JP2020513828A5 - - Google Patents

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JP2020513828A5
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Claims (27)

  1. キメラ抗原受容体(CAR)を発現する細胞(例えば、細胞集団)、例えば免疫エフェクター細胞であって、
    前記CARは、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン及び細胞内シグナル伝達ドメインを含み、
    前記細胞は、Tet2関連遺伝子(例えば、1つ以上のTet2関連遺伝子)の変化した発現及び/又は機能を有する、細胞(例えば、細胞集団)、例えば免疫エフェクター細胞。
  2. (a)Tet2関連遺伝子の低減又は排除された発現及び/又は機能を有する、
    (b)Tet2関連遺伝子の増加又は活性化された発現及び/又は機能を有する、
    (c)第1のTet2関連遺伝子の低減又は排除された発現及び/又は機能並びに第2のTet2関連遺伝子の増加又は活性化された発現及び/又は機能を有する、および/または
    (d)Tet2の低減又は排除された発現及び/又は機能を更に有する、
    請求項1に記載の細胞。
  3. (i)前記Tet2関連遺伝子は、IFNG、NOTCH2、CD28、ICOS、IL2RA又はPRDM1から選択される1つ以上(例えば、2、3、4、5つ又は全て)の遺伝子を含む、所望により、前記細胞は、IFNG、NOTCH2、CD28、ICOS、IL2RA又はPRDM1から選択される1つ以上(例えば、2、3、4、5つ又は全て)の遺伝子の低減又は排除された発現及び/又は機能を有する、
    (ii)前記Tet2関連遺伝子は、表8から選択される1つ以上の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10又はそれを超える)遺伝子を含む、所望により、
    (a)前記細胞は、表8、列Bから選択される1つ以上の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10又はそれを超える)遺伝子の低減又は排除された発現及び/又は機能を有する、および/または
    (b)前記細胞は、表8、列Aから選択される1つ以上の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10又はそれを超える)遺伝子の増加又は活性化された発現及び/又は機能を有する、
    (iii)前記Tet2関連遺伝子は、表9、列Dから選択される1つ以上の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10又はそれを超える)遺伝子を含む、所望により、
    (a)前記細胞は、表9、列Dから選択される1つ以上の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10又はそれを超える)遺伝子の低減又は排除された発現及び/又は機能を有する、および/または
    (b)前記細胞は、表9、列Dから選択される1つ以上の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10又はそれを超える)遺伝子の増加又は活性化された発現及び/又は機能を有する、
    (iv)前記Tet2関連遺伝子は、表9、列Aから選択される経路(例えば、1つ以上の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10又はそれを超える)経路)における1つ以上の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10又はそれを超える)遺伝子を含む、所望により、
    (a)前記細胞は、表9、列Aから選択される1つ以上の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10又はそれを超える)遺伝子の低減又は排除された発現及び/又は機能を有する、
    (b)前記細胞は、表9、列Aから選択される1つ以上の(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10又はそれを超える)遺伝子の増加又は活性化された発現及び/又は機能を有する、および/または
    (c)前記経路は、
    (1)白血球分化経路(例えば、白血球分化経路に関連する前記1つ以上の遺伝子は、表9、行1から選択される);
    (2)免疫系プロセスの正の調節経路(例えば、免疫系プロセスの正の調節経路に関連する前記1つ以上の遺伝子は、表9、行56から選択される);
    (3)膜貫通受容体タンパク質チロシンキナーゼシグナル伝達経路(例えば、膜貫通受容体タンパク質チロシンキナーゼシグナル伝達経路に関連する前記1つ以上の遺伝子は、表9、行85から選択される);
    (4)解剖学的構造形態形成の調節経路(例えば、解剖学的構造形態形成の調節経路に関連する前記1つ以上の遺伝子は、表9、行128から選択される);
    (5)NFKBを介したTNFAシグナル伝達の経路(例えば、NFKBを介したTNFAシグナル伝達の経路に関連する前記1つ以上の遺伝子は、表9、行134から選択される);
    (6)ヒドロラーゼ活性の正の調節経路(例えば、ヒドロラーゼ活性の正の調節経路に関連する前記1つ以上の遺伝子は、表9、行137から選択される);
    (7)創傷治癒経路(例えば、創傷治癒経路に関連する前記1つ以上の遺伝子は、表9、行141から選択される);
    (8)α−βT細胞活性化経路(例えば、α−βT細胞活性化経路に関連する前記1つ以上の遺伝子は、表9、行149から選択される);
