JP2020011932A - アルコキシフェニル誘導体、ヌクレオシド保護体およびヌクレオチド保護体、オリゴヌクレオチド製造方法、ならびに、置換基除去方法 - Google Patents

アルコキシフェニル誘導体、ヌクレオシド保護体およびヌクレオチド保護体、オリゴヌクレオチド製造方法、ならびに、置換基除去方法 Download PDF

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Abstract

【課題】従来よりも簡易迅速な液相合成法によるオリゴヌクレオチドの合成が可能となるアルコキシフェニル誘導体、前記アルコキシフェニル誘導体が結合したヌクレオシド保護体およびヌクレオチド保護体、それらを用いたオリゴヌクレオチドの製造方法、並びに該アルコキシフェニル誘導体部分の選択的な除去方法等の提供。【解決手段】一般式(1)で表される化合物またはその誘導体。(式中、Rは夫々独立して置換/非置換のC10〜40のアルキル;mは1〜5の整数;mが2以上の場合、複数存在するROは異なっていてもよい;Xは、O、S、NH又はNRN;nは1〜4の整数;RNは置換/非置換のC1〜6のアルキル)【選択図】なし

Description

本発明は、液相合成法によるオリゴヌクレオチドの合成を可能とするアルコキシフェニル誘導体、それを結合したヌクレオシド保護体およびヌクレオチド保護体、それを用いた簡易的に構築可能なオリゴヌクレオチド製造方法、ならびに、アルコキシフェニル誘導体を結合したヌクレオシド保護体またはヌクレオチド保護体の選択的なアルコキシフェニル誘導体部分の除去方法等に関する。
近年、オリゴヌクレオチドは、一般には、原料となるヌクレオチドを逐次連結していくことで合成可能であるが、20mer程度以上のオリゴヌクレオチドを合成する場合には、2〜3merヌクレオチドのビルディングブロック群を予め調製しておき、これの連結を繰り返すことで所望の鎖長の生成物を得るブロックマ一合成法や、10塩基程度以上のオリゴヌクレオチド間の連結でオリゴヌクレオチドを得るユニットカップリング(フラグメン卜縮合)合成法等も利用されている(たとえば、非特許文献1〜3)。ホスホロアミダイト法を用いたオリゴヌクレオチドの固相合成法は、目的物質であるオリゴヌクレオチドの収率を高めるためには、大過剰のヌクレオシドホスホロアミダイト化合物とテトラゾール系化合物とを使用しなければならないという問題点がある。また、固相合成法では、設備面などのスケールアップに制限があり、また途中段階での反応の進行状況の確認や中間体の構造解析が難しい面がある。
一方、これまでの液相合成法では、ヌクレオチドの脱保護、カップリング、酸化等の各工程での精製操作が必要で煩雑となる等、多重合度のオリゴヌクレオチドを迅速に大量に合成することが難しかった。このため、たとえば、特許文献1、2では、疑似固相保護基を用いた液相合成の提案がなされているが、たとえば、当該疑似固相保護基の除去にも時間を要し、さらには、疑似固相保護基を有するオリゴヌクレオチドから当該疑似固相保護基のみを選択的に除去することが困難であることから、ビルディングブロックやフラグメントの前駆体となる核酸塩基やリン酸基が保護されたヌクレオチド(以下、本明細書中において、「ヌクレオチド保護体」と呼ぶ場合もある。)の合成も困難であった。また、非特許文献4では、Pd触媒を用いる接触還元により疑似固相保護基の除去が行われているが、毒性のある重金属や危険な水素ガスを使用し、脱保護には20〜40時間もの長時間を要している。また、ヌクレオチドの保護基の一般的な脱保護条件での疑似固相保護基の除去は行われておらず、その汎用性に課題があった。
特許第5548852号 国際公開第2012/157723号
S.L.Beaucage,D.E.Bergstorm,G.D.Glick,R.A.Jones;Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry; John Wiley&Sons(2000) 関根光雄、齋藤烈編、「ゲノムケミストリー−人工核酸を活用する科学的アプローチ」、講談社サイエンティフィック(2003) C.−H.Chen,et al.,Aust.J.Chem.,2010,63,227−235. Y.Matsuno,et al.,Org.Lett.,2016,18,800−803.
本発明は、このような事情に照らし、オリゴヌクレオチドの合成のみならず、従来では困難であったオリゴヌクレオチド保護体の簡易迅速な合成が可能となる汎用性の高いアルコキシフェニル誘導体を提供することを目的とする。
また、本発明は、オリゴヌクレオチドの合成のみならず、従来では困難であったオリゴヌクレオチド保護体の簡易迅速な合成が可能となる汎用性の高い上記アルコキシフェニル誘導体が結合した(以下、本明細書中において、「Tag化」と呼ぶ場合もある。)ヌクレオシド保護体およびヌクレオチド保護体(以下、本明細書中において、各々、「Tag化ヌクレオシド保護体」、「Tag化ヌクレオチド保護体」と呼ぶ場合もある。)を提供することを目的とする。
さらに、本発明は、上記アルコキシフェニル誘導体、または、上記Tag化ヌクレオシド保護体もしくはTag化ヌクレオチド保護体を用いた、従来よりも汎用性の高いオリゴヌクレオチドの製造方法(合成方法)を提供することを目的とする。
また、本発明は、Tag化ヌクレオシド保護体またはTag化ヌクレオチド保護体における、Tag部分の選択的な除去方法を提供することを目的とする。なお、本発明において、「Tag部分」とは、上記Tag化ヌクレオシド保護体またはTag化ヌクレオチド保護体における、上記アルコキシフェニル誘導体由来の部分をいう。
本発明者らは、上記課題を解決するため鋭意検討した結果、以下に示す新規アルコキシフェニル化合物およびその誘導体の創製に成功し、上記化合物により上記目的を達成できることを見出して、本発明を完成するに至った。
すなわち、本発明の化合物およびその誘導体は、一般式(1)(以下、本明細書中において、「化合物(1)」と呼ぶ場合もある。また、他の一般式で表される化合物もこれに準ずる。)で表される。
Figure 2020011932

(式中、
Rは、それぞれ独立して、置換されていてもよい、炭素数10〜40のアルキル基を表す。
mは、1〜5の整数を表す。mが2以上の場合には、複数存在するROは同一、または、異なっていてもよい。
Xは、O、S、NH、または、NRを表す。
nは、1〜4の整数を表す。
は、置換されていてもよい、炭素数1〜6のアルキル基を表す。)
本発明の化合物またはその誘導体によると、上記一般式(1)で表される構造を有することにより、液相合成法によるオリゴヌクレオチドの合成のみならず、従来では困難であったオリゴヌクレオチド保護体の合成が可能となる。より詳細には、本発明の化合物またはその誘導体(アルコキシフェニル誘導体)は、ヌクレオシドまたはヌクレオチドとの結合反応を介して、Tag化ヌクレオシド保護体およびTag化ヌクレオチド保護体を得ることが可能である。そして、得られたTag化ヌクレオシド保護体およびTag化ヌクレオチド保護体は、当該Tag部分が上記構造を有するため、極性溶媒の添加により、アミダイトモノマーなどの副原料などとろ過操作などによって簡便に分離することができ、さらにTag部分のみを選択的にかつ速やかに除去することが可能であり、ひいてはオリゴヌクレオチドの合成のみならず、従来では困難であったオリゴヌクレオチド保護体の合成(製造)が可能となる。
なお、上記化合物の誘導体とは、本発明の作用効果を損なわないものであれば、上記化合物の化学構造を一部置換したものが広く含まれ、たとえば、末端のカルボキシル基(-COOH)基のOH基部分が置換基で置き換わった化合物が含まれる。上記置換基としては、ヌクレオシドまたはヌクレオチドと結合形成しやすいように脱離能が高い置換基等があげられ、たとえば、F、Cl、Br、I等のハロゲン原子や、アルコキシ基で置換されたアルキルエステル構造などをあげることができる。また、上記置換基として、公知の脱離基を適宜用いてもよい。
また、本発明の化合物またはその誘導体において、一般式(2)で表される化合物またはその誘導体であることが好ましい。
Figure 2020011932

(式中、
、R、および、Rは、それぞれ独立して、置換されていてもよい、炭素数10〜40のアルキル基を表す。
Xは、O、S、NH、または、NRを表す。
nは、1〜4の整数を表す。
は、置換されていてもよい、炭素数1〜6のアルキル基を表す。)
また、本発明の化合物またはその誘導体において、一般式(3)で表される化合物またはその誘導体であってもよい。
Figure 2020011932

(式中、
Rは、それぞれ独立して、置換されていてもよい、炭素数10〜40のアルキル基を表す。
mは、1〜5の整数を表す。mが2以上の場合には、複数存在するROは、同一、または、異なっていてもよい。
Xは、O、S、NH、または、NRを表す。
nは、1〜4の整数を表す。
は、置換されていてもよい、炭素数1〜6のアルキル基を表す。
Yは、下記一般式(4)、または、一般式(5)を表す。)
Figure 2020011932

(式中、
Baseは、修飾されていてもよい核酸塩基を表す。Baseが2以上存在する場合には、複数存在するBaseは同一、または、異なっていてもよい。
Bは、水素原子、保護されていてもよい水酸基、または、ハロゲンを表す。Bが2以上存在する場合には、複数存在するBは、同一、または、異なっていてもよい。
Wは、水素原子、または、保護基を表す。
は、電子求引性基を有する、炭素数1〜4のアルキル基を表す。Rが2以上存在する場合には、複数存在するRは同一、または、異なっていてもよい。
Zは、O、または、Sを表す。Zが2以上存在する場合には、複数存在するZは、同一、または、異なっていてもよい。
y1は、0以上の任意の整数を表す。
*は、上記一般式(3)における結合箇所を表す。)
Figure 2020011932

(式中、
Baseは、修飾されていてもよい核酸塩基を表す。Baseが2以上存在する場合には、複数存在するBaseは同一、または、異なっていてもよい。
Qは、水素原子、または、保護基を表す。
Vは、炭素数1〜6のアルコキシ基、ジ(C1−6アルキル)アミノ基、または、4位窒素原子が保護基で保護され、さらに置換されていてもよいピペラジノ基を表す。Vが2以上存在する場合には、複数存在するVは同一、または、異なっていてもよい。
y2は、0以上の任意の整数を表す。
*は、上記一般式(3)における結合箇所を表す。)
上記構成を有する場合、上記Tag化ヌクレオシド保護体およびTag化ヌクレオチド保護体となるが、Tag部分が上記構造を有するため、特に液相合成(疑似液相合成を含む)において、極性溶媒の添加により、アミダイトモノマーなどの副原料などとろ過操作などによって簡便に分離することができ、さらにTag部分のみを選択的にかつ速やかに除去することが可能であり、オリゴヌクレオチドの合成のみならず、従来では困難であったオリゴヌクレオチド保護体の合成が可能となる。
また、本発明におけるヌクレオシドは、一般には、プリンまたはピリミジン塩基と糖がグリコシド結合したものを表すが、本発明の作用効果を損なわないものであれば、その類縁体や当該一般構造を一部置換したものが広く含まれる。たとえば、塩基部分が必ずしもプリンまた、ピリミジン構造ではないもの(たとえば、修飾塩基等)や、糖部分がD−リボースまたはデオキシ−D−リボースではないもの(たとえば、一般式(5)、(8)で示されるような、モルフォリノ型のモルフォリノヌクレオシド)などをあげることができる。
また、本発明におけるヌクレオチドは、一般には、プリンまたはピリミジン塩基と糖がグリコシド結合した上記ヌクレオシドのリン酸エステルを表すが、本発明の作用効果を損なわないものであれば、その類縁体や当該一般構造を一部置換したものが広く含まれる。たとえば、塩基部分が必ずしもプリンまたはピリミジン構造ではないもの(たとえば、修飾塩基等)や、糖部分がD−リボースまたはデオキシ−D−リボースではないもの(たとえば、モルフォリノ型のモルフォリノヌクレオチド)、また、リン酸エステル部分の1つのO原子がS原子に置き換わったホスホロチオエートの場合などをあげることができる。
また、本発明の化合物またはその誘導体において、一般式(6)で表される化合物またはその誘導体であることが好ましい。
Figure 2020011932

(式中、
、R、および、Rは、それぞれ独立して、置換されていてもよい、炭素数10〜40のアルキル基を表す。
Xは、O、S、NH、または、NRを表す。
nは、1〜4の整数を表す。
は、置換されていてもよい、炭素数1〜6のアルキル基を表す。
Yは、下記一般式(4)、または、一般式(5)を表す。)
Figure 2020011932

(式中、
Baseは、修飾されていてもよい核酸塩基を表す。Baseが2以上存在する場合には、複数存在するBaseは同一、または、異なっていてもよい。
Bは、水素原子、保護されていてもよい水酸基、または、ハロゲンを表す。Bが2以上存在する場合には、複数存在するBは、同一、または、異なっていてもよい。
Wは、水素原子、または、保護基を表す。
は、電子求引性基を有する、炭素数1〜4のアルキル基を表す。Rが2以上存在する場合には、複数存在するRは同一、または、異なっていてもよい。
Zは、O、または、Sを表す。Zが2以上存在する場合には、複数存在するZは、同一、または、異なっていてもよい。
y1は、0以上の任意の整数を表す。
*は、上記一般式(6)における結合箇所を表す。)
Figure 2020011932

(式中、
Baseは、修飾されていてもよい核酸塩基を表す。Baseが2以上存在する場合には、複数存在するBaseは同一、または、異なっていてもよい。
Qは、水素原子、または、保護基を表す。
Vは、炭素数1〜6のアルコキシ基、ジ(C1−6アルキル)アミノ基、または、4位窒素原子が保護基で保護され、さらに置換されていてもよいピペラジノ基を表す。Vが2以上存在する場合には、複数存在するVは同一、または、異なっていてもよい。
y2は、0以上の任意の整数を表す。
*は、上記一般式(6)における結合箇所を表す。)
また、本発明の化合物またはその誘導体において、Wが、水素原子、トリチル基、ジ(C1−6アルコキシ)トリチル基、モノ(C1−18アルコキシ)トリチル基、9−(9−フェニル)キサンテニル基、または、9−(9−フェニル)チオキサンテニル基であることが好ましい。Wが上記いずれかである場合、より簡便にオリゴヌクレオチドの合成を行うことができる。
また、本発明の化合物またはその誘導体において、Rが、2位に電子求引性基を有するエチル基であることが好ましい。
また、本発明の化合物またはその誘導体において、Qが、水素原子、トリチル基、ジ(C1−6アルコキシ)トリチル基、モノ(C1−18アルコキシ)トリチル基、9−(9−フェニル)キサンテニル基、または、9−(9−フェニル)チオキサンテニル基であることが好ましい。Qが上記いずれかである場合、より簡便にオリゴヌクレオチドの合成を行うことができる。
また、本発明の化合物またはその誘導体において、y1、または、y2が、1〜100であってもよい。
また、本発明の化合物またはその誘導体において、y1、または、y2が、1〜30であってもよい。
また、本発明の化合物またはその誘導体において、y1、または、y2が、0であってもよい。
また、本発明の化合物またはその誘導体において、nが、1、または、2であることが好ましい。
また、本発明の化合物またはその誘導体において、mが、2〜4の整数であることが好ましい。
一方、本発明の製造方法は、一般式(3)で表される化合物またはその誘導体を還元処理する一般式(7)または(8)で表される化合物を得る工程(1)を含むものである。
Figure 2020011932

(式中、
Rは、それぞれ独立して、置換されていてもよい、炭素数10〜40のアルキル基を表す。
mは、1〜5の整数を表す。mが2以上の場合には、複数存在するROは、同一、または、異なっていてもよい。
Xは、O、S、NH、または、NRを表す。
nは、1〜4の整数を表す。
は、置換されていてもよい、炭素数1〜6のアルキル基を表す。
Yは、下記一般式(4)、または、一般式(5)を表す。)
Figure 2020011932

(式中、
Baseは、修飾されていてもよい核酸塩基を表す。Baseが2以上存在する場合には、複数存在するBaseは同一、または、異なっていてもよい。
Bは、水素原子、保護されていてもよい水酸基、または、ハロゲンを表す。Bが2以上存在する場合には、複数存在するBは、同一、または、異なっていてもよい。
Wは、水素原子、または、保護基を表す。
は、電子求引性基を有する、炭素数1〜4のアルキル基を表す。Rが2以上存在する場合には、複数存在するRは同一、または、異なっていてもよい。
Zは、O、または、Sを表す。Zが2以上存在する場合には、複数存在するZは、同一、または、異なっていてもよい。
y1は、0以上の任意の整数を表す。
*は、上記一般式(3)における結合箇所を表す。)
Figure 2020011932

(式中、
Baseは、修飾されていてもよい核酸塩基を表す。Baseが2以上存在する場合には、複数存在するBaseは同一、または、異なっていてもよい。
Qは、水素原子、または、保護基を表す。
Vは、炭素数1〜6のアルコキシ基、ジ(C1−6アルキル)アミノ基、または、4位窒素原子が保護基で保護され、さらに置換されていてもよいピペラジノ基を表す。Vが2以上存在する場合には、複数存在するVは同一、または、異なっていてもよい。
y2は、0以上の任意の整数を表す。
*は、上記一般式(3)における結合箇所を表す。)
Figure 2020011932

(式中、
Baseは、修飾されていてもよい核酸塩基を表す。Baseが2以上存在する場合には、複数存在するBaseは同一、または、異なっていてもよい。
Bは、水素原子、保護されていてもよい水酸基、または、ハロゲンを表す。Bが2以上存在する場合には、複数存在するBは、同一、または、異なっていてもよい。
Wは、水素原子、または、保護基を表す。
は、電子求引性基を有する、炭素数1〜4のアルキル基を表す。Rが2以上存在する場合には、複数存在するRは同一、または、異なっていてもよい。
Zは、O、または、Sを表す。Zが2以上存在する場合には、複数存在するZは、同一、または、異なっていてもよい。
y1は、0以上の任意の整数を表す。)
Figure 2020011932

(式中、
Baseは、修飾されていてもよい核酸塩基を表す。Baseが2以上存在する場合には、複数存在するBaseは同一、または、異なっていてもよい。
Qは、水素原子、または、保護基を表す。
Vは、炭素数1〜6のアルコキシ基、ジ(C1−6アルキル)アミノ基、または、4位窒素原子が保護基で保護され、さらに置換されていてもよいピペラジノ基を表す。Vが2以上存在する場合には、複数存在するVは同一、または、異なっていてもよい。
y2は、0以上の任意の整数を表す。)
本発明の製造方法によると、上記Tag化ヌクレオシド保護体およびTag化ヌクレオチド保護体を用いるため、特に液相合成(疑似液相合成を含む)において、極性溶媒の添加により、アミダイトモノマーなどの副原料などとろ過操作などによって簡便に分離することができ、さらにTag部分のみを選択的にかつ速やかに除去することが可能であり、オリゴヌクレオチドの合成のみならず、従来では困難であったオリゴヌクレオチド保護体の合成が可能となる。また、たとえば、特許文献2の提案に比べ、本発明の製造方法では、より温和な条件下(たとえば、アンモニア水中35℃)での置換基除去(Tag部分の脱離反応)が可能となり、また、より短時間での製造が可能となる。
また、本発明のオリゴヌクレオチド保護体の製造方法において、一般式(6)で表される化合物またはその誘導体を還元処理する工程(1)を含むことが好ましい。
Figure 2020011932

(式中、
、R、および、Rは、それぞれ独立して、置換されていてもよい、炭素数10〜40のアルキル基を表す。
Xは、O、S、NH、または、NRを表す。
nは、1〜4の整数を表す。
は、置換されていてもよい、炭素数1〜6のアルキル基を表す。
Yは、下記一般式(4)、または、一般式(5)を表す。)
Figure 2020011932

