RU2014112350A - Способ детекции нуклеосом, содержащих нуклеотиды - Google Patents

Способ детекции нуклеосом, содержащих нуклеотиды Download PDF

Info

Publication number
RU2014112350A
RU2014112350A RU2014112350/15A RU2014112350A RU2014112350A RU 2014112350 A RU2014112350 A RU 2014112350A RU 2014112350/15 A RU2014112350/15 A RU 2014112350/15A RU 2014112350 A RU2014112350 A RU 2014112350A RU 2014112350 A RU2014112350 A RU 2014112350A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
nucleoside
nucleotide
dna base
nucleosome
sample
Prior art date
Application number
RU2014112350/15A
Other languages
English (en)
Inventor
Якоб Винсент МИКАЛЛЕФ
Original Assignee
Сингапур Волишн Пте Лимитед
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Сингапур Волишн Пте Лимитед filed Critical Сингапур Волишн Пте Лимитед
Publication of RU2014112350A publication Critical patent/RU2014112350A/ru

Links

Classifications

    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/58—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving labelled substances
    • G01N33/585—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving labelled substances with a particulate label, e.g. coloured latex
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6804—Nucleic acid analysis using immunogens
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/57407—Specifically defined cancers
    • G01N33/57411—Specifically defined cancers of cervix
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/57407—Specifically defined cancers
    • G01N33/57415—Specifically defined cancers of breast
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/57407—Specifically defined cancers
    • G01N33/57419—Specifically defined cancers of colon
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/57407—Specifically defined cancers
    • G01N33/57423—Specifically defined cancers of lung
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/57407—Specifically defined cancers
    • G01N33/5743—Specifically defined cancers of skin, e.g. melanoma
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/57407—Specifically defined cancers
    • G01N33/57434—Specifically defined cancers of prostate
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/57407—Specifically defined cancers
    • G01N33/57438—Specifically defined cancers of liver, pancreas or kidney
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/57407—Specifically defined cancers
    • G01N33/57446—Specifically defined cancers of stomach or intestine
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/57407—Specifically defined cancers
    • G01N33/57449—Specifically defined cancers of ovaries
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G01N33/57484—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer involving compounds serving as markers for tumor, cancer, neoplasia, e.g. cellular determinants, receptors, heat shock/stress proteins, A-protein, oligosaccharides, metabolites
    • G01N33/57488—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer involving compounds serving as markers for tumor, cancer, neoplasia, e.g. cellular determinants, receptors, heat shock/stress proteins, A-protein, oligosaccharides, metabolites involving compounds identifable in body fluids
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/577—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor involving monoclonal antibodies binding reaction mechanisms characterised by the use of monoclonal antibodies; monoclonal antibodies per se are classified with their corresponding antigens
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • G01N33/6875—Nucleoproteins
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2400/00—Assays, e.g. immunoassays or enzyme assays, involving carbohydrates
    • G01N2400/10—Polysaccharides, i.e. having more than five saccharide radicals attached to each other by glycosidic linkages; Derivatives thereof, e.g. ethers, esters

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
  • Saccharide Compounds (AREA)

Abstract

1. Внеклеточная нуклеосома, включающая основание ДНК, нуклеотид или нуклеозид, для применения в качестве биомаркера в диагностике рака, кардиомиопатии, системной красной волчанки, колита, хронического обструктивного заболевания легких, болезни Крона и ревматоидного артрита.2. Нуклеосома для применения по п.1, где нуклеосома представляет собой мононуклеосому или олигонуклеосому.3. Нуклеосома для применения по п.1, где внеклеточную нуклеосому, включающую основание ДНК, нуклеотид или нуклеозид, измеряют в образце крови.4. Нуклеосома для применения по п.1, где рак представляет собой рак мочевого пузыря, молочной железы, ободочной кишки, шейки матки, пищевода, почки, толстой кишки, легкого, полости рта, яичника, поджелудочной железы, предстательной железы, прямой кишки, кожи или желудка.5. Нуклеосома для применения по п.4, где рак представляет собой рак ободочной кишки, легкого, полости рта или поджелудочной железы.6. Нуклеосома для применения по п.1, где основание ДНК представляет собой цитозин, такой как 5-метилцитозин или 5-гидроксиметилцитозин.7. Способ детекции присутствия в образце нуклеосомы, содержащей основание ДНК, нуклеотид или нуклеозид, включающий следующие стадии:(i) контакт образца со связующим веществом, которое связывается с основанием ДНК, нуклеотидом или нуклеозидом;(ii) детекцию или количественное определение связывания указанного связующего вещества с основанием ДНК, нуклеотидом или нуклеозидом в образце; и(iii) использование присутствия или степени такого связывания в качестве меры присутствия в образце нуклеосом, содержащих основание ДНК, нуклеотид или нуклеозид.8. Способ детекции присутствия в образ

