイッチシステムは、Haematologica.2009 Sep;94(9):1316−1320に記載されているCD20/リツキシマブであってもよい。これらの参考文献は、それらの全体が参照により組み込まれる。
TCRまたはCARは、ヘテロ二量体化小分子の存在下でのみ組み立てられるスプリット受容体として受容細胞に導入されてもよい。そのようなシステムは、参照により全体が本明細書に組み込まれる、Science2015 Oct 16;350(6258):aab4077、および米国特許第9,587,020号に記載されている。
いくつかの実施形態では、細胞には、1つ以上の核酸、例えば本明細書に開示のTCRまたはCARをコードするポリヌクレオチドが含まれ、このポリヌクレオチドは、遺伝子操作により導入されることで、本明細書に開示の組換えまたは遺伝子操作されたTCRまたはCARを発現する。いくつかの実施形態では、核酸は、異種であり、すなわち、通常は、別の生物または細胞から得られたものなどの、細胞または細胞から得られた試料には存在しない、例えば、操作されている細胞および/またはまたはそのような細胞が由来する生物には普通は見られない。いくつかの実施形態では、複数の異なる細胞型からの様々なドメインをコードする核酸のキメラの組み合わせを含む、自然界には見られない核酸など、核酸は天然に存在しない。
核酸は、コドン最適化されたヌクレオチド配列を含んでもよい。特定の理論や機序に束縛されることなく、ヌクレオチド配列のコドン最適化により、mRNA転写産物の翻訳効率が増大すると考えられる。ヌクレオチド配列のコドン最適化は、同じアミノ酸をコードする別のコドンを天然コドンに置換することを伴い得るが、細胞内でより利用可能性が高いtRNAによって翻訳されることができるため、翻訳効率が増大する。ヌクレオチド配列の最適化により、翻訳を妨害し得る二次mRNA構造が減少し得るため、翻訳効率が増大する。
構築物またはベクターを使用して、TCRまたはCARをレシピエント細胞に導入してもよい。例示的な構築物は本明細書に記載されている。TCRまたはCARのアルファおよびベータ鎖をコードするポリヌクレオチドは、単一の構築物中にあっても、別個の構築物中にあってもよい。アルファ鎖およびベータ鎖をコードするポリヌクレオチドは、プロモーター、例えば異種プロモーターに作動可能に連結してもよい。異種プロモーターは、強力なプロモーター、例えば、EF1アルファ、CMV、PGK1、Ubc、ベータアクチン、CAGプロモーターなどであってもよい。異種プロモーターは弱いプロモーターであってもよい。異種プロモーターは誘導性プロモーターであってもよい。例示的な誘導性プロモーターには、TRE、NFAT、GAL4、LACなどが含まれるが、これらに限定されない。他の例示的な誘導性発現系は、参照により全体が組み込まれる、米国特許第5,514,578号、同第6,245,531号、同第7,091,038号、および欧州特許第0517805号に記載されている。
TCRまたはCARをレシピエント細胞に導入するための構築物はまた、シグナルペプチド(シグナルペプチド要素)をコードするポリヌクレオチドを含んでもよい。シグナルペプチドは、導入されたTCRまたはCARの表面輸送を促進し得る。例示的なシグナルペプチドには、CD8シグナルペプチド、免疫グロブリンシグナルペプチドが含まれるが、これらに限定されず、特定の例には、GM−CSFおよびIgGカッパが含まれる。そのようなシグナルペプチドは、参照により本明細書に組み込まれる、Trends Biochem Sci.2006 Oct;31(10):563−71.Epub 2006 Aug 21、およびAn,et al.“Construction of a New Anti−CD19 Chimeric Antigen Receptor and the Anti−Leukemia Function Study of the Transduced T Cells.”Oncotarget 7.9(2016):10638−10649.PMC.Web.16 Aug.2018に記載されている。
いくつかの場合、例えば、アルファおよびベータ鎖が単一の構築物またはオープンリーディングフレームから発現される場合、またはマーカー遺伝子が構築物に含まれる場合には、構築物はリボソームスキップ配列を含んでもよい。リボソームスキップ配列は、2Aペプチド、例えば、P2AまたはT2Aペプチドであってもよい。例示的なP2AおよびT2Aペプチドは、参照により全体が本明細書に組み込まれるScientific Reports volume 7,Article number:2193(2017)に記載されている。いくつかの場合には、FURIN/PACE切断部位が2A要素の上流に導入される。FURIN/PACE切断部位は、例えば、http://www.nuolan.net/substrates.htmlに記載されている。切断ペプチドはまた、第Xa因子切断部位であってもよい。アルファおよびベータ鎖が単一の構築物またはオープンリーディングフレームから発現される場合、構築物は内部リボソーム進入部位(IRES)を含んでもよい。
構築物は、1つ以上のマーカー遺伝子をさらに含んでもよい。例示的なマーカー遺伝子には、GFP、ルシフェラーゼ、HA、lacZが含まれるが、これらに限定されない。マーカーは、当業者に知られているように、抗生物質耐性マーカー、重金属耐性マーカー、または殺生物剤耐性マーカーなどの選択可能なマーカーであってもよい。マーカーは、栄養要求性宿主において使用するための相補マーカーであってもよい。例示的な相補マーカーおよび栄養要求性宿主は、遺伝子.2001 Jan 24;263(1−2):159−69に記載されている。そのようなマーカーは、IRES、フレームシフト配列、2Aペプチドリンカー、TCRもしくはCARとの融合を介して発現されてもよく、または別々のプロモーターから別個に発現されてもよい。
TCRまたはCARをレシピエント細胞に導入するための例示的なベクターまたはシステムには、アデノ関連ウイルス、アデノウイルス、アデノウイルス+修飾ワクシニア、アンカラウイルス(MVA)、アデノウイルス+レトロウイルス、アデノウイルス+センダイウイルス、アデノウイルス+ワクシニアウイルス、アルファウイルス(VEE)レプリコンワクチン、アンチセンスオリゴヌクレオチド、ビフィオバクテリアム・ロンガム、CRISPR−Cas9、大腸菌、フラビウイルス、遺伝子銃、ヘルペスウイルス、単純ヘルペスウイルス、乳酸連鎖球菌、電気穿孔、レンチウイルス、リポフェクション、リステリア菌、麻疹ウイルス、修飾ワクシニアアンカラウイルス(MVA)、mRNA電気穿孔、裸/プラスミドDNA、裸/プラスミドDNA+アデノウイルス、裸/プラスミドDNA+修飾ワクシニアアンカラウイルス(MVA)、裸/プラスミドDNA+RNA転移、裸/プラスミドDNA+ワクシニアウイルス、裸/プラスミドDNA+水疱性口内炎ウイルス、ニューカッスル病ウイルス、非ウイルス、PiggyBac(商標)(PB)トランスポゾン、ナノ粒子系システム、ポリオウイルス、ポックスウイルス、ポックスウイルス+ワクシニアウイルス、レトロウイルス、RNA転移、RNA転移+裸/プラスミドDNA、RNAウイルス、出芽酵母、ネズミチフス菌、セムリキ森林熱ウイルス、センダイウイルス、志賀赤痢菌、シミアンウイルス、siRNA、Sleeping Beautyトランスポゾン、ミュータンス連鎖球菌、ワクシニアウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルスレプリコン、水疱性口内炎ウイルス、およびコレラ菌が含まれるが、これらに限定されない。
好ましい実施形態では、TCRまたはCARは、アデノ関連ウイルス(AAV)、アデノウイルス、CRISPR−CAS9、ヘルペスウイルス、レンチウイルス、リポフェクション、mRNA電気穿孔、PiggyBac(商標)(PB)トランスポゾン、レトロウイルス、RNA転移、または Sleeping Beautyトランスポゾンを介してレシピエント細胞に導入される。
いくつかの実施形態では、TCRまたはCARをレシピエント細胞に導入するためのベクターは、ウイルスベクターである。例示的なウイルスベクターには、アデノウイルスベクター、アデノ関連ウイルス(AAV)ベクター、レンチウイルスベクター、ヘルペスウイルスベクター、レトロウイルスベクターなどが含まれる。そのようなベクターは本明細書に記載されている。
TCRまたはCARをレシピエント細胞に導入するためのTCR構築物の例示的な実施形態を図2に示す。いくつかの実施形態では、TCR構築物には、5’−3’方向に、以下のポリヌクレオチド配列が含まれる:プロモーター配列、シグナルペプチド配列、TCR β可変(TCRβv)配列、TCR β定常((TCRβc)配列、切断ペプチド(例えば、P2A)、シグナルペプチド配列、TCR α可変(TCRαv)配列、およびTCR α定常(TCRαc)配列。いくつかの実施形態では、構築物のTCRβcおよびTCRαc配列には、1つ以上のマウス領域、例えば、完全なマウス定常配列または本明細書に記載のヒト→マウスアミノ酸交換が含まれる。いくつかの実施形態では、構築物には、TCRαc配列の3’、切断ペプチド配列(例えば、T2A)、その後にレポーター遺伝子が含まれる。一実施形態では、構築物には、5’−3’方向に、以下のポリヌクレオチド配列が含まれる:プロモーター配列、シグナルペプチド配列、TCR β可変(TCRβv)配列、1つ以上のマウス領域を含むTCR β定常((TCRβc)配列、切断ペプチド(例えば、P2A)、シグナルペプチド配列、TCR α可変(TCRαv)配列、および1つ以上のマウス領域を含むTCR α定常(TCRαc)配列、切断ペプチド(例えば、T2A)、およびレポーター遺伝子。
図3は、治療開発のためにTCRを発現系にクローニングするための例示的な構築物骨格配列を示す。
図4は、治療開発のために特定されたA*0201_LLASSILCA特異的TCRを発現系にクローニングするための例示的な構築物配列を示す。
図4は、治療開発のために特定されたA*0101_EVDPIGHLY特異的TCRを発現系にクローニングするための例示的な構築物配列を示す。
ヌクレオチド、ベクター、宿主細胞、および関連方法
HLA−ペプチド ABPをコードする単離された核酸、核酸を含むベクター、およびベクターと核酸とを含む宿主細胞、ならびにABPの産生のための組換え技術も提供される。
核酸は組換えであってもよい。組換え核酸は、生細胞内で複製することができる核酸分子またはその複製産物に天然または合成の核酸セグメントを接合することにより、生細胞の外で構築されてもよい。本明細書の目的では、複製は、インビトロ複製またはインビボ複製であり得る。
ABPの組換え生産のためには、ABPをコードする核酸(複数可)を単離し、さらなるクローニング(すなわち、DNAの増幅)または発現のために複製可能なベクターに挿入してもよい。いくつかの態様では、核酸は、例えば、参照により全体が組み込まれる米国特許第5,204,244号に記載されるように、相同組換えにより産生されてもよい。
多くの異なるベクターが当該技術分野で既知である。ベクター成分には、一般に、例えば、参照により全体が組み込まれる米国特許第5,534,615号に記載されているように、シグナル配列、複製起点、1つ以上のマーカー遺伝子、エンハンサー要素、プロモーター、および転写終止配列のうちの1つ以上が含まれる。
ABP、例えば、TCR、CAR、抗体、またはその抗原結合断片を発現するのに好適な例示的なベクターまたは構築物には、例えば、pUCシリーズ(Fermentas Life Sciences)、pBluescriptシリーズ(Strata遺伝子,LaJolla,CA)、pETシリーズ(Novagen,Madison,WI)、pGEXシリーズ(Pharmacia Biotech,Uppsala,Sweden)、およびpEXシリーズ(Clontech、Palo Alto、CA)が含まれる。AGTlO、AGTl 1、AZapII(Strata遺伝子)、AEMBL4、およびANMl 149などのバクテリオファージベクターも、本明細書に開示のABPの発現に好適である。
好適な宿主細胞の実例を以下に提供する。これらの宿主細胞は限定することを意味するものではなく、任意の好適な宿主細胞を使用して、本明細書で提供されるABPを産生してもよい。
好適な宿主細胞には、原核生物(例えば、細菌)、下等真核生物(例えば、酵母)、または高等真核生物(例えば、哺乳動物)細胞が含まれる。好適な原核生物には、グラム陰性またはグラム陽性生物などの真正細菌、例えば、Escherichia(E.coli)、Enterobacter、Erwinia、Klebsiella、Proteus、Salmonella(S.typhimurium)、Serratia(S.marcescans)、Shigella、Bacilli(B.subtilisおよびB.licheniformis)、Pseudomonas(P.aeruginosa)、およびStreptomycesが含まれる。ひとつの有用な大腸菌クローニング宿主は大腸菌294であるが、大腸菌B、大腸菌X1776、および大腸菌W3110などの他の株も好適である。
原核生物に加えて、糸状菌または酵母などの真核微生物も、HLA−ペプチド ABPをコードするベクターに好適なクローニングまたは発現宿主である。
Saccharomyces cerevisiae、または一般的なパン酵母は、一般に使用される下等真核生物宿主微生物である。しかし、いくつかの他の属、種、および株、例えば、Schizosaccharomyces pombe、Kluyveromyces(K.lactis、K.fragilis、K.bulgaricus K.wickeramii、K.waltii、K.drosophilarum、K.thermotolerans、およびK.marxianus)、Yarrowia、Pichia pastoris、Candida(C.albicans)、Trichoderma reesia、Neurospora crassa、Schwanniomyces(S.occidentalis)、ならびに例えば、Penicillium、Tolypocladium、およびAspergillus(A.nidulansおよびA.niger)などの糸状菌も利用可能かつ有用である。
有用な哺乳類宿主細胞には、COS−7細胞、HEK293細胞;ベビーハムスター腎臓(BHK)細胞;チャイニーズハムスター卵巣(CHO);マウスセルトリ細胞;アフリカミドリザル腎細胞(VERO−76)などが含まれる。
HLA−ペプチド ABPの産生に使用される宿主細胞は、さまざまな培地で培養され得る。例えば、Ham’s F10、基礎培地(MEM)、RPMI−1640、およびダルベッコ変法イーグル培地(DMEM)などの市販の培地が、宿主細胞の培養に好適である。加えて、Ham et al.,Meth.Enz.,1979,58:44、Barnes et al.,Anal.Biochem.,1980,102:255、および米国特許第4,767,704号、同第4,657,866号、同第4,927,762号、同第4,560,655号、および同第5,122,469号、またはWO90/03430およびWO 87/00195に記載されている培地のうちのいずれかを使用してもよい。前述の各参考文献は、それらの全体が参照により組み込まれる。
これらの培地のいずれにも、必要に応じて、ホルモンおよび/または他の成長因子(インスリン、トランスフェリン、または表皮成長因子など)、塩(塩化ナトリウム、カルシウム、マグネシウム、およびリン酸塩など)、緩衝液(HEPESなど)、ヌクレオチド(アデノシンおよびチミジンなど)、抗生物質、微量元素(マイクロモル範囲の最終濃度で通常存在する無機化合物として定義される)、ならびにグルコースまたは同等のエネルギー源が補充され得る。任意の他の必要なサプリメントも、当業者に既知である適切な濃度で含まれ得る。
培養条件、例えば、温度、pHなどは、発現のために選択された宿主細胞で以前に使用されたものであり、当業者には明らかであろう。
組換え技法を使用する場合、ABPは、細胞内で、細胞周辺腔で産生される得るか、または培地に直接分泌され得る。ABPが細胞内で産生される場合、最初のステップとして、宿主細胞または溶解断片のいずれかの粒子状残屑を、例えば遠心分離または限外濾過により除去する。例えば、Carterら(全体が参照により組み込まれるBio/Technology,1992,10:163−167)は、大腸菌の細胞周辺腔に分泌されるABPを単離する手順を説明している。簡単に言えば、細胞ペーストを酢酸ナトリウム(pH3.5)、EDTA、およびフッ化フェニルメチルスルホニル(PMSF)の存在下で約30分かけて解凍する。細胞残屑は遠心分離により除去することができる。
いくつかの実施形態では、ABPは無細胞系で産生される。いくつかの態様では、無細胞系は、参照により全体が組み込まれる、Yin et al.,mAbs,2012,4:217−225に記載されているインビトロ転写および翻訳系である。いくつかの場合には態様では、無細胞系は、真核細胞または原核細胞からの無細胞抽出物を利用する。いくつかの態様では、原核細胞は大腸菌である。ABPの無細胞発現は、例えば、ABPが不溶性凝集体として細胞に蓄積する場合、または細胞周辺発現からの収量が低い場合に有用であり得る。
ABPが培地に分泌される場合、そのような発現系からの上清は、一般に、市販のタンパク質濃縮フィルター、例えば、Amicon(登録商標)、またはMillipore(登録商標)Pellcon(登録商標)限外濾過ユニットを使用して、まず濃縮する。タンパク質分解を阻害するために前述のステップのいずれかにPMSFなどのプロテアーゼ阻害剤を含めてもよく、外来汚染物質の成長を防止するために抗生物質を含めてもよい。
細胞から調製されたABP組成物は、例えば、ヒドロキシアパタイトクロマトグラフィー、ゲル電気泳動、透析、およびアフィニティークロマトグラフィーを使用して精製することができ、アフィニティークロマトグラフィーが特に有用な精製技法である。親和性リガンドとしてのタンパク質Aの適合性は、ABPに存在する任意の免疫グロブリンFcドメインの種およびアイソタイプに左右される。タンパク質Aは、ヒトγ1、γ2、またはγ4重鎖を含むABPの精製に使用することができる(参照により全体が組み込まれる、Lindmark et al.,J.Immunol.Meth.,1983,62:1−13)。タンパク質Gは、すべてのマウスアイソタイプおよびヒトγ3に有用である(参照により全体が組み込まれる、Guss et al.,EMBO J.,1986,5:1567−1575)。
親和性リガンドが付着している基質は、ほとんどの場合アガロースであるが、他の基質も利用可能である。制御された細孔ガラスまたはポリ(スチレンジビニル)ベンゼンなどの機械的に安定した基質により、アガロースで達成できるものよりも速い流速および短い処理時間が可能となる。ABPがCH3ドメインを含む場合、BakerBond ABX(登録商標)樹脂が精製に有用である。
タンパク質精製のための他の技法、例えば、イオン交換カラムでの分画、エタノール沈殿、逆相HPLC、シリカでのクロマトグラフィー、Heparin Sepharose(登録商標)でのクロマトグラフィー、クロマト分画、SDS−PAGE、および硫酸アンモニウム沈殿も利用可能であり、当業者であれば応用することができる。
予備精製ステップ(複数可)の後、目的のABPおよび汚染物質を含む混合物を、一般的に低塩濃度(例えば、約0〜0.25Mの塩)で行われる約2.5〜約4.5のpHの溶出バッファーを使用した低pH疎水性相互作用クロマトグラフィーに供してもよい。
HLA−ペプチド ABPの作製方法
HLA−ペプチド抗原の調製
本明細書で提供されるABPの単離または創出に使用されるHLA−ペプチド抗原は、無傷のHLA−ペプチドまたはHLA−ペプチドの断片であってもよい。HLA−ペプチド抗原は、例えば、単離されたタンパク質または細胞の表面に発現したタンパク質の形態であってもよい。
いくつかの実施形態では、HLA−ペプチド抗原は、天然には生じないアミノ酸配列または翻訳後修飾を有するHLA−ペプチドタンパク質などのHLA−ペプチドの非天然変異体である。
いくつかの実施形態では、HLA−ペプチド抗原は、例えば、細胞内もしくは膜貫通配列、またはシグナル配列の除去により短縮される。いくつかの実施形態では、HLA−ペプチド抗原は、そのC末端でヒトIgG1 Fcドメインまたはポリヒスチジン標識に融合する。
ABPの同定方法
HLA−ペプチドに結合するABPは、当技術分野で既知の任意の方法、例えば、対象のファージディスプレイまたは免疫化を使用して同定することができる。
抗原結合タンパク質を同定する1つの方法には、少なくとも1つのHLA−ペプチド標的を提供することと、その少なくとも1つの標的を抗原結合タンパク質と結合させ、それにより抗原結合タンパク質を同定することとが含まれる。抗原結合タンパク質は、複数の別個の抗原結合タンパク質を含むファージディスプレイライブラリーに存在し得る。
いくつかの実施形態では、ライブラリーはファージディスプレイライブラリーである。ファージディスプレイライブラリは、HLA−ペプチド標的のHLAに非特異的に結合する抗原結合タンパク質を実質的に含まないように開発することができる。抗原結合タンパク質は、複数の別個の抗原結合タンパク質を含む酵母ディスプレイライブラリーに存在し得る。酵母ディスプレイライブラリは、HLA−ペプチド標的のHLAに非特異的に結合する抗原結合タンパク質を実質的に含まないように開発することができる。
いくつかの実施形態では、ライブラリーは酵母ディスプレイライブラリーである。
いくつかの実施形態では、ライブラリーはTCRディスプレイライブラリである。例示的なTCRディスプレイライブラリーおよびそのようなTCRディスプレイライブラリーを使用する方法は、参照により全体が本明細書に組み込まれる、WO98/39482、WO01/62908、WO2004/044004、WO2005116646、WO2014018863、WO2015136072、WO2017046198、およびHelmut et al,(2000)PNAS 97(26)14578−14583に記載されている。
いくつかの態様では、結合ステップは、1回超、任意選択で少なくとも3回、例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10回実行される。
加えて、本方法には、抗原結合タンパク質がHLA−ペプチド標的と選択的に結合するかどうかを判定するために、抗原結合タンパク質をHLA−ペプチド標的とは別の1つ以上のペプチド−HLA複合体と接触させることも含まれ得る。
抗原結合タンパク質を同定する別の方法には、少なくとも1つのHLA−ペプチド標的を取得することと、HLA−ペプチド標的を、任意選択でアジュバントと組み合わせて対象(例えば、マウス、ウサギ、またはラマ)に投与することと、抗原結合タンパク質を対象から単離することとが含まれ得る。抗原結合タンパク質を単離することには、抗原結合タンパク質を同定するために、対象の血清をスクリーニングすることが含まれ得る。本方法には、例えば抗原結合タンパク質がHLA−ペプチド標的と選択的に結合するかどうかを判定するために、抗原結合タンパク質をHLA−ペプチド標的とは別の1つ以上のペプチド−HLA複合体と接触させることも含まれ得る。同定された抗原結合タンパク質は、ヒト化することができる。
いくつかの態様では、抗原結合タンパク質を単離することには、抗原結合タンパク質を発現する対象からB細胞を単離することが含まれる。このB細胞を使用して、ハイブリドーマを創出することができる。B細胞は、そのCDRのうちの1つ以上のクローニングにも使用できる。B細胞は、例えばEBV形質転換を使用することにより、不死化することもできる。抗原結合タンパク質をコードする配列は、不死化B細胞からクローニングするか、または免疫した対象から単離されたB細胞から直接クローニングすることができる。B細胞の抗原結合タンパク質を含むライブラリーを創出することもでき、任意選択で、ライブラリーは、ファージディスプレイまたは酵母ディスプレイである。
抗原結合タンパク質を同定する別の方法には、抗原結合タンパク質を含む細胞を得ることと、細胞を、少なくとも1つのHLA−ペプチド標的を含むHLA−多量体(例えば、四量体)と接触させる;そして、HLA−多量体と抗原結合タンパク質との間の結合を介して抗原結合タンパク質を同定する。細胞を少なくとも1つのHLA−ペプチド標的を含むHLA多量体(例えば、四量体)と接触させることと、HLA多量体と抗原結合タンパク質との間の結合を介して抗原結合タンパク質を同定することとが含まれ得る。