(式中、
Baseは、修飾されていてもよい核酸塩基を表す。Baseが2以上存在する場合には、複数存在するBaseは同一、または、異なっていてもよい。
Bは、水素原子、保護されていてもよい水酸基、または、ハロゲンを表す。Bが2以上存在する場合には、複数存在するBは、同一、または、異なっていてもよい。
Wは、水素原子、または、保護基を表す。
は、電子求引性基を有する、炭素数1〜4のアルキル基を表す。Rが2以上存在する場合には、複数存在するRは同一、または、異なっていてもよい。
Zは、O、または、Sを表す。Zが2以上存在する場合には、複数存在するZは、同一、または、異なっていてもよい。
y1は、0以上の任意の整数を表す。
*は、上記一般式(6)における結合箇所を表す。)
Figure 2020011932
(式中、
Baseは、修飾されていてもよい核酸塩基を表す。Baseが2以上存在する場合には、複数存在するBaseは同一、または、異なっていてもよい。
Qは、水素原子、または、保護基を表す。
Vは、炭素数1〜6のアルコキシ基、ジ(C1−6アルキル)アミノ基、または、4位窒素原子が保護基で保護され、さらに置換されていてもよいピペラジノ基を表す。Vが2以上存在する場合には、複数存在するVは同一、または、異なっていてもよい。
y2は、0以上の任意の整数を表す。
*は、上記一般式(6)における結合箇所を表す。)
Figure 2020011932
(式中、
Baseは、修飾されていてもよい核酸塩基を表す。Baseが2以上存在する場合には、複数存在するBaseは同一、または、異なっていてもよい。
Bは、水素原子、保護されていてもよい水酸基、または、ハロゲンを表す。Bが2以上存在する場合には、複数存在するBは、同一、または、異なっていてもよい。
Wは、水素原子、または、保護基を表す。
は、電子求引性基を有する、炭素数1〜4のアルキル基を表す。Rが2以上存在する場合には、複数存在するRは同一、または、異なっていてもよい。
Zは、O、または、Sを表す。Zが2以上存在する場合には、複数存在するZは、同一、または、異なっていてもよい。
y1は、0以上の任意の整数を表す。)
Figure 2020011932
(式中、
Baseは、修飾されていてもよい核酸塩基を表す。Baseが2以上存在する場合には、複数存在するBaseは同一、または、異なっていてもよい。
Qは、水素原子、または、保護基を表す。
Vは、炭素数1〜6のアルコキシ基、ジ(C1−6アルキル)アミノ基、または、4位窒素原子が保護基で保護され、さらに置換されていてもよいピペラジノ基を表す。Vが2以上存在する場合には、複数存在するVは同一、または、異なっていてもよい。
y2は、0以上の任意の整数を表す。)
また、本発明の製造方法において、上記還元処理が、ホウ素含有還元剤を用いる、または、ホウ素含有還元剤とアミンとを用いるものであることが好ましい。上記構成を有することにより、オリゴヌクレオチド保護体をより簡便に合成することができる。
また、本発明の製造方法において、上記ホウ素含有還元剤が、水素化ホウ素リチウム、水素化ホウ素ナトリウム、水素化トリエチルホウ素リチウム、水素化ホウ素テトラブチルアンモニウムであることが好ましい。上記構成を有することにより、オリゴヌクレオチド保護体をより収率よく簡便に合成することができる。
また、本発明の製造方法において、Wが、水素原子、トリチル基、ジ(C1−6アルコキシ)トリチル基、モノ(C1−18アルコキシ)トリチル基、9−(9−フェニル)キサンテニル基、または、9−(9−フェニル)チオキサンテニル基であることが好ましい。Wが上記いずれかである場合、より簡便にオリゴヌクレオチド保護体の合成を行うことができる。
また、本発明の製造方法において、Rが、2位に電子求引性基を有するエチル基であることが好ましい。
また、本発明の製造方法において、Qが、水素原子、トリチル基、ジ(C1−6アルコキシ)トリチル基、モノ(C1−18アルコキシ)トリチル基、9−(9−フェニル)キサンテニル基、または、9−(9−フェニル)チオキサンテニル基であることが好ましい。Qが上記いずれかである場合、より簡便にオリゴヌクレオチドの合成を行うことができる。
また、本発明の製造方法において、y1、または、y2が、1〜100であってもよい。
また、本発明の製造方法において、y1、または、y2が、1〜30であってもよい。
また、本発明の製造方法において、y1、または、y2が、0であってもよい。
また、本発明の製造方法において、nが、1、または、2であることが好ましい。
また、本発明の製造方法において、mが、2〜4の整数であることが好ましい。
他方、本発明のTag部分除去方法(置換基除去方法)は、一般式(3)で表される化合物またはその誘導体を還元処理する工程(1)を含む。
Figure 2020011932
(式中、
Rは、それぞれ独立して、置換されていてもよい、炭素数10〜40のアルキル基を表す。
mは、1〜5の整数を表す。mが2以上の場合には、複数存在するROは、同一、または、異なっていてもよい。
Xは、O、S、NH、または、NRを表す。
nは、1〜4の整数を表す。
は、置換されていてもよい、炭素数1〜6のアルキル基を表す。
Yは、下記一般式(4)、または、一般式(5)を表す。)
Figure 2020011932
(式中、
Baseは、修飾されていてもよい核酸塩基を表す。Baseが2以上存在する場合には、複数存在するBaseは同一、または、異なっていてもよい。
Bは、水素原子、保護されていてもよい水酸基、または、ハロゲンを表す。Bが2以上存在する場合には、複数存在するBは、同一、または、異なっていてもよい。
Wは、水素原子、または、保護基を表す。
は、電子求引性基を有する、炭素数1〜4のアルキル基を表す。Rが2以上存在する場合には、複数存在するRは同一、または、異なっていてもよい。
Zは、O、または、Sを表す。Zが2以上存在する場合には、複数存在するZは、同一、または、異なっていてもよい。
y1は、0以上の任意の整数を表す。
*は、上記一般式(3)における結合箇所を表す。)
Figure 2020011932
(式中、
Baseは、修飾されていてもよい核酸塩基を表す。Baseが2以上存在する場合には、複数存在するBaseは同一、または、異なっていてもよい。
Qは、水素原子、または、保護基を表す。
Vは、炭素数1〜6のアルコキシ基、ジ(C1−6アルキル)アミノ基、または、4位窒素原子が保護基で保護され、さらに置換されていてもよいピペラジノ基を表す。Vが2以上存在する場合には、複数存在するVは同一、または、異なっていてもよい。
y2は、0以上の任意の整数を表す。
*は、上記一般式(3)における結合箇所を表す。)
本発明のTag部分除去方法によると、上記Tag化ヌクレオシド保護体およびTag化ヌクレオチド保護体を用いるため、当該Tag部分のみを選択的にかつ速やかに除去することが可能である。また、上記作用効果を奏するのは、一般式(3)等におけるフェニル基に直接結合しているカルボニル基(C=O基)、および、当該カルボニル基に結合しているX原子(O、S、NH、または、NR)がLiBH等の還元剤と何らかの相互作用を形成し、より好適に還元反応がTag化合物部位で行われ易くなるため、選択的に、より速やかに除去反応が進行するのではないかと推測しているが、当該推測により権利範囲を限定するものではない。
また、本発明のTag部分除去方法において、一般式(6)で表される化合物またはその誘導体を還元処理する工程(1)を含むことが好ましい。
Figure 2020011932
(式中、
、R、および、Rは、それぞれ独立して、置換されていてもよい、炭素数10〜40のアルキル基を表す。
Xは、O、S、NH、または、NRを表す。
nは、1〜4の整数を表す。
は、置換されていてもよい、炭素数1〜6のアルキル基を表す。
Yは、下記一般式(4)、または、一般式(5)を表す。)
Figure 2020011932
(式中、
Baseは、修飾されていてもよい核酸塩基を表す。Baseが2以上存在する場合には、複数存在するBaseは同一、または、異なっていてもよい。
Bは、水素原子、保護されていてもよい水酸基、または、ハロゲンを表す。Bが2以上存在する場合には、複数存在するBは、同一、または、異なっていてもよい。
Wは、水素原子、または、保護基を表す。
は、電子求引性基を有する、炭素数1〜4のアルキル基を表す。Rが2以上存在する場合には、複数存在するRは同一、または、異なっていてもよい。
Zは、O、または、Sを表す。Zが2以上存在する場合には、複数存在するZは、同一、または、異なっていてもよい。
y1は、0以上の任意の整数を表す。
*は、上記一般式(6)における結合箇所を表す。)
Figure 2020011932
(式中、
Baseは、修飾されていてもよい核酸塩基を表す。Baseが2以上存在する場合には、複数存在するBaseは同一、または、異なっていてもよい。
Qは、水素原子、または、保護基を表す。
Vは、炭素数1〜6のアルコキシ基、ジ(C1−6アルキル)アミノ基、または、4位窒素原子が保護基で保護され、さらに置換されていてもよいピペラジノ基を表す。Vが2以上存在する場合には、複数存在するVは同一、または、異なっていてもよい。
y2は、0以上の任意の整数を表す。
*は、上記一般式(6)における結合箇所を表す。)
また、本発明のTag部分除去方法において、上記還元処理が、ホウ素含有還元剤を用いる、または、ホウ素含有還元剤とアミンとを用いるものであることが好ましい。上記構成を有することにより、Tag化ヌクレオシド保護体またはTag化ヌクレオチド保護体における、Tag部分の選択的除去を簡便に行うことができる。
また、本発明のTag部分除去方法において、上記ホウ素含有還元剤が、水素化ホウ素リチウム、水素化ホウ素ナトリウム、水素化トリエチルホウ素リチウム、水素化ホウ素テトラブチルアンモニウムであることが好ましい。上記構成を有することにより、Tag化ヌクレオシド保護体またはTag化ヌクレオチド保護体における、Tag部分の選択的除去をより収率よく行うことができる。
本発明の化合物またはその誘導体(化合物(1)、(2)等。アルコキシフェニル誘導体。)は、新規化合物であって、これを用いることにより、上記Tag化ヌクレオシド保護体およびヌクレオチド保護体を簡便に得ることが可能となる。
また、本発明の化合物またはその誘導体(化合物(3)、(6)等。Tag化ヌクレオシド保護体およびTag化ヌクレオチド保護体等。)は、Tag部分が上記構造を有するため、特に液相合成(疑似液相合成を含む)において、極性溶媒の添加により、アミダイトモノマーなどの副原料などとろ過操作などによって簡便に分離することができ、さらにTag部分のみを選択的にかつ速やかに除去することが可能であり、液相合成法によるオリゴヌクレオチドの合成のみならず、従来では困難であったオリゴヌクレオチド保護体の合成が可能となる。
また、本発明の化合物またはその誘導体(化合物(7)、(8)等。オリゴヌクレオチド等。)の製造方法は、上記Tag化ヌクレオシド保護体およびTag化ヌクレオチド保護体を用いるため、従来よりも簡易迅速な液相合成法によるオリゴヌクレオチドの合成が可能となる。
また、本発明の化合物またはその誘導体(化合物(1)、(2)、(3)、(6)等。アルコキシフェニル誘導体、Tag化ヌクレオシド保護体およびTag化ヌクレオチド保護体等。)のTag部分除去方法(置換基除去方法)は、上記Tag化ヌクレオシド保護体およびTag化ヌクレオチド保護体を用いるため、当該Tag部分のみを温和な条件下で選択的にかつ速やかに除去することが可能である。
以下、本発明の実施の形態について詳細に説明する。
〔アルコキシフェニル化合物およびその誘導体〕
本発明のアルコキシフェニル化合物およびその誘導体は、一般式(1)で表される化合物またはその誘導体である。
Figure 2020011932
(式中、
Rは、それぞれ独立して、置換されていてもよい、炭素数10〜40のアルキル基を表す。
mは、1〜5の整数を表す。mが2以上の場合には、複数存在するROは同一、または、異なっていてもよい。
Xは、O、S、NH、または、NRを表す。
nは、1〜4の整数を表す。
は、置換されていてもよい、炭素数1〜6のアルキル基を表す。)
上記一般式(1)において、Rは、それぞれ独立して、置換されていてもよい、炭素数10〜40のアルキル基を表す。上記Rは、炭素数13〜30のアルキル基であってもよく、炭素数15〜20のアルキル基であってもよく、なかでも炭素数18のアルキル基が好適なものとしてあげることができる。また、上記Rは、複数存在する場合にはそれぞれ独立して、直鎖アルキル基であっても、分岐アルキル基であってもよいが、直鎖アルキル基であることが好ましい。また、上記Rが炭素原子数10から40のアルキル基であることにより、本発明のTag化ヌクレオシド保護体およびTag化ヌクレオチド保護体の合成が容易となるとともに、溶解度や分離能の向上作用も得ることができる。
上記一般式(1)において、mは、1〜5の整数を表す。mが2以上の場合には、複数存在するROは同一、または、異なっていてもよい。mが、2〜4の整数であることが好ましく、mが、3であることがより好ましい。また、上記RO基は、フェニル基に直接結合しているカルボニル基(C=O基)を1位とした場合、3位、4位、または、5位に結合していることが好ましく、m=3の場合には、3位、4位、または、5位に結合していることが好ましい。また、上記mの値を上記範囲内で調整することにより、本発明のTag化ヌクレオシド保護体およびTag化ヌクレオチド保護体の非極性溶媒に対する溶解能を調整することができる。
上記一般式(1)において、Xは、O、S、NH、または、NRを表す。なかでも、Xが、Oであることが好ましい。
上記一般式(1)において、nは、1〜4の整数を表す。なかでも、nが、1、または、2であることが好ましい。
上記一般式(1)において、Rは、置換されていてもよい、炭素数1〜6のアルキル基を表す。上記Rとして、たとえば、メチル基、エチル基、1−プロピル基、1−メチル−1−エチル基、1−ブチル基、1−メチル−1−プロピル基、1,1−ジメチル−1−エチル基、2−メチル−1−プロピル基、1−ペンチル基、2−ペンチル基をあげることができる。
また、本発明において、上記アルコキシフェニル化合物およびその誘導体は、一般式(2)表される化合物またはその誘導体であることが好ましい。
Figure 2020011932
(式中、
、R、および、Rは、それぞれ独立して、置換されていてもよい、炭素数10〜40のアルキル基を表す。
Xは、O、S、NH、または、NRを表す。
nは、1〜4の整数を表す。
は、置換されていてもよい、炭素数1〜6のアルキル基を表す。)
上記一般式(2)において、R、R、および、Rは、それぞれ独立して、置換されていてもよい、炭素数10〜40のアルキル基を表す。上記R、R、および、Rは、炭素数13〜30のアルキル基であってもよく、炭素数15〜20のアルキル基であってもよく、なかでも炭素数18のアルキル基が好適なものとしてあげることができる。また、上記R、R、および、Rは、それぞれ独立して、直鎖アルキル基であっても、分岐アルキル基であってもよいが、すべて直鎖アルキル基であることが好ましい。
上記一般式(2)において、X、n、および、Rは、上記一般式(1)と同様である。
また、本発明のアルコキシフェニル化合物およびその誘導体は、その合成手法を実施例に例示しているが、その他、市販の原料を用いて公知の方法を用いて合成してもよい。
〔Tag化ヌクレオシド保護体およびTag化ヌクレオチド保護体等〕
本発明におけるTag化ヌクレオシド保護体およびTag化ヌクレオチド保護体は、一般式(3)で表される化合物またはその誘導体である。
Figure 2020011932
(式中、
Rは、それぞれ独立して、置換されていてもよい、炭素数10〜40のアルキル基を表す。
mは、1〜5の整数を表す。mが2以上の場合には、複数存在するROは、同一、または、異なっていてもよい。
Xは、O、S、NH、または、NRを表す。
nは、1〜4の整数を表す。
は、置換されていてもよい、炭素数1〜6のアルキル基を表す。
Yは、下記一般式(4)、または、一般式(5)を表す。)
Figure 2020011932
(式中、
Baseは、修飾されていてもよい核酸塩基を表す。Baseが2以上存在する場合には、複数存在するBaseは同一、または、異なっていてもよい。
Bは、水素原子、保護されていてもよい水酸基、または、ハロゲンを表す。Bが2以上存在する場合には、複数存在するBは、同一、または、異なっていてもよい。
Wは、水素原子、または、保護基を表す。
は、電子求引性基を有する、炭素数1〜4のアルキル基を表す。Rが2以上存在する場合には、複数存在するRは同一、または、異なっていてもよい。
Zは、O、または、Sを表す。Zが2以上存在する場合には、複数存在するZは、同一、または、異なっていてもよい。
y1は、0以上の任意の整数を表す。
*は、上記一般式(3)における結合箇所を表す。)
Figure 2020011932
(式中、
Baseは、修飾されていてもよい核酸塩基を表す。Baseが2以上存在する場合には、複数存在するBaseは同一、または、異なっていてもよい。
Qは、水素原子、または、保護基を表す。
Vは、炭素数1〜6のアルコキシ基、ジ(C1−6アルキル)アミノ基、または、4位窒素原子が保護基で保護され、さらに置換されていてもよいピペラジノ基を表す。Vが2以上存在する場合には、複数存在するVは同一、または、異なっていてもよい。
y2は、0以上の任意の整数を表す。
*は、上記一般式(3)における結合箇所を表す。)
上記一般式(3)において、R、m、X、n、Rは、上記一般式(1)と同様である。
上記一般式(3)において、Yは、下記一般式(4)、または、一般式(5)を表す。
上記一般式(4)において、Baseは、修飾されていてもよい核酸塩基を表す。Baseが2以上存在する場合には、複数存在するBaseは同一、または、異なっていてもよい。
上記Baseとして、たとえば、アデニル基、グアニル基、シトシル基、チミニル基、若しくはウラシル基、および、これらの誘導体、ならびに、これらの修飾体をあげることができる。上記修飾体として、たとえば、極性基等が公知の保護基等で保護されたものであってもよい。また、オリゴヌクレオチド中に複数存在するBaseは、同一、または、異なっていてもよい。
上記一般式(4)において、Bは、水素原子、保護されていてもよい水酸基、または、ハロゲンを表す。Bが2以上存在する場合には、複数存在するBは、同一、または、異なっていてもよい。また、保護されている水酸基の場合には、保護基、保護方法として公知の手法を適宜用いることができる。
上記一般式(4)において、Wは、水素原子、または、保護基を表す。Wが保護基の場合には、保護基、保護方法として公知の手法を適宜用いることができる。
また、Wが、水素原子、トリチル基、ジ(C1−6アルコキシ)トリチル基、モノ(C1−18アルコキシ)トリチル基、9−(9−フェニル)キサンテニル基、または、9−(9−フェニル)チオキサンテニル基であることが好ましい。Wが上記いずれかである場合、より簡便にオリゴヌクレオチドの合成を行うことができる。
上記一般式(4)において、Rは、電子求引性基を有する、炭素数1〜4のアルキル基を表す。Rが2以上存在する場合には、複数存在するRは同一、または、異なっていてもよい。また、Rが、2位に電子求引性基を有するエチル基であることが好ましい。また、上記電子求引性基としては、たとえば、シアノ基が好ましい例としてあげることができる。
上記一般式(4)において、Zは、O、または、Sを表す。Zが2以上存在する場合には、複数存在するZは、同一、または、異なっていてもよい。
上記一般式(4)において、y1は、0以上の任意の整数を表す。y1が、1〜100であってもよく、1〜50であってもよく、1〜30であってもよく、1〜20であってもよく、1〜10であってもよく、0であってもよい。
上記一般式(4)において、*は、上記一般式(3)における結合箇所を表す。
上記一般式(5)において、Baseは、上記一般式(4)と同様である。
上記一般式(5)において、Qは、水素原子、または、保護基を表す。Qが保護基の場合には、保護基、保護方法として公知の手法を適宜用いることができる。
また、Qが、水素原子、トリチル基、ジ(C1−6アルコキシ)トリチル基、モノ(C1−18アルコキシ)トリチル基、9−(9−フェニル)キサンテニル基、または、9−(9−フェニル)チオキサンテニル基であることが好ましい。Qが上記いずれかである場合、より簡便にオリゴヌクレオチドの合成を行うことができる。
上記一般式(5)において、Vは、炭素数1〜6のアルコキシ基、ジ(C1−6アルキル)アミノ基、または、4位窒素原子が保護基で保護され、さらに置換されていてもよいピペラジノ基を表す。Vが2以上存在する場合には、複数存在するVは同一、または、異なっていてもよい。
上記一般式(5)において、y2は、0以上の任意の整数を表す。y2が、1〜100であってもよく、1〜50であってもよく、1〜30であってもよく、1〜20であってもよく、1〜10であってもよく、0であってもよい。
上記一般式(5)において、*は、上記一般式(3)における結合箇所を表す。
また、本発明のTag化ヌクレオシド保護体およびTag化ヌクレオチド保護体は、一般式(6)表される化合物またはその誘導体であることが好ましい。
Figure 2020011932
(式中、
、R、および、Rは、それぞれ独立して、置換されていてもよい、炭素数10〜40のアルキル基を表す。
Xは、O、S、NH、または、NRを表す。
nは、1〜4の整数を表す。
は、置換されていてもよい、炭素数1〜6のアルキル基を表す。
Yは、下記一般式(4)、または、一般式(5)を表す。)
Figure 2020011932
(式中、
Baseは、修飾されていてもよい核酸塩基を表す。Baseが2以上存在する場合には、複数存在するBaseは同一、または、異なっていてもよい。
Bは、水素原子、保護されていてもよい水酸基、または、ハロゲンを表す。Bが2以上存在する場合には、複数存在するBは、同一、または、異なっていてもよい。
Wは、水素原子、または、保護基を表す。
は、電子求引性基を有する、炭素数1〜4のアルキル基を表す。Rが2以上存在する場合には、複数存在するRは同一、または、異なっていてもよい。
Zは、O、または、Sを表す。Zが2以上存在する場合には、複数存在するZは、同一、または、異なっていてもよい。
y1は、0以上の任意の整数を表す。
*は、上記一般式(6)における結合箇所を表す。)
Figure 2020011932
(式中、
Baseは、修飾されていてもよい核酸塩基を表す。Baseが2以上存在する場合には、複数存在するBaseは同一、または、異なっていてもよい。
Qは、水素原子、または、保護基を表す。
Vは、炭素数1〜6のアルコキシ基、ジ(C1−6アルキル)アミノ基、または、4位窒素原子が保護基で保護され、さらに置換されていてもよいピペラジノ基を表す。Vが2以上存在する場合には、複数存在するVは同一、または、異なっていてもよい。
y2は、0以上の任意の整数を表す。
*は、上記一般式(6)における結合箇所を表す。)
上記一般式(6)において、R、R、R、X、n、および、Rは、上記一般式(2)と同様である。
上記一般式(6)において、Yは、上記一般式(3)と同様である。
また、本発明のTag化ヌクレオシド保護体およびTag化ヌクレオチド保護体は、その合成手法を実施例に例示しているが、その他、市販の原料を用いて公知の方法を用いて合成してもよい。
本発明のTag化ヌクレオシド保護体およびTag化ヌクレオチド保護体の製造方法(合成方法)として、たとえば、上記アルコキシフェニル化合物またはその誘導体と、ヌクレオシドまたはヌクレオチドとを結合させる方法で得ることができる。結合手法として、たとえば、上記アルコキシフェニル化合物またはその誘導体と、ヌクレオシドまたはヌクレオチドとを縮合反応させる方法をあげることができる。上記縮合反応を用いる場合、たとえば、一般式(1)または(2)で表される上記アルコキシフェニル化合物と、ヌクレオシドまたはヌクレオチドとを縮合剤を用いて結合させる方法や、置換基等で反応性を高めた一般式(1)または(2)で表される上記アルコキシフェニル化合物の誘導体(たとえば、エステル誘導体、酸クロリド誘導体等)と、ヌクレオシドまたはヌクレオチドとを用いて結合させる方法や、一般式(1)または(2)で表される上記アルコキシフェニル化合物と、置換基等で反応性を高めたヌクレオシドまたはヌクレオチドとを用いて結合させる方法を適宜用いることができる。
〔オリゴヌクレオチド保護体の製造方法、および、Tag部分除去方法等〕
本発明のオリゴヌクレオチド保護体の製造方法(合成方法)、および、本発明のTag部分除去方法(置換基除去方法)は、一般式(3)で表される化合物またはその誘導体を還元処理する工程(1)を含むものである。
Figure 2020011932
(式中、
Rは、それぞれ独立して、置換されていてもよい、炭素数10〜40のアルキル基を表す。
mは、1〜5の整数を表す。mが2以上の場合には、複数存在するROは、同一、または、異なっていてもよい。
Xは、O、S、NH、または、NRを表す。
nは、1〜4の整数を表す。
は、置換されていてもよい、炭素数1〜6のアルキル基を表す。
Yは、下記一般式(4)、または、一般式(5)を表す。)
Figure 2020011932
(式中、
Baseは、修飾されていてもよい核酸塩基を表す。Baseが2以上存在する場合には、複数存在するBaseは同一、または、異なっていてもよい。
Bは、水素原子、保護されていてもよい水酸基、または、ハロゲンを表す。Bが2以上存在する場合には、複数存在するBは、同一、または、異なっていてもよい。
Wは、水素原子、または、保護基を表す。
は、電子求引性基を有する、炭素数1〜4のアルキル基を表す。Rが2以上存在する場合には、複数存在するRは同一、または、異なっていてもよい。
Zは、O、または、Sを表す。Zが2以上存在する場合には、複数存在するZは、同一、または、異なっていてもよい。
y1は、0以上の任意の整数を表す。
*は、上記一般式(3)における結合箇所を表す。)
Figure 2020011932
(式中、
Baseは、修飾されていてもよい核酸塩基を表す。Baseが2以上存在する場合には、複数存在するBaseは同一、または、異なっていてもよい。
Qは、水素原子、または、保護基を表す。
Vは、炭素数1〜6のアルコキシ基、ジ(C1−6アルキル)アミノ基、または、4位窒素原子が保護基で保護され、さらに置換されていてもよいピペラジノ基を表す。Vが2以上存在する場合には、複数存在するVは同一、または、異なっていてもよい。
y2は、0以上の任意の整数を表す。
*は、上記一般式(3)における結合箇所を表す。)
Figure 2020011932
(式中、
Baseは、修飾されていてもよい核酸塩基を表す。Baseが2以上存在する場合には、複数存在するBaseは同一、または、異なっていてもよい。
Bは、水素原子、保護されていてもよい水酸基、または、ハロゲンを表す。Bが2以上存在する場合には、複数存在するBは、同一、または、異なっていてもよい。
Wは、水素原子、または、保護基を表す。
は、電子求引性基を有する、炭素数1〜4のアルキル基を表す。Rが2以上存在する場合には、複数存在するRは同一、または、異なっていてもよい。
Zは、O、または、Sを表す。Zが2以上存在する場合には、複数存在するZは、同一、または、異なっていてもよい。
y1は、0以上の任意の整数を表す。)
Figure 2020011932
(式中、
Baseは、修飾されていてもよい核酸塩基を表す。Baseが2以上存在する場合には、複数存在するBaseは同一、または、異なっていてもよい。
Qは、水素原子、または、保護基を表す。
Vは、炭素数1〜6のアルコキシ基、ジ(C1−6アルキル)アミノ基、または、4位窒素原子が保護基で保護され、さらに置換されていてもよいピペラジノ基を表す。Vが2以上存在する場合には、複数存在するVは同一、または、異なっていてもよい。
y2は、0以上の任意の整数を表す。)
上記オリゴヌクレオチド保護体の製造方法において、上記一般式(3)、(4)、(5)は上記同様である。
上記オリゴヌクレオチド保護体の製造方法における、上記一般式(7)において、Base、B、W、R、Z、および、y1は、上記一般式(4)と同様である。
上記オリゴヌクレオチド保護体の製造方法における、上記一般式(8)において、Base、Q、V、および、y2は、上記一般式(5)と同様である。
本発明のオリゴヌクレオチド保護体の製造方法、および、本発明のTag部分除去方法において、一般式(6)で表される化合物またはその誘導体を還元処理する工程(1)を含むことが好ましい。
Figure 2020011932
(式中、
、R、および、Rは、それぞれ独立して、置換されていてもよい、炭素数10〜40のアルキル基を表す。
Xは、O、S、NH、または、NRを表す。
nは、1〜4の整数を表す。
は、置換されていてもよい、炭素数1〜6のアルキル基を表す。
Yは、下記一般式(4)、または、一般式(5)を表す。)
Figure 2020011932
(式中、
Baseは、修飾されていてもよい核酸塩基を表す。Baseが2以上存在する場合には、複数存在するBaseは同一、または、異なっていてもよい。
Bは、水素原子、保護されていてもよい水酸基、または、ハロゲンを表す。Bが2以上存在する場合には、複数存在するBは、同一、または、異なっていてもよい。
Wは、水素原子、または、保護基を表す。
は、電子求引性基を有する、炭素数1〜4のアルキル基を表す。Rが2以上存在する場合には、複数存在するRは同一、または、異なっていてもよい。
Zは、O、または、Sを表す。Zが2以上存在する場合には、複数存在するZは、同一、または、異なっていてもよい。
y1は、0以上の任意の整数を表す。
*は、上記一般式(6)における結合箇所を表す。)
Figure 2020011932
(式中、
Baseは、修飾されていてもよい核酸塩基を表す。Baseが2以上存在する場合には、複数存在するBaseは同一、または、異なっていてもよい。
Qは、水素原子、または、保護基を表す。
Vは、炭素数1〜6のアルコキシ基、ジ(C1−6アルキル)アミノ基、または、4位窒素原子が保護基で保護され、さらに置換されていてもよいピペラジノ基を表す。Vが2以上存在する場合には、複数存在するVは同一、または、異なっていてもよい。
y2は、0以上の任意の整数を表す。
*は、上記一般式(6)における結合箇所を表す。)
Figure 2020011932
(式中、
Baseは、修飾されていてもよい核酸塩基を表す。Baseが2以上存在する場合には、複数存在するBaseは同一、または、異なっていてもよい。
Bは、水素原子、保護されていてもよい水酸基、または、ハロゲンを表す。Bが2以上存在する場合には、複数存在するBは、同一、または、異なっていてもよい。
Wは、水素原子、または、保護基を表す。
は、電子求引性基を有する、炭素数1〜4のアルキル基を表す。Rが2以上存在する場合には、複数存在するRは同一、または、異なっていてもよい。
Zは、O、または、Sを表す。Zが2以上存在する場合には、複数存在するZは、同一、または、異なっていてもよい。
y1は、0以上の任意の整数を表す。)
Figure 2020011932
(式中、
Baseは、修飾されていてもよい核酸塩基を表す。Baseが2以上存在する場合には、複数存在するBaseは同一、または、異なっていてもよい。
Qは、水素原子、または、保護基を表す。
Vは、炭素数1〜6のアルコキシ基、ジ(C1−6アルキル)アミノ基、または、4位窒素原子が保護基で保護され、さらに置換されていてもよいピペラジノ基を表す。Vが2以上存在する場合には、複数存在するVは同一、または、異なっていてもよい。
y2は、0以上の任意の整数を表す。)
上記オリゴヌクレオチド保護体の製造方法、および、本発明のTag部分除去方法において、上記一般式(3)、(4)、(5)は上記同様である。
上記オリゴヌクレオチド保護体の製造方法、および、本発明のTag部分除去方法において、上記一般式(7)において、Base、B、W、R、Z、および、y1は、上記一般式(4)と同様である。
上記オリゴヌクレオチド保護体の製造方法、および、本発明のTag部分除去方法において、上記一般式(8)において、Base、Q、V、および、y2は、上記一般式(5)と同様である。
上記オリゴヌクレオチド保護体の製造方法、および、本発明のTag部分除去方法において、上記還元処理が、ホウ素含有還元剤を用いる、または、ホウ素含有還元剤とアミンとを用いるものであることが好ましい。上記構成を有することにより、オリゴヌクレオチド保護体をより簡便に合成することができる。
上記ホウ素含有還元剤として、公知のものを用いることができるが、なかでも、水素化ホウ素リチウム、水素化ホウ素ナトリウム、水素化トリエチルホウ素リチウム、水素化ホウ素テトラブチルアンモニウム等であることが好ましい。これらの化合物は単独で使用してもよく、また2種以上を混合して使用してもよい。上記構成を有することにより、オリゴヌクレオチド保護体をより収率よく簡便に合成することができる。
上記ホウ素含有還元剤とアミンとを用いる場合、上記アミンとして、公知のものを用いることができるが、なかでも、ジイソプロピルエチルアミン、トリエチルアミン、ピリジン等であることが好ましい。これらの化合物は単独で使用してもよく、また2種以上を混合して使用してもよい。上記構成を有することにより、オリゴヌクレオチド保護体をより収率よく簡便に合成することができる。
上記工程(1)は、その合成手法、反応手法を一般式(6)等で表される化合物またはその誘導体の化学構造を損傷させない限り、その他、市販の原料を用いて公知の方法を用いてもよい。
上記工程(1)は、たとえば、一般式(6)等で表される化合物またはその誘導体を、ホウ素含有還元剤、または、ホウ素含有還元剤とアミンとを有機溶媒に溶解または混合させ、−10℃または室温下で撹拌し反応させる工程をあげることができる。
また、本発明のオリゴヌクレオチド保護体の製造方法、および、本発明のTag部分除去方法は、その合成手法、反応手法を実施例に例示しているが、その他、市販の原料を用いて公知の方法を用いてもよい。
本発明のTag化オリゴヌクレオチド保護体の製造方法としては、たとえば、2量体を例とすると、上記Tag化ヌクレオシド保護体またはTag化ヌクレオチド保護体と、アミダイト化したヌクレオシドまたはヌクレオチドとをカップリング反応させ(工程A)、得られた2量体を酸化工程でリン酸エステル化し(工程B)、保護基Wの脱保護を行い(工程C)、ろ別(工程D)を行うことにより、Tag化ヌクレオチド保護体の2量体を得る方法をあげることができる。また、より高次の(n+1)量体は、当該手法を同様にn回繰り返して得る方法や、一定程度の長さのヌクレオチド誘導体を用いてそれらを結合させて得る方法などをあげることができる。
以下、本発明の構成と効果を具体的に示す実施例等について説明する。以下、実施例における濃縮操作は特に指定のない限り、減圧下で行った。なお、実施例等における評価項目は下記のようにして測定を行った。
H−NMRスペクトルの測定>
H−NMRスペクトルの測定は、核磁気共鳴装置(日本電子社製、製品名AL400および日本電子社製、製品名ECS−600)を用い、内部標準としてテトラメチルシランを用いて行った。
13C−NMRスペクトルの測定>
13C−NMRスペクトルの測定は、核磁気共鳴装置(日本電子社製、製品名AL400および日本電子社製、製品名ECS−600)を用い、内部標準としてテトラメチルシランを用いて行った。
<TOF/MSスペクトルの測定>
TOF/MSスペクトルの測定は、飛行時間型質量分析計(Waters社製、製品名LCT−PremierXEおよび日本電子社製、製品名JMS T−100LP)を用いて行った。
1.2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸の合成
(A)tert−ブチルエステルを経由する方法
〔実施例1−1〕
(1)3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)安息香酸2−(tert−ブトキシ)−2−オキソエチルの合成
Figure 2020011932
3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)安息香酸(1.80g,1.94mmol)のTHF(10mL)懸濁液にトリエチルアミン(0.39g,3.87mmol)、2−ブロモ酢酸tert−ブチル(0.76g,3.87mmol)を加えたのち、60℃で2時間撹拌した。反応液を室温に冷却したのち、メタノール(54mL)を滴下することで析出した固体をろ過した。固体をメタノールで洗浄したのち、50℃で減圧乾燥し、表題の化合物(1.95g,97%)を白色固体として得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.88(t,9H,J=6.8Hz),1.16−1.41(m,84H),1.41−1.57(m,6H),1.49(s,9H),1.66−1.88(m,6H),3.95−4.11(m,6H),4.70(s,2H),7.31(s,2H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ14.02,22.48,22.66,22.83,26.08,26.11,27.88,28.08,29.35,29.40,29.56,29.64,29.65,29.70,29.97,30.22,30.36,31.76,31.93,32.10,61.66,69.35,73.51,82.32,108.69,108.90,123.82,123.93,143.11,143.38,152.93,165.83,166.90.
