JP2022523052A - 変異型rasを標的とするための組成物および方法 - Google Patents
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Abstract
本発明は、変異RASに関連するがんを治療する組成物および方法に関する。特定の態様では、本発明は、特定のHLA型の状況において特定の変異RASペプチド断片に結合する抗原性RASペプチド断片およびT細胞受容体に関する。
Description
関連出願への相互参照
本出願は、2019年1月25日に出願された米国仮特許出願第62/796,733号について優先権を主張し、これは参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
本出願は、2019年1月25日に出願された米国仮特許出願第62/796,733号について優先権を主張し、これは参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
体細胞変異は、発がんの一般的なドライバーとして特定されている。Ras遺伝子の活性化点変異は、ヒトのがんで同定された最初の体細胞点変異であった。RAS変異は、ヒトのがんに見られる最も一般的な体細胞変異であり、肺がん、結腸直腸がん、および膵管腺がんを含む、非常に高頻度に見られる(prevalent)さまざまな悪性腫瘍の病因に関与している。変異型RASは、がん細胞によって独自に発現され、腫瘍の成長と生存に重要なドライバー変異と見なされているため、がん治療の魅力的な標的である。これらの変異は通常、RASタンパク質のコドン12の位置に関係しており、アミノ酸変化は高度に保存されており、ほとんどの場合、G12C、G12D、G12R、およびG12Vのアミノ酸置換に起因している。病理学的RAS変異は、細胞増殖を促進する細胞内GTPaseシグナル伝達の構成的活性化を引き起こす機能獲得型変異である。RAS変異は、特定の種類のがんで高頻度に見られる場合がある。たとえば、G12DおよびG12V変異は、膵臓がんの60%から70%、および結腸直腸がんの20%から30%に存在する。残念ながら、RAS腫瘍性タンパク質の効果的な薬理学的阻害剤はない。
したがって、当技術分野では、変異型RAS関連がんを治療するための組成物および方法に対するニーズがある。本発明は、これらおよび他のニーズに対処し、それらを満たす。
一つの態様では、本発明は、野生型RASのG12に対する相対位置に変異を含む変異型RASペプチドを含む免疫原性組成物を提供する。一つの実施形態では、ペプチドは、G12C、G12D、G12R、またはG12V変異を含む。一つの実施形態では、変異型RASペプチドは、9個または10個のアミノ酸残基を含む。
一つの実施形態では、変異型RASペプチドは、配列番号:1~6から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも80%相同であるアミノ酸配列を含む。一つの実施形態では、変異型RASペプチドは、配列番号:1~6から選択されるアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、本発明は、野生型RASのG12に対する相対位置に変異を含む変異型RASペプチドをコードする核酸配列を含む、単離された核酸分子を提供する。
一つの実施形態では、本発明は、野生型RASのG12に対する相対位置に変異を含む変異型RASペプチドを含む、または発現するように改変された細胞を提供する。一つの実施形態では、細胞は免疫細胞である。一つの実施形態では、免疫細胞は、抗原提示細胞、B細胞、樹状細胞、マクロファージ、ランゲルハンス細胞、T細胞、NK細胞、NK T細胞からなる群から選択される。
一つの態様では、本発明は、野生型RASのG12に対する相対位置に変異を含む変異型RASペプチド、または野生型RASのG12に対する相対位置に変異を含む変異型RASペプチドをコードする核酸分子を含む免疫学的組成物(immunological composition)を対象に投与することを含む、対象において免疫応答を誘導する方法を提供する。
一つの実施形態では、方法は、対象のHLA型を同定する工程、および野生型RASのG12に対する相対位置に変異を含む変異型RASペプチドを含む、またはコードする組成物を該対象に投与する工程を含み、ここで該変異型RASペプチドは該対象の同定されたHLA分子に結合する。一つの実施形態では、対象は、RAS関連がんを有する、または有するリスクがある。一つの実施形態では、がんは膵臓がん、膵管腺がん(PDA)、結腸がん、結腸直腸腺がん、骨髄腫、多発性骨髄腫、肺腺がん、黒色腫、子宮がん、甲状腺がん、急性骨髄性白血病(AML)、尿路上皮がん、胃腺がんおよび子宮頸部腺がん、頭頸部扁平上皮がん(SCC)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)、食道腺がん、慢性リンパ球性白血病(CLL)、肺扁平上皮がん(lung SCC)、小細胞肺がん(SCLC)、乳頭状腎細胞がん(renal papillary cancer)、肝細胞がん(HCC)、乳がん、子宮頸部扁平上皮がん(cervical SCC)、卵巣腺がん、副腎がん、前立腺がん、神経芽細胞腫、多形神経膠芽腫(GBM)、髄芽腫、腎細胞がん(RCC)、食道扁平上皮がん(esophageal SCC)、骨肉腫、肉腫、および小腸神経内分泌腫瘍(NET)からなる群から選択される。
一つの態様では、本発明は、対象において免疫応答を誘導する方法であって、細胞を野生型RASのG12に対する相対位置に変異を含む変異型RASペプチドを含む組成物と接触させ、それによって細胞を刺激する工程;および該刺激された細胞を該対象に投与する工程を提供する。一つの実施形態では、方法は、対象のナイーブT細胞を、変異型RASペプチドを提示する抗原提示細胞と接触させ、それによってT細胞を刺激することを含む。一つの実施形態では、細胞は対象に対して自家性である。一つの実施形態では、T細胞および抗原提示細胞は、対象に対して自家性である。
一つの態様では、本発明は、以下からなる群から選択されるHLA分子との関連で変異型RAS(mRAS)ペプチドに特異的に結合するT細胞受容体(TCR)を含む組成物を提供する: HLA-A*02:01、HLA-A*03:01、HLA-A*11:01、およびHLA-B*07:02。一つの実施形態では、上記RASペプチドは、野生型RASと比較してG12に対応する位置に変異を含む。一つの実施形態では、上記mRASペプチドの上記変異は、野生型RASと比較して、G12C、G12D、G12R、およびG12Vからなる群から選択される変異に対応する。
一つの実施形態では、TCRは、以下からなる群から選択される少なくとも一つのCDRを含む: TRAV39 CDR1、TRAV39 CDR2、TRAV39 CDR3、TRBV20-1 CDR1、TRBV20-1 CDR2、およびTRBV20-1 CDR3。一つの実施形態では、TCRは、TRAV39 CDR1、TRAV39 CDR2、TRAV39 CDR3、TRBV20-1 CDR1、TRBV20-1 CDR2、およびTRBV20-1 CDR3を含む。
一つの実施形態では、TCRは、以下からなる群から選択される少なくとも一つのCDRを含む: TRAV12-1 CDR1、TRAV12-1 CDR2、TRAV12-1 CDR3、TRBV28 CDR1、TRBV28 CDR2、およびTRBV28 CDR3。一つの実施形態では、TCRは、TRAV12-1 CDR1、TRAV12-1 CDR2、TRAV12-1 CDR3、TRBV28 CDR1、TRBV28 CDR2、およびTRBV28 CDR3を含む
一つの実施形態では、TCRは、以下からなる群から選択される少なくとも一つのCDRを含む: TRAV17 CDR1、TRAV17 CDR2、TRAV17 CDR3、TRBV10-3 CDR1、 TRBV10-3 CDR2、およびTRBV10-3 CDR3。一つの実施形態では、TCRは、TRAV17 CDR1、TRAV17 CDR2、TRAV17 CDR3、TRBV10-3 CDR1、 TRBV10-3 CDR2、およびTRBV10-3 CDR3を含む。
一つの実施形態では、TCRは、以下からなる群から選択される少なくとも一つのCDRを含む: TRAV17 CDR1、TRAV17 CDR2、TRAV17 CDR3、TRBV11-2 CDR1、TRBV11-2 CDR2、およびTRBV11-2 CDR3。一つの実施形態では、TCRは、TRAV17 CDR1、TRAV17 CDR2、TRAV17 CDR3、TRBV11-2 CDR1、TRBV11-2 CDR2、およびTRBV11-2 CDR3を含む。
一つの実施形態では、TCRは、以下からなる群から選択される少なくとも一つのCDRを含む: TRAV19 CDR1、TRAV19 CDR2、TRAV19 CDR3、TRBV9 CDR1、TRBV9 CDR2、およびTRBV9 CDR3。一つの実施形態では、TCRは、TRAV19 CDR1、TRAV19 CDR2、TRAV19 CDR3、TRBV9 CDR1、TRBV9 CDR2、およびTRBV9 CDR3を含む。
一つの実施形態では、TCRは、以下からなる群から選択される少なくとも一つのCDRを含む: TRAV4 CDR1、TRAV4 CDR2、TRAV4 CDR3、TRBV7-2 CDR1、TRBV7-2 CDR2、およびTRBV7-2 CDR3。一つの実施形態では、TCRは、TRAV4 CDR1、TRAV4 CDR2、TRAV4 CDR3、TRBV7-2 CDR1、TRBV7-2 CDR2、およびTRBV7-2 CDR3を含む。
一つの実施形態では、組成物は、TCRα鎖およびTCRβ鎖を含む融合ポリペプチドを含む。一つの実施形態では、融合ポリペプチドはリンカードメインを含む。一つの実施形態では、リンカードメインは、切断可能なリンカードメインである。
一つの態様では、本発明は、以下からなる群から選択されるHLA分子との関連で変異型RAS(mRAS)ペプチドにn特異的に結合するTCRをコードする単離された核酸分子を含む組成物を提供する: HLA-A*02:01、HLA-A*03:01、HLA-A*11:01、およびHLA-B*07:02。
一つの態様では、本発明は、以下からなる群から選択されるHLA分子との関連で変異型RAS(mRAS)ペプチドに特異的に結合するT細胞受容体(TCR)を発現するように改変された細胞を提供する: HLA-A*02:01、HLA-A*03:01、HLA-A*11:01、およびHLA-B*07:02。一つの実施形態では、mRASペプチドは、野生型RASと比較してG12に対応する位置に変異を含む。一つの実施形態では、mRASペプチドの変異は、野生型RASと比較して、G12C、G12D、G12R、およびG12Vからなる群から選択される変異に対応する。
一つの実施形態では、細胞は、TCRα鎖およびTCRβ鎖を含む融合ポリペプチドを発現するように改変されている。一つの実施形態では、細胞は、TCRα鎖およびTCRβ鎖のうちの少なくとも一つを含むポリペプチドをコードする単離された核酸分子の導入によって遺伝子改変されている。一つの実施形態では、細胞は免疫細胞である。一つの実施形態では、免疫細胞は、T細胞、NK細胞、およびNK T細胞からなる群から選択される。一つの実施形態では、細胞はRASに関連するがんを有する対象に対して自家性である。一つの実施形態では、細胞は、以下からなる群から選択されるHLA型を有する対象に対して自家性である: HLA-A*02:01、HLA-A*03:01、HLA-A*11:01、およびHLA-B*07:02。
一つの態様では、本発明は、対象に対して以下からなる群から選択されるHLA分子との関連で変異型RAS(mRAS)ペプチドに特異的に結合するT細胞受容体(TCR)を発現するように改変された細胞を投与することを含む、mRASに関連するがんを有する対象の治療方法を提供する: HLA-A*02:01、HLA-A*03:01、HLA-A*11:01、およびHLA-B*07:02。一つの実施形態では、対象は、膵臓がん、膵管腺がん(PDA)、結腸がん、結腸直腸腺がん、骨髄腫、多発性骨髄腫、肺腺がん、黒色腫、子宮がん、甲状腺がん、急性骨髄性白血病(AML)、尿路上皮がん、胃腺がんおよび子宮頸部腺がん、頭頸部扁平上皮がん(SCC)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)、食道腺がん、慢性リンパ球性白血病(CLL)、肺扁平上皮がん(lung SCC)、小細胞肺がん(SCLC)、乳頭状腎細胞がん(renal papillary cancer)、肝細胞がん(HCC)、乳がん、子宮頸部扁平上皮がん(cervical SCC)、卵巣腺がん、副腎がん、前立腺がん、神経芽細胞腫、多形神経膠芽腫(GBM)、髄芽腫、腎細胞がん(RCC)、食道扁平上皮がん(esophageal SCC)、骨肉腫、肉腫、および小腸神経内分泌腫瘍(NET)からなる群から選択されるがんを有する。
一つの実施形態では、方法は、対象のHLA型を同定する工程を含む。一つの実施形態では、方法は、対象の一つまたは複数の細胞を単離する工程、および該一つまたは複数の細胞がTCRを発現するように改変する工程を含む。一つの実施形態では、方法は、一つまたは複数の細胞をTCRα鎖およびTCRβ鎖の一つまたは複数をコードする単離された核酸分子と接触させることによって、該一つまたは複数の細胞をTCRを発現するように改変する工程を含む。
前述の発明の概要、ならびに本発明の例示的な実施形態の以下の発明の詳細な説明は、添付の図面と併せて読むと、よりよく理解されるであろう。しかしながら、本発明は、図面に示される実施形態の正確な配置および手段に限定されないことを理解されたい。
発明の詳細な説明
本発明は、変異RAS(mRAS)に関連するがんを治療するための組成物および方法に関する。RAS内の体細胞変異は、非自己抗原の一形態を提供し、RAS変異腫瘍を、養子T細胞療法を含むがこれに限定されない免疫ベースの治療アプローチの影響を受けやすくする。T細胞は、腫瘍細胞によってHLA分子上で発現および提示される可能性のある細胞内タンパク質内の微妙な変異を認識することができるユニークなT細胞受容体(TCR)を有する。
本発明は、変異RAS(mRAS)に関連するがんを治療するための組成物および方法に関する。RAS内の体細胞変異は、非自己抗原の一形態を提供し、RAS変異腫瘍を、養子T細胞療法を含むがこれに限定されない免疫ベースの治療アプローチの影響を受けやすくする。T細胞は、腫瘍細胞によってHLA分子上で発現および提示される可能性のある細胞内タンパク質内の微妙な変異を認識することができるユニークなT細胞受容体(TCR)を有する。
本発明は、KRAS、NRAS、およびHRASを含むがこれらに限定されない、発がん性タンパク質のRASファミリーの任意のメンバーに適用可能である。本明細書に記載されているRASホットスポット変異[hotspot mutation](たとえば、位置G12での変異)は、KRAS、NRAS、およびHRAS関連のがんの間で一般的である。さらに、本明細書に記載のRASペプチドのアミノ酸配列は、すべてのRASファミリーメンバー間で保存されている。したがって、本明細書に記載の変異RASペプチドおよびTCRは、変異RASファミリーメンバーに関連するがんを治療するために、変異RASファミリーメンバーに対する免疫応答を誘導するのに適用可能である。本明細書で使用される場合、「RAS」は、RASファミリーのタンパク質の任意のメンバーを含むことを意味する。
本発明は、部分的に、抗原性HLA制限変異RASペプチドの同定に基づいている。本明細書に記載のRASペプチドは、mRASに対する免疫応答を誘導するための免疫原性組成物として使用することができる。特定の実施形態では、本発明は、本明細書に記載の抗原性mRASペプチド、または本明細書に記載の抗原性mRASペプチドをコードする核酸分子を含むワクチン等の免疫原性組成物に関する。
本発明は、部分的に、HLA制限変異RAS抗原を特異的に認識するT細胞受容体(TCR)配列の同定に基づいている。本明細書に記載のTCR配列は、高頻度に見られる(prevalent)HLA型との関連で一般的な変異RAS抗原を認識する。特定の態様では、本発明は、単離されたTCRを含む組成物、または単離されたTCRをコードする核酸分子に関する。ここで、単離されたTCRは、RAS、mRAS、またはそれらの断片に特異的に結合する。一つの実施形態では、組成物は、RAS、mRAS、またはその断片に特異的に結合するTCRを発現するように遺伝子改変された細胞、たとえば、自家性または同種異系のT細胞を含む。
特定の態様では、本発明は、本明細書に記載の抗原性mRASペプチドまたはTCRを使用して、mRAS関連がんを治療または予防するための方法に関する。一つの実施形態では、方法は、本明細書に記載のmRASペプチドまたはmRASペプチドをコードする核酸分子を含む免疫原性組成物を対象に投与することを含む。一つの実施形態では、方法は、本明細書に記載の一つまたは複数のmRASペプチドまたは一つまたは複数のmRASペプチドをコードする一つまたは複数の核酸分子が負荷された樹状細胞等の抗原提示細胞(APC)を含む免疫原性組成物を対象に投与することを含む。特定の実施形態では、本発明は、TCR療法、たとえば、養子TCR療法を使用する方法に関する。一つの実施形態では、方法は、RAS、mRAS、またはその断片に特異的に結合するTCRを発現するように遺伝子改変された少なくとも一つのT細胞を、mRAS関連がんを有する対象に投与することを含む。
本発明の組成物および方法によって治療可能である例示的なmRAS関連がんは、膵管腺がん(PDA)、結腸がん、結腸直腸腺がん、骨髄腫、多発性骨髄腫、肺腺がん、黒色腫、子宮がん、甲状腺がん、急性骨髄性白血病(AML)、尿路上皮がん、胃腺がんおよび子宮頸部腺がん、頭頸部扁平上皮がん(SCC)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)、食道腺がん、慢性リンパ球性白血病(CLL)、肺扁平上皮がん(lung SCC)、小細胞肺がん(SCLC)、乳頭状腎細胞がん(renal papillary cancer)、肝細胞がん(HCC)、乳がん、子宮頸部扁平上皮がん(cervical SCC)、卵巣腺がん、副腎がん、前立腺がん、神経芽細胞腫、多形神経膠芽腫(GBM)、髄芽腫、腎細胞がん(RCC)、食道扁平上皮がん(esophageal SCC)、骨肉腫、肉腫、および小腸神経内分泌腫瘍(NET)を含むが、これらに限定されない。
定義
別段の定義がない限り、本明細書で使用されるすべての技術用語および科学用語は、本発明が属する技術分野の当業者によって一般に理解されるのと同じ意味を有する。本明細書に記載されているものと類似または同等の任意の方法および材料を本発明の実施または試験に使用することができるが、例示的な方法および材料が記載されている。
別段の定義がない限り、本明細書で使用されるすべての技術用語および科学用語は、本発明が属する技術分野の当業者によって一般に理解されるのと同じ意味を有する。本明細書に記載されているものと類似または同等の任意の方法および材料を本発明の実施または試験に使用することができるが、例示的な方法および材料が記載されている。
本明細書で使用する場合、以下の各用語には、このセクションの用語に関連する意味がある。
冠詞「a」および「an」は、本明細書では、冠詞の文法的目的語の一つまたは複数(すなわち、少なくとも一つ)を指すために使用される。例として、「要素」は、一つの要素または複数の要素を意味する。
本明細書で使用する用語「阻害する」および「阻害する」は、対照値と比較して少なくとも約10%、活性または機能を低減、抑制、減少、または遮断することを意味する。一部の実施形態では、活性は、対照値と比較して少なくとも約50%抑制または遮断される。一部の実施形態では、活性は、少なくとも約75%抑制または遮断される。一部の実施形態では、活性は、少なくとも約95%抑制または遮断される。
用語「有効量」および「薬学的に有効な量」は、所望の生物学的結果を提供するのに十分な量の薬剤を指す。その結果は、疾患または障害の徴候、症状、または病因の縮小および/または緩和、あるいは生物学的システムの他の所望の変化であってもよい。個々の場合における適切な有効量は、日常的な実験を使用して当業者によって決定することができる。
用語「患者」、「対象」、「個体」等は本明細書において互換的に使用され、補体系を有する任意の動物、一部の実施形態では哺乳動物、および一部の実施形態ではヒトを指し、状態またはその続発症の治療を必要とする、またはその影響を受けやすいヒトを含む。個体は、たとえば、イヌ、ネコ、ブタ、ウシ、ヒツジ、ヤギ、ウマ、ラット、サル、ならびにマウスおよびヒトを含んでもよい。
生物、組織、細胞またはそれらの成分との関連で使用される場合の用語「異常」は、少なくとも一つの観察可能または検出可能な特性(たとえば、年齢、治療、時刻等)において、「正常な」(予想される/恒常性の)それぞれの特徴を示すそれらの生物、組織、細胞またはそれらの成分と異なる、生物、組織、細胞またはそれらの成分を指す。ある細胞、組織型、または対象で正常または予想される特性は、別の細胞または組織型では異常である可能性がある。
本明細書で使用される「活性化」は、検出可能な細胞増殖を誘導するために十分に刺激されたT細胞の状態を指す。活性化はまた、誘導されたサイトカイン産生、および検出可能なエフェクター機能と関連している可能性がある。用語「活性化T細胞」は、とりわけ、細胞分裂を受けているT細胞を指す。
「疾患」は、対象が恒常性を維持することができず、疾患が改善されない場合、対象の健康が悪化し続ける対象の健康状態である。
対照的に、対象の「障害」は、対象が恒常性を維持することができるが、対象の健康状態が、障害がない場合よりもあまりよくない(less favorable)健康状態である。治療せずに放置しても、障害が必ずしも対象の健康状態をさらに低下させるわけではない。
疾患または障害の徴候または症状の重症度、そのような徴候または症状が患者によって経験される頻度、またはその両方が軽減される場合、疾患または障害は「軽減」される。
本明細書で使用される用語「がん」は、異常な細胞の急速で制御されていない増殖を特徴とする疾患として定義される。がん細胞は、局所的に、または血流およびリンパ系を介して体の他の部分に広がる可能性がある。様々ながんの例は、乳がん、前立腺がん、卵巣がん、子宮頸がん、皮膚がん、膵臓がん、結腸直腸がん、腎がん、肝臓がん、脳がん、リンパ腫、白血病、肺がん等を含むが、これらに限定されない。
本明細書で使用される用語「抗腫瘍効果」は、腫瘍体積の減少、腫瘍細胞の数の減少、転移の数の減少、寿命の増加、またはがん性状態(cancerous condition)に関連する様々な生理学的症状の改善を指す。「抗腫瘍効果」はまた、そもそも腫瘍の発生を予防する本発明のペプチド、ポリヌクレオチド、細胞および抗体の能力によって明らかにすることができる。
本明細書で使用される場合、用語「自家性」は、後でその個体に再導入される同じ個体に由来する任意の材料を指すことを意味する。
「同種異系」は、同じ種の異なる動物に由来する移植片を指す。
「異種」は、異なる種の動物に由来する移植片を指す。
化合物の「有効量」または「治療有効量」は、化合物が投与される対象に有益な効果を提供するのに十分な化合物の量である。
本明細書で使用される場合、「説明資料」は、本明細書に記載されている様々な疾患または障害の緩和をもたらすための、キット内の本発明の化合物、組成物、ベクター、または送達システムの有用性を伝達するために使用できる出版物、記録、図表、または任意の他の表現手段を含む。任意選択で、または代替的に、説明資料は、哺乳動物の細胞または組織における疾患または障害を軽減する一つまたは複数の方法を説明することができる。本発明のキットの説明資料は、たとえば、本発明の同定された化合物、組成物、ベクター、または送達システムを含む容器に貼付するか、または同定された化合物、組成物、ベクター、または送達システムを含む容器と一緒に出荷することができる。あるいは、説明資料と化合物が受領者によって協同的に使用されることを意図して、説明資料を容器とは別に出荷することができる。
本明細書で使用される「作動可能に連結された(Operably linked)」または「作動可能に連結された(operatively linked)」は、遺伝子の発現が、それが空間的に接続されているプロモーターの制御下にあることを意味しうる。プロモーターは、その制御下にある遺伝子の5’(上流)または3’(下流)に配置することができる。プロモーターと遺伝子との間の距離は、そのプロモーターと、プロモーターが由来する遺伝子においてそれが制御する遺伝子との間の距離とほぼ同じであり得る。当技術分野で知られているように、この距離の改変は、プロモーター機能を失うことなく適応させることができる。
「治療処置」は、疾患または障害の兆候を示す対象に、それらの兆候を軽減または除去する目的で施される処置である。
本明細書で使用される場合、「疾患または障害の治療」は、患者が経験する疾患または障害の徴候および/または症状の頻度および/または重症度を軽減することを意味する。
本明細書で使用される句「生体試料」、「試料」または「標本」は、核酸またはポリペプチドの発現を検出することができる細胞、組織、または体液を含む任意の試料を含むことを意図している。生体試料は、所望のバイオマーカーを検出するのに好適な任意の生体物質を含んでもよく、そして個体から得られた細胞性および/または非細胞性材料を含んでもよい。そのような生体試料の例は、血液、リンパ液、骨髄、生検および塗抹標本を含むが、これらに限定されない。本質的に液体である試料は、本明細書では「体液」と呼ばれる。生体試料は、たとえば、ある領域をこするか拭き取るか、または針を使用して体液を得る等、様々な技術によって患者から得ることができる。様々な身体試料を収集するための方法は、当技術分野で周知である。
「CDR」は、TCRまたはTCR鎖のアミノ酸配列の相補性決定領域として定義される。
本明細書で使用される場合、「イムノアッセイ」は、標的分子に特異的に結合して標的分子を検出および定量することができる抗体を使用する任意の結合アッセイを指す。
ポリペプチド(たとえば、TCRまたはTCR鎖)に関して本明細書で使用される用語「特異的に結合する」は、特定の標的分子を認識して結合するが、試料中の他の分子を実質的に認識または結合しないポリペプチドを意味する。場合によっては、用語「特異的結合(specific binding)」または「特異的結合(specifically binding)」は、認識および結合が、標的分子上の特定の構造(たとえば、抗原決定基またはエピトープ)の存在に依存することを意味するために使用される。
遺伝子の「コード領域」は、遺伝子のコード鎖のヌクレオチド残基、およびそれぞれ、遺伝子の転写によって生成されるmRNA分子のコード領域と相同または相補的である遺伝子の非コード鎖のヌクレオチドからなる。
mRNA分子の「コード領域」はまた、mRNA分子の翻訳中に転移RNA分子のアンチコドン領域と一致するか、または終止コドンをコードする、mRNA分子のヌクレオチド残基からなる。したがって、コード領域は、mRNA分子によってコードされる成熟タンパク質に存在しないアミノ酸残基のコドンを含むヌクレオチド残基(たとえば、タンパク質移行シグナル配列中のアミノ酸残基)を含んでもよい。
「差次的に減少した発現」または「下方制御」は、少なくとも10%以上、たとえば、20%、30%、40%、または50%、60%、70%、80%、90%以下、および/または2.0倍、1.8倍、1.6倍、1.4倍、1.2倍、1.1倍以下、および対照よりもそれらの間のありとあらゆる全体または部分的な増分であるバイオマーカー産物レベルを指す。
「差次的に増加した発現」または「上方制御」は、少なくとも10%以上、たとえば、20%、30%、40%、または50%、60%、70%、80%、90%以上、および/または1.1倍、1.2倍、1.4倍、1.6倍、1.8倍、2.0倍以上、および対照よりもそれらの間のありとあらゆる全体または部分的な増分であるバイオマーカー産物レベルを指す。
本明細書で核酸に言及するために使用される「相補的」は、二つの核酸鎖の領域間または同じ核酸鎖の二つの領域間の配列相補性の広い概念を指す。第一の核酸領域のアデニン残基は、残基がチミンまたはウラシルである場合、第一の領域と逆平行である第二の核酸領域の残基と特定の水素結合(「塩基対形成」)を形成することができることが知られている。同様に、第一の核酸鎖のシトシン残基は、残基がグアニンである場合、第一の鎖と逆平行である第二の核酸鎖の残基と塩基対形成することができることが知られている。核酸の第一の領域は、同じまたは異なる核酸の第二の領域に対して相補的であり、二つの領域が逆平行に配置されている場合、第一の領域の少なくとも1つのヌクレオチド残基が、第二の領域の残基と塩基対形成することができる。一部の実施形態では、第一の領域は第一の部分を含み、第二の領域は第二の部分を含み、それにより、第一および第二の部分が逆平行に配置される場合、第一の部分のヌクレオチド残基の少なくとも約50%、および/または少なくとも約75%、または少なくとも約90%、または少なくとも約95%は、第二の部分のヌクレオチド残基と塩基対形成することができる。一部の実施形態において、第一の部分のすべてのヌクレオチド残基は、第二の部分のヌクレオチド残基と塩基対形成することができる。
本明細書で使用される用語「DNA」は、デオキシリボ核酸として定義される。
「コードする」は、遺伝子、cDNA、またはmRNA等のポリヌクレオチド中の特定のヌクレオチド配列の固有の特性を指し、定義されたヌクレオチド配列(すなわち、rRNA、tRNA、およびmRNA)または定義されたアミノ酸配列のいずれかを有する生体内作用(biological process)における他のポリマーおよび高分子の合成のためのテンプレートとして機能する、遺伝子内の特定のヌクレオチド配列の固有の特性、およびそれに起因する生物学的特性を指す。したがって、その遺伝子に対応するmRNAの転写および翻訳が細胞または他の生物システム(biological system)においてタンパク質を産生する場合、その遺伝子はタンパク質をコードする。ヌクレオチド配列がmRNA配列と同一であり、通常は配列表に記載されているコード鎖と、遺伝子またはcDNAの転写のテンプレートとして使用される非コード鎖の両方を、その遺伝子またはcDNAのタンパク質または他の産物をコードしていると呼ぶことができる。
特に明記しない限り、「アミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列」は、互いに縮重したバージョンであり、同じアミノ酸配列をコードするすべてのヌクレオチド配列を含む。語句タンパク質をコードするヌクレオチド配列またはRNAはまた、タンパク質をコードするヌクレオチド配列がいくつかのバージョンでイントロンを含み得る程度までイントロンを含んでもよい。
本明細書で使用される用語「ハイブリドーマ」は、Bリンパ球と骨髄腫細胞等の融合パートナーとの融合から生じる細胞を指す。ハイブリドーマは、細胞培養で無制限にクローン化および維持することができ、モノクローナル抗体を産生することができる。ハイブリドーマは、ハイブリッド細胞と見なすこともできる。
「単離された」とは、自然の状態から変化または除去されたことを意味する。たとえば、生きている対象においてその通常の状況で天然に存在する核酸またはペプチドは「単離」されていないが、その天然の状況の共存物質から部分的または完全に分離された同じ核酸またはペプチドは「単離」されている。単離された核酸またはタンパク質は、実質的に精製された形態で存在することができ、または、たとえば、宿主細胞等の非天然環境に存在することができる。
「単離された核酸」は、天然に存在する状態でそれに隣接する配列から分離された核酸セグメントまたは断片、すなわち、通常は断片に隣接する配列から除去されたDNA断片、すなわち、それが天然に存在するゲノム内の断片に隣接する配列を指す。この用語はまた、核酸に天然に付随する他の成分、すなわち、細胞内でそれに天然に付随するRNAまたはDNAまたはタンパク質から実質的に精製された核酸にも適用される。したがって、この用語は、たとえば、ベクター、自律的に複製するプラスミドまたはウイルス、または原核生物または真核生物のゲノムDNAに組み込まれるか、または他の配列から独立した別個の分子として(すなわち、cDNAとして、またはPCRまたは制限酵素消化によって生成されたゲノムまたはcDNAとして)存在する組換えDNAを含む。また、追加のポリペプチド配列をコードするハイブリッド遺伝子の一部である組換えDNAも含む。
本発明の文脈において、一般的に存在する核酸塩基についての以下の略語が使用される。 「A」はアデノシン、「C」はシトシン、「G」はグアノシン、「T」はチミジン、「U」はウリジンを指す。
本明細書で使用される用語「ポリヌクレオチド」は、ヌクレオチドの鎖として定義される。 さらに、核酸はヌクレオチドのポリマーである。したがって、本明細書で使用される核酸およびポリヌクレオチドは互換性を有する。当業者は、核酸がポリヌクレオチドであり、これを加水分解して単量体の「ヌクレオチド」にすることができるという一般的な知識を有する。単量体ヌクレオチドは、ヌクレオシドに加水分解することができる。本明細書で使用されるポリヌクレオチドは、組換え手段、すなわち組換えライブラリーまたは細胞ゲノムからの通常のクローニング技術およびPCR等を使用した核酸配列のクローニングを含むがこれに限定されない、当技術分野で利用可能な任意の手段によって、および合成手段によって得られるすべての核酸配列を含むが、これらに限定されない。
本明細書で使用される「レンチウイルス」は、レトロウイルス科の属を指す。レンチウイルスは、非分裂細胞に感染できるという点でレトロウイルスの中でも独特である。それらは、宿主細胞のDNAに大量の遺伝情報を送達できるため、遺伝子送達ベクターの最も効率的な方法の一つである: HIV、SIV、およびFIVはすべてレンチウイルスの例である。レンチウイルスに由来するベクターは、in vivoで有意なレベルの遺伝子導入を達成する手段を提供する。
本明細書で使用される場合、用語「ペプチド」、「ポリペプチド」、および「タンパク質」は互換的に使用され、ペプチド結合によって共有結合されたアミノ酸残基から構成される化合物を指す。タンパク質またはペプチドには少なくとも二つのアミノ酸が含まれている必要があり、タンパク質またはペプチドの配列を構成できるアミノ酸の最大数に制限はない。ポリペプチドは、ペプチド結合によって互いに結合された二つ以上のアミノ酸を含む任意のペプチドまたはタンパク質を含む。本明細書で使用される場合、この用語は、たとえば、当技術分野で一般にペプチド、オリゴペプチドおよびオリゴマーとも呼ばれる短鎖と、当技術分野で一般にタンパク質と呼ばれるより長い鎖の両方を指し、多くの種類がある。「ポリペプチド」は、たとえば、生物活性断片、実質的に相同なポリペプチド、オリゴペプチド、ホモ二量体、ヘテロ二量体、ポリペプチドのバリアント、修飾ポリペプチド、誘導体、アナログ、融合タンパク質を特に含む。ポリペプチドは、天然ペプチド、組換えペプチド、合成ペプチド、またはそれらの組み合わせを含む。
本明細書で使用される用語「RNA」は、リボ核酸として定義される。
本明細書で使用される用語「組換えDNA」は、異なる供給源由来のDNAの断片を連結することによって生成されるDNAとして定義される。
本明細書で使用される用語「組換えポリペプチド」は、組換えDNA法を使用して生成されるポリペプチドとして定義される。
本明細書で使用される場合、「結合している」は、ある分子が第二の分子に共有結合していることを指す。
「相同」とは、二つのポリペプチド間または二つの核酸分子間の配列類似性または配列同一性を指す。二つの比較された配列の両方の位置が同じ塩基またはアミノ酸モノマーサブユニットによって占められている場合、たとえば、二つのDNA分子のそれぞれの位置がアデニンによって占められている場合、分子はその位置で相同である。二つの配列間の相同性の割合は、二つの配列が共有する一致または相同位置の数をX 100と比較した位置の数で割った関数である。たとえば、二つの配列の10個の位置のうち6個が一致または相同である場合、二つの配列は60%相同である。例として、DNA配列ATTGCCとTATGGCは50%の相同性を有する。一般に、比較は、最大の相同性を与えるために二つの配列をアラインメントしているときに行う。
本明細書で使用される用語としての「バリアント」は、それぞれ参照核酸配列またはペプチド配列とは配列が異なるが、参照分子の本質的な生物学的特性を保持している核酸配列またはペプチド配列である。核酸バリアントの配列の変化は、参照核酸によってコードされるペプチドのアミノ酸配列を変化させないかもしれない、またはアミノ酸の置換、付加、欠失、融合および短縮をもたらすかもしれない。ペプチドバリアントの配列の変化は、通常、限定的または保存的であるため、参照ペプチドとバリアントの配列は全体的に非常に類似しており、多くの領域で同一である。バリアントおよび参照ペプチドは、任意の組み合わせでの一つまたは複数の置換、付加、欠失によってアミノ酸配列が異なる可能性がある。核酸またはペプチドのバリアントは、アレル多型等の天然に存在するバリアントであってもよく、または天然に存在することが知られていないバリアントであってもよい。天然に存在しない核酸およびペプチドのバリアントは、変異誘発技術または直接合成によって作製することができる。様々な実施形態において、バリアント配列は、参照配列と少なくとも99%、少なくとも98%、少なくとも97%、少なくとも96%、少なくとも95%、少なくとも94%、少なくとも93%、少なくとも92%、少なくとも91%、少なくとも90%、少なくとも89%、少なくとも88%、少なくとも87%、少なくとも86%、少なくとも85%同一である。
本明細書で使用される用語「調節する」は、基質のレベルまたは活性を変更する任意の方法を意味しうる。タンパク質に関する調節の非限定的な例は、発現(転写および/または翻訳を含む)への影響、フォールディングへの影響、分解またはタンパク質代謝回転への影響、およびタンパク質の局在化への影響を含む。酵素に関する調節の非限定的な例は、酵素活性に影響を与えることをさらに含む。「調節因子」は、その活性が基質のレベルまたは活性に影響を与えることを含む分子を指す。調節因子は直接的または間接的である。調節因子は、その基質を活性化または阻害するか、さもなければ調節するように機能しうる。
本明細書で使用される「スキャニングウィンドウ」は、配列が任意の隣接配列とは独立して評価されうるいくつかの隣接する位置のセグメントを指す。スキャニングウィンドウは通常、評価される配列の長さに沿って段階的に移動され、新しい各セグメントが個別に評価される。インクリメンタルシフトは、一つまたは複数の位置にしてもよい。
本明細書で使用される「ベクター」は、複製起点を含む核酸配列を意味してもよい。ベクターは、プラスミド、バクテリオファージ、細菌人工染色体、または酵母人工染色体であってもよい。ベクターは、DNAまたはRNAベクターであってもよい。ベクターは、自己複製染色体外ベクターまたは宿主ゲノムに組み込まれるベクターのいずれかであってもよい。
本明細書で使用される場合、「実質的に精製された」細胞は、他の細胞型を本質的に含まない細胞である。実質的に精製された細胞はまた、それが天然に存在する状態で通常関連している他の細胞型から分離された細胞を指す。場合によっては、実質的に精製された細胞の集団は、細胞の均質な集団を指す。他の例では、この用語は、それらが天然の状態で天然に関連している細胞から分離された細胞を単に指す。一部の実施形態では、細胞は、in vitroで培養される。他の実施形態では、細胞はin vitroで培養されない。
範囲:本開示全体を通して、本発明の様々な態様を範囲形式で提示することができる。範囲形式での説明は、単に便宜上および簡潔にするためのものであり、本発明の範囲に対する柔軟性のない制限として解釈されるべきではないことを理解されたい。したがって、範囲の説明は、その範囲内の個々の数値だけでなく、すべての可能な部分範囲を具体的に開示していると見なす必要がある。たとえば、1~6等の範囲の説明は、1~3、1~4、1~5、2~4、2~6、3~6等のサブ範囲、ならびにその範囲内の個々の数値、たとえば1、2、2.7、3、4、5、5.3、および6を具体的に開示していると見なす必要がある。これは、範囲の幅に関係なく適用される。
説明
本発明は、mRAS関連がんを治療するための組成物および方法に関する。様々な実施形態では、本明細書に記載の組成物および方法は、がん細胞を殺し、腫瘍サイズを減少させ、腫瘍増殖を阻害し、腫瘍転移を阻害し、腫瘍の進行または重症度を遅くする等に使用することができる。
本発明は、mRAS関連がんを治療するための組成物および方法に関する。様々な実施形態では、本明細書に記載の組成物および方法は、がん細胞を殺し、腫瘍サイズを減少させ、腫瘍増殖を阻害し、腫瘍転移を阻害し、腫瘍の進行または重症度を遅くする等に使用することができる。
一つの態様では、本発明は、抗原性mRASペプチドを含む免疫原性組成物に関する。ここで、mRASペプチドは、抗mRAS免疫応答を刺激または誘導する。特定の実施形態では、mRASペプチドは、mRASの断片を含む。特定の実施形態では、mRASペプチドは、約5~15アミノ酸のアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、mRASペプチドは、野生型RASのG12に対する相対位置に変異を含むアミノ酸配列を含む。たとえば、一つの実施形態では、mRASペプチドは、約5~15アミノ酸のアミノ酸配列を含み、野生型RASと比較して、G12C、G12D、G12R、またはG12V変異を含む。
一つの態様では、本発明は、本明細書に記載のmRASペプチドをコードする単離された核酸分子を提供する。一つの態様では、本発明は、本明細書に記載のmRASペプチド、またはmRASペプチドをコードする核酸分子を含む細胞、たとえば抗原提示細胞を提供する。
一つの態様では、本発明は、RAS、mRAS、またはそれらの断片に対して、単独でまたは一緒に、特異的に結合する、一つまたは複数のTCR鎖(たとえば、TCRα鎖、TCRβ鎖、TCRδ鎖、およびTCRγ鎖)を含むポリペプチドを含む組成物に関する。一つの実施形態では、組成物はTCRα鎖およびTCRβ鎖を含むTCRを含み、ここでTCRはRAS、mRAS、またはそれらの断片に対して特異的に結合する。以下、「TCR」への言及は、ヘテロダイマーT細胞受容体、個々のT細胞受容体鎖(たとえば、TCRα鎖、TCRβ鎖、TCRδ鎖、およびTCRγ鎖)、ならびにそれらの機能的部分およびバリアントを指す。
一つの実施形態では、TCRは、野生型RASのG12に対する相対位置に変異を含むmRASに特異的に結合する。たとえば、特定の実施形態では、野生型RASと比較して、G12C、G12D、G12R、またはG12V変異を含むmRASに特異的に結合する。特定の実施形態では、TCRは、mRASの断片に特異的に結合し、ここで、断片は、G12に対応する位置に突然変異を含む。特定の実施形態では、TCRは、特定のHLA型の状況において、mRAS断片に特異的に結合する。一つの実施形態では、組成物は、TCRα鎖およびTCRβ鎖を含む融合ポリペプチドを含み、ここで、TCRα鎖およびTCRβ鎖は一緒になってヘテロ二量体TCRを形成する。一つの実施形態では、融合ポリペプチドは、TCRα鎖とTCRβ鎖との間に切断可能なリンカーを含む。
一つの態様では、本発明は、本明細書に記載のTCRをコードする単離された核酸分子を提供する。一つの態様では、本発明は、本明細書に記載のTCRを発現するように改変されたT細胞等の細胞を提供する。
一つの実施形態では、本発明は、mRAS関連がんを有する、有する疑いがある、または有するリスクがある対象において、mRAS関連がんを治療または予防するための方法を提供する。本発明の組成物および方法によって治療可能または予防可能である例示的なmRAS関連がんは、膵臓がん、膵管腺がん(PDA)、結腸がん、結腸直腸腺がん、骨髄腫、多発性骨髄腫、肺腺がん、黒色腫、子宮がん、甲状腺がん、急性骨髄性白血病(AML)、尿路上皮がん、胃腺がんおよび子宮頸部腺がん、頭頸部扁平上皮がん(SCC)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)、食道腺がん、慢性リンパ球性白血病(CLL)、肺扁平上皮がん(lung SCC)、小細胞肺がん(SCLC)、乳頭状腎細胞がん(renal papillary cancer)、肝細胞がん(HCC)、乳がん、子宮頸部扁平上皮がん(cervical SCC)、卵巣腺がん、副腎がん、前立腺がん、神経芽細胞腫、多形神経膠芽腫(GBM)、髄芽腫、腎細胞がん(RCC)、食道扁平上皮がん(esophageal SCC)、骨肉腫、肉腫、および小腸神経内分泌腫瘍(NET)を含むが、これらに限定されない。
一つの実施形態では、この方法は、mRASペプチド、mRASペプチドをコードする核酸分子、またはmRASペプチドまたはmRASペプチドをコードする核酸分子を含む少なくとも一つの細胞を含む免疫原性組成物を対象に投与することを含む。一つの実施形態では、この方法は、一つまたは複数のmRASペプチドまたは一つまたは複数のmRASペプチドをコードする一つまたは複数の核酸分子が負荷された樹状細胞等の抗原提示細胞を投与することを含む。一部の実施形態では、抗原提示細胞は、自己細胞であるか、または自己細胞に由来する。たとえば、一つの実施形態では、方法は、自己細胞を対象から単離すること;ex vivoで自己細胞を培養すること;単離した自己細胞に一つまたは複数のmRASペプチド、または一つまたは複数のmRASペプチドをコードする核酸分子を負荷し、それによって本明細書に記載のmRASペプチドを提示する抗原提示細胞を生成すること;および抗原提示細胞を対象に投与することを含む。特定の実施形態では、本方法で使用される特定のタイプのmRASペプチドは、対象または細胞の特定のHLA型に依存する。
一つの実施形態では、方法は、TCR、TCRをコードする核酸分子、またはTCRを発現する少なくとも一つの細胞を含む組成物を対象に投与することを含み、ここで、TCRは、RAS、mRAS、またはそれらの断片に特異的に結合する。一つの実施形態では、方法は養子TCR両方を含み、ここで自己T細胞は本明細書に記載のTCRを発現するように遺伝子改変されており、mRASまたはその断片を提示するがん細胞に対する免疫応答を誘導するために対象に投与される。たとえば、一つの実施形態では、方法は、自己細胞を対象から単離すること;ex vivoで自己細胞を培養すること;本明細書に記載のTCRを発現するように、単離された自己細胞を遺伝子改変すること;および遺伝子改変された細胞を対象に投与することを含む。特定の実施形態では、本方法で使用される特定のタイプのTCRは、対象または細胞の特定のHLA型に依存する。
mRASペプチドおよびワクチン
一部の実施形態では、本発明は、抗原性mRASペプチドを含む組成物を提供する。一つの実施形態では、mRASペプチドは、対象において抗mRAS免疫応答を刺激または誘導する。
一部の実施形態では、本発明は、抗原性mRASペプチドを含む組成物を提供する。一つの実施形態では、mRASペプチドは、対象において抗mRAS免疫応答を刺激または誘導する。
一つの実施形態では、mRASペプチドは、野生型RASのG12に対する相対位置に変異を含む。一つの実施形態では、野生型RASに対してG12C、G12D、G12R、またはG12V変異を含む。
一つの実施形態では、mRASペプチドは、約8~約24アミノ酸残基の、または約9~約11アミノ酸残基の長さを有する。本発明の一つの実施形態では、mRASペプチドは、野生型RASのG12に対する相対位置に変異を含み、ここでmRASペプチドは約8アミノ酸残基、約9アミノ酸残基、約10アミノ酸残基、約11アミノ酸残基、約12アミノ酸残基、約13アミノ酸残基、約14アミノ酸残基、約15アミノ酸残基、約16アミノ酸残基、約17アミノ酸残基、約18アミノ酸残基、約19アミノ酸残基、約20アミノ酸残基、約21アミノ酸残基、約22アミノ酸残基、約23アミノ酸残基、または約24アミノ酸残基の長さを有する。
本発明の例示的な抗原性mRASペプチドは、表1に提供される。
一つの実施形態では、本発明は、対象においてmRASに対する免疫応答を誘導するための免疫原性組成物を提供する。たとえば、一つの実施形態では、免疫原性組成物はワクチンである。組成物がワクチンとして有用であるためには、組成物は、細胞、組織、または哺乳動物(たとえば、ヒト)においてmRASに対する免疫応答を誘導しなければならない。特定の例では、ワクチンは哺乳動物において防御免疫応答を誘導する。本明細書で使用される場合、「免疫原性組成物」は、抗原(たとえば、mRASペプチド)、抗原をコードする核酸、抗原または細胞成分を発現または提示する細胞、またはそれらの組み合わせを含んでもよい。特定の実施形態では、組成物は、本明細書に記載の任意のペプチド抗原の全部または一部、またはその免疫原的に機能的な同等物を含むか、またはコードする。他の実施形態では、組成物は、追加の免疫刺激剤またはそのような薬剤をコードする核酸を含む混合物である。免疫刺激剤は、追加の抗原、免疫調節剤、抗原提示細胞、脂質ナノ粒子、またはアジュバントを含むが、これらに限定されない。他の実施形態では、一つまたは複数の追加の薬剤は、任意の組み合わせで、抗原または免疫刺激剤に共有結合している。
本発明の文脈において、用語「ワクチン」は、動物への接種時に免疫応答を誘導する組成物を指す。一部の実施形態では、誘導された免疫応答は、防御免疫を提供する。
本発明のワクチンは、その核酸および/または細胞成分で組成が異なってもよい。非限定的な例では、mRASペプチド抗原を含むかまたはコードするワクチンもまた、アジュバントと共に製剤化することができる。もちろん、本明細書に記載の様々な組成物は、追加の成分をさらに含んでもよいことが理解されるであろう。たとえば、一つ以上のワクチン成分は、脂質、リポソーム、または脂質ナノ粒子に含まれてもよい。別の非限定的な例では、ワクチンは、1つ以上のアジュバントを含んでもよい。例示的なアジュバントは、アルファインターフェロン、ガンマインターフェロン、血小板由来成長因子(PDGF)、TNFα、TNFβ、GM-CSF、上皮成長因子(EGF)、皮膚T細胞誘引ケモカイン(cutaneous T cell-attracting chemokine; CTACK)、上皮胸腺発現ケモカイン(epithelial thymus-expressed chemokine; TECK)、粘膜関連上皮ケモカイン(mucosae-associated epithelial chemokine; MEC)、IL-12、IL-15、MHC、CD80、CD86を含むが、これらに限定されない。有用なアジュバントである可能性がある他の遺伝子は、以下をコードする遺伝子を含む: MCP-I、MIP-Ia、MIP-Ip、IL-8、RANTES、L-セレクチン、P-セレクチン、E-セレクチン、CD34、GlyCAM-1、MadCAM-1、LFA-I、VLA-I、Mac-1、pl50.95、PECAM、ICAM-I、ICAM-2、ICAM-3、CD2、LFA-3、M-CSF、G-CSF、IL-4、変異型のIL-18、CD40、CD40L、血管成長因子、線維芽細胞成長因子、IL-7、神経成長因子、血管内皮増殖因子、Fas、TNF受容体、Fit、Apo-1、p55、WSL-I、DR3、TRAMP、Apo-3、AIR、LARD、NGRF、DR4、DR5、KILLER、TRAIL-R2、TRICK2、DR6、カスパーゼICE、Fos、c-jun、Sp-I、Ap-I、Ap-2、p38、p65Rel、MyD88、IRAK、TRAF6、IkB、不活性NIK、SAP K、SAP-I、JNK、インターフェロン応答遺伝子、NFkB、Bax、TRAIL、TRAILrec、TRAILrecDRC5、TRAIL-R3、TRAIL-R4、RANK、RANK LIGAND、Ox40、Ox40 LIGAND, NKG2D、MICA、MICB、NKG2A、NKG2B、NKG2C、NKG2E、NKG2F、TAP 1、TAP2、抗-CTLA4-sc、抗-LAG3-Ig、抗-TIM3-Ig、およびそれらの機能的断片。