細胞は、例えば、T細胞、任意選択でCTL、またはNK細胞などであり得る。本方法には、任意選択でフローサイトメトリー、磁気分離、または単一細胞分離を使用して、細胞を単離することがさらに含まれ得る。本方法には、抗原結合タンパク質の配列決定がさらに含まれ得る。
抗原結合タンパク質を同定する別の方法には、抗原結合タンパク質を含む1つ以上の細胞を得ることと、1つ以上の細胞を、少なくとも1つの抗原提示細胞(APC)上に提示された少なくとも1つのHLA−ペプチド標的を用いてを活性化することと、少なくとも1つのHLA−ペプチド標的との相互作用によって活性化された1つ以上の細胞の選択を介して抗原結合タンパク質を同定することとが含まれ得る。
細胞は、例えば、T細胞、任意選択でCTL、またはNK細胞などであり得る。本方法には、任意選択でフローサイトメトリー、磁気分離、または単一細胞分離を使用して、細胞を単離することがさらに含まれ得る。本方法には、抗原結合タンパク質の配列決定がさらに含まれ得る。
モノクローナルABPの作製方法
モノクローナルABPは、例えば、Kohler et al.,Nature,1975,256:495−497(参照によりその全体が組み込まれる)によって最初に記載されたハイブリドーマ法、および/または組み換えDNA法(例えば、参照によりその全体が組み込まれる米国特許第4,816,567号を参照されたい)を使用して得てもよい。モノクローナルABPはまた、例えば、ファージまたは酵母ベースのライブラリーを使用して得てもよい。例えば、各々参照により全体が組み込まれる米国特許第8,258,082号および同第8,691,730号を参照されたい。
ハイブリドーマ法では、マウスまたは他の適切な宿主動物を免疫して、免疫に使用されるタンパク質に特異的に結合するABPを産生するまたは産生することができるリンパ球を誘発する。あるいは、リンパ球はインビトロで免疫されてもよい。次いで、リンパ球を、ポリエチレングリコールなどの好適な融合剤を使用して骨髄腫細胞と融合させて、ハイブリドーマ細胞を形成する。参照により全体が組み込まれる、Goding J.W.,Monoclonal ABPs:Principles and Practice 3rd ed.(1986)Academic Press,San Diego,CAを参照されたい。
ハイブリドーマ細胞は、融合していない親骨髄腫細胞の成長または生存を阻害する1つ以上の物質を含有する好適な培養地に播種されて成長する。例えば、親骨髄腫細胞に酵素ヒポキサンチングアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ(HGPRTまたはHPRT)がない場合、ハイブリドーマの培養地は、典型的には、HGPRT欠損細胞の成長を防ぐ物質であるヒポキサンチン、アミノプテリン、およびチミジン(HAT培地)を含む。
有用な骨髄腫細胞は、効率的に融合し、選択されたABP産生細胞による安定した高レベルのABP産生を支援するものであり、HAT培地の存在または非存在などの培地条件に敏感である。これらのうち、好ましい骨髄腫細胞株は、MOP−21およびMC−11マウス腫瘍(Salk Institute Cell Distribution Center,San Diego,CAから入手可能)およびSP−2またはX63−Ag8−653細胞(American Type Culture Collection,Rockville,MDから入手可能)などのネズミ科骨髄腫株である。ヒトモノクローナルABPの産生について、ヒト骨髄腫およびマウス−ヒトヘテロミエローマ細胞株も記載されている。例えば、参照によりそ全体が組み込まれる、Kozbor,J.Immunol.,1984,133:3001を参照されたい。
所望の特異性、親和性、および/または生物活性のABPを産生するハイブリドーマ細胞の同定後、選択されたクローンを限界希釈手法によってサブクローニングし、標準的な方法によって成長させてもよい。上記のGodingを参照されたい。この目的に好適な培地には、例えば、D−MEMまたはRPMI−1640培地が挙げられる。加えて、ハイブリドーマ細胞は、動物の腹水腫瘍としてインビボで成長させてもよい。
モノクローナルABPをコード化するDNAは、従来の手法を使用して(例えば、モノクローナルABPの重鎖および軽鎖をコードする遺伝子に特異的に結合することができるオリゴヌクレオチドプローブを使用することによって)容易に単離および配列決定し得る。したがって、ハイブリドーマ細胞は、所望の特性を備えたABPをコードするDNAの有用な供給源として働き得る。単離したら、DNAを発現ベクターに入れてもよく、次いで、細菌(例えば、大腸菌)、酵母(例えば、サッカロミセスまたはピキア種)、COS細胞、チャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞、または別様にABPを産生しない骨髄腫細胞などの宿主細胞にトランスフェクトして、モノクローナルABPを産生させる。
キメラABPの作製方法
キメラABPを作製する例示的な方法は、例えば、各々参照により全体が組み込まれる、米国特許第4,816,567号、およびMorrison et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,1984,81:6851−6855に記載されている。いくつかの実施形態では、キメラABPは、組換え技法を使用して、非ヒト可変領域(例えば、マウス、ラット、ハムスター、ウサギ、またはサルなどの非ヒト霊長類に由来する可変領域)をヒトの定常領域と組み合わせることによって作製される。
ヒト化ABPの作製方法
ヒト化ABPは、非ヒトモノクローナルABPの構造部分の大部分またはすべてを対応するヒトABP配列で代置することにより生成させてもよい。結果として、抗原特異的可変またはCDRのみが非ヒト配列で構成されるハイブリッド分子が生成される。ヒト化ABPを得るための方法には、例えば、各々参照により全体が組み込まれる、Winter and Milstein,Nature,1991,349:293−299、Rader et al.,Proc.Nat.Acad.Sci.U.S.A.,1998,95:8910−8915、Steinberger et al.,J.Biol.Chem.,2000,275:36073−36078、Queen et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.,1989,86:10029−10033、ならびに米国特許第5,585,089号、同第5,693,761号、同第5,693,762号、および同第6,180,370号に記載されているものが含まれる。
ヒトABPの作製方法
ヒトABPは、例えば、トランスジェニック動物(例えば、ヒト化マウス)を使用することにより、当該技術分野で既知の様々な技法により生成することができる。例えば、各々参照により全体が組み込まれる、Jakobovits et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.,1993,90:2551、Jakobovits et al.,Nature,1993,362:255−258、Bruggermann et al.,Year in Immuno.,1993,7:33、ならびに米国特許第5,591,669号、同第5,589,369号、および同第5,545,807号を参照されたい。ヒトABPはまた、ファージディスプレイライブラリーに由来し得る(例えば、各々参照により全体が組み込まれる、Hoogenboom et al.,J.Mol.Biol.,1991,227:381−388、Marks et al.,J.Mol.Biol.,1991,222:581−597、ならびに米国特許第5,565,332号および同第5,573,905号を参照されたい)。ヒトABPはまた、インビトロで活性化されたB細胞によって生成してもよい(例えば、各々参照により全体が組み込まれる、米国特許第5,567,610号および同第5,229,275号を参照されたい)。ヒトABPはまた、酵母ベースのライブラリーに由来してもよい(例えば、参照により全体が組み込まれる米国特許第8,691,730号を参照されたい)。
ABP断片の作製方法
本明細書で提供されるABP断片は、本明細書に記載の例示的な方法または当技術分野で既知の方法を含む、任意の好適な方法により作製され得る。好適な方法としては、組み換え技法およびABP全体のタンパク質分解が挙げられる。ABP断片を作製する例示的な方法は、例えば、参照により全体が組み込まれる、Hudson et al.,Nat.Med.,2003,9:129−134に記載されている。scFv ABPを作製する方法は、例えば、各々参照により全体が組み込まれる、Pluckthun,The Pharmacology of Monoclonal Antibodies,vol.113,Rosenburg and Moore eds.,Springer−Verlag,New York,pp.269−315(1994)、WO93/16185、ならびに米国特許番号5,571,894および同第5,587,458号に記載されている。
代替足場の作製方法
本明細書で提供される代替の足場は、本明細書に記載の例示的方法または当技術分野で既知の方法を含む、任意の好適な方法により作製され得る。例えば、Adnectins(商標)を調製する方法は、参照により全体が組み込まれる、Emanuel et al.,mAbs,2011,3:38−48に記載されている。iMabを調製する方法は、参照により全体が組み込まれる、米国特許公開第2003/0215914号に記載されている。Anticalins(登録商標)を調製する方法は、参照により全体が組み込まれる、Vogt and Skerra,Chem.Biochem.,2004,5:191−199に記載されている。クニッツドメインを調製する方法は、参照により全体が組み込まれる、Wagner et al.,Biochem.&Biophys.Res.Comm.,1992,186:118−1145に記載されている。チオレドキシンペプチドアプタマーを調製する方法は、参照により全体が組み込まれる、Geyer and Brent,Meth.Enzymol.,2000,328:171−208で提供されている。アフィボディを調製する方法は、参照により全体が組み込まれる、Fernandez,Curr.Opinion in Biotech.,2004,15:364−373で提供されている。DARPinを調製する方法は、参照により全体が組み込まれる、Zahnd et al.,J.Mol.Biol.,2007,369:1015−1028で提供されている。アフィリンを調製する方法は、参照により全体が組み込まれる、Ebersbach et al.,J.Mol.Biol.,2007,372:172−185で提供されている。テトラネクチンを調製する方法は、参照により全体が組み込まれる、Graversen et al.,J.Biol.Chem.,2000,275:37390−37396で提供されている。アビマーを調製する方法は、参照により全体が組み込まれる、Silverman et al.,Nature Biotech.,2005,23:1556−1561で提供されている。フィノマーを調製する方法は、参照により全体が組み込まれる、Silacci et al.,J.Biol.Chem.,2014,289:14392−14398で提供されている。代替の足場に関するさらなる情報は、各々参照により全体が組み込まれる、Binz et al.,Nat.Biotechnol.,2005 23:1257− 1268、およびSkerra,Current Opin.in Biotech.,2007 18:295−304で提供されている。
多重特異性ABPの作製方法
本明細書で提供される多重特異性ABPは、本明細書に記載の例示的方法または当技術分野で既知の方法を含む、任意の好適な方法により作製され得る。一般的な軽鎖ABPを作製する方法は、参照により全体が組み込まれるMerchant et al.,Nature Biotechnol.,1998,16:677−681に記載されている。四価二重特異性ABPを作製する方法は、参照により全体が組み込まれるColoma and Morrison,Nature Biotechnol.,1997,15:159−163に記載されている。ハイブリッド免疫グロブリンを作製する方法は、その各々は参照により全体が組み込まれる、Milstein and Cuello,Nature,1983,305:537−540、およびStaerz and Bevan,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,1986,83:1453−1457に記載されている。ノブ・イン・ホール修飾を備えた免疫グロブリンを作製する方法は、参照によりその全体が組み込まれる米国特許第5,731,168号に記載されている。静電的修飾を伴う免疫グロブリンを作製する方法は、参照によりその全体が組み込まれるWO2009/089004に提供されている。二重特異性単鎖ABPを作製する方法は、その各々は参照によりその全体が組み込まれる、Traunecker et al.,EMBO J.,1991,10:3655−3659、およびGruber et al.,J.Immunol.,1994,152:5368−5374に記載されている。リンカーの長さが変化し得る一本鎖ABPを作製する方法は、その各々は参照によりその全体が組み込まれる、米国特許第4,946,778号および同第5,132,405号に記載されている。ダイアボディを作製する方法は、参照により全体が組み込まれるHollinger et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,1993,90:6444−6448に記載されている。トリアボディおよびテトラボディを作製する方法は、参照により全体が組み込まれるTodorovska et al.,J.Immunol.Methods,2001,248:47−66に記載されている。三重特異性F(ab’)3誘導体を作製する方法は、参照により全体が組み込まれるTutt et al.J.Immunol.,1991,147:60−69に記載されている。架橋ABPを作製する方法は、各々参照により全体が組み込まれる、米国特許第4,676,980号、Brennan et al.,Science,1985,229:81−83、Staerz,et al.Nature,1985,314:628−631、およびEP0453082に記載されている。ロイシンジッパーによって組み立てられた抗原結合ドメインを作製する方法は、参照により全体が組み込まれるKostelny et al.,J.Immunol.,1992,148:1547−1553に記載されている。DNLアプローチを介してABPを作製する方法は、各々参照により全体が組み込まれる、米国特許第7,521,056号、同第7,550,143号、同第7,534,866号、および同第7,527,787号に記載されている。ABPおよび非ABP分子のハイブリッドを作製する方法は、そのようなABPの例について、参照により全体が組み込まれるWO93/08829に記載されている。DAF ABPを作製する方法は、参照によりその全体が組み込まれる米国特許公開第2008/0069820号に記載されている。還元および酸化を介してABPを作製する方法は、参照により全体が組み込まれるCarlring et al.,PLoS One,2011,6:e22533に記載されている。DVD−Igs(商標)を作製する方法は、参照により全体が組み込まれる米国特許第7,612,181号に記載されている。DARTs(商標)を作製する方法は、参照により全体が組み込まれるMoore et al.,Blood,2011,117:454−451に記載されている。DuoBodies(登録商標)を製造する方法は、各々参照により全体が組み込まれる、Labrijn et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,2013,110:5145−5150、Gramer et al.,mAbs,2013,5:962−972、およびLabrijn et al.,Nature Protocols,2014,9:2450−2463に記載されている。IgGからCH3のC末端に融合されたscFvを含むABPを作製する方法は、参照により全体が組み込まれるColoma and Morrison,Nature Biotechnol.,1997,15:159−163に記載されている。Fab分子が免疫グロブリンの定常領域に付着しているABPを作製する方法は、参照により全体が組み込まれるMiler et al.,J.Immunol.,2003,170:4854−4861に記載されている。CovX−ボディを作製する方法は、参照により全体が組み込まれるDoppalapudi et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,2010,107:22611−22616に記載されている。Fcab ABPを作製する方法は、参照により全体が組み込まれるWozniak−Knopp et al.,Protein Eng.Des.Sel.,2010,23:289−297に記載されている。TandAb(登録商標)ABPを作製する方法は、各々参照により全体が組み込まれる、Kipriyanov et al.,J.Mol.Biol.,1999,293:41−56およびZhukovsky et al.,Blood,2013,122:5116に記載されている。タンデムFabを作製する方法は、参照により全体が組み込まれるWO2015/103072に記載されている。Zybodies(商標)を作製する方法は、参照により全体が組み込まれるLaFleur et al.,mAbs,2013,5:208−218に記載されている。
変異体の作製方法
任意の好適な方法を使用して、エラーを起こしやすいPCR、チェーンシャッフリング、およびトリヌクレオチド特異性突然変異誘発(TRIM)などのオリゴヌクレオチド特異的突然変異誘発を含む、ABPをコード化するポリヌクレオチド配列(複数可)に変動性を導入することができる。いくつかの態様では、いくつかのCDR残基(例えば、一度に4〜6残基)が無作為化される。抗原結合に関与するCDR残基は、例えば、アラニンスキャニング突然変異誘発またはモデリングを使用して、特異的に同定されてもよい。特にCDR−H3およびCDR−L3は、多くの場合、突然変異の標的になる。
可変領域および/またはCDRへの多様性の導入は、二次ライブラリーを産生するために使用することができる。次に、二次ライブラリーをスクリーニングして、親和性が改善されたABP変異体を同定する。二次ライブラリーを構築および再選択することによる親和性成熟は、例えば、参照により全体が組み込まれるHoogenboom et al.,Methods in Molecular Biology,2001,178:1−37に記載されている。
ABPを用いて細胞を操作するための方法
抗体、CAR、およびTCRを含む受容体を含むABPを発現させるため、ならびにそのようなABPを発現する遺伝子操作された細胞を産生させるための方法、核酸、組成物、およびキットも提供される。遺伝子操作には、一般に、レトロウイルス形質導入、トランスフェクション、または形質転換などによる、組み換えられたまたは操作された成分をコードする核酸を細胞に導入することが伴う。
いくつかの実施形態では、遺伝子移入は、例えばサイトカインまたは活性化マーカーの発現によって測定して、増殖、生存、および/または活性化などの応答を誘導する刺激と細胞とを組み合わせることなどによってまず細胞を刺激し、続いて、活性化された細胞を形質導入し、臨床用途に十分な数まで培養して拡大することにより達成される。
一部の状況では、刺激因子(例えば、リンホカインまたはサイトカイン)の過剰発現は、対象にとって毒性であり得る。このため、一部の状況では、操作された細胞には、養子免疫療法における投与時など、細胞をインビボでのネガティブ選択に感受性にする遺伝子セグメントが含まれる。例えば、いくつかの態様では、細胞は、それらが投与される患者の生体内状態の変化の結果として除去され得るように設計される。ネガティブ選択が可能な表現型は、投与された薬剤、例えば化合物への感受性を付与する遺伝子の挿入から生じてもよい。ネガティブ選択が可能な遺伝子には、ガンシクロビル感受性を付与する単純ヘルペスウイルスI型チミジンキナーゼ(HSV−1 TK)遺伝子(Wigler et al.,Cell II:223,1977)、細胞ヒポキサンチンホスホリボシルトランスフェラーゼ(HPRT)遺伝子、細胞アデニンホスホリボシルトランスフェラーゼ(APRT)遺伝子、細菌シトシンデアミナーゼ(Mullen et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA.89:33(1992))が含まれる。
いくつかの態様では、細胞は、さらに、サイトカインまたは他の因子の発現を促進するように設計される。遺伝子操作された成分、例えば抗原受容体、例えばCARを導入するための様々な方法が周知であり、これらを、提供される方法および組成物とともに使用してもよい。例示的な方法には、ウイルス、例えばレトロウイルスまたはレンチウイルス、形質導入、トランスポゾン、および電気穿孔を含む、受容体をコードする核酸の移入のための方法が含まれる。
いくつかの実施形態では、例えば、シミアンウイルス40(SV40)、アデノウイルス、アデノ関連ウイルス(AAV)に由来するベクターなどの組換え感染性ウイルス粒子を使用して、組換え核酸を細胞に移入する。いくつかの実施形態では、組換えレンチウイルスベクター、またはガンマレトロウイルスベクターなどのレトロウイルスベクターを使用して、組換え核酸をT細胞に移入する(例えば、Koste et al.(2014)遺伝子Therapy 2014 Apr.3.doi:10.1038/gt.2014.25、Carlens et al.(2000)Exp Hematol 28(10):1137−46、Alonso−Camino et al.(2013)Mol Ther Nucl Acids 2,e93、Park et al.,Trends Biotechnol.2011 Nov.29(11):550−557を参照されたい)。
いくつかの実施形態では、レトロウイルスベクターは、長い末端反復配列(LTR)、例えば、モロニーマウス白血病ウイルス(MoMLV)、骨髄増殖性肉腫ウイルス(MPSV)、マウス胚性幹細胞ウイルス(MESV)、マウス幹細胞ウイルス(MSCV)、脾臓フォーカス形成ウイルス(SFFV)、またはアデノ関連ウイルス(AAV)に由来するレトロウイルスベクターを有する。大部分のレトロウイルスベクターは、マウスレトロウイルスに由来する。いくつかの実施形態では、レトロウイルスには、鳥類または哺乳類の細胞源に由来するものが含まれる。レトロウイルスは、典型的には両種性であり、これは、レトロウイルスが、ヒトを含むいくつかの種の宿主細胞に感染できることを意味する。一実施形態では、発現される遺伝子は、レトロウイルスgag、pol、および/またはenv配列を代置する。いくつかの例示的なレトロウイルス系が説明されている(例えば、米国特許第5,219,740号、同第6,207,453号、同第5,219,740号、Miller and Rosman(1989)BioTechniques 7:980−990、Miller,A.D.(1990)Human遺伝子Therapy 1:5−14、Scarpa et al.(1991)Virology 180:849−852、Burns et al.(1993)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:8033−8037、およびBoris−Lawrie and Temin(1993)Cur.Opin.遺伝子t.Develop.3:102−109)。
レンチウイルス形質導入の方法は既知である。例示的な方法は、例えば、Wang et al.(2012)J.Immunother.35(9):689−701、Cooper et al.(2003)Blood.101:1637−1644、Verhoeyen et al.(2009)Methods Mol Biol.506:97−114、およびCavalieri et al.(2003)Blood.