Claims (24)

1. Внеклеточная нуклеосома, включающая основание ДНК, нуклеотид или нуклеозид, для применения в качестве биомаркера в диагностике рака, кардиомиопатии, системной красной волчанки, колита, хронического обструктивного заболевания легких, болезни Крона и ревматоидного артрита.
2. Нуклеосома для применения по п.1, где нуклеосома представляет собой мононуклеосому или олигонуклеосому.
3. Нуклеосома для применения по п.1, где внеклеточную нуклеосому, включающую основание ДНК, нуклеотид или нуклеозид, измеряют в образце крови.
4. Нуклеосома для применения по п.1, где рак представляет собой рак мочевого пузыря, молочной железы, ободочной кишки, шейки матки, пищевода, почки, толстой кишки, легкого, полости рта, яичника, поджелудочной железы, предстательной железы, прямой кишки, кожи или желудка.
5. Нуклеосома для применения по п.4, где рак представляет собой рак ободочной кишки, легкого, полости рта или поджелудочной железы.
6. Нуклеосома для применения по п.1, где основание ДНК представляет собой цитозин, такой как 5-метилцитозин или 5-гидроксиметилцитозин.
7. Способ детекции присутствия в образце нуклеосомы, содержащей основание ДНК, нуклеотид или нуклеозид, включающий следующие стадии:
(i) контакт образца со связующим веществом, которое связывается с основанием ДНК, нуклеотидом или нуклеозидом;
(ii) детекцию или количественное определение связывания указанного связующего вещества с основанием ДНК, нуклеотидом или нуклеозидом в образце; и
(iii) использование присутствия или степени такого связывания в качестве меры присутствия в образце нуклеосом, содержащих основание ДНК, нуклеотид или нуклеозид.
8. Способ детекции присутствия в образце нуклеосомы, содержащий основание ДНК, нуклеотид или нуклеозид, включающий следующие стадии:
(i) контакт образца с первым связующим веществом, которое связывается с нуклеосомами;
(ii) контакт нуклеосом или образца со вторым связующим веществом, которое связывается с основанием ДНК, нуклеотидом или нуклеозидом;
(iii) детекцию или количественное определение связывания указанного второго связующего вещества с основанием ДНК, нуклеотидом или нуклеозидом в образце; и
(iv) использование присутствия или степени такого связывания в качестве меры присутствия в образце нуклеосом, содержащих основание ДНК, нуклеотид или нуклеозид.
9. Способ детекции присутствия в образце нуклеосомы, содержащей основание ДНК, нуклеотид или нуклеозид, включающий следующие стадии:
(i) контакт образца с первым связующим веществом, которое связывается с основанием ДНК, нуклеотидом или нуклеозидом;
(ii) контакт нуклеосом или образца со вторым связующим веществом, которое связывается с нуклеосомами;
(iii) детекцию или количественное определение связывания указанного второго связующего вещества с нуклеосомами в образце; и
(iv) использование присутствия или степени такого связывания в качестве меры присутствия в образце нуклеосом, содержащих основание ДНК, нуклеотид или нуклеозид.
10. Способ по любому из пп. 7-9, где основание ДНК представляет собой обычное основание, которое встречается во всех или большинстве из нуклеосом, для анализа нуклеосом в чистом виде.
11. Способ по любому из пп. 7-9, где основание ДНК представляет собой обычное основание, которое встречается во всех или большинстве из нуклеосом, для анализа внеклеточной ДНК в чистом виде.
12. Способ по любому из пп. 7-9, где основание ДНК представляет собой цитозин, такой как 5-метилцитозин или 5-гидроксиметилцитозин.
13. Способ по любому из пп. 7-9, где связующее вещество представляет собой антитело.
14. Способ по любому из пп. 7-9, где образец представляет собой биологическую жидкость.
15. Способ по любому из пп. 7-9, где образец представляет собой кровь, сыворотку или плазму.
16. Способ детекции присутствия в клетке нуклеосомы, содержащей основание ДНК, нуклеотид или нуклеозид, такой как определено в любом из пп. 7-15, включающий следующие стадии:
