JP2023502625A - 共有新抗原を標的にする抗原結合タンパク質 - Google Patents

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Abstract

本明細書で提供されるのは、標的ＨＬＡ－ペプチド抗原、例えばＨＬＡ－ペプチド新抗原及び共有腫瘍ＨＬＡ－ペプチド抗原、ならびに、標的ＨＬＡ－ペプチド抗原に結合する抗原結合タンパク質（ＡＢＰ）である。また、開示されるのは、標的ＨＬＡ－ペプチド抗原を同定するため、ならびに所与のＨＬＡ－ペプチド標的抗原に結合する１つまたは複数の抗原結合タンパク質を同定するための方法である。【選択図】図１２

Description

関連出願
本出願は、２０１９年１１月１５日に出願された米国特許仮出願第６２／９３６，３０３号、２０２０年５月２７日に出願された米国特許仮出願第６３／０３０，７７４号の権益を主張し、これらの出願はその各々が全ての目的のために参照によってその全体が本明細書に組み込まれる。
配列表
本出願は、ＡＳＣＩＩフォーマットで電子的に提出されており、その全体が参照により本明細書に組み込まれる配列表を含む。２０２０年１１月１３日に作成された前記ＡＳＣＩＩコピーは、ＧＳＯ－０８０ＷＯ＿ＳＬ．ｔｘｔという名前で、サイズは６，９２５，６２５バイトである。
背景
ＭＨＣは、細胞表面上の細胞内プロセシングされたタンパク質フラグメントを提示することが認識されている。ヒトでは、ＭＨＣはヒト白血球抗原またはＨＬＡと呼ばれる。具体的には、ＭＨＣクラスＩ分子は、体内のほぼ全ての有核細胞の表面に発現される。ＭＨＣクラスＩ分子は、ペプチド抗原結合溝を含む膜貫通重鎖と、β２－マイクログロブリンと呼ばれる小さな細胞外鎖とを含む二量体分子である。ＭＨＣクラスＩ分子は、細胞質内のマルチユニット構造であるプロテアソームによるサイトゾルタンパク質の分解に由来するペプチドを提示する（Ｎｉｅｄｅｒｍａｎｎ Ｇ．，２００２．Ｃｕｒｒ Ｔｏｐ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ Ｉｍｍｕｎｏｌ．２６８：９１－１３６；細菌抗原の処理については、Ｗｉｃｋ Ｍ Ｊ，及びＬｊｕｎｇｇｒｅｎ Ｈ Ｇ．，１９９９．Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｒｅｖ．１７２：１５３－６２を参照されたい）。切断されたペプチドは、抗原処理（ＴＡＰ）に関連するトランスポーターによって小胞体（ＥＲ）の内腔に輸送され、そこで組み立てられるクラスＩ分子の溝に結合し、結果として生じるＭＨＣ／ペプチド複合体が細胞膜に輸送されてＴリンパ球への抗原提示を可能にする（Ｙｅｗｄｅｌｌ Ｊ Ｗ．，２００１．Ｔｒｅｎｄｓ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ．１１：２９４－７；Ｙｅｗｄｅｌｌ Ｊ Ｗ．ａｎｄ Ｂｅｎｎｉｎｋ Ｊ Ｒ．，２００１．Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３：１３－８）。代替的に、切断されたペプチドは、ＴＡＰに依存しない方法でＭＨＣクラスＩ分子にロードし得、交差提示のプロセスを通じて細胞外由来のタンパク質を提示することもできる。
ＭＨＣ遺伝子は、種全体にわたって非常に多型であり、個々の遺伝子の複数の共通の対立遺伝子を含む。そのため、特定のＨＬＡサブタイプ及び特定のペプチドフラグメントを含む所定のＭＨＣ対立遺伝子／ペプチド複合体は、新規の抗原結合タンパク質（例えば、ＴＣＲまたは抗原結合フラグメント）が標的にし得る細胞表面に新規なタンパク質構造を提示する。ただし、このようなＴＣＲベースのアプローチでは、まず複合体の構造（ペプチド配列及びＭＨＣサブタイプ）の同定が必要である。
腫瘍細胞は新抗原を発現し得、ＭＨＣ提示を介してそのような抗原を腫瘍細胞の表面に提示し得る。ペプチド－ＭＨＣサブタイプ複合体によって形成された新規タンパク質構造を含むそのような腫瘍関連新抗原は、腫瘍細胞の特定のターゲティングのための新規免疫療法試薬の開発に使用してもよい。例えば、腫瘍関連抗原を使用して、治療用抗原結合タンパク質、例えばＴＣＲＳ、またはその抗原結合フラグメントを同定し得る。しかし、そのような新抗原の正確な同定は困難であった。
初期の方法は、次世代シーケンシング、ＲＮＡ遺伝子発現、及び候補新抗原ペプチドのＭＨＣ結合親和性の予測を使用して変異ベースの分析を組み込んでいることが提案されている８。しかし、これらの提案された方法は、エピトープ生成プロセス全体をモデル化し得ず、遺伝子発現及びＭＨＣ結合に加えて、多くのステップ（例えば、ＴＡＰ輸送、プロテアソーム切断、及び／またはＴＣＲ認識）を含む９。その結果、既存の方法は、低陽性の予測値（ＰＰＶ）の減少に悩まされる可能性がある。
実際、複数のグループによって行われた腫瘍細胞によって提示されたペプチドの分析は、遺伝子発現及びＭＨＣ結合親和性を使用して提示されると予測されるペプチドの５％未満が実際に腫瘍表面ＭＨＣに見られることを示している１０，１１。予測される結合と実際のＭＨＣ提示との間のこの低い相関は、変異の数だけを超えるチェックポイント阻害剤応答の結合拘束新抗原の予測精度改善の欠如の最近の観察によってさらに強化された１２。
提示を予測するための既存の方法のこの低い正の予測値（ＰＰＶ）は、新抗原ベースの免疫療法設計に関する問題を提示する。免疫療法が低ＰＰＶの予測を使用して設計されている場合、それらの多くは臨床的に効果がない。
したがって、高い正の予測値を持つ腫瘍関連ＨＬＡ－ペプチド複合体の発見及び同定の必要性、ならびにそのような複合体を標的とするＴＣＲベースの免疫療法の開発の必要性がある。
概要
本明細書で提供されるのは、ＨＬＡクラスＩ分子と複合体を形成したＨＬＡ拘束ペプチドを含むＨＬＡ－ペプチド抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質（ＡＢＰ）であり、ここでこのＨＬＡ拘束ペプチドは、ＨＬＡクラスＩ分子のα１／α２ヘテロ二量体部分のペプチド結合溝に位置しており、ここでこのＨＬＡクラスＩ分子及びＨＬＡ拘束ペプチドはそれぞれ、配列番号１０，７５５～２９，３６４のいずれか１つに記載のＨＬＡ－ペプチド抗原から選択され、そしてこのＡＢＰは、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）またはその抗原結合フラグメントを含む。
いくつかの態様では、ＨＬＡ拘束ペプチドの長さは約５～１５アミノ酸である。いくつかの態様では、ＨＬＡ拘束ペプチドの長さは約８～１２アミノ酸、任意選択で８、９、１０、１１、または１２アミノ酸の長さである。
いくつかの態様では、このＨＬＡ－ペプチド抗原は、以下からなる群より選択される：ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１と拘束ペプチドＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１と拘束ペプチドＴＴＡＰＰＬＳＧＫとを含むＣＴＮＮＢ１＿Ｓ４５Ｐ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＧＡＤＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ｃ＊０１：０２と拘束ペプチドＡＶＧＶＧＫＳＡＬとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊２４：０２と拘束ペプチドＴＹＳＰＡＬＮＮＭＦとを含むＴＰ５３＿Ｋ１３２Ｎ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１と拘束ペプチドＹＬＤＳＧＩＨＹＧＡとを含むＣＴＮＮＢ１＿Ｓ３７Ｙ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫをと含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊０１：０１と拘束ペプチドＩＬＤＴＡＧＨＥＥＹとを含むＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ ＭＨＣクラスＩ抗原；及びＡ＊０２：０１と拘束ペプチドＹＬＤＤＲＮＴＦＬとを含むＴＰ５３＿Ｒ２１３Ｌ ＭＨＣクラスＩ抗原。
いくつかの態様では、この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ａ変異を含み、ここでＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ａ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０６であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ａ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊２７：０５であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ａ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊３５：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ａ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊４１：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ａ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊４８：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ａ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊０８：０３であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊６８：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊２７：０５であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０５であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊２６：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊３１：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊６８：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊０７：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊０８：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊１３：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊１５：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊２７：０５であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊３５：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊３７：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊３８：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊４０：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊４０：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊４４：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊４４：０３であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊４８：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊５０：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊５７：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊０１：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊０２：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊０３：０３であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊０３：０４であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊０４：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊０５：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊０７：０４であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊０８：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊０８：０３であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊１６：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊１７：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｒ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊４１：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｒ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊０７：０４であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０５であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０６であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊２５：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊２６：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊３０：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊３１：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊３１：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊３２：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊６８：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊０７：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊０８：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊１３：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊１４：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊１５：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊２７：０５であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊３９：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊４０：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊４０：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊４１：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊４４：０５であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊５０：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊５１：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊０１：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊０１：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊０３：０３であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊０３：０４であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊０８：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊１４：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊１７：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｇ１３Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｇ１３Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊０７：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｇ１３Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊０８：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｇ１３Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊３５：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｇ１３Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊３５：０３であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｇ１３Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊３５：０８であるか；この拘
束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｇ１３Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊３８：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｇ１３Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊０４：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊０１：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊２３：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊２９：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊３０：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊３３：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊６８：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊０７：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊０８：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊１８：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊３５：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊３８：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊４０：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊４４：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊０３：０４であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊０５：０１であるか；またはこの拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊０８：０２である。
いくつかの態様では、この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｇ１３Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ｃ＊０８：０２もしくはＡ＊１１：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｋ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊０１：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＮＲＡＳ＿Ｑ６１Ｋ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊０１：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＴＰ５３＿Ｒ２４９Ｍ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ｂ＊３５：１２、Ｂ＊３５：０３、もしくはＢ＊３５：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＣＴＮＮＢ１＿Ｓ４５Ｐ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊０３：０１、Ａ＊１１：０１、Ａ＊６８：０１、もしくはＡ＊０３：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＣＴＮＮＢ１＿Ｓ４５Ｆ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊０３：０１、Ａ＊１１：０１、もしくはＡ＊６８：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＥＲＢＢ２＿Ｙ７７２＿Ａ７７５ｄｕｐ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ｂ＊１８：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊１１：０１、Ａ＊０３：０１、もしくはＣ＊０８：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＮＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊１１：０１、Ａ＊０３：０１、もしくはＣ＊０８：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｒ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊０１：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＮＲＡＳ＿Ｑ６１Ｒ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊０１：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＣＴＮＮＢ１＿Ｔ４１Ａ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊０３：０１、Ａ＊０３：０２、Ａ＊１１：０１、Ｂ＊１５：１０、Ｃ＊０３：０３、もしくはＣ＊０３：０４であるか；この拘束ペプチドは、ＴＰ５３＿Ｋ１３２Ｎ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊２４：０２もしくはＡ＊２３：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｇ１２Ａ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊０３：０１もしくはＡ＊１１：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｌ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊０１：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＮＲＡＳ＿Ｑ６１Ｌ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊０１：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＴＰ５３＿Ｒ２１３Ｌ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊０２：０７、Ｃ＊０８：０２、もしくはＡ＊０２：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＢＲＡＦ＿Ｇ４６６Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ｂ＊１５：０１、もしくはＢ＊１５：０３であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊０３：０１、Ａ＊０３：０２、Ａ＊１１：０１、もしくはＣ＊０１：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊０１：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＮＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊０１：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＣＴＮＮＢ１＿Ｓ３７Ｆ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊０１：０１、Ａ＊２３：０１、Ａ＊２４：０２、Ｂ＊１５：１０、Ｂ＊３９：０６、Ｃ＊０５：０１、Ｃ＊１４：０２、もしくはＣ＊１４：０３であるか；この拘束ペプチドは、ＴＰ５３＿Ｓ１２７Ｙ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊１１：０１もしくはＡ＊０３：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＴＰ５３＿Ｋ１３２Ｅ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊２４：０２、Ｃ＊１４：０３、もしくはＡ＊２３：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊０２：０１、Ａ＊１１：０１、もしくはＡ＊０３：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＮＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊０２：０１、Ａ＊１１：０１、もしくはＡ＊０３：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＥＧＦＲ＿Ｌ８５８Ｒ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊１１：０１、もしくはＡ＊０３：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＴＰ５３＿Ｙ２２０Ｃ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊０２：０１であるか；またはこの拘束ペプチドはＴＰ５３＿Ｒ１７５Ｈ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊０２：０１である。
いくつかの態様では、ＨＬＡ－ペプチド抗原は、以下から選択される：Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＴＴＡＰＰＬＳＧＫとを含むＣＴＮＮＢ１＿Ｓ４５Ｐ ＭＨＣクラスＩ抗原；Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＡＴＡＰＳＬＳＧＫとを含むＣＴＮＮＢ１＿Ｔ４１ＡＭＨＣクラスＩ抗原；Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原；Ａ＊０３：０１と拘束ペプチドＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；Ａ＊０３：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；Ａ＊０１：０１と拘束ペプチドＩＬＤＴＡＧＲＥＥＹとを含むＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｒ ＭＨＣクラスＩ抗原；及びＡ＊０２：０１と拘束ペプチドＹＬＤＤＲＮＴＦＬとを含むＴＰ５３＿Ｒ２１３Ｌ ＭＨＣクラスＩ抗原。
いくつかの態様では、ＨＬＡ－拘束ペプチドは、ＲＡＳ Ｇ１２変異を含む。いくつかの態様では、Ｇ１２変異は、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｖ、またはＧ１２Ａ変異である。いくつかの態様では、ＨＬＡ－ペプチド抗原は、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１、ＨＬＡ－Ａ＊３１：０１、ＨＬＡ－Ｃ＊０１：０２、及びＨＬＡ－Ａ＊０３：０１から選択されるＨＬＡクラスＩ分子を含む。いくつかの態様では、ＲＡＳ Ｇ１２変異は、以下のうちのいずれか１つ以上である：ＫＲＡＳ変異、ＮＲＡＳ変異、及びＨＲＡＳ変異。いくつかの態様では、ＨＬＡ－ペプチド抗原は、以下から選択される：ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１と拘束ペプチドＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＧＡＤＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊３１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ｃ＊０１：０２と拘束ペプチドＡＶＧＶＧＫＳＡＬとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；及びＨＬＡ－Ａ＊０３：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原。いくつかの態様では、ＨＬＡ－ペプチド抗原は、以下から選択される：ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１と拘束ペプチドＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＧＡＤＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊３１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ｃ＊０１：０２と拘束ペプチドＡＶＧＶＧＫＳＡＬとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；及びＨＬＡ－Ａ＊０３：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原。いくつかの態様では、このＨＬＡ－ペプチド抗原は以下から選択される：ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１と拘束ペプチドＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原；及びＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原。いくつかの態様では、このＨＬＡ－ペプチド抗原は、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１と拘束ペプチドＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原である。いくつかの態様では、このＨＬＡ－ペプチド抗原は、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原である。いくつかの態様では、このＨＬＡ－ペプチド抗原は、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原である。
いくつかの態様では、ＨＬＡ－拘束ペプチドは、ＲＡＳ Ｑ６１変異を含む。いくつかの態様では、Ｑ６１変異は、Ｑ６１Ｈ、Ｑ６１Ｋ、Ｑ６１Ｒ、またはＱ６１Ｌ変異である。いくつかの態様では、ＨＬＡ－ペプチド抗原は、ＨＬＡ－Ａ＊０１：０１と拘束ペプチドＩＬＤＴＡＧＨＥＥＹとを含むＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ ＭＨＣクラスＩ抗原である。
いくつかの態様では、ＨＬＡ－拘束ペプチドは、ＴＰ５３変異を含む。いくつかの態様では、ＴＰ５３変異は、Ｒ２１３Ｌ、Ｓ１２７Ｙ、Ｙ２２０Ｃ、Ｒ１７５Ｈ、またはＲ２４９Ｍ変異を含む。いくつかの態様では、ＨＬＡ－ペプチド抗原は、Ａ＊０２：０１と拘束ペプチドＹＬＤＤＲＮＴＦＬとを含むＴＰ５３ Ｒ２１３Ｌ ＭＨＣクラスＩ抗原である。
いくつかの態様では、この抗原結合タンパク質は、ＨＬＡクラスＩ分子との少なくとも１つの接触点を通じて、及びＨＬＡ拘束ペプチドとの少なくとも１つの接触点を通じてＨＬＡ－ペプチド抗原に結合する。
いくつかの態様では、抗原結合タンパク質は、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１と拘束ペプチドＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原に結合し、及びこのＡＢＰは、異なるＲＡＳ Ｇ１２変異を含むＨＬＡ－ペプチド抗原よりも高い親和性でＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原に結合する。いくつかの態様では、ＡＢＰは、拘束ペプチドＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶとＨＬＡ－Ａ２分子とを含むＨＬＡ－ペプチド抗原よりも高い親和性でＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原に結合する。いくつかの態様では、ＡＢＰは、拘束ペプチドＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶ及びＨＬＡ－Ａ２分子を含むＨＬＡ－ペプチド抗原に結合しない。
いくつかの態様では、抗原結合タンパク質は、足場に連結されており、任意選択でこの足場は血清アルブミンまたはＦｃを含み、任意選択でＦｃは、ヒトＦｃであり、ＩｇＧ（ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４）、ＩｇＡ（ＩｇＡ１、ＩｇＡ２）、ＩｇＤ、ＩｇＥ、またはＩｇＭアイソタイプのＦｃである。
いくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質は、リンカーを介して足場に連結され、任意選択でこのリンカーはペプチドリンカーであり、任意選択でこのペプチドリンカーはヒト抗体のヒンジ領域である。
いくつかの実施形態では、ＴＣＲまたはその抗原結合部分は、ＴＣＲ可変領域を含む。いくつかの態様では、このＴＣＲまたはその抗原結合部分は、１つ以上のＴＣＲ相補性決定領域（ＣＤＲ）を含む。いくつかの態様では、ＴＣＲは、アルファ鎖及びベータ鎖を含む。いくつかの態様では、このＴＣＲは、ガンマ鎖及びデルタ鎖を含む。いくつかの態様では、ＴＣＲは、単鎖ＴＣＲ（ｓｃＴＣＲ）を含む。いくつかの態様では、ＴＣＲは、組み換えＴＣＲ配列を含む。いくつかの態様では、ＴＣＲは、ヒトＴＣＲ配列を含み、任意選択でこのヒトＴＣＲ配列は、完全ヒトＴＣＲ配列である。いくつかの態様では、このＴＣＲは、改変ＴＣＲα定常（ＴＲＡＣ）領域、改変ＴＣＲβ定常（ＴＲＢＣ）領域、または改変ＴＲＡＣ領域及び改変ＴＲＢＣ領域を含む。
いくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質は、半減期を伸ばす改変を含む。
いくつかの態様では、抗原結合タンパク質は、抗原結合タンパク質を含む細胞外部分と、細胞内シグナル伝達ドメインとを含むキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）の一部である。いくつかの態様では、細胞内シグナル伝達ドメインは、ＩＴＡＭを含む。いくつかの態様では、細胞内シグナル伝達ドメインは、ＣＤ３ζ（ＣＤ３）鎖のζ鎖のシグナル伝達ドメインを含む。
いくつかの態様では、抗原結合タンパク質はさらに、細胞外ドメインと細胞内シグナル伝達ドメインとを連結する膜貫通ドメインを含む。いくつかの態様では、膜貫通ドメインは、ＣＤ２８の膜貫通部分を含む。
いくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質はさらに、Ｔ細胞共刺激分子の細胞内シグナル伝達ドメインを含む。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞共刺激分子は、ＣＤ２８、４－１ＢＢ、ＯＸ－４０、ＩＣＯＳ、またはそれらの任意の組み合わせである。
本明細書でまた提供されるのは、本明細書に記載のＡＢＰのいずれか１つを含む医薬である。
また本明細書では、がんの治療に使用するためのＡＢＰも提供され、任意選択で、このがんは、本明細書に記載のＡＢＰのいずれか１つを含む医薬であるＨＬＡ－ペプチド抗原を発現するかまたは発現すると予測される。いくつかの態様において、がんは、固形腫瘍及び血液腫瘍から選択される。
本明細書に記載されているＡＢＰのいずれか１つと結合について競合する抗原結合タンパク質（ＡＢＰ）もまた、本明細書に提供される。
本明細書に記載されているＡＢＰのいずれか１つによって結合されるのと同じＨＬＡ－ペプチド抗原エピトープに結合する抗原結合タンパク質（ＡＢＰ）も本明細書に提供される。
本明細書に記載されているＡＢＰのいずれか１つの抗原結合タンパク質を含む受容体を発現する操作された細胞もまた、本明細書に提供される。いくつかの態様において、操作された細胞はＴ細胞である。いくつかの態様において、Ｔ細胞は、ナイーブＴ（ＴＮ）細胞、エフェクターＴ細胞（ＴＥＦＦ）、メモリーＴ細胞、幹細胞メモリーＴ細胞（ＴＳＣＭ）、中央メモリーＴ、細胞（ＴＣＭ）、エフェクターメモリーＴ細胞（ＴＥＭ）、最終分化エフェクターメモリーＴ細胞、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）、未成熟Ｔ細胞、成熟Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞、粘膜関連不変Ｔ（ＭＡＬＴ）細胞、調節Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）、ＴＨ１細胞、ＴＨ２細胞、ＴＨ３細胞、ＴＨ１７細胞、ＴＨ９細胞、ＴＨ２２細胞、濾胞性ヘルパーＴ細胞、ナチュラルキラーＴ細胞（ＮＫＴ）、アルファ－ベータＴ細胞、及びガンマ－デルタＴ細胞からなる群より選択される。いくつかの態様において、Ｔ細胞は細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）である。いくつかの態様において、操作された細胞は、ヒト細胞またはヒト由来細胞である。いくつかの態様において、操作された細胞は、対象の自家細胞である。いくつかの態様において、対象は、がんを有することが知られているか、または疑われる。いくつかの態様において、自己細胞は、対象から単離された細胞である。いくつかの態様において、単離された細胞は、エクスビボ培養細胞であり、任意選択で、ビボ培養細胞は、刺激された細胞である。いくつかの態様において、自家細胞は、インビボで操作された細胞である。いくつかの態様において、抗原結合タンパク質は、異種プロモータによって発現される。いくつかの態様において、ＡＢＰは、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）またはその抗原結合部分を含み、ここでは、このＴ細胞受容体（ＴＣＲ）またはその抗原結合部分をコードするポリヌクレオチドが、内因性ＴＣＲ遺伝子座に挿入される。いくつかの態様において、操作された細胞は、内因性のＡＢＰを発現しない。
本明細書に記載されているＡＢＰのいずれか１つのＡＢＰをコードする単離されたポリヌクレオチド、または本明細書に記載されているＡＢＰのいずれか１つのＡＢＰをコードするポリヌクレオチドのセットもまた、本明細書に提供される。本明細書に記載のポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドのセットのいずれか１つを含むベクターまたはベクターのセットも本明細書に提供される。本明細書に記載のポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドのセットのいずれか１つを含むウイルスも本明細書に提供される。いくつかの態様において、ウイルスは繊維状ファージである。
本明細書に記載のポリヌクレオチドのいずれか１つまたはポリヌクレオチドのセットを含む酵母細胞も本明細書に提供される。
本明細書に記載のポリヌクレオチドのいずれか１つまたはポリヌクレオチドのセットを含む宿主細胞も本明細書に提供され、任意選択で宿主細胞はＣＨＯまたはＨＥＫ２９３であり、任意選択で宿主細胞はＴ細胞である。
本明細書に記載の宿主細胞のいずれか１つを用いて抗原結合タンパク質を発現させることと、この発現した抗原結合タンパク質を単離することとを含む、抗原結合タンパク質を産生する方法も本明細書に提供される。
本明細書に記載の抗原結合タンパク質タンパク質のいずれか１つと、薬学的に許容される賦形剤とを含む医薬組成物もまた、本明細書に提供される。
本明細書に記載の抗原結合タンパク質のいずれか１つ、本明細書に記載の操作された細胞のいずれか１つ、または本明細書に記載の医薬組成物のいずれか１つを対象に投与することを含む、対象のがんを治療する方法も本明細書に提供され、任意選択で、ここで、このがんは固形腫瘍及び血液腫瘍から選択される。
本明細書に記載の抗原結合タンパク質のいずれか１つ、本明細書に記載の操作された細胞のいずれか１つ、または本明細書に記載の医薬組成物のいずれか１つを対象に投与することを含む、対象の免疫応答を刺激する方法も本明細書に提供されており、任意選択で、このがんは固形腫瘍及び血液腫瘍から選択される。
本明細書に記載の抗原結合タンパク質のいずれか１つ、本明細書に記載の操作された細胞のいずれか１つ、または本明細書に記載の医薬組成物のいずれか１つを対象に投与することを含む、対象の標的細胞を殺滅する方法もまた本明細書において提供されており、任意選択で、がんは固形腫瘍及び血液腫瘍から選択される。
いくつかの態様において、対象は、ヒト対象である。
いくつかの態様では、がんは、いずれか１つの態様に記載のＨＬＡ－ペプチド抗原またはＨＬＡクラスＩ分子を発現するかまたは発現すると予想される。いくつかの態様では、がんは、ＨＬＡクラスＩ分子と複合体を形成したＨＬＡ－拘束ペプチドを含むＨＬＡ－ペプチド抗原を発現するかまたは発現すると予想され、このＨＬＡ－拘束ペプチドは、ＨＬＡクラスＩ分子のα１／α２ヘテロ二量体部分のペプチド結合溝に位置しており、ここでこのＨＬＡクラスＩ分子及びＨＬＡ－拘束ペプチドは各々が、配列番号１０，７５５～２９，３６４のいずれか１つに記載のようなＨＬＡ－ペプチド抗原から選択され、ここでＡＢＰは、ＨＬＡ－ペプチド抗原に結合する。いくつかの態様では、ＨＬＡ－ペプチド抗原は、以下からなる群より選択される：ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１と拘束ペプチドＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１と拘束ペプチドＴＴＡＰＰＬＳＧＫとを含むＣＴＮＮＢ１＿Ｓ４５Ｐ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＧＡＤＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ｃ＊０１：０２と拘束ペプチドＡＶＧＶＧＫＳＡＬとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊２４：０２と拘束ペプチドＴＹＳＰＡＬＮＮＭＦとを含むＴＰ５３＿Ｋ１３２Ｎ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１と拘束ペプチドＹＬＤＳＧＩＨＹＧＡとを含むＣＴＮＮＢ１＿Ｓ３７Ｙ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊０１：０１と拘束ペプチドＩＬＤＴＡＧＨＥＥＹとを含むＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ ＭＨＣクラスＩ抗原；及びＡ＊０２：０１と拘束ペプチドＹＬＤＤＲＮＴＦＬとを含むＴＰ５３＿Ｒ２１３Ｌ ＭＨＣクラスＩ抗原。
いくつかの態様では、この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ａ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ａ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０６であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ａ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊２７：０５であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ａ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊３５：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ａ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊４１：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ａ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊４８：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ａ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊０８：０３であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊６８：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊２７：０５であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０５であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊２６：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊３１：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊６８：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊０７：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊０８：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊１３：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊１５：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊２７：０５であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊３５：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊３７：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊３８：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊４０：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊４０：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊４４：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊４４：０３であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊４８：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊５０：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊５７：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊０１：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊０２：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊０３：０３であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊０３：０４であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊０４：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊０５：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊０７：０４であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊０８：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊０８：０３であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊１６：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊１７：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｒ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊４１：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｒ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊０７：０４であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０５であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０６であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊２５：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊２６：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊３０：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊３１：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊３１：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊３２：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊６８：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊０７：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊０８：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊１３：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊１４：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊１５：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊２７：０５であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊３９：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊４０：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊４０：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊４１：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊４４：０５であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊５０：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊５１：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊０１：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊０１：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊０３：０３であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊０３：０４であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊０８：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊１４：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊１７：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｇ１３Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｇ１３Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊０７：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｇ１３Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊０８：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｇ１３Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊３５：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｇ１３Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊３５：０３であるか；
この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｇ１３Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊３５：０８であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｇ１３Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊３８：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｇ１３Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊０４：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊０１：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊２３：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊２９：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊３０：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊３３：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊６８：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊０７：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊０８：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊１８：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊３５：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊３８：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊４０：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｂ＊４４：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊０３：０４であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊０５：０１であるか；またはこの拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ｃ＊０８：０２である。
