JP2019520845A - アシル転移酵素の活性を有する微生物及びその用途 - Google Patents
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Abstract
Description
また、本願は、前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド及び前記ポリヌクレオチドを含む発現ベクターに関する。
また、反すう胃を有する動物の場合、メチオニンを飼料添加物として使用する場合には、反すう胃微生物により先に利用されて動物に吸収されないのに対し、N−アセチルメチオニンの場合は、反すう胃を通過して腸に到達した後に吸収される保護アミノ酸(rumen-protected amino acid)である。N−アセチル−DL−メチオニンの反すう胃における分解抵抗性は公知となっている(Amos et al., Journal of Animal Science, 1974, 39(3), pp. 612-617(非特許文献1))。したがって、N−アセチルメチオニンの生産は産業的な価値を有し、特に飼料添加物として使われる場合、吸収速度が速く、生体内利用率が高いL型のアミノ酸を提供することが望ましいため、N−アセチル−L−メチオニンの研究開発が求められている。
メチオニンをN−アセチルメチオニンに転換することが報告された既存の酵素としては、大腸菌のYncAが唯一である(US 8,143,031 B2(特許文献1))。前記文献の場合、YncAの比活性を測定するために、DTNB分析法を通じて間接的にアセチル補酵素A(acetyl-coA)を使用することを確認したことに過ぎず、実際にはN−アセチルメチオニンの生産を確認していなかった。また、YncAにより形質転換された形質転換体により、実際にN−アセチルメチオニンを生成したかどうかも確認されていない。
本願において、前記ドナーはアシル基を受容体に提供し得る限り制限されないが、具体的には、アセチル補酵素A(acetyl-coA)であってもよい。
また、本願において、前記受容体は、ドナーからアシル基を受けることができる限り制限されないが、具体的には、L−メチオニンであってもよい。
具体的には、本願の微生物は、前記配列番号1〜配列番号6のいずれか一つのアミノ酸配列を有するポリペプチドを含んでおり、アシル転移酵素の活性を有するところ、受容体にアシル基を伝達することができる。具体的には、本願の微生物は、L−メチオニンにアセチル基を転移する活性を有し、N−アセチル−L−メチオニンを生産することができる。本願においてN−アセチル−L−メチオニンとN−アセチルメチオニンは混用される。
本願で使用される用語ポリペプチド活性の「強化」とは、微生物が保有するポリペプチドの活性状態を向上させることを意味する。ポリペプチドの活性の強化は、目的とするポリペプチドの活性の強化と同様に、各ポリペプチドの活性を、天然の自然状態または当該ポリペプチドの非変異状態より強化させることができる限り、限定されない。
その例として、i)各ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドのコピー数の増加、ii)前記ポリヌクレオチドの発現が増加するような発現調節配列の変形、iii)各ポリペプチドの活性が強化されるような、染色体上の前記ポリヌクレオチド配列の変形、及びiv)それらの組み合わせからなる群から選択される方法により行うことができる。
具体的には、各ポリペプチドをコードする塩基配列を含むポリヌクレオチドを染色体に挿入する方法、前記ポリヌクレオチドをベクターシステムに導入して微生物に導入する方法、各ポリペプチドをコードする塩基配列の上流に、改良された活性を示すプロモーターを導入したり、プロモーターに変異を与えた各ポリペプチドを導入する方法、5’−UTR領域の塩基配列を変形させる方法及び各ポリペプチドをコードする塩基配列の変異体を導入する方法で行われた群から選択される方法により実行されるものであってもよいが、これらに限定されるものではない。
