JP2020520662A

JP2020520662A - 血友病ｂの遺伝子治療のための、発現の増加を伴う組換えｆｉｘをコードするウイルスベクター

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Publication number: JP2020520662A
Application number: JP2019564430A
Authority: JP
Inventors: フランツィスカホーリング; ヨハネスレングラー; ファルコ−ガンターフォークナー; ハンスピーターロッテンステイナー; フリードリッヒシェイフリンガー
Original assignee: バクスアルタインコーポレイテッド; バクスアルタゲーエムベーハー
Priority date: 2017-05-22
Filing date: 2018-05-22
Publication date: 2020-07-16
Anticipated expiration: 2038-05-22
Also published as: TWI753168B; KR102551733B1; RU2019142702A3; CN110945127A; KR20200010443A; NZ759034A; TW201900184A; AR112057A1; CL2019003395A1; EP3630974A1; WO2018217731A1; IL280637A; KR102386890B1; US20180339026A1; JP6961171B2; IL270567B; KR20220050238A; BR112019024256A2; ZA201907716B; US20210128700A1

Abstract

本開示は、とりわけ、哺乳動物細胞での発現のための、第ＩＸ因子変異体をコードするコドン改変ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、本開示はまた、血友病Ｂを治療するための哺乳動物遺伝子治療ベクター及び方法も提供する。【選択図】図１

Description

関連出願の相互参照
本出願は、２０１７年５月２２日出願の米国仮出願第６２／５０９，６１６号の恩典を主張するものであり、その全体が目的を問わず参照により本明細書に明示的に組み込まれる。

コンパクトディスクで提出された、付属物一覧にある「配列表」、表、またはコンピュータープログラムの参照
２０１８年５月２１日に作成され、本明細書とともに提出される配列表のテキストコピー、表題「００８０７３＿５１１７＿ＷＯ＿Ｓｅｑｕｅｎｃｅ＿Ｌｉｓｔｉｎｇ．ｔｘｔ」（ファイルサイズ７３キロバイト）を参照により本開示に組み込む。

開示の背景
血液凝固は、凝固カスケードと呼ばれる、相互依存的な生化学反応の複雑かつ動的な生物学的経路を介して進行する。凝固第ＶＩＩＩ因子（ＦＶＩＩＩ）及び第ＩＸ因子（ＦＩＸ）は、カスケードの重要な構成要素である。第ＶＩＩＩ因子は出血部位に動員され、活性化した第ＩＸ因子及び第Ｘ因子（ＦＸ）とＸａｓｅ複合体を形成する。Ｘａｓｅ複合体はＦＸを活性化し、さらにＦＸによってプロトロンビンが活性化され、トロンビンになり、さらにこれが凝固カスケードの他の構成要素を活性化して安定した血餅を生成する（Ｓａｅｎｋｏｅｔａｌ．，ＴｒｅｎｄｓＣａｒｄｉｏｖａｓｃ．Ｍｅｄ．，９：１８５−１９２（１９９９）（非特許文献１）；Ｌｅｎｔｉｎｇｅｔａｌ．，Ｂｌｏｏｄ，９２：３９８３−３９９６（１９９８）（非特許文献２）に概説）。

血友病Ｂは、第ＩＸ因子の活性欠乏を特徴とする先天性Ｘ連鎖性出血障害である。一般的に、第ＶＩＩＩ因子／第ＩＸ因子の活性低下は、凝固カスケードの正のフィードバックループを阻害する。その結果、凝固が不完全になり、出血エピソードの持続時間の増加、広範囲のあざ、自然発生的な口腔出血及び鼻血、関節硬直及び慢性痛、ならびに場合により重症例では内出血及び貧血が現れる（Ｚｈａｎｇｅｔａｌ．，Ｃｌｉｎｉｃ．Ｒｅｖ．Ａｌｌｅｒｇ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，３７：１１４−１２４（２００９）（非特許文献３））。

従来、血友病Ｂは第ＩＸ因子補充療法により治療されており、この療法は、血友病Ｂを有する個体に第ＩＸ因子タンパク質（例えば血漿由来または組換えにより産生した第ＩＸ因子）を投与することからなる。第ＩＸ因子は、急性出血エピソードに応答した出血エピソードを予防する、もしくはその頻度を低減するために予防的に投与され、及び／または手術中の出血を管理するために周術期に投与される。しかしながら、第ＩＸ因子補充療法にはいくつかの望ましくない特徴がある。

第１に、第ＩＸ因子補充療法は、血友病Ｂを治療または管理するために使用されるが、根底にある第ＩＸ因子欠乏症を治療するものではない。そのため、血友病Ｂを有する個人は、生涯にわたって第ＩＸ因子補充療法を必要とする。継続的な治療には費用がかかり、予防投与を数回逸しただけでも、重度の血友病Ｂを有する個人の場合、深刻な事態を引き起こす可能性があるため、各自が厳格な服薬遵守を維持する必要がある。

第２に、従来の第ＩＸ因子製品は、ｉｎｖｉｖｏでの半減期が約２４時間と比較的短いため、予防的な第ＩＸ因子補充療法には、週に２回または３回の投与を必要とする。そのことが、個人が生涯にわたって服薬遵守を維持する際に負担となっている。第３世代の「長時間作用型」第ＩＸ因子薬は投与頻度を低減できるが、このような薬物による予防的ＦＩＸ因子補充療法でもなお、月１回、週１回、またはそれより高頻度の投与が永続的に必要である。例えば、ノナコグベータペゴル［ＰＥＧ化組換え第ＩＸ因子］（ＮｏｖｏＮｏｒｄｉｓｋ、米国及び欧州の規制当局による承認待ち）を用いた予防的治療でもなお、週１回の投与が必要である（ＣｏｌｌｉｎｓＰ．Ｗ．，ｅｔａｌ．，Ｂｌｏｏｄ，１２４（２６）：３８８０−８６（２０１４）（非特許文献４））。さらに、化学修飾された生物製剤（例えばＰＥＧ化ポリペプチド）の長期的な影響は、未だ完全には解明されていない。

第３に、重度血友病Ｂ患者の第ＩＸ因子補充療法では、最大５％に抗第ＩＸ因子阻害物質抗体が生じるため、治療が非効率になる（ＯｓｏｏｌｉａｎｄＢｅｒｎｔｏｒｐ，Ｊ．Ｉｎｔｅｒｎ．Ｍｅｄ．，２７７（１）：１−１５（２０１５）（非特許文献５））。抗第ＶＩＩＩ因子阻害抗体が生じている血友病Ａ患者の治療には、第ＶＩＩＩ因子バイパス療法を使用できるが、それとは異なり、血友病Ｂの治療には、第ＩＸ因子バイパス療法は存在しない。

第４に、第ＩＸ因子補充療法には、患者の体重に応じて、用量あたり約１，０００ドル〜約３，０００ドルの範囲の高額な費用がかかる（ＨｅｍｏｐｈｉｌｉａＦｅｄｅｒａｔｉｏｎｏｆＡｍｅｒｉｃａオンライン資料（非特許文献６））。したがって、週２回投与した場合、第ＩＸ因子補充療法に年間最大３００，０００ドルの費用がかかる場合がある。

遺伝子治療は、単発の投与で第ＩＸ因子の活性を個体に生じさせるのではなく、根底にある第ＩＸ因子の機能的活性の過少発現（例えば、ミスセンス変異またはナンセンス変異によるもの）を治癒することから、血友病Ｂの治療に非常に有望である。第ＩＸ因子補充療法と比較して、第ＩＸ因子を提供するメカニズムが異なっているため、第ＩＸ因子遺伝子治療ベクターの単回投与で、長期ではないものの数年間にわたり十分なレベルの第ＩＸ因子を個体に供給することができる。その結果、治療費用は削減され、かつ患者による服薬遵守の継続が不要になる。

血友病Ｂの第ＩＸ因子遺伝子治療法について概念実証が示されている。例えば、ＭａｎｎｏＣ．Ｓ．，ｅｔａｌ．，ＮａｔＭｅｄ．，１２（３）：３４２−４７（２００６）（非特許文献７）を参照のこと。しかしながら、治療有効量の第ＩＸ因子を十分な期間、発現できるかどうかについては疑問が残る。例えば、Ｇｉａｎｇｒａｎｄｅ，ＳｅｍｉｎＴｈｒｏｍｂＨｅｍｏｓｔ．４２（５）：５１３−１７（２０１６）（非特許文献８）を参照のこと。

コドン最適化された第ＩＸ因子を構築するため、複数の試みがなされてきた。例えば、ＷＯ２００６／０３６５０２（特許文献１）は、ＡｐｏＥＨＣＲ−１エンハンサーとアルファ−１アンチトリプシン（ＡＡＴ）プロモーターとを有するコドン最適化第ＩＸ因子ＡＡＶ遺伝子治療ベクターを開示している。同様に、ＷＯ２０１４／０６４２７７（特許文献２）及びＷＯ２０１６／１４６７５７（特許文献３）は、肝臓特異的ＳＥＲＰＩＮ調節エレメントの１つ以上のコピーを含むコドン最適化第ＶＩＩＩ因子及び第ＩＸ因子ＡＡＶ遺伝子治療ベクターを開示している。最後に、ＷＯ２０１６／２１０１７０（特許文献４）は、ＡｐｏＥＨＣＲ−１エンハンサーとアルファ−１アンチトリプシン（ＡＡＴ）プロモーターを有するコドン最適化第ＩＸ因子ＡＡＶ遺伝子治療ベクターを開示している。

ＷＯ２００６／０３６５０２ＷＯ２０１４／０６４２７７ＷＯ２０１６／１４６７５７ＷＯ２０１６／２１０１７０

Ｓａｅｎｋｏｅｔａｌ．，ＴｒｅｎｄｓＣａｒｄｉｏｖａｓｃ．Ｍｅｄ．，９：１８５−１９２（１９９９）Ｌｅｎｔｉｎｇｅｔａｌ．，Ｂｌｏｏｄ，９２：３９８３−３９９６（１９９８）Ｚｈａｎｇｅｔａｌ．，Ｃｌｉｎｉｃ．Ｒｅｖ．Ａｌｌｅｒｇ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．，３７：１１４−１２４（２００９）ＣｏｌｌｉｎｓＰ．Ｗ．，ｅｔａｌ．，Ｂｌｏｏｄ，１２４（２６）：３８８０−８６（２０１４）ＯｓｏｏｌｉａｎｄＢｅｒｎｔｏｒｐ，Ｊ．Ｉｎｔｅｒｎ．Ｍｅｄ．，２７７（１）：１−１５（２０１５）ＨｅｍｏｐｈｉｌｉａＦｅｄｅｒａｔｉｏｎｏｆＡｍｅｒｉｃａオンライン資料ＭａｎｎｏＣ．Ｓ．，ｅｔａｌ．，ＮａｔＭｅｄ．，１２（３）：３４２−４７（２００６）Ｇｉａｎｇｒａｎｄｅ，ＳｅｍｉｎＴｈｒｏｍｂＨｅｍｏｓｔ．４２（５）：５１３−１７（２０１６）

開示の概要
したがって、第ＩＸ因子遺伝子治療構築物の改善が必要とされている。例えば、遺伝子治療ベクターへの封入、及びそれを介した送達を効率化する、第ＩＸ因子をコードする合成コドン改変核酸が必要とされている。また、第ＩＸ因子の発現を効率化する合成コドン改変核酸も必要とされている。また、野生型第ＩＸ因子と比較して、フォールディング特性の改善、発現細胞からの分泌の改善、及び／または活性の増加を伴う第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変核酸も必要とされている。そのような第ＩＸ因子をコードするコドン改変核酸は、第ＩＸ因子欠乏症（例えば血友病Ｂ）の改善された治療を可能にする。第ＩＸ因子タンパク質をコードする開示されたコドン改変核酸により、第ＩＸ因子欠乏症（例えば血友病Ｂ）の治療に付随する上記の欠陥及び他の問題が軽減または解消される。

一態様では、第ＩＸ因子及び第ＩＸ因子変異体をコードする核酸組成物（例えばコドン改変ポリヌクレオチド）を記載する。核酸組成物は、本明細書に記載されるように、第ＩＸ因子をコードするＣＳ０２、ＣＳ０３、ＣＳ０４、ＣＳ０５、及びＣＳ０６配列に対して高い配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む。本明細書に記載の核酸組成物は、野生型第ＩＸ因子コード配列と比較して、第ＩＸ因子発現の増加をもたらす。核酸組成物はまた、ＡＡＶ系の遺伝子治療ビリオンの産生の増加も可能にする。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の核酸組成物は、第ＩＸ因子をコードする野生型配列と比較して、ＧＣ含量が減少しているか、または少ないＣｐＧジヌクレオチドを含む。

いくつかの実施形態では、核酸組成物は、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）、及びＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）から選択される開示配列に対して、少なくとも９５％の配列同一性（例えば、少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性）を有するヌクレオチド配列を有する、第ＩＸ因子をコードするポリヌクレオチドを含む。

いくつかの実施形態では、核酸組成物は、第ＩＸ因子軽鎖をコードする開示配列（例えば、ＣＳ０２−ＬＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４２）、ＣＳ０３−ＬＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４４）、ＣＳ０４−ＬＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４６）、ＣＳ０５−ＬＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４８）、またはＣＳ０６−ＬＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５０））、及び第ＩＸ因子重鎖をコードする開示配列（例えば、ＣＳ０２−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４１）、ＣＳ０３−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４３）、ＣＳ０４−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４５）、ＣＳ０５−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４７）、またはＣＳ０６−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４９））に対して、少なくとも９５％の配列同一性（例えば、少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性）を有するヌクレオチド配列を有する、第ＩＸ因子をコードするポリヌクレオチドを含む。

いくつかの実施形態では、核酸組成物は、軽鎖、重鎖、及び軽鎖のＣ末端を重鎖のＮ末端に結合するポリペプチドリンカー（例えば活性化ペプチド）を有する、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む。第ＩＸ因子ポリペプチドの軽鎖は、ＣＳ０２−ＬＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４２）、ＣＳ０３−ＬＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４４）、ＣＳ０４−ＬＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４６）、ＣＳ０５−ＬＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４８）、及びＣＳ０６−ＬＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５０）のうちの１つに対して高い配列同一性を有する第１のヌクレオチド配列によってコードされる。第ＩＸ因子ポリペプチドの重鎖は、ＣＳ０２−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４１）、ＣＳ０３−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４３）、ＣＳ０４−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４５）、ＣＳ０５−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４７）、及びＣＳ０６−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４９）のうちの１つに対して高い配列同一性を有する第２のヌクレオチド配列によってコードされる。ポリペプチドリンカーは、プロテアーゼ切断部位（例えば、２つの第ＸＩａ因子切断部位）を含む。

上記のポリヌクレオチドのいくつかの実施形態では、ポリペプチドリンカーは、野生型第ＩＸ因子活性化ペプチドＦＩＸ−ＡＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５６；ＦＩＸ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２）のアミノ酸１９２〜２２６）に対して高い配列同一性を有するアミノ酸配列を有する。いくつかの実施形態では、ポリペプチドリンカーは、ＣＳ０２−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５７）、ＣＳ０３−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５８）、ＣＳ０４−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５９）、ＣＳ０５−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６０）、及びＣＳ０６−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６１）のうちの１つに対して高い配列同一性を有する第３の核酸配列によってコードされる。

いくつかの実施形態では、本明細書に記載のコドン改変ポリヌクレオチドは、例えば、コードされる第ＩＸ因子タンパク質がシグナルペプチド及びプロペプチドを含む場合、プレプロ第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、シグナルペプチド、プロペプチド、またはシグナルペプチドとプロペプチドの両方が、コドン改変配列によってコードされる。いくつかの実施形態では、シグナルペプチド、プロペプチド、またはシグナルペプチドとプロペプチドの両方が、野生型配列によってコードされるが、成熟第ＩＸ因子一本鎖ポリペプチドをコードする核酸の部分（例えば、ＦＩＸ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１０）；ＦＩＸ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２）のアミノ酸４７〜４６１）はコドン改変される。

いくつかの実施形態では、本明細書に記載のコドン改変ポリヌクレオチドは、例えば、野生型第ＩＸ因子アミノ酸配列（例えば、ＦＩＸ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２）またはＦＩＸ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１０））と比較して、１つ以上のアミノ酸置換を有する第ＩＸ因子変異体ポリペプチドをコードする。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子変異体は、野生型第ＩＸ因子と比較して第ＩＸ因子活性が増加した機能亢進型第ＩＸ因子変異体である。特定の実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドは、「Ｐａｄｕａ」Ｒ３８４Ｌアミノ酸置換（第ＩＸ因子プレプロポリペプチド配列ＦＩＸ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２）と比較して、成熟第ＩＸ因子一本鎖配列ＦＩＸ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１０）に対するＲ３３８Ｌアミノ酸置換）を有する。

一態様では、血友病Ｂを治療する方法を記載する。この方法は、それを必要とする患者に、本明細書に記載の核酸組成物（例えば、コドン改変第ＩＸ因子ポリヌクレオチド構築物）（例えば、ＣＳ０２、ＣＳ０３、ＣＳ０４、ＣＳ０５、またはＣＳ０６第ＩＸ因子コード配列に対して高い配列同一性を有するポリヌクレオチド）を投与することを含む。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリヌクレオチド構築物は、本明細書に記載の哺乳動物遺伝子治療ベクターである。特定の実施形態では、第ＩＸ因子ポリヌクレオチド構築物は、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターである。いくつかの実施形態では、遺伝子治療ベクターは、肝臓特異的調節制御エレメントの１つ以上のコピー（例えば、ＣＲＭ８調節制御エレメントの１〜３コピー）を含む。

一態様では、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）粒子を作製する方法を記載する。この方法は、本明細書に記載の核酸組成物（例えば、コドン改変第ＩＸ因子ポリヌクレオチド構築物）（例えば、ＣＳ０２、ＣＳ０３、ＣＳ０４、ＣＳ０５、またはＣＳ０６第ＩＸ因子コード配列に対して高い配列同一性を有するポリヌクレオチド）を哺乳動物宿主細胞に導入することを含み、その場合、該ポリヌクレオチドは哺乳動物宿主細胞中で複製する能力がある状態である。

いくつかの実施態様に従う、例示的な第ＩＸ因子遺伝子治療構築物を示す。肝臓特異的シス調節モジュール（ＣＲＭ８）なし（Ａ、Ｃ）及びあり（Ｂ、Ｄ）の自己相補的ベクター（Ａ、Ｂ）及び一本鎖ベクター（Ｃ、Ｄ）の配列要素を示す。アクセッション番号ＣＣＤＳ１４６６６．１（「ＦＩＸ−ＦＬ−ＮＡ」）の野生型第ＩＸ因子コード配列（ＳＥＱＩＤＮＯ：１）を示す。ヒトで発現する野生型第ＩＸ因子プレプロポリペプチドの２つのアイソフォームのアミノ酸配列を示す。図３Ａは、ＵｎｉＰｒｏｔアクセッション番号Ｐ００７４０及びＮＣＢＩアクセッション番号ＮＰ＿０００１２４．１（「ＦＩＸ−ＦＬ−ＡＡ」）に対応する、第１の長い第ＩＸ因子プレプロポリペプチドアイソフォームの野生型アミノ酸配列（ＳＥＱＩＤＮＯ：２）を示す。図３Ｂは、ＮＣＢＩアクセッション番号ＮＰ＿００１３００８４２．１（「ＦＩＸ２−ＦＬ−ＡＡ」）に対応する、第２の短い第ＩＸ因子プレプロポリペプチドアイソフォームの野生型アミノ酸配列（ＳＥＱＩＤＮＯ：３）を示す。Ｐａｄｕａ（Ｒ３８４Ｌ）第ＩＸ因子アミノ酸配列（ＳＥＱＩＤＮＯ：４；「ＦＩＸｐ−ＦＬ−ＡＡ」）を示す。いくつかの実施態様に従う、Ｒ３８４Ｌアミノ酸置換を有する第ＩＸ因子変異体（ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ）をコードするＣＳ０２コドン改変ヌクレオチド配列（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）を示す。いくつかの実施態様に従う、Ｒ３８４Ｌアミノ酸置換を有する第ＩＸ因子変異体（ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ）をコードするＣＳ０３コドン改変ヌクレオチド配列（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）を示す。いくつかの実施態様に従う、Ｒ３８４Ｌアミノ酸置換を有する第ＩＸ因子変異体（ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ）をコードするＣＳ０４コドン改変ヌクレオチド配列（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）を示す。いくつかの実施態様に従う、Ｒ３８４Ｌアミノ酸置換を有する第ＩＸ因子変異体（ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ）をコードするＣＳ０５コドン改変ヌクレオチド配列（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）を示す。いくつかの実施態様に従う、Ｒ３８４Ｌアミノ酸置換を有する第ＩＸ因子変異体（ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ）をコードするＣＳ０６コドン改変ヌクレオチド配列（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）を示す。２×１０Ｅ１１ｖｇ／ｋｇ体重の用量で、０、１、２、または３コピーのＣＲＭ８肝臓特異的シス調節制御エレメントを有するＣＳ０２遺伝子治療構築物を注射した野生型マウスのＦＩＸ抗原レベルを示す。ヒトで発現する一本鎖の野生型第ＩＸ因子タンパク質の２つのアイソフォーム（例えば、シグナルペプチド及びプロペプチドを欠く）のアミノ酸配列を示す。図１１Ａは、ＵｎｉＰｒｏｔアクセッション番号Ｐ００７４０及びＮＣＢＩアクセッション番号ＮＰ＿０００１２４．１（「ＦＩＸ−ＭＡ−ＡＡ」）に対応する、第１の長い第ＩＸ因子プレプロポリペプチドアイソフォームの野生型アミノ酸配列（ＳＥＱＩＤＮＯ：１０）を示す。図１１Ｂは、ＮＣＢＩアクセッション番号ＮＰ＿００１３００８４２．１（「ＦＩＸ２−ＭＡ−ＡＡ」）に対応する、第２の短い第ＩＸ因子プレプロポリペプチドアイソフォームの野生型アミノ酸配列（ＳＥＱＩＤＮＯ：１１）を示す。一本鎖第ＩＸ因子（Ｒ３３８Ｌ）「Ｐａｄｕａ」アミノ酸配列（ＳＥＱＩＤＮＯ：１２；「ＦＩＸｐ−ＭＰ−ＡＡ」）を示す。いくつかの実施態様に従う、Ｒ３３８Ｌアミノ酸置換を有する一本鎖第ＩＸ因子変異体（ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ）をコードするＣＳ０２コドン改変ヌクレオチド配列（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）を示す。いくつかの実施態様に従う、Ｒ３３８Ｌアミノ酸置換を有する一本鎖第ＩＸ因子変異体（ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ）をコードするＣＳ０３コドン改変ヌクレオチド配列（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）を示す。いくつかの実施態様に従う、Ｒ３３８Ｌアミノ酸置換を有する一本鎖第ＩＸ因子変異体（ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ）をコードするＣＳ０４コドン改変ヌクレオチド配列（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）を示す。いくつかの実施態様に従う、Ｒ３３８Ｌアミノ酸置換を有する一本鎖第ＩＸ因子変異体（ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ）をコードするＣＳ０５コドン改変ヌクレオチド配列（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）を示す。いくつかの実施態様に従う、Ｒ３３８Ｌアミノ酸置換を有する一本鎖第ＩＸ因子変異体（ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ）をコードするＣＳ０６コドン改変ヌクレオチド配列（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）を示す。いくつかの実施態様に従う、本明細書に記載のいくつかの構築物のプレプロペプチド（ＰＰＰ）をコードする核酸配列（ＮＡ）を示す。いくつかの実施態様に従う、本明細書に記載のいくつかの構築物のシグナルペプチド（ＳＰ）をコードする核酸配列（ＮＡ）を示す。いくつかの実施態様に従う、本明細書に記載のいくつかの構築物のプロペプチド（ＰＰ）をコードする核酸配列（ＮＡ）を示す。ＦＩＸプレプロペプチド（ＰＰＰ）のアミノ酸配列（ＡＡ）を示す。ＦＩＸシグナルペプチド（ＳＰ）のアミノ酸配列（ＡＡ）を示す。ＦＩＸプロペプチド（ＰＰ）のアミノ酸配列（ＡＡ）を示す。ＣＲＭ８配列の核酸配列（ＳＥＱＩＤＮＯ：３９）を示す。ＣＳ０６−ＣＲＭ８．３−ｓｓＶ構築物の核酸配列（ＳＥＱＩＤＮＯ：４０）を示す。ＣＳ０６−ＣＲＭ８．３−ｓｓＶ構築物の核酸配列（ＳＥＱＩＤＮＯ：４０）を示す。

開示の詳細な説明
Ｉ．緒言
ＡＡＶ系の遺伝子治療は、血友病の治療に非常に有望である。血友病Ｂに関しては、最初の臨床データが、少なくとも一部の患者において約１０％のＦＩＸレベルを１年超、維持できるという有望なものである。例えば、最初のヒト試験では、ＡＶＶ−ＦＩＸ構築物の肝動脈カテーテル法が、ｉｎｖｉｖｏで第ＩＸ因子の一過性発現を生じさせることが実証された。ＫａｙＭ．ｅｔａｌ．，ＮａｔＧｅｎｅｔ．２４（３）：２５７−６１（２０００）。しかしながら、形質導入により、ＡＡＶ由来カプシド抗原に対する免疫系の穏やかな活性化が生じた。ＭａｎｎｏＣ．Ｓ．ｅｔａｌ．，ＮａｔＭｅｄ．１２（３）：３４２−４７（２００６）、及びＭｉｎｇｏｚｚｉＦ．ｅｔａｌ．，ＮａｔＭｅｄ．１３（４）：４１９−２２（２００７）。

非ウイルスベクターは、裸のＤＮＡ、または非抗原性担体（例えば不活性ポリマー、脂質、またはナノ粒子）と会合されたＤＮＡの送達に基づくものであるため、免疫原性が低い可能性がある。しかしながら、非ウイルスベクターの細胞トランスフェクション率は、ウイルス送達ベクターの場合よりも低くなる。加えて、構築物の大規模生産に使用される細菌配列の存在により、非ウイルスベクターからの長期発現が妨げられる。

しかしながら、より高用量の遺伝子治療構築物を単に投与するだけでは、これらの課題に対処することはできない。現在の知見によれば、ＡＡＶ系の遺伝子治療ベクターのベクター用量は、２ｘ１０^１２ｖｇ／ｋｇ体重を超えて増量するべきではない。これは、そのような高用量ではＴ細胞免疫応答が誘発されて、形質導入細胞が破壊され、その結果、導入遺伝子の発現が減少するか、さらには消失するためである。したがって、ＦＩＸ遺伝子治療を血友病Ｂ患者にとって実現可能な治療選択肢にするには、ＦＩＸの発現を改善する戦略が必要である。

そこで、第ＩＸ因子の発現及び活性の改善を促すように改善された第ＩＸ因子ポリペプチド構築物であれば、両方の治療手段が改善されると考えられる。例えば、ウイルスによる送達方法は、構築物の初期用量が減少し、それにより対象の免疫系の刺激が低減することにより改善される。裸のＤＮＡの投与を利用する方法は、少ないコピーの治療用ポリヌクレオチドで、より大きな第ＩＸ因子活性を促すことにより改善される。

本開示は、第ＩＸ因子遺伝子治療に付随する上記及び他の問題を解決するコドン改変第ＩＸ因子変異体コード配列の発見に関する。例えば、本明細書に開示されるポリヌクレオチドは、哺乳動物宿主において顕著に改善された第ＩＸ因子発現及び活性をもたらす。いくつかの実施態様では、これらの利点は、コドン改変されたＣＳ０２、ＣＳ０３、ＣＳ０４、ＣＳ０５、及びＣＳ０６構築物に対して高い配列同一性を有する、第ＩＸ因子をコードするポリヌクレオチドを使用することにより実現される。いくつかの実施形態では、これらの配列は、以下でさらに詳しく記載するように、野生型構築物と比較して、著しく少ないＣｐＧジヌクレオチドを含む。

有利には、本明細書に記載のＣＳ０２、ＣＳ０３、ＣＳ０４、ＣＳ０５、及びＣＳ０６コドン改変第ＩＸ因子配列は、相当する野生型配列と比較して、ｉｎｖｉｖｏで優れた第ＩＸ因子発現を生じさせる。例えば、実施例１は、ＣＳ０２、ＣＳ０３、ＣＳ０４、ＣＳ０５、またはＣＳ０６コドン改変第ＩＸ因子（Ｒ３８４Ｌ）コード配列を保有する自己相補的ＡＡＶベクターが、野生型第ＩＸ因子コード配列を保有する自己相補的ＡＡＶベクターと比較して、ｉｎｖｉｖｏで第ＩＸ因子活性を２０倍〜４０倍増加させることを示している。同様に、野生型第ＩＸ因子（Ｒ３８４Ｌ）コード配列を保有する自己相補的ＡＡＶベクターと比較して、第ＩＸ因子発現に２倍〜４倍の増加が認められる（表２）。

有利には、ＣＳ０２、ＣＳ０３、ＣＳ０４、ＣＳ０５、及びＣＳ０６コドン改変配列から生じる改善された第ＩＸ因子の活性を、第ＩＸ因子コード配列の上流に肝臓特異的調節エレメントのコピーを１つ以上導入することによりさらに増強することができる。例えば、実施例２及び実施例３で実証されるように、自己相補的ＡＡＶ第ＩＸ因子ベクターに１つ以上の肝臓特異的ＣＲＭ８調節制御エレメントを付加すると、第ＩＸ因子発現がマウスモデルにおいて２倍〜３倍、及びヒト肝細胞において２倍〜１３倍、さらに増加した（それぞれ表３及び表４）。同様に、一本鎖ＡＡＶ第ＩＸ因子ベクターに肝臓特異的ＣＲＭ８調節制御エレメントのコピーを１つ以上付加すると、第ＩＸ因子の活性がｉｎｖｉｖｏにおいて２倍（マウスモデル；表５）、及びヒト肝細胞において最大２６倍（表６）増加した。

驚くべきことに、肝臓特異的ＣＲＭ８調節制御エレメントを欠くコドン改変第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする自己相補的ＡＡＶベクターは、類似する一本鎖ＡＡＶベクターよりも第ＩＸ因子発現を大きく増加させたが（表６での、ＣＳ０６−ＣＲＭ．０−ｓｃＶによって生じた６．２倍のＦＩＸ活性の増加と、ＣＳ０６−ＣＲＭ．０−ｓｓＶ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４０）によって生じた３．９倍の第ＩＸ因子活性の増加との比較）、肝臓特異的ＣＲＭ８調節制御エレメントのコピーを複数含む一本鎖ＡＡＶ第ＩＸ因子ベクターは、類似する自己相補的ＡＡＶベクターよりも著しく優れていた（表４での、ＣＳ０２−ＣＲＭ８．３−ｓｃＶによって生じた、ＣＳ０２−ＣＲＭ８．０−ｓｃＶに対する１２．８倍の第ＩＸ因子活性の増加と、表６での、ＣＳ０６−ＣＲＭ８．３−ｓｓＶ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４０）によって生じた、ＣＳ０６−ＣＲＭ８．０−ｓｃＶに対する１６．８倍の第ＩＸ因子活性の増加との比較）。

ＩＩ．定義
本明細書で使用される場合、以下の用語は、特に明記しない限り、それらに帰属する意味を有する。

本明細書で使用される場合、用語「第ＩＸ因子」と「ＦＩＸ」（「ＩＸ」は「９」を意味するローマ数字を指す）は同義に使用され、第ＩＸ因子活性（例えば活性ＦＩＸ。「ＦＩＸａ」と称する場合が多い）を有する任意のタンパク質、または第ＩＸ因子活性、特に第ＶＩＩＩ因子の存在下での第Ｘ因子切断活性を有するタンパク質のタンパク質前駆体（例えばプロタンパク質またはプレプロタンパク質。ｐＦＩＸ及びｐｐＦＩＸと称する場合が多い）を指す。その場合の活性は、例えば、その内容が参照により本明細書に組み込まれる欧州薬局方９．０の第２．７．１１章に記載されている第ＩＸ因子の一段階凝固アッセイを使用して測定される。

第ＩＸ因子は、シグナルペプチド、プロペプチド、軽鎖、活性化ペプチド、及び重鎖を含む不活性な一本鎖ポリペプチドに翻訳され、これを第ＩＸ因子プレプロポリペプチドと称する場合が多い。第ＩＸ因子プレプロペプチドは、翻訳後プロセシングを受けて、活性第ＩＸ因子タンパク質（例えばＦＩＸａ）を形成する。このプロセシングには、シグナルペプチドの（例えば切断による）除去と、それに続くプロペプチドの（例えば切断による）除去が含まれ、第ＩＸ因子軽鎖及び第ＩＸ因子重鎖を含む一本鎖の成熟第ＩＸ因子ポリペプチドを形成するが、これはまだ不活性である。成熟第ＩＸ因子ポリペプチドはさらに切断されて、第ＩＸ因子軽鎖と第ＩＸ因子重鎖の間の活性化ペプチドが除去され、活性第ＩＸ因子タンパク質（例えばＦＩＸａ）を形成する。第ＩＸ因子軽鎖と第ＩＸ因子軽鎖はジスルフィド結合により会合されたままである。