いくつかの態様では、この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｇ１３Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ｃ＊０８：０２もしくはＡ＊１１：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｋ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊０１：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＮＲＡＳ＿Ｑ６１Ｋ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊０１：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＴＰ５３＿Ｒ２４９Ｍ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ｂ＊３５：１２、Ｂ＊３５：０３、もしくはＢ＊３５：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＣＴＮＮＢ１＿Ｓ４５Ｐ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊０３：０１、Ａ＊１１：０１、Ａ＊６８：０１、もしくはＡ＊０３：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＣＴＮＮＢ１＿Ｓ４５Ｆ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊０３：０１、Ａ＊１１：０１、もしくはＡ＊６８：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＥＲＢＢ２＿Ｙ７７２＿Ａ７７５ｄｕｐ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ｂ＊１８：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊１１：０１、Ａ＊０３：０１、もしくはＣ＊０８：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＮＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊１１：０１、Ａ＊０３：０１、もしくはＣ＊０８：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｒ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊０１：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＮＲＡＳ＿Ｑ６１Ｒ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊０１：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＣＴＮＮＢ１＿Ｔ４１Ａ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊０３：０１、Ａ＊０３０２、Ａ＊１１：０１、Ｂ＊１５：１０、Ｃ＊０３：０３、もしくはＣ＊０３：０４であるか；この拘束ペプチドは、ＴＰ５３＿Ｋ１３２Ｎ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊２４：０２もしくはＡ＊２３：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｇ１２Ａ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊０３：０１もしくはＡ＊１１：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｌ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊０１：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＮＲＡＳ＿Ｑ６１Ｌ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊０１：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＴＰ５３＿Ｒ２１３Ｌ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊０２：０７、Ｃ＊０８：０２、もしくはＡ＊０２：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＢＲＡＦ＿Ｇ４６６Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ｂ＊１５：０１、もしくはＢ＊１５：０３であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊０３：０１、Ａ＊０３：０２、Ａ＊１１：０１、もしくはＣ＊０１：０２であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊０１：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＮＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊０１：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＣＴＮＮＢ１＿Ｓ３７Ｆ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊０１：０１、Ａ＊２３：０１、Ａ＊２４：０２、Ｂ＊１５：１０、Ｂ＊３９：０６、Ｃ＊０５：０１、Ｃ＊１４：０２、もしくはＣ＊１４：０３であるか；この拘束ペプチドは、ＴＰ５３＿Ｓ１２７Ｙ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊１１：０１もしくはＡ＊０３：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＴＰ５３＿Ｋ１３２Ｅ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊２４：０２、Ｃ＊１４：０３、もしくはＡ＊２３：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＫＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊０２：０１、Ａ＊１１：０１、もしくはＡ＊０３：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＮＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊０２：０１、Ａ＊１１：０１、もしくはＡ＊０３：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＥＧＦＲ＿Ｌ８５８Ｒ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊１１：０１、もしくはＡ＊０３：０１であるか；この拘束ペプチドは、ＴＰ５３＿Ｙ２２０Ｃ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊０２：０１であるか；または、この拘束ペプチドは、ＴＰ５３＿Ｒ１７５Ｈ変異を含み、かつここでこのＨＬＡクラスＩ分子は、Ａ＊０２：０１である。
いくつかの態様では、ＨＬＡ－ペプチド抗原は、以下から選択される：Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＴＴＡＰＰＬＳＧＫとを含むＣＴＮＮＢ１＿Ｓ４５Ｐ ＭＨＣクラスＩ抗原；Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＡＴＡＰＳＬＳＧＫとを含むＣＴＮＮＢ１＿Ｔ４１Ａ ＭＨＣクラスＩ抗原；Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原；Ａ＊０３：０１と拘束ペプチドＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；Ａ＊０３：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；Ａ＊０１：０１と拘束ペプチドＩＬＤＴＡＧＲＥＥＹとを含むＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｒ ＭＨＣクラスＩ抗原；及びＡ＊０２：０１と拘束ペプチドＹＬＤＤＲＮＴＦＬとを含むＴＰ５３＿Ｒ２１３Ｌ ＭＨＣクラスＩ抗原。
いくつかの態様では、ＨＬＡ－ペプチド抗原は、ＨＬＡ－拘束ペプチドを含み、このペプチドは、ＲＡＳ Ｇ１２変異を含むＲＡＳのペプチドフラグメントである。いくつかの態様では、このＧ１２変異は、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｖ、またはＧ１２Ａ変異である。いくつかの態様では、ＨＬＡ－ペプチド抗原は、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１、ＨＬＡ－Ａ＊３１：０１、ＨＬＡ－Ｃ＊０１：０２、及びＨＬＡ－Ａ＊０３：０１から選択されるＨＬＡクラスＩ分子を含む。いくつかの態様では、ＲＡＳ Ｇ１２変異は、以下のうちのいずれか１つ以上である：ＫＲＡＳ変異、ＮＲＡＳ変異、及びＨＲＡＳ変異。いくつかの態様では、ＨＬＡ－ペプチド抗原は、以下から選択される：ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１と拘束ペプチドＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＧＡＤＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊３１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ｃ＊０１：０２と拘束ペプチドＡＶＧＶＧＫＳＡＬとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；及びＨＬＡ－Ａ＊０３：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原。いくつかの態様では、このＨＬＡ－ペプチド抗原は、以下から選択される：ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１と拘束ペプチドＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＧＡＤＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊３１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ｃ＊０１：０２と拘束ペプチドＡＶＧＶＧＫＳＡＬとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；及びＨＬＡ－Ａ＊０３：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原。いくつかの態様では、このＨＬＡ－ペプチド抗原は以下から選択される：ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１と拘束ペプチドＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原；またはＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原。いくつかの態様では、この抗原結合タンパク質は、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１と拘束ペプチドＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原に結合し、ここでこのＡＢＰは、異なるＲＡＳ Ｇ１２変異を含むＨＬＡ－ペプチド抗原よりも高い親和性でＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原に結合する。いくつかの態様では、ＡＢＰは、拘束ペプチドＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶとＨＬＡ－Ａ２分子とを含むＨＬＡ－ペプチド抗原よりも高い親和性でＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原に結合する。いくつかの態様では、ＡＢＰは、拘束ペプチドＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶとＨＬＡ－Ａ２分子とを含むＨＬＡ－ペプチド抗原に結合しない。
いくつかの態様では、ＨＬＡ－ペプチド抗原は、ＲＡＳ Ｑ６１変異を含むＲＡＳのペプチドフラグメントであるＨＬＡ－拘束ペプチドを含む。いくつかの態様では、Ｑ６１変異は、Ｑ６１Ｈ、Ｑ６１Ｋ、Ｑ６１Ｒ、またはＱ６１Ｌ変異である。いくつかの態様では、ＨＬＡ－ペプチド抗原は、ＨＬＡ－Ａ＊０１：０１と拘束ペプチドＩＬＤＴＡＧＨＥＥＹとを含むＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ ＭＨＣクラスＩ抗原である。
いくつかの態様では、ＨＬＡ－ペプチド抗原は、ＴＰ５３変異を含むＴＰ５３のペプチドフラグメントである、ＨＬＡ－拘束ペプチドを含む。いくつかの態様では、ＴＰ５３変異は、Ｒ２１３Ｌ、Ｓ１２７Ｙ、Ｙ２２０Ｃ、Ｒ１７５Ｈ、またはＲ２４９Ｍ変異を含む。いくつかの態様では、ＨＬＡ－ペプチド抗原は、Ａ＊０２：０１と拘束ペプチドＹＬＤＤＲＮＴＦＬとを含むＴＰ５３ Ｒ２１３Ｌ ＭＨＣクラスＩ抗原である。
いくつかの実施形態では、この方法は、投与することの前に、対象から得られた生物学的試料においてＨＬＡ－ペプチド抗原、ＨＬＡ－ペプチド抗原のペプチド、ＨＬＡ－ペプチド抗原に関連する体細胞変異、及びＨＬＡ－ペプチド抗原のＨＬＡ分子のうちいずれか１つ以上の存在を判定することまたは判定していることを含む。
いくつかの態様では、この生物学的試料は、血液試料または腫瘍試料である。いくつかの実施形態において、血液試料は、血漿試料または血清試料である。
いくつかの態様において、この判定することは、ＲＮＡＳｅｑ、マイクロアレイ、ＰＣＲ、ナノストリング、インサイチュハイブリダイゼーション（ＩＳＨ）、質量分析、配列決定、または免疫組織化学（ＩＨＣ）を含む。
方法のいくつかの態様において、この方法は、対象から得られた生物学的試料におけるＨＬＡ－ペプチド抗原、ペプチド、またはＨＬＡの存在を判定した後、ＨＬＡ－ペプチド抗原に選択的に結合するＡＢＰを対象に投与することを含む。
本明細書に開示される抗原結合タンパク質または本明細書に開示される医薬組成物と、使用説明書とを含むキットも本明細書に提供される。
また、本明細書で提供されるのは、ＨＬＡクラスＩ分子と複合体を形成したＨＬＡ拘束ペプチドを含む単離されたＨＬＡ－ペプチド抗原を含むシステムであり、ここでこのＨＬＡ拘束ペプチドは、ＨＬＡクラスＩ分子のα１／α２ヘテロ二量体部分のペプチド結合溝に位置しており、このＨＬＡ－ペプチド抗原は、配列番号１０，７５５～２９，３６４のいずれか１つに記載されているＨＬＡ－ペプチド抗原；及びファージディスプレイライブラリーから選択される。
いくつかの態様において、ＨＬＡ－ペプチド抗原は、固体支持体に結合している。いくつかの態様において、固体支持体は、ビーズ、ウェル、膜、チューブ、カラム、プレート、セファロース、磁性ビーズ、細胞、またはチップを含む。いくつかの態様では、ＨＬＡ－ペプチド抗原は、親和性結合対の第１のメンバーを含み、固体支持体は、親和性結合対の第２のメンバーを含む。いくつかの態様において、第１のメンバーはストレプトアビジンであり、第２のメンバーはビオチンである。
いくつかの態様において、ファージディスプレイライブラリーは、ヒトライブラリーである。いくつかの態様において、ファージディスプレイライブラリーは、ヒト化ライブラリーである。
いくつかの態様では、このシステムは、ＨＬＡクラスＩ分子と複合体を形成したＨＬＡ拘束ペプチドを含む陰性対照ＨＬＡ－ペプチド抗原をさらに含み、このＨＬＡ拘束ペプチドは、ＨＬＡクラスＩ分子のα１／α２ヘテロ二量体部分のペプチド結合溝に位置しており、この陰性対照ＨＬＡ－ペプチド抗原は、異なる拘束ペプチド、異なるＨＬＡクラスＩ分子、または異なる拘束ペプチド及び異なるＨＬＡクラスＩ分子を含む。いくつかの態様において、陰性対照ＨＬＡ－ペプチド抗原は、異なる拘束ペプチドを含むが、ＨＬＡ－ペプチド抗原と同じＨＬＡクラスＩ分子を含む。
いくつかの態様において、このシステムは、反応混合物を含み、この反応混合物は、ＨＬＡ－ペプチド抗原とファージディスプレイライブラリー由来の複数のファージとを含む。
単離されたＨＬＡ－ペプチド抗原に選択的に結合する抗原結合タンパク質を同定するための、本明細書に開示されるシステムの使用も本明細書で提供される。
配列番号１０，７５５～２９，３６４のいずれか１つによって記載されているＨＬＡ－ペプチド抗原を含む組成物も本明細書で提供され、ここで、このＨＬＡ－ペプチド抗原は、親和性タグに共有結合している。いくつかの態様において、親和性タグはビオチンタグである。
検出可能な標識と複合体を形成した配列番号１０，７５５～２９，３６４のいずれか１つによって記載されているＨＬＡ－ペプチド抗原を含む組成物も本明細書で提供される。いくつかの態様において、検出可能な標識は、β２－マイクログロブリン結合分子を含む。いくつかの態様において、β２－マイクログロブリン結合分子は標識された抗体である。いくつかの態様において、標識された抗体は、蛍光色素標識された抗体である。
ＨＬＡ－ペプチド抗原を含み、ＨＬＡ－ペプチド抗原が、配列番号１０，７５５～２９，３６４のいずれか１つによって記載されており、固体支持体に結合している、組成物も本明細書で提供される。いくつかの態様において、固体支持体は、ビーズ、ウェル、膜、チューブ、カラム、プレート、セファロース、磁性ビーズ、細胞、またはチップを含む。いくつかの態様において、ＨＬＡ－ペプチド抗原は、親和性結合対の第１のメンバーを含み、固体支持体は、親和性結合対の第２のメンバーを含む。いくつかの態様において、第１のメンバーはストレプトアビジンであり、第２のメンバーはビオチンである。
配列番号１０，７５５～２９，３６４のいずれか１つによって記載されている異種ＨＬＡ－ペプチド抗原を含む宿主細胞も本明細書で提供される。配列番号１０，７５５～２９，３６４に記載されているＨＬＡ－ペプチド抗原のいずれか１つによって規定されるＨＬＡサブタイプを発現する宿主細胞も本明細書で提供される。配列番号１０，７５５～２９，３６４におけるＨＬＡ－ペプチド抗原のいずれか１つによって規定されるＨＬＡ－拘束ペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む宿主細胞も本明細書で提供される。
いくつかの態様において、宿主細胞は、内因性ＭＨＣを含まない。いくつかの態様において、宿主細胞は、外因性ＨＬＡを含む。いくつかの態様において、宿主細胞は、Ｋ５６２またはＡ３７５細胞である。いくつかの態様において、宿主細胞は、腫瘍細胞株由来の培養細胞である。いくつかの態様において、腫瘍細胞株は、ＨＬＡ拘束ペプチドについて記述しているものと同じＨＬＡ－ペプチド抗原によって規定されるＨＬＡサブタイプを発現する。いくつかの態様において、腫瘍細胞株は、ＨＣＣ－１５９９、ＮＣＩ－Ｈ５１０Ａ、Ａ３７５、ＬＮ２２９、ＮＣＩ－Ｈ３５８、ＺＲ－７５－１、ＭＳ７５１、ＯＥ１９、ＭＯＲ、ＢＶ１７３、ＭＣＦ－７、ＮＣＩ－Ｈ８２、Ｃｏｌｏ８２９、ＳＫ－ＭＥＬ－２８、ＫＹＳＥ２７０、５９Ｍ、及びＮＣＩ－Ｈ１４６からなる群より選択される。
本明細書に開示される宿主細胞を含む細胞培養システム、及び細胞培養培地も本明細書に提供される。いくつかの態様において、宿主細胞は、配列番号１０，７５５～２１，０１５及び配列番号２１，０１６～２９，３６４におけるＨＬＡ－ペプチド抗原のいずれか１つによって規定されるＨＬＡサブタイプを発現し、この細胞培養培地は、ＨＬＡサブタイプと同じＨＬＡ－ペプチド抗原によって規定される拘束ペプチドを含む。いくつかの態様において、宿主細胞は、外因性ＨＬＡを含むＫ５６２細胞であり、外因性ＨＬＡは、配列番号１０，７５５～２９，３６４におけるＨＬＡ－ペプチド抗原のいずれか１つによって規定されるＨＬＡサブタイプであり、及び細胞培養培地は、ＨＬＡサブタイプを規定する同ＨＬＡ－ペプチド抗原によって規定される拘束ペプチドを含む。
配列番号１０，７５５～２９，３６４に記載されている少なくとも１つのＨＬＡ－ペプチド抗原を提供することと；少なくとも１つの標的を抗原結合タンパク質と結合させることとを含み、それによって、抗原結合タンパク質を同定する、本明細書に開示される抗原結合タンパク質を同定する方法もまた本明細書に提供される。
いくつかの態様において、抗原結合タンパク質は、複数の別個の抗原結合タンパク質を含むファージディスプレイライブラリーに存在する。いくつかの態様において、ファージディスプレイライブラリーは、ＨＬＡ－ペプチド抗原のＨＬＡに非特異的に結合する抗原結合タンパク質を実質的に含まない。
いくつかの態様では、結合させるステップは、複数回、任意選択で少なくとも３回、実行される。
いくつかの態様において、この方法は、抗原結合タンパク質を、ＨＬＡ－ペプチド抗原とは異なる１つまたは複数のペプチド－ＨＬＡ複合体と接触させて、抗原結合タンパク質がＨＬＡ－ペプチド抗原に選択的に結合するか否かを判定することをさらに含み、任意選択で選択性は、可溶性標的ＨＬＡ－ペプチド複合体に対する及び標的複合体とは異なる可溶性ＨＬＡ－ペプチド複合体に対する抗原結合タンパク質の結合親和性を測定することによって判定され、任意選択で選択性は、１つまたは複数の細胞の表面に発現する標的ＨＬＡ－ペプチド複合体に対する及び１つまたは複数の細胞の表面に発現する標的複合体とは異なるＨＬＡ－ペプチド複合体に対する抗原結合タンパク質の結合親和性を測定することによって判定される。
本明細書に開示される抗原結合タンパク質を同定する方法であって、配列番号１０，７５５～２９，３６４に記載されている少なくとも１つのＨＬＡ－ペプチド抗原を取得すること；必要に応じてアジュバントと組み合わせて、ＨＬＡ－ペプチド抗原を対象に投与すること；及びこの対象から抗原結合タンパク質を単離することを含む、方法もまた本明細書において提供される。
いくつかの態様において、抗原結合タンパク質を単離することは、抗原結合タンパク質を同定するために対象の血清をスクリーニングすることを含む。
いくつかの態様において、この方法は、抗原結合タンパク質をＨＬＡ－ペプチド抗原とは異なる１つまたは複数のペプチド－ＨＬＡ複合体と接触させて、この抗原結合タンパク質がＨＬＡ－ペプチド抗原に選択的に結合するか否かを判定することをさらに含み、任意選択で選択性は、ＨＬＡ－ペプチド抗原に対する及びＨＬＡ－ペプチド抗原とは異なる可溶性ＨＬＡ－ペプチド複合体に対する抗原結合タンパク質の結合親和性を測定することによって判定され、任意選択で選択性は、１つまたは複数の細胞の表面に発現するＨＬＡ－ペプチド抗原に対する及び１つまたは複数の細胞の表面に発現するＨＬＡ－ペプチド抗原とは異なるＨＬＡ－ペプチド複合体に対する抗原結合タンパク質の結合親和性を測定することによって判定される。
いくつかの態様において、対象は、マウス、ウサギ、またはラマである。
いくつかの態様において、抗原結合タンパク質を単離することは、抗原結合タンパク質を発現する対象からＢ細胞を単離すること、及び任意選択で、単離されたＢ細胞から抗原結合タンパク質をコードする配列を直接クローニングすることを含む。いくつかの態様において、この方法は、Ｂ細胞を使用してハイブリドーマを作製することをさらに含む。いくつかの態様において、この方法は、Ｂ細胞からＣＤＲをクローニングすることをさらに含む。いくつかの態様では、この方法は、任意選択でＥＢＶ形質転換を介して、Ｂ細胞を不死化することをさらに含む。
いくつかの態様では、この方法は、Ｂ細胞の抗原結合タンパク質を含むライブラリーを作製することをさらに含み、任意選択でこのライブラリーはファージディスプレイまたは酵母ディスプレイである。
いくつかの態様において、この方法は、抗原結合タンパク質をヒト化することをさらに含む。
本明細書ではまた、本明細書に開示される抗原結合タンパク質を同定する方法であって、抗原結合タンパク質を含む細胞を得ることと；この細胞を、配列番号１０，７５５～２９，３６４に記載されている少なくとも１つのＨＬＡ－ペプチド抗原を含むＨＬＡ多量体と接触させることと；ＨＬＡ多量体と抗原結合タンパク質との間の結合を介して抗原結合タンパク質を同定することとを含む、方法も提供される。いくつかの態様において、この方法は、抗原結合タンパク質を含む細胞を、配列番号１０，７５５～２９，３６４に記載されている少なくとも１つのＨＬＡ－ペプチド抗原の対応する野生型配列を含むＨＬＡ多量体と接触させることと、対応する野生型配列を含むＨＬＡ多量体に抗原結合タンパク質が結合する場合、抗原結合タンパク質を除外することとをさらに含む。
本明細書ではまた、本明細書に開示される抗原結合タンパク質を同定する方法であって、配列番号１０，７５５～２９，３６４に記載されている少なくとも１つのＨＬＡ－ペプチド抗原を提供すること；及び標的を使用して抗原結合タンパク質を同定することを含む、方法も提供される。
本明細書ではまた、ＨＬＡクラスＩ分子と複合体を形成したＨＬＡ拘束ペプチドを含むＨＬＡ－ペプチド抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質（ＡＢＰ）であって、ここで、このＨＬＡ拘束ペプチドは、ＨＬＡクラスＩ分子のα１／α２ヘテロ二量体部分のペプチド結合溝に位置しており、ここで、ＨＬＡクラスＩ分子及びＨＬＡ拘束ペプチドは、それぞれ、配列番号１０，７５５～２９，３６４のいずれか１つに記載されているＨＬＡ－ペプチド抗原から選択され、ここで、ＡＢＰは、表１Ｃ．１、１Ｃ．２、１Ｃ．３、及び１Ｄに示される配列からなる群より選択されるアルファＣＤＲ３アミノ酸配列及び対応するベータＣＤＲ３アミノ酸配列を含む、抗原結合タンパク質（ＡＢＰ）も提供される。
いくつかの態様では、ＡＢＰはさらに、アルファ可変（「Ｖ」）セグメント、アルファ連結（「Ｊ」）セグメント、ベータ可変（「Ｖ」）セグメント、ベータ連結（「Ｊ」）セグメント、任意選択でベータ多様性（「Ｄ」）セグメント、ならびに任意選択で、アルファＣＤＲ３アミノ酸配列及び対応するベータＣＤＲ３アミノ酸配列に対応する表１Ｃ．１、１Ｃ．２、１Ｃ．３、及び１Ｄに示される領域からなる群より選択されるベータ定常領域を含む。いくつかの態様において、ＡＢＰは、アルファＣＤＲ３アミノ酸配列及び対応するベータＣＤＲ３アミノ酸配列に対応する表１Ａ．１、１Ａ．２、１Ａ．３、及び１Ｂに示される配列から選択されるアミノ酸配列を含むアルファ可変領域及び対応するベータ可変領域を含む。
本明細書ではまた、ＨＬＡクラスＩ分子と複合体を形成したＨＬＡ拘束ＲＡＳペプチドを含むＨＬＡ－ペプチド抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質（ＡＢＰ）も提供され、ここで、このＨＬＡ拘束ペプチドは、ＨＬＡクラスＩ分子のα１／α２ヘテロ二量体部分のペプチド結合溝に位置しており、ここでこのＨＬＡ拘束ＲＡＳペプチドは、ＨＬＡ拘束ＲＡＳペプチド配列を野生型ＲＡＳペプチドの対応するペプチド配列と区別する少なくとも１つの変更を含み、ここで、ＡＢＰは、表１Ｃ．１、１Ｃ．２、１Ｃ．３、及び１Ｄに示される配列からなる群より選択されるアルファＣＤＲ３アミノ酸配列及び対応するベータＣＤＲ３アミノ酸配列を含む。
いくつかの態様において、ＨＬＡ－ペプチド抗原は表５Ａから選択される。いくつかの態様において、ＨＬＡ－ペプチド抗原は表５Ｂから選択される。いくつかの態様において、ＨＬＡ－ペプチド抗原は表６から選択される。いくつかの態様において、ＨＬＡ－ペプチド抗原は表７から選択される。
いくつかの態様において、ＨＬＡ－拘束ペプチドは、ＲＡＳ Ｇ１２変異を含む。いくつかの態様において、Ｇ１２変異は、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｖ、またはＧ１２Ａ変異である。いくつかの態様において、ＨＬＡ－ペプチド抗原は、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１、ＨＬＡ－Ａ＊３１：０１、ＨＬＡ－Ｃ＊０１：０２、及びＨＬＡ－Ａ＊０３：０１から選択されるＨＬＡクラスＩ分子を含む。いくつかの態様において、ＲＡＳ Ｇ１２変異は、ＫＲＡＳ変異、ＮＲＡＳ変異、及びＨＲＡＳ変異のうちいずれか１つまたは複数である。
いくつかの態様において、ＨＬＡ－ペプチド抗原は、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１と拘束ペプチドＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原である。いくつかの態様において、ＡＢＰは、表１Ｃ．２に示される配列からなる群より選択されるアルファＣＤＲ３アミノ酸配列及び対応するベータＣＤＲ３アミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ＡＢＰはさらに、アルファ可変（「Ｖ」）セグメント、アルファ連結（「Ｊ」）セグメント、ベータ可変（「Ｖ」）セグメント、ベータ連結（「Ｊ」）セグメント、任意選択でベータ多様性（「Ｄ」）セグメント、ならびに任意選択で、アルファＣＤＲ３アミノ酸配列及び対応するベータＣＤＲ３アミノ酸配列に対応する表１Ｃ．２に示される領域からなる群より選択されるベータ定常領域を含む。いくつかの態様において、ＡＢＰは、アルファＣＤＲ３アミノ酸配列及び対応するベータＣＤＲ３アミノ酸配列に対応する表１Ａ．２に示される配列から選択されるアミノ酸配列を含むアルファ可変領域及び対応するベータ可変領域を含む。
いくつかの態様では、ＨＬＡ－ペプチド抗原は、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原である。いくつかの態様において、ＡＢＰは、表１Ｃ．３に示される配列からなる群より選択されるアルファＣＤＲ３アミノ酸配列及び対応するベータＣＤＲ３アミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ＡＢＰはさらに、アルファ可変（「Ｖ」）セグメント、アルファ連結（「Ｊ」）セグメント、ベータ可変（「Ｖ」）セグメント、ベータ連結（「Ｊ」）セグメント、任意選択で、ベータ多様性（「Ｄ」）セグメント、ならびに任意選択で、アルファＣＤＲ３アミノ酸配列及び対応するベータＣＤＲ３アミノ酸配列に対応する表１Ｃ．３に示される領域からなる群より選択されるベータ定常領域を含む。いくつかの態様において、ＡＢＰは、アルファＣＤＲ３アミノ酸配列及び対応するベータＣＤＲ３アミノ酸配列に対応する表１Ａ．３に示される配列から選択されるアミノ酸配列を含むアルファ可変領域及び対応するベータ可変領域を含む。
本発明のこれら及び他の特徴、態様及び利点は、以下の説明及び添付の図面を参照すればさらによく理解される。
ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）クラスＩ分子の一般構造を示す。ｅｎ．ｗｉｋｉｐｅｄｉａのユーザーａｔｒｏｐｏｓ２３５による－自作、ＣＣ ＢＹ ２．５、ｈｔｔｐｓ：／／ｃｏｍｍｏｎｓ．ｗｉｋｉｍｅｄｉａ．ｏｒｇ／ｗ／ｉｎｄｅｘ．ｐｈｐ？ｃｕｒｉｄ＝１８０５４２４。 濃縮されたナイーブ及びメモリーＴ細胞のフローサイトメトリー分析を示す。６つの新抗原－ＭＨＣ四量体のプール（「ＨＬＡ／ＳＮＡ」）を使用して標識され、新抗原特異的Ｔ細胞（左パネル、Ｘ軸）及び対応する野生型ペプチドのＭＨＣ－四量体のプール（「ＨＬＡ／野生型」；左パネル、Ｙ軸）を同定する細胞を示す。また、メモリーＴ細胞表現型マーカーＣＤ４５ＲＯ用に標識された細胞も示されている（右パネル）。 ６つの新抗原－ＭＨＣ四量体（「ＨＬＡ／ＳＮＡ」）のプールを使用して以前に選別された、増殖したＴ細胞のフローサイトメトリー分析を示す。示されているのは、６つの新抗原－ＭＨＣ四量体のそれぞれで標識された増殖細胞及びそれらの対応する野生型ペプチド－ＭＨＣ四量体である。 新抗原－ＭＨＣ四量体（「ＨＬＡ／ＳＮＡ」）を使用して以前に選別された増殖したＴ細胞のフローサイトメトリー分析を示す。示されているのは、４つの新抗原－ＭＨＣ四量体のそれぞれで標識された増殖細胞及びそれらの対応する野生型ペプチド－ＭＨＣ四量体である。 ＥＤＧＥスコアと、標的質量分析による候補共有新抗原ペプチドの検出の確率との間の相関関係を示している。 図５Ａは、ＣＤ８＋Ｔ細胞を検出するためのフローサイトメトリーゲーティング戦略を示している。図５Ｂは、ＣＤ８＋Ｔ細胞の大部分がＲＡＳ Ｇ１２Ｖ：ＨＬＡ＊１１０１ ＰＨＬＡへの結合を呈することを実証するフローサイトメトリーの結果を示している。 ２つの異なるドナーのために単一の新抗原－ＭＨＣ四量体を使用して以前に選別された、増殖したＴ細胞のフローサイトメトリー分析を示す。示されているのは、３つの新抗原－ＭＨＣ四量体及びそれらの対応する野生型ペプチド－ＭＨＣ四量体のそれぞれで標識された増殖細胞である。 複数のＫ５６２－ＨＬＡ細胞株におけるＴｅｔ－Ｏｎシステム下での代表的な新抗原の発現の調節におけるＤＯＸ投与の滴定を示している。 Ｋ５６２細胞株を発現するＨＬＡ－Ａ＊１１：０１において質量分析によって観察された代表的なＫＲＡＳ Ｇ１２ＶペプチドＶＶＧＡＶＧＶＧＫを示す。上のパネルは、検出がＤＯＸに依存していたことを示し（左の列はＤＯＸなし、右のパネルはＤＯＸを追加）、下のパネルは重ペプチド対照標準の検出が同等であることを示している。 新抗原（左パネル）及びＤＭＳＯ（右パネル）刺激後のＣＤ１３７＋でゲーティング制御された増殖ナイーブＣＤ８Ｔを示す。 （ｉ）新抗原－四量体標識細胞；（ｉｉ）ＣＤ１３７＋新抗原刺激細胞；及び（ｉｉｉ）ＣＤ１３７＋ＤＭＳＯ刺激細胞の間で共有されるＴＣＲ配列のインシリコ分析の要約を示す。 ＴＣＲクローン０１ＣＡ０１９＿０６４＿Ｆ０５＿００４７の代表的なフローサイトメトリー評価を示している。示したＴＣＲで形質導入され、同族の新抗原（下のパネル）または対応する野生型ペプチド（上のパネル）で刺激された初代Ｔ細胞の活性化マーカーＣＤ２５（左パネル）、ＣＤ６９（中央パネル）、及びＣＤ１３７（右パネル）が示されている。 ＴＣＲクローン０１ＣＡ０１９＿０６４＿Ｆ０５＿０００５の代表的なフローサイトメトリー評価を示している。示したＴＣＲで形質導入され、同族の新抗原（下のパネル）または対応する野生型ペプチド（上のパネル）で刺激された初代Ｔ細胞の活性化マーカーＣＤ２５（左パネル）、ＣＤ６９（中央パネル）、及びＣＤ１３７（右パネル）が示されている。 示された候補ＴＣＲで形質導入された初代Ｔ細胞の増殖を示している。ペプチドをロードしたＡＰＣとの共培養後の希釈されたＣｅｌｌＴｒａｃｅＶｉｏｌｅｔ色素を含むＴ細胞のパーセンテージが示されている。
詳細な説明
別段の定義がない限り、本明細書で使用される全ての技術用語、表記法、及び他の科学用語は、当業者によって一般的に理解される意味を有することを意図している。場合によっては、一般的に理解される意味を有する用語は、明確にするため及び／またはすぐに参照できるように本明細書で定義され、本明細書にそのような定義を含めることは、当該技術分野で一般的に理解されるものとの違いを表すと必ずしも解釈されるべきではない。本明細書で記載または参照される技術及び手順は、一般によく理解されており、当業者によって従来の方法論を使用して慣用的に採用されており、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．， Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ： Ａ ＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹ ＭＡＮＵＡＬ （４ｔｈ ｅｄ．， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ， Ｎ．Ｙ．）に記載の広く利用されるモレキュラークローニング法などである。必要に応じて、市販のキット及び試薬の使用を含む手順は、別段の記載がない限り、一般に製造元定義のプロトコール及び条件に従って実行される。
本明細書で使用されるとき、単数形「１つの（ａ）」、「１つの（ａｎ）」、及び「その（ｔｈｅ）」は、別のものを明確に指示しない限り、複数の指示対象を包む。「含む」、「など」などの用語は、特に他を明記しない限り、限定なしに包含を伝えることを意図している。
本明細書で使用されるとき、「含む」という用語は、特に他を明記しない限り、列挙された要素から「からなる」及び「本質的に～からなる」実施形態も具体的に含む。
「約」という用語は、示された値及びその値の上下の範囲を示し、それらを包含する。特定の実施形態では、「約」という用語は、指定された値±１０％、±５％、または±１％を示す。特定の実施形態では、該当する場合、「約」という用語は、指定された値（複数可）±その値（複数可）の１標準偏差を示す。
「抗原結合タンパク質」または「ＡＢＰ」という用語は、本明細書で最も広い意味で使用され、抗原またはエピトープに特異的に結合する１つまたは複数の抗原結合ドメインを含む特定のタイプの分子を含む。
いくつかの実施形態では、ＡＢＰはＴＣＲを含む。いくつかの実施形態では、ＡＢＰはＴＣＲからなる。いくつかの実施形態では、ＡＢＰは本質的にＴＣＲからなる。ＡＢＰには、具体的には、無傷のＴＣＲ、ＴＣＲフラグメント、及びＡＢＰフラグメントが挙げられる。いくつかの実施形態では、ＡＢＰは代替足場を含む。いくつかの実施形態では、ＡＢＰは代替足場からなる。いくつかの実施形態では、ＡＢＰは本質的に代替足場からなる。いくつかの実施形態では、ＡＢＰはＴＣＲフラグメントを含む。いくつかの実施形態では、ＡＢＰはＴＣＲフラグメントからなる。いくつかの実施形態では、ＡＢＰは本質的にＴＣＲフラグメントからなる。
本明細書で提供されるとき、「ＨＬＡ－ペプチドＡＢＰ」、「抗ＨＬＡ－ペプチドＡＢＰ」、または「ＨＬＡ－ペプチド特異的ＡＢＰ」とは、抗原ＨＬＡ－ペプチドに特異的に結合するＡＢＰである。ＡＢＰは、Ｔ細胞（例えば、ＴＣＲ）に由来する可変領域などの可変領域を介して抗原またはエピトープに特異的に結合する１つまたは複数の抗原結合ドメインを含むタンパク質を含む。
本明細書で使用されるとき、「可変領域」とは、組換え事象から生じる可変ヌクレオチド配列を指し、例えば、可変領域は、活性化Ｔ細胞などのＴ細胞からのＴ細胞受容体（ＴＣＲ）配列のＶ、Ｊ、及び／またはＤセグメントを含んでもよい。
「抗原結合ドメイン」という用語は、抗原またはエピトープに特異的に結合し得るＡＢＰの部分を意味する。抗原結合ドメインは、ＴＣＲのＣＤＲ、例えば、αＣＤＲ１、αＣＤＲ２、αＣＤＲ３、βＣＤＲ１、βＣＤＲ２、及びβＣＤＲ３を含んでもよい。ＴＣＲのＣＤＲは、本明細書に記載される。
ＴＣＲ ＣＤＲのアミノ酸配列境界は、参照によりその全てが組み込まれる、ＬｅＦｒａｎｃ， Ｍ．－Ｐ， Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｔｏｄａｙ． １９９７ Ｎｏｖ；１８（１１）：５０９；Ｌｅｆｒａｎｃ， Ｍ．－Ｐ．，”ＩＭＧＴ Ｌｏｃｕｓ ｏｎ Ｆｏｃｕｓ： Ａ ｎｅｗ ｓｅｃｔｉｏｎ ｏｆ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ ａｎｄ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｅｔｉｃｓ”， Ｅｘｐ． Ｃｌｉｎ． Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｅｔ．， １５， １－７ （１９９８）；Ｌｅｆｒａｎｃ ａｎｄ Ｌｅｆｒａｎｃ， Ｔｈｅ Ｔ Ｃｅｌｌ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ ＦａｃｔｓＢｏｏｋ；ａｎｄ Ｍ．－Ｐ． Ｌｅｆｒａｎｃ／Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔａｌ ａｎｄ Ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ２７ （２００３） ５５－７７に記載されるＩＭＴＧ固有番号付けスキームを含むがこれに限定されない多数の公知の番号付けスキームのいずれかを使用して当業者によって決定することができる。
「ＡＢＰフラグメント」は、無傷のＡＢＰの抗原結合または可変領域などの無傷のＡＢＰの一部を含む。ＡＢＰフラグメントには、例えば、ＴＣＲフラグメントが含まる。
「代替足場」という用語は、１つまたは複数の領域が多様化して、抗原またはエピトープに特異的に結合する１つまたは複数の抗原結合ドメインを生成し得る、分子を指す。いくつかの実施形態では、抗原結合ドメインは、ＡＢＰと同等である特異性及び親和性によって抗原またはエピトープに結合する。例示的な代替足場としては、フィブロネクチン（例えば、Ａｄｎｅｃｔｉｎ（商標））、β－サンドイッチ（例えば、ｉＭａｂ）、リポカリン（例えば、Ａｎｔｉｃａｌｉｎ（登録商標））、ＥＥＴＩ－ＩＩ／ＡＧＲＰ、ＢＰＴＩ／ＬＡＣＩ－Ｄ１／ＩＴＩ－Ｄ２（例えば、Ｋｕｎｉｔｚドメイン）、チオレドキシンペプチドアプタマー、プロテインＡ（例えば、Ａｆｆｉｂｏｄｙ（登録商標））、アンキリンリピート（例えば、ＤＡＲＰｉｎ）、γ－Ｂ－クリスタリン／ユビキチン（例えば、Ａｆｆｉｌｉｎ）、ＣＴＬＤ３（例えば、テトラネクチン）、Ｆｙｎｏｍｅｒ、及び（ＬＤＬＲ－Ａモジュール）（例えば、Ａｖｉｍｅｒ）から誘導されたものが挙げられる。代替足場のさらなる情報については、参照によりその各々がその全てが組み込まれる、Ｂｉｎｚ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，２００５ ２３：１２５７－１２６８；Ｓｋｅｒｒａ，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎ．ｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈ．，２００７ １８：２９５－３０４；及びＳｉｌａｃｃｉ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２０１４，２８９：１４３９２－１４３９８に提供される。代替足場は、ＡＢＰの一種である。
「親和性」は、分子（例えば、ＡＢＰ）の単一結合部位とその結合パートナー（例えば、抗原またはエピトープ）との間の非共有相互作用の合算の強さを指す。別途他に明記されない限り、本明細書で使用されるとき、「親和性」は、結合対のメンバー（例えば、ＡＢＰと抗原またはエピトープ）の間の１：１相互作用を反映する固有の結合親和性を指す。分子ＸのそのパートナーＹに対する親和性は、解離平衡定数（ＫＤ）によって表すことができる。解離平衡定数に寄与する速度論的成分については、以下に詳述されている。親和性は、当該技術分野において知られている一般的な方法によって測定することが可能である。例えば、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）技術（ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）など）またはバイオレイヤー干渉法（ＦＯＲＴＥＢＩＯ（登録商標）など）のような、本明細書に記載の方法が含まれる。
「結合する」、「特異的結合」、「特異的に結合する」、「特異的である」、「選択的に結合する」及び「選択的である」という用語は、ＡＢＰから標的分子への結合という点で、特定の抗原（例えば、ポリペプチド標的）または特定の抗原上のエピトープが、非特異的または非選択的な相互作用（例えば、非標的分子との相互作用）とはかなり測定できるほど異なる結合を意味する。特異的結合は、例えば、標的分子への結合を測定し、これを非標的分子に対する結合と比較することにより、測定することができる。また、特異的結合は、標的分子に認識されたエピトープを模倣する対照分子との競合によっても、判定することもできる。その場合、ＡＢＰの標的分子に対する結合が対照分子により競合的に阻害される場合、特異的結合が示される。いくつかの態様では、非標的分子に対するＨＬＡペプチドＡＢＰの親和性は、ＨＬＡ－ペプチドに対する親和性の約５０％未満である。いくつかの態様では、非標的分子に対するＨＬＡペプチドＡＢＰの親和性は、ＨＬＡ－ペプチドに対する親和性の約４０％未満である。いくつかの態様では、非標的分子に対するＨＬＡペプチドＡＢＰの親和性は、ＨＬＡ－ペプチドに対する親和性の約３０％未満である。いくつかの態様では、非標的分子に対するＨＬＡペプチドＡＢＰの親和性は、ＨＬＡ－ペプチドに対する親和性の約２０％未満である。いくつかの態様では、非標的分子に対するＨＬＡペプチドＡＢＰの親和性は、ＨＬＡ－ペプチドに対する親和性の約１０％未満である。いくつかの態様では、非標的分子に対するＨＬＡペプチドＡＢＰの親和性は、ＨＬＡ－ペプチドに対する親和性の約１％未満である。いくつかの態様では、非標的分子に対するＨＬＡペプチドＡＢＰの親和性は、ＨＬＡ－ペプチドに対する親和性の約０．１％未満である。
本明細書で使用されるとき、「ｋｄ」（秒－１）という用語は、特定のＡＢＰ－抗原相互作用の解離速度定数を指す。この値は、ｋｏｆｆ値とも呼ばれる。
本明細書で使用されるとき、「ｋａ」（Ｍ－１×秒－１）という用語は、特定のＡＢＰ－抗原相互作用の会合速度定数を指す。この値は、ｋｏｎ値とも呼ばれる。
本明細書で使用されるとき、「ＫＤ」（Ｍ）という用語は、特定のＡＢＰ－抗原相互作用の解離平衡定数を指す。ＫＤ＝ｋｄ／ｋａ。いくつかの実施形態では、ＡＢＰの親和性は、そのようなＡＢＰとその抗原との間の相互作用について、ＫＤの単位として記載される。明確にするために、当該技術分野において知られているように、ＫＤ値が小さいほど親和性相互作用が高いことを示し、ＫＤ値が大きいほど親和性相互作用が低いことを示す。
本明細書で使用されるとき、「ＫＡ」（Ｍ－１）という用語は、特定のＡＢＰ－抗原相互作用の会合平衡定数を指す。ＫＡ＝ｋａ／ｋｄ。
「イムノコンジュゲート」は、１つまたは複数の異種分子（複数可）、例えば、治療剤（例えば、サイトカイン）または診断剤にコンジュゲートされた、ＡＢＰである。
「～と競合する」または「～と交差競合する」という用語が、本明細書で２つ以上のＡＢＰの文脈で使用される場合、２つ以上のＡＢＰが抗原（例えば、ＨＬＡ－ペプチド）に対する結合において競合することを示す。１つの例示的なアッセイでは、ＨＬＡ－ペプチドを表面にコーティングし、第１のＨＬＡ－ペプチドＡＢＰと接触させてから、第２のＨＬＡ－ペプチドＡＢＰを添加する。別の例示的なアッセイでは、第１のＨＬＡ－ペプチドＡＢＰを表面にコーティングし、ＨＬＡ－ペプチドと接触させてから、第２のＨＬＡ－ペプチドＡＢＰを添加する。いずれかのアッセイにおいて、第１のＨＬＡ－ペプチドＡＢＰの存在が第２のＨＬＡ－ペプチドＡＢＰの結合を低減させる場合、ＡＢＰは互いに競合している。「～と競合する」という用語はまた、あるＡＢＰが別のＡＢＰの結合を低減するＡＢＰの組み合わせで、ただしＡＢＰを逆の順序で添加したときに競合が観察されない、ＡＢＰの組み合わせも含む。しかしながら、いくつかの実施形態では、第１及び第２のＡＢＰは、両ＡＢＰの添加された順序にはかかわらず、互いの結合を阻害し合う。いくつかの実施形態では、一方のＡＢＰが、別のＡＢＰのその抗原に対する結合を、少なくとも２５％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％低減させる。当業者は、競合アッセイで使用されるＡＢＰの濃度を、ＨＬＡ－ペプチドに対するＡＢＰの親和性及びＡＢＰの価数に基づいて選択することができる。この定義に記載されているアッセイは例示であり、当業者は、任意の好適なアッセイを利用して、ＡＢＰが互いに競合するか否かを判定することができる。好適なアッセイは、例えば、参照によりその全てが組み込まれる、Ｃｏｘ ｅｔ ａｌ．， “Ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙ Ｍｅｔｈｏｄｓ，” ｉｎ Ａｓｓａｙ Ｇｕｉｄａｎｃｅ Ｍａｎｕａｌ ［Ｉｎｔｅｒｎｅｔ］， Ｕｐｄａｔｅｄ Ｄｅｃｅｍｂｅｒ ２４， ２０１４ （ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｂｏｏｋｓ／ＮＢＫ９２４３４／；ａｃｃｅｓｓｅｄ Ｓｅｐｔｅｍｂｅｒ ２９， ２０１５）；Ｓｉｌｍａｎ ｅｔ ａｌ．， Ｃｙｔｏｍｅｔｒｙ， ２００１， ４４：３０－３７；及びＦｉｎｃｏ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｐｈａｒｍ． Ｂｉｏｍｅｄ． Ａｎａｌ．， ２０１１， ５４：３５１－３５８に記載される。
「エピトープ」という用語は、ＡＢＰに対して特異的に結合する抗原の部分を意味する。エピトープは、多くの場合、表面にアクセス可能なアミノ酸残基及び／または糖側鎖からなり、特定の三次元構造特性及び特定の電荷特性を有し得る。立体配座エピトープ及び非立体配座エピトープは、変性溶媒の存在下で前者への結合は失われ得るが、後者への結合は失われ得ないという点で区別される。エピトープは、結合に直接的に関与するアミノ酸残基、及び結合に直接的に的に関与しない他のアミノ酸残基を含み得る。ＡＢＰが結合するエピトープは、エピトープ決定のための公知の技術、例えば、異なる点変異を有するＨＬＡ－ペプチドバリアント、またはキメラＨＬＡ－ペプチドバリアントに対するＡＢＰ結合を試験することを使用して決定することができる。
本明細書で使用される場合、「同一性」パーセントという用語は、２つ以上の核酸またはポリペプチド配列の文脈において、以下に説明する配列比較アルゴリズム（例えば、ＢＬＡＳＴＰ及びＢＬＡＳＴＮまたは当業者が利用可能な他のアルゴリズム）のうちの１つを使用して、または目視検査によって測定されるように、最大対応のために比較及び整列された場合、同一であるヌクレオチドまたはアミノ酸残基の特定のパーセンテージを有する２つ以上の配列または部分配列を指す。このアプリケーションに応じて、パーセント「同一性」は、比較される配列の領域、例えば、機能ドメインにわたって比較される配列の領域にわたって存在してもよいし、あるいは、比較される２つの配列の全長にわたって存在してもよい。
配列比較の場合、典型的には、１つの配列が、試験配列が比較される参照配列として機能する。配列比較アルゴリズムを使用する場合、試験配列及び参照配列をコンピューターに入力し、必要に応じて部分配列座標を指定して、配列アルゴリズムプログラムパラメーターを指定する。次に、配列比較アルゴリズムは、指定されたプログラムパラメータに基づいて、参照配列に対する試験配列（複数可）の同一性配列パーセントを計算する。あるいは、配列の類似性または非類似性は、特定のヌクレオチド、または翻訳された配列の場合、選択された配列位置（例えば、配列モチーフ）のアミノ酸の組み合わせの有無によって確立され得る。
比較のための配列の最適なアラインメントは、例えば、Ｓｍｉｔｈ＆Ｗａｔｅｒｍａｎ，Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．２：４８２（１９８１）の局所相同性アルゴリズムによって、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ＆Ｗｕｎｓｃｈ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４３（１９７０）の相同性アラインメントアルゴリズムによって、Ｐｅａｒｓｏｎ＆Ｌｉｐｍａｎ、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８５：２４４４（１９８８）の類似性方法に関する検索によって、これらのアルゴリズムのコンピューター化された実装（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｐａｃｋａｇｅ，Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ、５７５ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｄｒ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．のＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡ、及びＴＦＡＳＴＡ、）によって、または目視検査（一般的に、以下のＡｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．，を参照のこと）によって行ってもよい。
配列同一性パーセント及び配列類似性を判定するのに適したアルゴリズムの一例は、Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３－４１０（１９９０）に記載のＢＬＡＳＴアルゴリズムである。ＢＬＡＳＴ分析を実行するためのソフトウェアは、米国国立バイオテクノロジー情報センター（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ）を通じて公開されている。
「保存的置換」または「保存的アミノ酸置換」とは、化学的または機能的に類似したアミノ酸によるアミノ酸置換を指す。類似するアミノ酸を提供する保存的置換表は、当該技術分野において周知である。例として表２～４に提供されるアミノ酸の群は、いくつかの実施形態では、互いの保存的置換とみなされる。
（表２）特定の実施形態における、互いの保存的置換とみなされるアミノ酸の選択された群
Figure 2023502625000001
（表３）特定の実施形態における、互いの保存的置換とみなされるアミノ酸の追加の選択された群
Figure 2023502625000002
（表４）特定の実施形態における、互いの保存的置換とみなされるアミノ酸のさらに選択された群
Figure 2023502625000003
さらなる保存的置換は、例えば、Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ， Ｐｒｏｔｅｉｎｓ： Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ ２ｎｄ ｅｄ． （１９９３） Ｗ． Ｈ． Ｆｒｅｅｍａｎ ＆ Ｃｏ．， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ， ＮＹに見出すことができる。親ＡＢＰのアミノ酸残基の１つまたは複数の保存的置換を行うことによって生成されるＡＢＰは、「保存的に改変されたバリアント」と呼ばれる。
「アミノ酸」という用語は、天然に存在する一般的な２０種のアミノ酸を指す。天然アミノ酸には、アラニン（Ａｌａ；Ａ）、アルギニン（Ａｒｇ；Ｒ）、アスパラギン（Ａｓｎ；Ｎ）、アスパラギン酸（Ａｓｐ；Ｄ）、システイン（Ｃｙｓ；Ｃ）；グルタミン酸（Ｇｌｕ；Ｅ）、グルタミン（Ｇｌｎ；Ｑ）、グリシン（Ｇｌｙ；Ｇ）；ヒスチジン（Ｈｉｓ；Ｈ）、イソロイシン（Ｉｌｅ；Ｉ）、ロイシン（Ｌｅｕ；Ｌ）、リジン（Ｌｙｓ；Ｋ）、メチオニン（Ｍｅｔ；Ｍ）、フェニルアラニン（Ｐｈｅ；Ｆ）、プロリン（Ｐｒｏ；Ｐ）、セリン（Ｓｅｒ；Ｓ）、トレオニン（Ｔｈｒ；Ｔ）、トリプトファン（Ｔｒｐ；Ｗ）、チロシン（Ｔｙｒ；Ｙ）、及びバリン（Ｖａｌ；Ｖ）が含まれる。
本明細書で使用されるとき、「ベクター」という用語は、連結されている別の核酸を増殖させることのできる核酸分子を指す。この用語には、自己複製核酸構造としてのベクター、ならびにそのベクターが導入されている宿主細胞のゲノムに組み込まれるベクターが含まれる。特定のベクターは、それらが作動可能に連結された核酸の発現を駆動し得る。本明細書において、そのようなベクターは、「発現ベクター」と呼ばれる。
「宿主細胞」、「宿主細胞株」及び「宿主細胞培養物」という用語は互換的に使用されており、外因性核酸が導入された細胞、及びそのような細胞の子孫を指す。宿主細胞には、「形質転換体」（または「形質転換細胞」）及び「形質転換体」（または「トランスフェクト細胞」）が含まれ、これらにはそれぞれ、一次形質転換またはトランスフェクト細胞及びそれらに由来する子孫が含まれる。このような子孫は、核酸含有量が親細胞と必ずしも完全に同一であるとは限らず、変異を含む可能性がある。
「治療する」という用語（及び「治療する」または「治療」などのその変形）は、それを必要とする対象における疾患もしくは状態の自然な経過を変えようと試みる際の、臨床的介入を指す。治療は、予防目的、及び臨床病理の経過中、の両方において実施され得る。治療による望ましい効果としては、疾患の発生または再発の防止、症状の緩和、疾患の直接的または間接的な病理学的影響の軽減、転移の防止、疾患の進行速度の低下、疾患状態の改善または緩和、及び寛解または予後の改善が挙げられる。
本明細書で使用されるとき、「治療有効量」または「有効量」という用語は、対象に投与したときに疾患もしくは障害を治療するのに有効とされる、本明細書中で提供されるＡＢＰまたは医薬組成物の量を指す。
本明細書で使用されるとき、「対象」という用語は、哺乳動物対象を意味する。例示的な対象としては、ヒト、サル、イヌ、ネコ、マウス、ラット、ウシ、ウマ、ラクダ、ヤギ、ウサギ、及びヒツジが挙げられる。特定の実施形態において、対象はヒトである。いくつかの実施形態では、対象の疾患または状態は、本明細書で提供されるＡＢＰで治療することができる。いくつかの態様では、疾患または状態は、がんである。いくつかの態様では、疾患または状態は、ウイルス感染である。
「添付文書」という用語は、そのような治療または診断製品の使用に関する適応症、使用法、投与量、投与、組み合わせ療法、禁忌及び／または警告についての情報を含む、治療または診断用製品の市販パッケージに通常含まれる指示を指すために使用される。
「腫瘍」という用語は、悪性または良性にかかわらず、全ての新生物細胞の増殖及び増殖、ならびに全ての前がん性及びがん性の細胞及び組織を指す。「がん」、「がん性」、「細胞増殖性障害」、「増殖性障害」、及び「腫瘍」という用語は、本明細書で言及されるとき、相互に排他的ではない。「細胞増殖性障害」及び「増殖性障害」という用語は、ある程度の異常な細胞増殖に関連する障害を指す。いくつかの実施形態では、細胞増殖性疾患は、がんである。いくつかの態様では、腫瘍は固形腫瘍である。いくつかの態様では、腫瘍は血液悪性腫瘍である。
「医薬組成物」という用語は、その中に含まれている有効成分の生物活性を、対象を治療するのに有効にし得るような形態であり、かつ医薬組成物で提供されている量では対象に対し許容できないほど毒性である追加成分を含まない、調製物を指す。
「調節する」及び「調節」という用語は、列挙された変数を低減または阻害するか、代替的に、活性化または増加することを指す。
「増加させる」及び「活性化する」という用語は、列挙された変数において１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍またはそれを超える増分を指す。
「低減させる」及び「阻害する」という用語は、列挙された変数において１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、で２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍またはそれを超える減分を指す。
「刺激する」という用語は、受容体シグナル伝達を活性化して、受容体の活性化に関連する生物学的応答を誘導することを指す。「アゴニスト」とは、受容体に結合して刺激する実体である。
「拮抗する」という用語は、受容体シグナル伝達の阻害によって、受容体の活性化に関連する生物学的応答を阻害することを指す。「アンタゴニスト」とは、受容体に結合して拮抗する実体である。
「核酸」及び「ポリヌクレオチド」という用語は、本明細書で互換的に使用されてもよく、任意の長さのヌクレオチドの多量体型、デオキシリボヌクレオチドもしくはリボヌクレオチドのいずれかまたはその類似体を指す。ポリヌクレオチドとしては、非限定的に、遺伝子または遺伝子フラグメントのコード領域または非コード領域、連鎖解析から明らかにされた遺伝子座（遺伝子座）、エクソン、イントロン、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、ｃＤＮＡ、組み換えポリヌクレオチド、分岐ポリヌクレオチド、プラスミド、ベクター、単離ＤＮＡ、単離ＲＮＡ、核酸プローブ、及びプライマーを挙げることができる。ポリヌクレオチドは、メチル化ヌクレオチド及びヌクレオチド類似体のような、修飾されたヌクレオチドを含み得る。例示的な修飾ヌクレオチドとしては、例えば、５－フルオロウラシル、５－ブロモウラシル、５－クロロウラシル、５－ヨードウラシル、ヒポキサンチン、キサンチン、４－アセチルシトシン、５－（カルボキシヒドロキシメチル）ウラシル、５－カルボキシメチルアミノメチル－２－チオウリジン、５－カルボキシメチルアミノメチルウラシル、ジヒドロウラシル、β－Ｄ－ガラクトシルケオシン、イノシン、Ｎ６－イソペンテニルアデニン、１－メチルグアニン、１－メチルイノシン、２，２－ジメチルグアニン、２－メチルアデニン、２－メチルグアニン、３－メチルシトシン、５－メチルシトシン、Ｎ６－置換アデニン、７－メチルグアニン、５－メチルアミノメチルウラシル、５－メトキシアミノメチル－２－チオウラシル、β－Ｄ－マンノシルケオシン、５’－メトキシカルボキシメチルウラシル、５－メトキシウラシル、２－メチルチオＮ６－イソペンテニルアデニン、ウラシル－５－オキシ酢酸（ｖ）、ワイブトキソシン、プソイドウラシル、クオシン、２－チオシトシン、５－メチル－２－チオウラシル、２－チオウラシル、４－チオウラシル、５－メチルウラシル、ウラシル－５－オキシ酢酸メチルエステル、３－（３－アミノ－３－Ｎ－２－カルボキシプロピル）ウラシル、及び２，６－ジアミノプリンが挙げられる。