(i) выделение хроматина из клетки;
(ii) гидролитическое, ультразвуковое или другое разрушение хроматина для образования мононуклеосом и/или олигоуклеосом; и
(iii) детекцию или измерение присутствия основания ДНК, нуклеотида или нуклеозида в указанных нуклеосомах способом по любому из пп. 7-15.
17. Способ детекции или диагностики состояния заболевания животного субъекта или человека, включающий следующие стадии:
(i) детекцию или измерение нуклеосом, содержащих основание ДНК, нуклеотид или нуклеозид, в биологической жидкости субъекта; и
(ii) использование уровня связанного с нуклеосомами основания ДНК, нуклеотида или нуклеозида, измеренного для определения состояния заболевания субъекта.
18. Способ оценки животного субъекта или человека в отношении пригодности для терапевтического лечения, включающий следующие стадии:
(i) детекцию или измерение нуклеосом, содержащих основание ДНК, нуклеотид или нуклеозид, в биологической жидкости субъекта; и
(ii) использование уровня связанного с нуклеосомами основания ДНК, нуклеотида или нуклеозида, определяемого в качестве параметра при выборе подходящего лечения для субъекта.
19. Способ наблюдения лечения животного субъекта или человека, включающий следующие стадии:
(i) детекцию или измерение нуклеосом, содержащих основание ДНК, нуклеотид или нуклеозид, в биологической жидкости субъекта;
(ii) повторную детекцию или измерение нуклеосом, содержащих основание ДНК, нуклеотид или нуклеозид, в биологической жидкости субъекта в один или несколько моментов времени; и
(iii) использование любых изменений уровня связанного с нуклеосомами основания ДНК, нуклеотида или нуклеозида, определяемого в качестве параметра любых изменений состояния субъекта.
20. Способ по любому из пп. 17-19, где связанное с нуклеосомами основание ДНК, нуклеотид или нуклеозид определяют или измеряют как один из параметров измерений.
21. Способ по любому из пп. 17-19 для применения в случае субъектов, имеющих действительный или подозреваемый рак, доброкачественные опухоли, воспалительное заболевание, аутоиммунное заболевание, эндометриоз, инфекционное заболевание, сепсис, инсульт или инфаркт миокарда.
22. Способ идентификации биомаркера основания ДНК, нуклеотида или нуклеозида для детекции или диагностики состояния заболевания животного субъекта или человека, включающий следующие стадии:
(i) детекцию или измерение нуклеосом, содержащих основание ДНК, нуклеотид или нуклеозид, в биологической жидкости субъекта;
(ii) детекцию или измерение нуклеосом, содержащих основание ДНК, нуклеотид или нуклеозид, в биологической жидкости здорового субъекта или контрольного субъекта; и
(iii) использование разности между уровнями, обнаруженными у больных и контрольных субъектов, для определения возможного применения основания ДНК, нуклеотида или нуклеозида в качестве биомаркера для оценки состояния заболевания.
23. Биомаркер, идентифицируемый способом по п.22.
24. Набор для детекции связанного с нуклеосомами основания ДНК, нуклеотида или нуклеозида, который включает специфический лиганд или связующее вещество для основания ДНК, нуклеотида или нуклеозида, или их составляющей части, или имитатор структуры/формы основания ДНК, нуклеотида или нуклеозида, или их составляющей части, вместе с инструкциями для использования набора любым из способов по пп. 7-22.
RU2014112350/15A 2011-09-01 2012-08-31 Способ детекции нуклеосом, содержащих нуклеотиды RU2014112350A (ru)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201161530295P 2011-09-01 2011-09-01
GB1115095.0 2011-09-01
GBGB1115095.0A GB201115095D0 (en) 2011-09-01 2011-09-01 Method for detecting nucleosomes containing nucleotides
US61/530,295 2011-09-01
PCT/GB2012/052128 WO2013030577A1 (en) 2011-09-01 2012-08-31 Method for detecting nucleosomes containing nucleotides

