JP2021098735A - 治療用rna - Google Patents

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Abstract

【課題】固形腫瘍がんの処置のための治療用RNAを提供する。【解決手段】固形腫瘍を処置または予防する方法において使用するための、IL−12scタンパク質をコードするRNAと、IL−15 sushiタンパク質をコードするRNAと、IFNαタンパク質をコードするRNAと、GM−CSFタンパク質をコードするRNAとを含む医薬組成物である。【選択図】なし

Description

本出願は、2017年2月28日に出願した米国仮出願第62/464,981号、2017年12月12日に出願した米国仮出願第62/597,527号、および2017年8月23日に出願した欧州特許出願第17306089.8号の優先権の利益を主張するものであり、これらの出願のすべてを、それら全体として、参照によって組み入れる。
本開示は、固形腫瘍がんを処置するための治療用RNAの分野に関する。米国国立がん研究所は、固形腫瘍を、嚢胞も液状領域も通常は含有しない組織の異常な塊と定義している。固形腫瘍は、良性および悪性(がん性)肉腫、癌腫およびリンパ腫を含み、身体的には、脳、卵巣、乳房、結腸および他の組織を含むあらゆる組織または器官に位置することがある。がんは、主に2種類に分けられることが多い:固形腫瘍がんおよび血液学的(血液)がん。150万件を超えるがん症例が毎年米国で診断され、500,000人を超える米国人が毎年がんで死亡することになると、推定される。
固形腫瘍がんは、特に処置が難しい。現行の処置は、外科手術、放射線療法、免疫療法および化学療法を含む。単独での外科手術は、小さい限局性腫瘍には適切な処置であることもあるが、大きい浸潤腫瘍およびほとんどの転移性悪性腫瘍は、通常は、外科手術では切除不能である。放射線療法および化学療法のような他の一般的な処置は、望ましくない副作用を伴い、健常細胞に損傷を与える。
外科手術および現行の治療は、固形腫瘍の大部分を死滅させることができる場合もあるが、さらなる細胞(がん幹細胞を含む可能性がある)が、治療しても生き残ることもある。これらの細胞は、やがて新たな腫瘍を形成することができ、その結果、がんが再発することになる。集学的な従来の治療にもかかわらず、無病生存率は、多くの種類の固形腫瘍について25%未満である。集学的治療に抵抗性である固形腫瘍または治療後に再発した固形腫瘍は、処置がさらにいっそう難しく、長期生存率は、10%未満である。
本明細書で開示されるのは、固形腫瘍の処置の現在の欠点を克服することができる組成物、使用および方法である。本明細書で開示される治療用RNAの投与は、腫瘍サイズを縮小することができ、生存期間を延長することができ、ならびに/または腫瘍の転移および/もしくは再発を防ぐことができる。
実施形態1.配列番号14のアミノ酸と少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%同一であるIL−12scタンパク質をコードするRNAと、配列番号27のアミノ酸と少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%同一であるGM−CSFタンパク質をコードするRNAとを含む、組成物。
実施形態2.配列番号24のアミノ酸と少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%または80%同一であるIL−15 sushiタンパク質をコードするRNAをさらに含む、実施形態1に記載の組成物。
実施形態3.配列番号9のアミノ酸と少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%または80%同一であるIL−2タンパク質をコードするRNAをさらに含む、実施形態1に記載の組成物。
実施形態4.配列番号19のアミノ酸と少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%または80%同一であるIFNα2bタンパク質をコードするRNAをさらに含む、実施形態1に記載の組成物。
実施形態5.以下を含む組成物:
a.配列番号14のアミノ酸と少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%または80%同一であるIL−12scタンパク質をコードするRNA;
b.配列番号27のアミノ酸と少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%または80%同一であるGM−CSFタンパク質をコードするRNA;および
c.配列番号19のアミノ酸と少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%または80%同一であるIFNα2bタンパク質をコードするRNA。
実施形態6.配列番号24のアミノ酸と少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%または80%同一であるIL−15 sushiタンパク質をコードするRNAをさらに含む、実施形態5に記載の組成物。
実施形態7.配列番号9のアミノ酸と少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%または80%同一であるIL−2タンパク質をコードするRNAをさらに含む、実施形態5に記載の組成物。
実施形態8.少なくとも1つのRNAは、少なくとも1つのウリジンの代わりに修飾核酸塩基を含む、実施形態1〜7のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態9.各RNAは、各ウリジンの代わりに修飾核酸塩基を含む、実施形態1〜7のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態10.修飾核酸塩基は、プソイドウリジン(ψ)、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)、または5−メチル−ウリジン(mU)である、実施形態8〜9のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態11.修飾核酸塩基は、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)である、実施形態10に記載の組成物。
実施形態12.少なくとも1つのRNAは、5’キャップをさらに含む、実施形態1〜11のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態13.各RNAは、5’キャップをさらに含む、実施形態1〜11のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態14.5’キャップは、m 7,3’−OGppp(m 2’−O)ApGまたは3’−O−Me−mG(5’)ppp(5’)Gである、実施形態12〜13のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態15.少なくとも1つのRNAは、5’UTRをさらに含む、実施形態1〜14のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態16.各RNAは、5’UTRをさらに含む、実施形態1〜14のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態17.5’UTRは、配列番号2、4もしくは6のヌクレオチド、もしくは配列番号2、4もしくは6に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%もしくは85%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、またはそのようなヌクレオチドからなる、実施形態15〜16のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態18.少なくとも1つのRNAは、3’UTRをさらに含む、実施形態1〜17のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態19.各RNAは、3’UTRをさらに含む、実施形態1〜17のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態20.3’UTRは、配列番号8のヌクレオチド、もしくは配列番号8に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%もしくは85%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、またはそのようなヌクレオチドからなる、実施形態18〜19のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態21.少なくとも1つのRNAは、ポリAテールをさらに含む、実施形態1〜20のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態22.各RNAは、ポリAテールをさらに含む、実施形態1〜20のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態23.ポリAテールは、少なくとも100ヌクレオチドを含む、実施形態21〜22のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態24.少なくとも1つのRNAは、5’キャップ、5’UTR、3’UTR、およびポリAテールを含む、実施形態1〜23のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態25.各RNAは、5’キャップ、5’UTR、3’UTR、およびポリAテールを含む、実施形態1〜23のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態26.
a.5’キャップは、m 7,3’−OGppp(m 2’−O)ApGまたは3’−O−Me−mG(5’)ppp(5’)Gであり;
b.5’UTRは、配列番号2、4もしくは6のヌクレオチド、もしくは配列番号2、4もしくは6に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%もしくは85%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、またはそのようなヌクレオチドからなり;
c.3’UTRは、配列番号8のヌクレオチド、もしくは配列番号8に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%もしくは85%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、またはそのようなヌクレオチドからなり;および
d.ポリAテールは、少なくとも100ヌクレオチドを含む、
実施形態24〜25のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態27.対象におけるがんを処置もしくは予防する、腫瘍のサイズを縮小する、寛解期のがんの再発を予防する、またはがん転移を予防する方法であって、実施形態1〜26のいずれか1つに記載の組成物を対象に投与することを含む方法。
実施形態28.対象におけるがんを処置もしくは予防する、腫瘍のサイズを縮小する、寛解期のがんの再発を予防する、またはがん転移を予防する方法であって、対象に:
a.配列番号14のアミノ酸と少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%同一であるIL−12scタンパク質をコードする、および/または配列番号17もしくは18のヌクレオチドに対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNAと;
b.配列番号27のアミノ酸と少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%同一であるGM−CSFタンパク質をコードする、および/または配列番号29のヌクレオチドに対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNAと
を投与することを含み、
それによって、対象におけるがんを処置もしくは予防する、腫瘍のサイズを縮小する、寛解期のがんの再発を予防する、またはがん転移を予防する、方法。
実施形態29.配列番号19のアミノ酸と少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%同一であるIFNα2bタンパク質をコードする、および/または配列番号22もしくは23のヌクレオチドに対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNAを投与することをさらに含む、実施形態28に記載の方法。
実施形態30.配列番号24のアミノ酸と少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%同一であるIL−15 sushiタンパク質をコードする、および/または配列番号26のヌクレオチドに対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌク
レオチドを含む、RNAを投与することをさらに含む、実施形態28に記載の方法。
実施形態31.配列番号9のアミノ酸と少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%同一であるIL−2タンパク質をコードする、および/または配列番号12もしくは13のヌクレオチドに対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNAを投与することをさらに含む、実施形態28に記載の方法。
実施形態32.
a.配列番号24のアミノ酸と少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%同一であるIL−15 sushiタンパク質、および/または配列番号26のヌクレオチドに対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチドを含むIL−15 sushiタンパク質;ならびに
b.配列番号19のアミノ酸と少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%同一であるIFNα2bタンパク質、および/または配列番号22もしくは23のヌクレオチドに対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチドを含むIFNα2bタンパク質
をコードするRNAを投与することをさらに含む、実施形態28に記載の方法。
実施形態33.
a.配列番号9のアミノ酸と少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%同一であるIL−2タンパク質、および/または配列番号12もしくは13のヌクレオチドに対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチドを含むIL−2タンパク質;ならびに
b.配列番号19のアミノ酸と少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%同一であるIFNα2bタンパク質、および/または配列番号22もしくは23のヌクレオチドに対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチドを含むIFNα2bタンパク質
をコードするRNAを投与することをさらに含む、実施形態28に記載の方法。
実施形態34.がんは、肉腫、癌腫、またはリンパ腫である、実施形態27〜33のいずれか1つに記載の方法。
実施形態35.がんは、固形腫瘍である、実施形態27〜33のいずれか1つに記載の方法。
実施形態36.固形腫瘍は、肺、結腸、卵巣、子宮頸部、子宮、腹膜、精巣、陰茎、舌、リンパ節、膵臓、骨、乳房、前立腺、軟部組織、結合組織、腎臓、肝臓、脳、甲状腺または皮膚におけるものである、実施形態35に記載の方法。
実施形態37.固形腫瘍は、上皮腫瘍、ホジキンリンパ腫(HL)、非ホジキンリンパ腫、前立腺腫瘍、卵巣腫瘍、腎細胞腫瘍、消化管腫瘍、肝腫瘍、結腸直腸腫瘍、脈管構造を伴う腫瘍、中皮腫腫瘍、膵腫瘍、乳房腫瘍、肉腫腫瘍、肺腫瘍、結腸腫瘍、脳腫瘍、メラノーマ腫瘍、小細胞肺腫瘍、神経芽腫、精巣腫瘍、癌腫腫瘍、腺癌腫瘍、神経膠腫腫瘍、精上皮腫腫瘍、網膜芽細胞腫、または骨肉腫腫瘍である、実施形態35に記載の方法。
実施形態38.組成物は、腫瘍内または腫瘍周囲投与される、実施形態27〜37のいずれか1つに記載の方法。
実施形態39.被注射腫瘍および未注射腫瘍は、両方とも、第1の腫瘍へのまたはその付近への腫瘍内または腫瘍周囲注射後にサイズが縮小される、実施形態38に記載の方法。
実施形態40.対象はヒトである、実施形態27〜39のいずれか1つに記載の方法。
実施形態41.別の治療も投与される、実施形態27〜40のいずれか1つに記載の方法。
実施形態42.他の治療は、腫瘍を摘出、切除または減量するための外科手術である、実施形態41に記載の方法。
実施形態43.他の治療は、免疫療法、放射線療法または化学療法である、実施形態41に記載の方法。
実施形態44.少なくとも1つのRNAは、少なくとも1つのウリジンの代わりに修飾核酸塩基を含む、実施形態27〜43のいずれか1つに記載の方法。
実施形態45.各RNAは、各ウリジンの代わりに修飾核酸塩基を含む、実施形態27〜43のいずれか1つに記載の方法。
実施形態46.修飾核酸塩基は、プソイドウリジン(ψ)、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)、または5−メチル−ウリジン(mU)である、実施形態44〜45のいずれか1つに記載の方法。
実施形態47.修飾核酸塩基は、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)である、実施形態46に記載の方法。
実施形態48.少なくとも1つのRNAは、5’キャップをさらに含む、実施形態27〜47のいずれか1つに記載の方法。
実施形態49.各RNAは、5’キャップをさらに含む、実施形態27〜47のいずれか1つに記載の方法。
実施形態50.5’キャップは、m 7,3’−OGppp(m 2’−O)ApGまたは3’−O−Me−mG(5’)ppp(5’)Gである、実施形態48〜49のいずれか1つに記載の方法。
実施形態51.少なくとも1つのRNAは、5’UTRをさらに含む、実施形態27〜50のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態52.各RNAは、5’UTRをさらに含む、実施形態27〜50のいずれか1つに記載の方法。
実施形態53.5’UTRは、配列番号2、4もしくは6のヌクレオチド、もしくは配列番号2、4もしくは6に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%もしくは85%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、またはそのようなヌクレオチドからなる、実施形態51〜52のいずれか1つに記載の方法。
実施形態54.少なくとも1つのRNAは、3’UTRをさらに含む、実施形態27〜54のいずれか1つに記載の方法。
実施形態55.各RNAは、3’UTRをさらに含む、実施形態27〜54のいずれか1つに記載の方法。
実施形態56.3’UTRは、配列番号8のヌクレオチド、もしくは配列番号8に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%もしくは85%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、またはそのようなヌクレオチドからなる、実施形態54〜55のいずれか1つに記載の方法。
実施形態57.少なくとも1つのRNAは、ポリAテールをさらに含む、実施形態27〜56のいずれか1つに記載の方法。
実施形態58.各RNAは、ポリAテールをさらに含む、実施形態27〜56のいずれか1つに記載の方法。
実施形態59.ポリAテールは、少なくとも100ヌクレオチドを含む、実施形態57〜58のいずれか1つに記載の方法。
実施形態60.少なくとも1つのRNAは、5’キャップ、5’UTR、3’UTR、およびポリAテールを含む、実施形態27〜59のいずれか1つに記載の方法。
実施形態61.各RNAは、5’キャップ、5’UTR、3’UTR、およびポリAテールを含む、実施形態27〜59のいずれか1つに記載の方法。
実施形態62.
a.5’キャップは、m 7,3’−OGppp(m 2’−O)ApGまたは3’−O−Me−mG(5’)ppp(5’)Gであり;
b.5’UTRは、配列番号2、4もしくは6のヌクレオチド、もしくは配列番号2、4もしくは6に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%もしくは85%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、またはそのようなヌクレオチドからなり;
c.3’UTRは、配列番号8のヌクレオチド、もしくは配列番号8に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%もしくは85%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、またはそのようなヌクレオチドからなり;および
d.ポリAテールは、少なくとも100ヌクレオチドを含む、
実施形態60〜61のいずれか1つに記載の方法。
実施形態63.コドン最適化DNAであって、配列番号11に対して少なくとも83%の同一性を有する連続したヌクレオチドを含むか、またはそのようなヌクレオチドからなる、コドン最適化RNA。
実施形態64.配列番号11に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%もしくは85%の同一性を有する連続したヌクレオチドを含むか、またはそのようなヌクレオチドからなる、実施形態63に記載のDNA。
実施形態65.コドン最適化RNAであって、配列番号13に対して少なくとも83%の同一性を有する連続したヌクレオチドを含むか、またはそのようなヌクレオチドからなる、コドン最適化RNA。
実施形態66.配列番号13に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%もしくは85%の同一性を有する連続したヌクレオチドを含むか、またはそのようなヌクレオチドからなる、実施形態65に記載のRNA。
実施形態67.実施形態63または64のいずれか1つに記載のDNAから産生されるRNA。
実施形態68.以下を含むか、またはそれらからなる、コドン最適化DNA:
a.配列番号16のヌクレオチド1〜984に対して少なくとも78%の同一性を有する連続したヌクレオチド;
b.配列番号16のヌクレオチド1027〜1623に対して少なくとも81%の同一性を有する連続したヌクレオチド;および
c.a)のヌクレオチドとb)のヌクレオチド間のリンカーをコードするヌクレオチド。
実施形態69.リンカーは、配列番号16のヌクレオチド985〜1026を含む、実施形態68に記載のDNA。
実施形態70.部分a)は、配列番号16のヌクレオチド1〜984に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%、80%または75%の同一性を有する連続したヌクレオチドを含み;および部分b)は、配列番号16のヌクレオチド1027〜1623に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%または85%の同一性を有する連続したヌクレオチドを含む、実施形態68および69のいずれか1つに記載のDNA。
実施形態71.以下を含むか、またはそれらからなる、コドン最適化RNA:
a.配列番号18のヌクレオチド1〜984に対して少なくとも78%の同一性を有する連続したヌクレオチド;
b.配列番号18のヌクレオチド1027〜1623に対して少なくとも81%の同一性を有する連続したヌクレオチド;および
c.a)のヌクレオチドとb)のヌクレオチド間のリンカーをコードするヌクレオチド。
実施形態72.リンカーは、配列番号18のヌクレオチド985〜1026を含む、実
施形態71に記載のRNA。
実施形態73.部分a)は、配列番号18のヌクレオチド1〜984に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%、80%または75%の同一性を有する連続したヌクレオチドを含み;および部分b)は、配列番号18のヌクレオチド1027〜1623に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%または85%の同一性を有する連続したヌクレオチドを含む、実施形態71および72のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態74.実施形態68〜70のいずれか1つに記載のDNAから産生されるRNA。
実施形態75.コドン最適化DNAであって、配列番号21に対して少なくとも80%の同一性を有する連続したヌクレオチドを含むか、またはそのようなヌクレオチドからなる、コドン最適化DNA。
実施形態76.配列番号21に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%もしくは85%の同一性を有する連続したヌクレオチドを含むか、またはそのようなヌクレオチドからなる、実施形態75に記載のDNA。
実施形態77.コドン最適化RNAであって、配列番号23に対して少なくとも80%の同一性を有する連続したヌクレオチドを含むか、またはそのようなヌクレオチドからなる、コドン最適化RNA。
実施形態78.配列番号23に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%もしくは85%の同一性を有する連続したヌクレオチドを含むか、またはそのようなヌクレオチドからなる、実施形態77に記載のRNA。
実施形態79.実施形態75〜76のいずれか1つに記載のDNAから産生されるRNA。
実施形態80.以下を含むか、またはそれらからなる、DNA:
a.配列番号25のヌクレオチド1〜321に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%もしくは85%の同一性を有する連続したヌクレオチドを含むか、もしくはそのようなヌクレオチドからなる連続したヌクレオチド;
b.配列番号25のヌクレオチド382〜729に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%もしくは85%の同一性を有する連続したヌクレオチドを含むか、もしくはそのようなヌクレオチドからなる連続したヌクレオチド;および
c.a)のヌクレオチドとb)のヌクレオチド間のリンカーをコードするヌクレオチド。
実施形態81.実施形態80に記載のDNAから産生されるRNA。
実施形態82.以下を含むか、またはそれらからなる、RNA:
a.配列番号26のヌクレオチド1〜321に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%もしくは85%の同一性を有する連続したヌクレオチドを含むか、もしくはそのようなヌクレオチドからなる連続したヌクレオチド;
b.配列番号26のヌクレオチド382〜729に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%もしくは85%の同一性を有する連続したヌクレオチドを含むか、もしくはそのようなヌクレオチドからなる連続したヌクレオチド;および
c.a)のヌクレオチドとb)のヌクレオチド間のリンカーをコードするヌクレオチド。
実施形態83.DNAであって、配列番号28に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%もしくは85%の同一性を有する連続したヌクレオチドを含むか、またはそのようなヌクレオチドからなる、DNA。
実施形態84.実施形態83に記載のDNAから産生されるRNA。
実施形態85.RNAであって、配列番号29に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%もしくは85%の同一性を有する連続したヌクレオチドを含むか、またはそのようなヌクレオチドからなる、RNA。
実施形態86.DNAからin vitroで転写される、実施形態67、74、79、81および84のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態87.少なくとも1つのウリジンは、修飾核酸塩基で置換されている、実施形態65〜67、71〜74、78〜79、81〜82、および84〜85のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態88.各ウリジンは、修飾核酸塩基で置換されている、実施形態65〜67、71〜74、78〜79、81〜82、および84〜85のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態89.修飾核酸塩基は、プソイドウリジン(ψ)、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)、または5−メチル−ウリジン(mU)である、実施形態87または88に記載のRNA。
実施形態90.修飾核酸塩基は、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)である、実施形態89に記載のRNA。
実施形態91.5’キャップをさらに含む、実施形態65〜67、71〜74、78〜79、81〜82、および84〜90のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態92.5’キャップは、m 7,3’−OGppp(m 2’−O)ApGまたは3’−O−Me−mG(5’)ppp(5’)Gである、実施形態91に記載のRNA。
実施形態93.5’UTRをさらに含む、実施形態65〜67、71〜74、78〜79、81〜82、および84〜92のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態94.5’UTRは、配列番号2、4もしくは6のヌクレオチド、もしくは配列番号2、4もしくは6に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%もしくは85%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、またはそのようなヌクレオチドからなる、実施形態93に記載のRNA。
実施形態95.3’UTRをさらに含む、実施形態65〜67、71〜74、78〜79、81〜82、および84〜94のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態96.3’UTRは、配列番号8のヌクレオチド、もしくは配列番号8に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%もしくは85%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、またはそのようなヌクレオチドからなる、実施形態95に記載のRNA。
実施形態97.ポリAテールをさらに含む、実施形態65〜67、71〜74、78〜79、81〜82、および84〜96のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態98.ポリAテールは、少なくとも100ヌクレオチドを含む、実施形態97に記載のRNA。
実施形態99.5’キャップ、5’UTR、3’UTR、およびポリAテールをさらに含む、実施形態65〜67、71〜74、78〜79、81〜82、および84〜97のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態100.
a.5’キャップは、m 7,3’−OGppp(m 2’−O)ApGまたは3’−O−Me−mG(5’)ppp(5’)Gであり;
b.5’UTRは、配列番号2、4もしくは6のヌクレオチド、もしくは配列番号2、4もしくは6に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%もしくは85%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、またはそのようなヌクレオチドからなり;
c.3’UTRは、配列番号8のヌクレオチド、もしくは配列番号8に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%もしくは85%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、またはそのようなヌクレオチドからなり;および
d.ポリAテールは、少なくとも100ヌクレオチドを含む、
実施形態99に記載の組成物。
実施形態101.DNAであって:
a.配列番号11に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは83%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、もしくはそのようなヌクレオチドからなる連続したヌクレオチド;および
b.配列番号1、3もしくは5に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、もしくはそのようなヌクレオチドからなる連続したヌクレオチド
を含むか、またはこれらからなり、転写されたとき、部分a)およびb)のヌクレオチドが単一の転写物を形成する、前記DNA。
実施形態102.DNAであって:
a.配列番号16のヌクレオチド1〜984に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%、80%もしくは78%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、もしくはそのようなヌクレオチドからなる連続したヌクレオチド;
b.配列番号16のヌクレオチド1027〜1623に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%、80%もしくは81%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、もしくはそのようなヌクレオチドからなる連続したヌクレオチド;および
c.配列番号1、3もしくは5に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、もしくはそのようなヌクレオチドからなる連続したヌクレオチド
を含むか、またはこれらからなり、転写されたとき、部分a)、b)およびc)のヌクレオチドが単一の転写物を形成する、DNA。
実施形態103.DNAであって:
a.配列番号21に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、もしくはそのようなヌクレオチドからなる連続したヌクレオチド;および
b.配列番号1、3もしくは5に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、もしくはそのようなヌクレオチドからなる連続したヌクレオチド
を含むか、またはこれらからなり、転写されたとき、部分a)およびb)のヌクレオチドが単一の転写物を形成する、DNA。
実施形態104.DNAであって:
a.配列番号28と少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、もしくはそのようなヌクレオチドからなる連続したヌクレオチド;および
b.配列番号1、3もしくは5に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、もしくはそのようなヌクレオチドからなる連続したヌクレオチド
を含むか、またはこれらからなり、転写されたとき、部分a)およびb)のヌクレオチドが単一の転写物を形成する、DNA。
実施形態105.DNAであって:
a.配列番号25のヌクレオチド1〜321に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、もしくはそのようなヌクレオチドからなる連続したヌクレオチド;
b.配列番号25のヌクレオチド382〜729に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、もしくはそのようなヌクレオチドからなる連続したヌクレオチド;および
c.配列番号1、3もしくは5に対して少なくとも80%の同一性を有する連続したヌクレオチド
を含むか、またはこれらからなり、転写されたとき、部分a)、b)およびc)のヌクレオチドが単一の転写物を形成する、DNA。
実施形態106.DNAであって:
a.配列番号11に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは83%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、もしくはそのようなヌクレオチドからなる連続したヌクレオチド;および
b.配列番号7に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、もしくはそのようなヌクレオチドからなる連続したヌクレオチド
を含むか、またはこれらからなり、転写されたとき、部分a)およびb)のヌクレオチドが単一の転写物を形成する、前記DNA。
実施形態107.DNAであって:
a.配列番号16のヌクレオチド1〜984に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%、80%もしくは78%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、もしくはそのようなヌクレオチドからなる連続したヌクレオチド;
b.配列番号16のヌクレオチド1027〜1623に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%、80%もしくは81%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、もしくはそのようなヌクレオチドからなる連続したヌクレオチド;および
c.配列番号7に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、もしくはそのようなヌクレオチドからなる連続したヌクレオチド
を含むか、またはこれらからなり、転写されたとき、部分a)、b)およびc)のヌクレオチドが単一の転写物を形成する、前記DNA。
実施形態108.DNAであって:
a.配列番号21に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、もしくはそのようなヌクレオチドからなる連続したヌクレオチド;および
b.配列番号7に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、もしくはそのようなヌクレオチドからなる連続したヌクレオチド
を含むか、またはこれらからなり、転写されたとき、部分a)およびb)のヌクレオチドが単一の転写物を形成する、DNA。
実施形態109.DNAであって:
a.配列番号28に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、もしくはそのようなヌクレオチドからなる連続したヌクレオチド;および
b.配列番号7に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、もしくはそのようなヌクレオチドからなる連続したヌクレオチド
を含むか、またはこれらからなり、転写されたとき、部分a)およびb)のヌクレオチドが単一の転写物を形成する、前記DNA。
実施形態110.DNAであって:
a.配列番号25のヌクレオチド1〜321に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、もしくはそのようなヌクレオチドからなる連続したヌクレオチド;
b.配列番号25のヌクレオチド382〜729に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、もしくはそのようなヌクレオチドからなる連続したヌクレオチド;および
c.配列番号7に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%
、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、もしくはそのようなヌクレオチドからなる連続したヌクレオチド
を含むか、またはこれらからなり、転写されたとき、部分a)、b)およびc)のヌクレオチドが単一の転写物を形成する、前記DNA。
実施形態111.DNAであって:
a.配列番号11に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは83%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、もしくはそのようなヌクレオチドからなる連続したヌクレオチド;
b.配列番号1、3もしくは5に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、もしくはそのようなヌクレオチドからなる連続したヌクレオチド;および
c.配列番号7に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、もしくはそのようなヌクレオチドからなる連続したヌクレオチド
を含むか、またはこれらからなり、転写されたとき、部分a)、b)およびc)のヌクレオチドが単一の転写物を形成する、DNA。
実施形態112.DNAであって:
a.配列番号16のヌクレオチド1〜984に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%、80%もしくは78%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、もしくはそのようなヌクレオチドからなる連続したヌクレオチド;
b.配列番号16のヌクレオチド1027〜1623に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%、80%もしくは81%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、もしくはそのようなヌクレオチドからなる連続したヌクレオチド;
c.配列番号1、3もしくは5に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、もしくはそのようなヌクレオチドからなる連続したヌクレオチド;および
d.配列番号7に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、もしくはそのようなヌクレオチドからなる連続したヌクレオチド
を含むか、またはこれらからなり、転写されたとき、部分a)、b)、c)およびd)のヌクレオチドが単一の転写物を形成する、DNA。
実施形態113.DNAであって:
a.配列番号21に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、もしくはそのようなヌクレオチドからなる連続したヌクレオチド;
b.配列番号1、3もしくは5に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、もしくはそのようなヌクレオチドからなる連続したヌクレオチド(ここで、この部分b)のヌクレオチドは、部分a)のヌクレオチドの発現を調節するものである);
c.配列番号7に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、もしくはそのようなヌクレオチドからなる連続したヌクレオチド
を含むか、またはこれらからなり、転写されたとき、部分a)、b)およびc)のヌクレオチドが単一の転写物を形成する、DNA。
実施形態114.DNAであって:
a.配列番号28に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、もしくはそのようなヌクレオチドからなる連続したヌクレオチド;
b.配列番号1、3もしくは5に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、もしくはそのようなヌクレオチドからなる連続したヌクレオチド;および
c.配列番号7に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、もしくはそのようなヌクレオチドからなる連続したヌクレオチド
を含むか、またはこれらからなり、転写されたとき、部分a)、b)およびc)のヌクレオチドが単一の転写物を形成する、前記DNA。
実施形態115.DNAであって:
a.配列番号25のヌクレオチド1〜321に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、もしくはそのようなヌクレオチドからなる連続したヌクレオチド;
b.配列番号25のヌクレオチド382〜729に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、もしくはそのようなヌクレオチドからなる連続したヌクレオチド;
c.配列番号1、3もしくは5に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、もしくはそのようなヌクレオチドからなる連続したヌクレオチド;および
d.配列番号7に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチドを含むか、もしくはそのようなヌクレオチドからなる連続したヌクレオチド
を含むか、またはこれらからなり、転写されたとき、部分a)、b)、c)およびd)のヌクレオチドが単一の転写物を形成する、前記DNA。
実施形態116.実施形態101〜115のいずれか1つに記載のDNAから産生されるRNA。
実施形態117.少なくとも1つのウリジンは、修飾核酸塩基で置換されている、実施形態116に記載のRNA。
実施形態118.各ウリジンは、修飾核酸塩基で置換されている、実施形態116に記載のRNA。
実施形態119.修飾核酸塩基は、プソイドウリジン(ψ)、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)、または5−メチル−ウリジン(mU)である、実施形態117〜118のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態120.修飾核酸塩基は、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)である、実施形態119に記載のRNA。
実施形態121.5’キャップをさらに含む、実施形態116〜120のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態122.5’キャップは、m 7,3’−OGppp(m 2’−O)ApGまたは3’−O−Me−mG(5’)ppp(5’)Gである、実施形態121に記載のRNA。
実施形態123.二本鎖RNAが実質的にない、実施形態116〜122のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態124.二本鎖RNAは除去された、実施形態116〜122のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態125.HPLCによってまたはセルロースに基づくクロマトグラフィーによって精製された、実施形態123〜124のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態126.実施形態63〜125に記載のDNAまたはRNAのいずれか1つと薬学的に許容される賦形剤とを含む医薬製剤。
実施形態127.対象におけるがんを処置もしくは予防する、腫瘍のサイズを縮小する、寛解期のがんの再発を予防する、またはがん転移を予防する方法であって、実施形態6
3〜125に記載のRNAもしくはDNAのいずれか1つもしくはそれ以上、または実施形態126に記載の医薬製剤を、投与することを含む方法。
実施形態128.IL−2、IL−12sc、IL−15 sushi、GM−CSFおよびIFNα2bをコードするポリペプチドをin vivoで産生させる方法であって、実施形態63〜125のいずれか1つに記載のDNAもしくはRNAの1つもしくはそれ以上、実施形態1〜26のいずれか1つに記載の組成物、または実施形態126に記載の医薬製剤を、対象に投与することを含む方法。
実施形態129.少なくとも2つのRNAを含む組成物であって、該RNAは、異なるタンパク質をコードし、ならびに該RNAは、実施形態65〜67、71〜74、78〜79、81〜82、84〜100、および116〜125のいずれか1つに記載のRNAから選択される、組成物。
実施形態130.GM−CSFおよびIL−12scをコードする2つのRNAを含む、実施形態129に記載の組成物。
実施形態131.GM−CSF、IL−12scおよびIFNα2bをコードする3つのRNAを含む、実施形態129に記載の組成物。
実施形態132.GM−CSF、IL−2およびIFNα2bをコードする3つのRNAを含む、実施形態129に記載の組成物。
実施形態133.GM−CSF、IL−12sc、IL−2およびIFNα2bをコードする4つのRNAを含む、実施形態129に記載の組成物。
実施形態134.GM−CSF、IL−12sc、IL−15 sushiおよびIFNα2bをコードする4つのRNAを含む、実施形態129に記載の組成物。
実施形態135.GM−CSFをコードするRNAは、実施形態84〜85のいずれか1つに記載のRNAから選択される、実施形態130〜134のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態136.IL−12scをコードするRNAは、実施形態71〜74のいずれか1つに記載のRNAから選択される、実施形態130〜134のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態137.IFNα2bをコードするRNAは、実施形態77〜79のいずれか1つに記載のRNAから選択される、実施形態131〜134のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態138.IL−15 sushiをコードするRNAは、実施形態81〜82のいずれか1つに記載のRNAから選択される、実施形態134に記載の組成物。
実施形態139.IL−2をコードするRNAは、実施形態65〜67のいずれか1つに記載のRNAから選択される、実施形態132〜133のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態140.固形腫瘍がんを処置または予防する方法であって、以下のRNAの各々:
a.IL−12scをコードするRNA(配列番号17または18)を含むRNA;
b.GM−CSFをコードするRNA(配列番号29)を含むRNA;および
c.IFNα2bをコードするRNA(配列番号22または23)を含むRNA
についての治療有効量を腫瘍に直接投与することを含み、
各RNAは、各ウリジンの代わりに修飾核酸塩基を含み、ならびに
各RNAは、5’UTR(配列番号2、4または6)、3’UTR(配列番号8)、5’キャップ、およびポリAテールを含む、前記方法。
実施形態141.固形腫瘍がんを処置または予防する方法であって、以下のRNAの各々:
a.IL−12scをコードするRNA(配列番号17または18)を含むRNA;
b.GM−CSFをコードするRNA(配列番号29)を含むRNA;
c.IFNα2bをコードするRNA(配列番号22または23)を含むRNA;および
d.IL−2をコードするRNA(配列番号12または13)を含むRNA
についての治療有効量を腫瘍に直接投与することを含み、
各RNAは、各ウリジンの代わりに修飾核酸塩基を含み、ならびに
各RNAは、5’UTR(配列番号2、4または6)、3’UTR(配列番号8)、5’キャップ、およびポリAテールを含む、前記方法。
実施形態142.固形腫瘍がんを処置または予防する方法であって、以下のRNAの各々:
a.IL−12scをコードするRNA(配列番号17または18)を含むRNA;
b.GM−CSFをコードするRNA(配列番号29)を含むRNA;
c.IFNα2bをコードするRNA(配列番号22または23)を含むRNA;および
d.IL−15 sushiをコードするRNA(配列番号26)を含むRNA
についての治療有効量を腫瘍に直接投与することを含み、
各RNAは、各ウリジンの代わりに修飾核酸塩基を含み、ならびに
各RNAは、5’UTR(配列番号2、4または6)、3’UTR(配列番号8)、5’キャップ、およびポリAテールを含む、方法。
実施形態143.RNAを含む組成物であって、該RNAは、各ウリジンが修飾核酸塩基で置換されている配列番号9のアミノ酸に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−2タンパク質をコードし、さらに、5’UTR(配列番号2、4または6)、3’UTR(配列番号8)、5’キャップ、およびポリAテールを含む、前記組成物。
実施形態144.RNAを含む組成物であって、該RNAは、各ウリジンが修飾核酸塩基で置換されている配列番号14のアミノ酸に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−12scタンパク質をコードし、さらに、5’UTR(配列番号2、4または6)、3’UTR(配列番号8)、5’キャップ、およびポリAテールを含む、前記組成物。
実施形態145.RNAを含む組成物であって、該RNAは、各ウリジンが修飾核酸塩基で置換されている配列番号27のアミノ酸に対して少なくとも95%の同一性を有するGM−CSFタンパク質をコードし、さらに、5’UTR(配列番号2、4または6)、3’UTR(配列番号8)、5’キャップ、およびポリAテールを含む、前記組成物。
実施形態146.RNAを含む組成物であって、該RNAは、各ウリジンが修飾核酸塩基で置換されている配列番号19のアミノ酸に対して少なくとも95%の同一性を有するIFNα2bタンパク質をコードし、さらに、5’UTR(配列番号2、4または6)、3’UTR(配列番号8)、5’キャップ、およびポリAテールを含む、前記組成物。
実施形態147.RNAを含む組成物であって、該RNAは、各ウリジンが修飾核酸塩基で置換されている、配列番号24のアミノ酸に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−15 sushiタンパク質をコードし、さらに、5’UTR(配列番号2、4または6)、3’UTR(配列番号8)、5’キャップ、およびポリAテールを含む、組成物。
実施形態148.IL−12sc RNA組成物であって、各ウリジンが修飾核酸塩基で置換されている、配列番号17または18に対して少なくとも95%の同一性を有する、ヌクレオチドを含むか、またはそのようなヌクレオチドからなり、さらに、5’UTR(配列番号2、4または6)、3’UTR(配列番号8)、5’キャップ、およびポリAテールを含む、IL−12sc RNA組成物。
実施形態149.GM−CSF RNA組成物であって、各ウリジンが修飾核酸塩基で置換されている、配列番号29に対して少なくとも95%の同一性を有する、ヌクレオチドを含むか、またはそのようなヌクレオチドからなり、さらに、5’UTR(配列番号2、4または6)、3’UTR(配列番号8)、5’キャップ、およびポリAテールを含む、GM−CSF RNA組成物。
実施形態150.IFNα2b RNA組成物であって、各ウリジンがウリジンアナロ
グで置換されている、配列番号22または23に対して少なくとも95%の同一性を有する、ヌクレオチドを含むか、またはそのようなヌクレオチドからなり、さらに、5’UTR(配列番号2、4または6)、3’UTR(配列番号8)、5’キャップ、およびポリAテールを含む、IFNα2b RNA組成物。
実施形態151.IL−15 sushi RNA組成物であって、各ウリジンが修飾核酸塩基で置換されている、配列番号26に対して少なくとも95%の同一性を有する、ヌクレオチドを含むか、またはそのようなヌクレオチドからなり、さらに、5’UTR(配列番号2、4または6)、3’UTR(配列番号8)、5’キャップ、およびポリAテールを含む、IL−15 sushi RNA組成物。
実施形態152.IL−2 RNA組成物であって、各ウリジンが修飾核酸塩基で置換されている、配列番号12または13に対して少なくとも95%の同一性を有する、ヌクレオチドを含むか、またはそのようなヌクレオチドからなり、さらに、5’UTR(配列番号2、4または6)、3’UTR(配列番号8)、5’キャップ、およびポリAテールを含む、前記IL−2 RNA組成物。
実施形態153.IL−12sc RNA組成物であって、各ウリジンが修飾核酸塩基で置換されている配列番号17または18のヌクレオチドを含むか、またはそのようなヌクレオチドからなり、さらに、5’UTR(配列番号2、4または6)、3’UTR(配列番号8)、5’キャップ、およびポリAテールを含む、前記IL−12sc RNA組成物。
実施形態154.GM−CSF RNA組成物であって、各ウリジンが修飾核酸塩基で置換されている配列番号29のヌクレオチドを含むか、またはそのようなヌクレオチドからなり、さらに、5’UTR(配列番号2、4または6)、3’UTR(配列番号8)、5’キャップ、およびポリAテールを含む、前記GM−CSF RNA組成物。
実施形態155.IFNα2b RNA組成物であって、各ウリジンが修飾核酸塩基で置換されている配列番号22または23のヌクレオチドを含むか、またはそのようなヌクレオチドからなり、さらに、5’UTR(配列番号2、4または6)、3’UTR(配列番号8)、5’キャップ、およびポリAテールを含む、前記IFNα2b RNA組成物。
実施形態156.IL−15 sushi RNA組成物であって、各ウリジンが修飾核酸塩基で置換されている配列番号26のヌクレオチドを含むか、またはそのようなヌクレオチドからなり、さらに、5’UTR(配列番号2、4または6)、3’UTR(配列番号8)、5’キャップ、およびポリAテールを含む、IL−15 sushi RNA組成物。
実施形態157.IL−2 RNA組成物であって、各ウリジンが修飾核酸塩基で置換されている配列番号12または13のヌクレオチドを含むか、またはそのようなヌクレオチドからなり、さらに、5’UTR(配列番号2、4または6)、3’UTR(配列番号8)、5’キャップ、およびポリAテールを含む、IL−2 RNA組成物。
実施形態158.修飾核酸塩基は、プソイドウリジン(ψ)、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)、または5−メチル−ウリジン(mU)である、実施形態143〜157のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態159.IFNα2bをコードするRNAを含む組成物であって、該RNAは、非改変RNAと比較して免疫原性が低下するように改変されている、組成物。
実施形態160.改変は、少なくとも1つのウリジンの修飾核酸塩基での置換を含む、実施形態159に記載の組成物。
実施形態161.修飾核酸塩基は、プソイドウリジン(ψ)、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)、または5−メチル−ウリジン(mU)である、実施形態159に記載の組成物。
実施形態162.修飾核酸塩基は、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)である
、実施形態161に記載の組成物。
実施形態163.改変は、二本鎖RNAの量の低減を含む、実施形態159〜162のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態164.二本鎖RNAの低減は、HPLCによる精製またはセルロースに基づくクロマトグラフィーによる精製の結果である、実施形態163に記載の組成物。
実施形態165.改変は、自然免疫系によるRNA認識を非改変RNAと比較して低下させる、実施形態159〜164のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態166.改変は、RNAへの5’キャップの付加を含む、実施形態159〜165のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態167.5’キャップは、m 7,3’−OGppp(m 2’−O)ApGまたは3’−O−Me−mG(5’)ppp(5’)Gである、実施形態166に記載の組成物。
実施形態168.目的のペプチドまたはタンパク質をコードする第2のRNAをさらに含む、実施形態159〜167のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態169.目的のペプチドまたはタンパク質は、サイトカイン、ケモカイン、自殺遺伝子産物、免疫原性タンパク質またはペプチド、アポトーシス誘導因子、血管新生阻害剤、熱ショックタンパク質、腫瘍抗原、β−カテニン阻害剤、STING経路の活性化因子、レチノイン酸誘導性遺伝子(RIG)−I経路の活性化因子、toll様受容体(TLR)経路のアゴニスト、チェックポイントモジュレーター、自然免疫活性化因子、抗体、ドミナントネガティブ受容体およびデコイ受容体、骨髄系由来サプレッサー細胞(MDSC)の阻害剤、IDO経路阻害剤、ならびにアポトーシスの阻害剤に結合するタンパク質またはペプチドから選択される、またはこれらに由来するペプチドまたはタンパク質である、実施形態168に記載の組成物。