一例として、エスケリチア属(Escherichia sp.)、コリネバクテリウム属(Corynebacterium sp.)、サッカロマイセス属(Saccharomyces sp.)、またはヤロウィア属(Yarrowia sp.)であってもよく、より具体的には、大腸菌(Escherichia coli)、コリネバクテリウム・グルタミカム(Corynebacterium glutamicum)、サッカロマイセス・セレビシエ(Saccharomyces cerevisiae)またはヤロウィア・リポリティカ(Yarrowia lipolytica)であってもよいが、これらに限定されない。
具体的には、本願の微生物を、アセチル補酵素Aの代わりにブドウ糖が添加された培地で培養し、N−アセチル−L−メチオニンを生産することができる。
具体的には本願の微生物は、アシル基の受容体であるL−メチオニン生産能を有し、L−メチオニンが添加されていない培地で培養されても、N−アセチル−L−メチオニンを生産することができる。
具体的には、前記アシル転移酵素の活性は、L−メチオニンのアセチル転移活性であってもよい。
前記ポリペプチドは、前述した通りである。
前記ポリペプチドは、前述した通りである。
または公知となった遺伝子配列から調製することができるプローブ、例えば、前記塩基配列の全体または一部に対する相補配列と厳しい条件下でハイブリッド化し、アシル転移酵素の活性を有するポリペプチドを暗号化する配列であってもよい。「厳しい条件」とは、いわゆる特異的なハイブリッドが形成され、非特異的ハイブリッドが形成されない条件をいう。一例を示すと、相同性が高い遺伝子同士、例えば、80%以上、具体的には90%以上、より具体的には95%以上、さらに具体的には97%以上、特に具体的には99%以上の相同性を有する遺伝子同士がハイブリッド化し、それより相同性が低い遺伝子同士はハイブリッド化しない条件、または通常のサザンハイブリッド化の洗浄条件である60℃、1×SSC、0.1%SDS、具体的には60℃、0.1×SSC、0.1%SDS、より具体的には68℃、0.1×SSC、0.1%SDSに相当する塩濃度、温度で、1回、具体的には2回〜3回洗浄する条件を列挙することができる(Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 3rd Ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y. (2001)(非特許文献2))。
より具体的にはプローブとして、300bp程度の長さの遺伝子断片を使用する場合には、ハイブリッド化の洗浄条件としては、50℃、2×SSC及び0.1%SDSが列挙される。
ファージDNAの具体的な例としては、λファージ(Charon4A、Charon21A、EMBL3、EMBL4、λgt10、λgt11、及びλZAP)が挙げられる。
また、レトロウイルス(retrovirus)、アデノウイルス(adenovirus)またはワクチニアウイルス(vaccinia virus)のような動物ウイルス、バキュロウイルス(baculovirus)のような昆虫ウイルス、二本鎖植物ウイルス(例えば、CaMV)、一本鎖ウイルスまたはジェミニウイルス由来のウイルスベクターも使用することができる。
また、本発明において回収される目的タンパク質の精製を容易にするために、プラスミドベクターは、必要に応じて他の配列をさらに含むことができる。このような融合プラスミドにおいてはGST、GFP、His−tag、Myc−tagなどをタグ(tag)に含めることができるが、前記例により本発明の融合プラスミドが限定されるものではない。
選択マーカーの例として、クロラムフェニコール抵抗核酸、アンピシリン抵抗核酸、ジヒドロ葉酸還元酵素(dihydrofolate reductase)、ネオマイシン抵抗核酸などが使用されてもよいが、前記例により作動可能なように連結される追加の構成要素が制限されるものではない。
本発明において、用語「形質転換」とは、DNAを宿主に導入してDNAが染色体の因子として、または染色体統合完成により複製可能になることであり、外部のDNAを細胞内に導入し、人為的に遺伝的な変化を起こす現象を意味する。
本願のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含むベクターを形質転換させるための方法は、前記例に限定されず、当業界において一般的に使用される形質転換または形質感染方法を制限なく使用することができる。
本発明に使用することができる大腸菌菌株の具体的な例としては、CL41(DE3)、BL21、またはHB101が、バチルス・サブチリス菌株の具体的な例としては、WB700またはLKS87がある。