本明細書で使用される場合、「抗原」という用語は、免疫応答を誘導する物質である。抗原は新抗原であり得る。抗原は、特定の集団、例えば、がん患者の特定の集団の間で見出される抗原である「共有抗原」であってもよい。抗原としては、ＨＬＡ－ペプチド抗原が挙げられる。
本明細書で使用される場合、「新抗原」という用語は、例えば、腫瘍細胞における変異または腫瘍細胞に特異的な翻訳後修飾を介して、対応する野生型抗原とは区別される少なくとも１つの変更を有する抗原である。いくつかの実施形態では、変更は腫瘍またはがん細胞で起こる。いくつかの実施形態では、変更は、非腫瘍細胞または非がん細胞では起こらない。いくつかの実施形態では、変更は正常組織には存在しない。新抗原は、ポリペプチド配列またはヌクレオチド配列を含み得る。変異には、フレームシフトまたは非フレームシフトインデル、ミスセンスまたはナンセンス置換、スプライス部位の変化、ゲノム再配列もしくは遺伝子融合、またはネオＯＲＦを引き起こす任意のゲノムもしくは発現の変更が含まれ得る。変異には、スプライスバリアントも含んでもよい。腫瘍細胞に特異的な翻訳後修飾には、異常なリン酸化が含まれ得る。腫瘍細胞に特異的な翻訳後修飾としては、プロテアソームで生成されたスプライシング抗原も含まれ得る。Ｌｉｅｐｅ ｅｔ ａｌ．，Ａ ｌａｒｇｅ ｆｒａｃｔｉｏｎ ｏｆ ＨＬＡ ｃｌａｓｓ Ｉ ｌｉｇａｎｄｓ ａｒｅ ｐｒｏｔｅａｓｏｍｅ－ｇｅｎｅｒａｔｅｄ ｓｐｌｉｃｅｄ ｐｅｐｔｉｄｅｓ；Ｓｃｉｅｎｃｅ．２０１６ Ｏｃｔ ２１；３５４（６３１０）：３５４－３５８を参照のこと。新抗原は、特定の集団（例えば、がん患者の特定の集団）の複数の患者の間で見られる場合、共有された新抗原であり得る。新抗原には、ＨＬＡ－ペプチド新抗原も含み得る。
本明細書で使用される場合、「ＨＬＡ－ペプチド」、「ｐＨＬＡ」、「ペプチド－ＨＬＡ」、及び「ペプチド－ＨＬＡ複合体」という用語は、本明細書では互換的に使用され、ＨＬＡクラスＩ分子と複合体を形成したＨＬＡ－拘束ペプチドを含む抗原であって、このＨＬＡ拘束ペプチドが、ＨＬＡクラスＩ分子のα１／α２ヘテロ二量体部分のペプチド結合溝に位置している、抗原を指す。そのような抗原は、特定のＨＬＡクラスＩサブタイプと複合体を形成した規定のアミノ酸配列を有する特定のＨＬＡ－拘束ペプチドによって規定される。
いくつかの実施形態において、「ＨＬＡ－ペプチド新抗原」、「ｐＨＬＡ新抗原」、及び「ペプチド－ＨＬＡ新抗原」は、本明細書において交換可能に使用され、それを対応する野生型ＨＬＡ－ペプチド抗原から、例えば、腫瘍細胞における変異または腫瘍細胞に特異的な翻訳後修飾を介して区別する、少なくとも１つの変更を含むＨＬＡ－ペプチドを指す。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの変更は、拘束ペプチド配列にあり、その結果、ＨＬＡ－ペプチド新抗原の拘束ペプチドは、変更なしで対応する拘束ペプチド配列、例えば、野生型配列を含む拘束ペプチドと区別される。
例示的なＨＬＡ－ペプチド新抗原及び共有ＨＬＡ－ペプチド新抗原は、表Ａ（配列番号１０，７５５～２１，０１５）、ＡＡＣＲ ＧＥＮＩＥ結果（配列番号２１，０１６～２９，３５７）、及び配列番号２９３５８～２９３６４に示されている；対応する遺伝子及び各抗原に関連する体細胞の変更も示されている。このようなｐＨＬＡ新抗原及び共有ｐＨＬＡ新抗原は、投与を介して対象に免疫応答を誘導するのに有用である。本明細書に記載の患者選択方法などの様々な診断方法を使用することにより、投与のための対象を特定し得る。
本明細書で使用される場合、「腫瘍抗原」という用語は、対象の腫瘍細胞もしくは組織に存在するが、対象の対応する正常細胞もしくは組織には存在しないか、または正常な細胞もしくは組織と比較して腫瘍細胞もしくはがん性組織において発現が変化することが知られているかもしくは見出されているポリペプチドに由来する抗原である。
本明細書で使用される場合、「候補抗原」という用語は、抗原を表し得る配列を生じさせる変異または他の異常である。
本明細書で使用される場合、「コード領域」という用語は、タンパク質をコードする遺伝子の部分（複数可）である。
本明細書で使用される場合、「コーディング変異」という用語は、コーディング領域で発生する変異である。
本明細書で使用される場合、「ＯＲＦ」という用語は、オープンリーディングフレームを意味する。
本明細書で使用される場合、「ネオＯＲＦ」という用語は、変異またはスプライシングなどの他の逸脱から生じる腫瘍特異的ＯＲＦである。
本明細書で使用される場合、「ミスセンス変異」という用語は、あるアミノ酸から別のアミノ酸への置換を引き起こす変異である。
本明細書で使用される場合、「ナンセンス変異」という用語は、アミノ酸から終止コドンへの置換を引き起こすか、または標準的な開始コドンの除去を引き起こす変異である。
本明細書で使用される場合、「フレームシフト変異」という用語は、タンパク質のフレームに変化を引き起こす変異である。
本明細書で使用される場合、「インデル」という用語は、１つまたは複数の核酸の挿入または欠失である。
本明細書で使用される場合、「ノンストップまたはリードスルー」という用語は、天然の終止コドンの除去を引き起こす変異である。
ＨＬＡ－ペプチド抗原
主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）は、連鎖している遺伝子座の群によってコードされる複合体であり、マウスではＨ－２、ヒトではＨＬＡと総称される。ＭＨＣ抗原の２つの主要なクラスであるクラスＩとクラスＩＩはそれぞれ、組織のタイプを決定しかつ移植の適合性を判定する役割を果たす、一連の細胞表面糖タンパク質を含む。移植反応では、細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）は主にクラスＩ糖タンパク質に応答し、ヘルパーＴ細胞は主にクラスＩＩ糖タンパク質に応答する。
ヒト主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子は、本明細書においてＨＬＡクラスＩ分子と互換的に呼ばれており、ほぼ全ての細胞の表面上に発現している。これらの分子は、α－βＴ細胞受容体との相互作用を介して、そのほとんどが内因性で合成されたタンパク質に由来するペプチドを、例えばＣＤ８＋Ｔ細胞に提示する際に機能する。クラスＩ ＭＨＣ分子は、１２ｋＤａの軽鎖β２マイクログロブリンと非共有結合で会合する４６ｋＤａのα鎖で構成されるヘテロ二量体を含む。α鎖は一般に、α１及びα２ドメインを含み、これらのドメインは、ＨＬＡ拘束ペプチドを提示するための溝、及びＴ細胞のＣＤ８共受容体と相互作用するα３原形質膜貫通ドメインを形成している。図１には、クラスＩ ＨＬＡ分子の一般的な構造が描かれている。一部のＴＣＲは、ＣＤ８共受容体と独立してＭＨＣクラスＩに結合できる（例えば、Ｋｅｒｒｙ ＳＥ， Ｂｕｓｌｅｐｐ Ｊ， Ｃｒａｍｅｒ ＬＡ， ｅｔ ａｌ． Ｉｎｔｅｒｐｌａｙ ｂｅｔｗｅｅｎ ＴＣＲ Ａｆｆｉｎｉｔｙ ａｎｄ Ｎｅｃｅｓｓｉｔｙ ｏｆ Ｃｏｒｅｃｅｐｔｏｒ Ｌｉｇａｔｉｏｎ： Ｈｉｇｈ－Ａｆｆｉｎｉｔｙ Ｐｅｐｔｉｄｅ－ＭＨＣ／ＴＣＲ Ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ Ｏｖｅｒｃｏｍｅｓ Ｌａｃｋ ｏｆ ＣＤ８ Ｅｎｇａｇｅｍｅｎｔ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ， Ｍｄ：１９５０）．２００３；１７１（９）：４４９３－４５０３を参照されたい）。
クラスＩ ＭＨＣ拘束ペプチド（本明細書中で、互換的にＨＬＡ拘束抗原、ＨＬＡ拘束ペプチド、抗原性ペプチド、ＭＨＣ拘束抗原、拘束ペプチド、またはペプチドとも呼ばれる）は一般的に、ＭＨＣ分子の対応する結合ポケットと相互作用する約２つまたは３つのアンカー残基を介して重鎖α１－α２溝に結合する。β－２マイクログロブリン鎖は、ＭＨＣクラスＩの細胞内輸送、ペプチド結合、構造安定性に重要な役割を果たしている。ほとんどのクラスＩ分子では、ＭＨＣクラスＩ重鎖、ペプチド（自己、非自己、及び／または抗原性）とβ２マイクログロブリンのヘテロ三量体複合体の形成によって、タンパク質が成熟し細胞表面に輸送される。
所与のＨＬＡサブタイプのＨＬＡ拘束ペプチドへの結合により、例えばＴ細胞上のＴＣＲなどのＡＢＰによって特異的に認識され得る固有かつ新規な表面との複合体が形成される。
したがって、特定のＨＬＡサブタイプと複合体を形成する規定のアミノ酸配列を有する特定のＨＬＡ拘束ペプチドを含む、ＨＬＡ－ペプチド抗原が本明細書で提供されている。
本明細書で同定されるＨＬＡ－ペプチド抗原は、がん免疫療法に有用であり得る。いくつかの実施形態では、本明細書中に同定されているＨＬＡ－ペプチド標的は、腫瘍細胞の表面上に提示される。本明細書で同定されるＨＬＡ－ペプチド抗原は、ヒト対象の腫瘍細胞によって発現され得る。本明細書で同定されるＨＬＡ－ペプチド抗原は、ヒト対象の集団における腫瘍細胞によって発現され得る。例えば、本明細書で同定されるＨＬＡ－ペプチド抗原は、がんを有するヒト対象の集団で共通に発現される共有ＨＬＡ－ペプチド抗原であり得る。
本明細書で同定されるＨＬＡ－ペプチド抗原は、個々の腫瘍タイプの有病率を有し得る。個々の腫瘍タイプの有病率は、約０．１％、０．２％、０．３％、０．４％、０．５％、０．６％、０．７％、０．８％、０．９％、１％、１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％であり得る。個々の腫瘍タイプの有病率は、約０．１％～１００％、０．２～５０％、０．５～２５％、または１～１０％であり得る。
ｐＨＬＡ新抗原の例示的なＨＬＡクラスＩサブタイプ
ヒトにおいて、多くのＭＨＣハプロタイプが存在する（本明細書では、ＭＨＣサブタイプ、ＨＬＡサブタイプ、ＭＨＣタイプ、及びＨＬＡタイプと互換的に呼ばれている）。例示的なＨＬＡサブタイプとしては、ほんの一例として、２桁、４桁、６桁、８桁のサブタイプが挙げられる。ＨＬＡクラス対立遺伝子の完全なリストは、ｈｔｔｐ：／／ｈｌａ．ａｌｌｅｌｅｓ．ｏｒｇ／ａｌｌｅｌｅｓ／に見出すことができる。例えば、ＨＬＡクラスＩ対立遺伝子の完全なリストは、ｈｔｔｐ：／／ｈｌａ．ａｌｌｅｌｅｓ．ｏｒｇ／ａｌｌｅｌｅｓ／ｃｌａｓｓ１．ｈｔｍｌに見出すことができる。例示的なＨＬＡクラスＩサブタイプは、表Ａ（配列番号１０，７５５～２１，０１５を参照）において、ＡＡＣＲ ＧＥＮＩＥの結果（配列番号２１，０１６～２９，３５７を参照）において、及び本明細書に開示される配列番号２９３５８～２９３６４に開示されるＨＬＡサブタイプのいずれかを含む。表Ａの新抗原及びＡＡＣＲ ＧＥＮＩＥの結果は、２０１９年５月２３日に提出されたＰＣＴ／ＵＳ２０１９／０３３８３０に開示されており、この出願は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
例示的なＨＬＡ拘束ペプチド
「拘束ペプチド」としてのＨＬＡ拘束ペプチド（本明細書では交換可能に呼ばれる）は、腫瘍関連新生抗原、例えば、共有新抗原のペプチドフラグメントであり得る。このペプチドフラグメントは、表Ａ（配列番号１０，７５５～２１，０１５を参照）において、ＡＡＣＲ ＧＥＮＩＥ結果（配列番号２１，０１６～２９，３５７を参照）において、及び本明細書に開示される配列番号２９３５８～２９３６４に開示されているアミノ酸配列のいずれかを含み得る。表Ａの新抗原及びＡＡＣＲＧＥＮＩＥの結果は、２０１９年５月２３日に提出されたＰＣＴ／ＵＳ２０１９／０３３８３０に開示されており、この出願は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
したがって、本明細書に開示されるのは、本明細書に開示される方法によって同定される腫瘍特異的突然変異を含む単離されたペプチド、既知の腫瘍特異的変異を含むペプチド、及び本明細書に開示される方法によって同定される変異ポリペプチドまたはそのフラグメントである。新抗原ペプチドは、それらのコード配列の文脈で説明され得、新抗原は、関連するポリペプチド配列をコードするヌクレオチド配列（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡ）を含む。
ペプチド、例えば、正常な細胞または組織と比較して、腫瘍細胞またはがん性組織において変化した発現を有することが知られているかまたは見出された任意のポリペプチドに由来する拘束ペプチド、例えば、正常な細胞または組織と比較して、腫瘍細胞またはがん性組織で異常に発現することが知られているかまたは見出されている任意のポリペプチドも本明細書に開示される。拘束ペプチドを誘導し得る適切なポリペプチドは、例えば、ＣＯＳＭＩＣデータベースで見つけることができる。ＣＯＳＭＩＣは、ヒトのがんにおける体細胞変異に関する包括的な情報を整理する。いくつかの実施形態において、拘束ペプチドは、腫瘍特異的変異を含む。
１つまたは複数の拘束ペプチドは、以下のうちの少なくとも１つを含み得る：８～１５、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、または１５アミノ酸の長さのＭＨＣクラスＩペプチドの場合、１０００ｎＭ未満のＩＣ５０値を有するＭＨＣとの結合親和性、プロテアソーム切断を促進するペプチド内またはその近くの配列モチーフの存在、及びＴＡＰ輸送を促進する配列モチーフの存在。
拘束ペプチドは、約５、約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約１３、約１４、または約１５アミノ酸残基というサイズを有してもよく、それから誘導可能な任意の範囲であってもよい。特定の実施形態では、この拘束ペプチドは、約８、約９、約１０、約１１、または約１２アミノ酸分子残基というサイズを有する。この拘束ペプチドは、約５～１５アミノ酸長であってもよく、好ましくは、約７～１３アミノ酸長であってもよく、またはより好ましくは、約８～１２アミノ酸長であってもよい。
例示的な共有ＨＬＡ－ペプチド新抗原
例示的な共有ＨＬＡ－ペプチド新抗原は、表Ａ（配列番号１０，７５５～２１，０１５を参照）において、ＡＡＣＲ ＧＥＮＩＥ結果（配列番号２１，０１６～２９，３５７を参照）、及び本明細書に開示される配列番号２９３５８～２９３６４に示されている。表Ａの新抗原及びＡＡＣＲ ＧＥＮＩＥの結果は、２０１９年５月２３日に提出されたＰＣＴ／ＵＳ２０１９／０３３８３０に開示されており、この出願は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
１つまたは複数のＨＬＡ－ペプチド新抗原が、腫瘍の表面に提示され得る。
１つまたは複数のＨＬＡ－ペプチド新抗原が、例えば、対象においてＴ細胞応答またはＢ細胞応答を誘発し得る、腫瘍を有する対象において免疫原性であり得る。
必要に応じて、より長いペプチドをいくつかの方法で設計し得る。あるケースでは、ＨＬＡ対立遺伝子上のペプチドの提示の可能性が予測されるかまたは既知である場合、より長いペプチドは次のいずれかで構成され得る：（１）対応する遺伝子産物のＮ末端及びＣ末端に対して２～５アミノ酸伸長している個々の提示されたペプチド；（２）提示されたペプチドの一部または全てとそれぞれの伸長配列との連結。別のケースでは、配列決定により腫瘍に存在する長い（＞１０残基）ネオエピトープ配列の存在が明らかになった場合（例えば、フレームシフト、リードスルー、または新しいペプチド配列につながるイントロンの包含に起因して）、より長いペプチドは次のもので構成される：３）新規の腫瘍特異的アミノ酸の全体のストレッチ（これによって、最強のＨＬＡ提示のより短いペプチドの計算またはインビトロ試験ベースの選択の必要性を回避する）。どちらの場合も、より長いペプチドを使用すると、患者細胞による内因性プロセシングが可能になり、より効果的な抗原提示及びＴ細胞応答の誘導につながる可能性がある。
抗原性ペプチド及びポリペプチドは、ＨＬＡタンパク質上に提示され得る。いくつかの態様において、抗原性ペプチド及びポリペプチドは、野生型ペプチドよりも高い親和性でＨＬＡタンパク質上に提示される。いくつかの態様では、抗原ペプチドまたはポリペプチドは、少なくとも５０００ｎＭ未満、少なくとも１０００ｎＭ未満、少なくとも５００ｎＭ未満、少なくとも２５０ｎＭ未満、少なくとも２００ｎＭ未満、少なくとも１５０ｎＭ未満、少なくとも１００ｎＭ未満、少なくとも５０ｎＭ未満のＩＣ５０を有し得る。
いくつかの態様では、抗原性ペプチド及びポリペプチドは、対象に投与された場合、自己免疫応答を誘発せず、及び／または免疫寛容を引き起こさない。
少なくとも２つ以上の抗原性ペプチドを含む組成物も提供される。いくつかの実施形態において、この組成物は、少なくとも２つの別個のペプチドを含む。少なくとも２つの異なるペプチドが同じポリペプチドに由来してもよい。別個のポリペプチドとは、ペプチドが長さ、アミノ酸配列、またはその両方によって変化することを意味する。このペプチドは、腫瘍特異的変異を含むことが知られているかまたは含むことが見出された任意のポリペプチド、または正常細胞もしくは組織と比較して腫瘍細胞もしくはがん性組織において変化した発現を有することが知られているかまたは見出された任意のポリペプチドに由来するペプチド、例えば、正常な細胞もしくは組織と比較して、腫瘍細胞もしくはがん性組織において異常に発現されることが知られている、または見出されている任意のポリペプチドに由来する。抗原ペプチドが誘導され得る適切なポリペプチドは、例えば、ＣＯＳＭＩＣデータベースまたはＡＡＣＲゲノミクスエビデンス新生物情報交換（Ｇｅｎｏｍｉｃｓ Ｅｖｉｄｅｎｃｅ Ｎｅｏｐｌａｓｉａ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ Ｅｘｃｈａｎｇｅ）（ＧＥＮＩＥ）データベースで見つけることができる。ＣＯＳＭＩＣは、ヒトのがんにおける体細胞変異に関する包括的な情報を整理する。ＡＡＣＲ ＧＥＮＩＥは、臨床グレードのがんゲノムデータを集約し、数万人のがん患者からの臨床転帰と関連付ける。ペプチドには腫瘍特異的変異が含まれている。いくつかの態様において、腫瘍特異的突然変異は、特定のがんタイプのドライバー変異である。
所望の活性または特性を有する抗原性ペプチド及びポリペプチドを修飾して、特定の所望の属性、例えば、改善された薬理学的特性を提供する一方で、所望のＭＨＣ分子に結合し、適切なＴ細胞を活性化するための未修飾ペプチドの生物学的活性の実質的に全てを増加または少なくとも保持し得る。例えば、抗原性ペプチド及びポリペプチドは、保存的または非保存的のいずれかの置換などの様々な変化を受ける可能性があり、そのような変化は、改善されたＭＨＣ結合、安定性または提示などのそれらの使用における特定の利点を提供し得る。保存的置換とは、アミノ酸残基を生物学的及び／または化学的に類似している別の残基、例えば、ある疎水性残基を別の残基に、またはある極性残基を別の残基に置き換えることを意味する。置換には、Ｇｌｙ、Ａｌａ；Ｖａｌ、Ｉｌｅ、Ｌｅｕ、Ｍｅｔ；Ａｓｐ、Ｇｌｕ；Ａｓｎ、Ｇｌｎ；Ｓｅｒ、Ｔｈｒ；Ｌｙｓ、Ａｒｇ；及びＰｈｅ、Ｔｙｒなどの組み合わせが挙げられる。単一アミノ酸置換の効果は、Ｄ－アミノ酸を使用して調べることもできる。そのような修飾は、例えば、Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄ，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３２：３４１－３４７（１９８６），Ｂａｒａｎｙ＆Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄ，Ｔｈｅ Ｐｅｐｔｉｄｅｓ、Ｇｒｏｓｓ＆Ｍｅｉｅｎｈｏｆｅｒ、ｅｄｓ（Ｎ．Ｙ．、Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ）、ｐｐ．１－２８４（１９７９）；及びＳｔｅｗａｒｔ＆Ｙｏｕｎｇ，Ｓｏｌｉｄ Ｐｈａｓｅ Ｐｅｐｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，（Ｒｏｃｋｆｏｒｄ、Ｉｌｌ．，Ｐｉｅｒｃｅ），２ｄ Ｅｄ．（１９８４）に記載されているように、周知のペプチド合成手順を使用して行ってもよい。
様々なアミノ酸模倣物または非天然アミノ酸によるペプチド及びポリペプチドの修飾は、インビボでのペプチド及びポリペプチドの安定性を高めるのに特に有用であり得る。安定性は、多数の方法で分析され得る。例えば、ペプチダーゼ、ならびに、ヒトの血漿及び血清などの様々な生物学的媒体が、安定性を試験するために使用されてきた。例えば、Ｖｅｒｈｏｅｆ ｅｔ ａｌ．，Ｅｕｒ．Ｊ．Ｄｒｕｇ Ｍｅｔａｂ Ｐｈａｒｍａｃｏｋｉｎ．１１：２９１－３０２（１９８６）を参照のこと。ペプチドの半減期は、２５％ヒト血清（ｖ／ｖ）アッセイを使用して簡便に決定され得る。プロトコールは一般的に次のとおりである。プールされたヒト血清（タイプＡＢ、非熱不活化）は、使用前に遠心分離によって脱脂される。次に、血清をＲＰＭＩ組織培養培地で２５％に希釈し、ペプチドの安定性を試験するために使用する。所定の時間間隔で、少量の反応溶液を除去し、６％トリクロロ酢酸水溶液またはエタノールのいずれかに添加する。濁った反応試料を１５分間冷却（４℃）した後、スピンさせて沈殿した血清タンパク質をペレット化する。次に、ペプチドの存在を、安定性－固有のクロマトグラフィー条件を使用した逆相ＨＰＬＣによって確認する。
ペプチド及びポリペプチドは、血清半減期の改善以外の所望の属性を提供するように改変し得る。例えば、ＣＴＬ活性を誘導するペプチドの能力は、Ｔヘルパー細胞応答を誘導し得る少なくとも１つのエピトープを含む配列への連結によって増強され得る。免疫原性ペプチド／Ｔヘルパーコンジュゲートは、スペーサー分子によって連結され得る。スペーサーは通常、生理学的条件下では実質的に帯電していない、アミノ酸またはアミノ酸模倣物などの比較的小さな中性分子で構成されている。スペーサーは、典型的には、例えば、Ａｌａ、Ｇｌｙ、または非極性アミノ酸または中性極性アミノ酸の他の中性スペーサーから選択される。任意選択で存在するスペーサーは、同じ残基で構成される必要はなく、したがって、ヘテロオリゴマーであっても、またはホモオリゴマーであってもよいことが理解されよう。存在する場合、スペーサーは通常、少なくとも１つまたは２つの残基、より通常は３つから６つの残基になる。あるいは、ペプチドはスペーサーなしでＴヘルパーペプチドに連結し得る。
抗原性ペプチドは、ペプチドのアミノ末端またはカルボキシ末端のいずれかで直接またはスペーサーを介して、Ｔヘルパーペプチドに連結され得る。抗原ペプチドまたはＴヘルパーペプチドのいずれかのアミノ末端をアシル化してもよい。例示的なＴヘルパーペプチドとしては、破傷風トキソイド８３０－８４３、インフルエンザ３０７－３１９、マラリアスポロゾイト周囲３８２－３９８及び３７８－３８９が挙げられる。
タンパク質またはペプチドは、標準的な分子生物学的技術によるタンパク質、ポリペプチドもしくはペプチドの発現、天然源からのタンパク質もしくはペプチドの単離、またはタンパク質もしくはペプチドの化学合成を含む、当業者に公知の任意の技術によって作製され得る。様々な遺伝子に対応するヌクレオチド及びタンパク質、ポリペプチド及びペプチド配列は以前に開示されており、当業者に公知のコンピューター化されたデータベースで見出され得る。そのようなデータベースの１つは、国立衛生研究所のウェブサイトにある米国国立バイオテクノロジー情報センター（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ）のＧｅｎｂａｎｋ及びＧｅｎＰｅｐｔデータベースである。公知の遺伝子のコード領域は、本明細書に開示される技術を使用して、または当業者に公知であるように、増幅及び／または発現し得る。あるいは、タンパク質、ポリペプチド、及びペプチドの様々な市販の調製物が当業者に公知である。
いくつかの実施形態において、抗原は、抗原性ペプチドまたはその一部をコードする核酸（例えば、ポリヌクレオチド）を含み得る。このポリヌクレオチドは、例えば、ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＰＮＡ、ＣＮＡ、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）、一本鎖及び／もしくは二本鎖のいずれか、またはポリヌクレオチドの天然もしくは安定化形態、例えば、ホスホロチオエート骨格を有するポリヌクレオチド、またはそれらの組み合わせであってもよく、及びイントロンを含む場合と含まない場合がある。
さらなる態様は、ポリペプチドまたはその一部を発現し得る発現ベクターを提供する。異なる細胞型の発現ベクターは当技術分野で周知であり、過度の実験なしに選択され得る。一般に、ＤＮＡはプラスミドなどの発現ベクターに適切な方向で挿入され、発現のための正しいリーディングフレームになります。必要に応じて、ＤＮＡは、目的の宿主によって認識される適切な転写及び翻訳調節制御ヌクレオチド配列に連結され得るが、そのような制御は一般に発現ベクターで利用可能である。次に、ベクターは標準的な手法で宿主に導入される。ガイダンスは、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．（１９８９）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ， Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙに見出され得る。
拘束ペプチドリガンドと会合しないＨＬＡクラスＩ分子は一般に不安定である。したがって、拘束ペプチドとＨＬＡ分子のα１／α２溝との会合によって、ＨＬＡサブタイプのβ２マイクログロブリンサブユニットとＨＬＡサブタイプのαサブユニットとの非共有結合の会合が安定化し得る。
ＨＬＡサブタイプのβ２マイクログロブリンサブユニットとＨＬＡサブタイプのαサブユニットとの非共有結合の会合の安定性は、任意の好適な手段を使用して判定することができる。例えば、そのような安定性は、高濃度の尿素（例えば、約８Ｍ尿素）にＨＬＡ分子の不溶性凝集体を溶解し、例えば、透析による尿素除去など、尿素除去中に拘束ペプチドの存在下でＨＬＡ分子がリフォールディングする能力を判別することによって、評価することができる。このようなリフォールディングアプローチは、例えば、参照によりその全てが組み込まれる、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ Ｖｏｌ．８９，ｐｐ．３４２９－３４３３，Ａｐｒｉｌ １９９２に記載されている。
他の例では、そのような安定性は、条件付きＨＬＡクラスＩリガンドを使用して評価され得る。条件付きＨＬＡクラスＩリガンドは、一般に短い拘束ペプチドとして設計されており、ＨＬＡ分子のα１／α２溝に結合することにより、ＨＬＡクラスＩ分子のβ２及びαサブユニットの会合を安定化させ、かつ、１つまたは複数のアミノ酸修飾を含むことにより、条件刺激に曝露されるときに拘束ペプチドが切断するのを可能にしている。条件付きリガンドが切断する際に、そのような条件付きリガンドが、α１／α２溝に結合してＨＬＡ分子を安定化する拘束ペプチドと交換されない限り、ＨＬＡ分子のβ２及びαサブユニットが解離する。条件付きリガンドは、公知のＨＬＡ－ペプチドリガンドまたは予測された高親和性ＨＬＡ－ペプチドリガンド内にアミノ酸修飾を導入することによって設計され得る。また、構造情報が利用可能なＨＬＡ対立遺伝子の場合、側鎖の水へのアクセス性を利用して、アミノ酸修飾を導入する位置を選択することもできる。条件付きＨＬＡリガンドを使用するとは、安定したＨＬＡ－ペプチド複合体のバッチ調製を可能にし、これを利用して試験拘束ペプチドをハイスループットで調査することが可能となるために有利であり得る。条件付きＨＬＡクラスＩリガンド、及び製造方法は、例えば、Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ． ２００８ Ｍａｒ １１；１０５（１０）： ３８３１－３８３６；Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ． ２００８ Ｍａｒ １１；１０５（１０）： ３８２５－３８３０；Ｊ Ｅｘｐ Ｍｅｄ． ２０１８ Ｍａｙ ７；２１５（５）： １４９３－１５０４；Ｃｈｏｏ， Ｊ． Ａ． Ｌ． ｅｔ ａｌ． Ｂｉｏｏｒｔｈｏｇｏｎａｌ ｃｌｅａｖａｇｅ ａｎｄ ｅｘｃｈａｎｇｅ ｏｆ ｍａｊｏｒ ｈｉｓｔｏｃｏｍｐａｔｉｂｉｌｉｔｙ ｃｏｍｐｌｅｘ ｌｉｇａｎｄｓ ｂｙ ｅｍｐｌｏｙｉｎｇ ａｚｏｂｅｎｚｅｎｅ－ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ｐｅｐｔｉｄｅｓ． Ａｎｇｅｗ Ｃｈｅｍ Ｉｎｔ Ｅｄ Ｅｎｇｌ ５３， １３３９０－１３３９４ （２０１４）；Ａｍｏｒｅ， Ａ． ｅｔ ａｌ． Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ ａ Ｈｙｐｅｒｓｅｎｓｉｔｉｖｅ Ｐｅｒｉｏｄａｔｅ－Ｃｌｅａｖａｂｌｅ Ａｍｉｎｏ Ａｃｉｄ ｔｈａｔ ｉｓ Ｍｅｔｈｉｏｎｉｎｅ－ ａｎｄ Ｄｉｓｕｌｆｉｄｅ－Ｃｏｍｐａｔｉｂｌｅ ａｎｄ ｉｔｓ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｉｎ ＭＨＣ Ｅｘｃｈａｎｇｅ Ｒｅａｇｅｎｔｓ ｆｏｒ Ｔ Ｃｅｌｌ Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓａｔｉｏｎ． ＣｈｅｍＢｉｏＣｈｅｍ １４， １２３－１３１ （２０１２）；Ｒｏｄｅｎｋｏ， Ｂ． ｅｔ ａｌ． Ｃｌａｓｓ Ｉ Ｍａｊｏｒ Ｈｉｓｔｏｃｏｍｐａｔｉｂｉｌｉｔｙ Ｃｏｍｐｌｅｘｅｓ Ｌｏａｄｅｄ ｂｙ ａ Ｐｅｒｉｏｄａｔｅ Ｔｒｉｇｇｅｒ． Ｊ Ａｍ Ｃｈｅｍ Ｓｏｃ １３１， １２３０５－１２３１３ （２００９）；及びＣｈａｎｇ， Ｃ． Ｘ． Ｌ． ｅｔ ａｌ． Ｃｏｎｄｉｔｉｏｎａｌ ｌｉｇａｎｄｓ ｆｏｒ Ａｓｉａｎ ＨＬＡ ｖａｒｉａｎｔｓ ｆａｃｉｌｉｔａｔｅ ｔｈｅ ｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎ ｏｆ ＣＤ８＋ Ｔ－ｃｅｌｌ ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ ｉｎ ａｃｕｔｅ ａｎｄ ｃｈｒｏｎｉｃ ｖｉｒａｌ ｄｉｓｅａｓｅｓ． Ｅｕｒ Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ ４３， １１０９－１１２０ （２０１３）に記載されている。これらの参照文献は参照によりその全体が組み込まれる。
したがって、いくつかの実施形態では、本明細書中に記載の、例えば、表Ａ（配列番号１０，７５５～２１，０１５）、ＡＡＣＲ ＧＥＮＩＥ結果（配列番号２１，０１６～２９，３５７）において、または配列番号２９３５８～２９３６４において、ＨＬＡ拘束ペプチドが、ＨＬＡ分子のβ２及びαサブユニットの会合を安定化させる能力は、条件付きリガンド媒介交換反応及びＨＬＡ安定性のアッセイを実行することによって評価される。ＨＬＡの安定性は、例えば、質量分析、イムノアッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）、サイズ排除クロマトグラフィー、ＨＬＡ多量体染色、それに続くＴ細胞のフローサイトメトリー評価などを含む、任意の好適な方法を使用してアッセイできる。
ＨＬＡサブタイプのβ２マイクログロブリンサブユニットとＨＬＡサブタイプのαサブユニットとの非共有結合の会合の安定性を評価するための他の例示的な方法には、ジペプチドを使用するペプチド交換が挙げられる。ジペプチドを使用したペプチド交換は、例えば、参照によりその全てが組み込まれる、Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ． ２０１３ Ｓｅｐ １７，１１０（３８）：１５３８３－８；Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ Ｕ Ｓ Ａ．２０１５ Ｊａｎ ６，１１２（１）：２０２－７に記載されている。
ＨＬＡ－ペプチド抗原は、単離されていてもよく、及び／または実質的に純粋な形態であってもよい。例えば、ＨＬＡ－ペプチド抗原は、自然環境から単離されていてもよく、または、技術プロセスによって生成されてもよい。場合によっては、ＨＬＡ－ペプチド抗原は、他のペプチドまたはタンパク質を実質的に含まない形態で提供される。
ＨＬＡ－ペプチド抗原は、可溶性形態で提供されてもよく、任意選択で、組み換えＨＬＡ－ペプチド抗原複合体であってもよい。当業者であれば、組み換えＨＬＡ－ペプチド抗原を生成及び精製するための任意の好適な方法を使用し得る。好適な方法としては、例えば、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）発現系、昆虫細胞などの使用が挙げられる。他の方法としては、例えば、無細胞系を使用する合成生産が挙げられる。例示的な好適な無細胞系は、参照によりその全てが組み込まれる、ＷＯ２０１７０８９７５６に記載されている。
また、ＨＬＡ－ペプチド抗原を含む組成物も、本明細書中に提供されている。
場合によっては、本組成物は、固体担体に結合したＨＬＡ－ペプチド標的を含む。固体担体の例としては、限定されるものではないが、ビーズ、ウェル、メンブレン、チューブ、カラム、プレート、セファロース、磁気ビーズ、及びチップが挙げられる。例示的な固体担体は、例えば、参照によりその全てが組み込まれる、Ｃａｔａｌｙｓｔｓ ２０１８，８，９２；ｄｏｉ：１０．３３９０／ｃａｔａｌ８０２００９２に記載される。
ＨＬＡ－ペプチド抗原は、当該技術分野において公知の任意の好適な方法によって固体担体に結合させることができる。場合によっては、ＨＬＡ－ペプチド抗原は、固体担体に共有結合されている。
場合によっては、ＨＬＡ－ペプチド抗原は、親和性結合対を介して固体担体に結合している。親和性結合対は、一般に、２つの分子間の特定の相互作用に含まれる。その結合パートナー分子に対して親和性を有するリガンドを、固体担体に共有結合させてもよく、したがって、このリガンドは、固定化用のベイトとして使用される。一般的な親和性結合対としては、例えば、ストレプトアビジンとビオチン、アビジンとビオチン；銅、ニッケル、亜鉛、及びコバルトなどの金属イオンを有するポリヒスチジンタグなどが挙げられる。したがって、本明細書には、本明細書に開示されるＨＬＡ－ペプチド抗原を含む組成物が提供され、ここでこのＨＬＡ－ペプチド抗原は、親和性タグに共有結合されている。
ＨＬＡ－ペプチド抗原は、検出可能標識を含み得る。いくつかの実施形態では、ＨＬＡ－ペプチド抗原は、検出可能標識と複合体化される。いくつかの実施形態では、検出可能標識は、β２マイクログロブリン結合分子、例えば、標識抗体、例えば、蛍光色素標識抗体を含む。
本明細書ではまた、ＨＬＡ－ペプチド抗原を含む医薬組成物である。
ＨＬＡ－ペプチド標的を含む組成物は、医薬組成物であり得る。そのような組成物は、複数のＨＬＡ－ペプチド抗原を含み得る。例示的な医薬組成物は、本明細書中に記載されている。本組成物は、免疫応答を誘発する能力を有し得る。この組成物は、アジュバントを含んでもよい。好適なアジュバントの例としては、非限定的に、１０１８ ＩＳＳ、ミョウバン、アルミニウム塩、Ａｍｐｌｉｖａｘ、ＡＳ１５、ＢＣＧ、ＣＰ－８７０、８９３、ＣｐＧ７９０９、ＣｙａＡ、ｄＳＬＩＭ、ＧＭ－ＣＳＦ、ＩＣ３０、ＩＣ３１、イミキモド、ＩｍｕＦａｃｔ ＩＭＰ３２１、ＩＳパッチ、ＩＳＳ、ＩＳＣＯＭＡＴＲＩＸ、ＪｕｖＩｍｍｕｎｅ、ＬｉｐｏＶａｃ、ＭＦ５９、モノホスホリル脂質Ａ、モンタニドＩＭＳ １３１２、モンタニドＩＳＡ ２０６、モンタニドＩＳＡ ５０Ｖ、モンタニドＩＳＡ－５１、ＯＫ－４３２、ＯＭ－１７４、ＯＭ－１９７－ＭＰ－ＥＣ、ＯＮＴＡＫ、ＰｅｐＴｅｌベクターシステム、ＰＬＧ微粒子、レシキモド、ＳＲＬ１７２、ビロソーム及びその他のウイルス様粒子、ＹＦ－１７Ｄ、ＶＥＧＦトラップ、Ｒ８４８、βグルカン、Ｐａｍ３Ｃｙｓ、ならびにＡｑｕｉｌａ製のＱＳ２１スティミュロン（Ａｑｕｉｌｌｉａ Ｂｉｏｔｅｃｈ、Ｗｏｒｃｅｓｔｅｒ、Ｍａｓｓ．，ＵＳＡ、）で、サポニン、マイコバクテリア抽出物、合成細菌の細胞壁模倣物及び他のプロプラエタリー、例えば、Ｒｉｂｉ’ｓ Ｄｅｔｏｘ．ＱｕｉｌｌまたはＳｕｐｅｒｆｏｓのアジュバント由来のものが、挙げられる。不完全フロイントまたはやＧＭ－ＣＳＦなどのアジュバントが、有用である。樹状細胞及びそれらの調製に対して特異的ないくつかの免疫学的アジュバント（例えば、ＭＦ５９）は、これまでにも記載されてきた １９９８；１８６（１）：１８－２７；Ａｌｌｉｓｏｎ Ａ Ｃ；Ｄｅｖ Ｂｉｏｌ Ｓｔａｎｄ．１９９８；９２：３－１１）。また、サイトカインを使用してもよい。いくつかのサイトカインは、リンパ系組織への樹状細胞の遊走に影響を与えること（例えば、ＴＮＦ－α）、樹状細胞がＴリンパ球に対する効率的な抗原提示細胞に成熟するのを促進すること（例えば、ＧＭ－ＣＳＦ、ＩＬ－１及びＩＬ－４）（参照によりその全体が本明細書において具体的に組み込まれる米国特許第５，８４９，５８９号）、免疫アジュバントとして作用すること（例えばＩＬ－１２）（Ｇａｂｒｉｌｏｖｉｃｈ Ｄ Ｉ，ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ Ｅｍｐｈａｓｉｓ Ｔｕｍｏｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ．１９９６（６）：４１４－４１８）に直接的に関与している。また、細胞内タンパク質をＨＬＡの表面発現及びペプチドへプロセシングしてＨＬＡ上に提示することは、インターフェロン－γ（ＩＦＮ－γ）によって増強させることができる。例えば、参照によりその全てが組み込まれる、Ｙｏｒｋ ＩＡ，Ｇｏｌｄｂｅｒｇ ＡＬ，Ｍｏ ＸＹ，Ｒｏｃｋ ＫＬ．Ｐｒｏｔｅｏｌｙｓｉｓ ａｎｄ ｃｌａｓｓ Ｉ ｍａｊｏｒ ｈｉｓｔｏｃｏｍｐａｔｉｂｉｌｉｔｙ ｃｏｍｐｌｅｘ ａｎｔｉｇｅｎ ｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｒｅｖ．１９９９；１７２：４９－６６；ａｎｄ Ｒｏｃｋ ＫＬ，Ｇｏｌｄｂｅｒｇ ＡＬ．Ｄｅｇｒａｄａｔｉｏｎ ｏｆ ｃｅｌｌ ｐｒｏｔｅｉｎｓ ａｎｄ ｔｈｅ ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｏｆ ＭＨＣ ｃｌａｓｓ Ｉ－ｐｒｅｓｅｎｔｅｄ ｐｅｐｔｉｄｅｓ．Ａｎｎ Ｒｅｖ Ｉｍｍｕｎｏｌ．１９９９；１７：１２．７３９－７７９を参照されたい。
本明細書に開示されるＨＬＡ－ペプチド抗原を含む宿主細胞もまた本明細書に提供される。いくつかの実施形態において、宿主細胞は、ＨＬＡ－ペプチド抗原によって規定されるＨＬＡ－拘束ペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、宿主細胞に対して異種である。いくつかの実施形態において、宿主細胞は、内因性ＭＨＣを含まない。いくつかの実施形態において、宿主細胞は、外因性ＨＬＡクラスＩ分子を含む。いくつかの実施形態において、宿主細胞は、Ｋ５６２またはＡ３７５細胞である。いくつかの実施形態において、宿主細胞は、腫瘍細胞株由来の培養細胞である。いくつかの実施形態において、腫瘍細胞株は、ＨＬＡ－ペプチド抗原によって規定されるＨＬＡサブタイプを発現する。
本明細書に開示される宿主細胞及び細胞培養培地を含む細胞培養システムも本明細書に提供される。いくつかの実施形態において、宿主細胞は、ＨＬＡ－ペプチド抗原によって規定されるＨＬＡクラスＩサブタイプを発現し、細胞培養培地は、ＨＬＡ－ペプチド抗原によって規定される拘束ペプチドを含む。
ＡＢＰ
本明細書ではまた、本明細書に開示されるＨＬＡ－ペプチド抗原に特異的に結合するＡＢＰも提供される。いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるＡＢＰは、ＨＬＡクラスＩ分子と複合体を形成したＨＬＡ拘束ペプチドを含むＨＬＡ－ペプチド新抗原に特異的に結合し、ここで、このＨＬＡ拘束ペプチドは、ＨＬＡクラスＩ分子のα１／α２ヘテロ二量体部分のペプチド結合溝に位置しており、ここで、このＨＬＡクラスＩ分子及びＨＬＡ拘束ペプチドはそれぞれ、配列番号１０，７５５～２９，３６４のいずれか１つに記載されているＨＬＡ－ペプチド新抗原から選択され、そしてＡＢＰは、ＴＣＲまたはその抗原結合フラグメントを含む。例えば、本明細書に開示されるＡＢＰの場合、ＡＢＰの標的は、ＨＬＡクラスＩ分子及び関連するＨＬＡ拘束ペプチドであり、これらはそれぞれ、前述の配列番号のいずれか１つに記載されている単一のＨＬＡ－ペプチド新抗原から選択され、すなわち、ＨＬＡクラスＩ分子及びＨＬＡ拘束ペプチドは、それぞれ同じ配列番号から選択される。例えば、配列番号１９８６５に対するＡＢＰの標的は、配列ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫの拘束ペプチドと複合体を形成してＨＬＡ－Ａ＊１１：０１に結合するであろう。
ＨＬＡ－ペプチド新抗原は、腫瘍細胞を含む任意の好適な標的細胞の表面上に発現され得る。
いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、例えば、腫瘍に由来する、ＨＬＡ及びＨＬＡ拘束ペプチド（ＨＬＡ－ペプチド）を含む複合体に特異的に結合する。いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、ＨＬＡ拘束ペプチドの非存在下でＨＬＡに結合しない。いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、ＨＬＡ拘束ペプチドと複合体を形成しているヒトＭＨＣを提示する腫瘍細胞に結合し、任意選択で、ＨＬＡ拘束ペプチドは、がんを特徴付ける腫瘍抗原である。いくつかの局面において、ＡＢＰは、腫瘍細胞などの細胞上に自然に提示される場合、ＨＬＡ及びＨＬＡ拘束ペプチドを含む複合体に結合する。
ＡＢＰは、ＨＬＡ－ペプチド複合体の各部分（すなわち、ＨＬＡと複合体の各部分を表すペプチド）に結合し得、一体的に結合した場合、ペプチド単独またはＨＬＡサブタイプ単独のみで提示される表面とは異なり、ＡＢＰとの相互作用及び結合のための新たな標的及びタンパク質表面を形成する。一般に、ＨＬＡがペプチドに結合することによって形成される新規の標的及びタンパク質表面は、ＨＬＡ－ペプチド複合体の各部分の非在下では、存在しない。いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、ＨＬＡクラスＩ分子との少なくとも１つの接触点及びＨＬＡ拘束ペプチドとの少なくとも１つの接触点を通じて、ＨＬＡ－ペプチド新抗原に結合する。
いくつかの実施形態では、本明細書に提供されるＡＢＰは、ＨＬＡ－ペプチドの１つ以上のリガンドに対するＨＬＡ－ペプチドの結合を調節する。
より特定の実施形態では、ＡＢＰは、表５Ａに記載されている新抗原に特異的に結合する。より特定の実施形態では、ＡＢＰは、表５Ｂに記載されている新抗原に特異的に結合する。より特定の実施形態では、ＡＢＰは、表６に記載されている新抗原に特異的に結合する。より特定の実施形態では、ＡＢＰは、表７に記載されている新抗原に特異的に結合する。
ＡＢＰのいくつかの実施形態において、ＨＬＡ拘束ペプチドは、ＲＡＳ変異を含む。ＡＢＰのいくつかの実施形態において、ＲＡＳ変異は、ＲＡＳ Ｇ１２変異である。ＲＡＳは、ＫＲＡＳ、ＮＲＡＳ、またはＨＲＡＳであってもよい。ＡＢＰのいくつかの実施形態において、ＨＬＡ拘束ペプチドは、ＲＡＳ Ｇ１２変異を含む。ＡＢＰのいくつかの実施形態において、ＨＬＡ拘束ペプチドは、ＮＲＡＳ Ｇ１２変異を含む。ＡＢＰのいくつかの実施形態において、ＨＬＡ拘束ペプチドは、ＨＲＡＳ Ｇ１２変異を含む。ＨＲＡＳ、ＫＲＡＳ、及びＮＲＡＳのアミノ酸位置１～５０は同一であるため、当業者は、ＲＡＳ Ｇ１２変異を含むＨＬＡクラスＩ制限ペプチドがＫＲＡＳ Ｇ１２、ＮＲＡＳ Ｇ１２、及びＨＲＡＳ Ｇ１２変異に対応することを理解している。ほんの一例として、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ新抗原として記載されている配列番号１４９５４、及びＮＲＡＳ Ｇ１２Ｃ新抗原として記載されている配列番号１４９５５は、両方とも同一のＨＬＡ－ペプチド対（ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１＿ＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶ）を有する。したがって、配列番号１４９５４及び１４９５５は、同一のＫＲＡＳ／ＮＲＡＳ／ＨＲＡＳ Ｇ１２Ｃ ＨＬＡ－ペプチド新抗原を記載している。
いくつかの実施形態において、Ｇ１２変異は、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｖ、またはＧ１２Ａ変異である。いくつかの実施形態では、ＨＬＡ拘束ペプチドは、ＲＡＳ Ｇ１２変異を含み、ＨＬＡクラスＩ分子は、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１、ＨＬＡ－Ａ＊３１：０１、ＨＬＡ－Ｃ＊０１：０２、及びＨＬＡ－Ａ＊０３：０１から選択される。
ＡＢＰの特定の実施形態では、ＨＬＡ－ペプチド新抗原は以下から選択される：ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１と拘束ペプチドＬｙｓ Ｌｅｕ Ｖａｌ Ｖａｌ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ａｌａ Ｃｙｓ Ｇｌｙ Ｖａｌとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶａｌ Ｖａｌ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ａｌａ Ａｓｐ Ｇｌｙ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ｌｙｓとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶａｌ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ａｌａ Ａｓｐ Ｇｌｙ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ｌｙｓとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶａｌ Ｖａｌ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ａｌａ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ｌｙｓとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊３１：０１と拘束ペプチドＶａｌ Ｖａｌ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ａｌａ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ｌｙｓとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶａｌ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ａｌａ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ｌｙｓとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ｃ＊０１：０２と拘束ペプチドＡｌａ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ｌｙｓ Ｓｅｒ Ａｌａ Ｌｅｕとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；及びＨＬＡ－Ａ＊０３：０１と拘束ペプチドＶａｌ Ｖａｌ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ａｌａ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ｌｙｓとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原。
ＡＢＰのいくつかの実施形態では、ＨＬＡ－ペプチド新抗原は、以下から選択される：ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１と拘束ペプチドＬｙｓ Ｌｅｕ Ｖａｌ Ｖａｌ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ａｌａ Ｃｙｓ Ｇｌｙ Ｖａｌとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶａｌ Ｖａｌ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ａｌａ Ａｓｐ Ｇｌｙ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ｌｙｓとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶａｌ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ａｌａ Ａｓｐ Ｇｌｙ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ｌｙｓとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶａｌ Ｖａｌ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ａｌａ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ｌｙｓとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊３１：０１と拘束ペプチドＶａｌ Ｖａｌ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ａｌａ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ｌｙｓとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶａｌ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ａｌａ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ｌｙｓとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ｃ＊０１：０２と拘束ペプチドＡｌａ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ｌｙｓ Ｓｅｒ Ａｌａ Ｌｅｕとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；及びＨＬＡ－Ａ＊０３：０１と拘束ペプチドＶａｌ Ｖａｌ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ａｌａ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ｌｙｓとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原。
ＡＢＰのいくつかの実施形態では、ＨＬＡ－ペプチド新抗原は、以下から選択される：ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１と拘束ペプチドＬｙｓ Ｌｅｕ Ｖａｌ Ｖａｌ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ａｌａ Ｃｙｓ Ｇｌｙ Ｖａｌとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原；ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶａｌ Ｖａｌ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ａｌａ Ａｓｐ Ｇｌｙ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ｌｙｓとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原；及びＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶａｌ Ｖａｌ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ａｌａ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ｌｙｓとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原。ＡＢＰのいくつかの実施形態では、抗原は、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１及び拘束ペプチドＬｙｓ Ｌｅｕ Ｖａｌ Ｖａｌ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ａｌａ Ｃｙｓ Ｇｌｙ Ｖａｌを含む。ＡＢＰのいくつかの実施形態では、この抗原は、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１及び拘束ペプチドＶａｌ Ｖａｌ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ａｌａ Ａｓｐ Ｇｌｙ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ｌｙｓを含む。ＡＢＰのいくつかの実施形態では、この抗原は、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１及び拘束ペプチドＶａｌ Ｖａｌ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ａｌａ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ｌｙｓを含む。
ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１と拘束ペプチドＬｙｓ Ｌｅｕ Ｖａｌ Ｖａｌ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ａｌａ Ｃｙｓ Ｇｌｙ Ｖａｌとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原に結合するＡＢＰのいくつかの実施形態では、ＡＢＰは、拘束ペプチドＬｙｓ Ｌｅｕ Ｖａｌ Ｖａｌ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ａｌａ Ｃｙｓ Ｇｌｙ Ｖａｌと異なるＨＬＡサブタイプとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原よりも高い親和性でこのようなＲＡＳ＿Ｇ１２ＭＨＣクラスＩ抗原に結合する。いくつかの実施形態では、ＡＢＰは、拘束ペプチドＬｙｓ Ｌｅｕ Ｖａｌ Ｖａｌ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ａｌａ Ｃｙｓ Ｇｌｙ Ｖａｌと異なるＨＬＡ－Ａ２サブタイプとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２ ＭＨＣクラスＩ抗原よりも高い親和性でこのようなＲＡＳ＿Ｇ１２ ＭＨＣクラスＩ抗原に結合する。いくつかの実施形態では、ＡＢＰは、拘束ペプチドＬｙｓ Ｌｅｕ Ｖａｌ Ｖａｌ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ａｌａ Ｃｙｓ Ｇｌｙ Ｖａｌと異なるＨＬＡ－Ａ２サブタイプとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原に結合しない。
特定のＲＡＳ Ｇ１２変異を含む抗原に結合するＡＢＰのいくつかの実施形態では、ＡＢＰは、異なるＲＡＳ Ｇ１２変異を含む抗原よりも低い親和性で特定の抗原には結合しない。例えば、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１と拘束ペプチドＬｙｓ Ｌｅｕ Ｖａｌ Ｖａｌ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ａｌａ Ｃｙｓ Ｇｌｙ Ｖａｌとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原に結合するＡＢＰは、異なるＲＡＳ Ｇ１２変異を含む抗原よりも低い親和性でそのＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原に結合しない。特定のＲＡＳ Ｇ１２変異を含む抗原に結合するＡＢＰのいくつかの実施形態では、ＡＢＰは、異なるＲＡＳ Ｇ１２変異を含む抗原よりも高い親和性で特定の抗原に結合する。例えば、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１と拘束ペプチドＬｙｓ Ｌｅｕ Ｖａｌ Ｖａｌ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ａｌａ Ｃｙｓ Ｇｌｙ Ｖａｌとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原に結合するＡＢＰは、異なるＲＡＳ Ｇ１２変異を含む抗原よりも高い親和性でＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原に結合し得る。いくつかの実施形態では、ＡＢＰは、拘束ペプチドＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶとＨＬＡ－Ａ２分子とを含む抗原よりも高い親和性でＨＬＡ－Ａ＊０２：０１と拘束ペプチドＬｙｓ Ｌｅｕ Ｖａｌ Ｖａｌ Ｖａｌ Ｇｌｙ Ａｌａ Ｃｙｓ Ｇｌｙ Ｖａｌとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原に結合する。特定の実施形態では、このようなＡＢＰは、拘束ペプチドＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶとＨＬＡ－Ａ２分子とを含む抗原に結合しない。
いくつかの実施形態では、より高い親和性は、少なくとも２倍、少なくとも５倍、または少なくとも１０倍である。
親和性の相違は、当該分野で公知の任意の手段によって決定され得る。いくつかの実施形態では、そのような親和性の相違は、ＭＳＤ－ＥＣＬ、ＳＰＲ、ＢＬＩ、またはフローサイトメトリーによって評価される。
いくつかの実施形態では、ＡＢＰは、本明細書で提供される例示的なＡＢＰと競合するＡＢＰである。いくつかの態様では、本明細書で提供される例示的なＡＢＰと競合するＡＢＰは、本明細書で提供される例示的なＡＢＰと同じエピトープに結合する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＡＢＰは、本明細書では「バリアント」と呼ばれる。いくつかの実施形態では、バリアントは、１つまたは複数の保存的アミノ酸置換が行われている、本明細書に提供される任意の配列に由来する。保存的アミノ酸置換は、本明細書に記載される。好ましい実施形態では、非保存的アミノ酸置換は、機能的バリアントの生物活性を妨害も阻害もしない。さらにより好ましい実施形態では、機能的バリアントの生物活性が親ＡＢＰと比較して改善するように、非保存的アミノ酸置換が、機能的バリアントの生物活性を増強する。
ＴＣＲ
一態様では、本明細書で提供されるＡＢＰ、例えば、本明細書に開示されているＨＬＡ－ペプチド標的に対して特異的に結合するＡＢＰは、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）を含む。ＴＣＲは、単離及び精製されていてもよい。
大多数のＴ細胞において、ＴＣＲは、α（α）鎖とβ（β）鎖とを有するヘテロ二量体ポリペプチドであり、これらはそれぞれＴＲＡ及びＴＲＢによってコードされている。α鎖には、一般に、ＴＲＡＶによってコードされるα可変領域、ＴＲＡＪによってコードされるα連結領域、及びＴＲＡＣによってコードされるα定常領域が含まれる。β鎖は、一般的に、ＴＲＢＶでコードされるβ可変領域、ＴＲＢＤでコードされるβ多様性領域、ＴＲＢＪでコードされるβ連結領域、及びＴＲＢＣでコードされるβ定常領域を含む。ＴＣＲ－α鎖はαＶ及びＪセグメントのＶＪ組み換えによって生成され、β鎖受容体は、βＶ、Ｄ及びＪセグメントのＶ（Ｄ）Ｊ組み換えによって生成される。追加のＴＣＲ多様性は、結合多様性に起因する。結合部の各々において、いくつかの塩基（Ｎ及びＰヌクレオチドと呼ばれる）は、欠失または付加され得る。少数のＴ細胞においては、ＴＣＲがγ鎖とδ鎖とを含む。ＴＣＲ γ鎖はＶＪ再構成によって生成され、ＴＣＲδ鎖はＶ（Ｄ）Ｊ再構成によって生成される（参照によりその全てが組み込まれる、Ｋｅｎｎｅｔｈ Ｍｕｒｐｈｙ，Ｐａｕｌ Ｔｒａｖｅｒｓ、及びＭａｒｋ Ｗａｌｐｏｒｔ，Ｊａｎｅｗａｙ’ｓ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ７ｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｇａｒｌａｎｄ Ｓｃｉｅｎｃｅ，２００７。ＴＣＲの抗原結合部位には、一般的に、６つの相補性決定領域（ＣＤＲ）が含まれる。α鎖は、３つのＣＤＲ、すなわちアルファ（「α」）ＣＤＲ１、αＣＤＲ２、及びαＣＤＲ３に寄与している。同様に、β鎖は、３つのＣＤＲ、すなわちベータ（「β」）ＣＤＲ１、βＣＤＲ２、及びβＣＤＲ３に寄与している。一般に、αＣＤＲ３及びβＣＤＲ３は、Ｖ（Ｄ）Ｊ再構成によって最も影響を受ける領域であり、ＴＣＲレパートリーの変動の多くの主要因となる。