本発明のワクチンおよびその様々な成分は、本明細書に開示される任意の方法によって、または本開示に照らして当業者に知られているように、調製および/または投与することができる。
mRASペプチド抗原による免疫の誘導は、mRASに対する宿主の免疫系の全部または一部の応答をin vivoまたはin vitroで観察することによって検出することができる。
本発明は、抗原(たとえば、mRASペプチド抗原)に曝露されたか、さもなければ「パルス」された細胞を含む。たとえば、樹状細胞(DC)等の抗原提示細胞(APC)は、in vitroで、たとえば、抗原の存在下でex vivoで培養することによって、または抗原への曝露によってin vivoで、Ag負荷になりうる。
当業者はまた、APCの表面上でのその抗原の提示を促進するのに十分な時間、APCを抗原に曝露する方法で、APCを「パルス」することができることを容易に理解するであろう。たとえば、APCは、抗原ペプチドと呼ばれる小さなペプチド断片の形で抗原に曝露することができる。これは、APCの外側に直接「パルス」される。または、APCを抗原ペプチドとインキュベートして、APCを摂取することができる。次に、APCはAPC表面に抗原ペプチドを提示する。ペプチド形態の抗原は、本明細書に記載され、当技術分野で知られている標準的な「パルス」技術によって細胞に曝露することができる。
本発明の「パルスAPC」としても知られる抗原負荷APCは、in vitroまたはin vivoのいずれかでAPCを抗原に曝露することによって生成される。APCがin vitroでパルスされる場合、APCを培養皿にプレーティングし、抗原がAPCに結合することを可能にするのに十分な量および十分な時間、抗原に曝露することができる。APCへの抗原の結合を達成するために必要な量および時間は、当技術分野で知られている方法または本明細書に開示されている方法を使用して決定することができる。当業者に知られている他の方法、たとえば、イムノアッセイまたは結合アッセイを使用して、抗原への曝露後のAPC上の抗原の存在を検出することができる。
本発明のさらなる実施形態では、APCは、APCによる特定のペプチドの発現を可能にするベクターでトランスフェクトすることができる。次に、APCによって発現されるペプチドを処理して、MHC受容体上の細胞表面に提示することができる。次に、トランスフェクトされたAPCを免疫原性組成物として使用して、ベクターによってコードされるタンパク質に対する免疫応答を生成することができる。
本明細書の他の箇所で論じられるように、ベクターは、免疫原性応答が望まれるペプチドをコードおよび発現する特定のポリヌクレオチドを含むように調製することができる。一つの実施形態では、レトロウイルスベクターを使用して細胞を感染させる。一つの実施形態では、アデノウイルスベクターを使用して細胞を感染させる。
別の実施形態では、APC上の受容体によって認識されるタンパク質またはその一部をコードするようにウイルスベクターを改変することにより、ベクターをAPCに標的化することができ、それにより、ベクターによるAPC受容体の占有は、ベクターのエンドサイトーシスを開始させ、ウイルスベクターの核酸によってコードされる抗原のプロセシングおよび抗原の提示を可能にする。
本明細書で企図されるように、ポリヌクレオチドを宿主細胞にトランスフェクトするために様々な方法を使用することができる。方法は、リン酸カルシウム沈殿、リポフェクション、パーティクルガン、マイクロインジェクション、エレクトロポレーション、コロイド分散系(すなわち、高分子複合体、ナノカプセル、ミクロスフェア、ビーズ、および水中油型エマルジョンを含む脂質ベースの系、ミセル、混合ミセル、およびリポソーム)を含むが、これらに限定されない。これらの方法は当技術分野で理解されており、当業者がこれらの方法を実行できるように公開された文献に記載されている。
別の実施形態では、抗原をコードするポリヌクレオチドを発現ベクターにクローン化することができ、その他、ベクターをAPCに導入して、負荷されたAPCを生成することができる。様々なタイプのベクターおよび核酸を細胞に導入する方法は、入手可能な公開された文献で論じられている。たとえば、発現ベクターは、物理的、化学的または生物学的手段によって宿主細胞に移行することができる。たとえば、Sambrook et al. (2001, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, New York)およびAusubel et al. (1997, Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, New York)を参照されたい。抗原をコードするポリヌクレオチドを含む発現ベクターの導入がパルス細胞をもたらすことは容易に理解される。
本発明は、APCにペプチド抗原、またはペプチド抗原をコードするcDNAまたはmRNAを負荷することを含むがこれらに限定されない、APCをパルスするための様々な方法を含む。しかしながら、本発明は、APCをパルスするために使用される抗原の特定の形態に限定されると解釈されるべきではない。むしろ、本発明は、抗原負荷APCを生成するための当技術分野で知られている他の方法を包含する。一つの実施形態では、APCは、定義された抗原をコードするmRNAでトランスフェクトされる。配列が既知の遺伝子産物に対応するmRNAは、適切なプライマーと、転写反応と組み合わせた逆転写酵素-ポリメラーゼ連鎖反応(RT-PCR)を使用して、in vitroで迅速に生成できる。mRNAによるAPCのトランスフェクションは、パルスAPCを生成するための他の抗原負荷技術に勝る利点を提供する。たとえば、微視的な量の組織、すなわち腫瘍組織からRNAを増幅する能力は、ワクチン接種のためのAPCの使用を多数の患者に拡大する。
DCおよび他のAPCを操作するために使用することができる多くの方法、たとえば、mRNAベースの送達、DNAプラスミドベースの送達等があり、これらはすべて本発明に包含される。すなわち、任意の送達系を使用して、免疫細胞を操作して、本明細書に記載されているmRASペプチドを発現させることができる。
本発明の抗原性組成物は、固相合成による化学合成およびHPLCによる化学反応の他の生成物からの精製、またはin vitro翻訳系または生細胞における本発明のペプチド抗原をコードする核酸配列(たとえばDNA配列)の発現による産生を含むがこれらに限定されない、当技術分野で周知の方法によって作製され得ることが理解される。さらに、抗原性組成物は、生体試料から単離された細胞成分を含んでもよい。抗原組成物は、一つまたは複数の望ましくない低分子量分子を除去するために単離および広範囲に透析され、および/または所望のビヒクルへのより容易な製剤化のために凍結乾燥される。さらに、ワクチン成分で作られる追加のアミノ酸、変異、化学修飾等は、もしあれば、エピトープ配列の抗体認識を実質的に妨害しないことが理解される。ペプチド配列は、たとえば、カリフォルニア州フォスターシティーのアプライドバイオシステムズ社(カリフォルニア州フォスターシティー)から入手可能なもの等の自動ペプチド合成機を使用するペプチド合成等、当業者に知られている方法によって合成することができる。
より長いペプチドまたはポリペプチドもまた、たとえば、組換え手段によって調製することができる。特定の実施形態では、本明細書に記載の抗原性組成物および/または成分をコードする核酸は、たとえば、本発明の様々な組成物および方法について、in vitroまたはin vivoで抗原性組成物を生成するために使用することができる。たとえば、特定の実施形態では、抗原をコードする核酸は、たとえば、組換え細胞内のベクターに含まれる。核酸は、抗原性配列を含むペプチドまたはポリペプチドを産生するように発現されうる。ペプチドまたはポリペプチドは、細胞から分泌されてもよく、または細胞の一部としてまたは細胞内に含まれてもよい。
一つの実施形態では、免疫応答は、哺乳動物に抗原をコードする核酸をトランスフェクトまたは接種することによって促進されうる。次に、標的哺乳動物内に含まれる一つまたは複数の細胞は、哺乳動物への核酸の投与後に、核酸によってコードされる配列を発現する。ワクチンはまた、たとえば、抗原のペプチドまたはポリペプチド配列の全部または一部をコードする核酸(たとえば、cDNAまたはRNA)の形態であってもよい。核酸によるin vivoでの発現は、たとえば、プラスミド型ベクター、ウイルスベクター、またはウイルス/プラスミド構築物ベクターによるものであってもよい。
別の実施形態では、核酸は、適切な抗原、またはその免疫学的に機能的な同等物をコードする配列の全部または一部をコードするコード領域を含む。もちろん、核酸は、一つまたは複数の免疫調節剤またはアジュバントを含むものを含むがこれらに限定されない追加の配列を含み、および/またはコードしてもよい。
特定の実施形態では、免疫学的組成物は、本明細書に記載の一つまたは複数のmRASペプチド抗原が負荷またはパルスされたAPCによって刺激された免疫細胞を含む。たとえば、一つの実施形態では、免疫学的組成物は、本明細書に記載の一つまたは複数のmRASペプチド抗原が負荷またはパルスされたAPCと共に培養および活性化された刺激されたT細胞を含む。一つの実施形態では、刺激された細胞は、ナイーブ細胞(たとえば、ナイーブT細胞)に由来し、次いで、本明細書に記載の一つまたは複数のmRASペプチド抗原が負荷またはパルスされたAPCと共に培養および活性化される。特定の実施形態では、ナイーブ細胞は、刺激された細胞の最終的なレシピエントに対して自家性または同種異系である。一つの実施形態では、ナイーブ細胞およびAPCは両方とも同じ対象に由来する。一つの実施形態では、ナイーブ細胞およびAPCは、同じ種内の異なる対象に由来する。
細胞傷害性Tリンパ球の誘導を検出する方法は周知である。生体内に侵入した異物は、APPCの作用によりT細胞やB細胞に提示される。APCによって提示された抗原に抗原特異的に応答するT細胞は、抗原による刺激により、細胞傷害性T細胞(細胞傷害性Tリンパ球またはCTLとも呼ばれる)に分化する。その後、これらの抗原刺激細胞は増殖する。このプロセスは、本明細書では、T細胞の「活性化」と呼ばれる。したがって、ポリペプチドまたはペプチドまたはそれらの組み合わせのエピトープによるCTL誘導は、ポリペプチドまたはペプチドまたはそれらの組み合わせのエピトープをAPCによってT細胞に提示し、CTLの誘導を検出することによって評価することができる。さらに、APCは、B細胞、CD4+T細胞、CD8+T細胞、マクロファージ、好酸球、NK細胞を活性化する効果を有する。
樹状細胞(DC)をAPCとして使用してCTLの誘導作用を評価するための方法は、当技術分野で周知である。DCは、APC間で強力なCTL誘導作用を有する代表的なAPCである。本発明の方法において、ポリペプチドまたはペプチドまたはそれらの組み合わせのエピトープは、最初にDCによって発現され、次に、このDCは、T細胞と接触させられる。DCとの接触後の目的の細胞に対して細胞傷害性効果を有するT細胞の検出は、ポリペプチドまたはペプチドまたはそれらの組み合わせのエピトープが細胞傷害性T細胞を誘導する活性を有することを示している。さらに、誘導された免疫応答は、固定化ペプチドまたはペプチドの組み合わせを保有する抗原提示細胞の存在下で、ELISPOTアッセイ等の抗IFN-γ抗体を使用して視覚化することにより、CTLによって産生および放出されるIFN-γを測定することによっても調べることができる。
DCとは別に、末梢血単核細胞(PBMC)もAPCとして使用することができる。CTLの誘導は、GM-CSFおよびIL-4の存在下でPBMCを培養することによって増強されることが報告されている。同様に、CTLはキーホールリンペットヘモシアニン(KLH)およびIL-7の存在下でPBMCを培養することによって誘導されることが示されている。
これらの方法によりCTL誘導活性を有することが確認された抗原は、DC活性化効果およびそれに続くCTL誘導活性を有する抗原である。さらに、APCによる抗原の提示により細胞毒性を獲得したCTLは、抗原関連障害に対するワクチンとしても使用することができる。
mRASペプチド抗原の発現による免疫の誘導は、mRASに対する抗体産生の誘導を観察することによってさらに確認することができる。たとえば、抗原をコードする組成物で免疫された実験動物において抗原に対する抗体が誘導される場合、および抗原関連の病状がそれらの抗体によって抑制される場合、組成物は免疫を誘導すると判定される。
mRASペプチド抗原の発現による免疫の誘導は、CD4+T細胞の誘導を観察することによってさらに確認することができる。CD4+T細胞は標的細胞を溶解することもできるが、主にCTLや抗体の産生等の他のタイプの免疫応答の誘導に役立つ。CD4+T細胞ヘルプのタイプは、Th1、Th2、Th9、Th17、T制御性、またはT濾胞ヘルパー(Tfh)細胞として特徴付けることができる。CD4+T細胞の各サブタイプは、特定の型の免疫応答に役立つ。一つの実施形態では、組成物は、強力な抗体応答を駆動するT濾胞ヘルパー細胞を選択的に誘導する。
mRAS-特異的TCR
一部の実施形態では、本発明は、RAS、mRAS、またはそれらの断片に特異的に結合するポリペプチドを含む組成物を提供する。一つの実施形態では、ポリペプチドは、特定のHLA型との関連で、RAS、mRAS、またはそれらの断片に特異的に結合するTCRを含む。
一部の実施形態では、本発明は、RAS、mRAS、またはそれらの断片に特異的に結合するポリペプチドを含む組成物を提供する。一つの実施形態では、ポリペプチドは、特定のHLA型との関連で、RAS、mRAS、またはそれらの断片に特異的に結合するTCRを含む。
一つの実施形態では、TCRは、野生型RASのG12に対する相対位置に変異を含むmRASに特異的に結合する。たとえば、特定の実施形態では、TCRは、野生型RASに対してG12C、G12D、G12R、またはG12V変異を含むmRASに特異的に結合する。特定の実施形態では、TCRは、mRASの断片に特異的に結合し、ここで該断片はG12に対応する位置に変異を含む。
本発明の一部の実施形態では、TCRは、上記のように、G12に変異を有するmRASペプチドに対して抗原特異性を有し、mRASペプチドは任意の長さを有する。たとえば、TCRは、G12に対応する変異を有するmRASペプチド、約8~約24アミノ酸残基の長さを有するmRASペプチド、または約9~約11アミノ酸残基の長さを有するmRASペプチドに対する抗原特異性を有してもよい。本発明の一つの実施形態では、TCRは、G12に対応する変異を有するmRASペプチド、約8アミノ酸残基、約9アミノ酸残基、約10アミノ酸残基、約11アミノ酸残基、約12アミノ酸残基、約13アミノ酸残基、約14アミノ酸残基、約15アミノ酸残基、約16アミノ酸残基、約17アミノ酸残基、約18アミノ酸残基、約19アミノ酸残基、約20アミノ酸残基、約21アミノ酸残基、約22アミノ酸残基、約23アミノ酸残基、または約24アミノ酸残基の長さを有するmRASペプチドに対する抗原特異性を有してもよい。TCRが特異的に結合する、G12に対応する変異を有する例示的な抗原性mRASペプチドは、表1に見出すことができる。
特定の実施形態では、TCRは、特定のHLA分子の関連でmRASペプチドに特異的に結合する。mRASペプチドに対応するHLA分子は、表1に見出すことができる。
HLA-A*02:01 G12C
一つの実施形態では、TCRは、RAS G12に対応する位置にG12C変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*02:01分子との関連で、RAS G12に対応する位置にG12C変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、KLVVVGACGV(配列番号:1)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*02:01分子との関連で、KLVVVGACGV(配列番号:1)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。
一つの実施形態では、TCRは、RAS G12に対応する位置にG12C変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*02:01分子との関連で、RAS G12に対応する位置にG12C変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、KLVVVGACGV(配列番号:1)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*02:01分子との関連で、KLVVVGACGV(配列番号:1)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。
HLA-A*02:01 G12D
一つの実施形態では、TCRは、RAS G12に対応する位置にG12D変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*02:01分子との関連で、RAS G12に対応する位置にG12D変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、KLVVVGADGV(配列番号:2)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*02:01分子との関連で、KLVVVGADGV(配列番号:2)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。
一つの実施形態では、TCRは、RAS G12に対応する位置にG12D変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*02:01分子との関連で、RAS G12に対応する位置にG12D変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、KLVVVGADGV(配列番号:2)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*02:01分子との関連で、KLVVVGADGV(配列番号:2)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。
HLA-A*02:01 G12R
一つの実施形態では、TCRは、RAS G12に対応する位置にG12R変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*02:01分子との関連で、RAS G12に対応する位置にG12R変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、KLVVVGARGV(配列番号:3)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*02:01分子との関連で、KLVVVGARGV(配列番号:3)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。
一つの実施形態では、TCRは、RAS G12に対応する位置にG12R変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*02:01分子との関連で、RAS G12に対応する位置にG12R変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、KLVVVGARGV(配列番号:3)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*02:01分子との関連で、KLVVVGARGV(配列番号:3)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。
HLA-A*02:01 G12V
一つの実施形態では、TCRは、RAS G12に対応する位置にG12V変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*02:01分子との関連で、RAS G12に対応する位置にG12V変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、KLVVVGAVGV(配列番号:4)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*02:01分子との関連で、KLVVVGAVGV(配列番号:4)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。
一つの実施形態では、TCRは、RAS G12に対応する位置にG12V変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*02:01分子との関連で、RAS G12に対応する位置にG12V変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、KLVVVGAVGV(配列番号:4)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*02:01分子との関連で、KLVVVGAVGV(配列番号:4)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。
HLA-A*11:01 G12C
一つの実施形態では、TCRは、RAS G12に対応する位置にG12C変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*11:01分子との関連で、RAS G12に対応する位置にG12C変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、VVGACGVGK(配列番号:5)またはVVVGACGVGK(配列番号:6)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*11:01分子との関連で、VVGACGVGK(配列番号:5)またはVVVGACGVGK(配列番号:6)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。
一つの実施形態では、TCRは、RAS G12に対応する位置にG12C変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*11:01分子との関連で、RAS G12に対応する位置にG12C変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、VVGACGVGK(配列番号:5)またはVVVGACGVGK(配列番号:6)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*11:01分子との関連で、VVGACGVGK(配列番号:5)またはVVVGACGVGK(配列番号:6)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。
HLA-A*11:01 G12D
一つの実施形態では、TCRは、RAS G12に対応する位置にG12D変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*11:01分子との関連で、RAS G12に対応する位置にG12D変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、VVGADGVGK(配列番号:7)またはVVVGADGVGK(配列番号:8)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*11:01分子との関連で、VVGADGVGK(配列番号:7)またはVVVGADGVGK(配列番号:8)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。
一つの実施形態では、TCRは、RAS G12に対応する位置にG12D変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*11:01分子との関連で、RAS G12に対応する位置にG12D変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、VVGADGVGK(配列番号:7)またはVVVGADGVGK(配列番号:8)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*11:01分子との関連で、VVGADGVGK(配列番号:7)またはVVVGADGVGK(配列番号:8)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。
HLA-A*11:01 G12R
一つの実施形態では、TCRは、RAS G12に対応する位置にG12R変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*11:01分子との関連で、RAS G12に対応する位置にG12R変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、VVGARGVGK(配列番号:9)またはVVVGARGVGK(配列番号:10)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*11:01分子との関連で、VVGARGVGK(配列番号:9)またはVVVGARGVGK(配列番号:10)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。
一つの実施形態では、TCRは、RAS G12に対応する位置にG12R変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*11:01分子との関連で、RAS G12に対応する位置にG12R変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、VVGARGVGK(配列番号:9)またはVVVGARGVGK(配列番号:10)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*11:01分子との関連で、VVGARGVGK(配列番号:9)またはVVVGARGVGK(配列番号:10)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。
HLA-A*11:01 G12V
一つの実施形態では、TCRは、RAS G12に対応する位置にG12V変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*11:01分子との関連で、RAS G12に対応する位置にG12V変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、VVGAVGVGK(配列番号:11)またはVVVGAVGVGK(配列番号:12)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*11:01分子との関連で、VVGAVGVGK(配列番号:11)またはVVVGAVGVGK(配列番号:12)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。
一つの実施形態では、TCRは、RAS G12に対応する位置にG12V変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*11:01分子との関連で、RAS G12に対応する位置にG12V変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、VVGAVGVGK(配列番号:11)またはVVVGAVGVGK(配列番号:12)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*11:01分子との関連で、VVGAVGVGK(配列番号:11)またはVVVGAVGVGK(配列番号:12)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。
HLA-A*03:01 G12C
一つの実施形態では、TCRは、RAS G12に対応する位置にG12C変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*03:01分子との関連で、RAS G12に対応する位置にG12C変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、VVGACGVGK(配列番号:5)またはVVVGACGVGK(配列番号:6)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*03:01分子との関連で、VVGACGVGK(配列番号:5)またはVVVGACGVGK(配列番号:6)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。
一つの実施形態では、TCRは、RAS G12に対応する位置にG12C変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*03:01分子との関連で、RAS G12に対応する位置にG12C変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、VVGACGVGK(配列番号:5)またはVVVGACGVGK(配列番号:6)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*03:01分子との関連で、VVGACGVGK(配列番号:5)またはVVVGACGVGK(配列番号:6)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。
HLA-A*03:01 G12D
一つの実施形態では、TCRは、RAS G12に対応する位置にG12D変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*03:01分子との関連で、RAS G12に対応する位置にG12D変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、VVGADGVGK(配列番号:7)またはVVVGADGVGK(配列番号:8)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*03:01分子との関連で、VVGADGVGK(配列番号:7)またはVVVGADGVGK(配列番号:8)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。
一つの実施形態では、TCRは、RAS G12に対応する位置にG12D変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*03:01分子との関連で、RAS G12に対応する位置にG12D変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、VVGADGVGK(配列番号:7)またはVVVGADGVGK(配列番号:8)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*03:01分子との関連で、VVGADGVGK(配列番号:7)またはVVVGADGVGK(配列番号:8)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。
HLA-A*03:01 G12R
一つの実施形態では、TCRは、RAS G12に対応する位置にG12R変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*03:01分子との関連で、RAS G12に対応する位置にG12R変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、VVGARGVGK(配列番号:9)またはVVVGARGVGK(配列番号:10)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*03:01分子との関連で、VVGARGVGK(配列番号:9)またはVVVGARGVGK(配列番号:10)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。
一つの実施形態では、TCRは、RAS G12に対応する位置にG12R変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*03:01分子との関連で、RAS G12に対応する位置にG12R変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、VVGARGVGK(配列番号:9)またはVVVGARGVGK(配列番号:10)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*03:01分子との関連で、VVGARGVGK(配列番号:9)またはVVVGARGVGK(配列番号:10)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。
HLA-A*03:01 G12V
一つの実施形態では、TCRは、RAS G12に対応する位置にG12G変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*03:01分子との関連で、RAS G12に対応する位置にG12G変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、VVGAVGVGK(配列番号:11)またはVVVGAVGVGK(配列番号:12)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*03:01分子との関連で、VVGAVGVGK(配列番号:11)またはVVVGAVGVGK(配列番号:12)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。
一つの実施形態では、TCRは、RAS G12に対応する位置にG12G変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*03:01分子との関連で、RAS G12に対応する位置にG12G変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、VVGAVGVGK(配列番号:11)またはVVVGAVGVGK(配列番号:12)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、HLA-A*03:01分子との関連で、VVGAVGVGK(配列番号:11)またはVVVGAVGVGK(配列番号:12)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。
HLA-B*07:02 G12C
一つの実施形態では、TCRは、RAS G12に対応する位置にG12C変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、TCRは、HLA-B*07:02分子との関連で、RAS G12に対応する位置にG12C変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、GACGVGKSAL(配列番号:13)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、HLA-B*07:02分子との関連で、GACGVGKSAL(配列番号:13)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。
一つの実施形態では、TCRは、RAS G12に対応する位置にG12C変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、TCRは、HLA-B*07:02分子との関連で、RAS G12に対応する位置にG12C変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、GACGVGKSAL(配列番号:13)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、HLA-B*07:02分子との関連で、GACGVGKSAL(配列番号:13)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。
HLA-B*07:02 G12D
一つの実施形態では、TCRは、RAS G12に対応する位置にG12D変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、TCRは、HLA-B*07:02分子との関連で、RAS G12に対応する位置にG12D変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、GADGVGKSAL(配列番号:14)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、HLA-B*07:02分子との関連で、GADGVGKSAL(配列番号:14)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。
一つの実施形態では、TCRは、RAS G12に対応する位置にG12D変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、TCRは、HLA-B*07:02分子との関連で、RAS G12に対応する位置にG12D変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、GADGVGKSAL(配列番号:14)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、HLA-B*07:02分子との関連で、GADGVGKSAL(配列番号:14)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。
HLA-B*07:02 G12R
一つの実施形態では、TCRは、RAS G12に対応する位置にG12R変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、TCRは、HLA-B*07:02分子との関連で、RAS G12に対応する位置にG12R変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、GARGVGKSAL(配列番号:15)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、HLA-B*07:02分子との関連で、GARGVGKSAL(配列番号:15)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。
一つの実施形態では、TCRは、RAS G12に対応する位置にG12R変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、TCRは、HLA-B*07:02分子との関連で、RAS G12に対応する位置にG12R変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、GARGVGKSAL(配列番号:15)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、HLA-B*07:02分子との関連で、GARGVGKSAL(配列番号:15)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。
HLA-B*07:02 G12V
一つの実施形態では、TCRは、RAS G12に対応する位置にG12V変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、TCRは、HLA-B*07:02分子との関連で、RAS G12に対応する位置にG12V変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、GAVGVGKSAL(配列番号:16)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、HLA-B*07:02分子との関連で、GAVGVGKSAL(配列番号:16)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。
一つの実施形態では、TCRは、RAS G12に対応する位置にG12V変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、TCRは、HLA-B*07:02分子との関連で、RAS G12に対応する位置にG12V変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、GAVGVGKSAL(配列番号:16)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。たとえば、一つの実施形態では、TCRは、HLA-B*07:02分子との関連で、GAVGVGKSAL(配列番号:16)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。
TCR831
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、以下のうちの一つまたは複数を含む:TCRα鎖のCDR1、CDR2、およびCDR3。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、以下のうちの一つまたは複数を含む:TCRα鎖のCDR1、CDR2、およびCDR3。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、T cell receptor alpha variable 39(TRAV39-01*01;本明細書では「TRAV39」とも呼ばれる)CDR1を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV39 CDR1を含み、ここでTRAV39 CDR1は、STTSDRL(配列番号:17)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV39 CDR2を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV39 CDR2を含み、ここでTRAV39 CDR2は、VLLSNGAVK(配列番号:18)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV39 CDR3を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV39 CDR3を含み、ここでTRAV39 CDR3は、CAVDKDGGYQKVTF(配列番号:19)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV39 CDR1、TRAV39 CDR2、およびTRAV39 CDR3を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV39の可変領域を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV39の可変領域を含み、ここでTRAV39の可変領域は、ELKVEQNPLFLSMQEGKNYTIYCNYSTTSDRLYWYRQDPGKSLESLFVLLSNGAVKQEGRLMASLDTKARLSTLHITAAVHDLSATYFCAVDKDGGYQKVTFGTGTKLQVIP(配列番号:20)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、定常領域を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、定常領域を含み、ここで定常領域は、IQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS(配列番号:21)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、TCRは、MKKLLAMILWLQLDRLSGELKVEQNPLFLSMQEGKNYTIYCNYSTTSDRLYWYRQDPGKSLESLFVLLSNGAVKQEGRLMASLDTKARLSTLHITAAVHDLSATYFCAVDKDGGYQKVTFGTGTKLQVIPNIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS(配列番号:22)のアミノ酸配列を含むTCRα鎖を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、以下のうちの一つまたは複数を含む:TCRβ鎖のCDR1、CDR2、およびCDR3。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、T cell receptor beta variable 20-1(TRBV20-01*01;本明細書では「TRBV20-1」とも呼ばれる)CDR1を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV20-1 CDR1を含み、ここでTRBV20-1 CDR1は、LDFQATTM(配列番号:23)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV20-1 CDR2を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV20-1 CDR2を含み、ここでTRBV20-1 CDR2は、TSNEGSKAT(配列番号:24)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV20-1 CDR3を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV20-1 CDR3を含み、ここでTRBV20-1 CDR3は、CSASPRAGQLSSYNSPLHF(配列番号:25)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV20-1 CDR1、TRBV20-1 CDR2、およびTRBV20-1 CDR3を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV20-1の可変領域を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV20-1の可変領域を含み、ここでTRBV20-1の可変領域は、GAVVSQHPSWVICKSGTSVKIECRSLDFQATTMFWYRQFPKQSLMLMATSNEGSKATYEQGVEKDKFLINHASLTLSTLTVTSAHPEDSSFYICSASPRAGQLSSYNSPLHFGNGTRLTV(配列番号:26)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、定常領域を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、定常領域を含み、ここで定常領域は、EDLNKVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFFPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSVSYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDF(配列番号:27)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、TCRは、MLLLLLLLGPGISLLLPGSLAGSGLGAVVSQHPSWVICKSGTSVKIECRSLDFQATTMFWYRQFPKQSLMLMATSNEGSKATYEQGVEKDKFLINHASLTLSTLTVTSAHPEDSSFYICSASPRAGQLSSYNSPLHFGNGTRLTVTEDLNKVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFFPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSVSYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDF(配列番号:28)のアミノ酸配列を含むTCRβ鎖を含む。
一つの実施形態では、TCRは、(a)TRAV39 CDR1、TRAV39 CDR2、およびTRAV39 CDR3のうちの一つまたは複数を含むTCRα鎖、および(b)TRBV20-1 CDR1、TRBV20-1 CDR2、およびTRBV20-1 CDR3のうちの一つまたは複数を含むTCRβ鎖を含む。一つの実施形態では、TCRは、(a)TRAV39 CDR1、TRAV39 CDR2、およびTRAV39 CDR3のうちの一つまたは複数を含むTCRα鎖、および(b)TRBV20-1 CDR1、TRBV20-1 CDR2、およびTRBV20-1 CDR3のうちの一つまたは複数を含むTCRβ鎖を含み、RAS G12に対する相対位置にG12VまたはG12C変異を含むmRASペプチドに結合する。一つの実施形態では、TCRは、(a)TRAV39 CDR1、TRAV39 CDR2、およびTRAV39 CDR3のうちの一つまたは複数を含むTCRα鎖、および(b)TRBV20-1 CDR1、TRBV20-1 CDR2、およびTRBV20-1 CDR3のうちの一つまたは複数を含むTCRβ鎖を含み、HLA-A*11:01分子の関連でVVVGAVGVGK(配列番号:12)を含むmRASペプチドに結合する。一つの実施形態では、TCRは、(a)TRAV39 CDR1、TRAV39 CDR2、およびTRAV39 CDR3のうちの一つまたは複数を含むTCRα鎖、および(b)TRBV20-1 CDR1、TRBV20-1 CDR2、およびTRBV20-1 CDR3のうちの一つまたは複数を含むTCRβ鎖を含み、HLA-A*11:01分子の関連でVVVGACGVGK(配列番号:6)を含むmRASペプチドに結合する。