無機化合物としては、塩化ナトリウム、塩化カルシウム、塩化鉄、硫酸マグネシウム、硫酸鉄、硫酸マンガン、炭酸カルシウムなどが使用されてもよく、それ以外にアミノ酸、ビタミン、及び/または適切な前駆体などが含まれてもよいが、これらに限定されない。
これら培地または前駆体は、培養物に回分式または連続式で添加することができるが、これに限定されない。
また、培養中に脂肪酸ポリグリコールエステルのような消泡剤を使用して気泡生成を抑制することができる。
また、培養物の好気状態を維持するために、培養物内に酸素または酸素含有気体を注入したり、嫌気及び微好気状態を維持するために気体の注入なしに、あるいは窒素、水素または二酸化炭素ガスを注入することができる。
実施例1−1.N−アセチルL−メチオニン生産微生物の選別
N−アセチル−L−メチオニン生産能を有する微生物として、ランダムに選別された6種の微生物培養液(シュードモナス・プチダ、バチルス・サブチリス、エンテロバクターsp.638、シュードビブリオsp.FO−BEG1、ヤロウィア・リポリティカPO1f(ATCC MYA−2613(商標))、コリネバクテリウム・グルタミカムATCC 13032)からの生成物である、N−アセチルメチオニンスポット(spot)を確認した。
ブドウ糖20g、ペプトン10g、酵母エキス5g、尿素1.5g、KH2PO4 4g、K2HPO4 8g、MgSO47H2O 0.5g、ビオチン100μg、チアミンHCl1000μg、カルシウム−パントテン酸2000μg、ニコチンアミド2000μg、カナマイシン25mg(蒸留水1リットル基準)
実施例1−1で選別された微生物6種のメチオニンアシル転移酵素を選別した。選別されたタンパク質は、既存のメチオニンアシル転移酵素として公知となったYncAのアミノ酸配列に基づいて、前記微生物の種にデータベースを制限し、それぞれ異種相同性検索を行った。その結果、検出された6種の酵素は、すべてYncAアミノ酸配列との相同性が低い方であり、最も高いエンテロバクターsp.638由来のアシル転移酵素において、配列の相同性が82%であった。各酵素のYncAとの相同性を表1に記載した。
実施例2−1.新規アシル転移酵素遺伝子導入大腸菌の製作
シュードモナス由来、バチルス由来、エンテロバクター由来、シュードビブリオ由来の新規アシル転移酵素遺伝子(配列番号7、8、9、10)は、各酵素のアミノ酸配列(配列番号1、2、3、4)に基づいて大腸菌に最適化されたコドンとして合成された。
前記実施例2−1で作製した形質転換大腸菌のコロニー一つをカナマイシン25mg/L、ブドウ糖0.2%(w/v)を含有するLB液体培地3mlに接種し、37℃で8時間培養した後、同じ培地50mlに接種して一晩培養した。前記培養液を遠心分離してペレットを得、pH7.0の50mMリン酸バッファー5mlに懸濁した後、sonicationを利用して細胞を破砕した。細胞debrisは14,000rpmで30分間遠心分離して除去し、上澄み液を得た。新規アシル転移酵素のサイズがすべて19kDa付近であることを勘案し、Amicon Ultra(Milipore、Ireland)30−kDa cut−off membraneを通過した濾過液を、10−kDa cut−off membraneに通してフィルタの上に残った濃縮液を得た。前記濃縮液をQ sepharoseが充填されたHiTrap Q FFカラム(GE、USA)に充填し、NaCl濃度gradient(80、100、150、200、300、500mMの順)を利用して、新規アシル転移酵素を純粋に分離した。希釈した酵素を、Amicon Ultra 10−kDa cut−off membraneに通して再濃縮した。新規アシル転移酵素の過発現程度と精製程度は、SDS−PAGEにより確認した。
実施例3−1.シュードモナス・プチダ由来の精製された新規アシル転移酵素を用いたN−アセチルメチオニンの転換反応
前記実施例2において、比活性が最も高かったシュードモナス・プチダの精製酵素1mgを用いて、メチオニン転換反応を行った。反応液として、20mMのメチオニンと20mMのアセチル補酵素Aを含有するpH7.0の50mMのリン酸バッファー3mlを使用した。37℃、150rpmの条件で3時間反応後、反応液をHPLC(SHIMADZU、SYSTEM CONTROLLER CBM-20A、及びその他のアクセサリー)で分析したとき、3.1g/LのN−アセチルメチオニンの生成を確認することができた。これは、反応液中のメチオニンとアセチル補酵素Aを75%以上転換した値である。