例えば、野生型ヒト第ＩＸ因子プレプロタンパク質が最初に切断されると、コードされたシグナルペプチド（ＦＩＸ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２）のアミノ酸１〜２８）が放出され、第１の一本鎖プロタンパク質を形成する。次に、この一本鎖プロペプチドが切断され、プロペプチド（ＦＩＸ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２）のアミノ酸２９〜４６）が放出され、第２の一本鎖プロタンパク質（例えばＦＩＸ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１０）。この「ＭＰ」という表記は「成熟タンパク質」を表す）を形成する。次に、第２の一本鎖プロタンパク質が、第ＸＩａ因子によってＦＩＸ軽鎖とＦＩＸ重鎖の間で２回切断され、活性化ペプチド（ＦＩＸ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２）のアミノ酸１９２〜２２６）が放出される。これにより、ジスルフィド結合を介して会合した別々の軽鎖と重鎖からなる活性な第ＩＸａ因子タンパク質が形成される。第ＩＸ因子の構造、機能、及び活性化に関する追加情報については、例えば、その内容全体が目的を問わず参照により本明細書に組み込まれる、ＢｒａｎｄｓｔｅｔｔｅｒＨ．ｅｔａｌ．Ｐ．Ｎ．Ａ．Ｓ．ＵＳＡ，９２（２１）：９７９６−８００（１９９５）、ＨｏｐｆｎｅｒＫＰｅｔａｌ．，Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，７（８）：９８９−９６（１９９９）、及びＧａｉｌａｎｉＤ．ｅｔａｌ．，ＴｈｒｏｍｂＲｅｓ．，１３３Ｓｕｐｐｌ１：Ｓ４８−５１（２０１４）を参照のこと。

本明細書に記載されるように、この活性第ＩＸａ因子タンパク質は、１つ以上の変異体を含む場合があり、そのうち、Ｒ３３８Ｌ変異体は、いくつかの実施形態において特定の用途が見出されている。これは「ＦＩＸｐ−ＭＰ−ＡＡ」（ＳＥＱＩＤＮＯ：１２）と称され、その核酸配列は本明細書で「ＦＩＸｐ−ＭＰ−ＮＡ」と称する。「ＦＩＸｐ」は、最終タンパク質にＰａｄｕａＲ３３８Ｌ変異体を含んでいることを意味する。本明細書に例示されるコドン最適化配列ＣＳ０２〜ＣＳ０６は、Ｒ３３８Ｌ変異体を含むＦＩＸｐタンパク質をコードすることに留意すべきである。したがって、ＦＩＸの定義に特に含まれるのはＦＩＸｐである。

本明細書で使用される場合、用語「第ＩＸ因子ポリペプチド」及び「ＦＩＸポリペプチド」とは、特定の条件下で第ＩＸ因子セリンプロテアーゼ活性を有するポリペプチドを指す。その場合の活性は、例えば、欧州薬局方９．０の第２．７．１１章に記載されている第ＩＸ因子の一段階凝固アッセイを使用して測定される。第ＩＸ因子ポリペプチドには、上記の翻訳後プロセシングによって活性化されると、第ＩＸ因子セリンプロテアーゼ活性をもつ第ＩＸ因子タンパク質、ならびに単独で活性第ＩＸ因子タンパク質になる、一本鎖前駆体ポリペプチド（第ＩＸ因子プレプロポリペプチド、第ＩＸ因子プロペプチド、及び成熟一本鎖第ＩＸ因子ポリペプチドを含む）を含む。第ＩＸ因子ポリペプチドの定義に特に含まれるのは、Ｒ３３８Ｌ変異体を含む第ＩＸ因子ポリペプチドである。例示的な実施形態では、ヒト第ＩＸ因子ポリペプチドとは、軽鎖及び重鎖を含む野生型ヒト第ＩＸ因子ポリペプチドの部分、ＦＩＸ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１０、図１１Ａに示す）、または軽鎖及び重鎖を含むｐａｄｕａヒト第ＩＸ因子ポリペプチドの部分、ＦＩＸｐ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１２、図１２に示す）に対して高い配列同一性（例えば、少なくとも８５％、９０％、９５％、９９％、またはそれ以上）を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドを指す。

本明細書で使用される場合、用語「第ＩＸ因子軽鎖」または単に「軽鎖」とは、第ＩＸ因子のＧｌａモジュール、ＥＧＦ様１、及びＥＧＦ様２ドメインが含まれる第ＩＸ因子一本鎖ポリペプチドのＮ末端部分に由来する活性化第ＩＸａ因子タンパク質中のポリペプチドを指す。例示的な実施形態では、ヒトプレプロ第ＩＸ因子ポリペプチド（ＦＩＸ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２））のアミノ酸４７〜１９１は、第ＩＸ因子軽鎖を構成する。本明細書で使用される場合、野生型第ＩＸ因子軽鎖のアミノ酸配列は、ＦＩＸ−ＬＣ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６２）と称する。

本明細書で使用される場合、用語「第ＩＸ因子重鎖」または単に「重鎖」とは、第ＩＸ因子のペプチダーゼＳ１ドメインが含まれる、第ＩＸ因子一本鎖ポリペプチドのＣ末端部分に由来する活性化第ＩＸａ因子タンパク質中のポリペプチドを指す。例示的な実施形態では、ヒトプレプロ第ＩＸ因子ポリペプチド（ＦＩＸ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２））のアミノ酸２２７〜４６１は、第ＩＸ因子重鎖を構成する。本明細書で使用される場合、野生型第ＩＸ因子重鎖のアミノ酸配列は、ＦＩＸ−ＨＣ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６３）、及びＲ３３８Ｌ変異体が含まれる場合は、ＦＩＸｐ−ＨＣ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６４）と称する。

一般に、第ＩＸ因子軽鎖及び重鎖は、例えば活性化ペプチドとともに、単一のポリペプチド鎖として発現する。しかしながら、いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子軽鎖及び第ＶＩＩＩ因子重鎖が、別々のポリペプチド鎖として発現し（例えば共発現）、（例えばｉｎｖｉｖｏまたはｉｎｖｉｔｒｏで）再構成されて第ＩＸ因子タンパク質を形成する。一般に、本発明の目的では、２つの鎖を別々に発現する場合であっても、それらは一般に異なる発現ベクターではなく同じ発現ベクター（例えばウイルスゲノム）上にある。

本明細書で使用される場合、用語「第ＩＸ因子活性化ペプチド」または単に「活性化ペプチド」とは、第ＩＸａ因子タンパク質の活性化時に、第ＩＸ因子一本鎖ポリペプチドから切断されるペプチドを指す。例示的な実施形態では、ヒトプレプロ第ＩＸ因子ポリペプチド（ＦＩＸ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２））のアミノ酸１９２〜２２６は、第ＩＸ因子活性化ペプチドを構成する。本明細書で使用される場合、野生型第ＩＸ因子活性化ペプチドのアミノ酸配列は、ＦＩＸ−ＡＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５６）と称する。

本明細書で使用される場合、用語「第ＩＸ因子シグナルペプチド」または単に「シグナルペプチド」とは、シグナルペプチダーゼによって第ＩＸ因子プレプロポリペプチドのＮ末端から切断されたペプチドを指す。シグナルペプチドは、新たに翻訳された第ＩＸ因子プレプロタンパク質を小胞体に誘導する。例示的な実施形態では、ヒトプレプロ第ＩＸ因子ポリペプチド（ＦＩＸ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２））のアミノ酸１〜２８は、第ＩＸ因子シグナルペプチドを構成する。本明細書で使用される場合、野生型第ＩＸ因子シグナルペプチドのアミノ酸配列は、ＦＩＸ−ＳＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３７）と称する。本発明のいくつかのシグナルペプチドを図１９及び図２２に示す。

本明細書で使用される場合、用語「第ＩＸ因子プロペプチド」または単に「プロペプチド」とは、（例えば、シグナルペプチドの切断後に）フーリンによって第ＩＸ因子プロポリペプチドのＮ末端から切断されるペプチドを指す。プロペプチドには、隣接するＧｌａモジュールにカルボキシラーゼを動員し、それによりグルタミン残基のカルボキシル化を促進する、γ−カルボキシル化認識部位を含む。例示的な実施形態では、ヒトプレプロ第ＩＸ因子ポリペプチド（ＦＩＸ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２））のアミノ酸２９〜４６は、第ＩＸ因子プロペプチドを構成する。本明細書で使用される場合、野生型第ＩＸ因子プロペプチドのアミノ酸配列は、ＦＩＸ−ＰＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３８）と称する。

本明細書で使用される場合、用語「第ＩＸ因子プレプロペプチド」または単に「プレプロペプチド」とは、第ＩＸ因子シグナルペプチドとプロポリペプチドの凝集体を指す。例示的な実施形態では、ヒトプレプロ第ＩＸ因子ポリペプチド（ＦＩＸ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２））のアミノ酸１〜４６は、第ＩＸ因子プレプロペプチドを構成する。本明細書で使用される場合、野生型第ＩＸ因子プレプロペプチドのアミノ酸配列は、ＦＩＸ−ＰＰＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３６）と称し、図１８に示される、その核酸配列は、ＦＩＸ−ＰＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１８）と称する（Ｒ３３８Ｌ変異体を使用する場合、対応するＦＩＸｐ−ＰＰＰ−ＡＡ及びＦＩＸｐ−ＰＰＰ−ＮＡ）。

本明細書で特に明記しない限り、第ＩＸ因子アミノ酸の番号は、図３ＡにＳＥＱＩＤＮＯ：２として示される、完全長の野生型ヒト第ＩＸ因子プレプロポリペプチド配列（ＦＩＸ−ＦＬ−ＡＡ）の対応するアミノ酸を指す。したがって、本明細書に開示される第ＩＸ因子ポリペプチドのアミノ酸置換に言及する場合、列挙されるアミノ酸番号は、完全長の野生型第ＩＸ因子プレプロポリペプチド配列内の類似（例えば、構造的または機能的に等価）及び／または相同（例えば、一次アミノ酸配列で進化的に保存される）のアミノ酸を指す。例えば、Ｒ３８４Ｌアミノ酸置換とは、完全長の野生型ヒト第ＩＸ因子プレプロペプチド配列（ＦＩＸ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２））の３８４位でのＲからＬへの置換、成熟野生型第ＩＸ因子一本鎖ポリペプチド（ＦＩＸ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１０））の３３８位でのＲからＬへの置換、完全長の野生型ヒト第ＩＸ因子プレプロペプチドアイソフォーム２配列（ＦＩＸ２−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３））の３４６位でのＲからＬへの置換、成熟野生型ヒト第ＩＸ因子プレプロペプチドアイソフォーム２配列（ＦＩＸ２−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３））の３００位でのＲからＬへの置換、及び野生型ヒト第ＩＸ因子重鎖配列（ＦＩＸ−ＨＣ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６３））の１５８位でのＲからＬへの置換を指す。したがって、これらの名称はすべて、異なる第ＩＸ因子構築物における同じ「Ｐａｄｕａ」アミノ酸置換を記述している。

本明細書に記載されるように、第ＩＸ因子アミノ酸の付番方式は、第ＩＸ因子プレプロペプチド（例えば、シグナルペプチド及びプロペプチドを包含する、完全長の野生型ヒト第ＩＸ因子配列のアミノ酸１〜４６）が含まれるかどうかに応じて異なる。プレプロペプチドが含まれる場合、この番号を「プレプロペプチド包含」または「ＰＰＩ」と称する。プレプロペプチドが含まれない場合、この番号を「プレプロペプチド除外」または「ＰＰＥ」と称する。例えば、Ｒ３８４Ｌは、ＰＰＥ番号のＲ３３８Ｌと同じアミノ酸置換に対するＰＰＩ番号である。同様に、第ＩＸ因子アミノ酸の番号は、第ＩＸ因子アイソフォームによっても異なる。例えば、Ｒ３８４Ｌは、アイソフォーム２の番号のＲ３４６Ｌと同じアミノ酸置換に対するアイソフォーム１の番号である。特に明記しない限り、アミノ酸の番号はすべて、図３ＡにＳＥＱＩＤＮＯ：２として示される、完全長の野生型ヒト第ＩＸ因子アイソフォーム１配列（ＦＩＸ−ＦＬ−ＡＡ）の対応するアミノ酸を指す。この番号は、Ｒ３８４Ｌ「Ｐａｄｕａ」変異を除いて同じアミノ酸配列を有するＦＩＸｐ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４）についても同様である。

野生型第ＩＸ因子ポリペプチドの非限定的な例としては、シグナルペプチドを欠く一本鎖第ＩＸ因子（プレプロタンパク質のアミノ酸１〜２８）及び／またはプロペプチド（プレプロタンパク質のアミノ酸２９〜４６）、ならびにその天然変異体に対応する、ヒトプレプロ第ＩＸ因子（例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＮＰ＿０００１２４．１（ＦＩＸ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２））及びＮＰ＿００１３００８４２．１（ＦＩＸ２−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３））；シグナルペプチドを欠く一本鎖第ＩＸ因子、及びその天然変異体に対応する、ブタのプレプロ第ＩＸ因子（例えば、ＵｎｉＰｒｏｔアクセッション番号Ｐ００７４１）；シグナルペプチドを欠く一本鎖第ＩＸ因子、及びその天然変異体に対応する、マウスのプレプロ第ＩＸ因子（例えば、ＵｎｉＰｒｏｔアクセッション番号Ｐ１６２９４）；シグナルペプチドを欠く一本鎖第ＩＸ因子、及びその天然変異体に対応する、ラットのプレプロ第ＩＸ因子（例えば、ＵｎｉＰｒｏｔアクセッション番号Ｐ１６２９６）；ならびに他の哺乳動物の第ＶＩＩＩ因子ホモログ（例えばチンパンジー、類人猿、ハムスター、モルモットなど）が挙げられる。

本明細書で使用される場合、第ＩＸ因子ポリペプチドには、第ＶＩＩＩ因子の存在下で第Ｘ因子切断活性を有する天然変異体及び人工構築物を含む。本開示で使用される場合、第ＩＸ因子は、基本的な第ＩＸ因子切断活性をある程度（例えば、相当する野生型活性の少なくとも５％、１０％、２５％、５０％、７５％、またはそれ以上）保持する、任意の天然変異体、代替配列、アイソフォーム、または変異体タンパク質を包含する。その場合の活性は、欧州薬局方９．０の第２．７．１１章に従う一段階凝固アッセイで検定され、第２．７．１１章のＡｓｓａｙｏｆＨｕｍａｎＣｏａｇｕｌａｔｉｏｎＦａｃｔｏｒＩＸの教示に関する参照により本明細書に明確に組み込まれる。ヒト集団に見られる第ＩＸ因子アミノ酸変化（ＦＩＸ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２）との比較）の例として、

が挙げられるが、これらに限定されない。以下でさらに詳しく考察するように、この番号は、野生型ヒトＦＩＸと関連している。ヒト集団で同定された他のアミノ酸変異が公知であり、例えば、国立生物工学情報センター（「ＮＣＢＩ」）のｖａｒｉａｔｉｏｎｖｉｅｗｅｒを使用して閲覧できるアクセッション番号ＧＣＦ＿０００００１４０５．２５である。第ＶＩＩＩ因子タンパク質には、翻訳後修飾を含むポリペプチドも含まれる。

本開示で特に有用なものは、いわゆる「Ｐａｄｕａ」変異、すなわち成熟一本鎖第ＩＸ因子タンパク質の３３８位でのアルギニンからロイシンへの変更（Ｒ３３８Ｌ）、第ＩＸ因子プレプロポリペプチドの３８４位にアルギニンからロイシンへの変化（Ｒ３８４Ｌ）を含むＦＩＸタンパク質である。この変異は、ＦＩＸタンパク質に高機能活性を付与する。例えば、「Ｐａｄｕａ」タンパク質（例えば、Ｒ３３８Ｌ変異を含む第ＩＸ因子）は、ｉｎｖｉｖｏで野生型第ＩＸ因子よりも５倍〜１０倍高い活性であることが示された。その全体が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第６，５３１，２９８号；ＳｉｍｉｏｎｉＰ．ｅｔａｌ．，ＮＥｎｇｌＪＭｅｄ．３６１（１７）：１６７１−７５（２００９）。したがって、本開示は、本明細書で「ＦＩＸｐ」または「ｐＦＩＸ」と称する場合もある、Ｐａｄｕａ−ＦＩＸタンパク質をコードするアミノ酸及び核酸構築物を提供する。

本明細書で使用される場合、用語「第ＩＸ因子ポリヌクレオチド」及び「ＦＩＸポリヌクレオチド」とは、特定の条件下で第ＩＸ因子セリンプロテアーゼ活性を有する第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを指す。その場合の活性は、例えば、欧州薬局方９．０の第２．７．１１章に記載されている第ＩＸ因子の一段階凝固アッセイを使用して測定される。第ＩＸ因子ポリヌクレオチドには、上記に記載の翻訳後プロセシングによって活性化されると、第ＩＸ因子セリンプロテアーゼ活性をもつ活性第ＩＸ因子タンパク質になる、第ＩＸ因子プレプロポリペプチド、第ＩＸ因子プロペプチド、及び成熟一本鎖第ＩＸ因子ポリペプチドを含む第ＩＸ因子一本鎖前駆体ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む。特に第ＩＸ因子ポリヌクレオチドの定義に含まれるのは、Ｒ３３８Ｌ変異体を含む第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドである。例示的な実施形態では、ヒト第ＩＸ因子ポリヌクレオチドとは、軽鎖及び重鎖を含む野生型ヒト第ＩＸ因子ポリペプチドの部分、ＦＩＸ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１０、図１１Ａに示す）、または軽鎖及び重鎖を含むｐａｄｕａヒト第ＩＸ因子ポリペプチドの部分、ＦＩＸｐ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１２、図１２に示す）に対して高い配列同一性（例えば、少なくとも８５％、９０％、９５％、９９％、またはそれ以上）を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを指す。

本明細書に記載されるように、第ＩＸ因子ポリヌクレオチドは、プロモーター、エンハンサー、ターミネーター、ポリアデニル化配列、及びイントロンなどの調節エレメント、ならびに逆方向末端反復配列（「ＩＴＲ」）などのウイルスパッケージング要素、及び／または非ウイルス宿主細胞におけるポリヌクレオチドの複製を促す他の要素、例えば細菌、酵母、もしくは哺乳動物宿主細胞におけるポリヌクレオチドの増殖を促すレプリコンを含み得る。

本開示で特に有用なのは、コドン改変第ＩＸ因子ポリヌクレオチドである。本明細書に記載されるように、コドン改変ＦＩＸポリヌクレオチドは、天然にコードされる第ＩＸ因子構築物（例えば、野生型ヒトコドンを使用した、同じ第ＩＸ因子アミノ酸配列をコードするポリヌクレオチド）によって生じる第ＩＸ因子発現のレベルと比較して、ｉｎｖｉｖｏでのトランスジェニック第ＩＸ因子の発現を増加させる。本明細書で使用される場合、用語「発現の増加」とは、天然にコードされる第ＩＸ因子構築物を投与した動物の血液中のトランスジェニック第ＩＸ因子タンパク質のレベルと比較して、第ＩＸ因子をコードするコドン改変ポリヌクレオチドを投与した動物の血液中のトランスジェニック第ＩＸ因子タンパク質のレベルの増加を指す。タンパク質の発現の増加は、第ＩＸ因子活性の増加につながる。したがって、発現の増加は活性の増加につながる。

いくつかの実施形態では、発現の増加とは、天然にコードされる第ＩＸ因子ポリヌクレオチドを投与した動物の血液中のトランスジェニック第ＩＸ因子ポリペプチドのレベルと比較して、コドン改変第ＩＸ因子ポリヌクレオチドを投与した動物の血液中のトランスジェニック第ＩＸ因子ポリペプチドが少なくとも２５％増加することを指す。本開示の目的では、発現の増加とは、基本となるアミノ酸置換、例えば「Ｐａｄｕａ」変異により引き起こされる過剰活性ではなく、コドン配列の変更により生じる効果を指す。すなわち、「Ｐａｄｕａ」第ＩＸ因子ポリヌクレオチドをコードするコドン最適化配列から得られる発現レベルを、天然にコードされる「Ｐａｄｕａ」タンパク質から得られる発現レベルと比較する。いくつかの実施形態では、発現の増加とは、天然にコードされる第ＩＸ因子ポリヌクレオチドを投与した動物の血液中のトランスジェニック第ＩＸ因子ポリペプチドのレベルと比較して、コドン改変第ＩＸ因子ポリヌクレオチドを投与した動物の血液中のトランスジェニック第ＩＸ因子ポリペプチドが、少なくとも５０％増加、少なくとも７５％増加、少なくとも１００％増加、少なくとも３倍増加、少なくとも４倍増加、少なくとも５倍増加、少なくとも６倍増加、少なくとも７倍増加、少なくとも８倍増加、少なくとも９倍増加、少なくとも１０倍増加、少なくとも１５倍増加、少なくとも２０倍増加、少なくとも２５倍増加、少なくとも３０倍増加、少なくとも４０倍増加、少なくとも５０倍増加、少なくとも６０倍増加、少なくとも７０倍増加、少なくとも８０倍増加、少なくとも９０倍増加、少なくとも１００倍増加、少なくとも１２５倍増加、少なくとも１５０倍増加、少なくとも１７５倍増加、少なくとも２００倍増加、少なくとも２２５倍増加、または少なくとも２５０倍増加することを指す。動物の血液中の第ＩＸ因子ポリペプチドレベルは、例えば第ＩＸ因子ポリペプチドに特異的なＥＬＩＳＡアッセイを使用して測定することができる。

本明細書で「第ＩＸ因子活性」または「第ＩＸ因子セリンプロテアーゼ活性」とは、例えば、野生型第ＩＸ因子のＡｒｇ１９４−Ｉｌｅ１９５ペプチド結合の加水分解を介して、第ＶＩＩＩａ因子補因子の存在下で第Ｘ因子ポリペプチドを切断し、それによって第Ｘ因子を第Ｘａ因子に活性化する能力を意味する。活性レベルは、当技術分野で公知の任意の第ＩＸ因子活性を使用して測定することができ、好適なアッセイを本明細書で概説する。第ＩＸ因子活性を決定するための例示的なアッセイは、欧州薬局方９．０の第２．７．１１章に記載されている第ＩＸ因子の一段階凝固アッセイであり、本明細書に示す実施例で使用される。いくつかの実施形態では、ＦＩＸ活性を欠くヒト血漿を一段階凝固アッセイの対照として使用し、第ＩＸ因子の特異性を決定する。

ある特定の第ＩＸ因子変異体は、野生型第ＩＸ因子と比較して、ｉｎｖｉｖｏで増強された特異的活性を有し、例えば、ヒト「Ｐａｄｕａ」変異体は、天然にコードされるヒト第ＩＸ因子よりも５倍〜１０倍大きい第ＩＸ因子セリンプロテアーゼ活性を有するため、いくつかの実施形態では、例えば第ＩＸ因子発現の増加の代わりにまたはそれに加えて、第ＩＸ因子ポリヌクレオチドを投与された動物の血液中の第ＩＸ因子活性の増加によって、第ＩＸ因子ポリヌクレオチド組成物の治療可能性を評価する。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される場合、第ＩＸ因子活性の増加とは、天然にコードされる第ＩＸ因子ポリヌクレオチドの投与前の動物の血液中のベースラインの第ＩＸ因子活性に対する、天然にコードされる第ＩＸ因子ポリヌクレオチドを投与された動物の血液中の第ＩＸ因子活性の増加と比較して、コドン改変第ＩＸ因子ポリヌクレオチドの投与前の動物の血液中のベースラインの第ＩＸ因子活性に対する、コドン改変第ＩＸ因子ポリヌクレオチドを投与された動物の血液中の第ＩＸ因子活性の増加が大きいことを指す。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子活性の増加とは、天然にコードされる第ＩＸ因子ポリヌクレオチドの投与前の動物のベースラインレベルの第ＩＸ因子活性に対する、天然にコードされる第ＩＸ因子ポリヌクレオチドを投与された動物の血液中の第ＩＸ因子活性レベルの増加と比較して、コドン改変第ＩＸ因子ポリヌクレオチドの投与前の動物の血液中のベースラインレベルの第ＩＸ因子活性に対する、コドン改変第ＩＸ因子ポリヌクレオチドを投与された動物の血液中の第ＩＸ因子活性の増加が少なくとも２５％大きいことを指す。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子活性の増加とは、コドン改変第ＩＸ因子ポリヌクレオチドの投与前の動物の血液中のベースラインレベルの第ＩＸ因子活性に対する、コドン改変第ＩＸ因子ポリヌクレオチドを投与された動物の血液中の第ＩＸ因子活性の増加が、天然にコードされる第ＩＸ因子ポリヌクレオチドの投与前の動物のベースラインレベルの第ＩＸ因子活性に対する、天然にコードされる第ＩＸ因子ポリヌクレオチドを投与された動物の血液中の第ＩＸ因子活性レベルの増加と比較して、少なくとも５０％大きい、少なくとも７５％大きい、少なくとも１００％大きい、少なくとも３倍大きい、少なくとも４倍大きい、少なくとも５倍大きい、少なくとも６倍大きい、少なくとも７倍大きい、少なくとも８倍大きい、少なくとも９倍大きい、少なくとも１０倍大きい、少なくとも１５倍大きい、少なくとも２０倍大きい、少なくとも２５倍大きい、少なくとも３０倍大きい、少なくとも４０倍大きい、少なくとも５０倍大きい、少なくとも６０倍大きい、少なくとも７０倍大きい、少なくとも８０倍大きい、少なくとも９０倍大きい、少なくとも１００倍大きい、少なくとも１２５倍大きい、少なくとも１５０倍大きい、少なくとも１７５倍大きい、少なくとも２００倍大きい、少なくとも２２５倍大きい、または少なくとも２５０倍大きいことを指す。本明細書に記載されるように、活性は、欧州薬局方９．０の第２．７．１１章に記載されている第ＩＸ因子の一段階凝固アッセイを使用して測定される。

本明細書で使用される場合、用語「血友病」とは、広義には血液凝固または凝血の低下を特徴とする疾患状態群を指す。血友病とは、Ａ型、Ｂ型、もしくはＣ型の血友病、または３つすべての疾患型の複合型を意味する場合がある。Ａ型血友病（血友病Ａ）は、第ＶＩＩＩ因子（ＦＶＩＩＩ）活性の低下または消失によって引き起こされ、血友病サブタイプのうち最も顕著なものである。Ｂ型血友病（血友病Ｂ）は、第ＩＸ因子（ＦＩＸ）凝固機能の消失または低下から生じる。Ｃ型血友病（血友病Ｃ）は、第ＸＩ因子（ＦＸＩ）凝固活性の消失または低下の結果である。血友病Ａ及びＢはＸ連鎖性疾患であり、対して血友病Ｃは常染色体疾患である。血友病の従来治療としては、ＦＶＩＩＩ、ＦＩＸ（Ｂｅｂｕｌｉｎ（登録商標）−ＶＨを含む）、及びＦＸＩなどの凝固因子、ならびにＦＥＩＢＡ−ＶＨ、デスモプレシン、及び血漿注入の予防的投与とオンデマンド投与の両方が挙げられる。

本明細書で使用される場合、用語「第ＩＸ因子遺伝子治療」または「ＦＩＸ遺伝子治療」には、第ＩＸ因子をコードする核酸を患者に提供して、第ＩＸ因子欠乏症（例えば血友病Ｂ）に伴う１つ以上の症状（例えば臨床的要因）の再発を緩和、減少、または予防する任意の治療アプローチを含む。この用語は、第ＩＸ因子の任意の改変型（例えば第ＶＩＩＩ因子Ｒ３８４Ｌ変異体）を含む第ＩＸ因子分子をコードする核酸を含む化合物、薬物、処置、またはレジメンを投与し、第ＩＸ因子欠乏症（例えば血友病Ｂ）を有する個体の健康を管理または改善することを包含する。例えば本開示に従って得られる結果に基づいて、ＦＩＸ遺伝子治療の経過、またはＦＩＸ遺伝子治療の治療薬の用量のいずれかを変更できることを当業者は理解されよう。

用語「治療有効量または治療有効用量」または「治療に十分な量または治療に十分な用量」または「有効な量もしくは用量または十分な量もしくは用量」とは、投与される治療効果を生じさせる用量を指す。例えば、血友病の治療に有用な薬物の治療有効量は、血友病に伴う１つ以上の症状を予防または緩和することができる量であり得る。

いくつかの実施形態では、治療効果のある治療により、対象における出血事象の頻度及び／または重症度の減少をもたらす。

本明細書で使用される場合、用語「遺伝子」とは、ポリペプチド鎖をコードするＤＮＡ分子のセグメント（例えば、コード領域）を指す。いくつかの実施形態では、遺伝子は、ポリペプチド鎖の産生に関与するコード領域（例えば、プロモーター、エンハンサー、ポリアデニル化配列、５’−非翻訳領域、３’−非翻訳領域、またはイントロンなどの調節エレメント）の直前、直後、及び／または中間の領域に位置する。

本明細書で使用される場合、用語「調節エレメント」とは、細胞内でコード配列の発現をもたらす、プロモーター、エンハンサー、ターミネーター、ポリアデニル化配列、イントロンなどのようなヌクレオチド配列を指す。

本明細書で使用される場合、用語「プロモーターエレメント」とは、コード配列の発現の制御を支援するヌクレオチド配列を指す。一般的に、プロモーターエレメントは遺伝子の翻訳開始部位の５’に位置している。ただし、ある特定の実施形態では、プロモーターエレメントが、イントロン配列内、またはコード配列の３’内に位置してもよい。いくつかの実施形態では、遺伝子治療ベクターに有用なプロモーターは、標的タンパク質の天然遺伝子に由来する（例えば、第ＶＩＩＩ因子プロモーター）。いくつかの実施形態では、遺伝子治療ベクターに有用なプロモーターは、標的生物の特定の細胞または組織に発現が特異的なものである（例えば肝臓特異的プロモーター）。さらに他の実施形態では、複数の明確に特性決定されたプロモーターエレメントのうちの１つを、本明細書に記載の遺伝子治療ベクターに使用する。明確に特性決定されたプロモーターエレメントの非限定的な例として、ＣＭＶ初期プロモーター、β−アクチンプロモーター、及びメチルＣｐＧ結合タンパク質２（ＭｅＣＰ２）プロモーターが挙げられる。いくつかの実施形態では、プロモーターは構成的プロモーターであり、標的タンパク質の実質的に一定な発現を誘導する。他の実施形態では、プロモーターは誘導性プロモーターであり、特定の刺激（例えば、特定の治療または薬剤への曝露）に応答した標的タンパク質の発現を促進する。ＡＡＶ媒介遺伝子治療のためのプロモーターの設計に関する概説については、内容全体が目的を問わず参照により明示的に組み込まれる、Ｇｒａｙｅｔａｌ．（ＨｕｍａｎＧｅｎｅＴｈｅｒａｐｙ２２：１１４３−５３（２０１１））を参照のこと。

本明細書で使用される場合、「ＣＲＭ８」エレメントとは、ＳＥＲＰＩＮＡ１遺伝子（ＮＣＢＩアクセッション番号ＮＭ＿０００２９５．４）に由来するシス作用性調節モジュールであり、機能的に連結された遺伝子、例えばＳＥＱＩＤＮＯ：３９に対して高い配列同一性を有する、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする配列の肝臓特異的な発現を増強するものを指す。本明細書で使用される場合、ＣＲＭ８エレメントとは、調節エレメントの単一コピーを指し、いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリヌクレオチド内に１つ以上のコピー、例えば１つ、２つ、３つ、またはそれ以上のコピーが含まれる。ＣＲＭ８などのＣＲＭエレメントに関する追加情報については、参照により本明細書に組み込まれる、ＣｈｕａｈＭＫｅｔａｌ．，ＭｏｌＴｈｅｒ．，２２（９）：１６０５−１３（２０１４）を参照のこと。

本明細書で使用される場合、「ＭＶＭイントロン」とは、ＳＥＱＩＤＮＯ：５３に対して高い配列同一性を有する、マウスの微小ウイルスに由来するイントロン配列を指す。ＭＶＭイントロン自体に関する追加情報については、ＨａｕｔａｎｄＰｉｎｔｅｌ，ＪＶｉｒｏｌ．７２（３）：１８３４−４３（１９９８）、及びＡＡＶ遺伝子治療ベクターにおけるＭＶＭイントロンの使用については、ＷｕＺｅｔａｌ．，ＭｏｌＴｈｅｒ．，１６（２）：２８０−９（２００８）を参照のこと。いずれの文献も参照により本明細書に組み込まれる。

本明細書で使用される場合、用語「機能的に連結された」とは、第２のヌクレオチド配列が第１の参照ヌクレオチド配列と関連する１つ以上の特性（転写率など）に作用することを可能にする、第１の参照ヌクレオチド配列（例えば遺伝子）と第２のヌクレオチド配列（例えば調節制御エレメント）との間の関係を指す。本開示の文脈において、調節制御エレメントが第ＩＸ因子導入遺伝子の転写に作用（例えば、促進作用または組織選択的作用）を及ぼすように遺伝子治療ベクター内に位置している場合、調節制御エレメントは第ＩＸ因子導入遺伝子に機能的に連結されている。