ＴＣＲは、ＨＬＡ－ペプチド標的、例えば、本明細書に記載される表７、表Ａ、ＡＡＣＲ ＧＥＮＩＥ結果、または配列番号２９３５８～２９３６４（配列番号１０，７５５～２９，３６４）に開示されているＨＬＡ－ペプチド標的を特異的に認識し得る。それゆえ、ＴＣＲは、ＨＬＡ－ペプチドに対し特異的に結合するＡＢＰであり得る。ＴＣＲは、例えば、Ｂ細胞によって分泌される抗体と同様、可溶性であり得る。また、ＴＣＲは、例えば、Ｔ細胞またはナチュラルキラー（ＮＫ）細胞のような細胞上の膜結合型であり得る。それゆえ、ＴＣＲは、可溶性抗体及び／または膜結合ＣＡＲに対応する状況において使用できる。
本明細書中に開示されている任意のＴＣＲは、α可変（「Ｖ」）セグメント、α連結（「Ｊ」）セグメント、任意選択でα定常領域、β可変（「Ｖ」）セグメント、任意選択でβ多様性（「Ｄ」）セグメント、β連結（「Ｊ」）セグメント、及び任意選択でβ定常領域を含み得る。
いくつかの実施形態では、ＴＣＲまたはＣＡＲは、組み換えＴＣＲまたはＣＡＲである。組み換えＴＣＲまたはＣＡＲは、本明細書で同定されているＴＣＲのうちのいずれかを含み得るが、ただし１つまたは複数の改変も含む。例示的な改変、例えば、アミノ酸置換は、本明細書に記載される。本明細書に記載のアミノ酸置換は、ｗｗｗ．ｉｍｇｔ．ｏｒｇで参照されるとおりＩＭＧＴ命名法及びアミノ酸番号付けを参照して行うことができる。
組み換えＴＣＲまたはＣＡＲは、完全ヒト配列、例えば天然のヒト配列を含むヒトＴＣＲまたはＣＡＲであってもよい。組み換えＴＣＲまたはＣＡＲは、その天然のヒト可変ドメイン配列を保持し得るが、ただし、α定常領域、β定常領域、またはα定常領域とβ定常領域の両方に対する改変を含む。ＴＣＲ定常領域に対するそのような改変は、例えば、外因性ＴＣＲ鎖の優先的対形成を駆動することにより、ＴＣＲ遺伝子療法のためのＴＣＲ組立て及び発現を改善し得る。
いくつかの実施形態では、α及びβ定常領域は、マウス定常領域配列をヒト定常領域配列全体で置換することにより改変される。そのような「マウス化」ＴＣＲ及びそれらを作製する方法は、参照によりその全てが組み込まれる、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ． ２００６ Ｓｅｐ １；６６（１７）：８８７８－８６に記載されている。
いくつかの実施形態では、α及びβ定常領域は、特定のヒト残基をマウス残基に入れ替える（ヒト→マウスアミノ酸交換）、ヒトＴＣＲ α定常（ＴＲＡＣ）領域、ＴＣＲ β定常（ＴＲＢＣ）領域、またはＴＲＡＣとＴＲＡＢ領域における１つまたは複数のアミノ酸置換を行うことにより改変される。ＴＲＡＣ領域における１つまたは複数のアミノ酸置換としては、残基９０におけるＳｅｒ置換、残基９１におけるＡｓｐ置換、残基９２におけるＶａｌ置換、残基９３におけるＰｒｏ置換、またはそれらの任意の組み合わせを挙げることができる。ヒトＴＲＢＣ領域における１つまたは複数のアミノ酸置換としては、残基１８におけるＬｙｓ置換、残基２２におけるＡｌａ置換、残基１３３におけるＩｌｅ置換、残基１３９におけるＨｉｓ置換、または上記の任意の組み合わせを挙げることができる。そのような標的指向されたアミノ酸置換は、参照によりその全てが組み込まれる、Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｊｕｎｅ １， ２０１０， １８４ （１１） ６２２３－６２３１に記載される。
いくつかの実施形態では、ヒトＴＲＡＣは残基２１０にＡｓｐ置換を含み、ヒトＴＲＢＣは残基１３４にＬｙｓ置換を含む。そのような置換は、α鎖とβ鎖との間の塩橋の形成、及びＴＣＲ鎖間ジスルフィド結合の形成を促進し得る。これらの標的指向されたされた置換は、参照によりその全てが組み込まれる、Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｊｕｎｅ １， ２０１０， １８４ （１１） ６２３２－６２４１に記載される。
いくつかの実施形態では、ヒトＴＲＡＣ及びヒトＴＲＢＣ領域は、追加のジスルフィド結合の形成により外因性ＴＣＲ鎖の優先的対合を改善し得る導入されたシステインを含むように修飾される。例えば、ヒトＴＲＡＣは、残基４８にＣｙｓ置換を含み得、ヒトＴＲＢＣは、残基５７にＣｙｓ置換を含み得る。これは、参照によりその全てが組み込まれる、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．２００７ Ａｐｒ １５；６７（８）：３８９８－９０３及びＢｌｏｏｄ．２００７ Ｍａｒ １５；１０９（６）：２３３１－８に記載される。
組み換えＴＣＲまたはＣＡＲでは、α鎖及びβ鎖は他の改変も含み得る。
いくつかの実施形態では、α鎖及びβ鎖の細胞外ドメインを完全なヒトＣＤ３ζ（ＣＤ３－ζ）分子に連結することによって、α鎖及びβ鎖を改変する。そのような改変は、参照によりその全てが組み込まれる、Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｊｕｎｅ １，２００８，１８０（１１）７７３６－７７４６；Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．２０００ Ａｕｇ；７（１６）：１３６９－７７、及びＯｐｅｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ Ｊｏｕｒｎａｌ，２０１１，４：１１－２２に記載される。
いくつかの実施形態では、α鎖の膜貫通領域に疎水性アミノ酸置換を導入することにより改変される。これは、参照によりその全てが組み込まれる、Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｊｕｎｅ １，２０１２，１８８（１１）５５３８－５５４６に記載される。
アミノ酸配列内のＮ－グリコシル化部位のいずれか１つを改変することによって、α鎖またはβ鎖を改変し得る。これは、参照によりその全てが組み込まれる、Ｊ Ｅｘｐ Ｍｅｄ．２００９ Ｆｅｂ １６；２０６（２）：４６３－４７５に記載される。
α鎖及びβ鎖はそれぞれ、二量体化ドメイン、例えば、異種二量体化ドメインを含み得る。そのような異種ドメインは、当該技術分野において公知であるように、ロイシンジッパー、５Ｈ３ドメイン、もしくは疎水性プロリンリッチカウンタードメインまたは他の類似の様式であり得る。一例において、α鎖及びβ鎖は、α及びβ細胞外ドメインのカルボキシル末端に３０ｍｅｒのセグメントを導入することにより改変することが可能であり、それにより、セグメントは選択的に会合して安定したロイシンジッパーを形成する。そのような改変は、参照によりその全てが組み込まれる、ＰＮＡＳ Ｎｏｖｅｍｂｅｒ ２２，１９９４．９１（２４）１１４０８－１１４１２；ｈｔｔｐｓ：／／ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１０７３／ｐｎａｓ．９１．２４．１１４０８に記載される。
本明細書で同定されるＴＣＲは、親和性または半減期の増加をもたらす変異を含むように改変され得、例えば、参照によりその全てが組み込まれる、ＷＯ２０１２／０１３９１３に記載されているものが挙げられる。
組み換えＴＣＲまたはＣＡＲは、単鎖ＴＣＲ（ｓｃＴＣＲ）であってもよい。このようなｓｃＴＣＲは、ＴＣＲα鎖定常領域細胞外配列のＮ末端に融合されるα鎖可変領域配列と、ＴＣＲβ鎖定常領域の細胞外配列のＮ末端に融合したＴＣＲβ鎖可変領域と、αセグメントのＣ末端をβセグメントのＮ末端に連結するリンカー配列、またはその逆に連結するリンカー配列とを、含み得る。いくつかの実施形態では、ｓｃＴＣＲのα及びβセグメントの定常領域細胞外配列は、ジスルフィド結合によって連結されている。いくつかの実施形態では、リンカー配列の長さ、及びジスルフィド結合の位置は、α及びβセグメントの可変領域配列が実質的に天然のαβＴ細胞受容体と同様に相互に配向するようになされている。例示的なｓｃＴＣＲは、参照によりその全てが組み込まれる、米国特許第７，５６９，６６４号に記載される。
場合によっては、ｓｃＴＣＲの可変領域は、Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ ｖｏｌｕｍｅ ７，ｐａｇｅｓ １３６９－１３７７（２０００）に記載されているような短いペプチドリンカーによって共有結合されていてもよい。短いペプチドリンカーは、セリンに富むリンカーまたはグリシンに富むリンカーであり得る。例えば、リンカーは、参照によりその全てが組み込まれる、Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ（２００４）１１，４８７－４９６に記載されているような（Ｇｌｙ４Ｓｅｒ）３であってよい。
組み換えＴＣＲまたはその抗原結合フラグメントは、融合タンパク質として発現してもよい。例えば、ＴＣＲまたはその抗原結合フラグメントは、毒素と融合されてもよい。そのような融合タンパク質は、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．２００２ Ｍａｒ １５；６２（６）：１７５７－６０に記載されている。ＴＣＲまたはその抗原結合フラグメントは、抗体のＦｃ領域と融合してもよい。そのような融合タンパク質は、Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｍａｙ １，２０１７，１９８（１ Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ）１２０．９に記載される。
ＴＣＲもしくはＣＡＲなど受容体の抗原認識ドメインは、１つまたは複数の細胞内シグナル伝達成分、例えばシグナル伝達成分などに連結し得る。これらの細胞内シグナル伝達成分は、抗原受容体複合体、例えばＴＣＲ複合体などを介した活性化、及び／または別の細胞表面受容体を介したシグナルを模倣する。例えば、ＨＬＡ－ペプチド特異的結合成分（例えば、ＴＣＲなどのＡＢＰ）は、１つまたは複数の膜貫通及び細胞内シグナル伝達ドメインに連結され得る。いくつかの実施形態では、膜貫通ドメインは、細胞外ドメインに融合している。一実施形態では、受容体、例えば、ＣＡＲ内のドメインのうちの１つと天然で会合するする膜貫通ドメインが使用される。いくつかの実例では、膜貫通ドメインが、アミノ酸置換によって選択または改変され、それによって、そのようなドメインが、同じもしくは異なる表面膜タンパク質の膜貫通ドメインに結合されるのが回避されて、受容体複合体の他のメンバーとの相互作用が最小限に抑えられる。
いくつかの実施形態では、膜貫通ドメインは、天然源または合成源のいずれかに由来する。供給源が天然の場合、一部の態様のドメインは、膜結合または膜貫通タンパク質に由来する。膜貫通領域としては、Ｔ細胞受容体、ＣＤ２８、ＣＤ３γ、ＣＤ４５、ＣＤ４、ＣＤ５、ＣＤＳ、ＣＤ９、ＣＤ１６、ＣＤ２２、ＣＤ３３、ＣＤ３７、ＣＤ６４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ１３４、ＣＤ１３７もしくはＣＤ１５４の、α鎖、β鎖またはζ鎖に由来する（すなわち、少なくとも膜貫通領域（複数可）を含む）ものが挙げられる。代替的に、いくつかの実施形態における膜貫通ドメインは、合成のものである。いくつかの態様では、合成膜貫通ドメインは、ロイシン及びバリンのような疎水性の残基がその大部分を占める。いくつかの態様では、フェニルアラニン、トリプトファン、バリンのトリプレットは、合成膜貫通ドメインの両端に見出される。いくつかの実施形態では、連結は、リンカー、スペーサー、及び／または膜貫通ドメイン（複数可）による。
細胞内シグナル伝達ドメインの中でも、とりわけ際立っているのが、天然の抗原受容体を介したシグナル、そのような受容体と共刺激受容体との組み合わせを介したシグナル、及び／または共刺激受容体のみを介したシグナルを模倣するか、あるいはそのシグナルに近似するものである。いくつかの実施形態では、短いオリゴまたはポリペプチドリンカー、例えば、グリシン及びセリンを含むものなどの、長さが２～１０アミノ酸のリンカー、例えばグリシン－セリンダブレットなどは、受容体の膜貫通ドメインと細胞質シグナル伝達ドメインとの間に存在し、連結を形成している。
受容体、例えば、ＴＣＲまたはＣＡＲは、少なくとも１つの細胞内シグナル伝達成分を含み得る。いくつかの実施形態では、受容体は、Ｔ細胞活性化及び細胞傷害性を媒介するＴＣＲ ＣＤ３鎖などのＴＣＲ複合体の細胞内成分、例えばＣＤ３ζ鎖を含む。例えば、ＨＬＡ－ペプチド結合ＡＢＰ（例えば、ＴＣＲまたはＣＡＲ）が、１つまたは複数の細胞シグナリングモジュールに連結されている。いくつかの実施形態では、細胞シグナル伝達モジュールとしては、ＣＤ３膜貫通ドメイン、ＣＤ３細胞内シグナル伝達ドメイン、及び／または他のＣＤ膜貫通ドメインが挙げられる。いくつかの実施形態では、受容体、例えば、ＴＣＲまたはＣＡＲはさらに、１つまたは複数の追加的な分子、例えば、Ｆｃ受容体－γ、ＣＤ８、ＣＤ４、ＣＤ２５、またはＣＤ１６の一部を含む。例えば、いくつかの態様では、ＴＣＲまたはＣＡＲには、ＣＤ３ζまたはＦｃ受容体γとＣＤ８、ＣＤ４、ＣＤ２５またはＣＤ１６との間の、キメラ分子が含まれる。
いくつかの実施形態では、ＴＣＲまたはＣＡＲのライゲーションにより、受容体の細胞質ドメインまたは細胞内シグナル伝達ドメインは、免疫細胞、例えば受容体を発現するように操作されたＴ細胞の正常なエフェクター機能または応答の少なくとも１つを、活性化させる。例えば、いくつかの状況において、受容体は、Ｔ細胞の機能、例えば、細胞溶解活性またはＴヘルパー活性、例えばサイトカインもしくは他の因子の分泌などを誘導する。いくつかの実施形態では、抗原受容体成分または共刺激分子の細胞内シグナル伝達ドメインの短縮された部分は、例えば、それがエフェクター機能シグナルを伝達する場合、無傷の免疫刺激鎖の代わりに使用される。いくつかの実施形態では、細胞内シグナル伝達ドメイン（１つもしくは複数）には、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）の細胞質配列が含まれ、また、いくつかの態様では、天然の環境において、そのような受容体と協調して作用して抗原受容体の結合に引き続きシグナル伝達を開始する、共受容体の細胞質配列が含まれ、及び／または、そのような分子の任意の誘導体またはバリアント、及び／または同じ機能的能力を有する任意の合成配列が含まれる。
天然ＴＣＲに関連して、完全な活性化には、一般に、ＴＣＲを介したシグナル伝達だけでなく、共刺激シグナルも必要とする。したがって、いくつかの実施形態では、完全な活性化を促進するために、二次または共刺激シグナルを生成するための構成要素もまた、受容体に含まれる。他の実施形態では、受容体は、共刺激シグナルを生成するための構成要素を含まない。いくつかの態様では、追加的な受容体が同じ細胞内で発現し、二次シグナルまたは共刺激シグナルを生成するための構成要素を提供する。
いくつかの態様では、Ｔ細胞活性化は、２つのクラスの細胞質シグナル伝達配列によって媒介されることが記載されている。すなわち、ＴＣＲを介して抗原依存の一次活性化を開始する、細胞質シグナル伝達配列（一次細胞質シグナル伝達配列）、及び抗原非依存的に作用して二次または共刺激シグナルを提供する細胞質シグナル伝達配列（二次細胞質シグナル伝達配列）である。いくつかの態様では、受容体は、そのようなシグナル伝達成分の一方または両方を含む。
いくつかの態様では、受容体には、ＴＣＲ複合体の一次活性化を調節する一次細胞質シグナル伝達配列が含まれる。刺激様式で作用する一次細胞質シグナル伝達配列は、免疫受容体活性化チロシンモチーフまたはＩＴＡＭとして知られるシグナル伝達モチーフを含んでもよい。一次細胞質シグナル伝達配列を含むＩＴＡＭの例としては、ＴＣＲまたはＣＤ３ζ、ＦｃＲγ、ＦｃＲβ、ＣＤ３γ、ＣＤ３δ、ＣＤ３ε、ＣＤＳ、ＣＤ２２、ＣＤ７９ａ、ＣＤ７９ｂ、及びＣＤ６６ｄに由来するものが挙げられる。いくつかの実施形態では、ＣＡＲの細胞質シグナル伝達分子（複数可）には、細胞質シグナル伝達ドメイン、その一部、またはＣＤ３ζに由来する配列が含まれている。
いくつかの実施形態では、受容体は、ＣＤ２８、４－１ＢＢ、ＯＸ４０、ＤＡＰ１０、及びＩＣＯＳなどの共刺激受容体のシグナル伝達ドメイン及び／または膜貫通部分を含む。いくつかの態様では、同じ受容体に、活性化成分と共刺激成分の両方が含まれる。
いくつかの実施形態では、活性化ドメインが１つの受容体に含まれているが、共刺激成分は別の抗原を認識する別の受容体によって提供される。いくつかの実施形態では、受容体には、活性化受容体または刺激受容体と共刺激受容体とが含まれており、両方とも同じ細胞内で発現する（ＷＯ２０１４／０５５６６８を参照されたい）。ＨＬＡ－ペプチド標的受容体は、いくつかの態様では刺激性または活性化受容体であり、他の態様態様では共刺激受容体である。いくつかの実施形態では、細胞は、抑制性受容体（例えば、ｉＣＡＲ、Ｆｅｄｏｒｏｖ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉ．Ｔｒａｎｓｌ．Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，５（２１５）（Ｄｅｃｅｍｂｅｒ，２０１３を参照されたい）、例えばＨＬＡ－ペプチド以外の抗原を認識する受容体をさらに含み、これにより、ＨＬＡ－ペプチドターゲティング受容体を介して送達される活性化シグナルを、阻害剤受容体のそのリガンドへの結合によって減退するまたは阻害し、例えばオフターゲット効果を低減する。
特定の実施形態では、細胞内シグナル伝達ドメインは、ＣＤ３（例えば、ＣＤ３－ζ）細胞内ドメインに連結されたＣＤ２８膜貫通及びシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの実施形態では、細胞内シグナル伝達ドメインは、ＣＤ３ζ細胞内ドメインに連結されているキメラＣＤ２８及びＣＤ１３７（４－１ＢＢ、ＴＮＦＲＳＦ９）共刺激ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、受容体は、細胞質部分における１つ以上、例えば２つ以上の共刺激ドメイン及び活性化ドメイン、例えば一次活性化ドメインを包含する。例示的な受容体は、ＣＤ３ζ、ＣＤ２８、及び４－１ＢＢの細胞内成分を含む。
いくつかの実施形態では、ＣＡＲ（またはＴＣＲなどの他の抗原受容体）はさらに、細胞表面マーカーなどのマーカーを含む。このマーカーを使用して細胞の形質導入または遺伝子操作を行い、例えば、短縮型ＥＧＦＲ（ｔＥＧＦＲ）などの細胞表面受容体の短縮型をはじめとする受容体の発現を確証することができる。いくつかの態様では、マーカーとしては、ＣＤ３４、神経成長因子受容体（ＮＧＦＲ）、または上皮成長因子受容体（例えば、ｔＥＧＦＲ）の全部または一部（例えば、短縮型）が挙げられる。いくつかの実施形態では、マーカーをコードする核酸は、切断可能なリンカー配列またはリボソームスキップ配列、例えば、Ｔ２Ａのようなリンカー配列をコードするポリヌクレオチドに作動可能に連結されている。ＷＯ２０１４０３１６８７を参照されたい。いくつかの実施形態では、Ｔ２Ａリボソームスイッチによって分離されたＣＡＲとＥＧＦＲｔをコードするコンストラクトの導入によって、同じコンストラクトから２つのタンパク質を発現させてもよい。ＥＧＦＲｔをマーカーとして使用することで、そのようなコンストラクトを発現する細胞を検出することができる。いくつかの実施形態では、マーカー、任意選択でのリンカー配列は、特許出願公開第ＷＯ２０１４０３１６８７号に開示されているもののいずれかであり得る。例えば、マーカーは、任意選択で、Ｔ２Ａリボソームスキップ配列などのリンカー配列に連結されている短縮型ＥＧＦＲ（ｔＥＧＦＲ）であってもよい。
いくつかの実施形態では、マーカーは、Ｔ細胞内には天然に見出せないし、またＴ細胞の表面上に天然に見出せないし、またＴ細胞の一部にも見出せない、分子、例えば、細胞表面タンパク質である。
いくつかの実施形態では、分子は、細胞が養子移入される宿主の免疫系によって「自己」として認識されない、非自己分子、例えば非自己タンパク質である。
いくつかの実施形態では、マーカーは、遺伝子操作、例えば、成功裡に操作を施された細胞の選択のためのマーカーとして使えるが、それ以外には一切の治療機能を果たさず、及び／あるいは一切の効能を発揮しない。他の実施形態では、マーカーは、治療分子または他の何らかの望ましい効果を発揮する分子、例えば、インビボで遭遇する細胞のリガンド、例えば、養子移入及びリガンドとの遭遇時の細胞の応答を増強及び／または抑制するための、共刺激または免疫チェックポイント分子であり得る。
ＴＣＲまたはＣＡＲは、１つまたは複数の天然に存在するアミノ酸の代わりに、１つまたは修飾された合成アミノ酸を含んでもよい。例示的な修飾アミノ酸としては、非限定的に、アミノシクロヘキサンカルボン酸、ノルロイシン、αアミノｎ－デカン酸、ホモセリン、Ｓ－アセチルアミノメチルシステイン、ｔｒａｎｓ－３－及びｔｒａｎｓ－４－ヒドロキシプロリン、４－アミノフェニルアラニン、４－ニトロフェニルアラニン、４－クロロフェニルアラニン、４－カルボキシフェニルアラニン、（３－フェニルセリン（３－ヒドロキシフェニルアラニン、フェニルグリシン、αナフチルアラニン、シクロヘキシルアラニン、シクロヘキシルグリシン、インドリン－２－カルボン酸、１，２，３，４－テトラヒドロイソキノリン－３－カルボン酸、アミノマロン酸、アミノマロン酸モノアミド、Ｎ’－ベンジル－Ｎ’－メチル－リジン、Ｎ’，Ｎ’－ジベンジル－リジン、６－ヒドロキシリジン、オルニチン、αアミノシクロペンタンカルボン酸、αアミノシクロヘキサンカルボン酸、αアミノシクロヘプタンカルボン酸、α（２－アミノ－２－ノルボルナン）－カルボン酸、α，γ－ジアミノ酪酸酸、α，γ－ジアミノプロピオン酸、ホモフェニルアラニン、及びα－ｔｅｒｔブチルグリシンが挙げられる。
場合によっては、ＣＡＲは、第１、第２、及び／または第３世代のＣＡＲと呼ばれる。いくつかの態様では、第１世代のＣＡＲは、抗原が結合するとＣＤ３鎖誘導シグナルのみを提供するＣＡＲである。一部の態様において、第２世代のＣＡＲは、そのようなシグナル及び共刺激シグナルを提供するもの、例えば、ＣＤ２８またはＣＤ１３７などの共刺激受容体からの細胞内シグナル伝達ドメインを含むものである。いくつかの態様では、いくつかの態様における第３世代ＣＡＲは、異なる共刺激受容体の複数の共刺激ドメインを含むＣＡＲである。
いくつかの実施形態では、キメラ抗原受容体は、本明細書に記載のＴＣＲまたはフラグメントを含む細胞外部分を含む。いくつかの態様では、キメラ抗原受容体は、本明細書に記載のＴＣＲまたはフラグメントを含む細胞外部分と、細胞内シグナル伝達ドメインとを含む。いくつかの実施形態では、細胞内ドメインは、ＩＴＡＭを含む。いくつかの態様では、細胞内シグナル伝達ドメインは、ＣＤ３－ζ（ＣＤ３）鎖のζ鎖のシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの実施形態では、キメラ抗原受容体は、該細胞外ドメイン及び該細胞内シグナル伝達ドメインを連結する膜貫通ドメインを含む。
いくつかの態様では、膜貫通ドメインは、ＣＤ２８の膜貫通部分を含む。細胞外ドメイン及び膜貫通は、直接的にまたは間接的に連結し得る。いくつかの実施形態では、細胞外ドメイン及び膜貫通は、本明細書に記載のスペーサーによって連結されている。いくつかの実施形態では、キメラ抗原受容体は、膜貫通ドメインと細胞内シグナル伝達ドメインとの間などに、Ｔ細胞共刺激分子の細胞内ドメインを含む。いくつかの態様では、Ｔ細胞共刺激分子は、ＣＤ２８または４１ＢＢである。
いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、ＴＣＲ、例えばＴＣＲフラグメントと、ＣＤ２８もしくはその機能的バリアントの膜貫通部分であるかまたはその膜貫通部分を含む膜貫通ドメインと、ＣＤ２８もしくはその機能的バリアントのシグナル伝達部分とＣＤ３ζもしくはその機能的バリアントのシグナル伝達部分とを含む細胞内シグナル伝達ドメインとを、含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、ＴＣＲ、例えばＴＣＲフラグメントと、ＣＤ２８もしくはその機能的バリアントの膜貫通部分であるかまたはその膜貫通部分を含む膜貫通ドメインと、４－１ＢＢもしくはその機能的バリアントのシグナル伝達部分とＣＤ３ζもしくはその機能的バリアントのシグナル伝達部分とを含む細胞内シグナル伝達ドメインとを、含む。いくつかのそのような実施形態では、受容体は、ヒンジのみのスペーサーなどのＩｇ分子、例えばＩｇＧ４ヒンジなどのＩｇヒンジのようなヒトＩｇ分子などの一部を含むスペーサーをさらに含む。
いくつかの実施形態では、受容体の膜貫通ドメイン、例えばＣＡＲは、ヒトＣＤ２８またはそのバリアントの膜貫通ドメイン、例えばヒトＣＤ２８（アクセッション番号：Ｐ１０７４７．１）の２７アミノ酸膜貫通ドメインである。
いくつかの実施形態では、キメラ抗原受容体は、Ｔ細胞共刺激分子の細胞内ドメインを含む。いくつかの態様では、Ｔ細胞共刺激分子は、ＣＤ２８または４１ＢＢである。
いくつかの実施形態では、細胞内シグナル伝達ドメインは、ヒトＣＤ２８の細胞内共刺激シグナル伝達ドメインまたはその機能的バリアントもしくは部分、例えば、その４１アミノ酸ドメイン、及び／または天然ＣＤ２８タンパク質の１８６～１８７位にＬＬからＧＧへの置換を有するそのようなドメインを含む。いくつかの実施形態では、細胞内ドメインは、４１ＢＢの細胞内共刺激シグナル伝達ドメインまたは機能的バリアントもしくはその部分、例えば、ヒト４－１ＢＢ（アクセッション番号：Ｑ０７０１１．１）の４２アミノ酸細胞質ドメインまたはその機能的変異体もしくは部分を含む。
いくつかの実施形態では、細胞内シグナル伝達ドメインは、米国特許第７，４４６，１９０号または米国特許第８，９１１，９９３号に記載されるような、ヒトＣＤ３ζ刺激シグナル伝達ドメインまたはその機能的バリアント、例えば、ヒトＣＤ３ζのアイソフォーム３の１１２ＡＡ細胞質ドメイン（アクセッション番号：Ｐ２０９６３．２）またはＣＤ３ζシグナル伝達ドメインを含む。
いくつかの態様では、スペーサーは、ＩｇＧのヒンジ領域のみ、例えば、ＩｇＧ４またはＩｇＧ１のヒンジのみを含む。他の実施形態では、スペーサーは、ＣＨ２及び／またはＣＨ３ドメインに連結されたＩｇヒンジ、例えばＩｇＧ４ヒンジである。いくつかの実施形態では、スペーサーは、Ｈ２及びＣＨ３ドメインに連結されたＩｇヒンジ、例えばＩｇＧ４ヒンジである。いくつかの実施形態では、スペーサーは、ＣＨ３ドメインのみに連結されたＩｇヒンジ、例えばＩｇＧ４ヒンジである。いくつかの実施形態では、スペーサーは、グリシン－セリンに富む配列または他の可動性リンカー、例えば、公知の可動性リンカーであるか、またはそのリンカーを含む。
例えば、いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、ＴＣＲまたはそのフラグメント、例えば、ＨＬＡ－ペプチド特異的ＴＣＲのいずれか、任意のＩｇヒンジを含むスペーサーなどのスペーサー、ＣＤ２８膜貫通ドメイン、ＣＤ２８細胞内シグナル伝達ドメイン、及びＣＤ３ζシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、ＴＣＲまたはそのフラグメント、例えば、ＨＬＡ－ペプチド特異的ＴＣＲのいずれか、任意のＩｇヒンジを含むスペーサーなどのスペーサー、ＣＤ２８膜貫通ドメイン、ＣＤ２８細胞内シグナル伝達ドメイン、及びＣＤ３ζシグナル伝達ドメインを含む。
ヌクレオチド、ベクター、宿主細胞、及び関連する方法
また提供されるのは、ＡＢＰまたは本明細書に開示される抗原をコードする単離された核酸、この核酸を含むベクター、ならびにこのベクターと核酸とを含む宿主細胞、ならびにＡＢＰを生産するための組み換え技術である。
核酸は、組み換え型としてもよい。組み換え核酸は、天然または合成の核酸セグメントを、生細胞内で複製できる核酸分子またはその複製産物に結合することにより、生細胞の外側で構築することができる。本明細書の目的のために、複製は、インビトロ複製またはインビボ複製であり得る。
ＡＢＰの組み換え産生のために、そのＡＢＰをコードする核酸（複数可）を単離し、さらにクローニング（すなわち、ＤＮＡの増幅）または発現のために複製可能なベクターに挿入してもよい。いくつかの態様では、核酸は、例えば、参照によりその全体が組み込まれる、米国特許第５，２０４，２４４号に記載されているように、相同組換えによって生成されてもよい。
多くの種々のベクターが当該技術分野において公知である。ベクター成分は、例えば、参照によりその全体が組み込まれる、米国特許第５，５３４，６１５号に記載されるように、一般に、以下のうちの１つまたは複数を含む：シグナル配列、複製起点、１つまたは複数のマーカー遺伝子、エンハンサーエレメント、プロモータ、及び転写終結配列。
ＡＢＰ、例えば、ＣＡＲ、またはその抗原結合フラグメントを発現するのに適した例示的なベクターまたは構築物としては、例えば、ｐＵＣシリーズ（Ｆｅｒｍｅｎｔａｓ Ｌｉｆｅ ｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔシリーズ（Ｓｔｒａｔａａｇｅｎｅｎｅ、ＬａＪｏｌｌｌａ、ＣＡ）、ｐＥＴシリーズ（Ｎｏｖａｇｅｎ、Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ）、ｐＧＥＸシリーズ（Ｐｈａｍａｃｉａ、Ｔｈｅ ＰＦｉｅｓ）ｐＥＸシリーズ（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ、Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ、ＣＡ）が挙げられる。また、ＡＧＴ１０、ＡＧＴ１１、ＡＺａｐＩＩ（ストラタジーン）、ＡＥＭＢＬ４、及びＡＮＭ１１４９などのバクテリオファージベクターも、本明細書中に開示されているＡＢＰを発現させるのに適している。
適切な宿主細胞の例示的な例を以下に提供する。これらの宿主細胞は、限定することを意味するものではなく、任意の好適な宿主細胞を使用して、本明細書で提供されるＡＢＰを産生することができる。
好適な宿主細胞としては、原核生物（例えば、細菌）、下等真核生物（例えば、酵母）、または高等真核生物（例えば、哺乳動物）の細胞が挙げられる。適切な原核生物には、グラム陰性またはグラム陽性生物などの真正細菌、例えば、エシェリキア属（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）（大腸菌）、エンテロバクター属（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ）、エルウィニア属（Ｅｒｗｉｎｉａ）、クレブシエラ属（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、プロテウス属（Ｐｒｏｔｅｕｓ）、サルモネラ属（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）（ネズミチフス菌（Ｓ．ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ））、セラチア属（Ｓｅｒｒａｔｉａ）（Ｓ．マルセセンス（Ｓ．ｍａｒｃｅｓｃａｎｓ））、シゲラ属（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）、バシラス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）（枯草菌（Ｂ． ｓｕｂｔｉｌｉｓ）及びＢ．リケニフォルミス（Ｂ．ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ））、シュードモナス属（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）（緑膿菌（Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ））、ならびにストレプトマイセス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ）が含まれる。１つの有用な大腸菌クローニング宿主は大腸菌２９４であるが、大腸菌Ｂ、大腸菌Ｘ１７７６、及び大腸菌Ｗ３１１０などの他の系統もまた適切である。
また、原核生物だけでなく、糸状菌または酵母などの真核微生物も、ＡＢＰをコードするベクターに適したクローニング宿主または発現宿主である。サッカロミセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）、または一般的なパン酵母は、一般的に使用されている下等真核生物の宿主微生物である。しかしながら、シゾサッカロミセス・ポンベ（Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｐｏｍｂｅ）、クリベロミセス属（Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ）（Ｋ．ラクチス（Ｋ．ｌａｃｔｉｓ）、Ｋ．フラジリス（Ｋ．ｆｒａｇｉｌｉｓ）、Ｋ．バルガリカス（Ｋ．ｂｕｌｇａｒｉｃｕｓ）、Ｋ．ウィッカラミ（Ｋ．ｗｉｃｋｅｒａｍｉｉ）、Ｋ．ワルティイ（Ｋ．ｗａｌｔｉｉ）、Ｋ．ドロソフィララム（Ｋ．ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａｒｕｍ）、Ｋ．サーモトレランス（Ｋ．ｔｈｅｒｍｏｔｏｌｅｒａｎｓ）、及びＫ．マルキキアヌス（Ｋ．ｍａｒｘｉａｎｕｓ））、ヤロウイア属（Ｙａｒｒｏｗｉａ）、ピキア・パストリス（Ｐｉｃｈｉａ ｐａｓｔｏｒｉｓ）、カンジダ属（Ｃａｎｄｉｄａ）（カンジダ・アルビカンス（Ｃ．ａｌｂｉｃａｎｓ））、トリコデルマ・リーゼイ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｉａ）、アカパンカビ（Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ ｃｒａｓｓａ）、シュワンニオミセス属（Ｓｃｈｗａｎｎｉｏｍｙｃｅｓ）（Ｓ．オシデンタリス（Ｓ．ｏｃｃｉｄｅｎｔａｌｉｓ））、ならびに糸状菌、例えば、ペニシリウム属（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ）、トリポクラディウム属（Ｔｏｌｙｐｏｃｌａｄｉｕｍ）、ならびにアスペルギルス属（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）（Ａ．ニデュランス（Ａ．ｎｉｄｕｌａｎｓ）及びクロコウジカビ（Ａ．ｎｉｇｅｒ））などの他の多くの属、種、及び系統が利用可能であり、有用である。
有用な哺乳動物宿主細胞としては、ＣＯＳ－７細胞、ＨＥＫ２９３細胞、ベビーハムスター腎臓（ＢＨＫ）細胞；チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）；マウスセルトリ細胞；アフリカミドリザル腎細胞（ＶＥＲＯ－７６）、などが挙げられる。
ＨＬＡ－ペプチドＡＢＰの生産に使用される宿主細胞は、様々な培地で培養することができる。例えば、Ｈａｍ’ｓ Ｆ１０、基礎培地（ＭＥＭ）、ＲＰＭＩ－１６４０、ダルベッコ改変イーグル培地（ＤＭＥＭ）などの市販の培地は、宿主細胞の培養に適している。加えて、Ｈａｍ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚ．，１９７９，５８：４４；Ｂａｒｎｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．，１９８０，１０２：２５５；ならびに米国特許第４，７６７，７０４号、同第４，６５７，８６６号、同第４，９２７，７６２号、同第４，５６０，６５５号、及び同第５，１２２，４６９号；またはＷＯ ９０／０３４３０及びＷＯ ８７／００１９５に記載されている培地のいずれかを使用してもよい。前述の参照文献の各々は、参照によりその全てが組み込まれる。
これらの培地はいずれも、必要に応じて、ホルモン及び／または他の増殖因子（インスリン、トランスフェリン、もしくは上皮細胞増殖因子など）、塩類（塩化ナトリウム、カルシウム、マグネシウム、及びリン酸など）、緩衝液（ＨＥＰＥＳなど）、ヌクレオチド（アデノシン及びチミジンなど）、抗生物質、微量元素（通常、マイクロモル範囲の最終濃度で存在する無機化合物として定義される）、ならびにグルコースまたは同等のエネルギー源を補充できる。任意の他の必要なサプリメントも、当業者に知られているであろう適切な濃度で含まれ得る。
温度、ｐＨなどのような培養条件は、発現のために選択された宿主細胞とともに以前に使用されたものであり、当業者には明らかであろう。
組換え技法を使用する場合、ＡＢＰは、細胞内で、細胞周辺腔で産生される得るか、または培地に直接分泌され得る。ＡＢＰが細胞内で産生される場合、第１のステップとして、宿主細胞または溶解フラグメントのいずれかである粒子状破片を、例えば遠心分離または限外濾過により除去する。大腸菌の細胞周辺腔に分泌されるＡＢＰを単離するための手順については、例えば、その全体が参照により組み込まれる、Ｃａｒｔｅｒ ｅｔ ａｌ．（Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，１９９２，１０：１６３－１６７）記載されている。簡潔に述べると、細胞ペーストは、酢酸ナトリウム（ｐＨ３．５）、ＥＤＴＡ、及びフェニルメチルスルホニルフルオリド（ＰＭＳＦ）の存在下で約３０分かけて解凍される。細胞残屑は遠心分離により除去することができる。
いくつかの実施形態では、ＡＢＰは、無細胞系で生産される。一部の態様では、無細胞系は、参照によりその全体が組み込まれる、Ｙｉｎ ｅｔ ａｌ．，ｍＡｂｓ，２０１２，４：２１７－２２５に記載されているような、インビトロ転写及び翻訳系である。一部の態様では、無細胞系は、真核細胞由来または原核細胞由来の無細胞抽出物を利用する。一部の態様では、原核細胞は大腸菌である。例えば、ＡＴＰが不溶性凝集体として細胞に蓄積し、あるいは細胞周辺発現からの収量が低い場合、ＡＢＰの無細胞発現が有用であり得る。
ＡＢＰを培地中に分泌させる場合、まず、そのような発現系からの上清を濃縮するのが一般的であり、その際には、市販のタンパク質濃縮フィルター、例えば、Ａｍｉｃｏｎ（登録商標）またはＭｉｌｌｉｐｏｒｅ（登録商標）Ｐｅｌｌｃｏｎ（登録商標）限外濾過ユニットを使用する。ＰＭＳＦなどのプロテアーゼ阻害剤は、タンパク質分解を阻害するために前述のステップのいずれかに含まれてもよく、抗生物質は、外来性汚染物質の増殖を防ぐために含まれてもよい。
細胞から調製されたＡＢＰ組成物は、例えば、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィー、ゲル電気泳動、透析、及び親和性クロマトグラフィーを使用して精製することができる。親和性クロマトグラフィーは特に有用な精製技術である。親和性リガンドとしてのプロテインＡの適合性は、ＡＢＰに存在する免疫グロブリンＦｃドメインの種類及びアイソタイプに応じて異なる。プロテインＡを使用してヒトγ１、γ２、またはγ４重鎖を含むＡＢＰを精製することができる（参照によりその全てが組み込まれる、Ｌｉｎｄｍａｒｋ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈ．，１９８３，６２：１－１３）。プロテインＧは、全てのマウスアイソタイプ及びヒトγ３に有用である（参照によりその全てが組み込まれる、Ｇｕｓｓ ｅｔ ａｌ．，ＥＭＢＯ Ｊ．，１９８６，５：１５６７～１５７５）。
親和性リガンドが結合するマトリックスは、ほとんどの場合はアガロースであるが、他のマトリックスも利用可能である。制御細孔ガラスまたはポリ（スチレンジビニル）ベンゼン等の機械的に安定なマトリックスは、アガロースで達成され得るよりも速い流速及び短い処理時間を可能にする。ＡＢＰがＣＨ３ドメインを含む場合、ＢａｋｅｒＢｏｎｄＡＢＸ（登録商標）樹脂が精製に有用である。
イオン交換カラムでの分画、エタノール沈殿、逆相ＨＰＬＣ、シリカでのクロマトグラフィー、ヘパリンＳｅｐｈａｒｏｓｅ（登録商標）でのクロマトグラフィー、クロマトフォーカシング、ＳＤＳ－ＰＡＧＥ、及び硫酸アンモニウム沈殿など、タンパク質精製の他の技法も利用でき、当業者によって適用され得る。
予備的な精製ステップ（複数可）の後、ｐＨ約２．５～約４．５にて溶出緩衝液を用いて、目的のＡＢＰと汚染物質を含む混合物を、一般に低塩濃度（例えば約０～約０．２５Ｍ）の塩で行われる、低ｐＨの疎水性相互作用クロマトグラフィーに供してもよい。
ＨＬＡ－ペプチドＡＢＰの作製方法
ＨＬＡ－ペプチド抗原の調製
本明細書で提供されるＡＢＰの単離または作製に使用されるＨＬＡ－ペプチド抗原は、無傷のＨＬＡ－ペプチドまたはＨＬＡ－ペプチドのフラグメントであり得る。ＨＬＡ－ペプチド抗原は、例えば、単離されたタンパク質または細胞の表面で発現するタンパク質の形態であり得る。
いくつかの実施形態では、ＨＬＡペプチ抗原は、天然には存在しないアミノ酸配列または翻訳後修飾を有するＨＬＡ－ペプチドタンパク質などのＨＬＡ－ペプチドの非天然バリアントである。
いくつかの実施形態では、ＨＬＡ－ペプチド抗原は、例えば、細胞内または膜貫通配列、またはシグナル配列の除去により短縮されている。いくつかの実施形態では、ＨＬＡ－ペプチド抗原は、そのＣ末端にてヒトＩｇＧ１ Ｆｃドメインまたはポリヒスチジンタグに融合する。
ＡＢＰを同定するための方法及びシステム
ＨＬＡ－ペプチドに結合するＡＢＰは、当該技術分野において公知の任意の方法、例えば、ファージディスプレイ、対象の免疫化、またはＡＢＰ発現細胞の単離、及びＡＢＰのその後の配列決定を使用して同定することができる。
抗原結合タンパク質を同定するための１つの方法は、少なくとも１つのＨＬＡ－ペプチド標的を提供することと、少なくとも１つの標的を抗原結合タンパク質に結合させることを含み、それによって抗原結合タンパク質を同定する。抗原結合タンパク質は、複数の個別の抗原結合タンパク質を含むライブラリー内に存在し得る。
いくつかの実施形態では、ライブラリーはファージディスプレイライブラリーである。ファージディスプレイライブラリーは、ＨＬＡ－ペプチド標的のＨＬＡに非特異的に結合する抗原結合タンパク質を実質的に含まないように、開発することができる。抗原結合タンパク質は、複数の個別の抗原結合タンパク質を含む酵母ディスプレイライブラリー内に存在し得る。酵母ディスプレイライブラリーは、ＨＬＡ－ペプチド標的のＨＬＡに非特異的に結合する抗原結合タンパク質を実質的に含まないように、開発することができる。
いくつかの実施形態では、ライブラリーは酵母ディスプレイライブラリーである。
いくつかの態様では、結合させるステップは、２回以上、任意選択で少なくとも３回、例えば、少なくとも１回、２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回または１０回、行われる。
追加的に、本方法はまた、抗原結合タンパク質を、ＨＬＡ－ペプチド標的とは異なる１つまたは複数のペプチド－ＨＬＡ複合体と接触させて、抗原結合タンパク質がＨＬＡ－ペプチド標的に選択的に結合するか否かを判定することを含み得る。
したがって、本明細書で提供されるのは、本明細書に記載の１つまたは複数の抗原に選択的に結合するＡＢＰを同定するためのシステムである。いくつかの実施形態では、このシステムは、（ａ）ＨＬＡクラスＩ分子と複合体を形成したＨＬＡ拘束ペプチドを含む単離された抗原であって、このＨＬＡ拘束ペプチドは、ＨＬＡクラスＩ分子のα１／α２ヘテロ二量体部分のペプチド結合溝に位置しており、この抗原は、配列番号１０，７５５～２９，３６４のいずれか１つに記載されている抗原から選択される、抗原と；（ｂ）複数の異なる抗原結合タンパク質を含むライブラリーとを含む。いくつかの実施形態では、このライブラリーはファージディスプレイライブラリーである。
このシステムのいくつかの実施形態では、抗原は固体支持体に結合している。この固体支持体は、例えば、ビーズ、ウェル、膜、チューブ、カラム、プレート、セファロース、磁気ビーズ、細胞、またはチップを含み得る。いくつかの実施形態において、この抗原は、親和性結合対の第１のメンバーを含み、固体支持体は、親和性結合対の第２のメンバーを含む。いくつかの実施形態では、第１のメンバーはストレプトアビジンであり、第２のメンバーはビオチンである。いくつかの実施形態において、固体支持体に結合した抗原は、少なくとも１つのＨＬＡ－ペプチド標的を含むＨＬＡ多量体（例えば、四量体）である。
このシステムのいくつかの実施形態では、ライブラリー（例えば、ファージディスプレイライブラリー）は、ヒトライブラリーである。このシステムのいくつかの実施形態では、ライブラリー（例えば、ファージディスプレイライブラリー）は、ヒト化ライブラリーである。
いくつかの実施形態において、このシステムは、ＨＬＡクラスＩ分子と複合体を形成したＨＬＡ拘束ペプチドを含む陰性対照抗原をさらに含み、このＨＬＡ拘束ペプチドは、ＨＬＡクラスＩ分子のα１／α２ヘテロ二量体部分のペプチド結合溝に位置しており、この陰性対照抗原は、異なる拘束ペプチド、異なるＨＬＡクラスＩ分子、または異なる拘束ペプチド及び異なるＨＬＡクラスＩ分子を含む。いくつかの実施形態において、陰性対照抗原は、異なる拘束ペプチドを含むが、その抗原と同じＨＬＡクラスＩ分子を含む。
いくつかの実施形態では、このシステムは、反応混合物を含み、この反応混合物は、抗原とファージディスプレイライブラリー由来の複数のファージとを含む。
抗原結合タンパク質を同定する別の方法は、少なくとも１つのＨＬＡ－ペプチド標的を得ることと、任意選択でアジュバントと組み合わせて、ＨＬＡ－ペプチド標的を対象（例えば、マウス、ウサギまたはラマ）に投与することと、抗原結合タンパク質を対象から単離することとを、含み得る。抗原結合タンパク質を単離することは、対象の該血清をスクリーニングして抗原結合タンパク質を同定することを、含み得る。本方法はまた、抗原結合タンパク質を、ＨＬＡ－ペプチド標的とは異なる１つまたは複数のペプチド－ＨＬＡ複合体と接触させて、例えば抗原結合タンパク質がＨＬＡ－ペプチド標的に選択的に結合するか否かを判定することを含み得る。同定された抗原結合タンパク質は、ヒト化することができる。
いくつかの態様では、抗原結合タンパク質を単離することは、抗原結合タンパク質を発現する対象からＴ細胞を単離することを含む。このＴ細胞を使用してハイブリドーマを作製できる。また、Ｔ細胞を使用して、ＣＤＲの１つまたは複数をクローニングすることもできる。また、例えば、ＥＢＶ形質転換を使用することによって、Ｔ細胞を不死化することもできる。抗原結合タンパク質をコードする配列は、不死化Ｔ細胞からクローン化することも、あるいは免疫対象から単離したＴ細胞から直接的にクローン化することもできる。Ｔ細胞の抗原結合タンパク質を含むライブラリーを作製することも可能であり、任意選択で、ライブラリーは、ファージディスプレイまたは酵母ディスプレイである。
抗原結合タンパク質を同定するための別の方法は、抗原結合タンパク質を含む細胞を得ることと、細胞を、少なくとも１つのＨＬＡ－ペプチド標的を含むＨＬＡ多量体（例えば、四量体）と接触させることと、ＨＬＡ多量体と抗原結合タンパク質との間の結合を介して抗原結合タンパク質を同定することとを含み得る。
抗原結合タンパク質を同定する別の方法は、抗原結合タンパク質（ＡＢＰ）を含む細胞を得ることと、ＡＢＰの配列を決定することとを含み得る。例えば、この方法は、細胞を、少なくとも１つのＨＬＡ－ペプチド標的を含むＨＬＡ多量体（例えば、四量体）と接触させること；任意選択でフローサイトメトリー（例えば、蛍光活性化細胞選別「ＦＡＣＳ」）、磁気分離、または単一細胞分離を用いて細胞を単離すること；及び単離された細胞由来のポリヌクレオチドを配列決定して、ＡＢＰの配列を決定することを含み得る。
いくつかの実施形態において、単離は、陽性選択による特定の細胞集団の濃縮、または陰性選択による特定の細胞集団の枯渇によって実施される。いくつかの実施形態において、陽性または陰性の選択は、それぞれ陽性または陰性で選択された細胞で比較的高いレベル（マーカー高）で発現または発現された（マーカー＋）１つ以上の表面マーカーに特異的に結合する１つ以上の抗体または他の結合剤と共に細胞をインキュベートすることによって達成される。例えば、Ｔ細胞を含むことが知られているかまたは疑われる細胞の集団は、目的のＨＬＡ－ペプチド（例えば、新抗原）を含む四量体への結合に基づいて陽性に選別し得る。ＦＡＣＳ単離には、目的外のＨＬＡ－ペプチド標的に結合する細胞の除去も含み得る。例えば、細胞は、目的のＨＬＡ－ペプチド（例えば、新抗原）を含む四量体への結合に基づいて正に分類されてもよく、目的外のＨＬＡ－ペプチド（例えば、目的の新抗原に対応する野生型ペプチド配列）を含む四量体への結合に基づいて陰性に選別されてもよい。
ＡＢＰ含有タンパク質を発現する細胞の単離（例えば、Ｔ細胞のＦＡＣＳベースの単離）は、対象由来の細胞の単離を含み得る。対象由来の細胞は、血液、血漿、血清、脳脊髄液、滑液、尿及び汗などの体液、組織及び臓器の試料を含むがこれらに限定されない様々な生物学的試料から単離され得る。生物学的試料は、生物学的供給源から直接得られた試料であっても、または処理された試料であってもよい。対象由来の細胞が由来または単離される試料は、血液もしくは血液由来の試料であってもよいし、またはアフェレーシスもしくは白血球アフェレーシス製品に由来してもよい。例示的な試料としては、全血、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）、白血球、骨髄、胸腺、組織生検、腫瘍、白血病、リンパ腫、リンパ節、腸関連リンパ組織、粘膜関連リンパ組織、脾臓、他のリンパ組織、肝臓、肺、胃、腸、結腸、腎臓、膵臓、乳房、骨、前立腺、子宮頸部、精巣、卵巣、扁桃腺、または他の臓器、及び／またはそれらに由来する細胞が挙げられる。ＡＢＰ含有タンパク質を発現する例示的な細胞及び細胞集団としては、限定するものではないが、活性化Ｔ細胞、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）、ＰＢＭＣ、培養（例えば、増殖）Ｔ細胞、ナイーブＴ（ＴＮ）細胞、エフェクターＴ細胞（ＴＥＦＦ）、メモリーＴ細胞、幹細胞メモリーＴ細胞（ＴＳＣＭ）、中央メモリーＴ細胞（ＴＣＭ）、エフェクターメモリーＴ細胞（ＴＥＭ）、最終分化エフェクターメモリーＴ細胞、未成熟Ｔ細胞、成熟Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞、粘膜関連不変Ｔ（ＭＡＬＴ）細胞、調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）、ＴＨ１細胞、ＴＨ２細胞、ＴＨ３細胞、ＴＨ１７細胞、ＴＨ９細胞、ＴＨ２２細胞、濾胞性ヘルパーＴ細胞、ナチュラルキラーＴ細胞（ＮＫＴ）、アルファベータＴ細胞、ガンマデルタＴ細胞が挙げられる。
ＡＢＰ含有タンパク質を発現する細胞の配列決定は、クロム単一細胞免疫プロファイリングシステム（１０倍のゲノミクス）などの当業者に公知の技術によって実施することができる。
抗原結合タンパク質を同定する別の方法は、抗原結合タンパク質を含む１つまたは複数の細胞を得ることと；少なくとも１つの抗原提示細胞（ＡＰＣ）に提示された少なくとも１つのＨＬＡ－ペプチド標的を使用して、１つまたは複数の細胞を活性化することと；少なくとも１つのＨＬＡ－ペプチド標的との相互作用によって活性化された１つまたは複数の細胞を選択することによって抗原結合タンパク質を同定することとを含み得る。
細胞は、例えばＴ細胞、任意選択でＣＴＬ、またはＮＫ細胞であり得る。本方法は、細胞を、任意選択でフローサイトメトリー、磁気分離または単一細胞分離を使用して単離することをさらに含み得る。本方法は、抗原結合タンパク質を配列決定することをさらに含み得る。
ＡＢＰによって細胞を操作するための方法
ＴＣＲ、ＣＡＲなどを含む受容体を含むＡＢＰを発現させるための、ならびにそのようなＡＢＰを発現させる遺伝子操作された細胞を産生するための、方法、核酸、組成物、及びキットもまた、提供されている。遺伝子操作は、一般に、レトロウイルス形質導入、トランスフェクション、または形質転換などにより、組み換えられたまたは操作された成分をコードする核酸を細胞に導入することを含む。
いくつかの実施形態では、まず細胞を刺激し、例えば、サイトカインもしくは活性化マーカーの発現によって測定されるような、増殖、生存及び／または活性化などの応答を誘発する刺激を組み合わせて用い、続いて、活性化された細胞の形質導入を行い、臨床用途に十分な程度の数まで培養して増殖させることによって、遺伝子導入を達成する。
いくつかの状況において、刺激因子（例えば、リンホカインまたはサイトカイン）の過剰発現は、対象にとって毒性である可能性がある。それゆえ、いくつかの状況では、操作された細胞には、養子免疫療法における投与時など、細胞をインビボでの陰性選択に感受性にするセグメントが含まれる。例えば、いくつかの態様では、細胞に操作をすることによって、細胞を投与された患者のインビボ状態の変化の結果、除去できるようにする。陰性選択可能な表現型は、投与された薬剤、例えば、化合物に感受性を与える遺伝子の挿入から生成され得る。陰性選択可能な遺伝子には、単純ヘルペスウイルスＩ型チミジンキナーゼ（ＨＳＶ－Ｉ ＴＫ）遺伝子（Ｗｉｇｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ ＩＩ：２２３，１９７７）が含まれ、これにより、ガンシクロビル感受性、細胞のヒポキサンチンホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＨＰＲＴ）遺伝子、細胞のアデニンホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＡＰＲＴ）遺伝子、細菌のシトシンデアミナーゼが付与される（Ｍｕｌｌｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ．８９：３３（１９９２））。
いくつかの態様では、細胞は、さらに、サイトカインまたは他の因子の発現を促進するように設計される。遺伝子操作された成分、例えば抗原受容体（例えば、ＴＣＲ）を導入するための様々な方法が周知であり、これらを、提供される方法及び組成物と共に使用してもよい。例示的な方法としては、ウイルス、例えばレトロウイルスまたはレンチウイルス、形質導入、トランスポゾン、ヌクレアーゼ媒介遺伝子編集（例えば、ＣＲＩＳＰＲ、ＴＡＬＥＮ、メガヌクレアーゼ、またはＺＦＮ編集システム）、及びエレクトロポレーションを含む、受容体をコードする核酸の導入のための方法が挙げられる。例えば、特にＴ細胞を編集するための、ヌクレアーゼ媒介遺伝子編集は、全ての目的のために参照によって本明細書に組み込まれる国際出願ＷＯ／２０１８／２３２３５６及びＰＣＴ／ＵＳ２０１８／０５８２３０に詳細に記載される。
いくつかの実施形態では、組み換え核酸を、例えば、シミアンウイルス４０（ＳＶ４０）、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）に由来するベクターなどの組み換え感染性ウイルス粒子を使用して細胞に導入する。いくつかの実施形態では、組み換え核酸は、組み換えレンチウイルスベクターまたはγレトロウイルスベクターなどのレトロウイルスベクターを使用してＴ細胞に導入される（例えば、Ｋｏｓｔｅ ｅｔ ａｌ．（２０１４）Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ ２０１４ Ａｐｒ．３．ｄｏｉ：１０．１０３８／ｇｔ．２０１４．２５；Ｃａｒｌｅｎｓ ｅｔ ａｌ．（２０００）Ｅｘｐ Ｈｅｍａｔｏｌ ２８（１０）：１１３７－４６；Ａｌｏｎｓｏ－Ｃａｍｉｎｏ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｍｏｌ Ｔｈｅｒ Ｎｕｃｌ Ａｃｉｄｓ ２，ｅ９３；Ｐａｒｋ ｅｔ ａｌ．，Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２０１１ Ｎｏｖ．２９（１１）：５５０－５５７）を参照されたい。
いくつかの実施形態では、レトロウイルスベクターは長い末端反復配列（ＬＴＲ）有し、例えば、モロニーマウス白血病ウイルス（ＭｏＭＬＶ）、骨髄増殖性肉腫ウイルス（ＭＰＳＶ）、マウス胚性幹細胞ウイルス（ＭＥＳＶ）、マウス幹細胞ウイルス（ＭＳＣＶ）、脾臓形成ウイルス（ＳＦＦＶ）またはアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）に由来するレトロウイルスベクターである。ほとんどのレトロウイルスベクターは、マウスレトロウイルスに由来する。いくつかの実施形態では、レトロウイルスには、鳥類または哺乳類の細胞源に由来するものが含まれる。レトロウイルスは典型的には、両種性であり、これは、レトロウイルスが、ヒトをはじめとするいくつかの種の宿主細胞に感染できることを意味する。一実施形態では、レトロウイルスｇａｇ、ｐｏｌ及び／またはｅｎｖ配列は、発現するための遺伝子で置換される。いくつかの例証的なレトロウイルスシステムが、記載されてきた（例えば、米国特許第５，２１９，７４０号；同第６，２０７，４５３号；同第５，２１９，７４０号；Ｍｉｌｌｅｒ及びＲｏｓｍａｎ（１９８９）ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ７：９８０－９９０；Ｍｉｌｌｅｒ，Ａ．Ｄ．（１９９０）Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ １：５－１４；Ｓｃａｒｐａ ｅｔ ａｌ．（１９９１）Ｖｉｒｏｌｏｇｙ １８０：８４９－８５２；Ｂｕｒｎｓ ｅｔ ａｌ．（１９９３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９０：８０３３－８０３７；ａｎｄ Ｂｏｒｉｓ－Ｌａｗｒｉｅ ａｎｄ Ｔｅｍｉｎ（１９９３）Ｃｕｒ．Ｏｐｉｎ．Ｇｅｎｅｔ．Ｄｅｖｅｌｏｐ．３：１０２－１０９）。
レンチウイルス形質導入の方法は、公知である。例示的な方法は、例えば、Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．３５（９）６８９－７０１；Ｃｏｏｐｅｒ ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｂｌｏｏｄ．１０１：１６３７－１６４４；Ｖｅｒｈｏｅｙｅｎ ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ．５０６：９７－１１４；ａｎｄ Ｃａｖａｌｉｅｒｉ ｅｔ ａｌ．（２００３）Ｂｌｏｏｄ．１０２（２）４９７－５０５）に記載されている。
いくつかの実施形態では、組み換え核酸はエレクトロポレーションを介してＴ細胞に移入される（例えば、Ｃｈｉｃａｙｂａｍ ｅｔ ａｌ，（２０１３）ＰＬｏＳ ＯＮＥ ８（３）：ｅ６０２９８；Ｖａｎ Ｔｅｄｅｌｏｏ ｅｔ ａｌ．（２０００）Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ ７（１６）：１４３１－１４３７、及びＲｏｔｈ ｅｔ ａｌ．（２０１８）Ｎａｔｕｒｅ ５５９：４０５－４０９を参照されたい）。いくつかの実施形態では、組み換え核酸は転位を介してＴ細胞に導入される（例えば、Ｍａｎｕｒｉ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｈｕｍ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ ２１（４）：４２７－４３７；Ｓｈａｒｍａ ｅｔ ａｌ．（２０１３）Ｍｏｌｅｃ Ｔｈｅｒ Ｎｕｃｌ Ａｃｉｄｓ ２，ｅ７４、及びＨｕａｎｇ ｅｔ ａｌ．（２００９）Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ５０６：１１５－１２６を参照されたい）。免疫細胞に遺伝物質を導入及び発現させる他の方法としては、リン酸カルシウムトランスフェクション（例えば、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ．Ｎ．Ｙ．に記載される），プロトプラスト融合、カチオン性リポソーム媒介トランスフェクション；タングステン粒子により促進される微粒子衝突（Ｊｏｈｎｓｔｏｎ，Ｎａｔｕｒｅ，３４６：７７６－７７７（１９９０））、及びリン酸ストロンチウムＤＮＡ共沈（Ｂｒａｓｈ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ．，７：２０３１－２０３４（１９８７））が挙げられる。
組み換え産物をコードする核酸の導入のための他のアプローチ及びベクターは、例えば、以下の国際特許出願公開第ＷＯ２０１４０５５６６８号、及び米国特許第７，４４６，１９０号に記載されているものが含まれる。
追加的な核酸、例えば、導入用の遺伝子の中でも、とりわけ際立っているのが、移植された細胞の生存率及び／または機能を促進することなどにより、治療の有効性を改善するもの；細胞の選択及び／または評価のための遺伝的マーカーを提供する遺伝子、例えば、インビボでの生存または局在を評価するための遺伝子；例えば、細胞をインビボで陰性選択の影響を受けやすくすることにより、安全性を向上させる遺伝子であり、Ｌｕｐｔｏｎ Ｓ．Ｄ．ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ．及びＣｅｌｌ Ｂｉｏｌ．，１１：６（１９９１）、及びＲｉｄｄｅｌｌ ｅｔ ａｌ．，Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ ３：３１９－３３８（１９９２）に記載され、また、例えば、ドミナント陽性選択可能マーカー及び陰性選択可能マーカーの融合に由来する二機能性選択可能融合遺伝子の使用について記載されているＬｕｐｔｏｎらによるＰＣＴ／ＵＳ９１／０８４４２号及びＰＣＴ／ＵＳ９４／０５６０１号も参照されたい。例えば、Ｒｉｄｄｅｌｌ ｅｔ ａｌ．，米国特許第６，０４０，１７７号の第１４～１７段落を参照されたい。