102(2):497−505に記載されている。
いくつかの実施形態では、組換え核酸は、電気穿孔を介してT細胞に移入される(例えば、Chicaybam et al,(2013)PLoS ONE 8(3):e60298、Van Tedeloo et al.(2000)遺伝子 Therapy 7(16):1431−1437、およびRoth et al.(2018)Nature 559:405−409を参照されたい)。いくつかの実施形態では、組換え核酸は、転位を介してT細胞に移入される(例えば、Manuri et al.(2010)Hum遺伝子Ther 21(4):427−437、Sharma et al.(2013)Molec Ther Nucl Acids 2,e74、およびHuang et al.(2009)Methods Mol Biol 506:115−126を参照されたい)。免疫細胞に遺伝物質を導入および発現させる他の方法には、リン酸カルシウムトランスフェクション(例えば、Current Protocols in Molecular Biology,John Wiley&Sons,New York.N.Y.に記載されているとおり)、プロトプラスト融合、カチオン性リポソーム媒介トランスフェクション、タングステン粒子促進性微粒子衝撃(Johnston,Nature,346:776−777(1990))、およびリン酸ストロンチウムDNA共沈(Brash et al.,Mol.Cell Biol.,7:2031−2034(1987))が含まれる。
組換え産物をコードする核酸を移入するための他のアプローチおよびベクターは、例えば、国際特許出願公開第WO2014055668号、および米国特許第7,446,190号に記載されているものである。
追加の核酸、例えば、導入のための遺伝子の中には、移入された細胞の生存能力および/または機能を促進することなどにより、治療の有効性を改善するもの;インビボの生存または局在を評定するためなどの、細胞の選択および/または評価のための遺伝子マーカーを提供する遺伝子;例えば、S.D.et al.,Mol.and Cell Biol.,11:6(1991)、およびRiddell et al.,Human 遺伝子 Therapy 3:319−338(1992)に記載されているように、細胞をインビボでのネガティブ選択に感受性にすることにより安全性を改善する遺伝子がある。優勢なポジティブ選択可能なマーカーをネガティブ選択可能なマーカーと融合させることから得られる二機能性の選択可能な融合遺伝子の使用を記載しているLuptonらによるPCT/US91/08442およびPCT/US94/05601も参照されたい。例えば、Riddellらの米国特許第6,040,177号、14〜17欄を参照されたい。
操作された細胞の調製
いくつかの実施形態では、操作された細胞の調製には、1つ以上の培養および/または調製ステップが含まれる。HLA−ペプチド−ABP、例えば、TCRまたはCARの導入のための細胞は、生体試料、例えば、対象から得られたまたは対象に由来する試料などの試料から単離することができる。いくつかの実施形態では、細胞が単離される対象は、疾患もしくは状態を有するか、細胞療法を必要とするか、または細胞療法が施される対象である。いくつかの実施形態における対象は、細胞が単離、処理、および/または操作される養子細胞療法などの特定の治療的介入を必要とするヒトである。
したがって、いくつかの実施形態における細胞は、初代細胞、例えば、初代ヒト細胞である。試料には、対象から直接採取した組織、体液、および他の試料、ならびに分離、遠心分離、遺伝子操作(例えば、ウイルスベクターによる形質導入)、洗浄、および/またはインキュベーションなどの1つ以上の処理ステップから生じる試料が含まれる。生体試料は、生体供給源から直接得られた試料または処理される試料であり得る。生体試料には、血液、血漿、血清、脳脊髄液、滑液、尿、および汗などの体液、組織、ならびに臓器試料が、それらに由来する処理された試料を含めて挙げられるが、これらに限定されない。
いくつかの態様では、細胞が由来するまたは単離される試料は、血液もしくは血液由来試料であるか、またはアフェレーシスもしくは白血球アフェレーシス製品であるかもしくはそれらに由来する。例示的な試料には、全血、末梢血単核細胞(PBMC)、白血球、骨髄、胸腺、組織生検、腫瘍、白血病、リンパ腫、リンパ節、胃腸管関連リンパ組織、粘膜関連リンパ組織、脾臓、他のリンパ組織、肝臓、肺、胃、腸、結腸、腎臓、膵臓、乳房、骨、前立腺、子宮頸部、精巣、卵巣、扁桃腺、もしくは他の器臓器、および/またはそれらに由来する細胞が含まれる。試料には、細胞療法、例えば養子細胞療法の状況では、自家および同種源からの試料が含まれる。
いくつかの実施形態では、細胞は、細胞株、例えばT細胞株に由来する。いくつかの実施形態における細胞は、異種源、例えば、マウス、ラット、非ヒト霊長類、またはブタから得られる。
いくつかの実施形態では、細胞の単離には、1つ以上の調製および/または非親和性ベースの細胞分離ステップが含まれる。いくつかの例では、細胞を、洗浄、遠心分離、および/または1つ以上の試薬の存在下でインキュベートして、例えば、不要な成分を除去し、所望の成分を富化し、特定の試薬に対して感受性である細胞を溶解または除去する。いくつかの例では、細胞は、密度、接着特性、サイズ、感度、および/または特定の成分への耐性などの1つ以上の特性に基づいて分離される。
いくつかの例では、対象の循環血液からの細胞は、例えば、アフェレーシスまたは白血球アフェレーシスにより得られる。試料には、いくつかの態様では、T細胞、単球、顆粒球、B細胞、他の有核白血球、赤血球、および/または血小板を含むリンパ球が含まれ、いくつかの態様では、赤血球および血小板以外の細胞が含まれる。
いくつかの実施形態では、対象から収集された血球は、例えば、血漿画分を除去するため、およびその後の処理ステップのために細胞を適切な緩衝液または培地に配置するために洗浄される。いくつかの実施形態では、細胞はリン酸緩衝生理食塩水(PBS)で洗浄される。いくつかの実施形態では、洗浄溶液には、カルシウムおよび/またはマグネシウムおよび/または多くのまたはすべての二価カチオンが欠如している。いくつかの態様では、洗浄ステップは、製造業者の指示に従って、半自動化された「フロースルー」遠心分離機(例えば、Cobe 2991細胞処理機、Baxter)により達成される。いくつかの態様では、洗浄ステップは、製造業者の指示に従って接線流ろ過(TFF)により達成される。いくつかの実施形態では、細胞は、洗浄後に、例えばCa++/Mg++を含まないPBSなどの様々な生体適合性緩衝液に再懸濁される。ある特定の実施形態では、血球試料の成分が除去され、細胞が培養培地に直接再懸濁される。
いくつかの実施形態では、本方法には、赤血球を溶解することによる末梢血からの白血球の調製およびパーコールまたはフィコール勾配をとおした遠心分離などの密度ベースの細胞分離方法が含まれる。
いくつかの実施形態では、単離方法には、表面マーカー、例えば表面タンパク質、細胞内マーカー、または核酸などの1つ以上の特定の分子の細胞における発現または存在に基づく異なる細胞型の分離を含む。いくつかの実施形態では、そのようなマーカーに基づく分離のためのいずれの既知の方法を使用してもよい。いくつかの実施形態では、分離は、親和性または免疫親和性に基づく分離である。例えば、いくつかの態様における分離には、1つ以上のマーカー、典型的には細胞表面マーカーの細胞の発現または発現レベルに基づく細胞および細胞集団の分離が含まれ、これは、例えば、そのようなマーカーに特異的に結合する抗体または結合パートナーとのインキュベーション、続いて、一般的には、洗浄、および抗体または結合パートナーに結合していない細胞からの抗体または結合パートナーに結合した細胞の分離による。
そのような分離ステップは、試薬に結合した細胞がさらなる使用のために保持されるポジティブ選択、および/または抗体もしくは結合パートナーに結合していない細胞が保持されるネガティブ選択に基づき得る。いくつかの例では、両方の画分が、さらなる使用のために保持される。いくつかの態様では、ネガティブ選択は、分離が所望の集団以外の細胞によって発現されるマーカーに基づくと最適に行われるような、異種集団の細胞型を特異的に同定する抗体が利用できない場合に特に有用である。
分離は、特定の細胞集団または特定のマーカーを発現する細胞の100%富化または除去をもたらす必要はない。例えば、マーカーを発現する細胞などの特定の種類の細胞のポジティブ選択または富化は、そのような細胞の数または割合の増加を指すが、マーカーを発現しない細胞の完全な欠如をもたらす必要はない。同様に、マーカーを発現する細胞などの特定の種類の細胞のネガティブ選択、除去、または枯渇は、そのような細胞の数または割合の減少を指すが、すべてのそのような細胞の完全な除去をもたらす必要はない。
いくつかの例では、複数ラウンドの分離ステップが実行され、この場合、1つのステップからのポジティブ選択またはネガティブ選択された画分は、その後の正ポジティブ選択またはネガティブ選択など、別の分離ステップに供される。いくつかの例では、単一分離ステップは、各々ネガティブ選択を標的にしたマーカーに特異的な複数の抗体または結合パートナーとともに細胞をインキュベートすることなどにより、同時に複数のマーカーを発現する細胞を枯渇させることができる。同様に、さまざまな細胞型で発現した複数の抗体または結合パートナーとともに細胞をインキュベートすることにより、複数の細胞型を同時にポジティブ選択することができる。
例えば、いくつかの態様では、1つ以上の表面マーカー、例えば、CD28+、CD62L+、CCR7+、CD27+、CD127+、CD4+、CD8+、CD45RA+、および/またはCD45RO+T細胞について陽性であるかまたはそれらを高レベルで発現する細胞などのT細胞の特定の亜集団は、ポジティブ選択またはネガティブ選択技法により単離される。
例えば、CD3+、CD28+T細胞は、CD3/CD28コンジュゲート磁気ビーズ(例えば、DYNABEADS.RTM.M−450 CD3/CD28 T Cell Expander)を使用してポジティブ選択され得る。
いくつかの実施形態では、単離は、ポジティブ選択による特定の細胞集団の富化、またはネガティブ選択による特定の細胞集団の枯渇によって実行される。いくつかの実施形態では、ポジティブ洗濯またはネガティブ選択は、それぞれ、ポジティブ選択された細胞またはネガティブ選択された細胞上で発現されるまたは比較的高いレベル(マーカー高)で発現される(マーカー+)1つ以上の表面マーカーに特異的に結合する1つ以上の抗体または他の結合剤とともに細胞をインキュベートすることにより達成される。
いくつかの実施形態では、T細胞は、非T細胞、例えば、B細胞、単球、またはCD14などの他の白血球に発現されるマーカーのネガティブ選択によってPBMC試料から分離される。いくつかの態様では、CD4+またはCD8+選択ステップを使用して、CD4+ヘルパーおよびCD8+細胞傷害性T細胞を分離する。このようなCD4+およびCD8+集団は、1つ以上の未感作、メモリー、および/またはエフェクターT細胞亜集団で発現されるまたは比較的高度に発現されるマーカーのポジティブ選択またはネガティブ選択により、亜集団にさらに選別され得る。
いくつかの実施形態では、CD8+細胞は、それぞれの亜集団に関連する表面抗原に基づくポジティブ選択またはネガティブ選択などにより、未感作、セントラルメモリー、エフェクターメモリー、および/またはセントラルメモリー幹細胞がさらに富化されるまたは枯渇する。いくつかの実施形態では、投与後の長期生存、拡大、および/または生着を改善するなど、有効性を高めるために、セントラルメモリーT(TCM)細胞の富化が行われ、これは、いくつかの態様では、そのような亜集団で特に堅牢である。Terakura et al.(2012)Blood.1:72−82、Wang et al.(2012)J Immunother.35(9):689−701を参照されたい。いくつかの実施形態では、TCM富化CD8+T細胞とCD4+T細胞とを組み合わせることにより、有効性がさらに向上する。
実施形態では、メモリーT細胞は、CD8+末梢血リンパ球のCD62L+およびCD62L−サブセットの両方に存在する。PBMCは、抗CD8および抗CD62L抗体を使用するなどして、CD62L−CD8+および/またはCD62L+CD8+画分を富化するまたは枯渇させることができる。
いくつかの実施形態では、セントラルメモリーT(TCM)細胞の富化は、CD45RO、CD62L、CCR7、CD28、CD3、および/またはCD127の陽性のまたは高い表面発現に基づき、いくつかの態様では、CD45RAおよび/またはグランザイムBを発現するまたは高度に発現する細胞のネガティブ選択に基づく。いくつかの態様では、TCM細胞を富化したCD8+集団の単離は、CD4、CD14、CD45RAを発現する細胞の枯渇、およびCD62Lを発現する細胞のポジティブ選択または富化により実行される。一態様では、セントラルメモリーT(TCM)細胞の富化は、CD4発現に基づいて選択された細胞のネガティブ画分を用いて開始され、これは、CD14およびCD45RAの発現に基づくネガティブ選択、ならびにCD62Lに基づくポジティブ選択に供される。いくつかの態様におけるそのような選択は同時に実行され、他の態様では、いずれかの順序で連続的に実行される。一部の態様では、CD4ベースの分離からのポジティブ画分とネガティブ画分との両方が本方法の後続のステップでも保持および使用されるように、CD8+細胞集団または亜集団の調製に使用されるのと同じCD4発現ベースの選択ステップを使用して、CD4+細胞集団または亜集団を生成し、任意選択で1つ以上のさらなるポジティブ選択またはネガティブ選択ステップが続く。
特定の例では、PBMCの試料または他の白血球試料がCD4+細胞の選択に供され、ここでは、ネガティブ画分とポジティブ画分との両方が保持される。その後、ネガティブ画分は、CD14およびCD45RAまたはROR1の発現に基づくネガティブ選択、ならびにCD62LまたはCCR7などのセントラルメモリーT細胞のマーカー特性に基づくポジティブ選択に供され、ここでは、ポジティブ選択およびネガティブ選択はいずれかの順序で実行される。
CD4+Tヘルパー細胞は、細胞表面抗原を有する細胞集団を同定することにより、未感作細胞、セントラルメモリー細胞、およびエフェクター細胞に選別される。CD4+リンパ球は、標準的な方法により取得することができる。いくつかの実施形態では、未感作CD4+Tリンパ球は、CD45RO−、CD45RA+、CD62L+、CD4+T細胞である。いくつかの実施形態では、セントラルメモリーCD4+細胞は、CD62L+およびCD45RO+である。いくつかの実施形態では、エフェクターCD4+細胞は、CD62L−およびCD45RO−である。
一例では、ネガティブ選択によりCD4+細胞を富化するため、モノクローナル抗体カクテルには、典型的に、CD14、CD20、CD11b、CD16、HLA−DR、およびCD8に対する抗体が含まれる。いくつかの実施形態では、抗体または結合パートナーは、磁気ビーズまたは常磁性ビーズなどの固体支持体または基質に結合させて、ポジティブ選択および/またはネガティブ選択のために細胞の分離を可能にする。例えば、いくつかの実施形態では、細胞および細胞集団は、免疫磁気(または親和性磁気)分離技術を使用して分離または単離される(Methods in Molecular Medicine,vol.58:Metastasis Research Protocols,Vol.2:Cell Behavior In Vitro and In Vivo,p 17−25 Edited by:S.A.Brooks and U.Schumacher Humana Press Inc.,Totowa,N.J.で総括されている)。
いくつかの態様では、分離される細胞の試料または組成物は、小さい磁化可能または磁気応答性の材料、例えば、常磁性ビーズ(例えば、DynabeadsまたはMACSビーズなど)などの磁気応答性粒子または微粒子とともにインキュベートされる。磁気応答性材料、例えば粒子は、一般に、分離が所望される、例えば、ネガティブ選択またはポジティブ選択が所望される細胞(単数または複数)または細胞の集団に存在する分子、例えば表面マーカーに特異的に結合する結合パートナー、例えば抗体に直接的または間接的に付着する。
いくつかの実施形態では、磁性粒子またはビーズは、抗体または他の結合パートナーなどの特定の結合メンバーに結合した磁気応答性材料を含む。磁気分離法で使用される磁気応答性材料は、多数周知である。好適な磁性粒子には、参照により本明細書に組み込まれる、Moldayの米国特許第4,452,773号、および欧州特許明細書第EP 452342 B号に記載されているものが含まれる。Owenの米国特許第4,795,698号およびLibertiらの米国特許第5,200,084号に記載されているものなどのコロイドサイズの粒子は、他の例である。
インキュベーションは、一般に、磁性粒子またはビーズに付着する、抗体もしくは結合パートナー、またはそのような抗体もしくは結合パートナーに特異的に結合する二次抗体もしくは他の試薬などの分子が、試料内の細胞に存在する場合、細胞表面に特異的に結合する条件下で実行される。
いくつかの態様では、試料は磁場に置かれ、磁気応答性粒子または磁化可能粒子が付着した細胞が磁石に引き付けられて、標識されていない細胞から分離する。ポジティブ選択の場合、磁石に引き付けられた細胞は保持され、ネガティブ選択の場合、引き付けられない細胞(標識されていない細胞)が保持される。いくつかの態様では、ポジティブ選択とネガティブ選択との組み合わせが同じ選択ステップ中に行われ、ここでは、ポジティブ画分およびネガティブ画分が保持され、さらに処理されるか、またはさらなる分離ステップに供される。
ある特定の実施形態では、磁気応答性粒子は、一次抗体または他の結合パートナー、二次抗体、レクチン、酵素、またはストレプトアビジンでコーティングされる。ある特定の実施形態では、磁性粒子は、1つ以上のマーカーに特異的な一次抗体のコーティングを介して細胞に付着する。ある特定の実施形態では、ビーズではなく細胞を一次抗体または結合パートナーで標識し、次いで、細胞型特異的二次抗体または他の結合パートナー(例えば、ストレプトアビジン)をコーティングした磁性粒子を加える。ある特定の実施形態では、ストレプトアビジンをコーティングした磁性粒子は、ビオチン化一次抗体または二次抗体と併用される。
いくつかの実施形態では、磁気応答性粒子は、続いてインキュベート、培養、および/または操作される細胞に付着したままである。いくつかの態様では、粒子は、患者への投与のための細胞に付着したままである。いくつかの実施形態では、磁化可能または磁気応答性粒子は細胞から除去される。磁化可能粒子を細胞から除去する方法は既知であり、これらの方法には、例えば、競合する標識されていない抗体、磁化可能粒子、または切断可能なリンカーにコンジュゲートした抗体などの使用が含まれる。いくつかの実施形態では、磁化可能粒子は生分解性である。
いくつかの実施形態では、親和性に基づく選択は、磁気活性化細胞選別(MACS)(Miltenyi Biotech,Auburn,Calif.)を介したものである。磁気活性化細胞選別(MACS)システムは、磁化粒子が付着した細胞の高純度選択が可能である。ある特定の実施形態では、MACSは、外部磁場の印加後に、非標的種および標的種が連続的に溶出されるモードで動作する。つまり、磁化粒子に付着した細胞は定位置に保たれ、付着していない種が溶出される。次に、この最初の溶出ステップが完了した後、磁場に閉じ込められ、溶出が妨げられた種が、何らかの様式で解放され、その結果、溶出および回収ができるようになる。ある特定の実施形態では、非標的細胞は、標識され、異種細胞集団から枯渇される。
ある特定の実施形態では、単離または分離は、本方法の単離、細胞調製、分離、処理、インキュベーション、培養、および/または製剤化ステップのうちの1つ以上を実行するシステム、デバイス、または装置を使用して実行される。いくつかの態様では、本システムは、例えば、エラー、ユーザーの取扱い、および/または汚染を最小限に抑えるために、閉鎖環境または無菌環境でこれらのステップの各々を実行するために使用される。一例では、本システムは、国際特許出願公開第WO2009/072003号、またはUS 20110003380 A1に記載されているシステムである。
いくつかの実施形態では、本システムまたは装置は、単離、処理、操作、および製剤化ステップのうちの1つ以上、例えばすべてを、統合システムもしくは自己完結型システム中で、および/または自動化された様式もしくはプログラム可能な様式で実行する。いくつかの態様では、本システムまたは装置には、システムまたは装置と通信するコンピューターおよび/またはコンピュータープログラムが含まれ、これらにより、ユーザーが、処理、単離、操作、および製剤化ステップの様々な局面のプログラム、制御、その結果の評定、および/または調整を行うことが可能となる。
いくつかの態様において、分離および/または他のステップは、例えば、閉鎖および滅菌システムにおいて臨床規模のレベルで細胞を自動分離するために、CliniMACSシステム(Miltenyi Biotic)を使用して実行される。構成要素には、統合されたマイクロコンピューター、磁気分離ユニット、蠕動ポンプ、およびさまざまなピンチ弁が含まれ得る。一部の態様における統合されたコンピューターは、機器のすべての構成要素を制御し、標準化された順序で繰り返し手順を実行するようシステムに指示する。いくつかの態様における磁気分離ユニットには、選択カラム用の可動永久磁石およびホルダーが含まれる。蠕動ポンプにより、チューブセット全体の流量が制御され、ピンチ弁と併せることで、システムをとおした緩衝液の制御された流れ、および細胞の継続的な懸濁が確実となる。
いくつかの態様におけるCliniMACSシステムは、無菌の非発熱性溶液で供給される抗体に結合した磁化可能粒子を使用する。いくつかの実施形態では、細胞を磁性粒子で標識した後、細胞を洗浄して、過剰な粒子を除去する。次に、細胞調製バッグをチューブセットに接続し、今度はチューブセットを緩衝液を収容するバッグおよび細胞収集バッグに接続する。チューブセットは、プレカラムおよび分離カラムを含む、事前に組み立てられた滅菌チューブからなり、単回使用のみを目的とする。分離プログラムの開始後、システムは自動的に細胞試料を分離カラムに適用する。標識された細胞はカラム内に保持され、標識されていない細胞は一連の洗浄ステップにより除去される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法とともに使用するための細胞集団は、標識されておらず、カラムに保持されない。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法とともに使用するための細胞集団は、標識されており、カラムに保持される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法ともに使用するための細胞集団は、磁場の除去後にカラムから溶出され、細胞収集バッグ内に収集される。
ある特定の実施形態では、分離および/または他のステップは、CliniMACS Prodigyシステム(Miltenyi Biotec)を使用して実行される。いくつかの態様におけるCliniMACS Prodigyシステムには、遠心分離による細胞の自動洗浄および分画を可能にする細胞処理ユニットが装備されている。CliniMACS Prodigyシステムには、ソース細胞製品の肉眼的な層を識別することにより、最適な細胞分画エンドポイントを決定するオンボードカメラおよび画像認識ソフトウェアが含まれ得る。例えば、末梢血は、赤血球層、白血球層、および血漿層に自動的に分離されてもよい。また、CliniMACS Prodigyシステムには、細胞培養プロトコル、例えば、細胞分化および拡大、抗原ローディング、ならびに長期細胞培養などを達成する、統合型細胞培養チャンバも含まれ得る。入力ポートにより、培地の滅菌除去および補充が可能となり、統合型顕微鏡を使用して、細胞を監視することができる。例えば、Klebanoff et al.(2012)J Immunother.35(9):651−660、Terakura et al.(2012)Blood.1:72−82、およびWang et al.(2012)J Immunother.35(9):689−701を参照されたい。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞集団は、複数の細胞表面マーカーについて染色された細胞が流体流で運ばれるフローサイトメトリーを介して収集および富化(または枯渇)される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載される細胞集団は、調製スケール(FACS)選別により収集および濃縮(または枯渇)される。ある特定の実施形態では、本明細書に記載の細胞集団は、FACSベースの検出システムと組み合わせた微小電気機械システム(MEMS)チップの使用により、収集および濃縮(または枯渇)される(例えば、WO2010/033140、Cho et al.(2010)Lab Chip 10,1567−1573、およびGodin et al.(2008)J Biophoton.1(5):355−376を参照されたい)。どちらの場合でも、細胞は複数のマーカーで標識することができ、これにより、十分に定義されたT細胞サブセットを高純度で分離できるようになる。
いくつかの実施形態では、抗体または結合パートナーは、1つ以上の検出可能なマーカーで標識され、ポジティブおよび/またはネガティブ選択のための分離を促進する。例えば、分離は、蛍光標識された抗体への結合に基づいてもよい。いくつかの例では、1つ以上の細胞表面マーカーに特異的な抗体または他の結合パートナーの結合に基づく細胞の分離は、例えばフローサイトメトリー検出システムとの組み合わせた、分取スケール(FACS)および/または微小電気機械システム(MEMS)チップを含む蛍光活性化細胞選別(FACS)などにより、流体流で運ばれる。そのような方法により、同時に複数のマーカーに基づいてポジティブ選択およびネガティブ選択を行うことが可能となる。
いくつかの実施形態では、調製方法には、単離、インキュベーション、および/または操作の前または後のいずれかに、細胞を凍結、例えば凍結保存するためのステップが含まれる。いくつかの実施形態では、凍結およびその後の解凍ステップにより、細胞集団の中の顆粒球、およびある程度で単球が除去される。いくつかの実施形態では、細胞は、例えば、血漿および血小板を除去するための洗浄ステップに続いて、凍結溶液に懸濁される。いくつかの態様における様々な既知の凍結溶液およびパラメーターのうちのいずれを使用してもよい。ある例では、20%DMSOおよび8%ヒト血清アルブミン(HSA)を含有するPBS、または他の好適な細胞凍結培地の使用を伴う。次に、これを培地で1:1に希釈し、DMSOおよびHSAの最終濃度がそれぞれ10%および4%になるようにする。他の例には、Cryostor(登録商標)、CTL−Cryo(商標)ABC凍結培地などが含まれる。その後、細胞を毎分1度の速度で−80℃に凍結し、液体窒素貯蔵タンクの気相中で保存する。
いくつかの実施形態では、提供される方法には、養殖、インキュベーション、培養、および/または遺伝子操作のステップが含まれる。例えば、いくつかの実施形態では、枯渇した細胞集団および培養開始組成物をインキュベートおよび/または操作する方法が提供される。
このため、いくつかの実施形態では、細胞集団は、培養開始組成物中でインキュベートされる。インキュベーションおよび/または操作は、培養容器、例えば、ユニット、チャンバ、ウェル、カラム、チューブ、チューブセット、弁、バイアル、培養皿、バッグ、または細胞を培養または養殖するための他の容器の中で実行されてもよい。
いくつかの実施形態では、細胞は、遺伝子操作の前にまたはそれに関連して、インキュベートおよび/または培養される。インキュベーションステップには、培養、養殖、刺激、活性化、および/または増殖が含まれ得る。いくつかの実施形態では、組成物または細胞は、刺激条件または刺激剤の存在下でインキュベートされる。そのような条件には、集団内の細胞の増殖、拡大、活性化、および/または生存を誘導し、抗原露出を模倣し、かつ/または組換え抗原受容体の導入などの遺伝子操作のために細胞をプライミングするように設計された条件が含まれる。