TOF/MS(ESI):calcd for C67124Na[M+Na] 1063.9245,found 1063.9254.
〔実施例1−2〕
(2)2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸の合成
Figure 2020011932
3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)安息香酸2−(tert−ブトキシ)−2−オキソエチル(5.21g,5.0mmol)のクロロホルム(20mL)溶液にトリフルオロ酢酸(11.40g,100.0mmol)を添加したのち、50℃で17時間撹拌した。反応液を室温に冷却したのち、アセトニトリル(50mL)を滴下することで析出した固体をろ過した。固体をアセトニトリル−クロロホルム混合溶媒で洗浄したのち、50℃で減圧乾燥し、表題の化合物(4.89g,99%)を白色固体として得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.88(t,9H,J=7.0Hz),1.16−1.54(m,90H),1.69−1.88(m,6H),3.95−4.11(m,6H),4.87(s,2H),7.30(s,2H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ14.08,22.68,26.06,26.10,29.36,29.41,29.57,29.65,29.66,29.72,30.35,31.93,60.49,69.30,73.57,108.53,123.31,143.17,152.96,165.74.
TOF/MS(ESI):calcd for C63116Na[M+Na] 1007.8619,found 1007.8639.
(B)ベンジルエステルを経由する方法
〔実施例1−3〕
(1)3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)安息香酸2−ベンジルオキシ−2−オキソエチルの合成
Figure 2020011932
3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)安息香酸(0.90g,0.97mmol)のクロロホルム(5mL)懸濁液にトリエチルアミン(0.20g,1.94mmol)、2−ブロモ酢酸ベンジル(0.45g,1.94mmol)を加えたのち、50℃で14時間撹拌した。反応液を室温に冷却したのち、メタノール(18mL)を滴下することで析出した固体をろ過した。固体をメタノールで洗浄したのち、50℃で減圧乾燥し、表題の化合物(1.02g,97%)を白色固体として得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.88(t,9H,J=6.8Hz),1.16−1.41(m,84H),1.41−1.54(m,6H),1.66−1.91(m,6H),3.95−4.08(m,6H),4.86(s,2H),5.23(s,2H),7.24−7.41(m,7H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ14.08,22.71,26.13,26.16,29.40,29.43,29.46,29.62,29.69,29.71,29.76,30.00,30.43,31.98,61.24,67.07,69.40,73.59,108.76,123.69,128.32,128.50,128.65,135.35,143.28,152.96,153.01,165.84,167.77.
〔実施例1−4〕
(2)2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸の合成
Figure 2020011932
3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)安息香酸2−ベンジルオキシ−2−オキソエチル(0.91g,0.85mmol)のTHF(4.3mL)溶液に10%Pd−C(0.09g)を加えたのち、水素風船下、40℃で19時間撹拌した。反応液を室温に冷却したのち、セライトろ過により10%Pd−Cを除いた。ろ液を濃縮したのち、残渣にアセトニトリル(18mL)を滴下することで析出した固体をろ過した。固体をアセトニトリルで洗浄したのち、50℃で減圧乾燥し、表題の化合物(0.84g,100%)を白色固体として得た。
2.チミジニル−[3’→5’]デオキシシチジニル−[3’→5’]−デオキシシチジニル−[3’→5’]−デオキシシチジニル−[3’→5’]−デオキシグアニジル−[3’→5’]−デオキシシチジニル−[3’→5’]−デオキシシチジニル−[3’→5’]−チミジニル−[3’→5’]−デオキシグアニジル−[3’→5’]−チミジニル−[3’→5’]−デオキシグアニジル−[3’→5’]−デオキシアデニリル−[3’→5’]−デオキシシチジニル−[3’→5’]−デオキシアデニリル−[3’→5’]−チミジニル−[3’→5’]−デオキシグアニジル−[3’→5’]−デオキシシチジニル−[3’→5’]−デオキシアデニリル−[3’→5’]−チミジニル−[3’→5’]−チミジン(20merオリゴ核酸)の合成
〔実施例2−1〕
(1)2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)チミジン−3’−イルの合成
Figure 2020011932
2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸(4.95g,5.02mmol)、5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)チミジン(3.28g,6.03mmol)、1−メチルイミダゾール(2.27g,27.62mmol)のTHF(50mL)懸濁液にCOMU(4.73g,11.05mmol)を加えたのち、室温で3.5時間撹拌した。反応液にアセトニトリル(248mL)を滴下することで析出した固体をろ過した。固体をアセトニトリル−THF混合溶媒で洗浄したのち、50℃で減圧乾燥し、表題の化合物(7.16g,95%)を得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.88(t,9H,J=6.8Hz),1.16−1.54(m,93H),1.69−1.88(m,6H),2.42−2.58(m,2H),3.42−3.55(m,2H),3.78(s,6H),3.95−4.05(m,6H),4.18(s,1H),4.82(s,2H),5.56(d,1H,J=5.6Hz),6.40−6.50(m,1H),6.80−6.90(m,4H),7.20−7.40(m,9H),7.61(s,1H),8.03(s,1H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ11.62,14.10,22.71,26.11,26.15,29.38,29.45,29.61,29.68,29.75,30.40,31.96,37.88,55.28,61.12,63.68,69.35,73.60,83.93,84.40,87.36,108.59,111.66,113.43,123.26,127.29,128.08,128.19,130.10,130.15,135.20,135.25,135.32,144.22,150.11,153.02,158.92,163.16,165.85,167.50.
TOF/MS(ESI):calcd for C9414613Na [M+Na] 1534.0723, found 1534.0759.
〔実施例2−2〕
(2)2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸チミジン−3’−イルの合成
Figure 2020011932
2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)チミジン−3’−イル(6.95g,4.60mmol)のジクロロメタン溶液(174mL)にピロール(1.54g,22.98mmol)、トリフルオロ酢酸(0.66g,5.75mmol)を加えたのち、室温で2.5時間撹拌した。反応液にアセトン(52mL)とアセトニトリル(156mL)を滴下することで析出した固体をろ過した。固体をアセトニトリル−アセトン−ジクロロメタン混合溶媒とアセトニトリルで洗浄したのち、50℃で減圧乾燥し、表題の化合物(5.04g,91%)を得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.88(t,9H,J=6.8Hz),1.11−1.39(m,84H),1.43−1.51(m,6H),1.66(s,1H),1.71−1.85(m,6H),1.95(s,3H),2.36−2.58(m,3H),3.89−3.97(m,2H),3.97−4.08(m,6H),4.15(dd,1H,J=2.0,2.4Hz),4.84(s,2H),5.45−5.53(m,1H),6.20(dd,1H,J=6.0,8.8Hz),7.29(s,2H),7.45(d,1H,J=1.2Hz),8.59(s,1H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ12.58,14.12,22.70,26.07,26.11,29.33,29.38,29.43,29.59,29.67,29.68,29.73,30.35,31.94,36.99,61.12,62.57,69.24,73.58,75.97,84.91,86.46,108.36,111.48,123.17,136.41,143.09,150.29,152.96,163.40,165.91,167.71.
TOF/MS(ESI):calcd for C7312811Na [M+Na] 1231.9416, found 1231.9432.
〔実施例2−3〕
(3)2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸5’−O−((シアノエトキシ)(チミジン−3’−イル)ホスホリル)チミジン−3’−イルの合成
Figure 2020011932
アルゴン下で、2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸チミジン−3’−イル(1.00g,0.83mmol)、5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)チミジン−3’−イル−ホスホロアミダイト(1.23g,1.65mmol)のジクロロメタン懸濁液(15mL)に5−ベンジルチオ−1H−テトラゾール(0.32g,1.65mmol)を加えたのち、室温で1.5時間撹拌した。次に、クメンヒドロペルオキシド(含量82%)(0.23g,1.24mmol)を加えたのち、室温で2時間撹拌した。反応液にピロール(0.56g,8.27mmol)、トリフルオロ酢酸(0.28g,2.48mmol)を加えたのち、室温で2時間撹拌した。反応液にアセトン(15mL)とアセトニトリル(45mL)を滴下することで析出した固体をろ過した。固体をアセトニトリル−アセトン−ジクロロメタン混合溶媒とアセトニトリルで洗浄したのち、50℃で減圧乾燥し、表題の化合物(1.20g,92%)を白色固体として得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.88(t,9H,J=6.8Hz),1.11−1.55(m,90H),1.65−2.05(m,12H),2.40−2.60(m,4H),2.75−2.90(m,2H),3.84(s,2H),3.95−4.10(m,6H),4.15−4.50(m,6H),4.85(s,2H),5.15−5.25(m,1H),5.35−5.55(m,1H),6.10−6.35(m,2H),7.29(s,2H),7.35(d,1H,J=1.2Hz),7.47(s,1H),9.60−9.95(m,2H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ12.42,12.46,14.10,19.72,19.79,22.71,26.12,26.19,29.38,29.43,29.49,29.63,29.70,29.75,30.43,31.96,36.47,36.56,38.46,61.14,61.91,62.00,62.63,62.68,62.75,62.80,67.53,69.42,73.64,74.66,74.77,78.94,79.12,82.33,82.40,82.48,85.60,85.66,85.79,86.02,86.21,86.35,108.61,111.27,111.33,111.73,111.82,116.58,116.66,123.15,135.87,135.94,136.53,136.62,143.41,150.49,150.59,153.07,163.94,164.02,165.96,167.79,167.83.
TOF/MS(ESI):calcd for C8614418PNa [M+Na] 1589.0142, found 1589.0104.
〔実施例2−4〕
(4)2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(チミジン−3’−イル)ホスホリル)−N−ベンゾイルデオキシシチジン−3’−イル)ホスホリル)−N−ベンゾイルデオキシシチジン−3’−イル)ホスホリル)−N−ベンゾイルデオキシシチジン−3’−イル)ホスホリル)−N−イソブチリルデオキシグアノシン−3’−イル)ホスホリル)−N−ベンゾイルデオキシシチジン−3’−イル)ホスホリル)−N−ベンゾイルデオキシシチジン−3’−イル)ホスホリル)−チミジン−3’−イル)ホスホリル)−N−イソブチリルデオキシグアノシン−3’−イル)ホスホリル)チミジン−3’−イル)ホスホリル)−N−イソブチリルデオキシグアノシン−3’−イル)ホスホリル)−N−ベンゾイルデオキシアデノシン−3’−イル)ホスホリル)−N−ベンゾイルデオキシシチジン−3’−イル)ホスホリル)−N−ベンゾイルデオキシアデノシン−3’−イル)ホスホリル)チミジン−3’−イル)ホスホリル)−N−イソブチリルデオキシグアノシン−3’−イル)ホスホリル)−N−ベンゾイルデオキシシチジン−3’−イル)ホスホリル)−N−ベンゾイルデオキシアデノシン−3’−イル)ホスホリル)チミジン−3’−イル)ホスホリル)チミジン−3’−イルの合成
実施例2−3と同様の操作を18回繰り返して、表題の化合物(1.10g)を得た。
TOF/MS(ESI):m/z3114.3[M−3H]3−,2335.6[M−4H]4−,1868.9[M−5H]5−,1557.6[M−6H]6−
〔実施例2−5〕
(5)脱保護、および、精製工程
実施例2−4で合成した化合物(50mg,5.4μmol)に28%アンモニア水(2.1mL)を加えたのち、80℃で1.5時間加熱撹拌した。反応液を減圧下で濃縮したのち、濃縮残渣に0.1mol/L−酢酸トリエチルアミン緩衝液を加えることで析出した不溶物をろ過により除去した。ろ液のC−18カートリッジ精製によって得られた溶出液を乾燥し、目的物であるチミジニル−[3’→5’]デオキシシチジニル−[3’→5’]−デオキシシチジニル−[3’→5’]−デオキシシチジニル−[3’→5’]−デオキシグアニジル−[3’→5’]−デオキシシチジニル−[3’→5’]−デオキシシチジニル−[3’→5’]−チミジニル−[3’→5’]−デオキシグアニジル−[3’→5’]−チミジニル−[3’→5’]−デオキシグアニジル−[3’→5’]−デオキシアデニリル−[3’→5’]−デオキシシチジニル−[3’→5’]−デオキシアデニリル−[3’→5’]−チミジニル−[3’→5’]−デオキシグアニジル−[3’→5’]−デオキシシチジニル−[3’→5’]−デオキシアデニリル−[3’→5’]−チミジニル−[3’→5’]−チミジンを得た。
HPLC(shodexODP(4.6Φ×150mm),流速:1.0mL/min,移動:0.1mol/Lトリエチルアミン−酢酸緩衝液、アセトニトリル gradient:0-15min(2to98%アセトニトリル),Rt=3.9min(98.6%)
TOF/MS(ESI):m/z3020.9[M−2H]2−,2013.4[M−3H]3−,1509.8[M−4H]4−
(6)2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)チミジン−3’−イルの合成
〔実施例2−6〕
(縮合剤としてEDCI−HClを用いる場合)
Figure 2020011932
2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸(0.87g,0.89mmol)、5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)チミジン(0.97g,1.77mmol)のTHF(9mL)溶液に4−ジメチルアミノピリジン(0.02g,0.18mmol)と1−(3−ジメチルアミノプロピル)−3−エチルカルボジイミド塩酸塩(0.34g,1.77mmol)を加えたのち、室温で14時間撹拌した。反応液にアセトニトリル(18mL)を滴下することで析出した固体をろ過した。固体をアセトニトリル−THF混合溶媒で洗浄したのち、50℃で減圧乾燥し、粗体(1.28g)を得た。粗体をカラムクロマトグラフィー(球状中性シリカゲル,展開溶媒:クロロホルム−THF)で精製することにより、表題の化合物(1.06g,79%)を白色固体として得た。
〔実施例2−7〕
(縮合剤としてCDIを用いる場合)
Figure 2020011932
2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸(9.86g,10.0mmol)、4−ジメチルアミノピリジン(0.12g,1.0mmol)のジクロロメタン(210mL)懸濁液に1,1’−カルボニルジイミダゾール(2.43g,15.0mmol)を加え、室温で1時間撹拌したのち、30〜35℃で4時間撹拌した。次に、5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)チミジン(10.89g,20.0mmol)を加え、室温で17時間撹拌した。さらに、反応液に5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)チミジン(1.09g,0.4mmol)を加えたのち、室温で4.5時間撹拌した。反応液にジクロロメタン(10mL)を加えたのち、アセトニトリル(400mL)を滴下することで析出した固体をろ過した。固体をアセトニトリル−ジクロロメタン混合溶媒で洗浄したのち、50℃で減圧乾燥し、粗体(14.44g)を得た。粗体をカラムクロマトグラフィー(球状中性シリカゲル,展開溶媒:ジクロロメタン−メタノール)で精製することにより、表題の化合物(11.11g,74%)を白色固体として得た。
3.2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−N−イソブチリルデオキシグアノシン−3’−イル)ホスホリル)チミジン−3’−イル)ホスホリル)−N−ベンゾイルデオキシアデノシン−3’−イルの合成
〔実施例3−1〕
(1)2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−N−ベンゾイルデオキシアデノシン−3’−イルの合成
Figure 2020011932
実施例2−1の方法に従って、2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸(1.97g,2.00mmol)と5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−N−ベンゾイルデオキシアデノシン(1.58g,2.40mmol)から表題の化合物(3.11g,96%)を得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.88(t,9H,J=6.8Hz),1.11−1.40(m,84H),1.42−1.50(m,6H),1.71−1.84(m,7H),2.73(dd,1H,J=4.4,12.8Hz),3.04−3.13(m,1H),3.46(d,2H,J=4.0Hz),3.77(s,6H),3.99−4.05(m,6H),4.34−4.37(m,1H),4.86(s,2H),5.67(d,1H,J=5.6Hz),6.51(dd,1H,J=5.6,8.4Hz),6.79(d,2H,J=9.4Hz),7.18−7.29(m,7H),7.31(s,2H),7.38(d,2H,J=7.2Hz),7.53(dd,2H,J=7.2,7.6Hz),7.59−7.63(m,1H),8.03(d,2H,J=7.2Hz),8.17(s,1H),8.74(s,1H),8.98(s,1H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ14.13,22.71,26.08,26.11,29.33,29.38,29.43,29.60,29.67,29.74,30.36,31.94,38.00,55.23,61.16,63.52,69.23,73.58,84.35,84.48,86.82,108.35,113.25,123.22,123.32,127.03,127.85,127.95,128.08,128.91,129.99,130.04,132.82,133.66,135.38,135.42,141.21,143.07,144.33,149.53,151.56,152.75,152.97,158.63,164.48,165.89,167.38.
TOF/MS(ESI):calcd for C10114912Na [M+Na] 1647.1100, found 1647.1149.
〔実施例3−2〕
(2)2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸N−ベンゾイルデオキシアデノシン−3’−イルの合成
Figure 2020011932
実施例2−2の方法に従って、2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−N−ベンゾイルデオキシアデノシン−3’−イル(3.00g,1.85mmol)から表題の化合物(2.25g,92%)を得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.88(t,9H,J=6.8Hz),1.11−1.40(m,84H),1.44−1.50(m,6H),1.71−1.85(m,7H),2.53(dd,1H,J=5.6,14.0Hz),3.21−3.28(m,1H),3.89−3.96(m,1H),3.98−4.06(m,6H),4.36(s,1H),4.87(s,2H),5.70(d,1H,J=5.2Hz),5.91(brs,1H),6.32(dd,1H,J=5.6,10.0Hz),7.32(s,2H),7.54(dd,2H,J=7.2,8.0Hz),7.61−7.65(m,1H),8.03(d,2H,J=7.2Hz),8.07(s,1H),8.79(s,1H),9.07(s,1H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ14.12,22.70,26.07,26.11,29.33,29.37,29.42,29.59,29.67,29.73,30.35,31.94,37.76,61.20,63.17,69.28,73.60,87.18,87.61,108.39,123.17,124.66,127.90,128.96,133.01,133.39,142.42,143.17,150.40,150.68,152.26,153.00,164.42,165.97,167.41.
TOF/MS(ESI):calcd for C8013110Na [M+Na] 1344.9794, found 1344.9828.
〔実施例3−3〕
(3)2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸5’−O−((2−シアノエトキシ)(チミジン−3’−イル)ホスホリル)−N−ベンゾイルデオキシアデノシン−3’−イルの合成
Figure 2020011932
実施例2−3の方法に従って、2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸N−ベンゾイルデオキシアデノシン−3’−イル(2.00g,1.51mmol)とDMTr−dT−CE−ホスホロアミダイト(2.25g,3.02mmol)から表題の化合物(2.50g,97%)を得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.88(t,9H,J=6.8Hz),1.12−1.40(m,84H),1.43−1.50(m,6H),1.71−1.85(m,9H),1.94(s,1H),2.22−2.51(m,2H),2.70−2.78(m,3H),3.14−3.26(m,1H),3.45−3.56(m,1H),3.69−3.85(m,2H),3.95−4.07(m,6H),4.07−4.32(m,3H),4.40−4.48(m,3H),4.88(s,2H),4.99−5.11(m,1H),5.67−5.73(m,1H),6.11−6.22(m,1H),6.50−6.58(m,1H),7.30(s,2H),7.41−7.53(m,3H),7.57−7.61(m,1H),8.02−8.06(m,2H),8.38(m,1H),8.81(m,1H),9.58−9.67(m,2H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ12.43,14.14,19.66,19.73,19.78,22.71,26.09,26.15,29.35,29.38,29.46,29.61,29.68,29.74,29.99,30.38,31.94,36.57,36.87,38.35,61.13,61.84,61.92,62.45,62.49,62.58,62.62,67.39,69.27,73.61,74.81,75.06,78.89,79.19,79.24,82.98,83.05,83.12,84.47,84.54,85.43,85.48,85.62,85.67,85.79,85.93,108.34,111.22,111.27,116.52,116.64,123.01,123.82,124.08,128.27,128.31,128.69,128.72,132.87,132.94,133.17,133.41,136.45,141.68,141.86,143.18,149.93,150.00,150.47,151.84,152.05,152.67,153.01,163.81,163.86,165.43,165.53,165.99,167.76.
TOF/MS(ESI):calcd for C9314717PNa [M+Na] 1702.0520, found 1702.0604.
〔実施例3−4〕
(4)2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−N−イソブチリルデオキシグアノシン−3’−イル)ホスホリル)チミジン−3’−イル)ホスホリル)−N−ベンゾイルデオキシアデノシン−3’−イルの合成
Figure 2020011932
2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸5’−O−((2−シアノエトキシ)(チミジン−3’−イル)ホスホリル)−N−ベンゾイルデオキシアデノシン−3’−イル(7.98g,4.75mmol)、N−イソブチリル−DMTr−dG−CEホスホロアミダイト(11.97g,14.25mmol)のジクロロメタン懸濁液(90mL)に5−ベンジルチオ−1H−テトラゾール(2.74g,14.25mmol)を加えたのち、室温で3時間撹拌した。次に、クメンヒドロペルオキシド(含量82%)(2.64g,14.25mmol)加えたのち、室温で1時間撹拌した。反応液にアセトン(120mL)とアセトニトリル(359mL)を滴下することで析出した固体をろ過した。固体をアセトニトリル−アセトン−ジクロロメタン混合溶媒とアセトニトリル、メタノールで洗浄したのち、50℃で減圧乾燥し、表題の化合物(10.86g,94%)を得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.88(t,9H,J=6.8Hz),1.12−1.40(m,90H),1.43−1.50(m,6H),1.71−1.93(m,9H),1.95−2.16(m,2H),2.35−2.87(m,9H),3.16−3.37(m,3H),3.76(s,6H),3.99−4.05(m,6H),4.09−4.43(m,10H),4.86(s,2H),5.07−5.26(m,2H),5.65−5.71(m,1H),5.91−6.22(m,2H),6.49−6.54(m,1H),6.78(d,4H,J=8.4Hz),7.15−7.27(m,8H),7.30(s,2H),7.34−7.36(m,2H),7.43−7.48(m,2H),7.54−7.59(m,1H),7.69−7.71(m,1H),7.98−8.02(m,2H),8.30−8.41(m,1H),8.75−8.82(m,1H),9.43−9.58(m,1H),9.88−10.27(m,1H),12.09−12.22(m,1H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ12.23,12.36,14.13,18.84,19.00,19.05,19.65,19.73,22.70,26.09,26.15,29.35,29.37,29.46,29.61,29.68,29.74,29.77,30.38,31.94,35.89,36.47,36.63,55.26,61.13,62.47,62.63,62.68,63.42,67.55,69.28,73.61,74.86,75.05,79.76,81.43,83.08,83.59,84.68,86.85,108.33,111.11,111.17,113.15,113.26,116.48,116.75,116.88,121.42,121.59,123.03,124.05,127.07,127.12,127.78,127.85,127.98,128.06,128.74,129.14,130.05,132.88,133.37,135.23,139.48,141.92,142.01,143.18,144.23,147.35,148.11,148.27,148.49,149.98,150.09,151.80,152.60,153.01,155.40,155.47,158.62,158.68,164.77,165.20,165.96,167.71,167.74,179.81,180.21.
TOF/MS(ESI):calcd for C1311861426Na [M+Na] 2456.3036, found 2456.2988.
2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)チミジン−3’−イル)ホスホリル)−N−イソブチリルデオキシグアノシン−3’−イル)ホスホリル)−N−ベンゾイルデオキシシチジン−3’−イルの合成
〔実施例3−5〕
(1)2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−N−ベンゾイルデオキシシチジン−3’−イルの合成
Figure 2020011932
実施例2−1の方法に従って、2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸(1.97g,2.00mmol)と5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−N−ベンゾイルデオキシシチジン(1.52g,2.40mmol)から表題の化合物(3.10g,97%)を得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.88(t,9H,J=6.8Hz),1.12−1.53(m,90H),1.71−1.85(m,6H),2.36−2.43(m,1H),2.83−2.95(m,1H),3.49(ddd,2H,J=3.2,10.4,18.0Hz),3.78(s,3H),3.79(s,3H),3.95−4.07(m,6H),4.30−4.35(m,1H),4.83(dd,2H,J=16.0,23.6Hz),5.51−5.58(m,1H),6.33(dd,1H,J=6.0,7.6Hz),6.86(dd,4H,J=2.4,8.8Hz),7.20−7.38(m,11H),7.50−7.54(m,2H),7.60−7.64(m,1H),7.88(d,2H,J=7.2Hz),8.14(d,1H,J=7.6Hz),8.40−8.60(brs,1H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ14.09,22.70,26.10,26.15,29.38,29.46,29.61,29.68,29.75,30.40,31.95,39.47,55.26,61.10,63.17,69.33,73.59,75.77,84.68,87.32,108.54,113.46,123.32,127.22,128.10,128.13,129.10,130.04,130.10,133.20,135.13,135.30,144.07,153.01,158.84,165.81,167.43.
TOF/MS(ESI):calcd for C10014913Na [M+Na] 1623.0988, found 1623.1069.
〔実施例3−6〕
(2)2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸N−ベンゾイルデオキシシチジン−3’−イルの合成
Figure 2020011932
実施例2−2の方法に従って、2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−N−ベンゾイルデオキシシチジン−3’−イル(3.04g,1.90mmol)から表題の化合物(2.39g,97%)を得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.88(t,9H,J=6.8Hz),1.20−1.51(m,90H),1.71−1.85(m,6H),2.46−2.53(m,1H),2.69−2.80(m,1H),3.92−4.04(m,8H),4.27(d,1H,J=2.4Hz),4.84(dd,2H,J=16.4,20.4Hz),5.51−5.53(m,1H),6.26(dd,1H,J=5.6,7.6Hz),7.29(s,2H),7.48−7.62(m,4H),7.88(d,2H,J=7.6Hz),8.28(d,1H,J=7.2Hz),8.66−8.91(brs,1H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ14.10,22.71,26.10,26.14,29.38,29.45,29.61,29.68,29.75,30.39,31.95,38.46,61.15,62.37,69.34,73.61,75.80,85.82,88.44,108.55,123.25,127.61,129.07,133.25,143.25,145.32,153.01,162.38,165.89,167.79.
TOF/MS(ESI):calcd for C7913111Na [M+Na] 1320.9681, found 1320.9723.
〔実施例3−7〕