一つの実施形態では、TCRは、(a)TRAV39 CDR1、TRAV39 CDR2、およびTRAV39 CDR3を含むTCRα鎖、および(b)TRBV20-1 CDR1、TRBV20-1 CDR2、およびTRBV20-1 CDR3を含むTCRβ鎖を含む。一つの実施形態では、TCRは、(a)TRAV39 CDR1、TRAV39 CDR2、およびTRAV39 CDR3を含むTCRα鎖、および(b)TRBV20-1 CDR1、TRBV20-1 CDR2、およびTRBV20-1 CDR3を含むTCRβ鎖を含み、RAS G12に対する相対位置にG12VまたはG12C変異を含むmRASペプチドに結合する。一つの実施形態では、(a)TRAV39 CDR1、TRAV39 CDR2、およびTRAV39 CDR3を含むTCRα鎖、および(b)TRBV20-1 CDR1、TRBV20-1 CDR2、およびTRBV20-1 CDR3を含むTCRβ鎖を含み、HLA-A*11:01分子の関連でVVVGAVGVGK(配列番号:12)を含むmRASペプチドに結合する。一つの実施形態では、TCRは、(a)TRAV39 CDR1、TRAV39 CDR2、およびTRAV39 CDR3を含むTCRα鎖、および(b)TRBV20-1 CDR1、TRBV20-1 CDR2、およびTRBV20-1 CDR3を含むTCRβ鎖を含み、HLA-A*11:01分子の関連でVVVGACGVGK(配列番号:6)を含むmRASペプチドに結合する。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、以下からなる群から選択されるCDRの少なくとも一つを含む: TRAV39-CDR1:配列番号:17; TRAV39-CDR2:配列番号:18; TRAV39-CDR3:配列番号:19; TRBV20-1-CDR1:配列番号:23; TRBV20-1-CDR2:配列番号:24;およびTRBV20-1-CDR3:配列番号:25、またはバリアントまたはそれらのバリアント。一つの実施形態では、TCRは、以下からなる群から選択されるCDRの少なくとも一つを含み、RAS G12に対する相対位置にG12VまたはG12C変異を含むmRASペプチドに結合する: TRAV39-CDR1:配列番号:17; TRAV39-CDR2:配列番号:18; TRAV39-CDR3:配列番号:19; TRBV20-1-CDR1:配列番号:23; TRBV20-1-CDR2:配列番号:24;およびTRBV20-1-CDR3:配列番号:25、またはバリアントまたはそれらのバリアント。一つの実施形態では、TCRは、以下からなる群から選択されるCDRの少なくとも一つを含み、HLA-A*11:01分子の関連でVVVGAVGVGK(配列番号:12)を含むmRASペプチドに結合する: TRAV39-CDR1:配列番号:17; TRAV39-CDR2:配列番号:18; TRAV39-CDR3:配列番号:19; TRBV20-1-CDR1:配列番号:23; TRBV20-1-CDR2:配列番号:24;およびTRBV20-1-CDR3:配列番号:25、またはバリアントまたはそれらのバリアント。一つの実施形態では、TCRは、以下からなる群から選択されるCDRの少なくとも一つを含み、HLA-A*11:01分子の関連でVVVGACGVGK(配列番号:6)を含むmRASペプチドに結合する: TRAV39-CDR1:配列番号:17; TRAV39-CDR2:配列番号:18; TRAV39-CDR3:配列番号:19; TRBV20-1-CDR1:配列番号:23; TRBV20-1-CDR2:配列番号:24;およびTRBV20-1-CDR3:配列番号:25、またはバリアントまたはそれらのバリアント。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、以下からなる群から選択されるすべてのCDRを含む: TRAV39-CDR1:配列番号:17; TRAV39-CDR2:配列番号:18; TRAV39-CDR3:配列番号:19; TRBV20-1-CDR1:配列番号:23; TRBV20-1-CDR2:配列番号:24;およびTRBV20-1-CDR3:配列番号:25、またはバリアントまたはそれらのバリアント。一つの実施形態では、TCRは、以下からなる群から選択されるすべてのCDRを含み、RAS G12に対する相対位置にG12VまたはG12C変異を含むmRASペプチドに結合する: TRAV39-CDR1:配列番号:17; TRAV39-CDR2:配列番号:18; TRAV39-CDR3:配列番号:19; TRBV20-1-CDR1:配列番号:23; TRBV20-1-CDR2:配列番号:24;およびTRBV20-1-CDR3:配列番号:25、またはバリアントまたはそれらのバリアント。一つの実施形態では、TCRは、以下からなる群から選択されるすべてのCDRを含み、HLA-A*11:01分子の関連でVVVGAVGVGK(配列番号:12)を含むmRASペプチドに結合する: TRAV39-CDR1:配列番号:17; TRAV39-CDR2:配列番号:18; TRAV39-CDR3:配列番号:19; TRBV20-1-CDR1:配列番号:23; TRBV20-1-CDR2:配列番号:24;およびTRBV20-1-CDR3:配列番号:25、またはバリアントまたはそれらのバリアント。TCRは、以下からなる群から選択されるすべてのCDRを含み、HLA-A*11:01分子の関連でVVVGACGVGK(配列番号:6)を含むmRASペプチドに結合する: TRAV39-CDR1:配列番号:17; TRAV39-CDR2:配列番号:18; TRAV39-CDR3:配列番号:19; TRBV20-1-CDR1:配列番号:23; TRBV20-1-CDR2:配列番号:24;およびTRBV20-1-CDR3:配列番号:25、またはバリアントまたはそれらのバリアント。
一つの実施形態では、組成物は、上記のTCRα鎖およびTCRβ鎖を含む融合タンパク質を含む。一つの実施形態では、融合タンパク質は、TCRα鎖をTCRβ鎖と分離するリンカードメインを含む。一つの実施形態では、リンカードメインは、切断可能なリンカードメインである。たとえば、一つの実施形態では、リンカードメインは、GSG-T2Aドメインを含む。一つの実施形態では、GSG-T2Aは、GSGEGRGSLLTCGDVEENPGP(配列番号:29)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、組成物は、以下のアミノ酸配列を含む融合タンパク質を含む: MKKLLAMILWLQLDRLSGELKVEQNPLFLSMQEGKNYTIYCNYSTTSDRLYWYRQDPGKSLESLFVLLSNGAVKQEGRLMASLDTKARLSTLHITAAVHDLSATYFCAVDKDGGYQKVTFGTGTKLQVIPNIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSSGSGEGRGSLLTCGDVEENPGPMLLLLLLLGPGISLLLPGSLAGSGLGAVVSQHPSWVICKSGTSVKIECRSLDFQATTMFWYRQFPKQSLMLMATSNEGSKATYEQGVEKDKFLINHASLTLSTLTVTSAHPEDSSFYICSASPRAGQLSSYNSPLHFGNGTRLTVTEDLNKVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFFPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSVSYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDF(配列番号:30)。
TCR833
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、以下のうちの一つまたは複数を含む:TCRα鎖のCDR1、CDR2、およびCDR3。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、以下のうちの一つまたは複数を含む:TCRα鎖のCDR1、CDR2、およびCDR3。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、T cell receptor alpha variable 12-1(TRAV12-1*01;本明細書では「TRAV12-1」とも呼ばれる)CDR1を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV12-1 CDR1を含み、ここでTRAV12-1 CDR1は、SNSASQSF(配列番号:31)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV12-1 CDR2を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV12-1 CDR2を含み、ここでTRAV12-1 CDR2は、SVYSSGNE(配列番号:32)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV12-1 CDR3を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV12-1 CDR3を含み、ここでTRAV12-1 CDR3は、CAVNPPDTGFQKLVF(配列番号:33)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV12-1 CDR1、TRAV12-1 CDR2、およびTRAV12-1 CDR3を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV12-1の可変領域を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV12-1の可変領域を含み、ここでTRAV12-1の可変領域は、RKEVEQDPGPFNVPEGATVAFNCTYSNSASQSFFWYRQDCRKEPKLLMSVYSSGNEDGRFTAQLNRASQYISLLIRDSKLSDSATYLCAVNPPDTGFQKLVFGTGTRLLVSP(配列番号:34)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、定常領域を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、定常領域を含み、ここで定常領域は、IQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS(配列番号:35)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、TCRは、MISLRVLLVILWLQLSWVWSQRKEVEQDPGPFNVPEGATVAFNCTYSNSASQSFFWYRQDCRKEPKLLMSVYSSGNEDGRFTAQLNRASQYISLLIRDSKLSDSATYLCAVNPPDTGFQKLVFGTGTRLLVSPNIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS(配列番号:36)のアミノ酸配列を含むTCRα鎖を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、以下のうちの一つまたは複数を含む:TCRβ鎖のCDR1、CDR2、およびCDR3。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、T cell receptor beta variable 28(TRBV28*01;本明細書では「TRBV28」とも呼ばれる)CDR1を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV28 CDR1を含み、ここでTRBV28 CDR1は、DMDHENM(配列番号:37)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV28 CDR2を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV28 CDR2を含み、ここでTRBV28 CDR2は、FSYDVKME(配列番号:38)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV28 CDR3を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV28 CDR3を含み、ここでTRBV28 CDR3は、CASSLSFRQGLREQYF(配列番号:39)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV28 CDR1、TRBV28 CDR2、およびTRBV28 CDR3を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV28の可変領域を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV28の可変領域を含み、ここでTRBV28の可変領域は、MGIRLLCRVAFCFLAVGLVDVKVTQSSRYLVKRTGEKVFLECVQDMDHENMFWYRQDPGLGLRLIYFSYDVKMKEKGDIPEGYSVSREKKERFSLILESASTNQTSMYLCASSLSFRQGLREQYFGPGTRLTVT(配列番号:40)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、定常領域を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、定常領域を含み、ここで定常領域は、EDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG(配列番号:41)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、TCRは、MGIRLLCRVAFCFLAVGLVDVKVTQSSRYLVKRTGEKVFLECVQDMDHENMFWYRQDPGLGLRLIYFSYDVKMKEKGDIPEGYSVSREKKERFSLILESASTNQTSMYLCASSLSFRQGLREQYFGPGTRLTVTEDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG(配列番号:42)のアミノ酸配列を含むTCRβ鎖を含む。
一つの実施形態では、TCRは、(a)TRAV12-1 CDR1、TRAV12-1 CDR2、およびTRAV12-1 CDR3のうちの一つまたは複数を含むTCRα鎖、および(b)TRBV28 CDR1、TRBV28 CDR2、およびTRBV28 CDR3のうちの一つまたは複数を含むTCRβ鎖を含む。一つの実施形態では、TCRは、(a)TRAV12-1 CDR1、TRAV12-1 CDR2、およびTRAV12-1 CDR3のうちの一つまたは複数を含むTCRα鎖、および(b)TRBV28 CDR1、TRBV28 CDR2、およびTRBV28 CDR3のうちの一つまたは複数を含むTCRβ鎖を含み、RAS G12に対する相対位置にG12VまたはG12C変異を含むmRASペプチドに結合する。一つの実施形態では、TCRは、(a)TRAV12-1 CDR1、TRAV12-1 CDR2、およびTRAV12-1 CDR3のうちの一つまたは複数を含むTCRα鎖、および(b)TRBV28 CDR1、TRBV28 CDR2、およびTRBV28 CDR3のうちの一つまたは複数を含むTCRβ鎖を含み、HLA-A*11:01分子の関連でVVVGAVGVGK(配列番号:12)を含むmRASペプチドに結合する。一つの実施形態では、TCRは、(a)TRAV12-1 CDR1、TRAV12-1 CDR2、およびTRAV12-1 CDR3のうちの一つまたは複数を含むTCRα鎖、および(b)TRBV28 CDR1、TRBV28 CDR2、およびTRBV28 CDR3のうちの一つまたは複数を含むTCRβ鎖を含み、HLA-A*11:01分子の関連でVVVGACGVGK(配列番号:6)を含むmRASペプチドに結合する。
一つの実施形態では、TCRは、(a)TRAV12-1 CDR1、TRAV12-1 CDR2、およびTRAV12-1 CDR3を含むTCRα鎖、および(b)TRBV28 CDR1、TRBV28 CDR2、およびTRBV28 CDR3を含むTCRβ鎖を含む。一つの実施形態では、TCRは、(a)TRAV12-1 CDR1、TRAV12-1 CDR2、およびTRAV12-1 CDR3を含むTCRα鎖、および(b)TRBV28 CDR1、TRBV28 CDR2、およびTRBV28 CDR3を含むTCRβ鎖を含み、RAS G12に対する相対位置にG12VまたはG12C変異を含むmRASペプチドに結合する。一つの実施形態では、(a)TRAV12-1 CDR1、TRAV12-1 CDR2、およびTRAV12-1 CDR3を含むTCRα鎖、および(b)TRBV28 CDR1、TRBV28 CDR2、およびTRBV28 CDR3を含むTCRβ鎖を含み、HLA-A*11:01分子の関連でVVVGAVGVGK(配列番号:12)を含むmRASペプチドに結合する。一つの実施形態では、TCRは、(a)TRAV12-1 CDR1、TRAV12-1 CDR2、およびTRAV12-1 CDR3を含むTCRα鎖、および(b)TRBV28 CDR1、TRBV28 CDR2、およびTRBV28 CDR3を含むTCRβ鎖を含み、HLA-A*11:01分子の関連でVVVGACGVGK(配列番号:6)を含むmRASペプチドに結合する。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、以下からなる群から選択されるCDRの少なくとも一つを含む: TRAV12-1-CDR1:配列番号:31; TRAV12-1-CDR2:配列番号:32; TRAV12-1-CDR3:配列番号:33; TRBV28-CDR1:配列番号:37; TRBV28-CDR2:配列番号:38;およびTRBV28-CDR3:配列番号:39、またはバリアントまたはそれらのバリアント。一つの実施形態では、TCRは、以下からなる群から選択されるCDRの少なくとも一つを含み、RAS G12に対する相対位置にG12VまたはG12C変異を含むmRASペプチドに結合する: TRAV12-1-CDR1:配列番号:31; TRAV12-1-CDR2:配列番号:32; TRAV12-1-CDR3:配列番号:33; TRBV28-CDR1:配列番号:37; TRBV28-CDR2:配列番号:38;およびTRBV28-CDR3:配列番号:39、またはバリアントまたはそれらのバリアント。一つの実施形態では、TCRは、以下からなる群から選択されるCDRの少なくとも一つを含み、HLA-A*11:01分子の関連でVVVGAVGVGK(配列番号:12)を含むmRASペプチドに結合する: TRAV12-1-CDR1:配列番号:31; TRAV12-1-CDR2:配列番号:32; TRAV12-1-CDR3:配列番号:33; TRBV28-CDR1:配列番号:37; TRBV28-CDR2:配列番号:38;およびTRBV28-CDR3:配列番号:39、またはバリアントまたはそれらのバリアント。一つの実施形態では、TCRは、以下からなる群から選択されるCDRの少なくとも一つを含み、HLA-A*11:01分子の関連でVVVGACGVGK(配列番号:6)を含むmRASペプチドに結合する: TRAV12-1-CDR1:配列番号:31; TRAV12-1-CDR2:配列番号:32; TRAV12-1-CDR3:配列番号:33; TRBV28-CDR1:配列番号:37; TRBV28-CDR2:配列番号:38;およびTRBV28-CDR3:配列番号:39、またはバリアントまたはそれらのバリアント。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、以下からなる群から選択されるすべてのCDRを含む: TRAV12-1-CDR1:配列番号:31; TRAV12-1-CDR2:配列番号:32; TRAV12-1-CDR3:配列番号:33; TRBV28-CDR1:配列番号:37; TRBV28-CDR2:配列番号:38;およびTRBV28-CDR3:配列番号:39、またはバリアントまたはそれらのバリアント。一つの実施形態では、TCRは、以下からなる群から選択されるすべてのCDRを含み、RAS G12に対する相対位置にG12VまたはG12C変異を含むmRASペプチドに結合する: TRAV12-1-CDR1:配列番号:31; TRAV12-1-CDR2:配列番号:32; TRAV12-1-CDR3:配列番号:33; TRBV28-CDR1:配列番号:37; TRBV28-CDR2:配列番号:38;およびTRBV28-CDR3:配列番号:39、またはバリアントまたはそれらのバリアント。一つの実施形態では、TCRは、以下からなる群から選択されるすべてのCDRを含み、HLA-A*11:01分子の関連でVVVGAVGVGK(配列番号:12)を含むmRASペプチドに結合する: TRAV12-1-CDR1:配列番号:31; TRAV12-1-CDR2:配列番号:32; TRAV12-1-CDR3:配列番号:33; TRBV28-CDR1:配列番号:37; TRBV28-CDR2:配列番号:38;およびTRBV28-CDR3:配列番号:39、またはバリアントまたはそれらのバリアント。一つの実施形態では、TCRは、以下からなる群から選択されるすべてのCDRを含み、HLA-A*11:01分子の関連でVVVGACGVGK(配列番号:6)を含むmRASペプチドに結合する: TRAV12-1-CDR1:配列番号:31; TRAV12-1-CDR2:配列番号:32; TRAV12-1-CDR3:配列番号:33; TRBV28-CDR1:配列番号:37; TRBV28-CDR2:配列番号:38;およびTRBV28-CDR3:配列番号:39、またはバリアントまたはそれらのバリアント。
一つの実施形態では、組成物は、上記のTCRα鎖およびTCRβ鎖を含む融合タンパク質を含む。一つの実施形態では、融合タンパク質は、TCRα鎖をTCRβ鎖と分離するリンカードメインを含む。一つの実施形態では、リンカードメインは、切断可能なリンカードメインである。たとえば、一つの実施形態では、リンカードメインは、GSG-T2Aドメインを含む。一つの実施形態では、GSG-T2Aは、GSGEGRGSLLTCGDVEENPGP(配列番号:43)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、組成物は、以下のアミノ酸配列を含む融合タンパク質を含む:MISLRVLLVILWLQLSWVWSQRKEVEQDPGPFNVPEGATVAFNCTYSNSASQSFFWYRQDCRKEPKLLMSVYSSGNEDGRFTAQLNRASQYISLLIRDSKLSDSATYLCAVNPPDTGFQKLVFGTGTRLLVSPNIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSSGSGEGRGSLLTCGDVEENPGPMGIRLLCRVAFCFLAVGLVDVKVTQSSRYLVKRTGEKVFLECVQDMDHENMFWYRQDPGLGLRLIYFSYDVKMKEKGDIPEGYSVSREKKERFSLILESASTNQTSMYLCASSLSFRQGLREQYFGPGTRLTVTEDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG(配列番号:44)。
TCR897
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、以下のうちの一つまたは複数を含む:TCRα鎖のCDR1、CDR2、およびCDR3。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、以下のうちの一つまたは複数を含む:TCRα鎖のCDR1、CDR2、およびCDR3。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、T cell receptor alpha variable 17(TRAV17)CDR1を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV17 CDR1を含み、ここでTRAV17 CDR1は、KTSINNL(配列番号:45)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV17 CDR2を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV17 CDR2を含み、ここでTRAV17 CDR2は、LIRSNEREK(配列番号:46)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV17 CDR3を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV17 CDR3を含み、ここでTRAV17 CDR3は、CATDPGGFKTIF(配列番号:47)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV17 CDR1、TRAV17 CDR2、およびTRAV17 CDR3を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV17の可変領域を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV17の可変領域を含み、ここでTRAV17の可変領域は、SQQGEEDPQALSIQEGENATMNCSYKTSINNLQWYRQNSGRGLVHLILIRSNEREKHSGRLRVTLDTSKKSSSLLITASRAADTASYFCATD(配列番号:169)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、定常領域を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、定常領域を含み、ここで定常領域は、IQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS(配列番号:48)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、TCRは、METLLGVSLVILWLQLARVNSQQGEEDPQALSIQEGENATMNCSYKTSINNLQWYRQNSGRGLVHLILIRSNEREKHSGRLRVTLDTSKKSSSLLITASRAADTASYFCATDPGGFKTIFGAGTRLFVKANIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS(配列番号:49)のアミノ酸配列を含むTCRα鎖を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、以下のうちの一つまたは複数を含む:TCRβ鎖のCDR1、CDR2、およびCDR3。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、T cell receptor beta variable 11-2(TRBV11-2)CDR1を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV11-2 CDR1を含み、ここでTRBV11-2 CDR1は、ISGHATL(配列番号:50)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV11-2 CDR2を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV11-2 CDR2を含み、ここでTRBV11-2 CDR2は、QFQNNGVV(配列番号:51)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV11-2 CDR3を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV11-2 CDR3を含み、ここでTRBV11-2 CDR3は、CASSLYGGSISYEQYF(配列番号:52)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV11-2 CDR1、TRBV11-2 CDR2、およびTRBV11-2 CDR3を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV11-2の可変領域を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV11-2の可変領域を含み、ここでTRBV11-2の可変領域は、EAGVAQSPRYKIIEKRQSVAFWCNPISGHATLYWYQQILGQGPKLLIQFQNNGVVDDSQLPKDRFSAERLKGVDSTLKIQPAKLEDSAVYLCASSL(配列番号:170)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、定常領域を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、定常領域を含み、ここで定常領域は、EDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG(配列番号:53)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、TCRは、MGTRLLCWAALCLLGAELTEAGVAQSPRYKIIEKRQSVAFWCNPISGHATLYWYQQILGQGPKLLIQFQNNGVVDDSQLPKDRFSAERLKGVDSTLKIQPAKLEDSAVYLCASSLYGGSISYEQYFGPGTRLTVTEDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG(配列番号:54)のアミノ酸配列を含むTCRβ鎖を含む。
一つの実施形態では、TCRは、(a)TRAV17 CDR1、TRAV17 CDR2、およびTRAV17 CDR3のうちの一つまたは複数を含むTCRα鎖、および(b)TRBV11-2 CDR1、TRBV11-2 CDR2、およびTRBV11-2 CDR3のうちの一つまたは複数を含むTCRβ鎖を含む。一つの実施形態では、TCRは、(a)TRAV17 CDR1、TRAV17 CDR2、およびTRAV17 CDR3のうちの一つまたは複数を含むTCRα鎖、および(b)TRBV11-2 CDR1、TRBV11-2 CDR2、およびTRBV11-2 CDR3のうちの一つまたは複数を含むTCRβ鎖を含み、RAS G12に対する相対位置にG12V、G12C、またはG12D変異を含むmRASペプチドに結合する。一つの実施形態では、TCRは、(a)TRAV17 CDR1、TRAV17 CDR2、およびTRAV17 CDR3のうちの一つまたは複数を含むTCRα鎖、および(b)TRBV11-2 CDR1、TRBV11-2 CDR2、およびTRBV11-2 CDR3のうちの一つまたは複数を含むTCRβ鎖を含み、HLA-A*11:01分子の関連でVVGAVGVGK(配列番号:11)を含むmRASペプチドに結合する。一つの実施形態では、TCRは、(a)TRAV17 CDR1、TRAV17 CDR2、およびTRAV17 CDR3のうちの一つまたは複数を含むTCRα鎖、および(b)TRBV11-2 CDR1、TRBV11-2 CDR2、およびTRBV11-2 CDR3のうちの一つまたは複数を含むTCRβ鎖を含み、HLA-A*11:01分子の関連でVVGACGVGK(配列番号:5)を含むmRASペプチドに結合する。一つの実施形態では、TCRは、(a)TRAV17 CDR1、TRAV17 CDR2、およびTRAV17 CDR3のうちの一つまたは複数を含むTCRα鎖、および(b)TRBV11-2 CDR1、TRBV11-2 CDR2、およびTRBV11-2 CDR3のうちの一つまたは複数を含むTCRβ鎖を含み、HLA-A*11:01分子の関連でVVGADGVGK(配列番号:7)を含むmRASペプチドに結合する。一つの実施形態では、TCRは、(a)TRAV17 CDR1、TRAV17 CDR2、およびTRAV17 CDR3のうちの一つまたは複数を含むTCRα鎖、および(b)TRBV11-2 CDR1、TRBV11-2 CDR2、およびTRBV11-2 CDR3のうちの一つまたは複数を含むTCRβ鎖を含み、HLA-A*11:01分子の関連でVVGARGVGK(配列番号:9)を含むmRASペプチドに結合する。
一つの実施形態では、TCRは、(a)TRAV17 CDR1、TRAV17 CDR2、およびTRAV17 CDR3を含むTCRα鎖、および(b)TRBV11-2 CDR1、TRBV11-2 CDR2、およびTRBV11-2 CDR3を含むTCRβ鎖を含む。一つの実施形態では、TCRは、(a)TRAV17 CDR1、TRAV17 CDR2、およびTRAV17 CDR3を含むTCRα鎖、および(b)TRBV11-2 CDR1、TRBV11-2 CDR2、およびTRBV11-2 CDR3を含むTCRβ鎖を含み、RAS G12に対する相対位置にG12V、G12C、またはG12D変異を含むmRASペプチドに結合する。一つの実施形態では、TCRは、(a)TRAV17 CDR1、TRAV17 CDR2、およびTRAV17 CDR3を含むTCRα鎖、および(b)TRBV11-2 CDR1、TRBV11-2 CDR2、およびTRBV11-2 CDR3を含むTCRβ鎖を含み、HLA-A*11:01分子の関連でVVGAVGVGK(配列番号:11)を含むmRASペプチドに結合する。一つの実施形態では、TCRは、(a)TRAV17 CDR1、TRAV17 CDR2、およびTRAV17 CDR3を含むTCRα鎖、および(b)TRBV11-2 CDR1、TRBV11-2 CDR2、およびTRBV11-2 CDR3を含むTCRβ鎖を含み、HLA-A*11:01分子の関連でVVGACGVGK(配列番号:5)を含むmRASペプチドに結合する。一つの実施形態では、TCRは、(a)TRAV17 CDR1、TRAV17 CDR2、およびTRAV17 CDR3を含むTCRα鎖、および(b)TRBV11-2 CDR1、TRBV11-2 CDR2、およびTRBV11-2 CDR3を含むTCRβ鎖を含み、HLA-A*11:01分子の関連でVVGADGVGK(配列番号:7)を含むmRASペプチドに結合する。一つの実施形態では、TCRは、(a)TRAV17 CDR1、TRAV17 CDR2、およびTRAV17 CDR3を含むTCRα鎖、および(b)TRBV11-2 CDR1、TRBV11-2 CDR2、およびTRBV11-2 CDR3を含むTCRβ鎖を含み、HLA-A*11:01分子の関連でVVGARGVGK(配列番号:9)を含むmRASペプチドに結合する。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、以下からなる群から選択されるCDRの少なくとも一つを含む: TRAV17-CDR1:配列番号:45; TRAV17-CDR2:配列番号:50; TRAV17-CDR3:配列番号:47; TRBV11-2-CDR1:配列番号:37; TRBV11-2-CDR2:配列番号:51;およびTRBV11-2-CDR3:配列番号:52、またはバリアントまたはそれらのバリアント。一つの実施形態では、TCRは、以下からなる群から選択されるCDRの少なくとも一つを含み、RAS G12に対する相対位置にG12V、G12C、またはG12D変異を含むmRASペプチドに結合する: TRAV17-CDR1:配列番号:45; TRAV17-CDR2:配列番号:50; TRAV17-CDR3:配列番号:47; TRBV11-2-CDR1:配列番号:37; TRBV11-2-CDR2:配列番号:51;およびTRBV11-2-CDR3:配列番号:52、またはバリアントまたはそれらのバリアント。一つの実施形態では、TCRは、以下からなる群から選択されるCDRの少なくとも一つを含み、HLA-A*11:01分子の関連でVVGAVGVGK(配列番号:11)を含むmRASペプチドに結合する: TRAV17-CDR1:配列番号:45; TRAV17-CDR2:配列番号:50; TRAV17-CDR3:配列番号:47; TRBV11-2-CDR1:配列番号:37; TRBV11-2-CDR2:配列番号:51;およびTRBV11-2-CDR3:配列番号:52、またはバリアントまたはそれらのバリアント。一つの実施形態では、TCRは、以下からなる群から選択されるCDRの少なくとも一つを含み、HLA-A*11:01分子の関連でVVGACGVGK(配列番号:5)を含むmRASペプチドに結合する: TRAV17-CDR1:配列番号:45; TRAV17-CDR2:配列番号:50; TRAV17-CDR3:配列番号:47; TRBV11-2-CDR1:配列番号:37; TRBV11-2-CDR2:配列番号:51;およびTRBV11-2-CDR3:配列番号:52、またはバリアントまたはそれらのバリアント。一つの実施形態では、TCRは、以下からなる群から選択されるCDRの少なくとも一つを含み、HLA-A*11:01分子の関連でVVGADGVGK(配列番号:7)を含むmRASペプチドに結合する: TRAV17-CDR1:配列番号:45; TRAV17-CDR2:配列番号:50; TRAV17-CDR3:配列番号:47; TRBV11-2-CDR1:配列番号:37; TRBV11-2-CDR2:配列番号:51;およびTRBV11-2-CDR3:配列番号:52、またはバリアントまたはそれらのバリアント。一つの実施形態では、TCRは、以下からなる群から選択されるCDRの少なくとも一つを含み、HLA-A*11:01分子の関連でVVGARGVGK(配列番号:9)を含むmRASペプチドに結合する: TRAV17-CDR1:配列番号:45; TRAV17-CDR2:配列番号:50; TRAV17-CDR3:配列番号:47; TRBV11-2-CDR1:配列番号:37; TRBV11-2-CDR2:配列番号:51;およびTRBV11-2-CDR3:配列番号:52、またはバリアントまたはそれらのバリアント。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、以下からなる群から選択されるすべてのCDRを含む: TRAV17-CDR1:配列番号:45; TRAV17-CDR2:配列番号:50; TRAV17-CDR3:配列番号:47; TRBV11-2-CDR1:配列番号:37; TRBV11-2-CDR2:配列番号:51;およびTRBV11-2-CDR3:配列番号:52、またはバリアントまたはそれらのバリアント。一つの実施形態では、TCRは、以下からなる群から選択されるすべてのCDRを含み、RAS G12に対する相対位置にG12V、G12C、またはG12D変異を含むmRASペプチドに結合する: TRAV17-CDR1:配列番号:45; TRAV17-CDR2:配列番号:50; TRAV17-CDR3:配列番号:47; TRBV11-2-CDR1:配列番号:37; TRBV11-2-CDR2:配列番号:51;およびTRBV11-2-CDR3:配列番号:52、またはバリアントまたはそれらのバリアント。一つの実施形態では、TCRは、以下からなる群から選択されるすべてのCDRを含み、HLA-A*11:01分子の関連でVVGAVGVGK(配列番号:11)を含むmRASペプチドに結合する: TRAV17-CDR1:配列番号:45; TRAV17-CDR2:配列番号:50; TRAV17-CDR3:配列番号:47; TRBV11-2-CDR1:配列番号:37; TRBV11-2-CDR2:配列番号:51;およびTRBV11-2-CDR3:配列番号:52、またはバリアントまたはそれらのバリアント。一つの実施形態では、TCRは、以下からなる群から選択されるすべてのCDRを含み、HLA-A*11:01分子の関連でVVGACGVGK(配列番号:5)を含むmRASペプチドに結合する: TRAV17-CDR1:配列番号:45; TRAV17-CDR2:配列番号:50; TRAV17-CDR3:配列番号:47; TRBV11-2-CDR1:配列番号:37; TRBV11-2-CDR2:配列番号:51;およびTRBV11-2-CDR3:配列番号:52、またはバリアントまたはそれらのバリアント。一つの実施形態では、TCRは、以下からなる群から選択されるすべてのCDRを含み、HLA-A*11:01分子の関連でVVGADGVGK(配列番号:7)を含むmRASペプチドに結合する: TRAV17-CDR1:配列番号:45; TRAV17-CDR2:配列番号:50; TRAV17-CDR3:配列番号:47; TRBV11-2-CDR1:配列番号:37; TRBV11-2-CDR2:配列番号:51;およびTRBV11-2-CDR3:配列番号:52、またはバリアントまたはそれらのバリアント。一つの実施形態では、TCRは、以下からなる群から選択されるすべてのCDRを含み、HLA-A*11:01分子の関連でVVGARGVGK(配列番号:9)を含むmRASペプチドに結合する: TRAV17-CDR1:配列番号:45; TRAV17-CDR2:配列番号:50; TRAV17-CDR3:配列番号:47; TRBV11-2-CDR1:配列番号:37; TRBV11-2-CDR2:配列番号:51;およびTRBV11-2-CDR3:配列番号:52、またはバリアントまたはそれらのバリアント。
一つの実施形態では、組成物は、上記のTCRα鎖およびTCRβ鎖を含む融合タンパク質を含む。一つの実施形態では、融合タンパク質は、TCRα鎖をTCRβ鎖と分離するリンカードメインを含む。一つの実施形態では、リンカードメインは、切断可能なリンカードメインである。たとえば、一つの実施形態では、リンカードメインは、GSG-T2Aドメインを含む。一つの実施形態では、GSG-T2Aは、GSGEGRGSLLTCGDVEENPGP(配列番号:55)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、組成物は、以下のアミノ酸配列を含む融合タンパク質を含む: METLLGVSLVILWLQLARVNSQQGEEDPQALSIQEGENATMNCSYKTSINNLQWYRQNSGRGLVHLILIRSNEREKHSGRLRVTLDTSKKSSSLLITASRAADTASYFCATDPGGFKTIFGAGTRLFVKANIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSSGSGEGRGSLLTCGDVEENPGPMGTRLLCWAALCLLGAELTEAGVAQSPRYKIIEKRQSVAFWCNPISGHATLYWYQQILGQGPKLLIQFQNNGVVDDSQLPKDRFSAERLKGVDSTLKIQPAKLEDSAVYLCASSLYGGSISYEQYFGPGTRLTVTEDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG(配列番号:56)。
TCR896
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、以下のうちの一つまたは複数を含む:TCRα鎖のCDR1、CDR2、およびCDR3。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、以下のうちの一つまたは複数を含む:TCRα鎖のCDR1、CDR2、およびCDR3。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、T cell receptor alpha variable 19(TRAV19)CDR1を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV19 CDR1を含み、ここでTRAV19 CDR1は、ETRDTTYYL(配列番号:57)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV19 CDR2を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV19 CDR2を含み、ここでTRAV19 CDR2は、RRNSFDEQNE(配列番号:58)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV19 CDR3を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV19 CDR3を含み、ここでTRAV19 CDR3は、CALSEAGTYKYIF(配列番号:59)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV19 CDR1、TRAV19 CDR2、およびTRAV19 CDR3を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV19の可変領域を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV19の可変領域を含み、ここでTRAV19の可変領域は、AQKVTQAQTEISVVEKEDVTLDCVYETRDTTYYLFWYKQPPSGELVFLIRRNSFDEQNEISGRYSWNFQKSTSSFNFTITASQVVDSAVYFCALSE(配列番号:171)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、定常領域を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、定常領域を含み、ここで定常領域は、IQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS(配列番号:60)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、TCRは、MLTASLLRAVIASICVVSSMAQKVTQAQTEISVVEKEDVTLDCVYETRDTTYYLFWYKQPPSGELVFLIRRNSFDEQNEISGRYSWNFQKSTSSFNFTITASQVVDSAVYFCALSEAGTYKYIFGTGTRLKVLANIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS(配列番号:61)のアミノ酸配列を含むTCRα鎖を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、以下のうちの一つまたは複数を含む:TCRβ鎖のCDR1、CDR2、およびCDR3。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、T cell receptor beta variable 9(TRBV9)CDR1を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV9 CDR1を含み、ここでTRBV9 CDR1は、RSGDLSV(配列番号:62)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV9 CDR2を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV9 CDR2を含み、ここでTRBV9 CDR2は、QYYNGEER(配列番号:63)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV9 CDR3を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV9 CDR3を含み、ここでTRBV9 CDR3は、CASSVAGGGQETQYF(配列番号:64)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV9 CDR1、TRBV9 CDR2、およびTRBV9 CDR3を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV9の可変領域を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV9の可変領域を含み、ここでTRBV9の可変領域は、DSGVTQTPKHLITATGQRVTLRCSPRSGDLSVYWYQQSLDQGLQFLIQYYNGEERAKGNILERFSAQQFPDLHSELNLSSLELGDSALYFCASSV(配列番号:172)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、定常領域を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、定常領域を含み、ここで定常領域は、EDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG(配列番号:65)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、TCRは、MGFRLLCCVAFCLLGAGPVDSGVTQTPKHLITATGQRVTLRCSPRSGDLSVYWYQQSLDQGLQFLIQYYNGEERAKGNILERFSAQQFPDLHSELNLSSLELGDSALYFCASSVAGGGQETQYFGPGTRLLVLEDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG(配列番号:66)のアミノ酸配列を含むTCRβ鎖を含む。
一つの実施形態では、TCRは、(a)TRAV19 CDR1、TRAV19 CDR2、およびTRAV19 CDR3のうちの一つまたは複数を含むTCRα鎖、および(b)TRBV9 CDR1、TRBV9 CDR2、およびTRBV9 CDR3のうちの一つまたは複数を含むTCRβ鎖を含む。一つの実施形態では、TCRは、(a)TRAV19 CDR1、TRAV19 CDR2、およびTRAV19 CDR3のうちの一つまたは複数を含むTCRα鎖、および(b)TRBV9 CDR1、TRBV9 CDR2、およびTRBV9 CDR3のうちの一つまたは複数を含むTCRβ鎖を含み、RAS G12に対する相対位置にG12V変異を含むmRASペプチドに結合する。一つの実施形態では、TCRは、(a)TRAV19 CDR1、TRAV19 CDR2、およびTRAV19 CDR3のうちの一つまたは複数を含むTCRα鎖、および(b)TRBV9 CDR1、TRBV9 CDR2、およびTRBV9 CDR3のうちの一つまたは複数を含むTCRβ鎖を含み、HLA-A*03:01分子の関連でVVGAVGVGK(配列番号:11)またはVVVGAVGVGK(配列番号:12)を含むmRASペプチドに結合する。
