JP2019526257A5 - - Google Patents

Download PDF

Info

Publication number
JP2019526257A5
JP2019526257A5 JP2019511456A JP2019511456A JP2019526257A5 JP 2019526257 A5 JP2019526257 A5 JP 2019526257A5 JP 2019511456 A JP2019511456 A JP 2019511456A JP 2019511456 A JP2019511456 A JP 2019511456A JP 2019526257 A5 JP2019526257 A5 JP 2019526257A5
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
region
sample
genomic dna
adapters
adapter
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
JP2019511456A
Other languages
English (en)
Other versions
JP7217224B2 (ja
JP2019526257A (ja
Filing date
Publication date
Application filed filed Critical
Priority claimed from PCT/US2017/048434 external-priority patent/WO2018039463A1/en
Publication of JP2019526257A publication Critical patent/JP2019526257A/ja
Publication of JP2019526257A5 publication Critical patent/JP2019526257A5/ja
Priority to JP2021180899A priority Critical patent/JP7304393B2/ja
Application granted granted Critical
Publication of JP7217224B2 publication Critical patent/JP7217224B2/ja
Priority to JP2023044421A priority patent/JP2023078336A/ja
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Description

いくつかの実施形態において、複数のアダプタの各アダプタのアンカータグ領域は、４個のヌクレオチド配列のうちの１個を含み、所与の配列の各試料領域は、所与の配列の４個のアンカー領域のうちの１個のみに対合される。請求項７５の１セットのアダプタにおいて、複数のアダプタの各アダプタの増幅領域は、同一のヌクレオチド配列を含み、各アダプタの試料タグ領域は、８ヌクレオチド長にあり、試料タグの各ヌクレオチド配列は、少なくとも２のハミング距離によって１セットのアダプタの試料タグのいずれかの他のヌクレオチド配列から分離し、複数のアダプタのそれぞれは、試料タグ領域に隣接する、または試料タグ領域内に含まれるＵＭＩ増倍管を備え、複数のアダプタの各アダプタのＵＭＩ増倍管は、３ヌクレオチド長にあり、ＵＭＩ増倍管は、６４個の可能なヌクレオチド配列のうちの１個を含み、それぞれの６４個の可能なヌクレオチド配列のＵＭＩ増倍管は、複数のアダプタの試料タグ領域のそれぞれに対合され、複数のアダプタの各アダプタのアンカータグ領域は、４個のヌクレオチド配列のうちの１個を含み、所与の配列の各試料領域は、所与の配列の４個のアンカー領域のうちの１個のみに対合される。
特定の実施形態では、例えば以下の項目が提供される。
（項目１）
ＤＮＡ標的領域上で試験試料から遺伝子解析を実施する方法であって、
（ａ）複数のＤＮＡライブラリ断片を含むゲノムＤＮＡライブラリを生成することであって、そこで各前記ＤＮＡライブラリ断片は前記試験試料からのゲノムＤＮＡ断片、及びアダプタを含む、前記生成すること、
（ｂ）ＤＮＡ標的領域に特異的に結着する複数のキャプチャプローブと前記ゲノムＤＮＡライブラリを接触させることにより、前記ＤＮＡ標的領域を含む前記キャプチャプローブとＤＮＡライブラリ断片との間に複合体を形成すること、ならびに
（ｃ）前記ＤＮＡ標的領域を含む前記ゲノムＤＮＡ断片の定量的遺伝子解析を実施すること、
を備え、
そこで前記アダプタは増幅領域、試料タグ領域、及びアンカー領域を含むＤＮＡポリヌクレオチドであり、
そこで前記増幅領域はＰＣＲ増幅についてプライマー認識部位として機能することが可能であるポリヌクレオチド配列を含み、
そこで前記試料タグは前記ユニークライブラリＤＮＡ断片の一致度を符号化し、前記試験試料の一致度を符号化するポリヌクレオチド配列を含み、
そこで前記アンカー領域は前記試験試料の前記一致度を符号化するポリヌクレオチド配列を含み、そこで前記アンカー領域は前記ゲノムＤＮＡ断片に付着することが可能であり、
そこで前記遺伝子解析は疾患状態を示す遺伝的変化を検出するために実施される、
前記方法。
（項目２）
疾患状態を示す前記遺伝的変化は、一塩基多様体（ＳＮＶ）、４０ヌクレオチド長未満の挿入、４０ヌクレオチド長未満のＤＮＡ領域の欠失、及び／またはコピー数における変化から選択される、項目１に記載の前記方法。
（項目３）
疾患状態を示す前記遺伝的変化は、コピー数における変化である、項目１に記載の前記方法。
（項目４）
前記試験試料は、組織診である、項目１から３のいずれかに記載の前記方法。
（項目５）
前記組織診は、腫瘍、または腫瘍であると疑われる組織から採取される、項目４に記載の前記方法。
（項目６）
前記ゲノムＤＮＡは、無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）または細胞ＤＮＡである、項目１から３のいずれかに記載の前記方法。
（項目７）
前記ゲノムＤＮＡは、前記試験試料から単離されるｃｆＤＮＡであり、前記試験試料は、羊水、血液、血漿、血清、精液、リンパ液、脳脊髄液、眼液、尿、唾液、便、粘液、及び汗からなる群から選択される生体試料である、項目６に記載の前記方法。
（項目８）
前記ゲノムＤＮＡ断片は、
（ｉ）前記試験試料から細胞ＤＮＡを単離すること、
（ｉｉ）前記細胞ＤＮＡを断片化し、前記ゲノムＤＮＡ断片を取得すること、
を備えるステップによって取得される、項目１から５のいずれかに記載の前記方法。
（項目９）
ステップ（ｉｉ）は、前記細胞ＤＮＡを少なくとも１個の消化酵素と接触させることによって実施される、項目８に記載の前記方法。
（項目１０）
ステップ（ｉｉ）は、機械的応力を前記細胞ＤＮＡへ加えることによって実施される、項目８に記載の前記方法。
（項目１１）
前記機械的応力は、前記細胞ＤＮＡを超音波処理することによって加えられる、項目１０に記載の前記方法。
（項目１２）
前記試料タグは、前記ユニークゲノムＤＮＡ断片の前記同定を容易にするユニーク分子識別子（ＵＭＩ）をさらに含む、先行項目のいずれかに記載の前記方法。
（項目１３）
前記増幅領域は、１０から５０の間のヌクレオチド長にある、先行項目のうちのいずれか１項に記載の前記方法。
（項目１４）
前記増幅領域は、２０から３０の間のヌクレオチド長にある、先行項目のうちのいずれか１項のいずれかに記載の前記方法。
（項目１５）
前記増幅領域は、２５ヌクレオチド長にある、先行項目のうちのいずれか１項のいずれかに記載の前記方法。
（項目１６）
前記試料タグは、５から５０の間のヌクレオチド長にある、先行項目のうちのいずれか１項に記載の前記方法。
（項目１７）
前記試料タグは、５から１５の間のヌクレオチド長にある、項目１６に記載の前記方法。
（項目１８）
前記試料タグは、８ヌクレオチド長にある、項目１６に記載の前記方法。
（項目１９）
前記ＵＭＩ増倍管は、前記試料タグ領域に隣接する、または前記試料タグ領域内に含まれる、項目１２から１８のうちのいずれか１項に記載の前記方法。
（項目２０）
前記ＵＭＩ増倍管は、１から５の間のヌクレオチド長にある、項目１９に記載の前記方法。
（項目２１）
前記ＵＭＩ増倍管は、３ヌクレオチド長にあり、６４個の可能なヌクレオチド配列のうちの１個を含む、項目１９に記載の前記方法。
（項目２２）
前記アンカー領域は、１から５０の間のヌクレオチド長にある、先行項目のうちのいずれか１項に記載の前記方法。
（項目２３）
前記アンカー領域は、５から２５の間のヌクレオチド長にある、項目２２に記載の前記方法。
（項目２４）
前記アンカー領域は、１０ヌクレオチド長にある、項目２２または２３に記載の前記方法。
（項目２５）
ステップ（ａ）は、前記ゲノムＤＮＡ断片を複数のアダプタへ付着させることを備える、先行項目のいずれか１項に記載の前記方法。
（項目２６）
前記ゲノムＤＮＡ断片は、前記ゲノムＤＮＡ断片を複数のアダプタと付着させる前に、末端修復される、項目２５に記載の前記方法。
（項目２７）
前記複数のアダプタの各アダプタの前記増幅領域は、同一のヌクレオチド配列を含む、項目２５に記載の前記方法。
（項目２８）
前記複数のアダプタの各アダプタの前記試料タグ領域は、２から１，０００個の間のヌクレオチド配列のうちの１個を含む、項目２６または２７に記載の前記方法。
（項目２９）
前記複数のアダプタの各アダプタの前記試料タグ領域は、５０から５００個の間のヌクレオチド配列のうちの１個を含む、項目２８に記載の前記方法。
（項目３０）
前記複数のアダプタの各アダプタの前記試料タグ領域は、１００から４００個の間のヌクレオチド配列のうちの１個を含む、項目２８に記載の前記方法。
（項目３１）
前記複数のアダプタの各アダプタの前記試料タグ領域は、２００から３００個の間のヌクレオチド配列のうちの１個を含む、項目２８に記載の前記方法。
（項目３２）
前記複数のアダプタの各アダプタの前記試料タグ領域は、８ヌクレオチド長にある、項目２８に記載の前記方法。
（項目３３）
前記ヌクレオチド配列の各配列は、少なくとも２のハミング距離によって前記２４０個のヌクレオチド配列のいずれかの他の配列から分離する、項目２８から３２のいずれかに記載の前記方法。
（項目３４）
前記複数のアダプタのそれぞれは、前記試料タグ領域に隣接する、または前記試料タグ領域内に含まれるＵＭＩ増倍管を備える、項目２６から３３のうちのいずれか１項に記載の前記方法。
（項目３５）
前記複数のアダプタのそれぞれは、前記試料タグ領域に隣接するＵＭＩ増倍管を備える、項目２６から３４のうちのいずれか１項に記載の前記方法。
（項目３６）
前記複数のアダプタの各アダプタの前記ＵＭＩ増倍管は、１から５の間のヌクレオチド長にある、項目３４または３５に記載の前記方法。
（項目３７）
前記複数のアダプタの各アダプタの前記ＵＭＩ増倍管は、３ヌクレオチド長にある、項目３６に記載の前記方法。
（項目３８）
前記複数のアダプタの各アダプタの前記アンカータグ領域は、４個のヌクレオチド配列のうちの１個を含み、所与の配列の各試料領域は、所与の配列の前記４個のアンカー領域のうちの１個のみに対合される、項目２６から３７に記載の前記方法。
