JP2023502625A - 共有新抗原を標的にする抗原結合タンパク質 - Google Patents
共有新抗原を標的にする抗原結合タンパク質 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2023502625A JP2023502625A JP2022527937A JP2022527937A JP2023502625A JP 2023502625 A JP2023502625 A JP 2023502625A JP 2022527937 A JP2022527937 A JP 2022527937A JP 2022527937 A JP2022527937 A JP 2022527937A JP 2023502625 A JP2023502625 A JP 2023502625A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- hla
- mutation
- molecule
- ras
- class
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 102000025171 antigen binding proteins Human genes 0.000 title claims abstract description 365
- 108091000831 antigen binding proteins Proteins 0.000 title claims abstract description 365
- 239000000427 antigen Substances 0.000 claims abstract description 329
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 claims abstract description 324
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 claims abstract description 324
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 99
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 claims abstract description 85
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims description 1145
- 230000035772 mutation Effects 0.000 claims description 746
- 102100036242 HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 2 chain Human genes 0.000 claims description 211
- 101000930801 Homo sapiens HLA class II histocompatibility antigen, DQ alpha 2 chain Proteins 0.000 claims description 211
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 189
- 108091008874 T cell receptors Proteins 0.000 claims description 148
- 102000016266 T-Cell Antigen Receptors Human genes 0.000 claims description 148
- 102100028976 HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain Human genes 0.000 claims description 120
- 108010058607 HLA-B Antigens Proteins 0.000 claims description 120
- 230000027455 binding Effects 0.000 claims description 108
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 claims description 105
- 102220404671 HLA-A*11:01 Human genes 0.000 claims description 101
- 108010075704 HLA-A Antigens Proteins 0.000 claims description 74
- 102210042925 HLA-A*02:01 Human genes 0.000 claims description 73
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 claims description 60
- 102210042961 A*03:01 Human genes 0.000 claims description 52
- 102210024049 HLA-A*03:01 Human genes 0.000 claims description 50
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 claims description 43
- 102000016914 ras Proteins Human genes 0.000 claims description 43
- 108010019670 Chimeric Antigen Receptors Proteins 0.000 claims description 42
- 102100028971 HLA class I histocompatibility antigen, C alpha chain Human genes 0.000 claims description 41
- 108010052199 HLA-C Antigens Proteins 0.000 claims description 41
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 claims description 41
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 claims description 40
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 claims description 39
- 210000001744 T-lymphocyte Anatomy 0.000 claims description 37
- 102210048101 A*01:01 Human genes 0.000 claims description 36
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 claims description 35
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 claims description 35
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 claims description 35
- 230000004068 intracellular signaling Effects 0.000 claims description 32
- 230000011664 signaling Effects 0.000 claims description 31
- 102210047469 A*02:01 Human genes 0.000 claims description 30
- 210000004881 tumor cell Anatomy 0.000 claims description 30
- 102210041563 HLA-A*31:01 Human genes 0.000 claims description 28
- 102210009893 HLA-C*01:02 Human genes 0.000 claims description 28
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims description 26
- 108091054437 MHC class I family Proteins 0.000 claims description 24
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims description 22
- 239000013598 vector Substances 0.000 claims description 22
- 102210024050 HLA-B*08:01 Human genes 0.000 claims description 20
- 101000914514 Homo sapiens T-cell-specific surface glycoprotein CD28 Proteins 0.000 claims description 20
- 102000043129 MHC class I family Human genes 0.000 claims description 20
- 102100027213 T-cell-specific surface glycoprotein CD28 Human genes 0.000 claims description 20
- 102210009880 HLA-B*27:05 Human genes 0.000 claims description 19
- 239000007787 solid Substances 0.000 claims description 19
- 108010020515 HLA-A*68 antigen Proteins 0.000 claims description 18
- 102210009883 HLA-B*07:02 Human genes 0.000 claims description 18
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 claims description 16
- 238000005304 joining Methods 0.000 claims description 16
- 102210048099 C*08:02 Human genes 0.000 claims description 15
- 102210024054 HLA-C*03:04 Human genes 0.000 claims description 15
- 102210009885 HLA-C*08:02 Human genes 0.000 claims description 15
- 101000851370 Homo sapiens Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9 Proteins 0.000 claims description 15
- 102100036856 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 9 Human genes 0.000 claims description 15
- 239000008194 pharmaceutical composition Substances 0.000 claims description 15
- 230000000890 antigenic effect Effects 0.000 claims description 14
- 210000003719 b-lymphocyte Anatomy 0.000 claims description 14
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 14
- 238000002823 phage display Methods 0.000 claims description 14
- 108010047041 Complementarity Determining Regions Proteins 0.000 claims description 13
- 230000004048 modification Effects 0.000 claims description 13
- 238000012986 modification Methods 0.000 claims description 13
- 102210024048 HLA-A*01:01 Human genes 0.000 claims description 12
- 108010074032 HLA-A2 Antigen Proteins 0.000 claims description 12
- 102000025850 HLA-A2 Antigen Human genes 0.000 claims description 12
- 210000003071 memory t lymphocyte Anatomy 0.000 claims description 12
- 102210024051 HLA-B*15:01 Human genes 0.000 claims description 11
- 230000004075 alteration Effects 0.000 claims description 11
- LVFOCONPPZIORE-UHFFFAOYSA-N 2-[[2-[[2-[2-[[2-[[2-[[2-[[2-[[2-(2,6-diaminohexanoylamino)-4-methylpentanoyl]amino]-3-methylbutanoyl]amino]-3-methylbutanoyl]amino]-3-methylbutanoyl]amino]acetyl]amino]propanoylamino]-3-methylbutanoyl]amino]acetyl]amino]-3-methylbutanoic acid Chemical compound NCCCCC(N)C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)NC(C(C)C)C(=O)NC(C(C)C)C(=O)NC(C(C)C)C(=O)NCC(=O)NC(C)C(=O)NC(C(C)C)C(=O)NCC(=O)NC(C(C)C)C(O)=O LVFOCONPPZIORE-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 10
- 102100025064 Cellular tumor antigen p53 Human genes 0.000 claims description 10
- 102210009887 HLA-B*13:02 Human genes 0.000 claims description 10
- 102210042926 HLA-B*44:02 Human genes 0.000 claims description 10
- 102210024055 HLA-C*03:03 Human genes 0.000 claims description 10
- 102210009886 HLA-C*04:01 Human genes 0.000 claims description 10
- 101000744505 Homo sapiens GTPase NRas Proteins 0.000 claims description 10
- 108010078814 Tumor Suppressor Protein p53 Proteins 0.000 claims description 10
- 239000011324 bead Substances 0.000 claims description 10
- 210000001151 cytotoxic T lymphocyte Anatomy 0.000 claims description 10
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 10
- 102100029974 GTPase HRas Human genes 0.000 claims description 9
- 102100039788 GTPase NRas Human genes 0.000 claims description 9
- 102210042928 HLA-C*05:01 Human genes 0.000 claims description 9
- 101000584633 Homo sapiens GTPase HRas Proteins 0.000 claims description 9
- 108010033276 Peptide Fragments Proteins 0.000 claims description 9
- 102000007079 Peptide Fragments Human genes 0.000 claims description 9
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 9
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 claims description 9
- -1 wells Substances 0.000 claims description 9
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 claims description 8
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 claims description 8
- 239000011616 biotin Substances 0.000 claims description 8
- 239000006143 cell culture medium Substances 0.000 claims description 8
- 201000005787 hematologic cancer Diseases 0.000 claims description 8
- 239000012528 membrane Substances 0.000 claims description 8
- 102200006531 rs121913529 Human genes 0.000 claims description 8
- 102200105349 rs587778720 Human genes 0.000 claims description 8
- 102000008949 Histocompatibility Antigens Class I Human genes 0.000 claims description 7
- 238000010367 cloning Methods 0.000 claims description 7
- 210000004748 cultured cell Anatomy 0.000 claims description 7
- 102200006538 rs121913530 Human genes 0.000 claims description 7
- 239000002671 adjuvant Substances 0.000 claims description 6
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 claims description 6
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 claims description 6
- 239000003814 drug Substances 0.000 claims description 6
- 239000012636 effector Substances 0.000 claims description 6
- 210000002443 helper t lymphocyte Anatomy 0.000 claims description 6
- 239000013642 negative control Substances 0.000 claims description 6
- 102200006539 rs121913529 Human genes 0.000 claims description 6
- 102200006537 rs121913529 Human genes 0.000 claims description 6
- 230000004936 stimulating effect Effects 0.000 claims description 6
- 102210009891 HLA-A*25:01 Human genes 0.000 claims description 5
- 108010034115 HLA-A29 antigen Proteins 0.000 claims description 5
- 102210009888 HLA-B*14:02 Human genes 0.000 claims description 5
- 108091058535 HLA-B*35:08 Proteins 0.000 claims description 5
- 102220436838 HLA-B*51 Human genes 0.000 claims description 5
- 102210009890 HLA-C*02:02 Human genes 0.000 claims description 5
- 206010069755 K-ras gene mutation Diseases 0.000 claims description 5
- 241000699666 Mus <mouse, genus> Species 0.000 claims description 5
- 229920002684 Sepharose Polymers 0.000 claims description 5
- 108010090804 Streptavidin Proteins 0.000 claims description 5
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 claims description 5
- 239000008280 blood Substances 0.000 claims description 5
- 230000028993 immune response Effects 0.000 claims description 5
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 claims description 5
- 230000005291 magnetic effect Effects 0.000 claims description 5
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 claims description 5
- 206010069754 Acquired gene mutation Diseases 0.000 claims description 4
- 102210048103 B*18:01 Human genes 0.000 claims description 4
- 102220404670 HLA-A*33:01 Human genes 0.000 claims description 4
- 102210039566 HLA-B*39:01 Human genes 0.000 claims description 4
- 102210024052 HLA-B*57:01 Human genes 0.000 claims description 4
- 241000700605 Viruses Species 0.000 claims description 4
- 238000003364 immunohistochemistry Methods 0.000 claims description 4
- 238000007901 in situ hybridization Methods 0.000 claims description 4
- 210000000581 natural killer T-cell Anatomy 0.000 claims description 4
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 claims description 4
- 102220053950 rs121913238 Human genes 0.000 claims description 4
- 102200006520 rs121913240 Human genes 0.000 claims description 4
- 102200006525 rs121913240 Human genes 0.000 claims description 4
- 102200007373 rs17851045 Human genes 0.000 claims description 4
- 230000037439 somatic mutation Effects 0.000 claims description 4
- 210000003171 tumor-infiltrating lymphocyte Anatomy 0.000 claims description 4
- 102210042962 C*03:04 Human genes 0.000 claims description 3
- 108010021727 HLA-A*24:02 antigen Proteins 0.000 claims description 3
- 108010088652 Histocompatibility Antigens Class I Proteins 0.000 claims description 3
- 241000283973 Oryctolagus cuniculus Species 0.000 claims description 3
- BFMYDTVEBKDAKJ-UHFFFAOYSA-L disodium;(2',7'-dibromo-3',6'-dioxido-3-oxospiro[2-benzofuran-1,9'-xanthene]-4'-yl)mercury;hydrate Chemical compound O.[Na+].[Na+].O1C(=O)C2=CC=CC=C2C21C1=CC(Br)=C([O-])C([Hg])=C1OC1=C2C=C(Br)C([O-])=C1 BFMYDTVEBKDAKJ-UHFFFAOYSA-L 0.000 claims description 3
- 239000000833 heterodimer Substances 0.000 claims description 3
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims description 3
- 244000303258 Annona diversifolia Species 0.000 claims description 2
- 235000002198 Annona diversifolia Nutrition 0.000 claims description 2
- 241000724791 Filamentous phage Species 0.000 claims description 2
- GXCLVBGFBYZDAG-UHFFFAOYSA-N N-[2-(1H-indol-3-yl)ethyl]-N-methylprop-2-en-1-amine Chemical compound CN(CCC1=CNC2=C1C=CC=C2)CC=C GXCLVBGFBYZDAG-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 2
- 102000007562 Serum Albumin Human genes 0.000 claims description 2
- 108010071390 Serum Albumin Proteins 0.000 claims description 2
- 210000002203 alpha-beta t lymphocyte Anatomy 0.000 claims description 2
- 239000000539 dimer Substances 0.000 claims description 2
- 210000003162 effector t lymphocyte Anatomy 0.000 claims description 2
- 230000003325 follicular Effects 0.000 claims description 2
- 210000004475 gamma-delta t lymphocyte Anatomy 0.000 claims description 2
- 208000024200 hematopoietic and lymphoid system neoplasm Diseases 0.000 claims description 2
- 210000004408 hybridoma Anatomy 0.000 claims description 2
- 210000002861 immature t-cell Anatomy 0.000 claims description 2
- 230000002147 killing effect Effects 0.000 claims description 2
- 238000002493 microarray Methods 0.000 claims description 2
- 210000004877 mucosa Anatomy 0.000 claims description 2
- 239000000546 pharmaceutical excipient Substances 0.000 claims description 2
- 238000002818 protein evolution Methods 0.000 claims description 2
- 210000003289 regulatory T cell Anatomy 0.000 claims description 2
- 238000012216 screening Methods 0.000 claims description 2
- 210000000130 stem cell Anatomy 0.000 claims description 2
- 230000009466 transformation Effects 0.000 claims description 2
- 210000005253 yeast cell Anatomy 0.000 claims description 2
- 102100028972 HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain Human genes 0.000 claims 33
- 101000691214 Haloarcula marismortui (strain ATCC 43049 / DSM 3752 / JCM 8966 / VKM B-1809) 50S ribosomal protein L44e Proteins 0.000 claims 1
- 108010089417 Sex Hormone-Binding Globulin Proteins 0.000 claims 1
- 102100030758 Sex hormone-binding globulin Human genes 0.000 claims 1
- 230000011712 cell development Effects 0.000 claims 1
- 230000002489 hematologic effect Effects 0.000 claims 1
- 210000005260 human cell Anatomy 0.000 claims 1
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 55
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 43
- 102000011786 HLA-A Antigens Human genes 0.000 description 41
- 229940024606 amino acid Drugs 0.000 description 39
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 38
- 108700018351 Major Histocompatibility Complex Proteins 0.000 description 31
- 230000020382 suppression by virus of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I Effects 0.000 description 31
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 30
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 27
- AEFJNECXZCODJM-UWVGGRQHSA-N Val-Val-Gly Chemical compound CC(C)[C@H]([NH3+])C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)NCC([O-])=O AEFJNECXZCODJM-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 25
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 25
- 125000006850 spacer group Chemical group 0.000 description 21
- 150000007523 nucleic acids Chemical group 0.000 description 20
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 19
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 19
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 19
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 description 18
- 108010079364 N-glycylalanine Proteins 0.000 description 17
- 230000001086 cytosolic effect Effects 0.000 description 17
- VPZXBVLAVMBEQI-UHFFFAOYSA-N glycyl-DL-alpha-alanine Natural products OC(=O)C(C)NC(=O)CN VPZXBVLAVMBEQI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 17
- 101100112922 Candida albicans CDR3 gene Proteins 0.000 description 16
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 16
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 15
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 14
- SYOMXKPPFZRELL-ONGXEEELSA-N Val-Gly-Lys Chemical compound CC(C)[C@@H](C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O)N SYOMXKPPFZRELL-ONGXEEELSA-N 0.000 description 13
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 12
- LJADEBULDNKJNK-IHRRRGAJSA-N Lys-Leu-Val Chemical compound CC(C)C[C@H](NC(=O)[C@@H](N)CCCCN)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O LJADEBULDNKJNK-IHRRRGAJSA-N 0.000 description 11
- 230000003834 intracellular effect Effects 0.000 description 11
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 11
- KRHRBKYBJXMYBB-WHFBIAKZSA-N Ala-Cys-Gly Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)NCC(O)=O KRHRBKYBJXMYBB-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 10
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 10
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 10
- DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N Glycine Chemical compound NCC(O)=O DHMQDGOQFOQNFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- 238000000684 flow cytometry Methods 0.000 description 9
- 108010037850 glycylvaline Proteins 0.000 description 9
- VHAQSYHSDKERBS-XPUUQOCRSA-N Ala-Val-Gly Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)NCC(O)=O VHAQSYHSDKERBS-XPUUQOCRSA-N 0.000 description 8
- XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N Urea Chemical compound NC(N)=O XSQUKJJJFZCRTK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 230000003213 activating effect Effects 0.000 description 8
- 238000004422 calculation algorithm Methods 0.000 description 8
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 8
- 108010027668 glycyl-alanyl-valine Proteins 0.000 description 8
- 230000002062 proliferating effect Effects 0.000 description 8
- 125000000539 amino acid group Chemical group 0.000 description 7
- 102000015736 beta 2-Microglobulin Human genes 0.000 description 7
- 108010081355 beta 2-Microglobulin Proteins 0.000 description 7
- 108091008034 costimulatory receptors Proteins 0.000 description 7
- 208000035475 disorder Diseases 0.000 description 7
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 7
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 7
- MTCFGRXMJLQNBG-REOHCLBHSA-N (2S)-2-Amino-3-hydroxypropansäure Chemical compound OC[C@H](N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-REOHCLBHSA-N 0.000 description 6
- KIUYPHAMDKDICO-WHFBIAKZSA-N Ala-Asp-Gly Chemical compound C[C@H](N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)NCC(O)=O KIUYPHAMDKDICO-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 6
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 6
- IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N Dimethylsulphoxide Chemical compound CS(C)=O IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N Lysine Natural products NCCCCC(N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 230000004071 biological effect Effects 0.000 description 6
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 5
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 5
- 101000946843 Homo sapiens T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain Proteins 0.000 description 5
- 102100034922 T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain Human genes 0.000 description 5
- KZSNJWFQEVHDMF-UHFFFAOYSA-N Valine Natural products CC(C)C(N)C(O)=O KZSNJWFQEVHDMF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 239000013604 expression vector Substances 0.000 description 5
- 230000001976 improved effect Effects 0.000 description 5
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 5
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 5
- 230000004044 response Effects 0.000 description 5
- 230000009870 specific binding Effects 0.000 description 5
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 5
- 102000006306 Antigen Receptors Human genes 0.000 description 4
- 108010083359 Antigen Receptors Proteins 0.000 description 4
- 102000004127 Cytokines Human genes 0.000 description 4
- 108090000695 Cytokines Proteins 0.000 description 4
- 102100030708 GTPase KRas Human genes 0.000 description 4
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 4
- 101000584612 Homo sapiens GTPase KRas Proteins 0.000 description 4
- 101001057504 Homo sapiens Interferon-stimulated gene 20 kDa protein Proteins 0.000 description 4
- 101001055144 Homo sapiens Interleukin-2 receptor subunit alpha Proteins 0.000 description 4
- 101800000324 Immunoglobulin A1 protease translocator Proteins 0.000 description 4
- 102100026878 Interleukin-2 receptor subunit alpha Human genes 0.000 description 4
- ROHFNLRQFUQHCH-YFKPBYRVSA-N L-leucine Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 4
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 description 4
- 235000014680 Saccharomyces cerevisiae Nutrition 0.000 description 4
- 230000030741 antigen processing and presentation Effects 0.000 description 4
- 239000004202 carbamide Substances 0.000 description 4
- JJWKPURADFRFRB-UHFFFAOYSA-N carbonyl sulfide Chemical compound O=C=S JJWKPURADFRFRB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 238000010494 dissociation reaction Methods 0.000 description 4
- 230000005593 dissociations Effects 0.000 description 4
- 229960003722 doxycycline Drugs 0.000 description 4
- XQTWDDCIUJNLTR-CVHRZJFOSA-N doxycycline monohydrate Chemical compound O.O=C1C2=C(O)C=CC=C2[C@H](C)[C@@H]2C1=C(O)[C@]1(O)C(=O)C(C(N)=O)=C(O)[C@@H](N(C)C)[C@@H]1[C@H]2O XQTWDDCIUJNLTR-CVHRZJFOSA-N 0.000 description 4
- 230000037433 frameshift Effects 0.000 description 4
- 230000006870 function Effects 0.000 description 4
- 238000001415 gene therapy Methods 0.000 description 4
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 4
- 230000004481 post-translational protein modification Effects 0.000 description 4
- 230000008707 rearrangement Effects 0.000 description 4
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 3
- 102210048100 A*31:01 Human genes 0.000 description 3
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 3
- 102210048098 C*05:01 Human genes 0.000 description 3
- 210000001266 CD8-positive T-lymphocyte Anatomy 0.000 description 3
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N Glutamic acid Natural products OC(=O)C(N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 239000004471 Glycine Substances 0.000 description 3
- 102000004457 Granulocyte-Macrophage Colony-Stimulating Factor Human genes 0.000 description 3
- 108010017213 Granulocyte-Macrophage Colony-Stimulating Factor Proteins 0.000 description 3
- 101100166600 Homo sapiens CD28 gene Proteins 0.000 description 3
- 101000582254 Homo sapiens Nuclear receptor corepressor 2 Proteins 0.000 description 3
- 108091092195 Intron Proteins 0.000 description 3
- DCXYFEDJOCDNAF-REOHCLBHSA-N L-asparagine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O DCXYFEDJOCDNAF-REOHCLBHSA-N 0.000 description 3
- CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N L-aspartic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC(O)=O CKLJMWTZIZZHCS-REOHCLBHSA-N 0.000 description 3
- KZSNJWFQEVHDMF-BYPYZUCNSA-N L-valine Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(O)=O KZSNJWFQEVHDMF-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 3
- ROHFNLRQFUQHCH-UHFFFAOYSA-N Leucine Natural products CC(C)CC(N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N Serine Natural products OCC(N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 230000005867 T cell response Effects 0.000 description 3
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 description 3
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 3
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 3
- 210000004443 dendritic cell Anatomy 0.000 description 3
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 3
- 238000011161 development Methods 0.000 description 3
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 3
- 108020001507 fusion proteins Proteins 0.000 description 3
- 102000037865 fusion proteins Human genes 0.000 description 3
- 238000009169 immunotherapy Methods 0.000 description 3
- 230000001965 increasing effect Effects 0.000 description 3
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 description 3
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 description 3
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 3
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 3
- 230000007935 neutral effect Effects 0.000 description 3
- 210000002381 plasma Anatomy 0.000 description 3
- 210000004986 primary T-cell Anatomy 0.000 description 3
- 230000008569 process Effects 0.000 description 3
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 3
- 230000006798 recombination Effects 0.000 description 3
- 238000005215 recombination Methods 0.000 description 3
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 3
- 238000002198 surface plasmon resonance spectroscopy Methods 0.000 description 3
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 3
- 238000011282 treatment Methods 0.000 description 3
- 239000004474 valine Substances 0.000 description 3
- DRHZYJAUECRAJM-DWSYSWFDSA-N (2s,3s,4s,5r,6r)-6-[[(3s,4s,4ar,6ar,6bs,8r,8ar,12as,14ar,14br)-8a-[(2s,3r,4s,5r,6r)-3-[(2s,3r,4s,5r,6s)-5-[(2s,3r,4s,5r)-4-[(2s,3r,4r)-3,4-dihydroxy-4-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]oxy-3,5-dihydroxyoxan-2-yl]oxy-3,4-dihydroxy-6-methyloxan-2-yl]oxy-5-[(3s,5s, Chemical compound O([C@H]1[C@H](O)[C@H](O[C@H]([C@@H]1O[C@H]1[C@@H]([C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](CO)O1)O)O[C@H]1CC[C@]2(C)[C@H]3CC=C4[C@@H]5CC(C)(C)CC[C@@]5([C@@H](C[C@@]4(C)[C@]3(C)CC[C@H]2[C@@]1(C=O)C)O)C(=O)O[C@@H]1O[C@H](C)[C@@H]([C@@H]([C@H]1O[C@H]1[C@@H]([C@H](O)[C@@H](O[C@H]2[C@@H]([C@@H](O[C@H]3[C@@H]([C@@](O)(CO)CO3)O)[C@H](O)CO2)O)[C@H](C)O1)O)O)OC(=O)C[C@@H](O)C[C@H](OC(=O)C[C@@H](O)C[C@@H]([C@@H](C)CC)O[C@H]1[C@@H]([C@@H](O)[C@H](CO)O1)O)[C@@H](C)CC)C(O)=O)[C@@H]1OC[C@@H](O)[C@H](O)[C@H]1O DRHZYJAUECRAJM-DWSYSWFDSA-N 0.000 description 2
- WOXWUZCRWJWTRT-UHFFFAOYSA-N 1-amino-1-cyclohexanecarboxylic acid Chemical compound OC(=O)C1(N)CCCCC1 WOXWUZCRWJWTRT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- RFLVMTUMFYRZCB-UHFFFAOYSA-N 1-methylguanine Chemical compound O=C1N(C)C(N)=NC2=C1N=CN2 RFLVMTUMFYRZCB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- OGNSCSPNOLGXSM-UHFFFAOYSA-N 2,4-diaminobutyric acid Chemical compound NCCC(N)C(O)=O OGNSCSPNOLGXSM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- FZWGECJQACGGTI-UHFFFAOYSA-N 2-amino-7-methyl-1,7-dihydro-6H-purin-6-one Chemical compound NC1=NC(O)=C2N(C)C=NC2=N1 FZWGECJQACGGTI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- OVONXEQGWXGFJD-UHFFFAOYSA-N 4-sulfanylidene-1h-pyrimidin-2-one Chemical compound SC=1C=CNC(=O)N=1 OVONXEQGWXGFJD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- OIVLITBTBDPEFK-UHFFFAOYSA-N 5,6-dihydrouracil Chemical compound O=C1CCNC(=O)N1 OIVLITBTBDPEFK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- LRFVTYWOQMYALW-UHFFFAOYSA-N 9H-xanthine Chemical compound O=C1NC(=O)NC2=C1NC=N2 LRFVTYWOQMYALW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000228212 Aspergillus Species 0.000 description 2
- 241000351920 Aspergillus nidulans Species 0.000 description 2
- 102210048104 B*27:05 Human genes 0.000 description 2
- 235000014469 Bacillus subtilis Nutrition 0.000 description 2
- 244000062995 Cassia occidentalis Species 0.000 description 2
- 102000000844 Cell Surface Receptors Human genes 0.000 description 2
- 108010001857 Cell Surface Receptors Proteins 0.000 description 2
- 108020004705 Codon Proteins 0.000 description 2
- 108010016626 Dipeptides Proteins 0.000 description 2
- 239000006144 Dulbecco’s modified Eagle's medium Substances 0.000 description 2
- 102100025137 Early activation antigen CD69 Human genes 0.000 description 2
- 241000233866 Fungi Species 0.000 description 2
- BCCRXDTUTZHDEU-VKHMYHEASA-N Gly-Ser Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](CO)C(O)=O BCCRXDTUTZHDEU-VKHMYHEASA-N 0.000 description 2
- 102000003886 Glycoproteins Human genes 0.000 description 2
- 108090000288 Glycoproteins Proteins 0.000 description 2
- 101000934374 Homo sapiens Early activation antigen CD69 Proteins 0.000 description 2
- 101000917858 Homo sapiens Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-A Proteins 0.000 description 2
- 101000917839 Homo sapiens Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-B Proteins 0.000 description 2
- 101000716102 Homo sapiens T-cell surface glycoprotein CD4 Proteins 0.000 description 2
- 102000037982 Immune checkpoint proteins Human genes 0.000 description 2
- 108010074328 Interferon-gamma Proteins 0.000 description 2
- 244000285963 Kluyveromyces fragilis Species 0.000 description 2
- 241001138401 Kluyveromyces lactis Species 0.000 description 2
- ONIBWKKTOPOVIA-BYPYZUCNSA-N L-Proline Chemical compound OC(=O)[C@@H]1CCCN1 ONIBWKKTOPOVIA-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 2
- AGPKZVBTJJNPAG-WHFBIAKZSA-N L-isoleucine Chemical compound CC[C@H](C)[C@H](N)C(O)=O AGPKZVBTJJNPAG-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 2
- COLNVLDHVKWLRT-QMMMGPOBSA-N L-phenylalanine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC=C1 COLNVLDHVKWLRT-QMMMGPOBSA-N 0.000 description 2
- QIVBCDIJIAJPQS-VIFPVBQESA-N L-tryptophane Chemical compound C1=CC=C2C(C[C@H](N)C(O)=O)=CNC2=C1 QIVBCDIJIAJPQS-VIFPVBQESA-N 0.000 description 2
- OUYCCCASQSFEME-QMMMGPOBSA-N L-tyrosine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=C(O)C=C1 OUYCCCASQSFEME-QMMMGPOBSA-N 0.000 description 2
- 102100029185 Low affinity immunoglobulin gamma Fc region receptor III-B Human genes 0.000 description 2
- 108010052285 Membrane Proteins Proteins 0.000 description 2
- 241000699670 Mus sp. Species 0.000 description 2
- HYVABZIGRDEKCD-UHFFFAOYSA-N N(6)-dimethylallyladenine Chemical compound CC(C)=CCNC1=NC=NC2=C1N=CN2 HYVABZIGRDEKCD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108010032605 Nerve Growth Factor Receptors Proteins 0.000 description 2
- PXHVJJICTQNCMI-UHFFFAOYSA-N Nickel Chemical compound [Ni] PXHVJJICTQNCMI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- ONIBWKKTOPOVIA-UHFFFAOYSA-N Proline Natural products OC(=O)C1CCCN1 ONIBWKKTOPOVIA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000588769 Proteus <enterobacteria> Species 0.000 description 2
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 230000006044 T cell activation Effects 0.000 description 2
- 102100036011 T-cell surface glycoprotein CD4 Human genes 0.000 description 2
- QIVBCDIJIAJPQS-UHFFFAOYSA-N Tryptophan Natural products C1=CC=C2C(CC(N)C(O)=O)=CNC2=C1 QIVBCDIJIAJPQS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102100033725 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 16 Human genes 0.000 description 2
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- XXROXFHCMVXETG-UWVGGRQHSA-N Val-Gly-Val Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](C(C)C)C(O)=O XXROXFHCMVXETG-UWVGGRQHSA-N 0.000 description 2
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 2
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 2
- 238000012575 bio-layer interferometry Methods 0.000 description 2
- 230000008512 biological response Effects 0.000 description 2
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 2
- 229910052799 carbon Inorganic materials 0.000 description 2
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 2
- 230000004663 cell proliferation Effects 0.000 description 2
- 210000004671 cell-free system Anatomy 0.000 description 2
- 230000005754 cellular signaling Effects 0.000 description 2
- 230000008859 change Effects 0.000 description 2
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 2
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 2
- 235000018417 cysteine Nutrition 0.000 description 2
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 2
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 2
- 239000012502 diagnostic product Substances 0.000 description 2
- 238000006471 dimerization reaction Methods 0.000 description 2
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 2
- 210000002472 endoplasmic reticulum Anatomy 0.000 description 2
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 2
- 230000002708 enhancing effect Effects 0.000 description 2
- 102000052116 epidermal growth factor receptor activity proteins Human genes 0.000 description 2
- 108700015053 epidermal growth factor receptor activity proteins Proteins 0.000 description 2
- 238000011156 evaluation Methods 0.000 description 2
- 108010015792 glycyllysine Proteins 0.000 description 2
- 230000002209 hydrophobic effect Effects 0.000 description 2
- 125000001165 hydrophobic group Chemical group 0.000 description 2
- FDGQSTZJBFJUBT-UHFFFAOYSA-N hypoxanthine Chemical compound O=C1NC=NC2=C1NC=N2 FDGQSTZJBFJUBT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000003018 immunoassay Methods 0.000 description 2
- 230000002163 immunogen Effects 0.000 description 2
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 2
- 230000006698 induction Effects 0.000 description 2
- NOESYZHRGYRDHS-UHFFFAOYSA-N insulin Chemical compound N1C(=O)C(NC(=O)C(CCC(N)=O)NC(=O)C(CCC(O)=O)NC(=O)C(C(C)C)NC(=O)C(NC(=O)CN)C(C)CC)CSSCC(C(NC(CO)C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)NC(CC=2C=CC(O)=CC=2)C(=O)NC(CCC(N)=O)C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)NC(CCC(O)=O)C(=O)NC(CC(N)=O)C(=O)NC(CC=2C=CC(O)=CC=2)C(=O)NC(CSSCC(NC(=O)C(C(C)C)NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(CC=2C=CC(O)=CC=2)NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(C)NC(=O)C(CCC(O)=O)NC(=O)C(C(C)C)NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(CC=2NC=NC=2)NC(=O)C(CO)NC(=O)CNC2=O)C(=O)NCC(=O)NC(CCC(O)=O)C(=O)NC(CCCNC(N)=N)C(=O)NCC(=O)NC(CC=3C=CC=CC=3)C(=O)NC(CC=3C=CC=CC=3)C(=O)NC(CC=3C=CC(O)=CC=3)C(=O)NC(C(C)O)C(=O)N3C(CCC3)C(=O)NC(CCCCN)C(=O)NC(C)C(O)=O)C(=O)NC(CC(N)=O)C(O)=O)=O)NC(=O)C(C(C)CC)NC(=O)C(CO)NC(=O)C(C(C)O)NC(=O)C1CSSCC2NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(NC(=O)C(CCC(N)=O)NC(=O)C(CC(N)=O)NC(=O)C(NC(=O)C(N)CC=1C=CC=CC=1)C(C)C)CC1=CN=CN1 NOESYZHRGYRDHS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 210000000265 leukocyte Anatomy 0.000 description 2
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 2
- YOHYSYJDKVYCJI-UHFFFAOYSA-N n-[3-[[6-[3-(trifluoromethyl)anilino]pyrimidin-4-yl]amino]phenyl]cyclopropanecarboxamide Chemical compound FC(F)(F)C1=CC=CC(NC=2N=CN=C(NC=3C=C(NC(=O)C4CC4)C=CC=3)C=2)=C1 YOHYSYJDKVYCJI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000009826 neoplastic cell growth Effects 0.000 description 2
- 238000010647 peptide synthesis reaction Methods 0.000 description 2
- COLNVLDHVKWLRT-UHFFFAOYSA-N phenylalanine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CC=CC=C1 COLNVLDHVKWLRT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 2
- 239000000047 product Substances 0.000 description 2
- 229950010550 resiquimod Drugs 0.000 description 2
- BXNMTOQRYBFHNZ-UHFFFAOYSA-N resiquimod Chemical compound C1=CC=CC2=C(N(C(COCC)=N3)CC(C)(C)O)C3=C(N)N=C21 BXNMTOQRYBFHNZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102200124918 rs121913250 Human genes 0.000 description 2
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000032258 transport Effects 0.000 description 2
- OCLLVJCYGMCLJG-CYBMUJFWSA-N (2r)-2-azaniumyl-2-naphthalen-1-ylpropanoate Chemical compound C1=CC=C2C([C@@](N)(C(O)=O)C)=CC=CC2=C1 OCLLVJCYGMCLJG-CYBMUJFWSA-N 0.000 description 1
- QFQYGJMNIDGZSG-YFKPBYRVSA-N (2r)-3-(acetamidomethylsulfanyl)-2-azaniumylpropanoate Chemical compound CC(=O)NCSC[C@H]([NH3+])C([O-])=O QFQYGJMNIDGZSG-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 1
- BFNDLDRNJFLIKE-ROLXFIACSA-N (2s)-2,6-diamino-6-hydroxyhexanoic acid Chemical compound NC(O)CCC[C@H](N)C(O)=O BFNDLDRNJFLIKE-ROLXFIACSA-N 0.000 description 1
- BVAUMRCGVHUWOZ-ZETCQYMHSA-N (2s)-2-(cyclohexylazaniumyl)propanoate Chemical compound OC(=O)[C@H](C)NC1CCCCC1 BVAUMRCGVHUWOZ-ZETCQYMHSA-N 0.000 description 1
- DWKNTLVYZNGBTJ-IBGZPJMESA-N (2s)-2-amino-6-(dibenzylamino)hexanoic acid Chemical compound C=1C=CC=CC=1CN(CCCC[C@H](N)C(O)=O)CC1=CC=CC=C1 DWKNTLVYZNGBTJ-IBGZPJMESA-N 0.000 description 1
- FNRJOGDXTIUYDE-ZDUSSCGKSA-N (2s)-2-amino-6-[benzyl(methyl)amino]hexanoic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCCCN(C)CC1=CC=CC=C1 FNRJOGDXTIUYDE-ZDUSSCGKSA-N 0.000 description 1
- WAMWSIDTKSNDCU-ZETCQYMHSA-N (2s)-2-azaniumyl-2-cyclohexylacetate Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)C1CCCCC1 WAMWSIDTKSNDCU-ZETCQYMHSA-N 0.000 description 1
- FYGDTMLNYKFZSV-URKRLVJHSA-N (2s,3r,4s,5s,6r)-2-[(2r,4r,5r,6s)-4,5-dihydroxy-2-(hydroxymethyl)-6-[(2r,4r,5r,6s)-4,5,6-trihydroxy-2-(hydroxymethyl)oxan-3-yl]oxyoxan-3-yl]oxy-6-(hydroxymethyl)oxane-3,4,5-triol Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1OC1[C@@H](CO)O[C@@H](OC2[C@H](O[C@H](O)[C@H](O)[C@H]2O)CO)[C@H](O)[C@H]1O FYGDTMLNYKFZSV-URKRLVJHSA-N 0.000 description 1
- MZOFCQQQCNRIBI-VMXHOPILSA-N (3s)-4-[[(2s)-1-[[(2s)-1-[[(1s)-1-carboxy-2-hydroxyethyl]amino]-4-methyl-1-oxopentan-2-yl]amino]-5-(diaminomethylideneamino)-1-oxopentan-2-yl]amino]-3-[[2-[[(2s)-2,6-diaminohexanoyl]amino]acetyl]amino]-4-oxobutanoic acid Chemical compound OC[C@@H](C(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CCCN=C(N)N)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)CNC(=O)[C@@H](N)CCCCN MZOFCQQQCNRIBI-VMXHOPILSA-N 0.000 description 1
- 102000040650 (ribonucleotides)n+m Human genes 0.000 description 1
- UKAUYVFTDYCKQA-UHFFFAOYSA-N -2-Amino-4-hydroxybutanoic acid Natural products OC(=O)C(N)CCO UKAUYVFTDYCKQA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BWKMGYQJPOAASG-UHFFFAOYSA-N 1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline-3-carboxylic acid Chemical compound C1=CC=C2CNC(C(=O)O)CC2=C1 BWKMGYQJPOAASG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WJNGQIYEQLPJMN-IOSLPCCCSA-N 1-methylinosine Chemical compound C1=NC=2C(=O)N(C)C=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O WJNGQIYEQLPJMN-IOSLPCCCSA-N 0.000 description 1