    (9)細胞成分移動の調節経路(例えば、細胞成分移動の調節経路に関連する前記1つ以上の遺伝子は、表9、行180から選択される);
    (10)炎症反応経路(例えば、炎症反応経路に関連する前記1つ以上の遺伝子は、表9、行197から選択される);
    (11)骨髄細胞分化経路(例えば、骨髄細胞分化経路に関連する前記1つ以上の遺伝子は、表9、行206から選択される);
    (12)サイトカイン産生経路(例えば、サイトカイン産生経路に関連する前記1つ以上の遺伝子は、表9、行221から選択される);
    (13)UV応答の下方制御の経路(例えば、UV応答の下方制御の経路に関連する前記1つ以上の遺伝子は、表9、行233から選択される);
    (14)多細胞生物プロセスの負の調節経路(例えば、多細胞生物プロセスの負の調節経路に関連する前記1つ以上の遺伝子は、表9、行235から選択される);
    (15)血管形態形成経路(例えば、血管形態形成経路に関連する前記1つ以上の遺伝子は、表9、行237から選択される);
    (16)NFAT依存性転写経路(例えば、NFAT依存性転写経路に関連する前記1つ以上の遺伝子は、表9、行243から選択される);
    (17)アポトーシスプロセスの正の調節経路(例えば、アポトーシスプロセスの正の調節経路に関連する前記1つ以上の遺伝子は、表9、行250から選択される);
    (18)低酸素経路(例えば、低酸素経路に関連する前記1つ以上の遺伝子は、表9、行256から選択される);
    (19)KRASシグナル伝達による上方制御の経路(例えば、KRASシグナル伝達による上方制御の経路に関連する前記1つ以上の遺伝子は、表9、行258から選択される);または
    (20)ストレス活性化プロテインキナーゼシグナル伝達カスケードの経路(例えば、ストレス活性化プロテインキナーゼシグナル伝達カスケードの経路に関連する前記1つ以上の遺伝子は、表9、行260から選択される)
    の1つ以上(例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19又は全て)から選択される、
    請求項1〜2のいずれか一項に記載の細胞。
  4. 前記Tet2関連遺伝子は、セントラルメモリー表現型に関連する遺伝子(例えば、1つ以上の遺伝子)を含む、所望により、前記セントラルメモリー表現型は、
    (i)セントラルメモリーT細胞表現型である;
    (ii)ナイーブ細胞(例えば、ナイーブT細胞)におけるCCR7及び/又はCD45ROの発現レベルと比較してCCR7及び/又はCD45ROのより高い発現レベルを含む;
    (iii)ナイーブ細胞(例えば、ナイーブT細胞)におけるCD45RAの発現レベルと比較してCD45RAのより低い発現レベルを含む;
    (iv)前記細胞の増強された抗原依存性増殖を含む;および/または
    (v)例えば、前記細胞が抗CD3又は抗CD28抗体で活性化される場合、IFN−γ及び/又はCD107aの低下した発現レベルを含む、
    請求項1または2に記載の細胞。
  5. 前記細胞は、前記Tet2関連遺伝子のモジュレーター(例えば、阻害剤又はアクティベーター)を含む、所望により、
    (i)前記モジュレーター(例えば、阻害剤又はアクティベーター)は、(1)前記Tet2関連遺伝子又はその調節エレメント内の1つ以上の部位を標的とする遺伝子編集系、(2)前記遺伝子編集系の1つ以上の成分をコードする核酸、又は(3)それらの組み合わせである、所望により、前記遺伝子編集系は、
    (a)CRISPR/Cas9系、ジンクフィンガーヌクレアーゼ系、TALEN系及びメガヌクレアーゼ系からなる群から選択される;
    (b)前記Tet2関連遺伝子の初期エクソン又はイントロンの標的配列に結合する;
    (c)前記Tet2関連遺伝子の標的配列に結合し、及び前記標的配列は、エクソン4の上流、例えばエクソン1、エクソン2又はエクソン3にある;
    (d)前記Tet2関連遺伝子の後期エクソン又はイントロンの標的配列に結合する;
    (e)前記Tet2関連遺伝子の標的配列に結合し、及び前記標的配列は、最後から4番目のエクソンの下流、例えば最後から3番目のエクソン、最後から2番目のエクソン又は最後のエクソンにある;および/または
    (f)前記Tet2関連遺伝子の標的配列にハイブリダイズする標的化配列を含むgRNA分子を含むCRISPR/Cas系である;
    (ii)前記モジュレーター(例えば、阻害剤)は、前記Tet2関連遺伝子に特異的なsiRNA若しくはshRNA又は前記siRNA若しくはshRNAをコードする核酸である、所望により、前記siRNA又はshRNAは、前記Tet2関連遺伝子のmRNAの配列に相補的な配列を含む;
    (iii)前記モジュレーター(例えば、阻害剤又はアクティベーター)は、小分子である;または
    (iv)前記モジュレーター(例えば、阻害剤又はアクティベーター)は、タンパク質である、所望により、前記モジュレーター(例えば、阻害剤)は;
    (a)前記Tet2関連遺伝子によってコードされるタンパク質のドミナントネガティブ結合パートナー又は前記ドミナントネガティブ結合パートナーをコードする核酸である;または
    (b)前記Tet2関連遺伝子によってコードされるタンパク質のドミナントネガティブ(例えば、触媒的に不活性な)変異体又は前記ドミナントネガティブ変異体をコードする核酸である、
    請求項1〜4のいずれか一項に記載の細胞。
  6. 第1のTet2関連遺伝子の阻害剤及び第2のTet2関連遺伝子のアクティベーターを含む;および/またはTet2の阻害剤を更に含む、請求項1〜のいずれか一項に記載の細胞。