一つの実施形態では、TCRは、(a)TRAV19 CDR1、TRAV19 CDR2、およびTRAV19 CDR3を含むTCRα鎖、および(b)TRBV9 CDR1、TRBV9 CDR2、およびTRBV9 CDR3を含むTCRβ鎖を含む。一つの実施形態では、TCRは、(a)TRAV19 CDR1、TRAV19 CDR2、およびTRAV19 CDR3を含むTCRα鎖、および(b)TRBV9 CDR1、TRBV9 CDR2、およびTRBV9 CDR3を含むTCRβ鎖を含み、RAS G12に対する相対位置にG12V変異を含むmRASペプチドに結合する。一つの実施形態では、TCRは、(a)TRAV19 CDR1、TRAV19 CDR2、およびTRAV19 CDR3を含むTCRα鎖、および(b)TRBV9 CDR1、TRBV9 CDR2、およびTRBV9 CDR3を含むTCRβ鎖を含み、HLA-A*03:01分子の関連でVVGAVGVGK(配列番号:11)またはVVVGAVGVGK(配列番号:12)を含むmRASペプチドに結合する。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、以下からなる群から選択されるCDRの少なくとも一つを含む: TRAV19-CDR1:配列番号:57; TRAV19-CDR2:配列番号:58; TRAV19-CDR3:配列番号:59; TRBV9-CDR1:配列番号:62; TRBV9-CDR2:配列番号:63;およびTRBV9-CDR3:配列番号:64、またはバリアントまたはそれらのバリアント。一つの実施形態では、TCRは、以下からなる群から選択されるCDRの少なくとも一つを含み、RAS G12に対する相対位置にG12V変異を含むmRASペプチドに結合する: TRAV19-CDR1:配列番号:57; TRAV19-CDR2:配列番号:58; TRAV19-CDR3:配列番号:59; TRBV9-CDR1:配列番号:62; TRBV9-CDR2:配列番号:63;およびTRBV9-CDR3:配列番号:64、またはバリアントまたはそれらのバリアント。一つの実施形態では、TCRは、以下からなる群から選択されるCDRの少なくとも一つを含み、HLA-A*03:01分子の関連でVVGAVGVGK(配列番号:11)またはVVVGAVGVGK(配列番号:12)を含むmRASペプチドに結合する: TRAV19-CDR1:配列番号:57; TRAV19-CDR2:配列番号:58; TRAV19-CDR3:配列番号:59; TRBV9-CDR1:配列番号:62; TRBV9-CDR2:配列番号:63;およびTRBV9-CDR3:配列番号:64、またはバリアントまたはそれらのバリアント。
別の実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、以下からなる群から選択されるすべてのCDRを含む: TRAV19-CDR1:配列番号:57; TRAV19-CDR2:配列番号:58; TRAV19-CDR3:配列番号:59; TRBV9-CDR1:配列番号:62; TRBV9-CDR2:配列番号:63;およびTRBV9-CDR3:配列番号:64、またはバリアントまたはそれらのバリアント。一つの実施形態では、TCRは、以下からなる群から選択されるすべてのCDRを含み、RAS G12に対する相対位置にG12V変異を含むmRASペプチドに結合する: TRAV19-CDR1:配列番号:57; TRAV19-CDR2:配列番号:58; TRAV19-CDR3:配列番号:59; TRBV9-CDR1:配列番号:62; TRBV9-CDR2:配列番号:63;およびTRBV9-CDR3:配列番号:64、またはバリアントまたはそれらのバリアント。一つの実施形態では、TCRは、以下からなる群から選択されるすべてのCDRを含み、HLA-A*03:01分子の関連でVVGAVGVGK(配列番号:11)またはVVVGAVGVGK(配列番号:12)を含むmRASペプチドに結合する: TRAV19-CDR1:配列番号:57; TRAV19-CDR2:配列番号:58; TRAV19-CDR3:配列番号:59; TRBV9-CDR1:配列番号:62; TRBV9-CDR2:配列番号:63;およびTRBV9-CDR3:配列番号:64、またはバリアントまたはそれらのバリアント。
一つの実施形態では、組成物は、上記のTCRα鎖およびTCRβ鎖を含む融合タンパク質を含む。一つの実施形態では、融合タンパク質は、TCRα鎖をTCRβ鎖と分離するリンカードメインを含む。一つの実施形態では、リンカードメインは、切断可能なリンカードメインである。たとえば、一つの実施形態では、リンカードメインは、GSG-T2Aドメインを含む。一つの実施形態では、GSG-T2Aは、GSGEGRGSLLTCGDVEENPGP(配列番号:67)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、組成物は、以下のアミノ酸配列を含む融合タンパク質を含む: MLTASLLRAVIASICVVSSMAQKVTQAQTEISVVEKEDVTLDCVYETRDTTYYLFWYKQPPSGELVFLIRRNSFDEQNEISGRYSWNFQKSTSSFNFTITASQVVDSAVYFCALSEAGTYKYIFGTGTRLKVLANIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSSGSGEGRGSLLTCGDVEENPGPMGFRLLCCVAFCLLGAGPVDSGVTQTPKHLITATGQRVTLRCSPRSGDLSVYWYQQSLDQGLQFLIQYYNGEERAKGNILERFSAQQFPDLHSELNLSSLELGDSALYFCASSVAGGGQETQYFGPGTRLLVLEDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG(配列番号:68)。
TCR847
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、以下のうちの一つまたは複数を含む:TCRα鎖のCDR1、CDR2、およびCDR3。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、以下のうちの一つまたは複数を含む:TCRα鎖のCDR1、CDR2、およびCDR3。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、T cell receptor alpha variable 17(TRAV17)CDR1を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV17 CDR1を含み、ここでTRAV17 CDR1は、KTSINNL(配列番号:69)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV17 CDR2を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV17 CDR2を含み、ここでTRAV17 CDR2は、LIRSNEREK(配列番号:70)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV17 CDR3を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV17 CDR3を含み、ここでTRAV17 CDR3は、CATFPNFGNEKLTF(配列番号:71)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV17 CDR1、TRAV17 CDR2、およびTRAV17 CDR3を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV17の可変領域を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV17の可変領域を含み、ここでTRAV17の可変領域は、SQQGEEDPQALSIQEGENATMNCSYKTSINNLQWYRQNSGRGLVHLILIRSNEREKHSGRLRVTLDTSKKSSSLLITASRAADTASYFCATF(配列番号:173)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、定常領域を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、定常領域を含み、ここで定常領域は、IQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS(配列番号:72)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、TCRは、METLLGVSLVILWLQLARVNSQQGEEDPQALSIQEGENATMNCSYKTSINNLQWYRQNSGRGLVHLILIRSNEREKHSGRLRVTLDTSKKSSSLLITASRAADTASYFCATFPNFGNEKLTFGTGTRLTIIPNIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS(配列番号:73)のアミノ酸配列を含むTCRα鎖を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、以下のうちの一つまたは複数を含む:TCRβ鎖のCDR1、CDR2、およびCDR3。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、T cell receptor beta variable 10-3(TRBV10-3)CDR1を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV10-3 CDR1を含み、ここでTRBV10-3 CDR1は、TENHRYM(配列番号:74)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV10-3 CDR2を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV10-3 CDR2を含み、ここでTRBV10-3 CDR2は、YSYGVKDT(配列番号:75)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV10-3 CDR3を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV10-3 CDR3を含み、ここでTRBV10-3 CDR3は、CAISESERYYEQYF(配列番号:76)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV10-3 CDR1、TRBV10-3 CDR2、およびTRBV10-3 CDR3を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV10-3の可変領域を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV10-3の可変領域を含み、ここでTRBV10-3の可変領域は、DAGITQSPRHKVTETGTPVTLRCHQTENHRYMYWYRQDPGHGLRLIHYSYGVKDTDKGEVSDGYSVSRSKTEDFLLTLESATSSQTSVYFCAISE(配列番号:174)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、定常領域を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、定常領域を含み、ここで定常領域は、EDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG(配列番号:77)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、TCRは、MGTRLFFYVALCLLWTGHMDAGITQSPRHKVTETGTPVTLRCHQTENHRYMYWYRQDPGHGLRLIHYSYGVKDTDKGEVSDGYSVSRSKTEDFLLTLESATSSQTSVYFCAISESERYYEQYFGPGTRLTVTEDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG(配列番号:78)のアミノ酸配列を含むTCRβ鎖を含む。
一つの実施形態では、TCRは、(a)TRAV17 CDR1、TRAV17 CDR2、およびTRAV17 CDR3のうちの一つまたは複数を含むTCRα鎖、および(b)TRBV10-3 CDR1、TRBV10-3 CDR2、およびTRBV10-3 CDR3のうちの一つまたは複数を含むTCRβ鎖を含む。一つの実施形態では、TCRは、(a)TRAV17 CDR1、TRAV17 CDR2、およびTRAV17 CDR3のうちの一つまたは複数を含むTCRα鎖、および(b)TRBV10-3 CDR1、TRBV10-3 CDR2、およびTRBV10-3 CDR3のうちの一つまたは複数を含むTCRβ鎖を含み、RAS G12に対する相対位置にG12R変異を含むmRASペプチドに結合する。一つの実施形態では、TCRは、(a)TRAV17 CDR1、TRAV17 CDR2、およびTRAV17 CDR3のうちの一つまたは複数を含むTCRα鎖、および(b)TRBV10-3 CDR1、TRBV10-3 CDR2、およびTRBV10-3 CDR3のうちの一つまたは複数を含むTCRβ鎖を含み、HLA-B*07:02分子の関連でGARGVGKSAL(配列番号:15)を含むmRASペプチドに結合する。
一つの実施形態では、TCRは、(a)TRAV17 CDR1、TRAV17 CDR2、およびTRAV17 CDR3を含むTCRα鎖、および(b)TRBV10-3 CDR1、TRBV10-3 CDR2、およびTRBV10-3 CDR3を含むTCRβ鎖を含む。一つの実施形態では、TCRは、(a)TRAV17 CDR1、TRAV17 CDR2、およびTRAV17 CDR3を含むTCRα鎖、および(b)TRBV10-3 CDR1、TRBV10-3 CDR2、およびTRBV10-3 CDR3を含むTCRβ鎖を含み、RAS G12に対する相対位置にG12R変異を含むmRASペプチドに結合する。一つの実施形態では、TCRは、(a)TRAV17 CDR1、TRAV17 CDR2、およびTRAV17 CDR3を含むTCRα鎖、および(b)TRBV10-3 CDR1、TRBV10-3 CDR2、およびTRBV10-3 CDR3を含むTCRβ鎖を含み、HLA-B*07:02分子の関連でGARGVGKSAL(配列番号:15)を含むmRASペプチドに結合する。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、以下からなる群から選択されるCDRの少なくとも一つを含む: TRAV17-CDR1:配列番号:69; TRAV17-CDR2:配列番号:70; TRAV17-CDR3:配列番号:71; TRBV10-3-CDR1:配列番号:74; TRBV10-3-CDR2:配列番号:75;およびTRBV10-3-CDR3:配列番号:76、またはバリアントまたはそれらのバリアント。一つの実施形態では、TCRは、以下からなる群から選択されるCDRの少なくとも一つを含み、RAS G12に対する相対位置にG12R変異を含むmRASペプチドに結合する: TRAV17-CDR1:配列番号:69; TRAV17-CDR2:配列番号:70; TRAV17-CDR3:配列番号:71; TRBV10-3-CDR1:配列番号:74; TRBV10-3-CDR2:配列番号:75;およびTRBV10-3-CDR3:配列番号:76、またはバリアントまたはそれらのバリアント。一つの実施形態では、TCRは、以下からなる群から選択されるCDRの少なくとも一つを含み、HLA-B*07:02分子の関連でGARGVGKSAL(配列番号:15)を含むmRASペプチドに結合する: TRAV17-CDR1:配列番号:69; TRAV17-CDR2:配列番号:70; TRAV17-CDR3:配列番号:71; TRBV10-3-CDR1:配列番号:74; TRBV10-3-CDR2:配列番号:75;およびTRBV10-3-CDR3:配列番号:76、またはバリアントまたはそれらのバリアント。
別の実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12R変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、以下からなる群から選択されるすべてのCDRを含む: TRAV17-CDR1:配列番号:69; TRAV17-CDR2:配列番号:70; TRAV17-CDR3:配列番号:71; TRBV10-3-CDR1:配列番号:74; TRBV10-3-CDR2:配列番号:75;およびTRBV10-3-CDR3:配列番号:76、またはバリアントまたはそれらのバリアント。一つの実施形態では、TCRは、以下からなる群から選択されるすべてのCDRを含み、RAS G12に対する相対位置にG12R変異を含むmRASペプチドに結合する: TRAV17-CDR1:配列番号:69; TRAV17-CDR2:配列番号:70; TRAV17-CDR3:配列番号:71; TRBV10-3-CDR1:配列番号:74; TRBV10-3-CDR2:配列番号:75;およびTRBV10-3-CDR3:配列番号:76、またはバリアントまたはそれらのバリアント。一つの実施形態では、TCRは、以下からなる群から選択されるすべてのCDRを含み、HLA-B*07:02分子の関連でGARGVGKSAL(配列番号:15)を含むmRASペプチドに結合する: TRAV17-CDR1:配列番号:69; TRAV17-CDR2:配列番号:70; TRAV17-CDR3:配列番号:71; TRBV10-3-CDR1:配列番号:74; TRBV10-3-CDR2:配列番号:75;およびTRBV10-3-CDR3:配列番号:76、またはバリアントまたはそれらのバリアント。
一つの実施形態では、組成物は、上記のTCRα鎖およびTCRβ鎖を含む融合タンパク質を含む。一つの実施形態では、融合タンパク質は、TCRα鎖をTCRβ鎖と分離するリンカードメインを含む。一つの実施形態では、リンカードメインは、切断可能なリンカードメインである。たとえば、一つの実施形態では、リンカードメインは、GSG-T2Aドメインを含む。一つの実施形態では、GSG-T2Aは、GSGEGRGSLLTCGDVEENPGP(配列番号:79)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、組成物は、以下のアミノ酸配列を含む融合タンパク質を含む: METLLGVSLVILWLQLARVNSQQGEEDPQALSIQEGENATMNCSYKTSINNLQWYRQNSGRGLVHLILIRSNEREKHSGRLRVTLDTSKKSSSLLITASRAADTASYFCATFPNFGNEKLTFGTGTRLTIIPNIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSSGSGEGRGSLLTCGDVEENPGPMGTRLFFYVALCLLWTGHMDAGITQSPRHKVTETGTPVTLRCHQTENHRYMYWYRQDPGHGLRLIHYSYGVKDTDKGEVSDGYSVSRSKTEDFLLTLESATSSQTSVYFCAISESERYYEQYFGPGTRLTVTEDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG(配列番号:80)。
TCR864
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、以下のうちの一つまたは複数を含む:TCRα鎖のCDR1、CDR2、およびCDR3。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、以下のうちの一つまたは複数を含む:TCRα鎖のCDR1、CDR2、およびCDR3。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、T cell receptor alpha variable 4(TRAV4)CDR1を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV4 CDR1を含み、ここでTRAV4 CDR1は、NNIATNDYI(配列番号:81)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV4 CDR2を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV4 CDR2を含み、ここでTRAV4 CDR2は、QGYKTKV(配列番号:82)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV4 CDR3を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV4 CDR3を含み、ここでTRAV4 CDR3は、CLVGDFNSNSGYALNF(配列番号:83)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV4 CDR1、TRAV4 CDR2、およびTRAV4 CDR3を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV4の可変領域を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRAV4の可変領域を含み、ここでTRAV4の可変領域は、LAKTTQPISMDSYEGQEVNITCSHNNIATNDYITWYQQFPSQGPRFIIQGYKTKVTNEVASLFIPADRKSSTLSLPRVSLSDTAVYYCLVGD(配列番号:175)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、定常領域を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、定常領域を含み、ここで定常領域は、IQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS(配列番号:84)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、TCRは、MRQVARVIVFLTLSTLSLAKTTQPISMDSYEGQEVNITCSHNNIATNDYITWYQQFPSQGPRFIIQGYKTKVTNEVASLFIPADRKSSTLSLPRVSLSDTAVYYCLVGDFNSNSGYALNFGKGTSLLVTPHIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS(配列番号:85)のアミノ酸配列を含むTCRα鎖を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、以下のうちの一つまたは複数を含む:TCRβ鎖のCDR1、CDR2、およびCDR3。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、T cell receptor beta variable 7-2(TRBV7-2)CDR1を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV7-2 CDR1を含み、ここでTRBV7-2 CDR1は、ISGHTAL(配列番号:86)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV7-2 CDR2を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV7-2 CDR2を含み、ここでTRBV7-2 CDR2は、YFQGNSAP(配列番号:87)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV7-2 CDR3を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV7-2 CDR3を含み、ここでTRBV7-2 CDR3は、CASKVYGYTF(配列番号:88)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV7-2 CDR1、TRBV7-2 CDR2、およびTRBV7-2 CDR3を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV7-2の可変領域を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、TRBV7-2の可変領域を含み、ここでTRBV7-2の可変領域は、GAGVSQSPSNKVTEKGKDVELRCDPISGHTALYWYRQRLGQGLEFLIYFQGNSAPDKSGLPSDRFSAERTGESVSTLTIQRTQQEDSAVYLCASK(配列番号:176)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12R変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、定常領域を含む。一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12R変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、定常領域を含み、ここで定常領域は、EDLNKVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFFPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSVSYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDF(配列番号:89)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、TCRは、MGTRLLFWVAFCLLGAYHTGAGVSQSPSNKVTEKGKDVELRCDPISGHTALYWYRQRLGQGLEFLIYFQGNSAPDKSGLPSDRFSAERTGESVSTLTIQRTQQEDSAVYLCASKVYGYTFGSGTRLTVVEDLNKVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFFPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSVSYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDF(配列番号:90)のアミノ酸配列を含むTCRβ鎖を含む。
一つの実施形態では、TCRは、(a)TRAV4 CDR1、TRAV4 CDR2、およびTRAV4 CDR3のうちの一つまたは複数を含むTCRα鎖、および(b)TRBV7-2 CDR1、TRBV7-2 CDR2、およびTRBV7-2 CDR3のうちの一つまたは複数を含むTCRβ鎖を含む。一つの実施形態では、TCRは、(a)TRAV4 CDR1、TRAV4 CDR2、およびTRAV4 CDR3のうちの一つまたは複数を含むTCRα鎖、および(b)TRBV7-2 CDR1、TRBV7-2 CDR2、およびTRBV7-2 CDR3のうちの一つまたは複数を含むTCRβ鎖を含み、RAS G12に対する相対位置にG12R変異を含むmRASペプチドに結合する。一つの実施形態では、TCRは、(a)TRAV4 CDR1、TRAV4 CDR2、およびTRAV4 CDR3のうちの一つまたは複数を含むTCRα鎖、および(b)TRBV7-2 CDR1、TRBV7-2 CDR2、およびTRBV7-2 CDR3のうちの一つまたは複数を含むTCRβ鎖を含み、HLA-B*07:02分子の関連でGARGVGKSAL(配列番号:15)を含むmRASペプチドに結合する。
一つの実施形態では、TCRは、(a)TRAV4 CDR1、TRAV4 CDR2、およびTRAV4 CDR3を含むTCRα鎖、および(b)TRBV7-2 CDR1、TRBV7-2 CDR2、およびTRBV7-2 CDR3を含むTCRβ鎖を含む。一つの実施形態では、TCRは、(a)TRAV4 CDR1、TRAV4 CDR2、およびTRAV4 CDR3を含むTCRα鎖、および(b)TRBV7-2 CDR1、TRBV7-2 CDR2、およびTRBV7-2 CDR3を含むTCRβ鎖を含み、RAS G12に対する相対位置にG12R変異を含むmRASペプチドに結合する。一つの実施形態では、TCRは、(a)TRAV4 CDR1、TRAV4 CDR2、およびTRAV4 CDR3を含むTCRα鎖、および(b)TRBV7-2 CDR1、TRBV7-2 CDR2、およびTRBV7-2 CDR3を含むTCRβ鎖を含み、HLA-B*07:02分子の関連でGARGVGKSAL(配列番号:15)を含むmRASペプチドに結合する。
一つの実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12R変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、以下からなる群から選択されるCDRの少なくとも一つを含む: TRAV4-CDR1:配列番号:81; TRAV4-CDR2:配列番号:82; TRAV4-CDR3:配列番号:83; TRBV7-2-CDR1:配列番号:86; TRBV7-2-CDR2:配列番号:87;およびTRBV7-2-CDR3:配列番号:88、またはバリアントまたはそれらのバリアント。一つの実施形態では、TCRは、以下からなる群から選択されるCDRの少なくとも一つを含み、RAS G12に対する相対位置にG12R変異を含むmRASペプチドに結合する: TRAV4-CDR1:配列番号:81; TRAV4-CDR2:配列番号:82; TRAV4-CDR3:配列番号:83; TRBV7-2-CDR1:配列番号:86; TRBV7-2-CDR2:配列番号:87;およびTRBV7-2-CDR3:配列番号:88、またはバリアントまたはそれらのバリアント。一つの実施形態では、TCRは、以下からなる群から選択されるCDRの少なくとも一つを含み、HLA-B*07:02分子の関連でGARGVGKSAL(配列番号:15)を含むmRASペプチドに結合する: TRAV4-CDR1:配列番号:81; TRAV4-CDR2:配列番号:82; TRAV4-CDR3:配列番号:83; TRBV7-2-CDR1:配列番号:86; TRBV7-2-CDR2:配列番号:87;およびTRBV7-2-CDR3:配列番号:88、またはバリアントまたはそれらのバリアント。
別の実施形態では、RAS G12に対応する位置にG12R変異を有するmRASペプチドに特異的に結合するTCRは、以下からなる群から選択されるすべてのCDRを含む: TRAV4-CDR1:配列番号:81; TRAV4-CDR2:配列番号:82; TRAV4-CDR3:配列番号:83; TRBV7-2-CDR1:配列番号:86; TRBV7-2-CDR2:配列番号:87;およびTRBV7-2-CDR3:配列番号:88、またはバリアントまたはそれらのバリアント。一つの実施形態では、TCRは、以下からなる群から選択されるすべてのCDRを含み、RAS G12に対する相対位置にG12R変異を含むmRASペプチドに結合する: TRAV4-CDR1:配列番号:81; TRAV4-CDR2:配列番号:82; TRAV4-CDR3:配列番号:83; TRBV7-2-CDR1:配列番号:86; TRBV7-2-CDR2:配列番号:87;およびTRBV7-2-CDR3:配列番号:88、またはバリアントまたはそれらのバリアント。一つの実施形態では、TCRは、以下からなる群から選択されるすべてのCDRを含み、HLA-B*07:02分子の関連でGARGVGKSAL(配列番号:15)を含むmRASペプチドに結合する: TRAV4-CDR1:配列番号:81; TRAV4-CDR2:配列番号:82; TRAV4-CDR3:配列番号:83; TRBV7-2-CDR1:配列番号:86; TRBV7-2-CDR2:配列番号:87;およびTRBV7-2-CDR3:配列番号:88、またはバリアントまたはそれらのバリアント。
一つの実施形態では、組成物は、上記のTCRα鎖およびTCRβ鎖を含む融合タンパク質を含む。一つの実施形態では、融合タンパク質は、TCRα鎖をTCRβ鎖と分離するリンカードメインを含む。一つの実施形態では、リンカードメインは、切断可能なリンカードメインである。たとえば、一つの実施形態では、リンカードメインは、GSG-T2Aドメインを含む。一つの実施形態では、GSG-T2Aは、GSGEGRGSLLTCGDVEENPGP(配列番号:91)のアミノ酸配列を含む。
一つの実施形態では、組成物は、以下のアミノ酸配列を含む融合タンパク質を含む: MRQVARVIVFLTLSTLSLAKTTQPISMDSYEGQEVNITCSHNNIATNDYITWYQQFPSQGPRFIIQGYKTKVTNEVASLFIPADRKSSTLSLPRVSLSDTAVYYCLVGDFNSNSGYALNFGKGTSLLVTPHIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSSGSGEGRGSLLTCGDVEENPGPMGTRLLFWVAFCLLGAYHTGAGVSQSPSNKVTEKGKDVELRCDPISGHTALYWYRQRLGQGLEFLIYFQGNSAPDKSGLPSDRFSAERTGESVSTLTIQRTQQEDSAVYLCASKVYGYTFGSGTRLTVVEDLNKVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFFPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSVSYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDF(配列番号:92)。
特定の実施形態では、組成物は、TCRα鎖およびTCRβ鎖を分離するリンカードメインを含む融合タンパク質を含む。一つの実施形態では、リンカードメインは、切断可能なリンカードメインである。α鎖およびβ鎖の機能が保持されるように、任意の好適なリンカードメインを使用することができる。
特定の実施形態では、組成物は、本明細書に記載のmRASペプチド、TCR、またはそれらの一部のアミノ酸配列と実質的に相同であり、元のアミノ酸配列の機能を保持するアミノ酸配列を含むペプチドまたはポリペプチド(たとえば、mRASペプチド抗原またはTCR)を含む。たとえば、特定の実施形態では、アミノ酸配列は、元のアミノ酸配列に対して少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、または少なくとも99.5%の同一性の程度を有する。
一部の実施形態において、組成物は、1つ以上、2つ以上、3つ以上、4つ以上、5つ以上、6つ以上、7つ以上、8つ以上、9つ以上、または10つ以上の、本明細書に記載のmRASペプチドまたはTCR、またはそれらの一部のアミノ酸配列に関する点変異等の変異を有するペプチドを含む。
一部の実施形態では、TCRは、本明細書に記載される一つまたは複数のCDR配列と少なくとも約85%のアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を含む。本発明は、本明細書に記載のCDR配列と少なくとも約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、99%、または100%同一であるCDR配列を有するTCRを包含する。
一つの実施形態では、組成物は、本明細書に記載のCDR配列に対して少なくとも約85%の同一性のCDR配列を有するポリペプチドを含む。本発明は、本明細書に記載のCDR配列と少なくとも約85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、99%、または100%同一であるCDR配列を有するポリペプチドを包含する。
本発明のペプチドは、化学的方法を使用して作製することができる。たとえば、ペプチドは、固相技術(Roberge J Y et al (1995) Science 269: 202-204)によって合成され、樹脂から切断され、そして分取高速液体クロマトグラフィーによって精製することができる。自動合成は、たとえば、製造業者によって提供された指示に従って、ABI 431 Aペプチドシンセサイザー(Perkin Elmer)を使用して行うことができる。あるいは、ペプチドは、組換え手段によって、またはより長いポリペプチドからの切断によって作製することができる。ペプチドの組成は、アミノ酸分析または配列決定によって確認することができる。
本発明によるポリペプチドのバリアントは、(i)一つまたは複数のアミノ酸残基が保存または非保存アミノ酸残基(好ましくは保存アミノ酸残基)で置換され、そのような置換アミノ酸残基が遺伝暗号によってコードされるものである場合もそうでない場合もあるもの、(ii)一つまたは複数の修飾アミノ酸残基、たとえば、置換基の結合によって修飾された残基が存在するもの、(iii)ポリペプチドが本発明のポリペプチドの選択的スプライシングバリアントであるもの、(iv)ポリペプチドの断片、および/または(v)ポリペプチドが、リーダーまたは分泌配列、あるいは精製(たとえば、Hisタグ)または検出(たとえば、Sv5エピトープタグ)に使用される配列等の別のポリペプチドと融合しているものであってもよい。断片は、元の配列のタンパク質分解切断(マルチサイトタンパク質分解を含む)を介して生成されたポリペプチドを含む。バリアントは、翻訳後または化学的に修飾されていてもよい。そのようなバリアントは、本明細書の教示から当業者の範囲内であると見なされる。
当技術分野で知られているように、2つのポリペプチド間の「類似性」は、アミノ酸配列および1つのポリペプチドのその保存されたアミノ酸置換物を第二のポリペプチドの配列と比較することによって決定される。バリアントは、元の配列とは異なる、好ましくは対象のセグメントあたりの残基の40%未満で元の配列とは異なるポリペプチド配列、より好ましくは対象のセグメントあたりの残基の25%未満で元の配列とは異なるポリペプチド配列、より好ましくは対象のセグメントあたりの残基の10%未満で元の配列とは異なるポリペプチド配列、最も好ましくは、バリアントは、目的のセグメントあたりわずか数残基で元のタンパク質配列とは異なるポリペプチド配列を含むと同時に、元の配列の機能性および/またはユビキチンまたはユビキチン化されたタンパク質に結合する能力を保存するために元の配列と十分に相同であるように定義される。本発明は、元のアミノ酸配列と少なくとも60%、65%、70%、72%、74%、76%、78%、80%、90%、または95%相同または同一であるアミノ酸配列を含む。2つのポリペプチド間の同一性の程度は、当業者に広く知られているコンピュータアルゴリズムおよび方法を使用して決定される。2つのアミノ酸配列間の同一性は、好ましくは、BLASTPアルゴリズム[BLAST Manual, Altschul, S., et al., NCBI NLM NIH Bethesda, Md. 20894, Altschul, S., et al., J. Mol. Biol. 215: 403-410 (1990)]を使用することによって決定される。
本発明のポリペプチドは、翻訳後修飾することができる。たとえば、本発明の範囲内にある翻訳後修飾は、シグナルペプチド切断、グリコシル化、アセチル化、イソプレニル化、タンパク質分解、ミリストイル化、タンパク質フォールディングおよびタンパク質分解プロセシング等を含む。いくつかの修飾またはプロセシングイベントは、追加の生物学的機構の導入を必要とする。たとえば、シグナルペプチド切断およびコアグリコシル化等のプロセシングイベントは、イヌミクロソーム膜またはアフリカツメガエル卵抽出物(米国特許第6,103,489号)を標準的な翻訳反応に添加することによって研究される。
本発明のポリペプチドは、翻訳後修飾によって、または翻訳中に非天然アミノ酸を導入することによって形成される非天然アミノ酸を含みうる。タンパク質翻訳中に非天然アミノ酸を導入するためのさまざまなアプローチが利用可能である。例として、サプレッサー特性を有するtRNA、サプレッサーtRNA等の特別なtRNAが、部位特異的非天然アミノ酸置換(SNAAR)のプロセスで使用されてきた。SNAARでは、mRNAおよびサプレッサーtRNAに固有のコドンが必要であり、タンパク質合成中に非天然アミノ酸を固有の部位にターゲティングするように作用する(国際公開第90/05785号に記載)。ただし、サプレッサーtRNAは、タンパク質翻訳システムに存在するアミノアシルtRNAシンテターゼによって認識されてはならない。場合によっては、非天然アミノ酸は、天然アミノ酸を特異的に修飾し、アミノアシル化tRNAの機能的活性を有意に変化させない化学反応を使用してtRNA分子がアミノアシル化された後に形成することができる。これらの反応は、アミノアシル化後修飾と呼ばれる。たとえば、同族のtRNA(tRNALYS)に結合したリジンのイプシロンアミノ基は、アミン特異的な光親和性標識で修飾することができる。
本発明のペプチドは、塩酸、硫酸、臭化水素酸、リン酸等の無機酸、またはギ酸、酢酸、プロピオン酸、グリコール酸、乳酸、ピルビン酸、シュウ酸、コハク酸、リンゴ酸、酒石酸、クエン酸、安息香酸、サリチル酸、ベンゼンスルホン酸、およびトルエンスルホン酸等の有機酸と反応することにより、医薬塩に変換することができる。
核酸分子
一つの態様では、本発明は、本明細書に記載のペプチドまたはポリペプチドのうちの一つまたは複数をコードする単離された核酸分子を含む組成物を提供する。たとえば、特定の態様では、組成物は、本明細書に記載のペプチドまたはポリペプチドのうちの一つまたは複数をコードするDNA、RNA、mRNA、またはcDNAを含む。
一つの態様では、本発明は、本明細書に記載のペプチドまたはポリペプチドのうちの一つまたは複数をコードする単離された核酸分子を含む組成物を提供する。たとえば、特定の態様では、組成物は、本明細書に記載のペプチドまたはポリペプチドのうちの一つまたは複数をコードするDNA、RNA、mRNA、またはcDNAを含む。
一つの実施形態では、組成物は、本明細書に記載の一つまたは複数の抗原性mRASペプチドをコードする一つまたは複数の単離された核酸分子を含む。たとえば、一つの実施形態では、組成物は、配列番号:1~16から選択されるアミノ酸配列を含む一つまたは複数の抗原性mRASペプチドをコードする一つまたは複数の単離された核酸分子を含む。
一つの実施形態では、核酸分子は、配列番号:1~92から選択されるアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む。一つの実施形態では、核酸分子は、配列番号:1~92から選択されるアミノ酸配列と実質的な相同性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む。たとえば、特定の実施形態では、核酸分子は、配列番号:1~92から選択されるアミノ酸配列と少なくとも60%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または99.5%同一であるアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む。特定の実施形態では、核酸分子は、配列番号:1~92から選択されるアミノ酸配列と比較して、1つ以上、2つ以上、3つ以上、4つ以上、5つ以上、6つ以上、7つ以上、8つ以上、9つ、または10以上の変異、たとえば点変異を含む。
一つの実施形態では、組成物は、本明細書に記載の一つまたは複数のTCR、本明細書に記載の一つまたは複数のCDR、本明細書に記載の一つまたは複数のα鎖、本明細書に記載の一つまたは複数のβドメイン、本明細書に記載の一つまたは複数の可変ドメイン、本明細書に記載の一つまたは複数の定常ドメイン、本明細書に記載の一つまたは複数のリンカー、または本明細書に記載の一つまたは複数の融合タンパク質をコードする単離された核酸分子を含む。
TCR831をコードする核酸分子
実施形態では、単離された核酸分子は、TRAV39 CDR1、TRAV39 CDR2、およびTRAV39 CDR3の一つまたは複数を含むTCRα鎖を含むTCRをコードする。実施形態では、単離された核酸分子は、配列番号:17のアミノ酸配列を含むTRAV39 CDR1、配列番号:18のアミノ酸配列を含むTRAV39 CDR2、および配列番号:19のアミノ酸配列を含むTRAV39 CDR3の一つまたは複数を含むTCRα鎖を含むTCRをコードする。一つの実施形態では、TRAV39 CDR1をコードする核酸配列は、ACCACTTCAGA(配列番号:93)を含む。一つの実施形態では、TRAV39 CDR2をコードする核酸配列は、TTGCTATCAAATGGAGCAGTG(配列番号:94)を含む。一つの実施形態では、TRAV39 CDR3をコードする核酸配列は、GCCGTGGACAAGGATGGGGGTTACC(配列番号:95)を含む。
実施形態では、単離された核酸分子は、TRAV39 CDR1、TRAV39 CDR2、およびTRAV39 CDR3の一つまたは複数を含むTCRα鎖を含むTCRをコードする。実施形態では、単離された核酸分子は、配列番号:17のアミノ酸配列を含むTRAV39 CDR1、配列番号:18のアミノ酸配列を含むTRAV39 CDR2、および配列番号:19のアミノ酸配列を含むTRAV39 CDR3の一つまたは複数を含むTCRα鎖を含むTCRをコードする。一つの実施形態では、TRAV39 CDR1をコードする核酸配列は、ACCACTTCAGA(配列番号:93)を含む。一つの実施形態では、TRAV39 CDR2をコードする核酸配列は、TTGCTATCAAATGGAGCAGTG(配列番号:94)を含む。一つの実施形態では、TRAV39 CDR3をコードする核酸配列は、GCCGTGGACAAGGATGGGGGTTACC(配列番号:95)を含む。
一つの実施形態では、単離された核酸分子は、配列番号:20のアミノ酸配列を含むTRAV39の可変領域を含むTCRα鎖を含むTCRをコードする。一つの実施形態では、TRAV39の可変領域をコードする核酸配列は、ATGAAGAAGCTACTAGCAATGATTCTGTGGCTTCAACTAGACCGGTTAAGTGGAGAGCTGAAAGTGGAACAAAACCCTCTGTTCCTGAGCATGCAGGAGGGAAAAAACTATACCATCTACTGCAATTATTCAACCACTTCAGACAGACTGTATTGGTACAGGCAGGATCCTGGGAAAAGTCTGGAATCTCTGTTTGTGTTGCTATCAAATGGAGCAGTGAAGCAGGAGGGACGATTAATGGCCTCACTTGATACCAAAGCCCGTCTCAGCACCCTCCACATCACAGCTGCCGTGCATGACCTCTCTGCCACCTACTTCTGTGCCGTGGACAAGGATGGGGGTTACCAGAAAGTTACCTTTGGAACTGGAACAAAGCTCCAAGTCATCCCAA(配列番号:96)を含む。
一つの実施形態では、単離された核酸分子は、配列番号:21のアミノ酸配列を含む定常領域を含むTCRα鎖を含むTCRをコードする。一つの実施形態では、定常領域をコードする核酸配列は、ATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAAACTGTGTTGGACATGCGCAGCATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGC(配列番号:97)を含む。
一つの実施形態では、核酸分子は、配列番号:22のアミノ酸配列を含むTCRα鎖をコードする。一つの実施形態では、TCRα鎖をコードする核酸配列は、ATGAAGAAGCTACTAGCAATGATTCTGTGGCTTCAACTAGACCGGTTAAGTGGAGAGCTGAAAGTGGAACAAAACCCTCTGTTCCTGAGCATGCAGGAGGGAAAAAACTATACCATCTACTGCAATTATTCAACCACTTCAGACAGACTGTATTGGTACAGGCAGGATCCTGGGAAAAGTCTGGAATCTCTGTTTGTGTTGCTATCAAATGGAGCAGTGAAGCAGGAGGGACGATTAATGGCCTCACTTGATACCAAAGCCCGTCTCAGCACCCTCCACATCACAGCTGCCGTGCATGACCTCTCTGCCACCTACTTCTGTGCCGTGGACAAGGATGGGGGTTACCAGAAAGTTACCTTTGGAACTGGAACAAAGCTCCAAGTCATCCCAAATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAAACTGTGTTGGACATGCGCAGCATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGC(配列番号:98)を含む。
実施形態では、単離された核酸分子は、TRBV20-1 CDR1、TRBV20-1 CDR2、およびTRBV20-1 CDR3の一つまたは複数を含むTCRβ鎖を含むTCRをコードする。実施形態では、単離された核酸分子は、配列番号:23のアミノ酸配列を含むTRBV20-1 CDR1、配列番号:24のアミノ酸配列を含むTRBV20-1 CDR2、および配列番号:25のアミノ酸配列を含むTRBV20-1 CDR3の一つまたは複数を含むTCRβ鎖を含むTCRをコードする。一つの実施形態では、TRBV20-1 CDR1をコードする核酸配列は、GACTTTCAGGCCACAACT(配列番号:99)を含む。一つの実施形態では、TRBV20-1 CDR2をコードする核酸配列は、TCCAATGAGGGCTCCAAGGCC(配列番号:100)を含む。一つの実施形態では、TRBV20-1 CDR3をコードする核酸配列は、AGTGCTAGCCCACGGGCGGGACAGTTGAGCTCCTATAATTCACCCCTCCAC(配列番号:101)を含む。