(3)2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸5’−O−((2−シアノエトキシ)(N−イソブチリルデオキシグアノシン−3’−イル)ホスホリル)−N−ベンゾイルデオキシシチジン−3’−イルの合成
Figure 2020011932
実施例2−3の方法に従って、2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸N−ベンゾイルデオキシシチジン−3’−イル(2.27g,1.75mmol)とN−イソブチリルDMTr−dG−CE−ホスホロアミダイト(2.94g,3.50mmol)から表題の化合物(3.02g,99%)を得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.88(t,9H,J=6.8Hz),1.08−1.53(m,96H),1.70−1.84(m,6H),2.36−2.62(m,2H),2.75−3.30(m,7H),3.75−3.87(m,2H),3.98−4.04(m,6H),4.26−4.53(m,6H),4.78−4.89(m,2H),5.26−5.29(m,1H),5.42−5.52(m,1H),5.92−6.11(m,1H),6.24−6.38(m,1H),7.26−7.28(m,2H),7.38−7.67(m,4H),7.80−7.89(m,2H),7.95−8.00(m,1H),8.14−8.24(m,1H),10.22−10.70(m,1H),12.08−12.22(m,1H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ14.14,18.96,18.99,19.05,19.81,19.87,22.71,26.08,26.15,29.34,29.38,29.46,29.61,29.68,29.75,30.37,31.94,36.01,36.06,38.37,38.83,39.11,61.09,62.01,62.59,62.64,62.77,62.82,67.20,67.51,69.25,73.60,74.76,75.03,80.49,83.50,83.75,84.57,84.81,86.32,87.91,88.04,97.29,97.50,108.30,116.55,116.68,120.72,121.05,123.01,127.73,127.80,128.88,128.93,132.71,132.81,133.28,138.19,138.30,143.13,144.20,144.42,147.79,147.99,148.16,148.33,152.99,155.25,155.65,162.86,163.04,165.92,165.95,167.77,167.85,179.77,180.03.
TOF/MS(ESI):calcd for C9615218PNa [M+Na] 1773.0891, found 1773.0914.
〔実施例3−8〕
(4)2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)チミジン−3’−イル)ホスホリル)−N−イソブチリルデオキシグアノシン−3’−イル)ホスホリル)−N−ベンゾイルデオキシシチジン−3’−イルの合成
Figure 2020011932
実施例3−4の方法に従って、2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸5’−O−((2−シアノエトキシ)(N−イソブチリルデオキシグアノシン−3’−イル)ホスホリル)−N−ベンゾイルデオキシシチジン−3’−イル(2.80g,1.60mmol)とDMTr−dT−CEホスホロアミダイト(3.58g,4.80mmol)から表題の化合物(3.44g,89%)を得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.88(t,9H,J=6.8Hz),1.13−1.55(m,99H),1.71−1.84(m,6H),1.95−2.14(m,2H),2.27−2.95(m,9H),3.00−3.55(m,3H),3.73−3.81(m,6H),3.99−4.04(m,6H),4.14−4.48(m,11H),4.82−4.85(m,2H),5.05−5.53(m,3H),6.00−6.46(m,3H),6.76−6.87(m,4H),7.20−7.36(m,11H),7.44−7.64(m,4H),7.72−7.88(m,3H),8.11−8.22(m,1H),9.00−9.15(m,1H),10.29−10.49(m,1H),12.14−12.17(m,1H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ11.67,11.71,14.13,18.86,18.90,18.94,18.98,19.00,19.59,19.67,19.81,19.88,22.70,26.08,26.15,29.35,29.37,29.46,29.61,29.67,29.74,29.77,30.37,31.94,35.88,38.67,55.29,61.13,62.66,62.73,62.87,63.33,69.25,73.59,84.20,84.28,85.31,87.29,108.31,111.69,111.73,113.15,113.35,116.64,116.79,123.01,127.31,127.71,127.77,128.08,128.99,129.14,130.09,133.33,134.93,134.97,135.01,135.17,143.14,143.96,144.04,147.84,147.93,148.16,150.40,150.48,152.99,155.48,158.83,163.52,165.96,167.86,179.65,179.76.
TOF/MS(ESI):calcd for C1301861227Na [M+Na] 2432.2923, found 2432.2937.
2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)チミジン−3’−イル)ホスホリル)チミジン−3’−イル)ホスホリル)−N−イソブチリルデオキシグアノシン−3’−イルの合成
〔実施例3−9〕
(1)2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−N−イソブチリルデオキシグアノシン−3’−イルの合成
Figure 2020011932
実施例2−1の方法に従って、2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸(1.97g,2.00mmol)と5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−N−イソブチリルデオキシグアノシン(1.54g,2.40mmol)から表題の化合物(3.14g,98%)を得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.86−0.89(m,12H),1.03(d,3H,J=6.8Hz),1.11−1.40(m,84H),1.42−1.50(m,6H),1.70−1.83(m,6H),1.95(sept,1H,J=6.8Hz),2.51(dd,1H,J=5.2,12.4Hz),3.17−3.29(m,2H),3.42(dd,1H,J=3.2,10.4Hz),3.76(s,3H),3.77(s,3H),3.98−4.05(m,6H),4.22(s,1H),4.83(s,2H),5.70(d,1H,J=6.0Hz),6.07(dd,1H,J=5.2,9.2Hz),6.76−6.82(m,4H),7.16−7.38(m,9H),7.43−7.50(m,2H),7.71(s,1H),7.73(s,1H),11.96(s,1H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ14.13,18.64,18.77,22.71,26.05,26.11,29.32,29.37,29.42,29.60,29.66,29.68,29.74,29.75,29.77,30.33,31.94,36.17,37.21,55.24,61.24,63.48,69.30,73.64,76.16,83.94,84.44,86.49,108.33,113.27,113.29,122.34,123.24,127.15,128.02,129.99,135.47,135.77,137.83,143.04,144.70,147.18,148.02,152.94,155.38,158.74,166.00,167.35,178.30.
TOF/MS(ESI):calcd for C9815113Na [M+Na] 1629.1206, found 1629.1240.
〔実施例3−10〕
(2)2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸N−イソブチリルデオキシグアノシン−3’−イルの合成
Figure 2020011932
実施例2−2の方法に従って、2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−N−イソブチリルデオキシグアノシン−3’−イル(3.05g,1.90mmol)から表題の化合物(2.42g,98%)を得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.88(t,9H,J=6.8Hz),1.20−1.50(m,96H),1.71−1.85(m,6H),2.48(dd,1H,J=5.6,14.0Hz),2.72(sept,1H,J=6.8Hz),2.97−3.05(m,1H),3.49(brs,2H),3.86−4.05(m,8H),4.26(s,1H),4.86(s,2H),5.59(d,1H,J=6.0),6.13(dd,1H,J=5.6,9.2Hz),7.30(s,2H),7.86(s,2H),8.82(s,1H),12.16(s,1H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ14.10,18.94,18.97,22.71,26.09,26.15,29.38,29.45,29.61,29.69,29.75,30.39,31.96,36.50,37.85,61.26,62.92,69.43,73.67,86.27,86.34,108.59,122.49,123.26,138.42,143.34,147.09,147.73,153.04,155.01,166.02,167.52,178.69.
TOF/MS(ESI):calcd for C7713311Na [M+Na] 1326.9899, found 1326.9879.
〔実施例3−11〕
(3)2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸5’−O−((2−シアノエトキシ)(チミジン−3’−イル)ホスホリル)−N−イソブチリルデオキシグアノシン−3’−イルの合成
Figure 2020011932
実施例2−3の方法に従って、2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸N−イソブチリルデオキシグアノシン−3’−イル(2.25g,1.72mmol)とDMTr−dT−CE−ホスホロアミダイト(2.57g,3.45mmol)から表題の化合物(2.68g,94%)を得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.88(t,9H,J=6.8Hz),1.05−1.52(m,96H),1.71−1.89(m,9H),2.24−2.78(m,8H),3.38−3.49(m,1H),3.69−4.05(m,8H),4.17−4.89(m,7H),5.20−5.29(m,1H),5.55−5.66(m,1H),6.08−6.24(m,2H),7.30(s,2H),7.42−7.54(m,1H),7.68−7.73(m,1H),8.64−8.83(m,1H),10.20−10.32(m,1H),12.11−12.22(m,1H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ12.46,14.14,18.59,18.93,19.06,19.42,19.66,19.71,19.73,19.78,22.71,26.07,26.14,29.33,29.38,29.45,29.61,29.68,29.74,30.36,31.94,35.57,35.93,38.42,61.12,61.24,61.71,61.89,62.56,62.64,62.69,69.26,73.62,75.69,75.81,79.29,82.80,85.73,86.04,86.41,108.29,111.23,111.32,116.46,116.51,122.39,122.98,123.03,136.55,136.78,139.04,143.11,143.18,147.93,147.98,150.30,150.37,152.98,155.39,155.59,163.53,163.62,166.00,166.12,167.69,167.86,179.92,180.04.
TOF/MS(ESI):calcd for C9014918PNa [M+Na] 1684.0625, found 1684.0648.
〔実施例3−12〕
(4)2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)チミジン−3’−イル)ホスホリル)チミジン−3’−イル)ホスホリル)−N−イソブチリルデオキシグアノシン−3’−イルの合成
Figure 2020011932
実施例3−4の方法に従って、2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸5’−O−((2−シアノエトキシ)(チミジン−3’−イル)ホスホリル)−N−イソブチリルデオキシグアノシン−3’−イル(2.50g,1.50mmol)とDMTr−dT−CEホスホロアミダイト(3.36g,4.51mmol)から表題の化合物(3.11g,89%)を得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.88(t,9H,J=6.4Hz),1.05−1.53(m,96H),1.71−1.88(m,13H),2.24−2.87(m,10H),3.25−3.53(m,3H),3.72−3.81(m,7H),3.95−4.05(m,6H),4.05−4.72(m,10H),4.81−4.91(m,2H),5.03−5.24(m,2H),5.55−5.61(m,1H),5.95−6.43(m,3H),6.82−6.85(m,4H),7.18−7.37(m,12H),7.53(s,1H),7.73(s,1H),9.10−9.31(m,2H),10.05−10.09(m,1H),12.18(s,1H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ11.68,11.72,12.33,12.37,14.14,18.78,18.88,19.13,19.24,19.58,19.65,19.70,19.77,22.70,26.08,26.16,29.34,29.38,29.46,29.62,29.68,29.74,29.77,30.36,31.94,35.84,35.99,37.65,38.95,55.29,61.18,62.62,62.77,62.83,63.26,67.10,67.45,69.27,73.63,75.55,79.91,82.62,82.87,84.27,87.31,108.29,111.50,111.80,113.15,113.35,116.66,116.74,116.86,122.51,122.59,123.07,127.32,128.08,128.13,129.13,130.13,134.95,135.12,136.32,138.75,143.10,143.99,147.93,147.97,148.04,150.28,150.37,150.60,150.69,152.98,155.49,155.54,158.81,163.63,163.68,163.79,166.02,167.69,167.71,179.73,179.77.
TOF/MS(ESI):calcd for C1241831127Na [M+Na] 2343.2658, found 2343.2742.
2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)チミジン−3’−イル)ホスホリル)−N−イソブチリルデオキシグアノシン−3’−イル)ホスホリル)チミジン−3’−イルの合成
〔実施例3−13〕
(1)2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸5’−O−((2−シアノエトキシ)(N−イソブチリルデオキシグアノシン−3’−イル)ホスホリル)チミジン−3’−イルの合成
Figure 2020011932
実施例2−3の方法に従って、2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸チミジン−3’−イル(1.82g,1.50mmol)とN−イソブチリル−DMTr−dG−CEホスホロアミダイト(2.52g,3.00mmol)から表題の化合物(2.43g,98%)を得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.88(t,9H,J=7.2Hz),1.00−1.41(m,90H),1.41−1.54(m,6H),1.71−1.85(m,6H),1.92−2.00(m,3H),2.24−2.97(m,6H),3.68−4.08(m,8H),4.14−4.54(m,6H),4.78−4.92(m,2H),5.14−5.78(m,2H),5.95−6.24(m,2H),7.27−7.43(m,3H),7.87−7.95(m,1H),10.19−10.49(m,2H),12.24−12.38(m,1H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ12.35,14.14,19.01,19.06,19.10,19.73,19.80,19.85,22.70,26.07,26.14,29.33,29.38,29.45,29.61,29.68,29.74,30.02,30.36,31.77,31.94,35.80,35.92,36.62,38.19,38.48,61.05,61.13,62.26,62.44,62.49,62.70,62.75,66.12,67.37,69.21,73.58,74.51,80.47,80.64,82.33,82.40,85.33,85.52,86.12,86.55,86.84,87.31,108.24,111.24,112.18,116.50,116.83,121.43,121.59,123.05,123.08,136.55,137.73,138.66,138.99,143.02,143.06,147.75,147.78,148.49,150.42,151.06,152.96,152.97,155.23,155.27,164.76,164.83,165.92,165.96,167.73,167.80,180.26,180.45.
TOF/MS(ESI):calcd for C9014918PNa [M+Na] 1684.0625, found 1684.0643.
〔実施例3−14〕
(2)2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)チミジン−3’−イル)ホスホリル)−N−イソブチリルデオキシグアノシン−3’−イル)ホスホリル)チミジン−3’−イルの合成
Figure 2020011932
実施例3−4の方法に従って、2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸5’−O−((2−シアノエトキシ)(N−イソブチリルデオキシグアノシン−3’−イル)ホスホリル)チミジン−3’−イル(2.20g,1.32mmol)とDMTr−dT−CE−ホスホロアミダイト(2.96g,3.97mmol)から表題の化合物(2.76g,90%)を得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.88(t,9H,J=6.8Hz),1.13−1.47(m,96H),1.71−2.01(m,15H),2.35−2.85(m,10H),3.31−3.51(m,2H),3.78(s,6H),3.96−4.04(m,6H),4.05−4.59(m,10H),4.84(s,2H),5.13−5.55(m,3H),6.11−6.42(m,3H),6.83(d,4H,J=8.8Hz),7.16−7.37(m,12H),7.45−7.55(m,1H),7.72−7.80(m,1H),9.23−10.39(m,3H),12.15−12.21(m,1H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ11.70,12.39,12.45,14.14,18.82,18.86,19.04,19.08,19.58,19.65,19.74,19.80,22.70,26.08,26.15,29.34,29.38,29.46,29.61,29.68,29.74,29.77,30.37,31.94,35.89,36.13,36.52,38.68,55.29,61.12,62.74,62.89,63.22,63.32,67.12,69.23,73.60,74.76,79.03,79.98,82.49,84.28,85.14,87.28,108.26,111.37,111.49,111.69,111.72,113.14,113.34,116.74,116.84,116.92,121.89,121.96,123.02,127.08,127.31,127.76,127.85,128.08,129.13,130.11,134.94,134.99,135.03,135.20,135.30,136.93,138.26,139.46,143.07,143.96,144.04,147.98,148.02,148.14,148.23,150.46,150.57,150.62,152.97,155.42,158.60,158.79,163.79,164.43,164.50,165.96,167.79,179.87,179.95.
TOF/MS(ESI):calcd for C1241831127Na [M+Na] 2343.2658, found 2343.2693.
〔実施例3−15〕
2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−チミジン−3’−イル)ホスホロチオイル)−チミジン−3’−イルの合成
Figure 2020011932
2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸チミジン−3’−イル(1.82g,1.50mmol)、DMTr−dT−CEホスホロアミダイト(2.23g,3.00mmol)のジクロロメタン懸濁液(27mL)に5−ベンジルチオ−1H−テトラゾール(0.58g,3.00mmol)を加えたのち、室温で1.5時間撹拌した。次に、((N,N−ジメチルアミノメチリデン)アミノ)−3H−1,2,4−ジチアゾリン−3−チオン(1.13g,4.50mmol)とピリジン(0.87g,9.00mmol)を加えたのち、室温で1.5時間撹拌した。反応液にアセトニトリル(109mL)を滴下することで析出した固体をろ過した。固体をアセトニトリル−ジクロロメタン混合溶媒とアセトニトリル、メタノールで洗浄したのち、50℃で減圧乾燥し、表題の化合物(2.71g,96%)を得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.88(t,9H,J=6.8Hz),1.11−1.53(m,93H),1.72−1.84(m,6H),1.92−1.95(m,3H),2.28−2.49(m,3H),2.57−2.66(m,2H),2.77(dd,1H,J=6.0,7.2Hz),3.39−3.50(m,2H),3.79(s,6H),3.97−4.04(m,6H),4.09−4.40(m,6H),4.83(d,2H,J=6.8Hz),5.31−5.43(m,2H),6.27−6.32(m,1H),6.35−6.41(m,1H),6.82−6.86(m,4H),7.22−7.32(m,10H),7.37−7.39(m,2H),7.56(s,1H),8.69−8.91(m,2H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ11.79,12.58,14.14,19.31,19.40,19.47,19.55,22.70,26.07,26.13,29.32,29.38,29.44,29.60,29.68,29.73,30.35,31.94,36.78,39.00,55.29,61.06,62.65,62.69,62.90,62.94,63.21,67.63,69.19,73.56,75.01,75.09,80.18,82.27,82.36,84.40,84.53,84.91,85.39,87.31,108.25,111.74,111.90,113.37,116.15,116.39,123.06,127.28,128.05,128.11,130.09,134.97,135.03,135.06,135.30,143.01,144.04,150.22,150.27,150.35,152.94,158.78,163.36,163.46,165.86,165.88,167.71,167.76.
TOF/MS(ESI):calcd for C10716219PSNa[M+Na] 1907.1220,found 1907.1223.
4.2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸N−ベンゾイル−5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−2’−O−メチルウリジン−3’−イル)ホスホリル)−2’−O−メチルシチジン−3’−イルの合成
〔実施例4−1〕
(1)2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸N−ベンゾイル−5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−2’−O−メチルシチジン−3’−イルの合成
Figure 2020011932
実施例2−1の方法に従って、2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸(1.97g,2.00mmol)とN−ベンゾイル−5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−2’−O−メチルシチジン(1.59g,2.40mmol)から表題の化合物(2.96g,91%)を得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.88(t,9H,J=6.8Hz),1.10−1.38(m,84H),1.42−1.50(m,6H),1.70−1.85(m,6H),3.48(d,1H,J=11.6Hz),3.62(s,3H),3.69(d,1H,J=11.2Hz),3.71(s,1H),3.83(s,5H),3.97−4.04(m,6H),4.18(d,1H,J=4.8Hz),4.36(d,1H,J=8.4Hz),4.80−4.89(m,2H),5.29(dd,1H,J=4.8Hz,8.4Hz),6.11(d,1H,J=1.6Hz),6.90(dd,4H,J=2.0,8.8Hz),7.27−7.42(m,11H),7.52(t,2H,J=7.6Hz),7.62(t,1H,J=7.6Hz),7.89(d,2H,J=7.6Hz),8.55(d,1H,J=6.4Hz),8.61−8.72(brs,1H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ14.14,22.70,26.07,26.09,26.11,29.31,29.38,29.43,29.59,29.66,29.68,29.73,30.34,31.94,52.31,55.24,59.15,60.47,60.72,61.06,69.14,70.07,73.53,80.42,82.21,87.49,88.91,108.22,113.43,123.33,123.50,127.27,127.49,128.17,129.06,130.06,130.08,133.17,135.07,135.22,142.85,143.86,152.87,152.90,158.75,165.64,165.84,167.17,168.42.
TOF/MS(ESI):calcd for C10115114Na[M+Na] 1653.1094,found 1653.1171.
〔実施例4−2〕
(2)2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸N−ベンゾイル−2’−O−メチルシチジン−3’−イルの合成
Figure 2020011932
実施例2−2の方法に従って、2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸N−ベンゾイル−5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−2’−O−メチルシチジン−3’−イル(2.80g,1.72mmol)から表題の化合物(2.26g,99%)を得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.88(t,9H,J=6.8Hz),1.10−1.55(m,90H),1.70−1.85(m,6H),3.51(s,3H),3.79−3.83(m,2H),3.95−4.08(m,7H),4.34(d,1H,J=4.8Hz),4.50(t,1H,J=4.8Hz),4.83−4.90(m,2H),5.44(t,1H,J=4.8Hz),5.73(d,1H,J=4.4Hz),7.29−7.30(m,2H),7.47−7.66(m,3H),7.90(d,2H,J=7.6Hz),8.16(d,1H,J=7.6Hz),8.75−9.00(brs,1H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ14.14,22.71,26.07,26.11,29.30,29.38,29.42,29.59,29.66,29.68,29.73,30.34,31.94,52.32,59.19,60.97,61.07,61.24,69.15,69.20,71.18,73.56,80.58,83.43,92.64,108.28,123.20,123.50,127.61,129.09,132.80,133.36,142.99,147.07,152.87,152.93,162.63,165.85,167.66,168.43.
TOF/MS(ESI):calcd for C8013312Na[M+Na]1350.9787,found 1350.9855.
〔実施例4−3〕
(3)2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸N−ベンゾイル−5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−2’−O−メチルウリジン−3’−イル)ホスホリル)−2’−O−メチルシチジン−3’−イルの合成
Figure 2020011932
実施例3−4の方法に従って、2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸N−ベンゾイル−2’−O−メチルシチジン−3’−イル(2.10g,1.58mmol)と5’−O−DMTr−2’−O−メチルウリジン−CEホスホロアミダイト(2.40g,3.16mmol)から粗体(2.80g)を得た。粗体をカラムクロマトグラフィー(球状中性シリカゲル,展開溶媒:ジクロロメタン−メタノール)で精製することにより、表題の化合物(2.21g,70%)を得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.88(t,9H,J=6.8Hz),1.10−1.53(m,90H),1.71−1.83(m,6H),2.50−2.74(m,1H),2.79(t,1H,J=6.4Hz),3.46−3.76(m,8H),3.77(s,3H),3.79(s,3H),3.97−4.04(m,6H),4.11−4.58(m,7H),4.82−4.95(m,2H),5.13−5.30(m,3H),5.86−6.08(m,2H),6.82−6.88(m,4H),7.23−7.36(m,11H),7.51(t,2H,8.0Hz),7.61(t,1H,J=7.2Hz),7.82−8.05(m,4H),8.69−8.96(m,2H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ14.14,19.52,19.58,22.70,26.07,26.13,29.33,29.38,29.45,29.60,29.68,29.73,30.35,31.94,55.25,55.30,58.84,59.27,60.82,61.14,62.35,62.40,62.68,62.73,65.55,66.16,69.19,69.90,70.16,73.56,74.28,74.38,79.38,79.46,79.52,79.60,81.32,81.38,81.52,82.19,86.71,86.87,87.46,90.07,90.64,102.58,102.62,108.24,113.34,113.36,116.36,116.43,123.19,127.39,127.44,127.64,128.10,128.12,128.26,128.29,129.04,130.21,130.27,130.30,133.28,134.64,134.73,139.53,139.75,142.96,143.82,143.90,150.02,150.07,152.93,158.81,158.84,158.86,162.70,162.73,165.77,165.81,167.22,167.26.
TOF/MS(ESI):calcd for C11416722PNa[M+Na]2026.1769,found 2026.1764.
2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−2’−フルオロデオキシウリジン−3’−イル)ホスホリル)−2’−フルオロ−N−イソブチリルデオキシグアノシン−3’−イルの合成
〔実施例4−4〕
(1)2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−2’−フルオロ−N−イソブチリルデオキシグアノシン−3’−イルの合成
Figure 2020011932
実施例2−1の方法に従って、2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸(1.97g,2.00mmol)と5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−2’−フルオロ−N−イソブチリルデオキシグアノシン(1.58g,2.40mmol)から表題の化合物(3.13g,96%)を得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.81(d,3H,J=6.8Hz),0.88(t,9H,J=6.8Hz),0.94(d,3H,J=7.2Hz),1.10−1.53(m,90H),1.70−1.87(m,6H),1.93(sept,1H,J=6.8Hz),3.17(d,1H,J=11.2Hz),3.59(d,1H,J=11.2Hz),3.77(s,6H),3.97−4.05(m,6H),4.32−4.34(m,1H),4.85(d,1H,J=16.0Hz),4.92(d,1H,J=16.0Hz),5.92−6.07(m,2H),6.18−6.24(m,1H),6.78(dd,4H,J=5.2,8.8Hz),7.16−7.29(m,7H),7.30(s,2H),7.36(d,2H,J=8.0Hz),7.79(s,1H),8.01(s,1H),11.92(s,1H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ14.14,18.39,18.47,18.88,18.91,22.70,25.61,26.06,26.11,29.30,29.38,29.42,29.59,29.66,29.68,29.73,30.34,31.94,36.25,36.43,55.24,55.25,60.68,60.84,61.24,67.98,69.25,70.85,71.00,73.61,79.97,81.44,83.15,86.36,86.47,86.67,90.96,108.26,113.15,113.22,122.23,123.17,127.08,127.13,127.76,127.85,127.89,127.98,129.13,129.85,129.92,135.20,135.66,138.43,138.70,139.43,143.05,144.47,147.30,147.34,147.47,147.90,152.93,152.96,155.04,155.31,158.62,158.69,165.65,165.89,167.23,167.60,178.18,178.76.