  7. (i)前記抗原結合ドメインは、CD19、TSHR、CD123、CD22、CD30、CD171、CS−1、CLL−1、CD33、EGFRvIII、GD2、GD3、BCMA、Tn Ag、PSMA、ROR1、FLT3、FAP、TAG72、CD38、CD44v6、CEA、EPCAM、B7H3、KIT、IL−13Ra2、メソテリン、IL−11Ra、PSCA、PRSS21、VEGFR2、ルイスY、CD24、PDGFR−β、SSEA−4、CD20、葉酸受容体α、ERBB2(Her2/neu)、MUC1、EGFR、NCAM、Prostase、PAP、ELF2M、エフリンB2、IGF−I受容体、CAIX、LMP2、gp100、bcr−abl、チロシナーゼ、EphA2、フコシルGM1、sLe、GM3、TGS5、HMWMAA、o−アセチル−GD2、葉酸受容体β、TEM1/CD248、TEM7R、CLDN6、GPRC5D、CXORF61、CD97、CD179a、ALK、ポリシアル酸、PLAC1、GloboH、NY−BR−1、UPK2、HAVCR1、ADRB3、PANX3、GPR20、LY6K、OR51E2、TARP、WT1、NY−ESO−1、LAGE−1a、MAGE−A1、レグマイン、HPV E6、E7、MAGE A1、ETV6−AML、精子タンパク質17、XAGE1、Tie 2、MAD−CT−1、MAD−CT−2、Fos関連抗原1、p53、p53変異体、プロステイン、サバイビン及びテロメラーゼ、PCTA−1/ガレクチン8、MelanA/MART1、Ras変異体、hTERT、肉腫転座切断点、ML−IAP、ERG(TMPRSS2 ETS融合遺伝子)、NA17、PAX3、アンドロゲン受容体、サイクリンB1、MYCN、RhoC、TRP−2、CYP1B1、BORIS、SART3、PAX5、OY−TES1、LCK、AKAP−4、SSX2、RAGE−1、ヒトテロメラーゼ逆転写酵素、RU1、RU2、腸カルボキシルエステラーゼ、mut hsp70−2、CD79a、CD79b、CD72、LAIR1、FCAR、LILRA2、CD300LF、CLEC12A、BST2、EMR2、LY75、GPC3、FCRL5及びIGLL1からなる群から選択される腫瘍抗原に結合する;
    (ii)前記抗原結合ドメインは、例えば、国際公開第2012/079000号パンフレット又は国際公開第2014/153270号パンフレットに記載される抗体又は抗体断片である;
    (iii)前記膜貫通ドメインは、配列番号12のアミノ酸配列の少なくとも1、2若しくは3つの修飾であるが、20、10若しくは5つ以下の修飾を有するアミノ酸配列、又は配列番号12のアミノ酸配列と95〜99%の同一性を有する配列、又は配列番号12の配列を含む;
    (iv)前記抗原結合ドメインは、ヒンジ領域によって前記膜貫通ドメインに結合され、前記ヒンジ領域は、配列番号2若しくは配列番号6又はそれと95〜99%の同一性を有する配列を含む;
    (v)前記細胞内シグナル伝達ドメインは、一次シグナル伝達ドメイン及び/又は共刺激シグナル伝達ドメインを含み、前記一次シグナル伝達ドメインは、CD3ζ、CD3γ、CD3δ、CD3ε、共通FcRγ(FCER1G)、FcRβ(FcεR1b)、CD79a、CD79b、FcγRIIa、DAP10又はDAP12から選択されるタンパク質の機能的シグナル伝達ドメインを含む、所望により、前記一次シグナル伝達ドメインは、配列番号18若しくは配列番号20のアミノ酸配列の少なくとも1、2若しくは3つの修飾であるが、20、10若しくは5つ以下の修飾を有するアミノ酸配列、又は配列番号18若しくは配列番号20のアミノ酸配列と95〜99%の同一性を有する配列、又は配列番号18若しくは配列番号20のアミノ酸配列を含む;
    (vi)前記細胞内シグナル伝達ドメインは、共刺激シグナル伝達ドメイン又は一次シグナル伝達ドメイン及び共刺激シグナル伝達ドメインを含み、前記共刺激シグナル伝達ドメインは、CD27、CD28、4−1BB(CD137)、OX40、CD30、CD40、PD−1、ICOS、リンパ球機能関連抗原−1(LFA−1)、CD2、CD7、LIGHT、NKG2C、B7−H3、CD83と特異的に結合するリガンド、CDS、ICAM−1、GITR、BAFFR、HVEM(LIGHTR)、SLAMF7、NKp80(KLRF1)、CD160、CD19、CD4、CD8α、CD8β、IL2Rβ、IL2Rγ、IL7Rα、ITGA4、VLA1、CD49a、ITGA4、IA4、CD49D、ITGA6、VLA−6、CD49f、ITGAD、CD11d、ITGAE、CD103、ITGAL、CD11a、LFA−1、ITGAM、CD11b、ITGAX、CD11c、ITGB1、CD29、ITGB2、CD18、LFA−1、ITGB7、TNFR2、TRANCE/RANKL、DNAM1(CD226)、SLAMF4(CD244、2B4)、CD84、CD96(Tactile)、CEACAM1、CRTAM、Ly9(CD229)、CD160(BY55)、PSGL1、CD100(SEMA4D)、CD69、SLAMF6(NTB−A、Ly108)、SLAM(SLAMF1、CD150、IPO−3)、BLAME(SLAMF8)、SELPLG(CD162)、LTBR、LAT、GADS、SLP−76、PAG/Cbp、NKp44、NKp30、NKp46及びNKG2Dからなる群から選択されるタンパク質の機能的シグナル伝達ドメインを含む、所望により、前記共刺激シグナル伝達ドメインは、配列番号14若しくは配列番号16のアミノ酸配列の少なくとも1、2若しくは3つの修飾であるが、20、10若しくは5つ以下の修飾を有するアミノ酸配列又は配列番号14若しくは配列番号16のアミノ酸配列と95〜99%の同一性を有する配列、または配列番号14又は配列番号16の配列を含む;
    (vii)前記細胞内ドメインは、配列番号14又は配列番号16の配列及び配列番号18又は配列番号20の配列を含み、前記細胞内シグナル伝達ドメインを含む前記配列は、同じフレームにおいて且つ単一のポリペプチド鎖として発現される;および/または