実施形態170.第2のRNAは、非改変RNAと比較して免疫原性が低下するように改変されている、実施形態168または169に記載の組成物。
実施形態171.改変は、少なくとも1つのウリジンの修飾核酸塩基での置換を含む、実施形態170に記載の組成物。
実施形態172.修飾核酸塩基は、プソイドウリジン(ψ)、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)、または5−メチル−ウリジン(mU)である、実施形態171に記載の組成物。
実施形態173.修飾核酸塩基は、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)である、実施形態172に記載の組成物。
実施形態174.改変は、二本鎖RNAの量の低減を含む、実施形態168〜173のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態175.二本鎖RNAの低減は、HPLCによる精製またはセルロースに基づくクロマトグラフィーによる精製の結果である、実施形態174に記載の組成物。
実施形態176.改変は、RNAへの5’キャップの付加を含む、実施形態168〜173のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態177.5’キャップは、m 7,3’−OGppp(m 2’−O)ApGまたは3’−O−Me−mG(5’)ppp(5’)Gである、実施形態176に記載の組成物。
実施形態178.第二のRNAは:
a.配列番号14のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−12scタンパク質をコードする、および/もしくは配列番号17もしくは18のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;
b.配列番号27のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するGM−CSFタンパク質をコードする、および/もしくは配列番号29のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;
c.配列番号24のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−1
5 sushiタンパク質をコードする、および/もしくは配列番号26のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;または
d.配列番号9のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−2タンパク質をコードする、および/もしくは配列番号12もしくは13のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA
を含む、実施形態168〜177のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態179.対象におけるがんを処置もしくは予防する、腫瘍のサイズを縮小する、寛解期のがんの再発を予防する、またはがん転移を予防する方法であって、実施形態159〜178に記載の組成物のいずれか1つを投与することを含む方法。
実施形態180.がんを処置するもしくは予防する、腫瘍のサイズを縮小させる、寛解期のがんの再発を予防する、またはがん転移を予防する方法における使用のための、実施形態159〜178のいずれか1つに記載の組成物。
実施形態181.配列番号14のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−12scタンパク質をコードするRNAを含む組成物。
実施形態182.配列番号27のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するGM−CSFタンパク質をコードするRNAを含む組成物。
実施形態183.配列番号19のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIFNα2bタンパク質をコードするRNAを含む組成物。
実施形態184.配列番号24のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−15 suhiタンパク質をコードするRNAを含む組成物。
実施形態185.配列番号9のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−2タンパク質をコードするRNAを含む組成物。
実施形態186.IL−12scタンパク質をコードするRNAを含む組成物であって、該RNAは、配列番号17または18のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、組成物。
実施形態187.GM−CSFタンパク質をコードするRNAを含む組成物であって、該RNAは、配列番号29のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、組成物。
実施形態188.IFNα2bタンパク質をコードするRNAを含む組成物であって、該RNAは、配列番号22または23のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、組成物。
実施形態189.IL−15 sushiタンパク質をコードするRNAを含む組成物であって、該RNAは、配列番号26のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、組成物。
実施形態190.IL−2タンパク質をコードするRNAを含む組成物であって、該RNAは、配列番号12または13のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、組成物。
実施形態191.以下のRNAのうちのいずれか2つを含む組成物:
a.配列番号14のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−12scタンパク質をコードする、および/または配列番号17もしくは18のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;
b.配列番号27のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するGM−CSFタンパク質をコードする、および/または配列番号29のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;
c.配列番号19のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIFNα2bタンパク質をコードする、および/または配列番号22もしくは23のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;
d.配列番号24のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−1
5 sushiタンパク質をコードする、および/または配列番号26のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;ならびに
e.配列番号9のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−2タンパク質をコードする、および/または配列番号12もしくは13のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA。
実施形態192.以下を含む組成物:
a.配列番号14のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−12scタンパク質をコードする、および/または配列番号17もしくは18のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;ならびに
b.配列番号27のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するGM−CSFタンパク質をコードする、および/または配列番号29のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA。
実施形態193.以下を含む組成物:
a.配列番号14のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−12scタンパク質をコードする、および/または配列番号17もしくは18のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;ならびに
b.配列番号19のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIFNα2bタンパク質をコードする、および/または配列番号22または23のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA。
実施形態194.以下を含む組成物:
a.配列番号14のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−12scタンパク質をコードする、および/または配列番号17もしくは18のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;ならびに
b.配列番号24のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−15 sushiタンパク質をコードする、および/または配列番号26のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA。
実施形態195.以下を含む組成物:
a.配列番号14のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−12scタンパク質をコードする、および/または配列番号17もしくは18のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;ならびに
b.配列番号9のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−2タンパク質をコードする、および/または配列番号12または13のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA。
実施形態196.以下を含む組成物:
a.配列番号27のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するGM−CSFタンパク質をコードする、および/または配列番号29のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;ならびに
b.配列番号19のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIFNα2bタンパク質をコードする、および/または配列番号22もしくは23のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA。
実施形態197.以下を含む組成物:
a.配列番号27のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するGM−CSFタンパク質をコードする、および/または配列番号29のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;ならびに
b.配列番号24のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−15 sushiタンパク質をコードする、および/または配列番号26のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA。
実施形態198.以下を含む組成物:
a.配列番号27のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するGM−CSFタンパク質をコードする、および/または配列番号29のヌクレオチドに対して少な
くとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;ならびに
b.配列番号9のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−2タンパク質をコードする、および/または配列番号12もしくは13のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA。
実施形態199.以下を含む組成物:
a.配列番号19のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIFNα2bタンパク質をコードする、および/または配列番号22もしくは23のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;ならびに
b.配列番号24のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−15 sushiタンパク質および/または配列番号26のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドをコードする、RNA。
実施形態200.以下を含む組成物:
a.配列番号19のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIFNα2bタンパク質をコードする、および/または配列番号22もしくは23のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;ならびに
b.配列番号9のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−2タンパク質をコードする、および/または配列番号12もしくは13のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA。
実施形態201.以下を含む組成物:
a.配列番号24のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−15 sushiタンパク質をコードする、および/または配列番号26のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;ならびに
b.配列番号9のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−2タンパク質をコードする、および/または配列番号12もしくは13のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA。
実施形態202.以下のうちのいずれか3つを含む組成物:
a.配列番号14のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−12scタンパク質をコードする、および/または配列番号17もしくは18のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;
b.配列番号27のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するGM−CSFタンパク質をコードする、および/または配列番号29のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;
c.配列番号19のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIFNα2bタンパク質をコードする、および/または配列番号22もしくは23のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;
d.配列番号24のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−15 sushiタンパク質をコードする、および/または配列番号26のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;ならびに
e.配列番号9のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−2タンパク質をコードする、および/または配列番号12もしくは13のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA。
実施形態203.以下を含む組成物:
a.配列番号14のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−12scタンパク質をコードする、および/または配列番号17もしくは18のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;
b.配列番号27のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するGM−CSFタンパク質をコードする、および/または配列番号29のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;ならびに
c.配列番号19のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIFNα
2bタンパク質をコードする、および/または配列番号22もしくは23のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA。
実施形態204.以下を含む組成物:
a.配列番号14のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−12scタンパク質をコードする、および/または配列番号17もしくは18のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;
b.配列番号27のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するGM−CSFタンパク質をコードする、および/または配列番号29のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;ならびに
c.配列番号24のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−15 sushiタンパク質をコードする、および/または配列番号26のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA。
実施形態205.以下を含む組成物:
a.配列番号14のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−12scタンパク質をコードする、および/または配列番号17もしくは18のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;
b.配列番号27のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するGM−CSFタンパク質をコードする、および/または配列番号29のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;ならびに
c.配列番号9のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−2タンパク質をコードする、および/または配列番号12もしくは13のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA。
実施形態206.以下を含む組成物:
a.配列番号14のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−12scタンパク質をコードする、および/または配列番号17もしくは18のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;
b.配列番号19のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIFNα2bタンパク質をコードする、および/または配列番号22もしくは23のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;ならびに
c.配列番号24のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−15 sushiタンパク質をコードする、および/または配列番号26のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA。
実施形態207.以下を含む組成物:
a.配列番号14のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−12scタンパク質をコードする、および/または配列番号17もしくは18のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;
b.配列番号19のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIFNα2bタンパク質をコードする、および/または配列番号22もしくは23のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;ならびに
c.配列番号9のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−2タンパク質をコードする、および/または配列番号12もしくは13のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA。
実施形態208.以下を含む組成物:
a.配列番号14のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−12scタンパク質をコードする、および/または配列番号17もしくは18のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;
b.配列番号24のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−15 sushiタンパク質をコードする、および/または配列番号26のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;ならびに
c.配列番号9のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−2タ
ンパク質をコードする、および/または配列番号12もしくは13のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA。
実施形態209.以下を含む組成物:
a.配列番号27のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するGM−CSFタンパク質をコードする、および/または配列番号29のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;
b.配列番号19のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIFNα2bタンパク質をコードする、および/または配列番号22もしくは23のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;ならびに
c.配列番号24のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−15 sushiタンパク質をコードする、および/または配列番号26のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA。
実施形態210.以下を含む組成物:
a.配列番号27のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するGM−CSFタンパク質をコードする、および/または配列番号29のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;
b.配列番号19のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIFNα2bタンパク質をコードする、および/または配列番号22もしくは23のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;ならびに
c.配列番号9のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−2タンパク質をコードする、および/または配列番号12もしくは13のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA。
実施形態211.以下を含む組成物:
a.配列番号27のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するGM−CSFタンパク質をコードする、および/または配列番号29のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;
b.配列番号24のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−15 sushiタンパク質をコードする、および/または配列番号26のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;ならびに
c.配列番号9のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−2タンパク質をコードする、および/または配列番号12もしくは13のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA。
実施形態212.以下を含む組成物:
a.配列番号19のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIFNα2bタンパク質をコードする、および/または配列番号22もしくは23のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;
b.配列番号24のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−15 sushiタンパク質をコードする、および/または配列番号26のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;ならびに
c.配列番号9のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−2タンパク質をコードする、および/または配列番号12もしくは13のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA。
実施形態213.以下のうちのいずれか4つを含む組成物:
a.配列番号14のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−12scタンパク質をコードする、および/または配列番号17もしくは18のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;
b.配列番号27のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するGM−CSFタンパク質をコードする、および/または配列番号29のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;
c.配列番号19のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIFNα2bタンパク質をコードする、および/または配列番号22もしくは23のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;
d.配列番号24のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−15 sushiタンパク質をコードする、および/または配列番号26のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;ならびに
e.配列番号9のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−2タンパク質をコードする、および/または配列番号12もしくは13のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA。
実施形態214.以下を含む組成物:
a.配列番号14のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−12scタンパク質をコードする、および/または配列番号17もしくは18のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;
b.配列番号27のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するGM−CSFタンパク質をコードする、および/または配列番号29のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;
c.配列番号19のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIFNα2bタンパク質をコードする、および/または配列番号22もしくは23のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;ならびに
d.配列番号24のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−15 sushiタンパク質をコードする、および/または配列番号26のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA。
実施形態215.以下を含む組成物:
a.配列番号14のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−12scタンパク質をコードする、および/または配列番号17もしくは18のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;
b.配列番号27のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するGM−CSFタンパク質をコードする、および/または配列番号29のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;
c.配列番号19のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIFNα2bタンパク質をコードする、および/または配列番号22もしくは23のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;ならびに
d.配列番号9のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−2タンパク質をコードする、および/または配列番号12もしくは13のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA。
実施形態216.以下を含む組成物:
a.配列番号14のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−12scタンパク質をコードする、および/または配列番号17もしくは18のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;
b.配列番号27のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するGM−CSFタンパク質をコードする、および/または配列番号29のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;
c.配列番号24のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−15 sushiタンパク質をコードする、および/または配列番号26のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;ならびに
d.配列番号9のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−2タンパク質をコードする、および/または配列番号12もしくは13のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA。
実施形態217.以下を含む組成物:
a.配列番号14のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−1
2scタンパク質をコードする、および/または配列番号17もしくは18のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;
b.配列番号19のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIFNα2bタンパク質をコードする、および/または配列番号22もしくは23のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;
c.配列番号24のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−15 sushiタンパク質をコードする、および/または配列番号26のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;ならびに
d.配列番号9のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−2タンパク質をコードする、および/または配列番号12もしくは13のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA。
実施形態218.以下を含む組成物:
a.配列番号27のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するGM−CSFタンパク質をコードする、および/または配列番号29のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;
b.配列番号19のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIFNα2bタンパク質をコードする、および/または配列番号22もしくは23のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;
c.配列番号24のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−15 sushiタンパク質をコードする、および/または配列番号26のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;ならびに
d.配列番号9のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−2タンパク質をコードする、および/または配列番号12もしくは13のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA。
実施形態219.以下を含む組成物:
a.配列番号14のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−12scタンパク質をコードする、および/または配列番号17もしくは18のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;
b.配列番号27のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するGM−CSFタンパク質をコードする、および/または配列番号29のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;
c.配列番号19のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIFNα2bタンパク質をコードする、および/または配列番号22もしくは23のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;
d.配列番号24のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−15 sushiタンパク質をコードする、および/または配列番号26のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA;ならびに
e.配列番号9のアミノ酸配列に対して少なくとも95%の同一性を有するIL−2タンパク質をコードする、および/または配列番号12もしくは13のヌクレオチドに対して少なくとも95%の同一性を有するヌクレオチドを含む、RNA。
実施形態220.実施形態181〜219に記載の組成物のいずれか1つを含む、医薬製剤。
実施形態221.実施形態181〜219に記載の組成物のいずれか1つと薬学的に許容される賦形剤とを含む医薬製剤。
実施形態222.がんを処置または予防する方法における使用のための、実施形態181〜219のいずれか1つに記載の組成物、または実施形態220もしくは221に記載の医薬製剤。
実施形態223.腫瘍のサイズを縮小する方法における使用のための、実施形態181〜219のいずれか1つに記載の組成物、または実施形態220もしくは221に記載の
医薬製剤。
実施形態224.寛解期のがんの再発を予防する方法における使用のための、実施形態181〜219のいずれか1つに記載の組成物、または実施形態220もしくは221に記載の医薬製剤。
実施形態225.がん転移を予防する方法における使用のための、実施形態181〜219のいずれか1つに記載の組成物、または実施形態220もしくは221に記載の医薬製剤。
実施形態226.がんを処置または予防する方法であって、実施形態181〜219のいずれか1つに記載の組成物、または実施形態220もしくは221に記載の医薬製剤を投与することを含む方法。
実施形態227.腫瘍のサイズを縮小する方法であって、実施形態181〜219のいずれか1つに記載の組成物、または実施形態220もしくは221に記載の医薬製剤を投与することを含む方法。
実施形態228.寛解期のがんの再発を予防する方法であって、実施形態181〜219のいずれか1つに記載の組成物、または実施形態220もしくは221に記載の医薬製剤を投与することを含む方法。
実施形態229.がん転移を予防する方法であって、実施形態181〜219のいずれか1つに記載の組成物、または実施形態220もしくは221に記載の医薬製剤を投与することを含む方法。
本発明のさらなる実施形態は、以下の通りである:
実施形態A1.IL−12scタンパク質をコードするRNAと、GM−CSFタンパク質をコードするRNAとを含む、医療用製剤。
実施形態A2.IL−15 sushiタンパク質をコードするRNAをさらに含む、実施形態A1に記載の医療用製剤。
実施形態A3.IL−2タンパク質をコードするRNAをさらに含む、実施形態A1または2に記載の医療用製剤。
実施形態A4.IFNαタンパク質をコードするRNAをさらに含む、実施形態A1〜3のいずれか1つに記載の医療用製剤。
実施形態A5.IFNαタンパク質は、IFNα2bタンパク質である、実施形態A4に記載の医療用製剤。
実施形態A6.IL−12scタンパク質をコードするRNAと、GM−CSFタンパク質をコードするRNAと、IL−15 sushiタンパク質をコードするRNAとを含む、実施形態A2に記載の医療用製剤。
実施形態A7.IL−12scタンパク質をコードするRNAと、GM−CSFタンパク質をコードするRNAと、IL−2タンパク質をコードするRNAとを含む、実施形態A3に記載の医療用製剤。
実施形態A8.IL−12scタンパク質をコードするRNAと、GM−CSFタンパク質をコードするRNAと、IFNαタンパク質をコードするRNAとを含む、実施形態A4または5に記載の医療用製剤。
実施形態A9.IL−12scタンパク質をコードするRNAと、GM−CSFタンパク質をコードするRNAと、IL−15 sushiタンパク質をコードするRNAと、IFNαタンパク質をコードするRNAとを含む、実施形態A4または5に記載の医療用製剤。
実施形態A10.IL−12scタンパク質をコードするRNAと、GM−CSFタンパク質をコードするRNAと、IL−2タンパク質をコードするRNAと、IFNαタンパク質をコードするRNAとを含む、実施形態A4または5に記載の医療用製剤。
実施形態A11.(i)IL−12scタンパク質をコードするRNAは、配列番号17もしくは18のヌクレオチド配列、もしくは配列番号17もしくは18のヌクレオチド
配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、および/または(ii)IL−12scタンパク質は、配列番号14のアミノ酸配列、もしくは配列番号14のアミノ酸配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、実施形態A1〜10のいずれか1つに記載の医療用製剤。
実施形態A12.(i)GM−CSFタンパク質をコードするRNAは、配列番号29のヌクレオチド配列、もしくは配列番号29のヌクレオチド配列と少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、および/または(ii)GM−CSFタンパク質は、配列番号27のアミノ酸配列、もしくは配列番号27のアミノ酸配列と少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、実施形態A1〜11のいずれか1つに記載の医療用製剤。
実施形態A13.(i)IL−15 sushiタンパク質をコードするRNAは、配列番号26のヌクレオチド配列、もしくは配列番号26のヌクレオチド配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、および/または(ii)IL−15 sushiタンパク質は、配列番号24のアミノ酸配列、もしくは配列番号24のアミノ酸配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、実施形態A2〜12のいずれか1つに記載の医療用製剤。
実施形態A14.(i)IL−2タンパク質をコードするRNAは、配列番号12もしくは13のヌクレオチド配列、もしくは配列番号12もしくは13のヌクレオチド配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、および/または(ii)IL−2タンパク質は、配列番号9のアミノ酸配列、もしくは配列番号9のアミノ酸配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、実施形態A3〜13のいずれか1つに記載の医療用製剤。
実施形態A15.(i)IFNαタンパク質をコードするRNAは、配列番号22もしくは23のヌクレオチド配列、もしくは配列番号22もしくは23のヌクレオチド配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、および/または(ii)IFNαタンパク質は、配列番号19のアミノ酸配列、もしくは配列番号19のアミノ酸配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、実施形態A4〜14のいずれか1つに記載の医療用製剤。
実施形態A16.少なくとも1つのRNAは、少なくとも1つのウリジンの代わりに修飾核酸塩基を含む、実施形態A1〜15のいずれか1つに記載の医療用製剤。
実施形態A17.各RNAは、少なくとも1つのウリジンの代わりに修飾核酸塩基を含む、実施形態A1〜16のいずれか1つに記載の医療用製剤。
実施形態A18.各RNAは、各ウリジンの代わりに修飾核酸塩基を含む、実施形態A1〜17のいずれか1つに記載の医療用製剤。
実施形態A19.修飾核酸塩基は、プソイドウリジン(ψ)、N1−メチル−プソイドウリジン(m1ψ)、または5−メチル−ウリジン(m5U)である、実施形態A16〜18のいずれか1つに記載の医療用製剤。
実施形態A20.修飾核酸塩基は、N1−メチル−プソイドウリジン(m1ψ)である、実施形態A19に記載の医療用製剤。
実施形態A21.少なくとも1つのRNAは、5’キャップを含む、実施形態A1〜20のいずれか1つに記載の医療用製剤。
実施形態A22.各RNAは、5’キャップを含む、実施形態A1〜21のいずれか1つに記載の医療用製剤。
実施形態A23.5’キャップは、m 7,3’−OGppp(m 2’−O)ApGまたは3’−O−Me−mG(5’)ppp(5’)Gである、実施形態A21または22に記載の医療用製剤。
実施形態A24.少なくとも1つのRNAは、5’UTRを含む、実施形態A1〜23のいずれか1つに記載の医療用製剤。
実施形態A25.各RNAは、5’UTRを含む、実施形態A1〜24のいずれか1つに記載の医療用製剤。
実施形態A26.5’UTRは、配列番号2、4および6からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含むか、または配列番号2、4および6からなる群から選択されるヌクレオチド配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、実施形態A24または25に記載の医療用製剤。
実施形態A27.少なくとも1つのRNAは、3’UTRを含む、実施形態A1〜26のいずれか1つに記載の医療用製剤。
実施形態A28.各RNAは、3’UTRを含む、実施形態A1〜27のいずれか1つに記載の医療用製剤。
実施形態A29.3’UTRは、配列番号8のヌクレオチド配列を含むか、または配列番号8のヌクレオチド配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、実施形態A27または28に記載の医療用製剤。
実施形態A30.少なくとも1つのRNAは、ポリAテールを含む、実施形態A1〜29のいずれか1つに記載の医療用製剤。
実施形態A31.各RNAは、ポリAテールを含む、実施形態A1〜30のいずれか1つに記載の医療用製剤。
実施形態A32.ポリAテールは、少なくとも100ヌクレオチドを含む、実施形態A30または31に記載の医療用製剤。
実施形態A33.少なくとも1つのRNAは、5’キャップ、5’UTR、3’UTR、およびポリAテールを含む、実施形態A1〜32のいずれか1つに記載の医療用製剤。
実施形態A34.各RNAは、5’キャップ、5’UTR、3’UTR、およびポリAテールを含む、実施形態A1〜33のいずれか1つに記載の医療用製剤。
実施形態A35.
a.5’キャップは、m 7,3’−OGppp(m 2’−O)ApGまたは3’−O−Me−mG(5’)ppp(5’)Gであり;
b.5’UTRは、配列番号2、4および6からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含むか、または配列番号2、4および6からなる群から選択されるヌクレオチド配列と少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含み;
c.3’UTRは、配列番号8のヌクレオチド配列を含むか、または配列番号8のヌクレオチド配列と少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含み;
d.ポリAテールは、少なくとも100ヌクレオチドを含む、
実施形態A33または34に記載の医療用製剤。
実施形態A36.RNAは、mRNAである、実施形態A1〜35のいずれか1つに記載の医療用製剤。
実施形態A37.さらなる治療剤を含む、実施形態A1〜36のいずれか1つに記載の医療用製剤。
実施形態A38.さらなる治療剤は、抗がん治療剤である、実施形態A37に記載の医
療用製剤。
実施形態A39.さらなる治療剤は、チェックポイントモジュレーターである、実施形態A37または38に記載の医療用製剤。
実施形態A40.チェックポイントモジュレーターは、抗PD1抗体、抗CTLA−4抗体、または抗PD1抗体と抗CTLA−4抗体の組合せである、実施形態A39に記載の医療用製剤。
実施形態A41.前記RNAの少なくとも1つを各々の容器が含む、少なくとも2つの容器を含むキットである、実施形態A1〜40のいずれか1つに記載の医療用製剤。
実施形態A42.別々の容器に各RNAを含む、実施形態A41に記載の医療用製剤。
実施形態A43.さらなる治療剤は、RNAを含まない容器内にある、実施形態A41または42に記載の医療用製剤。
実施形態A44.がんを処置または予防するための医療用製剤の使用説明書をさらに含む、実施形態A41〜43のいずれか1つに記載の医療用製剤。
実施形態A45.RNAを含む医薬組成物である、実施形態A1〜40のいずれか1つに記載の医療用製剤。
実施形態A46.医薬組成物は、1つまたはそれ以上の薬学的に許容される担体、希釈剤および/または賦形剤をさらに含む、実施形態A45に記載の医療用製剤。
実施形態A47.RNAは、液体形態、固体形態、またはこれらの組合せから選択される形態で存在する、実施形態A1〜46のいずれか1つに記載の医療用製剤。
実施形態A48.固体形態は、凍結形態または脱水形態である、実施形態A47に記載の医療用製剤。
実施形態A49.脱水形態は、凍結乾燥または噴霧乾燥形態である、実施形態A48に記載の医療用製剤。
実施形態A50.薬学的使用のための、実施形態A1〜49のいずれか1つに記載の医療用製剤。
実施形態A51.薬学的使用は、疾患または障害の治療的または予防的処置を含む、実施形態A50に記載の医療用製剤。
実施形態A52.がんを処置または予防する方法における使用のための、実施形態A1〜51のいずれか1つに記載の医療用製剤。
実施形態A53.がんは、肉腫、癌腫、またはリンパ腫である、実施形態A38〜52のいずれか1つに記載の医療用製剤。
実施形態A54.がんは、固形腫瘍である、実施形態A38〜53のいずれか1つに記載の医療用製剤。
実施形態A55.固形腫瘍は、肺、結腸、卵巣、子宮頸部、子宮、腹膜、精巣、陰茎、舌、リンパ節、膵臓、骨、乳房、前立腺、軟部組織、結合組織、腎臓、肝臓、脳、甲状腺または皮膚におけるものである、実施形態A54に記載の医療用製剤。
実施形態A56.固形腫瘍は、上皮腫瘍、ホジキンリンパ腫(HL)、非ホジキンリンパ腫、前立腺腫瘍、卵巣腫瘍、腎細胞腫瘍、消化管腫瘍、肝腫瘍、結腸直腸腫瘍、脈管構造を伴う腫瘍、中皮腫腫瘍、膵腫瘍、乳房腫瘍、肉腫腫瘍、肺腫瘍、結腸腫瘍、脳腫瘍、メラノーマ腫瘍、小細胞肺腫瘍、神経芽腫腫瘍、精巣腫瘍、癌腫腫瘍、腺癌腫瘍、神経膠腫腫瘍、精上皮腫腫瘍、網膜芽細胞腫、または骨肉腫腫瘍である、実施形態A54または55に記載の医療用製剤。
実施形態A57.RNAは、腫瘍内または腫瘍周囲投与のためのものである、実施形態A1〜56のいずれか1つに記載の医療用製剤。
実施形態A58.さらなる治療剤は、全身投与のためのものである、実施形態A37〜57のいずれか1つに記載の医療用製剤。
実施形態A59.ヒトへの投与のためのものである、実施形態A1〜58のいずれか1つに記載の医療用製剤。
実施形態A60.対象におけるがんを処置または予防することは、腫瘍のサイズを縮小させること、寛解期のがんの再発を予防すること、またはがん転移を予防することを含む、実施形態A44および47〜59のいずれか1つに記載の医療用製剤。
本発明のさらなる実施形態は、以下の通りである:
実施形態B1.対象におけるがんを処置または予防する方法において使用するためのRNAであって、方法は、IL−12scタンパク質をコードするRNA、およびGM−CSFタンパク質をコードするRNAを投与することを含む、RNA。
実施形態B2.方法は、IL−15 sushiタンパク質をコードするRNAを投与することをさらに含む、実施形態B1に記載のRNA。
実施形態B3.方法は、IL−2タンパク質をコードするRNAを投与することをさらに含む、実施形態B1または2に記載のRNA。
実施形態B4.方法は、IFNαタンパク質をコードするRNAを投与することをさらに含む、実施形態B1〜3のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態B5.IFNαタンパク質は、IFNα2bタンパク質である、実施形態B4に記載のRNA。
実施形態B6.方法は、IL−12scタンパク質をコードするRNA、GM−CSFタンパク質をコードするRNA、およびIL−15 sushiタンパク質をコードするRNAを投与することを含む、実施形態B2に記載のRNA。
実施形態B7.方法は、IL−12scタンパク質をコードするRNA、GM−CSFタンパク質をコードするRNA、およびIL−2タンパク質をコードするRNAを投与することを含む、実施形態B3に記載のRNA。
実施形態B8.方法は、IL−12scタンパク質をコードするRNA、GM−CSFタンパク質をコードするRNA、およびIFNαタンパク質をコードするRNAを投与することを含む、実施形態B4または5に記載のRNA。
実施形態B9.方法は、IL−12scタンパク質をコードするRNA、GM−CSFタンパク質をコードするRNA、IL−15 sushiタンパク質をコードするRNA、およびIFNαタンパク質をコードするRNAを投与することを含む、実施形態B4または5に記載のRNA。
実施形態B10.方法は、IL−12scタンパク質をコードするRNA、GM−CSFタンパク質をコードするRNA、IL−2タンパク質をコードするRNA、およびIFNαタンパク質をコードするRNAを投与することを含む、実施形態B4または5に記載のRNA。
実施形態B11.(i)IL−12scタンパク質をコードするRNAは、配列番号17もしくは18のヌクレオチド配列、もしくは配列番号17もしくは18のヌクレオチド配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、および/または(ii)IL−12scタンパク質は、配列番号14のアミノ酸配列、もしくは配列番号14のアミノ酸配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、実施形態B1〜10のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態B12.(i)GM−CSFタンパク質をコードするRNAは、配列番号29のヌクレオチド配列、もしくは配列番号29のヌクレオチド配列と少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、および/または(ii)GM−CSFタンパク質は、配列番号27のアミノ酸配列、もしくは配列番号27のアミノ酸配列と少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、実施形態B1〜11のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態B13.(i)IL−15 sushiタンパク質をコードするRNAは、配
列番号26のヌクレオチド配列、もしくは配列番号26のヌクレオチド配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、および/または(ii)IL−15 sushiタンパク質は、配列番号24のアミノ酸配列、もしくは配列番号24のアミノ酸配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、実施形態B2〜12のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態B14.(i)IL−2タンパク質をコードするRNAは、配列番号12もしくは13のヌクレオチド配列、もしくは配列番号12もしくは13のヌクレオチド配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、および/または(ii)IL−2タンパク質は、配列番号9のアミノ酸配列、もしくは配列番号9のアミノ酸配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、実施形態B3〜13のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態B15.(i)IFNαタンパク質をコードするRNAは、配列番号22もしくは23のヌクレオチド配列、もしくは配列番号22もしくは23のヌクレオチド配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、および/または(ii)IFNαタンパク質は、配列番号19のアミノ酸配列、もしくは配列番号19のアミノ酸配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、実施形態B4〜14のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態B16.少なくとも1つのRNAは、少なくとも1つのウリジンの代わりに修飾核酸塩基を含む、実施形態B1〜15のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態B17.各RNAは、少なくとも1つのウリジンの代わりに修飾核酸塩基を含む、実施形態B1〜16のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態B18.各RNAは、各ウリジンの代わりに修飾核酸塩基を含む、実施形態B1〜17のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態B19.修飾核酸塩基は、プソイドウリジン(ψ)、N1−メチル−プソイドウリジン(m1ψ)、または5−メチル−ウリジン(m5U)である、実施形態B16〜18のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態B20.修飾核酸塩基は、N1−メチル−プソイドウリジン(m1ψ)である、実施形態B19に記載のRNA。
実施形態B21.少なくとも1つのRNAは、5’キャップを含む、実施形態B1〜20のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態B22.各RNAは、5’キャップを含む、実施形態B1〜21のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態B23.5’キャップは、m 7,3’−OGppp(m 2’−O)ApGまたは3’−O−Me−mG(5’)ppp(5’)Gである、実施形態B21または22に記載のRNA。
実施形態B24.少なくとも1つのRNAは、5’UTRを含む、実施形態B1〜23のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態B25.各RNAは、5’UTRを含む、実施形態B1〜24のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態B26.5’UTRは、配列番号2、4および6からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含むか、または配列番号2、4および6からなる群から選択されるヌクレオチド配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、実施形態B24または25に記載のRNA。
実施形態B27.少なくとも1つのRNAは、3’UTRを含む、実施形態B1〜26
のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態B28.各RNAは、3’UTRを含む、実施形態B1〜27のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態B29.3’UTRは、配列番号8のヌクレオチド配列を含むか、または配列番号8のヌクレオチド配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、実施形態B27または28に記載のRNA。
実施形態B30.少なくとも1つのRNAは、ポリAテールを含む、実施形態B1〜29のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態B31.各RNAは、ポリAテールを含む、実施形態B1〜30のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態B32.ポリAテールは、少なくとも100ヌクレオチドを含む、実施形態B30または31に記載のRNA。
実施形態B33.少なくとも1つのRNAは、5’キャップ、5’UTR、3’UTR、およびポリAテールを含む、実施形態B1〜32のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態B34.各RNAは、5’キャップ、5’UTR、3’UTR、およびポリAテールを含む、実施形態B1〜33のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態B35.