条件には、特定の培地、温度、酸素含有量、二酸化炭素含有量、時間、薬剤、例えば、栄養素、アミノ酸、抗生物質、イオン、および/または刺激因子、例えば、サイトカイン、ケモカイン、抗原、結合パートナー、融合タンパク質、組換え可溶性受容体、および細胞を活性化するように設計された任意の他の薬剤のうちの1つ以上が含まれ得る。
いくつかの実施形態では、刺激条件または薬剤には、TCR複合体の細胞内シグナル伝達ドメインを活性化することができる1つ以上の薬剤、例えばリガンドが含まれる。一部の態様では、薬剤は、T細胞のTCR/CD3細胞内シグナル伝達カスケードをオンにするかまたは開始する。そのような薬剤には、TCR成分および/または共刺激受容体、例えば、例えばビーズなどの固体支持体に結合した抗CD3、抗CD28、および/または1つ以上のサイトカインに特異的な抗体などの抗体が含まれ得る。任意選択で、拡大方法は、抗CD3および/または抗CD28抗体を培地に(例えば、少なくとも約0.5ng/mlの濃度で)添加するステップをさらに含んでもよい。いくつかの実施形態では、刺激剤には、IL−2および/またはIL−15、例えば、少なくとも約10単位/mLのIL−2濃度が含まれる。
いくつかの態様では、インキュベーションは、Riddellらの米国特許第6,040,177号、Klebanoff et al.(2012)J Immunother.35(9):651−660、Terakura et al.(2012)Blood.1:72−82、および/またはWang et al.(2012)J Immunother.35(9):689−701に記載されているものなどの技法にしたがって実行される。
いくつかの実施形態では、T細胞は、非分裂性末梢血単核細胞(PBMC)などの培養開始組成物支持細胞に加えること(例えば、結果として生じる細胞集団が、拡大される初期集団中の各Tリンパ球について、少なくとも約5、10、20、または40個以上のPBMC支持細胞を含むようにする)、および培養物をインキュベートすること(例えば、T細胞の数を増やすのに十分な時間)により拡大される。一部の態様では、非分裂性支持細胞は、ガンマ線照射PBMC支持細胞を含み得る。いくつかの実施形態では、細胞分裂を防ぐために、PBMCに約3000〜3600ラドの範囲のガンマ線を照射する。いくつかの実施形態では、PBMC支持細胞をマイトマイシンCで不活性化する。いくつかの態様では、T細胞の集団を加える前に、支持細胞を培地に加える。
いくつかの実施形態では、刺激条件には、ヒトTリンパ球の成長に好適な温度、例えば、少なくとも約25℃、一般に少なくとも約30℃、一般に37℃または約37℃が含まれる。任意選択で、インキュベーションは、非分裂性EBV形質転換リンパ芽球様細胞(LCL)を支持細胞として加えることをさらに含んでもよい。LCLには、約6000〜10,000ラドの範囲のガンマ線を照射し得る。いくつかの態様におけるLCL支持細胞は、任意の好適な量、例えば、LCL支持細胞と初期Tリンパ球との比が少なくとも約10:1で提供される。
実施形態では、抗原特異的CD4+および/またはCD8+T細胞などの抗原特異的T細胞は、未感作または抗原特異的Tリンパ球を抗原で刺激することにより得られる。例えば、感染した対象からT細胞を分離し、同じ抗原を用いてインビトロで細胞を刺激することにより、サイトメガロウイルス抗原に対する抗原特異的T細胞株またはクローンを生成することができる。
アッセイ
当該技術分野で既知の様々なアッセイを使用して、本明細書中に提供されるHLA−ペプチド ABPを同定および特徴付けてもよい。
結合、競合、およびエピトープマッピングアッセイ
本明細書で提供されるABPの特異性抗原結合活性は、本開示の他の箇所で説明されるように、SPR、BLI、RIAおよびMSD−SETを使用することを含む任意の好適な方法によって評価し得る。さらに、抗原結合活性は、フローサイトメトリーを使用するELISAアッセイ、および/またはウエスタンブロットアッセイによって評価してもよい。
2つのABP、またはABPと別の分子(例えば、TCRなどのHLA−ペプチド ABPの1つ以上のリガンド)との間の競合を測定するためのアッセイは、本開示の他の箇所、および例えば、参照により全体が組み込まれる、Harlow and Lane,ABPs:A Laboratory Manual ch.14,1988,Cold Spring Harbor Laboratory,Cold Spring Harbor,N.Yに記載されている。
本明細書で提供されるABPが結合するエピトープをマッピングするためのアッセイは、例えば、参照により全体が組み込まれるMorris“Epitope Mapping Protocols,”Methods in Molecular Biology vol.66,1996,Humana Press,Totowa,N.J.に記載されている。いくつかの実施形態では、エピトープはペプチド競合によって決定される。いくつかの実施形態では、エピトープは質量分析によって決定される。いくつかの実施形態では、エピトープは変異生成によって決定される。いくつかの実施形態では、エピトープは結晶学によって決定される。
エフェクター機能のアッセイ
本明細書で提供されるABPおよび/または細胞による治療後のエフェクタ機能は、各々参照により全体が組み込まれる、Ravetch and Kinet,Annu.Rev.Immunol.,1991,9:457−492、米国特許第5,500,362号、同第5,821,337号、Hellstrom et al.,Proc.Nat’l Acad.Sci.USA,1986,83:7059−7063、Hellstrom et al.,Proc.Nat’l Acad.Sci.USA,1985,82:1499−1502、Bruggemann et al.,J.Exp.Med.,1987,166:1351−1361、Clynes et al.,Proc.Nat’l Acad.Sci.USA,1998,95:652−656、WO2006/029879、WO2005/100402、Gazzano−Santoro et al.,J.Immunol.Methods,1996,202:163−171、Cragg et al.,Blood,2003,101:1045−1052、Cragg et al.Blood,2004,103:2738−2743、およびPetkova et al.,Int’l.Immunol.,2006,18:1759−1769に記載されているものを含む、当技術分野で既知の様々なインビトロおよびインビボアッセイを使用して評価することができる。
医薬組成物
本明細書で提供されるABP、細胞、またはHLA−ペプチド標的は、任意の適切な医薬組成物に製剤化され、任意の好適な投与経路によって投与され得る。好適な投与経路としては、動脈内、皮内、筋肉内、腹腔内、静脈内、経鼻、非経口、肺、および皮下経路が挙げられるが、これらに限定されない。
医薬組成物は、1つ以上の医薬賦形剤を含んでもよい。任意の好適な医薬賦形剤を使用し得、当業者は好適な医薬賦形剤を選択することができる。したがって、以下に提供される医薬賦形剤は、例示を目的とするものであり、限定するものではない。追加の医薬賦形剤には、例えば、参照により全体が組み込まれるHandbook of Pharmaceutical Excipients,Rowe et al.(Eds.)6th Ed.(2009)に記載されているものが含まれる。
いくつかの実施形態では、医薬組成物は消泡剤を含む。任意の好適な消泡剤を使用し得る。いくつかの態様では、消泡剤は、アルコール、エーテル、油、ワックス、シリコーン、界面活性剤、およびそれらの組み合わせから選択される。いくつかの態様では、消泡剤は、鉱油、植物油、エチレンビスステアラミド、パラフィンワックス、エステルワックス、脂肪アルコールワックス、長鎖脂肪アルコール、脂肪酸石鹸、脂肪酸エステル、シリコングリコール、フルオロシリコーン、ポリエチレングリコール−ポリプロピレングリコール共重合体、ポリジメチルシロキサン−二酸化ケイ素、エーテル、オクチルアルコール、カプリルアルコール、ソルビタントリオレエート、エチルアルコール、2−エチル−ヘキサノール、ジメチコン、オレイルアルコール、シメチコン、およびそれらの組み合わせから選択される。
いくつかの実施形態では、医薬組成物は共溶媒を含む。共溶媒の実例としては、エタノール、ポリ(エチレン)グリコール、ブチレングリコール、ジメチルアセトアミド、グリセリン、プロピレングリコール、およびそれらの組み合わせが挙げられる。
いくつかの実施形態では、医薬組成物は緩衝液を含む。緩衝剤の実例としては、アセテート、ボラート、炭酸塩、乳酸塩、りんご酸塩、リン酸塩、シトラート、水酸化物、ジエタノールアミン、モノエタノールアミン、グリシン、メチオニン、ガーゴム、グルタミン酸ナトリウム、およびそれらの組み合わせが挙げられる。
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、担体または充填剤を含む。担体または充填剤の実例としては、ラクトース、マルトデキストリン、マンニトール、ソルビトール、キトサン、ステアリン酸、キサンタンガム、グアーガム、およびそれらの組み合わせが挙げられる。
いくつかの実施形態では、医薬組成物は界面活性剤を含む。界面活性剤の実例としては、d−アルファトコフェロール、塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム、セトリミド、塩化セチルピリジニウム、ドキュセートナトリウム、ベヘン酸グリセリル、モノオレイン酸グリセリル、ラウリン酸、マクロゴール15ヒドロキシステアレート、ミリスチルアルコール、リン脂質、ポリオキシエチレンアルキルエーテル、ポリオキシエチレンソルビタン脂肪酸エステル、ステアリン酸ポリオキシエチレン、ポリオキシルグリセリド、ラウリル硫酸ナトリウム、ソルビタンエステル、ビタミンEポリエチレン(グリコール)コハク酸塩、およびそれらの組み合わせが挙げられる。
いくつかの実施形態では、医薬組成物は固化防止剤を含む。固化防止剤の実例としては、リン酸カルシウム(三塩基性)、ヒドロキシメチルセルロース、ヒドロキシプロピルセルロース、酸化マグネシウム、およびそれらの組み合わせが挙げられる。
医薬組成物とともに使用され得る他の賦形剤としては、例えば、アルブミン、抗酸化剤、抗菌剤、抗真菌剤、生体吸収性ポリマー、キレート剤、制御放出剤、希釈剤、分散剤、溶解促進剤、乳化剤、ゲル化剤、軟膏基剤、浸透促進剤、防腐剤、可溶化剤、溶媒、安定化剤、糖、およびそれらの組み合わせが挙げられる。これらの薬剤の各々の特定例は、例えば、参照により全体が組み込まれるHandbook of Pharmaceutical Excipients,Rowe et al.(Eds.)6th Ed.(2009),The Pharmaceutical Pressに記載されている。
いくつかの実施形態では、医薬組成物は溶媒を含む。いくつかの態様では、溶媒は、無菌等張食塩水またはデキストロース溶液などの生理食塩水である。いくつかの態様では、溶媒は注射用水である。
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、微粒子またはナノ粒子などの粒子形態である。微粒子およびナノ粒子は、ポリマーまたは脂質などの任意の好適な材料から形成され得る。いくつかの態様では、微粒子またはナノ粒子は、ミセル、リポソーム、またはポリマーソームである。
本明細書では、水がいくつかのABPの分解を促進することができるため、ABPを含む無水医薬組成物および剤形がさらに提供される。
本明細書で提供される無水医薬組成物および剤形は、無水または低水分含有成分および低水分または低湿度条件を使用して調製することができる。製造、包装、および/または保管中に水分および/または湿度との実質的な接触が予想される場合、ラクトース、および第1級または第2級アミンを含む少なくとも1つの活性成分を含む、医薬組成物および剤形は無水であり得る。
無水の医薬組成物は、その無水の性質が維持されるように調製および保存されるべきである。したがって、無水組成物は、好適な処方キットに含めることができるように、水への暴露を防ぐことが知られている材料を使用して包装することができる。好適な包装の例としては、密閉ホイル、プラスチック、単位用量容器(例えば、小瓶)、ブリスターパック、およびストリップパックが挙げられるが、これらに限定されない。
特定の実施形態では、本明細書で提供されるABPおよび/または細胞は、非経口剤形として製剤化される。非経口剤形は、皮下、静脈内(注入およびボーラス注射を含む)、筋肉内、および動脈内を含むがこれらに限定されない様々な経路によって対象に投与することができる。それらの投与は、典型的には、汚染物質に対する対象の自然な防御を回避するため、非経口剤形は、典型的には、無菌であるか、対象への投与前に滅菌することができる。非経口剤形の例としては、注射の準備ができている溶液、注射用の薬学的に許容可能なビヒクルに溶解または懸濁する準備ができている乾燥(例えば、凍結乾燥)製品、注射の準備ができている懸濁液、およびエマルジョンが挙げられるが、これらに限定されない。
非経口剤形を提供するために使用することができる好適なビヒクルは、当業者に周知である。例としては、注射液USPのための水;塩化ナトリウム注射液、リンガー注射液、デキストロース注射液、デキストロースおよび塩化ナトリウム注射液、乳酸加リンガー注射液が挙げられるが、これらに限定されない水性ビヒクル;エチルアルコール、ポリエチレングリコール、およびポリプロピレングリコールが挙げられるが、これらに限定されない水混和性ビヒクル;ならびにコーン油、綿実油、落花生油、ゴマ油、オレイン酸エチル、ミリスチン酸イソプロピル、および安息香酸ベンジルが挙げられるが、これらに限定されない非水性ビヒクルが挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書で開示されるABPおよび/または細胞のうちの1つ以上の溶解度を増加させる賦形剤も、非経口剤形に組み込むことができる。
いくつかの実施形態では、非経口剤形は凍結乾燥されている。例示的な凍結乾燥製剤は、例えば、各々参照により全体が組み込まれる、米国特許第6,267,958号および同第6,171,586号、ならびにWO2006/044908に記載されている。
ヒトの治療では、医師は予防的または治療的治療に応じて、ならびに治療対象に特有の年齢、体重、状態、および他の要因に応じて、医師が最も適切と考える薬量を決定する。
特定の実施形態では、本明細書で提供される組成物は、医薬組成物または単一単位剤形である。本明細書で提供される医薬組成物および単一単位剤形は、予防的または治療的有効量の1つ以上の予防的または治療的ABPを含む。
障害またはその1つ以上の症状の予防または治療に有効となるABP、細胞、または組成物の量は、疾患または状態の性質および重症度、ならびにABPおよび/または細胞が投与される経路によって異なる。頻度および投与量は、投与される特定の治療法(治療薬または予防薬など)、障害、疾患、または状態の重症度、投与経路、ならびに対象の年齢、身体、体重、応答、および過去の病歴に応じて、各対象に固有の要因によっても異なる。有効用量は、インビトロまたは動物モデルの試験システムから得られた用量反応曲線から推定されてもよい。
当業者によって容易に知られるように、異なる疾患および状態に対して異なる治療有効量が適用可能であり得る。同様に、そのような障害を予防、管理、治療または改善するのに十分であるが、本明細書で提供されるABPおよび/または細胞に関連する有害作用を引き起こすには不十分であるか、または低減するのに十分な量も、本明細書で提供される投与量および投与頻度スケジュールに包含される。さらに、本明細書で提供される組成物の複数の投与量を対象に投与する場合、投与量のすべてが同じである必要はない。例えば、対象に投与される投与量は、組成物の予防または治療効果を改善するために増加させてもよく、または特定の対象が経験している1つ以上の副作用を減少させるために低減してもよい。
特定の実施形態では、治療または予防は、1回以上の維持用量に続いて、本明細書で提供されるABPまたは組成物の1回以上の負荷用量で開始することができる。
特定の実施形態では、ある用量の本明細書で提供されるABP、細胞、または組成物を投与して、対象の血液または血清中のABPおよび/または細胞の定常状態濃度を達成することができる。定常状態濃度は、当業者が利用可能な技術に従って測定することにより決定することができ、または身長、体重、年齢などの対象の身体的特性に基づくことができる。
本開示の他の箇所でより詳細に考察されるように、本明細書で提供されるABPおよび/または細胞は、疾患または障害を予防または治療するのに有用な1つ以上の追加の薬剤とともに任意選択的に投与されてもよい。そのような追加の薬剤の有効量は、製剤中に存在するABPの量、障害または治療のタイプ、および当技術分野で知られているかまたは本明細書に記載されている他の要因に依存し得る。
治療用途
治療用途の場合、ABPおよび/または細胞は、当技術分野で既知のものおよび上記で考察したものなどの薬学的に許容可能な剤形で哺乳動物、一般的にはヒトに投与される。例えば、ABPおよび/または細胞は、筋肉内、腹腔内、脳脊髄内、皮下、関節内、滑液嚢内、髄腔内、または腫瘍内経路によって、ボーラスとして、または一定期間の連続注入によって、ヒトに静脈内投与されてもよい。ABPはまた、局所的および全身的治療効果を発揮するために、腫瘍周囲、病変内、または病変周辺経路によって好適に投与される。腹腔内経路は、例えば、卵巣腫瘍の治療では特に有用であり得る。
本明細書で提供されるABPおよび/または細胞は、HLA−ペプチドが関与するいずれの疾患または状態の治療にも有用であり得る。いくつかの実施形態では、疾患または状態は、抗HLA−ペプチド ABPおよび/または細胞による治療から利益を得ることができる疾患または状態である。いくつかの実施形態では、疾患または状態は腫瘍である。いくつかの実施形態では、疾患または状態は細胞増殖性障害である。いくつかの実施形態では、疾患または状態はがんである。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるABPおよび/または細胞は、医薬として使用するために提供される。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるABPおよび/または細胞は、医薬の製造または調製に使用するために提供される。いくつかの実施形態では、医薬は、抗HLA−ペプチド ABPおよび/または細胞から利益を得ることができる疾患または状態の治療用である。いくつかの実施形態では、疾患または状態は腫瘍である。いくつかの実施形態では、疾患または状態は細胞増殖性障害である。いくつかの実施形態では、疾患または状態はがんである。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される有効量のABPおよび/または細胞を対象に投与することによって、疾患または状態の治療を、それを必要とする対象において行う方法が、本明細書で提供される。いくつかの態様では、疾患または状態はがんである。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される有効量のABPおよび/または細胞を対象に投与することによって、それを必要とする対象の疾患または状態を治療する方法が、本明細書で提供され、疾患または状態はがんであり、がんは固形腫瘍と血液腫瘍から選択される。
いくつかの実施形態では、それを必要とする対象における免疫応答の調節を、それを必要とする対象において行う方法が提供され、本方法は、本明細書に開示の有効量のABPおよび/もしくは細胞または医薬組成物を対象に投与することを含む。
併用療法
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるABPおよび/または細胞は、少なくとも1つの追加の治療薬とともに投与される。本明細書で提供されるABPおよび/または細胞とともに、任意の好適な追加の治療薬を投与してもよい。追加の治療薬をABPに融合させることができる。いくつかの態様では、追加の治療薬は、放射線、細胞毒性薬、毒素、化学療法薬、細胞増殖抑制薬、抗ホルモン薬、EGFR阻害薬、免疫調節薬、抗血管新生薬、およびそれらの組み合わせから選択される。いくつかの実施形態では、追加の治療薬はABPである。
診断方法
対象に由来する細胞上の所定のHLA−ペプチドの存在を予測および/または検出する方法も提供される。そのような方法は、例えば、本明細書で提供されるABPおよび/または細胞による治療に対する応答性を予測および評価するために使用されてもよい。
いくつかの実施形態では、血液または腫瘍試料を対象から得て、HLA−ペプチドを発現する細胞の割合を決定する。いくつかの態様では、そのような細胞により発現されるHLA−ペプチドの相対量を決定する。HLA−ペプチドを発現する細胞の割合およびそのような細胞により発現されるHLA−ペプチドの相対量は、任意の好適な方法により決定することができる。いくつかの実施形態では、フローサイトメトリーを使用して、そのような測定を行う。いくつかの実施形態では、蛍光支援細胞選別(FACS)を使用して、そのような測定を行う。末梢血中のHLA−ペプチドの発現を評価する方法については、Li et al.,J.Autoimmunity,2003,21:83−92を参照されたい。
いくつかの実施形態では、対象に由来する細胞上の所定のHLA−ペプチドの存在の検出は、免疫沈降および質量分析を使用して実施する。これは、原発腫瘍標本などの腫瘍試料(例えば、凍結腫瘍試料)を取得し、免疫沈降を適用して1つ以上のペプチドを単離することにより実施することができる。腫瘍試料のHLA対立遺伝子は、実験により決定するか、第三者の供給元から得ることができる。1つ以上のペプチドをMSに供して、それらの配列(複数可)を決定することができる。その後、MSからのスペクトルをデータベースに対して検索することができる。以下の実施例の節で例を提供する。
いくつかの実施形態では、対象に由来する細胞上の所与のHLA−ペプチドの存在の予測は、ペプチド配列に適用したコンピューターベースのモデルおよび/または腫瘍試料に由来するペプチド配列を含む1つ以上の遺伝子のRNA測定(例えば、RNA seqまたはRT−PCR、またはナノストリング)を使用して実施する。使用するモデルは、すべての目的で参照により全体が本明細書に組み込まれる国際特許出願第PCT/US2016/067159に記載されているとおりであり得る。
キット
本明細書で提供されるABPおよび/または細胞を含むキットも提供される。キットは、本明細書に記載されているように、疾患または障害の治療、予防、および/または診断に使用されてもよい。
いくつかの実施形態では、キットは、容器と、容器上または容器に関連付けられたラベルまたは添付文書とを含む。好適な容器としては、例えば、ボトル、小瓶、注射器、およびIV溶液バッグが挙げられる。容器は、ガラスまたはプラスチックなどの様々な材料から形成されてもよい。容器は、それ自体で、または別の組成物と組み合わせたときに、疾患または障害を治療、予防、および/または診断するのに効果的な組成物を保持する。容器は無菌のアクセスポートを有してもよい。例えば、容器が静脈注射用の溶液バッグまたは小瓶の場合、容器は、針で刺すことができるポートを有してもよい。組成物中の少なくとも1つの活性剤は、本明細書で提供されるABPである。ラベルまたは添付文書は、選択した状態を治療するために組成物が使用されることを示す。
いくつかの実施形態では、キットは、(a)第1の組成物が中に含まれる第1の容器であって、第1の組成物が、本明細書で提供されるABPおよび/または細胞を含む、第1の容器と、(b)その中に含まれる第2の組成物が中に含まれる第2の容器であって、第2の組成物が、さらなる治療薬を含む、第2の容器と、を含む。この実施形態のキットは、組成物を使用して特定の状態、例えば番を治療することができることを示す添付文書をさらに含むことができる。
あるいは、またはさらに、キットは、薬学的に許容可能な賦形剤を含む第2(または第3)の容器をさらに含んでもよい。いくつかの態様では、賦形剤は緩衝剤である。キットはさらに、フィルター、針、および注射器を含む、商業的なおよび使用者の観点から望ましい他の材料を含んでもよい。
以下は、本発明を実施するための特定の実施形態の実施例である。実施例は、例示の目的のみのために提供され、本発明の範囲を決して限定することを意図するものではない。使用された数値(例えば、量、温度など)に関して正確さを確保するための努力がなされたが、もちろん、いくらかの実験誤差および偏差は許容されるべきである。
本発明の実施は、特に明記しない限り、当技術分野の範囲内のタンパク質化学、生化学、組み換えDNA技法、および薬理学の従来の方法を使用することになる。そのような技法は、文献で完全に説明されている。例えば、T.E.Creighton,Proteins:Structures and Molecular Properties(W.H.Freeman and Company, 1993)、A.L.Lehninger,Biochemistry(Worth Publishers,Inc.,current addition)、Sambrook,et al.,Molecular Cloning:A Laboratory Manual(2nd Edition,1989)、Methods In Enzymology(S.Colowick and N.Kaplan eds.,Academic Press,Inc.)、Remington’s Pharmaceutical Sciences,18th Edition (Easton,Pennsylvania: Mack Publishing Company,1990)、Carey and Sundberg Advanced Organic Chemistry 3rd Ed.(Plenum Press)Vols A and B(1992)を参照されたい。
実施例1:予測されるHLA−ペプチド複合体の同定
3つの計算ステップを使用して、がん特異的なHLA−ペプチド標的を同定した。まず、Genotype−Tissue Expression(GTEx)Project[1]をとおして利用可能なデータを使用して、大部分の正常な組織で一般に発現しない遺伝子を同定した。次に、The Cancer Genome Atlas (TCGA) Research Network(http://cancergenome.nih.gov/)からのデータを使用して、これらの遺伝子のどれががん試料で異常に発現しているのかを同定した。これらの遺伝子中、すべての目的で参照により全体が本明細書に組み込まれる国際特許出願第PCT/US2016/067159に記載されているように、MS/MSによって配列決定されたHLA提示ペプチドでトレーニングされたディープラーニングモデルを使用して、MHCクラスIタンパク質によって細胞表面抗原として提示される可能性が高いペプチドを同定した。
通常は正常な組織では発現しない遺伝子を特定するために、Genotype−Tissue Expression(GTEx)Project(バージョンV6p)から集約された遺伝子発現データを得た。このデータセットには、50を超える組織型からの8,555の死後試料が含まれた。発現を、RNA−Seqを使用して測定し、GTEx標準パイプライン(https://www.gtexportal.org/home/documentationPage)に従って計算処理した。この分析の目的上、遺伝子は、GTExにおいてどの組織にも発現していないことが判明した場合、または精巣、小唾液腺、および子宮頸部(すなわち、免疫特権組織または非必須組織)のうちの1つ以上にのみ発現した場合、正常な組織では発現しないと見なした。また、タンパク質をコードする遺伝子のみを含めるように検索を制限した。GTExおよびTCGAは計算解析においてヒトゲノムの異なる注釈を使用するため、ENCODEマッピングなどの標準的な技法を使用して2つのデータセット間でマッピングすることができない遺伝子は除外した。