操作された細胞の調製
いくつかの実施形態では、操作された細胞の調製は、１つまたは複数の培養及び／または調製ステップを含む。ＨＬＡ－ペプチド－ＡＢＰ、例えば、ＴＣＲを導入するための細胞は、生体試料、例えば、対象から得られた、またはその対象に由来するものなどの、試料から単離することができる。いくつかの実施形態では、細胞が単離される対象は、疾患もしくは状態を有するか、または細胞療法を必要としているか、または細胞療法薬が投与される対象である。いくつかの実施形態において対象は、細胞が単離、処理、及び／または操作される養子細胞療法などの、特定の治療的介入を必要としているヒトである。
したがって、細胞は、いくつかの実施形態では、初代細胞、例えば初代ヒト細胞である。試料としては、対象から直接的に採取された組織、体液、及びその他の試料のほか、分離、遠心分離、遺伝子操作（例えば、イルスベクターによる形質導入）、洗浄、及び／またはインキュベーションなどの１つまたは複数の処理ステップにより得られた試料が挙げられる。生体試料は、生物学的供給源から直接的に得られた試料または処理された試料であり得る。生体試料としては、非限定的に、血液、血漿、血清、脳脊髄液、滑液、尿及び汗などの体液、組織及び臓器の試料、例えば、それらに由来する処理された試料が挙げられる。
いくつかの態様では、細胞が由来または単離される試料は、血液または血液由来の試料であるか、またはアフェレーシス産物もしくは白血球アフェレーシス産物であるか、またはその産物に由来する。例示的な試料としては、全血、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）、白血球、骨髄、胸腺、組織生検、腫瘍、白血病、リンパ腫、リンパ節、腸関連リンパ組織、粘膜関連リンパ組織、脾臓、その他のリンパ組織、肝臓、肺、胃、腸、結腸、腎臓、膵臓、乳房、骨、前立腺、子宮頸、精巣、卵巣、扁桃腺もしくは他の臓器、及び／またはそれらに由来する細胞が挙げられる試料としては、細胞療法、例えば養子細胞療法の文脈において、自家及び同種起源の試料が包含される。
いくつかの実施形態では、細胞は、例えばＴ細胞株などの細胞株に由来する。細胞は、いくつかの実施形態では、異種起源、例えばマウス、ラット、非ヒト霊長類、またはブタから得られる。
いくつかの実施形態では、細胞の単離は、１つまたは複数の調製及び／または非親和性に基づく細胞分離ステップを含む。いくつかの例では、細胞を、洗浄し、遠心分離して、及び／または１つまたは複数の試薬の存在下でインキュベートする。例えば、不要な成分を除去するか、所望の成分を濃縮するか、あるいは特定の試薬に対し感受性の細胞を溶解または除去する。いくつかの例では、細胞を、密度、付着特性、サイズ、感度、特定の構成要素に対する耐性などの、１つまたは複数の特性に基づいて分離する。
いくつかの例では、対象の循環血液由来の細胞を、例えばアフェレーシスまたは白血球アフェレーシスによって得る。試料には、いくつかの態様では、リンパ球、例えば、Ｔ細胞、単球、顆粒球、Ｂ細胞、他の有核白血球、赤血球、及び／または血小板が含まれており、いくつかの態様では、赤血球と血小板以外の細胞が含まれている。
いくつかの実施形態では、対象から収集された血球を洗浄し、例えば、血漿画分を除去して、かつ後続の処理ステップに備えて、細胞を適切な緩衝液または培地に入れる。いくつかの実施形態では、細胞はリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）で洗浄される。いくつかの実施形態では、洗浄溶液は、カルシウム及び／またはマグネシウム及び／または多くのもしくは全ての二価カチオンを欠く。いくつかの態様では、洗浄ステップは、半自動化された「フロースルー」遠心分離機（例えば、Ｂａｘｔｅｒ製のＣｏｂｅ ２９９１セルプロセッサー）を製造元の説明書に従って使用して行う。いくつかの態様では、洗浄ステップを、製造元の指示に従ってタンジェント流濾過（ＴＦＦ）を用いて行う。いくつかの実施形態では、細胞を、洗浄後に、例えばＣａ＋＋／Ｍｇ＋＋不含ＰＢＳなどの、様々な生体適合性緩衝液中に再懸濁する。特定の実施形態では、血球試料の成分を除去して、細胞を培養液中に直接的に再懸濁する。
いくつかの実施形態では、本方法は、密度に基づく細胞分離方法、例えば、赤血球を溶解し、パーコールまたはフィコール勾配を介して遠心分離することによる、末梢血から白血球を調製することを含む。
いくつかの実施形態では、単離方法は、１つまたは複数の特定の分子、例えば、表面タンパク質、細胞内マーカーもしくは核酸のような表面マーカーの細胞内での発現または存在に基づいて、異なる細胞型を分離することを含む。いくつかの実施形態では、そのようなマーカーに基づいて分離を行うための、任意の公知の方法が使用され得る。いくつかの実施形態では、分離は、親和性または免疫親和性に基づく分離である。例えば、いくつかの態様において単離することは、細胞の発現または１つまたは複数のマーカー、典型的には細胞表面マーカーの発現レベルに基づき、例えば、そのようなマーカーに対し特異的に結合する抗体または結合パートナーと共にインキュベーションすることによって、細胞及び細胞集団を分離することと、続いて、一般的には洗浄ステップを実行することと、抗体または結合パートナーに結合していない細胞から抗体または結合パートナーに結合した細胞を分離することとを、含む。
そのような分離ステップは、試薬に結合した細胞がさらなる使用のために保持される陽性選択、及び／または抗体または結合パートナーに結合していない細胞を保持する陰性選択に基づき得る。いくつかの例では、両方の画分を、さらなる使用のために保持する。いくつかの態様では、陰性選択は、所望の集団以外の細胞によって発現されるマーカーに基づくと分離が最適に行われるような、異種集団の細胞型を特異的に同定する抗体が利用できない場合に特に有用である。
分離では、特定の細胞集団または特定のマーカーを発現する細胞のうちの必ずしも１００％を濃縮または除去する必要はない。例えば、特定のタイプの細胞、例えばマーカーを発現する細胞の陽性選択または濃縮とは、そのような細胞の数または割合を増加させることを指すが、ただし、その際、マーカーを発現していない細胞を必ずしも完全に存在しないようにする必要はない。同様に、特定のタイプの細胞、例えばマーカーを発現する細胞の陰性選択、除去または枯渇とは、そのような細胞の数または割合を減少させることを指すが、ただし、その際、そのような細胞を必ずしも全て完全に除去する必要はない。
いくつかの例では、複数ラウンドの分離ステップを実行し、１つのステップで陽性もしくは陰性選択された画分を、後続の別の分離ステップ、例えば、陽性もしくは陰性選択に供する。いくつかの例では、単一の分離ステップで、例えば、細胞を、複数の抗体または結合パートナー、例えば各々が陰性選択の標的となるマーカーに対し特異的なものと共にインキュベートすることによって、複数のマーカーを同時に発現する細胞を枯渇させることができる。同様に、様々な種類の細胞内で発現する複数の抗体または結合パートナーと共に細胞をインキュベートすることによって、複数の細胞型を同時に陽性選択する場合もある。
例えば、いくつかの態様ではＴ細胞の特定の亜集団、例えば陽性もしくは高レベルの１つ以上の表面マーカーを発現する細胞、例えばＣＤ２８＋、ＣＤ６２Ｌ＋、ＣＣＲ７＋、ＣＤ２７＋、ＣＤ１２７＋、ＣＤ４＋、ＣＤ８＋、ＣＤ４５ＲＡ＋、及び／またはＣＤ４５ＲＯ＋のＴ細胞を、陽性もしくは陰性選択手法によって単離する。
例えば、ＣＤ３＋、ＣＤ２８＋Ｔ細胞を、ＣＤ３／ＣＤ２８共役磁気ビーズ、例えば、ＤＹＮＡＢＥＡＤＳ（登録商標）Ｍ－４５０ ＣＤ３／ＣＤ２８ Ｔ細胞拡張剤）を使用して陽性選択することができる。
いくつかの実施形態では、単離は、陽性選択によって特定の細胞集団を濃縮させるか、または陰性選択によって特定の細胞集団を枯渇させることによって行われる。いくつかの実施形態では、陽性または陰性選択された細胞上でそれぞれ発現（マーカー＋）したまたは比較的高レベルにて発現（マーカー高）した１つまたは複数の表面に対し特異的に結合する、１つまたは複数の抗体または他の結合剤と共に、細胞をインキュベートすることによって、陽性または陰性選択を達成する。
いくつかの実施形態では、非Ｔ細胞、例えば、Ｂ細胞、単球、またはＣＤ１４などの他の白血球上に発現するマーカーを陰性選択することによって、Ｔ細胞を末梢血単核球（ＰＢＭＣ）試料から分離する。いくつかの態様では、ＣＤ４＋またはＣＤ８＋選択ステップを使用して、ＣＤ４＋ヘルパーＴ細胞とＣＤ８＋細胞傷害性Ｔ細胞を分離する。１つ以上のナイーブ、メモリー及び／またはエフェクターＴ細胞亜集団上に発現したマーカー、または比較的高レベルにて発現したマーカーを陽性または陰性選択することによって、そのようなＣＤ４＋及びＣＤ８＋の集団を、さらに亜集団に選別することができる。
いくつかの実施形態では、ＣＤ８＋細胞におけるナイーブ、セントラルメモリー、エフェクターメモリー、及び／またはセントラルメモリー幹細胞を、例えば、それぞれの亜集団に関連する表面抗原に基づいて、陽性または陰性選択することによって、さらに濃縮させるか、または枯渇させる。いくつかの実施形態では、セントラルメモリーＴ（ＴＣＭ）細胞の濃縮を遂行することによって、効能を向上させ、例えば、投与後の長期生存、増殖、及び／または生着を改善し、これは、一部の態様において、そのような亜集団においてとりわけ堅牢となる。Ｔｅｒａｋｕｒａ ｅｔ ａｌ． （２０１２） Ｂｌｏｏｄ． １：７２－８２；Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ． （２０１２） Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ． ３５（９）：６８９－７０１を参照されたい。いくつかの実施形態では、ＴＣＭに富むＣＤ８＋Ｔ細胞とＣＤ４＋Ｔ細胞を組み合わせることにより、さらに効能を強化する。
実施形態では、メモリーＴ細胞は、ＣＤ８＋末梢血リンパ球のＣＤ６２Ｌ＋サブセットとＣＤ６２Ｌ－サブセットの両方に存在する。例えば、抗ＣＤ８及び抗ＣＤ６２Ｌ抗体を使用して、末梢血単核球（ＰＢＭＣ）の、ＣＤ６２Ｌ－ＣＤ８＋及び／またはＣＤ６２Ｌ＋ＣＤ８＋画分を濃縮または枯渇させてもよい。
いくつかの実施形態では、セントラルメモリーＴ（ＴＣＭ）細胞の濃縮を、ＣＤ４５ＲＯ、ＣＤ６２Ｌ、ＣＣＲ７、ＣＤ２８、ＣＤ３、及び／またはＣＤ１２７の陽性または高い表面発現に基づいて行い、いくつかの態様では、ＣＤ４５ＲＡ及び／またはグランザイムＢを発現または高度に発現する細胞の陰性選択に基づいて行う。いくつかの態様では、ＣＤ４、ＣＤ１４、ＣＤ４５ＲＡを発現する細胞の枯渇、及びＣＤ６２Ｌを発現する細胞の陽性選択または濃縮によって、ＴＣＭ細胞が濃縮されたＣＤ８＋集団を単離する。一態様では、セントラルメモリーＴ（ＴＣＭ）細胞の濃縮を、まず、ＣＤ４の発現に基づいて選択された細胞の陰性画分から実行し、ＣＤ１４及びＣＤ４５ＲＡの発現に基づく陰性選択、ならびにＣＤ６２Ｌに基づく陽性選択に供する。このような選択は、いくつかの態様では同時に実行し、他の態様ではいずれかの順序で逐次的に実行する。いくつかの態様では、ＣＤ８＋細胞集団または亜集団を調製する際に用いたのと同じＣＤ４発現に基づく選択ステップもまた使用して、ＣＤ４＋細胞集団または亜集団を生成し、例えばＣＤ４ベースの分離による陽性画分と陰性画分の両方を保持して、本方法の後続ステップで使用し、任意選択で、１つまたは複数の追加的な陽性または陰性選択ステップを続ける。
特定の例では、ＰＢＭＣの試料または他の白血球試料で、陰性及び陽性画分の両方が保持されているものを、ＣＤ４＋細胞の選択に供する。次いで、陰性画分を、ＣＤ１４及びＣＤ４５ＲＡまたはＲＯＲ１の発現に基づいて陰性選択に供し、セントラルメモリーＴ細胞の特徴的なマーカー、例えばＣＤ６２ＬまたはＣＣＲ７に基づいて陽性選択に供する。陽性及び陰性選択は、任意の順序で実施される。
細胞表面抗原を有する細胞集団を同定することによって、ＣＤ４＋Ｔヘルパー細胞を、ナイーブ細胞、セントラルメモリー細胞、エフェクター細胞に選別する。ＣＤ４＋リンパ球は、標準的な方法で得ることができる。いくつかの実施形態では、ナイーブＣＤ４＋Ｔリンパ球は、ＣＤ４５ＲＯ－、ＣＤ４５ＲＡ＋、ＣＤ６２Ｌ＋、ＣＤ４＋Ｔ細胞である。いくつかの実施形態では、セントラルメモリーＣＤ４＋細胞はＣＤ６２Ｌ＋及びＣＤ４５ＲＯ＋である。いくつかの実施形態では、エフェクターＣＤ４＋細胞はＣＤ６２Ｌ－及びＣＤ４５ＲＯ－である。
一例では、陰性選択によりＣＤ４＋細胞を濃縮するため、モノクローナル抗体カクテルには典型的には、ＣＤ１４、ＣＤ２０、ＣＤ１１ｂ、ＣＤ１６、ＨＬＡ－ＤＲ、及びＣＤ８に対する抗体を含める。いくつかの実施形態では、抗体または結合パートナーを、磁性ビーズまたは常磁性ビーズなどの固体担体または基質に結合することにより、陽性及び／または陰性選択に応じて細胞分離を可能にする。例えば、いくつかの実施形態では、細胞及び細胞集団は、免疫磁気（または親和性磁気）分離技術を使用して分離または単離させる（Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，ｖｏｌ．５８：Ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，Ｖｏｌ．２：Ｃｅｌｌ Ｂｅｈａｖｉｏｒ Ｉｎ Ｖｉｔｒｏ ａｎｄ Ｉｎ Ｖｉｖｏ，ｐ １７－２５ Ｅｄｉｔｅｄ ｂｙ：Ｓ．Ａ．Ｂｒｏｏｋｓ ａｎｄ Ｕ．Ｓｃｈｕｍａｃｈｅｒ Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ Ｉｎｃ．，Ｔｏｔｏｗａ，Ｎ．Ｊ．においてレビューされる）。
いくつかの態様では、分離される細胞の試料または組成物を、小型の磁化可能、または磁気応答性の材料、例えば、常磁性ビーズ（例えば、ＤｙｎａｂｅａｄｓまたはＭＡＣＳビーズなど）などの磁気応答性粒子または微粒子と共にインキュベートする。磁気応答性材料、例えば粒子は、一般に、分離が所望される、例えば、陰性選択または陽性選択が所望される細胞（単数もしくは複数）または細胞の集団に存在する分子、例えば表面マーカーに特異的に結合する結合パートナー、例えば抗体に直接的または間接的に付着する。
いくつかの実施形態では、磁性粒子またはビーズは、特異的な結合メンバー、例えば、抗体または他の結合パートナーに結合された磁気応答材料を含む。磁気分離法で使用される数多くの周知の磁気応答材料がある。好適な磁性粒子としては、Ｍｏｌｄａｙ，米国特許第４，４５２，７７３号、及び欧州特許明細書ＥＰ４５２３４２（Ｂ）号に記載されているものが挙げられ、参照によりその全てが組み込まれる。Ｏｗｅｎによる米国特許第４，７９５，６９８号、及びＬｉｂｅｒｔｉらによる米国特許第５，２００，０８４号に記載されているようなコロイドサイズの粒子はその他の例である。
インキュベーションは、一般に、磁性粒子またはビーズに付着する、抗体もしくは結合パートナー、またはそのような抗体もしくは結合パートナーに特異的に結合する二次抗体もしくは他の試薬などの分子が、試料内の細胞に存在する場合、細胞表面に特異的に結合する条件下で実行される。
いくつかの態様では、試料を磁場内に置き、磁気応答性または磁化可能な粒子が付着している細胞を磁石に引き寄せて、非標識細胞から分離させる。陽性選択では、磁石に引き寄せられた細胞が保持されるのに対し、陰性選択では、引き寄せられない細胞（無標識の細胞）が保持される。いくつかの態様では、陽性選択と陰性選択の組み合わせを同じ選択ステップ中に実行し、陽性画分及び陰性画分を保持して、さらに処理されるか、あるいは、さらなる分離ステップに供される。
特定の実施形態では、磁気応答性粒子は、一次抗体または他の結合パートナー、二次抗体、レクチン、酵素、またはストレプトアビジンでコーティングされている。特定の実施形態では、磁性粒子は、１つまたは複数のマーカーに対し特異的な一次抗体のコーティングを介して細胞に付着している。特定の実施形態では、ビーズではなく細胞を、一次抗体または結合パートナーで標識し、次いで、細胞型特異的二次抗体または他の結合パートナー（例えば、ストレプトアビジン）でコーティングされた磁性粒子を添加する。特定の実施形態では、ストレプトアビジンでコーティングされた磁性粒子を、ビオチン化一次抗体または二次抗体と組み合わせて使用する。
いくつかの実施形態では、磁気応答性粒子を、引き続き、培養、培養及び／または操作に供する細胞に付着したままの状態に維持する。いくつかの態様では、この粒子を、患者への投与のために細胞に付着したままの状態に維持する。いくつかの実施形態では、磁化性または磁気応答性の粒子を、細胞から除去する。細胞から磁化可能な粒子を除去するための方法は公知であり、例えば、競合する非標識抗体、磁化可能粒子、または切断可能なリンカーに結合した抗体などを使用することが挙げられる。いくつかの実施形態では、磁化可能粒子は、生分解性である。
いくつかの実施形態では、親和性ベースの選択は、磁気活性化細胞選別（ＭＡＣＳ）によってなされる（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃｈ，Ａｕｂｕｒｎ，Ｃａｌｉｆ．）。磁気活性化細胞選別（ＭＡＣＳ）システムは、磁性粒子が付着した細胞を高純度にて選択することを可能としている。特定の実施形態では、ＭＡＣＳは、外部磁場の印加後に非標的種及び標的種が逐次的に溶出するモ様式にて実行する。すなわち、磁化された粒子に付着した細胞は、付着していない種が溶出している間、適所に保持されている。次いで、この第１の溶出ステップが完了した後で磁場に捕捉されて溶出するのを妨げられた種は、何らかの方法で解放され、結果として、この種の溶出及び回収が可能となる。特定の実施形態では、非標的細胞を標識し、不均一な細胞集団から枯渇させる。
特定の実施形態では、単離または分離は、本方法における単離、細胞調製、分離、処理、インキュベーション、培養、及び／または製剤化ステップのうちの１つまたは複数を遂行する、システム、デバイス、または装置を使用して実行される。いくつかの態様では、本システムを使用して、これらの各ステップを閉鎖されたまたは無菌環境で実行することにより、例えば、エラー、ユーザーの取り扱い、及び／または汚染を最小限に抑えることが可能となる。一例において、本システムは、国際特許出願公開第ＷＯ２００９／０７２００３号、または米国特許出願公開第２０１１０００３３８０（Ａ１）号に記載されているシステムである。
いくつかの実施形態では、システムまたは装置は、統合または自己完結型システムにて、及び／または自動化されたまたはプログラム可能な方法にて、分離、処理、操作、及び配合のステップのうちの１つまたは複数、例えば全部を実行する。いくつかの態様では、システムまたは装置は、システムもしくは装置と通信するコンピューター及び／またはコンピュータープログラムを含むことにより、ユーザーが、処理ステップ、単離ステップ、操作ステップ、及び配合ステップの様々な態様をプログラム、制御、結果の評価、及び／または調整するのを可能にしている。
いくつかの態様では、例えば、閉鎖された無菌システムにおいて、臨床規模のレベルにて細胞を自動分離するため、ＣｌｉｎｉＭＡＣＳシステム（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ）を使用して分離及び／または他のステップを実行する。構成要素には、統合型マイクロコンピューター、磁気分離ユニット、蠕動ポンプ、及び様々なピンチバルブが包含される。統合型コンピューターは、いくつかの態様では、機器の全ての構成要素を制御し、手順を標準化された順序にて繰り返し実行するようにシステムに指示す。いくつかの態様では、磁気分離ユニットは、可動永久磁石及び選択カラム用のホルダーを含む。蠕動ポンプは、ピンチ弁と共に、チューブセット全体の流量を制御する。これにより、システムを通る緩衝液の制御された流れ、及び細胞を継続的に懸濁させることが、確実になされる。
いくつかの態様では、ＣｌｉｎｉＭＡＣＳシステムでは、無菌の非発熱性溶液中に供給された抗体結合磁化可能粒子が、使用される。いくつかの実施形態では、細胞を磁性粒子で標識した後、この細胞を洗浄して過剰な粒子を除去する。次いで、細胞調製バッグをチューブセットに接続した後、これを、緩衝液を含むバッグ、及び細胞収集バッグに接続する。チューブセットは、プレカラムと分離カラムを含む事前に組み立て済み滅菌チューブからなり、単回使用である。分離プログラムの開始後、本システムでは自動的に細胞試料が分離カラムに適用される。標識された細胞はカラム内に保持される一方、標識されていない細胞は一連の洗浄ステップによって除去される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法により使用される細胞集団は無標識のものであることから、カラム内に保持されない。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法により使用される細胞集団は有標識のものであることから、カラムに保持される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法により使用される細胞集団は、磁場を除去した後にカラムから溶出され、細胞収集バッグ内に収集される。
特定の実施形態では、分離及び／または他のステップは、ＣｌｉｎｉＭＡＣＳ Ｐｒｏｄｉｇｙシステム（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ）を使用して実行される。ＣｌｉｎｉＭＡＣＳ Ｐｒｏｄｉｇｙシステムは、いくつかの態様では、細胞処理ユニティを装備したことによって、遠心分離による細胞の自動洗浄及び分画を可能にしている。ＣｌｉｎｉＭＡＣＳ Ｐｒｏｄｉｇｙシステムに、オンボードカメラ及び画像認識ソフトウェアを具備させて、供給源細胞生成物の肉眼可視層を識別することによって最適な細胞分画エンドポイントが判別されるようにしてもよい。例えば、末梢血を、自動的に赤血球、白血球、及び血漿層に分離することができる。ＣｌｉｎｉＭＡＣＳ Ｐｒｏｄｉｇｙシステムに、統合された細胞培養チャンバーを含めてもよい。これにより、例えば、細胞の分化と増殖、抗原ローディング、長期細胞培養などの細胞培養プロトコールが実現する。入力ポートは、培地の無菌除去及び補充を可能にし得る。統合型顕微鏡を使用して細胞をモニターすることができる。例えば、Ｋｌｅｂａｎｏｆｆ ｅｔ ａｌ． （２０１２） Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ． ３５（９）： ６５１－６６０、Ｔｅｒａｋｕｒａ ｅｔ ａｌ． （２０１２） Ｂｌｏｏｄ． １：７２－８２、及びＷａｎｇ ｅｔ ａｌ． （２０１２） Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ． ３５（９）：６８９－７０１を参照されたい。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞集団を、フローサイトメトリーを介して収集及び濃縮（または枯渇）させ、複数の細胞表面マーカー用に染色された細胞を、流体の流れを介して運搬する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞集団を、分取規模の蛍光標識細胞分取（ＦＡＣＳ）を介して収集して、濃縮（または枯渇）させる。特定の実施形態では、ＦＡＣＳベースの検出システムと組み合わせて微小電気機械システム（ＭＥＭＳ）チップを使用することにより、本明細書に記載の細胞集団を収集し、濃縮（または枯渇）させる（例えば、ＷＯ２０１０／０３３１４０，Ｃｈｏ ｅｔ ａｌ．（２０１０）Ｌａｂ Ｃｈｉｐ １０，１５６７－１５７３、及びＧｏｄｉｎ ｅｔ ａｌ．（２００８）Ｊ Ｂｉｏｐｈｏｔｏｎ．１（５）：３５５－３７６を参照されたい）。両方の事例において、細胞を複数のマーカーで標識することによって、十分に明確にされたＴ細胞サブセットを高純度で単離することが可能となる。
いくつかの実施形態では、抗体または結合パートナーを１つまたは複数の検出可能マーカーで標識することで、陽性及び／または陰性選択に合わせて分離させるのを容易にしている。例えば、分離は、蛍光標識抗体への結合に基づいて行うことができる。いくつかの例では、抗体または１つもしくは複数の細胞表面マーカーに対し特異的な他の結合パートナーの結合に基づいて細胞を分離することは、流体の流れを介して行われ、例えば、蛍光標識細胞分取（ＦＡＣＳ）、例えば、分取スケール（ＦＡＣＳ）及び／または微小電気機械システム（ＭＥＭＳ）チップ、例えば、フローサイトメトリー検出システムによる。そのような方法は、同時的に複数のマーカーに基づく陽性及び陰性選択を可能にする。
いくつかの実施形態では、調製方法は、凍結のステップ、例えば、単離、インキュベーション及び／もしくは操作を実施する前または実施した後における、細胞の凍結保存を含む。いくつかの実施形態では、凍結及びその後続の解凍ステップで、細胞集団内の顆粒球、及びある程度まで単球を、除去する。いくつかの実施形態では、例えば、洗浄ステップで血漿及び血小板を除去した後に、細胞を凍結溶液中に懸濁させる。いくつかの態様において様々な公知の凍結溶液及びパラメーターのいずれかを使用してもよい。一例では、２０％ＤＭＳＯと８％ヒト血清アルブミン（ＨＳＡ）とを含有するＰＢＳ、または他の好適な細胞凍結培地を、使用することを含む。次いで、これを培地で１：１に希釈して、ＤＭＳＯ及びＨＳＡの最終濃度をそれぞれ１０％及び４％にする。他の例としては、Ｃｒｙｏｓｔｏｒ（登録商標）、ＣＴＬ－Ｃｒｙｏ（商標）ＡＢＣ凍結培地などが挙げられる。次いで、細胞を毎分１度の速度で－８０℃まで凍結し、液体窒素貯蔵タンクの気相中に保存する。
いくつかの実施形態では、提供されている方法は、培養、インキュベーション、培養、及び／または遺伝子操作ステップを含む。例えば、いくつかの実施形態では、枯渇した細胞集団及び培養開始組成物をインキュベート及び／または操作するための方法が提供されている。
それゆえ、いくつかの実施形態では、培養開始組成物中で細胞集団をインキュベートする。インキュベーション及び／または操作を、培養容器、例えば、ユニット、チャンバー、ウェル、カラム、チューブ、チュービングセット、バルブ、バイアル、培養皿、バッグ、または培地培養もしくは細胞培養用の他の容器中で、実施してもよい。
いくつかの実施形態では、遺伝子操作を施す前またはそれに関連して、細胞をインキュベートし及び／または培養する。インキュベーションステップは、培養、培養、刺激、活性化、及び／または増殖を含み得る。いくつかの実施形態では、組成物または細胞を、刺激条件または刺激剤の存在下にて、インキュベートする。そのような条件には、集団内の細胞の増殖、増殖、活性化、及び／または生存を誘発させ、抗原曝露を模倣し、及び／または、遺伝子操作を施すに際して、例えば、組み換え抗原受容体の導入に向けて細胞を調製することを目的に設計された条件が、包含される。
条件としては、特定の培地、温度、酸素含有量、二酸化炭素含有量、時間、薬剤、例えば、栄養素、アミノ酸、抗生物質、イオン、及び／または刺激因子、例えば、サイトカイン、ケモカイン、抗原、結合パートナー、融合タンパク質のほか、組み換え可溶性受容体、及び細胞を活性化するように設計された任意の他の薬剤のうちの１つまたは複数を挙げることができる。
いくつかの実施形態では、刺激条件または薬剤としては、１つ以上の薬剤、例えば、ＴＣＲ複合体の細胞内シグナル伝達ドメインを活性化し得るリガンドが挙げられる。いくつかの態様では、Ｔ細胞内でのＴＣＲ／ＣＤ３細胞内シグナル伝達カスケードを、薬剤によって、オンにするか、または開始する。そのような薬剤としては、抗体類、例えば、ＴＣＲ成分、及び／または共刺激受容体に対し特異的なもの、例えば抗ＣＤ３、抗ＣＤ２８、ビーズなどの固体担体に結合したもの、及び／または１つまたは複数のサイトカインを挙げることができる。任意選択で、増殖方法に、培養培地に（例えば、少なくとも約０．５ｎｇ／ｍｌの濃度にて）抗ＣＤ３及び／または抗ＣＤ２８抗体を加えるステップを、さらに含んでもよい。いくつかの実施形態では、刺激剤は、ＩＬ－２及び／またはＩＬ－１５、例えば、少なくとも約１０単位／ｍＬのＩＬ－２濃度を含む。
いくつかの態様では、インキュベーションは、米国特許第６，０４０，１７７号（Ｒｉｄｄｅｌｌ ｅｔ ａｌ．に付与）、Ｋｌｅｂａｎｏｆｆ ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．３５（９）６５１－６６０，Ｔｅｒａｋｕｒａ ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｂｌｏｏｄ．１：７２－８２、及び／またはＷａｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１２）Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．３５（９）：６８９－７０１に記載されているような技術に従って行われる。
いくつかの実施形態では、Ｔ細胞は、非分裂性末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）などの培養開始組成物フィーダー細胞に加えること（例えば、結果として生じる細胞集団が、増殖される初期集団中の各Ｔリンパ球について、少なくとも約５、１０、２０、または４０個以上のＰＢＭＣ支持細胞を含むようにする）、及び培養物をインキュベートすること（例えば、Ｔ細胞の数を増やすのに十分な時間）により増殖される。一部の態様では、非分裂性フィーダー細胞は、ガンマ線照射ＰＢＭＣ支持細胞を含み得る。いくつかの実施形態では、細胞分裂を防ぐために、ＰＢＭＣに約３０００～３６００ｒａｄの範囲のガンマ線を照射する。いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣフィーダー細胞をマイトマイシンＣで不活性化する。いくつかの態様では、Ｔ細胞の集団を加える前に、支持細胞を培地に加える。
いくつかの実施形態では、刺激条件には、ヒトＴリンパ球の増殖に好適な温度、例えば、少なくとも約２５℃、一般に少なくとも約３０℃、一般に３７℃または約３７℃が含まれる。任意選択で、インキュベーションは、非分裂性ＥＢＶ形質転換リンパ芽球様細胞（ＬＣＬ）をフィーダー細胞として加えることをさらに含んでもよい。ＬＣＬには、約６０００～１０，０００ｒａｄの範囲のガンマ線を照射し得る。いくつかの態様におけるＬＣＬフィーダー細胞は、任意の好適な量、例えば、ＬＣＬフィーダー細胞と初期Ｔリンパ球との比が少なくとも約１０：１で提供される。
実施形態では、抗原特異的ＣＤ４＋及び／またはＣＤ８＋Ｔ細胞などの抗原特異的Ｔ細胞は、ナイーブまたは抗原特異的Ｔリンパ球を抗原で刺激することによって得られる。例えば、感染した対象からＴ細胞を分離し、同じ抗原でインビトロにて細胞を刺激することにより、サイトメガロウイルス抗原に対する抗原特異的Ｔ細胞株またはクローンを作製することができる。
アッセイ
当該技術分野において公知の様々なアッセイを使用して、本明細書で提供されるＨＬＡ－ペプチドＡＢＰを同定し、特性評価してもよい。
結合、競合、及びエピトープマッピングアッセイ
本明細書で提供されるＡＢＰの特異的抗原結合活性は、本開示のいずこかで説明されるように、ＳＰＲ、ＢＬＩ、ＲＩＡ、Ｃａｒｔｅｒｒａバイオセンサー及びＭＳＤ－ＳＥＴを使用することを含む、任意の好適な方法によって評価され得る。追加的に、抗原結合活性を、ＥＬＩＳＡアッセイ、フローサイトメトリー、及び／またはウエスタンブロットアッセイを使用して評価してもよい。
２つのＡＢＰ、またはＡＢＰと別の分子（例えば、ＴＣＲなどのＨＬＡ－ペプチドの１つまたは複数のリガンド）間の競合を測定するためのアッセイは、本開示のいずこか、例えば、参照によりその全てが組み込まれる、Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｌａｎｅ，ＡＢＰｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ ｃｈ．１４，１９８８，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙに記載される。
本明細書で提供されるＡＢＰが結合するエピトープをマッピングするためのアッセイは、例えば、参照によりその全てが組み込まれる、Ｍｏｒｒｉｓ，“Ｅｐｉｔｏｐｅ Ｍａｐｐｉｎｇ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，” ｉｎ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ｖｏｌ．６６，１９９６，Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，Ｎ．Ｊ．に記載される。一部の実施形態では、エピトープはペプチド競合によって決定される。一部の実施形態では、エピトープは質量分析によって決定される。一部の実施形態では、エピトープは変異導入によって決定される。一部の実施形態では、エピトープは結晶学によって決定される。
エフェクター機能についてのアッセイ
本明細書で提供されるＡＢＰ及び／または細胞での治療後のエフェクター機能は、当該技術分野において公知の様々なインビトロ及びインビボアッセイを使用して評価することができる。これらのアッセイとしては、参照によりその全てが組み込まれる、Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，１９９１，９：４５７－４９２；米国特許第５，５００，３６２号、同第５，８２１，３３７号；Ｈｅｌｌｓｔｒｏｍ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１９８６，８３：７０５９－７０６３；Ｈｅｌｌｓｔｒｏｍ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１９８５，８２：１４９９～１５０２；Ｂｒｕｇｇｅｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．，１９８７，１６６：１３５１－１３６１；Ｃｌｙｎｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１９９８，９５：６５２－６５６；ＷＯ２００６／０２９８７９；ＷＯ２００５／１００４０２；Ｇａｚｚａｎｏ－Ｓａｎｔｏｒｏ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ，１９９６，２０２：１６３－１７１；Ｃｒａｇｇ ｅｔ ａｌ．，Ｂｌｏｏｄ，２００３，１０１：１０４５－１０５２；Ｃｒａｇｇ ｅｔ ａｌ．Ｂｌｏｏｄ，２００４，１０３：２７３８－２７４３、及びＰｅｔｋｏｖａ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｔ’ｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，２００６，１８：１７５９－１７６９記載されているものが挙げられる。
医薬組成物
本明細書で提供されるＡＢＰ、細胞、またはＨＬＡ－ペプチド標的は、任意の好適な医薬組成物に製剤化され、任意の好適な投与経路により投与することができる。好適な投与経路の例としては、非限定的に、動脈内、皮内、筋肉内、腹腔内、静脈内、経鼻、非経口、肺、及び皮下経路が挙げられる。
前記医薬組成物は、１つまたは複数の医薬賦形剤を含み得る。任意の適切な医薬賦形剤を使用することができ、当業者は適切な医薬賦形剤を選択することができる。したがって、以下に提供される医薬賦形剤は、例示的であり、限定的ではないことが意図されている。追加的な医薬賦形剤としては、例えば、参照によりその全てが組み込まれる、Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｅｘｃｉｐｉｅｎｔｓ，Ｓｈｅｓｋｅｙ ｅｔ ａｌ．（Ｅｄｓ．）８ｔｈ Ｅｄ．（２０１７）に記載されているものが挙げられる。
いくつかの実施形態では、この医薬組成物は担体を含む。
治療方法
治療用途のために、ＡＢＰ及び／または細胞は、当該技術分野において公知のもの及び上記で論じたものなどの、医薬的に許容される剤形にて哺乳動物、一般的にはヒトに投与される。例えば、ＡＢＰ及び／または細胞は、ボーラスとして静脈内にもしくは筋肉内、腹腔内、脳脊髄内、皮下、関節内、滑膜内、くも膜下腔内、または腫瘍内経路により、一定期間にわたる持続注入によってヒトに投与される。また、ＡＢＰは、腫瘍周囲、病変内、または病変周囲経路を介して好適に投与され、局所的及び全身的な治療効果を発揮する。腹腔内経路は、例えば、卵巣腫瘍の治療において特に有用であり得る。
本明細書で提供されるＡＢＰ及び／または細胞は、ＨＬＡ－ペプチドが関与する任意の疾患もしくは状態の治療にも有用であり得る。いくつかの実施形態では、疾患または状態は、抗ＨＬＡ－ペプチドＡＢＰ及び／または細胞による治療から利益を得ることができる疾患もしくは病態である。いくつかの実施形態では、疾患または状態は、腫瘍である。いくつかの実施形態では、疾患または状態は、細胞増殖性疾患である。一部の実施形態では、疾患または状態はがんである。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるＡＢＰ及び／または細胞を、医薬としての使用のために提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるＡＢＰ及び／または細胞を、医薬の製造または調製における使用のために提供する。いくつかの実施形態では、医薬は、抗ＨＬＡ－ペプチドＡＢＰ及び／または細胞から利益を得ることができる疾患もしくは状態の治療用である。いくつかの実施形態では、疾患または状態は、腫瘍である。いくつかの実施形態では、疾患または状態は、細胞増殖性疾患である。一部の実施形態では、疾患または状態はがんである。
本明細書で提供される有効量のＡＢＰ及び／または細胞を対象に投与することにより、それを必要とする対象の疾患または状態を治療する方法が、本明細書で提供される。いくつかの態様では、疾患または状態は、がんである。
本明細書で提供される有効量のＡＢＰ及び／または細胞を対象に投与することにより、それを必要とする対象の疾患または状態を治療する方法が、本明細書で提供される、疾患または状態ががんであり、がんは固形がんまたは血液癌から選択される。
また、本明細書に開示される有効量のＡＢＰ及び／または細胞または医薬組成物を対象に投与することを含む、それを必要とする対象における免疫応答を調節する方法が本明細書に提供される。
対象における調節された免疫応答は、当技術分野で公知の任意の手段によって評価され得る。
いくつかの実施形態において、対象における調節された免疫応答は、例えば、ＡＢＰの新抗原標的の表面発現を伴う標的細胞の抗体依存性細胞傷害（ＡＤＣＣ）の増大または誘導を含む。ＡＤＣＣは、当技術分野で公知の任意の手段によって評価され得る。
いくつかの実施形態において、対象における調節された免疫応答は、例えば、ＡＢＰの新抗原標的の表面発現を伴う標的細胞の補体依存性細胞傷害性（ＣＤＣ）の増大または誘導を含む。ＣＤＣは、当技術分野で公知の任意の手段によって評価され得る。
ほんの一例として、対象における免疫応答は、対象または対象の腫瘍から得られたリンパ球を、ＨＬＡ－ペプチド抗原への結合について評価することによって評価され得る。いくつかの実施形態において、対象由来の腫瘍浸潤リンパ球、またはＨＬＡ－ペプチド抗原への結合について評価された。他に例としてのみ、対象における調節された免疫応答は、既存の新生抗原特異的Ｔ細胞集団の拡大、対象における新しいＴ細胞特異性のより広いレパートリー、またはその両方を含み得る。そのような調節された免疫応答を評価するための方法は、Ｏｔｔ ｅｔ ａｌ．，Ａｎ ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｉｃ ｐｅｒｓｏｎａｌ ｎｅｏａｎｔｉｇｅｎ ｖａｃｃｉｎｅ ｆｏｒ ｐａｔｉｅｎｔｓ ｗｉｔｈ ｍｅｌａｎｏｍａ，Ｎａｔｕｒｅ ５４７，２１７－２２１（１３ Ｊｕｌｙ ２０１７）に記載されており、これはその内容が参照として組み込まれる。免疫応答を評価するための方法は、Ｓａｈｉｎ ｅｔ ａｌ．， Ｐｅｒｓｏｎａｌｉｚｅｄ ＲＮＡ ｍｕｔａｎｏｍｅ ｖａｃｃｉｎｅｓ ｍｏｂｉｌｉｚｅ ｐｏｌｙ－ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ ｉｍｍｕｎｉｔｙ ａｇａｉｎｓｔ ｃａｎｃｅｒ， Ｎａｔｕｒｅ ５４７，２２２－２２６（１３ Ｊｕｌｙ ２０１７）にも記載されており、これはその内容が参照として組み込まれる。
免疫モニタリングを実施するために、ＰＢＭＣが一般的に使用される。ＰＢＭＣは、初回ワクチン接種前及び初回ワクチン接種後（４週間と８週間など）に単離され得る。ＰＢＭＣは、追加免疫ワクチン接種の直前及び各追加免疫ワクチン接種後（例えば、４週間と８週間）に採取され得る。
いくつかの実施形態において、対象における調節された免疫応答は、調節されたＴ細胞応答を含む。Ｔ細胞応答は、ＥＬＩＳポット、細胞内サイトカイン染色、サイトカイン分泌及び細胞表面捕捉、Ｔ細胞増殖、ＭＨＣ多量体染色、または細胞傷害性アッセイなどの当技術分野で公知の１つまたは複数の方法を使用して測定され得る。本明細書に開示されるＨＬＡ－ペプチド抗原に対するＴ細胞応答は、ＥＬＩＳｐｏｔアッセイを使用してＩＦＮ－γなどのサイトカインの誘導を測定することにより、ＰＢＭＣからモニターされ得る。本明細書に開示されるＨＬＡ－ペプチド抗原に対する特定のＣＤ４またはＣＤ８Ｔ細胞応答は、フローサイトメトリーを使用して、ＩＦＮ－γなどの細胞内または細胞外に捕捉されたサイトカインの誘導を測定することによってＰＢＭＣからモニターし得る。本明細書に開示されるＨＬＡ－ペプチド抗原に対する特異的ＣＤ４またはＣＤ８Ｔ細胞応答は、ＭＨＣ多量体染色を使用してエピトープ／ＭＨＣクラスＩ複合体に特異的なＴ細胞受容体を発現するＴ細胞集団を測定することによってＰＢＭＣからモニターし得る。本明細書に開示されるＨＬＡ－ペプチド抗原に対する特定のＣＤ４またはＣＤ８Ｔ細胞応答は、３Ｈ－チミジン、ブロモデオキシウリジン、及びカルボキシフルオレセイン－ジアセテート－スクシンイミジルエステル（ＣＦＳＥ）の取り込み後のＴ細胞集団のエクスビボ増殖を測定することによってＰＢＭＣからモニターされ得る。本明細書に開示される特異的ＨＬＡ－ペプチド抗原であるＰＢＭＣ由来Ｔ細胞の抗原認識能力及び溶解活性は、クロム放出アッセイまたは代替の比色細胞傷害性アッセイによって機能的に評価され得る。
特定の実施形態は、対象における免疫応答は、酵素結合免疫スポット（ＥＬＩＳＰＯＴ）分析によって評価される。
有効量のＡＢＰ及び／または細胞または本明細書に開示される医薬組成物を対象に投与することを含む、それを必要とする対象において標的細胞を殺滅する方法も本明細書に提供される。いくつかの実施形態において、対象はがんを有する。いくつかの実施形態では、標的細胞はがん細胞である。
いくつかの実施形態において、がんまたはがん細胞は、配列番号１０，７５５～２９，３６４のいずれか１つに記載されているＨＬＡ－ペプチド抗原またはＨＬＡクラスＩ分子を発現するかまたは発現すると予測される。いくつかの実施形態において、がんまたはがん細胞は、ＨＬＡ－ペプチド抗原に関連する遺伝子の体細胞変異を含むと判定または予測される。いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、ＨＬＡ－ペプチド抗原に選択的に結合する。いくつかの実施形態において、ＡＢＰは、ＨＬＡ－ペプチド抗原に含まれるＨＬＡクラスＩサブタイプに選択的に結合する。
いくつかの実施形態において、対象にＡＢＰを投与する前に、対象のがんもしくはがん細胞、または対象由来の生物学的試料は、ＨＬＡ－ペプチド抗原を発現すると判定される。いくつかの実施形態において、対象にＡＢＰを投与する前に、対象のがんもしくはがん細胞、または対象由来の生物学的試料は、ＨＬＡ－ペプチド抗原のＨＬＡクラスＩサブタイプを含むと判定される。ほんの一例として、ＲＡＳ Ｇ１２Ｄ新抗原ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１＿ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（「ＳＮＡ３０」）に選択的に結合するＡＢＰを投与する前に、対象のがんもしくはがん細胞、または対象由来の生物学的試料が、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１を含むと判定される。いくつかの実施形態において、対象にＡＢＰを投与する前に、対象のがんもしくはがん細胞、または対象由来の生物学的試料は、ＨＬＡ－ペプチド抗原に関連する遺伝子の体細胞変異を含むと判定される。ほんの一例として、ＲＡＳ Ｇ１２Ｄ新抗原ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１＿ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（「ＳＮＡ３０」）に選択的に結合するＡＢＰを投与する前に、対象のがんもしくはがん細胞、または対象由来の生物学的試料が、ＲＡＳ Ｇ１２Ｄ変異を含むと判定される。いくつかの実施形態において、対象にＡＢＰを投与する前に、対象のがんもしくはがん細胞、または対象由来の生物学的試料は、ＨＬＡ－ペプチド抗原のＨＬＡクラスＩサブタイプを含むと判定されされ、及びこの対象のがんまたはがん細胞は、ＨＬＡ－ペプチド抗原に含まれる体細胞変化に関連する遺伝子を発現するかまたは発現すると予測される。ほんの一例として、ＲＡＳ Ｇ１２Ｄ新抗原ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１＿ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（「ＳＮＡ３０」）に選択的に結合するＡＢＰを投与する前に、対象のがんもしくはがん細胞、または対象由来の生物学的試料が、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１を含むと判定され、対象のがんもしくはがん細胞は、ＲＡＳ、例えば、ＫＲＡＳ、ＮＲＡＳ、またはＨＲＡＳを発現する。いくつかの実施形態において、対象にＡＢＰを投与する前に、対象のがん、がん細胞、または生物学的試料は、ＨＬＡ－ペプチド抗原に関連する遺伝子の体細胞突然変異を含むと判定され、この対象が、ＨＬＡ－ペプチド抗原に含まれるＨＬＡクラスＩサブタイプを発現すると判定される。ほんの一例として、ＲＡＳ Ｇ１２Ｄ新抗原ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１＿ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（「ＳＮＡ３０」）に選択的に結合するＡＢＰを投与する前に、対象のがんもしくはがん細胞、または対象由来の生物学的試料が、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１及びＲＡＳ Ｇ１２Ｄ変異を含むと判定される。いくつかの実施形態において、対象から得られた生物学的試料は、ＨＬＡ－ペプチド抗原またはＨＬＡ－ペプチド抗原に含まれるＨＬＡクラスＩサブタイプに対して陽性であると判定される。いくつかの実施形態において、対象のがんもしくはがん細胞は、体細胞変化、変異、または遺伝子と体細胞変化の両方に関連する遺伝子を、事前に規定された閾値を超えて発現すると判定される。いくつかの実施形態において、対象のがんまたはがん細胞におけるＨＬＡクラスＩサブタイプの喪失は検出されない。
生物学的試料としては、限定するものではないが、血液、血漿、血清、脳脊髄液、滑液、尿及び汗などの体液、組織及び器官の試料、例としては、それに由来する処理された試料が挙げられる。いくつかの実施形態では、生物学的試料は、腫瘍試料、例えば、固形腫瘍試料を含む。いくつかの実施形態において、固形腫瘍試料は、新鮮な腫瘍試料である。いくつかの実施形態において、固形腫瘍試料は、凍結腫瘍試料である。いくつかの実施形態では、腫瘍試料は、ホルマリン固定、パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）試料である。いくつかの実施形態において、腫瘍試料は、試料中のＲＮＡ分解を防ぐために処方された薬剤に保存された腫瘍生検または切除である。そのような薬剤は当技術分野で公知であり、これには限定するものではないが、ＲＮＡｌａｔｅｒが挙げられる。いくつかの実施形態では、生物学的試料は液体試料である。特定の実施形態では、液体試料は血液試料である。特定の実施形態では、血液試料は全血試料である。特定の実施形態では、血液試料は血漿試料である。特定の実施形態では、血液試料は血清試料である。
例としてのみ、対象のがん、がん細胞、または生物学的試料がＣＲＥＢ３Ｌ１ Ｖ４１４Ｉ変異を含むと判定された場合、この対象は、配列番号１０７５５として指定されたＨＬＡ－ペプチド新抗原に選択的に結合するＡＢＰによる治療のために選択され得る。他の例としてのみ、対象がＨＬＡクラスＩ対立遺伝子ＨＬＡ－Ａ＊０２：０６を発現すると判定された場合、対象は、配列番号１０７５５として指定されたＨＬＡ－ペプチド新抗原に選択的に結合するＡＢＰによる治療のために選択され得る。さらに他の例としてのみ、対象がＨＬＡクラスＩ対立遺伝子ＨＬＡ－Ａ＊０２：０６を発現すると判定された場合、及び対象のがん、がん細胞、または生物学的試料が、ＣＲＥＢ３Ｌ１ Ｖ４１４Ｉ変異を含むと判定された場合、この対象は、配列番号１０７５５として指定されるＨＬＡ－ペプチド新抗原に選択的に結合するＡＢＰによる治療のために選択され得る。
例としてのみ、対象のがん、がん細胞、または生物学的試料がＲＡＳ Ｇ１２Ｃ突然変異を含むと判定された場合、この対象は、配列番号１４９５４及び１４９５５として指定されたＨＬＡ－ペプチド新生抗原に選択的に結合するＡＢＰによる治療のために選択され得る。他の例としてのみ、この対象がＨＬＡクラスＩ対立遺伝子ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１を発現すると判定された場合、この対象は、配列番号１４９５４及び１４９５５として指定されるＨＬＡ－ペプチド新抗原に選択的に結合するＡＢＰによる治療のために選択され得る。さらに他の例としてのみ、対象がＨＬＡクラスＩ対立遺伝子ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１を発現すると判定された場合、及び対象のがん、がん細胞、または生物学的物質試料が、ＲＡＳ Ｇ１２Ｃ変異を含むと判定される場合、この対象は、配列番号１４９５４及び１４９５５として指定されるＨＬＡ－ペプチド新抗原に選択的に結合するＡＢＰによる治療のために選択され得る。
単なる例として、対象のがん、がん細胞、または生物学的試料がＲＡＳ Ｇ１２Ｄ突然変異を含むと判定された場合、この対象は、配列番号１９８６５として指定されたＨＬＡ－ペプチド新抗原に選択的に結合するＡＢＰによる治療のために選択され得る。単なる他の例として、対象がＨＬＡクラスＩ対立遺伝子ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１を発現すると判定された場合、この対象は、配列番号１９８６５として指定されたＨＬＡ－ペプチド新抗原に選択的に結合するＡＢＰによる治療のために選択され得る。さらに他の例としてのみ、対象がＨＬＡクラスＩ対立遺伝子ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１を発現すると判定され、及び対象のがん、がん細胞、または生物学的試料がＲＡＳ Ｇ１２Ｄ変異を含むと判定された場合、この対象は、配列番号１９８６５として指定されるＨＬＡ－ペプチド新抗原に選択的に結合するＡＢＰによる治療について選択され得る。
単なる例として、対象のがん、がん細胞、または生物学的試料がＲＡＳ Ｇ１２Ｖ変異を含むと判定された場合、その対象は、配列番号１９，９７６として指定されたＨＬＡ－ペプチド新抗原に選択的に結合するＡＢＰによる治療のために選択され得る。他の例としてのみ、対象がＨＬＡクラスＩ対立遺伝子ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１を発現すると判定された場合、その対象は、配列番号１９，９７６として指定されるＨＬＡ－ペプチド新抗原に選択的に結合するＡＢＰによる治療のために選択され得る。さらに単なる他の例として、対象がＨＬＡクラスＩ対立遺伝子ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１を発現すると判定され、対象のがん、がん細胞、または生物学的試料がＲＡＳ Ｇ１２Ｖ変異を含むと判定される場合、その対象は、配列番号１９，９７６として指定されたＨＬＡ－ペプチド新抗原に選択的に結合するＡＢＰによる治療のために選択され得る。
抗原の発現、抗原に関連する遺伝子における体細胞変異の存在、または抗原に含まれるＨＬＡクラスＩサブタイプの発現は、当該技術分野で公知の任意の手段によって測定され得る。
抗原の発現または存在は、当該技術分野で公知の任意の手段によって、ＲＮＡまたはタンパク質レベルで判定され得る。例示的な方法としては、限定するものではないが、ＲＮＡＳｅｑ、マイクロアレイ、ＰＣＲ、ナノストリング（Ｎａｎｏｓｔｒｉｎｇ）、インサイチュハイブリダイゼーション（ＩＳＨ）、質量分析、または免疫組織化学（ＩＨＣ）が挙げられる。遺伝子発現の陽性の閾値は、以下を含むいくつかの方法によって確立される：（１）様々な遺伝子発現レベルでのＨＬＡ対立遺伝子によるエピトープの提示の予測確率、（２）質量分析によって測定された遺伝子発現とＨＬＡエピトープ提示との相関、及び／または（３）様々なレベルで遺伝子を発現している患者に対して達成されたＡＢＰベースの免疫療法の臨床的利点。
例えば、抗原に関連する体細胞変異の存在は、配列決定によって判定され得る。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、生物学的試料から単離され、配列決定される。ポリヌクレオチドは、ＤＮＡを含み得る。ポリヌクレオチドはｃＤＮＡを含んでもよい。ポリヌクレオチドはＲＮＡを含んでもよい。配列決定は、全エクソーム配列決定、全ゲノム配列決定、がん遺伝子のパネルの標的配列決定、または単一のがん遺伝子の標的配列決定を含んでもよい。例示的な遺伝子パネルとしては、限定するものではないが、ＦｏｕｎｄａｔｉｏｎＯｎｅ、ＦｏｕｎｄａｔｉｏｎＯｎｅ ＣＤｘ、Ｇｕａｒｄａｎｔ ３６０、Ｇｕａｒｄａｎｔ ＯＭＮＩ、及びＭＳＫ ＩＭＰＡＣＴが挙げられる。抗原に関連する体細胞変異の存在は、ｃｏｂａｓ（登録商標）ＫＲＡＳ変異試験などのＰＣＲベースのアッセイによっても判定され得る。抗原に関連する体細胞変異の存在はまた、Ｉｂａｒｒｏｌａ－Ｖｉｌｌａｖａ，Ｍａｉｄｅｒ ｅｔ ａｌ．“Ｄｅｔｅｒｍｉｎａｔｉｏｎ ｏｆ ｓｏｍａｔｉｃ ｏｎｃｏｇｅｎｉｃ ｍｕｔａｔｉｏｎｓ ｌｉｎｋｅｄ ｔｏ ｔａｒｇｅｔ－ｂａｓｅｄ ｔｈｅｒａｐｉｅｓ ｕｓｉｎｇ ＭａｓｓＡＲＲＡＹ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ．”Ｏｎｃｏｔａｒｇｅｔ ｖｏｌ．７，１６（２０１６）：２２５４３－５５．ｄｏｉ：１０．１８６３２／ｏｎｃｏｔａｒｇｅｔ．８００２（その全体が参照によって本明細書に援用される）に記載されるＭａｓｓＡＲＲＡＹなどの質量分析ベースのアッセイによっても判定され得る。
例えば、対象または対象の生物学的試料におけるＨＬＡクラスＩサブタイプの存在は、配列決定、例えば、ＨＬＡ遺伝子の次世代シーケンシング（ＮＧＳ）及びＯｐｔｉＴｙｐｅ、標準的な配列特異的オリゴヌクレオチド（ＳＳＯ）及び配列特異的プライマー（ＳＳＰ）技術、または当該技術分野で公知の任意の他の方法などのバイオインフォマティクスツールを用いた分析によって判定され得る。
組み合わせ療法
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるＡＢＰ及び／または細胞を、少なくとも１つの追加的な治療剤と組み合わせて投与する。本明細書で提供されるＡＢＰ及び／または細胞と共に、任意の好適な追加的な治療剤を投与してもよい。いくつかの実施形態では、追加的な治療剤は、ＡＢＰである。
診断方法
また、対象由来の細胞上の所与のＨＬＡ－ＥＰＴＩＤＥの存在を予測及び／または検出するための方法も、提供されている。そのような方法を使用することで、例えば、本明細書で提供されるＡＢＰ及び／または細胞による治療に対する応答性を予測及び評価してもよい。
いくつかの実施形態では、血液または腫瘍試料を対象から採取し、ＨＬＡ－ペプチドを発現する細胞の割合を決定する。いくつかの態様では、そのような細胞によって発現されるＨＬＡ－ペプチドの相対量を決定する。ＨＬＡ－ペプチドを発現する細胞の割合及びそのような細胞によって発現されるＨＬＡ－ペプチドの相対量は、任意の好適な方法により決定することができる。いくつかの実施形態では、このような測定を行うためにフローサイトメトリーが使用される。いくつかの実施形態では、このような測定を行うために蛍光支援細胞選別（ＦＡＣＳ）が使用される。末梢血におけるＨＬＡ－ペプチドの発現を評価する方法については、Ｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｕｔｏｉｍｍｕｎｉｔｙ，２００３，２１：８３－９２を参照されたい。
いくつかの実施形態では、対象の細胞上の特定のＨＬＡ－ペプチドの存在を検出することは、免疫沈降及び質量分析を使用して行われる。これは、原発腫瘍標本などの腫瘍試料（例えば、凍結腫瘍試料）を採取し、免疫沈降を適用して１つ以上のペプチドを単離することによって、行い得る。腫瘍試料のＨＬＡ対立遺伝子は、実験的に判別することも、または第三者の供給源から入手することもできる。１つ以上のペプチドを質量分析（ＭＳ）に供して、これらペプチドの配列（複数可）を判別してもよい。その後、ＭＳで得られたスペクトルを、データベース検索してもよい。例は、下掲の「実施例」の節に示す通りである。
いくつかの実施形態では、対象由来の細胞上の特定のＨＬＡ－ペプチドの存在を予測することは、ペプチド配列に適用されたコンピューターベースのモデル、及び／または腫瘍試料からのそのペプチド配列（例えば、ＲＮＡ ｓｅｑまたはＲＴ－ＰＣＲ、またはナノストリング）をはじめとする１つ以上の遺伝子のＲＮＡ測定を使用して実行される。使用されるモデルは、あらゆる目的のために、参照によりその全てが組み込まれる、国際特許出願第ＰＣＴ／ＵＳ２０１６／０６７１５９号に記載されているようなものであり得る。
キット
また、本明細書中に記載のＡＢＰ及び／または細胞を含むキットも、提供されている。本明細書に記載されるように、キットは、疾患または障害の治療、予防、及び／または診断に使用され得る。
一部の実施形態では、キットは、容器と、容器上または容器に付着されたラベルまたは添付文書を含む。好適な容器は、例えば、瓶、バイアル、注射器、及びＩＶ溶液バッグを含む。容器は、ガラスまたはプラスチック等の様々な材料から形成することができる。容器は、それ自体で、または別の組成物と組み合わされたときに、疾患または障害を治療、予防及び／または診断するのに有効な組成物を保持する。容器は無菌のアクセスポートを有していてもよい。例えば、容器が静脈内溶液バッグまたはバイアルである場合、それは針によって穴を開けることができるポートを有することができる。組成物中の少なくとも１つの活性剤は、本明細書で提供されるＡＢＰである。ラベルまたは添付文書は、組成物が、選択された状態を治療するために使用されることを表示す。
いくつかの実施形態では、本キットは、（ａ）第１の組成物を含む第１の容器であって、第１の組成物中に、本明細書で提供されるＡＢＰ及び／または細胞が含まれる、第１の容器と、（ｂ）第２の組成物を含む第２の容器であって、第２の組成物中に追加の療剤が含まれる、第２の容器とを、含む。この実施形態のキットには、本組成物を、特定の状態、例えば、がんを治療するために使用することができることを示す添付文書をさらに含んでもよい。
代替的に、またはさらに、キットは、薬学的に許容される賦形剤を含む第２（または第３）の容器をさらに含み得る。一部の態様では、賦形剤は緩衝剤である。キットは、フィルター、針、及び注射器を含む、商業的及び使用者の観点から望ましい他の物質をさらに含み得る。
以下は、本発明を実施するための特定の実施形態の例である。実施例は、例示の目的のためにのみ提供され、本発明の範囲を限定することを意図するものでは決してない。使用される数字（例えば、量、温度等）に関して正確さを確実にするための努力がなされてきたが、ある程度の実験誤差及び偏差が当然に考慮されるべきである。
本発明の実施は、別途示されない限り、当該技術分野の技術水準の範囲内のタンパク質化学、生化学、組換えＤＮＡ技術、及び薬理学の従来の方法を使用する。そのような技術は、文献で完全に説明されている。例えば、Ｔ．Ｅ．Ｃｒｅｉｇｈｔｏｎ，Ｐｒｏｔｅｉｎｓ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ（Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ ａｎｄ Ｃｏｍｐａｎｙ，１９９３）；Ａ．Ｌ．Ｌｅｈｎｉｎｇｅｒ，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（Ｗｏｒｔｈ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，Ｉｎｃ．，ｃｕｒｒｅｎｔ ａｄｄｉｔｉｏｎ）；Ｓａｍｂｒｏｏｋ，ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（２ｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ，１９８９）；Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ（Ｓ．Ｃｏｌｏｗｉｃｋ ａｎｄ Ｎ．Ｋａｐｌａｎ ｅｄｓ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．）；Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，１８ｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｅａｓｔｏｎ， Ｐｅｎｎｓｙｌｖａｎｉａ：Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏｍｐａｎｙ，１９９０）；Ｃａｒｅｙ ａｎｄ Ｓｕｎｄｂｅｒｇ Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ３ｒｄ Ｅｄ．（Ｐｌｅｎｕｍ Ｐｒｅｓｓ）Ｖｏｌｓ Ａ ａｎｄ Ｂ（１９９２）を参照されたい。