実施例2で製造されたシュードモナス・プチダ由来の新規アシル転移酵素遺伝子を導入して作成された形質転換大腸菌BL21(DE3)/pUCtk−ppmatのコロニー一つを、カナマイシン25mg/L、ブドウ糖1%(w/v)を含有するLB液体培地3mlに接種し、37℃で8時間培養した後、培養液500μlをカナマイシン25mg/L、ブドウ糖0.2%(w/v)を含有するLB液体培地50mlに接種して一晩培養した。培養液から遠心分離を用いて細胞ペレットを得、零下20℃の冷凍庫で冷凍した。完全に凍結した細胞ペレットを室温で再び溶かし、冷凍する過程を3回繰り返して細胞膜に高透過性を付加した。pH7.0の50mMリン酸バッファーを加え、合計体積が5mlになるように再懸濁して培養液を濃縮した。
15ml試験管にメチオニン2%(w/v)を含有する50mMリン酸バッファー(pH7.0)1.8ml;メチオニン2%(w/v)、アセチル補酵素A20mMを含有する50mMリン酸バッファー(pH7.0)1.8ml;及びメチオニン2%(w/v)、ブドウ糖2%(w/v)を含有する50mMリン酸バッファー(pH7.0)1.8mlをそれぞれ入れ、前記過程を経て得られた細胞膜透過性が増加した酵素菌200μLずつを混合し、それぞれ合計2mlになるように調製した後、37℃、150rpmで10時間反応させた。前記反応液にブドウ糖を添加する目的は、反応過程で不足し得るアセチル補酵素Aの生成量を増加させるためのもので、大腸菌の生存のためのものではない。反応液をHPLC(SHIMADZU、SYSTEM CONTROLLER CBM-20A、及びその他のアクセサリー)で分析した結果を表4に記載した。
発酵のときからアセチル補酵素Aを添加したとき、添加していないときよりモル転換率が増加する結果を示した。また、アセチル補酵素Aの代わりに、ブドウ糖のみを添加してもモル転換率が増加していることから見て、ブドウ糖の添加により、アセチル補酵素Aの増加分が生成されると推定された。高透過性膜を有する菌株を用いた結果、N−アセチルメチオニンの高濃度生産が可能になり、アセチル補酵素Aの代わりに、ブドウ糖のみを培地に添加しても、N−アセチルメチオニンが高濃度で生産された。
実施例4−1.新規アシル転移酵素を導入した大腸菌によるN−アセチル−L−メチオニン生産
実施例2で作製した形質転換体6種の各コロニー一つを、カナマイシン25mg/L、ブドウ糖1%(w/v)を含有するLB液体培地3mlに接種し、37℃で8時間培養した後、培養液500μlをカナマイシン25mg/L、ブドウ糖0.2%(w/v)、メチオニン2%(w/v)を含有するLB液体培地50mlに接種して、一晩培養した。その時、対照群としてpUCtk空ベクターをBL21(DE3)に形質転換して使用した。培養液内の細胞を遠心分離で除去し、HPLC(SHIMADZU、SYSTEM CONTROLLER CBM-20A、及びその他のアクセサリー)を用いて、生成されたN−アセチルメチオニンを分析した。
BL21(DE3)/pUCtk−ppmatの場合、最も高い3.03g/Lの濃度でN−アセチルメチオニンを生産し、BL21(DE3)/pUCtk−entmatが2.23g/Lで2番目に高いN−アセチルメチオニン濃度を示した。空ベクターの場合も微量のN−アセチルメチオニンが検出されたが、これは、大腸菌が保有しているYncA酵素の役割によると推定される(表5)。
4−2−1.コリネバクテリウム属微生物導入用アシル転移酵素過発現ベクターの製作
前記実施例1で確認された新規アシル転移酵素(配列番号1、2、3、4、5、6)のN−アセチル−L−メチオニン生産効果をコリネバクテリウム属微生物で確認するために、当該遺伝子を過発現するためのベクターを作製した。塩基配列7、8、9、10、11、12に基づいて5’末端にEcoRV制限酵素部位を挿入したプライマーと、3’末端にPstI部位を挿入したプライマーを合成した。