（項目３９）
前記複数のアダプタの各アダプタの前記増幅領域は、同一のヌクレオチド配列を含み、
前記複数のアダプタの各アダプタの前記試料タグ領域は、８ヌクレオチド長にあり、各試料タグの前記ヌクレオチド配列は、少なくとも２のハミング距離によって前記複数のアダプタの前記試料タグのいずれかの他のヌクレオチド配列から分離し、
前記複数のアダプタのそれぞれは、前記試料タグ領域に隣接する、または前記試料タグ領域内に含まれるＵＭＩ増倍管を備え、前記複数のアダプタの各アダプタの前記ＵＭＩ増倍管は、３ヌクレオチド長にあり、それぞれの前記可能なヌクレオチド配列の前記ＵＭＩ増倍管は、前記複数のアダプタの各試料タグ領域に対合され、
前記複数のアダプタの各アダプタの前記アンカータグ領域は、４個のヌクレオチド配列のうちの１個を含み、所与の配列の各試料領域は、所与の配列の前記４個のアンカー領域のうちの１個のみに対合される、
項目２５または２６に記載の前記方法。
（項目４０）
前記ゲノムＤＮＡ断片を複数のアダプタと付着させる前記ステップは、
（ｉ）アンカー領域の少なくとも一部を含むオリゴヌクレオチドを各ゲノムＤＮＡ断片へ付着させることであって、そこでアンカー領域の少なくとも一部を含む前記オリゴヌクレオチドはパートナー鎖によって二本鎖にされる５’リン酸化付着鎖を含むＤＮＡ二本鎖であり、そこで前記パートナー鎖は化学修飾による付着からその３’末端で遮断され、そこで前記付着鎖は前記ゲノムＤＮＡ断片に付着する、前記付着させること、
（ｉｉ）前記複数のアダプタの各アダプタのヌクレオチド配列についてアダプタ配列の全長を符号化するＤＮＡオリゴヌクレオチドと、前記アンカー領域の少なくとも一部を含む前記オリゴヌクレオチドに付着する前記ゲノムＤＮＡ断片を接触させること、ならびに
（ｉｉｉ）ＤＮＡライゲーションに適切な条件下でＴ４ポリヌクレオチドキナーゼ、Ｔａｑ ＤＮＡリガーゼ、及びＢｓｔポリメラーゼ全長と、前記ゲノムＤＮＡ断片、及び前記アダプタ配列の全長を符号化する前記ＤＮＡオリゴヌクレオチドを接触させること、
を備え、
それらにより、前記複数のアダプタを前記ゲノムＤＮＡ断片に付着させる、項目２５から３９のいずれか１項に記載の前記方法。
（項目４１）
前記ゲノムＤＮＡ断片は、ｃｆＤＮＡである、項目２５から４０のいずれかに記載の前記方法。
（項目４２）
前記ＤＮＡ標的領域は、コピー数における変化について解析される、項目２５から４１のいずれかに記載の前記方法。
（項目４３）
ステップ（ｃ）は、前記ＤＮＡ標的領域を含む前記キャプチャプローブとＤＮＡライブラリ断片との間に形成される前記複合体の精製を備える、先行項目のいずれか１項に記載の前記方法。
（項目４４）
ステップ（ｃ）は、前記ＤＮＡ標的領域を含む前記キャプチャプローブとＤＮＡライブラリ断片との間に形成される前記複合体の精製を備え、前記ゲノムＤＮＡライブラリから前記関心領域を含む前記ＤＮＡライブラリ断片のプライマー伸長及び／または増幅を実施する、先行項目のいずれか１項に記載の前記方法。
（項目４５）
ステップ（ｃ）は、前記ＤＮＡ標的領域を含む前記キャプチャプローブとＤＮＡライブラリ断片との間に形成される前記複合体の精製を備え、前記ゲノムＤＮＡライブラリから前記関心領域を含む前記ＤＮＡライブラリ断片のプライマー伸長及び増幅を実施する、先行項目のいずれか１項に記載の前記方法。
（項目４６）
ステップ（ｃ）は、複数のシーケンシングリードを生成するために、前記ＤＮＡ標的領域を含む前記ＤＮＡライブラリ断片のＤＮＡシーケンシングを備える、先行項目のいずれか１項に記載の前記方法。
（項目４７）
前記ゲノム解析は、ＤＮＡ関心領域におけるコピー数の変化を測定することを備え、ステップ（ｃ）は、
（ｉ）前記試験試料に由来する前記ゲノムＤＮＡライブラリ中に存在する前記関心領域のコピー数を測定すること、及び
（ｉｉ）ステップ（ｉ）において測定された前記コピー数を標準試料に由来する前記ゲノムＤＮＡライブラリ中に存在する前記関心領域のコピー数と比較すること、
を備え、
前記標準試料は、前記ＤＮＡ標的領域の既知のコピー数を有する、
先行項目のいずれか１項に記載の前記方法。
（項目４８）
前記関心領域における前記コピー数を測定することは、複数のシーケンシングリードを生成するために前記ＤＮＡ標的領域を含む前記ＤＮＡライブラリ断片のＤＮＡシーケンシングを備え、各シーケンシングリードは、ユニーク分子識別素子（ＵＭＩＥ）を含む、項目４７に記載の前記方法。
（項目４９）
前記ＵＭＩＥは、前記アダプタからのシーケンシング情報、及び前記ゲノムＤＮＡ配列の少なくとも一部を含む、項目４８に記載の前記方法。
（項目５０）
同一ＵＭＩＥを含むシーケンシングリードは、ユニークゲノム配列（ＵＧＳ）として識別される、項目４９に記載の前記方法。
（項目５１）
前記ゲノムＤＮＡライブラリと接触する前記キャプチャプローブのそれぞれについて生のゲノム深度（ＲＧＤ）を測定することをさらに備える、項目４７から５０のいずれかに記載の前記方法。
（項目５２）
前記ＲＧＤは、試料複製物群内の各キャプチャプローブ配列と関連するＵＧＳの前記平均数を測定することを備える、項目５１に記載の前記方法。
（項目５３）
非常にばらつきのある数のＵＧＳと関連するキャプチャプローブは、ノイズの多いプローブとして識別され、さらなる計算から除外される、項目５２に記載の前記方法。
（項目５４）
試料についてＲＧＤを計算することをさらに備え、前記試料中のすべてのキャプチャプローブについてすべてのＲＧＤの数値平均を計算することを備える、項目５２に記載の前記方法。
（項目５５）
ノイズの多いプローブについての前記ＲＧＤ値は、試料についてＲＧＤを計算する際に含まれない、項目５２に記載の前記方法。
（項目５６）
前記キャプチャプローブについての前記ＲＧＤは、各キャプチャプローブについての前記ＲＧＤをプローブ特異的な正規化されたリードカウントに変換することによって実験群中のすべての試料にわたり正規化され、
前記プローブ特異的な正規化されたリードカウントは、
（ｉ）試料中の各キャプチャプローブＲＧＤに正規化定数を乗算することであって、そこで前記正規化定数はいずれかの実数を含む、前記乗算すること、及び
（ｉｉ）前記対応する試料について計算される前記ＲＧＤで（ｉ）の前記積を除算すること、または
（ｉｉｉ）１サブセットのプローブから計算される平均ＲＧＤで（ｉ）の前記積を除算すること、
を備える、項目５１から５５のいずれかに記載の前記方法。
（項目５７）
前記１サブセットのプローブは、１セットの対照プローブである、項目５６に記載の前記方法。
（項目５８）
前記プローブ特異的な、正規化されたリードカウントは、コピー数値に変換され、
前記コピー数値は、
（ｉ）．女性に由来する試料において、常染色体及び／またはＸ連鎖領域を対象とするプローブの前記プローブ特異的な、正規化されたリードカウントに２を乗算すること、
（ｉｉ）．男性に由来する試料において、Ｙ連鎖領域及び／またはＸ連鎖領域を対象とするプローブの前記プローブ特異的な、正規化されたリードカウントに１を乗算すること、
（ｉｉｉ）．実験中に、すべての試料にわたり（ｉ）及び／または（ｉｉ）の前記積を平均すること、ならびに
（ｉｖ）．（ｉｉｉ）の前記平均値で（ｉ）及び／または（ｉｉ）の前記積を除算すること、
を備える、項目５７に記載の前記方法。
（項目５９）
特異的な遺伝子を標的にするすべてのプローブについて前記近似したコピー数値は、平均される、項目５８に記載の前記方法。
（項目６０）
コピー数増加及びコピー数減少の高感度検出方法であって、
（ｉ）キャプチャプローブについてＲＧＤを測定すること、
（ｉｉ）前記キャプチャプローブについての前記ＲＧＤをプローブ特異的な、正規化されたリードカウントに変換することによって、実験群中にすべての試料にわたり前記キャプチャプローブについての前記ＲＧＤを正規化すること、
（ｉｉｉ）各プローブ特異的な、正規化されたリードカウントについて近似したコピー数値を計算すること、及び
（ｉｖ）特異的な遺伝子を標的にするすべてのプローブについて前記近似したコピー数値を平均すること、
を備える、前記方法。
（項目６１）
染色体安定性を測定する方法であって、
（ｉ）１セットの１つ以上の染色体安定性プローブを設計し、妥当性確認することであって、前記染色体安定性プローブはヒト染色体にわたり均一に分布する、前記妥当性確認すること、
（ｉｉ）前記１つ以上の染色体安定性プローブを使用して患者試料上で標的シーケンシングを実施すること、
（ｉｉｉ）各染色体プローブについて近似したコピー数値を決定すること、
（ｉｖ）患者試料のゲノム表現型を決定することであって、そこで前記患者試料中の１つ以上の染色体プローブについて前記コピー数値における増減はゲノム不安定性を示すこと、
を備える、前記方法。
（項目６２）
それを必要とする被験体中の癌を処置する方法であって、
前記被験体は項目６１の前記方法に従い、不安定化されたゲノムを含むと識別され、
前記癌を処置する前記方法は薬学的に有効量のＰＡＲＰ阻害剤を投与する、
ことを備える、前記方法。
（項目６３）
前記関心領域は、遺伝子、または前記遺伝子の一部である、先行項目のいずれか１項に記載の前記方法。
（項目６４）
前記遺伝子は、疾患と関連する、項目６３に記載の前記方法。
（項目６５）
前記疾患は、癌である、項目６４に記載の前記方法。
（項目６６）
前記遺伝子は、ＢＲＣＡ２、ＡＴＭ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＩＰ１、ＣＨＥＫ２、ＦＡＮＣＡ、ＨＤＡＣ２、及び／またはＰＡＬＢ２である、項目６３に記載の前記方法。
（項目６７）
複数のＤＮＡライブラリ断片を含むゲノムＤＮＡライブラリであって、
前記ＤＮＡライブラリ断片のそれぞれはアダプタ及びゲノムＤＮＡ断片を含み、
前記アダプタは増幅領域、試料タグ領域、及びアンカー領域を含むＤＮＡポリヌクレオチドであり、
前記増幅領域はＰＣＲ増幅についてプライマー認識部位として機能することが可能であるポリヌクレオチド配列を含み、
前記試料タグは前記ユニークライブラリＤＮＡ断片の一致度を符号化し、前記試験試料の一致度を符号化するポリヌクレオチド配列を含み、
前記アンカー領域は前記試験試料の前記一致度を符号化するポリヌクレオチド配列を含み、前記アンカー領域は前記ゲノムＤＮＡ断片に付着することが可能である、
前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
（項目６８）
前記試料タグは、ユニーク分子識別子（ＵＭＩ）をさらに含み、前記ＵＭＩは、前記ユニークゲノムＤＮＡ断片の前記同定を容易にする、項目６７に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
（項目６９）
前記増幅領域は、１０から５０の間のヌクレオチド長にある、項目６７または６８に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
（項目７０）
前記増幅領域は、２５ヌクレオチド長にある、項目６９に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
（項目７１）
