JP2020509776A5 - - Google Patents
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いくつかの実施形態では、疾患または状態は、炎症性または自己免疫性疾患または状態である。任意のこのような実施形態のいくつかでは、疾患または状態は、抗好中球細胞質抗体(ANCA)関連血管炎、血管炎、自己免疫性皮膚疾患、移植、リウマチ性疾患、炎症性消化管疾患、炎症性眼疾患、炎症性神経疾患、炎症性肺疾患、炎症性内分泌疾患、または自己免疫性血液疾患である。いくつかの実施例では、疾患または状態は、炎症性腸疾患、移植、クローン病、潰瘍性大腸炎、多発性硬化症、喘息、関節リウマチ、または乾癬から選択される。任意のこのような実施形態のいくつかでは、バリアントPD−L1は、対象の免疫応答を減少させる形式で投与される。
[本発明1001]
IgVドメインもしくはその特異的結合断片、IgCドメインもしくはその特異的結合断片、または両方を含むバリアントPD−L1ポリペプチドであって、前記バリアントPD−L1ポリペプチドが、SEQ ID NO:30の番号付けを基準として、45、43、6、10、11、14、15、16、17、18、19、20、22、23、26、27、28、33、35、36、40、41、44、46、47、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、60、64、65、68、71、72、73、74、75、78、79、83、85、89、90、93、97、98、99、101、102、103、104、106、110、111、112、113、117、119、120、121、124、129、130、131、134、137、138、144、148、149、150、155、158、160、163、165、167、170、171、173、175、176、177、179、180、183、185、188、189、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、204、206、207、213もしくは221から選択される位置(複数可)に対応する、非改変PD−L1またはその特異的結合断片における1つまたは複数の位置に、1つまたは複数のアミノ酸改変を含む、前記バリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1002]
前記非改変PD−L1が、
(i)SEQ ID NO:30に記載のアミノ酸の配列、(ii)SEQ ID NO:30に対して少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸の配列、または(iii)IgVドメインもしくはIgCドメインまたはその特異的結合断片、または両方を含む、それらの一部分
を含む、本発明1001のバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1003]
最大1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20個のアミノ酸改変、任意でアミノ酸置換、挿入、及び/または欠失を含む、本発明1001または本発明1002のバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1004]
SEQ ID NO:30もしくは1728またはその特異的結合断片に対して、少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む、本発明1001〜1003のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1005]
前記1つまたは複数のアミノ酸改変が、
またはその保存的アミノ酸置換から選択される、本発明1001〜1004のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1006]
前記1つまたは複数のアミノ酸改変が、
の中から選択される、本発明1001〜1005のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1007]
前記1つまたは複数のアミノ酸改変が、20、27、33、36、43、45、50、58、75または78から選択される位置(複数可)に対応する1つまたは複数の位置にある、本発明1001〜1006のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1008]
前記1つまたは複数のアミノ酸改変が、I20L、E27G、A33D、I36T、D43G、N45D、N45T、V50A、V58A、S75P、N78I、またはその保存的アミノ酸置換から選択される、本発明1001〜1007のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1009]
アミノ酸改変I20L/I36T、I20L/D43G、I20L/N45D、I20L/N45T、I20L/N45T、I20L/V50A、I20L/V58A、I20L/S75P、I20L/N78I、I36T/D43G、I36T/N45D、I36T/N45T、I36T/V50A、I36T/V58A、I36T/S75P、I36T/N78I、D43G/N45D、D43G/N45T、D43G/V50A、D43G/V58A、D43G/S75P、D43G/N78I、N45D/V50A、N45D/V58A、N45D/S75P、N45D/N78I、N45T/V50A、N45T/V58A、N45T/S75P、N45T/N78I、V50A/V58A、V50A/S75P、V50A/N78I、V58A/S75P、V58A/N78I、またはS75P/N78Iを含む、本発明1001〜1008のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1010]
アミノ酸改変D43G/N45D/V58Aを含む、本発明1001〜1009のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1011]
アミノ酸改変D43G/N45D/L56Q/V58A/G101G−ins(G101GG)またはI20L/K28E/D43G/N45D/V58A/Q89R/G101G−ins(G101GG)を含む、本発明1001〜1010のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1012]
PD−L1細胞外ドメイン(ECD)を含む、及び/または
IgVドメインもしくはその特異的断片、及びIgCドメインもしくはその特異的断片を含む、
本発明1001〜1011のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1013]
SEQ ID NO:56〜120、1725、1729〜1818、1819〜1907、1943〜2008のいずれかに記載のアミノ酸の配列もしくはその特異的結合断片、またはSEQ ID NO:56〜120、1725、1729〜1818、1819〜1907、1943〜2008のいずれかもしくはその特異的結合断片に対して少なくとも95%の配列同一性を示しかつそのアミノ酸改変のうちの1つまたは複数を含有するアミノ酸の配列を含む、本発明1001〜1012のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1014]
前記IgVドメインまたはその特異的結合断片を含む、本発明1001〜1019のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1015]
前記IgVドメインまたはその特異的結合断片が、前記バリアントPD−L1ポリペプチドの唯一のPD−L1部分である、本発明1001〜1020のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1016]
SEQ ID NO:121〜185、244〜308、1726〜1727、1908〜1937のいずれかに記載のアミノ酸の配列もしくはその特異的結合断片、SEQ ID NO:121〜185、244〜308、1726〜1727、1908〜1937のいずれかもしくはその特異的結合断片に対して少なくとも95%の配列同一性を示しかつそのアミノ酸改変のうちの1つまたは複数を含有するアミノ酸の配列を含む、本発明1001〜1015のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1017]
PD−1のエクトドメインへの非改変PD−L1の結合と比較して、増加した親和性でPD−1のエクトドメインに特異的に結合する、本発明1001〜1016のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1018]
同一のエクトドメインへの非改変PD−L1の結合と比較して、増加した親和性でPD−1のエクトドメインに特異的に結合し、減少した親和性でCD80のエクトドメインに特異的に結合する、本発明1001〜1017のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1019]
前記PD−1のエクトドメインに対する前記増加した親和性が、1.2倍、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、20倍、30倍、40倍、50倍、または60倍より大きく増加する、本発明1017または本発明1018のバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1020]
前記CD80のエクトドメインに対する前記減少した親和性が、1.2倍、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、20倍、30倍、40倍、50倍、または60倍より大きく減少する、本発明1018または本発明1019のバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1021]