本明細書で使用される場合、用語「ベクター」とは、第ＩＸ因子核酸を宿主細胞に移入するために使用される任意の核酸構築物を指す。いくつかの実施形態では、ベクターには、核酸構築物を複製するように機能するレプリコンを含む。遺伝子治療に有用なベクターの非限定的な例としては、ｉｎｖｉｖｏで複製の自律的なユニットとして機能するプラスミド、ファージ、コスミド、人工染色体、及びウイルスが挙げられる。いくつかの実施形態では、ベクターは、第ＩＸ因子核酸を宿主細胞に導入するためのウイルスベクターである。遺伝子治療に有用な多くの改変真核生物ウイルスが当技術分野において公知である。例えば、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）は、ヒトがこのウイルスの自然宿主であり、天然ウイルスが何らかの疾患に関与しないことが知られており、かつウイルスが軽度の免疫応答を誘発するため、ヒト遺伝子治療での使用に特に適している。

本明細書で使用される場合、用語「第ＩＸ因子ウイルスベクター」とは、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする第ＩＸ因子ポリヌクレオチドを含む組換えウイルスであり、好適な動物宿主（例えばヒト）に導入される場合に第ＩＸ因子ポリペプチドの発現に十分であるものを指す。第ＩＸ因子ウイルスベクターの定義には、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変第ＩＸ因子ポリヌクレオチドがウイルスのゲノムに挿入されている組換えウイルスが特に含まれる。また、第ＩＸ因子ウイルスベクターの定義には、ウイルスの天然ゲノムが、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする第ＩＸ因子ポリヌクレオチドで置換されている組換えウイルスが特に含まれる。第ＩＸ因子ウイルスベクターの定義には、第ＩＸ因子の「Ｐａｄｕａ」変異体をコードする第ＩＸ因子ポリヌクレオチドを含む組換えウイルスが含まれる。

本明細書で使用される場合、用語「第ＩＸ因子ウイルス粒子」とは、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする第ＩＸ因子ポリヌクレオチドを封入するウイルス粒子であり、好適な動物宿主（例えばヒト）に導入される場合に第ＩＸ因子ポリペプチドの発現に特異的なものを指す。第ＩＸ因子ウイルス粒子の定義には、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変第ＩＸ因子ポリヌクレオチドが挿入されているゲノムを封入する組換えウイルス粒子が特に含まれる。また、第ＩＸ因子ウイルス粒子の定義には、ウイルスの天然ゲノムを置換する、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする第ＩＸ因子ポリヌクレオチドを封入する組換えウイルス粒子が特に含まれる。第ＩＸ因子ウイルス粒子の定義には、第ＩＸ因子の「Ｐａｄｕａ」変異体をコードする第ＩＸ因子ポリヌクレオチドを封入する組換えウイルス粒子が含まれる。

本明細書で「ＡＡＶ」または「アデノ随伴ウイルス」とは、パルボウイルス科ウイルスに属する依存性パルボウイルスを意味する。本明細書で使用される場合、ＡＡＶは、第ＩＸ因子ポリヌクレオチドが挿入されている天然の「野生型」ＡＡＶゲノムに由来するウイルス、天然のＡＡＶｃａｐ遺伝子によってコードされたカプシドタンパク質を使用してカプシドに封入された組換え第ＩＸ因子ポリヌクレオチドに由来する組換えウイルス、または非天然のカプシドｃａｐ遺伝子によってコードされたカプシドタンパク質を使用してカプシドに封入された組換え第ＩＸ因子ポリヌクレオチドに由来する組換えウイルスを指す場合がある。ＡＡＶの定義には、第ＩＸ因子ポリヌクレオチドを封入するＡＡＶ１型（ＡＡＶ１）、ＡＡＶ２型（ＡＡＶ２）、ＡＡＶ３型（ＡＡＶ３）、ＡＡＶ４型（ＡＡＶ４）、ＡＡＶ５型（ＡＡＶ５）、ＡＡＶ６型（ＡＡＶ６）、ＡＡＶ７型（ＡＡＶ７）、ＡＡＶ８型（ＡＡＶ８）、及びＡＡＶ９型（ＡＡＶ９）ウイルス、ならびに第ＩＸ因子ポリヌクレオチドを封入する１つ以上の変異体ＡＡＶカプシドタンパク質によって形成されるウイルスが含まれる。

本明細書で「ＡＡＶ８」、「ＡＡＶ−８」、または「ＡＡＶ血清型８」とは、第ＩＸ因子ポリヌクレオチドを封入するＡＡＶ８カプシドウイルスタンパク質によって形成されるウイルスを意味する。

本明細書で使用される場合、用語「ＣｐＧ」とは、ＤＮＡの一本鎖に沿ったシトシン−グアニンジヌクレオチドを指し、「ｐ」は両者間のリン酸結合を表す。

本明細書で使用される場合、用語「ＣｐＧアイランド」とは、ＣｐＧジヌクレオチドの密度が統計的に高い、ポリヌクレオチド内の領域を指す。本明細書で使用される場合、ポリヌクレオチド（例えば、コドン改変第ＩＸ因子タンパク質をコードするポリヌクレオチド）の領域は、２００塩基対超の範囲にわたって、（ｉ）ＧＣ含量が５０％を超える場合、及び（ｉｉ）予測ＣｐＧジヌクレオチドあたりの実測ＣｐＧジヌクレオチドの比率が、以下の関係によって規定されるように少なくとも０．６である場合にＣｐＧアイランドである：

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ＣｐＧアイランドの識別方法に関する追加情報については、内容全体が目的を問わず参照により本明細書に明示的に組み込まれる、Ｇａｒｄｉｎｅｒ−ＧａｒｄｅｎＭ．ｅｔａｌ．，ＪＭｏｌＢｉｏｌ．，１９６（２）：２６１−８２（１９８７）を参照のこと。

本明細書で使用される場合、用語「核酸」とは、一本鎖または二本鎖いずれかの形態のデオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチド及びそれらのポリマー、ならびにそれらの相補体を指す。この用語には、合成、天然、及び非天然であり、参照核酸と類似する結合特性を有し、かつ参照ヌクレオチドと類似する方法で代謝される、公知のヌクレオチド類似体または修飾骨格残基もしくは架橋を含んでいる核酸を包含する。そのような類似体の例としては、ホスホロチオエート、ホスホロアミダート、メチルホスホネート、キラル−メチルホスホネート、２−Ｏ−メチルリボヌクレオチド、及びペプチド−核酸（ＰＮＡ）が挙げられるが、これらに限定されない。ただし、患者の遺伝子治療に使用するための本明細書で特に有用な実施形態は、ホスホジエステル結合を使用する。

本明細書で「核酸組成物」とは、第ＩＸ因子ポリヌクレオチドをコードする第ＩＸ因子ポリヌクレオチドを含む任意の分子または分子製剤を意味する。核酸組成物の定義には、第ＩＸ因子ポリヌクレオチド、第ＩＸ因子ポリヌクレオチドの水溶液、第ＩＸ因子ポリヌクレオチドを封入するウイルス粒子、及び第ＩＸ因子ポリヌクレオチドを封入するウイルス粒子の水性製剤が含まれる。本明細書に開示される核酸組成物は、ＦＩＸポリペプチドをコードするコドン改変ＦＩＸ遺伝子を含む。

用語「アミノ酸」とは、天然アミノ酸、ならびに天然アミノ酸と類似する方法で機能するアミノ酸類似体及びアミノ酸模倣体を含む非天然アミノ酸を指す。天然アミノ酸には、遺伝暗号によってコードされるもの、ならびに後に修飾されたそれらのアミノ酸、例えば、ヒドロキシプロリン、γ−カルボキシグルタミン酸、及びＯ−ホスホセリンが含まれる。天然アミノ酸には、例えばＤ−及びＬ−アミノ酸を含み得る。アミノ酸配列に関して、コード配列内の単一アミノ酸または少ない比率のアミノ酸を変更、付加、または欠失する、核酸またはペプチド配列に対する個々の置換、欠失、または付加は、その変更によってアミノ酸が化学的に類似したアミノ酸に置換される場合、「保存的修飾変異体」であることを、当業者は理解されよう。機能的に類似するアミノ酸を示す保存的置換表は、当技術分野で周知である。そのような保存的修飾変異体は、本開示の多型変異体、種間ホモログ、及び対立遺伝子に付加されるものであり、これらを排除するものではない。

機能的に類似するアミノ酸が得られる保存的アミノ酸置換は、当技術分野で周知である。特定のアミノ酸、例えば触媒的、構造的、または立体的に重要なアミノ酸の機能性に応じた、種々のアミノ酸群は互いに保存的置換とみなすことができる。表１は、アミノ酸の荷電及び極性、アミノ酸の疎水性、アミノ酸の表面露出／構造的性質、ならびにアミノ酸の二次構造傾向に基づいて、保存的置換とみなされるアミノ酸群を示す。

（表１）タンパク質の残基の機能性に基づく、保存的アミノ酸置換の分類

２つ以上の核酸またはペプチド配列に関する文脈で、用語「同一」または「同一性」パーセントとは、以下に記載するデフォルトのパラメーターを用いたＢＬＡＳＴもしくはＢＬＡＳＴ２．０配列比較アルゴリズムを使用して、または手動アラインメント及び目視検査によって測定した場合に、同一であるか、または特定の比率のアミノ酸残基またはヌクレオチドが同一（すなわち、比較範囲または指定領域にわたり最大の一致率が得られるように比較及びアラインメントしたとき、特定の領域にわたって約６０％の同一性、好ましくは６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれ以上の同一性）である２つ以上の配列または部分配列を指す。

当技術分野において公知であるように、いくつかの異なるプログラムを使用して、タンパク質（または以下で考察する核酸）が公知の配列に対して配列同一性または類似性を有するかどうかを同定することができる。配列同一性及び／または類似性は、Ｓｍｉｔｈ＆Ｗａｔｅｒｍａｎ，Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．，２：４８２（１９８１）の局所配列同一性アルゴリズム、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ＆Ｗｕｎｓｃｈ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，４８：４４３（１９７０）の配列同一性アラインメントアルゴリズム、Ｐｅａｒｓｏｎ＆Ｌｉｐｍａｎ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，８５：２４４４（１９８８）の類似性検索法、これらのアルゴリズムのコンピューター実装（ＷｉｓｃｏｎｓｉｎＧｅｎｅｔｉｃｓＳｏｆｔｗａｒｅＰａｃｋａｇｅ，ＧｅｎｅｔｉｃｓＣｏｍｐｕｔｅｒＧｒｏｕｐ，５７５ＳｃｉｅｎｃｅＤｒｉｖｅ，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩのＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡ、及びＴＦＡＳＴＡ）、Ｄｅｖｅｒｅｕｘｅｔａｌ．，Ｎｕｃｌ．ＡｃｉｄＲｅｓ．，１２：３８７−３９５（１９８４）により記載されている、好ましくはデフォルト設定を用いたＢｅｓｔＦｉｔ配列プログラム、または検査を含むが、これらに限定されない当技術分野において公知の標準技術を使用して決定される。好ましくは、同一性パーセントは、以下のパラメーターに基づきＦａｓｔＤＢによって算出される：ミスマッチペナルティが１；ギャップペナルティが１；ギャップサイズペナルティが０．３３；及び結合ペナルティが３０、”ＣｕｒｒｅｎｔＭｅｔｈｏｄｓｉｎＳｅｑｕｅｎｃｅＣｏｍｐａｒｉｓｏｎａｎｄＡｎａｌｙｓｉｓ，” ＭａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌｅＳｅｑｕｅｎｃｉｎｇａｎｄＳｙｎｔｈｅｓｉｓ，ＳｅｌｅｃｔｅｄＭｅｔｈｏｄｓａｎｄＡｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，ｐｐ１２７−１４９（１９８８），ＡｌａｎＲ．Ｌｉｓｓ，Ｉｎｃ。そのすべてが参照により本明細書に組み込まれる。

有用なアルゴリズムの一例はＰＩＬＥＵＰである。ＰＩＬＥＵＰは、プログレッシブ法によるペアワイズアラインメントを使用して関連配列群から複数の配列アラインメントを生成する。これはまた、アラインメントの生成に使用されたクラスター化関係を示すツリーをプロットすることもできる。ＰＩＬＥＵＰは、Ｆｅｎｇ＆Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｅｖｏｌ．３５：３５１−３６０（１９８７）のプログレッシブアラインメント法の簡易版を使用している。この方法はＨｉｇｇｉｎｓ＆ＳｈａｒｐＣＡＢＩＯＳ５：１５１−１５３（１９８９）により記載されたものと類似しており、いずれも参照により組み込まれる。有用なＰＩＬＥＵＰパラメーターは、デフォルトのギャップ重みが３．００、デフォルトのギャップ長重みが０．１０であり、及び重み付け末端ギャップを含む。

有用なアルゴリズムの別の例は、いずれも参照により組み込まれるＡｌｔｓｃｈｕｌｅｔａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５，４０３−４１０，（１９９０）；Ａｌｔｓｃｈｕｌｅｔａｌ．，ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓ．２５：３３８９−３４０２（１９９７）；及びＫａｒｌｉｎｅｔａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９０：５８７３−５７８７（１９９３）に記載されているＢＬＡＳＴアルゴリズムである。特に有用なＢＬＡＳＴプログラムは、Ａｌｔｓｃｈｕｌｅｔａｌ．，ＭｅｔｈｏｄｓｉｎＥｎｚｙｍｏｌｏｇｙ，２６６：４６０−４８０（１９９６）；ｈｔｔｐ：／／ｂｌａｓｔ．ｗｕｓｔｌ／ｅｄｕ／ｂｌａｓｔ／ＲＥＡＤＭＥ．ｈｔｍｌ］から入手したＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２プログラムである。ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２は、いくつかの検索パラメーターを使用しており、その大部分がデフォルト値に設定される。調整可能なパラメーターは、以下の値に設定する：オーバーラップスパン＝１、オーバーラップフラクション＝０．１２５、ワード閾値（Ｔ）＝１１。ＨＳＰＳ及びＨＳＰＳ２パラメーターは動的な値であり、個々の配列の構造、及び対象とする配列を検索する特定のデータベースの構造に応じてプログラム側で定められるが、この値を調整して感度を上げることができる。

その他の有用なアルゴリズムは、参照により組み込まれるＡｌｔｓｃｈｕｌｅｔａｌ．，Ｎｕｃｌ．ＡｃｉｄｓＲｅｓ．２５：３３８９−３４０２によって報告されたｇａｐｐｅｄＢＬＡＳＴである。ｇａｐｐｅｄＢＬＡＳＴはＢＬＯＳＵＭ−６２置換スコアを使用し、閾値Ｔパラメーターは９に設定され、ギャップなし伸長を実行するｔｗｏ−ｈｉｔ法は、ギャップ長ｋのコストを１０＋ｋとし、Ｘｕは１６に設定され、Ｘｇはデータベース検索段階では４０に、アルゴリズムの出力段階では６７に設定される。ギャップありアラインメントは、約２２ビットに相当するスコアによって実行される。

アミノ酸配列同一性％値は、一致する同一残基数を、アラインメントした領域内の「長い」配列の総残基数で除算して決定される。「長い」配列は、アラインメントした領域内に最も多くの実質残基を有するものである（アラインメントスコアを最大化するためにＷＵ−Ｂｌａｓｔ−２によって導入されたギャップは無視する）。同様に、同定されるポリペプチドのコード配列に対する「核酸配列同一性パーセント（％）」は、細胞周期タンパク質のコード配列内のヌクレオチド残基と同一である、候補配列内のヌクレオチド残基の百分率で規定される。好ましい方法では、オーバーラップスパン及びオーバーラップフラクションをそれぞれ１及び０．１２５とするデフォルトパラメーターに設定されたＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２のＢＬＡＳＴＮモジュールを利用する。

アラインメントは、アラインメントされる配列へのギャップの導入を含み得る。さらに、図３Ａの野生型第ＩＸ因子配列（ＳＥＱＩＤＮＯ：２）によってコードされるタンパク質よりも多いかまたは少ないアミノ酸を含む配列の場合、一実施形態では、アミノ酸またはヌクレオチドの総数に対する同一のアミノ酸またはヌクレオチドの数に基づいて配列同一性の比率が決定されると理解される。したがって、例えば、図３Ａに示す配列（ＳＥＱＩＤＮＯ：２）よりも短い配列の配列同一性は、一実施形態では、以下で考察するように、短い配列のヌクレオチドの数を使用して決定される。同一性パーセントの計算では、挿入、欠失、置換などの様々な配列変化の出現に、相対的加重は割り当てない。

一実施形態では、同一性のみを正（＋１）にスコア付けし、ギャップを含むあらゆる形態の配列変化に値「０」を割り当てることで、配列類似性計算について、以下に記載するスケールまたはパラメーターの重み付けが不要になる。配列同一性パーセントは、例えば、一致する同一残基数を、アラインメントした領域内の「短い」配列の総残基数で除算して、１００を乗算することにより算出することができる。「長い」配列は、アラインメントした領域内に最も多くの実質残基を有するものである。

用語「対立遺伝子変異体」とは、特定の遺伝子座での遺伝子の多型形態、ならびに遺伝子のｍＲＮＡ転写物に由来するｃＤＮＡ、及びそれらによってコードされるポリペプチドを指す。用語「好ましい哺乳動物コドン」とは、以下の一覧から選択されるような、哺乳動物細胞で発現するタンパク質で最も頻繁に使用されるアミノ酸をコードするコドンのセットの中のコドンのサブセットを指す：

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本明細書で使用される場合、コドン改変という用語は、ポリペプチドをコードする天然ポリヌクレオチドの少なくとも１つのコドンが、ポリヌクレオチド配列の特性を改善するために変更されている、ポリペプチド（例えば第ＩＸ因子タンパク質）をコードするポリヌクレオチド配列を指す。いくつかの実施形態では、特性の改善は、ポリペプチドをコードするｍＲＮＡの転写の増加、ｍＲＮＡの安定性の増加（例えばｍＲＮＡ半減期の改善）、ポリペプチドの翻訳の増加、及び／またはベクター内へのポリヌクレオチドの封入の増加を促進する。特性の改善を達成するために用いることができる改変の非限定的な例として、特定のアミノ酸のコドンの使用頻度及び／または分布の変更、全体的及び／または局所的なＧＣ含量の調整、ＡＴリッチ配列の除去、反復配列要素の除去、全体的及び／または局所的なＣｐＧジヌクレオチド含量の調整、潜在性調節エレメント（例えばＴＡＴＡボックス及びＣＣＡＡＴボックスエレメント）の除去、イントロン／エキソンスプライス部位の除去、調節配列の改善（例えばコザックコンセンサス配列の導入）、ならびに転写ｍＲＮＡ内に二次構造（例えばステムループ）を形成できる配列要素の除去が挙げられる。

本明細書で考察するように、本明細書の開示の構成要素を参照する様々な命名法がある。「ＣＳ番号」（例えば「ＣＳ０２」、「ＣＳ０３」、「ＣＳ０４」、「ＣＳ０５」、「ＣＳ０６」など）は、ＦＩＸポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチド及び／または変異体を含むコードされたポリペプチドを指す。例えば、ＣＳ０２−ＦＬは、完全長コドン改変ＣＳ０２ポリヌクレオチド配列、またはＣＳ０２ポリヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列を指す（アミノ酸配列の場合は本明細書で「ＣＳ０２−ＦＬ−ＡＡ」と称し、核酸配列の場合は「ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ」（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）と称する）。同様に、「ＣＳ０２−ＬＣ」は、ＦＩＸポリペプチドの軽鎖をコードするコドン改変核酸配列（「ＣＳ０２−ＬＣ−ＮＡ」（ＳＥＱＩＤＮＯ：４２））またはＣＳ０２ポリヌクレオチド配列によってコードされるＦＩＸ軽鎖のアミノ酸配列（本明細書で「ＣＳ０２−ＬＣ−ＡＡ」と称する場合がある）を指す。同様に、ＣＳ０２−ＨＣ、ＣＳ０２−ＨＣ−ＡＡ、及びＣＳ０２−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４１）はＦＩＸ重鎖に対する同様のものである。当業者には理解されるであろうが、コドン最適化によってアミノ酸配列は変更されないため、ＣＳ０２、ＣＳ０３、ＣＳ０４、ＣＳ０５、ＣＳ０６などのような、コドンが改変されただけの構築物（例えば、Ｐａｄｕａ第ＩＸ因子変異体と比較して追加のアミノ酸置換を含まない）では、アミノ酸配列は同一であると考えられる。したがって、本開示の配列構築物としては、限定されないが、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）、ＣＳ０２−ＦＬ−ＡＡ、ＣＳ０２−ＬＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４２）、ＣＳ０２−ＬＣ−ＡＡ、ＣＳ０２−ＨＣ−ＡＡ、ＣＳ０２−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４１）、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）、ＣＳ０３−ＦＬ−ＡＡ、ＣＳ０３−ＬＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４４）、ＣＳ０３−ＬＣ−ＡＡ、ＣＳ０３−ＨＣ−ＡＡ、ＣＳ０３−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４３）、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）、ＣＳ０４−ＦＬ−ＡＡ、ＣＳ０４−ＬＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４６）、ＣＳ０４−ＬＣ−ＡＡ、ＣＳ０４−ＨＣ−ＡＡ、ＣＳ０４−ＨＣ−ＮＡ、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）、ＣＳ０５−ＦＬ−ＡＡ、ＣＳ０５−ＬＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４８）、ＣＳ０５−ＬＣ−ＡＡ、ＣＳ０５−ＨＣ−ＡＡ、ＣＳ０５−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４７）、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）、ＣＳ０６−ＦＬ−ＡＡ、ＣＳ０６−ＬＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５０）、ＣＳ０６−ＬＣ−ＡＡ、ＣＳ０６−ＨＣ−ＡＡ、及びＣＳ０６−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４９）が挙げられる。本明細書の「ＣＳ」構築物はすべて、ＦＩＸｐアミノ酸配列をコードするかまたは含んでいるが、ＣＳ構築物の定義にはヒト野生型ＦＩＸアミノ酸配列をコードするかまたは含んでいるものが包含されることに留意されたい。

本明細書で使用される場合、用語「肝臓特異的発現」とは、特定の遺伝子（例えばコドン改変されたトランスジェニック第ＩＸ因子遺伝子）が、他の組織と比較して、肝組織に優先的にまたは優勢にｉｎｖｉｖｏ発現することを指す。いくつかの実施形態では、肝臓特異的発現とは、特定の遺伝子の全発現の少なくとも５０％が対象の肝組織内で起こることを意味する。他の実施形態では、肝臓特異的発現とは、特定の遺伝子の全発現の少なくとも５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％、または１００％が対象の肝組織内で起こることを意味する。したがって、肝臓特異的調節エレメントとは、肝組織における遺伝子の肝臓特異的発現を促進する調節エレメントである。

本明細書で使用される場合、Ｘ「未満」及びＸ％「未満」という用語は、値Ｘを除く０〜Ｘの範囲、例えば、Ｘ％を除く０％〜Ｘ％の範囲を指す。本明細書で使用される場合、この用語は、０または０％から、ＸまたはＸ％（それを含まず）までの範囲と同義に使用される。

本明細書で使用される場合、Ｘ「以下」またはＸ％「以下」という用語は、値Ｘを包摂する０〜Ｘの範囲、例えば、Ｘ％を包摂する０％〜Ｘ％の範囲を指す。本明細書で使用される場合、この用語は、０または０％から、ＸまたはＸ％（それを含む）までの範囲と同義に使用される。

本明細書で使用される場合、Ｘ「超」またはＸ％「超」という用語は、値Ｘを除くＸから上限までの範囲、例えば、Ｘ％を除くＸ％〜１００％の範囲を指す。本明細書で使用される場合、この用語は、ＸまたはＸ％（それを含まず）から、百分率の文脈では１００％である上限までの範囲と同義に使用される。

本明細書で使用される場合、「少なくとも」Ｘまたは「少なくとも」Ｘ％という用語は、値Ｘを包摂するＸから上限までの範囲、例えば、Ｘ％を包摂するＸ％〜１００％の範囲を指す。本明細書で使用される場合、この用語は、ＸまたはＸ％（それを含む）から、百分率の文脈では１００％である上限までの範囲と同義に使用される。

本明細書で使用される場合、「「Ｘ」〜「Ｙ」」、「「Ｘ」％〜「Ｙ」％」、「「Ｘ」から「Ｙ」まで」、及び「「Ｘ」％から「Ｙ」％まで」という用語は、値Ｘ及びＹを包摂するＸからＹまでの範囲、例えば、Ｘ％及びＹ％を包摂するＸ％からＹ％までを指す。本明細書で使用される場合、この用語は、ＸまたはＸ％から、ＹまたはＹ％（それを含む）までの範囲と同義に使用される。

ＩＩＩ．コドン改変第ＩＸ因子ポリヌクレオチド
いくつかの実施形態では、本開示は、第ＩＸ因子または第ＩＸ因子変異体をコードするコドン改変核酸組成物を提供する（特定の実施形態ではＦＩＸｐが使用される）。これらのコドン改変ポリヌクレオチドは、ＡＡＶ系の遺伝子治療構築物で投与された場合、第ＩＸ因子の発現を顕著に改善させる。コドン改変ポリヌクレオチドはまた、従来のコドン最適化構築物と比較して、ＡＡＶビリオンの封入の改善も示している。実施例１で実証されているように、出願人は、機能亢進Ｒ３３８Ｌアミノ酸置換（成熟した一本鎖第ＩＸ因子ポリペプチド配列を基準とする；第ＩＸ因子プレプロタンパク質配列を基準とする場合はＲ３８４Ｌ）をもつ第ＩＸｐ因子ポリペプチドをコードする、いくつかのコドン改変ポリヌクレオチド（例えば、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ、及びＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（それぞれＳＥＱＩＤＮＯ：５〜９））の発見により、上記の利点を達成した。実施例２及び３で実証されているように、第ＩＸ因子分子をコードする遺伝子治療ベクターへの１つ以上の肝臓特異的調節制御エレメント（例えばＣＲＭ８）の組み込みは、第ＩＸ因子及び第ＩＸ因子活性のｉｎｖｉｖｏ及びｉｎｖｉｔｒｏ発現をさらに増加させた。

野生型第ＩＸ因子は、アミノ酸２８個のシグナルペプチド（ＦＩＸ−ＳＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３７））及びアミノ酸１８個のプロペプチド（ＦＩＸ−ＰＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３８））でコードされており、これらは第ＩＸａ因子の活性化前に、コードされたポリペプチドから切断される。当業者が理解しているように、シグナルペプチド及び／またはプロペプチドは、変異していても、他の遺伝子または他の生物からのシグナルペプチド及び／またはプロペプチドで置換されていても、または完全に除去されていてもよく、シグナル及びプロペプチドが細胞処理により除去された後に残る成熟ポリペプチドの配列に影響を与えることはない。

したがって、いくつかの実施形態では、本明細書で提供するコドン改変ポリヌクレオチド（例えば核酸組成物）は、成熟第ＩＸ因子一本鎖ポリペプチド、すなわち、第ＩＸ因子の軽鎖、活性化ペプチド、及び重鎖（例えば、野生型第ＩＸ因子遺伝子ＦＩＸ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２）によってコードされる完全長ポリペプチドのアミノ酸４７〜４６１）をコードするＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ、またはＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（それぞれＳＥＱＩＤＮＯ：５〜９）に対して高い配列同一性を有するヌクレオチド配列を有する。

加えて、当技術分野において公知であるように、ヒト野生型第ＩＸ因子は、タンパク質の活性化時に一本鎖第ＩＸ因子ポリペプチドから除去される第ＩＸ因子軽鎖と重鎖との間に位置するアミノ酸３４個の活性化ペプチドを有する。活性化ペプチドは活性第ＩＸ因子ポリペプチドから除去されるため、そのペプチド自体は最終的な第ＩＸ因子活性にとって必須ではない。したがって、本明細書に開示されるコドン改変ポリヌクレオチドによってコードされる第ＩＸ因子ポリペプチドは、ヒト野生型活性化ペプチド配列（ＦＩＸ−ＡＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５６））に対して高い配列同一性を有する必要はない。ただし、コードされる活性化ペプチドは、第ＩＸ因子ポリペプチドの活性化時に除去可能でなければならない。例えば、いくつかの実施形態では、コードされる活性化ペプチドは、ｉｎｖｉｖｏでヒト第ＩＸ因子によって認識可能及び切断可能である、第ＸＩ因子切断部位をＮ末端及びＣ末端に含んでいる必要がある。

したがって、いくつかの実施形態では、本明細書で提供するコドン改変ポリヌクレオチド（例えば核酸組成物）は、ヒト野生型ＦＩＸ軽鎖配列（ＦＩＸ−ＬＣ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６２））及びヒト野生型ＦＩＸ重鎖配列（ＦＩＸ−ＨＣ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６３））に対して高い配列同一性を有する一本鎖第ＩＸ因子ポリペプチドをコードし、さらに、軽鎖のＣ末端と重鎖のＮ末端を結合する、２つの第ＸＩ因子切断部位をもつポリペプチドリンカー（活性化ペプチドなど）をコードする。

いくつかの実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドによってコードされる第ＩＸ因子の軽鎖及び重鎖は、それぞれヒト第ＩＸ因子軽鎖及び重鎖であり、ＦＩＸｐ重鎖を含む。他の実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドによってコードされる第ＩＸ因子の軽鎖及び重鎖は、別の哺乳動物由来の重鎖配列及び軽鎖配列（例えばブタ第ＩＸ因子）である。さらに他の実施形態では、第ＩＸ因子の軽鎖及び重鎖は、キメラの軽鎖及び重鎖（例えばヒト配列と第２の哺乳動物配列の組み合わせ）である。さらに他の実施形態では、第ＩＸ因子の軽鎖及び重鎖は、別の哺乳動物由来の軽鎖及び重鎖のヒト化型、例えば、選択位置でヒト残基を置換し、ヒトに投与された場合に生じるペプチドの免疫原性を低下させた別の哺乳動物の軽鎖配列及び重鎖配列である。

ヒト遺伝子のＧＣ含量は、２５％未満から９０％超まで幅広く変動する。しかしながら、一般的に、ＧＣ含量の高いヒト遺伝子はより高レベルで発現する。例えば、Ｋｕｄｌａｅｔａｌ．（ＰＬｏＳＢｉｏｌ．，４（６）：８０（２００６））は、遺伝子のＧＣ含量の増加が、主に転写を増加させ、定常状態で高レベルのｍＲＮＡ転写物を生じさせることにより、コードされるポリペプチドの発現を増加させることを実証している。一般に、コドン最適化された遺伝子構築物の望ましいＧＣ含量は６０％以上であると考えられる。例えば、ｓｃＡＡＶ８．ＦＩＸＲ３３８Ｌ遺伝子治療ベクター内の第ＩＸ因子遺伝子を、ＧｅｎｅＯｐｔｉｍｉｚｅｒソフトウェア（Ｇｅｎｅａｒｔ）を使用して、特異的にコドン改変すると、野生型コード配列のＧＣ含量が４１％ＧＣ〜６１％ＧＣに増加した。ＷｕＺ．ｅｔａｌ．，ＭｏｌＴｈｅｒ１６：２８０−８９（２００８）及びＭｏｎａｈａｎＰＥｅｔａｌ．，ＨｕｍＧｅｎｅＴｈｅｒ．，２６（２）：６９−８１（２０１５）を参照のこと。ただし、天然のＡＡＶゲノムのＧＣ含量は約５６％である。

したがって、いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるコドン改変ポリヌクレオチド（例えば、核酸組成物）は、天然ＡＡＶビリオンのＧＣ含量（例えば約５６％ＧＣ）とより厳密に一致するＣＧ含量を有しており、哺乳動物細胞での発現に合わせて従来的にコドン最適化されているポリヌクレオチドの好ましいＣＧ含量（例えば、６０％ＧＣまたはそれを上回る）よりも低い。例えば、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）のＧＣ含量は約５４％、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）のＧＣ含量は約５５％、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）のＧＣ含量は約５４．５％、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）のＧＣ含量は約５６．６％、及びＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）のＧＣ含量は約５５％である。これらの構築物は、同様にコドンが改変された、ＧＣ含量が高い配列と比較して、ビリオンの封入が改善されるはずである。

したがって、いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチド（例えば、ＣＳ０２〜ＣＳ０６第ＩＸ因子コード配列の１つに対して高い配列同一性を有するポリヌクレオチド）の全体のＧＣ含量は６０％未満である。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの全体のＧＣ含量は５９％未満である。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの全体のＧＣ含量は５８％未満である。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの全体のＧＣ含量は５７％未満である。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの全体のＧＣ含量は５６％以下である。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの全体のＧＣ含量は５５％以下である。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの全体のＧＣ含量は５４％以下である。

いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの全体のＧＣ含量は５３％〜５９％である。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの全体のＧＣ含量は５４％〜５９％である。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの全体のＧＣ含量は５５％〜５９％である。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの全体のＧＣ含量は５６％〜５９％である。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの全体のＧＣ含量は５３％〜５８％である。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの全体のＧＣ含量は５４％〜５８％である。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの全体のＧＣ含量は５５％〜５８％である。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの全体のＧＣ含量は５６％〜５８％である。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの全体のＧＣ含量は５３％〜５７％である。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの全体のＧＣ含量は５４％〜５７％である。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの全体のＧＣ含量は５５％〜５７％である。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの全体のＧＣ含量は５６％〜５７％である。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの全体のＧＣ含量は５３％〜５６％である。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの全体のＧＣ含量は５４％〜５６％である。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの全体のＧＣ含量は５５％〜５６％である。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの全体のＧＣ含量は５３％〜５５％である。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの全体のＧＣ含量は５４％〜５５％である。

いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの全体のＧＣ含量は５４±０．５％である。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの全体のＧＣ含量は５４±０．４％である。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの全体のＧＣ含量は５４±０．３％である。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの全体のＧＣ含量は５４±０．２％である。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの全体のＧＣ含量は５４±０．１％である。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの全体のＧＣ含量は５４％である。

いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの全体のＧＣ含量は５５±０．５％である。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの全体のＧＣ含量は５５±０．４％である。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの全体のＧＣ含量は５５±０．３％である。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの全体のＧＣ含量は５５±０．２％である。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの全体のＧＣ含量は５５±０．１％である。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの全体のＧＣ含量は５５％である。

いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの全体のＧＣ含量は５６±０．５％である。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの全体のＧＣ含量は５６±０．４％である。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの全体のＧＣ含量は５６±０．３％である。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの全体のＧＣ含量は５６±０．２％である。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの全体のＧＣ含量は５６±０．１％である。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの全体のＧＣ含量は５６％である。

これらのＣｐＧジヌクレオチド（すなわち、シトシンヌクレオチドの後ろにグアニンヌクレオチドが続く）は、ｉｎｖｉｖｏでｔｏｌｌ様受容体を介して免疫応答を誘導することが理論付けられている。ある特定の状況下では、ＣｐＧの減少したＡＡＶベクターがマウスにおいて免疫検出を回避することを示唆する証拠もある（Ｆａｕｓｔｅｔａｌ．，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．２０１３；１２３，２９９４−３００１）。野生型第ＩＸ因子コード配列（ＦＩＸ−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１））には２０個のＣｐＧジヌクレオチドが含まれる。

したがって、いくつかの実施形態では、本明細書で提供する核酸組成物（例えばコドン改変ポリヌクレオチド）は、第ＩＸ因子コード配列中のＣｐＧジヌクレオチドの数を減少させるようにコドン改変されている。例えば、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）にはＣｐＧジヌクレオチドがなく、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）にはＣｐＧジヌクレオチドがなく、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）にはＣｐＧジヌクレオチドがなく、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）には１１個のＣｐＧジヌクレオチドがあり、及びＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）には３個のＣｐＧジヌクレオチドがある。これらの構築物は、野生型第ＩＸ因子コード配列、及びＣｐＧジヌクレオチドの数が多い、同様にコドン改変された配列よりも低い免疫原性応答を誘発するはずである。

したがって、いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチド（例えば、ＣＳ０２〜ＣＳ０６第ＩＸ因子コード配列の１つに対して高い配列同一性を有するポリヌクレオチド）の配列は、２０個未満のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１５個未満のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１２個未満のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１０個未満のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５個未満のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、３個未満のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣｐＧジヌクレオチドを有していない。

いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１５個超のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１２個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１０個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、３個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣｐＧジヌクレオチドを有していない。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１８、１７、１６、１５、１４、１３、１２、１１、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、１個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有するか、または全く有していない。

Ａ．第ＩＸ因子アミノ酸置換
本明細書に記載の第ＩＸ因子構築物の、ＡＡＶベクターによる発現の効率をさらに高めるために、分泌を改善する、特異的活性を増加させる、及び／または第ＩＸ因子の安定性を高めることが知られているアミノ酸置換を、いくつかの実施態様に従ってさらに組み込む。血漿ＦＩＸ活性レベルを増加させる可能性のあるいくつかの第ＩＸ因子変異体が当技術分野において公知である。これらの変異体には、第ＩＸ因子の触媒活性を増加させるアミノ酸置換（例えば機能亢進変異体）、アンチトロンビンＩＩＩ及び／またはヘパリンに対する耐性を増加させるアミノ酸置換、血清半減期を延長するアミノ酸置換、ならびに翻訳後修飾のパターンの変化をもたらすアミノ酸置換が含まれる。

例えば、残基Ｒ３３８（ＰＰＥ）の変異は、第ＩＸ因子の凝固活性を増加させることができる。概説については、内容全体が目的を問わず参照により本明細書に組み込まれる米国特許第６，５３１，２９８号を参照のこと。米国特許第６，５３１，２９８号に開示されているように、この位置でのアルギニンからロイシンへのアミノ酸置換は、第ＩＸ因子の活性を増加させる。これは後にｉｎｖｉｖｏで確認されたが、それによればＲ３３８Ｌ（ＰＰＥ）変異により、ｉｎｖｉｖｏで第ＩＸ因子活性が５倍〜１０倍増加する。概説については、その全体が参照により本明細書に組み込まれる、ＳｉｍｉｏｎｉＰ．ｅｔａｌ．，ＮＥｎｇｌＪＭｅｄ．３６１（１７）：１６７１−７５（２００９）を参照のこと。したがって、いくつかの実施形態では、本明細書に記載のコドン改変ポリヌクレオチドは、アルギニン３８４（ＰＰＩ；残基３３８（ＰＰＥ））にアミノ酸置換を有する第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする。具体的な実施形態では、アミノ酸置換はＲ３８４Ｌ（ＰＰＩ）である。他の実施形態では、残基３８４（ＰＰＩ）／３３８（ＰＰＥ）でのロイシン以外の残基へのアミノ酸置換である。例えば、Ｒ３８４Ａ（ＰＰＩ）のアミノ酸置換により、マウスで２〜６倍高い活性が得られることが報告された。その内容全体が目的を問わず参照により本明細書に明示的に組み込まれる、ＳｃｈｕｅｔｔｒｕｍｐｆＪｅｔａｌ．，Ｂｌｏｏｄ，１０５（６）：２３１６−２３（２００５）。

同様に、残基Ｙ３０５、Ｋ３１１、Ｓ３６５、及びＹ３９１の変異は、合成基質での第ＩＸ因子活性の増加をもたらす。特に、Ｋ３１１Ｍ及びＫ３１１Ｔの単一変異により、合成切断基質での活性が２．８倍及び６．７倍増加した。ＳｉｃｈｌｅｒＫ．ｅｔａｌ．，ＪＢｉｏｌＣｈｅｍ．２７８（６）：４１２１−２６（２００３）（異なる残基番号を使用）。さらに、Ｙ３０５Ｆ／Ｋ３１１Ｔ／Ｙ３９１Ｔ三重変異体は、合成基質での活性を７０００倍増加させた。（同上）。したがって、いくつかの実施形態では、本明細書に記載のコドン改変ポリヌクレオチドは、チロシン３０５（ＰＰＩ）、リジン３１１（ＰＰＩ）、及びチロシン３９１（ＰＰＩ）の１つ以上にアミノ酸置換を有する第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする。具体的な実施形態では、アミノ酸置換はＫ３１１Ｍ（ＰＰＩ）である。具体的な実施形態では、アミノ酸置換はＫ３１１Ｔ（ＰＰＩ）である。別の具体的な実施形態では、アミノ酸置換はＹ３０５Ｆ／Ｋ３１１Ｔ／Ｙ３９１Ｔ（ＰＰＩ）である。

特性の改善をもたらす他のアミノ酸置換が当技術分野において公知であり、記載のコドン改変第ＩＸ因子ポリヌクレオチドにこれを組み込むことができる。例えば、その内容全体が目的を問わず参照により本明細書に明示的に組み込まれる、米国特許第８，７７８，８７０号を参照のこと。

Ｂ．第ＩＸ因子タンパク質をコードするコドン改変ポリヌクレオチド
ＣＳ０２コドン改変ポリヌクレオチド
一実施形態では、本明細書で提供する核酸組成物は、一本鎖第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする第ＩＸ因子ポリヌクレオチド（例えば、コドン最適化ポリヌクレオチド）を含み、この第ＩＸ因子ポリヌクレオチドは、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して高い配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して高い配列同一性を有する第ＩＸ因子ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列は、野生型第ＩＸ因子コード配列（ＦＩＸ−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１））と比較してＧＣ含量が減少している。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して高い配列同一性を有する第ＩＸ因子ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列は、野生型第ＩＸ因子コード配列（ＦＩＸ−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１））と比較してＣｐＧジヌクレオチドの数が減少している。

具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して少なくとも９５％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して少なくとも９６％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して少なくとも９７％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して少なくとも９８％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して少なくとも９９％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して少なくとも９９．５％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して少なくとも９９．９％の同一性を有する。別の具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）である。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、６０％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５９％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５８％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５７％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５６％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５５％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５４％未満のＧＣ含量を有する。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜６０％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５９％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５８％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５７％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５６％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５５％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５４％のＧＣ含量を有する。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±１．０のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．８のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．６のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．５のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．４のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．３のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．２のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．１のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％のＧＣ含量を有する。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１５個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１２個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１０個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、９個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、８個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、７個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、６個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、４個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、３個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、２個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣｐＧジヌクレオチドを有していない。

いくつかの実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチド、例えばＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して高い配列相同性を有するポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドは、野生型第ＩＸ因子プレプロタンパク質配列ＦＩＸ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２）及び／またはＰａｄｕａ（ｈＦＩＸ（Ｒ３８４Ｌ））プレプロタンパク質配列ＦＩＸｐ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４）に対して高い配列同一性を有する。コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドは、機能第ＩＸａ因子タンパク質へと活性化する能力を保持している必要がある（例えば、シグナルペプチド及びプロペプチドの除去による、及び活性化ポリペプチドの除去による）。

一実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドの配列は、ＦＩＸ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２）に対して少なくとも８５％の同一性を有する。一実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドの配列は、ＦＩＸ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２）に対して少なくとも９０％の同一性を有する。一実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドの配列は、ＦＩＸ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２）に対して少なくとも９５％の同一性を有する。一実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドの配列は、ＦＩＸ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２）に対して少なくとも９６％の同一性を有する。一実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドの配列は、ＦＩＸ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２）に対して少なくとも９７％の同一性を有する。一実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドの配列は、ＦＩＸ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２）に対して少なくとも９８％の同一性を有する。一実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドの配列は、ＦＩＸ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２）に対して少なくとも９９％の同一性を有する。一実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドの配列は、ＦＩＸ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２）に対して少なくとも９９．５％の同一性を有する。一実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドの配列は、ＦＩＸ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２）に対して少なくとも９９．９％の同一性を有する。一実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドの配列は、ＦＩＸ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２）である。

一実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドの配列は、ＦＩＸｐ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４）に対して少なくとも８５％の同一性を有し、プレプロポリペプチドの３８４位（例えば、成熟第ＩＸ因子一本鎖ポリペプチドＦＩＸｐ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１２）の３３８位）にロイシンを含む。一実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドの配列は、ＦＩＸｐ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４）に対して少なくとも９０％の同一性を有し、プレプロポリペプチドの３８４位にロイシンを含む。一実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドの配列は、ＦＩＸｐ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４）に対して少なくとも９５％の同一性を有し、プレプロポリペプチドの３８４位にロイシンを含む。一実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドの配列は、ＦＩＸｐ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４）に対して少なくとも９６％の同一性を有し、プレプロポリペプチドの３８４位にロイシンを含む。一実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドの配列は、ＦＩＸｐ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４）に対して少なくとも９７％の同一性を有し、プレプロポリペプチドの３８４位にロイシンを含む。一実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドの配列は、ＦＩＸｐ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４）に対して少なくとも９８％の同一性を有し、プレプロポリペプチドの３８４位にロイシンを含む。一実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドの配列は、ＦＩＸｐ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４）に対して少なくとも９９％の同一性を有し、プレプロポリペプチドの３８４位にロイシンを含む。一実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドの配列は、ＦＩＸｐ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４）に対して少なくとも９９．５％の同一性を有し、プレプロポリペプチドの３８４位にロイシンを含む。一実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドの配列は、ＦＩＸｐ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４）に対して少なくとも９９．９％の同一性を有し、プレプロポリペプチドの３８４位にロイシンを含む。一実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドの配列は、ＦＩＸｐ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４）である。

一実施形態では、本明細書で提供する核酸組成物は、一本鎖第ＩＸ因子ポリペプチド（例えばセリンプロテアーゼ活性を有する）をコードする第ＩＸ因子ポリヌクレオチド（例えばコドン改変ポリヌクレオチド）を含み、この第ＩＸ因子ポリヌクレオチドは、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して高い配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して高い配列同一性を有する第ＩＸ因子ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列は、野生型第ＩＸ因子コード配列（ＦＩＸ−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１））と比較してＧＣ含量が減少している。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して高い配列同一性を有する第ＩＸ因子ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列は、野生型第ＩＸ因子コード配列（ＦＩＸ−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１））と比較してＣｐＧジヌクレオチドの数が減少している。

具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して少なくとも９５％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して少なくとも９６％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して少なくとも９７％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して少なくとも９８％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して少なくとも９９％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して少なくとも９９．５％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して少なくとも９９．９％の同一性を有する。別の具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）である。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、６０％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５９％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５８％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５７％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５６％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５５％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５４％未満のＧＣ含量を有する。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜６０％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５９％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５８％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５７％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５６％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５５％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５４％のＧＣ含量を有する。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±１．０のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．８のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．６のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．５のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．４のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．３のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．２のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．１のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％のＧＣ含量を有する。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１５個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１２個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１０個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、９個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、８個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、７個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、６個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、４個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、３個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、２個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣｐＧジヌクレオチドを有していない。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して高配列同一性の第ＩＸ因子ポリヌクレオチドは、ＦＩＸ−ＳＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３７）のアミノ酸配列を有する第ＩＸ因子シグナルペプチドをコードする第ＩＸ因子シグナルポリヌクレオチドをさらに含む。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子シグナルポリヌクレオチドは、ＣＳ０２−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２５）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子シグナルポリヌクレオチドは、ＣＳ０３−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２６）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子シグナルポリヌクレオチドは、ＣＳ０４−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２７）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子シグナルポリヌクレオチドは、ＣＳ０５−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２８）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子シグナルポリヌクレオチドは、ＣＳ０６−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２９）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して高配列同一性の第ＩＸ因子ポリヌクレオチドは、ＦＩＸ−ＰＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３８）のアミノ酸配列を有する第ＩＸ因子プロペプチドをコードする、第ＩＸ因子プロペプチドのポリヌクレオチドをさらに含む。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０２−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３１）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０３−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３２）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０４−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３３）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０５−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３４）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０６−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３５）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して高配列同一性の第ＩＸ因子ポリヌクレオチドは、ＦＩＸ−ＰＰＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３６）のアミノ酸配列を有する第ＩＸ因子プレプロペプチドをコードする、第ＩＸ因子プレプロペプチドのポリヌクレオチドをさらに含む。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プレプロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０２−ＰＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１９）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プレプロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０３−ＰＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２０）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プレプロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０４−ＰＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２１）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プレプロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０５−ＰＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２２）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プレプロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０６−ＰＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２３）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。

いくつかの実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチド、例えばＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して高い配列相同性を有するポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドは、野生型成熟第ＩＸ因子一本鎖ポリペプチド配列ＦＩＸ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１０）及び／または成熟Ｐａｄｕａ（ｈＦＩＸ（Ｒ３８４Ｌ））一本鎖配列ＦＩＸｐ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１２）に対して高い配列同一性を有する。コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドは、機能第ＩＸａ因子タンパク質へと活性化する能力を保持している必要がある（例えば、任意のシグナルペプチド及びプロペプチドの除去による、及び活性化ポリペプチドの除去による）。

一実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドの配列は、ＦＩＸ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１０）に対して少なくとも８５％の同一性を有する。一実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドの配列は、ＦＩＸ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１０）に対して少なくとも９０％の同一性を有する。一実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドの配列は、ＦＩＸ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１０）に対して少なくとも９５％の同一性を有する。一実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドの配列は、ＦＩＸ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１０）に対して少なくとも９６％の同一性を有する。一実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドの配列は、ＦＩＸ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１０）に対して少なくとも９７％の同一性を有する。一実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドの配列は、ＦＩＸ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１０）に対して少なくとも９８％の同一性を有する。一実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドの配列は、ＦＩＸ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１０）に対して少なくとも９９％の同一性を有する。一実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドの配列は、ＦＩＸ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１０）に対して少なくとも９９．５％の同一性を有する。一実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドの配列は、ＦＩＸ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１０）に対して少なくとも９９．９％の同一性を有する。一実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドの配列は、ＦＩＸ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１０）である。

一実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドの配列は、ＦＩＸｐ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１２）に対して少なくとも８５％の同一性を有し、プレプロポリペプチドの３８４位（例えば、成熟第ＩＸ因子一本鎖ポリペプチドＦＩＸｐ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１２）の３３８位）にロイシンを含む。一実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドの配列は、ＦＩＸｐ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１２）に対して少なくとも９０％の同一性を有し、プレプロポリペプチドの３８４位にロイシンを含む。一実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドの配列は、ＦＩＸｐ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１２）に対して少なくとも９５％の同一性を有し、プレプロポリペプチドの３８４位にロイシンを含む。一実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドの配列は、ＦＩＸｐ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１２）に対して少なくとも９６％の同一性を有し、プレプロポリペプチドの３８４位にロイシンを含む。一実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドの配列は、ＦＩＸｐ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１２）に対して少なくとも９７％の同一性を有し、プレプロポリペプチドの３８４位にロイシンを含む。一実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドの配列は、ＦＩＸｐ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１２）に対して少なくとも９８％の同一性を有し、プレプロポリペプチドの３８４位にロイシンを含む。一実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドの配列は、ＦＩＸｐ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１２）に対して少なくとも９９％の同一性を有し、プレプロポリペプチドの３８４位にロイシンを含む。一実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドの配列は、ＦＩＸｐ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１２）に対して少なくとも９９．５％の同一性を有し、プレプロポリペプチドの３８４位にロイシンを含む。一実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドの配列は、ＦＩＸｐ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１２）に対して少なくとも９９．９％の同一性を有し、プレプロポリペプチドの３８４位にロイシンを含む。一実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドの配列は、ＦＩＸｐ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１２）である。

一実施形態では、本明細書で提供するコドン改変ポリヌクレオチドは、軽鎖、重鎖、及び軽鎖のＣ末端を重鎖のＮ末端に結合するポリペプチドリンカーを含む一本鎖第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする。第ＩＸ因子ポリペプチドの軽鎖は、第ＩＸ因子軽鎖をコードするＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）の一部である、ＣＳ０２−ＬＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４２）に対して高い配列同一性を有する第１のヌクレオチド配列によってコードされる。第ＩＸ因子ポリペプチドの重鎖は、第ＩＸ因子重鎖をコードするＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）の一部である、ＣＳ０２−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４１）に対して高い配列同一性を有する第２のヌクレオチド配列によってコードされる。ポリペプチドリンカーは第ＸＩ因子切断部位を含んでおり、この切断部位により、（例えば、前駆体一本鎖第ＩＸ因子ポリペプチドの発現後に）ｉｎｖｉｖｏでの成熟が可能になる。

いくつかの実施形態では、第１及び第２のヌクレオチド配列は、それぞれＣＳ０２−ＬＣ−ＮＡ及びＣＳ０２−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４２及び４１）に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、第１及び第２のヌクレオチド配列は、それぞれＣＳ０２−ＬＣ−ＮＡ及びＣＳ０２−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４２及び４１）に対して少なくとも９６％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、第１及び第２のヌクレオチド配列は、それぞれＣＳ０２−ＬＣ−ＮＡ及びＣＳ０２−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４２及び４１）に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、第１及び第２のヌクレオチド配列は、それぞれＣＳ０２−ＬＣ−ＮＡ及びＣＳ０２−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４２及び４１）に対して少なくとも９８％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、第１及び第２のヌクレオチド配列は、それぞれＣＳ０２−ＬＣ−ＮＡ及びＣＳ０２−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４２及び４１）に対してそれぞれ少なくとも９９％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、第１及び第２のヌクレオチド配列は、それぞれＣＳ０２−ＬＣ−ＮＡ及びＣＳ０２−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４２及び４１）に対して少なくとも９９．５％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、第１及び第２のヌクレオチド配列は、それぞれＣＳ０２−ＬＣ−ＮＡ及びＣＳ０２−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４２及び４１）に対して少なくとも９９．９％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、第１及び第２のヌクレオチド配列は、それぞれＣＳ０２−ＬＣ−ＮＡ及びＣＳ０２−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４２及び４１）である。

いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子構築物のポリペプチドリンカーは、野生型第ＩＸ因子活性化ポリペプチドをコードするコドン改変配列、例えばＦＩＸ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２）のアミノ酸１９２〜２２６であるＣＳ０２−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５７）に対して高い配列同一性を有する第３のヌクレオチド配列によってコードされる。いくつかの実施形態では、第３のヌクレオチド配列は、ＣＳ０２−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５７）に対して少なくとも８０％の同一性を有する。いくつかの実施形態では、第３のヌクレオチド配列は、ＣＳ０２−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５７）に対して少なくとも９０％の同一性を有する。いくつかの実施形態では、第３のヌクレオチド配列は、ＣＳ０２−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５７）に対して少なくとも９５％の同一性を有する。いくつかの実施形態では、第３のヌクレオチド配列は、ＣＳ０２−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５７）に対して少なくとも９６％の同一性を有する。いくつかの実施形態では、第３のヌクレオチド配列は、ＣＳ０２−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５７）に対して少なくとも９７％の同一性を有する。いくつかの実施形態では、第３のヌクレオチド配列は、ＣＳ０２−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５７）に対して少なくとも９８％の同一性を有する。いくつかの実施形態では、第３のヌクレオチド配列は、ＣＳ０２−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５７）に対して少なくとも９９％の同一性を有する。いくつかの実施形態では、第３のヌクレオチド配列は、ＣＳ０２−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５７）である。

いくつかの実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドはまた、シグナルペプチド（例えば、第ＩＸ因子シグナルペプチド）及び／またはプロペプチド（例えば、第ＩＸ因子プロペプチド）を含む。いくつかの実施形態では、シグナルペプチドは、野生型第ＩＸ因子シグナルペプチド（ＦＩＸ−ＳＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３７））である。いくつかの実施形態では、シグナルペプチドは、ＣＳ０２−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２５）に対して高い配列同一性（例えば、少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％）を有するコドン改変ポリヌクレオチド配列によってコードされる。いくつかの実施形態では、プロペプチドは、野生型第ＩＸ因子プロペプチド（ＦＩＸ−ＰＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３８））である。いくつかの実施形態では、プロペプチドペプチドは、ＣＳ０２−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３１）に対して高い配列同一性（例えば、少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％）を有するコドン改変ポリヌクレオチド配列によってコードされる。

いくつかの実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチド、例えばＣＳ０２−ＬＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４２）及びＣＳ０２−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４１）に対して高い配列相同性を有するポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドは、野生型成熟第ＩＸ因子一本鎖ポリペプチド配列ＦＩＸ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１０）及び／または成熟Ｐａｄｕａ（ｈＦＩＸ（Ｒ３８４Ｌ））一本鎖配列ＦＩＸｐ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１２）に対して高い配列同一性を有する。コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドは、機能第ＩＸａ因子タンパク質へと活性化する能力を保持している必要がある（例えば、任意のシグナルペプチド及びプロペプチドの除去による、及び活性化ポリペプチドの除去による）。

いくつかの実施形態では、図１に関して、構造Ａの自己相補的ポリヌクレオチドを含む核酸組成物であって、このポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分が、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、または１００％の同一性を有する、成熟第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする核酸配列を含む核酸組成物を提供する。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分はまた、ＦＩＸ−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２４）、ＣＳ０２−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２５）、ＣＳ０３−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２６）、ＣＳ０４−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２７）、ＣＳ０５−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２８）、及びＣＳ０６−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２９）のうちの１つに対して少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する、第ＩＸ因子シグナルペプチドをコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分はまた、ＦＩＸ−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３０）、ＣＳ０２−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３１）、ＣＳ０３−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３２）、ＣＳ０４−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３３）、ＣＳ０５−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３４）、及びＣＳ０６−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３５）のうちの１つに対して少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する第ＩＸ因子プロペプチド（場合により、上記の第ＩＸ因子シグナルペプチドの核酸配列との組み合わせ）をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分は、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、または１００％の同一性を有するプレプロ第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする核酸配列を含む。

いくつかの実施形態では、図１に関して、構造Ｂの自己相補的ポリヌクレオチドを含む核酸組成物であって、このポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分が、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、または１００％の同一性を有する、成熟第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする核酸配列を含む核酸組成物を提供する。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分はまた、ＦＩＸ−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２４）、ＣＳ０２−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２５）、ＣＳ０３−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２６）、ＣＳ０４−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２７）、ＣＳ０５−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２８）、及びＣＳ０６−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２９）のうちの１つに対して少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する、第ＩＸ因子シグナルペプチドをコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分はまた、ＦＩＸ−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３０）、ＣＳ０２−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３１）、ＣＳ０３−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３２）、ＣＳ０４−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３３）、ＣＳ０５−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３４）、及びＣＳ０６−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３５）のうちの１つに対して少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する第ＩＸ因子プロペプチド（場合により、上記の第ＩＸ因子シグナルペプチドの核酸配列との組み合わせ）をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分は、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、または１００％の同一性を有するプレプロ第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする核酸配列を含む。

いくつかの実施形態では、図１に関して、構造Ｃのポリヌクレオチド（例えば、一本鎖ポリヌクレオチド）を含む核酸組成物であって、このポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分が、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、または１００％の同一性を有する、成熟第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする核酸配列を含む核酸組成物を提供する。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分はまた、ＦＩＸ−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２４）、ＣＳ０２−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２５）、ＣＳ０３−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２６）、ＣＳ０４−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２７）、ＣＳ０５−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２８）、及びＣＳ０６−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２９）のうちの１つに対して少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する、第ＩＸ因子シグナルペプチドをコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分はまた、ＦＩＸ−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３０）、ＣＳ０２−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３１）、ＣＳ０３−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３２）、ＣＳ０４−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３３）、ＣＳ０５−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３４）、及びＣＳ０６−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３５）のうちの１つに対して少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する第ＩＸ因子プロペプチド（場合により、上記の第ＩＸ因子シグナルペプチドの核酸配列との組み合わせ）をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分は、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、または１００％の同一性を有するプレプロ第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする核酸配列を含む。

いくつかの実施形態では、図１に関して、構造Ｄのポリヌクレオチド（例えば、一本鎖ポリヌクレオチド）を含む核酸組成物であって、このポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分が、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、または１００％の同一性を有する、成熟第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする核酸配列を含む核酸組成物を提供する。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分はまた、ＦＩＸ−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２４）、ＣＳ０２−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２５）、ＣＳ０３−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２６）、ＣＳ０４−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２７）、ＣＳ０５−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２８）、及びＣＳ０６−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２９）のうちの１つに対して少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する、第ＩＸ因子シグナルペプチドをコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分はまた、ＦＩＸ−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３０）、ＣＳ０２−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３１）、ＣＳ０３−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３２）、ＣＳ０４−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３３）、ＣＳ０５−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３４）、及びＣＳ０６−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３５）のうちの１つに対して少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する第ＩＸ因子プロペプチド（場合により、上記の第ＩＸ因子シグナルペプチドの核酸配列との組み合わせ）をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分は、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、または１００％の同一性を有するプレプロ第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする核酸配列を含む。

ＣＳ０３コドン改変ポリヌクレオチド
一実施形態では、本明細書で提供する核酸組成物は、一本鎖第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする第ＩＸ因子ポリヌクレオチド（例えば、コドン改変ポリヌクレオチド）を含み、この第ＩＸ因子ポリヌクレオチドは、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して高い配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して高い配列同一性を有する第ＩＸ因子ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列は、野生型第ＩＸ因子コード配列（ＦＩＸ−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１））と比較してＧＣ含量が減少している。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して高い配列同一性を有する第ＩＸ因子ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列は、野生型第ＩＸ因子コード配列（ＦＩＸ−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１））と比較してＣｐＧジヌクレオチドの数が減少している。

具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して少なくとも９５％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して少なくとも９６％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して少なくとも９７％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して少なくとも９８％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して少なくとも９９％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して少なくとも９９．５％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して少なくとも９９．９％の同一性を有する。別の具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）である。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、６０％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５９％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５８％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５７％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５６％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５５％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５４％未満のＧＣ含量を有する。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜６０％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５９％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５８％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５７％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５６％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５５％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５４％のＧＣ含量を有する。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±１．０のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．８のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．６のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．５のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．４のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．３のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．２のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．１のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％のＧＣ含量を有する。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１５個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１２個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１０個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、９個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、８個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、７個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、６個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、４個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、３個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、２個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣｐＧジヌクレオチドを有していない。

いくつかの実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチド、例えばＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して高い配列相同性を有するポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドは、野生型第ＩＸ因子プレプロタンパク質配列ＦＩＸ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２）及び／またはＰａｄｕａ（ｈＦＩＸ（Ｒ３８４Ｌ））プレプロタンパク質配列ＦＩＸｐ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４）に対して高い配列同一性を有する。コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドは、機能第ＩＸａ因子タンパク質へと活性化する能力を保持している必要がある（例えば、シグナルペプチド及びプロペプチドの除去による、及び活性化ポリペプチドの除去による）。

一実施形態では、本明細書で提供する核酸組成物は、一本鎖第ＩＸ因子ポリペプチド（例えばセリンプロテアーゼ活性を有する）をコードする第ＩＸ因子ポリヌクレオチド（例えばコドン改変ポリヌクレオチド）を含み、この第ＩＸ因子ポリヌクレオチドは、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して高い配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して高い配列同一性を有する第ＩＸ因子ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列は、野生型第ＩＸ因子コード配列（ＦＩＸ−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１））と比較してＧＣ含量が減少している。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して高い配列同一性を有する第ＩＸ因子ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列は、野生型第ＩＸ因子コード配列（ＦＩＸ−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１））と比較してＣｐＧジヌクレオチドの数が減少している。

具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して少なくとも９５％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して少なくとも９６％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して少なくとも９７％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して少なくとも９８％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して少なくとも９９％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して少なくとも９９．５％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して少なくとも９９．９％の同一性を有する。別の具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）である。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、６０％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５９％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５８％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５７％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５６％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５５％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５４％未満のＧＣ含量を有する。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜６０％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５９％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５８％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５７％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５６％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５５％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５４％のＧＣ含量を有する。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±１．０のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．８のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．６のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．５のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．４のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．３のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．２のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．１のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％のＧＣ含量を有する。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１５個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１２個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１０個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、９個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、８個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、７個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、６個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、４個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、３個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、２個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣｐＧジヌクレオチドを有していない。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して高配列同一性の第ＩＸ因子ポリヌクレオチドは、ＦＩＸ−ＳＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３７）のアミノ酸配列を有する第ＩＸ因子シグナルペプチドをコードする第ＩＸ因子シグナルポリヌクレオチドをさらに含む。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子シグナルポリヌクレオチドは、ＣＳ０２−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２５）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子シグナルポリヌクレオチドは、ＣＳ０３−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２６）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子シグナルポリヌクレオチドは、ＣＳ０４−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２７）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子シグナルポリヌクレオチドは、ＣＳ０５−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２８）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子シグナルポリヌクレオチドは、ＣＳ０６−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２９）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して高配列同一性の第ＩＸ因子ポリヌクレオチドは、ＦＩＸ−ＰＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３８）のアミノ酸配列を有する第ＩＸ因子プロペプチドをコードする、第ＩＸ因子プロペプチドのポリヌクレオチドをさらに含む。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０２−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３１）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０３−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３２）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０４−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３３）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０５−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３４）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０６−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３５）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して高配列同一性の第ＩＸ因子ポリヌクレオチドは、ＦＩＸ−ＰＰＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３６）のアミノ酸配列を有する第ＩＸ因子プレプロペプチドをコードする、第ＩＸ因子プレプロペプチドのポリヌクレオチドをさらに含む。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プレプロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０２−ＰＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１９）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プレプロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０３−ＰＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２０）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プレプロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０４−ＰＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２１）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プレプロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０５−ＰＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２２）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プレプロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０６−ＰＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２３）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。

いくつかの実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチド、例えばＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して高い配列相同性を有するポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドは、野生型成熟第ＩＸ因子一本鎖ポリペプチド配列ＦＩＸ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１０）及び／または成熟Ｐａｄｕａ（ｈＦＩＸ（Ｒ３８４Ｌ））一本鎖配列ＦＩＸｐ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１２）に対して高い配列同一性を有する。コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドは、機能第ＩＸａ因子タンパク質へと活性化する能力を保持している必要がある（例えば、任意のシグナルペプチド及びプロペプチドの除去による、及び活性化ポリペプチドの除去による）。