実施例１：共有ＨＬＡ－ペプチド新抗原の同定
本発明者らは、一連のステップを使用して、共有されたＨＬＡ－ペプチド新抗原を同定した。ＣＯＳＭＩＣデータベースから「確認された体細胞」として分類された一般的なドライバー変異のリストを取得した。変異ごとに、本発明者らは、候補ネオエピトープ（８～１１ｍｅｒのペプチド）を生成し、ＴＰＭ １００を使用して、本発明者らのＥＤＧＥ予測モデル（米国特許第１０，０５５，５４０、米国特許出願公開番号ＵＳ２０２０００１０８４９Ａ１、国際特許出願公開ＷＯ／２０１８／１９５３５７及びＷＯ／２０１８／２０８８５６、米国特許出願第１６／６０６，５７７号、及び国際特許出願ＰＣＴ／ＵＳ２０２０／０２１５０８、それぞれ参照により、全体として、全ての目的のために本明細書に組み込まれる）を、全てのモデル化されたＨＬＡ対立遺伝子にわたって施行した。各ペプチドには少なくとも１つの変異アミノ酸が含まれており、自己ペプチドではないことに注意のこと。次に、ＥＤＧＥスコアが０．００１を超えるＨＬＡ対立遺伝子を有する任意のペプチドを記録した。結果を表Ａに示す。こうして、合計１０２６１個の共有ＨＬＡ－ペプチド新抗原配列を同定し、配列番号１０，７５５～２１，０１５に記載している。各配列に対応するＨＬＡ対立遺伝子（複数可）が示されている。
表Ａに提供される最初のリストは、患者集団における新抗原／ＨＬＡ有病率のレベルについてさらに分析された。「抗原／ＨＬＡ有病率」または「特定の集団における特定の変異「（Ａ）」の頻度に、特定の集団におけるＨＬＡ対立遺伝子「（Ｂ）」の頻度を掛けたものとして計算される。抗原／ＨＬＡ有病率は、変異／ＨＬＡ有病率または新抗原／ＨＬＡ有病率を指すこともある。この分析の一部として、各変異について、その（Ａ）頻度は、ＴＣＧＡの一般的な腫瘍タイプ全体で取得され、腫瘍タイプの中で最も高い頻度で記録された。（Ｂ）ＥＤＧＥの各ＨＬＡ対立遺伝子について、ＨＬＡ対立遺伝子頻度ＴＣＧＡ（主に白人集団）が記録された。ＨＬＡ対立遺伝子頻度は、全ての目的のために参照により本明細書に組み込まれる、Ｓｈｕｋｌａ、Ｓ．Ａ．ｅｔ ａｌ．（Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．３３，１１５２－１１５８ ２０１５）に詳細に記載される。腫瘍抗原／ＨＬＡ有病率は、（Ａ）に（Ｂ）を掛けたものとして計算された。この方法論を使用して＞０．１％の有病率である表Ａの任意の拘束ペプチド／ＨＬＡ対は、「Ｍｏｓｔ Ｃｏｍｍｏｎ １（最も一般的な１）」で同定される（２３８７／１０２６１）。
さらに、本発明者らは、潜在的な臨床研究に関連する進行したがん患者集団を代表する患者試料の大規模なコホートにわたるドライバー変異の有病率を特徴づけた。ＥＤＧＥ予測は、公開されているＡＡＣＲ Ｇｅｎｉｅ ｖ４．１データセットを使用して実行して、このデータセットには、Ｄａｎａ－Ｆａｒｂｅｒ，Ｊｏｈｎｓ Ｈｏｐｋｉｎｓ，ＭＤ Ａｎｄｅｒｓｏｎ，ＭＳＫＣＣ、及びＶａｎｄｅｒｂｉｌｔを含む主な学術的がん施設から、５０～５００の遺伝子におよぶＮＧＳがん遺伝子パネルで配列決定された４０，０００人を超える患者を含む。本発明者らは、肺、マイクロサテライト安定結腸、及び膵臓癌の塩基置換及びインデル変異を選択し、複数の遺伝子パネルにわたるカバレッジがを必要とした。本発明者らは、ＥＤＧＥ抗原提示予測モデルでカバーされる９０を超えるクラスＩＨＬＡ対立遺伝子のそれぞれと対になっている各新抗原ペプチドを分析し、ＨＬＡ提示スコア＞０．００１のＥＤＧＥ確率で、エピトープ及び対応するＨＬＡ対立遺伝子を記録した。次に、ＥＤＧＥスコアが０．００１を超えるペプチドの新抗原／ＨＬＡ有病率を決定し、Ａ＊Ｂとして計算し、ここで、Ａは３つの腫瘍タイプの中で最も高い変異頻度であり、ＢはＨＬＡ対立遺伝子頻度である。本発明者らは、ＴＣＧＡ集団からＨＬＡ対立遺伝子を調べ、各ＨＬＡ対立遺伝子の頻度を表にすることにより、米国の集団を代表するＨＬＡ対立遺伝子頻度を使用した（Ｓｈｕｋｌａ、Ｓ．Ａ．ｅｔ ａｌ．）。分析から０．０１％を超える新抗原／ＨＬＡ有病率を示したペプチド及び対応するＨＬＡ対立遺伝子は、配列番号２１，０１６～２９，３５７に記載されており、ＡＡＣＲ ＧＥＮＩＥ結果と呼ばれている。
実施例２：共有ＨＬＡ－ペプチド新抗原提示の検証
候補共有ＨＬＡ－ペプチド新抗原の質量分析（ＭＳ）検証は、標的質量分析法を使用して実施した。５００近くの凍結切除された肺、結腸直腸及び膵臓の腫瘍試料をホモジナイズして、ＲＮＡＳｅｑトランスクリプトームシーケンシング及びＨＬＡ／ペプチド複合体の免疫沈降の両方に使用した。トランスクリプトームの分析によって各試料のペプチド標的リストを生成し、ＡＡＣＲ Ｇｅｎｉｅ ｖ４．１データセットにおいて明らかにされた再発性のがんドライバー変異を同定し、ＲＮＡ発現レベルを評価した。次に、抗原提示のＥＤＧＥモデルを、変異配列及び発現データに適用して、ターゲティングリストのペプチドに優先順位を付けた。ＨＬＡ分子由来のペプチドは、質量分析の前に提示されたペプチドを単離するためにサイズ排除を使用して溶出及び収集した。同じアミノ酸配列を有する合成の重い標識ペプチドを、標的質量分析のために各試料と同時ロードした。重い標識ペプチドと実験ペプチドの共溶出と断片化パターンの分析の両方を使用して、候補エピトープを検証した。質量分析分析法は、Ｇｉｌｌｅｔｅ ｅｔ ａｌ．（Ｎａｔ Ｍｅｔｈｏｄｓ．２０１３ Ｊａｎ；１０（１）：２８－３４）に詳細に説明されており、全ての目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる。この方法で検証されたドライバー変異由来の共有ＨＬＡ－ペプチド新抗原は、さらなる検討について十分な有病率で、試料腫瘍タイプ及び関連するＨＬＡ対立遺伝子と共に以下の表５Ａに要約されている。
（表５Ａ）ＭＳにより検証したＨＬＡ－ペプチド新抗原の発現
Figure 2023502625000004
＊同じペプチドが患者の複数のＨＬＡ対立遺伝子によって提示されると予測され、ＭＳ／ＭＳによって検出された場合、スコアが十分に近い場合は、ＥＤＧＥによる最高スコアのＨＬＡ対立遺伝子または両方の対立遺伝子によって提示されると推測された。
選択されたＨＬＡ－ペプチド新抗原もまた、インビトロアッセイによって検証された。簡単に説明すると、細胞株は、単一の特定のＨＬＡ対立遺伝子を発現し、以下に説明する方法に従って候補の共有新抗原を誘導的に発現するように操作した。
インビトロアッセイによる選択されたＨＬＡ－ペプチド新抗原の検証のための材料及び方法。
Ｋ５６２細胞株を発現する単一のＨＬＡ対立遺伝子は、提供される試薬キット及び説明書を使用する従来のトランスフェクション法によって作製された。
ＨＬＡ遺伝子をＫ５６２細胞に形質導入するためのウイルス粒子を作製するために、プラスミドをフェニックスアンフォ（Ｐｈｏｅｎｉｘ－ａｍｐｈｏ）細胞にトランスフェクションした。フェニックスアンフォ細胞を、１ウェルあたり５×１０５細胞の密度で６ウェルプレートに導入し、トランスフェクションの前に３７℃で一晩インキュベートした。１０ｕｇの精製ＤＮＡを、１０ｕＬのＰｌｕｓ Ｒｅａｇｅｎｔと混合し、予熱したＯｐｔｉ－ＭＥＭ培地で１００ｕＬにした。リポフェクタミン試薬は、８ｕＬのリポフェクタミンを９２ｕＬの予熱したＯｐｔｉ－ＭＥＭと混合することによって調製した。両方の混合物を室温で１５分間インキュベートした後、１００ｕＬのリポフェクタミン試薬を１００ｕＬのＤＮＡ溶液と混合し、合わせた溶液を室温でさらに１５分間インキュベートさせた。フェニックスアンフォ細胞は、培地を吸引し、６ｍＬの予熱したＯｐｔｉ－ＭＥＭ培地を加えて細胞を洗浄することにより穏やかに洗浄した。その培地をプレーティングした細胞から除去した。予熱したＯｐｔｉ－ＭＥＭの８００ｕＬをＤＮＡ／リポフェクタミン混合液に加えて１ｍＬにし、その溶液をプレーティングした細胞に加えた。そのプレートを３７℃で３時間インキュベートした後、３ｍＬの完全培地を添加し、細胞を３７℃で一晩インキュベートした。インキュベーション後に完全培地を交換し、その細胞をさらに２日間インキュベートした。その上清を４５ｕｍフィルターに通して新しい６ウェルプレートに入れた後、ウイルス粒子を回収した。２０ｕＬのＰｌｕｓ試薬と８ｕＬのＬｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅを各ウェルに添加し、各添加後に１５分間室温でインキュベートした。
Ｋ５６２細胞を、１ｍＬあたり５×１０６の濃度で完全培地に懸濁した。ウイルス粒子を含む６ウェルプレートの各ウェルに１００ｕＬのＫ５６２細胞を加えた。そのプレートを７００×ｇで２０分間遠心分離し、その細胞を３７℃で６時間インキュベートした。細胞及びウイルスを収集し、７ｍＬの完全培地を加えてＴ２５フラスコに移した。細胞は、プロミオシン抗生物質による選択を含む培地交換の前に３日間インキュベートした。生細胞を収集して継代し、単一のＨＬＡ対立遺伝子を発現するＫ５６２細胞のストックを作製した。将来の実験のための試薬プールを提供するために、これらの細胞株のうち全体で２５種類が作製され、それぞれ異なるＨＬＡを発現する。
共有新抗原カセットを、２５ｍｅｒのアミノ酸鎖を中心とする変異を有する２０個の共有新抗原を発現するために作製し、エントリー間にリンカーなしで作製した。このカセットを、レンチウイルスＴｅｔ－Ｏｎｅ Ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎベクターシステム（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ）にサブクローニングし、製造業者の仕様に従って、共有新抗原発現ベクターをＶｉｒａＰｏｗｅｒ（Ｔｈｅｒｍｏ）パッケージングプラスミドと同時トランスフェクトすることにより、２９３Ｔ細胞でレンチウイルスを作製した。次に、Ｋ５６２細胞株を発現する単一のＨＬＡ対立遺伝子に、上記のようにこのウイルスを形質導入し、単一の細胞クローンを、共有された新抗原発現について特徴づけた。簡単に説明すると、共有新抗原カセットの発現は、ドキシサイクリン（ＤＯＸ）制御のＴＲＥ３Ｇプロモータの制御下に置かれ、ＤＯＸの投与により、同じプラスミド上で構成的に発現されるＴｅｔ－Ｏｎ３Ｇトランス活性化タンパク質の安定化を介して新抗原の発現をもたらす。ＴＲＥＧ３プロモータ－Ｔｅｔ－Ｏｎ ３Ｇトランス活性化システムにより、ＤＯＸを滴定して発現レベルを制御することが可能になる。図７に示されるように、投与されるＤＯＸの濃度が増加するにつれて、代表的な新抗原の発現が増加し、これは調節可能な発現を示している。
単一のＨＬＡ対立遺伝子及び共有の新抗原カセットの両方を含む細胞を、約２．５×１０８個の細胞に増殖させ、１５ｍＬのバイアルにペレット化した。さらに、細胞を限定希釈でプレートして、ＨＬＡ／カセットの対合の単一クローンを調製した。これらの単一クローンは、カセットの様々な発現レベルを達成するために試験した。カセットの発現レベルが異なる細胞株を使用すると、内因性の発現レベルに近いシステムの分析が可能になる。単一クローンも約２．５×１０８細胞まで増殖させ、１５ｍＬバイアルにペレット化した。全てのペレットを冷ＰＢＳで２回洗浄し、凍結して、ＨＬＡ－ペプチドの質量分析検出用の処理を可能にした。ＨＬＡ及びカセットの発現レベルは、適切なプローブを使用したＳｍａｒｔＳｅｑまたはＴａｑｍａｎアッセイを使用して実行された。
ＨＬＡ－ペプチドの単離のために、各細胞ペレットを溶解緩衝液で溶解し、２０，０００×ｇで１時間遠心分離して溶解物を清澄化し、ＨＬＡ－ペプチド複合体を濃縮した。重いペプチド（同位体的に重いアミノ酸を含むアミノ酸で合成されたペプチド）を、検出されたペプチドの同一性の確認を支援するために、ＭＳによる分析の前にペプチドに追加した。
図８に示されるように、代表的なＫＲＡＳ Ｇ１２ＶペプチドＶＶＧＡＶＧＶＧＫは、Ｋ５６２細胞株を発現するＨＬＡ－Ａ＊１１：０１において、質量分析によってＤＯＸ依存的に観察された（図８、上部パネル）。重ペプチド対照標準の検出は同等であった（図８、下のパネル）。したがって、予測された新抗原のＨＬＡ特異的提示の検証は、単一ＨＬＡＫ５６２ インビトロシステムを使用して実証された。
上記のインビトロシステムを使用して、予測された新抗原のＨＬＡ特異的提示を検証した。
結果を以下の表５Ｂに示す。
（表５Ｂ）インビトロアッセイによって検証したＨＬＡ－ペプチド新抗原
Figure 2023502625000005
本発明者らは、治療のために特定のＨＬＡを有する患者を狭く標的とすることの価値を評価するために、ペプチドが検出されなかった変異に関してＭＳデータをさらに評価した。例えば、患者は、本明細書に開示されている拘束ペプチドを提示する、少なくとも１つの検証または予測されたＨＬＡ対立遺伝子を有する必要がある。
例えば、ＫＲＡＳの場合、特定のＨＬＡ対立遺伝子についてのＫＲＡＳ制限ペプチドが検出されたか、または検出されなかった患者試料の数をカウントした。（同じペプチドが患者の複数のＨＬＡ対立遺伝子によって提示されると予測され、ＭＳ／ＭＳによって検出された場合、スコアが十分に近い場合は、ＥＤＧＥまたは両方の対立遺伝子によって最高スコアのＨＬＡ対立遺伝子によって提示されると推測された）。結果を表６に示す。これらの結果に基づいて、いくつかの一般的なＨＬＡ対立遺伝子は、所定のＫＲＡＳ拘束ペプチドを提示するとは予想されず、これらのＫＲＡＳ拘束ペプチド／ＨＬＡ対は、この場合、免疫療法の設計及び患者選択の選択基準の目的で除外され得る。例えば、免疫療法のために選択されたＨＬＡ－ペプチド腫瘍抗原標的に関する表７には、試験された１７の試料で拘束ペプチドが検出されなかったことに基づいて、予測されたＨＬＡ－ペプチド腫瘍抗原ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１＿ＲＡＳ Ｇ１２Ｄは含まれておらず、同様に、試験した９つの試料でペプチドが検出されなかったことに基づいて、Ｇ１２Ｖ／Ａ＊０２：０１は含まれていなかった。対照的に、新抗原／ＨＬＡ対Ｇ１２Ｄ／Ａ＊１１：０１は、試験された５つの試料のうち１つでペプチドが検出されたことに基づいて検証されたと見なされ、同様にＧ１２Ｖ／Ａ＊１１：０１は、ペプチドが試験された６つの試料のうち２つで検出されたことに基づいて検証されたと見なされた。
これらの結果は、表７に記載されているような共有新抗原免疫療法による治療のための患者選択における適切なＨＬＡ型選択のための関連する拘束ペプチド／ＨＬＡ対を同定することの重要性を強調している。具体的には、いくつかの共通のＫＲＡＳ拘束ペプチド／ＨＬＡ対を、この場合には選択基準の目的で排除した。なぜならＭＳデータによって、共有ＨＬＡ－ペプチド新抗原ＡＢＰが、その予測されたＫＲＡＳ新抗原／ＨＬＡ対（例えば、Ｇ１２Ｄ／Ａ＊０２：０１またはＧ１２Ｖ／Ａ＊０２：０１）を有する患者に有益である可能性が低いことが示唆されたからである。
（表６）
Figure 2023502625000006
Figure 2023502625000007
Figure 2023502625000008
実施例３：免疫療法のための共有ＨＬＡ－ペプチド新抗原の選択
２０個の共有ＨＬＡ－ペプチド新抗原を含む免疫療法のための臨床的に有用なＨＬＡ－ペプチド新抗原標的（「ＧＯ－００５」）の選択を構築した。表７は、選択のために選択されたＨＬＡ－ペプチド新抗原の特徴を説明している。上記の表５Ａに記載されているように、質量分析によって腫瘍細胞の表面で直接検出された共有ＨＬＡ－ペプチド新抗原がカセットに含まれ、エピトープのＨＬＡが変異の適格なＨＬＡリストに追加された。本発明者らのアッセイで提示されていると独立して検証されていないＨＬＡ－ペプチド新抗原は、腫瘍提示の説得力のある文献証拠（例えば、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）が新抗原を認識する）がある場合、検証され追加されたと見なされた。ＨＬＡ－Ｃ＊０８：０２によって提示されたＫＲＡＳ Ｇ１２Ｄは、ＣＲＣ患者に腫瘍退縮を引き起こす、このＨＬＡ－ペプチド新抗原を標的とする養子細胞療法の文献証拠に基づいて検証されたと見なされ及び追加された（Ｔｒａｎ ｅｔ ａｌ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ．２０１６ Ｄｅｃ ８；３７５（２３）：２２５５－２２６２。）検証済みのＨＬＡ対立遺伝子を持つＨＬＡ－ペプチド新抗原は、２０スロットのうち６スロットを占めていた。
腫瘍細胞によって提示されると予測されるが、ＭＳによってまだ検証されていない、追加の、よりまれなＨＬＡ－ペプチド新抗原を、初期セットを補完するために使用した。ＥＤＧＥスコアと、本明細書で説明するターゲット質量分析（ＭＳ）検証実験による候補共有ＨＬＡ－ペプチド新抗原ペプチドの検出確率との間に強い依存性があることが観察されたことを考慮して、高いＥＤＧＥスコアを有する変異を、予測ＨＬＡ－ペプチド新抗原として含めることを優先した。ＥＤＧＥスコアとターゲットＭＳによる候補共有ＨＬＡ－ペプチド新抗原ペプチドの検出確率との間の相関を示す結果を図４に示す。具体的には、ＥＤＧＥ ＨＬＡ提示スコアが少なくとも０．３で、ＮＳＣＬＣ、ＣＲＣ、及び膵臓癌全体で累積新抗原／ＨＬＡ有病率が最も高い予測ＨＬＡ－ペプチド新抗原を選択に含んだ。合計ＨＬＡ頻度は、少なくとも５～１０％である必要があった（例えば、ＨＬＡ対立遺伝子Ｂ１５０１またはＢ１５０３を保有するのはアメリカの人口の１１％である）。注目すべきことに、ＫＲＡＳ及びＮＲＡＳは、コドン１２、１３、及び６１の周りに同じ配列を保有する。検証済みＨＬＡ、少なくとも０．３のＥＤＧＥスコアを有する予測ＨＬＡ、予測ＨＬＡの平均ＥＤＧＥスコア、及び３つのがん集団の新抗原／ＨＬＡ有病率も表７に示されている。
表７（下記）は、ＥＤＧＥスコア及びがん患者集団における有病率に基づいて、がん関連突然変異及び特定のＨＬＡクラスＩ対立遺伝子を含む２０の例示的な共有ＨＬＡ－ペプチド新抗原を示す。例示的な共有ＨＬＡ－ペプチド新抗原は、例えば、ＨＬＡ－ペプチド新抗原に選択的に結合するＡＢＰでの治療による、がん免疫療法のための特に有用な標的である。
（表７）選択された共有ＨＬＡ－ペプチド新抗原
Figure 2023502625000009
Figure 2023502625000010
さらに、本発明者らは、表７から少なくとも１つの共有新抗原（すなわち、本明細書ではＧＯ－００５を標的指向させた患者集団と呼ばれる変異及びＨＬＡ対立遺伝子の両方を含むＨＬＡ－ペプチド新抗原）を提示する、同定された（すなわち、検証されたかまたは予測された）少なくとも１つのＨＬＡ対立遺伝子を有する患者の総集団を決定し、これを、変異を有する患者の集団と比較した（その患者が同定された対立遺伝子を有するか否かに関係なく）。ＧＯ－００５を標的指向させた患者集団を推定するために、ＡＡＣＲ Ｇｅｎｉｅから患者の変異データを収集した。このような患者には一致するＨＬＡ対立遺伝子がないため、本発明者らは、ＴＣＧＡ集団からＨＬＡ対立遺伝子をサンプリングし、これをＡＡＣＲ Ｇｅｎｉｅデータセットとペアリングさせた。次に、腫瘍の種類を考慮すると、変異とＨＬＡの両方に一致するＡＡＣＲ Ｇｅｎｉｅの患者は全て陽性とラベル付けし、基準を満たさない患者は全て陰性とラベル付けした。表８に、陽性率は、腫瘍の種類ごとに、対処可能な患者集団全体を示している。
表８から、特定の変異を有する患者のサブセットのみが、その変異をＨＬＡ－ペプチド新抗原として提示する可能性が高いＨＬＡ対立遺伝子も保有することが表８から容易に理解され得る。変異はあるが適切なＨＬＡ対立遺伝子がない患者は、治療の恩恵を受ける可能性が低くなる。一例として、膵臓癌患者の推定約６０％が適切な変異／新抗原を保有するのに対し、これらの患者の３人のうち２人を超えて対応するＨＬＡ対立遺伝子（複数可）を保持しない。したがって、提案されているように関連する変異とＨＬＡ対立遺伝子の対を考慮するＡＢＰベースの免疫療法戦略は、主に利益を得る可能性のある患者を標的とする。したがって、検証済みまたは高スコアの予測ＨＬＡによるエピトープ提示の検討は、共有ＨＬＡ－ペプチド新抗原ＡＢＰの潜在的な有効性を判定する上で重要なステップである。
（表８）標的集団における新抗原／ＨＬＡ有病率
Figure 2023502625000011
実施例４：共有ＨＬＡ－ペプチド新抗原による免疫応答誘導の評価
本発明者らは、ＨＬＡ－ペプチド新抗原が患者において免疫応答を誘導するか否かを評価した。本発明者らは、肺腺癌の患者から解離した腫瘍細胞を得た。腫瘍細胞の配列を決定して、患者のＨＬＡを決定し、変異を同定した。患者はＨＬＡ－Ａ＊１１：０１を発現し、本発明者らは、腫瘍においてＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ変異を同定した。同時に、本発明者らは、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）を表す腫瘍からＣＤ４５＋細胞を選別及び増殖させた。患者におけるこの変異の免疫原性を評価するために、拡張されたＴＩＬを、変異ペプチドＨＬＡ－Ａ＊１１：０１四量体で染色した。図５は、ＣＤ８＋細胞でのフローサイトメトリーゲーティング戦略（図５Ａ）及びＫＲＡＳ－Ｇ１２Ｖ／ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１四量体によるＣＤ８＋細胞の染色（図５Ｂ）を示す。ＣＤ８＋Ｔ細胞の大部分（６６％以上）は、ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ：ＨＬＡ＊１１０１四量体への結合を示し、ＣＤ８＋Ｔ細胞がＨＬＡ－ペプチド新抗原を認識する能力を示し、ＨＬＡ－ペプチド新抗原に対する既存の免疫応答を示している。
さらに、増殖したＴＩＬ中のＣＤ８＋細胞を、ＫＲＡＳ－Ｇ１２Ｖ／ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１四量体で標識し、そして選別した。ＴＣＲは、１０×Ｇｅｎｏｍｉｃｓ単一細胞解像度ペアード免疫ＴＣＲプロファイリングアプローチ（Ｃｈｒｏｍｉｕｍ Ｓｉｎｇｌｅ Ｃｅｌｌ Ａ Ｃｈｉｐ Ｋｉｔ、Ｃｈｒｏｍｉｕｍ Ｓｉｎｇｌｅ Ｃｅｌｌ ５’Ｌｉｂｒａｒｙ ＆ Ｇｅｌ Ｂｅａｄ Ｋｉｔ，Ｃｈｒｏｍｉｕｍ Ｓｉｎｇｌｅ Ｃｅｌｌ ５’Ｌｉｂｒａｒｙ Ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎ ｋｉｔ、Ｃｈｒｏｍｉｕｍ Ｓｉｎｇｌｅ Ｃｅｌｌ ５’Ｆｅａｔｕｒｅ Ｂａｒｃｏｄｅ Ｌｉｂｒａｒｙ Ｋｉｔ［１０ｘＧｅｎｏｍｉｃｓ］）を使用して配列決定した。シーケンシングリードは、提供された１０倍のソフトウェアＣｅｌｌ Ｒａｎｇｅｒを介して処理した。シーケンシングリードは、Ｖ（Ｄ）Ｊトランスクリプトをセルごとにアセンブルするために使用されるＣｈｒｏｍｉｕｍセルラーバーコード及びＵＭＩでタグ付けした。次に、各セルのアセンブルされたコンティグに、アセンブルされたコンティグをＥｎｓｅｍｂｌｅ ｖ８７ Ｖ（Ｄ）Ｊ参照配列にマッピングすることによってアノテーションした。クロノタイプは、固有のＣＤＲ３配列を含むアルファ、ベータ鎖対として規定された。クロノタイプを、２細胞を超える頻度で存在する単一アルファ鎖及び単一ベータ鎖の対についてフィルタリングして、特定のドナーの標的ペプチドごとのクロノタイプの最終リストを得た。表１Ｂ及び１Ｄに示すように、ＫＲＡＳ－Ｇ１２Ｖ／ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１について、様々なＧ１２Ｖエピトープを含む複数のＴＣＲ配列を同定した。その結果、新抗原特異的ＴＣＲがＴＩＬなどの対象試料から同定され得ることが示される。
実施例５：ＨＬＡ－ペプチド新抗原特異的免疫療法のための共有ＨＬＡ－ペプチド新抗原及び患者集団の選択
表７、表Ａ、ＡＡＣＲ ＧＥＮＩＥ結果、または本明細書に記載の配列番号２９３５８～２９３６４（配列番号１０，７５５～２９，３６４）に記載されているように、ＨＬＡ－ペプチド新抗原に対して、ＡＢＰ（例えば、ＴＣＲ）、またはＡＢＰを発現するように操作された細胞（例えば、抗原／新抗原特異的ＴＣＲを発現するように操作された自己Ｔ細胞などのＴ細胞）を、がん患者に投与する。ＡＢＰは、例えば、がんを治療するために患者に投与される。特定の例では、患者は、例えば、コンパニオン診断または一般的に使用されるがん遺伝子パネルＮＧＳアッセイ、例えば、ＦｏｕｎｄａｔｉｏｎＯｎｅ、ＦｏｕｎｄａｔｉｏｎＯｎｅ ＣＤｘ、Ｇｕａｒｄａｎｔ ３６０、Ｇｕａｒｄａｎｔ ＯＭＮＩ、またはＭＳＫ ＩＭＰＡＣＴを使用して選択される。例示的な患者選択基準を以下に説明する。
患者の選択
ＡＢＰ投与のための患者の選択は、腫瘍遺伝子発現、体細胞変異状態、及び患者のＨＬＡタイプを考慮して行われる。具体的には、患者ががんを患っている場合、及び以下の場合、その患者はＡＢＰベースの免疫療法療法に適格であるとみなされる。
（ａ）患者の１つまたは複数の細胞は、配列番号１０，７５５～２９，３６４のいずれか１つに記載されているＨＬＡクラスＩ分子を発現するかまたは発現することが公知である。そのような場合、患者は、ＨＬＡ－ペプチド新抗原が患者の１つまたは複数の細胞によって発現される同じＨＬＡクラスＩ分子を含むように、本明細書に記載のＨＬＡ－ペプチド新抗原を標的とするＡＢＰを投与され得る。ほんの一例として、患者の１つまたは複数の細胞がＨＬＡ－Ａ＊１１：０１を発現するかまたは発現することが知られている場合、その患者は、ＲＡＳ Ｇ１２Ｄ新抗原ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１＿ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（「ＳＮＡ３０」）に選択的に結合するＡＢＰの投与によるＡＢＰベースの免疫療法に適格であるとみなされる。
（ｂ）患者の１つまたは複数の細胞が、配列番号１０，７５５～２９，３６４のいずれかに記載されているＨＬＡクラスＩ分子を発現するかまたは発現することが知られており、がんは、体細胞変異に関連する遺伝子を発現するかまたは発現すると予測される。ほんの一例として、患者の１つまたは複数の細胞がＨＬＡ－Ａ＊１１：０１を発現するかまたは発現することが知られており、このがんがＫＲＡＳを発現するか、発現すると予測されている場合、その患者は、ＲＡＳ Ｇ１２Ｄ新抗原ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１＿ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（「ＳＮＡ３０」）に選択的に結合するＡＢＰの投与によるＡＢＰベースの免疫療法に適格であるとみなされる。
（ｃ）患者の１つまたは複数の細胞が配列番号１０，７５５～２９，３６４のいずれかに記載されているＨＬＡクラスＩ分子を発現するかまたは発現することが知られており、その患者の腫瘍または腫瘍核酸は、配列番号に関連する体細胞変異を保有する。ほんの一例として、患者の１つまたは複数の細胞がＨＬＡ－Ａ＊１１：０１を発現するかまたは発現することが知られており、この患者由来の腫瘍試料がＲＡＳ Ｇ１２Ｄ体細胞変異を保有する場合、その患者は、ＲＡＳ Ｇ１２Ｄ新抗原ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１＿ＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫ（「ＳＮＡ３０」）に選択的に結合するＡＢＰの投与によるＡＢＰベースの免疫療法に適格であるとみなされる。
（ｄ）（ｂ）または（ｃ）と同じであるが、患者の腫瘍が特定の閾値（１ＴＰＭまたは１０ＴＰＭなど）を超える変異を有する遺伝子を発現することも必要である。あるいは
（ｅ）（ｂ）または（ｃ）と同じであるが、患者の腫瘍が特定の閾値を超える変異（例えば、ＲＮＡのレベルで観察される少なくとも１つの変異した読み取り）を発現することも必要である。
（ｆ）（ｂ）または（ｃ）と同じであるが、（ｃ）と（ｄ）の両方の追加基準も必要である。
（ｇ）上記のいずれかであるが、必要に応じて、提示されているＨＬＡ対立遺伝子の喪失が腫瘍で検出されないことも必要とする。
遺伝子発現は、ＲＮＡＳｅｑ、マイクロアレイ、ＰＣＲ、ナノストリング、ＩＳＨ、質量分析、またはＩＨＣを含むがこれらに限定されない方法によって、ＲＮＡまたはタンパク質レベルで測定され得る。遺伝子発現の陽性の閾値は、以下を含むいくつかの方法によって確立される：（１）様々な遺伝子発現レベルでのＨＬＡ対立遺伝子によるエピトープの提示の予測確率、（２）質量分析によって測定された遺伝子発現とＨＬＡエピトープ提示の相関、及び／または（３）様々なレベルで遺伝子を発現している患者に対して達成されたＡＢＰベースの免疫療法の臨床的利点。
体細胞変異状態は、任意の確立された方法、例としては、エクソームシーケンシング（ＮＧＳ ＤＮＡＳｅｑ）、標的エクソームシーケンシング（遺伝子のパネル）、トランスクリプトームシーケンシング（ＲＮＡＳｅｑ）、サンガーシーケンシング、ＰＣＲベースのジェノタイピングアッセイ（例えば、Ｔａｑｍａｎまたは液滴デジタルＰＣＲ）、質量分析に基づく方法（例えば、Ｓｅｑｕｅｎｏｍによる）、次世代シーケンシング、大規模並列シーケンシング、または当業者に知られている他の任意の方法によって評価され得る。
実施例６：ＨＬＡ－ペプチド標的新抗原に結合するＴＣＲの同定
方法
末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）は、健康なドナーからの白血球アフェレーシス試料を処理することによって得られた。凍結したＰＢＭＣを解凍し、以下に示すように、以下の磁気活性化細胞選別（ＭＡＣＳ）システム（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃｈ）を使用して、負の枯渇によりＴ細胞の様々なサブセットを濃縮した。（ｉ）ナイーブ及びメモリーＣＤ４及びＣＤ８Ｔ細胞が濃縮されたＰａｎ Ｔ Ｃｅｌｌ Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ Ｋｉｔ；または（ｉｉ）ナイーブＣＤ８Ｔ細胞を濃縮するナイーブＣＤ８Ｔ細胞単離キット及びＣＤ４枯渇キット（Ｎａｉｖｅ ＣＤ８ ＴＣｅｌｌ Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ Ｋｉｔ ＆ ＣＤ４ ｄｅｐｌｅｔｉｏｎ ｋｉｔ）。濃縮されたＴ細胞は、以下に示すように、単一の新抗原－ＭＨＣ四量体または目的の新抗原－ＭＨＣ四量体のプールのいずれかで標識され、生／死及び系統マーカーで染色され、ＦＡＣＳによって選別された。さらに、いくつかの実験では、濃縮されたＴ細胞は、目的の新抗原（複数可）に対応する野生型ペプチドを含むペプチド－ＭＨＣ四量体で標識された。選別されたＴ細胞は、フィーダー細胞及びＩＬ－２で２～３週間ポリクローナルに増殖させた。
ポリクローナル増殖に続いて、得られた細胞は以下のいずれかを行った。
ａ．標的ペプチド－ＭＨＣ四量体で再度標識し、ペプチド－ＭＨＣ四量体標識細胞について再選別した（バルク再選別）。
ｂ．新抗原（１０μＭ）をロードしたＰＢＭＣ（またはＤＭＳＯ対照）で刺激し、刺激の１日後にＣＤ１３７のアップレギュレーションについて再選別した（バルク再選別）。
再選別後に単離された細胞は、１０×Ｇｅｎｏｍｉｃｓ単一細胞解像度ペアード免疫ＴＣＲプロファイリングアプローチ（Ｃｈｒｏｍｉｕｍ Ｓｉｎｇｌｅ Ｃｅｌｌ Ａ Ｃｈｉｐ Ｋｉｔ，Ｃｈｒｏｍｉｕｍ Ｓｉｎｇｌｅ Ｃｅｌｌ ５’Ｌｉｂｒａｒｙ ＆ Ｇｅｌ Ｂｅａｄ Ｋｉｔ，Ｃｈｒｏｍｉｕｍ Ｓｉｎｇｌｅ Ｃｅｌｌ ５’Ｌｉｂｒａｒｙ Ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎ ｋｉｔ，Ｃｈｒｏｍｉｕｍ Ｓｉｎｇｌｅ Ｃｅｌｌ ５’Ｆｅａｔｕｒｅ Ｂａｒｃｏｄｅ Ｌｉｂｒａｒｙ Ｋｉｔ［１０ｘ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ］）を使用して配列決定した。シーケンシングリードは、提供された１０倍のソフトウェアＣｅｌｌＲａｎｇｅｒを介して処理した。シーケンシングリードは、Ｖ（Ｄ）Ｊトランスクリプトをセルごとにアセンブルするために使用されるＣｈｒｏｍｉｕｍセルラーバーコードとＵＭＩでタグ付けした。次に、各セルのアセンブルされたコンティグに、アセンブルされたコンティグをＥｎｓｅｍｂｌｅ ｖ８７ Ｖ（Ｄ）Ｊ参照配列にマッピングすることでアノテーションした。クロノタイプは、固有のＣＤＲ３配列を含むアルファ、ベータ鎖対として規定した。クロノタイプは、２細胞を超える頻度で存在する単一アルファ及び単一ベータ鎖対についてフィルタリングして、特定のドナーの１標的ペプチドごとのクロノタイプの最終リストを得た。
結果
健康なドナー（すなわち、腫瘍の病歴がなく健康であると一般に考えられているドナー）からの新抗原特異的Ｔ細胞の単離を評価した。Ｐａｎ Ｔ Ｃｅｌｌ Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ Ｋｉｔを使用して、ナイーブ及びメモリーＣＤ４及びＣＤ８Ｔ細胞を濃縮した。図２に示すように、濃縮されたナイーブＴ細胞及びメモリーＴ細胞は、６つの新抗原－ＭＨＣ四量体のプールを使用して効果的に標識して、新抗原特異的Ｔ細胞を同定した（図２、左パネル、Ｘ軸）。新抗原－ＭＨＣ四量体プールには、Ａ＊０１：０１／ＫＲＡＳ Ｑ６１Ｈ／Ｋ／Ｌ／Ｒ、Ａ＊０２：０１／ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｃ、及びＡ＊０２：０１／ＴＰ５３Ｒ２１３Ｌが含まれていた。この標識はまた、対応する野生型ペプチドに特異的なＴ細胞（野生型特異的Ｔ細胞図２左パネル、Ｙ軸）からの新抗原特異的Ｔ細胞の効果的な分離を示し、ここで、野生型ペプチド－ＭＨＣ四量体は、Ａ＊０１：０１／ＫＲＡＳ Ｑ６１、Ａ＊０２：０１／ＫＲＡＳ Ｇ１２；及びＡ＊０２：０１／ＴＰ５３Ｒ２１３であった。新抗原－ＭＨＣ四量体高「ＳＮＡ／ＨＬＡ高」）細胞をゲーティングすると、健康なドナーからの新抗原特異的Ｔ細胞の約３分の２がナイーブであり、一方、３分の１がメモリーＴ細胞の表現型を示した（６４．２％ＣＤ４５ＲＯ－対３２．４％のＣＤ４５ＲＯ＋；図２右パネル）ことも実証され、メモリーＴ細胞（ＣＤ４５ＲＡ－ＣＤ４５ＲＯ＋）は、ＫＲＡＳまたはＴＰ５３変異の病歴がない健康なドナーからでも新抗原特異的ＴＣＲの供給源になり得ることを示している。
プールされた選別／単離及びＴ細胞増殖の最初のラウンドの２週間後、細胞を分割し、そして６つの新抗原－ＭＨＣ四量体のそれぞれで個別に標識した。図３Ａに示すように、増殖した細胞は、６つの新抗原特異的Ｔ細胞（Ａ＊０１：０１／ＫＲＡＳ Ｑ６１Ｋ／Ｌ／Ｒ／Ｈ及びＡ＊０２：０１／ＴＰ５３ Ｒ２１３Ｌ）のうち少なくとも５つが存在することを示したが、ただし、新抗原特異的Ｔ細胞は、ＣＤ８集団全体の一般的にごく一部（２％以下）であった。新抗原特異的Ｔ細胞の頻度を高めるために、選別／単離されたペプチド－ＭＨＣ陽性細胞をさらに１週間増殖させた。図３Ｂに示すように、増殖した細胞は、新抗原特異的Ｔ細胞（Ａ＊０１：０１／ＫＲＡＳ Ｑ６１Ｌ／Ｒ／Ｈ及びＡ＊０２：０１／ＴＰ５３ Ｒ２１３Ｌ）の存在を示し、新抗原特異的Ｔ細胞は、総ＣＤ８集団の約５～２４％に相当した。標識された細胞集団は、上記のように、単一細胞レベルでのＴＣＲ配列決定のために再選別され、その後処理された。
さらに、健康なドナーから単離されたＴ細胞のナイーブ集団からの新抗原特異的Ｔ細胞の単離もまた、単一の新抗原－ＭＨＣ四量体での標識を使用して評価された。ナイーブＣＤ８Ｔ細胞単離キット及びＣＤ４枯渇キット（Ｎａｉｖｅ ＣＤ８ ＴＣｅｌｌ Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ Ｋｉｔ ＆ ＣＤ４ ｄｅｐｌｅｔｉｏｎ ｋｉｔ）を使用して、ナイーブＣＤ８Ｔ細胞を濃縮した。使用した新抗原－ＭＨＣ四量体は、Ａ＊１１：０１／ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ、Ａ＊０３：０１／ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ－９量体；及びＡ＊０３：０１／ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖ－１０量体であった。図６に示すように、単一の新抗原－ＭＨＣ四量体を使用した最初の選別／分離及びＴ細胞増殖の２週間後、増殖した細胞の再標識により、新抗原特異的Ｔ細胞の大きな集団（ＣＤ８ Ｔ細胞集団全体の３０～５５％）が示された。
選別／単離実験の結果によって、新抗原－ＭＨＣ四量体の混合物を使用するプールされた選別／単離法を使用して新抗原特異的Ｔ細胞を単離し得るが、単一の新抗原－ＭＨＣ四量体を使用する選別／単離が、より高い頻度の新抗原特異的Ｔ細胞を生じ得ることが示される。
次に、ＴＣＲ配列決定を、上記のように単離された様々な細胞集団について評価した。ＣＴＮＮＢ１＿Ｓ４５Ｐ四量体ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１／ＴＴＡＰＰＬＳＧＫを使用して同定された細胞も処理した。上記のように、新抗原－四量体で標識された増殖細胞集団を再選別し、その後、単一細胞レベルでのＴＣＲ配列決定のために処理した。表１Ａ．１－１Ａ．３及び表１Ｃ．１－１Ｃ．３に示すように、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１／ＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶ、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１／ＴＴＡＰＰＬＳＧＫ、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１／ＶＶＧＡＶＧＶＧＫ、ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１／ＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫ、及びＨＬＡ－Ａ＊１１：０１／ＶＶＧＡＶＧＶＧＫに対して複数のＴＣＲ配列が同定された。その結果によって、新抗原特異的ＴＣＲが、異なるエピトープ及び／または異なるＨＬＡに特異的なＴＣＲを含む、健康なドナー細胞由来のＴ細胞のナイーブ集団で同定され得ることが示される。
再選別のためのＴ細胞の新抗原－四量体標識に加えて、細胞を、同族ペプチドへの機能的シグナル伝達に基づいて再選別した。単一の新抗原－ＭＨＣ四量体Ａ＊１１：０１／ＫＲＡＳ Ｇ１２Ｖを使用して元々濃縮された増殖されたナイーブＣＤ８Ｔ細胞は、ＶＶＧＡＶＧＶＧＫペプチドまたはＤＭＳＯ（非特異的シグナル伝達制御）をロードしたＰＢＭＣを使用して刺激された。機能的シグナル伝達は、マーカーとしてＣＤ１３７アップレギュレーションを使用して決定された。図９に示すように、１日の刺激後、細胞はＣＤ１３７＋で新抗原（図９左パネル）及びＤＭＳＯ（図９右パネル）で刺激された細胞にゲーティングされ、再選別し、次いで上記のようにＴＣＲを配列決定した。（ｉ）新抗原－四量体標識細胞；（ｉｉ）ＣＤ１３７＋新抗原刺激細胞；及び（ｉｉｉ）ＣＤ１３７＋ＤＭＳＯ刺激細胞について決定されたＴＣＲ配列を、共有ＴＣＲ配列についてインシリコで比較した。結果の要約を図１０に示す。特定の四量体結合により９４のクロノタイプのＴＣＲ配列を決定し、そのうち６つのＴＣＲ配列がペプチド特異的な機能的シグナル伝達を示す細胞と共有された。その結果、機能的な腫瘍抗原特異的ＴＣＲが同定されたことが示される。
実施例７：ＨＬＡ－ペプチド標的新抗原に結合するＴＣＲの追加の同定
抗原特異的ＴＣＲは、新抗原特異的ＴＣＲの同定を含む、本明細書に記載の方法を使用して同定される。例えば、配列番号１０，７５５～２９，３６４のいずれかに特異的なＴＣＲは、それらの同族のＨＬＡ対立遺伝子に結合した。抗原特異的ＴＣＲを同定するための一般的なワークフローは次のとおりである。
１）Ｔ細胞は、以下を使用して磁気活性化細胞選別（ＭＡＣＳ）を使用してＨＬＡ適合健康ドナーから分離される：（ｉ）ナイーブ及びメモリーＣＤ４及びＣＤ８ Ｔ細胞を濃縮するための汎Ｔ細胞単離キット；（ｉｉ）ナイーブＴ細胞を濃縮するためのナイーブ汎Ｔ細胞単離キット；（ｉｉｉ）ナイーブＣＤ８ Ｔ細胞を濃縮するためのナイーブＣＤ８Ｔ細胞分離キット及びＣＤ４枯渇キット（Ｎａｉｖｅ ＣＤ８ ＴＣｅｌｌ Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ Ｋｉｔ ＆ ＣＤ４ ｄｅｐｌｅｔｉｏｎ ｋｉｔ）；または（ｉｖ）ナイーブ及びメモリーＣＤ８を濃縮するためのＣＤ８Ｔ細胞単離キット及びＣＤ４枯渇キット（Ｎａｉｖｅ ＣＤ８ ＴＣｅｌｌ Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ Ｋｉｔ ＆ ＣＤ４ ｄｅｐｌｅｔｉｏｎ ｋｉｔ）。
ａ）あるいは、抗原特異的Ｔ細胞の供給源には以下が含まれる場合がある。
ｉ）健康なドナーのメモリーＴ細胞。
ｉｉ）シングル陽性ＣＤ４Ｔ細胞及びＣＤ４／ＣＤ８ダブル陽性Ｔ細胞。
ｉｉｉ）市販の解離腫瘍細胞（ＤＴＣ）から処理された患者由来の腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）。
ｉｖ）目的の抗原／新抗原でワクチン接種された患者などの患者由来のＰＢＭＣ。
ｖ）Ｔ細胞は、従来のαβヘテロ二量体ＴＣＲを含む細胞に限定されず、ホモ二量体（例えば、ββ）、ヘテロ二量体（例えば、γδ）、三量体（ααβ）、及びＴＣＲ鎖のその他の組み合わせなど、まれなＴＣＲ構成を有する細胞を含み得る。
２）ペプチド－ＭＨＣ多量体は、あらかじめ折りたたまれたモノマーまたは市販のモノマー（例えば、Ｆｌｅｘ－Ｔモノマー－ＢｉｏＬｅｇｅｎｄなど）を使用して生成される。
３）Ｔ細胞に結合するペプチド－ＭＨＣ多量体は、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）法を使用して選別される。
４）選別されたＴ細胞は、フィーダー細胞及びインターロイキン（ＩＬ２及び／またはＩＬ７／ＩＬ１５の組み合わせ）で２～３週間ポリクローナルに増殖される。増殖はまた、一次細胞（全ＰＢＭＣ、ＤＣ、Ｂ細胞、単球）及び／または人工抗原提示細胞（Ｋ５６２、Ｔ２など）を使用して、抗原特異的な方法で行ってもよい。
５）増殖後、得られた細胞は同族のペプチド－ＭＨＣ多量体に曝露され、多量体結合細胞が選別される（再選別とも呼ばれる）。
６）再選別されたＴ細胞を単一細胞レベルで配列決定し（例えば、上記のように１０×Ｇｅｎｏｍｉｃｓシステムを使用して）、αβヘテロ二量体ＴＣＲまたはまれなＴＣＲ構成、例えば、ホモ二量体（例えば、ββ）、ヘテロ二量体（例えば、γδ）、三量体（ααβ）、及びＴＣＲ鎖の他の組み合わせを含むＴＣＲ配列を得る。
ａ）増殖したＴ細胞は２つ以上の集団に分割してもよく、例えば、細胞の集団は次のとおりである。
ｉ）ＴＣＲ配列を取得するために単一セルレベルで配列決定した。
ｉｉ）生理的濃度のペプチド及び自己ＡＰＣ（ＰＢＭＣ、Ｂ細胞、単球、ＤＣ）で刺激された。捕捉された機能的に応答する細胞、例えば例としてサイトカインを分泌する細胞であるが、ＩＦＮｇ、ＴＮＦアルファ、またはＩＬ－２に限定されない細胞は、単一細胞レベルで配列決定され、ＴＣＲ配列を取得し、活性化マーカーｍＲＮＡ転写産物のアップレギュレーションをプロファイリングする。
ｉｉｉ）あるいは、サイトカインに加えて、活性化マーカー（例えば、ＣＤ１３７、ＣＤ６９または他のもの）の発現を、刺激されたＴ細胞機能的応答の徴候として使用してもよい。選択された機能細胞は、単一細胞レベルで配列決定され（例えば、上記のように１０×Ｇｅｎｏｍｉｃｓシステムを使用して）、ＴＣＲ配列を取得し、活性化マーカーｍＲＮＡ転写物のアップレギュレーションをプロファイリングする。
ｂ）同定されたＴＣＲ配列は、以下の基準の一部または全てを含む基準を使用して、高品質及び／または特定の候補を同定するための品質管理手順を実行する。
ｉ）複数の及び／または欠落しているＴＲＡまたはＴＲＢ鎖を有する鎖を除外すること。
ｉｉ）内部停止コドンを有する配列を除外すること。
ｉｉｉ）長さが９０アミノ酸未満のＴＲＡまたはＴＲＢ鎖を有する配列を除外すること。
ｉｖ）生物学的及び／または技術的複製に関連する二重カウント配列を除外すること（すなわち、配列を１回だけ含める）。
ｖ）既知のエピトープのＣＤＲ３で配列をアノテーションする（例えば、ＶＤＪｄｂなどのＣＤＲ３データベースで見いだされた公知のＣＤＲ３）。
ｖｉ）バイスタンダーＴＣＲ（例えば、ＤＭＳＯパルスＡＰＣによって活性化されるなど、非特異的なＴ細胞に関連するＴＣＲ）に関連する配列を除外する。
実施例８：ＨＬＡ－ペプチド標的新抗原に結合するＴＣＲのスクリーニング及び検証
方法
スクリーニングのための候補ＴＣＲ配列は、上記のように、健康なドナーから同定された。簡単に言えば、多量体結合集団及び／またはスクリーニングの基準を満たす活性化Ｔ細胞集団に存在するＴＣＲクロノタイプを選択した。基準には、候補ライブラリーからの除外が含まれる：複数及び／または欠落したＴＲＡまたはＴＲＢ鎖を有する配列；内部停止コドンを有する配列；長さが９０アミノ酸未満のＴＲＡまたはＴＲＢ鎖を有する配列；バイスタンダーＴＣＲに関連する配列。さらに、既知のエピトープに関連するようにアノテーションされたＣＤＲ３を有する配列はスクリーニングされなかった。
レンチウイルス形質導入：スクリーニングアッセイのために、ＣＤ８＋Ｊｕｒｋａｔ ＫＯ（内因性ＴＣＲノックアウト）細胞株にレンチウイルスを形質導入して、抗原特異的ＴＣＲを発現させた。ＨＩＶ由来のレンチウイルス移入ベクターは、ＳＢＩ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓから入手し、ＥＦ１αプロモータを除去し、ＭＳＣＶプロモータとそれに続くマルチクローニングサイト（ＭＣＳ）及びＴＣＲ定常アルファ配列を導入するように改変した。ＶＳＶ－Ｇ（ｐＣＭＶ－ＶｓｖＧ）、Ｒｅｖ（ｐＲＳＶ－Ｒｅｖ）、Ｇａｇ－ｐｏｌ（ｐＣｇｐＶ）を発現するレンチウイルスサポートプラスミドを使用して、ウイルスを生成した（ＶｉｒａＰｏｗｅｒ Ｌｅｎｔｉｖｉｒａｌ Ｐａｃｋａｇｉｎｇ Ｍｉｘ；ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）。レンチウイルスは、ＨＥＫ２９３細胞の８０％コンフルエントな１０ｃｍ２プレートにＬｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ２０００（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）をトランスフェクトすることにより、３６μｌのリポフェクタミン及び３μｇのＴＣＲ含有プラスミド（Ｓａｎｇｅｒシーケンシングで確認）及び９μｇのＶｉｒａＰｏｗｅｒレンチウイルスパッケージングミックスを使用して、調製した。４８時間後に１０ｍＬのウイルス含有培地を回収し、Ｌｅｎｔｉ－Ｘシステム（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ）を使用して濾過及び濃縮し、ウイルスを１００～２００μｌの新鮮な培地に再懸濁した。ｑＰＣＲを使用したウイルス力価測定に続いて、濃縮されたウイルス上清をＪｕｒｋａｔ細胞に添加した。細胞を１５００ｘｇで４５分間、８μｇ／ｍＬのポリブレンを８×１０５細胞／ｍＬの密度で回転させた。スピンフェクションに続いて、培地を添加して、細胞密度を４×１０５細胞／ｍＬにし、最終濃度を４μｇ／ｍＬポリブレンにした。細胞を一晩インキュベートし、１６時間後に培地を完全に新しくした。７２時間後、ＴＣＲ発現を評価し、必要に応じて細胞を選別して、ＴＣＲ発現の高い集団を取得した。検証アッセイでは、健康なドナーからの初代Ｔ細胞にレンチウイルスを形質導入して抗原特異的ＴＣＲを発現させた。
シグナル伝達アッセイ：示されているように、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１またはＨＬＡ－Ａ＊１１：０１を構成的に発現する抗原提示細胞Ｋ５６２細胞に、示された変異体もしくは野生型ペプチドを１０μＭ、または抗原滴定実験について示された濃度で、１時間ロードした。形質導入されたジャーカット細胞または初代Ｔ細胞を、ペプチドをロードしたＡＰＣと１：１の比率の７５，０００のＴＣＲ発現Ｊｕｒｋａｔ細胞対７５，０００のＡＰＣ、または１：４の比率の５０，０００の初代Ｔ細胞対１ウェルあたり２００，０００ＡＰＣで、９６ウェルプレート中で一晩（約２０時間）共培養した。共培養後、フローサイトメトリー（ＢｉｏＬｅｇｅｎｄの抗体）を使用してＴ細胞活性化マーカーＣＤ２５、ＣＤ６９、ＣＤ１３７を測定し、ＭＳＤ（Ｍｅｓｏ Ｓｃａｌｅ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ Ｖ－ＰＬＥＸ Ｈｕｍａｎ ＩＬ－２ Ｋｉｔ）でＩＬ－２サイトカイン産生を評価した。増殖アッセイでは、ペプチドをロードしたＡＰＣとインキュベートする前に、形質導入した初代Ｔ細胞をＣｅｌｌＴｒａｃｅ Ｖｉｏｌｅｔ色素（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）で標識した。共培養後、フローサイトメトリーを使用してＣｅｌｌＴｒａｃｅ Ｖｉｏｌｅｔ色素の希釈を評価し、増殖を測定した。
結果
候補ＴＣＲ配列は、健康なドナーから同定して、スクリーニングのために選択した。スクリーニングの候補には、表１Ａ．２及び表１Ａ．３に示されている配列が含まれていた。
スクリーニングのために、ＣＤ８＋Ｊｕｒｋａｔ ＫＯ（内因性ＴＣＲノックアウト）細胞に候補ＴＣＲ配列を形質導入した。候補ＴＣＲの同族新抗原ペプチドまたは対応する野生型ペプチドを使用したシグナル伝達アッセイを実施して、特異性及び機能性を評価した。さらに、シグナル伝達を、同族ペプチドを認識しないＴＣＲ（「陰性ＴＣＲ」）及びＭＡＲＴ－１／Ｍｅｌａｎ－Ａ特異的ＴＣＲ ＤＭＦ５（全ての目的のために参照により本明細書に組み込まれる、Ｊｏｈｎｓｏｎ ｅｔ ａｌ．「Ｇｅｎｅ Ｔｒａｎｓｆｅｒ ｏｆ Ｔｕｍｏｒ－Ｒｅａｃｔｉｖｅ ＴＣＲ Ｃｏｎｆｅｒｓ Ｂｏｔｈ Ｈｉｇｈ Ａｖｉｄｉｔｙ ａｎｄ Ｔｕｍｏｒ Ｒｅａｃｔｉｖｉｔｙ ｔｏ Ｎｏｎｒｅａｃｔｉｖｅ Ｐｅｒｉｐｈｅｒａｌ Ｂｌｏｏｄ Ｍｏｎｏｎｕｃｌｅａｒ Ｃｅｌｌｓ ａｎｄ Ｔｕｍｏｒ－Ｉｎｆｉｌｔｒａｔｉｎｇ Ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ」Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２００６ Ｎｏｖ １；１７７（９）：６５４８－５９に詳細に記載される、ＭＡＲＴ－１／ＤＭＦ５ ＴＣＲ）について評価した。表９に示すように、活性化マーカー及びサイトカイン産生は、対応する野生型ペプチドによる刺激と比較して、同族のＲＡＳ Ｇ１２Ｃ及びＧ１２Ｖ新抗原で刺激された場合に顕著に増加した。特に、いくつかの候補ＴＣＲのシグナル伝達は、十分確立されたＭＡＲＴ－１／ＤＭＦ５対照（変化倍率ペプチド対ＤＭＳＯビヒクルのみ）に匹敵し、負のＴＣＲシグナル伝達よりも明らかに優れていた。したがって、このデータによって、健康なドナーから単離されたＴＣＲ配列をスクリーニングすることにより、機能的かつ特異的なＴＣＲ候補が同定されたことが示される。
Ｊｕｒｋａｔ細胞における最初のスクリーニングに続いて、機能的及び特異的なシグナル伝達を示したＴＣＲ候補を、初代Ｔ細胞においてさらに検証した。表９に示すように、初代Ｔ細胞の活性化マーカーは、対応する野生型ペプチドによる刺激と比較して、同族のＲＡＳ Ｇ１２Ｃ及びＧ１２Ｖ新抗原で刺激した場合に顕著に増加した。特に、アッセイされた候補ＴＣＲのシグナル伝達は、負のＴＣＲシグナル伝達よりも明らかに優れていた。代表的なフローサイトメトリー評価を図１１Ａ（クローン０１ＣＡ０１９＿０６４＿Ｆ０５＿０００５）及び図１１Ｂ（０１ＣＡ０１９＿０６４＿Ｆ０５＿００４７）に示す。初代Ｔ細胞の増殖もＴＣＲ候補の２つについて評価した。図１２に示すように、クローン０１ＣＡ０１９＿０６４＿Ｆ０５＿００４７及び０１ＣＡ０１９＿０６４＿Ｆ０５＿０００５は、抗原なしの刺激と比較して、新抗原刺激に応答して増殖を示した。
（表９）ＴＣＲ候補についてのスクリーニング及び検証シグナル伝達アッセイの概要
Figure 2023502625000012
＊変化倍率は、対応する野生型ペプチドと比較した同族の新抗原ペプチドのシグナルの差で計算する。
配列表
表Ａ
配列表、配列番号１０，７５５～２１，０１５を参照のこと。
表Ａは、ＨＬＡ－ペプチド新抗原を含み、特定のアミノ酸配列を有する特定の拘束ペプチドは、ＥＤＧＥスコア＞０．００１を有する所与のＨＬＡ対立遺伝子と関連すると予測される。拘束ペプチドは、がんに関連する体細胞変異を含むペプチドフラグメントに対応する。
明確にするために、表Ａの各ＨＬＡ－ペプチド新抗原には、固有の配列番号が割り当てられている。上記の配列識別子のそれぞれは、表の識別子（すなわち、表Ａ）、ＨＬＡクラスＩサブタイプ、拘束ペプチドに対応する遺伝子名、体細胞変異、ペプチド：ＨＬＡ対の有病率が０．１％以上（「１」と表記）または０．１％未満（「０」と表記）であったか否か、及び制限ペプチドのアミノ酸配列に関連付けられている。例えば、配列番号１０７５５として指定されたＨＬＡ－ペプチド新抗原は、ＨＬＡ－ペプチド標的ＨＬＡ－Ａ＊０２：０６＿ＡＡＤＧＩＹＴＡであるＣＲＥＢ３Ｌ１Ｖ４１４Ｉ新抗原である。配列番号１０７５５で示されるように、拘束ペプチドＡＡＤＧＩＹＴＡは、遺伝子ＣＲＥＢ３Ｌ１によってコードされるタンパク質にＶ４１４Ｉ変異を含み、ＨＬＡ－ペプチド標的の有病率は０．１％未満である。
表ＡのＨＬＡ－ペプチド新抗原は、２０１９年５月２３日に出願されたＰＣＴ／ＵＳ２０１９／０３３８３０に開示されており、この出願は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
ＡＡＣＲ ＧＥＮＩＥの結果
配列表、配列番号２１，０１６～２９，３５７を参照のこと。
ＡＡＣＲ ＧＥＮＩＥの結果は、特定のアミノ酸配列を有する特定の拘束ペプチドが、ＥＤＧＥスコア＞０．００１かつ有病率＞０．１％の所与のＨＬＡ対立遺伝子と関連すると予測されるＨＬＡ－ペプチド新抗原を含む。拘束ペプチドは、がんに関連する体細胞変異を含むペプチドフラグメントに対応する。
明確にするために、ＡＡＣＲ ＧＥＮＩＥの結果における各ＨＬＡ－ペプチド新抗原に、固有の配列番号を割り当てる。上記の各配列識別子には、ＡＡＣＲ ＧＥＮＩＥ結果としての指定、拘束ペプチドに対応する遺伝子名、体細胞変異の種類及び性質、ＨＬＡクラスＩサブタイプ、及び拘束ペプチドのアミノ酸配列が挙げられる。ＡＡＣＲ ＧＥＮＩＥの結果の場合、ＨＬＡクラスＩサブタイプの命名は、１文字の後に４桁のコードが続くものとして表される。
明確にするために、名称「ｐ．」は、タンパク質配列の変化を示し、「ｆｓ＊数」という名称は、［指定された数］のアミノ酸に終止コドンを引き起こすフレームシフト変異を表し、「ｄｕｐ」という名称は、指定されたアミノ酸が隣接する配列のフレーム内配列挿入を表し、名称「ｄｅｌ」は、指定されたアミノ酸のインフレーム配列欠失を表す。
例えば、配列番号２１０１６として指定されたＨＬＡ－ペプチド新抗原は、ＨＬＡ－ＰＥＰＴＩＤＥ標的ＨＬＡ－Ａ＊２９：０２＿ＨＹＨＥＭＧＬＬＹである点突然変異Ｓ２９０Ｌ（「ＡＣＶＲ１＿ｐ．Ｓ２９０Ｌ」として示される）を保持するＡＣＶＲ１新抗原である。配列番号２１０１６で示されるように、拘束ペプチドＨＹＨＥＭＧＬＬＹは、遺伝子ＡＣＶＲ１によってコードされるタンパク質にＳ２９０Ｌ点変異を含む。
例えば、配列番号２５５６６として指定されたＨＬＡ－ペプチド新抗原は、ＨＬＡ－ペプチド標的ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１＿ＫＧＰＤＴＴＶＫＦを生じる挿入または欠失変異Ｙ２２８５Ｔｆｓ＊５（「ＮＦ１＿ｐ．Ｙ２２８５Ｔｆｓ＊５」として示される）を保有するＮＦ１新抗原である。配列番号２５５６６で示されるように、拘束ペプチドＫＧＰＤＴＴＶＫＦは、置換Ｙ２２８５Ｔと、ＮＦ１遺伝子の通常のリーディングフレームからフレームシフトされている後続の配列とを含み、５アミノ酸の終止コドンを生じる。
例えば、配列番号２２７１３と命名されたＨＬＡ－ペプチド新抗原は、インフレーム配列挿入Ｔ１８＿Ａ１９ｄｕｐ（「ＣＤＫＮ２Ａ＿ｐ．Ｔ１８＿Ａ１９ｄｕｐ」として示される）を保有するＣＤＫＮ２Ａ新抗原であり、ＨＬＡ－ペプチド標的ＨＬＡ－Ａ＊６８：０１＿ＡＴＡＴＡＡＡＲＧＲをもたらす。配列番号２２７１３で示されるように、拘束ペプチドＡＴＡＴＡＡＡＲＧＲは、アミノ酸位置１８及び１９でのアミノ酸Ｔ及びＡの挿入、ならびにＣＤＫＮ２Ａタンパク質におけるその周囲の配列を含む。
例えば、配列番号２３２３３として指定されるＨＬＡ－ペプチド新抗原は、インフレーム配列欠失Ｓ４５ｄｅｌ（「ＣＴＮＮＢ１＿ｐ．Ｓ４５ｄｅｌ」として示される）を保有するＣＴＮＮＢ１新抗原であり、ＨＬＡ－ペプチド標的ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１＿ＴＴＴＡＰＬＳＧＫをもたらす。配列番号２３２３３で示されるように、拘束ペプチドＴＴＴＡＰＬＳＧＫは、ＣＴＮＮＢ１遺伝子において欠失Ｓ４５ｄｅｌ及びその周囲の配列を含む。
配列番号２９３５８～２９３６４
Figure 2023502625000013
（表１Ａ．１）健常ドナーから単離されたＴＣＲのアルファＶＪ及びベータＶ（Ｄ）Ｊ配列
Figure 2023502625000014
Figure 2023502625000015
（表１Ａ．２）健常ドナーから単離されたＴＣＲのアルファＶＪＣ及びベータＶ（Ｄ）ＪＣ配列－Ｇ１２Ｃ／ＨＬＡ－Ａ＊０２０１
Figure 2023502625000016
Figure 2023502625000017
（表１Ａ．３）健常ドナーから単離されたＴＣＲのアルファＶＪＣ及びベータＶ（Ｄ）ＪＣ配列－Ｇ１２Ｖ／ＨＬＡ－Ａ＊１１０１
Figure 2023502625000018
Figure 2023502625000019
（表１Ｂ）がんを有する対象に由来するＴＩＬから単離されたＴＣＲのアルファＶＪ及びベータＶ（Ｄ）Ｊ配列
Figure 2023502625000020
Figure 2023502625000021
（表１Ｃ．１）健常ドナーから単離されたＴＣＲのＶ（Ｄ）Ｊセグメント及びＣＤＲ３配列
Figure 2023502625000022
＊“なし”とは、配列分析によって既知のＴＲＢ－Ｄ遺伝子に対するマッピングが行われなかったことを示す。
（表１Ｃ．２）健常ドナーから単離されたＴＣＲのＶ（Ｄ）Ｊセグメント及びＣＤＲ３配列－Ｇ１２Ｃ
Figure 2023502625000023
（表１Ｃ．３）健常ドナーから単離されたＴＣＲのＶ（Ｄ）Ｊセグメント及びＣＤＲ３配列－Ｇ１２Ｖ
Figure 2023502625000024
＊“なし”とは、配列分析によって既知のＴＲＢ－Ｄ遺伝子に対するマッピングが行われなかったことを示す。
（表１Ｄ）がんを有する対象に由来するＴＩＬから単離されたＴＣＲのＶ（Ｄ）Ｊセグメント及びＣＤＲ３配列
Figure 2023502625000025
＊“なし”とは、配列分析によって既知のＴＲＢ－Ｄ遺伝子に対するマッピングが行われなかったことを示す。
引用文献
Figure 2023502625000026
Figure 2023502625000027
Figure 2023502625000028
Figure 2023502625000029
Figure 2023502625000030
Figure 2023502625000031
Figure 2023502625000032

Claims (167)

  1. ＨＬＡクラスＩ分子と複合体を形成したＨＬＡ拘束ペプチドを含むＨＬＡ－ペプチド抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質（ＡＢＰ）であって、前記ＨＬＡ拘束ペプチドが、前記ＨＬＡクラスＩ分子のα１／α２ヘテロ二量体部分のペプチド結合溝に位置しており、ここで前記ＨＬＡクラスＩ分子及び前記ＨＬＡ拘束ペプチドが各々、配列番号１０，７５５～２９，３６４のいずれか１つに記載されているＨＬＡ－ペプチド抗原から選択され、前記ＡＢＰがＴ細胞受容体（ＴＣＲ）またはその抗原結合フラグメントを含む、前記抗原結合タンパク質（ＡＢＰ）。
  2. 前記ＨＬＡ拘束ペプチドが約５～１５アミノ酸の長さである、請求項１に記載のＡＢＰ。
  3. 前記ＨＬＡ拘束ペプチドが、約８～１２アミノ酸の長さであり、任意選択で、８、９、１０、１１、または１２アミノ酸の長さである、請求項２に記載のＡＢＰ。
  4. 前記ＨＬＡ－ペプチド抗原が、