前記実施例4−2−1で製造したベクターpECCG117−Pcj7−ppmat、pECCG117−Pcj7−bsmat、pECCG117−Pcj7−entmat、pECCG117−Pcj7−pvmat、pECCG117−Pcj7−ylmat、pECCG117−Pcj7−cgmatと実験対照群のpECCG117ベクターを、それぞれ電気パルス法を用いてコリネバクテリウム・グルタミカムATCC13032に導入した後、カナマイシン(25mg/L)を含む複合平板培地に塗抹し、30℃で24時間培養してコロニーを獲得した。獲得した菌株は、13032/pECCG117−Pcj7−ppmat、13032/pECCG117−Pcj7−bsmat、13032/pECCG117−Pcj7−entmat、13032/pECCG117−Pcj7−pvmat、13032/pECCG117−Pcj7−ylmat、13032/pECCG117−Pcj7−cgmat、13032/pECCG117と命名した。
形質転換体のN−アセチルメチオニン生産能を確認するために、カナマイシン(25mg/L)を含む複合液体培地3mlを含有する14mlの使い捨て培養チューブに前記菌株を接種し、30℃、200rpmの条件で24時間振とう培養して種培養液を確保した。カナマイシン(25mg/L)とメチオニン2%(20g/L)を含む複合液体培地24mlを含有する250mlコーナーバッフルフラスコに前記種培養液1mlを接種し、37℃、200rpmで24時間振とう培養した。培養を終了した後、HPLC(SHIMADZU、SYSTEM CONTROLLER CBM-20A、及びその他のアクセサリー)を利用してN−アセチルメチオニン濃度を分析した(表6)。
ブドウ糖20g、(NH4)2SO4 50g、ペプトン10g、酵母エキス5g、尿素1.5g、KH2PO4 5g、K2HPO4 10g、MgSO4・7H2O 0.5g、ビオチン100μg、チアミン塩酸塩1000μg、カルシウム−パントテン酸2000μg、ニコチン酸アミド2000μg、寒天20g、カナマイシン25mg(蒸留水1L基準)
ブドウ糖20g、ペプトン10g、酵母エキス5g、尿素1.5g、KH2PO4 4g、K2HPO4 8g、MgSO4・7H2O 0.5g、ビオチン100μg、チアミンHCl1000μg、カルシウム−パントテン酸2000μg、ニコチン酸アミド2000μg、カナマイシン25mg(蒸留水1L基準)
4−3−1.サッカロマイセス用アシル転移酵素過発現ベクターの製作
前記実施例1にて確認された新規アシル転移酵素(配列番号1、2、3、4、5、6)のN−アセチル−L−メチオニン生産効果をサッカロマイセスで確認するために、その遺伝子を過発現するためのベクターを製作した。塩基配列7、8、9、10、11、12に基づいて5’末端にSpeI制限酵素部位を挿入したプライマーと、3’末端にXhoI部位を挿入したプライマーを合成した。
前記実施例4−3−1で製造したベクターp414ADH−ppmat、p414ADH−bsmat、p414ADH−entmat、p414ADH−pvmat、p414ADH−ylmat、p414ADH−cgmatと実験対照群のp414ADHベクターそれぞれを、EUROSCARFから分譲を受けた野生型酵母中、代表的なサッカロマイセス・セレビシエ(Saccharomyces cerevisiae)CEN.PK2−1D(韓国登録特許第10−1577134(特許文献3))に、酵母形質転換法を用いて導入した。サッカロマイセス・セレビシエ CEN.PK2−1Dに導入した後、YPD(1%yeast extract、2%bacto−peptone、2%glucose)平板培地に塗抹して、30℃で24時間培養してコロニーを獲得した。獲得した菌株は、ScCEN/p414ADH−ppmat、ScCEN/p414ADH−bsmat、ScCEN/p414ADH−entmat、ScCEN/p414ADH−pvmat、ScCEN/p414ADH−ylmat、ScCEN/p414ADH−cgmat、ScCEN/p414ADHと命名した。
形質転換体のN−アセチルメチオニン生産能を確認するために、アンピシリン(100mg/L)を含むYPD液体培地3mlを含有する14mlの使い捨て培養チューブに前記菌株を接種し、30℃、200rpmの条件で24時間振とう培養して種培養液を確保した。メチオニン0.5%(5g/L)を含むYPD液体培地24mlを含有する250mlコーナーバッフルフラスコに前記種培養液1mlを接種し、30℃、200rpmで24時間振とう培養した。培養を終了した後、HPLC(SHIMADZU、SYSTEM CONTROLLER CBM-20A、及びその他のアクセサリー)を利用して、N−アセチル−L−メチオニン濃度を分析した(表7)。