腫瘍特異性を確保するために厳格であった正常な組織で発現した除外した遺伝子に対して基準を定義しようとしたが、散発性の低レベルの転写またはリードミスアライメントなどの潜在的なアーチファクトから生じる非ゼロ測定値は除外しなかった。したがって、遺伝子は、その発現の中央値がGTEx試料全体で0.5RPKM(マッピングされたリード百万単位あたりの転写物1キロベースあたりのリード(Reads Per Kilobase of transcript per Million napped reads))未満であり、10RPKM超で決して発現されず、すべての必須組織試料全体で2つ以下の試料において5RPKMで発現された場合、非免疫特権組織または必須組織において正常に発現されないとみなした。発現している可能性はあるが、GTEX分析パイプラインを使用してRNA−Seqにより測定できない遺伝子を除外するために、すべての試料中の0RPKMで測定された遺伝子も除外した。これらの基準により、大部分の正常な組織では発現していないように見えるタンパク質コード遺伝子のセットが残った。
次に、これらの遺伝子のどれが腫瘍で異常に発現しているかの同定を試みた。TCGA(Data Release 6.0)から入手可能な11,093個の試料を調べた。遺伝子は、少なくとも5つの試料中、少なくとも5FPKM(マッピングされたリード百万単位あたりの転写物1キロベースあたりの断片(Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped reads)の発現で観察された場合に、発現したとみなした。通常、1つの断片は2つのマップされたリードからなるため、5FPKMは約10 RPKMに相当する。
GTExデータは広範囲の組織型にまたがっているが、人体に存在するすべての細胞タイプが含まれているわけではない。したがって、DAVID v 6.8[2]を使用して遺伝子の生物学的機能カテゴリーのリストをさらに調査し、文献の見直しと併せてこの分析を使用して、遺伝子リストをさらにフィルタリングした。免疫細胞で発現する可能性が高い遺伝子(例えば、インターフェロンファミリー遺伝子)、眼関連遺伝子(例えば、FANTOM5データセットの網膜、http://www.proteinatlas.org)、口および鼻で発現する遺伝子(例えば、嗅覚遺伝子および味覚受容体)、ならびに概日周期に関連する遺伝子を除去した。ヒストン遺伝子を含む大型の遺伝子ファミリーの一部である遺伝子も除外し、これは、これらの発現が、配列の相同性を理由に、RNA配列決定により正確に評定することが難しいためである。
次に、TCGA試料全体の残りの遺伝子の発現の分布を調査した。既知のがん精巣抗原(CTA)、例えば、遺伝子のMAGEファミリーを調査したとき、対数空間でのこれらの遺伝子の発現は、一般に、TCGAにおける試料全体の二峰性分布によって特徴付けられたことが観察された。この分布には、より低い発現値の周囲の左モードと、より高い発現レベルでの右モード(または太い尾部)とが含まれた。この発現パターンは、いくらかの最小の発現がすべての試料でベースライン時に検出され、エピジェネティックな調節異常を受けている腫瘍のサブセットでより高い遺伝子発現が観察される生物学的モデルと一致している。TCGA試料全体にわたる各遺伝子の発現の分布を確認し、有意な右手尾部のない単峰性の分布のみを観察したものを破棄した。これは、この分布が(非限定的な例として)正常な組織における発現のベースラインが低い遺伝子を特徴付ける可能性が高いためである。
これにより、精巣特異的な生物学的プロセスおよび発生に関与する遺伝子が高度に富化された630個超の遺伝子の残りの遺伝子リストが得られた。これらの遺伝子の多くは異なるアイソフォームを産生するため、これらの遺伝子を、UNIPROTマッピングサービスを使用して1,200個超のタンパク質にマッピングした。厳しい計算基準を満たす遺伝子に加えて、既に科学文献でがん精巣抗原として同定されているいくつかの遺伝子を追加した。
MHCクラスIタンパク質によって細胞表面抗原として提示される可能性が高いペプチドを同定するために、スライディングウィンドウを使用して、これらのタンパク質の各々をその構成8〜11アミノ酸配列に解析した。これらのペプチドおよびその隣接配列をHLAペプチド提示ディープラーニングモデルで処理し、5TPM(細胞1個あたり1個の転写物におよそ対応する)[3]〜200TPM(すなわち、高レベルの発現)の間の発現レベルでの各ペプチドの提示の可能性を計算した。ペプチドは、発明者らのモデルにより計算したその提示の確率が、発現5TPM以上のTCGAデータセット中10人以上の患者で0.1を超えた場合、推定HLA−ペプチド標的とみなした。
結果を表Aに示す。この実施例から、約400個の遺伝子および25個の分析したHLA対立遺伝子にわたってHLA−ペプチド標的は1,800個超あった。明確にするために、各HLA−ペプチドに、表Aにおいて標的番号を割り当てた。例えば、HLA−ペプチド標的1はHLA−A*01:01_EVDPIGHLY、HLA−ペプチド標的2はHLA−A*29:02_FVQENYLEYなどである。
全体として、このHLA−ペプチド標的のリストは、がん特異的標的の知識の状態に大きく貢献すると期待される。要約すると、本実施例では、ABP研究開発の標的候補として追求できる腫瘍特異的HLA−ペプチドの大型のセットが提供される。
参考文献
Figure 2021500852
実施例2:予測HLA−ペプチド複合体の初期検証
上記のアプローチから生じる予測HLA−ペプチド標的を検証するための初期評定として、HLA結合親和性測定、HLAペプチド質量分析、およびT細胞応答の測定を含む様々なアッセイ技法によって以前に同定されている標的の報告について、公開データベースおよび選定した文献を審査した。IEDB(Vitaら、2015)およびTantigen(Olsenら、2017)という、HLA−ペプチド対のアッセイ結果注釈を含む2つの包括的なデータベースを使用した。コンピューターで予測された標的のうち19個(遺伝子全体で15個が固有)がデータベースで以前に報告されており、その多くが、長年がん免疫学の研究対象となっている遺伝子(例えば、がん精巣抗原)であった。表Bを参照されたい。
(表B)
Figure 2021500852
上記の公開データベースで見られないペプチドについては、追加の限定的な文献の見直しを行った。表Cに示す、以下のペプチドを同定した。
(表C)
Figure 2021500852
表Cからの注目すべき例の1つは、KKLC1 HLA−A*01:01_NTDNNLAVYである。Kita−kyushu肺がん抗原−1(KK−LC−1;CT83)は、多くの異なるがん種で広く発現されることが示されているがん精巣抗原(CTA)である。もともとは、KK−LC−1ペプチド76−84−RQKRILVNLにクローニングされたCTLに基づいて発見された(Fukuyamaら、2006)。より最近では、Stevanovicら、2017により、子宮頸がん患者のCTLによって認識されるKK−LC−1からの別のペプチド、予測ペプチドKK−LC−1 52−60 NTDNNLAVYが明らかとなった。このCTLに対応するTCRは、現在、NIHウェブサイトhttps://www.ott.nih.gov/technology/e−153−2016/に列挙されており、ペプチドは、すべての目的について参照により全体が本明細書に組み込まれるWO 2017/089756 A1に列挙されている。
この実施例は、表Aの予測HLA−ペプチド標的の期待値を強調する。どのCTA HLA−ペプチド標的が以前に知られているかに関する情報は予測に組み込まれていないが、分析により、文献に記載されている多くの標的が得られ、新規の標的の多くは、同様に実験的に検証することができ、また最終的には1つ以上のABPの標的として機能できることが示される。
参考文献
Figure 2021500852
実施例3:予測HLA−ペプチド複合体の同定
次に、7個の遺伝子のタンパク質からのHLA−ペプチド標的AFP、KKLC−1、MAGE−A4、MAGE−A10、MART−1、NY−ESO−1、およびWT1を同定した。
MHCクラスIタンパク質によって細胞表面抗原として提示される可能性が高いペプチドを同定するために、スライディングウィンドウを使用して、これらのタンパク質の各々をその構成8〜11アミノ酸配列に解析した。次に、これらのペプチドおよびその隣接配列をHLAペプチド提示ディープラーニングモデル(PCT/US2016/067159および上記の実施例1を参照されたい)で処理し、64個のクラスI HLAタイプの各々について、100TPM(高発現)の発現レベルでの各ペプチドの提示の可能性を計算した。各HLAが同じ分布からのスコアを提示するように、各HLAの分位点正規化モデルスコアによるトレーニングデータバイアスに起因して、より強力なスコアがある特定のHLAに付与され得る、可能性のあるモデリングアーチファクトを除去した。正規化には、HLA対立遺伝子配列の優先傾向を制御するために、7個の標的遺伝子および50個のランダムに選択した遺伝子を含めた。モデル正規化スコアが、文献において提示されることが分かっているペプチドの提示スコアに基づいて選択した0.00075より高い場合、遺伝子は提示される可能性が高いとみなした。
結果を表A(続き)に示す。実施例1で説明したように、各HLA−ペプチド標的には標的番号を割り当てた。
実施例4:予測HLA−ペプチド複合体の検証
表AのHLA−ペプチド複合体からのペプチドの存在を、それぞれのHLA−ペプチド複合体からの所与のHLA対立遺伝子各々について陽性であることが分かっている腫瘍試料に対する質量分析(MS)を使用して決定した。
HLA−ペプチド分子の単離を、組織試料(1〜4)の溶解および可溶化後に、伝統的な免疫沈降(IP)法を使用して行った。新鮮な凍結組織をまず液体窒素で凍結し、粉砕した(CryoPrep;Covaris,Woburn,MA)。溶解緩衝液(1%CHAPS、20mMのTris−HCl、150mMのNaCl、プロテアーゼおよびホスファターゼ阻害剤、pH=8)を添加して組織を可溶化し、プロテオミクスおよびゲノム配列決定の取組みのために試料の1/10を分取した。試料の残りを4℃で2時間回転させて、残屑をペレット化した。澄ませた溶解物をHLA特異的IPに使用した。
HLA分子に特異的である、ビーズに結合した抗体を使用して、免疫沈降を行った。汎クラスI HLA免疫沈降には、抗体W6/32(5)を使用し、クラスII HLA−DRには、抗体L243(6)を使用した。一晩のインキュベーションの間に、抗体をNHS−セファロースビーズに共有結合させた。共有結合させた後、ビーズを洗浄し、IP用に分取した。抗体のタンパク質A/G捕捉、磁気ビーズ単離、または免疫沈降に一般的に使用される他の方法を含むがこれらに限定されない、ならなるIP方法を使用することができる。
溶解物を抗体ビーズに添加し、免疫沈降のために4℃で一晩回転させた。免疫沈降後、ビーズを溶解物から除去し、溶解物を、さらなるIPを含むさらなる実験のために保存した。IPビーズを洗浄して、非特異的に結合したものを除去し、HLA/ペプチド複合体を2N酢酸でビーズから溶出させた。分子量スピンカラムを使用して、タンパク質成分をペプチドから除去した。得られたペプチドは、SpeedVac蒸発により乾固させ、MS分析の前に−20℃で保存してもよい。
乾燥ペプチドをHPLC緩衝液A中で再構成し、質量分析計への勾配溶出のためにC−18マイクロキャピラリーHPLCカラムにロードした。180分の0から40%のB(80%アセトニトリル中、溶媒A−0.1%ギ酸、溶媒B−0.1%ギ酸)の勾配を使用して、ペプチドをFusion Lumos質量分析計(Thermo)に溶出させた。ペプチドの質量/電荷(m/z)のMS1スペクトルを、解像度が120,000のOrbitrap検出器で収集し、20回のMS2スキャンを続けた。MS2イオンの選択は、データ依存取得モード、およびイオンのMS2選択後30秒の動的除外を使用して行った。MS1スキャンの自動ゲイン制御(AGC)は、4×105に、MS2スキャンに対しては1×104に設定した。HLAペプチドを配列決定するため、+1、+2、および+3の電荷状態をMS2断片化に選択し得る。これは一般に標的化質量分析法と称され、定性的な様式または定量的のいずれかで行った。定量法では、重い標識アミノ酸を使用して合成するために、各ペプチドを定量する必要がある(Doerr 2013)。
各分析からのMS2スペクトルを、Comet(7〜8)を使用してタンパク質データベースに対して検索し、ペプチド同定を、Percolator(9〜11)を使用するか、またはPEAKSの統合されたデノボ配列決定およびデータベース検索アルゴリズムを使用してスコアリングした。
HLA−ペプチド複合体からのペプチドの存在を、それぞれのHLA−ペプチド複合体からの所与のHLA対立遺伝子各々について陽性であることが分かっている様々な腫瘍試料に対する質量分析(MS)を使用して決定した。選択したHLA拘束性ペプチドの代表的なスペクトルデータを図6および7に示す。各スペクトルには、ペプチド断片化情報、およびHLAタイプを含む患者試料に関連する情報が含まれる。
アミノ酸の自発的修飾は、多くのアミノ酸に生じ得る。システインは、この修飾の影響を特に受けやすく、酸化され得るか、または遊離システインで修飾され得る。加えて、N末端グルタミンアミノ酸は、ピログルタミン酸に変換され得る。これらの修飾の各々は、質量の変化を生じさせるので、MS2スペクトル中で明確に割り当てることができる。これらのペプチドをABPの調製に使用するには、ペプチドに質量分析計で見られるのと同じ修飾を含める必要がある。これらの修飾は、簡素な実験室およびペプチド合成法を使用して創出することができる(Leeら、参考文献14)。
参考文献
Figure 2021500852
Figure 2021500852
2017)または予測される断片イオンを分析するための他の方法。
予測されたHLA−ペプチド複合体からの複数のペプチドの存在を、それぞれのHLA−ペプチド複合体からの所与のHLA対立遺伝子各々について陽性であることが分かっている様々な腫瘍試料に対する質量分析(MS)を使用して決定する。
アミノ酸の自発的修飾は、多くのアミノ酸に生じ得る。システインは、この修飾の影響を特に受けやすく、酸化され得るか、または遊離システインで修飾され得る。加えて、N末端グルタミンアミノ酸は、ピログルタミン酸に変換され得る。これらの修飾の各々は、質量の変化を生じさせるので、MS2スペクトル中で明確に割り当てることができる。これらのペプチドをABPの調製に使用するには、ペプチドに質量分析計で見られるのと同じ修飾を含める必要がある。これらの修飾は、簡素な実験室およびペプチド合成法を使用して創出することができる(Leeら、参考文献14)。
参考文献
Figure 2021500852
Figure 2021500852
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実施例6:HLA−ペプチド複合体に結合する抗体またはその抗原結合断片の同定
概要
次の例は、腫瘍特異的HLA拘束性ペプチドを認識する抗体(Ab)を特定できることを示している。そのようなAbによって認識される全体的なエピトープは、一般に、ペプチドとその特定のペプチドを提示するHLAタンパク質との両方の複合表面を含む。HLA複合体をペプチド特異的に認識するAbは、T細胞受容体(TCR)様AbまたはTCR模倣Abと称されることが多い。抗体発見のために選択されたHLA−ペプチド標的抗原は、HLA−A*01:01_NTDNNLAVY(「G2」と指定される、表Aの標的X)およびHLA−A*02:01_LLASSILCA(「G7」と指定される、表Aの標的X)である。これらのHLA−ペプチド抗原の細胞表面提示は、実施例4に記載されているように、腫瘍試料から得られたHLA複合体の質量分析により確認した。
HLA−ペプチド標的複合体およびカウンタースクリーンペプチド−HLA複合体の生成、ならびに安定性分析
HLA−ペプチド標的であるG2およびG7、ならびにカウンタースクリーン陰性対照ペプチド−HLAを、確立された方法を使用して、HLA分子の条件付きリガンドを使用して、組換えにより産生させた。合計で、G2およびG7標的の各々について、18個のカウンタースクリーンHLA−ペプチドを生成した。
ファージライブラリースクリーニングの全体設計
Distributed Bio Incの極めて多様なSuperHuman 2.0合成未感作scFvライブラリー(超安定かつ多様なVH/VL足場上の全多様性7.6e10)をファージディスプレイに使用した。ファージライブラリーは、18個のプールされた陰性pHLA複合体(「完全プール」)で最初に枯渇し、続いて、確立されたプロトコルを使用して標的pHLA複合体によりビーズベースのファージパニングを3〜4回行って、HLA−ペプチド標的であるそれぞれG2およびG7に対するscFvバインダーを同定した。ファージ力価をパニングの各ラウンドで決定して、非結合ファージの除去を確立した。ファージELISAの結果を図14Aおよび14Bに示す。G2およびG7標的の各々について、後のラウンドのパニングにおいて結合ファージの富化があった。出力ファージ上清も、ELISAによって標的結合について試験した。
G2標的の標的スクリーン1の設計を図8に示す。同様に、G7標的の標的スクリーン2の設計を図11に示す。簡単に言えば、各標的について、3つの「ミニプール」カウンタースクリーンペプチドを、標的と同じHLA対立遺伝子に結合し、また著しく異なる、荷電、バルク、芳香族、または疎水性残基などのABP向きの特徴を有する能力に関して選択した。G2については図9Aを、G7については図13Aを参照されたい。加えて、明確な拘束性ペプチド配列および異なるHLA対立遺伝子を特徴とする追加のカウンタースクリーンペプチド−HLA複合体を生成した。15個の追加のカウンタースクリーンHLA−ペプチドと3つの「ミニプール」HLA−ペプチドにより、合計18個のカウンタースクリーンHLA−ペプチド複合体の「完全プール」が形成された。
ペプチド−HLA複合体の生成
様々なヒト白血球抗原(HLA)のαおよびβ2ミクログロブリン鎖は、確立された手順(Garboczi、Hung、およびWiley、1992)を使用してBL21適格大腸菌細胞(New England Biolabs)中で別々に発現した。自動誘導後、細胞を、Bugbuster(登録商標)中の超音波処理およびベンゾナーゼタンパク質抽出試薬(Novagen)を介して溶解させた。得られた封入体を、0.5%Triton X−100(50mMのトリス、100mMのNaCl、1mMのEDTA)を含む洗浄緩衝液または含まない洗浄緩衝液中で洗浄および超音波処理した。最後の遠心分離後、封入体ペレットを、尿素溶液(8Mの尿素、25mMのMES、10mMのEDTA、0.1mMのDTT、pH6.0)に溶解させた。Bradfordアッセイ(Biorad)を使用して濃度を定量し、封入体を−80℃で保存した。
HLA複合体を、確立された手順を使用して、組換えによって生成されたサブユニットおよび合成によって得られたペプチドの再折り畳みによって得た(Garbocziら、1992)。簡単に言うと、精製されたαおよびβ2ミクログロブリン鎖を、選択した拘束性ペプチドを含む再折り畳み緩衝液(pH8.0の100mMのトリス、400mMのL−アルギニンHCl、2mMのEDTA、50mMの酸化グルタチオン、5mMの還元グルタチオン、プロテアーゼ阻害剤錠剤)中で再折り畳みさせた。いくつかの実験では、選択した拘束性ペプチドは条件付きリガンドペプチドであり、これは、条件刺激に露出すると切断可能である。いくつかの実験では、選択した拘束性ペプチドはG2またはG7標的ペプチド、またはカウンタースクリーンペプチドであった。再折り畳み溶液は、Vivaflow 50または50Rクロスフローカセット(Sartorius Stedim)を用いて濃縮した。pH8.0の20mMのトリス中での3ラウンドの透析を、各々少なくとも8時間行った。抗体スクリーニングおよび機能アッセイのために、再折り畳みされたHLAを、BirAビオチンリガーゼ(Avidity)を使用して酵素的にビオチン化した。再折り畳みされたタンパク質複合体を、Akta FPLCシステムに取り付けたHiPrep(16/60 Sephacryl S200)サイズ排除カラムを使用して精製した。ビオチン化は、再折り畳みされたタンパク質を、過剰なストレプトアビジンとともに、SDS−PAGEの前に室温で15分間インキュベートすることにより、非還元条件下のストレプトアビジンゲルシフトアッセイにおいて確認した。得られたペプチド−HLA複合体を分取し、−80℃で保存した。
ペプチド−HLA複合体の安定性分析
HLA−ペプチドの安定性を、条件付きリガンドペプチド交換および安定性ELISAアッセイにより評定した。簡単に言うと、条件付きリガンド−HLA複合体を、カウンタースクリーンまたは試験ペプチドの存在下または非存在下で±条件刺激に供した。条件刺激への露出により、条件付きリガンドがHLA複合体から切断され、その結果、HLA複合体が解離する。カウンタースクリーンまたは試験ペプチドは、HLA複合体のα1/α2溝に安定して結合する場合、HLA複合体を解離から「救助」する。
HLA安定性ELISAは、確立された手順を使用して行った。(Chew et al.,2011、Rodenko et al.,2006)384ウェルの透明な平底ポリスチレンマイクロプレート(Corning)に、PBS中2μg mL−1で50μlのストレプトアビジン(Invitrogen)を事前コーティングした。37℃で2時間インキュベートした後、ウェルをPBS中0.05%Tween 20(4回、50μL)の洗浄緩衝液で洗浄し、50μlの遮断緩衝液(PBS中2%BSA)で処理し、30分間室温でインキュベートした。続いて、20mMのトリスHCl/50mMのNaClで300倍に希釈した25μlのペプチド交換試料を4連で添加した。試料を15分間室温でインキュベートし、0.05%Tween洗浄緩衝液(4×50μL)で洗浄し、室温で25μLのHRPコンジュゲート抗β2m(PBS中1μg mL−1)を用いて15分間処理し、0.05%Tween洗浄緩衝液(4×50μL)で洗浄し、25μLのABTS溶液(Invitrogen)で10〜15分間発達させ、12.5μLの停止緩衝液(0.1Mクエン酸中の0.01%アジ化ナトリウム)を添加して反応を停止させた。その後、分光光度計(SpectraMax i3x;Molecular Devices)を使用して、415nmで吸光度を測定した。
G2カウンタースクリーン「ミニプール」およびG2標的の結果を図9Bに示す。3つのカウンタースクリーンペプチドおよびG2ペプチドはすべて、HLA複合体を解離から救助した。
追加のG2「完全」プールカウンタースクリーンペプチドの結果を図10に示し、これらも安定なHLA−ペプチド複合体を形成することが実証される。
G7カウンタースクリーン「ミニプール」およびG7標的の結果を図13Bに示す。3つのカウンタースクリーンペプチドおよびG7ペプチドはすべて、HLA複合体を解離から救助した。
追加のG7「完全」プールカウンタースクリーンペプチドの結果を図12に示し、これらも安定なHLA−ペプチド複合体を形成することが実証される。
ファージライブラリースクリーニング
ファージライブラリのスクリーニングを、上記の全体的なスクリーニング設計に従って実行した。各ペプチド−HLA複合体へのscFvバインダーを同定するために、3〜4ラウンドのビーズベースのパニングを行った。パニングの各ラウンドについて、開始ファージのアリコートを入力力価測定のために取っておき、残りのファージをDynabead M−280ストレプトアビジンビーズ(Life Technologies)に対して3回枯渇させた後、100ピコモルのプールされた陰性ペプチド−HLA複合体と事前に結合させたストレプトアビジンに対して枯渇させた。パニングの最初のラウンドでは、ストレプトアビジンビーズに結合した100ピコモルのペプチド−HLA複合体を、枯渇させたファージとともに2時間室温で回転させながらインキュベートした。1倍PBST(PBS+0.05%Tween−20)中0.5%BSAでの5分間の洗浄を3回、続いて1倍PBS中0.5%BSAでの5分間の洗浄を3回用いて、ペプチド−HLA複合体結合ビーズに結合していないファージを除去した。洗浄したビーズから結合したファージを溶出させるために、1mlの0.1M TEAを添加し、回転させながら室温で10分間インキュベートした。溶出したファージをビーズから収集し、pH7.5、0.5mlの1Mトリス−HClで中和した。次に、中和したファージを使用して対数増殖TG−1細胞を感染させ(OD600=0.5)、37℃で1時間感染させた後、後続のパニングラウンドのための出力力価および細菌成長用に、細胞を、100μg/mlのカルベニシリンおよび2%グルコース(2YTCG)寒天を含む2YT培地にプレーティングした。後続ラウンドのパニングでは、表1に示すように、選択抗原濃度が低下した一方、洗浄は、量および洗浄時間の長さが増加した。
(表1)ファージライブラリスクリーニング戦略
Figure 2021500852
個々のscFvをファージからクローニングし、DNAサンガー法(「配列固有バインダー」)で配列決定した。個々のscFvは大腸菌でも発現され、個々の粗scFvを含む大腸菌からの細胞周辺抽出物(PPE)をscFv ELISAに供した。
scFv細胞周辺抽出物(PPE)のELISA
パニングの最終ラウンドで得られ、大腸菌で発現されたファージからクローニングされた個々のscFvを、以下のようにscFv PPE ELISAに供した。
96ウェルおよび/または384ウェルのストレプトアビジンコーティングプレート(Pierce)をHLA緩衝液中の2ug/mlのペプチド−HLA複合体でコーティングし、4℃で一晩インキュベートした。プレートを、各ステップの合間にPBST(PBS+0.05%)で3回洗浄した。抗原でコーティングしたプレートを、PBS中3%BSA(遮断緩衝液)を用いて1時間室温で遮断した。洗浄後、scFv PPEをプレートに添加し、室温で1時間インキュベートした。洗浄後、遮断緩衝液中のマウス抗v5抗体(Invitrogen)を添加してscFvを検出し、室温で1時間インキュベートした。洗浄後、HRP−ヤギ抗マウス抗体(Jackson ImmunoResearch)を添加し、室温で1時間インキュベートした。次に、プレートをPBSTで3回、PBSで3回洗浄してから、TMB 1−component Microwell Peroxidase Substrate(Seracare)でHRP活性を検出し、2Nの硫酸で中和した。
陰性ペプチド−HLA複合体のカウンタースクリーニングのために、コーティング抗原を除き、上記のとおりにscFv PPE ELISAを行った。HLAミニプールは、一緒にプールされ、特定のペプチド−HLA複合体への結合を比較するためにストレプトアビジンプレート上にコーティングされた、各2ug/mlの3個の陰性ペプチド−HLA複合体からなった。HLAビッグプールは、一緒にプールされ、特定のペプチド−HLA複合体への結合を比較するためにストレプトアビジンプレート上にコーティングされた、各2ug/mlの18個すべての陰性ペプチド−HLA複合体からなった。
粗PPEとしてのscFv−ELISAにより、陰性対照pHLAと比較して、標的pHLAに対する選択性を示したscFvを、別個に発現させ精製した。精製したscFvを、陰性対照pHLA(「選択的バインダー」)と比較して標的pHLAのみに結合することを確認するために、scFv ELISAにより滴定した。
クローンは、さらなる生化学および機能分析のために、IgG、Fab、またはscFvにフォーマットした。対応するpHLA複合体を用いた結晶化に使用するFab生産用に選択されたScFvクローンを、配列の多様性、結合親和性、選択性、およびCDR3多様性といういくつかのパラメーターに基づいて選択した。クラスタル(clustal)ソフトウェアを使用して、樹状図を作成し、Fabクローンの配列多様性を評定した。VHタイプに基づいたscFv配列の標準的な3D構造も、可能であれば検討した。平衡解離定数(K)により決定される結合親和性は、Octet HTX(ForteBio)を使用して測定した。特定のペプチド−HLA複合体の選択性を、精製したscFvのELISA滴定を用いて決定し、陰性ペプチドまたはストレプトアビジン単独と比較した。Kおよび選択性のカットオフ値は、各標的セットについて、各セット内のFabに対して得られた値の範囲に基づいて決定した。次に、配列ファミリーおよびCDR3の最高の多様性を得るように、最終クローンを選択した。