Related Child Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2017126701A Division RU2687483C2 (ru) 2011-09-01 2012-08-31 Способ детекции нуклеосом, содержащих нуклеотиды

Publications (1)

Publication Number Publication Date
RU2014112350A true RU2014112350A (ru) 2015-10-10

Family

ID=44882046

Family Applications (2)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2017126701A RU2687483C2 (ru) 2011-09-01 2012-08-31 Способ детекции нуклеосом, содержащих нуклеотиды
RU2014112350/15A RU2014112350A (ru) 2011-09-01 2012-08-31 Способ детекции нуклеосом, содержащих нуклеотиды

Family Applications Before (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
RU2017126701A RU2687483C2 (ru) 2011-09-01 2012-08-31 Способ детекции нуклеосом, содержащих нуклеотиды

Country Status (22)

Country Link
US (2) US10900064B2 (ru)
EP (2) EP3483608B1 (ru)
JP (1) JP6322845B2 (ru)
KR (1) KR102074528B1 (ru)
CN (1) CN104067124B (ru)
AU (1) AU2012300641B2 (ru)
BR (1) BR112014005087B1 (ru)
CA (1) CA2845993C (ru)
DK (1) DK2751568T3 (ru)
ES (1) ES2717659T3 (ru)
GB (1) GB201115095D0 (ru)
HK (1) HK1199760A1 (ru)
HR (1) HRP20190533T1 (ru)
HU (1) HUE043386T2 (ru)
MX (1) MX364410B (ru)
PL (1) PL2751568T3 (ru)
PT (1) PT2751568T (ru)
RU (2) RU2687483C2 (ru)
SG (2) SG11201400270PA (ru)
TR (1) TR201904386T4 (ru)
WO (1) WO2013030577A1 (ru)
ZA (1) ZA201401295B (ru)