a.5’キャップは、m 7,3’−OGppp(m 2’−O)ApGまたは3’−O−Me−mG(5’)ppp(5’)Gであり;
b.5’UTRは、配列番号2、4および6からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含むか、または配列番号2、4および6からなる群から選択されるヌクレオチド配列と少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含み;
c.3’UTRは、配列番号8のヌクレオチド配列を含むか、または配列番号8のヌクレオチド配列と少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含み;
d.ポリAテールは、少なくとも100ヌクレオチドを含む、
実施形態B33または34に記載のRNA。
実施形態B36.mRNAである、実施形態B1〜35のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態B37.方法は、さらなる治療を投与することをさらに含む、実施形態B1〜36のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態B38.さらなる治療は、次の(i)、(ii)、(iii)および(iv)からなる群から選択される1つまたはそれ以上を含む、実施形態B37に記載のRNA:(i)腫瘍を摘出、切除または減量するための外科手術、(ii)免疫療法、(iii)放射線療法、および(iv)化学療法。
実施形態B39.さらなる治療は、さらなる治療剤を投与することを含む、実施形態B37または38に記載のRNA
実施形態B40.さらなる治療剤は、抗がん治療剤である、実施形態B39に記載のRNA。
実施形態B41.さらなる治療剤は、チェックポイントモジュレーターである、実施形態B39または40に記載のRNA。
実施形態B42.チェックポイントモジュレーターは、抗PD1抗体、抗CTLA−4抗体、または抗PD1抗体と抗CTLA−4抗体の組合せである、実施形態B41に記載のRNA。
実施形態B43.がんは、肉腫、癌腫、またはリンパ腫である、実施形態B1〜42のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態B44.がんは、固形腫瘍である、実施形態B1〜43のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態B45.固形腫瘍は、肺、結腸、卵巣、子宮頸部、子宮、腹膜、精巣、陰茎、舌、リンパ節、膵臓、骨、乳房、前立腺、軟部組織、結合組織、腎臓、肝臓、脳、甲状腺または皮膚におけるものである、実施形態B44に記載のRNA。
実施形態B46.固形腫瘍は、上皮腫瘍、ホジキンリンパ腫(HL)、非ホジキンリンパ腫、前立腺腫瘍、卵巣腫瘍、腎細胞腫瘍、消化管腫瘍、肝腫瘍、結腸直腸腫瘍、脈管構造を伴う腫瘍、中皮腫腫瘍、膵腫瘍、乳房腫瘍、肉腫腫瘍、肺腫瘍、結腸腫瘍、脳腫瘍、メラノーマ腫瘍、小細胞肺腫瘍、神経芽腫腫瘍、精巣腫瘍、癌腫腫瘍、腺癌腫瘍、神経膠腫腫瘍、精上皮腫腫瘍、網膜芽細胞腫、または骨肉腫腫瘍である、実施形態B44または45に記載のRNA。
実施形態B47.腫瘍内または腫瘍周囲投与される、実施形態B1〜46のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態B48.さらなる治療剤は、全身投与される、実施形態B39〜47のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態B49.対象はヒトである、実施形態B1〜48のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態B50.複数のRNAは、同時に投与される、実施形態B1〜49のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態B51.複数のRNAは、該RNAの組合せを含む組成物を投与することにより投与される、実施形態B1〜50のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態B52.複数のRNAのうちの少なくとも2つは、異なる時点で投与される、実施形態B1〜49のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態B53.複数のRNAは、前記RNAの少なくとも1つを各々の組成物が含む、少なくとも2つの組成物を投与することにより投与される、実施形態B1〜49および52のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態B54.がんを処置または予防することは、対象における腫瘍のサイズを縮小させること、寛解期のがんの再発を予防すること、またはがん転移を予防することを含む、実施形態B1〜53のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態B55.前記方法で投与される複数のRNAの1つもしくはそれ以上であるか、1つもしくはそれ以上を含む、実施形態B1〜54のいずれか1つに記載のRNA。
実施形態B56.IL−12scタンパク質をコードするRNA、GM−CSFタンパク質をコードするRNA、IL−15 sushiタンパク質をコードするRNA、IL−2タンパク質をコードするRNA、およびIFNαタンパク質をコードするRNAからなる群から選択される1つもしくはそれ以上である、または1つもしくはそれ以上を含む、実施形態B55に記載のRNA。
実施形態B57.IL−12scタンパク質をコードするRNAであるか、またはそのようなRNAを含む、実施形態B55または56に記載のRNA。
実施形態B58.GM−CSFタンパク質をコードするRNAであるか、またはそのようなRNAを含む、実施形態B55または56に記載のRNA。
実施形態B59.IL−15 sushiタンパク質をコードするRNAであるか、またはそのようなRNAを含む、実施形態B55または56に記載のRNA。
実施形態B60.IL−2タンパク質をコードするRNAであるか、またはそのようなRNAを含む、実施形態B55または56に記載のRNA。
実施形態B61.IFNαタンパク質をコードするRNAであるか、またはそのようなRNAを含む、実施形態B55または56に記載のRNA。
実施形態B62.IL−12scタンパク質をコードするRNA、およびGM−CSFタンパク質をコードするRNAであるか、またはそのようなRNAを含む、実施形態B55または56に記載のRNA。
実施形態B63.IL−12scタンパク質をコードするRNA、GM−CSFタンパク質をコードするRNA、およびIL−15 sushiタンパク質をコードするRNAであるか、またはそのようなRNAを含む、実施形態B55または56に記載のRNA。
実施形態B64.IL−12scタンパク質をコードするRNA、GM−CSFタンパク質をコードするRNA、およびIL−2タンパク質をコードするRNAであるか、またはそのようなRNAを含む、実施形態B55または56に記載のRNA。
実施形態B65.IL−12scタンパク質をコードするRNA、GM−CSFタンパク質をコードするRNA、およびIFNαタンパク質をコードするRNAであるか、またはそのようなRNAを含む、実施形態B55または56に記載のRNA。
実施形態B66.IL−12scタンパク質をコードするRNA、GM−CSFタンパク質をコードするRNA、IL−15 sushiタンパク質をコードするRNA、およびIFNαタンパク質をコードするRNAであるか、またはそのようなRNAを含む、実施形態B55または56に記載のRNA。
実施形態B67.IL−12scタンパク質をコードするRNA、GM−CSFタンパク質をコードするRNA、IL−2タンパク質をコードするRNA、およびIFNαタンパク質をコードするRNAであるか、またはそのようなRNAを含む、実施形態B55または56に記載のRNA。
図1A〜1Gは、B16F10腫瘍担持マウスにmRNAを8、10、12、14日目に腫瘍内注射し、個々の腫瘍成長を41日目までモニターした実験の結果を示す図である。図1Aおよび図1Dは、IL−2、IL−12scおよびGM−CSF(ModA) mRNA使用時の結果を示す。図1Bおよび図1Eは、IL−2、IL−12scおよびGM−CSF(ModB) mRNAを示す。図1Cおよび図1Fは、ルシフェラーゼmRNA(ModA)使用時の結果を示す。図1Gは、ルシフェラーゼmRNA(ModB)使用時の結果を示す。(A〜Cについてはマウス N=10/群、およびD〜Gについてはマウス N=9/群)。 図1−1の続き。 図1−2の続き。 図1−3の続き。 図2A〜2Dは、CT26腫瘍担持マウスにmRNAを19、21、24、26、28および31日目に腫瘍内注射し、個々の腫瘍成長を48日目までモニターした実験の結果を示す図である。図2Aは、GM−CSF、IL−2、IL−12sc(ModA)を示す。図2Bは、GM−CSF、IL−2、IL−12sc(ModB)を示す。図2Cは、対照としてのルシフェラーゼmRNA(ModA)を示す。図2Dは、対照としてのリンゲル液を示す。 図2−1の続き。 図2−2の続き。 図3A〜3Cは、CT26腫瘍担持マウスにmRNAを13、15、18、20および22日目に腫瘍内注射し、腫瘍成長を42日目までモニターした実験の結果を示す図である。図3Aは、IL−2、GM−CSF、IL−12sc(ModB)を示す。図3Bは、IL−15 sushi、GM−CSF、IL−12sc(ModB)を示す。図3Cは、対照としてのルシフェラーゼmRNA(ModB)を示す。 図3−1の続き。 図4A〜4Fは、B16F10腫瘍担持マウスにサイトカインmRNA混合物を11、13、15、17日目に腫瘍内注射し、個々の腫瘍成長を45日目までモニターした実験の結果を示す図である。図4Aは、IL−2、IL−12sc、およびGM−CSF(ModA)を示す。図4Bは、IL−2、IL−12sc、およびGM−CSF(ModB)を示す、図5Aに記載のものと同じ実験での反復実験である。図4Cは、IL−15 sushi、IL−12sc、およびGM−CSF(ModA)を示す。図4Dは、IL−15 sushi、IL−12sc、およびGM−CSF(ModB)を示す、図5Bに記載のものと同じ実験での反復実験である。図4Eは、対照ルシフェラーゼmRNA(ModA)を示す。図4Fは、対照ルシフェラーゼmRNA(ModB)を示す、図5Dおよび6Dに記載のものと同じ実験での反復実験である。(マウス N=8/群)。 図4−1の続き。 図4−2の続き。 図5A〜5Dは、B16F10腫瘍担持マウスにサイトカインmRNA混合物を11、13、15、17日目に腫瘍内注射し、個々の腫瘍成長を45日目までモニターした実験の結果を示す図である。図5Aは、IL−2、IL−12sc、およびGM−CSF(ModB)を示す、図4Bに記載のものと同じ実験での反復実験である。図5Bは、IL−15 sushi、IL−12sc、およびGM−CSF(ModB)を示す、図4Dに記載のものと同じ実験での反復実験である。図5Cは、IL−2、IL−12sc、GM−CSF、およびIFNα(ModB)を示す、図6Cに記載のものと同じ実験での反復実験である。図5Dは、対照としてのルシフェラーゼmRNA(ModB)を示す、図4Fおよび6Dに記載のものと同じ実験での反復実験である。(マウス N=8/群)。 図5−1の続き。 図6Aおよび6Bは、CT26腫瘍担持マウスにサイトカインmRNA混合物を13、15、17、19、21、23日目に腫瘍内注射し、個々の腫瘍成長をプロットした実験の結果を示す図である。図6Aは、GM−CSF、IL−2、IL−12sc、およびIFNα(ModB)を示す、図7Aに記載のものと同じ実験での反復実験である。図6Bは、ルシフェラーゼmRNA(ModB)を示す、図7Cに記載のものと同じ実験での反復実験である。マウス N=8/群。 図6Cおよび6Dは、B16F10腫瘍担持マウスにmRNAを、11、13、15、17日目に腫瘍内注射し、個々の腫瘍成長をプロットした実験の結果を示す図である。図6Cは、GM−CSF、IL−2、IL−12sc、IFNα(ModB)を示す、図5Cに記載のものと同じ実験での反復実験である。図6Dは、ルシフェラーゼmRNA(ModB)を示す、図4Fおよび5Dに記載のものと同じ実験での反復実験である。マウス N=8/群。 図6Eおよび6Fは、MC38腫瘍担持マウスにサイトカインmRNA混合物を、11、15、19、23日目に腫瘍内注射し、個々の腫瘍成長をプロットした実験の結果を示す図である。図6Eは、GM−CSF、IL−2、IL−12sc、IFNα(ModB)を示す。図6Fは、ルシフェラーゼmRNA(ModB)を示す。マウス N=5/群。 図7Aおよび7Fは、CT26腫瘍担持マウスにサイトカインmRNA混合物を13、15、17、19、21、23日目に腫瘍内注射し、個々の腫瘍成長をプロットした実験の結果を示す図である。図7Aは、IL−2、IL−12sc、GM−CSF、IFNα(ModB)を示す、図6Aに記載のものと同じ実験での反復実験である。図7Bは、IL−15 sushi、IL−12sc、GM−CSF、IFNα(ModB)を示す。図7Cは、ルシフェラーゼmRNA(ModB)対照を示す、図6Bに記載のものと同じ実験での反復実験である。同様のデザインの反復研究では、CT26腫瘍担持マウスにサイトカインmRNA混合物を19、21、23、26、28および30日目に腫瘍内注射し、個々の腫瘍成長をプロットした。図7Dは、IL−2、IL−12sc、GM−CSF、IFNα(ModB)を示す、図9Aに記載のものと同じ実験での反復実験である。図7Eは、IL−15 sushi、IL−12sc、GM−CSF、IFNα(ModB)を示す。図7Fは、ルシフェラーゼmRNA(ModB)対照を示す、図9Fに記載のものと同じ実験での反復実験である。図A〜Cについてはマウス N=8/群、および図D〜Fについてはマウス N=10〜11/群。 図7−1の続き。 図7−2の続き。 図8A〜8Hは、CT26腫瘍担持マウスにmRNAを12、15、19および22日目に腫瘍内注射し、個々の腫瘍成長を35日目までモニターし、プロットした実験の結果を示す図である。図8Aは、IL−15 sushi、IL−12sc、GM−CSF、IFNα(ModB)を示す。図8Bは、IL−15 sushi、IL−12sc、IFNα(ModB)を示す。図8Cは、IL−15 sushi、GM−CSF、IFNα(ModB)を示す。図8Dは、GM−CSF、IL−12sc、IFNα(ModB)を示す。図8Eは、IL−15 sushi、GM−CSF、IL−12sc(ModB)を示す。図8Fは、ルシフェラーゼmRNA(ModB)対照を示す。(N=10/群)。図8Gおよび8Hは、図8A〜8Fに示されている研究の腫瘍成長動態を示す。図8Gは、すべての処置群についての33日目までの平均腫瘍体積を示す。図8Hは、腫瘍成長抑制を示す。19日目までのT/C(平均腫瘍体積に基づく、腫瘍/対照)を計算した。 図8−1の続き。 図8−2の続き。 図8−3の続き。 図9A〜9Fは、CT26腫瘍担持マウスにmRNAを19、21、23、26、28および30日目に腫瘍内注射し、腫瘍成長を50日目までモニターした実験を示す図である。図9Aは、GM−CSF、IL−2、IL−12sc、IFNα(ModB)を示す、図7Dに記載のものと同じ実験での反復実験である。図9Bは、IL−2、IL−12sc、IFNα(ModB)を示す。図9Cは、GM−CSF、IL−2、IFNα(ModB)を示す。図9Dは、GM−CSF、IL−12sc、IFNα(ModB)を示す。図9Eは、GM−CSF、IL−2、IL−12sc(ModB)を示す。図9Fは、対照としてのルシフェラーゼmRNA(ModA)を示す、図7Fに記載のものと同じ実験での反復実験である。(図9A〜9EについてはN=11/群;図9FについてはルシフェラーゼmRNA群N=10)。 図9−1の続き。 図9−2の続き。 図10A〜10Bは、図9に示されている研究の腫瘍成長動態を示す図である。図10Aは、すべての処置群についての36日目までの平均腫瘍体積を示す。図10Bは、腫瘍成長抑制を示す。30日目までのT/C(平均腫瘍体積に基づく、腫瘍/対照)を計算した。 腫瘍体積の有意な低減があったmRNA混合物を示す、図9に示されている実験からのデータの棒グラフであって、有意な腫瘍低減があった処置群の各々におけるマウスの数を、腫瘍体積のZスコア、および腫瘍体積変化と対照群の平均との間の比に基づいて、ルシフェラーゼ対照群と比較した棒グラフを示す図である。 図12A〜12Dは、マウスが、1)腫瘍無処置であったか、または2)以前にB16F10細胞5×10個の皮下注射を受け、腫瘍内サイトカインmRNA処置後に最初の腫瘍を拒絶した、実験の結果を示す図である。両方の群にB16F10腫瘍を再負荷した。図12Aは、腫瘍無処置宿主マウスを示す。図12Bは、以前に、GM−CSF、IL−15 sushi、IL−12sc、IFNα(ModB)での腫瘍内サイトカインmRNA処置後にB16F10腫瘍を拒絶したマウスを示す。マウスをB16F10注射後55日間にわたってモニターし、各マウスの腫瘍成長をプロットした。B16F10細胞を生着させた無処置マウス9匹すべては腫瘍を発生した(図12A)が、無腫瘍マウス8匹はすべてがB16F10細胞を拒絶し、B16F10腫瘍の成長を示さなかった(図12B)。図12Bのグラフは、すべての実測値がゼロであった、すなわち、横軸と重なっていたため、目に見えるデータトレースがなかった。図12Cは、腫瘍部位における限局性白斑の例を示す。図12Dは、マウスが、腫瘍無処置であった(三角記号)か、または以前にCT26腫瘍細胞の皮下注射を受け、腫瘍内サイトカインmRNA処置後に最初の腫瘍を拒絶した(丸記号)、実験の結果を示す。両方の群に、CT26腫瘍細胞(CT26−WT)、またはgp70−エピトープがノックアウトされていたCT26Δgp70腫瘍細胞、どちらかを再負荷した。腫瘍細胞注射後21日間にわたってマウスをモニターした。CT26−WT細胞を生着させた1匹を除く9匹すべての無処置マウス、およびCT26−Δgp70細胞を生着させたすべての無処置マウスは、腫瘍を発生したが、3匹すべての無腫瘍マウスは、CT26細胞を拒絶し、CT26およびCT26−Δgp70腫瘍それぞれの成長を示さなかった。 図12−1の続き。 図12−2の続き。 図13A〜13Dは、0日目にマウスの右側腹部(被注射)および左側腹部(未注射)(図13A)にB16F10腫瘍細胞を移植した実験の結果を示す図である。マウスに、右側の腫瘍内へのModBサイトカインmRNA(IL−15 sushi、IL−12sc、GM−CSFおよびIFNα)またはModB対照mRNA(ルシフェラーゼ)の一連の4回の腫瘍内注射を11、15、19および23日目に施した。平均腫瘍体積+/−SEM(n=12)が、注射を施した腫瘍(図13B)および反対側の未注射の腫瘍(図13C)について示されている。生存率中央値は、図13Dに示されている。 図13−1の続き。 図14A〜14Fは、ヒトHEK293(図14B)およびメラノーマ細胞株(A101D(図14C)、A2058(図14D)、A375(図14E)、およびHs294T(図14F))にヒトサイトカインmRNA混合物(IL−12sc、GM−CSF、IL−15 sushiおよびIFNα2b)を様々なmRNA用量でトランスフェクトした実験の結果を示す図である。トランスフェクションの24時間後に上清を回収し、タンパク質濃度をサイトカイン特異的ELISAで決定した。図14Aは、実験の模式図を示す。 図14−1の続き。 図14−2の続き。 図15A〜15Bは、IL−15 sushi、IL−12sc、GM−CSFおよびIFNα2bをコードするヒトサイトカインmRNA混合物、または個々のサイトカインmRNAを、HEK293細胞にトランスフェクトし、条件培地を24時間の時点で回収し、希釈し、ヒトPBMCに添加した研究からの、模式図(図15A)および結果(図15B)を示す図である。PBMC培養物上清中のIFNγを24時間の時点で測定した(ドナー N=6、平均)。 図15−1の続き。 図16A〜16Eは、ヒトA375腫瘍異種移植片を担持している免疫不全マウスに、ヒトサイトカインをコードするModB mRNA混合物(IL−15 sushi、IL−12sc、GM−CSFおよびIFNα2b;「IL15 sushi混合物」)または(IL−2、IL−12sc、GM−CSFおよびIFNα2b;「IL2混合物」)の単回注射を施した実験結果を示す図である。腫瘍細胞溶解物を、注射後2時間、4時間、8時間、24時間、48時間および72時間の時点で調製し、腫瘍溶解物中の全タンパク質に対する各サイトカインの濃度を測定した(マウス n=3/時点、+/−SEM)。図16Aは、IFNα2bを示し、図16Bは、IL−2を示し、図16Cは、IL−12scを示し、図16Dは、IL−15 sushiを示し、図16Eは、GM−CSFを示す。 図16−1の続き。 図16−2の続き。 図17A〜17Cは、ModBサイトカインmRNA混合物(IL−15 sushi、IL−12sc、GM−CSF、IFNα2b)または(IL−2、IL−12sc、GM−CSF、IFNα2b)の注射後2時間、4時間、8時間、24時間、48時間および72時間の時点でA375腫瘍からmRNAを単離した実験の結果を示す図である。インターフェロンアルファ応答遺伝子の発現を、qPCRによりモニターした。図17Aは、ヒトISG15を示し、図17Bは、ヒトISG54を示し、ヒト17Cは、ヒトMX1を示す。 図17−1の続き。 図18A〜18Eは、マウスにB16F10細胞を移植し、IFNαを伴うまたは伴わないmRNA混合物(FLT3L、IL−2、41BBL、およびCD27L−CD40L)で処置した実験の結果を示す図である。IFNαを伴わない、標準形態(ModA、図18B)および修飾形態(ModB、図18C)のmRNA混合物を、IFNαを含む、標準形態(ModA、図18D)および修飾形態(ModB、図18E)のものと比較した。図18Aは、mRNAを伴わないリンゲル培地を供給した負の対照である。 図18−1の続き。 図18−2の続き。 図19A〜19Eは、マウスの一方の側腹部に腫瘍を移植し、肺にホーミングするルシフェラーゼ発現腫瘍細胞のIV注射を施した(図19A)実験の結果を示す図である。処置群のマウスの側腹部腫瘍のみにmRNA混合物 IL−15 sushi、IL−12sc、GM−CSFおよびIFNαの腫瘍内注射を施したが、肺における腫瘍は処置しなかった。図19Bは、肺における生物発光測定、および同じ日(20日目)に摘出した、相応する肺の写真を例として示し;腫瘍結節が黒い印として見え;図19Cは、ノギス測定により判定された側腹部腫瘍の平均腫瘍体積を示し;図19Dは、20日目の生物発光測定の全光束の分析を示し:図19Eは、肺重量を示す。 図19−1の続き。 図19−2の続き。 図19−3の続き。 図20A〜20Gは、二重側腹部腫瘍モデルにおいて抗体の全身投与と組み合わせたmRNA混合物の腫瘍内注射の効果を評定するために計画した実験の結果を示す図である。左右側腹部へのB16F10腫瘍の移植または左右側腹部へのMC38腫瘍の移植のどちらかを施したマウスの一方の側腹部の腫瘍のみにIL−15 sushi、IL−12sc、GM−CSFおよびFINα(Mod B)のmRNA混合物の腫瘍内注射を施し、その一方で、他方の側腹部は、処置しなかった。マウスに抗PD1抗体の腹腔内(全身)注射も施した。図20は、B16F10(図20A)およびMC38(図20B)腫瘍モデルにおける全生存率を示す。図20C〜Gは、抗PD−1抗体を評価する実験の結果を示し、この実験では、マウスの一方の側腹部にB16F10腫瘍を移植し、肺にホーミングするルシフェラーゼ発現B16F10腫瘍細胞のIV注射を施した。マウスに、IL−15 sushi、IL−12sc、GM−CSFおよびFINαのmRNA混合物の3回の腫瘍内注射を施し、抗PD−1抗体の3回の腹腔内(全身)注射も施した。SC腫瘍の腫瘍成長が図20C〜Fに描示されている。図20Cは、対照mRNAおよび対照抗体を示し;図20Dは、対照mRNA、加えて、抗PD1抗体を示し;図20Eは、サイトカインmRNA混合物、加えて、アイソタイプ対照抗体を示す。図20Fは、サイトカインmRNA、加えて、抗PD−1抗体を示す。図20Gは、IV腫瘍接種後70日目までの4つすべての処置群についての生存パーセントを示し;mRNA、加えて、抗PD−1抗体を施した処置群は、最も強い抗腫瘍活性を示し、マウス15匹のうちの6匹が腫瘍接種後40日目に無腫瘍であった。 図20−1の続き。 図20−2の続き。 図20−3の続き。 図21A〜21Iは、抗体の全身投与と組み合わせたmRNA混合物の腫瘍内注射の効果を評定するために計画した追加実験の結果を示す図である。CT26腫瘍担持マウスに、IL−15 sushi、IL−12sc、GM−CSFおよびIFNαのmRNA混合物の腫瘍内注射を施した。マウスに抗CTLA−4抗体の腹腔内(全身)注射も施した。図21Aは、腫瘍内サイトカインmRNAとIP注射抗CTLA−4の併用療法が、最も強い抗腫瘍活性を生じさせる結果となり、マウス16匹のうちの12匹が、腫瘍接種後55日目に無腫瘍であったことを示す。図21Bは、サイトカインmRNA混合物、加えて、アイソタイプ対照抗体を示し;図21Cは、対照mRNA、加えて、抗CTLA−4抗体を示し;図21Dは、対照mRNAおよび対照抗体を示す。図21E〜21Iは、B16F10腫瘍モデルにおいて抗CTLA−4抗体と組み合わせたmRNA混合物の腫瘍内注射の効果を評定するために計画した追加実験の結果を示す。B16F10腫瘍担持マウスに、IL−15 sushi、IL−12sc、GM−CSFおよびIFNαのmRNA混合物の腫瘍内注射を施した。マウスに抗CTLA−4抗体の腹腔内(全身)注射も施した。図21Eは、腫瘍内サイトカインmRNAとIP注射抗CTLA−4の併用療法が、最も強い抗腫瘍活性を生じさせる結果となり、マウス9匹のうちの6匹が、腫瘍接種後70日目に無腫瘍であったことを示す。図21Fは、サイトカインmRNA混合物、加えて、アイソタイプ対照抗体を示し;図21Gは、対照mRNA、加えて、抗CTLA−4抗体を示し;図21Hは、対照mRNAおよび対照抗体を示す。図21Iは、腫瘍接種後70日目までの4つすべてについての処置群についての生存パーセントを示す。 図21−1の続き。 図21−2の続き。 図21−3の続き。 図21−4の続き。 図22A〜22Dは、異なるヒトがんのヒト腫瘍異種移植片におけるサイトカインmRNA(Mod B)の腫瘍内注射の効果を評価するために計画した実験の結果を示す図である。4つのmRNAにコードされたサイトカイン:IL−12sc(図22A)、IFNα2b(図22B)、GM−CSF(図22C)およびIL−15 sushi(図22D)の各々についての腫瘍内発現が示されている。 図22−1の続き。 図23A〜23Dは、コードされたサイトカイン:IL−15 sushi(図23A)、IL−12sc(図23B)、GM−CSF(図23C)およびIFNα2b(図23D)の発現に対する異なる腫瘍内mRNA用量の効果を評価するために計画した実験の結果を示す図である。 図23−1の続き。 図24A〜24Gは、マウスにB16F10腫瘍を移植し、IL−15 sushi、IL−12sc、GM−CSF、IFNα(ModB)のサイトカインmRNA混合物、または単一のサイトカインをコードするmRNAの、4回の腫瘍内注射で処置した実験の結果を示す図である。明らかになる腫瘍体積をおおよそ70日目まで測定した。図24Aは、ルシフェラーゼ対照を示し;図24Bは、4つのサイトカインの混合物を示し;図24Cは、IL−12sc mRNAのみを示し;図24Dは、GM−CSF mRNAのみを示し;図24Eは、IFNα mRNAのみを示し;図24Fは、IL−15 sushiのみを示す。図24Gは、サイトカインmRNA混合物でまたはmRNAにコードされた個々のサイトカインで処置したB16F10腫瘍の全生存率を示す。生存率データは、図24A〜Fに提示されている実験からのものである。 図24−1の続き。 図24−2の続き。 図24−3の続き。 対照mRNA(「プラセボ」)およびサイトカインmRNA処置後の皮下腫瘍におけるCD8+免疫細胞浸潤物を示す図である。 図26A〜26Cは、サイトカインmRNA処置および対照mRNAの腫瘍内投与をそれぞれ施したCT26腫瘍担持マウスの血液中のgp70のgp70腫瘍抗原に特異的なCD8+T細胞の測定結果を示す図である。図26Cは、抗マウスCD8抗体でおよび対照mRNAを施した動物から得たgp70特異的四量体で染色した、CD8+T細胞のFACSヒストグラムを例として示し、図26Bは、サイトカインmRNAで処置した1匹の動物からの例を示す。図26Cは、4回の対照mRNA注射を施したマウス9匹および4回のサイトカインmRNA注射を施したマウス10匹からの処置開始後13日目の血液中のgp70特異的CD8+T細胞のパーセンテージの分析を示す。 図27A〜27Cは、左右の側腹部にB16F10腫瘍を担持しているマウスの一方の腫瘍のみにサイトカインmRNAまたは対照mRNAの単回腫瘍内mRNA注射を施した実験を示す図である。mRNA注射後7日目に、左右の腫瘍を採取し、RNA配列決定に供した。図27Bは、対照mRNAで処置した腫瘍に対するサイトカインmRNA処置の、これらの間の遺伝子発現変化を比較する、インジェヌイティー・パスウェイ・アナリシスの結果を示す。処置した腫瘍側部(カラム1)および未処置の腫瘍側部(カラム2)の因果関係ネットワーク分析を行い、Activation Zスコア(上半分)およびInhibition Zスコア(下半分)を分析して、発現が上方および下方調節される経路をそれぞれ定義した。図27は、注射を施した腫瘍および未注射の腫瘍のクラスター分析を、327個のインターフェロンガンマ調節遺伝子に基づいて行ったことを示す。サイトカインmRNAで処置したマウスの被注射腫瘍と未注射腫瘍の両方が、対照mRNAで処置したマウスと比較して、複数のIFNガンマ遺伝子の上方調節を示した。 図27−1の続き。 図27−2の続き。 図28A〜28Dは、B16F10二重腫瘍モデルからの細胞の蛍光顕微鏡写真を示す図である。パネルAは、サイトカインmRNAで処置した被注射腫瘍を示し、パネルBは、対応する未注射腫瘍を示す。パネルCは、対照mRNAで処置した被注射腫瘍を示し、パネルDは、対応する未注射腫瘍を示す。スライドをCD4+、CD8+およびFOXP3+細胞について染色した。図28E〜Gは、免疫蛍光画像で定量されたCD4+、CD8+およびFoxP3+細胞の出現頻度を示す図である。1mm当たりのCD4+およびCD8+細胞の出現頻度が、図28Eおよび28Fに提示されている。FOXP3+出現頻度で割ったCD8+出現頻度の比が、図28Gに提示されている。 図28−1の続き。 図28−2の続き。 図29A〜29Gは、Thy1.1細胞表面タンパク質をコードするmRNAまたはビヒクル(リンゲル液)のどちらか単独での単回注射を施した単一B16F10腫瘍を有するマウスを示す図である。腫瘍内注射後おおよそ16〜18時間の時点で、腫瘍を摘出し、消化し、抗体のパネルで染色し、フローサイトメトリーにより分析した。Thy1.1を発現する細胞の細胞型および出現頻度を特徴づけた。 図29−1の続き。 図29−2の続き。 図30A〜30Fは、実施例15に記載の、様々な用量のサイトカインmRNAまたはルシフェラーゼ対照mRNA後に腫瘍溶解物中で検出された、示されているタンパク質の発現を示す図である。図30E中の「IFNy」は、IFNγを示す。 図30−1の続き。 図30−2の続き。 図31A〜31Bは、実施例15に記載の、対照またはサイトカインmRNA処置後のCD8+およびFOXP3+(Treg)細胞についてのフローサイトメトリー結果を示す図である。CD8+Treg細胞に対する実測比が、各パネルに示されている。図31C〜31Dは、実施例15に記載の、対照またはサイトカインmRNA処置後の多機能性CD8+T細胞についてのフローサイトメトリー結果を示す図である。多機能性CD8+T細胞の割合が、各パネルに示されている。図31Eは、実施例15に記載の、対照またはサイトカインmRNA処置後の浸潤性骨髄系細胞上のPD−L1のレベルを示す図である。図31Fは、実施例15に記載の、対照またはサイトカインmRNA処置後の浸潤性CD8+細胞上のPD−1のレベルを示す図である。図31G〜Hは、実施例15に記載の、対照またはサイトカインmRNA処置後の腫瘍内グランザイムB CD8+T細胞の出現頻度を示す図である。 図31−1の続き。 図31−2の続き。 図31−3の続き。 図32A〜32Bは、実施例16に記載の、ホタルルシフェラーゼをコードするmRNA 50μgの腫瘍内注射後の様々な組織におけるルシフェラーゼ発現を示す図である。 図32−1の続き。 本質的には図12に示されている通りの実験に関するデータを示す図である。 実施例17に記載の、B16F10腫瘍を担持しているマウスにおけるサイトカインmRnAでの処置前のCD8+T細胞、CD4+T細胞またはNK細胞の枯渇の生存率に対する効果を示す図である。 実施例1に記載の通りB16F10腫瘍細胞を移植した、および実施例18に記載の通り対照またはサイトカインmRNAで処置した、WTおよびIFNγ KOマウスの生存率を示す図である。
配列の説明
表1および2は、本明細書で言及される、ある特定の配列の一覧表を提供するものである。
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詳細な説明
I.定義
用語「ModB」は、少なくとも1つの(例えば、あらゆる)ウリジンの代わりに修飾核酸塩基を含むRNAであって、該RNAの5’末端にCap1構造をさらに含むRNAを表す。一部の実施形態では、ModB RNAの5’UTRは、配列番号4または6を含む。ModB RNAは、二本鎖RNA(dsRNA)を低減させるように処理されている。「Cap1」構造は、in vitro翻訳後に酵素的キャッピングにより生成されることもあり、またはin vitro翻訳中に生成(同時翻訳キャッピング)されることもある。
一部の実施形態では、ModB修飾RNAの構成要素キャップは、同時翻訳キャッピングの際に使用され、次の通り:
7,3’−OGppp(m 2’−O)ApG
(m 7,3’−OG(5’)ppp(5’)m2’−OApGと呼ばれることもある)であり、これは、次の構造を有する:
Figure 2021098735
下記は、RNAとm 7,3’OG(5’)ppp(5’)m2’−OApGとを含む、同時翻訳キャッピング後の例示的Cap1 RNAである:
Figure 2021098735
下記は、酵素的キャッピング後の別の例示的Cap1 RNA(キャップアナログなし)である:
Figure 2021098735
用語「ModA」は、少なくとも1つのウリジンの代わりに修飾核酸塩基を含まない、dsRnA低減のないRNAを表す。ModA RNAは、該RNAの5’末端にCap0構造を含む。ModA RNAの5’UTRは、配列番号2を含むこともある。「Cap0」構造は、一実施形態では、次の構造を有するキャップアナログアンチリバースキャップ(ARCA Cap(m 7,3’OG(5’)ppp(5’)G)):
Figure 2021098735
を使用して、in vitro翻訳中に生成(同時翻訳キャッピング)される。
下記は、RNAとm 7,3’OG(5’)ppp(5’)G’とを含む、例示的Cap0 RNAである:
Figure 2021098735
一部の実施形態では、「Cap0」構造は、構造:
Figure 2021098735
を有するキャップアナログベータ−S−ARCA(m 7,2’OG(5’)ppSp(5’)G)を使用して、in vitro翻訳中に生成(当時翻訳キャッピング)される。
下記は、ベータ−S−ARCA(m 7,2’OG(5’)ppSp(5’)G)とRNAとを含む、例示的Cap0 RNAである:
Figure 2021098735
用語「ウラシル」は、本明細書で使用される場合、RNAの核酸中に存在することができる核酸塩基の1つを表す。ウラシルの構造は、下記である:
Figure 2021098735
用語「ウリジン」は、本明細書で使用される場合、RNA中に存在することができるヌクレオシドの1つを表す。ウリジンの構造は、下記である:
Figure 2021098735
UTP(ウリジン5’−三リン酸)は、次の構造を有する:
Figure 2021098735
プソイド−UTP(プソイドウリジン5’−三リン酸)は、次の構造を有する:
Figure 2021098735
「プソイドウリジン」は、ウラシルが、窒素−炭素グリコシド結合ではなく炭素−炭素結合によってペントース環に結合されている、ウリジンの異性体である、修飾ヌクレオシドの一例である。プソイドウリジンは、例えば、CharetteおよびGray、Life;49:341〜351頁(2000)に記載されている。
別の例示的修飾ヌクレオシドは、構造:
Figure 2021098735
を有するN1−メチルプソイドウリジン(m1Ψ)である。
N1−メチルプソイド−UTPは、次の構造を有する:
Figure 2021098735
本明細書で使用される場合、用語「ポリAテール」または「ポリA配列」は、RNA分子の3’末端に通常は位置する、アデニル酸残基の分断されていないまたは分断された配列を指す。ポリAテールまたはポリA配列は、当業者に公知であり、本明細書に記載されるRNA中の3’UTRの後に続くことがある。分断されていないポリAテールは、連続したアデニル酸残基を特徴とする。本来、分断されていないポリAテールが定型である。本明細書で開示されるRNAは、転写後に鋳型非依存性RNAポリメラーゼによりRNAの遊離3’末端に結合されたポリAテールを有することもあり、またはDNAにコードされており、鋳型依存性RNAポリメラーゼにより転写されたポリAテールを有することもある。
約120AヌクレオチドのポリAテールは、トランスフェクトされた真核細胞内のRNAレベルにはもちろん、ポリAテールの上流(5’)に存在するオープンリーディングフレームから翻訳されるタンパク質のレベルにも、有益な影響を及ぼすことが、実証されている(Holtkampら、2006、Blood、108巻、4009〜4017頁)。
ポリAテールは、いずれの長さのものであってもよい。一実施形態では、ポリAテールは、少なくとも20、少なくとも30、少なくとも40、少なくとも80または少なくとも100、かつ500以下、400以下、300以下、200以下または150以下のAヌクレオチド、特に、約120のAヌクレオチドを含むか、これらから本質的になるか、またはこれらからなる。この文脈での「から本質的になる」は、ポリAテール中の大部分のヌクレオチド、通常は、ポリAテール中のヌクレオチドの数で少なくとも75%、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、または少なくとも99%が、Aヌクレオチドであることを意味するが、残りのヌクレオチドがAヌクレオチド以外のヌクレオチド、例えば、Uヌクレオチド(ウリジル酸)、Gヌクレオチド(グアニル酸)またはCヌクレオチド(シチジル酸)であることを許容する。この文脈での「からなる」は、ポリAテール中のすべてのヌクレオチド、すなわち、ポリAテール中のヌクレオチドの数で100%が、Aヌクレオチドであることを意味する。用語「Aヌクレオチド」または「A」は、アデニル酸を指す。
一部の実施形態では、ポリAテールは、RNA転写中に、例えば、in vitro転写RNAの調製中に、コード鎖と相補的な鎖内に反復dTヌクレオチド(デオキシチミジル酸)を含むDNA鋳型に基づいて結合される。ポリAテールをコードするDNA配列(コード鎖)は、ポリ(A)カセットと呼ばれる。
本発明の一実施形態では、DNAのコード鎖内に存在するポリ(A)カセットは、dAヌクレオチドから本質的になるが、4ヌクレオチド(dA、dC、dGおよびdT)のランダム配列により分断されている。このようなランダム配列は、5〜50ヌクレオチド長であることもあり、10〜30ヌクレオチド長であることもあり、または10〜20ヌクレオチド長であることもある。このようなカセットは、参照によって本明細書に組み入れられるWO2016/005324 A1に開示されている。WO2016/005324 A1に開示されている任意のポリ(A)カセットを、本発明で使用することができる。dAヌクレオチドから本質的になるが、4ヌクレオチド(dA、dC、dGおよびdT)の同じ分布および例えば5〜50ヌクレオチドの長さを有するランダム配列によって分断されている、ポリ(A)カセットは、DNAレベルでは大腸菌においてプラスミドDNAの一定の伝播を示し、RNAレベルではRNA安定性および翻訳効率の支援に関する有益な特性に、なお関連する。それ故、本発明の一実施形態では、本明細書に記載されるRNA分子に含有されるポリAテールは、Aヌクレオチドから本質的になるが、4ヌクレオ
チド(A、C、GおよびU)のランダム配列により分断されている。このようなランダム配列は、5〜50ヌクレオチド長であることもあり、10〜30ヌクレオチド長であることもあり、または10〜20ヌクレオチド長であることもある。
本発明の一実施形態では、Aヌクレオチド以外のヌクレオチドは、ポリAテールの3’末端に隣接しない、すなわち、ポリAテールの3’末端はマスクされず、またはその3’末端の後にA以外のヌクレオチドが続かない。
一部の実施形態では、ポリAテールは、配列:
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCAUAUGACUAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA(配列番号78)
を含み、これは、表2中にも3’UTR配列に続いて示されている。
「RNA」および「mRNA」は、本明細書では同義で使用される。
「IFNα」は、本明細書では、IFNα2bおよびIFNα4を含む任意のインターフェロンアルファI型サイトカインを記述するために同義で使用される。実施例セクションに記載の実験では、ヒトIFNα2bおよびマウスIFNα4を利用した。任意のIFNαを組成物に組み込むことができ、本明細書に記載の方法において使用することができる。
用語「処置」は、本明細書で使用される場合、対象における疾患のための治療薬の投与または適用を包含し、疾患を抑制すること、その発症を阻止すること、疾患の1つもしくはそれ以上の症状を軽減すること、疾患を治癒させること、または疾患の再発を予防することを含む。例えば、固形腫瘍の処置は、固形腫瘍の症状を緩和すること、固形腫瘍のサイズを減少させること、固形腫瘍を消失させること、腫瘍のさらなる成長を低減させること、または処置後の固形腫瘍の再発を低減させるもしくは無くすことを含むこともある。処置は、有効性のバイオマーカーの変化として測定されることもあり、またはイメージングもしくはX線撮影測定量の変化として測定されることもある。
用語「予防」は、本明細書で使用される場合、がんがないと考えられる対象における、固形腫瘍を含むがんの発症を抑制または阻止することを意味する。
「転移」は、がんが、原発性腫瘍として最初に生じた場所から体内の他の位置に拡散する過程を意味する。
用語「腫瘍内に」は、本明細書で使用される場合、腫瘍の中へを意味する。例えば、腫瘍内注射は、腫瘍に接触している任意の位置に治療薬を注射することを意味する。