前記試料タグは、５から５０の間のヌクレオチド長にある、先行項目のうちのいずれか１項に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
（項目７２）
前記試料タグは、８ヌクレオチド長にある、項目７１に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
（項目７３）
前記ＵＭＩ増倍管は、前記試料タグ領域に隣接する、または前記試料タグ領域内に含まれる、項目６７から７２のうちのいずれか１項に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
（項目７４）
前記ＵＭＩ増倍管は、１から５の間のヌクレオチド長にある、項目７３に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
（項目７５）
前記アンカー領域は、１から５０の間のヌクレオチド長にある、先行項目のうちのいずれか１項に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
（項目７６）
前記アンカー領域は、１０ヌクレオチド長にある、項目７５に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
（項目７７）
前記複数のアダプタの各アダプタの前記増幅領域は、同一のヌクレオチド配列を含む、項目６７から７６のいずれか１項に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
（項目７８）
前記試料タグの各ヌクレオチド配列は、少なくとも２のハミング距離によって前記試料の前記ヌクレオチド配列のいずれかの他の配列から分離する、項目６７から７７のいずれか１項に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
（項目７９）
前記複数のアダプタのそれぞれは、前記試料タグ領域に隣接する、または前記試料タグ領域内に含まれるＵＭＩ増倍管を備える、項目６７から７８のいずれか１項に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
（項目８０）
前記複数のアダプタのそれぞれは、前記試料タグ領域に隣接するＵＭＩ増倍管を備える、項目６７から７８のいずれか１項に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
（項目８１）
前記複数のアダプタの各アダプタの前記アンカータグ領域は、４個のヌクレオチド配列のうちの１個を含み、所与の配列の各試料領域は、所与の配列の前記４個のアンカー領域のうちの１個のみに対合される、項目６７から７８のいずれか１項に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
（項目８２）
前記複数のアダプタの各アダプタの前記増幅領域は、同一のヌクレオチド配列を含み、
前記複数のアダプタの各アダプタの前記試料タグ領域は、８ヌクレオチド長にあり、前記複数のアダプタの各アダプタの前記試料タグ領域は、少なくとも２のハミング距離によって前記複数のアダプタの前記試料タグのいずれかの他のヌクレオチド配列から分離し、
前記複数のアダプタのそれぞれは、前記試料タグ領域に隣接する、または前記試料タグ領域内に含まれるＵＭＩ増倍管を備え、前記複数のアダプタの各アダプタの前記ＵＭＩ増倍管は、３ヌクレオチド長にあり、それぞれの前記可能なヌクレオチド配列の前記ＵＭＩ増倍管は、前記複数のアダプタの前記試料タグ領域のそれぞれに対合され、
前記複数のアダプタの各アダプタの前記アンカータグ領域は、４個のヌクレオチド配列のうちの１個を含み、
所与の配列の各試料領域は、所与の配列の前記４個のアンカー領域のうちの１個のみに対合される、
項目６７に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
（項目８３）
前記ゲノムＤＮＡ断片は、ｃｆＤＮＡである、項目６７から８２のいずれかに記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
（項目８４）
項目６７から８３のいずれか１項に従い、１個より多いゲノムライブラリを含む、複数のゲノムＤＮＡライブラリ。
（項目８５）
前記複数のゲノムＤＮＡライブラリに属する１個のゲノムＤＮＡライブラリの前記試料タグ領域の前記核酸配列は、前記複数のゲノムＤＮＡライブラリに属する他のゲノムＤＮＡライブラリの前記試料タグ領域の前記核酸配列と異なる、項目８４に記載の前記複数のゲノムＤＮＡライブラリ。
（項目８６）
前記複数のゲノムＤＮＡライブラリに属する１個のゲノムＤＮＡライブラリの前記増幅領域の前記核酸配列は、前記複数のゲノムＤＮＡライブラリに属する他のゲノムＤＮＡライブラリの前記増幅領域の前記核酸配列に同一である、項目８４または８５に記載の前記複数のゲノムＤＮＡライブラリ。
（項目８７）
無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）のＤＮＡ標的領域の遺伝子解析方法であって、
（ａ）項目６７から８６のいずれかに記載の前記ＤＮＡライブラリを生成すること、
（ｂ）ＤＮＡ標的領域に特異的に結着する複数のキャプチャプローブと前記ｃｆＤＮＡライブラリを接触させることにより、前記ＤＮＡ標的領域を含む前記キャプチャプローブとＤＮＡライブラリ断片との間に複合体を形成すること、及び
（ｃ）前記ＤＮＡ標的領域を含む前記ｃｆＤＮＡ断片の定量的遺伝子解析を実施すること、
を備え
それらにより、前記ＤＮＡ標的領域の遺伝子解析を実施する、
前記遺伝子解析方法。
（項目８８）
被験体における遺伝性疾患を予測する、診断する、または監視する方法であって、
（ａ）前記被験体から試験試料を得ることと、
（ｂ）前記試験試料からゲノムＤＮＡを単離することと、
（ｃ）複数のＤＮＡライブラリ断片を含むＤＮＡライブラリを生成することであって、前記ＤＮＡライブラリ断片のそれぞれは前記試験試料からのゲノムＤＮＡ断片、及びアダプタを含む、前記生成することと、
（ｄ）ＤＮＡ標的領域に特異的に結着する複数のキャプチャプローブと前記ｃｆＤＮＡライブラリを接触させることにより、前記ＤＮＡ標的領域を含む前記キャプチャプローブとＤＮＡライブラリ断片との間に複合体を形成することと、
（ｅ）前記ｃｆＤＮＡクローンライブラリにおける前記遺伝性疾患に関連する１つ以上の標的遺伝子座の定量的遺伝子解析を実施することであって、前記１つ以上の標的遺伝子座における１つ以上の遺伝子損傷の前記同定または検出は前記遺伝性疾患の前記進行の予後判定、診断、または監視である、前記実施することと、
を含む前記方法。
（項目８９）
前記定量的遺伝子解析は、複数のシーケンシングリードを生成するためのＤＮＡシーケンシングを含む、項目８７または８８に記載の前記方法。
（項目９０）
ユニークゲノムＤＮＡ断片の一致度、及び試験試料の一致度を符号化する１セットのアダプタであって、ゲノムＤＮＡライブラリを生成する際の使用のために、
前記１セットのアダプタ中の各アダプタは増幅領域、試料タグ領域、及びアンカー領域を含むＤＮＡポリヌクレオチドであり、
前記増幅領域はＰＣＲ増幅についてプライマー認識部位として機能することが可能であるポリヌクレオチド配列を含み、
前記試料タグは前記ユニークライブラリＤＮＡ断片の前記一致度を符号化し、前記試験試料の前記一致度を符号化するポリヌクレオチド配列を含み、
前記アンカー領域は前記試験試料の前記一致度を符号化するポリヌクレオチド配列を含み、前記アンカー領域は前記ゲノムＤＮＡ断片に付着することが可能である、
前記１セットのアダプタ。
（項目９１）
前記試料タグは、ユニーク分子識別子（ＵＭＩ）をさらに含み、前記ＵＭＩは、前記ユニークゲノムＤＮＡ断片の前記同定を容易にする、項目９０に記載の前記１セットのアダプタ。
（項目９２）
前記増幅領域は、１０から５０の間のヌクレオチド長にある、項目９０または９１に記載の前記１セットのアダプタ。
（項目９３）
前記増幅領域は、２５ヌクレオチド長にある、項目９０から９２のいずれか１項に記載の前記１セットのアダプタ。
（項目９４）
前記試料タグは、５から５０の間のヌクレオチド長にある、先行項目のいずれか１項に記載の前記１セットのアダプタ。
（項目９５）
前記試料タグは、８ヌクレオチド長にある、項目９４に記載の前記１セットのアダプタ。
（項目９６）
前記ＵＭＩ増倍管は、前記試料タグ領域に隣接する、または前記試料タグ領域内に含まれる、項目９０から９５のいずれか１項に記載の前記１セットのアダプタ。
（項目９７）
前記ＵＭＩ増倍管は、１から５の間のヌクレオチド長にある、項目９６に記載の前記１セットのアダプタ。
（項目９８）
前記アンカー領域は、１から５０の間のヌクレオチド長にある、項目９０から９７に記載の前記１セットのアダプタ。
（項目９９）
前記アンカー領域は、１０ヌクレオチド長にある、項目９８に記載の前記１セットのアダプタ。
（項目１００）
前記複数のアダプタの各アダプタの前記増幅領域は、同一のヌクレオチド配列を含む、項目９０から９９のいずれかに記載の前記１セットのアダプタ。
（項目１０１）
前記試料タグの各ヌクレオチド配列は、少なくとも２のハミング距離によって前記１セットのアダプタの前記試料タグのいずれかの他のヌクレオチド配列から分離する、項目１００に記載の前記１セットのアダプタ。
（項目１０２）
前記複数のアダプタのそれぞれは、前記試料タグ領域に隣接する、または前記試料タグ領域内に含まれるＵＭＩ増倍管を備える、項目９０から１０１のいずれか１項に記載の前記１セットのアダプタ。
（項目１０３）
前記複数のアダプタのそれぞれは、前記試料タグ領域に隣接するＵＭＩ増倍管を備える、項目９０から１０１のいずれか１項に記載の前記１セットのアダプタ。
（項目１０４）
前記複数のアダプタの各アダプタの前記アンカータグ領域は、４個のヌクレオチド配列のうちの１個を含み、所与の配列の各試料領域は、所与の配列の前記４個のアンカー領域のうちの１個のみに対合される、項目１０３に記載の前記１セットのアダプタ。
（項目１０５）
前記複数のアダプタの各アダプタの前記増幅領域は、同一のヌクレオチド配列を含み、
各アダプタの前記試料タグ領域は、８ヌクレオチド長にあり、前記試料タグの各ヌクレオチド配列は、少なくとも２のハミング距離によって前記１セットのアダプタの前記試料タグのいずれかの他のヌクレオチド配列から分離し、
前記複数のアダプタのそれぞれは、前記試料タグ領域に隣接する、または前記試料タグ領域内に含まれるＵＭＩ増倍管を備え、前記複数のアダプタの各アダプタの前記ＵＭＩ増倍管は、３ヌクレオチド長にあり、前記ＵＭＩ増倍管は、６４個の可能なヌクレオチド配列のうちの１個を含み、それぞれの前記６４個の可能なヌクレオチド配列の前記ＵＭＩ増倍管は、前記複数のアダプタの前記試料タグ領域のそれぞれに対合され、
前記複数のアダプタの各アダプタの前記アンカータグ領域は、４個のヌクレオチド配列のうちの１個を含み、
所与の配列の各試料領域は、所与の配列の前記４個のアンカー領域のうちの１個のみに対合される、
項目９０から１０４のいずれか１項に記載の前記１セットのアダプタ。