    (viii)前記細胞は、配列番号2の配列を含むリーダー配列を更に含む、
    請求項1〜のいずれか一項に記載の細胞。
  8. 前記細胞(例えば、ヒト細胞)が、免疫エフェクター細胞(例えば、免疫エフェクター細胞集団)である、所望により、前記免疫エフェクター細胞は、T細胞(例えば、CD4+T細胞、CD8+T細胞又はそれらの組み合わせ)又はNK細胞である、請求項1〜のいずれか一項に記載の細胞。
  9. 前記細胞が、IFNG、NOTCH2、CD28、ICOS、IL2RA又はPRDM1の阻害剤を含む、所望により、
    (i)IFNG、NOTCH2、CD28、ICOS、IL2RA又はPRDM1の前記阻害剤は、(1)IFNG、NOTCH2、CD28、ICOS、IL2RA又はPRDM1遺伝子又はその調節エレメント内の1つ以上の部位を標的とする遺伝子編集系、(2)前記遺伝子編集系の1つ以上の成分をコードする核酸、又は(3)それらの組み合わせである、所望により、前記遺伝子編集系は、
    (a)CRISPR/Cas9系、ジンクフィンガーヌクレアーゼ系、TALEN系及びメガヌクレアーゼ系からなる群から選択される;
    (b)IFNG、NOTCH2、CD28、ICOS、IL2RA又はPRDM1遺伝子の初期エクソン又はイントロンの標的配列に結合する;
    (c)IFNG、NOTCH2、CD28、ICOS、IL2RA又はPRDM1遺伝子の標的配列に結合し、及び前記標的配列は、エクソン4の上流、例えばエクソン1、エクソン2又はエクソン3、例えばエクソン3にある;
    (d)IFNG、NOTCH2、CD28、ICOS、IL2RA又はPRDM1遺伝子の後期エクソン又はイントロンの標的配列に結合する;
    (e)IFNG、NOTCH2、CD28、ICOS、IL2RA又はPRDM1遺伝子の標的配列に結合し、及び前記標的配列は、最後から4番目のエクソンの下流、例えば最後から3番目のエクソン、最後から2番目のエクソン又は最後のエクソンにある;および/または
    (f)IFNG、NOTCH2、CD28、ICOS、IL2RA又はPRDM1遺伝子の標的配列にハイブリダイズする標的化配列を含むgRNA分子を含むCRISPR/Cas系である;
    (ii)IFNG、NOTCH2、CD28、ICOS、IL2RA又はPRDM1の前記阻害剤は、IFNG、NOTCH2、CD28、ICOS、IL2RA、又はPRDM1に特異的なsiRNA若しくはshRNA又は前記siRNA若しくはshRNAをコードする核酸である、所望により、前記siRNA又はshRNAは、IFNG、NOTCH2、CD28、ICOS、IL2RA又はPRDM1 mRNAの配列に相補的な配列を含む;
    (iii)IFNG、NOTCH2、CD28、ICOS、IL2RA又はPRDM1の前記阻害剤は、小分子である;
    (iv)IFNG、NOTCH2、CD28、ICOS、IL2RA又はPRDM1の前記阻害剤は、タンパク質であり、例えばIFNG、NOTCH2、CD28、ICOS、IL2RA若しくはPRDM1遺伝子によってコードされるタンパク質のドミナントネガティブ結合パートナー又は前記ドミナントネガティブ結合パートナーをコードする核酸である;または
    (v)IFNG、NOTCH2、CD28、ICOS、IL2RA又はPRDM1の前記阻害剤は、タンパク質であり、例えばIFNG、NOTCH2、CD28、ICOS、IL2RA若しくはPRDM1遺伝子によってコードされるタンパク質のドミナントネガティブ(例えば、触媒的に不活性な)変異体又は前記ドミナントネガティブ変異体をコードする核酸である、
    請求項1〜のいずれか一項に記載の細胞。
  10. 前記細胞が、Tet2の両アレル性破壊を有する、請求項1〜9のいずれか一項に記載の細胞。
  11. キメラ抗原受容体(CAR)を発現する細胞(例えば、細胞集団)、例えば免疫エフェクター細胞であって、
    前記CARは、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン及び細胞内シグナル伝達ドメインを含み、
    前記細胞は、Tet2遺伝子の両アレル性破壊を有する、または
    前記細胞は、破壊されていないTet2、例えば野生型Tet2または単一アレル性Tet2破壊を有するCAR発現細胞と比較して、Tet2の低減又は排除された発現及び/又は機能を有する、
    所望により、
    (1)前記細胞は、破壊されていないTet2、例えば野生型Tet2または単一アレル性Tet2破壊を有するCAR発現細胞と比較して、以下の特徴:
    (i)増殖可能性の増加、例えば実施例1のアッセイにより測定した場合、少なくとも1.5、2、3、4、5又は6倍の増殖;
    (ii)短命の記憶T細胞の1つ以上の特性、例えば実施例1のアッセイにより測定した場合、EOMESの発現の増加、KLRG1の発現の減少、細胞傷害活性の増加又は記憶T細胞電位の増加;
    (iii)エフェクター機能の増加、例えば実施例1のアッセイにより測定した場合、CD107a、グランザイムB及びパーフォリンの脱顆粒の増加;
    (iv)実施例1のアッセイにより測定した場合、細胞溶解活性の増加;および/または
    (v)増殖能力の増加、例えば実施例1のアッセイにより測定した場合、Ki67の増加
    の1つ、2つ、3つ、4つ又はそれを超える数(例えば、全て)を有する;および/または
    (2)免疫エフェクター細胞又はCAR発現細胞におけるTet2の両アレル性破壊は、
    (i)野生型Tet2アレルにより産生されるTet2タンパク質と比較して、Tet2タンパク質の機能を変化させる、例えば低下させる変異;および/または
    (ii)細胞集団を