用語「腫瘍周囲に」または「腫瘍周囲の」は、本明細書で使用される場合、約2mm幅である領域であって、腫瘍周辺の浸潤先進部に隣接する領域である。腫瘍周囲領域は、宿主組織を含む。例えば、下記を参照されたい:
Figure 2021098735
「投与すること」は、対象に医薬品または医薬組成物を提供することを意味し、これらに限定されないが、医療専門家が投与すること、および自己投与することを含む。
本開示は、所与の核酸配列またはアミノ酸配列それぞれ(参照配列)に対してある特定の同一度を有する、核酸配列およびアミノ酸配列を記載する。
2核酸配列間の「配列同一性」は、それらの配列間で同一であるヌクレオチドのパーセンテージを示す。2アミノ酸配列間の「配列同一性」は、それらの配列間で同一であるアミノ酸のパーセンテージを示す。
用語「%同一の」、「%の同一性」または同様の用語は、特に、比較すべき配列間の最適アラインメントにおいて同一であるヌクレオチドまたはアミノ酸のパーセンテージを指すように意図されている。前記パーセンテージは、純粋に統計に基づくものであり、2配列間の差は、比較すべき配列の全長にわたってランダムに分布していることもあるが、必ずしもそうとは限らない。2配列の比較は、対応する配列の局所領域を同定するために、前記配列を最適アラインメント後にセグメントまたは「比較ウィンドウ」に関して比較することによって通常は行われる。比較のための最適アラインメントは、手動で行ってもよく、またはSmithおよびWaterman、1981、Ads App.Math.2、482頁による局所相同性アルゴリズムを用いて、NeddlemanおよびWunsch、1970、J.Mol.Biol.48、443頁による局所相同性アルゴリズムを用いて、PearsonおよびLipman、1988、Proc.Natl Acad.Sci.USA 88、2444頁による類似性検索アルゴリズムを用いて、もしくは前記アルゴリズムのコンピュータプログラム(Wisconsin Genetics Software Package、Genetics Computer Group、575 Science Drive、Madison、Wis.における、GAP、BESTFIT、FASTA、BLAST P、BLAST NおよびTFASTA)を用いて、行ってもよい。
同一性パーセンテージは、比較すべき配列が対応する同一の位置の数を判定すること、この数を比較した位置の数(例えば、参照配列中の位置の数)で割ること、およびこの結果に100を掛けることにより得られる。
一部の実施形態では、参照配列の全長の少なくとも約50%、少なくとも約60%、少なくとも約70%、少なくとも約80%、少なくとも約90%、または約100%である領域についての、同一度が得られる。例えば、参照核酸配列が200ヌクレオチドからなる場合、一部の実施形態では連続したヌクレオチドでの、少なくとも約100、少なくとも約120、少なくとも約140、少なくとも約160、少なくとも約180、または約200ヌクレオチドについての、同一度が得られる。一部の実施形態では、参照配列の全長についての同一度が得られる。
所与の核酸配列またはアミノ酸配列それぞれに対して特定の同一度を有する核酸配列ま
たはアミノ酸配列は、前記所与の配列の少なくとも1つの機能的特性を有することができ、例えば、および場合によっては、前記所与の配列と機能的に等価である。1つの重要な特性としては、特に、対象に投与されたとき、サイトカインとして作用することができることが挙げられる。一部の実施形態では、所与の核酸配列またはアミノ酸配列に対して特定の同一度を有する核酸配列およびアミノ酸配列は、前記所与の配列と機能的に等価である。
II.組成物および医療用製剤
A.インターロイキン−2(IL−2)
一部の実施形態では、組成物は、インターロイキン−2(IL−2)(配列番号9)をコードするDNA配列を含む。一部の実施形態では、IL−2をコードするDNA配列は、配列番号10で提供される。
一部の実施形態では、組成物は、IL−2をコードするコドン最適化DNA配列を含む。一部の実施形態では、コドン最適化DNA配列は、配列番号11のヌクレオチドを含むか、またはそのようなヌクレオチドからなる。一部の実施形態では、DNA配列は、配列番号11に対して83%、84%、85%、90%、95%、96%、97%、98%または99%の同一性を有するコドン最適化DNA配列を含む。
ネイティブIL−2に対するコドン最適化IL−2のアラインメントが下に示され、このアラインメント中の「Q」は、ネイティブIL−2(NM_000586.3;配列番号10)であり、「S」は、コドン最適化IL−2(配列番号11)である。同一性パーセントは、82.79%である。
Figure 2021098735
一部の実施形態では、組成物は、IL−2をコードするDNA配列から転写されたRNA配列を含む。一部の実施形態では、RNA配列は、配列番号10または11を含むヌクレオチド配列から転写される。一部の実施形態では、RNA配列は、配列番号12もしくは13を含むか、または配列番号12もしくは13からなる。一部の実施形態では、RN
A配列は、配列番号12もしくは13に対して70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%もしくは99%の同一性を有するRNA配列を含むか、またはそのようなRNA配列からなる。
一部の実施形態では、IL−2 RNA中の1つまたはそれ以上のウリジンは、本明細書に記載の修飾ヌクレオシドにより置換されている。一部の実施形態では、ウリジンを置換する修飾ヌクレオシドは、プソイドウリジン(ψ)、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)または5−メチル−ウリジン(mU)である。
一部の実施形態では、IL−2 RNAは、5’末端に改変ヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、IL−2 RNAは、5’キャップを含む。当技術分野において公知のいずれの5’キャップを使用してもよい。一部の実施形態では、5’キャップは、5’−5’三リン酸結合を含む。一部の実施形態では、5’キャップは、チオリン酸修飾を含む5’−5’三リン酸結合を含む。一部の実施形態では、5’キャップは、2’−Oまたは3’−O−リボースメチル化ヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、5’キャップは、修飾グアノシンヌクレオチドまたは修飾アデノシンヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、5’キャップは、7−メチルグアニル酸を含む。一部の実施形態では、5’キャップは、Cap0またはCap1である。例示的キャップ構造としては、m7G(5’)ppp(5’)G、m7,2’O−mG(5’)ppp(5’)G、m7G(5’)ppp(5’)2’O−mG、およびm7,3’O−mG(5’)ppp(5’)2’O−mAが挙げられる。
一部の実施形態では、IL−2 RNAは、5’非翻訳領域(UTR)を含む。一部の実施形態では、5’UTRは、開始コドンの上流にある。一部の実施形態では、5’UTRは、RNAの翻訳を調節する。一部の実施形態では、5’UTRは、安定化配列である。一部の実施形態では、5’UTRは、RNAの半減期を延長する。当技術分野において公知のいずれの5’UTRを使用してもよい。一部の実施形態では、5’UTR RNA配列は、配列番号1、3または5を含むヌクレオチド配列から転写される。一部の実施形態では、5’UTR RNA配列は、配列番号2、4もしくは6を含むか、または配列番号2、4もしくは6からなる。一部の実施形態では、5’UTR RNA配列は、配列番号2、4または6と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%または99%同一である。
一部の実施形態では、IL−2 RNAは、3’UTRを含む。一部の実施形態では、3’UTRは、翻訳終結コドンの後に続く。一部の実施形態では、3’UTRは、RNAのポリアデニル化、翻訳効率、局在または安定性を調節する。一部の実施形態では、3’UTR RNA配列は、配列番号7を含むヌクレオチド配列から転写される。一部の実施形態では、3’UTR RNA配列は、配列番号8を含むか、または配列番号8からなる。一部の実施形態では、3’UTR RNA配列は、配列番号8と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%または99%同一である。
一部の実施形態では、IL−2組成物は、5’UTRと3’UTRの両方を含む。一部の実施形態では、組成物は、5’UTRのみを含む。一部の実施形態では、組成物は、3’UTRのみを含む。
一部の実施形態では、IL−2 RNAは、ポリAテールを含む。一部の実施形態では、RNAは、少なくとも約25、少なくとも約30,少なくとも約50、少なくとも約70または少なくとも約100ヌクレオチドのポリAテールを含む。一部の実施形態では、ポリAテールは、200またはそれ以上のヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、ポ
リAテールは、配列番号78を含むか、または配列番号78からなる。
一部の実施形態では、RNAは、5’キャップ、5’UTR、IL−2をコードする核酸、3’UTR、およびポリAテールを、この順序で含む。
一部の実施形態では、組成物は、配列番号10もしくは11と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であり、かつ配列番号1、3もしくは5と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一である核酸配列を含むか、またはそのような核酸配列からなるDNA配列を含む。
一部の実施形態では、組成物は、RNA配列を含み、該RNA配列は、例えば、配列番号10もしくは11と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であり、かつ配列番号1、3もしくは5と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一である核酸配列を含むかまたはそのような核酸配列からなるDNA配列から転写される。RNAは、組換えにより産生されることもある。一部の実施形態では、IL−2 RNA中の1つまたはそれ以上のウリジンは、本明細書に記載の修飾ヌクレオシドにより置換されている。一部の実施形態では、ウリジンを置換する修飾ヌクレオシドは、プソイドウリジン(ψ)、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)または5−メチル−ウリジン(mU)である。一部の実施形態では、RNAは、各ウリジンの代わりに修飾ヌクレオシドを含む。一部の実施形態では、修飾ヌクレオシドは、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)である。
一部の実施形態では、組成物は、配列番号10もしくは11と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であり、かつ配列番号7と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一である核酸配列を含むかまたはそのような核酸配列からなる、DNA配列を含む。
一部の実施形態では、組成物は、RNA配列を含み、該RNA配列は、例えば、配列番号10もしくは11と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であり、かつ配列番号7と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一である核酸配列を含むかまたはそのような核酸配列からなるDNA配列から転写される。一部の実施形態では、IL−2 RNA中の1つまたはそれ以上のウリジンは、本明細書に記載の修飾ヌクレオシドにより置換されている。一部の実施形態では、ウリジンを置換する修飾ヌクレオシドは、プソイドウリジン(ψ)、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)または5−メチル−ウリジン(mU)である。一部の実施形態では、RNAは、各ウリジンの代わりに修飾ヌクレオシドを含む。一部の実施形態では、修飾ヌクレオシドは、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)である。
一部の実施形態では、組成物は、配列番号10もしくは11と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であり;配列番号1、3もしくは5と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であり;かつ配列番号7と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一である核酸配列を含むかまたはそのような核酸配列からなる、DNA配列を含む。
一部の実施形態では、組成物は、RNA配列を含み、該RNA配列は、例えば、配列番号10もしくは11と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であり;配列番号1、3もしくは5と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であり;かつ配列番号7と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一である核酸配列を含むかまたはそのような核酸配列からなるDNA配列から転写される。RNAは、組換えにより産生されることもある。
一部の実施形態では、IL−2 RNA中の1つまたはそれ以上のウリジンは、本明細書に記載の修飾ヌクレオシドにより置換されている。一部の実施形態では、ウリジンを置換する修飾ヌクレオシドは、プソイドウリジン(ψ)、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)または5−メチル−ウリジン(mU)である。一部の実施形態では、RNAは、各ウリジンの代わりに修飾ヌクレオシドを含む。一部の実施形態では、修飾ヌクレオシドは、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)である。
一部の実施形態では、組成物は、配列番号12もしくは13と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であり;配列番号2、4もしくは6と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であり;かつ配列番号8と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一である核酸配列を含むかまたはそのような核酸配列からなる、RNA配列を含む。一部の実施形態では、IL−2 RNA中の1つまたはそれ以上のウリジンは、本明細書に記載の修飾ヌクレオシドにより置換されている。一部の実施形態では、ウリジンを置換する修飾ヌクレオシドは、プソイドウリジン(ψ)、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)または5−メチル−ウリジン(mU)である。一部の実施形態では、RNAは、各ウリジンの代わりに修飾ヌクレオシドを含む。一部の実施形態では、修飾ヌクレオシドは、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)である。
B.インターロイキン−12単鎖(IL−12sc)
一部の実施形態では、組成物は、IL−12 p40(IL−12Bと呼ばれることもある)と、GSリンカーのようなリンカーと、IL−12 p35(IL−12Aと呼ばれることもある)とを含む、インターロイキン−12単鎖(IL−12sc)(例えば、配列番号14)をコードするDNA配列を含む。一部の実施形態では、IL−12p40、リンカー、およびIL−12p35は連続しており、介在ヌクレオチドを有さない。IL−12scをコードする例示的DNA配列は、配列番号15で提供される。
ネイティブIL−12 p40に対するコドン最適化IL−12 p40のアラインメントが下に示され、このアラインメント中の「S」は、ネイティブIL−12 p40(NM_002187.2;配列番号15のヌクレオチド1〜984)であり、「Q」は、コドン最適化IL−12 p40(配列番号16のヌクレオチド1〜984)である。同一性パーセントは、77%である。
Figure 2021098735
Figure 2021098735
ネイティブIL−12 p35に対するコドン最適化IL−12 p35のアラインメントが下に示され、このアラインメント中の「S」は、ネイティブIL−12 p35(NM_00882.3;配列番号15のヌクレオチド1027〜1623)であり、「Q」は、コドン最適化IL−12 p35(配列番号16のヌクレオチド1027〜1623)である。同一性パーセントは、80%である。
Figure 2021098735
一部の実施形態では、組成物は、IL−12scをコードするコドン最適化DNA配列を含む。一部の実施形態では、組成物は、IL−12 p40をコードするコドン最適化DNA配列を含む。一部の実施形態では、組成物は、IL−12 p35をコードするコドン最適化DNA配列を含む。一部の実施形態では、コドン最適化DNA配列は、配列番号16を含むか、または配列番号16からなる。一部の実施形態では、DNA配列は、配列番号16に対して70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%
、98%または99%の同一性を有するコドン最適化DNA配列を含む。一部の実施形態では、IL−12 p40をコードするコドン最適化DNA配列は、IL−12sc−p40(配列番号16のヌクレオチド1〜984)をコードするヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、IL−12 p35をコードするコドン最適化DNA配列は、IL−12sc−p35(配列番号16のヌクレオチド1027〜1623)をコードするヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、IL−12scをコードするコドン最適化DNA配列は、配列番号16のIL−12sc−p40部分(配列番号16のヌクレオチド1〜984)およびIL−12sc−p35部分(配列番号16のヌクレオチド1027〜1623)をコードするヌクレオチドを含み、さらに、p40部分とp35部分を接続するリンカーポリペプチドをコードするヌクレオチド(例えば、配列番号16のヌクレオチド985〜1026)をp40部分とp35部分の間に含む。当業者に公知のいずれのリンカーを使用してもよい。p40部分は、p35部分の5’側にあってもよく、または3’側にあってもよい。
一部の実施形態では、組成物は、RNA配列を含み、該RNA配列は、例えば、IL−12scをコードするDNA配列から転写される。RNAは、組換えにより産生されることもある。一部の実施形態では、RNA配列は、配列番号15または16を含むヌクレオチド配列から転写される。一部の実施形態では、RNA配列は、配列番号17もしくは18を含むか、または配列番号17もしくは18からなる。一部の実施形態では、RNA配列は、配列番号17もしくは18に対して70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%もしくは99%の同一性を有するRNA配列を含むか、またはそのようなRNA配列からなる。一部の実施形態では、RNA配列は、配列番号17または18のIL−12sc−p40部分(配列番号17または18のヌクレオチド1〜984)およびIL−12sc−p35部分(配列番号17または18のヌクレオチド1027〜1623)をコードするヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、IL−12scをコードするコドン最適化RNA配列は、配列番号18のIL−12sc−p40部分(配列番号18のヌクレオチド1〜984)およびIL−12sc−p35部分(配列番号18のヌクレオチド1027〜1623)をコードするヌクレオチドを含み、さらに、p40部分とp35部分を接続するリンカーポリペプチドをコードするヌクレオチドをp40部分とp35部分の間に含む。当業者に公知のいずれのリンカーを使用してもよい。
一部の実施形態では、IL−12sc RNA中の1つまたはそれ以上のウリジンは、本明細書に記載の修飾ヌクレオシドにより置換されている。一部の実施形態では、ウリジンを置換する修飾ヌクレオシドは、プソイドウリジン(ψ)、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)または5−メチル−ウリジン(mU)である。一部の実施形態では、RNAは、各ウリジンの代わりに修飾ヌクレオシドを含む。一部の実施形態では、修飾ヌクレオシドは、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)である。
一部の実施形態では、IL−12sc RNAは、5’末端に改変ヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、RNAは、5’キャップを含む。当技術分野において公知のいずれの5’キャップを使用してもよい。一部の実施形態では、5’キャップは、5’−5’三リン酸結合を含む。一部の実施形態では、5’キャップは、チオリン酸修飾を含む5’−5’三リン酸結合を含む。一部の実施形態では、5’キャップは、2’−Oまたは3’−O−リボースメチル化ヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、5’キャップは、修飾グアノシンヌクレオチドまたは修飾アデノシンヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、5’キャップは、7−メチルグアニル酸を含む。一部の実施形態では、5’キャップは、Cap0またはCap1である。例示的キャップ構造としては、m7G(5’)ppp(5’)G、m7,2’O−mG(5’)ppp(5’)G、m7G(5’)ppp(5’)2’O−mG、およびm7,3’O−mG(5’)ppp(5’)2’O−mA
が挙げられる。
一部の実施形態では、IL−12sc RNAは、5’非翻訳領域(UTR)を含む。一部の実施形態では、5’UTRは、開始コドンの上流にある。一部の実施形態では、5’UTRは、RNAの翻訳を調節する。一部の実施形態では、5’UTRは、安定化配列である。一部の実施形態では、5’UTRは、RNAの半減期を延長する。当技術分野において公知のいずれの5’UTRを使用してもよい。一部の実施形態では、5’UTR RNA配列は、配列番号1、3または5から転写される。一部の実施形態では、5’UTR RNA配列は、配列番号2、4もしくは6を含むか、または配列番号2、4もしくは6からなる。一部の実施形態では、5’UTR RNA配列は、配列番号2、4または6と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%または99%同一である。
一部の実施形態では、IL−12sc RNAは、3’UTRを含む。一部の実施形態では、3’UTRは、翻訳終結コドンの後に続く。一部の実施形態では、3’UTRは、RNAのポリアデニル化、翻訳効率、局在または安定性を調節する。一部の実施形態では、3’UTR RNA配列は、配列番号7から転写される。一部の実施形態では、3’UTR RNA配列は、配列番号8を含むか、または配列番号8からなる。一部の実施形態では、3’UTR RNA配列は、配列番号8と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%または99%同一である。
一部の実施形態では、IL−12sc組成物は、5’UTRと3’UTRの両方を含む。一部の実施形態では、IL−12sc組成物は、5’UTRのみを含む。一部の実施形態では、IL−12sc組成物は、3’UTRのみを含む。
一部の実施形態では、IL−12sc RNAは、ポリAテールを含む。一部の実施形態では、RNAは、少なくとも約25、少なくとも約30,少なくとも約50ヌクレオチド、少なくとも約70ヌクレオチド、または少なくとも約100ヌクレオチドのポリAテールを含む。一部の実施形態では、ポリAテールは、200またはそれ以上のヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、ポリAテールは、配列番号78を含むか、または配列番号78からなる。
一部の実施形態では、RNAは、5’キャップ、5’UTR、IL−12scをコードする核酸、3’UTR、およびポリAテールを、この順序で含む。
一部の実施形態では、組成物は、配列番号15もしくは16と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であり、かつ配列番号1、3もしくは5と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一である核酸配列を含むか、またはそのような核酸配列からなるDNA配列を含む。
一部の実施形態では、組成物は、RNA配列を含み、該RNA配列は、例えば、配列番号15もしくは16と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であり、かつ配列番号1、3もしくは5と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一である核酸配列を含むかまたはそのような核酸配列からなるDNA配列から転写される。RNAは、組換えにより産生されることもある。一部の実施形態では、IL−12sc RNA中の1つまたはそれ以上のウリジンは、本明細書に記載の修飾ヌクレオシドにより置換されている。一部の実施形態では、ウリジンを置換する修飾ヌクレオシドは、プソイドウリジン(ψ)、N1−メチル−プソイドウ
リジン(mψ)または5−メチル−ウリジン(mU)である。一部の実施形態では、RNAは、各ウリジンの代わりに修飾ヌクレオシドを含む。一部の実施形態では、修飾ヌクレオシドは、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)である。
一部の実施形態では、組成物は、配列番号15もしくは16と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であり、かつ配列番号7と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一である核酸配列を含むかまたはそのような核酸配列からなる、DNA配列を含む。
一部の実施形態では、組成物は、RNA配列を含み、該RNA配列は、例えば、配列番号15もしくは16と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であり、かつ配列番号7と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一である核酸配列を含むかまたはそのような核酸配列からなるDNA配列から転写される。RNAは、組換えにより産生されることもある。一部の実施形態では、IL−12sc RNA中の1つまたはそれ以上のウリジンは、本明細書に記載の修飾ヌクレオシドにより置換されている。一部の実施形態では、ウリジンを置換する修飾ヌクレオシドは、プソイドウリジン(ψ)、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)または5−メチル−ウリジン(mU)である。一部の実施形態では、RNAは、各ウリジンの代わりに修飾ヌクレオシドを含む。一部の実施形態では、修飾ヌクレオシドは、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)である。
一部の実施形態では、組成物は、配列番号15もしくは16と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であり;配列番号1、3もしくは5と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であり;かつ配列番号7と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一である核酸配列を含むかまたはそのような核酸配列からなる、DNA配列を含む。
一部の実施形態では、組成物は、RNA配列を含み、該RNA配列は、例えば、配列番号15もしくは16と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であり;配列番号1、3もしくは5と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であり;かつ配列番号7と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一である核酸配列を含むかまたはそのような核酸配列からなるDNA配列から転写される。RNAは、組換えにより産生されることもある。一部の実施形態では、IL−12sc RNA中の1つまたはそれ以上のウリジンは、本明細書に記載の修飾ヌクレオシドにより置換されている。一部の実施形態では、ウリジンを置換する修飾ヌクレオシドは、プソイドウリジン(ψ)、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)または5−メチル−ウリジン(mU)である。一部の実施形態では、RNAは、各ウリジンの代わりに修飾ヌクレオシドを含む。一部の実施形態では、修飾ヌクレオシドは、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)である。
一部の実施形態では、組成物は、配列番号17もしくは18と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%もしくは100%同一であり;配列番号2、4もしくは6と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%もしくは100%同一であり;かつ
配列番号8と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%もしくは100%同一である核酸配列を含むかまたはそのような核酸配列からなる、RNA配列を含む。一部の実施形態では、IL−12sc RNA中の1つまたはそれ以上のウリジンは、本明細書に記載の修飾ヌクレオシドにより置換されている。一部の実施形態では、ウリジンを置換する修飾ヌクレオシドは、プソイドウリジン(ψ)、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)または5−メチル−ウリジン(mU)である。
C.インターフェロンアルファ(IFNα)
一部の実施形態では、組成物は、インターフェロンアルファ(IFNα)(例えば配列番号19)をコードするDNA配列を含む。IFNαをコードする例示的DNA配列は、配列番号20で提供される。
ネイティブIFNαに対するコドン最適化IFNαのアラインメントが下に示され、このアラインメント中の「S」は、ネイティブIFNα(NM_000605.3;配列番号20)であり、「Q」は、コドン最適化IFNα(配列番号21)である。同一性パーセントは、79%である。
Figure 2021098735
一部の実施形態では、組成物は、IFNαをコードするコドン最適化DNA配列を含む。一部の実施形態では、コドン最適化DNA配列は、配列番号21のヌクレオチドを含むか、またはそのようなヌクレオチドからなる。一部の実施形態では、DNA配列は、配列
番号21に対して70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%もしくは99%の同一性を有するコドン最適化DNA配列を含むか、またはそのようなコドン最適化DNA配列からなる。
一部の実施形態では、組成物は、RNA配列を含み、該RNA配列は、例えば、IFNαをコードするDNA配列から転写される。RNAは、組換えにより産生されることもある。一部の実施形態では、RNA配列は、配列番号20または21を含むヌクレオチド配列から転写される。一部の実施形態では、RNA配列は、配列番号22もしくは23を含むか、または配列番号22もしくは23からなる。一部の実施形態では、RNA配列は、配列番号22もしくは23に対して70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%または99%の同一性を有するRNA配列を含むか、またはそのようなRNA配列からなる。
一部の実施形態では、IFNα RNA中の1つまたはそれ以上のウリジンは、本明細書に記載の修飾ヌクレオシドにより置換されている。一部の実施形態では、ウリジンを置換する修飾ヌクレオシドは、プソイドウリジン(ψ)、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)または5−メチル−ウリジン(mU)である。一部の実施形態では、RNA中の各ウリジンは、修飾されている。一部の実施形態では、RNA中の各ウリジンは、N1−メチル−プソイドウリジン(Mψ)で修飾されている。
一部の実施形態では、IFNα RNAは、5’末端に改変ヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、IFNα RNAは、5’キャップを含む。当技術分野において公知のいずれの5’キャップを使用してもよい。一部の実施形態では、5’キャップは、5’−5’三リン酸結合を含む。一部の実施形態では、5’キャップは、チオリン酸修飾を含む5’−5’三リン酸結合を含む。一部の実施形態では、5’キャップは、2’−Oまたは3’−O−リボースメチル化ヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、5’キャップは、修飾グアノシンヌクレオチドまたは修飾アデノシンヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、5’キャップは、7−メチルグアニル酸を含む。一部の実施形態では、5’キャップは、Cap0またはCap1である。例示的キャップ構造としては、m7G(5’)ppp(5’)G、m7,2’O−mG(5’)ppp(5’)G、m7G(5’)ppp(5’)2’O−mG、およびm7,3’O−mG(5’)ppp(5’)2’O−mAが挙げられる。
一部の実施形態では、IFNα RNAは、5’非翻訳領域(UTR)を含む。一部の実施形態では、5’UTRは、開始コドンの上流にある。一部の実施形態では、5’UTRは、RNAの翻訳を調節する。一部の実施形態では、5’UTRは、安定化配列である。一部の実施形態では、5’UTRは、RNAの半減期を延長する。当技術分野において公知のいずれの5’UTRを使用してもよい。一部の実施形態では、5’UTR RNA配列は、配列番号1、3または5を含むヌクレオチド配列から転写される。一部の実施形態では、5’UTR RNA配列は、配列番号2、4もしくは6を含むか、または配列番号2、4もしくは6からなる。一部の実施形態では、5’UTR RNA配列は、配列番号2、4または6と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%または99%同一である。
一部の実施形態では、IFNα RNAは、3’UTRを含む。一部の実施形態では、3’UTRは、翻訳終結コドンの後に続く。一部の実施形態では、3’UTRは、RNAのポリアデニル化、翻訳効率、局在または安定性を調節する。一部の実施形態では、3’UTR RNA配列は、配列番号7を含むヌクレオチド配列から転写される。一部の実施形態では、3’UTR RNA配列は、配列番号8を含むか、または配列番号8からなる。一部の実施形態では、3’UTR RNA配列は、配列番号8と少なくとも70%、7
5%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%または99%同一である。
一部の実施形態では、IFNα組成物は、5’UTRと3’UTRの両方を含む。一部の実施形態では、組成物は、5’UTRのみを含む。一部の実施形態では、組成物は、3’UTRのみを含む。
一部の実施形態では、IFNα RNAは、ポリAテールを含む。一部の実施形態では、IFNα RNAは、少なくとも約25、少なくとも約30,少なくとも約50ヌクレオチド、少なくとも約70ヌクレオチド、または少なくとも約100ヌクレオチドのポリAテールを含む。一部の実施形態では、ポリAテールは、200またはそれ以上のヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、ポリAテールは、配列番号78を含むか、または配列番号78からなる。
一部の実施形態では、RNAは、5’キャップ、5’UTR、IFNαをコードする核酸、3’UTR、およびポリAテールを、この順序で含む。
一部の実施形態では、組成物は、配列番号20もしくは21と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であり、かつ配列番号1、3もしくは5と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一である核酸配列を含むか、またはそのような核酸配列からなるDNA配列を含む。
一部の実施形態では、組成物は、RNA配列を含み、該RNA配列は、例えば、配列番号20もしくは21と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であり、かつ配列番号1、3もしくは5と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一である核酸配列を含むかまたはそのような核酸配列からなるDNA配列から転写される。RNAは、組換えにより産生されることもある。一部の実施形態では、IFNα RNA中の1つまたはそれ以上のウリジンは、本明細書に記載の修飾ヌクレオシドにより置換されている。一部の実施形態では、ウリジンを置換する修飾ヌクレオシドは、プソイドウリジン(ψ)、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)または5−メチル−ウリジン(mU)である。一部の実施形態では、RNAは、各ウリジンの代わりに修飾ヌクレオシドを含む。一部の実施形態では、修飾ヌクレオシドは、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)である。
一部の実施形態では、組成物は、配列番号20もしくは21と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であり、かつ配列番号7と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一である核酸配列を含むかまたはそのような核酸配列からなる、DNA配列を含む。
一部の実施形態では、組成物は、RNA配列を含み、該RNA配列は、例えば、配列番号20もしくは21と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であり、かつ配列番号7と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一である核酸配列を含むかまたはそのような核酸配列からなるDNA配列から転写される。一部の実施形態では、IFNα RNA中の1つまたはそれ以上のウリジンは、本明細書に記載の修飾ヌクレオシドにより置換されている。一部の実施形態では、ウリジンを置換する修飾ヌクレオシドは、プソイドウリジン(ψ)、N1−メ
チル−プソイドウリジン(mψ)または5−メチル−ウリジン(mU)である。一部の実施形態では、RNAは、各ウリジンの代わりに修飾ヌクレオシドを含む。一部の実施形態では、修飾ヌクレオシドは、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)である。
一部の実施形態では、組成物は、配列番号20もしくは21と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%もしくは100%同一であり、かつ配列番号1、3もしくは5と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%もしくは100%同一であり、かつ配列番号7と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%もしくは100%同一である核酸配列を含むかまたはそのような核酸配列からなる、DNA配列を含む。
一部の実施形態では、組成物は、RNA配列を含み、該RNA配列は、例えば、配列番号20もしくは21と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%もしくは100%同一であり、配列番号1、3もしくは5と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%もしくは100%同一であり、かつ配列番号7と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%もしくは100%同一である核酸配列を含むかまたはそのような核酸配列からなるDNA配列から転写される。RNAは、組換えにより産生されることもある。一部の実施形態では、IFNα RNA中の1つまたはそれ以上のウリジンは、本明細書に記載の修飾ヌクレオシドにより置換されている。一部の実施形態では、ウリジンを置換する修飾ヌクレオシドは、プソイドウリジン(ψ)、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)または5−メチル−ウリジン(mU)である。一部の実施形態では、RNAは、各ウリジンの代わりに修飾ヌクレオシドを含む。一部の実施形態では、修飾ヌクレオシドは、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)である。一部の実施形態では、組成物は、配列番号22もしくは23と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%もしくは100%同一であり、配列番号2、4もしくは6と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%もしくは100%同一であり、かつ配列番号8と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%もしくは100%同一である核酸配列を含むかまたはそのような核酸配列からなる、RNA配列を含む。一部の実施形態では、IFNα