Claims (105)

  1. ＤＮＡ標的領域上での試験試料から遺伝子解析により検出される遺伝的変化を、疾患状態の指標とする方法であって、
    （ａ）複数のＤＮＡライブラリ断片を含むゲノムＤＮＡライブラリが生成されることであって、そこで各前記ＤＮＡライブラリ断片は前記試験試料からのゲノムＤＮＡ断片、及びアダプタを含む、前記生成されること、
    （ｂ）前記ゲノムＤＮＡライブラリが、ＤＮＡ標的領域に特異的に結着する複数のキャプチャプローブと接触されることにより、前記ＤＮＡ標的領域を含む前記キャプチャプローブとＤＮＡライブラリ断片との間に複合体を形成すること、ならびに
    （ｃ）前記ＤＮＡ標的領域を含む前記ゲノムＤＮＡ断片の定量的遺伝子解析が実施されること、
    を備え、
    そこで前記アダプタは増幅領域、試料タグ領域、及びアンカー領域を含むＤＮＡポリヌクレオチドであり、
    そこで前記増幅領域はＰＣＲ増幅についてプライマー認識部位として機能することが可能であるポリヌクレオチド配列を含み、
    そこで前記試料タグは前記ユニークライブラリＤＮＡ断片の一致度を符号化し、前記試験試料の一致度を符号化するポリヌクレオチド配列を含み、
    そこで前記アンカー領域は前記試験試料の前記一致度を符号化するポリヌクレオチド配列を含み、そこで前記アンカー領域は前記ゲノムＤＮＡ断片に付着することが可能であり、
    そこで前記遺伝子解析は疾患状態を示す遺伝的変化を検出するために実施される、
    前記方法。
  2. 疾患状態を示す前記遺伝的変化は、一塩基多様体（ＳＮＶ）、４０ヌクレオチド長未満の挿入、４０ヌクレオチド長未満のＤＮＡ領域の欠失、及び／またはコピー数における変化から選択される、請求項１に記載の前記方法。
  3. 疾患状態を示す前記遺伝的変化は、コピー数における変化である、請求項１に記載の前記方法。
  4. 前記試験試料は、組織診である、請求項１から３のいずれかに記載の前記方法。
  5. 前記組織診は、腫瘍、または腫瘍であると疑われる組織から採取される、請求項４に記載の前記方法。
  6. 前記ゲノムＤＮＡは、無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）または細胞ＤＮＡである、請求項１から３のいずれかに記載の前記方法。
  7. 前記ゲノムＤＮＡは、前記試験試料から単離されるｃｆＤＮＡであり、前記試験試料は、羊水、血液、血漿、血清、精液、リンパ液、脳脊髄液、眼液、尿、唾液、便、粘液、及び汗からなる群から選択される生体試料である、請求項６に記載の前記方法。
  8. 前記ゲノムＤＮＡ断片は、
    （ｉ）前記試験試料から細胞ＤＮＡを単離すること、
    （ｉｉ）前記細胞ＤＮＡを断片化し、前記ゲノムＤＮＡ断片を取得すること、
    を備えるステップによって取得される、請求項１から５のいずれかに記載の前記方法。
  9. ステップ（ｉｉ）は、前記細胞ＤＮＡを少なくとも１個の消化酵素と接触させることによって実施される、請求項８に記載の前記方法。
  10. ステップ（ｉｉ）は、機械的応力を前記細胞ＤＮＡへ加えることによって実施される、請求項８に記載の前記方法。
  11. 前記機械的応力は、前記細胞ＤＮＡを超音波処理することによって加えられる、請求項１０に記載の前記方法。
  12. 前記試料タグは、前記ユニークゲノムＤＮＡ断片の前記同定を容易にするユニーク分子識別子（ＵＭＩ）をさらに含む、請求項１から１１のいずれかに記載の前記方法。
  13. 前記増幅領域は、１０から５０の間のヌクレオチド長にある、請求項１から１２のうちのいずれか１項に記載の前記方法。
  14. 前記増幅領域は、２０から３０の間のヌクレオチド長にある、請求項１から１３のうちのいずれか１項のいずれかに記載の前記方法。
  15. 前記増幅領域は、２５ヌクレオチド長にある、請求項１から１４のうちのいずれか１項のいずれかに記載の前記方法。
  16. 前記試料タグは、５から５０の間のヌクレオチド長にある、請求項１から１５のうちのいずれか１項に記載の前記方法。
  17. 前記試料タグは、５から１５の間のヌクレオチド長にある、請求項１６に記載の前記方法。
  18. 前記試料タグは、８ヌクレオチド長にある、請求項１６に記載の前記方法。
  19. 前記ＵＭＩ増倍管は、前記試料タグ領域に隣接する、または前記試料タグ領域内に含まれる、請求項１２から１８のうちのいずれか１項に記載の前記方法。
  20. 前記ＵＭＩ増倍管は、１から５の間のヌクレオチド長にある、請求項１９に記載の前記方法。
  21. 前記ＵＭＩ増倍管は、３ヌクレオチド長にあり、６４個の可能なヌクレオチド配列のうちの１個を含む、請求項１９に記載の前記方法。
  22. 前記アンカー領域は、１から５０の間のヌクレオチド長にある、請求項１から２１のうちのいずれか１項に記載の前記方法。
  23. 前記アンカー領域は、５から２５の間のヌクレオチド長にある、請求項２２に記載の前記方法。
  24. 前記アンカー領域は、１０ヌクレオチド長にある、請求項２２または２３に記載の前記方法。
  25. ステップ（ａ）は、前記ゲノムＤＮＡ断片を複数のアダプタへ付着させることを備える、請求項１から２４のいずれか１項に記載の前記方法。
  26. 前記ゲノムＤＮＡ断片は、前記ゲノムＤＮＡ断片を複数のアダプタと付着させる前に、末端修復される、請求項２５に記載の前記方法。
  27. 前記複数のアダプタの各アダプタの前記増幅領域は、同一のヌクレオチド配列を含む、請求項２５に記載の前記方法。
  28. 前記複数のアダプタの各アダプタの前記試料タグ領域は、２から１，０００個の間のヌクレオチド配列のうちの１個を含む、請求項２６または２７に記載の前記方法。
  29. 前記複数のアダプタの各アダプタの前記試料タグ領域は、５０から５００個の間のヌクレオチド配列のうちの１個を含む、請求項２８に記載の前記方法。
  30. 前記複数のアダプタの各アダプタの前記試料タグ領域は、１００から４００個の間のヌクレオチド配列のうちの１個を含む、請求項２８に記載の前記方法。
  31. 前記複数のアダプタの各アダプタの前記試料タグ領域は、２００から３００個の間のヌクレオチド配列のうちの１個を含む、請求項２８に記載の前記方法。
  32. 前記複数のアダプタの各アダプタの前記試料タグ領域は、８ヌクレオチド長にある、請求項２８に記載の前記方法。
  33. 前記ヌクレオチド配列の各配列は、少なくとも２のハミング距離によって前記２４０個のヌクレオチド配列のいずれかの他の配列から分離する、請求項２８から３２のいずれかに記載の前記方法。
  34. 前記複数のアダプタのそれぞれは、前記試料タグ領域に隣接する、または前記試料タグ領域内に含まれるＵＭＩ増倍管を備える、請求項２６から３３のうちのいずれか１項に記載の前記方法。
  35. 前記複数のアダプタのそれぞれは、前記試料タグ領域に隣接するＵＭＩ増倍管を備える、請求項２６から３４のうちのいずれか１項に記載の前記方法。
  36. 前記複数のアダプタの各アダプタの前記ＵＭＩ増倍管は、１から５の間のヌクレオチド長にある、請求項３４または３５に記載の前記方法。
  37. 前記複数のアダプタの各アダプタの前記ＵＭＩ増倍管は、３ヌクレオチド長にある、請求項３６に記載の前記方法。
  38. 前記複数のアダプタの各アダプタの前記アンカータグ領域は、４個のヌクレオチド配列のうちの１個を含み、所与の配列の各試料領域は、所与の配列の前記４個のアンカー領域のうちの１個のみに対合される、請求項２６から３７に記載の前記方法。
  39. 前記複数のアダプタの各アダプタの前記増幅領域は、同一のヌクレオチド配列を含み、
    前記複数のアダプタの各アダプタの前記試料タグ領域は、８ヌクレオチド長にあり、各試料タグの前記ヌクレオチド配列は、少なくとも２のハミング距離によって前記複数のアダプタの前記試料タグのいずれかの他のヌクレオチド配列から分離し、
    前記複数のアダプタのそれぞれは、前記試料タグ領域に隣接する、または前記試料タグ領域内に含まれるＵＭＩ増倍管を備え、前記複数のアダプタの各アダプタの前記ＵＭＩ増倍管は、３ヌクレオチド長にあり、それぞれの前記可能なヌクレオチド配列の前記ＵＭＩ増倍管は、前記複数のアダプタの各試料タグ領域に対合され、
    前記複数のアダプタの各アダプタの前記アンカータグ領域は、４個のヌクレオチド配列のうちの１個を含み、所与の配列の各試料領域は、所与の配列の前記４個のアンカー領域のうちの１個のみに対合される、
    請求項２５または２６に記載の前記方法。
  40. 前記ゲノムＤＮＡ断片を複数のアダプタと付着させる前記ステップは、
    （ｉ）アンカー領域の少なくとも一部を含むオリゴヌクレオチドを各ゲノムＤＮＡ断片へ付着させることであって、そこでアンカー領域の少なくとも一部を含む前記オリゴヌクレオチドはパートナー鎖によって二本鎖にされる５’リン酸化付着鎖を含むＤＮＡ二本鎖であり、そこで前記パートナー鎖は化学修飾による付着からその３’末端で遮断され、そこで前記付着鎖は前記ゲノムＤＮＡ断片に付着する、前記付着させること、
    （ｉｉ）前記複数のアダプタの各アダプタのヌクレオチド配列についてアダプタ配列の全長を符号化するＤＮＡオリゴヌクレオチドと、前記アンカー領域の少なくとも一部を含む前記オリゴヌクレオチドに付着する前記ゲノムＤＮＡ断片を接触させること、ならびに
    （ｉｉｉ）ＤＮＡライゲーションに適切な条件下でＴ４ポリヌクレオチドキナーゼ、Ｔａｑ ＤＮＡリガーゼ、及びＢｓｔポリメラーゼ全長と、前記ゲノムＤＮＡ断片、及び前記アダプタ配列の全長を符号化する前記ＤＮＡオリゴヌクレオチドを接触させること、
    を備え、
    それらにより、前記複数のアダプタを前記ゲノムＤＮＡ断片に付着させる、請求項２５から３９のいずれか１項に記載の前記方法。
  41. 前記ゲノムＤＮＡ断片は、ｃｆＤＮＡである、請求項２５から４０のいずれかに記載の前記方法。
  42. 前記ＤＮＡ標的領域は、コピー数における変化について解析される、請求項２５から４１のいずれかに記載の前記方法。