実施例4−4−1.ヤロウィア用アシル転移酵素過発現ベクターの製作
前記実施例1にて確認された新規アシル転移酵素(配列番号1、2、3、4、5、6)のN−アセチル−L−メチオニン生産効果をヤロウィアで確認するために、それらの遺伝子を過発現するためのベクターを製作した。塩基配列7、8、9、10、11、12に基づいて5’末端と3’末端にKpnI制限酵素部位を挿入したプライマーを合成した。
前記実施例4−4−1で製造したベクターpIMR53U−ppmat、pIMR53U−bsmat、pIMR53U−entmat、pIMR53U−pvmat、pIMR53U−ylmat、pIMR53U−cgmatと、実験対照群のpIMR53_AUXベクターのそれぞれを、米国生物資源センター(American type Culture Collection)から購入したヤロウィア・リポリティカPO1f(ATCC MYA−2613(商標))に、酵母形質転換法を用いて導入した。ヤロウィア・リポリティカPO1fに導入した後、YPD(1%yeast extract、2%bacto−peptone、2%glucose)平板培地に塗抹して、30℃で24時間培養してコロニーを獲得した。獲得した菌株は、Yl/pIMR53U−ppmat、Yl/pIMR53U−bsmat、Yl/pIMR53U−entmat、Yl/pIMR53U−pvmat、Yl/pIMR53U−ylmat、Yl/pIMR53U−cgmat、Yl/pIMR53Uと命名した。
形質転換体のN−アセチルメチオニン生産能を確認するために、YPD液体培地3mlを含有する14ml使い捨て培養チューブに前記菌株を接種し、30℃、200rpmの条件で24時間振とう培養して種培養液を確保した。メチオニン0.5%(5g/L)を含むYPDm液体培地(ブドウ糖10g、Na2HPO4 3.28g、NaH2PO4 3.22g、yeast extract 2g、Proteose−peptone 50g/1L基準)24mlを含有する250mlコーナーバッフルフラスコに前記種培養液1mlを接種し、30℃、200rpmで24時間振とう培養した。培養を終了した後、HPLC(SHIMADZU、SYSTEM CONTROLLER CBM-20A、及びその他のアクセサリー)を利用して、N−アセチル−L−メチオニン濃度を分析した(表8)。
本発明の範囲は前記詳細な説明よりは、後述する特許請求の範囲の意味及び範囲、そしてその等価概念から導かれるあらゆる変更または変形された形態が、本発明の範囲に含まれるものと解釈すべきである。
Claims (9)
- 配列番号1〜配列番号6のいずれか一つのアミノ酸配列又はこれと90%以上の相同性を有するアミノ酸配列で表されるポリペプチドを含む、アシル転移酵素活性を有する微生物。
- 前記微生物は、エスケリチア属(Escherichia sp.)、コリネバクテリウム属(Corynebacterium sp.)、サッカロマイセス属(Saccharomyces sp.)及びヤロウィア属(Yarrowiasp.)からなる群から選択される、請求項1に記載の微生物。
- 前記微生物は、L−メチオニンへのアセチル転移活性を有し、N−アセチル−L−メチオニンを生産する、請求項1に記載の微生物。
- L−メチオニンへのアセチル転移活性を有する、配列番号1〜配列番号6のいずれか一つのアミノ酸配列又はこれと90%以上の相同性を有するアミノ酸配列で表されるポリペプチド。
- 請求項4に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド。
- 請求項5に記載のポリヌクレオチドを含む発現ベクター。
- (i)請求項1〜請求項3のいずれか一項に記載の微生物またはその培養物;(ii)請求項4に記載のポリペプチド;またはこれらの組み合わせを有効成分として含む、L−メチオニンからのN−アセチル−L−メチオニンの製造用の組成物。
- (i)請求項1〜請求項3のいずれか一項に記載の微生物またはその培養物;(ii)請求項4に記載のポリペプチド;またはこれらの組み合わせを用いてL−メチオニンをアセチル化する段階を含む、N−アセチル−L−メチオニンの製造方法。
- 前記アセチル化されたL−メチオニンであるN−アセチル−L−メチオニンを回収する段階をさらに含む、請求項8に記載の製造方法。
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