JP2019510974A5

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Publication number: JP2019510974A5
Application number: JP2018549812A
Authority: JP
Filing date: 2017-03-22
Publication date: 2020-08-27
Anticipated expiration: 2037-03-22

Description

本明細書に説明された実施態様は、本発明の全ての態様に適用されてよいことは理解されるであろう。更に本明細書に引用された特許及び特許出願を含むがこれらに限定されるものではない全ての刊行物は、十分に説明されたように引用により本明細書中に組み込まれている。
本件出願は、以下の構成の発明を提供する。
（構成１）
対象における癌の検出又は診断のための、生物学的液体中のバイオマーカーとしての組織特異的転写因子-ヌクレオソーム付加物又は転写補助因子-ヌクレオソーム付加物の使用。
（構成２）
前記組織特異的転写因子-ヌクレオソーム付加物又は転写補助因子-ヌクレオソーム付加物が、対象における癌の発生部位を同定するために使用される、構成1記載の使用。
（構成３）
以前に癌と診断された対象における癌の発生部位の同定又は診断のための、生物学的液体中のバイオマーカーとしての組織特異的転写因子-ヌクレオソーム付加物又は転写補助因子-ヌクレオソーム付加物の使用。
（構成４）
前記癌が、原発性癌である、構成1〜3のいずれか一項記載の使用。
（構成５）
前記対象が、転移性原発不明癌を伴う対象である、構成1〜4のいずれか一項記載の使用。
（構成６）
前記対象が、バイオマーカーとして循環腫瘍DNA(ctDNA)を使用し、以前に癌と診断された、構成3〜5のいずれか一項記載の使用。
（構成７）
対象において癌を検出し及び／又は癌の発生部位を決定するための方法であって：
(i)該対象から生物学的液体試料を得る工程；
(ii)該試料を、ヌクレオソーム又はその成分へ結合する第一の結合性物質と接触させる工程；
(iii)該ヌクレオソーム又は試料を、ヌクレオソームに付加された組織特異的転写因子又は補助因子に結合する第二の結合性物質と接触させる工程；並びに
(iv)該第二の結合性物質の、該試料中の該付加された組織特異的転写因子又は補助因子への結合を検出又は定量する工程：を含み；
ここで、ヌクレオソームに付加された該組織特異的転写因子又は補助因子の存在又はレベルが、該癌の存在及び／又は発生部位の指標として使用される、前記方法。
（構成８）
対象において癌を検出し及び／又は癌の発生部位を決定するための方法であって：
(i)該対象から生物学的液体試料を得る工程；
(ii)該試料を、組織特異的転写因子又は補助因子に結合する第一の結合性物質と接触させる工程；
(iii)該ヌクレオソーム又は試料を、ヌクレオソーム又はその成分に結合する第二の結合性物質と接触させる工程；並びに
(iv)該第二の結合性物質の、該試料中のヌクレオソーム又はその成分への結合を検出又は定量する工程：を含み；
ここで、ヌクレオソームに付加された該組織特異的転写因子又は補助因子の存在又はレベルが、該癌の存在及び／又は発生部位の指標として使用される、前記方法。
（構成９）
前記癌が、原発性癌である、構成7又は8記載の方法。
（構成１０）
前記対象が、転移性原発不明癌を伴う対象である、構成7〜9のいずれか一項記載の方法。
（構成１１）
前記対象が、以前に癌と診断されている、構成7〜10のいずれか一項記載の方法。
（構成１２）
前記結合性物質が、抗体、抗体断片又はアプタマーである、構成7〜11のいずれか一項記載の方法。
（構成１３）