一つの実施形態では、単離された核酸分子は、配列番号:26のアミノ酸配列を含むTRBV20-1の可変領域を含むTCRβ鎖を含むTCRをコードする。一つの実施形態では、TRBV20-1の可変領域をコードする核酸配列は、ATGCTGCTGCTTCTGCTGCTTCTGGGGCCAGGTATAAGCCTCCTTCTACCTGGGAGCTTGGCAGGCTCCGGGCTTGGTGCTGTCGTCTCTCAACATCCGAGCTGGGTTATCTGTAAGAGTGGAACCTCTGTGAAGATCGAGTGCCGTTCCCTGGACTTTCAGGCCACAACTATGTTTTGGTATCGTCAGTTCCCGAAACAGAGTCTCATGCTGATGGCAACTTCCAATGAGGGCTCCAAGGCCACATACGAGCAAGGCGTCGAGAAGGACAAGTTTCTCATCAACCATGCAAGCCTGACCTTGTCCACTCTGACAGTGACCAGTGCCCATCCTGAAGACAGCAGCTTCTACATCTGCAGTGCTAGCCCACGGGCGGGACAGTTGAGCTCCTATAATTCACCCCTCCACTTTGGGAATGGGACCAGGCTCACTGTGAC(配列番号:102)を含む。
一つの実施形態では、単離された核酸分子は、配列番号:27のアミノ酸配列を含む定常領域を含むTCRβ鎖を含むTCRをコードする。一つの実施形態では、定常領域をコードする核酸配列は、GAGGACCTGAACAAGGTGTTCCCACCCGAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTTCCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACGGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTCTCGGAGAATGATGAGTGGACACAAGATAGGGCCAAACCCGTCACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTTACCTCGGTGTCCTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCCTGCTAGGGAAGGCCACCCTGTATGCTGTGCTGGTCAGCGCCCTTGTGTTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGGATTTC(配列番号:103)を含む。
一つの実施形態では、核酸分子は、配列番号:28のアミノ酸配列を含むTCRβ鎖をコードする。一つの実施形態では、TCRβ鎖をコードする核酸配列は、ATGCTGCTGCTTCTGCTGCTTCTGGGGCCAGGTATAAGCCTCCTTCTACCTGGGAGCTTGGCAGGCTCCGGGCTTGGTGCTGTCGTCTCTCAACATCCGAGCTGGGTTATCTGTAAGAGTGGAACCTCTGTGAAGATCGAGTGCCGTTCCCTGGACTTTCAGGCCACAACTATGTTTTGGTATCGTCAGTTCCCGAAACAGAGTCTCATGCTGATGGCAACTTCCAATGAGGGCTCCAAGGCCACATACGAGCAAGGCGTCGAGAAGGACAAGTTTCTCATCAACCATGCAAGCCTGACCTTGTCCACTCTGACAGTGACCAGTGCCCATCCTGAAGACAGCAGCTTCTACATCTGCAGTGCTAGCCCACGGGCGGGACAGTTGAGCTCCTATAATTCACCCCTCCACTTTGGGAATGGGACCAGGCTCACTGTGACAGAGGACCTGAACAAGGTGTTCCCACCCGAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTTCCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACGGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTCTCGGAGAATGATGAGTGGACACAAGATAGGGCCAAACCCGTCACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTTACCTCGGTGTCCTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCCTGCTAGGGAAGGCCACCCTGTATGCTGTGCTGGTCAGCGCCCTTGTGTTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGGATTTCTGA(配列番号:104)を含む。
一つの実施形態では、核酸分子は、TCRα鎖およびTCRβ鎖を含む融合タンパク質をコードする。一つの実施形態では、単離された核酸分子は、TCRα鎖およびTCRβ鎖の間のリンカードメインを含む融合タンパク質をコードする。一つの実施形態では、核酸分子は、配列番号:29のアミノ酸配列を含むGSG-T2Aリンカードメインをコードする。一つの実施形態では、GSG-T2Aリンカードメインをコードする核酸配列は、GGCAGCGGAGAGGGCAGAGGAAGTCTTCTAACATGCGGTGACGTGGAGGAGAATCCCGGCCCT(配列番号:105)を含む。
一つの実施形態では、核酸分子は、配列番号:30のアミノ酸配列を含む融合タンパク質をコードする。一つの実施形態では、融合タンパク質をコードする核酸配列は、ATGAAGAAGCTACTAGCAATGATTCTGTGGCTTCAACTAGACCGGTTAAGTGGAGAGCTGAAAGTGGAACAAAACCCTCTGTTCCTGAGCATGCAGGAGGGAAAAAACTATACCATCTACTGCAATTATTCAACCACTTCAGACAGACTGTATTGGTACAGGCAGGATCCTGGGAAAAGTCTGGAATCTCTGTTTGTGTTGCTATCAAATGGAGCAGTGAAGCAGGAGGGACGATTAATGGCCTCACTTGATACCAAAGCCCGTCTCAGCACCCTCCACATCACAGCTGCCGTGCATGACCTCTCTGCCACCTACTTCTGTGCCGTGGACAAGGATGGGGGTTACCAGAAAGTTACCTTTGGAACTGGAACAAAGCTCCAAGTCATCCCAAATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAAACTGTGTTGGACATGCGCAGCATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGCGGCAGCGGAGAGGGCAGAGGAAGTCTTCTAACATGCGGTGACGTGGAGGAGAATCCCGGCCCTATGCTGCTGCTTCTGCTGCTTCTGGGGCCAGGTATAAGCCTCCTTCTACCTGGGAGCTTGGCAGGCTCCGGGCTTGGTGCTGTCGTCTCTCAACATCCGAGCTGGGTTATCTGTAAGAGTGGAACCTCTGTGAAGATCGAGTGCCGTTCCCTGGACTTTCAGGCCACAACTATGTTTTGGTATCGTCAGTTCCCGAAACAGAGTCTCATGCTGATGGCAACTTCCAATGAGGGCTCCAAGGCCACATACGAGCAAGGCGTCGAGAAGGACAAGTTTCTCATCAACCATGCAAGCCTGACCTTGTCCACTCTGACAGTGACCAGTGCCCATCCTGAAGACAGCAGCTTCTACATCTGCAGTGCTAGCCCACGGGCGGGACAGTTGAGCTCCTATAATTCACCCCTCCACTTTGGGAATGGGACCAGGCTCACTGTGACAGAGGACCTGAACAAGGTGTTCCCACCCGAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTTCCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACGGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTCTCGGAGAATGATGAGTGGACACAAGATAGGGCCAAACCCGTCACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTTACCTCGGTGTCCTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCCTGCTAGGGAAGGCCACCCTGTATGCTGTGCTGGTCAGCGCCCTTGTGTTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGGATTTCTGA(配列番号:106)を含む。
TCR833をコードする核酸分子
実施形態では、単離された核酸分子は、TRAV12-1 CDR1、TRAV12-1 CDR2、およびTRAV12-1 CDR3の一つまたは複数を含むTCRα鎖を含むTCRをコードする。実施形態では、単離された核酸分子は、配列番号:32のアミノ酸配列を含むTRAV12-1 CDR1、配列番号:32のアミノ酸配列を含むTRAV12-1 CDR2、および配列番号:33のアミノ酸配列を含むTRAV12-1 CDR3の一つまたは複数を含むTCRα鎖を含むTCRをコードする。一つの実施形態では、TRAV12-1 CDR1をコードする核酸配列は、AACAGTGCTTCTCAGTCT(配列番号:107)を含む。一つの実施形態では、TRAV12-1 CDR2をコードする核酸配列は、GTATACTCCAGTGGTAAC(配列番号:108)を含む。一つの実施形態では、TRAV12-1 CDR3をコードする核酸配列は、GCGGTGAACCCCCCGGACACAGGCTTTCAGAAACTTGTA(配列番号:109)を含む。
実施形態では、単離された核酸分子は、TRAV12-1 CDR1、TRAV12-1 CDR2、およびTRAV12-1 CDR3の一つまたは複数を含むTCRα鎖を含むTCRをコードする。実施形態では、単離された核酸分子は、配列番号:32のアミノ酸配列を含むTRAV12-1 CDR1、配列番号:32のアミノ酸配列を含むTRAV12-1 CDR2、および配列番号:33のアミノ酸配列を含むTRAV12-1 CDR3の一つまたは複数を含むTCRα鎖を含むTCRをコードする。一つの実施形態では、TRAV12-1 CDR1をコードする核酸配列は、AACAGTGCTTCTCAGTCT(配列番号:107)を含む。一つの実施形態では、TRAV12-1 CDR2をコードする核酸配列は、GTATACTCCAGTGGTAAC(配列番号:108)を含む。一つの実施形態では、TRAV12-1 CDR3をコードする核酸配列は、GCGGTGAACCCCCCGGACACAGGCTTTCAGAAACTTGTA(配列番号:109)を含む。
一つの実施形態では、単離された核酸分子は、配列番号:34のアミノ酸配列を含むTRAV12-1の可変領域を含むTCRα鎖を含むTCRをコードする。一つの実施形態では、TRAV12-1の可変領域をコードする核酸配列は、ATGATATCCTTGAGAGTTTTACTGGTGATCCTGTGGCTTCAGTTAAGCTGGGTTTGGAGCCAACGGAAGGAGGTGGAGCAGGATCCTGGACCCTTCAATGTTCCAGAGGGAGCCACTGTCGCTTTCAACTGTACTTACAGCAACAGTGCTTCTCAGTCTTTCTTCTGGTACAGACAGGATTGCAGGAAAGAACCTAAGTTGCTGATGTCCGTATACTCCAGTGGTAACGAAGATGGAAGGTTTACAGCACAGCTCAATAGAGCCAGCCAGTATATTTCCCTGCTCATCAGAGACTCCAAGCTCAGTGATTCAGCCACCTACCTCTGTGCGGTGAACCCCCCGGACACAGGCTTTCAGAAACTTGTATTTGGAACTGGCACCCGACTTCTGGTCAGTCCAA(配列番号:110)を含む。
一つの実施形態では、単離された核酸分子は、配列番号:35のアミノ酸配列を含む定常領域を含むTCRα鎖を含むTCRをコードする。一つの実施形態では、定常領域をコードする核酸配列は、ATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAAACTGTGTTGGACATGCGCAGCATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGC(配列番号:111)を含む。
一つの実施形態では、核酸分子は、配列番号:36のアミノ酸配列を含むTCRα鎖をコードする。一つの実施形態では、TCRα鎖をコードする核酸配列は、ATGATATCCTTGAGAGTTTTACTGGTGATCCTGTGGCTTCAGTTAAGCTGGGTTTGGAGCCAACGGAAGGAGGTGGAGCAGGATCCTGGACCCTTCAATGTTCCAGAGGGAGCCACTGTCGCTTTCAACTGTACTTACAGCAACAGTGCTTCTCAGTCTTTCTTCTGGTACAGACAGGATTGCAGGAAAGAACCTAAGTTGCTGATGTCCGTATACTCCAGTGGTAACGAAGATGGAAGGTTTACAGCACAGCTCAATAGAGCCAGCCAGTATATTTCCCTGCTCATCAGAGACTCCAAGCTCAGTGATTCAGCCACCTACCTCTGTGCGGTGAACCCCCCGGACACAGGCTTTCAGAAACTTGTATTTGGAACTGGCACCCGACTTCTGGTCAGTCCAAATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAAACTGTGTTGGACATGCGCAGCATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGC(配列番号:112)を含む。
実施形態では、単離された核酸分子は、TRBV28 CDR1、TRBV28 CDR2、およびTRBV28 CDR3の一つまたは複数を含むTCRβ鎖を含むTCRをコードする。実施形態では、単離された核酸分子は、配列番号:37のアミノ酸配列を含むTRBV28 CDR1、配列番号:38のアミノ酸配列を含むTRBV28 CDR2、および配列番号:39のアミノ酸配列を含むTRBV28 CDR3の一つまたは複数を含むTCRβ鎖を含むTCRをコードする。一つの実施形態では、TRBV28 CDR1をコードする核酸配列は、ATGGACCATGAAAAT(配列番号:113)を含む。一つの実施形態では、TRBV28 CDR2をコードする核酸配列は、TCATATGATGTTAAAATG(配列番号:114)を含む。一つの実施形態では、TRBV28 CDR3をコードする核酸配列は、GCCAGCAGTTTATCCTTCCGGCAGGGCCTTCGCGAGCAGTAC(配列番号:115)を含む。
一つの実施形態では、単離された核酸分子は、配列番号:40のアミノ酸配列を含むTRBV28の可変領域を含むTCRβ鎖を含むTCRをコードする。一つの実施形態では、TRBV28の可変領域をコードする核酸配列は、ATGGGAATCAGGCTCCTGTGTCGTGTGGCCTTTTGTTTCCTGGCTGTAGGCCTCGTAGATGTGAAAGTAACCCAGAGCTCGAGATATCTAGTCAAAAGGACGGGAGAGAAAGTTTTTCTGGAATGTGTCCAGGATATGGACCATGAAAATATGTTCTGGTATCGACAAGACCCAGGTCTGGGGCTACGGCTGATCTATTTCTCATATGATGTTAAAATGAAAGAAAAAGGAGATATTCCTGAGGGGTACAGTGTCTCCAGAGAGAAGAAGGAGCGCTTCTCCCTGATTCTGGAGTCCGCCAGCACCAACCAGACATCTATGTACCTCTGTGCCAGCAGTTTATCCTTCCGGCAGGGCCTTCGCGAGCAGTACTTCGGGCCGGGCACCAGGCTCACGGTCACA(配列番号:116)を含む。
一つの実施形態では、単離された核酸分子は、配列番号:41のアミノ酸配列を含む定常領域を含むTCRβ鎖を含むTCRをコードする。一つの実施形態では、定常領域をコードする核酸配列は、GAGGACCTGAAAAACGTGTTCCCACCCGAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTACCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACAGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTCTCGGAGAATGATGAGTGGACACAAGATAGGGCCAAACCTGTCACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTCACCTCCGAGTCTTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCTTGCTAGGGAAGGCCACCTTGTATGCCGTGCTGGTCAGTGCCCTCGTGCTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGGATTCCAGAGGC(配列番号:117)を含む。
一つの実施形態では、核酸分子は、配列番号:42のアミノ酸配列を含むTCRβ鎖をコードする。一つの実施形態では、TCRβ鎖をコードする核酸配列は、ATGGGAATCAGGCTCCTGTGTCGTGTGGCCTTTTGTTTCCTGGCTGTAGGCCTCGTAGATGTGAAAGTAACCCAGAGCTCGAGATATCTAGTCAAAAGGACGGGAGAGAAAGTTTTTCTGGAATGTGTCCAGGATATGGACCATGAAAATATGTTCTGGTATCGACAAGACCCAGGTCTGGGGCTACGGCTGATCTATTTCTCATATGATGTTAAAATGAAAGAAAAAGGAGATATTCCTGAGGGGTACAGTGTCTCCAGAGAGAAGAAGGAGCGCTTCTCCCTGATTCTGGAGTCCGCCAGCACCAACCAGACATCTATGTACCTCTGTGCCAGCAGTTTATCCTTCCGGCAGGGCCTTCGCGAGCAGTACTTCGGGCCGGGCACCAGGCTCACGGTCACAGAGGACCTGAAAAACGTGTTCCCACCCGAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTACCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACAGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTCTCGGAGAATGATGAGTGGACACAAGATAGGGCCAAACCTGTCACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTCACCTCCGAGTCTTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCTTGCTAGGGAAGGCCACCTTGTATGCCGTGCTGGTCAGTGCCCTCGTGCTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGGATTCCAGAGGCTGA(配列番号:118)を含む。
一つの実施形態では、核酸分子は、TCRα鎖およびTCRβ鎖を含む融合タンパク質をコードする。一つの実施形態では、単離された核酸分子は、TCRα鎖およびTCRβ鎖の間のリンカードメインを含む融合タンパク質をコードする。一つの実施形態では、核酸分子は、配列番号:43のアミノ酸配列を含むGSG-T2Aリンカードメインをコードする。一つの実施形態では、GSG-T2Aリンカードメインをコードする核酸配列は、GGCAGCGGAGAGGGCAGAGGAAGTCTTCTAACATGCGGTGACGTGGAGGAGAATCCCGGCCCT(配列番号:119)を含む。
一つの実施形態では、核酸分子は、配列番号:44のアミノ酸配列を含む融合タンパク質をコードする。一つの実施形態では、融合タンパク質をコードする核酸配列は、ATGATATCCTTGAGAGTTTTACTGGTGATCCTGTGGCTTCAGTTAAGCTGGGTTTGGAGCCAACGGAAGGAGGTGGAGCAGGATCCTGGACCCTTCAATGTTCCAGAGGGAGCCACTGTCGCTTTCAACTGTACTTACAGCAACAGTGCTTCTCAGTCTTTCTTCTGGTACAGACAGGATTGCAGGAAAGAACCTAAGTTGCTGATGTCCGTATACTCCAGTGGTAACGAAGATGGAAGGTTTACAGCACAGCTCAATAGAGCCAGCCAGTATATTTCCCTGCTCATCAGAGACTCCAAGCTCAGTGATTCAGCCACCTACCTCTGTGCGGTGAACCCCCCGGACACAGGCTTTCAGAAACTTGTATTTGGAACTGGCACCCGACTTCTGGTCAGTCCAAATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAAACTGTGTTGGACATGCGCAGCATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGCGGCAGCGGAGAGGGCAGAGGAAGTCTTCTAACATGCGGTGACGTGGAGGAGAATCCCGGCCCTATGGGAATCAGGCTCCTGTGTCGTGTGGCCTTTTGTTTCCTGGCTGTAGGCCTCGTAGATGTGAAAGTAACCCAGAGCTCGAGATATCTAGTCAAAAGGACGGGAGAGAAAGTTTTTCTGGAATGTGTCCAGGATATGGACCATGAAAATATGTTCTGGTATCGACAAGACCCAGGTCTGGGGCTACGGCTGATCTATTTCTCATATGATGTTAAAATGAAAGAAAAAGGAGATATTCCTGAGGGGTACAGTGTCTCCAGAGAGAAGAAGGAGCGCTTCTCCCTGATTCTGGAGTCCGCCAGCACCAACCAGACATCTATGTACCTCTGTGCCAGCAGTTTATCCTTCCGGCAGGGCCTTCGCGAGCAGTACTTCGGGCCGGGCACCAGGCTCACGGTCACAGAGGACCTGAAAAACGTGTTCCCACCCGAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTACCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACAGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTCTCGGAGAATGATGAGTGGACACAAGATAGGGCCAAACCTGTCACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTCACCTCCGAGTCTTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCTTGCTAGGGAAGGCCACCTTGTATGCCGTGCTGGTCAGTGCCCTCGTGCTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGGATTCCAGAGGCTG(配列番号:120)を含む。
TCR897をコードする核酸分子
実施形態では、単離された核酸分子は、TRAV17 CDR1、TRAV17 CDR2、およびTRAV17 CDR3の一つまたは複数を含むTCRα鎖を含むTCRをコードする。実施形態では、単離された核酸分子は、配列番号:45のアミノ酸配列を含むTRAV17 CDR1、配列番号:46のアミノ酸配列を含むTRAV17 CDR2、および配列番号:47のアミノ酸配列を含むTRAV17 CDR3の一つまたは複数を含むTCRα鎖を含むTCRをコードする。一つの実施形態では、TRAV17 CDR1をコードする核酸配列は、ACTAGTATAAACAAT(配列番号:121)を含む。一つの実施形態では、TRAV17 CDR2をコードする核酸配列は、ATACGTTCAAATGAAAGAGAG(配列番号:122)を含む。一つの実施形態では、TRAV17 CDR3をコードする核酸配列は、TGTGCTACGGACCCTGGAGGCTTCAAAACTATCTTT(配列番号:123)を含む。
実施形態では、単離された核酸分子は、TRAV17 CDR1、TRAV17 CDR2、およびTRAV17 CDR3の一つまたは複数を含むTCRα鎖を含むTCRをコードする。実施形態では、単離された核酸分子は、配列番号:45のアミノ酸配列を含むTRAV17 CDR1、配列番号:46のアミノ酸配列を含むTRAV17 CDR2、および配列番号:47のアミノ酸配列を含むTRAV17 CDR3の一つまたは複数を含むTCRα鎖を含むTCRをコードする。一つの実施形態では、TRAV17 CDR1をコードする核酸配列は、ACTAGTATAAACAAT(配列番号:121)を含む。一つの実施形態では、TRAV17 CDR2をコードする核酸配列は、ATACGTTCAAATGAAAGAGAG(配列番号:122)を含む。一つの実施形態では、TRAV17 CDR3をコードする核酸配列は、TGTGCTACGGACCCTGGAGGCTTCAAAACTATCTTT(配列番号:123)を含む。
一つの実施形態では、単離された核酸分子は、配列番号:48のアミノ酸配列を含む定常領域を含むTCRα鎖を含むTCRをコードする。一つの実施形態では、定常領域をコードする核酸配列は、ATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAAACTGTGTTGGACATGCGCAGCATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGC(配列番号:124)を含む。
一つの実施形態では、核酸分子は、配列番号:49のアミノ酸配列を含むTCRα鎖をコードする。一つの実施形態では、TCRα鎖をコードする核酸配列は、ATGGAAACTCTCCTGGGAGTGTCTTTGGTGATTCTATGGCTTCAACTGGCTAGGGTGAACAGTCAACAGGGAGAAGAGGATCCTCAGGCCTTGAGCATCCAGGAGGGTGAAAATGCCACCATGAACTGCAGTTACAAAACTAGTATAAACAATTTACAGTGGTATAGACAAAATTCAGGTAGAGGCCTTGTCCACCTAATTTTAATACGTTCAAATGAAAGAGAGAAACACAGTGGAAGATTAAGAGTCACGCTTGACACTTCCAAGAAAAGCAGTTCCTTGTTGATCACGGCTTCCCGGGCAGCAGACACTGCTTCTTACTTCTGTGCTACGGACCCTGGAGGCTTCAAAACTATCTTTGGAGCAGGAACAAGACTATTTGTTAAAGCAAATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAAACTGTGTTGGACATGCGCAGCATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGC(配列番号:125)を含む。
実施形態では、単離された核酸分子は、TRBV11-2 CDR1、TRBV11-2 CDR2、およびTRBV11-2 CDR3の一つまたは複数を含むTCRβ鎖を含むTCRをコードする。実施形態では、単離された核酸分子は、配列番号:50のアミノ酸配列を含むTRBV11-2 CDR1、配列番号:51のアミノ酸配列を含むTRBV11-2 CDR2、および配列番号:52のアミノ酸配列を含むTRBV11-2 CDR3の一つまたは複数を含むTCRβ鎖を含むTCRをコードする。一つの実施形態では、TRBV11-2 CDR1をコードする核酸配列は、TCTGGCCATGCTACC(配列番号:126)を含む。一つの実施形態では、TRBV11-2 CDR2をコードする核酸配列は、TTTCAGAATAACGGTGTA(配列番号:127)を含む。一つの実施形態では、TRBV11-2 CDR3をコードする核酸配列は、TGTGCCAGCAGCTTATATGGGGGGTCGATCTCCTACGAGCAGTACTTC(配列番号:128)を含む。
一つの実施形態では、単離された核酸分子は、配列番号:53のアミノ酸配列を含む定常領域を含むTCRβ鎖を含むTCRをコードする。一つの実施形態では、定常領域をコードする核酸配列は、GAGGACCTGAAAAACGTGTTCCCACCCGAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTACCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACAGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTCTCGGAGAATGATGAGTGGACACAAGATAGGGCCAAACCTGTCACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTCACCTCCGAGTCTTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCTTGCTAGGGAAGGCCACCTTGTATGCCGTGCTGGTCAGTGCCCTCGTGCTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGGATTCCAGAGGC(配列番号:129)を含む。
一つの実施形態では、核酸分子は、配列番号:54のアミノ酸配列を含むTCRβ鎖をコードする。一つの実施形態では、TCRβ鎖をコードする核酸配列は、ATGGGCACCAGGCTCCTCTGCTGGGCGGCCCTCTGTCTCCTGGGAGCAGAACTCACAGAAGCTGGAGTTGCCCAGTCTCCCAGATATAAGATTATAGAGAAAAGGCAGAGTGTGGCTTTTTGGTGCAATCCTATATCTGGCCATGCTACCCTTTACTGGTACCAGCAGATCCTGGGACAGGGCCCAAAGCTTCTGATTCAGTTTCAGAATAACGGTGTAGTGGATGATTCACAGTTGCCTAAGGATCGATTTTCTGCAGAGAGGCTCAAAGGAGTAGACTCCACTCTCAAGATCCAGCCTGCAAAGCTTGAGGACTCGGCCGTGTATCTCTGTGCCAGCAGCTTATATGGGGGGTCGATCTCCTACGAGCAGTACTTCGGGCCGGGCACCAGGCTCACGGTCACAGAGGACCTGAAAAACGTGTTCCCACCCGAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTACCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACAGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTCTCGGAGAATGATGAGTGGACACAAGATAGGGCCAAACCTGTCACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTCACCTCCGAGTCTTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCTTGCTAGGGAAGGCCACCTTGTATGCCGTGCTGGTCAGTGCCCTCGTGCTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGGATTCCAGAGGCTGA(配列番号:130)を含む。
一つの実施形態では、核酸分子は、TCRα鎖およびTCRβ鎖を含む融合タンパク質をコードする。一つの実施形態では、単離された核酸分子は、TCRα鎖およびTCRβ鎖の間のリンカードメインを含む融合タンパク質をコードする。一つの実施形態では、核酸分子は、配列番号:55のアミノ酸配列を含むGSG-T2Aリンカードメインをコードする。一つの実施形態では、GSG-T2Aリンカードメインをコードする核酸配列は、GGCAGCGGAGAGGGCAGAGGAAGTCTTCTAACATGCGGTGACGTGGAGGAGAATCCCGGCCCT(配列番号:131)を含む。
一つの実施形態では、核酸分子は、配列番号:56のアミノ酸配列を含む融合タンパク質をコードする。一つの実施形態では、融合タンパク質をコードする核酸配列は、ATGGAAACTCTCCTGGGAGTGTCTTTGGTGATTCTATGGCTTCAACTGGCTAGGGTGAACAGTCAACAGGGAGAAGAGGATCCTCAGGCCTTGAGCATCCAGGAGGGTGAAAATGCCACCATGAACTGCAGTTACAAAACTAGTATAAACAATTTACAGTGGTATAGACAAAATTCAGGTAGAGGCCTTGTCCACCTAATTTTAATACGTTCAAATGAAAGAGAGAAACACAGTGGAAGATTAAGAGTCACGCTTGACACTTCCAAGAAAAGCAGTTCCTTGTTGATCACGGCTTCCCGGGCAGCAGACACTGCTTCTTACTTCTGTGCTACGGACCCTGGAGGCTTCAAAACTATCTTTGGAGCAGGAACAAGACTATTTGTTAAAGCAAATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAAACTGTGTTGGACATGCGCAGCATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGCGGCAGCGGAGAGGGCAGAGGAAGTCTTCTAACATGCGGTGACGTGGAGGAGAATCCCGGCCCTATGGGCACCAGGCTCCTCTGCTGGGCGGCCCTCTGTCTCCTGGGAGCAGAACTCACAGAAGCTGGAGTTGCCCAGTCTCCCAGATATAAGATTATAGAGAAAAGGCAGAGTGTGGCTTTTTGGTGCAATCCTATATCTGGCCATGCTACCCTTTACTGGTACCAGCAGATCCTGGGACAGGGCCCAAAGCTTCTGATTCAGTTTCAGAATAACGGTGTAGTGGATGATTCACAGTTGCCTAAGGATCGATTTTCTGCAGAGAGGCTCAAAGGAGTAGACTCCACTCTCAAGATCCAGCCTGCAAAGCTTGAGGACTCGGCCGTGTATCTCTGTGCCAGCAGCTTATATGGGGGGTCGATCTCCTACGAGCAGTACTTCGGGCCGGGCACCAGGCTCACGGTCACAGAGGACCTGAAAAACGTGTTCCCACCCGAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTACCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACAGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTCTCGGAGAATGATGAGTGGACACAAGATAGGGCCAAACCTGTCACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTCACCTCCGAGTCTTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCTTGCTAGGGAAGGCCACCTTGTATGCCGTGCTGGTCAGTGCCCTCGTGCTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGGATTCCAGAGGCTGA(配列番号:132)を含む。
TCR896をコードする核酸分子
実施形態では、単離された核酸分子は、TRAV19 CDR1、TRAV19 CDR2、およびTRAV19 CDR3の一つまたは複数を含むTCRα鎖を含むTCRをコードする。実施形態では、単離された核酸分子は、配列番号:57のアミノ酸配列を含むTRAV19 CDR1、配列番号:58のアミノ酸配列を含むTRAV19 CDR2、および配列番号:59のアミノ酸配列を含むTRAV19 CDR3の一つまたは複数を含むTCRα鎖を含むTCRをコードする。一つの実施形態では、TRAV19 CDR1をコードする核酸配列は、ACCCGTGATACTACTTATTAC(配列番号:133)を含む。一つの実施形態では、TRAV19 CDR2をコードする核酸配列は、CGGAACTCTTTTGATGAGCAAAAT(配列番号:134)を含む。一つの実施形態では、TRAV19 CDR3をコードする核酸配列は、TGTGCTCTGAGTGAGGCAGGAACCTACAAATACATCTTT(配列番号:135)を含む。
実施形態では、単離された核酸分子は、TRAV19 CDR1、TRAV19 CDR2、およびTRAV19 CDR3の一つまたは複数を含むTCRα鎖を含むTCRをコードする。実施形態では、単離された核酸分子は、配列番号:57のアミノ酸配列を含むTRAV19 CDR1、配列番号:58のアミノ酸配列を含むTRAV19 CDR2、および配列番号:59のアミノ酸配列を含むTRAV19 CDR3の一つまたは複数を含むTCRα鎖を含むTCRをコードする。一つの実施形態では、TRAV19 CDR1をコードする核酸配列は、ACCCGTGATACTACTTATTAC(配列番号:133)を含む。一つの実施形態では、TRAV19 CDR2をコードする核酸配列は、CGGAACTCTTTTGATGAGCAAAAT(配列番号:134)を含む。一つの実施形態では、TRAV19 CDR3をコードする核酸配列は、TGTGCTCTGAGTGAGGCAGGAACCTACAAATACATCTTT(配列番号:135)を含む。
一つの実施形態では、単離された核酸分子は、配列番号:60のアミノ酸配列を含む定常領域を含むTCRα鎖を含むTCRをコードする。一つの実施形態では、定常領域をコードする核酸配列は、ATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAAACTGTGTTGGACATGCGCAGCATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGC(配列番号:136)を含む。
一つの実施形態では、核酸分子は、配列番号:61のアミノ酸配列を含むTCRα鎖をコードする。一つの実施形態では、TCRα鎖をコードする核酸配列は、ATGCTGACTGCCAGCCTGTTGAGGGCAGTCATAGCCTCCATCTGTGTTGTATCCAGCATGGCTCAGAAGGTAACTCAAGCGCAGACTGAAATTTCTGTGGTGGAGAAGGAGGATGTGACCTTGGACTGTGTGTATGAAACCCGTGATACTACTTATTACTTATTCTGGTACAAGCAACCACCAAGTGGAGAATTGGTTTTCCTTATTCGTCGGAACTCTTTTGATGAGCAAAATGAAATAAGTGGTCGGTATTCTTGGAACTTCCAGAAATCCACCAGTTCCTTCAACTTCACCATCACAGCCTCACAAGTCGTGGACTCAGCAGTATACTTCTGTGCTCTGAGTGAGGCAGGAACCTACAAATACATCTTTGGAACAGGCACCAGGCTGAAGGTATTAGCAAATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAAACTGTGTTGGACATGCGCAGCATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGC(配列番号:137)を含む。
実施形態では、単離された核酸分子は、TRBV9 CDR1、TRBV9 CDR2、およびTRBV9 CDR3の一つまたは複数を含むTCRβ鎖を含むTCRをコードする。実施形態では、単離された核酸分子は、配列番号:62のアミノ酸配列を含むTRBV9 CDR1、配列番号:63のアミノ酸配列を含むTRBV9 CDR2、および配列番号:64のアミノ酸配列を含むTRBV9 CDR3の一つまたは複数を含むTCRβ鎖を含むTCRをコードする。一つの実施形態では、TRBV9 CDR1をコードする核酸配列は、TCTGGAGACCTCTCT(配列番号:138)を含む。一つの実施形態では、TRBV9 CDR2をコードする核酸配列は、CGGAACTCTTTTGATGAGCAAAAT(配列番号:139)を含む。一つの実施形態では、TRBV9 CDR3をコードする核酸配列は、TGTGCTCTGAGTGAGGCAGGAACCTACAAATACATCTTT(配列番号:140)を含む。
一つの実施形態では、単離された核酸分子は、配列番号:65のアミノ酸配列を含む定常領域を含むTCRβ鎖を含むTCRをコードする。一つの実施形態では、定常領域をコードする核酸配列は、GAGGACCTGAAAAACGTGTTCCCACCCGAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTACCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACAGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTCTCGGAGAATGATGAGTGGACACAAGATAGGGCCAAACCTGTCACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTCACCTCCGAGTCTTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCTTGCTAGGGAAGGCCACCTTGTATGCCGTGCTGGTCAGTGCCCTCGTGCTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGGATTCCAGAGGC(配列番号:141)を含む。
一つの実施形態では、核酸分子は、配列番号:66のアミノ酸配列を含むTCRβ鎖をコードする。一つの実施形態では、TCRβ鎖をコードする核酸配列は、ATGGGCTTCAGGCTCCTCTGCTGTGTGGCCTTTTGTCTCCTGGGAGCAGGCCCAGTGGATTCTGGAGTCACACAAACCCCAAAGCACCTGATCACAGCAACTGGACAGCGAGTGACGCTGAGATGCTCCCCTAGGTCTGGAGACCTCTCTGTGTACTGGTACCAACAGAGCCTGGACCAGGGCCTCCAGTTCCTCATTCAGTATTATAATGGAGAAGAGAGAGCAAAAGGAAACATTCTTGAACGATTCTCCGCACAACAGTTCCCTGACTTGCACTCTGAACTAAACCTGAGCTCTCTGGAGCTGGGGGACTCAGCTTTGTATTTCTGTGCCAGCAGCGTAGCTGGGGGGGGACAAGAGACCCAGTACTTCGGGCCAGGCACGCGGCTCCTGGTGCTCGAGGACCTGAAAAACGTGTTCCCACCCGAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTACCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACAGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTCTCGGAGAATGATGAGTGGACACAAGATAGGGCCAAACCTGTCACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTCACCTCCGAGTCTTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCTTGCTAGGGAAGGCCACCTTGTATGCCGTGCTGGTCAGTGCCCTCGTGCTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGGATTCCAGAGGCTGA(配列番号:142)を含む。
一つの実施形態では、核酸分子は、TCRα鎖およびTCRβ鎖を含む融合タンパク質をコードする。一つの実施形態では、単離された核酸分子は、TCRα鎖およびTCRβ鎖の間のリンカードメインを含む融合タンパク質をコードする。一つの実施形態では、核酸分子は、配列番号:67のアミノ酸配列を含むGSG-T2Aリンカードメインをコードする。一つの実施形態では、GSG-T2Aリンカードメインをコードする核酸配列は、GGCAGCGGAGAGGGCAGAGGAAGTCTTCTAACATGCGGTGACGTGGAGGAGAATCCCGGCCCT(配列番号:143)を含む。
一つの実施形態では、核酸分子は、配列番号:68のアミノ酸配列を含む融合タンパク質をコードする。一つの実施形態では、融合タンパク質をコードする核酸配列は、ATGCTGACTGCCAGCCTGTTGAGGGCAGTCATAGCCTCCATCTGTGTTGTATCCAGCATGGCTCAGAAGGTAACTCAAGCGCAGACTGAAATTTCTGTGGTGGAGAAGGAGGATGTGACCTTGGACTGTGTGTATGAAACCCGTGATACTACTTATTACTTATTCTGGTACAAGCAACCACCAAGTGGAGAATTGGTTTTCCTTATTCGTCGGAACTCTTTTGATGAGCAAAATGAAATAAGTGGTCGGTATTCTTGGAACTTCCAGAAATCCACCAGTTCCTTCAACTTCACCATCACAGCCTCACAAGTCGTGGACTCAGCAGTATACTTCTGTGCTCTGAGTGAGGCAGGAACCTACAAATACATCTTTGGAACAGGCACCAGGCTGAAGGTATTAGCAAATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAAACTGTGTTGGACATGCGCAGCATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGCGGCAGCGGAGAGGGCAGAGGAAGTCTTCTAACATGCGGTGACGTGGAGGAGAATCCCGGCCCTATGGGCTTCAGGCTCCTCTGCTGTGTGGCCTTTTGTCTCCTGGGAGCAGGCCCAGTGGATTCTGGAGTCACACAAACCCCAAAGCACCTGATCACAGCAACTGGACAGCGAGTGACGCTGAGATGCTCCCCTAGGTCTGGAGACCTCTCTGTGTACTGGTACCAACAGAGCCTGGACCAGGGCCTCCAGTTCCTCATTCAGTATTATAATGGAGAAGAGAGAGCAAAAGGAAACATTCTTGAACGATTCTCCGCACAACAGTTCCCTGACTTGCACTCTGAACTAAACCTGAGCTCTCTGGAGCTGGGGGACTCAGCTTTGTATTTCTGTGCCAGCAGCGTAGCTGGGGGGGGACAAGAGACCCAGTACTTCGGGCCAGGCACGCGGCTCCTGGTGCTCGAGGACCTGAAAAACGTGTTCCCACCCGAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTACCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACAGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTCTCGGAGAATGATGAGTGGACACAAGATAGGGCCAAACCTGTCACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTCACCTCCGAGTCTTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCTTGCTAGGGAAGGCCACCTTGTATGCCGTGCTGGTCAGTGCCCTCGTGCTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGGATTCCAGAGGCTGA(配列番号:144)を含む。
TCR847をコードする核酸分子
実施形態では、単離された核酸分子は、TRAV17 CDR1、TRAV17 CDR2、およびTRAV17 CDR3の一つまたは複数を含むTCRα鎖を含むTCRをコードする。実施形態では、単離された核酸分子は、配列番号:69のアミノ酸配列を含むTRAV17 CDR1、配列番号:70のアミノ酸配列を含むTRAV17 CDR2、および配列番号:71のアミノ酸配列を含むTRAV17 CDR3の一つまたは複数を含むTCRα鎖を含むTCRをコードする。一つの実施形態では、TRAV17 CDR1をコードする核酸配列は、ACTAGTATAAACAAT(配列番号:145)を含む。一つの実施形態では、TRAV17 CDR2をコードする核酸配列は、ATACGTTCAAATGAAAGAGAG(配列番号:146)を含む。一つの実施形態では、TRAV19 CDR3をコードする核酸配列は、GCTACTTTTCCTAACTTTGGAAATGAGAAATTAACC(配列番号:147)を含む。
実施形態では、単離された核酸分子は、TRAV17 CDR1、TRAV17 CDR2、およびTRAV17 CDR3の一つまたは複数を含むTCRα鎖を含むTCRをコードする。実施形態では、単離された核酸分子は、配列番号:69のアミノ酸配列を含むTRAV17 CDR1、配列番号:70のアミノ酸配列を含むTRAV17 CDR2、および配列番号:71のアミノ酸配列を含むTRAV17 CDR3の一つまたは複数を含むTCRα鎖を含むTCRをコードする。一つの実施形態では、TRAV17 CDR1をコードする核酸配列は、ACTAGTATAAACAAT(配列番号:145)を含む。一つの実施形態では、TRAV17 CDR2をコードする核酸配列は、ATACGTTCAAATGAAAGAGAG(配列番号:146)を含む。一つの実施形態では、TRAV19 CDR3をコードする核酸配列は、GCTACTTTTCCTAACTTTGGAAATGAGAAATTAACC(配列番号:147)を含む。