RNA中の1つまたはそれ以上のウリジンは、本明細書に記載の修飾ヌクレオシドにより置換されている。一部の実施形態では、ウリジンを置換する修飾ヌクレオシドは、プソイドウリジン(ψ)、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)または5−メチル−ウリジン(mU)である。
D.IL−15 sushi
本明細書で使用される場合、用語「IL−15 sushi」は、可溶性インターロイキン15(IL−15)受容体アルファsushiドメインと成熟インターロイキンアルファ(IL−15)とを融合タンパク質として含む構築物を表す。一部の実施形態では、組成物は、可溶性IL−15受容体アルファ鎖(sushi)、続いてグリシン−セリン(GS)リンカー、続いてIL−15の成熟配列を含む、IL−15 sushi(配列番号24)をコードするDNA配列を含む。IL−15 sushiをコードするDNA配列は、配列番号25で提供される。
一部の実施形態では、組成物は、RNA配列を含み、該RNA配列は、例えば、IL−15 sushiをコードするDNA配列から転写される。RNAは、組換えにより産生されることもある。一部の実施形態では、RNA配列は、配列番号25を含むヌクレオチド配列から転写される。一部の実施形態では、リンカーをコードするヌクレオチドは、完
全に非存在であることもあり、または適切なリンカーをコードする任意のヌクレオチドで一部がもしくは全体が置換されていることもある。一部の実施形態では、RNA配列は、配列番号26を含むか、または配列番号26からなる。一部の実施形態では、RNA配列は、配列番号26に対して70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%または99%の同一性を有するRNA配列を含む。一部の実施形態では、IL−15 sushiをコードするDNAまたはRNA配列は、IL−15受容体アルファのsushiドメインをコードするヌクレオチド(例えば、配列番号25または26のヌクレオチド1〜321)、および成熟IL−15をコードするヌクレオチド(例えば、配列番号25または26のヌクレオチド382〜729)を含む。一部の実施形態では、IL−15 sushiをコードするDNAまたはRNA配列は、IL−15受容体アルファのsushiドメインをコードするヌクレオチド(例えば、配列番号25または26のヌクレオチド1〜321)、および成熟IL−15をコードするヌクレオチド(例えば、配列番号25または26のヌクレオチド382〜729)を含み、さらに、これらの部分の間に、これらの部分を接続するリンカーポリペプチドをコードするヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、リンカーは、配列番号25または26のヌクレオチド322〜381を含む。当業者に公知の任意のリンカーを使用することができる。
一部の実施形態では、IL−15 sushi RNA中の1つまたはそれ以上のウリジンは、本明細書に記載の修飾ヌクレオシドにより置換されている。一部の実施形態では、ウリジンを置換する修飾ヌクレオシドは、プソイドウリジン(ψ)、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)または5−メチル−ウリジン(mU)である。一部の実施形態では、RNAは、各ウリジンの代わりに修飾ヌクレオシドを含む。一部の実施形態では、修飾ヌクレオシドは、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)である。
一部の実施形態では、IL−15 sushi RNAは、5’末端に改変ヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、IL−15 sushi RNAは、5’キャップを含む。当技術分野において公知のいずれの5’キャップを使用してもよい。一部の実施形態では、5’キャップは、5’−5’三リン酸結合を含む。一部の実施形態では、5’キャップは、チオリン酸修飾を含む5’−5’三リン酸結合を含む。一部の実施形態では、5’キャップは、2’−Oまたは3’−O−リボースメチル化ヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、5’キャップは、修飾グアノシンヌクレオチドまたは修飾アデノシンヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、5’キャップは、7−メチルグアニル酸を含む。一部の実施形態では、5’キャップは、Cap0またはCap1である。例示的キャップ構造としては、m7G(5’)ppp(5’)G、m7,2’O−mG(5’)ppp(5’)G、m7G(5’)ppp(5’)2’O−mG、およびm7,3’O−mG(5’)ppp(5’)2’O−mAが挙げられる。
一部の実施形態では、IL−15 sushi RNAは、5’非翻訳領域(UTR)を含む。一部の実施形態では、5’UTRは、開始コドンの上流にある。一部の実施形態では、5’UTRは、RNAの翻訳を調節する。一部の実施形態では、5’UTRは、安定化配列である。一部の実施形態では、5’UTRは、RNAの半減期を延長する。当技術分野において公知のいずれの5’UTRを使用してもよい。一部の実施形態では、5’UTR RNA配列は、配列番号1、3または5から転写される。一部の実施形態では、5’UTR RNA配列は、配列番号2、4もしくは6を含むか、または配列番号2、4もしくは6からなる。一部の実施形態では、5’UTR RNA配列は、配列番号2、4または6と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%または99%同一である。
一部の実施形態では、IL−15 sushi RNAは、3’UTRを含む。一部の実施形態では、3’UTRは、翻訳終結コドンの後に続く。一部の実施形態では、3’U
TRは、RNAのポリアデニル化、翻訳効率、局在または安定性を調節する。一部の実施形態では、3’UTR RNA配列は、配列番号7から転写される。一部の実施形態では、3’UTR RNA配列は、配列番号8を含むか、または配列番号8からなる。一部の実施形態では、3’UTR RNA配列は、配列番号8と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%または99%同一である。
一部の実施形態では、IL−15 sushi組成物は、5’UTRと3’UTRの両方を含む。一部の実施形態では、IL−15 sushi組成物は、5’UTRのみを含む。一部の実施形態では、IL−15 sushi組成物は、3’UTRのみを含む。
一部の実施形態では、IL−15 sushi RNAは、ポリAテールを含む。一部の実施形態では、RNAは、少なくとも約25、少なくとも約30,少なくとも約50ヌクレオチド、少なくとも約70ヌクレオチド、または少なくとも約100ヌクレオチドのポリAテールを含む。一部の実施形態では、ポリAテールは、200またはそれ以上のヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、ポリAテールは、配列番号78を含むか、または配列番号78からなる。
一部の実施形態では、RNAは、5’キャップ、5’UTR、IL−15 sushiをコードする核酸、3’UTR、およびポリAテールを、この順序で含む。
一部の実施形態では、IL−15 sushi組成物は、配列番号25と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であり、かつ配列番号1、3もしくは5と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一である核酸配列を含むか、またはそのような核酸配列からなるDNA配列を含む。
一部の実施形態では、IL−15 sushi組成物は、RNA配列を含み、該RNA配列は、例えば、配列番号25と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であり、かつ配列番号1、3もしくは5と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一である核酸配列を含むかまたはそのような核酸配列からなるDNAから転写される。RNAは、組換えにより産生されることもある。一部の実施形態では、IFNα RNA中の1つまたはそれ以上のウリジンは、本明細書に記載の修飾ヌクレオシドにより置換されている。一部の実施形態では、ウリジンを置換する修飾ヌクレオシドは、プソイドウリジン(ψ)、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)または5−メチル−ウリジン(mU)である。一部の実施形態では、RNAは、各ウリジンの代わりに修飾ヌクレオシドを含む。一部の実施形態では、修飾ヌクレオシドは、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)である。
一部の実施形態では、IL−15 sushi組成物は、配列番号25と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であり、かつ配列番号7と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一である核酸配列を含むかまたはそのような核酸配列からなる、DNA配列を含む。
一部の実施形態では、IL−15 sushi組成物は、RNA配列を含み、該RNA配列は、例えば、配列番号25と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であり、かつ配列番号7と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一である核酸配列を含むかまたはそのような核酸配列
からなるDNA配列から転写される。RNAは、組換えにより産生されることもある。一部の実施形態では、IFNα RNA中の1つまたはそれ以上のウリジンは、本明細書に記載の修飾ヌクレオシドにより置換されている。一部の実施形態では、ウリジンを置換する修飾ヌクレオシドは、プソイドウリジン(ψ)、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)または5−メチル−ウリジン(mU)である。一部の実施形態では、RNAは、各ウリジンの代わりに修飾ヌクレオシドを含む。一部の実施形態では、修飾ヌクレオシドは、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)である。
一部の実施形態では、IL−15 sushi組成物は、配列番号25と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であり、配列番号1、3もしくは5と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であり、かつ配列番号7と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%もしくは100%同一である核酸配列を含むかまたはそのような核酸配列からなる、DNA配列を含む。
一部の実施形態では、IL−15 sushi組成物は、RNA配列を含み、該RNA配列は、例えば、配列番号25と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であり;配列番号1、3もしくは5と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%もしくは100%同一であり;かつ配列番号7と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一である核酸配列を含むかまたはそのような核酸配列からなるDNAから転写される。一部の実施形態では、IFNα RNA中の1つまたはそれ以上のウリジンは、本明細書に記載の修飾ヌクレオシドにより置換されている。一部の実施形態では、ウリジンを置換する修飾ヌクレオシドは、プソイドウリジン(ψ)、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)または5−メチル−ウリジン(mU)である。一部の実施形態では、RNAは、各ウリジンの代わりに修飾ヌクレオシドを含む。一部の実施形態では、修飾ヌクレオシドは、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)である。
一部の実施形態では、IL−15 sushi組成物は、配列番号26と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であり;配列番号2、4もしくは6と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%もしくは100%同一であり;かつ配列番号8と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一である核酸配列を含むかまたはそのような核酸配列からなる、RNA配列を含む。一部の実施形態では、IFNα RNA中の1つまたはそれ以上のウリジンは、本明細書に記載の修飾ヌクレオシドにより置換されている。一部の実施形態では、ウリジンを置換する修飾ヌクレオシドは、プソイドウリジン(ψ)、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)または5−メチル−ウリジン(mU)である。
E.顆粒球マクロファージコロニー刺激因子(GM−CSF)
一部の実施形態では、組成物は、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子(GM−CSF)(例えば配列番号27)をコードするDNA配列を含む。一部の実施形態では、GM−CSFをコードするDNA配列は、配列番号28で提供される。
一部の実施形態では、GM−CSF組成物は、RNA配列を含み、該RNA配列は、例えば、GM−CSFをコードするDNA配列から転写される。一部の実施形態では、RNA配列は、配列番号28から転写される。RNAは、組換えにより産生されることもある
。一部の実施形態では、RNA配列は、配列番号29を含むか、または配列番号29からなる。一部の実施形態では、RNA配列は、配列番号29に対して70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%または99%の同一性を有するRNA配列を含む。
一部の実施形態では、GM−CSF RNA中の1つまたはそれ以上のウリジンは、本明細書に記載の修飾ヌクレオシドにより置換されている。一部の実施形態では、ウリジンを置換する修飾ヌクレオシドは、プソイドウリジン(ψ)、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)または5−メチル−ウリジン(mU)である。一部の実施形態では、RNAは、各ウリジンの代わりに修飾ヌクレオシドを含む。一部の実施形態では、修飾ヌクレオシドは、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)である。一部の実施形態では、GM−CSF RNAは、5’末端に改変ヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、RNAは、5’キャップを含む。当技術分野において公知のいずれの5’キャップを使用してもよい。一部の実施形態では、5’キャップは、5’−5’三リン酸結合を含む。一部の実施形態では、5’キャップは、チオリン酸修飾を含む5’−5’三リン酸結合を含む。一部の実施形態では、5’キャップは、2’−Oまたは3’−O−リボースメチル化ヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、5’キャップは、修飾グアノシンヌクレオチドまたは修飾アデノシンヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、5’キャップは、7−メチルグアニル酸を含む。一部の実施形態では、5’キャップは、Cap0またはCap1である。例示的キャップ構造としては、m7G(5’)ppp(5’)G、m7,2’O−mG(5’)ppp(5’)G、m7G(5’)ppp(5’)2’O−mG、およびm7,3’O−mG(5’)ppp(5’)2’O−mAが挙げられる。
一部の実施形態では、GM−CSF RNAは、5’非翻訳領域(UTR)を含む。一部の実施形態では、5’UTRは、開始コドンの上流にある。一部の実施形態では、5’UTRは、RNAの翻訳を調節する。一部の実施形態では、5’UTRは、安定化配列である。一部の実施形態では、5’UTRは、RNAの半減期を延長する。当技術分野において公知のいずれの5’UTRを使用してもよい。一部の実施形態では、5’UTR RNA配列は、配列番号1、3または5から転写される。一部の実施形態では、5’UTR
RNA配列は、配列番号2、4もしくは6を含むか、または配列番号2、4もしくは6からなる。一部の実施形態では、5’UTR RNA配列は、配列番号2、4または6と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%または99%同一である。
一部の実施形態では、GM−CSF RNAは、3’UTRを含む。一部の実施形態では、3’UTRは、翻訳終結コドンの後に続く。一部の実施形態では、3’UTRは、RNAのポリアデニル化、翻訳効率、局在または安定性を調節する。一部の実施形態では、3’UTR RNA配列は、配列番号7から転写される。一部の実施形態では、3’UTR RNA配列は、配列番号8を含むか、または配列番号8からなる。一部の実施形態では、3’UTR RNA配列は、配列番号8と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%または99%同一である。
一部の実施形態では、GM−CSF組成物は、5’UTRと3’UTRの両方を含む。一部の実施形態では、組成物は、5’UTRのみを含む。一部の実施形態では、組成物は、3’UTRのみを含む。
一部の実施形態では、GM−CSF RNAは、ポリAテールを含む。一部の実施形態では、RNAは、少なくとも約25、少なくとも約30,少なくとも約50ヌクレオチド、少なくとも約70ヌクレオチド、または少なくとも約100ヌクレオチドのポリAテールを含む。一部の実施形態では、ポリAテールは、200またはそれ以上のヌクレオチド
を含む。一部の実施形態では、ポリAテールは、配列番号78を含むか、または配列番号78からなる。
一部の実施形態では、GM−CSF RNAは、5’キャップ、5’UTR、GM−CSFをコードするヌクレオチド、3’UTR、およびポリAテールを、この順序で含む。
一部の実施形態では、GM−CSF組成物は、配列番号28と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であり、かつ配列番号1、3もしくは5と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一である核酸配列を含むか、またはそのような核酸配列からなる、DNA配列を含む。
一部の実施形態では、GM−CSF組成物は、RNA配列を含み、該RNA配列は、例えば、配列番号28と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であり、かつ配列番号1、3もしくは5と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一である核酸配列を含むかまたはそのような核酸配列からなるDNA配列から転写される。RNAは、組換えにより産生されることもある。一部の実施形態では、GM−CSF RNA中の1つまたはそれ以上のウリジンは、本明細書に記載の修飾ヌクレオシドにより置換されている。一部の実施形態では、ウリジンを置換する修飾ヌクレオシドは、プソイドウリジン(ψ)、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)または5−メチル−ウリジン(mU)である。一部の実施形態では、RNAは、各ウリジンの代わりに修飾ヌクレオシドを含む。一部の実施形態では、修飾ヌクレオシドは、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)である。
一部の実施形態では、GM−CSF組成物は、配列番号28と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であり、かつ配列番号7と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一である核酸配列を含むかまたはそのような核酸配列からなる、DNA配列を含む。
一部の実施形態では、GM−CSF組成物は、RNA配列を含み、該RNA配列は、例えば、配列番号28と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であり、かつ配列番号7と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一である核酸配列を含むかまたはそのような核酸配列からなるDNA配列から転写される。RNAは、組換えにより産生されることもある。一部の実施形態では、GM−CSF RNA中の1つまたはそれ以上のウリジンは、本明細書に記載の修飾ヌクレオシドにより置換されている。一部の実施形態では、ウリジンを置換する修飾ヌクレオシドは、プソイドウリジン(ψ)、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)または5−メチル−ウリジン(mU)である。一部の実施形態では、RNAは、各ウリジンの代わりに修飾ヌクレオシドを含む。一部の実施形態では、修飾ヌクレオシドは、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)である。
一部の実施形態では、GM−CSF組成物は、配列番号28と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であり;配列番号1、3もしくは5と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であり;かつ配列番号7と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%もしくは100%同一である核酸配列を含むかまたはそのよう
な核酸配列からなる、DNA配列を含む。
一部の実施形態では、組成物は、RNA配列を含み、該RNA配列は、例えば、配列番号28と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であり;配列番号1、3もしくは5と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%もしくは100%同一であり;かつ配列番号7と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一である核酸配列を含むかまたはそのような核酸配列からなるDNA配列から転写される。RNAは、組換えにより産生されることもある。一部の実施形態では、GM−CSF RNA中の1つまたはそれ以上のウリジンは、本明細書に記載の修飾ヌクレオシドにより置換されている。一部の実施形態では、ウリジンを置換する修飾ヌクレオシドは、プソイドウリジン(ψ)、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)または5−メチル−ウリジン(mU)である。一部の実施形態では、RNAは、各ウリジンの代わりに修飾ヌクレオシドを含む。一部の実施形態では、修飾ヌクレオシドは、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)である。
一部の実施形態では、GM−CSF組成物は、配列番号29と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一であり;配列番号2、4もしくは6と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%もしくは100%同一であり;かつ配列番号8と少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、もしくは100%同一である核酸配列を含むかまたはそのような核酸配列からなる、RNA配列を含む。一部の実施形態では、GM−CSF RNA中の1つまたはそれ以上のウリジンは、本明細書に記載の修飾ヌクレオシドにより置換されている。一部の実施形態では、ウリジンを置換する修飾ヌクレオシドは、プソイドウリジン(ψ)、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)または5−メチル−ウリジン(mU)である。
F.修飾形態
本明細書に記載されるRNAおよび組成物の各々を、当業者に公知のいずれの方法で修飾してもよい。一部の実施形態では、修飾形態は、本明細書に記載の通り修飾された「ModA」または「ModB」である。
一部の実施形態では、RNA中の1つまたはそれ以上のウリジンは、修飾ヌクレオシドにより置換されている。一部の実施形態では、修飾ヌクレオシドは、修飾ウリジンである。
一部の実施形態では、ウリジンを置換する修飾ウリジンは、プソイドウリジン(ψ)、N1−メチル−プソイドウリジン(m1ψ)または5−メチル−ウリジン(m5U)である。
一部の実施形態では、RNA中の1つまたはそれ以上のシトシン、アデニンまたはグアニンは、修飾核酸塩基により置換されている。一実施形態では、シトシンを置換する修飾核酸塩基は、5−メチルシトシン(mC)である。別の実施形態では、アデニンを置換する修飾核酸塩基は、N−メチルアデニン(mA)である。別の実施形態では、分子の免疫原性を低下させるための、当該技術分野において公知の、いずれの他の修飾核酸塩基を使用してもよい。
RNA中の1つまたはそれ以上のウリジンを置換する修飾ヌクレオシドは、3−メチル
−ウリジン(mU)、5−メトキシ−ウリジン(moU)、5−アザ−ウリジン、6−アザ−ウリジン、2−チオ−5−アザ−ウリジン、2−チオ−ウリジン(sU)、4−チオ−ウリジン(sU)、4−チオ−プソイドウリジン、2−チオ−プソイドウリジン、5−ヒドロキシ−ウリジン(hoU)、5−アミノアリル−ウリジン、5−ハロ−ウリジン(例えば、5−ヨード−ウリジンもしくは5−ブロモ−ウリジン)、ウリジン5−オキシ酢酸(cmoU)、ウリジン5−オキシ酢酸メチルエステル(mcmoU)、5−カルボキシメチル−ウリジン(cmU)、1−カルボキシメチル−プソイドウリジン、5−カルボキシヒドロキシメチル−ウリジン(chmU)、5−カルボキシヒドロキシメチル−ウリジンメチルエステル(mchmU)、5−メトキシカルボニルメチル−ウリジン(mcmU)、5−メトキシカルボニルメチル−2−チオ−ウリジン(mcmU)、5−アミノメチル−2−チオ−ウリジン(nmU)、5−メチルアミノメチル−ウリジン(mnmU)、1−エチル−プソイドウリジン、5−メチルアミノメチル−2−チオ−ウリジン(mnmU)、5−メチルアミノメチル−2−セレノ−ウリジン(mnmseU)、5−カルバモイルメチル−ウリジン(ncmU)、5−カルボキシメチルアミノメチル−ウリジン(cmnmU)、5−カルボキシメチルアミノメチル−2−チオ−ウリジン(cmnmU)、5−プロピニル−ウリジン、1−プロピニル−プソイドウリジン、5−タウリノメチル−ウリジン(τmU)、1−タウリノメチル−プソイドウリジン、5−タウリノメチル−2−チオ−ウリジン(τm5s2U)、1−タウリノメチル−4−チオ−プソイドウリジン)、5−メチル−2−チオ−ウリジン(mU)、1−メチル−4−チオ−プソイドウリジン(mψ)、4−チオ−1−メチル−プソイドウリジン、3−メチル−プソイドウリジン(mψ)、2−チオ−1−メチル−プソイドウリジン、1−メチル−1−デアザ−プソイドウリジン、2−チオ−1−メチル−1−デアザ−プソイドウリジン、ジヒドロウリジン(D)、ジヒドロプソイドウリジン、5,6−ジヒドロウリジン、5−メチル−ジヒドロウリジン(mD)、2−チオ−ジヒドロウリジン、2−チオ−ジヒドロプソイドウリジン、2−メトキシ−ウリジン、2−メトキシ−4−チオ−ウリジン、4−メトキシ−プソイドウリジン、4−メトキシ−2−チオ−プソイドウリジン、N1−メチル−プソイドウリジン、3−(3−アミノ−3−カルボキシプロピル)ウリジン(acpU)、1−メチル−3−(3−アミノ−3−カルボキシプロピル)プソイドウリジン(acpψ)、5−(イソペンテニルアミノメチル)ウリジン(inmU)、5−(イソペンテニルアミノメチル)−2−チオ−ウリジン(inmU)、α−チオ−ウリジン、2’−O−メチル−ウリジン(Um)、5,2’−O−ジメチル−ウリジン(mUm)、2’−O−メチル−プソイドウリジン(ψm)、2−チオ−2’−O−メチル−ウリジン(sUm)、5−メトキシカルボニルメチル−2’−O−メチル−ウリジン(mcmUm)、5−カルバモイルメチル−2’−O−メチル−ウリジン(ncmUm)、5−カルボキシメチルアミノメチル−2’−O−メチル−ウリジン(cmnmUm)、3,2’−O−ジメチル−ウリジン(mUm)、5−(イソペンテニルアミノメチル)−2’−O−メチル−ウリジン(inmUm)、1−チオ−ウリジン、デオキシチミジン、2’−F−アラ−ウリジン、2’−F−ウリジン、2’−OH−アラ−ウリジン、5−(2−カルボメトキシビニル)ウリジン、5−[3−(1−E−プロペニルアミノ)ウリジンまたは当技術分野において公知の任意の他の修飾ウリジンのいずれか1つまたはそれ以上であってもよい。
G.組合せ組成物
一部の実施形態では、本発明は、本明細書に記載の1つより多くのRNAを含む組成物を含む。一部の実施形態では、組成物は、2つのRNAを含む。一部の実施形態では、組成物は、3つのRNAを含む。一部の実施形態では、組成物は、4つのRNAを含む。一部の実施形態では、組成物は、5つのRNAを含む。一部の実施形態では、IL−2、IL12sc、IL−15 sushi、GM−CSFまたはIFNαをコードするRNAのいずれかまたはすべては、例えば、本明細書に記載のこれらのRNAを含む組成物およ
び製剤のいずれにおいても、IL−2、IL12sc、IL−15 sushi、GM−CSFおよび/またはIFNαポリペプチドによって置換されていてもよい。
一部の実施形態では、IL−2、IL12sc、IL−15 sushi、GM−CSFおよび/またはIFNαをコードする修飾または非修飾RNAは、例えば、本明細書に記載されるこれらのRNAを含む組成物および製剤のいずれにおいても、IL−2、IL12sc、IL15 sushi、GM−CSFおよびIFNαポリペプチドから選択される2つまたはそれ以上のポリペプチドをコードする修飾または非修飾多シストロン性RNAによって置換されていてもよい。
いずれの組合せ組成物も、賦形剤または希釈剤をさらに含むことがある。賦形剤または希釈剤は、対象への投与のために薬学的に許容されるものである。
一部の実施形態では、組合せ組成物は、同じ修飾を有するRNAを含む。一部の実施形態では、組合せ組成物は、異なる修飾を有するRNAを含む。一部の実施形態では、組合せ組成物は、ModA修飾を有するRNAを含む。一部の実施形態では、組合せ組成物は、ModB修飾を有するRNAを含む。一部の実施形態では、組合せ組成物は、ModAおよびModB修飾を有するRNAを含む。
一部の実施形態では、IL−2をコードするDNAまたはRNAと、IL−12sc、IFNα、IL−15 sushiおよびGM−CSFをコードするDNAまたはRNAの1つまたはそれ以上とを含む組成物が、包含される。一部の実施形態では、組成物は、本明細書に記載の、IL−2をコードするDNAもしくはRNAまたはコドン最適化IL−2をコードするDNAもしくはRNA(配列番号10〜13)と、IL−12scをコードするDNAもしくはRNAまたは最適化IL−12scをコードするDNAもしくはRNA(配列番号15〜18)、IFNαをコードするDNAもしくはRNAまたは最適化IFNαをコードするDNAもしくはRNA(配列番号20〜23)、IL−15 sushiをコードするDNAまたはRNA(配列番号25〜26)およびGM−CSFをコードするDNAまたはRNA(配列番号28〜29)の1つまたはそれ以上とを含む。一部の実施形態では、RNA中の1つまたはそれ以上のウリジンは、本明細書に記載の修飾ヌクレオシドにより置換されている。一部の実施形態では、ウリジンを置換する修飾ヌクレオシドは、プソイドウリジン(ψ)、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)または5−メチル−ウリジン(mU)である。一部の実施形態では、組成物中のRNAの1つまたはそれ以上は、本明細書中の組成物セクションに記載の5’キャップ、5’UTR、3’UTRおよびポリAテールをさらに含む。
一部の実施形態では、IL−12scをコードするDNAまたはRNAと、IL−2、IFNα、IL−15 sushiおよびGM−CSFをコードするDNAまたはRNAの1つまたはそれ以上とを含む組成物が、包含される。一部の実施形態では、組成物は、本明細書に記載の、IL−12scをコードするDNAもしくはRNAまたはコドン最適化IL−12scをコードするDNAもしくはRNA(配列番号15〜18)と、IL−2をコードするDNAもしくはRNAまたは最適化IL−2をコードするDNAもしくはRNA(配列番号10〜13)、IFNαをコードするDNAもしくはRNAまたは最適化IFNαをコードするDNAもしくはRNA(配列番号20〜23)、IL−15 sushiをコードするDNAまたはRNA(配列番号25〜26)およびGM−CSFをコードするDNAまたはRNA(配列番号28〜29)の1つまたはそれ以上とを含む。一部の実施形態では、RNA中の1つまたはそれ以上のウリジンは、本明細書に記載の修飾ヌクレオシドにより置換されている。一部の実施形態では、ウリジンを置換する修飾ヌクレオシドは、プソイドウリジン(ψ)、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)または5−メチル−ウリジン(mU)である。
一部の実施形態では、組成物中のRNAの1つまたはそれ以上は、本明細書中の組成物セクションに記載の5’キャップ、5’UTR、3’UTRおよびポリAテールをさらに含む。
一部の実施形態では、IFNαをコードするDNAまたはRNAと、IL−2、IL−12sc、IL−15 sushiおよびGM−CSFをコードするDNAまたはRNAの1つまたはそれ以上とを含む組成物が、包含される。一部の実施形態では、組成物は、本明細書に記載の、IFNαをコードするDNAもしくはRNAまたはコドン最適化IFNαをコードするDNAもしくはRNA(配列番号20〜23)と、IL−12scをコードするDNAもしくはRNAまたは最適化IL−12scをコードするDNAもしくはRNA(配列番号15〜18)、IL−2αをコードするDNAもしくはRNAまたは最適化IL−2をコードするDNAもしくはRNA(配列番号10〜13)、IL−15 sushiをコードするDNAまたはRNA(配列番号25〜26)およびGM−CSFをコードするDNAまたはRNA(配列番号28〜29)の1つまたはそれ以上とを含む。一部の実施形態では、RNA中の1つまたはそれ以上のウリジンは、本明細書に記載の修飾ヌクレオシドにより置換されている。一部の実施形態では、ウリジンを置換する修飾ヌクレオシドは、プソイドウリジン(ψ)、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)または5−メチル−ウリジン(mU)である。一部の実施形態では、組成物中のRNAの1つまたはそれ以上は、本明細書中の組成物セクションに記載の5’キャップ、5’UTR、3’UTRおよびポリAテールをさらに含む。
一部の実施形態では、IL−15 sushiをコードするDNAまたはRNAと、IL−2、IL−12sc、IFNαおよびGM−CSFをコードするDNAまたはRNAの1つまたはそれ以上とを含む組成物が、包含される。一部の実施形態では、組成物は、本明細書に記載の、IL−15 sushiをコードするDNAまたはRNA(配列番号25〜26)と、IL−12scをコードするDNAもしくはRNAまたは最適化IL−12scをコードするDNAもしくはRNA(配列番号15〜18)、IFNαをコードするDNAもしくはRNAまたは最適化IFNαをコードするDNAもしくはRNA(配列番号20〜23)、IL−2をコードするDNAもしくはRNAまたは最適化IL−2をコードするDNAもしくはRNA(配列番号10〜13)およびGM−CSFをコードするDNAまたはRNA(配列番号28〜29)の1つまたはそれ以上とを含む。一部の実施形態では、RNA中の1つまたはそれ以上のウリジンは、本明細書に記載の修飾ヌクレオシドにより置換されている。一部の実施形態では、ウリジンを置換する修飾ヌクレオシドは、プソイドウリジン(ψ)、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)または5−メチル−ウリジン(mU)である。一部の実施形態では、組成物中のRNAの1つまたはそれ以上は、本明細書中の組成物セクションに記載の5’キャップ、5’UTR、3’UTRおよびポリAテールをさらに含む。
一部の実施形態では、GM−CSFをコードするDNAまたはRNAと、IL−2、IL−12sc、IFNαおよびIL−15 sushiをコードするDNAまたはRNAの1つまたはそれ以上とを含む組成物が、包含される。一部の実施形態では、組成物は、本明細書に記載の、GM−CSFをコードするDNAまたはRNA(配列番号28〜29)と、IL−12scをコードするDNAもしくはRNAまたは最適化IL−12scをコードするDNAもしくはRNA(配列番号15〜18)、IFNαをコードするDNAもしくはRNAまたは最適化IFNαをコードするDNAもしくはRNA(配列番号20〜23)、IL−2をコードするDNAもしくはRNAまたは最適化IL−2をコードするDNAもしくはRNA(配列番号10〜13)およびIL−15 sushiをコードするDNAまたはRNA(配列番号25〜26)の1つまたはそれ以上とを含む。一部の実施形態では、RNA中の1つまたはそれ以上のウリジンは、本明細書に記載の修飾ヌク
レオシドにより置換されている。一部の実施形態では、ウリジンを置換する修飾ヌクレオシドは、プソイドウリジン(ψ)、N1−メチル−プソイドウリジン(mψ)または5−メチル−ウリジン(mU)である。一部の実施形態では、組成物中のRNAの1つまたはそれ以上は、本明細書中の組成物セクションに記載の5’キャップ、5’UTR、3’UTRおよびポリAテールをさらに含む。
一部の実施形態では、組成物は、GM−CSF、IL−2、およびIL−12sc RNAを含む。一部の実施形態では、組成物は、修飾されており、例えば、ModAまたはModBとして修飾されている。一部の実施形態では、IL−12sc RNAは、配列番号18で示されるように最適化されている。
一部の実施形態では、組成物は、GM−CSF、IL−15 sushi、およびIL−12sc RNAを含む。一部の実施形態では、組成物は、修飾されており、例えば、ModAまたはModBとして修飾されている。一部の実施形態では、IL−12sc RNAは、配列番号18で示されるように最適化されている。
一部の実施形態では、組成物は、GM−CSF、IL−2、IL−12sc、およびIFNα RNAを含む。一部の実施形態では、組成物は、修飾されており、例えば、ModAまたはModBとして修飾されている。一部の実施形態では、IL−12sc RNAおよびIFNα RNAは、それぞれ、配列番号18および23で示されるように最適化されている。
一部の実施形態では、組成物は、GM−CSF、IL−15 sushi、IL−12sc、およびIFNα RNAを含む。一部の実施形態では、組成物は、修飾されており、例えば、ModAまたはModBとして修飾されている。一部の実施形態では、IL−12sc RNAおよびIFNα RNAは、それぞれ、配列番号18および23で示されるように最適化されている。
一部の実施形態では、組成物は、GM−CSF、IL−15 sushi、IL−12sc、およびIFNα RNAを含み、該RNAは、配列番号18(IL−12sc)、23(IFNα)、26(IL−15 sushi)もしくは29(GM−CSF)で示されるヌクレオチドを含むか、そのようなヌクレオチドからなる。一部の実施形態では、組成物は、修飾されており、例えば、ModAまたはModBとして修飾されている。
一部の実施形態では、RNAの組合せは、等しいRNA質量に基づいて、1:1、1:1:1、または1:1:1:1比として投与される。例えば、IL15 sushi 20μg、IL−12sc 20μg、IFNα2b 20μg、およびGM−CSF 20μg。一部の実施形態では、比は、異なる質量比、例えば、1:10:1:10比(20μg、200μg、20μg、200μg)が投与されるように調整される。同様に、一部の実施形態では、例えば、1:2:3:4(20μg、40μg、60μg、80μg)の比が使用される。あるいは、RNAの質量に基づく比を基準として用いるのではなく、比は、RNAのモル濃度に基づくこともある。
一部の実施形態では、混合物中の各RNAが等比である、RNAの混合物が、投与される。
一部の実施形態では、混合物中の各RNAが不等比である、RNAの混合物が、投与される。一部の実施形態では、1つまたはそれ以上のRNAは、混合物中の別のRNAより1、2、3、4、5、6、7、8、9または10倍大きい比で、投与される。一部の実施形態では、1つまたはそれ以上のRNAは、混合物中の別のRNAの1/1、1/2、1
/3、1/4、1/5、1/6、1/7、1/8、1/9または1/10である比で、投与される。
一部の実施形態では、本明細書に記載の組成物は、医療用製剤であってもよい。一部の実施形態では、医療用製剤は、含まれているRNAが、同じバイアルの内にあってもよく、または別々のバイアルの中にあってもよい、キットを含む。一部の実施形態では、医療用製剤は、固形腫瘍を処置または予防するための組成物の使用説明書をさらに含む。
一部の実施形態では、本明細書に記載の組成物を含むキットであって、含まれているRNAが、同じバイアルの内にあってもよく、または別々のバイアルの中にあってもよい、キットが提供される。一部の実施形態では、キットは、固形腫瘍を処置または予防するための組成物の使用説明書をさらに含む。
H.修飾mRNA処置へのIFNα追加の効果
RNAは、様々なパターン認識受容体(PRR)を刺激することによって免疫系を活性化することができ、その結果、I型インターフェロン(IFNαのような)の産生に至る。様々な修飾ヌクレオチド、または投与されるdsRNAの量を低減させることのような他の改変を組み込むことで、RNAの免疫刺激効果を低下させることができる。意外にも、実施例で説明されるように、インターフェロンアルファをコードする、ヌクレオチド修飾型およびdsRNA低減型mRNAの包含は、ヌクレオチド修飾がなく、dsRNAを低減させないmRNAの包含と比較して、抗腫瘍活性を向上させた。インターフェロンアルファをコードするmRNAの追加は、修飾ヌクレオチドおよびdsRNA精製の包含により除去された免疫刺激効果の一部分を回復させた。