前記バリアントPD−L1ポリペプチドが、増加した選択性でPD−1のエクトドメインに特異的に結合し、前記増加した選択性が、非改変PD−L1ポリペプチドの、PD−1の同じエクトドメインに対する結合 対 CD80の同じエクトドメインに対する結合の比と比較して、バリアントポリペプチドの、PD−1に対する結合 対 CD80に対する結合の、より大きな比を含む、本発明1001〜1020のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1022]
前記比が、少なくとも1.5倍、2.0倍、3.0倍、4.0倍、5倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍もしくはそれ以上だけ、または少なくとも約1.5倍、約2.0倍、約3.0倍、約4.0倍、約5倍、約10倍、約15倍、約20倍、約30倍、約40倍、約50倍もしくはそれ以上だけ大きい、本発明1021のバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1023]
前記PD−1がヒトPD−1である、本発明1017〜1022のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1024]
前記CD80がヒトCD80である、本発明1018〜1022のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1025]
可溶性タンパク質であり、
PD−L1膜貫通ドメイン及び細胞内シグナル伝達ドメインを欠き、かつ/または
細胞表面に発現することができない、
本発明1001〜1024のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1026]
前記ポリペプチドの生物学的半減期を延長する部分に連結されている、本発明1001〜1025のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1027]
多量体化ドメインに連結されている、本発明1001〜1026のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1028]
前記多量体化ドメインがFcドメインであるか、または低下したエフェクター機能を有するそのバリアントである、本発明1027のバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1029]
膜貫通ドメインをさらに含む膜貫通型免疫調節タンパク質であり、任意で前記膜貫通ドメインが、前記バリアントPD−L1ポリペプチドの細胞外ドメイン(ECD)またはその特異的結合断片に直接的または間接的に連結されている、本発明1001〜1024のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1030]
細胞質シグナル伝達ドメインをさらに含み、任意で前記細胞質シグナル伝達ドメインが前記膜貫通ドメインに直接的または間接的に連結されている、本発明1029のバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1031]
前記多量体化ドメインが第1の多量体化ドメインである本発明1027または本発明1028の第1のバリアントPD−L1ポリペプチドと、前記多量体化ドメインが第2の多量体化ドメインである本発明1027または本発明1028の第2のバリアントPD−L1ポリペプチドとを含む、免疫調節タンパク質であって、前記第1及び第2の多量体化ドメインが相互作用して前記第1及び第2のバリアントPD−L1ポリペプチドを含有する多量体を形成する、前記免疫調節タンパク質。
[本発明1032]
前記第1のバリアントPD−L2ポリペプチド及び前記第2のバリアントPD−L2ポリペプチドが同一である、本発明1031の免疫調節タンパク質。
[本発明1033]
前記多量体が二量体である、本発明1031または本発明1032の免疫調節タンパク質。
[本発明1034]
ホモ二量体である、本発明1033の免疫調節タンパク質。
[本発明1035]
免疫グロブリンスーパーファミリー(IgSF)メンバーのIgSFドメインを含む第2のポリペプチドに直接的またはリンカーを介して間接的に連結された本発明1001〜1028のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチドを含む、免疫調節タンパク質。
[本発明1036]
前記IgSFドメインが親和性改変IgSFドメインであり、前記親和性改変IgSFドメインが、前記IgSFファミリーメンバーの非改変または野生型IgSFドメインと比較して、1つまたは複数のアミノ酸改変を含む、本発明1035の免疫調節タンパク質。
[本発明1037]
前記IgSFドメインが親和性改変され、そのコグネイト結合パートナー(複数可)のうちの1つまたは複数に対し、同じ1つまたは複数のコグネイト結合パートナー(複数可)に対する前記IgSFファミリーメンバーの非改変または野生型IgSFドメインの結合と比較して、増加した結合を示す、本発明1036の免疫調節タンパク質。
[本発明1038]
前記バリアントPD−L1ポリペプチドがPD−1に特異的に結合することができ、前記第2のポリペプチドの前記IgSFドメインが前記PD−L1バリアントポリペプチドによって特異的に結合されるもの以外のコグネイト結合パートナーに結合することができる、本発明1035〜1037のいずれかの免疫調節タンパク質。
[本発明1039]
前記第2のポリペプチドの前記IgSFドメインが、抑制性受容体に結合するリガンドのIgSFドメイン、またはその親和性改変IgSFドメインである、本発明1035〜1038のいずれかの免疫調節タンパク質。
[本発明1040]
前記抑制性受容体がTIGITである、または
前記抑制性受容体のリガンドがCD155もしくはCD112である、
本発明1039の免疫調節タンパク質。
[本発明1041]
前記第2のポリペプチドが、
(i)SEQ ID NO:311〜352、354〜665、1505〜1576、1551〜1714のいずれかに記載のIgSFドメインを含むバリアントCD155ポリペプチド、または
(ii)SEQ ID NO:667〜760、762〜931、1433〜1504のいずれかに記載のIgSFドメインを含むバリアントCD112ポリペプチド、
(iii)(i)〜(ii)における配列番号のいずれかに対して少なくとも95%の配列同一性を示し、かつそのアミノ酸改変、任意で、アミノ酸置換、挿入、及び/または欠失を含む、アミノ酸の配列、または
(iv)(i)〜(iii)のいずれかの特異的結合断片
から選択される、本発明1035〜1040のいずれかの免疫調節タンパク質。
[本発明1042]
前記バリアントPD−L1ポリペプチドまたは前記第2のポリペプチドの少なくとも1つに連結された多量体化ドメインをさらに含む、本発明1035〜1041のいずれかの免疫調節タンパク質。
[本発明1043]
(1)前記多量体化ドメインが第1の多量体化ドメインである本発明1042の免疫調節タンパク質と、(2)第2の多量化ドメインとを含む、免疫調節タンパク質であって、前記第1の多量体化ドメインが、前記第2の多量体化ドメインと相互作用して前記免疫調節タンパク質を含む多量体を形成する、前記免疫調節タンパク質。
[本発明1044]
前記免疫調節タンパク質が、前記多量体化ドメインが第2の多量体化ドメインである本発明1042の第1の免疫調節タンパク質及び第2の免疫調節タンパク質であり、前記多量体が前記第1及び第2の免疫調節タンパク質を含む、本発明1080の免疫調節タンパク質。
[本発明1045]
前記多量体が二量体である、本発明1043または本発明1044の免疫調節タンパク質。
[本発明1046]
ホモ二量体である、本発明1043〜1045のいずれかの免疫調節タンパク質。
[本発明1047]
前記第2のポリペプチドがバリアントCD155ポリペプチドであり、前記第1及び/もしくは第2の免疫調節タンパク質がSEQ ID NO:1716〜1721のいずれかに記載の配列、もしくはSEQ ID NO:1716〜1721のいずれかに対して少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含むか、または、
前記第2のポリペプチドがCD112もしくはCD155であり、第3のポリペプチドがCD112もしくはCD155のもう一方であり、そして前記第1及び/もしくは第2の免疫調節タンパク質がSEQ ID NO:1722〜1724のいずれかに記載の配列、もしくはSEQ ID NO:1716〜1721のいずれかに対して少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む、
本発明1043〜1046のいずれかの免疫調節タンパク質。
[本発明1048]
ヘテロ二量体であり、任意で、前記第1及び第2の多量体化ドメインが異なる、及び/または相互作用してヘテロ二量体形成を媒介することができる、本発明1043〜1045のいずれかの免疫調節タンパク質。
[本発明1049]
前記第1及び/または第2の多量体化ドメインが免疫グロブリンのFcドメインであり、任意で、前記免疫グロブリンタンパク質がヒトの免疫グロブリンタンパク質である、及び/または前記Fc領域がヒトのFc領域である、本発明1043〜1048のいずれかの免疫調節タンパク質。
[本発明1050]
前記Fc領域が、免疫グロブリンG1(IgG1)または免疫グロブリンG2(IgG2)タンパク質のものである、本発明1049の免疫調節タンパク質。
[本発明1051]
前記Fc領域が、1つまたは複数のエフェクター機能を示す、本発明1049または本発明1050の免疫調節タンパク質。
[本発明1052]
前記Fc領域が、野生型Fc領域において1つまたは複数のアミノ酸置換を含むバリアントFc領域であり、前記バリアントFc領域が、前記野生型Fc領域と比較して低下した1つまたは複数のエフェクター機能を示し、任意で、前記野生型FcがヒトIgG1のものである、本発明1049の免疫調節タンパク質。