一つの実施形態では、単離された核酸分子は、配列番号:72のアミノ酸配列を含む定常領域を含むTCRα鎖を含むTCRをコードする。一つの実施形態では、定常領域をコードする核酸配列は、ATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAAACTGTGTTGGACATGCGCAGCATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGC(配列番号:148)を含む。
一つの実施形態では、核酸分子は、配列番号:73のアミノ酸配列を含むTCRα鎖をコードする。一つの実施形態では、TCRα鎖をコードする核酸配列は、ATGGAAACTCTCCTGGGAGTGTCTTTGGTGATTCTATGGCTTCAACTGGCTAGGGTGAACAGTCAACAGGGAGAAGAGGATCCTCAGGCCTTGAGCATCCAGGAGGGTGAAAATGCCACCATGAACTGCAGTTACAAAACTAGTATAAACAATTTACAGTGGTATAGACAAAATTCAGGTAGAGGCCTTGTCCACCTAATTTTAATACGTTCAAATGAAAGAGAGAAACACAGTGGAAGATTAAGAGTCACGCTTGACACTTCCAAGAAAAGCAGTTCCTTGTTGATCACGGCTTCCCGGGCAGCAGACACTGCTTCTTACTTCTGTGCTACTTTTCCTAACTTTGGAAATGAGAAATTAACCTTTGGGACTGGAACAAGACTCACCATCATACCCAATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAAACTGTGTTGGACATGCGCAGCATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGC(配列番号:149)を含む。
実施形態では、単離された核酸分子は、TRBV10-3 CDR1、TRBV10-3 CDR2、およびTRBV10-3 CDR3の一つまたは複数を含むTCRβ鎖を含むTCRをコードする。実施形態では、単離された核酸分子は、配列番号:74のアミノ酸配列を含むTRBV10-3 CDR1、配列番号:75のアミノ酸配列を含むTRBV10-3 CDR2、および配列番号:76のアミノ酸配列を含むTRBV10-3 CDR3の一つまたは複数を含むTCRβ鎖を含むTCRをコードする。一つの実施形態では、TRBV10-3 CDR1をコードする核酸配列は、GAGAACCACCGCTA(配列番号:150)を含む。一つの実施形態では、TRBV10-3 CDR2をコードする核酸配列は、TCATATGGTGTTAAAGAT(配列番号:151)を含む。一つの実施形態では、TRBV10-3 CDR3をコードする核酸配列は、GCCATCAGTGAGTCGGAGCGGTACTACGAGCAGTAC(配列番号:152)を含む。
一つの実施形態では、単離された核酸分子は、配列番号:77のアミノ酸配列を含む定常領域を含むTCRβ鎖を含むTCRをコードする。一つの実施形態では、定常領域をコードする核酸配列は、GAGGACCTGAAAAACGTGTTCCCACCCGAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTACCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACAGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTCTCGGAGAATGATGAGTGGACACAAGATAGGGCCAAACCTGTCACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTCACCTCCGAGTCTTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCTTGCTAGGGAAGGCCACCTTGTATGCCGTGCTGGTCAGTGCCCTCGTGCTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGGATTCCAGAGGC(配列番号:153)を含む。
一つの実施形態では、核酸分子は、配列番号:78のアミノ酸配列を含むTCRβ鎖をコードする。一つの実施形態では、TCRβ鎖をコードする核酸配列は、ATGGGCACAAGGTTGTTCTTCTATGTGGCCCTTTGTCTCCTGTGGACAGGACACATGGATGCTGGAATCACCCAGAGCCCAAGACACAAGGTCACAGAGACAGGAACACCAGTGACTCTGAGATGTCACCAGACTGAGAACCACCGCTATATGTACTGGTATCGACAAGACCCGGGGCATGGGCTGAGGCTGATCCATTACTCATATGGTGTTAAAGATACTGACAAAGGAGAAGTCTCAGATGGCTATAGTGTCTCCAGATCAAAGACAGAGGATTTCCTCCTCACTCTGGAGTCCGCTACCAGCTCCCAGACATCTGTGTACTTCTGTGCCATCAGTGAGTCGGAGCGGTACTACGAGCAGTACTTCGGGCCGGGCACCAGGCTCACGGTCACAGAGGACCTGAAAAACGTGTTCCCACCCGAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTACCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACAGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTCTCGGAGAATGATGAGTGGACACAAGATAGGGCCAAACCTGTCACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTCACCTCCGAGTCTTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCTTGCTAGGGAAGGCCACCTTGTATGCCGTGCTGGTCAGTGCCCTCGTGCTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGGATTCCAGAGGCTGA(配列番号:154)を含む。
一つの実施形態では、核酸分子は、TCRα鎖およびTCRβ鎖を含む融合タンパク質をコードする。一つの実施形態では、単離された核酸分子は、TCRα鎖およびTCRβ鎖の間のリンカードメインを含む融合タンパク質をコードする。一つの実施形態では、核酸分子は、配列番号:79のアミノ酸配列を含むGSG-T2Aリンカードメインをコードする。一つの実施形態では、GSG-T2Aリンカードメインをコードする核酸配列は、GGCAGCGGAGAGGGCAGAGGAAGTCTTCTAACATGCGGTGACGTGGAGGAGAATCCCGGCCCT(配列番号:155)を含む。
一つの実施形態では、核酸分子は、配列番号:80のアミノ酸配列を含む融合タンパク質をコードする。一つの実施形態では、融合タンパク質をコードする核酸配列は、ATGGAAACTCTCCTGGGAGTGTCTTTGGTGATTCTATGGCTTCAACTGGCTAGGGTGAACAGTCAACAGGGAGAAGAGGATCCTCAGGCCTTGAGCATCCAGGAGGGTGAAAATGCCACCATGAACTGCAGTTACAAAACTAGTATAAACAATTTACAGTGGTATAGACAAAATTCAGGTAGAGGCCTTGTCCACCTAATTTTAATACGTTCAAATGAAAGAGAGAAACACAGTGGAAGATTAAGAGTCACGCTTGACACTTCCAAGAAAAGCAGTTCCTTGTTGATCACGGCTTCCCGGGCAGCAGACACTGCTTCTTACTTCTGTGCTACTTTTCCTAACTTTGGAAATGAGAAATTAACCTTTGGGACTGGAACAAGACTCACCATCATACCCAATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAAACTGTGTTGGACATGCGCAGCATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGCGGCAGCGGAGAGGGCAGAGGAAGTCTTCTAACATGCGGTGACGTGGAGGAGAATCCCGGCCCTATGGGCACAAGGTTGTTCTTCTATGTGGCCCTTTGTCTCCTGTGGACAGGACACATGGATGCTGGAATCACCCAGAGCCCAAGACACAAGGTCACAGAGACAGGAACACCAGTGACTCTGAGATGTCACCAGACTGAGAACCACCGCTATATGTACTGGTATCGACAAGACCCGGGGCATGGGCTGAGGCTGATCCATTACTCATATGGTGTTAAAGATACTGACAAAGGAGAAGTCTCAGATGGCTATAGTGTCTCCAGATCAAAGACAGAGGATTTCCTCCTCACTCTGGAGTCCGCTACCAGCTCCCAGACATCTGTGTACTTCTGTGCCATCAGTGAGTCGGAGCGGTACTACGAGCAGTACTTCGGGCCGGGCACCAGGCTCACGGTCACAGAGGACCTGAAAAACGTGTTCCCACCCGAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTACCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACAGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTCTCGGAGAATGATGAGTGGACACAAGATAGGGCCAAACCTGTCACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTCACCTCCGAGTCTTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCTTGCTAGGGAAGGCCACCTTGTATGCCGTGCTGGTCAGTGCCCTCGTGCTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGGATTCCAGAGGCTGA(配列番号:156)を含む。
TCR864をコードする核酸分子
実施形態では、単離された核酸分子は、TRAV4 CDR1、TRAV4 CDR2、およびTRAV4 CDR3の一つまたは複数を含むTCRα鎖を含むTCRをコードする。実施形態では、単離された核酸分子は、配列番号:81のアミノ酸配列を含むTRAV4 CDR1、配列番号:82のアミノ酸配列を含むTRAV4 CDR2、および配列番号:83のアミノ酸配列を含むTRAV4 CDR3の一つまたは複数を含むTCRα鎖を含むTCRをコードする。一つの実施形態では、TRAV4 CDR1をコードする核酸配列は、AACATTGCTACAAATGATTAT(配列番号:157)を含む。一つの実施形態では、TRAV17 CDR2をコードする核酸配列は、GGATACAAGACAAAA(配列番号:158)を含む。一つの実施形態では、TRAV19 CDR3をコードする核酸配列は、CTCGTGGGTGACTTCAACTCAAATTCCGGGTATGCACTCAAC(配列番号:159)を含む。
実施形態では、単離された核酸分子は、TRAV4 CDR1、TRAV4 CDR2、およびTRAV4 CDR3の一つまたは複数を含むTCRα鎖を含むTCRをコードする。実施形態では、単離された核酸分子は、配列番号:81のアミノ酸配列を含むTRAV4 CDR1、配列番号:82のアミノ酸配列を含むTRAV4 CDR2、および配列番号:83のアミノ酸配列を含むTRAV4 CDR3の一つまたは複数を含むTCRα鎖を含むTCRをコードする。一つの実施形態では、TRAV4 CDR1をコードする核酸配列は、AACATTGCTACAAATGATTAT(配列番号:157)を含む。一つの実施形態では、TRAV17 CDR2をコードする核酸配列は、GGATACAAGACAAAA(配列番号:158)を含む。一つの実施形態では、TRAV19 CDR3をコードする核酸配列は、CTCGTGGGTGACTTCAACTCAAATTCCGGGTATGCACTCAAC(配列番号:159)を含む。
一つの実施形態では、単離された核酸分子は、配列番号:84のアミノ酸配列を含む定常領域を含むTCRα鎖を含むTCRをコードする。一つの実施形態では、定常領域をコードする核酸配列は、ATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAAACTGTGTTGGACATGCGCAGCATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGC(配列番号:160)を含む。
一つの実施形態では、核酸分子は、配列番号:85のアミノ酸配列を含むTCRα鎖をコードする。一つの実施形態では、TCRα鎖をコードする核酸配列は、ATGAGGCAAGTGGCGAGAGTGATCGTGTTCCTGACCCTGAGTACTTTGAGCCTTGCTAAGACCACCCAGCCCATCTCCATGGACTCATATGAAGGACAAGAAGTGAACATAACCTGTAGCCACAACAACATTGCTACAAATGATTATATCACGTGGTACCAACAGTTTCCCAGCCAAGGACCACGATTTATTATTCAAGGATACAAGACAAAAGTTACAAACGAAGTGGCCTCCCTGTTTATCCCTGCCGACAGAAAGTCCAGCACTCTGAGCCTGCCCCGGGTTTCCCTGAGCGACACTGCTGTGTACTACTGCCTCGTGGGTGACTTCAACTCAAATTCCGGGTATGCACTCAACTTCGGCAAAGGCACCTCGCTGTTGGTCACACCCCATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAAACTGTGTTGGACATGCGCAGCATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGC(配列番号:161)を含む。
実施形態では、単離された核酸分子は、TRBV7-2 CDR1、TRBV7-2 CDR2、およびTRBV7-2 CDR3の一つまたは複数を含むTCRβ鎖を含むTCRをコードする。実施形態では、単離された核酸分子は、配列番号:86のアミノ酸配列を含むTRBV7-2 CDR1、配列番号:87のアミノ酸配列を含むTRBV7-2 CDR2、および配列番号:88のアミノ酸配列を含むTRBV7-2 CDR3の一つまたは複数を含むTCRβ鎖を含むTCRをコードする。一つの実施形態では、TRBV7-2 CDR1をコードする核酸配列は、TCAGGTCATACTGCC(配列番号:162)を含む。一つの実施形態では、TRBV7-2 CDR2をコードする核酸配列は、TTCCAAGGCAACAGTGCA(配列番号:163)を含む。一つの実施形態では、TRBV7-2 CDR3をコードする核酸配列は、GCCAGCAAGGTCTATGGCTACACC(配列番号:164)を含む。
一つの実施形態では、単離された核酸分子は、配列番号:89のアミノ酸配列を含む定常領域を含むTCRβ鎖を含むTCRをコードする。一つの実施形態では、定常領域をコードする核酸配列は、GAGGACCTGAACAAGGTGTTCCCACCCGAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTTCCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACGGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTCTCGGAGAATGATGAGTGGACACAAGATAGGGCCAAACCCGTCACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTTACCTCGGTGTCCTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCCTGCTAGGGAAGGCCACCCTGTATGCTGTGCTGGTCAGCGCCCTTGTGTTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGGATTTC(配列番号:165)を含む。
一つの実施形態では、核酸分子は、配列番号:90のアミノ酸配列を含むTCRβ鎖をコードする。一つの実施形態では、TCRβ鎖をコードする核酸配列は、ATGGGCACCAGGCTCCTCTTCTGGGTGGCCTTCTGTCTCCTGGGGGCATATCACACAGGAGCTGGAGTCTCCCAGTCCCCCAGTAACAAGGTCACAGAGAAGGGAAAGGATGTAGAGCTCAGGTGTGATCCAATTTCAGGTCATACTGCCCTTTACTGGTACCGACAGAGGCTGGGGCAGGGCCTGGAGTTTTTAATTTACTTCCAAGGCAACAGTGCACCAGACAAATCAGGGCTGCCCAGTGATCGCTTCTCTGCAGAGAGGACTGGGGAATCCGTCTCCACTCTGACGATCCAGCGCACACAGCAGGAGGACTCGGCCGTGTATCTCTGTGCCAGCAAGGTCTATGGCTACACCTTCGGTTCGGGGACCAGGTTAACCGTTGTAGAGGACCTGAACAAGGTGTTCCCACCCGAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTTCCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACGGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTCTCGGAGAATGATGAGTGGACACAAGATAGGGCCAAACCCGTCACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTTACCTCGGTGTCCTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCCTGCTAGGGAAGGCCACCCTGTATGCTGTGCTGGTCAGCGCCCTTGTGTTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGGATTTCTGA(配列番号:166)を含む。
一つの実施形態では、核酸分子は、TCRα鎖およびTCRβ鎖を含む融合タンパク質をコードする。一つの実施形態では、単離された核酸分子は、TCRα鎖およびTCRβ鎖の間のリンカードメインを含む融合タンパク質をコードする。一つの実施形態では、核酸分子は、配列番号:91のアミノ酸配列を含むGSG-T2Aリンカードメインをコードする。一つの実施形態では、GSG-T2Aリンカードメインをコードする核酸配列は、GGCAGCGGAGAGGGCAGAGGAAGTCTTCTAACATGCGGTGACGTGGAGGAGAATCCCGGCCCT(配列番号:167)を含む。
一つの実施形態では、核酸分子は、配列番号:92のアミノ酸配列を含む融合タンパク質をコードする。一つの実施形態では、融合タンパク質をコードする核酸配列は、ATGAGGCAAGTGGCGAGAGTGATCGTGTTCCTGACCCTGAGTACTTTGAGCCTTGCTAAGACCACCCAGCCCATCTCCATGGACTCATATGAAGGACAAGAAGTGAACATAACCTGTAGCCACAACAACATTGCTACAAATGATTATATCACGTGGTACCAACAGTTTCCCAGCCAAGGACCACGATTTATTATTCAAGGATACAAGACAAAAGTTACAAACGAAGTGGCCTCCCTGTTTATCCCTGCCGACAGAAAGTCCAGCACTCTGAGCCTGCCCCGGGTTTCCCTGAGCGACACTGCTGTGTACTACTGCCTCGTGGGTGACTTCAACTCAAATTCCGGGTATGCACTCAACTTCGGCAAAGGCACCTCGCTGTTGGTCACACCCCATATCCAGAACCCTGACCCTGCCGTGTACCAGCTGAGAGACTCTAAATCCAGTGACAAGTCTGTCTGCCTATTCACCGATTTTGATTCTCAAACAAATGTGTCACAAAGTAAGGATTCTGATGTGTATATCACAGACAAAACTGTGTTGGACATGCGCAGCATGGACTTCAAGAGCAACAGTGCTGTGGCCTGGAGCAACAAATCTGACTTTGCATGTGCAAACGCCTTCAACAACAGCATTATTCCAGAAGACACCTTCTTCCCCAGCCCAGAAAGTTCCTGTGATGTCAAGCTGGTCGAGAAAAGCTTTGAAACAGATACGAACCTAAACTTTCAAAACCTGTCAGTGATTGGGTTCCGAATCCTCCTCCTGAAAGTGGCCGGGTTTAATCTGCTCATGACGCTGCGGCTGTGGTCCAGCGGCAGCGGAGAGGGCAGAGGAAGTCTTCTAACATGCGGTGACGTGGAGGAGAATCCCGGCCCTATGGGCACCAGGCTCCTCTTCTGGGTGGCCTTCTGTCTCCTGGGGGCATATCACACAGGAGCTGGAGTCTCCCAGTCCCCCAGTAACAAGGTCACAGAGAAGGGAAAGGATGTAGAGCTCAGGTGTGATCCAATTTCAGGTCATACTGCCCTTTACTGGTACCGACAGAGGCTGGGGCAGGGCCTGGAGTTTTTAATTTACTTCCAAGGCAACAGTGCACCAGACAAATCAGGGCTGCCCAGTGATCGCTTCTCTGCAGAGAGGACTGGGGAATCCGTCTCCACTCTGACGATCCAGCGCACACAGCAGGAGGACTCGGCCGTGTATCTCTGTGCCAGCAAGGTCTATGGCTACACCTTCGGTTCGGGGACCAGGTTAACCGTTGTAGAGGACCTGAACAAGGTGTTCCCACCCGAGGTCGCTGTGTTTGAGCCATCAGAAGCAGAGATCTCCCACACCCAAAAGGCCACACTGGTGTGCCTGGCCACAGGCTTCTTCCCCGACCACGTGGAGCTGAGCTGGTGGGTGAATGGGAAGGAGGTGCACAGTGGGGTCAGCACGGACCCGCAGCCCCTCAAGGAGCAGCCCGCCCTCAATGACTCCAGATACTGCCTGAGCAGCCGCCTGAGGGTCTCGGCCACCTTCTGGCAGAACCCCCGCAACCACTTCCGCTGTCAAGTCCAGTTCTACGGGCTCTCGGAGAATGATGAGTGGACACAAGATAGGGCCAAACCCGTCACCCAGATCGTCAGCGCCGAGGCCTGGGGTAGAGCAGACTGTGGCTTTACCTCGGTGTCCTACCAGCAAGGGGTCCTGTCTGCCACCATCCTCTATGAGATCCTGCTAGGGAAGGCCACCCTGTATGCTGTGCTGGTCAGCGCCCTTGTGTTGATGGCCATGGTCAAGAGAAAGGATTTCTGA(配列番号:168)を含む。
特定の実施形態では、TCRのα鎖定常領域およびβ鎖定常領域をコードする核酸配列は、CRISPRを介した遺伝子編集等の遺伝子編集に対して抵抗性の核酸配列を含む。
さらに、本発明は、本明細書に開示されるアミノ酸配列と実質的な同一性を有するアミノ酸配列をコードする単離された核酸を包含する。特定の実施形態では、単離された核酸配列は、本明細書に開示されるアミノ酸配列と少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、または99%の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードする。
さらに、本発明は、本明細書に開示される核酸配列と実質的な同一性を有する単離された核酸を包含する。特定の実施形態では、単離された核酸配列は、本明細書に開示される核酸配列と少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、または99%の配列同一性を有する。
本発明のポリペプチドをコードする単離された核酸配列は、たとえば、標準的な技術を使用して、遺伝子を発現する細胞からライブラリーをスクリーニングすることによって、同じものを含むことが知られているベクターから遺伝子を誘導することによって、または同じものを含む細胞または組織から直接分離することによって等、当技術分野で知られている多くの組換え方法のいずれかを使用して得ることができる。あるいは、目的の遺伝子は、クローン化するのではなく、合成的に生成することができる。
単離された核酸は、DNAおよびRNAを含むがこれらに限定されない、任意のタイプの核酸を含んでもよい。たとえば、一つの実施形態では、組成物は、たとえば、本発明のポリペプチドをコードする単離されたcDNA分子、またはその機能的断片を含む、単離されたDNA分子を含む。一つの実施形態では、組成物は、本発明のポリペプチドをコードする単離されたRNA分子、またはその機能的断片を含む。
本発明の核酸分子は、血清中または細胞培養用の増殖培地中の安定性を改善するように修飾することができる。本発明の核酸分子の安定性、機能性、および/または特異性を増強し、免疫刺激特性を最小化するために、修飾を加えることができる。たとえば、安定性を高めるために、3’残基は、分解に対して安定化することができ、たとえば、それらは、プリンヌクレオチド、特にアデノシンまたはグアノシンヌクレオチドからなるように選択することができる。あるいは、修飾アナログによるピリミジンヌクレオチドの置換、たとえば、2’-デオキシチミジンによるウリジンの置換は許容され、分子の機能に影響を与えない。
本発明の一つの実施形態では、核酸分子は、少なくとも一つの修飾ヌクレオチドアナログを含んでもよい。たとえば、末端は、修飾ヌクレオチドアナログを組み込むことによって安定化されうる。
ヌクレオチドアナログの非限定的な例は、糖および/または骨格修飾リボヌクレオチドを含む(すなわち、リン酸糖骨格への修飾を含む)。たとえば、天然RNAのホスホジエステル結合は、窒素または硫黄ヘテロ原子のうちの少なくとも一つを含むように修飾されていてもよい。好ましい骨格修飾リボヌクレオチドにおいて、隣接するリボヌクレオチドに接続するホスホエステル基は、たとえば、ホスホチオエート基の修飾基によって置換されている。好ましい糖修飾リボヌクレオチドでは、2’OH基は、H、OR、R、ハロ、SH、SR、NH2、NHR、NR2またはONから選択される基で置換されており、ここでRはC1-C6アルキル、アルケニルまたはアルキニルであり、ハロはF、Cl、BrまたはIである。
修飾の他の例は、核酸塩基修飾リボヌクレオチド、すなわち天然に存在する核酸塩基の代わりに少なくとも一つの天然に存在しない核酸塩基を含むリボヌクレオチドである。アデノシンデアミナーゼの活性を遮断するように塩基を修飾することができる。例示的な修飾核酸塩基は、5位で修飾されたウリジンおよび/またはシチジン、たとえば、5-(2-アミノ)プロピルウリジン、5-ブロモウリジン;8位で修飾されたアデノシンおよび/またはグアノシン、たとえば、8-ブロモグアノシン;デアザヌクレオチド、たとえば、7-デアザ-アデノシン;O-およびN-アルキル化ヌクレオチド、たとえば、N6-メチルアデノシンが好適である、を含むが、これらに限定されない。上記の修飾を組み合わせることができることに注目すべきである。
一部の例では、核酸分子は、以下の化学修飾のうちの少なくとも一つを含む: 一つまたは複数のヌクレオチドの2’-H、2’-O-メチル、または2’-OH修飾。特定の実施形態では、本発明の核酸分子は、ヌクレアーゼに対する増強された耐性を有しうる。ヌクレアーゼ耐性を高めるために、核酸分子は、たとえば、2’-修飾リボースユニットおよび/またはホスホロチオエート結合を含むことができる。たとえば、2’ヒドロキシル基(OH)は、いくつかの異なる「オキシ」または「デオキシ」置換基で修飾または置換することができる。ヌクレアーゼ耐性を高めるために、本発明の核酸分子は、2’-O-メチル、2’-フッ素、2’-O-メトキシエチル、2’-O-アミノプロピル、2’-アミノ、および/またはホスホロチオエート結合を含むことができる。ロックド核酸(LNA)、エチレン核酸(ethylene nucleic acid;ENA)、たとえば2’-4’-エチレン架橋核酸、および2-アミノ-A、2-チオ(たとえば、2-チオU)、G-クランプ修飾等の特定の核酸塩基修飾の包含も、標的への結合親和性を高めることができる。
一つの実施形態では、核酸分子は、2’-修飾ヌクレオチド、たとえば、2’-デオキシ、2’-デオキシ-2’-フルオロ、2’-O-メチル、2’-O-メトキシエチル(2’-O-MOE)、2’-O-アミノプロピル(2’-O-AP)、2’-O-ジメチルアミノエチル(2’-O-DMAOE)、2’-O-ジメチルアミノプロピル(2’-O-DMAP)、2’-O-ジメチルアミノエチルオキシエチル(2’-O-DMAEOE)、または2’-ON-メチルアセトアミド(2’-O-NMA)を含む。一つの実施形態では、核酸分子は、少なくとも一つの2’-O-メチル修飾ヌクレオチドを含み、いくつかの実施形態では、核酸分子のすべてのヌクレオチドは、2’-O-メチル修飾を含む。
本発明はまた、本発明の単離された核酸が挿入されるベクターを含む。当技術分野は、本発明において有用である好適なベクターが豊富にある。
簡単に言えば、本発明のペプチドをコードする天然または合成の核酸の発現は、典型的には、ペプチドまたはその一部をコードする核酸をプロモーターに作動可能に連結し、構築物を発現ベクターに組み込むことによって達成される。使用するベクターは、真核細胞での複製および任意での組み込みに好適である。典型的なベクターは、転写および翻訳ターミネーター、開始配列、および所望の核酸配列の発現の調節に有用なプロモーターを含む。
本発明のベクターはまた、本発明のベクターはまた、標準的な遺伝子送達プロトコルを使用して、核酸免疫化および遺伝子治療に使用することができる。遺伝子送達の方法は当技術分野で知られている。たとえば、その全体が参照により本明細書に組み込まれる米国特許第5,399,346号、第5,580,859号、第5,589,466号を参照されたい。別の実施形態では、本発明は、遺伝子治療ベクターを提供する。
本発明の単離された核酸は、いくつかのタイプのベクターにクローン化することができる。たとえば、核酸は、プラスミド、ファージミド、ファージ誘導体、動物ウイルス、およびコスミドを含むがこれらに限定されないベクターにクローン化することができる。特に関心のあるベクターは、発現ベクター、複製ベクター、プローブ生成ベクター、および配列決定ベクターがを含む。
さらに、ベクターは、ウイルスベクターの形態で細胞に提供されてもよい。ウイルスベクター技術は当技術分野で周知であり、たとえば、Sambrook et al. (2012, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, New York)、および他のウイルス学および分子生物学のマニュアルに記載されている。ベクターとして有用なウイルスは、レトロウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、ヘルペスウイルス、およびレンチウイルスを含むが、これらに限定されない。一般に、好適なベクターは、少なくとも一の生物において機能的な複製起点、プロモーター配列、便利な制限エンドヌクレアーゼ部位、および一つまたは複数の選択可能なマーカーを含む(たとえば、国際公開第01/96584号;国際公開第01/29058号;および米国特許第6,326,193号)。
哺乳動物細胞への遺伝子導入のために、多くのウイルスベースの系が開発されてきた。たとえば、レトロウイルスは遺伝子送達系に便利なプラットフォームを提供する。選択された遺伝子は、当技術分野で知られている技術を使用して、ベクターに挿入し、レトロウイルス粒子にパッケージングすることができる。次に、組換えウイルスを単離して、in vivoまたはex vivoのいずれかで対象の細胞に送達することができる。多くのレトロウイルス系が当技術分野で知られている。一部の実施形態では、アデノウイルスベクターが使用される。多くのアデノウイルスベクターが当技術分野で知られている。一つの実施形態では、レンチウイルスベクターが使用される。
たとえば、レンチウイルス等のレトロウイルスに由来するベクターは、導入遺伝子の長期的で安定した組み込みおよび娘細胞でのその増殖を可能にするため、長期的な遺伝子導入を達成するための適切なツールである。レンチウイルスベクターは、肝細胞等の非増殖細胞を形質導入できるという点で、マウス白血病ウイルス等の腫瘍レトロウイルスに由来するベクターよりも優れている。それらはまた、免疫原性が低いという追加の利点を持っている。一つの実施形態では、組成物は、アデノ随伴ウイルス(AAV)に由来するベクターを含む。アデノ随伴ウイルス(AAV)ベクターは、様々な障害の治療のための強力な遺伝子送達ツールになっている。AAVベクターは、病原性の欠如、最小限の免疫原性、および安定した効率的な方法で有糸分裂後の細胞を形質導入する能力を含む、遺伝子治療に理想的に好適なものにする多くの機能を備えている。AAVベクター内に含まれる特定の遺伝子の発現は、AAV血清型、プロモーター、および送達方法の適切な組み合わせを選択することにより、一つまたは複数のタイプの細胞を特異的に標的にすることができる。
特定の実施形態では、ベクターはまた、プラスミドベクターでトランスフェクトされた、または本発明によって産生されたウイルスに感染した細胞におけるその転写、翻訳および/または発現を可能にする方法で導入遺伝子に作動可能に連結される従来の制御エレメントを含む。本明細書で使用される場合、「作動可能に連結された」配列は、目的の遺伝子に隣接する発現制御配列、および目的の遺伝子を制御するためにトランスまたは離れて作用する発現制御配列の両方を含む。発現制御配列は、適切な転写開始、終結、プロモーター、およびエンハンサー配列;スプライシングおよびポリアデニル化(polyA)シグナル等の効率的なRNAプロセシングシグナル;細胞質mRNAを安定化する配列;翻訳効率を高める配列(すなわち、コザックコンセンサス配列);タンパク質の安定性を高める配列;必要に応じて、コードされた産物の分泌を促進する配列を含む。天然、構成的、誘導性および/または組織特異的であるプロモーターを含む多数の発現制御配列が当技術分野で知られており、利用することができる。
追加のプロモーターエレメント、たとえば、エンハンサーは、転写開始の頻度を調節する。通常、これらは開始部位の30~110bp上流の領域に位置するが、最近、多くのプロモーターが開始部位の下流にも機能エレメントを含むことが示されている。プロモーターエレメント間の間隔はしばしばフレキシブルであるため、エレメントが互いに反転または移動したときにプロモーター機能が維持される。チミジンキナーゼ(tk)プロモーターでは、活性が低下し始める前に、プロモーターエレメント間の間隔を50bp離すことができる。プロモーターに応じて、個々のエレメントが協調的または独立して機能し、転写を活性化できるようである。
好適なプロモーターの一例は、前初期サイトメガロウイルス(CMV)プロモーター配列である。このプロモーター配列は、それに作動可能に連結された任意のポリヌクレオチド配列の高レベルの発現を駆動することができる強力な構成的プロモーター配列である。好適なプロモーターの別の例は、伸長成長因子-1α(EF-1α)である。しかしながら、サルウイルス40(SV40)初期プロモーター、マウス乳腺腫瘍ウイルス(MMTV)、ヒト免疫不全ウイルス(HIV)末端反復配列(LTR)プロモーター、MoMuLVプロモーター、鳥類白血病ウイルスプロモーター、エプスタインバーウイルス前初期プロモーター、ラウス肉腫ウイルスプロモーター、ならびにアクチンプロモーター、ミオシンプロモーター、ヘモグロビンプロモーター、およびクレアチンキナーゼプロモーター等に限定されないヒト遺伝子プロモーターを含むがこれらに限定されない他の構成的プロモーター配列も使用してもよい。さらに、本発明は、構成的プロモーターの使用に限定されるべきではない。誘導性プロモーターも本発明の一部として企図されている。誘導性プロモーターの使用は、そのような発現が望まれるときにそれが作動可能に連結されるポリヌクレオチド配列の発現をオンにするか、または発現が望まれないときに発現をオフにすることができる分子スイッチを提供する。誘導性プロモーターの例は、メタロチオネインプロモーター、グルココルチコイドプロモーター、プロゲステロンプロモーター、およびテトラサイクリンプロモーターを含むが、これらに限定されない。
ベクター上に見られるエンハンサー配列も、そこに含まれる遺伝子の発現を調節する。通常、エンハンサーはタンパク質因子と結合して遺伝子の転写を増強する。エンハンサーは、それが調節する遺伝子の上流または下流に位置していてもよい。エンハンサーはまた、特定の細胞型または組織タイプにおける転写を増強するために組織特異的であってもよい。一つの実施形態では、本発明のベクターは、ベクター内に存在する遺伝子の転写を促進するための一つまたは複数のエンハンサーを含む。
ペプチドの発現を評価するために、細胞に導入される発現ベクターはまた、トランスフェクトまたはウイルスベクターを介して感染させられることが求められる細胞の集団からの発現細胞の同定および選択を容易にするために、選択可能なマーカー遺伝子またはレポーター遺伝子のいずれかまたは両方を含むことができる。他の態様では、選択可能なマーカーは、別個のDNA片上で運ばれ、そして共トランスフェクト方法において使用されてもよい。選択可能なマーカーおよびレポーター遺伝子の両方に、宿主細胞での発現を可能にする適切な調節配列を隣接させることができる。有用な選択可能なマーカーは、たとえば、ネオ等の抗生物質耐性遺伝子を含む。
レポーター遺伝子は、トランスフェクトされた可能性のある細胞を特定し、調節配列の機能を評価するために使用される。一般に、レポーター遺伝子は、レシピエントの生物または組織に存在しないか、または発現されない遺伝子であり、その発現がいくつかの容易に検出可能な特性、たとえば酵素活性によって現れるポリペプチドをコードする。レポーター遺伝子の発現は、DNAがレシピエント細胞に導入された後の好適な時期にアッセイされる。好適なレポーター遺伝子は、ルシフェラーゼ、ベータガラクトシダーゼ、クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ、分泌型アルカリホスファターゼ、または緑色蛍光タンパク質遺伝子をコードする遺伝子を含んでもよい(例:Ui-Tei et al., 2000 FEBS Letters 479: 79-82)。好適な発現システムは周知であり、既知の技術を使用して調製するか、または商業的に入手することができる。一般に、レポーター遺伝子の最高レベルの発現を示す最小の5’隣接領域を有する構築物がプロモーターとして同定される。このようなプロモーター領域は、レポーター遺伝子に接続され、プロモーター駆動型転写を調節する能力について薬剤を評価するために使用されてもよい。
遺伝子を細胞に導入および発現する方法は、当技術分野で知られている。発現ベクターとの関連で、ベクターは、当技術分野の任意の方法によって、宿主細胞、たとえば、哺乳動物、細菌、酵母、または昆虫細胞に容易に導入することができる。たとえば、発現ベクターは、物理的、化学的、または生物学的手段によって宿主細胞に導入することができる。
ポリヌクレオチドを宿主細胞に導入するための物理的方法は、リン酸カルシウム沈殿、リポフェクション、パーティクルガン、マイクロインジェクション、エレクトロポレーション等を含む。ベクターおよび/または外因性核酸を含む細胞を産生するための方法は、当技術分野で周知である。たとえば、Sambrook et al. (2012, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, New York)を参照されたい。ポリヌクレオチドを宿主細胞に導入するための好ましい方法は、リン酸カルシウムトランスフェクションである。
目的のポリヌクレオチドを宿主細胞に導入するための生物学的方法は、DNAおよびRNAベクターの使用を含む。ウイルスベクター、特にレトロウイルスベクターは、哺乳動物、たとえばヒト細胞に遺伝子を挿入するために最も広く使用されている方法になっている。他のウイルスベクターは、レンチウイルス、ポックスウイルス、単純ヘルペスウイルスI、アデノウイルスおよびアデノ随伴ウイルス等に由来していてもよい。たとえば、米国特許第5,350,674号および第5,585,362号を参照されたい。
ポリヌクレオチドを宿主細胞に導入するための化学的手段は、高分子複合体、ナノカプセル、ミクロスフェア、ビーズ等のコロイド分散系、および水中油型エマルジョン、ミセル、混合ミセル、およびリポソームを含む脂質ベースの系を含む。in vitroおよびin vivoでの送達ビヒクルとして使用するための例示的なコロイド系は、リポソーム(たとえば、人工膜小胞)である。
非ウイルス送達システムが利用される場合、例示的な送達ビヒクルはリポソームである。宿主細胞への核酸の導入(in vitro、ex vivoまたはin vivo)のために脂質製剤の使用が企図されている。別の態様では、核酸は脂質と関連している可能性がある。脂質に関連する核酸は、リポソームの水性内部にカプセル化され、リポソームの脂質二重層内に分散し、リポソームおよびオリゴヌクレオチドの両方に関連する連結分子を介してリポソームに付着し、リポソームに捕捉され、リポソームと複合体を形成し、脂質を含む溶液に分散し、脂質と混合し、脂質と組み合わさり、脂質に懸濁液として含まれ、ミセルを含まれるかミセルと組み合わさり、または他の方法で脂質と結合していてもよい。脂質、脂質/DNAまたは脂質/発現ベクター関連組成物は、溶液中の特定の構造に限定されない。たとえば、それらは、ミセルとして、または「崩壊した」構造を有する二層構造で存在することができる。それらはまた、単に溶液中に分散し、サイズまたは形状が均一でない凝集体を形成する可能性がある。脂質は、天然に存在する脂質または合成脂質であってもよい脂肪物質である。たとえば、脂質は、細胞質に自然に存在する脂肪滴、ならびに脂肪酸、アルコール、アミン、アミノアルコール、アルデヒド等の長鎖脂肪族炭化水素およびその誘導体を含む化合物のクラスを含む。
使用に好適な脂質は、商業的供給源から入手することができる。たとえば、ジミリスチルホスファチジルコリン(「DMPC」)は、ミズーリ州セントルイスのシグマから入手することができる。リン酸ジセチル(「DCP」)は、K&Kラボラトリーズ(ニューヨーク州プレインビュー)から入手することができる。コレステロール(「Choi」)はCalbiochem-Behringから入手することができる。ジミリスチルホスファチジルグリセロール(「DMPG」)および他の脂質は、Avanti Polar Lipids, Inc.(アラバマ州バーミンガム)から入手することができる。クロロホルムまたはクロロホルム/メタノール中の脂質のストック溶液は、約-20℃で保存できる。クロロホルムはメタノールよりも蒸発しやすいため、唯一の溶媒として使用される。「リポソーム」は、封入された脂質二重層または凝集体の生成によって形成される様々な単一および多層脂質ビヒクルを包含する総称である。リポソームは、リン脂質二重膜および内部水性媒体を備えた小胞構造を有するものとして特徴付けることができる。多層リポソームは、水性媒体によって分離された複数の脂質層を有する。それらは、リン脂質が過剰の水溶液に懸濁されると自然に形成される。脂質成分は、閉じた構造を形成する前に自己再配列し、脂質二重層の間に水と溶解した溶質を閉じ込める(Ghosh et al., 1991 Glycobiology 5: 505-10)。しかしながら、通常の小胞構造とは溶液中で異なる構造を有する組成物も包含される。たとえば、脂質はミセル構造をとるか、脂質分子の不均一な凝集体として単に存在する可能性がある。リポフェクタミン-核酸複合体も企図されている。
外因性核酸を宿主細胞に導入するために使用される方法に関係なく、宿主細胞における組換えDNA配列の存在を確認するために、様々なアッセイを実施することができる。そのようなアッセイは、たとえば、サザンブロッティングおよびノーザンブロッティング、RT-PCRおよびPCR等の当業者に周知の「分子生物学的」アッセイ;たとえば、免疫学的手段(ELISAおよびウエスタンブロット)によって、または本発明の範囲内にある薬剤を同定するための本明細書に記載のアッセイによる特定のペプチドの存在または不在を検出する等の「生化学的」アッセイを含む。
一つの実施形態では、本発明のポリペプチドをコードする単離された核酸は、in vitro転写(IVT)RNAを含む。RNAは、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)で生成されたテンプレートを使用したin vitro転写によって生成される。任意の供給源由来の目的のDNAは、適切なプライマーおよびRNAポリメラーゼを使用して、PCRによってin vitro mRNA合成用のテンプレートに直接変換することができる。DNAの供給源は、たとえば、ゲノムDNA、プラスミドDNA、ファージDNA、cDNA、合成DNA配列、または任意の他の適切なDNAの供給源であってもよい。
一つの実施形態では、PCRに使用されるDNAは、オープンリーディングフレームを含む。DNAは、生物のゲノムに由来する天然のDNA配列に由来していてもよい。一つの実施形態では、DNAは、遺伝子の一部の目的の全長遺伝子である。遺伝子は、5’および/または3’非翻訳領域(UTR)の一部またはすべてを含んでもよい。遺伝子は、エクソンとイントロンを含んでもよい。一つの実施形態では、PCRに使用されるDNAは、ヒト遺伝子である。別の実施形態では、PCRに使用されるDNAは、5’および3’UTRを含むヒト遺伝子である。あるいは、DNAは、天然に存在する生物では通常発現されない人工DNA配列であってもよい。例示的な人工DNA配列は、融合タンパク質をコードするオープンリーディングフレームを形成するために一緒に連結される遺伝子の部分を含むものである。 一緒に連結されるDNAの部分は、単一の生物由来のものでも、複数の生物由来のものでもよい。
PCR用のDNAの供給源として使用できる遺伝子は、生物に治療効果または予防効果を提供するポリペプチドをコードする遺伝子、または生物の疾患または障害を診断するために使用できる遺伝子を含む。好ましい遺伝子は、短期間の治療に有用な遺伝子、または投与量または発現された遺伝子に関して安全性の懸念がある場合の遺伝子である。たとえば、がん、自己免疫疾患、寄生虫、ウイルス、細菌、真菌または他の感染症の治療のために、発現される導入遺伝子は、免疫系の細胞のリガンドまたは受容体として機能するポリペプチドをコードしてもよく、または生物の免疫系の刺激または阻害するよう機能することができる。一部の実施形態では、免疫系の継続的な刺激を延長することは望ましくなく、また、治療が成功した後も続く変化を生み出す必要はない。なぜなら、これは、新しい問題を誘発する可能性があるからである。自己免疫疾患の治療では、再燃中に免疫系を阻害または抑制することが望ましい場合があるが、長期的ではなく、患者が感染症に過度に敏感になる可能性がある。
PCRは、トランスフェクションに使用されるmRNAのin vitro転写用のテンプレートを生成するために使用されるPCRを行うための方法は当技術分野周知である。PCRで使用するプライマーは、PCRのテンプレートとして使用されるDNAの領域に実質的に相補的な領域を有するように設計されている。本明細書で使用する「実質的に相補的」は、プライマー配列中の塩基の大部分またはすべてが相補的であるか、または一つ以上の塩基が非相補的であるか、またはミスマッチであるヌクレオチドの配列を指す。実質的に相補的な配列は、PCRに使用されるアニーリング条件下で目的のDNAターゲットとアニーリングまたはハイブリダイズすることができる。プライマーは、DNAテンプレートの任意の部分に実質的に相補的であるように設計することができる。たとえば、プライマーは、5’および3’UTRを含む、細胞内で通常転写される遺伝子の部分(オープンリーディングフレーム)を増幅するように設計することができる。プライマーはまた、目的の特定のドメインをコードする遺伝子の一部を増幅するように設計することもできる。一つの実施形態では、プライマーは、5’および3’UTRの全部または一部を含む、ヒトcDNAのコード領域を増幅するように設計されている。PCRに有用なプライマーは、当技術分野で周知の合成方法によって生成される。「フォワードプライマー」は、増幅されるDNA配列の上流にあるDNAテンプレート上のヌクレオチドに実質的に相補的なヌクレオチドの領域を含むプライマーである。「上流」は、本明細書では、コード鎖に対して増幅されるDNA配列の位置5を指すために使用される。「リバースプライマー」は、増幅されるDNA配列の下流にある二本鎖DNAテンプレートに実質的に相補的なヌクレオチドの領域を含むプライマーである。「下流」は、本明細書では、コード鎖に対して増幅されるDNA配列の3’の位置を指すために使用される。
PCRに有用な任意のDNAポリメラーゼを、本明細書に開示される方法で使用することができる。試薬およびポリメラーゼは、多くの供給元から市販されている。
安定性および/または翻訳効率を促進する能力を有する化学構造もまた使用することができる。RNAは好ましくは5’および3’UTRを有する。一つの実施形態では、5’UTRは、長さが0~3000ヌクレオチドの間である。コード領域に追加される5’および3’UTR配列の長さは、UTRの異なる領域にアニーリングするPCR用のプライマーの設計を含むがこれに限定されない、異なる方法によって変更することができる。このアプローチを使用して、当業者は、転写されたRNAのトランスフェクション後に最適な翻訳効率を達成するために必要とされる5’および3’UTRの長さを改変することができる。
5’および3’UTRは、目的の遺伝子の天然に存在する内因性の5’および3’UTRであってもよい。あるいは、目的の遺伝子に内因性ではないUTR配列は、UTR配列をフォワードおよびリバースプライマーに組み込むことによって、またはテンプレートの任意の他の改変によって追加することができる。目的の遺伝子に内因性ではないUTR配列の使用は、RNAの安定性および/または翻訳効率を変更するのに役立つ可能性がある。たとえば、3’UTR配列のAUリッチエレメントは、mRNAの安定性を低下させる可能性があることが知られている。したがって、3’UTRは、当技術分野で周知のUTRの特性に基づいて、転写されたRNAの安定性を高めるように選択または設計することができる。