    ａ．ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｂ．ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｃ．ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１と拘束ペプチドＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｄ．ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１と拘束ペプチドＴＴＡＰＰＬＳＧＫとを含むＣＴＮＮＢ１＿Ｓ４５Ｐ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｅ．ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＧＡＤＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｆ．ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｇ．ＨＬＡ－Ｃ＊０１：０２と拘束ペプチドＡＶＧＶＧＫＳＡＬとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｈ．ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｉ．ＨＬＡ－Ａ＊２４：０２と拘束ペプチペプチドＴＹＳＰＡＬＮＮＭＦとを含むＴＰ５３＿Ｋ１３２Ｎ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｊ．ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１と拘束ペプチドＹＬＤＳＧＩＨＹＧＡとを含むＣＴＮＮＢ１＿Ｓ３７Ｙ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｋ．ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｌ．ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｍ．ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｎ．ＨＬＡ－Ａ＊０１：０１と拘束ペプチドＩＬＤＴＡＧＨＥＥＹとを含むＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ ＭＨＣクラスＩ抗原；及び
    ｏ．Ａ＊０２：０１と拘束ペプチドＹＬＤＤＲＮＴＦＬとを含むＴＰ５３＿Ｒ２１３Ｌ ＭＨＣクラスＩ抗原
    からなる群より選択される、先行請求項のいずれか１項に記載のＡＢＰ。
  5. ａ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ａ変異を含み、前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０２：０１であるか；
    ｂ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ａ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０２：０６であるか；
    ｃ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ａ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊２７：０５であるか；
    ｄ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ａ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊３５：０１であるか；
    ｅ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ａ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊４１：０２であるか；
    ｆ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ａ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊４８：０１であるか；
    ｇ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ａ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０８：０３であるか；
    ｈ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０２：０１であるか；
    ｉ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０２：０１であるか；
    ｊ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０３：０２であるか；
    ｋ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊６８：０１であるか；
    ｌ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊２７：０５であるか；
    ｍ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０２：０１であるか；
    ｎ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０２：０５であるか；
    ｏ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０３：０１であるか；
    ｐ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊１１：０１であるか；
    ｑ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊１１：０１であるか；
    ｒ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊２６：０１であるか；
    ｓ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊３１：０１であるか；
    ｔ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊６８：０１であるか；
    ｕ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊０７：０２であるか；
    ｖ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊０８：０１であるか；
    ｗ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊１３：０２であるか；
    ｘ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊１５：０１であるか；
    ｙ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊２７：０５であるか；
    ｚ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊３５：０１であるか；
    ａａ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊３７：０１であるか；
    ｂｂ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊３８：０１であるか；
    ｃｃ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊４０：０１であるか；
    ｄｄ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊４０：０２であるか；
    ｅｅ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊４４：０２であるか；
    ｆｆ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊４４：０３であるか；
    ｇｇ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊４８：０１であるか；
    ｈｈ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊５０：０１であるか；
    ｉｉ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊５７：０１であるか；
    ｊｊ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０１：０２であるか；
    ｋｋ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０２：０２であるか；
    ｌｌ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０３：０３であるか；
    ｍｍ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０３：０４であるか；
    ｎｎ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０４：０１であるか；
    ｏｏ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０５：０１であるか；
    ｐｐ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０７：０４であるか；
    ｑｑ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０８：０２であるか；
    ｒｒ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０８：０３であるか；
    ｓｓ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊１６：０１であるか；
    ｔｔ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊１７：０１であるか；
    ｕｕ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｒ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊４１：０２であるか；
    ｖｖ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｒ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０７：０４であるか；
    ｗｗ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０２：０１であるか；
    ｘｘ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０２：０５であるか；
    ｙｙ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０２：０６であるか；
    ｚｚ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０３：０１であるか；
    ａａａ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０３：０１であるか；
    ｂｂｂ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊１１：０１であるか；
    ｃｃｃ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊１１：０１であるか；
    ｄｄｄ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊２５：０１であるか；
    ｅｅｅ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊２６：０１であるか；
    ｆｆｆ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊３０：０１であるか；
    ｇｇｇ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊３１：０１であるか；
    ｈｈｈ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊３１：０１であるか；
    ｉｉｉ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊３２：０１であるか；
    ｊｊｊ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊６８：０２であるか；
    ｋｋｋ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊０７：０２であるか；
    ｌｌｌ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊０８：０１であるか；
    ｍｍｍ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊１３：０２であるか；
    ｎｎｎ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊１４：０２であるか；
    ｏｏｏ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊１５：０１であるか；
    ｐｐｐ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊２７：０５であるか；
    ｑｑｑ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊３９：０１であるか；
    ｒｒｒ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊４０：０１であるか；
    ｓｓｓ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊４０：０２であるか；
    ｔｔｔ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊４１：０２であるか；
    ｕｕｕ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊４４：０５であるか；
    ｖｖｖ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊５０：０１であるか；
    ｗｗｗ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊５１：０１であるか；
    ｘｘｘ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０１：０２であるか；
    ｙｙｙ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０１：０２であるか；
    ｚｚｚ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０３：０３であるか；
    ａａａａ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０３：０４であるか；
    ｂｂｂｂ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０８：０２であるか；
    ｃｃｃｃ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊１４：０２であるか；
    ｄｄｄｄ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊１７：０１であるか；
    ｅｅｅｅ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｇ１３Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０２：０１であるか；
    ｆｆｆｆ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｇ１３Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊０７：０２であるか；
    ｇｇｇｇ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｇ１３Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊０８：０１であるか；
    ｈｈｈｈ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｇ１３Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊３５：０１であるか；
    ｉｉｉｉ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｇ１３Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊３５：０３であるか；
    ｊｊｊｊ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｇ１３Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊３５：０８であるか；
    ｋｋｋｋ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｇ１３Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊３８：０１であるか；
    ｌｌｌｌ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｇ１３Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０４：０１であるか；
    ｍｍｍｍ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０１：０１であるか；
    ｎｎｎｎ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０２：０１であるか；
    ｏｏｏｏ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊２３：０１であるか；
    ｐｐｐｐ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊２９：０１であるか；
    ｑｑｑｑ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊３０：０２であるか；
    ｒｒｒｒ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊３３：０１であるか；
    ｓｓｓｓ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊６８：０１であるか；
    ｔｔｔｔ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊０７：０２であるか；
    ｕｕｕｕ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊０８：０１であるか；
    ｖｖｖｖ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊１８：０１であるか；
    ｗｗｗｗ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊３５：０１であるか；
    ｘｘｘｘ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊３８：０１であるか；
    ｙｙｙｙ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊４０：０１であるか；
    ｚｚｚｚ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊４４：０２であるか；
    ａａａａａ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０３：０４であるか；
    ｂｂｂｂｂ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０５：０１であるか；または
    ｃｃｃｃｃ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０８：０２である、
    請求項１～３のいずれか１項に記載のＡＢＰ。
  6. ａ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｇ１３Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＣ＊０８：０２もしくはＡ＊１１：０１であるか；
    ｂ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｋ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊０１：０１であるか；
    ｃ．前記拘束ペプチドがＮＲＡＳ＿Ｑ６１Ｋ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊０１：０１であるか；
    ｄ．前記拘束ペプチドがＴＰ５３＿Ｒ２４９Ｍ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＢ＊３５：１２、Ｂ＊３５：０３、もしくはＢ＊３５：０１であるか；
    ｅ．前記拘束ペプチドがＣＴＮＮＢ１＿Ｓ４５Ｐ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊０３：０１、Ａ＊１１：０１、Ａ＊６８：０１、もしくはＡ＊０３：０２であるか；
    ｆ．前記拘束ペプチドがＣＴＮＮＢ１＿Ｓ４５Ｆ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊０３：０１、Ａ＊１１：０１、もしくはＡ＊６８：０１であるか；
    ｇ．前記拘束ペプチドがＥＲＢＢ２＿Ｙ７７２＿Ａ７７５ｄｕｐ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＢ＊１８：０１であるか；
    ｈ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊１１：０１、Ａ＊０３：０１、もしくはＣ＊０８：０２であるか；
    ｉ．前記拘束ペプチドがＮＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊１１：０１、Ａ＊０３：０１、もしくはＣ＊０８：０２であるか；
    ｊ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｒ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊０１：０１であるか；
    ｋ．前記拘束ペプチドがＮＲＡＳ＿Ｑ６１Ｒ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊０１：０１であるか；
    ｌ．前記拘束ペプチドがＣＴＮＮＢ１＿Ｔ４１Ａ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊０３：０１、Ａ＊０３：０２、Ａ＊１１：０１、Ｂ＊１５：１０、Ｃ＊０３：０３、もしくはＣ＊０３：０４であるか；
    ｍ．前記拘束ペプチドがＴＰ５３＿Ｋ１３２Ｎ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊２４：０２もしくはＡ＊２３：０１であるか；
    ｎ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｇ１２Ａ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊０３：０１もしくはＡ＊１１：０１であるか；
    ｏ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｌ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊０１：０１であるか；
    ｐ．前記拘束ペプチドがＮＲＡＳ＿Ｑ６１Ｌ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊０１：０１であるか；
    ｑ．前記拘束ペプチドがＴＰ５３＿Ｒ２１３Ｌ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊０２：０７、Ｃ＊０８：０２、もしくはＡ＊０２：０１であるか；
    ｒ．前記拘束ペプチドがＢＲＡＦ＿Ｇ４６６Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＢ＊１５：０１、もしくはＢ＊１５：０３であるか；
    ｓ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊０３：０１、Ａ＊０３：０２、Ａ＊１１：０１、もしくはＣ＊０１：０２であるか；
    ｔ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊０１：０１であるか；
    ｕ．前記拘束ペプチドがＮＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊０１：０１であるか；
    ｖ．前記拘束ペプチドがＣＴＮＮＢ１＿Ｓ３７Ｆ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊０１：０１、Ａ＊２３：０１、Ａ＊２４：０２、Ｂ＊１５：１０、Ｂ＊３９：０６、Ｃ＊０５：０１、Ｃ＊１４：０２、もしくはＣ＊１４：０３であるか；
    ｗ．前記拘束ペプチドがＴＰ５３＿Ｓ１２７Ｙ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊１１：０１もしくはＡ＊０３：０１であるか；
    ｘ．前記拘束ペプチドがＴＰ５３＿Ｋ１３２Ｅ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊２４：０２、Ｃ＊１４：０３、もしくはＡ＊２３：０１であるか；
    ｙ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊０２：０１、Ａ＊１１：０１、もしくはＡ＊０３：０１であるか；
    ｚ．前記拘束ペプチドがＮＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊０２：０１、Ａ＊１１：０１、もしくはＡ＊０３：０１であるか；
    ａａ．前記拘束ペプチドがＥＧＦＲ＿Ｌ８５８Ｒ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊１１：０１、もしくはＡ＊０３：０１であるか；
    ｂｂ．前記拘束ペプチドがＴＰ５３＿Ｙ２２０Ｃ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊０２：０１であるか；または
    ｃｃ．前記拘束ペプチドがＴＰ５３＿Ｒ１７５Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊０２：０１である、
    請求項１～３のいずれか１項に記載のＡＢＰ。
  7. 前記ＨＬＡ－ペプチド抗原が、
    ａ．Ａ＊１１：０１と拘束ペプチペプチドＴＴＡＰＰＬＳＧＫとを含むＣＴＮＮＢ１＿Ｓ４５Ｐ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｂ．Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＡＴＡＰＳＬＳＧＫとを含むＣＴＮＮＢ１＿Ｔ４１ＡＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｃ．Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｄ．Ａ＊０３：０１と拘束ペプチドＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｅ．Ａ＊０３：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｆ．Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｇ．Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｈ．Ａ＊０１：０１と拘束ペプチドＩＬＤＴＡＧＲＥＥＹとを含むＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｒ ＭＨＣクラスＩ抗原；及び
    ｉ．Ａ＊０２：０１と拘束ペプチドＹＬＤＤＲＮＴＦＬとを含むＴＰ５３＿Ｒ２１３Ｌ ＭＨＣクラスＩ抗原
    から選択される、請求項１～３のいずれか１項に記載のＡＢＰ。
  8. 前記ＨＬＡ拘束ペプチドがＲＡＳ Ｇ１２変異を含む、請求項１～３のいずれか１項に記載のＡＢＰ。
  9. 前記Ｇ１２変異がＧ１２Ｃ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｖ、またはＧ１２Ａ変異である、請求項８に記載のＡＢＰ。
  10. 前記ＨＬＡ－ペプチド抗原が、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１、ＨＬＡ－Ａ＊３１：０１、ＨＬＡ－Ｃ＊０１：０２、及びＨＬＡ－Ａ＊０３：０１から選択されるＨＬＡクラスＩ分子を含む、請求項８に記載のＡＢＰ。
  11. 前記ＲＡＳ Ｇ１２変異が、ＫＲＡＳ変異、ＮＲＡＳ変異、及びＨＲＡＳ変異のうちの任意の１つまたは複数である、請求項８～１０のいずれか１項に記載のＡＢＰ。
  12. 前記ＨＬＡ－ペプチド抗原が、
    ａ．ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１と拘束ペプチドＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｂ．ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｃ．ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｄ．ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｅ．ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＧＡＤＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｆ．ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｇ．ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｈ．ＨＬＡ－Ａ＊３１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｉ．ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｊ．ＨＬＡ－Ｃ＊０１：０２と拘束ペプチドＡＶＧＶＧＫＳＡＬとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；及び
    ｋ．ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原
    から選択される、請求項９に記載のＡＢＰ。
  13. 前記ＨＬＡ－ペプチド抗原が、
    ａ．ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１と拘束ペプチドＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｂ．ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｃ．ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＧＡＤＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｄ．ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｅ．ＨＬＡ－Ａ＊３１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｆ．ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｇ．ＨＬＡ－Ｃ＊０１：０２と拘束ペプチドＡＶＧＶＧＫＳＡＬとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；及び
    ｈ．ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原
    から選択される、請求項９に記載のＡＢＰ。
  14. 前記ＨＬＡ－ペプチド抗原が、
    ａ．ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１と拘束ペプチドＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｂ．ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原；及び
    ｃ．ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原
    から選択される、請求項９に記載のＡＢＰ。
  15. 前記ＨＬＡ－ペプチド抗原が、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１と拘束ペプチドＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原である、請求項９に記載のＡＢＰ。
  16. 前記ＨＬＡ－ペプチド抗原が、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原である、請求項９に記載のＡＢＰ。
  17. 前記ＨＬＡ－ペプチド抗原が、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原である、請求項９に記載のＡＢＰ。
  18. 前記ＨＬＡ－拘束ペプチドがＲＡＳ Ｑ６１変異を含む、請求項１～３のいずれか１項に記載のＡＢＰ。
  19. 前記Ｑ６１変異が、Ｑ６１Ｈ、Ｑ６１Ｋ、Ｑ６１Ｒ、またはＱ６１Ｌ変異である、請求項１８に記載のＡＢＰ。
  20. 前記ＨＬＡ－ペプチド抗原が、ＨＬＡ－Ａ＊０１：０１と拘束ペプチドＩＬＤＴＡＧＨＥＥＹとを含むＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ ＭＨＣクラスＩ抗原である、請求項１８に記載のＡＢＰ。
  21. 前記ＨＬＡ－拘束ペプチドがＴＰ５３変異を含む、請求項１～３のいずれか１項に記載のＡＢＰ。
  22. 前記ＴＰ５３変異がＲ２１３Ｌ、Ｓ１２７Ｙ、Ｙ２２０Ｃ、Ｒ１７５Ｈ、またはＲ２４９Ｍ変異を含む、請求項２１に記載のＡＢＰ。
  23. 前記ＨＬＡ－ペプチド抗原が、Ａ＊０２：０１と拘束ペプチドＹＬＤＤＲＮＴＦＬとを含むＴＰ５３ Ｒ２１３Ｌ ＭＨＣクラスＩ抗原である、請求項２１に記載のＡＢＰ。
  24. 前記ＨＬＡクラスＩ分子との少なくとも１つの接触点を通じて、及び前記ＨＬＡ－拘束ペプチドとの少なくとも１つの接触点を通じて、前記ＨＬＡ－ペプチド抗原に結合する、先行請求項のいずれか１項に記載のＡＢＰ。
  25. 前記抗原結合タンパク質が、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１と拘束ペプチドＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原に結合し、かつ前記ＡＢＰが、異なるＲＡＳ Ｇ１２変異を含むＨＬＡ－ペプチド抗原よりも高い親和性で前記ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原に結合する、先行請求項のいずれか１項に記載のＡＢＰ。
  26. 拘束ペプチドＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶとＨＬＡ－Ａ２分子とを含むＨＬＡ－ペプチド抗原よりも高い親和性で前記ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原に結合する、請求項２５に記載のＡＢＰ。
  27. 拘束ペプチドＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶとＨＬＡ－Ａ２分子とを含むＨＬＡ－ペプチド抗原に結合しない、請求項２６に記載のＡＢＰ。
  28. 前記抗原結合タンパク質が足場に連結され、任意選択で前記足場が血清アルブミンまたはＦｃを含み、任意選択でＦｃが、ヒトＦｃであり、ＩｇＧ（ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４）、ＩｇＡ（ＩｇＡ１、ＩｇＡ２）、ＩｇＤ、ＩｇＥ、またはＩｇＭアイソタイプＦｃである、先行請求項のいずれか１項に記載のＡＢＰ。
  29. 前記抗原結合タンパク質がリンカーを介して足場に連結され、任意選択で前記リンカーがペプチドリンカーであり、任意選択で前記ペプチドリンカーがヒト抗体のヒンジ領域である、先行請求項のいずれか１項に記載のＡＢＰ。
  30. 前記ＴＣＲまたはその抗原結合部分がＴＣＲ可変領域を含む、先行請求項のいずれか１項に記載のＡＢＰ。
  31. 前記ＴＣＲまたはその抗原結合部分が、１つまたは複数のＴＣＲ相補性決定領域（ＣＤＲ）を含む、先行請求項のいずれか１項に記載のＡＢＰ。
  32. 前記ＴＣＲがアルファ鎖及びベータ鎖を含む、先行請求項のいずれか１項に記載のＡＢＰ。
  33. 前記ＴＣＲがガンマ鎖及びデルタ鎖を含む、先行請求項のいずれか１項に記載のＡＢＰ。
  34. 前記ＴＣＲが単鎖ＴＣＲ（ｓｃＴＣＲ）を含む、先行請求項のいずれか１項に記載のＡＢＰ。
  35. 前記ＴＣＲが組換えＴＣＲ配列を含む、先行請求項のいずれか１項に記載のＡＢＰ。
  36. 前記ＴＣＲがヒトＴＣＲ配列を含み、任意選択で前記ヒトＴＣＲ配列が完全ヒトＴＣＲ配列である、先行請求項のいずれか１項に記載のＡＢＰ。
  37. 前記ＴＣＲが、改変されたＴＣＲα定常（ＴＲＡＣ）領域、改変されたＴＣＲβ定常（ＴＲＢＣ）領域、または改変されたＴＲＡＣ領域及び改変されたＴＲＢＣ領域を含む、先行請求項のいずれか１項に記載のＡＢＰ。
  38. 半減期を延長する改変を含む、先行請求項のいずれか１項に記載のＡＢＰ。
  39. 抗原結合タンパク質を含む細胞外部分と、細胞内シグナル伝達ドメインとを含むキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）の一部である、先行請求項のいずれか１項に記載のＡＢＰ。
  40. 前記細胞内シグナル伝達ドメインがＩＴＡＭを含む、請求項３９に記載のＡＢＰ。
  41. 前記細胞内シグナル伝達ドメインが、ＣＤ３－ゼータ（ＣＤ３）鎖のゼータ鎖のシグナル伝達ドメインを含む、請求項３９または４０に記載のＡＢＰ。
  42. 前記細胞外ドメインと前記細胞内シグナル伝達ドメインを連結する膜貫通ドメインをさらに含む、請求項３９～４１のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質。
  43. 前記膜貫通ドメインがＣＤ２８の膜貫通部分を含む、請求項４２に記載のＡＢＰ。
  44. Ｔ細胞共刺激分子の細胞内シグナル伝達ドメインをさらに含む、請求項３９～４３のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質。
  45. 前記Ｔ細胞共刺激分子が、ＣＤ２８、４－１ＢＢ、ＯＸ－４０、ＩＣＯＳ、またはそれらの任意の組み合わせである、請求項４４に記載のＡＢＰ。
  46. 医薬として使用するための、先行請求項のいずれか１項に記載のＡＢＰ。
  47. 任意選択でがんが前記ＨＬＡ－ペプチド抗原を発現するかまたは発現すると予測される、前記がんの治療に使用するための先行請求項のいずれか１項に記載のＡＢＰ。
  48. がんが固形腫瘍及び血液腫瘍から選択される、前記がんの治療に使用するための先行請求項のいずれか１項に記載のＡＢＰ。
  49. 先行請求項のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質（ＡＢＰ）と結合について競合する、ＡＢＰ。
  50. 先行請求項のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質（ＡＢＰ）によって結合されるのと同じＨＬＡ－ペプチド抗原エピトープに結合する、ＡＢＰ。
  51. 先行請求項のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質を含む受容体を発現する、操作された細胞。
  52. Ｔ細胞である、請求項５１に記載の操作された細胞。
  53. 前記Ｔ細胞が、ナイーブＴ（ＴＮ）細胞、エフェクターＴ細胞（ＴＥＦＦ）、メモリーＴ細胞、幹細胞メモリーＴ細胞（ＴＳＣＭ）、中央メモリーＴ細胞（ＴＣＭ）、エフェクターメモリーＴ細胞（ＴＥＭ）、最終分化エフェクターメモリーＴ細胞、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）、未成熟Ｔ細胞、成熟Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞、細胞傷害性Ｔ細胞、粘膜関連不変Ｔ（ＭＡＬＴ）細胞、調節Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）、ＴＨ１細胞、ＴＨ２細胞、ＴＨ３細胞、ＴＨ１７細胞、ＴＨ９細胞、ＴＨ２２細胞、濾胞性ヘルパーＴ細胞、ナチュラルキラーＴ細胞（ＮＫＴ）、アルファ－ベータＴ細胞、及びガンマ－デルタＴ細胞からなる群より選択される、請求項５２に記載の操作された細胞。
  54. 前記Ｔ細胞が細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）である、請求項５２に記載の操作された細胞。
  55. ヒト細胞またはヒト由来細胞である、請求項５１～５４のいずれか１項に記載の操作された細胞。
  56. 対象の自己細胞である、請求項５１～５５のいずれか１項に記載の操作された細胞。
  57. 前記対象が、がんを有することが知られているかまたは有すると疑われる、請求項５６に記載の操作された細胞。
  58. 前記自己細胞が、対象から単離された細胞である、請求項５６～５７のいずれか１項に記載の操作された細胞。
  59. 前記単離された細胞がエクスビボ培養細胞であり、任意選択で前記ビボ培養細胞が、刺激された細胞である、請求項５８に記載の操作された細胞。
  60. 前記自己細胞が、インビボで操作された細胞である、請求項５６～５７のいずれか１項に記載の操作された細胞。
  61. 前記抗原結合タンパク質が異種プロモータによって発現される、請求項５１～６０のいずれか１項に記載の操作された細胞。
  62. 前記ＡＢＰがＴ細胞受容体（ＴＣＲ）またはその抗原結合部分を含み、前記Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）またはその抗原結合部分をコードするポリヌクレオチドが、内因性ＴＣＲ遺伝子座に挿入されている、請求項５１～６１のいずれか１項に記載の操作された細胞。
  63. 内因性ＡＢＰを発現しない、請求項５１～６２のいずれか１項に記載の操作された細胞。
  64. 先行請求項のいずれか１項に記載のＡＢＰもしくはその抗原結合部分をコードする単離されたポリヌクレオチド、または、先行請求項のいずれか１項に記載のＡＢＰもしくはその抗原結合部分をコードするポリヌクレオチドのセット。
  65. 請求項６４に記載のポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドのセットを含む、ベクターまたはベクターのセット。
  66. 請求項６４に記載の単離されたポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドのセットを含む、ウイルス。
  67. 繊維状ファージである、請求項６６に記載のウイルス。
  68. 先行請求項のいずれか１項に記載の単離されたポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドのセットを含む、酵母細胞。
  69. 先行請求項のいずれか１項に記載のポリヌクレオチドもしくはポリヌクレオチドのセットまたは請求項６５に記載のベクターもしくはベクターのセットを含み、任意選択でＣＨＯもしくはＨＥＫ２９３であるかまたは任意選択でＴ細胞である、宿主細胞。
  70. 請求項６９に記載の宿主細胞を用いて抗原結合タンパク質を発現させることと、発現した前記抗原結合タンパク質を単離することとを含む、前記抗原結合タンパク質を産生する方法。
  71. 先行請求項のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質と、薬学的に許容される賦形剤とを含む、医薬組成物。
  72. 対象においてがんを処置する方法であって、前記対象に、先行請求項のいずれか１項に記載のＡＢＰ、請求項５１～６３のいずれか１項に記載の操作された細胞、または請求項７１に記載の医薬組成物を投与することを含み、任意選択で前記がんが固形腫瘍及び血液腫瘍から選択される、前記方法。
  73. 対象における免疫応答を刺激する方法であって、前記対象に、先行請求項のいずれか１項に記載のＡＢＰ、請求項５１～６３のいずれか１項に記載の操作された細胞、または請求項７１に記載の医薬組成物を投与することを含み、任意選択で前記対象ががんを有し、任意選択で前記がんが固形腫瘍及び血液腫瘍から選択される、前記方法。
  74. 対象における標的細胞を殺滅する方法であって、前記対象に、先行請求項のいずれか１項に記載のＡＢＰ、請求項５１～６３のいずれか１項に記載の操作された細胞、または請求項７１に記載の医薬組成物を投与することを含み、任意選択で前記対象ががんを有しかつ前記標的細胞ががん細胞であり、任意選択で前記がんが固形腫瘍及び血液腫瘍から選択される、前記方法。
  75. 前記対象がヒト対象である、請求項７２～７４のいずれか１項に記載の方法。
  76. 前記がんが、配列番号１０，７５５～２９，３６４のいずれか１つに記載されているＨＬＡ－ペプチド抗原またはＨＬＡクラスＩ分子を発現するかまたは発現すると予測され、前記ＡＢＰが前記ＨＬＡ－ペプチド抗原に結合する、請求項７２～７４のいずれか１項に記載の方法。
  77. 前記がんが、ＨＬＡクラスＩ分子と複合体を形成したＨＬＡ拘束ペプチドを含むＨＬＡ－ペプチド抗原を発現するかまたは発現すると予測され、前記ＨＬＡ拘束ペプチドが、前記ＨＬＡクラスＩ分子のα１／α２ヘテロ二量体部分のペプチド結合溝に位置しており、ここで、前記ＨＬＡクラスＩ分子及び前記ＨＬＡ拘束ペプチドがそれぞれ、配列番号１０，７５５～２９，３６４のいずれか１つに記載されているＨＬＡ－ペプチド抗原から選択され、ここで、前記ＡＢＰが前記ＨＬＡ－ペプチド抗原に結合する、請求項７２～７４のいずれか１項に記載の方法。
  78. 前記前記ＨＬＡ－ペプチド抗原が、
    ａ．ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１と拘束ペプチドＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｂ．ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｃ．ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｄ．ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１と拘束ペプチペプチドＴＴＡＰＰＬＳＧＫとを含むＣＴＮＮＢ１＿Ｓ４５Ｐ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｅ．ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＧＡＤＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｆ．ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｇ．ＨＬＡ－Ｃ＊０１：０２と拘束ペプチドＡＶＧＶＧＫＳＡＬとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｈ．ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｉ．ＨＬＡ－Ａ＊２４：０２と拘束ペプチペプチドＴＹＳＰＡＬＮＮＭＦとを含むＴＰ５３＿Ｋ１３２Ｎ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｊ．ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１と拘束ペプチドＹＬＤＳＧＩＨＹＧＡとを含むＣＴＮＮＢ１＿Ｓ３７Ｙ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｋ．ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｌ．ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｍ．ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｎ．ＨＬＡ－Ａ＊０１：０１と拘束ペプチドＩＬＤＴＡＧＨＥＥＹとを含むＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ ＭＨＣクラスＩ抗原；及び
    ｏ．Ａ＊０２：０１と拘束ペプチドＹＬＤＤＲＮＴＦＬとを含むＴＰ５３＿Ｒ２１３Ｌ ＭＨＣクラスＩ抗原
    から選択される、請求項７７に記載の方法。
  79. ａ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ａ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０２：０１であるか；
    ｂ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ａ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０２：０６であるか；
    ｃ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ａ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊２７：０５であるか；
    ｄ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ａ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊３５：０１であるか；
    ｅ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ａ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊４１：０２であるか；
    ｆ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ａ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊４８：０１であるか；
    ｇ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ａ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０８：０３であるか；
    ｈ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０２：０１であるか；
    ｉ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０２：０１であるか；
    ｊ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０３：０１であるか；
    ｋ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０３：０２であるか；
    ｌ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊６８：０１であるか；
    ｍ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊２７：０５であるか；
    ｎ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０２：０１であるか；
    ｏ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０２：０５であるか；
    ｐ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０３：０１であるか；
    ｑ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊１１：０１であるか；
    ｒ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊１１：０１であるか；
    ｓ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊２６：０１であるか；
    ｔ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊３１：０１であるか；
    ｕ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊６８：０１であるか；
    ｖ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊０７：０２であるか；
    ｗ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊０８：０１であるか；
    ｘ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊１３：０２であるか；
    ｙ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊１５：０１であるか；
    ｚ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊２７：０５であるか；
    ａａ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊３５：０１であるか；
    ｂｂ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊３７：０１であるか；
    ｃｃ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊３８：０１であるか；
    ｄｄ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊４０：０１であるか；
    ｅｅ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊４０：０２であるか；
    ｆｆ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊４４：０２であるか；
    ｇｇ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊４４：０３であるか；
    ｈｈ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊４８：０１であるか；
    ｉｉ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊５０：０１であるか；
    ｊｊ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊５７：０１であるか；
    ｋｋ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０１：０２であるか；
    ｌｌ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０２：０２であるか；
    ｍｍ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０３：０３であるか；
    ｎｎ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０３：０４であるか；
    ｏｏ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０４：０１であるか；
    ｐｐ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０５：０１であるか；
    ｑｑ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０７：０４であるか；
    ｒｒ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０８：０２であるか；
    ｓｓ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０８：０３であるか；
    ｔｔ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊１６：０１であるか；
    ｕｕ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊１７：０１であるか；
    ｖｖ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｒ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊４１：０２であるか；
    ｗｗ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｒ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０７：０４であるか；
    ｘｘ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０２：０１であるか；
    ｙｙ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０２：０５であるか；
    ｚｚ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０２：０６であるか；
    ａａａ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０３：０１であるか；
    ｂｂｂ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０３：０１であるか；
    ｃｃｃ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊１１：０１であるか；
    ｄｄｄ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊１１：０１であるか；
    ｅｅｅ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊２５：０１であるか；
    ｆｆｆ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊２６：０１であるか；
    ｇｇｇ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊３０：０１であるか；
    ｈｈｈ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊３１：０１であるか；
    ｉｉｉ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊３１：０１であるか；