[本発明1053]
前記Fc領域が、KabatのEUインデックスに従った残基番号付けでアミノ酸置換N292G、R292C/N297G/V302CまたはL234A/L235E/G237Aを含む、本発明1052の免疫調節タンパク質。
[本発明1054]
前記Fc領域が、KabatのEUインデックスに従った残基番号付けでアミノ酸置換C220Sを含む、本発明1049〜1053のいずれかの免疫調節タンパク質。
[本発明1055]
前記Fc領域が、KabatのEUインデックスに従った残基番号付けでK447delを含む、本発明1049〜1054のいずれかの免疫調節タンパク質。
[本発明1056]
本発明1001〜1030のいずれかのバリアントPD−L1、またはある部分に連結されている本発明1031〜1055のいずれかの免疫調節タンパク質
を含むコンジュゲート。
[本発明1057]
前記部分が、細胞表面の分子に特異的に結合するターゲティング部分である、本発明1056のコンジュゲート。
[本発明1058]
前記細胞が、免疫細胞または腫瘍細胞である、本発明1057のコンジュゲート。
[本発明1059]
前記部分が、タンパク質、ペプチド、核酸、小分子またはナノ粒子である、本発明1056〜1058のいずれかのコンジュゲート。
[本発明1060]
前記部分が、抗体または抗原結合断片である、本発明1056〜1059のいずれかのコンジュゲート。
[本発明1061]
融合タンパク質である、本発明1056〜1060のいずれかのコンジュゲート。
[本発明1062]
本発明1001〜1030のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド、本発明1031〜1055のいずれかの免疫調節タンパク質、または本発明1056〜1061のいずれかの融合タンパク質であるコンジュゲート
をコードする、核酸分子。
[本発明1063]
本発明1062の核酸分子を含む、ベクター。
[本発明1064]
発現ベクターである、本発明1063のベクター。
[本発明1065]
本発明1063または本発明1064のベクターを含む、細胞。
[本発明1066]
バリアントPD−L1ポリペプチドまたは免疫調節タンパク質の産生方法であって、本発明1062の核酸分子または本発明1063もしくは本発明1064のベクターを、宿主細胞に、前記細胞内でタンパク質を発現する条件下で導入することを含む、前記産生方法。
[本発明1067]
前記細胞から前記バリアントPD−L1ポリペプチドまたは免疫調節タンパク質を単離または精製することをさらに含む、本発明1066の方法。
[本発明1068]
バリアントPD−L1バリアントポリペプチドを発現する細胞を操作する方法であって、本発明1001〜1030のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチドをコードする核酸分子を、宿主細胞に、前記ポリペプチドが前記細胞内で発現される条件下で導入することを含む、前記方法。
[本発明1069]
本発明1001〜1030のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド、本発明1031〜1055のいずれかの免疫調節タンパク質、本発明1062の核酸分子、または本発明1063もしくは1064のベクターを発現する、操作細胞。
[本発明1070]
前記バリアントPD−L1ポリペプチドもしくは免疫調節タンパク質が膜貫通ドメインを含まない及び/もしくは前記細胞の表面に発現しない、かつ/または
前記バリアントPD−L1ポリペプチドもしくは免疫調節タンパク質が前記操作細胞から分泌される、もしくは分泌されることができる、
本発明1069の操作細胞。
[本発明1071]
膜貫通ドメインを含むかつ/もしくは本発明1029もしくは本発明1030の膜貫通型免疫調節タンパク質である、バリアントPD−L1ポリペプチドを含む、かつ/または
前記バリアントPD−L1ポリペプチドが、前記細胞の表面に発現する、
本発明1069の操作細胞。
[本発明1072]
前記細胞が、免疫細胞、任意で、抗原提示細胞(APC)またはリンパ球、任意で、T細胞である、本発明1069〜1071のいずれかの操作細胞。
[本発明1073]
前記細胞が、キメラ抗原受容体(CAR)または操作されたT細胞受容体をさらに含む、本発明1069〜1072のいずれかの操作細胞。
[本発明1074]
本発明1001〜1030のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチドまたは本発明1051〜1055のいずれかの免疫調節タンパク質をコードする核酸分子を含む、感染性物質。
[本発明1075]
前記感染性物質が、細菌またはウイルスである、本発明1074の感染性物質。
[本発明1076]
前記感染性物質がウイルスであり、前記ウイルスが腫瘍溶解性ウイルスである、本発明1075の感染性物質。
[本発明1077]
本発明1001〜1030のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド、本発明1031〜1055のいずれかの免疫調節タンパク質、本発明1056〜1061のいずれかのコンジュゲート、本発明1069〜1073のいずれかの操作細胞、または本発明1074〜1076のいずれかの感染性物質を含む、薬学的組成物。
[本発明1078]
薬学的に許容される賦形剤を含む、本発明1077の薬学的組成物。
[本発明1079]
前記薬学的組成物が無菌である、本発明1077または本発明1078の薬学的組成物。
[本発明1080]
バイアル内に本発明1077〜1079のいずれかの薬学的組成物を含む製造物品。
[本発明1081]
本発明1077〜1079のいずれかの薬学的組成物、または本発明1080の製造物品、及び使用説明書を含む、キット。
[本発明1082]
対象における免疫応答を調節する方法であって、本発明1077〜1079のいずれかの薬学的組成物を前記対象に投与することを含む、前記方法。
[本発明1083]
対象における免疫応答を調節する方法であって、本発明1069〜1073のいずれかの操作細胞を前記対象に投与することを含む、前記方法。
[本発明1084]
前記操作細胞が、前記対象に対して自家である、本発明1083の方法。
[本発明1085]
前記免疫応答を調節することにより、前記対象の疾患または状態を治療する、本発明1082〜1084のいずれかの方法。
[本発明1086]
前記免疫応答が増加される、本発明1082〜1085のいずれかの方法。
[本発明1087]
前記薬学的組成物または操作細胞が、アンタゴニストでありかつ/またはPD−L1とPD−1の相互作用を遮断してPD−1による負のシグナル伝達を減弱させるフォーマットのバリアントPD−L1ポリペプチドを含む、本発明1082〜1086のいずれかの方法。
[本発明1088]
可溶性であり、任意でPD−L1膜貫通及び細胞内シグナル伝達ドメインを欠くバリアントPD−L1ポリペプチドまたは免疫調節タンパク質が前記対象に投与される、本発明1082及び1085〜1087のいずれかの方法。
[本発明1089]
前記バリアントPD−L1ポリペプチドまたは免疫調節タンパク質がFc融合タンパク質である、本発明1082及び1085〜1088のいずれかの方法。
[本発明1090]
本発明1001〜1028のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド、または本発明1031〜1055のいずれかの免疫調節タンパク質である、本発明1082及び1085〜1089のいずれかの方法。
[本発明1091]
分泌可能なバリアントPD−L1ポリペプチドを含む操作細胞が、前記対象に投与される、本発明1083〜1087のいずれかの方法。
[本発明1092]
前記疾患または状態が、腫瘍またはがんである、本発明1082〜1091のいずれかの方法。
[本発明1093]
前記疾患または状態が、黒色腫、肺癌、膀胱癌、血液学的悪性疾患、肝臓癌、脳癌、腎臓癌、乳癌、膵臓癌、大腸癌、脾臓癌、前立腺癌、精巣癌、卵巣癌、子宮癌、胃癌、筋骨格癌、頭頸部癌、消化管癌、生殖細胞癌、または内分泌及び神経内分泌癌から選択される、本発明1082〜1092のいずれかの方法。
[本発明1094]
前記免疫応答が減少される、本発明1082〜1085のいずれかの方法。
[本発明1095]
前記薬学的組成物または操作細胞が、アゴニストでありかつ/またはPD−1を介した抑制性シグナル伝達を刺激することができるフォーマットのバリアントPD−L1ポリペプチドを含む、本発明1082〜1085及び1094のいずれかの方法。
[本発明1096]
炎症環境の細胞または組織に局在化するIgSFドメインまたは部分に連結されているバリアントPD−L1ポリペプチドを含む免疫調節タンパク質またはコンジュゲートが前記対象に投与される、本発明1082、1085、1094及び1095のいずれかの方法。
[本発明1097]
膜貫通型免疫調節タンパク質であるバリアントPD−L1ポリペプチドを含む操作細胞が、前記対象に投与される、本発明1083〜1085、1094及び1095のいずれかの方法。
[本発明1098]
前記疾患または状態が、炎症性または自己免疫性疾患または状態である、本発明1082〜1085及び1094〜1097のいずれかの方法。
[本発明1099]
前記疾患または状態が、抗好中球細胞質抗体(ANCA)関連血管炎、血管炎、自己免疫性皮膚疾患、移植、リウマチ性疾患、炎症性消化管疾患、炎症性眼疾患、炎症性神経疾患、炎症性肺疾患、炎症性内分泌疾患、または自己免疫性血液疾患である、本発明1082〜1085及び1094〜1097のいずれかの方法。
[本発明1100]
前記疾患または状態が、炎症性腸疾患、移植、クローン病、潰瘍性大腸炎、多発性硬化症、喘息、関節リウマチ、または乾癬から選択される、本発明1098または本発明1099の方法。
[本発明1001]