一実施形態では、本明細書で提供するコドン改変ポリヌクレオチドは、軽鎖、重鎖、及び軽鎖のＣ末端を重鎖のＮ末端に結合するポリペプチドリンカーを含む一本鎖第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする。第ＩＸ因子ポリペプチドの軽鎖は、第ＩＸ因子軽鎖をコードするＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）の一部である、ＣＳ０３−ＬＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４４）に対して高い配列同一性を有する第１のヌクレオチド配列によってコードされる。第ＩＸ因子ポリペプチドの重鎖は、第ＩＸ因子重鎖をコードするＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）の一部である、ＣＳ０３−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４３）に対して高い配列同一性を有する第２のヌクレオチド配列によってコードされる。ポリペプチドリンカーは第ＸＩ因子切断部位を含んでおり、この切断部位により、（例えば、前駆体一本鎖第ＩＸ因子ポリペプチドの発現後に）ｉｎｖｉｖｏでの成熟が可能になる。

いくつかの実施形態では、第１及び第２のヌクレオチド配列は、それぞれＣＳ０３−ＬＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４４）及びＣＳ０３−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４３）に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、第１及び第２のヌクレオチド配列は、それぞれＣＳ０３−ＬＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４４）及びＣＳ０３−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４３）に対して少なくとも９６％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、第１及び第２のヌクレオチド配列は、それぞれＣＳ０３−ＬＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４４）及びＣＳ０３−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４３）に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、第１及び第２のヌクレオチド配列は、それぞれＣＳ０３−ＬＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４４）及びＣＳ０３−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４３）に対して少なくとも９８％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、第１及び第２のヌクレオチド配列は、それぞれＣＳ０３−ＬＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４４）及びＣＳ０３−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４３）に対してそれぞれ少なくとも９９％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、第１及び第２のヌクレオチド配列は、それぞれＣＳ０３−ＬＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４４）及びＣＳ０３−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４３）に対して少なくとも９９．５％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、第１及び第２のヌクレオチド配列は、それぞれＣＳ０３−ＬＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４４）及びＣＳ０３−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４３）に対して少なくとも９９．９％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、第１及び第２のヌクレオチド配列は、それぞれＣＳ０３−ＬＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４４）及びＣＳ０３−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４３）である。

いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子構築物のポリペプチドリンカーは、野生型第ＩＸ因子活性化ポリペプチドをコードするコドン改変配列、例えばＦＩＸ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２）のアミノ酸１９２〜２２６であるＣＳ０３−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５８）に対して高い配列同一性を有する第３のヌクレオチド配列によってコードされる。いくつかの実施形態では、第３のヌクレオチド配列は、ＣＳ０３−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５８）に対して少なくとも８０％の同一性を有する。いくつかの実施形態では、第３のヌクレオチド配列は、ＣＳ０３−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５８）に対して少なくとも９０％の同一性を有する。いくつかの実施形態では、第３のヌクレオチド配列は、ＣＳ０３−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５８）に対して少なくとも９５％の同一性を有する。いくつかの実施形態では、第３のヌクレオチド配列は、ＣＳ０３−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５８）に対して少なくとも９６％の同一性を有する。いくつかの実施形態では、第３のヌクレオチド配列は、ＣＳ０３−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５８）に対して少なくとも９７％の同一性を有する。いくつかの実施形態では、第３のヌクレオチド配列は、ＣＳ０３−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５８）に対して少なくとも９８％の同一性を有する。いくつかの実施形態では、第３のヌクレオチド配列は、ＣＳ０３−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５８）に対して少なくとも９９％の同一性を有する。いくつかの実施形態では、第３のヌクレオチド配列は、ＣＳ０３−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５８）である。

いくつかの実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドはまた、シグナルペプチド（例えば、第ＩＸ因子シグナルペプチド）及び／またはプロペプチド（例えば、第ＩＸ因子プロペプチド）を含む。いくつかの実施形態では、シグナルペプチドは、野生型第ＩＸ因子シグナルペプチド（ＦＩＸ−ＳＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３７））である。いくつかの実施形態では、シグナルペプチドは、ＣＳ０３−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２６）に対して高い配列同一性（例えば、少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％）を有するコドン改変ポリヌクレオチド配列によってコードされる。いくつかの実施形態では、プロペプチドは、野生型第ＩＸ因子プロペプチド（ＦＩＸ−ＰＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３８））である。いくつかの実施形態では、プロペプチドペプチドは、ＣＳ０３−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３２）に対して高い配列同一性（例えば、少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％）を有するコドン改変ポリヌクレオチド配列によってコードされる。

いくつかの実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチド、例えばＣＳ０３−ＬＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４４）及びＣＳ０３−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４３）に対して高い配列相同性を有するポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドは、野生型成熟第ＩＸ因子一本鎖ポリペプチド配列ＦＩＸ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１０）及び／または成熟Ｐａｄｕａ（ｈＦＩＸ（Ｒ３８４Ｌ））一本鎖配列ＦＩＸｐ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１２）に対して高い配列同一性を有する。コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドは、機能第ＩＸａ因子タンパク質へと活性化する能力を保持している必要がある（例えば、任意のシグナルペプチド及びプロペプチドの除去による、及び活性化ポリペプチドの除去による）。

いくつかの実施形態では、図１に関して、構造Ａの自己相補的ポリヌクレオチドを含む核酸組成物であって、このポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分が、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、または１００％の同一性を有する、成熟第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする核酸配列を含む核酸組成物を提供する。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分はまた、ＦＩＸ−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２４）、ＣＳ０２−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２５）、ＣＳ０３−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２６）、ＣＳ０４−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２７）、ＣＳ０５−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２８）、及びＣＳ０６−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２９）のうちの１つに対して少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する、第ＩＸ因子シグナルペプチドをコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分はまた、ＦＩＸ−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３０）、ＣＳ０２−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３１）、ＣＳ０３−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３２）、ＣＳ０４−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３３）、ＣＳ０５−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３４）、及びＣＳ０６−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３５）のうちの１つに対して少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する第ＩＸ因子プロペプチド（場合により、上記の第ＩＸ因子シグナルペプチドの核酸配列との組み合わせ）をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分は、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、または１００％の同一性を有するプレプロ第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする核酸配列を含む。

いくつかの実施形態では、図１に関して、構造Ｂの自己相補的ポリヌクレオチドを含む核酸組成物であって、このポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分が、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、または１００％の同一性を有する、成熟第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする核酸配列を含む核酸組成物を提供する。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分はまた、ＦＩＸ−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２４）、ＣＳ０２−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２５）、ＣＳ０３−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２６）、ＣＳ０４−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２７）、ＣＳ０５−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２８）、及びＣＳ０６−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２９）のうちの１つに対して少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する、第ＩＸ因子シグナルペプチドをコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分はまた、ＦＩＸ−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３０）、ＣＳ０２−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３１）、ＣＳ０３−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３２）、ＣＳ０４−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３３）、ＣＳ０５−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３４）、及びＣＳ０６−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３５）のうちの１つに対して少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する第ＩＸ因子プロペプチド（場合により、上記の第ＩＸ因子シグナルペプチドの核酸配列との組み合わせ）をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分は、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、または１００％の同一性を有するプレプロ第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする核酸配列を含む。

いくつかの実施形態では、図１に関して、構造Ｃのポリヌクレオチド（例えば、一本鎖ポリヌクレオチド）を含む核酸組成物であって、このポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分が、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、または１００％の同一性を有する、成熟第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする核酸配列を含む核酸組成物を提供する。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分はまた、ＦＩＸ−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２４）、ＣＳ０２−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２５）、ＣＳ０３−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２６）、ＣＳ０４−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２７）、ＣＳ０５−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２８）、及びＣＳ０６−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２９）のうちの１つに対して少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する、第ＩＸ因子シグナルペプチドをコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分はまた、ＦＩＸ−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３０）、ＣＳ０２−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３１）、ＣＳ０３−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３２）、ＣＳ０４−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３３）、ＣＳ０５−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３４）、及びＣＳ０６−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３５）のうちの１つに対して少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する第ＩＸ因子プロペプチド（場合により、上記の第ＩＸ因子シグナルペプチドの核酸配列との組み合わせ）をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分は、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、または１００％の同一性を有するプレプロ第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする核酸配列を含む。

いくつかの実施形態では、図１に関して、構造Ｄのポリヌクレオチド（例えば、一本鎖ポリヌクレオチド）を含む核酸組成物であって、このポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分が、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、または１００％の同一性を有する、成熟第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする核酸配列を含む核酸組成物を提供する。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分はまた、ＦＩＸ−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２４）、ＣＳ０２−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２５）、ＣＳ０３−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２６）、ＣＳ０４−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２７）、ＣＳ０５−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２８）、及びＣＳ０６−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２９）のうちの１つに対して少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する、第ＩＸ因子シグナルペプチドをコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分はまた、ＦＩＸ−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３０）、ＣＳ０２−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３１）、ＣＳ０３−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３２）、ＣＳ０４−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３３）、ＣＳ０５−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３４）、及びＣＳ０６−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３５）のうちの１つに対して少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する第ＩＸ因子プロペプチド（場合により、上記の第ＩＸ因子シグナルペプチドの核酸配列との組み合わせ）をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分は、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、または１００％の同一性を有するプレプロ第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする核酸配列を含む。

ＣＳ０４コドン改変ポリヌクレオチド
一実施形態では、本明細書で提供する核酸組成物は、一本鎖第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする第ＩＸ因子ポリヌクレオチド（例えば、コドン改変ポリヌクレオチド）を含み、この第ＩＸ因子ポリヌクレオチドは、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して高い配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して高い配列同一性を有する第ＩＸ因子ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列は、野生型第ＩＸ因子コード配列（ＦＩＸ−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１））と比較してＧＣ含量が減少している。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して高い配列同一性を有する第ＩＸ因子ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列は、野生型第ＩＸ因子コード配列（ＦＩＸ−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１））と比較してＣｐＧジヌクレオチドの数が減少している。

具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して少なくとも９５％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して少なくとも９６％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して少なくとも９７％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して少なくとも９８％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して少なくとも９９％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して少なくとも９９．５％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して少なくとも９９．９％の同一性を有する。別の具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）である。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、６０％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５９％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５８％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５７％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５６％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５５％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５４％未満のＧＣ含量を有する。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜６０％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５９％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５８％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５７％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５６％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５５％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５４％のＧＣ含量を有する。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±１．０のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．８のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．６のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．５のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．４のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．３のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．２のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．１のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％のＧＣ含量を有する。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１５個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１２個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１０個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、９個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、８個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、７個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、６個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、４個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、３個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、２個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣｐＧジヌクレオチドを有していない。

いくつかの実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチド、例えばＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して高い配列相同性を有するポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドは、野生型第ＩＸ因子プレプロタンパク質配列ＦＩＸ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２）及び／またはＰａｄｕａ（ｈＦＩＸ（Ｒ３８４Ｌ））プレプロタンパク質配列ＦＩＸｐ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４）に対して高い配列同一性を有する。コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドは、機能第ＩＸａ因子タンパク質へと活性化する能力を保持している必要がある（例えば、シグナルペプチド及びプロペプチドの除去による、及び活性化ポリペプチドの除去による）。

一実施形態では、本明細書で提供する核酸組成物は、一本鎖第ＩＸ因子ポリペプチド（例えばセリンプロテアーゼ活性を有する）をコードする第ＩＸ因子ポリヌクレオチド（例えばコドン改変ポリヌクレオチド）を含み、この第ＩＸ因子ポリヌクレオチドは、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して高い配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して高い配列同一性を有する第ＩＸ因子ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列は、野生型第ＩＸ因子コード配列（ＦＩＸ−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１））と比較してＧＣ含量が減少している。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して高い配列同一性を有する第ＩＸ因子ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列は、野生型第ＩＸ因子コード配列（ＦＩＸ−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１））と比較してＣｐＧジヌクレオチドの数が減少している。

具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して少なくとも９５％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して少なくとも９６％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して少なくとも９７％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して少なくとも９８％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して少なくとも９９％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して少なくとも９９．５％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して少なくとも９９．９％の同一性を有する。別の具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）である。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、６０％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５９％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５８％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５７％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５６％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５５％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５４％未満のＧＣ含量を有する。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜６０％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５９％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５８％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５７％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５６％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５５％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５４％のＧＣ含量を有する。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±１．０のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．８のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．６のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．５のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．４のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．３のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．２のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．１のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％のＧＣ含量を有する。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１５個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１２個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１０個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、９個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、８個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、７個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、６個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、４個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、３個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、２個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣｐＧジヌクレオチドを有していない。

いくつかの実施形態ではＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して高配列同一性の第ＩＸ因子ポリヌクレオチドは、ＦＩＸ−ＳＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３７）のアミノ酸配列を有する第ＩＸ因子シグナルペプチドをコードする第ＩＸ因子シグナルポリヌクレオチドをさらに含む。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子シグナルポリヌクレオチドは、ＣＳ０２−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２５）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子シグナルポリヌクレオチドは、ＣＳ０３−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２６）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子シグナルポリヌクレオチドは、ＣＳ０４−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２７）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子シグナルポリヌクレオチドは、ＣＳ０５−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２８）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子シグナルポリヌクレオチドは、ＣＳ０６−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２９）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して高配列同一性の第ＩＸ因子ポリヌクレオチドは、ＦＩＸ−ＰＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３８）のアミノ酸配列を有する第ＩＸ因子プロペプチドをコードする、第ＩＸ因子プロペプチドのポリヌクレオチドをさらに含む。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０２−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３１）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０３−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３２）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０４−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３３）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０５−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３４）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０６−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３５）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して高配列同一性の第ＩＸ因子ポリヌクレオチドは、ＦＩＸ−ＰＰＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３６）のアミノ酸配列を有する第ＩＸ因子プレプロペプチドをコードする、第ＩＸ因子プレプロペプチドのポリヌクレオチドをさらに含む。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プレプロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０２−ＰＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１９）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プレプロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０３−ＰＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２０）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プレプロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０４−ＰＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２１）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プレプロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０５−ＰＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２２）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プレプロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０６−ＰＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２３）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。

いくつかの実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチド、例えばＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して高い配列相同性を有するポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドは、野生型成熟第ＩＸ因子一本鎖ポリペプチド配列ＦＩＸ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１０）及び／または成熟Ｐａｄｕａ（ｈＦＩＸ（Ｒ３８４Ｌ））一本鎖配列ＦＩＸｐ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１２）に対して高い配列同一性を有する。コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドは、機能第ＩＸａ因子タンパク質へと活性化する能力を保持している必要がある（例えば、任意のシグナルペプチド及びプロペプチドの除去による、及び活性化ポリペプチドの除去による）。

一実施形態では、本明細書で提供するコドン改変ポリヌクレオチドは、軽鎖、重鎖、及び軽鎖のＣ末端を重鎖のＮ末端に結合するポリペプチドリンカーを含む一本鎖第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする。第ＩＸ因子ポリペプチドの軽鎖は、第ＩＸ因子軽鎖をコードするＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）の一部である、ＣＳ０４−ＬＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４６）に対して高い配列同一性を有する第１のヌクレオチド配列によってコードされる。第ＩＸ因子ポリペプチドの重鎖は、第ＩＸ因子重鎖をコードするＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）の一部である、ＣＳ０４−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４５）に対して高い配列同一性を有する第２のヌクレオチド配列によってコードされる。ポリペプチドリンカーは第ＸＩ因子切断部位を含んでおり、この切断部位により、（例えば、前駆体一本鎖第ＩＸ因子ポリペプチドの発現後に）ｉｎｖｉｖｏでの成熟が可能になる。

いくつかの実施形態では、第１及び第２のヌクレオチド配列は、それぞれＣＳ０４−ＬＣ−ＮＡ及びＣＳ０４−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４６及び４５）に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、第１及び第２のヌクレオチド配列は、それぞれＣＳ０４−ＬＣ−ＮＡ及びＣＳ０４−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４６及び４５）に対して少なくとも９６％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、第１及び第２のヌクレオチド配列は、それぞれＣＳ０４−ＬＣ−ＮＡ及びＣＳ０４−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４６及び４５）に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、第１及び第２のヌクレオチド配列は、それぞれＣＳ０４−ＬＣ−ＮＡ及びＣＳ０４−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４６及び４５）に対して少なくとも９８％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、第１及び第２のヌクレオチド配列は、それぞれＣＳ０４−ＬＣ−ＮＡ及びＣＳ０４−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４６及び４５）に対してそれぞれ少なくとも９９％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、第１及び第２のヌクレオチド配列は、それぞれＣＳ０４−ＬＣ−ＮＡ及びＣＳ０４−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４６及び４５）に対して少なくとも９９．５％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、第１及び第２のヌクレオチド配列は、それぞれＣＳ０４−ＬＣ−ＮＡ及びＣＳ０４−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４６及び４５）に対して少なくとも９９．９％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、第１及び第２のヌクレオチド配列は、それぞれＣＳ０４−ＬＣ−ＮＡ及びＣＳ０４−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４６及び４５）である。

いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子構築物のポリペプチドリンカーは、野生型第ＩＸ因子活性化ポリペプチドをコードするコドン改変配列、例えばＦＩＸ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２）のアミノ酸１９２〜２２６であるＣＳ０４−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５９）に対して高い配列同一性を有する第３のヌクレオチド配列によってコードされる。いくつかの実施形態では、第３のヌクレオチド配列は、ＣＳ０４−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５９）に対して少なくとも８０％の同一性を有する。いくつかの実施形態では、第３のヌクレオチド配列は、ＣＳ０４−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５９）に対して少なくとも９０％の同一性を有する。いくつかの実施形態では、第３のヌクレオチド配列は、ＣＳ０４−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５９）に対して少なくとも９５％の同一性を有する。いくつかの実施形態では、第３のヌクレオチド配列は、ＣＳ０４−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５９）に対して少なくとも９６％の同一性を有する。いくつかの実施形態では、第３のヌクレオチド配列は、ＣＳ０４−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５９）に対して少なくとも９７％の同一性を有する。いくつかの実施形態では、第３のヌクレオチド配列は、ＣＳ０４−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５９）に対して少なくとも９８％の同一性を有する。いくつかの実施形態では、第３のヌクレオチド配列は、ＣＳ０４−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５９）に対して少なくとも９９％の同一性を有する。いくつかの実施形態では、第３のヌクレオチド配列は、ＣＳ０４−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５９）である。

いくつかの実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドはまた、シグナルペプチド（例えば、第ＩＸ因子シグナルペプチド）及び／またはプロペプチド（例えば、第ＩＸ因子プロペプチド）を含む。いくつかの実施形態では、シグナルペプチドは、野生型第ＩＸ因子シグナルペプチド（ＦＩＸ−ＳＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３７））である。いくつかの実施形態では、シグナルペプチドは、ＣＳ０４−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２７）に対して高い配列同一性（例えば、少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％）を有するコドン改変ポリヌクレオチド配列によってコードされる。いくつかの実施形態では、プロペプチドは、野生型第ＩＸ因子プロペプチド（ＦＩＸ−ＰＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３８））である。いくつかの実施形態では、プロペプチドペプチドは、ＣＳ０４−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３３）に対して高い配列同一性（例えば、少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％）を有するコドン改変ポリヌクレオチド配列によってコードされる。

いくつかの実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチド、例えばＣＳ０４−ＬＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４６）及びＣＳ０４−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４５）に対して高い配列相同性を有するポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドは、野生型成熟第ＩＸ因子一本鎖ポリペプチド配列ＦＩＸ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１０）及び／または成熟Ｐａｄｕａ（ｈＦＩＸ（Ｒ３８４Ｌ））一本鎖配列ＦＩＸｐ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１２）に対して高い配列同一性を有する。コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドは、機能第ＩＸａ因子タンパク質へと活性化する能力を保持している必要がある（例えば、任意のシグナルペプチド及びプロペプチドの除去による、及び活性化ポリペプチドの除去による）。

いくつかの実施形態では、図１に関して、構造Ａの自己相補的ポリヌクレオチドを含む核酸組成物であって、このポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分が、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、または１００％の同一性を有する、成熟第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする核酸配列を含む核酸組成物を提供する。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分はまた、ＦＩＸ−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２４）、ＣＳ０２−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２５）、ＣＳ０３−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２６）、ＣＳ０４−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２７）、ＣＳ０５−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２８）、及びＣＳ０６−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２９）のうちの１つに対して少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する、第ＩＸ因子シグナルペプチドをコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分はまた、ＦＩＸ−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３０）、ＣＳ０２−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３１）、ＣＳ０３−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３２）、ＣＳ０４−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３３）、ＣＳ０５−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３４）、及びＣＳ０６−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３５）のうちの１つに対して少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する第ＩＸ因子プロペプチド（場合により、上記の第ＩＸ因子シグナルペプチドの核酸配列との組み合わせ）をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分は、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、または１００％の同一性を有するプレプロ第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする核酸配列を含む。

いくつかの実施形態では、図１に関して、構造Ｂの自己相補的ポリヌクレオチドを含む核酸組成物であって、このポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分が、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、または１００％の同一性を有する、成熟第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする核酸配列を含む核酸組成物を提供する。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分はまた、ＦＩＸ−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２４）、ＣＳ０２−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２５）、ＣＳ０３−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２６）、ＣＳ０４−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２７）、ＣＳ０５−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２８）、及びＣＳ０６−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２９）のうちの１つに対して少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する、第ＩＸ因子シグナルペプチドをコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分はまた、ＦＩＸ−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３０）、ＣＳ０２−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３１）、ＣＳ０３−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３２）、ＣＳ０４−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３３）、ＣＳ０５−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３４）、及びＣＳ０６−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３５）のうちの１つに対して少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する第ＩＸ因子プロペプチド（場合により、上記の第ＩＸ因子シグナルペプチドの核酸配列との組み合わせ）をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分は、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、または１００％の同一性を有するプレプロ第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする核酸配列を含む。

いくつかの実施形態では、図１に関して、構造Ｃのポリヌクレオチド（例えば、一本鎖ポリヌクレオチド）を含む核酸組成物であって、このポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分が、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、または１００％の同一性を有する、成熟第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする核酸配列を含む核酸組成物を提供する。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分はまた、ＦＩＸ−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２４）、ＣＳ０２−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２５）、ＣＳ０３−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２６）、ＣＳ０４−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２７）、ＣＳ０５−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２８）、及びＣＳ０６−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２９）のうちの１つに対して少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する、第ＩＸ因子シグナルペプチドをコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分はまた、ＦＩＸ−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３０）、ＣＳ０２−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３１）、ＣＳ０３−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３２）、ＣＳ０４−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３３）、ＣＳ０５−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３４）、及びＣＳ０６−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３５）のうちの１つに対して少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する第ＩＸ因子プロペプチド（場合により、上記の第ＩＸ因子シグナルペプチドの核酸配列との組み合わせ）をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分は、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、または１００％の同一性を有するプレプロ第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする核酸配列を含む。

いくつかの実施形態では、図１に関して、構造Ｄのポリヌクレオチド（例えば、一本鎖ポリヌクレオチド）を含む核酸組成物であって、このポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分が、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、または１００％の同一性を有する、成熟第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする核酸配列を含む核酸組成物を提供する。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分はまた、ＦＩＸ−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２４）、ＣＳ０２−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２５）、ＣＳ０３−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２６）、ＣＳ０４−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２７）、ＣＳ０５−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２８）、及びＣＳ０６−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２９）のうちの１つに対して少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する、第ＩＸ因子シグナルペプチドをコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分はまた、ＦＩＸ−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３０）、ＣＳ０２−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３１）、ＣＳ０３−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３２）、ＣＳ０４−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３３）、ＣＳ０５−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３４）、及びＣＳ０６−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３５）のうちの１つに対して少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する第ＩＸ因子プロペプチド（場合により、上記の第ＩＸ因子シグナルペプチドの核酸配列との組み合わせ）をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分は、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、または１００％の同一性を有するプレプロ第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする核酸配列を含む。

ＣＳ０５コドン改変ポリヌクレオチド
一実施形態では、本明細書で提供する核酸組成物は、一本鎖第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする第ＩＸ因子ポリヌクレオチド（例えば、コドン改変ポリヌクレオチド）を含み、この第ＩＸ因子ポリヌクレオチドは、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して高い配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して高い配列同一性を有する第ＩＸ因子ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列は、野生型第ＩＸ因子コード配列（ＦＩＸ−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１））と比較してＧＣ含量が減少している。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して高い配列同一性を有する第ＩＸ因子ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列は、野生型第ＩＸ因子コード配列（ＦＩＸ−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１））と比較してＣｐＧジヌクレオチドの数が減少している。

具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して少なくとも９５％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して少なくとも９６％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して少なくとも９７％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して少なくとも９８％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して少なくとも９９％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して少なくとも９９．５％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して少なくとも９９．９％の同一性を有する。別の具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）である。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、６０％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５９％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５８％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５７％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５６％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５５％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５４％未満のＧＣ含量を有する。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜６０％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５９％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５８％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５７％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５６％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５５％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５４％のＧＣ含量を有する。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±１．０のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．８のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．６のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．５のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．４のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．３のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．２のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．１のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％のＧＣ含量を有する。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１５個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１２個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１０個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、９個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、８個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、７個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、６個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、４個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、３個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、２個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣｐＧジヌクレオチドを有していない。

いくつかの実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチド、例えばＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して高い配列相同性を有するポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドは、野生型第ＩＸ因子プレプロタンパク質配列ＦＩＸ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２）及び／またはＰａｄｕａ（ｈＦＩＸ（Ｒ３８４Ｌ））プレプロタンパク質配列ＦＩＸｐ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４）に対して高い配列同一性を有する。コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドは、機能第ＩＸａ因子タンパク質へと活性化する能力を保持している必要がある（例えば、シグナルペプチド及びプロペプチドの除去による、及び活性化ポリペプチドの除去による）。

一実施形態では、本明細書で提供する核酸組成物は、一本鎖第ＩＸ因子ポリペプチド（例えばセリンプロテアーゼ活性を有する）をコードする第ＩＸ因子ポリヌクレオチド（例えばコドン改変ポリヌクレオチド）を含み、この第ＩＸ因子ポリヌクレオチドは、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して高い配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して高い配列同一性を有する第ＩＸ因子ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列は、野生型第ＩＸ因子コード配列（ＦＩＸ−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１））と比較してＧＣ含量が減少している。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して高い配列同一性を有する第ＩＸ因子ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列は、野生型第ＩＸ因子コード配列（ＦＩＸ−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１））と比較してＣｐＧジヌクレオチドの数が減少している。

具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して少なくとも９５％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して少なくとも９６％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して少なくとも９７％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して少なくとも９８％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して少なくとも９９％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して少なくとも９９．５％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して少なくとも９９．９％の同一性を有する。別の具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）である。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、６０％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５９％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５８％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５７％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５６％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５５％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５４％未満のＧＣ含量を有する。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜６０％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５９％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５８％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５７％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５６％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５５％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５４％のＧＣ含量を有する。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±１．０のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．８のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．６のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．５のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．４のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．３のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．２のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．１のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％のＧＣ含量を有する。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１５個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１２個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１０個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、９個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、８個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、７個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、６個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、４個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、３個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、２個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣｐＧジヌクレオチドを有していない。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して高配列同一性の第ＩＸ因子ポリヌクレオチドは、ＦＩＸ−ＳＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３７）のアミノ酸配列を有する第ＩＸ因子シグナルペプチドをコードする第ＩＸ因子シグナルポリヌクレオチドをさらに含む。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子シグナルポリヌクレオチドは、ＣＳ０２−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２５）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子シグナルポリヌクレオチドは、ＣＳ０３−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２６）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子シグナルポリヌクレオチドは、ＣＳ０４−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２７）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子シグナルポリヌクレオチドは、ＣＳ０５−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２８）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子シグナルポリヌクレオチドは、ＣＳ０６−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２９）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して高配列同一性の第ＩＸ因子ポリヌクレオチドは、ＦＩＸ−ＰＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３８）のアミノ酸配列を有する第ＩＸ因子プロペプチドをコードする、第ＩＸ因子プロペプチドのポリヌクレオチドをさらに含む。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０２−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３１）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０３−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３２）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０４−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３３）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０５−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３４）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０６−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３５）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して高配列同一性の第ＩＸ因子ポリヌクレオチドは、ＦＩＸ−ＰＰＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３６）のアミノ酸配列を有する第ＩＸ因子プレプロペプチドをコードする、第ＩＸ因子プレプロペプチドのポリヌクレオチドをさらに含む。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プレプロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０２−ＰＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１９）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プレプロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０３−ＰＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２０）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プレプロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０４−ＰＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２１）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プレプロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０５−ＰＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２２）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プレプロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０６−ＰＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２３）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。

いくつかの実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチド、例えばＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して高い配列相同性を有するポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドは、野生型成熟第ＩＸ因子一本鎖ポリペプチド配列ＦＩＸ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１０）及び／または成熟Ｐａｄｕａ（ｈＦＩＸ（Ｒ３８４Ｌ））一本鎖配列ＦＩＸｐ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１２）に対して高い配列同一性を有する。コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドは、機能第ＩＸａ因子タンパク質へと活性化する能力を保持している必要がある（例えば、任意のシグナルペプチド及びプロペプチドの除去による、及び活性化ポリペプチドの除去による）。

一実施形態では、本明細書で提供するコドン改変ポリヌクレオチドは、軽鎖、重鎖、及び軽鎖のＣ末端を重鎖のＮ末端に結合するポリペプチドリンカーを含む一本鎖第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする。第ＩＸ因子ポリペプチドの軽鎖は、第ＩＸ因子軽鎖をコードするＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）の一部である、ＣＳ０５−ＬＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４８）に対して高い配列同一性を有する第１のヌクレオチド配列によってコードされる。第ＩＸ因子ポリペプチドの重鎖は、第ＩＸ因子重鎖をコードするＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）の一部である、ＣＳ０５−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４７）に対して高い配列同一性を有する第２のヌクレオチド配列によってコードされる。ポリペプチドリンカーは第ＸＩ因子切断部位を含んでおり、この切断部位により、（例えば、前駆体一本鎖第ＩＸ因子ポリペプチドの発現後に）ｉｎｖｉｖｏでの成熟が可能になる。

いくつかの実施形態では、第１及び第２のヌクレオチド配列は、それぞれＣＳ０５−ＬＣ−ＮＡ及びＣＳ０５−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４８及び４７）に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、第１及び第２のヌクレオチド配列は、それぞれＣＳ０５−ＬＣ−ＮＡ及びＣＳ０５−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４８及び４７）に対して少なくとも９６％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、第１及び第２のヌクレオチド配列は、それぞれＣＳ０５−ＬＣ−ＮＡ及びＣＳ０５−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４８及び４７）に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、第１及び第２のヌクレオチド配列は、それぞれＣＳ０５−ＬＣ−ＮＡ及びＣＳ０５−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４８及び４７）に対して少なくとも９８％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、第１及び第２のヌクレオチド配列は、それぞれＣＳ０５−ＬＣ−ＮＡ及びＣＳ０５−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４８及び４７）に対してそれぞれ少なくとも９９％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、第１及び第２のヌクレオチド配列は、それぞれＣＳ０５−ＬＣ−ＮＡ及びＣＳ０５−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４８及び４７）に対して少なくとも９９．５％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、第１及び第２のヌクレオチド配列は、それぞれＣＳ０５−ＬＣ−ＮＡ及びＣＳ０５−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４８及び４７）に対して少なくとも９９．９％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、第１及び第２のヌクレオチド配列は、それぞれＣＳ０５−ＬＣ−ＮＡ及びＣＳ０５−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４８及び４７）である。

いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子構築物のポリペプチドリンカーは、野生型第ＩＸ因子活性化ポリペプチドをコードするコドン改変配列、例えばＦＩＸ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２）のアミノ酸１９２〜２２６であるＣＳ０５−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６０）に対して高い配列同一性を有する第３のヌクレオチド配列によってコードされる。いくつかの実施形態では、第３のヌクレオチド配列は、ＣＳ０５−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６０）に対して少なくとも８０％の同一性を有する。いくつかの実施形態では、第３のヌクレオチド配列は、ＣＳ０５−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６０）に対して少なくとも９０％の同一性を有する。いくつかの実施形態では、第３のヌクレオチド配列は、ＣＳ０５−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６０）に対して少なくとも９５％の同一性を有する。いくつかの実施形態では、第３のヌクレオチド配列は、ＣＳ０５−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６０）に対して少なくとも９６％の同一性を有する。いくつかの実施形態では、第３のヌクレオチド配列は、ＣＳ０５−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６０）に対して少なくとも９７％の同一性を有する。いくつかの実施形態では、第３のヌクレオチド配列は、ＣＳ０５−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６０）に対して少なくとも９８％の同一性を有する。いくつかの実施形態では、第３のヌクレオチド配列は、ＣＳ０５−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６０）に対して少なくとも９９％の同一性を有する。いくつかの実施形態では、第３のヌクレオチド配列は、ＣＳ０５−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６０）である。

