JP2020517304A5 - - Google Patents
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Description
好ましくは、前述の操作は、様々なコンピュータ実施操作によって試料の分子分析を可能にするデジタルプラットフォームの一部である。
出願時の特許請求の範囲は以下の通りである。
［請求項１］
妊娠した雌から得られた生体試料中における胎児の染色体異数性および／またはヘテロ接合性の欠如（ＬＯＨ）の有無を決定するための方法であって、
− 母体および胎児の核酸の両方を含む生体試料のターゲットキャプチャー超並列シークエンシングの指標となる配列情報を得るステップと、
− 前記ターゲットキャプチャー超並列シークエンシングから得られたオフターゲットリードの量を決定するステップと、
− 前記異数性またはＬＯＨの有無を決定するための情報を前記オフターゲットリードカウント情報から得るステップと
を含む方法。
［請求項２］
妊娠した雌の生体試料中における胎児異数性および／またはヘテロ接合性の欠如（ＬＯＨ）の有無を決定するための方法であって、前記試料が母体および胎児の両方のセルフリーＤＮＡを含み、前記方法が、
ａ）前記生体試料から母体および胎児のＤＮＡを得るステップ、
ｂ）前記ＤＮＡと、１つまたは複数の標識されたＲＮＡプローブまたはＤＮＡプローブとを接触させるステップと、それによって前記プローブの前記母体または胎児のＤＮＡへのハイブリダイゼーションを可能にし、
ｃ）前記ハイブリダイズしたＤＮＡ：プローブを捕捉するステップと、
ｄ）捕捉された前記ＤＮＡのシークエンシングを実施するステップと、それによってリードが得られ、
ｅ）前記リードを参照ゲノムにマッピングするステップと、
ｆ）オンターゲットリードとオフターゲットリードとを分離するステップと、
ｇ）オフターゲットリードカウントを得るステップと、
前記オフターゲットリードカウントを胎児異数性またはＬＯＨの有無の決定のために使用するステップと
を含む方法。
［請求項３］
ディープシークエンシングを実施する、請求項１または２に記載の方法。
［請求項４］
オフターゲットリードカウントの最少量がｌ×１０６である、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
［請求項５］
前記プローブが予め規定された標的を対象とすることを特徴とする、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
［請求項６］
前記プローブが前記ＤＮＡまたは領域の繰り返し領域を対象とすることを特徴とする、請求項５に記載の方法。
［請求項７］
前記プローブが、反復性ＣＮＶまたは前記反復性ＣＮＶに隣接する領域を含有することが知られている１つまたは複数の領域を対象とすることを特徴とする、請求項５に記載の方法。
［請求項８］
前記プローブが１×１０３〜１０×１０６塩基対の間の配列長を有するＣＮＶ標的を対象とすることを特徴とする、請求項５に記載の方法。
［請求項９］
前記プローブが無作為標的を対象とすることを特徴とする、前記請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
［請求項１０］
前記オンターゲットリードがさらなる分析のために排除されることを特徴とする、請求項１〜９のいずれか１項に記載の方法。
［請求項１１］
前記得られたオフターゲットが参照セットに基づいて正規化されることを特徴とする、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
［請求項１２］
１つまたは複数のパラメータが前記オンターゲットリードから得られ、それによって胎児画分の決定および／または微少欠失の有無の検出が可能になる、請求項１または２に記載の方法。
［請求項１３］
対象から得られた生体試料中におけるヘテロ接合性の欠如事象の存在を検出するための方法であって、前記試料が核酸を含み、前記方法が、
− 前記試料から得られたＤＮＡのターゲットキャプチャー超並列シークエンシングから配列情報を得るステップと、
− 前記ターゲットキャプチャー超並列シークエンシングから得られたオフターゲットリードの量を決定するステップと、
− 前記ＬＯＨの有無を決定するための情報を前記オフターゲットリードカウントから得るステップと
を含む方法。
出願時の特許請求の範囲は以下の通りである。
［請求項１］
妊娠した雌から得られた生体試料中における胎児の染色体異数性および／またはヘテロ接合性の欠如（ＬＯＨ）の有無を決定するための方法であって、
− 母体および胎児の核酸の両方を含む生体試料のターゲットキャプチャー超並列シークエンシングの指標となる配列情報を得るステップと、
− 前記ターゲットキャプチャー超並列シークエンシングから得られたオフターゲットリードの量を決定するステップと、
− 前記異数性またはＬＯＨの有無を決定するための情報を前記オフターゲットリードカウント情報から得るステップと
を含む方法。
［請求項２］
妊娠した雌の生体試料中における胎児異数性および／またはヘテロ接合性の欠如（ＬＯＨ）の有無を決定するための方法であって、前記試料が母体および胎児の両方のセルフリーＤＮＡを含み、前記方法が、
ａ）前記生体試料から母体および胎児のＤＮＡを得るステップ、