一つの実施形態では、5’UTRは、内因性遺伝子のコザック配列を含んでもよい。あるいは、目的の遺伝子に内因性ではない5’UTRが上記のようにPCRによって追加されている場合、コンセンサスコザック配列は5’UTR配列を追加することによって再設計することができる。コザック配列は、一部のRNA転写産物の翻訳効率を高めることができるが、効率的な翻訳を可能にするためにすべてのRNAに必要なわけではないようである。多くのmRNAに対するコザック配列の要件は当技術分野で知られている。他の実施形態では、5’UTRは、RNAゲノムが細胞内で安定しているRNAウイルスに由来していてもよい。他の実施形態では、様々なヌクレオチドアナログを3’または5’UTRで使用して、mRNAのエキソヌクレアーゼ分解を妨げることができる。
遺伝子クローニングを必要とせずにDNAテンプレートからRNAを合成できるようにするには、転写プロモーターを、転写される配列の上流のDNAテンプレートに付加する必要がある。RNAポリメラーゼのプロモーターとして機能する配列がフォワードプライマーの5’末端に付加されると、RNAポリメラーゼプロモーターは、転写されるオープンリーディングフレームの上流のPCR産物に組み込まれるようになる。一つの好ましい実施形態では、プロモーターは、本明細書の他の場所に記載されているように、T7ポリメラーゼプロモーターである。他の有用なプロモーターは、T3およびSP6 RNAポリメラーゼプロモーターを含むが、これらに限定されない。T7、T3およびSP6プロモーターのコンセンサスヌクレオチド配列は当技術分野で知られている。
好ましい実施形態では、mRNAは、細胞内のリボソーム結合、翻訳開始、および安定性mRNAを決定する5’末端および3’ポリ(A)テールの両方にキャップを有する。環状DNAテンプレート、たとえばプラスミドDNAでは、RNAポリメラーゼは、真核細胞での発現に適さない長いコンカテマー生成物を生成する。3’UTRの末端で線形化されたプラスミドDNAの転写は、通常のサイズのmRNAをもたらす。これは、転写後であっても真核生物のトランスフェクションには効果的ではない。
線形DNAテンプレートでは、ファージT7 RNAポリメラーゼは転写産物の3’末端をテンプレートの最後の塩基を超えて伸長させることができる(Schenborn and Mierendorf, Nuc Acids Res., 13:6223-36 (1985); Nacheva and Berzal-Herranz, Eur. J. Biochem., 270:1485-65 (2003))。
polyA/TストレッチをDNAテンプレートに組み込む従来の方法は、分子クローニングである。しかしながら、プラスミドDNAに組み込まれたpolyA/T配列はプラスミドの不安定性を引き起こす可能性がある。そのため、細菌細胞から得られたプラスミドDNAテンプレートは、欠失またはその他の異常が高度に混入していることがよくある。これにより、クローン作成手順は面倒で時間がかかるだけでなく、信頼性が低くなることがよくある。そのため、クローニングせずにpolyA/T3’ストレッチでDNAテンプレートを構築できる方法が非常に望ましい。
転写DNAテンプレートのpolyA/Tセグメントは、100Tテール(サイズは50~5000T)等のpolyTテールを含むリバースプライマーを使用することによりPCR中に生成することができる。または、DNAライゲーションまたはin vitro組換えに限定されない、任意の他の方法によるPCR後に生成することができる。ポリ(A)テールはRNAに安定性を提供し、RNAの分解を低減する。一般に、ポリ(A)テールの長さは、転写されたRNAの安定性と正の相関がある。一つの実施形態では、ポリ(A)テールは、100~5000のアデノシンの間である。
RNAのポリ(A)テールは、E. coli polyAポリメラーゼ(E-PAP)等のポリ(A)ポリメラーゼを使用して、in vitro転写後にさらに伸長させることができる。一つの実施形態では、ポリ(A)テールの長さを100ヌクレオチドから300~400ヌクレオチドの間に増加させると、RNAの翻訳効率が約2倍増加する。さらに、3’末端への異なる化学基の結合は、mRNAの安定性を高めることができる。そのような付着物は、修飾された/人工のヌクレオチド、アプタマーおよび他の化合物を含んでもよい。たとえば、ATPアナログは、ポリ(A)ポリメラーゼを使用してポリ(A)テールに組み込むことができる。ATPアナログはRNAの安定性をさらに高めることができる。
5’キャップオン(5’ caps on)は、RNA分子に安定性も提供する。好ましい実施形態では、本明細書に開示される方法によって生成されるRNAは、5’キャップを含む。5’キャップは、当技術分野で知られており、本明細書に記載されている技術を使用して提供される(Cougot, et al., Trends in Biochem. Sci., 29:436-444 (2001); Stepinski, et al., RNA, 7:1468-95 (2001); Elango, et al., Biochim. Biophys. Res. Commun., 330:958-966 (2005))。
本明細書に開示される方法によって生成されるRNAはまた、内部リボソーム侵入部位(IRES)配列を含んでもよい。IRES配列は、mRNAへのキャップ非依存性リボソーム結合を開始し、翻訳の開始を促進する、任意のウイルス、染色体、または人工的に設計された配列であってもよい。糖、ペプチド、脂質、タンパク質、抗酸化剤、および界面活性剤等、細胞の透過性および生存率を促進する因子を含むことができる、細胞エレクトロポレーションに好適な任意の溶質を含んでもよい。
RNAは、エレクトロポレーション(Amaxa Nucleofector-II (Amaxa Biosystems、ドイツ、ケルン))、(ECM 830 (BTX) (Harvard Instruments、マサチューセッツ州ボストン)、またはGenePulserII(BioRad、コロラド州デンバ)、マルチポレーター(Eppendort、ドイツ、ハンブルク)、リポフェクションを使用したカチオン性リポソーム媒介トランスフェクション、ポリマーのカプセル化、ペプチドを介したトランスフェクション、または「遺伝子銃」等の微粒子銃送達系を含むがこれらに限定されない市販の方法等、いくつかの異なる方法のいずれかを使用して標的細胞に導入することができる(たとえば、Nishikawa, et al. Hum Gene Ther., 12(8):861-70 (2001)を参照のこと)。
別の態様では、RNA構築物は、エレクトロポレーションによって細胞に送達することができる。たとえば、US 2004/0014645、US 2005/0052630A1、US 2005/0070841A1、US 2004/0059285A1、US 2004/0092907A1で教示されているように、哺乳動物細胞への核酸構築物のエレクトロポレーションの処方および方法論を参照されたい。任意の既知の細胞型のエレクトロポレーションに必要な電界強度を含むさまざまなパラメータは、関連する研究文献、ならびに当分野の多数の特許および特許出願で一般的に知られている。たとえば、米国特許第6,678,556号、米国特許第7,171,264号、および米国特許第7,173,116号を参照されたい。エレクトロポレーションの治療的応用のための装置は、たとえば、MedPulse(商標) DNA Electroporation Therapy System(Inovio/Genetronics、カリフォルニア州サンディエゴ)として市販されており、米国特許第6,567,694号;米国特許第6,516,223号、米国特許第5,993,434号、米国特許第6,181,964号、米国特許第6,241,701号、および米国特許第6,233,482号等の特許に記載されている;エレクトロポレーションはまた、たとえばUS20070128708A1に記載されているように、in vitroでの細胞のトランスフェクションに使用することができる。エレクトロポレーションはまた、in vitroで核酸を細胞に送達するために利用することもできる。したがって、当技術分野の当業者に知られている多くの利用可能なデバイスおよびエレクトロポレーション系のいずれかを利用する発現構築物を含む核酸の細胞へのエレクトロポレーションを介した投与は、目的のRNAを標的細胞に送達するための刺激的な新規の手段を提示する。
改変細胞
特定の実施形態では、本発明の組成物は、本発明のペプチドを含むかまたは発現するように改変された細胞を含む。特定の実施形態では、細胞は、mRASペプチド、TCR、またはTCRα鎖およびTCRβ鎖を含む融合タンパク質等の本明細書に記載のポリペプチドをコードする単離された核酸と細胞を接触させることによって遺伝子改変される。
特定の実施形態では、本発明の組成物は、本発明のペプチドを含むかまたは発現するように改変された細胞を含む。特定の実施形態では、細胞は、mRASペプチド、TCR、またはTCRα鎖およびTCRβ鎖を含む融合タンパク質等の本明細書に記載のポリペプチドをコードする単離された核酸と細胞を接触させることによって遺伝子改変される。
一部の実施形態では、核酸配列は、レトロウイルスまたはレンチウイルスベクターを使用して細胞に送達される。たとえば、本発明のペプチドを発現するレトロウイルスおよびレンチウイルスベクターは、形質導入細胞を担体として使用するか、またはカプセル化、結合またはネイキッドのベクターの無細胞局所または全身送達を使用して、様々なタイプの真核細胞、ならびに組織および生物全体に送達することができる。使用する方法は、安定した発現が必要または十分である任意の目的に使用することができる。
他の実施形態では、核酸配列は、in vitroで転写されたmRNAを使用して細胞に送達される。in vitroで転写されたmRNAは、トランスフェクトされた細胞を担体として使用するか、またはカプセル化、結合、またはネイキッドのベクターの無細胞局所または全身送達を使用して、様々なタイプの真核細胞、ならびに組織および生物全体に送達することができる。使用する方法は、一過的な発現が必要または十分である任意の目的に使用することができる。
特定の実施形態では、細胞は、所望のペプチドを発現することができる任意の好適な細胞型の細胞であってもよい。特定の実施形態では、改変された細胞は、細胞がレシピエントに導入される方法で使用される。特定の実施形態では、細胞は、レシピエントに関して自家性、同種異系、同系または異種である。特定の実施形態では、細胞は、幹細胞または前駆細胞に由来する。一部の実施形態では、改変された細胞が由来する幹細胞または前駆細胞は、レシピエントに関して自家性、同種異系、同系または異種である。
一つの実施形態では、細胞は免疫細胞である。たとえば、特定の実施形態では、組成物は、本明細書に記載の一つまたは複数のmRASペプチドまたはTCRを含むかまたは発現する免疫細胞を含む。本明細書に記載の一つまたは複数のTCRを含むことができる、または発現することができる例示的な免疫細胞は、T細胞(キラーT細胞、ヘルパーT細胞、制御性T細胞、およびγδT細胞を含む)、ナチュラルキラー(NK)細胞、およびNK T細胞を含むが、これらに限定されない。本明細書に記載の一つまたは複数のmRASペプチドを含むことができる、または発現することができる例示的な免疫細胞は、抗原提示細胞、樹状細胞、B細胞、マクロファージ、ランゲルハンス細胞、T細胞、NK細胞、NK T細胞を含むが、これらに限定されない。例示的な免疫細胞は、T細胞(キラーT細胞、ヘルパーT細胞、制御性T細胞、およびγδT細胞を含む)、B細胞、抗原提示細胞(APC)、ナチュラルキラー(NK)細胞、およびNK T細胞を含むが、これらに限定されない。
一つの実施形態では、細胞は抗原提示細胞(APC)である。たとえば、特定の実施形態では、組成物は、本明細書に記載のmRASペプチドを含むかまたは発現するように改変されたAPCを含む。例示的なAPCは、樹状細胞(DC)、マクロファージ、ランゲルハンス細胞、B細胞等を含むが、これらに限定されない。
開示された組成物および方法は、遺伝子改変されたT細胞の標的がん細胞を殺す能力の評価を含む、がん、幹細胞、急性および慢性感染症、ならびに自己免疫疾患の分野における基礎研究および治療におけるT細胞活性の調節に適用することができる。
本発明のT細胞の増殖および遺伝子改変の前に、T細胞の供給源が対象から得られる。T細胞は、末梢血単核細胞、骨髄、リンパ節組織、臍帯血、胸腺組織、感染部位の組織、腹水、胸水、脾臓組織、および腫瘍を含む、様々な供給源から取得することができる。本発明の特定の実施形態では、当技術分野で利用可能な任意の数のT細胞株を使用することができる。本発明の特定の実施形態では、T細胞は、フィコール(商標)分離等の当業者に知られている任意の様々な技術を使用して、対象から収集された血液の単位から取得することができる。一つの好ましい実施形態では、個体の循環血液由来の細胞は、アフェレーシスによって取得される。アフェレーシス産物は通常、T細胞、単球、顆粒球、B細胞、その他の有核白血球、赤血球、および血小板を含むリンパ球を含む。一つの実施形態では、アフェレーシスによって収集された細胞を洗浄して、血漿画分を除去し、その後の処理工程のために細胞を適切な緩衝液または培地に入れてもよい。本発明の一つの実施形態では、細胞をリン酸緩衝生理食塩水(PBS)で洗浄する。代替の実施形態では、洗浄溶液は、カルシウムを欠き、およびマグネシウムを欠いていてもよく、またはすべてではないにしても多くの二価カチオンを欠いていてもよい。繰り返しになるが、驚くべきことに、カルシウムの非存在下での最初の活性化工程は、拡大された活性化につながる。当業者が容易に理解するように、洗浄工程は、製造業者の指示に従って半自動化された「フロースルー」遠心分離機(たとえば、Cobe 2991 cell processor、Baxter CytoMate、またはHaemonetics Cell Saver 5)を使用すること等、当業者に知られている方法によって達成することができる。洗浄後、細胞は、たとえば、Ca2+を含まない、Mg2+を含まないPBS、PlasmaLyte A、または緩衝液を含むまたは含まない他の生理食塩水等の様々な生体適合性緩衝液に再懸濁することができる。あるいは、アフェレーシス試料の望ましくない成分を除去し、細胞を培地に直接再懸濁してもよい。
の実施形態では、T細胞は、たとえば、パーコール(商標)勾配による遠心分離または向流遠心水簸によって、赤血球を溶解し、単球を枯渇させることによって、末梢血リンパ球から単離される。CD3+、CD28+、CD4+、CD8+、CD45RA+、およびCD45RO+T細胞等のT細胞の特定の亜集団は、ポジティブ選択またはネガティブ選択技術によってさらに分離することができる。たとえば、一つの実施形態では、T細胞は、DYNABEADS(登録商標)M-450CD3/ CD28T等の抗CD3/抗CD28(すなわち、3×28)結合ビーズと、目的のT細胞をポジティブ選択するのに十分な時間インキュベートすることによって単離される。一実施形態では、時間は約30分である。さらなる実施形態では、時間は30分から36時間以上の範囲および、その間のすべての整数値である。さらなる実施形態では、時間は、少なくとも1、2、3、4、5、または6時間である。さらに別の好ましい実施形態では、期間は10~24時間である。一つの好ましい実施形態では、インキュベーション時間は24時間である。白血病患者からT細胞を分離する場合、24時間等、より長いインキュベーション時間を使用すると、細胞の収量を増やすことができる。腫瘍組織または免疫力が低下した個体から腫瘍浸潤リンパ球(TIL)を単離する場合等、他の細胞型と比較してT細胞が少ない状況では、より長いインキュベーション時間を使用してT細胞を分離することができる。さらに、より長いインキュベーション時間を使用すると、CD8+T細胞の捕捉効率を高めることができる。したがって、T細胞がCD3/CD28ビーズに結合することを可能にする時間を単に短縮または延長することによって、および/またはビーズ対T細胞の比率を増加または減少させることによって(本明細書でさらに説明するように)、T細胞の亜集団を培養開始時またはプロセス中の他の時点で優先的にまたは反対に選択することができる。さらに、ビーズまたは他の表面上の抗CD3および/または抗CD28抗体の比率を増加または減少させることにより、T細胞の亜集団を、培養開始時または他の所望の時点で、または優先的にまたは反対に選択することができる。当業者は、本発明の文脈において、複数回の選択も使用できることを認識するであろう。特定の実施形態では、選択手順を行い、活性化および増殖プロセスにおいて「選択されていない」細胞を使用することが望ましい場合がある。「選択されていない」細胞は、さらに選択の回数を行うこともできる。
ネガティブ選択によるT細胞集団の濃縮は、ネガティブ選択された細胞に特有の表面マーカーに対する抗体の組み合わせで行うことができる。一つの方法は、ネガティブに選択された細胞上に存在する細胞表面マーカーに対するモノクローナル抗体のカクテルを使用するネガティブ磁気免疫接着またはフローサイトメトリーによる細胞選別および/または選択である。たとえば、ネガティブ選択によってCD4+細胞を濃縮するために、モノクローナル抗体カクテルは通常、CD14、CD20、CD11b、CD16、HLA-DR、およびCD8に対する抗体を含む。特定の実施形態では、通常CD4+、CD25+、CD62Lhi、GITR+、およびFoxP3+を発現する制御性T細胞を濃縮またはポジティブ選択することが望ましい場合がある。あるいは、特定の実施形態では、T制御性細胞は、抗C25結合ビーズまたは他の同様の選択方法によって枯渇される。
ポジティブまたはネガティブ選択による所望の細胞集団の単離のために、細胞および表面(たとえば、ビーズ等の粒子)の濃度を変更することができる。特定の実施形態では、細胞およびビーズの最大の接触を確実にするために、ビーズおよび細胞が一緒に混合される体積を著しく減少させる(すなわち、細胞の濃度を増加させる)ことが望ましい場合がある。たとえば、一つの実施形態では、20億細胞/mlの濃度が使用される。一つの実施形態では、10億細胞/mlの濃度が使用される。さらなる実施形態では、1億個を超える細胞/mlが使用される。さらなる実施形態では、1000万、1500万、2000万、2500万、3000万、3500万、4000万、4500万、または5000万細胞/mlの濃度が使用される。さらに別の実施形態では、7500万、8000万、8500万、9000万、9500万、または1億細胞/mlからの細胞の濃度が使用される。さらなる実施形態では、1億2500万または1億5000万細胞/mlの濃度を使用することができる。高濃度を使用すると、細胞収量、細胞活性化、および細胞増殖が増加する可能性がある。さらに、高細胞濃度を使用すると、CD28陰性T細胞等の目的の標的抗原を弱く発現する可能性のある細胞、または多くの腫瘍細胞が存在する試料(すなわち、白血病血液、腫瘍組織等)からの細胞のより効率的な捕捉が可能になる。そのような細胞集団は、治療的価値を有する可能性があり、入手することが望ましいであろう。たとえば、高濃度の細胞を使用すると、通常はCD28の発現が弱いCD8+T細胞をより効率的に選択することができる。
関連する実施形態では、より低濃度の細胞を使用することが望ましい場合がある。T細胞および表面(たとえばビーズ等の粒子)の混合物を大幅に希釈することにより、粒子と細胞の間の相互作用が最小限に抑えることができる。これにより、粒子に結合する所望の抗原を大量に発現する細胞が選択される。たとえば、CD4+T細胞は高レベルのCD28を発現し、希薄濃度のCD8+T細胞よりも効率的に捕捉される。一つの実施形態では、使用される細胞の濃度は5×106/mlである。他の実施形態では、使用される濃度は、約1×105/ml~1×106/ml、およびその間の任意の整数値であってもよい。
他の実施形態では、細胞は、回転子上で、2~10℃または室温のいずれかで、様々な速度で様々な長さの時間インキュベートすることができる。
刺激用のT細胞は、洗浄工程後に凍結することもできる。理論に縛られないことを望むが、凍結およびその後の解凍工程は、細胞集団中の顆粒球およびある程度の単球を除去することによって、より均一な生成物を提供する。血漿および血小板を除去する洗浄工程の後、細胞を凍結溶液に懸濁することができる。多くの凍結溶液およびパラメータが当技術分野で知られており、この関連で有用であるが、一つの方法は、20%DMSOおよび8%ヒト血清アルブミンを含むPBS、または10%デキストラン40および5%デキストロース、20%ヒト血清アルブミンおよび7.5%DMSO、または31.25%Plasmalyte-A、31.25%デキストロース5%、0.45%NaCl、10%デキストラン40および5%デキストロース、20%ヒト血清アルブミン、および7.5%DMSO、またはたとえば、HespanおよびPlasmaLyte Aを含む他の好適な細胞凍結培地を使用することを含み、次に、細胞を毎分1°の速度で-80℃に凍結し、液体窒素貯蔵タンクの気相に貯蔵する。制御された凍結の他の方法、ならびに-20℃または液体窒素での制御されていない凍結を使用することができる。
特定の実施形態では、凍結保存された細胞は、本明細書に記載されるように解凍および洗浄され、本発明の方法を使用して活性化する前に、室温で1時間休止させられる。
また、本発明の文脈において企図されるのは、本明細書に記載の増殖細胞が必要とされる前の期間における対象からの血液試料またはアフェレーシス産物の収集である。増殖させる細胞の供給源は、必要な任意の時点で収集することができ、T細胞等の所望の細胞を単離および凍結して、本明細書に記載されているもの等のT細胞療法から利益を得る任意の数の疾患または状態のT細胞療法で後で使用することができる。一つの実施形態では、血液試料またはアフェレーシスは、一般的に健康な対象から採取される。特定の実施形態では、血液試料またはアフェレーシスは、疾患を発症するリスクがあるが、まだ疾患を発症していない一般に健康な対象から採取され、目的の細胞は、後で使用するために単離および凍結される。特定の実施形態では、T細胞は、増殖され、凍結され、および後で使用することができる。特定の実施形態では、試料は、本明細書に記載される特定の疾患の診断の直後であるが、任意の治療の前に患者から収集される。さらなる実施形態では、細胞は、ナタリズマブ、エファリズマブ、抗ウイルス剤等の薬剤、化学療法、放射線、シクロスポリン、アザチオプリン、メトトレキサート、ミコフェノール酸、FK506等の免疫抑制剤、抗体、またはキャンパス(CAMPATH)、抗CD3抗体、サイトキサン、フルダラビン、シクロスポリン、FK506、ラパマイシン、ミコフェノール酸、ステロイド、FR901228等の他の免疫抑制剤および照射を用いた治療を含むが、これらに限定されない、任意の数の関連する治療法の前に、対象からの血液試料またはアフェレーシスから単離される。これらの薬剤は、カルシウム依存性ホスファターゼカルシニューリンを阻害するか(シクロスポリンおよびFK506)、または成長因子誘導シグナル伝達に重要なp70S6キナーゼを阻害する(ラパマイシン)(Liu et al., Cell 66:807-815, 1991; Henderson et al., Immun. 73:316-321, 1991; Bierer et al., Curr. Opin. Immun. 5:763-773, 1993)。さらなる実施形態では、細胞は、患者のために単離され、骨髄または幹細胞移植、フルダラビン等の化学療法剤、外照射療法(XRT)、シクロホスファミド、またはOKT3やキャンパス等の抗体のいずれかを使用するT細胞切除療法と組み合わせて(たとえば、前に、同時にまたは後に)後で使用するために凍結される。別の実施形態では、細胞は、CD20と反応する薬剤、たとえば、リツキサン等のB細胞切除療法の前に単離され、後で治療に使用するために凍結することができる。
本発明のさらなる実施形態では、T細胞は、治療の直後に患者から得られる。この点に関して、特定のがん治療、特に免疫系を損傷する薬物による治療の後、患者が通常治療から回復している期間中の治療直後に、得られるT細胞の品質がex vivoで増殖するそれらの能力にとって最適であるまたは改善されうることが観察された。同様に、本明細書に記載の方法を使用したex vivo操作に続いて、これらの細胞は、増強された生着およびin vivo増殖のための好ましい状態にありうる。したがって、本発明の文脈では、この回復期の間に、T細胞、樹状細胞、または造血系統の他の細胞を含む血液細胞を収集することが企図される。さらに、特定の実施形態では、動員(たとえば、GM-CSFによる動員)および前処置レジメンを使用して、特に治療後の定義された時間枠の間に、特定の細胞型の再増殖、再循環、再生、および/または増殖が特に好まれる対象の状態を作り出すために使用することができる。実例となる細胞型は、T細胞、B細胞、樹状細胞、および免疫系の他の細胞を含む。
本発明のペプチドを発現するためのT細胞の遺伝子改変の前であろうと後であろうと、T細胞は、たとえば、米国特許第6,352,694号;米国特許第6,534,055号;米国特許第6,905,680号;米国特許第6,692,964号;米国特許第5,858,358号;米国特許第6,887,466号;米国特許第6,905,681号;米国特許第7,144,575号;米国特許第7,067,318号;米国特許第7,172,869号;米国特許第7,232,566号;米国特許第7,175,843号;米国特許第5,883,223号;米国特許第6,905,874号;米国特許第6,797,514号;米国特許第6,867,041号;および米国特許出願公開第20060121005号に記載されている方法を一般的に使用して活性化および増殖することができる。
一般に、本発明のT細胞は、CD3/TCR複合体関連シグナルを刺激する薬剤およびT細胞の表面上の共刺激分子を刺激するリガンドをそれに付着させた表面との接触によって増殖される。具体的には、T細胞集団は、抗CD3抗体、またはその抗原結合断片、または表面に固定化された抗CD2抗体との接触によって、またはカルシウムイオノフォアと組み合わせたプロテインキナーゼC活性化因子(たとえば、ブリオスタチン)との接触によって等、本明細書に記載のように刺激することができる。T細胞表面のアクセサリー分子の共刺激には、アクセサリー分子に結合するリガンドが使用される。たとえば、T細胞集団は、T細胞の増殖を刺激するのに適切な条件下で、抗CD3抗体および抗CD28抗体と接触させることができる。CD4+T細胞またはCD8+T細胞の増殖を刺激するために、抗CD3抗体および抗CD28抗体。抗CD28抗体の例は、9.3、B-T3、XR-CD28(Diaclone、ブザンソン、フランス)を含み、当技術分野で一般に知られている他の方法と同様に使用することができる(Berg et al., Transplant Proc. 30(8):3975-3977, 1998; Haanen et al., J. Exp. Med. 190(9):13191328, 1999; Garland et al., J. Immunol Meth. 227(1-2):53-63, 1999)。
特定の実施形態では、T細胞の一次刺激シグナルおよび共刺激シグナルは、異なるプロトコルによって提供されていてもよい。たとえば、各シグナルを提供する薬剤は、溶液中であるか、または表面に結合されていてもよい。表面に結合される場合、薬剤は、同じ表面に結合されていても(すなわち、「シス」形成において)、または別個の表面に結合されていてもよい(すなわち、「トランス」形成において)。あるいは、一方の薬剤を表面に結合させ、もう一方の薬剤を溶液中に結合させることもできる。一つの実施形態では、共刺激シグナルを提供する薬剤は細胞表面に結合し、一次活性化シグナルを提供する薬剤は溶液中にあるか、または表面に結合している。特定の実施形態では、両方の薬剤は、溶液中にあってもよい。別の実施形態では、薬剤は可溶性形態であってもよく、次いで、Fc受容体を発現する細胞、または薬剤に結合する抗体または他の結合剤などの表面に架橋されていてもよい。これに関し、たとえば本発明においてT細胞を活性化および増殖させる際に使用することが企図されている人工抗原提示細胞(aAPC)については、米国特許出願公開第2004/0101519号および第2006/0034810号を参照されたい。
一つの実施形態では、2つの薬剤は、同じビーズ、すなわち「シス」上、または離れたビーズ、すなわち「トランス」のいずれかで、ビーズ上に固定化される。例として、一次活性化シグナルを提供する薬剤は、抗CD3抗体またはその抗原結合断片であり、共刺激シグナルを提供する薬剤は、抗CD28抗体またはその抗原結合断片である;そして、両方の薬剤は、同等の分子量で同じビーズに共固定化される。一つの実施形態では、CD4+T細胞増殖およびT細胞増殖のためにビーズに結合した各抗体の1:1の比率が使用される。本発明の特定の態様では、ビーズに結合した抗CD3:CD28抗体の比率は、1:1の比率を使用して観察された増殖と比較してT細胞増殖の増加が観察されるように使用される。一つの特定の実施形態では、1:1の比率を使用して観察された増殖と比較して、約1倍から約3倍の増加が観察された。一つの実施形態では、ビーズに結合したCD3:CD28抗体の比率は、100:1~1:100の範囲、およびその間のすべての整数値である。本発明の一つの態様では、抗CD3抗体よりも多くの抗CD28抗体が粒子に結合している、すなわち、CD3:CD28の比は1未満である。本発明の特定の実施形態では、ビーズに結合した抗CD28抗体対抗CD3抗体の比は、2:1よりも大きい。1つの特定の実施形態では、ビーズに結合した抗体の1:100のCD3:CD28比が使用される。別の実施形態では、ビーズに結合した抗体の1:75のCD3:CD28比が使用される。さらなる実施形態では、ビーズに結合した抗体の1:50のCD3:CD28比が使用される。別の実施形態では、ビーズに結合した抗体の1:30のCD3:CD28比が使用される。一つの好ましい実施形態では、ビーズに結合した抗体の1:10のCD3:CD28比が使用される。別の実施形態では、ビーズに結合した抗体の1:3のCD3:CD28比が使用される。さらに別の実施形態では、ビーズに結合した抗体の3:1のCD3:CD28比が使用される。
1:500から500:1まで、およびその間の任意の整数値の粒子と細胞の比率を使用して、T細胞または他の標的細胞を刺激することがでる。当業者が容易に理解できるように、細胞に対する粒子の比率は、標的細胞に対する粒子サイズに依存しうる。たとえば、小さいサイズのビーズは少数の細胞にしか結合できないが、大きいビーズは多くの細胞に結合できる。特定の実施形態では、細胞対粒子の比は、1:100~100:1の範囲、およびその間の任意の整数値であり、さらなる実施形態では、比は、1:9から9:1、およびその間の任意の整数値を含み、T細胞を刺激するために使用することができる。T細胞刺激をもたらす抗CD3および抗CD28結合粒子とT細胞との比率は、上記のように変化し得るが、特定の好ましい値は、1:100、1:50、1:40、1:30、1:20、1:10、1:9、1:8、1:7、1:6、1:5、1:4、1:3、1:2、1:1、2:1、3:1、4:1、5:1、6:1、7:1、8:1、9:1、10:1、および15:1を含み、一つの好ましい比率は少なくとも1:1T細胞あたり粒子である。一つの実施形態では、1:1以下の粒子対細胞の比が使用される。一つの特定の実施形態では、好ましい粒子:細胞比は1:5である。さらなる実施形態では、細胞に対する粒子の比率は、刺激の日に応じて変化させることができる。たとえば、一つの実施形態では、粒子対細胞の比率は、初日に1:1から10:1であり、追加の粒子が、最終的な比率で、1:1から1:10(追加日の細胞数に基づく)になるよう、最大10日間、毎日または隔日で細胞に添加される。一つの特定の実施形態では、粒子対細胞の比は、刺激の初日で1:1であり、刺激の3日目および5日目で1:5に調整される。別の実施形態では、粒子は、刺激の1日目に1:1、および3日目および5日目に1:5の最終比率になるように、毎日または隔日ベースで添加される。別の実施形態では、粒子対細胞の比は、刺激の初日で2:1であり、刺激の3日目および5日目で1:10に調整される。別の実施形態では、粒子は、刺激の1日目に1:1、および3日目および5日目に1:10の最終比率になるように、毎日または隔日ベースで添加される。当業者は、様々な他の比率が本発明での使用に好適である可能性があることを理解するであろう。特に、比率は粒子の大きさならびに細胞の大きさおよび型によって異なる。
本発明のさらなる実施形態では、T細胞等の細胞は、薬剤でコーティングされたビーズと組み合わされ、ビーズおよび細胞は、続いて分離され、次いで、細胞が培養される。代替の実施形態では、培養の前に、薬剤でコーティングされたビーズおよび細胞は分離されないが、一緒に培養される。さらなる実施形態では、ビーズおよび細胞は、磁力等の力の適用によって最初に濃縮され、細胞表面マーカーの連結が増加し、それによって細胞刺激が誘導される。
例として、細胞表面タンパク質は、抗CD3および抗CD28が付着している常磁性ビーズ(3×28ビーズ)をT細胞に接触させることによって連結することができる。一つの実施形態では、細胞(たとえば、104から109個のT細胞)およびビーズ(たとえば、1:1の比率のDYNABEADS(登録商標)M-450CD3/CD28T常磁性ビーズ)は、緩衝液、好ましくはPBS(カルシウムやマグネシウム等の二価カチオンを含まない)中で組み合わされる。この場合も、当業者は、任意の細胞濃度を使用できることを容易に理解することができる。たとえば、標的細胞は、試料において非常にまれであり、試料の0.01%のみからなる可能性があるか、または試料全体(すなわち、100%)が、目的の標的細胞からなる可能性がある。したがって、任意の細胞数は、本発明の文脈内にある。特定の実施形態では、細胞および粒子の最大の接触を確実にするために、粒子および細胞が一緒に混合される体積を顕著に減少させる(すなわち、細胞の濃度を増加させる)ことが望ましい場合がある。たとえば、一つの実施形態では、約20億細胞/mlの濃度が使用される。別の実施形態では、1億個を超える細胞/mlが使用される。さらなる実施形態では、さらなる実施形態では、1000万、1500万、2000万、2500万、3000万、3500万、4000万、4500万、または5000万細胞/mlの濃度が使用される。さらに別の実施形態では、7500万、8000万、8500万、9000万、9500万、または1億細胞/mlの細胞の濃度が使用される。さらなる実施形態では、1億2500万または1億5000万細胞/mlの濃度を使用することができる。高濃度を使用すると、細胞収量、細胞活性化、および細胞増殖が増加する可能性がある。さらに、高細胞濃度を使用すると、CD28陰性T細胞等の目的の標的抗原を弱く発現する可能性のある細胞のより効率的な捕捉が可能になる。そのような細胞集団は、治療的価値を有する可能性があり、特定の実施形態では、入手することが望ましいであろう。たとえば、高濃度の細胞を使用すると、通常はCD28の発現が弱いCD8+T細胞をより効率的に選択することができる。
本発明の一実施形態では、混合物は、数時間(約3時間)から約14日、またはその間の任意の時間整数値で培養することができる。別の実施形態では、混合物を21日間培養することができる。本発明の一つの実施形態では、ビーズおよびT細胞は、約8日間一緒に培養される。別の実施形態では、ビーズおよびT細胞は、2~3日間一緒に培養される。T細胞の培養時間が60日以上になるように、刺激の数サイクルも望ましい場合がある。T細胞培養に適した条件は、血清(たとえば、ウシまたはヒト血清)、インターロイキン-2(IL-2)、インスリン、IFN-γ、IL-4、IL-7、GM-CSF、IL-10、IL-12、IL-15、TGFβ、およびTNF-αまたは任意の当業者に知られている細胞の成長のための他の添加剤を含む、増殖および生存に必要な因子を含んでもよい適切な培地(たとえば、基礎培地またはRPMI培地1640、またはX-vivo 15(Lonza))を含む。細胞増殖のための他の添加剤は、界面活性剤、プラズマネート(plasmanate)、およびN-アセチルシステインおよび2-メルカプトエタノール等の還元剤を含むが、これらに限定されない。培地は、無血清または適切な量の血清(または血漿)または定義されたホルモンのセットを補充したRPMI 1640、AIM-V、DMEM、MEM、α-MEM、F-12、X-Vivo 15、およびX-Vivo 20、オプティマイザー、および/ならびにT細胞の成長および増殖に十分な量のサイトカインを含んでもよい。ペニシリンおよびストレプトマイシン等の抗生物質は、実験培養にのみ含まれ、対象に注入される細胞の培養には含まれない。標的細胞は、成長をサポートするために必要な条件下、たとえば、適切な温度(たとえば、37℃)および雰囲気(たとえば、空気プラス5%CO2)の下で維持される。
様々な刺激時間に曝露されたT細胞は、様々な特性を示す可能性がある。たとえば、典型的な血液またはアフェレーシスで得られた末梢血単核細胞産物は、細胞傷害性またはサプレッサーT細胞集団(TC、CD8+)よりも多いヘルパーT細胞集団(TH、CD4+)を有する。CD3およびCD28受容体を刺激することによるT細胞のex vivo増殖は、約8~9日目以前は主にTH細胞からなるT細胞の集団を生成し、約8~9日目後、T細胞の集団はますます多くのTC細胞の集団を含む。したがって、治療の目的に応じて、主にTH細胞を含むT細胞集団を対象に注入することが有利である可能性がある。同様に、TC細胞の抗原特異的サブセットが単離されている場合、このサブセットをさらに増殖させることが有益である可能性がある。
さらに、CD4およびCD8マーカーに加えて、他の表現型マーカーは大幅に異なるが、大部分は、細胞増殖プロセスの過程で再現性がある。したがって、そのような再現性は、特定の目的のために活性化されたT細胞産物を調整する能力を可能にする。
方法
本発明は、mRAS関連がんを有する、または有すると疑われる対象を治療する方法を提供する。方法は、血液悪性腫瘍、固形腫瘍、原発性または転移性腫瘍を含む、G12位での変異等のRASの変異に関連する任意のがんを治療するために使用することができる。
本発明は、mRAS関連がんを有する、または有すると疑われる対象を治療する方法を提供する。方法は、血液悪性腫瘍、固形腫瘍、原発性または転移性腫瘍を含む、G12位での変異等のRASの変異に関連する任意のがんを治療するために使用することができる。
本発明によって治療可能な例示的な腫瘍およびがんの種類は、膵臓がん、膵管腺がん(PDA)、結腸がん、結腸直腸腺がん、骨髄腫、多発性骨髄腫、肺腺がん、黒色腫、子宮がん、甲状腺がん、急性骨髄性白血病(AML)、尿路上皮がん、胃腺がんおよび子宮頸部腺がん、頭頸部扁平上皮がん(SCC)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)、食道腺がん、慢性リンパ球性白血病(CLL)、肺扁平上皮がん(lung SCC)、小細胞肺がん(SCLC)、乳頭状腎細胞がん(renal papillary cancer)、肝細胞がん(HCC)、乳がん、子宮頸部扁平上皮がん(cervical SCC)、卵巣腺がん、副腎がん、前立腺がん、神経芽細胞腫、多形神経膠芽腫(GBM)、髄芽腫、腎細胞がん(RCC)、食道扁平上皮がん(esophageal SCC)、骨肉腫、肉腫、および小腸神経内分泌腫瘍(NET)を含むが、これらに限定されない。
特定の実施形態では、本発明は、対象においてmRASに対する免疫応答を誘導する方法を提供する。たとえば、本明細書に記載の組成物の投与は、mRASおよびmRASを発現するがん細胞に対するT細胞媒介性免疫応答を含む特定の免疫反応を誘導するために使用される。特定の例では、mRASに対する免疫応答の誘導は、腫瘍増殖および腫瘍細胞死の阻害をもたらす。
一つの実施形態では、方法は、対象を本発明の組成物と接触させることを含む。たとえば、特定の実施形態では、方法は、本明細書に記載の抗原性mRASペプチド、本明細書に記載のmRASペプチドをコードする核酸分子、または本明細書に記載のmRASペプチドを含むまたは発現するように改変された細胞を含む組成物と対象を接触させることを含む。特定の実施形態では、方法は、本明細書に記載のTCRを含むポリペプチド、本明細書に記載のTCRを含むポリペプチドをコードする核酸分子、本明細書に記載のTCRを発現するように改変された細胞を含む組成物と対象を接触させることを含む。
特定の実施形態では、対象は、TCRが結合するmRASペプチドに関連するHLA型を有するものとして同定される。たとえば、本明細書に記載されるように、特定の例では、TCRは、特定のHLA分子との関連で特定のmRASペプチドに結合する。したがって、特定の実施形態では、方法は、特定のHLA分子を有するものとして対象を同定し、次いで、本明細書に記載のTCRを含むまたはコードする組成物を対象に投与することを含む。たとえば、一つの実施形態では、方法は、対象をHLA-A*11:01分子を有するものとして同定する工程、およびTCR、TCRをコードする核酸、またはTCRを発現する細胞を含む組成物を対象に投与する工程を含み、ここで、TCRは、VVGACGVGK(配列番号:5)、VVVGACGVGK(配列番号:6)VVGADGVGK(配列番号:7)、VVVGADGVGK(配列番号:8)、VVGARGVGK(配列番号:9)、VVVGARGVGK(配列番号:10)、VVGAVGVGK(配列番号:11)、またはVVVGAVGVGK(配列番号:12)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、方法は、特定のHLA分子を有するものとして対象を同定する工程、および次いで、本明細書に記載の特定のmRASペプチドを含むまたはコードする組成物を対象に投与することを含む。たとえば、一つの実施形態では、方法は、対象をHLA-A*11:01分子を有するものとして同定する工程、およびmRASペプチド、mRASペプチドをコードする核酸、またはmRASペプチドを発現する細胞を含む組成物を対象に投与する工程を含み、ここでmRASペプチドは、VVGACGVGK(配列番号:5)、VVVGACGVGK(配列番号:6)VVGADGVGK(配列番号:7)、VVVGADGVGK(配列番号:8)、VVGARGVGK(配列番号:9)、VVVGARGVGK(配列番号:10)、VVGAVGVGK(配列番号:11)、またはVVVGAVGVGK(配列番号:12)を含む。
一つの実施形態では、方法は、対象をHLA-A*03:01分子を有するものとして同定する工程、およびTCR、TCRをコードする核酸、またはTCRを発現する細胞を含む組成物を対象に投与する工程を含み、ここで、TCRは、VVGACGVGK(配列番号:5)、VVVGACGVGK(配列番号:6)、VVGADGVGK(配列番号:7)、VVVGADGVGK(配列番号:8)、VVGARGVGK(配列番号:9)、VVVGARGVGK(配列番号:10)、VVGAVGVGK(配列番号:11)、またはVVVGAVGVGK(配列番号:12)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、方法は、対象をHLA-A*03:01分子を有するものとして同定する工程、およびmRASペプチド、mRASペプチドをコードする核酸、またはmRASペプチドを発現する細胞を含む組成物を対象に投与する工程を含み、ここでmRASペプチドは、VVGACGVGK(配列番号:5)、VVVGACGVGK(配列番号:6)、VVGADGVGK(配列番号:7)、VVVGADGVGK(配列番号:8)、VVGARGVGK(配列番号:9)、VVVGARGVGK(配列番号:10)、VVGAVGVGK(配列番号:11)、またはVVVGAVGVGK(配列番号:12)を含む。
一つの実施形態では、方法は、対象をHLA-A*02:01分子を有するものとして同定する工程、およびTCR、TCRをコードする核酸、またはTCRを発現する細胞を含む組成物を対象に投与する工程を含み、ここで、TCRは、KLVVVGACGV(配列番号:1)、KLVVVGADGV(配列番号:2)、KLVVVGARGV(配列番号:3)、またはKLVVVGAVGV(配列番号:4)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、方法は、対象をHLA-A*02:01分子を有するものとして同定する工程、およびmRASペプチド、mRASペプチドをコードする核酸、またはmRASペプチドを発現する細胞を含む組成物を対象に投与する工程を含み、ここでmRASペプチドは、KLVVVGACGV(配列番号:1)、KLVVVGADGV(配列番号:2)、KLVVVGARGV(配列番号:3)、またはKLVVVGAVGV(配列番号:4)を含む。
一つの実施形態では、方法は、対象をHLA-B*07:02分子を有するものとして同定する工程、およびTCR、TCRをコードする核酸、またはTCRを発現する細胞を含む組成物を対象に投与する工程を含み、ここで、TCRは、GACGVGKSAL(配列番号:13)、GADGVGKSAL(配列番号:14)、GARGVGKSAL(配列番号:15)、またはGAVGVGKSAL(配列番号:16)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、方法は、対象をHLA-B*07:02分子を有するものとして同定する工程、およびmRASペプチド、mRASペプチドをコードする核酸、またはmRASペプチドを発現する細胞を含む組成物を対象に投与する工程を含み、ここでmRASペプチドは、GACGVGKSAL(配列番号:13)、GADGVGKSAL(配列番号:14)、GARGVGKSAL(配列番号:15)、またはGAVGVGKSAL(配列番号:16)を含む。
一つの実施形態では、方法は、対象を特異的なRAS変異を有するものとして同定する工程を含む。たとえば、一つの実施形態では、対象を野生型RASのG12に対する相対位置に特異的変異を含むものとして同定する工程を含む。たとえば、一つの実施形態では、方法は、対象を野生型RASと比較してG12C、G12D、G12R、またはG12V変異を有するものとして同定する工程を含む。
一つの実施形態では、方法は、対象をHLA-A*02:01アレルおよびG12C RAS変異を有するものとして同定する工程、およびTCR、TCRをコードする核酸、またはTCRを発現する細胞を含む組成物を対象に投与する工程を含み、ここで、TCRは、KLVVVGACGV(配列番号:1)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、方法は、対象をHLA-A*02:01アレルおよびG12C RAS変異を有するものとして同定する工程、およびmRASペプチド、mRASペプチドをコードする核酸、またはmRASペプチドを発現する細胞を含む組成物を対象に投与する工程を含み、ここでmRASペプチドは、KLVVVGACGV(配列番号:1)を含む。
一つの実施形態では、方法は、対象をHLA-A*02:01アレルおよびG12D RAS変異を有するものとして同定する工程、およびTCR、TCRをコードする核酸、またはTCRを発現する細胞を含む組成物を対象に投与する工程を含み、ここで、TCRは、KLVVVGADGV(配列番号:2)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、方法は、対象をHLA-A*02:01アレルおよびG12D RAS変異を有するものとして同定する工程、およびmRASペプチド、mRASペプチドをコードする核酸、またはmRASペプチドを発現する細胞を含む組成物を対象に投与する工程を含み、ここでmRASペプチドは、KLVVVGADGV(配列番号:2)を含む。
一つの実施形態では、方法は、対象をHLA-A*02:01アレルおよびG12R RAS変異を有するものとして同定する工程、およびTCR、TCRをコードする核酸、またはTCRを発現する細胞を含む組成物を対象に投与する工程を含み、ここで、TCRは、KLVVVGARGV(配列番号:3)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、方法は、対象をHLA-A*02:01アレルおよびG12R RAS変異を有するものとして同定する工程、およびmRASペプチド、mRASペプチドをコードする核酸、またはmRASペプチドを発現する細胞を含む組成物を対象に投与する工程を含み、ここでmRASペプチドは、KLVVVGARGV(配列番号:3)を含む。
一つの実施形態では、方法は、対象をHLA-A*02:01アレルおよびG12V RAS変異を有するものとして同定する工程、およびTCR、TCRをコードする核酸、またはTCRを発現する細胞を含む組成物を対象に投与する工程を含み、ここで、TCRは、KLVVVGAVGV(配列番号:4)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、方法は、対象をHLA-A*02:01アレルおよびG12V RAS変異を有するものとして同定する工程、およびmRASペプチド、mRASペプチドをコードする核酸、またはmRASペプチドを発現する細胞を含む組成物を対象に投与する工程を含み、ここでmRASペプチドは、KLVVVGAVGV(配列番号:4)を含む。
一つの実施形態では、方法は、対象をHLA-A*03:01アレルおよびG12C RAS変異を有するものとして同定する工程、およびTCR、TCRをコードする核酸、またはTCRを発現する細胞を含む組成物を対象に投与する工程を含み、ここで、TCRは、VVGACGVGK(配列番号:5)、またはVVVGACGVGK(配列番号:6)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、方法は、対象をHLA-A*03:01アレルおよびG12C RAS変異を有するものとして同定する工程、およびmRASペプチド、mRASペプチドをコードする核酸、またはmRASペプチドを発現する細胞を含む組成物を対象に投与する工程を含み、ここでmRASペプチドは、VVGACGVGK(配列番号:5)、またはVVVGACGVGK(配列番号:6)を含む。
一つの実施形態では、方法は、対象をHLA-A*03:01アレルおよびG12D RAS変異を有するものとして同定する工程、およびTCR、TCRをコードする核酸、またはTCRを発現する細胞を含む組成物を対象に投与する工程を含み、ここで、TCRは、VVGADGVGK(配列番号:7)、またはVVVGADGVGK(配列番号:8)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、方法は、対象をHLA-A*03:01アレルおよびG12D RAS変異を有するものとして同定する工程、およびmRASペプチド、mRASペプチドをコードする核酸、またはmRASペプチドを発現する細胞を含む組成物を対象に投与する工程を含み、ここでmRASペプチドは、VVGADGVGK(配列番号:7)、またはVVVGADGVGK(配列番号:8)を含む。
一つの実施形態では、方法は、対象をHLA-A*03:01アレルおよびG12R RAS変異を有するものとして同定する工程、およびTCR、TCRをコードする核酸、またはTCRを発現する細胞を含む組成物を対象に投与する工程を含み、ここで、TCRは、VVGARGVGK(配列番号:9)、またはVVVGARGVGK(配列番号:10)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、方法は、対象をHLA-A*03:01アレルおよびG12R RAS変異を有するものとして同定する工程、およびmRASペプチド、mRASペプチドをコードする核酸、またはmRASペプチドを発現する細胞を含む組成物を対象に投与する工程を含み、ここでmRASペプチドは、VVGARGVGK(配列番号:9)、またはVVVGARGVGK(配列番号:10)を含む。