Families Citing this family (63)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US10083273B2 (en) 2005-07-29 2018-09-25 Natera, Inc. System and method for cleaning noisy genetic data and determining chromosome copy number
US11111543B2 (en) 2005-07-29 2021-09-07 Natera, Inc. System and method for cleaning noisy genetic data and determining chromosome copy number
US9424392B2 (en) 2005-11-26 2016-08-23 Natera, Inc. System and method for cleaning noisy genetic data from target individuals using genetic data from genetically related individuals
US10081839B2 (en) 2005-07-29 2018-09-25 Natera, Inc System and method for cleaning noisy genetic data and determining chromosome copy number
US11111544B2 (en) 2005-07-29 2021-09-07 Natera, Inc. System and method for cleaning noisy genetic data and determining chromosome copy number
CA2731991C (en) 2008-08-04 2021-06-08 Gene Security Network, Inc. Methods for allele calling and ploidy calling
US8825412B2 (en) 2010-05-18 2014-09-02 Natera, Inc. Methods for non-invasive prenatal ploidy calling
WO2011041485A1 (en) 2009-09-30 2011-04-07 Gene Security Network, Inc. Methods for non-invasive prenatal ploidy calling
US20190010543A1 (en) 2010-05-18 2019-01-10 Natera, Inc. Methods for simultaneous amplification of target loci
US11939634B2 (en) 2010-05-18 2024-03-26 Natera, Inc. Methods for simultaneous amplification of target loci
US11332785B2 (en) 2010-05-18 2022-05-17 Natera, Inc. Methods for non-invasive prenatal ploidy calling
US9677118B2 (en) 2014-04-21 2017-06-13 Natera, Inc. Methods for simultaneous amplification of target loci
US11408031B2 (en) 2010-05-18 2022-08-09 Natera, Inc. Methods for non-invasive prenatal paternity testing
US11339429B2 (en) 2010-05-18 2022-05-24 Natera, Inc. Methods for non-invasive prenatal ploidy calling
US11326208B2 (en) 2010-05-18 2022-05-10 Natera, Inc. Methods for nested PCR amplification of cell-free DNA
US10316362B2 (en) 2010-05-18 2019-06-11 Natera, Inc. Methods for simultaneous amplification of target loci
US11322224B2 (en) 2010-05-18 2022-05-03 Natera, Inc. Methods for non-invasive prenatal ploidy calling
US11332793B2 (en) 2010-05-18 2022-05-17 Natera, Inc. Methods for simultaneous amplification of target loci
ES2770342T3 (es) 2010-12-22 2020-07-01 Natera Inc Procedimientos para pruebas prenatales no invasivas de paternidad
WO2012108920A1 (en) 2011-02-09 2012-08-16 Natera, Inc Methods for non-invasive prenatal ploidy calling
GB201115095D0 (en) 2011-09-01 2011-10-19 Singapore Volition Pte Ltd Method for detecting nucleosomes containing nucleotides
EP2775304A1 (en) * 2013-03-07 2014-09-10 Universitätsspital Basel Methods for detecting inflammatory disorder
US10577655B2 (en) 2013-09-27 2020-03-03 Natera, Inc. Cell free DNA diagnostic testing standards
WO2015048535A1 (en) * 2013-09-27 2015-04-02 Natera, Inc. Prenatal diagnostic resting standards
US10262755B2 (en) 2014-04-21 2019-04-16 Natera, Inc. Detecting cancer mutations and aneuploidy in chromosomal segments
EP3957749A1 (en) 2014-04-21 2022-02-23 Natera, Inc. Detecting tumour specific mutations in biopsies with whole exome sequencing and in cell-free samples
WO2016049936A1 (en) * 2014-09-30 2016-04-07 Bgi Shenzhen Co., Limited Biomarkers for rheumatoid arthritis and usage therof
JP6721599B2 (ja) * 2014-10-29 2020-07-15 ベルジアン ボリション エスピーアールエル 循環する腫瘍ｄｎａの濃縮方法
US11391742B2 (en) * 2015-02-10 2022-07-19 B.R.A.H.M.S. Gmbh Free histone proteins as biomarkers
