発明の詳細な説明
本開示は、個人、特に、疾患または疾患の可能性がある個人からのゲノム、免疫、および臨床データを収集、集約、分析、報告、ならびに可視化することを可能にする、異なる技術、アプローチ、および方法の一意の組み合わせを提供する。疾患発症、進行、および治療への応答の分子ならびに免疫決定因子は、血液バイオマーカの査定を通して定義されることができる。分子および免疫バイオマーカは、各患者において識別されることができ、データは、各個人の一意の臨床転帰プロファイルと相関性があり得る。革新的データプラットフォームを通してリンクされる生物検体および包括的研究データのバンクが、多発性骨髄腫の治療法を加速させるように作成されることができる。対象は、研究の経過の全体を通して対象を従事させ続けることによって、研究への積極的な参加者にされることができる。
異なる技術、アプローチ、および方法の特徴は、研究への参加同意を可能にする、個人およびオンライン特徴との直接通信、個人と第三者医学検体収集会社との間の通信をトリガし、個人からの生物学的サンプル(例えば、血液、尿、便)を満たし、それを収集する同意、個人の病状、デジタル編成、キュレーション、およびセキュアデータベース内の医療研究所からのデータの記憶に関するゲノム、臨床、および他のデータを導出するための医学検体収集会社による承認された研究所へのサンプルの移送、前の特徴と並行して、同意によってトリガされる、病院、医療センター、診療所、および他の場所に位置する個人の診療記録への電子または他の方法を通したアクセス、個人の医療研究所データと結合されるセキュアデータベース内の診療記録の編成、キュレーション、および記憶、診療記録の周期的アクセスおよびデータが最新のままであるような個人のデータへのデータ追加、医療研究所結果を定期的に更新される診療記録と組み合わせることによる、セキュアデータベースの作成、個人の病状に特有の詳細な分析を行い、症状を他の個人または個人のグループと比較するためのデータベースによって作成される環境、治療計画、臨床転帰、および推奨治療決定の開発の比較、容易に理解される、消費者が手軽に使える個人用可視化フォーマットに置いてオンラインで個人に利用可能にされる分析、個人が従事したままであり、付加的情報をデータベースに提供するような個人との個人用可視化フォーマットの通信、いくつかの実施形態では、医師が治療決定を行うことを補助する決定支援ツールを提供する様式における医師への分析の可用性、データポータルを通してデータを取得する権限を与えられている研究者、分析者、および他者へのデータベースのアクセス可能性、第三者からのデータが受け入れられ得るように、データの収集、集約、および構造化を可能にする、構造化されたデータベース、ならびに情報が第三者パートナーによって、かつその間でシームレスに流れ得るようなシステム全体の統合を含むが、それらに限定されない。
疾患発症、進行、および治療への応答に関与する臨床、分子、および免疫パラメータのより深い理解は、限定されないが、癌等の疾患の治療のための精密医療を利用するために必要である。人口レベルで情報を収集することは、精密医療を利用するために必要とされる証拠を生成するために極めて重要である。本開示は、参加者、研究者、医師、および一般大衆からのデータを収集、分析、可視化、および共有するために使用され得る、統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースを説明する。
自発的な電子インフォームドコンセントは、研究目的のための末梢血の識別および使用、分子および免疫分析時の採血、参加者の疾患状態の変化が生じた場合、または研究者が着目所見を発見した場合の付加的血液サンプルの提出(付加的サンプルは、研究の開始時に採取されたものと同一の量であり得、参加者は、いかなる時でも付加的血液サンプルを寄付することを拒否することができる)、参加者の検体または検体に由来する物質のバンキング、参加者の検体を利用する将来の研究、臨床情報への患者の検体に由来する研究情報の結び付き、匿名化されたゲノムデータの共有および公開、および付加的臨床試験への登録の目的のための将来の連絡、ならびに参加者によって自発的に完了される治験審査委員会(IRB)が承認した将来の研究調査を可能にする、参加者から取得されることができる。
限定されないが、例えば、次世代シークエンシング技術を使用する、分子プロファイリングを含む、研究が、患者由来の物質に実施されることができる。参加者の血液生検の分子プロファイリングは、液体生検を使用して実施されることができる。限定されないが、機能的免疫測定、代謝およびプロテオミクス分析を含む、非分子研究もまた、実施されることができる。サンプルにリンクされる臨床データは、患者の電子診療記録を収集することによって取得されることができる。適切な連邦、州、および機関ガイドラインの下で、プロトコル外の研究者との共同プロジェクトにおいて収集される検体およびデータの共有は、種々の疾患(例えば、多発性骨髄腫)の橋渡し研究を助長し、種々の疾患(例えば、多発性骨髄腫)を予防および治療するための効果的な方法の開発を加速する。参加者は、一般的情報および結果を受信することによって、研究に能動的に関与し得る。一般的情報および結果は、集約された研究結果の形態であり、続いて、患者の診療で考慮される付加的データとして患者の治療を行う臨床医によって使用され得る、臨床グレード情報の形態の将来の改正を伴い得る。参加者は、研究体験が捕捉され得るように、統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースに関連する調査に参加するように申し出を受け得る。
用途
本明細書に開示される、統合臨床データベースは、癌性または非癌性疾患がある参加者からのデータを収集、分析、可視化、および共有するために使用されることができる。本開示の統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースは、限定されないが、1型糖尿病、2型糖尿病、嚢胞性線維症、パーキンソン病、アルツハイマー病、関節炎、てんかん、心臓疾患、HIV/AIDS、肝炎、または腎臓疾患、もしくは任意の前駆症状等の疾患がある参加者からのデータを収集、分析、可視化、および共有するために使用されることができる。いくつかの実施形態では、統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースは、癌、例えば、多発性骨髄腫またはその前駆症状がある参加者からのデータを収集および共有するために使用されることができる。いくつかの実施形態では、患者は、限定されないが、急性リンパ芽球性白血病(ALL)、急性骨髄性白血病(AML)、副腎皮質癌、カポジ肉腫、肛門癌、基底細胞癌、胆管癌、膀胱癌、骨癌、骨肉腫、悪性線維性組織球腫、脳幹グリオーマ、脳腫瘍、大腸癌、血液の癌、頭蓋咽頭腫、上衣芽腫、上衣腫、髄芽腫、髄様上皮腫、松果体実質腫瘍、乳癌、気管支腫瘍、バーキットリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、カルチノイド腫瘍、子宮頸癌、脊索腫、慢性リンパ性白血病(CLL)、慢性骨髄性白血病(CML)、結腸癌、結腸直腸癌、皮膚T細胞性リンパ腫、非浸潤性乳管がん、子宮内膜癌、食道癌、ユーイング肉腫、眼癌、眼内黒色腫、網膜芽細胞腫、線維性組織球腫、胆嚢癌、胃癌、神経膠腫、有毛細胞白血病、頭頸部癌、心臓癌、肝細胞(肝臓)癌、ホジキンリンパ腫、下咽頭癌、腎臓癌、喉頭癌、口唇癌、口腔癌、肺癌、非小細胞癌、小細胞癌、黒色腫、口腔癌、骨髄異形成症候群、多発性骨髄腫、髄芽腫、鼻腔癌、副鼻腔癌、神経芽細胞腫、鼻咽頭癌、口腔癌、口腔咽頭癌、骨肉腫、卵巣癌、膵臓癌、乳頭腫症、傍神経節腫、副甲状腺癌、陰茎癌、咽頭癌、下垂体腫瘍、形質細胞腫、前立腺癌、直腸癌、腎細胞癌、横紋筋肉腫、唾液腺癌、セザリー症候群、皮膚癌、非黒色腫、小腸癌、軟組織肉腫、扁平上皮細胞癌、睾丸癌、咽喉癌、胸腺腫、甲状腺癌、尿道癌、子宮癌、子宮肉腫、膣癌、外陰癌、ヴァルデンストレームマクログロブリン血症、ウィルムス腫瘍、および/または他の腫瘍等の癌を有する、もしくはそれを診断される。
いくつかの実施形態では、統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースは、多発性骨髄腫または前駆症状がある参加者からのデータを収集、分析、可視化、および共有するために使用されることができる。多発性骨髄腫は、悪性形質細胞によって形成される癌である。正常な形質細胞は、骨髄の中で見出され、免疫系の重要な一部である。形質細胞が癌性になるとき、癌性形質細胞は、形質細胞腫と呼ばれる腫瘍を生じ得る。形質細胞腫は、概して、骨の中で発生するが、他の組織の中でも見出されることができる。対象が単一の形質細胞腫瘍のみを有する場合、疾患は、孤発性または孤立性形質細胞腫と呼ばれる。対象が1つを上回る形質細胞腫を有する場合、疾患は、多発性骨髄腫と呼ばれる。
正常な細胞は、癌細胞に変換し得る。正常な細胞は、体内の無秩序な細胞成長に寄与する、ゲノム変化を蓄積し得る。これらの増殖する悪性細胞は、成長する悪性腫瘍への血液供給を運び、さらなる成長を支援し得る、血管内皮成長因子(VEGF)等のある因子を分泌し得る。いくつかの実施形態では、悪性細胞は、体内の正常な細胞の産生を締め出して阻害し、正常な臓器機能に干渉し、最終的に死を引き起こし得る。
表1は、多発性骨髄腫がある対象が呈し得る、いくつかの一次および二次症状を示す。
*アミロイドーシスもまた、低血圧を伴い得、腎、心、または肝不全をもたらし得る。
いくつかの治療オプションが、多発性骨髄腫がある対象に利用可能である。表2は、利用可能な治療のうちのいくつか、作用機構の説明、および治療法を使用する方法を示す。
いくつかの実施形態では、統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースは、パーキンソン病およびその前兆がある参加者からのデータを収集、分析、可視化、および共有するために使用されることができる。パーキンソン病は、主に運動系に影響を及ぼす、中枢神経系の長期変性疾患である。疾患の運動症状は、中脳の領域である、黒質中の細胞の死に起因し、黒質中のドーパミンの不足をもたらす。黒質中の細胞死は、ニューロン内のレビー小体の中へのタンパク質の蓄積を伴う。
パーキンソン病の診断は、主に、症状および限定されないが神経画像検査等の検査に基づく。表3は、パーキンソン病がある対象が呈し得る、いくつかの運動および非運動症状を示す。
パーキンソン病の治療は、症状を改善することに向けられる。表4は、パーキンソン病で使用される薬剤を要約する。
統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベース
本明細書に開示される統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースは、患者または参加者が、データを患者もしくは参加者ポータルに登録および入力し、データを集約および分析し、結果として生じる情報を研究者および医師と共有し、患者、参加者、研究者、医師、製薬会社、支払人、一般大衆、ならびにその他の間で情報を分析、可視化、および共有することを可能にすることができる。いくつかの実施形態では、患者および参加者は、自己報告データを提供することができる。いくつかの実施形態では、研究者、癌専門医、または固定もしくは移動静脈切開施術者は、縦断的臨床データおよび/または血液、骨髄、腫瘍、組織、もしくは他の生物学的サンプルを中央場所に提供することができる。サンプルによって生成されるデータは、次いで、処理され、キュレートされ、データベースの中に記憶されることができる。縦断的臨床データは、電子診療記録(EMR)または電子健康記録(EHR)の伝送、もしくは他の方法を通して提供されることができる。いくつかの実施形態では、データは、外部データベースから取得されることができる。種々のソースからのデータの全ては、収集され、集約され、分析され、データベースの中に記憶されることができる。
生物学的サンプルの包括的な免疫ベースの特性評価は、治療介入中の疾患発症および進行の定性的ならびに定量的査定を助長する。いくつかの実施形態では、生物学的サンプルの包括的な免疫ベースの特性評価は、予後および診断解釈を向上させ、治療処置および臨床転帰を知らせることができる。いくつかの実施形態では、生物学的サンプルの包括的な免疫ベースの特性評価は、治療介入中の参加者における症状(例えば、多発性骨髄腫)または前駆症状の進行の定性的および定量的査定を助長し、治療介入の臨床転帰を改善することができる。
データベースは、オンラインツールを通して、研究者、医療専門家、患者、参加者、製薬会社、支払人、一般大衆、およびその他に情報を提供するように、キュレート、分析、および処理されることができる。情報は、提供される情報の理解を向上させるための双方向および/または視覚コンポーネントを含むことができる。情報は、研究を前進させ、患者または参加者転帰を改善するように、データ駆動型、証拠ベース、臨床的に関連性、または統計的に関連性であり得る。いくつかの実施形態では、本明細書に開示される統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースは、参加者コミュニティおよび一般対象と通信するために使用されるソーシャルメディアコンポーネントを含むことができる。
図7は、例示的な統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースを図示する。本研究は、採血を通して患者または参加者から直接取得される検体の使用を促進し、患者または参加者の臨床診療もしくは評価の経過中に生成される臨床情報を相関させる。疾患または疾患への既知の前駆症状を診断された患者もしくは参加者(701)が、統合臨床データベースに参加するために識別および採用される。患者または参加者がオンライン同意書(702)に同意する場合、患者もしくは参加者のEMRおよび/またはEHR(703)は、公開され、データバンク(704)の中に入力される。オンライン同意書(702)への患者または参加者の同意は、患者または参加者に発送されるようにサンプル収集キットをトリガする(705)。血液サンプルが、同意した参加者によってスケジュールされる移動静脈切開術予約を通して適格な患者または参加者から収集され、血液サンプルは、研究所(706)で処理および検査される。同意プロセスを通して、参加者または患者は、EMR情報の連携を認可するように求められ得る。サンプルデータは、患者または参加者から収集されるサンプルから生成され、情報は、データバンク(704)に送信される。収集されるサンプルは、データベース(例えば、データセットの大規模集合のシームレスな集約、統合、および分析のための一連の優れたツールならびに能力を誇るクラウドベースのプラットフォーム)の中へ集約され得る、徹底的なゲノムおよび免疫データを生じるように処理されることができる。データは、データを出力および可視化するための可視化モジュールに送信されることができる。可視化プロセスからの情報は、次いで、研究者可視化(707)、医師可視化(708)、および/または患者参加者可視化のために送信される(709)。
図1は、例示的な統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースを図示する。患者または参加者(101)は、最初に、情報を提出し、疾患もしくは疾患への既知の前駆症状を診断された患者または参加者を含む、適格性を判定する(102)。患者または参加者が適格ではない場合には、患者または参加者は、統合臨床データベースに参加しない(103)。患者または参加者が適格である場合、患者または参加者は、オンライン同意書(104)に同意する。患者または参加者がオンライン同意書(104)に同意しない場合、患者または参加者は、統合臨床データベースに参加しない(103)。患者または参加者が同意書(104)に同意する場合、患者もしくは参加者のEMRおよび/またはEHR(105)は、公開され、データウェアハウス(110)の中に入力される。オンライン同意書への患者または参加者の同意(102)は、参加者調査(106)をトリガする。参加者調査は、参加者の医療背景についての付加的情報を収集するように行われる医療調査であり得る。いったん調査が完了すると、サンプル収集キットが、患者または参加者に発送される(107)。血液サンプルが、患者または参加者から収集される(108)。血液サンプルは、処理および検査され、サンプルデータは、患者または参加者から収集されるサンプルから生成され(109)、情報は、データウェアハウス(110)に送信される。データは、データを出力ならびに可視化するためのデータ分析および可視化モジュール(111)に送信されることができる。外部データソース(112)からのデータもまた、データウェアハウス(110)に入力されることができる。データ分析および可視化プロセス(111)からの情報は、分析され、次いで、研究者ポータル(113)、医師ポータル(114)、および/または患者参加者ポータル(115)に送信される。セキュアログイン情報(116)を伴う患者または参加者は、患者特有もしくは参加者特有のデータにアクセスし、集約された匿名化データにアクセスし、患者または参加者情報(101)を入力もしくは変更することができる。セキュアログイン情報(116)を伴わない患者、参加者、および/または対象(すなわち、一般大衆(117))に関して、集約および匿名化されたデータは、アクセスならびに可視化されることができる。
図6は、別の例示的な統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データフロー図を図示する。患者または参加者(601)は、適格性および電子同意プロセスを含む、患者または参加者登録ポータル(602)を使用して、研究に登録する。患者または参加者は、最初に、研究イニシアチブホームページに参入することによって、直接研究参加(603)を申し込む。患者または参加者は、ホームページ上の申請要請ボタンをクリックすることによって登録プロセスを開始し、適格性質問のセットに進む。患者または参加者の適格性(604)は、少なくとも1つの短い質問(例えば、両方とも研究に適格であるために肯定の「はい」で回答され得る、2つの質問)を使用して、判定される。参加者が適格である場合、参加者は、Eメール検証のためのリンクとともに参加者に送信されるEメールを使用して、自分のEメールアドレスを検証するように求められる。いったんEメールアドレスが検証されると、参加者は、登録プロセスの電子同意ステップ(605)に進む。参加者が研究に同意する場合、参加者は、参加者の連絡先情報、参加者の医師、および手技が行われた施設を詳述する、医療認可書(606)に進む。そのような同意は、参加者への血液サンプル収集キットの配送および参加者の診療記録の収集をトリガする。いったん医療認可書(606)が提出されると、参加者は、参加者の医療背景に関する付加的情報を収集することを目指す、医療調査(607)に進む。登録プロセスは、医療調査(607)の提出に応じて完了する。完了した適格性判定(604)、電子同意(605)、医療認可書(606)、および医療調査(607)はそれぞれ、患者または参加者の登録データベース(612)の中に保管される、それぞれ、適格性データ(608)、同意データ(609)、医療承認データ(610)、および医療調査データ(611)を生成する。
適格性判定(604)は、単一サインオンユーザ認証、およびアカウントデータ、Eメールアドレス、ユーザ名、ならびにパスワードの記憶に使用される、認証プラットフォーム(613)に送信されることができる。認証プラットフォームからの情報は、次いで、自動Eメールユーザ通知を参加者(601)に配信するためのサービスを備える、Eメールサービスプラットフォーム(614)に転送される。認証プラットフォームからの情報はまた、CureCloudアプリケーション(615)にも転送され、逆も同様である。CureCloudアプリケーションは、サンプルキット(例えば、血液キット)の発送をトリガする、データ研究管理サブポータルであり得る。同様に、情報は、患者登録データベース(612)とCureCloudアプリケーション(615)との間で移動することができる。CureCloudアプリケーション(615)からの情報はまた、Eメールサービスプラットフォーム(614)に転送される。加えて、CureCloudアプリケーション(615)は、研究管理システム(617)へのキット要求を管理および送信するステップを含む、サンプルキット収集(616)を管理することができる。研究管理システム(617)は、ユーザ名およびパスワード認証を通してアクセスを有する、1人またはそれを上回る研究スタッフ(618)に情報を公開する。1人またはそれを上回る研究スタッフ(618)は、次いで、研究管理システム情報を患者または参加者登録データベース(612)に転送することができる。
研究管理システム(617)は、処理、検査、およびデータ生成(631)を管理するサブポータルのための血液サンプル要求ならびにラベル印刷を送信することができる。サブポータル(631)はまた、患者または参加者(601)への血液キット発送および返却も管理する。サブポータル(631)からのデータおよび外部調査研究(619)からのデータは、関連付けられるクラウドファイル記憶バケット(620)に事前ロードまたは転送される。関連付けられるクラウドファイル記憶バケット(620)の中の情報は、専用作業空間(621)に転送され、逆も同様である。専用作業空間は、研究者(623)による閲覧および分析のためにアクセス可能である、ユーザインターフェース(622)上に表示される。
別個に、研究管理システム(617)は、患者または参加者臨床データ要求を臨床データ抽象化および集約ポータル(624)に送信し、これは、次いで、臨床データをセキュアファイル転送プロトコル(625)に転送する。セキュアファイル転送プロトコル(625)からのデータは、可視化プラットフォーム(627)内のデータ分析(626)のために送信される。データ分析サブポータル(626)およびデータベース(628)内の既存のデータ(例えば、医学研究データまたはユーザデータ)は、相互の間で分析されたデータまたは既存のデータを転送する。データ分析サブポータル(626)はまた、分析されたデータを関連付けられるクラウドファイル記憶バケット(620)または専用作業空間(621)に転送することもでき、逆も同様である。最終的に、データ分析サブポータル(626)は、閲覧および分析のための分析されたデータを研究者(623)に転送する、または可視化のための分析されたデータを医師ポータル(629)および/または患者もしくは参加者ポータル(630)に転送する。患者または参加者(601)は、Eメール立証、ユーザ名およびパスワード認証を通して、患者または参加者ポータル(630)内の自分のデータにアクセスすることができる。
A.参加者登録
a.参加者
参加者は、ヒト、または限定されないが、チンパンジー、および他の類人猿ならびに猿種等のヒトではない霊長類、限定されないが、ウシ、ウマ、ヒツジ、ヤギ、ブタ等の家畜、限定されないが、ウサギ、イヌ、およびネコ等の飼育動物、限定されないが、ラット、マウス、およびモルモット等、限定されないが、齧歯類を含む、実験動物であり得る。参加者は、任意の年齢であり得る。参加者は、例えば、男性、女性、高齢者、成人、思春期、思春期前、小児、幼児、または乳児であり得る。
参加者は、限定されないが、癌またはCNS症状等の既存の疾患もしくは症状を有し得る、または何も有していない。参加者は、限定されないが、癌の治療等の既存または過去の治療に無反応であり得る。参加者は、癌の治療、例えば、化学療法を受けていることができる。参加者は、健康状態の予備選別検査からの陽性、陰性、または曖昧な結果を有し得る。
いくつかの実施形態では、参加者は、癌性または非癌性疾患を有し得る。他の実施形態では、患者は、限定されないが、急性リンパ芽球性白血病(ALL)、急性骨髄性白血病(AML)、副腎皮質癌、カポジ肉腫、肛門癌、基底細胞癌、胆管癌、膀胱癌、骨癌、骨肉腫、悪性線維性組織球腫、脳幹グリオーマ、脳腫瘍、大腸癌、血液の癌、頭蓋咽頭腫、上衣芽腫、上衣腫、髄芽腫、髄様上皮腫、松果体実質腫瘍、乳癌、気管支腫瘍、バーキットリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、カルチノイド腫瘍、子宮頸癌、脊索腫、慢性リンパ性白血病(CLL)、慢性骨髄性白血病(CML)、結腸癌、結腸直腸癌、皮膚T細胞性リンパ腫、非浸潤性乳管がん、子宮内膜癌、食道癌、ユーイング肉腫、眼癌、眼内黒色腫、網膜芽細胞腫、線維性組織球腫、胆嚢癌、胃癌、神経膠腫、有毛細胞白血病、頭頸部癌、心臓癌、肝細胞(肝臓)癌、ホジキンリンパ腫、下咽頭癌、腎臓癌、喉頭癌、口唇癌、口腔癌、肺癌、非小細胞癌、小細胞癌、黒色腫、口腔癌、骨髄異形成症候群、多発性骨髄腫、髄芽腫、鼻腔癌、副鼻腔癌、神経芽細胞腫、鼻咽頭癌、口腔癌、口腔咽頭癌、骨肉腫、卵巣癌、膵臓癌、乳頭腫症、傍神経節腫、副甲状腺癌、陰茎癌、咽頭癌、下垂体腫瘍、形質細胞腫、前立腺癌、直腸癌、腎細胞癌、横紋筋肉腫、唾液腺癌、セザリー症候群、皮膚癌、非黒色腫、小腸癌、軟組織肉腫、扁平上皮細胞癌、睾丸癌、咽喉癌、胸腺腫、甲状腺癌、尿道癌、子宮癌、子宮肉腫、膣癌、外陰癌、ヴァルデンストレームマクログロブリン血症、ウィルムス腫瘍、および/または他の腫瘍等の癌性疾患を有する、もしくはそれを診断される。参加者は、癌性疾患、例えば、骨髄内の多発性骨髄腫を有し得る。参加者はまた、限定されないが、脊椎、骨盤骨、肋骨、肩、または腰の中の骨髄等の最大活性を伴う骨髄内の多発性骨髄腫を有し得る。多発性骨髄腫は、限定されないが、1)低血球数、2)骨およびカルシウムの問題、3)感染症、4)腎臓の問題、5)単クローン性免疫グロブリン血症、6)軽鎖アミロイドーシス、7)意義不明の単クローン性免疫グロブリン血症、8)孤立性形質細胞腫、ならびに9)血液中の高濃度のMタンパク質を含む、いくつかの特徴によって特徴付けられる、または先行され得る。
いくつかの実施形態では、参加者は、低血球数によって特徴付けられる症状を有し得る。参加者は、骨髄内の形質細胞の過成長が正常な血液形成細胞を締め出し、低血球数につながり得る、多発性骨髄腫を有し得る。参加者はまた、貧血(すなわち、赤血球の不足)によって特徴付けられる症状も有し得る。参加者は、出血および打撲傷の増加につながり得る、血小板減少症(すなわち、血液中の低濃度の血小板)によって特徴付けられる症状を有し得る。参加者はまた、感染症と戦う問題につながり得る、白血球減少症(すなわち、正常な白血球の不足)によって特徴付けられる症状も有し得る。いくつかの実施形態では、参加者は、多発性骨髄腫を有し、正常に機能する免疫グロブリンを締め出す、または参加者の血液を濃くし得る、高濃度のMタンパク質および軽鎖(ベンス・ジョーンズタンパク質)を呈し得る。
いくつかの実施形態では、参加者は、骨およびカルシウムの問題によって特徴付けられる症状を有し得る。参加者は、骨量減少につながり得る、多発性骨髄腫を有し得る。参加者はまた、多発性骨髄腫も有し得、骨髄腫細胞は、集合して骨髄内で塊を形成し、周辺の骨の正常な構造を妨害し得る。参加者は、骨修復および成長の正常なプロセスに干渉する、サイトカインを分泌する症状を有し得る。参加者はまた、多発性骨髄腫も有し得、骨髄腫細胞によって分泌されるサイトカインは、破骨細胞(すなわち、骨を溶解させる細胞)の発生を刺激し得る。いくつかの実施形態では、骨髄腫細胞群は、骨髄内の他の細胞に骨の固体部分を除去させ、骨の中の軟点(すなわち、溶骨性病巣)を引き起こし得る。いくつかの実施形態では、骨髄腫細胞は、骨破壊を増加させ、血液中のカルシウム濃度を上昇させ得る(すなわち、高カルシウム血症)。いくつかの実施形態では、骨髄腫細胞は、新しい骨を発生させる骨芽細胞の能力を阻害し得る。