一つの実施形態では、方法は、対象をHLA-A*03:01アレルおよびG12V RAS変異を有するものとして同定する工程、およびTCR、TCRをコードする核酸、またはTCRを発現する細胞を含む組成物を対象に投与する工程を含み、ここで、TCRは、VVGAVGVGK(配列番号:11)、またはVVVGAVGVGK(配列番号:12)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、方法は、対象をHLA-A*03:01アレルおよびG12V RAS変異を有するものとして同定する工程、およびmRASペプチド、mRASペプチドをコードする核酸、またはmRASペプチドを発現する細胞を含む組成物を対象に投与する工程を含み、ここでmRASペプチドは、VVGAVGVGK(配列番号:11)、またはVVVGAVGVGK(配列番号:12)を含む。
一つの実施形態では、方法は、対象をHLA-A*11:01アレルおよびG12C RAS変異を有するものとして同定する工程、およびTCR、TCRをコードする核酸、またはTCRを発現する細胞を含む組成物を対象に投与する工程を含み、ここで、TCRは、VVGACGVGK(配列番号:5)、またはVVVGACGVGK(配列番号:6)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、方法は、対象をHLA-A*11:01アレルおよびG12C RAS変異を有するものとして同定する工程、およびmRASペプチド、mRASペプチドをコードする核酸、またはmRASペプチドを発現する細胞を含む組成物を対象に投与する工程を含み、ここでmRASペプチドは、VVGACGVGK(配列番号:5)、またはVVVGACGVGK(配列番号:6)を含む。
一つの実施形態では、方法は、対象をHLA-A*11:01アレルおよびG12D RAS変異を有するものとして同定する工程、およびTCR、TCRをコードする核酸、またはTCRを発現する細胞を含む組成物を対象に投与する工程を含み、ここで、TCRは、VVGADGVGK(配列番号:7)、またはVVVGADGVGK(配列番号:8)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、方法は、対象をHLA-A*11:01アレルおよびG12D RAS変異を有するものとして同定する工程、およびmRASペプチド、mRASペプチドをコードする核酸、またはmRASペプチドを発現する細胞を含む組成物を対象に投与する工程を含み、ここでmRASペプチドは、VVGADGVGK(配列番号:7)、またはVVVGADGVGK(配列番号:8)を含む。
一つの実施形態では、方法は、対象をHLA-A*11:01アレルおよびG12R RAS変異を有するものとして同定する工程、およびTCR、TCRをコードする核酸、またはTCRを発現する細胞を含む組成物を対象に投与する工程を含み、ここで、TCRは、VVGARGVGK(配列番号:9)、またはVVVGARGVGK(配列番号:10)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、方法は、対象をHLA-A*11:01アレルおよびG12R RAS変異を有するものとして同定する工程、およびmRASペプチド、mRASペプチドをコードする核酸、またはmRASペプチドを発現する細胞を含む組成物を対象に投与する工程を含み、ここでmRASペプチドは、VVGARGVGK(配列番号:9)、またはVVVGARGVGK(配列番号:10)を含む。
一つの実施形態では、方法は、対象をHLA-A*11:01アレルおよびG12V RAS変異を有するものとして同定する工程、およびTCR、TCRをコードする核酸、またはTCRを発現する細胞を含む組成物を対象に投与する工程を含み、ここで、TCRは、VVGAVGVGK(配列番号:11)、またはVVVGAVGVGK(配列番号:12)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、方法は、対象をHLA-A*11:01アレルおよびG12V RAS変異を有するものとして同定する工程、およびmRASペプチド、mRASペプチドをコードする核酸、またはmRASペプチドを発現する細胞を含む組成物を対象に投与する工程を含み、ここでmRASペプチドは、VVGAVGVGK(配列番号:11)、またはVVVGAVGVGK(配列番号:12)を含む。
一つの実施形態では、方法は、対象をHLA-B*07:02アレルおよびG12C RAS変異を有するものとして同定する工程、およびTCR、TCRをコードする核酸、またはTCRを発現する細胞を含む組成物を対象に投与する工程を含み、ここで、TCRは、GACGVGKSAL(配列番号:13)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、方法は、対象をHLA-B*07:02アレルおよびG12C RAS変異を有するものとして同定する工程、およびmRASペプチド、mRASペプチドをコードする核酸、またはmRASペプチドを発現する細胞を含む組成物を対象に投与する工程を含み、ここでmRASペプチドは、GACGVGKSAL(配列番号:13)を含む。
一つの実施形態では、方法は、対象をHLA-B*07:02アレルおよびG12D RAS変異を有するものとして同定する工程、およびTCR、TCRをコードする核酸、またはTCRを発現する細胞を含む組成物を対象に投与する工程を含み、ここで、TCRは、GADGVGKSAL(配列番号:14)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、方法は、対象をHLA-B*07:02アレルおよびG12D RAS変異を有するものとして同定する工程、およびmRASペプチド、mRASペプチドをコードする核酸、またはmRASペプチドを発現する細胞を含む組成物を対象に投与する工程を含み、ここでmRASペプチドは、GADGVGKSAL(配列番号:14)を含む。
一つの実施形態では、方法は、対象をHLA-B*07:02アレルおよびG12R RAS変異を有するものとして同定する工程、およびTCR、TCRをコードする核酸、またはTCRを発現する細胞を含む組成物を対象に投与する工程を含み、ここで、TCRは、GARGVGKSAL(配列番号:15)を含むmRASペプチドに特異的に結合する。一つの実施形態では、方法は、対象をHLA-B*07:02アレルおよびG12R RAS変異を有するものとして同定する工程、およびmRASペプチド、mRASペプチドをコードする核酸、またはmRASペプチドを発現する細胞を含む組成物を対象に投与する工程を含み、ここでmRASペプチドは、GARGVGKSAL(配列番号:15)を含む。
対象は、DNA配列、RNA配列決定、次世代配列決定、PCR、イムノアッセイ等を含むがこれらに限定されない当技術分野で知られている任意の方法を使用して、特定のHLA型であるか、または特定のRAS変異を有するものとして同定することができる。
一つの実施形態では、方法は、TCRを発現するよう遺伝子改変された少なくとも一つの細胞を投与する工程を含み、ここでTCRはRAS、mRAS、またはそれらの断片に特異的に結合する。たとえば、特定の実施形態では、方法は、TCRを発現するよう遺伝子改変された細胞を投与する工程を含み、ここでTCRはG12に対応する変異を有するmRASペプチドに結合する。特定の実施形態では、方法は、TCRを発現するよう遺伝子改変された細胞を投与する工程を含み、ここでTCRはG12に対応する位置にG12C、G12D、G12R、またはG12V変異を有するmRASペプチドに特異的に結合する。
一つの実施形態では、本発明は、細胞が本発明のmRASペプチドまたはTCRを含むかまたは発現するように改変され、細胞がそれを必要とするレシピエントに注入される細胞治療を含む。
一つの実施形態では、本発明は、方法が、本明細書に記載のmRASペプチドを含むかまたは発現する抗原提示細胞等の細胞を含む組成物を対象に投与する工程を含む細胞治療を含む。たとえば、一つの実施形態では、方法は、本明細書に記載のmRASペプチドが負荷され、表面にmRASペプチドを発現する抗原提示細胞を含む組成物を投与することを含む。
一つの実施形態では、本発明は、方法が、本明細書に記載のmRASペプチドを含むまたは発現する抗原提示細胞によって活性化または刺激される細胞を含む組成物を対象に投与することを含む細胞治療を含む。たとえば、一つの実施形態では、方法は、ナイーブT細胞等の細胞を、本明細書に記載のmRASペプチドが負荷され、表面にmRASペプチドを発現する抗原提示細胞に接触させ、それによって細胞を活性化させることを含む。方法は、活性化された細胞を含む組成物を対象に投与することを含む。たとえば、一つの実施形態では、本発明の方法は、以下の工程を含む: (1)ナイーブT細胞の集団を提供する工程;(2)樹状細胞の集団を提供する工程;(3)受容細胞を本命司書に記載の一つまたは複数のmRASペプチドで負荷するまたはパルスする工程;(4)ナイーブT細胞と負荷された樹状細胞とを共培養する工程;および(4)刺激されたT細胞を単離する工程。一つの実施形態では、方法は、さらに工程(5)刺激されたT細胞を、それを必要とする対象、たとえばmRAS関連がんを有する、有すると疑われる、または有するリスクがある対象に投与する工程を含む。
特定の実施形態では、注入された細胞(たとえば、mRASペプチドを提示する抗原提示細胞)は、免疫応答をin vivoで刺激することができる。たとえば、特定の実施形態では、注入された細胞は、内因性免疫細胞を活性化または刺激して、レシピエントの腫瘍細胞を標的にして殺すことができる。
特定の実施形態では、注入された細胞は、レシピエントの腫瘍細胞を殺すことができる。抗体療法とは異なり、特定の例では、改変された細胞はin vivoで複製することができ、その結果、持続的な腫瘍制御につながる可能性のある長期の持続性および監視がもたらされる。
一つの実施形態では、本発明の改変T細胞は、強力なin vivo T細胞増殖を受けることができ、そして長期間持続することができる。別の実施形態では、本発明の改変T細胞は、任意の追加の腫瘍形成または成長を阻害するために再活性化されうる特定のメモリーT細胞に進化する。たとえば、本発明の改変T細胞は、強力なin vivoT細胞増殖を受け、血液および骨髄において長期間高レベルで持続し、特定のメモリーT細胞を形成することができる。
本発明の組成物は、単独で、または希釈剤および/またはIL-2または他のサイトカインまたは細胞集団等の他の成分と組み合わせた医薬組成物として投与することができる。端的に言えば、本発明の医薬組成物は、一つまたは複数の薬学的または生理学的に許容される担体、希釈剤または賦形剤と組み合わせて、本明細書に記載の組成物を構成しうる。そのような組成物は、中性緩衝生理食塩水、リン酸緩衝生理食塩水等;グルコース、マンノース、スクロースまたはデキストラン、マンニトール等の炭水化物;タンパク質;ポリペプチドまたはグリシン等のアミノ酸;抗酸化剤;EDTAまたはグルタチオン等のキレート剤;アジュバント(たとえば、水酸化アルミニウム);および防腐剤のような緩衝液を含んでもよい。
本発明の医薬組成物は、治療(または予防)される疾患に適切な方法で投与することができる。投与の量および頻度は、患者の状態、患者の病気の種類および重症度等の要因によって決定されるが、適切な投与量は臨床試験によって決定してもよい。
「免疫学的有効量」、「抗腫瘍有効量」、「腫瘍抑制有効量」、または「治療量」が示される場合、投与される本発明の組成物の正確な量を、年齢、体重、腫瘍の大きさ、感染または転移の程度、および患者(対象)の状態の個人差を考慮して、医師によって決定することができる。
対象組成物(たとえば、TCR、TCRをコードする核酸分子、またはTCRを発現する遺伝子改変細胞を含む組成物)の投与は、エアロゾル吸入、注射、摂取、輸血、移植(implantation)または移植(transplantation)を含む任意の便利な方法で行うことができる。本明細書に記載の組成物は、皮下、皮内、腫瘍内、結節内、髄内、筋肉内、静脈内(i.v.)注射によって、または腹腔内に患者に投与することができる。一つの実施形態では、本発明の組成物は、皮内注射または皮下注射によって患者に投与される。別の実施形態では、本発明の組成物は、静脈内注射によって投与される。特定の実施形態では、組成物は、腫瘍またはリンパ節に直接注射される。
一つの実施形態では、本発明は、本発明の組成物の投与の前、同時、または後に、外科手術、化学療法、化学療法剤、放射線療法、またはホルモン療法またはそれらの組み合わせ等のがんの補完療法で対象を治療することを含む、がんを治療する方法を提供する。
化学療法剤は、細胞毒性剤(たとえば、5-フルオロウラシル、シスプラチン、カルボプラチン、メトトレキサート、ダウノルビシン、ドキソルビシン、ビンクリスチン、ビンブラスチン、オキソルビシン、カルムスチン(BCNU)、ロムスチン(CCNU)、シタラビンUSP、シクロホスファミド、エストラムシンリン酸ナトリウム(estramucine phosphate sodium)、アルトレタミン、ヒドロキシ尿素、イフォスファミド、プロカルバジン、マイトマイシン、ブスルファン、シクロホスファミド、ミトキサントロン、カルボプラチン、シスプラチン(cisplatin)、組換えインターフェロンα-2a、パクリタキセル、テニポシド、およびストレプトゾシ)、細胞毒性アルキル化剤(たとえば、ブスルファン、クロラムブシル、シクロホスファミド、メルファラン、またはエチルスルホン酸)、アルキル化剤(たとえば、アサリー(asaley)、AZQ、BCNU、ブスルファン、ビスルファン、カルボキシフタラート白金(carboxyphthalatoplatinum)、CBDCA、CCNU、CHIP、クロラムブシル、クロロゾトシン、シスプラチン(cis-platinum)、クロメゾン(clomesone)、シアノモルホリノドキソルビシン、シクロジソン(cyclodisone)、シクロホスファミド、ジアンヒドロガラクチトール、フルオロドパン、ヘプスルファン、ヒカントン、イフォスファミド、メルファラン、メチルCCNU、マイトマイシンC、ミトゾラミド、窒素マスタード、PCNU、ピペラジン、ピペラジンジオン、ピポブロマン、ポルフィロマイシン、スピロヒダントインマスタード、ストレプトゾトシン、テロキシロン、テトラプラチン、チオテパ、トリエチレンメラミン、ウラシル窒素マスタード、およびYoshi-864)、有糸分裂抑制剤(たとえば、アロコルヒチン、ハリコンドリンM、コルヒチン、コルヒチン誘導体、ドラスタチン10、マイタンシン、リゾキシン、パクリタキセル誘導体、パクリタキセル、チオコルヒチン、トリチルシステイン、硫酸ビンブラスチン、および硫酸ビンクリスチン)、植物アルカロイド(たとえば、アクチノマイシンD、ブレオマイシン、L-アスパラギナーゼ、イダルビシン、硫酸ビンブラスチン、硫酸ビンクリスチン、ミトラマイシン、ミトマイシン、ダウノルビシン、VP-16-213、VM-26、ナベルビンおよびタキソテール)、生物学的製剤(たとえば、アルファインターフェロン、BCG、G-CSF、GM-CSF、およびインターロイキン-2)、トポイソメラーゼI阻害剤(たとえば、カンプトテシン、カンプトテシン誘導体、およびモルホリノドキソルビシン)、トポイソメラーゼII阻害剤(たとえば、ミトキサントロン、アモナフィド、m-AMSA、アントラピラゾール誘導体、ピラゾロアクリジン、ビサントレンHCL、ダウノルビシン、デオキシドキソルビシン、メノガリル、N,N-ジベンジルダウノマイシン、オキサントラゾール、ルビダゾン、VM-26およびVP-16)、および合成物(たとえば、ヒドロキシ尿素、プロカルバジン、o,p’-DDD、ダカルバジン、CCNU、BCNU、cis-ジアンミンジクロロ白金、ミトキサントロン、CBDCA、レバミソール、ヘキサメチルメラミン、オールトランスレチノイン酸、ギリアデルおよびポルフィマーナトリウム)を含む。
抗増殖剤は、細胞の増殖を減少させる化合物である。抗増殖剤は、アルキル化剤、代謝拮抗剤、酵素、生物学的反応修飾物質、様々な薬剤、ホルモンおよびアンタゴニスト、アンドロゲン阻害剤(たとえば、フルタミドおよび酢酸リュープロリド)、抗エストロゲン(たとえば、クエン酸タモキシフェンおよびそのアナログ、トレミフェン、ドロロキシフェンおよびロロキシフェン)を含む。特定の抗増殖剤の例は、レバミソール、硝酸ガリウム、グラニセトロン、sargramostim strontium-89 chloride、フィルグラスチム、ピロカルピン、デクスラゾキサン、およびオンダンセトロンを含むが、これらに限定されない。
さらなる実施形態では、本発明の組成物は、骨髄移植、フルダラビン等の化学療法剤のいずれかを使用するT細胞切除療法、外部ビーム放射線療法(XRT)、シクロホスファミド、またはOKT3もしくはCAMPATH等の抗体と併せて(たとえば、前に、同時にまたは後に)患者に投与される。別の実施形態では、本発明の組成物は、CD20と反応する薬剤、たとえば、リツキサン等のB細胞切除療法の後に投与される。たとえば、一つの実施形態では、対象は、高用量化学療法とそれに続く末梢血幹細胞移植による標準的な治療を受けることができる。特定の実施形態では、移植に続いて、対象は、本発明の増殖した免疫細胞の注入を受ける。追加の実施形態では、増殖した細胞は、手術の前または後に投与される。
特定の実施形態では、本発明の組成物は、腫瘍または病変組織の外科的切除または減量中に投与される。たとえば、病変組織または腫瘍の外科的治療を受けている対象において、腫瘍をさらに治療するために、組成物をその部位に投与することができる。
本発明の組成物および医薬組成物の投与が企図される対象は、ヒトおよび他の霊長類、非ヒト霊長類、ウシ、ブタ、ウマ、ヒツジ、ネコ、およびイヌ等の商業的に関連する哺乳動物を含む哺乳動物を含むが、これらに限定されない。
患者に投与される上記の治療の投与量は、治療される状態の正確な性質および治療のレシピエントによって異なる。ヒト投与のための投与量のスケーリングは、当技術分野で認められている慣行に従って行うことができる。T細胞の投与とスケジューリングの戦略が議論されている(Ertl et al, 2011, Cancer Res, 71:3175-81; Junghans, 2010, Journal of Translational Medicine, 8:55)。
キット
本発明はまた、本発明のmRASペプチド、mRASペプチドをコードする核酸分子、mRASペプチドを含むまたは発現する細胞、TCRを含むポリペプチド、TCRをコードする核酸分子、TCRを発現する細胞、またはそれらの組み合わせを含む組成物、および組成物の使用を説明する説明資料を含むキットを含む。たとえば、一部の実施形態では、説明資料は、本明細書の他の場所に記載されているように、治療的処置または非治療的使用として、組成物またはそれらの組み合わせを個体に投与することを記載している。一つの実施形態では、このキットは、たとえば、組成物を個体に投与する前に、本発明の治療用組成物を溶解または懸濁するのに好適な(任意選択で無菌の)薬学的に許容される担体をさらに含む。必要に応じて、キットは、組成物を投与するためのアプリケーターを含む。特定の実施形態では、キットは、対象のHLA型を同定するために使用される試薬を含む。特定の実施形態では、キットは、対象におけるRAS変異(たとえば、位置G12での変異)を同定するために使用される試薬を含む。
本発明はまた、本発明のmRASペプチド、mRASペプチドをコードする核酸分子、mRASペプチドを含むまたは発現する細胞、TCRを含むポリペプチド、TCRをコードする核酸分子、TCRを発現する細胞、またはそれらの組み合わせを含む組成物、および組成物の使用を説明する説明資料を含むキットを含む。たとえば、一部の実施形態では、説明資料は、本明細書の他の場所に記載されているように、治療的処置または非治療的使用として、組成物またはそれらの組み合わせを個体に投与することを記載している。一つの実施形態では、このキットは、たとえば、組成物を個体に投与する前に、本発明の治療用組成物を溶解または懸濁するのに好適な(任意選択で無菌の)薬学的に許容される担体をさらに含む。必要に応じて、キットは、組成物を投与するためのアプリケーターを含む。特定の実施形態では、キットは、対象のHLA型を同定するために使用される試薬を含む。特定の実施形態では、キットは、対象におけるRAS変異(たとえば、位置G12での変異)を同定するために使用される試薬を含む。
実験例
次に、本発明を以下の実施例を参照して説明する。これらの実施例は、例示のみを目的として提供されており、本発明は、これらの実施例に限定されると決して解釈されるべきではなく、むしろ、本明細書で提供される教示の結果として明らかになるすべての変形を包含すると解釈されるべきである。
次に、本発明を以下の実施例を参照して説明する。これらの実施例は、例示のみを目的として提供されており、本発明は、これらの実施例に限定されると決して解釈されるべきではなく、むしろ、本明細書で提供される教示の結果として明らかになるすべての変形を包含すると解釈されるべきである。
さらなる説明なしに、当業者は、前述の説明および以下の例示的な例を使用して、本発明の化合物を製造および利用し、特許請求される方法を実施することができると考えられる。したがって、以下の実施例は、本開示の残りの部分を制限するものとして解釈されるべきではない。
実施例1: mRASネオ抗原の同定
本明細書に記載されるように、mRASネオ抗原およびそれらのHLA型との相互作用を同定するために、様々な計算研究およびプロテオミクス研究が行われた。図1は、変異RASエピトープの発見戦略を示す概略図であり、ここで、in silicoモデルを使用してmRASペプチドのMHCへの親和性を予測し、続いて実験を行って相互作用の親和性/安定性を測定し、質量分析によってペプチドを検出する。
本明細書に記載されるように、mRASネオ抗原およびそれらのHLA型との相互作用を同定するために、様々な計算研究およびプロテオミクス研究が行われた。図1は、変異RASエピトープの発見戦略を示す概略図であり、ここで、in silicoモデルを使用してmRASペプチドのMHCへの親和性を予測し、続いて実験を行って相互作用の親和性/安定性を測定し、質量分析によってペプチドを検出する。
ヒトまたはマウスのDNAミスセンス変異、挿入、欠失、および融合を分析し、7つの検証済みアルゴリズムを使用してネオエピトープを計算で予測するantigen.garnishソフトウェアを利用して、mRASネオ抗原を予測するためのin silico研究が行われた。モデルは、MHC I/II結合親和性によってネオエピトープを出力する。たとえば、図2に示すように、このモデルを使用して、RASのG12に対応する位置に変異を含む9~10マーのネオエピトープを予測した。
図3および図4Aおよび図4Bに示すように、モデルは、mRASネオ抗原の異なるHLAクラスI対立遺伝子への結合を予測した。図4Bの表は、特定のHLA型に結合すると予測されるmRAS短ペプチドをまとめたものである。
ペプチド-MHC結合を調べるための実験も行った。目的のペプチドの競合的結合を使用する蛍光偏光アッセイを図5に示す。このアッセイを使用して、図5の表に概要が示されている目的のHLAクラスIアレルに対する様々なmRASペプチド配列の親和性を測定した。蛍光偏光アッセイにおけるペプチド結合を示す追加のデータを図6Aに示す。シンチレーション近接アッセイによってペプチドの安定性を研究するための実験も行われた。図6Aおよび図6Bに示されている変異RASペプチドの表記は次の通りである: A*02:01パネルについて、C-10=KLV_C; D-10=KLV_D; R-10=KLV_R;およびV-10=KLV_V。A*03:01およびA*11:01パネルについて、C-9=VV_C; C-10=VVV_C; D-9=VV_D; D-10=VVV_D; R-9=VV_R; R-10=VVV_R; V-9=VV_V; V-10=VVV_V。B*07:02について、C-10=GA_C; D-10=GA_D; R-10=GA_R; V-10=GA_V。
質量分析を使用して、追加の抗原プロセシングおよび提示研究を行った。まず、特定のHLA型を発現する単一アレルK562細胞株を作成した(図7A)。さらに、様々な野生型RASおよびmRASペプチドを発現するレンチウイルス構築物を生成した(図7E)。次に、特定のHLA型および様々なRASおよびmRASペプチドを発現する単一アレル細胞株を作成した。HLAクラスIの発現およびRAS TMG細胞株のHLA特異的発現は、FACSによって検証した(図7Cおよび図7D)。
変異ペプチドへの様々なHLA分子の結合に関する結果を図8A~図8Jに示す。質量分析によって検出された変異RASエピトープの概要を図9に示す。興味深いことに、HLA-A*03:01およびHLA-A*11-01には冗長なエピトープが存在することを見出した。さらに、HLA-B*07:02の新規エピトープを同定している。
図10は、in silico予測研究(左)およびペプチド-MHC結合研究(右)で同定されたネオ抗原の比較を示す。
要約すると、本明細書に提示された実験は、一般的なMHCクラスIアレルHLA-A2サブタイプ、HLA-A*03:01、HLA-A*11:01、およびHLA-B*07:02がmRASネオエピトープに結合すると予測されることを特定した。さらに、mRASネオエピトープは、以下のHLA:ペプチドペアに対して高い結合親和性を有することを見出した: HLA-A*02:01: G12V(KLVVVGAVGV(配列番号:4)); HLA-A*03:01: G12V(VVVGAVGVGK(配列番号:12)およびVVGAVGVGK(配列番号:11))およびG12R(VVVGARGVGK(配列番号:10)); HLA-A*11:01: G12C(VVVGACGVGK(配列番号:6)およびVVGACGVGK(配列番号:5))、G12D(VVVGADGVGK (配列番号:8))、およびVVGADGVGK(配列番号:7)、G12R (VVVGARGVGK(配列番号:10)、およびVVGARGVGK(配列番号:9))、およびG12V(VVVGAVGVGK(配列番号:12)、およびVVGAVGVGK(配列番号:11)); HLA-B*07:02: G12R(GARGVGKSAL (配列番号:15))。さらに、プロテオミクス研究により、予測されるエピトープの抗原プロセシング/提示が確認され、新しいエピトープが特定された: HLA-B*07:02: G12D(GADGVGKSAL(配列番号:14))。
実施例2: mRAS免疫原性を評価する
本明細書に記載されるように、実験は、mRASペプチド-MHC認識の免疫原性を評価するために行った。PMBCは、選択されたHLA型(HLA-A02、HLA-A03、HLA-A11、およびHLA-B07)を有する正常なドナーから単離され、図11に示すように刺激された。CD8+T細胞応答を評価するためにIFN-γELISPOTアッセイを使用した実験が行った。mRAS CTL応答の概要を図12および図13A~図13Fに示す。
本明細書に記載されるように、実験は、mRASペプチド-MHC認識の免疫原性を評価するために行った。PMBCは、選択されたHLA型(HLA-A02、HLA-A03、HLA-A11、およびHLA-B07)を有する正常なドナーから単離され、図11に示すように刺激された。CD8+T細胞応答を評価するためにIFN-γELISPOTアッセイを使用した実験が行った。mRAS CTL応答の概要を図12および図13A~図13Fに示す。
pMHCマルチマー染色を使用した追加の実験をT細胞培養で行い、mRAS特異的T細胞を同定した(図14)。実験はまた、mRAS T細胞応答が非常に特異的であることを示した(図15)。様々な用量のB7-G12Rを使用した実験を使用して、観察された応答が高親和性であることを示した(図16)。
B7-G12RCTL応答がG12R+PDA細胞株を殺すことができるかどうかを調べるための実験も行った。図17に示すように、HLA-B*07:02を発現するように改変されたPSN1細胞は、B7-G12RCTLを介して殺すことができる。
要約すると、本実験は、mRASネオ抗原特異的T細胞応答が正常なドナーで生成される可能性があることを示す。T細胞応答はHLA-A*02:06:G12V; HLA-A*11:01:G12C、G12D、G12V;およびHLA-B*07:02:G12Rで観察された。さらに、mRAS特異的T細胞は、pMHCマルチマー染色によって検出および精製することができる。mRAS T細胞は標的変異に非常に特異的であり、野生型抗原に対して反応性を示さないことも観察された。最後に、外部委託されたmRAS特異的T細胞は、内因的に変異した腫瘍細胞株を標的とするのに十分な親和性を有する可能性がある。
実施例3: mRAS特異的TCR療法の開発
本明細書に記載されるように、実験は、特定のHLA型の状況において特定のmRASペプチドを標的とするTCR療法を設計するために行った。
本明細書に記載されるように、実験は、特定のHLA型の状況において特定のmRASペプチドを標的とするTCR療法を設計するために行った。
図18に示すように、A11-G12VおよびB7-G12R mRASペプチド-HLAタイプの複合体に結合することが観察されたT細胞を選別し、伸長させ、TCRα/βシーケンシングに供した。2つの異なるCD8+T細胞クローンがHLA-A*11:01制限G12V特異的T細胞について同定された:(1)TRAV39/TRBV20-1およびTRAV12-1/TRBV28が観察された。
シーケンシングに基づいて、TCR831およびTCR833と呼ばれる構築物を設計した(図19)。TCR831はTRAV39およびTRBV20-1を含み、TCR833はTRAV12-1およびTRBV28を含む。両方の構築物は、T2AリンカードメインおよびEF1αプロモーターを含む。同様に、図20に概要が示されているように、TCR896、TCR897、TCR847、およびTCR864と呼ばれる追加の構築物を設計した。図20はまた、設計されたすべてのTCR構築物のRAS変異感受性、HLA制限、α鎖およびβ鎖の同一性、および関連するCDR3も示す。
TCR831およびTCR833の発現は、初代CD8+T細胞で評価された(図21)。 TCR831およびTCR833の親和性は、IFN-γELISPOTアッセイを使用し、様々な用量のK562-A11+G12Vを使用して調べた。図22に示すように、TCR831およびTCR833の両方が、HLA-A*11:01の関連でmRAS G12Vに応答して高い親和性を示した。
さらに、IFN-γELISPOTを使用した追加の実験では、遺伝子組み換えTCR831およびTCR833構築物が内因性抗原を認識し(図22)、A3ではなくA11で応答が観察されることが示された。遺伝子組み換えTCR831およびTCR833構築物の特異性、および内因性抗原を認識するそれらの能力も図23に示されており、ここで、野生型RASではなくG12Vの存在下でCTL応答が観察される。
G12V+PDA細胞株に対するTCR831およびTCR833の反応性を調べるための実験も行った。KRAS G12V変異を含むPDA細胞株Panc03.21は、HLA-A*11:01分子をコードするレンチウイルス構築物で修飾された(図24)。
TCR831構築物の詳細な特性を図25A~図25Gに示す。レンチウイルスで形質導入されたJurkatレポーター細胞のペプチド-MHCマルチマー染色によるTCR831発現の検証を図25Aに示す。Jurkatレポーター細胞によるTC831結合活性を調べるために実験を行った(図25B)。Jurkatレポーターアッセイにより、TCR831の特異性および代替変異RASエピトープに対する交差反応性を評価するための実験も行った。TCR831は、RAS G12V(VVV_V)に特異性を示すが、野生型には特異性を示さない。RAS G12C(VVV_C)に対して交差反応性が観察された。図24Dは、A*11:01陽性RAS G12V腫瘍細胞株との共培養後のJurkatレポーター細胞のTCR活性化を示している。図25Eは、初代CD8+T細胞でのTCR831の発現を示している。実験は、4時間51Crアッセイを使用して行った。これは、G12Vペプチドでパルスした(青)またはRAS TMG構築物(赤)を発現しているが野生型(黒)ではないK562-A*11:01細胞の特異的溶解を示す。さらに、4時間の51Crアッセイの結果は、エフェクターと標的の比率が10:1のA*11:01陽性RAS G12V-腫瘍細胞株の特異的溶解を示す(図25G)。細胞株の色は図25Dの色に対応している。
TCR833の発現および機能をさらに特性化するために実験も行った。レンチウイルスで形質導入されたJurkatレポーター細胞のペプチド-MHCマルチマー染色によるTCR833発現の検証を図26Aに示す。図26Bは、Jurkatレポーター細胞によるTCR833結合活性を評価する実験の結果を示す。Jurkatレポーターアッセイにより、TCR833の特異性および代替変異RASエピトープに対する交差反応性を評価するための実験も行った。図26Cに示すように、TCR833はRAS G12V(VVV_V)に特異性を示すが、野生型には特異性を示さない。RAS G12C(VVV_C)に対して交差反応性が観察された。図26Dは、A*11:01陽性RAS G12V腫瘍細胞株との共培養後のJurkatレポーター細胞のTCR833活性化を示す。初代CD8+T細胞でのTCR833の発現を図26Eに示す。実験は、G12Vペプチド(青)でパルスされた、またはRAS TMG構築物(赤)を発現しているが、野生型(黒)ではないK562-A*11:01細胞の特異的溶解を示す4時間51Crアッセイを使用して行った(図26F)。図26Gは、A*11:01陽性RAS G12V腫瘍細胞株の特異的溶解を示す4時間51Crアッセイの結果を示す。
TCR897の発現および機能を特性化するために、さらなる実験を行った。TCR897の発現は、図27Aに示すように、レンチウイルスで形質導入されたJurkatレポーター細胞のペプチド-MHCマルチマー染色によって検証した。図27Bは、Jurkatレポーター細胞によるTCR897結合活性を評価する実験の結果を示す。Jurkatレポーターアッセイにより、TCR897の特異性および代替変異RASエピトープに対する交差反応性を評価するための実験を行った。図27Cに示すように、TCR897はRAS G12V(VV_V)に対して特異性を示すが、野生型には特異性を示さない。RAS G12C(VV_C)およびG12D(VV_D)エピトープに対する交差反応性が観察された。
TCR896の発現および機能を特性化するために、さらなる実験を行った。TCR896の発現は、図28Aに示すように、レンチウイルスで形質導入されたJurkatレポーター細胞のペプチド-MHCマルチマー染色によって検証した。図28Bは、Jurkatレポーター細胞によるTCR896結合活性を評価する実験の結果を示す。Jurkatレポーターアッセイにより、TCRの特異性および代替変異RASエピトープに対する交差反応性を評価する実験を行った。図28Cに示すように、TCR896はRAS G12V(VVV_V)に対して特異性を示すが、野生型または代替変異RASエピトープは示さない。図28Dは、A*03:01陽性RAS G12V腫瘍細胞株との共培養後のJurkatレポーター細胞のTCR活性化を示す。初代CD8+T細胞でのTCR896の発現を図28Eに示す。実験は、G12Vペプチド(青)でパルスされた、またはRAS TMG構築物(赤)を発現しているが、野生型(黒)ではないK562-A*03:01細胞の特異的溶解を示す4時間51Crアッセイを使用して行った(図28F)。図28Gは、A*03:01陽性RAS G12V腫瘍細胞株の特異的溶解を示す4時間51Crアッセイの結果を示す。
TCR847の発現および機能を特性化するために、さらなる実験を行った。TCR847の発現は、図29Aに示すように、レンチウイルスで形質導入されたJurkatレポーター細胞のペプチド-MHCマルチマー染色によって検証した。図29Bは、JurkatレポーターアッセイによってTCRの特異性ならびに代替変異RASエピトープに対する交差反応性を評価した実験の結果を示す。TCR847は、RAS G12R(GA_R)に対する特異性を示すが、野生型または代替変異RASエピトープは示さない。
TCR864の発現および機能を特性化するために、さらなる実験を行った。TCR864の発現は、図30Aに示すように、レンチウイルスで形質導入されたJurkatレポーター細胞のペプチド-MHCマルチマー染色によって検証した。図30Bは、Jurkatレポーター細胞によるTCR864結合活性を評価する実験の結果を示す。Jurkatレポーターアッセイにより、TCR864の特異性および代替変異RASエピトープに対する交差反応性を調べるための実験を行った。図30Cに示すように、TCR864はRAS G12R(GA_R)に対して特異性を示すが、野生型または代替変異RASエピトープは示さない。初代CD8+T細胞でのTCR864の発現を図30Dに示す。G12Vペプチド(青)でパルスされた、またはRAS TMG構築物(赤)を発現しているが、野生型(黒)ではないK562-B*07:02細胞の特異的溶解を示す4時間51Crアッセイを使用した実験の結果を示す。
要約すると、本明細書に提示された実験は、mRAS特異的TCR配列が正常なドナーにおいて同定することができることを実証している。さらに、mRAS特異的TCRは初代CD8+T細胞で遺伝子導入で発現する可能性がある。実験はまた、遺伝子組換えmRAS特異的TCRが高い親和性および特異性を示すことを示した。
実施例4: mRAS短ペプチドに対するDCワクチン接種
本明細書に記載されるように、実験は、ワクチン接種されたPDA患者を使用して行う。実験は、mDC3/8-RASワクチンの安全性/忍容性を評価し、mDC3/8-RASワクチン接種に対するRAS特異的免疫応答を調べ、HLA特異的抗RAS TCR配列を特定するために行う(図31)。以下の場合、患者を研究に含む: (1)患者が、NED s/p手術+/-ネオアジュバントまたはアジュバント化学療法および/または放射線療法を伴うステージI-III PDAである;(2)病理学的に確認されたRAS G12C、RAS G12D、RAS G12R、またはRAS G12V変異;および(3)HLA-A*02:01、HLA-A*03:01、HLA-A*11:01、HLA-B*07:02および/またはHLA-C* 08:02として同定される。これらの研究は、mRAS TCRをさらに特定して、追加の養子細胞療法を開発するために使用することができる(図32)。
本明細書に記載されるように、実験は、ワクチン接種されたPDA患者を使用して行う。実験は、mDC3/8-RASワクチンの安全性/忍容性を評価し、mDC3/8-RASワクチン接種に対するRAS特異的免疫応答を調べ、HLA特異的抗RAS TCR配列を特定するために行う(図31)。以下の場合、患者を研究に含む: (1)患者が、NED s/p手術+/-ネオアジュバントまたはアジュバント化学療法および/または放射線療法を伴うステージI-III PDAである;(2)病理学的に確認されたRAS G12C、RAS G12D、RAS G12R、またはRAS G12V変異;および(3)HLA-A*02:01、HLA-A*03:01、HLA-A*11:01、HLA-B*07:02および/またはHLA-C* 08:02として同定される。これらの研究は、mRAS TCRをさらに特定して、追加の養子細胞療法を開発するために使用することができる(図32)。
本明細書で引用されたすべての特許、特許出願、および刊行物の開示は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
本発明は特定の実施形態を参照して開示されてきたが、本発明の他の実施形態および変形は、本発明の真の精神および範囲から逸脱することなく、当業者によって考案されうることは明らかである。添付の特許請求の範囲は、そのようなすべての実施形態および同等の変形を含むと解釈されることを意図している。
Claims (50)
- 野生型RASのG12に対する相対位置に変異を含む変異型RASペプチドを含む免疫原性組成物。
- 前記ペプチドは、G12C、G12D、G12R、またはG12V変異を含む、請求項1に記載の組成物。
- 前記変異型RASペプチドは、9個または10個のアミノ酸残基を含む、請求項1に記載の組成物。
- 前記変異型RASペプチドは、配列番号:1~6から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも80%相同であるアミノ酸配列を含む、請求項1に記載の組成物。
- 前記変異型RASペプチドは、配列番号:1~6から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項1に記載の組成物。
- 野生型RASのG12に対する相対位置に変異を含む変異型RASペプチドをコードする核酸配列を含む、単離された核酸分子。
- 野生型RASのG12に対する相対位置に変異を含む変異型RASペプチドを含む、または発現するように改変された細胞。
- 前記細胞は免疫細胞である、請求項7に記載の細胞。
- 前記免疫細胞は、抗原提示細胞、B細胞、樹状細胞、マクロファージ、ランゲルハンス細胞、T細胞、NK細胞、NK T細胞からなる群から選択される、請求項10に記載の細胞。
- 請求項1に記載の免疫学的組成物(immunological composition)を対象に投与することを含む、対象において免疫応答を誘導する方法。
- 前記方法は、対象のHLA型を同定する工程、および野生型RASのG12に対する相対位置に変異を含む変異型RASペプチドを含む、またはコードする組成物を該対象に投与する工程を含み、ここで該変異型RASペプチドは該対象の同定されたHLA分子に結合する、請求項10に記載の方法。
- 前記対象は、RAS関連がんを有する、または有するリスクがある、請求項10に記載の方法。
- 前記がんは膵臓がん、膵管腺がん(PDA)、結腸がん、結腸直腸腺がん、骨髄腫、多発性骨髄腫、肺腺がん、黒色腫、子宮がん、甲状腺がん、急性骨髄性白血病(AML)、尿路上皮がん、胃腺がんおよび子宮頸部腺がん、頭頸部扁平上皮がん(SCC)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)、食道腺がん、慢性リンパ球性白血病(CLL)、肺扁平上皮がん(lung SCC)、小細胞肺がん(SCLC)、乳頭状腎細胞がん(renal papillary cancer)、肝細胞がん(HCC)、乳がん、子宮頸部扁平上皮がん(cervical SCC)、卵巣腺がん、副腎がん、前立腺がん、神経芽細胞腫、多形神経膠芽腫(GBM)、髄芽腫、腎細胞がん(RCC)、食道扁平上皮がん(esophageal SCC)、骨肉腫、肉腫、および小腸神経内分泌腫瘍(NET)からなる群から選択される、請求項12に記載の方法。
- 前記対象において免疫応答を誘導する方法は、以下を含む方法:
a. 細胞を野生型RASのG12に対する相対位置に変異を含む変異型RASペプチドを含む組成物と接触させ、それによって細胞を刺激する工程;および
b. 前記刺激された細胞を前記対象に投与する工程。 - 前記方法は、前記対象のナイーブT細胞を、変異型RASペプチドを提示する抗原提示細胞と接触させ、それによってT細胞を刺激することを含む、請求項14に記載の方法。
- 前記細胞が前記対象に対して自家性である、請求項14に記載の方法。
- 前記T細胞および抗原提示細胞は、前記対象に対して自家性である、請求項15に記載の方法。
- 以下からなる群から選択されるHLA分子との関連で変異型RAS(mRAS)ペプチドに特異的に結合するT細胞受容体(TCR)を含む組成物: HLA-A*02:01、HLA-A*03:01、HLA-A*11:01、およびHLA-B*07:02。
- 前記RASペプチドは、野生型RASと比較してG12に対応する位置に変異を含む、請求項18に記載の組成物。
- 前記mRASペプチドの前記変異は、野生型RASと比較して、G12C、G12D、G12R、およびG12Vからなる群から選択される変異に対応する、請求項19に記載の組成物。
- 前記TCRは、以下からなる群から選択される少なくとも一つのCDRを含む、請求項18に記載の組成物: TRAV39 CDR1、TRAV39 CDR2、TRAV39 CDR3、TRBV20-1 CDR1、TRBV20-1 CDR2、およびTRBV20-1 CDR3。
- 前記TCRは、TRAV39 CDR1、TRAV39 CDR2、TRAV39 CDR3、TRBV20-1 CDR1、TRBV20-1 CDR2、およびTRBV20-1 CDR3を含む、請求項18に記載の組成物。
- 前記TCRは、以下からなる群から選択される少なくとも一つのCDRを含む、請求項18に記載の組成物: TRAV12-1 CDR1、TRAV12-1 CDR2、TRAV12-1 CDR3、TRBV28 CDR1、TRBV28 CDR2、およびTRBV28 CDR3。
- 前記TCRは、TRAV12-1 CDR1、TRAV12-1 CDR2、TRAV12-1 CDR3、TRBV28 CDR1、TRBV28 CDR2、およびTRBV28 CDR3を含む、請求項18に記載の組成物。
- 前記TCRは、以下からなる群から選択される少なくとも一つのCDRを含む、請求項18に記載の組成物: TRAV17 CDR1、TRAV17 CDR2、TRAV17 CDR3、TRBV10-3 CDR1、 TRBV10-3 CDR2、およびTRBV10-3 CDR3。
- 前記TCRは、TRAV17 CDR1、TRAV17 CDR2、TRAV17 CDR3、TRBV10-3 CDR1、 TRBV10-3 CDR2、およびTRBV10-3 CDR3を含む、請求項18に記載の組成物。
- 前記TCRは、以下からなる群から選択される少なくとも一つのCDRを含む、請求項18に記載の組成物: TRAV17 CDR1、TRAV17 CDR2、TRAV17 CDR3、TRBV11-2 CDR1、TRBV11-2 CDR2、およびTRBV11-2 CDR3。
- 前記TCRは、TRAV17 CDR1、TRAV17 CDR2、TRAV17 CDR3、TRBV11-2 CDR1、TRBV11-2 CDR2、およびTRBV11-2 CDR3を含む、請求項18に記載の組成物。
- 前記TCRは、以下からなる群から選択される少なくとも一つのCDRを含む、請求項18に記載の組成物: TRAV19 CDR1、TRAV19 CDR2、TRAV19 CDR3、TRBV9 CDR1、TRBV9 CDR2、およびTRBV9 CDR3。
- 前記TCRは、TRAV19 CDR1、TRAV19 CDR2、TRAV19 CDR3、TRBV9 CDR1、TRBV9 CDR2、およびTRBV9 CDR3を含む、請求項18に記載の組成物。
- 前記TCRは、以下からなる群から選択される少なくとも一つのCDRを含む、請求項18に記載の組成物: TRAV4 CDR1、TRAV4 CDR2、TRAV4 CDR3、TRBV7-2 CDR1、TRBV7-2 CDR2、およびTRBV7-2 CDR3。
- 前記TCRは、TRAV4 CDR1、TRAV4 CDR2、TRAV4 CDR3、TRBV7-2 CDR1、TRBV7-2 CDR2、およびTRBV7-2 CDR3を含む、請求項18に記載の組成物。
- 前記組成物は、TCRα鎖およびTCRβ鎖を含む融合ポリペプチドを含む、請求項18に記載の組成物。
- 前記融合ポリペプチドはリンカードメインを含む、請求項33に記載の組成物。
- 前記リンカードメインは、切断可能なリンカードメインである、請求項34に記載の組成物。
- 請求項18~36のいずれか一項に記載の組成物をコードする単離された核酸分子を含む、組成物。
- 以下からなる群から選択されるHLA分子との関連で変異型RAS(mRAS)ペプチドに特異的に結合するT細胞受容体(TCR)を発現するように改変された細胞: HLA-A*02:01、HLA-A*03:01、HLA-A*11:01、およびHLA-B*07:02。
- 前記mRASペプチドは、野生型RASと比較してG12に対応する位置に変異を含む、請求項37に記載の細胞。
- 前記mRASペプチドの前記変異は、野生型RASと比較して、G12C、G12D、G12R、およびG12Vからなる群から選択される変異に対応する、請求項38に記載の細胞。
- 前記細胞は、TCRα鎖およびTCRβ鎖を含む融合ポリペプチドを発現するように改変されている、請求項37に記載の細胞。
- 前記細胞は、TCRα鎖およびTCRβ鎖のうちの少なくとも一つを含むポリペプチドをコードする単離された核酸分子の導入によって遺伝子改変されている、請求項37に記載の細胞。
- 前記細胞は免疫細胞である、請求項37に記載の細胞。
- 前記免疫細胞は、T細胞、NK細胞、およびNK T細胞からなる群から選択される、請求項42に記載の細胞。
- 前記細胞がRASに関連するがんを有する対象に対して自家性である、請求項37に記載の細胞。
- 前記細胞は、以下からなる群から選択されるHLA型を有する対象に対して自家性である、請求項37に記載の細胞: HLA-A*02:01、HLA-A*03:01、HLA-A*11:01、およびHLA-B*07:02。
- mRASに関連するがんを有する対象を治療する方法であって、請求項37~45のいずれか一項に記載の細胞を前記対象に投与することを含む、方法。
- 前記対象は、膵臓がん、膵管腺がん(PDA)、結腸がん、結腸直腸腺がん、骨髄腫、多発性骨髄腫、肺腺がん、黒色腫、子宮がん、甲状腺がん、急性骨髄性白血病(AML)、尿路上皮がん、胃腺がんおよび子宮頸部腺がん、頭頸部扁平上皮がん(SCC)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)、食道腺がん、慢性リンパ球性白血病(CLL)、肺扁平上皮がん(lung SCC)、小細胞肺がん(SCLC)、乳頭状腎細胞がん(renal papillary cancer)、肝細胞がん(HCC)、乳がん、子宮頸部扁平上皮がん(cervical SCC)、卵巣腺がん、副腎がん、前立腺がん、神経芽細胞腫、多形神経膠芽腫(GBM)、髄芽腫、腎細胞がん(RCC)、食道扁平上皮がん(esophageal SCC)、骨肉腫、肉腫、および小腸神経内分泌腫瘍(NET)からなる群から選択されるがんを有する、請求項46に記載の方法。
- 前記方法は、前記対象のHLA型を同定する工程を含む、請求項46に記載の方法。
- 前記方法は、前記対象の一つまたは複数の細胞を単離する工程、および該一つまたは複数の細胞が前記TCRを発現するように改変する工程を含む、請求項46に記載の方法。
- 前記方法は、前記一つまたは複数の細胞をTCRα鎖およびTCRβ鎖の一つまたは複数をコードする単離された核酸分子と接触させることによって、前記一つまたは複数の細胞を前記TCRを発現するように改変する工程を含む、請求項46に記載の方法。
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