IgVドメインもしくはその特異的結合断片、IgCドメインもしくはその特異的結合断片、または両方を含むバリアントPD−L1ポリペプチドであって、前記バリアントPD−L1ポリペプチドが、SEQ ID NO:30の番号付けを基準として、45、43、6、10、11、14、15、16、17、18、19、20、22、23、26、27、28、33、35、36、40、41、44、46、47、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、60、64、65、68、71、72、73、74、75、78、79、83、85、89、90、93、97、98、99、101、102、103、104、106、110、111、112、113、117、119、120、121、124、129、130、131、134、137、138、144、148、149、150、155、158、160、163、165、167、170、171、173、175、176、177、179、180、183、185、188、189、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、204、206、207、213もしくは221から選択される位置(複数可)に対応する、非改変PD−L1またはその特異的結合断片における1つまたは複数の位置に、1つまたは複数のアミノ酸改変を含む、前記バリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1002]
前記非改変PD−L1が、
(i)SEQ ID NO:30に記載のアミノ酸の配列、(ii)SEQ ID NO:30に対して少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸の配列、または(iii)IgVドメインもしくはIgCドメインまたはその特異的結合断片、または両方を含む、それらの一部分
を含む、本発明1001のバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1003]
最大1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19または20個のアミノ酸改変、任意でアミノ酸置換、挿入、及び/または欠失を含む、本発明1001または本発明1002のバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1004]
SEQ ID NO:30もしくは1728またはその特異的結合断片に対して、少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む、本発明1001〜1003のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1005]
前記1つまたは複数のアミノ酸改変が、
またはその保存的アミノ酸置換から選択される、本発明1001〜1004のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1006]
前記1つまたは複数のアミノ酸改変が、
の中から選択される、本発明1001〜1005のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1007]
前記1つまたは複数のアミノ酸改変が、20、27、33、36、43、45、50、58、75または78から選択される位置(複数可)に対応する1つまたは複数の位置にある、本発明1001〜1006のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1008]
前記1つまたは複数のアミノ酸改変が、I20L、E27G、A33D、I36T、D43G、N45D、N45T、V50A、V58A、S75P、N78I、またはその保存的アミノ酸置換から選択される、本発明1001〜1007のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1009]
アミノ酸改変I20L/I36T、I20L/D43G、I20L/N45D、I20L/N45T、I20L/N45T、I20L/V50A、I20L/V58A、I20L/S75P、I20L/N78I、I36T/D43G、I36T/N45D、I36T/N45T、I36T/V50A、I36T/V58A、I36T/S75P、I36T/N78I、D43G/N45D、D43G/N45T、D43G/V50A、D43G/V58A、D43G/S75P、D43G/N78I、N45D/V50A、N45D/V58A、N45D/S75P、N45D/N78I、N45T/V50A、N45T/V58A、N45T/S75P、N45T/N78I、V50A/V58A、V50A/S75P、V50A/N78I、V58A/S75P、V58A/N78I、またはS75P/N78Iを含む、本発明1001〜1008のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1010]
アミノ酸改変D43G/N45D/V58Aを含む、本発明1001〜1009のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1011]
アミノ酸改変D43G/N45D/L56Q/V58A/G101G−ins(G101GG)またはI20L/K28E/D43G/N45D/V58A/Q89R/G101G−ins(G101GG)を含む、本発明1001〜1010のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1012]
PD−L1細胞外ドメイン(ECD)を含む、及び/または
IgVドメインもしくはその特異的断片、及びIgCドメインもしくはその特異的断片を含む、
本発明1001〜1011のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1013]
SEQ ID NO:56〜120、1725、1729〜1818、1819〜1907、1943〜2008のいずれかに記載のアミノ酸の配列もしくはその特異的結合断片、またはSEQ ID NO:56〜120、1725、1729〜1818、1819〜1907、1943〜2008のいずれかもしくはその特異的結合断片に対して少なくとも95%の配列同一性を示しかつそのアミノ酸改変のうちの1つまたは複数を含有するアミノ酸の配列を含む、本発明1001〜1012のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1014]
前記IgVドメインまたはその特異的結合断片を含む、本発明1001〜1019のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1015]
前記IgVドメインまたはその特異的結合断片が、前記バリアントPD−L1ポリペプチドの唯一のPD−L1部分である、本発明1001〜1020のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1016]
SEQ ID NO:121〜185、244〜308、1726〜1727、1908〜1937のいずれかに記載のアミノ酸の配列もしくはその特異的結合断片、SEQ ID NO:121〜185、244〜308、1726〜1727、1908〜1937のいずれかもしくはその特異的結合断片に対して少なくとも95%の配列同一性を示しかつそのアミノ酸改変のうちの1つまたは複数を含有するアミノ酸の配列を含む、本発明1001〜1015のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1017]
PD−1のエクトドメインへの非改変PD−L1の結合と比較して、増加した親和性でPD−1のエクトドメインに特異的に結合する、本発明1001〜1016のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1018]
同一のエクトドメインへの非改変PD−L1の結合と比較して、増加した親和性でPD−1のエクトドメインに特異的に結合し、減少した親和性でCD80のエクトドメインに特異的に結合する、本発明1001〜1017のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1019]
前記PD−1のエクトドメインに対する前記増加した親和性が、1.2倍、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、20倍、30倍、40倍、50倍、または60倍より大きく増加する、本発明1017または本発明1018のバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1020]
前記CD80のエクトドメインに対する前記減少した親和性が、1.2倍、1.5倍、2倍、3倍、4倍、5倍、6倍、7倍、8倍、9倍、10倍、20倍、30倍、40倍、50倍、または60倍より大きく減少する、本発明1018または本発明1019のバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1021]
前記バリアントPD−L1ポリペプチドが、増加した選択性でPD−1のエクトドメインに特異的に結合し、前記増加した選択性が、非改変PD−L1ポリペプチドの、PD−1の同じエクトドメインに対する結合 対 CD80の同じエクトドメインに対する結合の比と比較して、バリアントポリペプチドの、PD−1に対する結合 対 CD80に対する結合の、より大きな比を含む、本発明1001〜1020のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1022]
前記比が、少なくとも1.5倍、2.0倍、3.0倍、4.0倍、5倍、10倍、15倍、20倍、30倍、40倍、50倍もしくはそれ以上だけ、または少なくとも約1.5倍、約2.0倍、約3.0倍、約4.0倍、約5倍、約10倍、約15倍、約20倍、約30倍、約40倍、約50倍もしくはそれ以上だけ大きい、本発明1021のバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1023]