    (a)Tet2阻害剤、例えばTet2の小分子阻害剤(例えば、2−ヒドロキシグルタレート);
    (b)レンチウイルス(例えば、本明細書に記載のCAR分子をコードするレンチウイルス);
    (c)ドミナントネガティブTet2アイソフォーム;
    (d)ドミナントネガティブTet2をコードする核酸;
    (e)Tet2を標的とするRNAi剤(例えば、siRNA又はshRNA);および/または
    (f)Tet2を標的とするCRISPR−Cas9又はTet2を標的とするZFN/TALEN
    と接触させること
    の1つ以上によって引き起こされる、細胞(例えば、細胞集団)、例えば免疫エフェクター細胞。
  12. CAR発現細胞、例えば請求項1〜11のいずれか一項に記載の細胞、例えばCAR19発現細胞(例えば、CTL019又はCTL119)の治療有効性を高める方法であって、エクスビボで前記細胞におけるTet2関連遺伝子(例えば、1つ以上のTet2関連遺伝子)の発現及び/又は機能を変化させる(例えば、低減又は増加させる)工程を含み、前記Tet2関連遺伝子は、
    (i)IFNG、NOTCH2、CD28、ICOS、IL2RA又はPRDM1の1つ以上、
    (ii)表8に列挙される1つ以上の遺伝子、
    (iii)表9、列Dに列挙される1つ以上の遺伝子、
    (iv)表9、列Aに列挙される1つ以上の経路に関連する1つ以上の遺伝子、又は
    (v)セントラルメモリー表現型に関連する1つ以上の遺伝子
    の1つ以上(例えば、2、3、4つ又は全て)から選択される、
    所望により、前記方法は、Tet2の発現及び/又は機能を変化させる(例えば、低減する)ことを更に含む、方法。
  13. CAR発現細胞、例えば請求項1〜12のいずれか一項に記載の細胞、例えばCAR19発現細胞(例えば、CTL019又はCTL119)の治療有効性を高める方法において使用するための、Tet2関連遺伝子(例えば、1つ以上のTet2関連遺伝子)のモジュレーター(例えば、阻害剤又はアクティベーター)を含む医薬組成物であって、
    前記方法が、前記細胞を、
    (i)IFNG、NOTCH2、CD28、ICOS、IL2RA又はPRDM1の1つ以上、
    (ii)表8に列挙される1つ以上の遺伝子、
    (iii)表9、列Dに列挙される1つ以上の遺伝子、
    (iv)表9、列Aに列挙される1つ以上の経路に関連する1つ以上の遺伝子、又は
    (v)セントラルメモリー表現型に関連する1つ以上の遺伝子
    (の例えば2、3、4つ又は全て)から選択されるTet2関連遺伝子(例えば、1つ以上のTet2関連遺伝子)のモジュレーター(例えば、阻害剤又はアクティベーター)と接触させる工程を含む、
    所望により、
    (a)前記阻害剤は、(1)前記Tet2関連遺伝子又はその調節エレメント内の1つ以上の部位を標的とする遺伝子編集系、(2)前記Tet2関連遺伝子の発現を阻害する核酸(例えば、siRNA又はshRNA)、(3)前記Tet2関連遺伝子によってコードされるタンパク質(例えば、ドミナントネガティブ、例えば触媒的に不活性なもの)又は前記Tet2関連遺伝子によってコードされるタンパク質の結合パートナー、(4)前記Tet2関連遺伝子の発現及び/又は機能を阻害する小分子、(5)(1)〜(3)のいずれかをコードする核酸、及び(6)(1)〜(5)の任意の組み合わせからなる群から選択される、
    (b)前記方法は、前記細胞をTet2の阻害剤と接触させることを更に含む;および/または
    (c)前記接触は、エクスビボまたはインビボで起こる、所望により、前記接触は、CARをコードする核酸の前記細胞への送達前にインビボで起こる、または前記細胞が、それを必要とする対象に投与された後にインビボで起こる、
    医薬組成物。
  14. 処置を必要とする対象において癌を処置する方法において使用するための細胞を含む医薬組成物であって、前記方法は、請求項1〜12のいずれか一項に記載の細胞の有効量を前記対象に投与することを含む、医薬組成物
  15. 前記方法は、
    (i)IFNG、NOTCH2、CD28、ICOS、IL2RA又はPRDM1の1つ以上、
    (ii)表8に列挙される1つ以上の遺伝子、
    (iii)表9、列Dに列挙される1つ以上の遺伝子、
    (iv)表9、列Aに列挙される1つ以上の経路に関連する1つ以上の遺伝子、又は
    (v)セントラルメモリー表現型に関連する1つ以上の遺伝子
    (の例えば2、3、4つ又は全て)から選択されるTet2関連遺伝子(例えば、1つ以上のTet2関連遺伝子)のモジュレーター(例えば、阻害剤又はアクティベーター)を前記対象に投与することを更に含む、所望により、前記方法は、前記対象にTet2の阻害剤を投与することを更に含む、請求項14に記載の使用のための医薬組成物
  16. 処置を必要とする対象において腫瘍抗原の発現に関連する疾患(例えば増殖性疾患、前癌状態、癌及び前記腫瘍抗原の発現に関連する非癌関連の適応症)を処置する方法において使用するためのCAR発現細胞療法を含む医薬組成物であって、
    前記方法は、前記CAR発現細胞療法と、
    (i)IFNG、NOTCH2、CD28、ICOS、IL2RA又はPRDM1の1つ以上、
    (ii)表8に列挙される1つ以上の遺伝子、
    (iii)表9、列Dに列挙される1つ以上の遺伝子、
    (iv)表9、列Aに列挙される1つ以上の経路に関連する1つ以上の遺伝子、又は
    (v)セントラルメモリー表現型に関連する1つ以上の遺伝子
    (の例えば2、3、4つ又は全て)から選択されるTet2関連遺伝子(例えば、1つ以上のTet2関連遺伝子)のモジュレーター(例えば、阻害剤又はアクティベーター)と前記対象に投与することを含む、
    所望により、