いくつかの実施形態では、参加者は、感染症によって特徴付けられる症状を有し得る。骨髄腫細胞は、正常な形質細胞を締め出し、感染症に対する抗体形成を阻害し得る。参加者は、感染症に対して効果がない抗体の産生をもたらす症状を有し得る。参加者はまた、感染症に対して効果がないモノクローナル抗体を産生する症状も有し得る。参加者は、参加者の腎臓に害を及ぼす症状を有し得る。いくつかの実施形態では、参加者は、多発性骨髄腫を有し得、骨髄腫細胞によって構成される抗体は、腎障害につながり得る。骨髄腫細胞によって構成される抗体は、腎不全につながり得る。
いくつかの実施形態では、参加者は、単クローン性免疫グロブリン血症(すなわち、同一の抗体の多くのコピーを有する)によって先行された症状、例えば、多発性骨髄腫を有し得る。参加者は、意義不明の単クローン性免疫グロブリン血症によって先行された多発性骨髄腫を有し得る。参加者は、血液検査を用いて単クローン性免疫グロブリン血症を有すると判定されることができる。
いくつかの実施形態では、参加者は、軽鎖アミロイドーシス(すなわち、異常な細胞が過剰に多くの軽鎖を伴う抗体を構成するとき)によって特徴付けられる症状を有し得る。軽鎖は、組織中に堆積して蓄積し、アミロイドタンパク質の形成につながり得る。参加者は、多発性骨髄腫を有し、臓器を肥大させて適切な機能を阻害し得る、臓器内のアミロイドの蓄積を有し得る。いくつかの実施形態では、多発性骨髄腫がある参加者は、不整脈をもたらし、心臓を肥大および衰弱させ得る、心臓内のアミロイド蓄積を有し得る。その結果として、参加者は、鬱血性心不全を有し、限定されないが、息切れおよび脚の腫脹等の症状を呈し得る。参加者はまた、腎臓内のアミロイド蓄積も有し得る。いくつかの実施形態では、腎臓内のアミロイド蓄積は、腎不全につながり得る。
いくつかの実施形態では、参加者は、限定されないが、孤立性形質細胞腫によって特徴付けられる、多発性骨髄腫等の症状を有し得る。孤立性形質細胞腫は、骨の中で発生し得、骨の孤発性形質細胞腫と呼ばれる。他の組織中で発生する形質細胞腫は、髄外形質細胞腫と呼ばれる。いくつかの実施形態では、形質細胞腫は、肺内で発生し得る。参加者は、早期多発性骨髄腫を有し、無症状性であり得る。
いくつかの実施形態では、参加者は、限定されないが、1型糖尿病、2型糖尿病、嚢胞性線維症、関節炎、てんかん、心臓疾患、HIV/AIDS、肝炎、または腎臓疾患、もしくは前駆症状等の症状を有し得る。いくつかの実施形態では、参加者は、限定されないが、パーキンソン病もしくはアルツハイマー病および/または前駆症状等の中枢神経系症状を有し得る。
b.参加者登録
本開示は、疾患または障害の研究において参加者から取得されるデータを統合し得る、患者データ登録を説明する。参加者は、調査研究、臨床試験、または縦断的研究の参加者であり得る。疾患の研究に登録される参加者は、健康な対照、疾患を発症するリスクがある、疾患を新たに診断される、進行型の疾患を新たに診断される、疾患の治療を受けようとしている、現在疾患の治療を受けている、疾患をすでに治療されている、または疾患の再発の治療を再開しようとし得る。患者データ登録の少なくとも1人の参加者は、健康な対照であり得、例えば、患者データ登録の参加者のうちの数人は、健康な対照であり得る。患者データ登録の少なくとも1人の参加者は、疾患を新たに診断され得、例えば、患者データ登録の参加者のうちの数人は、疾患を新たに診断され得る。いくつかの実施形態では、米国外に住んでいる患者または参加者は、登録から除外される。いくつかの実施形態では、疾患(例えば、多発性骨髄腫)以外の診断または疾患への既知もしくは疑わしい前兆がある患者は、登録から除外される。いくつかの実施形態では、出産可能年齢の女性は、研究の参加が許可される。
いくつかの実施形態では、統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースは、オンライン同意書および/または登録書を使用して、参加者を直接採用することができる。研究に登録される、または患者データ登録に参加する対象は、研究もしくは患者データ登録への参加のために書面による同意を提供するように要求され得る。書面による同意は、限定されないが、サンプルを使用して生成される任意のデータまたは生成物を含む、収集されるありとあらゆるサンプルの所有権の連帯保証人になるための規定を含むことができる。いくつかの実施形態では、書面による同意は、研究に関与するスポンサまたは団体へのありとあらゆるサンプルの所有権の連帯保証人になるための規定を含むことができる。書面による同意はまた、医療保険の携行性と責任に関する法律(HIPAA)および一般データ保護規則(GDPR)に準じた健康情報の公開を認可するための規定も含むことができる。
電子インフォームドコンセントプロセスは、全ての参加者が同意情報の一貫性および標準化を確実にするために使用されることができる。電子インフォームドコンセントプロセスは、同意の急速なスケーリングを可能にする。電子同意プロセスは、限定されないが、研究に参加することの詳細な性質、目的、手技、利益、およびリスク、ならびにその代替物についての情報を含む、患者データ登録の核心要素を理解することを補助する。患者データ登録の要素は、ウェブを介して、および/またはネイティブモバイルプラットフォームを通して利用可能であり得る。参加者は、オンラインで同意書および付加的情報資料を精査し、プロトコルウェブサイトを通して電子的に同意を提出することができる。患者コールセンタースタッフは、参加者または法定後見人のために任意の質問に回答するために電話で対応可能であり得る。同意する対象または法定後見人は、電子インフォームドコンセント文書に署名することができる。各参加者の同意ステータスは、登録プラットフォームによって記録されることができ、参加についての個人の決定は、他の調査研究への参加または任意の治療もしくは癌治療施設において受けられる診療に影響を及ぼし得ない。
電子同意書は、インフォームドコンセントの要素を精査する段階的プロセスを通して、同意する参加者または法定後見人を誘導する。インフォームドコンセントの要素は、限定されないが、統合された分子、オーミクス(例えば、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクス)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床プラットフォームへの導入、研究を行うための理由、参加者が研究に参加するように求められている理由、研究の一部への患者の関与の持続時間、研究における参加者の数、研究に関する詳細な情報(例えば、血液サンプルおよびデータ、使用および共有され得るデータ、研究に参加する利益およびリスク、ならびに費用を提供する)、健康情報の使用および開示のための認可(例えば、医療保険の携行性と責任に関する法律の権利放棄)、または連絡先情報、ならびに電子署名による同意プロセスの完了を含むことができる。
書面による同意は、研究の経過中に参加者によって被られる任意の悪影響に対する責任を放棄するための規定を含むことができる。いくつかの実施形態では、書面による同意は、限定されないが、にきび、高血圧、急性腎不全、蕁麻疹、中毒、嗄声、無顆粒球症、高血糖症、アレルギー反応、低血糖症、健忘症、食欲増加、貧血、唾液の増加、不安、感染症、出生異常、炎症、膨満、炎症性腸疾患、血栓、不眠症、血便、黒色便、またはタール状便、不整脈、かすみ目、掻痒、乳房の圧痛、黄疸、呼吸困難、関節痛、打撲傷、腎不全、癌、乳酸アシドーシス、心臓血管疾患、肝不全および肝臓障害、味覚の変化または損失、食欲不振、胸痛、月経周期の損失または変化、混乱、低血圧、結膜炎、腰痛、便秘、黒皮症、クローン病、気分変動、性欲減退、口の痛み、排尿減少、筋肉痛、脱水症、吐き気、認知症、神経質、鬱病、白色便、糖尿病、発疹、下痢、呼吸器感染症、目眩、不穏状態、眠気、発作、ドライアイ、光に対する過敏症、口渇、喉の痛み、ジストニア、胃痛、浮腫、脳卒中、勃起機能不全、自殺、顔面チック、発汗、疲労、腫脹、発熱、遅発性ジスキネジア、インフルエンザおよび風邪の症状、喉の渇き、顔面紅潮、血栓症、胆石、耳鳴、緑内障、潰瘍性結腸炎、脱毛、嘔吐、幻覚、体重増加、頭痛、体重減少、心臓発作、喘鳴、胸焼け、ガス、消化不良、口または喉の白斑、死亡、もしくはそれらの任意の組み合わせを含む、参加者によって被られる悪影響に対する責任を放棄するための規定を含むことができる。
研究に登録される、または患者データ登録に参加する対象は、研究もしくは患者データ登録に登録するために補償されることができる。いくつかの実施形態では、研究に登録される、または患者データ登録に参加する対象は、金銭、実験的治療へのアクセス、限定された可用性を有する治療方法へのアクセス、無料または割引治療へのアクセス、研究の全体もしくは一部の間の無料または割引住宅、研究結果へのアクセス、またはそれらの任意の組み合わせで補償されることができる。いくつかの実施形態では、参加者は、研究に登録する、または患者データ登録に参加するために補償されない。
参加者は、1つまたはそれを上回る登録現場において研究に登録されることができる。いくつかの実施形態では、参加者は、少なくとも約10箇所、少なくとも約20箇所、少なくとも約30箇所、少なくとも約40箇所、少なくとも約50箇所、少なくとも約60箇所、少なくとも約70箇所、少なくとも約80箇所、少なくとも約90箇所、少なくとも約100箇所、少なくとも約110箇所、少なくとも約120箇所、少なくとも約130箇所、少なくとも約140箇所、少なくとも約150箇所、少なくとも約160箇所、少なくとも約170箇所、少なくとも約180箇所、少なくとも約190箇所、少なくとも約200箇所、またはそれを上回る登録現場において研究に登録されることができる。いくつかの実施形態では、参加者は、例えば、最大で約300箇所、最大で約200箇所、最大で約190箇所、最大で約180箇所、最大で約170箇所、最大で約160箇所、最大で約150箇所、最大で約140箇所、最大で約130箇所、最大で約120箇所、最大で約110箇所、最大で約100箇所、最大で約90箇所、最大で約80箇所、最大で約70箇所、最大で約60箇所、最大で約50箇所、最大で約40箇所、最大で約30箇所、最大で約20箇所、最大で約10箇所、またはそれ未満の登録現場において研究に登録されることができる。いくつかの実施形態では、参加者は、少なくとも約1箇所、2箇所、3箇所、4箇所、5箇所、6箇所、7箇所、8箇所、9箇所、10箇所、11箇所、12箇所、13箇所、14箇所、15箇所、16箇所、17箇所、18箇所、19箇所、20箇所、21箇所、22箇所、23箇所、24箇所、25箇所、26箇所、27箇所、28箇所、29箇所、30箇所、31箇所、32箇所、33箇所、34箇所、35箇所、36箇所、37箇所、38箇所、39箇所、40箇所、41箇所、42箇所、43箇所、44箇所、45箇所、46箇所、47箇所、48箇所、49箇所、50箇所、51箇所、52箇所、53箇所、54箇所、55箇所、56箇所、57箇所、58箇所、59箇所、60箇所、61箇所、62箇所、63箇所、64箇所、65箇所、66箇所、67箇所、68箇所、69箇所、70箇所、71箇所、72箇所、73箇所、74箇所、75箇所、76箇所、77箇所、78箇所、79箇所、80箇所、81箇所、82箇所、83箇所、84箇所、85箇所、86箇所、87箇所、88箇所、89箇所、90箇所、91箇所、92箇所、93箇所、94箇所、95箇所、96箇所、97箇所、98箇所、99箇所、100箇所、またはそれを上回る登録現場において研究に登録されることができる。いくつかの実施形態では、参加者は、例えば、最大で約200箇所、100箇所、99箇所、98箇所、97箇所、96箇所、95箇所、94箇所、93箇所、92箇所、91箇所、90箇所、89箇所、88箇所、87箇所、86箇所、85箇所、84箇所、83箇所、82箇所、81箇所、80箇所、79箇所、78箇所、77箇所、76箇所、75箇所、74箇所、73箇所、72箇所、71箇所、70箇所、69箇所、68箇所、67箇所、66箇所、65箇所、64箇所、63箇所、62箇所、61箇所、60箇所、59箇所、58箇所、57箇所、56箇所、55箇所、54箇所、53箇所、52箇所、51箇所、50,49,48箇所、47箇所、46箇所、45箇所、44箇所、43箇所、42箇所、41箇所、40箇所、39箇所、38箇所、37箇所、36箇所、35箇所、34箇所、33箇所、32箇所、31箇所、30箇所、29箇所、28箇所、27箇所、26箇所、25箇所、24箇所、23箇所、22箇所、21箇所、20箇所、19箇所、18箇所、17箇所、16箇所、15箇所、14箇所、13箇所、12箇所、11箇所、10箇所、9箇所、8箇所、7箇所、6箇所、5箇所、4箇所、3箇所、2箇所、またはそれ未満の登録現場において研究に登録されることができる。
登録現場の数は、研究の経過の全体を通して変動し得る。研究は、研究が進行および/または拡張するにつれて、登録現場の数を増加させることができる。登録現場は、非営利病院、営利目的型病院、大学医療センター、地域医療センター、診療所、無料診療クリニック、外来治療施設、入院治療施設、臨床試験現場、政府機関、国営もしくは政府支援医療センター(例えば、退役軍人局病院)、またはそれらの任意の組み合わせを含むことができる。いくつかの実施形態では、研究は、登録現場として非営利団体および非営利研究団体を含む。研究の登録現場は、例えば、非業界科学者および研究者含む科学諮問委員会によって選択される。
参加者は、任意の時間周期にわたって研究または患者データ登録に登録されることができる。例えば、参加者は、少なくとも約1ヶ月、少なくとも約6ヶ月、少なくとも約12ヶ月、少なくとも約18ヶ月、少なくとも約24ヶ月、少なくとも約30ヶ月、少なくとも約36ヶ月、少なくとも約42ヶ月、少なくとも約48ヶ月、少なくとも約54ヶ月、少なくとも約60ヶ月、少なくとも約66ヶ月、少なくとも約72ヶ月、少なくとも約80ヶ月、少なくとも約86ヶ月、少なくとも約92ヶ月、少なくとも約98ヶ月、またはそれを上回って研究もしくは患者データ登録に登録されることができる。参加者は、最大で約100ヶ月、最大で約98ヶ月、最大で約92ヶ月、最大で約86ヶ月、最大で約80ヶ月、最大で約72ヶ月、最大で約66ヶ月、最大で約60ヶ月、最大で約54ヶ月、最大で約48ヶ月、最大で約42ヶ月、最大で約36ヶ月、最大で約30ヶ月、最大で約24ヶ月、最大で約18ヶ月、最大で約12ヶ月、最大で約6ヶ月、最大で約1ヶ月、またはそれ未満にわたって研究もしくは患者データ登録に登録されることができる。いくつかの実施形態では、参加者は、少なくとも約1年、少なくとも約2年、少なくとも約4年、少なくとも約6年、少なくとも約8年、少なくとも約10年、少なくとも約12年、少なくとも約14年、少なくとも約16年、少なくとも約18年、少なくとも約20年、少なくとも約22年、少なくとも約24年、少なくとも約26年、少なくとも約28年、少なくとも約30年、またはそれを上回って研究もしくは患者データ登録に登録されることができる。いくつかの実施形態では、参加者は、最大で約50年、最大で約40年、最大で約30年、最大で約28年、最大で約26年、最大で約24年、最大で約22年、最大で約20年、最大で約18年、最大で約16年、最大で約14年、最大で約12年、最大で約10年、最大で約8年、最大で約6年、最大で約4年、最大で約2年、最大で約1年、またはそれ未満にわたって研究もしくは患者データ登録に登録されることができる。参加者はまた、参加者の寿命の持続時間にわたって研究または患者データ登録に登録されることもできる。
本開示の研究または患者データ登録は、複数の参加者を登録することができる。研究または患者データ登録に登録される参加者の数は、例えば、少なくとも約25人、少なくとも約50人、少なくとも約75人、少なくとも約100人、少なくとも約125人、少なくとも約150人、少なくとも約175人、少なくとも約200人、少なくとも約250人、少なくとも約300人、少なくとも約350人、少なくとも約400人、少なくとも約450人、少なくとも約500人、少なくとも約550人、少なくとも約600人、少なくとも約650人、少なくとも約700人、少なくとも約750人、少なくとも約800人、少なくとも約850人、少なくとも約900人、少なくとも約950人、少なくとも約1,000人の参加者、またはそれを上回り得る。研究または患者データ登録に登録される参加者の数は、例えば、最大で約2,000人、最大で約1,000人、最大で約950人、最大で約900人、最大で約850人、最大で約800人、最大で約750人、最大で約700人、最大で約650人、最大で約600人、最大で約550人、最大で約500人、最大で約450人、最大で約400人、最大で約350人、最大で約300人、最大で約250人、最大で約200人、最大で約175人、最大で約150人、最大で約125人、最大で約100人、最大で約75人、最大で約50人、最大で約25人の参加者、またはそれ未満であり得る。研究または患者データ登録に登録される参加者の数はまた、例えば、少なくとも約1,000人、少なくとも約2,000人、少なくとも約3,000人、少なくとも約4,000人、少なくとも約5,000人、少なくとも約6,000人、少なくとも約7,000人、少なくとも約8,000人、少なくとも約9,000人、少なくとも約10,000人、少なくとも約11,000人、少なくとも約12,000人、少なくとも約13,000人、少なくとも約14,000人、少なくとも約15,000人、少なくとも約16,000人、少なくとも約17,000人、少なくとも約18,000人、少なくとも約19,000人、少なくとも約20,000人、少なくとも約21,000人、少なくとも約22,000人、少なくとも約23,000人、少なくとも約24,000人、少なくとも約25,000人、少なくとも約26,000人、少なくとも約27,000人、少なくとも約28,000人、少なくとも約29,000人、少なくとも約30,000人の参加者、またはそれを上回り得る。研究または患者データ登録に登録される参加者の数はまた、例えば、最大で約40,000人、最大で約30,000人、最大で約29,000人、最大で約28,000人、最大で約27,000人、最大で約26,000人、最大で約25,000人、最大で約24,000人、最大で約23,000人、最大で約22,000人、最大で約21,000人、最大で約20,000人、最大で約19,000人、最大で約18,000人、最大で約17,000人、最大で約16,000人、最大で約15,000人、最大で約14,000人、最大で約13,000人、最大で約12,000人、最大で約11,000人、最大で約10,000人、最大で約9,000人、最大で約8,000人、最大で約7,000人、最大で約6,000人、最大で約5,000人、最大で約4,000人、最大で約3,000人、最大で約2,000人、最大で約1,000人の参加者、またはそれ未満であり得る。いくつかの実施形態では、500人の参加者が、研究または患者データ登録に登録される。いくつかの実施形態では、5,000人の参加者が、研究または患者データ登録に登録される。いくつかの実施形態では、10,000人の参加者が、研究または患者データ登録に登録される。いくつかの実施形態では、20,000人の参加者が、研究または患者データ登録に登録される。
同意書は、参加者についての情報を収集するために使用されることができる。同意書は、用紙またはオンラインフォームであり得る。同意書によって収集される情報は、例えば、参加者の人種、民族、性別、既往歴、連絡先情報、現在の郵送先住所、参加者の医師の名前および連絡先情報、ならびに参加者が任意の手技もしくは治療(例えば、入院、骨髄穿刺液、ポジトロン放出断層撮影スキャン、および磁気共鳴映像法)を受けた病院および/または施設の名称を含むことができる。同意書は、データおよび血液サンプルが研究のために即時に使用される、または将来の研究目的のために保管されることを参加者に知らせることができる。同意書はまた、任意の収集されたデータが匿名化され(すなわち、識別情報の除去)、他の研究者と共有されることを参加者に知らせることもできる。同意書はまた、参加者が、具体的疾患、例えば、転移性および/または進行前立腺癌を診断されているかどうかについての情報を含むこともできる。
参加者が登録され、参加者が同意書を提出した後、参加者の近くの研究所を訪問するためのキットおよび指示が、参加者に郵送されることができる。研究所は、次いで、静脈から血液を採取することができ、例えば、最大40mLの血液が、参加者から採血されることができる。参加者は、例えば、参加者の症状が変化する場合に、血液の付加的サンプルを提出するように求められることができる。
参加者の医師および病院は、参加者の診療記録の過去、現在、および将来のコピーを取得し、参加者プロファイルを完成させるために連絡されることができる。参加者の診療記録は、参加者の疾患生態および分子特性評価を症状が臨床的に提示される様式と結び付けるために使用されることができる。
いったん医療認可書が同意プロセスを完了するように提出されると、参加者は、参加者の臨床情報の収集プロセスを開始するための医療調査を完了する。質問のセットを通して、参加者は、人口統計(例えば、性別、民族、ならびに年齢)、病歴(例えば、診断、治療、癌の家族歴)、および(多発性骨髄腫等の疾患で頻繁に観察される遺伝子変化の存在によって特徴付けられるような)疾患亜型についての回答を提供するように求められる。参加者によって提供される情報は、EMRから読み出されるデータと相互参照するときに使用されることができる。
いくつかの実施形態では、医療調査は、少なくとも約3個、少なくとも約5個、少なくとも約7個、少なくとも約8個、少なくとも約9個、少なくとも約10個、少なくとも約11個、少なくとも約12個、少なくとも約13個、少なくとも約14個、少なくとも約15個、少なくとも約16個、少なくとも約17個、少なくとも約18個、少なくとも約19個、少なくとも約20個、少なくとも約25個、少なくとも約30個、少なくとも約35個、少なくとも約40個、少なくとも約45個、少なくとも約50個、少なくとも約60個、少なくとも約70個、少なくとも約80個、少なくとも約90個、少なくとも約100個、少なくとも約200個、またはそれを上回る質問を備えることができる。
いくつかの実施形態では、医療調査は、最大で約200個、最大で約100個、最大で約90個、最大で約80個、最大で約70個、最大で約60個、最大で約50個、最大で約45個、最大で約40個、最大で約35個、最大で約30個、最大で約25個、最大で約20個、最大で約19個、最大で約18個、最大で約17個、最大で約16個、最大で約15個、最大で約14個、最大で約13個、最大で約12個、最大で約11個、最大で約10個、最大で約9個、最大で約8個、最大で約7個、最大で約5個、最大で約3個、またはそれ未満の質問を備えることができる。いくつかの実施形態では、医療調査は、12個の質問を備えることができる。
いくつかの実施形態では、外部能力またはサービスが、患者登録ポータルに組み込まれる。外部能力またはサービスは、単一サインオンユーザ認証、およびアカウントデータ、Eメールアドレス、ユーザ名、ならびにパスワードの記憶のためのサービス、サンプルキット収集を管理するための(例えば、キット要求、ラベル印刷、およびキット発送ならびに返却を管理する)サービス、収集された参加者適格性、同意、および調査データの記憶、閲覧、ならびにダウンロードのためのサービス、自動Eメールユーザ通知を参加者に配信するためのサービス、または発送先住所立証および発送ラベルの生成のためのサービスを含むが、それらに限定されない。
いくつかの実施形態では、統合された分子、オーミクス(例えば、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクス)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースを介した全てのトラフィックは、セキュアソケットレイヤーを使用して暗号化される。データベースアプリケーションは、クラウドサービス(例えば、Googleのクラウドサービス)上でホストされることができる。参加者は、Eメールアドレスを立証させることができ、登録プロセスおよび参加者のデータにアクセスするためにユーザ名およびパスワードで認証される。いくつかの実施形態では、サンプルキット収集を管理するためのサービス、および記憶、閲覧、ならびにダウンロードのためのサービスへの研究スタッフアクセスは、ユーザ名およびパスワード認証を要求する。
いくつかの実施形態では、患者支援センターは、専門訓練を受け、研究への参加に関する参加者および介護者の質問に回答するための主要なリソースとしての役割を果たす、スタッフ(例えば、正看護師(RN))を雇用する。RNはまた、疾患、治療、臨床試験検索、臨床医照会、治療へのアクセス(例えば、財務)、および他の支援サービスに関連する問い合わせに応答することもできる。患者支援センターは、最適な疾患管理のためのリソースおよび教育を提供することによって、1対1のサポートサービスを患者に提供することができる。患者支援センターは、患者に連絡し、統合された分子、オーミクス(例えば、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクス)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースへの参加に関連する情報について議論し、それを収集することができる。患者支援センターによって収集される情報は、セキュアデータベースの中に文書化および維持され、共有される。データベース内の情報は、患者支援サービスを送達することを支援するために使用される。
c.データ入力
i.基礎的な生物学的データ
統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースは、患者名、患者の普遍的に一意の識別子、基礎的な生物学的データ、性別、年齢、生年月日、体重、人種、民族、喫煙歴、参加者の病歴(例えば、癌部位、過去の癌診断、関連共存疾患)、家族歴、薬剤のリスト、施設、または水分摂取量を含むことができるが、それらに限定されない。統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースはまた、診断日、国際病期分類システムに基づく診断の段階、改訂国際病期分類システムに基づく診断の段階、Durie−Salmon病期分類システムに基づく診断の段階、病理学データ(例えば、日付)、フローサイトメトリデータ(例えば、限定されないが、骨髄内等の形質細胞腫の割合)、免疫組織化学データ(例えば、限定されないが、骨髄内等の形質細胞腫の割合、CD56発現)、亜型データ(例えば、重鎖のタイプまたは軽鎖のタイプ)、遺伝子発現プロファイル、再発データ(例えば、日付)、分子病理検査データ(例えば、日付)、分子病理研究所データ、蛍光in situハイブリダイゼーションデータ(例えば、del13、del17p13、t(4;14)、t(11;14)、t(14;16)、t(14;20)、1q21増幅、1p異常)、細胞遺伝学データ、形質細胞腫評価(例えば、軟組織または骨に関する「はい」もしくは「いいえ」)、骨髄データ(例えば、穿刺液、生検)、放射線評価タイプ(例えば、骨格調査、骨スキャン、ポジトロン放出断層撮影・コンピュータ断層撮影)、血清定量的免疫グロブリンデータ(例えば、IgG、IgA、IgM、IgD、IgE)、血清タンパク電気泳動、尿タンパク電気泳動(例えば、24時間尿、無作為尿)、尿免疫固定電気泳動データ、自由軽鎖検定データ、完全血球算定検査結果データ(例えば、白血球、絶対好中球数、血小板)、化学パネルデータ(例えば、乳酸脱水素酵素、ベータ−2ミクログロブリン、クレアチン、アルブミン、カルシウム、クレアチンクリアランス、血中尿素窒素、ビリルビン、アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ、アラニンアミノトランスフェラーゼ、尿酸、血清総タンパク質)、放射線評価データ(例えば、病変の数)、基礎的代謝パネル(BMP)データ(例えば、グルコース、カルシウム、ナトリウム、カリウム、二酸化炭素、塩化物、血中尿素窒素、およびクレアチニン濃度)、または完全血球算定(CBC)データ(例えば、白血球、赤血球、ヘモグロビン、ヘマトクリット、平均赤血球容積、および血小板濃度)を含むことができるが、それらに限定されない。さらに、統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースは、参加者ならびに介護者の質問票から取得されるデータ、診療記録要求のための追跡、およびウェアラブル/センサデータインポートデータを含むことができるが、それらに限定されない。いくつかの実施形態では、統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースは、電子診療記録および/またはウェアラブル/センサアプリケーションから抽出されるデータを含むが、それらに限定されない。統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースはまた、薬物名、投与計画タイプ(例えば、誘導、合同、維持、救出、調整、および可動化)、薬物投与量(例えば、単位)、薬物投与計画データ(例えば、開始日、終了日)、手術データ(例えば、日付、タイプ)、放射線データ(例えば、開始日、終了日、送達される投与量、治療モダリティ、部位)、または移植データ(例えば、日付、タイプ)を含むこともできるが、それらに限定されない。いくつかの実施形態では、統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースは、治療転帰データ(例えば、日付)、各治療への応答(例えば、国際骨髄腫ワーキンググループを参照する)、最小限の残存疾患状態、具体的治療に起因しない応答、治療への有害事象、(例えば、有害事象の)提示日、有害事象が治療変更をもたらすかどうかについてのデータ(例えば、「はい」もしくは「いいえ」)、最後の追跡調査データ(例えば、日付、疾患状態)、または死亡データ(例えば、日付)を含むが、それらに限定されない。統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースはまた、パフォーマンスステータス(例えば、日付、米国東海岸癌臨床試験グループ、カルノフスキー、スコア)を含むことができるが、それらに限定されない。