WO2016183106A1 (en) 2015-05-11 2016-11-17 Natera, Inc. Methods and compositions for determining ploidy
CA2986036C (en) 2015-05-18 2022-07-26 Karius, Inc. Compositions and methods for enriching populations of nucleic acids
GB201511542D0 (en) * 2015-07-01 2015-08-12 Singapore Volition Pte Ltd Use of cell free nucleosomes as biomarkers
GB201511512D0 (en) * 2015-07-01 2015-08-12 Singapore Volition Pte Ltd Use of cell-free nucleosomes as biomarkers
GB201518674D0 (en) 2015-10-21 2015-12-02 Singapore Volition Pte Ltd Method for detecting nuleosomes containing histone modifications and variants
GB201518665D0 (en) * 2015-10-21 2015-12-02 Singapore Volition Pte Ltd Method for enrichment of cell free nucleosomes
GB201604806D0 (en) * 2016-03-22 2016-05-04 Singapore Volition Pte Ltd Method of identifying a cancer of unknown origin
CN107858416B (zh) * 2016-09-19 2021-05-28 深圳华大生命科学研究院 用于子宫内膜异位症检测的生物标志物组合及其应用
US11485996B2 (en) 2016-10-04 2022-11-01 Natera, Inc. Methods for characterizing copy number variation using proximity-litigation sequencing
US10011870B2 (en) 2016-12-07 2018-07-03 Natera, Inc. Compositions and methods for identifying nucleic acid molecules
EP3585889A1 (en) 2017-02-21 2020-01-01 Natera, Inc. Compositions, methods, and kits for isolating nucleic acids
CN107164508A (zh) * 2017-06-16 2017-09-15 上海易毕恩基因科技有限公司 用于检测肝癌的基因标志物及其用途
CN107385051A (zh) * 2017-08-04 2017-11-24 上海易毕恩生物技术有限公司 用于检测肝肿瘤良恶性的基因标志物、试剂盒及检测方法
CN111918971A (zh) * 2018-03-01 2020-11-10 埃皮塞弗公司 利用化学确定的重组核小体定量核小体修饰
US11525159B2 (en) 2018-07-03 2022-12-13 Natera, Inc. Methods for detection of donor-derived cell-free DNA
GB201818965D0 (en) 2018-11-21 2019-01-09 Belgian Volition Sprl Method for the detection of colorectal cancer
GB201818963D0 (en) 2018-11-21 2019-01-09 Belgian Volition Sprl Methof for the detection of prostate cancer
GB201906199D0 (en) 2019-05-02 2019-06-19 Belgian Volition Sprl Method for the detection of cancer
GB201906201D0 (en) 2019-05-02 2019-06-19 Belgian Voltion Sprl Method for the detection of protate cancer
BR112022003546A2 (pt) 2019-08-27 2022-05-17 Belgian Volition Srl Método de isolar nucleossomos circulantes
GB201912251D0 (en) 2019-08-27 2019-10-09 Belgian Volition Sprl Method of isolating circulating nucleosomes
JP2023503379A (ja) 2019-12-02 2023-01-27 ベルジアン ボリション エスアールエル バイオマーカーとしての細胞外遊離ヌクレオソームの使用
WO2021186037A1 (en) 2020-03-20 2021-09-23 Belgian Volition Sprl Triaging method using cell free nucleosome levels
TW202238131A (zh) 2020-11-25 2022-10-01 比利時商比利時意志有限公司 測量無細胞核蛋白染色質片段之方法
TW202242145A (zh) 2020-12-29 2022-11-01 比利時商比利時意志有限公司 核小體耗盡循環無細胞染色質片段之轉錄因子結合位點分析
TW202242130A (zh) 2020-12-29 2022-11-01 比利時商比利時意志有限公司 循環轉錄因子分析
TW202242146A (zh) 2021-01-13 2022-11-01 比利時商比利時意志有限公司 肺癌的檢測方法
GB202108185D0 (en) 2021-06-08 2021-07-21 Belgian Volition Sprl Standardisation of nucleosome assays using biologically derived calibrants
GB202108452D0 (en) 2021-06-14 2021-07-28 Belgian Volition Sprl Triaging method using cell free nucleosome levels
WO2023073179A1 (en) 2021-10-29 2023-05-04 Belgian Volition Srl Homogeneous immunoassay method
GB202117799D0 (en) 2021-12-09 2022-01-26 Belgian Volition Srl Method for the detection of blood cancer
WO2023170298A1 (en) 2022-03-11 2023-09-14 Belgian Volition Srl Differential diagnosis method
GB202205212D0 (en) 2022-04-08 2022-05-25 Belgian Volition Sprl Method for transplant organ health assessment
WO2024042210A1 (en) 2022-08-25 2024-02-29 Belgian Volition Srl Method for measuring cell free chromatin