    (a)前記方法は、前記対象にTet2の阻害剤を投与することを更に含む;
    (b)前記対象は、前記CAR発現細胞療法の開始前に前記モジュレーター(例えば、阻害剤)の前処置、前記モジュレーター(例えば、阻害剤)及び前記CAR発現細胞療法による同時処置、および/またはCAR発現細胞療法後の前記モジュレーター(例えば、阻害剤)による処置を受ける;および/または
    (c)前記癌は、血液癌又は固形腫瘍である、所望により、前記癌は、
    (1)慢性リンパ性白血病(CLL)、急性白血病、急性リンパ系白血病(ALL)、B細胞急性リンパ系白血病(B−ALL)、T細胞急性リンパ系白血病(T−ALL)、慢性骨髄性白血病(CML)、B細胞前リンパ球性白血病、芽球性形質細胞様樹状細胞の新生物、バーキットリンパ腫、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、ヘアリーセル白血病、小細胞型若しくは大細胞型濾胞性リンパ腫、悪性のリンパ増殖性状態、MALTリンパ腫、マントル細胞リンパ腫、辺縁帯リンパ腫、多発性骨髄腫、脊髄形成異常及び骨髄異形成症候群、非ホジキンリンパ腫、ホジキンリンパ腫、形質芽細胞リンパ腫、形質細胞様樹状細胞の新生物、ワルデンシュトレーム型マクログロブリン血症又は前白血病の1つ以上から選択される血液癌;または
    (2)結腸癌、直腸癌、腎細胞癌、肝臓癌、肺の非小細胞癌、小腸癌、食道癌、黒色腫、骨癌、膵臓癌、皮膚癌、頭頸部癌、皮膚又は眼内の悪性黒色腫、子宮癌、卵巣癌、直腸癌、肛門部癌、胃癌、精巣癌、子宮癌、卵管癌、子宮内膜癌、子宮頸癌、膣の癌、外陰癌、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫、内分泌系癌、甲状腺癌、副甲状腺癌、副腎癌、軟部組織肉腫、尿道癌、陰茎癌、小児固形腫瘍、膀胱癌、腎臓癌又は尿管癌、腎盂癌、中枢神経系(CNS)新生物、原発性CNSリンパ腫、腫瘍血管新生、脊髄軸腫瘍、脳幹神経膠腫、下垂体腺腫、カポジ肉腫、類表皮癌、扁平上皮癌、T細胞リンパ腫、環境的に誘発された癌、前記癌の組み合わせ及び前記癌の転移性病変からなる群から選択される
    である、医薬組成物
  17. 対象の処置における使用のためのTet2関連遺伝子(例えば、1つ以上のTet2関連遺伝子)のモジュレーター(例えば、阻害剤又はアクティベーター)を含む医薬組成物であって、前記Tet2関連遺伝子は、
    (i)IFNG、NOTCH2、CD28、ICOS、IL2RA又はPRDM1の1つ以上、
    (ii)表8に列挙される1つ以上の遺伝子、
    (iii)表9、列Dに列挙される1つ以上の遺伝子、
    (iv)表9、列Aに列挙される1つ以上の経路に関連する1つ以上の遺伝子、又は
    (v)セントラルメモリー表現型に関連する1つ以上の遺伝子
    (の例えば2、3、4つ又は全て)から選択され、前記対象は、CAR発現細胞を含む治療を受けたか、受けているか又は受けることになる、所望により、前記対象は、Tet2の阻害剤を受けたか、受けているか又は受けることになる、医薬組成物
  18. CAR発現細胞、例えば請求項1〜17のいずれか一項に記載の細胞、例えばCAR19発現細胞(例えば、CTL019又はCTL119)の治療有効性を高める方法における医薬の製造のための、Tet2関連遺伝子(例えば、1つ以上のTet2関連遺伝子)のモジュレーター(例えば、阻害剤又はアクティベーター)の使用であって、
    前記方法が、前記細胞を、
    (i)IFNG、NOTCH2、CD28、ICOS、IL2RA又はPRDM1の1つ以上、
    (ii)表8に列挙される1つ以上の遺伝子、
    (iii)表9、列Dに列挙される1つ以上の遺伝子、
    (iv)表9、列Aに列挙される1つ以上の経路に関連する1つ以上の遺伝子、又は
    (v)セントラルメモリー表現型に関連する1つ以上の遺伝子
    (の例えば2、3、4つ又は全て)から選択されるTet2関連遺伝子(例えば、1つ以上のTet2関連遺伝子)のモジュレーター(例えば、阻害剤又はアクティベーター)と接触させる工程を含む、
    所望により、
    (a)前記阻害剤は、(1)前記Tet2関連遺伝子又はその調節エレメント内の1つ以上の部位を標的とする遺伝子編集系、(2)前記Tet2関連遺伝子の発現を阻害する核酸(例えば、siRNA又はshRNA)、(3)前記Tet2関連遺伝子によってコードされるタンパク質(例えば、ドミナントネガティブ、例えば触媒的に不活性なもの)又は前記Tet2関連遺伝子によってコードされるタンパク質の結合パートナー、(4)前記Tet2関連遺伝子の発現及び/又は機能を阻害する小分子、(5)(1)〜(3)のいずれかをコードする核酸、及び(6)(1)〜(5)の任意の組み合わせからなる群から選択される、
    (b)前記方法は、前記細胞をTet2の阻害剤と接触させることを更に含む;および/または
    (c)前記接触は、エクスビボまたはインビボで起こる、所望により、前記接触は、CARをコードする核酸の前記細胞への送達前にインビボで起こる、または前記細胞が、それを必要とする対象に投与された後にインビボで起こる、
    使用。
  19. 処置を必要とする対象において癌を処置する方法における医薬の製造のための細胞の使用であって、前記方法は、請求項1〜12のいずれか一項に記載の細胞の有効量を前記対象に投与することを含む、使用
  20. 前記方法は、
    (i)IFNG、NOTCH2、CD28、ICOS、IL2RA又はPRDM1の1つ以上、
    (ii)表8に列挙される1つ以上の遺伝子、
    (iii)表9、列Dに列挙される1つ以上の遺伝子、
    (iv)表9、列Aに列挙される1つ以上の経路に関連する1つ以上の遺伝子、又は
    (v)セントラルメモリー表現型に関連する1つ以上の遺伝子