ii.生物学的サンプル
疾患発症、進行、および治療への応答に関連するものとして、循環遺伝子バイオマーカと免疫バイオマーカとの間の関係を理解することは、最も広い範囲の検定を可能にする、サンプルの収集を通して達成される。
生物学的サンプルは、研究に登録される参加者から取得されることができる。いくつかの実施形態では、末梢血サンプルが、疾患(例えば、多発性骨髄腫)または疾患前症状(例えば、くすぶり型多発性骨髄腫)がある患者もしくは参加者から注釈付き臨床データとともに収集される。いくつかの実施形態では、生物学的サンプルは、治療に先立って、治療中に、治療後に、再発後に、または死後に参加者から取得されることができる。サンプルは、研究の全体を通して任意の回数で参加者から取得されることができる。サンプルは、研究に登録される参加者から、例えば、少なくとも約1回、少なくとも約5回、少なくとも約10回、少なくとも約15回、少なくとも約20回、少なくとも約25回、少なくとも約30回、少なくとも約35回、少なくとも約40回、少なくとも約45回、少なくとも約50回、またはそれを上回って取得されることができる。1つを上回るサンプルが、任意の所与の時間に参加者から取得されることができる。サンプルは、研究に登録される参加者から、例えば、最大で約50回、最大で約45回、最大で約40回、最大で約35回、最大で約30回、最大で約25回、最大で約20回、最大で約15回、最大で約10回、最大で約5回、最大で約4回、最大で約3回、最大で約2回、またはそれ未満で取得されることができる。いくつかの実施形態では、少なくとも約1個、少なくとも約2個、少なくとも約3個、少なくとも約4個、少なくとも約5個、少なくとも約6個、少なくとも約7個、少なくとも約8個、少なくとも約9個、少なくとも約10個、少なくとも約11個、少なくとも約12個、少なくとも約13個、少なくとも約14個、少なくとも約15個、少なくとも約16個、少なくとも約17個、少なくとも約18個、少なくとも約19個、少なくとも約20個、またはそれを上回るサンプルが、所与の時間に参加者から取得されることができる。他の実施形態では、最大で約25個、最大で約24個、最大で約23個、最大で約22個、最大で約21個、最大で約20個、最大で約19個、最大で約18個、最大で約17個、最大で約16個、最大で約15個、最大で約14個、最大で約13個、最大で約12個、最大で約11個、最大で約10個、最大で約9個、最大で約8個、最大で約7個、最大で約6個、最大で約5個、最大で約4個、最大で約3個、最大で約2個、またはそれ未満のサンプルである。いくつかの実施形態では、参加者は、サンプル収集のために血液を提供する。いくつかの実施形態では、参加者は、少なくとも約1mL、少なくとも約3mL、少なくとも約5mL、少なくとも約10mL、少なくとも約15mL、少なくとも約20mL、少なくとも約25mL、少なくとも約30mL、少なくとも約35mL、少なくとも約36mL、少なくとも約37mL、少なくとも約38mL、少なくとも約39mL、少なくとも約40mL、少なくとも約41mL、少なくとも約42mL、少なくとも約43mL、少なくとも約44mL、少なくとも約45mL、少なくとも約50mL、少なくとも約55mL、少なくとも約60mL、少なくとも約70mL、少なくとも約80mL、少なくとも約90mL、少なくとも約100mL、少なくとも約200mL、またはそれを上回る血液を提供する。
いくつかの実施形態では、参加者は、最大で約200mL、最大で約100mL、最大で約90mL、最大で約80mL、最大で約70mL、最大で約60mL、最大で約55mL、最大で約50mL、最大で約45mL、最大で約44mL、最大で約43mL、最大で約42mL、最大で約41mL、最大で約40mL、最大で約39mL、最大で約38mL、最大で約37mL、最大で約36mL、最大で約35mL、最大で約30mL、最大で約25mL、最大で約20mL、最大で約15mL、最大で約10mL、最大で約5mL、最大で約3mL、最大で約1mL、またはそれ未満の血液を提供することができる。いくつかの実施形態では、参加者は、サンプル収集のために最大で約40mLの血液を提供することができる。
収集の全体積は、サンプルを収集するチームによって実施されるプロトコルおよび/または研究所検査によって判定され、対象の耐性によって計測されることができる。末梢血は、プロトコルに同意する患者から収集されることができる。サンプルは、静脈切開術サービスプロバイダとともに参加者によってスケジュールされる時間に取得され、および/または参加者の自宅で収集されることができる。患者末梢血サンプルは、診断時に、または追跡調査における任意の時間に取得されることができる。
生物学的サンプルは、例えば、対象からの流体および/または組織を含むことができる。生物学的サンプルは、例えば、腫瘍の生物学的サンプルまたは正常な生物学的サンプルを含むことができる。対照が、参加者から取得されることができる。対照は、健康な対照または正常な生物学的サンプルであり得る。参加者から取得される生物学的サンプルは、血液(例えば、全血)、血清、流体(例えば、唾液)、および血液、血清、流体、または組織サンプルに由来する組織サンプルもしくは物質を含むことができる。いくつかの実施形態では、血液、血清、流体、および組織サンプルから取得されるサンプルは、ポリペプチド、ポリペプチド配列、ポリヌクレオチド、ポリヌクレオチド配列、遺伝子、遺伝子断片、遺伝子配列、タンパク質、タンパク質断片、タンパク質配列、プローブ、DNA、RNA、cDNAライブラリ、プラスミド、ベクター、発現系、細胞、細胞株、有機体、組織学スライド、および抗体、または他の生物学的物質を含むことができる。生物学的サンプルは、血液、血清、流体、または組織サンプルに由来する、任意の構成物質、子孫、突然変異体、変異型、未修飾誘導体、複製、試薬、もしくは化合物を含むことができる。
生物学的流体または組織サンプルは、参加者の腫瘍、罹患組織、健康な組織、血液、胆汁、唾液、またはそれらの任意の組み合わせから取得されることができる。流体サンプルはまた、精液サンプル、涙液サンプル、尿サンプル、髄液サンプル、粘膜サンプル、羊水サンプル、膣分泌物、またはそれらの任意の組み合わせでもあり得る。さらに、参加者から取得される生物学的サンプルは、呼吸サンプル、毛髪サンプル、便サンプル、またはそれらの任意の組み合わせを含むことができる。
生物学的サンプルは、血漿、軟膜、または唾液を含むことができる。軟膜は、リンパ球、血小板、および白血球を含むことができる。腫瘍サンプルは、腫瘍組織生検および/または無細胞DNAサンプル中の循環腫瘍DNAを含むことができる。正常なサンプルは、軟膜細胞、全血、または正常な上皮細胞を含むことができる。軟膜細胞は、白血球であり得る。正常なサンプルは、唾液中の白血球または上皮細胞に由来する核酸分子を含むことができる。正常なDNAは、唾液中の白血球または上皮細胞から抽出されることができる。生物学的サンプルは、異なるソースからの核酸を含むことができる。例えば、生物学的サンプルは、生殖系列DNAまたは体細胞DNAを含むことができる。生物学的サンプルは、突然変異を保因する核酸を含むことができる。例えば、生物学的サンプルは、生殖系列突然変異および/または体細胞突然変異を保因するDNAを含むことができる。生物学的サンプルはまた、癌関連突然変異(例えば、癌関連体細胞突然変異)を保因するDNAを含むこともできる。腫瘍と正常な細胞は、比較されることができる。腫瘍サンプルは、種々の正常なサンプルと比較されることができる。サンプルは、(例えば、RNAの逆転写およびcDNAの後続のシークエンシングを介して)配列決定され得る、RNA(例えば、mRNA)を含むことができる。
組織サンプルは、生検を行うことによって参加者から取得されることができる。例えば、組織サンプルは、切開生検、コア生検、針吸引物生検、または骨髄生検によって、参加者から取得されることができる。いくつかの実施形態では、骨髄生検は、トレフィン生検または骨髄吸引生検であり得る。生検はまた、消化管生検、例えば、食道、胃、十二指腸、空腸、回腸、盲腸、結腸、または直腸生検であり得る。いくつかの実施形態では、消化管生検は、可撓性内視鏡を用いて実施されることができる。いくつかの実施形態では、膵臓の針コア生検または吸引物生検は、胃もしくは十二指腸を通して実施されることができる。
組織は、特別な機能を果たす、接続された特殊化した細胞群である。組織は、細胞外基質物質であり得る。分析される組織は、臓器(例えば、心臓、腎臓、肝臓、肺)、皮膚、骨、神経組織、腱、血管、脂肪、角膜、血液、または血液成分等の移植もしくは外科的に移植される組織の一部であり得る。
組織の実施例は、胎盤組織、乳腺組織、胃腸組織、肝臓組織、腎臓組織、筋骨格組織、泌尿生殖器組織、骨髄組織、前立腺組織、皮膚組織、鼻腔組織、神経組織、眼組織、および中枢神経系組織を含むが、それらに限定されない。組織は、ヒトおよび/または哺乳類から生じ得る。組織は、細胞および/または組織に関連して見出される接続物質ならびに液体物質を含むことができる。組織はまた、細胞または生物学的物質を含有する、生検組織および媒質を含むこともできる。生物学的サンプルは、腫瘍組織サンプルであり得る。
対象からの組織は、分子および形態学的完全性を維持することを伴う研究のために保存されることができる。後の下流使用のための組織の保存方法は、媒質包埋組織を冷凍すること、組織を急速冷凍すること、およびホルマリン固定パラフィン包埋(ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織)を含むことができる。保存方法はまた、血液サンプル収集、輸送、および直接全血採血管内の保管を含むこともできる。採血管は、無細胞DNAを安定させることができ、全血中の有核血液細胞および循環上皮細胞の中で見出される細胞ゲノムDNAを保存することができる。血液は、ゲノムDNAの放出を防止して高品質無細胞DNAの単離を可能にする、保存料の使用を通して、有核血液細胞を安定させることができる。
腫瘍生物学的サンプルは、FFPE組織サンプルであり得る。パラホルムアルデヒドが、組織固定のために使用されることができる。組織は、スライスされる、または全体として使用されることができる。切片法に先立って、組織は、cryomediaまたはパラフィンろうに包埋されることができる。ミクロトームまたはクリオスタットが、組織を切片化するために使用されることができる。切片は、スライド上に搭載され、アルコール洗浄で脱水され、洗剤で一掃されることができる。洗剤は、例えば、キシレンまたはcitrisolvを含むことができる。FFPE組織に関して、抗原回収が、切片の熱前処理またはプロテアーゼ前処理によって起こり得る。
参加者から収集される生物学的サンプルは、血液サンプルまたは骨髄サンプル、例えば、骨髄穿刺液を含むことができる。1つまたはそれを上回る生物学的サンプルは、治療経過の開始に先立って参加者から収集されることができる。生物学的サンプルは、限定されないが、メチレンジアミン四酢酸(EDTA)、ヘパリン、低分子量ヘパリン、クエン酸ナトリウム、クエン酸デキストロース溶液(ACD)、またはシュウ酸塩を含む、限定されないが、抗凝固剤等のサンプルを保存するための化学剤で処理されることができる。
生物学的流体は、生物と関連付けられる任意の未処理または処理流体を含むことができる。実施例は、全血、温血または冷血、および保存もしくは新鮮血液を含む、血液、限定されないが、生理食塩水、栄養素、および/または抗凝固溶液を含む、少なくとも1つの生理学的溶液で希釈された血液等の処理血液、濃縮血小板(PC)、多血小板血漿(PRP)、乏血小板血漿(PPP)、無血小板血漿、血漿(例えば、血漿単離物)、新鮮凍結血漿(FFP)、血漿から取得される成分、濃厚赤血球(PRC)、移行帯物質または軟膜(BC)等の血液成分、血液または血液成分に由来する、もしくは骨髄に由来する、類似血液製剤、血漿から分離され、生理学的流体または凍結防止流体中に再懸濁される赤血球、血漿から分離され、生理学的流体または凍結防止流体中に再懸濁される血小板、単離された骨髄腫細胞、単離された非骨髄腫骨髄細胞、単離された末梢血単核細胞、骨髄単核細胞、単離された免疫細胞集団および亜型(Bリンパ球(B細胞)、Tリンパ球(T細胞)、樹枝状細胞(DC)、ナチュラルキラー(NK)細胞、または骨髄由来サプレッサ細胞(MDSC)を含むことができるが、それらに限定されない。生物学的サンプルの他の非限定的実施例は、血清、血清単離物、皮膚、心臓、肺、腎臓、骨髄(例えば、骨髄穿刺液)、乳房、膵臓、肝臓、筋肉、平滑筋、膀胱、胆嚢、結腸、腸、脳、前立腺、食道、甲状腺、血清、唾液、尿、胃液ならびに消化液、涙液、便、精液、膣液、腫瘍組織に由来する間質液、眼液、汗、粘膜、耳垢、油、腺分泌物、髄液、毛髪、指の爪、皮膚細胞、血漿、鼻スワブまたは鼻咽頭洗浄、髄液、脳脊髄液、組織、喉スワブ、生検、胎盤液、羊水、臍帯血、強調流体、体腔液、痰、膿、微生物叢、胎便、母乳、および/または他の排泄物もしくは身体組織を含む。
固定または固定化生物学的サンプルを含有する、組織スライド、不活性膜、もしくは基質(例えば、プラスチック、ニトロセルロース、ポリフッ化ビニリデン)が、分析を受け得る。
生物学的サンプルは、限定されないが、静脈穿刺、排泄、マッサージ、生検、針吸引物、洗浄、掻爬、外科的切開、または介入、もしくは他のアプローチを含む、種々のアプローチによって、患者から取得され得る、腫瘍サンプルであり得る。腫瘍サンプルは、腫瘍組織サンプルであり得る。
生物学的サンプル中の細胞および他の生物学的成分は、抗体(例えば、免疫組織化学、ウェスタンブロット、酵素結合免疫吸着検査法(ELISA)、質量分析、抗体染色、放射性免疫検定、蛍光免疫検定、化学発光免疫検定、およびリポソーム免疫学的検定)を使用して、分析されることができる。一次細胞は、組織の小断片から単離され、血液から精製されることができる。一次細胞は、リンパ球(白血球)、線維芽細胞(皮膚生検細胞)、または上皮細胞を含むことができる。生物学的サンプルは、単一細胞であり得る。抗体染色の前に、内因性ビオチンまたは酵素は、急冷されることができる。生物学的サンプルは、一次または二次細胞が、結合して抗体と非特異的タンパク質との間の非特異的結合を低減させ、背景染色をもたらし得る、反応部位の遮断のための緩衝剤を用いて培養されることができる。遮断緩衝剤は、脱脂粉乳、正常血清、ゼラチン、およびウシ血清アルブミンを含むが、それらに限定されない。背景染色は、限定されないが、一次または二次抗体の希釈、異なる検出システムもしくは異なる一次抗体の使用、および培養の時間または温度の変化を含む、方法によって低減され得る。抗原を発現することが公知である組織および抗原を発現することが公知ではない組織が、対照として使用されることができる。
生物学的サンプルは、異なる発生源からの核酸分子を含むことができる。例えば、サンプルは、生殖系列DNAまたは体細胞DNAを含むことができる。サンプルは、突然変異を保因する核酸を含むことができる。例えば、サンプルは、生殖系列突然変異および/または体細胞突然変異を保因するDNAを含むことができる。サンプルはまた、癌関連突然変異(例えば、癌関連体細胞突然変異)を保因するDNAを含むこともできる。
サンプルは、ゲノム均等物を含有する、種々の量の核酸を含むことができる。例えば、約30ngのDNAのサンプルは、約10,000(104)個の1倍体ヒトゲノム均等物と、cfDNAの場合、約2千億(2×1011)の個別ポリヌクレオチド分子とを含有することができる。同様に、約100ngのDNAのサンプルは、約30,000個の1倍体ヒトゲノム均等物と、無細胞DNA(cfDNA)の場合、約6千億個の個別分子とを含有することができる。
検体または流体から取得可能な生物学的サンプルは、脱離した腫瘍細胞、または死もしくは損傷腫瘍細胞から放出される遊離核酸を含むことができるが、それらに限定されない。核酸は、デオキシリボ核酸(DNA)、無細胞デオキシリボ核酸(cfDNA)分子、細胞デオキシリボース核酸(cDNA)分子、リボ核酸(RNA)分子、ゲノムDNA分子、ミトコンドリアDNA分子、一本もしくは二本鎖DNA分子、またはタンパク質関連核酸を含むことができるが、それらに限定されない。検体細胞から取得される精製または非精製形態の任意の核酸検体は、1つもしくは複数の開始核酸として利用されることができる。cfDNA分子、cDNA分子、およびRNA分子は、生物学的マーカの存在または不在に関して分析されることができる。
生物学的サンプルは、生物学的データを生成することができる。生物学的データは、限定されないが、タンパク質、ペプチド、無細胞核酸、リボ核酸、デオキシリボース核酸、またはそれらの任意の組み合わせを含む、生物学的サンプル成分からのデータを備えることができる。
生体分子は、正常または異常であり得る。正常な生体分子は、生物学的サンプルの軟膜から単離されることができる。異常な生体分子は、生物学的サンプルの血漿または腫瘍組織から単離されることができる。
成分の生物学的サンプルは、種々のバイオマーカに関して分析されることができる。バイオマーカは、種々の生物学的現象の指標または代理であり得る。生物学的マーカの存在または不在、その数量もしくは品質は、生物学的現象を示し得る。バイオマーカ(生物学的マーカ)は、客観的に測定され、正常な生物学的プロセス、発病プロセス、治療介入への薬理学的応答、または環境暴露の指標として判定される、特性であり得る。バイオマーカは、DNAバイオマーカ、DNA腫瘍バイオマーカ、および一般的バイオマーカにカテゴリ化されることができる。バイオマーカは、癌バイオマーカ、臨床エンドポイント、コンパニオンエンドポイント、コピー数変異型(CNV)バイオマーカ、診断バイオマーカ、疾患バイオマーカ、DNAバイオマーカ、有効性バイオマーカ、エピジェネティックバイオマーカ、監視バイオマーカ、予後バイオマーカ、予測バイオマーカ、安全性バイオマーカ、スクリーニングバイオマーカ、病期分類バイオマーカ、層別化バイオマーカ、代理バイオマーカ、標的バイオマーカ、または毒性バイオマーカを含むが、それらに限定されない。診断バイオマーカは、疾患を診断する、または疾患の重症度を決定するために使用されることができる。DNAバイオマーカは、インターロイキンまたは溶質担体有機アニオン輸送体ファミリメンバであり得る。
d.生物学的サンプルおよび生体分子を取得する方法
サンプル収集キットは、cfDNA採血管と、ゲノムDNAの放出を防止して高品質cfDNAの単離を可能にする、保存料の使用を通して、有核血液細胞を安定させる、採血管とを含むことができるが、それらに限定されない。免疫分析に関して、液体生検キットは、上部が紫色のVacutainer EDTA管を含むことができるが、それらに限定されない。
いくつかの実施形態では、サンプル収集キットまたは液体生検キットは、少なくとも約1本、少なくとも約2本、少なくとも約3本、少なくとも約4本、少なくとも約5本、少なくとも約6本、少なくとも約7本、少なくとも約8本、少なくとも約9本、少なくとも約10本、少なくとも約15本、少なくとも約20本、少なくとも約25本、少なくとも約30本、少なくとも約40本、少なくとも約50本、少なくとも約100本、もしくはそれを上回る採血管を備えることができる。
いくつかの実施形態では、サンプル収集キットまたは液体生検キットは、最大で約100本、最大で約50本、最大で約40本、最大で約30本、最大で約25本、最大で約20本、最大で約15本、最大で約10本、最大で約9本、最大で約8本、最大で約7本、最大で約6本、最大で約5本、最大で約4本、最大で約3本、最大で約2本の採血管、最大で約1本、もしくはそれ未満の採血管を備えることができる。
いくつかの実施形態では、採血管または上部が紫色の管は、少なくとも約1mL、少なくとも約2mL、少なくとも約3mL、少なくとも約4mL、少なくとも約5mL、少なくとも約6mL、少なくとも約7mL、少なくとも約7mL、少なくとも約8mL、少なくとも約9mL、少なくとも約10mL、少なくとも約11mL、少なくとも約12mL、少なくとも約13mL、少なくとも約14mL、少なくとも約15mL、少なくとも約16mL、少なくとも約17mL、少なくとも約18mL、少なくとも約19mL、少なくとも約20mL、少なくとも約30mL、少なくとも約40mL、少なくとも約50mL、少なくとも約60mL、少なくとも約70mL、少なくとも約80mL、少なくとも約90mL、少なくとも約100mL、もしくはそれを上回る容積サイズを備えることができる。
いくつかの実施形態では、採血管または上部が紫色の管は、最大で約50mL、最大で約40mL、最大で約30mL、最大で約20mL、最大で約19mL、最大で約18mL、最大で約17mL、最大で約16mL、最大で約15mL、最大で約14mL、最大で約13mL、最大で約12mL、最大で約11mL、最大で約10mL、最大で約9mL、最大で約8mL、最大で約7mL、最大で約6mL、最大で約5mL、最大で約4mL、最大で約3mL、最大で約2mL、最大で約1mL、もしくはそれ未満の容積サイズを備えることができる。
いくつかの実施形態では、サンプル収集キットは、1本の9mLのcfDNA採血管と、ゲノムDNAの放出を防止して高品質cfDNAの単離を可能にする、保存料の使用を通して、有核血液細胞を安定させる、採血管とを備えることができる。
いくつかの実施形態では、液体生検キットは、3本の10mlの上部が紫色のVacutainer EDTA管を含むことができる。
収集キットはさらに、吸収性スリーブ、銀色断熱バッグ、バイオハザードバッグ、室温ゲルパック、返却発送用ボックス、またはフェデックス臨床パックを含むことができるが、それらに限定されない。サンプルは、標準業務手順書(SOP)の通りに発送のために梱包されることができる。SOPは、規制当局の承認の受領に応じて、適切な人員により精査されることができ、関連ポリシのコピーが、提供されることができる。検体は、少なくともほぼ収集日中に、少なくとも収集から約1日後、少なくとも収集から約2日後、少なくとも収集から約3日後、少なくとも収集から約4日後、少なくとも収集から約5日後、少なくとも収集から約6日後、少なくとも収集から約7日後、少なくとも収集から約8日後、少なくとも収集から約9日後、少なくとも収集から約10日後、少なくとも収集から約2週間後、少なくとも収集から約3週間後、少なくとも収集から約4週間後、またはそれを上回って発送されることができる。
検体は、最大で収集から約4週間後、最大で収集から約3週間後、最大で収集から約2週間後、最大で収集から約10日後、最大で収集から約9日後、最大で収集から約8日後、最大で収集から約7日後、最大で収集から約6日後、最大で収集から約5日後、最大で収集から約4日後、最大で収集から約3日後、最大で収集から約2日後、最大で収集から約1日後、またはそれ未満で発送されることができる。
初期サンプル取扱は、SOPの通りに実施されることができ、その後に、分析過程管理を維持する発送プロトコルが続く。いくつかの実施形態では、長期保管および生物検体への将来のアクセスが可能である。分析後に残留する残存物質は、発送され、組織バンクに保管されることができる。サンプルは、参加者が研究から撤退するまで無期限に保管されることができる。組織バンクは、災害復旧計画を備えることができる。いくつかの実施形態では、委員会が、検体を研究者に分配するための手順および要件を評価ならびに承認することができる。
生物検体は、患者の一意の識別番号にリンクされる検体識別番号を与えられることができる。本プロセスは、検体を臨床データに結び付け、機密性を保護することができる。発送および生物検体に付随する相関情報は、将来の研究のために収集ならびに保管されることができる。そのような収集および保管は、基礎的研究所見ならびに臨床転帰の相関における橋渡し研究を補助することができる。患者は、家庭で検体を採取させることができる。収集サービスは、最小限のサンプル処理を実施することができる。液体生検キットは、SOPに説明されるように処理されることができる。限定されないが、アリコート毎の体積を含む、全てのアリコートについての情報は、研究所情報管理システムに記録され、識別番号にリンクされることができる。同様に、免疫分析キットは、SOPを使用して処理されることができ、誘導体が、追跡されることができる。いくつかの実施形態では、処理された血液サンプルは、ロボット制御された冷凍庫の中に保管されることができる。全血サンプルは、気相液体窒素ユニットの中に保管されることができる。
生物学的サンプルは、対象から抽出される正常な生体分子および異常な生体分子を含むことができる。DNA抽出物は、限定されないが、口腔内スワブ、毛髪サンプル、尿サンプル、血液サンプル、または組織サンプルを含む、サンプルから取得されることができる。細胞および組織は、生検から取得されることができる。生検方法は、限定されないが、高度乳房生検計装、ブラシ生検、コンピュータ断層撮影、錐体生検、コア生検、クロズビーカプセル、掻爬、乳管洗浄細胞診、内視鏡生検、内視鏡的逆行性胆道膵管造影、排出、切除生検、微細針吸引、蛍光透視法、凍結切片、インプリント、切開生検、液体ベースの細胞診、ループ式電気外科切除法、磁気共鳴映像法、マンモグラフィ、針生検、フルオロデオキシグルコースを用いたポジトロン放出断層撮影、パンチ生検、センチネルリンパ節生検、薄片生検、塗抹標本、定位生検、経尿道切除、トレフィン(骨髄)生検、超音波、真空支援型生検、およびワイヤ局所化生検を含むことができる。
患者からの血液サンプル採取および遠心分離後、白血球が、血液サンプルから単離されることができる。白血球は、罹患細胞および対照細胞に分けられることができる。