- KNQHBAFIWGORKW-UHFFFAOYSA-N 2,3-diamino-3-oxopropanoic acid Chemical compound NC(=O)C(N)C(O)=O KNQHBAFIWGORKW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- HLYBTPMYFWWNJN-UHFFFAOYSA-N 2-(2,4-dioxo-1h-pyrimidin-5-yl)-2-hydroxyacetic acid Chemical compound OC(=O)C(O)C1=CNC(=O)NC1=O HLYBTPMYFWWNJN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- SGAKLDIYNFXTCK-UHFFFAOYSA-N 2-[(2,4-dioxo-1h-pyrimidin-5-yl)methylamino]acetic acid Chemical compound OC(=O)CNCC1=CNC(=O)NC1=O SGAKLDIYNFXTCK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- YSAJFXWTVFGPAX-UHFFFAOYSA-N 2-[(2,4-dioxo-1h-pyrimidin-5-yl)oxy]acetic acid Chemical compound OC(=O)COC1=CNC(=O)NC1=O YSAJFXWTVFGPAX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- JINGUCXQUOKWKH-UHFFFAOYSA-N 2-aminodecanoic acid Chemical compound CCCCCCCCC(N)C(O)=O JINGUCXQUOKWKH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- XMSMHKMPBNTBOD-UHFFFAOYSA-N 2-dimethylamino-6-hydroxypurine Chemical compound N1C(N(C)C)=NC(=O)C2=C1N=CN2 XMSMHKMPBNTBOD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- SMADWRYCYBUIKH-UHFFFAOYSA-N 2-methyl-7h-purin-6-amine Chemical compound CC1=NC(N)=C2NC=NC2=N1 SMADWRYCYBUIKH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- VHVGNTVUSQUXPS-JAMMHHFISA-N 3-Phenylserine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)C(O)C1=CC=CC=C1 VHVGNTVUSQUXPS-JAMMHHFISA-N 0.000 description 1
- KOLPWZCZXAMXKS-UHFFFAOYSA-N 3-methylcytosine Chemical compound CN1C(N)=CC=NC1=O KOLPWZCZXAMXKS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- YXDGRBPZVQPESQ-QMMMGPOBSA-N 4-[(2s)-2-amino-2-carboxyethyl]benzoic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=C(C(O)=O)C=C1 YXDGRBPZVQPESQ-QMMMGPOBSA-N 0.000 description 1
- GJAKJCICANKRFD-UHFFFAOYSA-N 4-acetyl-4-amino-1,3-dihydropyrimidin-2-one Chemical compound CC(=O)C1(N)NC(=O)NC=C1 GJAKJCICANKRFD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- CMUHFUGDYMFHEI-QMMMGPOBSA-N 4-amino-L-phenylalanine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=C(N)C=C1 CMUHFUGDYMFHEI-QMMMGPOBSA-N 0.000 description 1
- GTVVZTAFGPQSPC-UHFFFAOYSA-N 4-nitrophenylalanine Chemical compound OC(=O)C(N)CC1=CC=C([N+]([O-])=O)C=C1 GTVVZTAFGPQSPC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- MQJSSLBGAQJNER-UHFFFAOYSA-N 5-(methylaminomethyl)-1h-pyrimidine-2,4-dione Chemical compound CNCC1=CNC(=O)NC1=O MQJSSLBGAQJNER-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WPYRHVXCOQLYLY-UHFFFAOYSA-N 5-[(methoxyamino)methyl]-2-sulfanylidene-1h-pyrimidin-4-one Chemical compound CONCC1=CNC(=S)NC1=O WPYRHVXCOQLYLY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- LQLQRFGHAALLLE-UHFFFAOYSA-N 5-bromouracil Chemical compound BrC1=CNC(=O)NC1=O LQLQRFGHAALLLE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- VKLFQTYNHLDMDP-PNHWDRBUSA-N 5-carboxymethylaminomethyl-2-thiouridine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=S)NC(=O)C(CNCC(O)=O)=C1 VKLFQTYNHLDMDP-PNHWDRBUSA-N 0.000 description 1
- ZFTBZKVVGZNMJR-UHFFFAOYSA-N 5-chlorouracil Chemical compound ClC1=CNC(=O)NC1=O ZFTBZKVVGZNMJR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- KSNXJLQDQOIRIP-UHFFFAOYSA-N 5-iodouracil Chemical compound IC1=CNC(=O)NC1=O KSNXJLQDQOIRIP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- KELXHQACBIUYSE-UHFFFAOYSA-N 5-methoxy-1h-pyrimidine-2,4-dione Chemical compound COC1=CNC(=O)NC1=O KELXHQACBIUYSE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ZLAQATDNGLKIEV-UHFFFAOYSA-N 5-methyl-2-sulfanylidene-1h-pyrimidin-4-one Chemical compound CC1=CNC(=S)NC1=O ZLAQATDNGLKIEV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- LRSASMSXMSNRBT-UHFFFAOYSA-N 5-methylcytosine Chemical compound CC1=CNC(=O)N=C1N LRSASMSXMSNRBT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- DCPSTSVLRXOYGS-UHFFFAOYSA-N 6-amino-1h-pyrimidine-2-thione Chemical compound NC1=CC=NC(S)=N1 DCPSTSVLRXOYGS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- MSSXOMSJDRHRMC-UHFFFAOYSA-N 9H-purine-2,6-diamine Chemical compound NC1=NC(N)=C2NC=NC2=N1 MSSXOMSJDRHRMC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102210047222 A*33:01 Human genes 0.000 description 1
- 102100034540 Adenomatous polyposis coli protein Human genes 0.000 description 1
- 102000054930 Agouti-Related Human genes 0.000 description 1
- 108010049777 Ankyrins Proteins 0.000 description 1
- 102000008102 Ankyrins Human genes 0.000 description 1
- 241000272478 Aquila Species 0.000 description 1
- 239000004475 Arginine Substances 0.000 description 1
- DCXYFEDJOCDNAF-UHFFFAOYSA-N Asparagine Natural products OC(=O)C(N)CC(N)=O DCXYFEDJOCDNAF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108090001008 Avidin Proteins 0.000 description 1
- 102100038080 B-cell receptor CD22 Human genes 0.000 description 1
- 241000193830 Bacillus <bacterium> Species 0.000 description 1
- 241000194108 Bacillus licheniformis Species 0.000 description 1
- 244000063299 Bacillus subtilis Species 0.000 description 1
- 229920002498 Beta-glucan Polymers 0.000 description 1
- 102000004506 Blood Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108010017384 Blood Proteins Proteins 0.000 description 1
- 241000283690 Bos taurus Species 0.000 description 1
- 101000984722 Bos taurus Pancreatic trypsin inhibitor Proteins 0.000 description 1
- 101100421200 Caenorhabditis elegans sep-1 gene Proteins 0.000 description 1
- OYPRJOBELJOOCE-UHFFFAOYSA-N Calcium Chemical compound [Ca] OYPRJOBELJOOCE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000282832 Camelidae Species 0.000 description 1
- 241000222120 Candida <Saccharomycetales> Species 0.000 description 1
- 241000222122 Candida albicans Species 0.000 description 1
- 241000282472 Canis lupus familiaris Species 0.000 description 1
- 241000283707 Capra Species 0.000 description 1
- 102100025466 Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 3 Human genes 0.000 description 1
- 108010078791 Carrier Proteins Proteins 0.000 description 1
- 241000282693 Cercopithecidae Species 0.000 description 1
- 241000282552 Chlorocebus aethiops Species 0.000 description 1
- RYGMFSIKBFXOCR-UHFFFAOYSA-N Copper Chemical compound [Cu] RYGMFSIKBFXOCR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000699800 Cricetinae Species 0.000 description 1
- 241000699802 Cricetulus griseus Species 0.000 description 1
- 150000008574 D-amino acids Chemical class 0.000 description 1
- YVGGHNCTFXOJCH-UHFFFAOYSA-N DDT Chemical compound C1=CC(Cl)=CC=C1C(C(Cl)(Cl)Cl)C1=CC=C(Cl)C=C1 YVGGHNCTFXOJCH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108700022150 Designed Ankyrin Repeat Proteins Proteins 0.000 description 1
- 206010061818 Disease progression Diseases 0.000 description 1
- 102000001301 EGF receptor Human genes 0.000 description 1
- 108060006698 EGF receptor Proteins 0.000 description 1
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 description 1
- 101000609473 Ecballium elaterium Trypsin inhibitor 2 Proteins 0.000 description 1
- 241000588914 Enterobacter Species 0.000 description 1
- 102400001368 Epidermal growth factor Human genes 0.000 description 1
- 101800003838 Epidermal growth factor Proteins 0.000 description 1
- 241000283086 Equidae Species 0.000 description 1
- 241000588698 Erwinia Species 0.000 description 1
- 241000588722 Escherichia Species 0.000 description 1
- 241001522878 Escherichia coli B Species 0.000 description 1
- 241001302584 Escherichia coli str. K-12 substr. W3110 Species 0.000 description 1
- 108700024394 Exon Proteins 0.000 description 1
- 108010087819 Fc receptors Proteins 0.000 description 1
- 102000009109 Fc receptors Human genes 0.000 description 1
- 241000282326 Felis catus Species 0.000 description 1
- NIGWMJHCCYYCSF-UHFFFAOYSA-N Fenclonine Chemical compound OC(=O)C(N)CC1=CC=C(Cl)C=C1 NIGWMJHCCYYCSF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000016359 Fibronectins Human genes 0.000 description 1
- 108010067306 Fibronectins Proteins 0.000 description 1
- GHASVSINZRGABV-UHFFFAOYSA-N Fluorouracil Chemical compound FC1=CNC(=O)NC1=O GHASVSINZRGABV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100032518 Gamma-crystallin B Human genes 0.000 description 1
- 108700028146 Genetic Enhancer Elements Proteins 0.000 description 1
- GQGAFTPXAPKSCF-WHFBIAKZSA-N Gly-Ala-Cys Chemical compound NCC(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)O GQGAFTPXAPKSCF-WHFBIAKZSA-N 0.000 description 1
- 108010008553 HLA-B*07 antigen Proteins 0.000 description 1
- 208000002250 Hematologic Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 102100029360 Hematopoietic cell signal transducer Human genes 0.000 description 1
- 102100031573 Hematopoietic progenitor cell antigen CD34 Human genes 0.000 description 1
- 241000238631 Hexapoda Species 0.000 description 1
- 102000018713 Histocompatibility Antigens Class II Human genes 0.000 description 1
- 108010027412 Histocompatibility Antigens Class II Proteins 0.000 description 1
- 101000924577 Homo sapiens Adenomatous polyposis coli protein Proteins 0.000 description 1
- 101000884305 Homo sapiens B-cell receptor CD22 Proteins 0.000 description 1
- 101000914337 Homo sapiens Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 3 Proteins 0.000 description 1
- 101000990188 Homo sapiens Hematopoietic cell signal transducer Proteins 0.000 description 1
- 101000777663 Homo sapiens Hematopoietic progenitor cell antigen CD34 Proteins 0.000 description 1
- 101000946860 Homo sapiens T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain Proteins 0.000 description 1
- PMMYEEVYMWASQN-DMTCNVIQSA-N Hydroxyproline Chemical compound O[C@H]1CN[C@H](C(O)=O)C1 PMMYEEVYMWASQN-DMTCNVIQSA-N 0.000 description 1
- 206010020751 Hypersensitivity Diseases 0.000 description 1
- UGQMRVRMYYASKQ-UHFFFAOYSA-N Hypoxanthine nucleoside Natural products OC1C(O)C(CO)OC1N1C(NC=NC2=O)=C2N=C1 UGQMRVRMYYASKQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940076838 Immune checkpoint inhibitor Drugs 0.000 description 1
- 108091008036 Immune checkpoint proteins Proteins 0.000 description 1
- 229930010555 Inosine Natural products 0.000 description 1
- UGQMRVRMYYASKQ-KQYNXXCUSA-N Inosine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C2=NC=NC(O)=C2N=C1 UGQMRVRMYYASKQ-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 1
- 108090001061 Insulin Proteins 0.000 description 1
- 102100023915 Insulin Human genes 0.000 description 1
- 102100037850 Interferon gamma Human genes 0.000 description 1
- 102000008070 Interferon-gamma Human genes 0.000 description 1
- 108010002352 Interleukin-1 Proteins 0.000 description 1
- 108090000978 Interleukin-4 Proteins 0.000 description 1
- 241000588748 Klebsiella Species 0.000 description 1
- 241000235649 Kluyveromyces Species 0.000 description 1
- 241000235058 Komagataella pastoris Species 0.000 description 1
- AHLPHDHHMVZTML-BYPYZUCNSA-N L-Ornithine Chemical compound NCCC[C@H](N)C(O)=O AHLPHDHHMVZTML-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N L-alanine Chemical compound C[C@H](N)C(O)=O QNAYBMKLOCPYGJ-REOHCLBHSA-N 0.000 description 1
- ZGUNAGUHMKGQNY-ZETCQYMHSA-N L-alpha-phenylglycine zwitterion Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)C1=CC=CC=C1 ZGUNAGUHMKGQNY-ZETCQYMHSA-N 0.000 description 1
- JTTHKOPSMAVJFE-VIFPVBQESA-N L-homophenylalanine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC1=CC=CC=C1 JTTHKOPSMAVJFE-VIFPVBQESA-N 0.000 description 1
- UKAUYVFTDYCKQA-VKHMYHEASA-N L-homoserine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCO UKAUYVFTDYCKQA-VKHMYHEASA-N 0.000 description 1
- JZKXXXDKRQWDET-QMMMGPOBSA-N L-m-tyrosine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=CC(O)=C1 JZKXXXDKRQWDET-QMMMGPOBSA-N 0.000 description 1
- FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N L-methionine Chemical compound CSCC[C@H](N)C(O)=O FFEARJCKVFRZRR-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 1
- 125000000393 L-methionino group Chemical group [H]OC(=O)[C@@]([H])(N([H])[*])C([H])([H])C(SC([H])([H])[H])([H])[H] 0.000 description 1
- LRQKBLKVPFOOQJ-YFKPBYRVSA-N L-norleucine Chemical compound CCCC[C@H]([NH3+])C([O-])=O LRQKBLKVPFOOQJ-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 1
- 241000481961 Lachancea thermotolerans Species 0.000 description 1
- 241000235651 Lachancea waltii Species 0.000 description 1
- 108050006654 Lipocalin Proteins 0.000 description 1
- 102000019298 Lipocalin Human genes 0.000 description 1
- 101000680845 Luffa aegyptiaca Ribosome-inactivating protein luffin P1 Proteins 0.000 description 1
- 239000004472 Lysine Substances 0.000 description 1
- FYYHWMGAXLPEAU-UHFFFAOYSA-N Magnesium Chemical compound [Mg] FYYHWMGAXLPEAU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000012750 Membrane Glycoproteins Human genes 0.000 description 1
- 108010090054 Membrane Glycoproteins Proteins 0.000 description 1
- 102000018697 Membrane Proteins Human genes 0.000 description 1
- 206010027476 Metastases Diseases 0.000 description 1
- 241001529936 Murinae Species 0.000 description 1
- 101100508818 Mus musculus Inpp5k gene Proteins 0.000 description 1
- SGSSKEDGVONRGC-UHFFFAOYSA-N N(2)-methylguanine Chemical compound O=C1NC(NC)=NC2=C1N=CN2 SGSSKEDGVONRGC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- GUVMFDICMFQHSZ-UHFFFAOYSA-N N-(1-aminoethenyl)-1-[4-[[5-(4-amino-5-methyl-2-oxopyrimidin-1-yl)-3-[[5-(4-amino-5-methyl-2-oxopyrimidin-1-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(4-amino-5-methyl-2-oxopyrimidin-1-yl)-3-[[5-(4-amino-5-methyl-2-oxopyrimidin-1-yl)-3-[[5-(4-amino-5-methyl-2-oxopyrimidin-1-yl)-3-[[5-(4-amino-5-methyl-2-oxopyrimidin-1-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[hydroxy-[[3-[hydroxy-[[3-hydroxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy]phosphinothioyl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy]phosphinothioyl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphinothioyl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphinothioyl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphinothioyl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphinothioyl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphinothioyl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphinothioyl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphinothioyl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphinothioyl]oxy-5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphinothioyl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphinothioyl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphinothioyl]oxy-5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphinothioyl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphinothioyl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphinothioyl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphinothioyl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphinothioyl]oxy-5-[[[2-[[[2-[[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-2-[[[5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)-2-[[hydroxy-[2-(hydroxymethyl)-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl]oxyphosphinothioyl]oxymethyl]oxolan-3-yl]oxy-hydroxyphosphinothioyl]oxymethyl]oxolan-3-yl]oxy-hydroxyphosphinothioyl]oxymethyl]-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl]oxy-hydroxyphosphinothioyl]oxymethyl]-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-3-yl]oxy-hydroxyphosphinothioyl]oxymethyl]oxolan-2-yl]-5-methylimidazole-4-carboxamide Chemical compound CC1=C(C(=O)NC(N)=C)N=CN1C1OC(COP(O)(=S)OC2C(OC(C2)N2C(N=C(N)C=C2)=O)COP(O)(=S)OC2C(OC(C2)N2C(NC(=O)C(C)=C2)=O)COP(O)(=S)OC2C(OC(C2)N2C3=C(C(NC(N)=N3)=O)N=C2)COP(O)(=S)OC2C(OC(C2)N2C(N=C(N)C=C2)=O)COP(O)(=S)OC2C(OC(C2)N2C(NC(=O)C(C)=C2)=O)CO)C(OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C(N=C(N)C(C)=C2)=O)OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C(N=C(N)C(C)=C2)=O)OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C(NC(=O)C(C)=C2)=O)OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C(NC(=O)C(C)=C2)=O)OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C3=C(C(NC(N)=N3)=O)N=C2)OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C(NC(=O)C(C)=C2)=O)OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C(N=C(N)C=C2)=O)OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C3=C(C(NC(N)=N3)=O)N=C2)OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C(N=C(N)C(C)=C2)=O)OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C(N=C(N)C(C)=C2)=O)OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C(N=C(N)C(C)=C2)=O)OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C(N=C(N)C(C)=C2)=O)OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C3=C(C(NC(N)=N3)=O)N=C2)OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C(NC(=O)C(C)=C2)=O)OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C(N=C(N)C=C2)=O)OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C3=C(C(NC(N)=N3)=O)N=C2)OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C(NC(=O)C(C)=C2)=O)OP(O)(=S)OCC2C(CC(O2)N2C(NC(=O)C(C)=C2)=O)O)C1 GUVMFDICMFQHSZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000004988 N-glycosylation Effects 0.000 description 1
- 108010084333 N-palmitoyl-S-(2,3-bis(palmitoyloxy)propyl)cysteinyl-seryl-lysyl-lysyl-lysyl-lysine Proteins 0.000 description 1
- 108700019961 Neoplasm Genes Proteins 0.000 description 1
- 102000048850 Neoplasm Genes Human genes 0.000 description 1
- 241000221961 Neurospora crassa Species 0.000 description 1
- 108020004485 Nonsense Codon Proteins 0.000 description 1
- 108020004711 Nucleic Acid Probes Proteins 0.000 description 1
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 1
- 102000015636 Oligopeptides Human genes 0.000 description 1
- 108010038807 Oligopeptides Proteins 0.000 description 1
- 108700026244 Open Reading Frames Proteins 0.000 description 1
- AHLPHDHHMVZTML-UHFFFAOYSA-N Orn-delta-NH2 Natural products NCCCC(N)C(O)=O AHLPHDHHMVZTML-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- UTJLXEIPEHZYQJ-UHFFFAOYSA-N Ornithine Natural products OC(=O)C(C)CCCN UTJLXEIPEHZYQJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 description 1
- 241001494479 Pecora Species 0.000 description 1
- 241000228143 Penicillium Species 0.000 description 1
- 102000035195 Peptidases Human genes 0.000 description 1
- 108091005804 Peptidases Proteins 0.000 description 1
- 108010079855 Peptide Aptamers Proteins 0.000 description 1
- 102000004245 Proteasome Endopeptidase Complex Human genes 0.000 description 1
- 108090000708 Proteasome Endopeptidase Complex Proteins 0.000 description 1
- 108010029485 Protein Isoforms Proteins 0.000 description 1
- 102000001708 Protein Isoforms Human genes 0.000 description 1
- 108010076504 Protein Sorting Signals Proteins 0.000 description 1
- 241000589516 Pseudomonas Species 0.000 description 1
- 239000012980 RPMI-1640 medium Substances 0.000 description 1
- 241000700159 Rattus Species 0.000 description 1
- 101100366438 Rattus norvegicus Sphkap gene Proteins 0.000 description 1
- 108091028664 Ribonucleotide Proteins 0.000 description 1
- 239000006146 Roswell Park Memorial Institute medium Substances 0.000 description 1
- 241000607142 Salmonella Species 0.000 description 1
- 241000293869 Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium Species 0.000 description 1
- 241000235347 Schizosaccharomyces pombe Species 0.000 description 1
- 241000311088 Schwanniomyces Species 0.000 description 1
- HRNQLKCLPVKZNE-CIUDSAMLSA-N Ser-Ala-Leu Chemical compound [H]N[C@@H](CO)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(O)=O HRNQLKCLPVKZNE-CIUDSAMLSA-N 0.000 description 1
- 241000607720 Serratia Species 0.000 description 1
- 241000607768 Shigella Species 0.000 description 1
- 108091081024 Start codon Proteins 0.000 description 1
- 241000187747 Streptomyces Species 0.000 description 1
- 102100035794 T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain Human genes 0.000 description 1
- 102100024554 Tetranectin Human genes 0.000 description 1
- RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-N Thiophosphoric acid Chemical group OP(O)(S)=O RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100036407 Thioredoxin Human genes 0.000 description 1
- AYFVYJQAPQTCCC-UHFFFAOYSA-N Threonine Natural products CC(O)C(N)C(O)=O AYFVYJQAPQTCCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000004473 Threonine Substances 0.000 description 1
- 241001149964 Tolypocladium Species 0.000 description 1
- 102000004338 Transferrin Human genes 0.000 description 1
- 108090000901 Transferrin Proteins 0.000 description 1
- 241000223259 Trichoderma Species 0.000 description 1
- 108060008682 Tumor Necrosis Factor Proteins 0.000 description 1
- 102000000852 Tumor Necrosis Factor-alpha Human genes 0.000 description 1
- 102100022153 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4 Human genes 0.000 description 1
- 101710165473 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4 Proteins 0.000 description 1
- 108090000848 Ubiquitin Proteins 0.000 description 1
- 102000044159 Ubiquitin Human genes 0.000 description 1
- CELJCNRXKZPTCX-XPUUQOCRSA-N Val-Gly-Ala Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](C)C(O)=O CELJCNRXKZPTCX-XPUUQOCRSA-N 0.000 description 1
- 102000005789 Vascular Endothelial Growth Factors Human genes 0.000 description 1
- 108010019530 Vascular Endothelial Growth Factors Proteins 0.000 description 1
- 208000036142 Viral infection Diseases 0.000 description 1
- 241000235013 Yarrowia Species 0.000 description 1
- HCHKCACWOHOZIP-UHFFFAOYSA-N Zinc Chemical compound [Zn] HCHKCACWOHOZIP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000001594 aberrant effect Effects 0.000 description 1
- 230000002159 abnormal effect Effects 0.000 description 1
- 230000005856 abnormality Effects 0.000 description 1
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 1
- 239000004480 active ingredient Substances 0.000 description 1
- 230000001154 acute effect Effects 0.000 description 1
- 239000000556 agonist Substances 0.000 description 1
- 235000004279 alanine Nutrition 0.000 description 1
- 102000006707 alpha-beta T-Cell Antigen Receptors Human genes 0.000 description 1
- 108010087408 alpha-beta T-Cell Antigen Receptors Proteins 0.000 description 1
- 229940037003 alum Drugs 0.000 description 1
- AZDRQVAHHNSJOQ-UHFFFAOYSA-N alumane Chemical class [AlH3] AZDRQVAHHNSJOQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- JINBYESILADKFW-UHFFFAOYSA-N aminomalonic acid Chemical compound OC(=O)C(N)C(O)=O JINBYESILADKFW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 1
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 1
- 239000005557 antagonist Substances 0.000 description 1
- 230000014102 antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I Effects 0.000 description 1
- 210000000612 antigen-presenting cell Anatomy 0.000 description 1
- ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N arginine Natural products OC(=O)C(N)CCCNC(N)=N ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 235000009582 asparagine Nutrition 0.000 description 1
- 229960001230 asparagine Drugs 0.000 description 1
- 235000003704 aspartic acid Nutrition 0.000 description 1
- 230000006472 autoimmune response Effects 0.000 description 1
- DMLAVOWQYNRWNQ-UHFFFAOYSA-N azobenzene Chemical compound C1=CC=CC=C1N=NC1=CC=CC=C1 DMLAVOWQYNRWNQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000013602 bacteriophage vector Substances 0.000 description 1
- 239000007640 basal medium Substances 0.000 description 1
- OQFSQFPPLPISGP-UHFFFAOYSA-N beta-carboxyaspartic acid Natural products OC(=O)C(N)C(C(O)=O)C(O)=O OQFSQFPPLPISGP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000006664 bond formation reaction Methods 0.000 description 1
- 210000004899 c-terminal region Anatomy 0.000 description 1
- 239000011575 calcium Substances 0.000 description 1
- 229910052791 calcium Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 1
- 238000002619 cancer immunotherapy Methods 0.000 description 1
- 125000003178 carboxy group Chemical group [H]OC(*)=O 0.000 description 1
- 239000003054 catalyst Substances 0.000 description 1
- 230000003915 cell function Effects 0.000 description 1
- 210000000170 cell membrane Anatomy 0.000 description 1
- 210000002421 cell wall Anatomy 0.000 description 1
- 230000036755 cellular response Effects 0.000 description 1
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 1
- 230000001684 chronic effect Effects 0.000 description 1
- 238000003501 co-culture Methods 0.000 description 1
- 239000010941 cobalt Substances 0.000 description 1
- 229910017052 cobalt Inorganic materials 0.000 description 1
- GUTLYIVDDKVIGB-UHFFFAOYSA-N cobalt atom Chemical compound [Co] GUTLYIVDDKVIGB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000002648 combination therapy Methods 0.000 description 1
- 230000000052 comparative effect Effects 0.000 description 1
- 230000001143 conditioned effect Effects 0.000 description 1
- 229910052802 copper Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000010949 copper Substances 0.000 description 1
- 230000000139 costimulatory effect Effects 0.000 description 1
- 238000012258 culturing Methods 0.000 description 1
- XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N cysteine Natural products SCC(N)C(O)=O XUJNEKJLAYXESH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000001945 cysteines Chemical class 0.000 description 1
- 108010016616 cysteinylglycine Proteins 0.000 description 1
- 230000001461 cytolytic effect Effects 0.000 description 1
- 238000004163 cytometry Methods 0.000 description 1
- 210000000805 cytoplasm Anatomy 0.000 description 1
- 230000003013 cytotoxicity Effects 0.000 description 1
- 231100000135 cytotoxicity Toxicity 0.000 description 1
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 1
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 1
- 108010017271 denileukin diftitox Proteins 0.000 description 1
- 239000005547 deoxyribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002637 deoxyribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 238000013461 design Methods 0.000 description 1
- 239000000032 diagnostic agent Substances 0.000 description 1
- 229940039227 diagnostic agent Drugs 0.000 description 1
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 1
- 238000000502 dialysis Methods 0.000 description 1
- 230000006806 disease prevention Effects 0.000 description 1
- 230000005750 disease progression Effects 0.000 description 1
- PMMYEEVYMWASQN-UHFFFAOYSA-N dl-hydroxyproline Natural products OC1C[NH2+]C(C([O-])=O)C1 PMMYEEVYMWASQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000037437 driver mutation Effects 0.000 description 1
- 229940056913 eftilagimod alfa Drugs 0.000 description 1
- 238000001378 electrochemiluminescence detection Methods 0.000 description 1
- 229940116977 epidermal growth factor Drugs 0.000 description 1
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 1
- 229960002949 fluorouracil Drugs 0.000 description 1
- 231100000221 frame shift mutation induction Toxicity 0.000 description 1
- 230000004927 fusion Effects 0.000 description 1
- 108010083914 gammaB crystallin Proteins 0.000 description 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 1
- 102000054766 genetic haplotypes Human genes 0.000 description 1
- 235000013922 glutamic acid Nutrition 0.000 description 1
- 239000004220 glutamic acid Substances 0.000 description 1
- ZDXPYRJPNDTMRX-UHFFFAOYSA-N glutamine Natural products OC(=O)C(N)CCC(N)=O ZDXPYRJPNDTMRX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000003712 glycosamine group Chemical group 0.000 description 1
- 239000003102 growth factor Substances 0.000 description 1
- 230000036541 health Effects 0.000 description 1
- HNDVDQJCIGZPNO-UHFFFAOYSA-N histidine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CN=CN1 HNDVDQJCIGZPNO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000002744 homologous recombination Methods 0.000 description 1
- 230000006801 homologous recombination Effects 0.000 description 1
- 229940088597 hormone Drugs 0.000 description 1
- 239000005556 hormone Substances 0.000 description 1
- 229960002751 imiquimod Drugs 0.000 description 1
- DOUYETYNHWVLEO-UHFFFAOYSA-N imiquimod Chemical compound C1=CC=CC2=C3N(CC(C)C)C=NC3=C(N)N=C21 DOUYETYNHWVLEO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 210000002865 immune cell Anatomy 0.000 description 1
- 229940126546 immune checkpoint molecule Drugs 0.000 description 1
- 210000000987 immune system Anatomy 0.000 description 1
- 230000006058 immune tolerance Effects 0.000 description 1
- 239000012274 immune-checkpoint protein inhibitor Substances 0.000 description 1
- 229940127121 immunoconjugate Drugs 0.000 description 1
- 230000002998 immunogenetic effect Effects 0.000 description 1
- 239000000568 immunological adjuvant Substances 0.000 description 1
- 230000003308 immunostimulating effect Effects 0.000 description 1
- 230000001024 immunotherapeutic effect Effects 0.000 description 1
- 238000012405 in silico analysis Methods 0.000 description 1
- QNRXNRGSOJZINA-UHFFFAOYSA-N indoline-2-carboxylic acid Chemical compound C1=CC=C2NC(C(=O)O)CC2=C1 QNRXNRGSOJZINA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 206010022000 influenza Diseases 0.000 description 1
- 239000004615 ingredient Substances 0.000 description 1
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 description 1
- 230000005764 inhibitory process Effects 0.000 description 1
- 108091008042 inhibitory receptors Proteins 0.000 description 1
- 229960003786 inosine Drugs 0.000 description 1
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 1
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 1
- 229940125396 insulin Drugs 0.000 description 1
- 229960003130 interferon gamma Drugs 0.000 description 1
- 230000010189 intracellular transport Effects 0.000 description 1
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 1
- AGPKZVBTJJNPAG-UHFFFAOYSA-N isoleucine Natural products CCC(C)C(N)C(O)=O AGPKZVBTJJNPAG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960000310 isoleucine Drugs 0.000 description 1
- 210000003734 kidney Anatomy 0.000 description 1
- 210000003292 kidney cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 1
- 125000001909 leucine group Chemical group [H]N(*)C(C(*)=O)C([H])([H])C(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 230000000670 limiting effect Effects 0.000 description 1
- 125000005647 linker group Chemical group 0.000 description 1
- 210000003563 lymphoid tissue Anatomy 0.000 description 1
- 239000011777 magnesium Substances 0.000 description 1
- 229910052749 magnesium Inorganic materials 0.000 description 1
- 201000004792 malaria Diseases 0.000 description 1
- 230000003211 malignant effect Effects 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 230000035800 maturation Effects 0.000 description 1
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 1
- 108020004084 membrane receptors Proteins 0.000 description 1
- JZKXXXDKRQWDET-UHFFFAOYSA-N meta-tyrosine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CC=CC(O)=C1 JZKXXXDKRQWDET-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910021645 metal ion Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000009401 metastasis Effects 0.000 description 1
- MYWUZJCMWCOHBA-VIFPVBQESA-N methamphetamine Chemical compound CN[C@@H](C)CC1=CC=CC=C1 MYWUZJCMWCOHBA-VIFPVBQESA-N 0.000 description 1
- 229930182817 methionine Natural products 0.000 description 1
- IZAGSTRIDUNNOY-UHFFFAOYSA-N methyl 2-[(2,4-dioxo-1h-pyrimidin-5-yl)oxy]acetate Chemical compound COC(=O)COC1=CNC(=O)NC1=O IZAGSTRIDUNNOY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 244000005700 microbiome Species 0.000 description 1
- 239000011859 microparticle Substances 0.000 description 1
- 230000005012 migration Effects 0.000 description 1
- 238000013508 migration Methods 0.000 description 1
- 230000003278 mimic effect Effects 0.000 description 1
- 238000001823 molecular biology technique Methods 0.000 description 1
- 229940035032 monophosphoryl lipid a Drugs 0.000 description 1
- XJVXMWNLQRTRGH-UHFFFAOYSA-N n-(3-methylbut-3-enyl)-2-methylsulfanyl-7h-purin-6-amine Chemical compound CSC1=NC(NCCC(C)=C)=C2NC=NC2=N1 XJVXMWNLQRTRGH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000007481 next generation sequencing Methods 0.000 description 1
- 229910052759 nickel Inorganic materials 0.000 description 1
- 229910052757 nitrogen Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000009835 non selective interaction Effects 0.000 description 1
- 108091027963 non-coding RNA Proteins 0.000 description 1
- 102000042567 non-coding RNA Human genes 0.000 description 1
- 230000037434 nonsense mutation Effects 0.000 description 1
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 1
- 239000002853 nucleic acid probe Substances 0.000 description 1
- 229940100027 ontak Drugs 0.000 description 1
- 229960003104 ornithine Drugs 0.000 description 1
- 210000001672 ovary Anatomy 0.000 description 1
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 1
- 230000001575 pathological effect Effects 0.000 description 1
- 230000007170 pathology Effects 0.000 description 1
- 239000008188 pellet Substances 0.000 description 1
- 230000000737 periodic effect Effects 0.000 description 1
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K phosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 229910052698 phosphorus Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000026731 phosphorylation Effects 0.000 description 1
- 238000006366 phosphorylation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000004962 physiological condition Effects 0.000 description 1
- 229920002704 polyhistidine Polymers 0.000 description 1
- 230000002265 prevention Effects 0.000 description 1
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 description 1
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 description 1
- 230000035755 proliferation Effects 0.000 description 1
- 230000001737 promoting effect Effects 0.000 description 1
- 230000001902 propagating effect Effects 0.000 description 1
- 230000000069 prophylactic effect Effects 0.000 description 1
- 235000019833 protease Nutrition 0.000 description 1
- 230000017854 proteolysis Effects 0.000 description 1
- 238000010188 recombinant method Methods 0.000 description 1
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 1
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 1
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 1
- 230000003362 replicative effect Effects 0.000 description 1
- 230000000717 retained effect Effects 0.000 description 1
- 238000004007 reversed phase HPLC Methods 0.000 description 1
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 1
- 239000002336 ribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002652 ribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 210000003705 ribosome Anatomy 0.000 description 1
- 102200006614 rs104894229 Human genes 0.000 description 1
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 1
- 229930182490 saponin Natural products 0.000 description 1
- 150000007949 saponins Chemical class 0.000 description 1
- 235000017709 saponins Nutrition 0.000 description 1
- 230000028327 secretion Effects 0.000 description 1
- 238000010187 selection method Methods 0.000 description 1
- 210000000717 sertoli cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000001542 size-exclusion chromatography Methods 0.000 description 1
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 1
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 description 1
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 1
- 239000002904 solvent Substances 0.000 description 1
- 230000000392 somatic effect Effects 0.000 description 1
- 241000894007 species Species 0.000 description 1
- 230000000087 stabilizing effect Effects 0.000 description 1
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 1
- 238000010561 standard procedure Methods 0.000 description 1
- 230000000638 stimulation Effects 0.000 description 1
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 1
- 239000013589 supplement Substances 0.000 description 1
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 1
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 1
- NPDBDJFLKKQMCM-UHFFFAOYSA-N tert-butylglycine Chemical compound CC(C)(C)C(N)C(O)=O NPDBDJFLKKQMCM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960000814 tetanus toxoid Drugs 0.000 description 1
- 108010013645 tetranectin Proteins 0.000 description 1
- 229940124597 therapeutic agent Drugs 0.000 description 1
- 108060008226 thioredoxin Proteins 0.000 description 1
- 229940094937 thioredoxin Drugs 0.000 description 1
- 239000003104 tissue culture media Substances 0.000 description 1
- 238000004448 titration Methods 0.000 description 1
- 231100000331 toxic Toxicity 0.000 description 1
- 230000002588 toxic effect Effects 0.000 description 1
- 239000003053 toxin Substances 0.000 description 1
- 231100000765 toxin Toxicity 0.000 description 1
- BJBUEDPLEOHJGE-IMJSIDKUSA-N trans-3-hydroxy-L-proline Chemical compound O[C@H]1CC[NH2+][C@@H]1C([O-])=O BJBUEDPLEOHJGE-IMJSIDKUSA-N 0.000 description 1
- PMMYEEVYMWASQN-IMJSIDKUSA-N trans-4-Hydroxy-L-proline Natural products O[C@@H]1CN[C@H](C(O)=O)C1 PMMYEEVYMWASQN-IMJSIDKUSA-N 0.000 description 1
- 230000005030 transcription termination Effects 0.000 description 1
- 230000002103 transcriptional effect Effects 0.000 description 1
- 230000002463 transducing effect Effects 0.000 description 1
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 1
- 239000012581 transferrin Substances 0.000 description 1
- 102000035160 transmembrane proteins Human genes 0.000 description 1
- 108091005703 transmembrane proteins Proteins 0.000 description 1
- 238000002054 transplantation Methods 0.000 description 1
- YNJBWRMUSHSURL-UHFFFAOYSA-N trichloroacetic acid Chemical compound OC(=O)C(Cl)(Cl)Cl YNJBWRMUSHSURL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- OUYCCCASQSFEME-UHFFFAOYSA-N tyrosine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CC=C(O)C=C1 OUYCCCASQSFEME-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 description 1
- VBEQCZHXXJYVRD-GACYYNSASA-N uroanthelone Chemical compound C([C@@H](C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)C(=O)N[C@@H](CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O)C(C)C)[C@@H](C)O)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](CC=1NC=NC=1)NC(=O)[C@H](CCSC)NC(=O)[C@H](CS)NC(=O)[C@@H](NC(=O)CNC(=O)CNC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CS)NC(=O)[C@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)NC(=O)CNC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H]1N(CCC1)C(=O)[C@H](CS)NC(=O)CNC(=O)[C@H]1N(CCC1)C(=O)[C@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O)C(C)C)[C@@H](C)CC)C1=CC=C(O)C=C1 VBEQCZHXXJYVRD-GACYYNSASA-N 0.000 description 1