一部の実施形態では、IFN(任意の形態またはサブタイプのもの)をコードするRNAであって、IFN RNAが、非改変RNAと比較して免疫原性が低下するように改変されている、RNAが提供される。ある特定の実施形態では、このIFNの投与は、IFNをコードしていないRNAの抗腫瘍応答を向上させる。一部の実施形態では、IFNαをコードするRNAは、他のRNAが、免疫原性を低下させるように改変されていない限り、他のRNAの抗腫瘍応答を向上させる。一実施形態では、免疫原性を低下させる改変は、dsRNAの量の低減である。一部の態様では、免疫原性を低下させる改変は、1つまたはそれ以上のウリジンの修飾ヌクレオシドでの置換である。一部の態様では、免疫原性を低下させる改変は、dsRNAの量の低下と、1つまたはそれ以上のウリジンの修飾ヌクレオシドでの置換の両方である。一部の実施形態では、IFNは、IFNαである。
一部の実施形態では、IFN RNAは、修飾RNAの抗腫瘍応答を向上させる。一部の実施形態では、IFN RNAは修飾ヌクレオチドを含むRNAの抗腫瘍応答を向上させる。一部の実施形態では、IFN RNAは、プソイドウリジンを含むmRNAの抗腫瘍応答を向上させる。一部の実施形態では、IFN RNAは、ModB修飾を有するRNAの抗腫瘍応答を向上させる。
一部の実施形態では、IFN RNAは、IL−2(配列番号12もしくは13)、IL−12sc(配列番号17もしくは18)、IL−15 sushi(配列番号26)またはGM−CSF(配列番号29)のRNAの抗腫瘍応答を向上させる。一部の実施形態では、RNAは、ModB修飾を含む。
一部の実施形態では、IFNは、IFNαである。
一部の実施形態では、IFN RNA構築物は、配列番号22または23である。
III.方法および使用
本明細書に記載されるいずれのRNA、組成物、医療用製剤および組合せ組成物も、がんまたは固形腫瘍を処置するために対象に投与することができる。一部の実施形態では、がんは、固形腫瘍である。一部の実施形態では、固形腫瘍は、嚢胞も液状領域も含有しない組織の異常な塊である。一部の実施形態では、固形腫瘍は、良性であってもよく、または悪性であってもよい。一部の実施形態では、固形腫瘍は、前がん性病変である。一部の実施形態では、固形腫瘍は、肺、結腸、卵巣、子宮頸部、子宮、腹膜、精巣、陰茎、舌、リンパ節、膵臓、骨、乳房、前立腺、軟部組織、結合組織、腎臓、肝臓、脳、甲状腺または皮膚に存在する。
一部の実施形態では、固形腫瘍は、肉腫、癌腫またはリンパ腫である。一部の実施形態では、固形腫瘍は、上皮腫瘍、ホジキンリンパ腫(HL)、非ホジキンリンパ腫、前立腺腫瘍、卵巣腫瘍、腎細胞腫瘍、消化管腫瘍、肝腫瘍、結腸直腸腫瘍、脈管構造を伴う腫瘍、中皮腫腫瘍、膵腫瘍、乳房腫瘍、肉腫腫瘍、肺腫瘍、結腸腫瘍、脳腫瘍、メラノーマ腫瘍、基底細胞癌、扁平上皮癌、小細胞肺腫瘍、神経芽腫、精巣腫瘍、癌腫腫瘍、腺癌腫瘍、神経膠腫腫瘍、精上皮腫腫瘍、網膜芽細胞腫、または骨肉腫腫瘍である。一部の実施形態では、固形腫瘍は、光線角化症などの前がん性病変である。
一部の実施形態では、RNA組成物を注射によって腫瘍の中に(例えば、腫瘍内に)または腫瘍の付近に(腫瘍周囲に)送達することができる。一部の実施形態では、RNA組成物を腫瘍除去部位にまたはその付近に送達することができる。
一部の実施形態では、RNA組成物を局所用溶液、軟膏またはクリームによって送達することができる。
一部の実施形態では、RNA組成物をウイルスによって送達することができる。一部の実施形態では、RNA組成物を、該RNA組成物をコードするウイルス、例えば腫瘍溶解性ウイルス、による感染によって送達することができる。一部の実施形態では、RNA組成物を腫瘍溶解性ウイルスによって送達することができる。
一部の実施形態では、1回より多くの投与が送達される。一部の実施形態では、複数回投与のためにカテーテルが腫瘍部位内にまたはその付近に留置される。一部の実施形態では、複数回投与のためにカテーテルが腫瘍除去部位に留置される。
一部の実施形態では、対象はヒトである。一部の実施形態では、対象は、非ヒト哺乳動物、例えば、イヌ、ネコ、マウス、ラット、ウサギ、ヒツジ、ウシ、ウマおよびブタである。
一部の実施形態では、RNA組成物は、別の治療と組み合わせられる。一部の実施形態では、RNA組成物は、1つより多くの他の治療と組み合わせられる。一部の実施形態では、RNA組成物は、集学的治療に組み合わせられる。
一部の実施形態では、他の治療は、腫瘍を摘出、切除または減量するための外科手術である。一部の実施形態では、治療的RNA組成物は、腫瘍を摘出、切除または減量するための外科手術中に投与される。
一部の実施形態では、他の治療は、放射線療法である。一部の実施形態では、放射線療法は、外照射療法または粒子線照射である。一部の実施形態では、放射線療法は、カテーテルまたは大口径針による直接腫瘍への放射性同位元素の一時的または永久移植を含む、密封小線源療法である。一部の実施形態では、放射性同位元素は、137セシウム、19
2イリジウム、または放射性ヨウ素である。一部の実施形態では、放射線療法は、静脈内投与される放射性同位元素製剤である。一部の実施形態では、放射性同位元素製剤は、放射性ヨウ素(131I)、ストロンチウム(89Sr)またはサマリウム(153Sm)である。
一部の実施形態では、他の治療は、化学療法である。一部の実施形態では、化学療法は、アルキル化剤、代謝拮抗薬、微小管阻害剤、トポイソメラーゼ阻害剤、または細胞傷害性抗体である。
一部の実施形態では、化学療法は、抗浸潤剤(例えば、マリマスタットのようなメタロプロテイナーゼ阻害剤、およびウロキナーゼ型プラスミノーゲン活性化因子受容体機能の阻害剤)を含む。一部の実施形態では、化学療法は、増殖因子機能(例えば、血小板由来増殖因子および肝細胞増殖因子)、増殖因子抗体または増殖因子受容体抗体(例えば、抗erbb2抗体トラスツズマブ[ハーセプチン(商標)]および抗erbb1抗体セツキシマブ(商標))の阻害剤を含む。一部の実施形態では、化学療法は、ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、化学療法は、チロシンキナーゼ阻害剤、例えば、上皮増殖因子ファミリーの阻害剤(例えば、EGFRファミリーチロシンキナーゼ阻害剤、例えばゲフィチニブ(イレッサ(商標))、エルロチニブ(タルセバ(商標))、およびカネルチニブ(CI 1033)、またはセリン/トレオニンキナーゼ阻害剤)である。
一部の実施形態では、化学療法は、抗増殖/抗悪性腫瘍薬、例えば、代謝拮抗薬(例えば、葉酸代謝拮抗薬、例えばメトトレキサート;フルオロピリミジン、例えば5−フルオロウラシル、テガフール;プリンおよびアデノシン類似体、シトシンアラビノシド);抗腫瘍性抗生物質(例えば、アントラサイクリン系薬剤、例えばアドリアマイシン、ブレオマイシン、ドキソルビシン、ダウノマイシン、エピルビシンおよびイダルビシン;マイトマイシン−C、ダクチノマイシン、ミトラマイシン);白金誘導体(例えば、シスプラチン、カルボプラチン);アルキル化剤(例えば、ナイトロジェンマスタード、メルファラン、クロラムブシル、ブスルファン、シクロホスファミド、イホスファミド、ニトロソウレア、チオテパ);有糸分裂阻害剤(例えば、ビンカアルカロイド類、例えばビンクリスチン、ビンブラスチン、ビンデシン、ビノレルビン;およびタキソイド類、例えばタキソール、タキソテール);トポイソメラーゼ阻害剤(例えば、エピポドフィロトキシン類、例えばエトポシドおよびテニポシド;アムサクリン、トポテカン、カンプトテシンおよびまたイリノテカン);またはチミジル酸シンターゼ阻害剤(例えば、ラルチトレキセド)を含む。
一部の実施形態では、化学療法は、抗体−薬物コンジュゲート(ADC)である。一部の実施形態では、ADCは、細胞傷害(抗がん)薬に連結された抗体である。一部の実施形態では、ADCは、腫瘍細胞への細胞傷害薬の標的化送達を可能にする。一部の実施形態では、ADCは、正常組織に対して腫瘍細胞への優先的な細胞傷害薬送達を可能にする。
一部の実施形態では、化学療法は、異なる薬剤の組合せでの併用化学療法である。一部の実施形態では、その組合せは、異なる作用機序および/または異なる、重複しない毒性を有する、異なる薬剤を含む。
一部の実施形態では、他の治療は、例えば、チェックポイントモジュレーター/阻害剤などの、免疫刺激因子または免疫療法である。チェックポイントモジュレーター/阻害剤は、宿主免疫系がそれ自体を攻撃するのを防ぐことは当技術分野において周知であり、例えば、CTLA−4、PD1、PDL1、GITR、OX40、LAG−3およびTIM
−3を含む。一部の実施形態では、免疫刺激因子、免疫療法、またはチェックポイントモジュレーター/阻害剤は、モノクローナル抗体である。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、PD1、PDL1、CTLA−4、LAG3、OX40、CD40、CD40L、41BB、41BBL、GITR、CD3、CD28、CD38またはTGFベータに対する抗体である。一部の実施形態では、モノクローナル抗体は、二重特異性抗体である。一部の実施形態では、免疫刺激因子は、細胞に基づく免疫療法である。一部の実施形態では、免疫刺激因子は、サイトカインまたはケモカインである。一部の実施形態において、免疫刺激因子は、がんワクチンである。広範な免疫刺激因子が、当技術分野における技能を有する科学者および臨床医に公知であるので、本発明は、特定の免疫刺激因子との特異的な組合せに限定されない。
一部の事例では、本明細書に記載のいずれのRNA、RNA組成物、医療用製剤およびRNA組合せ組成物も、免疫刺激因子、免疫療法、またはチェックポイントモジュレーターと組み合わせて投与することができる。一部の事例では、本明細書に記載のRNA、RNA組成物およびRNA組合せ組成物は、固形腫瘍を含むがんを処置するために抗体と組み合わせて対象に投与される。一部の実施形態では、抗体は、抗PD1抗体、抗CTLA4抗体、または抗PD1抗体と抗CTLA4抗体の組合せである。一部の実施形態では、抗体は、例えば三重特異性または二重特異性抗体などの、多重特異性抗体である。
一部の実施形態では、抗PD1抗体は、キメラ、ヒト化またはヒト抗体である。一部の実施形態では、抗PD−1抗体は、単離されている、および/または組換え体である。抗PD−1抗体の例は、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、セミプリマブ、MEDI0608(旧名AMP−514;例えば、WO2012/145493および米国特許第9,205,148号を参照されたい)、PDR001(例えば、WO2015/112900を参照されたい)、PF−06801591(例えば、WO2016/092419を参照されたい)、BGB−A317(例えばWO2015/035606を参照されたい)である。
一部の実施形態では、抗PD−1抗体は、WO2015/112800において開示されているもの(例えば、このPCT公報の表1においてH1M7789N、H1M7799N、H1M7800N、H2M7780N、H2M7788N、H2M7790N、H2M7791N、H2M7794N、H2M7795N、H2M7796N、H2M7798N、H4H9019P、H4xH9034P2、H4xH9035P2、H4xH9037P2、H4xH9045P2、H4xH9048P2、H4H9057P2、H4H9068P2、H4xH9119P2、H4xH9120P2、H4xH9128P2、H4xH9135P2、H4xH9145P2、H4xH8992P、H4xH8999PおよびH4xH9008Pとして言及されているもの、ならびにこのPCT公報の表3においてH4H7798N、H4H7795N2、H4H9008PおよびH4H9048P2として言及されているもの)の1つである。WO2015/112800の開示は、その全体が参照によって本明細書に組み入れられる。例えば、WO2015/112800において開示されている抗体、および関連抗体(このPCT公報において開示されているCDR、VHおよびVL配列または重鎖および軽鎖配列を有する抗体および抗原結合断片、ならびにこのPCT公報において開示されている抗体と同じPD−1エピトープと結合する抗体および抗原結合断片を含む)を、がんを処置および/または予防するために本発明のRNA組成物とともに使用することができる。
関連する実施形態では、抗PD−1抗体は、配列番号79および80としてそれぞれ下に示される重鎖および軽鎖アミノ酸配列;配列番号87および88におけるVHおよびVL配列(イタリック体で示される)、または配列番号79および80における1つもしくはそれ以上(例えば、6つすべて)のCDR(太字枠内に示される)を含むこともある。
一部の実施形態では、次のCDRを含む抗体が包含される:
HCDR1=GFTFSNFG(配列番号81)
HCDR2=ISGGGRDT(配列番号82)
HCDR3=VKWGNIYFDY(配列番号83)
LCDR1=LSINTF(配列番号84)
LCDR2=AAS(配列番号85)
LCDR3=QQSSNTPFT(配列番号86)。
配列番号87および88におけるVHおよびVL配列(イタリック体で示される)を含む重鎖を含む例示的抗体は、REGN2810(セミプリマブ)として公知の完全ヒト抗PD−1抗体である。
抗PD−1 Mab重鎖
Figure 2021098735
HCDR1=GFTFSNFG(配列番号81)
HCDR2=ISGGGRDT(配列番号82)
HCDR3=VKWGNIYFDY(配列番号83)
抗PD−1 Mab軽鎖
Figure 2021098735
LCDR1=LSINTF(配列番号84)
LCDR2=AAS(配列番号85)
LCDR3=QQ SSNTPFT(配列番号86)。
一部の実施形態では、RNA、RNA組成物、およびRNA組合せ組成物を、注射によって腫瘍の中に(例えば、腫瘍内に)、腫瘍の付近に(腫瘍周囲に)、または腫瘍除去部位の付近に送達してもよく、抗体を同じ方法で送達してもよく、または全身送達、例えば、注射、注入および移植によるものを含む、経腸または非経口方法などで送達してもよい。「組み合わせて投与」は、同時投与または逐次投与を含む。逐次的な場合、投与は、いずれの順序であってもよく、当業者に公知のいずれの適切な時間間隔であってよい。
一部の実施形態では、他の治療は、ホルモン療法である。一部の実施形態では、ホルモン療法は、乳がんの処置のための抗エストロゲン薬、または前立腺がんを処置するための抗アンドロゲン薬である。薬剤の例としては、抗エストロゲン剤(例えば、タモキシフェン、トレミフェン、ラロキシフェン、ドロロキシフェン、イドキシフェン)、エストロゲン受容体ダウンレギュレーター(例えば、フルベストラント)、プロゲストーゲン(例えば、メゲストロール酢酸エステル)、アロマターゼ阻害剤(例えば、アナストロゾール、
レトラゾール、ボロゾール、エキセメスタン)、抗プロゲストーゲン、抗アンドロゲン剤(例えば、フルタミド、ニルタミド、ビカルタミド、シプロテロン酢酸エステル)、LHRHアゴニストおよびアンタゴニスト(例えば、ゴセレリン酢酸塩、リュープロリド、ブセレリン)、ならびに5−アルファ−レダクターゼ阻害剤(例えば、フィナステリド)が挙げられる。
一部の実施形態では、他の治療は、標的療法である。一部の実施形態では、標的療法は、キナーゼ阻害剤である。一部の実施形態では、標的療法は、がん原遺伝子の遺伝子産物の活性を阻害するものである。一部の実施形態では、標的療法は、抗血管新生剤である。一部の実施形態では、標的療法は、VEGF、BCR−ABL、BRAF、EGFR、c−Met、MEK、ERK、mTORまたはALKの活性を調節することに関するものである。
一部の実施形態では、他の治療は、幹細胞移植である。
一部の実施形態では、治療用RNA組成物は、別の治療と同時に送達される。
一部の実施形態では、治療用RNA組成物は、別の治療の前に送達される。
一部の実施形態では、治療用RNA組成物は、別の治療の後に送達される。
一部の実施形態では、治療用RNA組成物は、別の治療と一緒に、直接腫瘍に、または腫瘍のもしくは腫瘍除去部位の付近に、送達される。一部の実施形態では、治療用RNA組成物は、直接腫瘍に、または腫瘍のもしくは腫瘍除去部位の付近に、送達されるが、別の薬剤は、全身送達される。
IV.医薬製剤
一部の実施形態では、本明細書に記載のいずれのDNA、RNAおよび組成物も医薬製剤である。一部の実施形態では、医薬製剤は、希釈剤、賦形剤、または他の薬学的に許容される担体を含む。したがって、本明細書で提供されるDNA、RNA、組成物またはその組合せと、薬学的に許容される賦形剤とを含む、医薬組成物が、本明細書で提供される。ある特定の実施形態では、薬学的に許容される賦形剤は、水溶液である。ある特定の実施形態では、水溶液は、食塩溶液である。本明細書で使用される場合、薬学的に許容される賦形剤は、無菌であると理解される。一部の実施形態では、医薬組成物は、投薬単位の形態で投与される。例えば、ある特定の実施形態では、投薬単位は、錠剤、カプセル、植込み型デバイス、またはボーラス注入の形態でのものある。
一部の実施形態では、本明細書で提供される医薬組成物は、医薬組成物中で従来見いだされる他の補助成分をさらに含有することがある。例えば、組成物は、例えば鎮痒薬、収斂薬、局所麻酔剤または抗炎症剤などの、追加の、適合性の、薬学的に活性の材料を含有することもある。組成物はまた、例えば賦形剤、希釈剤および担体などの、追加の、適合性の、薬学的に不活性の材料を含有することもある。
注射用のある特定の医薬組成物は、油性または水性ビヒクル中の懸濁液、溶液またはエマルジョンであり、懸濁化剤、安定剤および/または分散剤などの、製剤用薬剤を含有することもある。注射のための医薬組成物における使用に適しているある特定の溶媒は、これらに限定されないが、親油性溶媒および脂肪油、例えばゴマ油、合成脂肪酸エステル、例えばオレイン酸エチルまたはトリグリセリド、およびリポソームが含まれる。水性懸濁注射剤は、懸濁液の粘度を上昇させる物質、例えば、カルボキシメチルセルロースナトリウム、ソルビトールまたはデキストランを含有することもある。場合により、そのような
懸濁液はまた、高濃度溶液の調製を可能にするために、適切な安定剤と、医薬品の溶解度を上昇させる薬剤とを含有することもある。
脂質部分を使用して、本明細書で提供されるRNAを送達してもよい。1つの方法では、RNAは、カチオン性脂質と中性脂質の混合物で製造された既成のリポソームまたはリポプレックスに導入される。別の方法では、中性脂質が存在しない、モノまたはポリカチオン性脂質とRNA複合体が形成される。ある特定の実施形態では、脂質部分は、特定の細胞または組織への医薬品の分配を増加させるように選択される。
一部の実施形態では、本明細書で提供される医薬組成物は、本明細書で提供されるDNAまたはRNAと複合体を形成している、ポリアミン化合物または脂質部分を含む。
一部の実施形態では、本明細書で提供される医薬組成物は、送達系を含む。送達系の例としては、リポソームおよびエマルジョンが挙げられるが、これらに限定されない。ある特定の送達系は、疎水性化合物を含むものを含む、ある特定の医薬組成物の調製に有用である。ある特定の実施形態では、ジメチルスルホキシドなどの、ある特定の有機溶媒が、使用される。
注射のためのある特定の医薬組成物は、単位剤形で、例えば、アンプルで、または複数回投与用容器で、提供される。ある特定の実施形態では、本明細書で提供される医薬組成物は、RNAまたはRNAの組合せを治療有効量で含む。ある特定の実施形態では、治療有効量は、処置される対象におけるがんを処置または予防するのに十分な量ある。
以下の条項は、非常に多くの実施形態を提供するものであり、非限定的である:
条項1.IL−12scタンパク質をコードするRNAと、IL−15 sushiタンパク質をコードするRNAと、IFNαタンパク質をコードするRNAと、GM−CSFタンパク質をコードするRNAとを含む、組成物。
条項2.IFNαタンパク質は、IFNα2bタンパク質である、条項1に記載の組成物。
条項3.(i)IL−12scタンパク質をコードするRNAは、配列番号17もしくは18のヌクレオチド配列、もしくは配列番号17もしくは18のヌクレオチド配列と少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、および/または(ii)IL−12scタンパク質は、配列番号14のアミノ酸配列、もしくは配列番号14のアミノ酸配列と少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、条項1に記載の組成物。
条項4.(i)IL−15 sushiタンパク質をコードするRNAは、配列番号26のヌクレオチド配列、もしくは配列番号26のヌクレオチド配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、および/または(ii)IL−15 sushiタンパク質は、配列番号24のアミノ酸配列、もしくは配列番号24のアミノ酸配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、条項1に記載の組成物。
条項5.(i)IFNαタンパク質をコードするRNAは、配列番号22もしくは23のヌクレオチド配列、もしくは配列番号22もしくは23のヌクレオチド配列と少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、および/または(ii)IFNαタンパク質は、配列番号19のアミノ酸配列、もしくは配列番号19のアミノ酸配列と少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、条項1に記載の組成物。
条項6.(i)GM−CSFタンパク質をコードするRNAは、配列番号29のヌクレオチド配列、もしくは配列番号29のヌクレオチド配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、および/または(ii)GM−CSFタンパク質は、配列番号27のアミノ酸配列、もしくは配列番号27のアミノ酸配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、条項1に記載の組成物。
条項7.少なくとも1つのRNAは、少なくとも1つのウリジンの代わりに修飾ヌクレオシドを含み、該修飾ヌクレオシドは、プソイドウリジン(ψ)、N1−メチル−プソイドウリジン(m1ψ)、5−メチル−ウリジン(m5U)、またはこれらの組合せである、条項1に記載の組成物。
条項8.各RNAは、少なくとも1つのウリジンの代わりに修飾ヌクレオシドを含み、該修飾ヌクレオシドは、プソイドウリジン(ψ)、N1−メチル−プソイドウリジン(m1ψ)、5−メチル−ウリジン(m5U)、またはこれらの組合せである、条項1に記載の組成物。
条項9.少なくとも1つのRNAは、5’キャップm 7,3’−OGppp(m 2’−O)ApG、または3’−O−Me−mG(5’)ppp(5’)G、またはm 7,3’−OGppp(m 2’−O)ApG、または3’−O−Me−mG(5’)ppp(5’)Gを含む、条項1に記載の組成物。
条項10.少なくとも1つのRNAは、(i)配列番号2、4および6からなる群から選択されるヌクレオチド配列、もしくは(ii)配列番号2、4および6からなる群から選択されるヌクレオチド配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む5’UTR、および/または(i)配列番号8のヌクレオチド配列、もしくは(ii)配列番号8のヌクレオチド配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む3’UTRを含む、条項1に記載の組成物。
条項11.少なくとも1つのRNAは、少なくとも100ヌクレオチドのポリAテールを含む、条項1に記載の組成物。
条項12.ポリAテールは、配列番号78で示されるポリAテールを含む、条項11に記載の組成物。
条項13.1つまたはそれ以上のRNAは:
− m 7,3’−OGppp(m 2’−O)ApGまたは3’−O−Me−mG(5’)ppp(5’)Gを含む5’キャップ;
− (i)配列番号2、4および6からなる群から選択されるヌクレオチド配列、または(ii)配列番号2、4および6からなる群から選択されるヌクレオチド配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む5’UTR;
− (i)配列番号8のヌクレオチド配列、または(ii)配列番号8のヌクレオチド配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む3’UTR;ならびに
− 少なくとも100ヌクレオチドを含むポリAテール
を含む、条1に記載の組成物。
条項14.ポリAテールは、配列番号78を含む、条項13に記載の組成物。
条項15.条項1に記載の組成物と薬学的に許容される担体、希釈剤および/または賦形剤とを含む、医薬組成物。
条項16.固形腫瘍を処置するまたは固形腫瘍の可能性を低下させる方法であって、それを必要とする対象に条項1に記載の組成物を投与することを含む方法。
条項17.固形腫瘍を処置するまたは固形腫瘍の可能性を低下させる方法であって、それを必要とする対象に第1のRNAを投与することを含み、第1のRNAは、IL−12
scタンパク質、IL−15 sushiタンパク質、IFNαタンパク質、またはGM−CSFタンパク質、およびさらなるRNAをコードし、ここで:
− 第1のRNAがIL−12scタンパク質をコードする場合には、さらなるRNAは、IL−15 sushiタンパク質、IFNαタンパク質、およびGM−CSFタンパク質をコードし;
− 第1のRNAがIL−15 sushiタンパク質をコードする場合には、さらなるRNAは、IL−12scタンパク質、IFNαタンパク質、およびGM−CSFタンパク質をコードし;
− 第1のRNAがIFNαタンパク質をコードする場合には、さらなるRNAは、IL−15 sushiタンパク質、IL−12scタンパク質、およびGM−CSFタンパク質をコードし;
− 第1のRNAがGM−CSFタンパク質をコードする場合には、さらなるRNAは、IL−15 sushiタンパク質、IFNαタンパク質、およびIL−12scタンパク質をコードする、前記方法。
条項18.第1のRNAは、さらなるRNAと同時に対象に投与される、条項17に記載の方法。
条項19.RNAは、腫瘍内または腫瘍周囲投与される、条項17に記載の方法。
条項20.対象は、(i)腫瘍を摘出、切除もしくは減量するための外科手術、(ii)免疫療法、(iii)放射線療法、または(iv)化学療法を含む、追加の治療でさらに処置される、条項17に記載の方法。
条項21.対象は、チェックポイントモジュレーターでさらに処置される、条項17に記載の方法。
条項22.チェックポイントモジュレーターは、抗PD1抗体、抗CTLA−4抗体、または抗PD1抗体と抗CTLA−4抗体の組合せである、条項21に記載の方法。
条項23.RNAは、注射によって腫瘍内または腫瘍周囲投与され、チェックポイントモジュレーターは、全身投与される、条項21に記載の方法。
条項24.固形腫瘍は、肉腫、癌腫またはリンパ腫である、条項17に記載の方法。
条項25.固形腫瘍は、肺、結腸、卵巣、子宮頸部、子宮、腹膜、精巣、陰茎、舌、リンパ節、膵臓、骨、乳房、前立腺、軟部組織、結合組織、腎臓、肝臓、脳、甲状腺または皮膚におけるものである、条項17に記載の方法。
条項26.固形腫瘍は、上皮腫瘍、ホジキンリンパ腫(HL)、非ホジキンリンパ腫、前立腺腫瘍、卵巣腫瘍、腎細胞腫瘍、消化管腫瘍、肝腫瘍、結腸直腸腫瘍、脈管構造を伴う腫瘍、中皮腫腫瘍、膵腫瘍、乳房腫瘍、肉腫腫瘍、肺腫瘍、結腸腫瘍、脳腫瘍、メラノーマ腫瘍、小細胞肺腫瘍、神経芽腫腫瘍、精巣腫瘍、癌腫腫瘍、腺癌腫瘍、神経膠腫腫瘍、精上皮腫腫瘍、網膜芽細胞腫、または骨肉腫腫瘍である、条項17に記載の方法。
条項27.固形腫瘍を処置することまたは固形腫瘍の可能性を低下させることは、対象における、腫瘍のサイズを縮小すること、寛解期のがんの再発の可能性を低下させること、またはがん転移の可能性を低下させることを含む、条項17に記載の方法。
条項28.固形腫瘍を処置するまたは固形腫瘍の可能性を低下させる併用治療方法であって、それを必要とする対象にRNAおよびさらなる治療を投与することを含み、RNAは、IL−12scタンパク質、IL−15 sushiタンパク質、IFNαタンパク質、およびGM−CSFタンパク質をコードし、さらなる治療は、免疫療法、化学療法またはチェックポイントモジュレーターを含む、併用治療方法。
条項29.さらなる治療は、抗PD1抗体、抗CTLA−4抗体、または抗PD1抗体と抗CTLA−4抗体の組合せを含む、条項28に記載の併用治療方法。
条項30.IL−12scタンパク質をコードする配列を含む単離された核酸であって、IL−12scタンパク質をコードする配列は、a)配列番号16または18のヌクレオチド1〜984に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%、80%または78%の同一性を有する連続したヌクレオチドと、b)配列番号16または18のヌクレオチド1027〜1623に対して少なくとも99%、98%、
97%、96%、95%、90%、85%または81%の同一性を有する連続したヌクレオチドと、c)a)のヌクレオチドとb)のヌクレオチドの間のリンカーをコードするヌクレオチドとを含む、単離された核酸。
条項31.DNAである、条項30に記載の核酸。
条項32.RNAである、条項30に記載の核酸。
条項33.IFNαタンパク質をコードする配列を含む、単離された核酸であって、IFNαタンパク質をコードする配列は、配列番号21または23のヌクレオチド配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%または80%の同一性を有する、前記単離された核酸。
条項34.DNAである、条項33に記載の核酸。
条項35.RNAである、条項33に記載の核酸。
条項36.固形腫瘍を処置するまたは固形腫瘍の可能性を低下させる方法であって、それを必要とする対象に条項34に記載のRNAを投与することを含み、対象は、IL−15 sushiタンパク質、IFNαタンパク質およびGM−CSFタンパク質をコードするさらなるRNAでさらに処置される、前記方法。
条項37.固形腫瘍を処置するまたは固形腫瘍の可能性を低下させる方法であって、それを必要とする対象に条項35に記載のRNAを投与することを含み、対象は、IL−15 sushiタンパク質、IL−12scタンパク質およびGM−CSFタンパク質をコードするさらなるRNAでさらに処置される、前記方法。
条項38.IL−12scをコードするRNAを産生する方法であって、プロモーターに作動可能に連結された条項32に記載の核酸を含む発現構築物を、転写可能な条件下で、RNAポリメラーゼと接触させることを含む、前記方法。
条項39.IFNαをコードするRNAを産生する方法であって、プロモーターに作動可能に連結された条項35に記載の核酸を含む発現構築物を、転写可能な条件下で、RNAポリメラーゼと接触させることを含む、前記方法。
条項40.条項1に記載の組成物を含む、キット。
条項41.IL−12scタンパク質をコードするRNAと、IL−15 sushiタンパク質をコードするRNAと、IFNαタンパク質をコードするRNAと、GM−CSFタンパク質をコードするRNAとを含むキットであって、これらのRNAは、同じ容器内にない、前記キット。
条項42.各RNAは、別々の容器内にある、条項41に記載のキット。
条項43.固形腫瘍を処置するまたは固形腫瘍の可能性を低下させるための組成物またはRNAの使用説明書をさらに含む、条項40〜42のいずれか1項に記載のキット。
この説明および例示的実施形態は、限定と考えるべきではない。本明細書および添付の特許請求の範囲に関して、別段の指示がない限り、本明細書および特許請求の範囲で使用される、量、パーセンテージまたは割合を表すすべての数、および他の数値は、すべての場合、用語「約」により修飾されていると、それらがまだそのように修飾されていなくても、解されたい。したがって、相反する指示がない限り、以下の明細書および付属の特許請求の範囲に記載の数値パラメータは、得ようとする所望の特性に依存して変ることがある近似値である。最低でも、また本特許請求の範囲に記載の範囲への均等論の適用を制限しないようにして、各数値パラメータは、少なくとも、報告有効桁数に照らして、また通常の丸め技法を適用することにより、解釈されたい。
本明細書および添付の特許請求の範囲で使用される場合、単数形「1つの(a)」、「1つの(an)」および「その(the)」、ならびに任意の語の任意の単数形の使用は、1つの指示対象に明確にかつ明白に限定されていない限り、複数の指示対象を含むことに留意されたい。本明細書で使用される場合、用語「含む(include)」およびその文法上の異表記は、非限定的であるように意図されており、したがって、リスト内の品目の言及は、挙げられている品目の代わりに使用することができるまたは挙げられている
品目に加えることができる他の同様の品目の除外への言及ではない。
以下の実施例は、ある特定の開示する実施形態を例証するために提供するものであり、いかなる点においても本開示の範囲を制限するものと見なしてはならない。
材料および方法
B16F10腫瘍モデル:6〜8週齢で17.0〜20.9gの間の体重を有する雌C57BL/6Jマウス(Jackson Laboratory;Bar Harbor、ME)を、研究登録前に少なくとも3日間、順化させた。マウスは、餌(Harlan
2916齧歯動物用飼料、Massachusetts、USA)および滅菌水を自由に入手でき、12時間の昼夜サイクルで、22℃±2℃、相対湿度55%±15%でマウスを飼育した。B16F10細胞を米国培養細胞系統保存機関(ATCC)(Manassas、Virginia USA)(カタログ番号CRL−6475)から入手し、10%熱不活性化ウシ胎仔血清(HI FBS)(Life technologies、カタログ番号10082−147)を補充したダルベッコ変法イーグル培地(DMEM)(Life technologies、カタログ番号11995)において5%CO2で、37℃で培養した。0.25%トリプシン−EDTA(Life technologies、カタログ番号25200−056)を使用して細胞を回収し、ダルベッコリン酸緩衝食塩水(DPBS)(Life technologies、カタログ番号14190−144)に再浮遊させ、マウス1匹当たり細胞0.5×10個/200μlを、雌C57BL/6Jマウスの右側腹部に皮下(SC)移植した。二重側腹部腫瘍モデルには、0日目に、マウス1匹当たりB16F10細胞0.5×10個/200μlを右側腹部に皮下(SC)移植し、マウス1匹当たりB16F10細胞0.25×10個/200μlを左側腹部にSC移植した。サイトカインmRNAの局所投与が、遠位効果を及ぼすことができるかどうかを試験するために(図19を参照されたい)、17〜24gの間の体重を有する6〜8週齢の雌C57BL/6JOlaHsdマウス(Envigo、Rossdorf、Germany)を、研究登録前に少なくとも6日間、順化させた。マウスは、餌(加熱滅菌処理可能なssniff M−Z、Soest、Germany)および滅菌水を自由に入手でき、12時間の昼夜サイクルで、22℃±2℃、相対湿度55%±10%でマウスを飼育した。B16F10細胞を米国培養細胞系統保存機関(ATCC(登録商標)CRL−6475(商標))から入手し、10%ウシ胎仔血清(FBS)(Biochrom、カタログ番号S 0115)を補充したDMEM、高グルコース、GlutaMAX(商標)(Life technologies、カタログ番号31966047)において、7.5%CO2で、37℃で培養した。StemPro(登録商標)Accutase(登録商標)細胞解離試薬(Life technologies、カタログ番号A1110501)を使用して細胞を回収し、ダルベッコリン酸緩衝食塩水(DPBS)(Life technologies、カタログ番号14190−169)に再浮遊させ、マウス1匹当たり細胞0.3×10個/100μlを、雌C57BL/6Jマウスの右側の剪毛した側腹部に皮下(SC)移植した。遠位肺腫瘍の播種には、B16F10_luc−gfp細胞を使用した。これらの細胞は、ルシフェラーゼおよびGFPをコードするプラスミドでの安定したトランスフェクションによってB16F10から得た。B16F10_luc−gfp細胞を、B16F10と同じ条件で培養し;だがしかし0.5μg/mL ピューロマイシンを培養培地に添加した。SC移植の翌日、マウス1匹当たりB16F10_luc−gfp細胞0.3×10個/200μlを尾静脈に静脈内(IV)注射した。腫瘍のSC接種の10〜14日後に、腫瘍内mRNA注射を開始した。腫瘍成長を2〜3日ごとにノギス測定によって評定し、次の式を使用して垂直直径の積として表した:a2×b/2(式中、a<b)。肺におけるルシフェラーゼ陽性腫瘍細胞の生着を、Xenogen IVIS Spectrumイメージン
グシステム(Caliper Life Sciences)を用いるin vivo生物発光イメージングにより分析した。L−ルシフェリンの水溶液(250μl、1.6mg;BD Biosciences)を腹腔内注射した。生存動物から放出される光子を1分の露光時間で10分後に定量した。関心領域(ROI)を、平均放射輝度(Caliper Life SciencesからのLiving Imageソフトウェアを使用してマウスのグレースケール写真に重ね合せたカラースケールの画像として表される、光子・s−1cm−2sr−1)として定量した。絶対定量のために、生物発光シグナルを全光束(光子・s−1)としてブロットした。図20C〜Gおよび21E〜Iに関して行った研究には、肺転移の播種を伴わない、C57BL/6JOlaHsdマウス(Envigo、Rossdorf、Germany)の上記モデルも、使用した。
CT26腫瘍モデル:図2、3、7D〜F、8、9、12Dおよび21に関して行った実験については、17〜24gの間の体重を有する6〜8週齢の雌Balb/c Rjマウス(Janvier、Genest−St.−Isle、France)を研究登録の前に少なくとも6日間、順化させた。マウスは、餌(加熱滅菌処理可能なssniff M−Z、Soest、Germany)および滅菌水を自由に入手でき、12時間の昼夜サイクルで、22℃±2℃、相対湿度55%±10%でマウスを飼育した。CT26細胞を(ATCC(登録商標)CRL−2638(商標))から入手し、10%ウシ胎仔血清(FBS)(Biochrom、カタログ番号S 0115)を補充したロズウェルパーク記念研究所培地(RPMI)1640培地、GlutaMAX(商標)(Life technologies、カタログ番号61870−044)において、5%CO2で、37℃で培養した。StemPro(登録商標)Accutase(登録商標)細胞解離試薬(Life technologies、カタログ番号A1110501)を使用して細胞を回収し、DPBS(Life technologies、カタログ番号14190−169)に再浮遊させ、マウス1匹当たり細胞0.5×10個/100μlを、雌Balb/c Rjマウスの右側の剪毛した側腹部にSC移植した。腫瘍接種の13〜19日後に、腫瘍内RNA注射を開始した。腫瘍成長を2〜3日ごとにノギス測定によって評定し、次の式を使用して垂直直径の積として表した:a2×b/2(式中、bは、2つの直径の長い方である(a<b))。
図6および7A〜Cに関して行った研究については、6〜8週齢で17.0〜20.9gの間の体重を有する雌BALB/cマウス(Jackson Laboratory;Bar Harbor、ME)を、研究登録前に少なくとも3日間、順化させた。マウスは、餌(Harlan 2916齧歯動物用飼料、Massachusetts、USA)および滅菌水を自由に入手でき、12時間の昼夜サイクルで、温度(22℃±2℃)、相対湿度(55%±15%)でマウスを飼育した。CT26細胞をATCC(Manassas、Virginia USA)(カタログ番号CRL−2638)から入手し、10%HI FBS(Life technologies、カタログ番号10082−147)を補充したRPMI−1640(Life technologies、カタログ番号11875−093)において5%CO2で、37℃で培養した。0.25%トリプシン−EDTA(Life technologies、カタログ番号25200−056)を使用して細胞を回収し、DPBS(Life technologies、カタログ番号14190−144)に再浮遊させ、マウス1匹当たり細胞0.5×10個/200μlを、BALB/c雌マウスの右側腹部にSC移植した。
CT26腫瘍モデルに関しては、腫瘍成長に加えて、示した箇所の血液中のgp70反応性CD8+T細胞を測定した。血液試料は、EDTA被覆チューブを使用して採取した。血液100μLをFACSチューブに移し、T−Select H−2Ld MuLV
gp70四量体−SPSYVYHQF−APC(MBL(TS−M−521−2)、血液100μLに対して4μL)と、抗CD8a FITC(life technolo
gies(MCD801)、血液100μLに対して1μL)と、抗CD45 V500(BD(561487)、血液100μLに対して1μL)とを含有する抗体混合物を添加した。室温で20分インキュベーション後、Blood Lysis Buffer(BD(349202)、チューブ1本当たり300μL)を添加し、さらに6分間インキュベートした。次いで、試料をPBS−EDTA緩衝液で2回洗浄した。FACS試料をFACS Canto IIフローサイトメーターで分析した。
MC38腫瘍モデル:6〜8週齢で17.0〜20.9gの間の体重を有する雌C57BL/6Jマウス(Jackson Laboratory;Bar Harbor、ME)を、研究登録前に少なくとも3日間、順化させた。マウスは、餌(Harlan 2916齧歯動物用飼料、Massachusetts、USA)および滅菌水を自由に入手でき、12時間の昼夜サイクルで、22℃±2℃、相対湿度55%±15%でマウスを飼育した。MC38細胞は、S.A.Rosenberg博士(米国国立衛生研究所、Bethesda、MD、USA)からの寛大な寄贈品であった。細胞株を、10%HI FBS(Gibco、カタログ番号100082)を補充した、L−グルタミンを含有するRPMI−1640(Gibco、カタログ番号11875)において5%CO2で、37℃で培養した。細胞を回収し、DPBS(Gibco、カタログ番号14190)に再浮遊させ、マウス1匹当たり細胞1×10個/200μlを雌C57BL/6Jマウスの右側腹部にSC移植した。