  43. ステップ（ｃ）は、前記ＤＮＡ標的領域を含む前記キャプチャプローブとＤＮＡライブラリ断片との間に形成される前記複合体の精製を備える、請求項１から４２のいずれか１項に記載の前記方法。
  44. ステップ（ｃ）は、前記ＤＮＡ標的領域を含む前記キャプチャプローブとＤＮＡライブラリ断片との間に形成される前記複合体の精製を備え、前記ゲノムＤＮＡライブラリから前記関心領域を含む前記ＤＮＡライブラリ断片のプライマー伸長及び／または増幅を実施する、請求項１から４３のいずれか１項に記載の前記方法。
  45. ステップ（ｃ）は、前記ＤＮＡ標的領域を含む前記キャプチャプローブとＤＮＡライブラリ断片との間に形成される前記複合体の精製を備え、前記ゲノムＤＮＡライブラリから前記関心領域を含む前記ＤＮＡライブラリ断片のプライマー伸長及び増幅を実施する、請求項１から４４のいずれか１項に記載の前記方法。
  46. ステップ（ｃ）は、複数のシーケンシングリードを生成するために、前記ＤＮＡ標的領域を含む前記ＤＮＡライブラリ断片のＤＮＡシーケンシングを備える、請求項１から４５のいずれか１項に記載の前記方法。
  47. 前記ゲノム解析は、ＤＮＡ関心領域におけるコピー数の変化を測定することを備え、ステップ（ｃ）は、
    （ｉ）前記試験試料に由来する前記ゲノムＤＮＡライブラリ中に存在する前記関心領域のコピー数を測定すること、及び
    （ｉｉ）ステップ（ｉ）において測定された前記コピー数を標準試料に由来する前記ゲノムＤＮＡライブラリ中に存在する前記関心領域のコピー数と比較すること、
    を備え、
    前記標準試料は、前記ＤＮＡ標的領域の既知のコピー数を有する、
    請求項１から４６のいずれか１項に記載の前記方法。
  48. 前記関心領域における前記コピー数を測定することは、複数のシーケンシングリードを生成するために前記ＤＮＡ標的領域を含む前記ＤＮＡライブラリ断片のＤＮＡシーケンシングを備え、各シーケンシングリードは、ユニーク分子識別素子（ＵＭＩＥ）を含む、請求項４７に記載の前記方法。
  49. 前記ＵＭＩＥは、前記アダプタからのシーケンシング情報、及び前記ゲノムＤＮＡ配列の少なくとも一部を含む、請求項４８に記載の前記方法。
  50. 同一ＵＭＩＥを含むシーケンシングリードは、ユニークゲノム配列（ＵＧＳ）として識別される、請求項４９に記載の前記方法。
  51. 前記ゲノムＤＮＡライブラリと接触する前記キャプチャプローブのそれぞれについて生のゲノム深度（ＲＧＤ）を測定することをさらに備える、請求項４７から５０のいずれかに記載の前記方法。
  52. 前記ＲＧＤは、試料複製物群内の各キャプチャプローブ配列と関連するＵＧＳの前記平均数を測定することを備える、請求項５１に記載の前記方法。
  53. 非常にばらつきのある数のＵＧＳと関連するキャプチャプローブは、ノイズの多いプローブとして識別され、さらなる計算から除外される、請求項５２に記載の前記方法。
  54. 試料についてＲＧＤを計算することをさらに備え、前記試料中のすべてのキャプチャプローブについてすべてのＲＧＤの数値平均を計算することを備える、請求項５２に記載の前記方法。
  55. ノイズの多いプローブについての前記ＲＧＤ値は、試料についてＲＧＤを計算する際に含まれない、請求項５２に記載の前記方法。
  56. 前記キャプチャプローブについての前記ＲＧＤは、各キャプチャプローブについての前記ＲＧＤをプローブ特異的な正規化されたリードカウントに変換することによって実験群中のすべての試料にわたり正規化され、
    前記プローブ特異的な正規化されたリードカウントは、
    （ｉ）試料中の各キャプチャプローブＲＧＤに正規化定数を乗算することであって、そこで前記正規化定数はいずれかの実数を含む、前記乗算すること、及び
    （ｉｉ）前記対応する試料について計算される前記ＲＧＤで（ｉ）の前記積を除算すること、または
    （ｉｉｉ）１サブセットのプローブから計算される平均ＲＧＤで（ｉ）の前記積を除算すること、
    を備える、請求項５１から５５のいずれかに記載の前記方法。
  57. 前記１サブセットのプローブは、１セットの対照プローブである、請求項５６に記載の前記方法。
  58. 前記プローブ特異的な、正規化されたリードカウントは、コピー数値に変換され、
    前記コピー数値は、
    （ｉ）．女性に由来する試料において、常染色体及び／またはＸ連鎖領域を対象とするプローブの前記プローブ特異的な、正規化されたリードカウントに２を乗算すること、
    （ｉｉ）．男性に由来する試料において、Ｙ連鎖領域及び／またはＸ連鎖領域を対象とするプローブの前記プローブ特異的な、正規化されたリードカウントに１を乗算すること、
    （ｉｉｉ）．実験中に、すべての試料にわたり（ｉ）及び／または（ｉｉ）の前記積を平均すること、ならびに
    （ｉｖ）．（ｉｉｉ）の前記平均値で（ｉ）及び／または（ｉｉ）の前記積を除算すること、
    を備える、請求項５７に記載の前記方法。
  59. 特異的な遺伝子を標的にするすべてのプローブについて前記近似したコピー数値は、平均される、請求項５８に記載の前記方法。
  60. コピー数増加及びコピー数減少の高感度検出方法であって、
    （ｉ）キャプチャプローブについてＲＧＤを測定すること、
    （ｉｉ）前記キャプチャプローブについての前記ＲＧＤをプローブ特異的な、正規化されたリードカウントに変換することによって、実験群中にすべての試料にわたり前記キャプチャプローブについての前記ＲＧＤを正規化すること、
    （ｉｉｉ）各プローブ特異的な、正規化されたリードカウントについて近似したコピー数値を計算すること、及び
    （ｉｖ）特異的な遺伝子を標的にするすべてのプローブについて前記近似したコピー数値を平均すること、
    を備える、前記方法。
  61. 染色体安定性を測定する方法であって、
    （ｉ）１セットの１つ以上の染色体安定性プローブを設計し、妥当性確認することであって、前記染色体安定性プローブはヒト染色体にわたり均一に分布する、前記妥当性確認すること、
    （ｉｉ）前記１つ以上の染色体安定性プローブを使用して患者試料上で標的シーケンシングを実施すること、
    （ｉｉｉ）各染色体プローブについて近似したコピー数値を決定すること、
    （ｉｖ）患者試料のゲノム表現型を決定することであって、そこで前記患者試料中の１つ以上の染色体プローブについて前記コピー数値における増減はゲノム不安定性を示すこと、
    を備える、前記方法。
  62. それを必要とする被験体中の癌を処置するための、ＰＡＲＰ阻害剤を含む組成物であって、
    前記被験体は請求項６１の前記方法に従い、不安定化されたゲノムを含むと識別される、前記組成物。
  63. 前記ＤＮＡ標的領域は、遺伝子、または前記遺伝子の一部である、請求項１から５９のいずれか１項に記載の前記方法。
  64. 前記遺伝子は、疾患と関連する、請求項６３に記載の前記方法。
  65. 前記疾患は、癌である、請求項６４に記載の前記方法。
  66. 前記遺伝子は、ＢＲＣＡ２、ＡＴＭ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＩＰ１、ＣＨＥＫ２、ＦＡＮＣＡ、ＨＤＡＣ２、及び／またはＰＡＬＢ２である、請求項６３に記載の前記方法。
  67. 複数のＤＮＡライブラリ断片を含むゲノムＤＮＡライブラリであって、
    前記ＤＮＡライブラリ断片のそれぞれはアダプタ及びゲノムＤＮＡ断片を含み、
    前記アダプタは増幅領域、試料タグ領域、及びアンカー領域を含むＤＮＡポリヌクレオチドであり、
    前記増幅領域はＰＣＲ増幅についてプライマー認識部位として機能することが可能であるポリヌクレオチド配列を含み、
    前記試料タグは前記ユニークライブラリＤＮＡ断片の一致度を符号化し、前記試験試料の一致度を符号化するポリヌクレオチド配列を含み、
    前記アンカー領域は前記試験試料の前記一致度を符号化するポリヌクレオチド配列を含み、前記アンカー領域は前記ゲノムＤＮＡ断片に付着することが可能である、
    前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
  68. 前記試料タグは、ユニーク分子識別子（ＵＭＩ）をさらに含み、前記ＵＭＩは、前記ユニークゲノムＤＮＡ断片の前記同定を容易にする、請求項６７に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
  69. 前記増幅領域は、１０から５０の間のヌクレオチド長にある、請求項６７または６８に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
  70. 前記増幅領域は、２５ヌクレオチド長にある、請求項６９に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
  71. 前記試料タグは、５から５０の間のヌクレオチド長にある、請求項６７から７０のうちのいずれか１項に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
  72. 前記試料タグは、８ヌクレオチド長にある、請求項７１に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
  73. 前記ＵＭＩ増倍管は、前記試料タグ領域に隣接する、または前記試料タグ領域内に含まれる、請求項６７から７２のうちのいずれか１項に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
  74. 前記ＵＭＩ増倍管は、１から５の間のヌクレオチド長にある、請求項７３に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
  75. 前記アンカー領域は、１から５０の間のヌクレオチド長にある、請求項６７から７４のうちのいずれか１項に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