ヌクレオソーム又はその成分に結合する前記結合性物質が、特定のヒストン、ヒストン修飾物、ヒストン変種もしくはアイソフォームへ、又はDNAもしくはその成分へ結合するように方向付けられている、構成7〜12のいずれか一項記載の方法。
（構成１４）
医学治療に関する適合性について動物又はヒト対象を評価するための方法であって：
(i)構成7〜13のいずれか一項記載の方法に規定されたように、該対象の生物学的液体中のヌクレオソームに付加された組織特異的転写因子又は補助因子を検出又は測定する工程；並びに
(ii)該対象にとって好適な治療を決定するために、検出されたヌクレオソームに付加された組織特異的転写因子又は補助因子の種類を使用する工程：を含む、前記方法。
（構成１５）
動物又はヒト対象の治療をモニタリングするための方法であって：
(i)構成7〜13のいずれか一項記載の方法に規定されたように、該対象の生物学的液体中のヌクレオソームに付加された組織特異的転写因子又は補助因子を検出又は測定する工程；
(ii)1回以上、該対象の生物学的液体中のヌクレオソームに付加された該組織特異的転写因子又は補助因子の検出又は測定を繰り返す工程；並びに
(iii)該対象の状態の何らかの変化に関するパラメータとして、検出されたヌクレオソームに付加された組織特異的転写因子又は補助因子のレベルの何らかの変化を使用する工程：を含む、前記方法。
（構成１６）
ヌクレオソームに付加された前記組織特異的転写因子が、測定値のパネルの一つとして検出又は測定される、構成7〜15のいずれか一項記載の方法。
（構成１７）
前記組織特異的転写因子が、GATA 3、CDX2、TTF-1、PAX8、WT1、NKX3.1、P63又はP40から選択される、構成1〜6のいずれか一項記載の使用又は構成7〜16のいずれか一項記載の方法。
（構成１８）
前記生物学的液体が、血液、血清又は血漿から選択される、構成1〜6のいずれか一項記載の使用又は構成7〜17のいずれか一項記載の方法。
（構成１９）
治療を必要とする個体において癌を治療する方法であって：
(a)構成7〜18のいずれか一項記載の方法に従い、個体において癌を検出し及び／又は癌の発生部位を診断する工程；それに続けて
(b)該癌及び／又は発生部位へ適するよう該個体へ抗-癌療法、手術又は医薬品を投与する工程：を含む、前記方法。
（構成２０）
対象における癌の検出のための生物学的液体中のバイオマーカーとして、2種以上の転写因子又は補助因子の組織特異的組合せを含んでいるクロマチン断片の使用。
（構成２１）
前記組織特異的組合せが、対象における癌の発生部位の同定のために使用される、構成20記載の使用。
（構成２２）
前記対象が、癌を有することが以前に診断されている、構成20又は21記載の使用。
（構成２３）
前記癌が、原発性癌である、構成20〜22のいずれか一項記載の使用。
（構成２４）
前記対象が、転移性原発不明癌を伴う対象である、構成20〜23のいずれか一項記載の使用。
（構成２５）
前記対象が、バイオマーカーとして循環腫瘍DNA(ctDNA)を使用し、以前に癌と診断された、構成22〜24のいずれか一項記載の使用。
（構成２６）
対象において癌を検出するか又は癌の発生部位を決定するための方法であって：
(i)該対象から生物学的液体試料を得る工程；
(ii)該試料を、第一の転写因子又は補助因子に結合する第一の結合性物質と接触させる工程；
(iii)該試料を、第二の転写因子又は補助因子に結合する第二の結合性物質と接触させる工程；並びに
(iv)該試料中の該第一又は第二の結合性物質の結合を検出又は定量する工程：を含み、
ここで、クロマチン断片中の第一及び第二の転写因子もしくは補助因子の両方の組合せの存在、並びに／又はその断片のレベルが、該癌の存在及び／又は発生部位の指標として使用される、前記方法。