A375腫瘍モデル:6〜8週齢で17.0〜20.9gの間の体重を有する雌重症複合免疫不全(SCID)マウス(Jackson Laboratory;Bar Harbor、ME)を、研究登録前に少なくとも3日間、順化させた。マウスは、餌(Harlan 2916齧歯動物用飼料、Massachusetts、USA)、滅菌水を自由に入手でき、12時間の昼夜サイクルで、22℃±2℃、相対湿度55%±15%でマウスを飼育した。A375細胞は、ATCC(Manassas、Virginia USA)(カタログ番号CRL−1619)から入手した。10%HI FBS(Life technologies、カタログ番号10082−147)を補充したDMEM(Life technologies、カタログ番号11995)において5%CO2で、37℃で細胞株を培養した。0.25%トリプシン−EDTA(Life technologies、カタログ番号25200−056)を使用して細胞を回収し、DPBS(Life technologies、カタログ番号14190−144)に再浮遊させ、PBS 100μL当たり3.0×10個をBDマトリゲルマトリックス(BD、カタログ番号354234)100ulと混合し、雌SCIDマウスの右側腹部にSC移植した。
KM12(CRC)異種移植モデル:10週齢で17.3g〜21.9gの間の体重を有する雌NOD.CB17−Prkdcscid/SCIDマウス(Jackson Laboratory;Bar Harbor、ME)を、研究登録前に少なくとも3日間、順化させた。マウスは、餌(Harlan 2916齧歯動物用飼料、Massachusetts、USA)、滅菌水を自由に入手でき、12時間の昼夜サイクルで、(22±2℃)で、相対湿度(55±15%)でマウスを飼育した。KM−12細胞は、米国国立がん研究所(NCI)(カタログ番号507345)から入手した。10%HI FBS(Life technologies、カタログ番号10082)を補充した、L−グルタミンを含有するRPMI培地1640(Gibco、カタログ番号11875)において細胞を増殖させ、37℃で、5%CO2でインキュベートした。0.25%トリプシン−EDTA(Gibco、カタログ番号25200)を使用して細胞を回収し、DPBS(Gibco、カタログ番号14190)に再浮遊させ、マウスごとに、50%マトリゲル(BD、カタログ番号356234)を含有するDPBS 200μl中の細胞5.0×10個を、雌SCIDマウスの右側腹部にSC移植した。
RPMI8226(骨髄腫)異種移植モデル:12週齢で19.8g〜26.6gの間の体重を有する雌NSGマウス(Jackson Laboratory;Bar Harbor、ME)を、研究登録前に少なくとも3日間、順化させた。マウスは、餌(Harlan 2916齧歯動物用飼料、Massachusetts、USA)、滅菌水を自由に入手でき、12時間の昼夜サイクルで、(22±2℃)で、相対湿度(55±15%)でマウスを飼育した。RPMI8226細胞は、ATCC(カタログ番号CCL−155)から入手した。10%HI FBS(Gibco、カタログ番号10082)を補充した、L−グルタミンを含有するRPMI培地1640(Gibco、カタログ番号11875)において細胞を増殖させ、37℃で、5%CO2でインキュベートした。0.25%トリプシン−EDTA(Gibco、カタログ番号25200)を使用して細胞を回収し、DPBS(Gibco、カタログ番号14190)に再浮遊させ、マウスごとに、50%マトリゲル(BD、カタログ番号356234)を含有する DPBS 200μl中の細胞5.0×10個を、雌NSGマウスの右側腹部にSC移植した。
NCI−N87(胃がん)異種移植モデル:11週齢で18.3〜22.7gの間の体重を有する雌NOD.CB17−Prkdcscid/SCID(Jackson Laboratory;Bar Harbor、ME)を、研究登録前に少なくとも3日間、順化させた。マウスは、餌(Harlan 2916齧歯動物用飼料、Massachusetts、USA)、滅菌水を自由に入手でき、12時間の昼夜サイクルで、(22±2℃)で、相対湿度(55±15%)でマウスを飼育した。NCI−N87細胞は、ATCC(カタログ番号CRL−5822)から入手した。10%HI FBS(Gibco、カタログ番号10082)を補充した、L−グルタミンを含有するRPMI培地1640(Gibco、カタログ番号11875)において細胞を増殖させ、37℃で、5%CO2でインキュベートした。0.25%トリプシン−EDTA(Gibco、カタログ番号25200)を使用して細胞を回収し、DPBS(Gibco、カタログ番号14190)に再浮遊させ、マウスごとに、50%マトリゲル(BD、カタログ番号356234)を含有するDPBS 200μl中の細胞3.0×10個を、雌SCIDマウスの右側腹部にSC移植した。
NCI−H1975(NSCLC)異種移植モデル:10週齢で18.8g〜26.0gの間の体重を有する雌NSGマウス(Jackson Laboratory;Bar
Harbor、ME)を、研究登録前に少なくとも3日間、放置して順化させた。マウスは、餌(Harlan 2916齧歯動物用飼料、Massachusetts、USA)、滅菌水を自由に入手でき、12時間の昼夜サイクルで、(22±2℃)で、相対湿度(55%±15%)でマウスを飼育した。NCI−H1975細胞をATCC(カタログ番号CRL−5908)から入手し、10%HI FBS(Gibco、カタログ番号10082)を補充した、L−グルタミンを含有するRPMI培地1640(Gibco、カタログ番号11875)において培養し、37℃で、5%CO2でインキュベートした。0.25%トリプシン−EDTA(Gibco、カタログ番号25200)を使用して細胞を回収し、DPBS(Gibco、カタログ番号14190)に再浮遊させ、マウスごとに、50%マトリゲル(BD、カタログ番号356234)を含有するDPBS 200μl中の細胞5.0×10個を、雌NSGマウスの右側腹部にSC移植した。
腫瘍再負荷:雌C57BL/6Jマウスに、上で説明したようにB16F10細胞を移植した。ModBサイトカインmRNA混合物(IL−15 sushi、IL−12sc、GM−CSF、IFNα)を用いる11、13、15および17日目における4回の腫瘍内注射(mRNA 80μg/標的ごとに20μg)で、マウスを処置した。サイトカインmRNA処置後、マウス8匹に腫瘍がなかった。最後のサイトカインmRNA処置の4週間後、無腫瘍マウスに、マウス1匹当たりB16F10細胞0.5×10個/2
00μlをSC注射により再負荷し、腫瘍成長をモニターした。
腫瘍モニタリング:最終的な屠殺まで週に2回、ノギスで腫瘍を測定した。腫瘍サイズがおおよそ2000mmに達した場合、または動物に健康問題(20%の腫瘍領域の潰瘍化)があった場合、動物を安楽死させた。腫瘍退縮は、i)研究終了時の腫瘍体積<20mm、またはii)T/T<1(式中、Tは、最終腫瘍体積に等しく、Tは、初回腫瘍内mRNA注射当日の腫瘍体積に等しい)と定義した。
mRNA修飾A(ModA):5’−UTR(一部のケースでは配列番号1に対応する)と、FおよびIと呼ばれる2つのエレメントからなる3’UTR(一部のケースでは配列番号7に対応する)と、合計で110ヌクレオチドのポリ(A)テール(A30−リンカー−A70構造;一部のケースでは配列番号78に対応する)とを含む一般的な開始ベクターに、目的の遺伝子をコードする合成DNA断片をクローニングした。クラスIIS制限酵素を用いてプラスミドDNAの線形化をポリ(dA:dT)の下流で行って、ポリ(dA:dT)の先に追加のヌクレオチドがない鋳型を生成した(Holtkampら、Blood 108(13):4009〜172006頁(2006)を参照されたい)。線形化されたプラスミドDNAを、7.5mM ATP、CTP、UTP、GTPおよび6mM D1、ベータ−S−アンチリバースキャップ類似体(ベータ−S−ARCA、Cap0)(Kuhn ANら、Gene Ther.17(8):961〜71頁(2010)を参照されたい)の存在下で、以前に記載されたような(Grudzien−Nogalska Eら、Methods Mol Biol.969:55〜72頁(2013)を参照されたい)、T7 RNAポリメラーゼ(Thermo Fisher)を用いるin vitro転写に供した。磁性粒子を使用してRNAを精製し(Berensmeier S.Appl Microbiol Biotechnol.73(3):495〜504頁(2006)を参照されたい)、RNAの濃度および質を、それぞれ、分光光度法により評定し、キャピラリーゲル電気泳動システムにより分析した。
mRNA修飾B(ModB):5’−UTR(一部のケースではタバコエッチウイルスリーダー配列TEV、配列番号3に対応する)と、FおよびIと呼ばれる2つのエレメントからなる3’UTR(一部のケースでは配列番号7に対応する)と、合計で110ヌクレオチドのポリ(A)テール(A30−リンカー−A70構造)とを含む一般的な開始ベクターに、目的の遺伝子をコードする合成DNA断片をクローニングした。上で説明したようにプラスミドDNAを線形化し次第、T7 RNAポリメラーゼ(Thermo Fisher)を用いるin vitro転写を行った。この転写は、ModAについて説明したように行ったが、キャップ構造を反応に加えず、UTPをN1−メチル−プソイドウリジン三リン酸の代わりに使用した。次いで、磁性粒子を使用してRNAを精製し(Berensmeier 2006)、その後、ワクシニアウイルスキャッピング酵素に基づく市販の系(NEB)およびmRNA Cap 2’−O−メチルトランスフェラーゼ(NEB)の付加を使用して、Cap1構造を酵素的に導入した。その後、RNAをセルソースに基づくクロマトグラフィーによるさらなる精製手順に供して、二本鎖RNA夾雑物を除去した(Day PRら、Phytopathology 67:1393頁(1977);Morris TJら、Phytopathology 69:854〜858頁(1979);およびCastillo Aら、Virol J.8:38(2011)を参照されたい)。RNAの濃度および質を、それぞれ、分光光度法により評定し、キャピラリーゲル電気泳動により分析した。Karikoら、Nucleic Acids Res.39(21):e142(2011)に記載されているように、dsRNA特異的J2 mAb(English & Scientific Consulting)を使用するノースウェスタンドットブロットアッセイで、dsRNAの存在を評定した。
mRNAコドン最適化:タンパク質のコード配列は、タンパク質翻訳の効率はもちろん、精度にも影響を及ぼすことがある(Bossi Lら、Nature.286(5769):123〜7頁(1980)およびIrwinら、J Biol Chem.270(39):22801〜6頁(1995)を参照されたい)。
それ故、各標的の異なるコドンバリアントを設計し、試験した。各標的についての異なるコドンバリアントの設計には、Life Technologies GmbHからの公開ソフトウェアGeneArt(登録商標)(Regensburg、Germany)(Raab Dら、Syst Synth Biol.4(3):215〜25頁(2010)を参照されたい)およびEurofins MWG Operon(Ebersberg、Germany)からの公開ソフトウェアを利用した。加えて、コドン最適化を手動で行って、各コドンを別々に編集した。野生型配列に匹敵するGC含有量を最適化工程中に維持した。
構築物の評価および選択は、(i)HEK293T/17細胞のmRNAリポフェクションおよび(ii)K562細胞のmRNAエレクトロポレーションを使用して行ったin vitro発現によって決定した。
4万(40,000)個のHEK293T/17細胞(ATCC(登録商標)CRL−11268(商標))を、平底96ウェルプレート(VWR International、カタログ番号734−1794)における、0.5%FBS(Biochrom、カタログ番号S 0115)を含有する、DMEM、高グルコース、GlutaMAX(商標)(Life technologies、カタログ番号31966047)に、播種した。96ウェルプレート内の播種細胞を37℃、7.5%CO2で16〜18時間インキュベートした。RNAse不含1.5mlセーフロックチューブバイオピュア(Eppendorf、Germany、カタログ番号0030121589)においてトランスフェクション試薬1.2μlをOptiMEM(Thermo Fisher、カタログ番号31985070)20μlに添加することにより、Lipofectamine Messenger MAX試薬(Invitrogen、カタログ番号LMRNA)を製造業者の手順書に従って使用して、接着HEK293T/17細胞にRNAをトランスフェクトした;第2のチューブにおいて、示したRNAをOptiMEM 20μlに添加した。10分のインキュベーション後、RNAが入っているチューブをLipofectamine Messenger MAXが入っているチューブに移して希釈し、さらに5分インキュベートした後、培地100μl中のHEK293T/17細胞層が入っている、96ウェルプレートの1つのウェルに、RNA−脂質複合体10μlを滴下した。このRNA−脂質複合体10μlは、標的RNA 5ng、25ngおよび100ngをそれぞれ含有した。プレートをインキュベーター内に3時間置いた後、追加の新鮮培地(DMEM+0.5%FBS)140μlを添加した。トランスフェクトされた細胞を15〜18時間インキュベートし、上清を回収し、本明細書の中で説明するようにELISAによってタンパク質含有量を分析した。
慢性骨髄性白血病由来のヒト細胞株であるK562(ATCC(登録商標)CCL−243(商標))を、5%FBSを補充した、RPMI 1640培地、GlutaMAX(商標)(Life technologies、カタログ番号61870−044)において培養した。K562を96ウェルプレートシステムで次のようにエレクトロポレーションした。細胞をX−VIVO15培地(Lonza、カタログ番号BE02−060Q)で1回洗浄し、細胞25万(250,000)個/150μlの最終濃度になるようにX−VIVO15に浮遊させた。細胞浮遊液150μlを、RNA 5ng、25ngおよび100ngが入っている96ウェルプレートのウェルごとに添加した。細胞とRNAを混合し、Bioradからの96ウェルGene Pulser MX細胞エレクト
ロポレーションシステム(250V、パルス1×30ms)でエレクトロポレーションを行った。エレクトロポレーションの直後に、細胞を、抗生物質不含の新鮮培地が入っている新たな培養プレートに移し、1時間、37℃のインキュベーター内に静置した。0.5%FCSを補充した新鮮RPMI 1640 GlutaMAXに培地を交換し、15〜18時間インキュベートした。上清を回収し、本明細書の中で説明するようにELISAによってタンパク質含有量について分析した。
タンパク質濃度を、RNAにコードされたサイトカインに特異的なELISAにより製造業者の手順書に従って判定した。(i)ヒトIL−15 sushi/IL−15 sushi R alpha Complex DuoSet ELISA(ii)マウスIL−12sc Duo Set Development System(DY419−05)(iii)マウスGM−CSF DuoSet ELISA Development Systems(DY415)(すべて、RnD systemsから入手した)、およびマウスIFNα ELISA Kit(TCM)(PBL assay science、42120−2)。
mRNA標的ごとに、タンパク質発現を、wt配列および種々のコドン最適化バリアントについて評価した。3つの異なる量の修飾RNAを用いて各々試験したHEK293T/17のリポフェクションおよびK562のエレクトロポレーションからの両方のデータセットを、タンパク質コード配列の選択のために考慮した。コドン最適化配列は、WT配列と比較して少なくとも1.5倍のタンパク質発現増加が測定された場合に選択した。そうでなかった場合には、WT配列を選択した。すべての構築物について、WTアミノ酸を保存しつつDNA認識配列(5’−CTCTTC−3’)を変異させることによりEarI制限配列を除去した。
細胞株:HEK293(ATCC CRL−1573)細胞株、ならびにヒトメラノーマ細胞株A101D(ATCC CRL−7798)、A375(ATCC CRL−1619)、A2058(ATCC CRL−11147)およびHs294T(ATCC
HTB−140)をATCCから入手し、10%FBS HI FBS(Life Technologies、カタログ10082)を補充したDMEM(ThermoFisher Scientific、カタログ11885−084)において5%COの加湿雰囲気で、37℃で培養した。
mRNAトランスフェクション:Lipofectamine Messenger MAX試薬(Invitrogen、カタログ番号LMRNA001)を製造業者の手順書に従って使用して細胞にトランスフェクトした。簡単に言うと、ウェルごとに、トランスフェクション試薬0.3μlをOpti−MEM培地(Life Technologies、カタログ31985062)5μlで希釈し、10分間、室温でインキュベートし;mRNA混合物をOpti−MEM培地(1ウェル当たり5μl)で希釈し、希釈したMessengerMax試薬と混合し、5分間、室温でインキュベートし、96ウェルプレートに分取した。細胞を完全増殖培地で希釈し、1ウェル当たり細胞40,000個をトランスフェクション混合物に添加した。細胞を24時間、37℃でCOインキュベーターにおいてインキュベートし、次いで培地を回収し、サイトカイン濃度をMeso
Scale Discovery(MDS)アッセイにより判定した。
Meso Scale Discoveryアッセイ:サイトカイン濃度は、MSDアッセイ:IL12p70についてはProinflammatory Panel 1(ヒト)MSDキット(カタログN05049A−1)、GM−CSFとIL−15 sushiについてはCytokine Panel 1(ヒト)MSDキット(カタログN05050A−1)、およびIFNαについてはHuman IFN−α 2a Ult
ra−sensitiveキット(カタログN05050A−1)を使用して、判定した。データは、MSD Discovery Workbench V.4.0.12ソフトウェアおよびGraphPad Prism V.6.00ソフトウェアを使用して解析した。
PBMC単離および処置:末梢血単核細胞(PBMCs)を、ロイコパック(Research Blood Components)から密度勾配媒体(Ficoll−Paque)により単離した。96ウェルプレートの1ウェルにつき600,000個のPBMCを添加した。細胞をサイトカイン混合物で24時間処理し、ヒトIFNγ384−Tissue Culture MSDアッセイを使用して細胞培養培地におけるIFNγ産生を測定した。
CD8応答の測定:B16F10腫瘍担持マウスに、Immuno mRNA(IFNα、IL−15 sushi、GM−CSFおよびIL−12sc、ModB)または対照ルシフェラーゼmNRA(プラセボ)の単回腫瘍内注射を施した。腫瘍内mRNA注射の7日後、腫瘍を摘出し、免疫蛍光検査のために処理し、CD8について抗体で染色した(灰色)。図25に示すように、CD8細胞は、サイトカインmRNA腫瘍内注射後に存在した。
in vivo研究のためのmRNAの調製:水の中で等量(マイクログラム)のmRNAを所期の2倍の用量で混合することによりin vivo研究のためのそれぞれのmRNA混合物を調製した。そのmRNA混合物を、−80℃で、腫瘍内注射日まで凍結しておいた。注射当日に、mRNAを解凍し、等体積の2X無菌リンゲル液と混合した。得られた1X mRNA/リンガー液を腫瘍内注射に使用した。
遺伝子発現分析:Precellys 24ホモジナイザー(Bertin Instruments)を使用して、A375腫瘍をRLT緩衝液(Qiagen)中で均質化した。DNase処理に関する回転手順書に従ってRNeasy−96 Kit(Qiagen)を用いて、全RNAを単離した。RNAをヌクレアーゼ不含水で溶離し、NanoDrop 8000(Thermo Scientific)を使用して紫外吸光度により定量した。High Capacity RNA to cDNA Kit(Applied Biosystems)を製造業者の推奨手順に従って用いて、cDNA合成を行った。標準手順書に従ってViiA(商標)7(Applied Biosystems)でリアルタイムPCRを行った。増幅は、TaqMan Gene Expression Master Mix(Applied Biosystems)および予め指定されたTaqman Assays(Applied Biosystems)を使用して行った。遺伝子発現を内在性対照GAPDHに正規化した。比較ddCT法を使用して、遺伝子発現を評価した。
Figure 2021098735
3つのmRNAの組合せはin vivoで腫瘍体積を低減させる
GM−CSF、IL−2およびIL−12scをコードする修飾mRNAの混合物をB16F10腫瘍担持マウスに注射し、腫瘍成長を41日目までモニターした。図1に示すように、ModAを有する、GM−CSF、IL−2およびIL−12scをコードする3つのmRNA(配列番号32、38および56;図1)の組合せ、またはModBを有する、GM−CSF、IL−2およびIL−12scをコードする3つのmRNA(配列番号35、41および59;図1B)の組合せの腫瘍内注射は、マウス10匹のうちの6匹において退縮を誘導したが、ルシフェラーゼをコードする対照mRNA(ModA)で処置したマウスは、動物10匹のうちの1匹において腫瘍退縮を示した(図1C)。これらのデータを同様のデザインの反復研究(図1D〜1G)で確認した。反復実験では、ModAまたはModBを有するサイトカインmRNA(GM−CSF、IL−2、IL−12sc)の混合物は、マウス9匹のうち5匹において腫瘍退縮をもたらしたが、ModAおよびModBでの対照mRNAを用いる処置は、それぞれ、9匹のうち2匹、および9匹のうち0匹において腫瘍退縮を示した。
サイトカインmRNA処置の効果をCT26腫瘍において評価した。CT26腫瘍が樹立されたマウスに、ModAおよびModB形式でのGM−CSF、IL−2およびIL−12scをコードするサイトカインmRNA混合物をそれぞれ注射した。次の2つの対照群を含めた:i)mRNAリンゲル希釈液およびii)ホタルルシフェラーゼをコードするModA mRNA。合計6回の腫瘍内注射を第19、21、24、26、28および31日目に投与した。図2に示すように、GM−CSF、IL−2およびIL−12sc mRNA ModA(配列番号56、32および38;図2A)とModB(配列番号59、35および41;図2B)の両方は、マウス8匹のうちのそれぞれ5匹および6匹において腫瘍退縮を生じさせる結果となったが、ModAでの対照mRNAで処置した腫瘍(図2C)も、リンゲル液で処置した腫瘍(図2D)も、腫瘍退縮を示さなかった。
IL−15 sushi、GM−CSFおよびIL−12sc(ModB;配列番号53、59および41)ならびにIL−2、GM−CSFおよびIL−12sc(ModB;配列番号35、59および41)をコードするサイトカインmRNA混合物を、CT26腫瘍モデルにおいて抗腫瘍活性について評価した。腫瘍接種後13、15、18、20および22日目に、腫瘍に腫瘍内mRNA注射を施した。図3に示すように、IL−2混合物(図3A)またはIL−15 sushi混合物(図3B)のどちらかの腫瘍内注射は、それぞれ、担腫瘍動物10または11匹のうちの5匹において腫瘍退縮を生じさせる結果となった(図3Aおよび3B)が、ルシフェラーゼmRNA(ModB)を注射した対照群では、腫瘍退縮は観察されなかった(図3C)。
IL−2、IL−12scおよびGM−CSFのmRNA混合物(図4A−ModA[配列番号32、38および56]、4B−ModB[配列番号35、41および59])、またはIL−15 sushi、IL−12scおよびGM−CSFのmRNA混合物(図4C−ModA[配列番号50、38および56]、4D−ModB[配列番号53、41および59])の抗腫瘍活性を、B16F10腫瘍モデルにおいてさらに評価した。B16F10腫瘍を有するマウスに、11、13、15および17日目にmRNAを腫瘍内注射した。IL−15 sushi、IL−12sc、GM−CSFをコードするサイトカインmRNA混合物でのB16F10腫瘍の処置は、ModAおよびModBで、マウス8匹のうちそれぞれ3匹および4匹において腫瘍退縮を生じさせる結果となった。IL−2、IL−12scおよびGM−CSFのmRNA混合物(ModAまたはModB)で処置した腫瘍は、マウス8匹のうちの4匹において腫瘍退縮を有したが、ルシフェラーゼをコードするModAまたはModB mRNAで処置したマウスについて腫瘍退
縮は認められなかった(図4E−ModA、図4F−ModB)。
4つのmRNAの組合せはin vivoで腫瘍体積を低減させる
本発明者らは、次に、サイトカインmRNA混合物に第4のmRNAを加えることの効果を試験した。B16F10腫瘍担持マウスに、i)GM−CSF、IL−2、IL−12sc(配列番号59、35および41;図5A)、ii)GM−CSF、IL−15 sushi、IL−12sc(配列番号59、53および41;図5B)およびiii)GM−CSF、IL−15 sushi、IL−12sc、IFNα(配列番号59、53、41および47;図5C)をコードするModBサイトカインmRNA混合物の4回の腫瘍内注射を施し、腫瘍成長を45日目までモニターした。サイトカインmRNA混合物の各々には抗腫瘍効果があり、GM−CSFとIL−2とIL−12scのまたはGM−CSFとIL−15 sushiとIL−12scとのサイトカインmRNA混合物の腫瘍内注射後に腫瘍8個のうちの4個が退縮し、GM−CSF、IL−15 sushi、IL−12scおよびIFNαでの処置時には腫瘍8個のうちの7個が退縮した。対照mRNA(ModB)で処置したマウスは、腫瘍退縮を示さなかった(図5D)。
GM−CSF、IL−2、IL−12scおよびIFNαの抗腫瘍活性を、3つの異なるマウスin vivo腫瘍モデル、CT26、B16F10およびMC38において検査した。担腫瘍マウスに、IL−2、IL−12sc、GM−CSFおよびIFNα(配列番号35、41、59および47)をコードするModBサイトカインmRNA、またはホタルルシフェラーゼをコードする対照ModB mRNAの、4〜6回の腫瘍内注射を施した。抗腫瘍活性を各腫瘍モデルにおいて評定した。サイトカインmRNAのこの組合せで処置したマウスは、CT26(図6A)、B16F10(図6C)およびMC38(図6E)モデルにおいて、それぞれ、4/8、7/8および5/5の退行性腫瘍を有した。ルシフェラーゼmRNAで処置した比較対照担腫瘍マウスでは腫瘍退縮は観察されなかった(図6B[CT26]、6D[B16F10]、および6F[MC38])。
IL−2、IL−12sc、GM−CSFおよびIFNα(ModB、配列番号35、41、59および47)またはIL−15 sushi、IL−12sc、GM−CSFおよびIFNα(ModB、配列番号53、41、59および47)の各々をコードする4成分サイトカインmRNA混合物の抗腫瘍活性を、CT26腫瘍モデルにおいて評価した。担腫瘍マウスを6回の腫瘍内注射で処置し、腫瘍成長をモニターした。IL−2、IL−12sc、GM−CSFおよびIFNα(図7A)と、IL−15 sushi、IL−12sc、GM−CSFおよびIFNα(図7B)の両方での処置は、それぞれ、マウス4/8匹および8/8匹において腫瘍退縮を有効に誘導したが、対照mRNAで処置したマウスについては腫瘍退縮は観察されなかった(図7C)。これらのデータを同様のデザインの反復研究(図7D〜F)で確認した。
CT26腫瘍モデルにおいて、IL−15 sushi、IL−12sc、GM−CSFおよびIFNα(ModB、配列番号53、41、59および47)のmRNA混合物から個々の成分を系統的に除去する研究を行った。CT26腫瘍に、接種後12、15、19および22日目にサイトカインmRNAを注射した。IL−15 sushi、IL−12sc、GM−CSFおよびIFNαをコードするmRNAの4回の注射で処置した腫瘍は、処置した腫瘍10個すべてにおいて退縮を誘導した(図8A)。i)IL−15
sushi、IL−12scおよびIFNαの、ii)IL−15 sushi、GM−CSFおよびIFNαの、iii)IL−12sc、GM−CSFおよびIFNαの、iv)IL−15 sushi、IL−12scおよびGM−CSFの、ModB mRNA混合物で処置した腫瘍は、腫瘍10個のうちのそれぞれ8、6、8、7個の退縮を生じさせる結果となった(図8B〜E)。対照mRNA(ModB)で処置した腫瘍は、腫
瘍退縮を示さなかった(図8F)。腫瘍成長動態を分析するために、平均腫瘍体積を処置群ごとに33日目まで計算した(図8G)。最小平均腫瘍体積は、IL−15 sushi、IL−12sc、GM−CSFおよびIFNαの混合物で処置したマウスについて観察され、その一方で、最大平均腫瘍体積は、ルシフェラーゼ処置動物において観察された。腫瘍成長抑制T/C(平均腫瘍体積の基づく、腫瘍/対照)を、処置群の各々について19日目までプロットした(図8H)。IL−15 sushi、IL−12sc、GM−CSFおよびIFNαの4成分混合物は、最大T/Cを示した。
図8に示す研究に類似した研究を行い、この研究では、IL−2、IL−12sc、GM−CSFおよびIFNα(ModB;配列番号35、41、59および47)のmRNA混合物から個々の成分を系統的に除去した。CT26腫瘍に合計6回の腫瘍内mRNA注射を第19、21、23、26、28および30日目に施した。IL−2、IL−12sc、GM−CSFおよびIFNαのサイトカインmRNA混合物での処置は、動物10匹のうち4匹において腫瘍退縮を生じさせる結果となり、動物4匹において完全腫瘍退縮を、個体2匹において40日目を超えて病状安定をもたらした(図9A)。i)IL−2、IL−12scおよびIFNαの、ii)IL−2、GM−CSFおよびIFNαの、iii)IL−12sc、GM−CSFおよびIFNαの、ならびにiv)IL−12sc、GM−CSFおよびIL−2の、ModB 3成分mRNA混合物で処置した腫瘍は、それぞれ、腫瘍2、3、3および4個の退縮を生じさせる結果となり(図9B〜E)、対照ルシフェラーゼmRNAで処置したCT26腫瘍は、腫瘍退縮を示さなかった(図9F)。
腫瘍成長動態を分析するために、平均腫瘍体積を処置群ごとに36日目まで計算した。最小平均腫瘍体積は、IL−2、IL−12sc、GM−CSFおよびIFNαの混合物で処置したマウスについて観察され、その一方で、最大平均腫瘍体積は、ルシフェラーゼ処置動物において観察された(図10A)。腫瘍成長抑制T/C(平均腫瘍体積の基づく、腫瘍/対照)を、処置群の各々について30日目までプロットした(図10B)。IL−2、IL−12sc、GM−CSFおよびIFNαの4成分混合物は、最大T/Cを示した。
図9における異なるサイトカインmRNA混合物からの抗腫瘍応答を、次のようにさらに分析した:実験の終了のまたは停止時の測定値(V)と実験の開始時の測定値(V)との腫瘍体積の差によって定義される腫瘍体積変化(ΔV)(ΔV=V−V)を、4成分サイトカインmRNA混合物(IL−2、IL−12sc、GM−CSFおよびIFNα)で処置したマウス、4つのサイトカインのうちの1つが欠けている3成分混合物で処置したマウス、および対照ルシフェラーゼmRNAで処置したマウスを含む、6つの処置群の各々におけるすべてのマウスについて計算した。腫瘍体積変化に関するトリミングしたデータ(元データの上10%と下10%を除去)の平均(μ)および標準偏差(σ)を対照ルシフェラーゼ群について計算し、このトリミングしたデータのシャピロ−ウイルク正規性検定は、そのデータが、正規分布にほぼ従うことを示した。次いで、Zスコア(Z=(ΔV−μ)/σ)を、すべての処置群からの個々のマウス各々に関する腫瘍体積変化データについて計算した。各腫瘍体積変化値と対照群のトリミングした平均との間の比(R)を計算した(R=ΔV/μ)。定義を考慮して、本発明者らは、Zスコアを「腫瘍体積低減の有意性」と考え、Rを「腫瘍体積低減の程度」と考えた。対照ルシフェラーゼ群におけるものより有意に小さい腫瘍体積増加(言い換えると、対照群と比較して「有意な腫瘍低減」)を示すマウスを同定するために、Z≦−1.645(p(Z≦−1.645)=0.05)およびR≦0.15のカットオフを適用した。結果は、対照群より有意に小さい腫瘍体積増加を有する各処置群におけるマウスの数を、次のように示した:i)IL−2、IL−12sc、GM−CSFおよびIFNα(ModB)のサイトカインmRNA混合物についてはマウス8匹のうちの6匹、ii)IL−2、GM−CSFおよ
びIFNα(ModB)についてはマウス8匹のうちの2匹、iii)IL−12sc、GM−CSFおよびIFNα、ならびにIL−2、IL−12scおよびIFNαについては、8匹のうちの3匹、およびiv)IL−2、IL−12scおよびGM−CSF(ModB)のサイトカインmRNA混合物で処置したマウス8匹のうちの4匹(図11)。
雌C57BL/6Jマウスに、上で説明したようにB16F10細胞を移植した。11、15、19および23日目におけるModBサイトカインmRNA混合物(IL−15
sushi、IL−12sc、GM−CSF、IFNα)または対照ルシフェラーゼmRNAの4回の腫瘍内注射(mRNA8μg/標的ごとに2μg)で、マウスを処置した。サイトカインmRNAの4成分混合物での処置は、処置したマウス6/10匹において腫瘍拒絶が生じる結果となった。図24Bを参照されたい。比較して、単一のmRNAで処置したいずれの群においても無腫瘍マウスは観察されなかった(図24C〜F)。IL−15 sushi、IL−12sc、GM−CSF、IFNαの組合せは、全生存率上昇をもたらし、70日目に腫瘍のないマウスについて60%であったが、単一のサイトカインmRNAで処置したマウスのすべての腫瘍は、動物に安楽死を施す必要がある病期まで進行した(図24G)。ルシフェラーゼ対照を図24Aに示す。
サイトカインmRNAは腫瘍再負荷から保護する
免疫学的記憶の発生に対するサイトカインmRNA混合物の効果を評価するために、再負荷実験を行った。簡単に言うと、B16F10腫瘍担持マウスを、IL−15 sushi、IL−12sc、GM−CSFおよびIFNα(ModB;配列番号53、41、59および47)のサイトカインmRNA混合物で処置した。サイトカインmRNA処置B16F10腫瘍の一部分は完全に退縮し、無腫瘍動物をもたらした。次いで、これらの無腫瘍動物に、適応免疫記憶を評定する手段としてB16F10細胞を再負荷し、腫瘍生着の正の対照として、無処置マウス9匹にB16F10腫瘍細胞を移植した(図12A)。B16F10細胞を生着させたマウス9匹すべてが腫瘍を発生したが、無腫瘍マウス8匹すべては、B16F10細胞を拒絶し、B16F10腫瘍の成長を示さなかった(図12B)。サイトカインmRNAで以前に処置したマウスの一部分は、最初の腫瘍部位に限局性白斑を発症した(図12C)。この実験を本質的に反復した。結果を図33に示す。
免疫学的記憶の発生に対するサイトカインmRNA混合物の効果を評価するために、CT26腫瘍モデルを使用して再負荷実験を行った。したがって、CT26腫瘍担持マウスを、IL−15 sushi、IL−12sc、GM−CSFおよびIFNα(ModB;配列番号53、41、59および47)のサイトカインmRNA混合物で処置した。サイトカインmRNA処置CT26腫瘍の一部分は完全に退縮し、無腫瘍動物をもたらした。次いで、無腫瘍動物3匹にCT26腫瘍細胞を再負荷し、次いで、無腫瘍動物3匹に、gp70エピトープをノックアウトしたCT26腫瘍細胞(CT26−Δgp70)を再負荷した。腫瘍生着の正の対照として、無処置マウスそれぞれ9および10匹にCT26腫瘍細胞およびCT26−Δgp70を移植した。腫瘍接種後21日目に、CT26腫瘍細胞を生着させた無処置マウス9匹のうちの8匹が腫瘍を発現し、CT26−Δ70gp腫瘍細胞を生着させた無処置マウス10匹すべてが腫瘍を発現したが、各群内の無腫瘍マウス3匹すべてが、CT26およびCT26−Δgp70細胞をそれぞれ拒絶し、CT26腫瘍およびCT26−Δgp70の成長をそれぞれ示さなかった(図12D)。この実験は、CT26腫瘍モデルにおけるサイトカインmRNA注射時の免疫学的記憶が、免疫優性エピトープgp70に特異的なT細胞に限定されないことを示す。
サイトカインmRNAの全身性抗腫瘍活性
全身性抗腫瘍応答を発揮する局所腫瘍内サイトカインmRNAの能力を評価するために、マウスの左右両方の側腹部にB16F10腫瘍細胞を生着させた(図13A)。両側B16F10腫瘍を担持しているマウスに、ルシフェラーゼをコードする対照mRNA、またはIL−15 sushi、IL−12sc、GM−CSFおよびIFNα(ModB;配列番号53、41、59および47)をコードするサイトカインmRNA混合物の、4回の腫瘍内注射を施した。右側の腫瘍にmRNAを3つの異なる用量レベル(20μg、2μgおよび0.2μg mRNA/標的に対応する、80μg、8μgおよび0.8μg mRNA)で注射したが、左側腹部の腫瘍を処置しなかった。用量依存的な抗腫瘍活性が、注射を施した腫瘍(図13B)と未注射の腫瘍(図13C)の両方で観察され、腫瘍成長阻害は、未注射の腫瘍における88%から注射を施した腫瘍における96%に及んだ。サイトカインmRNA処置で処置した群には、ルシフェラーゼ対照mRNAで処置した群と比較して生存率中央値上昇があった(図13D)。
全身性抗腫瘍応答を発揮する局所腫瘍内サイトカインmRNAの能力をさらに評価するために、マウスの右側腹部にB16F10腫瘍細胞を生着させ、肺における腫瘍の誘導のためにルシフェラーゼ発現B16F10細胞のIV注射を施した(図19A)。SC腫瘍移植後11、14および18日目に、B16F10腫瘍を担持しているマウスの側腹部の腫瘍のみに、IL−15 sushi、IL−12sc、GM−CSFおよびIFNα(ModB;配列番号53、41、59および47)のサイトカインmRNA混合物の合計3回の腫瘍内注射を施したが、肺における腫瘍は処置しなかった。対照群には、いずれのコード配列も有さない等量の対照mRNAの腫瘍内注射を施した。マウスを20日目にエンドポイント分析のために屠殺し、このときに肺を摘出し、計量した。図19Bは、動物4匹の生物発光測定、および暗色の腫瘍結節を可視化するための摘出した相応する肺の写真を、例として示す。SC腫瘍の腫瘍成長は、サイトカインmRNA混合物の注射によって強く抑制されたが、対照mRNAを注射した腫瘍は、各群内のマウス15匹の平均腫瘍体積を示す図19Cに描示されている通り、漸進的に成長した。肺腫瘍成長は、SC腫瘍の場合、腫瘍内サイトカインmRNA注射を施した動物では、対照mRNAで処置した動物と比較して抑制された;図19Dは、20日目の1群当たり15匹の動物すべてについての生物発光測定の全光束分析を示し、この全光束は、ルシフェラーゼ発現腫瘍細胞に起因する腫瘍量と相関するものであり;線は、中央値を示し、アスタリスクは、T検定により分析したp<0.05を示す。加えて、サイトカインmRNAで処置した動物の肺のほうが、有意に軽い重量を有した(図19E、線は中央値を示す)。対照RNAで処置した動物の肺のより重い重量は、より多い腫瘍量に起因した。
ヒトサイトカインmRNA
ヒトサイトカインmRNAのin vitro発現を評価するために、ヒトサイトカインIL−15 sushi、IL−12sc、GM−CSFおよびIFNα2b(配列番号26、18、29および23)(ModB)をコードするmRNA混合物を、4つのメラノーマ腫瘍細胞株(A375、A101D、A2058およびHs294T)に加えてHEK293細胞株にトランスフェクトした(図14A)。サイトカインmRNA混合物は、5つのヒト細胞株のパネルにわたって用量依存的発現および分泌を示した(図14B〜F)。
IL−15 sushi、IL−12sc、GM−CSFおよびIFNα2bのヒトmRNA混合物の薬力学的効果を、ヒト末梢血単核細胞(PBMC)を用いてin vitroで評価した。手短に言えば、IL−15 sushi、IL−12sc、GM−CSFおよびIFNα2b(ModB)のヒトサイトカインmRNA混合物、またはIL−12sc、IFNα2b、IL−15 sushiもしくはGM−CSF(ModB)をコードする個々のサイトカインmRNAを、HEK293細胞内にトランスフェクトし、条
件培地を24時間の時点で回収し、希釈し、ヒトPBMCに添加した(図15A)。IL−15 sushi、IL−12sc、GM−CSFおよびIFNα2bのサイトカインmRNA混合物で処置したドナー6名からのIFNγレベル中央値は、5623pg/mLであったが、IL−12sc、IFNα2b、IL−15 sushiまたはGM−CSFの個々のサイトカインmRNAでの処置は、それぞれ、534、67、17および4pg/mLのIFNγレベル中央値を誘導した(図15B)。
IL−15 sushi、IL−12sc、GM−CSFおよびIFNα2b(ModB)ならびにIL−2、IL−12sc、GM−CSFおよびIFNα2b(ModB)のヒトサイトカインmRNA混合物のin vivo発現を、A375ヒトメラノーマ異種移植片においてモニターした。担腫瘍マウスにサイトカインmRNAの単回注射を施し、mRNA注射後2時間、4時間、8時間、24時間、48時間および72時間の時点で腫瘍試料を採取した。腫瘍溶解物を調製し、個々のヒトサイトカインIFNα2b(図16A)、IL−2(図16B)、IL−12sc(図16C)、IL−15 sushi(図16D)、GM−CSF(図16E)の発現を評価した。
時間依存的発現が、個々のサイトカイン各々について観察され、最大濃度(Cmax)は、IL−15 sushi、IL−12sc、GM−CSFおよびIFNα2bの混合物(表4)ならびにIL−2、IL−12sc、GM−CSFおよびIFNα2bの混合物(表5)について2〜8時間の間に発生した。
Figure 2021098735
Figure 2021098735
IL−15 sushi、IL−12sc、GM−CSFおよびIFNα2b(ModB)ならびにIL−2、IL−12sc、GM−CSFおよびIFNα2b(ModB)のサイトカインmRNA混合物のmRNA注射後2時間、4時間、8時間、24時間、48時間および72時間の時点で、薬力学的マーカーとしてのヒトインターフェロンアルファ遺伝子ISG15、ISG54およびMX1の導入を、A375腫瘍においてモニターした。対照処置腫瘍と比較して、サイトカインmRNAで処置したA375腫瘍は、ISG15(図17A)、ISG54(図17B)およびMX1(図17C)の100倍を超
える誘導を示し、腫瘍内mRNA注射後8時間までにピーク誘導が発生した。
インターフェロン効果