  76. 前記アンカー領域は、１０ヌクレオチド長にある、請求項７５に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
  77. 前記複数のアダプタの各アダプタの前記増幅領域は、同一のヌクレオチド配列を含む、請求項６７から７６のいずれか１項に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
  78. 前記試料タグの各ヌクレオチド配列は、少なくとも２のハミング距離によって前記試料の前記ヌクレオチド配列のいずれかの他の配列から分離する、請求項６７から７７のいずれか１項に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
  79. 前記複数のアダプタのそれぞれは、前記試料タグ領域に隣接する、または前記試料タグ領域内に含まれるＵＭＩ増倍管を備える、請求項６７から７８のいずれか１項に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
  80. 前記複数のアダプタのそれぞれは、前記試料タグ領域に隣接するＵＭＩ増倍管を備える、請求項６７から７８のいずれか１項に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
  81. 前記複数のアダプタの各アダプタの前記アンカータグ領域は、４個のヌクレオチド配列のうちの１個を含み、所与の配列の各試料領域は、所与の配列の前記４個のアンカー領域のうちの１個のみに対合される、請求項６７から７８のいずれか１項に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
  82. 前記複数のアダプタの各アダプタの前記増幅領域は、同一のヌクレオチド配列を含み、
    前記複数のアダプタの各アダプタの前記試料タグ領域は、８ヌクレオチド長にあり、前記複数のアダプタの各アダプタの前記試料タグ領域は、少なくとも２のハミング距離によって前記複数のアダプタの前記試料タグのいずれかの他のヌクレオチド配列から分離し、
    前記複数のアダプタのそれぞれは、前記試料タグ領域に隣接する、または前記試料タグ領域内に含まれるＵＭＩ増倍管を備え、前記複数のアダプタの各アダプタの前記ＵＭＩ増倍管は、３ヌクレオチド長にあり、それぞれの前記可能なヌクレオチド配列の前記ＵＭＩ増倍管は、前記複数のアダプタの前記試料タグ領域のそれぞれに対合され、
    前記複数のアダプタの各アダプタの前記アンカータグ領域は、４個のヌクレオチド配列のうちの１個を含み、
    所与の配列の各試料領域は、所与の配列の前記４個のアンカー領域のうちの１個のみに対合される、
    請求項６７に記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
  83. 前記ゲノムＤＮＡ断片は、ｃｆＤＮＡである、請求項６７から８２のいずれかに記載の前記ゲノムＤＮＡライブラリ。
  84. 請求項６７から８３のいずれか１項に従い、１個より多いゲノムライブラリを含む、複数のゲノムＤＮＡライブラリ。
  85. 前記複数のゲノムＤＮＡライブラリに属する１個のゲノムＤＮＡライブラリの前記試料タグ領域の前記核酸配列は、前記複数のゲノムＤＮＡライブラリに属する他のゲノムＤＮＡライブラリの前記試料タグ領域の前記核酸配列と異なる、請求項８４に記載の前記複数のゲノムＤＮＡライブラリ。
  86. 前記複数のゲノムＤＮＡライブラリに属する１個のゲノムＤＮＡライブラリの前記増幅領域の前記核酸配列は、前記複数のゲノムＤＮＡライブラリに属する他のゲノムＤＮＡライブラリの前記増幅領域の前記核酸配列に同一である、請求項８４または８５に記載の前記複数のゲノムＤＮＡライブラリ。
  87. 無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）のＤＮＡ標的領域の遺伝子解析方法であって、
    （ａ）請求項６７から８６のいずれかに記載の前記ＤＮＡライブラリを生成すること、
    （ｂ）ＤＮＡ標的領域に特異的に結着する複数のキャプチャプローブと前記ｃｆＤＮＡライブラリを接触させることにより、前記ＤＮＡ標的領域を含む前記キャプチャプローブとＤＮＡライブラリ断片との間に複合体を形成すること、及び
    （ｃ）前記ＤＮＡ標的領域を含む前記ｃｆＤＮＡ断片の定量的遺伝子解析を実施すること、
    を備え
    それらにより、前記ＤＮＡ標的領域の遺伝子解析を実施する、
    前記遺伝子解析方法。
  88. 被験体から得られた試験試料における１つ以上の標的遺伝子座における１つ以上の遺伝子損傷を、前記被験体の遺伝性疾患の進行の指標とする方法であって、
    （ａ）ゲノムＤＮＡが前記試験試料から単離されることと、
    （ｂ）複数のＤＮＡライブラリ断片を含むＤＮＡライブラリが生成されることであって、前記ＤＮＡライブラリ断片のそれぞれは前記試験試料からのゲノムＤＮＡ断片、及びアダプタを含む、前記生成されることと、
    （ｃ）前記ｃｆＤＮＡライブラリが、ＤＮＡ標的領域に特異的に結着する複数のキャプチャプローブと接触されることにより、前記ＤＮＡ標的領域を含む前記キャプチャプローブとＤＮＡライブラリ断片との間に複合体を形成することと、
    （ｄ）前記ｃｆＤＮＡクローンライブラリにおける前記遺伝性疾患に関連する前記１つ以上の標的遺伝子座の定量的遺伝子解析が実施されることであって、前記１つ以上の標的遺伝子座における１つ以上の遺伝子損傷は前記遺伝性疾患の前記進行を示す、前記実施されることと、
    を含む前記方法。
  89. 前記定量的遺伝子解析は、複数のシーケンシングリードを生成するためのＤＮＡシーケンシングを含む、請求項８７または８８に記載の前記方法。
  90. ゲノムＤＮＡライブラリを生成するための、ユニークゲノムＤＮＡ断片の一致度、及び試験試料の一致度を符号化する１セットのアダプタを含む組成物であって、
    前記組成物中の各アダプタは増幅領域、試料タグ領域、及びアンカー領域を含むＤＮＡポリヌクレオチドであり、
    前記増幅領域はＰＣＲ増幅についてプライマー認識部位として機能することが可能であるポリヌクレオチド配列を含み、
    前記試料タグは前記ユニークライブラリＤＮＡ断片の前記一致度を符号化し、前記試験試料の前記一致度を符号化するポリヌクレオチド配列を含み、
    前記アンカー領域は前記試験試料の前記一致度を符号化するポリヌクレオチド配列を含み、前記アンカー領域は前記ゲノムＤＮＡ断片に付着することが可能である、
    前記組成物。
  91. 前記試料タグは、ユニーク分子識別子（ＵＭＩ）をさらに含み、前記ＵＭＩは、前記ユニークゲノムＤＮＡ断片の前記同定を容易にする、請求項９０に記載の前記組成物。
  92. 前記増幅領域は、１０から５０の間のヌクレオチド長にある、請求項９０または９１に記載の前記組成物。
  93. 前記増幅領域は、２５ヌクレオチド長にある、請求項９０から９２のいずれか１項に記載の前記組成物。
  94. 前記試料タグは、５から５０の間のヌクレオチド長にある、請求項９０から９３のいずれか１項に記載の前記組成物。
  95. 前記試料タグは、８ヌクレオチド長にある、請求項９４に記載の前記組成物。
  96. 前記ＵＭＩ増倍管は、前記試料タグ領域に隣接する、または前記試料タグ領域内に含まれる、請求項９０から９５のいずれか１項に記載の前記組成物。
  97. 前記ＵＭＩ増倍管は、１から５の間のヌクレオチド長にある、請求項９６に記載の前記組成物。
  98. 前記アンカー領域は、１から５０の間のヌクレオチド長にある、請求項９０から９７に記載の前記組成物。
  99. 前記アンカー領域は、１０ヌクレオチド長にある、請求項９８に記載の前記組成物。
  100. 前記複数のアダプタの各アダプタの前記増幅領域は、同一のヌクレオチド配列を含む、請求項９０から９９のいずれかに記載の前記組成物。
  101. 前記試料タグの各ヌクレオチド配列は、少なくとも２のハミング距離によって前記組成物の前記試料タグのいずれかの他のヌクレオチド配列から分離する、請求項１００に記載の前記組成物。
  102. 前記複数のアダプタのそれぞれは、前記試料タグ領域に隣接する、または前記試料タグ領域内に含まれるＵＭＩ増倍管を備える、請求項９０から１０１のいずれか１項に記載の前記組成物。
  103. 前記複数のアダプタのそれぞれは、前記試料タグ領域に隣接するＵＭＩ増倍管を備える、請求項９０から１０１のいずれか１項に記載の前記組成物。
  104. 前記複数のアダプタの各アダプタの前記アンカータグ領域は、４個のヌクレオチド配列のうちの１個を含み、所与の配列の各試料領域は、所与の配列の前記４個のアンカー領域のうちの１個のみに対合される、請求項１０３に記載の前記組成物。
  105. 前記複数のアダプタの各アダプタの前記増幅領域は、同一のヌクレオチド配列を含み、
    各アダプタの前記試料タグ領域は、８ヌクレオチド長にあり、前記試料タグの各ヌクレオチド配列は、少なくとも２のハミング距離によって前記組成物の前記試料タグのいずれかの他のヌクレオチド配列から分離し、
    前記複数のアダプタのそれぞれは、前記試料タグ領域に隣接する、または前記試料タグ領域内に含まれるＵＭＩ増倍管を備え、前記複数のアダプタの各アダプタの前記ＵＭＩ増倍管は、３ヌクレオチド長にあり、前記ＵＭＩ増倍管は、６４個の可能なヌクレオチド配列のうちの１個を含み、それぞれの前記６４個の可能なヌクレオチド配列の前記ＵＭＩ増倍管は、前記複数のアダプタの前記試料タグ領域のそれぞれに対合され、
    前記複数のアダプタの各アダプタの前記アンカータグ領域は、４個のヌクレオチド配列のうちの１個を含み、
    所与の配列の各試料領域は、所与の配列の前記４個のアンカー領域のうちの１個のみに対合される、
    請求項９０から１０４のいずれか１項に記載の前記組成物。
JP2019511456A 2016-08-25 2017-08-24 Ｄｎａ試料中のゲノムコピー変化の検出方法 Active JP7217224B2 (ja)