TOF/MS(ESI):calcd for C9815013F[M+H]1623.1136,found 1623.1160.
〔実施例4−5〕
(2)2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸2’−フルオロ−N−イソブチリルデオキシグアノシン−3’−イルの合成
Figure 2020011932
実施例2−2の方法に従って、2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−2’−フルオロ−N−イソブチリルデオキシグアノシン−3’−イル(3.00g,1.85mmol)から表題の化合物(2.40g,98%)を得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.88(t,9H,J=6.8Hz),1.10−1.55(m,96H),1.70−1.85(m,6H),2.71(sept,1H,J=6.8Hz),3.37−3.72(brs,2H),3.80(d,1H,J=11.6Hz),3.99−4.05(m,7H),4.34(d,1H,J=4.0Hz),4.94(s,2H),5.69(dt,1H,J=4.4,52.0Hz),5.78−5.84(m,1H),5.97(dd,1H,J=4.0,16.0Hz),7.31(s,2H),7.90(s,1H),9.22(s,1H),12.15(s,1H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ14.14,18.85,18.95,22.70,26.06,26.11,29.30,29.38,29.43,29.60,29.68,29.74,30.33,31.94,36.32,60.86,69.24,71.25,71.39,73.60,82.89,87.22,87.55,89.60,91.55,108.27,121.56,123.15,138.45,142.99,147.29,148.08,152.91,155.03,165.91,167.26,179.15.
TOF/MS(ESI):calcd for C7713211FNa[M+Na]1344.9805,found 1344.9834.
〔実施例4−6〕
(3)2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−2’−フルオロデオキシウリジン−3’−イル)ホスホリル)−2’−フルオロ−N−イソブチリルデオキシグアノシン−3’−イルの合成
Figure 2020011932
実施例3−4の方法に従って、2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸2’−フルオロ−N−イソブチリルデオキシグアノシン−3’−イル(2.20g,1.66mmol)と5’−O−DMTr−2’−フルオロ−デオキシウリジン−CEホスホロアミダイト(2.49g,3.33mmol)から表題の化合物(3.07g,93%)を得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):0.88(t,9H,J=7.2Hz),0.97−1.53(m,96H),1.71−1.83(m,6H),2.56−2.75(m,3H),3.37−3.66(m,2H),3.74−3.79(m,6H),3.97−4.55(m,12H),4.78−5.08(m,2H),5.08−5.50(m,3H),5.70−6.01(m,4H),6.80−6.84(m,4H),7.17−7.40(m,11H),7.57−7.73(m,2H),8.94−9.07(m,1H),10.00(s,1H),12.18−12.26(m,1H).
δ13C−NMR(100MHz,CDCl):δ14.14,18.51,18.76,18.92,19.20,19.55,19.62,22.70,26.07,26.14,29.33,29.38,29.45,29.60,29.68,29.74,30.36,31.94,35.90,35.99,55.23,55.30,60.70,60.88,62.85,69.26,73.61,79.54,79.63,87.17,87.21,102.93,108.31,113.31,116.34,116.52,122.55,122.61,122.95,122.98,127.25,127.31,128.07,128.10,130.14,134.79,134.88,134.92,138.65,140.55,143.15,143.19,143.92,144.02,147.71,147.74,148.30,148.43,149.68,149.98,152.98,152.99,155.30,155.48,158.74,158.79,162.67,165.89,166.00,167.20,179.68.
TOF/MS(ESI):calcd for C11016320PNa[M+Na]2008.1587,found 2008.1593.
2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−2’−O−(tert−ブチルジメチルシリル)ウリジン−3’−イル)ホスホリル)−2’−O−(tert−ブチルジメチルシリル)ウリジン−3’−イルの合成
〔実施例4−7〕
(1)2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−2’−O−(tert−ブチルジメチルシリル)ウリジン−3’−イルの合成
Figure 2020011932
2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸(2.46g,2.50mmol)と5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−2’−O−(tert−ブチルジメチルシリル)ウリジン(1.98g,3.00mmol)のジクロロメタン(25mL)懸濁液に、4−ジメチルアミノピリジン(0.03g,0.25mmol)と1−(3−ジメチルアミノプロピル)−3−エチルカルボジイミド塩酸塩(0.58g,3.00mmol)を加えたのち、室温で5時間撹拌した。反応液にアセトニトリル(148mL)を滴下することで析出した固体をろ過した。固体をアセトニトリル−ジクロロメタン混合溶媒で洗浄したのち、50℃で減圧乾燥し、粗体(2.89g)を得た。粗体をカラムクロマトグラフィー(球状中性シリカゲル,展開溶媒:ジクロロメタン−THF)で精製することにより、表題の化合物(2.76g,68%)を白色固体として得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.08(s,3H),0.11(s,3H),0.81−0.92(m,18H),1.04−1.53(m,90H),1.70−1.84(m,6H),3.49(dd,2H,J=10.8,27.6Hz),3.79(s,6H),3.79−4.04(m,6H),4.26−4.27(m,1H),4.56(t,1H,J=5.2Hz),4.81(d,1H,J=16.0Hz),4.96(d,1H,16.4Hz),5.30(d,1H,J=8.0Hz),5.47(t,1H,J=4.0Hz),6.02(d,1H,J=5.6Hz),6.85(d,4H,J=8.4Hz),7.23−7.37(m,11H),7.85(d,1H,J=8.4Hz),8.37(s,1H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ−5.22,−5.09,14.14,17.87,22.71,25.51,26.07,26.11,29.30,29.38,29.43,29.59,29.67,29.74,30.34,31.94,55.25,60.75,62.47,69.14,73.36,73.54,74.40,81.20,87.58,88.03,102.56,108.25,113.40,113.43,123.33,127.33,128.03,128.14,130.03,130.17,134.71,134.83,140.00,142.87,144.10,150.14,152.89,158.78,158.83,162.59,165.67,167.10.
TOF/MS(ESI):calcd for C9915814SiNa[M+Na]1650.1380,found 1650.1455.
〔実施例4−8〕
(2)2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸2’−O−(tert−ブチルジメチルシリル)ウリジン−3’−イルの合成
Figure 2020011932
実施例2−2の方法に従って、2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−2’−O−(tert−ブチルジメチルシリル)ウリジン−3’−イル(2.60g,1.60mmol)から表題の化合物(2.05g,97%)を得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.04(s,3H),0.07(s,3H),0.81−0.92(m,18H),1.11−1.53(m,90H),1.70−1.85(m,6H),2.95−3.10(brs,1H),3.77−3.82(m,1H),3.93−4.04(m,7H),4.25−4.28(m,1H),4.67(t,1H,J=5.2Hz),4.81(d,1H,16.0Hz),4.96(d,1H,16.0Hz),5.34(dd,1H,J=3.2,4.8Hz),5.60(d,1H,J=5.6Hz),5.76(d,1H,J=8.0Hz),7.29(s,2H),7.63(d,1H,J=8.0Hz),8.71(s,1H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ−5.22,−5.19,14.14,17.88,22.71,25.52,26.07,26.10,29.30,29.38,29.42,29.59,29.66,29.68,29.73,30.34,31.94,60.84,61.84,69.20,72.78,73.24,73.57,82.99,92.46,102.70,108.32,123.24,141.88,142.99,150.17,152.92,162.72,165.78,167.38.
TOF/MS(ESI):calcd for C7814012SiNa[M+Na]1348.0073,found 1348.0115.
〔実施例4−9〕
(3)2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−2’−O−(tert−ブチルジメチルシリル)ウリジン−3’−イル)ホスホリル)−2’−O−(tert−ブチルジメチルシリル)ウリジン−3’−イルの合成
Figure 2020011932
実施例3−4の方法に従って、2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸2’−O−(tert−ブチルジメチルシリル)ウリジン−3’−イル(1.95g,1.47mmol)と5’−O−DMTr−2’−O−(tert−ブチルジメチルシリル)ウリジン−CEホスホロアミダイト(2.53g,2.94mmol)から表題の化合物(2.84g,92%)を得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.03−0.13(m,12H),0.86−0.90(m,27H),1.02−1.53(m,90H),1.68−1.84(m,6H),2.45−2.69(m,1H),2.73(t,1H,J=6.0Hz),3.48(d,1H,J=10.8Hz),3.60−3.68(m,1H),3.76−3.84(m,6H),3.97−4.04(m,6H),4.10−4.58(m,8H),4.73−4.84(m,1H),4.90−5.03(m,2H),5.20−5.25(m,2H),5.67−5.78(m,2H),5.95−6.03(m,1H),6.80−6.89(m,4H),7.21−7.44(m,12H),7.84(d,1H,J=8.0Hz),8.72−8.83(m,2H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ−5.27,−5.24,−5.07,−4.94,−4.92,14.14,17.86,18.06,19.50,19.57,19.65,22.70,25.50,25.55,25.60,26.07,26.13,29.32,29.38,29.44,29.60,29.68,29.74,30.35,31.94,55.27,55.30,60.69,61.96,62.37,62.42,62.58,62.63,69.19,71.39,71.60,72.86,73.00,73.57,74.47,79.43,79.51,81.75,87.65,87.68,87.99,88.18,90.56,91.22,102.54,102.64,103.05,103.13,108.28,113.39,116.31,116.40,123.21,127.43,128.13,128.21,128.25,130.25,130.27,130.32,134.56,134.65,134.70,134.73,139.84,140.05,140.15,142.97,143.01,143.92,143.97,149.95,150.19,150.40,152.92,158.83,158.87,162.53,162.58,162.69,165.64,165.68,167.05,167.12.
TOF/MS(ESI):calcd for C11718622SiPNa[M+Na]2123.2763,found 2123.2769.
5.3−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)プロピオン酸の合成
〔実施例5−1〕
(1)3−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)プロピオン酸tert−ブチルの合成
Figure 2020011932
3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)安息香酸(2.78g,3.0mmol)、4−ジメチルアミノピリジン(0.04g,0.3mmol)、3−ヒドロキシプロピオン酸tert−ブチル(4.39g,30.0mmol)、トリエチルアミン(0.46g,4.5mmol)のジクロロメタン(60mL)懸濁液に1−(3−ジメチルアミノプロピル)−3−エチルカルボジイミド塩酸塩(0.86g,4.5mmol)を加えたのち、室温で20時間撹拌した。反応液にアセトニトリル(180mL)を滴下することで析出した固体をろ過した。固体をアセトニトリル−ジクロロメタン混合溶媒で洗浄したのち、50℃で減圧乾燥し、粗体(3.07g)を得た。粗体をカラムクロマトグラフィー(球状中性シリカゲル,展開溶媒:ジクロロメタン)で精製することにより、表題の化合物(1.90g,60%)を白色固体として得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.88(t,9H,J=7.0Hz),1.15−1.55(m,99H),1.70−1.85(m,6H),2.68(t,2H,J=6.4Hz),3.95−4.05(m,6H),4.53(t,2H,J=6.4Hz),7.23(s,2H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ14.08,22.68,26.08,28.09,29.35,29.40,29.57,29.65,29.71,30.35,31.93,35.42,60.72,69.25,73.51,80.97,108.19,124.57,152.84,166.14,169.93.
TOF/MS(ESI):calcd for C68126Na[M+Na] 1077.9401,found 1077.9427.
〔実施例5−2〕
(2)3−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)プロピオン酸の合成
Figure 2020011932
3−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)プロピオン酸tert−ブチル(2.75g,2.6mmol)のジクロロメタン(52mL)溶液にメタンスルホン酸(3.75g,39.0mmol)を添加したのち、室温で20時間撹拌した。反応液にアセトニトリル(156mL)を滴下することで析出した固体をろ過した。固体をアセトニトリル−ジクロロメタン混合溶媒とアセトニトリルで洗浄したのち、50℃で減圧乾燥し、表題の化合物(2.54g,98%)を白色固体として得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.88(t,9H,J=7.0Hz),1.15−1.55(m,90H),1.70−1.85(m,6H),2.85(t,2H,J=6.6Hz),3.95−4.10(m,6H),4.57(t,2H,J=6.4Hz),7.23(s,2H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ14.10,22.71,26.10,26.13,29.38,29.45,29.61,29.68,29.75,30.38,31.96,33.54,59.99,69.34,73.57,108.35,124.32,142.88,152.91,166.17.
TOF/MS(ESI):calcd for C64118Na [M+Na] 1021.8775,found 1021.8817.
2−(N−メチル−3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンズアミド)酢酸の合成
〔実施例5−3〕
(1)2−(N−メチル−3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンズアミド)酢酸tert−ブチルの合成
Figure 2020011932
3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)安息香酸(2.78g,3.0mmol)、4−ジメチルアミノピリジン(0.04g,0.3mmol)、サルコシンtert−ブチル塩酸塩(2.73g,15.0mmol)、トリエチルアミン(1.52g,15.0mmol)のジクロロメタン(60mL)懸濁液に1−(3−ジメチルアミノプロピル)−3−エチルカルボジイミド塩酸塩(0.86g,4.5mmol)を加えたのち、室温で20時間撹拌した。反応液にアセトニトリル(180mL)を滴下することで析出した固体をろ過した。固体をアセトニトリル−ジクロロメタン混合溶媒で洗浄したのち、50℃で減圧乾燥し、粗体(3.07g)を得た。粗体をカラムクロマトグラフィー(球状中性シリカゲル,展開溶媒:ジクロロメタン−THF)で精製することにより、表題の化合物(2.66g,84%)を白色固体として得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.88(t,9H,J=7.0Hz),1.15−1.55(m,99H),1.70−1.85(m,6H),3.04(s,3H),3.80−4.20(m,8H),6.63(s,2H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ14.01,22.66,26.13,26.15,28.16,29.35,29.42,29.48,29.65,29.71,30.39,31.93,69.51,73.52,82.02,106.19,130.61,139.93,153.25,168.33,172.01.
TOF/MS(ESI):calcd for C68127NONa[M+Na] 1076.9561,found 1076.9591.
〔実施例5−4〕
(2)2−(N−メチル−3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンズアミド)酢酸の合成
Figure 2020011932
実施例5−2の方法に従って、2−(N−メチル−3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンズアミド)酢酸tert−ブチル(2.53g,2.4mmol)から表題の化合物(2.38g,99%)を白色固体として得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.88(t,9H,J=7.0Hz),1.15−1.55(m,90H),1.70−1.85(m,6H),3.11(s,3H),3.85−4.35(m,8H),6.15−6.30(brs,1H),6.66(s,2H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ14.05,22.67,26.12,29.36,29.43,29.61,29.66,29.72,29.98,30.36,31.93,39.20,50.02,69.49,73.56,106.47,129.16,140.27,152.97,153.24,172.11,172.92.
TOF/MS(ESI):calcd for C64118NO[M−H] 996.8959,found 996.8947.
3−(3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンズアミド)プロピオン酸の合成
〔実施例5−5〕
(1)3−(3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンズアミド)プロピオン酸tert−ブチルの合成
Figure 2020011932
3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)安息香酸(2.78g,3.0mmol)、4−ジメチルアミノピリジン(0.04g,0.3mmol)、β−アラニンtert−ブチルエステル塩酸塩(2.73g,15.0mmol)、トリエチルアミン(1.52g,15.0mmol)のジクロロメタン(60mL)懸濁液に1−(3−ジメチルアミノプロピル)−3−エチルカルボジイミド塩酸塩(0.86g,4.5mmol)を加えたのち、室温で19.5時間撹拌した。反応液にアセトニトリル(180mL)を滴下することで析出した固体をろ過した。固体をアセトニトリル−ジクロロメタン混合溶媒で洗浄したのち、50℃で減圧乾燥し、粗体(3.12g)を得た。粗体をカラムクロマトグラフィー(球状中性シリカゲル,展開溶媒:ジクロロメタン−THF)で精製することにより、表題の化合物(2.75g,87%)を白色固体として得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.88(t,9H,J=7.0Hz),1.15−1.55(m,99H),1.70−1.85(m,6H),2.55(t,2H,J=5.8Hz),3.66(q,2H,J=6.0Hz),3.95−4.05(m,6H),6.72(t,1H,J=6.0Hz),6.94(s,2H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ14.09,22.71,26.11,28.16,29.38,29.43,29.61,29.68,29.74,30.36,31.95,35.18,35.58,69.45,73.53,81.19,105.86,129.57,141.32,153.14,167.20,172.27.
TOF/MS(ESI):calcd for C68127NONa[M+Na] 1076.9561,found 1076.9579.
〔実施例5−6〕
(2)3−(3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンズアミド)プロピオン酸の合成
Figure 2020011932
実施例5−2の方法に従って、3−(3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンズアミド)プロピオン酸tert−ブチル(2.64g,2.5mmol)から表題の化合物(2.52g,101%)を白色固体として得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.88(t,9H,J=7.0Hz),1.15−1.55(m,90H),1.65−1.85(m,6H),2.74(t,2H,J=5.8Hz),3.72(t,2H,J=5.8Hz),3.90−4.05(m,6H),6.95(s,2H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ14.06,22.71,26.16,26.19,29.40,29.50,29.53,29.65,29.71,29.77,30.44,31.98,33.68,35.85,39.37,69.77,73.67,106.51,128.33,142.29,153.35,168.43,175.46.
TOF/MS(ESI):calcd for C64118NO[M−H] 996.8959,found 996.8912.
3−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)プロピオン酸5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)チミジン−3’−イル)ホスホリル)チミジン−3’−イルの合成
〔実施例5−7〕
(1)3−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)プロピオン酸チミジン−3’−イルの合成
Figure 2020011932
3−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)プロピオン酸(2.40g,2.40mmol)、5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)チミジン(1.57g,2.88mmol)、1−メチルイミダゾール(0.99g,12.00mmol)のTHF(24mL)懸濁液にCOMU(2.06g,4.80mmol)を加えたのち、室温で6.5時間撹拌した。さらにCOMU(0.21g,0.48mmol)を加えたのち、室温で17.5時間撹拌した。反応液にアセトニトリル(120mL)を滴下することで析出した固体をろ過した。固体をアセトニトリル−THF混合溶媒で洗浄したのち、50℃で減圧乾燥し、粗体(2.76g)を得た。粗体を精製せずに次の反応に使用した。
粗体(2.60g)のジクロロメタン溶液(68mL)にピロール(0.57g,8.50mmol)、トリフルオロ酢酸(0.24g,2.13mmol)を加えたのち、室温で3.5時間撹拌した。さらにトリフルオロ酢酸(0.05g,0.43mmol)を加えたのち、室温で1.5時間撹拌した。反応液にアセトン(20mL)とアセトニトリル(61mL)を滴下することで析出した固体をろ過した。固体をアセトニトリル−アセトン−ジクロロメタン混合溶媒とアセトニトリルで洗浄したのち、50℃で減圧乾燥し、粗体(2.44g)を得た。粗体をカラムクロマトグラフィー(球状中性シリカゲル,展開溶媒:ジクロロメタン−THF)で精製することにより、表題の化合物(0.52g,18%)を白色固体として得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.88(t,9H,J=6.8Hz),1.15−1.55(m,90H),1.65−1.85(m,7H),1.92(s,3H),2.30−2.40(m,1H),2.45−2.55(m,1H),2.60−2.70(m,1H),2.80−2.90(m,2H),3.85−3.95(m,2H),3.95−4.05(m,6H),4.05−4.10(m,1H),4.55−.65(m,2H),5.40−5.55(m,1H),6.10−6.20(m,1H),7.22(s,2H),7.41(s,1H),8.58−8.64(m,1H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ12.57,14.14,22.71,26.07,26.11,29.33,29.38,29.43,29.59,29.67,29.74,30.02,30.34,31.94,34.16,36.90,60.05,62.58,69.24,73.54,75.25,85.10,86.67,108.06,111.42,124.14,136.56,142.69,150.26,152.87,163.40,166.10,170.43.
TOF/MS(ESI):calcd for C7413011Na[M+Na] 1245.9572,found 1245.9548.
〔実施例5−8〕
(2)3−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)プロピオン酸5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)チミジン−3’−イル)ホスホリル)チミジン−3’−イルの合成
Figure 2020011932
実施例3−4の方法に従って、3−((3,4,5−トリス((オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)プロピオン酸チミジン−3’−イル(1.50g,1.23mmol)とDMTr−dT−CEホスホロアミダイト(1.83g,2.45mmol)から表題の化合物(2.22g,96%)を白色固体として得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.88(t,9H,J=6.8Hz),1.10−1.38(m,84H),1.41−1.50(m,9H),1.70−1.83(m,7H),1.91(s,3H),2.30−2.46(m,3H),2.62−2.68(m,2H),2.75(t,1H,J=6.0Hz),2.84(dd,2H,J=4.8,6.4Hz),3.37−3.42(m,1H),3.50−3.55(m,1H),3.79(s,6H),3.98−4.02(m,6H),4.12−4.38(m,6H),4.56(dd,2H,J=4.8,7.2Hz),5.16−5.20(m,1H),5.28−5.35(m,1H),6.21−6.26(m,1H),6.38−6.44(m,1H),6.84(d,4H,J=7.6Hz),7.21−7.32(m,10H),7.34−7.37(m,2H),7.50−7.59(m,1H),8.91−9.06(m,2H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ11.72,12.46,14.13,19.59,19.66,19.75,22.70,26.08,26.15,29.37,29.46,29.61,29.67,29.74,30.36,31.94,33.94,36.62,38.95,55.29,59.89,59.93,62.39,62.45,62.54,62.59,63.23,67.62,69.27,73.55,74.09,79.77,79.82,79.87,79.92,82.52,84.29,84.34,84.46,84.53,85.36,85.57,87.34,108.14,111.70,111.82,113.36,116.17,116.36,124.17,127.34,128.08,128.14,130.13,134.94,135.03,135.07,135.35,135.49,142.74,143.97,143.99,150.23,150.27,150.38,150.46,152.89,158.84,163.40,163.50,166.14,170.29,170.34.
TOF/MS(ESI):calcd for C10816420PNa[M+Na] 1905.1605,found 1905.1636.
2−(N−メチル−3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンズアミド)酢酸5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)チミジン−3’−イル)ホスホリル)チミジン−3’−イルの合成
〔実施例5−9〕
(1)2−(N−メチル−3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンズアミド)酢酸5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)チミジン−3’−イルの合成
Figure 2020011932
2−(N−メチル−3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンズアミド)酢酸(2.10g,2.10mmol)、5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)チミジン(1.37g,2.52mmol)、1−メチルイミダゾール(0.86g,10.50mmol)のTHF(32mL)懸濁液にCOMU(1.80g,4.20mmol)を加えたのち、室温で3.5時間撹拌した。さらにCOMU(0.27g,0.63mmol)を加えたのち、室温で20時間撹拌した。反応液にアセトニトリル(158mL)を滴下することで析出した固体をろ過した。固体をアセトニトリル−THF混合溶媒で洗浄したのち、50℃で減圧乾燥し、粗体(2.96g)を得た。粗体をカラムクロマトグラフィー(球状中性シリカゲル,展開溶媒:ジクロロメタン−THF)で精製することにより、表題の化合物(2.51g,78%)を白色固体として得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.88(t,9H,J=6.8Hz),1.15−1.55(m,93H),1.65−1.90(m,6H),2.35−2.60(m,2H),3.08(s,3H),3.45−3.55(m,2H),3.79(s,6H),3.85−4.00(m,6H),4.10−4.40(m,3H),5.50−5.60(m,1H),6.40−6.50(m,1H),6.65(s,2H),6.80−6.90(m,4H),7.20−7.40(m,9H),7.62(s,1H),8.36(s,1H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ11.64,14.07,22.71,26.17,29.38,29.48,29.65,29.70,29.75,30.41,31.97,38.01,55.30,63.79,69.54,73.58,76.72,84.09,84.54,87.42,106.36,111.64,113.49,127.31,128.09,128.26,129.90,130.15,135.30,135.38,140.18,144.29,150.20,153.29,159.01,163.21,168.70,172.20.
TOF/MS(ESI):calcd for C9514912Na[M+Na] 1547.1039,found 1547.1042.
〔実施例5−10〕
(2)2−(N−メチル−3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンズアミド)酢酸チミジン−3’−イルの合成