いくつかの実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドはまた、シグナルペプチド（例えば、第ＩＸ因子シグナルペプチド）及び／またはプロペプチド（例えば、第ＩＸ因子プロペプチド）を含む。いくつかの実施形態では、シグナルペプチドは、野生型第ＩＸ因子シグナルペプチド（ＦＩＸ−ＳＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３７））である。いくつかの実施形態では、シグナルペプチドは、ＣＳ０５−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２８）に対して高い配列同一性（例えば、少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％）を有するコドン改変ポリヌクレオチド配列によってコードされる。いくつかの実施形態では、プロペプチドは、野生型第ＩＸ因子プロペプチド（ＦＩＸ−ＰＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３８））である。いくつかの実施形態では、プロペプチドペプチドは、ＣＳ０５−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３４）に対して高い配列同一性（例えば、少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％）を有するコドン改変ポリヌクレオチド配列によってコードされる。

いくつかの実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチド、例えばＣＳ０５−ＬＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４８）及びＣＳ０５−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４７）に対して高い配列相同性を有するポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドは、野生型成熟第ＩＸ因子一本鎖ポリペプチド配列ＦＩＸ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１０）及び／または成熟Ｐａｄｕａ（ｈＦＩＸ（Ｒ３８４Ｌ））一本鎖配列ＦＩＸｐ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１２）に対して高い配列同一性を有する。コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドは、機能第ＩＸａ因子タンパク質へと活性化する能力を保持している必要がある（例えば、任意のシグナルペプチド及びプロペプチドの除去による、及び活性化ポリペプチドの除去による）。

いくつかの実施形態では、図１に関して、構造Ａの自己相補的ポリヌクレオチドを含む核酸組成物であって、このポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分が、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、または１００％の同一性を有する、成熟第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする核酸配列を含む核酸組成物を提供する。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分はまた、ＦＩＸ−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２４）、ＣＳ０２−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２５）、ＣＳ０３−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２６）、ＣＳ０４−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２７）、ＣＳ０５−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２８）、及びＣＳ０６−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２９）のうちの１つに対して少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する、第ＩＸ因子シグナルペプチドをコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分はまた、ＦＩＸ−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３０）、ＣＳ０２−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３１）、ＣＳ０３−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３２）、ＣＳ０４−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３３）、ＣＳ０５−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３４）、及びＣＳ０６−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３５）のうちの１つに対して少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する第ＩＸ因子プロペプチド（場合により、上記の第ＩＸ因子シグナルペプチドの核酸配列との組み合わせ）をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分は、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、または１００％の同一性を有するプレプロ第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする核酸配列を含む。

いくつかの実施形態では、図１に関して、構造Ｂの自己相補的ポリヌクレオチドを含む核酸組成物であって、このポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分が、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、または１００％の同一性を有する、成熟第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする核酸配列を含む核酸組成物を提供する。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分はまた、ＦＩＸ−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２４）、ＣＳ０２−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２５）、ＣＳ０３−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２６）、ＣＳ０４−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２７）、ＣＳ０５−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２８）、及びＣＳ０６−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２９）のうちの１つに対して少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する、第ＩＸ因子シグナルペプチドをコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分はまた、ＦＩＸ−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３０）、ＣＳ０２−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３１）、ＣＳ０３−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３２）、ＣＳ０４−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３３）、ＣＳ０５−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３４）、及びＣＳ０６−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３５）のうちの１つに対して少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する第ＩＸ因子プロペプチド（場合により、上記の第ＩＸ因子シグナルペプチドの核酸配列との組み合わせ）をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分は、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、または１００％の同一性を有するプレプロ第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする核酸配列を含む。

いくつかの実施形態では、図１に関して、構造Ｃのポリヌクレオチド（例えば、一本鎖ポリヌクレオチド）を含む核酸組成物であって、このポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分が、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、または１００％の同一性を有する、成熟第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする核酸配列を含む核酸組成物を提供する。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分はまた、ＦＩＸ−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２４）、ＣＳ０２−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２５）、ＣＳ０３−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２６）、ＣＳ０４−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２７）、ＣＳ０５−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２８）、及びＣＳ０６−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２９）のうちの１つに対して少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する、第ＩＸ因子シグナルペプチドをコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分はまた、ＦＩＸ−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３０）、ＣＳ０２−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３１）、ＣＳ０３−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３２）、ＣＳ０４−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３３）、ＣＳ０５−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３４）、及びＣＳ０６−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３５）のうちの１つに対して少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する第ＩＸ因子プロペプチド（場合により、上記の第ＩＸ因子シグナルペプチドの核酸配列との組み合わせ）をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分は、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、または１００％の同一性を有するプレプロ第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする核酸配列を含む。

いくつかの実施形態では、図１に関して、構造Ｄのポリヌクレオチド（例えば、一本鎖ポリヌクレオチド）を含む核酸組成物であって、このポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分が、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、または１００％の同一性を有する、成熟第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする核酸配列を含む核酸組成物を提供する。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分はまた、ＦＩＸ−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２４）、ＣＳ０２−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２５）、ＣＳ０３−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２６）、ＣＳ０４−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２７）、ＣＳ０５−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２８）、及びＣＳ０６−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２９）のうちの１つに対して少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する、第ＩＸ因子シグナルペプチドをコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分はまた、ＦＩＸ−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３０）、ＣＳ０２−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３１）、ＣＳ０３−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３２）、ＣＳ０４−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３３）、ＣＳ０５−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３４）、及びＣＳ０６−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３５）のうちの１つに対して少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する第ＩＸ因子プロペプチド（場合により、上記の第ＩＸ因子シグナルペプチドの核酸配列との組み合わせ）をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分は、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、または１００％の同一性を有するプレプロ第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする核酸配列を含む。

ＣＳ０６コドン改変ポリヌクレオチド
一実施形態では、本明細書で提供する核酸組成物は、一本鎖第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする第ＩＸ因子ポリヌクレオチド（例えば、コドン改変ポリヌクレオチド）を含み、この第ＩＸ因子ポリヌクレオチドは、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して高い配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して高い配列同一性を有する第ＩＸ因子ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列は、野生型第ＩＸ因子コード配列（ＦＩＸ−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１））と比較してＧＣ含量が減少している。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して高い配列同一性を有する第ＩＸ因子ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列は、野生型第ＩＸ因子コード配列（ＦＩＸ−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１））と比較してＣｐＧジヌクレオチドの数が減少している。

具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して少なくとも９５％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して少なくとも９６％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して少なくとも９７％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して少なくとも９８％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して少なくとも９９％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して少なくとも９９．５％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して少なくとも９９．９％の同一性を有する。別の具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）である。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、６０％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５９％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５８％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５７％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５６％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５５％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５４％未満のＧＣ含量を有する。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜６０％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５９％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５８％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５７％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５６％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５５％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５４％のＧＣ含量を有する。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±１．０のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．８のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．６のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．５のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．４のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．３のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．２のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．１のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％のＧＣ含量を有する。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１５個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１２個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１０個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、９個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、８個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、７個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、６個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、４個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、３個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、２個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣｐＧジヌクレオチドを有していない。

いくつかの実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチド、例えばＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して高い配列相同性を有するポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドは、野生型第ＩＸ因子プレプロタンパク質配列ＦＩＸ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２）及び／またはＰａｄｕａ（ｈＦＩＸ（Ｒ３８４Ｌ））プレプロタンパク質配列ＦＩＸｐ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４）に対して高い配列同一性を有する。コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドは、機能第ＩＸａ因子タンパク質へと活性化する能力を保持している必要がある（例えば、シグナルペプチド及びプロペプチドの除去による、及び活性化ポリペプチドの除去による）。

一実施形態では、本明細書で提供する核酸組成物は、一本鎖第ＩＸ因子ポリペプチド（例えばセリンプロテアーゼ活性を有する）をコードする第ＩＸ因子ポリヌクレオチド（例えばコドン改変ポリヌクレオチド）を含み、この第ＩＸ因子ポリヌクレオチドは、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して高い配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して高い配列同一性を有する第ＩＸ因子ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列は、野生型第ＩＸ因子コード配列（ＦＩＸ−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１））と比較してＧＣ含量が減少している。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して高い配列同一性を有する第ＩＸ因子ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列は、野生型第ＩＸ因子コード配列（ＦＩＸ−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１））と比較してＣｐＧジヌクレオチドの数が減少している。

具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して少なくとも９５％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して少なくとも９６％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して少なくとも９７％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して少なくとも９８％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して少なくとも９９％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して少なくとも９９．５％の同一性を有する。具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して少なくとも９９．９％の同一性を有する。別の具体的な実施形態では、コドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）である。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、６０％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５９％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５８％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５７％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５６％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５５％未満のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５４％未満のＧＣ含量を有する。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜６０％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５９％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５８％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５７％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５６％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５５％のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５０％〜５４％のＧＣ含量を有する。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±１．０のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．８のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．６のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．５のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．４のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．３のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．２のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％±０．１のＧＣ含量を有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５３．８％のＧＣ含量を有する。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１５個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１２個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１０個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、９個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、８個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、７個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、６個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、５個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、４個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、３個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、２個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、１個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して高い配列同一性を有するコドン改変ポリヌクレオチドの配列は、ＣｐＧジヌクレオチドを有していない。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して高配列同一性の第ＩＸ因子ポリヌクレオチドは、ＦＩＸ−ＳＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３７）のアミノ酸配列を有する第ＩＸ因子シグナルペプチドをコードする第ＩＸ因子シグナルポリヌクレオチドをさらに含む。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子シグナルポリヌクレオチドは、ＣＳ０２−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２５）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子シグナルポリヌクレオチドは、ＣＳ０３−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２６）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子シグナルポリヌクレオチドは、ＣＳ０４−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２７）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子シグナルポリヌクレオチドは、ＣＳ０５−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２８）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子シグナルポリヌクレオチドは、ＣＳ０６−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２９）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して高配列同一性の第ＩＸ因子ポリヌクレオチドは、ＦＩＸ−ＰＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３８）のアミノ酸配列を有する第ＩＸ因子プロペプチドをコードする、第ＩＸ因子プロペプチドのポリヌクレオチドをさらに含む。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０２−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３１）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０３−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３２）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０４−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３３）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０５−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３４）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０６−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３５）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。

いくつかの実施形態では、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して高配列同一性の第ＩＸ因子ポリヌクレオチドは、ＦＩＸ−ＰＰＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３６）のアミノ酸配列を有する第ＩＸ因子プレプロペプチドをコードする、第ＩＸ因子プレプロペプチドのポリヌクレオチドをさらに含む。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プレプロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０２−ＰＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１９）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プレプロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０３−ＰＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２０）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プレプロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０４−ＰＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２１）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プレプロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０５−ＰＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２２）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子プレプロペプチドのポリヌクレオチドは、ＣＳ０６−ＰＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２３）と少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一である核酸配列を有する。

いくつかの実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチド、例えばＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して高い配列相同性を有するポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドは、野生型成熟第ＩＸ因子一本鎖ポリペプチド配列ＦＩＸ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１０）及び／または成熟Ｐａｄｕａ（ｈＦＩＸ（Ｒ３８４Ｌ））一本鎖配列ＦＩＸｐ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１２）に対して高い配列同一性を有する。コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドは、機能第ＩＸａ因子タンパク質へと活性化する能力を保持している必要がある（例えば、任意のシグナルペプチド及びプロペプチドの除去による、及び活性化ポリペプチドの除去による）。

一実施形態では、本明細書で提供するコドン改変ポリヌクレオチドは、軽鎖、重鎖、及び軽鎖のＣ末端を重鎖のＮ末端に結合するポリペプチドリンカーを含む一本鎖第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする。第ＩＸ因子ポリペプチドの軽鎖は、第ＩＸ因子軽鎖をコードするＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）の一部である、ＣＳ０６−ＬＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５０）に対して高い配列同一性を有する第１のヌクレオチド配列によってコードされる。第ＩＸ因子ポリペプチドの重鎖は、第ＩＸ因子重鎖をコードするＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）の一部である、ＣＳ０６−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４９）に対して高い配列同一性を有する第２のヌクレオチド配列によってコードされる。ポリペプチドリンカーは第ＸＩ因子切断部位を含んでおり、この切断部位により、（例えば、前駆体一本鎖第ＩＸ因子ポリペプチドの発現後に）ｉｎｖｉｖｏでの成熟が可能になる。

いくつかの実施形態では、第１及び第２のヌクレオチド配列は、それぞれＣＳ０６−ＬＣ−ＮＡ及びＣＳ０６−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５０及び４９）に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、第１及び第２のヌクレオチド配列は、それぞれＣＳ０６−ＬＣ−ＮＡ及びＣＳ０６−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５０及び４９）に対して少なくとも９６％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、第１及び第２のヌクレオチド配列は、それぞれＣＳ０６−ＬＣ−ＮＡ及びＣＳ０６−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５０及び４９）に対して少なくとも９７％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、第１及び第２のヌクレオチド配列は、それぞれＣＳ０６−ＬＣ−ＮＡ及びＣＳ０６−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５０及び４９）に対して少なくとも９８％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、第１及び第２のヌクレオチド配列は、それぞれＣＳ０６−ＬＣ−ＮＡ及びＣＳ０６−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５０及び４９）に対してそれぞれ少なくとも９９％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、第１及び第２のヌクレオチド配列は、それぞれＣＳ０６−ＬＣ−ＮＡ及びＣＳ０６−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５０及び４９）に対して少なくとも９９．５％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、第１及び第２のヌクレオチド配列は、それぞれＣＳ０６−ＬＣ−ＮＡ及びＣＳ０６−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５０及び４９）に対して少なくとも９９．９％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、第１及び第２のヌクレオチド配列は、それぞれＣＳ０６−ＬＣ−ＮＡ及びＣＳ０６−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５０及び４９）である。

いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子構築物のポリペプチドリンカーは、野生型第ＩＸ因子活性化ポリペプチドをコードするコドン改変配列、例えばＦＩＸ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２）のアミノ酸１９２〜２２６であるＣＳ０６−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６１）に対して高い配列同一性を有する第３のヌクレオチド配列によってコードされる。いくつかの実施形態では、第３のヌクレオチド配列は、ＣＳ０６−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６１）に対して少なくとも８０％の同一性を有する。いくつかの実施形態では、第３のヌクレオチド配列は、ＣＳ０６−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６１）に対して少なくとも９０％の同一性を有する。いくつかの実施形態では、第３のヌクレオチド配列は、ＣＳ０６−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６１）に対して少なくとも９５％の同一性を有する。いくつかの実施形態では、第３のヌクレオチド配列は、ＣＳ０６−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６１）に対して少なくとも９６％の同一性を有する。いくつかの実施形態では、第３のヌクレオチド配列は、ＣＳ０６−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６１）に対して少なくとも９７％の同一性を有する。いくつかの実施形態では、第３のヌクレオチド配列は、ＣＳ０６−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６１）に対して少なくとも９８％の同一性を有する。いくつかの実施形態では、第３のヌクレオチド配列は、ＣＳ０６−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６１）に対して少なくとも９９％の同一性を有する。いくつかの実施形態では、第３のヌクレオチド配列は、ＣＳ０６−ＡＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６１）である。

いくつかの実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドはまた、シグナルペプチド（例えば、第ＩＸ因子シグナルペプチド）及び／またはプロペプチド（例えば、第ＩＸ因子プロペプチド）を含む。いくつかの実施形態では、シグナルペプチドは、野生型第ＩＸ因子シグナルペプチド（ＦＩＸ−ＳＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３７））である。いくつかの実施形態では、シグナルペプチドは、ＣＳ０６−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２９）に対して高い配列同一性（例えば、少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％）を有するコドン改変ポリヌクレオチド配列によってコードされる。いくつかの実施形態では、プロペプチドは、野生型第ＩＸ因子プロペプチド（ＦＩＸ−ＰＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３８））である。いくつかの実施形態では、プロペプチドペプチドは、ＣＳ０６−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３５）に対して高い配列同一性（例えば、少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％）を有するコドン改変ポリヌクレオチド配列によってコードされる。

いくつかの実施形態では、コードされる第ＩＸ因子ポリペプチド、例えばＣＳ０６−ＬＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５０）及びＣＳ０６−ＨＣ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４９）に対して高い配列相同性を有するポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドは、野生型成熟第ＩＸ因子一本鎖ポリペプチド配列ＦＩＸ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１０）及び／または成熟Ｐａｄｕａ（ｈＦＩＸ（Ｒ３８４Ｌ））一本鎖配列ＦＩＸｐ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１２）に対して高い配列同一性を有する。コードされる第ＩＸ因子ポリペプチドは、機能第ＩＸａ因子タンパク質へと活性化する能力を保持している必要がある（例えば、任意のシグナルペプチド及びプロペプチドの除去による、及び活性化ポリペプチドの除去による）。

いくつかの実施形態では、図１に関して、構造Ａの自己相補的ポリヌクレオチドを含む核酸組成物であって、このポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分が、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、または１００％の同一性を有する、成熟第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする核酸配列を含む核酸組成物を提供する。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分はまた、ＦＩＸ−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２４）、ＣＳ０２−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２５）、ＣＳ０３−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２６）、ＣＳ０４−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２７）、ＣＳ０５−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２８）、及びＣＳ０６−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２９）のうちの１つに対して少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する、第ＩＸ因子シグナルペプチドをコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分はまた、ＦＩＸ−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３０）、ＣＳ０２−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３１）、ＣＳ０３−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３２）、ＣＳ０４−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３３）、ＣＳ０５−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３４）、及びＣＳ０６−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３５）のうちの１つに対して少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する第ＩＸ因子プロペプチド（場合により、上記の第ＩＸ因子シグナルペプチドの核酸配列との組み合わせ）をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分は、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、または１００％の同一性を有するプレプロ第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする核酸配列を含む。

いくつかの実施形態では、図１に関して、構造Ｂの自己相補的ポリヌクレオチドを含む核酸組成物であって、このポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分が、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、または１００％の同一性を有する、成熟第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする核酸配列を含む核酸組成物を提供する。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分はまた、ＦＩＸ−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２４）、ＣＳ０２−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２５）、ＣＳ０３−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２６）、ＣＳ０４−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２７）、ＣＳ０５−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２８）、及びＣＳ０６−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２９）のうちの１つに対して少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する、第ＩＸ因子シグナルペプチドをコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分はまた、ＦＩＸ−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３０）、ＣＳ０２−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３１）、ＣＳ０３−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３２）、ＣＳ０４−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３３）、ＣＳ０５−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３４）、及びＣＳ０６−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３５）のうちの１つに対して少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する第ＩＸ因子プロペプチド（場合により、上記の第ＩＸ因子シグナルペプチドの核酸配列との組み合わせ）をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分は、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、または１００％の同一性を有するプレプロ第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする核酸配列を含む。

いくつかの実施形態では、図１に関して、構造Ｃのポリヌクレオチド（例えば、一本鎖ポリヌクレオチド）を含む核酸組成物であって、このポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分が、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、または１００％の同一性を有する、成熟第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする核酸配列を含む核酸組成物を提供する。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分はまた、ＦＩＸ−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２４）、ＣＳ０２−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２５）、ＣＳ０３−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２６）、ＣＳ０４−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２７）、ＣＳ０５−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２８）、及びＣＳ０６−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２９）のうちの１つに対して少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する、第ＩＸ因子シグナルペプチドをコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分はまた、ＦＩＸ−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３０）、ＣＳ０２−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３１）、ＣＳ０３−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３２）、ＣＳ０４−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３３）、ＣＳ０５−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３４）、及びＣＳ０６−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３５）のうちの１つに対して少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する第ＩＸ因子プロペプチド（場合により、上記の第ＩＸ因子シグナルペプチドの核酸配列との組み合わせ）をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分は、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、または１００％の同一性を有するプレプロ第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする核酸配列を含む。

いくつかの実施形態では、図１に関して、構造Ｄのポリヌクレオチド（例えば、一本鎖ポリヌクレオチド）を含む核酸組成物であって、このポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分が、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、または１００％の同一性を有する、成熟第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする核酸配列を含む核酸組成物を提供する。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分はまた、ＦＩＸ−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２４）、ＣＳ０２−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２５）、ＣＳ０３−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２６）、ＣＳ０４−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２７）、ＣＳ０５−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２８）、及びＣＳ０６−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２９）のうちの１つに対して少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する、第ＩＸ因子シグナルペプチドをコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分はまた、ＦＩＸ−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３０）、ＣＳ０２−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３１）、ＣＳ０３−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３２）、ＣＳ０４−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３３）、ＣＳ０５−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３４）、及びＣＳ０６−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３５）のうちの１つに対して少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する第ＩＸ因子プロペプチド（場合により、上記の第ＩＸ因子シグナルペプチドの核酸配列との組み合わせ）をコードする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドのＦＩＸコード配列部分は、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）に対して少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、または１００％の同一性を有するプレプロ第ＩＸ因子ポリペプチドをコードする核酸配列を含む。

Ｃ．コドン改変第ＩＸ因子シグナルペプチド及びプロペプチド
一態様では、本開示は、第ＩＸ因子シグナルペプチド、第ＩＸ因子プロペプチド、及び両方（例えば、第ＩＸ因子プレプロペプチド）をコードするコドン改変ポリヌクレオチドを提供する。これらのコドン改変ポリヌクレオチドは、第ＩＸ因子の発現を改善し、例えばポリヌクレオチドの上流に配置されていても、コドン改変などがされていてもよく、第ＩＸ因子一本鎖ポリペプチド（例えば、第ＩＸ因子軽鎖、活性化ペプチド、及び重鎖）をコードする。一般に、コードされるペプチドは、野生型第ＩＸ因子シグナルペプチド（例えば、ＦＩＸ−ＳＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３７））、プロペプチド（例えば、ＦＩＸ−ＰＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３８）、及びプレプロペプチド（ＦＩＸ−ＰＰＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３６））である。

ある特定の実施形態では、第ＩＸ因子シグナルペプチド、プロペプチド、及びプレプロペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドは、ＣＳ０２−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２５）、ＣＳ０３−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２６）、ＣＳ０４−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２７）、ＣＳ０５−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２８）、ＣＳ０６−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２９）、ＣＳ０２−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３１）、ＣＳ０３−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３２）、ＣＳ０４−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３３）、ＣＳ０５−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３４）、ＣＳ０６−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３５）、ＣＳ０２−ＰＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１９）、ＣＳ０３−ＰＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２０）、ＣＳ０４−ＰＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２１）、ＣＳ０５−ＰＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２２）、及びＣＳ０６−ＰＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２３）のうちの１つに対して高い同一性（例えば、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％）を有する配列を有する。

ＣＳ０２シグナルペプチド及びプロペプチド
一実施形態では、第ＩＸ因子シグナルペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドは、ＣＳ０２−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２５）に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する。他の実施形態では、第ＩＸ因子シグナルペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドは、ＣＳ０２−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２５）に対して少なくとも９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する。

一実施形態では、第ＩＸ因子プロペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドは、ＣＳ０２−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３１）に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する。他の実施形態では、第ＩＸ因子プロペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドは、ＣＳ０２−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３１）に対して少なくとも９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する。

一実施形態では、第ＩＸ因子プレプロペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドは、ＣＳ０２−ＰＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１９）に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する。他の実施形態では、第ＩＸ因子プレプロペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドは、ＣＳ０２−ＰＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１９）に対して少なくとも９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する。

ＣＳ０３シグナルペプチド及びプロペプチド
一実施形態では、第ＩＸ因子シグナルペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドは、ＣＳ０３−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２６）に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する。他の実施形態では、第ＩＸ因子シグナルペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドは、ＣＳ０３−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２６）に対して少なくとも９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する。

一実施形態では、第ＩＸ因子プロペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドは、ＣＳ０３−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３２）に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する。他の実施形態では、第ＩＸ因子プロペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドは、ＣＳ０３−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３２）に対して少なくとも９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する。

一実施形態では、第ＩＸ因子プレプロペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドは、ＣＳ０３−ＰＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２０）に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する。他の実施形態では、第ＩＸ因子プレプロペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドは、ＣＳ０３−ＰＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２０）に対して少なくとも９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する。

ＣＳ０４シグナルペプチド及びプロペプチド
一実施形態では、第ＩＸ因子シグナルペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドは、ＣＳ０４−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２７）に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する。他の実施形態では、第ＩＸ因子シグナルペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドは、ＣＳ０４−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２７）に対して少なくとも９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する。

一実施形態では、第ＩＸ因子プロペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドは、ＣＳ０４−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３３）に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する。他の実施形態では、第ＩＸ因子プロペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドは、ＣＳ０４−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３３）に対して少なくとも９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する。

一実施形態では、第ＩＸ因子プレプロペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドは、ＣＳ０４−ＰＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２１）に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する。他の実施形態では、第ＩＸ因子プレプロペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドは、ＣＳ０４−ＰＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２１）に対して少なくとも９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する。

ＣＳ０５シグナルペプチド及びプロペプチド
一実施形態では、第ＩＸ因子シグナルペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドは、ＣＳ０５−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２８）に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する。他の実施形態では、第ＩＸ因子シグナルペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドは、ＣＳ０５−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２８）に対して少なくとも９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する。

一実施形態では、第ＩＸ因子プロペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドは、ＣＳ０５−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３４）に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する。他の実施形態では、第ＩＸ因子プロペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドは、ＣＳ０５−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３４）に対して少なくとも９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する。

一実施形態では、第ＩＸ因子プレプロペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドは、ＣＳ０５−ＰＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２２）に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する。他の実施形態では、第ＩＸ因子プレプロペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドは、ＣＳ０５−ＰＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２２）に対して少なくとも９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する。

ＣＳ０６シグナルペプチド及びプロペプチド
一実施形態では、第ＩＸ因子シグナルペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドは、ＣＳ０６−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２９）に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する。他の実施形態では、第ＩＸ因子シグナルペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドは、ＣＳ０６−ＳＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２９）に対して少なくとも９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する。

一実施形態では、第ＩＸ因子プロペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドは、ＣＳ０６−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３５）に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する。他の実施形態では、第ＩＸ因子プロペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドは、ＣＳ０６−ＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３５）に対して少なくとも９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する。

一実施形態では、第ＩＸ因子プレプロペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドは、ＣＳ０６−ＰＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２３）に対して少なくとも９５％の配列同一性を有する。他の実施形態では、第ＩＸ因子プレプロペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドは、ＣＳ０６−ＰＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２３）に対して少なくとも９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の同一性を有する。

ＩＶ．第ＩＸ因子発現ベクター
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のコドン改変ポリヌクレオチドは、発現ベクターに組み込まれている。当業者が理解しているように、本明細書に開示されるコドン改変第ＩＸ因子ポリヌクレオチド配列を使用して第ＩＸ因子遺伝子治療を実施するために、多くの形態のベクターを使用することができる。発現ベクターの非限定的な例としては、ウイルスベクター（例えば、遺伝子治療に適したベクター）、プラスミドベクター、バクテリオファージベクター、コスミド、ファージミド、人工染色体などが挙げられる。

いくつかの実施形態では、本明細書に記載のコドン改変ポリヌクレオチドは、遺伝子治療ウイルスベクターに組み込まれている。ウイルスベクターの非限定的な例としては、レトロウイルス、例えばモロニーマウス白血病ウイルス（ＭＭＬＶ）、ハーベイマウス肉腫ウイルス、マウス乳癌ウイルス、及びラウス肉腫ウイルス；アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス；ＳＶ４０型ウイルス；ポリオーマウイルス；エプスタイン・バーウイルス；パピローマウイルス；ヘルペスウイルス；ワクシニアウイルス；ならびにポリオウイルスが挙げられる。

ｉｎｖｉｖｏで、第ＩＸ因子は主に肝臓で合成される。そのため、肝細胞は、第ＩＸ因子遺伝子治療構築物に適した宿主細胞として目的とされてきた。いくつかのクラスのウイルスベクターが、肝臓を標的とする遺伝子治療構築物を送達する能力があることが示されており、そのようなベクターには、レトロウイルスベクター（例えば、Ａｘｅｌｒｏｄｅｔａｌ．，１９９０；Ｋａｙｅｔａｌ．，１９９２；ＶａｎｄｅｎＤｒｉｅｓｓｃｈｅｅｔａｌ．，１９９９、及びＸｕｅｔａｌ．，２００３，２００５を参照のこと。各開示は目的を問わずその全体が参照により本明細書に明示的に組み込まれる）、レンチウイルス（例えば、Ｗａｒｄｅｔａｌ．，２０１１、Ｂｒｏｗｎｅｔａｌ．，２００７、及びＭａｔｒａｉｅｔａｌ．，２０１１を参照のこと。各開示は目的を問わずその全体が参照により本明細書に明示的に組み込まれる）、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）（例えば、Ｈｅｒｚｏｇｅｔａｌ．，１９９９を参照のこと。この開示は目的を問わずその全体が参照により本明細書に明示的に組み込まれる）、及びアデノウイルスベクター（例えば、Ｂｒｏｗｎｅｔａｌ．，２００４及びＥｈｒｈａｒｄｔ＆Ｋａｙ，２００２を参照のこと。各開示は目的を問わずその全体が参照により本明細書に明示的に組み込まれる）が含まれる。

いくつかの実施形態では、遺伝子治療ベクターはレトロウイルスであり、特に複製欠損性レトロウイルスである。複製欠損性レトロウイルスを作製するためのプロトコルは、当技術分野において公知である。概説については、Ｋｒｉｅｇｌｅｒ，Ｍ．，ＧｅｎｅＴｒａｎｓｆｅｒａｎｄＥｘｐｒｅｓｓｉｏｎ，ＡＬａｂｏｒａｔｏｒｙＭａｎｕａｌ，Ｗ．Ｈ．ＦｒｅｅｍａｎＣｏ．，ＮｅｗＹｏｒｋ（１９９０）及びＭｕｒｒｙ，Ｅ．Ｊ．，ＭｅｔｈｏｄｓｉｎＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｉｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．７，ＨｕｍａｎａＰｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．，Ｃｌｉｆｆｔｏｎ，Ｎ．Ｊ．（１９９１）を参照のこと。

一実施形態では、遺伝子治療ベクターは、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）系の遺伝子治療ベクターである。ＡＡＶ系は以前に記載されており、当技術分野で一般的に周知されている（ＫｅｌｌｅｈｅｒａｎｄＶｏｓ，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ，１７（６）：１１１０−１７（１９９４）；Ｃｏｔｔｅｎｅｔａｌ．，Ｐ．Ｎ．Ａ．Ｓ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，８９（１３）：６０９４−９８（１９９２）；Ｃｕｒｉｅｌ，ＮａｔＩｍｍｕｎ，１３（２−３）：１４１−６４（１９９４）；Ｍｕｚｙｃｚｋａ，ＣｕｒｒＴｏｐＭｉｃｒｏｂｉｏｌＩｍｍｕｎｏｌ，１５８：９７−１２９（１９９２）；及びＡｓｏｋａｎＡ，ｅｔａｌ．，Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．，２０（４）：６９９−７０８（２０１２）。それぞれ目的を問わずその全体が参照により本明細書に組み込まれる）。ｒＡＡＶベクターの作製及び使用に関する詳細は、例えば、米国特許第５，１３９，９４１号及び同第４，７９７，３６８号に記載されており、それぞれ目的を問わずその全体が参照により本明細書に組み込まれる。特定の実施形態では、ＡＡＶベクターはＡＡＶ−８ベクターである。

肝臓特異的第ＩＸ因子発現のための例示的なＡＡＶ送達ベクターは、ＷＯ２００９／１３０２０８に記載されており、その内容全体が目的を問わず参照により本明細書に明示的に組み込まれる。このベクターは、ヒト第ＩＸ因子をコードする一本鎖ＡＡＶベクターであり、因子のｃＤＮＡを誘導するＴＴＲＳｅｒｐ調節配列を含んでいる。このベクターには、ヒト第ＩＸ因子遺伝子のイントロンＩとポリアデニル化シグナルも含まれている。

いくつかの実施形態では、本明細書に記載のコドン改変ポリヌクレオチドは、レトロウイルス発現ベクターに組み込まれている。この系は以前に記載されており、当技術分野で一般的に周知されている（Ｍａｎｎｅｔａｌ．，Ｃｅｌｌ，３３：１５３−１５９，１９８３；ＮｉｃｏｌａｓａｎｄＲｕｂｉｎｓｔｅｉｎ，Ｉｎ：Ｖｅｃｔｏｒｓ：Ａｓｕｒｖｅｙｏｆｍｏｌｅｃｕｌａｒｃｌｏｎｉｎｇｖｅｃｔｏｒｓａｎｄｔｈｅｉｒｕｓｅｓ，ＲｏｄｒｉｇｕｅｚａｎｄＤｅｎｈａｒｄｔ，ｅｄｓ．，Ｓｔｏｎｅｈａｍ：Ｂｕｔｔｅｒｗｏｒｔｈ，ｐｐ．４９４−５１３，１９８８；Ｔｅｍｉｎ，Ｉｎ：ＧｅｎｅＴｒａｎｓｆｅｒ，Ｋｕｃｈｅｒｌａｐａｔｉ（ｅｄ．），ＮｅｗＹｏｒｋ：ＰｌｅｎｕｍＰｒｅｓｓ，ｐｐ．１４９−１８８，１９８６）。特定の実施形態では、レトロウイルスベクターはレンチウイルスベクターである（例えば、Ｎａｌｄｉｎｉｅｔａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２７２（５２５９）：２６３−２６７，１９９６；Ｚｕｆｆｅｒｅｙｅｔａｌ．，ＮａｔＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌ，１５（９）：８７１−８７５，１９９７；Ｂｌｏｍｅｒｅｔａｌ．，ＪＶｉｒｏｌ．，７１（９）：６６４１−６６４９，１９９７；米国特許第６，０１３，５１６号及び同第５，９９４，１３６号を参照）。