- 230000009385 viral infection Effects 0.000 description 1
- 230000003612 virological effect Effects 0.000 description 1
- 239000000277 virosome Substances 0.000 description 1
- 238000011179 visual inspection Methods 0.000 description 1
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940075420 xanthine Drugs 0.000 description 1
- 229910052725 zinc Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000011701 zinc Substances 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P35/00—Antineoplastic agents
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
- C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
- C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
- C07K14/70503—Immunoglobulin superfamily
- C07K14/7051—T-cell receptor (TcR)-CD3 complex
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
- C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
- C07K16/28—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
- C07K16/2803—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against the immunoglobulin superfamily
- C07K16/2833—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against the immunoglobulin superfamily against MHC-molecules, e.g. HLA-molecules
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
- C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
- C07K16/28—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
- C07K16/30—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants from tumour cells
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/63—Introduction of foreign genetic material using vectors; Vectors; Use of hosts therefor; Regulation of expression
- C12N15/79—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts
- C12N15/85—Vectors or expression systems specially adapted for eukaryotic hosts for animal cells
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N5/00—Undifferentiated human, animal or plant cells, e.g. cell lines; Tissues; Cultivation or maintenance thereof; Culture media therefor
- C12N5/06—Animal cells or tissues; Human cells or tissues
- C12N5/0602—Vertebrate cells
- C12N5/0634—Cells from the blood or the immune system
- C12N5/0636—T lymphocytes
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
- A61K2039/505—Medicinal preparations containing antigens or antibodies comprising antibodies
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
- C07K2317/30—Immunoglobulins specific features characterized by aspects of specificity or valency
- C07K2317/32—Immunoglobulins specific features characterized by aspects of specificity or valency specific for a neo-epitope on a complex, e.g. antibody-antigen or ligand-receptor
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
- C07K2317/50—Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments
- C07K2317/56—Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments variable (Fv) region, i.e. VH and/or VL
- C07K2317/565—Complementarity determining region [CDR]
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
- C07K2317/70—Immunoglobulins specific features characterized by effect upon binding to a cell or to an antigen
- C07K2317/73—Inducing cell death, e.g. apoptosis, necrosis or inhibition of cell proliferation
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
- C07K2317/90—Immunoglobulins specific features characterized by (pharmaco)kinetic aspects or by stability of the immunoglobulin
- C07K2317/92—Affinity (KD), association rate (Ka), dissociation rate (Kd) or EC50 value
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2319/00—Fusion polypeptide
- C07K2319/01—Fusion polypeptide containing a localisation/targetting motif
- C07K2319/02—Fusion polypeptide containing a localisation/targetting motif containing a signal sequence
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2319/00—Fusion polypeptide
- C07K2319/01—Fusion polypeptide containing a localisation/targetting motif
- C07K2319/03—Fusion polypeptide containing a localisation/targetting motif containing a transmembrane segment
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2510/00—Genetically modified cells
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2333/00—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature
- G01N2333/435—Assays involving biological materials from specific organisms or of a specific nature from animals; from humans
- G01N2333/705—Assays involving receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
- G01N2333/70503—Immunoglobulin superfamily, e.g. VCAMs, PECAM, LFA-3
- G01N2333/70539—MHC-molecules, e.g. HLA-molecules
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Immunology (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Hematology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Toxicology (AREA)
- Gastroenterology & Hepatology (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Public Health (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
Abstract
本明細書で提供されるのは、標的HLA-ペプチド抗原、例えばHLA-ペプチド新抗原及び共有腫瘍HLA-ペプチド抗原、ならびに、標的HLA-ペプチド抗原に結合する抗原結合タンパク質(ABP)である。また、開示されるのは、標的HLA-ペプチド抗原を同定するため、ならびに所与のHLA-ペプチド標的抗原に結合する1つまたは複数の抗原結合タンパク質を同定するための方法である。【選択図】図12
Description
関連出願
本出願は、2019年11月15日に出願された米国特許仮出願第62/936,303号、2020年5月27日に出願された米国特許仮出願第63/030,774号の権益を主張し、これらの出願はその各々が全ての目的のために参照によってその全体が本明細書に組み込まれる。
本出願は、2019年11月15日に出願された米国特許仮出願第62/936,303号、2020年5月27日に出願された米国特許仮出願第63/030,774号の権益を主張し、これらの出願はその各々が全ての目的のために参照によってその全体が本明細書に組み込まれる。
配列表
本出願は、ASCIIフォーマットで電子的に提出されており、その全体が参照により本明細書に組み込まれる配列表を含む。2020年11月13日に作成された前記ASCIIコピーは、GSO-080WO_SL.txtという名前で、サイズは6,925,625バイトである。
本出願は、ASCIIフォーマットで電子的に提出されており、その全体が参照により本明細書に組み込まれる配列表を含む。2020年11月13日に作成された前記ASCIIコピーは、GSO-080WO_SL.txtという名前で、サイズは6,925,625バイトである。
背景
MHCは、細胞表面上の細胞内プロセシングされたタンパク質フラグメントを提示することが認識されている。ヒトでは、MHCはヒト白血球抗原またはHLAと呼ばれる。具体的には、MHCクラスI分子は、体内のほぼ全ての有核細胞の表面に発現される。MHCクラスI分子は、ペプチド抗原結合溝を含む膜貫通重鎖と、β2-マイクログロブリンと呼ばれる小さな細胞外鎖とを含む二量体分子である。MHCクラスI分子は、細胞質内のマルチユニット構造であるプロテアソームによるサイトゾルタンパク質の分解に由来するペプチドを提示する(Niedermann G.,2002.Curr Top Microbiol Immunol.268:91-136;細菌抗原の処理については、Wick M J,及びLjunggren H G.,1999.Immunol Rev.172:153-62を参照されたい)。切断されたペプチドは、抗原処理(TAP)に関連するトランスポーターによって小胞体(ER)の内腔に輸送され、そこで組み立てられるクラスI分子の溝に結合し、結果として生じるMHC/ペプチド複合体が細胞膜に輸送されてTリンパ球への抗原提示を可能にする(Yewdell J W.,2001.Trends Cell Biol.11:294-7;Yewdell J W.and Bennink J R.,2001.Curr Opin Immunol.13:13-8)。代替的に、切断されたペプチドは、TAPに依存しない方法でMHCクラスI分子にロードし得、交差提示のプロセスを通じて細胞外由来のタンパク質を提示することもできる。
MHCは、細胞表面上の細胞内プロセシングされたタンパク質フラグメントを提示することが認識されている。ヒトでは、MHCはヒト白血球抗原またはHLAと呼ばれる。具体的には、MHCクラスI分子は、体内のほぼ全ての有核細胞の表面に発現される。MHCクラスI分子は、ペプチド抗原結合溝を含む膜貫通重鎖と、β2-マイクログロブリンと呼ばれる小さな細胞外鎖とを含む二量体分子である。MHCクラスI分子は、細胞質内のマルチユニット構造であるプロテアソームによるサイトゾルタンパク質の分解に由来するペプチドを提示する(Niedermann G.,2002.Curr Top Microbiol Immunol.268:91-136;細菌抗原の処理については、Wick M J,及びLjunggren H G.,1999.Immunol Rev.172:153-62を参照されたい)。切断されたペプチドは、抗原処理(TAP)に関連するトランスポーターによって小胞体(ER)の内腔に輸送され、そこで組み立てられるクラスI分子の溝に結合し、結果として生じるMHC/ペプチド複合体が細胞膜に輸送されてTリンパ球への抗原提示を可能にする(Yewdell J W.,2001.Trends Cell Biol.11:294-7;Yewdell J W.and Bennink J R.,2001.Curr Opin Immunol.13:13-8)。代替的に、切断されたペプチドは、TAPに依存しない方法でMHCクラスI分子にロードし得、交差提示のプロセスを通じて細胞外由来のタンパク質を提示することもできる。
MHC遺伝子は、種全体にわたって非常に多型であり、個々の遺伝子の複数の共通の対立遺伝子を含む。そのため、特定のHLAサブタイプ及び特定のペプチドフラグメントを含む所定のMHC対立遺伝子/ペプチド複合体は、新規の抗原結合タンパク質(例えば、TCRまたは抗原結合フラグメント)が標的にし得る細胞表面に新規なタンパク質構造を提示する。ただし、このようなTCRベースのアプローチでは、まず複合体の構造(ペプチド配列及びMHCサブタイプ)の同定が必要である。
腫瘍細胞は新抗原を発現し得、MHC提示を介してそのような抗原を腫瘍細胞の表面に提示し得る。ペプチド-MHCサブタイプ複合体によって形成された新規タンパク質構造を含むそのような腫瘍関連新抗原は、腫瘍細胞の特定のターゲティングのための新規免疫療法試薬の開発に使用してもよい。例えば、腫瘍関連抗原を使用して、治療用抗原結合タンパク質、例えばTCRS、またはその抗原結合フラグメントを同定し得る。しかし、そのような新抗原の正確な同定は困難であった。
初期の方法は、次世代シーケンシング、RNA遺伝子発現、及び候補新抗原ペプチドのMHC結合親和性の予測を使用して変異ベースの分析を組み込んでいることが提案されている8。しかし、これらの提案された方法は、エピトープ生成プロセス全体をモデル化し得ず、遺伝子発現及びMHC結合に加えて、多くのステップ(例えば、TAP輸送、プロテアソーム切断、及び/またはTCR認識)を含む9。その結果、既存の方法は、低陽性の予測値(PPV)の減少に悩まされる可能性がある。
実際、複数のグループによって行われた腫瘍細胞によって提示されたペプチドの分析は、遺伝子発現及びMHC結合親和性を使用して提示されると予測されるペプチドの5%未満が実際に腫瘍表面MHCに見られることを示している10,11。予測される結合と実際のMHC提示との間のこの低い相関は、変異の数だけを超えるチェックポイント阻害剤応答の結合拘束新抗原の予測精度改善の欠如の最近の観察によってさらに強化された12。
提示を予測するための既存の方法のこの低い正の予測値(PPV)は、新抗原ベースの免疫療法設計に関する問題を提示する。免疫療法が低PPVの予測を使用して設計されている場合、それらの多くは臨床的に効果がない。
したがって、高い正の予測値を持つ腫瘍関連HLA-ペプチド複合体の発見及び同定の必要性、ならびにそのような複合体を標的とするTCRベースの免疫療法の開発の必要性がある。
概要
本明細書で提供されるのは、HLAクラスI分子と複合体を形成したHLA拘束ペプチドを含むHLA-ペプチド抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質(ABP)であり、ここでこのHLA拘束ペプチドは、HLAクラスI分子のα1/α2ヘテロ二量体部分のペプチド結合溝に位置しており、ここでこのHLAクラスI分子及びHLA拘束ペプチドはそれぞれ、配列番号10,755~29,364のいずれか1つに記載のHLA-ペプチド抗原から選択され、そしてこのABPは、T細胞受容体(TCR)またはその抗原結合フラグメントを含む。
本明細書で提供されるのは、HLAクラスI分子と複合体を形成したHLA拘束ペプチドを含むHLA-ペプチド抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質(ABP)であり、ここでこのHLA拘束ペプチドは、HLAクラスI分子のα1/α2ヘテロ二量体部分のペプチド結合溝に位置しており、ここでこのHLAクラスI分子及びHLA拘束ペプチドはそれぞれ、配列番号10,755~29,364のいずれか1つに記載のHLA-ペプチド抗原から選択され、そしてこのABPは、T細胞受容体(TCR)またはその抗原結合フラグメントを含む。
いくつかの態様では、HLA拘束ペプチドの長さは約5~15アミノ酸である。いくつかの態様では、HLA拘束ペプチドの長さは約8~12アミノ酸、任意選択で8、9、10、11、または12アミノ酸の長さである。
いくつかの態様では、このHLA-ペプチド抗原は、以下からなる群より選択される:HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVVGADGVGKとを含むRAS_G12D MHCクラスI抗原;HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;HLA-A*02:01と拘束ペプチドKLVVVGACGVとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原;HLA-A*03:01と拘束ペプチドTTAPPLSGKとを含むCTNNB1_S45P MHCクラスI抗原;HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVGADGVGKとを含むRAS_G12D MHCクラスI抗原;HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;HLA-C*01:02と拘束ペプチドAVGVGKSALとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;HLA-A*03:01と拘束ペプチドVVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;HLA-A*24:02と拘束ペプチドTYSPALNNMFとを含むTP53_K132N MHCクラスI抗原;HLA-A*02:01と拘束ペプチドYLDSGIHYGAとを含むCTNNB1_S37Y MHCクラスI抗原;HLA-A*03:01と拘束ペプチドVVVGACGVGKとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原;HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVVGACGVGKとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原;HLA-A*03:01と拘束ペプチドVVVGADGVGKをと含むRAS_G12D MHCクラスI抗原;HLA-A*01:01と拘束ペプチドILDTAGHEEYとを含むRAS_Q61H MHCクラスI抗原;及びA*02:01と拘束ペプチドYLDDRNTFLとを含むTP53_R213L MHCクラスI抗原。
いくつかの態様では、この拘束ペプチドは、RAS_G12A変異を含み、ここでHLAクラスI分子は、HLA-A*02:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12A変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*02:06であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12A変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*27:05であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12A変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*35:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12A変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*41:02であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12A変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*48:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12A変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*08:03であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12C変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*02:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12C変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*02:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12C変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*03:02であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12C変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*68:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12C変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*27:05であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*02:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*02:05であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*03:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*11:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*11:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*26:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*31:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*68:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*07:02であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*08:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*13:02であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*15:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*27:05であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*35:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*37:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*38:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*40:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*40:02であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*44:02であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*44:03であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*48:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*50:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*57:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*01:02であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*02:02であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*03:03であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*03:04であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*04:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*05:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*07:04であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*08:02であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*08:03であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*16:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*17:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12R変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*41:02であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12R変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*07:04であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*02:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*02:05であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*02:06であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*03:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*03:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*11:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*11:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*25:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*26:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*30:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*31:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*31:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*32:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*68:02であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*07:02であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*08:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*13:02であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*14:02であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*15:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*27:05であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*39:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*40:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*40:02であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*41:02であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*44:05であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*50:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*51:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*01:02であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*01:02であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*03:03であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*03:04であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*08:02であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*14:02であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*17:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_G13D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*02:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_G13D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*07:02であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_G13D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*08:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_G13D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*35:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_G13D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*35:03であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_G13D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*35:08であるか;この拘
束ペプチドは、KRAS_G13D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*38:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_G13D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*04:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*01:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*02:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*23:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*29:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*30:02であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*33:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*68:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*07:02であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*08:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*18:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*35:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*38:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*40:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*44:02であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*03:04であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*05:01であるか;またはこの拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*08:02である。
束ペプチドは、KRAS_G13D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*38:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_G13D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*04:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*01:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*02:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*23:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*29:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*30:02であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*33:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*68:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*07:02であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*08:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*18:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*35:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*38:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*40:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*44:02であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*03:04であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*05:01であるか;またはこの拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*08:02である。
いくつかの態様では、この拘束ペプチドは、KRAS_G13D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、C*08:02もしくはA*11:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61K変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*01:01であるか;この拘束ペプチドは、NRAS_Q61K変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*01:01であるか;この拘束ペプチドは、TP53_R249M変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、B*35:12、B*35:03、もしくはB*35:01であるか;この拘束ペプチドは、CTNNB1_S45P変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*03:01、A*11:01、A*68:01、もしくはA*03:02であるか;この拘束ペプチドは、CTNNB1_S45F変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*03:01、A*11:01、もしくはA*68:01であるか;この拘束ペプチドは、ERBB2_Y772_A775dup変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、B*18:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*11:01、A*03:01、もしくはC*08:02であるか;この拘束ペプチドは、NRAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*11:01、A*03:01、もしくはC*08:02であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61R変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*01:01であるか;この拘束ペプチドは、NRAS_Q61R変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*01:01であるか;この拘束ペプチドは、CTNNB1_T41A変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*03:01、A*03:02、A*11:01、B*15:10、C*03:03、もしくはC*03:04であるか;この拘束ペプチドは、TP53_K132N変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*24:02もしくはA*23:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_G12A変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*03:01もしくはA*11:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61L変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*01:01であるか;この拘束ペプチドは、NRAS_Q61L変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*01:01であるか;この拘束ペプチドは、TP53_R213L変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*02:07、C*08:02、もしくはA*02:01であるか;この拘束ペプチドは、BRAF_G466V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、B*15:01、もしくはB*15:03であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*03:01、A*03:02、A*11:01、もしくはC*01:02であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*01:01であるか;この拘束ペプチドは、NRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*01:01であるか;この拘束ペプチドは、CTNNB1_S37F変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*01:01、A*23:01、A*24:02、B*15:10、B*39:06、C*05:01、C*14:02、もしくはC*14:03であるか;この拘束ペプチドは、TP53_S127Y変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*11:01もしくはA*03:01であるか;この拘束ペプチドは、TP53_K132E変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*24:02、C*14:03、もしくはA*23:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_G12C変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*02:01、A*11:01、もしくはA*03:01であるか;この拘束ペプチドは、NRAS_G12C変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*02:01、A*11:01、もしくはA*03:01であるか;この拘束ペプチドは、EGFR_L858R変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*11:01、もしくはA*03:01であるか;この拘束ペプチドは、TP53_Y220C変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*02:01であるか;またはこの拘束ペプチドはTP53_R175H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*02:01である。
いくつかの態様では、HLA-ペプチド抗原は、以下から選択される:A*11:01と拘束ペプチドTTAPPLSGKとを含むCTNNB1_S45P MHCクラスI抗原;A*11:01と拘束ペプチドATAPSLSGKとを含むCTNNB1_T41AMHCクラスI抗原;A*11:01と拘束ペプチドVVVGADGVGKとを含むRAS_G12D MHCクラスI抗原;A*03:01と拘束ペプチドVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;A*03:01と拘束ペプチドVVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;A*11:01と拘束ペプチドVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;A*11:01と拘束ペプチドVVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;A*01:01と拘束ペプチドILDTAGREEYとを含むKRAS_Q61R MHCクラスI抗原;及びA*02:01と拘束ペプチドYLDDRNTFLとを含むTP53_R213L MHCクラスI抗原。
いくつかの態様では、HLA-拘束ペプチドは、RAS G12変異を含む。いくつかの態様では、G12変異は、G12C、G12D、G12V、またはG12A変異である。いくつかの態様では、HLA-ペプチド抗原は、HLA-A*02:01、HLA-A*11:01、HLA-A*31:01、HLA-C*01:02、及びHLA-A*03:01から選択されるHLAクラスI分子を含む。いくつかの態様では、RAS G12変異は、以下のうちのいずれか1つ以上である:KRAS変異、NRAS変異、及びHRAS変異。いくつかの態様では、HLA-ペプチド抗原は、以下から選択される:HLA-A*02:01と拘束ペプチドKLVVVGACGVとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原;HLA-A*03:01と拘束ペプチドVVVGACGVGKとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原;HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVVGACGVGKとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原;HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVVGADGVGKとを含むRAS_G12D MHCクラスI抗原;HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVGADGVGKとを含むRAS_G12D MHCクラスI抗原;HLA-A*03:01と拘束ペプチドVVVGADGVGKとを含むRAS_G12D MHCクラスI抗原;HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;HLA-A*31:01と拘束ペプチドVVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;HLA-C*01:02と拘束ペプチドAVGVGKSALとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;及びHLA-A*03:01と拘束ペプチドVVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原。いくつかの態様では、HLA-ペプチド抗原は、以下から選択される:HLA-A*02:01と拘束ペプチドKLVVVGACGVとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原;HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVVGADGVGKとを含むRAS_G12D MHCクラスI抗原;HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVGADGVGKとを含むRAS_G12D MHCクラスI抗原;HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;HLA-A*31:01と拘束ペプチドVVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;HLA-C*01:02と拘束ペプチドAVGVGKSALとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;及びHLA-A*03:01と拘束ペプチドVVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原。いくつかの態様では、このHLA-ペプチド抗原は以下から選択される:HLA-A*02:01と拘束ペプチドKLVVVGACGVとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原;HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVVGADGVGKとを含むRAS_G12D MHCクラスI抗原;及びHLA-A*11:01と拘束ペプチドVVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原。いくつかの態様では、このHLA-ペプチド抗原は、HLA-A*02:01と拘束ペプチドKLVVVGACGVとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原である。いくつかの態様では、このHLA-ペプチド抗原は、HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVVGADGVGKとを含むRAS_G12D MHCクラスI抗原である。いくつかの態様では、このHLA-ペプチド抗原は、HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原である。
いくつかの態様では、HLA-拘束ペプチドは、RAS Q61変異を含む。いくつかの態様では、Q61変異は、Q61H、Q61K、Q61R、またはQ61L変異である。いくつかの態様では、HLA-ペプチド抗原は、HLA-A*01:01と拘束ペプチドILDTAGHEEYとを含むRAS_Q61H MHCクラスI抗原である。
いくつかの態様では、HLA-拘束ペプチドは、TP53変異を含む。いくつかの態様では、TP53変異は、R213L、S127Y、Y220C、R175H、またはR249M変異を含む。いくつかの態様では、HLA-ペプチド抗原は、A*02:01と拘束ペプチドYLDDRNTFLとを含むTP53 R213L MHCクラスI抗原である。
いくつかの態様では、この抗原結合タンパク質は、HLAクラスI分子との少なくとも1つの接触点を通じて、及びHLA拘束ペプチドとの少なくとも1つの接触点を通じてHLA-ペプチド抗原に結合する。
いくつかの態様では、抗原結合タンパク質は、HLA-A*02:01と拘束ペプチドKLVVVGACGVとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原に結合し、及びこのABPは、異なるRAS G12変異を含むHLA-ペプチド抗原よりも高い親和性でRAS_G12C MHCクラスI抗原に結合する。いくつかの態様では、ABPは、拘束ペプチドKLVVVGAVGVとHLA-A2分子とを含むHLA-ペプチド抗原よりも高い親和性でRAS_G12C MHCクラスI抗原に結合する。いくつかの態様では、ABPは、拘束ペプチドKLVVVGAVGV及びHLA-A2分子を含むHLA-ペプチド抗原に結合しない。
いくつかの態様では、抗原結合タンパク質は、足場に連結されており、任意選択でこの足場は血清アルブミンまたはFcを含み、任意選択でFcは、ヒトFcであり、IgG(IgG1、IgG2、IgG3、IgG4)、IgA(IgA1、IgA2)、IgD、IgE、またはIgMアイソタイプのFcである。
いくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質は、リンカーを介して足場に連結され、任意選択でこのリンカーはペプチドリンカーであり、任意選択でこのペプチドリンカーはヒト抗体のヒンジ領域である。
いくつかの実施形態では、TCRまたはその抗原結合部分は、TCR可変領域を含む。いくつかの態様では、このTCRまたはその抗原結合部分は、1つ以上のTCR相補性決定領域(CDR)を含む。いくつかの態様では、TCRは、アルファ鎖及びベータ鎖を含む。いくつかの態様では、このTCRは、ガンマ鎖及びデルタ鎖を含む。いくつかの態様では、TCRは、単鎖TCR(scTCR)を含む。いくつかの態様では、TCRは、組み換えTCR配列を含む。いくつかの態様では、TCRは、ヒトTCR配列を含み、任意選択でこのヒトTCR配列は、完全ヒトTCR配列である。いくつかの態様では、このTCRは、改変TCRα定常(TRAC)領域、改変TCRβ定常(TRBC)領域、または改変TRAC領域及び改変TRBC領域を含む。
いくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質は、半減期を伸ばす改変を含む。
いくつかの態様では、抗原結合タンパク質は、抗原結合タンパク質を含む細胞外部分と、細胞内シグナル伝達ドメインとを含むキメラ抗原受容体(CAR)の一部である。いくつかの態様では、細胞内シグナル伝達ドメインは、ITAMを含む。いくつかの態様では、細胞内シグナル伝達ドメインは、CD3ζ(CD3)鎖のζ鎖のシグナル伝達ドメインを含む。
いくつかの態様では、抗原結合タンパク質はさらに、細胞外ドメインと細胞内シグナル伝達ドメインとを連結する膜貫通ドメインを含む。いくつかの態様では、膜貫通ドメインは、CD28の膜貫通部分を含む。
いくつかの実施形態では、抗原結合タンパク質はさらに、T細胞共刺激分子の細胞内シグナル伝達ドメインを含む。いくつかの実施形態では、T細胞共刺激分子は、CD28、4-1BB、OX-40、ICOS、またはそれらの任意の組み合わせである。
本明細書でまた提供されるのは、本明細書に記載のABPのいずれか1つを含む医薬である。
また本明細書では、がんの治療に使用するためのABPも提供され、任意選択で、このがんは、本明細書に記載のABPのいずれか1つを含む医薬であるHLA-ペプチド抗原を発現するかまたは発現すると予測される。いくつかの態様において、がんは、固形腫瘍及び血液腫瘍から選択される。
本明細書に記載されているABPのいずれか1つと結合について競合する抗原結合タンパク質(ABP)もまた、本明細書に提供される。
本明細書に記載されているABPのいずれか1つによって結合されるのと同じHLA-ペプチド抗原エピトープに結合する抗原結合タンパク質(ABP)も本明細書に提供される。
本明細書に記載されているABPのいずれか1つの抗原結合タンパク質を含む受容体を発現する操作された細胞もまた、本明細書に提供される。いくつかの態様において、操作された細胞はT細胞である。いくつかの態様において、T細胞は、ナイーブT(TN)細胞、エフェクターT細胞(TEFF)、メモリーT細胞、幹細胞メモリーT細胞(TSCM)、中央メモリーT、細胞(TCM)、エフェクターメモリーT細胞(TEM)、最終分化エフェクターメモリーT細胞、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)、未成熟T細胞、成熟T細胞、ヘルパーT細胞、細胞傷害性T細胞、粘膜関連不変T(MALT)細胞、調節T細胞(Treg)、TH1細胞、TH2細胞、TH3細胞、TH17細胞、TH9細胞、TH22細胞、濾胞性ヘルパーT細胞、ナチュラルキラーT細胞(NKT)、アルファ-ベータT細胞、及びガンマ-デルタT細胞からなる群より選択される。いくつかの態様において、T細胞は細胞傷害性T細胞(CTL)である。いくつかの態様において、操作された細胞は、ヒト細胞またはヒト由来細胞である。いくつかの態様において、操作された細胞は、対象の自家細胞である。いくつかの態様において、対象は、がんを有することが知られているか、または疑われる。いくつかの態様において、自己細胞は、対象から単離された細胞である。いくつかの態様において、単離された細胞は、エクスビボ培養細胞であり、任意選択で、ビボ培養細胞は、刺激された細胞である。いくつかの態様において、自家細胞は、インビボで操作された細胞である。いくつかの態様において、抗原結合タンパク質は、異種プロモータによって発現される。いくつかの態様において、ABPは、T細胞受容体(TCR)またはその抗原結合部分を含み、ここでは、このT細胞受容体(TCR)またはその抗原結合部分をコードするポリヌクレオチドが、内因性TCR遺伝子座に挿入される。いくつかの態様において、操作された細胞は、内因性のABPを発現しない。
本明細書に記載されているABPのいずれか1つのABPをコードする単離されたポリヌクレオチド、または本明細書に記載されているABPのいずれか1つのABPをコードするポリヌクレオチドのセットもまた、本明細書に提供される。本明細書に記載のポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドのセットのいずれか1つを含むベクターまたはベクターのセットも本明細書に提供される。本明細書に記載のポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドのセットのいずれか1つを含むウイルスも本明細書に提供される。いくつかの態様において、ウイルスは繊維状ファージである。
本明細書に記載のポリヌクレオチドのいずれか1つまたはポリヌクレオチドのセットを含む酵母細胞も本明細書に提供される。
本明細書に記載のポリヌクレオチドのいずれか1つまたはポリヌクレオチドのセットを含む宿主細胞も本明細書に提供され、任意選択で宿主細胞はCHOまたはHEK293であり、任意選択で宿主細胞はT細胞である。
本明細書に記載の宿主細胞のいずれか1つを用いて抗原結合タンパク質を発現させることと、この発現した抗原結合タンパク質を単離することとを含む、抗原結合タンパク質を産生する方法も本明細書に提供される。
本明細書に記載の抗原結合タンパク質タンパク質のいずれか1つと、薬学的に許容される賦形剤とを含む医薬組成物もまた、本明細書に提供される。
本明細書に記載の抗原結合タンパク質のいずれか1つ、本明細書に記載の操作された細胞のいずれか1つ、または本明細書に記載の医薬組成物のいずれか1つを対象に投与することを含む、対象のがんを治療する方法も本明細書に提供され、任意選択で、ここで、このがんは固形腫瘍及び血液腫瘍から選択される。
本明細書に記載の抗原結合タンパク質のいずれか1つ、本明細書に記載の操作された細胞のいずれか1つ、または本明細書に記載の医薬組成物のいずれか1つを対象に投与することを含む、対象の免疫応答を刺激する方法も本明細書に提供されており、任意選択で、このがんは固形腫瘍及び血液腫瘍から選択される。
本明細書に記載の抗原結合タンパク質のいずれか1つ、本明細書に記載の操作された細胞のいずれか1つ、または本明細書に記載の医薬組成物のいずれか1つを対象に投与することを含む、対象の標的細胞を殺滅する方法もまた本明細書において提供されており、任意選択で、がんは固形腫瘍及び血液腫瘍から選択される。
いくつかの態様において、対象は、ヒト対象である。
いくつかの態様では、がんは、いずれか1つの態様に記載のHLA-ペプチド抗原またはHLAクラスI分子を発現するかまたは発現すると予想される。いくつかの態様では、がんは、HLAクラスI分子と複合体を形成したHLA-拘束ペプチドを含むHLA-ペプチド抗原を発現するかまたは発現すると予想され、このHLA-拘束ペプチドは、HLAクラスI分子のα1/α2ヘテロ二量体部分のペプチド結合溝に位置しており、ここでこのHLAクラスI分子及びHLA-拘束ペプチドは各々が、配列番号10,755~29,364のいずれか1つに記載のようなHLA-ペプチド抗原から選択され、ここでABPは、HLA-ペプチド抗原に結合する。いくつかの態様では、HLA-ペプチド抗原は、以下からなる群より選択される:HLA-A*02:01と拘束ペプチドKLVVVGACGVとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原;HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVVGADGVGKとを含むRAS_G12D MHCクラスI抗原;HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;HLA-A*03:01と拘束ペプチドTTAPPLSGKとを含むCTNNB1_S45P MHCクラスI抗原;HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVGADGVGKとを含むRAS_G12D MHCクラスI抗原;HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;HLA-C*01:02と拘束ペプチドAVGVGKSALとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;HLA-A*03:01と拘束ペプチドVVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;HLA-A*24:02と拘束ペプチドTYSPALNNMFとを含むTP53_K132N MHCクラスI抗原;HLA-A*02:01と拘束ペプチドYLDSGIHYGAとを含むCTNNB1_S37Y MHCクラスI抗原;HLA-A*03:01と拘束ペプチドVVVGACGVGKとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原;HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVVGACGVGKとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原;HLA-A*03:01と拘束ペプチドVVVGADGVGKとを含むRAS_G12D MHCクラスI抗原;HLA-A*01:01と拘束ペプチドILDTAGHEEYとを含むRAS_Q61H MHCクラスI抗原;及びA*02:01と拘束ペプチドYLDDRNTFLとを含むTP53_R213L MHCクラスI抗原。
いくつかの態様では、この拘束ペプチドは、RAS_G12A変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*02:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12A変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*02:06であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12A変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*27:05であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12A変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*35:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12A変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*41:02であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12A変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*48:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12A変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*08:03であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12C変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*02:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12C変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*02:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12C変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*03:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12C変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*03:02であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12C変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*68:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12C変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*27:05であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*02:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*02:05であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*03:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*11:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*11:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*26:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*31:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*68:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*07:02であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*08:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*13:02であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*15:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*27:05であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*35:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*37:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*38:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*40:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*40:02であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*44:02であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*44:03であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*48:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*50:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*57:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*01:02であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*02:02であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*03:03であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*03:04であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*04:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*05:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*07:04であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*08:02であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*08:03であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*16:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*17:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12R変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*41:02であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12R変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*07:04であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*02:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*02:05であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*02:06であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*03:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*03:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*11:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*11:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*25:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*26:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*30:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*31:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*31:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*32:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*68:02であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*07:02であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*08:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*13:02であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*14:02であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*15:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*27:05であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*39:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*40:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*40:02であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*41:02であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*44:05であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*50:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*51:01であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*01:02であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*01:02であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*03:03であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*03:04であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*08:02であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*14:02であるか;この拘束ペプチドは、RAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*17:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_G13D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*02:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_G13D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*07:02であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_G13D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*08:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_G13D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*35:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_G13D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*35:03であるか;
この拘束ペプチドは、KRAS_G13D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*35:08であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_G13D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*38:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_G13D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*04:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*01:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*02:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*23:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*29:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*30:02であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*33:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*68:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*07:02であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*08:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*18:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*35:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*38:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*40:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*44:02であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*03:04であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*05:01であるか;またはこの拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*08:02である。
この拘束ペプチドは、KRAS_G13D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*35:08であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_G13D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*38:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_G13D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*04:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*01:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*02:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*23:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*29:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*30:02であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*33:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-A*68:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*07:02であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*08:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*18:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*35:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*38:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*40:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-B*44:02であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*03:04であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*05:01であるか;またはこの拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、HLA-C*08:02である。