いくつかの実施形態では、訓練を受けた専門家が、参加者の家庭を訪問し、限定されないが、採血を含む、スクリーニングおよび検査を実施することができる。標準業務手順書およびキットが、収集、初期処理、および適切な研究所への生物検体の移送のために開発されることができる。
いくつかの実施形態では、対象は、個人の生物学的サンプルを収集することができる。生物学的サンプルは、家庭で収集され、医療センターまたは施設に輸送されることができる。生物学的サンプルは、医療センターにおいて、例えば、診療所、クリニック、研究所、患者サービスセンター、または病院において収集されることができる。収集の方法は、咳を通した患者の痰の放出、便の収集、排尿、唾液スワブ、口からの唾液および口腔粘膜浸出液の組み合わせの収集、または発汗シミュレーション手順による汗の収集を含むことができるが、それらに限定されない。
検定は、ユーザが生物学的サンプルを取得した後に始まることができる。検定は、生物学的サンプルからの核酸抽出を含むことができる。核酸は、種々の技法を使用して、生物学的サンプルから抽出されることができる。核酸抽出中に、細胞は、研削または超音波分解によって核酸を露出するように破壊されることができる。洗剤および界面活性剤が、膜脂質を除去するために細胞溶解中に添加されることができる。プロテアーゼが、タンパク質を除去するために使用されることができる。また、リボヌクレアーゼが、RNAを除去するために添加されることができる。核酸はまた、フェノール、フェノール/クロロホルム/イソアミルアルコール、またはTRIzolおよびTri試薬を含む類似調合物を用いた有機抽出によって、精製されることができる。抽出技法の他の非限定的実施例は、(1)自動核酸抽出器の使用の有無別の(例えば、フェノール/クロロホルム有機試薬を使用する)エタノール沈殿が後に続く有機抽出、(2)固定相吸着方法、および(3)食塩誘発型核酸沈殿方法であって、典型的には、「塩析」方法と称される、そのような沈殿方法を含む。核酸単離および/または精製の別の実施例は、核酸が特異的または非特異的に結合し得る、磁気粒子(例えば、ビーズ)の使用を含み、その後に、磁石を使用する粒子の単離、洗浄、および粒子からの核酸の溶出が続く。上記の単離方法は、サンプルから不要なタンパク質を排除することに役立つための酵素消化ステップ(例えば、プロテアーゼKまたは他の同様のプロテアーゼを用いた消化)によって先行されることができる。リボヌクレアーゼ阻害剤が、溶解緩衝剤に添加されることができる。ある細胞またはサンプルタイプに関して、タンパク質が、変性/消化ステップにおいて添加される。精製方法は、DNA、RNA(例えば、mRNA、rRNA、tRNA)、または両方を単離することに向けられることができる。DNAおよびRNAの両方が、抽出手技中に、またはそれに続いて、ともに単離されるとき、さらなるステップが、一方または両方を他方から別個に精製するために採用されることができる。抽出された核酸の副画分、例えば、サイズ、配列、または他の物理的もしくは化学的特性別の精製もまた、生成されることができる。初期核酸単離ステップに加えて、核酸の精製が、過剰もしくは不要な試薬、反応物質、または生成物を除去するため等に、後続の操作後に実施されることができる。
いくつかの実施形態では、参加者は、プログラムから撤退するためのオプションを有する。参加者は、生物検体の個人の保管された誘導体を破棄するように要求することができる。本手順は、以下の要素を含むことができる。患者が同意していない、同意を変更した、または研究から除去されるように要求したという通知が、提供されることができる。通知に応じて、書面による検証が、要求されることができる。組織処理中のサンプルの破棄は、限定されないが、バイオハザードごみ箱の中のサンプルの処分、プロトコルの相違としてのサンプル破棄のドキュメンテーション、組織バンクの中に保管されたサンプルの破棄、サンプル破棄の電子転送、冷凍庫からのサンプルの取得および除去、サンプル破棄書の記入および適切な研究フォルダの中への設置、種々の場所(例えば、組織追跡システム、破棄されたサンプルと関連付けられる研究フォルダ、全ての破棄されたサンプルに線を引いて抹消することによるマスタリスト、青色のハイライトならびに抹消線の追加によるマスタスケジュールリスト)におけるサンプルの除去および破棄の記録、要求に従ったサンプルの破棄、および/または研究所内の適切なバイオハザード廃棄物レセプタクル内のサンプルの設置を含む。いくつかの実施形態では、trizol中に保管された組織は、制御された温度で保管されたときに、無期限に生存可能である。
いくつかの実施形態では、サンプルは、少なくとも約−196℃、少なくとも約−100℃、少なくとも約−90℃、少なくとも約−85℃、少なくとも約−80℃、少なくとも約−75℃、少なくとも約−70℃、少なくとも約−65℃、少なくとも約−60℃、少なくとも約−50℃、少なくとも約−40℃、少なくとも約−30℃、少なくとも約−25℃、少なくとも約−20℃、少なくとも約−15℃、少なくとも約−10℃、少なくとも約−5℃、少なくとも約0℃、少なくとも約4℃、少なくとも約8℃、またはより高い温度で保管されることができる。
いくつかの実施形態では、サンプルは、最大で約8℃、最大で約4℃、最大で約0℃、最大で約−5℃、最大で約−10℃、最大で約−15℃、最大で約−20℃、最大で約−25℃、最大で約−30℃、最大で約−40℃、最大で約−50℃、最大で約−60℃、最大で約−65℃、最大で約−70℃、最大で約−75℃、最大で約−80℃、最大で約−85℃、最大で約−90℃、最大で約−100℃、最大で約−196℃、またはより低い温度で保管されることができる。
いくつかの実施形態では、サンプルは、−70℃またはそれより低い温度で保管されることができる。
いくつかの実施形態では、trizol中に保管された細胞は、少なくとも約1ヶ月、少なくとも約2ヶ月、少なくとも約3ヶ月、少なくとも約4ヶ月、少なくとも約5ヶ月、少なくとも約6ヶ月、少なくとも約7ヶ月、少なくとも約8ヶ月、少なくとも約9ヶ月、少なくとも約10ヶ月、少なくとも約11ヶ月、少なくとも約12ヶ月、少なくとも約13ヶ月、少なくとも約14ヶ月、少なくとも約15ヶ月、少なくとも約18ヶ月、少なくとも約24ヶ月、少なくとも約30ヶ月、少なくとも約36ヶ月、少なくとも約48ヶ月、少なくとも約60ヶ月、少なくとも約72ヶ月、少なくとも約84ヶ月、少なくとも約96ヶ月、少なくとも約108ヶ月、少なくとも約120ヶ月、またはより長い時間周期後に有効期限切れになり得る。
いくつかの実施形態では、trizol中に保管された細胞は、最大で約120ヶ月、最大で約108ヶ月、最大で約96ヶ月、最大で約84ヶ月、最大で約72ヶ月、最大で約60ヶ月、最大で約48ヶ月、最大で約36ヶ月、最大で約30ヶ月、最大で約24ヶ月、最大で約18ヶ月、最大で約15ヶ月、最大で約14ヶ月、最大で約13ヶ月、最大で約12ヶ月、最大で約11ヶ月、最大で約10ヶ月、最大で約9ヶ月、最大で約8ヶ月、最大で約7ヶ月、最大で約6ヶ月、最大で約5ヶ月、最大で約4ヶ月、最大で約3ヶ月、最大で約2ヶ月、最大で約1ヶ月、またはそれ未満の時間周期後に有効期限切れになり得る。
いくつかの実施形態では、trizol中に保管された細胞は、1年の時間周期後に有効期限切れになり得る。
いくつかの実施形態では、サンプルは、少なくとも約1ヶ月、少なくとも約2ヶ月、少なくとも約3ヶ月、少なくとも約4ヶ月、少なくとも約5ヶ月、少なくとも約6ヶ月、少なくとも約7ヶ月、少なくとも約8ヶ月、少なくとも約9ヶ月、少なくとも約10ヶ月、少なくとも約11ヶ月、少なくとも約12ヶ月、少なくとも約13ヶ月、少なくとも約14ヶ月、少なくとも約15ヶ月、少なくとも約18ヶ月、少なくとも約24ヶ月、少なくとも約30ヶ月、少なくとも約36ヶ月、少なくとも約48ヶ月、少なくとも約60ヶ月、少なくとも約72ヶ月、少なくとも約84ヶ月、少なくとも約96ヶ月、少なくとも約108ヶ月、少なくとも約120ヶ月、またはより長い時間周期にわたる保管後に、良質のRNA、DNA、およびタンパク質を産生することができる。
いくつかの実施形態では、サンプルは、最大で約120ヶ月、最大で約108ヶ月、最大で約96ヶ月、最大で約84ヶ月、最大で約72ヶ月、最大で約60ヶ月、最大で約48ヶ月、最大で約36ヶ月、最大で約30ヶ月、最大で約24ヶ月、最大で約18ヶ月、最大で約15ヶ月、最大で約14ヶ月、最大で約13ヶ月、最大で約12ヶ月、最大で約11ヶ月、最大で約10ヶ月、最大で約9ヶ月、最大で約8ヶ月、最大で約7ヶ月、最大で約6ヶ月、最大で約5ヶ月、最大で約4ヶ月、最大で約3ヶ月、最大で約2ヶ月、最大で約1ヶ月、またはそれ未満の時間周期にわたる保管後に、良質のRNA、DNA、およびタンパク質を産生することができる。
いくつかの実施形態では、サンプルは、2年にわたる保管後に、良質のRNA、DNA、およびタンパク質を産生することができる。
いくつかの実施形態では、サンプルは、自動的に破棄されない。RNA、DNA、およびタンパク質は、SOPに従ってサンプルから単離される。品質査定が個別のサンプルタイプの有意な劣化を示す場合、サンプルは、除去および/または破棄されることができる。
e.サンプル分析およびプロファイル生成
組織中の炎症誘発性および抗炎症性信号の平衡は、1)免疫細胞のタイプおよび存在度、2)免疫および非免疫細胞上で発現される細胞表面結合因子の存在、ならびに3)組織微小環境内に存在する可溶性因子によって仲介される。免疫調整信号の複雑な相互作用は、腫瘍組織中で摂動され、抗腫瘍免疫性の抑制に有利に働く。炎症誘発性および抗炎症性信号の分析は、本開示の統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースに入力され得る、参加者のためのプロファイルを生成することができる。
生物学的サンプルは、無細胞デオキシリボ核酸(cfDNA)分子、細胞デオキシリボース核酸(cDNA)分子、リボ核酸(RNA)分子、またはタンパク質を含むことができるが、それらに限定されない。cfDNA分子、cDNA分子、およびRNA分子は、生物学的マーカの存在または不在に関して分析されることができる。生物学的サンプルは、無細胞DNA(cfDNA)を含むことができる。死滅しつつある腫瘍細胞は、対象の血流の中へ核酸の小片を放出し得る。核酸の小片は、無細胞循環腫瘍DNA(ctDNA)である。
生物学的サンプルは、ゲノミクス/シークエンシング、組織学的分析、フローサイトメトリ、マイクロアレイ分析、蛍光in situハイブリダイゼーション(FISH)、質量分析、ゲノムプロファイル、または免疫検定を受け得る。参加者から取得される血液サンプルは、ゲノムシークエンシングのためにcfDNAデータを抽出するように処理されることができる。いくつかの実施形態では、cfDNAは、全ゲノム低区間変量シークエンシング、全ゲノム深部区間変量シークエンシング、または全エクソーム標準区間変量シークエンシングを取得するために使用される。血液中で遊離する循環腫瘍DNA、循環核酸、エキソソーム、または核酸が、プロファイル生成のために使用されることができる。さらに、任意の現在または新しい検査が、サンプル分析およびプロファイル生成のために使用されることができる。
循環腫瘍DNAはまた、腫瘍進行を非侵襲的に監視し、患者の腫瘍が標的治療に反応し得るかどうかを判定するために、使用されることができる。例えば、患者のctDNAは、治療前および治療ならびに薬物治療後の両方で、突然変異に関して選別されることができる。治療中、発生する体細胞突然変異は、薬物が効かないように妨害し得る。例えば、患者は、薬物への初期腫瘍応答を観察することができる。本応答は、薬物が最初に腫瘍細胞を死滅させることに効果的であったことをシグナリングすることができる。しかしながら、新しい突然変異の発生は、薬物が効き続けないように妨害し得る。本重要情報を取得することは、対象の腫瘍がもはや反応しなくなり、異なる治療が必要であることを医師および癌専門医が識別することを支援することができる。循環腫瘍DNA検査は、癌対象診療および臨床研究の全段階に適用可能であり得る。ctDNAが早期および進行期の両方において殆どのタイプの癌で検出され得るため、ctDNAは、殆どの患者のための効果的なスクリーニング方法として使用されることができる。血液中のctDNAのレベルの測定はまた、対象の癌の病期および生存可能性を効率的に示すこともできる。
種々の方法が、上記で議論されるものに加えて、DNAを配列決定するために使用されることができる。DNAを配列決定するための技法は、エクソームシークエンシング、トランスクリプトームシークエンシング、ゲノムシークエンシング、および無細胞DNAシークエンシングを含むが、それらに限定されない。無細胞DNAシークエンシングは、不一致標的シークエンシング(Mita−Seq)または末端の繁留排除(Tet−Seq)を含むことができるが、それらに限定されない。
統合シークエンシングアプローチは、包括的なPan−Cancerパネルを使用し、疾患(例えば、多発性骨髄腫)がある患者において有益および/または実行可能な突然変異を識別するための最も頻繁な癌の遺伝子変化の広い展望を提供することができる。疾患(例えば、多発性骨髄腫)に関してより特異的に標的化されたパネルが、本パネルと併せて、または作業中の以降の時点で、使用されることができる。遺伝子のPan−Cancer cfDNA標的パネルは、ABL1、ACTA2、ACTC1、ACVR2A、AKT1、AKT2、AKT3、ALK、APC、APOB、AR、ARAF、ARHGAP26、ARID1A、ARID1B、ARID2、ASXL1、ATM、ATR、ATRX、AURKA、AURKB、AXIN2、AXL、B2M、BABAM1、BAP1、BARD1、BCL2、BCL2L1、BCL6、BCLAF1、BCOR、BCORL1、BIRC3、BLM、BMPR1A、BRAF、BRCA1、BRCA2、BRCC3、BRD2、BRD3、BRD4、BRIP1、BUB1B、c15orf55、CACNA1S、CARD11、CASP8、CBFB、CBL、CBLB、CBLC、CCND1、CCND2、CCND3、CCNE1、CD79A、CD79B、CDC27、CDC73、CDH1、CDK12、CDK4、CDK6、CDK8、CDKN1A、CDKN1B、CDKN1C、CDKN2A、CDKN2B、CDKN2C、CEBPA、CHEK1、CHEK2、CIC、COL3A1、CREBBP、CRKL、CRLF2、CSF1R、CTCF、CTNNB1、CUX1、CYLD、DAXX、DDB2、DDR2、DEPDC5、DICER1、DIS3、DKC1、DNM2、DNMT3A、DSC2、DSG2、DSP、DUSP6、E2F3、ECT2L、EGFR、EGLN1、EP300、EPCAM、EPHA3、ERBB2、ERBB3、ERBB4、ERCC1、ERCC2、ERCC3、ERCC4、ERCC5、ERCC6、ERG、ERRFI1、ESR1、ETV1、ETV4、ETV5、ETV6、EWSR1、EXT1、EXT2、EZH2、FAM123B、FAM175A、FAM46C、FAM5C、FANCA、FANCB、FANCC、FANCD2、FANCE、FANCF、FANCG、FANCI、FANCL、FANCM、FAS、FBN1、FBXO11、FBXW7、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FH、FKBP9、FLCN、FLT1、FLT3、FLT4、FOXA1、FOXL2、FUBP1、GAB2、GATA3、GATA4、GATA6、GLA、GNA11、GNAQ、GNAS、GOPC、GPC3、H3F3A、HGF、HIF1A、HLA−A、HLA−B、HLA−C、HNF1A、HRAS、IDH1、IDH2、IGF1R、IGF2、IGH、IKZF1、IL32、IL6ST、IL7R、INPP4B、IRS2、JAK1、JAK2、JAK3、JUN、KAT6A、KAT6B、KCNH2、KCNQ1、KDM5A、KDM5C、KDM5D、KDM6A、KDR、KEAP1、KIAA1549、KIF1B、KIT、KLF5、KLF6、KLLN、KRAS、LDLR、LMNA、LMO1、MAP2K1、MAP2K2、MAP2K4、MAP3K1、MAPK1、MAPK3、MAX、MC1R、MCL1、MDM2、MDM4、MED12、MEN1、MET、MITF、MLH1、MLL、MLL2、MLL3、MPL、MRE11A、MSH2、MSH6、MSR1、MTOR、MUTYH、MYB、MYBL1、MYBPC3、MYC、MYCL1、MYCN、MYD88、MYH11、MYH7、MYL2、MYL3、MYLK、NBN、NCOR1、NF1、NF2、NFE2L2、NFKBIA、NHP2、NKX2−1、NOP10、NOTCH1、NOTCH2、NPM1、NPNT、NPRL2、NRAS、NSD1、NTRK1、NTRK2、NTRK3、PALB2、PARK2、PAX5、PBRM1、PCSK9、PDGFRA、PDGFRB、PHF6、PHOX2B、PIK3CA、PIK3R1、PKP2、PMS1、PMS2、POLD1、POLE、POLH、POT1、PPKAG2、PPKAR1A、PPP2R1A、PRDM1、PREX2、PRF1、PRIM2、PRSS1、PTCH1、PTEN、PTPN11、PTPRD、QKI、RAB35、RAD21、RAD50、RAD51、RAD51C、RAD51D、RAF1、RARA、RB1、RBBP8、RBM10、RBM12、RECQL4、REL、RET、RHEB、RICTOR、RNF43、ROS1、RPS6KA3、RPTOR、RREB1、RUNX1、RYR1、RYR2、SBDS、SCN5A、SDHA、SDHAF2、SDHB、SDHC、SDHD、SETBP1、SETD2、SF3B1、SH2B3、SHH、SHOC2、SLITRK6、SLX4、SMAD2、SMAD3、SMAD4、SMARCA4、SMARCB1、SMC1A、SMC3、SMO、SOCS1、SOS1、SOX2、SOX9、SPG20、SPOP、SPRED1、SRC、SRSF2、STAG2、STAT3、STK11、SUFU、SYK、TBX3、TCF3、TCF7L1、TCF7L2、TERC、TERT、TET2、TGFBR1、TGFBR2、TGIF1、TINF2、TLR4、TMEM127、TMEM43、TMPRSS2、TNFAIP3、TNFRSF14、TNNI3、TNNT2、TP53、TP53BP1、TPM1、TSC1、TSC2、TSHR、TXNIP、U2AF1、UIMC1、VEGFA、VHL、WAS、WRN、WT1、XPA、XPC、XPO1、XRCC2、XRCC3、ZFP36L2、ZNF217、ZNRF3、またはZRSR2を含むが、それらに限定されない。
シークエンシングに加えて、限定されないが、核酸定量化、シークエンシング最適化、遺伝子発現を検出すること、遺伝子発現を定量化すること、ゲノムプロファイリング、癌プロファイリング、および発現されたマーカの分析を含む、他の反応ならびに動作が、本明細書に開示される、システムおよび方法内で起こり得る。検定は、生物学的サンプルの免疫組織化学プロファイリングおよびゲノムプロファイリングを含むが、それらに限定されない。免疫組織化学では、抗原が、生物学的サンプルの腫瘍および正常組織細胞の検査中に識別されることができる。免疫組織化学はまた、生物学的サンプル組織の異なる場所におけるバイオマーカおよび特異的に発現されたタンパク質の分布ならびに局所化についての結果を提供することもできる。特異的に発現されたタンパク質は、過剰または過小発現されたタンパク質であり得る。
生物学的サンプルは、例えば、高血中カルシウム濃度、不良な腎臓機能、低赤血球数(すなわち、貧血)、または一方のタイプが他方よりも少なくとも約50倍、100倍、150倍、200倍、250倍、300倍、350倍、400倍、もしくはそれを上回って多く見られるような血液中の1つのタイプの軽鎖の増加を検出するために、分析されることができる。生物学的サンプルは、例えば、高血中カルシウム濃度、不良な腎臓機能、低赤血球数(すなわち、貧血)、または一方のタイプが他方よりも少なくとも約500倍、450倍、400倍、350倍、300倍、250倍、200倍、150倍、100倍、50倍、25倍、またはそれ未満の多く見られるような血液中の1つのタイプの軽鎖の増加を検出するために、分析されることができる。参加者はまた、画像研究を使用して、腫瘍成長からの骨の中の孔を検出するように検査される、または磁気共鳴映像法(MRI)スキャンを使用して、骨もしくは骨髄中の異常な面積を検出するように検査されることができる。
生物学的サンプルは、くすぶり型骨髄腫(すなわち、いかなる症状も引き起こさない早期骨髄腫)の存在に関して、分析されることができる。いくつかの実施形態では、生物学的サンプルは、骨髄中の形質細胞、血液中の高濃度のMタンパク質、または尿中の高濃度の軽鎖(すなわち、ベンス・ジョーンズタンパク質)に関して、分析される。
生物学的サンプルはまた、軽鎖アミロイドーシスに関して、分析されることもできる。いくつかの実施形態では、生物学的サンプルは、血液中の遊離軽鎖の上昇、尿中の軽鎖(すなわち、ベンス・ジョーンズタンパク質)の上昇、または骨髄中の異常な形質細胞に関して、分析される。
生物学的サンプルは、遺伝子型決定データを取得するためにDNAシークエンシングおよびゲノム分析ツールキット(GATK)分析を受け得る。いくつかの実施形態では、生物学的サンプルは、AffymetrixTMゲノム全体ヒト単一ヌクレオチド多型(SNP)アレイ、AgilentTMアレイベースの比較ゲノムハイブリダイゼーション(aCGH)分析、遺伝子発現、再シークエンシング、およびRNA干渉(RNAi)を受ける。いくつかの実施形態では、生物学的サンプルは、差次的発現分析、隣接遺伝子分析、遺伝子セット濃縮分析を助長する、使いやすいスクリーンを受ける、またはゲノムブラウザを使用して分析される。
生物学的サンプルは、特異的細胞表面および細胞内マーカならびにそれらの組み合わせの相対的発現を検出または判定することによる、免疫表現型分析もしくは特性評価を受け得る。例えば、生物学的サンプルは、限定されないが、1−40−β−アミロイド、4−1BB、5AC、5T4、707−AP、Aキナーゼアンカタンパク質4(AKAP−4)、アクチビン受容体2B型(ACVR2B)、アクチビン受容体様キナーゼ1(ALK1)、腺癌抗原、アディポフィリン、アドレナリン受容体β3(ADRB3)、AGS−22M6、α葉酸受容体、α−フェトプロテイン(AFP)、AIM−2、未分化リンパ腫キナーゼ(ALK)、アンドロゲン受容体、アンジオポイエチン2、アンジオポイエチン3、アンジオポイエチン結合細胞表面受容体2(Tie2)、炭疽毒素、AOC3(VAP−1)、B細胞成熟抗原(BCMA)、B7−H3(CD276)、炭疽菌、B細胞活性化因子(BAFF)、Bリンパ腫細胞、骨髄間質細胞抗原2(BST2)、刷り込まれた部位の調節遺伝子の兄弟(BORIS)、C242抗原、C5、CA−125、癌抗原125(CA−125またはMUC16)、癌/精巣抗原1(NY−ESO−1)、癌/精巣抗原2(LAGE−1a)、炭酸脱水酵素9(CA−IX)、癌胎児性抗原(CEA)、心臓ミオシン、CCCTC結合因子(CTCF)、CCL11(エオタキシン−1)、CCR4、CCR5、CD11、CD123、CD125、CD140a、CD147(ベイシジン)、CD15、CD152、CD154(CD40L)、CD171、CD179a、CD18、CD19、CD2、CD20、CD200、CD22、CD221、CD23(IgE受容体)、CD24、CD25(IL−2受容体のα鎖)、CD27、CD274、CD28、CD3、CD3ε、CD30、CD300分子様ファミリメンバf(CD300LF)、CD319(SLAMF7)、CD33、CD37、CD38、CD4、CD40、CD40リガンド、CD41、CD44v7、CD44v8、CD44v6、CD5、CD51、CD52、CD56、CD6、CD70、CD72、CD74、CD79A、CD79B、CD80、CD97、CEA関連抗原、CFD、ch4D5、染色体Xオープンリーディングフレーム61(CXORF61)、クローディン18.2(CLDN18.2)、クローディン6(CLDN6)、クロストリジウム・ディフィシレ、クランピング因子A、CLCA2、コロニー刺激因子1受容体(CSF1R)、CSF2、CTLA−4、C型レクチンドメインファミリ12メンバA(CLEC12A)、C型レクチン様分子−1(CLL−1またはCLECL1)、4型C−X−Cケモカイン受容体、サイクリンB1、シトクロムP4501B1(CYP1B1)、cyp−B、サイトメガロウイルス、サイトメガロウイルス糖タンパク質B、ダビガトラン、DLL4、DPP4、DR5、1型大腸菌志賀毒素、2型大腸菌志賀毒素、外部ADP−リボシルトランスフェラーゼ4(ART4)、EGF様モジュール含有ムチン様ホルモン受容体様2(EMR2)、EGF様ドメイン多重7(EGFL7)、伸長因子2突然変異(ELF2M)、内毒素、エフリンA2、エフリンB2、A型エフリン受容体2、表皮成長因子受容体(EGFR)、表皮成長因子受容体変異型III(EGFRvIII)、エピシアリン、上皮細胞接着分子(EpCAM)、上皮糖タンパク質2(EGP−2)、上皮糖タンパク質40(EGP−40)、ERBB2、ERBB3、ERBB4、ERG(膜貫通プロテアーゼ、セリン2(TMPRSS2)ETS融合遺伝子)、大腸菌、遺伝子12p上に位置するETS転座変異体遺伝子6(ETV6−AML)、呼吸器合胞体ウイルスのFタンパク質、FAP、IgA受容体のFc断片(FCARもしくはCD89)、Fc受容体様5(FCRL5)、胎児アセチルコリン受容体、フィブリンIIβ鎖、線維芽細胞活性化タンパク質α(FAP)、フィブロネクチン余剰ドメイン−B、FGF−5、Fms様チロシンキナーゼ3(FLT3)、葉酸結合タンパク質(FBP)、葉酸加水分解酵素、葉酸受容体1、葉酸受容体α、葉酸受容体β、Fos関連抗原1、Frizzled受容体、フコシルGM1、G250、Gタンパク質共役型受容体20(GPR20)、Gタンパク質共役型受容体クラスC群5メンバD(GPRC5D)、ガングリオシドG2(GD2)、GD3ガングリオシド、糖タンパク質100(gp100)、グリピカン−3(GPC3)、GMCSF受容体α−鎖、GPNMB、GnT−V、成長分化因子8、GUCY2C、熱ショックタンパク質70−2突然変異(mut hsp70−2)、血球凝集素、A型肝炎ウイルス細胞受容体1(HAVCR1)、B型肝炎表面抗原、B型肝炎ウイルス、HER1、HER2/neu、HER3、globoH糖セラミドの六糖類部分(GloboH)、HGF、HHGFR、高分子量黒色腫関連抗原(HMW−MAA)、ヒストン複合体、HIV−1、HLA−DR、HNGF、Hsp90、HST−2(FGF6)、ヒトパピローマウイルスE6(HPVE6)、ヒトパピローマウイルスE7(HPVE7)、ヒト散乱因子受容体キナーゼ、ヒトテロメラーゼ逆転写酵素(hTERT)、ヒトTNF、ICAM−1(CD54)、iCE、IFN−α、IFN−β、IFN−γ、IgE、IgEFc領域、IGF−1、IGF−1受容体、IGHE、IL−12、IL−13、IL−17、IL−17A、IL−17F、IL−1β、IL−20、IL−22、IL−23、IL−31、IL−31RA、IL−4、IL−5、IL−6、IL−6受容体、IL−9、免疫グロブリンラムダ様ポリスペプチド1(IGLL1)、A型インフルエンザ血球凝集素、インスリン様成長因子1受容体(IGF−I受容体)、インスリン様成長因子2(ILGF2)、インテグリンα4β7、インテグリンβ2、インテグリンα2、インテグリンα4、インテグリンα5β1、インテグリンα7β7、インテグリンαIIbβ3、インテグリンαvβ3、インターフェロンα/β受容体、インターフェロンγ誘発型タンパク質、インターロイキン11受容体α(IL−11Rα)、インターロイキン−13受容体サブユニットα−2(IL−13Ra2またはCD213A2)、腸内カルボキシエステラーゼ、キナーゼドメイン領域(KDR)、KIR2D、KIT(CD117)、L1細胞接着分子(L1−CAM)、レグマイン、白血球免疫グロブリン様受容体サブファミリAメンバ2(LILRA2)、白血球関連免疫グロブリン様受容体1(LAIR1)、ルイス−Y抗原、LFA−1(CD11a)、LINGO−1、リポタイコ酸、LOXL2、L−セレクチン(CD62L)、リンパ球抗原6複合体、遺伝子座K9(LY6K)、リンパ球抗原75(LY75)、リンパ球特異的タンパク質チロシンキナーゼ(LCK)、リンホトキシン−α(LT−α)または腫瘍壊死因子−β(TNF−β)、マクロファージ遊走阻止因子(MIFまたはMMIF)、M−CSF、乳腺または抗原(NY−BR−1)、MCP−1、黒色腫癌精巣抗原−1(MAD−CT−1)、黒色腫癌精巣抗原−2(MAD−CT−2)、黒色腫アポトーシス阻止因子(ML−IAP)、黒色腫関連抗原1(MAGE−A1)、メソテリン、ムチン1、細胞表面関連(MUC1)、MUC−2、ムチンCanAg、ミエリン関連糖タンパク質、ミオスタチン、N−アセチルグルコサミニル−トランスフェラーゼV(NA17)、NCA−90(顆粒球抗原)、神経成長因子(NGF)、神経アポトーシス調整プロテイナーゼ1、神経細胞接着分子(NCAM)、神経突起伸長阻止因子(例えば、NOGO−A、NOGO−B、NOGO−C)、ニューロピリン−1(NRP1)、N−グリコリルノイラミン酸、NKG2D、Notch受容体、o−アセチル−GD2ガングリオシド(OAcGD2)、嗅覚受容体51E2(OR51E2)、癌胎児性抗原(h5T4)、切断点クラスタ領域(BCR)およびエーベルソンマウス白血病ウイルス癌遺伝子ホモログ1(Abl)を含む癌遺伝子融合タンパク質(bcr−abl)、アナウサギ、OX−40、oxLDL、p53突然変異体、対合ボックスタンパク質Pax−3(PAX3)、対合ボックスタンパク質Pax−5(PAX5)、