ｂ）前記ＤＮＡと、１つまたは複数の標識されたＲＮＡプローブまたはＤＮＡプローブとを接触させるステップと、それによって前記プローブの前記母体または胎児のＤＮＡへのハイブリダイゼーションを可能にし、
ｃ）前記ハイブリダイズしたＤＮＡ：プローブを捕捉するステップと、
ｄ）捕捉された前記ＤＮＡのシークエンシングを実施するステップと、それによってリードが得られ、
ｅ）前記リードを参照ゲノムにマッピングするステップと、
ｆ）オンターゲットリードとオフターゲットリードとを分離するステップと、
ｇ）オフターゲットリードカウントを得るステップと、
前記オフターゲットリードカウントを胎児異数性またはＬＯＨの有無の決定のために使用するステップと
を含む方法。
［請求項３］
ディープシークエンシングを実施する、請求項１または２に記載の方法。
［請求項４］
オフターゲットリードカウントの最少量がｌ×１０６である、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
［請求項５］
前記プローブが予め規定された標的を対象とすることを特徴とする、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
［請求項６］
前記プローブが前記ＤＮＡまたは領域の繰り返し領域を対象とすることを特徴とする、請求項５に記載の方法。
［請求項７］
前記プローブが、反復性ＣＮＶまたは前記反復性ＣＮＶに隣接する領域を含有することが知られている１つまたは複数の領域を対象とすることを特徴とする、請求項５に記載の方法。
［請求項８］
前記プローブが１×１０３〜１０×１０６塩基対の間の配列長を有するＣＮＶ標的を対象とすることを特徴とする、請求項５に記載の方法。
［請求項９］
前記プローブが無作為標的を対象とすることを特徴とする、前記請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
［請求項１０］
前記オンターゲットリードがさらなる分析のために排除されることを特徴とする、請求項１〜９のいずれか１項に記載の方法。
［請求項１１］
前記得られたオフターゲットが参照セットに基づいて正規化されることを特徴とする、請求項１〜１０のいずれか１項に記載の方法。
［請求項１２］
１つまたは複数のパラメータが前記オンターゲットリードから得られ、それによって胎児画分の決定および／または微少欠失の有無の検出が可能になる、請求項１または２に記載の方法。
［請求項１３］
対象から得られた生体試料中におけるヘテロ接合性の欠如事象の存在を検出するための方法であって、前記試料が核酸を含み、前記方法が、
− 前記試料から得られたＤＮＡのターゲットキャプチャー超並列シークエンシングから配列情報を得るステップと、
− 前記ターゲットキャプチャー超並列シークエンシングから得られたオフターゲットリードの量を決定するステップと、
− 前記ＬＯＨの有無を決定するための情報を前記オフターゲットリードカウントから得るステップと
を含む方法。
Claims (9)
- 妊娠した雌の生体試料中における胎児のヘテロ接合性の欠如（ＬＯＨ）の有無をゲノムワイドで決定するための方法であって、前記試料が母体および胎児の両方のセルフリーＤＮＡを含み、前記方法が、
ａ）前記生体試料から母体および胎児のＤＮＡを得るステップ、
ｂ）前記ＤＮＡと、１つまたは複数の標識されたＲＮＡプローブまたはＤＮＡプローブとを接触させるステップと、それによって前記プローブの前記母体または胎児のＤＮＡへのハイブリダイゼーションを可能にし、
ｃ）前記ハイブリダイズしたＤＮＡ：プローブを捕捉するステップと、
ｄ）捕捉された前記ＤＮＡのシークエンシングを実施するステップと、それによってリードが得られ、
ｅ）前記リードを参照ゲノムにマッピングするステップと、
ｆ）オンターゲットリードとオフターゲットリードとを分離するステップと、
ｇ）前記オフターゲットリードを参照セットに基づいて正規化するステップと、
ｈ）オフターゲットリードカウントを得るステップと、
前記オフターゲットリードカウントを胎児のＬＯＨの有無の決定のために使用するステップと
を含む方法。 - ディープシークエンシングを実施する、請求項１に記載の方法。
- オフターゲットリードカウントの最少量がｌ×１０６である、請求項１または２に記載の方法。
- 前記プローブが予め規定された標的を対象とすることを特徴とする、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
- 前記プローブが前記ＤＮＡまたは領域の繰り返し領域を対象とすることを特徴とする、請求項４に記載の方法。
- 前記プローブが無作為標的を対象とすることを特徴とする、前記請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。
- 前記オンターゲットリードがさらなる分析のために排除されることを特徴とする、請求項１に記載の方法。
- 前記得られたオフターゲットの正規化が参照セットを考慮して行われ、参照セットとの比較によりスコアが得られる、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。
- １つまたは複数のパラメータが前記オンターゲットリードから得られ、それによって胎児画分の決定がさらに可能になる、請求項１または２に記載の方法。
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