前記PD−1がヒトPD−1である、本発明1017〜1022のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1024]
前記CD80がヒトCD80である、本発明1018〜1022のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1025]
可溶性タンパク質であり、
PD−L1膜貫通ドメイン及び細胞内シグナル伝達ドメインを欠き、かつ/または
細胞表面に発現することができない、
本発明1001〜1024のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1026]
前記ポリペプチドの生物学的半減期を延長する部分に連結されている、本発明1001〜1025のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1027]
多量体化ドメインに連結されている、本発明1001〜1026のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1028]
前記多量体化ドメインがFcドメインであるか、または低下したエフェクター機能を有するそのバリアントである、本発明1027のバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1029]
膜貫通ドメインをさらに含む膜貫通型免疫調節タンパク質であり、任意で前記膜貫通ドメインが、前記バリアントPD−L1ポリペプチドの細胞外ドメイン(ECD)またはその特異的結合断片に直接的または間接的に連結されている、本発明1001〜1024のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1030]
細胞質シグナル伝達ドメインをさらに含み、任意で前記細胞質シグナル伝達ドメインが前記膜貫通ドメインに直接的または間接的に連結されている、本発明1029のバリアントPD−L1ポリペプチド。
[本発明1031]
前記多量体化ドメインが第1の多量体化ドメインである本発明1027または本発明1028の第1のバリアントPD−L1ポリペプチドと、前記多量体化ドメインが第2の多量体化ドメインである本発明1027または本発明1028の第2のバリアントPD−L1ポリペプチドとを含む、免疫調節タンパク質であって、前記第1及び第2の多量体化ドメインが相互作用して前記第1及び第2のバリアントPD−L1ポリペプチドを含有する多量体を形成する、前記免疫調節タンパク質。
[本発明1032]
前記第1のバリアントPD−L2ポリペプチド及び前記第2のバリアントPD−L2ポリペプチドが同一である、本発明1031の免疫調節タンパク質。
[本発明1033]
前記多量体が二量体である、本発明1031または本発明1032の免疫調節タンパク質。
[本発明1034]
ホモ二量体である、本発明1033の免疫調節タンパク質。
[本発明1035]
免疫グロブリンスーパーファミリー(IgSF)メンバーのIgSFドメインを含む第2のポリペプチドに直接的またはリンカーを介して間接的に連結された本発明1001〜1028のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチドを含む、免疫調節タンパク質。
[本発明1036]
前記IgSFドメインが親和性改変IgSFドメインであり、前記親和性改変IgSFドメインが、前記IgSFファミリーメンバーの非改変または野生型IgSFドメインと比較して、1つまたは複数のアミノ酸改変を含む、本発明1035の免疫調節タンパク質。
[本発明1037]
前記IgSFドメインが親和性改変され、そのコグネイト結合パートナー(複数可)のうちの1つまたは複数に対し、同じ1つまたは複数のコグネイト結合パートナー(複数可)に対する前記IgSFファミリーメンバーの非改変または野生型IgSFドメインの結合と比較して、増加した結合を示す、本発明1036の免疫調節タンパク質。
[本発明1038]
前記バリアントPD−L1ポリペプチドがPD−1に特異的に結合することができ、前記第2のポリペプチドの前記IgSFドメインが前記PD−L1バリアントポリペプチドによって特異的に結合されるもの以外のコグネイト結合パートナーに結合することができる、本発明1035〜1037のいずれかの免疫調節タンパク質。
[本発明1039]
前記第2のポリペプチドの前記IgSFドメインが、抑制性受容体に結合するリガンドのIgSFドメイン、またはその親和性改変IgSFドメインである、本発明1035〜1038のいずれかの免疫調節タンパク質。
[本発明1040]
前記抑制性受容体がTIGITである、または
前記抑制性受容体のリガンドがCD155もしくはCD112である、
本発明1039の免疫調節タンパク質。
[本発明1041]
前記第2のポリペプチドが、
(i)SEQ ID NO:311〜352、354〜665、1505〜1576、1551〜1714のいずれかに記載のIgSFドメインを含むバリアントCD155ポリペプチド、または
(ii)SEQ ID NO:667〜760、762〜931、1433〜1504のいずれかに記載のIgSFドメインを含むバリアントCD112ポリペプチド、
(iii)(i)〜(ii)における配列番号のいずれかに対して少なくとも95%の配列同一性を示し、かつそのアミノ酸改変、任意で、アミノ酸置換、挿入、及び/または欠失を含む、アミノ酸の配列、または
(iv)(i)〜(iii)のいずれかの特異的結合断片
から選択される、本発明1035〜1040のいずれかの免疫調節タンパク質。
[本発明1042]
前記バリアントPD−L1ポリペプチドまたは前記第2のポリペプチドの少なくとも1つに連結された多量体化ドメインをさらに含む、本発明1035〜1041のいずれかの免疫調節タンパク質。
[本発明1043]
(1)前記多量体化ドメインが第1の多量体化ドメインである本発明1042の免疫調節タンパク質と、(2)第2の多量化ドメインとを含む、免疫調節タンパク質であって、前記第1の多量体化ドメインが、前記第2の多量体化ドメインと相互作用して前記免疫調節タンパク質を含む多量体を形成する、前記免疫調節タンパク質。
[本発明1044]
前記免疫調節タンパク質が、前記多量体化ドメインが第2の多量体化ドメインである本発明1042の第1の免疫調節タンパク質及び第2の免疫調節タンパク質であり、前記多量体が前記第1及び第2の免疫調節タンパク質を含む、本発明1080の免疫調節タンパク質。
[本発明1045]
前記多量体が二量体である、本発明1043または本発明1044の免疫調節タンパク質。
[本発明1046]
ホモ二量体である、本発明1043〜1045のいずれかの免疫調節タンパク質。
[本発明1047]
前記第2のポリペプチドがバリアントCD155ポリペプチドであり、前記第1及び/もしくは第2の免疫調節タンパク質がSEQ ID NO:1716〜1721のいずれかに記載の配列、もしくはSEQ ID NO:1716〜1721のいずれかに対して少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含むか、または、
前記第2のポリペプチドがCD112もしくはCD155であり、第3のポリペプチドがCD112もしくはCD155のもう一方であり、そして前記第1及び/もしくは第2の免疫調節タンパク質がSEQ ID NO:1722〜1724のいずれかに記載の配列、もしくはSEQ ID NO:1716〜1721のいずれかに対して少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む、
本発明1043〜1046のいずれかの免疫調節タンパク質。
[本発明1048]
ヘテロ二量体であり、任意で、前記第1及び第2の多量体化ドメインが異なる、及び/または相互作用してヘテロ二量体形成を媒介することができる、本発明1043〜1045のいずれかの免疫調節タンパク質。
[本発明1049]
前記第1及び/または第2の多量体化ドメインが免疫グロブリンのFcドメインであり、任意で、前記免疫グロブリンタンパク質がヒトの免疫グロブリンタンパク質である、及び/または前記Fc領域がヒトのFc領域である、本発明1043〜1048のいずれかの免疫調節タンパク質。
[本発明1050]
前記Fc領域が、免疫グロブリンG1(IgG1)または免疫グロブリンG2(IgG2)タンパク質のものである、本発明1049の免疫調節タンパク質。
[本発明1051]
前記Fc領域が、1つまたは複数のエフェクター機能を示す、本発明1049または本発明1050の免疫調節タンパク質。
[本発明1052]
前記Fc領域が、野生型Fc領域において1つまたは複数のアミノ酸置換を含むバリアントFc領域であり、前記バリアントFc領域が、前記野生型Fc領域と比較して低下した1つまたは複数のエフェクター機能を示し、任意で、前記野生型FcがヒトIgG1のものである、本発明1049の免疫調節タンパク質。
[本発明1053]
前記Fc領域が、KabatのEUインデックスに従った残基番号付けでアミノ酸置換N292G、R292C/N297G/V302CまたはL234A/L235E/G237Aを含む、本発明1052の免疫調節タンパク質。
[本発明1054]
前記Fc領域が、KabatのEUインデックスに従った残基番号付けでアミノ酸置換C220Sを含む、本発明1049〜1053のいずれかの免疫調節タンパク質。
[本発明1055]
前記Fc領域が、KabatのEUインデックスに従った残基番号付けでK447delを含む、本発明1049〜1054のいずれかの免疫調節タンパク質。
[本発明1056]
本発明1001〜1030のいずれかのバリアントPD−L1、またはある部分に連結されている本発明1031〜1055のいずれかの免疫調節タンパク質
を含むコンジュゲート。
[本発明1057]
前記部分が、細胞表面の分子に特異的に結合するターゲティング部分である、本発明1056のコンジュゲート。
[本発明1058]
前記細胞が、免疫細胞または腫瘍細胞である、本発明1057のコンジュゲート。
[本発明1059]
前記部分が、タンパク質、ペプチド、核酸、小分子またはナノ粒子である、本発明1056〜1058のいずれかのコンジュゲート。
[本発明1060]