いくつかの態様では、この拘束ペプチドは、KRAS_G13D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、C*08:02もしくはA*11:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61K変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*01:01であるか;この拘束ペプチドは、NRAS_Q61K変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*01:01であるか;この拘束ペプチドは、TP53_R249M変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、B*35:12、B*35:03、もしくはB*35:01であるか;この拘束ペプチドは、CTNNB1_S45P変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*03:01、A*11:01、A*68:01、もしくはA*03:02であるか;この拘束ペプチドは、CTNNB1_S45F変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*03:01、A*11:01、もしくはA*68:01であるか;この拘束ペプチドは、ERBB2_Y772_A775dup変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、B*18:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*11:01、A*03:01、もしくはC*08:02であるか;この拘束ペプチドは、NRAS_G12D変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*11:01、A*03:01、もしくはC*08:02であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61R変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*01:01であるか;この拘束ペプチドは、NRAS_Q61R変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*01:01であるか;この拘束ペプチドは、CTNNB1_T41A変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*03:01、A*0302、A*11:01、B*15:10、C*03:03、もしくはC*03:04であるか;この拘束ペプチドは、TP53_K132N変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*24:02もしくはA*23:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_G12A変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*03:01もしくはA*11:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61L変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*01:01であるか;この拘束ペプチドは、NRAS_Q61L変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*01:01であるか;この拘束ペプチドは、TP53_R213L変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*02:07、C*08:02、もしくはA*02:01であるか;この拘束ペプチドは、BRAF_G466V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、B*15:01、もしくはB*15:03であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_G12V変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*03:01、A*03:02、A*11:01、もしくはC*01:02であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*01:01であるか;この拘束ペプチドは、NRAS_Q61H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*01:01であるか;この拘束ペプチドは、CTNNB1_S37F変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*01:01、A*23:01、A*24:02、B*15:10、B*39:06、C*05:01、C*14:02、もしくはC*14:03であるか;この拘束ペプチドは、TP53_S127Y変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*11:01もしくはA*03:01であるか;この拘束ペプチドは、TP53_K132E変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*24:02、C*14:03、もしくはA*23:01であるか;この拘束ペプチドは、KRAS_G12C変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*02:01、A*11:01、もしくはA*03:01であるか;この拘束ペプチドは、NRAS_G12C変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*02:01、A*11:01、もしくはA*03:01であるか;この拘束ペプチドは、EGFR_L858R変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*11:01、もしくはA*03:01であるか;この拘束ペプチドは、TP53_Y220C変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*02:01であるか;または、この拘束ペプチドは、TP53_R175H変異を含み、かつここでこのHLAクラスI分子は、A*02:01である。
いくつかの態様では、HLA-ペプチド抗原は、以下から選択される:A*11:01と拘束ペプチドTTAPPLSGKとを含むCTNNB1_S45P MHCクラスI抗原;A*11:01と拘束ペプチドATAPSLSGKとを含むCTNNB1_T41A MHCクラスI抗原;A*11:01と拘束ペプチドVVVGADGVGKとを含むRAS_G12D MHCクラスI抗原;A*03:01と拘束ペプチドVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;A*03:01と拘束ペプチドVVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;A*11:01と拘束ペプチドVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;A*11:01と拘束ペプチドVVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;A*01:01と拘束ペプチドILDTAGREEYとを含むKRAS_Q61R MHCクラスI抗原;及びA*02:01と拘束ペプチドYLDDRNTFLとを含むTP53_R213L MHCクラスI抗原。
いくつかの態様では、HLA-ペプチド抗原は、HLA-拘束ペプチドを含み、このペプチドは、RAS G12変異を含むRASのペプチドフラグメントである。いくつかの態様では、このG12変異は、G12C、G12D、G12V、またはG12A変異である。いくつかの態様では、HLA-ペプチド抗原は、HLA-A*02:01、HLA-A*11:01、HLA-A*31:01、HLA-C*01:02、及びHLA-A*03:01から選択されるHLAクラスI分子を含む。いくつかの態様では、RAS G12変異は、以下のうちのいずれか1つ以上である:KRAS変異、NRAS変異、及びHRAS変異。いくつかの態様では、HLA-ペプチド抗原は、以下から選択される:HLA-A*02:01と拘束ペプチドKLVVVGACGVとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原;HLA-A*03:01と拘束ペプチドVVVGACGVGKとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原;HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVVGACGVGKとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原;HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVVGADGVGKとを含むRAS_G12D MHCクラスI抗原;HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVGADGVGKとを含むRAS_G12D MHCクラスI抗原;HLA-A*03:01と拘束ペプチドVVVGADGVGKとを含むRAS_G12D MHCクラスI抗原;HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;HLA-A*31:01と拘束ペプチドVVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;HLA-C*01:02と拘束ペプチドAVGVGKSALとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;及びHLA-A*03:01と拘束ペプチドVVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原。いくつかの態様では、このHLA-ペプチド抗原は、以下から選択される:HLA-A*02:01と拘束ペプチドKLVVVGACGVとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原;HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVVGADGVGKとを含むRAS_G12D MHCクラスI抗原;HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVGADGVGKとを含むRAS_G12D MHCクラスI抗原;HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;HLA-A*31:01と拘束ペプチドVVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;HLA-C*01:02と拘束ペプチドAVGVGKSALとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;及びHLA-A*03:01と拘束ペプチドVVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原。いくつかの態様では、このHLA-ペプチド抗原は以下から選択される:HLA-A*02:01と拘束ペプチドKLVVVGACGVとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原;HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVVGADGVGKとを含むRAS_G12D MHCクラスI抗原;またはHLA-A*11:01と拘束ペプチドVVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原。いくつかの態様では、この抗原結合タンパク質は、HLA-A*02:01と拘束ペプチドKLVVVGACGVとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原に結合し、ここでこのABPは、異なるRAS G12変異を含むHLA-ペプチド抗原よりも高い親和性でRAS_G12C MHCクラスI抗原に結合する。いくつかの態様では、ABPは、拘束ペプチドKLVVVGAVGVとHLA-A2分子とを含むHLA-ペプチド抗原よりも高い親和性でRAS_G12C MHCクラスI抗原に結合する。いくつかの態様では、ABPは、拘束ペプチドKLVVVGAVGVとHLA-A2分子とを含むHLA-ペプチド抗原に結合しない。
いくつかの態様では、HLA-ペプチド抗原は、RAS Q61変異を含むRASのペプチドフラグメントであるHLA-拘束ペプチドを含む。いくつかの態様では、Q61変異は、Q61H、Q61K、Q61R、またはQ61L変異である。いくつかの態様では、HLA-ペプチド抗原は、HLA-A*01:01と拘束ペプチドILDTAGHEEYとを含むRAS_Q61H MHCクラスI抗原である。
いくつかの態様では、HLA-ペプチド抗原は、TP53変異を含むTP53のペプチドフラグメントである、HLA-拘束ペプチドを含む。いくつかの態様では、TP53変異は、R213L、S127Y、Y220C、R175H、またはR249M変異を含む。いくつかの態様では、HLA-ペプチド抗原は、A*02:01と拘束ペプチドYLDDRNTFLとを含むTP53 R213L MHCクラスI抗原である。
いくつかの実施形態では、この方法は、投与することの前に、対象から得られた生物学的試料においてHLA-ペプチド抗原、HLA-ペプチド抗原のペプチド、HLA-ペプチド抗原に関連する体細胞変異、及びHLA-ペプチド抗原のHLA分子のうちいずれか1つ以上の存在を判定することまたは判定していることを含む。
いくつかの態様では、この生物学的試料は、血液試料または腫瘍試料である。いくつかの実施形態において、血液試料は、血漿試料または血清試料である。
いくつかの態様において、この判定することは、RNASeq、マイクロアレイ、PCR、ナノストリング、インサイチュハイブリダイゼーション(ISH)、質量分析、配列決定、または免疫組織化学(IHC)を含む。
方法のいくつかの態様において、この方法は、対象から得られた生物学的試料におけるHLA-ペプチド抗原、ペプチド、またはHLAの存在を判定した後、HLA-ペプチド抗原に選択的に結合するABPを対象に投与することを含む。
本明細書に開示される抗原結合タンパク質または本明細書に開示される医薬組成物と、使用説明書とを含むキットも本明細書に提供される。
また、本明細書で提供されるのは、HLAクラスI分子と複合体を形成したHLA拘束ペプチドを含む単離されたHLA-ペプチド抗原を含むシステムであり、ここでこのHLA拘束ペプチドは、HLAクラスI分子のα1/α2ヘテロ二量体部分のペプチド結合溝に位置しており、このHLA-ペプチド抗原は、配列番号10,755~29,364のいずれか1つに記載されているHLA-ペプチド抗原;及びファージディスプレイライブラリーから選択される。
いくつかの態様において、HLA-ペプチド抗原は、固体支持体に結合している。いくつかの態様において、固体支持体は、ビーズ、ウェル、膜、チューブ、カラム、プレート、セファロース、磁性ビーズ、細胞、またはチップを含む。いくつかの態様では、HLA-ペプチド抗原は、親和性結合対の第1のメンバーを含み、固体支持体は、親和性結合対の第2のメンバーを含む。いくつかの態様において、第1のメンバーはストレプトアビジンであり、第2のメンバーはビオチンである。
いくつかの態様において、ファージディスプレイライブラリーは、ヒトライブラリーである。いくつかの態様において、ファージディスプレイライブラリーは、ヒト化ライブラリーである。
いくつかの態様では、このシステムは、HLAクラスI分子と複合体を形成したHLA拘束ペプチドを含む陰性対照HLA-ペプチド抗原をさらに含み、このHLA拘束ペプチドは、HLAクラスI分子のα1/α2ヘテロ二量体部分のペプチド結合溝に位置しており、この陰性対照HLA-ペプチド抗原は、異なる拘束ペプチド、異なるHLAクラスI分子、または異なる拘束ペプチド及び異なるHLAクラスI分子を含む。いくつかの態様において、陰性対照HLA-ペプチド抗原は、異なる拘束ペプチドを含むが、HLA-ペプチド抗原と同じHLAクラスI分子を含む。
いくつかの態様において、このシステムは、反応混合物を含み、この反応混合物は、HLA-ペプチド抗原とファージディスプレイライブラリー由来の複数のファージとを含む。
単離されたHLA-ペプチド抗原に選択的に結合する抗原結合タンパク質を同定するための、本明細書に開示されるシステムの使用も本明細書で提供される。
配列番号10,755~29,364のいずれか1つによって記載されているHLA-ペプチド抗原を含む組成物も本明細書で提供され、ここで、このHLA-ペプチド抗原は、親和性タグに共有結合している。いくつかの態様において、親和性タグはビオチンタグである。
検出可能な標識と複合体を形成した配列番号10,755~29,364のいずれか1つによって記載されているHLA-ペプチド抗原を含む組成物も本明細書で提供される。いくつかの態様において、検出可能な標識は、β2-マイクログロブリン結合分子を含む。いくつかの態様において、β2-マイクログロブリン結合分子は標識された抗体である。いくつかの態様において、標識された抗体は、蛍光色素標識された抗体である。
HLA-ペプチド抗原を含み、HLA-ペプチド抗原が、配列番号10,755~29,364のいずれか1つによって記載されており、固体支持体に結合している、組成物も本明細書で提供される。いくつかの態様において、固体支持体は、ビーズ、ウェル、膜、チューブ、カラム、プレート、セファロース、磁性ビーズ、細胞、またはチップを含む。いくつかの態様において、HLA-ペプチド抗原は、親和性結合対の第1のメンバーを含み、固体支持体は、親和性結合対の第2のメンバーを含む。いくつかの態様において、第1のメンバーはストレプトアビジンであり、第2のメンバーはビオチンである。
配列番号10,755~29,364のいずれか1つによって記載されている異種HLA-ペプチド抗原を含む宿主細胞も本明細書で提供される。配列番号10,755~29,364に記載されているHLA-ペプチド抗原のいずれか1つによって規定されるHLAサブタイプを発現する宿主細胞も本明細書で提供される。配列番号10,755~29,364におけるHLA-ペプチド抗原のいずれか1つによって規定されるHLA-拘束ペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む宿主細胞も本明細書で提供される。
いくつかの態様において、宿主細胞は、内因性MHCを含まない。いくつかの態様において、宿主細胞は、外因性HLAを含む。いくつかの態様において、宿主細胞は、K562またはA375細胞である。いくつかの態様において、宿主細胞は、腫瘍細胞株由来の培養細胞である。いくつかの態様において、腫瘍細胞株は、HLA拘束ペプチドについて記述しているものと同じHLA-ペプチド抗原によって規定されるHLAサブタイプを発現する。いくつかの態様において、腫瘍細胞株は、HCC-1599、NCI-H510A、A375、LN229、NCI-H358、ZR-75-1、MS751、OE19、MOR、BV173、MCF-7、NCI-H82、Colo829、SK-MEL-28、KYSE270、59M、及びNCI-H146からなる群より選択される。
本明細書に開示される宿主細胞を含む細胞培養システム、及び細胞培養培地も本明細書に提供される。いくつかの態様において、宿主細胞は、配列番号10,755~21,015及び配列番号21,016~29,364におけるHLA-ペプチド抗原のいずれか1つによって規定されるHLAサブタイプを発現し、この細胞培養培地は、HLAサブタイプと同じHLA-ペプチド抗原によって規定される拘束ペプチドを含む。いくつかの態様において、宿主細胞は、外因性HLAを含むK562細胞であり、外因性HLAは、配列番号10,755~29,364におけるHLA-ペプチド抗原のいずれか1つによって規定されるHLAサブタイプであり、及び細胞培養培地は、HLAサブタイプを規定する同HLA-ペプチド抗原によって規定される拘束ペプチドを含む。
配列番号10,755~29,364に記載されている少なくとも1つのHLA-ペプチド抗原を提供することと;少なくとも1つの標的を抗原結合タンパク質と結合させることとを含み、それによって、抗原結合タンパク質を同定する、本明細書に開示される抗原結合タンパク質を同定する方法もまた本明細書に提供される。
いくつかの態様において、抗原結合タンパク質は、複数の別個の抗原結合タンパク質を含むファージディスプレイライブラリーに存在する。いくつかの態様において、ファージディスプレイライブラリーは、HLA-ペプチド抗原のHLAに非特異的に結合する抗原結合タンパク質を実質的に含まない。
いくつかの態様では、結合させるステップは、複数回、任意選択で少なくとも3回、実行される。
いくつかの態様において、この方法は、抗原結合タンパク質を、HLA-ペプチド抗原とは異なる1つまたは複数のペプチド-HLA複合体と接触させて、抗原結合タンパク質がHLA-ペプチド抗原に選択的に結合するか否かを判定することをさらに含み、任意選択で選択性は、可溶性標的HLA-ペプチド複合体に対する及び標的複合体とは異なる可溶性HLA-ペプチド複合体に対する抗原結合タンパク質の結合親和性を測定することによって判定され、任意選択で選択性は、1つまたは複数の細胞の表面に発現する標的HLA-ペプチド複合体に対する及び1つまたは複数の細胞の表面に発現する標的複合体とは異なるHLA-ペプチド複合体に対する抗原結合タンパク質の結合親和性を測定することによって判定される。
本明細書に開示される抗原結合タンパク質を同定する方法であって、配列番号10,755~29,364に記載されている少なくとも1つのHLA-ペプチド抗原を取得すること;必要に応じてアジュバントと組み合わせて、HLA-ペプチド抗原を対象に投与すること;及びこの対象から抗原結合タンパク質を単離することを含む、方法もまた本明細書において提供される。
いくつかの態様において、抗原結合タンパク質を単離することは、抗原結合タンパク質を同定するために対象の血清をスクリーニングすることを含む。
いくつかの態様において、この方法は、抗原結合タンパク質をHLA-ペプチド抗原とは異なる1つまたは複数のペプチド-HLA複合体と接触させて、この抗原結合タンパク質がHLA-ペプチド抗原に選択的に結合するか否かを判定することをさらに含み、任意選択で選択性は、HLA-ペプチド抗原に対する及びHLA-ペプチド抗原とは異なる可溶性HLA-ペプチド複合体に対する抗原結合タンパク質の結合親和性を測定することによって判定され、任意選択で選択性は、1つまたは複数の細胞の表面に発現するHLA-ペプチド抗原に対する及び1つまたは複数の細胞の表面に発現するHLA-ペプチド抗原とは異なるHLA-ペプチド複合体に対する抗原結合タンパク質の結合親和性を測定することによって判定される。
いくつかの態様において、対象は、マウス、ウサギ、またはラマである。
いくつかの態様において、抗原結合タンパク質を単離することは、抗原結合タンパク質を発現する対象からB細胞を単離すること、及び任意選択で、単離されたB細胞から抗原結合タンパク質をコードする配列を直接クローニングすることを含む。いくつかの態様において、この方法は、B細胞を使用してハイブリドーマを作製することをさらに含む。いくつかの態様において、この方法は、B細胞からCDRをクローニングすることをさらに含む。いくつかの態様では、この方法は、任意選択でEBV形質転換を介して、B細胞を不死化することをさらに含む。
いくつかの態様では、この方法は、B細胞の抗原結合タンパク質を含むライブラリーを作製することをさらに含み、任意選択でこのライブラリーはファージディスプレイまたは酵母ディスプレイである。
いくつかの態様において、この方法は、抗原結合タンパク質をヒト化することをさらに含む。
本明細書ではまた、本明細書に開示される抗原結合タンパク質を同定する方法であって、抗原結合タンパク質を含む細胞を得ることと;この細胞を、配列番号10,755~29,364に記載されている少なくとも1つのHLA-ペプチド抗原を含むHLA多量体と接触させることと;HLA多量体と抗原結合タンパク質との間の結合を介して抗原結合タンパク質を同定することとを含む、方法も提供される。いくつかの態様において、この方法は、抗原結合タンパク質を含む細胞を、配列番号10,755~29,364に記載されている少なくとも1つのHLA-ペプチド抗原の対応する野生型配列を含むHLA多量体と接触させることと、対応する野生型配列を含むHLA多量体に抗原結合タンパク質が結合する場合、抗原結合タンパク質を除外することとをさらに含む。
本明細書ではまた、本明細書に開示される抗原結合タンパク質を同定する方法であって、配列番号10,755~29,364に記載されている少なくとも1つのHLA-ペプチド抗原を提供すること;及び標的を使用して抗原結合タンパク質を同定することを含む、方法も提供される。
本明細書ではまた、HLAクラスI分子と複合体を形成したHLA拘束ペプチドを含むHLA-ペプチド抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質(ABP)であって、ここで、このHLA拘束ペプチドは、HLAクラスI分子のα1/α2ヘテロ二量体部分のペプチド結合溝に位置しており、ここで、HLAクラスI分子及びHLA拘束ペプチドは、それぞれ、配列番号10,755~29,364のいずれか1つに記載されているHLA-ペプチド抗原から選択され、ここで、ABPは、表1C.1、1C.2、1C.3、及び1Dに示される配列からなる群より選択されるアルファCDR3アミノ酸配列及び対応するベータCDR3アミノ酸配列を含む、抗原結合タンパク質(ABP)も提供される。
いくつかの態様では、ABPはさらに、アルファ可変(「V」)セグメント、アルファ連結(「J」)セグメント、ベータ可変(「V」)セグメント、ベータ連結(「J」)セグメント、任意選択でベータ多様性(「D」)セグメント、ならびに任意選択で、アルファCDR3アミノ酸配列及び対応するベータCDR3アミノ酸配列に対応する表1C.1、1C.2、1C.3、及び1Dに示される領域からなる群より選択されるベータ定常領域を含む。いくつかの態様において、ABPは、アルファCDR3アミノ酸配列及び対応するベータCDR3アミノ酸配列に対応する表1A.1、1A.2、1A.3、及び1Bに示される配列から選択されるアミノ酸配列を含むアルファ可変領域及び対応するベータ可変領域を含む。
本明細書ではまた、HLAクラスI分子と複合体を形成したHLA拘束RASペプチドを含むHLA-ペプチド抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質(ABP)も提供され、ここで、このHLA拘束ペプチドは、HLAクラスI分子のα1/α2ヘテロ二量体部分のペプチド結合溝に位置しており、ここでこのHLA拘束RASペプチドは、HLA拘束RASペプチド配列を野生型RASペプチドの対応するペプチド配列と区別する少なくとも1つの変更を含み、ここで、ABPは、表1C.1、1C.2、1C.3、及び1Dに示される配列からなる群より選択されるアルファCDR3アミノ酸配列及び対応するベータCDR3アミノ酸配列を含む。
いくつかの態様において、HLA-ペプチド抗原は表5Aから選択される。いくつかの態様において、HLA-ペプチド抗原は表5Bから選択される。いくつかの態様において、HLA-ペプチド抗原は表6から選択される。いくつかの態様において、HLA-ペプチド抗原は表7から選択される。
いくつかの態様において、HLA-拘束ペプチドは、RAS G12変異を含む。いくつかの態様において、G12変異は、G12C、G12D、G12V、またはG12A変異である。いくつかの態様において、HLA-ペプチド抗原は、HLA-A*02:01、HLA-A*11:01、HLA-A*31:01、HLA-C*01:02、及びHLA-A*03:01から選択されるHLAクラスI分子を含む。いくつかの態様において、RAS G12変異は、KRAS変異、NRAS変異、及びHRAS変異のうちいずれか1つまたは複数である。
いくつかの態様において、HLA-ペプチド抗原は、HLA-A*02:01と拘束ペプチドKLVVVGACGVとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原である。いくつかの態様において、ABPは、表1C.2に示される配列からなる群より選択されるアルファCDR3アミノ酸配列及び対応するベータCDR3アミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ABPはさらに、アルファ可変(「V」)セグメント、アルファ連結(「J」)セグメント、ベータ可変(「V」)セグメント、ベータ連結(「J」)セグメント、任意選択でベータ多様性(「D」)セグメント、ならびに任意選択で、アルファCDR3アミノ酸配列及び対応するベータCDR3アミノ酸配列に対応する表1C.2に示される領域からなる群より選択されるベータ定常領域を含む。いくつかの態様において、ABPは、アルファCDR3アミノ酸配列及び対応するベータCDR3アミノ酸配列に対応する表1A.2に示される配列から選択されるアミノ酸配列を含むアルファ可変領域及び対応するベータ可変領域を含む。
いくつかの態様では、HLA-ペプチド抗原は、HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原である。いくつかの態様において、ABPは、表1C.3に示される配列からなる群より選択されるアルファCDR3アミノ酸配列及び対応するベータCDR3アミノ酸配列を含む。いくつかの態様では、ABPはさらに、アルファ可変(「V」)セグメント、アルファ連結(「J」)セグメント、ベータ可変(「V」)セグメント、ベータ連結(「J」)セグメント、任意選択で、ベータ多様性(「D」)セグメント、ならびに任意選択で、アルファCDR3アミノ酸配列及び対応するベータCDR3アミノ酸配列に対応する表1C.3に示される領域からなる群より選択されるベータ定常領域を含む。いくつかの態様において、ABPは、アルファCDR3アミノ酸配列及び対応するベータCDR3アミノ酸配列に対応する表1A.3に示される配列から選択されるアミノ酸配列を含むアルファ可変領域及び対応するベータ可変領域を含む。
本発明のこれら及び他の特徴、態様及び利点は、以下の説明及び添付の図面を参照すればさらによく理解される。
ヒト白血球抗原(HLA)クラスI分子の一般構造を示す。en.wikipediaのユーザーatropos235による-自作、CC BY 2.5、https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=1805424。
濃縮されたナイーブ及びメモリーT細胞のフローサイトメトリー分析を示す。6つの新抗原-MHC四量体のプール(「HLA/SNA」)を使用して標識され、新抗原特異的T細胞(左パネル、X軸)及び対応する野生型ペプチドのMHC-四量体のプール(「HLA/野生型」;左パネル、Y軸)を同定する細胞を示す。また、メモリーT細胞表現型マーカーCD45RO用に標識された細胞も示されている(右パネル)。
6つの新抗原-MHC四量体(「HLA/SNA」)のプールを使用して以前に選別された、増殖したT細胞のフローサイトメトリー分析を示す。示されているのは、6つの新抗原-MHC四量体のそれぞれで標識された増殖細胞及びそれらの対応する野生型ペプチド-MHC四量体である。
新抗原-MHC四量体(「HLA/SNA」)を使用して以前に選別された増殖したT細胞のフローサイトメトリー分析を示す。示されているのは、4つの新抗原-MHC四量体のそれぞれで標識された増殖細胞及びそれらの対応する野生型ペプチド-MHC四量体である。
EDGEスコアと、標的質量分析による候補共有新抗原ペプチドの検出の確率との間の相関関係を示している。
図5Aは、CD8+T細胞を検出するためのフローサイトメトリーゲーティング戦略を示している。図5Bは、CD8+T細胞の大部分がRAS G12V:HLA*1101 PHLAへの結合を呈することを実証するフローサイトメトリーの結果を示している。
2つの異なるドナーのために単一の新抗原-MHC四量体を使用して以前に選別された、増殖したT細胞のフローサイトメトリー分析を示す。示されているのは、3つの新抗原-MHC四量体及びそれらの対応する野生型ペプチド-MHC四量体のそれぞれで標識された増殖細胞である。
複数のK562-HLA細胞株におけるTet-Onシステム下での代表的な新抗原の発現の調節におけるDOX投与の滴定を示している。
K562細胞株を発現するHLA-A*11:01において質量分析によって観察された代表的なKRAS G12VペプチドVVGAVGVGKを示す。上のパネルは、検出がDOXに依存していたことを示し(左の列はDOXなし、右のパネルはDOXを追加)、下のパネルは重ペプチド対照標準の検出が同等であることを示している。
新抗原(左パネル)及びDMSO(右パネル)刺激後のCD137+でゲーティング制御された増殖ナイーブCD8Tを示す。
(i)新抗原-四量体標識細胞;(ii)CD137+新抗原刺激細胞;及び(iii)CD137+DMSO刺激細胞の間で共有されるTCR配列のインシリコ分析の要約を示す。
TCRクローン01CA019_064_F05_0047の代表的なフローサイトメトリー評価を示している。示したTCRで形質導入され、同族の新抗原(下のパネル)または対応する野生型ペプチド(上のパネル)で刺激された初代T細胞の活性化マーカーCD25(左パネル)、CD69(中央パネル)、及びCD137(右パネル)が示されている。
TCRクローン01CA019_064_F05_0005の代表的なフローサイトメトリー評価を示している。示したTCRで形質導入され、同族の新抗原(下のパネル)または対応する野生型ペプチド(上のパネル)で刺激された初代T細胞の活性化マーカーCD25(左パネル)、CD69(中央パネル)、及びCD137(右パネル)が示されている。
示された候補TCRで形質導入された初代T細胞の増殖を示している。ペプチドをロードしたAPCとの共培養後の希釈されたCellTraceViolet色素を含むT細胞のパーセンテージが示されている。
詳細な説明
別段の定義がない限り、本明細書で使用される全ての技術用語、表記法、及び他の科学用語は、当業者によって一般的に理解される意味を有することを意図している。場合によっては、一般的に理解される意味を有する用語は、明確にするため及び/またはすぐに参照できるように本明細書で定義され、本明細書にそのような定義を含めることは、当該技術分野で一般的に理解されるものとの違いを表すと必ずしも解釈されるべきではない。本明細書で記載または参照される技術及び手順は、一般によく理解されており、当業者によって従来の方法論を使用して慣用的に採用されており、例えば、Sambrook et al., Molecular Cloning: A LABORATORY MANUAL (4th ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y.)に記載の広く利用されるモレキュラークローニング法などである。必要に応じて、市販のキット及び試薬の使用を含む手順は、別段の記載がない限り、一般に製造元定義のプロトコール及び条件に従って実行される。
別段の定義がない限り、本明細書で使用される全ての技術用語、表記法、及び他の科学用語は、当業者によって一般的に理解される意味を有することを意図している。場合によっては、一般的に理解される意味を有する用語は、明確にするため及び/またはすぐに参照できるように本明細書で定義され、本明細書にそのような定義を含めることは、当該技術分野で一般的に理解されるものとの違いを表すと必ずしも解釈されるべきではない。本明細書で記載または参照される技術及び手順は、一般によく理解されており、当業者によって従来の方法論を使用して慣用的に採用されており、例えば、Sambrook et al., Molecular Cloning: A LABORATORY MANUAL (4th ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y.)に記載の広く利用されるモレキュラークローニング法などである。必要に応じて、市販のキット及び試薬の使用を含む手順は、別段の記載がない限り、一般に製造元定義のプロトコール及び条件に従って実行される。
本明細書で使用されるとき、単数形「1つの(a)」、「1つの(an)」、及び「その(the)」は、別のものを明確に指示しない限り、複数の指示対象を包む。「含む」、「など」などの用語は、特に他を明記しない限り、限定なしに包含を伝えることを意図している。
本明細書で使用されるとき、「含む」という用語は、特に他を明記しない限り、列挙された要素から「からなる」及び「本質的に~からなる」実施形態も具体的に含む。
「約」という用語は、示された値及びその値の上下の範囲を示し、それらを包含する。特定の実施形態では、「約」という用語は、指定された値±10%、±5%、または±1%を示す。特定の実施形態では、該当する場合、「約」という用語は、指定された値(複数可)±その値(複数可)の1標準偏差を示す。
「抗原結合タンパク質」または「ABP」という用語は、本明細書で最も広い意味で使用され、抗原またはエピトープに特異的に結合する1つまたは複数の抗原結合ドメインを含む特定のタイプの分子を含む。
いくつかの実施形態では、ABPはTCRを含む。いくつかの実施形態では、ABPはTCRからなる。いくつかの実施形態では、ABPは本質的にTCRからなる。ABPには、具体的には、無傷のTCR、TCRフラグメント、及びABPフラグメントが挙げられる。いくつかの実施形態では、ABPは代替足場を含む。いくつかの実施形態では、ABPは代替足場からなる。いくつかの実施形態では、ABPは本質的に代替足場からなる。いくつかの実施形態では、ABPはTCRフラグメントを含む。いくつかの実施形態では、ABPはTCRフラグメントからなる。いくつかの実施形態では、ABPは本質的にTCRフラグメントからなる。
本明細書で提供されるとき、「HLA-ペプチドABP」、「抗HLA-ペプチドABP」、または「HLA-ペプチド特異的ABP」とは、抗原HLA-ペプチドに特異的に結合するABPである。ABPは、T細胞(例えば、TCR)に由来する可変領域などの可変領域を介して抗原またはエピトープに特異的に結合する1つまたは複数の抗原結合ドメインを含むタンパク質を含む。
本明細書で使用されるとき、「可変領域」とは、組換え事象から生じる可変ヌクレオチド配列を指し、例えば、可変領域は、活性化T細胞などのT細胞からのT細胞受容体(TCR)配列のV、J、及び/またはDセグメントを含んでもよい。
「抗原結合ドメイン」という用語は、抗原またはエピトープに特異的に結合し得るABPの部分を意味する。抗原結合ドメインは、TCRのCDR、例えば、αCDR1、αCDR2、αCDR3、βCDR1、βCDR2、及びβCDR3を含んでもよい。TCRのCDRは、本明細書に記載される。
TCR CDRのアミノ酸配列境界は、参照によりその全てが組み込まれる、LeFranc, M.-P, Immunol Today. 1997 Nov;18(11):509;Lefranc, M.-P.,”IMGT Locus on Focus: A new section of Experimental and Clinical Immunogenetics”, Exp. Clin. Immunogenet., 15, 1-7 (1998);Lefranc and Lefranc, The T Cell Receptor FactsBook;and M.-P. Lefranc/Developmental and Comparative Immunology 27 (2003) 55-77に記載されるIMTG固有番号付けスキームを含むがこれに限定されない多数の公知の番号付けスキームのいずれかを使用して当業者によって決定することができる。
「ABPフラグメント」は、無傷のABPの抗原結合または可変領域などの無傷のABPの一部を含む。ABPフラグメントには、例えば、TCRフラグメントが含まる。
「代替足場」という用語は、1つまたは複数の領域が多様化して、抗原またはエピトープに特異的に結合する1つまたは複数の抗原結合ドメインを生成し得る、分子を指す。いくつかの実施形態では、抗原結合ドメインは、ABPと同等である特異性及び親和性によって抗原またはエピトープに結合する。例示的な代替足場としては、フィブロネクチン(例えば、Adnectin(商標))、β-サンドイッチ(例えば、iMab)、リポカリン(例えば、Anticalin(登録商標))、EETI-II/AGRP、BPTI/LACI-D1/ITI-D2(例えば、Kunitzドメイン)、チオレドキシンペプチドアプタマー、プロテインA(例えば、Affibody(登録商標))、アンキリンリピート(例えば、DARPin)、γ-B-クリスタリン/ユビキチン(例えば、Affilin)、CTLD3(例えば、テトラネクチン)、Fynomer、及び(LDLR-Aモジュール)(例えば、Avimer)から誘導されたものが挙げられる。代替足場のさらなる情報については、参照によりその各々がその全てが組み込まれる、Binz et al.,Nat.Biotechnol.,2005 23:1257-1268;Skerra,Current Opin.in Biotech.,2007 18:295-304;及びSilacci et al.,J.Biol.Chem.,2014,289:14392-14398に提供される。代替足場は、ABPの一種である。
「親和性」は、分子(例えば、ABP)の単一結合部位とその結合パートナー(例えば、抗原またはエピトープ)との間の非共有相互作用の合算の強さを指す。別途他に明記されない限り、本明細書で使用されるとき、「親和性」は、結合対のメンバー(例えば、ABPと抗原またはエピトープ)の間の1:1相互作用を反映する固有の結合親和性を指す。分子XのそのパートナーYに対する親和性は、解離平衡定数(KD)によって表すことができる。解離平衡定数に寄与する速度論的成分については、以下に詳述されている。親和性は、当該技術分野において知られている一般的な方法によって測定することが可能である。例えば、表面プラズモン共鳴(SPR)技術(BIACORE(登録商標)など)またはバイオレイヤー干渉法(FORTEBIO(登録商標)など)のような、本明細書に記載の方法が含まれる。
「結合する」、「特異的結合」、「特異的に結合する」、「特異的である」、「選択的に結合する」及び「選択的である」という用語は、ABPから標的分子への結合という点で、特定の抗原(例えば、ポリペプチド標的)または特定の抗原上のエピトープが、非特異的または非選択的な相互作用(例えば、非標的分子との相互作用)とはかなり測定できるほど異なる結合を意味する。特異的結合は、例えば、標的分子への結合を測定し、これを非標的分子に対する結合と比較することにより、測定することができる。また、特異的結合は、標的分子に認識されたエピトープを模倣する対照分子との競合によっても、判定することもできる。その場合、ABPの標的分子に対する結合が対照分子により競合的に阻害される場合、特異的結合が示される。いくつかの態様では、非標的分子に対するHLAペプチドABPの親和性は、HLA-ペプチドに対する親和性の約50%未満である。いくつかの態様では、非標的分子に対するHLAペプチドABPの親和性は、HLA-ペプチドに対する親和性の約40%未満である。いくつかの態様では、非標的分子に対するHLAペプチドABPの親和性は、HLA-ペプチドに対する親和性の約30%未満である。いくつかの態様では、非標的分子に対するHLAペプチドABPの親和性は、HLA-ペプチドに対する親和性の約20%未満である。いくつかの態様では、非標的分子に対するHLAペプチドABPの親和性は、HLA-ペプチドに対する親和性の約10%未満である。いくつかの態様では、非標的分子に対するHLAペプチドABPの親和性は、HLA-ペプチドに対する親和性の約1%未満である。いくつかの態様では、非標的分子に対するHLAペプチドABPの親和性は、HLA-ペプチドに対する親和性の約0.1%未満である。
本明細書で使用されるとき、「kd」(秒-1)という用語は、特定のABP-抗原相互作用の解離速度定数を指す。この値は、koff値とも呼ばれる。
本明細書で使用されるとき、「ka」(M-1×秒-1)という用語は、特定のABP-抗原相互作用の会合速度定数を指す。この値は、kon値とも呼ばれる。
本明細書で使用されるとき、「KD」(M)という用語は、特定のABP-抗原相互作用の解離平衡定数を指す。KD=kd/ka。いくつかの実施形態では、ABPの親和性は、そのようなABPとその抗原との間の相互作用について、KDの単位として記載される。明確にするために、当該技術分野において知られているように、KD値が小さいほど親和性相互作用が高いことを示し、KD値が大きいほど親和性相互作用が低いことを示す。
本明細書で使用されるとき、「KA」(M-1)という用語は、特定のABP-抗原相互作用の会合平衡定数を指す。KA=ka/kd。
「イムノコンジュゲート」は、1つまたは複数の異種分子(複数可)、例えば、治療剤(例えば、サイトカイン)または診断剤にコンジュゲートされた、ABPである。
「~と競合する」または「~と交差競合する」という用語が、本明細書で2つ以上のABPの文脈で使用される場合、2つ以上のABPが抗原(例えば、HLA-ペプチド)に対する結合において競合することを示す。1つの例示的なアッセイでは、HLA-ペプチドを表面にコーティングし、第1のHLA-ペプチドABPと接触させてから、第2のHLA-ペプチドABPを添加する。別の例示的なアッセイでは、第1のHLA-ペプチドABPを表面にコーティングし、HLA-ペプチドと接触させてから、第2のHLA-ペプチドABPを添加する。いずれかのアッセイにおいて、第1のHLA-ペプチドABPの存在が第2のHLA-ペプチドABPの結合を低減させる場合、ABPは互いに競合している。「~と競合する」という用語はまた、あるABPが別のABPの結合を低減するABPの組み合わせで、ただしABPを逆の順序で添加したときに競合が観察されない、ABPの組み合わせも含む。しかしながら、いくつかの実施形態では、第1及び第2のABPは、両ABPの添加された順序にはかかわらず、互いの結合を阻害し合う。いくつかの実施形態では、一方のABPが、別のABPのその抗原に対する結合を、少なくとも25%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、または少なくとも95%低減させる。当業者は、競合アッセイで使用されるABPの濃度を、HLA-ペプチドに対するABPの親和性及びABPの価数に基づいて選択することができる。この定義に記載されているアッセイは例示であり、当業者は、任意の好適なアッセイを利用して、ABPが互いに競合するか否かを判定することができる。好適なアッセイは、例えば、参照によりその全てが組み込まれる、Cox et al., “Immunoassay Methods,” in Assay Guidance Manual [Internet], Updated December 24, 2014 (www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK92434/;accessed September 29, 2015);Silman et al., Cytometry, 2001, 44:30-37;及びFinco et al., J. Pharm. Biomed. Anal., 2011, 54:351-358に記載される。
「エピトープ」という用語は、ABPに対して特異的に結合する抗原の部分を意味する。エピトープは、多くの場合、表面にアクセス可能なアミノ酸残基及び/または糖側鎖からなり、特定の三次元構造特性及び特定の電荷特性を有し得る。立体配座エピトープ及び非立体配座エピトープは、変性溶媒の存在下で前者への結合は失われ得るが、後者への結合は失われ得ないという点で区別される。エピトープは、結合に直接的に関与するアミノ酸残基、及び結合に直接的に的に関与しない他のアミノ酸残基を含み得る。ABPが結合するエピトープは、エピトープ決定のための公知の技術、例えば、異なる点変異を有するHLA-ペプチドバリアント、またはキメラHLA-ペプチドバリアントに対するABP結合を試験することを使用して決定することができる。
本明細書で使用される場合、「同一性」パーセントという用語は、2つ以上の核酸またはポリペプチド配列の文脈において、以下に説明する配列比較アルゴリズム(例えば、BLASTP及びBLASTNまたは当業者が利用可能な他のアルゴリズム)のうちの1つを使用して、または目視検査によって測定されるように、最大対応のために比較及び整列された場合、同一であるヌクレオチドまたはアミノ酸残基の特定のパーセンテージを有する2つ以上の配列または部分配列を指す。このアプリケーションに応じて、パーセント「同一性」は、比較される配列の領域、例えば、機能ドメインにわたって比較される配列の領域にわたって存在してもよいし、あるいは、比較される2つの配列の全長にわたって存在してもよい。
配列比較の場合、典型的には、1つの配列が、試験配列が比較される参照配列として機能する。配列比較アルゴリズムを使用する場合、試験配列及び参照配列をコンピューターに入力し、必要に応じて部分配列座標を指定して、配列アルゴリズムプログラムパラメーターを指定する。次に、配列比較アルゴリズムは、指定されたプログラムパラメータに基づいて、参照配列に対する試験配列(複数可)の同一性配列パーセントを計算する。あるいは、配列の類似性または非類似性は、特定のヌクレオチド、または翻訳された配列の場合、選択された配列位置(例えば、配列モチーフ)のアミノ酸の組み合わせの有無によって確立され得る。
比較のための配列の最適なアラインメントは、例えば、Smith&Waterman,Adv.Appl.Math.2:482(1981)の局所相同性アルゴリズムによって、Needleman&Wunsch,J.Mol.Biol.48:443(1970)の相同性アラインメントアルゴリズムによって、Pearson&Lipman、Proc.Nat’l.Acad.Sci.USA 85:2444(1988)の類似性方法に関する検索によって、これらのアルゴリズムのコンピューター化された実装(Wisconsin Genetics Software Package,Genetics Computer Group、575 Science Dr.,Madison,Wis.のGAP、BESTFIT、FASTA、及びTFASTA、)によって、または目視検査(一般的に、以下のAusubel et al.,を参照のこと)によって行ってもよい。
配列同一性パーセント及び配列類似性を判定するのに適したアルゴリズムの一例は、Altschul et al.,J.Mol.Biol.215:403-410(1990)に記載のBLASTアルゴリズムである。BLAST分析を実行するためのソフトウェアは、米国国立バイオテクノロジー情報センター(National Center for Biotechnology Information)を通じて公開されている。
「保存的置換」または「保存的アミノ酸置換」とは、化学的または機能的に類似したアミノ酸によるアミノ酸置換を指す。類似するアミノ酸を提供する保存的置換表は、当該技術分野において周知である。例として表2~4に提供されるアミノ酸の群は、いくつかの実施形態では、互いの保存的置換とみなされる。
さらなる保存的置換は、例えば、Creighton, Proteins: Structures and Molecular Properties 2nd ed. (1993) W. H. Freeman & Co., New York, NYに見出すことができる。親ABPのアミノ酸残基の1つまたは複数の保存的置換を行うことによって生成されるABPは、「保存的に改変されたバリアント」と呼ばれる。
「アミノ酸」という用語は、天然に存在する一般的な20種のアミノ酸を指す。天然アミノ酸には、アラニン(Ala;A)、アルギニン(Arg;R)、アスパラギン(Asn;N)、アスパラギン酸(Asp;D)、システイン(Cys;C);グルタミン酸(Glu;E)、グルタミン(Gln;Q)、グリシン(Gly;G);ヒスチジン(His;H)、イソロイシン(Ile;I)、ロイシン(Leu;L)、リジン(Lys;K)、メチオニン(Met;M)、フェニルアラニン(Phe;F)、プロリン(Pro;P)、セリン(Ser;S)、トレオニン(Thr;T)、トリプトファン(Trp;W)、チロシン(Tyr;Y)、及びバリン(Val;V)が含まれる。
本明細書で使用されるとき、「ベクター」という用語は、連結されている別の核酸を増殖させることのできる核酸分子を指す。この用語には、自己複製核酸構造としてのベクター、ならびにそのベクターが導入されている宿主細胞のゲノムに組み込まれるベクターが含まれる。特定のベクターは、それらが作動可能に連結された核酸の発現を駆動し得る。本明細書において、そのようなベクターは、「発現ベクター」と呼ばれる。
「宿主細胞」、「宿主細胞株」及び「宿主細胞培養物」という用語は互換的に使用されており、外因性核酸が導入された細胞、及びそのような細胞の子孫を指す。宿主細胞には、「形質転換体」(または「形質転換細胞」)及び「形質転換体」(または「トランスフェクト細胞」)が含まれ、これらにはそれぞれ、一次形質転換またはトランスフェクト細胞及びそれらに由来する子孫が含まれる。このような子孫は、核酸含有量が親細胞と必ずしも完全に同一であるとは限らず、変異を含む可能性がある。
「治療する」という用語(及び「治療する」または「治療」などのその変形)は、それを必要とする対象における疾患もしくは状態の自然な経過を変えようと試みる際の、臨床的介入を指す。治療は、予防目的、及び臨床病理の経過中、の両方において実施され得る。治療による望ましい効果としては、疾患の発生または再発の防止、症状の緩和、疾患の直接的または間接的な病理学的影響の軽減、転移の防止、疾患の進行速度の低下、疾患状態の改善または緩和、及び寛解または予後の改善が挙げられる。
本明細書で使用されるとき、「治療有効量」または「有効量」という用語は、対象に投与したときに疾患もしくは障害を治療するのに有効とされる、本明細書中で提供されるABPまたは医薬組成物の量を指す。
本明細書で使用されるとき、「対象」という用語は、哺乳動物対象を意味する。例示的な対象としては、ヒト、サル、イヌ、ネコ、マウス、ラット、ウシ、ウマ、ラクダ、ヤギ、ウサギ、及びヒツジが挙げられる。特定の実施形態において、対象はヒトである。いくつかの実施形態では、対象の疾患または状態は、本明細書で提供されるABPで治療することができる。いくつかの態様では、疾患または状態は、がんである。いくつかの態様では、疾患または状態は、ウイルス感染である。
「添付文書」という用語は、そのような治療または診断製品の使用に関する適応症、使用法、投与量、投与、組み合わせ療法、禁忌及び/または警告についての情報を含む、治療または診断用製品の市販パッケージに通常含まれる指示を指すために使用される。
「腫瘍」という用語は、悪性または良性にかかわらず、全ての新生物細胞の増殖及び増殖、ならびに全ての前がん性及びがん性の細胞及び組織を指す。「がん」、「がん性」、「細胞増殖性障害」、「増殖性障害」、及び「腫瘍」という用語は、本明細書で言及されるとき、相互に排他的ではない。「細胞増殖性障害」及び「増殖性障害」という用語は、ある程度の異常な細胞増殖に関連する障害を指す。いくつかの実施形態では、細胞増殖性疾患は、がんである。いくつかの態様では、腫瘍は固形腫瘍である。いくつかの態様では、腫瘍は血液悪性腫瘍である。
「医薬組成物」という用語は、その中に含まれている有効成分の生物活性を、対象を治療するのに有効にし得るような形態であり、かつ医薬組成物で提供されている量では対象に対し許容できないほど毒性である追加成分を含まない、調製物を指す。
「調節する」及び「調節」という用語は、列挙された変数を低減または阻害するか、代替的に、活性化または増加することを指す。
「増加させる」及び「活性化する」という用語は、列挙された変数において10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、100%、2倍、3倍、4倍、5倍、10倍、20倍、50倍、100倍またはそれを超える増分を指す。
「低減させる」及び「阻害する」という用語は、列挙された変数において10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、で2倍、3倍、4倍、5倍、10倍、20倍、50倍、100倍またはそれを超える減分を指す。
「刺激する」という用語は、受容体シグナル伝達を活性化して、受容体の活性化に関連する生物学的応答を誘導することを指す。「アゴニスト」とは、受容体に結合して刺激する実体である。
「拮抗する」という用語は、受容体シグナル伝達の阻害によって、受容体の活性化に関連する生物学的応答を阻害することを指す。「アンタゴニスト」とは、受容体に結合して拮抗する実体である。
「核酸」及び「ポリヌクレオチド」という用語は、本明細書で互換的に使用されてもよく、任意の長さのヌクレオチドの多量体型、デオキシリボヌクレオチドもしくはリボヌクレオチドのいずれかまたはその類似体を指す。ポリヌクレオチドとしては、非限定的に、遺伝子または遺伝子フラグメントのコード領域または非コード領域、連鎖解析から明らかにされた遺伝子座(遺伝子座)、エクソン、イントロン、メッセンジャーRNA(mRNA)、cDNA、組み換えポリヌクレオチド、分岐ポリヌクレオチド、プラスミド、ベクター、単離DNA、単離RNA、核酸プローブ、及びプライマーを挙げることができる。ポリヌクレオチドは、メチル化ヌクレオチド及びヌクレオチド類似体のような、修飾されたヌクレオチドを含み得る。例示的な修飾ヌクレオチドとしては、例えば、5-フルオロウラシル、5-ブロモウラシル、5-クロロウラシル、5-ヨードウラシル、ヒポキサンチン、キサンチン、4-アセチルシトシン、5-(カルボキシヒドロキシメチル)ウラシル、5-カルボキシメチルアミノメチル-2-チオウリジン、5-カルボキシメチルアミノメチルウラシル、ジヒドロウラシル、β-D-ガラクトシルケオシン、イノシン、N6-イソペンテニルアデニン、1-メチルグアニン、1-メチルイノシン、2,2-ジメチルグアニン、2-メチルアデニン、2-メチルグアニン、3-メチルシトシン、5-メチルシトシン、N6-置換アデニン、7-メチルグアニン、5-メチルアミノメチルウラシル、5-メトキシアミノメチル-2-チオウラシル、β-D-マンノシルケオシン、5’-メトキシカルボキシメチルウラシル、5-メトキシウラシル、2-メチルチオN6-イソペンテニルアデニン、ウラシル-5-オキシ酢酸(v)、ワイブトキソシン、プソイドウラシル、クオシン、2-チオシトシン、5-メチル-2-チオウラシル、2-チオウラシル、4-チオウラシル、5-メチルウラシル、ウラシル-5-オキシ酢酸メチルエステル、3-(3-アミノ-3-N-2-カルボキシプロピル)ウラシル、及び2,6-ジアミノプリンが挙げられる。
本明細書で使用される場合、「抗原」という用語は、免疫応答を誘導する物質である。抗原は新抗原であり得る。抗原は、特定の集団、例えば、がん患者の特定の集団の間で見出される抗原である「共有抗原」であってもよい。抗原としては、HLA-ペプチド抗原が挙げられる。
本明細書で使用される場合、「新抗原」という用語は、例えば、腫瘍細胞における変異または腫瘍細胞に特異的な翻訳後修飾を介して、対応する野生型抗原とは区別される少なくとも1つの変更を有する抗原である。いくつかの実施形態では、変更は腫瘍またはがん細胞で起こる。いくつかの実施形態では、変更は、非腫瘍細胞または非がん細胞では起こらない。いくつかの実施形態では、変更は正常組織には存在しない。新抗原は、ポリペプチド配列またはヌクレオチド配列を含み得る。変異には、フレームシフトまたは非フレームシフトインデル、ミスセンスまたはナンセンス置換、スプライス部位の変化、ゲノム再配列もしくは遺伝子融合、またはネオORFを引き起こす任意のゲノムもしくは発現の変更が含まれ得る。変異には、スプライスバリアントも含んでもよい。腫瘍細胞に特異的な翻訳後修飾には、異常なリン酸化が含まれ得る。腫瘍細胞に特異的な翻訳後修飾としては、プロテアソームで生成されたスプライシング抗原も含まれ得る。Liepe et al.,A large fraction of HLA class I ligands are proteasome-generated spliced peptides;Science.2016 Oct 21;354(6310):354-358を参照のこと。新抗原は、特定の集団(例えば、がん患者の特定の集団)の複数の患者の間で見られる場合、共有された新抗原であり得る。新抗原には、HLA-ペプチド新抗原も含み得る。
本明細書で使用される場合、「HLA-ペプチド」、「pHLA」、「ペプチド-HLA」、及び「ペプチド-HLA複合体」という用語は、本明細書では互換的に使用され、HLAクラスI分子と複合体を形成したHLA-拘束ペプチドを含む抗原であって、このHLA拘束ペプチドが、HLAクラスI分子のα1/α2ヘテロ二量体部分のペプチド結合溝に位置している、抗原を指す。そのような抗原は、特定のHLAクラスIサブタイプと複合体を形成した規定のアミノ酸配列を有する特定のHLA-拘束ペプチドによって規定される。
いくつかの実施形態において、「HLA-ペプチド新抗原」、「pHLA新抗原」、及び「ペプチド-HLA新抗原」は、本明細書において交換可能に使用され、それを対応する野生型HLA-ペプチド抗原から、例えば、腫瘍細胞における変異または腫瘍細胞に特異的な翻訳後修飾を介して区別する、少なくとも1つの変更を含むHLA-ペプチドを指す。いくつかの実施形態において、少なくとも1つの変更は、拘束ペプチド配列にあり、その結果、HLA-ペプチド新抗原の拘束ペプチドは、変更なしで対応する拘束ペプチド配列、例えば、野生型配列を含む拘束ペプチドと区別される。
例示的なHLA-ペプチド新抗原及び共有HLA-ペプチド新抗原は、表A(配列番号10,755~21,015)、AACR GENIE結果(配列番号21,016~29,357)、及び配列番号29358~29364に示されている;対応する遺伝子及び各抗原に関連する体細胞の変更も示されている。このようなpHLA新抗原及び共有pHLA新抗原は、投与を介して対象に免疫応答を誘導するのに有用である。本明細書に記載の患者選択方法などの様々な診断方法を使用することにより、投与のための対象を特定し得る。
本明細書で使用される場合、「腫瘍抗原」という用語は、対象の腫瘍細胞もしくは組織に存在するが、対象の対応する正常細胞もしくは組織には存在しないか、または正常な細胞もしくは組織と比較して腫瘍細胞もしくはがん性組織において発現が変化することが知られているかもしくは見出されているポリペプチドに由来する抗原である。
本明細書で使用される場合、「候補抗原」という用語は、抗原を表し得る配列を生じさせる変異または他の異常である。
本明細書で使用される場合、「コード領域」という用語は、タンパク質をコードする遺伝子の部分(複数可)である。
本明細書で使用される場合、「コーディング変異」という用語は、コーディング領域で発生する変異である。
本明細書で使用される場合、「ORF」という用語は、オープンリーディングフレームを意味する。
本明細書で使用される場合、「ネオORF」という用語は、変異またはスプライシングなどの他の逸脱から生じる腫瘍特異的ORFである。
本明細書で使用される場合、「ミスセンス変異」という用語は、あるアミノ酸から別のアミノ酸への置換を引き起こす変異である。
本明細書で使用される場合、「ナンセンス変異」という用語は、アミノ酸から終止コドンへの置換を引き起こすか、または標準的な開始コドンの除去を引き起こす変異である。
本明細書で使用される場合、「フレームシフト変異」という用語は、タンパク質のフレームに変化を引き起こす変異である。
本明細書で使用される場合、「インデル」という用語は、1つまたは複数の核酸の挿入または欠失である。
本明細書で使用される場合、「ノンストップまたはリードスルー」という用語は、天然の終止コドンの除去を引き起こす変異である。
HLA-ペプチド抗原
主要組織適合性複合体(MHC)は、連鎖している遺伝子座の群によってコードされる複合体であり、マウスではH-2、ヒトではHLAと総称される。MHC抗原の2つの主要なクラスであるクラスIとクラスIIはそれぞれ、組織のタイプを決定しかつ移植の適合性を判定する役割を果たす、一連の細胞表面糖タンパク質を含む。移植反応では、細胞障害性T細胞(CTL)は主にクラスI糖タンパク質に応答し、ヘルパーT細胞は主にクラスII糖タンパク質に応答する。
主要組織適合性複合体(MHC)は、連鎖している遺伝子座の群によってコードされる複合体であり、マウスではH-2、ヒトではHLAと総称される。MHC抗原の2つの主要なクラスであるクラスIとクラスIIはそれぞれ、組織のタイプを決定しかつ移植の適合性を判定する役割を果たす、一連の細胞表面糖タンパク質を含む。移植反応では、細胞障害性T細胞(CTL)は主にクラスI糖タンパク質に応答し、ヘルパーT細胞は主にクラスII糖タンパク質に応答する。
ヒト主要組織適合性複合体(MHC)クラスI分子は、本明細書においてHLAクラスI分子と互換的に呼ばれており、ほぼ全ての細胞の表面上に発現している。これらの分子は、α-βT細胞受容体との相互作用を介して、そのほとんどが内因性で合成されたタンパク質に由来するペプチドを、例えばCD8+T細胞に提示する際に機能する。クラスI MHC分子は、12kDaの軽鎖β2マイクログロブリンと非共有結合で会合する46kDaのα鎖で構成されるヘテロ二量体を含む。α鎖は一般に、α1及びα2ドメインを含み、これらのドメインは、HLA拘束ペプチドを提示するための溝、及びT細胞のCD8共受容体と相互作用するα3原形質膜貫通ドメインを形成している。図1には、クラスI HLA分子の一般的な構造が描かれている。一部のTCRは、CD8共受容体と独立してMHCクラスIに結合できる(例えば、Kerry SE, Buslepp J, Cramer LA, et al. Interplay between TCR Affinity and Necessity of Coreceptor Ligation: High-Affinity Peptide-MHC/TCR Interaction Overcomes Lack of CD8 Engagement.Journal of immunology(Baltimore, Md:1950).2003;171(9):4493-4503を参照されたい)。
クラスI MHC拘束ペプチド(本明細書中で、互換的にHLA拘束抗原、HLA拘束ペプチド、抗原性ペプチド、MHC拘束抗原、拘束ペプチド、またはペプチドとも呼ばれる)は一般的に、MHC分子の対応する結合ポケットと相互作用する約2つまたは3つのアンカー残基を介して重鎖α1-α2溝に結合する。β-2マイクログロブリン鎖は、MHCクラスIの細胞内輸送、ペプチド結合、構造安定性に重要な役割を果たしている。ほとんどのクラスI分子では、MHCクラスI重鎖、ペプチド(自己、非自己、及び/または抗原性)とβ2マイクログロブリンのヘテロ三量体複合体の形成によって、タンパク質が成熟し細胞表面に輸送される。
所与のHLAサブタイプのHLA拘束ペプチドへの結合により、例えばT細胞上のTCRなどのABPによって特異的に認識され得る固有かつ新規な表面との複合体が形成される。
したがって、特定のHLAサブタイプと複合体を形成する規定のアミノ酸配列を有する特定のHLA拘束ペプチドを含む、HLA-ペプチド抗原が本明細書で提供されている。
本明細書で同定されるHLA-ペプチド抗原は、がん免疫療法に有用であり得る。いくつかの実施形態では、本明細書中に同定されているHLA-ペプチド標的は、腫瘍細胞の表面上に提示される。本明細書で同定されるHLA-ペプチド抗原は、ヒト対象の腫瘍細胞によって発現され得る。本明細書で同定されるHLA-ペプチド抗原は、ヒト対象の集団における腫瘍細胞によって発現され得る。例えば、本明細書で同定されるHLA-ペプチド抗原は、がんを有するヒト対象の集団で共通に発現される共有HLA-ペプチド抗原であり得る。
本明細書で同定されるHLA-ペプチド抗原は、個々の腫瘍タイプの有病率を有し得る。個々の腫瘍タイプの有病率は、約0.1%、0.2%、0.3%、0.4%、0.5%、0.6%、0.7%、0.8%、0.9%、1%、1%、2%、3%、4%、5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、12%、13%、14%、15%、16%、17%、18%、19%、20%、21%、22%、23%、24%、25%、26%、27%、28%、29%、30%、31%、32%、33%、34%、35%、36%、37%、38%、39%、40%、41%、42%、43%、44%、45%、46%、47%、48%、49%、50%、51%、52%、53%、54%、55%、56%、57%、58%、59%、60%、61%、62%、63%、64%、65%、66%、67%、68%、69%、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%であり得る。個々の腫瘍タイプの有病率は、約0.1%~100%、0.2~50%、0.5~25%、または1~10%であり得る。
pHLA新抗原の例示的なHLAクラスIサブタイプ
ヒトにおいて、多くのMHCハプロタイプが存在する(本明細書では、MHCサブタイプ、HLAサブタイプ、MHCタイプ、及びHLAタイプと互換的に呼ばれている)。例示的なHLAサブタイプとしては、ほんの一例として、2桁、4桁、6桁、8桁のサブタイプが挙げられる。HLAクラス対立遺伝子の完全なリストは、http://hla.alleles.org/alleles/に見出すことができる。例えば、HLAクラスI対立遺伝子の完全なリストは、http://hla.alleles.org/alleles/class1.htmlに見出すことができる。例示的なHLAクラスIサブタイプは、表A(配列番号10,755~21,015を参照)において、AACR GENIEの結果(配列番号21,016~29,357を参照)において、及び本明細書に開示される配列番号29358~29364に開示されるHLAサブタイプのいずれかを含む。表Aの新抗原及びAACR GENIEの結果は、2019年5月23日に提出されたPCT/US2019/033830に開示されており、この出願は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
ヒトにおいて、多くのMHCハプロタイプが存在する(本明細書では、MHCサブタイプ、HLAサブタイプ、MHCタイプ、及びHLAタイプと互換的に呼ばれている)。例示的なHLAサブタイプとしては、ほんの一例として、2桁、4桁、6桁、8桁のサブタイプが挙げられる。HLAクラス対立遺伝子の完全なリストは、http://hla.alleles.org/alleles/に見出すことができる。例えば、HLAクラスI対立遺伝子の完全なリストは、http://hla.alleles.org/alleles/class1.htmlに見出すことができる。例示的なHLAクラスIサブタイプは、表A(配列番号10,755~21,015を参照)において、AACR GENIEの結果(配列番号21,016~29,357を参照)において、及び本明細書に開示される配列番号29358~29364に開示されるHLAサブタイプのいずれかを含む。表Aの新抗原及びAACR GENIEの結果は、2019年5月23日に提出されたPCT/US2019/033830に開示されており、この出願は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
例示的なHLA拘束ペプチド
「拘束ペプチド」としてのHLA拘束ペプチド(本明細書では交換可能に呼ばれる)は、腫瘍関連新生抗原、例えば、共有新抗原のペプチドフラグメントであり得る。このペプチドフラグメントは、表A(配列番号10,755~21,015を参照)において、AACR GENIE結果(配列番号21,016~29,357を参照)において、及び本明細書に開示される配列番号29358~29364に開示されているアミノ酸配列のいずれかを含み得る。表Aの新抗原及びAACRGENIEの結果は、2019年5月23日に提出されたPCT/US2019/033830に開示されており、この出願は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
「拘束ペプチド」としてのHLA拘束ペプチド(本明細書では交換可能に呼ばれる)は、腫瘍関連新生抗原、例えば、共有新抗原のペプチドフラグメントであり得る。このペプチドフラグメントは、表A(配列番号10,755~21,015を参照)において、AACR GENIE結果(配列番号21,016~29,357を参照)において、及び本明細書に開示される配列番号29358~29364に開示されているアミノ酸配列のいずれかを含み得る。表Aの新抗原及びAACRGENIEの結果は、2019年5月23日に提出されたPCT/US2019/033830に開示されており、この出願は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
したがって、本明細書に開示されるのは、本明細書に開示される方法によって同定される腫瘍特異的突然変異を含む単離されたペプチド、既知の腫瘍特異的変異を含むペプチド、及び本明細書に開示される方法によって同定される変異ポリペプチドまたはそのフラグメントである。新抗原ペプチドは、それらのコード配列の文脈で説明され得、新抗原は、関連するポリペプチド配列をコードするヌクレオチド配列(例えば、DNAまたはRNA)を含む。
ペプチド、例えば、正常な細胞または組織と比較して、腫瘍細胞またはがん性組織において変化した発現を有することが知られているかまたは見出された任意のポリペプチドに由来する拘束ペプチド、例えば、正常な細胞または組織と比較して、腫瘍細胞またはがん性組織で異常に発現することが知られているかまたは見出されている任意のポリペプチドも本明細書に開示される。拘束ペプチドを誘導し得る適切なポリペプチドは、例えば、COSMICデータベースで見つけることができる。COSMICは、ヒトのがんにおける体細胞変異に関する包括的な情報を整理する。いくつかの実施形態において、拘束ペプチドは、腫瘍特異的変異を含む。
1つまたは複数の拘束ペプチドは、以下のうちの少なくとも1つを含み得る:8~15、8、9、10、11、12、13、14、または15アミノ酸の長さのMHCクラスIペプチドの場合、1000nM未満のIC50値を有するMHCとの結合親和性、プロテアソーム切断を促進するペプチド内またはその近くの配列モチーフの存在、及びTAP輸送を促進する配列モチーフの存在。
拘束ペプチドは、約5、約6、約7、約8、約9、約10、約11、約12、約13、約14、または約15アミノ酸残基というサイズを有してもよく、それから誘導可能な任意の範囲であってもよい。特定の実施形態では、この拘束ペプチドは、約8、約9、約10、約11、または約12アミノ酸分子残基というサイズを有する。この拘束ペプチドは、約5~15アミノ酸長であってもよく、好ましくは、約7~13アミノ酸長であってもよく、またはより好ましくは、約8~12アミノ酸長であってもよい。
例示的な共有HLA-ペプチド新抗原
例示的な共有HLA-ペプチド新抗原は、表A(配列番号10,755~21,015を参照)において、AACR GENIE結果(配列番号21,016~29,357を参照)、及び本明細書に開示される配列番号29358~29364に示されている。表Aの新抗原及びAACR GENIEの結果は、2019年5月23日に提出されたPCT/US2019/033830に開示されており、この出願は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
例示的な共有HLA-ペプチド新抗原は、表A(配列番号10,755~21,015を参照)において、AACR GENIE結果(配列番号21,016~29,357を参照)、及び本明細書に開示される配列番号29358~29364に示されている。表Aの新抗原及びAACR GENIEの結果は、2019年5月23日に提出されたPCT/US2019/033830に開示されており、この出願は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
1つまたは複数のHLA-ペプチド新抗原が、腫瘍の表面に提示され得る。
1つまたは複数のHLA-ペプチド新抗原が、例えば、対象においてT細胞応答またはB細胞応答を誘発し得る、腫瘍を有する対象において免疫原性であり得る。
必要に応じて、より長いペプチドをいくつかの方法で設計し得る。あるケースでは、HLA対立遺伝子上のペプチドの提示の可能性が予測されるかまたは既知である場合、より長いペプチドは次のいずれかで構成され得る:(1)対応する遺伝子産物のN末端及びC末端に対して2~5アミノ酸伸長している個々の提示されたペプチド;(2)提示されたペプチドの一部または全てとそれぞれの伸長配列との連結。別のケースでは、配列決定により腫瘍に存在する長い(>10残基)ネオエピトープ配列の存在が明らかになった場合(例えば、フレームシフト、リードスルー、または新しいペプチド配列につながるイントロンの包含に起因して)、より長いペプチドは次のもので構成される:3)新規の腫瘍特異的アミノ酸の全体のストレッチ(これによって、最強のHLA提示のより短いペプチドの計算またはインビトロ試験ベースの選択の必要性を回避する)。どちらの場合も、より長いペプチドを使用すると、患者細胞による内因性プロセシングが可能になり、より効果的な抗原提示及びT細胞応答の誘導につながる可能性がある。
抗原性ペプチド及びポリペプチドは、HLAタンパク質上に提示され得る。いくつかの態様において、抗原性ペプチド及びポリペプチドは、野生型ペプチドよりも高い親和性でHLAタンパク質上に提示される。いくつかの態様では、抗原ペプチドまたはポリペプチドは、少なくとも5000nM未満、少なくとも1000nM未満、少なくとも500nM未満、少なくとも250nM未満、少なくとも200nM未満、少なくとも150nM未満、少なくとも100nM未満、少なくとも50nM未満のIC50を有し得る。
いくつかの態様では、抗原性ペプチド及びポリペプチドは、対象に投与された場合、自己免疫応答を誘発せず、及び/または免疫寛容を引き起こさない。
少なくとも2つ以上の抗原性ペプチドを含む組成物も提供される。いくつかの実施形態において、この組成物は、少なくとも2つの別個のペプチドを含む。少なくとも2つの異なるペプチドが同じポリペプチドに由来してもよい。別個のポリペプチドとは、ペプチドが長さ、アミノ酸配列、またはその両方によって変化することを意味する。このペプチドは、腫瘍特異的変異を含むことが知られているかまたは含むことが見出された任意のポリペプチド、または正常細胞もしくは組織と比較して腫瘍細胞もしくはがん性組織において変化した発現を有することが知られているかまたは見出された任意のポリペプチドに由来するペプチド、例えば、正常な細胞もしくは組織と比較して、腫瘍細胞もしくはがん性組織において異常に発現されることが知られている、または見出されている任意のポリペプチドに由来する。抗原ペプチドが誘導され得る適切なポリペプチドは、例えば、COSMICデータベースまたはAACRゲノミクスエビデンス新生物情報交換(Genomics Evidence Neoplasia Information Exchange)(GENIE)データベースで見つけることができる。COSMICは、ヒトのがんにおける体細胞変異に関する包括的な情報を整理する。AACR GENIEは、臨床グレードのがんゲノムデータを集約し、数万人のがん患者からの臨床転帰と関連付ける。ペプチドには腫瘍特異的変異が含まれている。いくつかの態様において、腫瘍特異的突然変異は、特定のがんタイプのドライバー変異である。
所望の活性または特性を有する抗原性ペプチド及びポリペプチドを修飾して、特定の所望の属性、例えば、改善された薬理学的特性を提供する一方で、所望のMHC分子に結合し、適切なT細胞を活性化するための未修飾ペプチドの生物学的活性の実質的に全てを増加または少なくとも保持し得る。例えば、抗原性ペプチド及びポリペプチドは、保存的または非保存的のいずれかの置換などの様々な変化を受ける可能性があり、そのような変化は、改善されたMHC結合、安定性または提示などのそれらの使用における特定の利点を提供し得る。保存的置換とは、アミノ酸残基を生物学的及び/または化学的に類似している別の残基、例えば、ある疎水性残基を別の残基に、またはある極性残基を別の残基に置き換えることを意味する。置換には、Gly、Ala;Val、Ile、Leu、Met;Asp、Glu;Asn、Gln;Ser、Thr;Lys、Arg;及びPhe、Tyrなどの組み合わせが挙げられる。単一アミノ酸置換の効果は、D-アミノ酸を使用して調べることもできる。そのような修飾は、例えば、Merrifield,Science 232:341-347(1986),Barany&Merrifield,The Peptides、Gross&Meienhofer、eds(N.Y.、Academic Press)、pp.1-284(1979);及びStewart&Young,Solid Phase Peptide Synthesis,(Rockford、Ill.,Pierce),2d Ed.(1984)に記載されているように、周知のペプチド合成手順を使用して行ってもよい。
様々なアミノ酸模倣物または非天然アミノ酸によるペプチド及びポリペプチドの修飾は、インビボでのペプチド及びポリペプチドの安定性を高めるのに特に有用であり得る。安定性は、多数の方法で分析され得る。例えば、ペプチダーゼ、ならびに、ヒトの血漿及び血清などの様々な生物学的媒体が、安定性を試験するために使用されてきた。例えば、Verhoef et al.,Eur.J.Drug Metab Pharmacokin.11:291-302(1986)を参照のこと。ペプチドの半減期は、25%ヒト血清(v/v)アッセイを使用して簡便に決定され得る。プロトコールは一般的に次のとおりである。プールされたヒト血清(タイプAB、非熱不活化)は、使用前に遠心分離によって脱脂される。次に、血清をRPMI組織培養培地で25%に希釈し、ペプチドの安定性を試験するために使用する。所定の時間間隔で、少量の反応溶液を除去し、6%トリクロロ酢酸水溶液またはエタノールのいずれかに添加する。濁った反応試料を15分間冷却(4℃)した後、スピンさせて沈殿した血清タンパク質をペレット化する。次に、ペプチドの存在を、安定性-固有のクロマトグラフィー条件を使用した逆相HPLCによって確認する。
ペプチド及びポリペプチドは、血清半減期の改善以外の所望の属性を提供するように改変し得る。例えば、CTL活性を誘導するペプチドの能力は、Tヘルパー細胞応答を誘導し得る少なくとも1つのエピトープを含む配列への連結によって増強され得る。免疫原性ペプチド/Tヘルパーコンジュゲートは、スペーサー分子によって連結され得る。スペーサーは通常、生理学的条件下では実質的に帯電していない、アミノ酸またはアミノ酸模倣物などの比較的小さな中性分子で構成されている。スペーサーは、典型的には、例えば、Ala、Gly、または非極性アミノ酸または中性極性アミノ酸の他の中性スペーサーから選択される。任意選択で存在するスペーサーは、同じ残基で構成される必要はなく、したがって、ヘテロオリゴマーであっても、またはホモオリゴマーであってもよいことが理解されよう。存在する場合、スペーサーは通常、少なくとも1つまたは2つの残基、より通常は3つから6つの残基になる。あるいは、ペプチドはスペーサーなしでTヘルパーペプチドに連結し得る。
抗原性ペプチドは、ペプチドのアミノ末端またはカルボキシ末端のいずれかで直接またはスペーサーを介して、Tヘルパーペプチドに連結され得る。抗原ペプチドまたはTヘルパーペプチドのいずれかのアミノ末端をアシル化してもよい。例示的なTヘルパーペプチドとしては、破傷風トキソイド830-843、インフルエンザ307-319、マラリアスポロゾイト周囲382-398及び378-389が挙げられる。
タンパク質またはペプチドは、標準的な分子生物学的技術によるタンパク質、ポリペプチドもしくはペプチドの発現、天然源からのタンパク質もしくはペプチドの単離、またはタンパク質もしくはペプチドの化学合成を含む、当業者に公知の任意の技術によって作製され得る。様々な遺伝子に対応するヌクレオチド及びタンパク質、ポリペプチド及びペプチド配列は以前に開示されており、当業者に公知のコンピューター化されたデータベースで見出され得る。そのようなデータベースの1つは、国立衛生研究所のウェブサイトにある米国国立バイオテクノロジー情報センター(National Center for Biotechnology Information)のGenbank及びGenPeptデータベースである。公知の遺伝子のコード領域は、本明細書に開示される技術を使用して、または当業者に公知であるように、増幅及び/または発現し得る。あるいは、タンパク質、ポリペプチド、及びペプチドの様々な市販の調製物が当業者に公知である。
いくつかの実施形態において、抗原は、抗原性ペプチドまたはその一部をコードする核酸(例えば、ポリヌクレオチド)を含み得る。このポリヌクレオチドは、例えば、DNA、cDNA、PNA、CNA、RNA(例えば、mRNA)、一本鎖及び/もしくは二本鎖のいずれか、またはポリヌクレオチドの天然もしくは安定化形態、例えば、ホスホロチオエート骨格を有するポリヌクレオチド、またはそれらの組み合わせであってもよく、及びイントロンを含む場合と含まない場合がある。