Family Cites Families (30)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
FR2652901A1 (fr) 1989-10-11 1991-04-12 Pasteur Institut Complexes biologiques a base de nucleosomes, et leurs applications, notamment dans le domaine du diagnostic in vitro du lupus erythemateux dissemine (led).
US6630301B1 (en) * 1997-03-14 2003-10-07 The Penn State Research Foundation Detection of extracellular tumor-associated nucleic acid in blood plasma or serum
PT938320E (pt) * 1996-03-26 2010-09-22 Michael S Kopreski Método que permite a utilização de arn extracelular extraído de plasma ou de soro para detectar, monitorizar ou avaliar o cancro
ATE329264T1 (de) * 1998-03-18 2006-06-15 Roche Diagnostics Gmbh Nachweis von produkten von apoptosis
NL1014106C2 (nl) 2000-01-18 2001-07-20 Univ Amsterdam Werkwijze voor het detecteren van een pathologische afwijking bij een cel, een antistof en een assay kit.
ATE419392T1 (de) 2003-07-04 2009-01-15 Johnson & Johnson Res Pty Ltd Verfahren zum nachweis von alkyliertem cytosin in dna
GB0319376D0 (en) 2003-08-18 2003-09-17 Chroma Therapeutics Ltd Histone modification detection
WO2005040814A1 (en) * 2003-10-14 2005-05-06 Cancer Research Technology Limited Methods and means of cancer detection by histone modification
ATE554184T1 (de) * 2004-12-16 2012-05-15 Harvard College Durch das nukleäre aminoxidase-homolog lsd1 vermittelte histondemethylierung
DE102005034628B4 (de) 2005-07-19 2007-08-23 Epigenomics Ag Verfahren zur Untersuchung von Cytosin-Methylierungen in DNA
US20090264306A1 (en) 2005-10-27 2009-10-22 Curators Of The University Of Missouri Dna methylation biomarkers in lymphoid and hematopoietic malignancies
WO2007049286A1 (en) * 2005-10-27 2007-05-03 Tata Memorial Centre A system for ex-vivo separation of apoptotic chromatin particles from blood or plasma
US20080311122A1 (en) 2005-11-28 2008-12-18 Medimmune, Llc Antagonists of Hmgb1 and/or Rage and Methods of Use Thereof
DE102006035600B3 (de) 2006-07-27 2007-11-08 Epigenomics Ag Verfahren zum Nachweis eines Methylierungsmusters
US20080131954A1 (en) * 2006-11-30 2008-06-05 Canon U.S. Life Sciences, Inc. Method of Separating Target DNA from Mixed DNA
CA2683854A1 (en) * 2007-04-11 2008-10-30 Manel Esteller Epigenetic biomarkers for early detection, therapeutic effectiveness, and relapse monitoring of cancer
US7608402B2 (en) * 2008-01-10 2009-10-27 Weiwei Li DNA methylation specific signal amplification
WO2009115313A1 (en) 2008-03-19 2009-09-24 Oryzon Genomics, S.A. Method and composition for methylation analysis
HUE045093T2 (hu) 2008-11-21 2019-12-30 Kobenhavns Univ University Of Copenhagen Immunválasz kiváltása
CA2758933A1 (en) 2009-04-14 2010-10-21 David W. Dawson Histone modification patterns for clinical diagnosis and prognosis of cancer
CN102612652B (zh) 2009-08-06 2016-05-04 康奈尔大学 用于分子分析的设备和方法
US20130183662A1 (en) 2010-04-22 2013-07-18 Max-Planck-Gesellschaft Zur Forderung Der Wissenschaften E.V. Means and methods for identifying an increased risk of systemic lupus erythematosus (sle) patients for developing renal manifestations
WO2011150974A1 (en) 2010-06-03 2011-12-08 Porto Conte Ricerche S.R.L. Biomarkers for lung neuroendocrine tumors
FI20105715A0 (fi) 2010-06-18 2010-06-18 Helsingin Yliopisto Asetyloituun HMGB1:een sitoutuva polyklonaalinen vasta-aine
CN101955998A (zh) * 2010-07-20 2011-01-26 赵英仁 一种血浆游离dna水平检测肝细胞坏死程度的方法
GB201115098D0 (en) 2011-09-01 2011-10-19 Belgian Volition Sa Method for detecting nucleosomes containing histone variants
GB201115095D0 (en) 2011-09-01 2011-10-19 Singapore Volition Pte Ltd Method for detecting nucleosomes containing nucleotides
SG11201402982TA (en) * 2011-12-07 2014-07-30 Singapore Volition Pte Ltd Method for detecting nucleosome adducts
ES2930180T3 (es) 2012-03-02 2022-12-07 Sequenom Inc Métodos para enriquecer ácido nucleico canceroso a partir de una muestra biológica
GB201303575D0 (en) 2013-02-28 2013-04-10 Singapore Volition Pte Ltd Method for detecting histone modifications in nucleosomes