pannexin3(PANX3)、リン酸塩・ナトリウム共輸送体、ホスファチジルセリン、胎盤特異的1(PLAC1)、血小板由来成長因子受容体α(PDGF−Rα)、血小板由来成長因子受容体β(PDGFR−β)、ポリシアル酸、プロアクロシン結合タンパク質sp32(OY−TES1)、プログラム細胞死タンパク質1(PD−1)、9型前駆タンパク質転換酵素スブチリシン/ケキシン(PCSK9)、プロテアーゼ、前立腺癌腫瘍抗原−1(PCTA−1またはガレクチン8)、T細胞1によって認識される黒色腫抗原(MelanAまたはMART1)、P15、P53、PRAME、前立腺幹細胞抗原(PSCA)、前立腺特異的膜抗原(PSMA)、前立腺酸性フォスファターゼ(PAP)、前立腺癌細胞、プロステイン、プロテアーゼセリン21(テスティシンまたはPRSS21)、プロテアソーム(プロソーム、マクロペイン)サブユニット、β型、9(LMP2)、緑膿菌、狂犬病ウイルス糖タンパク質、RAGE、RasホモログファミリメンバC(RhoC)、核因子カッパ−Bリガンドの受容体活性化因子(RANKL)、終末糖化産物のための受容体(RAGE−1)、受容体チロシンキナーゼ様オーファン受容体1(ROR1)、腎偏在要素1(RU1)、腎偏在要素2(RU2)、呼吸器合胞体ウイルス、Rh血液型D抗原、Rh因子、肉腫転座切断点、スクレロスチン(SOST)、セレクチンP、シアリルルイス接着分子(sLe)、精子タンパク質17(SPA17)、スフィンゴシン−1−リン酸、T細胞1、2、および3によって認識される扁平上皮細胞癌抗原(SART1、SART2、およびSART3)、発生段階期特異的胚抗原−4(SSEA−4)、黄色ブドウ球、STEAP1、サバイビン、シンデカン1(SDC1)+A314、SOX10、サバイビン、サバイビン−2B、滑膜肉腫、X切断点2(SSX2)、T細胞受容体、TCRΓ代替リーディングフレームタンパク質(TARP)、テロメラーゼ、TEM1、テネイシンC、TGF−β(例えば、TGF−β1、TGF−β2、TGF−β3)、甲状腺刺激ホルモン受容体(TSHR)、組織因子経路阻止因子(TFPI)、Tn抗原((TnAg)または(GalNAcα−Ser/Thr))、TNF受容体ファミリメンバB細胞成熟(BCMA)、TNF−α、TRAIL−R1、TRAIL−R2、TRG、トランスグルタミナーゼ5(TGS5)、腫瘍抗原CTAA16.88、腫瘍内皮マーカ1(TEM1/CD248)、腫瘍内皮マーカ7関連(TEM7R)、腫瘍タンパク質p53(p53)、MUC1の腫瘍特異的グリコシル化、腫瘍関連カルシウム信号トランスデューサ2、腫瘍関連糖タンパク質72(TAG72)、腫瘍関連糖タンパク質72(TAG−72)+A327、TWEAK受容体、チロシナーゼ、チロシナーゼ関連タンパク質1(TYRP1または糖タンパク質75)、チロシナーゼ関連タンパク質2(TYRP2)、ウロプラキン2(UPK2)、血管内皮成長因子(例えば、VEGF−A、VEGF−B、VEGF−C、VEGF−D、PIGF)、血管内皮成長因子受容体1(VEGFR1)、血管内皮成長因子受容体2(VEGFR2)、ビメンチン、v−myc鳥類骨髄球腫症ウイルス癌遺伝子神経芽細胞腫由来ホモログ(MYCN)、フォン・ヴィレブランド因子(VWF)、ウィルムス腫瘍タンパク質(WT1)、X抗原ファミリメンバ1A(XAGE1)、β−アミロイド、およびκ−軽鎖、ならびにそれらの変異型等の細胞マーカの相対的発現を検出もしくは判定することによる、免疫表現型分析もしくは特性評価を受け得る。
いくつかの実施形態では、生物学的サンプルは、限定されないが、707−AP、ビオチン化分子、a−アクチニン−4、abl−bcr alb−b3(b2a2)、abl−bcr alb−b4(b3a2)、アディポフィリン、AFP、AIM−2、アネキシンII、ART−4、BAGE、b−カテニン、bcr−abl、bcr−abl p190(e1a2)、bcr−ablp210(b2a2)、bcr−abl p210(b3a2)、BING−4、CAG−3、CAIX、CAMEL、カスパーゼ−8、CD171、CD19、CD20、CD22、CD23、CD24、CD30、CD33、CD38、CD44v7/8、CDC27、CDK−4、CEA、CLCA2、Cyp−B、DAM−10、DAM−6、DEK−CAN、EGFRvIII、EGP−2、EGP−40、ELF2、Ep−CAM、EphA2、EphA3、erb−B2、erb−B3、erb−B4、ES−ESO−1a、ETV6/AML、FBP、胎児アセチルコリン受容体、FGF−5、FN、G250、GAGE−1、GAGE−2、GAGE−3、GAGE−4、GAGE−5、GAGE−6、GAGE−7B、GAGE−8、GD2、GD3、GnT−V、Gp100、gp75、Her−2、HLA−A*0201−R170I、HMW−MAA、HSP70−2M、HST−2(FGF6)、HST−2/neu、hTERT、iCE、IL−11Rα、IL−13Rα2、KDR、KIAA0205、K−RAS、L1−細胞接着分子、LAGE−1、LDLR/FUT、ルイスY、MAGE−1、MAGE−10、MAGE−12、MAGE−2、MAGE−3、MAGE−4、MAGE−6、MAGE−A1、MAGE−A2、MAGE−A3、MAGE−A6、MAGE−B1、MAGE−B2、リンゴ酸酵素、マンマグロビン−A、MART−1/Melan−A、MART−2、MC1R、M−CSF、メソテリン、MUC1、MUC16、MUC2、MUM−1、MUM−2、MUM−3、ミオシン、NA88−A、Neo−PAP、NKG2D、NPM/ALK、N−RAS、NY−ESO−1、OA1、OGT、癌胎児性抗原(h5T4)、OS−9、Pポリペプチド、P15、P53、PRAME、PSA、PSCA、PSMA、PTPRK、RAGE、ROR1、RU1、RU2、SART−1、SART−2、SART−3、SOX10、SSX−2、サバイビン、サバイビン−2B、SYT/SSX、TAG−72、TEL/AML1、TGFaRII、TGFbRII、TP1、TRAG−3、TRG、TRP−1、TRP−2、TRP−2/INT2、TRP−2−6b、チロシナーゼ、VEGF−R2、WT1、α−葉酸受容体、またはκ−軽鎖等の細胞マーカの相対的発現を検出もしくは判定することによる、免疫表現型分析または特性評価を受け得る。いくつかの実施形態では、生物学的サンプルは、限定されないが、腫瘍関連抗原等の細胞マーカの相対的発現を検出または判定することによる、免疫表現型分析もしくは特性評価を受け得る。
いくつかの実施形態では、生物学的サンプルは、免疫分析を受ける。いくつかの実施形態では、生物学的サンプルは、参加者の免疫系、免疫応答、免疫歴、および/または免疫能力の多様性ならびに機能を測定および特性評価するように、免疫分析を受ける。サンプルの包括的な免疫特性評価は、限定されないが、表現型、ゲノム、プロテオミクス、血清学、コンピュータ支援画像、および/または微生物叢分析アプローチ等の方法ならびに技術を利用することができる。
総血清学:生物学的サンプルは、総血清学を受け得る。例えば、一連の既知の腫瘍抗原が、自己抗体を引き出す能力に関して査定されることができる。体液反応性を示す抗原に関して、直線状エピトープのマッピングが、経時的に多クローン性および潜在的拡散を査定するように、抗原の配列を網羅する重複ペプチド系列を使用して、査定されることができる。一部の患者では、他の免疫グロブリンアイソタイプまたはサブクラス使用も、査定されることができる。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原特異的抗体応答は、集団特異的挙動を強調することができる。
免疫表現型決定:生物学的サンプルは、免疫表現型決定を受け得る。例えば、生物学的サンプルは、分析技法を使用する、多発性骨髄腫および免疫細胞集団の免疫表現型決定によって特性評価されることができる。いくつかの実施形態では、生物学的サンプルは、フローサイトメトリ/蛍光活性化細胞分類(FC/FACS)、質量分析、高多重化質量サイトメトリ(CyTOF)、免疫細胞化学、免疫組織化学、多重化蛍光免疫細胞化学、またはコンピュータ支援高含量蛍光撮像方法を使用して、特性評価されることができる。
生物学的サンプルは、特異的細胞表面および細胞内マーカならびにそれらの組み合わせの相対的発現を検出または判定することによる、免疫表現型分析もしくは特性評価を受け得る。例えば、生物学的サンプルは、骨髄腫細胞の識別のために、限定されないが、CD19、CD27、CD38、CD45、CD56、CD81、CD117、CD138、またはCD319等の細胞マーカの相対的発現を検出もしくは判定することによる、免疫表現型分析または特性評価を受け得る。生物学的サンプルはまた、限定されないが、T−リンパ球亜型(T−ヘルパ、T−細胞毒性、T−調節性)、B細胞、NK、DC、MDSCを含む、特異的免疫細胞機能亜型を識別するように、限定されないが、CD3、CD4、CD8、CD11b、CD11c、CD14、CD15、CD16、CD19、CD20、CD25、CD127、またはFoxP3等の細胞マーカの相対的発現を検出もしくは判定することによる、免疫表現型分析または特性評価を受け得る。
多発性骨髄腫および免疫細胞は、免疫抑制、およびT細胞活性化、ならびにT細胞枯渇と関連付けられる細胞マーカの発現に関して、特性評価されることができる。例えば、多発性骨髄腫および免疫細胞は、限定されないが、CTLA−4、CD244、CD272、ICOS(CD278)、ICOS−L、IFN−γ、IL−2、PD−1、PD−L1、PD−L2、TIM−3、および/またはTNFαを含む、免疫抑制、およびT細胞活性化、ならびにT細胞枯渇と関連付けられる細胞マーカの発現に関して、特性評価されることができる。
プロテオミクスおよびセロミクス:生物学的サンプルは、限定されないが、免疫サイトカイン、ケモカイン、抗体ならびに腫瘍抗原、および/または他の免疫調節タンパク質ならびにタンパク質断片の検出および測定等のプロテオミクスおよびセロミクス分析を受け得る。プロテオミクスおよびセロミクス分析は、分析技法、例えば、酵素結合免疫吸着検査法(ELISA)、酵素免疫検定(EIA、例えば、ELISPOT)、蛍光免疫検定(FIA)、発光免疫検定(Luminexサイトカインビーズアレイ)、および高含量タンパク質マイクロアレイ(ProtoArray)、質量分析、または高度組織学的方法を使用して、行われることができる。
生物学的サンプルは、特異的細胞表面および細胞内マーカならびにそれらの組み合わせの相対的発現を検出または判定することによる、プロテオミクス分析を受け得る。例えば、生物学的サンプルは、骨髄腫細胞を識別するように、例えば、CD19、CD27、CD38、CD45、CD56、CD81、CD117、CD138、またはCD319等の細胞マーカの相対的発現を検出もしくは判定することによる、プロテオミクス分析を受け得る。生物学的サンプルはまた、限定されないが、T−リンパ球亜型(T−ヘルパ、T−細胞毒性、T−調節性)、B細胞、NK、DC、またはMDSCを含む、特異的免疫細胞機能亜型を識別するように、細胞マーカ、例えば、CD3、CD4、CD8、CD11b、CD11c、CD14、CD15、CD16、CD19、CD20、CD25、CD127、またはFoxP3の相対的発現を検出もしくは判定することによる、プロテオミクス分析を受け得る。いくつかの実施形態では、多発性骨髄腫および免疫細胞は、免疫抑制、T細胞活性化、またはT細胞枯渇と関連付けられる細胞マーカの発現に関して、特性評価されることができる。いくつかの実施形態では、多発性骨髄腫および免疫細胞は、細胞マーカ、例えば、CTLA−4、CD244、CD272、ICOS(CD278)、ICOS−L、IFN−γ、IL−2、PD−1、PD−L1、PD−L2、TIM−3、TNFα、LAG3、A2AR、B7−H3、B7−H4、BTLA、IDO、KIR、またはVISTAの発現に関して、特性評価されることができる。
生物学的サンプルは、免疫活性化および抑制を仲介することが公知である可溶性免疫因子(例えば、ケモカインならびにサイトカイン)に関して、プロテオミクス分析を受け得る。例えば、生物学的サンプルは、免疫細胞動員を助長することが公知である可溶性免疫因子(例えば、ケモカインおよびサイトカイン)に関して、プロテオミクス分析を受け得る。いくつかの実施形態では、サイトカインの非限定的実施例は、限定されないが、4−1BBL、アクチビンβA、アクチビンβB、アクチビンβC、アクチビンβE、artemin(ARTN)、BAFF/BLyS/TNFSF138、BMP10、BMP15、BMP2、BMP3、BMP4、BMP5、BMP6、BMP7、BMP8a、BMP8b、骨形態形成タンパク質1(BMP1)、CCL1/TCA3、CCL11、CCL12/MCP−5、CCL13/MCP−4、CCL14、CCL15、CCL16、CCL17/TARC、CCL18、CCL19、CCL2/MCP−1、CCL20、CCL21、CCL22/MDC、CCL23、CCL24、CCL25、CCL26、CCL27、CCL28、CCL3、CCL3L3、CCL4、CCL4L1/LAG−1、CCL5、CCL6、CCL7、CCL8、CCL9、CD153/CD30L/TNFSF8、CD40L/CD154/TNFSF5、CD40LG、CD70、CD70/CD27L/TNFSF7、CLCF1、c−MPL/CD110/TPOR、CNTF、CX3CL1、CXCL1、CXCL10、CXCL11、CXCL12、CXCL13、CXCL14、CXCL15、CXCL16、CXCL17、CXCL2/MIP−2、CXCL3、CXCL4、CXCL5、CXCL6、CXCL7/Ppbp、CXCL9、EDA−A1、FAM19A1、FAM19A2、FAM19A3、FAM19A4、FAM19A5、Fasリガンド/FASLG/CD95L/CD178、GDF10、GDF11、GDF15、GDF2、GDF3、GDF4、GDF5、GDF6、GDF7、GDF8、GDF9、グリア細胞株由来神経栄養因子(GDNF)、成長分化因子1(GDF1)、IFNA1、IFNA10、IFNA13、IFNA14、IFNA2、IFNA4、IFNA5/IFNaG、IFNA7、IFNA8、IFNB1、IFNE、IFNG、IFNZ、IFNω/IFNW1、IL11、IL18、IL18BP、IL1A、IL1B、IL1F10、IL1F3/IL1RA、IL1F5、IL1F6、IL1F7、IL1F8、IL1F9、IL1RL2、IL31、IL33、IL6、IL8/CXCL8、インヒビン−A、インヒビン−B、レプチン、LIF、LTA/TNFB/TNFSF1、LTB/TNFC、ニュールツリン(NRTN)、OSM、OX−40L/TNFSF4/CD252、パーセフィン(PSPN)、RANKL/OPGL/TNFSF11(CD254)、TL1A/TNFSF15、TNFA、TNF−アルファ/TNFA、TNFSF10/TRAIL/APO−2L(CD253)、TNFSF12、TNFSF13、TNFSF14/LIGHT/CD258、XCL1、またはXCL2を含む。
免疫活性化と関連付けられる因子は、IL−1、IL−2、IL−6、IL−8、IL−12、IFN−α、IFN−γ、またはTNFαを含むことができる。免疫抑制と関連付けられる因子は、例えば、IL−4、IL−5、IL−10、またはTGF−βを含むことができる。免疫変調と関連付けられる非サイトカイン/ケモカイン因子は、限定されないが、可溶性PD−1、PD−L1、PD−L2、またはCTLA−4等の既知のチェックポイントタンパク質を含むことができる。いくつかの実施形態では、生物学的サンプルは、骨髄腫(腫瘍)関連抗原および腫瘍関連抗原に対する抗体を識別するように、セロミクス分析を受け得る。
セロミクスは、患者血清または血漿からの自己抗体の潜在的標的として、同時に何千ものヒトタンパク質の検査を可能にすることができる。本方法は、数マイクロリットルの材料を要求し得、IgG抗体検出以外の用途のためにカスタマイズされることができる。いくつかの実施形態では、本方法は、少なくとも約0.5マイクロリットル、少なくとも約1マイクロリットル、少なくとも約2マイクロリットル、少なくとも約3マイクロリットル、少なくとも約4マイクロリットル、少なくとも約5マイクロリットル、少なくとも約6マイクロリットル、少なくとも約7マイクロリットル、少なくとも約8マイクロリットル、少なくとも約9マイクロリットル、少なくとも約10マイクロリットル、少なくとも約12マイクロリットル、少なくとも約14マイクロリットル、少なくとも約16マイクロリットル、少なくとも約18マイクロリットル、少なくとも約20マイクロリットル、またはそれを上回る材料を要求し得る。いくつかの実施形態では、本方法は、最大で約20マイクロリットル、最大で約18マイクロリットル、最大で約16マイクロリットル、最大で約14マイクロリットル、最大で約12マイクロリットル、最大で約10マイクロリットル、最大で約9マイクロリットル、最大で約8マイクロリットル、最大で約7マイクロリットル、最大で約6マイクロリットル、最大で約5マイクロリットル、最大で約4マイクロリットル、最大で約3マイクロリットル、最大で約2マイクロリットル、最大で約1マイクロリットル、またはそれ未満の材料を要求し得る。
セロミクスプラットフォームは、予後または予測マーカとして使用され得る、具体的患者集団内でベースライン時に存在するバイオマーカもしくは抗原のセットを定義するために使用されることができる。代替として、セロミクスは、例えば、治療後の連続時点の合間の抗原特異的レベルにおける血清抗体変化に関して、包括的にスキャンすることができる。これらの方法によって識別される候補抗原は、抗原特異的抗体の力価を定量化するように、総血清学、組み換えタンパク質抗原または重複ペプチドプールを使用するELISAベース等の直交アプローチによって、確認されることができる。
ゲノミクス:生物学的サンプルは、ゲノム分析、例えば、全ゲノムシークエンシング、エクソームシークエンシング、RNAseq、ならびに核酸マイクロアレイを介した、ゲノムおよび転写プロファイリングを受け得る。
生物学的サンプルは、免疫分子、例えば、T細胞抗原受容体(TCR)、主要組織適合性受容体(MHC/HLA)、および/または免疫グロブリン、もしくは免疫細胞(例えば、T細胞、B細胞、DC、NK等)から単離される断片のRNAならびに/もしくはDNAシークエンシングを受け得る。免疫細胞および特異的細胞集団は、ゲノムDNA、またはmRNA、もしくはcDNA、またはそれらの一部であり得る、核酸源として使用される開始細胞集団から単離されることができる。いくつかの実施形態では、(局所および全身性免疫系の変調因子としての)参加者の腸内微生物叢が、微生物リボソームRNA(rRNA)の保存16Sサブユニットのシークエンシングならびにメタゲノムシークエンシングを包含する、RNAおよびDNAシークエンシングアプローチを使用して特性評価されることができる。
参加者のEMR/EHR情報は、包括的な病歴を生成するために使用されることができる。いくつかの実施形態では、参加者のEMRおよび/またはEHRは、参加者の健康状態、ならびに経時的な薬物応答の改善もしくは劣化を追跡するために使用されることができる。
Vβ遺伝子利用、B細胞受容体(BCR)およびT細胞受容体(TCR)シークエンシング:生物学的サンプルは、Vβ遺伝子利用、B細胞受容体およびT細胞受容体シークエンシングを受け得る。例えば、TCRレパートリの多様性を査定する際に、ゲノムDNAは、単核細胞集団から単離され、種々の検定およびプラットフォームを使用して、TCR V鎖のCDR3領域の増幅に提出されることができる。検定は、プラットフォームにとらわれない様式で、最小限の増幅バイアスを伴う定量的情報を提供することができる。本方法は、TCRまたはBCRクローンの頻度および一意の識別配列を識別することができる。縦断的事例からの末梢血単核細胞サンプルが入手可能である場合において、優勢クローンの頻度の変化が、定量的様式で追跡されることができる。
CyTOFを使用するサイトメトリ免疫表現型分析:生物学的サンプルは、概念的に従来のフローサイトメトリに類似するが、蛍光色素の代わりに金属同位体に共役した抗体を採用する、質量サイトメトリ(CyTOF)を使用する、サイトメトリ免疫表現型分析を受け得る。本分析は、最小限の信号重複、最小限の背景および同等信号強度を伴って、個々の細胞への複数のパラメータの同時測定を可能にすることができる。CyTOFの一意のマルチパラメータ分析能力は、複数の伝統的フローサイトメトリパネルが単一のCyTOFパネルに凝縮されることを可能にし、それによって、使用されるサンプルの量を低減させ、表現型プロファイリングの潜在的な幅および深度を増加させることができる。結果として、少量の細胞を含有する希少サンプルから獲得され得る、複雑なサイトメトリデータの量は、最大限にされることができる。
いくつかの実施形態では、CyTOFは、少なくとも約3個のパラメータ、少なくとも約5個のパラメータ、少なくとも約10個のパラメータ、少なくとも約15個のパラメータ、少なくとも約20個のパラメータ、少なくとも約25個のパラメータ、少なくとも約30個のパラメータ、少なくとも約31個のパラメータ、少なくとも約32個のパラメータ、少なくとも約33個のパラメータ、少なくとも約34個のパラメータ、少なくとも約35個のパラメータ、少なくとも約36個のパラメータ、少なくとも約37個のパラメータ、少なくとも約38個のパラメータ、少なくとも約39個のパラメータ、少なくとも約40個のパラメータ、少なくとも約45個のパラメータ、少なくとも約50個のパラメータ、少なくとも約55個のパラメータ、少なくとも約60個のパラメータ、少なくとも約70個のパラメータ、少なくとも約80個のパラメータ、少なくとも約100個のパラメータ、少なくとも約200個のパラメータ、またはそれを上回るパラメータの同時測定を可能にすることができる。
いくつかの実施形態では、CyTOFは、最大で約200個のパラメータ、最大で約100個のパラメータ、最大で約80個のパラメータ、最大で約70個のパラメータ、最大で約60個のパラメータ、最大で約55個のパラメータ、最大で約50個のパラメータ、最大で約45個のパラメータ、最大で約40個のパラメータ、最大で約39個のパラメータ、最大で約38個のパラメータ、最大で約37個のパラメータ、最大で約36個のパラメータ、最大で約35個のパラメータ、最大で約34個のパラメータ、最大で約33個のパラメータ、最大で約32個のパラメータ、最大で約31個のパラメータ、最大で約30個のパラメータ、最大で約25個のパラメータ、最大で約20個のパラメータ、最大で約15個のパラメータ、最大で約10個のパラメータ、最大で約5個のパラメータ、最大で約3個のパラメータ、またはそれ未満のパラメータの同時測定を可能にすることができる。
いくつかの実施形態では、CyTOFは、最小限の信号重複、最小限の背景および同等信号強度を伴って、個々の細胞への30〜40個のパラメータの同時測定を可能にすることができる。
少数の細胞を含有するサンプルにサイトメトリ分析を実施することの課題のうちのいくつかは、少量の抗体をピペットで採取するときの潜在的な染色の非一貫性、およびサンプル調製ならびに獲得ステップ中の細胞損失の悪化を含み得る。それに応答して、質量サイトメトリバーコーディング方略が、使用されることができる。質量サイトメトリバーコーディング方略は、複数のサンプルがともにプールされ、処理され、単一のサンプルとして分析されることを可能にすることができる。
質量サイトメトリバーコーディングアプローチは、同位体標識化チオール反応性化合物を採用し、バイナリコーディング様式でサンプルを標識化することができる。本アプローチは、有意な多重化を可能にすることができるが、細胞内チオール基へのアクセスを可能にするための細胞の事前透過化の要件、および第3のバーコードとしての2つの明確に異なるバーコード化サンプルの細胞二重構造の誤認を含む、2つの限界が存在する。他の分析チャネルへの有意なクロストークに寄与しない、明確に異なる質量タグでそれぞれ標識化される、偏在的に発現されたHLA−ABC抗体分子に対する抗体のパネルを利用する、代替的バーコーディングアプローチが、採用されることができる。サンプルは、これらの抗体で標識化され、細胞表面標識化に先立って組み合わせられることができ、それによって、染色の一貫性を向上させ、試薬消費量を低減させ、サンプル調製ワークフローの全ての段階における乏しいサンプルと関連付けられる細胞損失を最小限にする。さらに、バイナリバーコーディングではなく組み合わせの様式で、これらの抗体を適用することは、二重構造誤認の問題を効果的に排除する。
細胞表面マーカを使用して、限定されないが、形質細胞様樹枝状細胞、骨髄性樹枝状細胞、非標準単球、標準単球、ナチュラルキラー細胞、エフェクタTキラー細胞、ナイーブTキラー細胞、活性化されたTキラー細胞、記憶Tキラー細胞、エフェクタTヘルパー細胞、ナイーブTヘルパー細胞、活性化されたTヘルパー細胞、記憶Tヘルパー細胞、Th1、Th2、およびTh17細胞、記憶B細胞、ナイーブB細胞、または形質B細胞を含む、包括的な細胞サブセットが、分析されることができる。複数のサンプルは、多重化CYTOF分析のための金属を使用して、バーコード化され、組み合わせられることができる。これらのデータは、集団の差異を区別するように、プロトコル患者の間で事後に比較されることができる。
いくつかの実施形態では、サンプルは、一度に、少なくとも約2個、少なくとも約3個、少なくとも約4個、少なくとも約5個、少なくとも約6個、少なくとも約7個、少なくとも約8個、少なくとも約9個、少なくとも約10個、少なくとも約11個、少なくとも約12個、少なくとも約13個、少なくとも約14個、少なくとも約15個、少なくとも約20個、少なくとも約25個、少なくとも約30個、少なくとも約35個、少なくとも約40個、少なくとも約50個、少なくとも約100個、またはそれを上回るサンプルをバーコード化され、組み合わせられることができる。
いくつかの実施形態では、サンプルは、一度に、最大で約100個、最大で約50個、最大で約40個、最大で約35個、最大で約30個、最大で約25個、最大で約20個、最大で約15個、最大で約14個、最大で約13個、最大で約12個、最大で約11個、最大で約10個、最大で約9個、最大で約8個、最大で約7個、最大で約6個、最大で約5個、最大で約4個、最大で約3個、最大で約2個、またはそれ未満のサンプルをバーコード化され、組み合わせられることができる。