    ｊｊｊ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊３２：０１であるか；
    ｋｋｋ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊６８：０２であるか；
    ｌｌｌ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊０７：０２であるか；
    ｍｍｍ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊０８：０１であるか；
    ｎｎｎ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊１３：０２であるか；
    ｏｏｏ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊１４：０２であるか；
    ｐｐｐ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊１５：０１であるか；
    ｑｑｑ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊２７：０５であるか；
    ｒｒｒ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊３９：０１であるか；
    ｓｓｓ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊４０：０１であるか；
    ｔｔｔ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊４０：０２であるか；
    ｕｕｕ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊４１：０２であるか；
    ｖｖｖ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊４４：０５であるか；
    ｗｗｗ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊５０：０１であるか；
    ｘｘｘ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊５１：０１であるか；
    ｙｙｙ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０１：０２であるか；
    ｚｚｚ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０１：０２であるか；
    ａａａａ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０３：０３であるか；
    ｂｂｂｂ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０３：０４であるか；
    ｃｃｃｃ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０８：０２であるか；
    ｄｄｄｄ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊１４：０２であるか；
    ｅｅｅｅ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊１７：０１であるか；
    ｆｆｆｆ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｇ１３Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０２：０１であるか；
    ｇｇｇｇ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｇ１３Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊０７：０２であるか；
    ｈｈｈｈ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｇ１３Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊０８：０１であるか；
    ｉｉｉｉ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｇ１３Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊３５：０１であるか；
    ｊｊｊｊ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｇ１３Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊３５：０３であるか；
    ｋｋｋｋ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｇ１３Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊３５：０８であるか；
    ｌｌｌｌ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｇ１３Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊３８：０１であるか；
    ｍｍｍｍ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｇ１３Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０４：０１であるか；
    ｎｎｎｎ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０１：０１であるか；
    ｏｏｏｏ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０２：０１であるか；
    ｐｐｐｐ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊２３：０１であるか；
    ｑｑｑｑ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊２９：０１であるか；
    ｒｒｒｒ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊３０：０２であるか；
    ｓｓｓｓ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊３３：０１であるか；
    ｔｔｔｔ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊６８：０１であるか；
    ｕｕｕｕ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊０７：０２であるか；
    ｖｖｖｖ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊０８：０１であるか；
    ｗｗｗｗ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊１８：０１であるか；
    ｘｘｘｘ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊３５：０１であるか；
    ｙｙｙｙ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊３８：０１であるか；
    ｚｚｚｚ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊４０：０１であるか；
    ａａａａａ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊４４：０２であるか；
    ｂｂｂｂｂ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０３：０４であるか；
    ｃｃｃｃｃ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０５：０１であるか；または
    ｄｄｄｄｄ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０８：０２である、
    請求項７７に記載の方法。
  80. ａ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｇ１３Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＣ＊０８：０２もしくはＡ＊１１：０１であるか；
    ｂ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｋ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊０１：０１であるか；
    ｃ．前記拘束ペプチドがＮＲＡＳ＿Ｑ６１Ｋ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊０１：０１であるか；
    ｄ．前記拘束ペプチドがＴＰ５３＿Ｒ２４９Ｍ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＢ＊３５：１２、Ｂ＊３５：０３、もしくはＢ＊３５：０１であるか；
    ｅ．前記拘束ペプチドがＣＴＮＮＢ１＿Ｓ４５Ｐ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊０３：０１、Ａ＊１１：０１、Ａ＊６８：０１、もしくはＡ＊０３：０２であるか；
    ｆ．前記拘束ペプチドがＣＴＮＮＢ１＿Ｓ４５Ｆ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊０３：０１、Ａ＊１１：０１、もしくはＡ＊６８：０１であるか；
    ｇ．前記拘束ペプチドがＥＲＢＢ２＿Ｙ７７２＿Ａ７７５ｄｕｐ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＢ＊１８：０１であるか；
    ｈ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊１１：０１、Ａ＊０３：０１、もしくはＣ＊０８：０２であるか；
    ｉ．前記拘束ペプチドがＮＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊１１：０１、Ａ＊０３：０１、もしくはＣ＊０８：０２であるか；
    ｊ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｒ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊０１：０１であるか；
    ｋ．前記拘束ペプチドがＮＲＡＳ＿Ｑ６１Ｒ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊０１：０１であるか；
    ｌ．前記拘束ペプチドがＣＴＮＮＢ１＿Ｔ４１Ａ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊０３：０１、Ａ＊０３０２、Ａ＊１１：０１、Ｂ＊１５：１０、Ｃ＊０３：０３、もしくはＣ＊０３：０４であるか；
    ｍ．前記拘束ペプチドがＴＰ５３＿Ｋ１３２Ｎ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊２４：０２もしくはＡ＊２３：０１であるか；
    ｎ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｇ１２Ａ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊０３：０１もしくはＡ＊１１：０１であるか；
    ｏ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｌ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊０１：０１であるか；
    ｐ．前記拘束ペプチドがＮＲＡＳ＿Ｑ６１Ｌ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊０１：０１であるか；
    ｑ．前記拘束ペプチドがＴＰ５３＿Ｒ２１３Ｌ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊０２：０７、Ｃ＊０８：０２、もしくはＡ＊０２：０１であるか；
    ｒ．前記拘束ペプチドがＢＲＡＦ＿Ｇ４６６Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＢ＊１５：０１、もしくはＢ＊１５：０３であるか；
    ｓ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊０３：０１、Ａ＊０３：０２、Ａ＊１１：０１、もしくはＣ＊０１：０２であるか；
    ｔ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊０１：０１であるか；
    ｕ．前記拘束ペプチドがＮＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊０１：０１であるか；
    ｖ．前記拘束ペプチドがＣＴＮＮＢ１＿Ｓ３７Ｆ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊０１：０１、Ａ＊２３：０１、Ａ＊２４：０２、Ｂ＊１５：１０、Ｂ＊３９：０６、Ｃ＊０５：０１、Ｃ＊１４：０２、もしくはＣ＊１４：０３であるか；
    ｗ．前記拘束ペプチドがＴＰ５３＿Ｓ１２７Ｙ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊１１：０１もしくはＡ＊０３：０１であるか；
    ｘ．前記拘束ペプチドがＴＰ５３＿Ｋ１３２Ｅ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊２４：０２、Ｃ＊１４：０３、もしくはＡ＊２３：０１であるか；
    ｙ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊０２：０１、Ａ＊１１：０１、もしくはＡ＊０３：０１であるか；
    ｚ．前記拘束ペプチドがＮＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊０２：０１、Ａ＊１１：０１、もしくはＡ＊０３：０１であるか；
    ａａ．前記拘束ペプチドがＥＧＦＲ＿Ｌ８５８Ｒ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊１１：０１、もしくはＡ＊０３：０１であるか；
    ｂｂ．前記拘束ペプチドがＴＰ５３＿Ｙ２２０Ｃ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊０２：０１であるか；または
    ｃｃ．前記拘束ペプチドがＴＰ５３＿Ｒ１７５Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＡ＊０２：０１である、
    請求項７７に記載の方法。
  81. 前記ＨＬＡ－ペプチド抗原が、
    ａ．Ａ＊１１：０１と拘束ペプチペプチドＴＴＡＰＰＬＳＧＫとを含むＣＴＮＮＢ１＿Ｓ４５Ｐ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｂ．Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＡＴＡＰＳＬＳＧＫとを含むＣＴＮＮＢ１＿Ｔ４１Ａ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｃ．Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｄ．Ａ＊０３：０１と拘束ペプチドＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｅ．Ａ＊０３：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｆ．Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｇ．Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｈ．Ａ＊０１：０１と拘束ペプチドＩＬＤＴＡＧＲＥＥＹとを含むＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｒ ＭＨＣクラスＩ抗原；及び
    ｉ．Ａ＊０２：０１と拘束ペプチドＹＬＤＤＲＮＴＦＬとを含むＴＰ５３＿Ｒ２１３Ｌ ＭＨＣクラスＩ抗原
    から選択される、請求項７７に記載の方法。
  82. 前記ＨＬＡ－ペプチド抗原が、ＲＡＳ Ｇ１２変異を含むＲＡＳのペプチドフラグメントであるＨＬＡ－拘束ペプチドを含む、請求項７７に記載の方法。
  83. 前記Ｇ１２変異が、Ｇ１２Ｃ、Ｇ１２Ｄ、Ｇ１２Ｖ、またはＧ１２Ａ変異である、請求項８２に記載の方法。
  84. 前記ＨＬＡ－ペプチド抗原が、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１、ＨＬＡ－Ａ＊３１：０１、ＨＬＡ－Ｃ＊０１：０２、及びＨＬＡ－Ａ＊０３：０１から選択されるＨＬＡクラスＩ分子を含む、請求項８２に記載の方法。
  85. 前記ＲＡＳ Ｇ１２変異が、ＫＲＡＳ変異、ＮＲＡＳ変異、及びＨＲＡＳ変異のうちのいずれか１つまたは複数である、請求項８２～８４のいずれか１項に記載の方法。
  86. 前記ＨＬＡ－ペプチド抗原が、
    ａ．ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１と拘束ペプチドＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｂ．ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｃ．ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＣＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｄ．ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｅ．ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＧＡＤＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｆ．ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｇ．ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｈ．ＨＬＡ－Ａ＊３１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｉ．ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｊ．ＨＬＡ－Ｃ＊０１：０２と拘束ペプチドＡＶＧＶＧＫＳＡＬとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；及び
    ｋ．ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原
    から選択される、請求項８３に記載の方法。
  87. 前記ＨＬＡ－ペプチド抗原が、
    ａ．ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１と拘束ペプチドＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｂ．ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｃ．ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＧＡＤＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｄ．ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｅ．ＨＬＡ－Ａ＊３１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｆ．ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｇ．ＨＬＡ－Ｃ＊０１：０２と拘束ペプチドＡＶＧＶＧＫＳＡＬとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原；及び
    ｈ．ＨＬＡ－Ａ＊０３：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原
    から選択される、請求項８３に記載の方法。
  88. 前記ＨＬＡ－ペプチド抗原が、
    ａ．ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１と拘束ペプチドＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原；
    ｂ．ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＤＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ ＭＨＣクラスＩ抗原；または
    ｃ．ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原
    から選択される、請求項８３に記載の方法。
  89. 前記抗原結合タンパク質が、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１と拘束ペプチドＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原に結合し、かつ前記ＡＢＰが、異なるＲＡＳ Ｇ１２変異を含むＨＬＡ－ペプチド抗原よりもより高い親和性で前記ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原に結合する、請求項８３に記載の方法。
  90. 前記ＡＢＰが、拘束ペプチドＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶとＨＬＡ－Ａ２分子とを含むＨＬＡ－ペプチド抗原よりも高い親和性で前記ＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原に結合する、請求項８９に記載の方法。
  91. 前記ＡＢＰが、拘束ペプチドＫＬＶＶＶＧＡＶＧＶとＨＬＡ－Ａ２分子とを含むＨＬＡ－ペプチド抗原に結合しない、請求項８９に記載の方法。
  92. 前記ＨＬＡ－ペプチド抗原が、ＲＡＳ Ｑ６１変異を含むＲＡＳのペプチドフラグメントであるＨＬＡ拘束ペプチドを含む、請求項７７に記載の方法。
  93. 前記Ｑ６１変異が、Ｑ６１Ｈ、Ｑ６１Ｋ、Ｑ６１Ｒ、またはＱ６１Ｌ変異である、請求項９２に記載の方法。
  94. 前記ＨＬＡ－ペプチド抗原が、ＨＬＡ－Ａ＊０１：０１と拘束ペプチドＩＬＤＴＡＧＨＥＥＹとを含むＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ ＭＨＣクラスＩ抗原である、請求項９２に記載の方法。
  95. 前記ＨＬＡ－ペプチド抗原が、ＴＰ５３変異を含むＴＰ５３のペプチドフラグメントであるＨＬＡ拘束ペプチドを含む、請求項７７に記載の方法。
  96. 前記ＴＰ５３変異が、Ｒ２１３Ｌ、Ｓ１２７Ｙ、Ｙ２２０Ｃ、Ｒ１７５Ｈ、またはＲ２４９Ｍ変異を含む、請求項９５に記載の方法。
  97. 前記ＨＬＡ－ペプチド抗原が、Ａ＊０２：０１と拘束ペプチドＹＬＤＤＲＮＴＦＬとを含むＴＰ５３ Ｒ２１３Ｌ ＭＨＣクラスＩ抗原である、請求項９５に記載の方法。
  98. 前記投与することの前に、前記対象から得られた生物学的試料において前記ＨＬＡ－ペプチド抗原、前記ＨＬＡ－ペプチド抗原のペプチド、前記ＨＬＡ－ペプチド抗原に関連している体細胞変異、及び前記ＨＬＡ－ペプチド抗原のＨＬＡ分子のうちのいずれか１つまたは複数の存在を判定することまたは判定していることを含む、請求項７２～９７のいずれか１項に記載の方法。
  99. 前記生物学的試料が血液試料または腫瘍試料である、請求項９８に記載の方法。
  100. 前記血液試料が血漿試料または血清試料である、請求項９９に記載の方法。
  101. 前記判定することが、ＲＮＡＳｅｑ、マイクロアレイ、ＰＣＲ、ナノストリング、インサイチュハイブリダイゼーション（ＩＳＨ）、質量分析、配列決定、または免疫組織化学（ＩＨＣ）を含む、請求項９８に記載の方法。
  102. 前記対象から得られた前記生物学的試料における前記ＨＬＡ－ペプチド抗原、ペプチド、またはＨＬＡの存在を判定した後、前記ＨＬＡ－ペプチド抗原に選択的に結合するＡＢＰを前記対象に投与する、請求項９８記載の方法。
  103. 先行請求項のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質または請求項７１に記載の医薬組成物と、使用説明書とを含む、キット。
  104. ａ．ＨＬＡクラスＩ分子と複合体を形成したＨＬＡ拘束ペプチドを含む単離されたＨＬＡ－ペプチド抗原であって、前記ＨＬＡ拘束ペプチドが、前記ＨＬＡクラスＩ分子のα１／α２ヘテロ二量体部分のペプチド結合溝に位置しており、前記ＨＬＡ－ペプチド抗原が、配列番号１０，７５５～２９，３６４のいずれか１つに記載されているＨＬＡ－ペプチド抗原から選択される、前記ＨＬＡ－ペプチド抗原と；
    ｂ．ファージディスプレイライブラリーと
    を含む、システム。
  105. 前記ＨＬＡ－ペプチド抗原が固体支持体に結合している、請求項１０４に記載のシステム。
  106. 前記固体支持体が、ビーズ、ウェル、膜、チューブ、カラム、プレート、セファロース、磁性ビーズ、細胞、またはチップを含む、請求項１０５に記載のシステム。
  107. 前記ＨＬＡ－ペプチド抗原が親和性結合対の第１のメンバーを含み、前記固体支持体が前記親和性結合対の第２のメンバーを含む、請求項１０５または１０６に記載のシステム。
  108. 前記第１のメンバーがストレプトアビジンであり、前記第２のメンバーがビオチンである、請求項１０７に記載のシステム。
  109. 前記ファージディスプレイライブラリーがヒトライブラリーである、請求項１０４～１０８のいずれか１項に記載のシステム。
  110. 前記ファージディスプレイライブラリーがヒト化ライブラリーである、請求項１０４～１０８のいずれか１項に記載のシステム。
  111. ＨＬＡクラスＩ分子と複合体を形成したＨＬＡ拘束ペプチドを含む陰性対照ＨＬＡ－ペプチド抗原をさらに含み、前記ＨＬＡ拘束ペプチドが、前記ＨＬＡクラスＩ分子のα１／α２ヘテロ二量体部分のペプチド結合溝に位置しており、前記陰性対照ＨＬＡ－ペプチド抗原が、異なる拘束ペプチド、異なるＨＬＡクラスＩ分子、または異なる拘束ペプチド及び異なるＨＬＡクラスＩ分子を含む、請求項１０４～１１０のいずれか１項に記載のシステム。
  112. 前記陰性対照ＨＬＡ－ペプチド抗原が、異なる拘束ペプチドを含むが、前記ＨＬＡ－ペプチド抗原と同じＨＬＡクラスＩ分子を含む、請求項１１１に記載のシステム。
  113. 反応混合物を含み、前記反応混合物が、前記ＨＬＡ－ペプチド抗原と前記ファージディスプレイライブラリー由来の複数のファージとを含む、請求項１０４～１１２のいずれか１項に記載のシステム。
  114. 前記単離されたＨＬＡ－ペプチド抗原に選択的に結合する抗原結合タンパク質を同定するための、請求項１０４～１１３のいずれか１項に記載のシステムの使用。
  115. 配列番号１０，７５５～２９，３６４のいずれか１つによって記載されているＨＬＡ－ペプチド抗原を含み、前記ＨＬＡ－ペプチド抗原が親和性タグに共有結合されている、組成物。
  116. 前記親和性タグがビオチンタグである、請求項１１５に記載の組成物。
  117. 検出可能な標識と複合体を形成した配列番号１０，７５５～２９，３６４のいずれか１つによって記載されているＨＬＡ－ペプチド抗原を含む、組成物。
  118. 前記検出可能な標識がβ２－マイクログロブリン結合分子を含む、請求項１１７に記載の組成物。
  119. 前記β２－マイクログロブリン結合分子が標識抗体である、請求項１１８記載の組成物。
  120. 前記標識抗体が蛍光色素標識抗体である、請求項１１９に記載の組成物。
  121. ＨＬＡ－ペプチド抗原を含み、前記ＨＬＡ－ペプチド抗原が、配列番号１０，７５５～２９，３６４のいずれか１つによって記載されており、固体支持体に結合している、組成物。
  122. 前記固体支持体が、ビーズ、ウェル、膜、チューブ、カラム、プレート、セファロース、磁性ビーズ、細胞、またはチップを含む、請求項１２１記載の組成物。
  123. 前記ＨＬＡ－ペプチド抗原が親和性結合対の第１のメンバーを含み、前記固体支持体が前記親和性結合対の第２のメンバーを含む、請求項１２１または１２２に記載の組成物。
  124. 前記第１のメンバーがストレプトアビジンであり、前記第２のメンバーがビオチンである、請求項１２３に記載の組成物。
  125. 配列番号１０，７５５～２９，３６４のいずれか１つによって記載されている異種ＨＬＡ－ペプチド抗原を含む、宿主細胞。
  126. 配列番号１０，７５５～２９，３６４に記載されているＨＬＡ－ペプチド抗原のいずれか１つによって規定されるＨＬＡサブタイプを発現する、宿主細胞。
  127. 配列番号１０，７５５～２９，３６４におけるＨＬＡ－ペプチド抗原のいずれか１つによって規定されるＨＬＡ拘束ペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む、宿主細胞。
  128. 内因性ＭＨＣを含まない、請求項１２７に記載の宿主細胞。
  129. 外因性ＨＬＡを含む、請求項１２８に記載の宿主細胞。
  130. Ｋ５６２またはＡ３７５細胞である、請求項１２９に記載の宿主細胞。
  131. 腫瘍細胞株由来の培養細胞である、請求項１２５～１３０のいずれか１項に記載の宿主細胞。
  132. 前記腫瘍細胞株が、請求項１２７に記載のＨＬＡ拘束ペプチドについて記述しているものと同じＨＬＡ－ペプチド抗原によって規定されるＨＬＡサブタイプを発現する、請求項１３１に記載の宿主細胞。
  133. 前記腫瘍細胞株が、ＨＣＣ－１５９９、ＮＣＩ－Ｈ５１０Ａ、Ａ３７５、ＬＮ２２９、ＮＣＩ－Ｈ３５８、ＺＲ－７５－１、ＭＳ７５１、ＯＥ１９、ＭＯＲ、ＢＶ１７３、ＭＣＦ－７、ＮＣＩ－Ｈ８２、Ｃｏｌｏ８２９、ＳＫ－ＭＥＬ－２８、ＫＹＳＥ２７０、５９Ｍ、及びＮＣＩ－Ｈ１４６からなる群より選択される、請求項１３１記載の宿主細胞。
  134. ａ．請求項１２５～１３３のいずれか１項に記載の宿主細胞と、
    ｂ．細胞培養培地と
    を含む、細胞培養システム。
  135. 前記宿主細胞が、配列番号１０，７５５～２１，０１５及び配列番号２１，０１６～２９，３６４におけるＨＬＡ－ペプチド抗原のいずれか１つによって規定されるＨＬＡサブタイプを発現し、前記細胞培養培地が、前記ＨＬＡサブタイプと同じＨＬＡ－ペプチド抗原によって規定される拘束ペプチドを含む、請求項１３４に記載の細胞培養システム。
  136. 前記宿主細胞が、外因性ＨＬＡを含むＫ５６２細胞であり、前記外因性ＨＬＡが、配列番号１０，７５５～２９，３６４におけるＨＬＡ－ペプチド抗原のいずれか１つによって規定されるＨＬＡサブタイプであり、前記細胞培養培地が、前記ＨＬＡサブタイプを規定する同ＨＬＡ－ペプチド抗原によって規定される拘束ペプチドを含む、請求項１３４に記載の細胞培養システム。
  137. 配列番号１０，７５５～２９，３６４に記載されている少なくとも１つのＨＬＡ－ペプチド抗原を提供することと；少なくとも１つの標的を先行請求項のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質と結合させることとを含み、それによって、前記抗原結合タンパク質を同定する、前記抗原結合タンパク質を同定する方法。
  138. 前記抗原結合タンパク質が、複数の別個の抗原結合タンパク質を含むファージディスプレイライブラリーに存在する、請求項１３７に記載の方法。
  139. 前記ファージディスプレイライブラリーが、前記ＨＬＡ－ペプチド抗原のＨＬＡに非特異的に結合する抗原結合タンパク質を実質的に含まない、請求項１３８に記載の方法。
  140. 前記結合させるステップが、２回以上、任意選択で少なくとも３回、実施される、請求項１３７～１３９のいずれか１項に記載の方法。
  141. 前記抗原結合タンパク質を、前記ＨＬＡ－ペプチド抗原とは異なる１つまたは複数のペプチド－ＨＬＡ複合体と接触させて、前記抗原結合タンパク質が前記ＨＬＡ－ペプチド抗原に選択的に結合するか否かを判定することをさらに含み、任意選択で選択性が、可溶性標的ＨＬＡ－ペプチド複合体に対する及び標的複合体とは異なる可溶性ＨＬＡ－ペプチド複合体に対する前記抗原結合タンパク質の結合親和性を測定することによって判定され、任意選択で選択性が、１つまたは複数の細胞の表面に発現する標的ＨＬＡ－ペプチド複合体に対する及び１つまたは複数の細胞の表面に発現する標的複合体とは異なるＨＬＡ－ペプチド複合体に対する前記抗原結合タンパク質の結合親和性を測定することによって判定される、請求項１３７～１４０のいずれか１項に記載の方法。
  142. 配列番号１０，７５５～２９，３６４に記載されている少なくとも１つのＨＬＡ－ペプチド抗原を取得することと；任意選択でアジュバントと組み合わせて、対象に前記ＨＬＡ－ペプチド抗原を投与することと；前記対象から先行請求項のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質を単離することとを含む、前記抗原結合タンパク質を同定する方法。
  143. 前記抗原結合タンパク質を単離することが、前記抗原結合タンパク質を同定するために前記対象の血清をスクリーニングすることを含む、請求項１４２に記載の方法。
  144. 前記抗原結合タンパク質を、前記ＨＬＡ－ペプチド抗原とは異なる１つまたは複数のペプチド－ＨＬＡ複合体と接触させて、前記抗原結合タンパク質が前記ＨＬＡ－ペプチド抗原に選択的に結合するか否かを判定することをさらに含み、任意選択で選択性が、前記ＨＬＡ－ペプチド抗原に対する及び前記ＨＬＡ－ペプチド抗原とは異なる可溶性ＨＬＡ－ペプチド複合体に対する前記抗原結合タンパク質の結合親和性を測定することによって判定され、任意選択で選択性が、１つまたは複数の細胞の表面に発現する前記ＨＬＡ－ペプチド抗原に対する及び１つまたは複数の細胞の表面に発現する前記ＨＬＡ－ペプチド抗原とは異なるＨＬＡ－ペプチド複合体に対する前記抗原結合タンパク質の結合親和性を測定することによって判定される、請求項１４２に記載の方法。
  145. 前記対象がマウス、ウサギ、またはラマである、請求項１４２に記載の方法。
  146. 前記抗原結合タンパク質を単離することが、前記抗原結合タンパク質を発現する前記対象からＢ細胞を単離すること、及び任意選択で、単離された前記Ｂ細胞から前記抗原結合タンパク質をコードする配列を直接クローニングすることを含む、請求項１４２に記載の方法。
  147. 前記Ｂ細胞を使用してハイブリドーマを作製することをさらに含む、請求項１４６に記載の方法。
  148. 前記Ｂ細胞からＣＤＲをクローニングすることをさらに含む、請求項１４６に記載の方法。
  149. 任意選択でＥＢＶ形質転換を介して、前記Ｂ細胞を不死化することをさらに含む、請求項１４６に記載の方法。
  150. 前記Ｂ細胞の前記抗原結合タンパク質を含むライブラリーを作製することをさらに含み、任意選択で、前記ライブラリーがファージディスプレイまたは酵母ディスプレイである、請求項１４６に記載の方法。
  151. 前記抗原結合タンパク質をヒト化することをさらに含む、請求項１４２に記載の方法。
  152. 先行請求項のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質を含む細胞を取得することと；前記細胞を、配列番号１０，７５５～２９，３６４に記載されている少なくとも１つのＨＬＡ－ペプチド抗原を含むＨＬＡ多量体と接触させることと；前記ＨＬＡ多量体と前記抗原結合タンパク質との間の結合を介して前記抗原結合タンパク質を同定することとを含む、前記抗原結合タンパク質を同定する方法。
  153. 前記抗原結合タンパク質を含む前記細胞を、配列番号１０，７５５～２９，３６４に記載されている前記少なくとも１つのＨＬＡ－ペプチド抗原の対応する野生型配列を含むＨＬＡ多量体と接触させることと、前記対応する野生型配列を含む前記ＨＬＡ多量体に前記抗原結合タンパク質が結合する場合、前記抗原結合タンパク質を除外することとをさらに含む、請求項１５２に記載の方法。
  154. 配列番号１０，７５５～２９，３６４に記載されている少なくとも１つのＨＬＡ－ペプチド抗原を提供することと；標的を使用して先行請求項のいずれか１項に記載の抗原結合タンパク質を同定することとを含む、前記抗原結合タンパク質を同定する方法。
  155. ＨＬＡクラスＩ分子と複合体を形成したＨＬＡ拘束ペプチドを含むＨＬＡ－ペプチド抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質（ＡＢＰ）であって、前記ＨＬＡ拘束ペプチドが、前記ＨＬＡクラスＩ分子のα１／α２のヘテロ二量体部分のペプチド結合溝に位置しており、前記ＨＬＡクラスＩ分子及び前記ＨＬＡ拘束ペプチドがそれぞれ、配列番号１０，７５５～２９，３６４のいずれか１つに記載されているＨＬＡ－ペプチド抗原から選択され、前記ＡＢＰが、表１Ｃ．１、１Ｃ．２、１Ｃ．３、及び１Ｄに示される配列からなる群より選択されるアルファＣＤＲ３アミノ酸配列及び対応するベータＣＤＲ３アミノ酸配列を含む、前記抗原結合タンパク質（ＡＢＰ）。
  156. アルファ可変（「Ｖ」）セグメント、アルファ連結（「Ｊ」）セグメント、ベータ可変（「Ｖ」）セグメント、ベータ連結（「Ｊ」）セグメント、任意選択でベータ多様性（「Ｄ」）セグメント、ならびに任意選択で、前記アルファＣＤＲ３アミノ酸配列及び対応するベータＣＤＲ３アミノ酸配列に対応する表１Ｃ．１、１Ｃ．２、１Ｃ．３、及び１Ｄに示される領域からなる群より選択されるベータ定常領域をさらに含む、請求項１５５に記載のＡＢＰ。
  157. 前記アルファＣＤＲ３アミノ酸配列及び対応するベータＣＤＲ３アミノ酸配列に対応する表１Ａ．１、１Ａ．２、１Ａ．３、及び１Ｂに示される配列から選択されるアミノ酸配列を含むアルファ可変領域及び対応するベータ可変領域を含む、請求項１５５または１５６のいずれか１項に記載のＡＢＰ。
  158. ＨＬＡクラスＩ分子と複合体を形成したＨＬＡ拘束ＲＡＳペプチドを含むＨＬＡ－ペプチド抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質（ＡＢＰ）であって、前記ＨＬＡ拘束ペプチドが、前記ＨＬＡクラスＩ分子のα１／α２ヘテロ二量体部分のペプチド結合溝に位置しており、前記ＨＬＡ拘束ＲＡＳペプチドが、ＨＬＡ拘束ＲＡＳペプチド配列を野生型ＲＡＳペプチドの対応するペプチド配列とは異なる配列にする少なくとも１つの変更を含み、前記ＡＢＰが、表１Ｃ．１、１Ｃ．２、１Ｃ．３、及び１Ｄに示される配列からなる群より選択されるアルファＣＤＲ３アミノ酸配列及び対応するベータＣＤＲ３アミノ酸配列を含む、前記抗原結合タンパク質（ＡＢＰ）。
  159. ａ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ａ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０２：０１であるか；
    ｂ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ａ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０２：０６であるか；
    ｃ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ａ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊２７：０５であるか；
    ｄ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ａ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊３５：０１であるか；
    ｅ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ａ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊４１：０２であるか；
    ｆ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ａ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊４８：０１であるか；
    ｇ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ａ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０８：０３であるか；
    ｈ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０２：０１であるか；
    ｉ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０２：０１であるか；
    ｊ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０３：０２であるか；
    ｋ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊６８：０１であるか；
    ｌ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊２７：０５であるか；
    ｍ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０２：０１であるか；
    ｎ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０２：０５であるか；
    ｏ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０３：０１であるか；
    ｐ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊１１：０１であるか；
    ｑ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊１１：０１であるか；
    ｒ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊２６：０１であるか；
    ｓ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊３１：０１であるか；
    ｔ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊６８：０１であるか；
    ｕ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊０７：０２であるか；
    ｖ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊０８：０１であるか；
    ｗ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊１３：０２であるか；
    ｘ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊１５：０１であるか；
    ｙ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊２７：０５であるか；
    ｚ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊３５：０１であるか；
    ａａ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊３７：０１であるか；
    ｂｂ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊３８：０１であるか；
    ｃｃ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊４０：０１であるか；
    ｄｄ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊４０：０２であるか；
    ｅｅ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊４４：０２であるか；
    ｆｆ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊４４：０３であるか；
    ｇｇ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊４８：０１であるか；
    ｈｈ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊５０：０１であるか；
    ｉｉ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊５７：０１であるか；
    ｊｊ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０１：０２であるか；
    ｋｋ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０２：０２であるか；
    ｌｌ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０３：０３であるか；
    ｍｍ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０３：０４であるか；
    ｎｎ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０４：０１であるか；
    ｏｏ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０５：０１であるか；
    ｐｐ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０７：０４であるか；
    ｑｑ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０８：０２であるか；
    ｒｒ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０８：０３であるか；
    ｓｓ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊１６：０１であるか；
    ｔｔ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊１７：０１であるか；
    ｕｕ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｒ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊４１：０２であるか；
    ｖｖ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｒ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０７：０４であるか；
    ｗｗ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０２：０１であるか；
    ｘｘ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０２：０５であるか；
    ｙｙ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０２：０６であるか；
    ｚｚ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０３：０１であるか；
    ａａａ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０３：０１であるか；
    ｂｂｂ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊１１：０１であるか；
    ｃｃｃ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊１１：０１であるか；
    ｄｄｄ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊２５：０１であるか；
    ｅｅｅ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊２６：０１であるか；
    ｆｆｆ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊３０：０１であるか；
    ｇｇｇ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊３１：０１であるか；
    ｈｈｈ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊３１：０１であるか；
    ｉｉｉ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊３２：０１であるか；
    ｊｊｊ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊６８：０２であるか；
    ｋｋｋ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊０７：０２であるか；
    ｌｌｌ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊０８：０１であるか；
    ｍｍｍ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊１３：０２であるか；
    ｎｎｎ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊１４：０２であるか；
    ｏｏｏ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊１５：０１であるか；
    ｐｐｐ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊２７：０５であるか；
    ｑｑｑ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊３９：０１であるか；
    ｒｒｒ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊４０：０１であるか；
    ｓｓｓ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊４０：０２であるか；
    ｔｔｔ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊４１：０２であるか；
    ｕｕｕ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊４４：０５であるか；
    ｖｖｖ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊５０：０１であるか；
    ｗｗｗ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊５１：０１であるか；
    ｘｘｘ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０１：０２であるか；
    ｙｙｙ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０１：０２であるか；
    ｚｚｚ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０３：０３であるか；
    ａａａａ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０３：０４であるか；
    ｂｂｂｂ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０８：０２であるか；
    ｃｃｃｃ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊１４：０２であるか；
    ｄｄｄｄ．前記拘束ペプチドがＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊１７：０１であるか；
    ｅｅｅｅ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｇ１３Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０２：０１であるか；
    ｆｆｆｆ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｇ１３Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊０７：０２であるか；
    ｇｇｇｇ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｇ１３Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊０８：０１であるか；
    ｈｈｈｈ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｇ１３Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊３５：０１であるか；
    ｉｉｉｉ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｇ１３Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊３５：０３であるか；
    ｊｊｊｊ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｇ１３Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊３５：０８であるか；
    ｋｋｋｋ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｇ１３Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊３８：０１であるか；
    ｌｌｌｌ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｇ１３Ｄ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０４：０１であるか；
    ｍｍｍｍ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０１：０１であるか；
    ｎｎｎｎ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊０２：０１であるか；
    ｏｏｏｏ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊２３：０１であるか；
    ｐｐｐｐ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊２９：０１であるか；
    ｑｑｑｑ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊３０：０２であるか；
    ｒｒｒｒ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊３３：０１であるか；
    ｓｓｓｓ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ａ＊６８：０１であるか；
    ｔｔｔｔ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊０７：０２であるか；
    ｕｕｕｕ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊０８：０１であるか；
    ｖｖｖｖ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊１８：０１であるか；
    ｗｗｗｗ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊３５：０１であるか；
    ｘｘｘｘ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊３８：０１であるか；
    ｙｙｙｙ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊４０：０１であるか；
    ｚｚｚｚ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｂ＊４４：０２であるか；
    ａａａａａ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０３：０４であるか；
    ｂｂｂｂｂ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０５：０１であるか；または
    ｃｃｃｃｃ．前記拘束ペプチドがＫＲＡＳ＿Ｑ６１Ｈ変異を含み、かつ前記ＨＬＡクラスＩ分子がＨＬＡ－Ｃ＊０８：０２である、
    請求項１５８に記載のＡＢＰ。
  160. 前記ＨＬＡ－ペプチド抗原が、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１と拘束ペプチドＫＬＶＶＶＧＡＣＧＶとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｃ ＭＨＣクラスＩ抗原である、請求項１５８または１５９に記載のＡＢＰ。
  161. 表１Ｃ．２に示される配列からなる群より選択されるアルファＣＤＲ３アミノ酸配列及び対応するベータＣＤＲ３アミノ酸配列を含む、請求項１６０に記載のＡＢＰ。
  162. アルファ可変（「Ｖ」）セグメント、アルファ連結（「Ｊ」）セグメント、ベータ可変（「Ｖ」）セグメント、ベータ連結（「Ｊ」）セグメント、任意選択でベータ多様性（「Ｄ」）セグメント、ならびに任意選択で、前記アルファＣＤＲ３アミノ酸配列及び対応するベータＣＤＲ３アミノ酸配列に対応する表１Ｃ．２に示される領域からなる群より選択されるベータ定常領域をさらに含む、請求項１６１に記載のＡＢＰ。
  163. 前記アルファＣＤＲ３アミノ酸配列及び対応するベータＣＤＲ３アミノ酸配列に対応する表１Ａ．２に示される配列から選択されるアミノ酸配列を含むアルファ可変領域及び対応するベータ可変領域を含む、請求項１６１または１６２に記載のＡＢＰ。
  164. 前記ＨＬＡ－ペプチド抗原が、ＨＬＡ－Ａ＊１１：０１と拘束ペプチドＶＶＧＡＶＧＶＧＫとを含むＲＡＳ＿Ｇ１２Ｖ ＭＨＣクラスＩ抗原である、請求項１５８または１５９に記載のＡＢＰ。
  165. 表１Ｃ．３に示される配列からなる群より選択されるアルファＣＤＲ３アミノ酸配列及び対応するベータＣＤＲ３アミノ酸配列を含む、請求項１６４に記載のＡＢＰ。
  166. アルファ可変（「Ｖ」）セグメント、アルファ連結（「Ｊ」）セグメント、ベータ可変（「Ｖ」）セグメント、ベータ連結（「Ｊ」）セグメント、任意選択でベータ多様性（「Ｄ」）セグメント、ならびに任意選択で、前記アルファＣＤＲ３アミノ酸配列及び対応するベータＣＤＲ３アミノ酸配列に対応する表１Ｃ．３に示される領域からなる群より選択されるベータ定常領域をさらに含む、請求項１６５に記載のＡＢＰ。
  167. 前記アルファＣＤＲ３アミノ酸配列及び対応するベータＣＤＲ３アミノ酸配列に対応する表１Ａ．３に示される配列から選択されるアミノ酸配列を含むアルファ可変領域及び対応するベータ可変領域を含む、請求項１６５または１６６に記載のＡＢＰ。
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