表2は、上記のスクリーニングキャンペーンのヒット率を示す。
(表2)スクリーニングキャンペーンのヒット率
Figure 2021500852
表3は、HLA−ペプチド標的HLA−A*01:01_NTDNNLAVYに選択的なG2 scFv選択的バインダーのVHおよびVL配列を示す。
表4は、HLA−ペプチド標的HLA−A*01:01_NTDNNLAVYに選択的なG2選択的バインダーのCDR配列を示す。CDRは、Kabat番号付けシステムに従って決定した。
表5は、HLA−ペプチド標的HLA−A*02:01_LLASSILCAに選択的なG7 scFv選択的バインダーのVHおよびVL配列を示す。
表6は、HLA−ペプチド標的HLA−A*02:01_LLASSILCAに選択的なG7選択的バインダーのCDR配列を示す。CDRは、Kabat番号付けシステムに従って決定した。
実施例7:抗体のFab/scFv/IgGクローンへの再フォーマット
選択したクローンを、次のように、Fab、scFv、またはIgG形式に再フォーマットした。
Fabタンパク質断片の構築および産生
選択したG2およびG7 Fabの構築物を、哺乳動物発現に対して最適化したベクターにクローニングした。各DNA構築物をトランスフェクション用に規模拡大し、配列を確認した。100mLの一時的な生産を、各HEK293細胞(Tuna293(商標)Process)において完了した。タンパク質を、抗CH1精製により精製した後、HiLoad 16/600 Superdex 200を介したSEC研磨により精製した。SEC研磨に使用した移動相は、20mMのトリス、50mMのNaCl、pH7であった。最終確認CE−SDS分析を行った。
scFvタンパク質断片の構築および産生
発現プラスミドをBL21(DE3)株に形質転換し、400mLの大腸菌培養中で周辺シャペロンとともに共発現させた。細胞ペレットを再構成した:10ml/1gのバイオマス(25mMのHEPES、pH7.4、0.3MのNaCl、10mMのMgCl2、10%グリセロール、0.75%CHAPS、1mMのDTT)およびリゾチーム、ならびにベンゾナーゼおよびLake Pharmaプロテアーゼ阻害剤カクテル。細胞懸濁液を振盪台で室温で30分間インキュベートした。溶解物を、4℃、13,000×rpmで15分間遠心分離することにより澄ませた。澄ませた溶解物を、IMAC緩衝液A(20mMのトリス−HCl、Ph7.5、300mMのNaCl/10%グリセロール/1mMのDTT)で事前に平衡化した5mlのNi NTA樹脂にロードした。樹脂を、10CVの緩衝液Aにより(または安定したベースラインに達するまで)、続いて10CVの8%IMAC緩衝液B(20mMのトリス−HCl、Ph7.5;300mMのNaCl/10%グリセロール/1mMのDTT/250mMのイミダゾール)により洗浄した。標的タンパク質を、100%IMAC緩衝液Bまでの20CV勾配で溶出させた。5CVの100%IMAC Bでカラムを洗浄して、タンパク質の完全な除去を確実にした。溶出画分をSDS−PAGEおよびウェスタンブロット(抗His)で分析し、適宜プールした。プールを最終製剤緩衝液(20mMのトリス−HCl、Ph7.5、300mMのNaCl/10%グリセロール/1mMのDTT)に対して透析し、最終タンパク質濃度が0.3mg/ml超になるまで濃縮し、1mLバイアルに分取して、液体窒素中で瞬間凍結させた。最終QCステップには、SDS−PAGEおよびA280の測定を含めた。
IgGタンパク質の構築および産生
Gシリーズ抗体の発現構築物を、哺乳動物発現に対して最適化したベクターにクローニングした。各DNA構築物をトランスフェクション用に規模拡大し、配列を確認した。10mLの一時的な産生を、各HEK293細胞(Tuna293(商標)Process)において完了した。タンパク質をタンパク質A精製により精製し、最終CE−SDS分析を行った。
実施例8:HLA−ペプチド標的に対するFabクローンの親和性
Octet Qke(ForteBio)で親和性測定を行った。1倍動力学緩衝液中のビオチン化pHLA複合体を、使用した最高濃度の各Fabに最適なnmシフト応答(約0.6nm)を与える濃度で、ストレプトアビジンセンサーにロードした。pHLA複合体を300秒間ロードし、その後、リガンドをロードした先端部を120秒間動力学緩衝液中で平衡化した。次に、リガンドをロードしたバイオセンサーを、2倍希釈に滴定したFab溶液に200秒間浸漬した。開始Fab濃度は100nM〜2uMの範囲であり、その後はFabのK値に基づいて最適化した。動力学緩衝液の解離ステップを200秒間測定した。データを、1:1結合モデルを使用するForteBioデータ分析ソフトウェアを使用して分析した。
図15Aおよび15Bは、それぞれ、G2標的FabクローンG−2P1H11およびG7標的FabクローンG7R4−B5−P2E9のBLI結果を示す。
結果を下の表に示す。
(表7)標的ペプチド−HLA複合体に結合するFabの最適化したOctet BLI親和性測定
Figure 2021500852
実施例9:G2およびG7拘束性ペプチド配列の位置スキャン
選択したFabクローンの接触点として作用するアミノ酸残基を決定するために、G2およびG7拘束性ペプチドの位置スキャンを実行した。
簡単に言うと、G2またはG7ペプチド配列の単一の位置におけるアミノ酸置換を用いて、すべての位置にわたってスキャンした変異体G2およびG7の位置スキャンライブラリーを生成した。所与の位置におけるアミノ酸置換は、アラニン(保存的置換)、アルギニン(正に荷電)、またはアスパラギン酸塩(負に荷電)のいずれかであった。位置スキャン実験用のアミノ酸置換のマップを図16に示す。アスタリスクは、アミノ酸置換の欠如を示す。
位置スキャンライブラリーメンバーとHLAサブタイプ対立遺伝子とを含むペプチド−HLA複合体を、実施例6に記載のとおりに生成した。変異体G2およびG7ペプチドが所望のHLA対立遺伝子と複合体化できたかどうかを決定するために、得られた複合体の安定性分析を、実施例6に記載の条件付きリガンドペプチド交換およびELISAを使用して実行した。次に、位置変異体−HLA複合体のFabクローンへの結合親和性を、実施例8に記載のように、BLIにより評定した。
G2位置変異体−HLAの安定性色分け図を図17Aに示す。[赤色]は非常に低い安定性、[灰色]は低い安定性、[青色]は高い安定性を示す。図17Aは、C末端アミノ酸残基(9位)ならびに第2および第3のN末端残基(2位および3位)が、ペプチドをHLAに固定し、それにより三重複合体を安定させるのに重要な残基であったことを示す。
FabクローンG2−P1H11の親和性色分け図を図17Bに示す。色分け図に示されている結合の程度は、pHLAへのFabの結合に起因するBLIバイオセンサーのnmシフトに基づく。上述のように、[赤色]は結合親和性の不在(−0.02〜0.18nmのシフト)を示し、[灰色]は弱い結合親和性(0.19〜0.25nmのシフト)を示し、[青色]は高い結合親和性(0.26〜0.32nmのシフト)を示す。予想どおり、不安定な複合体(2位、3位、および9位)を生じさせた位置変異は、Fab結合も生じさせなかった。図17Bは、3位〜8位に導入された置換により、FabクローンがHLA−ペプチド複合体への結合に失敗したことを示している。これらの結果は、HLA分子への結合に関与せず、またHLAタンパク質から突出する可能性が高い残基である残基の大部分が、FabクローンG2−P1H11のペプチド特異性に重要であることを示唆する。
G7位置変異体の安定性色分け図を図18Aに示す。1位、2位、6位、および9位は、HLA複合体を安定させるために重要であるように見受けられる。
FabクローンG7R4−B5−P2E9の親和性色分け図を図18Bに示す。上述のように、[赤色]は結合親和性の不在(−0.02〜0.18nmのシフト)を示し、[灰色]は弱い結合親和性(0.19〜0.25nmのシフト)を示し、[青色]は高い結合親和性(0.26〜0.72nmのシフト)を示し、1位〜5位がFabクローンのペプチド特異性に重要であることが示される。
実施例10:生成された抗体は、HLA−ペプチド標的を提示する細胞への結合に成功する
scFvクローンG2−P1H11およびG7−EpからのIgGを、実施例7に記載のように創出した。
IgGが標的拘束性ペプチドでパルスしたK562細胞に結合する能力を、フローサイトメトリーにより評定した。
レトロウイルスの産生
Phoenix−AMPHO細胞(ATCC(登録商標)、CRL−3213(商標))を、6ウェルプレートに5×105細胞/ウェルでプレーティングし、一晩37℃でインキュベートした。
Phoenix−AMPHO細胞を、以下のように所望のHLAサブタイプの発現カセットを含むレトロウイルスベクターでトランスフェクトした。10μgのプラスミド、10μLのLipofectamine LTX PLUS(Fisher Scientific、カタログ番号15338100)試薬、および100μLのOpti−MEM(Gibco(商標)、カタログ番号31985062)を、室温で15分間インキュベートした。同時に、8μLのLipofectamineを、92μLのOpti−MEMとともに室温で15分間インキュベートした。これらの2つの反応物を組み合わせ、15分間室温で再度インキュベートした後、800μLのOpti−MEMを添加した。培地をPhoenix細胞から吸引し、5mLの予熱したOpti−MEMで洗浄した。Opti−MEMを細胞から吸引し、Lipofectamine混合物を添加した。細胞を3時間37℃でインキュベートし、3mLの完全培地を添加した。次に、プレートを一晩37℃インキュベートした。培地をPhoenix培地に交換し、プレートをさらに2日間37℃でインキュベートした。
培地を回収し、45μmのフィルターに通して清潔な6ウェル皿に濾過した。20μLのPlus試薬を各ウイルス懸濁液に添加し、室温で15分間インキュベートした後、8μL/ウェルのLipofectamineを添加し、さらに15分間室温でインキュベートした。
HLA−ペプチド標的を発現するK562細胞の生成および例示的なIgGクローンとの細胞結合
内因性MHCを欠くK562細胞に、それぞれG2またはG7のHLAサブタイプを導入するためにレトロウイルスを形質導入した。HLA形質導入K562細胞を、前夜に、6ウェルプレートにおいて、1%FBSを含有するIDMEM中、50μMの標的または陰性対照ペプチド(Genscript)でパルスし、標準的な組織培養条件下でインキュベートした。細胞を採集し、PBSで洗浄し、eBioscience Fixable Viability Dye eFluor 450を用いて15分間室温で染色した。PBS+1%FBSでさらに洗浄した後、さまざまな濃度の試験IgG(G2−P1H11またはG7R4−B5−P2E9)とともに細胞を再懸濁した。細胞を抗体とともに1時間4℃でインキュベートした。さらに洗浄した後、PEコンジュゲートヤギ抗ヒトIgG二次抗体(Jackson ImmunoResearch)を、30分間4℃で、1:200で添加した。PBS+1%FBSで洗浄した後、細胞をPBS+1%FBSに再懸濁し、フローサイトメトリーで分析した。フローサイトメトリー分析は、Attune NxT Softwareを使用するAttune NxT Flow Cytometer(ThermoFisher)で行った。FlowJoを使用して、データを分析した。
結果を図19および20に示す。G2−P1H11とG7R4−B5−P2E9との両方が、陰性対照ペプチドでパルスしたHLA形質導入細胞と比較して、標的ペプチドでパルスしたHLA形質導入K562細胞に選択的に結合した。
インビボでの概念実証
リード抗体またはCAR−T構築物をインビボで評価して、ヒト化マウス腫瘍モデルにおける指向腫瘍殺滅を実証する。リード抗体またはCAR−T構築物を、ヒト腫瘍およびPBMCを移植した異種移植腫瘍モデルにおいて評価する。抗腫瘍活性を測定し、対照構築物と比較して、標的特異的な腫瘍殺滅を実証する。
実施例11:水素/重水素交換および質量分析によるscFv−pHLA構造
水素/重水素交換
20μMのHLA−ペプチドを3倍モル過剰のscFvまたはFabフォーマット化ABPとともに20分間室温(20〜25℃)でインキュベートして、交換実験用の複合体を生成した。Apo対照については、HLA−ペプチドを、ABPなしで、等量の50mMのNaCl、20mMのトリス、pH 8.0とともにインキュベートした。その後のすべての反応ステップは、Chronos 4.8.0ソフトウェア(Leap Technologies,Morrisville,NC)によって制御される自動HDX PALシステムによって4℃で行った。重水素交換は、30秒〜3時間の範囲で二連で実行した。5μlのタンパク質複合体を、H2O(0分の対照時点)または指定時間のD2Oへと10倍に希釈した後、0.8Mの塩酸グアニジン、0.4%酢酸(v/v)、および75mMのトリス(2−カルボキシエチル)ホスフィン中で3分間クエンチングした。統合されたライン上でのタンパク質消化のために、約50ピコモルのクエンチしたタンパク質複合体を固定化Protein XIII/Pepsinカラム(NovaBioAssays,Woburn,MA)に移した。
液体クロマトグラフィー、質量分析、およびHDX分析
ペプチドのクロマトグラフィー分離を、トラップC18カラム(粒径5μMおよび直径2.1mm)および分析用C18カラム(粒径1.9μMおよび直径1mm)を含むUltiMate 3000 Basic Manual UHPLC System(ThermoFisher Scientific,Waltham,MA)を使用して実行した。試料を、10%アセトニトリル、0.5%ギ酸を用いて、40μl/分の流速で2分間脱塩し、ペプチドを、95%アセトニトリル、0.5%ギ酸の濃度を漸増させながら40μl/分の流速で溶出させた。質量分析は、Orbitrap Fusion Lumos質量分析計(ThermoFisher,Waltham,MA)で行い、ESIソースは3700Vの陽イオン電圧に設定した。水素−重水素交換実験を行う前に、各HLA−ペプチド複合体のペプチド断片を、データ依存性LC/MS/MSにより分析し、データを、ペプチド前駆体の質量許容値10ppm、断片イオンの質量許容値0.1Daで、PEAKS Studio(Bioinformatics Solutions Inc.,Waterloo,ON,Canada)を使用して検索した。HLA、β2M、およびペプチドの配列を検索し、おとりデータベース戦略を使用して誤検出率を同定した。水素−重水素実験からのペプチドをLC/MSにより検出し、保持時間枠サイズ0.22分、7.0 ppmのエラーで、HDX Workbench(Omics Informatics,Honolulu,HI)により分析した。重水素(D)交換試料では、次に、ペプチドを溶出時間枠内で同定し、質量の差を決定した。Dは分子量がHよりも1大きいため、質量はペプチド骨格で交換された各Dについて1増加する。質量および同位体イオンの強度の差により、各ペプチドのD%の値が生成された。Pymol(Schrodinger,Cambridge,MA)を使用して、重水素取り込みの差を関連するタンパク質結晶構造にマッピングした。Apo対照とABPと間のD交換の減少を計算し、アミノ酸によりプロットした。GraphPad Prism 7.0(La Jolla,CA)を使用して、統計分析およびグラフ表示を行った。
結晶構造PDB 5bs0にプロットしたscFv G2−P1G07のデータの例を図21に示す。結晶構造は、URL https://www.rcsb.org/structure/5bs0(Ramanら)に見ることができる。MSデータで網羅されていない領域を黒色で示し、D交換が最も減少した領域(ABPの結合部位を示す)を丸で囲む。明確にするために、結合溝およびヘリックスのみを示す。
連結させた摂動ビューを使用して全体を視覚化したscFvクローンG2−P1G07の例示的な色分け図を図22に示す。
所与のHLA−ペプチド標的について試験したABP全体のデータをよりよく比較するために、各ABPのデータをエクスポートし、色分け図をExcelで生成した。得られた色分け図を図23に示し、これは、α1ヘリックス(上)およびα2ヘリックス(下)にわたる色分け図を示している。図24は、拘束性ペプチド残基1〜9にわたってA*0101_NTDNNLAVYについて試験されたすべてのABPの色分け図を示す。これらの結果は、拘束性ペプチドの残基6〜9およびHLA残基157〜160が、その特定のABPへの結合のためのA*0101_NTDNNLAVY HLA−ペプチド標的複合体の重要な接点であることを示している。別途記載されない限り、HDX色分け図中のすべてのクローン項目はscFv形式である。
実施例12:HLA−ペプチド標的に特異的に結合するTCRの分離
図25は、HLA−ペプチド標的に特異的に結合するTCRを単離した実験的ワークフローを示す。簡単に言うと、HLA−ペプチド標的に結合する未感作CD8+T細胞をフローサイトメトリーにより単離し、ポリクローナルに拡大させた。拡大後、HLA−ペプチド標的複合体に対する細胞の特異性をフローサイトメトリーにより試験した。拡張させた集団の大部分(75%超)がHLA−ペプチド標的に特異的であった場合、集団全体を全体として配列決定して、TCRを同定した。あるいは、HLA−ペプチド標的に特異的に結合した細胞を再選別し、再選別後に単離した細胞のみを配列決定した。TCR配列を発現ベクターにクローニングし、組換えTCRとしてレシピエントT細胞に導入した。評価したTCRの発現およびTCR組換えT細胞による同種HLA−ペプチド標的複合体の結合を評価した。
同定したHLA−ペプチド標的は、CD8+T細胞により容易に認識された
健康なドナーからの末梢血単核細胞(PBMC)を、以下のように未感作CD8+T細胞について磁気的に富化した。健康なドナーからの白血球アフェレーシス試料を処理することにより、PBMCを得た。凍結PBMCを解凍し、ビオチン化CD45RO、CD14、CD15、CD16、CD19、CD25、CD34、CD36、CD57、CD123、抗HLA−DR、CD235a(グリコホリンA)、CD244、およびCD4抗体のカクテルとともにインキュベートし、その後、PBMC集団からの除去のために、抗ビオチンマイクロビーズで磁気標識した。富化した未感作CD8 T細胞を、標的ペプチドおよび適切なHLA分子を含む四量体で標識し、生/死および系統マーカーで染色し、図26に示すゲーティング手順に従ってフローサイトメトリーにより選別した。HLA−ペプチド四量体に結合した細胞を単離した。ポリクローナル拡大の後、拡大させたCD8+T細胞の特異性を、HLA−ペプチドまたは四量体なしの対照で標識することにより再評定した。例示的なHLA−ペプチド標的であるB*44:02_GEMSSNSTALおよびA*01:01_EVDPIGHLYのフローサイトメトリーの結果を図27に示す。HLA−ペプチド標的A*03:01_GVHGGILNKのフローサイトメトリーの結果は図28に示す。
ドナーごとのHLA−ペプチド標的あたりの単離CD8+T細胞の数、および試験したすべてのドナーにわたるHLA−ペプチド標的あたりの単離CD8+T細胞頻度の分布を、図29(29A(単離CD8+T細胞の数)および29B(頻度))。標的あたりの単離された未感作CD8+T細胞の総数は23〜4181個の抗原特異的細胞の範囲であり、これは、既知の免疫原性ウイルス抗原に特異的なT細胞の前駆体頻度と一致している。これらの細胞は、配列決定およびさらなる特性評価のための天然TCRのソースを提供する。
試験したすべてのドナーにわたって要約した標的あたりの単離された標的特異的T細胞の数を表8に示す。
(表8)すべてのドナーにわたって要約した標的あたりの単離された標的特異的T細胞の数
Figure 2021500852
これらのデータは、天然のCD8+T細胞が、予測される関連MHC分子の状況において標的ペプチドを結合/認識するHLA適合ヒト血液中に存在するので、同定されたHLA−ペプチド標的が生物学的に関連性があることを示す。
CD8+T細胞により、HLA−ペプチド標的に結合した固有のTCRの多様なレパートリーが得られた
T細胞の配列決定の基準
拡張させた集団の大部分(75%超)がHLA−ペプチド標的に特異的であった場合、集団全体を全体として配列決定して、TCRを同定した。次に、集団から選択したTCR配列を発現ベクターにクローニングし、特異性を確認するためにレシピエントT細胞にトランスフェクトした。あるいは、HLA−ペプチド標的に特異的に結合した細胞を再選別し、再選別後に単離した細胞のみを配列決定した。
配列決定プロトコル
図26に記載するように単離し拡大させたT細胞は、10x Genomicsの単一細胞分解能対合免疫TCRプロファイリングアプローチを使用して配列決定した。具体的には、後の単一細胞cDNA生成および全長TCRプロファイリングのために、2〜8000個の生T細胞を単一細胞エマルジョン中に分割した(定常領域をとおして5’UTR、アルファ鎖およびベータ鎖の対合を確保する)。1つのアプローチでは、転写産物の5’末端で分子バーコード化テンプレートスイッチングオリゴを利用し、第2のアプローチでは、3’末端で分子バーコード化定常領域オリゴを利用し、第3のアプローチは、RNAポリメラーゼプロモーターをTCRの5’末端または3’末端のいずれかに結合させる。これらのアプローチはすべて、単一細胞レベルでのアルファおよびベータTCRペアの同定およびデコンボリューションを可能にするものである。得られたバーコード化cDNA転写産物は、最適化された酵素およびライブラリー構築ワークフローを経て、バイアスを減らし、細胞プール内のクローン型の正確な表現を保証する。ライブラリーは、IlluminaのMiSeqまたはHiSeq4000機器(ペアードエンド150サイクル)上、細胞あたり約5〜50000リードの標的配列決定深度で配列決定した。
配列決定リードを、10xにより提供されたソフトウェアCell Rangerによって処理した。配列決定リードをクロミウム細胞バーコードおよびUMIで標識し、これを使用して、V(D)J転写産物を細胞ごとに組み立てた。次に、組み立てられたコンティグをEnsemblバージョン 87(http://www.ensembl.org/)からのV(D)J参照配列にマッピングすることにより、各細胞の組み立てられたコンティグに注釈を付けた。
クローン型を、固有のCDR3アミノ酸配列のアルファ鎖ベータ鎖対として定義した。特定のドナーの標的ペプチドあたりのクローン型の最終リストを得るために、2細胞を超える頻度で存在する単一のアルファ鎖および単一のベータ鎖対に対して、クローン型をフィルタリングした。図30Aは、試験した各ドナーのHLA−ペプチド標的あたりの固有のTCRクローン型の数を示す。図30Bは、試験したすべてのドナーにわたって合計した、HLA−ペプチド標的あたり固有のクローン型の総数を示す。
再選別した細胞からのユニークなクローン型のTCR配列
再選別した細胞からの、A*0101_EVDPHIGHLYに特異的なTCRクローン型の注釈付き可変、多様性、接合、および定常領域を、表9で以下に示す。
(表9)再選別した細胞から配列決定したA*0101_EVDPHIGHLYに特異的な固有のTCRの注釈付きTCR配列
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A*0101_EVDPHIGHLYに特異的なTCRクローン型のαおよびβ鎖のV(D)JおよびCDR3配列を表10に示す。
レシピエントT細胞中で確認済みの特異性を示したTCRクローン型の注釈付き可変、多様性、接合、および定常領域を、表11で以下に示す。
(表11)レシピエントT細胞中の特異性が確認された固有のTCRの注釈付きTCR配列
Figure 2021500852
レシピエントT細胞中で確認済みの特異性を示したTCRクローン型のαおよびβ鎖のV(D)JおよびCDR3配列を表12に示す。
注釈付き参照α変数(TRAV)、α接合(TRAJ)、α定常(TRAC)、β可変(TRBV)、β多様性(TRBD)、β接合(TRBJ)、およびβ定常(TRBC)配列の表、ならびにそれらの対応するEnsembl転写産物(ENST)参照番号を、表13に示す。開示のTCRのいずれについても、表9および表11に開示されている、注釈付き参照配列と、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または99%超同一であるアミノ酸配列は、本発明に包含される。
(表13)アルファおよびベータTCR領域の注釈付き参照遺伝子
Figure 2021500852
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実施例13:同定したTCRで一時的にトランスフェクトしたT細胞株は、それらの標的HLA−ペプチド複合体に特異的に結合するが、陰性対照ペプチド−HLAには結合しない
Jurkat TIB−152 T細胞株培養物を、Nucleofector 4D電気穿孔機を使用して、ヒトCD8を発現するプラスミドと、GFPレポーター遺伝子を有するTCR αおよびβ鎖を発現するプラスミドとで同時トランスフェクトした。トランスフェクションに使用したプラスミドを図4および5に記載する。トランスフェクションの24〜48時間後、Jurkat T細胞を目的のTCRの発現について分析した。フローサイトメトリーを使用して、HLA−ペプチド複合体および対照の感染症ベースのペプチド四量体への結合について、細胞を評定した。HLA−ペプチド標的四量体の結合を評価する前に、全集団を単一GFP発現生細胞でゲーティングした。図31は、それぞれのHLA−ペプチド標的に結合するが、対照ペプチド四量体には結合しない、A*0201_LLASSILCA−、A*0201_GVYDGEEHSV−、B*4402_GEMSSNSTAL−、およびA*0101_EVDPIGHLY特異的TCRを発現しているJurkat細胞の例を示す。
実施例14:ウイルスベクターにクローニングしたTCRは、初代ヒトCD8+T細胞中で安定して発現され、同種ペプチド標的−MHC複合体に結合する
レンチウイルスベクターを、HLA−ペプチド標的であるHLA−A*0201_LLASSILCAに特異的なTCRのために生成した。モデルベクターシステムとして、System Biosciences,Palo Alto,CAから市販されている第3世代レンチウイルスベース発現ベクターシステムを使用した。図33を参照されたい。
初代ヒトCD8+T細胞を単離し、感染の多重度(MOI〜10)で組換えTCRレンチウイルスにより形質導入した。T細胞を、四量体染色によるCD8T細胞上のTCR発現の評定の前に、1〜2週間、急速拡大プロトコルを使用して拡大させた。
図32は、形質導入したヒトCD8+細胞がHLA−ペプチド標的に結合することを実証するゲーティング戦略およびフローデータを示す。
実施例15:MHC/ペプチド標的反応性TCRの同定
T細胞を、患者の血液、リンパ節、または腫瘍から単離する。患者は、SATとHLA適合しており、標的を担持するタンパク質の発現に基づいて選択する。次に、例えば、SAT−MHC四量体結合細胞を選別することにより、またはT細胞とSATパルス抗原提示細胞とのインビトロの共培養において刺激した活性化細胞を選別することにより、T細胞を、SAT特異的T細胞について富化する。
SATに関連するアルファ−ベータTCR二量体は、SAT特異的T細胞のTCRの単一細胞配列決定により同定する。あるいは、SAT特異的T細胞のバルクTCR配列決定を行い、TCR対合法を使用して、一致する可能性の高いアルファ−ベータ対を決定する。
あるいはまたは加えて、SAT特異的T細胞を、健康なドナーからの未感作T細胞のインビトロのプライミングをとおして得ることができる。PBMC、リンパ節、または臍帯血から得られたT細胞を、SATパルス抗原提示細胞により繰り返し刺激して、抗原経験のあるT細胞の分化をプライミングする。次に、TCRを、患者からのSAT特異的T細胞について上に記載したものと同様に同定する。
実施例16:操作されたTCR T細胞の産生