いくつかの実施形態では、サンプルは、多重化CYTOF分析のための金属を使用して、一度に10個をバーコード化され、組み合わせられることができる。
Luminexサイトカイン分析:生物学的サンプルは、腫瘍微小環境内のTh1/Th2/Th9/Th17サイトカイン、免疫抑制性または炎症性サイトカインおよびケモカインの平衡に関して査定されるサンプルを使用する、サイトカイン分析を受け得る。複数の標的が、少量のサンプルから同時に測定および分析されることができる。検出は、ダイナミックレンジを伴う殆どの標的に関してピコグラム/ミリリットル(pg/ml)レベルでおいて起こり得る。
いくつかの実施形態では、標的は、少なくとも約1log、少なくとも約2log、少なくとも約3log、少なくとも約4log、少なくとも約5log、少なくとも約6log、少なくとも約7log、少なくとも約8log、またはそれを上回るダイナミックレンジを有することができる。
いくつかの実施形態では、標的は、最大で約8log、最大で約7log、最大で約6log、最大で約5log、最大で約4log、最大で約3log、最大で約2log、最大で約1log、またはそれ未満のダイナミックレンジを有することができる。
いくつかの実施形態では、検出は、3〜4logダイナミックレンジを伴う殆どの標的に関してピコグラム/ミリリットル(pg/ml)レベルでおいて起こり得る。
多重化システムは、2つのスペクトル的に明確に異なる蛍光色素で内部を染色されるポリスチレンミクロスフェアを組み込むことができる。所与のミクロスフェアの一意の蛍光発光スペクトルは、単一のサンプルにおいて同時に実施される検定のそれぞれを識別することができる。多重化アレイは、具体的スペクトルアドレスを伴う異なるミクロスフェアセットから成る、これらの蛍光色素の精密な比を使用して、作成されることができる。各ミクロスフェアセットは、異なる表面反応物質を保有することができる。ミクロスフェアセットは、スペクトルアドレスによって区別されるように設計されることができ、それによって、複数の被分析物が単一の反応において同時に測定されることを可能にする。ミクロスフェアは、分析器内の2つの別個のレーザを通過しながら、急速に流動する流体流の中で個別に調査されることができる。高速デジタル信号処理は、そのスペクトルアドレスに基づいてミクロスフェアを分類することができ、サンプルあたり数秒で表面上の反応を定量化することができる。高速デジタル信号処理は、スペクトルアドレスに基づいてミクロスフェアを分類することができ、サンプルあたり少なくとも約0.5秒、少なくとも約1秒、少なくとも約2秒、少なくとも約3秒、少なくとも約4秒、少なくとも約5秒、少なくとも約6秒、少なくとも約7秒、少なくとも約8秒、少なくとも約9秒、少なくとも約10秒、少なくとも約12秒、少なくとも約14秒、少なくとも約16秒、少なくとも約18秒、少なくとも約20秒、またはそれを上回って表面上の反応を定量化することができる。
高速デジタル信号処理は、スペクトルアドレスに基づいてミクロスフェアを分類することができ、サンプルあたり最大で約20秒、最大で約18秒、最大で約16秒、最大で約14秒、最大で約12秒、最大で約10秒、最大で約9秒、最大で約8秒、最大で約7秒、最大で約6秒、最大で約5秒、最大で約4秒、最大で約3秒、最大で約2秒、最大で約1秒、またはそれ未満で表面上の反応を定量化することができる。
そのような方法で、患者および対照集団内の詳細な血清サイトカインプロファイルが、測定されることができる。
いくつかの実施形態では、多重化アレイは、少なくとも約5個、少なくとも約10個、少なくとも約15個、少なくとも約20個、少なくとも約25個、少なくとも約30個、少なくとも約40個、少なくとも約50個、少なくとも約60個、少なくとも約70個、少なくとも約80個、少なくとも約90個、少なくとも約100個、少なくとも約110個、少なくとも約120個、少なくとも約130個、少なくとも約140個、少なくとも約150個、少なくとも約200個、少なくとも約500個、またはそれを上回る異なるミクロスフェアセットを備えることができる。
いくつかの実施形態では、多重化アレイは、最大で約500個、最大で約200個、最大で約150個、最大で約140個、最大で約130個、最大で約120個、最大で約110個、最大で約100個、最大で約90個、最大で約80個、最大で約70個、最大で約60個、最大で約50個、最大で約40個、最大で約30個、最大で約25個、最大で約20個、最大で約15個、最大で約10個、最大で約5個、またはそれ未満の異なるミクロスフェアセットを備えることができる。
いくつかの実施形態では、多重化アレイは、具体的スペクトルアドレスを伴う100個の異なるミクロスフェアセットを備えることができる。
いくつかの実施形態では、多重化アレイは、少なくとも約5個、少なくとも約10個、少なくとも約15個、少なくとも約20個、少なくとも約25個、少なくとも約30個、少なくとも約40個、少なくとも約50個、少なくとも約60個、少なくとも約70個、少なくとも約80個、少なくとも約90個、少なくとも約100個、少なくとも約110個、少なくとも約120個、少なくとも約130個、少なくとも約140個、少なくとも約150個、少なくとも約200個、少なくとも約500個、またはそれを上回る異なる被分析物の同時測定を可能にすることができる。
いくつかの実施形態では、多重化アレイは、最大で約500個、最大で約200個、最大で約150個、最大で約140個、最大で約130個、最大で約120個、最大で約110個、最大で約100個、最大で約90個、最大で約80個、最大で約70個、最大で約60個、最大で約50個、最大で約40個、最大で約30個、最大で約25個、最大で約20個、最大で約15個、最大で約10個、最大で約5個、またはそれ未満の異なる被分析物の同時測定を可能にすることができる。
いくつかの実施形態では、多重化アレイは、最大100個の異なる被分析物が単一の反応において同時に測定されることを可能にすることができる。
免疫細胞のDNAおよびRNAシークエンシング:生物学的サンプルは、選択された免疫細胞集団からの単一細胞が、例えば、遺伝子発現プロファイルならびに免疫ゲノム多型の分析のために、配列決定され得る、免疫細胞のDNAおよびRNAシークエンシングを受け得る。
統合シークエンシング:統合シークエンシングアプローチの主要な要素は、広範なプロセス測定値を通して、一貫性および再現性を可能にすることができる。これらの測定値は、正確度を確実にし、データ生成の効率を最適化することができる。例えば、測定値は、過剰区間変量または再作業の必要性を最小限にするように、全ライブラリが同一の区間変量を受容することを確実にすることができる。統合シークエンシングアプローチステップは、以下を含むことができる。サンプル受容および定量化中に、研究所情報管理システム(LIMS)にリンクされるバーコード化管は、プラットフォームによって調製され、サンプルの出荷のために共同研究者に送付されることができる。サンプルバーコードは、プラットフォームを通したサンプルの工程の全体を通して、管理および積極的な追跡のシームレスな連鎖を確実にするために使用されることができる。受容に応じて、サンプルバーコードは、サンプル位置を確認し、任意の相違を警告するようにスキャンされることができる。次に、全てのサンプル操作および移動は、管のバーコードを使用して記録および保管され、後に、トラブルシューティングに使用されることができる。専門家のチームが、プラットフォームに委ねられた全てのサンプルの管理の連鎖に専念し得る。いくつかの実施形態では、専門家のチームは、アクセスを有することができる、または長期サンプル保管へのアクセスを伴う個人のみであり得る。専門家のチームは、要求通りにサンプルを分注し、完了に応じて、それらを即時に保管場所に返却する責任があり得る。結果として、サンプルは、多数のサンプルが考慮され、サンプルの次の宛先に即時に利用可能であることを確実にしながら、効率的に輸送されることができる。cfDNA抽出のためのcfDNA、血液、または血漿は、直接、もしくは第三者を通して受領されることができる。血液または血漿からのcfDNA単離中に、血液もしくは血漿からのcfDNAは、循環DNAキットを使用して単離されることができる。
いくつかの実施形態では、cfDNAは、少なくとも約0.5mL、少なくとも約1mL、少なくとも約2mL、少なくとも約3mL、少なくとも約4mL、少なくとも約5mL、少なくとも約6mL、少なくとも約7mL、少なくとも約8mL、少なくとも約9mL、少なくとも約10mL、少なくとも約11mL、少なくとも約12mL、少なくとも約13mL、少なくとも約14mL、少なくとも約15mL、少なくとも約20mL、少なくとも約25mL、少なくとも約30mL、少なくとも約40mL、少なくとも約50mL、少なくとも約100mL、またはそれを上回る血液もしくは血漿から単離されることができる。
いくつかの実施形態では、cfDNAは、最大で約100mL、最大で約50mL、最大で約40mL、最大で約30mL、最大で約25mL、最大で約20mL、最大で約15mL、最大で約14mL、最大で約13mL、最大で約12mL、最大で約11mL、最大で約10mL、最大で約9mL、最大で約8mL、最大で約7mL、最大で約6mL、最大で約5mL、最大で約4mL、最大で約3mL、最大で約2mL、最大で約1mL、最大で約0.5mL、またはそれ未満の血液もしくは血漿から単離されることができる。
いくつかの実施形態では、5〜10mLの血液または4〜6mL血漿からのcfDNAが、循環DNAキットを使用して単離されることができる。
cfDNAは、picogreen定量化を使用して定量化および適格化されることができる。全てのcfDNAサンプルは、制御された温度で保管管の中に保管されることができる。
いくつかの実施形態では、サンプルは、少なくとも約−196℃、少なくとも約−100℃、少なくとも約−90℃、少なくとも約−85℃、少なくとも約−80℃、少なくとも約−75℃、少なくとも約−70℃、少なくとも約−65℃、少なくとも約−60℃、少なくとも約−50℃、少なくとも約−40℃、少なくとも約−30℃、少なくとも約−25℃、少なくとも約−20℃、少なくとも約−15℃、少なくとも約−10℃、少なくとも約−5℃、少なくとも約0℃、少なくとも約4℃、少なくとも約8℃、またはより高い温度で保管されることができる。
いくつかの実施形態では、サンプルは、最大で約8℃、最大で約4℃、最大で約0℃、最大で約−5℃、最大で約−10℃、最大で約−15℃、最大で約−20℃、最大で約−25℃、最大で約−30℃、最大で約−40℃、最大で約−50℃、最大で約−60℃、最大で約−65℃、最大で約−70℃、最大で約−75℃、最大で約−80℃、最大で約−85℃、最大で約−90℃、最大で約−100℃、最大で約−196℃、またはより低い温度で保管されることができる。
いくつかの実施形態では、cfDNAサンプルは、−20℃で保管管の中に保管されることができる。
LIMSは、サンプルが受けた移送の数を追跡することができる。自動サンプル調製中に、陽性および陰性対照が、分析サンプルを含有するバッチに追加されることができる。全ての流体取扱ステップは、レセプタクルおよびプレートバーコードをスキャンならびに記録する、液体取扱ロボット上で自動化されることができる。いくつかの実施形態では、カスタムメッセージングスクリプトは、調製記録をLIMSに送信し、調製、試薬、サンプル、および品質管理ステップに関する情報を捕捉することができる。対照サンプルの追加中に、実験プロセスにおける各ステップは、厳密な品質管理分析を伴うことができる。標準対照サンプルおよび複製が、分析されることができる。例えば、液体生検プロトコルでは、NA12878 HapMap対照が、サンプルの各バッチ(例えば、96個のサンプル)において実行され得る。正常な性能からの任意の偏差は、潜在的問題とフラグ付けされることができる。
いくつかの実施形態では、サンプルのバッチは、少なくとも約2個、少なくとも約3個、少なくとも約5個、少なくとも約8個、少なくとも約10個、少なくとも約12個、少なくとも約20個、少なくとも約24個、少なくとも約30個、少なくとも約40個、少なくとも約48個、少なくとも約50個、少なくとも約60個、少なくとも約70個、少なくとも約80個、少なくとも約90個、少なくとも約96個、少なくとも約100個、少なくとも約150個、少なくとも約200個、少なくとも約300個、少なくとも約384個、少なくとも約500個、少なくとも約1,000個、少なくとも約1,500個、少なくとも約1,536個、少なくとも約2,000個、またはそれを上回るサンプルを備えることができる。
いくつかの実施形態では、サンプルのバッチは、最大で約2,000個、最大で約1,536個、最大で約1,500個、最大で約1,000個、最大で約500個、最大で約384個、最大で約300個、最大で約200個、最大で約150個、最大で約100個、最大で約96個、最大で約90個、最大で約80個、最大で約70個、最大で約60個、最大で約50個、最大で約48個、最大で約40個、最大で約30個、最大で約24個、最大で約20個、最大で約12個、最大で約10個、最大で約8個、最大で約5個、最大で約3個、最大で約2個、またはそれ未満のサンプルを備えることができる。
いくつかの実施形態では、バッチは、96個のサンプルを備えることができる。
自動ULPWGSライブラリ構築中に、サンプルは、液体取扱ロボットによってバーコード化プレートの中へ設置され、処理されることができ、試薬、サンプル、および品質メトリックについての全ての情報は、LIMSに記録される。自動液体生検シークエンシングは、以下のステップを含むことができるが、それらに限定されない。第1に、cfDNAが、増幅されたライブラリのための入力としてプレート化されることができ、性能査定のために定量化されることができる。
いくつかの実施形態では、少なくとも約1ng、少なくとも約3ng、少なくとも約5ng、少なくとも約10ng、少なくとも約15ng、少なくとも約20ng、少なくとも約25ng、少なくとも約30ng、少なくとも約35ng、少なくとも約40ng、少なくとも約45ng、少なくとも約50ng、少なくとも約55ng、少なくとも約60ng、少なくとも約70ng、少なくとも約80ng、少なくとも約90ng、少なくとも約100ng、少なくとも約200ng、少なくとも約300ng、少なくとも約400ng、少なくとも約500ng、少なくとも約1,000ng、またはそれを上回るcfDNAが、プレート化されることができる。
いくつかの実施形態では、最大で約1,000ng、最大で約500ng、最大で約400ng、最大で約300ng、最大で約200ng、最大で約100ng、最大で約90ng、最大で約80ng、最大で約70ng、最大で約60ng、最大で約55ng、最大で約50ng、最大で約45ng、最大で約40ng、最大で約35ng、最大で約30ng、最大で約25ng、最大で約20ng、最大で約15ng、最大で約10ng、最大で約5ng、最大で約3ng、最大で約1ng、またはそれ未満のcfDNAが、プレート化されることができる。
いくつかの実施形態では、5〜50ngのcfDNAが、増幅されたライブラリのための入力としてプレート化されることができ、性能査定のために定量化されることができる。
qPCRが、ULPWGSライブラリに実施されることができ、ライブラリは、正規化されることができる。
いくつかの実施形態では、ライブラリは、少なくとも約0.001nM、少なくとも約0.01nM、少なくとも約0.1nM、少なくとも約0.5nM、少なくとも約1nM、少なくとも約1.5nM、少なくとも約2nM、少なくとも約3nM、少なくとも約5nM、少なくとも約10nM、少なくとも約20nM、少なくとも約30nM、少なくとも約50nM、少なくとも約100nM、少なくとも約200nM、少なくとも約500nM、少なくとも約1,000nMに、またはそれを上回って正規化されることができる。
いくつかの実施形態では、ライブラリは、最大で約1000nM、最大で約500nM、最大で約200nM、最大で約50nM、最大で約30nM、最大で約20nM、最大で約10nM、最大で約5nM、最大で約3nM、最大で約2nM、最大で約1.5nM、最大で約1nM、最大で約0.5nM、最大で約0.1nM、最大で約0.01nM、最大で約0.001nM、またはそれ未満に正規化されることができる。
いくつかの実施形態では、qPCRは、ULPWGSライブラリに実施されることができ、ライブラリは、2nMに正規化されることができる。
正規化されたライブラリは、次いで、シークエンシングに使用されることができる。定量化およびシークエンシング中に、qPCRによる絶対定量化が実施され、所望の標的区間変量を達成するように適切な数のフローセルレーンを横断して装填されることができる。液体生検分析に関して、ULPWGSは、ある区間変量を生成することができる。
いくつかの実施形態では、ULPWGSは、少なくとも約0.001倍、少なくとも約0.01倍、少なくとも約0.05倍、少なくとも約0.1倍、少なくとも約0.15倍、少なくとも約0.2倍、少なくとも約0.25倍、少なくとも約0.3倍、少なくとも約0.4倍、少なくとも約0.5倍、少なくとも約1倍、少なくとも約2倍、少なくとも約5倍、少なくとも約10倍、少なくとも約50倍、少なくとも約100倍、またはそれを上回る区間変量を生成することができる。
いくつかの実施形態では、ULPWGSは、最大で約100倍、最大で約50倍、最大で約10倍、最大で約5倍、最大で約2倍、最大で約1倍、最大で約0.5倍、最大で約0.4倍、最大で約0.3倍、最大で約0.25倍、最大で約0.2倍、最大で約0.15倍、最大で約0.1倍、最大で約0.05倍、最大で約0.01倍、最大で約0.001倍、またはそれ未満の区間変量を生成することができる。
いくつかの実施形態では、ULPWGSは、液体生検分析のための0.1倍〜0.3倍の区間変量を生成することができる。
正規化されたライブラリは、2×150の塩基対(bp)読取のためにシークエンシングマシン上に装填されることができる。正規化されたライブラリは、少なくとも約1bp、少なくとも約2bp、少なくとも約3bp、少なくとも約4bp、少なくとも約5bp、少なくとも約6bp、少なくとも約7bp、少なくとも約8bp、少なくとも約9bp、少なくとも約10bp、またはそれを上回るbp読取のためにシークエンシングマシン上に装填されることができる。正規化されたライブラリは、最大で約10bp、最大で約9bp、最大で約8bp、最大で約7bp、最大で約6bp、最大で約5bp、最大で約4bp、最大で約3bp、最大で約2bp、またはそれ未満のbp読取のためにシークエンシングマシン上に装填されることができる。
いくつかの実施形態では、塩基対読取は、少なくとも約5個、少なくとも約10個、少なくとも約15個、少なくとも約20個、少なくとも約25個、少なくとも約30個、少なくとも約35個、少なくとも約40個、少なくとも約45個、少なくとも約50個、少なくとも約55個、少なくとも約60個、少なくとも約65個、少なくとも約70個、少なくとも約75個、少なくとも約80個、少なくとも約85個、少なくとも約90個、少なくとも約95個、少なくとも約100個、少なくとも約150個、少なくとも約200個、少なくとも約250個、少なくとも約300個、またはそれを上回る塩基対を備えることができる。いくつかの実施形態では、塩基対読取は、最大で約500個、最大で約450個、最大で約400個、最大で約350個、最大で約300個、最大で約250個、最大で約200個、最大で約150個、最大で約100個、最大で約95個、最大で約90個、最大で約85個、最大で約80個、最大で約75個、最大で約70個、最大で約65個、最大で約60個、最大で約55個、最大で約50個、最大で約45個、最大で約40個、最大で約35個、最大で約30個、最大で約25個、最大で約20個、最大で約15個、最大で約10個、最大で約5個、またはそれ未満の塩基対を備えることができる。
プロセス全体は、個々の管、ストリップの中、またはマルチウェルフォーマットで起こり得、全てのサンプルは、限定されないが、試薬ロット番号、使用される具体的な自動化、プロセスステップ毎のタイムスタンプ、および自動登録を含む、プロセスを通してリアルタイムで電子的に追跡されることができる。
いくつかの実施形態では、本プロセスは、個々の管、管のストリップ、8本の管のストリップ、12本の管のストリップ、48ウェルフォーマット、96ウェルフォーマット、384ウェルフォーマット、1,536ウェルフォーマット、遺伝子チップフォーマット、またはアレイプレートフォーマットで起こり得る。
いくつかの実施形態では、プロセス全体は、96ウェルフォーマットで起こり得る。
インライン品質管理中に、本プロセスは、広範なインライン品質管理、ならびに限定されないが、ライブラリ複製速度、ライブラリ複雑性、GCバイアス、平均区間変量、種々のレベルでカバーされるゲノムの割合、二次汚染、酸化アーチファクトqスコア、およびサンプル識別を含む、全シークエンシング工程のためのいくつかのメトリックを備えることができる。
いくつかの実施形態では、本プロセスは、全シークエンシング工程のために、少なくとも約10個、少なくとも約20個、少なくとも約30個、少なくとも約40個、少なくとも約50個、少なくとも約60個、少なくとも約70個、少なくとも約80個、少なくとも約90個、少なくとも約100個、少なくとも約110個、少なくとも約120個、少なくとも約130個、少なくとも約140個、少なくとも約150個、少なくとも約160個、少なくとも約170個、少なくとも約180個、少なくとも約190個、少なくとも約200個、少なくとも約250個、少なくとも約300個、少なくとも約500個、またはそれを上回るメトリックを備えることができる。
いくつかの実施形態では、本プロセスは、全シークエンシング工程のために、最大で約500個、最大で約300個、最大で約250個、最大で約200個、最大で約190個、最大で約180個、最大で約170個、最大で約160個、最大で約150個、最大で約140個、最大で約130個、最大で約120個、最大で約110個、最大で約100個、最大で約90個、最大で約80個、最大で約70個、最大で約60個、最大で約50個、最大で約40個、最大で約30個、最大で約20個、最大で約10個、またはそれ未満のメトリックを備えることができる。
腫瘍純度品質管理中に、標準QCメトリックに加えて、全てのULPWGSライブラリは、ichorCNAを使用して、腫瘍純度に関して評価されることができる。ichorCNAは、超低域全ゲノムシークエンシング(ULP−WGS、0.1倍区間変量)からcfDNA中の腫瘍の割合を推定するためのツールである。ichorCNAは、同時にゲノムを分割し、大規模コピー数変化を予測し、ULP−WGSの腫瘍割合を推定するように、隠れマルコフモデル(HMM)として実装される確率モデルを利用することができる。ichorCNAは、サンプルの低区間変量シークエンシングのために最適化されることができ、患者および健康ドナーcfDNAサンプルを使用して、基準に従って評価されることができる。
いくつかの実施形態では、ichorCNAは、少なくとも約0.001倍、少なくとも約0.01倍、少なくとも約0.05倍、少なくとも約0.1倍、少なくとも約0.15倍、少なくとも約0.2倍、少なくとも約0.25倍、少なくとも約0.3倍、少なくとも約0.4倍、少なくとも約0.5倍、少なくとも約1倍、少なくとも約2倍、少なくとも約5倍、少なくとも約10倍、少なくとも約50倍、少なくとも約100倍、またはそれを上回る区間変量のために最適化されることができる。
いくつかの実施形態では、ichorCNAは、最大で約100倍、最大で約50倍、最大で約10倍、最大で約5倍、最大で約2倍、最大で約1倍、最大で約0.5倍、最大で約0.4倍、最大で約0.3倍、最大で約0.25倍、最大で約0.2倍、最大で約0.15倍、最大で約0.1倍、最大で約0.05倍、最大で約0.01倍、最大で約0.001倍、またはそれ未満の回る区間変量のために最適化されることができる。
ichorCNAは、腫瘍由来のDNAの存在または不在を知らせ、全エクソームもしくは深部全ゲノムシークエンシングを実施する結果を誘導することができる。腫瘍割合の定量的推定値は、シークエンシングの深度を較正し、無細胞DNAの突然変異を識別するための統計的検出力に到達するために使用されることができる。ichorCNAは、超低域シークエンシング方法および確率モデルによって、大規模コホートから大規模コピー数変化を検出することができる。
大規模コピー数変化の検出は、前処理および変異型発見を含む、コア変異型呼び出しワークフローを利用する。前処理は、限定されないが、個々のシークエンシング出力のためのマッピングおよび複製マーキングを含むことができる。局所インデルリアラインメントが、続いて、腫瘍・正常対に合同で実施されることができる。腫瘍と正常対との間の事前塩基品質スコア再較正(BQSR)および対照評価が、体細胞単一ヌクレオチド多型ならびにインデルコーラを使用して、実施されることができる。BQSRおよび対照評価は、特異性および感度の平衡を保つように微調整される、所望のレベルの品質を伴う体細胞単一ヌクレオチド変異型およびインデルコールを提供することができる。
プラットフォームは、カスタムLIMSを使用し、研究所運営および継続的改善を支援することができる。LIMSシステムは、多数のサンプルのためのトランザクションを包含する、複数の一意のプロジェクトを管理することができる。
いくつかの実施形態では、LIMSシステムは、少なくとも約100個、少なくとも約200個、少なくとも約300個、少なくとも約400個、少なくとも約500個、少なくとも約600個、少なくとも約700個、少なくとも約800個、少なくとも約900個、少なくとも約1,000個、少なくとも約1,100個、少なくとも約1,200個、少なくとも約1,300個、少なくとも約1,400個、少なくとも約1,500個、少なくとも約2,000個、少なくとも約3,000個、少なくとも約4,000個、少なくとも約5,000個、少なくとも約10,000個、またはそれを上回る一意のプロジェクトを管理することができる。
いくつかの実施形態では、LIMSシステムは、最大で約10,000個、最大で約5,000個、最大で約4,000個、最大で約3,000個、最大で約2,000個、最大で約1,500個、最大で約1,400個、最大で約1,300個、最大で約1,200個、最大で約1,100個、最大で約1,000個、最大で約900個、最大で約800個、最大で約700個、最大で約600個、最大で約500個、最大で約400個、最大で約300個、最大で約200個、最大で約100個、またはそれ未満の一意のプロジェクトを管理することができる。
いくつかの実施形態では、LIMSシステムは、少なくとも約1×104個、少なくとも約1×105個、少なくとも約1×106個、少なくとも約1.5×106個、少なくとも約1.8×106個、少なくとも約1.88×106個、少なくとも約2×106個、少なくとも約3×106個、少なくとも約4×106個、少なくとも約5×106個、少なくとも約1×107個、少なくとも約1×108個、少なくとも約1×109個、少なくとも約1×1010個、またはそれを上回るサンプルのためのトランザクションを包含する、プロジェクトを管理することができる。
いくつかの実施形態では、LIMSシステムは、最大で約1×1010個、最大で約1×109個、最大で約1×108個、最大で約1×107個、最大で約5×106個、最大で約4×106個、最大で約3×106個、最大で約2×106個、最大で約1.88×106個、最大で約1.8×106個、最大で約1.5×106個、最大で約1×106個、最大で約1×105個、最大で約1×104個、またはそれ未満のサンプルのためのトランザクションを包含する、プロジェクトを管理することができる。