Priority Applications (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
JP2021180899A JP7304393B2 (ja) 2016-08-25 2021-11-05 Ｄｎａ試料中のゲノムコピー変化の検出方法
JP2023044421A JP2023078336A (ja) 2016-08-25 2023-03-20 Ｄｎａ試料中のゲノムコピー変化の検出方法

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201662379593P 2016-08-25 2016-08-25
US62/379,593 2016-08-25
US201762481538P 2017-04-04 2017-04-04
US62/481,538 2017-04-04
PCT/US2017/048434 WO2018039463A1 (en) 2016-08-25 2017-08-24 Methods for the detection of genomic copy changes in dna samples

Related Child Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2021180899A Division JP7304393B2 (ja) 2016-08-25 2021-11-05 Ｄｎａ試料中のゲノムコピー変化の検出方法

Publications (3)

Publication Number Publication Date
JP2019526257A JP2019526257A (ja) 2019-09-19
JP2019526257A5 true JP2019526257A5 (ja) 2020-08-20
JP7217224B2 JP7217224B2 (ja) 2023-02-02

Family

ID=61245331

Family Applications (3)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2019511456A Active JP7217224B2 (ja) 2016-08-25 2017-08-24 Ｄｎａ試料中のゲノムコピー変化の検出方法
JP2021180899A Active JP7304393B2 (ja) 2016-08-25 2021-11-05 Ｄｎａ試料中のゲノムコピー変化の検出方法
JP2023044421A Pending JP2023078336A (ja) 2016-08-25 2023-03-20 Ｄｎａ試料中のゲノムコピー変化の検出方法

Family Applications After (2)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2021180899A Active JP7304393B2 (ja) 2016-08-25 2021-11-05 Ｄｎａ試料中のゲノムコピー変化の検出方法
JP2023044421A Pending JP2023078336A (ja) 2016-08-25 2023-03-20 Ｄｎａ試料中のゲノムコピー変化の検出方法

Country Status (12)

Country Link
US (2) US11319594B2 (ja)
EP (1) EP3504347A4 (ja)
JP (3) JP7217224B2 (ja)
KR (2) KR102505122B1 (ja)
CN (2) CN109804080B (ja)
AU (1) AU2017315769B2 (ja)
BR (1) BR112019003704A2 (ja)
CA (1) CA3034649A1 (ja)
MX (1) MX2019002093A (ja)
RU (1) RU2019108294A (ja)
SG (1) SG11201901371XA (ja)
WO (1) WO2018039463A1 (ja)

Families Citing this family (17)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
AU2016353133B2 (en) 2015-11-11 2022-12-08 Resolution Bioscience, Inc. High efficiency construction of dna libraries
BR112019003704A2 (pt) * 2016-08-25 2019-05-28 Resolution Bioscience Inc métodos para a detecção de alterações na cópia genômica em amostras de dna
US11767562B2 (en) 2018-03-08 2023-09-26 St. John's University Circulating serum cell-free DNA biomarkers and methods
AU2019351130A1 (en) 2018-09-27 2021-04-08 Grail, Llc Methylation markers and targeted methylation probe panel
CN111118610A (zh) * 2018-10-31 2020-05-08 深圳华大基因股份有限公司 用于基因突变高深度测序的基因芯片及其制备方法和应用
CA3118304A1 (en) * 2018-11-02 2020-05-07 The Regents Of The University Of California Methods to diagnose and treat cancer using non-human nucleic acids
KR102452413B1 (ko) * 2019-08-19 2022-10-11 주식회사 지씨지놈 핵산 단편간 거리 정보를 이용한 염색체 이상 검출 방법
AU2020333348B2 (en) * 2019-08-19 2023-11-23 Green Cross Genome Corporation Method for detecting chromosomal abnormality by using information about distance between nucleic acid fragments
KR102184277B1 (ko) * 2020-01-16 2020-11-30 성균관대학교산학협력단 초음파 진단 및 dna 검사 일체형 ai 자가 건강 관리 장치 및 이를 이용한 원격 의료 진단 방법
US11475981B2 (en) 2020-02-18 2022-10-18 Tempus Labs, Inc. Methods and systems for dynamic variant thresholding in a liquid biopsy assay
US11211147B2 (en) 2020-02-18 2021-12-28 Tempus Labs, Inc. Estimation of circulating tumor fraction using off-target reads of targeted-panel sequencing
US11211144B2 (en) 2020-02-18 2021-12-28 Tempus Labs, Inc. Methods and systems for refining copy number variation in a liquid biopsy assay
CN113496760B (zh) * 2020-04-01 2024-01-12 深圳华大基因科技服务有限公司 基于第三代测序的多倍体基因组组装方法和装置
CN113113085B (zh) * 2021-03-15 2022-08-19 杭州杰毅生物技术有限公司 基于智能宏基因组测序数据肿瘤检测的分析系统及方法
GB202108237D0 (en) * 2021-06-09 2021-07-21 Univ London Cancer methods
CN114649094B (zh) * 2022-03-30 2022-11-15 广东省人民医院 一种基于核磁共振的乳腺癌多参数临床决策辅助装置
CA3230267A1 (en) 2022-08-04 2024-02-08 Nam Hoon Hur Battery pack