Figure 2020011932
実施例2−2の方法に従って、2−(N−メチル−3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンズアミド)酢酸5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)チミジン−3’−イル(2.36g,1.55mmol)から表題の化合物(1.86g,98%)を白色固体として得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.88(t,9H,J=6.8Hz),1.05−1.55(m,90H),1.65−1.85(m,6H),1.92(s,3H),2.30−2.60(m,3H),3.09(s,3H),3.85−4.05(m,8H),4.05−4.35(m,3H),5.45(s,1H),6.05−6.30(brs,1H),6.64(s,2H),7.44(s,1H),8.28(s,1H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ12.50,14.08,22.71,26.17,29.38,29.47,29.51,29.65,29.70,29.75,30.41,31.97,37.20,39.06,62.67,69.59,73.60,75.74,85.09,86.62,106.33,111.45,129.86,136.38,140.23,150.26,153.33,163.22,168.96,172.29.
TOF/MS(ESI):calcd for C7413110Na[M+Na] 1244.9732,found 1244.9786.
〔実施例5−11〕
(3)2−(N−メチル−3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンズアミド)酢酸5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)チミジン−3’−イル)ホスホリル)チミジン−3’−イルの合成
Figure 2020011932
実施例3−4の方法に従って、2−(N−メチル−3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンズアミド)酢酸チミジン−3’−イル(1.71g,1.40mmol)とDMTr−dT−CE−ホスホロアミダイト(2.09g,2.80mmol)から表題の化合物(2.54g,96%)を白色固体として得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.88(t,9H,J=6.6Hz),1.05−1.55(m,93H),1.65−1.85(m,6H),1.91(s,3H),2.30−2.55(m,3H),2.60−2.80(m,3H),3.08(s,3H),3.35−3.45(m,1H),3.50−3.60(m,1H),3.78(s,3H),3.79(s,3H),3.90−4.05(m,6H),4.10−4.45(m,8H),5.10−5.20(m,1H),5.30−5.45(m,1H),6.10−6.30(brs,1H),6.35−6.45(m,1H),6.64(s,2H),6.75−6.90(m,4H),7.15−7.40(m,10H),7.49(d,1H,J=6.4Hz),8.50−8.75(m,2H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ11.76,12.41,12.46,14.07,19.63,19.70,19.78,19.85,22.70,26.20,29.37,29.50,29.52,29.70,29.75,29.79,30.43,31.96,36.86,38.50,39.03,55.30,55.34,61.99,62.10,62.50,62.55,62.63,63.33,67.69,69.61,69.64,73.60,74.61,79.78,81.51,82.43,84.41,84.52,84.57,85.65,85.88,86.36,87.47,106.43,111.40,111.78,111.83,111.89,113.31,113.50,116.07,116.42,127.09,127.38,127.86,128.11,128.27,129.21,130.20,135.07,135.18,135.45,135.54,136.37,139.66,140.30,144.12,147.51,150.16,150.21,150.26,150.38,153.30,158.81,159.03,163.33,168.90,172.25,172.43.
TOF/MS(ESI):calcd for C10816519PNa[M+Na] 1904.1765,found 1904.1780.
3−(3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンズアミド)プロピオン酸5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)チミジン−3’−イル)ホスホリル)チミジン−3’−イルの合成
〔実施例5−12〕
(1)3−(3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンズアミド)プロピオン酸5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)チミジン−3’−イルの合成
Figure 2020011932
3−(3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンズアミド)プロピオン酸(2.20g,2.20mmol)、5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)チミジン(1.44g,2.64mmol)、1−メチルイミダゾール(0.90g,11.00mmol)のTHF(44mL)懸濁液にCOMU(1.88g,4.40mmol)を加えたのち、室温で3.5時間撹拌した。さらに1−メチルイミダゾール(0.36g,4.4mmol)、COMU(0.94g,2.20mmol)を加えたのち、室温で68時間撹拌した。反応液にアセトニトリル(220mL)を滴下することで析出した固体をろ過した。固体をアセトニトリル−THF混合溶媒とメタノールで洗浄したのち、50℃で減圧乾燥し、粗体(3.07g)を得た。粗体をカラムクロマトグラフィー(球状中性シリカゲル,展開溶媒:ジクロロメタン−THF)で精製することにより、表題の化合物(2.01g,60%)を白色固体として得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.88(t,9H,J=6.8Hz),1.15−1.55(m,93H),1.60−1.85(m,6H),2.40−2.55(m,2H),2.65−2.75(m,2H),3.40−3.55(m,2H),3.65−3.75(m,2H),3.78(s,6H),3.95−4.05(m,6H),4.14(d,1H,J=1.6Hz),5.47(d,1H,J=4.8Hz),6.42(t,1H,J=6.2Hz),6.59(t,1H,J=6.0Hz),6.80−6.90(m,4H),6.94(s,2H),7.20−7.45(m,9H),7.60(s,1H),8.43(s,1H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ11.62,14.14,22.71,26.11,29.38,29.45,29.61,29.68,29.74,30.33,31.94,34.05,35.35,37.92,55.24,63.65,69.36,73.51,75.85,83.94,84.34,87.24,105.67,111.65,113.15,113.32,127.26,127.76,127.85,128.06,128.10,129.12,130.04,130.08,135.03,135.24,135.35,141.26,144.12,150.23,153.10,158.78,163.39,167.36,172.25.
TOF/MS(ESI):calcd for C9514912Na[M+Na] 1547.1039,found 1547.1014.
〔実施例5−13〕
(2)3−(3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンズアミド)プロピオン酸チミジン−3’−イルの合成
Figure 2020011932
実施例2−2の方法に従って、3−(3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンズアミド)プロピオン酸5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)チミジン−3’−イル(1.91g,1.25mmol)から表題の化合物(1.51g,99%)を白色固体として得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.88(t,9H,J=6.8Hz),1.15−1.55(m,90H),1.65−1.85(m,6H),1.91(s,3H),2.30−2.55(m,2H),2.55−2.75(m,3H),3.65−3.75(m,2H),3.85−3.95(m,2H),3.95−4.05(m,6H),4.05−4.10(m,1H),5.35−5.40(m,1H),6.16(dd,1H,J=6.0,8.4Hz),6.55−6.65(m,1H),6.95(s,2H),7.43(s,1H),8.25−8.55(m,1H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ12.51,14.09,22.71,26.13,26.16,29.38,29.47,29.62,29.69,29.75,29.99,30.38,31.96,34.26,35.57,37.12,62.57,69.57,73.59,75.09,85.06,86.65,106.04,111.41,129.08,136.51,141.64,150.33,153.20,163.40,167.46,172.39.
TOF/MS(ESI):calcd for C7413110Na[M+Na] 1244.9732,found 1244.9789.
〔実施例5−14〕
(3)3−(3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンズアミド)プロピオン酸5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)チミジン−3’−イル)ホスホリル)チミジン−3’−イルの合成
Figure 2020011932
実施例3−4の方法に従って、3−(3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンズアミド)プロピオン酸チミジン−3’−イル(1.41g,1.15mmol)とDMTr−dT−CE−ホスホロアミダイト(1.71g,2.30mmol)から表題の化合物(2.07g,95%)を白色固体として得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.88(t,9H,J=6.8Hz),1.15−1.55(m,93H),1.65−1.85(m,7H),1.90(d,3H,J=1.2Hz),2.25−2.55(m,3H),2.55−2.80(m,5H),3.30−3.45(m,1H),3.50−3.60(m,1H),3.60−3.75(m,2H),3.78(s,3H),3.79(s,3H),3.90−4.05(m,6H),4.05−4.40(m,6H),5.10−5.25(m,1H),5.30−5.40(m,1H),6.15−6.25(m,1H),6.40−6.50(m,1H),6.75−6.90(m,4H),6.99(d,2H,J=3.6Hz),7.20−7.40(m,9H),7.50−7.60(m,1H),8.95−9.05(m,1H),9.05−9.15(m,1H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ11.72,12.49,14.14,19.59,19.67,19.75,22.71,26.11,26.14,29.38,29.47,29.63,29.69,29.75,29.78,30.35,31.94,34.03,35.53,35.58,36.64,38.95,55.29,62.36,62.41,62.52,62.57,63.24,67.60,69.38,73.53,73.84,79.90,82.35,82.44,84.25,84.32,84.39,85.48,85.67,87.35,105.86,111.64,111.74,111.88,113.14,113.35,116.25,116.44,127.34,127.76,127.85,128.09,129.03,129.13,130.13,134.91,134.95,135.00,135.07,135.48,135.61,141.22,143.93,143.97,150.21,150.26,150.46,150.49,153.03,158.83,163.48,163.53,167.47,167.51,172.19.
TOF/MS(ESI):calcd for C10816519PNa[M+Na] 1904.1765,found 1904.1807.
6.2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸(4−(((6−(N−ベンゾイルアデニン−9−イル)−4−トリチルモルホリン−2−イル)メトキシ)(ジメチルアミノ)ホスホリル)−6−(チミン−1−イル)モルホリン−2−イル)メチルの合成
〔実施例6−1〕
(1)2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸(6−(チミン−1−イル)−4−トリチルモルホリン−2−イル)メチルの合成
Figure 2020011932
実施例2−1の方法に従って、2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸(1.97g,2.00mmol)と6−(ヒドロキシメチル)−4−トリチルモルホリン−2−イル)−5−メチルピリミジン−2,4−(1H,3H)−ジオン(1.16g,2.40mmol)から表題の化合物(2.85g,98%)を得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.88(t,9H,J=6.8Hz),1.11−1.53(m,91H),1.68−1.83(m,6H),1.84(s,3H),3.13(d,1H,J=12.0Hz),3.37(d,1H,J=11.2Hz),3.98−4.04(m,6H),4.17(d,2H,J=5.2Hz),4.37−4.41(m,1H),4.78(s,2H),6.13(dd,1H,J=2.0,9.6Hz),7.00(s,1H),7.15−7.26(m,3H),7.26−7.38(m,8H),7.34−7.58(m,6H),8.34(s,1H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ12.45,14.13,22.70,26.07,26.11,29.32,29.38,29.42,29.59,29.66,29.68,29.73,30.35,31.94,49.01,51.85,60.89,65.08,69.19,73.55,74.58,80.50,108.31,110.68,123.33,126.64,127.97,129.13,135.33,142.95,149.63,152.91,163.23,165.75,167.64.
TOF/MS(ESI):calcd for C9214310Na[M+Na] 1473.0671,found 1473.0629.
〔実施例6−2〕
(2)2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸(6−(チミン−1−イル)モルホリン−2−イル)メチルトリフルオロ酢酸塩の合成
Figure 2020011932
実施例2−2の方法に従って、2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸(6−(チミン−1−イル)−4−トリチルモルホリン−2−イル)メチル(2.76g,1.90mmol)から表題の化合物(2.44g,97%)を得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.88(t,9H,J=6.8Hz),1.10−1.39(m,84H),1.42−1.50(m,6H),1.70−1.83(m,6H),1.87(s,3H),2.95−3.16(m,2H),3.42(d,1H,J=11.2Hz),3.62−3.75(m,1H),3.95−4.05(m,6H),4.31(d,1H,J=8.4Hz),4.46(d,2H,J=10.0Hz),4.86(s,2H),6.17(d,1H,J=9.6Hz),7.25(s,1H),7.30(s,2H),10.15−10.75(brs,1H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ12.48,14.13,22.71,26.09,26.15,29.35,29.39,29.47,29.63,29.69,29.75,29.78,30.38,31.94,43.24,44.99,60.87,63.56,69.21,72.38,73.57,108.30,112.18,114.99,117.90,123.12,134.33,143.10,150.40,152.99,162.55,162.90,163.78,166.02,167.45.
TOF/MS(ESI):calcd for C7312910−CFCOOH[M−H] 1320.9528,found 1320.9517.
〔実施例6−3〕
(3)2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸(4−(((6−(N−ベンゾイルアデニン−9−イル)−4−トリチルモルホリン−2−イル)メトキシ)(ジメチルアミノ)ホスホリル)−6−(チミン−1−イル)モルホリン−2−イル)メチルの合成
Figure 2020011932
2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸(6−(チミン−1−イル)モルホリン−2−イル)メチルトリフルオロ酢酸塩(2.32g,1.76mmol)、N,N−ジイソプロピルエチルアミン(4.16g,32.16mmol)の1,3−ジメチル−2−イミダゾリジノン(16mL)−THF溶液(18mL)に(6−(N−ベンゾイルアデニン−9−イル)−4−トリチルモルホリン−2−イル)メチルジメチルホスホロアミドクロリダート(3.81g,5.27mmol)を加えたのち、室温で2.5時間撹拌した。反応液にメタノール(93mL)を加えて得られたスラリー液を減圧濃縮した。濃縮残渣にメタノールを加えて得られたスラリー液を室温で30分間撹拌したのち、ろ過した。固体をメタノールで洗浄したのち、50℃で減圧乾燥し、粗体(3.23g)を得た。粗体をカラムクロマトグラフィー(球状中性シリカゲル,展開溶媒:ジクロロメタン−メタノール)で精製することにより、表題の化合物(1.96g,59%)を白色固体として得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.88(t,9H,J=6.8Hz),1.10−1.53(m,90H),1.55−1.97(m,12H),2.46(d,3H,J=10.4Hz),2.63(d,3H,J=9.6Hz),2.46−2.63(m,1H),3.12−3.60(m,4H),3.75−4.07(m,10H),4.15−4.50(m,2H),4.78−4.91(m,2H),5.41−5.53(m,1H),6.42(d,1H,J=10.4Hz),7.12−7.20(m,4H),7.20−7.32(m,9H),7.40−7.58(m,8H),8.05(d,2H,J=7.6Hz),8.07−8.10(m,1H),8.68−8.80(m,1H),9.50−9.76(m,2H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ12.44,12.53,14.14,22.70,26.08,26.12,29.32,29.38,29.43,29.60,29.68,29.73,30.35,31.94,36.47,36.51,36.63,36.67,44.56,44.84,47.02,48.64,48.78,52.81,53.10,60.93,64.23,65.34,65.69,69.19,73.56,74.90,74.97,75.34,79.53,79.61,79.97,80.79,108.27,110.92,111.25,122.82,123.26,126.65,128.00,128.22,128.29,128.57,128.63,129.16,132.47,132.57,133.49,133.92,134,74,134.80,140.75,140.78,142.97,143.00,149.31,149.68,149.82,150.12,150.89,151.40,152.65,152.77,152.92,152.94,163.62,165.02,165.23,165.82,165.84,167.56,167.63.
TOF/MS(ESI):calcd for C1111651014PNa[M+Na] 1916.2142,found 1916.2216.
2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸(4−(((6−(N−ベンゾイルシトシン−1−イル)−4−トリチルモルホリン−2−イル)メトキシ)(ジメチルアミノ)ホスホリル)−6−(N−イソブチリルグアニン−9−イル)モルホリン−2−イル)メチルの合成
〔実施例6−4〕
(1)2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸(6−(N−イソブチリルグアニン−9−イル)−4−トリチルモルホリン−2−イル)メチルの合成
Figure 2020011932
実施例2−1の方法に従って、2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸(1.97g,2.00mmol)とN−(9−(6−(ヒドロキシメチル)−4−トリチルモルホリン−2−イル))−6−オキソ−6,9−ジヒドロ−1H−プリン−2−イル)イソブチルアミド(1.51g,2.60mmol)から表題の化合物(3.00g,97%)を得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.88(t,9H,J=6.8Hz),1.10−1.60(m,97H),1.70−1.90(m,7H),2.64(sept,1H),3.18(d,1H,J=12.0Hz),3.45(d,1H,J=11.6Hz),3.95−4.15(m,6H),4.13−4.25(m,2H),4.37−4.46(m,1H),4.72(d,1H,J=16.0Hz),4.84(d,1H,J=16.0Hz),5.89(dd,1H,J=2.2,9.8Hz),7.06−7.37(m,12H),7.39−7.55(m,5H),7.61(s,1H),8.18(s,1H),11.92(s,1H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ14.14,18.93,19.03,22.71,26.07,26.12,29.33,29.37,29.42,29.60,29.67,29.74,30.35,31.94,36.64,49.04,52.24,60.90,65.03,69.25,73.58,74.22,80.36,108.38,121.30,123.27,126.69,127.96,129.18,136.12,143.08,147.32,147.42,152.95,155.36,165.98,167.61,177.85.
TOF/MS(ESI):calcd for C9614810Na[M+Na] 1568.1155,found 1568.1176.
〔実施例6−5〕
(2)2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸(6−(N−イソブチリルグアニン−9−イル)モルホリン−2−イル)メチルトリフルオロ酢酸塩の合成
Figure 2020011932
実施例2−2の方法に従って、2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸(6−(N−イソブチリルグアニン−9−イル)−4−トリチルモルホリン−2−イル)メチル(2.78g,1.80mmol)から表題の化合物(2.45g,96%)を得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.87(t,9H,J=6.8Hz),1.00−1.53(m,96H),1.69−1.88(m,6H),2.72−2.88(m,1H),3.19−3.38(m,1H),3.44−3.63(m,1H),3.75−4.13(m,8H),4.25−4.63(m,3H),4.69−4.94(m,2H),6.06−6.31(m,1H),7.20−7.30(m,3H),7.87−8.06(m,1H),10.19−10.63(brs,1H),12.19−12.63(brs,1H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ14.12,18.92,22.70,26.09,26.16,29.35,29.38,29.47,29.63,29.68,29.75,29.79,30.04,30.38,31.94,36.17,42.86,60.73,63.62,69.21,71.44,73.57,108.29,115.13,118.04,123.10,143.09,148.28,152.95,156.00,165.93,167.50,180.39.
TOF/MS(ESI):calcd for C7713410−CFCOOH[M−H] 1416.0012,found 1415.9960.
〔実施例6−6〕
(3)2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸(4−(((6−(N−ベンゾイルシトシン−1−イル)−4−トリチルモルホリン−2−イル)メトキシ)(ジメチルアミノ)ホスホリル)−6−(N−イソブチリルグアニン−9−イル)モルホリン−2−イル)メチルの合成
Figure 2020011932
実施例6−3の方法に従って、2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸(6−(N−イソブチリルグアニン−9−イル)モルホリン−2−イル)メチルトリフルオロ酢酸塩(2.27g,1.60mmol)と(6−(N−ベンゾイルシトシン−1−イル)−4−トリチルモルホリン−2−イル)メチルジメチルホスホロアミドクロリダート(3.35g,4.80mmol)から表題の化合物(2.87g,91%)を得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.88(t,9H,J=6.8Hz),1.00−1.56(m,96H),1.69−1.88(m,9H),2.38−2.97(m,8H),3.06−3.69(m,5H),3.75−4.56(m,12H),4.69−4.94(m,2H),5.34−5.63(m,1H),6.28−6.50(m,1H),7.13−8.00(m,23H),8.69−8.94(brs,1H),9.31−9.63(brs,1H),10.06−10.31(brs,1H),12.13−12.31(m,1H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ14.13,19.01,19.04,19.17,19.22,22.70,26.07,26.12,29.32,29.37,29.43,29.60,29.67,29.73,29.98,30.35,31.94,36.17,36.27,36.64,36.68,36.74,36.78,45.00,45.08,46.96,47.43,48.25,48.76,52.48,60.82,60.90,64.27,65.84,69.20,69.22,73.57,74.31,74.51,75.41,79.30,80.47,81.36,81.59,108.31,121.25,122.00,123.26,123.33,126.67,126.73,127.73,127.99,128.80,128.98,132.71,133.07,133.27,136.19,137.10,142.90,143.01,147.88,148.00,148.09,152.89,152.93,155.79,155.90,165.79,165.91,167.56,167.58,178.67,179.37.
TOF/MS(ESI):calcd for C1141701115PNa[M+Na] 1987.2513,found 1987.2521.
7.脱Tag化の確認
〔実施例7−1〕
5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)チミジン−3’−イル)ホスホリル)−N−イソブチリルデオキシグアノシン−3’−イル)ホスホリル)チミジンの合成
Figure 2020011932
2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)チミジン−3’−イル)ホスホリル)−N−イソブチリルデオキシグアノシン−3’−イル)ホスホリル)チミジン−3’−イル(233mg,0.10mmol)のTHF(9mL)−2−プロパノール(1mL)混合溶液を0℃に冷却した。冷却下で、4mol/L−水素化ホウ素リチウム−THF溶液(0.125mL,0.50mmol)を加えたのち、同温度で30分間撹拌した。反応液に塩化アンモニウム水溶液を加えたのち、ジクロロメタンで3回抽出した。有機層を食塩水で洗浄したのち、無水硫酸ナトリウムで乾燥し、ろ過により硫酸ナトリウムを除いたのち、ろ液を濃縮した。濃縮残渣をアセトニトリルに懸濁させることで析出した固体をろ過により除き、ろ液を濃縮した。濃縮残渣のジメチルスルホキシド−メタノール混合溶液(1:1,5mL)の一部(2.5mL)を分取クロマト装置で5回に分けて精製することにより、表題の化合物(64mg,95%)を白色固体として得た。
分取クロマト条件:カラム関東化学製MightysilRP−18GP(5μm,20Φ×250mm)、流速5mL/min、移動相アセトニトリル−水(グラジエント0−30分(アセトニトリルの比率50→60%)。
H−NMR(600MHz,DMSO−d):δ1.12(d,6H,J=6.0Hz),1.42(d,3H,J=7.2Hz),1.74(d,3H,J=2.8Hz),2.07(s,1H),2.30−2.41(m,3H),2.60−2.90(m,6H),3.18−3.29(m,2H),3.73(d,6H,J=4.2Hz),4.00−4.43(m,12H),4.97(s,1H),5.10(s,1H),5.51−5.52(m,1H),6.15−6.25(m,3H),6.88(d,4H,J=9.0Hz),7.20−7.50(m,11H),8.17(q,1H,J=1.8Hz),11.33−12.07(m,3H).
13C−NMR(151MHz,DMSO−d):δ10.56,10.88,17.66,33.65,35.78,52.00,53.86,56.34,61.48,61.80,65.49,66.58,68.73,76.58,77.11,81.63,82.11,82.52,82.87,84.98,90.73,108.72,112.08,116.98,119.14,125.69,126.46,126.77,128.53,133.81,134.00,134.26,134.70,136.15,143.26,147.04,147.32,149.14,153.53,156.99,162.50,168.14,178.89.
TOF/MS(ESI):calcd for C61691121Na [M+Na] 1376.4, found 1376.6.
〔実施例7−2〕
5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−N−イソブチリルデオキシグアノシン−3’−イル)ホスホリル)チミジン−3’−イル)ホスホリル)−N−ベンゾイルデオキシアデノシンの合成
Figure 2020011932
実施例7−1の方法に従って、2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−N−イソブチリルデオキシグアノシン−3’−イル)ホスホリル)チミジン−3’−イル)ホスホリル)−N−ベンゾイルデオキシアデノシン−3’−イル(244mg,0.10mmol)から表題の化合物(55mg,75%)を黄色固体として得た。
H−NMR(600MHz,DMSO−d):δ1.17−1.30(m,7H),1.74−1.79(m,3H),1.97−2.30(m,2H),2.45−2.51(m,2H),2.68−2.76(m,1H),2.79−2.83(m,1H),2.96(dt,4H,J=6.4,12.4Hz),3.03−3.12(m,1H),3.22(t,1H,J=11.3Hz),3.77(s,6H),3.93(s,1H),4.07−4.38(m,11H),5.07−5.45(m,5H),6.05−6.45(m,3H),6.85(t,4H,J=10.7Hz),7.24(d,5H,J=8.9Hz),7.29(t,2H,J=7.6Hz),7.36(d,2H,J=7.6Hz),7.49−7.56(m,3H),7.65(t,1H,J=7.2Hz),7.90(dt,1H,J=3.0,8.1Hz),8.07(d,2H,J=7.6Hz),8.13−8.16(m,1H),10.89−12.13(m,3H).
13C−NMR(151MHz,DMSO−d):δ12.52,14.58,19.33,35.33,36.13,37.02,55.48,60.34,62.73,63.24,64.06,67.31,68.33,70.66,77.30,79.12,82.64,83.37,84.09,84.74,86.25,113.58,118.69,121.00,123.54,127.24,128.19,128.72,128.94,130.23,132.68,133.50,134.55,135.77,136.46,137.81,139.68,145.08,148.56,149.12,150.82,155.31,158.56,161.08,164.11,165.03,180.61.
TOF/MS(ESI):calcd for C68721420Na [M+Na] 1489.4, found 1489.4.
〔実施例7−3〕
5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)チミジン−3’−イル)ホスホリル)−N−イソブチリルデオキシグアノシン−3’−イル)ホスホリル)−N−ベンゾイルデオキシシチジンの合成
Figure 2020011932
実施例7−1の方法に従って、2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)チミジン−3’−イル)ホスホリル)−N−イソブチリルデオキシグアノシン−3’−イル)ホスホリル)−N−ベンゾイルデオキシシチジン−3’−イル(243mg,0.10mmol)から表題の化合物(57mg,79%)を白色固体として得た。
H−NMR(600MHz,DMSO−d):δ1.09−1.12(m,6H),1.42(s,3H),1.75−2.10(m,4H),2.61−2.95(m,7H),3.15−3.25(m,3H),3.70−3.77(m,7H),4.08−4.36(m,11H),5.09(d,2H,J=41.9Hz),5.32(d,2H,J=44.0Hz),6.18−6.29(m,3H),6.85−6.88(m,4H),7.20−7.22(m,5H),7.29(q,2H,J=6.9Hz),7.34(d,2H,J=7.6Hz),7.41−7.53(m,4H),7.86(d,2H,J=7.6Hz),8.19(dt,1H,J=4.4,8.2Hz),8.84(q,1H,J=6.4Hz),11.34−12.05(m,3H).