いくつかの実施形態では、本明細書に記載のコドン改変ポリヌクレオチドは、非ウイルス的方法により対象に投与することができる。例えば、裸のＤＮＡを、エレクトロポレーション、ソノポレーション、微粒子銃、または流体力学的送達によって細胞に投与することができる。ＤＮＡはまた、ポリマー、例えばリポソーム、ポリソーム、ポリプレックス、デンドリマーに封入するか、またはそれと結合し、複合体として対象に投与することができる。同様に、ＤＮＡを無機ナノ粒子、例えば金、シリカ、酸化鉄、もしくはリン酸カルシウムの粒子に結合するか、または細胞透過性ペプチドに結合して、ｉｎｖｉｖｏの細胞に送達することができる。

コドン改変第ＩＸ因子をコードするポリヌクレオチドは、人工染色体発現（ＡＣＥ）（例えば、Ｌｉｎｄｅｎｂａｕｍｅｔａｌ．，ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓ．，３２（２１）：ｅ１７２（２００４）を参照）及び哺乳動物人工染色体（ＭＡＣ）のように人工染色体に組み込むこともできる。概説については、例えばＰｅｒｅｚ−ＬｕｚａｎｄＤｉａｚ−Ｎｉｄｏ，ＪＢｉｏｍｅｄＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２０１０：ＡｒｔｉｃｌｅＩＤ６４２８０４（２０１０）を参照のこと。

真核生物及び原核生物の発現ベクターを含む、多種多様なベクターを使用して、細胞培養中にコドン改変ポリペプチドから第ＩＸ因子ポリペプチドを発現することができる。ある特定の実施形態では、細胞培養中の第ＩＸ因子ポリペプチドの発現にプラスミドベクターを使用することが企図される。一般に、宿主細胞に適合する種に由来するレプリコンと制御配列とを含むプラスミドベクターを、それらの宿主とともに使用する。このベクターは、複製部位に加え、形質転換細胞での表現型選択の提供が可能なマーカー配列を運搬することができる。プラスミドは、１つ以上の制御配列、例えばプロモーターに機能的に連結された、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするコドン改変ポリヌクレオチドを含む。

原核生物発現のためのベクターの非限定的な例としては、ｐＲＳＥＴ、ｐＥＴ、ｐＢＡＤなどのプラスミドが挙げられ、原核生物発現ベクターに使用されるプロモーターとしては、ｌａｃ、ｔｒｃ、ｔｒｐ、ｒｅｃＡ、ａｒａＢＡＤなどが挙げられる。真核生物発現のためのベクターの例としては、（ｉ）酵母での発現の場合、ＡＯＸ１、ＧＡＰ、ＧＡＬ１、ＡＵＧ１などのようなプロモーターを使用する、ｐＡＯ、ｐＰＩＣ、ｐＹＥＳ、ｐＭＥＴなどのベクター；（ｉｉ）昆虫細胞での発現の場合、ＰＨ、ｐ１０、ＭＴ、Ａｃ５、ＯｐＩＥ２、ｇｐ６４、ｐｏｌｈなどのプロモーターを使用する、ｐＭＴ、ｐＡｃ５、ｐＩＢ、ｐＭＩＢ、ｐＢＡＣなどのベクター、ならびに（ｉｉｉ）哺乳動物細胞での発現の場合、ＣＭＶ、ＳＶ４０、ＥＦ−１、ＵｂＣ、ＲＳＶ、ＡＤＶ、ＢＰＶ、及びβ−アクチンなどのプロモーターを使用する、ｐＳＶＬ、ｐＣＭＶ、ｐＲｃ／ＲＳＶ、ｐｃＤＮＡ３、ｐＢＰＶなどのベクター、及びワクシニアウイルス、アデノ随伴ウイルス、ヘルペスウイルス、レトロウイルスなどのウイルス系に由来するベクターが挙げられる。

いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書に記載のコドン改変第ＩＸ因子ポリヌクレオチド、ベクターの５’及び３’末端の内部末端反復（ＩＴＲ）配列、第ＩＸ因子ポリヌクレオチドに機能的に連結された１つ以上のプロモーター及び／またはエンハンサー配列、ならびに第ＩＸ因子ポリヌクレオチド配列の３’末端に続くポリアデニル化シグナルを含むＡＡＶ遺伝子治療ベクターを提供する。いくつかの実施形態では、１つ以上のプロモーター及び／またはエンハンサー配列は、肝臓特異的調節制御エレメントの１つ以上のコピーを含む。

図１は、いくつかの実施態様に従う、第ＩＸ因子遺伝子治療ベクターのいくつかの例示的な構成を示している。図１Ａは、変異型５’ＩＴＲ、短縮型ＴＴＲエンハンサー／プロモーター配列、ＭＶＭウイルスイントロン配列、コドン改変第ＩＸ因子コード配列、ポリアデニル化配列、及び３’−ＩＴＲを有する自己相補的ＡＡＶベクターを示す。図１Ｂは、図１Ａと類似する第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするが、１つ以上（例えば、１つ、２つ、３つ、またはそれ以上）の肝臓特異的調節制御エレメントをさらに含む自己相補的ＡＡＶベクターを示す。図１Ｃは、５’−ＩＴＲが変異せず、自己相補性を妨げることを除いて、図１Ａと同じエレメントを有する一本鎖ベクターを示す。図１Ｄは、図１Ａと類似する第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするが、１つ以上（例えば、１つ、２つ、３つ、またはそれ以上）の肝臓特異的調節制御エレメントをさらに含む一本鎖ＡＡＶベクターを示す。図１では、Ｒ３８４Ｌ「Ｐａｄｕａ」アミノ酸置換を含む第ＩＸ因子タンパク質に関する例示が示されているが、いくつかの実施形態では、図１に示す一般構造（例えば、構造Ａ、Ｂ、Ｃ、またはＤ）を有する第ＩＸ因子ヌクレオチド構築物は、Ｒ３８４Ｌ「Ｐａｄｕａ」アミノ酸置換を含まない第ＩＸ因子タンパク質をコードする。

図２５は、ＡＡＶ第ＩＸ因子遺伝子治療ベクターＣＳ０６−ＣＲＭ８．３−ｓｓＶ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４０）のヌクレオチド配列を示し、これは、図１Ｄに示す遺伝子治療ベクター構成を例示したものである。ＣＳ０６−ＣＲＭ８．３−ｓｓＶ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４０）のヌクレオチド１〜１４５は、ＡＡＶ２５’−ＩＴＲ配列（ＳＥＱＩＤＮＯ：５１）である。５’−ＩＴＲ配列の後ろには、ヌクレオチド１６５〜２３６、２３８〜３０９、及び３１１〜３８２に肝臓特異的ＣＲＭ８調節制御エレメントＣＲＭ８（ＳＥＱＩＤＮＯ：３９）の３つのコピーがある。ＣＲＭ８配列の後ろは、ヌクレオチド３８３〜７１２の短縮型ＴＴＲエンハンサー／プロモーター配列（ＳＥＱＩＤＮＯ：５２）である。次に、ベクターは、ヌクレオチド７２４〜８００にマウス微小ウイルス（ＭＶＭ）イントロン（ＳＥＱＩＤＮＯ：５３）を含む。ベクターのヌクレオチド８１４〜２１９９は、ＣＳ０６コドン改変第ＩＸ因子（Ｒ３８４Ｌ）コード配列（ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９））である。第ＩＸ因子ポリヌクレオチド配列の後ろには、ヌクレオチド２２０８〜２４４１にＢＧＨポリアデニル化シグナルがあり、最後に、ヌクレオチド２４５８〜２６０２にＡＡＶ２３’−ＩＴＲ配列（ＳＥＱＩＤＮＯ：５５）がある。

いくつかの実施形態では、本開示は、ＳＥＱＩＤＮＯ：４０のヌクレオチド１〜２６０２に対して少なくとも９５％の同一性を有する配列を含む第ＩＸ因子ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＳＥＱＩＤＮＯ：４０のヌクレオチド１〜２６０２に対して少なくとも９９％の同一性を有する配列を含む第ＩＸ因子ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＳＥＱＩＤＮＯ：４０のヌクレオチド１〜２６０２に対して少なくとも９９．５％の同一性を有する配列を含む第ＩＸ因子ポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＳＥＱＩＤＮＯ：４０のヌクレオチド１〜２６０２の配列を含む第ＩＸ因子ポリヌクレオチドを提供する。

ＡＡＶ１、ＡＡＶ２、ＡＡＶ３、ＡＡＶ４、ＡＡＶ５、ＡＡＶ６、ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、及びＡＡＶ９を含むいくつかのＡＡＶ血清型の特性が決定されている。一般に、任意のＡＡＶ血清型を本明細書に記載の第ＩＸ因子遺伝子治療構築物に使用することができる。しかしながら、これらの血清型は感染指向性が異なっており、例えば、優先的に感染する組織が異なる。一実施形態では、第ＩＸ因子は主に肝臓で産生されるため、開示される遺伝子治療構築物のＡＡＶ血清型は、少なくとも血清型ＡＡＶ７、ＡＡＶ８、及びＡＡＶ９に見られる肝臓感染指向性に基づいて選択される。したがって、一実施形態では、第ＩＸ因子遺伝子治療構築物はＡＡＶ７血清型ベクターである。別の実施形態では、第ＩＸ因子遺伝子治療構築物はＡＡＶ８血清型ベクターである。さらに別の実施形態では、第ＩＸ因子遺伝子治療構築物はＡＡＶ９血清型ベクターである。

本明細書に記載の第ＩＸ因子遺伝子治療構築物は、一本鎖（例えば、図１Ｃ及び図１Ｄに示すｓｓＡＡＶベクター）であっても、または自己相補的（例えば、図１Ａ及び図１Ｂに示すｓｃＡＡＶベクター）であってもよい。研究及び理論によれば、自己相補的ＡＡＶベクターが、良好な導入遺伝子発現を促進するはずであることが示唆されているが、翻訳前の第二鎖合成の要件をバイパスすることで、実施例５に報告するように、同等の自己相補的ベクターよりも良好な第ＩＸ因子発現を促進する一本鎖ＡＡＶベクターが同定された。

プロモーター及びエンハンサー
本明細書に記載の第ＩＸ因子遺伝子治療構築物は、一般に、ｉｎｖｉｖｏでの遺伝子発現を誘導する１つ以上のプロモーター及び／またはエンハンサーエレメント、例えば調節エレメントを含む。いくつかの実施形態では、プロモーターまたはエンハンサーエレメントは、組織依存的に、例えば主として特異的組織で発現を誘導する。第ＩＸ因子は主に肝臓で合成されるため、いくつかの実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療ベクターは、遺伝子治療ベクターの発現を実質的に肝細胞に制限する肝臓特異的調節エレメントを含む。

一般に、肝臓特異的調節エレメントは、肝臓でのみ発現することが公知である任意の遺伝子に由来し得る。ＷＯ２００９／１３０２０８は、肝臓特異的に発現するいくつかの遺伝子を同定しており、これには、α−アンチトリプシンとして知られるセルピンペプチダーゼ阻害物質クレードＡメンバー１（ＳＥＲＰＩＮＡ１；遺伝子番号５２６５）、アポリポタンパク質Ｃ−Ｉ（ＡＰＯＣ１；遺伝子番号３４１）、アポリポタンパク質Ｃ−ＩＶ（ＡＰＯＣ４；遺伝子番号３４６）、アポリポタンパク質Ｈ（ＡＰＯＨ；遺伝子番号３５０）；トランスサイレチン（ＴＴＲ；遺伝子番号７２７６）、アルブミン（ＡＬＢ；遺伝子番号２１３）、アルドラーゼＢ（ＡＬＤＯＢ；遺伝子番号２２９）、シトクロムＰ４５０、ファミリー２、サブファミリーＥ、ポリペプチド１（ＣＹＰ２Ｅ１；遺伝子番号１５７１）、フィブリノーゲンアルファ鎖（ＦＧＡ；遺伝子番号２２４３）、トランスフェリン（ＴＦ；遺伝子番号７０１８）、ハプトグロビン関連タンパク質（ＨＰＲ；遺伝子番号３２５０）が含まれる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の第ＩＸ因子遺伝子治療構築物は、これらのタンパク質の１つ以上のゲノム遺伝子座に由来する肝臓特異的調節エレメントを含む。そのようなエレメントのいくつかの例は、ＷＯ２００９／１３０２０８に記載されており、その内容全体が目的を問わず参照により本明細書に明示的に組み込まれる。

肝臓特異的調節エレメントの一例は、「ＴＴＲｅ」または「ＴＴＲＥｎｈ」と一般的に呼ばれるトランスサイレチン（ＴＴＲ）遺伝子に由来する。その内容全体が目的を問わず参照により本明細書に明示的に組み込まれる、ＨｓｉｅｈＪ．Ｌ．，ｅｔａｌ．，ＣａｎｃｅｒＳｃｉ．，１００（３）：５３７−４５（２００９）。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の第ＩＸ因子遺伝子治療構築物は、短縮型ＴＴＲエンハンサー及びプロモーターエレメントを含む。このエレメントの例は、図２５で示すＣＳ０６−ＣＲＭ８．３−ｓｓＶ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４０）のヌクレオチド３８３〜７１２にある。いくつかの実施形態では、短縮型ＴＴＲエンハンサー及びプロモーターエレメントは、ＣＳ０６−ＣＲＭ８．３−ｓｓＶ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４０）のヌクレオチド３８３〜７１２に対して少なくとも８５％の配列同一性を有する。他の実施形態では、短縮型ＴＴＲエンハンサー及びプロモーターエレメントは、ＣＳ０６−ＣＲＭ８．３−ｓｓＶ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４０）のヌクレオチド３８３〜７１２に対して、少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、または１００％の配列同一性を有する。

肝臓特異的調節エレメントの別の例は、その内容全体が目的を問わず参照により本明細書に明示的に組み込まれるＰＣＴ公開第ＷＯ２０１６／１４６７５７号に記載されている、ＳＥＲＰＩＮＡ１遺伝子に由来する。そのようなエレメントの例は、ＣＳ０６−ＣＲＭ８．３−ｓｓＶ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４０）のヌクレオチド１６５〜２３６にあるＣＲＭ８調節制御エレメント（ＳＥＱＩＤＮＯ：３９）である。いくつかの実施形態では、ＳＥＲＰＩＮＡ１由来の調節制御エレメントは、ＣＲＭ８（ＳＥＱＩＤＮＯ：３９）に対して少なくとも８５％の配列同一性を有する。他の実施形態では、短縮型ＳＥＲＰＩＮＡ１由来の調節制御エレメントは、ＣＲＭ８（ＳＥＱＩＤＮＯ：３９）に対して少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する。

いくつかの実施形態では、第ＩＸ因子遺伝子治療構築物は、図１Ｂ及び図１Ｄに示す構築物によって例示されるように、１つ以上のＳＥＲＰＩＮＡ１由来の調節制御エレメントを含む。一実施形態では、構築物は、１つのＳＥＲＰＩＮＡ１由来の調節制御エレメント（例えばＣＲＭ８）を含む。別の実施形態では、構築物は、２つのＳＥＲＰＩＮＡ１由来の調節制御エレメント（例えばＣＲＭ８）を含む。別の実施形態では、構築物は、３つのＳＥＲＰＩＮＡ１由来の調節制御エレメント（例えばＣＲＭ８）を含む。さらに他の実施形態では、構築物は、４つ、５つ、６つ、またはそれ以上のＳＥＲＰＩＮＡ１由来の調節制御エレメント（例えばＣＲＭ８）を含む。

一実施形態では、第ＩＸ因子遺伝子治療構築物は、図１Ｂ、図１Ｄ、及び図２５に例示するように、１つ以上のＳＥＲＰＩＮＡ１由来の調節制御エレメント（例えばＣＲＭ８）、ならびに短縮型ＴＴＲエンハンサー及びプロモーターエレメントを含む。

イントロン
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の第ＩＸ因子遺伝子治療構築物は、第ＩＸ因子遺伝子の発現を増加させるために、イントロン、例えばウイルス由来イントロンを含む。遺伝子治療構築物の発現に適したイントロンは、当技術分野において公知である。典型的には、イントロンは、図１及び図２５に示す第ＩＸ因子構築物で例示されるように、導入遺伝子コード配列の５’に位置する。ただし、いくつかの実施形態では、導入遺伝子コード配列の内部、例えば天然の第ＩＸ因子イントロン接合部もしくはそれ以外の位置に、または導入遺伝子コード配列の３’にイントロンが位置する場合がある。本明細書に記載の第ＩＸ因子遺伝子治療構築物に使用することができるイントロンの非限定的な例としては、マウス微小ウイルス（ＭＶＭ）イントロン、ベータグロビンイントロン（ｂｅｔａＩＶＳ−ＩＩ）、第ＩＸ因子（ＦＩＸ）イントロンＡ、シミアンウイルス４０（ＳＶ４０）スモールＴイントロン、及びベータアクチンイントロンに由来するイントロンが挙げられる。

一実施形態では、本明細書に記載の第ＩＸ因子遺伝子治療構築物は、例えば図１に例示され、図２５のＣＳ０６−ＣＲＭ８．３−ｓｓＶ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４０）のヌクレオチド７２４〜８００のＭＶＭイントロン（ＳＥＱＩＤＮＯ：５３）により例示されるようなＭＶＭ由来イントロンを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療構築物に使用されるイントロンは、ＭＶＭ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５３）に対して少なくとも８５％の配列同一性を有する。他の実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療構築物に使用されるイントロンは、ＭＶＭ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５３）に対して少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する。

ポリアデニル化シグナル
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の第ＩＸ因子遺伝子治療構築物は、例えば図１に示すようにポリアデニル化シグナルを含む。ポリアデニル化シグナルは、第ＩＸ因子導入遺伝子から生成されるｍＲＮＡ転写物の３’末端に、ポリＡテールの合成を誘導する。したがって、ポリアデニル化シグナルは、第ＩＸ因子コード配列の３’に位置する。本明細書に記載の第ＩＸ因子遺伝子治療構築物に使用することができるポリアデニル化シグナルの非限定的な例としては、シミアンウイルス４０（ＳＶ４０）後期遺伝子、ウシ成長ホルモン（ＢＧＨ）ポリアデニル化シグナル、及び最小ウサギβ−グロビン（ｍＲＢＧ）遺伝子に由来するポリアデニル化シグナルが挙げられる。

一実施形態では、本明細書に記載の第ＩＸ因子遺伝子治療構築物は、例えば図１に例示され、図２５のＣＳ０６−ＣＲＭ８．３−ｓｓＶ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４０）のヌクレオチド２２０８〜２４４１のＢＧＨｐＡシグナル（ＳＥＱＩＤＮＯ：５４）により例示されるような、ウシ成長ホルモン（ＢＧＨ）ポリアデニル化シグナルに由来するポリアデニル化シグナルを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療構築物に使用されるポリアデニル化シグナルは、ＢＧＨｐＡシグナル（ＳＥＱＩＤＮＯ：５４）に対して少なくとも８５％の配列同一性を有する。他の実施形態では、本明細書に記載の遺伝子治療構築物に使用されるポリアデニル化シグナルは、ＢＧＨｐＡシグナル（ＳＥＱＩＤＮＯ：５４）に対して少なくとも９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有する。

Ｖ．方法
作製
本明細書に記載のコドン改変第ＩＸ因子ポリヌクレオチド及びウイルスベクター（例えば核酸組成物）は、従来的な核酸増幅及びベクター生産の方法に従って作製される。組換えＡＡＶベクターの大規模生産のために、２つの主要なプラットフォームが開発されている。第１のプラットフォームは哺乳動物細胞での複製に基づいており、第２のプラットフォームは無脊椎動物細胞での複製に基づいている。概説については、その内容全体が目的を問わず参照により本明細書に明示的に組み込まれる、ＫｏｔｉｎＲ．Ｍ．，Ｈｕｍ．Ｍｏｌ．Ｇｅｎｅｔ．，２０（Ｒ１）：Ｒ２−６（２０１１）を参照のこと。

したがって、本開示は、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）粒子を作製するための方法を提供する。いくつかの実施形態では、この方法は、本明細書に記載するように、ＣＳ０２、ＣＳ０３、ＣＳ０４、ＣＳ０５、またはＣＳ０６の配列のうちの１つに対して高いヌクレオチド配列同一性（例えば、少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、または１００％）を有するコドン改変第ＩＸ因子ポリヌクレオチド構築物を、宿主細胞で複製する能力がある状態で、宿主細胞に導入することを含む。

いくつかの実施形態では、宿主細胞は哺乳動物宿主細胞、例えばＨＥＫ、ＣＨＯ、またはＢＨＫ細胞である。具体的な実施形態では、宿主細胞はＨＥＫ２９３細胞である。いくつかの実施形態では、宿主細胞は無脊椎動物細胞、例えば昆虫細胞である。具体的な実施形態では、宿主細胞はＳＦ９細胞である。

製剤化
本明細書では、出血障害の治療に使用するための組成物が提供される。そのような組成物は、治療有効量のコドン改変第ＩＸ因子ポリヌクレオチド、例えば、本明細書に記載の第ＩＸ因子をコードするコドン改変ポリヌクレオチドを含むＡＡＶ遺伝子治療ベクターを含む。治療有効量のコドン改変ＦＩＸポリヌクレオチド（例えば、コドン改変第ＩＸ因子コード配列を含むＡＡＶ遺伝子治療ベクター）は、全身投与、局部投与、または局所投与に適した薬学的担体またはビヒクルと混合される。本明細書に開示されるコドン改変第ＩＸ因子ポリヌクレオチドの最終製剤は、当業者の能力の範囲内である。

投与量
本発明の核酸組成物は、それを必要とする患者に投与される。投与される治療用遺伝子治療薬の量または用量は、特定のコドン改変ＦＩＸポリヌクレオチド構築物、使用される送達ベクター、疾患の重症度、及び対象の一般的特徴などの要因に応じて異なる。正確な用量は、治療の目的に応じて異なり、当業者が公知の技術を使用して確認可能である（例えば、Ｌｉｅｂｅｒｍａｎ，ＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌＤｏｓａｇｅＦｏｒｍｓ（ｖｏｌｓ．１−３，１９９２）；Ｌｌｏｙｄ，ＴｈｅＡｒｔ，ＳｃｉｅｎｃｅａｎｄＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙｏｆＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌＣｏｍｐｏｕｎｄｉｎｇ（１９９９）；Ｐｉｃｋａｒ，ＤｏｓａｇｅＣａｌｃｕｌａｔｉｏｎｓ（１９９９）；及びＲｅｍｉｎｇｔｏｎ：ＴｈｅＳｃｉｅｎｃｅａｎｄＰｒａｃｔｉｃｅｏｆＰｈａｒｍａｃｙ，２０ｔｈＥｄｉｔｉｏｎ，２００３，Ｇｅｎｎａｒｏ，Ｅｄ．，Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ，Ｗｉｌｌｉａｍｓ＆Ｗｉｌｋｉｎｓを参照）。特定の対象の治療に合わせて特定の投与量及び投与レジメンを決定することは、習熟した医師の能力の範囲内である。

いくつかの実施形態では、コドン改変第ＩＸ因子ポリヌクレオチドを有する遺伝子治療ベクター（例えば、ＡＡＶ遺伝子治療ベクター粒子）は、それを必要とする対象（例えば、軽度、中等度、または重度の血友病Ｂの対象）に治療有効用量で静脈内投与される。いくつかの実施形態では、治療有効用量は、対象の体重１キログラムあたり約２×１０Ｅ１１〜２×１０Ｅ１４ベクターゲノムである。具体的な実施形態では、治療有効用量は、対象の体重１キログラムあたり約２×１０Ｅ１２〜２×１０Ｅ１３ベクターゲノムである。いくつかの実施形態では、対象の体重１キログラムあたり、約２×１０Ｅ１１、３×１０Ｅ１１、４×１０Ｅ１１、５×１０Ｅ１１、６×１０Ｅ１１、７×１０Ｅ１１、８×１０Ｅ１１、９×１０Ｅ１１、１×１０Ｅ１２、２×１０Ｅ１２、３×１０Ｅ１２、４×１０Ｅ１２、５×１０Ｅ１２、６×１０Ｅ１２、７×１０Ｅ１２、８×１０Ｅ１２、９×１０Ｅ１２、１×１０Ｅ１３、２×１０Ｅ１３、３×１０Ｅ１３、４×１０Ｅ１３、５×１０Ｅ１３、６×１０Ｅ１３、７×１０Ｅ１３、８×１０Ｅ１３、９×１０Ｅ１３、１×１０Ｅ１４、または２×１０Ｅ１４ベクターゲノムが対象に投与される。

このように、本開示は、第ＩＸ因子欠乏症（例えば血友病Ｂ）を治療するための方法を提供する。いくつかの実施形態では、この方法は、本明細書に記載するように、ＣＳ０２、ＣＳ０３、ＣＳ０４、ＣＳ０５、またはＣＳ０６の配列のうちの１つに対して高いヌクレオチド配列同一性（例えば、少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、または１００％）を有するコドン改変第ＩＸ因子ポリヌクレオチド構築物を、それを必要とする患者に投与することを含む。いくつかの実施形態では、コドン改変因子ポリヌクレオチドは、コドン改変第ＩＸ因子プレプロポリペプチドコード配列に対して高い配列同一性、例えば、ＣＳ０２−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５）、ＣＳ０３−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：６）、ＣＳ０４−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：７）、ＣＳ０５−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：８）、またはＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）のうちの１つに対して高い配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、コドン改変因子ポリヌクレオチドは、コドン改変成熟第ＩＸ因子一本鎖ポリペプチドコード配列に対して高い配列同一性、例えば、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）、またはＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）のうちの１つに対して高い配列同一性を有する。

いくつかの実施形態では、治療には、本明細書に記載するように、ＣＳ０２、ＣＳ０３、ＣＳ０４、ＣＳ０５、またはＣＳ０６の配列のうちの１つに対して高いヌクレオチド配列同一性（例えば、少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、または１００％）を有するコドン改変第ＩＸ因子ポリヌクレオチド構築物を含む遺伝子治療ベクターを、それを必要とする患者に投与することを含む。一実施形態では、遺伝子治療ベクターは、哺乳動物の遺伝子治療ベクターである。具体的な実施形態では、哺乳動物の遺伝子治療ベクターはウイルスベクター、例えばレンチウイルスベクター、レトロウイルスベクター、アデノウイルスベクター、またはアデノ随伴ウイルスベクターである。

一実施形態では、遺伝子治療ベクターは、コドン改変第ＩＸ因子コード配列をコードするウイルスベクターを保有するアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）粒子である。一般に、ウイルスベクターには、各末端に逆方向末端反復配列（ＩＴＲ）、１つ以上の発現調節エレメント、コドン改変第ＩＸ因子コード配列、及びポリＡシグナル配列が含まれる。具体的な実施形態では、遺伝子治療ベクターには、肝臓特異的調節制御エレメント（例えば、ＣＲＭ８エレメントの１つ以上のコピー）が含まれる。

作製
本明細書に記載のコドン改変第ＩＸ因子ポリヌクレオチド及びウイルスベクター（例えば核酸組成物）は、従来的な核酸増幅及びベクター生産の方法に従って作製される。組換えＡＡＶベクターの大規模生産のために、２つの主要なプラットフォームが開発されている。第１のプラットフォームは哺乳動物細胞での複製に基づいており、第２のプラットフォームは無脊椎動物細胞での複製に基づいている。概説については、その内容全体が目的を問わず参照により本明細書に明示的に組み込まれる、ＫｏｔｉｎＲ．Ｍ．，Ｈｕｍ．Ｍｏｌ．Ｇｅｎｅｔ．，２０（Ｒ１）：Ｒ２−６（２０１１）を参照のこと。

このように、本開示は、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）粒子を作製するための方法を提供する。いくつかの実施形態では、この方法は、本明細書に記載するように、ＣＳ０２、ＣＳ０３、ＣＳ０４、ＣＳ０５、またはＣＳ０６の配列のうちの１つに対して高いヌクレオチド配列同一性（例えば、少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．９％、または１００％）を有するコドン改変第ＩＸ因子ポリヌクレオチド構築物を、宿主細胞で複製する能力がある状態で、宿主細胞に導入することを含む。

治療
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の核酸組成物（例えばコドン改変ポリヌクレオチド）は、公知の管理方法に従って、それを必要とする対象に投与される。遺伝子治療ベクターを投与するための方法は、当技術分野において周知である。これには、限定されないが、静脈内投与、筋肉内注射、間質内注射、及び肝内投与（例えば肝内動脈または静脈）が含まれる。概説については、例えば、それぞれが参照により本明細書に組み込まれる、ＣｈｕａｈＭＫｅｔａｌ．，ＨｕｍＧｅｎｅＴｈｅｒ．，２３（６）：５５７−６５（２０１２）；ＣｈｕａｈＭＫｅｔａｌ．，ＪＴｈｒｏｍｂＨａｅｍｏｓｔ．，１０（８）：１５６６−６９（２０１２）；ＣｈｕａｈＭＫｅｔａｌ．，ＪＴｈｒｏｍｂＨａｅｍｏｓｔ．１１Ｓｕｐｐｌ１：９９−１１０（２０１３）；ＶａｎｄｅｎＤｒｉｅｓｓｃｈｅｅｔａｌ．，ＨｕｍＧｅｎｅＴｈｅｒ．２３（１）：４−６（２０１２）；ＨｉｇｈＫＡ，Ｂｌｏｏｄ，１２０（２３）：４４８２−８７（２０１２）；Ｍａｔｒａｉｅｔａｌ．，ＭｏｌＴｈｅｒ．，１８（３）：４７７−９０（２０１０）；及びＭａｔｒａｉｅｔａｌ．，ＣｕｒｒＯｐｉｎＨｅｍａｔｏｌ．，１７（５）：３８７−９２（２０１０）を参照のこと。

治療有効性の評価
血友病Ｂ治療の治療有効性は、例えば、治療される対象由来の血液の第ＩＸ因子依存性凝固能を測定することにより評価することができる。凝固能を評価する指標としては、ｉｎｖｉｔｒｏ活性化部分トロンボプラスチン時間アッセイ（ＡＰＰＴ）、第ＩＸ因子の比色活性アッセイ、血液凝固時間、及び第ＩＸ因子抗原レベル（例えば、第ＩＸ因子特異的ＥＬＩＳＡを使用）が挙げられるが、これらに限定されない。治療用量は、野生型レベルのＦＩＸを患者に生じさせる必要はなく、本発明の目的では、有効なまたは測定可能な方法で症状を減少させるのに十分な発現が、治療的とみなされることに留意されたい。

米国血友病財団によると、対象の血漿の第ＩＸ因子活性が、正常なヒト血漿の６％〜４９％である場合に、対象は軽度の血友病Ｂを保有すると分類される。軽度の血友病Ｂの対象は通常、大けがの後、外傷後、または手術後にのみ出血を経験する。多くの場合、けが、手術、または抜歯による持続的な出血が生じて初めて、軽度の血友病と診断される。成人になるまで最初のエピソードが発生しない場合がある。軽度の血友病の女性は、月経過多、月経期間の延長を経験することが多く、出産後に大量出血する可能性がある。

米国血友病財団によると、対象の血漿の第ＩＸ因子活性が、正常なヒト血漿の１％〜５％である場合に、対象は中等度の血友病Ｂを保有すると分類される。中等度の血友病Ｂの対象は、けがの後に出血エピソードが起こる傾向がある。明確な原因なく発生する出血は、自然出血エピソードと呼ばれる。

米国血友病財団によると、対象の血漿の第ＩＸ因子活性が、正常なヒト血漿の１％未満である場合に、対象は重度の血友病Ｂを保有すると分類される。重度の血友病Ｂの対象は、けがの後に出血を経験し、多くの場合は関節及び筋肉への自然出血エピソードが頻繁に起こる場合がある。

いくつかの実施形態では、正常なヒト血漿は、１ｍＬあたり１ＩＵの第ＩＸ因子活性を含むと規定される。したがって、いくつかの実施形態では、軽度の血友病Ｂに分類された対象からの血漿は、１ｍＬあたり０．０６〜０．４９ＩＵの第ＩＸ因子活性を含む。いくつかの実施形態では、中等度の血友病Ｂに分類された対象からの血漿は、１ｍＬあたり０．０１〜０．０５ＩＵの第ＩＸ因子活性を含む。いくつかの実施形態では、重度の血友病Ｂに分類された対象からの血漿は、１ｍＬあたり０．０１〜０．０５ＩＵの第ＩＸ因子活性を含む。