さらなる態様は、ポリペプチドまたはその一部を発現し得る発現ベクターを提供する。異なる細胞型の発現ベクターは当技術分野で周知であり、過度の実験なしに選択され得る。一般に、DNAはプラスミドなどの発現ベクターに適切な方向で挿入され、発現のための正しいリーディングフレームになります。必要に応じて、DNAは、目的の宿主によって認識される適切な転写及び翻訳調節制御ヌクレオチド配列に連結され得るが、そのような制御は一般に発現ベクターで利用可能である。次に、ベクターは標準的な手法で宿主に導入される。ガイダンスは、例えば、Sambrook et al.(1989)Molecular Cloning, A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor,N.Yに見出され得る。
拘束ペプチドリガンドと会合しないHLAクラスI分子は一般に不安定である。したがって、拘束ペプチドとHLA分子のα1/α2溝との会合によって、HLAサブタイプのβ2マイクログロブリンサブユニットとHLAサブタイプのαサブユニットとの非共有結合の会合が安定化し得る。
HLAサブタイプのβ2マイクログロブリンサブユニットとHLAサブタイプのαサブユニットとの非共有結合の会合の安定性は、任意の好適な手段を使用して判定することができる。例えば、そのような安定性は、高濃度の尿素(例えば、約8M尿素)にHLA分子の不溶性凝集体を溶解し、例えば、透析による尿素除去など、尿素除去中に拘束ペプチドの存在下でHLA分子がリフォールディングする能力を判別することによって、評価することができる。このようなリフォールディングアプローチは、例えば、参照によりその全てが組み込まれる、Proc.Natl.Acad.Sci.USA Vol.89,pp.3429-3433,April 1992に記載されている。
他の例では、そのような安定性は、条件付きHLAクラスIリガンドを使用して評価され得る。条件付きHLAクラスIリガンドは、一般に短い拘束ペプチドとして設計されており、HLA分子のα1/α2溝に結合することにより、HLAクラスI分子のβ2及びαサブユニットの会合を安定化させ、かつ、1つまたは複数のアミノ酸修飾を含むことにより、条件刺激に曝露されるときに拘束ペプチドが切断するのを可能にしている。条件付きリガンドが切断する際に、そのような条件付きリガンドが、α1/α2溝に結合してHLA分子を安定化する拘束ペプチドと交換されない限り、HLA分子のβ2及びαサブユニットが解離する。条件付きリガンドは、公知のHLA-ペプチドリガンドまたは予測された高親和性HLA-ペプチドリガンド内にアミノ酸修飾を導入することによって設計され得る。また、構造情報が利用可能なHLA対立遺伝子の場合、側鎖の水へのアクセス性を利用して、アミノ酸修飾を導入する位置を選択することもできる。条件付きHLAリガンドを使用するとは、安定したHLA-ペプチド複合体のバッチ調製を可能にし、これを利用して試験拘束ペプチドをハイスループットで調査することが可能となるために有利であり得る。条件付きHLAクラスIリガンド、及び製造方法は、例えば、Proc Natl Acad Sci U S A. 2008 Mar 11;105(10): 3831-3836;Proc Natl Acad Sci U S A. 2008 Mar 11;105(10): 3825-3830;J Exp Med. 2018 May 7;215(5): 1493-1504;Choo, J. A. L. et al. Bioorthogonal cleavage and exchange of major histocompatibility complex ligands by employing azobenzene-containing peptides. Angew Chem Int Ed Engl 53, 13390-13394 (2014);Amore, A. et al. Development of a Hypersensitive Periodate-Cleavable Amino Acid that is Methionine- and Disulfide-Compatible and its Application in MHC Exchange Reagents for T Cell Characterisation. ChemBioChem 14, 123-131 (2012);Rodenko, B. et al. Class I Major Histocompatibility Complexes Loaded by a Periodate Trigger. J Am Chem Soc 131, 12305-12313 (2009);及びChang, C. X. L. et al. Conditional ligands for Asian HLA variants facilitate the definition of CD8+ T-cell responses in acute and chronic viral diseases. Eur J Immunol 43, 1109-1120 (2013)に記載されている。これらの参照文献は参照によりその全体が組み込まれる。
したがって、いくつかの実施形態では、本明細書中に記載の、例えば、表A(配列番号10,755~21,015)、AACR GENIE結果(配列番号21,016~29,357)において、または配列番号29358~29364において、HLA拘束ペプチドが、HLA分子のβ2及びαサブユニットの会合を安定化させる能力は、条件付きリガンド媒介交換反応及びHLA安定性のアッセイを実行することによって評価される。HLAの安定性は、例えば、質量分析、イムノアッセイ(例えば、ELISA)、サイズ排除クロマトグラフィー、HLA多量体染色、それに続くT細胞のフローサイトメトリー評価などを含む、任意の好適な方法を使用してアッセイできる。
HLAサブタイプのβ2マイクログロブリンサブユニットとHLAサブタイプのαサブユニットとの非共有結合の会合の安定性を評価するための他の例示的な方法には、ジペプチドを使用するペプチド交換が挙げられる。ジペプチドを使用したペプチド交換は、例えば、参照によりその全てが組み込まれる、Proc Natl Acad Sci U S A. 2013 Sep 17,110(38):15383-8;Proc Natl Acad Sci U S A.2015 Jan 6,112(1):202-7に記載されている。
HLA-ペプチド抗原は、単離されていてもよく、及び/または実質的に純粋な形態であってもよい。例えば、HLA-ペプチド抗原は、自然環境から単離されていてもよく、または、技術プロセスによって生成されてもよい。場合によっては、HLA-ペプチド抗原は、他のペプチドまたはタンパク質を実質的に含まない形態で提供される。
HLA-ペプチド抗原は、可溶性形態で提供されてもよく、任意選択で、組み換えHLA-ペプチド抗原複合体であってもよい。当業者であれば、組み換えHLA-ペプチド抗原を生成及び精製するための任意の好適な方法を使用し得る。好適な方法としては、例えば、大腸菌(E.coli)発現系、昆虫細胞などの使用が挙げられる。他の方法としては、例えば、無細胞系を使用する合成生産が挙げられる。例示的な好適な無細胞系は、参照によりその全てが組み込まれる、WO2017089756に記載されている。
また、HLA-ペプチド抗原を含む組成物も、本明細書中に提供されている。
場合によっては、本組成物は、固体担体に結合したHLA-ペプチド標的を含む。固体担体の例としては、限定されるものではないが、ビーズ、ウェル、メンブレン、チューブ、カラム、プレート、セファロース、磁気ビーズ、及びチップが挙げられる。例示的な固体担体は、例えば、参照によりその全てが組み込まれる、Catalysts 2018,8,92;doi:10.3390/catal8020092に記載される。
HLA-ペプチド抗原は、当該技術分野において公知の任意の好適な方法によって固体担体に結合させることができる。場合によっては、HLA-ペプチド抗原は、固体担体に共有結合されている。
場合によっては、HLA-ペプチド抗原は、親和性結合対を介して固体担体に結合している。親和性結合対は、一般に、2つの分子間の特定の相互作用に含まれる。その結合パートナー分子に対して親和性を有するリガンドを、固体担体に共有結合させてもよく、したがって、このリガンドは、固定化用のベイトとして使用される。一般的な親和性結合対としては、例えば、ストレプトアビジンとビオチン、アビジンとビオチン;銅、ニッケル、亜鉛、及びコバルトなどの金属イオンを有するポリヒスチジンタグなどが挙げられる。したがって、本明細書には、本明細書に開示されるHLA-ペプチド抗原を含む組成物が提供され、ここでこのHLA-ペプチド抗原は、親和性タグに共有結合されている。
HLA-ペプチド抗原は、検出可能標識を含み得る。いくつかの実施形態では、HLA-ペプチド抗原は、検出可能標識と複合体化される。いくつかの実施形態では、検出可能標識は、β2マイクログロブリン結合分子、例えば、標識抗体、例えば、蛍光色素標識抗体を含む。
本明細書ではまた、HLA-ペプチド抗原を含む医薬組成物である。
HLA-ペプチド標的を含む組成物は、医薬組成物であり得る。そのような組成物は、複数のHLA-ペプチド抗原を含み得る。例示的な医薬組成物は、本明細書中に記載されている。本組成物は、免疫応答を誘発する能力を有し得る。この組成物は、アジュバントを含んでもよい。好適なアジュバントの例としては、非限定的に、1018 ISS、ミョウバン、アルミニウム塩、Amplivax、AS15、BCG、CP-870、893、CpG7909、CyaA、dSLIM、GM-CSF、IC30、IC31、イミキモド、ImuFact IMP321、ISパッチ、ISS、ISCOMATRIX、JuvImmune、LipoVac、MF59、モノホスホリル脂質A、モンタニドIMS 1312、モンタニドISA 206、モンタニドISA 50V、モンタニドISA-51、OK-432、OM-174、OM-197-MP-EC、ONTAK、PepTelベクターシステム、PLG微粒子、レシキモド、SRL172、ビロソーム及びその他のウイルス様粒子、YF-17D、VEGFトラップ、R848、βグルカン、Pam3Cys、ならびにAquila製のQS21スティミュロン(Aquillia Biotech、Worcester、Mass.,USA、)で、サポニン、マイコバクテリア抽出物、合成細菌の細胞壁模倣物及び他のプロプラエタリー、例えば、Ribi’s Detox.QuillまたはSuperfosのアジュバント由来のものが、挙げられる。不完全フロイントまたはやGM-CSFなどのアジュバントが、有用である。樹状細胞及びそれらの調製に対して特異的ないくつかの免疫学的アジュバント(例えば、MF59)は、これまでにも記載されてきた 1998;186(1):18-27;Allison A C;Dev Biol Stand.1998;92:3-11)。また、サイトカインを使用してもよい。いくつかのサイトカインは、リンパ系組織への樹状細胞の遊走に影響を与えること(例えば、TNF-α)、樹状細胞がTリンパ球に対する効率的な抗原提示細胞に成熟するのを促進すること(例えば、GM-CSF、IL-1及びIL-4)(参照によりその全体が本明細書において具体的に組み込まれる米国特許第5,849,589号)、免疫アジュバントとして作用すること(例えばIL-12)(Gabrilovich D I,et al.,J Immunother Emphasis Tumor Immunol.1996(6):414-418)に直接的に関与している。また、細胞内タンパク質をHLAの表面発現及びペプチドへプロセシングしてHLA上に提示することは、インターフェロン-γ(IFN-γ)によって増強させることができる。例えば、参照によりその全てが組み込まれる、York IA,Goldberg AL,Mo XY,Rock KL.Proteolysis and class I major histocompatibility complex antigen presentation.Immunol Rev.1999;172:49-66;and Rock KL,Goldberg AL.Degradation of cell proteins and the generation of MHC class I-presented peptides.Ann Rev Immunol.1999;17:12.739-779を参照されたい。
本明細書に開示されるHLA-ペプチド抗原を含む宿主細胞もまた本明細書に提供される。いくつかの実施形態において、宿主細胞は、HLA-ペプチド抗原によって規定されるHLA-拘束ペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、宿主細胞に対して異種である。いくつかの実施形態において、宿主細胞は、内因性MHCを含まない。いくつかの実施形態において、宿主細胞は、外因性HLAクラスI分子を含む。いくつかの実施形態において、宿主細胞は、K562またはA375細胞である。いくつかの実施形態において、宿主細胞は、腫瘍細胞株由来の培養細胞である。いくつかの実施形態において、腫瘍細胞株は、HLA-ペプチド抗原によって規定されるHLAサブタイプを発現する。
本明細書に開示される宿主細胞及び細胞培養培地を含む細胞培養システムも本明細書に提供される。いくつかの実施形態において、宿主細胞は、HLA-ペプチド抗原によって規定されるHLAクラスIサブタイプを発現し、細胞培養培地は、HLA-ペプチド抗原によって規定される拘束ペプチドを含む。
ABP
本明細書ではまた、本明細書に開示されるHLA-ペプチド抗原に特異的に結合するABPも提供される。いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるABPは、HLAクラスI分子と複合体を形成したHLA拘束ペプチドを含むHLA-ペプチド新抗原に特異的に結合し、ここで、このHLA拘束ペプチドは、HLAクラスI分子のα1/α2ヘテロ二量体部分のペプチド結合溝に位置しており、ここで、このHLAクラスI分子及びHLA拘束ペプチドはそれぞれ、配列番号10,755~29,364のいずれか1つに記載されているHLA-ペプチド新抗原から選択され、そしてABPは、TCRまたはその抗原結合フラグメントを含む。例えば、本明細書に開示されるABPの場合、ABPの標的は、HLAクラスI分子及び関連するHLA拘束ペプチドであり、これらはそれぞれ、前述の配列番号のいずれか1つに記載されている単一のHLA-ペプチド新抗原から選択され、すなわち、HLAクラスI分子及びHLA拘束ペプチドは、それぞれ同じ配列番号から選択される。例えば、配列番号19865に対するABPの標的は、配列VVVGADGVGKの拘束ペプチドと複合体を形成してHLA-A*11:01に結合するであろう。
本明細書ではまた、本明細書に開示されるHLA-ペプチド抗原に特異的に結合するABPも提供される。いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるABPは、HLAクラスI分子と複合体を形成したHLA拘束ペプチドを含むHLA-ペプチド新抗原に特異的に結合し、ここで、このHLA拘束ペプチドは、HLAクラスI分子のα1/α2ヘテロ二量体部分のペプチド結合溝に位置しており、ここで、このHLAクラスI分子及びHLA拘束ペプチドはそれぞれ、配列番号10,755~29,364のいずれか1つに記載されているHLA-ペプチド新抗原から選択され、そしてABPは、TCRまたはその抗原結合フラグメントを含む。例えば、本明細書に開示されるABPの場合、ABPの標的は、HLAクラスI分子及び関連するHLA拘束ペプチドであり、これらはそれぞれ、前述の配列番号のいずれか1つに記載されている単一のHLA-ペプチド新抗原から選択され、すなわち、HLAクラスI分子及びHLA拘束ペプチドは、それぞれ同じ配列番号から選択される。例えば、配列番号19865に対するABPの標的は、配列VVVGADGVGKの拘束ペプチドと複合体を形成してHLA-A*11:01に結合するであろう。
HLA-ペプチド新抗原は、腫瘍細胞を含む任意の好適な標的細胞の表面上に発現され得る。
いくつかの実施形態において、ABPは、例えば、腫瘍に由来する、HLA及びHLA拘束ペプチド(HLA-ペプチド)を含む複合体に特異的に結合する。いくつかの実施形態において、ABPは、HLA拘束ペプチドの非存在下でHLAに結合しない。いくつかの実施形態において、ABPは、HLA拘束ペプチドと複合体を形成しているヒトMHCを提示する腫瘍細胞に結合し、任意選択で、HLA拘束ペプチドは、がんを特徴付ける腫瘍抗原である。いくつかの局面において、ABPは、腫瘍細胞などの細胞上に自然に提示される場合、HLA及びHLA拘束ペプチドを含む複合体に結合する。
ABPは、HLA-ペプチド複合体の各部分(すなわち、HLAと複合体の各部分を表すペプチド)に結合し得、一体的に結合した場合、ペプチド単独またはHLAサブタイプ単独のみで提示される表面とは異なり、ABPとの相互作用及び結合のための新たな標的及びタンパク質表面を形成する。一般に、HLAがペプチドに結合することによって形成される新規の標的及びタンパク質表面は、HLA-ペプチド複合体の各部分の非在下では、存在しない。いくつかの実施形態において、ABPは、HLAクラスI分子との少なくとも1つの接触点及びHLA拘束ペプチドとの少なくとも1つの接触点を通じて、HLA-ペプチド新抗原に結合する。
いくつかの実施形態では、本明細書に提供されるABPは、HLA-ペプチドの1つ以上のリガンドに対するHLA-ペプチドの結合を調節する。
より特定の実施形態では、ABPは、表5Aに記載されている新抗原に特異的に結合する。より特定の実施形態では、ABPは、表5Bに記載されている新抗原に特異的に結合する。より特定の実施形態では、ABPは、表6に記載されている新抗原に特異的に結合する。より特定の実施形態では、ABPは、表7に記載されている新抗原に特異的に結合する。
ABPのいくつかの実施形態において、HLA拘束ペプチドは、RAS変異を含む。ABPのいくつかの実施形態において、RAS変異は、RAS G12変異である。RASは、KRAS、NRAS、またはHRASであってもよい。ABPのいくつかの実施形態において、HLA拘束ペプチドは、RAS G12変異を含む。ABPのいくつかの実施形態において、HLA拘束ペプチドは、NRAS G12変異を含む。ABPのいくつかの実施形態において、HLA拘束ペプチドは、HRAS G12変異を含む。HRAS、KRAS、及びNRASのアミノ酸位置1~50は同一であるため、当業者は、RAS G12変異を含むHLAクラスI制限ペプチドがKRAS G12、NRAS G12、及びHRAS G12変異に対応することを理解している。ほんの一例として、KRAS G12C新抗原として記載されている配列番号14954、及びNRAS G12C新抗原として記載されている配列番号14955は、両方とも同一のHLA-ペプチド対(HLA-A*02:01_KLVVVGACGV)を有する。したがって、配列番号14954及び14955は、同一のKRAS/NRAS/HRAS G12C HLA-ペプチド新抗原を記載している。
いくつかの実施形態において、G12変異は、G12C、G12D、G12V、またはG12A変異である。いくつかの実施形態では、HLA拘束ペプチドは、RAS G12変異を含み、HLAクラスI分子は、HLA-A*02:01、HLA-A*11:01、HLA-A*31:01、HLA-C*01:02、及びHLA-A*03:01から選択される。
ABPの特定の実施形態では、HLA-ペプチド新抗原は以下から選択される:HLA-A*02:01と拘束ペプチドLys Leu Val Val Val Gly Ala Cys Gly Valとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原;HLA-A*11:01と拘束ペプチドVal Val Val Gly Ala Asp Gly Val Gly Lysとを含むRAS_G12D MHCクラスI抗原;HLA-A*11:01と拘束ペプチドVal Val Gly Ala Asp Gly Val Gly Lysとを含むRAS_G12D MHCクラスI抗原;HLA-A*11:01と拘束ペプチドVal Val Val Gly Ala Val Gly Val Gly Lysとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;HLA-A*31:01と拘束ペプチドVal Val Val Gly Ala Val Gly Val Gly Lysとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;HLA-A*11:01と拘束ペプチドVal Val Gly Ala Val Gly Val Gly Lysとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;HLA-C*01:02と拘束ペプチドAla Val Gly Val Gly Lys Ser Ala Leuとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;及びHLA-A*03:01と拘束ペプチドVal Val Val Gly Ala Val Gly Val Gly Lysとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原。
ABPのいくつかの実施形態では、HLA-ペプチド新抗原は、以下から選択される:HLA-A*02:01と拘束ペプチドLys Leu Val Val Val Gly Ala Cys Gly Valとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原;HLA-A*11:01と拘束ペプチドVal Val Val Gly Ala Asp Gly Val Gly Lysとを含むRAS_G12D MHCクラスI抗原;HLA-A*11:01と拘束ペプチドVal Val Gly Ala Asp Gly Val Gly Lysとを含むRAS_G12D MHCクラスI抗原;HLA-A*11:01と拘束ペプチドVal Val Val Gly Ala Val Gly Val Gly Lysとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;HLA-A*31:01と拘束ペプチドVal Val Val Gly Ala Val Gly Val Gly Lysとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;HLA-A*11:01と拘束ペプチドVal Val Gly Ala Val Gly Val Gly Lysとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;HLA-C*01:02と拘束ペプチドAla Val Gly Val Gly Lys Ser Ala Leuとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;及びHLA-A*03:01と拘束ペプチドVal Val Val Gly Ala Val Gly Val Gly Lysとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原。
ABPのいくつかの実施形態では、HLA-ペプチド新抗原は、以下から選択される:HLA-A*02:01と拘束ペプチドLys Leu Val Val Val Gly Ala Cys Gly Valとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原;HLA-A*11:01と拘束ペプチドVal Val Val Gly Ala Asp Gly Val Gly Lysとを含むRAS_G12D MHCクラスI抗原;及びHLA-A*11:01と拘束ペプチドVal Val Val Gly Ala Val Gly Val Gly Lysとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原。ABPのいくつかの実施形態では、抗原は、HLA-A*02:01及び拘束ペプチドLys Leu Val Val Val Gly Ala Cys Gly Valを含む。ABPのいくつかの実施形態では、この抗原は、HLA-A*11:01及び拘束ペプチドVal Val Val Gly Ala Asp Gly Val Gly Lysを含む。ABPのいくつかの実施形態では、この抗原は、HLA-A*11:01及び拘束ペプチドVal Val Val Gly Ala Val Gly Val Gly Lysを含む。
HLA-A*02:01と拘束ペプチドLys Leu Val Val Val Gly Ala Cys Gly Valとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原に結合するABPのいくつかの実施形態では、ABPは、拘束ペプチドLys Leu Val Val Val Gly Ala Cys Gly Valと異なるHLAサブタイプとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原よりも高い親和性でこのようなRAS_G12MHCクラスI抗原に結合する。いくつかの実施形態では、ABPは、拘束ペプチドLys Leu Val Val Val Gly Ala Cys Gly Valと異なるHLA-A2サブタイプとを含むRAS_G12 MHCクラスI抗原よりも高い親和性でこのようなRAS_G12 MHCクラスI抗原に結合する。いくつかの実施形態では、ABPは、拘束ペプチドLys Leu Val Val Val Gly Ala Cys Gly Valと異なるHLA-A2サブタイプとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原に結合しない。
特定のRAS G12変異を含む抗原に結合するABPのいくつかの実施形態では、ABPは、異なるRAS G12変異を含む抗原よりも低い親和性で特定の抗原には結合しない。例えば、HLA-A*02:01と拘束ペプチドLys Leu Val Val Val Gly Ala Cys Gly Valとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原に結合するABPは、異なるRAS G12変異を含む抗原よりも低い親和性でそのRAS_G12C MHCクラスI抗原に結合しない。特定のRAS G12変異を含む抗原に結合するABPのいくつかの実施形態では、ABPは、異なるRAS G12変異を含む抗原よりも高い親和性で特定の抗原に結合する。例えば、HLA-A*02:01と拘束ペプチドLys Leu Val Val Val Gly Ala Cys Gly Valとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原に結合するABPは、異なるRAS G12変異を含む抗原よりも高い親和性でRAS_G12C MHCクラスI抗原に結合し得る。いくつかの実施形態では、ABPは、拘束ペプチドKLVVVGAVGVとHLA-A2分子とを含む抗原よりも高い親和性でHLA-A*02:01と拘束ペプチドLys Leu Val Val Val Gly Ala Cys Gly Valとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原に結合する。特定の実施形態では、このようなABPは、拘束ペプチドKLVVVGAVGVとHLA-A2分子とを含む抗原に結合しない。
いくつかの実施形態では、より高い親和性は、少なくとも2倍、少なくとも5倍、または少なくとも10倍である。
親和性の相違は、当該分野で公知の任意の手段によって決定され得る。いくつかの実施形態では、そのような親和性の相違は、MSD-ECL、SPR、BLI、またはフローサイトメトリーによって評価される。
いくつかの実施形態では、ABPは、本明細書で提供される例示的なABPと競合するABPである。いくつかの態様では、本明細書で提供される例示的なABPと競合するABPは、本明細書で提供される例示的なABPと同じエピトープに結合する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のABPは、本明細書では「バリアント」と呼ばれる。いくつかの実施形態では、バリアントは、1つまたは複数の保存的アミノ酸置換が行われている、本明細書に提供される任意の配列に由来する。保存的アミノ酸置換は、本明細書に記載される。好ましい実施形態では、非保存的アミノ酸置換は、機能的バリアントの生物活性を妨害も阻害もしない。さらにより好ましい実施形態では、機能的バリアントの生物活性が親ABPと比較して改善するように、非保存的アミノ酸置換が、機能的バリアントの生物活性を増強する。
TCR
一態様では、本明細書で提供されるABP、例えば、本明細書に開示されているHLA-ペプチド標的に対して特異的に結合するABPは、T細胞受容体(TCR)を含む。TCRは、単離及び精製されていてもよい。
一態様では、本明細書で提供されるABP、例えば、本明細書に開示されているHLA-ペプチド標的に対して特異的に結合するABPは、T細胞受容体(TCR)を含む。TCRは、単離及び精製されていてもよい。
大多数のT細胞において、TCRは、α(α)鎖とβ(β)鎖とを有するヘテロ二量体ポリペプチドであり、これらはそれぞれTRA及びTRBによってコードされている。α鎖には、一般に、TRAVによってコードされるα可変領域、TRAJによってコードされるα連結領域、及びTRACによってコードされるα定常領域が含まれる。β鎖は、一般的に、TRBVでコードされるβ可変領域、TRBDでコードされるβ多様性領域、TRBJでコードされるβ連結領域、及びTRBCでコードされるβ定常領域を含む。TCR-α鎖はαV及びJセグメントのVJ組み換えによって生成され、β鎖受容体は、βV、D及びJセグメントのV(D)J組み換えによって生成される。追加のTCR多様性は、結合多様性に起因する。結合部の各々において、いくつかの塩基(N及びPヌクレオチドと呼ばれる)は、欠失または付加され得る。少数のT細胞においては、TCRがγ鎖とδ鎖とを含む。TCR γ鎖はVJ再構成によって生成され、TCRδ鎖はV(D)J再構成によって生成される(参照によりその全てが組み込まれる、Kenneth Murphy,Paul Travers、及びMark Walport,Janeway’s Immunology 7th edition,Garland Science,2007。TCRの抗原結合部位には、一般的に、6つの相補性決定領域(CDR)が含まれる。α鎖は、3つのCDR、すなわちアルファ(「α」)CDR1、αCDR2、及びαCDR3に寄与している。同様に、β鎖は、3つのCDR、すなわちベータ(「β」)CDR1、βCDR2、及びβCDR3に寄与している。一般に、αCDR3及びβCDR3は、V(D)J再構成によって最も影響を受ける領域であり、TCRレパートリーの変動の多くの主要因となる。
TCRは、HLA-ペプチド標的、例えば、本明細書に記載される表7、表A、AACR GENIE結果、または配列番号29358~29364(配列番号10,755~29,364)に開示されているHLA-ペプチド標的を特異的に認識し得る。それゆえ、TCRは、HLA-ペプチドに対し特異的に結合するABPであり得る。TCRは、例えば、B細胞によって分泌される抗体と同様、可溶性であり得る。また、TCRは、例えば、T細胞またはナチュラルキラー(NK)細胞のような細胞上の膜結合型であり得る。それゆえ、TCRは、可溶性抗体及び/または膜結合CARに対応する状況において使用できる。
本明細書中に開示されている任意のTCRは、α可変(「V」)セグメント、α連結(「J」)セグメント、任意選択でα定常領域、β可変(「V」)セグメント、任意選択でβ多様性(「D」)セグメント、β連結(「J」)セグメント、及び任意選択でβ定常領域を含み得る。
いくつかの実施形態では、TCRまたはCARは、組み換えTCRまたはCARである。組み換えTCRまたはCARは、本明細書で同定されているTCRのうちのいずれかを含み得るが、ただし1つまたは複数の改変も含む。例示的な改変、例えば、アミノ酸置換は、本明細書に記載される。本明細書に記載のアミノ酸置換は、www.imgt.orgで参照されるとおりIMGT命名法及びアミノ酸番号付けを参照して行うことができる。
組み換えTCRまたはCARは、完全ヒト配列、例えば天然のヒト配列を含むヒトTCRまたはCARであってもよい。組み換えTCRまたはCARは、その天然のヒト可変ドメイン配列を保持し得るが、ただし、α定常領域、β定常領域、またはα定常領域とβ定常領域の両方に対する改変を含む。TCR定常領域に対するそのような改変は、例えば、外因性TCR鎖の優先的対形成を駆動することにより、TCR遺伝子療法のためのTCR組立て及び発現を改善し得る。
いくつかの実施形態では、α及びβ定常領域は、マウス定常領域配列をヒト定常領域配列全体で置換することにより改変される。そのような「マウス化」TCR及びそれらを作製する方法は、参照によりその全てが組み込まれる、Cancer Res. 2006 Sep 1;66(17):8878-86に記載されている。
いくつかの実施形態では、α及びβ定常領域は、特定のヒト残基をマウス残基に入れ替える(ヒト→マウスアミノ酸交換)、ヒトTCR α定常(TRAC)領域、TCR β定常(TRBC)領域、またはTRACとTRAB領域における1つまたは複数のアミノ酸置換を行うことにより改変される。TRAC領域における1つまたは複数のアミノ酸置換としては、残基90におけるSer置換、残基91におけるAsp置換、残基92におけるVal置換、残基93におけるPro置換、またはそれらの任意の組み合わせを挙げることができる。ヒトTRBC領域における1つまたは複数のアミノ酸置換としては、残基18におけるLys置換、残基22におけるAla置換、残基133におけるIle置換、残基139におけるHis置換、または上記の任意の組み合わせを挙げることができる。そのような標的指向されたアミノ酸置換は、参照によりその全てが組み込まれる、J Immunol June 1, 2010, 184 (11) 6223-6231に記載される。
いくつかの実施形態では、ヒトTRACは残基210にAsp置換を含み、ヒトTRBCは残基134にLys置換を含む。そのような置換は、α鎖とβ鎖との間の塩橋の形成、及びTCR鎖間ジスルフィド結合の形成を促進し得る。これらの標的指向されたされた置換は、参照によりその全てが組み込まれる、J Immunol June 1, 2010, 184 (11) 6232-6241に記載される。
いくつかの実施形態では、ヒトTRAC及びヒトTRBC領域は、追加のジスルフィド結合の形成により外因性TCR鎖の優先的対合を改善し得る導入されたシステインを含むように修飾される。例えば、ヒトTRACは、残基48にCys置換を含み得、ヒトTRBCは、残基57にCys置換を含み得る。これは、参照によりその全てが組み込まれる、Cancer Res.2007 Apr 15;67(8):3898-903及びBlood.2007 Mar 15;109(6):2331-8に記載される。
組み換えTCRまたはCARでは、α鎖及びβ鎖は他の改変も含み得る。
いくつかの実施形態では、α鎖及びβ鎖の細胞外ドメインを完全なヒトCD3ζ(CD3-ζ)分子に連結することによって、α鎖及びβ鎖を改変する。そのような改変は、参照によりその全てが組み込まれる、J Immunol June 1,2008,180(11)7736-7746;Gene Ther.2000 Aug;7(16):1369-77、及びOpen Gene Therapy Journal,2011,4:11-22に記載される。
いくつかの実施形態では、α鎖の膜貫通領域に疎水性アミノ酸置換を導入することにより改変される。これは、参照によりその全てが組み込まれる、J Immunol June 1,2012,188(11)5538-5546に記載される。
アミノ酸配列内のN-グリコシル化部位のいずれか1つを改変することによって、α鎖またはβ鎖を改変し得る。これは、参照によりその全てが組み込まれる、J Exp Med.2009 Feb 16;206(2):463-475に記載される。
α鎖及びβ鎖はそれぞれ、二量体化ドメイン、例えば、異種二量体化ドメインを含み得る。そのような異種ドメインは、当該技術分野において公知であるように、ロイシンジッパー、5H3ドメイン、もしくは疎水性プロリンリッチカウンタードメインまたは他の類似の様式であり得る。一例において、α鎖及びβ鎖は、α及びβ細胞外ドメインのカルボキシル末端に30merのセグメントを導入することにより改変することが可能であり、それにより、セグメントは選択的に会合して安定したロイシンジッパーを形成する。そのような改変は、参照によりその全てが組み込まれる、PNAS November 22,1994.91(24)11408-11412;https://doi.org/10.1073/pnas.91.24.11408に記載される。
本明細書で同定されるTCRは、親和性または半減期の増加をもたらす変異を含むように改変され得、例えば、参照によりその全てが組み込まれる、WO2012/013913に記載されているものが挙げられる。
組み換えTCRまたはCARは、単鎖TCR(scTCR)であってもよい。このようなscTCRは、TCRα鎖定常領域細胞外配列のN末端に融合されるα鎖可変領域配列と、TCRβ鎖定常領域の細胞外配列のN末端に融合したTCRβ鎖可変領域と、αセグメントのC末端をβセグメントのN末端に連結するリンカー配列、またはその逆に連結するリンカー配列とを、含み得る。いくつかの実施形態では、scTCRのα及びβセグメントの定常領域細胞外配列は、ジスルフィド結合によって連結されている。いくつかの実施形態では、リンカー配列の長さ、及びジスルフィド結合の位置は、α及びβセグメントの可変領域配列が実質的に天然のαβT細胞受容体と同様に相互に配向するようになされている。例示的なscTCRは、参照によりその全てが組み込まれる、米国特許第7,569,664号に記載される。
場合によっては、scTCRの可変領域は、Gene Therapy volume 7,pages 1369-1377(2000)に記載されているような短いペプチドリンカーによって共有結合されていてもよい。短いペプチドリンカーは、セリンに富むリンカーまたはグリシンに富むリンカーであり得る。例えば、リンカーは、参照によりその全てが組み込まれる、Cancer Gene Therapy(2004)11,487-496に記載されているような(Gly4Ser)3であってよい。
組み換えTCRまたはその抗原結合フラグメントは、融合タンパク質として発現してもよい。例えば、TCRまたはその抗原結合フラグメントは、毒素と融合されてもよい。そのような融合タンパク質は、Cancer Res.2002 Mar 15;62(6):1757-60に記載されている。TCRまたはその抗原結合フラグメントは、抗体のFc領域と融合してもよい。そのような融合タンパク質は、J Immunol May 1,2017,198(1 Supplement)120.9に記載される。
TCRもしくはCARなど受容体の抗原認識ドメインは、1つまたは複数の細胞内シグナル伝達成分、例えばシグナル伝達成分などに連結し得る。これらの細胞内シグナル伝達成分は、抗原受容体複合体、例えばTCR複合体などを介した活性化、及び/または別の細胞表面受容体を介したシグナルを模倣する。例えば、HLA-ペプチド特異的結合成分(例えば、TCRなどのABP)は、1つまたは複数の膜貫通及び細胞内シグナル伝達ドメインに連結され得る。いくつかの実施形態では、膜貫通ドメインは、細胞外ドメインに融合している。一実施形態では、受容体、例えば、CAR内のドメインのうちの1つと天然で会合するする膜貫通ドメインが使用される。いくつかの実例では、膜貫通ドメインが、アミノ酸置換によって選択または改変され、それによって、そのようなドメインが、同じもしくは異なる表面膜タンパク質の膜貫通ドメインに結合されるのが回避されて、受容体複合体の他のメンバーとの相互作用が最小限に抑えられる。
いくつかの実施形態では、膜貫通ドメインは、天然源または合成源のいずれかに由来する。供給源が天然の場合、一部の態様のドメインは、膜結合または膜貫通タンパク質に由来する。膜貫通領域としては、T細胞受容体、CD28、CD3γ、CD45、CD4、CD5、CDS、CD9、CD16、CD22、CD33、CD37、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137もしくはCD154の、α鎖、β鎖またはζ鎖に由来する(すなわち、少なくとも膜貫通領域(複数可)を含む)ものが挙げられる。代替的に、いくつかの実施形態における膜貫通ドメインは、合成のものである。いくつかの態様では、合成膜貫通ドメインは、ロイシン及びバリンのような疎水性の残基がその大部分を占める。いくつかの態様では、フェニルアラニン、トリプトファン、バリンのトリプレットは、合成膜貫通ドメインの両端に見出される。いくつかの実施形態では、連結は、リンカー、スペーサー、及び/または膜貫通ドメイン(複数可)による。
細胞内シグナル伝達ドメインの中でも、とりわけ際立っているのが、天然の抗原受容体を介したシグナル、そのような受容体と共刺激受容体との組み合わせを介したシグナル、及び/または共刺激受容体のみを介したシグナルを模倣するか、あるいはそのシグナルに近似するものである。いくつかの実施形態では、短いオリゴまたはポリペプチドリンカー、例えば、グリシン及びセリンを含むものなどの、長さが2~10アミノ酸のリンカー、例えばグリシン-セリンダブレットなどは、受容体の膜貫通ドメインと細胞質シグナル伝達ドメインとの間に存在し、連結を形成している。
受容体、例えば、TCRまたはCARは、少なくとも1つの細胞内シグナル伝達成分を含み得る。いくつかの実施形態では、受容体は、T細胞活性化及び細胞傷害性を媒介するTCR CD3鎖などのTCR複合体の細胞内成分、例えばCD3ζ鎖を含む。例えば、HLA-ペプチド結合ABP(例えば、TCRまたはCAR)が、1つまたは複数の細胞シグナリングモジュールに連結されている。いくつかの実施形態では、細胞シグナル伝達モジュールとしては、CD3膜貫通ドメイン、CD3細胞内シグナル伝達ドメイン、及び/または他のCD膜貫通ドメインが挙げられる。いくつかの実施形態では、受容体、例えば、TCRまたはCARはさらに、1つまたは複数の追加的な分子、例えば、Fc受容体-γ、CD8、CD4、CD25、またはCD16の一部を含む。例えば、いくつかの態様では、TCRまたはCARには、CD3ζまたはFc受容体γとCD8、CD4、CD25またはCD16との間の、キメラ分子が含まれる。
いくつかの実施形態では、TCRまたはCARのライゲーションにより、受容体の細胞質ドメインまたは細胞内シグナル伝達ドメインは、免疫細胞、例えば受容体を発現するように操作されたT細胞の正常なエフェクター機能または応答の少なくとも1つを、活性化させる。例えば、いくつかの状況において、受容体は、T細胞の機能、例えば、細胞溶解活性またはTヘルパー活性、例えばサイトカインもしくは他の因子の分泌などを誘導する。いくつかの実施形態では、抗原受容体成分または共刺激分子の細胞内シグナル伝達ドメインの短縮された部分は、例えば、それがエフェクター機能シグナルを伝達する場合、無傷の免疫刺激鎖の代わりに使用される。いくつかの実施形態では、細胞内シグナル伝達ドメイン(1つもしくは複数)には、T細胞受容体(TCR)の細胞質配列が含まれ、また、いくつかの態様では、天然の環境において、そのような受容体と協調して作用して抗原受容体の結合に引き続きシグナル伝達を開始する、共受容体の細胞質配列が含まれ、及び/または、そのような分子の任意の誘導体またはバリアント、及び/または同じ機能的能力を有する任意の合成配列が含まれる。
天然TCRに関連して、完全な活性化には、一般に、TCRを介したシグナル伝達だけでなく、共刺激シグナルも必要とする。したがって、いくつかの実施形態では、完全な活性化を促進するために、二次または共刺激シグナルを生成するための構成要素もまた、受容体に含まれる。他の実施形態では、受容体は、共刺激シグナルを生成するための構成要素を含まない。いくつかの態様では、追加的な受容体が同じ細胞内で発現し、二次シグナルまたは共刺激シグナルを生成するための構成要素を提供する。
いくつかの態様では、T細胞活性化は、2つのクラスの細胞質シグナル伝達配列によって媒介されることが記載されている。すなわち、TCRを介して抗原依存の一次活性化を開始する、細胞質シグナル伝達配列(一次細胞質シグナル伝達配列)、及び抗原非依存的に作用して二次または共刺激シグナルを提供する細胞質シグナル伝達配列(二次細胞質シグナル伝達配列)である。いくつかの態様では、受容体は、そのようなシグナル伝達成分の一方または両方を含む。
いくつかの態様では、受容体には、TCR複合体の一次活性化を調節する一次細胞質シグナル伝達配列が含まれる。刺激様式で作用する一次細胞質シグナル伝達配列は、免疫受容体活性化チロシンモチーフまたはITAMとして知られるシグナル伝達モチーフを含んでもよい。一次細胞質シグナル伝達配列を含むITAMの例としては、TCRまたはCD3ζ、FcRγ、FcRβ、CD3γ、CD3δ、CD3ε、CDS、CD22、CD79a、CD79b、及びCD66dに由来するものが挙げられる。いくつかの実施形態では、CARの細胞質シグナル伝達分子(複数可)には、細胞質シグナル伝達ドメイン、その一部、またはCD3ζに由来する配列が含まれている。
いくつかの実施形態では、受容体は、CD28、4-1BB、OX40、DAP10、及びICOSなどの共刺激受容体のシグナル伝達ドメイン及び/または膜貫通部分を含む。いくつかの態様では、同じ受容体に、活性化成分と共刺激成分の両方が含まれる。
いくつかの実施形態では、活性化ドメインが1つの受容体に含まれているが、共刺激成分は別の抗原を認識する別の受容体によって提供される。いくつかの実施形態では、受容体には、活性化受容体または刺激受容体と共刺激受容体とが含まれており、両方とも同じ細胞内で発現する(WO2014/055668を参照されたい)。HLA-ペプチド標的受容体は、いくつかの態様では刺激性または活性化受容体であり、他の態様態様では共刺激受容体である。いくつかの実施形態では、細胞は、抑制性受容体(例えば、iCAR、Fedorov et al.,Sci.Transl.Medicine,5(215)(December,2013を参照されたい)、例えばHLA-ペプチド以外の抗原を認識する受容体をさらに含み、これにより、HLA-ペプチドターゲティング受容体を介して送達される活性化シグナルを、阻害剤受容体のそのリガンドへの結合によって減退するまたは阻害し、例えばオフターゲット効果を低減する。
特定の実施形態では、細胞内シグナル伝達ドメインは、CD3(例えば、CD3-ζ)細胞内ドメインに連結されたCD28膜貫通及びシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの実施形態では、細胞内シグナル伝達ドメインは、CD3ζ細胞内ドメインに連結されているキメラCD28及びCD137(4-1BB、TNFRSF9)共刺激ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、受容体は、細胞質部分における1つ以上、例えば2つ以上の共刺激ドメイン及び活性化ドメイン、例えば一次活性化ドメインを包含する。例示的な受容体は、CD3ζ、CD28、及び4-1BBの細胞内成分を含む。
いくつかの実施形態では、CAR(またはTCRなどの他の抗原受容体)はさらに、細胞表面マーカーなどのマーカーを含む。このマーカーを使用して細胞の形質導入または遺伝子操作を行い、例えば、短縮型EGFR(tEGFR)などの細胞表面受容体の短縮型をはじめとする受容体の発現を確証することができる。いくつかの態様では、マーカーとしては、CD34、神経成長因子受容体(NGFR)、または上皮成長因子受容体(例えば、tEGFR)の全部または一部(例えば、短縮型)が挙げられる。いくつかの実施形態では、マーカーをコードする核酸は、切断可能なリンカー配列またはリボソームスキップ配列、例えば、T2Aのようなリンカー配列をコードするポリヌクレオチドに作動可能に連結されている。WO2014031687を参照されたい。いくつかの実施形態では、T2Aリボソームスイッチによって分離されたCARとEGFRtをコードするコンストラクトの導入によって、同じコンストラクトから2つのタンパク質を発現させてもよい。EGFRtをマーカーとして使用することで、そのようなコンストラクトを発現する細胞を検出することができる。いくつかの実施形態では、マーカー、任意選択でのリンカー配列は、特許出願公開第WO2014031687号に開示されているもののいずれかであり得る。例えば、マーカーは、任意選択で、T2Aリボソームスキップ配列などのリンカー配列に連結されている短縮型EGFR(tEGFR)であってもよい。
いくつかの実施形態では、マーカーは、T細胞内には天然に見出せないし、またT細胞の表面上に天然に見出せないし、またT細胞の一部にも見出せない、分子、例えば、細胞表面タンパク質である。
いくつかの実施形態では、分子は、細胞が養子移入される宿主の免疫系によって「自己」として認識されない、非自己分子、例えば非自己タンパク質である。
いくつかの実施形態では、マーカーは、遺伝子操作、例えば、成功裡に操作を施された細胞の選択のためのマーカーとして使えるが、それ以外には一切の治療機能を果たさず、及び/あるいは一切の効能を発揮しない。他の実施形態では、マーカーは、治療分子または他の何らかの望ましい効果を発揮する分子、例えば、インビボで遭遇する細胞のリガンド、例えば、養子移入及びリガンドとの遭遇時の細胞の応答を増強及び/または抑制するための、共刺激または免疫チェックポイント分子であり得る。
TCRまたはCARは、1つまたは複数の天然に存在するアミノ酸の代わりに、1つまたは修飾された合成アミノ酸を含んでもよい。例示的な修飾アミノ酸としては、非限定的に、アミノシクロヘキサンカルボン酸、ノルロイシン、αアミノn-デカン酸、ホモセリン、S-アセチルアミノメチルシステイン、trans-3-及びtrans-4-ヒドロキシプロリン、4-アミノフェニルアラニン、4-ニトロフェニルアラニン、4-クロロフェニルアラニン、4-カルボキシフェニルアラニン、(3-フェニルセリン(3-ヒドロキシフェニルアラニン、フェニルグリシン、αナフチルアラニン、シクロヘキシルアラニン、シクロヘキシルグリシン、インドリン-2-カルボン酸、1,2,3,4-テトラヒドロイソキノリン-3-カルボン酸、アミノマロン酸、アミノマロン酸モノアミド、N’-ベンジル-N’-メチル-リジン、N’,N’-ジベンジル-リジン、6-ヒドロキシリジン、オルニチン、αアミノシクロペンタンカルボン酸、αアミノシクロヘキサンカルボン酸、αアミノシクロヘプタンカルボン酸、α(2-アミノ-2-ノルボルナン)-カルボン酸、α,γ-ジアミノ酪酸酸、α,γ-ジアミノプロピオン酸、ホモフェニルアラニン、及びα-tertブチルグリシンが挙げられる。
場合によっては、CARは、第1、第2、及び/または第3世代のCARと呼ばれる。いくつかの態様では、第1世代のCARは、抗原が結合するとCD3鎖誘導シグナルのみを提供するCARである。一部の態様において、第2世代のCARは、そのようなシグナル及び共刺激シグナルを提供するもの、例えば、CD28またはCD137などの共刺激受容体からの細胞内シグナル伝達ドメインを含むものである。いくつかの態様では、いくつかの態様における第3世代CARは、異なる共刺激受容体の複数の共刺激ドメインを含むCARである。
いくつかの実施形態では、キメラ抗原受容体は、本明細書に記載のTCRまたはフラグメントを含む細胞外部分を含む。いくつかの態様では、キメラ抗原受容体は、本明細書に記載のTCRまたはフラグメントを含む細胞外部分と、細胞内シグナル伝達ドメインとを含む。いくつかの実施形態では、細胞内ドメインは、ITAMを含む。いくつかの態様では、細胞内シグナル伝達ドメインは、CD3-ζ(CD3)鎖のζ鎖のシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの実施形態では、キメラ抗原受容体は、該細胞外ドメイン及び該細胞内シグナル伝達ドメインを連結する膜貫通ドメインを含む。
いくつかの態様では、膜貫通ドメインは、CD28の膜貫通部分を含む。細胞外ドメイン及び膜貫通は、直接的にまたは間接的に連結し得る。いくつかの実施形態では、細胞外ドメイン及び膜貫通は、本明細書に記載のスペーサーによって連結されている。いくつかの実施形態では、キメラ抗原受容体は、膜貫通ドメインと細胞内シグナル伝達ドメインとの間などに、T細胞共刺激分子の細胞内ドメインを含む。いくつかの態様では、T細胞共刺激分子は、CD28または41BBである。
いくつかの実施形態では、CARは、TCR、例えばTCRフラグメントと、CD28もしくはその機能的バリアントの膜貫通部分であるかまたはその膜貫通部分を含む膜貫通ドメインと、CD28もしくはその機能的バリアントのシグナル伝達部分とCD3ζもしくはその機能的バリアントのシグナル伝達部分とを含む細胞内シグナル伝達ドメインとを、含む。いくつかの実施形態では、CARは、TCR、例えばTCRフラグメントと、CD28もしくはその機能的バリアントの膜貫通部分であるかまたはその膜貫通部分を含む膜貫通ドメインと、4-1BBもしくはその機能的バリアントのシグナル伝達部分とCD3ζもしくはその機能的バリアントのシグナル伝達部分とを含む細胞内シグナル伝達ドメインとを、含む。いくつかのそのような実施形態では、受容体は、ヒンジのみのスペーサーなどのIg分子、例えばIgG4ヒンジなどのIgヒンジのようなヒトIg分子などの一部を含むスペーサーをさらに含む。
いくつかの実施形態では、受容体の膜貫通ドメイン、例えばCARは、ヒトCD28またはそのバリアントの膜貫通ドメイン、例えばヒトCD28(アクセッション番号:P10747.1)の27アミノ酸膜貫通ドメインである。
いくつかの実施形態では、キメラ抗原受容体は、T細胞共刺激分子の細胞内ドメインを含む。いくつかの態様では、T細胞共刺激分子は、CD28または41BBである。
いくつかの実施形態では、細胞内シグナル伝達ドメインは、ヒトCD28の細胞内共刺激シグナル伝達ドメインまたはその機能的バリアントもしくは部分、例えば、その41アミノ酸ドメイン、及び/または天然CD28タンパク質の186~187位にLLからGGへの置換を有するそのようなドメインを含む。いくつかの実施形態では、細胞内ドメインは、41BBの細胞内共刺激シグナル伝達ドメインまたは機能的バリアントもしくはその部分、例えば、ヒト4-1BB(アクセッション番号:Q07011.1)の42アミノ酸細胞質ドメインまたはその機能的変異体もしくは部分を含む。
いくつかの実施形態では、細胞内シグナル伝達ドメインは、米国特許第7,446,190号または米国特許第8,911,993号に記載されるような、ヒトCD3ζ刺激シグナル伝達ドメインまたはその機能的バリアント、例えば、ヒトCD3ζのアイソフォーム3の112AA細胞質ドメイン(アクセッション番号:P20963.2)またはCD3ζシグナル伝達ドメインを含む。
いくつかの態様では、スペーサーは、IgGのヒンジ領域のみ、例えば、IgG4またはIgG1のヒンジのみを含む。他の実施形態では、スペーサーは、CH2及び/またはCH3ドメインに連結されたIgヒンジ、例えばIgG4ヒンジである。いくつかの実施形態では、スペーサーは、H2及びCH3ドメインに連結されたIgヒンジ、例えばIgG4ヒンジである。いくつかの実施形態では、スペーサーは、CH3ドメインのみに連結されたIgヒンジ、例えばIgG4ヒンジである。いくつかの実施形態では、スペーサーは、グリシン-セリンに富む配列または他の可動性リンカー、例えば、公知の可動性リンカーであるか、またはそのリンカーを含む。
例えば、いくつかの実施形態では、CARは、TCRまたはそのフラグメント、例えば、HLA-ペプチド特異的TCRのいずれか、任意のIgヒンジを含むスペーサーなどのスペーサー、CD28膜貫通ドメイン、CD28細胞内シグナル伝達ドメイン、及びCD3ζシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの実施形態では、CARは、TCRまたはそのフラグメント、例えば、HLA-ペプチド特異的TCRのいずれか、任意のIgヒンジを含むスペーサーなどのスペーサー、CD28膜貫通ドメイン、CD28細胞内シグナル伝達ドメイン、及びCD3ζシグナル伝達ドメインを含む。
ヌクレオチド、ベクター、宿主細胞、及び関連する方法
また提供されるのは、ABPまたは本明細書に開示される抗原をコードする単離された核酸、この核酸を含むベクター、ならびにこのベクターと核酸とを含む宿主細胞、ならびにABPを生産するための組み換え技術である。
また提供されるのは、ABPまたは本明細書に開示される抗原をコードする単離された核酸、この核酸を含むベクター、ならびにこのベクターと核酸とを含む宿主細胞、ならびにABPを生産するための組み換え技術である。
核酸は、組み換え型としてもよい。組み換え核酸は、天然または合成の核酸セグメントを、生細胞内で複製できる核酸分子またはその複製産物に結合することにより、生細胞の外側で構築することができる。本明細書の目的のために、複製は、インビトロ複製またはインビボ複製であり得る。
ABPの組み換え産生のために、そのABPをコードする核酸(複数可)を単離し、さらにクローニング(すなわち、DNAの増幅)または発現のために複製可能なベクターに挿入してもよい。いくつかの態様では、核酸は、例えば、参照によりその全体が組み込まれる、米国特許第5,204,244号に記載されているように、相同組換えによって生成されてもよい。
多くの種々のベクターが当該技術分野において公知である。ベクター成分は、例えば、参照によりその全体が組み込まれる、米国特許第5,534,615号に記載されるように、一般に、以下のうちの1つまたは複数を含む:シグナル配列、複製起点、1つまたは複数のマーカー遺伝子、エンハンサーエレメント、プロモータ、及び転写終結配列。
ABP、例えば、CAR、またはその抗原結合フラグメントを発現するのに適した例示的なベクターまたは構築物としては、例えば、pUCシリーズ(Fermentas Life sciences)、pBluescriptシリーズ(Strataagenene、LaJollla、CA)、pETシリーズ(Novagen、Madison、WI)、pGEXシリーズ(Phamacia、The PFies)pEXシリーズ(Clontech、Palo Alto、CA)が挙げられる。また、AGT10、AGT11、AZapII(ストラタジーン)、AEMBL4、及びANM1149などのバクテリオファージベクターも、本明細書中に開示されているABPを発現させるのに適している。
適切な宿主細胞の例示的な例を以下に提供する。これらの宿主細胞は、限定することを意味するものではなく、任意の好適な宿主細胞を使用して、本明細書で提供されるABPを産生することができる。
好適な宿主細胞としては、原核生物(例えば、細菌)、下等真核生物(例えば、酵母)、または高等真核生物(例えば、哺乳動物)の細胞が挙げられる。適切な原核生物には、グラム陰性またはグラム陽性生物などの真正細菌、例えば、エシェリキア属(Escherichia)(大腸菌)、エンテロバクター属(Enterobacter)、エルウィニア属(Erwinia)、クレブシエラ属(Klebsiella)、プロテウス属(Proteus)、サルモネラ属(Salmonella)(ネズミチフス菌(S.typhimurium))、セラチア属(Serratia)(S.マルセセンス(S.marcescans))、シゲラ属(Shigella)、バシラス属(Bacillus)(枯草菌(B. subtilis)及びB.リケニフォルミス(B.licheniformis))、シュードモナス属(Pseudomonas)(緑膿菌(P.aeruginosa))、ならびにストレプトマイセス属(Streptomyces)が含まれる。1つの有用な大腸菌クローニング宿主は大腸菌294であるが、大腸菌B、大腸菌X1776、及び大腸菌W3110などの他の系統もまた適切である。
また、原核生物だけでなく、糸状菌または酵母などの真核微生物も、ABPをコードするベクターに適したクローニング宿主または発現宿主である。サッカロミセス・セレビシエ(Saccharomyces cerevisiae)、または一般的なパン酵母は、一般的に使用されている下等真核生物の宿主微生物である。しかしながら、シゾサッカロミセス・ポンベ(Schizosaccharomyces pombe)、クリベロミセス属(Kluyveromyces)(K.ラクチス(K.lactis)、K.フラジリス(K.fragilis)、K.バルガリカス(K.bulgaricus)、K.ウィッカラミ(K.wickeramii)、K.ワルティイ(K.waltii)、K.ドロソフィララム(K.drosophilarum)、K.サーモトレランス(K.thermotolerans)、及びK.マルキキアヌス(K.marxianus))、ヤロウイア属(Yarrowia)、ピキア・パストリス(Pichia pastoris)、カンジダ属(Candida)(カンジダ・アルビカンス(C.albicans))、トリコデルマ・リーゼイ(Trichoderma reesia)、アカパンカビ(Neurospora crassa)、シュワンニオミセス属(Schwanniomyces)(S.オシデンタリス(S.occidentalis))、ならびに糸状菌、例えば、ペニシリウム属(Penicillium)、トリポクラディウム属(Tolypocladium)、ならびにアスペルギルス属(Aspergillus)(A.ニデュランス(A.nidulans)及びクロコウジカビ(A.niger))などの他の多くの属、種、及び系統が利用可能であり、有用である。
有用な哺乳動物宿主細胞としては、COS-7細胞、HEK293細胞、ベビーハムスター腎臓(BHK)細胞;チャイニーズハムスター卵巣(CHO);マウスセルトリ細胞;アフリカミドリザル腎細胞(VERO-76)、などが挙げられる。
HLA-ペプチドABPの生産に使用される宿主細胞は、様々な培地で培養することができる。例えば、Ham’s F10、基礎培地(MEM)、RPMI-1640、ダルベッコ改変イーグル培地(DMEM)などの市販の培地は、宿主細胞の培養に適している。加えて、Ham et al.,Meth.Enz.,1979,58:44;Barnes et al.,Anal.Biochem.,1980,102:255;ならびに米国特許第4,767,704号、同第4,657,866号、同第4,927,762号、同第4,560,655号、及び同第5,122,469号;またはWO 90/03430及びWO 87/00195に記載されている培地のいずれかを使用してもよい。前述の参照文献の各々は、参照によりその全てが組み込まれる。
これらの培地はいずれも、必要に応じて、ホルモン及び/または他の増殖因子(インスリン、トランスフェリン、もしくは上皮細胞増殖因子など)、塩類(塩化ナトリウム、カルシウム、マグネシウム、及びリン酸など)、緩衝液(HEPESなど)、ヌクレオチド(アデノシン及びチミジンなど)、抗生物質、微量元素(通常、マイクロモル範囲の最終濃度で存在する無機化合物として定義される)、ならびにグルコースまたは同等のエネルギー源を補充できる。任意の他の必要なサプリメントも、当業者に知られているであろう適切な濃度で含まれ得る。
温度、pHなどのような培養条件は、発現のために選択された宿主細胞とともに以前に使用されたものであり、当業者には明らかであろう。
組換え技法を使用する場合、ABPは、細胞内で、細胞周辺腔で産生される得るか、または培地に直接分泌され得る。ABPが細胞内で産生される場合、第1のステップとして、宿主細胞または溶解フラグメントのいずれかである粒子状破片を、例えば遠心分離または限外濾過により除去する。大腸菌の細胞周辺腔に分泌されるABPを単離するための手順については、例えば、その全体が参照により組み込まれる、Carter et al.(Bio/Technology,1992,10:163-167)記載されている。簡潔に述べると、細胞ペーストは、酢酸ナトリウム(pH3.5)、EDTA、及びフェニルメチルスルホニルフルオリド(PMSF)の存在下で約30分かけて解凍される。細胞残屑は遠心分離により除去することができる。
いくつかの実施形態では、ABPは、無細胞系で生産される。一部の態様では、無細胞系は、参照によりその全体が組み込まれる、Yin et al.,mAbs,2012,4:217-225に記載されているような、インビトロ転写及び翻訳系である。一部の態様では、無細胞系は、真核細胞由来または原核細胞由来の無細胞抽出物を利用する。一部の態様では、原核細胞は大腸菌である。例えば、ATPが不溶性凝集体として細胞に蓄積し、あるいは細胞周辺発現からの収量が低い場合、ABPの無細胞発現が有用であり得る。
ABPを培地中に分泌させる場合、まず、そのような発現系からの上清を濃縮するのが一般的であり、その際には、市販のタンパク質濃縮フィルター、例えば、Amicon(登録商標)またはMillipore(登録商標)Pellcon(登録商標)限外濾過ユニットを使用する。PMSFなどのプロテアーゼ阻害剤は、タンパク質分解を阻害するために前述のステップのいずれかに含まれてもよく、抗生物質は、外来性汚染物質の増殖を防ぐために含まれてもよい。
細胞から調製されたABP組成物は、例えば、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィー、ゲル電気泳動、透析、及び親和性クロマトグラフィーを使用して精製することができる。親和性クロマトグラフィーは特に有用な精製技術である。親和性リガンドとしてのプロテインAの適合性は、ABPに存在する免疫グロブリンFcドメインの種類及びアイソタイプに応じて異なる。プロテインAを使用してヒトγ1、γ2、またはγ4重鎖を含むABPを精製することができる(参照によりその全てが組み込まれる、Lindmark et al.,J.Immunol.Meth.,1983,62:1-13)。プロテインGは、全てのマウスアイソタイプ及びヒトγ3に有用である(参照によりその全てが組み込まれる、Guss et al.,EMBO J.,1986,5:1567~1575)。
親和性リガンドが結合するマトリックスは、ほとんどの場合はアガロースであるが、他のマトリックスも利用可能である。制御細孔ガラスまたはポリ(スチレンジビニル)ベンゼン等の機械的に安定なマトリックスは、アガロースで達成され得るよりも速い流速及び短い処理時間を可能にする。ABPがCH3ドメインを含む場合、BakerBondABX(登録商標)樹脂が精製に有用である。
イオン交換カラムでの分画、エタノール沈殿、逆相HPLC、シリカでのクロマトグラフィー、ヘパリンSepharose(登録商標)でのクロマトグラフィー、クロマトフォーカシング、SDS-PAGE、及び硫酸アンモニウム沈殿など、タンパク質精製の他の技法も利用でき、当業者によって適用され得る。
予備的な精製ステップ(複数可)の後、pH約2.5~約4.5にて溶出緩衝液を用いて、目的のABPと汚染物質を含む混合物を、一般に低塩濃度(例えば約0~約0.25M)の塩で行われる、低pHの疎水性相互作用クロマトグラフィーに供してもよい。
HLA-ペプチドABPの作製方法
HLA-ペプチド抗原の調製
本明細書で提供されるABPの単離または作製に使用されるHLA-ペプチド抗原は、無傷のHLA-ペプチドまたはHLA-ペプチドのフラグメントであり得る。HLA-ペプチド抗原は、例えば、単離されたタンパク質または細胞の表面で発現するタンパク質の形態であり得る。
HLA-ペプチド抗原の調製
本明細書で提供されるABPの単離または作製に使用されるHLA-ペプチド抗原は、無傷のHLA-ペプチドまたはHLA-ペプチドのフラグメントであり得る。HLA-ペプチド抗原は、例えば、単離されたタンパク質または細胞の表面で発現するタンパク質の形態であり得る。
いくつかの実施形態では、HLAペプチ抗原は、天然には存在しないアミノ酸配列または翻訳後修飾を有するHLA-ペプチドタンパク質などのHLA-ペプチドの非天然バリアントである。
いくつかの実施形態では、HLA-ペプチド抗原は、例えば、細胞内または膜貫通配列、またはシグナル配列の除去により短縮されている。いくつかの実施形態では、HLA-ペプチド抗原は、そのC末端にてヒトIgG1 Fcドメインまたはポリヒスチジンタグに融合する。
ABPを同定するための方法及びシステム
HLA-ペプチドに結合するABPは、当該技術分野において公知の任意の方法、例えば、ファージディスプレイ、対象の免疫化、またはABP発現細胞の単離、及びABPのその後の配列決定を使用して同定することができる。
HLA-ペプチドに結合するABPは、当該技術分野において公知の任意の方法、例えば、ファージディスプレイ、対象の免疫化、またはABP発現細胞の単離、及びABPのその後の配列決定を使用して同定することができる。
抗原結合タンパク質を同定するための1つの方法は、少なくとも1つのHLA-ペプチド標的を提供することと、少なくとも1つの標的を抗原結合タンパク質に結合させることを含み、それによって抗原結合タンパク質を同定する。抗原結合タンパク質は、複数の個別の抗原結合タンパク質を含むライブラリー内に存在し得る。
いくつかの実施形態では、ライブラリーはファージディスプレイライブラリーである。ファージディスプレイライブラリーは、HLA-ペプチド標的のHLAに非特異的に結合する抗原結合タンパク質を実質的に含まないように、開発することができる。抗原結合タンパク質は、複数の個別の抗原結合タンパク質を含む酵母ディスプレイライブラリー内に存在し得る。酵母ディスプレイライブラリーは、HLA-ペプチド標的のHLAに非特異的に結合する抗原結合タンパク質を実質的に含まないように、開発することができる。
いくつかの実施形態では、ライブラリーは酵母ディスプレイライブラリーである。
いくつかの態様では、結合させるステップは、2回以上、任意選択で少なくとも3回、例えば、少なくとも1回、2回、3回、4回、5回、6回、7回、8回、9回または10回、行われる。
追加的に、本方法はまた、抗原結合タンパク質を、HLA-ペプチド標的とは異なる1つまたは複数のペプチド-HLA複合体と接触させて、抗原結合タンパク質がHLA-ペプチド標的に選択的に結合するか否かを判定することを含み得る。
したがって、本明細書で提供されるのは、本明細書に記載の1つまたは複数の抗原に選択的に結合するABPを同定するためのシステムである。いくつかの実施形態では、このシステムは、(a)HLAクラスI分子と複合体を形成したHLA拘束ペプチドを含む単離された抗原であって、このHLA拘束ペプチドは、HLAクラスI分子のα1/α2ヘテロ二量体部分のペプチド結合溝に位置しており、この抗原は、配列番号10,755~29,364のいずれか1つに記載されている抗原から選択される、抗原と;(b)複数の異なる抗原結合タンパク質を含むライブラリーとを含む。いくつかの実施形態では、このライブラリーはファージディスプレイライブラリーである。
このシステムのいくつかの実施形態では、抗原は固体支持体に結合している。この固体支持体は、例えば、ビーズ、ウェル、膜、チューブ、カラム、プレート、セファロース、磁気ビーズ、細胞、またはチップを含み得る。いくつかの実施形態において、この抗原は、親和性結合対の第1のメンバーを含み、固体支持体は、親和性結合対の第2のメンバーを含む。いくつかの実施形態では、第1のメンバーはストレプトアビジンであり、第2のメンバーはビオチンである。いくつかの実施形態において、固体支持体に結合した抗原は、少なくとも1つのHLA-ペプチド標的を含むHLA多量体(例えば、四量体)である。
このシステムのいくつかの実施形態では、ライブラリー(例えば、ファージディスプレイライブラリー)は、ヒトライブラリーである。このシステムのいくつかの実施形態では、ライブラリー(例えば、ファージディスプレイライブラリー)は、ヒト化ライブラリーである。
いくつかの実施形態において、このシステムは、HLAクラスI分子と複合体を形成したHLA拘束ペプチドを含む陰性対照抗原をさらに含み、このHLA拘束ペプチドは、HLAクラスI分子のα1/α2ヘテロ二量体部分のペプチド結合溝に位置しており、この陰性対照抗原は、異なる拘束ペプチド、異なるHLAクラスI分子、または異なる拘束ペプチド及び異なるHLAクラスI分子を含む。いくつかの実施形態において、陰性対照抗原は、異なる拘束ペプチドを含むが、その抗原と同じHLAクラスI分子を含む。
いくつかの実施形態では、このシステムは、反応混合物を含み、この反応混合物は、抗原とファージディスプレイライブラリー由来の複数のファージとを含む。
抗原結合タンパク質を同定する別の方法は、少なくとも1つのHLA-ペプチド標的を得ることと、任意選択でアジュバントと組み合わせて、HLA-ペプチド標的を対象(例えば、マウス、ウサギまたはラマ)に投与することと、抗原結合タンパク質を対象から単離することとを、含み得る。抗原結合タンパク質を単離することは、対象の該血清をスクリーニングして抗原結合タンパク質を同定することを、含み得る。本方法はまた、抗原結合タンパク質を、HLA-ペプチド標的とは異なる1つまたは複数のペプチド-HLA複合体と接触させて、例えば抗原結合タンパク質がHLA-ペプチド標的に選択的に結合するか否かを判定することを含み得る。同定された抗原結合タンパク質は、ヒト化することができる。
いくつかの態様では、抗原結合タンパク質を単離することは、抗原結合タンパク質を発現する対象からT細胞を単離することを含む。このT細胞を使用してハイブリドーマを作製できる。また、T細胞を使用して、CDRの1つまたは複数をクローニングすることもできる。また、例えば、EBV形質転換を使用することによって、T細胞を不死化することもできる。抗原結合タンパク質をコードする配列は、不死化T細胞からクローン化することも、あるいは免疫対象から単離したT細胞から直接的にクローン化することもできる。T細胞の抗原結合タンパク質を含むライブラリーを作製することも可能であり、任意選択で、ライブラリーは、ファージディスプレイまたは酵母ディスプレイである。
抗原結合タンパク質を同定するための別の方法は、抗原結合タンパク質を含む細胞を得ることと、細胞を、少なくとも1つのHLA-ペプチド標的を含むHLA多量体(例えば、四量体)と接触させることと、HLA多量体と抗原結合タンパク質との間の結合を介して抗原結合タンパク質を同定することとを含み得る。
抗原結合タンパク質を同定する別の方法は、抗原結合タンパク質(ABP)を含む細胞を得ることと、ABPの配列を決定することとを含み得る。例えば、この方法は、細胞を、少なくとも1つのHLA-ペプチド標的を含むHLA多量体(例えば、四量体)と接触させること;任意選択でフローサイトメトリー(例えば、蛍光活性化細胞選別「FACS」)、磁気分離、または単一細胞分離を用いて細胞を単離すること;及び単離された細胞由来のポリヌクレオチドを配列決定して、ABPの配列を決定することを含み得る。
いくつかの実施形態において、単離は、陽性選択による特定の細胞集団の濃縮、または陰性選択による特定の細胞集団の枯渇によって実施される。いくつかの実施形態において、陽性または陰性の選択は、それぞれ陽性または陰性で選択された細胞で比較的高いレベル(マーカー高)で発現または発現された(マーカー+)1つ以上の表面マーカーに特異的に結合する1つ以上の抗体または他の結合剤と共に細胞をインキュベートすることによって達成される。例えば、T細胞を含むことが知られているかまたは疑われる細胞の集団は、目的のHLA-ペプチド(例えば、新抗原)を含む四量体への結合に基づいて陽性に選別し得る。FACS単離には、目的外のHLA-ペプチド標的に結合する細胞の除去も含み得る。例えば、細胞は、目的のHLA-ペプチド(例えば、新抗原)を含む四量体への結合に基づいて正に分類されてもよく、目的外のHLA-ペプチド(例えば、目的の新抗原に対応する野生型ペプチド配列)を含む四量体への結合に基づいて陰性に選別されてもよい。
ABP含有タンパク質を発現する細胞の単離(例えば、T細胞のFACSベースの単離)は、対象由来の細胞の単離を含み得る。対象由来の細胞は、血液、血漿、血清、脳脊髄液、滑液、尿及び汗などの体液、組織及び臓器の試料を含むがこれらに限定されない様々な生物学的試料から単離され得る。生物学的試料は、生物学的供給源から直接得られた試料であっても、または処理された試料であってもよい。対象由来の細胞が由来または単離される試料は、血液もしくは血液由来の試料であってもよいし、またはアフェレーシスもしくは白血球アフェレーシス製品に由来してもよい。例示的な試料としては、全血、末梢血単核細胞(PBMC)、白血球、骨髄、胸腺、組織生検、腫瘍、白血病、リンパ腫、リンパ節、腸関連リンパ組織、粘膜関連リンパ組織、脾臓、他のリンパ組織、肝臓、肺、胃、腸、結腸、腎臓、膵臓、乳房、骨、前立腺、子宮頸部、精巣、卵巣、扁桃腺、または他の臓器、及び/またはそれらに由来する細胞が挙げられる。ABP含有タンパク質を発現する例示的な細胞及び細胞集団としては、限定するものではないが、活性化T細胞、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)、PBMC、培養(例えば、増殖)T細胞、ナイーブT(TN)細胞、エフェクターT細胞(TEFF)、メモリーT細胞、幹細胞メモリーT細胞(TSCM)、中央メモリーT細胞(TCM)、エフェクターメモリーT細胞(TEM)、最終分化エフェクターメモリーT細胞、未成熟T細胞、成熟T細胞、ヘルパーT細胞、細胞傷害性T細胞、粘膜関連不変T(MALT)細胞、調節性T細胞(Treg)、TH1細胞、TH2細胞、TH3細胞、TH17細胞、TH9細胞、TH22細胞、濾胞性ヘルパーT細胞、ナチュラルキラーT細胞(NKT)、アルファベータT細胞、ガンマデルタT細胞が挙げられる。
ABP含有タンパク質を発現する細胞の配列決定は、クロム単一細胞免疫プロファイリングシステム(10倍のゲノミクス)などの当業者に公知の技術によって実施することができる。
抗原結合タンパク質を同定する別の方法は、抗原結合タンパク質を含む1つまたは複数の細胞を得ることと;少なくとも1つの抗原提示細胞(APC)に提示された少なくとも1つのHLA-ペプチド標的を使用して、1つまたは複数の細胞を活性化することと;少なくとも1つのHLA-ペプチド標的との相互作用によって活性化された1つまたは複数の細胞を選択することによって抗原結合タンパク質を同定することとを含み得る。
細胞は、例えばT細胞、任意選択でCTL、またはNK細胞であり得る。本方法は、細胞を、任意選択でフローサイトメトリー、磁気分離または単一細胞分離を使用して単離することをさらに含み得る。本方法は、抗原結合タンパク質を配列決定することをさらに含み得る。
ABPによって細胞を操作するための方法
TCR、CARなどを含む受容体を含むABPを発現させるための、ならびにそのようなABPを発現させる遺伝子操作された細胞を産生するための、方法、核酸、組成物、及びキットもまた、提供されている。遺伝子操作は、一般に、レトロウイルス形質導入、トランスフェクション、または形質転換などにより、組み換えられたまたは操作された成分をコードする核酸を細胞に導入することを含む。
TCR、CARなどを含む受容体を含むABPを発現させるための、ならびにそのようなABPを発現させる遺伝子操作された細胞を産生するための、方法、核酸、組成物、及びキットもまた、提供されている。遺伝子操作は、一般に、レトロウイルス形質導入、トランスフェクション、または形質転換などにより、組み換えられたまたは操作された成分をコードする核酸を細胞に導入することを含む。
いくつかの実施形態では、まず細胞を刺激し、例えば、サイトカインもしくは活性化マーカーの発現によって測定されるような、増殖、生存及び/または活性化などの応答を誘発する刺激を組み合わせて用い、続いて、活性化された細胞の形質導入を行い、臨床用途に十分な程度の数まで培養して増殖させることによって、遺伝子導入を達成する。
いくつかの状況において、刺激因子(例えば、リンホカインまたはサイトカイン)の過剰発現は、対象にとって毒性である可能性がある。それゆえ、いくつかの状況では、操作された細胞には、養子免疫療法における投与時など、細胞をインビボでの陰性選択に感受性にするセグメントが含まれる。例えば、いくつかの態様では、細胞に操作をすることによって、細胞を投与された患者のインビボ状態の変化の結果、除去できるようにする。陰性選択可能な表現型は、投与された薬剤、例えば、化合物に感受性を与える遺伝子の挿入から生成され得る。陰性選択可能な遺伝子には、単純ヘルペスウイルスI型チミジンキナーゼ(HSV-I TK)遺伝子(Wigler et al.,Cell II:223,1977)が含まれ、これにより、ガンシクロビル感受性、細胞のヒポキサンチンホスホリボシルトランスフェラーゼ(HPRT)遺伝子、細胞のアデニンホスホリボシルトランスフェラーゼ(APRT)遺伝子、細菌のシトシンデアミナーゼが付与される(Mullen et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA.89:33(1992))。
いくつかの態様では、細胞は、さらに、サイトカインまたは他の因子の発現を促進するように設計される。遺伝子操作された成分、例えば抗原受容体(例えば、TCR)を導入するための様々な方法が周知であり、これらを、提供される方法及び組成物と共に使用してもよい。例示的な方法としては、ウイルス、例えばレトロウイルスまたはレンチウイルス、形質導入、トランスポゾン、ヌクレアーゼ媒介遺伝子編集(例えば、CRISPR、TALEN、メガヌクレアーゼ、またはZFN編集システム)、及びエレクトロポレーションを含む、受容体をコードする核酸の導入のための方法が挙げられる。例えば、特にT細胞を編集するための、ヌクレアーゼ媒介遺伝子編集は、全ての目的のために参照によって本明細書に組み込まれる国際出願WO/2018/232356及びPCT/US2018/058230に詳細に記載される。
いくつかの実施形態では、組み換え核酸を、例えば、シミアンウイルス40(SV40)、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス(AAV)に由来するベクターなどの組み換え感染性ウイルス粒子を使用して細胞に導入する。いくつかの実施形態では、組み換え核酸は、組み換えレンチウイルスベクターまたはγレトロウイルスベクターなどのレトロウイルスベクターを使用してT細胞に導入される(例えば、Koste et al.(2014)Gene Therapy 2014 Apr.3.doi:10.1038/gt.2014.25;Carlens et al.(2000)Exp Hematol 28(10):1137-46;Alonso-Camino et al.(2013)Mol Ther Nucl Acids 2,e93;Park et al.,Trends Biotechnol.2011 Nov.29(11):550-557)を参照されたい。
いくつかの実施形態では、レトロウイルスベクターは長い末端反復配列(LTR)有し、例えば、モロニーマウス白血病ウイルス(MoMLV)、骨髄増殖性肉腫ウイルス(MPSV)、マウス胚性幹細胞ウイルス(MESV)、マウス幹細胞ウイルス(MSCV)、脾臓形成ウイルス(SFFV)またはアデノ随伴ウイルス(AAV)に由来するレトロウイルスベクターである。ほとんどのレトロウイルスベクターは、マウスレトロウイルスに由来する。いくつかの実施形態では、レトロウイルスには、鳥類または哺乳類の細胞源に由来するものが含まれる。レトロウイルスは典型的には、両種性であり、これは、レトロウイルスが、ヒトをはじめとするいくつかの種の宿主細胞に感染できることを意味する。一実施形態では、レトロウイルスgag、pol及び/またはenv配列は、発現するための遺伝子で置換される。いくつかの例証的なレトロウイルスシステムが、記載されてきた(例えば、米国特許第5,219,740号;同第6,207,453号;同第5,219,740号;Miller及びRosman(1989)BioTechniques 7:980-990;Miller,A.D.(1990)Human Gene Therapy 1:5-14;Scarpa et al.(1991)Virology 180:849-852;Burns et al.(1993)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 90:8033-8037;and Boris-Lawrie and Temin(1993)Cur.Opin.Genet.Develop.3:102-109)。
レンチウイルス形質導入の方法は、公知である。例示的な方法は、例えば、Wang et al.(2012)J.Immunother.35(9)689-701;Cooper et al.(2003)Blood.101:1637-1644;Verhoeyen et al.(2009)Methods Mol Biol.506:97-114;and Cavalieri et al.(2003)Blood.102(2)497-505)に記載されている。
いくつかの実施形態では、組み換え核酸はエレクトロポレーションを介してT細胞に移入される(例えば、Chicaybam et al,(2013)PLoS ONE 8(3):e60298;Van Tedeloo et al.(2000)Gene Therapy 7(16):1431-1437、及びRoth et al.(2018)Nature 559:405-409を参照されたい)。いくつかの実施形態では、組み換え核酸は転位を介してT細胞に導入される(例えば、Manuri et al.(2010)Hum Gene Ther 21(4):427-437;Sharma et al.(2013)Molec Ther Nucl Acids 2,e74、及びHuang et al.(2009)Methods Mol Biol 506:115-126を参照されたい)。免疫細胞に遺伝物質を導入及び発現させる他の方法としては、リン酸カルシウムトランスフェクション(例えば、Current Protocols in Molecular Biology,John Wiley & Sons,New York.N.Y.に記載される),プロトプラスト融合、カチオン性リポソーム媒介トランスフェクション;タングステン粒子により促進される微粒子衝突(Johnston,Nature,346:776-777(1990))、及びリン酸ストロンチウムDNA共沈(Brash et al.,Mol.Cell Biol.,7:2031-2034(1987))が挙げられる。
組み換え産物をコードする核酸の導入のための他のアプローチ及びベクターは、例えば、以下の国際特許出願公開第WO2014055668号、及び米国特許第7,446,190号に記載されているものが含まれる。