13C−NMR(151MHz,DMSO−d):δ12.17,19.35,27.86,35.35,55.56,57.07,63.19,63.61,67.29,68.60,70.86,78.19,78.93,82.62,83.40,83.86,84.14,86.67,110.47,113.78,118.59,118.88,120.91,127.38,128.02,128.69,130.24,131.86,134.55,135.51,135.97,137.92,144.97,148.76,149.02,150.84,154.36,155.25,158.69,164.09,165.95,166.18,180.60.
TOF/MS(ESI):calcd for C67721221Li [M+Li] 1449.5, found 1449.6.
〔実施例7−4〕
5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)チミジン−3’−イル)ホスホリル)チミジン−3’−イル)ホスホリル)−N−イソブチリルデオキシグアノシンの合成
Figure 2020011932
実施例7−1の方法に従って、2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)チミジン−3’−イル)ホスホリル)チミジン−3’−イル)ホスホリル)−N−イソブチリルデオキシグアノシン−3’−イル(232mg,0.10mmol)から表題の化合物(63mg,93%)を白色固体として得た。
H−NMR(600MHz,DMSO−d):δ1.12(d,6H,J=6.2Hz),1.42(d,3H,J=7.6Hz),1.73(d,3H,J=2.7Hz),2.07(s,1H),2.32−2.43(m,3H),2.61−2.91(m,6H),3.20−3.29(m,2H),3.73(d,6H,J=3.8Hz),4.04−4.43(m,12H),4.97(s,1H),5.10(s,1H),5.51−5.52(m,1H),6.13−6.26(m,3H),6.88(d,4H,J=8.9Hz),7.23(d,5H,J=7.6Hz),7.30(t,2H,J=6.2Hz),7.36(d,2H,J=8.2Hz),7.43−7.47(m,2H),7.89−8.18(m,1H),11.33−12.07(m,3H).
13C−NMR(151MHz,DMSO−d):δ10.46,10.84,17.69,17.83,33.61,35.32,36.22,53.86,61.50,61.98,65.53,66.44,68.89,75.88,77.15,80.92,81.78,82.16,82.47,82.92,83.51,85.00,108.75,108.90,112.08,116.92,119.11,125.71,126.48,126.77,128.55,133.80,134.02,134.33,134.53,136.24,143.27,146.96,147.20,149.17,153.63,157.01,162.41,178.92.
TOF/MS(ESI):calcd for C61691121Na [M+Na] 1376.4, found 1376.6.
〔実施例7−5〕
5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−チミジン−3’−イル)ホスホロチオイル)−チミジンの合成
Figure 2020011932
2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−チミジン−3’−イル)ホスホロチオイル)−チミジン−3’−イル(189mg,0.10mmol)のTHF(9mL)−2−プロパノール(1mL)混合溶液を0℃に冷却した。冷却下で、4mol/L−水素化ホウ素リチウム−THF溶液(0.125mL,0.50mmol)を加えたのち、同温度で30分間撹拌した。反応液に塩化アンモニウム水溶液を加えたのち、ジクロロメタンで3回抽出した。有機層を食塩水で洗浄したのち、無水硫酸ナトリウムで乾燥し、ろ過により硫酸ナトリウムを除いたのち、ろ液を濃縮した。濃縮残渣をアセトニトリルに懸濁させることで析出した固体をろ過により除き、ろ液を濃縮した。濃縮残渣をカラムクロマトグラフィー(シリカゲル,展開溶媒:クロロホルム−メタノール)で精製することにより、表題の化合物(86mg,93%)を白色固体として得た。
H−NMR(600MHz,CDCl):δ1.46(d,3H,J=15.8Hz),1.91(d,3H,J=8.2Hz),2.21−2.79(m,6H),3.39−3.49(m,2H),3.79(d,6H,J=3.4Hz),4.08−4.52(m,8H),5.26−5.31(m,1H),6.25−6.41(m,2H),6.85(dd,4H,J=2.7,8.9Hz),7.22−7.38(m,9H),7.58(d,1H,J=24.1Hz),9.45−10.50(m,2H).
13C−NMR(151MHz,CDCl):δ11.90,12.57,19.43,38.92,39.90,55.30,62.59,63.36,67.70,71.03,80.38,84.66,85.46,87.28,111.32,111.97,113.38,116.54,127.28,128.00,128.11,130.06,135.00,135.80,144.09,150.64,150.92,158.74,163.98.
TOF/MS(ESI):calcd for C444813PSNa [M+Na] 940.3, found 940.2.
〔実施例7−6〕
5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−2’−フルオロデオキシウリジン−3’−イル)ホスホリル)−2’−フルオロ−N−イソブチリルデオキシグアノシンの合成
Figure 2020011932
2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−2’−フルオロデオキシウリジン−3’−イル)ホスホリル)−2’−フルオロ−N−イソブチリルデオキシグアノシン−3’−イル(0.397g,0.200mmol)のTHF(27mL)−2−プロパノール(3mL)の混合溶液を0〜−10℃に冷却した。冷却下で、4mol/L−水素化ホウ素リチウム−THF溶液(0.10mL,0.400mmol)を加えたのち、同温度で20分間撹拌した。反応液に10%塩化アンモニウム水溶液(4mL)を加えたのち分液し、有機層を10%食塩水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥し、ろ過により硫酸ナトリウムを除いたのち、ろ液を濃縮した。濃縮残渣にメタノールを添加することで析出した固体をろ過により除き、ろ液を濃縮、乾固した。濃縮残渣をカラムクロマトグラフィー(球状中性シリカゲル,展開溶媒:ジクロロメタン−メタノール)で精製することにより、表題の化合物(0.137g,67%)を白色固体として得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ1.16−1.26(m,6H),2.19(s,2H),2.45−2.87(m,3H),3.44−3.66(m,2H),3.72−3.75(m,6H),3.92−4.18(m,2H),4.25−4.50(m,4H),4.89−5.55(m,6H),5.85−6.00(m,2H),
6.80−6.82(m,4H),7.15−7.30(m,7H),7.33−7.37(m,2H),7.71−7.82(m,2H),10.05−10.42(brs,1H),10.55−10.87(brs,1H),12.36(s,1H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ18.75,18.85,19.01,19.07,19.38,19.45,36.01,50.81,55.26,55.28,60.65,62.85,67.86,80.26,81.13,87.13,87.19,87.53,87.88,90.59,92.53,102.62,113.33,116.74,121.28,127.26,128.05,128.19,130.22,134.80,134.91,134.96,135.07,140.41,144.01,144.11,148.00,148.06,148.50,148.55,150.44,155.70,158.76,163.72,180.33,180.39.
TOF/MS(ESI):calcd for C474914PNa [M+Na] 1041.2972, found 1041.2975.
〔実施例7−7〕
−ベンゾイル−5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−2’−O−メチルウリジン−3’−イル)ホスホリル)−2’−O−メチルシチジンの合成
Figure 2020011932
N,N−ジイソプロピルエチルアミン(0.065g,0.50mmol)のTHF(13.5mL)と2−プロパノール(1.5mL)の混合溶液を0〜−10℃に冷却した。冷却下で、4mol/L−水素化ホウ素リチウム−THF溶液(0.125mL,0.50mmol)を加えたのち、同温度で10分間撹拌した。次に2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸N−ベンゾイル−5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−2’−O−メチルウリジン−3’−イル)ホスホリル)−2’−O−メチルシチジン−3’−イル(0.200g,0.10mmol)のTHF(0.9mL)−2−プロパノール(0.1mL)の混合溶液を加えたのち、同温度で0.5時間撹拌した。反応液に10%塩化アンモニウム水溶液(2mL)を加えたのち分液し、有機層を10%食塩水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥し、ろ過により硫酸ナトリウムを除いたのち、ろ液を濃縮した。濃縮残渣にメタノールを添加することで析出した固体をろ過により除き、ろ液を濃縮、乾固した。濃縮残渣をカラムクロマトグラフィー(球状中性シリカゲル,展開溶媒:ジクロロメタン−メタノール)で精製することにより、表題の化合物(0.055g,53%)を白色固体として得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ2.00−2.27(brs,2H),2.55−2.74(m,1H),2.80(t,1H,J=6.2Hz),3.14−3.41(m,1H),3.44−3.92(m,14H),4.03−4.64(m,7H),5.12(q,1H,J=5.6Hz),5.27(t,1H,J=8.0Hz),5.87−6.05(m,2H),6.78−6.89(m,4H),7.19−7.64(m,12H),7.76−8.16(m,4H),9.05−9.42(brs,1H),9.50−9.87(brs,1H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ19.54,19.56,19.61,19.64,55.28,55.32,58.80,58.82,58.93,61.30,61.34,62.38,62.43,62.68,62.73,66.03,66.08,66.41,66.46,67.85,67.95,74.30,74.34,74.42,74.47,81.32,81.41,81.49,81.58,81.64,81.72,82.17,82.99,83.08,86.58,86.79,87.46,87.48,89.42,89.51,96.78,102.69,102.71,113.39,116.35,116.48,127.37,127.42,127.80,127.85,128.12,128.25,128.29,128.57,128.90,128.93,130.22,130.27,130.30,131.01,132.94,133.02,133.14,133.17,134.72,134.75,134.82,134.84,139.51,139.66,143.90,143.97,144.26,150.43,154.73,158.81,158.85,162.82,162.86,163.22,166.72.
TOF/MS(ESI):calcd for C515316PNa [M+Na] 1059.3153, found 1059.3202.
〔実施例7−8〕
5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−2’−O−(tert−ブチルジメチルシリル)ウリジン−3’−イル)ホスホリル)−2’−O−(tert−ブチルジメチルシリル)ウリジンの合成
Figure 2020011932
2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−2’−O−(tert−ブチルジメチルシリル)ウリジン−3’−イル)ホスホリル)−2’−O−(tert−ブチルジメチルシリル)ウリジン−3’−イル(0.420g,0.20mmol)のTHF(27mL)−2−プロパノール(3mL)の混合溶液を0〜−10℃に冷却した。冷却下で、4mol/L−水素化ホウ素リチウム−THF溶液(0.25mL,1.00mmol)を加えたのち、同温度で1.5時間撹拌した。反応液に10%塩化アンモニウム水溶液(4mL)を加えたのち分液し、有機層を10%食塩水で洗浄した。有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥し、ろ過により硫酸ナトリウムを除いたのち、ろ液を濃縮した。濃縮残渣にメタノールを添加することで析出した固体をろ過により除き、ろ液を濃縮、乾固した。濃縮残渣をカラムクロマトグラフィー(球状中性シリカゲル,展開溶媒:ジクロロメタン−メタノール)で精製することにより、表題の化合物(0.135g,60%)を白色固体として得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.11−0.15(m,12H),0.89−0.93(m,18H),1.66−1.84(brs,2H),2.50−2.77(m,3H),3.46−3.67(m,2H),3.80(s,6H),3.98−4.55(m,9H),4.92−4.96(m,1H),5.23−5.27(m,1H),5.61−5.75(m,2H),5.97−6.00(m,1H),6.84−6.87(m,4H),7.14−7.45(m,10H),7.77−7.87(m,1H),9.00−9.50(brs,2H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ−5.14,−4.98,−4.96,−4.90,−4.82,−4.76,−4.74,−4.70,−4.68,17.96,18.02,18.06,19.54,19.60,19.67,25.56,25.60,25.66,25.69,55.31,62.02,62.29,62.34,62.52,62.57,62.62,67.06,67.12,67.32,69.38,69.54,70.49,70.93,73.61,74.57,74.63,74.71,74.88,81.55,81.60,81.73,81.84,81.93,82.01,87.37,87.65,87.85,87.95,88.05,91.58,91.81,93.18,93.89,102.60,102.67,102.76,102.82,102.86,113.41,116.26,116.30,127.41,127.45,128.13,128.17,128.21,130.16,130.23,130.29,130.34,134.65,134.69,134.72,134.75,139.67,139.75,140.36,140.40,141.65,141.77,143.99,144.03,149.97,150.09,150.19,150.40,150.55,150.75,158.83,158.88,162.93,163.00,163.18.
TOF/MS(ESI):calcd for C547216SiPNa [M+Na] 1156.4148, found 1156.4148.
5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)チミジン−3’−イル)ホスホリル)チミジンの合成
〔実施例7−9〕
(1)3−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)プロピオン酸5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)チミジン−3’−イル)ホスホリル)チミジン−3’−イルからの合成
Figure 2020011932
実施例7−8の方法に従って、3−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)プロピオン酸5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)チミジン−3’−イル)ホスホリル)チミジン−3’−イル(0.377g,0.200mmol)から表題の化合物(0.136g,76%)を白色固体として得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ1.41(d,3H,J=5.4Hz),1.87(d,3H,J=2.0Hz),2.19−2.27(m,1H),2.34−2.48(m,2H),2.62−2.77(m,3H),3.39(t,1H,J=7.2Hz),3.47−3.52(m,1H),3.78(s,6H),4.07−4.55(m,8H),5.12−5.18(m,1H),6.18−6.24(m,1H),6.35−6.40(m,1H),6.84(d,4H,J=8.8Hz),7.21−7.31(m,8H),7.32−7.38(m,2H),7.51−7.58(m,1H),9.92−10.14(m,2H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ11.78,12.45,12.49,19.59,19.67,19.71,38.83,39.01,39.61,39.67,55.31,62.45,62.50,62.60,62.65,63.31,67.74,70.84,80.08,84.40,84.50,85.60,87.30,87.36,111.23,111.34,111.91,112.00,113.37,116.49,116.74,127.32,128.10,130.11,130.14,134.98,135.01,135.04,135.19,136.00,144.01,144.06,150.69,151.00,151.05,158.80,163.96,164.16.
TOF/MS(ESI):calcd for C444814PNa [M+Na] 924.2833, found 924.2836.
〔実施例7−10〕
(2)2−(N−メチル−3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンズアミド)酢酸5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)チミジン−3’−イル)ホスホリル)チミジン−3’−イルからの合成
Figure 2020011932
2−(N−メチル−3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンズアミド)酢酸5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)チミジン−3’−イル)ホスホリル)チミジン−3’−イル(189mg,0.10mmol)のTHF(9mL)−2−プロパノール(1mL)混合溶液を0℃に冷却した。冷却下で、4mol/L−水素化ホウ素リチウム−THF溶液(0.125mL,0.50mmol)を加えたのち、同温度で30分間撹拌した。反応液に塩化アンモニウム水溶液を加えたのち、ジクロロメタンで3回抽出した。有機層を食塩水で洗浄したのち、無水硫酸ナトリウムで乾燥し、ろ過により硫酸ナトリウムを除いたのち、ろ液を濃縮した。濃縮残渣をアセトニトリルに懸濁させることで析出した固体をろ過により除き、ろ液を濃縮した。濃縮残渣をカラムクロマトグラフィー(シリカゲル,展開溶媒:クロロホルム−メタノール)で精製することにより、表題の化合物(89mg,98%)を白色固体として得た。
TOF/MS(ESI):calcd for C444814PNa [M+Na] 924.3, found 924.2.
〔実施例7−11〕
(3)3−(3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンズアミド)プロピオン酸5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)チミジン−3’−イル)ホスホリル)チミジン−3’−イルのから合成
Figure 2020011932
3−(3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンズアミド)プロピオン酸5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)チミジン−3’−イル)ホスホリル)チミジン−3’−イル(189mg,0.10mmol)のTHF(9mL)−2−プロパノール(1mL)混合溶液を0℃に冷却した。冷却下で、4mol/L−水素化ホウ素リチウム−THF溶液(0.125mL,0.50mmol)を加えたのち、室温で1時間間撹拌した。反応液に塩化アンモニウム水溶液を加えたのち、ジクロロメタンで3回抽出した。有機層を食塩水で洗浄したのち、無水硫酸ナトリウムで乾燥し、ろ過により硫酸ナトリウムを除いたのち、ろ液を濃縮した。濃縮残渣をアセトニトリルに懸濁させることで析出した固体をろ過により除き、ろ液を濃縮した。濃縮残渣をカラムクロマトグラフィー(シリカゲル,展開溶媒:クロロホルム−メタノール)で精製することにより、表題の化合物(74mg,82%)を白色固体として得た。
TOF/MS(ESI):calcd for C444814PNa [M+Na] 924.3, found 924.2.
〔実施例7−12〕
(6−(N−ベンゾイルアデニン−9−イル)−4−トリチルモルホリン−2−イル)メチル P−(2−(ヒドロキシメチル)−6−チミン−1−イル)モルホリノ)−N,N−ジメチルホスホノアミダートの合成
Figure 2020011932
実施例7−7の方法に従って、2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸(4−(((6−(N−ベンゾイルアデニン−9−イル)−4−トリチルモルホリン−2−イル)メトキシ)(ジメチルアミノ)ホスホリル)−6−(チミン−1−イル)モルホリン−2−イル)メチル(0.379g,0.20mmol)から表題の化合物(0.114g,61%)を白色固体として得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.87−1.95(m,6H),2.01(s,1H),2.45−2.64(m,7H),3.06−4.04(m,9H),4.43−4.46(m,1H),5.52(dd,1H,J=2.4,10.4Hz),6.41(dt,1H,J=2.4,10.0Hz),7.05−7.64(m,19H),8.03(d,2H,J=8.4Hz),8.09(s,1H),8.71−8.80(m,1H),9.69−9.78(m,1H),10.28(s,1H),10.75−11.05(brs,1H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ12.41,12.45,36.54,36.58,36.62,36.66,44.61,44,82,47.13,48.68,48.78,52.80,52.85,62.72,62.78,65.46,65.61,75.07,75.14,75.45,75.52,78.06,78.13,78.27,78.33,79.60,79.65,80.01,80.49,110.96,111.03,122.47,122.78,126.65,128.00,128.24,128.41,128.49,128.62,129.17,132.61,132.69,133.48,133.64,134.86,134.96,140.94,149.54,149.75,149.82,150.02,151.23,151.42,152.66,152.75,163.75,163.79,165.25.
TOF/MS(ESI):calcd for C485110PNa [M+Na] 949.3527, found 949.3545.
〔実施例7−13〕
(6−(N−ベンゾイルシトシン−1−イル)−4−トリチルモルホリン−2−イル)メチルP−(2−(ヒドロキシメチル)−6−(N−イソブチリルグアニン−9−イル)モルホリノ)−N,N−ジメチルホスホノアミダートの合成
Figure 2020011932
実施例7−7の方法に従って、2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸(4−(((6−(N−ベンゾイルシトシン−1−イル)−4−トリチルモルホリン−2−イル)メトキシ)(ジメチルアミノ)ホスホリル)−6−(N−イソブチリルグアニン−9−イル)モルホリン−2−イル)メチル(0.197g,0.10mmol)から表題の化合物(0.052g,52%)を白色固体として得た。
H−NMR(400MHz,CDCl):δ0.78−1.55(m,9H),2.37−2.95(m,8H),3.08−3.94(m,9H),4.13−4.43(m,2H),5.42−5.54(m,1H),6.22−6.38(m,1H),7.05−7.80(m,19H),7.93(d,2H,J=7.2Hz),9.58−9.92(brs,1H),10.64−10.86(brs,1H),12.05−12.21(brs,1H).
13C−NMR(100MHz,CDCl):δ13.91,14.12,19.03,19.06,19.28,22.69,25.76,28.55,29.36,29.70,31.72,31.92,35.99,36.05,36.62,36.65,36.69,44.63,44.92,47.15,47.56,48.44,48.79,52.26,52.42,61.85,62.58,62.73,65.66,66.15,71.09,71.69,75.40,75.86,75.91,78.19,79.73,80.56,81.37,81.76,97.87,120.56,120.92,126.65,127.96,128.04,128.70,128.83,128.92,129.13,131.00,132.21,132.97,133.02,133.14,136.66,137.43,144.02,144.54,147.92,147.98,148.00,154.99,155.57,155.62,162.69,163.09,167.24,179.62,179.86.
TOF/MS(ESI):calcd for C515611PNa [M+Na] 1020.3898, found 1020.3942.
〔実施例7−14〕
8mer体の脱Tag化の確認
(1)2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(N−ベンゾイルデオキシシチジン−3’−イル)ホスホリル)−N−ベンゾイルデオキシアデノシン−3’−イル)ホスホリル)チミジン−3’−イル)ホスホリル)−N−イソブチリルデオキシグアノシン−3’−イル)ホスホリル)−N−ベンゾイルデオキシシチジン−3’−イル)ホスホリル)−N−ベンゾイルデオキシアデノシン−3’−イル)ホスホリル)チミジン−3’−イル)ホスホリル)チミジン−3’−イル(8mer体)の合成
アルゴン下で、2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸チミジン−3’−イル(1.19g,0.98mmol)、5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)チミジン−3’−イル−ホスホロアミダイト(1.46g,1.96mmol)のジクロロメタン懸濁液(10mL)に5−ベンジルチオ−1H−テトラゾール(0.38g,1.96mmol)を加えたのち、室温で1.5時間撹拌した。次に、ピリジン(0.93g,11.77mmol)と水(0.11g,5.89mmol)、ヨウ素(1.25g,4.91mmol)を加えたのち、室温で4時間撹拌した。反応液に1.2mol/L−アスコルビン酸水溶液(3mL)を加えたのち、室温で15分間撹拌した。反応液にアセトニトリル(24mL)を滴下することで析出した固体をろ過した。固体をアセトニトリル−ジクロロメタン混合溶媒で洗浄したのち、50℃で減圧乾燥し、DMTr体(2.22g)を得た。
次に、DMTr体(1.83g,0.98mmol)のジクロロメタン懸濁液(15mL)にピロール(0.33g,4.91mmol)、トリフルオロ酢酸(0.13g,1.18mmol)を加えたのち、室温で1.5時間撹拌した。反応液にアセトニトリル(37mL)とメタノール(18mL)を滴下することで析出した固体をろ過した。固体をアセトニトリル−メタノール−ジクロロメタン混合溶媒で洗浄したのち、50℃で減圧乾燥し、2mer体(1.48g)を得た。
上記と同様の操作を6回繰り返して、8mer体(2.94g)を得た。
TOF/MS(ESI): m/z 2106.3 [M+2H]2+, 1403.9 [M+3H]3+
〔実施例7−15〕
(2)2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(N−ベンゾイルデオキシシチジン−3’−イル)ホスホリル)−N−ベンゾイルデオキシアデノシン−3’−イル)ホスホリル)チミジン−3’−イル)ホスホリル)−N−イソブチリルデオキシグアノシン−3’−イル)ホスホリル)−N−ベンゾイルデオキシシチジン−3’−イル)ホスホリル)−N−ベンゾイルデオキシアデノシン−3’−イル)ホスホリル)チミジン−3’−イル)ホスホリル)チミジン−3’−イルの脱Tag化
N,N−ジイソプロピルエチルアミン(65mg,0.50mmol)をジクロロメタン(0.4mL)とTHF(0.2mL)、2−プロパノール(0.04mL)の混合溶液に加え、0〜−10℃に冷却した。次に、4mol/L−水素化ホウ素リチウム−THF溶液(0.125mL,0.50mmol)を加えたのち、同温度で20分間撹拌し、還元試薬を調製した。あらかじめ、0〜−10℃に冷却した8mer体(84mg,0.02mmol)のジクロロメタン(4.2mL)−THF(1.8mL)−2−プロパノール(0.4mL)混合液に還元試薬を添加し、同温度で40分間撹拌した。反応液に10%塩化アンモニウム水溶液(5mL)を加えたのち、ジクロロメタンで抽出した。有機層を食塩水で洗浄したのち、有機層を濃縮、乾固した。濃縮残渣をジクロロメタンに懸濁させることで析出した固体をろ取した。固体をジクロロメタンで洗浄したのち、減圧乾燥し、5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(5’−O−((2−シアノエトキシ)(N−ベンゾイルデオキシシチジン−3’−イル)ホスホリル)−N−ベンゾイルデオキシアデノシン−3’−イル)ホスホリル)チミジン−3’−イル)ホスホリル)−N−イソブチリルデオキシグアノシン−3’−イル)ホスホリル)−N−ベンゾイルデオキシシチジン−3’−イル)ホスホリル)−N−ベンゾイルデオキシアデノシン−3’−イル)ホスホリル)チミジン−3’−イル)ホスホリル)チミジン(25mg)を得た。
TOF/MS(ESI): m/z 1621.9 [M+2H]2+, 1081.6 [M+3H]3+, 811.2 [M+4H]4+
8.脱Tag化進行速度の比較
〔実施例8〕
2−((3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンゾイル)オキシ)酢酸5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)チミジン−3’−イル(A−Tag−dT−DMTrと略す)とコハク酸3,4,5−トリス(オクタデシルオキシ)ベンジル5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)チミジン−3’−イル(S−Tag−dT−DMTrと略す)について、下記に示すアンモニア性塩基性条件下での脱Tag化進行速度を比較した。
<脱Tag化条件>
A−Tag−dT−DMTr or S−Tag−dT−DMTr 50μmol
28%アンモニア水 2.0 mL
エタノール 0.5 mL
THF 0.5 mL
反応温度 35℃
<dT−DMTr(脱Tag体)の生成率>
Figure 2020011932
<HPLC条件>
カラム :Inertsil WP300 Diol(5μm,4.6Φ×150mm)
流速 :1.0 mL/min
移動相 :n−hexane, CHCl−MeOH (1/1)
Gradient: 0−11 min; 5 to 30%(CHCl−MeOH)
検出方法:UV(λ=254nm)
保持時間:A−Tag−dT−DMTr:Rt=4.23min,S−Tag−dT−DMTr:Rt=4.17min,dT−DMTr:Rt=9.40min
生成率:(dT−DMTr)/[(A−Tag−dT−DMTr or S−Tag−dT−DMTr)+(dT−DMTr)]
以上のように、A−Tagはオリゴ核酸合成の一般的な脱保護条件において、コハク酸エステル体よりも速やかに脱Tag化されることを確認した。
9.合成例まとめ
以下、上述の各実施例における合成例をまとめたものを示す。
9.1 3量体の合成
Figure 2020011932
上記表2に示されるように、種々のTag結合3量体DNAオリゴマーを高い収率で得ることができた。
9.2 2量体の合成
Figure 2020011932
上記表3に示されるように、種々のTag結合オリゴヌクレオチド(2量体)を高い収率で得ることができた。
9.3 2量体の合成
Figure 2020011932
上記表4に示されるように、種々のTag結合オリゴヌクレオチド(2量体)を高い収率で得ることができた。
9.4 2量体の合成
Figure 2020011932
上記表5に示されるように、種々のTag結合オリゴヌクレオチド(2量体)を高い収率で得ることができた。
9.5 20量体の合成ならびに全脱保護
Figure 2020011932
本発明のアルコキシフェニル誘導体およびTag化ヌクレオチド保護体を用いることにより、上記のTag化オリゴヌクレオチド保護体(20量体)が簡易に得ることができた。さらに、Tag部分ならびに保護基を除去することにより、オリゴヌクレオチドが簡便に得ることができた。
9.6 3量体の脱Tag
Figure 2020011932
上記表6に示されるように、種々のTag化オリゴヌクレオチド保護体(3量体)のTag部分を除去し、各オリゴヌクレオチド保護体(3量体)を高い収率で得ることができた。
9.7 2量体の脱Tag
Figure 2020011932
上記表7に示されるように、種々のTag化オリゴヌクレオチド保護体(2量体)のTag部分を除去し、各オリゴヌクレオチド保護体(2量体)を高い収率で得ることができた。
9.8 2量体の脱Tag
Figure 2020011932
上記表8に示されるように、種々のTag化オリゴヌクレオチド保護体(2量体)のTag部分を除去し、各オリゴヌクレオチド保護体(2量体)を高い収率で得ることができた。
9.9 2量体の脱Tag
Figure 2020011932
上記表9に示されるように、種々のTag化オリゴヌクレオチド保護体(2量体)のTag部分を除去し、各オリゴヌクレオチド保護体(2量体)を高い収率で得ることができた。
本発明のアルコキシフェニル誘導体は、上記Tag化ヌクレオシド保護体およびTag化ヌクレオチド保護体の製造等に利用可能である。また、本発明のTag化ヌクレオシド保護体およびTag化ヌクレオチド保護体等、オリゴヌクレオチドの製造方法、ならびに、Tag化ヌクレオシド保護体またはTag化ヌクレオチド保護体の選択的なTag部分除去方法は、特に液相合成(疑似液相合成を含む)におけるオリゴヌクレオチド保護体の合成に利用可能である。これらはいずれも、核酸医薬開発や生体機構解明等に非常に有用な化合物および手法である。