Also Published As

Publication number Publication date
EP2751568A1 (en) 2014-07-09
AU2012300641A1 (en) 2014-03-06
BR112014005087A2 (pt) 2017-03-28
ZA201401295B (en) 2014-12-23
EP2751568B1 (en) 2018-12-26
SG10201601153RA (en) 2016-03-30
DK2751568T3 (en) 2019-04-15
CN104067124B (zh) 2018-05-04
JP6322845B2 (ja) 2018-05-16
AU2012300641B2 (en) 2017-09-28
HK1199760A1 (en) 2015-07-17
CA2845993A1 (en) 2013-03-07
ES2717659T3 (es) 2019-06-24
CA2845993C (en) 2020-10-13
GB201115095D0 (en) 2011-10-19
SG11201400270PA (en) 2014-03-28
EP3483608B1 (en) 2023-06-07
JP2014531573A (ja) 2014-11-27
KR102074528B1 (ko) 2020-02-06
MX364410B (es) 2019-04-25
WO2013030577A1 (en) 2013-03-07
TR201904386T4 (tr) 2019-05-21
PT2751568T (pt) 2019-04-16
HUE043386T2 (hu) 2019-08-28
US20140363812A1 (en) 2014-12-11
US10900064B2 (en) 2021-01-26
MX2014002443A (es) 2014-10-13
RU2687483C2 (ru) 2019-05-14
RU2017126701A3 (ru) 2019-01-31
CN104067124A (zh) 2014-09-24
BR112014005087B1 (pt) 2020-12-22
EP3483608A1 (en) 2019-05-15
KR20140078637A (ko) 2014-06-25
HRP20190533T1 (hr) 2019-06-28
RU2017126701A (ru) 2019-01-31
PL2751568T3 (pl) 2019-09-30
US20200347435A1 (en) 2020-11-05

Similar Documents

Publication Publication Date Title
RU2014112350A (ru) Способ детекции нуклеосом, содержащих нуклеотиды
JP2014531573A5 (ru)
RU2014112348A (ru) Способ детекции нуклеосом, содержащих гистоновые варианты
JP2014529405A5 (ru)
Kaswala et al. Fibrosis assessment in nonalcoholic fatty liver disease (NAFLD) in 2016
JP2017215338A5 (ru)
Bedossa et al. Biopsy and noninvasive methods to assess progression of nonalcoholic fatty liver disease
Mansoor et al. A comprehensive review of noninvasive liver fibrosis tests in pediatric nonalcoholic fatty liver disease
JP2008530582A5 (ru)
JP2008529008A5 (ru)
KR20170130441A (ko) 암 진단용 바이오마커 패널
JP2016500110A5 (ru)
MX2014006866A (es) Metodo para detectar aductos de nucleosomas.
JP2008533471A5 (ru)
JP2008514209A5 (ru)
Wong et al. Non-invasive assessment of liver fibrosis with transient elastography (FibroScan®): applying the cut-offs of M probe to XL probe
RU2019104870A (ru) Комбинированный тест на наличие колоректального рака
JP2018529931A5 (ru)
ES2772701T3 (es) Uso de nucleosomas libres de células como biomarcadores en muestras de esputo
Brinton et al. Metastatic biomarker discovery through proteomics
JP2019510974A5 (ru)
Hu et al. Angiogenesis: a new surrogate histopathological marker is capable of differentiating between mild and significant portal hypertension
JP2011523037A5 (ru)
HRP20200229T1 (hr) Uporaba izvanstaničnih nukleosoma kao biomarkera u fekalnim uzorcima
Kotlyar et al. Noninvasive monitoring of hepatitis C fibrosis progression