追加的な核酸、例えば、導入用の遺伝子の中でも、とりわけ際立っているのが、移植された細胞の生存率及び/または機能を促進することなどにより、治療の有効性を改善するもの;細胞の選択及び/または評価のための遺伝的マーカーを提供する遺伝子、例えば、インビボでの生存または局在を評価するための遺伝子;例えば、細胞をインビボで陰性選択の影響を受けやすくすることにより、安全性を向上させる遺伝子であり、Lupton S.D.et al.,Mol.及びCell Biol.,11:6(1991)、及びRiddell et al.,Human Gene Therapy 3:319-338(1992)に記載され、また、例えば、ドミナント陽性選択可能マーカー及び陰性選択可能マーカーの融合に由来する二機能性選択可能融合遺伝子の使用について記載されているLuptonらによるPCT/US91/08442号及びPCT/US94/05601号も参照されたい。例えば、Riddell et al.,米国特許第6,040,177号の第14~17段落を参照されたい。
操作された細胞の調製
いくつかの実施形態では、操作された細胞の調製は、1つまたは複数の培養及び/または調製ステップを含む。HLA-ペプチド-ABP、例えば、TCRを導入するための細胞は、生体試料、例えば、対象から得られた、またはその対象に由来するものなどの、試料から単離することができる。いくつかの実施形態では、細胞が単離される対象は、疾患もしくは状態を有するか、または細胞療法を必要としているか、または細胞療法薬が投与される対象である。いくつかの実施形態において対象は、細胞が単離、処理、及び/または操作される養子細胞療法などの、特定の治療的介入を必要としているヒトである。
いくつかの実施形態では、操作された細胞の調製は、1つまたは複数の培養及び/または調製ステップを含む。HLA-ペプチド-ABP、例えば、TCRを導入するための細胞は、生体試料、例えば、対象から得られた、またはその対象に由来するものなどの、試料から単離することができる。いくつかの実施形態では、細胞が単離される対象は、疾患もしくは状態を有するか、または細胞療法を必要としているか、または細胞療法薬が投与される対象である。いくつかの実施形態において対象は、細胞が単離、処理、及び/または操作される養子細胞療法などの、特定の治療的介入を必要としているヒトである。
したがって、細胞は、いくつかの実施形態では、初代細胞、例えば初代ヒト細胞である。試料としては、対象から直接的に採取された組織、体液、及びその他の試料のほか、分離、遠心分離、遺伝子操作(例えば、イルスベクターによる形質導入)、洗浄、及び/またはインキュベーションなどの1つまたは複数の処理ステップにより得られた試料が挙げられる。生体試料は、生物学的供給源から直接的に得られた試料または処理された試料であり得る。生体試料としては、非限定的に、血液、血漿、血清、脳脊髄液、滑液、尿及び汗などの体液、組織及び臓器の試料、例えば、それらに由来する処理された試料が挙げられる。
いくつかの態様では、細胞が由来または単離される試料は、血液または血液由来の試料であるか、またはアフェレーシス産物もしくは白血球アフェレーシス産物であるか、またはその産物に由来する。例示的な試料としては、全血、末梢血単核細胞(PBMC)、白血球、骨髄、胸腺、組織生検、腫瘍、白血病、リンパ腫、リンパ節、腸関連リンパ組織、粘膜関連リンパ組織、脾臓、その他のリンパ組織、肝臓、肺、胃、腸、結腸、腎臓、膵臓、乳房、骨、前立腺、子宮頸、精巣、卵巣、扁桃腺もしくは他の臓器、及び/またはそれらに由来する細胞が挙げられる試料としては、細胞療法、例えば養子細胞療法の文脈において、自家及び同種起源の試料が包含される。
いくつかの実施形態では、細胞は、例えばT細胞株などの細胞株に由来する。細胞は、いくつかの実施形態では、異種起源、例えばマウス、ラット、非ヒト霊長類、またはブタから得られる。
いくつかの実施形態では、細胞の単離は、1つまたは複数の調製及び/または非親和性に基づく細胞分離ステップを含む。いくつかの例では、細胞を、洗浄し、遠心分離して、及び/または1つまたは複数の試薬の存在下でインキュベートする。例えば、不要な成分を除去するか、所望の成分を濃縮するか、あるいは特定の試薬に対し感受性の細胞を溶解または除去する。いくつかの例では、細胞を、密度、付着特性、サイズ、感度、特定の構成要素に対する耐性などの、1つまたは複数の特性に基づいて分離する。
いくつかの例では、対象の循環血液由来の細胞を、例えばアフェレーシスまたは白血球アフェレーシスによって得る。試料には、いくつかの態様では、リンパ球、例えば、T細胞、単球、顆粒球、B細胞、他の有核白血球、赤血球、及び/または血小板が含まれており、いくつかの態様では、赤血球と血小板以外の細胞が含まれている。
いくつかの実施形態では、対象から収集された血球を洗浄し、例えば、血漿画分を除去して、かつ後続の処理ステップに備えて、細胞を適切な緩衝液または培地に入れる。いくつかの実施形態では、細胞はリン酸緩衝生理食塩水(PBS)で洗浄される。いくつかの実施形態では、洗浄溶液は、カルシウム及び/またはマグネシウム及び/または多くのもしくは全ての二価カチオンを欠く。いくつかの態様では、洗浄ステップは、半自動化された「フロースルー」遠心分離機(例えば、Baxter製のCobe 2991セルプロセッサー)を製造元の説明書に従って使用して行う。いくつかの態様では、洗浄ステップを、製造元の指示に従ってタンジェント流濾過(TFF)を用いて行う。いくつかの実施形態では、細胞を、洗浄後に、例えばCa++/Mg++不含PBSなどの、様々な生体適合性緩衝液中に再懸濁する。特定の実施形態では、血球試料の成分を除去して、細胞を培養液中に直接的に再懸濁する。
いくつかの実施形態では、本方法は、密度に基づく細胞分離方法、例えば、赤血球を溶解し、パーコールまたはフィコール勾配を介して遠心分離することによる、末梢血から白血球を調製することを含む。
いくつかの実施形態では、単離方法は、1つまたは複数の特定の分子、例えば、表面タンパク質、細胞内マーカーもしくは核酸のような表面マーカーの細胞内での発現または存在に基づいて、異なる細胞型を分離することを含む。いくつかの実施形態では、そのようなマーカーに基づいて分離を行うための、任意の公知の方法が使用され得る。いくつかの実施形態では、分離は、親和性または免疫親和性に基づく分離である。例えば、いくつかの態様において単離することは、細胞の発現または1つまたは複数のマーカー、典型的には細胞表面マーカーの発現レベルに基づき、例えば、そのようなマーカーに対し特異的に結合する抗体または結合パートナーと共にインキュベーションすることによって、細胞及び細胞集団を分離することと、続いて、一般的には洗浄ステップを実行することと、抗体または結合パートナーに結合していない細胞から抗体または結合パートナーに結合した細胞を分離することとを、含む。
そのような分離ステップは、試薬に結合した細胞がさらなる使用のために保持される陽性選択、及び/または抗体または結合パートナーに結合していない細胞を保持する陰性選択に基づき得る。いくつかの例では、両方の画分を、さらなる使用のために保持する。いくつかの態様では、陰性選択は、所望の集団以外の細胞によって発現されるマーカーに基づくと分離が最適に行われるような、異種集団の細胞型を特異的に同定する抗体が利用できない場合に特に有用である。
分離では、特定の細胞集団または特定のマーカーを発現する細胞のうちの必ずしも100%を濃縮または除去する必要はない。例えば、特定のタイプの細胞、例えばマーカーを発現する細胞の陽性選択または濃縮とは、そのような細胞の数または割合を増加させることを指すが、ただし、その際、マーカーを発現していない細胞を必ずしも完全に存在しないようにする必要はない。同様に、特定のタイプの細胞、例えばマーカーを発現する細胞の陰性選択、除去または枯渇とは、そのような細胞の数または割合を減少させることを指すが、ただし、その際、そのような細胞を必ずしも全て完全に除去する必要はない。
いくつかの例では、複数ラウンドの分離ステップを実行し、1つのステップで陽性もしくは陰性選択された画分を、後続の別の分離ステップ、例えば、陽性もしくは陰性選択に供する。いくつかの例では、単一の分離ステップで、例えば、細胞を、複数の抗体または結合パートナー、例えば各々が陰性選択の標的となるマーカーに対し特異的なものと共にインキュベートすることによって、複数のマーカーを同時に発現する細胞を枯渇させることができる。同様に、様々な種類の細胞内で発現する複数の抗体または結合パートナーと共に細胞をインキュベートすることによって、複数の細胞型を同時に陽性選択する場合もある。
例えば、いくつかの態様ではT細胞の特定の亜集団、例えば陽性もしくは高レベルの1つ以上の表面マーカーを発現する細胞、例えばCD28+、CD62L+、CCR7+、CD27+、CD127+、CD4+、CD8+、CD45RA+、及び/またはCD45RO+のT細胞を、陽性もしくは陰性選択手法によって単離する。
例えば、CD3+、CD28+T細胞を、CD3/CD28共役磁気ビーズ、例えば、DYNABEADS(登録商標)M-450 CD3/CD28 T細胞拡張剤)を使用して陽性選択することができる。
いくつかの実施形態では、単離は、陽性選択によって特定の細胞集団を濃縮させるか、または陰性選択によって特定の細胞集団を枯渇させることによって行われる。いくつかの実施形態では、陽性または陰性選択された細胞上でそれぞれ発現(マーカー+)したまたは比較的高レベルにて発現(マーカー高)した1つまたは複数の表面に対し特異的に結合する、1つまたは複数の抗体または他の結合剤と共に、細胞をインキュベートすることによって、陽性または陰性選択を達成する。
いくつかの実施形態では、非T細胞、例えば、B細胞、単球、またはCD14などの他の白血球上に発現するマーカーを陰性選択することによって、T細胞を末梢血単核球(PBMC)試料から分離する。いくつかの態様では、CD4+またはCD8+選択ステップを使用して、CD4+ヘルパーT細胞とCD8+細胞傷害性T細胞を分離する。1つ以上のナイーブ、メモリー及び/またはエフェクターT細胞亜集団上に発現したマーカー、または比較的高レベルにて発現したマーカーを陽性または陰性選択することによって、そのようなCD4+及びCD8+の集団を、さらに亜集団に選別することができる。
いくつかの実施形態では、CD8+細胞におけるナイーブ、セントラルメモリー、エフェクターメモリー、及び/またはセントラルメモリー幹細胞を、例えば、それぞれの亜集団に関連する表面抗原に基づいて、陽性または陰性選択することによって、さらに濃縮させるか、または枯渇させる。いくつかの実施形態では、セントラルメモリーT(TCM)細胞の濃縮を遂行することによって、効能を向上させ、例えば、投与後の長期生存、増殖、及び/または生着を改善し、これは、一部の態様において、そのような亜集団においてとりわけ堅牢となる。Terakura et al. (2012) Blood. 1:72-82;Wang et al. (2012) J Immunother. 35(9):689-701を参照されたい。いくつかの実施形態では、TCMに富むCD8+T細胞とCD4+T細胞を組み合わせることにより、さらに効能を強化する。
実施形態では、メモリーT細胞は、CD8+末梢血リンパ球のCD62L+サブセットとCD62L-サブセットの両方に存在する。例えば、抗CD8及び抗CD62L抗体を使用して、末梢血単核球(PBMC)の、CD62L-CD8+及び/またはCD62L+CD8+画分を濃縮または枯渇させてもよい。
いくつかの実施形態では、セントラルメモリーT(TCM)細胞の濃縮を、CD45RO、CD62L、CCR7、CD28、CD3、及び/またはCD127の陽性または高い表面発現に基づいて行い、いくつかの態様では、CD45RA及び/またはグランザイムBを発現または高度に発現する細胞の陰性選択に基づいて行う。いくつかの態様では、CD4、CD14、CD45RAを発現する細胞の枯渇、及びCD62Lを発現する細胞の陽性選択または濃縮によって、TCM細胞が濃縮されたCD8+集団を単離する。一態様では、セントラルメモリーT(TCM)細胞の濃縮を、まず、CD4の発現に基づいて選択された細胞の陰性画分から実行し、CD14及びCD45RAの発現に基づく陰性選択、ならびにCD62Lに基づく陽性選択に供する。このような選択は、いくつかの態様では同時に実行し、他の態様ではいずれかの順序で逐次的に実行する。いくつかの態様では、CD8+細胞集団または亜集団を調製する際に用いたのと同じCD4発現に基づく選択ステップもまた使用して、CD4+細胞集団または亜集団を生成し、例えばCD4ベースの分離による陽性画分と陰性画分の両方を保持して、本方法の後続ステップで使用し、任意選択で、1つまたは複数の追加的な陽性または陰性選択ステップを続ける。
特定の例では、PBMCの試料または他の白血球試料で、陰性及び陽性画分の両方が保持されているものを、CD4+細胞の選択に供する。次いで、陰性画分を、CD14及びCD45RAまたはROR1の発現に基づいて陰性選択に供し、セントラルメモリーT細胞の特徴的なマーカー、例えばCD62LまたはCCR7に基づいて陽性選択に供する。陽性及び陰性選択は、任意の順序で実施される。
細胞表面抗原を有する細胞集団を同定することによって、CD4+Tヘルパー細胞を、ナイーブ細胞、セントラルメモリー細胞、エフェクター細胞に選別する。CD4+リンパ球は、標準的な方法で得ることができる。いくつかの実施形態では、ナイーブCD4+Tリンパ球は、CD45RO-、CD45RA+、CD62L+、CD4+T細胞である。いくつかの実施形態では、セントラルメモリーCD4+細胞はCD62L+及びCD45RO+である。いくつかの実施形態では、エフェクターCD4+細胞はCD62L-及びCD45RO-である。
一例では、陰性選択によりCD4+細胞を濃縮するため、モノクローナル抗体カクテルには典型的には、CD14、CD20、CD11b、CD16、HLA-DR、及びCD8に対する抗体を含める。いくつかの実施形態では、抗体または結合パートナーを、磁性ビーズまたは常磁性ビーズなどの固体担体または基質に結合することにより、陽性及び/または陰性選択に応じて細胞分離を可能にする。例えば、いくつかの実施形態では、細胞及び細胞集団は、免疫磁気(または親和性磁気)分離技術を使用して分離または単離させる(Methods in Molecular Medicine,vol.58:Metastasis Research Protocols,Vol.2:Cell Behavior In Vitro and In Vivo,p 17-25 Edited by:S.A.Brooks and U.Schumacher Humana Press Inc.,Totowa,N.J.においてレビューされる)。
いくつかの態様では、分離される細胞の試料または組成物を、小型の磁化可能、または磁気応答性の材料、例えば、常磁性ビーズ(例えば、DynabeadsまたはMACSビーズなど)などの磁気応答性粒子または微粒子と共にインキュベートする。磁気応答性材料、例えば粒子は、一般に、分離が所望される、例えば、陰性選択または陽性選択が所望される細胞(単数もしくは複数)または細胞の集団に存在する分子、例えば表面マーカーに特異的に結合する結合パートナー、例えば抗体に直接的または間接的に付着する。
いくつかの実施形態では、磁性粒子またはビーズは、特異的な結合メンバー、例えば、抗体または他の結合パートナーに結合された磁気応答材料を含む。磁気分離法で使用される数多くの周知の磁気応答材料がある。好適な磁性粒子としては、Molday,米国特許第4,452,773号、及び欧州特許明細書EP452342(B)号に記載されているものが挙げられ、参照によりその全てが組み込まれる。Owenによる米国特許第4,795,698号、及びLibertiらによる米国特許第5,200,084号に記載されているようなコロイドサイズの粒子はその他の例である。
インキュベーションは、一般に、磁性粒子またはビーズに付着する、抗体もしくは結合パートナー、またはそのような抗体もしくは結合パートナーに特異的に結合する二次抗体もしくは他の試薬などの分子が、試料内の細胞に存在する場合、細胞表面に特異的に結合する条件下で実行される。
いくつかの態様では、試料を磁場内に置き、磁気応答性または磁化可能な粒子が付着している細胞を磁石に引き寄せて、非標識細胞から分離させる。陽性選択では、磁石に引き寄せられた細胞が保持されるのに対し、陰性選択では、引き寄せられない細胞(無標識の細胞)が保持される。いくつかの態様では、陽性選択と陰性選択の組み合わせを同じ選択ステップ中に実行し、陽性画分及び陰性画分を保持して、さらに処理されるか、あるいは、さらなる分離ステップに供される。
特定の実施形態では、磁気応答性粒子は、一次抗体または他の結合パートナー、二次抗体、レクチン、酵素、またはストレプトアビジンでコーティングされている。特定の実施形態では、磁性粒子は、1つまたは複数のマーカーに対し特異的な一次抗体のコーティングを介して細胞に付着している。特定の実施形態では、ビーズではなく細胞を、一次抗体または結合パートナーで標識し、次いで、細胞型特異的二次抗体または他の結合パートナー(例えば、ストレプトアビジン)でコーティングされた磁性粒子を添加する。特定の実施形態では、ストレプトアビジンでコーティングされた磁性粒子を、ビオチン化一次抗体または二次抗体と組み合わせて使用する。
いくつかの実施形態では、磁気応答性粒子を、引き続き、培養、培養及び/または操作に供する細胞に付着したままの状態に維持する。いくつかの態様では、この粒子を、患者への投与のために細胞に付着したままの状態に維持する。いくつかの実施形態では、磁化性または磁気応答性の粒子を、細胞から除去する。細胞から磁化可能な粒子を除去するための方法は公知であり、例えば、競合する非標識抗体、磁化可能粒子、または切断可能なリンカーに結合した抗体などを使用することが挙げられる。いくつかの実施形態では、磁化可能粒子は、生分解性である。
いくつかの実施形態では、親和性ベースの選択は、磁気活性化細胞選別(MACS)によってなされる(Miltenyi Biotech,Auburn,Calif.)。磁気活性化細胞選別(MACS)システムは、磁性粒子が付着した細胞を高純度にて選択することを可能としている。特定の実施形態では、MACSは、外部磁場の印加後に非標的種及び標的種が逐次的に溶出するモ様式にて実行する。すなわち、磁化された粒子に付着した細胞は、付着していない種が溶出している間、適所に保持されている。次いで、この第1の溶出ステップが完了した後で磁場に捕捉されて溶出するのを妨げられた種は、何らかの方法で解放され、結果として、この種の溶出及び回収が可能となる。特定の実施形態では、非標的細胞を標識し、不均一な細胞集団から枯渇させる。
特定の実施形態では、単離または分離は、本方法における単離、細胞調製、分離、処理、インキュベーション、培養、及び/または製剤化ステップのうちの1つまたは複数を遂行する、システム、デバイス、または装置を使用して実行される。いくつかの態様では、本システムを使用して、これらの各ステップを閉鎖されたまたは無菌環境で実行することにより、例えば、エラー、ユーザーの取り扱い、及び/または汚染を最小限に抑えることが可能となる。一例において、本システムは、国際特許出願公開第WO2009/072003号、または米国特許出願公開第20110003380(A1)号に記載されているシステムである。
いくつかの実施形態では、システムまたは装置は、統合または自己完結型システムにて、及び/または自動化されたまたはプログラム可能な方法にて、分離、処理、操作、及び配合のステップのうちの1つまたは複数、例えば全部を実行する。いくつかの態様では、システムまたは装置は、システムもしくは装置と通信するコンピューター及び/またはコンピュータープログラムを含むことにより、ユーザーが、処理ステップ、単離ステップ、操作ステップ、及び配合ステップの様々な態様をプログラム、制御、結果の評価、及び/または調整するのを可能にしている。
いくつかの態様では、例えば、閉鎖された無菌システムにおいて、臨床規模のレベルにて細胞を自動分離するため、CliniMACSシステム(Miltenyi Biotec)を使用して分離及び/または他のステップを実行する。構成要素には、統合型マイクロコンピューター、磁気分離ユニット、蠕動ポンプ、及び様々なピンチバルブが包含される。統合型コンピューターは、いくつかの態様では、機器の全ての構成要素を制御し、手順を標準化された順序にて繰り返し実行するようにシステムに指示す。いくつかの態様では、磁気分離ユニットは、可動永久磁石及び選択カラム用のホルダーを含む。蠕動ポンプは、ピンチ弁と共に、チューブセット全体の流量を制御する。これにより、システムを通る緩衝液の制御された流れ、及び細胞を継続的に懸濁させることが、確実になされる。
いくつかの態様では、CliniMACSシステムでは、無菌の非発熱性溶液中に供給された抗体結合磁化可能粒子が、使用される。いくつかの実施形態では、細胞を磁性粒子で標識した後、この細胞を洗浄して過剰な粒子を除去する。次いで、細胞調製バッグをチューブセットに接続した後、これを、緩衝液を含むバッグ、及び細胞収集バッグに接続する。チューブセットは、プレカラムと分離カラムを含む事前に組み立て済み滅菌チューブからなり、単回使用である。分離プログラムの開始後、本システムでは自動的に細胞試料が分離カラムに適用される。標識された細胞はカラム内に保持される一方、標識されていない細胞は一連の洗浄ステップによって除去される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法により使用される細胞集団は無標識のものであることから、カラム内に保持されない。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法により使用される細胞集団は有標識のものであることから、カラムに保持される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法により使用される細胞集団は、磁場を除去した後にカラムから溶出され、細胞収集バッグ内に収集される。
特定の実施形態では、分離及び/または他のステップは、CliniMACS Prodigyシステム(Miltenyi Biotec)を使用して実行される。CliniMACS Prodigyシステムは、いくつかの態様では、細胞処理ユニティを装備したことによって、遠心分離による細胞の自動洗浄及び分画を可能にしている。CliniMACS Prodigyシステムに、オンボードカメラ及び画像認識ソフトウェアを具備させて、供給源細胞生成物の肉眼可視層を識別することによって最適な細胞分画エンドポイントが判別されるようにしてもよい。例えば、末梢血を、自動的に赤血球、白血球、及び血漿層に分離することができる。CliniMACS Prodigyシステムに、統合された細胞培養チャンバーを含めてもよい。これにより、例えば、細胞の分化と増殖、抗原ローディング、長期細胞培養などの細胞培養プロトコールが実現する。入力ポートは、培地の無菌除去及び補充を可能にし得る。統合型顕微鏡を使用して細胞をモニターすることができる。例えば、Klebanoff et al. (2012) J Immunother. 35(9): 651-660、Terakura et al. (2012) Blood. 1:72-82、及びWang et al. (2012) J Immunother. 35(9):689-701を参照されたい。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞集団を、フローサイトメトリーを介して収集及び濃縮(または枯渇)させ、複数の細胞表面マーカー用に染色された細胞を、流体の流れを介して運搬する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞集団を、分取規模の蛍光標識細胞分取(FACS)を介して収集して、濃縮(または枯渇)させる。特定の実施形態では、FACSベースの検出システムと組み合わせて微小電気機械システム(MEMS)チップを使用することにより、本明細書に記載の細胞集団を収集し、濃縮(または枯渇)させる(例えば、WO2010/033140,Cho et al.(2010)Lab Chip 10,1567-1573、及びGodin et al.(2008)J Biophoton.1(5):355-376を参照されたい)。両方の事例において、細胞を複数のマーカーで標識することによって、十分に明確にされたT細胞サブセットを高純度で単離することが可能となる。
いくつかの実施形態では、抗体または結合パートナーを1つまたは複数の検出可能マーカーで標識することで、陽性及び/または陰性選択に合わせて分離させるのを容易にしている。例えば、分離は、蛍光標識抗体への結合に基づいて行うことができる。いくつかの例では、抗体または1つもしくは複数の細胞表面マーカーに対し特異的な他の結合パートナーの結合に基づいて細胞を分離することは、流体の流れを介して行われ、例えば、蛍光標識細胞分取(FACS)、例えば、分取スケール(FACS)及び/または微小電気機械システム(MEMS)チップ、例えば、フローサイトメトリー検出システムによる。そのような方法は、同時的に複数のマーカーに基づく陽性及び陰性選択を可能にする。
いくつかの実施形態では、調製方法は、凍結のステップ、例えば、単離、インキュベーション及び/もしくは操作を実施する前または実施した後における、細胞の凍結保存を含む。いくつかの実施形態では、凍結及びその後続の解凍ステップで、細胞集団内の顆粒球、及びある程度まで単球を、除去する。いくつかの実施形態では、例えば、洗浄ステップで血漿及び血小板を除去した後に、細胞を凍結溶液中に懸濁させる。いくつかの態様において様々な公知の凍結溶液及びパラメーターのいずれかを使用してもよい。一例では、20%DMSOと8%ヒト血清アルブミン(HSA)とを含有するPBS、または他の好適な細胞凍結培地を、使用することを含む。次いで、これを培地で1:1に希釈して、DMSO及びHSAの最終濃度をそれぞれ10%及び4%にする。他の例としては、Cryostor(登録商標)、CTL-Cryo(商標)ABC凍結培地などが挙げられる。次いで、細胞を毎分1度の速度で-80℃まで凍結し、液体窒素貯蔵タンクの気相中に保存する。
いくつかの実施形態では、提供されている方法は、培養、インキュベーション、培養、及び/または遺伝子操作ステップを含む。例えば、いくつかの実施形態では、枯渇した細胞集団及び培養開始組成物をインキュベート及び/または操作するための方法が提供されている。
それゆえ、いくつかの実施形態では、培養開始組成物中で細胞集団をインキュベートする。インキュベーション及び/または操作を、培養容器、例えば、ユニット、チャンバー、ウェル、カラム、チューブ、チュービングセット、バルブ、バイアル、培養皿、バッグ、または培地培養もしくは細胞培養用の他の容器中で、実施してもよい。
いくつかの実施形態では、遺伝子操作を施す前またはそれに関連して、細胞をインキュベートし及び/または培養する。インキュベーションステップは、培養、培養、刺激、活性化、及び/または増殖を含み得る。いくつかの実施形態では、組成物または細胞を、刺激条件または刺激剤の存在下にて、インキュベートする。そのような条件には、集団内の細胞の増殖、増殖、活性化、及び/または生存を誘発させ、抗原曝露を模倣し、及び/または、遺伝子操作を施すに際して、例えば、組み換え抗原受容体の導入に向けて細胞を調製することを目的に設計された条件が、包含される。
条件としては、特定の培地、温度、酸素含有量、二酸化炭素含有量、時間、薬剤、例えば、栄養素、アミノ酸、抗生物質、イオン、及び/または刺激因子、例えば、サイトカイン、ケモカイン、抗原、結合パートナー、融合タンパク質のほか、組み換え可溶性受容体、及び細胞を活性化するように設計された任意の他の薬剤のうちの1つまたは複数を挙げることができる。
いくつかの実施形態では、刺激条件または薬剤としては、1つ以上の薬剤、例えば、TCR複合体の細胞内シグナル伝達ドメインを活性化し得るリガンドが挙げられる。いくつかの態様では、T細胞内でのTCR/CD3細胞内シグナル伝達カスケードを、薬剤によって、オンにするか、または開始する。そのような薬剤としては、抗体類、例えば、TCR成分、及び/または共刺激受容体に対し特異的なもの、例えば抗CD3、抗CD28、ビーズなどの固体担体に結合したもの、及び/または1つまたは複数のサイトカインを挙げることができる。任意選択で、増殖方法に、培養培地に(例えば、少なくとも約0.5ng/mlの濃度にて)抗CD3及び/または抗CD28抗体を加えるステップを、さらに含んでもよい。いくつかの実施形態では、刺激剤は、IL-2及び/またはIL-15、例えば、少なくとも約10単位/mLのIL-2濃度を含む。
いくつかの態様では、インキュベーションは、米国特許第6,040,177号(Riddell et al.に付与)、Klebanoff et al.(2012)J Immunother.35(9)651-660,Terakura et al.(2012)Blood.1:72-82、及び/またはWang et al.(2012)J Immunother.35(9):689-701に記載されているような技術に従って行われる。
いくつかの実施形態では、T細胞は、非分裂性末梢血単核細胞(PBMC)などの培養開始組成物フィーダー細胞に加えること(例えば、結果として生じる細胞集団が、増殖される初期集団中の各Tリンパ球について、少なくとも約5、10、20、または40個以上のPBMC支持細胞を含むようにする)、及び培養物をインキュベートすること(例えば、T細胞の数を増やすのに十分な時間)により増殖される。一部の態様では、非分裂性フィーダー細胞は、ガンマ線照射PBMC支持細胞を含み得る。いくつかの実施形態では、細胞分裂を防ぐために、PBMCに約3000~3600radの範囲のガンマ線を照射する。いくつかの実施形態では、PBMCフィーダー細胞をマイトマイシンCで不活性化する。いくつかの態様では、T細胞の集団を加える前に、支持細胞を培地に加える。
いくつかの実施形態では、刺激条件には、ヒトTリンパ球の増殖に好適な温度、例えば、少なくとも約25℃、一般に少なくとも約30℃、一般に37℃または約37℃が含まれる。任意選択で、インキュベーションは、非分裂性EBV形質転換リンパ芽球様細胞(LCL)をフィーダー細胞として加えることをさらに含んでもよい。LCLには、約6000~10,000radの範囲のガンマ線を照射し得る。いくつかの態様におけるLCLフィーダー細胞は、任意の好適な量、例えば、LCLフィーダー細胞と初期Tリンパ球との比が少なくとも約10:1で提供される。
実施形態では、抗原特異的CD4+及び/またはCD8+T細胞などの抗原特異的T細胞は、ナイーブまたは抗原特異的Tリンパ球を抗原で刺激することによって得られる。例えば、感染した対象からT細胞を分離し、同じ抗原でインビトロにて細胞を刺激することにより、サイトメガロウイルス抗原に対する抗原特異的T細胞株またはクローンを作製することができる。
アッセイ
当該技術分野において公知の様々なアッセイを使用して、本明細書で提供されるHLA-ペプチドABPを同定し、特性評価してもよい。
当該技術分野において公知の様々なアッセイを使用して、本明細書で提供されるHLA-ペプチドABPを同定し、特性評価してもよい。
結合、競合、及びエピトープマッピングアッセイ
本明細書で提供されるABPの特異的抗原結合活性は、本開示のいずこかで説明されるように、SPR、BLI、RIA、Carterraバイオセンサー及びMSD-SETを使用することを含む、任意の好適な方法によって評価され得る。追加的に、抗原結合活性を、ELISAアッセイ、フローサイトメトリー、及び/またはウエスタンブロットアッセイを使用して評価してもよい。
本明細書で提供されるABPの特異的抗原結合活性は、本開示のいずこかで説明されるように、SPR、BLI、RIA、Carterraバイオセンサー及びMSD-SETを使用することを含む、任意の好適な方法によって評価され得る。追加的に、抗原結合活性を、ELISAアッセイ、フローサイトメトリー、及び/またはウエスタンブロットアッセイを使用して評価してもよい。
2つのABP、またはABPと別の分子(例えば、TCRなどのHLA-ペプチドの1つまたは複数のリガンド)間の競合を測定するためのアッセイは、本開示のいずこか、例えば、参照によりその全てが組み込まれる、Harlow and Lane,ABPs:A Laboratory Manual ch.14,1988,Cold Spring Harbor Laboratory,Cold Spring Harbor,N.Yに記載される。
本明細書で提供されるABPが結合するエピトープをマッピングするためのアッセイは、例えば、参照によりその全てが組み込まれる、Morris,“Epitope Mapping Protocols,” in Methods in Molecular Biology vol.66,1996,Humana Press,Totowa,N.J.に記載される。一部の実施形態では、エピトープはペプチド競合によって決定される。一部の実施形態では、エピトープは質量分析によって決定される。一部の実施形態では、エピトープは変異導入によって決定される。一部の実施形態では、エピトープは結晶学によって決定される。
エフェクター機能についてのアッセイ
本明細書で提供されるABP及び/または細胞での治療後のエフェクター機能は、当該技術分野において公知の様々なインビトロ及びインビボアッセイを使用して評価することができる。これらのアッセイとしては、参照によりその全てが組み込まれる、Rev.Immunol.,1991,9:457-492;米国特許第5,500,362号、同第5,821,337号;Hellstrom et al.,Proc.Nat’l Acad.Sci.USA,1986,83:7059-7063;Hellstrom et al.,Proc.Nat’l Acad.Sci.USA,1985,82:1499~1502;Bruggemann et al.,J.Exp.Med.,1987,166:1351-1361;Clynes et al.,Proc.Nat’l Acad.Sci.USA,1998,95:652-656;WO2006/029879;WO2005/100402;Gazzano-Santoro et al.,J.Immunol.Methods,1996,202:163-171;Cragg et al.,Blood,2003,101:1045-1052;Cragg et al.Blood,2004,103:2738-2743、及びPetkova et al.,Int’l.Immunol.,2006,18:1759-1769記載されているものが挙げられる。
本明細書で提供されるABP及び/または細胞での治療後のエフェクター機能は、当該技術分野において公知の様々なインビトロ及びインビボアッセイを使用して評価することができる。これらのアッセイとしては、参照によりその全てが組み込まれる、Rev.Immunol.,1991,9:457-492;米国特許第5,500,362号、同第5,821,337号;Hellstrom et al.,Proc.Nat’l Acad.Sci.USA,1986,83:7059-7063;Hellstrom et al.,Proc.Nat’l Acad.Sci.USA,1985,82:1499~1502;Bruggemann et al.,J.Exp.Med.,1987,166:1351-1361;Clynes et al.,Proc.Nat’l Acad.Sci.USA,1998,95:652-656;WO2006/029879;WO2005/100402;Gazzano-Santoro et al.,J.Immunol.Methods,1996,202:163-171;Cragg et al.,Blood,2003,101:1045-1052;Cragg et al.Blood,2004,103:2738-2743、及びPetkova et al.,Int’l.Immunol.,2006,18:1759-1769記載されているものが挙げられる。
医薬組成物
本明細書で提供されるABP、細胞、またはHLA-ペプチド標的は、任意の好適な医薬組成物に製剤化され、任意の好適な投与経路により投与することができる。好適な投与経路の例としては、非限定的に、動脈内、皮内、筋肉内、腹腔内、静脈内、経鼻、非経口、肺、及び皮下経路が挙げられる。
本明細書で提供されるABP、細胞、またはHLA-ペプチド標的は、任意の好適な医薬組成物に製剤化され、任意の好適な投与経路により投与することができる。好適な投与経路の例としては、非限定的に、動脈内、皮内、筋肉内、腹腔内、静脈内、経鼻、非経口、肺、及び皮下経路が挙げられる。
前記医薬組成物は、1つまたは複数の医薬賦形剤を含み得る。任意の適切な医薬賦形剤を使用することができ、当業者は適切な医薬賦形剤を選択することができる。したがって、以下に提供される医薬賦形剤は、例示的であり、限定的ではないことが意図されている。追加的な医薬賦形剤としては、例えば、参照によりその全てが組み込まれる、Handbook of Pharmaceutical Excipients,Sheskey et al.(Eds.)8th Ed.(2017)に記載されているものが挙げられる。
いくつかの実施形態では、この医薬組成物は担体を含む。
治療方法
治療用途のために、ABP及び/または細胞は、当該技術分野において公知のもの及び上記で論じたものなどの、医薬的に許容される剤形にて哺乳動物、一般的にはヒトに投与される。例えば、ABP及び/または細胞は、ボーラスとして静脈内にもしくは筋肉内、腹腔内、脳脊髄内、皮下、関節内、滑膜内、くも膜下腔内、または腫瘍内経路により、一定期間にわたる持続注入によってヒトに投与される。また、ABPは、腫瘍周囲、病変内、または病変周囲経路を介して好適に投与され、局所的及び全身的な治療効果を発揮する。腹腔内経路は、例えば、卵巣腫瘍の治療において特に有用であり得る。
治療用途のために、ABP及び/または細胞は、当該技術分野において公知のもの及び上記で論じたものなどの、医薬的に許容される剤形にて哺乳動物、一般的にはヒトに投与される。例えば、ABP及び/または細胞は、ボーラスとして静脈内にもしくは筋肉内、腹腔内、脳脊髄内、皮下、関節内、滑膜内、くも膜下腔内、または腫瘍内経路により、一定期間にわたる持続注入によってヒトに投与される。また、ABPは、腫瘍周囲、病変内、または病変周囲経路を介して好適に投与され、局所的及び全身的な治療効果を発揮する。腹腔内経路は、例えば、卵巣腫瘍の治療において特に有用であり得る。
本明細書で提供されるABP及び/または細胞は、HLA-ペプチドが関与する任意の疾患もしくは状態の治療にも有用であり得る。いくつかの実施形態では、疾患または状態は、抗HLA-ペプチドABP及び/または細胞による治療から利益を得ることができる疾患もしくは病態である。いくつかの実施形態では、疾患または状態は、腫瘍である。いくつかの実施形態では、疾患または状態は、細胞増殖性疾患である。一部の実施形態では、疾患または状態はがんである。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるABP及び/または細胞を、医薬としての使用のために提供する。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるABP及び/または細胞を、医薬の製造または調製における使用のために提供する。いくつかの実施形態では、医薬は、抗HLA-ペプチドABP及び/または細胞から利益を得ることができる疾患もしくは状態の治療用である。いくつかの実施形態では、疾患または状態は、腫瘍である。いくつかの実施形態では、疾患または状態は、細胞増殖性疾患である。一部の実施形態では、疾患または状態はがんである。
本明細書で提供される有効量のABP及び/または細胞を対象に投与することにより、それを必要とする対象の疾患または状態を治療する方法が、本明細書で提供される。いくつかの態様では、疾患または状態は、がんである。
本明細書で提供される有効量のABP及び/または細胞を対象に投与することにより、それを必要とする対象の疾患または状態を治療する方法が、本明細書で提供される、疾患または状態ががんであり、がんは固形がんまたは血液癌から選択される。
また、本明細書に開示される有効量のABP及び/または細胞または医薬組成物を対象に投与することを含む、それを必要とする対象における免疫応答を調節する方法が本明細書に提供される。
対象における調節された免疫応答は、当技術分野で公知の任意の手段によって評価され得る。
いくつかの実施形態において、対象における調節された免疫応答は、例えば、ABPの新抗原標的の表面発現を伴う標的細胞の抗体依存性細胞傷害(ADCC)の増大または誘導を含む。ADCCは、当技術分野で公知の任意の手段によって評価され得る。
いくつかの実施形態において、対象における調節された免疫応答は、例えば、ABPの新抗原標的の表面発現を伴う標的細胞の補体依存性細胞傷害性(CDC)の増大または誘導を含む。CDCは、当技術分野で公知の任意の手段によって評価され得る。
ほんの一例として、対象における免疫応答は、対象または対象の腫瘍から得られたリンパ球を、HLA-ペプチド抗原への結合について評価することによって評価され得る。いくつかの実施形態において、対象由来の腫瘍浸潤リンパ球、またはHLA-ペプチド抗原への結合について評価された。他に例としてのみ、対象における調節された免疫応答は、既存の新生抗原特異的T細胞集団の拡大、対象における新しいT細胞特異性のより広いレパートリー、またはその両方を含み得る。そのような調節された免疫応答を評価するための方法は、Ott et al.,An immunogenic personal neoantigen vaccine for patients with melanoma,Nature 547,217-221(13 July 2017)に記載されており、これはその内容が参照として組み込まれる。免疫応答を評価するための方法は、Sahin et al., Personalized RNA mutanome vaccines mobilize poly-specific therapeutic immunity against cancer, Nature 547,222-226(13 July 2017)にも記載されており、これはその内容が参照として組み込まれる。
免疫モニタリングを実施するために、PBMCが一般的に使用される。PBMCは、初回ワクチン接種前及び初回ワクチン接種後(4週間と8週間など)に単離され得る。PBMCは、追加免疫ワクチン接種の直前及び各追加免疫ワクチン接種後(例えば、4週間と8週間)に採取され得る。
いくつかの実施形態において、対象における調節された免疫応答は、調節されたT細胞応答を含む。T細胞応答は、ELISポット、細胞内サイトカイン染色、サイトカイン分泌及び細胞表面捕捉、T細胞増殖、MHC多量体染色、または細胞傷害性アッセイなどの当技術分野で公知の1つまたは複数の方法を使用して測定され得る。本明細書に開示されるHLA-ペプチド抗原に対するT細胞応答は、ELISpotアッセイを使用してIFN-γなどのサイトカインの誘導を測定することにより、PBMCからモニターされ得る。本明細書に開示されるHLA-ペプチド抗原に対する特定のCD4またはCD8T細胞応答は、フローサイトメトリーを使用して、IFN-γなどの細胞内または細胞外に捕捉されたサイトカインの誘導を測定することによってPBMCからモニターし得る。本明細書に開示されるHLA-ペプチド抗原に対する特異的CD4またはCD8T細胞応答は、MHC多量体染色を使用してエピトープ/MHCクラスI複合体に特異的なT細胞受容体を発現するT細胞集団を測定することによってPBMCからモニターし得る。本明細書に開示されるHLA-ペプチド抗原に対する特定のCD4またはCD8T細胞応答は、3H-チミジン、ブロモデオキシウリジン、及びカルボキシフルオレセイン-ジアセテート-スクシンイミジルエステル(CFSE)の取り込み後のT細胞集団のエクスビボ増殖を測定することによってPBMCからモニターされ得る。本明細書に開示される特異的HLA-ペプチド抗原であるPBMC由来T細胞の抗原認識能力及び溶解活性は、クロム放出アッセイまたは代替の比色細胞傷害性アッセイによって機能的に評価され得る。
特定の実施形態は、対象における免疫応答は、酵素結合免疫スポット(ELISPOT)分析によって評価される。
有効量のABP及び/または細胞または本明細書に開示される医薬組成物を対象に投与することを含む、それを必要とする対象において標的細胞を殺滅する方法も本明細書に提供される。いくつかの実施形態において、対象はがんを有する。いくつかの実施形態では、標的細胞はがん細胞である。
いくつかの実施形態において、がんまたはがん細胞は、配列番号10,755~29,364のいずれか1つに記載されているHLA-ペプチド抗原またはHLAクラスI分子を発現するかまたは発現すると予測される。いくつかの実施形態において、がんまたはがん細胞は、HLA-ペプチド抗原に関連する遺伝子の体細胞変異を含むと判定または予測される。いくつかの実施形態において、ABPは、HLA-ペプチド抗原に選択的に結合する。いくつかの実施形態において、ABPは、HLA-ペプチド抗原に含まれるHLAクラスIサブタイプに選択的に結合する。
いくつかの実施形態において、対象にABPを投与する前に、対象のがんもしくはがん細胞、または対象由来の生物学的試料は、HLA-ペプチド抗原を発現すると判定される。いくつかの実施形態において、対象にABPを投与する前に、対象のがんもしくはがん細胞、または対象由来の生物学的試料は、HLA-ペプチド抗原のHLAクラスIサブタイプを含むと判定される。ほんの一例として、RAS G12D新抗原HLA-A*11:01_VVVGADGVGK(「SNA30」)に選択的に結合するABPを投与する前に、対象のがんもしくはがん細胞、または対象由来の生物学的試料が、HLA-A*11:01を含むと判定される。いくつかの実施形態において、対象にABPを投与する前に、対象のがんもしくはがん細胞、または対象由来の生物学的試料は、HLA-ペプチド抗原に関連する遺伝子の体細胞変異を含むと判定される。ほんの一例として、RAS G12D新抗原HLA-A*11:01_VVVGADGVGK(「SNA30」)に選択的に結合するABPを投与する前に、対象のがんもしくはがん細胞、または対象由来の生物学的試料が、RAS G12D変異を含むと判定される。いくつかの実施形態において、対象にABPを投与する前に、対象のがんもしくはがん細胞、または対象由来の生物学的試料は、HLA-ペプチド抗原のHLAクラスIサブタイプを含むと判定されされ、及びこの対象のがんまたはがん細胞は、HLA-ペプチド抗原に含まれる体細胞変化に関連する遺伝子を発現するかまたは発現すると予測される。ほんの一例として、RAS G12D新抗原HLA-A*11:01_VVVGADGVGK(「SNA30」)に選択的に結合するABPを投与する前に、対象のがんもしくはがん細胞、または対象由来の生物学的試料が、HLA-A*11:01を含むと判定され、対象のがんもしくはがん細胞は、RAS、例えば、KRAS、NRAS、またはHRASを発現する。いくつかの実施形態において、対象にABPを投与する前に、対象のがん、がん細胞、または生物学的試料は、HLA-ペプチド抗原に関連する遺伝子の体細胞突然変異を含むと判定され、この対象が、HLA-ペプチド抗原に含まれるHLAクラスIサブタイプを発現すると判定される。ほんの一例として、RAS G12D新抗原HLA-A*11:01_VVVGADGVGK(「SNA30」)に選択的に結合するABPを投与する前に、対象のがんもしくはがん細胞、または対象由来の生物学的試料が、HLA-A*11:01及びRAS G12D変異を含むと判定される。いくつかの実施形態において、対象から得られた生物学的試料は、HLA-ペプチド抗原またはHLA-ペプチド抗原に含まれるHLAクラスIサブタイプに対して陽性であると判定される。いくつかの実施形態において、対象のがんもしくはがん細胞は、体細胞変化、変異、または遺伝子と体細胞変化の両方に関連する遺伝子を、事前に規定された閾値を超えて発現すると判定される。いくつかの実施形態において、対象のがんまたはがん細胞におけるHLAクラスIサブタイプの喪失は検出されない。
生物学的試料としては、限定するものではないが、血液、血漿、血清、脳脊髄液、滑液、尿及び汗などの体液、組織及び器官の試料、例としては、それに由来する処理された試料が挙げられる。いくつかの実施形態では、生物学的試料は、腫瘍試料、例えば、固形腫瘍試料を含む。いくつかの実施形態において、固形腫瘍試料は、新鮮な腫瘍試料である。いくつかの実施形態において、固形腫瘍試料は、凍結腫瘍試料である。いくつかの実施形態では、腫瘍試料は、ホルマリン固定、パラフィン包埋(FFPE)試料である。いくつかの実施形態において、腫瘍試料は、試料中のRNA分解を防ぐために処方された薬剤に保存された腫瘍生検または切除である。そのような薬剤は当技術分野で公知であり、これには限定するものではないが、RNAlaterが挙げられる。いくつかの実施形態では、生物学的試料は液体試料である。特定の実施形態では、液体試料は血液試料である。特定の実施形態では、血液試料は全血試料である。特定の実施形態では、血液試料は血漿試料である。特定の実施形態では、血液試料は血清試料である。
例としてのみ、対象のがん、がん細胞、または生物学的試料がCREB3L1 V414I変異を含むと判定された場合、この対象は、配列番号10755として指定されたHLA-ペプチド新抗原に選択的に結合するABPによる治療のために選択され得る。他の例としてのみ、対象がHLAクラスI対立遺伝子HLA-A*02:06を発現すると判定された場合、対象は、配列番号10755として指定されたHLA-ペプチド新抗原に選択的に結合するABPによる治療のために選択され得る。さらに他の例としてのみ、対象がHLAクラスI対立遺伝子HLA-A*02:06を発現すると判定された場合、及び対象のがん、がん細胞、または生物学的試料が、CREB3L1 V414I変異を含むと判定された場合、この対象は、配列番号10755として指定されるHLA-ペプチド新抗原に選択的に結合するABPによる治療のために選択され得る。
例としてのみ、対象のがん、がん細胞、または生物学的試料がRAS G12C突然変異を含むと判定された場合、この対象は、配列番号14954及び14955として指定されたHLA-ペプチド新生抗原に選択的に結合するABPによる治療のために選択され得る。他の例としてのみ、この対象がHLAクラスI対立遺伝子HLA-A*02:01を発現すると判定された場合、この対象は、配列番号14954及び14955として指定されるHLA-ペプチド新抗原に選択的に結合するABPによる治療のために選択され得る。さらに他の例としてのみ、対象がHLAクラスI対立遺伝子HLA-A*02:01を発現すると判定された場合、及び対象のがん、がん細胞、または生物学的物質試料が、RAS G12C変異を含むと判定される場合、この対象は、配列番号14954及び14955として指定されるHLA-ペプチド新抗原に選択的に結合するABPによる治療のために選択され得る。
単なる例として、対象のがん、がん細胞、または生物学的試料がRAS G12D突然変異を含むと判定された場合、この対象は、配列番号19865として指定されたHLA-ペプチド新抗原に選択的に結合するABPによる治療のために選択され得る。単なる他の例として、対象がHLAクラスI対立遺伝子HLA-A*11:01を発現すると判定された場合、この対象は、配列番号19865として指定されたHLA-ペプチド新抗原に選択的に結合するABPによる治療のために選択され得る。さらに他の例としてのみ、対象がHLAクラスI対立遺伝子HLA-A*11:01を発現すると判定され、及び対象のがん、がん細胞、または生物学的試料がRAS G12D変異を含むと判定された場合、この対象は、配列番号19865として指定されるHLA-ペプチド新抗原に選択的に結合するABPによる治療について選択され得る。
単なる例として、対象のがん、がん細胞、または生物学的試料がRAS G12V変異を含むと判定された場合、その対象は、配列番号19,976として指定されたHLA-ペプチド新抗原に選択的に結合するABPによる治療のために選択され得る。他の例としてのみ、対象がHLAクラスI対立遺伝子HLA-A*11:01を発現すると判定された場合、その対象は、配列番号19,976として指定されるHLA-ペプチド新抗原に選択的に結合するABPによる治療のために選択され得る。さらに単なる他の例として、対象がHLAクラスI対立遺伝子HLA-A*11:01を発現すると判定され、対象のがん、がん細胞、または生物学的試料がRAS G12V変異を含むと判定される場合、その対象は、配列番号19,976として指定されたHLA-ペプチド新抗原に選択的に結合するABPによる治療のために選択され得る。
抗原の発現、抗原に関連する遺伝子における体細胞変異の存在、または抗原に含まれるHLAクラスIサブタイプの発現は、当該技術分野で公知の任意の手段によって測定され得る。
抗原の発現または存在は、当該技術分野で公知の任意の手段によって、RNAまたはタンパク質レベルで判定され得る。例示的な方法としては、限定するものではないが、RNASeq、マイクロアレイ、PCR、ナノストリング(Nanostring)、インサイチュハイブリダイゼーション(ISH)、質量分析、または免疫組織化学(IHC)が挙げられる。遺伝子発現の陽性の閾値は、以下を含むいくつかの方法によって確立される:(1)様々な遺伝子発現レベルでのHLA対立遺伝子によるエピトープの提示の予測確率、(2)質量分析によって測定された遺伝子発現とHLAエピトープ提示との相関、及び/または(3)様々なレベルで遺伝子を発現している患者に対して達成されたABPベースの免疫療法の臨床的利点。
例えば、抗原に関連する体細胞変異の存在は、配列決定によって判定され得る。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、生物学的試料から単離され、配列決定される。ポリヌクレオチドは、DNAを含み得る。ポリヌクレオチドはcDNAを含んでもよい。ポリヌクレオチドはRNAを含んでもよい。配列決定は、全エクソーム配列決定、全ゲノム配列決定、がん遺伝子のパネルの標的配列決定、または単一のがん遺伝子の標的配列決定を含んでもよい。例示的な遺伝子パネルとしては、限定するものではないが、FoundationOne、FoundationOne CDx、Guardant 360、Guardant OMNI、及びMSK IMPACTが挙げられる。抗原に関連する体細胞変異の存在は、cobas(登録商標)KRAS変異試験などのPCRベースのアッセイによっても判定され得る。抗原に関連する体細胞変異の存在はまた、Ibarrola-Villava,Maider et al.“Determination of somatic oncogenic mutations linked to target-based therapies using MassARRAY technology.”Oncotarget vol.7,16(2016):22543-55.doi:10.18632/oncotarget.8002(その全体が参照によって本明細書に援用される)に記載されるMassARRAYなどの質量分析ベースのアッセイによっても判定され得る。
例えば、対象または対象の生物学的試料におけるHLAクラスIサブタイプの存在は、配列決定、例えば、HLA遺伝子の次世代シーケンシング(NGS)及びOptiType、標準的な配列特異的オリゴヌクレオチド(SSO)及び配列特異的プライマー(SSP)技術、または当該技術分野で公知の任意の他の方法などのバイオインフォマティクスツールを用いた分析によって判定され得る。
組み合わせ療法
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるABP及び/または細胞を、少なくとも1つの追加的な治療剤と組み合わせて投与する。本明細書で提供されるABP及び/または細胞と共に、任意の好適な追加的な治療剤を投与してもよい。いくつかの実施形態では、追加的な治療剤は、ABPである。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるABP及び/または細胞を、少なくとも1つの追加的な治療剤と組み合わせて投与する。本明細書で提供されるABP及び/または細胞と共に、任意の好適な追加的な治療剤を投与してもよい。いくつかの実施形態では、追加的な治療剤は、ABPである。
診断方法
また、対象由来の細胞上の所与のHLA-EPTIDEの存在を予測及び/または検出するための方法も、提供されている。そのような方法を使用することで、例えば、本明細書で提供されるABP及び/または細胞による治療に対する応答性を予測及び評価してもよい。
また、対象由来の細胞上の所与のHLA-EPTIDEの存在を予測及び/または検出するための方法も、提供されている。そのような方法を使用することで、例えば、本明細書で提供されるABP及び/または細胞による治療に対する応答性を予測及び評価してもよい。
いくつかの実施形態では、血液または腫瘍試料を対象から採取し、HLA-ペプチドを発現する細胞の割合を決定する。いくつかの態様では、そのような細胞によって発現されるHLA-ペプチドの相対量を決定する。HLA-ペプチドを発現する細胞の割合及びそのような細胞によって発現されるHLA-ペプチドの相対量は、任意の好適な方法により決定することができる。いくつかの実施形態では、このような測定を行うためにフローサイトメトリーが使用される。いくつかの実施形態では、このような測定を行うために蛍光支援細胞選別(FACS)が使用される。末梢血におけるHLA-ペプチドの発現を評価する方法については、Li et al.,J.Autoimmunity,2003,21:83-92を参照されたい。
いくつかの実施形態では、対象の細胞上の特定のHLA-ペプチドの存在を検出することは、免疫沈降及び質量分析を使用して行われる。これは、原発腫瘍標本などの腫瘍試料(例えば、凍結腫瘍試料)を採取し、免疫沈降を適用して1つ以上のペプチドを単離することによって、行い得る。腫瘍試料のHLA対立遺伝子は、実験的に判別することも、または第三者の供給源から入手することもできる。1つ以上のペプチドを質量分析(MS)に供して、これらペプチドの配列(複数可)を判別してもよい。その後、MSで得られたスペクトルを、データベース検索してもよい。例は、下掲の「実施例」の節に示す通りである。
いくつかの実施形態では、対象由来の細胞上の特定のHLA-ペプチドの存在を予測することは、ペプチド配列に適用されたコンピューターベースのモデル、及び/または腫瘍試料からのそのペプチド配列(例えば、RNA seqまたはRT-PCR、またはナノストリング)をはじめとする1つ以上の遺伝子のRNA測定を使用して実行される。使用されるモデルは、あらゆる目的のために、参照によりその全てが組み込まれる、国際特許出願第PCT/US2016/067159号に記載されているようなものであり得る。
キット
また、本明細書中に記載のABP及び/または細胞を含むキットも、提供されている。本明細書に記載されるように、キットは、疾患または障害の治療、予防、及び/または診断に使用され得る。
また、本明細書中に記載のABP及び/または細胞を含むキットも、提供されている。本明細書に記載されるように、キットは、疾患または障害の治療、予防、及び/または診断に使用され得る。
一部の実施形態では、キットは、容器と、容器上または容器に付着されたラベルまたは添付文書を含む。好適な容器は、例えば、瓶、バイアル、注射器、及びIV溶液バッグを含む。容器は、ガラスまたはプラスチック等の様々な材料から形成することができる。容器は、それ自体で、または別の組成物と組み合わされたときに、疾患または障害を治療、予防及び/または診断するのに有効な組成物を保持する。容器は無菌のアクセスポートを有していてもよい。例えば、容器が静脈内溶液バッグまたはバイアルである場合、それは針によって穴を開けることができるポートを有することができる。組成物中の少なくとも1つの活性剤は、本明細書で提供されるABPである。ラベルまたは添付文書は、組成物が、選択された状態を治療するために使用されることを表示す。
いくつかの実施形態では、本キットは、(a)第1の組成物を含む第1の容器であって、第1の組成物中に、本明細書で提供されるABP及び/または細胞が含まれる、第1の容器と、(b)第2の組成物を含む第2の容器であって、第2の組成物中に追加の療剤が含まれる、第2の容器とを、含む。この実施形態のキットには、本組成物を、特定の状態、例えば、がんを治療するために使用することができることを示す添付文書をさらに含んでもよい。
代替的に、またはさらに、キットは、薬学的に許容される賦形剤を含む第2(または第3)の容器をさらに含み得る。一部の態様では、賦形剤は緩衝剤である。キットは、フィルター、針、及び注射器を含む、商業的及び使用者の観点から望ましい他の物質をさらに含み得る。
以下は、本発明を実施するための特定の実施形態の例である。実施例は、例示の目的のためにのみ提供され、本発明の範囲を限定することを意図するものでは決してない。使用される数字(例えば、量、温度等)に関して正確さを確実にするための努力がなされてきたが、ある程度の実験誤差及び偏差が当然に考慮されるべきである。
本発明の実施は、別途示されない限り、当該技術分野の技術水準の範囲内のタンパク質化学、生化学、組換えDNA技術、及び薬理学の従来の方法を使用する。そのような技術は、文献で完全に説明されている。例えば、T.E.Creighton,Proteins:Structures and Molecular Properties(W.H.Freeman and Company,1993);A.L.Lehninger,Biochemistry(Worth Publishers,Inc.,current addition);Sambrook,et al.,Molecular Cloning:A Laboratory Manual(2nd Edition,1989);Methods In Enzymology(S.Colowick and N.Kaplan eds.,Academic Press,Inc.);Remington’s Pharmaceutical Sciences,18th Edition(Easton, Pennsylvania:Mack Publishing Company,1990);Carey and Sundberg Advanced Organic Chemistry 3rd Ed.(Plenum Press)Vols A and B(1992)を参照されたい。
実施例1:共有HLA-ペプチド新抗原の同定
本発明者らは、一連のステップを使用して、共有されたHLA-ペプチド新抗原を同定した。COSMICデータベースから「確認された体細胞」として分類された一般的なドライバー変異のリストを取得した。変異ごとに、本発明者らは、候補ネオエピトープ(8~11merのペプチド)を生成し、TPM 100を使用して、本発明者らのEDGE予測モデル(米国特許第10,055,540、米国特許出願公開番号US20200010849A1、国際特許出願公開WO/2018/195357及びWO/2018/208856、米国特許出願第16/606,577号、及び国際特許出願PCT/US2020/021508、それぞれ参照により、全体として、全ての目的のために本明細書に組み込まれる)を、全てのモデル化されたHLA対立遺伝子にわたって施行した。各ペプチドには少なくとも1つの変異アミノ酸が含まれており、自己ペプチドではないことに注意のこと。次に、EDGEスコアが0.001を超えるHLA対立遺伝子を有する任意のペプチドを記録した。結果を表Aに示す。こうして、合計10261個の共有HLA-ペプチド新抗原配列を同定し、配列番号10,755~21,015に記載している。各配列に対応するHLA対立遺伝子(複数可)が示されている。
本発明者らは、一連のステップを使用して、共有されたHLA-ペプチド新抗原を同定した。COSMICデータベースから「確認された体細胞」として分類された一般的なドライバー変異のリストを取得した。変異ごとに、本発明者らは、候補ネオエピトープ(8~11merのペプチド)を生成し、TPM 100を使用して、本発明者らのEDGE予測モデル(米国特許第10,055,540、米国特許出願公開番号US20200010849A1、国際特許出願公開WO/2018/195357及びWO/2018/208856、米国特許出願第16/606,577号、及び国際特許出願PCT/US2020/021508、それぞれ参照により、全体として、全ての目的のために本明細書に組み込まれる)を、全てのモデル化されたHLA対立遺伝子にわたって施行した。各ペプチドには少なくとも1つの変異アミノ酸が含まれており、自己ペプチドではないことに注意のこと。次に、EDGEスコアが0.001を超えるHLA対立遺伝子を有する任意のペプチドを記録した。結果を表Aに示す。こうして、合計10261個の共有HLA-ペプチド新抗原配列を同定し、配列番号10,755~21,015に記載している。各配列に対応するHLA対立遺伝子(複数可)が示されている。
表Aに提供される最初のリストは、患者集団における新抗原/HLA有病率のレベルについてさらに分析された。「抗原/HLA有病率」または「特定の集団における特定の変異「(A)」の頻度に、特定の集団におけるHLA対立遺伝子「(B)」の頻度を掛けたものとして計算される。抗原/HLA有病率は、変異/HLA有病率または新抗原/HLA有病率を指すこともある。この分析の一部として、各変異について、その(A)頻度は、TCGAの一般的な腫瘍タイプ全体で取得され、腫瘍タイプの中で最も高い頻度で記録された。(B)EDGEの各HLA対立遺伝子について、HLA対立遺伝子頻度TCGA(主に白人集団)が記録された。HLA対立遺伝子頻度は、全ての目的のために参照により本明細書に組み込まれる、Shukla、S.A.et al.(Nat.Biotechnol.33,1152-1158 2015)に詳細に記載される。腫瘍抗原/HLA有病率は、(A)に(B)を掛けたものとして計算された。この方法論を使用して>0.1%の有病率である表Aの任意の拘束ペプチド/HLA対は、「Most Common 1(最も一般的な1)」で同定される(2387/10261)。
さらに、本発明者らは、潜在的な臨床研究に関連する進行したがん患者集団を代表する患者試料の大規模なコホートにわたるドライバー変異の有病率を特徴づけた。EDGE予測は、公開されているAACR Genie v4.1データセットを使用して実行して、このデータセットには、Dana-Farber,Johns Hopkins,MD Anderson,MSKCC、及びVanderbiltを含む主な学術的がん施設から、50~500の遺伝子におよぶNGSがん遺伝子パネルで配列決定された40,000人を超える患者を含む。本発明者らは、肺、マイクロサテライト安定結腸、及び膵臓癌の塩基置換及びインデル変異を選択し、複数の遺伝子パネルにわたるカバレッジがを必要とした。本発明者らは、EDGE抗原提示予測モデルでカバーされる90を超えるクラスIHLA対立遺伝子のそれぞれと対になっている各新抗原ペプチドを分析し、HLA提示スコア>0.001のEDGE確率で、エピトープ及び対応するHLA対立遺伝子を記録した。次に、EDGEスコアが0.001を超えるペプチドの新抗原/HLA有病率を決定し、A*Bとして計算し、ここで、Aは3つの腫瘍タイプの中で最も高い変異頻度であり、BはHLA対立遺伝子頻度である。本発明者らは、TCGA集団からHLA対立遺伝子を調べ、各HLA対立遺伝子の頻度を表にすることにより、米国の集団を代表するHLA対立遺伝子頻度を使用した(Shukla、S.A.et al.)。分析から0.01%を超える新抗原/HLA有病率を示したペプチド及び対応するHLA対立遺伝子は、配列番号21,016~29,357に記載されており、AACR GENIE結果と呼ばれている。
実施例2:共有HLA-ペプチド新抗原提示の検証
候補共有HLA-ペプチド新抗原の質量分析(MS)検証は、標的質量分析法を使用して実施した。500近くの凍結切除された肺、結腸直腸及び膵臓の腫瘍試料をホモジナイズして、RNASeqトランスクリプトームシーケンシング及びHLA/ペプチド複合体の免疫沈降の両方に使用した。トランスクリプトームの分析によって各試料のペプチド標的リストを生成し、AACR Genie v4.1データセットにおいて明らかにされた再発性のがんドライバー変異を同定し、RNA発現レベルを評価した。次に、抗原提示のEDGEモデルを、変異配列及び発現データに適用して、ターゲティングリストのペプチドに優先順位を付けた。HLA分子由来のペプチドは、質量分析の前に提示されたペプチドを単離するためにサイズ排除を使用して溶出及び収集した。同じアミノ酸配列を有する合成の重い標識ペプチドを、標的質量分析のために各試料と同時ロードした。重い標識ペプチドと実験ペプチドの共溶出と断片化パターンの分析の両方を使用して、候補エピトープを検証した。質量分析分析法は、Gillete et al.(Nat Methods.2013 Jan;10(1):28-34)に詳細に説明されており、全ての目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる。この方法で検証されたドライバー変異由来の共有HLA-ペプチド新抗原は、さらなる検討について十分な有病率で、試料腫瘍タイプ及び関連するHLA対立遺伝子と共に以下の表5Aに要約されている。
候補共有HLA-ペプチド新抗原の質量分析(MS)検証は、標的質量分析法を使用して実施した。500近くの凍結切除された肺、結腸直腸及び膵臓の腫瘍試料をホモジナイズして、RNASeqトランスクリプトームシーケンシング及びHLA/ペプチド複合体の免疫沈降の両方に使用した。トランスクリプトームの分析によって各試料のペプチド標的リストを生成し、AACR Genie v4.1データセットにおいて明らかにされた再発性のがんドライバー変異を同定し、RNA発現レベルを評価した。次に、抗原提示のEDGEモデルを、変異配列及び発現データに適用して、ターゲティングリストのペプチドに優先順位を付けた。HLA分子由来のペプチドは、質量分析の前に提示されたペプチドを単離するためにサイズ排除を使用して溶出及び収集した。同じアミノ酸配列を有する合成の重い標識ペプチドを、標的質量分析のために各試料と同時ロードした。重い標識ペプチドと実験ペプチドの共溶出と断片化パターンの分析の両方を使用して、候補エピトープを検証した。質量分析分析法は、Gillete et al.(Nat Methods.2013 Jan;10(1):28-34)に詳細に説明されており、全ての目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる。この方法で検証されたドライバー変異由来の共有HLA-ペプチド新抗原は、さらなる検討について十分な有病率で、試料腫瘍タイプ及び関連するHLA対立遺伝子と共に以下の表5Aに要約されている。
(表5A)MSにより検証したHLA-ペプチド新抗原の発現
*同じペプチドが患者の複数のHLA対立遺伝子によって提示されると予測され、MS/MSによって検出された場合、スコアが十分に近い場合は、EDGEによる最高スコアのHLA対立遺伝子または両方の対立遺伝子によって提示されると推測された。
*同じペプチドが患者の複数のHLA対立遺伝子によって提示されると予測され、MS/MSによって検出された場合、スコアが十分に近い場合は、EDGEによる最高スコアのHLA対立遺伝子または両方の対立遺伝子によって提示されると推測された。
選択されたHLA-ペプチド新抗原もまた、インビトロアッセイによって検証された。簡単に説明すると、細胞株は、単一の特定のHLA対立遺伝子を発現し、以下に説明する方法に従って候補の共有新抗原を誘導的に発現するように操作した。
インビトロアッセイによる選択されたHLA-ペプチド新抗原の検証のための材料及び方法。
K562細胞株を発現する単一のHLA対立遺伝子は、提供される試薬キット及び説明書を使用する従来のトランスフェクション法によって作製された。
HLA遺伝子をK562細胞に形質導入するためのウイルス粒子を作製するために、プラスミドをフェニックスアンフォ(Phoenix-ampho)細胞にトランスフェクションした。フェニックスアンフォ細胞を、1ウェルあたり5×105細胞の密度で6ウェルプレートに導入し、トランスフェクションの前に37℃で一晩インキュベートした。10ugの精製DNAを、10uLのPlus Reagentと混合し、予熱したOpti-MEM培地で100uLにした。リポフェクタミン試薬は、8uLのリポフェクタミンを92uLの予熱したOpti-MEMと混合することによって調製した。両方の混合物を室温で15分間インキュベートした後、100uLのリポフェクタミン試薬を100uLのDNA溶液と混合し、合わせた溶液を室温でさらに15分間インキュベートさせた。フェニックスアンフォ細胞は、培地を吸引し、6mLの予熱したOpti-MEM培地を加えて細胞を洗浄することにより穏やかに洗浄した。その培地をプレーティングした細胞から除去した。予熱したOpti-MEMの800uLをDNA/リポフェクタミン混合液に加えて1mLにし、その溶液をプレーティングした細胞に加えた。そのプレートを37℃で3時間インキュベートした後、3mLの完全培地を添加し、細胞を37℃で一晩インキュベートした。インキュベーション後に完全培地を交換し、その細胞をさらに2日間インキュベートした。その上清を45umフィルターに通して新しい6ウェルプレートに入れた後、ウイルス粒子を回収した。20uLのPlus試薬と8uLのLipofectamineを各ウェルに添加し、各添加後に15分間室温でインキュベートした。
K562細胞を、1mLあたり5×106の濃度で完全培地に懸濁した。ウイルス粒子を含む6ウェルプレートの各ウェルに100uLのK562細胞を加えた。そのプレートを700×gで20分間遠心分離し、その細胞を37℃で6時間インキュベートした。細胞及びウイルスを収集し、7mLの完全培地を加えてT25フラスコに移した。細胞は、プロミオシン抗生物質による選択を含む培地交換の前に3日間インキュベートした。生細胞を収集して継代し、単一のHLA対立遺伝子を発現するK562細胞のストックを作製した。将来の実験のための試薬プールを提供するために、これらの細胞株のうち全体で25種類が作製され、それぞれ異なるHLAを発現する。
共有新抗原カセットを、25merのアミノ酸鎖を中心とする変異を有する20個の共有新抗原を発現するために作製し、エントリー間にリンカーなしで作製した。このカセットを、レンチウイルスTet-One Inducible Expressionベクターシステム(Clontech)にサブクローニングし、製造業者の仕様に従って、共有新抗原発現ベクターをViraPower(Thermo)パッケージングプラスミドと同時トランスフェクトすることにより、293T細胞でレンチウイルスを作製した。次に、K562細胞株を発現する単一のHLA対立遺伝子に、上記のようにこのウイルスを形質導入し、単一の細胞クローンを、共有された新抗原発現について特徴づけた。簡単に説明すると、共有新抗原カセットの発現は、ドキシサイクリン(DOX)制御のTRE3Gプロモータの制御下に置かれ、DOXの投与により、同じプラスミド上で構成的に発現されるTet-On3Gトランス活性化タンパク質の安定化を介して新抗原の発現をもたらす。TREG3プロモータ-Tet-On 3Gトランス活性化システムにより、DOXを滴定して発現レベルを制御することが可能になる。図7に示されるように、投与されるDOXの濃度が増加するにつれて、代表的な新抗原の発現が増加し、これは調節可能な発現を示している。
単一のHLA対立遺伝子及び共有の新抗原カセットの両方を含む細胞を、約2.5×108個の細胞に増殖させ、15mLのバイアルにペレット化した。さらに、細胞を限定希釈でプレートして、HLA/カセットの対合の単一クローンを調製した。これらの単一クローンは、カセットの様々な発現レベルを達成するために試験した。カセットの発現レベルが異なる細胞株を使用すると、内因性の発現レベルに近いシステムの分析が可能になる。単一クローンも約2.5×108細胞まで増殖させ、15mLバイアルにペレット化した。全てのペレットを冷PBSで2回洗浄し、凍結して、HLA-ペプチドの質量分析検出用の処理を可能にした。HLA及びカセットの発現レベルは、適切なプローブを使用したSmartSeqまたはTaqmanアッセイを使用して実行された。
HLA-ペプチドの単離のために、各細胞ペレットを溶解緩衝液で溶解し、20,000×gで1時間遠心分離して溶解物を清澄化し、HLA-ペプチド複合体を濃縮した。重いペプチド(同位体的に重いアミノ酸を含むアミノ酸で合成されたペプチド)を、検出されたペプチドの同一性の確認を支援するために、MSによる分析の前にペプチドに追加した。
図8に示されるように、代表的なKRAS G12VペプチドVVGAVGVGKは、K562細胞株を発現するHLA-A*11:01において、質量分析によってDOX依存的に観察された(図8、上部パネル)。重ペプチド対照標準の検出は同等であった(図8、下のパネル)。したがって、予測された新抗原のHLA特異的提示の検証は、単一HLAK562 インビトロシステムを使用して実証された。
上記のインビトロシステムを使用して、予測された新抗原のHLA特異的提示を検証した。
結果を以下の表5Bに示す。
本発明者らは、治療のために特定のHLAを有する患者を狭く標的とすることの価値を評価するために、ペプチドが検出されなかった変異に関してMSデータをさらに評価した。例えば、患者は、本明細書に開示されている拘束ペプチドを提示する、少なくとも1つの検証または予測されたHLA対立遺伝子を有する必要がある。
例えば、KRASの場合、特定のHLA対立遺伝子についてのKRAS制限ペプチドが検出されたか、または検出されなかった患者試料の数をカウントした。(同じペプチドが患者の複数のHLA対立遺伝子によって提示されると予測され、MS/MSによって検出された場合、スコアが十分に近い場合は、EDGEまたは両方の対立遺伝子によって最高スコアのHLA対立遺伝子によって提示されると推測された)。結果を表6に示す。これらの結果に基づいて、いくつかの一般的なHLA対立遺伝子は、所定のKRAS拘束ペプチドを提示するとは予想されず、これらのKRAS拘束ペプチド/HLA対は、この場合、免疫療法の設計及び患者選択の選択基準の目的で除外され得る。例えば、免疫療法のために選択されたHLA-ペプチド腫瘍抗原標的に関する表7には、試験された17の試料で拘束ペプチドが検出されなかったことに基づいて、予測されたHLA-ペプチド腫瘍抗原HLA-A*02:01_RAS G12Dは含まれておらず、同様に、試験した9つの試料でペプチドが検出されなかったことに基づいて、G12V/A*02:01は含まれていなかった。対照的に、新抗原/HLA対G12D/A*11:01は、試験された5つの試料のうち1つでペプチドが検出されたことに基づいて検証されたと見なされ、同様にG12V/A*11:01は、ペプチドが試験された6つの試料のうち2つで検出されたことに基づいて検証されたと見なされた。
これらの結果は、表7に記載されているような共有新抗原免疫療法による治療のための患者選択における適切なHLA型選択のための関連する拘束ペプチド/HLA対を同定することの重要性を強調している。具体的には、いくつかの共通のKRAS拘束ペプチド/HLA対を、この場合には選択基準の目的で排除した。なぜならMSデータによって、共有HLA-ペプチド新抗原ABPが、その予測されたKRAS新抗原/HLA対(例えば、G12D/A*02:01またはG12V/A*02:01)を有する患者に有益である可能性が低いことが示唆されたからである。
実施例3:免疫療法のための共有HLA-ペプチド新抗原の選択
20個の共有HLA-ペプチド新抗原を含む免疫療法のための臨床的に有用なHLA-ペプチド新抗原標的(「GO-005」)の選択を構築した。表7は、選択のために選択されたHLA-ペプチド新抗原の特徴を説明している。上記の表5Aに記載されているように、質量分析によって腫瘍細胞の表面で直接検出された共有HLA-ペプチド新抗原がカセットに含まれ、エピトープのHLAが変異の適格なHLAリストに追加された。本発明者らのアッセイで提示されていると独立して検証されていないHLA-ペプチド新抗原は、腫瘍提示の説得力のある文献証拠(例えば、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)が新抗原を認識する)がある場合、検証され追加されたと見なされた。HLA-C*08:02によって提示されたKRAS G12Dは、CRC患者に腫瘍退縮を引き起こす、このHLA-ペプチド新抗原を標的とする養子細胞療法の文献証拠に基づいて検証されたと見なされ及び追加された(Tran et al.N Engl J Med.2016 Dec 8;375(23):2255-2262。)検証済みのHLA対立遺伝子を持つHLA-ペプチド新抗原は、20スロットのうち6スロットを占めていた。
20個の共有HLA-ペプチド新抗原を含む免疫療法のための臨床的に有用なHLA-ペプチド新抗原標的(「GO-005」)の選択を構築した。表7は、選択のために選択されたHLA-ペプチド新抗原の特徴を説明している。上記の表5Aに記載されているように、質量分析によって腫瘍細胞の表面で直接検出された共有HLA-ペプチド新抗原がカセットに含まれ、エピトープのHLAが変異の適格なHLAリストに追加された。本発明者らのアッセイで提示されていると独立して検証されていないHLA-ペプチド新抗原は、腫瘍提示の説得力のある文献証拠(例えば、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)が新抗原を認識する)がある場合、検証され追加されたと見なされた。HLA-C*08:02によって提示されたKRAS G12Dは、CRC患者に腫瘍退縮を引き起こす、このHLA-ペプチド新抗原を標的とする養子細胞療法の文献証拠に基づいて検証されたと見なされ及び追加された(Tran et al.N Engl J Med.2016 Dec 8;375(23):2255-2262。)検証済みのHLA対立遺伝子を持つHLA-ペプチド新抗原は、20スロットのうち6スロットを占めていた。
腫瘍細胞によって提示されると予測されるが、MSによってまだ検証されていない、追加の、よりまれなHLA-ペプチド新抗原を、初期セットを補完するために使用した。EDGEスコアと、本明細書で説明するターゲット質量分析(MS)検証実験による候補共有HLA-ペプチド新抗原ペプチドの検出確率との間に強い依存性があることが観察されたことを考慮して、高いEDGEスコアを有する変異を、予測HLA-ペプチド新抗原として含めることを優先した。EDGEスコアとターゲットMSによる候補共有HLA-ペプチド新抗原ペプチドの検出確率との間の相関を示す結果を図4に示す。具体的には、EDGE HLA提示スコアが少なくとも0.3で、NSCLC、CRC、及び膵臓癌全体で累積新抗原/HLA有病率が最も高い予測HLA-ペプチド新抗原を選択に含んだ。合計HLA頻度は、少なくとも5~10%である必要があった(例えば、HLA対立遺伝子B1501またはB1503を保有するのはアメリカの人口の11%である)。注目すべきことに、KRAS及びNRASは、コドン12、13、及び61の周りに同じ配列を保有する。検証済みHLA、少なくとも0.3のEDGEスコアを有する予測HLA、予測HLAの平均EDGEスコア、及び3つのがん集団の新抗原/HLA有病率も表7に示されている。
表7(下記)は、EDGEスコア及びがん患者集団における有病率に基づいて、がん関連突然変異及び特定のHLAクラスI対立遺伝子を含む20の例示的な共有HLA-ペプチド新抗原を示す。例示的な共有HLA-ペプチド新抗原は、例えば、HLA-ペプチド新抗原に選択的に結合するABPでの治療による、がん免疫療法のための特に有用な標的である。
さらに、本発明者らは、表7から少なくとも1つの共有新抗原(すなわち、本明細書ではGO-005を標的指向させた患者集団と呼ばれる変異及びHLA対立遺伝子の両方を含むHLA-ペプチド新抗原)を提示する、同定された(すなわち、検証されたかまたは予測された)少なくとも1つのHLA対立遺伝子を有する患者の総集団を決定し、これを、変異を有する患者の集団と比較した(その患者が同定された対立遺伝子を有するか否かに関係なく)。GO-005を標的指向させた患者集団を推定するために、AACR Genieから患者の変異データを収集した。このような患者には一致するHLA対立遺伝子がないため、本発明者らは、TCGA集団からHLA対立遺伝子をサンプリングし、これをAACR Genieデータセットとペアリングさせた。次に、腫瘍の種類を考慮すると、変異とHLAの両方に一致するAACR Genieの患者は全て陽性とラベル付けし、基準を満たさない患者は全て陰性とラベル付けした。表8に、陽性率は、腫瘍の種類ごとに、対処可能な患者集団全体を示している。
表8から、特定の変異を有する患者のサブセットのみが、その変異をHLA-ペプチド新抗原として提示する可能性が高いHLA対立遺伝子も保有することが表8から容易に理解され得る。変異はあるが適切なHLA対立遺伝子がない患者は、治療の恩恵を受ける可能性が低くなる。一例として、膵臓癌患者の推定約60%が適切な変異/新抗原を保有するのに対し、これらの患者の3人のうち2人を超えて対応するHLA対立遺伝子(複数可)を保持しない。したがって、提案されているように関連する変異とHLA対立遺伝子の対を考慮するABPベースの免疫療法戦略は、主に利益を得る可能性のある患者を標的とする。したがって、検証済みまたは高スコアの予測HLAによるエピトープ提示の検討は、共有HLA-ペプチド新抗原ABPの潜在的な有効性を判定する上で重要なステップである。
実施例4:共有HLA-ペプチド新抗原による免疫応答誘導の評価
本発明者らは、HLA-ペプチド新抗原が患者において免疫応答を誘導するか否かを評価した。本発明者らは、肺腺癌の患者から解離した腫瘍細胞を得た。腫瘍細胞の配列を決定して、患者のHLAを決定し、変異を同定した。患者はHLA-A*11:01を発現し、本発明者らは、腫瘍においてKRAS G12V変異を同定した。同時に、本発明者らは、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)を表す腫瘍からCD45+細胞を選別及び増殖させた。患者におけるこの変異の免疫原性を評価するために、拡張されたTILを、変異ペプチドHLA-A*11:01四量体で染色した。図5は、CD8+細胞でのフローサイトメトリーゲーティング戦略(図5A)及びKRAS-G12V/HLA-A*11:01四量体によるCD8+細胞の染色(図5B)を示す。CD8+T細胞の大部分(66%以上)は、KRAS G12V:HLA*1101四量体への結合を示し、CD8+T細胞がHLA-ペプチド新抗原を認識する能力を示し、HLA-ペプチド新抗原に対する既存の免疫応答を示している。