前記部分が、抗体または抗原結合断片である、本発明1056〜1059のいずれかのコンジュゲート。
[本発明1061]
融合タンパク質である、本発明1056〜1060のいずれかのコンジュゲート。
[本発明1062]
本発明1001〜1030のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド、本発明1031〜1055のいずれかの免疫調節タンパク質、または本発明1056〜1061のいずれかの融合タンパク質であるコンジュゲート
をコードする、核酸分子。
[本発明1063]
本発明1062の核酸分子を含む、ベクター。
[本発明1064]
発現ベクターである、本発明1063のベクター。
[本発明1065]
本発明1063または本発明1064のベクターを含む、細胞。
[本発明1066]
バリアントPD−L1ポリペプチドまたは免疫調節タンパク質の産生方法であって、本発明1062の核酸分子または本発明1063もしくは本発明1064のベクターを、宿主細胞に、前記細胞内でタンパク質を発現する条件下で導入することを含む、前記産生方法。
[本発明1067]
前記細胞から前記バリアントPD−L1ポリペプチドまたは免疫調節タンパク質を単離または精製することをさらに含む、本発明1066の方法。
[本発明1068]
バリアントPD−L1バリアントポリペプチドを発現する細胞を操作する方法であって、本発明1001〜1030のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチドをコードする核酸分子を、宿主細胞に、前記ポリペプチドが前記細胞内で発現される条件下で導入することを含む、前記方法。
[本発明1069]
本発明1001〜1030のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド、本発明1031〜1055のいずれかの免疫調節タンパク質、本発明1062の核酸分子、または本発明1063もしくは1064のベクターを発現する、操作細胞。
[本発明1070]
前記バリアントPD−L1ポリペプチドもしくは免疫調節タンパク質が膜貫通ドメインを含まない及び/もしくは前記細胞の表面に発現しない、かつ/または
前記バリアントPD−L1ポリペプチドもしくは免疫調節タンパク質が前記操作細胞から分泌される、もしくは分泌されることができる、
本発明1069の操作細胞。
[本発明1071]
膜貫通ドメインを含むかつ/もしくは本発明1029もしくは本発明1030の膜貫通型免疫調節タンパク質である、バリアントPD−L1ポリペプチドを含む、かつ/または
前記バリアントPD−L1ポリペプチドが、前記細胞の表面に発現する、
本発明1069の操作細胞。
[本発明1072]
前記細胞が、免疫細胞、任意で、抗原提示細胞(APC)またはリンパ球、任意で、T細胞である、本発明1069〜1071のいずれかの操作細胞。
[本発明1073]
前記細胞が、キメラ抗原受容体(CAR)または操作されたT細胞受容体をさらに含む、本発明1069〜1072のいずれかの操作細胞。
[本発明1074]
本発明1001〜1030のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチドまたは本発明1051〜1055のいずれかの免疫調節タンパク質をコードする核酸分子を含む、感染性物質。
[本発明1075]
前記感染性物質が、細菌またはウイルスである、本発明1074の感染性物質。
[本発明1076]
前記感染性物質がウイルスであり、前記ウイルスが腫瘍溶解性ウイルスである、本発明1075の感染性物質。
[本発明1077]
本発明1001〜1030のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド、本発明1031〜1055のいずれかの免疫調節タンパク質、本発明1056〜1061のいずれかのコンジュゲート、本発明1069〜1073のいずれかの操作細胞、または本発明1074〜1076のいずれかの感染性物質を含む、薬学的組成物。
[本発明1078]
薬学的に許容される賦形剤を含む、本発明1077の薬学的組成物。
[本発明1079]
前記薬学的組成物が無菌である、本発明1077または本発明1078の薬学的組成物。
[本発明1080]
バイアル内に本発明1077〜1079のいずれかの薬学的組成物を含む製造物品。
[本発明1081]
本発明1077〜1079のいずれかの薬学的組成物、または本発明1080の製造物品、及び使用説明書を含む、キット。
[本発明1082]
対象における免疫応答を調節する方法であって、本発明1077〜1079のいずれかの薬学的組成物を前記対象に投与することを含む、前記方法。
[本発明1083]
対象における免疫応答を調節する方法であって、本発明1069〜1073のいずれかの操作細胞を前記対象に投与することを含む、前記方法。
[本発明1084]
前記操作細胞が、前記対象に対して自家である、本発明1083の方法。
[本発明1085]
前記免疫応答を調節することにより、前記対象の疾患または状態を治療する、本発明1082〜1084のいずれかの方法。
[本発明1086]
前記免疫応答が増加される、本発明1082〜1085のいずれかの方法。
[本発明1087]
前記薬学的組成物または操作細胞が、アンタゴニストでありかつ/またはPD−L1とPD−1の相互作用を遮断してPD−1による負のシグナル伝達を減弱させるフォーマットのバリアントPD−L1ポリペプチドを含む、本発明1082〜1086のいずれかの方法。
[本発明1088]
可溶性であり、任意でPD−L1膜貫通及び細胞内シグナル伝達ドメインを欠くバリアントPD−L1ポリペプチドまたは免疫調節タンパク質が前記対象に投与される、本発明1082及び1085〜1087のいずれかの方法。
[本発明1089]
前記バリアントPD−L1ポリペプチドまたは免疫調節タンパク質がFc融合タンパク質である、本発明1082及び1085〜1088のいずれかの方法。
[本発明1090]
本発明1001〜1028のいずれかのバリアントPD−L1ポリペプチド、または本発明1031〜1055のいずれかの免疫調節タンパク質である、本発明1082及び1085〜1089のいずれかの方法。
[本発明1091]
分泌可能なバリアントPD−L1ポリペプチドを含む操作細胞が、前記対象に投与される、本発明1083〜1087のいずれかの方法。
[本発明1092]
前記疾患または状態が、腫瘍またはがんである、本発明1082〜1091のいずれかの方法。
[本発明1093]
前記疾患または状態が、黒色腫、肺癌、膀胱癌、血液学的悪性疾患、肝臓癌、脳癌、腎臓癌、乳癌、膵臓癌、大腸癌、脾臓癌、前立腺癌、精巣癌、卵巣癌、子宮癌、胃癌、筋骨格癌、頭頸部癌、消化管癌、生殖細胞癌、または内分泌及び神経内分泌癌から選択される、本発明1082〜1092のいずれかの方法。
[本発明1094]
前記免疫応答が減少される、本発明1082〜1085のいずれかの方法。
[本発明1095]
前記薬学的組成物または操作細胞が、アゴニストでありかつ/またはPD−1を介した抑制性シグナル伝達を刺激することができるフォーマットのバリアントPD−L1ポリペプチドを含む、本発明1082〜1085及び1094のいずれかの方法。
[本発明1096]
炎症環境の細胞または組織に局在化するIgSFドメインまたは部分に連結されているバリアントPD−L1ポリペプチドを含む免疫調節タンパク質またはコンジュゲートが前記対象に投与される、本発明1082、1085、1094及び1095のいずれかの方法。
[本発明1097]
膜貫通型免疫調節タンパク質であるバリアントPD−L1ポリペプチドを含む操作細胞が、前記対象に投与される、本発明1083〜1085、1094及び1095のいずれかの方法。
[本発明1098]
前記疾患または状態が、炎症性または自己免疫性疾患または状態である、本発明1082〜1085及び1094〜1097のいずれかの方法。
[本発明1099]
前記疾患または状態が、抗好中球細胞質抗体(ANCA)関連血管炎、血管炎、自己免疫性皮膚疾患、移植、リウマチ性疾患、炎症性消化管疾患、炎症性眼疾患、炎症性神経疾患、炎症性肺疾患、炎症性内分泌疾患、または自己免疫性血液疾患である、本発明1082〜1085及び1094〜1097のいずれかの方法。
[本発明1100]
前記疾患または状態が、炎症性腸疾患、移植、クローン病、潰瘍性大腸炎、多発性硬化症、喘息、関節リウマチ、または乾癬から選択される、本発明1098または本発明1099の方法。
いくつかの実施形態では、マルチドメインスタック分子は、少なくとも1つが、バリアントPD−L1ポリペプチド及び/または少なくとも1つの第2のIgSFドメイン(例えば、第2のバリアントIgSFドメイン)を含有するFc融合ポリペプチドである、2つの異なるFc融合ポリペプチド、例えば、第1及び第2のFc融合ポリペプチドを含む、ヘテロ二量体である。いくつかの実施形態では、第1または第2のFc融合ポリペプチドは、第3のIgSFドメイン(例えば、第3のバリアントIgSFドメイン)をさらに含有する。
Claims (41)
- IgVドメインもしくはその特異的結合断片、IgCドメインもしくはその特異的結合断片、または両方を含むバリアントPD−L1ポリペプチドであって、前記バリアントPD−L1ポリペプチドが、SEQ ID NO:30の番号付けを基準として、45、43、6、10、11、14、15、16、17、18、19、20、22、23、26、27、28、33、35、36、40、41、44、46、47、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、60、64、65、68、71、72、73、74、75、78、79、83、85、89、90、93、97、98、99、101、102、103、104、106、110、111、112、113、117、119、120、121、124、129、130、131、134、137、138、144、148、149、150、155、158、160、163、165、167、170、171、173、175、176、177、179、180、183、185、188、189、192、193、194、195、196、197、198、199、200、201、202、203、204、206、207、213もしくは221から選択される位置(複数可)に対応する、非改変PD−L1またはその特異的結合断片における1つまたは複数の位置に、1つまたは複数のアミノ酸改変を含む、前記バリアントPD−L1ポリペプチド。