B16F10腫瘍担持マウスに、IL−2、Flt3リガンド(FLT3L)、41BBL(CD137Lまたは腫瘍壊死因子スーパーファミリーメンバー9としても公知)およびCD27L−CD40L(これは、CD70としても公知のCD27Lの可溶性ドメインとCD40Lの可溶性ドメインの融合タンパク質を含み;CD27LとCD40Lの両方が、CD27LまたはCD40Lのどちらかの3つの可溶性ドメインを含み、これらの可溶性ドメインのすべてが、GS−リンカー配列によって隔てられている)(図18A、配列番号32、62、68、および74)をコードする、ModA(「標準」)サイトカインmRNA、またはIL−2、FLT3L、41BBLおよびCD27L−CD40L(図18B、配列番号35、65、71、および77)をコードするModB(「修飾」)サイトカインmRNAの腫瘍内注射を施した。加えて、IFNαをコードするModA mRNA(配列番号44)、またはIFNαをコードするModB mRNA(配列番号47)のどちらかを、それぞれ、ModAまたはModB mRNA混合物に加えた(図18Dおよび18E)。抗腫瘍活性を評定した。
ModA mRNAのこの組合せで処置したマウスは、IFNαがないとマウス4/9匹が無腫瘍であり(図18B)、IFNαがあるとマウス3/9匹が無腫瘍であった(図18D)。それ故、IFNα mRNAでの処置は、mRNAをModA形態で投与したとき、サイトカインに対する応答を増大させないように見えた。
対照的に、ModB mRNAの組合せで処置したマウスは、IFNαがないとマウス1/9匹が無腫瘍であり(図18C)、IFNαがあるとマウス7/9匹が無腫瘍であった(図18E)。したがって、IFNα mRNAでの処置は、mRNAをModB形態で投与したとき、サイトカインの混合物に対する応答を増大させた。
抗体と組み合わせたサイトカインmRNA
抗体の全身投与と組み合わせたサイトカインmRNAの腫瘍内注射の効果を評価するために、マウスの左右両方の側腹部にB16F10またはMC38腫瘍細胞を生着させた。マウスの側腹部の腫瘍の一方のみに、11、15、19、23日目に、IL−15 sushi、IL−12sc、GM−CSFおよびIFNα(ModB;配列番号53、41、59および47)のサイトカインmRNA混合物の4回の腫瘍内注射を施したが、他方の側腹部の腫瘍は、未処置のまま放置した。マウスには、10、13、16、19、22、25日目に、抗PD1抗体(5mg/kgでの、ラットIgG2a抗マウスPD−1クローンRMP1−14のSanofiマウス化バージョン)の腹腔内注射も施した。群は、次の通りであった:1)対照mRNA(全mRNA 80μg;1.6mg/mLでの50μL腫瘍内注射)、加えて、アイソタイプ抗体(クローンMOPC−21(BioLegend);5mg/kg);2)対照mRNA、加えて、抗PD1抗体;3)サイトカインmRNA、加えて、対照アイソタイプ抗体;および4)サイトカインmRNA、加えて、抗PD1。B16F10(図20A)およびMC38(図20B)腫瘍モデル両方において全生存率をモニターした。両方の腫瘍モデルにおいて、最高全生存率は、サイトカインmRNAと抗PD−1の組合せでの処置で観察され、この研究の終了時にB16F10担持マウスの60%およびMC38担持マウスの80%が無腫瘍であった。B16F10腫瘍モデルでは、抗PD−1またはサイトカインmRNA単独で処置したマウスの10%が無腫瘍であったが、MC38モデルでは、抗PD−1で処置したマウスの40%、およびサイトカイン単独で処置したマウスの30%が無腫瘍であった。これらの結果は、サイトカインmRNAと抗PD−1抗体の組合せに関連する強い抗腫瘍活性を示す。
全身性抗腫瘍応答を発揮する、抗PD−1抗体と組み合わせた局所腫瘍内サイトカインmRNAの能力をさらに評価するために、マウスの右側腹部にB16F10腫瘍細胞を生着させ、翌日、肺転移誘導のためにルシフェラーゼ発現B16F10細胞のIV注射を施した。IV腫瘍移植後11、14および17日目に、B16F10腫瘍を担持しているマウスの側腹部の腫瘍のみに、IL−15 sushi、IL−12sc、GM−CSFおよびIFNα(ModB;配列番号53、41、59および47)のサイトカインmRNA混合物の合計3回の腫瘍内注射を施したが、肺における腫瘍は処置しなかった。同じ日に、マウスには、抗PD−1抗体(10mg/kgでの、ラットIgG2a抗マウスPD−1クローンRMP1−14のSanofiマウス化バージョン)の腹腔内(IP)注射も施した。群は、次の通りであった:1)対照mRNA(全mRNA 40μg;対照アイソタイプ抗体(クローンMOPC−21(BioLegend);10mg/kg)の50μL腫瘍内注射(図20C);2)対照mRNA、加えて抗PD1抗体(図20D);3)サイトカインmRNA、加えて、対照アイソタイプ抗体(図20E);および4)サイトカインmRNA、加えて、抗PD1(図20F)。SC腫瘍の腫瘍成長をモニターし(図20C〜F)、生存率もモニターした(図20G)。このモデルにおける全生存率は、SC腫瘍に起因する腫瘍量はもちろん、肺仮性転移腫瘍(lung pseudometastasis tumor)(この図には示されていない)に起因する腫瘍量にも左右され;一部のマウスでは
、SC腫瘍は拒絶されたが、肺転移は徐々に増した。最高全生存率は、サイトカインmRNAと抗PD−1の組合せ処置で観察された。サイトカインmRNA単独で処置したマウスの6〜7%は無腫瘍であったが、単独での抗PD−1、または対照mRNA+アイソタイプ抗体を施したマウスはすべて、高い腫瘍量のため、22日目に屠殺した。これらの結果は、肺疑似転移を有するこのB16F10腫瘍モデルにおけるサイトカインmRNAと抗PD−1抗体の組合せに関連する強い抗腫瘍活性を示すが、単独での抗PD−1抗体は、抗腫瘍活性を一切示さなかった。
抗体の全身投与と組み合わせたサイトカインmRNAの腫瘍内注射の効果をさらに評価するために、マウスの右側腹部にCT26腫瘍細胞を生着させた。マウスに、腫瘍接種後11、14、18および21日目に、IL−15 sushi、IL−12sc、GM−CSFおよびIFNα(ModB;配列番号53、41、59および47)のサイトカインmRNA混合物の4回の腫瘍内注射を施した。同じ日に、マウスに、抗CTLA−4抗体(マウス1匹当たり100μg/200μL;InVivoMAbからのクローン9H10)またはアイソタイプ対照抗体(マウス1匹当たり100μg/200μL;BioXCellからのアルメニアハムスターIgG)の腹腔内(IP)注射も施した。群は、次の通りであった:1)サイトカインmRNA、加えて、抗CTLA−4抗体(図21A);2)サイトカインmRNA、加えて、アイソタイプ対照抗体(図21B);3)対照mRNA、加えて、抗CTLA−4抗体(図21C)および4)対照mRNA、加えて、アイソタイプ対照抗体(図21D)。腫瘍内サイトカインmRNAとIP注射抗CTLA−4の併用療法は、最も強い抗腫瘍活性を生じさせる結果となり、腫瘍接種後55日目にマウス16匹のうちの12匹は無腫瘍マウスであった(図21A)。サイトカインmRNA、加えて、アイソタイプ対照抗体(図21B)、または対照mRNA、加えて、抗CTLA−4抗体(図21C)のどちらかでの処置は、抗腫瘍活性を然程誘導せず、研究終了時に、無腫瘍マウスはそれぞれ5匹および7匹であった。比較して、対照mRNA、加えて、アイソタイプ対照抗体を施した群(図21D)では、研究の終わりに無腫瘍マウスは1匹しか残存しなかった。
抗CTLA−4抗体と組み合わせたサイトカインmRNAの腫瘍内注射の効果をさらに評価するために、マウスの右側腹部にB16F10腫瘍細胞を生着させた。マウスに、腫瘍接種後13、17および20日目に、IL−15 sushi、IL−12sc、GM−CSFおよびIFNα(ModB;配列番号53、41、59および47)のサイトカ
インmRNA混合物の3回の腫瘍内注射を施した。腫瘍接種後13、17、20および24日目に、マウスに、抗CTLA−4抗体(マウス1匹当たり100μg/200μL;InVivoMAbからのクローン9H10)またはアイソタイプ対照抗体(マウス1匹当たり100μg/200μL;BioXCellからのアルメニアハムスターIgG)の腹腔内(IP)注射も施した。SC腫瘍の腫瘍成長はもちろん生存率もモニターした。群は、次の通りであった:1)サイトカインmRNA、加えて、抗CTLA−4抗体(図21E);2)サイトカインmRNA、加えて、アイソタイプ対照抗体(図21F);3)対照mRNA、加えて、抗CTLA−4抗体(図21G)および4)対照mRNA、加えて、アイソタイプ対照抗体(図21H)。腫瘍内サイトカインmRNAとIP注射抗CTLA−4の併用療法は、最も強い抗腫瘍活性を生じさせる結果となり、腫瘍接種後60日目にマウス9匹のうちの6匹が無腫瘍マウスであった(図21E)。サイトカインmRNA、加えて、アイソタイプ対照抗体での処置(図21F)は、抗腫瘍活性を然程誘導せず、マウス9匹のうち2匹が無腫瘍マウスであった。比較して、対照mRNA、加えて、抗CTLA−4抗体(図21G)または対照mRNA、加えて、アイソタイプ対照抗体(図21H)のどちらかを施した2群では、研究の終わりに無腫瘍マウスは残存しなかった。生存パーセントは、図21Iに描示されており、この図は、サイトカインmRNA単独で処置したマウスの33%が無腫瘍であった一方で、サイトカインmRNAと抗CTLA−4の組合せ処置では研究終了時(70日目)に腫瘍担持マウスについて67%である最高全生存率を示す。これらの結果は、単独での抗CTLA−4抗体が抗腫瘍活性を一切示さなかったこのB16F10腫瘍モデルにおいて、単独でのサイトカインmRNA、およびサイトカインmRNAと抗CTLA−4抗体の組合せに関連する、強い抗腫瘍活性を示す。
複数のがんの種類におけるmRNAサイトカイン注射
様々な種類のがんにおけるサイトカインmRNAの腫瘍内注射の効果を評価するために、5つの異種移植マウスモデル−KM12(CRC)、RPMI8226(骨髄腫)、NCI−N87(胃がん)、A375(メラノーマ)およびNCI−H1975(NSCLC)−を、実施例1で説明したように試験した。KM12(CRC)、RPMI8226(骨髄腫)、NCI−N87(胃がん)、A375(メラノーマ)、およびNCI−H1975(NSCLC)腫瘍を担持しているマウスに、IL−15 sushi、IL−12sc、GM−CSFおよびIFNα(ModB;配列番号26、18、29および23)のヒトサイトカインmRNA混合物 8μg(2μg/標的)の単回腫瘍内注射を施し、24時間の時点で腫瘍内のコードされたサイトカインを評定した。IL−15 sushi(図22D)、IL−12sc(図22A)、GM−CSF(図22C)およびIFNα(図22B)の4つのサイトカインの各々についての発現が、異種移植モデル5つすべてにおいて検出され、NCI−H1975に関して観察されたサイトカインレベルが最も高く、これにA375、NCI−N87、RPMI8226、そしてKM12が続いた。
腫瘍内mRNAサイトカイン注射後のサイトカインの用量依存的血清中発現
コードされたサイトカインの発現に対する種々の腫瘍内mRNA用量の効果を、右側腹部に単一A375腫瘍を生着させたマウスの血清において検査した。マウスに、ヒトIL−15 sushi、IL−12sc、GM−CSFおよびIFNα(ModB;配列番号26、18、29および23)のサイトカインmRNA混合物の単回腫瘍内注射を施した。腫瘍内mRNA注射後6時間の時点で血清を採取し、サイトカイン発現をMeso Scale Discoveryアッセイによって分析した。mRNAにコードされたサイトカインの各々についての用量依存的発現が、80μg(20μg)の最高用量から0.0256μg(0.0064μg)の最低用量まで、血清中で観察された。結果を図2
3A〜Dに示す。
サイトカインmRNAはgp70+CD8T細胞の発現をもたらす
一方の側腹部に単一のCT26腫瘍を担持しているマウスに、IL−15 sushi、GM−CSF、IFNαおよびIL−12sc(ModB;配列番号53、41、59および47)のサイトカインmRNA混合物の4回の腫瘍内注射を施した。初回腫瘍内mRNA投与の13日後に血液を採取し、gp70腫瘍抗原に対して特異的なT細胞をフローサイトメトリーにより定量した。血液中のgp70腫瘍抗原に対して特異的なT細胞の出現頻度は、mRNAサイトカインの腫瘍内注射時のマウスにおいて、対照RNAを施したマウスと比較して強く増加された。
サイトカインmRNAは、複数の炎症誘発性経路を誘導し、処置した腫瘍においても、未処置の腫瘍においても、免疫浸潤を増加させる
左右側腹部にB16F10腫瘍を担持しているマウスの、細胞0.5×10個で発症させた右側の腫瘍に、mRNA 80μg(20μg/標的)の単回腫瘍内注射を施した(腫瘍を処置した)が、細胞0.25×10個で発症させた腫瘍は、未処置のままとした。mRNAの腫瘍内注射後7日の時点で、両方の腫瘍を採取し、RNAを単離し、RNA配列決定分析に供した。図27A〜Cに示すように、IL−15 sushi、GM−CSF、IFNαおよびIL−12sc(配列番号59、53、41および47)のサイトカインmRNA混合物での処置は、様々なIFNガンマ応答遺伝子を含む複数の炎症誘発性経路を上方調節した。炎症誘発性/IFNガンマ関連経路の上方調節は、処置した腫瘍においても、未処置の腫瘍においても発生し、これは、局所腫瘍内処置に全身性免疫調節効果があることを支持した。
因果関係ネットワーク分析(インジェヌイティー・パスウェイ・アナリシスツールの一部)を、被注射側腹部におけるサイトカインmRNA処置と対照との間で差次的に発現された遺伝子3298個(1699個が上方調節、1599個が下方調節)、および未注射側腹部における遺伝子4973個(2546個が上方調節、2427個が下方調節)に関して行って、観察された遺伝子発現変化を説明することができるシグナル伝達経路の変化を同定した。経路の変化を示すために、値の符号が変化の方向を示す(正の符号は活性化を示唆するが、負の符号は阻害を示唆する)Zスコアを計算した。
IFNGにより調節される遺伝子328個の発現(295個が上方調節、33個が下方調節)に関する階層的クラスタリングを、被注射腫瘍と未注射腫瘍の両方における対照mRNAで処置した試料およびサイトカインmRNAで処置した試料の両方に関して行った。試料全体にわたって各遺伝子の発現のzスコアを正規化した。類似度の尺度は、ピアソン相関係数に基づき、完全連結を使用してデンドログラムを生成した。表6を参照されたい。
浸潤免疫細胞の相対的存在量は、免疫細胞型特異的遺伝子シグネチャーの平均発現を計算することによって決定した。
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サイトカインmRNAは、処置した腫瘍においても未処置の腫瘍においてもCD4+お
よびCD8+T細胞を増加させる
左右側腹部にB16F10腫瘍を担持しているマウスの、細胞0.5×10個で発症させた右側の腫瘍、腫瘍の一方のみ、にmRNA 80μg(20μg/標的)の単回腫瘍内注射を施した(腫瘍を処置した)が、細胞0.25×10個で発症させた他方の腫瘍は、未処置のままとした。腫瘍内mRNA注射後7日の時点で、両方の腫瘍を採取し、CD4+、CD8+およびFoxP3+細胞について抗体で染色するIHC(免疫蛍光顕微鏡法)のために処理した。図28Aおよび28Bにおける腫瘍からのマウスは、サイトカインmRNAで処置し、その一方で、図28CおよびDにおける腫瘍からのマウスは、対照mRNAで処置した。パネルAおよびCは、mRNAの注射を施した腫瘍からのものであり、その一方で、パネルBおよびDは、注射を施していない対応する反対側の腫瘍からのものである。(図28A〜D)。サイトカインmRNA処置群と対照mRNA処置群の両方について、RNAの注射を施した腫瘍5つ、および未注射の対応する反対側の腫瘍5つを、CD4+、CD8+、FOXP3+細胞について免疫蛍光染色した。細胞の相対出現頻度および比を図28E、F、Gにプロットした。これらの結果は、IL−15 sushi、GM−CSF、IFNαおよびIL−12sc(配列番号59、53、41および47)のサイトカインmRNA混合物が、CD8+およびCD4+T細胞浸潤を増加させて、CD8+/Treg比の変化をもたらすことを示す。免疫浸潤の増加は、処置した腫瘍においても未処置の腫瘍においても発生し、これは、局所腫瘍内処置に全身性免疫調節効果があるという考えを支持した。
mRNAは、腫瘍細胞と浸潤性免疫細胞の両方において発現される
単一B16F10腫瘍を担持しているマウスに、Thy1.1タンパク質をコードするmRNAの単回腫瘍内注射を施した(図29A〜G)。腫瘍内注射のおおよそ18時間後、腫瘍を解離させ、抗体のパネルで染色し、フローサイトメトリーを行って、Thy1.1タンパク質を発現する細胞を定義した。これらの結果は、腫瘍細胞と免疫細胞の両方がmRNAを取込み、発現することを示す。
腫瘍内サイトカインmRNA注射後の用量依存的腫瘍発現およびPD応答
B16F10腫瘍を担持しているマウスに、IL−15 sushi、GM−CSF、IFNαおよびIL−12sc(配列番号59、53、41および47)のサイトカインmRNA混合物80、8または0.8μgの単回mRNA注射を施した。腫瘍内注射のおおよそ6時間後、腫瘍を除去し、溶解し、腫瘍溶解物中のIL−15 sushi、GM−CSF、IFNαおよびIL−12sc、IFNガンマおよびIP−10のレベルを定量した。図30A〜Fは、サイトカインmRNAが用量依存的に腫瘍内に発現されたことを示す。
別個の実験で、B16F10腫瘍を担持しているマウスに、IL−15 sushi、GM−CSF、IFNαおよびIL−12sc(配列番号59、53、41および47)のサイトカインmRNA混合物80、8または0.8ugの単回mRNA注射を施した。腫瘍内サイトカインmRNA注射後7日の時点で、腫瘍を解離させ、抗体のパネルで染色し、フローサイトメトリーにより分析した。使用した抗体は、マウス:CD45、CD4、CD3、CD8、CD279、IFNガンマ、TNFアルファ、FOXP3、グランザイムBに対するものであった。これらの結果は、サイトカインmRNA混合物による処置が、CD8+/Treg比を変化させたこと(図31A〜B)、腫瘍微小環境における多機能性CD8+T細胞の出現頻度増加をもたらしたこと(図31C〜D)、浸潤性骨髄系細胞上のPD−L1を増加させたこと(図31E)、および浸潤性CD8+T細胞上のPD−1レベルを上昇させたこと(図31F)を示す。
さらなる実験では、B16F10腫瘍を担持しているマウスの左右側腹部の腫瘍の一方のみに、IL−15 sushi、GM−CSF、IFNαおよびIL−12sc(配列番号59、53、41および47)のサイトカインmRNA混合物、または対照mRNAの単回腫瘍内注射を施した(腫瘍を処置した)が、他方の腫瘍は、未処置のままであった。腫瘍内mRNA注射後7日の時点で、注射を施した腫瘍を採取し、CD45+、CD8+、CD3+およびグランザイムBについて抗体で染色するフローサイトメトリーのために処理した。これらの結果は、サイトカインmRNA混合物が、腫瘍における腫瘍内グランザイムB CD8+T細胞の出現頻度を上昇させたことを示す(図31G〜H)。
腫瘍内注射されたmRNAは主として腫瘍内に発現される
B16F10腫瘍を担持しているマウスに、ホタルルシフェラーゼをコードするmRNA 50μgの単回腫瘍内注射を施した。6および24時間の時点で、マウス3匹を屠殺し、腫瘍、肝臓、脾臓、腫瘍流入領域リンパ節(TDLN)および非腫瘍流入領域リンパ節(NDLN)をex vivoでルシフェラーゼ発現について分析した。図32A〜Bは、ルシフェラーゼ発現が腫瘍内で最も高度であり、腫瘍内での発現が、いずれの他の組織より100倍を超えて高度であったことを示す。
CD4+、CD8+およびNK細胞は、B16F10モデルにおいてサイトカインmRNAの抗腫瘍活性の一因となる
B16F10腫瘍を担持しているマウスの群を、合計4週間にわたって枯渇用抗体(抗CD4、抗CD8、抗NK1.1)100μgでの週1回の腹腔内注射により処置した。IL−15 sushi、GM−CSF、IFNαおよびIL−12sc(配列番号59、53、41および47)のサイトカインmRNA混合物 80μgでの処置の前日に、抗体媒介細胞枯渇を開始した。全生存率に対する抗体の枯渇効果をモニターした。図34に示すこれらの結果は、CD8+、CD4+またはNK細胞の個々の枯渇が、サイトカインmRNAの抗腫瘍活性および全生存率を、様々な程度に、低下させたことを示す。
サイトカインmRNAの抗腫瘍活性は、IFN−ガンマ欠損マウスでは観察されない
WT C57BL6Jマウス、およびマウスIFNγが欠損している(IFNγKO)C57BL6Jマウスに、実施例1で説明したようにB16F10腫瘍細胞を移植した。IL−15 sushi、GM−CSF、IFNαおよびIL−12sc(配列番号59、53、41および47)のサイトカインmRNA混合物80μg(20μg/標的)または対照mRNA 80μgの腫瘍内注射によってマウスを処置し、全生存率をモニターした。図35に描示されているこれらの結果は、IFNγを欠いているマウスが、サイトカインmRNAで処置されたときに検出可能な抗腫瘍応答を示さなかったことを示す。

Claims (88)

  1. IL−12scタンパク質をコードするRNAと、IL−15 sushiタンパク質をコードするRNAと、IFNαタンパク質をコードするRNAと、GM−CSFタンパク質をコードするRNAとを含む組成物または医療用製剤。
  2. 請求項1に記載の組成物。
  3. IFNαタンパク質は、IFNα2bタンパク質である、請求項1または2に記載の医療用製剤または組成物。
  4. (i)IL−12scタンパク質をコードするRNAは、配列番号17もしくは18のヌクレオチド配列、もしくは配列番号17もしくは18のヌクレオチド配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、および/または(ii)IL−12scタンパク質は、配列番号14のアミノ酸配列、もしくは配列番号14のアミノ酸配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項1〜3のいずれか1項に記載の医療用製剤または組成物。
  5. (i)IL−15 sushiタンパク質をコードするRNAは、配列番号26のヌクレオチド配列、もしくは配列番号26のヌクレオチド配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、および/または(ii)IL−15 sushiタンパク質は、配列番号24のアミノ酸配列、もしくは配列番号24のアミノ酸配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項1〜4のいずれか1項に記載の医療用製剤または組成物。
  6. (i)IFNαタンパク質をコードするRNAは、配列番号22もしくは23のヌクレオチド配列、もしくは配列番号22もしくは23のヌクレオチド配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、および/または(ii)IFNαタンパク質は、配列番号19のアミノ酸配列、もしくは配列番号19のアミノ酸配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項1〜5のいずれか1項に記載の医療用製剤または組成物。
  7. (i)GM−CSFタンパク質をコードするRNAは、配列番号29のヌクレオチド配列、もしくは配列番号29のヌクレオチド配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、および/または(ii)GM−CSFタンパク質は、配列番号27のアミノ酸配列、もしくは配列番号27のアミノ酸配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項1〜6のいずれか1項に記載の医療用製剤または組成物。
  8. 少なくとも1つのRNAは、少なくとも1つのウリジンの代わりに修飾ヌクレオシドを含む、請求項1〜7のいずれか1項に記載の医療用製剤または組成物。
  9. 少なくとも1つのRNAは、各ウリジンの代わりに修飾ヌクレオシドを含む、請求項1〜7のいずれか1項に記載の医療用製剤または組成物。
  10. 各RNAは、少なくとも1つのウリジンの代わりに修飾ヌクレオシドを含む、請求項1〜7のいずれか1項に記載の医療用製剤または組成物。
  11. 各RNAは、各ウリジンの代わりに修飾ヌクレオシドを含む、請求項1〜7のいずれか1項に記載の医療用製剤または組成物。
  12. 修飾ヌクレオシドは、プソイドウリジン(ψ)、N1−メチル−プソイドウリジン(m1ψ)、および5−メチル−ウリジン(m5U)から独立して選択される、請求項8〜11のいずれか1項に記載の医療用製剤または組成物。
  13. 少なくとも1つのRNAは、1つより多くのタイプの修飾ヌクレオシドを含み、該修飾ヌクレオシドは、プソイドウリジン(ψ)、N1−メチル−プソイドウリジン(m1ψ)、および5−メチル−ウリジン(m5U)から独立して選択される、請求項7〜11のいずれか1項に記載の医療用製剤または組成物。
  14. 修飾ヌクレオシドは、N1−メチル−プソイドウリジン(m1ψ)である、請求項12に記載の医療用製剤または組成物。
  15. 少なくとも1つのRNAは、5’キャップ m 7,3’−OGppp(m 2’−O)ApGまたは3’−O−Me−mG(5’)ppp(5’)Gを含む、請求項1〜14のいずれか1項に記載の医療用製剤または組成物。
  16. 各RNAは、5’キャップ m 7,3’−OGppp(m 2’−O)ApGまたは3’−O−Me−mG(5’)ppp(5’)Gを含む、請求項1〜15のいずれか1項に記載の医療用製剤または組成物。
  17. 少なくとも1つのRNAは、配列番号2、4および6からなる群から選択されるヌクレオチド配列、または配列番号2、4および6からなる群から選択されるヌクレオチド配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む5’UTRを含む、請求項1〜16のいずれか1項に記載の医療用製剤または組成物。
  18. 各RNAは、配列番号2、4および6からなる群から選択されるヌクレオチド配列、または配列番号2、4および6からなる群から選択されるヌクレオチド配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む5’UTRを含む、請求項1〜17のいずれか1項に記載の医療用製剤または組成物。
  19. 少なくとも1つのRNAは、配列番号8のヌクレオチド配列、または配列番号8のヌクレオチド配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む3’UTRを含む、請求項1〜18のいずれか1項に記載の医療用製剤または組成物。
  20. 各RNAは、配列番号8のヌクレオチド配列、または配列番号8のヌクレオチド配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む3’UTRを含む、請求項1〜19のいずれか1項に記載の医療用製剤または組成物。
  21. 少なくとも1つのRNAは、ポリAテールを含む、請求項1〜20のいずれか1項に記載の医療用製剤または組成物。
  22. 各RNAは、ポリAテールを含む、請求項1〜21のいずれか1項に記載の医療用製剤または組成物。
  23. ポリAテールは、少なくとも100ヌクレオチドを含む、請求項21または22に記載の医療用製剤または組成物。
  24. ポリAテールは、配列番号78で示されるポリAテールを含む、請求項21または22に記載の医療用製剤または組成物。
  25. 1つまたはそれ以上のRNAは:
    a.m 7,3’−OGppp(m 2’−O)ApGまたは3’−O−Me−mG(5’)ppp(5’)Gを含む5’キャップ;
    b.(i)配列番号2、4および6からなる群から選択されるヌクレオチド配列、または(ii)配列番号2、4および6からなる群から選択されるヌクレオチド配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む5’UTR;
    c.(i)配列番号8のヌクレオチド配列、または(ii)配列番号8のヌクレオチド配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む3’UTR;ならびに
    d.少なくとも100ヌクレオチドを含むポリAテール
    を含む、請求項1〜24のいずれか1項に記載の医療用製剤または組成物。
  26. ポリAテールは、配列番号78を含む、請求項25に記載の医療用製剤または組成物。
  27. RNAを含む医薬組成物である、請求項1〜26のいずれか1項に記載の医療用製剤または組成物。
  28. 医薬組成物は、1つまたはそれ以上の薬学的に許容される担体、希釈剤および/または賦形剤をさらに含む、請求項27に記載の医療用製剤または組成物。
  29. RNAは、液体として製剤化されるか、固体として製剤化されるか、またはこれらの組合せである、請求項1〜28のいずれか1項に記載の医療用製剤または組成物。
  30. 薬学的使用のための、請求項1〜29のいずれか1項に記載の医療用製剤または組成物。
  31. 薬学的使用は、疾患または障害の治療的または予防的処置を含む、請求項30に記載の医療用製剤または組成物。
  32. 固形腫瘍を処置または予防する方法における使用のための、請求項1〜31のいずれか1項に記載の医療用製剤または組成物。
  33. 固形腫瘍は、肉腫、癌腫またはリンパ腫である、請求項32に記載の医療用製剤または組成物。
  34. 固形腫瘍は、肺、結腸、卵巣、子宮頸部、子宮、腹膜、精巣、陰茎、舌、リンパ節、膵臓、骨、乳房、前立腺、軟部組織、結合組織、腎臓、肝臓、脳、甲状腺または皮膚におけるものである、請求項32または33のいずれか1項に記載の医療用製剤または組成物。
  35. 固形腫瘍は、上皮腫瘍、ホジキンリンパ腫(HL)、非ホジキンリンパ腫、前立腺腫瘍、卵巣腫瘍、腎細胞腫瘍、消化管腫瘍、肝腫瘍、結腸直腸腫瘍、脈管構造を伴う腫瘍、中皮腫腫瘍、膵腫瘍、乳房腫瘍、肉腫腫瘍、肺腫瘍、結腸腫瘍、脳腫瘍、メラノーマ腫瘍、小細胞肺腫瘍、神経芽腫腫瘍、精巣腫瘍、癌腫腫瘍、腺癌腫瘍、神経膠腫腫瘍、精上皮腫腫瘍、網膜芽細胞腫、または骨肉腫腫瘍である、請求項32〜34のいずれか1項に記載の医療用製剤または組成物。
  36. RNAは、腫瘍内または腫瘍周囲投与のためのものである、請求項1〜35のいずれか1項に記載の医療用製剤または組成物。
  37. RNAは、注射用に製剤化される、請求項1〜36のいずれか1項に記載の医療用製剤または組成物。
  38. RNAは、注射による使用のためのものである、請求項1〜36のいずれか1項に記載の医療用製剤または組成物。
  39. ヒトへの投与のためのものである、請求項1〜38のいずれか1項に記載の医療用製剤または組成物。
  40. 固形腫瘍を処置または予防することは、対象における腫瘍のサイズを縮小させること、寛解期のがんの再発を予防すること、またはがん転移を予防することを含む、請求項32〜39のいずれか1項に記載の医療用製剤または組成物。
  41. 請求項1〜29のいずれか1項に記載の組成物を含むキット。
  42. キットである、請求項1または3〜29のいずれか1項に記載の医療用製剤。
  43. RNAは、別々のバイアル内にある、請求項42に記載の医療用製剤。
  44. 固形腫瘍を処置または予防するための組成物の使用説明書をさらに含む、請求項40〜43のいずれか1項に記載のキット。
  45. 対象における固形腫瘍を処置または予防する方法において使用するためのRNAであって、方法は、IL−12scタンパク質をコードするRNA、IL−15 sushiタンパク質をコードするRNA、IFNαタンパク質をコードするRNA、およびGM−CSFタンパク質をコードするRNAを投与することを含む、前記RNA。
  46. 固形腫瘍の処置のための、IL−12scタンパク質、IL−15 sushiタンパク質、IFNαタンパク質およびGM−CSFタンパク質をコードするRNAの使用。
  47. IFNαタンパク質は、IFNα2bタンパク質である、請求項45〜46のいずれか1項に記載のRNAまたは使用。
  48. (i)IL−12scタンパク質をコードするRNAは、配列番号17もしくは18のヌクレオチド配列、もしくは配列番号17もしくは18のヌクレオチド配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、および/または(ii)IL−12scタンパク質は、配列番号14のアミノ酸配列、もしくは配列番号14のアミノ酸配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項45〜47のいずれか1項に記載のRNAまたは使
    用。
  49. (i)IL−15 sushiタンパク質をコードするRNAは、配列番号26のヌクレオチド配列、もしくは配列番号26のヌクレオチド配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、および/または(ii)IL−15 sushiタンパク質は、配列番号24のアミノ酸配列、もしくは配列番号24のアミノ酸配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項45〜48のいずれか1項に記載のRNAまたは使用。
  50. (i)IFNαタンパク質をコードするRNAは、配列番号22もしくは23のヌクレオチド配列、もしくは配列番号22もしくは23のヌクレオチド配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、および/または(ii)IFNαタンパク質は、配列番号19のアミノ酸配列、もしくは配列番号19のアミノ酸配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項45〜49のいずれか1項に記載のRNAまたは使用。
  51. (i)GM−CSFタンパク質をコードするRNAは、配列番号29のヌクレオチド配列、もしくは配列番号29のヌクレオチド配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む、および/または(ii)GM−CSFタンパク質は、配列番号27のアミノ酸配列、もしくは配列番号27のアミノ酸配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項45〜50のいずれか1項に記載のRNAまたは使用。
  52. 少なくとも1つのRNAは、少なくとも1つのウリジンの代わりに修飾ヌクレオシドを含む、請求項45〜51のいずれか1項に記載のRNAまたは使用。
  53. 少なくとも1つのRNAは、各ウリジンの代わりに修飾ヌクレオシドを含む、請求項45〜52のいずれか1項に記載のRNAまたは使用。
  54. 各RNAは、少なくとも1つのウリジンの代わりに修飾ヌクレオシドを含む、請求項45〜53のいずれか1項に記載のRNAまたは使用。
  55. 各RNAは、各ウリジンの代わりに修飾ヌクレオシドを含む、請求項45〜54のいずれか1項に記載のRNAまたは使用。
  56. 修飾ヌクレオシドは、プソイドウリジン(ψ)、N1−メチル−プソイドウリジン(m1ψ)、および5−メチル−ウリジン(m5U)から独立して選択される、請求項52〜55のいずれか1項に記載のRNAまたは使用。
  57. 少なくとも1つのRNAは、1つより多くのタイプの修飾ヌクレオシドを含み、該修飾ヌクレオシドは、プソイドウリジン(ψ)、N1−メチル−プソイドウリジン(m1ψ)、および5−メチル−ウリジン(m5U)から独立して選択される、請求項52〜55のいずれか1項に記載のRNA。
  58. 修飾ヌクレオシドは、N1−メチル−プソイドウリジン(m1ψ)である、請求項56に記載のRNAまたは使用。
  59. 少なくとも1つのRNAは、5’キャップ m 7,3’−OGppp(m 2’−O)ApGまたは3’−O−Me−mG(5’)ppp(5’)Gを含む、請求項45〜58のいずれか1項に記載のRNAまたは使用。
  60. 各RNAは、5’キャップ m 7,3’−OGppp(m 2’−O)ApGまたは3’−O−Me−mG(5’)ppp(5’)Gを含む、請求項45〜59のいずれか1項に記載のRNAまたは使用。
  61. 少なくとも1つのRNAは、配列番号2、4および6からなる群から選択されるヌクレオチド配列、または配列番号2、4および6からなる群から選択されるヌクレオチド配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む5’UTRを含む、請求項45〜60のいずれか1項に記載のRNAまたは使用。
  62. 各RNAは、配列番号2、4および6からなる群から選択されるヌクレオチド配列、または配列番号2、4および6からなる群から選択されるヌクレオチド配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む5’UTRを含む、請求項45〜61のいずれか1項に記載のRNAまたは使用。
  63. 少なくとも1つのRNAは、配列番号8のヌクレオチド配列、または配列番号8のヌクレオチド配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む3’UTRを含む、請求項45〜62のいずれか1項に記載のRNAまたは使用。
  64. 各RNAは、配列番号8のヌクレオチド配列、または配列番号8のヌクレオチド配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む3’UTRを含む、請求項45〜63のいずれか1項に記載のRNAまたは使用。
  65. 少なくとも1つのRNAは、ポリAテールを含む、請求項45〜64のいずれか1項に記載のRNAまたは使用。
  66. 各RNAは、ポリAテールを含む、請求項43〜65のいずれか1項に記載のRNAまたは使用。
  67. ポリAテールは、少なくとも100ヌクレオチドを含む、請求項65または66に記載のRNAまたは使用。
  68. ポリAテールは、配列番号78で示されるポリAテールを含む、請求項65または66に記載のRNAまたは使用。
  69. 1つまたはそれ以上のRNAは:
    a.m 7,3’−OGppp(m 2’−O)ApGまたは3’−O−Me−mG(5’)ppp(5’)Gを含む5’キャップ;
    b.(i)配列番号2、4および6からなる群から選択されるヌクレオチド配列、または(ii)配列番号2、4および6からなる群から選択されるヌクレオチド配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む5’UTR;
    c.(i)配列番号8のヌクレオチド配列、または(ii)配列番号8のヌクレオチド
    配列に対して少なくとも99%、98%、97%、96%、95%、90%、85%もしくは80%の同一性を有するヌクレオチド配列を含む3’UTR;ならびに
    d.少なくとも100ヌクレオチドを含むポリAテール
    を含む、請求項45〜68のいずれか1項に記載のRNAまたは使用。
  70. ポリAテールは、配列番号78を含む、請求項69に記載のRNAまたは使用。
  71. 方法は、さらなる治療を投与することをさらに含む、請求項45〜70のいずれか1項に記載のRNAまたは使用。
  72. さらなる治療は、(i)腫瘍を摘出、切除または減量するための外科手術、(ii)免疫療法、(iii)放射線療法、および(iv)化学療法からなる群から選択される1つまたはそれ以上を含む、請求項71に記載のRNAまたは使用。
  73. さらなる治療は、さらなる治療剤を投与することを含む、請求項71または72に記載のRNAまたは使用。
  74. さらなる治療剤は、抗がん治療剤である、請求項73に記載のRNAまたは使用。
  75. さらなる治療剤は、チェックポイントモジュレーターである、請求項73または74に記載のRNAまたは使用。
  76. チェックポイントモジュレーターは、抗PD1抗体、抗CTLA−4抗体、または抗PD1抗体と抗CTLA−4抗体の組合せである、請求項75に記載のRNAまたは使用。
  77. 固形腫瘍は、肉腫、癌腫またはリンパ腫である、請求項45〜76のいずれか1項に記載のRNAまたは使用。
  78. 固形腫瘍は、肺、結腸、卵巣、子宮頸部、子宮、腹膜、精巣、陰茎、舌、リンパ節、膵臓、骨、乳房、前立腺、軟部組織、結合組織、腎臓、肝臓、脳、甲状腺または皮膚におけるものである、請求項45〜77のいずれか1項に記載のRNAまたは使用。
  79. 固形腫瘍は、上皮腫瘍、ホジキンリンパ腫(HL)、非ホジキンリンパ腫、前立腺腫瘍、卵巣腫瘍、腎細胞腫瘍、消化管腫瘍、肝腫瘍、結腸直腸腫瘍、脈管構造を伴う腫瘍、中皮腫腫瘍、膵腫瘍、乳房腫瘍、肉腫腫瘍、肺腫瘍、結腸腫瘍、脳腫瘍、メラノーマ腫瘍、小細胞肺腫瘍、神経芽腫腫瘍、精巣腫瘍、癌腫腫瘍、腺癌腫瘍、神経膠腫腫瘍、精上皮腫腫瘍、網膜芽細胞腫、または骨肉腫腫瘍である、請求項45〜78のいずれか1項に記載のRNAまたは使用。
  80. RNAは、腫瘍内または腫瘍周囲投与される、請求項45〜79のいずれか1項に記載のRNAまたは使用。
  81. RNAは、注射用に製剤化される、請求項45〜80のいずれか1項に記載のRNAまたは使用。
  82. さらなる治療剤は、全身投与される、請求項73〜81のいずれか1項に記載のRNAまたは使用。
  83. 対象はヒトである、請求項45〜82のいずれか1項に記載のRNAまたは使用。
  84. 複数のRNAは、同時に投与される、請求項45〜83のいずれか1項に記載のRNAまたは使用。
  85. 複数のRNAは、注射によって投与され、該RNAは、注射の前に液体溶液中で混合される、請求項45〜84のいずれか1項に記載のRNAまたは使用。
  86. 複数のRNAは、該RNAの組合せを含む組成物を投与することにより投与される、請求項45〜85のいずれか1項に記載のRNAまたは使用。
  87. 固形腫瘍を処置または予防することは、対象における腫瘍のサイズを縮小させること、寛解期のがんの再発を予防すること、またはがん転移を予防することを含む、請求項45〜86のいずれか1項に記載のRNAまたは使用。
  88. 固形腫瘍を処置するまたは固形腫瘍の可能性を低下させる方法であって、それを必要とする対象に第1のRNAを投与することを含み、第1のRNAは、IL−12scタンパク質、IL−15 sushiタンパク質、IFNαタンパク質、またはGM−CSFタンパク質をコードし、対象は、さらなるRNAでさらに処置され、ここで:
    a.第1のRNAがIL−12scタンパク質をコードする場合には、さらなるRNAは、IL−15 sushiタンパク質、IFNαタンパク質、およびGM−CSFタンパク質をコードし;
    b.第1のRNAがIL−15 sushiタンパク質をコードする場合には、さらなるRNAは、IL−12scタンパク質、IFNαタンパク質、およびGM−CSFタンパク質をコードし;
    c.第1のRNAがIFNαタンパク質をコードする場合には、さらなるRNAは、IL−15 sushiタンパク質、IL−12scタンパク質、およびGM−CSFタンパク質をコードし;
    d.第1のRNAがGM−CSFタンパク質をコードする場合には、さらなるRNAは、IL−15 sushiタンパク質、IFNαタンパク質、およびIL−12scタンパク質をコードする、前記方法。
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