本発明者らは、HLA-ペプチド新抗原が患者において免疫応答を誘導するか否かを評価した。本発明者らは、肺腺癌の患者から解離した腫瘍細胞を得た。腫瘍細胞の配列を決定して、患者のHLAを決定し、変異を同定した。患者はHLA-A*11:01を発現し、本発明者らは、腫瘍においてKRAS G12V変異を同定した。同時に、本発明者らは、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)を表す腫瘍からCD45+細胞を選別及び増殖させた。患者におけるこの変異の免疫原性を評価するために、拡張されたTILを、変異ペプチドHLA-A*11:01四量体で染色した。図5は、CD8+細胞でのフローサイトメトリーゲーティング戦略(図5A)及びKRAS-G12V/HLA-A*11:01四量体によるCD8+細胞の染色(図5B)を示す。CD8+T細胞の大部分(66%以上)は、KRAS G12V:HLA*1101四量体への結合を示し、CD8+T細胞がHLA-ペプチド新抗原を認識する能力を示し、HLA-ペプチド新抗原に対する既存の免疫応答を示している。
さらに、増殖したTIL中のCD8+細胞を、KRAS-G12V/HLA-A*11:01四量体で標識し、そして選別した。TCRは、10×Genomics単一細胞解像度ペアード免疫TCRプロファイリングアプローチ(Chromium Single Cell A Chip Kit、Chromium Single Cell 5’Library & Gel Bead Kit,Chromium Single Cell 5’Library Construction kit、Chromium Single Cell 5’Feature Barcode Library Kit[10xGenomics])を使用して配列決定した。シーケンシングリードは、提供された10倍のソフトウェアCell Rangerを介して処理した。シーケンシングリードは、V(D)Jトランスクリプトをセルごとにアセンブルするために使用されるChromiumセルラーバーコード及びUMIでタグ付けした。次に、各セルのアセンブルされたコンティグに、アセンブルされたコンティグをEnsemble v87 V(D)J参照配列にマッピングすることによってアノテーションした。クロノタイプは、固有のCDR3配列を含むアルファ、ベータ鎖対として規定された。クロノタイプを、2細胞を超える頻度で存在する単一アルファ鎖及び単一ベータ鎖の対についてフィルタリングして、特定のドナーの標的ペプチドごとのクロノタイプの最終リストを得た。表1B及び1Dに示すように、KRAS-G12V/HLA-A*11:01について、様々なG12Vエピトープを含む複数のTCR配列を同定した。その結果、新抗原特異的TCRがTILなどの対象試料から同定され得ることが示される。
実施例5:HLA-ペプチド新抗原特異的免疫療法のための共有HLA-ペプチド新抗原及び患者集団の選択
表7、表A、AACR GENIE結果、または本明細書に記載の配列番号29358~29364(配列番号10,755~29,364)に記載されているように、HLA-ペプチド新抗原に対して、ABP(例えば、TCR)、またはABPを発現するように操作された細胞(例えば、抗原/新抗原特異的TCRを発現するように操作された自己T細胞などのT細胞)を、がん患者に投与する。ABPは、例えば、がんを治療するために患者に投与される。特定の例では、患者は、例えば、コンパニオン診断または一般的に使用されるがん遺伝子パネルNGSアッセイ、例えば、FoundationOne、FoundationOne CDx、Guardant 360、Guardant OMNI、またはMSK IMPACTを使用して選択される。例示的な患者選択基準を以下に説明する。
表7、表A、AACR GENIE結果、または本明細書に記載の配列番号29358~29364(配列番号10,755~29,364)に記載されているように、HLA-ペプチド新抗原に対して、ABP(例えば、TCR)、またはABPを発現するように操作された細胞(例えば、抗原/新抗原特異的TCRを発現するように操作された自己T細胞などのT細胞)を、がん患者に投与する。ABPは、例えば、がんを治療するために患者に投与される。特定の例では、患者は、例えば、コンパニオン診断または一般的に使用されるがん遺伝子パネルNGSアッセイ、例えば、FoundationOne、FoundationOne CDx、Guardant 360、Guardant OMNI、またはMSK IMPACTを使用して選択される。例示的な患者選択基準を以下に説明する。
患者の選択
ABP投与のための患者の選択は、腫瘍遺伝子発現、体細胞変異状態、及び患者のHLAタイプを考慮して行われる。具体的には、患者ががんを患っている場合、及び以下の場合、その患者はABPベースの免疫療法療法に適格であるとみなされる。
(a)患者の1つまたは複数の細胞は、配列番号10,755~29,364のいずれか1つに記載されているHLAクラスI分子を発現するかまたは発現することが公知である。そのような場合、患者は、HLA-ペプチド新抗原が患者の1つまたは複数の細胞によって発現される同じHLAクラスI分子を含むように、本明細書に記載のHLA-ペプチド新抗原を標的とするABPを投与され得る。ほんの一例として、患者の1つまたは複数の細胞がHLA-A*11:01を発現するかまたは発現することが知られている場合、その患者は、RAS G12D新抗原HLA-A*11:01_VVVGADGVGK(「SNA30」)に選択的に結合するABPの投与によるABPベースの免疫療法に適格であるとみなされる。
(b)患者の1つまたは複数の細胞が、配列番号10,755~29,364のいずれかに記載されているHLAクラスI分子を発現するかまたは発現することが知られており、がんは、体細胞変異に関連する遺伝子を発現するかまたは発現すると予測される。ほんの一例として、患者の1つまたは複数の細胞がHLA-A*11:01を発現するかまたは発現することが知られており、このがんがKRASを発現するか、発現すると予測されている場合、その患者は、RAS G12D新抗原HLA-A*11:01_VVVGADGVGK(「SNA30」)に選択的に結合するABPの投与によるABPベースの免疫療法に適格であるとみなされる。
(c)患者の1つまたは複数の細胞が配列番号10,755~29,364のいずれかに記載されているHLAクラスI分子を発現するかまたは発現することが知られており、その患者の腫瘍または腫瘍核酸は、配列番号に関連する体細胞変異を保有する。ほんの一例として、患者の1つまたは複数の細胞がHLA-A*11:01を発現するかまたは発現することが知られており、この患者由来の腫瘍試料がRAS G12D体細胞変異を保有する場合、その患者は、RAS G12D新抗原HLA-A*11:01_VVVGADGVGK(「SNA30」)に選択的に結合するABPの投与によるABPベースの免疫療法に適格であるとみなされる。
(d)(b)または(c)と同じであるが、患者の腫瘍が特定の閾値(1TPMまたは10TPMなど)を超える変異を有する遺伝子を発現することも必要である。あるいは
(e)(b)または(c)と同じであるが、患者の腫瘍が特定の閾値を超える変異(例えば、RNAのレベルで観察される少なくとも1つの変異した読み取り)を発現することも必要である。
(f)(b)または(c)と同じであるが、(c)と(d)の両方の追加基準も必要である。
(g)上記のいずれかであるが、必要に応じて、提示されているHLA対立遺伝子の喪失が腫瘍で検出されないことも必要とする。
ABP投与のための患者の選択は、腫瘍遺伝子発現、体細胞変異状態、及び患者のHLAタイプを考慮して行われる。具体的には、患者ががんを患っている場合、及び以下の場合、その患者はABPベースの免疫療法療法に適格であるとみなされる。
(a)患者の1つまたは複数の細胞は、配列番号10,755~29,364のいずれか1つに記載されているHLAクラスI分子を発現するかまたは発現することが公知である。そのような場合、患者は、HLA-ペプチド新抗原が患者の1つまたは複数の細胞によって発現される同じHLAクラスI分子を含むように、本明細書に記載のHLA-ペプチド新抗原を標的とするABPを投与され得る。ほんの一例として、患者の1つまたは複数の細胞がHLA-A*11:01を発現するかまたは発現することが知られている場合、その患者は、RAS G12D新抗原HLA-A*11:01_VVVGADGVGK(「SNA30」)に選択的に結合するABPの投与によるABPベースの免疫療法に適格であるとみなされる。
(b)患者の1つまたは複数の細胞が、配列番号10,755~29,364のいずれかに記載されているHLAクラスI分子を発現するかまたは発現することが知られており、がんは、体細胞変異に関連する遺伝子を発現するかまたは発現すると予測される。ほんの一例として、患者の1つまたは複数の細胞がHLA-A*11:01を発現するかまたは発現することが知られており、このがんがKRASを発現するか、発現すると予測されている場合、その患者は、RAS G12D新抗原HLA-A*11:01_VVVGADGVGK(「SNA30」)に選択的に結合するABPの投与によるABPベースの免疫療法に適格であるとみなされる。
(c)患者の1つまたは複数の細胞が配列番号10,755~29,364のいずれかに記載されているHLAクラスI分子を発現するかまたは発現することが知られており、その患者の腫瘍または腫瘍核酸は、配列番号に関連する体細胞変異を保有する。ほんの一例として、患者の1つまたは複数の細胞がHLA-A*11:01を発現するかまたは発現することが知られており、この患者由来の腫瘍試料がRAS G12D体細胞変異を保有する場合、その患者は、RAS G12D新抗原HLA-A*11:01_VVVGADGVGK(「SNA30」)に選択的に結合するABPの投与によるABPベースの免疫療法に適格であるとみなされる。
(d)(b)または(c)と同じであるが、患者の腫瘍が特定の閾値(1TPMまたは10TPMなど)を超える変異を有する遺伝子を発現することも必要である。あるいは
(e)(b)または(c)と同じであるが、患者の腫瘍が特定の閾値を超える変異(例えば、RNAのレベルで観察される少なくとも1つの変異した読み取り)を発現することも必要である。
(f)(b)または(c)と同じであるが、(c)と(d)の両方の追加基準も必要である。
(g)上記のいずれかであるが、必要に応じて、提示されているHLA対立遺伝子の喪失が腫瘍で検出されないことも必要とする。
遺伝子発現は、RNASeq、マイクロアレイ、PCR、ナノストリング、ISH、質量分析、またはIHCを含むがこれらに限定されない方法によって、RNAまたはタンパク質レベルで測定され得る。遺伝子発現の陽性の閾値は、以下を含むいくつかの方法によって確立される:(1)様々な遺伝子発現レベルでのHLA対立遺伝子によるエピトープの提示の予測確率、(2)質量分析によって測定された遺伝子発現とHLAエピトープ提示の相関、及び/または(3)様々なレベルで遺伝子を発現している患者に対して達成されたABPベースの免疫療法の臨床的利点。
体細胞変異状態は、任意の確立された方法、例としては、エクソームシーケンシング(NGS DNASeq)、標的エクソームシーケンシング(遺伝子のパネル)、トランスクリプトームシーケンシング(RNASeq)、サンガーシーケンシング、PCRベースのジェノタイピングアッセイ(例えば、Taqmanまたは液滴デジタルPCR)、質量分析に基づく方法(例えば、Sequenomによる)、次世代シーケンシング、大規模並列シーケンシング、または当業者に知られている他の任意の方法によって評価され得る。
実施例6:HLA-ペプチド標的新抗原に結合するTCRの同定
方法
末梢血単核細胞(PBMC)は、健康なドナーからの白血球アフェレーシス試料を処理することによって得られた。凍結したPBMCを解凍し、以下に示すように、以下の磁気活性化細胞選別(MACS)システム(Miltenyi Biotech)を使用して、負の枯渇によりT細胞の様々なサブセットを濃縮した。(i)ナイーブ及びメモリーCD4及びCD8T細胞が濃縮されたPan T Cell Isolation Kit;または(ii)ナイーブCD8T細胞を濃縮するナイーブCD8T細胞単離キット及びCD4枯渇キット(Naive CD8 TCell Isolation Kit & CD4 depletion kit)。濃縮されたT細胞は、以下に示すように、単一の新抗原-MHC四量体または目的の新抗原-MHC四量体のプールのいずれかで標識され、生/死及び系統マーカーで染色され、FACSによって選別された。さらに、いくつかの実験では、濃縮されたT細胞は、目的の新抗原(複数可)に対応する野生型ペプチドを含むペプチド-MHC四量体で標識された。選別されたT細胞は、フィーダー細胞及びIL-2で2~3週間ポリクローナルに増殖させた。
方法
末梢血単核細胞(PBMC)は、健康なドナーからの白血球アフェレーシス試料を処理することによって得られた。凍結したPBMCを解凍し、以下に示すように、以下の磁気活性化細胞選別(MACS)システム(Miltenyi Biotech)を使用して、負の枯渇によりT細胞の様々なサブセットを濃縮した。(i)ナイーブ及びメモリーCD4及びCD8T細胞が濃縮されたPan T Cell Isolation Kit;または(ii)ナイーブCD8T細胞を濃縮するナイーブCD8T細胞単離キット及びCD4枯渇キット(Naive CD8 TCell Isolation Kit & CD4 depletion kit)。濃縮されたT細胞は、以下に示すように、単一の新抗原-MHC四量体または目的の新抗原-MHC四量体のプールのいずれかで標識され、生/死及び系統マーカーで染色され、FACSによって選別された。さらに、いくつかの実験では、濃縮されたT細胞は、目的の新抗原(複数可)に対応する野生型ペプチドを含むペプチド-MHC四量体で標識された。選別されたT細胞は、フィーダー細胞及びIL-2で2~3週間ポリクローナルに増殖させた。
ポリクローナル増殖に続いて、得られた細胞は以下のいずれかを行った。
a.標的ペプチド-MHC四量体で再度標識し、ペプチド-MHC四量体標識細胞について再選別した(バルク再選別)。
b.新抗原(10μM)をロードしたPBMC(またはDMSO対照)で刺激し、刺激の1日後にCD137のアップレギュレーションについて再選別した(バルク再選別)。
a.標的ペプチド-MHC四量体で再度標識し、ペプチド-MHC四量体標識細胞について再選別した(バルク再選別)。
b.新抗原(10μM)をロードしたPBMC(またはDMSO対照)で刺激し、刺激の1日後にCD137のアップレギュレーションについて再選別した(バルク再選別)。
再選別後に単離された細胞は、10×Genomics単一細胞解像度ペアード免疫TCRプロファイリングアプローチ(Chromium Single Cell A Chip Kit,Chromium Single Cell 5’Library & Gel Bead Kit,Chromium Single Cell 5’Library Construction kit,Chromium Single Cell 5’Feature Barcode Library Kit[10x Genomics])を使用して配列決定した。シーケンシングリードは、提供された10倍のソフトウェアCellRangerを介して処理した。シーケンシングリードは、V(D)Jトランスクリプトをセルごとにアセンブルするために使用されるChromiumセルラーバーコードとUMIでタグ付けした。次に、各セルのアセンブルされたコンティグに、アセンブルされたコンティグをEnsemble v87 V(D)J参照配列にマッピングすることでアノテーションした。クロノタイプは、固有のCDR3配列を含むアルファ、ベータ鎖対として規定した。クロノタイプは、2細胞を超える頻度で存在する単一アルファ及び単一ベータ鎖対についてフィルタリングして、特定のドナーの1標的ペプチドごとのクロノタイプの最終リストを得た。
結果
健康なドナー(すなわち、腫瘍の病歴がなく健康であると一般に考えられているドナー)からの新抗原特異的T細胞の単離を評価した。Pan T Cell Isolation Kitを使用して、ナイーブ及びメモリーCD4及びCD8T細胞を濃縮した。図2に示すように、濃縮されたナイーブT細胞及びメモリーT細胞は、6つの新抗原-MHC四量体のプールを使用して効果的に標識して、新抗原特異的T細胞を同定した(図2、左パネル、X軸)。新抗原-MHC四量体プールには、A*01:01/KRAS Q61H/K/L/R、A*02:01/KRAS G12C、及びA*02:01/TP53R213Lが含まれていた。この標識はまた、対応する野生型ペプチドに特異的なT細胞(野生型特異的T細胞図2左パネル、Y軸)からの新抗原特異的T細胞の効果的な分離を示し、ここで、野生型ペプチド-MHC四量体は、A*01:01/KRAS Q61、A*02:01/KRAS G12;及びA*02:01/TP53R213であった。新抗原-MHC四量体高「SNA/HLA高」)細胞をゲーティングすると、健康なドナーからの新抗原特異的T細胞の約3分の2がナイーブであり、一方、3分の1がメモリーT細胞の表現型を示した(64.2%CD45RO-対32.4%のCD45RO+;図2右パネル)ことも実証され、メモリーT細胞(CD45RA-CD45RO+)は、KRASまたはTP53変異の病歴がない健康なドナーからでも新抗原特異的TCRの供給源になり得ることを示している。
健康なドナー(すなわち、腫瘍の病歴がなく健康であると一般に考えられているドナー)からの新抗原特異的T細胞の単離を評価した。Pan T Cell Isolation Kitを使用して、ナイーブ及びメモリーCD4及びCD8T細胞を濃縮した。図2に示すように、濃縮されたナイーブT細胞及びメモリーT細胞は、6つの新抗原-MHC四量体のプールを使用して効果的に標識して、新抗原特異的T細胞を同定した(図2、左パネル、X軸)。新抗原-MHC四量体プールには、A*01:01/KRAS Q61H/K/L/R、A*02:01/KRAS G12C、及びA*02:01/TP53R213Lが含まれていた。この標識はまた、対応する野生型ペプチドに特異的なT細胞(野生型特異的T細胞図2左パネル、Y軸)からの新抗原特異的T細胞の効果的な分離を示し、ここで、野生型ペプチド-MHC四量体は、A*01:01/KRAS Q61、A*02:01/KRAS G12;及びA*02:01/TP53R213であった。新抗原-MHC四量体高「SNA/HLA高」)細胞をゲーティングすると、健康なドナーからの新抗原特異的T細胞の約3分の2がナイーブであり、一方、3分の1がメモリーT細胞の表現型を示した(64.2%CD45RO-対32.4%のCD45RO+;図2右パネル)ことも実証され、メモリーT細胞(CD45RA-CD45RO+)は、KRASまたはTP53変異の病歴がない健康なドナーからでも新抗原特異的TCRの供給源になり得ることを示している。
プールされた選別/単離及びT細胞増殖の最初のラウンドの2週間後、細胞を分割し、そして6つの新抗原-MHC四量体のそれぞれで個別に標識した。図3Aに示すように、増殖した細胞は、6つの新抗原特異的T細胞(A*01:01/KRAS Q61K/L/R/H及びA*02:01/TP53 R213L)のうち少なくとも5つが存在することを示したが、ただし、新抗原特異的T細胞は、CD8集団全体の一般的にごく一部(2%以下)であった。新抗原特異的T細胞の頻度を高めるために、選別/単離されたペプチド-MHC陽性細胞をさらに1週間増殖させた。図3Bに示すように、増殖した細胞は、新抗原特異的T細胞(A*01:01/KRAS Q61L/R/H及びA*02:01/TP53 R213L)の存在を示し、新抗原特異的T細胞は、総CD8集団の約5~24%に相当した。標識された細胞集団は、上記のように、単一細胞レベルでのTCR配列決定のために再選別され、その後処理された。
さらに、健康なドナーから単離されたT細胞のナイーブ集団からの新抗原特異的T細胞の単離もまた、単一の新抗原-MHC四量体での標識を使用して評価された。ナイーブCD8T細胞単離キット及びCD4枯渇キット(Naive CD8 TCell Isolation Kit & CD4 depletion kit)を使用して、ナイーブCD8T細胞を濃縮した。使用した新抗原-MHC四量体は、A*11:01/KRAS G12V、A*03:01/KRAS G12V-9量体;及びA*03:01/KRAS G12V-10量体であった。図6に示すように、単一の新抗原-MHC四量体を使用した最初の選別/分離及びT細胞増殖の2週間後、増殖した細胞の再標識により、新抗原特異的T細胞の大きな集団(CD8 T細胞集団全体の30~55%)が示された。
選別/単離実験の結果によって、新抗原-MHC四量体の混合物を使用するプールされた選別/単離法を使用して新抗原特異的T細胞を単離し得るが、単一の新抗原-MHC四量体を使用する選別/単離が、より高い頻度の新抗原特異的T細胞を生じ得ることが示される。
次に、TCR配列決定を、上記のように単離された様々な細胞集団について評価した。CTNNB1_S45P四量体HLA-A*03:01/TTAPPLSGKを使用して同定された細胞も処理した。上記のように、新抗原-四量体で標識された増殖細胞集団を再選別し、その後、単一細胞レベルでのTCR配列決定のために処理した。表1A.1-1A.3及び表1C.1-1C.3に示すように、HLA-A*02:01/KLVVVGACGV、HLA-A*03:01/TTAPPLSGK、HLA-A*03:01/VVGAVGVGK、HLA-A*03:01/VVVGAVGVGK、及びHLA-A*11:01/VVGAVGVGKに対して複数のTCR配列が同定された。その結果によって、新抗原特異的TCRが、異なるエピトープ及び/または異なるHLAに特異的なTCRを含む、健康なドナー細胞由来のT細胞のナイーブ集団で同定され得ることが示される。
再選別のためのT細胞の新抗原-四量体標識に加えて、細胞を、同族ペプチドへの機能的シグナル伝達に基づいて再選別した。単一の新抗原-MHC四量体A*11:01/KRAS G12Vを使用して元々濃縮された増殖されたナイーブCD8T細胞は、VVGAVGVGKペプチドまたはDMSO(非特異的シグナル伝達制御)をロードしたPBMCを使用して刺激された。機能的シグナル伝達は、マーカーとしてCD137アップレギュレーションを使用して決定された。図9に示すように、1日の刺激後、細胞はCD137+で新抗原(図9左パネル)及びDMSO(図9右パネル)で刺激された細胞にゲーティングされ、再選別し、次いで上記のようにTCRを配列決定した。(i)新抗原-四量体標識細胞;(ii)CD137+新抗原刺激細胞;及び(iii)CD137+DMSO刺激細胞について決定されたTCR配列を、共有TCR配列についてインシリコで比較した。結果の要約を図10に示す。特定の四量体結合により94のクロノタイプのTCR配列を決定し、そのうち6つのTCR配列がペプチド特異的な機能的シグナル伝達を示す細胞と共有された。その結果、機能的な腫瘍抗原特異的TCRが同定されたことが示される。
実施例7:HLA-ペプチド標的新抗原に結合するTCRの追加の同定
抗原特異的TCRは、新抗原特異的TCRの同定を含む、本明細書に記載の方法を使用して同定される。例えば、配列番号10,755~29,364のいずれかに特異的なTCRは、それらの同族のHLA対立遺伝子に結合した。抗原特異的TCRを同定するための一般的なワークフローは次のとおりである。
1)T細胞は、以下を使用して磁気活性化細胞選別(MACS)を使用してHLA適合健康ドナーから分離される:(i)ナイーブ及びメモリーCD4及びCD8 T細胞を濃縮するための汎T細胞単離キット;(ii)ナイーブT細胞を濃縮するためのナイーブ汎T細胞単離キット;(iii)ナイーブCD8 T細胞を濃縮するためのナイーブCD8T細胞分離キット及びCD4枯渇キット(Naive CD8 TCell Isolation Kit & CD4 depletion kit);または(iv)ナイーブ及びメモリーCD8を濃縮するためのCD8T細胞単離キット及びCD4枯渇キット(Naive CD8 TCell Isolation Kit & CD4 depletion kit)。
a)あるいは、抗原特異的T細胞の供給源には以下が含まれる場合がある。
i)健康なドナーのメモリーT細胞。
ii)シングル陽性CD4T細胞及びCD4/CD8ダブル陽性T細胞。
iii)市販の解離腫瘍細胞(DTC)から処理された患者由来の腫瘍浸潤リンパ球(TIL)。
iv)目的の抗原/新抗原でワクチン接種された患者などの患者由来のPBMC。
v)T細胞は、従来のαβヘテロ二量体TCRを含む細胞に限定されず、ホモ二量体(例えば、ββ)、ヘテロ二量体(例えば、γδ)、三量体(ααβ)、及びTCR鎖のその他の組み合わせなど、まれなTCR構成を有する細胞を含み得る。
2)ペプチド-MHC多量体は、あらかじめ折りたたまれたモノマーまたは市販のモノマー(例えば、Flex-Tモノマー-BioLegendなど)を使用して生成される。
3)T細胞に結合するペプチド-MHC多量体は、蛍光活性化細胞選別(FACS)法を使用して選別される。
4)選別されたT細胞は、フィーダー細胞及びインターロイキン(IL2及び/またはIL7/IL15の組み合わせ)で2~3週間ポリクローナルに増殖される。増殖はまた、一次細胞(全PBMC、DC、B細胞、単球)及び/または人工抗原提示細胞(K562、T2など)を使用して、抗原特異的な方法で行ってもよい。
5)増殖後、得られた細胞は同族のペプチド-MHC多量体に曝露され、多量体結合細胞が選別される(再選別とも呼ばれる)。
6)再選別されたT細胞を単一細胞レベルで配列決定し(例えば、上記のように10×Genomicsシステムを使用して)、αβヘテロ二量体TCRまたはまれなTCR構成、例えば、ホモ二量体(例えば、ββ)、ヘテロ二量体(例えば、γδ)、三量体(ααβ)、及びTCR鎖の他の組み合わせを含むTCR配列を得る。
a)増殖したT細胞は2つ以上の集団に分割してもよく、例えば、細胞の集団は次のとおりである。
i)TCR配列を取得するために単一セルレベルで配列決定した。
ii)生理的濃度のペプチド及び自己APC(PBMC、B細胞、単球、DC)で刺激された。捕捉された機能的に応答する細胞、例えば例としてサイトカインを分泌する細胞であるが、IFNg、TNFアルファ、またはIL-2に限定されない細胞は、単一細胞レベルで配列決定され、TCR配列を取得し、活性化マーカーmRNA転写産物のアップレギュレーションをプロファイリングする。
iii)あるいは、サイトカインに加えて、活性化マーカー(例えば、CD137、CD69または他のもの)の発現を、刺激されたT細胞機能的応答の徴候として使用してもよい。選択された機能細胞は、単一細胞レベルで配列決定され(例えば、上記のように10×Genomicsシステムを使用して)、TCR配列を取得し、活性化マーカーmRNA転写物のアップレギュレーションをプロファイリングする。
b)同定されたTCR配列は、以下の基準の一部または全てを含む基準を使用して、高品質及び/または特定の候補を同定するための品質管理手順を実行する。
i)複数の及び/または欠落しているTRAまたはTRB鎖を有する鎖を除外すること。
ii)内部停止コドンを有する配列を除外すること。
iii)長さが90アミノ酸未満のTRAまたはTRB鎖を有する配列を除外すること。
iv)生物学的及び/または技術的複製に関連する二重カウント配列を除外すること(すなわち、配列を1回だけ含める)。
v)既知のエピトープのCDR3で配列をアノテーションする(例えば、VDJdbなどのCDR3データベースで見いだされた公知のCDR3)。
vi)バイスタンダーTCR(例えば、DMSOパルスAPCによって活性化されるなど、非特異的なT細胞に関連するTCR)に関連する配列を除外する。
抗原特異的TCRは、新抗原特異的TCRの同定を含む、本明細書に記載の方法を使用して同定される。例えば、配列番号10,755~29,364のいずれかに特異的なTCRは、それらの同族のHLA対立遺伝子に結合した。抗原特異的TCRを同定するための一般的なワークフローは次のとおりである。
1)T細胞は、以下を使用して磁気活性化細胞選別(MACS)を使用してHLA適合健康ドナーから分離される:(i)ナイーブ及びメモリーCD4及びCD8 T細胞を濃縮するための汎T細胞単離キット;(ii)ナイーブT細胞を濃縮するためのナイーブ汎T細胞単離キット;(iii)ナイーブCD8 T細胞を濃縮するためのナイーブCD8T細胞分離キット及びCD4枯渇キット(Naive CD8 TCell Isolation Kit & CD4 depletion kit);または(iv)ナイーブ及びメモリーCD8を濃縮するためのCD8T細胞単離キット及びCD4枯渇キット(Naive CD8 TCell Isolation Kit & CD4 depletion kit)。
a)あるいは、抗原特異的T細胞の供給源には以下が含まれる場合がある。
i)健康なドナーのメモリーT細胞。
ii)シングル陽性CD4T細胞及びCD4/CD8ダブル陽性T細胞。
iii)市販の解離腫瘍細胞(DTC)から処理された患者由来の腫瘍浸潤リンパ球(TIL)。
iv)目的の抗原/新抗原でワクチン接種された患者などの患者由来のPBMC。
v)T細胞は、従来のαβヘテロ二量体TCRを含む細胞に限定されず、ホモ二量体(例えば、ββ)、ヘテロ二量体(例えば、γδ)、三量体(ααβ)、及びTCR鎖のその他の組み合わせなど、まれなTCR構成を有する細胞を含み得る。
2)ペプチド-MHC多量体は、あらかじめ折りたたまれたモノマーまたは市販のモノマー(例えば、Flex-Tモノマー-BioLegendなど)を使用して生成される。
3)T細胞に結合するペプチド-MHC多量体は、蛍光活性化細胞選別(FACS)法を使用して選別される。
4)選別されたT細胞は、フィーダー細胞及びインターロイキン(IL2及び/またはIL7/IL15の組み合わせ)で2~3週間ポリクローナルに増殖される。増殖はまた、一次細胞(全PBMC、DC、B細胞、単球)及び/または人工抗原提示細胞(K562、T2など)を使用して、抗原特異的な方法で行ってもよい。
5)増殖後、得られた細胞は同族のペプチド-MHC多量体に曝露され、多量体結合細胞が選別される(再選別とも呼ばれる)。
6)再選別されたT細胞を単一細胞レベルで配列決定し(例えば、上記のように10×Genomicsシステムを使用して)、αβヘテロ二量体TCRまたはまれなTCR構成、例えば、ホモ二量体(例えば、ββ)、ヘテロ二量体(例えば、γδ)、三量体(ααβ)、及びTCR鎖の他の組み合わせを含むTCR配列を得る。
a)増殖したT細胞は2つ以上の集団に分割してもよく、例えば、細胞の集団は次のとおりである。
i)TCR配列を取得するために単一セルレベルで配列決定した。
ii)生理的濃度のペプチド及び自己APC(PBMC、B細胞、単球、DC)で刺激された。捕捉された機能的に応答する細胞、例えば例としてサイトカインを分泌する細胞であるが、IFNg、TNFアルファ、またはIL-2に限定されない細胞は、単一細胞レベルで配列決定され、TCR配列を取得し、活性化マーカーmRNA転写産物のアップレギュレーションをプロファイリングする。
iii)あるいは、サイトカインに加えて、活性化マーカー(例えば、CD137、CD69または他のもの)の発現を、刺激されたT細胞機能的応答の徴候として使用してもよい。選択された機能細胞は、単一細胞レベルで配列決定され(例えば、上記のように10×Genomicsシステムを使用して)、TCR配列を取得し、活性化マーカーmRNA転写物のアップレギュレーションをプロファイリングする。
b)同定されたTCR配列は、以下の基準の一部または全てを含む基準を使用して、高品質及び/または特定の候補を同定するための品質管理手順を実行する。
i)複数の及び/または欠落しているTRAまたはTRB鎖を有する鎖を除外すること。
ii)内部停止コドンを有する配列を除外すること。
iii)長さが90アミノ酸未満のTRAまたはTRB鎖を有する配列を除外すること。
iv)生物学的及び/または技術的複製に関連する二重カウント配列を除外すること(すなわち、配列を1回だけ含める)。
v)既知のエピトープのCDR3で配列をアノテーションする(例えば、VDJdbなどのCDR3データベースで見いだされた公知のCDR3)。
vi)バイスタンダーTCR(例えば、DMSOパルスAPCによって活性化されるなど、非特異的なT細胞に関連するTCR)に関連する配列を除外する。
実施例8:HLA-ペプチド標的新抗原に結合するTCRのスクリーニング及び検証
方法
スクリーニングのための候補TCR配列は、上記のように、健康なドナーから同定された。簡単に言えば、多量体結合集団及び/またはスクリーニングの基準を満たす活性化T細胞集団に存在するTCRクロノタイプを選択した。基準には、候補ライブラリーからの除外が含まれる:複数及び/または欠落したTRAまたはTRB鎖を有する配列;内部停止コドンを有する配列;長さが90アミノ酸未満のTRAまたはTRB鎖を有する配列;バイスタンダーTCRに関連する配列。さらに、既知のエピトープに関連するようにアノテーションされたCDR3を有する配列はスクリーニングされなかった。
方法
スクリーニングのための候補TCR配列は、上記のように、健康なドナーから同定された。簡単に言えば、多量体結合集団及び/またはスクリーニングの基準を満たす活性化T細胞集団に存在するTCRクロノタイプを選択した。基準には、候補ライブラリーからの除外が含まれる:複数及び/または欠落したTRAまたはTRB鎖を有する配列;内部停止コドンを有する配列;長さが90アミノ酸未満のTRAまたはTRB鎖を有する配列;バイスタンダーTCRに関連する配列。さらに、既知のエピトープに関連するようにアノテーションされたCDR3を有する配列はスクリーニングされなかった。
レンチウイルス形質導入:スクリーニングアッセイのために、CD8+Jurkat KO(内因性TCRノックアウト)細胞株にレンチウイルスを形質導入して、抗原特異的TCRを発現させた。HIV由来のレンチウイルス移入ベクターは、SBI Biosciencesから入手し、EF1αプロモータを除去し、MSCVプロモータとそれに続くマルチクローニングサイト(MCS)及びTCR定常アルファ配列を導入するように改変した。VSV-G(pCMV-VsvG)、Rev(pRSV-Rev)、Gag-pol(pCgpV)を発現するレンチウイルスサポートプラスミドを使用して、ウイルスを生成した(ViraPower Lentiviral Packaging Mix;ThermoFisher)。レンチウイルスは、HEK293細胞の80%コンフルエントな10cm2プレートにLipofectamine 2000(Thermo Fisher)をトランスフェクトすることにより、36μlのリポフェクタミン及び3μgのTCR含有プラスミド(Sangerシーケンシングで確認)及び9μgのViraPowerレンチウイルスパッケージングミックスを使用して、調製した。48時間後に10mLのウイルス含有培地を回収し、Lenti-Xシステム(Clontech)を使用して濾過及び濃縮し、ウイルスを100~200μlの新鮮な培地に再懸濁した。qPCRを使用したウイルス力価測定に続いて、濃縮されたウイルス上清をJurkat細胞に添加した。細胞を1500xgで45分間、8μg/mLのポリブレンを8×105細胞/mLの密度で回転させた。スピンフェクションに続いて、培地を添加して、細胞密度を4×105細胞/mLにし、最終濃度を4μg/mLポリブレンにした。細胞を一晩インキュベートし、16時間後に培地を完全に新しくした。72時間後、TCR発現を評価し、必要に応じて細胞を選別して、TCR発現の高い集団を取得した。検証アッセイでは、健康なドナーからの初代T細胞にレンチウイルスを形質導入して抗原特異的TCRを発現させた。
シグナル伝達アッセイ:示されているように、HLA-A*02:01またはHLA-A*11:01を構成的に発現する抗原提示細胞K562細胞に、示された変異体もしくは野生型ペプチドを10μM、または抗原滴定実験について示された濃度で、1時間ロードした。形質導入されたジャーカット細胞または初代T細胞を、ペプチドをロードしたAPCと1:1の比率の75,000のTCR発現Jurkat細胞対75,000のAPC、または1:4の比率の50,000の初代T細胞対1ウェルあたり200,000APCで、96ウェルプレート中で一晩(約20時間)共培養した。共培養後、フローサイトメトリー(BioLegendの抗体)を使用してT細胞活性化マーカーCD25、CD69、CD137を測定し、MSD(Meso Scale Diagnostics V-PLEX Human IL-2 Kit)でIL-2サイトカイン産生を評価した。増殖アッセイでは、ペプチドをロードしたAPCとインキュベートする前に、形質導入した初代T細胞をCellTrace Violet色素(ThermoFisher)で標識した。共培養後、フローサイトメトリーを使用してCellTrace Violet色素の希釈を評価し、増殖を測定した。
結果
候補TCR配列は、健康なドナーから同定して、スクリーニングのために選択した。スクリーニングの候補には、表1A.2及び表1A.3に示されている配列が含まれていた。
候補TCR配列は、健康なドナーから同定して、スクリーニングのために選択した。スクリーニングの候補には、表1A.2及び表1A.3に示されている配列が含まれていた。
スクリーニングのために、CD8+Jurkat KO(内因性TCRノックアウト)細胞に候補TCR配列を形質導入した。候補TCRの同族新抗原ペプチドまたは対応する野生型ペプチドを使用したシグナル伝達アッセイを実施して、特異性及び機能性を評価した。さらに、シグナル伝達を、同族ペプチドを認識しないTCR(「陰性TCR」)及びMART-1/Melan-A特異的TCR DMF5(全ての目的のために参照により本明細書に組み込まれる、Johnson et al.「Gene Transfer of Tumor-Reactive TCR Confers Both High Avidity and Tumor Reactivity to Nonreactive Peripheral Blood Mononuclear Cells and Tumor-Infiltrating Lymphocytes」J Immunol 2006 Nov 1;177(9):6548-59に詳細に記載される、MART-1/DMF5 TCR)について評価した。表9に示すように、活性化マーカー及びサイトカイン産生は、対応する野生型ペプチドによる刺激と比較して、同族のRAS G12C及びG12V新抗原で刺激された場合に顕著に増加した。特に、いくつかの候補TCRのシグナル伝達は、十分確立されたMART-1/DMF5対照(変化倍率ペプチド対DMSOビヒクルのみ)に匹敵し、負のTCRシグナル伝達よりも明らかに優れていた。したがって、このデータによって、健康なドナーから単離されたTCR配列をスクリーニングすることにより、機能的かつ特異的なTCR候補が同定されたことが示される。
Jurkat細胞における最初のスクリーニングに続いて、機能的及び特異的なシグナル伝達を示したTCR候補を、初代T細胞においてさらに検証した。表9に示すように、初代T細胞の活性化マーカーは、対応する野生型ペプチドによる刺激と比較して、同族のRAS G12C及びG12V新抗原で刺激した場合に顕著に増加した。特に、アッセイされた候補TCRのシグナル伝達は、負のTCRシグナル伝達よりも明らかに優れていた。代表的なフローサイトメトリー評価を図11A(クローン01CA019_064_F05_0005)及び図11B(01CA019_064_F05_0047)に示す。初代T細胞の増殖もTCR候補の2つについて評価した。図12に示すように、クローン01CA019_064_F05_0047及び01CA019_064_F05_0005は、抗原なしの刺激と比較して、新抗原刺激に応答して増殖を示した。
配列表
表A
配列表、配列番号10,755~21,015を参照のこと。
表A
配列表、配列番号10,755~21,015を参照のこと。
表Aは、HLA-ペプチド新抗原を含み、特定のアミノ酸配列を有する特定の拘束ペプチドは、EDGEスコア>0.001を有する所与のHLA対立遺伝子と関連すると予測される。拘束ペプチドは、がんに関連する体細胞変異を含むペプチドフラグメントに対応する。
明確にするために、表Aの各HLA-ペプチド新抗原には、固有の配列番号が割り当てられている。上記の配列識別子のそれぞれは、表の識別子(すなわち、表A)、HLAクラスIサブタイプ、拘束ペプチドに対応する遺伝子名、体細胞変異、ペプチド:HLA対の有病率が0.1%以上(「1」と表記)または0.1%未満(「0」と表記)であったか否か、及び制限ペプチドのアミノ酸配列に関連付けられている。例えば、配列番号10755として指定されたHLA-ペプチド新抗原は、HLA-ペプチド標的HLA-A*02:06_AADGIYTAであるCREB3L1V414I新抗原である。配列番号10755で示されるように、拘束ペプチドAADGIYTAは、遺伝子CREB3L1によってコードされるタンパク質にV414I変異を含み、HLA-ペプチド標的の有病率は0.1%未満である。
表AのHLA-ペプチド新抗原は、2019年5月23日に出願されたPCT/US2019/033830に開示されており、この出願は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
AACR GENIEの結果
配列表、配列番号21,016~29,357を参照のこと。
配列表、配列番号21,016~29,357を参照のこと。
AACR GENIEの結果は、特定のアミノ酸配列を有する特定の拘束ペプチドが、EDGEスコア>0.001かつ有病率>0.1%の所与のHLA対立遺伝子と関連すると予測されるHLA-ペプチド新抗原を含む。拘束ペプチドは、がんに関連する体細胞変異を含むペプチドフラグメントに対応する。
明確にするために、AACR GENIEの結果における各HLA-ペプチド新抗原に、固有の配列番号を割り当てる。上記の各配列識別子には、AACR GENIE結果としての指定、拘束ペプチドに対応する遺伝子名、体細胞変異の種類及び性質、HLAクラスIサブタイプ、及び拘束ペプチドのアミノ酸配列が挙げられる。AACR GENIEの結果の場合、HLAクラスIサブタイプの命名は、1文字の後に4桁のコードが続くものとして表される。
明確にするために、名称「p.」は、タンパク質配列の変化を示し、「fs*数」という名称は、[指定された数]のアミノ酸に終止コドンを引き起こすフレームシフト変異を表し、「dup」という名称は、指定されたアミノ酸が隣接する配列のフレーム内配列挿入を表し、名称「del」は、指定されたアミノ酸のインフレーム配列欠失を表す。
例えば、配列番号21016として指定されたHLA-ペプチド新抗原は、HLA-PEPTIDE標的HLA-A*29:02_HYHEMGLLYである点突然変異S290L(「ACVR1_p.S290L」として示される)を保持するACVR1新抗原である。配列番号21016で示されるように、拘束ペプチドHYHEMGLLYは、遺伝子ACVR1によってコードされるタンパク質にS290L点変異を含む。
例えば、配列番号25566として指定されたHLA-ペプチド新抗原は、HLA-ペプチド標的HLA-A*11:01_KGPDTTVKFを生じる挿入または欠失変異Y2285Tfs*5(「NF1_p.Y2285Tfs*5」として示される)を保有するNF1新抗原である。配列番号25566で示されるように、拘束ペプチドKGPDTTVKFは、置換Y2285Tと、NF1遺伝子の通常のリーディングフレームからフレームシフトされている後続の配列とを含み、5アミノ酸の終止コドンを生じる。
例えば、配列番号22713と命名されたHLA-ペプチド新抗原は、インフレーム配列挿入T18_A19dup(「CDKN2A_p.T18_A19dup」として示される)を保有するCDKN2A新抗原であり、HLA-ペプチド標的HLA-A*68:01_ATATAAARGRをもたらす。配列番号22713で示されるように、拘束ペプチドATATAAARGRは、アミノ酸位置18及び19でのアミノ酸T及びAの挿入、ならびにCDKN2Aタンパク質におけるその周囲の配列を含む。
例えば、配列番号23233として指定されるHLA-ペプチド新抗原は、インフレーム配列欠失S45del(「CTNNB1_p.S45del」として示される)を保有するCTNNB1新抗原であり、HLA-ペプチド標的HLA-A*03:01_TTTAPLSGKをもたらす。配列番号23233で示されるように、拘束ペプチドTTTAPLSGKは、CTNNB1遺伝子において欠失S45del及びその周囲の配列を含む。
(表1D)がんを有する対象に由来するTILから単離されたTCRのV(D)Jセグメント及びCDR3配列
*“なし”とは、配列分析によって既知のTRB-D遺伝子に対するマッピングが行われなかったことを示す。
*“なし”とは、配列分析によって既知のTRB-D遺伝子に対するマッピングが行われなかったことを示す。
Claims (167)
- HLAクラスI分子と複合体を形成したHLA拘束ペプチドを含むHLA-ペプチド抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質(ABP)であって、前記HLA拘束ペプチドが、前記HLAクラスI分子のα1/α2ヘテロ二量体部分のペプチド結合溝に位置しており、ここで前記HLAクラスI分子及び前記HLA拘束ペプチドが各々、配列番号10,755~29,364のいずれか1つに記載されているHLA-ペプチド抗原から選択され、前記ABPがT細胞受容体(TCR)またはその抗原結合フラグメントを含む、前記抗原結合タンパク質(ABP)。
- 前記HLA拘束ペプチドが約5~15アミノ酸の長さである、請求項1に記載のABP。
- 前記HLA拘束ペプチドが、約8~12アミノ酸の長さであり、任意選択で、8、9、10、11、または12アミノ酸の長さである、請求項2に記載のABP。
- 前記HLA-ペプチド抗原が、
a.HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVVGADGVGKとを含むRAS_G12D MHCクラスI抗原;
b.HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;
c.HLA-A*02:01と拘束ペプチドKLVVVGACGVとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原;
d.HLA-A*03:01と拘束ペプチドTTAPPLSGKとを含むCTNNB1_S45P MHCクラスI抗原;
e.HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVGADGVGKとを含むRAS_G12D MHCクラスI抗原;
f.HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;
g.HLA-C*01:02と拘束ペプチドAVGVGKSALとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;
h.HLA-A*03:01と拘束ペプチドVVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;
i.HLA-A*24:02と拘束ペプチペプチドTYSPALNNMFとを含むTP53_K132N MHCクラスI抗原;
j.HLA-A*02:01と拘束ペプチドYLDSGIHYGAとを含むCTNNB1_S37Y MHCクラスI抗原;
k.HLA-A*03:01と拘束ペプチドVVVGACGVGKとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原;
l.HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVVGACGVGKとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原;
m.HLA-A*03:01と拘束ペプチドVVVGADGVGKとを含むRAS_G12D MHCクラスI抗原;
n.HLA-A*01:01と拘束ペプチドILDTAGHEEYとを含むRAS_Q61H MHCクラスI抗原;及び
o.A*02:01と拘束ペプチドYLDDRNTFLとを含むTP53_R213L MHCクラスI抗原
からなる群より選択される、先行請求項のいずれか1項に記載のABP。 - a.前記拘束ペプチドがRAS_G12A変異を含み、前記HLAクラスI分子がHLA-A*02:01であるか;
b.前記拘束ペプチドがRAS_G12A変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*02:06であるか;
c.前記拘束ペプチドがRAS_G12A変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*27:05であるか;
d.前記拘束ペプチドがRAS_G12A変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*35:01であるか;
e.前記拘束ペプチドがRAS_G12A変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*41:02であるか;
f.前記拘束ペプチドがRAS_G12A変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*48:01であるか;
g.前記拘束ペプチドがRAS_G12A変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*08:03であるか;
h.前記拘束ペプチドがRAS_G12C変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*02:01であるか;
i.前記拘束ペプチドがRAS_G12C変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*02:01であるか;
j.前記拘束ペプチドがRAS_G12C変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*03:02であるか;
k.前記拘束ペプチドがRAS_G12C変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*68:01であるか;
l.前記拘束ペプチドがRAS_G12C変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*27:05であるか;
m.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*02:01であるか;
n.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*02:05であるか;
o.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*03:01であるか;
p.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*11:01であるか;
q.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*11:01であるか;
r.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*26:01であるか;
s.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*31:01であるか;
t.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*68:01であるか;
u.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*07:02であるか;
v.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*08:01であるか;
w.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*13:02であるか;
x.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*15:01であるか;
y.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*27:05であるか;
z.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*35:01であるか;
aa.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*37:01であるか;
bb.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*38:01であるか;
cc.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*40:01であるか;
dd.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*40:02であるか;
ee.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*44:02であるか;
ff.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*44:03であるか;
gg.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*48:01であるか;
hh.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*50:01であるか;
ii.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*57:01であるか;
jj.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*01:02であるか;
kk.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*02:02であるか;
ll.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*03:03であるか;
mm.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*03:04であるか;
nn.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*04:01であるか;
oo.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*05:01であるか;
pp.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*07:04であるか;
qq.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*08:02であるか;
rr.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*08:03であるか;
ss.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*16:01であるか;
tt.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*17:01であるか;
uu.前記拘束ペプチドがRAS_G12R変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*41:02であるか;
vv.前記拘束ペプチドがRAS_G12R変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*07:04であるか;
ww.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*02:01であるか;
xx.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*02:05であるか;
yy.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*02:06であるか;
zz.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*03:01であるか;
aaa.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*03:01であるか;
bbb.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*11:01であるか;
ccc.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*11:01であるか;
ddd.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*25:01であるか;
eee.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*26:01であるか;
fff.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*30:01であるか;
ggg.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*31:01であるか;
hhh.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*31:01であるか;
iii.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*32:01であるか;
jjj.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*68:02であるか;
kkk.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*07:02であるか;
lll.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*08:01であるか;
mmm.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*13:02であるか;
nnn.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*14:02であるか;
ooo.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*15:01であるか;
ppp.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*27:05であるか;
qqq.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*39:01であるか;
rrr.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*40:01であるか;
sss.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*40:02であるか;
ttt.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*41:02であるか;
uuu.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*44:05であるか;
vvv.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*50:01であるか;
www.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*51:01であるか;
xxx.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*01:02であるか;
yyy.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*01:02であるか;
zzz.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*03:03であるか;
aaaa.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*03:04であるか;
bbbb.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*08:02であるか;
cccc.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*14:02であるか;
dddd.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*17:01であるか;
eeee.前記拘束ペプチドがKRAS_G13D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*02:01であるか;
ffff.前記拘束ペプチドがKRAS_G13D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*07:02であるか;
gggg.前記拘束ペプチドがKRAS_G13D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*08:01であるか;
hhhh.前記拘束ペプチドがKRAS_G13D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*35:01であるか;
iiii.前記拘束ペプチドがKRAS_G13D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*35:03であるか;
jjjj.前記拘束ペプチドがKRAS_G13D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*35:08であるか;
kkkk.前記拘束ペプチドがKRAS_G13D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*38:01であるか;
llll.前記拘束ペプチドがKRAS_G13D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*04:01であるか;
mmmm.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*01:01であるか;
nnnn.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*02:01であるか;
oooo.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*23:01であるか;
pppp.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*29:01であるか;
qqqq.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*30:02であるか;
rrrr.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*33:01であるか;
ssss.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*68:01であるか;
tttt.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*07:02であるか;
uuuu.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*08:01であるか;
vvvv.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*18:01であるか;
wwww.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*35:01であるか;
xxxx.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*38:01であるか;
yyyy.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*40:01であるか;
zzzz.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*44:02であるか;
aaaaa.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*03:04であるか;
bbbbb.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*05:01であるか;または
ccccc.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*08:02である、
請求項1~3のいずれか1項に記載のABP。 - a.前記拘束ペプチドがKRAS_G13D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がC*08:02もしくはA*11:01であるか;
b.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61K変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*01:01であるか;
c.前記拘束ペプチドがNRAS_Q61K変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*01:01であるか;
d.前記拘束ペプチドがTP53_R249M変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がB*35:12、B*35:03、もしくはB*35:01であるか;
e.前記拘束ペプチドがCTNNB1_S45P変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*03:01、A*11:01、A*68:01、もしくはA*03:02であるか;
f.前記拘束ペプチドがCTNNB1_S45F変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*03:01、A*11:01、もしくはA*68:01であるか;
g.前記拘束ペプチドがERBB2_Y772_A775dup変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がB*18:01であるか;
h.前記拘束ペプチドがKRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*11:01、A*03:01、もしくはC*08:02であるか;
i.前記拘束ペプチドがNRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*11:01、A*03:01、もしくはC*08:02であるか;
j.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61R変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*01:01であるか;
k.前記拘束ペプチドがNRAS_Q61R変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*01:01であるか;
l.前記拘束ペプチドがCTNNB1_T41A変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*03:01、A*03:02、A*11:01、B*15:10、C*03:03、もしくはC*03:04であるか;
m.前記拘束ペプチドがTP53_K132N変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*24:02もしくはA*23:01であるか;
n.前記拘束ペプチドがKRAS_G12A変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*03:01もしくはA*11:01であるか;
o.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61L変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*01:01であるか;
p.前記拘束ペプチドがNRAS_Q61L変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*01:01であるか;
q.前記拘束ペプチドがTP53_R213L変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*02:07、C*08:02、もしくはA*02:01であるか;
r.前記拘束ペプチドがBRAF_G466V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がB*15:01、もしくはB*15:03であるか;
s.前記拘束ペプチドがKRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*03:01、A*03:02、A*11:01、もしくはC*01:02であるか;
t.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*01:01であるか;
u.前記拘束ペプチドがNRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*01:01であるか;
v.前記拘束ペプチドがCTNNB1_S37F変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*01:01、A*23:01、A*24:02、B*15:10、B*39:06、C*05:01、C*14:02、もしくはC*14:03であるか;
w.前記拘束ペプチドがTP53_S127Y変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*11:01もしくはA*03:01であるか;
x.前記拘束ペプチドがTP53_K132E変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*24:02、C*14:03、もしくはA*23:01であるか;
y.前記拘束ペプチドがKRAS_G12C変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*02:01、A*11:01、もしくはA*03:01であるか;
z.前記拘束ペプチドがNRAS_G12C変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*02:01、A*11:01、もしくはA*03:01であるか;
aa.前記拘束ペプチドがEGFR_L858R変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*11:01、もしくはA*03:01であるか;
bb.前記拘束ペプチドがTP53_Y220C変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*02:01であるか;または
cc.前記拘束ペプチドがTP53_R175H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*02:01である、
請求項1~3のいずれか1項に記載のABP。 - 前記HLA-ペプチド抗原が、
a.A*11:01と拘束ペプチペプチドTTAPPLSGKとを含むCTNNB1_S45P MHCクラスI抗原;
b.A*11:01と拘束ペプチドATAPSLSGKとを含むCTNNB1_T41AMHCクラスI抗原;
c.A*11:01と拘束ペプチドVVVGADGVGKとを含むRAS_G12D MHCクラスI抗原;
d.A*03:01と拘束ペプチドVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;
e.A*03:01と拘束ペプチドVVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;
f.A*11:01と拘束ペプチドVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;
g.A*11:01と拘束ペプチドVVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;
h.A*01:01と拘束ペプチドILDTAGREEYとを含むKRAS_Q61R MHCクラスI抗原;及び
i.A*02:01と拘束ペプチドYLDDRNTFLとを含むTP53_R213L MHCクラスI抗原
から選択される、請求項1~3のいずれか1項に記載のABP。 - 前記HLA拘束ペプチドがRAS G12変異を含む、請求項1~3のいずれか1項に記載のABP。
- 前記G12変異がG12C、G12D、G12V、またはG12A変異である、請求項8に記載のABP。
- 前記HLA-ペプチド抗原が、HLA-A*02:01、HLA-A*11:01、HLA-A*31:01、HLA-C*01:02、及びHLA-A*03:01から選択されるHLAクラスI分子を含む、請求項8に記載のABP。
- 前記RAS G12変異が、KRAS変異、NRAS変異、及びHRAS変異のうちの任意の1つまたは複数である、請求項8~10のいずれか1項に記載のABP。
- 前記HLA-ペプチド抗原が、
a.HLA-A*02:01と拘束ペプチドKLVVVGACGVとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原;
b.HLA-A*03:01と拘束ペプチドVVVGACGVGKとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原;
c.HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVVGACGVGKとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原;
d.HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVVGADGVGKとを含むRAS_G12D MHCクラスI抗原;
e.HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVGADGVGKとを含むRAS_G12D MHCクラスI抗原;
f.HLA-A*03:01と拘束ペプチドVVVGADGVGKとを含むRAS_G12D MHCクラスI抗原;
g.HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;
h.HLA-A*31:01と拘束ペプチドVVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;
i.HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;
j.HLA-C*01:02と拘束ペプチドAVGVGKSALとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;及び
k.HLA-A*03:01と拘束ペプチドVVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原
から選択される、請求項9に記載のABP。 - 前記HLA-ペプチド抗原が、
a.HLA-A*02:01と拘束ペプチドKLVVVGACGVとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原;
b.HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVVGADGVGKとを含むRAS_G12D MHCクラスI抗原;
c.HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVGADGVGKとを含むRAS_G12D MHCクラスI抗原;
d.HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;
e.HLA-A*31:01と拘束ペプチドVVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;
f.HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;
g.HLA-C*01:02と拘束ペプチドAVGVGKSALとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;及び
h.HLA-A*03:01と拘束ペプチドVVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原
から選択される、請求項9に記載のABP。 - 前記HLA-ペプチド抗原が、
a.HLA-A*02:01と拘束ペプチドKLVVVGACGVとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原;
b.HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVVGADGVGKとを含むRAS_G12D MHCクラスI抗原;及び
c.HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原
から選択される、請求項9に記載のABP。 - 前記HLA-ペプチド抗原が、HLA-A*02:01と拘束ペプチドKLVVVGACGVとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原である、請求項9に記載のABP。
- 前記HLA-ペプチド抗原が、HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVVGADGVGKとを含むRAS_G12D MHCクラスI抗原である、請求項9に記載のABP。
- 前記HLA-ペプチド抗原が、HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原である、請求項9に記載のABP。
- 前記HLA-拘束ペプチドがRAS Q61変異を含む、請求項1~3のいずれか1項に記載のABP。
- 前記Q61変異が、Q61H、Q61K、Q61R、またはQ61L変異である、請求項18に記載のABP。
- 前記HLA-ペプチド抗原が、HLA-A*01:01と拘束ペプチドILDTAGHEEYとを含むRAS_Q61H MHCクラスI抗原である、請求項18に記載のABP。
- 前記HLA-拘束ペプチドがTP53変異を含む、請求項1~3のいずれか1項に記載のABP。
- 前記TP53変異がR213L、S127Y、Y220C、R175H、またはR249M変異を含む、請求項21に記載のABP。
- 前記HLA-ペプチド抗原が、A*02:01と拘束ペプチドYLDDRNTFLとを含むTP53 R213L MHCクラスI抗原である、請求項21に記載のABP。
- 前記HLAクラスI分子との少なくとも1つの接触点を通じて、及び前記HLA-拘束ペプチドとの少なくとも1つの接触点を通じて、前記HLA-ペプチド抗原に結合する、先行請求項のいずれか1項に記載のABP。
- 前記抗原結合タンパク質が、HLA-A*02:01と拘束ペプチドKLVVVGACGVとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原に結合し、かつ前記ABPが、異なるRAS G12変異を含むHLA-ペプチド抗原よりも高い親和性で前記RAS_G12C MHCクラスI抗原に結合する、先行請求項のいずれか1項に記載のABP。
- 拘束ペプチドKLVVVGAVGVとHLA-A2分子とを含むHLA-ペプチド抗原よりも高い親和性で前記RAS_G12C MHCクラスI抗原に結合する、請求項25に記載のABP。
- 拘束ペプチドKLVVVGAVGVとHLA-A2分子とを含むHLA-ペプチド抗原に結合しない、請求項26に記載のABP。
- 前記抗原結合タンパク質が足場に連結され、任意選択で前記足場が血清アルブミンまたはFcを含み、任意選択でFcが、ヒトFcであり、IgG(IgG1、IgG2、IgG3、IgG4)、IgA(IgA1、IgA2)、IgD、IgE、またはIgMアイソタイプFcである、先行請求項のいずれか1項に記載のABP。
- 前記抗原結合タンパク質がリンカーを介して足場に連結され、任意選択で前記リンカーがペプチドリンカーであり、任意選択で前記ペプチドリンカーがヒト抗体のヒンジ領域である、先行請求項のいずれか1項に記載のABP。
- 前記TCRまたはその抗原結合部分がTCR可変領域を含む、先行請求項のいずれか1項に記載のABP。
- 前記TCRまたはその抗原結合部分が、1つまたは複数のTCR相補性決定領域(CDR)を含む、先行請求項のいずれか1項に記載のABP。
- 前記TCRがアルファ鎖及びベータ鎖を含む、先行請求項のいずれか1項に記載のABP。
- 前記TCRがガンマ鎖及びデルタ鎖を含む、先行請求項のいずれか1項に記載のABP。
- 前記TCRが単鎖TCR(scTCR)を含む、先行請求項のいずれか1項に記載のABP。
- 前記TCRが組換えTCR配列を含む、先行請求項のいずれか1項に記載のABP。
- 前記TCRがヒトTCR配列を含み、任意選択で前記ヒトTCR配列が完全ヒトTCR配列である、先行請求項のいずれか1項に記載のABP。
- 前記TCRが、改変されたTCRα定常(TRAC)領域、改変されたTCRβ定常(TRBC)領域、または改変されたTRAC領域及び改変されたTRBC領域を含む、先行請求項のいずれか1項に記載のABP。
- 半減期を延長する改変を含む、先行請求項のいずれか1項に記載のABP。
- 抗原結合タンパク質を含む細胞外部分と、細胞内シグナル伝達ドメインとを含むキメラ抗原受容体(CAR)の一部である、先行請求項のいずれか1項に記載のABP。
- 前記細胞内シグナル伝達ドメインがITAMを含む、請求項39に記載のABP。
- 前記細胞内シグナル伝達ドメインが、CD3-ゼータ(CD3)鎖のゼータ鎖のシグナル伝達ドメインを含む、請求項39または40に記載のABP。
- 前記細胞外ドメインと前記細胞内シグナル伝達ドメインを連結する膜貫通ドメインをさらに含む、請求項39~41のいずれか1項に記載の抗原結合タンパク質。
- 前記膜貫通ドメインがCD28の膜貫通部分を含む、請求項42に記載のABP。
- T細胞共刺激分子の細胞内シグナル伝達ドメインをさらに含む、請求項39~43のいずれか1項に記載の抗原結合タンパク質。
- 前記T細胞共刺激分子が、CD28、4-1BB、OX-40、ICOS、またはそれらの任意の組み合わせである、請求項44に記載のABP。
- 医薬として使用するための、先行請求項のいずれか1項に記載のABP。
- 任意選択でがんが前記HLA-ペプチド抗原を発現するかまたは発現すると予測される、前記がんの治療に使用するための先行請求項のいずれか1項に記載のABP。
- がんが固形腫瘍及び血液腫瘍から選択される、前記がんの治療に使用するための先行請求項のいずれか1項に記載のABP。
- 先行請求項のいずれか1項に記載の抗原結合タンパク質(ABP)と結合について競合する、ABP。
- 先行請求項のいずれか1項に記載の抗原結合タンパク質(ABP)によって結合されるのと同じHLA-ペプチド抗原エピトープに結合する、ABP。
- 先行請求項のいずれか1項に記載の抗原結合タンパク質を含む受容体を発現する、操作された細胞。
- T細胞である、請求項51に記載の操作された細胞。
- 前記T細胞が、ナイーブT(TN)細胞、エフェクターT細胞(TEFF)、メモリーT細胞、幹細胞メモリーT細胞(TSCM)、中央メモリーT細胞(TCM)、エフェクターメモリーT細胞(TEM)、最終分化エフェクターメモリーT細胞、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)、未成熟T細胞、成熟T細胞、ヘルパーT細胞、細胞傷害性T細胞、粘膜関連不変T(MALT)細胞、調節T細胞(Treg)、TH1細胞、TH2細胞、TH3細胞、TH17細胞、TH9細胞、TH22細胞、濾胞性ヘルパーT細胞、ナチュラルキラーT細胞(NKT)、アルファ-ベータT細胞、及びガンマ-デルタT細胞からなる群より選択される、請求項52に記載の操作された細胞。
- 前記T細胞が細胞傷害性T細胞(CTL)である、請求項52に記載の操作された細胞。
- ヒト細胞またはヒト由来細胞である、請求項51~54のいずれか1項に記載の操作された細胞。
- 対象の自己細胞である、請求項51~55のいずれか1項に記載の操作された細胞。
- 前記対象が、がんを有することが知られているかまたは有すると疑われる、請求項56に記載の操作された細胞。
- 前記自己細胞が、対象から単離された細胞である、請求項56~57のいずれか1項に記載の操作された細胞。
- 前記単離された細胞がエクスビボ培養細胞であり、任意選択で前記ビボ培養細胞が、刺激された細胞である、請求項58に記載の操作された細胞。
- 前記自己細胞が、インビボで操作された細胞である、請求項56~57のいずれか1項に記載の操作された細胞。
- 前記抗原結合タンパク質が異種プロモータによって発現される、請求項51~60のいずれか1項に記載の操作された細胞。
- 前記ABPがT細胞受容体(TCR)またはその抗原結合部分を含み、前記T細胞受容体(TCR)またはその抗原結合部分をコードするポリヌクレオチドが、内因性TCR遺伝子座に挿入されている、請求項51~61のいずれか1項に記載の操作された細胞。
- 内因性ABPを発現しない、請求項51~62のいずれか1項に記載の操作された細胞。