したがって、いくつかの実施形態では、対象の血液／血漿中の第ＩＸ因子活性の平均レベルが上昇するとき、血友病Ｂの治療は治療効果がある。いくつかの実施形態では、治療効果のある治療は、対象の血液／血漿中の第ＩＸ因子活性の平均レベルを少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、またはそれ以上、上昇させる。具体的な実施形態では、治療効果のある血友病治療は、対象の血液／血漿中の平均第ＩＸ因子活性を少なくとも５％増加させる。別の具体的な実施形態では、治療効果のある血友病治療は、対象の血液／血漿中の平均第ＩＸ因子活性を少なくとも１０％増加させる。別の具体的な実施形態では、治療効果のある血友病治療は、対象の血液／血漿中の平均第ＩＸ因子活性を少なくとも１５％増加させる。別の具体的な実施形態では、治療効果のある血友病治療は、対象の血液／血漿中の平均第ＩＸ因子活性を少なくとも２０％増加させる。別の具体的な実施形態では、治療効果のある血友病治療は、対象の血液／血漿中の平均第ＩＸ因子活性を少なくとも２５％増加させる。別の具体的な実施形態では、治療効果のある血友病治療は、対象の血液／血漿中の平均第ＩＸ因子活性を少なくとも３０％増加させる。

いくつかの実施形態では、治療効果のある治療は、対象の血液中の第ＩＸ因子活性の平均レベルを上昇させることで、重症度の低い形態の血友病Ｂに対象が分類されるようにする。例えば、一実施形態では、本来は重度の血友病Ｂに分類されていた対象が、治療効果のある治療を受けた後、中等度の血友病Ｂまたは軽度の血友病Ｂに再分類される。別の実施形態では、本来は中等度の血友病Ｂに分類されていた対象が、治療効果のある治療を受けた後、軽度の血友病Ｂに再分類される。

ＶＩ．実施例
実施例１−コドン改変第ＩＸ因子発現配列はＦＩＸ発現レベルを増強する
ｉｎｖｉｖｏでの異種第ＩＸ因子の発現を改善させる遺伝子治療構築物を作製するために、Ｒ３８４Ｌアミノ酸置換を有する完全長第ＩＸ因子プレプロタンパク質（ＦＩＸｐ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４））をコードする自己相補的ＡＡＶ８系ベクターのパネルを構築した。各構築物の第ＩＸ因子コード配列を改変して、いくつかの工程を経てヒトにおける発現を改善した。各第ＩＸ因子コード配列は、優先的／非優先的な配列モチーフを考慮して、優先するヒトコドンにコドン使用頻度が偏るように設計されたアルゴリズムに従って改変された。この第１の工程には、表２に報告する複数のアルゴリズムを使用した。表２に報告したアルゴリズムの適用により生じる中間コドン改変配列をさらに手動で修正して、ＣｐＧジヌクレオチドを低減または除去し、最終的なＧＣ含量を調整し、優先的なコドンペアを可能にするように調整し、非優先的なコドンペアを回避するように調整し、最終的なコドン使用頻度を調整する。これらの考慮事項の追加情報については、例えば、ＦａｔｈＳ．ｅｔａｌ．，ＰＬｏＳ．Ｏｎｅ．，６，ｅ１７５９６（２０１１）；ＨａａｓＪ．ｅｔａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｂｉｏｌ．，６，３１５−３２４（１９９６）；ＴａｔｓＡ．，ＢＭＣＧｅｎｏｍｉｃｓ．９：４６３（２００８）、ＧｒｏｔｅＡ．ｅｔａｌ．，ＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｓＲｅｓｅａｒｃｈ，３３（ＷｅｂＳｅｒｖｅｒｉｓｓｕｅ），Ｗ５２６−Ｗ５３１（２００５），ＭｉｒｓａｆｉａｎＨ．ｅｔａｌ．，ＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃＷｏｒｌｄＪｏｕｒｎａｌ．，６３９６８２（２０１４）、及びＰｅｃｈｍａｎｎＳ．ｅｔａｌ．，ＮａｔＳｔｒｕｃｔＭｏｌＢｉｏｌ．２０（２）：２３７−４３（２０１３）を参照のこと。各内容は、目的を問わず、特にコドン改変の考慮事項の教示のために、その全体が参照により本明細書に明示的に組み込まれる。

生成された各コドン改変コード配列（例えば、ＣＳ０２、ＣＳ０３、ＣＳ０４、ＣＳ０５、及びＣＳ０６。それぞれ図５〜９に示す）は、同一のＦＩＸ（Ｒ３８４Ｌ）タンパク質（ＦＩＸｐ−ＦＬ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４））をコードするものであった。ＣＳ０２、ＣＳ０３、及びＣＳ０４構築物にはＣｐＧモチーフが含まれていないが、ＣＳ０５及びＣＳ０６にはそれぞれ１１個及び３個のＣｐＧが含まれている。

対照として使用するため、野生型ＦＩＸコード配列を組み込むベクター構築物（Ｒ３８４ＬＰａｄｕａアミノ酸置換あり、及びなし）も作製した。ＷＨ０１構築物は、Ｒ３８４ＬＰａｄｕａ変異のない野生型ＦＩＸプレプロタンパク質をコードし、２０個のＣｐＧジヌクレオチドを含む。ＷＨ０２構築物は、Ｒ３８４ＬＰａｄｕａ変異のある野生型ＦＩＸプレプロタンパク質をコードし、１９個のＣｐＧジヌクレオチドを含む。

ＷＨ０１及びＷＨ０２構築物は、それらのコード配列にそれぞれ２０個及び１９個のＣｐＧを含む。対照的に、ＣＳ０２、ＣＳ０３、及びＣＳ０４構築物にはＣｐＧモチーフが含まれていないが、ＣＳ０５及びＣＳ０６構築物にはそれぞれ１１個及び３個のＣｐＧが含まれている。

図１Ａに示すように、コドン改変第ＩＸ因子コード配列を、マウストランスサイレチンエンハンサー／プロモーター（ＳＥＱＩＤＮＯ：５２）、マウス微小ウイルス（「ＭＶＭ」）イントロン（ＳＥＱＩＤＮＯ：５３）、Ｒ３８４Ｌ「Ｐａｄｕａ」アミノ酸置換を含むコドン改変ＦＩＸ構築物（米国特許第６，５３１，２９８号；Ｓｉｍｉｏｎｅｅｔａｌ．，ＮＥＪＭ３６１：１６７１−７５（２００９）；このＲ３８４Ｌ変異は、Ｒ３３８Ｌ変異として一般に報告されており、シグナルペプチド及びプロペプチドを欠くヒト一本鎖ＦＩＸタンパク質の野生型アルギニンの位置を指す）、その後ろにウシ成長ホルモンポリＡエレメント（ＳＥＱＩＤＮＯ：５４）が含まれるアデノ随伴ウイルス（「ＡＡＶ」）導入遺伝子カセットに挿入した。遺伝子カセットは、ＡＡＶ２逆方向末端反復配列（「ＩＴＲ」）（ＳＥＱＩＤＮＯ：５１及び５５）で挟まれている。左のＩＴＲ反復配列には、自己相補的（ｓｃ）表現型のベクターをもたらす、末端コンカテマー分解部位での変異が含まれる。基本的なベクター設計は、Ｗｕｅｔａｌ．，Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．１６：２８０−８９（２００８）及びＰＣＴ公開第ＷＯ２０１４／０６４２７７Ａ１号に詳細に記載されており、その内容全体が目的を問わず参照により本明細書に組み込まれる。

ＣＳ及びＷＨ第ＩＸ因子ＡＡＶ構築物をＢ６／１２９Ｐ２−Ｆ９ｔｍ１ＤｗｓＦＩＸノックアウトマウス（Ｌｉｎｅｔａｌ．，Ｂｌｏｏｄ，９０：３９６２−６６（１９９７）に記載されており、その内容全体が目的を問わず参照により本明細書に組み込まれる）に投与した。ＡＡＶベクター希釈液を、個々の動物の体重を基準として（４×１０Ｅ１１ベクターゲノム／キログラム（ｖｇ／ｋｇ）体重）、外側尾静脈経由で動物（群あたり４〜８動物）に注射した。ガラス毛細管を使用した公知の手順に従って、投与後、後眼窩穿刺により、規定の時間間隔で血液試料を採取した。次に、クエン酸ナトリウム抗凝固剤を予備充填したチューブに血液を移し、標準的な手順で血漿を得て、−２０℃で凍結した。

種々の第ＩＸ因子構築物の発現を確認し、ＦＩＸノックアウトマウスの１４日目の血漿ＦＩＸレベルを使用して、ベクターをマウスへ尾静脈注射した後の構築物の効力を判定し、表２に報告した。１４日目までに、ノックアウトマウスモデルの発現レベルはほぼＦＩＸ発現の最大値に達した。表２に示すように、ＷＨ０２ＦＩＸ（Ｒ３８４Ｌ）対照構築物は、４×１０Ｅ１１ベクターゲノム／キログラム（ｖｇ／ｋｇ）体重の投与後１４日目に１．０３単位のＦＩＸを発現した。この発現レベルをベースラインとして使用し、コドン改変第ＩＸ因子構築物の濃縮倍数を決定した。表２に報告するように、ＣＳコドン改変構築物は、野生型ポリヌクレオチド配列によってコードされるＷＨ０２対照構築物と比較して、発現が約２倍〜４倍増加した。最も顕著には、ＣＳ０６コドン改変構築物は、ＷＨ０２対照構築物よりも４．２倍高い第ＩＸ因子活性を示し、ＷＨ０１（野生型第ＩＸ因子）対照構築物よりも２１．６倍大きな第ＩＸ因子活性を示した。

（表２）野生型コドン配列（ＷＨ０１−ｗｔＦＩＸ；ＷＨ０２−ＦＩＸ（Ｒ３８４Ｌ））及びコドン改変配列（ＣＳ０２〜ＣＳ０６）をもつ構築物からの第ＩＸ因子の発現

実施例２−肝臓特異的ＣＲＭ８エレメントはマウスにおけるＦＩＸの発現を増強する
コドン改変構築物からの第ＩＸ因子の発現及び活性をさらに増加させるために、Ｎａｉｒｅｔａｌ．，Ｂｌｏｏｄ１２３：３１９５−９９（２０１４）に報告されている肝臓特異的シス調節制御エレメント（ＣＲＭ８（ＳＥＱＩＤＮＯ：３９））の１〜３コピーを遺伝子カセットに組み込み、図１Ｂに示す構築物を作製した。０個（ＣＳ０２−ＣＲＭ８．０−Ｖ）、１個（ＣＳ０２−ＣＲＭ８．１−Ｖ）、２個（ＣＳ０２−ＣＲＭ８．２−Ｖ）、または３個（ＣＳ０２−ＣＲＭ８．３−Ｖ）のＣＲＭ８制御エレメントを含むＣＳ０２コドン改変ＦＩＸコード配列を保有するＡＡＶベクターを尾静脈経路により野生型マウスに注射した。次に、マウス血漿中のヒトＦＩＸ抗原を、ヒトＦＩＸ特異的ＥＬＩＳＡアッセイで経時的に測定した。

表３に報告するように、ＣＲＭ８調節エレメントを使用すると、感染後２１日目に、ＣＲＭ８エレメントを欠く対照構築物からの発現と比較して、ｉｎｖｉｖｏでの第ＩＸ因子の発現が約２倍及び４倍増加した。例えば、単一のＣＲＭ８エレメントを含むＣＳ０２−ＣＲＭ８．１−Ｖベクターは、ＣＳ０２−ＣＲＭ８．０−Ｖ対照ベクターの場合の２倍のＦＩＸ発現を生じさせた。複数のＣＲＭ８エレメントのコピーを含めると、この発現がさらに改善した。例えば、対照ベクターと比較して、ＣＲＭ８エレメントのコピーを２つ含むベクターは３倍の発現を生じさせ、ＣＲＭ８エレメントのコピーを３つ含むベクターは３．４倍の発現を生じさせた。

（表３）０〜３コピーのＣＲＭ８調節制御エレメントを含むコドン改変ＡＡＶベクターを注射した野生型マウスの血漿中の第ＩＸ因子発現レベル

実施例３−肝臓特異的ＣＲＭ８エレメントはヒト肝細胞におけるＦＩＸの発現を増強する
実施例２に記載する、０〜３コピーのＣＲＭ８肝臓特異的調節制御エレメントを含むＣＳ０２第ＩＸ因子遺伝子治療構築物を、ヒト肝細胞株ＨｅｐＧ２を用いて実施したｉｎｖｉｔｒｏ生物学的力価アッセイによりさらに試験した。簡潔には、実施例２に記載するＣＳ０２−ＣＲＭ８−ＶＡＡＶベクターの１つをＨｅｐＧ２細胞に感染させ、感染の３日後の発色基質アッセイによりＦＩＸ活性を測定した。実施例２で報告した結果と一致して、ＣＲＭ８調節制御エレメントを含むベクターはすべて、表４で報告されているようにＦＩＸ発現の上昇を示した。驚くべきことに、複数のＣＲＭ８エレメントを使用する効果は、マウスモデルよりもヒトＨｅｐＧ２細胞において、より一層顕著であった。例えば、対照ベクターと比較して、ＣＲＭ８エレメントのコピーを２つ含むベクターは６．７倍の発現を生じさせ、ＣＲＭ８エレメントのコピーを３つ含むベクターは１２．８倍の発現を生じさせた。このことは、ＣＲＭ８調節制御エレメントが、このようなベクターでのＦＩＸ発現に与える正の効果を立証している。

（表４）０〜３コピーのＣＲＭ８調節制御エレメントを含むコドン改変ＡＡＶベクターを注射したヒト肝ＨｅｐＧ２細胞における第ＩＸ因子発現レベル

実施例４−一本鎖ＦＩＸＡＡＶ８ベクターは、同等の自己相補的ベクターに類似するｉｎｖｉｖｏ発現を生じさせる
場合によっては、自己相補的（ｓｃ）ＡＡＶベクターは、類似する一本鎖（ｓｓ）ＡＡＶベクターよりも効率的に導入遺伝子カセットを発現する。おそらくこれは、細胞核内で自己相補的ベクターゲノムが脱殻した後の、急速な二本鎖形成によるものである。概説については、その内容全体が目的を問わず参照により本明細書に組み込まれる、ＭｃＣａｒｔｙＤ．，Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．，（１６）：１６４８−５６（２００８）を参照のこと。

最近の研究では、ＥＧＦＰベクターを使用して、この効果が確認された。Ｂｅｌｌｅｔａｌ．，Ｈｕｍ．ＧｅｎｅＴｈｅｒ．Ｍｅｔｈｏｄｓ，（２７）：２２８−３７（２０１６）。しかしながら、この研究では、この効果が導入遺伝子及び用量に依存的であることも示された。例えば、自己相補的ＡＡＶ８ベクターのヒトオルニチントランスカルバミラーゼ（ｈＯＴＣ）遺伝子カセットは、低用量で、マウスの肝臓において、対応する一本鎖ベクターと比較して良好な発現を示した。しかしながら、この効果は高用量では実証できず、少なくとも試験対象の非分泌遺伝子においては、効果が導入遺伝子及び用量に依存的であることが示唆された。（同上）。

一本鎖設計及び自己相補的設計に関連して、開示されるコドン改変ＦＩＸ遺伝子構築物の特性を調べるために、ＣＳ０６コドン改変ＦＩＸ（Ｒ３３８Ｌ）遺伝子と２つの無傷のＩＴＲとを保有する一本鎖構築物を、それぞれ図１Ｄ及び図１Ｃに示すようにＣＲＭ８調節制御エレメントあり及びなしで構築した。一本鎖（ｓｓ）ベクターをＨＥＫ２９３細胞系で産生し、第ＩＸ因子発現を、実施例１〜３で報告した自己相補的構築物の発現と比較した。

最初に、自己相補的（ｓｃ）及び一本鎖（ｓｓ）ＣＳ０６−ＣＲＭ８．０−Ｖ構築物を、上記のように、Ｂ６／１２９Ｐ２−Ｆ９ｔｍ１ＤｗｓＦＩＸノックアウトマウスへの注射後にｉｎｖｉｖｏで試験した。驚くべきことに、表５に報告するように、自己相補的（ｓｃ）及び一本鎖（ｓｓ）ＣＳ０６ベクター構築物は、極めて類似した血漿ＦＩＸ活性レベルを示し、ｓｓベクターとの比較で報告されたｓｃベクターの利点が、本明細書に記載のコドン改変第ＩＸ因子構築物には当てはまらないことが示唆された。発現は、導入遺伝子構築物、転写物の安定性、構築物に使用されるプロモーター（複数可）、時間、及び用量を含む、多数のパラメーターに依存する。表５に示すように、出血を調整し、ＦＩＸｋｏマウスでの長期発現を得るように選択された条件下で、対応するｓｃ及びｓｓベクターは、実質的に類似する発現レベルを示した。

ＦＩＸ発現に対する肝臓特異的ＣＲＭ８調節制御エレメントの効果も、一本鎖ベクターの条件で調査した。表５に報告するように、一本鎖ベクターに１つのＣＲＭ８エレメントを含めると、Ｂ６／１２９Ｐ２−Ｆ９ｔｍ１ＤｗｓＦＩＸノックアウトマウスのＦＩＸ発現が改善された。３つのＣＲＭ８エレメントを含めると、一本鎖ＣＳ０６構築物からのＦＩＸ発現がさらに改善され、ＣＲＭ８エレメントを欠く自己相補的なＣＳ０６対照の２倍をわずかに超えるレベルに達した。野生型ＷＨ０２構築物と比較して、一本鎖ＣＳ０６ベクターは、３つのＣＲＭ８調節制御エレメントと組み合わせた場合、最大７倍超の発現を生じさせた。

（表５）種々の一本鎖（ｓｓ）及び自己相補的（ｓｃ）ＡＡＶ第ＩＸ因子ベクターを注射したＦＩＸノックアウトマウスでの第ＩＸ因子発現レベル

¹ 国際単位でのFIX活性(マウス7〜8匹の平均)；d、日数；

実施例５−一本鎖ＦＩＸＡＡＶ８ベクターは、同等の自己相補的ベクターよりもヒト肝細胞において良好なＦＩＸ発現を生じさせる
次に、実施例４に記載する一本鎖ＣＳ０６ベクターからの第ＩＸ因子発現をヒトＨｅｐＧ２細胞において調べ、類似する自己相補的ベクター構築物と比較した。実施例４で報告したｉｎｖｉｖｏの結果と一致して、ＣＲＭ８エレメントのない一本鎖ＣＳ０６ベクターは、ＨｅｐＧ２細胞において、同等の自己相補的ベクターよりもわずかに低いレベルでＦＩＸ発現を生じさせた。しかしながら、表６に報告するように、ＣＲＭ８エレメントを１つ含めると、一本鎖ＣＳ０６ベクターからのＦＩＸ発現が自己相補的ＣＳ０６ベクターからの発現よりも２．６倍高いレベルに増加した。

しかしながら最も驚くべきことに、一本鎖ＣＳ０６ベクターにＣＲＭ８エレメントを３つ含めると、ＦＩＸ発現が、自己相補的なＣＳ０６ベクターからの発現よりも１６．８倍高いレベルに増加した。このＦＩＸ発現の増加は、ＷＨ０２対照ベクターからのＦＩＸ発現よりも１００倍超大きいものであった。要約すると、ＣＲＭ８エレメントを３つ含む一本鎖ＣＳ０６ベクターは、ｉｎｖｉｖｏ及びｉｎｖｉｔｒｏ両方の生物学的力価アッセイで最高の発現レベルを示した。

（表６）ヒト肝細胞における一本鎖（ｓｓ）ベクター及び自己相補的ベクターからの第ＩＸ因子発現レベル

実施例１〜５の材料及び方法
動物実験。ＦＩＸノックアウトモデルの実験では、ＦＩＸｋｏマウス系統Ｂ６／１２９Ｐ２−Ｆ９ｔｍ１Ｄｗｓ（Ｌｉｎｅｔａｌ．，１９９７．Ｂｌｏｏｄ９０：３９６２−６が開発）を使用した。野生型マウスモデルでは、４〜５週齢の雄のＣ５７ＢＬ６−ＪＢ１６マウスを使用した。いずれの系統も商業的なブリーダーから入手した。ＡＡＶベクター希釈液を、個々の動物の体重を基準として、外側尾静脈経由で動物（群あたり４〜８動物）に注射した。ガラス毛細管を使用した公知の手順に従って、投与後、後眼窩穿刺により、規定の時間間隔で採血を実施した。次に、クエン酸ナトリウム抗凝固剤を予備充填したチューブに血液を移し、標準的な手順で血漿を得て、−２０℃で凍結した。

ＦＩＸ発色基質アッセイを含む、ＨｅｐＧ２細胞におけるｉｎｖｉｔｒｏ生物学的力価アッセイ。遺伝子治療ベクター製剤のｉｎｖｉｔｒｏ生物学的力価アッセイは、ヒト肝細胞株ＨｅｐＧ２（ＡＴＣＣＨＢ−８０６５）で実施した。ヒドロキシ尿素で処理した後、細胞にＡＡＶ８ＦＩＸベクターを感染させ、約９６時間インキュベートした。インキュベーション期間中に、ＦＩＸが発現し、細胞上清に放出された。ＦＩＸ活性をエンドポイント比色測定（ＲｏｓｓｉｘＡＢ，Ｓｗｅｄｅｎ）によって決定した。各アッセイのランは、７００〜７０００の範囲のＭＯＩを用いた、精製ＡＡＶ−ＦＩＸベクター材料の検量線を含む。ＭＯＩ３２７０でのＦＩＸ活性の標準を、生物学的力価単位（ＢＰＵ）１に設定する。

マウス血漿におけるヒトＦＩＸの定量化。ノックアウトマウス血漿中のヒトＦＩＸを定量化するために、標準的なＦＩＸ凝固分析を使用してＦＩＸ凝固アッセイを実施した。野生型マウスの血漿中のヒトＦＩＸ抗原を定量化するために、ヒトＦＩＸを特異的に検出する市販のＥＬＩＳＡキット（ＡＳＳＥＲＡＣＨＲＯＭＩＸ：ＡＧ（カタログ番号００９４３ＳｔａｇｏＢＮＬ）を使用した。

実施例６−ＣＲＭ８エレメントの組み込みによる転写効率の改善
ＣＲＭ８を含むベクターの生物学的力価の改善が転写効率の増加に起因するかどうかを検討するために、ヒト肝臓細胞株（ＨｅｐＧ２）及びマウス肝臓細胞（ＦＩＸノックアウトマウス）に、ＣＲＭ８エレメントを０個、１個、または３個含む一本鎖ＣＳ０６ベクターを形質導入した。ＦＩＸのｍＲＮＡレベル及びＤＮＡレベルを決定し、正規化されたＦＩＸのｍＲＮＡレベルとＤＮＡレベルとの比で表した。

ｉｎｖｉｔｒｏモデルでは、１つのＣＲＭ８エレメント（ＣＳ０６−ＣＲＭ８．１−ｓｓＶ）または３つのＣＲＭ８エレメント（ＣＳ０６−ＣＲＭ８．３−ｓｓＶ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４０））を含めると、形質導入ヒト肝細胞のヒトＦＩＸのｍＲＮＡレベルが、ＣＲＭ８エレメントを欠くベクター（ＣＳ０６−ＣＲＭ８．０−ｓｓＶ）を形質導入した細胞よりも、それぞれ５倍及び２３倍高くなった（表６）。同様に、ｉｎｖｉｖｏモデルでは、ＣＲＭ８エレメントを１つまたは３つ含むベクターからのマウス肝臓でのＦＩＸの発現が、ＣＲＭ８エレメントを欠くベクターからのＦＩＸの発現よりもそれぞれ２．０倍及び２．８倍高かった（表６）。いずれのモデルも、ＣＲＭ８エレメント（複数可）がＦＩＸ構築物の転写活性の改善に有益な効果をもたらすことを裏付けている。

（表７）ヒト肝臓細胞株またはマウス肝臓のＡＡＶ８−ＦＩＸ形質導入後のＦＩＸのｍＲＮＡレベル

実施例６の方法
ＲＮＡ及びＤＮＡ抽出を含む定量的リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応。ゲノムＤＮＡ及び全ＲＮＡを、凍結肝臓（動物実験を参照）またはＨｅｐＧ２細胞（ＨｅｐＧ２細胞のｉｎｖｉｔｒｏ生物学的力価アッセイを参照）から標準的な手順で抽出した。ｉｎｖｉｖｏ実験の分析のため、１４日目のそれぞれの群の平均ＦＩＸ活性に近似する（平均±ＳＤの範囲内である）動物を、治療群あたり３匹を１組として選択した。マニュアル（ＤＮｅａｓｙＢｌｏｏｄ＆ＴｉｓｓｕｅＫｉｔ、Ｑｉａｇｅｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ；ＲＮｅａｓｙｍｉｎｉｋｉｔ、Ｑｉａｇｅｎ）に従って、オリゴ（ｄＴ２０）プライマー、ＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔＩＩＩ逆転写酵素（ＲＴ）、及びＤＮａｓｅ処理全ＲＮＡを使用してｃＤＮＡを合成した。

ＦＩＸエクソン６の９６ｂｐ配列を増幅する、蛍光による定量的リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応（ｑＰＣＲ）により、ｇＤＮＡ及びｃＤＮＡ試料の両方におけるＦＩＸ−導入遺伝子コピー数を決定した。マウスのβ−アクチンは内因性対照の役割を果たし、これを市販のＴａｑＭａｎアッセイを使用して定量化した。ｑＰＣＲデータ解析を、特定のデバイスのソフトウェアを使用して実行し、検量線の線形回帰パラメーターに基づいて、反応ごとにＦＩＸまたはβ−アクチンのコピーを算出した。さらに、結果を１μｇのＲＮＡまたはＤＮＡのいずれかで正規化し、ｍＲＮＡ：ＤＮＡ比を算出した。

本明細書に記載の実施例及び実施形態は例示のみを目的としており、それに照らした種々の変形または変更は、当業者に想定されるものであり、本出願の趣旨及び範囲ならびに添付の請求項の範囲内に包含されると理解される。本明細書で引用する刊行物、特許、及び特許出願はすべて、その全体が目的を問わず参照により本明細書に組み込まれる。

Claims

第ＩＸ因子タンパク質をコードする第ＩＸ因子ポリヌクレオチドを含む核酸組成物であって、該第ＩＸ因子ポリヌクレオチドが、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）の核酸配列と少なくとも９７％同一である核酸配列を含む、前記核酸組成物。
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドが、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）の核酸配列と少なくとも９９％同一である核酸配列を含む、請求項１に記載の核酸組成物。
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドが１０個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する、請求項１または２に記載の核酸組成物。
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドが３個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する、請求項１または２に記載の核酸組成物。
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドが、ＣＳ０６−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１７）の核酸配列を含む、請求項１に記載の核酸組成物。
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドが、ＦＩＸ−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１）を基準として、ヌクレオチド位置１１５０〜１１５２においてロイシンをコードする、請求項１〜５のいずれか１項に記載の核酸組成物。
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドによってコードされる前記第ＩＸ因子タンパク質が、ＦＩＸｐ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１２）と比較して１〜１０個のアミノ酸置換を有する、請求項１〜６のいずれか１項に記載の核酸組成物。
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドによってコードされる前記第ＩＸ因子タンパク質が、ＦＩＸｐ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１２）のアミノ酸配列を有する、請求項１〜６のいずれか１項に記載の核酸組成物。
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドが、プレプロリーダーペプチドをコードするプレプロリーダーポリヌクレオチドをさらに含み、該プレプロリーダーペプチドがＦＩＸ−ＰＰＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３６）のアミノ酸配列を含む、請求項１〜８のいずれか１項に記載の核酸組成物。
前記プレプロリーダーポリヌクレオチドがＣＳ０６−ＰＰＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：２３）の核酸配列を有する、請求項９に記載の核酸組成物。
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドが、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）の核酸配列と少なくとも９９％同一である核酸配列を有する、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の核酸組成物。
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドが、ＣＳ０６−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：９）の核酸配列を有する、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の核酸組成物。
第ＩＸ因子タンパク質をコードする第ＩＸ因子ポリヌクレオチドを含む核酸組成物であって、該第ＩＸ因子ポリヌクレオチドが、ＣＳ０２−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１３）の核酸配列と少なくとも９５％同一である核酸配列を含む、前記核酸組成物。
第ＩＸ因子タンパク質をコードする第ＩＸ因子ポリヌクレオチドを含む核酸組成物であって、該第ＩＸ因子ポリヌクレオチドが、ＣＳ０３−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１４）の核酸配列と少なくとも９８％同一である核酸配列を含む、前記核酸組成物。
第ＩＸ因子タンパク質をコードする第ＩＸ因子ポリヌクレオチドを含む核酸組成物であって、該第ＩＸ因子ポリヌクレオチドが、ＣＳ０４−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１５）の核酸配列と少なくとも９９％同一である核酸配列を含む、前記核酸組成物。
第ＩＸ因子タンパク質をコードする第ＩＸ因子ポリヌクレオチドを含む核酸組成物であって、該第ＩＸ因子ポリヌクレオチドが、ＣＳ０５−ＭＰ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１６）の核酸配列と少なくとも９８％同一である核酸配列を含む、前記核酸組成物。
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドが１０個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する、請求項１３〜１６のいずれか１項に記載の核酸組成物。
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドが３個以下のＣｐＧジヌクレオチドを有する、請求項１３〜１６のいずれか１項に記載の核酸組成物。
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドが、ＦＩＸ−ＦＬ−ＮＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１）を基準として、ヌクレオチド位置１１５０〜１１５２においてロイシンをコードする、請求項１３〜１６のいずれか１項に記載の核酸組成物。
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドによってコードされる前記第ＩＸ因子タンパク質が、ＦＩＸｐ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１２）と比較して１〜１０個のアミノ酸置換を有する、請求項１３〜１９のいずれか１項に記載の核酸組成物。
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドによってコードされる前記第ＩＸ因子タンパク質が、ＦＩＸｐ−ＭＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：１２）のアミノ酸配列を有する、請求項１３〜１９のいずれか１項に記載の核酸組成物。
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドが、プレプロリーダーペプチドをコードするプレプロリーダーポリヌクレオチドをさらに含み、該プレプロリーダーペプチドがＦＩＸ−ＰＰＰ−ＡＡ（ＳＥＱＩＤＮＯ：３６）のアミノ酸配列を含む、請求項１３〜２１のいずれか１項に記載の核酸組成物。
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドに機能的に連結された肝臓特異的プロモーターエレメントをさらに含む、請求項１〜２２のいずれか１項に記載の核酸組成物。
前記肝臓特異的プロモーターエレメントがプロモーターポリヌクレオチドのコピーを１つ含み、該プロモーターポリヌクレオチドがＣＲＭ８（ＳＥＱＩＤＮＯ：３９）と少なくとも９５％同一である核酸配列を含む、請求項２３に記載の核酸組成物。
前記肝臓特異的プロモーターエレメントがプロモーターポリヌクレオチドのコピーを３つ含み、該プロモーターポリヌクレオチドがＣＲＭ８（ＳＥＱＩＤＮＯ：３９）と少なくとも９５％同一である核酸配列を含む、請求項２３に記載の核酸組成物。
前記プロモーターポリヌクレオチドがＣＲＭ８（ＳＥＱＩＤＮＯ：３９）の核酸配列を含む、請求項２４または２５に記載の核酸組成物。
前記第ＩＸ因子ポリヌクレオチドに機能的に連結されたイントロンをさらに含む、請求項１〜２２のいずれか１項に記載の核酸組成物。
前記イントロンが、ＭＶＭＩ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５３）と少なくとも９５％同一である核酸配列を含むＭＶＭイントロンポリヌクレオチドを含む、請求項２７に記載の核酸組成物。
前記ＭＶＭイントロンポリヌクレオチドがＭＶＭＩ（ＳＥＱＩＤＮＯ：５３）の核酸配列を含む、請求項２８に記載の核酸組成物。
前記イントロンが、プロモーターエレメントと、第ＩＸ因子ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列の翻訳開始部位との間に位置する、請求項２７〜２９のいずれか１項に記載の核酸組成物。
ＣＳ０６−ＣＲＭ８．３−ｓｓＶ（ＳＥＱＩＤＮＯ：４０）の核酸配列を含む、請求項１に記載の核酸組成物。
哺乳動物遺伝子治療ベクターを含む、請求項１〜３１のいずれか１項に記載の核酸組成物。
前記哺乳動物遺伝子治療ベクターがアデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）ベクターである、請求項３２に記載の核酸組成物。
前記アデノ随伴ウイルスベクターが血清型８アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ−８）ベクターである、請求項３３に記載の核酸組成物。
前記哺乳動物遺伝子治療ベクターが、前記第ＩＸ因子タンパク質をコードする一本鎖ポリヌクレオチドを含む、請求項３２〜３４のいずれか１項に記載の核酸組成物。
請求項１〜３５のいずれか１項に記載の核酸組成物を、それを必要とする患者に投与することを含む、血友病Ｂを治療するための方法。
血友病Ｂを治療するための、請求項１〜３５のいずれか１項に記載の核酸組成物。
血友病Ｂの治療用薬剤の製造のための、請求項１〜３５のいずれか１項に記載の核酸組成物の使用。
請求項１〜３５のいずれか１項に記載の核酸組成物を哺乳動物宿主細胞に導入することを含む、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）粒子を作製するための方法であって、該核酸組成物が、該哺乳動物宿主細胞において複製する能力がある、前記方法。