- 前記非改変PD−L1が、
(i)SEQ ID NO:30に記載のアミノ酸の配列、
(ii)SEQ ID NO:30に対して少なくとも95%の配列同一性を有するアミノ酸の配列、または
(iii)IgVドメインもしくはIgCドメインまたはその特異的結合断片、または両方を含む、(i)もしくは(ii)の配列の一部分
を含む、請求項1に記載のバリアントPD−L1ポリペプチド。 - 最大1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19もしくは20個のアミノ酸改変、任意でアミノ酸置換、挿入、及び/もしくは欠失を含む、または
SEQ ID NO:30もしくはSEQ ID NO:1728、もしくはSEQ ID NO:30もしくはSEQ ID NO:1728の特異的結合断片に対して、少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%の配列同一性を示すアミノ酸の配列を含む、
請求項1または請求項2に記載のバリアントPD−L1ポリペプチド。 - 前記1つまたは複数のアミノ酸改変が、N45D、N45I、N45T、P6S、Y10F、V11A、V11E、Y14S、G15A、S16G、N17D、M18I、M18T、M18V、T19A、T19I、I20L、C22R、K23E、K23N、K23R、E26A、E27D、E27G、K28E、K28I、K28R、K28N、A33D、L35P、I36S、I36T、E40G、M41K、M41V、D43G、D43V、K44E、I47T、I46V、F49S、V50A、H51N、H51R、H51Y、G52R、G52V、E53G、E53V、E54G、D55G、D55N、D55S、D55V、L56Q、K57E、K57R、V58A、V58D、H60R、R64S、Q65L、R68L、K71E、D72G、Q73R、L74P、S75P、N78I、N78S、A79T、I83T、D85E、Q89R、D90G、V93E、M97I、M97K、M97L、I98L、I98T、I98V、S99G、G101D、G101G-ins (G101GG)、G102D、A103V、D104G、K106E、K106R、V110M、K111E、K111T、V112A、N113Y、N117S、I119T、N120S、Q121L、L124S、V129A、V129D、T130A、S131F、E134G、C137R、Q138R、K144E、K144Q、I148V、W149R、T150A、Q155H、S158G、K160M、T163I、K163N、N165Y、K167R、K167T、E170G、K171R、F173I、F173L、K173Y、V175A、T176N、S177C、L179P、R180S、T183A、T183I、T185A、I188V、F189L、F189S、T192S、F193S、R194G、R194W、R195G、R195S、R195T、L196S、D197G、P198S、P198T、E199G、E200K、E200N、N201D、N201Y、H202Q、T203A、A204T、L206F、V207A、L213P、T221L、またはその保存的アミノ酸置換から選択される、請求項1〜3のいずれか1項に記載のバリアントPD−L1ポリペプチド。
- 前記1つまたは複数のアミノ酸改変が、
K28N/M41V/N45T/H51N/K57E
I20L/I36T/N45D/I47T、I20L/M41K/K44E、P6S/N45T/N78I/I83T、N78I、M41K/N78I、N45T/N78I、I20L/N45T、N45T、M41K、I20L/I36T/N45D、N17D/N47T/V50A/D72G、I20L/F49S、N45T/V50A、I20L/N45T/N78I、I20L/N45T/V50A、M41V/N45T、M41K/N45T、A33D/S75P/D85E、M18I/M41K/D43G/H51R/N78I、V11E/I20L/I36T/N45D/H60R/S75P、A33D/V50A、S16G/A33D/K71E/S75P、E27G/N45T/M97I、E27G/N45T/K57R、A33D/E53V、D43G/N45D/V58A、E40G/D43V/N45T/V50A、Y14S/K28E/N45T、A33D/N78S、A33D/N78I、A33D/N45T、A33D/N45T/N78I、E27G/N45T/V50A、N45T/V50A/N78S、I20L/N45T/V110M、I20L/I36T/N45T/V50A、N45T/L74P/S75P、N45T/S75P、S75P/K106R、S75P、A33D/S75P、A33D/S75P/D104G、A33D/S75P、I20L/E27G/N45T/V50A、I20L/E27G/D43G/N45D/V58A/N78I、I20L/D43G/N45D/V58A/N78I、I20L/A33D/D43G/N45D/V58A/N78I、I20L/D43G/N45D/N78I、E27G/N45T/V50A/N78I、N45T/V50A/N78I、V11A/I20L/E27G/D43G/N45D/H51Y/S99G、I20L/E27G/D43G/N45T/V50A、I20L/K28E/D43G/N45D/V58A/Q89R、I20L/I36T/N45D、I20L/K28E/D43G/N45D/E53G/V58A/N78I、A33D/D43G/N45D/V58A/S75P、K23R/D43G/N45D、I20L/D43G/N45D/V58A/N78I/D90G/G101D、D43G/N45D/L56Q/V58A/G101G-ins (G101GG)、I20L/K23E/D43G/N45D/V58A/N78I、I20L/K23E/D43G/N45D/V50A/N78I、T19I/E27G/N45I/V50A/N78I/M97K、I20L/M41K/D43G/N45D、K23R/N45T/N78I、I20L/K28E/D43G/N45D/V58A/Q89R/G101G-ins (G101GG)、K57R/S99G、K57R/S99G/F189L、M18V/M97L/F193S/R195G/E200K/H202Q、I36S/M41K/M97L/K144Q/R195G/E200K/H202Q/L206F、C22R/Q65L/L124S/K144Q/R195G/E200N/H202Q/T221L、M18V/I98L/L124S/P198T/L206F、S99G/N117S/I148V/K171R/R180S、I36T/M97L/A103V/Q155H、K28I/S99G、R195S、A79T/S99G/T185A/R195G/E200K/H202Q/L206F、K57R/S99G/L124S/K144Q、K57R/S99G/R195G、D55V/M97L/S99G、E27G/I36T/D55N/M97L/K111E、E54G/M97L/S99G、G15A/I36T/M97L/K111E/H202Q、G15A/I36T/V129D、G15A/I36T/V129D/R195G、G15A/V129D、I36S/M97L、I36T/D55N/M97L/K111E/A204T、I36T/D55N/M97L/K111E/V129A/F173L、I36T/D55S/M97L/K111E/I148V/R180S、I36T/G52R/M97L/V112A/K144E/V175A/P198T、I36T/I46V/D55G/M97L/K106E/K144E/T185A/R195G、I36T/I83T/M97L/K144E/P198T、I36T/M97L/K111E、I36T/M97L/K144E/P198T、I36T/M97L/Q155H/F193S/N201Y、I36T/M97L/V129D、L35P/I36S/M97L/K111E、M18I/I36T/E53G/M97L/K144E/E199G/V207A、M18T/I36T/D55N/M97L/K111E、M18V/M97L/T176N/R195G、M97L/S99G、N17D/M97L/S99G、S99G/T185A/R195G/P198T、V129D/H202Q、V129D/P198T、V129D/T150A、V93E/V129D、Y10F/M18V/S99G/Q138R/T203A、N45D、K160M/R195G、N45D/K144E、N45D/P198S、N45D/P198T、N45D/R195G、N45D/R195S、N45D/S131F、N45D/V58D、V129D/R195S、I98T/F173Y/L196S、N45D/E134G/L213P、N45D/F173I/S177C、N45D/I148V/R195G、N45D/K111T/R195G、N45D/N113Y/R195S、N45D/N165Y/E170G、N45D/Q89R/I98V、N45D/S131F/P198S、N45D/S75P/P198S、N45D/V50A/R195T、E27D/N45D/T183A/I188V、F173Y/T183I/L196S/T203A、K23N/N45D/S75P/N120S、N45D/G102D/R194W/R195G、N45D/G52V/Q121L/P198S、N45D/I148V/R195G/N201D、N45D/K111T/T183A/I188V、N45D/Q89R/F189S/P198S、N45D/S99G/C137R/V207A、N45D/T163I/K167R/R195G、N45D/T183A/T192S/R194G、N45D/V50A/I119T/K144E、T19A/N45D/K144E/R195G、V11E/N45D/T130A/P198T、V26A/N45D/T163I/T185A、K23N/N45D/L124S/K167T/R195G、K23N/N45D/Q73R/T163I、K28E/N45D/W149R/S158G/P198T、K28R/N45D/K57E/I98V/R195S、K28R/N45D/V129D/T163N/R195T、M41K/D43G/N45D/R64S/R195G、M41K/D43G/N45D/R64S/S99G、N45D/R68L/F173L/D197G/P198S、N45D/V50A/I148V/R195G/N201D、M41K/D43G/K44E/N45D/R195G/N201D、N45D/V50A/L124S/K144E/L179P/R195G; I20L/I36T、I20L/D43G、I20L/N45D、I20L/V50A、I20L/V58A、I20L/S75P、I20L/N78I、I36T/D43G、I36T/N45D、I36T/N45T、I36T/V50A、I36T/V58A、I36T/S75P、I36T/N78I、D43G/N45D、D43G/N45T、D43G/V50A、D43G/V58A、D43G/S75P、D43G/N78I、N45D/V50A、N45D/V58A、N45D/S75P、N45D/N78I、N45T/V50A、N45T/V58A、N45T/S75P、N45T/N78I、V50A/V58A、V50A/S75P、V50A/N78I、V58A/S75P、V58A/N78I、または S75P/N78I