- 先行請求項のいずれか1項に記載のABPもしくはその抗原結合部分をコードする単離されたポリヌクレオチド、または、先行請求項のいずれか1項に記載のABPもしくはその抗原結合部分をコードするポリヌクレオチドのセット。
- 請求項64に記載のポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドのセットを含む、ベクターまたはベクターのセット。
- 請求項64に記載の単離されたポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドのセットを含む、ウイルス。
- 繊維状ファージである、請求項66に記載のウイルス。
- 先行請求項のいずれか1項に記載の単離されたポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドのセットを含む、酵母細胞。
- 先行請求項のいずれか1項に記載のポリヌクレオチドもしくはポリヌクレオチドのセットまたは請求項65に記載のベクターもしくはベクターのセットを含み、任意選択でCHOもしくはHEK293であるかまたは任意選択でT細胞である、宿主細胞。
- 請求項69に記載の宿主細胞を用いて抗原結合タンパク質を発現させることと、発現した前記抗原結合タンパク質を単離することとを含む、前記抗原結合タンパク質を産生する方法。
- 先行請求項のいずれか1項に記載の抗原結合タンパク質と、薬学的に許容される賦形剤とを含む、医薬組成物。
- 対象においてがんを処置する方法であって、前記対象に、先行請求項のいずれか1項に記載のABP、請求項51~63のいずれか1項に記載の操作された細胞、または請求項71に記載の医薬組成物を投与することを含み、任意選択で前記がんが固形腫瘍及び血液腫瘍から選択される、前記方法。
- 対象における免疫応答を刺激する方法であって、前記対象に、先行請求項のいずれか1項に記載のABP、請求項51~63のいずれか1項に記載の操作された細胞、または請求項71に記載の医薬組成物を投与することを含み、任意選択で前記対象ががんを有し、任意選択で前記がんが固形腫瘍及び血液腫瘍から選択される、前記方法。
- 対象における標的細胞を殺滅する方法であって、前記対象に、先行請求項のいずれか1項に記載のABP、請求項51~63のいずれか1項に記載の操作された細胞、または請求項71に記載の医薬組成物を投与することを含み、任意選択で前記対象ががんを有しかつ前記標的細胞ががん細胞であり、任意選択で前記がんが固形腫瘍及び血液腫瘍から選択される、前記方法。
- 前記対象がヒト対象である、請求項72~74のいずれか1項に記載の方法。
- 前記がんが、配列番号10,755~29,364のいずれか1つに記載されているHLA-ペプチド抗原またはHLAクラスI分子を発現するかまたは発現すると予測され、前記ABPが前記HLA-ペプチド抗原に結合する、請求項72~74のいずれか1項に記載の方法。
- 前記がんが、HLAクラスI分子と複合体を形成したHLA拘束ペプチドを含むHLA-ペプチド抗原を発現するかまたは発現すると予測され、前記HLA拘束ペプチドが、前記HLAクラスI分子のα1/α2ヘテロ二量体部分のペプチド結合溝に位置しており、ここで、前記HLAクラスI分子及び前記HLA拘束ペプチドがそれぞれ、配列番号10,755~29,364のいずれか1つに記載されているHLA-ペプチド抗原から選択され、ここで、前記ABPが前記HLA-ペプチド抗原に結合する、請求項72~74のいずれか1項に記載の方法。
- 前記前記HLA-ペプチド抗原が、
a.HLA-A*02:01と拘束ペプチドKLVVVGACGVとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原;
b.HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVVGADGVGKとを含むRAS_G12D MHCクラスI抗原;
c.HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;
d.HLA-A*03:01と拘束ペプチペプチドTTAPPLSGKとを含むCTNNB1_S45P MHCクラスI抗原;
e.HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVGADGVGKとを含むRAS_G12D MHCクラスI抗原;
f.HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;
g.HLA-C*01:02と拘束ペプチドAVGVGKSALとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;
h.HLA-A*03:01と拘束ペプチドVVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;
i.HLA-A*24:02と拘束ペプチペプチドTYSPALNNMFとを含むTP53_K132N MHCクラスI抗原;
j.HLA-A*02:01と拘束ペプチドYLDSGIHYGAとを含むCTNNB1_S37Y MHCクラスI抗原;
k.HLA-A*03:01と拘束ペプチドVVVGACGVGKとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原;
l.HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVVGACGVGKとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原;
m.HLA-A*03:01と拘束ペプチドVVVGADGVGKとを含むRAS_G12D MHCクラスI抗原;
n.HLA-A*01:01と拘束ペプチドILDTAGHEEYとを含むRAS_Q61H MHCクラスI抗原;及び
o.A*02:01と拘束ペプチドYLDDRNTFLとを含むTP53_R213L MHCクラスI抗原
から選択される、請求項77に記載の方法。 - a.前記拘束ペプチドがRAS_G12A変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*02:01であるか;
b.前記拘束ペプチドがRAS_G12A変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*02:06であるか;
c.前記拘束ペプチドがRAS_G12A変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*27:05であるか;
d.前記拘束ペプチドがRAS_G12A変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*35:01であるか;
e.前記拘束ペプチドがRAS_G12A変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*41:02であるか;
f.前記拘束ペプチドがRAS_G12A変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*48:01であるか;
g.前記拘束ペプチドがRAS_G12A変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*08:03であるか;
h.前記拘束ペプチドがRAS_G12C変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*02:01であるか;
i.前記拘束ペプチドがRAS_G12C変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*02:01であるか;
j.前記拘束ペプチドがRAS_G12C変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*03:01であるか;
k.前記拘束ペプチドがRAS_G12C変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*03:02であるか;
l.前記拘束ペプチドがRAS_G12C変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*68:01であるか;
m.前記拘束ペプチドがRAS_G12C変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*27:05であるか;
n.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*02:01であるか;
o.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*02:05であるか;
p.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*03:01であるか;
q.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*11:01であるか;
r.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*11:01であるか;
s.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*26:01であるか;
t.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*31:01であるか;
u.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*68:01であるか;
v.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*07:02であるか;
w.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*08:01であるか;
x.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*13:02であるか;
y.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*15:01であるか;
z.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*27:05であるか;
aa.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*35:01であるか;
bb.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*37:01であるか;
cc.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*38:01であるか;
dd.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*40:01であるか;
ee.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*40:02であるか;
ff.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*44:02であるか;
gg.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*44:03であるか;
hh.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*48:01であるか;
ii.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*50:01であるか;
jj.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*57:01であるか;
kk.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*01:02であるか;
ll.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*02:02であるか;
mm.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*03:03であるか;
nn.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*03:04であるか;
oo.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*04:01であるか;
pp.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*05:01であるか;
qq.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*07:04であるか;
rr.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*08:02であるか;
ss.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*08:03であるか;
tt.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*16:01であるか;
uu.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*17:01であるか;
vv.前記拘束ペプチドがRAS_G12R変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*41:02であるか;
ww.前記拘束ペプチドがRAS_G12R変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*07:04であるか;
xx.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*02:01であるか;
yy.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*02:05であるか;
zz.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*02:06であるか;
aaa.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*03:01であるか;
bbb.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*03:01であるか;
ccc.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*11:01であるか;
ddd.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*11:01であるか;
eee.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*25:01であるか;
fff.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*26:01であるか;
ggg.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*30:01であるか;
hhh.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*31:01であるか;
iii.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*31:01であるか;
jjj.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*32:01であるか;
kkk.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*68:02であるか;
lll.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*07:02であるか;
mmm.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*08:01であるか;
nnn.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*13:02であるか;
ooo.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*14:02であるか;
ppp.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*15:01であるか;
qqq.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*27:05であるか;
rrr.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*39:01であるか;
sss.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*40:01であるか;
ttt.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*40:02であるか;
uuu.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*41:02であるか;
vvv.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*44:05であるか;
www.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*50:01であるか;
xxx.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*51:01であるか;
yyy.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*01:02であるか;
zzz.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*01:02であるか;
aaaa.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*03:03であるか;
bbbb.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*03:04であるか;
cccc.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*08:02であるか;
dddd.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*14:02であるか;
eeee.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*17:01であるか;
ffff.前記拘束ペプチドがKRAS_G13D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*02:01であるか;
gggg.前記拘束ペプチドがKRAS_G13D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*07:02であるか;
hhhh.前記拘束ペプチドがKRAS_G13D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*08:01であるか;
iiii.前記拘束ペプチドがKRAS_G13D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*35:01であるか;
jjjj.前記拘束ペプチドがKRAS_G13D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*35:03であるか;
kkkk.前記拘束ペプチドがKRAS_G13D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*35:08であるか;
llll.前記拘束ペプチドがKRAS_G13D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*38:01であるか;
mmmm.前記拘束ペプチドがKRAS_G13D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*04:01であるか;
nnnn.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*01:01であるか;
oooo.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*02:01であるか;
pppp.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*23:01であるか;
qqqq.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*29:01であるか;
rrrr.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*30:02であるか;
ssss.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*33:01であるか;
tttt.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*68:01であるか;
uuuu.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*07:02であるか;
vvvv.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*08:01であるか;
wwww.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*18:01であるか;
xxxx.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*35:01であるか;
yyyy.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*38:01であるか;
zzzz.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*40:01であるか;
aaaaa.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*44:02であるか;
bbbbb.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*03:04であるか;
ccccc.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*05:01であるか;または
ddddd.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*08:02である、
請求項77に記載の方法。 - a.前記拘束ペプチドがKRAS_G13D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がC*08:02もしくはA*11:01であるか;
b.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61K変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*01:01であるか;
c.前記拘束ペプチドがNRAS_Q61K変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*01:01であるか;
d.前記拘束ペプチドがTP53_R249M変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がB*35:12、B*35:03、もしくはB*35:01であるか;
e.前記拘束ペプチドがCTNNB1_S45P変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*03:01、A*11:01、A*68:01、もしくはA*03:02であるか;
f.前記拘束ペプチドがCTNNB1_S45F変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*03:01、A*11:01、もしくはA*68:01であるか;
g.前記拘束ペプチドがERBB2_Y772_A775dup変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がB*18:01であるか;
h.前記拘束ペプチドがKRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*11:01、A*03:01、もしくはC*08:02であるか;
i.前記拘束ペプチドがNRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*11:01、A*03:01、もしくはC*08:02であるか;
j.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61R変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*01:01であるか;
k.前記拘束ペプチドがNRAS_Q61R変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*01:01であるか;
l.前記拘束ペプチドがCTNNB1_T41A変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*03:01、A*0302、A*11:01、B*15:10、C*03:03、もしくはC*03:04であるか;
m.前記拘束ペプチドがTP53_K132N変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*24:02もしくはA*23:01であるか;
n.前記拘束ペプチドがKRAS_G12A変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*03:01もしくはA*11:01であるか;
o.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61L変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*01:01であるか;
p.前記拘束ペプチドがNRAS_Q61L変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*01:01であるか;
q.前記拘束ペプチドがTP53_R213L変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*02:07、C*08:02、もしくはA*02:01であるか;
r.前記拘束ペプチドがBRAF_G466V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がB*15:01、もしくはB*15:03であるか;
s.前記拘束ペプチドがKRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*03:01、A*03:02、A*11:01、もしくはC*01:02であるか;
t.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*01:01であるか;
u.前記拘束ペプチドがNRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*01:01であるか;
v.前記拘束ペプチドがCTNNB1_S37F変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*01:01、A*23:01、A*24:02、B*15:10、B*39:06、C*05:01、C*14:02、もしくはC*14:03であるか;
w.前記拘束ペプチドがTP53_S127Y変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*11:01もしくはA*03:01であるか;
x.前記拘束ペプチドがTP53_K132E変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*24:02、C*14:03、もしくはA*23:01であるか;
y.前記拘束ペプチドがKRAS_G12C変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*02:01、A*11:01、もしくはA*03:01であるか;
z.前記拘束ペプチドがNRAS_G12C変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*02:01、A*11:01、もしくはA*03:01であるか;
aa.前記拘束ペプチドがEGFR_L858R変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*11:01、もしくはA*03:01であるか;
bb.前記拘束ペプチドがTP53_Y220C変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*02:01であるか;または
cc.前記拘束ペプチドがTP53_R175H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がA*02:01である、
請求項77に記載の方法。 - 前記HLA-ペプチド抗原が、
a.A*11:01と拘束ペプチペプチドTTAPPLSGKとを含むCTNNB1_S45P MHCクラスI抗原;
b.A*11:01と拘束ペプチドATAPSLSGKとを含むCTNNB1_T41A MHCクラスI抗原;
c.A*11:01と拘束ペプチドVVVGADGVGKとを含むRAS_G12D MHCクラスI抗原;
d.A*03:01と拘束ペプチドVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;
e.A*03:01と拘束ペプチドVVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;
f.A*11:01と拘束ペプチドVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;
g.A*11:01と拘束ペプチドVVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;
h.A*01:01と拘束ペプチドILDTAGREEYとを含むKRAS_Q61R MHCクラスI抗原;及び
i.A*02:01と拘束ペプチドYLDDRNTFLとを含むTP53_R213L MHCクラスI抗原
から選択される、請求項77に記載の方法。 - 前記HLA-ペプチド抗原が、RAS G12変異を含むRASのペプチドフラグメントであるHLA-拘束ペプチドを含む、請求項77に記載の方法。
- 前記G12変異が、G12C、G12D、G12V、またはG12A変異である、請求項82に記載の方法。
- 前記HLA-ペプチド抗原が、HLA-A*02:01、HLA-A*11:01、HLA-A*31:01、HLA-C*01:02、及びHLA-A*03:01から選択されるHLAクラスI分子を含む、請求項82に記載の方法。
- 前記RAS G12変異が、KRAS変異、NRAS変異、及びHRAS変異のうちのいずれか1つまたは複数である、請求項82~84のいずれか1項に記載の方法。
- 前記HLA-ペプチド抗原が、
a.HLA-A*02:01と拘束ペプチドKLVVVGACGVとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原;
b.HLA-A*03:01と拘束ペプチドVVVGACGVGKとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原;
c.HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVVGACGVGKとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原;
d.HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVVGADGVGKとを含むRAS_G12D MHCクラスI抗原;
e.HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVGADGVGKとを含むRAS_G12D MHCクラスI抗原;
f.HLA-A*03:01と拘束ペプチドVVVGADGVGKとを含むRAS_G12D MHCクラスI抗原;
g.HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;
h.HLA-A*31:01と拘束ペプチドVVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;
i.HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;
j.HLA-C*01:02と拘束ペプチドAVGVGKSALとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;及び
k.HLA-A*03:01と拘束ペプチドVVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原
から選択される、請求項83に記載の方法。 - 前記HLA-ペプチド抗原が、
a.HLA-A*02:01と拘束ペプチドKLVVVGACGVとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原;
b.HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVVGADGVGKとを含むRAS_G12D MHCクラスI抗原;
c.HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVGADGVGKとを含むRAS_G12D MHCクラスI抗原;
d.HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;
e.HLA-A*31:01と拘束ペプチドVVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;
f.HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;
g.HLA-C*01:02と拘束ペプチドAVGVGKSALとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原;及び
h.HLA-A*03:01と拘束ペプチドVVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原
から選択される、請求項83に記載の方法。 - 前記HLA-ペプチド抗原が、
a.HLA-A*02:01と拘束ペプチドKLVVVGACGVとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原;
b.HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVVGADGVGKとを含むRAS_G12D MHCクラスI抗原;または
c.HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原
から選択される、請求項83に記載の方法。 - 前記抗原結合タンパク質が、HLA-A*02:01と拘束ペプチドKLVVVGACGVとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原に結合し、かつ前記ABPが、異なるRAS G12変異を含むHLA-ペプチド抗原よりもより高い親和性で前記RAS_G12C MHCクラスI抗原に結合する、請求項83に記載の方法。
- 前記ABPが、拘束ペプチドKLVVVGAVGVとHLA-A2分子とを含むHLA-ペプチド抗原よりも高い親和性で前記RAS_G12C MHCクラスI抗原に結合する、請求項89に記載の方法。
- 前記ABPが、拘束ペプチドKLVVVGAVGVとHLA-A2分子とを含むHLA-ペプチド抗原に結合しない、請求項89に記載の方法。
- 前記HLA-ペプチド抗原が、RAS Q61変異を含むRASのペプチドフラグメントであるHLA拘束ペプチドを含む、請求項77に記載の方法。
- 前記Q61変異が、Q61H、Q61K、Q61R、またはQ61L変異である、請求項92に記載の方法。
- 前記HLA-ペプチド抗原が、HLA-A*01:01と拘束ペプチドILDTAGHEEYとを含むRAS_Q61H MHCクラスI抗原である、請求項92に記載の方法。
- 前記HLA-ペプチド抗原が、TP53変異を含むTP53のペプチドフラグメントであるHLA拘束ペプチドを含む、請求項77に記載の方法。
- 前記TP53変異が、R213L、S127Y、Y220C、R175H、またはR249M変異を含む、請求項95に記載の方法。
- 前記HLA-ペプチド抗原が、A*02:01と拘束ペプチドYLDDRNTFLとを含むTP53 R213L MHCクラスI抗原である、請求項95に記載の方法。
- 前記投与することの前に、前記対象から得られた生物学的試料において前記HLA-ペプチド抗原、前記HLA-ペプチド抗原のペプチド、前記HLA-ペプチド抗原に関連している体細胞変異、及び前記HLA-ペプチド抗原のHLA分子のうちのいずれか1つまたは複数の存在を判定することまたは判定していることを含む、請求項72~97のいずれか1項に記載の方法。
- 前記生物学的試料が血液試料または腫瘍試料である、請求項98に記載の方法。
- 前記血液試料が血漿試料または血清試料である、請求項99に記載の方法。
- 前記判定することが、RNASeq、マイクロアレイ、PCR、ナノストリング、インサイチュハイブリダイゼーション(ISH)、質量分析、配列決定、または免疫組織化学(IHC)を含む、請求項98に記載の方法。
- 前記対象から得られた前記生物学的試料における前記HLA-ペプチド抗原、ペプチド、またはHLAの存在を判定した後、前記HLA-ペプチド抗原に選択的に結合するABPを前記対象に投与する、請求項98記載の方法。
- 先行請求項のいずれか1項に記載の抗原結合タンパク質または請求項71に記載の医薬組成物と、使用説明書とを含む、キット。
- a.HLAクラスI分子と複合体を形成したHLA拘束ペプチドを含む単離されたHLA-ペプチド抗原であって、前記HLA拘束ペプチドが、前記HLAクラスI分子のα1/α2ヘテロ二量体部分のペプチド結合溝に位置しており、前記HLA-ペプチド抗原が、配列番号10,755~29,364のいずれか1つに記載されているHLA-ペプチド抗原から選択される、前記HLA-ペプチド抗原と;
b.ファージディスプレイライブラリーと
を含む、システム。 - 前記HLA-ペプチド抗原が固体支持体に結合している、請求項104に記載のシステム。
- 前記固体支持体が、ビーズ、ウェル、膜、チューブ、カラム、プレート、セファロース、磁性ビーズ、細胞、またはチップを含む、請求項105に記載のシステム。
- 前記HLA-ペプチド抗原が親和性結合対の第1のメンバーを含み、前記固体支持体が前記親和性結合対の第2のメンバーを含む、請求項105または106に記載のシステム。
- 前記第1のメンバーがストレプトアビジンであり、前記第2のメンバーがビオチンである、請求項107に記載のシステム。
- 前記ファージディスプレイライブラリーがヒトライブラリーである、請求項104~108のいずれか1項に記載のシステム。
- 前記ファージディスプレイライブラリーがヒト化ライブラリーである、請求項104~108のいずれか1項に記載のシステム。
- HLAクラスI分子と複合体を形成したHLA拘束ペプチドを含む陰性対照HLA-ペプチド抗原をさらに含み、前記HLA拘束ペプチドが、前記HLAクラスI分子のα1/α2ヘテロ二量体部分のペプチド結合溝に位置しており、前記陰性対照HLA-ペプチド抗原が、異なる拘束ペプチド、異なるHLAクラスI分子、または異なる拘束ペプチド及び異なるHLAクラスI分子を含む、請求項104~110のいずれか1項に記載のシステム。
- 前記陰性対照HLA-ペプチド抗原が、異なる拘束ペプチドを含むが、前記HLA-ペプチド抗原と同じHLAクラスI分子を含む、請求項111に記載のシステム。
- 反応混合物を含み、前記反応混合物が、前記HLA-ペプチド抗原と前記ファージディスプレイライブラリー由来の複数のファージとを含む、請求項104~112のいずれか1項に記載のシステム。
- 前記単離されたHLA-ペプチド抗原に選択的に結合する抗原結合タンパク質を同定するための、請求項104~113のいずれか1項に記載のシステムの使用。
- 配列番号10,755~29,364のいずれか1つによって記載されているHLA-ペプチド抗原を含み、前記HLA-ペプチド抗原が親和性タグに共有結合されている、組成物。
- 前記親和性タグがビオチンタグである、請求項115に記載の組成物。
- 検出可能な標識と複合体を形成した配列番号10,755~29,364のいずれか1つによって記載されているHLA-ペプチド抗原を含む、組成物。
- 前記検出可能な標識がβ2-マイクログロブリン結合分子を含む、請求項117に記載の組成物。
- 前記β2-マイクログロブリン結合分子が標識抗体である、請求項118記載の組成物。
- 前記標識抗体が蛍光色素標識抗体である、請求項119に記載の組成物。
- HLA-ペプチド抗原を含み、前記HLA-ペプチド抗原が、配列番号10,755~29,364のいずれか1つによって記載されており、固体支持体に結合している、組成物。
- 前記固体支持体が、ビーズ、ウェル、膜、チューブ、カラム、プレート、セファロース、磁性ビーズ、細胞、またはチップを含む、請求項121記載の組成物。
- 前記HLA-ペプチド抗原が親和性結合対の第1のメンバーを含み、前記固体支持体が前記親和性結合対の第2のメンバーを含む、請求項121または122に記載の組成物。
- 前記第1のメンバーがストレプトアビジンであり、前記第2のメンバーがビオチンである、請求項123に記載の組成物。
- 配列番号10,755~29,364のいずれか1つによって記載されている異種HLA-ペプチド抗原を含む、宿主細胞。
- 配列番号10,755~29,364に記載されているHLA-ペプチド抗原のいずれか1つによって規定されるHLAサブタイプを発現する、宿主細胞。
- 配列番号10,755~29,364におけるHLA-ペプチド抗原のいずれか1つによって規定されるHLA拘束ペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む、宿主細胞。
- 内因性MHCを含まない、請求項127に記載の宿主細胞。
- 外因性HLAを含む、請求項128に記載の宿主細胞。
- K562またはA375細胞である、請求項129に記載の宿主細胞。
- 腫瘍細胞株由来の培養細胞である、請求項125~130のいずれか1項に記載の宿主細胞。
- 前記腫瘍細胞株が、請求項127に記載のHLA拘束ペプチドについて記述しているものと同じHLA-ペプチド抗原によって規定されるHLAサブタイプを発現する、請求項131に記載の宿主細胞。
- 前記腫瘍細胞株が、HCC-1599、NCI-H510A、A375、LN229、NCI-H358、ZR-75-1、MS751、OE19、MOR、BV173、MCF-7、NCI-H82、Colo829、SK-MEL-28、KYSE270、59M、及びNCI-H146からなる群より選択される、請求項131記載の宿主細胞。
- a.請求項125~133のいずれか1項に記載の宿主細胞と、
b.細胞培養培地と
を含む、細胞培養システム。 - 前記宿主細胞が、配列番号10,755~21,015及び配列番号21,016~29,364におけるHLA-ペプチド抗原のいずれか1つによって規定されるHLAサブタイプを発現し、前記細胞培養培地が、前記HLAサブタイプと同じHLA-ペプチド抗原によって規定される拘束ペプチドを含む、請求項134に記載の細胞培養システム。
- 前記宿主細胞が、外因性HLAを含むK562細胞であり、前記外因性HLAが、配列番号10,755~29,364におけるHLA-ペプチド抗原のいずれか1つによって規定されるHLAサブタイプであり、前記細胞培養培地が、前記HLAサブタイプを規定する同HLA-ペプチド抗原によって規定される拘束ペプチドを含む、請求項134に記載の細胞培養システム。
- 配列番号10,755~29,364に記載されている少なくとも1つのHLA-ペプチド抗原を提供することと;少なくとも1つの標的を先行請求項のいずれか1項に記載の抗原結合タンパク質と結合させることとを含み、それによって、前記抗原結合タンパク質を同定する、前記抗原結合タンパク質を同定する方法。
- 前記抗原結合タンパク質が、複数の別個の抗原結合タンパク質を含むファージディスプレイライブラリーに存在する、請求項137に記載の方法。
- 前記ファージディスプレイライブラリーが、前記HLA-ペプチド抗原のHLAに非特異的に結合する抗原結合タンパク質を実質的に含まない、請求項138に記載の方法。
- 前記結合させるステップが、2回以上、任意選択で少なくとも3回、実施される、請求項137~139のいずれか1項に記載の方法。
- 前記抗原結合タンパク質を、前記HLA-ペプチド抗原とは異なる1つまたは複数のペプチド-HLA複合体と接触させて、前記抗原結合タンパク質が前記HLA-ペプチド抗原に選択的に結合するか否かを判定することをさらに含み、任意選択で選択性が、可溶性標的HLA-ペプチド複合体に対する及び標的複合体とは異なる可溶性HLA-ペプチド複合体に対する前記抗原結合タンパク質の結合親和性を測定することによって判定され、任意選択で選択性が、1つまたは複数の細胞の表面に発現する標的HLA-ペプチド複合体に対する及び1つまたは複数の細胞の表面に発現する標的複合体とは異なるHLA-ペプチド複合体に対する前記抗原結合タンパク質の結合親和性を測定することによって判定される、請求項137~140のいずれか1項に記載の方法。
- 配列番号10,755~29,364に記載されている少なくとも1つのHLA-ペプチド抗原を取得することと;任意選択でアジュバントと組み合わせて、対象に前記HLA-ペプチド抗原を投与することと;前記対象から先行請求項のいずれか1項に記載の抗原結合タンパク質を単離することとを含む、前記抗原結合タンパク質を同定する方法。
- 前記抗原結合タンパク質を単離することが、前記抗原結合タンパク質を同定するために前記対象の血清をスクリーニングすることを含む、請求項142に記載の方法。
- 前記抗原結合タンパク質を、前記HLA-ペプチド抗原とは異なる1つまたは複数のペプチド-HLA複合体と接触させて、前記抗原結合タンパク質が前記HLA-ペプチド抗原に選択的に結合するか否かを判定することをさらに含み、任意選択で選択性が、前記HLA-ペプチド抗原に対する及び前記HLA-ペプチド抗原とは異なる可溶性HLA-ペプチド複合体に対する前記抗原結合タンパク質の結合親和性を測定することによって判定され、任意選択で選択性が、1つまたは複数の細胞の表面に発現する前記HLA-ペプチド抗原に対する及び1つまたは複数の細胞の表面に発現する前記HLA-ペプチド抗原とは異なるHLA-ペプチド複合体に対する前記抗原結合タンパク質の結合親和性を測定することによって判定される、請求項142に記載の方法。
- 前記対象がマウス、ウサギ、またはラマである、請求項142に記載の方法。
- 前記抗原結合タンパク質を単離することが、前記抗原結合タンパク質を発現する前記対象からB細胞を単離すること、及び任意選択で、単離された前記B細胞から前記抗原結合タンパク質をコードする配列を直接クローニングすることを含む、請求項142に記載の方法。
- 前記B細胞を使用してハイブリドーマを作製することをさらに含む、請求項146に記載の方法。
- 前記B細胞からCDRをクローニングすることをさらに含む、請求項146に記載の方法。
- 任意選択でEBV形質転換を介して、前記B細胞を不死化することをさらに含む、請求項146に記載の方法。
- 前記B細胞の前記抗原結合タンパク質を含むライブラリーを作製することをさらに含み、任意選択で、前記ライブラリーがファージディスプレイまたは酵母ディスプレイである、請求項146に記載の方法。
- 前記抗原結合タンパク質をヒト化することをさらに含む、請求項142に記載の方法。
- 先行請求項のいずれか1項に記載の抗原結合タンパク質を含む細胞を取得することと;前記細胞を、配列番号10,755~29,364に記載されている少なくとも1つのHLA-ペプチド抗原を含むHLA多量体と接触させることと;前記HLA多量体と前記抗原結合タンパク質との間の結合を介して前記抗原結合タンパク質を同定することとを含む、前記抗原結合タンパク質を同定する方法。
- 前記抗原結合タンパク質を含む前記細胞を、配列番号10,755~29,364に記載されている前記少なくとも1つのHLA-ペプチド抗原の対応する野生型配列を含むHLA多量体と接触させることと、前記対応する野生型配列を含む前記HLA多量体に前記抗原結合タンパク質が結合する場合、前記抗原結合タンパク質を除外することとをさらに含む、請求項152に記載の方法。
- 配列番号10,755~29,364に記載されている少なくとも1つのHLA-ペプチド抗原を提供することと;標的を使用して先行請求項のいずれか1項に記載の抗原結合タンパク質を同定することとを含む、前記抗原結合タンパク質を同定する方法。
- HLAクラスI分子と複合体を形成したHLA拘束ペプチドを含むHLA-ペプチド抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質(ABP)であって、前記HLA拘束ペプチドが、前記HLAクラスI分子のα1/α2のヘテロ二量体部分のペプチド結合溝に位置しており、前記HLAクラスI分子及び前記HLA拘束ペプチドがそれぞれ、配列番号10,755~29,364のいずれか1つに記載されているHLA-ペプチド抗原から選択され、前記ABPが、表1C.1、1C.2、1C.3、及び1Dに示される配列からなる群より選択されるアルファCDR3アミノ酸配列及び対応するベータCDR3アミノ酸配列を含む、前記抗原結合タンパク質(ABP)。
- アルファ可変(「V」)セグメント、アルファ連結(「J」)セグメント、ベータ可変(「V」)セグメント、ベータ連結(「J」)セグメント、任意選択でベータ多様性(「D」)セグメント、ならびに任意選択で、前記アルファCDR3アミノ酸配列及び対応するベータCDR3アミノ酸配列に対応する表1C.1、1C.2、1C.3、及び1Dに示される領域からなる群より選択されるベータ定常領域をさらに含む、請求項155に記載のABP。
- 前記アルファCDR3アミノ酸配列及び対応するベータCDR3アミノ酸配列に対応する表1A.1、1A.2、1A.3、及び1Bに示される配列から選択されるアミノ酸配列を含むアルファ可変領域及び対応するベータ可変領域を含む、請求項155または156のいずれか1項に記載のABP。
- HLAクラスI分子と複合体を形成したHLA拘束RASペプチドを含むHLA-ペプチド抗原に特異的に結合する抗原結合タンパク質(ABP)であって、前記HLA拘束ペプチドが、前記HLAクラスI分子のα1/α2ヘテロ二量体部分のペプチド結合溝に位置しており、前記HLA拘束RASペプチドが、HLA拘束RASペプチド配列を野生型RASペプチドの対応するペプチド配列とは異なる配列にする少なくとも1つの変更を含み、前記ABPが、表1C.1、1C.2、1C.3、及び1Dに示される配列からなる群より選択されるアルファCDR3アミノ酸配列及び対応するベータCDR3アミノ酸配列を含む、前記抗原結合タンパク質(ABP)。
- a.前記拘束ペプチドがRAS_G12A変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*02:01であるか;
b.前記拘束ペプチドがRAS_G12A変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*02:06であるか;
c.前記拘束ペプチドがRAS_G12A変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*27:05であるか;
d.前記拘束ペプチドがRAS_G12A変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*35:01であるか;
e.前記拘束ペプチドがRAS_G12A変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*41:02であるか;
f.前記拘束ペプチドがRAS_G12A変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*48:01であるか;
g.前記拘束ペプチドがRAS_G12A変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*08:03であるか;
h.前記拘束ペプチドがRAS_G12C変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*02:01であるか;
i.前記拘束ペプチドがRAS_G12C変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*02:01であるか;
j.前記拘束ペプチドがRAS_G12C変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*03:02であるか;
k.前記拘束ペプチドがRAS_G12C変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*68:01であるか;
l.前記拘束ペプチドがRAS_G12C変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*27:05であるか;
m.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*02:01であるか;
n.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*02:05であるか;
o.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*03:01であるか;
p.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*11:01であるか;
q.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*11:01であるか;
r.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*26:01であるか;
s.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*31:01であるか;
t.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*68:01であるか;
u.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*07:02であるか;
v.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*08:01であるか;
w.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*13:02であるか;
x.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*15:01であるか;
y.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*27:05であるか;
z.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*35:01であるか;
aa.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*37:01であるか;
bb.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*38:01であるか;
cc.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*40:01であるか;
dd.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*40:02であるか;
ee.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*44:02であるか;
ff.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*44:03であるか;
gg.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*48:01であるか;
hh.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*50:01であるか;
ii.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*57:01であるか;
jj.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*01:02であるか;
kk.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*02:02であるか;
ll.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*03:03であるか;
mm.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*03:04であるか;
nn.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*04:01であるか;
oo.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*05:01であるか;
pp.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*07:04であるか;
qq.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*08:02であるか;
rr.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*08:03であるか;
ss.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*16:01であるか;
tt.前記拘束ペプチドがRAS_G12D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*17:01であるか;
uu.前記拘束ペプチドがRAS_G12R変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*41:02であるか;
vv.前記拘束ペプチドがRAS_G12R変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*07:04であるか;
ww.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*02:01であるか;
xx.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*02:05であるか;
yy.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*02:06であるか;
zz.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*03:01であるか;
aaa.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*03:01であるか;
bbb.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*11:01であるか;
ccc.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*11:01であるか;
ddd.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*25:01であるか;
eee.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*26:01であるか;
fff.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*30:01であるか;
ggg.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*31:01であるか;
hhh.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*31:01であるか;
iii.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*32:01であるか;
jjj.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*68:02であるか;
kkk.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*07:02であるか;
lll.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*08:01であるか;
mmm.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*13:02であるか;
nnn.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*14:02であるか;
ooo.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*15:01であるか;
ppp.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*27:05であるか;
qqq.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*39:01であるか;
rrr.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*40:01であるか;
sss.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*40:02であるか;
ttt.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*41:02であるか;
uuu.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*44:05であるか;
vvv.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*50:01であるか;
www.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*51:01であるか;
xxx.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*01:02であるか;
yyy.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*01:02であるか;
zzz.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*03:03であるか;
aaaa.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*03:04であるか;
bbbb.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*08:02であるか;
cccc.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*14:02であるか;
dddd.前記拘束ペプチドがRAS_G12V変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*17:01であるか;
eeee.前記拘束ペプチドがKRAS_G13D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*02:01であるか;
ffff.前記拘束ペプチドがKRAS_G13D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*07:02であるか;
gggg.前記拘束ペプチドがKRAS_G13D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*08:01であるか;
hhhh.前記拘束ペプチドがKRAS_G13D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*35:01であるか;
iiii.前記拘束ペプチドがKRAS_G13D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*35:03であるか;
jjjj.前記拘束ペプチドがKRAS_G13D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*35:08であるか;
kkkk.前記拘束ペプチドがKRAS_G13D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*38:01であるか;
llll.前記拘束ペプチドがKRAS_G13D変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*04:01であるか;
mmmm.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*01:01であるか;
nnnn.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*02:01であるか;
oooo.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*23:01であるか;
pppp.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*29:01であるか;
qqqq.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*30:02であるか;
rrrr.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*33:01であるか;
ssss.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-A*68:01であるか;
tttt.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*07:02であるか;
uuuu.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*08:01であるか;
vvvv.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*18:01であるか;
wwww.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*35:01であるか;
xxxx.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*38:01であるか;
yyyy.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*40:01であるか;
zzzz.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-B*44:02であるか;
aaaaa.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*03:04であるか;
bbbbb.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*05:01であるか;または
ccccc.前記拘束ペプチドがKRAS_Q61H変異を含み、かつ前記HLAクラスI分子がHLA-C*08:02である、
請求項158に記載のABP。 - 前記HLA-ペプチド抗原が、HLA-A*02:01と拘束ペプチドKLVVVGACGVとを含むRAS_G12C MHCクラスI抗原である、請求項158または159に記載のABP。
- 表1C.2に示される配列からなる群より選択されるアルファCDR3アミノ酸配列及び対応するベータCDR3アミノ酸配列を含む、請求項160に記載のABP。
- アルファ可変(「V」)セグメント、アルファ連結(「J」)セグメント、ベータ可変(「V」)セグメント、ベータ連結(「J」)セグメント、任意選択でベータ多様性(「D」)セグメント、ならびに任意選択で、前記アルファCDR3アミノ酸配列及び対応するベータCDR3アミノ酸配列に対応する表1C.2に示される領域からなる群より選択されるベータ定常領域をさらに含む、請求項161に記載のABP。
- 前記アルファCDR3アミノ酸配列及び対応するベータCDR3アミノ酸配列に対応する表1A.2に示される配列から選択されるアミノ酸配列を含むアルファ可変領域及び対応するベータ可変領域を含む、請求項161または162に記載のABP。
- 前記HLA-ペプチド抗原が、HLA-A*11:01と拘束ペプチドVVGAVGVGKとを含むRAS_G12V MHCクラスI抗原である、請求項158または159に記載のABP。
- 表1C.3に示される配列からなる群より選択されるアルファCDR3アミノ酸配列及び対応するベータCDR3アミノ酸配列を含む、請求項164に記載のABP。
- アルファ可変(「V」)セグメント、アルファ連結(「J」)セグメント、ベータ可変(「V」)セグメント、ベータ連結(「J」)セグメント、任意選択でベータ多様性(「D」)セグメント、ならびに任意選択で、前記アルファCDR3アミノ酸配列及び対応するベータCDR3アミノ酸配列に対応する表1C.3に示される領域からなる群より選択されるベータ定常領域をさらに含む、請求項165に記載のABP。
- 前記アルファCDR3アミノ酸配列及び対応するベータCDR3アミノ酸配列に対応する表1A.3に示される配列から選択されるアミノ酸配列を含むアルファ可変領域及び対応するベータ可変領域を含む、請求項165または166に記載のABP。
Applications Claiming Priority (5)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US201962936303P | 2019-11-15 | 2019-11-15 | |
US62/936,303 | 2019-11-15 | ||
US202063030774P | 2020-05-27 | 2020-05-27 | |
US63/030,774 | 2020-05-27 | ||
PCT/US2020/060605 WO2021097365A2 (en) | 2019-11-15 | 2020-11-13 | Antigen-binding proteins targeting shared neoantigens |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2023502625A true JP2023502625A (ja) | 2023-01-25 |
JPWO2021097365A5 JPWO2021097365A5 (ja) | 2023-11-21 |
Family
ID=75912393
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2022527937A Pending JP2023502625A (ja) | 2019-11-15 | 2020-11-13 | 共有新抗原を標的にする抗原結合タンパク質 |
Country Status (9)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US20230041030A1 (ja) |
EP (1) | EP4058484A4 (ja) |
JP (1) | JP2023502625A (ja) |
KR (1) | KR20220098379A (ja) |
CN (1) | CN115175934A (ja) |
AU (1) | AU2020384374A1 (ja) |
CA (1) | CA3157411A1 (ja) |
IL (1) | IL292535A (ja) |
WO (1) | WO2021097365A2 (ja) |
Families Citing this family (13)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CR20200014A (es) | 2017-07-14 | 2020-06-11 | Immatics Biotechnologies Gmbh | Molécula de polipéptido con especificidad dual mejorada |
JP2022523052A (ja) * | 2019-01-25 | 2022-04-21 | ザ トラスティーズ オブ ザ ユニバーシティ オブ ペンシルバニア | 変異型rasを標的とするための組成物および方法 |
KR20210130189A (ko) | 2019-02-20 | 2021-10-29 | 프레드 헛친슨 켄서 리서치 센터 | Ras 신항원에 특이적인 결합 단백질 및 이의 용도 |
US20220372165A1 (en) | 2021-05-05 | 2022-11-24 | Immatics Biotechnologies Gmbh | Antigen binding proteins specifically binding prame |
WO2023288203A2 (en) * | 2021-07-12 | 2023-01-19 | Ludwig Institute For Cancer Research Ltd | T cell receptors specific for tumor-associated antigens and methods of use thereof |
EP4401766A2 (en) * | 2021-09-17 | 2024-07-24 | Gritstone bio, Inc. | Kras neoantigen therapies |
WO2023086435A1 (en) * | 2021-11-10 | 2023-05-19 | Memorial Sloan-Kettering Cancer Center | T cell receptors targeting q61-comprising ras mutations and uses thereof |
CN118574843A (zh) * | 2022-01-21 | 2024-08-30 | T-Knife 股份有限公司 | 以可检测的亲和力结合特异性肽的抗原识别构建体和对kras具有抗原特异性的t细胞受体以及相应的核酸序列、载体、宿主细胞、药物组合物和试剂盒 |
WO2023173024A2 (en) * | 2022-03-10 | 2023-09-14 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Treatment of coronary artery disease by reducing activity of cross-reactive t cells |
WO2024036166A1 (en) * | 2022-08-08 | 2024-02-15 | The University Of North Carolina At Chapel Hill | Bioorthogonal t cell receptor molecules and methods of making and using the same |
WO2024039576A2 (en) * | 2022-08-19 | 2024-02-22 | Memorial Sloan-Kettering Cancer Center | T cell receptors targeting ras mutations and uses thereof |
WO2024182219A1 (en) * | 2023-02-27 | 2024-09-06 | Adaptive Biotechnologies Corp. | Therapeutic t cell receptors targeting kras g12d |
CN116350758B (zh) * | 2023-03-16 | 2024-08-06 | 郑州大学 | 肿瘤共享新抗原表位肽或其编码核酸在制备药物中的应用 |
Family Cites Families (7)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2013040142A2 (en) * | 2011-09-16 | 2013-03-21 | Iogenetics, Llc | Bioinformatic processes for determination of peptide binding |
WO2013190090A1 (en) * | 2012-06-21 | 2013-12-27 | Philip Morris Products S.A. | Gene signatures for classifying and grading lung cancer |
CN107223134B (zh) * | 2014-11-26 | 2021-11-16 | 美国卫生和人力服务部 | 抗突变的kras的t细胞受体 |
WO2016154047A2 (en) * | 2015-03-20 | 2016-09-29 | Memorial Sloan-Kettering Cancer Center | Monoclonal antigen-binding proteins to intracellular oncogene products |
RU2733754C2 (ru) * | 2015-05-20 | 2020-10-06 | Те Брод Инститьют Инк. | Общие неоантигены |
WO2019036688A1 (en) * | 2017-08-18 | 2019-02-21 | Gritstone Oncology, Inc. | ANTIGEN BINDING PROTEINS TARGETING SHARED ANTIGENS |
EP3796927A4 (en) * | 2018-05-23 | 2022-04-20 | Gritstone bio, Inc. | SHARED ANTIGENS |
-
2020
- 2020-11-13 CA CA3157411A patent/CA3157411A1/en active Pending
- 2020-11-13 KR KR1020227019577A patent/KR20220098379A/ko unknown
- 2020-11-13 CN CN202080085181.6A patent/CN115175934A/zh active Pending
- 2020-11-13 EP EP20886309.2A patent/EP4058484A4/en active Pending
- 2020-11-13 JP JP2022527937A patent/JP2023502625A/ja active Pending
- 2020-11-13 WO PCT/US2020/060605 patent/WO2021097365A2/en unknown
- 2020-11-13 AU AU2020384374A patent/AU2020384374A1/en active Pending
- 2020-11-13 IL IL292535A patent/IL292535A/en unknown
-
2022
- 2022-05-13 US US17/744,354 patent/US20230041030A1/en active Pending
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
WO2021097365A3 (en) | 2021-07-08 |
US20230041030A1 (en) | 2023-02-09 |
CN115175934A (zh) | 2022-10-11 |
CA3157411A1 (en) | 2021-05-20 |
AU2020384374A1 (en) | 2022-06-09 |
EP4058484A2 (en) | 2022-09-21 |
EP4058484A4 (en) | 2024-04-03 |
KR20220098379A (ko) | 2022-07-12 |
WO2021097365A2 (en) | 2021-05-20 |
IL292535A (en) | 2022-06-01 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP2023502625A (ja) | 共有新抗原を標的にする抗原結合タンパク質 | |
TWI837109B (zh) | 靶向共有抗原之抗原結合蛋白 | |
JP7328211B2 (ja) | Tcr及びペプチド | |
JP2021500852A (ja) | 共有抗原を標的にする抗原結合タンパク質 | |
KR102276888B1 (ko) | 증강된 친화성 t 세포 수용체 및 이의 제조 방법 | |
JP7491532B2 (ja) | HvG疾患の処置における使用のためのCAR | |
US20230242654A1 (en) | Reagents for expanding cells expressing recombinant receptors | |
US20200010527A1 (en) | Antigen Discovery for T Cell Receptors Isolated from Patient Tumors Recognizing Wild-Type Antigens and Potent Peptide Mimotopes | |
JP2021533785A (ja) | 共有抗原を標的指向する抗原結合タンパク質 | |
US12066430B2 (en) | Trogocytosis mediated epitope discovery methods | |
CN113195527A (zh) | Tcr和肽 | |
WO2021092094A1 (en) | Antigen-binding proteins targeting shared neoantigens | |
EP3704229B1 (en) | Process for producing a t cell composition | |
Johnson et al. | CD4 inhibits helper T cell activation at lower affinity threshold for full-length T cell receptors than single chain signaling constructs | |
Zheng | An Engineered Viral Protein Exploits LCK Kinase to Rewire T Cell Signaling Pathways | |
WO2023240120A2 (en) | Novel treatments for cardiovascular related disease | |
TW202242097A (zh) | 經工程化之抗原呈現細胞 | |
EA043641B1 (ru) | Способ получения t-клеточной композиции |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
RD04 | Notification of resignation of power of attorney |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A7424 Effective date: 20230706 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20231110 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20231110 |