    (の例えば2、3、4つ又は全て)から選択されるTet2関連遺伝子(例えば、1つ以上のTet2関連遺伝子)のモジュレーター(例えば、阻害剤又はアクティベーター)を前記対象に投与することを更に含む、所望により、前記方法は、前記対象にTet2の阻害剤を投与することを更に含む、請求項19に記載の使用。
  21. 処置を必要とする対象において腫瘍抗原の発現に関連する疾患(例えば増殖性疾患、前癌状態、癌及び前記腫瘍抗原の発現に関連する非癌関連の適応症)を処置する方法における医薬の製造のための、CAR発現細胞療法の使用であって、
    前記方法は、前記CAR発現細胞療法と、
    (i)IFNG、NOTCH2、CD28、ICOS、IL2RA又はPRDM1の1つ以上、
    (ii)表8に列挙される1つ以上の遺伝子、
    (iii)表9、列Dに列挙される1つ以上の遺伝子、
    (iv)表9、列Aに列挙される1つ以上の経路に関連する1つ以上の遺伝子、又は
    (v)セントラルメモリー表現型に関連する1つ以上の遺伝子
    (の例えば2、3、4つ又は全て)から選択されるTet2関連遺伝子(例えば、1つ以上のTet2関連遺伝子)のモジュレーター(例えば、阻害剤又はアクティベーター)と前記対象に投与することを含む、
    所望により、
    (a)前記方法は、前記対象にTet2の阻害剤を投与することを更に含む;
    (b)前記対象は、前記CAR発現細胞療法の開始前に前記モジュレーター(例えば、阻害剤)の前処置、前記モジュレーター(例えば、阻害剤)及び前記CAR発現細胞療法による同時処置、および/またはCAR発現細胞療法後の前記モジュレーター(例えば、阻害剤)による処置を受ける;および/または
    (c)前記癌は、血液癌又は固形腫瘍である、所望により、前記癌は、
    (1)慢性リンパ性白血病(CLL)、急性白血病、急性リンパ系白血病(ALL)、B細胞急性リンパ系白血病(B−ALL)、T細胞急性リンパ系白血病(T−ALL)、慢性骨髄性白血病(CML)、B細胞前リンパ球性白血病、芽球性形質細胞様樹状細胞の新生物、バーキットリンパ腫、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、ヘアリーセル白血病、小細胞型若しくは大細胞型濾胞性リンパ腫、悪性のリンパ増殖性状態、MALTリンパ腫、マントル細胞リンパ腫、辺縁帯リンパ腫、多発性骨髄腫、脊髄形成異常及び骨髄異形成症候群、非ホジキンリンパ腫、ホジキンリンパ腫、形質芽細胞リンパ腫、形質細胞様樹状細胞の新生物、ワルデンシュトレーム型マクログロブリン血症又は前白血病の1つ以上から選択される血液癌;または
    (2)結腸癌、直腸癌、腎細胞癌、肝臓癌、肺の非小細胞癌、小腸癌、食道癌、黒色腫、骨癌、膵臓癌、皮膚癌、頭頸部癌、皮膚又は眼内の悪性黒色腫、子宮癌、卵巣癌、直腸癌、肛門部癌、胃癌、精巣癌、子宮癌、卵管癌、子宮内膜癌、子宮頸癌、膣の癌、外陰癌、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫、内分泌系癌、甲状腺癌、副甲状腺癌、副腎癌、軟部組織肉腫、尿道癌、陰茎癌、小児固形腫瘍、膀胱癌、腎臓癌又は尿管癌、腎盂癌、中枢神経系(CNS)新生物、原発性CNSリンパ腫、腫瘍血管新生、脊髄軸腫瘍、脳幹神経膠腫、下垂体腺腫、カポジ肉腫、類表皮癌、扁平上皮癌、T細胞リンパ腫、環境的に誘発された癌、前記癌の組み合わせ及び前記癌の転移性病変からなる群から選択される
    である、使用
  22. 対象の前記処置における医薬の製造のための、Tet2関連遺伝子(例えば、1つ以上のTet2関連遺伝子)のモジュレーター(例えば、阻害剤又はアクティベーター)の使用であって、前記Tet2関連遺伝子は、
    (i)IFNG、NOTCH2、CD28、ICOS、IL2RA又はPRDM1の1つ以上、
    (ii)表8に列挙される1つ以上の遺伝子、
    (iii)表9、列Dに列挙される1つ以上の遺伝子、
    (iv)表9、列Aに列挙される1つ以上の経路に関連する1つ以上の遺伝子、又は
    (v)セントラルメモリー表現型に関連する1つ以上の遺伝子
    (の例えば2、3、4つ又は全て)から選択され、前記対象は、CAR発現細胞を含む治療を受けたか、受けているか又は受けることになる、所望により、前記対象は、Tet2の阻害剤を受けたか、受けているか又は受けることになる、使用
  23. CAR発現細胞を製造する方法であって、
    (a)CARをコードする核酸を、前記核酸(又はそのCARコード部分)がTet2関連遺伝子(例えば、1つ以上のTet2関連遺伝子)内(例えば、前記Tet2関連遺伝子のイントロン又はエクソン内)の細胞のゲノムに組み込まれ、それにより前記Tet2関連遺伝子の発現及び/又は機能が変化される(例えば、低減又は排除される)ように細胞に導入すること;または
    (b)CAR発現細胞を、Tet2関連遺伝子(例えば、1つ以上のTet2関連遺伝子)のモジュレーター(例えば、阻害剤又はアクティベーター)とエクスビボで接触させること
    を含み、
    前記Tet2関連遺伝子は、
    (i)IFNG、NOTCH2、CD28、ICOS、IL2RA又はPRDM1の1つ以上、
    (ii)表8に列挙される1つ以上の遺伝子、
    (iii)表9、列Dに列挙される1つ以上の遺伝子、
    (iv)表9、列Aに列挙される1つ以上の経路に関連する1つ以上の遺伝子、又は
    (v)セントラルメモリー表現型に関連する1つ以上の遺伝子
    (の例えば2、3、4つ又は全て)から選択される、
    所望により、細胞が、Tet2の発現及び/又は機能を低減又は排除されている、
    方法。
  24. CARをコードする配列と、
    (i)IFNG、NOTCH2、CD28、ICOS、IL2RA又はPRDM1の1つ以上、