いくつかの実施形態では、LIMSシステムは、1,880,304個のサンプルのためのトランザクションを包含する、900個を超える一意のプロジェクトを管理することができる。
いくつかの実施形態では、LIMSシステムは、1,880,304個のサンプルのためのトランザクションを包含する、900個を超える一意のプロジェクトを管理することができる。
主要な構成要素部分は、プロジェクト管理ツール、研究所データ捕捉、ワークフロー管理、報告、セキュリティ、および品質メトリックを含むことができるが、それらに限定されない。プロジェクト管理ツールシステムは、コホートまたは研究識別を使用することによって、注文を提出し、サンプルのグループを追跡し、データを返すことを可能にすることができる。サンプル保管および管理は、サンプル追跡を含むことができる。サンプル追跡は、個人のサンプルの発送のために、LIMSによって生成されるバーコード化管またはラベルを共同研究者に送付することによって開始されることができる。サンプルは、受領に応じてスキャンされ、受領されたコンテナが期待されるものに合致することを確実にするように個人電子マニフェストと比較されることができる。サンプル管理アプリケーションは、日付、時間、および限定されないが、保管場所、チェックインならびにチェックアウト、抽出、または全ての誘導体もしくはアリコートの使用、枯渇、処分、または返却を含む、受領されるサンプルを伴う全てのトランザクションに責任がある技術者を追跡することができる。到着サンプルの体積、質量、および濃度もまた、品質管理目的のために記録されることができる。研究所データ捕捉中に、サンプルが研究所プロセスのために選択されるとき、サンプルは、生成物ワークフローに従って、保管場所から除去され、適切な濃度でプレート化され、バッチに割り当てられることができる。各プロトコルにおける全てのステップは、デッキ在庫の統合バーコードスキャンを使用して、追跡されることができる。サンプルアプリケーションと同様に、研究所ワークフロートラッカは、人、物(例えば、サンプルならびに試薬)、場所(例えば、器具)、および/または各アクションが起こるときのダイレクトメッセージングを含むことができる。インプロセス品質管理値が、報告、動向追跡、およびトラブルシューティングを促進するようにアップロードされることができる。
ワークフロー管理中に、進行中の全ての作業は、最大容量と比較して現在の負荷を示すように、物理および電子システムを使用して、視覚的に追跡されることができる。研究所ステップは、ロボット器具からの自動メッセージングおよびLIMS内の手動コメントを使用して、追跡されることができる。バッチは、生成フローを妨害することなく緊急作業を促進させるように、プロジェクトマネージャによって優先順位を付け直されることができる。報告に関して、プラットフォームは、広範なデータウェアハウス、およびサンプル属性、研究所プロセス、ならびに最終品質メトリックを結びつけるための一式の報告ツールを維持することができる。本能力は、品質値および品質動向を査定するため、ならびに継続的改善プロジェクトを誘導するために使用されることができる。カスタムレポートは、研究所待ち行列管理、機器使用追跡、容量計画、試薬使用予測、およびトラブルシューティングを補助することができる。セキュリティコンポーネントでは、各アプリケーションは、ユーザの役割および職務を果たすために必要とされるアクセスのレベルに従って、許可を管理することができる。全てのアプリケーションは、限定されないが、データ変更および/または更新を追跡するための監査証跡を含むことができる。品質メトリックのリアルタイム監視は、限定されないが、読取1品質管理(%PF塩基)および読取2品質管理(%再生)の工程中のリアルタイム工程性能の査定を含むことができる。いくつかのメトリックが、いったん完了すると、全シークエンシング工程に関して生成されることができる。
いくつかの実施形態では、少なくとも約10個、少なくとも約20個、少なくとも約30個、少なくとも約40個、少なくとも約50個、少なくとも約60個、少なくとも約70個、少なくとも約80個、少なくとも約90個、少なくとも約100個、少なくとも約110個、少なくとも約120個、少なくとも約130個、少なくとも約140個、少なくとも約150個、少なくとも約160個、少なくとも約170個、少なくとも約180個、少なくとも約190個、少なくとも約200個、少なくとも約250個、少なくとも約300個、少なくとも約500個、またはそれを上回るメトリックが、全シークエンシング工程に関して生成されることができる。
いくつかの実施形態では、最大で約500個、最大で約300個、最大で約250個、最大で約200個、最大で約190個、最大で約180個、最大で約170個、最大で約160個、最大で約150個、最大で約140個、最大で約130個、最大で約120個、最大で約110個、最大で約100個、最大で約90個、最大で約80個、最大で約70個、最大で約60個、最大で約50個、最大で約40個、最大で約30個、最大で約20個、最大で約10個、またはそれ未満のメトリックが、全シークエンシング工程に関して生成されることができる。
全ての品質管理および関連付けられるメタデータは、リアルタイムでアクセス可能であり得、市販のソフトウェアプラットフォームを使用して、任意のネットワーク場所から閲覧可能であり得る。カスタムレポートおよびビューは、プロセス測定値が、限定されないが、バッチ、サンプル、コホート、器具、日付、またはオペレータを含む、種々のレベルで調査されることを可能にすることができる。品質および性能測定値は、毎週精査され、プロセスの理解を向上させるため、および生じ得る任意の特別な原因変動を識別するために使用されることができる。いくつかの実施形態では、品質および性能測定値は、少なくとも約1日毎、少なくとも約5日毎、少なくとも約10日毎、少なくとも約15日毎、少なくとも約20日毎、少なくとも約25日毎、少なくとも約30日毎、少なくとも約3ヶ月毎、少なくとも約6ヶ月毎、またはそれを上回って精査されることができる。いくつかの実施形態では、品質および性能測定値は、最大で約6ヶ月毎、最大で約3ヶ月毎、最大で約30日毎、最大で約25日毎、最大で約20日毎、最大で約15日毎、最大で約10日毎、最大で約5日毎、最大で約1日毎、またはそれ未満で精査されることができる。
e.臨床データ
本開示は、研究またはデータ登録に登録される参加者から収集される、もしくは参加者によって提供される、臨床データの収集を含むことができる。いくつかの実施形態では、臨床データは、医療提供者によって収集されるデータ、診断検査から生成される任意のデータ、参加者報告データ、人口統計データ、病歴および共存症データ、治療データ、薬剤データ、症状報告データ、完全血球算定(CBC)データ、臨床化学データ(例えば、グルコース濃度、カルシウム濃度、血中尿素窒素(BUN)濃度、クレアチニン濃度、総タンパク質濃度、アルブミン濃度、乳酸脱水素酵素濃度等)、血清免疫学研究所データ(例えば、Mタンパク質濃度、定量的免疫グロブリン、遊離軽鎖(FLC)濃度、ベータ−2−ミクログロブリン濃度、C反応性タンパク質濃度等)、または尿免疫学研究所データ(例えば、24時間総タンパク質濃度、Mタンパク質濃度等)を備えることができる。
臨床データはまた、医用画像データ、例えば、磁気共鳴映像法(MRI)、コンピュータ断層撮影(CT)、またはポジトロン放出断層撮影(PET)データを備えることもできる。臨床データはまた、病期分類データ、例えば、多発性骨髄腫病期分類データを備えることもできる。いくつかの実施形態では、臨床データは、リソース利用の記録、例えば、診察の回数、診察あたりの費やされる時間、入院の時間量、入院の回数、または外来診療施設の使用を備えることができる。いくつかの実施形態では、臨床データは、治療の悪影響の情報および生存情報を備えることができる。臨床データは、細胞遺伝学的分析を備えることができ、例えば、蛍光in situハイブリダイゼーション(FISH)が、染色体の数および/または正常性を評価するため、もしくは染色体転座事象を識別するために、実施されることができる。
臨床データはさらに、限定されないが、骨格調査(例えば、一連のX線)等の骨査定を備えることができる。いくつかの実施形態では、骨査定は、骨構造の変化を査定する、または骨病変もしくは腫瘍の数およびサイズを判定することができる。
同意プロセスを通して、参加者は、EMR情報の連携を認可するように求められ得る。具体的には、HERを通した健康転帰の縦断的追跡は、重要な構成要素であり得る。いくつかの実施形態では、電子健康記録は、収集および編成されることができる。各患者は、患者の提供者からの患者の診療記録の要求を可能にする、プライバシー認可書(例えば、保護された健康情報の使用または開示のための認可)に署名することができる。患者はまた、限定されないが、名前および場所を含む、提供者の識別を供給することもできる。いくつかの実施形態では、研究コード、患者識別、認可書、および/または提供者識別が、登録から読み出されることができる。書類の適合性および提供者の識別が、査定されることができる。患者診療記録が、患者の提供者から要求されることができる。情報は、完成度に関して点検されることができ、任意の欠落した情報が、提供者から要求されることができる。診療記録は、技術および/または訓練された人間の抄録者ならびに査読者を使用して、患者のための構造化データ記録にキュレートされることができる。構造化記録は、いかなる個人識別情報も除去して、匿名化されることができる。匿名化された構造化データは、留保され、データベースに供給されることができる。
収集される一部のデータは、Genotype and Phoenotypes(dbGaP)およびGenomic Data Commons(GDC)等のデータベースの中へ保管されることができる。dbGaPおよびGDCは、遺伝子型ならびに表現型の相互作用を調査してきた研究の結果をアーカイブに保管して分配するために、国立癌研究所(NCI)によって開発されたデータベースである。研究からdbGAPおよびGDCに提出されるデータは、制御されたアクセスを通してのみ利用可能であり、癌調査研究に制限され得る。データへのアクセスを要求する任意の研究者は、データへのアクセスを必要とする調査研究の論理的根拠を正式に適用および提示することができる。データはまた、dbGAPおよびGDCと類似するアクセス制御を有する他の将来のデータベースシステムに提出されることもできる。
f.外部データ
本開示は、外部ソースからのデータの収集およびデータウェアハウスの中への収集されたデータの入力を含むことができる。データの外部ソースは、外部研究プログラム、外部助成金、大学医療センター、非大学医療センター、地域病院、財団法人、非営利団体、営利目的型団体、または政府から収集されるデータであり得る。いくつかの実施形態では、外部データは、1つを上回るソースから収集されることができる。分析、管理、および認可研究者とのデータの共有のためのクラウドベースのプラットフォームが、使用されることができる。クラウドベースのプラットフォーム内のリンクに重要であり得るデータソースの実施例は、死亡証明書、薬局システムデータ、苦情データ、および健康登録データを含むが、それらに限定されない。データ連携が参加者同意に包含される一方で、改正が、外部エンティティへの参加者識別情報の共有を要求する健康登録または苦情データへの任意の連携のために申請されることができる。改正申請は、参加者データを外部ソースとリンクすることに先立って起こり得る。そのような提出は、リンクされるデータおよびそうするための方法を詳述することができる。同意は、識別情報が本プロセスにおいて共有され得ることを示すことができる。
委員会が、研究データの機密性を保護する、および/または参加者の安全性を確実にするように形成されることができる。委員会は、主任研究者および共同研究者、データ管理者または被指名者、もしくは研究の遂行に関与するチームの他のメンバを含むことができるが、それらに限定されない。委員会はまた、参加者の安全性または研究の倫理に影響を及ぼし得る、科学開発等の研究の外部の因子を考慮することもできる。
B.参加者の関与
統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースは、参加者のポータルを備えることができ、参加者が、参加者の経歴データ、例えば、住所または結婚歴の変更を入力もしくは改訂することを可能にすることができる。統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースは、参加者が、参加者の生物学的データ、例えば、参加者の体重を入力または改訂することを可能にすることができる。参加者は、参加者の情報を、少なくとも約1ヶ月毎、少なくとも約2ヶ月毎、少なくとも約3ヶ月毎、少なくとも約4ヶ月毎、少なくとも約5ヶ月毎、少なくとも約6ヶ月毎、少なくとも約7ヶ月毎、少なくとも約8ヶ月毎、少なくとも約9ヶ月毎、少なくとも約10ヶ月毎、少なくとも約11ヶ月毎、少なくとも約12ヶ月毎、またはそれを上回って更新することができる。参加者は、参加者の情報を、最大で約12ヶ月毎、最大で約11ヶ月毎、最大で約10ヶ月毎、最大で約9ヶ月毎、最大で約8ヶ月毎、最大で約7ヶ月毎、最大で約6ヶ月毎、最大で約5ヶ月毎、最大で約4ヶ月毎、最大で約3ヶ月毎、最大で約2ヶ月毎、最大で約1ヶ月毎、またはそれ未満で更新することができる。いくつかの実施形態では、参加者は、参加者の情報を、少なくとも約3ヶ月毎、少なくとも約6ヶ月毎、少なくとも約9ヶ月毎、少なくとも約12ヶ月毎、またはそれを上回って更新することができる。いくつかの実施形態では、参加者は、参加者の情報を、最大で約12ヶ月毎、最大で約9ヶ月毎、最大で約6ヶ月毎、最大で約3ヶ月毎、またはそれ未満で更新することができる。いくつかの実施形態では、参加者は、参加者の情報を、少なくとも約18ヶ月毎、少なくとも約24ヶ月毎、少なくとも約36ヶ月毎、少なくとも約48ヶ月毎、少なくとも約60ヶ月毎、またはそれを上回って更新することができる。いくつかの実施形態では、参加者は、参加者の情報を、最大で約60ヶ月毎、最大で約48ヶ月毎、最大で約36ヶ月毎、最大で約24ヶ月毎、最大で約18ヶ月毎、またはそれ未満で更新することができる。
統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースは、システム管理者、研究者、または医師と、参加者もしくは参加者の一部との間の直接連絡を可能にし得る、メッセージングシステムを備えることができる。統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースはまた、管理者、研究者、または医師が、縦断的データもしくは付加的研究の同意の取得のために、参加者または参加者の一部に連絡することを可能にすることができる。統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースはさらに、参加者が管理者、研究者、または医師に連絡することを可能にすることができる。
統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースは、参加者が参加者の疾患または参加者のグループの疾患の進行を可視化することを可能にすることができる。統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースはまた、参加者が、参加者の定義されたグループ、例えば、特定の遺伝子型、民族、または年齢層の参加者の疾患の進行を可視化することを可能にすることができる。
統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースは、参加者が参加者または参加者のグループの時間進行曲線を可視化することを可能にすることができる。いくつかの実施形態では、統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースは、参加者が、参加者の具体的グループ、例えば、特定の遺伝子型、民族、または年齢層の参加者の時間進行曲線を可視化することを可能にすることができる。
統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースは、データを分析し、チャート、グラフ、アニメーション、または漫画の形態で、データ、文書もしくは複写、臨床試験合致、参加者更新データ、または医師更新データを可視化することができる。統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースはまた、参加者が、データの可視化、例えば、参加者の個人パラメータ、人口統計、ならびに診断に基づく、典型的治療経過をダウンロードすることを可能にすることができる。
登録する参加者は、限定されないが、着目特性を伴う患者を登録する臨床研究についての情報を含む、情報を参加者に付与するための将来の連絡のために、許可をシステムに与えることができる。参加者は、1ヶ月あたり少なくとも約1回、2回、3回、4回、5回、6回、7回、8回、9回、10回、15回、20回まで、またはそれを上回って、統合臨床データベースからメッセージを受信することができる。参加者は、1ヶ月あたり最大で約30回、25回、20回、15回、10回、9回、8回、7回、6回、5回、4回、3回、2回まで、またはそれ未満で、統合臨床データベースからメッセージを受信することができる。メッセージは、ニュースレターと、教育モジュールおよび調査に従事する招待とを交互に繰り返すことができる。ニュースレター情報は、プログラム更新(例えば、新しい登録番号、局所事象、および新しい所見)を含むことができるが、それらに限定されない。教育プログラミングは、プログラムデータを利用するモジュール、および基礎科学学習を含むことができるが、それらに限定されない。参加者はまた、登録のための理由を共有することもできる。将来の通信開発は、統合臨床データベースアプリケーション開発およびテキストメッセージングを含むことができるが、それらに限定されない。
参加者は、健康または関心に関連する調査研究に参加する機会について、連絡され得る。これらの研究は、人口統計研究、生活の質の研究、患者選好研究、患者報告転帰、および他の調査を含むことができるが、それらに限定されない。参加者は、限定されないが、標的介入および他の治療を含む、臨床研究に参加するように招待され得る。
登録された患者は、着目特性を伴う患者を登録する臨床研究等の参加者に有益な情報が生じた場合に、将来の連絡のための許可を与えることができる。個人識別子が、生物検体および臨床データベースから除去されることができ、一意の患者識別番号を通して、参加者の識別に結び付けられることができる。患者識別子を伴うファイルおよび研究転帰を伴うファイルへのアクセスは、主任ならびに共同研究者によって承認されるように、例外なく中核スタッフに制限されることができる。パスワードおよび他のセキュリティ対策の使用に加えて、個人または医師についての識別情報を含有する全ての文書が、機密資料と見なされ得、可能な限り最大限に保護されることができる。
参加者は、研究が現在未知であるリスクを含み得ることを知らされることができる。可能であるとき、データベースは、参加する個人の決定および/またはリスクを最小限にする方略に影響を及ぼし得る、新しいリスクが識別される場合、参加者に知らせることができる。
いくつかの実施形態では、生物検体を提供する参加者は、将来の日付において遺伝分析に参加するように招待され得る。具体的遺伝同意モジュールが、開発され、参加者が遺伝分析への参加を選択することを可能にするように、精査のために提出されることができる。
いくつかの実施形態では、参加者は、任意の時間に、理由を挙げることなく、違約金なしで参加を撤回することができる。参加者は、患者支援センターに通知することによって、および/またはウェブならびに/もしくはモバイルアプリケーション上で撤退オプションを選択することによって、そうすることができる。所与の参加者の撤退ステータスは、数日の営業日以内にデータベース内に記録されることができる。
いくつかの実施形態では、所与の参加者の撤退ステータスは、少なくとも約1営業日、少なくとも約2営業日、少なくとも約3営業日、少なくとも約4営業日、少なくとも約5営業日、少なくとも約6営業日、少なくとも約7営業日、少なくとも約8営業日、少なくとも約9営業日、少なくとも約10営業日、少なくとも約15営業日、少なくとも約20営業日、少なくとも約25営業日、少なくとも約30営業日、少なくとも約40営業日、少なくとも約50営業日、少なくとも約100営業日、少なくとも約150営業日、少なくとも約200営業日以内に、またはそれを上回ってデータベース内に記録されることができる。
いくつかの実施形態では、所与の参加者の撤退ステータスは、最大で約200営業日、最大で約150営業日、最大で約100営業日、最大で約50営業日、最大で約40営業日、最大で約30営業日、最大で約25営業日、最大で約20営業日、最大で約15営業日、最大で約10営業日、最大で約9営業日、最大で約8営業日、最大で約7営業日、最大で約6営業日、最大で約5営業日、最大で約4営業日、最大で約3営業日、最大で約2営業日、最大で約1営業日以内に、またはそれ未満でデータベース内に記録されることができる。
いくつかの実施形態では、所与の参加者の撤退ステータスは、2営業日以内にデータベース内に記録されることができる。
撤退の確認は、Eメールおよび/または手紙を介して参加者に提供されることができる。参加者は、登録に応じて、(例えば、アーカイブに保管された同意書の一部として)規制当局の要件に起因して、撤退後でさえも、名前および基本連絡先情報が破棄され得ないことを知らされることができる。しかしながら、情報は、セキュアに維持されることができる。参加者の記録は、参加者が撤退し、連絡されることを所望しないことを示すようにフラグを付けられることができる。撤退する参加者は、追跡調査の機会についてもはや連絡されることができず、いかなる付加的情報も、撤退した参加者について収集されることができない。
参加者は、同意プロセス中に、前もって収集され、すでに研究で使用されているデータおよび/または検体が、撤回も破棄もされ得ないことを知らされることができる。例えば、いくつかの実施形態では、全てのサンプル残余物およびすでに分配または分析されている情報を破棄することは許可されない。対照的に、分析されていない、または資格のある研究者に分配されていない、保管された生物検体は、破棄されることができる。参加者から引き出されたデータを含む、既存のデータセットは、研究の再現性を助長するために利用可能なままであり得る。しかしながら、いかなる新しいデータまたはサンプルも、収集されることができない。プログラムへの再登録が、可能にされることができる。しかしながら、撤退後に再登録する参加者は、新しい参加者エントリを作成する、および/または新しい生物検体を寄付する必要があり得る。
C.研究者の関与
統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースは、研究者が、例えば、新しい生物学的サンプルの分析に基づいて、患者または参加者の統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースからの分析結果を分析、調査、ならびに共有することを可能にし得る、研究者ポータルを備えることができる。いくつかの実施形態では、統合された分子、ゲノム、および免疫療法臨床データベースは、研究者が、限定されないが、診断検査データ、治療データ、薬剤データ、CBCデータ、臨床化学データ(例えば、グルコース濃度、カルシウム濃度、血中尿素窒素(BUN)濃度、クレアチニン濃度、総タンパク質濃度、アルブミン濃度、乳酸脱水素酵素濃度等)、血清免疫学研究所データ(例えば、Mタンパク質濃度、定量的免疫グロブリン、遊離軽鎖(FLC)濃度、ベータ−2−ミクログロブリン濃度、C反応性タンパク質濃度等)、または尿免疫学研究所データ(例えば、24時間総タンパク質濃度、Mタンパク質濃度等)等の参加者の生物学的データを改訂することを可能にすることができる。
統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースは、メッセージングシステムを備えることができる。統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースは、システム管理者、研究者、または医師と、研究者もしくは研究者のグループとの間の直接連絡を可能にすることができる。いくつかの実施形態では、統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースは、研究者が、縦断的データまたは付加的研究の同意の取得のために、参加者の全てもしくは一部に連絡することを可能にすることができる。いくつかの実施形態では、統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースは、研究者が管理者、参加者、または医師に連絡することを可能にすることができる。
統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースは、研究者が参加者の疾患または参加者のグループの疾患の進行を可視化することを可能にすることができる。いくつかの実施形態では、統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースは、研究者が、参加者の定義されたグループ、例えば、特定の遺伝子型、民族、または年齢層の参加者の疾患の進行を可視化することを可能にすることができる。
統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースは、研究者が参加者または参加者のグループの時間進行曲線を可視化することを可能にすることができる。いくつかの実施形態では、統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースは、研究者が、参加者の具体的グループ、例えば、特定の遺伝子型、民族、または年齢層の参加者の時間進行曲線を可視化することを可能にすることができる。
統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースは、研究者が、データセットおよびサンプルをブラウズする、データに分析(例えば、統計的分析)を実行する、またはデータのサブセットを伴う作業空間を作成することを可能にすることができる。いくつかの実施形態では、統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースは、研究者が分析されたデータを作業空間の中に保存することを可能にすることができる。
いくつかの実施形態では、統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースは、チャート、グラフ、アニメーション、または漫画の形態で、データを可視化することができる。いくつかの実施形態では、統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースは、研究者がデータの可視化をダウンロードすることを可能にすることができる。
統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースは、研究者が、新しい研究プロジェクトにおいて他の参加者コホートからのデータを使用することを可能にする、または研究者が、前の参加者コホートからのデータを使用し、新しい研究プロジェクト、例えば、新しい治療経過もしくは既存の薬物の新しい投与量を設計することを可能にすることができる。
D.医師の関与