TCRアルファおよびベータ鎖配列を、適切な構築物にクローニングする。TCR自己または異種バルクT細胞を構築物を形質導入して、操作されたTCR T細胞を産生する。これらのT細胞を、後の実験で使用するために、抗CD3抗体およびIL−2サイトカインの存在下で拡大させる。ある特定の場合には、天然TCRを欠失させるか、または挿入したTCRを修飾して、適当な多量体化を増加させる。
TCR特異性のインビトロでの検証
まず、適切なMHCを発現し、適切な標的(複数可)でパルスした抗原提示細胞を使用して、操作されたTCRを保有するT細胞を標的認識についてスクリーニングする。
スクリーニングの最初のラウンドで同定したTCRを、次に、自然な標的の認識について試験する。リードTCRは、HLAが一致した原発腫瘍およびSAT担持タンパク質を発現する腫瘍細胞株の特異的な認識に基づいて指名する。
特異性を確保するために、リードTCRは、標的外認識に基づいて選択解除する。これらを、複数の組織および器官の種類を網羅するHLA一致および不一致細胞株のパネルに対して、また感染疾患抗原のパネルでパルスしたHLA一致および不一致抗原提示細胞を用いて、スクリーニングする。自己抗原または一般的な非自己抗原の特異的および非特異的標的外認識を有するTCRは、選択解除する。
実施例17:ウサギB細胞クローニング技術を使用する、腫瘍抗原を提示するMHCクラスI分子を標的とするモノクローナル抗体(mAb)の同定
目的の腫瘍抗原を提示するヒトクラスI MHC分子を標的とする強力かつ選択的なmAbを同定する。ヒト腫瘍抗原を提示する可溶性ヒトpMHC分子を、複数のマウスまたはウサギの免疫化に利用し、その後、免疫した動物に由来するB細胞をスクリーニングして、標的のクラスI MHC分子に結合するmAbを発現するB細胞を同定する。マウスまたはウサギのスクリーニングから同定したmAbをコードする配列は、単離したB細胞からクローニングすることになる。次に、回収したmAbを無関係のpMHCのパネルに対して評価して、標的pMHCに選択的に結合するリードmAbを同定する。リードmAbは、標的結合親和性および選択性を決定するために十分に特徴付ける。強力かつ選択的な結合を示すリードmAbをヒト化して、全長ヒトIgGモノクローナル抗体(mAb)構築物を生成する。加えて、リードmAbを、CAR T細胞の生成に使用できる、二重特異性mAb構築物およびキメラ抗原受容体(CAR)構築物に組み込む。全長二重特異性構築物またはscFVベースの二重特異性構築物を構築することができる。
インビトロでのヒト腫瘍細胞の標的化を実証
免疫組織化学技術を利用して、標的pMHC分子を発現するヒト腫瘍細胞へのリード抗体の特異的結合を実証する。CAR−T構築物でトランスフェクトしたT細胞株をヒト腫瘍細胞とともにインキュベートして、インビトロでのi腫瘍細胞の殺滅を実証する。あるいは、標的を発現する腫瘍細胞を二重特異性構築物(ABPおよびエフェクタードメインをコードするもの)およびPBMCまたはT細胞とともにインキュベートする。
インビボでの概念実証
リード抗体またはCAR−T構築物をインビボで評価して、ヒト化マウス腫瘍モデルにおける指向腫瘍殺滅を実証する。リード抗体またはCAR−T構築物を、ヒトPBMCを移植した異種移植腫瘍モデルにおいて評価する。抗腫瘍活性を測定し、対照構築物と比較して、標的依存性の腫瘍殺滅を実証する。
腫瘍抗原を提示するヒトクラスI MHC分子を選択的に標的とする強力かつ選択的なmAbは、ファージディスプレイまたはB細胞クローニング技術を使用して同定する。ABPの有用性は、ABPが、抗体またはCAR−T細胞構築物に組み込まれた場合に、インビトロおよびインビボで腫瘍細胞殺滅を媒介することを示すことにより実証される。
好ましい実施形態および様々な代替実施形態を参照して本発明を具体的に示し説明したが、当業者であれば、本発明の趣旨および範囲から逸脱することなく、形態および詳細に様々な変更を行うことができることを理解するであろう。
本明細書の本文内で引用されたすべての参考文献、発行特許、および特許出願は、あらゆる目的のために、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。
配列
(表3)HLA−ペプチド標的HLA−A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に選択的なG2 scFv選択的バインダーのVHおよびVL配列
Figure 2021500852
(表4)HLA−ペプチド標的HLA−A*01:01_NTDNNLAVY(SEQ ID NO:23)に選択的なG2選択的バインダーのCDR配列(Kabat番号付けに従って決定)
Figure 2021500852
(表5)HLA−ペプチド標的HLA−A*02:01_LLASSILCA(SEQ ID NO:2737)に選択的なscFv選択的バインダーのVHおよびVL配列
Figure 2021500852
(表6)HLA−ペプチド標的HLA−A*02:01_LLASSILCA(SEQ ID NO:2737)に選択的なG7選択的バインダーのCDR配列
Figure 2021500852
(表10)再選別をとおして確認されたTCRクローン型のCDR3およびV(D)J配列
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(表12)クローニングをとおして確認されたTCRクローン型のCDR3およびV(D)J配列
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(表A)
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(表A)続き
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Claims (178)

  1. ヒト白血球抗原(HLA)−ペプチド標的に特異的に結合する単離された抗原結合タンパク質(ABP)であって、前記HLA−ペプチド標的が、HLAクラスI分子と複合体化したHLA拘束性ペプチドを含み、前記HLA拘束性ペプチドが、前記HLAクラスI分子のα1/α2ヘテロ二量体部分のペプチド結合溝に位置し、
    a.前記HLAクラスI分子が、HLAサブタイプA*02:01であり、前記HLA拘束性ペプチドが、配列LLASSILCAからなる、
    b.前記HLAクラスI分子が、HLAサブタイプA*01:01であり、前記HLA拘束性ペプチドが、配列EVDPIGHLYからなる、
    c.前記HLAクラスI分子が、HLAサブタイプB*44:02であり、前記HLA拘束性ペプチドが、配列GEMSSNSTALからなる、
    d.前記HLAクラスI分子が、HLAサブタイプA*02:01であり、前記HLA拘束性ペプチドが、配列GVYDGEEHSVからなる、
    e.前記HLAクラスI分子が、HLAサブタイプ*01:01であり、前記HLA拘束性ペプチドが、配列EVDPIGHVYからなる、または、
    f.前記HLAクラスI分子が、HLAサブタイプHLA−A*01:01であり、前記HLA拘束性ペプチドが、配列NTDNNLAVYからなる、
    単離されたABP。
  2. 前記HLA拘束性ペプチドが、約5〜15アミノ酸長である、請求項1に記載の単離されたABP。
  3. 前記HLA拘束性ペプチドが、約8〜12アミノ酸長である、請求項2に記載の単離されたABP。
  4. 抗体またはその抗原結合断片を含む、前記請求項のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  5. 前記HLAクラスI分子が、HLAサブタイプA*02:01であり、前記HLA拘束性ペプチドが、配列LLASSILCAを含む、請求項4に記載の単離されたABP。
  6. SEQ ID NO:3025〜3032のいずれか1つに示される配列を含むCDR−H3を含む、請求項5に記載の単離されたABP。
  7. SEQ ID NO:3043〜3050のいずれか1つに示される配列を含むCDR−L3を含む、請求項5または6に記載の単離されたABP。
  8. G7R3−P1C6、G7R3−P1G10、1−G7R3−P1B4、2−G7R4−P2C2、3−G7R4−P1A3、4−G7R4−B5−P2E9、5−G7R4−B10−P1F8、またはB7(G7R3−P3A9)と指定されるscFvからのCDR−H3およびCDR−L3を含む、請求項5〜7のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  9. G7R3−P1C6、G7R3−P1G10、1−G7R3−P1B4、2−G7R4−P2C2、3−G7R4−P1A3、4−G7R4−B5−P2E9、5−G7R4−B10−P1F8、またはB7(G7R3−P3A9)と指定されるscFvからの3つすべての重鎖CDRおよび3つすべての軽鎖CDRを含む、請求項5〜8のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  10. SEQ ID NO:2994〜3001から選択されるVH配列を含む、請求項5〜9のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  11. 3002〜3009から選択されるVL配列を含む、請求項5〜10のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  12. G7R3−P1C6、G7R3−P1G10、1−G7R3−P1B4、2−G7R4−P2C2、3−G7R4−P1A3、4−G7R4−B5−P2E9、5−G7R4−B10−P1F8、またはB7(G7R3−P3A9)と指定されるscFvからのVH配列およびVL配列を含む、請求項5〜11のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  13. 前記拘束性ペプチドLLASSILCAの残基1〜5のうちのいずれか1つ以上を介して前記HLA−ペプチド標的に結合する、請求項5〜12のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  14. 前記HLAクラスI分子が、HLAサブタイプHLA−A*01:01であり、前記HLA拘束性ペプチドが、配列NTDNNLAVYを含む、請求項4に記載の単離されたABP。
  15. SEQ ID NO:2902〜2933のいずれか1つに示される配列を含むCDR−H3を含む、請求項14に記載の単離されたABP。
  16. SEQ ID NO:2971〜2993のいずれか1つに示される配列を含むCDR−L3を含む、請求項14または15に記載の単離されたABP。
  17. G2−P2E07、G2−P2E03、G2−P2A11、G2−P2C06、G2−P1G01、G2−P1C02、G2−P1H01、G2−P1B12、G2−P1B06、G2−P2H10、G2−P1H10、G2−P2C11、G2−P1C09、G2−P1A10、G2−P1B10、G2−P1D07、G2−P1E05、G2−P1D03、G2−P1G12、G2−P2H11、G2−P1C03、G2−P1G07、G2−P1F12、G2−P1G03、G2−P2B08、G2−P2A10、G2−P2D04、G2−P1C06、G2−P2A09、G2−P1B08、G2−P1E03、G2−P2A03、G2−P2F01、G2−P1H11、またはG2−P1D06と指定されるscFvからのCDR−H3およびCDR−L3を含む、請求項14〜16のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  18. G2−P2E07、G2−P2E03、G2−P2A11、G2−P2C06、G2−P1G01、G2−P1C02、G2−P1H01、G2−P1B12、G2−P1B06、G2−P2H10、G2−P1H10、G2−P2C11、G2−P1C09、G2−P1A10、G2−P1B10、G2−P1D07、G2−P1E05、G2−P1D03、G2−P1G12、G2−P2H11、G2−P1C03、G2−P1G07、G2−P1F12、G2−P1G03、G2−P2B08、G2−P2A10、G2−P2D04、G2−P1C06、G2−P2A09、G2−P1B08、G2−P1E03、G2−P2A03、G2−P2F01、G2−P1H11、またはG2−P1D06と指定されるscFvからの3つすべての重鎖CDRおよび3つすべての軽鎖CDRを含む、請求項14〜17のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  19. 2781〜2815から選択されるVH配列を含む、請求項14〜18のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  20. 2816〜2850から選択されるVL配列を含む、請求項14〜19のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  21. G2−P2E07、G2−P2E03、G2−P2A11、G2−P2C06、G2−P1G01、G2−P1C02、G2−P1H01、G2−P1B12、G2−P1B06、G2−P2H10、G2−P1H10、G2−P2C11、G2−P1C09、G2−P1A10、G2−P1B10、G2−P1D07、G2−P1E05、G2−P1D03、G2−P1G12、G2−P2H11、G2−P1C03、G2−P1G07、G2−P1F12、G2−P1G03、G2−P2B08、G2−P2A10、G2−P2D04、G2−P1C06、G2−P2A09、G2−P1B08、G2−P1E03、G2−P2A03、G2−P2F01、G2−P1H11、またはG2−P1D06と指定されるscFvからのVH配列およびVL配列を含む、請求項14〜20のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  22. 前記拘束性ペプチドNTDNNLAVYの残基6〜9を介しておよび前記HLAサブタイプ対立遺伝子A*0101の残基157〜160を介して前記HLA−ペプチド標的に結合する、請求項14〜21のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  23. 前記拘束性ペプチドNTDNNLAVYの残基3〜8を介して前記HLA−ペプチド標的に結合する、請求項14〜22のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  24. T細胞受容体(TCR)またはその抗原結合部分を含む、請求項1〜4のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  25. 前記TCRまたはその抗原結合部分が、TCR可変領域を含む、請求項24に記載の抗原結合タンパク質。
  26. 前記TCRまたはその抗原結合部分が、1つ以上のTCR相補性決定領域(CDR)を含む、請求項24または25に記載の抗原結合タンパク質。
  27. 前記TCRが、アルファ鎖およびベータ鎖を含む、請求項24〜26のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
  28. 前記TCRが、ガンマ鎖およびデルタ鎖を含む、請求項24〜27のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
  29. 抗原結合タンパク質を含む細胞外部分と細胞内シグナル伝達ドメインとを含むキメラ抗原受容体(CAR)の一部である、前記請求項のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
  30. 前記抗原結合タンパク質がscFvを含み、前記細胞内シグナル伝達ドメインがITAMを含む、請求項29に記載の抗原結合タンパク質。
  31. 前記細胞内シグナル伝達ドメインが、CD3−ゼータ(CD3)鎖のゼータ鎖シグナル伝達ドメインを含む、請求項29または30に記載の抗原結合タンパク質。
  32. 前記細胞外ドメインと前記細胞内シグナル伝達ドメインとを連結する膜貫通ドメインをさらに含む、請求項29〜31のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
  33. 前記膜貫通ドメインが、CD28の膜貫通部分を含む、請求項32に記載の抗原結合タンパク質。
  34. T細胞共刺激分子の細胞内シグナル伝達ドメインをさらに含む、請求項29〜33のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
  35. 前記T細胞共刺激分子が、CD28、4−1BB、OX−40、ICOS、またはそれらの任意の組み合わせである、請求項34に記載の抗原結合タンパク質。
  36. 前記HLAクラスI分子が、HLAサブタイプA*02:01であり、前記HLA拘束性ペプチドが、配列LLASSILCAを含む、請求項24〜35のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  37. SEQ ID NO:4277、4278、4279、4280、または4281であるTCRアルファCDR3配列を含む、請求項36に記載の単離されたABP。
  38. SEQ ID NO:4291〜4295のうちのいずれか1つであるTCRベータCDR3配列を含む、請求項36または37に記載の単離されたABP。
  39. TCRクローン型ID番号:TCR19、TCR21、TCR22、TCR18、またはTCR23のうちのいずれか1つからのアルファCDR3およびベータCDR3配列を含む、請求項36〜38のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  40. TCRアルファ可変(TRAV)アミノ酸配列、TCRアルファ接合(TRAJ)アミノ酸配列、TCRベータ可変(TRBV)アミノ酸配列、TCRベータ多様性(TRBD)アミノ酸配列、およびTCRベータ接合(TRBJ)アミノ酸配列を含み、
    前記TRAV、TRAJ、TRBV、TRBD、およびTRBJアミノ酸配列の各々が、TCRクローン型ID番号:TCR19、TCR21、TCR22、TCR18、およびTCR23から選択されるTCRクローン型のうちのいずれか1つについての対応するTRAV、TRAJ、TRBV、TRBD、およびTRBJアミノ酸配列と、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一である、
    請求項36〜39のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  41. TCRアルファ定常(TRAC)アミノ酸配列を含む、請求項36〜40のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  42. TCRベータ定常(TRBC)アミノ酸配列を含む、請求項36〜41のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  43. SEQ ID NO:4306〜4310のうちのいずれか1つに対して、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、または100%の同一性を有するTCRアルファVJ配列を含む、請求項36〜42のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  44. SEQ ID NO:4321〜4325のうちのいずれか1つに対して、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、または100%の同一性を有するTCRベータV(D)J配列を含む、請求項36〜43のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  45. TCRアルファVJアミノ酸配列およびTCRベータV(D)Jアミノ酸配列を含み、
    前記TCRアルファVJおよび前記TCRベータV(D)Jアミノ酸配列の各々が、TCRクローン型ID番号:TCR19、TCR21、TCR22、TCR18、およびTCR23から選択されるTCRクローン型のうちのいずれか1つについての対応するTCRアルファVJおよびTCRベータV(D)Jアミノ酸配列と、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一である、
    請求項36〜44のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  46. 前記HLAクラスI分子が、HLAサブタイプA*01:01であり、前記HLA拘束性ペプチドが、配列EVDPIGHLYを含む、請求項24〜35のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  47. SEQ ID NO:4273〜4276または3052〜3350のうちのいずれか1つであるTCRアルファCDR3配列を含む、請求項46に記載の単離されたABP。
  48. SEQ ID NO:4287〜4290または3351〜3655のうちのいずれか1つであるTCRベータCDR3配列を含む、請求項46または47に記載の単離されたABP。
  49. TCR ID番号:TCR101〜TCR469、TCR2、TCR4、TCR53、TCR54、またはTCR101〜TCR469のうちのいずれか1つからのアルファCDR3およびベータCDR3配列を含む、請求項46〜48のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  50. TCRアルファ可変(TRAV)アミノ酸配列、TCRアルファ接合(TRAJ)アミノ酸配列、TCRベータ可変(TRBV)アミノ酸配列、TCRベータ多様性(TRBD)アミノ酸配列、およびTCRベータ接合(TRBJ)アミノ酸配列を含み、
    前記TRAV、TRAJ、TRBV、TRBD、およびTRBJアミノ酸配列の各々が、TCR ID番号:TCR101〜TCR469、TCR2、TCR4、TCR53、TCR54、またはTCR101〜TCR469から選択されるTCRクローン型のうちのいずれか1つについての対応するTRAV、TRAJ、TRBV、TRBD、およびTRBJアミノ酸配列と、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一である、
    請求項46〜49のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  51. TCRアルファ定常(TRAC)アミノ酸配列を含む、請求項46〜50のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  52. TCRベータ定常(TRBC)アミノ酸配列を含む、請求項46〜50のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  53. SEQ ID NO:3656〜3961または4302〜4305のうちのいずれか1つに対して、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、または100%の同一性を有するTCRアルファVJ配列を含む、請求項46〜52のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  54. SEQ ID NO:3962〜4269または4317〜4320のうちのいずれか1つに対して、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、または100%の同一性を有するTCRベータV(D)J配列を含む、請求項46〜53のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  55. TCRアルファVJアミノ酸配列およびTCRベータV(D)Jアミノ酸配列を含み、
    前記TCRアルファVJおよび前記TCRベータV(D)Jアミノ酸配列の各々が、TCR ID番号:TCR101〜TCR469、TCR2、TCR4、TCR53、およびTCR54から選択されるTCRクローン型のうちのいずれか1つについての対応するTCRアルファVJおよびTCRベータV(D)Jアミノ酸配列と、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、および100%同一である、
    請求項46〜54のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  56. 前記HLAクラスI分子が、HLAサブタイプB*44:02であり、前記HLA拘束性ペプチドが、配列GEMSSNSTALを含む、請求項24〜35のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  57. SEQ ID NO:4284〜4286または3138のうちのいずれか1つであるTCRアルファCDR3配列を含む、請求項56に記載の単離されたABP。
  58. SEQ ID NO:4298〜4301のうちのいずれか1つであるTCRベータCDR3配列を含む、請求項56または57に記載の単離されたABP。
  59. TCR ID番号:TCR29、TCR30、TCR32、またはTCR33のうちのいずれか1つからのアルファCDR3およびベータCDR3配列を含む、請求項56〜58のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  60. TCRアルファ可変(TRAV)アミノ酸配列、TCRアルファ接合(TRAJ)アミノ酸配列、TCRベータ可変(TRBV)アミノ酸配列、TCRベータ多様性(TRBD)アミノ酸配列、およびTCRベータ接合(TRBJ)アミノ酸配列を含み、
    前記TRAV、TRAJ、TRBV、TRBD、およびTRBJアミノ酸配列の各々が、TCR ID番号:TCR29、TCR30、TCR32、またはTCR33から選択されるTCRクローン型のうちのいずれか1つについての対応するTRAV、TRAJ、TRBV、TRBD、およびTRBJアミノ酸配列と、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一である、
    請求項56〜59のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  61. TCRアルファ定常(TRAC)アミノ酸配列を含む、請求項56〜60のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  62. TCRベータ定常(TRBC)アミノ酸配列を含む、請求項56〜61のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  63. SEQ ID NO:4313〜4316のうちのいずれか1つに対して、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、または100%の同一性を有するTCRアルファVJ配列を含む、請求項56〜62のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  64. SEQ ID NO:4328〜4331のうちのいずれか1つに対して、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、または100%の同一性を有するTCRベータV(D)J配列を含む、請求項56〜63のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  65. TCRアルファVJアミノ酸配列およびTCRベータV(D)Jアミノ酸配列を含み、
    前記TCRアルファVJおよび前記TCRベータV(D)Jアミノ酸配列の各々が、TCR ID番号:TCR29、TCR30、TCR32、またはTCR33から選択されるTCRクローン型のうちのいずれか1つについての対応するTCRアルファVJおよびTCRベータV(D)Jアミノ酸配列と、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一である、