の中から選択される、請求項1〜4のいずれか1項に記載のバリアントPD−L1ポリペプチド。 - SEQ ID NO:56〜120、1725、1729〜1818、1819〜1907、1943〜2008のいずれかに記載のアミノ酸の配列もしくはその特異的結合断片、またはSEQ ID NO:56〜120、1725、1729〜1818、1819〜1907、1943〜2008のいずれかもしくはその特異的結合断片に対して少なくとも95%の配列同一性を示しかつそのアミノ酸改変のうちの1つまたは複数を含有するアミノ酸の配列、または
SEQ ID NO:121〜185、244〜308、1726〜1727、1908〜1937のいずれかに記載のアミノ酸の配列もしくはその特異的結合断片、またはSEQ ID NO:121〜185、244〜308、1726〜1727、1908〜1937のいずれかもしくはその特異的結合断片に対して少なくとも95%の配列同一性を示しかつそのアミノ酸改変のうちの1つまたは複数を含有するアミノ酸の配列
を含む、請求項1〜5のいずれか1項に記載のバリアントPD−L1ポリペプチド。 - 前記IgVドメインまたはその特異的結合断片を含む、請求項1〜6のいずれか1項に記載のバリアントPD−L1ポリペプチド。
- 前記IgVドメインまたはその特異的結合断片が、前記バリアントPD−L1ポリペプチドの唯一のPD−L1 IgSFドメインである、請求項1〜7のいずれか1項に記載のバリアントPD−L1ポリペプチド。
- PD−1のエクトドメインへの非改変PD−L1の結合と比較して、増加した親和性でPD−1のエクトドメインに特異的に結合し、任意で、該PD−1がヒトPD−1である、請求項1〜8のいずれか1項に記載のバリアントPD−L1ポリペプチド。
- 同一のエクトドメインへの非改変PD−L1の結合と比較して、増加した親和性でPD−1のエクトドメインに特異的に結合し、減少した親和性でCD80のエクトドメインに特異的に結合する、請求項1〜9のいずれか1項に記載のバリアントPD−L1ポリペプチド。
- 可溶性タンパク質であり、
PD−L1膜貫通ドメイン及び細胞内シグナル伝達ドメインを欠き、かつ/または
細胞表面に発現することができない、
請求項1〜10のいずれか1項に記載のバリアントPD−L1ポリペプチド。 - 多量体化ドメインに連結された請求項1〜11のいずれか1項に記載のバリアントPD−L1ポリペプチドを含む、免疫調節タンパク質。
- 前記多量体化ドメインがFcドメインであるか、または低下したエフェクター機能を有するそのバリアントである、請求項12に記載の免疫調節タンパク質。
- 免疫調節タンパク質が二量体であり、任意で、該二量体がホモ二量体である、請求項12または13に記載の免疫調節タンパク質。
- 膜貫通ドメインをさらに含む膜貫通型免疫調節タンパク質であり、任意で前記膜貫通ドメインが、前記バリアントPD−L1ポリペプチドの細胞外ドメイン(ECD)またはその特異的結合断片に直接的または間接的に連結されている、請求項1〜11のいずれか1項に記載のバリアントPD−L1ポリペプチド。
- 細胞質シグナル伝達ドメインをさらに含み、任意で前記細胞質シグナル伝達ドメインが前記膜貫通ドメインに直接的または間接的に連結されている、請求項15に記載のバリアントPD−L1ポリペプチド。
- 免疫グロブリンスーパーファミリー(IgSF)メンバーのIgSFドメインを含む第2のポリペプチドに直接的またはリンカーを介して間接的に連結された請求項1〜11または15〜16のいずれか1項に記載のバリアントPD−L1ポリペプチドを含む、免疫調節タンパク質。
- 前記IgSFドメインが親和性改変IgSFドメインであり、前記親和性改変IgSFドメインが、前記IgSFファミリーメンバーの非改変または野生型IgSFドメインと比較して、1つまたは複数のアミノ酸改変を含む、請求項17に記載の免疫調節タンパク質。
- 前記IgSFドメインが親和性改変され、そのコグネイト結合パートナー(複数可)のうちの1つまたは複数に対し、同じ1つまたは複数のコグネイト結合パートナー(複数可)に対する前記IgSFファミリーメンバーの非改変または野生型IgSFドメインの結合と比較して、増加した結合を示し、
任意で、前記バリアントPD−L1ポリペプチドが、PD−1に特異的に結合することができ、前記第2のポリペプチドの前記IgSFドメインが、前記PD−L1バリアントポリペプチドによって特異的に結合されるもの以外のコグネイト結合パートナーに結合することができる、
請求項17または18に記載の免疫調節タンパク質。 - 前記バリアントPD−L1ポリペプチドまたは前記第2のポリペプチドの少なくとも1つに連結された多量体化ドメインをさらに含む、請求項17〜19のいずれか1項に記載の免疫調節タンパク質。
- 前記多量体化ドメインが、低下したエフェクター機能を有するFcドメインまたはそのバリアントである、請求項20に記載の免疫調節タンパク質。
- 免疫調節タンパク質が二量体であり、任意で、該二量体がホモ二量体である、請求項20または請求項21に記載の免疫調節タンパク質。
- 細胞表面の分子に特異的に結合するターゲティング部分に連結された請求項1〜11もしくは15〜16のいずれか1項に記載のバリアントPD−L1または請求項12〜14もしくは17〜22のいずれか1項に記載の免疫調節タンパク質を含む融合タンパク質。
- 前記細胞が、免疫細胞または腫瘍細胞である、請求項23に記載の融合タンパク質。
- 前記部分が、抗体または抗原結合断片である、請求項23または24に記載の融合タンパク質。
- 細胞表面の分子に特異的に結合するターゲティング部分に連結された請求項1〜11もしくは15〜16のいずれか1項に記載のバリアントPD−L1ポリペプチド、請求項12〜14もしくは17〜22のいずれか1項に記載の免疫調節タンパク質、または請求項23〜25のいずれか1項に記載の融合タンパク質をコードする、核酸分子。
- 請求項26に記載の核酸分子を含む、ベクター。
- 請求項27に記載のベクターを含む、細胞。
- バリアントPD−L1ポリペプチドまたは免疫調節タンパク質の産生方法であって、請求項26に記載の核酸分子または請求項27に記載のベクターを、宿主細胞に、前記宿主細胞内でタンパク質を発現する条件下で導入することを含み、任意で該細胞からバリアントPD−L1ポリペプチドまたは免疫調節タンパク質を単離または精製することをさらに含む、前記産生方法。
- バリアントPD−L1バリアントポリペプチドを発現する細胞を操作する方法であって、請求項1〜11または15〜16のいずれか1項に記載のバリアントPD−L1ポリペプチドをコードする核酸分子を、宿主細胞に、前記ポリペプチドが前記宿主細胞内で発現される条件下で導入することを含む、前記方法。
- 請求項1〜11もしくは15〜16のいずれか1項に記載のバリアントPD−L1ポリペプチド、または請求項12〜14もしくは17〜22のいずれか1項に記載の免疫調節タンパク質を発現する、操作細胞。
- 前記免疫調節タンパク質が、前記操作細胞から分泌可能である、請求項31に記載の操作細胞。
- 前記細胞が、免疫細胞、任意で、抗原提示細胞(APC)またはリンパ球、任意で、T細胞である、請求項31または32に記載の操作細胞。
- 前記細胞が、キメラ抗原受容体(CAR)または操作されたT細胞受容体をさらに含む、請求項31〜33のいずれか1項に記載の操作細胞。
- 請求項1〜11もしくは15〜16のいずれか1項に記載のバリアントPD−L1ポリペプチドまたは請求項12〜14もしくは17〜22のいずれか1項に記載の免疫調節タンパク質をコードする核酸分子を含む、感染性物質。
- 請求項1〜11もしくは15〜16のいずれか1項に記載のバリアントPD−L1ポリペプチド、請求項12〜14もしくは17〜22のいずれか1項に記載の免疫調節タンパク質、請求項23〜25のいずれか1項に記載の融合タンパク質、請求項31〜34のいずれか1項に記載の操作細胞、または請求項35に記載の感染性物質を含み、
薬学的に許容される賦形剤を含む、
薬学的組成物。 - 請求項36に記載の薬学的組成物、及び使用説明書を含む製造物品またはキット。
- 対象における免疫応答を調節するのに使用するための、請求項36に記載の薬学的組成物であって、任意で、該免疫応答が増加される、前記薬学的組成物。
- 前記免疫応答を調節することにより、前記対象の疾患または状態を治療し、任意で該疾患または状態が腫瘍またはがんである、請求項38に記載の薬学的組成物。
- 対象における免疫応答を調節するための医薬の製造における、請求項36に記載の薬学的組成物の使用であって、任意で該免疫応答が増加される、前記使用。
- 前記免疫応答を調節することにより前記対象の疾患または状態を治療し、任意で該疾患または状態が腫瘍またはがんである、請求項40に記載の使用。
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