統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースは、医師が、例えば、新しい生物学的サンプルの分析に基づいて、参加者の生物学的データを改訂することを可能にする、または医師が、限定されないが、診断検査データ、治療データ、薬剤データ、CBCデータ、臨床化学データ(例えば、グルコース濃度、カルシウム濃度、血中尿素窒素(BUN)濃度、クレアチニン濃度、総タンパク質濃度、アルブミン濃度、乳酸脱水素酵素濃度等)、血清免疫学研究所データ(例えば、Mタンパク質濃度、定量的免疫グロブリン、遊離軽鎖(FLC)濃度、ベータ−2−ミクログロブリン濃度、C反応性タンパク質濃度等)、もしくは尿免疫学研究所データ(例えば、24時間総タンパク質濃度、Mタンパク質濃度等)等の参加者の生物学的データを改訂することを可能にし得る、医師ポータルを備えることができる。いくつかの実施形態では、統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースは、医師が、参加者の治療計画、例えば、薬剤のタイプ、投与量、および治療持続時間を改訂することを可能にする、または医師が、参加者の臨床結果、例えば、MRIスキャン結果、骨の中の孔、腫瘍成長、もしくは骨または骨髄内の異常な面積を追加もしくは改訂することを可能にすることができる。
統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースは、システム管理者、参加者、または研究者と医師もしくは医師のグループとの間の直接連絡を可能にする、医師が、縦断的データまたは付加的研究の同意の取得のために、参加者の全てもしくは一部に連絡することを可能にする、または医師が管理者、参加者、もしくは研究者に連絡することを可能にすることができる、メッセージングシステムを備えることができる。
統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースは、医師が参加者の疾患または参加者のグループの疾患の進行を可視化することを可能にすることができる。いくつかの実施形態では、統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースは、医師が、参加者の定義されたグループ、例えば、特定の遺伝子型、民族、または年齢層の参加者の疾患の進行を可視化することを可能にすることができる。
統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースは、医師が参加者または参加者のグループの時間進行曲線を可視化することを可能にすることができる。いくつかの実施形態では、統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースは、医師が、参加者の具体的グループ、例えば、特定の遺伝子型、民族、または年齢層の参加者の時間進行曲線を可視化することを可能にすることができる。
統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースは、医師がデータセットおよびサンプルをブラウズし、データに分析(例えば、統計的分析)を実行することを可能にする、医師がデータのサブセットを伴う作業空間を作成することを可能にする、または医師が分析されたデータを作業空間の中に保存することを可能にすることができる。統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースはまた、チャート、グラフ、アニメーション、もしくは漫画の形態で、データを可視化する、または研究者がデータの可視化をダウンロードすることを可能にすることができる。
統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースは、医師が、新しい診断を提供する、または新しいもしくは異なる治療経過を推奨することを可能にすることができる。いくつかの実施形態では、統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースは、医師が、参加者の一部、例えば、特定の遺伝子型、民族、または年齢層の参加者のための新しいもしくは異なる治療経過を推奨することを可能にすることができる。
E.統計
いくつかの実施形態では、統合された分子、オーミクス(限定されないが、ゲノミクス、プロテオミクス、リピドミクスを含む)、免疫療法、代謝、エピジェネティック、および臨床データベースは、種々の統計的方法を含む、統計的分析計画(SAP)を備えることができる。記述統計が、予備的研究において査定される全ての変数に関して提供されることができる。計算される統計は、連続変数の範囲、平均値、中央値、および標準偏差、カテゴリ変数の数ならびに割合、または事象までの時間変数の発生率およびカプラン・マイヤー曲線を含むが、それらに限定されない。
いくつかの実施形態では、95%信頼区画が、適切であるときに提供されることができる。
いくつかの実施形態では、少なくとも約70%、少なくとも約80%、少なくとも約85%、少なくとも約90%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99%信頼区画が、提供されることができる。
いくつかの実施形態では、最大で約99%、最大で約98%、最大で約97%、最大で約96%、最大で約95%、最大で約90%、最大で約85%、最大で約80%、最大で約70%信頼区画が、提供されることができる。
患者は、臨床疾患特性および分子ならびに免疫プロファイル別にグループ化されることができる。これらのグループは、連続変数のt検定、カテゴリ変数のカイ二乗もしくは直接検定、および/または事象までの時間変数の対数順位検定を使用して、比較されることができる。基準変数(例えば、人口統計、分子および免疫プロファイル)と患者転帰との間の関連性が、限定されないが、一般化線形モデル、(縦断的データに関して)混合効果および周辺モデル、または(事象までの時間データに関して)比例ハザードモデルを含む、いくつかの重回帰方法を使用して、調査されることができる。分子および免疫データの高次元性質により、ランダムフォレスト等のアプローチが、適切であるときに変数を選択および分類するために使用されることができる。主成分分析および階層的クラスタリング等の他の変数低減方法もまた、採用されることができる。これらのデータの多重検査問題は、誤発見率(FDR)に基づく方法を使用して、対処されることができる。
本研究の観察性質および無作為化の欠如に起因して、共変量調節が、基準において生じる差に起因するコホート間差として、全ての基準からの変化の測定値におけるバイアスおよび交絡因子に関して、制御するように行われることができる。選択バイアスのための付加的制御が、傾向スコアの使用によって提供されることができる。基準スコアが、そのスコアの基準からの変化が分析されるときに共変量として含まれることができる。
追跡調査から失われる、または研究から離脱する、これらの患者に関して、最新の生存ステータスを取得するように努力が行われることができ、分析は、最後のデータ収集の時点までの全てのデータを含むことができる。必要な場合、欠落したデータのための多重インピュテーション技法が、使用されることができる。中間統計的分析が、研究中に行われることができる。
いくつかの実施形態では、中間統計的分析は、第1の患者が研究の持続時間に参加した後、6ヶ月毎に行われることができる。
いくつかの実施形態では、中間統計的分析は、第1の患者が研究の持続時間に参加した後、1ヶ月毎、2ヶ月毎、3ヶ月毎、4ヶ月毎、5ヶ月毎、6ヶ月毎、7ヶ月毎、8ヶ月毎、9ヶ月毎、12ヶ月毎、18ヶ月毎、または24ヶ月毎に行われることができる。
いくつかの実施形態では、少なくとも約50人、少なくとも約100人、少なくとも約150人、少なくとも約200人、少なくとも約250人、少なくとも約300人、少なくとも約400人、少なくとも約500人、少なくとも約600人、少なくとも約700人、少なくとも約800人、少なくとも約900人、少なくとも約1,000人、少なくとも約1,500人、少なくとも約2,000人、少なくとも約3,000人、少なくとも約5,000人、少なくとも約10,000人、またはそれを上回る患者が、6ヶ月毎に研究に登録されることができる。
いくつかの実施形態では、最大で約10,000人、最大で約5,000人、最大で約3,000人、最大で約2,000人、最大で約1,500人、最大で約1,000人、最大で約900人、最大で約800人、最大で約700人、最大で約600人、最大で約500人、最大で約400人、最大で約300人、最大で約250人、最大で約200人、最大で約150人、最大で約100人、最大で約50人、またはそれ未満の患者が、6ヶ月毎に研究に登録されることができる。
例えば、患者登録の12ヶ月、18ヶ月、および24ヶ月後、約1,000人、2,000人、および3,000人の患者が、それぞれ、登録されることができる。中間統計的分析は、治療パターンおよび/または遺伝特性の分布を精査する。これらの分析が、1つまたはそれを上回るサブグループ内のより高い割合の患者が要求されることを示唆する場合に、採用は、それに応じて調節されることができる。
いくつかの実施形態では、24ヶ月中間分析時に、最低約100人、約200人、約300人、約400人、約500人、約600人、約700人、約800人、約900人、約1,000人、約1,100人、約1,200人、約1,300人、約1,400人、約1,500人、約2,000人、約3,000人、または約5,000人、またはそれを上回る患者が、少なくとも1年の追跡調査に遭遇している可能性がある。
いくつかの実施形態では、30ヶ月中間分析時に、最低約200人、約300人、約400人、約500人、約600人、約700人、約800人、約900人、約1,000人、約1,100人、約1,200人、約1,300人、約1400人、約1,500人、約2,000人、約3,000人、約5,000人、または約10,000人、またはそれを上回る患者が、少なくとも1年の追跡調査に遭遇している可能性がある。
いくつかの実施形態では、36ヶ月中間分析時に、最低約500人、約1,000人、約1,500人、約2,000人、約3,000人、約3,500人、約4,000人、約4,500人、約5,000人、約10,000人、または約20,000人、またはそれを上回る患者が、少なくとも1年の追跡調査に遭遇している可能性がある。
例えば、24ヶ月、30ヶ月、および36ヶ月中間分析時に、最低1,000人、2,000人、および3,000人の患者が、それぞれ、少なくとも1年の追跡調査に遭遇している可能性がある。これらの分析時に、研究の仮定および能力が、臨床的に有意義な結果を検出するように再評価されることができる。これらの再評価は、採用方略の変更の変化を知らせることができる。
F.ソーシャルメディア
統合患者データ登録は、参加者が相互に相互作用することを可能にすることができる。いくつかの実施形態では、統合患者データ登録は、科学所見を参加者、研究者、および医師コミュニティに共有することができる。いくつかの実施形態では、統合患者データ登録は、告知を参加者、研究者、および医師コミュニティに共有することができる。
コンピュータアーキテクチャ
本明細書に説明される本開示の任意の実施形態は、例えば、同一の地理的場所内のユーザによって生成および伝送されることができる。本開示の製品は、例えば、1つの国の中の地理的場所から生成および/または伝送されることができ、本開示のユーザは、異なる国に存在し得る。いくつかの実施形態では、本開示のシステムによってアクセスされるデータは、複数の地理的場所(201)のうちの1つからユーザ(202)に伝送されることができる、コンピュータプログラム製品である。図2は、地理的場所からユーザに伝送される、コンピュータプログラム製品を図示する。本開示のコンピュータプログラム製品によって生成されるデータは、複数の地理的場所の間で前後に伝送されることができる。いくつかの実施形態では、本開示のコンピュータプログラム製品によって生成されるデータは、ネットワーク接続、セキュアネットワーク接続、安全ではないネットワーク接続、インターネット接続、またはイントラネット接続によって、伝送されることができる。いくつかの実施形態では、本明細書のシステムは、物理的かつ有形製品上でエンコードされる。
種々のコンピュータアーキテクチャが、本開示とともに併用するために好適である。図3は、コンピュータアーキテクチャシステム(300)の実施例を図示する、ブロック図である。コンピュータシステム(300)は、本開示の例示的実施形態に関連して使用されることができる。図3に描写されるように、例示的コンピュータシステムは、命令を処理するためのプロセッサ(302)を含むことができる。プロセッサの非限定的実施例は、Intel Corei7TM、Intel Corei5TM、Intel Corei3TM、Intel XeonTM、AMD OpteronTM、Samsung 32ビットRISC ARM 1176JZ(F)−S v1.0TM、ARM Cortex−A8 Samsung S5PC100TM、ARM Cortex−A8 Apple A4TM、Marvell PXA930TM、または機能的に同等のプロセッサを含む。複数の実行スレッドが、並列処理に使用されることができる。いくつかの実施形態では、複数のプロセッサまたは複数のコアを伴うプロセッサが、使用されることができる。いくつかの実施形態では、複数のプロセッサまたは複数のコアを伴うプロセッサが、単一のコンピュータシステムで、クラスタで使用される、もしくはネットワークを経由したシステムを横断して分散されることができる。いくつかの実施形態では、複数のプロセッサもしくは複数のコアを伴うプロセッサは、複数のコンピュータ、携帯電話、および/または携帯情報端末デバイスを備える、ネットワークを経由したシステムを横断して分散されることができる。
a.データ取得、処理、および保管
高速キャッシュ(301)が、プロセッサ(302)によって最近使用された、または頻繁に使用される、命令もしくはデータのための高速メモリを提供するように、プロセッサ(302)に接続される、または組み込まれることができる。プロセッサ(302)は、プロセッサバス(305)によって、ノースブリッジ(306)に接続される。ノースブリッジ(306)は、メモリバス(304)によってランダムアクセスメモリ(RAM)(303)に接続され、プロセッサ(302)によるRAM(303)へのアクセスを管理する。ノースブリッジ(306)はまた、チップセットバス(307)によってサウスブリッジ(308)に接続される。サウスブリッジ(308)は、ひいては、周辺バス(309)に接続される。周辺バスは、例えば、PCI、PCI−X、PCI Express、または別の周辺バスであり得る。多くの場合、プロセッサチップセットと称される、ノースブリッジおよびサウスブリッジは、プロセッサ、RAM、ならびに周辺バス(309)上の周辺コンポーネントの間のデータ転送を管理する。いくつかのコンピュータアーキテクチャシステムでは、ノースブリッジの機能性は、別個のノースブリッジチップを使用する代わりに、プロセッサに組み込まれることができる。
いくつかの実施形態では、コンピュータアーキテクチャシステム(300)は、アクセラレータカード(312)を含むことができる。いくつかの実施形態では、コンピュータアーキテクチャシステム(300)は、周辺バス(309)にアタッチされるアクセラレータカードを含むことができる。いくつかの実施形態では、アクセラレータカード(312)は、フィールドプログラマブルゲートアレイ(FPGA)または処理を加速するための他のハードウェアを含むことができる。
b.ソフトウェアインターフェース
ソフトウェアならびにデータは、外部記憶モジュール(313)の中に記憶され、プロセッサによる使用のためにRAM(303)および/またはキャッシュ(301)にロードされることができる。コンピュータアーキテクチャシステムは、システムリソースを管理するためのオペレーティングシステムを含むことができる。オペレーティングシステムの非限定的実施例は、Linux(登録商標)、WindowsTM、MACOSTM、BlackBerry OSTM、iOSTM、および他の機能的に同等のオペレーティングシステムを含む。いくつかの実施形態では、オペレーティングシステムは、オペレーティングシステムの上で起動するアプリケーションソフトウェアであり得る。
図3では、コンピュータアーキテクチャシステム(300)はまた、外部記憶装置へのネットワークインターフェースを提供するように周辺バスに接続される、ネットワークインターフェースカード(NIC)(310および311)も含む。いくつかの実施形態では、ネットワークインターフェースカードは、ネットワークアタッチト記憶(NAS)デバイスまたは分散並列処理に使用され得る別のコンピュータシステムである。
c.コンピュータネットワーク
図4は、複数のコンピュータシステム(402aおよび402b)、複数の携帯電話および携帯情報端末(402c)、ならびにNASデバイス(401aおよび401b)を伴うコンピュータネットワーク(400)を示す、略図である。いくつかの実施形態では、システム402a、402b、および402cは、データ記憶装置を管理し、NASデバイス(401aおよび402b)上に記憶されたデータのためのデータアクセスを最適化することができる。数学モデルが、コンピュータシステム(402aおよび402b)ならびに携帯電話および携帯情報端末システム(402c)を横断する分散並列処理を使用して、データを評価するために使用されることができる。コンピュータシステム(402aおよび402b)ならびに携帯電話および携帯情報端末システム(402c)はまた、NASデバイス(401aおよび402b)上に記憶されたデータの適応データ再構築のための並列処理を提供することもできる。
図4は、実施例のみを図示し、多種多様の他のコンピュータアーキテクチャおよびシステムが、本開示の種々の実施形態と併せて使用されることができる。例えば、ブレードサーバが、並列処理を提供するために使用されることができる。プロセッサブレードは、並列処理を提供するように、バックプレーンを通して接続されることができる。記憶装置はまた、別個のネットワークインターフェースを通してバックプレーンまたはNASデバイスに接続されることもできる。
いくつかの実施形態では、プロセッサは、別個のメモリ空間を維持し、他のプロセッサによる並列処理のために、ネットワークインターフェース、バックプレーン、または他のコネクタを通して、データを伝送することができる。いくつかの実施形態では、プロセッサのうちのいくつかまたは全ては、共有仮想アドレスメモリ空間を使用することができる。
d.仮想システム
図5は、共有仮想アドレスメモリ空間を使用する、マルチプロセッサコンピュータシステムのブロック図である。本システムは、共有メモリサブシステム(502)にアクセスし得る、複数のプロセッサ(501a−501f)を含む。本システムは、メモリサブシステム(502)に複数のプログラマブルハードウェアメモリアルゴリズムプロセッサ(MAP)(503a−503f)を組み込む。各MAP(503a−503f)は、メモリカード(504a−504f)と、1つまたはそれを上回るフィールドプログラマブルゲートアレイ(FPGA)(505a−505f)とを備えることができる。MAPは、構成可能な機能ユニットを提供する。アルゴリズムまたはアルゴリズムの部分が、個別のプロセッサと密接に協力した処理のために、FPGA(505a−505f)に提供されることができる。いくつかの実施形態では、各MAPは、全てのプロセッサによって大域的にアクセス可能である。いくつかの実施形態では、各MAPは、ダイレクトメモリアクセス(DMA)を使用し、関連付けられるメモリカード(504a−504f)にアクセスし、それが、個別のマイクロプロセッサ(501a−501f)から独立して、かつ非同期的に、タスクを実行することを可能にすることができる。本構成では、MAPは、アルゴリズムのパイプライン化および並列実行のために、結果を別のMAPに直接フィードすることができる。
上記のコンピュータアーキテクチャおよびシステムは、実施例にすぎず、多種多様の他のコンピュータ、携帯電話、および携帯情報端末アーキテクチャならびにシステムが、例示的実施形態に関連して使用されることができる。いくつかの実施形態では、本開示のシステムは、汎用プロセッサ、コプロセッサ、FPGAおよび他のプログラマブル論理デバイス、システムオンチップ(SOC)、特定用途向け集積回路(ASIC)、ならびに他の処理および論理要素の任意の組み合わせを使用することができる。限定されないが、RAM、ハードドライブ、フラッシュメモリ、テープドライブ、ディスクアレイ、NASデバイス、および他のローカルまたは分散データ記憶デバイスならびにシステムを含む、任意の種類のデータ記憶媒体が、例示的実施形態に関連して使用されることができる。
いくつかの実施形態では、コンピュータシステムは、上記で説明されるコンピュータアーキテクチャおよびシステムのうちのいずれかの上で実行されるソフトウェアモジュールを使用して、実装されることができる。いくつかの実施形態では、本システムの機能は、部分的または完全に、図5で参照されるようなファームウェアもしくはプログラマブル論理デバイス(例えば、FPGA)、システムオンチップ(SOC)、特定用途向け集積回路(ASIC)、または他の処理および論理要素で、実装されることができる。例えば、セットプロセッサおよびオプティマイザが、限定されないが、図5に図示されるアクセラレータカード(512)等のハードウェアアクセラレータカードの使用を通して、ハードウェア加速を伴って実装されることができる。
実施形態
以下の非限定的実施形態は、本開示の例証的実施例を提供するが、本開示の範囲を限定しない。
実施形態1.
a)データソースから対象の健康データを収集するステップと、
b)対象によって必要とされる診療計画を識別するために、コンピュータシステムのプロセッサによって、対象の健康データを分析するステップであって、分析は、対象の分子生物学の特性評価を含む、ステップと、
c)コンピュータシステムのプロセッサによって、対象の診療計画を可視化するステップと、
d)患者に面したインターフェースによって、対象の診療計画を対象、医師、および研究者に通信するステップと、
を含む、方法。
実施形態2.データソースは、対象の電子診療記録(EMR)または電子健康記録(EHR)である、実施形態1に記載の方法。
実施形態3.データソースは、対象から収集される生物学的サンプルである、実施形態1または2に記載の方法。
実施形態4.生物学的サンプルは、対象から収集される血液サンプル、腫瘍サンプル、または唾液サンプルである、実施形態1−3のいずれか1つに記載の方法。
実施形態5.対象の分子生物学の特性評価は、生物学的サンプルから取得されるデータに基づいて、対象の免疫表現型を特性評価するステップを含む、実施形態1−4のいずれか1つに記載の方法。
実施形態6.対象の分子生物学の特性評価は、サンプルから取得されるデータに基づいて、対象のプロテオミクスデータを特性評価するステップを含む、実施形態1−4のいずれか1つに記載の方法。
実施形態7.対象の分子生物学の特性評価は、サンプルから取得されるデータに基づいて、対象のゲノミクスデータを特性評価するステップを含む、実施形態1−4のいずれか1つに記載の方法。
実施形態8.可視化するステップは、チャート、グラフ、漫画、またはアニメーションを含む、実施形態1−7のいずれか1つに記載の方法。
実施形態9.可視化するステップは、対象の健康データの時間進行曲線を図示する、実施形態1−7のいずれか1つに記載の方法。
実施形態10.可視化するステップは、対象の人口統計データを図示する、実施形態1−7のいずれか1つに記載の方法。
実施形態11.通信するステップは、対象と医師との間のメッセージを含む、実施形態1−10のいずれか1つに記載の方法。
実施形態12.通信するステップは、医師と研究者との間のメッセージを含む、実施形態1−10のいずれか1つに記載の方法。
実施形態13.その中にエンコードされたコンピュータ実行可能コードを有する、非一過性のコンピュータ可読媒体を備える、コンピュータプログラム製品であって、コンピュータ実行可能コードは、
a)医療管理システムを提供するステップであって、医療管理システムは、
i)データ収集モジュールと、
ii)パラメータ選択モジュールと、
iii)分析モジュールであって、分子生物学データを分析する、分析モジュールと、
iv)可視化モジュールであって、分析モジュールによって分析されるデータを図示する、可視化モジュールと、
v)患者に面したインターフェースを備える、出力モジュールと、
を備える、ステップと、
b)データ収集モジュールによって、データソースから対象の健康データを収集するステップと、
c)パラメータ選択モジュールによって、対象の健康データを分析するために使用するパラメータのセットを選択するステップと、
d)分析を提供するために、分析モジュールによって、パラメータのセットを使用して対象の健康データを分析するステップと、
e)可視化モジュールによって、分析の視覚表現を生成し、分析の視覚表現を出力モジュールに送信するステップと、
f)分析の視覚提示を出力するステップと、を含む、方法を実装するために実行されるように適合される、コンピュータプログラム製品。
実施形態14.医療管理システムはさらに、オンライン同意モジュールを備え、本方法はさらに、オンライン同意モジュールを通して医療管理システムに対象を登録するステップを含む、実施形態13に記載のコンピュータプログラム製品。
実施形態15.オンライン同意モジュールを通して登録するステップは、対象からの生物学的サンプルの収集をトリガし、対象からの生物学的サンプルの収集は、指示を対象に郵送し、生物学的サンプルを研究室に提出することを含む、実施形態13または14に記載のコンピュータプログラム製品。
実施形態16.データソースは、対象の電子診療記録(EMR)または電子健康記録(EHR)である、実施形態13−15のいずれか1つに記載のコンピュータプログラム製品。
実施形態17.データソースは、対象から収集される生物学的サンプルからのデータを含有する、データベースである、実施形態13−15のいずれか1つに記載のコンピュータプログラム製品。
実施形態18.分析モジュールは、対象の分子生物学データを特性評価し、分子生物学データは、対象の健康データに基づく対象の免疫表現型である、実施形態13−17のいずれか1つに記載のコンピュータプログラム製品。
実施形態19.分析モジュールは、対象の分子生物学データを特性評価し、分子生物学データは、対象の健康データに基づく対象のプロテオミクスデータである、実施形態13−17のいずれか1つに記載のコンピュータプログラム製品。
実施形態20.分析モジュールは、対象の分子生物学データを特性評価し、分子生物学データは、対象の健康データに基づく対象のゲノミクスデータである、実施形態13−17のいずれか1つに記載のコンピュータプログラム製品。
実施形態21.パラメータのセットは、対象の人口統計情報を備える、実施形態13−20のいずれか1つに記載のコンピュータプログラム製品。
実施形態22.パラメータのセットは、対象の疾患状態を備える、実施形態13−20のいずれか1つに記載のコンピュータプログラム製品。
実施形態23.視覚表現は、対象の健康データの時間進行曲線を備える、実施形態13−22のいずれか1つに記載のコンピュータプログラム製品。
実施形態24.視覚表現は、対象の人口統計データを備える、実施形態13−22のいずれか1つに記載のコンピュータプログラム製品。
実施形態25.医療管理システムはさらに、対象、医師、および研究者の間の通信のためのメッセージングシステムを備える、実施形態13−24のいずれか1つに記載のコンピュータプログラム製品。
実施形態26.メッセージングシステムは、対象と医師との間でメッセージを通信する、実施形態13−25のいずれか1つに記載のコンピュータプログラム製品。
実施形態27.メッセージングシステムは、医師と研究者との間でメッセージを通信する、実施形態13−25のいずれか1つに記載のコンピュータプログラム製品。