    請求項56〜64のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  66. 前記HLAクラスI分子が、HLAサブタイプA*02:01であり、前記HLA拘束性ペプチドが、配列GVYDGEEHSVを含む、請求項24〜35のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  67. SEQ ID NO:4282または4283であるTCRアルファCDR3配列を含む、請求項66に記載の単離されたABP。
  68. SEQ ID NO:4296または4297であるTCRベータCDR3配列を含む、請求項66または67に記載の単離されたABP。
  69. TCRクローン型ID番号:TCR26またはTCR28からのアルファCDR3およびベータCDR3配列を含む、請求項66〜68のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  70. TCRアルファ可変(TRAV)アミノ酸配列、TCRアルファ接合(TRAJ)アミノ酸配列、TCRベータ可変(TRBV)アミノ酸配列、TCRベータ多様性(TRBD)アミノ酸配列、およびTCRベータ接合(TRBJ)アミノ酸配列を含み、
    前記TRAV、TRAJ、TRBV、TRBD、およびTRBJアミノ酸配列の各々が、TCR ID番号:TCR26またはTCR28についての対応するTRAV、TRAJ、TRBV、TRBD、およびTRBJアミノ酸配列と、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一である、
    請求項66〜68のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  71. TCRアルファ定常(TRAC)アミノ酸配列を含む、請求項66〜70のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  72. TCRベータ定常(TRBC)アミノ酸配列を含む、請求項66〜71のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  73. SEQ ID NO:4311または4312に対して、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、または100%の同一性を有するTCRアルファVJ配列を含む、請求項66〜72のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  74. SEQ ID NO:4326または4327に対して、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、または100%の同一性を有するTCRベータV(D)J配列を含む、請求項66〜73のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  75. TCRアルファVJアミノ酸配列およびTCRベータV(D)Jアミノ酸配列を含み、
    前記TCRアルファVJおよび前記TCRベータV(D)Jアミノ酸配列の各々が、TCR ID番号:TCR26またはTCR28についての対応するTCRアルファVJおよびTCRベータV(D)Jアミノ酸配列と、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、または100%同一である、
    請求項66〜74のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  76. 前記HLAクラスI分子が、HLAサブタイプHLA−A*01:01であり、前記HLA拘束性ペプチドが、配列NTDNNLAVYを含む、請求項24〜35のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  77. 前記HLAクラスI分子が、HLAサブタイプHLA−A*03:01であり、前記HLA拘束性ペプチドが、配列GVHGGILNKを含む、請求項24〜35のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  78. 前記HLAクラスI分子が、HLAサブタイプHLA−A*01:01であり、前記HLA拘束性ペプチドが、配列EVDPIGHVYを含む、請求項24〜35のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  79. ヒト白血球抗原(HLA)−ペプチド標的に特異的に結合する単離された抗原結合タンパク質(ABP)であって、前記HLA−ペプチド標的が、HLAクラスI分子と複合体化したHLA拘束性ペプチドを含み、前記HLA拘束性ペプチドが、前記HLAクラスI分子のα1/α2ヘテロ二量体部分のペプチド結合溝に位置し、前記HLA−ペプチド標的が、表Aから選択される、単離されたABP。
  80. 前記HLA拘束性ペプチドが、WT1またはMART1から選択される遺伝子に由来しない、請求項79に記載の単離されたABP。
  81. 前記HLA拘束性ペプチドが、約5〜15アミノ酸長である、請求項79または80に記載の単離されたABP。
  82. 前記HLA拘束性ペプチドが、約8〜12アミノ酸長である、請求項81に記載の単離されたABP。
  83. 抗体またはその抗原結合断片を含む、請求項79〜82のいずれか一項に記載の単離されたABP。
  84. 前記抗原結合タンパク質が足場に連結し、任意選択で、前記足場が血清アルブミンまたはFcを含み、任意選択で、Fcが、ヒトFcであり、IgG(IgG1、IgG2、IgG3、IgG4)、IgA(IgA1、IgA2)、IgD、IgE、またはIgMである、前記請求項のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
  85. 前記抗原結合タンパク質が、リンカーを介して足場に連結し、任意選択で、前記リンカーがペプチドリンカーであり、任意選択で、前記ペプチドリンカーがヒト抗体のヒンジ領域である、前記請求項のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
  86. Fv断片、Fab断片、F(ab’)断片、Fab’断片、scFv断片、scFv−Fc断片、および/または単一ドメイン抗体もしくはその抗原結合断片を含む、前記請求項のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
  87. scFv断片を含む、前記請求項のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
  88. 1つ以上の抗体相補性決定領域(CDR)、任意選択で6つの抗体CDRを含む、前記請求項のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
  89. 抗体を含む、前記請求項のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
  90. モノクローナル抗体である、前記請求項のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
  91. ヒト化抗体、ヒト抗体、またはキメラ抗体である、前記請求項のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
  92. 多重特異性であり、任意選択で二重特異性である、前記請求項のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
  93. 1つ超の抗原または単一抗原上の1つ超のエピトープに結合する、前記請求項のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
  94. IgG、IgA、IgD、IgE、およびIgMから選択されるクラスの重鎖定常領域を含む、前記請求項のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
  95. 前記ヒトIgGクラスであり、IgG1、IgG4、IgG2、およびIgG3から選択されるサブクラスである重鎖定常領域を含む、前記請求項のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
  96. 前記抗原結合タンパク質が修飾Fcを含み、任意選択で、前記修飾Fcが、半減期を延長する1つ以上の突然変異を含み、任意選択で、前記半減期を延長する1つ以上の突然変異がYTEである、請求項に記載の抗原結合タンパク質。
  97. 単離されたHLA−ペプチド標的であって、前記HLA−ペプチド標的が、HLAクラスI分子と複合体化したHLA拘束性ペプチドを含み、前記HLA拘束性ペプチドが、前記HLAクラスI分子のα1/α2ヘテロ二量体部分のペプチド結合溝に位置し、前記HLA−ペプチド標的が、表Aから選択され、但し、前記単離されたHLA−ペプチド標的が、標的番号6364〜6369、6386〜6389、6500、6521〜6524、または6578のうちのいずれでもなく、表Bまたは表Cに見られるHLA−ペプチド標的ではない、単離されたHLA−ペプチド標的。
  98. a.前記HLAクラスI分子が、HLAサブタイプA*02:01であり、前記HLA拘束性ペプチドが、配列LLASSILCAを含む、
    b.前記HLAクラスI分子が、HLAサブタイプA*01:01であり、前記HLA拘束性ペプチドが、配列EVDPIGHLYを含む、
    c.前記HLAクラスI分子が、HLAサブタイプB*44:02であり、前記HLA拘束性ペプチドが、配列GEMSSNSTALを含む、
    d.前記HLAクラスI分子が、HLAサブタイプA*02:01であり、前記HLA拘束性ペプチドが、配列GVYDGEEHSVを含む、
    e.前記HLAクラスI分子が、HLAサブタイプ*01:01であり、前記HLA拘束性ペプチドが、配列EVDPIGHVYを含む、または、
    f.前記HLAクラスI分子が、HLAサブタイプHLA−A*01:01であり、前記HLA拘束性ペプチドが、配列NTDNNLAVYを含む、
    請求項97に記載の単離されたHLA−ペプチド標的。
  99. 配列LLASSILCAからなるかまたはそれから本質的になる拘束性ペプチドと複合体化したHLAサブタイプA*02:01を含む、請求項98に記載の単離されたHLA−ペプチド標的。
  100. 前記HLA拘束性ペプチドが、約5〜15アミノ酸長である、請求項97〜99のいずれか一項に記載の単離されたHLA−ペプチド標的。
  101. 前記HLA拘束性ペプチドが、約8〜12アミノ酸長である、請求項97〜100のいずれか一項に記載の単離されたHLA−ペプチド標的。
  102. 前記ABPが、抗体またはその抗原結合断片を含む、請求項97〜101のいずれか一項に記載の単離されたHLA−ペプチド標的。
  103. 前記HLAサブタイプと前記拘束性ペプチドとの会合により、前記HLAサブタイプのβ−ミクログロビンサブユニットと前記HLAサブタイプのα−サブユニットとの、共有結合によらない会合が安定する、請求項97〜102のいずれか一項に記載の単離されたHLA−ペプチド標的。
  104. 前記HLAサブタイプの前記β−ミクログロビンサブユニットと前記HLAサブタイプの前記α−サブユニットとの前記安定した会合が、条件付きペプチド交換により示される、請求項103に記載の単離されたHLA−ペプチド標的。
  105. 親和性標識をさらに含む、前記請求項のいずれか一項に記載の単離されたHLA−ペプチド標的。
  106. 前記親和性標識がビオチン標識である、請求項105に記載の単離されたHLA−ペプチド標的。
  107. 検出可能な標識と複合体化している、前記請求項のいずれか一項に記載の単離されたHLA−ペプチド標的。
  108. 前記検出可能な標識が、β−ミクログロビン結合分子を含む、請求項107に記載の単離されたHLA−ペプチド標的。
  109. 前記β−ミクログロビン結合分子が、標識抗体である、請求項108に記載の単離されたHLA−ペプチド標的。
  110. 前記標識抗体が、蛍光色素標識抗体である、請求項109に記載の単離されたHLA−ペプチド標的。
  111. 固体支持体に付着した前記請求項のいずれか一項に記載のHLA−ペプチド標的を含む、組成物。
  112. 前記固体支持体が、ビーズ、ウェル、膜、チューブ、カラム、プレート、セファロース、磁気ビーズ、またはチップを含む、請求項111に記載の組成物。
  113. 前記HLA−ペプチド標的が、親和性結合対の第1の成員を含み、前記固体支持体が、前記親和性結合対の第2の成員を含む、請求項111または112に記載の組成物。
  114. 前記第1の成員がストレプトアビジンであり、前記第2の成員がビオチンである、請求項113に記載の組成物。
  115. a.表Aに記載されているHLAサブタイプの、単離および精製されたα−サブユニットと、
    a.前記HLAサブタイプの、単離および精製されたβ−ミクログロビンサブユニットと、
    b.表Aに記載されている、単離および精製された拘束性ペプチドと、
    c.反応緩衝剤と
    を含む、反応混合物。
  116. a.前記請求項のいずれか一項に記載の単離されたHLA−ペプチド標的と、
    b.ヒト対象から単離された複数のT細胞と
    を含む、反応混合物。
  117. 前記T細胞がCD8+T細胞である、請求項116に記載の反応混合物。
  118. プロモーターに作動可能に連結した、請求項97または98に定義のHLA拘束性ペプチドをコードする第1の核酸配列と、
    請求項97または98に定義のHLAサブタイプをコードする第2の核酸配列と
    を含む、単離されたポリヌクレオチドであって、
    前記第2の核酸が、前記第1の核酸配列と同じまたは異なるプロモーターに作動可能に連結し、
    前記コードされたペプチドおよびコードされたHLAサブタイプが、請求項97または98に定義のHLA/ペプチド複合体を形成する、
    単離されたポリヌクレオチド。
  119. プロモーターに作動可能に連結した、請求項97または98に定義のHLA拘束性ペプチドをコードする第1の核酸配列を含む第1の構築物と、
    安定なHLA−ペプチド複合体の発現における使用のための説明書と
    を含む、請求項に記載の安定なHLA−ペプチド標的を発現させるためのキット。
  120. 前記第1の構築物が、請求項97または98に定義のHLAサブタイプをコードする第2の核酸配列をさらに含む、請求項119に記載のキット。
  121. 前記第2の核酸配列が、同じまたは異なるプロモーターに作動可能に連結する、請求項120に記載のキット。
  122. 請求項97または98に定義のHLAサブタイプをコードする第2の核酸配列を含む第2の構築物をさらに含む、請求項119に記載のキット。
  123. 前記第1および第2の構築物の一方または両方が、レンチウイルスベクター構築物である、請求項119〜122のいずれか一項に記載のキット。
  124. 請求項97または98に記載の異種HLA−ペプチド標的を含む、宿主細胞。
  125. 表Aに記載のHLA拘束性ペプチドをコードするポリヌクレオチド、例えば、請求項97または98に記載のHLA拘束性ペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む、宿主細胞。
  126. 内因性MHCを含まない、請求項125に記載の宿主細胞。
  127. 外因性HLAを含む、請求項126に記載の宿主細胞。
  128. K562細胞である、請求項127に記載の宿主細胞。
  129. a.請求項128に記載の宿主細胞と、
    b.表Aに記載の拘束性ペプチドを含む細胞培養培地と
    を含む、細胞培養システム。
  130. 腫瘍細胞株由来の培養細胞である、請求項124に記載の宿主細胞。
  131. 前記腫瘍細胞株が、HCC−1599、NCI−H510A、A375、LN229、NCI−H358、ZR−75−1、MS751、OE19、MOR、BV173、MCF−7、NCI−H82、およびNCI−H146からなる群から選択される、請求項130に記載の宿主細胞。
  132. 前記抗原結合タンパク質が、前記HLAクラスI分子との接触点および前記HLA−ペプチド標的の前記HLA拘束性ペプチドとの接触点を通して、前記HLA−ペプチド標的に結合する、前記請求項のいずれか一項に記載のABP。
  133. 医薬として使用するための前記請求項のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
  134. がんの治療に使用するためのものであり、任意選択で、前記がんが、前記HLA−ペプチド標的を発現するかまたは発現すると予測される、前記請求項のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
  135. 固形腫瘍および血液系腫瘍から選択されるがんの治療に使用するための前記請求項のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質。
  136. 前記請求項のいずれか一項に記載のABPの保存的に修飾された変異体である、ABP。
  137. 前記請求項のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質と結合について競合する、抗原結合タンパク質(ABP)。
  138. 前記請求項のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質が結合するものと同じHLA−ペプチドエピトープに結合する、抗原結合タンパク質(ABP)。
  139. 前記請求項のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質を含む受容体を発現する、操作された細胞。
  140. T細胞、任意選択で細胞傷害性T細胞(CTL)である、請求項139に記載の操作された細胞。
  141. 前記抗原結合タンパク質が、異種プロモーターから発現される、請求項139または140に記載の操作された細胞。
  142. 前記請求項のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質またはその抗原結合部分をコードする、単離されたポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドのセット。
  143. 前記請求項のいずれか一項に記載のHLA/ペプチド標的をコードする、単離されたポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドのセット。
  144. 請求項142または143に記載のポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドのセットを含む、ベクターまたはベクターのセット。
  145. 任意選択でCHOもしくはHEK293であるか、または任意選択でT細胞である、前記請求項のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドもしくはポリヌクレオチドのセットまたは請求項144に記載のベクターもしくはベクターのセットを含む宿主細胞。
  146. 請求項145に記載の宿主細胞を用いて前記抗原結合タンパク質を発現させることと、
    前記発現した抗原結合タンパク質を単離することと
    を含む、抗原結合タンパク質を産生させる方法。
  147. 前記請求項のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質と、薬学的に許容される賦形剤と、を含む、医薬組成物。
  148. 対象におけるがんを治療する方法であって、有効量の前記請求項のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質または請求項147に記載の医薬組成物を前記対象に投与することを含み、任意選択で、前記がんが固形腫瘍および血液系腫瘍から選択される、方法。
  149. 前記がんが、前記HLA−ペプチド標的を発現するかまたは発現すると予測される、請求項148に記載の方法。
  150. 前記請求項のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質または請求項147に記載の医薬組成物と、
    使用説明書と
    を含む、キット。
  151. 請求項97に記載の少なくとも1つのHLA−ペプチド標的と、
    アジュバントと
    を含む、組成物。
  152. 請求項97に記載の少なくとも1つのHLA−ペプチド標的と、
    薬学的に許容される賦形剤と
    を含む、組成物。
  153. 表Aに開示の少なくとも1つのHLA−ペプチド標的のポリペプチドを含むアミノ酸配列を含む組成物であって、任意選択で、前記アミノ酸配列が、前記ポリペプチドから本質的になるかまたはそれからなる、組成物。
  154. 前記請求項のいずれか一項に記載の単離されたポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドのセットを含む、ウイルス。
  155. 繊維状ファージである、請求項154に記載のウイルス。
  156. 前記請求項のいずれか一項に記載の単離されたポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドのセットを含む、酵母細胞。
  157. 表Aに列挙された少なくとも1つのHLA−ペプチド標的を提供することと、
    前記少なくとも1つの標的を前記抗原結合タンパク質と結合させ、それにより前記抗原結合タンパク質を同定することと
    を含む、前記請求項のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質を同定する方法。
  158. 前記抗原結合タンパク質が、複数の別個の抗原結合タンパク質を含むファージディスプレイライブラリーに存在する、請求項157に記載の方法。
  159. 前記ファージディスプレイライブラリーが、前記HLA−ペプチド標的のHLAに非特異的に結合する抗原結合タンパク質を実質的に含まない、請求項158に記載の方法。
  160. 前記抗原結合タンパク質が、複数の別個のTCRまたはその抗原結合断片を含むTCRライブラリーに存在する、請求項157に記載の方法。
  161. 前記結合ステップが、1回超、任意選択で少なくとも3回実行される、請求項157〜160のいずれか一項に記載の方法。
  162. 前記抗原結合タンパク質が前記HLA−ペプチド標的に選択的に結合するかどうかを決定するために、前記抗原結合タンパク質を前記HLA−ペプチド標的とは異なる1つ以上のペプチド−HLA複合体と接触させることをさらに含み、
    任意選択で、可溶性標的HLA−ペプチド複合体への前記抗原結合タンパク質の結合親和性を、標的複合体とは異なる可溶性HLA−ペプチド複合体への結合親和性に対して測定することにより、選択性が決定され、
    任意選択で、1つ以上の細胞の表面で発現される標的HLA−ペプチド複合体への前記抗原結合タンパク質の結合親和性を、1つ以上の細胞の表面で発現される標的複合体とは異なるHLA−ペプチド複合体に対して測定することにより、選択性が決定される、
    請求項157〜161のいずれか一項に記載の方法。
  163. 表Aに列挙された少なくとも1つのHLA−ペプチド標的を得ることと、
    前記HLA−ペプチド標的を、任意選択でアジュバントと組み合わせて、対象に投与することと、
    前記抗原結合タンパク質を前記対象から単離することと
    を含む、前記請求項のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質を同定する方法。
  164. 前記抗原結合タンパク質を単離することが、前記抗原結合タンパク質を同定するために、前記対象の血清をスクリーニングすることを含む、請求項163に記載の方法。
  165. 前記抗原結合タンパク質が前記HLA−ペプチド標的に選択的に結合するかどうかを決定するために、前記抗原結合タンパク質を前記HLA−ペプチド標的とは異なる1つ以上のペプチド−HLA複合体と接触させることをさらに含み、
    任意選択で、可溶性標的HLA−ペプチド複合体への前記抗原結合タンパク質の結合親和性を、標的複合体とは異なる可溶性HLA−ペプチド複合体への結合親和性に対して測定することにより、選択性が決定され、
    任意選択で、1つ以上の細胞の表面で発現される標的HLA−ペプチド複合体への前記抗原結合タンパク質の結合親和性を、1つ以上の細胞の表面で発現される標的複合体とは異なるHLA−ペプチド複合体に対して測定することにより、選択性が決定される、
    請求項163に記載の方法。
  166. 前記対象が、マウス、ウサギ、またはラマである、請求項163に記載の方法。
  167. 前記抗原結合タンパク質を単離することが、前記抗原結合タンパク質を発現する前記対象からB細胞を単離することと、任意選択で、前記単離されたB細胞から前記抗原結合タンパク質をコードする配列を直接クローニングすることと、を含む、請求項163に記載の方法。
  168. 前記B細胞を使用してハイブリドーマを創出することをさらに含む、請求項167に記載の方法。
  169. 前記B細胞からCDRをクローニングすることをさらに含む、請求項167に記載の方法。
  170. 任意選択でEBV形質転換を介して、前記B細胞を不死化することをさらに含む、請求項167に記載の方法。
  171. 前記B細胞の前記抗原結合タンパク質を含むライブラリーを創出することをさらに含み、任意選択で、前記ライブラリーがファージディスプレイまたは酵母ディスプレイである、請求項167に記載の方法。
  172. 前記抗原結合タンパク質をヒト化することをさらに含む、請求項163に記載の方法。
  173. 前記抗原結合タンパク質を含む細胞を得ることと、
    表Aに列挙された少なくとも1つのHLA−ペプチド標的を含むHLA多量体と前記細胞を接触させることと、
    前記HLA多量体と前記抗原結合タンパク質との間の結合を介して前記抗原結合タンパク質を同定することと
    を含む、前記請求項のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質を同定する方法。
  174. 前記抗原結合タンパク質を含む1つ以上の細胞を得ることと、
    天然または人工の抗原提示細胞(APC)上に提示された、表Aに列挙された少なくとも1つのHLA−ペプチド標的を用いて、前記1つ以上の細胞を活性化することと、
    表Aに列挙された少なくとも1つのHLA−ペプチド標的との相互作用により活性化された1つ以上の細胞の選択を介して、前記抗原結合タンパク質を同定することと
    を含む、前記請求項のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質を同定する方法。
  175. 前記細胞が、T細胞、任意選択でCTLである、請求項173または174に記載の方法。
  176. フローサイトメトリー、磁気分離、または単一細胞分離を任意選択で使用して、前記細胞を単離することをさらに含む、請求項173または174に記載の方法。
  177. 前記抗原結合タンパク質を配列決定することをさらに含む、請求項176に記載の方法。
  178. 表Aに列挙された少なくとも1つのHLA−ペプチド標的を提供することと、
    前記標的を使用して前記抗原結合タンパク質を同定することと
    を含む、前記請求項のいずれか一項に記載の抗原結合タンパク質を同定する方法。
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