Claims (28)

  1. 一般式(1)で表される化合物またはその誘導体。
    Figure 2020011932
    (式中、
    Rは、それぞれ独立して、置換されていてもよい、炭素数10〜40のアルキル基を表す。
    mは、1〜5の整数を表す。mが2以上の場合には、複数存在するROは同一、または、異なっていてもよい。
    Xは、O、S、NH、または、NRを表す。
    nは、1〜4の整数を表す。
    は、置換されていてもよい、炭素数1〜6のアルキル基を表す。)
  2. 一般式(2)で表される、請求項1に記載の化合物またはその誘導体。
    Figure 2020011932
    (式中、
    、R、および、Rは、それぞれ独立して、置換されていてもよい、炭素数10〜40のアルキル基を表す。
    Xは、O、S、NH、または、NRを表す。
    nは、1〜4の整数を表す。
    は、置換されていてもよい、炭素数1〜6のアルキル基を表す。)
  3. 一般式(3)で表される化合物またはその誘導体。
    Figure 2020011932
    (式中、
    Rは、それぞれ独立して、置換されていてもよい、炭素数10〜40のアルキル基を表す。
    mは、1〜5の整数を表す。mが2以上の場合には、複数存在するROは、同一、または、異なっていてもよい。
    Xは、O、S、NH、または、NRを表す。
    nは、1〜4の整数を表す。
    は、置換されていてもよい、炭素数1〜6のアルキル基を表す。
    Yは、下記一般式(4)、または、一般式(5)を表す。)
    Figure 2020011932
    (式中、
    Baseは、修飾されていてもよい核酸塩基を表す。Baseが2以上存在する場合には、複数存在するBaseは同一、または、異なっていてもよい。
    Bは、水素原子、保護されていてもよい水酸基、または、ハロゲンを表す。Bが2以上存在する場合には、複数存在するBは、同一、または、異なっていてもよい。
    Wは、水素原子、または、保護基を表す。
    は、電子求引性基を有する、炭素数1〜4のアルキル基を表す。Rが2以上存在する場合には、複数存在するRは同一、または、異なっていてもよい。
    Zは、O、または、Sを表す。Zが2以上存在する場合には、複数存在するZは、同一、または、異なっていてもよい。
    y1は、0以上の任意の整数を表す。
    *は、前記一般式(3)における結合箇所を表す。)
    Figure 2020011932
    (式中、
    Baseは、修飾されていてもよい核酸塩基を表す。Baseが2以上存在する場合には、複数存在するBaseは同一、または、異なっていてもよい。
    Qは、水素原子、または、保護基を表す。
    Vは、炭素数1〜6のアルコキシ基、ジ(C1−6アルキル)アミノ基、または、4位窒素原子が保護基で保護され、さらに置換されていてもよいピペラジノ基を表す。Vが2以上存在する場合には、複数存在するVは同一、または、異なっていてもよい。
    y2は、0以上の任意の整数を表す。
    *は、前記一般式(3)における結合箇所を表す。)
  4. 一般式(6)で表される、請求項3に記載の化合物またはその誘導体。
    Figure 2020011932
    (式中、
    、R、および、Rは、それぞれ独立して、置換されていてもよい、炭素数10〜40のアルキル基を表す。
    Xは、O、S、NH、または、NRを表す。
    nは、1〜4の整数を表す。
    は、置換されていてもよい、炭素数1〜6のアルキル基を表す。
    Yは、下記一般式(4)、または、一般式(5)を表す。)
    Figure 2020011932
    (式中、
    Baseは、修飾されていてもよい核酸塩基を表す。Baseが2以上存在する場合には、複数存在するBaseは同一、または、異なっていてもよい。
    Bは、水素原子、保護されていてもよい水酸基、または、ハロゲンを表す。Bが2以上存在する場合には、複数存在するBは、同一、または、異なっていてもよい。
    Wは、水素原子、または、保護基を表す。
    は、電子求引性基を有する、炭素数1〜4のアルキル基を表す。Rが2以上存在する場合には、複数存在するRは同一、または、異なっていてもよい。
    Zは、O、または、Sを表す。Zが2以上存在する場合には、複数存在するZは、同一、または、異なっていてもよい。
    y1は、0以上の任意の整数を表す。
    *は、前記一般式(6)における結合箇所を表す。)
    Figure 2020011932
    (式中、
    Baseは、修飾されていてもよい核酸塩基を表す。Baseが2以上存在する場合には、複数存在するBaseは同一、または、異なっていてもよい。
    Qは、水素原子、または、保護基を表す。
    Vは、炭素数1〜6のアルコキシ基、ジ(C1−6アルキル)アミノ基、または、4位窒素原子が保護基で保護され、さらに置換されていてもよいピペラジノ基を表す。Vが2以上存在する場合には、複数存在するVは同一、または、異なっていてもよい。
    y2は、0以上の任意の整数を表す。
    *は、前記一般式(6)における結合箇所を表す。)
  5. Wが、水素原子、トリチル基、ジ(C1−6アルコキシ)トリチル基、モノ(C1−18アルコキシ)トリチル基、9−(9−フェニル)キサンテニル基、または、9−(9−フェニル)チオキサンテニル基である、請求項3、または、4に記載の化合物またはその誘導体。
  6. が、2位に電子求引性基を有するエチル基である、請求項3〜5のいずれかに記載の化合物またはその誘導体。
  7. Qが、水素原子、トリチル基、ジ(C1−6アルコキシ)トリチル基、モノ(C1−18アルコキシ)トリチル基、9−(9−フェニル)キサンテニル基、または、9−(9−フェニル)チオキサンテニル基である、請求項3〜6のいずれかに記載の化合物またはその誘導体。
  8. y1、または、y2が、1〜100である、請求項3〜7のいずれかに記載の化合物またはその誘導体。
  9. y1、または、y2が、1〜30である、請求項3〜7のいずれかに記載の化合物またはその誘導体。
  10. y1、または、y2が、0である、請求項3〜7のいずれかに記載の化合物またはその誘導体。
  11. nが、1、または、2である、請求項1〜10のいずれかに記載の化合物またはその誘導体。
  12. mが、2〜4の整数である、請求項1〜11のいずれかに記載の化合物またはその誘導体。
  13. 一般式(3)で表される化合物またはその誘導体を還元処理する工程(1)を含む、一般式(7)、または、(8)で表される化合物またはその誘導体の製造方法。
    Figure 2020011932
    (式中、
    Rは、それぞれ独立して、置換されていてもよい、炭素数10〜40のアルキル基を表す。
    mは、1〜5の整数を表す。mが2以上の場合には、複数存在するROは、同一、または、異なっていてもよい。
    Xは、O、S、NH、または、NRを表す。
    nは、1〜4の整数を表す。
    は、置換されていてもよい、炭素数1〜6のアルキル基を表す。
    Yは、下記一般式(4)、または、一般式(5)を表す。)
    Figure 2020011932
    (式中、
    Baseは、修飾されていてもよい核酸塩基を表す。Baseが2以上存在する場合には、複数存在するBaseは同一、または、異なっていてもよい。
    Bは、水素原子、保護されていてもよい水酸基、または、ハロゲンを表す。Bが2以上存在する場合には、複数存在するBは、同一、または、異なっていてもよい。
    Wは、水素原子、または、保護基を表す。
    は、電子求引性基を有する、炭素数1〜4のアルキル基を表す。Rが2以上存在する場合には、複数存在するRは同一、または、異なっていてもよい。
    Zは、O、または、Sを表す。Zが2以上存在する場合には、複数存在するZは、同一、または、異なっていてもよい。
    y1は、0以上の任意の整数を表す。
    *は、前記一般式(3)における結合箇所を表す。)
    Figure 2020011932
    (式中、
    Baseは、修飾されていてもよい核酸塩基を表す。Baseが2以上存在する場合には、複数存在するBaseは同一、または、異なっていてもよい。
    Qは、水素原子、または、保護基を表す。
    Vは、炭素数1〜6のアルコキシ基、ジ(C1−6アルキル)アミノ基、または、4位窒素原子が保護基で保護され、さらに置換されていてもよいピペラジノ基を表す。Vが2以上存在する場合には、複数存在するVは同一、または、異なっていてもよい。
    y2は、0以上の任意の整数を表す。
    *は、前記一般式(3)における結合箇所を表す。)
    Figure 2020011932
    (式中、
    Baseは、修飾されていてもよい核酸塩基を表す。Baseが2以上存在する場合には、複数存在するBaseは同一、または、異なっていてもよい。
    Bは、水素原子、保護されていてもよい水酸基、または、ハロゲンを表す。Bが2以上存在する場合には、複数存在するBは、同一、または、異なっていてもよい。
    Wは、水素原子、または、保護基を表す。
    は、電子求引性基を有する、炭素数1〜4のアルキル基を表す。Rが2以上存在する場合には、複数存在するRは同一、または、異なっていてもよい。
    Zは、O、または、Sを表す。Zが2以上存在する場合には、複数存在するZは、同一、または、異なっていてもよい。
    y1は、0以上の任意の整数を表す。)
    Figure 2020011932
    (式中、
    Baseは、修飾されていてもよい核酸塩基を表す。Baseが2以上存在する場合には、複数存在するBaseは同一、または、異なっていてもよい。
    Qは、水素原子、または、保護基を表す。
    Vは、炭素数1〜6のアルコキシ基、ジ(C1−6アルキル)アミノ基、または、4位窒素原子が保護基で保護され、さらに置換されていてもよいピペラジノ基を表す。Vが2以上存在する場合には、複数存在するVは同一、または、異なっていてもよい。
    y2は、0以上の任意の整数を表す。)
  14. 一般式(6)で表される化合物またはその誘導体を還元処理する工程(1)を含む、請求項13に記載の製造方法。
    Figure 2020011932
    (式中、
    、R、および、Rは、それぞれ独立して、置換されていてもよい、炭素数10〜40のアルキル基を表す。
    Xは、O、S、NH、または、NRを表す。
    nは、1〜4の整数を表す。
    は、置換されていてもよい、炭素数1〜6のアルキル基を表す。
    Yは、下記一般式(4)、または、一般式(5)を表す。)
    Figure 2020011932
    (式中、
    Baseは、修飾されていてもよい核酸塩基を表す。Baseが2以上存在する場合には、複数存在するBaseは同一、または、異なっていてもよい。
    Bは、水素原子、保護されていてもよい水酸基、または、ハロゲンを表す。Bが2以上存在する場合には、複数存在するBは、同一、または、異なっていてもよい。
    Wは、水素原子、または、保護基を表す。
    は、電子求引性基を有する、炭素数1〜4のアルキル基を表す。Rが2以上存在する場合には、複数存在するRは同一、または、異なっていてもよい。
    Zは、O、または、Sを表す。Zが2以上存在する場合には、複数存在するZは、同一、または、異なっていてもよい。
    y1は、0以上の任意の整数を表す。
    *は、前記一般式(6)における結合箇所を表す。)
    Figure 2020011932
    (式中、
    Baseは、修飾されていてもよい核酸塩基を表す。Baseが2以上存在する場合には、複数存在するBaseは同一、または、異なっていてもよい。
    Qは、水素原子、または、保護基を表す。
    Vは、炭素数1〜6のアルコキシ基、ジ(C1−6アルキル)アミノ基、または、4位窒素原子が保護基で保護され、さらに置換されていてもよいピペラジノ基を表す。Vが2以上存在する場合には、複数存在するVは同一、または、異なっていてもよい。
    y2は、0以上の任意の整数を表す。
    *は、前記一般式(6)における結合箇所を表す。)
    Figure 2020011932
    (式中、
    Baseは、修飾されていてもよい核酸塩基を表す。Baseが2以上存在する場合には、複数存在するBaseは同一、または、異なっていてもよい。
    Bは、水素原子、保護されていてもよい水酸基、または、ハロゲンを表す。Bが2以上存在する場合には、複数存在するBは、同一、または、異なっていてもよい。
    Wは、水素原子、または、保護基を表す。
    は、電子求引性基を有する、炭素数1〜4のアルキル基を表す。Rが2以上存在する場合には、複数存在するRは同一、または、異なっていてもよい。
    Zは、O、または、Sを表す。Zが2以上存在する場合には、複数存在するZは、同一、または、異なっていてもよい。
    y1は、0以上の任意の整数を表す。)
    Figure 2020011932
    (式中、
    Baseは、修飾されていてもよい核酸塩基を表す。Baseが2以上存在する場合には、複数存在するBaseは同一、または、異なっていてもよい。
    Qは、水素原子、または、保護基を表す。
    Vは、炭素数1〜6のアルコキシ基、ジ(C1−6アルキル)アミノ基、または、4位窒素原子が保護基で保護され、さらに置換されていてもよいピペラジノ基を表す。Vが2以上存在する場合には、複数存在するVは同一、または、異なっていてもよい。
    y2は、0以上の任意の整数を表す。)
  15. 前記還元処理が、ホウ素含有還元剤を用いる、または、ホウ素含有還元剤とアミンとを用いる、請求項13、または、14に記載の製造方法。
  16. 前記ホウ素含有還元剤が、水素化ホウ素リチウム、水素化ホウ素ナトリウム、水素化トリエチルホウ素リチウム、水素化ホウ素テトラブチルアンモニウムである、請求項13〜15のいずれかに記載の製造方法。
  17. Wが、水素原子、トリチル基、ジ(C1−6アルコキシ)トリチル基、モノ(C1−18アルコキシ)トリチル基、9−(9−フェニル)キサンテニル基、または、9−(9−フェニル)チオキサンテニル基である、請求項13〜16に記載の製造方法。
  18. が、2位に電子求引性基を有するエチル基である、請求項13〜17のいずれかに記載の製造方法。
  19. Qが、水素原子、トリチル基、ジ(C1−6アルコキシ)トリチル基、モノ(C1−18アルコキシ)トリチル基、9−(9−フェニル)キサンテニル基、または、9−(9−フェニル)チオキサンテニル基である、請求項13〜18に記載の製造方法。
  20. y1、または、y2が、1〜100である、請求項13〜19のいずれかに記載の製造方法。
  21. y1、または、y2が、1〜30である、請求項13〜19のいずれかに記載の製造方法。
  22. y1、または、y2が、0である、請求項13〜19のいずれかに記載の製造方法。
  23. nが、1、または、2である、請求項13〜22のいずれかに記載の製造方法。
  24. mが、2〜4の整数である、請求項13〜23のいずれかに記載の製造方法。
  25. 一般式(3)で表される化合物またはその誘導体を還元処理する工程(1)を含む、置換基除去方法。
    Figure 2020011932
    (式中、
    Rは、それぞれ独立して、置換されていてもよい、炭素数10〜40のアルキル基を表す。
    mは、1〜5の整数を表す。mが2以上の場合には、複数存在するROは、同一、または、異なっていてもよい。
    Xは、O、S、NH、または、NRを表す。
    nは、1〜4の整数を表す。
    は、置換されていてもよい、炭素数1〜6のアルキル基を表す。
    Yは、下記一般式(4)、または、一般式(5)を表す。)
    Figure 2020011932
    (式中、
    Baseは、修飾されていてもよい核酸塩基を表す。Baseが2以上存在する場合には、複数存在するBaseは同一、または、異なっていてもよい。
    Bは、水素原子、保護されていてもよい水酸基、または、ハロゲンを表す。Bが2以上存在する場合には、複数存在するBは、同一、または、異なっていてもよい。
    Wは、水素原子、または、保護基を表す。
    は、電子求引性基を有する、炭素数1〜4のアルキル基を表す。Rが2以上存在する場合には、複数存在するRは同一、または、異なっていてもよい。
    Zは、O、または、Sを表す。Zが2以上存在する場合には、複数存在するZは、同一、または、異なっていてもよい。
    y1は、0以上の任意の整数を表す。
    *は、前記一般式(3)における結合箇所を表す。)
    Figure 2020011932
    (式中、
    Baseは、修飾されていてもよい核酸塩基を表す。Baseが2以上存在する場合には、複数存在するBaseは同一、または、異なっていてもよい。
    Qは、水素原子、または、保護基を表す。
    Vは、炭素数1〜6のアルコキシ基、ジ(C1−6アルキル)アミノ基、または、4位窒素原子が保護基で保護され、さらに置換されていてもよいピペラジノ基を表す。Vが2以上存在する場合には、複数存在するVは同一、または、異なっていてもよい。
    y2は、0以上の任意の整数を表す。
    *は、前記一般式(3)における結合箇所を表す。)
  26. 一般式(6)で表される化合物またはその誘導体を還元処理する工程(1)を含む、請求項25に記載の置換基除去方法。
    Figure 2020011932
    (式中、
    、R、および、Rは、それぞれ独立して、置換されていてもよい、炭素数10〜40のアルキル基を表す。
    Xは、O、S、NH、または、NRを表す。
    nは、1〜4の整数を表す。
    は、置換されていてもよい、炭素数1〜6のアルキル基を表す。
    Yは、下記一般式(4)、または、一般式(5)を表す。)
    Figure 2020011932
    (式中、
    Baseは、修飾されていてもよい核酸塩基を表す。Baseが2以上存在する場合には、複数存在するBaseは同一、または、異なっていてもよい。
    Bは、水素原子、保護されていてもよい水酸基、または、ハロゲンを表す。Bが2以上存在する場合には、複数存在するBは、同一、または、異なっていてもよい。
    Wは、水素原子、または、保護基を表す。
    は、電子求引性基を有する、炭素数1〜4のアルキル基を表す。Rが2以上存在する場合には、複数存在するRは同一、または、異なっていてもよい。
    Zは、O、または、Sを表す。Zが2以上存在する場合には、複数存在するZは、同一、または、異なっていてもよい。
    y1は、0以上の任意の整数を表す。
    *は、前記一般式(6)における結合箇所を表す。)
    Figure 2020011932
    (式中、
    Baseは、修飾されていてもよい核酸塩基を表す。Baseが2以上存在する場合には、複数存在するBaseは同一、または、異なっていてもよい。
    Qは、水素原子、または、保護基を表す。
    Vは、炭素数1〜6のアルコキシ基、ジ(C1−6アルキル)アミノ基、または、4位窒素原子が保護基で保護され、さらに置換されていてもよいピペラジノ基を表す。Vが2以上存在する場合には、複数存在するVは同一、または、異なっていてもよい。
    y2は、0以上の任意の整数を表す。
    *は、前記一般式(6)における結合箇所を表す。)
  27. 前記還元処理が、ホウ素含有還元剤を用いる、または、ホウ素含有還元剤とアミンとを用いる、請求項25、または、26に記載の置換基除去方法。
  28. 前記ホウ素含有還元剤が、水素化ホウ素リチウム、水素化ホウ素ナトリウム、水素化トリエチルホウ素リチウム、水素化ホウ素テトラブチルアンモニウムである、請求項25〜27のいずれかに記載の置換基除去方法。
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