    (ii)表8に列挙される1つ以上の遺伝子、
    (iii)表9、列Dに列挙される1つ以上の遺伝子、
    (iv)表9、列Aに列挙される1つ以上の経路に関連する1つ以上の遺伝子、又は
    (v)セントラルメモリー表現型に関連する1つ以上の遺伝子
    (の例えば2、3、4つ又は全て)から選択されるTet2関連遺伝子(例えば、1つ以上のTet2関連遺伝子)のモジュレーター(例えば、阻害剤又はアクティベーター)をコードする配列とを含むベクターであって、
    所望により、
    (a)前記ベクターは、Tet2遺伝子の阻害剤をコードする配列をさらに含む;
    (b)前記モジュレーター(例えば、阻害剤)は、(1)前記遺伝子又はその調節エレメント内の1つ以上の部位を標的とする遺伝子編集系、(2)前記Tet2関連遺伝子の発現を阻害する核酸(例えば、siRNA又はshRNA)、(3)前記Tet2関連遺伝子によってコードされるタンパク質(例えば、ドミナントネガティブ、例えば触媒的に不活性なもの)又は前記Tet2関連遺伝子によってコードされるタンパク質の結合パートナー、及び(4)(1)〜(3)のいずれかをコードする核酸又はそれらの組み合わせである;および/または
    (c)CARをコードする前記配列及び前記阻害剤をコードする前記配列は、2A部位によって分離されている、
    ベクター。
  25. Tet2関連遺伝子(例えば、1つ以上のTet2関連遺伝子)又はその調節エレメントの配列に特異的な遺伝子編集系であって、前記Tet2関連遺伝子は、
    (i)IFNG、NOTCH2、CD28、ICOS、IL2RA又はPRDM1の1つ以上、
    (ii)表8に列挙される1つ以上の遺伝子、
    (iii)表9、列Dに列挙される1つ以上の遺伝子、
    (iv)表9、列Aに列挙される1つ以上の経路に関連する1つ以上の遺伝子、又は
    (v)セントラルメモリー表現型に関連する1つ以上の遺伝子
    (の例えば2、3、4つ又は全て)から選択される、
    所望により、
    (a)前記遺伝子編集系は、CRISPR/Cas遺伝子編集系、ジンクフィンガーヌクレアーゼ系、TALEN系又はメガヌクレアーゼ系である、所望により、前記遺伝子編集系は、
    前記Tet2関連遺伝子又はその調節エレメントの配列に特異的な標的化配列を含むgRNA分子及びCas9タンパク質、
    前記Tet2関連遺伝子又はその調節エレメントの配列に特異的な標的化配列を含むgRNA分子及びCas9タンパク質をコードする核酸、
    前記Tet2関連遺伝子又はその調節エレメントの配列に特異的な標的化配列を含むgRNA分子をコードする核酸及びCas9タンパク質、又は
    前記Tet2関連遺伝子又はその調節エレメントの配列に特異的な標的化配列を含むgRNA分子をコードする核酸及びCas9タンパク質をコードする核酸
    を含む;および/または
    (b)前記遺伝子編集系は、テンプレートDNAを更に含む、所望により、前記テンプレートDNAは、CAR、例えば請求項1〜24のいずれか一項に記載のCARをコードする核酸配列を含む、
    遺伝子編集系。
  26. CAR発現細胞をエクスビボで製造するための組成物であって、
    前記組成物が、
    (i)IFNG、NOTCH2、CD28、ICOS、IL2RA又はPRDM1の1つ以上、
    (ii)表8に列挙される1つ以上の遺伝子、
    (iii)表9、列Dに列挙される1つ以上の遺伝子、
    (iv)表9、列Aに列挙される1つ以上の経路に関連する1つ以上の遺伝子、又は
    (v)セントラルメモリー表現型に関連する1つ以上の遺伝子
    (の例えば2、3、4つ又は全て)から選択されるTet2関連遺伝子(例えば、1つ以上のTet2関連遺伝子)のモジュレーター(例えば、阻害剤又はアクティベーター)を含む
    所望により、
    (a)前記組成物は、Tet2の阻害剤をさらに含む;および/または
    (b)前記モジュレーター(例えば、阻害剤)は、(1)前記Tet2関連遺伝子又はその調節エレメント内の1つ以上の部位を標的とする遺伝子編集系、(2)前記Tet2関連遺伝子の発現を阻害する核酸(例えば、siRNA又はshRNA)、(3)前記遺伝子によってコードされるタンパク質(例えば、ドミナントネガティブ、例えば触媒的に不活性なもの)又は前記Tet2関連遺伝子によってコードされるタンパク質の結合パートナー、又は(4)(1)〜(3)のいずれかをコードする核酸又はそれらの組み合わせである、
    組成物。
  27. 請求項1〜のいずれか一項に記載の1つ以上の細胞を含む細胞集団であって、
    (a)前記細胞集団は、前記細胞におけるTet2関連遺伝子(例えば、1つ以上のTet2関連遺伝子)の発現及び/又は機能が低減又は排除されている1つ以上の細胞を含まない細胞集団より高い(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9又は10倍高い)パーセンテージのTscm細胞(例えば、CD45RA+CD62L+CCR7+(任意選択によりCD27+CD95+)T細胞)を含む;または
    (b)前記細胞集団の少なくとも50%(例えば、少なくとも60%、70%、80%、85%、90%、95%、97%又は99%)は、セントラルメモリーT細胞表現型を有する、所望により、
    (i)前記セントラルメモリー細胞表現型は、セントラルメモリーT細胞表現型である;および/または
    (ii)前記細胞集団の少なくとも50%(例えば、少なくとも60%、70%、80%、85%、90%、95%、97%又は99%)は、CD45RO及び/又はCCR7を発現する、
    細胞集団。
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