Claims

対象における癌の検出又は診断のための、生物学的液体中のバイオマーカーとしての組織特異的転写因子-ヌクレオソーム付加物又は転写補助因子-ヌクレオソーム付加物のインビトロにおける使用。
前記組織特異的転写因子-ヌクレオソーム付加物もしくは転写補助因子-ヌクレオソーム付加物が、前記対象における前記癌の発生部位を同定するために使用される、請求項1記載の使用。
対象において癌を検出し及び／又は癌の発生部位を決定するための方法であって：
(i)該対象から得られた生物学的液体試料を、ヌクレオソームもしくはその成分、又はヌクレオソームに付加された組織特異的転写因子もしくは補助因子へ結合する、第一の結合性物質と接触させる工程；
(ii)該ヌクレオソーム又は試料を、該第一の結合性物質が該ヌクレオソームもしくはその成分へ結合する場合には、ヌクレオソームに付加された組織特異的転写因子もしくは補助因子に結合する第二の結合性物質と、あるいは該第一の結合性物質がヌクレオソームに付加された組織特異的転写因子もしくは補助因子に結合する場合には、ヌクレオソームもしくはその成分に結合する第二の結合性物質と、接触させる工程；並びに
(iii)該第二の結合性物質の、該試料中の該付加された組織特異的転写因子もしくは補助因子、ヌクレオソームもしくはその成分への結合を検出又は定量する工程：を含み；
ここで、ヌクレオソームに付加された該組織特異的転写因子もしくは補助因子の存在又はレベルが、該癌の発生部位の指標として使用される、前記方法。
(i)前記対象から得られた生物学的液体試料を、ヌクレオソームもしくはその成分へ結合する第一の結合性物質と接触させる工程；
(ii)該ヌクレオソーム又は試料を、ヌクレオソームに付加された組織特異的転写因子もしくは補助因子に結合する第二の結合性物質と接触させる工程；並びに
(iii)該第二の結合性物質の、該試料中の該付加された組織特異的転写因子もしくは補助因子への結合を検出又は定量する工程：を含む、請求項3記載の方法。
(i)前記対象から得られた生物学的液体試料を、組織特異的転写因子もしくは補助因子に結合する第一の結合性物質と接触させる工程；
(ii)該ヌクレオソーム又は試料を、ヌクレオソームもしくはその成分に結合する第二の結合性物質と接触させる工程；並びに
(iii)該第二の結合性物質の、該試料中のヌクレオソームもしくはその成分への結合を検出又は定量する工程：を含む、請求項3記載の方法。
前記癌が、原発性癌である、請求項1又は2記載の使用、又は請求項3〜5のいずれか一項記載の方法。
前記対象が、原発不明癌の転移性癌を伴う対象である、請求項1又は2記載の使用、又は請求項3〜6のいずれか一項記載の方法。
前記対象が、以前に癌と診断されている、請求項1又は2記載の使用、又は請求項3〜7のいずれか一項記載の方法。
前記対象が、バイオマーカーとして循環腫瘍DNA(ctDNA)を使用して、以前に癌と診断されている、請求項8記載の使用又は方法。
前記結合性物質が、抗体、抗体断片又はアプタマーである、請求項3〜9のいずれか一項記載の方法。
ヌクレオソーム又はその成分に結合する前記結合性物質が、特定のヒストン、ヒストン修飾物、ヒストン変種もしくはアイソフォームへ、又はDNAもしくはその成分へ結合するように方向付けられている、請求項3〜10のいずれか一項記載の方法。
医学治療に関する適合性について動物又はヒト対象を評価するための方法であって：
(i)請求項3〜11のいずれか一項記載の方法に規定されたように、該対象の生物学的液体中のヌクレオソームに付加された組織特異的転写因子又は補助因子を検出又は測定する工程；並びに
(ii)該対象にとって好適な治療を決定するために、検出されたヌクレオソームに付加された組織特異的転写因子又は補助因子の種類を使用する工程：を含む、前記方法。
動物又はヒト対象の治療をモニタリングするための方法であって：
(i)請求項3〜11のいずれか一項記載の方法に規定されたように、該対象の生物学的液体中のヌクレオソームに付加された組織特異的転写因子又は補助因子を検出又は測定する工程；
(ii)1回以上、該対象の生物学的液体中のヌクレオソームに付加された該組織特異的転写因子又は補助因子の検出又は測定を繰り返す工程；並びに
(iii)該対象の状態の何らかの変化に関するパラメータとして、検出されたヌクレオソームに付加された組織特異的転写因子又は補助因子のレベルの何らかの変化を使用する工程：を含む、前記方法。
前記組織特異的転写因子が、GATA 3、CDX2、TTF-1、PAX8、WT1、NKX3.1、P63又はP40から選択される、請求項1又は2記載の使用、又は請求項3〜13のいずれか一項記載の方法。
前記生物学的液体が、血液、血清又は血漿から選択される、請求項1又は2記載の使用、又は請求項3〜14のいずれか一項記載の方法。