Family Cites Families (105)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5591582A (en) 1985-07-23 1997-01-07 The Board Of Rijks Universiteit Leiden Methods for detecting activated RAS oncogenes
US5888731A (en) 1995-08-30 1999-03-30 Visible Genetics Inc. Method for identification of mutations using ligation of multiple oligonucleotide probes
EP0991779A1 (en) 1997-08-28 2000-04-12 The Perkin-Elmer Corporation Improved detection of mutations in nucleic acids by chemical cleavage
US6480791B1 (en) 1998-10-28 2002-11-12 Michael P. Strathmann Parallel methods for genomic analysis
US6812341B1 (en) 2001-05-11 2004-11-02 Ambion, Inc. High efficiency mRNA isolation methods and compositions
WO2003052116A2 (en) 2001-07-17 2003-06-26 Stratagene Methods for detection of a target nucleic acid using multi-subunit probes
US7432084B2 (en) 2001-08-31 2008-10-07 Rosetta Inpharmatics Llc Methods for preparing nucleic acid samples
US7361821B2 (en) 2002-09-20 2008-04-22 Intel Corporation Controlled alignment of nanobarcodes encoding specific information for scanning probe microscopy (SPM) reading
WO2004053127A1 (ja) 2002-12-11 2004-06-24 Keio University 対応付け分子およびその構成要素のライブラリーの製造方法および利用方法
TW200506052A (en) 2003-05-07 2005-02-16 Takara Bio Inc Method of analyzing DNA region
US7393665B2 (en) 2005-02-10 2008-07-01 Population Genetics Technologies Ltd Methods and compositions for tagging and identifying polynucleotides
EP2476761A3 (en) 2005-07-07 2012-10-17 Athlomics Pty Ltd Polynucleotide marker genes and their expression, for diagnosis of endotoxemia
GB0522310D0 (en) 2005-11-01 2005-12-07 Solexa Ltd Methods of preparing libraries of template polynucleotides
WO2007081841A2 (en) 2006-01-06 2007-07-19 Stratagene California Reaction buffer composition for nucleic acid replication with packed dna polymerases
US7537897B2 (en) 2006-01-23 2009-05-26 Population Genetics Technologies, Ltd. Molecular counting
US8383338B2 (en) 2006-04-24 2013-02-26 Roche Nimblegen, Inc. Methods and systems for uniform enrichment of genomic regions
US7754429B2 (en) 2006-10-06 2010-07-13 Illumina Cambridge Limited Method for pair-wise sequencing a plurity of target polynucleotides
US8568979B2 (en) 2006-10-10 2013-10-29 Illumina, Inc. Compositions and methods for representational selection of nucleic acids from complex mixtures using hybridization
US20100112590A1 (en) 2007-07-23 2010-05-06 The Chinese University Of Hong Kong Diagnosing Fetal Chromosomal Aneuploidy Using Genomic Sequencing With Enrichment
WO2009023676A1 (en) 2007-08-12 2009-02-19 Integrated Dna Technologies, Inc. Microarray system with improved sequence specificity
US9388457B2 (en) 2007-09-14 2016-07-12 Affymetrix, Inc. Locus specific amplification using array probes
CN101932729B (zh) 2007-12-05 2013-03-27 考利达基因组股份有限公司 测序反应中碱基的有效确定
WO2009091798A1 (en) 2008-01-16 2009-07-23 Helicos Biosciences Corporation Quantitative genetic analysis
US8202691B2 (en) 2008-01-25 2012-06-19 Illumina, Inc. Uniform fragmentation of DNA using binding proteins
US8383345B2 (en) 2008-09-12 2013-02-26 University Of Washington Sequence tag directed subassembly of short sequencing reads into long sequencing reads
WO2010038042A1 (en) 2008-10-02 2010-04-08 Illumina Cambridge Ltd. Nucleic acid sample enrichment for sequencing applications
WO2010068856A1 (en) 2008-12-11 2010-06-17 Trustees Of Boston University Isolation of rna
US8691509B2 (en) 2009-04-02 2014-04-08 Fluidigm Corporation Multi-primer amplification method for barcoding of target nucleic acids
US9085798B2 (en) 2009-04-30 2015-07-21 Prognosys Biosciences, Inc. Nucleic acid constructs and methods of use
WO2010129937A2 (en) 2009-05-08 2010-11-11 Life Technologies Corporation Methods for detecting genetic variations in dna samples
CN102597256B (zh) 2009-08-25 2014-12-03 伊鲁米那股份有限公司 选择和扩增多核苷酸的方法
US8835358B2 (en) 2009-12-15 2014-09-16 Cellular Research, Inc. Digital counting of individual molecules by stochastic attachment of diverse labels
US9315857B2 (en) 2009-12-15 2016-04-19 Cellular Research, Inc. Digital counting of individual molecules by stochastic attachment of diverse label-tags
US10388403B2 (en) 2010-01-19 2019-08-20 Verinata Health, Inc. Analyzing copy number variation in the detection of cancer
US10378064B1 (en) 2010-04-16 2019-08-13 Chronix Biomedical Analyzing circulating nucleic acids to identify a biomarker representative of cancer presented by a patient population
US9677118B2 (en) 2014-04-21 2017-06-13 Natera, Inc. Methods for simultaneous amplification of target loci
US8828688B2 (en) 2010-05-27 2014-09-09 Affymetrix, Inc. Multiplex amplification methods
US20110319290A1 (en) 2010-06-08 2011-12-29 Nugen Technologies, Inc. Methods and Compositions for Multiplex Sequencing
EP2426217A1 (en) 2010-09-03 2012-03-07 Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) Analytical methods for cell free nucleic acids and applications
US9309556B2 (en) 2010-09-24 2016-04-12 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Direct capture, amplification and sequencing of target DNA using immobilized primers
CN105243295B (zh) 2010-11-30 2018-08-17 香港中文大学 与癌症相关的遗传或分子畸变的检测
KR20230141927A (ko) 2010-12-30 2023-10-10 파운데이션 메디신 인코포레이티드 종양 샘플의 다유전자 분석의 최적화
CA2824387C (en) 2011-02-09 2019-09-24 Natera, Inc. Methods for non-invasive prenatal ploidy calling
US9260753B2 (en) 2011-03-24 2016-02-16 President And Fellows Of Harvard College Single cell nucleic acid detection and analysis
SI3078752T1 (sl) 2011-04-12 2018-12-31 Verinata Health, Inc Razreševanje frakcij genoma z uporabo števila polimorfizmov
US9476095B2 (en) 2011-04-15 2016-10-25 The Johns Hopkins University Safe sequencing system
WO2013056178A2 (en) 2011-10-14 2013-04-18 Foundation Medicine, Inc. Novel estrogen receptor mutations and uses thereof
CN103103624B (zh) 2011-11-15 2014-12-31 深圳华大基因科技服务有限公司 高通量测序文库的构建方法及其应用
US10227587B2 (en) 2012-01-10 2019-03-12 Berry Genomics Co., Ltd. Method for constructing a plasma DNA sequencing library
US9892230B2 (en) 2012-03-08 2018-02-13 The Chinese University Of Hong Kong Size-based analysis of fetal or tumor DNA fraction in plasma
WO2013142389A1 (en) 2012-03-20 2013-09-26 University Of Washington Through Its Center For Commercialization Methods of lowering the error rate of massively parallel dna sequencing using duplex consensus sequencing
US20130288915A1 (en) 2012-04-27 2013-10-31 Htg Molecular Diagnostics, Inc. Compositions and methods for alk molecular testing
WO2013181170A1 (en) 2012-05-31 2013-12-05 Board Of Regents, The University Of Texas System Method for accurate sequencing of dna
DK2872629T3 (da) 2012-07-03 2019-12-09 Integrated Dna Tech Inc Tm-forstærkede blokeringsoligonukleotider og lokkemidler til forbedret target-berigesle og reduceret off-target-udvælgelse
US9371568B2 (en) 2012-07-31 2016-06-21 Novartis Ag Markers associated with human double minute 2 inhibitors
CA2880764C (en) 2012-08-03 2022-08-30 Foundation Medicine, Inc. Human papilloma virus as predictor of cancer prognosis
US20160040229A1 (en) 2013-08-16 2016-02-11 Guardant Health, Inc. Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation
US10876152B2 (en) 2012-09-04 2020-12-29 Guardant Health, Inc. Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation
IL269097B2 (en) 2012-09-04 2024-01-01 Guardant Health Inc Systems and methods for detecting rare mutations and changes in number of copies
WO2014052487A1 (en) 2012-09-28 2014-04-03 Cepheid Two-primer pcr for microrna multiplex assay
US10482994B2 (en) 2012-10-04 2019-11-19 Sequenom, Inc. Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations
WO2014055790A2 (en) 2012-10-04 2014-04-10 Sequenom, Inc. Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations
WO2014071295A1 (en) 2012-11-02 2014-05-08 Enzymatics Inc. Methods and kits for nucleic acid sample preparation for sequencing
WO2014071358A2 (en) 2012-11-05 2014-05-08 Foundation Medicine, Inc. Novel ntrk1 fusion molecules and uses thereof
CA2892646A1 (en) * 2012-12-10 2014-06-19 Resolution Bioscience, Inc. Methods for targeted genomic analysis
WO2014093825A1 (en) 2012-12-14 2014-06-19 Chronix Biomedical Personalized biomarkers for cancer
US11158425B2 (en) 2013-01-05 2021-10-26 Foundation Medicine, Inc. System and method for managing genomic information
EP2958574A4 (en) 2013-01-23 2016-11-02 Reproductive Genetics And Technology Solutions Llc COMPOSITIONS AND METHODS FOR GENETIC ANALYSIS OF EMBRYOS
EP2954054B1 (en) 2013-02-08 2018-12-05 Qiagen GmbH Method for separating dna by size
CN105518151B (zh) 2013-03-15 2021-05-25 莱兰斯坦福初级大学评议会 循环核酸肿瘤标志物的鉴别和用途
WO2014145078A1 (en) 2013-03-15 2014-09-18 Verinata Health, Inc. Generating cell-free dna libraries directly from blood
EP2994847A4 (en) 2013-05-10 2017-04-19 Foundation Medicine, Inc. Analysis of genetic variants
US20150072344A1 (en) 2013-09-10 2015-03-12 Imdaptive Incorporated Barcoded Universal Marker Indicator (BUMI) Tags
US10851414B2 (en) * 2013-10-18 2020-12-01 Good Start Genetics, Inc. Methods for determining carrier status
EP3068883B1 (en) 2013-11-13 2020-04-29 Nugen Technologies, Inc. Compositions and methods for identification of a duplicate sequencing read
CN103668471B (zh) 2013-12-19 2015-09-30 上海交通大学 一种构建dna高通量测序文库的方法及其配套试剂盒
CA2934822A1 (en) 2013-12-28 2015-07-02 Guardant Health, Inc. Methods and systems for detecting genetic variants
HUE058149T2 (hu) 2014-01-31 2022-07-28 Swift Biosciences Inc Javított eljárások DNS-szubsztrátok feldolgozására
WO2015134552A1 (en) 2014-03-03 2015-09-11 Swift Biosciences, Inc. Enhanced adaptor ligation
US10975371B2 (en) * 2014-04-29 2021-04-13 Illumina, Inc. Nucleic acid sequence analysis from single cells
MX2016016904A (es) 2014-06-26 2017-03-27 10X Genomics Inc Analisis de secuencias de acidos nucleicos.
JP6803327B2 (ja) * 2014-08-06 2020-12-23 ニューゲン テクノロジーズ， インコーポレイテッド 標的化されたシークエンシングからのデジタル測定値
US20160053301A1 (en) * 2014-08-22 2016-02-25 Clearfork Bioscience, Inc. Methods for quantitative genetic analysis of cell free dna
CN107002118B (zh) 2014-08-22 2022-07-08 分析生物科学有限公司 用于无细胞dna的定量遗传分析的方法
EP3330386A1 (en) 2014-09-05 2018-06-06 QIAGEN GmbH Preparation of adapter-ligated amplicons
US11085084B2 (en) 2014-09-12 2021-08-10 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Identification and use of circulating nucleic acids
ES2726149T3 (es) 2014-09-12 2019-10-02 Mgi Tech Co Ltd Oligonucleótido aislado y su uso en la secuenciación de ácidos nucleicos
WO2016090273A1 (en) 2014-12-05 2016-06-09 Foundation Medicine, Inc. Multigene analysis of tumor samples
EP3502273B1 (en) 2014-12-12 2020-07-08 Verinata Health, Inc. Cell-free dna fragment
EP3240911B1 (en) 2014-12-31 2020-08-26 Guardant Health, Inc. Detection and treatment of disease exhibiting disease cell heterogeneity and systems and methods for communicating test results
PT3256605T (pt) 2015-02-10 2022-03-17 Univ Hong Kong Chinese Deteção de mutações para rastreio de cancro e análise fetal
IL305462A (en) 2015-07-23 2023-10-01 Univ Hong Kong Chinese DNA fragmentation pattern analysis suitable clean
WO2017062867A1 (en) 2015-10-09 2017-04-13 Helmy Eltoukhy Population based treatment recommender using cell free dna
ES2796501T3 (es) 2015-10-10 2020-11-27 Guardant Health Inc Métodos y aplicaciones de la detección de fusión de genes en el análisis de ADN sin células
AU2016353133B2 (en) 2015-11-11 2022-12-08 Resolution Bioscience, Inc. High efficiency construction of dna libraries
US10095831B2 (en) 2016-02-03 2018-10-09 Verinata Health, Inc. Using cell-free DNA fragment size to determine copy number variations
CN114959918A (zh) 2016-02-29 2022-08-30 基础医疗股份有限公司 用于评估肿瘤突变负荷的方法和系统
US11708574B2 (en) 2016-06-10 2023-07-25 Myriad Women's Health, Inc. Nucleic acid sequencing adapters and uses thereof
BR112019003704A2 (pt) 2016-08-25 2019-05-28 Resolution Bioscience Inc métodos para a detecção de alterações na cópia genômica em amostras de dna
KR20210158870A (ko) 2016-09-30 2021-12-31 가던트 헬쓰, 인크. 무세포 핵산의 다중-해상도 분석 방법
US9850523B1 (en) 2016-09-30 2017-12-26 Guardant Health, Inc. Methods for multi-resolution analysis of cell-free nucleic acids
US20180142299A1 (en) 2016-11-17 2018-05-24 SeraCare Life Sciences,Inc Methods for preparing dna reference materials and controls
US11268137B2 (en) 2016-12-09 2022-03-08 Boreal Genomics, Inc. Linked ligation
WO2018191702A2 (en) 2017-04-14 2018-10-18 Guardant Health, Inc. Methods of attaching adapters to sample nucleic acids
CA3120713A1 (en) 2018-11-21 2020-05-28 Avida Biomed, Inc. Methods for targeted nucleic acid library formation

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP2019526257A5 (ja)
RU2019108294A (ru) Способы обнаружения изменений количества геномных копий в образцах днк
US11111541B2 (en) Diagnostic MiRNA markers for Parkinson's disease
JP7119014B2 (ja) まれな変異およびコピー数多型を検出するためのシステムおよび方法
US20240102101A1 (en) Systems and methods to detect rare mutations and copy number variation
RU2018121254A (ru) Высокоэффективное построение библиотек днк
JP2019504618A5 (ja)
TWI670495B (zh) 一種鑑定樣本中腫瘤負荷的方法和系統
JP2017525371A5 (ja)
CN105793438B (zh) 未知序列的双股线性核酸的全长扩增方法
US10457988B2 (en) MiRNAs as diagnostic markers
KR20150014937A (ko) Rna 완전성을 결정하는 방법
WO2015015585A1 (ja) 遺伝子変異分析装置、遺伝子変異分析システム及び遺伝子変異分析方法
CN109735622A (zh) 与结直肠癌相关的lncRNA及其应用
JP6571526B2 (ja) 鎖を除外することによりマイクロアレイの性能を向上する方法
CN106591425A (zh) 基于连接反应的多重靶向检测核酸指标的方法
JP7084034B2 (ja) 神経芽腫の微小残存病変を評価するために用いられる試薬、およびそれを用いた生体試料の分析方法
CN111440876A (zh) 用于定量检测人类mgmt基因甲基化程度的试剂盒和方法
WO2018186687A1 (ko) 생물학적 시료의 핵산 품질을 결정하는 방법
CN112877435B (zh) 口腔鳞癌生物标志物及其应用
CN101948915A (zh) 用于简易检测黑素瘤的方法和试剂
EP2733634A1 (en) Method for obtaining gene signature scores
CN107974486A (zh) 一种乳腺癌术后复发风险检测方法